Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168115.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_36, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 443530
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 5
Found at i:164507 original size:664 final size:663
Alignment explanation
Indices: 163353--164616 Score: 1752
Period size: 664 Copynumber: 1.9 Consensus size: 663
163343 ATAGTCATGG
* * *
163353 TGAATAAGTATTTATTTTAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTTAGTTC
1 TGAATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTGAATTC
* * * * *** * *
163418 ATGTCAGCTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTAAAATTAATAATTAAGAGGT
65 ATATAAGCTATTGGAAATAAAATAATACCAAGTTATTAATATCCCAAAATTAATAATAAAGAGAT
*
163483 TTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATT
130 TTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATT
** * * * * **
163548 TCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCCCCAAATGATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTTG
195 TCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA
* *
163613 AATAAAATAATACAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
260 AATAAAATAATACAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
163678 GTTTACTAAACAAATTCAAATCCTTATGACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
325 GTTTACTAAACAAATTCAAATCCTTATGACTAATTGAACAATTATTTATCTCAAATTATTATAAC
* * *
163743 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTA
390 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTA
* *
163808 ATTTATAAATATTTCAACAAATAATAAGAAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACA
455 ATTTATAAATATTTCAACAAATAACAAGAAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACA
* * *** * *
163871 AGTTCAAATAGTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGT
519 AGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTGT
*
163936 AGTAAAACAATTGTTTCAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAA
584 AATAAAACAATTGTTTCAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAA
164001 ATAATCATGATTATT
649 ATAATCATGATTATT
* * *
164016 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTT-TTTT-TTATCACAAAAGAATTGTTTGAAT
1 TGAATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTTAT-A-AAAA-AATTATTTGAAT
* *
164078 TCATATAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACCAATTTATTAATAATCCCAAAATTAATAATAAAG
63 TCATATAAGC-TATTGGAAATAAAATAATACCAAGTTATTAAT-ATCCCAAAATTAATAATAAAG
** * **
164143 AGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAACCAA-TTTAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTAT
126 AGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTACTTGAACAATTAT
* * * *
164207 CTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTA
190 CTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA
* *
164272 TTTCAAATAAATTAATACAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
255 TTTCAAATAAAATAATAC-AATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * ** *
164337 AAATCTGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATCGTTATGACT-ATTTTACAATTATTTATCTCAACTTA
319 AAATCTGTTTACT-AAACAAATTCAAATCCTTATGACTAATTGAACAATTATTTATCTCAAATTA
*
164400 TTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGTTTATTCAGATTAAAAT
383 TTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAGATTAAAAT
* * ** * *
164465 AATACTAATTTCTTAATATTTTGACAATTAACAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTAC
448 AATACTAATTTATAAATATTTCAACAAATAACAAGAAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTAC
*
164530 TAAACAAGTTCAAATATTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTC
513 TAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTC
164595 TTTTGTAATAAAACAATTGTTT
578 TTTTGTAATAAAACAATTGTTT
164617 TAGTTCTTAT
Statistics
Matches: 521, Mismatches: 70, Indels: 18
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
659 4 0.01
660 5 0.01
661 8 0.02
662 17 0.03
663 55 0.11
664 257 0.49
665 174 0.33
666 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (663 bp):
TGAATAAGTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTTATAAAAAAATTATTTGAATTCA
TATAAGCTATTGGAAATAAAATAATACCAAGTTATTAATATCCCAAAATTAATAATAAAGAGATT
TAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTT
CAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAA
ATAAAATAATACAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACTAAACAAATTCAAATCCTTATGACTAATTGAACAATTATTTATCTCAAATTATTATAACT
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAA
TTTATAAATATTTCAACAAATAACAAGAAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACAATGACCTTTTCTTTTGTAA
TAAAACAATTGTTTCAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAAT
AATCATGATTATT
Found at i:165454 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 165428--165522 Score: 113
Period size: 21 Copynumber: 4.6 Consensus size: 21
165418 AAATCCAGAA
*
165428 AAGGGATCGATCCCCCCACA-T
1 AAGGGATCGATCCCCCCA-AGG
* *
165449 AAGGGATCGAT-CACCCAAGC
1 AAGGGATCGATCCCCCCAAGG
*
165469 AAGGGATCGATCCCCTCAAGG
1 AAGGGATCGATCCCCCCAAGG
* *
165490 AAGGGATTGATCCCCTCAAGG
1 AAGGGATCGATCCCCCCAAGG
165511 AAGGGATCGATC
1 AAGGGATCGATC
165523 GAGTAAGGCT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 7, Indels: 4
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.02
20 16 0.25
21 48 0.74
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.26, T:0.15
Consensus pattern (21 bp):
AAGGGATCGATCCCCCCAAGG
Found at i:165494 original size:41 final size:42
Alignment explanation
Indices: 165428--165522 Score: 122
Period size: 41 Copynumber: 2.3 Consensus size: 42
165418 AAATCCAGAA
*
165428 AAGGGATCGATCCCCCCACATAAGGGATCGATCACC-CAAGC
1 AAGGGATCGATCCCCCCACAGAAGGGATCGATCACCTCAAGC
* * * *
165469 AAGGGATCGATCCCCTCA-AGGAAGGGATTGATCCCCTCAAGG
1 AAGGGATCGATCCCCCCACA-GAAGGGATCGATCACCTCAAGC
165511 AAGGGATCGATC
1 AAGGGATCGATC
165523 GAGTAAGGCT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 3
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.02
41 30 0.64
42 16 0.34
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.26, T:0.15
Consensus pattern (42 bp):
AAGGGATCGATCCCCCCACAGAAGGGATCGATCACCTCAAGC
Found at i:171759 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 171744--171779 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 3.6 Consensus size: 10
171734 CACCAAGAAG
*
171744 CAAGAGGAAA
1 CAAGAGGAAT
171754 CAAGAGGAAT
1 CAAGAGGAAT
*
171764 CAAGATGAAT
1 CAAGAGGAAT
171774 CAAGAG
1 CAAGAG
171780 AGCAAGAGCT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 23 1.00
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Consensus pattern (10 bp):
CAAGAGGAAT
Found at i:172655 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 172623--172655 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
172613 AACACGTTCA
172623 AATAGTTATGACTATTTG
1 AATAGTTAT-ACTATTTG
172641 AATAGTTAT-CTATTT
1 AATAGTTATACTATTT
172656 TAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.12, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAGTTATACTATTTG
Found at i:172918 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 172384--175040 Score: 1890
Period size: 181 Copynumber: 14.7 Consensus size: 181
172374 TAAAGCTAAC
* * * * * * ** *
172384 AATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAAAGAATATATTTACTAAATAAGTTCAAAT
1 AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
172449 AATTATGATTAGTTT-AACAATTATCTATTACAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAC
64 AGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
172513 AATTGGTTCTGTTCATGCAAGCCTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAAGTTATTAA
128 AATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * * *
172567 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATT-AAAAA-AAATCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAG
1 AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
172628 TTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCCAT
66 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
172693 TGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAA
131 TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
172744 AATTCAAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCGAGTTCTAATAG
1 AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
172809 TTATCACCATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAGT
66 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * *
172874 TGCTTCCATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAA
131 TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * * * * * *
172925 TATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGGTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTTAAACAG
1 AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
172990 TCATGTCCATTTAAACTATTTTCTACTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAAT
66 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** **
173055 TGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
131 TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** * *
173106 TATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTAAAAACTAAATTTGTTTACAAAATC-ATTTCAATT
1 -AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAAT
* * ** * **
173165 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGCTA-AGATC-TTCATTTTGTCATAAAAC
64 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * ** *
173228 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAA
128 AATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** *
173282 TACTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTATTGAACTAGTTCAAATA
1 -AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * ** * * * ** *
173346 GTTAAGAGTATTACAA-TATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTGAGTCATAAAATAA
65 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * *
173410 TTG-TTTCAGCTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-TTTTATTAA
130 TTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
173461 CATTCAAAAAATTATTAAGTAAGA-AGTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
1 AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
173525 ATTATGACTATTTGAACAATGATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAA
65 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** *** * *
173590 TTG-TTTTATTTAATAAAATTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
130 TTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
173642 TATTTCAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAA
1 -AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-CAAGTTCAAA
* * * * * * *
173705 TAATCATTG-CTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAT-ATTTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAA
63 TAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
173768 ACAAATGTTTTTCA-TCATACAAGCTTGTTCTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
126 ACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** *
173824 TATTTCAAAAAATTAATAAGTAGGGGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACCAGTTCAAATA
1 -AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* *
173889 GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
65 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
173954 TTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGAATACAATAATACTAATCTAATAA
130 TTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * *
174006 TATT-ATAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTTTGCTGAACCAA-TTCAA
1 AATTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA--ATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAA
* * * * * * * *
174069 ATAGTTAAGGCTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAA
62 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
174133 CAAATGTTTTCATTCATATAGGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
127 CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *** * * * *
174188 TATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAG
1 AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
174249 TTAT-AATAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAG
66 TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** * *
174313 TTGTTTCTATTGATA-TAGTTTGATTCAAAATAAAGTAATACTAATTTGTTAA
130 TTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** * *
174365 TAA-CCTAAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAATGAATTTGTTAGATTG-ACCAGTACAAA
1 -AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACCGAACAAGTTCAAA
* * * * * *
174427 TAGTTATAATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAGT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTTACAAAA
63 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * *
174491 CAATTGTTTTTGTTTGTACAAG-TTGA-CTCATAATAACATAA-ATCTAATTTATTAA
127 CAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTTGA-AATAAAATAATA-CTAATTTATTAA
* * * *
174546 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATCGAATCTGTTTATCGATCAAGTTCAAAT
1 -AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* *** *
174609 AGTTACT-ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
64 AGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* ** *
174673 AA-TGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCATTTAAAATAATACAAATTTATTAA
128 AATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
174727 TATTTAGAAAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAG
1 AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * ** * *
174792 TTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
66 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
174857 TGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCG-GATAAAAATAATA-TGAATTTATTAA
131 TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAA
* *** * * * * * * * * * *
174908 TATTTTGATAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAATATAAATATGGTTACCTAACAAGTTCTAATTG
1 AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * ** *
174973 TCATAACTACTT-AAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTCATCATTAAACA
66 TTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
175036 ATTGT
129 ATTGT
175041 ATCAATTCAT
Statistics
Matches: 1947, Mismatches: 448, Indels: 160
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 98 0.05
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178 28 0.01
179 101 0.05
180 198 0.10
181 783 0.40
182 404 0.21
183 52 0.03
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
Found at i:173806 original size:718 final size:717
Alignment explanation
Indices: 172440--174880 Score: 1988
Period size: 718 Copynumber: 3.4 Consensus size: 717
172430 TTACTAAATA
* * * * ** * **
172440 AGTTCAAATAATTATGATTAGTTT-AACAATTATCTAT-TACAAAACATTATGACCTTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATATATCT-CAAATCGCTATAACCTTTCATTTT
* * * * * * *
172503 GACATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCCTATTTTGAATAAAATAATT-TAAAGTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT-ATTCTAAA-CTAATAA
** *
172567 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAA-AATCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAGT
127 TATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTTCTGAACA-GTTCAAATAGT
* * * * * *
172629 TATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCCATT
191 TAAGAGTA-TTGAATA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
* * * * * *
172694 GTTTCTGTTCATAAAAGCTTAATTGGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAG
254 GTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-TTTTATTAAAATTCAAAAAATTAA
* * * * * *
172759 TAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCGAGTTCTAATAGTTATCACCATTTAA
318 TAAGTAAGAAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGA
* * * ** *
172823 ACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATC-TTTTGTTTTGTTATAAAACAGTTGCTTCCA-TTCA
381 ACAATTATTTATTTCAAATAATTATAACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTG-TTTTATTTAA
* *** * * * *
172886 TACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTTGGAGG
445 TAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAGAAGTTGGAGA
* * *
172951 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTTAAACAGTCATGTCCATTTAAACTATTTTCTAC
510 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAACAATCATGTCCATTTAAACTATTATCTAC
* *
173016 TTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCA
575 TTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAAATTATTCA
* * *
173081 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-A-GCTTTAAAAACTAAATT
640 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAGGATTTAAAAAATAAATA
* *
173143 TGTTTACAAAATC
705 TGCTTACAAAACC
* * * * *
173156 ATTTCAATTAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGCTA-AGATC-TTCATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATCTCAAATCGCTATA-ACCTTTCATTTTG
* *
173219 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATATT-CTAAACTAATAATA
* *
173284 CTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATCAATGTGTTTAT-TGAACTAGTTCAAATAG
129 -TTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTATTT-TCTGAAC-AGTTCAAATAG
* * * *
173347 TTAAGAGTATTACAATATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTGAGTCATAAAATAATT
190 TTAAGAGTATT-GAATATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
* * * *
173412 GTTTCAGCTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTTTTTATTAACATTCAAAAAATTATT
254 GTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTTTTTATTAAAATTCAAAAAATTAAT
* *
173477 AAGTAAGAAGTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
319 AAGTAAGAAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTGAAC
* * * * * * *
173542 AATGATCTATTTAAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATTTAATAA
383 AATTATTTATTTCAAATAATTATAACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTATTTAATAA
* * * * *
173606 AATTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATT
448 AAGTTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATT
* * * * *
173671 TAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATCAT-TGCTATTTGAA-TAATTATCTA
512 TAAAAAATAAATCT-GTTTATCAAATAAGTTCAAACAATCATGT-CCATTTAAACT-ATTATCTA
* * * ** *
173733 TTTGAAA-TATTTATGATC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTCA-TCATACAAGCTTG
574 CTTCAAATTA-TTATGA-CATTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-ATTCATACAAAATTA
**
173795 TTCTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAGGGGATTTAAAAAA
636 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTA--GGATTTAAAAAA
***
173860 TAAATATGCTTATTGAACC
699 TAAATATGCTTACAAAACC
* * **
173879 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATCTCAAATCGCTATAACCTTTCATTTTGT
* * ** * * *
173944 CATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGGAATACAATAATACTAATCTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAAT-ATTCTAAACTAATAATAT
** * * *
174009 TATAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTTTTTTTGCTGAACCAATTCAAATAGT
130 TATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA--TCTATTTT-CTGAA-CAGTTCAAATAGT
* * * *
174074 TAAG-GCTATTGAATAATTATTTATTTCAAACCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCGTAAAACAAA
191 TAAGAG-TATTGAAT-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAAT
* * * * * ***
174137 TGTTTTCA-TTCATATAGGTTTGTTTGAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
253 TG-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTT--TTTATTAAAATTCAAAAAAT
* * * *
174200 TAATAAG--AG-A-TTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAATAATTT
315 TAATAAGTAAGAAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACT-ATTT
*
174261 GAACAATTATTTATTTCAAATAATTATAACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTA-TT
379 GAACAATTATTTATTTCAAATAATTATAACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTT-TATTT
* * * * * * ** * * **
174324 GAT-ATAGTTTGATTCAAAATAAAGTAATACTAATTTGTTAATAACCTAAAAATTAATAAG-TAA
443 AATAAAAGTTT-ATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAGAAGTTGG
* * * ** ** * * * * * ** * *
174387 AGGATTTAAAAAATGAATTTGTTAGAT-TGACCAGTACAAATAGTTATAAT-TGTTTGAACAATT
507 A-GATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATCAAATAAGTTCAAACAATCAT-GTCCATTTAAACTATT
* * * * * * * * * * ** *
174450 ATCTATTTCAAAGTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTTGTAC-AAGT
569 ATCTACTTCAAATTATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAAAT
* * *
174514 TGACTCATAATAACATAA-ATCTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
634 T-ATTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGT-AG-GATTTAA
* * * * * *
174576 AAAATCGAATCTGTTTATC-GATCA
695 AAAAT-AAATATGCTTA-CAAAACC
* * * * **
174600 AGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATATATCTCAAATCGCTATAACCTTTCATTTTG
* * ** * * *
174664 TCATAAAATAA-TGTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-TTTAAAATAATAC-AAATTTATTA
65 TCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAAT-ATTCTAAA-CTAATA
* * * * * * *
174726 ATATT-TAGAAAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAATAAGTTCAAAT
126 ATATTATA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TCTATTTTCTGAA-CAGTTCAAAT
* * * * * ** * *
174790 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
188 AGTTAAGAGTA-TTGAA-TATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACA
** * *
174855 ATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATT
251 ATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATT
174881 CGGATAAAAA
Statistics
Matches: 1403, Mismatches: 250, Indels: 140
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
714 3 0.00
715 73 0.05
716 48 0.03
717 166 0.12
718 229 0.16
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720 77 0.05
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725 15 0.01
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727 31 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (717 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATCTCAAATCGCTATAACCTTTCATTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATATTCTAAACTAATAATATT
ATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTATTTTCTGAACAGTTCAAATAGTTAAGA
GTATTGAATATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAG
TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTTTTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTAAG
AAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACTATTTGAACAATTATTT
ATTTCAAATAATTATAACCATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTATTTAATAAAAGTTTAT
CCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATA
AATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAACAATCATGTCCATTTAAACTATTATCTACTTCAAATTATT
ATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAGGATTTAAAAAATAAATATGCTTACAAAA
CC
Found at i:175337 original size:286 final size:286
Alignment explanation
Indices: 174786--175324 Score: 651
Period size: 286 Copynumber: 1.9 Consensus size: 286
174776 GAATAAGTTC
* **
174786 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
174851 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGGATAAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTATTAGAATAAAAATAATATGAATTTATTAATATTCTGA
* * * * * * * *
174916 TAATTAATAAGTAAAAAATTTCAAATATAAATATGGTTACCTAACAAGTTCTAATTGTCATAACT
131 AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATAGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACC
* * *
174981 ACTTAAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTCATCATTAAACAATTGTATCAA
196 ACTTAAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATCAA
175046 TTCATATAGGCTTACTAAACAAGCTT
261 TTCATATAGGCTTACTAAACAAGCTT
*
175072 AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTAT-TTTT-TCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGA-CTTTT-TGTTTTGTCAT
* *
175135 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTATTTAGAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAGTGTT
64 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTA-TTAGAATAAAAATAATA-TGAATTTATTAATATT
* ** * * * *
175198 CT-ACAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATACA-TTCAAATAGTC
127 CTGA-AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATAGTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTC
** * * *
175261 ATGTCCATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT
190 ATAACCACTT-AAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTCATCATAAAACAATT
175325 TTTTCTATTC
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 35, Indels: 14
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
285 1 0.00
286 191 0.91
287 18 0.09
288 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (286 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTATTAGAATAAAAATAATATGAATTTATTAATATTCTGA
AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATAGTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACC
ACTTAAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATCAA
TTCATATAGGCTTACTAAACAAGCTT
Found at i:176454 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 175551--178277 Score: 1492
Period size: 177 Copynumber: 15.3 Consensus size: 177
175541 AATTTAATAA
* * * * * * *
175551 TAAAAAATAAATGTGCTTTGCTAAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTTG-TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
175616 TCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCACACAAGCTTATTTAG
65 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
175681 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTAAAAAAATTAATAAGTAAGATATT
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAA-T--T-AGTAAGAGATT
* * * * * *
175733 TAAAAAAACAAATATGTTTA-TCGAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTAT
1 T-AAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * *
175797 TTAAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCA
64 TTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
175862 AACTAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAATAAGAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAA--ATT-AGTAAGAGATT
* * * * * * * *
175915 TAAAAACTAAAACTATT-TTT-C-GAACTAGTTCAATTTGTT-TGACTATTTAAACAAATATCAA
1 TAAAAAAT-AAA-T-TTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * ** * *
175976 TCTCAAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCA-CAAA-AATTATTTCTA-ACCATATAAGCTTACT
63 TTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
** *
176037 C-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAA-TAGGTAAGAGATT
127 CAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAA---AATTA-GTAAGAGATT
* * * * * * *
176092 TAACAAATAAATGTGTTTGCTGAATAAGTTCAAATGGTTA-AGACT-TTAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
176155 TCAAGTTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAATT--
65 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTCA
* * * * * * * *
176218 --AGAACA-AACACTAATTTATTAACATTCAAAAAAATAAAAAGAAAAAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAAT---TAGTAAGAGATT
* *
176268 TGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATT
1 T-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
176333 TAAAATTATTATAAACTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAA
65 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
176398 AATAAAATAATACTACTTTTTTTAATATTTAAAAAATTAGTACGAGATT
130 AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTAAAAAATTAGTAAGAGATT
* ** * * *
176447 TAAAAAATAAATTAGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAGCCATTTGAACAA--A---A--
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
176504 TC--ACTA--AT-A-CTTTTCGTTTTGTCAGAAAATAATTGTTTTTCA--ACATACAAACTTATT
65 TCAAATTATTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * **
176561 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAGAATTAGTTATTGATT
127 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAGTAAGAGATT
* * ** * * *
176612 T-AAAAATTAATCTGTTTACCAAACCAGTAT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGT-TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
176675 TTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCAA
65 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
176739 AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTCATAATTAAGAGATT
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAAA--AATTAGTAAGAGATT
* * * * * *
176791 TAAAAATTAAATTTGTTTA-TCGAACTAGTAT-AAACAGTTA-AGATTATATGAATAATTATCTA
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAGT-TCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * *
176853 TTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAGACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTACTC
63 TTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * **
176918 AGAATAAAATAAAATTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTA-TAAGAGATT
128 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAATTAGTAAGAGATT
* ** ** * **
176968 TAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTGCCTATT
1 TAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * **
177032 TCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTG
65 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
177096 AAACAAAATAATACTAATTCATTAATATTAAGGAAATTAATCAGTAAGAAATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA--AAA--AATTAGTAAGAGATT
* ** * * * * * * * *
177149 TAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTACTTGTAATAATGATCTATT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AACAATTATCTATT
* * * * * * ** *
177214 TCAAATTGTTATAAACTTTGGTTTTATCATCAAACAATTCG-TTCTA-TTCATACTATTTTATTT
65 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * ** * *
177277 AGAATGAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAAT
128 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAA--AAATTAGTAAGAGATT
* ** * * * * *
177331 TAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATATGAGCGATTATCAAT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * **
177394 TTCAAATCT-TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATT
64 TTCAAAT-TATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
***** * * *
177457 TGGTTTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTAAATAATTAATAAGTAAGAGATT
127 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA-AA--AATTAGTAAGAGATT
* * * * * *
177512 TAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTC-ATTGGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
177575 TCAAATCATTCTAACCTTTT-TGTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTA
65 TCAAATTATTATAACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
177639 GAATAAAGTAATACTAATTTATTAAAATTTGAAAATTTAATAAGAAAGAGATTTAGTTT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAA---AATTAGTAAGAG----A--TT
* * * * * * *
177698 TAGAGATTTAAAAAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATT
1 TA-A-A---AAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATC
* * * * *
177763 TGTTTAAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACTATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA-
61 TATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
* * ** *
177827 -CATGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGAGATT
126 TCA--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAGTAAGAGATT
* * * ** *
177880 TAAAAAATAAAATTTGTTTACTGAATAAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAAT-AAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * *
177945 TCAAATCATTCTGACCTTTTATTTTGTTATGAAACAATTGTTTTTTA-TT-AGATAAGATTATTC
65 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
*
178008 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATT
128 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAGTAAGAGATT
* * * * * *
178058 TAAAAAATACATGTGTTT--T---C--G----AATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTC
1 TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * *
178112 CAAATCGTT-TGACC--TTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-GCGTCATACAAGCTTATTCA
66 CAAATTATTATAACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
178173 AAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
129 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAA-T--T-AGTAAGAGATT
* * * *
178226 TGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGA
1 T-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
178278 CTAATATTCC
Statistics
Matches: 1944, Mismatches: 459, Indels: 286
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
162 3 0.00
163 8 0.00
164 98 0.05
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166 79 0.04
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171 3 0.00
173 9 0.00
174 1 0.00
175 55 0.03
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181 237 0.12
182 278 0.14
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184 5 0.00
185 1 0.00
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193 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
CAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAGTAAGAGATT
Found at i:176874 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 176608--178238 Score: 910
Period size: 181 Copynumber: 9.1 Consensus size: 179
176598 ATTAGTTATT
* * * * *
176608 GATTT-AAAAATTAATCTGTTTACCAAACCAGTATAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
1 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGT-TAAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATCT
* * *
176672 ATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATT
64 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* * * * *
176736 CAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTCATAATTAAGA
129 TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * *
176787 GATTTAAAAATTAAATTTGTTTATCGAACTAGTATAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTATCT
1 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGT-TAAATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
176852 ATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAGACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTACT
64 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* * * ** * *
176917 CAGAATAAAATAAAATTAATTTGTTAATA-TTTCAAAATT--TTA-TAAGA
129 TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGA
** * **
176964 GATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTGC
1 GATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACCAGTT-AAATAGTTA-AGACTA-TTGAACAATTAT
* * * * *
177027 CTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTCATATAAGTTT
62 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTGTTCATACAAGTTT
* * * * ** * *
177091 GTTT-GAAACAAAATAATACTAATTCATTAATATTAAGGAAATTAATCAGTAAGA
126 ATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * ** * *
177145 AATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTACTTGTAATAATGATC
1 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCA-GTTAAATAGTTAAGACTA-TTG-AACAATTATC
* * * * * ** * * *
177210 TATTTCAAATTGTTATAAACTTTGGTTTTATCATCAAACAATTCGTTCTATTCATACTATTTTAT
63 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTAT
* * * **
177275 TTAGAATGAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGA
128 TTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * ** * * * *
177327 AAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAGCGATTATCA
1 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTT-AAATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCT
* * * * * * *
177392 ATTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTAT
64 ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTAT
* ** * *
177456 TTGGTTTAAAATAATACAAATTTAATAATA-TTTAAATAATTAATAAGTAAGA
128 TTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAA-AATTAATAAGTAAGA
** * * * *
177508 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTCATTGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
1 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTAAATAGTTAAGACTATT-GAACAATTATCTA
* * * * *
177573 TTTCAAATCATTCTAACCTTTT-TGTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATT
65 TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATT
* * * *
177637 TAGAATAAAGTAATACTAATTTATTAA-AATTTGAAAATTTAATAAGAAAGA
129 TAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAGA
* * ** ** * **
177688 GATTTAGTTTTAGAGATTTAAAAAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATTACTATTTG
1 G----A--TTTA-A-A---AAATAAATTTATTTACCAAACCAGTT-AAATAGTTAAGACTA-TTG
* * * ** * * * * *
177753 AACAATTATTTGTTTAAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACTATTGTTTCAGTTAAT
53 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCAT
* ** * * *
177818 ACAAGCTTACATGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCT-AAAA-T--TAA-TAAGA
118 ACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAAGA
* ** ** * * * *
177876 GATTTAAAAAATAAAATTTGTTTACTGAATAAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATC
1 GATTTAAAAAAT-AAATTTATTTACCAAACCAGTT-AAATAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATC
* * * * * * * * * * * *
177941 TATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATTTTGTTATGAAACAATTGTTT-TTTATTAGATAAGATTA
63 TATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGT-TCATACAAGTTTA
* * *
178005 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-AAAA--AATTAA-TAAGA
127 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAA-TAAGTAAGA
* * * * * *
178054 GATTTAAAAAATACATGTGTTT------TC-G---AATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTA
1 GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTAAATAGTTAAGACTATT-GAACAATTATCTA
* * * * * * *
178109 TTCCAAATCGTT-TGACC--TTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-GCGTCATACAAGCTTAT
65 TTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTTCTG-TTCATACAAGTTTAT
* * * * * * *** *
178170 TCAAAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGA
128 TTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGA
178222 GATTTGAAAAAATAAAT
1 GATTT-AAAAAATAAAT
178239 CTGTTTACTG
Statistics
Matches: 1134, Mismatches: 259, Indels: 128
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.01
164 51 0.04
165 8 0.01
166 35 0.03
167 3 0.00
168 11 0.01
169 10 0.01
170 1 0.00
171 1 0.00
176 11 0.01
177 132 0.12
178 147 0.13
179 15 0.01
180 196 0.17
181 215 0.19
182 146 0.13
183 1 0.00
184 2 0.00
186 4 0.00
187 1 0.00
188 6 0.01
189 3 0.00
191 23 0.02
192 95 0.08
193 10 0.01
194 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTA
GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGA
Found at i:178894 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 178516--179452 Score: 809
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 181
178506 GAACCAGTTC
* * * * * *
178516 CTATTTGAATAATTACCTATGTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-ACTATAAAATAATTGTTG
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTC-ATAAAACAATTGTTT
* * * * *
178580 CAGTTCACACTAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAC
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * ** * ** * * *
178645 TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTGTTGAAGTAGTTCAAACATTTAAGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAGGA
* * * * *
178697 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *** * * *
178762 AGTTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAGTCCAAAAATTAATAAGT
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
178827 AAGTGATTTAAAAAGT-GATTCTATTTACTAAATCATTTCAAATAATTAGGGA
131 AAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTA-GGA
* * * * *
178879 C-ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTT-TGGTCATATAACAAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-GTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * * * *
178942 TTGATCATTCAAGCTTTTTTAGAGTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATG
65 CAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * *
179007 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAAACCAGTTCAAATAGTTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAGGA
* * * * *
179059 CTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** * * * *
179124 TA-TTCACACAAATTTATTTGAAATAAAATAACACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAAT-AG
66 -AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG
* *
179187 CTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGG-
130 -TAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTT-AGGA
* * * ** * * * * * *
179241 CTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAGAATAATTTTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
179306 AATTCTTAGCAA-CTTATTCGGAATAAAATAA-AGCAAATTTATTAATAAAT-AAAAAATTAATA
66 AGTTCATA-CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA-CTAATTTAATAAT-ATTCCAAAAATTAATA
* * * * * * *
179368 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCAAA-CAATTTAAATAATTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAGGA
*
179421 CTATTTGAACAATT-TTTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
179453 GACATAAAAC
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 128, Indels: 36
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 18 0.03
180 31 0.05
181 405 0.66
182 148 0.24
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTAGGA
Found at i:179922 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 179488--180885 Score: 696
Period size: 180 Copynumber: 7.9 Consensus size: 181
179478 TATAACTTTG
* * * * *
179488 TTCAAAATAAAATAA-GATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAA
1 TTCAGAATAAAGTAATG-TTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
179552 TAAATCTATTA-CTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAACAATTGTTTATTTCAAATCA
65 TAAATCTATTAGCT-AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
179616 TTATGACCATTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGTTTTA
129 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGATATA
* *
179669 TTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAA
1 TTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA
** * * * * *
179733 TGCATCTATTAGCTTGACCAATGCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
65 TAAATCTATTAGC-TAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * **
179798 TTATGACCTTTTGTTTTTTCA-CAAAATAATTGTTTCT-TTTGTACCAGCATAT-
129 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATA-CAG-ATATA
* * * *
179850 TTGA-AATAACA-TAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAA
1 TTCAGAATAA-AGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * *
179913 TTAATCTATTTAGC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
65 TAAATCTA-TTAGCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
179977 ACTATAACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAT-TTTTTTTATATTCATATAAGCT-TA
128 ATTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAA-ATAATTGTTTCTATTCATA-CAGATATA
* * * * * ***
180032 TTTCA-AATAAAATTAA---TAA-GTA-AAATATT-TAAAAA--AATAAAT-A-TG-TTTACCTA
1 -TTCAGAAT-AAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
180085 ATAAGTTCAAATAG-T----TA-T-GACTA-TT-TGA--A----AA-ATTAT-T-TATTTCAAAT
64 ATAA-ATCTATTAGCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAAT
* * * *
180132 CATTATGACTTTTTGTTTTATCAT-AAAATAATTGTTTTTCTTCATACAAACT-TA
127 CATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGA-TATA
** * * * * * *** * *
180186 TTTGGACTAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGCCAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAAT
1 TTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * **
180250 AAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTG
66 AAATCT-ATTAGCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
180314 TTATGAGCTATTGTTTCATTAT-AAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCT-TA
129 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATACA-GATATA
* ** * *
180366 TTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTCATATTCTAAAAA-T--TAA-CAAGAGATTTAAAAAA
1 TTC-AGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AAA
* * * * * *
180426 AAATGAATCTGCTTA-TTAAACAAGTTCAATTAGTTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAA
62 AAATAAATCT-ATTAGCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** *
180490 AT-AGTTATGACCTTTTTGTTTTATCAT-AAACCAATTGTTTCTATTCATACA-AGTTTA
125 ATCA-TTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGA-TATA
* * ** * * * **
180547 TTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAA
1 TTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
180611 -AAATCTATTTA-CTAAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTAT-TTTTTTAAAT-
65 TAAATCTA-TTAGCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
180672 AGTTATGCCCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTATTTCTATTCAAACA-AGTTTA
128 A-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGA-TATA
* * * ** * * * *
180726 TTCTGAATAAAATCATACTAATTTATTAATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
1 TTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
180791 AAATCTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
66 AAATCTA-TTAGCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
180854 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAA-AATT
128 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAATAATT
180886 ATTTTTGTTC
Statistics
Matches: 929, Mismatches: 210, Indels: 156
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
153 11 0.01
154 20 0.02
155 12 0.01
156 19 0.02
157 5 0.01
158 9 0.01
159 3 0.00
161 6 0.01
162 3 0.00
163 8 0.01
164 6 0.01
165 2 0.00
166 3 0.00
167 2 0.00
169 2 0.00
170 3 0.00
171 1 0.00
172 2 0.00
173 10 0.01
174 5 0.01
175 1 0.00
176 14 0.02
177 3 0.00
178 8 0.01
179 107 0.12
180 307 0.33
181 245 0.26
182 81 0.09
183 16 0.02
184 8 0.01
185 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
AAATCTATTAGCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTCATACAGATATA
Found at i:180170 original size:156 final size:155
Alignment explanation
Indices: 179885--180170 Score: 394
Period size: 156 Copynumber: 1.8 Consensus size: 155
179875 TAATATTCCA
* * * *
179885 AAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATTAATCTATTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
179950 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTTATTTTGTCATAAAACATTTTTTTT
66 CATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTTATTTTATCATAAAAAATTGTTTTT
180015 ATATTCATATAAGCTTATTTCAAAT
131 ATATTCATATAAGCTTATTTCAAAT
* * * *
180040 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCTAATAAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
180105 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT
65 CCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTTATTTTATCATAAAA-AATTGTTT
180169 TT
129 TT
180171 CTTCATACAA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 17, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
155 35 0.31
156 77 0.69
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (155 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
CATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTTATTTTATCATAAAAAATTGTTTTT
ATATTCATATAAGCTTATTTCAAAT
Found at i:180934 original size:146 final size:145
Alignment explanation
Indices: 180754--181042 Score: 452
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 145
180744 TAATTTATTA
180754 ATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
1 ATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* *
180819 GTCATATCCACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAAAA
66 GTCATATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCG-AAAAAAA
*
180884 TTATTTTTGTTCATTC
130 TTATTTCTGTTCATTC
* * * * ** *
180900 ATATTCTGCGATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTGAAATA
1 ATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
* *
180965 GTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCGAAAAAAAT
66 GTCATATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCGAAAAAAAT
*
181030 TGTTTCTGTTCAT
131 TATTTCTGTTCAT
181043 ATAGAATTAC
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 13, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
145 19 0.15
146 111 0.85
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (145 bp):
ATATTCTACAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATA
GTCATATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCGAAAAAAAT
TATTTCTGTTCATTC
Found at i:181399 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 180912--183000 Score: 1430
Period size: 181 Copynumber: 11.6 Consensus size: 178
180902 ATTCTGCGAT
* * * * * * *
180912 TTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTGAAATAGTCATGTCCAC
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-
* ** * * *
180976 TTA-AACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCGA-AAAA-AATTGTTTCTG
63 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC-ATAAAATAATTGTTTCAG
* * *** * * **
181038 TTCATA-TAGAATTACTAAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAA
127 TTCATACAAG-CTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * *
181092 -T--TAA-CAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TCCAACCAGCTT-AAATA-TTATAACTA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACT-GAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
181150 TTTGAATAGTTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTAT-TTT-GTCATAGAACAATTGTTT-AT
63 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-
* * * * * *
181212 TTTCATACAAGCATAGTCGAATTAAAATAACACTAATTTAATAATATTCCAAAA
126 GTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
* * * *
181266 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAGGACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * ** * *
181331 AGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTTGTAAAACAATTATTTCAGTTC
65 AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
* *
181396 ATACAAGCTTCTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCGAAAAG
130 ATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTC-AAAAA
* ** * ** * * **
181447 TTAGTAACCAAGAAATAAAAAAAACAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAAATATGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * * *
181511 TTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTT
64 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
* ** * *
181576 CATAAAAAG-TTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAA
129 CAT-ACAAGCTTAT-TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * *
181628 TTATTAAGTAAGAGATTT--AAAAT-AATATTTTTC-GAACCAATTCAAATATTTACGACTATTT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTA
* * * * * * *
181689 CAACAAATATCAATCTT-AAATCATTGTGA--TAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTG-TT--GTT
66 GAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAG-T
* * *
181748 TACCATACAAGCTAATTCGGATAAAAATAAT-CTAATTTAATAATATTTCAAAAA
128 T--CATACAAGCTTATTCGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * ** * *
181802 TTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAA-CAATGTGTTTA-TCGAATCAATTTGAATAGTTAAGGCTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
181865 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTT
64 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
* * * *
181930 CATACAAGCTTACTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAA
129 CATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAA
* * * * * *
181982 TTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATTTTTAC-CAAACAGGTTCAAATAGTAATGACTA
1 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATA-TTTTACTGAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
182046 TTTA-AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT
63 -TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * * * *
182108 TTTCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAAT-CTAATTTAATAATATTCCAAAAA
126 GTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAA
* * * * * *
182162 ATGATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
182226 AGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTATTTCAATTT
65 AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTC
*
182291 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAA
130 ATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTC-AAAAA
* * * ** *
182342 TTAATAAGCAAGAAATTTAAAGAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAAATATAACTA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATAT-TTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTA
* * *
182406 TTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCA
63 -TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCA
* * ** * * *
182469 GTTTATA-AGAACTTATCTAAAACAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAA
126 GTTCATACA-AGCTTAT-TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* * * * * * * * *
182524 TTATTAAGTAAGAGTTTTAAAAAGTAGAGTTGTTTTTC-GACCCAGTTTAAATAGTTATGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-A-ATATTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTA-
* * * * * *
182588 TTA-AACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA
63 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * * * * * **
182651 GCATAAAAGCTGATTCGAACGAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAA
128 TCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
* ** * *
182704 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA-TCGAATTAGA-TCAAATATTTAAGACTA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTACT-GAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
182767 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCACAAAATAATTGTTTCAAT
63 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGT
* * * *
182832 TCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTGAAAAA
128 TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAA
* * *
182885 TTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATAT-TTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * *
182950 TTGAATAATTATCTAATTAAAATCGTTATGAACTTTTCTTTTA-TCATAAAA
64 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAA
183001 CAATAAGTTC
Statistics
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GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
TACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
Found at i:181956 original size:535 final size:537
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180920 TAGGAGATTT
* * * * * *
180930 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTGAAATAGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTC
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* * * *
180995 AAGTTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCGA-AAAA-AATTGTTTCTGTTCATATAGAA-TTA-CTAA
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* ** * *
181056 AAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTT-TGAAA-ATTAA-CAAGAGATTTAAAAACTAAATT
128 AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATATTAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATA
* * * * ** *
181118 TGTTTATCCAACCAGCTT-AAATATTATA-ACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAATCATTATG
191 TGTTT-TCGAACCA-ATTCAAATATT-TAGACTATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATG
** ** *
181181 ATCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTATTTTCATACAAGCATAGTCGAATTAAAATAACACT
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*
181246 AATTTAATAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTGCTAAACCAA
318 AATTTAATAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTGCTAAACCAA
** * * * * **
181311 TTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTTG
383 TTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGTCA
*
181376 TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTCTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTC
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* *
181441 GAAAAGTTAGTAACCAAGAAA-TAA
513 GAAAAATTAATAACCAAGAAATTAA
* * * *
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1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTA-ATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
* *
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*
181594 ATAAAATAATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT-AAAAT-AATAT-
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* *
181656 TTTTCGAACCAATTCAAATATTTACGACTATTTCAACAAATATCAATCTTAAATCATTGTGATAA
193 TTTTCGAACCAATTCAAATATTTA-GACTATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATAA
* * * * *
181721 TTGTTTTGTCATA-AAGTAATTGTTGT-TTACCATACAAGC-TAATTCGGATAAAAATAA-TCTA
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* * * * ** * *
181782 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAA-CAATGT-GTTTATCGAATCA
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**
181845 ATTTGAATAGTTAAGG-CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGT
382 ATTCAAATAGTT-AGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGT
* *
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446 CATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTT-CTTCAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT
* * **
181973 TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTG
510 TTCGAAAAATTAATAACCAAGAAATTAA
* ** * *
182001 AAAAAATAAATATTTTTACCAAACAGGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAACAATTATCTATCTC
1 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * * * **
182066 AAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAT-ACAAGCATATTTGGA
66 AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAAG-TTATCTAAA
* * *
182129 TTAAAATAAT-CTAATTTAATAATATTCCAAAAA-ATGATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATAT
130 ATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATAT--TAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATAT
* * * ** * * * * *
182192 GTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAGGACTATAAGC-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGA
192 GTTTTC-GAACCAATTCAAATATTTA-GACTAT-TTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGA
* * ** * * * * * * *
182256 CCT-TTTGTTTAATCATAAAATAATTATTTCAATT--TATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAA
254 --TAATTATTTTGTCATAGAACAATTGTTT--ATTACCATACAAGCATAGTCGAATA-AAAATAA
* * * * * ** *
182317 TACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAGAAATAAATTTGTTTACT
314 CACTAATTTAATAA-TATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATATACTTGCT
* ** ** * * * * *
182381 GAA-CAAGTTCAAATAAATATAACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTT
376 AAACCAA-TTCAAATAGTTAGGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTATT
* * * * * * * * *
182444 GTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATA-AGAACTT-ATCTAAAACAAAATAATAGTACT
439 G-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA-AGCTTCTTC-AGAAGAAAATAATACTAAT
* * ** * **
182506 TTATTAATATTTC-AAAAATTATTAAGTAAG-AGTTTT
501 TTATTAA-CTTTCGAAAAATTAATAACCAAGAAATTAA
* * * * * * * * * *
182542 AAAAAGTAGAGT-TGTTT-TTCGACCCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATC
1 AAAAAATA-AATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAACAATTATCTATT
** * * * ** *
182605 TCAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGAGCAT-AAAAGCTGAT-TC
64 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAAG-TTATCT-
* ** * * * * *
182667 GAACGAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
127 AAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATA-TTTCAAAAATATTAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA
* ** ** * * * *
182732 TGTGTTTATCGAATTAGA-TCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-
189 TATGTTT-TCGAACCA-ATTCAAATATTT-AGACTATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTA
* * * * * * * *
182795 T--TAACCTTTTGTTTAGTCACAAAATAATTGTTTCAATT--CATACAAGCTTATTTGGAA-GAA
251 TGATAA--TTAT-TTT-GTCATAGAACAATTGTTT--ATTACCATACAAGCATA-GTCGAATAAA
* * * * * * **
182855 AATAATACTAATTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTT
309 AATAACACTAATTTAATAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATACT
* * * * * * *
182920 TACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAATTAAAATC
372 TGCTAAACCAATTCAAATAGTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
182974 GTTATGAACT
Statistics
Matches: 1223, Mismatches: 211, Indels: 142
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
532 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (537 bp):
AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
AAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAAGTTATCTAAAA
TAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATATTAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTT
TCGAACCAATTCAAATATTTAGACTATTTCAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATAATTAT
TTTGTCATAGAACAATTGTTTATTACCATACAAGCATAGTCGAATAAAAATAACACTAATTTAAT
AATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTGCTAAACCAATTCAAATA
GTTAGGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGTCATAAAACAA
TTATTTCAGTTCATACAAGCTTCTTCAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCGAAAAATT
AATAACCAAGAAATTAA
Found at i:182117 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 181235--183000 Score: 1291
Period size: 360 Copynumber: 4.9 Consensus size: 358
181225 TAGTCGAATT
* * * ** * * **
181235 AAAATAACACTAATTTAATAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATTTT
* * * * * * ** *
181300 TGCTAAACCAATTCAAATAGTT-AGGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGATC
66 TACGAAA-CAGTTCAAATA-TTAATGACTATTTA-AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC
* ** * * ** ** * *
181363 TTTTGTTTAGTTGTAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTCTTCAGA-ATAAAATAATACTA
128 -TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTAATTCGGATACAAAATAATACTA
* * * * ** * ** * *
181427 ATTTATTAA-CTTTCGAAAAGTTAGTAACCAAGAAATAAAAAAAACAAATATGTTTA-CTGAA-T
192 ATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAA-AAATGTGTTTATCTGAACC
** * * * ** *
181489 AAGTTCAAATAAATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTG
254 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAG
* * * *
181554 TAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAG-TTATCTAAAAT
318 TCATAAAATAATTATTTCAGTTCAT-AAAAGCTTAT-TAAAAG
* * * * * *
181596 AAAATAATACTACTTTGTTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT--AAAAT-AATATTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATTT
* * * * * * * * * **
181658 TT-CGAACCAATTCAAATATTTACGACTATTTCAACAAATATCAATCTTAAATCATTGTGATAAT
65 TTACGAAACAGTTCAAATATTAATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTT
* **
181722 TGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTGT-TTACCATACAAGCTAATTCGGATA-AAAATAAT-CTAAT
130 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCTTTTCATACAAGCTAATTCGGATACAAAATAATACTAAT
* *
181784 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAACAATGTGTTTATC-GAATCAATT
194 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AATGTGTTTATCTGAACCAATT
** * * * *
181848 TGAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTATTGTTTAGTCATA
258 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATA
* **
181913 AAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTACTTGGAAG
323 AAATAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TTAAAAG
181950 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATT
1 AAAATAATACTAATTTATTAA-TTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAATATT
* *
182015 TTTACCAAACAGGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC
64 TTTACGAAACA-GTTCAAATATTAATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC
* * * *
182080 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGC-ATATTTGGAT-TAAAATAAT-CTA
128 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTA-ATTCGGATACAAAATAATACTA
* * * * * *
182142 ATTTAATAATATTCCAAAAAATGATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTT-GCTGAACCAG
192 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AAATGTGTTTATCTGAACCAA
* * * * * * *
182206 TTCAAATAGTTAGGACTATAAGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCA
256 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCA
* * * *
182271 TAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAAT
321 TAAAATAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATT-AAAAG
**
182310 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAGAAATAAAT-TT
1 AAAATAATACTAATTTATTAA-TTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAA-AAATAAATATT
* * * * *
182374 GTTTACTG-AACAAGTTCAAATA-AATATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATG
64 -TTTAC-GAAAC-AGTTCAAATATTA-ATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG
* * * * ** *
182437 ATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTT-ATA-AGAACTTA-TCTAAAACAAAATAA
125 ATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TTTTCATACA-AGCTAATTCGGATACAAAATAA
* * * * * * *
182499 TAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGTTTTAAAAAGTAGA-GTTGTTTTTC-
187 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA--AAATG-TGTTTATCT
* * * * * * * *
182562 GACCCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTA-AACAAATATCAATCTCAAATCATTATGACC-TTTG
249 GAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * * ** * * *
182625 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGAGCATAAAAGCTGATTCGAACG
313 TTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATT-AAAAG
* * * * *
182672 AAAATAATACTAATTTAATATTATTTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
1 AAAATAATACTAATTT-AT-TAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATATT
** * * * * *
182736 TTTATCGAATTAGATCAAATATTTAA-GACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAA
64 TTTA-CGAAACAGTTCAAATA-TTAATGACTATTTA-AACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA
* * * ** * * *
182799 CCTTTTGTTTAGTCACAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGA-AGAAAATAATAC
126 TC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTAATTCGGATACAAAATAATAC
* * * * *
182863 TAATTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA
190 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAA-AAATGTGTTTATCTGAA
* * * * * * * *
182927 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAATTAAAATCGTTATGAA-CTTTTCTTT
252 CCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTT-GTT
182991 TA-TCATAAAA
315 TAGTCATAAAA
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Statistics
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Consensus pattern (358 bp):
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TACGAAACAGTTCAAATATTAATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTT
GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTAATTCGGATACAAAATAATACTAATTT
AATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATGTGTTTATCTGAACCAATTCAA
ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
TAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTAAAAG
Found at i:182420 original size:896 final size:901
Alignment explanation
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181050 TACTAAAAAT
* * * *
181060 AAAATAATATTGATTTATTAATATTTTG-AAAA-T--TAA-CAAGAGATTT-AAAAACTAAATTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTT
* * * *
181119 GTTTATCCAACCAGCTT-AAATA-TTATAACTATTTGAATAGTTATCTATCTCAAATCATTATGA
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*
181182 TCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTATTTTCATACAAGCATAGTCGAATTAAAATAACACTA
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*
181247 ATTTAATAATATTCCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTGCTAAACCAAT
193 ATTTAATAATATTCCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTGCTAAACCAAT
* * * * * * **
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258 TCAAATAGTTAGGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCAT
* * * *
181377 AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTCTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCG
323 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCA
* * * *
181442 AAAAGTTAGTAACCAAGAAATAAAAAAAACAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAAATATGA
388 AAAAATTAATAACCAAGAAATAAAAAAAACAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATAA
* ** *
181507 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC
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* * *
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518 AGTTCATAAAAACTTATCTAAAACAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGT
* *
181637 AAGAGATTT-AAAA-TA-A-TATTTTTCGAACCAATTCAAATATTTACGACTATTTCAACAAATA
583 AAGAGATTTAAAAAGTAGAGTATTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTACGACTATTTAAACAAATA
* * * * * *
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648 TCAATCTCAAATCATTATGACAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCTGACCATAAAAGCTA
* * *
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712 ATTCGAACAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** *
181826 -CAATGTGTTTATCGAATCA-ATTTGAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
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* *
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*
181950 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATATT
1 AAAATAATACTAATTTATTAAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAAT-TT
* * * *
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65 TTTACCAAACAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC
* * * * *
182080 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAA-TCTAAT
130 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATTTTCATACAAGCATAGTCGAATTAAAATAACACTAAT
* ** * *
182144 TTAATAATATTCCAAAAAATGATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAGTT
195 TTAATAATATTCC-AAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTGCTAAACCAATT
*
182208 CAAATAGTTAGGACTATAAGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATA
259 CAAATAGTTAGGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATA
* *
182273 AAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAA
324 AAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAA
* * * * *
182338 AAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAGAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATAA
389 AAAATTAATAACCAAGAAA-TAAAAAAAACAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATAA
* * * * *
182403 CTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
453 CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTC
* * *
182468 AGTTTATAAGAACTTATCTAAAACAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGT
518 AGTTCATAAAAACTTATCTAAAACAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGT
* * * * * *
182533 AAGAGTTTTAAAAAGTAGAGTTGTTTTTCGACCCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAAT
583 AAGAGATTTAAAAAGTAGAG-TATTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTACGACTATTTAAACAAAT
** * *
182598 ATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGAGCATAAAAGCTG
647 ATCAATCTCAAATCATTATGACAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGACCATAAAAGCTA
* * **
182663 ATTCGAACGAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
712 ATTCGAACAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* *
182728 TAAATGTGTTTATCGAATTAGATCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
777 TAAATGTGTTTATCGAATCAGATCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
182793 TTTTAACCTTTTGTTTAGTCACAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAAG
842 TTCTAACCTATTGTTTAGTCACAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTACTTGGAAG
* * *
182853 AAAATAATACTAATTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAAT-TT
** * * * *
182918 TTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAAT-TAAAATCGTTATGAA
65 TTTACCAAACAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATCTCAAATCATTATGAT
* *
182982 CTTTTCTTTTATCATAAAACAAT
129 C-TTTATTTTGTCATAAAACAAT
183005 AAGTTCATCC
Statistics
Matches: 917, Mismatches: 116, Indels: 30
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (901 bp):
AAAATAATACTAATTTATTAAATTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTT
TTACCAAACAGATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCT
TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATTTTCATACAAGCATAGTCGAATTAAAATAACACTAATT
TAATAATATTCCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTGCTAAACCAATTCA
AATAGTTAGGACTATAAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAA
ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAA
AATTAATAACCAAGAAATAAAAAAAACAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAATATAACTA
TTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGT
TCATAAAAACTTATCTAAAACAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAG
AGATTTAAAAAGTAGAGTATTTTTCGAACCAATTCAAATAGTTACGACTATTTAAACAAATATCA
ATCTCAAATCATTATGACAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGACCATAAAAGCTAATTC
GAACAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TGTGTTTATCGAATCAGATCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT
AACCTATTGTTTAGTCACAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTACTTGGAAG
Found at i:183850 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 183312--186091 Score: 1696
Period size: 181 Copynumber: 15.6 Consensus size: 178
183302 AGATCCAAAA
* *
183312 AAAAAAT-ATCTGTTTACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
1 AAAAAATAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
183376 AATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT-TCATTCATATAAGTTTATTCAGAA
65 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAA
** * *
183440 TAAAATAATA-TAAAATTAAAAATATTCTAAAAA-TCATAACTAAGAGATTT
129 TAAAATAATACT--AATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * *
183490 AAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATGAAGAATTATCTATTT
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * * **
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* * * * ** *
183617 TAATAAACTAAAACTAATTTTTTAATATT-TCAATATTTTAA-AAGTTAGAGATTT
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* * * * * * *
183671 CAAAAAA-AATTTTATTTACCGAATCAGTTCAAATAATTATAACTCTTTGAACAACTATATATTT
1 -AAAAAATAA-TCTGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
183735 GAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAA
63 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * *
183800 ATAGAATAATACTAATCTAATAAGATTCTGACAATTAATAACTAAGAGATTT
128 ATAAAATAATACTAAT-TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ***
183852 AAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCACTTCAAATAGTTA-AGGA-TGCATGAACAATTATCTATT
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATA--ACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
183915 TCAAATTTGTTATGGCCTTTTATTTTGT-ATTAAAACAA-T-TTTCAACTCTTACTAA-CCTATT
62 TCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATT
* * * * * * *
183976 CAAAATAAAATAAAACAAATTTACTAAT-TTTTCAAAAACTATTAAGTAAGGGATTT
124 CAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * * * *
184032 -AAAAATAATTATGTTTGTCAAACAATTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTCTCTATTTCA
1 AAAAAATAA-TCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
184096 AATCGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-----T
65 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
** * *
184156 GGAATAA-AATAA-TATT-A-ATT-T-ATAA-T--TAA-TAAGAGATTT
130 AAAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
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1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
184260 AAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATA-TAGTCTTATTCGAA
64 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAA
* * * *
184324 ATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AGGATTT
128 ATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT
* * * ** * * * * * *
184376 AGAAAATGTATTTGTTGGCCTGACCAGTTTAAACAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTC
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * *
184441 AAATGGTTATGACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAACCTTATTCATAA
64 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * *
184506 TAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTT
129 TAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * *
184557 AAAAAATGAATCTGTTTATTGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT-TGGTT
1 AAAAAAT-AATCTGTTTA-CCAA-ACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCT-ATT
* * * * * * *
184620 T-AAATCGTTATGA-CTTTTTTTTTGTGATGAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGA
62 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * * *
184683 ATTAAAATAAAATTAATTGATTAATATT-TCGACAATTAATAAGTAAAAGATTTT
127 AATAAAATAATACTAATT-ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT
* * * * * *
184737 AAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTAACTATTTC
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * **
184802 AAATCGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAGGCTTATTTGAA
64 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAA
* *
184865 ATAAAAT-A-AC---TTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGTTTT
128 ATAAAATAATACTAATTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
184911 AAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAACTGTTTC
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
184976 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGTTTATTTC-GA
64 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAA
* * * *
185040 ATAAAATAATA-TAAATTGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA-AAATTT
128 ATAAAATAATACT-AATT-ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
185091 TAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
185156 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAA
64 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * *
185221 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAATTAAAAGATTT
129 TAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
185272 AAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAGATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTC
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
185337 AAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAA
64 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * *
185402 TAAAATAATACTAATT-TGTACTAATT-TATTAATATTCAAAAAATTAGTTGAAAATTT
129 TAAAATAATACTAATTAT-TAAT-ATTCTA--AAAATT--AATAAGTA--AG-AGATTT
* * ** * * ** * * * * * * *
185459 AAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCACTTAAACTATTACCAATTTT
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * ** * ** * *
185524 AAATTATTACGACATTTTGTTTTGTCGCAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA
64 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAA
185589 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
129 TAAAATAATACTAA-TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *** * * * *
185636 AAAAACTAAATCT-ATTATTGGATC-GATTCAAAT-GTTATAATTATTTGAACAATTATTTATCT
1 AAAAAAT-AATCTGTTTA-CCAAACAG-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ***
185698 CAAATTGGTATGA-TTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGA
63 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * ** *
185762 GT-AAATATTGCTAAACTAACAATATTCT-AAAA--ACTAA-TAAGAGATTT
128 ATAAAATAATACT-AATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* *** * * *
185809 AAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAATTCAAATAGTTA-AGATTATTAGAACAATTATCTATTT
1 AAAAAAT-AATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
185873 CAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAA
63 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAA
* * * * *
185937 AATAAAATAATACTATTTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTT
127 AATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTT
* * * *
185990 ATAAAA-AAT-T-TACTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
1 AAAAAATAATCTGT-TTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
186052 AAATTGTTATGGCCTTTTG-CTTATCATAAATCAATTGTTT
64 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
186092 ATTAAATAAT
Statistics
Matches: 2021, Mismatches: 453, Indels: 257
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 9 0.00
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167 3 0.00
169 1 0.00
170 8 0.00
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ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
AAATAATACTAATTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
Found at i:185066 original size:535 final size:538
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183317 ATATCTGTTT
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183327 ACCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
1 ACCAAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * ** *
183392 TG-TTCTATCATAAAACAATTATT-TTCATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATAAAA
66 TGCTT-TGTCACAAAACAATTGTTCCT-ATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCAAA
** * * * * * * * *
183455 TT-AAAAATATTCTAAAAA-TCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC-AAACCAG
128 TTGACTAATATTCCAAAAATTAATAA-GAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAG
* * * * * ** ** *
183517 TTCAAACAGTTAAGACTATATGAAGAATTATCTATTTTGAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
191 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** ** * ** * * *** * ** *
183582 TAAAGAAATTATTTC-AGCTCATCCAAGTTTGTTGGTAATAAACTAAAACTAATTTTTTAATATT
256 TAAACCAATTGCTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAAAATT
** * * * * * * *
183646 TCAATATTTTAA-AAGTTAGAGATTTCAAAAAA-AATTTTATTTACCGAATC-AGTTCAAATAAT
320 TCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
183708 TATAACTCTTTGAACAACTATATATTTGAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
382 TATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATT
* * * * * * * * *
183773 ATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCCAAATAGAATAA-T-ACTAATCTAATAAGATTCTGACAAT
446 GTTTC-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATA-AAGAACTAACTTAT-TAAT-A-TTTC-AAAAAT
* * * *
183835 TAATAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
505 TAATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATGAATCT-ATTG
* * * * * *** * ** *
183870 -CCAAACCACTTCAAATAGTTA-AGGA-TGCATGAACAATTATCTATTTCAAATTTGTTATGGCC
1 ACCAAACAAGTTTAAACAATTATA--ACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAA-TCATTATGACC
** * * * * * **
183932 TTTTATTTTGT-ATTAAAACAATT-TT-CAACTCTTACTAACC-TATTCAAAATAAAATAAAACA
63 TTTTGCTTTGTCA-CAAAACAATTGTTCCTATTCATAC-AACCTTATTCAGAATAAAATAATTCA
* * * * * *** *
183993 AATTTACTAATTTTTCAAAAACTATTAAGTAAGGGATTT-AAAAAT-AAT-TATGTTTGTCAAAC
126 AATTGACTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATCTAT-TTTCT-AAAC
* * * * * *
184055 AA-TTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTCTCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTG
188 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * **
184119 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-----TGGAATAAAA-TAA-T-ATT--AA
253 TCATAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAAAA
* * * *
184174 TTT--ATAATTAATAAG----AGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTT
318 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
184233 ATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
383 ATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTG
* * * **
184298 TTTCTGTTCATATAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
447 TTTCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAG-AA--CTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
184363 AAGTAAAGGATTTAGAAAATGTATTTGTTG
509 AAGTAAAGGATTTAAAAAATGAATCTATTG
* ** * * * **
184393 GCCTGACCAGTTTAAACAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTT
1 ACCAAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* ** * * * *
184458 TGCTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAACCTTATTCATAATAACATAATTCTAATTT
66 TGCTTTGTCACAAAACAATTGTTCCTATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATTCAAATTG
* * * * * *
184523 ATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTAAAAAATGAATCTGTTTAT-TGAATAAGTTC
131 ACTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACAAGTTC
* * * *
184587 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT-TGGTTT-AAATCGTTATGA-CTTTTTTTTTGTGATG
194 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * * * * * *
184649 AAA-CAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAAAATTAATTGATTAATATTTC
257 AAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAAAATTTC
* * * * * *
184713 GACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATA
322 AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA
** *
184778 ACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTATT
386 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGT-TT
* *
184843 -AGTTCATATAGGCTTATTTGAAAT-AA-AA-TAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGT-A
450 CAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAGAACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* *
184903 AGAGTTTTAAAAAATGAATCTATTT
515 AG-GATTTAAAAAATGAATCTATTG
* * * * *
184928 ACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAACTGTTTCAAATCATTATGACTTTT
1 ACCAAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * **
184993 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGTTTATTTC-GAATAAAATAATAT-AAAT
66 TGCTTTGTCACAAAACAATTGTTCCTATTCATACAACCTTA-TTCAGAATAAAATAAT-TCAAAT
* * * *
185056 TGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATGTTC
129 TGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTC
* *
185121 AAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
194 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
185186 ACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAA
259 ACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAAAATTTCAA
* * * * *
185251 AAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAGATAGTTATGACT
324 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
185316 ATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTA
389 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTC-A
* * * * *
185381 -TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
452 GTTCATATAGGCTTATTCGAAAT-AAA-GA-ACT-A-----AC----TTATTAATATTTC-AAAA
* * * * *
185444 ATTAGT-TG-AAA--ATTTAAAAAATAAATTTATTT
503 ATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATGAATCTATTG
** * * * ** * * * * * * * * * *
185476 ACTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCACTTAAACTATTACCAATTTTAAATTATTACGACATTT
1 ACCAAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * ** * * * *
185541 TGTTTTGTCGCAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
66 TGCTTTGTCACAAAACAATTGTTCCTATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATTCAAATTG
* * * * ** * *
185606 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTATT-GGATCGA-TTCA
131 ACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATT-TTCTAAACAAGTTCA
* * * * * *** * *
185666 AAT-GTTATAATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTGGTATGA-TTTTTGTTTTATCATAAA
195 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *** * *** *
185729 ACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTTGGAGT-AAATATTGCTAA---ACTAACAATATTC
260 CCAATTGCTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAA-AAT-TTC
* * ***
185789 TAAAAACTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAA-TTCAAATAGTTA-
322 -AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
185848 AGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGT
385 A-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGT
* * * * ** * *
185913 TTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TCCAAAAAATTAAT
448 TTCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAAT-AAA-GA-ACTAACTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * *
185977 AAG-CAAGGAATTTATAAAA--AATTTACT-
509 AAGTAAAGG-ATTTAAAAAATGAATCTATTG
* * * * * * ** *
186004 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTT
1 ACCAAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
186069 TGC-TTATCATAAATCAATTG----------T------TTATT-A-AAT--AAT-ATT--ACTTT
66 TGCTTTGTCACAAAACAATTGTTCCTATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATTCAAATTG
* * * * *** * * * * * * *
186110 ATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGACATCTAAAAAATAAATCAGATTATCGAATCAA-CTC
131 ACTAATATTCCAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATC-TATTTTCTAAACAAGTTC
* * * * * * *
186174 AAGTAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAAACATTATGAACTTTTGTTTTGTCATCA
194 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
* * * *
186239 AA-CAA--GC--CTATT--T----G--------GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
258 AACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAAAATTTCA
* ** ** * *
186285 AAAAATAATAAGTAGGAGA--T------T--ATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
323 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * * * * *
186340 TATTTAAATAATTATATATTTCAAGTCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-ATTGA
388 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
* * * * ** *
186404 TGTTCATACCA-GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TATAACAATATTAT-GAAAATTAATA
452 -GTTCATA-TAGGCTTATTCGAAAT-AAA-GA-ACTAACT-TATTAATATT-TCAAAAATTAATA
** * * *
186466 TCT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
510 AGTAAAG-GATTTAAAAAATGAATCT-ATTG
*** ** * * * * * * *
186496 -TTGAACCGGTTCAAATAGTTA-AGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTT
1 ACCAAACAAGTTTAAACAATTATA-ACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTT
* ** * * ** * * * ** * * **
186559 TTTCTTT-TCTTGTAAAATAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATTTTAA
65 TTGCTTTGTC--ACAAAACAATTGTTCCTATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATTCAAA
* * *** * * * * *
186623 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAA-T
128 TTGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAAC-AAGT
* * * * * * * ** *
186684 TCAATTAGTTATAACAATTTTAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCGT
192 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * ** ** * *
186749 AAAATAATTG-TCTCTATTGATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TT
257 AAACCAATTGCT-TCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAAAATTT
* * ** *** ** *
186812 CTAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAAGT-TGTTGGCTTGATTAGTGT-AAATTGTT
321 C-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTT
* ** * * * *
186875 ATGACTGCTTGAA-ATATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATT
383 ATAACTATTTGAATA-ATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATT
* * * * * * * *
186939 ATTTC-TTTCATCTAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAACA-TTCAAAAAGTTA
446 GTTTCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAA-AGAA--CTAACTTATTAATATTTCAAAAA-TTA
* * * * *
187002 ATAAAT-AAGTGATTTAAAAATTGAATTTGTTT
507 ATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATGAATCTATTG
* * * * * * ** *
187034 ATCGAACAAGTTGT-AATAGTTATGACTATTTGAACAATT-CCTTATTTCAAATCGCTATAACCT
1 ACCAAACAAGTT-TAAACAATTATAACTATTTGAACAATTAAC-TATTTCAAATCATTATGACCT
* ** ** * * * **
187097 TTTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCC-TATTTCA-ATTAAAATAATGAAA
64 TTTGCTTTGTCACAAAACAATTGTTCCTATTCATACAA-CCTTA-TTCAGAATAAAATAAT-TCA
* * * * * *
187160 AATT-ATTAATATT-CATACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAAT
126 AATTGACTAATATTCCA-AAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAAAC
* * **
187222 AAGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAAAACAATTGT
188 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC----C------
* * * * * * * * *
187287 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-ATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAA
243 TTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAA
* * ** * ** *
187351 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT
308 TTGATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGT
** * **
187416 TCAAATAGGCATAACTATTTGAATAGTTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCAT
373 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-ATCAT
* * * * * * *
187481 AAAGCAATTGTATCAATTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-TTC
437 AAAACAATTGTTTCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAAT-AAA-GA-ACTAACTTATTAATATTTC
* * * * *
187545 TAAAAATTAATGAGT-AAGAGAATTAAAAAATGATTATATTT
499 -AAAAATTAATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATGAATCTATTG
** * * * * * ** **
187586 TTCAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
1 ACCAAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** *
187651 TGTTTTTGTCATAAAACAACTACTT-CTGTTCAT---A-C----T--GAATAAAATAATAT-AAA
66 TG-CTTTGTCACAAAACAA-TTGTTCCTATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCAAA
* * * * *
187704 CTT-ATTAATATTCTAGAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAATAAATCTACTTTCTAAACACA-
128 -TTGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACA-AG
* * * *
187767 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTATTTTGTC
191 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * ** * * *
187831 ATAATCCAACTGTTTCTATTCATGCAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
255 ATAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAAAATT
* * * *** **
187896 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAGTAAGTTCAAATAGTTAT
320 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
187961 CACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
385 AACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTT
188026 TC
449 TC
188028 TATTTATAAA
Statistics
Matches: 3214, Mismatches: 694, Indels: 510
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
487 6 0.00
488 120 0.04
489 7 0.00
490 6 0.00
491 56 0.02
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493 11 0.00
494 22 0.01
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496 3 0.00
497 4 0.00
498 3 0.00
503 1 0.00
504 26 0.01
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507 8 0.00
508 16 0.00
509 21 0.01
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518 1 0.00
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539 121 0.04
540 165 0.05
541 114 0.04
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554 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
ACCAAACAAGTTTAAACAATTATAACTATTTGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACCTTT
TGCTTTGTCACAAAACAATTGTTCCTATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATTCAAATTG
ACTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAC
CAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTGATTAAAATTTCAAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
TTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
ATATAGGCTTATTCGAAATAAAGAACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGGATT
TAAAAAATGAATCTATTG
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Alignment explanation
Indices: 184182--188037 Score: 2390
Period size: 361 Copynumber: 10.9 Consensus size: 356
184172 AATTTATAAT
* * * * * *
184182 TAATAAGAGATTTAGAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAAT
1 TAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
184247 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATA-T
66 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *** *
184311 AGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTT
131 AG-CTTATTCG-AATAAAATAAT-ATAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AATTT
* ** * ** * * * * * * *
184376 AGAAAATGTATTTGTTGGCCTGACCAGTTTAAACAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTC
191 AAAAAATAAATTTATT-TTCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * ** * * *
184441 AAATGGTTATGACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAACCTTATTCATAA
255 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAA
* * * *
184506 TAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAG
320 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *** * *
184543 TAAGTAAAAAATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
1 TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
184608 CAATTAT-TGGTTT-AAATCGTTATGACTTTTT-TTTTGTGATGAAACAATTGTTTTTGTTCATA
65 CAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * *
184670 CAAGTTTATTCGAATTAAAATAAAATTAATTGATTAATATTTCGACAATTAATAAGTAAAAGATT
129 CAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATA-TAATT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-A-T
* * * * *
184735 TTAAAAAATAAATATATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTAACTAT
189 TTAAAAAATAAATTTATTT-TCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
184799 TTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATATAGGCTTATTT
252 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTC
*
184862 GAAATAAAAT-A-AC----TTATTAATATTTCAAAAATTAA
316 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
184897 TGAGTAAGAGTTTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 T-AATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
184962 CAATTAACTGTTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCTATTCATAC
65 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
185027 AAGTTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTT
130 AAGCTTA-TTCGAATAAAATAATAT-AATT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
*
185092 AAAAATAAATTTATTTTCTAAACATGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
192 AAAAATAAATTTATTTTCTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* *
185157 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGCTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT
256 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT
*
185222 AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAA
321 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
185258 TAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAGATAGTTATGACTATTTAAA
1 TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
185323 CAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCATA
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* * * *
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129 CAAGCTTATTC-GAAT---A-AA-A-TAA----TA-TAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * *
185450 -TGAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCACTTAAACTAT
181 GTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * ** *
185514 TACCAATTTTAAATTATTACGACATTTTGTTTTGTCGCAAAAGAATTGTTTCTATTCATACAAA-
245 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAG
* * *
185578 ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--
309 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *** * * * *
185623 TAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCT-ATTATTGGATCGA-TTCAAAT-GTTATAATTATTTGAA
1 TAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
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65 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * ** * * *
185749 AAACTTATTTGGAGT-AAATATTGCTAAACTAACAATATTCTAAAAACTAATAAG---AGATTTA
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* * * * * * *
185810 AAAAATAAATGTGTTTGT-GAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTC
192 AAAAATAAATTTATTT-TCTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * *
185874 AAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACATGCTTATTCAAA
255 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAA
* * *
185938 ATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TCCAAAAAATTAA
319 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
** * * *
185976 TAAGCAAGGAATTT-ATAAA-AAAT-T-TACTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
1 TAATAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * *
186037 ACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTG-CTTATCATAAATCAATTG-TT-TA-T--T-
64 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * ** * *
186095 -AA----A-T--AAT---AT--TACT--TTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGACATCTA
129 CAAGCTTATTCGAATAAAATAATA-TAATTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTA
** * * * ** * * * *
186145 AAAAATAAATCAGATTATCGAATCAACTCAAGTAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTAATTCA
192 AAAAATAAAT-TTATTTTCTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * **
186210 AAACATTATGAACTTTTGTTTTGTCATCAAACAA--G---C----C-T---A---T-TT-GGAAT
256 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAAT
186257 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA--AA
321 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
** * * ** * * *
186290 TAAT--AAG---TAGGAGAT-TATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAAT
1 TAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * ** * *
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66 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* ** *** ** *
186414 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAACAATATTATGAAAATTAATATCTAAGAGATTTA
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* * * * * *
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* * * ** * * * * * * * *
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** **
186608 ATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--
319 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
186643 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAA-TTCAATTAGTTATAACAATTTTAA
1 TAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * ** * * * *
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* * * *
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130 AAGCTTATTC-GAATAAAATAAT-ATAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
* * * ** * ** * ** *
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* * * ** **
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* * *
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** * * * * * **
187003 TAAATAAGTGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCGAACAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAA
1 T-AATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * ** *
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* * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * ** *
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306 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
** * ** *
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1 TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * ** * * * * *
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* * *
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* * *
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190 TAAAAAATAAATT-TATTTTCT-AAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * ** * * *
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252 TTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC
* *
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316 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * *
187727 TAAGAAAAAATTTTAAAAATAAATCTACTTT-CTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
1 TAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * *
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* *
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129 CAAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-TAA-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATT
* *
187920 TAAAAAAT-AATTCTATTTAT-TGAGTA-AGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTAAT-T
190 TAAAAAATAAATT-TATTT-TCT-A-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCT
* * *
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250 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAA
188038 TATTCTAAAA
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TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
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Alignment explanation
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* ** *
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** ** * * * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * *
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* * *** * *
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185951 A
64 A
185952 TTTTATTAAC
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Consensus pattern (176 bp):
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ACTAACAATATTTCAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTATTGAACCAATTCAAA
TAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGACT
Found at i:186026 original size:896 final size:889
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Indices: 184192--188031 Score: 1929
Period size: 896 Copynumber: 4.3 Consensus size: 889
184182 TAATAAGAGA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * * * * *
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* **
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260 ACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAACCTTATTCATAATAACATAATTC
* * * * *
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* * * *** * * *
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* * ** * *
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453 -GAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAGAATTAAAATAAAACTAATTGATTAATATTT
* *
184712 CGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAAT
517 CAAAAATTAATAAG---AAGATTTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAAT
* * *
184777 AACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTAT
579 AACTATTTGAACAATTAACTATCTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTAT
* ** * * * *
184842 TAGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAG
644 TAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAACTAACTAAAATTTCAAAAACTAA-GAGTAAGAG
* * * * * *
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708 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAACTA
* *
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* *
185037 CGAATAAAATAATATAAATTGACTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAAT
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* * * * *
185089 TTTAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATGTTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TTTAAAAATAAATTTATCTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** *
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*
185218 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
130 AAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
185283 CTGTTTACC-GAGCAAGTTCAGATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
195 CTGTTGACCTGA-CAAGTTCAAACAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * ** *
185347 GATCTTTTGTTTTGTGATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA
259 GACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAACCTTATTC---AT--AATAACA
* *
185412 CTAATTTGTACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGT-T-GAAAATTTAAAAAATAAATTTATT
319 -TAA--T-T-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGTATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * *
185475 TACTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCACTTAAACTATTACCAATTTTAAATTATTACGACATT
379 TACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCACTTAAACAATTA-CAAGTTTAAATCATTACGAC-TT
* *
185540 TTGTTTTGTCGCA-AAAGAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAA-TAAAATAATACTAA
442 TTGTTTTGT-G-AGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAGAATTAAAATAAAACTAA
* * * ** * *
185603 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGA-TTTAAAAACTAAATCTA-TTATTGGATCGA-TT
504 TTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAAACAAGTT
* * ** * * *
185664 CAAAT-GTTATAATTATTTGAACAATTATTTATCTCAAATTGGTATGA-TTTTTGTTTTATCATA
568 CAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTAACTATCTCAAATCGGTATAACCTTTTG-TTTATCATA
* * * **
185727 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTTGGAGTAAATATTGCTAAACTAACAATATTCTA
632 AAACAATTGTAT-TAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAA-ATAACT-AACTAA-AAT-TTC-A
* * *** *
185791 AAAACT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAT
691 AAAACTAAGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* ** * * * *
185852 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTC-
755 TATTAGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCCT
* * * *
185916 AGTTCATACATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-ATTTTATTAACA-TCCAAAAAATTAATA
820 A-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTGACTAACATTCC-AAAAATTAATA
*
185978 AGCAAGGAA-
881 AGCAA-AAAT
*
185987 TTTATAAA-AAATTTA-CTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TTTAAAAATAAATTTATCTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
186050 TAAAATTGTTATGGCCTTTTG-CTTATCATAAATCAATTG-TT-TA-T--T-AA-----A-T---
66 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATAAAGTCTTATTCAA
* * * *** * *
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131 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * ** * * * * *
186156 AGATT-ATC-GAATCAA-CTCAAGTAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTAATTCAAAACATTA
196 TG-TTGACCTG-A-CAAGTTCAAACAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** **
186218 TGAACTTTTGTTTTGTCATC-AAAC-A--A-GCCTATT--TGGAA---TA---A-AAT-A-AT-A
258 TGACCTTTTGCTTTGTCA-CAAAACAATTATTTCTATTCATACAACCTTATTCATAATAACATAA
* ** * * *
186266 --CTAATTTATTAATATTTCAAAAAA-TA--AT----AA-GTAGGAGAT-TATCTGTTTACTGAA
322 TTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAGTATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
* * * * * * * ** *
186320 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATATA-TTTCAAGTCATTATAACTTTTTATTT
386 CAAGTTCAAATAGTCATGACCACTTAAACAATTACA-AGTTT-AAATCATTACGAC-TTTTGTTT
* * * ** * * ** * * **
186384 TGTCATAAAACAATTATTGATGTTCATACCAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATAT-AAC
448 TGTGA-GAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAGAATTAAAATAAAACTAAT-TGATT
* ** * * * * ** **
186447 AATATTAT-GAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCGGTTCAAA
510 AATATT-TCAAAAATTAATA-AGAAGA-TTTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAA
* * * ** * * *
186511 TAGT--TAAGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTT-TCTTTTCTTGTA
572 TAGTAATAA--CTATTTGAACAATTAACTATCTCAAATCGGTATAACCTTTTGT-TTATC--ATA
* * * * * * ** * ** * * **
186573 AAATAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTG
632 AAACAATTGTATTAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAATAA--CTAA-CTA--AA-ATTTCA
* * * *
186638 AAAA-TTA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAA-TTCAATTAGTTATA-A
691 AAAACTAAGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTA-AGA
* ** * * ** ** * * *
186698 CAATTTTAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCGTAAAATAATTG-TCT
754 CTATTAGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTC-
* * * * * * * *
186762 CTATTGATACAATCTTA-TTCGGAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
818 CTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT-ATAAATTGACTAACATTCCAAAAATTAATA
* *
186825 AGTAATAGAT
881 AGCAA-AAAT
* * * * * *** ** * ** *
186835 TTAAAAAATGAAGTTGT-TGGCTTGATTAGTGT-AAATTGTTATGACTGCTTGAA-ATATTATTT
1 TTTAAAAATAAATTTATCT-ACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCT
** * * ** *
186897 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTATTTCT-TTCATCTAAG-CTTAT
63 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCAT-AAAGTCTTAT
** * * * * ** *
186960 TTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAACA-TTCAAAAAGTTAATAAATAAGTGATTTAAAAATT
127 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * ** * * * * *
187024 GAATTTGTTTATC-GAACAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-CCTTATTTCAAATC
191 AAATCTGTTGACCTG-ACAAGTTCAAACAATTATAACTATTTAAACAATTATC-TATTTCAAATC
* * * ** ** * *
187087 GCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCC-TATTTCA-ATTAA
254 GTTATGACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAA-CCTTA-TTCATAATAA
* *** * * * * * *
187150 AATAATGAAAAATTATTAATATTCATACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
317 CATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGT-A-TAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * ** * *
187215 A-TCGAATAAGTTCAAATAG-CTATGACTATTTAAACAATTATTTA-TTTCAAATTGTTATGACA
380 ACT-GAACAAGTTCAAATAGTC-ATGACCACTTAAACAATTA-CAAGTTT-AAA---TCATTAC-
* * * * * ** *
187277 AAACAATTGTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-ATACAAGCTTATTCGAATTAAA
437 -GAC------TTTTGTTTTGTGA-GAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAGAATTAAA
* * * ** * * *
187341 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTT-CAAAATAAATATGTTT
494 ATAAAACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAGATTTTAAAAAATAAATATATTT
* ** * * * * * * *
187405 ACCAAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAGTTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTT
556 ATCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACAATTAACTATCTCAAATCGGTATAACCTTT
* * * * * * **
187470 TGTTTCATCATAAAGCAATTGTATCAATTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTT
621 TGTTT-ATCATAAAACAATTGTATTAGTTCATACAAACTTATTTGAAATAAAAT-A-ACTAAC-T
* * * * * * ** *
187535 ATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGATTATATTTTTCAATCAAGTTCA
682 A-AAAT-TTC-AAAAACTAA-GAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
* * ** ** * *
187600 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTCATAA
743 AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTAGTCATAA
** * * * * *
187665 AACAACTACTT-CTGTTCAT---A-C-----T-GAATAAAATAATATAAACTT-ATTAATATTCT
807 AACAA-TTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAA-TTGACTAACATTCC
* *
187718 AGAAATTAATAAGAAAAAAT
870 AAAAATTAATAAGCAAAAAT
* * * *
187738 TTTAAAAATAAATCTA-CTTTCTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 TTTAAAAATAAATTTATC-TACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * ** * * * *
187801 TTTCAAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAATCCAACTGTTTCTATTCATGCAAG-CATATT
64 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCAT-AAAGTCTTATT
** * *
187865 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
128 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
187930 TTCTATTTA-TTGAGTAAGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTAAT-TATTTCAAATAGT
193 ATCTGTTGACCTGA-CAAGTTCAAACAATTATAACTATTTAAACAATT-ATCTATTTCAAATCGT
* * * * *
187993 TATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
256 TATGACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATT
188032 TATAAATATT
Statistics
Matches: 2263, Mismatches: 497, Indels: 359
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Matches are distributed among these distances:
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916 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (889 bp):
TTTAAAAATAAATTTATCTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATAAAGTCTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTGACCTGACAAGTTCAAACAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
CCTTTTGCTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAACCTTATTCATAATAACATAATTCT
AATTTATTAATATTCAAAAAATTAGTATAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGT
TCAAATAGTCATGACCACTTAAACAATTACAAGTTTAAATCATTACGACTTTTGTTTTGTGAGAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAGAATTAAAATAAAACTAATTGATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGAAGATTTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATT
TGAACAATTAACTATCTCAAATCGGTATAACCTTTTGTTTATCATAAAACAATTGTATTAGTTCA
TACAAACTTATTTGAAATAAAATAACTAACTAAAATTTCAAAAACTAAGAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAACTATTTCAAAT
CATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAA
ATAATATAAATTGACTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAAT
Found at i:186733 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 186468--186826 Score: 389
Period size: 177 Copynumber: 2.0 Consensus size: 177
186458 AATTAATATC
**** ** * *
186468 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCGGTTCAAATAGTTAAGGCTATTTGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACAATTTGAATAAT
* ** * * * * * *
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* ** * *
186598 T-TTGTTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAA
129 TCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* * * *
186646 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAATTCAATTAGTTATA-ACAATTTTAATAG
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGACAATTTGAATAA
* * * *
186710 TTATTTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTCTCTATTGATACAAT
65 TTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTCTTTTCTCGTAAAATAAATGTCTCTATTGATACAAT
**
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130 CTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
186823 TAAG
1 TAAG
186827 TAATAGATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (177 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACAATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTCTTTTCTCGTAAAATAAATGTCTCTATTGATACAATC
TTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
Found at i:187081 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 186328--188031 Score: 957
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 179
186318 AACCAGTTCA
* * * * * * *
186328 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATATATTTCAAGTCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * * * * * **
186393 ACAATTATTGATGTTCATACCAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAACAATATT-ATGA
66 ATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCA--A
** * * * * *** **
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129 AAATTAATAAGTAA-TGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGAATAAGTTGT
* * * * * * * **
186509 AATAGTTAAGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTTCTTTTCTTGTAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * ** ** **
186574 AATAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGA
65 AATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA-TTCAA
* * * *
186639 AAATTAATAAG--A-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAA-TT-C
129 AAATTAATAAGTAATGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGAA-TAAGTTGT
* * * * * ** *
186686 AATTAGTTATAACAATTTTAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCGTAA
1 AA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
186751 AATAATTGTCTCTATTGATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAA
65 AATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC-AA
* ** * *
186816 AAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAAGTTGTTGGCTTG-ATTAG-TGT
129 AAATTAATAAGTAAT-GATTTAAAAAATGAATTTGTT-TATCGAATAAGTTGT
* ** *
186867 AAATTGTTATGACTGCTTGAA-ATATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 -AATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
186931 AAATAATTATTTCT-TTCAT-CTAAGCTTATTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAACATTCA
64 AAATAATTATTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCA
* * *
186994 AAAAGTTAATAAATAAGTGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCGAACAAGTTGT
128 AAAA-TTAATAAGTAA-TGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGAATAAGTTGT
** ** * *
187048 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTCCTTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * ** * *
187113 ATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATGAAAAATTATTAATATTCATAC
66 ATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCA-AA
* * * * * **
187178 AACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCA
130 AATTAATAAGT-AATGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGAATAAGTTGT
* * **
187229 AATAGCTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAAAACAATTGTTTTTGTT
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC----C------TTTTGTT
* * * * * * **
187294 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT-ATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTA
56 TTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTA
** * * ** * * * * * **
187358 ATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTCAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCA
121 ATA-TTCAAAAATTAATAAGT-AATGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGAATAAGTTGT
** * * * ** * **
187419 AATAGGCATAACTATTTGAATAGTTATCCATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * * * ** * *
187484 GCAATTGTATCAATTTATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAA
66 ATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTC-AAA
* * * * * **
187549 AATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATG-ATTATATTTTTC-AATCAAGTTCA
130 AATTAATAAGTAA-TGATTTAAAAAATGAATT-TGTTTATCGAAT-AAGTTGT
* * **
187600 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAA
* * * * * *
187665 AACAACTACTTCTGTTCAT---A-C-----TG-AATAAAATAAT-ATAAACTTATTAATATTCTA
65 AATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTC-A
* * ** * * * ** * * **
187719 GAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAATAAATCTACTT-TCTAA-ACACATTCA
128 AAAATTAATAAGTAATGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGAATA-A-GTTGT
* * * *
187771 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
*** * * * * *
187835 TCCAACTGTTTCTATTCATGCAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
65 AATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-CAA
* * * * **
187900 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTATTGAGTAAGTTCA
129 AAATTAATAAGT-AATGATTTAAAAAATGAATT-TGTTTATCGAATAAGTTGT
* * * *
187952 AATAGTTATCACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAAT-AGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
188016 AACAATTGTTTCTATT
65 AATAATTATTTCTATT
188032 TATAAATATT
Statistics
Matches: 1193, Mismatches: 266, Indels: 128
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 28 0.02
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174 1 0.00
176 2 0.00
177 72 0.06
178 64 0.05
179 12 0.01
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185 1 0.00
186 1 0.00
190 118 0.10
191 28 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCAAAA
ATTAATAAGTAATGATTTAAAAAATGAATTTGTTTATCGAATAAGTTGT
Found at i:187797 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 187767--187818 Score: 65
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
187757 TCTAAACACA
187767 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTATGACTAT
* *
187786 TT-GAATAATTAT--CTAT
1 TTCAAATAGTTATGACTAT
187802 TTCAAATAGTTATGACT
1 TTCAAATAGTTATGACT
187819 TTTTATTTTG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 6
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 8 0.31
18 8 0.31
19 4 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGACTAT
Found at i:188155 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 187883--188177 Score: 333
Period size: 146 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
187873 AATAATACTA
* * * * * *
187883 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATTGAGTAAG
1 ATTTATAAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAGCAAG
* * * * ** *
187948 TTCAAATAGTTATCACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCA
66 TTCAAATAGTCATCACCATTTGAACAATTAATTATTTCAAATAGTTATGACCTCCTATTTTGTCA
*
188013 TAAAACAATTGTTTCT
131 TAAAACAATTATTTCT
* * ** *
188029 ATTTATAAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAGCAAG
1 ATTTATAAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAGCAAG
* ** * *
188094 TTCAATTAGTCATGTCCATTTGAAGAATT-ATCTATTTCCAATCA-TTATGACCTCCTATTTTGT
66 TTCAAATAGTCATCACCATTTGAACAATTAAT-TATTTCAAAT-AGTTATGACCTCCTATTTTGT
*
188157 CATAAAACAATTATTTTT
129 CATAAAACAATTATTTCT
188175 ATT
1 ATT
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TTCAAATAGTCATCACCATTTGAACAATTAATTATTTCAAATAGTTATGACCTCCTATTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCT
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188957 GCCTAGCAAG
* * *
188967 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTCTTGTTTTAACA
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* * * ** * ** *
189032 TAAAACTTATGTTTCTATACGTACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
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* * * * * *
189097 TAAAAATTAAT-AAGAGATTTACAAACTAAATCTCCTTACCGAACTAA
131 TAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACCAAACCAA
* * **
189144 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCACTATAAT-TTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCACTATAATCTCTTGTTTTAACA
** * * *
189208 TAAAAA-TATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATT
66 TAAAAATTA-TATTTCTATACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATT
* *
189272 TTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAACCAA
130 TTAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACCAAACCAA
* * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
189368 TTATGACCTT
Statistics
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TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCACTATAATCTCTTGTTTTAACA
TAAAAATTATATTTCTATACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAAATAATAATATTT
TAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACCAAACCAA
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189368 TTATGACCTT
* * * *
189378 TTGTTTAATCATAATATAATTGTTTCAGTTCATACATATTTATTTGAAATAGAATAATAATATTT
1 TTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATATTTATTCGAAATAAAATAATAATACTT
*
189443 TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAA
66 TATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTT-AAAAATAAAT-TAGTTTATCAAACAA
* *
189505 TTGTTTTATCATAAAATAATTGTCTT-AGTTCATA-ATATCTTA-TCGAACATAAAATAATATTA
1 TTGTTTAATCATAAAATAATTGT-TTCAGTTCATACATAT-TTATTCGAA-ATAAAATAATAATA
* * *** *
189567 CTTTATTAATATTTC-AAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTTAAAAATAAATTAGTTTATC
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189625 GAATCAGTTC
Statistics
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TTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATATTTATTCGAAATAAAATAATAATACTT
TATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGCAAGAAATTTTAAAAATAAATTAGTTTATCAAACAA
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189543 CTTATCGAAC
* * * * ** *
189553 ATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTTAAAAATAAAT-T
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * *
189617 AGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCG-ATAATTATCTATTTCAAACCATTATA
66 -GTTTAT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * *
189681 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCAATTTGAA
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCCTATTTGAA
* * *
189734 ATAAAATACTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTATGAGATTTAAAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * *
189799 CTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTAAACAATTATATATTTCAAATAATTATAAC
66 GTTTA-TGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
189864 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCCTATTTGAA
* * * * *
189915 ATAAAGTAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
*** * * * * * * *
189979 TGTTTGCCAAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATATGAACAATTCTCTATTTCAAATCATTATGA
65 TGTTT-ATGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * * * *
190044 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATCATATAAG--TTTGTTAAGA
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCCTAT-TTGA-A
* * ** *
190096 ATAAAATGATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * *
190157 ATGTA-GAACTAGTTCAATTAATTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACC
66 GTTTATGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * *
190221 ATTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTCT-ATTGATACAATCTTATCT-AGA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGA-TCATACAAGCCTATTTGA-A
* * * *
190270 ATAAAGT-A-A--AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGCAATG-GGTTTAAAAAATGAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
190329 TTGTTGGCATG-ATCGGTACAAATAGTTATAACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
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* * * * * * * * *
190393 GACCTTTTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTTTGTTCATATAAGCCAATTGGGA
127 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCCTATTTGAA
* * * *
190447 ATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* ** * * *
190512 GTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAAC
66 GTTTAT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * *
190577 CTTTTGTTTTGTTATAAAA-TATT-TTTTTCTATTCATATAAG-CT-TGTTCAA
130 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-GA-TCATACAAGCCTAT-TTGAA
* * * * * * *
190627 TTAAAATACTA-TAAATTTTTTAATA-TTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** ** * * * * ** *
190690 CTATTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATG
64 ATGTTTA-TGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
190755 A-CTTTTGTTTTGTCA
128 ACCTTTTGTTTTGTCA
190770 AATAGTCATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
GTTTATGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCCTATTTGAA
Found at i:189860 original size:17 final size:18
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189803 ACTGAACCAG
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*
189832 TT-AAACAATTATA-TAT
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189848 TTCAAATAATTATA
1 TTCAAATAATTATA
189862 ACCTTTTGTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 4
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TTCAAATAATTATATTAT
Found at i:191388 original size:181 final size:180
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Indices: 190767--192212 Score: 1069
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190757 TTTTGTTTTG
* ** * * * *
190767 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTACTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAGTCTTTTATTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * * * * * * * * *
190832 TAATTTTTCGAACACTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGCATGAATAGAAACA
66 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * * * * * *
190897 ATTGGTTTATGATAAAACCAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATATTTGT
130 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * *
190948 TCAAATAGTTATAACTATTT-AAATGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-ATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
191010 AGTAATTTTTGAAACATTAATAAATTTATATTATTTTAT-TCGAAATAAG-TGTCTATGAACAAA
64 ATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCT-G-AATAAGCT-TGTATGAACAAA
* * * *
191073 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-GCAATTTGAAATAGATAATTAT
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* * *** *
191127 TCAAATAG-CTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTCATTTT-CT
1 TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TC-TTTTACT
* ** *
191189 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAA
63 TATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * *
191254 ACAATTGTTTTACGAGAAAACTAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* *
191308 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * ***
191373 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATATGAAATAAGCTTGTATGGGTAGAAAA-
66 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAAC
* * * * * *
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129 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * *** * *
191489 TCAGATATTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTAT
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * **
191554 TAA-CTTTTATAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGCACAAACAAAAA
66 TAATTTTTTA-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* ** * * *
191617 CAATTGTTTTGTGATGAAACTAAAGGTCATAATGATTTG-AATCAAATAATTGT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGT
* * ** * * * **
191670 TCAAATAGTCATAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* ** * *
191734 TTAA-TTTTTAGAACATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAAAC-TGTATGAACAAAA
65 TTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TCTGAAT-AAGCTTGTATGAACAAAA
** ** *
191797 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTAT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * * * *
191851 TCAAATAGTTATAA-TATATTAAAC-TGTTTTAGTAAACAAATTAATTTTTT-AA--TTCT-CTT
1 TCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * *
191910 ATTAA-TTTTCATAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAACAAAA
64 ATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * * * *
191974 ACATTTATTTTATGACAAAAGAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
127 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
* * * ** * * * * * *
192028 TCAAATAGTCATAATTACTTAAAC-TGATTCAGCAATCAAAATTATTTTTCAAATTTTTTTCTGA
1 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * ** * *
192092 TTAATTTTTTAAGTACTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG--T-TA-GAACTAAAAA
65 TTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAA
* * ** * *
192153 -ATTTATTTTACAACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGT
128 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
*
192205 TCATATAG
1 TCAAATAG
192213 CTTTAAATAT
Statistics
Matches: 1018, Mismatches: 207, Indels: 84
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Matches are distributed among these distances:
176 4 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGT
Found at i:191576 original size:362 final size:357
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Indices: 190767--194964 Score: 1234
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190757 TTTTGTTTTG
* * ** * * * * * *
190767 TCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTACTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAGTCTTTTATTTAT
1 TCAAATATTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TATTACTTAT
* * * * * * * * *
190832 TAATTTT-TCGAACACTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGCATGAATAGAAAC
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* * * * * * * * *
190896 AATTGGTTTATGATAAAACCAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTTATA
126 AATTGTTTTATGAGAAAACTAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
190961 ACTATTT-AAATGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTAGTAATTTTTGAA
191 ACTATTTGAACT-TATTCA-ACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAA
* *
191023 ACATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAG-TGTCTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
254 ACATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-GAAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
*
191087 GACAAAACAAAAAGTCAT-GCAATTTGAAATAGATAATTAT
317 GACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * *
191127 TCAAATA-GCTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTCATTTTCTT
1 TCAAATATTC-AT-AATATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-A-TTACTT
* * * *
191190 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAA
62 ATTAATT-TTATAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATCTGAATAAGCTTGCATGAACAAAAA
* * *
191255 CAATTGTTTTACGAGAAAACTAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCAT
125 CAATTGTTTTATGAGAAAACTAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
*
191320 AACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAA
190 AACTATTTGAACTTATTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAA
* ***
191385 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATATGAAATAAGCTTGTATGGGTAGAAAA-AATTGTTTTATG
255 CATTAATAAATTTGTATTATTTTAT-TGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATG
* * *
191449 ACAAAAGAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGT
318 ACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTAT
* *
191489 TCAGATATTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTATTACTTAT
1 TCAAATATTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TATTACTTAT
* * **
191554 TAACTTTTATAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGCACAAACAAAAAC
64 TAA-TTTTATAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATCT-GAATAAGCTTGCATGAACAAAAAC
* * *
191618 AATTGTTTTGTGATG-AAACTAAAGGTCATAATGATTTG-AATCAAATAATTGTTCAAATAGTCA
126 AATTGTTTTATGA-GAAAACTAAAAGTCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * * **
191681 TAACTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAA-TTTTTA
189 TAACTATTTGAACTTATTCAA-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTA
* * * *
191744 GAACATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTG-AATAAAAC-TGTATGAACAAAAACAATTGTTT
253 -AACATTAATAAATTTGTATTATTTTA-T-TGAAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT
* ** *
191807 TATGACAAAACAAATGGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTAT
314 TATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * *
191851 TCAAATAGTT-ATAATATATTAAAC-TGTTTTAGTAAACAAATTAATTTTTT-AATT-CT-CTTA
1 TCAAATA-TTCATAATAT-TTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTATTACTTA
* * * * ***
191911 TTAATTTTCATAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAACAAAAAC
63 TTAATTTT-ATAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGCATGAACAAAAAC
* * * * * * * *
191976 ATTTATTTTATGACAAAA-GAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
126 AATTGTTTTATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * * * * *
192040 AATTACTTAAACTGATTCAGCAATCAAAATTATTTTTCAAATTTTTTTCTGATTAATTTTTTAAG
190 AACTATTTGAACTTATTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAA
* * * * * *
192105 TACTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTG-AATAAG--T-TA-GAACTAAAAA-ATTTATTTTAC
255 CATTAATAAATTTGTATTATTTTA--TTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
192164 AACAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGT
317 GACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * ** * * *
192205 TCATATAGCTTTA-AATATTTGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTG
1 TCAAATA--TTCATAATATTTG--AAC---T-TGTT-TG-GTAAAC--AAA-T--TTAT-TTTTT
* * * * ***
192269 AAA-TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGTACTGGTTCGGTAAATAGAATTATTTTCT
50 AAATTA-TTACTTATT--AAT-TTTATAA-TA--T-TAATAAAT---T-AAT---ATTA-TTT-T
* * ** * * * *** *** *
192333 AAATCTCTTACTTATAA-ATT-TTTGAA-ATATTAATAGATTAATTTTATTCTATTTCGAATAAG
98 --A--TCTGA---ATAAGCTTGCATGAACA-A-AAACA-ATT-GTTTTATGAGAAAACTAA-AAG
** * * *
192395 CTTCTATAA-G--TTGAAA-AAATTGTTTTATGAGAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATT
151 --TC-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGT-T-------CAAATA-GTCATAACTATTTG-AACT
***** ** *
192455 GATAATTGTTCATAGTTTTAAGTATTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCC
203 --T-A---TTCA-ACAAACAA--ATTT--A-T--TT-----------TTTA-AATCT---T-T--
* * ** * * * * * * *
192520 TAGTTATTAAGTTTTTTTAATTTTATTAGATTAGCACTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
236 TACTTATTAA-TTTTTTAAACATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTGAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
192585 CAAAAATAATTGCTTCATGACATAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAGTATACAATTGT
299 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTAT
* ** * * *
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1 TCAAATATTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TATTACTTAT
* * ** * * *
192709 TAATTCTTGA-AAGATTAATAAATTAATACTATTTTATTCCAAATAAACGTGTATG-A-AAAAA-
64 TAATT-TT-ATAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGCATGAACAAAAAC
** ** * * * * * * * *
192770 AA-TGTGGTATGACCAAAC-AAAATGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTGAAATGGACAT
126 AATTGTTTTATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * **** ** * * *
192833 AATTATTTGAACTAATTTGGTAAACCGATTCATTTTTTAAATC--CT--TTATTAATTTTTGAAA
190 AACTATTTGAACTTATTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAA
* * * * *** *
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255 CATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
*** * * **
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319 -CAAAACAAAAGGTCATAGCAAT-TTGAAATAGATAATTAT
* * ** * * *
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1 TCAAATATTCATAA-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATTATTACTTAT
* * * * ** ***
193061 TAATTTTGAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAGTGAAACA
64 TAATTTT-ATAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TCTGAATAAGCTTGCATGAACAAAAACA
** * * * * *
193126 ATTGTTTTATGTCAAAAC-AAAAGGTCA-AATGATTTTAAATAAATAATTATTTAAATAGTAATA
127 ATTGTTTTATGAGAAAACTAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * *
193189 ACTATTTTAACTTGTTGGA-AGACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCTGAA
191 ACTATTTGAACTTATTCAACAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAA
** * * ** * * *
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255 CATTAATAAATTT-GTATTATTTTA-TTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTAT
** * * * * *
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* * * * * *
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1 TCAAATA-TTCATAA-TATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TATTACT-
* * * * * * * * * *
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* * * * *** * ** *
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* * * *** *
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* * ** * * *
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* * *** * * *
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* * ** * *
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* * * * **
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* * * * * * * * * * * *
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*** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *** * * * *
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191 ACTATTTGAACT-TATTCAACAA-ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAA
* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** *** ****
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* * *** *** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
194739 TTATGATATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATCAT
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* * * ** * * *
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* * * * * * *** *
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* *
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* * * * ** *
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** *** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** * * * *
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1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** *
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* * * *
194675 T-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-ATTTACT
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
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** *
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* * * * * * * **
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* * * * * ** * *
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* ** * * * * * * *
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* ** ** **
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* * * *
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* ** ** * * * * *
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** *
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* * * ** * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAAATTTAAAAAATAAAT
* *** * * * * * * * *
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* * * * **
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** *
196490 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAAC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAAT
* * * *
196555 CTTTTTACCGACTTAGTTAAAATAATCATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATG
65 CTTTTTACCGACTTAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
196620 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA-TCATACAAGCTTATTCGA
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* * * * * *
196672 AATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAACAAATCTAAACAATAAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * * * * *
196736 TTGTTTATTGAAC-CAATTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAA
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* * * * * * *
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* * * *
196852 -TTAAAAATCATACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAA
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * ** * ** *
196915 TATGTTTACAAAAC-CAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTT
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* * ** * * * * *
196979 TAACCTTTTGTTCAGTCATAAAATATTTTTTTCATATCTTACAAGCTTATTTGG
128 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTCATACAAGCTTATTTGG
* * * ** * *
197033 AATAAAATAAT-TTAAATTTGTTAACA-TTCAGAAAATTGTTAGGCAA-AAGATTTGAAAAAATA
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTT-AAAAAATA
** * * * * * * *
197095 AATCTGCTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AGATAATTATTTATTTAAAATCGT
62 AATCTTTTTACCGACTTAGTTAAAATAATTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ***
197159 TATGACCCTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATTA-AAGTTTA-TACA
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* * *
197214 AATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGTTT-AAAAATAAAT
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* * * * * * * * * *
197277 -TTGTTTACCAAAC-AAATTCAGATAGTTATCACTATTTGAAAAATTGTCTATTT-AAATTTATT
65 CTT-TTTACC-GACTTAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATT
* * * * * * * *
197339 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTATATAAGCTTACTCGA
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* * * *
197393 AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAGTGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
197453 GTATTTGTA--AAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTC-TT
65 CT-TTT-TACCGACTTAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATT
* * * * ** * *
197515 ATTACCTTTTGTTTGGTTATATCACAATTGTTTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCGG
127 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG----TTTCAGTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * * * *
197572 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAGTAAGTGAGAGATTCAAAACATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * * *
197637 TATTTACCGAAC-CAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCTTTATA
66 TTTTTACCG-ACTTAGTTAAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** * ***
197701 ATCTTTTGTTCTATCATCAAAA-AATTATTTTTGTTCATACAAGCTT-GTACA
130 ACCTTTTATTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCAG-TCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * * **
197752 AAAAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATTTAAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
197880 GTCCTTTTGTCTTGTCACAAAACAATGTTTTTCAATACATACTAGCTTATTTAG
129 GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCAGT-CATACAAGCTTATTTGG
* * * *
197934 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTCAAAAACTAATT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
197998 ATATTTACCTAATCAGTTTAAATAATTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAATC
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* * * * * ** * *
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* ** * ** * * * * *
195732 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAATTTGTTCGAAATGAAATAATACTAATTTATTA
64 TTGTCATAAAACAATTG-TTTCATTAATACAAGCTTATT-GGATTAAAATAATACTAATTTAATA
* * * ** * * * * **
195797 ATATTT-ATAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATA--TGCTTGCCAAACTATTTCAA
127 ATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA-ACCTTTTTACCGAATTAGTGAAA
* *** * * * * *
195859 ATAGTTTTGACTACTT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTA-TCATCA
190 ATAATCAAGACCA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTA-TTGAGTCATAA
* * * * ** * * * * * * * **
195922 AACAATTGGTTCTATTAATACTATTTTATTTGGAATAAAATAACACCAATTTAATAATATTCCAA
253 AACAATTGTTTC-AGTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTTAAA
* * * * ****
195987 AACTTAATAACCAAAAAAAT-TAAAAAATAAATCTAATTGCCC
317 AAATTAATAA-GAAACAAATCTAAAAAATAAATCTATTTATTG
* * * *
196029 AACCAATTCAAATAGTTA-GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTT
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** * **
196093 TTGTTGTAAAACAATT-TTT-TTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
64 TTGTCATAAAACAATTGTTTCATTAATACAAGCTTA-TTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAA
*** * *
196156 TATTTCAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAAT-AATTTTTTTTACCGAATTAGTGCAAATG
128 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACCTTTTTACCGAATTAGTGAAAATA
* * * * * * *
196216 GTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCTAATCATTCTGACCTTTTATTGAGTCATAAAACAA
193 ATCAAGACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTGAGTCATAAAACAA
* * * **
196281 TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAATTAATACTGATTTATTAACATTTGGAAAAT
258 TTGTTTCAG-TCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTTAAAAAAT
* * * *
196345 TAATAA-AAAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGTTG
321 TAATAAGAAA-CAAATCTAAAAAATAAATCTATTTATTG
* * * * *
196383 AA-CAAGTTTAAATAATTATTATTATTTTAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAA
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* * * *
196447 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATT
63 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTAATACAAGCTTA-TTGGATTAAAATAATACTAATTTAAT
** * *
196512 AATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACCTTTTTACCGACTTAGTTAAAA
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* * * * * **
196577 TAATCATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
191 TAATCAAGACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTGAGTCATAAAAC
* * *
196642 AATTGTTTTCTA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTTAAAAA
256 AATTG-TTTC-AGTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTTAAAAA
* * * *
196706 ATTAATAAGTAACAAATCTAAACAATAAATTTGTTTATTG
319 ATTAATAAGAAACAAATCTAAAAAATAAATCTATTTATTG
* * * * *
196746 AACCAATTTAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTAAAACCTTTGTTT
1 AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT-TTT
* * * * * *
196811 TGTCATTAAACAGTTGTTTCTAATCATAGAAGCTTATTCGG-TTAAAAATCATACTAATTTAATA
65 TGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTAATACAAGCTTATT-GGATT-AAAATAATACTAATTTAATA
* * ** ** **
196875 ATAGTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATA--TGTTTACAAAACCAGTTCAA
127 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAA-ACCTTTTTACCGAATTAGTGAAA
* * * * ** * * * * *
196937 ATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTCAGTCATAAAA
190 ATAATCAAGACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTGAGTCATAAAA
* * * * * * * * * *
197002 TATTTTTTTCATATCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-TTAAATTTG-TTAACATTCAGA
255 CAATTGTTTCA-GTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACT-AA-TTGATTAACATTTAAA
** * * * ** **
197065 AAATTGTTAGGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTGCTTACCG
317 AAATTAATAAG-AAACAAATCT-AAAAAATAAATCTATTTATTG
* * * * * * *
197108 AA-TAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AGATAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCCTTTG
1 AACCAA-TTTAAATAATTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTT-
* * * *** *
197171 TTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATTA-AAGTTTATACAAATTAAAATAATACTAATTTC
62 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TT-AATACAAGCTTAT-TGGATTAAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** * **
197235 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGTTT-AAAAAT-AAA-TTTGTTTACCAAACAAATTC
124 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAACCTT-TTTACCGAATTAGTGA
* * * ** * * * * * * * **
197296 AGATAGTTATCACTATTTGAAAAATTGTCTATTT-AAATTTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
188 AAATAATCAAGACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACATTTTATTGAGTCATA
* * * * * * * * *
197360 AAACAATTGTTTTAGTTATATAAGCTTACTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCT-A
252 AAACAATTGTTTCAGTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTGATTAACATT-TAA
** * * * * * **
197424 AAAATTAATAAG----TGATTTAAAAAGTGAATGTATTTGTAA
316 AAAATTAATAAGAAACAAATCTAAAAAATAAATCTATTTATTG
** * * * * *
197463 AATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATTACCTTTTGT
1 AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTT-T
* ** ** *
197527 TTGGTTATATCACAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTA
64 TT-GTCATAAAACAATTG-TTTCATTA--ATACAAGCTTATT-GGATTAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * * * ** * **
197592 TTAATCTTTCAAAATTTAGTAAGTGAGAGATTCAAAACATAAATA--TATTTACCGAACCAATTC
124 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA-ACCTTTTTACCGAATTAGTGA
* * * ** * * * * * * * * *
197655 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCTTTATAATC-TTTTGTTCTA-TCAT
188 AAATAATCAAGACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTATT-GAGTCAT
* ** * * * * *
197718 CAAAA-AATTATTTTTGTTCATACAAGCTT-GTACAAAAAAAATAATACTAATCT-AATAATATT
251 -AAAACAATTGTTTCAG-TCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAAT-TGATTAACATT
** ** * * * ** * * ****
197780 CCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATTTAAATTTGTTTGCCA
313 TAAAAAATTAATAAGAAACAAATCTAAAAAATAAATCTATTTATTG
* * * * * **
197826 AACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGTCCTTTTGTC
1 AACCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-T-
* * * * * * * *
197891 TTGTCACAAAACAATGTTTTTCAATACATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTAT
64 TTGTCATAAAACAAT-TGTTTCATTA-ATACAAGCTTA-TTGGATTAAAATAATACT-AATTTAA
*
197955 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTCAAAAA
125 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA
197992 CTAATTATAT
Statistics
Matches: 1523, Mismatches: 356, Indels: 168
0.74 0.17 0.08
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352 3 0.00
353 16 0.01
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Consensus pattern (358 bp):
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TTTCAGTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTTAAAAAATTAATA
AGAAACAAATCTAAAAAATAAATCTATTTATTG
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Alignment explanation
Indices: 204125--212085 Score: 5805
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204115 TCATTATAAA
** * * * *
204125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAGGTTTTTGTTCATATAAG-TTTTTTCAAAGTAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAA-TAAAATAATACT
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
204366 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACTA
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* * * * * * * *
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* *** * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
204545 ATGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTCAAAAATGAATCTGTTTACCAAATAA
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* ** * *
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* * ** * *
204662 CTTTTATTTTGT--T-ATA-AA-TGACTCTATTCATACAAGCTTGTTTTGAATAAAATAATA-TA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTTGAATAAAATAATACT-
* * * *
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* * *
204785 AGCTT-AAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
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* * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTA
* * * * ** * *
204903 ATTTATTAATATTTTGACAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAAAAAT
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACT
* * * * * * *
205083 AATTTATTAATATTCTAAAAATTCAA-GAGTAAGAGAATTGAAAAAATGAATCTATTTGCCGAAT
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATT-AATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAC
* * * * *
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127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT
* * **
205264 AAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACA
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*
205328 CGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATGAC
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* * * * * * * *
205380 CATATATTTTGTCAT-AAACTAATCGTTTCTTTTCAAACAAGCTAATTTGGAATAAAATAATAGT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACT
*** * * **
205444 AATTTATTAATA-TTCCCAAATTAATAAGTAAAAGATTT-CAAAATAAA-CTGTTTACC-AAGTG
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CA
* * * *
205505 AGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAT
128 AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * *
205558 CTTTTGTTTTGTCATAAAACTATCGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTA
* ** * ** *
205623 ATTTATTAATTTTTTAAAAATTAATAAGTTGAA-ATTTAAAAAATTAATCTATTTACTAAAAAAG
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * *
205687 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
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* * * * * **
205738 ATTTCGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAT-AA-AAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT--TGAATAAAATAATACT
* * * * * * * * **
205801 AATTTATTACTA-TTTCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTTAAAACTAAATCTCTGTACTGAATTA
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
* * * * *
205862 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATTGGTATGAT
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
205914 C-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTATTCGGAGTAAAATACTACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *** *
205978 AATTAATAGTATTCTGAAAATTAATAAG-----GATTTAAAAAATAAATGTGTCGGCC-AAAAAG
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * ** * * *
206037 TTAAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATTATTCTAAT
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
206088 ATTTTGTTTAGTCATAAAATAA-T-TTTCTTAGTTTATACATGCTTA-TTGAAAATAAAATAGTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-T-GTTCATACAAGCTTATTTG--AATAAAATAATA
* * * ** * * *
206150 ATATTTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAA-A-TTAAAAAATAAAT-TCATTGACCAA
62 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGA
* * * * *
206212 ACAAGTTTAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTATGAC
125 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
206268 CTTTTATTTTATCAT-AAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATGATATTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTA
* * *** *
206332 CTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGCA-ATTTAAAAAATAAAT-TAATTTATCGAATC
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAA-C
*
206395 AA-TTCAAATAATTAT-AGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC
127 AAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-AC
* * * * * *
206449 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATACAATCCTATTTGGAATAAAACAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACT
* * * * * *
206513 AATTTATTATTATTTCAAACATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAA
* * ** * * * *
206577 GTTCAAATGGTTATGACTATTTAAACAATTAAATAATGCAAATTGTTATAAC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * *
206629 CTTGTGATTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
206694 ATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAAATTTATTT---GAACTAG
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
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206756 TTCAAATAGTTAAGGCCATACAAATAACTCTTTATTTCAAATTGTTATGAC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * ** * *
206807 CTTTTATTTTATCGTAAAACAATTTTTTCAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACT
* * * * * * **
206871 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATCAA-CAAGAGATTTAAAAAATAATTCCATTTGTCGAA-A
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * *
206934 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTAT-TAATTTCAAATCATTATGAC
128 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * * *
206988 ATTTTGTTGTT-TCATAAAACAAATT-TTTTTTTTCAAATAAGTTTGTTTGAAAAAAAATAATAT
1 CTTTTGTT-TTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAC
* * * * * **
207051 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTTTTTTACTAAAC
63 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCGAAC
* * * * * *
207116 TAGTTCAATTAATT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** **
207169 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTAG-TCATACATTCTTATTTGGAATAAAATAATGTT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACT
* * * * * *
207233 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGACT-AATGAATTTTAAAAATGAAT-T-TGTTAGCCTG-
64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CC-GA
* * * * * * * * * *
207294 CCCAGTACAAATATTTATCATTGTTTGAACAAATATCTATTTCAAATTGTTATAAC
125 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * * * *
207350 CTTTTGTGTTATCACAAATCAATTGTTTATATTCATACAAGTTTATTGGAAATAACATAATTCTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTA
** ** * * * * * *
207415 GCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTCACTGAACAAG
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* * * * *
207480 TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGCTATAAC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
207531 CTTCTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAACACA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT
* * * * * ** *
207595 AATTTATTAATA-TTCAAACAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATA
64 AATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
* * * * *
207659 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTACGA-
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
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* ** ** **
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* * * * *
207835 G-TCTAAATAATCAT-AGCTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
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207887 ATTTTGTTTCATTTTAAAACAATTGTATTAT-TTTATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACT
* ** * * * *
207951 AATTTATTAATATTCCT-AAAATTAACGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTTTTTACCAAACA
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* * * * *
208015 AGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
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* *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATACT-
* * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * * *
208248 CTTTTATTTTGTCCGAAACCAATTGTTCCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTA
** * * *
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* * * * * ** *
208377 GCTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATTTATTTCGAATAATTATGAT
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
208429 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATT-ATACAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATACTA
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* * * *** *
208493 ATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
* * * * * *
208558 TTCAAATAGTCATGTCCATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * ***
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* * **
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* * *
208734 AGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAT
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
208787 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAACAAAATAGTACTA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTA
** * * * ** * *
208852 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTTGTTTACTAAAAAAA
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* * * * *** * * *
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* * * * * **
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT--TGAATAAAATAATACT
* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
209207 AATTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAG-----GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC-AA-ATA
65 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-A
* * * * ** * **
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129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTG--AATAAAATAATAC
* * * * * *
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63 TAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGA
* * * *
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* * * * * * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACT
* * *** * *
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64 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-C
* * * * *
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* * * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAC
* * * ** * *
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63 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-C
* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* * * ** * * ** *
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* * * * * *
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1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTA
** ** * * *
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* * ** *
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* ** * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
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* * * *
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* * * * *
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*
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* * * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * *
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** *
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* * * *
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* * * * ** *
214581 TTTAAAAATTTATAAGTAAAAGA-TTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAAT
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAG
** ** ** * *
214634 TTAAATAGTTAAAACTATAAGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTCT-AACCTTTT-TTTAGTCA
1 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-TTTTTGTTTAGTCA
* * * * * * * * *
214697 TAAAATATTTTTTTCA-TAGCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-T
65 TAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
214760 TCAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAG
129 TC--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
* * * * * * *
214815 CTCAAATAGTTATGACTACTTAAACAATTAAT-TATTT-AAACTAGTTGT-AACCTTTTGTTTTG
1 -TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAA-TCGTTATGAA-TTTTTGTTTAG
* * * *
214877 TCATAAAACAATTGCTTT-AGTTTATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
62 TCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
214941 ATTTCAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATGCATTTTCTGAACAAAT
126 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG--TTTACTGAAC-AAG
* * * * * * *
214998 TTAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTGTATATTTTAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTA-TT
1 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ATTTTTG-TTTAGTC
* * *
215061 ATAAAACAATTGTATT-AGTTTATTA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
64 ATAAAACAATTGT-TTCAGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
215124 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGTA-ATTTAAAAAGTGAATTTGTTCACCGAATCAA-
127 TTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAG
* * * * * ** *
215178 TTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATTGTTATGAA-CATTGTTTTGTCA
1 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAATTTTTGTTTAGTCA
* * ***
215242 TAAAAAAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
65 TAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
215305 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-AAATCTATTTA-T---C--G
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
* * * * * *
215351 --AAGTAG-T-T-CCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTA-TT
1 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-TTTTTGTT-TAGTC
* * ** * * * *
215409 AT-AAATAATTATTTTGGTTTATACAATCTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-T
64 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
215472 TCTAAAAATTAATAACTAAG-GTATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAAGCAAT
129 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAA-CAAG
** *** * * * * * *
215526 TTAAATAGTTAAAACTACAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAACTTTTGTTTTGTTAT
1 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAATTTTTGTTTAGTCAT
** * * *
215591 AAAACAAACGTTTCAGTTCATGCAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATACAAATTTATTAAT-TTT
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * ** *
215654 CCAAAAATTAAT-A--AA-TGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACTGAATTAT
130 -CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
* * * * * * * *
215702 TTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTGCCA--TTTGTTTGGT
1 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TG-AATTTTTGTTTAGT
* * * ** * *** * * *
215765 CACATAACAAATGTTT-TTTATCATTCAAGCTTATTTGGAATACAATTATACTAATTTATTAATC
63 CATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
215829 TTTCAAAGATTAATAAGTAAGCA-ATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAACTAG
127 TTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
* * *
215883 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-T-TGTA--T---A-C--T-TGAA--ATTGTTCTAG-C
1 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAATTTTTGTT-TAGTC
* * * * *
215934 ACAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * *
215998 TTTGAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATGTGTTTGA-TGAACTAG
128 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTGAACAAG
* * * **
216050 TTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTT-GT
1 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGAATTTTTG-TTTAGT
* * * * *** *
216113 CATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTAATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATA
63 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* ** * *
216176 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAAATATTTCTATTTACT-AACCAA-
127 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAG
* * * * * * *
216226 TTCAAATAATTATGACTATTTGGACAACTATCTATTTCAAATCTTTTTGAACTTTTGTTTATTCA
1 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAATTTTTGTTTAGTCA
* ** * * * * * * *
216291 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAGTAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
216356 CAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAA-ATCAG
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA--AG
*
216403 TTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCTGTTA
1 -TTAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATC-GTTA
216451 GCTTTTTAGG
Statistics
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TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAATTTTTGTTTAGTCAT
AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAG
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213101 ACATACAAGC
* * ** *
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1 TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAGAATTAGTAAGAGATCTAAAAATAA
* * * * *
213176 ATCTATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
66 ATCTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATCACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
213241 TAACTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATA
131 CAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * * * *
213306 CTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAGATC-CATTTGCCT-
196 CTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTT--CTA
* * *
213368 ACCAATTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-TATTTTATT
258 ACCAATTCAAACAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTA-GTTATT
* * **
213432 TTATCAT-AAAACTATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTGTT
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* *
213496 AATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTATAGAACCTA-TTTAA
385 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATT-TATTTATAGAACC-AGTTTAA
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* *
213644 TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT--AAAA-GAATTAGTAAGAGATCT-AAA
* * * * *
213709 AATAAATTTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTCACTATATAAATAATTATCTATTTCAAAT
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* * * * * * * * *
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126 CGTTACAAC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAA
* * *
213839 A-AATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAAAAAATTGAAAGATAAATCTAATTT
190 ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTT
* * * ** *
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255 CT-AACCAATTCAAACAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTAGTT
* **** * ** * *
213968 GTTTTATCATGAAAAACTTTTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTA
319 ATTTTATCAT-AAAAACTTTTTTCAACTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACAAATTTA
* * *
214033 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTATA
383 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATTTATTTATAGAACCAGTTTAAA
214098 TAATTA
448 TAATTA
214104 ATACTATTAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (531 bp):
TTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAGAATTAGTAAGAGATCTAAAAATAA
ATCTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATCACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
CAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTAGTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATA
CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAAAAAATTAAAAAATAAATCTAATTTCTAACC
AATTCAAACAATTAAGACAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTAGTTATTTTAT
CATAAAAACTTTTTTCAACTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATTTATTTATAGAACCAGTTTAAATAATTATA
AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATTACGTTTTGTTTTGTTGTAA
AATAATTGTTT
Found at i:214333 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 213652--216445 Score: 1758
Period size: 361 Copynumber: 7.8 Consensus size: 358
213642 TTTTGTTTGA
* *
213652 AATAAAATAATACTAATTTATTAATACTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
213716 TTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTCACTATATA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTAC
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* * * * * * * * ** **
213780 AACTTTTTGTTTTGTCGTCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGGAATAAAA-AATA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * * * * *
213844 CTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAA-AAAATTGAAAGATAAATCTAATTTCTGAA
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* * * * * * * *
213908 CCAGTTCAAATAGTTA-AGACAATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTAGTTGTT
255 CAAGTTCAAATAGTTACA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCT-TTTGTT
* ** **
213971 TTATCATGAAAA-ACTTTTTTTTGTTCGTACAAGCTTATTTGG
318 TTATCAT-AAAACA-TTTTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAG
* * *
214013 ATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
214077 TGTTTATCGAACCAGTTTATATAATTAAT-ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTG
66 TGTTTACCGAATCA-TTTAAATAATT-ATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
214141 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAGCAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATAC
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * *
214206 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAATTTAAGAAAATAAATCTATTTCCAAACA
194 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTCTAAACA
* * * * **
214271 AGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAACCACCATAACCTTTTGTTTT-T
257 AGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT
* * *
214335 CATAAAACAATTGTTTTCAGTTAATACAAGTTTATACAG
322 CATAAAAC-ATT-TTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAG
**
214374 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
214439 TGTTTATCGAATCAATTAAATAATTATG-GTAATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGCTACGA
66 TGTTTACCGAATCATTTAAATAATTATGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
214503 CCTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGTTT-ATTATCATGCAAGCTTATTGA-AATAAGATAATA
130 CC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * * *
214566 CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAA-AGA-TTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAA
193 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CT-AA
* * * ** * * * *
214629 CCAA-TTTAAATAGTTAAAACTATAAGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACC-TTT-TTT
254 ACAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* *
214691 TAGTCATAAAATATTTTTTTCA--TAGCATAAAAGCTTATTCAG
319 TA-TCATAAAACATTTTTTT-AGTTA--ATACAAGCTTATTCAG
* * * *
214733 AATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
214797 ATCTATTTACCGAATAAGCTCAAATAGTTATGACTACTTA-AACAATTAAT-TATTT-AAACTAG
63 ATTTGTTTACCGAATCA-TTTAAATAATTATGACTA-TTAGAACAATT-ATCTATTTCAAA-TCG
* * * * * * *
214859 TTGTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-AGTTTATAAAAGGTTATCCAAAATAAAA
124 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* *
214923 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAATGC-ATTT
188 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT-CTA-TT
* * * * * * * * *
214987 TCTGAACAAATTTAAATAGTTACGACTATTTGAATAATTGTATATTTTAAATCATTATGACATTT
249 TCTAAACAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTT
* * * *
215052 TGTTTTATTATAAAACAATTGTATTAGTTTATTA-AAGCTTATTC-G
314 TGTTTTATCATAAAAC-ATTTTTTTAG-TTAATACAAGCTTATTCAG
* * *
215097 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTA-ATTTAAAAAGTGAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * *
215161 TTTGTTCACCGAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATTGTTAT
64 TTTGTTTACCGAATC-ATTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * **
215226 GAAC-ATTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
215288 TACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-AAATCTA-TT-T-AT
191 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCTAAA
* * *
215349 C--G---AAGTAGTT-C--CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT
255 CAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
215406 ATTATAAATA-ATTATTTTGGTTTATACAATCTTCTTCAA
320 ATCATAAA-ACATTTTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAG
* *
215445 AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAG-GTATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAA
* * * * ** ** * *
215508 TCTGTTTATCGAAGCAATTTAAATAGTTAAAACTACAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
64 TTTGTTTACCGAATC-ATTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** * * *
215573 TAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAAACGTTTCAGTTCATGCAAGCTTATT-TGAAAAAAAATAAT
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT
* * * * * *
215637 ACAAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAAT---AAA-TGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACTGAA
192 ACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CTAAA
** * * *** * * * * * ** *
215698 TTATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTGCCATTTGTTTG
255 CAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTT-
* * **
215763 GTCA-CATAACAA-ATGTTTTTTA--TCATTCAAGCTTATTTGG
319 -T-ATCATAA-AACAT-TTTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAG
* * * *
215803 AATACAATTATACTAATTTATTAATCTTTCAAAGATTAATAAGTAAGCA-ATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * *
215867 TTATTTATTGAA-CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAA-T-TGTA--T---A-C--T-T
65 TTGTTTACCGAATC-A-TTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
** * * *
215920 GA--AATTGTTCTAG-CACAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATA
128 GACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATA
* * ** ** * * * * *
215980 ATACTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATGTGTTTGATG
190 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-CTA
* * * * * *
216044 AACTAGTTCAAATATTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTG
253 AACAAGTTCAAATAGTTACA-ACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAATCATTATAACCTTTTG
* * ** * * * * * **
216107 CTTTGTCATAAAACAAATTTTCAATTCATACTAGCTAATTTGG
316 TTTTATCATAAAACATTTTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAG
* * *
216150 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAA-ATAT
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AA
* * * * * * * * *
216209 TTCTATTTA-CTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGGACAACTATCTATTTCAAATCTTTT
64 TT-TGTTTACCGAATC-ATTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * * * *
216273 TGAACTTTTGTTTAT-TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-GAAGTAAAGTA
127 TGACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATA
* *
216336 ATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
190 ATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCT-A
* ** * *
216397 AATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATC
253 AA-CAAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGA-ATAATTATCTATTTAAAATC
216446 TGTTAGCTTT
Statistics
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0.74 0.15 0.11
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368 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACCGAATCATTTAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTCTAAACAAGTT
CAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
AAACATTTTTTTAGTTAATACAAGCTTATTCAG
Found at i:216525 original size:145 final size:144
Alignment explanation
Indices: 216362--216652 Score: 546
Period size: 145 Copynumber: 2.0 Consensus size: 144
216352 ATTTCAAAAA
216362 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAC
1 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAC
*
216427 AAATTATTTATTTCAAATCTGTTAGCTTTTTAGGTGAGATGGTGATCCAAGAGGGGGGTGAATTG
66 AAATTATTTATTTCAAATCTGTTAGCTTTTTAGGTGAGATGATGATCCAAGA-GGGGGTGAATTG
216492 GATTTCTCCAAGTTC
130 GATTTCTCCAAGTTC
*
216507 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCATTTTAAATAGTTATGACTATTTGAC
1 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAC
*
216572 AAATTATTTATTTCAAATCTGTTAGCTTTTTAGGTGAGATGATGATCCAAGAGGGGTTGAATTGG
66 AAATTATTTATTTCAAATCTGTTAGCTTTTTAGGTGAGATGATGATCCAAGAGGGGGTGAATTGG
216637 ATTTCTCCAAGTTC
131 ATTTCTCCAAGTTC
216651 TT
1 TT
216653 CCCAAATAAT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 3, Indels: 1
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
144 28 0.20
145 115 0.80
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (144 bp):
TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAC
AAATTATTTATTTCAAATCTGTTAGCTTTTTAGGTGAGATGATGATCCAAGAGGGGGTGAATTGG
ATTTCTCCAAGTTC
Found at i:219494 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 218900--220697 Score: 725
Period size: 181 Copynumber: 10.0 Consensus size: 177
218890 CAAGAATAAA
* * * *
218900 TATTTTATTTTGAATAAGCTGATATGAACTAAAATAATT-TTTTATG-TCAAAAC-AAAGGTCAA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TAAAA-AATTGATTTATGAT-AGAACAAAAGGT-AT
*** * * * * * * ** * *
218962 AATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTCG-GTAAACATAT
62 AGCAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGAG-AAACAAAT
* * * * *
219026 TTATTTTTTGAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAT
126 TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * **
219079 TATTTTAATCTAAATACGTTTTTATGAATAAAAGTTATTGTTTTATAACATAAGAA-AAAA-CCA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAAAA--AATTGATTTAT--GAT-AGAACAAAAGGTA
* * * * * * *
219142 AAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTT-TTTGAACTGGTTTGATAAACAAA
61 TAGCAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAA-TTATTTAAACTAGTTTGAGAAACAAA
* * * *
219206 TTTATTTTTTAAA--TC-TATTATGAATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTTT
125 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
219256 TATTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATGTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAAAAA-AT-TGATTTATGATAGAACAAAAGGT-ATA
* *
219321 GCAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAG-TTAAGGAAACAAAGT
63 GCAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGA-GAAACAAATT
* * * *
219385 TATTTTTTCAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTCA-TTT
127 TATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
** * *
219437 TATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAATTGAAAAAATTGCTTTATGATAAAACAAAA---AT-G
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-T-AAAAAATTGATTTATGATAGAACAAAAGGTATAG
** * *
219498 --ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAAA-TAGTTTG-GCAAACAAATT
64 CAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTT-AAACTAGTTTGAG-AAACAAATT
* * ** *
219559 TGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTAT
127 TATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* *
219611 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAGTAATT-ATGTTATGATAGAACAAAAGGTTATA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAAA-AAATTGAT-TTATGATAGAACAAAAGG-TATA
*** * * * * * * * *
219675 ATGATTTGAAGTATG-CAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAAATT
63 GCAATTTGAAATA-GATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGAGAAACAAATT
* *
219739 TATTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTAT
127 TA-TTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
** * * ** *
219792 TATTTTATTTCAAATAAACATATATG-ATCAAAAACAATTG-TTATATGA-CCAACAAAAAGTAT
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT--AAAA-AATTGATT-TATGATAGAACAAAAGGTA-
*** ** * * * * *
219854 TAATGATTTGAAAGT-GATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAACT-GATTCGATAAACA
61 TAGCAATTTGAAA-TAGATAATTACTCAAATAG-TCATAATTATTTAAACTAG-TTTGAGAAACA
* * * * * *
219916 GATTCACTTTTCAAGT-TACTTGCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTAT
123 AATTTATTTTTTAAATCT-CTT-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * *
219972 TATTTTGTTTTCACTAAGCTTGTATAAATTCAAAGAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-T-AAAAAATTGATTTATGATAGAACAAAAGGT-ATA
*** * * ** ** * * * *
220037 ATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTCG-GTAAACAAATT
63 GCAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGAG-AAACAAATT
* * * * *
220101 TA--TTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTTGAATTAATT-AGAAACTAGTAT
127 TATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
220150 TATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGGATTGAAACAATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCAT
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT-GAAT-AAAAAATTGATTTATGAT-AGAACAAAAGGT-AT
*** * * ** * * * * * * *
220214 AATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAA-AGTCATCACTATTTGAATTTGTTCG-GTAAACAGAT
62 AGCAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGAG-AAACAAAT
* * *
220277 TTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTCTG-AATGTTAATACATTTAG-AT
126 TTATTTTTT-AAATC-TCTT-ATTATTAATTTT-TGAAATATTAATA-AATTAGTAT
* * * * * *
220331 TATTTTATTTCGGATAAGCATGTAAGATGTGAAACAAA-T-ATTTTATGACTA-AACAAAAGGT-
1 TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-AT-AAA-AAATTGA-TTTATGA-TAGAACAAAAGGTA
* * * * * * * * *
220392 CAGAATGATTTGGAATTA-ATAATTATTCTAAA-AG-CTATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAA
61 TAGCA--ATTT-GAAATAGATAATTACTC-AAATAGTC-ATAATTATTTAAACTAGTTTGAG-AA
* * * * *
220453 ATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATAT
120 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
**** * * * * * * * **
220512 TATTTT-TAACCAAATAAGC-TCTATGATTAGAAACAATTGTTTTCTAACAAAACAAATATCT-T
1 TATTTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAATA-AAA-AATTGATTTATGATAGAACAAA-AGGTAT
* * ** * * * ** * * *
220574 AACAACTT-AAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATATA
62 AGCAATTTGAA-A-TAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGAGAAACAAA
*
220637 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
125 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
220691 TATTTTA
1 TATTTTA
220698 CTTCAAATAA
Statistics
Matches: 1278, Mismatches: 239, Indels: 203
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 4 0.00
173 23 0.02
174 114 0.09
175 11 0.01
176 8 0.01
177 161 0.13
178 116 0.09
179 146 0.11
180 165 0.13
181 446 0.35
182 71 0.06
183 13 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATAAAAAATTGATTTATGATAGAACAAAAGGTATAGCA
ATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTGAGAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
Found at i:220150 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 219935--220465 Score: 520
Period size: 178 Copynumber: 3.0 Consensus size: 177
219925 TTCAAGTTAC
* * *
219935 TTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTT-CACTAAGCTTGTATAA
1 TTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAAGAAACTAGTATTATTTTATTTTGCA-TAAGCTTGTATAA
* * *
219999 ATTCAAAGAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAA
65 ATTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAA
220064 TAGTCATAACAATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTAAACTA
130 -AGTCATAACAATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTAAACTA
* * *
220113 TTGCTTATTAATTTTT-GAATTAATT-AGAAACTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATG
1 TTGCTTATTAATTTTTAGAA-T-ATTAAGAAACTAGTATTATTTTATTTTGCATAAGCTTGTATA
* * * *
220176 GATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAA
64 AATTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAA
* * *
220241 AAGTCATCACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAA-TCA
129 AAGTCATAACAATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTT-AAACT-A
* * * ** * * *
220293 TTTCCTTATTAATTTTCT-GAATGTTAATACATTTAG-ATTATTTTATTTCGGATAAGCATGTA-
1 -TTGCTTATTAATTTT-TAGAATATTAAGA-AACTAGTATTATTTTATTTTGCATAAGCTTGTAT
* * * * * * ** * * *
220355 AGATGTGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGGAATTAATAATTATTC
63 AAAT-TCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTC
* * * * *
220420 TAAAAG-CTATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATACATTTATTTT
127 -AAAAGTC-ATAACAATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT
220466 TTAAATCTCT
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 39, Indels: 26
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 38 0.13
178 106 0.35
179 9 0.03
180 13 0.04
181 92 0.31
182 42 0.14
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAAGAAACTAGTATTATTTTATTTTGCATAAGCTTGTATAAA
TTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAAA
GTCATAACAATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTAAACTA
Found at i:220335 original size:359 final size:357
Alignment explanation
Indices: 218935--220791 Score: 989
Period size: 358 Copynumber: 5.2 Consensus size: 357
218925 GAACTAAAAT
* * * * * *
218935 AATT-TTTTATGTC-AAAACAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAG-TCAT
1 AATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-AT
* * * * * * * * * * *
218997 GACTATTTGATTTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTGAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
65 AACAATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTATTACTTAATAATTTTTGAAA
* * * * * * **
219062 TATTAAT-AAATTAATATTA-TTTTAATCTAAATACGTTTTTATGAATA-AAAGTTATTGTTTTA
129 TATT-ATGAAACTAATATTATTTTTAA-CCAAATAAG-CTCTATGATTAGAAA-CAATTGTTTTA
* * * * * *
219124 TAACATAAGA-AAAAACCAAAACAATTTGAA-ATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTG
190 TAACA-AA-ACAAATATCATAACAACTT-AAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * *
219187 AACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATGAATTTTTGAAATATTAGTAG
252 AACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAA
* * * * * * *
219248 ATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTATAT-GA-ACAAAA
316 ATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATAGATTCAAAC
* * * * *** **
219289 ACATGTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAG-TC
1 A-AT-TATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-
** * * * * * * * * * *
219353 ATAATTATTTAAACTAGTTAAGGAAACAAAGTTATTTTTTCAATCTCTTACATATTAATTTTTGA
63 ATAACAATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTATTACTTAATAATTTTTGA
* * * **** * *
219418 AATATTAAT-AAAGTCATTTTA-TTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAATT-GAAAAAATTGCTT
127 AATATT-ATGAAACTAATATTATTTTTA-ACCAAATAAGCTC-TATG-ATTAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
219480 TATGATAAAACAAA-A--AT---GATTTGAA-ATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTG
188 TATAACAAAACAAATATCATAACAACTT-AAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * **** * * * **
219538 AAATAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATC-TCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTA
252 AACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATA
* * * *
219602 TATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATAT-GAAT-AAAGT
315 AATTAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTATAGATTCAAA-C
* * * * * * * * *
219645 AATTATGTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATG-CAATTATTTAAATAG-TCA
1 AATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGCT-A
* * * * * *
219708 TAACTATTTAAACTGGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTG
64 TAACAATTTGAATTGGTTCAG-TAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTATTACTTAATAATTTTTG
* * * ** * * * * *
219772 AAAGATTAAT-AAATTACTATTA-TTTTATTTCAAATAAACATATATGATCAAAAACAATTGTTA
126 AAATATT-ATGAAACTAATATTATTTTTA-ACCAAATAAGC-TCTATGATTAGAAACAATTGTTT
* ** * * * * *
219835 TATGACCAACAA-AAAGTAT--TAATGATTTGAA-AGT-GATAATTGTTGAAAT-GACCATAATT
188 TAT-AACAA-AACAAA-TATCATAACAACTT-AAGA-TAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT
* * * * * * * * *
219894 ATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTCAAGTTACTTGCTTATTAATTTTTAGAATATT
247 ATTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * *
219959 AATAAATTAGTATTATTTTGTTTTC-ACTAAGCTTGTATAAATTCAAAG
311 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGA-TAAGCTTGTATAGATTCAAAC
* * * *
220007 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAG-TCAT
1 AATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCT-AT
* * * * *
220071 AACAATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTAAA-CTATTGCTTATTAATTTTTGAATT
65 AACAATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTATTACTTAATAATTTTTGAAAT
* ***** *
220134 AATTA-GAAACTAGTATTA-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGGATT-GAAACAATTGTTTTAT
130 -ATTATGAAACTAATATTATTTTTA-ACCAAATAAGC-TCTAT-GATTAGAAACAATTGTTTTAT
** * ** *
220196 GTCAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTTAA-ATAAATAATTGTTCAAA-AGTCATCACTATTTGA
191 AACAAAACAAATA--TCATAA-CAACTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * *
220258 ATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAC
253 ACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCATTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATA-
* * *
220323 ATTTAG-ATTATTTTATTTCGGATAAGCATGTA-AGATGTGAAAC
315 AATTAGTATTATTTTATTTC-GATAAGCTTGTATAGAT-TCAAAC
* * * * * *
220366 AAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGGAATTA-ATAATTATTCTAAA-AGCTA
1 AATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTC-AAATAGCTA
* * * *
220429 TAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAA
64 TAACAATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTATTACTTAATAATTTTTGAA
* * *
220494 ATATTATTAAATTAATATTATTTTTAACCAAATAAGCTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTCTAA
128 ATATTATGAAACTAATATTATTTTTAACCAAATAAGCTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATAA
* *
220559 CAAAACAAATATCTTAACAACTTAAGATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
193 CAAAACAAATATCATAACAACTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
* * *
220624 TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
258 TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGT
* * * *
220689 ATTATTTTACTTCAAATAAGCTCGT-TTGA-TCAGAGAC
322 ATTATTTTATTTC-GATAAGCTTGTATAGATTCA-A-AC
* * * *
220726 AATTTTTTTATGACAAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAAATGGCTATA
1 AATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATA
220791 A
66 A
220792 TTATTTTAAC
Statistics
Matches: 1179, Mismatches: 250, Indels: 142
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
351 63 0.05
353 1 0.00
354 80 0.07
355 133 0.11
356 13 0.01
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360 144 0.12
361 178 0.15
362 122 0.10
363 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
AATTATTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATA
ACAATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTATTACTTAATAATTTTTGAAATA
TTATGAAACTAATATTATTTTTAACCAAATAAGCTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATAACAA
AACAAATATCATAACAACTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGATAAGCTTGTATAGATTCAAAC
Found at i:220815 original size:719 final size:706
Alignment explanation
Indices: 218900--220825 Score: 1707
Period size: 719 Copynumber: 2.7 Consensus size: 706
218890 CAAGAATAAA
* * * * *
218900 TATTTTATTTTGAATAAGC-TGATATGAACTAAA--ATAATTTTTTATGTCAAAAC-AAAGGTCA
1 TATTTTATTTCGAATAAGCAT-ATAAGAA-TAAAGCA-AATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * * * * *
218961 AAATGATTTGAAATAAATACTTATTC-AAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTCGGTAAACATA
63 AAATGATTTGGAATTAATAATTATTCTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC-GTAAACAAA
* * * * *
219025 TTTATTTTTTGAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA-CC
* * * * ** * **
219090 AAATACGTTTTTATGAATAAAAGTTATTGTTTTATAACATAAGA-AAAAACCAAAACAATTTGAA
191 AAATAAG-CTATATGATTAAAA-CAATTGTTTTATAACA-AA-ACAAAAATCTTAACAATTTGAA
* * * *
219154 ATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
252 ATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * * *
219219 TC--TA-TTATGAATTTTTGAAATATTAGTAGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTATAT
317 TCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTTT
* * * * * *** **
219281 GAACAAAAACATGTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTACTCA
381 GATCAAACA-AT-TGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
219346 AATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTAAGGAAACAAAGTTATTTTTTCAATCTCTTACATATTAA
444 AATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTAAGTAAACAAA-TT-TATTTTCAAACTATTACATATTAA
* * *
219411 TTTTTGAAATATTAATAAAGTCATTTTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAATTGAAAAAATT
507 TTTTTGAAATATTAAGAAACTCATATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAATTGAAAAAATT
* * * *
219476 GCTTTATGATAAAACAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAAA
572 GCTTTATGATAAAACAAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATAAAGTCATAACTATTTGAAA
* * * ** *
219541 TAGTTTGGCAAACAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATT
637 TAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATACATT
219606 AGTAT
702 AGTAT
* * * * * * *
219611 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAGTAATTATGTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATA
1 TATTTTATTTCGAATAAGCATATAAGAATAAAGCAAATATTTTATGACTA-AACAAAAGGTCAAA
* * *
219675 ATGATTT-GAAGT-ATGCAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAAA
65 ATGATTTGGAATTAAT--AATTATTCTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCG-TAAACAAA
* * * **
219737 TTTATTTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTT
127 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-AC
* * * * * * **
219802 CAAATAAACATATATGATCAAAAACAATTGTTATATGAC-CAACAAAAAGTATTAATGATTTGAA
190 CAAATAAGC-TATATGAT-TAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAA-TCTTAACAATTTGAA
* * * * * * * * * *
219866 AGTGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAGATTCACTTTTCAA
252 ATTAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
219930 GT-TACTTGCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTCACTAAGCTT
316 ATCT--TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAGCTT
** * * * *
219993 GTATAAATTCAAAGAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTG
377 GT-TTGA-TCAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * ** * *
220058 TTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTT-AAACTATTGCTTATT
440 TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTAAGTAAACAAATTTATTTTCAAACTATTACATATT
* * ** * *
220122 AATTTTTGAATTAATT-AGAAACT-AGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGGATTGAAAC
505 AATTTTTGAAAT-ATTAAGAAACTCA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAATTGAAAA
* *
220185 AATTGTTTTATG-TCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCA-AAAGTCAT
568 AATTGCTTTATGAT-AAAAC--AA----A-AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATAAAGTCAT
* * * * * *
220248 CACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTATTAATTTTCT-
625 AACTATTTGAAATAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAATTTT-TG
*
220311 GAATGTTAATACATTTAG-AT
687 GAATATTAATACA-TTAGTAT
* * * *
220331 TATTTTATTTCGGATAAGCATGTAAGATGTGAAA-CAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAG
1 TATTTTATTTCGAATAAGCATATAAGA-AT-AAAGCAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA
* *
220395 AATGATTTGGAATTAATAATTATTCTAAA-AG-CTATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAATACA
64 AATGATTTGGAATTAATAATTATTCTAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGGTTC-GTAAACAAA
* *
220458 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTTAACC
127 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTAACC
* * * *
220523 AAATAAGCTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTCTAACAAAACAAATATCTTAACAACTT-AAGAT
191 AAATAAGCTATATGATTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCTTAACAATTTGAA-AT
* * *
220587 TAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATC
254 TAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC
* *
220652 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTCGTTTG
319 -TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTTTG
* * *
220717 ATCAGAGACAATTTTTTTATGACAAAAAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCAA
382 ATCA-A-ACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
220782 AT-GGCTATAATTATTTTAACTAATTTAGTAAACATATTTGTTTT
445 ATAGTC-ATAATTATTTAAACTAGTTAAGTAAACAAATTTATTTT
220826 TTAAGTTTCT
Statistics
Matches: 957, Mismatches: 199, Indels: 110
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
710 8 0.01
711 46 0.05
712 117 0.12
713 147 0.15
714 12 0.01
715 6 0.01
716 114 0.12
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722 14 0.01
723 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (706 bp):
TATTTTATTTCGAATAAGCATATAAGAATAAAGCAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAA
TGATTTGGAATTAATAATTATTCTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGTAAACAAATTTA
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACCAAATA
AGCTATATGATTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATCTTAACAATTTGAAATTAATAAT
TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTTTGATCAAACAA
TTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
TATTTAAACTAGTTAAGTAAACAAATTTATTTTCAAACTATTACATATTAATTTTTGAAATATTA
AGAAACTCATATTATTTTATTTTGAATAAGCTCGTATGAATTGAAAAAATTGCTTTATGATAAAA
CAAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATAAAGTCATAACTATTTGAAATAGTTCGGCAAACA
AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATACATTAGTAT
Found at i:221831 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 221512--224018 Score: 1900
Period size: 181 Copynumber: 14.0 Consensus size: 181
221502 ACCAAATAAT
* * * * * * *
221512 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTTTTATTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
221576 T-AAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTT-AAATAAAAATAATATTAATTTGTTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * *
221639 TTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
130 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * **
221691 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
221756 TAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *** *
221821 AAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTATATTAAACAAA
131 AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * * * *
221872 TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATC---TTCAAACCATTATGACCTTTT-TTCTTGCC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTC
*
221933 AT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTACTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
** * * * * * * *** ***
221995 TTCCAAAGATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAATGCG
128 TTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * * *
222049 TTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTCTG-TTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
222113 TAAACCAATTTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * **
222178 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTTTACC-AAGTGAG
131 AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAA-CAAG
* * * * *
222230 TTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
222295 TAAAATAATTGTTTCTACTT-ATACAAAATTA-TTCATAATAAAATAATACTATTTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
222358 TGT-GAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACCAA-
129 T-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CGAACAAG
* * * * * * * *
222407 TTCAAGTAGTGAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGACCTTTTGTTTAGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
222471 TAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
222535 CAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
130 TAAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* *
222587 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACC-TTTTG---T-T
* * * ** * *
222651 CTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTTATAAAAGCTTATTAAAAATAAAATAATATTACTTTAT
60 -TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * ** *
222715 TAATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGAGATTTCAAACATAAATCAGTTTATCGAATC-AG
123 TAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAG
* * * * *
222773 TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
222838 TAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCATAATAAAATGATACTAATTTATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
222901 TTCAAAAATTAATATGTAGGGGA--T------T--ATTTGTTTACTGCACCAA-
129 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-AACAAG
* * * * * *
222944 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
223009 TAAAACAATTATTTGTGTTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
223073 ATGAAAATTAAAAATTACGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAG
131 A-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * * *
223125 TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGTCTTTTTGTTTTGTCG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * ** *
223190 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * ** **
223255 TGAAAA-T--T-ACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAG
131 AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * * * * * * * *
223303 TTCAATTATTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATCACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * * * * *
223368 TAAGATAGTAATTTCTATTGACAC-AGTCTTATTTGGAGTAAAGTATTACTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * *
223432 CT-AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGCATG-ACTAG
130 -TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CGAACAAG
* * * * *
223484 TGCAAATAGCTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
223549 CAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * *
223614 T-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCGAACAAG
130 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * ** *
223665 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
223730 TAAAATAAATT-TTT-TATTCCTATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAAGTTATTATTGTT
66 TAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
223793 CAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAG
130 TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * * * *
223845 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
223910 TAAAACAATTGCTTTC-ATTCTTATAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATGTTAGTTTATTAATAT
66 TAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * *
223973 TTTGACAATTAATAAGT-AGAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACC
129 TTAAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
224019 AAAAGAATAA
Statistics
Matches: 1839, Mismatches: 408, Indels: 160
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 126 0.07
172 5 0.00
173 2 0.00
175 2 0.00
176 78 0.04
177 179 0.10
178 152 0.08
179 33 0.02
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183 2 0.00
185 6 0.00
186 70 0.04
187 69 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
Found at i:222055 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 221512--225067 Score: 1399
Period size: 181 Copynumber: 19.9 Consensus size: 176
221502 ACCAAATAAT
* * * * ** * * *
221512 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTTTTATTA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA--TCTTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
* * * * * * **
221576 TAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTTAAATAAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTT
63 TAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * **
221641 GACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
127 AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * *
221691 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC--TTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
* * * * * * *
221756 TAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTT
63 T-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * *
221821 AAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTATATTAAACAAA
126 CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * *
221872 TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATC-TTCAAACCATTATGACCTTTTTTCTTGCCATA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTTTCAAATCATTATGACCTTTTTT-TTGTCATA
* *
221936 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
* * * * ***
222000 AAGATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAATGCG
128 AAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
** * * * * *
222049 TTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTCTGTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC--TTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCAT
* * * * *
222114 AAACCAATTTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCC
64 AAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * ** **
222179 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTTTA-CCAAGTGAG
127 AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATTGAA-CAAG
* * * *
222230 TTCAAATAGTTATGAA-TATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAATAATTA--TCTTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTC
* ** * *
222294 ATAAAATAATTGTTTCTACTT-ATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTATTTTATTAATAT
62 AT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * * *
222358 TGTGAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACCAA-
124 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTGAACAAG
* * * ** * *
222407 TTCAAGTAGTGA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGACCTTTTGTTTAGTT
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATC--TTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTC
* * * * * *
222470 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATAATATTTTATTAACAT
62 AT-AAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * ***
222534 TCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
124 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * * * *
222587 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC--TTTCAAATCATTATGACC----T-TTTT-T-
* * * * * *
222652 TTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTTATAAAAGCTTATTAAAAATAAAATAATATTACTTTATT
57 TTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * ** * * * * *
222716 AATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGAGATTTCAAACATAAATCAGTTTATCGAATC-AG
119 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CAAG
** * * ** * *
222773 TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC--TTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
* * * * *
222838 TAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCATAATAAAATGATACTAATTTATTAATATT
63 T-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * **** * *
222902 TCAAAAATTAATATGTAGGGGA-TT-----AT---T-TGTTTACTGCACCAA-
125 CCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTG-AACAAG
* * * * * * ** *
222944 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA-T-TATCTTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
* * * * * * *
223009 TAAAACAATTATTTGTGTTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTA
63 T-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * * ** * * * ** *
223074 TGAAAATTAAAAATTACGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGCTGAACTAG
126 CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * * *
223125 TTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGTCTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTAT-C-TTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTC
* * * * * * * * *
223189 GTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
62 AT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * * * **
223254 TTGAAAATTACTAAG----AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAG
125 CCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * * * * * * * * * *
223303 TTCAATTATTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATCACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA--TCTTTCAAATCATTATGACC-TTTTTTTTGTCA
* * ** * * * * * *
223368 TAAGATAGTAATTTCTATTGACAC-AGTCTTATTTGGAGTAAAGTATTACTAATTTATTAATATT
63 TAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * *
223432 CTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGCA-TG-ACTAG
125 CCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTT--TATTGAACAAG
* * * * *
223484 TGCAAATAGCTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC--TTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
* * * * * * * *
223549 CAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTC
63 -TAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * *
223614 TAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCGAACAAG
126 CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * * * **** *
223665 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA--TCTTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
* * * * * * * *
223730 TAAAATAAATT-TTT-TATTCCTATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAAGTTATTATTGTT
63 T-AAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *** *
223793 -CAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAG
125 CCAAA-AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * * * ** *
223845 TTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAAT-AAT-TATCTTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCA
* * * ** *
223910 TAAAACAATTGCTTTC-ATTCTTATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATGTTAGTTTATTAATATT
63 T-AAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * * * **
223974 TTGACAATTAATAAGTAGAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CCAA-AAG
125 CCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * ** **** * * * **
224024 ----AATAATTAT--CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAACAATTGTATCAT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTT-GAATAATTAT---CTTTCAAATCATTAT-GAC-CTT-T-TTTT
* *** * * * * * * * * * * *
224083 T-TCATATAGGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTT--AT-TAATACT-CTGAA--AATTA
58 TGTCATAAACAATTGTTTC-TATTCATACAA-GCTTATTTAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * *** * *
224140 ATGA---GAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT-AG-TTA-TG-AC
120 AT-ATTCCAAA-A-A-TTAATAAGT-AAAAAATTTA---AA-AA-AT-AAATCTGTTTATTGAAC
* *
224198 TAT
174 AAG
* * * **
224201 TTGAACA-A-TTAT--CTATTT---CAA--ATCATT-ATG--------ACCTTTTATTTTGTCAT
1 TTCAA-ATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGTCAT
* * * * *
224248 AAAATAATTACTTT-TGTTCATACAAGCTAATATTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
64 -AAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* *
224311 CCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTT-AAAAATAAATTTGTTT-TCTGAACACG
125 CCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACAAG
* *
224361 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC--TTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-TTTTGTC
* * * * *
224425 ATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCGTATATGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATAT
62 ATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATAT
* * * * *
224489 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGCATAAG
124 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* * * *
224542 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGCC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA--TCTTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-TTTTGTC
* * * * **
224606 ATAAAGCAATTGTTTCTATTTACAAAAGTTTATTTAGAAT-AAATAATACTAGCTTATTAATATT
62 ATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * *
224670 TTAAAAATTAATAGGTAGAAGATTTTAAAAATAAAT-TGCTTA-CGAACAAG
125 CCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
* ** *
224720 TTCAAA-ACGTCATGTCCATTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
1 TTCAAATA-GTTATAACTA-TTTGAATAATTATC--TTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTTGT
* * * ** * * * *
224784 CATAAAACAACTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAACAAAATAATACTGATCTATTAATAT
61 CAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * * *
224849 TTTAAAAATTAATAAG----AGATTTGAACACTAAATCTATTTACT-AAAATAG
124 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACA-AG
* ** * *
224898 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATCTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT-T-TCAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCAT
* * * * *
224963 AAAACCATTGTTTCTTTTCATACCAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
64 -AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * *
225028 AAAAACTAACAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATGTGTTT
127 AAAAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT
225068 GCTGAACCAG
Statistics
Matches: 2579, Mismatches: 592, Indels: 411
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
156 4 0.00
157 2 0.00
158 5 0.00
159 8 0.00
160 18 0.01
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165 8 0.00
166 10 0.00
167 1 0.00
168 6 0.00
169 1 0.00
170 4 0.00
171 133 0.05
172 18 0.01
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175 25 0.01
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183 9 0.00
185 2 0.00
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187 67 0.03
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Consensus pattern (176 bp):
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ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAG
Found at i:222567 original size:538 final size:537
Alignment explanation
Indices: 221491--225821 Score: 2919
Period size: 538 Copynumber: 8.0 Consensus size: 537
221481 AAGCTTATCT
* * * * * **
221491 TAAATCTATTTACCAAATAATTTCAAATAGTT-TGACTATTTGTACAATTATTTATTTCAAATTG
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* * ** *
221555 TTAT-AACCTTTTCTTT-T-ATTATAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATT-TAAATAAA
66 TTATGAA-CTTTTGTTTGTCA-TA-AAACAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AA
* * ** * *
221616 AATAATATTAATTTGTTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT
127 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * *
221681 ACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
192 ACC-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * * * * *
221746 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-AATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACT
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* * * * * * *
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* * * *** *
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380 AAATAG-TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCAT
* *
221935 -AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATT
443 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * *
221997 CCAAAGATTAATAAGTAAA-AAATTTTAAAAA
506 CTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAA
*** *** * *
222028 TAAATCTATTTTTTGAATGCGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * *
222093 TTATGAACTTCTGTTTGTCATAAACCAATTTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA
66 TTATGAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* *
222158 ATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTTTACC
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACC
* * * * *
222223 AAGTGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGT
195 AA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* ** *
222288 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTACTT-ATACAAAATTATTCATAATAAAATAATACTATTTTAT
259 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
222352 TAATATTGTGAAAATTAATAAGTGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGACCAATTCAAGTAGT
323 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACCAATTCAAATAGT
* * * * *
222417 GAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATT
387 TAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
222481 GTTTCAATTCATACATACTTATTCGAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATTAA
452 GTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
* *
222546 TAAGCAAGGA-ATTTAAAAAA
517 TAAGTAAAGAGATTTAAAAAA
* * *
222566 TAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATC
1 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC
* * * * *
222630 GTTATGACCTTTTTGTTTTATCTTATCATAAAACAATTGTTTCATT-TT-ATAAAAGCTTATTAA
65 ATTATGAAC-TTTTG-----T-TTGTCATAAAACAATT-TTT-TTTGTTCATAAAAGCTTATTCA
* * * * ** * *
222693 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGT-TGAGATTTCAAACATAAAT
121 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
222757 CA-GTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTT
186 -ATGTTTA-CCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
222821 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTCATCATACAAGCCTATTCATAATAAAATGAT
249 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT
**** * *
222885 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-TG---TAGGGGAT-TATTTGTTTACT-GCACCA
313 ACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAG-ACCA
* * * * *
222943 ATTCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
376 ATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * * *
223007 CATAAAACAATTATTTGTGTTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
440 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
223072 TATGAAAATTAA-AAATTACGAGATTTGAAAAA
505 TCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
223104 TAAATTTGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCA
1 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
223169 TTATG-TCTTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
66 TTATGAAC-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * *
223233 TAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTACTAAG----AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * * * * * * *
223294 CTAAATTAGTTCAATTATTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATCACCATTT
193 C-CAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * ** * * ** * * *
223359 GTTTTATCATAAGATAGTAATTTCTA-TTGACAC-AGTCTTATTTGGAGTAAAGTATTACTAATT
257 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTTCATACAAG-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * *
223422 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGC-ATGACTAGTG
320 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA-GACCAATT
* * * * ** * *
223486 CAAATAGCTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACA
379 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
223551 AAAAAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTCTA
444 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
* *
223616 AAAATTAATAAAT-AAGAGATTTAAAAAT
509 AAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * **
223644 TGAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTG
1 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * * * * *
223709 CCAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-ATTTTTTATTCCTATAAGCTTATTTC-AATTAAA
66 TTATGAA-CTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * *
223771 ATAATACAAAGTTATT-AT-TGTTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
128 ATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * *
223834 TACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATTGTTATGACTTT
191 TACC-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * ** *
223899 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTC-A-TTCTTATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATGTTAG
255 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTACTTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAA
* * * *
223962 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAA--G---T---AGA-AGA--T-TTTA--A-A--AA-T-AA
318 TTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACCAATTCAA
* * ** * **
224008 ATATGTT--TACCAAAAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCAT-AA
382 ATA-GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * *
224070 ACAATTGTATC-ATTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTGA
446 ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
*
224134 AAATTAATGAG-AAAGAGATTTAAAAAA
510 AAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAA
*
224161 TGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * *
224226 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTACTTTTGTTCATACAAGCTAATATT--GAATAAA
66 TTATGAACTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCT--TATTCAAAATAAA
* *
224289 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATTTGTTT
128 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * *
224351 TCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT
192 AC-CAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* ** * * *
224416 TGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT-TTGTTCATAAAAGCGTATATGAAATAAAATAATA-TAATT
256 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAA-T
* * * *
224479 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCG-CATAAG
319 TTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGAC-CAA-
* * * * *
224542 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGCC
377 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * **
224606 ATAAAGCAATTGTTTCTATT--TACAAAAGTTTATT-TAGAAT-AAATAATACTAGCTTATTAAT
441 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAA-CTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
224667 ATTTTAAAAATTAATAGGTAGA-AGATTTTAAAAA
503 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAA
** * * * *
224701 TAAAT-TGCTTA-CGAACAAGTTCAAA-ACGTCATGTCCATTTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
1 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
224763 CATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTGTTCATGCAAAA--TTATTCAAAACA
64 CATTATGAACTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCAT--AAAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * * * *
224826 AAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTGAACACTAAATCTATT
126 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * *
224887 TACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-T
191 TACCAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * *
224951 TTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTCT-TTTCATACCAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAAT
255 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
225015 TTAATAATATTCCAAAAACTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATGTGTTTGCT-GAACCAGC
319 TTATTAATATT-TAAAAA-T--TAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAG-ACCA-A
* * * *
225079 TT-AAATAATTAAGACTATTTTGTCATAAAACACATTCAAATAGTTATTATTAGTTAACCAATTA
377 TTCAAATAGTTAAGACTA-----T--TAGAACA-A-T----TA--T-CTA-T--TT--CAAATT-
* * ** * ** *
225143 TTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTATTTCTATTCATACATGCG
420 GTTA--TGACCT--TT-TG---TTTTG--T---CATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAACT
* * * * *
225207 TATTCAAAATAAAATAATATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAA
471 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAA
225271 AA
536 AA
* * * *
225273 TAAATCTATTTACTGAGCAATTTCAAATAGTTATGACTAGTTT-AACAATTATTTATTTCAAAT-
1 TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * ** * *
225336 AGTTGTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATGCAAGTTTATTCAGAATAAA
65 A-TTATGAACTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * *
225401 ATAATACTAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTT
128 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * *
225465 ACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
192 ACC-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
* * ** ** ** * * * *
225530 TGTTTTGTTATAAAATAATTGTTT-TTGTTCATGTAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATC
256 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * ** *
225594 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAT-ATTTAAAAACTAAATTTGTTT-TTCAAAATAGTTCAA
320 TATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-TGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AGACCAATTCAA
* * * * * * *
225657 ATAGTTATA-ACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATAGTTATAATC-TTTATTTTGTCATAAA
382 ATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
225720 ACAATTGTTTCTTTTCATACAACCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAA
446 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* *
225785 AAATAATAAGTAAA-AGATTTGAAAAA
511 AATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAA
*
225811 TAAATGTATTT
1 TAAATCTATTT
225822 GTCAAACCAG
Statistics
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Consensus pattern (537 bp):
TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTACTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAGACCAATTCAAATAGTTAAG
ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
TAAAGAGATTTAAAAAA
Found at i:223492 original size:359 final size:353
Alignment explanation
Indices: 221512--225025 Score: 1587
Period size: 358 Copynumber: 9.9 Consensus size: 353
221502 ACCAAATAAT
* * ** * * * *
221512 TTCAAATAGTT-TGACTATTTGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTCTTTTATTA
1 TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
221576 TAAACA-ATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTT-AAATAAAAATAATATTAATTTGTTAATATT
65 TAAA-ATATAATTTCTATT-ACAC-AGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
221639 TTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-C-CGAACAAGTTCAAATAGTA
126 CTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTAGCATG-ACTAGTTCAAATAGTT
* * * * *
221702 ATAACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
189 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
* ** * ** * * * **
221767 TATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTTAAAAAATTAAT
254 TTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTGAAAATT-A-
* * * ** *
221832 GAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTATATTAAACAAA
316 -A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAG
* * * * * *** * *
221872 TTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAA-T-TAT-CTTCAAACCATTATGACCTTTT-TTCTTGCC
1 TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTT-TTGTC
** * *
221933 ATAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTACTAATA
64 ATAAA-ATATAATTTCTATT-ACAC-AGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * * * *
221995 TTCCAAAGATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAATG-C--GTTCAAATA
124 TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAA--T-TTGTTAGCATGACTAGTTCAAATA
* * * * *
222057 GTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTCTG-TTTGTCATAAACCA
186 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * ***
222120 ATTTTTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAT
250 AATGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
* * **
222185 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATATGTTTA-CCAAGTGAG
314 TAATAAG----AGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTATCGAA-CAAG
* * * * * *
222230 TTCAAATAGTTATGAA-TATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTAT-AACAATTTAAACAATTATATATTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
** * ** * *
222294 ATAAAATAATTGTTTCTACTTATACAAAATTA-TTCATAATAAAATAATACTATTTTATTAATAT
64 ATAAAAT-ATAATTTCTA-TTACAC-AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
222358 TGTGAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAACTAAATCTAT-TTA-C-TAGACCAATTCAAGTAG
125 TCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCAT-GACTAGTTCAAATAG
* * * ** * * * * *
222416 TGAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAAT
187 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
** * * * * * ***
222480 TGTTTCAATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATAATATTTTATTAACATTCAAAAAATT
252 TGTTTTTATTCATATA-AGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTGAAAATT
* * * *
222544 AATAAGCAAGGAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
315 AATAAG--A-G-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAG
* * * * * * * *
222587 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCAT-TTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTAT
1 TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTAT-ATATTT-CAATTGTTATAACC-TTTTGTTTTGT
* * * * ** * *
222651 CTTATCATAAA-ACAATTGTTTCATTTTATAAAAGCTTATTAAAAATAAAATAATATTACTTTAT
63 C--AT-A-AAATATAA---TTTC-TATTA-CACAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * * ** * *
222715 TAATATT-TCAAAAATTGAGAAGT-TGAGATTTCAAACATAAATCAGTT--TATCGAATCAGTTC
119 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCAT-GACT-AGTTC
* * * ** *
222776 AAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAAC-TTTTGTTTTGTCATA
181 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * *
222840 AAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCATAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTTC
245 AAACAAATGTTTTT-ATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTT
* * **** * *
222904 AAAAATTAAT-----ATGTAGGGGAT-TATTTGTTTA-CTGCACCAA-
308 GAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-G-AACAAG
* * *
222944 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAA-TTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
223009 TAAAACAATTATTTGTGTTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTA
65 TAAAA-TATAATTTCTATT-ACACA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * * *
223074 TGAAAATTAA-AAATTACGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTGC-TGAACTAGTTCAAATAGTTA
127 TAAAAATTAATAAGTAAC-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCATG-ACTAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
223137 AGGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGTCTTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGT
190 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT
* * * *
223202 TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTACTA
255 TTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
*
223267 AGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAA-ATTAG
319 AGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA--AG
* * * * * * *
223303 TTCAATTATTTATAACAATTTAAACAATTATTTATTTCATATCGTTATCACCATTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCA-ATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
223368 TAAGATAGTAATTTCTATTGACACAGTCTTATTTGGAGTAAAGTATTACTAATTTATTAATATTC
65 TAAAATA-TAATTTCTATT-ACACAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
223433 TAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGGCATGACTAGTGCAAATAGCTATG
127 TAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCATGACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
223498 ACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAA-AAAT-TAT
192 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-T
* * *** * * * *
223561 TTCTATTCATACAAACTTATTTGGAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATA
256 TT-TATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATT-TAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--T-
* *
223626 AATAAGAGATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCGAACAAG
315 AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAG
* * ** **
223665 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATTGCCATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
223730 TAAAATA-AATTTTTTATTCCTATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAAGTTATTATTGTTC
65 TAAAATATAA-TTTCTATTAC-A-CAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
223794 -AAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA--AATAAGTTCAAATAATT
127 TAAA-AATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTAGCATGACT-AGTTCAAATAGTT
* * ** *
223856 ATGACTATTTGAATAAATATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
189 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
* * * * * *
223921 CTTTCATTCTTATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATGTTAGTTTATTAATATTTTGACAATTAAT
254 TTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT
* *
223986 -A-AG---T---AGA-AGA--T-TTTA---AA-AA-
318 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAG
* * * * * **
224005 -T-AAATATGTT-TACCAA--AAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCAT
1 TTCAAATA-GTTATAACAATTTA-AACAATTATATATTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * **
224065 CATAAACAATTGTATCATTTC-A-TATA-GGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
63 CAT-AA-AA---TATAATTTCTATTACACAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
224127 ACTCTGAAAATTAATGAGAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTAT-TTA-C-CGAACAAGTTCAAAT
123 ATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCATG-ACTAGTTCAAAT
* * * *
224189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATA
185 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * * * ***
224254 ATTACTTTTGTTCATACAAGCTAATATT--GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAA
250 AATGTTTTTATTCATATAAGCT--TATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTGAAA
* *
224317 ATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAATAAATTTGTTT-TCTGAACACG
312 ATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAG
* * * * * *
224361 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * * *
224426 TAAACCA-ATTGTTTTTGTTCATAAAAGCGTATATGAAATAAAATAATA-TAATTTTATTAATAT
65 TAAA--ATATAATTTCTATT-A-CACAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATAT
* *
224489 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATCGCAT-A--AGTTCAAATA
125 TCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTA--GCATGACTAGTTCAAATA
* * * * *
224550 GTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA-TCTTTTGTTTTGCCATAAAGC
186 GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * * * ** *
224613 AATTGTTTCTATTTACAAAAGTTTATTTAGAAT-AAATAATACTAGCTTATTAATATTTTAAAAA
249 AAATGTTTTTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTTGAAAA
* *
224677 TTAATAGGTAGAAGATTTTAAAAATAAA-TTGCTTA-CGAACAAG
313 TTAATA---AG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAG
* ** * * * * ** * *
224720 TTCAAA-ACGTCATGTCCATTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
1 TTCAAATA-GTTAT-AACAATTTAAACAATTATATATTTC-AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * ** ** * * *
224784 CATAAAACA-ACTGTTTCTGTT-CATGCAAAATTATTCAAAACAAAATAATACTGATCTATTAAT
63 CATAAAATATA--ATTTCTATTACA--C-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
224847 ATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTGAACACTAAATCTAT-TTA-C-TAAAATAGTTCAAAT
123 ATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTAGCAT-GACTAGTTCAAAT
* ** * * *
224905 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACC
185 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * * * *
224969 ATTGTTTCTT-TTCATACCAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
250 AATGTTT-TTATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATT
225026 CCAAAAACTA
Statistics
Matches: 2454, Mismatches: 508, Indels: 388
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
337 212 0.09
338 15 0.01
339 12 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
TTCAAATAGTTATAACAATTTAAACAATTATATATTTCAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAATATAATTTCTATTACACAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
AATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTGTTAGCATGACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTAT
TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATT
TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAG
Found at i:224153 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 223866--224161 Score: 391
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
223856 ATGACTATTT
* * ** * *
223866 GAATAAATATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTTCATTCT
1 GAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGCTATCATTCA
* ** * * * * *
223931 TATAAGCTTATTCAAATTAAAATAATGTTAGTTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAGAAGA
66 TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTGAAAATTAATAAGAAGAAGA
*
223996 TTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAAA
131 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAA
*
224023 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAACAATTG-TATCATTTC
1 GAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGCTATCA-TTC
* *
224086 ATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTGAAAATTAATGAGAA-AGA
65 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTGAAAATTAATAAGAAGA-A
224150 GATTTAAAAAAT
129 GATTTAAAAAAT
224162 GAATCTATTT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 18, Indels: 5
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
155 5 0.04
156 74 0.62
157 40 0.34
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (157 bp):
GAATAAATATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGCTATCATTCA
TATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTGAAAATTAATAAGAAGAAGA
TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAA
Found at i:224553 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 224027--225815 Score: 1449
Period size: 360 Copynumber: 4.9 Consensus size: 358
224017 CCAAAAGAAT
* ** ** *
224027 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAACAATTGTATCAT-TTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTGTTCATAA
* * * *
224090 AGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTGAAAATTAATGAGAAAGAGATTT
65 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAA-AGATTT
* *
224155 AAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
128 AAAAAATAAATCTATTTA-CGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
224220 AAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTACTTT-TGTTCATACAAGCTAATATT-
192 AAAT-AGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCT-ATATTA
224282 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATT
254 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATT
* * * *
224346 TGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAAC
318 TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTTGAAC
*
224386 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAA
* * *
224451 AGCGTATAT-GAAATAAAATAATATAATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
66 AGCTTAT-TCAAAATAAAATAATATAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT
* * * *
224515 AAAAAATAAATCTATTTATCGCATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTC
128 AAAAAATAAATCTATTTA-CGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
224580 AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAGCAATTGTTTCTATTTACAAAAG-TTTATTTAGA
192 AAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTATA-TTAGA
** ** * *
224644 AT-AAATAATACTAGCTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGAAGATTTTAAAAATAAA-TT
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AA-AATTTAAAAATAAATTT
* * *
224707 GCTTAC-GAACAAGTTCAAA-ACGTCATGTCCATTTTGAAT
319 GTTTACTGAACAAGTTCAAATA-GTCATGACCATTTTGAAC
* * *
224746 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTGTTCATGC
1 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT--
* * * *
224810 AAAA--TTATTCAAAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATT
63 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAAGATT
* * * * * *
224870 TGAACACTAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCT
127 TAAAAAATAAATCTATTTACGAAAA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
224935 CAAATTGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTCTTTTCATACCAGCT-TATTTAG
191 CAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTATA-TTAG
* * * * * *
224998 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAACTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATG
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAATAAATT
* * * * * *
225063 TGTTTGCTGAACCAGCTT-AAATAATTAAGACTATTTTGTCATA-
318 TGTTTACTGAACAAG-TTCAAATAGTCATGACCATTTTG--A-AC
** ** * * * *
225106 AAACA-C-A-TTCAAATAGTTATTATTAGTTAACCAATTATTTATTTCA-AATAGTTATGACCTT
1 AATTATCTATTTCAAATAG---TTA-T-G---ACCTTTTGTTT-TGTCATAA-A---A-CA-ATT
* * *
225167 TTGTTTTGTCATAAACTAATTATTTCTATTCATACATGCGTATTCAAAATAAAATAATATTAGTT
51 GT-TTTTGT--T---C-----A----TA---A-A-A-GCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATT
* * ** *
225232 TATTCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAATTTC
94 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAAAAAGTTC
* * *
225297 AAATAGTTATGACTAGTTT-AACAATTATTTATTTCAAATAGTTGTGATCTTTTGTTTTGTCATA
157 AAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATA
* * * **
225361 AAACAATTGTTTCTATACATGCAAG-TTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
221 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTATATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * * *
225425 GAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATGT
285 AAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
225490 CCA-TTTGAAC
348 CCATTTTGAAC
* * *
225500 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGTA
1 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA--TA
* * * * * * *
225565 AAA--TTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---ATATTT
64 AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAAGATTT
* * * * * * *
225625 AAAAACTAAATTTGTTTTTC-AAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTATTATCTATCT
128 AAAAAATAAATCT-ATTTACGAAAA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
225689 CAAATAGTTATAATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAACCT-TATTCGA
191 CAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTATATTAGA
* *
225752 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAAT
256 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAAT
225816 GTATTTGTCA
Statistics
Matches: 1134, Mismatches: 203, Indels: 188
0.74 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
355 43 0.04
356 123 0.11
357 101 0.09
358 88 0.08
359 112 0.10
360 281 0.25
361 22 0.02
362 46 0.04
365 12 0.01
366 6 0.01
367 1 0.00
369 1 0.00
370 4 0.00
371 2 0.00
372 6 0.01
374 1 0.00
377 2 0.00
380 1 0.00
382 7 0.01
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384 2 0.00
385 1 0.00
386 1 0.00
387 1 0.00
388 5 0.00
389 11 0.01
392 43 0.04
393 2 0.00
394 7 0.01
395 1 0.00
396 84 0.07
397 114 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAA
AGCTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
AGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTATATTAGAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACT
GAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTTGAAC
Found at i:225432 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 225113--225821 Score: 691
Period size: 181 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
225103 ATAAAACACA
* * * *
225113 TTCAAATAGTTATTATTAGTT-AACCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
225177 AT-AAACTAATTATTTCTATTCATACATGCGTATTCAAAATAAAATAATATTAGTTTATTCATAT
65 ATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
225241 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAT
129 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA-AAAT
* * *
225294 TTCAAATAGTTATGACTAGTTT-AACAATTATTTATTTCAAATAGTTGTGATCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
225358 ATAAAACAATTGTTTCTATACATGCAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * ** * * * *
225423 ATGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGAATAAG
130 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-AAT
* * * * *
225475 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** ** * * * * *
225540 TAAAATAATTGTTTTTGTTCATGTAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * * * * * *
225605 TGAAAATTAATAAG----ATATTTAAAAACTAAATTTGTTT-TTCAAAAT
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAT
* * * * * *
225650 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATAGTTATAATC-TTTATTTTGT
1 --TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
225714 CATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAACCTTATTC-GAATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
225778 TTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAATGTATTT
128 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
225822 GTCAAACCAG
Statistics
Matches: 431, Mismatches: 86, Indels: 23
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 71 0.16
177 63 0.15
180 21 0.05
181 263 0.61
182 8 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAAAT
Found at i:225812 original size:754 final size:751
Alignment explanation
Indices: 224355--225853 Score: 2151
Period size: 754 Copynumber: 2.0 Consensus size: 751
224345 TTGTTTTCTG
* *
224355 AACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
1 AACACATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
224420 TTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCGTATATGAAATAAAATAATATAATTTTATTA
66 TTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGCGTATATAAAATAAAATAATATAAGTTTATTA
*
224485 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGCATAAGTTCAAATA
131 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGCACAAGTTCAAATA
*
224550 GTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAGCAA
196 GTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAACAA
* * *
224615 TTGTTTCTATTTACAAAAGTTTATTTAGAATAAATAATACTAGCTTATTAATATTTTAAAAATTA
261 TTGTTTCTA-TTACAAAAGTTTATTCAGAATAAATAATACTAACTTATTAATATTATAAAAATTA
224680 ATAGGTAGAAGATTTTAAAAATAAATTGCTTACGAACAAGTTCAAAACGTCATGTCCATTTTGAA
325 ATAGGTAGAAGATTTTAAAAATAAATTGCTTACGAACAAGTTCAAAACGTCATGTCCATTTTGAA
*
224745 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTGTTCATGC
390 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTGTTCATGC
* *
224810 AAAATTATTCAAAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTGAAC
455 AAAATTATTCAAAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
*
224875 ACTAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAT
520 ACTAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAT
* * * * * *
224940 TGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTCTTTTCATACCAGCTTATTTAGATTAAAA
585 AGTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAACCTTATTGAGATTAAAA
* * *
225005 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAACTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATGTGTTTG-
650 TAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATGTATTTGT
*
225069 CTGAACCAGCTTAAATAATTAAGACTATTTTGTCATAA
715 C-AAACCAGCTTAAATAATTAAGACTATTTTGTCATAA
* * *
225107 AACACATTCAAATAGTTATTATTAGTT-AACCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
1 AACACATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
* * * *
225171 TTTGTCATAAACTAATTATTTCTATTCATACATGCGTAT-TCAAAATAAAATAATATTAGTTTAT
65 TTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGCGTATAT-AAAATAAAATAATATAAGTTTAT
* *
225235 TCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTG-AGCAATTTCA
129 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GCA-CAAGTTCA
* * *
225298 AATAGTTATGACTAGTTT-AACAATTATTTATTTCAAATAGTTGTGATCTTTTGTTTTGTCATAA
192 AATAGTTATAACTA-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAA
* * *
225362 AACAATTGTTTCTA-TACATGCAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATG
256 AACAATTGTTTCTATTACA--AAAGTTTATTCAGAAT-AAATAATACTAACTTATTAATATTATA
* * *
225426 AAAATTAATAGGTAGGAGA-TTTAAAAATTAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATA-GTCATG
318 AAAATTAATAGGTAGAAGATTTTAAAAA-TAAAT-TGCTTA-CGAACAAGTTCAAA-ACGTCATG
** * * * *
225489 TCCA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTT
379 TCCATTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGTT
* * * * * * * *
225553 TTTGTTCATGTAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
444 TCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * *
225618 GATATTTAAAAACTAAATTTGTTT-TTCAAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-ATT
509 GAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACT-AAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TAATT
225681 ATCTATCTCAAATAGTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAACCTT
572 ATCTATCTCAAATAGTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAACCTT
* * *
225746 ATTCGA-ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTGAAAA
637 ATT-GAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATAACAAGTAAAAGAATTAAAAA
* *
225810 ATAAATGTATTTGTCAAACCAGCTTGAATAGTTAAGACTATTTT
701 ATAAATGTATTTGTCAAACCAGCTTAAATAATTAAGACTATTTT
225854 CTGACCTTTT
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 67, Indels: 30
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
750 4 0.01
751 5 0.01
752 257 0.39
753 50 0.08
754 321 0.48
755 26 0.04
756 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (751 bp):
AACACATTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATAAAAGCGTATATAAAATAAAATAATATAAGTTTATTA
ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGCACAAGTTCAAATA
GTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAACAA
TTGTTTCTATTACAAAAGTTTATTCAGAATAAATAATACTAACTTATTAATATTATAAAAATTAA
TAGGTAGAAGATTTTAAAAATAAATTGCTTACGAACAAGTTCAAAACGTCATGTCCATTTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAACTGTTTCTGTTCATGCA
AAATTATTCAAAACAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
CTAAATCTATTTACTAAAATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATA
GTTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAACCTTATTGAGATTAAAAT
AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATAACAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATGTATTTGTC
AAACCAGCTTAAATAATTAAGACTATTTTGTCATAA
Found at i:225894 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 225712--226009 Score: 370
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
225702 TCTTTATTTT
* ** *
225712 GTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAACCTTA-TTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAA
1 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAACCTTATTTCGAACT-AAATAATACTAATTTAATAA
* * * * * *
225776 TATTCCAAAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTGAAAA-ATAAAT-GTATTTGTCAAACCAGCTTGAA
65 CATT-AAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGATAAATCG-ATTTATCAAACAAGCTTAAA
225838 TAGTTAAGACTATTTTCTGACCTTTTGTTTA
128 TAGTT-AGACTATTTTCTGACCTTTTGTTTA
* * * *
225869 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTATTTTGAACTAAATAATACTAATTTATTAAC
1 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAACCTTATTTCGAACTAAATAATACTAATTTAATAAC
* * *
225934 ATTAAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAGATAAATCGATTTATCAAACAAGTTTAAATAG
66 ATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGATAAATCGATTTATCAAACAAGCTTAAATAG
*
225999 TTTGACTATTT
131 TTAGACTATTT
226010 GAACAATCAA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 18, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 6 0.05
157 79 0.66
158 33 0.28
159 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (157 bp):
GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAACCTTATTTCGAACTAAATAATACTAATTTAATAAC
ATTAAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAGATAAATCGATTTATCAAACAAGCTTAAATAG
TTAGACTATTTTCTGACCTTTTGTTTA
Found at i:229197 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 227821--229658 Score: 1276
Period size: 180 Copynumber: 10.3 Consensus size: 178
227811 AAATGTTTAC
* * * * * *
227821 CAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTT
1 CAAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
* * * *
227885 GTTCTATTATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATACTAATATA
65 GTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TT-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
227949 ATAACATTTTGAA-AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGT
128 TTAATA-TTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-T
* * * * * *
228001 CGAACTAGTTCT-AATAATTAAGACTATATT-AACAATTATCTAGTTCAAATT-GT-T----TTT
1 CAAACAAGTT-TAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTT
* * * * * * *
228058 TGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTAGAATTAAGTAA-AATGAATT
64 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTA-AATAAAATAATACT-AATT
* * * * * * *
228122 TATTAATATTTCAA-AATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAATTAATTTTGTTTAC
126 TATTAATATTTCAACAA-TTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-T
* * * * * * *
228176 CTAATCAA-TTCAGATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTT
1 C-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
228240 ATTTTTTCATAAAACATATGT-TTT-TATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAAAAATA-TGAAC
65 GTTTTGTCATAAAATA-AT-TATTTCTATTCATACAAGCTTATT--AAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
228302 CTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
125 TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-T
* * * * * *
228353 CAAATC-AGTTCAAATAGTTAGGACTATTT-AAGCAATTATTTTATTTCAAATTGTT-TTAACTT
1 CAAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTA-TCTATTTCAAATTATTATGACCTT
*
228415 TT-TTTTGTTATAAAATAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAAT
63 TTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATT-AAA-TAAAATAATACTAAT
** * * *
228478 TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAGTCAATATGTTTAT
125 TTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-T
* * * ** * * *
228533 CAAACTAGATTAAATAGTTATGACTATTTGAATAAAAATCTGTTTTAAATCATTATGACC-TTTG
1 CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * *
228597 ----GT--TAAAAAAATTATTTC-ACTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTA
66 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATT--AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
228655 TTAATATTCCAA-ATATTAATAATTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
128 TTAATATTTCAACA-ATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
* * * ** *
228706 CAAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTT
1 C-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTT
* * * * * * * * *
228771 TATTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCAAACAAGCTTATTTCTAGTAAAATAATACAAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TT-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
228836 ATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCAT
127 ATTAATATTTCA-ACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT-TT
* ** * * * *
228889 CAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCATATTGTTATGACTTTTTG
1 CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * *
228954 TTTTGTCATAAAACATTTCTTTTTGTTTATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTAT
66 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-A-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
229019 TAGTATTTTAACAAGTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
129 TAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
* * * * * * * *
229069 CGAATAAGTTTAATTAGTCATGACTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATTATTGTGACCTTTTG
1 CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * *
229134 TTTTGTAATAAAATAATTATTTCAACTCATATAAGCTTATCTGAGATAAAATAATACTAATTTAT
66 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT-T-AAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
229199 TAATATTCCAA-AATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATGAGTCTGTTTAC
129 TAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-T
* * * ** *
229249 CGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTT
1 CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
* ** * *
229313 GTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCCTTTATCAAATAAAATAATA-TAAATTT
65 GTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-C-TTATTAAATAAAATAATACT-AATTT
*
229377 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
127 ATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
* ** *
229428 CTGAACACA-TTTAAATAGTTATGACCGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTACTATGACCTTT
1 C-AAACA-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTT
* * * * * * *
229492 TGTTTTATCATAAACTAATTGTTTTTGTTTATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT--AAATAAAATAATACTAATTT
* *** * * * * *
229557 ATTAAAAGACCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
127 ATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
* ** * * * * *
229609 CCAAGGAGTTCAAAGAGTTATGAATATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
1 CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
229659 CGTTAGTGTT
Statistics
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183 5 0.00
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CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
Found at i:232089 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 232055--232089 Score: 52
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232045 ATACATGCTC
**
232055 ATACCAATTGTTATGG
1 ATACCAATTGTTAAAG
232071 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
232087 ATA
1 ATA
232090 TCTTATCCCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATACCAATTGTTAAAG
Found at i:238590 original size:178 final size:176
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 7.6 Consensus size: 176
238034 CGTTCTAACC
* * * * * *
238044 TTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AATTCATACAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACT
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* * * * ***
238107 AATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAGAAATACGTTTACCAAA
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** * ** * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * ** **
238288 ACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT-AAAAATTAAAGCTATTTTCTGAACC
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* * * *
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* *
238404 TCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGATCATATAAGCTTATTCGG-ATAAAAATAATACT
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* * ** *
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* * * * *
238533 CAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTCTAAGA
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* * ** * * *
238583 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATGCAAGCTTGTTTGGAATAAAATAGTACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GATCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
* *
238647 ATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAATG-ATT
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTAATGAATT
* * *
238710 AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAA--ATTGTTATGTA
124 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAATCATT-CTATG-A
* * **
238764 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
1 -TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * * *
238828 ATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAATT
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAG--AG--ATTTAAAAAAATAAATT-GTTTAATGAATT
* ** * * * * * * **
238893 AGTTCAAATAATTA-GGTTGTTTGAATAATTATATATTTCGAATCCTTATTACCA
124 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCATT-CTATGA
** * * * * * * * ***
238947 -TTCATTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
** * * *** ** * *
239011 TTTATTAATATTTCACGAATTAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTTA
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTAATGAATTAGTTCA
* * ** * ***
239075 AATAGTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
130 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCATTCTATGA
* * * * * * * *
239123 TTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTA
* * * * * ** * *
239187 ATTTAATAACA-TTCTAAAAATTCATAACTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTCCTAAACC
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAAATAAAT-TGTTTAATGAA-T
* * * * * * *
239250 AACG-T-AAACAATTAAGA-TAATATGAACAATTATCTATTTCAAATC-GT-TAAGA
123 TA-GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCATTCTATGA
* * ** * * * * *
239302 CTTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTATTTAAGCTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACT
1 --TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * *
239367 AGTTTCTTAATATTTCAAAATTTTA-TAAGAGATTTAAAAA
64 AATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAGTAAGAGATTTAAAAA
239407 TAATTCTATT
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTGTTTAATGAATTAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAATCATTCTATGA
Found at i:239023 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 238048--239061 Score: 603
Period size: 182 Copynumber: 5.6 Consensus size: 181
238038 CTAACCTTTT
* * * * *
238048 TTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAA-TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *** ** *
238113 TTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAGAAATAC-GTTTACCAAACAAGC
64 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-GAAAAAATAAAT-CTGTTTAATGATTAAGT
* * * * **
238176 TCAAATAAATATGACTATTTGAGA-AATTA-ACTATTTAAAATCGTTATG-ACCTTTTG
126 TCAAATAATTATGATTATTTGA-ACAATTATA-TATTTAAAATCCTTATGTA-CATTCA
* * * * *
238232 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TTAAAAACTTATCCAAAATAAAGTAATACTACTTTATT
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * ** ** *
238296 AATATTTTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT-AAAAATTAAAGCTATTTTCTGAACCAA-TTTAA
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAATG-ATTAAGTTCAA
* * * * **
238359 ATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCA-ATTTCAAAT-CTCTATG-ATC-TTTG
130 ATAATTATGATTATTTGAACAATTAT-ATATTTAAAATCCT-TATGTA-CATTCA
* * * * * **
238410 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGATCATATAAGCTTATTC-GGATAAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AATCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * * * ** *
238474 ATAACATTTCAAAAATTAGTAAG--AG--ATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATT-ATTTC
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAATG-ATTAAGTTC
** * * * * * ** * * * * **
238534 AAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTCCAAATCATTCT-AAGATTTTG
128 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCCTTATGTACA-TTCA
* * * ** * **** *
238588 TTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATGCAAGCTTGTTTGGAATAAAATAGTACTAATTTAT
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-ATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
238653 TAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAATGATTAAGTTCA
65 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAATGATTAAGTTCA
* * ** * **
238717 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGTACTTTTG
129 AATAATTATGATTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCCTTATGTACATTCA
* * *
238770 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTAT
1 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAA-TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
238835 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTGAATT-AGTTC
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCT-GTTTAATG-ATTAAGTTC
* * * **
238898 AAATAATTA-GGTTGTTTGAATAATTATATATTTCGAATCCTTAT-TACCATTCA
128 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCCTTATGTA-CATTCA
* * **
238951 TTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAA-CATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTATCATAAAACAA-T-TGTTTCAATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * *
239015 TTAATATTTCACGAA-T--T-AGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA
239062 CCAAACCAAT
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 132, Indels: 76
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 20 0.03
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAATGATTAAGTTCAAA
TAATTATGATTATTTGAACAATTATATATTTAAAATCCTTATGTACATTCA
Found at i:239320 original size:358 final size:360
Alignment explanation
Indices: 238039--239468 Score: 1114
Period size: 358 Copynumber: 4.0 Consensus size: 360
238029 AGAATCGTTC
*
238039 TAACCTTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTGTTCGAAATAAAATAA
1 TAACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
238103 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAAGAAATACGT-TTA
65 TACTAATTTAATAACATTTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAAATAAAT-C-TATTT
* * * * * *
238166 CC-AAACAAGCTCAAATAAATATGACT-ATTTGAGA-AATTAACTATTTAAAATCGTTATGACCT
126 CCTAAACAAGCTCAAATAATTAAGACTAATATGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCT
* * ** * * ** * *
238228 TTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTCAATTTAAAAACTTATCCAAAATAAAGTAATACTACT
190 TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
238291 TTATTAATATTTTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTTCTGAACCAATT
255 TTATTAATA-TTTCAAAA--ATT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATT
* * * *
238356 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATTTCAAATCT-CTA
316 CAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAAT-TGTTA
* * * * * * *
238401 TGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGA-TCATATAAGCTTATTCG-GATAAAAATA
1 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATA
* * * *
238463 ATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAGTAAG----AGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGCT
64 ATACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTCCT
* ** ** ** * * *
238524 GAATTATTTCAAATGGTTAAGACTATTA-GAATAATTATCTATTCCAAATCATTCTAAGA--TTT
129 AAACAAGCTCAAATAATTAAGACTAATATGAATAATTATCTATTTCAAATC-GT-TAAGACCTTT
* * **** * * ** *
238586 TGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATGCAAGCTTGTTTGGAATAAAATAGTACTAATTT
192 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * **
238651 ATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAAT-GATTAAGT
257 ATTAATATTTC-AAAAATTAGTAAG--A-A-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAA-T
* * * *
238714 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
315 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * *
238760 TGTA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
1 T-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * **
238824 TACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTAT
65 TACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAGCAA-AAGATTTAAAAAAATAAATCTA-TTTCC
* ** * * ** * * * * ** * *
238887 TGAATTAGTTCAAATAATT-AG-GTTGTTTGAATAATTATATATTTCGAATCCTTATTACCATTC
128 TAAACAAGCTCAAATAATTAAGACTAATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTT
*
238950 ATTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
193 GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * *
239015 TTAATATTTCACGAATTAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTTAAATAG
258 TTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAG
* *
239080 TTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
323 TTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTGTTA
* *** * *
239118 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
1 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* *
239183 ATTAATTTAATAACA-TTCTAAAAATTCATAA-CTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTCCT
66 ACTAATTTAATAACATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTCCT
* * *
239245 AAACCAA-CGT-AAACAATTAAGA-TAATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACTTTT
129 AAA-CAAGC-TCAAATAATTAAGACTAATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTT
* * ** * * ** * *
239307 TGTTTTCTCATAAAATAATTATTTAAGC-TCATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAAAACTAGTT
192 TGTTTTATCATAAAACAATTATTT-TTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
239371 TCTTAATATTTCAAAATTTTA-TAAGAGATTT-AAAAATAATTCTATTTACTAAACCAATTCAAA
256 TATTAATATTTCAAAA-ATTAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAA
* * *
239434 TAATTATAAGTATTTGAA-AAATATATATTTCAAAT
320 TAGTTATAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAAT
239469 CATTAAAAGT
Statistics
Matches: 839, Mismatches: 183, Indels: 98
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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355 7 0.01
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363 93 0.11
364 37 0.04
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (360 bp):
TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
ACTAATTTAATAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTCCTAA
ACAAGCTCAAATAATTAAGACTAATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAAATAGTTA
TAACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATTGTTA
Found at i:241419 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 240684--242069 Score: 1172
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 179
240674 TCAATTTCGA
* * * * *
240684 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGGATAACCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTT
* * * * * *
240748 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA-ATGATAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
65 ATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
240812 AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAT-TCCTTGCTTATTAGTTTTCT-
128 AACTAG-TTAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTT-TG
* * * * *
240866 AAATGTTAATAAAATAATATTATGTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
* * * * * * *
240930 ATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATATATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
240995 ACTAGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TATATTTTT-
129 ACTAGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTG
* ** * * * * *
241046 AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAA-CTTTGTAT-ATTAGAAACAATTATTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * * *
241109 TATGACAAAATTAAGACAAT-ATAA--ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATT
64 TATGACAAAA-CAA-A-AATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * **
241171 TGAACTGGTCTAATAAATAGATTT-TGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCA
126 TGAACTAGT-TAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** *
241222 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * **
241287 TGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTCAAA
66 TGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
241352 CTCACTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTACTAATTTTTG
130 CT-AGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * **
241403 GAAT-TTAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTT
1 AAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
*
241467 ATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-----ACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
241527 ACATA-TTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATCTTGG
129 AC-TAGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
241578 GAATATTAGTAAATTTA-CATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * *
241641 TATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTG
64 TATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
241706 AACTTGCTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCT-TTAATTTTTG
128 AACTAG-TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTG
* * * * * * * *
241759 AAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAGTCATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * * *
241824 TGGCAACACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTAAA
66 TGACAAAACAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
241889 CTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCG
130 CTAGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * * *
241940 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAAGAAGCTAGTATCAACAAAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
242005 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATCGATTTGAA
66 TGACAAAACAAAAA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
242070 ATAAGCTTGT
Statistics
Matches: 977, Mismatches: 179, Indels: 97
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 6 0.01
175 162 0.17
176 65 0.07
177 59 0.06
178 3 0.00
179 60 0.06
180 67 0.07
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182 129 0.13
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TAGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:241570 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 240685--242069 Score: 1280
Period size: 356 Copynumber: 3.9 Consensus size: 354
240675 CAATTTCGAA
* * *
240685 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGGATAACCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTTTATGAATA-GAAACAATTATTTTA
* * * *
240749 TGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA-ATGATAATCGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
65 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAG---T-ACTATTTGA
** * * * * * *
240813 ACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAGTTTTCTAAATGTTAATAA
124 ACTTGTTCAGAAAATAGATTTA-TTTTTTAAATT-TTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAA
* * * * * *
240878 AATAATATTATGTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAA
187 ATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * *
240942 AAGGTCAAAACGATTTGAAATATATAATTGTTCT-AACAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGC
251 AAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTACTT-AGC
* *
241006 AAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATATATTTTTAG
314 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATA-ATTTTTGG
* ** * * * * *
241048 AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAA-CTTTGTAT-ATTAGAAACAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTT-TATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * *
241111 TGACAAAATTAAGACAAT-ATAA--ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTG
65 TGACAAAA-CAA-A-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A--GT-ACTATTTG
* * *
241173 AAC-TGGTCTA-ATAAATAGATTT-TGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
123 AACTTGTTC-AGA-AAATAGATTTAT-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAAT
* ** **
241232 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
185 AAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * ** *
241297 AAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTCAAACTCACTTAGT
250 AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ACTTAGC
* * *
241362 AAATAGATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTACTAATTTTTGG
314 AAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTGG
* ** * **
241404 AAT-TTAAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTTA
1 AATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * *
241468 TGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-ACTATTTGAACATA
65 TGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTACTATTTGAACTTG
* * * * * * *
241532 TTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATCTTGGGAATATTAGTAAATTTACA
129 TTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATA
* *
241597 TTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCA
194 TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * * *
241661 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGCAAACAAAT
258 TAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TACTTAGCAAATAAAT
* * *
241726 TCATTTTTTAAATCTCTTACTCTTTAATTTTTGA
322 TTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATAATTTTTGG
* * * * * * *
241760 AATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCC-TATATGAATTGATACAGTCATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
241824 TGGCAACACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTAAA
65 TGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG----TACTATTTGAA
* * * *
241889 CTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
125 CTTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
241954 TAATATTATTTTAATTCAAAGAAGCTAGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
189 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
242018 AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATCGATTTGAA
254 A-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAA
242070 ATAAGCTTGT
Statistics
Matches: 829, Mismatches: 150, Indels: 87
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 29 0.03
354 6 0.01
355 10 0.01
356 438 0.53
357 40 0.05
358 24 0.03
359 1 0.00
360 11 0.01
361 76 0.09
362 152 0.18
363 39 0.05
364 2 0.00
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTACTATTTGAACTTGTT
CAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAATATT
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
CGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTACTTAGCAAATAAATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATAATTTTTGG
Found at i:241807 original size:537 final size:528
Alignment explanation
Indices: 240678--242054 Score: 1357
Period size: 537 Copynumber: 2.6 Consensus size: 528
240668 TATTTCTCAA
* * *
240678 TTTCGAAAATATTAATAAAG-TAATATTATTTTATTTCGGATAACCTTTTATGAA-ATGAAACAA
1 TTTC-AAAATATTAAT-AAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAACC-TATATGAATA-GAAACAA
* * * **
240741 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA-ATGATAATCGTTCAAATAGTCATAA
62 TTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTCAAATA-GATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** * * * *
240805 TTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATTCCTTGCTTATTAGTTTTCT-AAA
125 CTATTTAAAC-TACTTAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATT-TTTACTTATTAATTTT-TGAAA
* * * * * *
240869 TGTTAATAAAATAATATTATGTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATG
186 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
240933 ACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATATATAATTGTTCTAACAGTCTTA-ACTATTTGAAC
250 ACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC-AA-A----TAGACTATTTGAAC
* * * * * *
240997 TAGTTCAGCAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATATATTTTTAGAATATTATTAGTTT
309 TAGTTCAGAAAATACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATATATCTTGAGAATATTATAAATTT
** * *
241062 AGCAATATTTTACTCCGAATAACTTTGTATATTAGAAACAATTATTTTATGACAAAATTAAGACA
374 AGCAATATTTTACTCAAAATAACTTTGTATAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATCAAGACA
* * * * * *
241127 ATATAAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACTGGTCTAATAAATAGA
439 ATATAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGCTCTAACAAACAAA
*
241192 TTTTGTTTTTAAATCTCTTATTAAT
504 TTATGTTTTTAAATCTCTTATTAAT
* * ** * *
241217 TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTG
1 TTTCAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CCTATATGAATAGAAACAATTA
* * *
241282 TTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
241347 TCAAACTCACTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAATCTTTTACTTACTAATTTTTGGAAT-TTAA
129 TTAAACT-ACTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-A
* * * * *
241411 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTTATGACAAAA
191 ATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* *
241476 CAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTATTTGAACATA-TTCAGAAA
256 CAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAA
* * * *
241540 ATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTAT-TAATCTTGGGAATATTAGTAAATTTA-CATTATT
320 ATACATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATAT-ATCTTGAGAATATTA-TAAATTTAGCAATATT
* * * *
241602 TTATTCAAAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAA-CAA-A-AGGTCATA
383 TTACTCAAAATAA-CTTTGTAT-AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATCAAGACA-AT-ATA
* * **
241663 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCT-TGGCAAACAAATT
444 A--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-TGCTCTAACAAACAAATT
241727 CAT-TTTTTAAATCTCTTACTCTTTAAT
506 -ATGTTTTTAAATCTCTTA----TTAAT
** * * * * *
241754 TTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAGTCA
1 TTTCAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-CCTATATGAATAGAAACAATTA
* * * *
241819 TTTTATGGCAACACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * *
241884 TTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAA
129 TTAAACTACTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * *
241949 TAAATTAATATTATTTTAATTCAAAGAAGCTAGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
192 TAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
242014 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
257 AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
242055 TCATATCGAT
Statistics
Matches: 691, Mismatches: 119, Indels: 58
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
529 1 0.00
530 3 0.00
531 51 0.07
532 66 0.10
533 64 0.09
534 4 0.01
535 1 0.00
536 9 0.01
537 363 0.53
538 123 0.18
539 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (528 bp):
TTTCAAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAACCTATATGAATAGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
AAACTACTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
TTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
AGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATACAT
TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATATATCTTGAGAATATTATAAATTTAGCAATATTTTACTCAA
AATAACTTTGTATAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATCAAGACAATATAAATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGCTCTAACAAACAAATTATGTTTTTAAATCTC
TTATTAAT
Found at i:242177 original size:97 final size:98
Alignment explanation
Indices: 241990--242166 Score: 239
Period size: 97 Copynumber: 1.8 Consensus size: 98
241980 AGTATCAACA
*
241990 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
1 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* *
242055 TCATATCGATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
66 CCATAACGATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
242088 AAAA-AATTATTTTATGATAATACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
1 AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
*
242152 CCATAACTATTTGAA
66 CCATAACGATTTGAA
242167 CTTGTTTTGT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 12, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
97 63 0.94
98 4 0.06
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (98 bp):
AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
CCATAACGATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
Found at i:242474 original size:459 final size:459
Alignment explanation
Indices: 241609--242514 Score: 1066
Period size: 459 Copynumber: 2.0 Consensus size: 459
241599 ATTTTATTCA
* * * *
241609 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
*
241674 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAAAT
66 TAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGCTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAAAT
** * * *
241739 CTCTTACTCTTTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATAT
131 CTCTTACTAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATAT
** * * * *
241804 GAATTGATACAGTCATTTTATGGCAACACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCA
196 GAACAGAAACAATCATTTTATGACAACACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * ** * **
241869 AATAGTTATTACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAA
261 AACAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGGAAACAAATACATTTTCTAAATACGTTACTTATTAA
* * * * *
241934 TTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAAGAAGCTAGTATCAACAAAAATAATT
326 TTGTAGAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCAAAGAAGATAGTATCAACAAAAACAATT
*
241999 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATCGA
391 GTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATCGA
242064 TTTG
456 TTTG
* * * *
242068 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAATACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * *
242133 TAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAGATTCATTTTTTTAAA
66 TAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGCTTGGCAAACAAATTCA-TTTTTTAAA
* * * * *
242198 TCTCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTA
130 TCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATA
** * * *
242263 TGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-ACAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
195 TGAACAGAAACAATCATTTTATGACAAC-ACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATT
* * ** * *
242327 CAAACAATCATAATTGTTTGCA-TTAGTT-AGGGCAACAAATACATTTTCTAAATCCGTTACTTA
259 CAAACAATCATAACTATTTAAACTT-GTTCA-GGAAACAAATACATTTTCTAAATACGTTACTTA
* * ** ** * * ** * *
242390 TTAATTTTTAG-AATATTAAT-AATTAGCATTACTTTGTTTTGAATAAGATTGTATGGACAGAAG
322 TTAA-TTGTAGAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCAAAGAAGATAGTATCAACAAAAA
* ** * *
242453 CAATTGTTTTATGATAAAACAAATTGCCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
386 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
242515 TATAACTAAT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 74, Indels: 10
0.81 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
459 196 0.53
460 168 0.46
461 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (459 bp):
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGCTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAAAT
CTCTTACTAATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATAT
GAACAGAAACAATCATTTTATGACAACACAAAAAGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTATTCA
AACAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGGAAACAAATACATTTTCTAAATACGTTACTTATTAA
TTGTAGAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCAAAGAAGATAGTATCAACAAAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATATCGA
TTTG
Found at i:242652 original size:640 final size:634
Alignment explanation
Indices: 241429--242712 Score: 1501
Period size: 640 Copynumber: 2.0 Consensus size: 634
241419 GTATTATTTT
* * * ** * * *
241429 ATTTCAAATAAGTTTTTATGAATAGAAGCAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATT
1 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* *
241494 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTATTTGAACATATTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT
66 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTATTTGAACATATTCAGAAAACAGATTCATTTTTAAAAT
* * * * *
241559 TTTTACTTATTAATCTTGGGAATATTAGTAAATTTACATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
131 TCTTACTAATTAATCTTGGGAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
* * *
241624 AATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
196 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
241689 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCTTTAAT
261 ACAATCATAACTATTTGAACTTGCTTGGCAAACAAATACATTTTCTAAATCTCTTACTCTTTAAT
* * * ** *
241754 TTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATACAGTCA
326 TTTTGAAATAGTAATAAGTTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATGAACAGATACAATCA
* * * * * * *
241819 TTTTATGGCAACACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTAT
391 TTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAA
* * * *
241884 TTAAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAA
456 TTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACGTATTAATTGTCGAAATATTAA
* * * *
241949 TAAATTAATATTATTTTAATTCAAAGAAGCTAGTATCAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
521 TAAATTAATATTATTTTAATTCAAACAAACTAGTATCAACAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC
*
242014 AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-ATCG
586 AAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAT-G
* * * * *
242063 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAATACAAAAGGTTATAGCAATT
1 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * ** *
242128 TGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAGATTCATTTTT
66 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-----ACTATTTGAACATATTCAGAAAACAGATTCA-TTTT
* * * ***
242193 TTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTTTGAATAAG
125 TAAAAT-TCTTACTAATTAATCTTGGGAATATTAATAAATTTA-AATTATGTTATTCAAAATAAG
*
242257 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACACAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
188 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * *
242322 TTGTTCAAACAATCATAATTGTTTGCA-TTAG-TTAGGGC-AACAAATACATTTTCTAAATC-CG
253 TTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTT-GCTT--GGCAAACAAATACATTTTCTAAATCTC-
* * * * *
242383 TTACT-TATTAATTTTT-AGAATATTAATAA-TTAGCATTACTTTGTTTTGAATAAGATTGTATG
314 TTACTCT-TTAATTTTTGA-AATAGTAATAAGTTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATG
* ** * ** * *
242445 GACAGA-AGCAATTGTTTTATGATAAAACAAATTGCCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
377 AACAGATA-CAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCA
* ** *
242509 AATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACGTATTAA
441 AATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACGTATTAA
* * * * * *
242574 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTA-TATGAACAAAAACATT
506 TTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAACAAAC-TAGTATCAACAAAAACAAT
* ** * *
242638 TGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
570 TGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATG
242703 ATTTGAAATA
1 ATTTGAAATA
242713 GTTCTGCAAA
Statistics
Matches: 540, Mismatches: 93, Indels: 28
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
634 75 0.14
639 25 0.05
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642 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (634 bp):
ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTATTTGAACATATTCAGAAAACAGATTCATTTTTAAAAT
TCTTACTAATTAATCTTGGGAATATTAATAAATTTAAATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ACAATCATAACTATTTGAACTTGCTTGGCAAACAAATACATTTTCTAAATCTCTTACTCTTTAAT
TTTTGAAATAGTAATAAGTTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGACTATATGAACAGATACAATCA
TTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAA
TTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACGTATTAATTGTCGAAATATTAA
TAAATTAATATTATTTTAATTCAAACAAACTAGTATCAACAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAAC
AAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATG
Found at i:242692 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 242064--242715 Score: 691
Period size: 180 Copynumber: 3.6 Consensus size: 179
242054 GTCATATCGA
* * * * * * * * *
242064 TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATAATACAAAAGGTTATAGCAATTT
1 TTTG-AATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * *
242129 GAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAACAGATTCATTTTTT
65 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTCA-TTTTT
* *
242194 TAAATCTCTTACTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTAT
129 TAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTAT
* *
242247 TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACACAACAAAAGGTCATAACGATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * * * ** * * *
242312 AAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAATTGTTTGCATTAGTTAGGGCAACAAATACATTTTCTA
66 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTA
* * *
242377 AATC-CGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATTAGCATTACTTTGT
131 AATCTC-TTAC-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA-AATTATTTTAT
* * * ** *
242427 TTTGAATAAGA-TTGTATGGACAGAAGCAATTGTTTTATGATAAAACAAATTGCCATAACGATTT
1 TTTGAATAA-ACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * *
242491 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
65 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTT
242556 AAATCTCTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
130 AAATCTCTTAC-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTAT
* * * * * * * *
242608 TTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTG
1 TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * *
242673 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATAGTT
66 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
242716 CTGCAAACAT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 80, Indels: 20
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 147 0.39
181 133 0.35
182 96 0.25
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTA
AATCTCTTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTTTAT
Found at i:242694 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 242673--242705 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
242663 TAATGATTTG
242673 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
242689 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
242706 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:242713 original size:19 final size:18
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Indices: 242662--242714 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
242652 ACAAAAGGTA
*
242662 ATAATGATTTGAAATAG-
1 ATAATTATTTGAAATAGT
*
242679 ATAATTA-TTCAAATAGT
1 ATAATTATTTGAAATAGT
242696 CATAATTATTTGAAATAGT
1 -ATAATTATTTGAAATAGT
242715 TCTGCAAACA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.27
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ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATAATTATTTGAAATAGT
Found at i:242991 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 242731--245308 Score: 2249
Period size: 181 Copynumber: 14.3 Consensus size: 181
242721 AACATAATTG
* * * * *
242731 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
242795 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* *
242860 TAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
130 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
242912 TTGTGACCTTCTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTAATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * *
242977 AATTCTAATTTATTAATATATCAAAAAATAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * *
243042 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACA
130 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
243094 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCT-GTTCATGTAAGCTTATTTTG-AATAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAA
* * * *
243157 ATAATAATAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAA-AAATATGTTT
64 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
243220 TCTAAACACGTTCAAATAGTTAGGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
128 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** ** * * * ** * *
243274 TTATGACAATTCGTTTCGCCATCACCCAATTATTTCT-GTTCATAAAAGCTTATTT-AGAATAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
** * **
243337 ATAATACTAATTTATTAATATTTGTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAGCAAATCTGTTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * *
243402 CCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
129 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
243455 TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
243519 TAACACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * **
243583 CTAAACAAGTTCAAATAATCATGCCCATTTGAACTGTTATCTATTTCAAATCA
129 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** *
243636 TTATGACATTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCCA-TTCATACAAAATTAGTT-AGAATAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * * *
243699 ATAATACCAATTTATTACTATTTC-AAAATT--TAA-T-AAGGATTT-AAAAATAAATGTGTTTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * **
243758 CCAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATTG
129 CTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * ** * * * *
243811 TTTTGATCTTTTGCTTAGT-A-AAAACATAATCATTTCAGTTCATACATGCTTATTTAAAATATA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * *
243874 ATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTTAAAAA-AAATCTATT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * * * *
243936 TACCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGTCTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCG
127 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * * *
243991 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAGAACTGTTTCAGTAGATAAAAGTTTATTTGAAATAAAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
244056 AATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTGAAAAATAAATCAGTTTA-T
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
** * * * * **
244120 CAAATTAGTTCGAATAATTAT-AGCTATTAGAACAATTATCTATTTCGAATTG
131 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
244172 TTATGGA-ATTTT-TTTTGTCATAAAGCTAA-TGTTTTTCG-TCATACAAGCCTATTAGGAATAA
1 TTAT-GACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * *
244233 AATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCTGTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * **
244298 ACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTG
128 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
244352 TTATAACCTTTTATTATCTCATAAAACAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * ** * * *
244417 AATACTAATATAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCT
66 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * ** * * *
244482 GAACTAGTTTAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCA
131 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
244533 TTATGCCCTTTTATTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCGAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
244597 TAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-ACAATTCTGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-AA-TCTGTTT
* * * * *
244661 GCCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACT
128 -ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * *
244715 TTATGACCTTTTCTTTTGTCATATCACAAATGTTTTCA-TTCATATAA-CTTTGTTTGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAA
* * * *
244778 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * *
244842 ACTAAAGTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA
128 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
244896 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAA
* * ** *
244959 GTAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTG-TTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
245023 GCGT-AACTAGTACAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 -C-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * ** * * * **
245077 TTATGATCTTTTGTTTCATCA-CAAACAATTGTTTTTA-TTCGTACAAGCTTATTTAAAATAACT
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * ** *
245140 TAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGCATTTGTTTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
245204 -TCGAACAAGTACAAATAATTAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
129 CT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
245257 ATATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAAATT-TTCTA-TTCATACAAGCTTA
1 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA
245309 ATAAGTAAAA
Statistics
Matches: 1933, Mismatches: 395, Indels: 138
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 7 0.00
175 108 0.06
176 14 0.01
177 1 0.00
178 7 0.00
179 40 0.02
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183 46 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:245416 original size:138 final size:138
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Indices: 245168--245442 Score: 347
Period size: 138 Copynumber: 2.0 Consensus size: 138
245158 ATTCTAAAAA
* ** * *
245168 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGCATTTGTTTATCGAACAAGTACAAATAATTAAGGCTATT
1 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAACGAACAAGTACAAATAATTAAGACTATT
*
245233 TGAACAATTATCTATTTCAAATCAATATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTATT
66 TGAACAATTATATATTTCAAATCAATATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAAC-AAATGTTTCTATT
245297 CATACAAGC
130 CATACAAGC
* * * * *
245306 TTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTAAC-AAGCAAGTTCTAATAGTTATGACTAT
1 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAACGAA-CAAGTACAAATAATTAAGACTAT
*** * * * * *
245370 TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATT
65 TTGAACAATTATATATTTCAAATCAATATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATT
245435 CATACAAG
130 CATACAAG
245443 TTTTTTTGGA
Statistics
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TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAACGAACAAGTACAAATAATTAAGACTATT
TGAACAATTATATATTTCAAATCAATATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTC
ATACAAGC
Found at i:247174 original size:181 final size:182
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Indices: 246657--250573 Score: 1735
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246647 NNNNNNNNNN
* * * **
246657 TATTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAATAAATGT-GTTTTCCGAACCGGTTCAAATA
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
246715 GTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATA
66 ATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * * *
246779 ATTATTTT-AGTTTATACATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAA
130 ATTTTTTTCA-TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
246832 CA-TTCAACAAATTAATAAGTAAGA-AATTAAAAAA-AAATCTA-TTTA-TCGAA-TAAGTTCAA
1 TATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACT-GAACT-AGTTCAA
* * * * * * * * *
246891 ATAGTTAT-GACTATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCGTTATTACCTTTTATTTTATTATAAA
63 ATAATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *** * * * * * * **
246955 ACAA-CCGTTTCAGTACATAAAACTTTATT-TGAAATAAAATACTATTTCTTTATTAA
127 ATAATTTTTTTCA-TTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
247011 TATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTAATTAAATTAGTTCAAATA
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* **
247075 ATTATAGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAGCA
66 ATTATAGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
** * *
247139 ATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTACTAA
130 ATT-TTTTTCATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * *
247192 TATTTTAAAAATTACTAAGTAAGAGA-CTAAAAAGTTAATCTA-TTTACCGAACCAGTTTAAATA
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * * ** * * * *
247255 GTTCTAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTATCTCATAAAATAA
66 ATTATAGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * **
247320 -TTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAACAA
131 TTTTTTTC-ATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
247372 TA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-T-GTTTACTGAACTAGTTCAAA
1 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAA
* * * * *
247434 TAGTTA-AGGCTATATGAACAATT-CTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
64 TAATTATA-GCCATTTGAACAATTAC-CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
247497 ATAA-TTTTTTCAGTTCTTAGTAA-TTTATTTAGAATAAAATAA-AGC-ATATTTATTAA
127 ATAATTTTTTTCA-TTCATA-CAAGTTTATTCAGAATAAAATAATA-CTA-ATTTATTAA
* * * *
247553 TATTTCAAAACTTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTA-TTTGCCT-AACTAGTTCAAAT
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTT-ACTGAACTAGTTCAAAT
* * * * *
247616 AATTAT-GACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTCGTTTTGTCATAAAAT
65 AATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * ** ** ** * * ** *
247680 AAATGATTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTTTTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAT
129 -AAT--TTTT-TTCAT-TCAT---ACAAGTTTATTCAG---A-ATAAAATAATAC-TAATTTATT
247744 AA
181 AA
** ** * * * * *** * *
247746 TA-TT-AATTTATTAATATTTTAA-AAATTAAAAAGTAAGAAATTTA-AAAAAT-AAATATGTTT
1 TATTTCAA-AAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAA--AATAAATCTAGTTTACTGAACTA-G-TT
** ** * * *
247806 ACTAAACCAATTCAATTAGTTATAGTTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATT
60 -C---A--AA-T--A--A-TTATAGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
* * **
247871 TGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATT-TGAAATAAAGCAATACTAA
113 TGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTC-ATTCATACAAGT-TTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
247933 TTTATTAA
175 TTTATTAA
* * * * ** *
247941 TA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAGTGAATCTA-TCGACCTG-ACTAGTGCAAA
1 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTA-CTGAACTAGTTCAAA
* ** * * * * *
248003 TAGTTAT-GACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAA
64 TAATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * * * * *
248067 CAA-TTGTTTCTATTTGTACTAGCTTATT-TGAAATAACATAATTCTATTTTATTAA
128 TAATTTTTTTC-ATTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * *
248122 TA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATCTA-TTTACCAAACGAGTACAAAT
1 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAAT
* * * * * * ** *
248184 AAGTAT-GACTATTAGAACTATTATCTATTTAAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
65 AATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * *
248248 AA-TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATTATACAAATTTATTAA
129 AATTTTTTTC-ATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
248302 TA-TTCAAACAACTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATATA-TTTA-TCGAA-TAAGTTCAA
1 TATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACT-GAACT-AGTTCAA
* * ** * * * ** * *
248363 ATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATGAC
63 ATAATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
248427 ACAATTGTTTT-ATTCATACAGGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATTAA
127 ATAATTTTTTTCATTCATACAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** *
248482 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATA
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
248545 GTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
66 ATTATAGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * *
248610 -TTGTATCAGTTCATATC-AGCTTATTC-GAAATAAAAT-ATCAGTAATTTATTAA
131 TTTTTTTCA-TTCATA-CAAGTTTATTCAG-AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAA
* * * * *
248662 TA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCT-GTTTAGTAAACAAGTTCAAA
1 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAA
* * * * * * *
248725 TAGTAAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
64 TAATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* **
248789 TAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTACA-AATAAAATAAT--TAAATTTATTCG
128 TAATT-TTTTTCATTCATACAAGTTTATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * *
248843 TATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTA-TTTTCTGAAC-ACATTCAAAT
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTA-GTTCAAAT
* * * * * * * * * * *
248905 AGTTCT-GTCTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATAGTTGTGACCTTTTATTTTGTGATAAATT
65 AATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * *
248969 AA-TTGTTTCTATCCATA-AAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
129 AATTTTTTTC-ATTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
249022 TA-TTAAAAAAATAATAAGTAAAATATTTCAAAAATAAAT-TTGTTTATTG-AGTAAGCTCAAAT
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACT-AGTTCAAAT
** * ** * * ** * *
249084 AATTAT-GACTGTTTAAACAATT-TTTAATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTGTTGTCTTAAAA
65 AATTATAG-CCATTTGAACAATTACCT-ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
249147 CAA-TTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAA
128 TAATTTTTTTC-ATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
249202 TATTCTGC--AAATTGATATGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAA
1 TATT-T-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAA
* * * ** * * **
249264 TAGTCAT-GTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTGTAACA
64 TAATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA-A
* * *** * *
249328 CA-AATTTTTTT-GTTCATAAAAAACTACTT-AAAATAAAATAATACTGATTTATTAA
127 -ATAATTTTTTTCATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * *
249383 TATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTACCGAACCAGTTCAAATA
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * * * * * * *
249443 GTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACA
66 ATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * ** * *
249506 GTTGTTTCTT--TTCATGCAAGCCTATTCA-AATTAAAATGATACTAATTTAATAA
130 ATT-TTT-TTCATTCATACAAGTTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
249559 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTGCCGAACCAGTTCAAATA
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
* * * * * * *
249623 GTTA-AGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACA
66 ATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * * * *
249687 A-TTATTTCAGTTAATACAAGCTTATTC-GAAATACAATAATATTAATTTATTAA
130 ATTTTTTTCA-TTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * *
249740 CA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTTAAAA-AAATCT-GTTTATTGAA-TAATTTCAAA
1 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACT-AGTTCAAA
* * * * * *
249801 TAGA-TAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
64 TA-ATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
249864 ACAA-TTGTTTCAGTTAATAAAAACTTTTTTGA-AATAAAATAATACTACTTTATTAA
127 ATAATTTTTTTCA-TTCAT-ACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * ** * * *
249920 TATTTCAAAAACTATTAAACAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-T-GTTTTCTGAAAC-AGTTCTAA
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTAGTTTACTG-AACTAGTTCAAA
* * * * * * * * *** *
249982 TAGTTAT-GACTATTTGAATAAATATCAATATCAAATCATTATGTTC-TTTGCTTTGTCATAAAA
64 TAATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
250045 TAATTGTTTCTGA-TCATACAAGTTGATT-TGGATAAAATCAATACTAATTTCA-TAA
128 TAATT-TTTTTCATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAAT-AATACTAATTT-ATTAA
** * * *
250100 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAACAATAAATGT-GTTT-GTGAA-TCAGTTCAAAT
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACT-AGTTCAAAT
* ** * * * * * * * * *
250162 AGTTA-AGATTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTCTGA-CTTTTGATTTAGTTATAAAA
65 AATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA
* * * * * *
250225 TAA-TTGTTTCAATTTATACAAGCTTATT-TGAAAGAAAATAATACTAATTTATGAA
128 TAATTTTTTTC-ATTCATACAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
250280 -CTTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTCGAAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAGCAAATTCAA
1 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAA
* * * * * * * * *
250343 ATAGTTAT-GACCGTTTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTATCAA-CTTTTGTTTTATCACAA
63 ATAATTATAG-CCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
250406 AACAA-TTGTTTCTGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAACAATACTATTTTATTAA
126 AATAATTTTTTTC-ATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * *
250463 TATTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATC-AATTTACT-AAATCAATTCAAAT
1 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACT-AGTTCAAAT
* * * * *
250526 AATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTT
65 AATTATAGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT
250574 CATTTTATCC
Statistics
Matches: 2907, Mismatches: 627, Indels: 410
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.00
175 12 0.00
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Consensus pattern (182 bp):
TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACTGAACTAGTTCAAATA
ATTATAGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
TTTTTTTCATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
Found at i:247399 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 246672--250597 Score: 2937
Period size: 361 Copynumber: 10.8 Consensus size: 361
246662 CAAAAATTAA
* * * *
246672 TAAG-GATTT-AAAAATAAATGT-GTTTTCCGAACCGGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACA
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* * * * * * * *
246733 ATTATCTATTCCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTATTTT-AGTTTATACA
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* * * * * *
246797 TGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAACAAATTAATAAGTAAGA-AATT
129 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
246860 AAAAAAAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTAA
193 AAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * ** * * *
246925 AATCGTTATTACCTTTTATTTTATTATAAAACAACCGTTTC-AGTACATA-AAACTTTATTTGAA
258 AATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGC-TTA-TTCAA
* * **
246988 ATAAAATACTATTTCTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
320 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * ** ** * *
247030 TTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTAATTAAATTAGTTCAAATAATTATAG-CCATTTGAACAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAACAA
* * *
247094 TTACCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCA-TCATACAA
66 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCATTCATACAA
* * * * *
247158 GCCTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTTAAAAATTACTAAGTAAGAGA-CTAA
130 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * *
247222 AAAGTTAATCTATTTACCGAACCAGTTTAAATAGTTCTAACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
195 AAA-TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
247287 ATTGTTATAACCTTTTATTATCTCATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAGAATA
259 ATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATA
* ** *
247352 AAATAATACTAATGTAACAATATTCTAAAAATTAATAAC
323 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
** * * *
247391 TAAGAGATTTAAAAAATAAAATT-GTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTA-AGGCTATATGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAACA
* * * * * *
247454 ATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTTCAGTTCTTAGT
65 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA-TTCATA-C
* * * * *
247518 AA-TTTATTTAGAATAAAATAA-AGC-ATATTTATTAATATTTCAAAACTTAATGAGTAAGAGAT
128 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-CTA-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
247580 TTAAAAAATAATTCTATTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATT
191 TT-AAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
*
247645 TCAAATTGTTATAACCATTCGTTTTGTCATAAAATAAATGATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
255 TCAAATTGTTATGA-C---C------T--T----T---T-A-----TTTTGTCATAAAACAA-TT
* * * * * * * *
247710 TTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
294 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
*
247775 AAAG
358 TAAG
* * * * *
247779 TAAGAAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAG-TTATTTGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAACA
* * * *
247842 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCTATTCATAC-
65 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-ATTCATACA
* ** * *
247905 AGTCTTATT-TGAAATAAAGCAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAGATT
129 AG-CTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
* * ** * * *
247969 TTAAAAGTGAATCTATCGACCTG-ACTAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATT
191 TTAAAAATAAATCTATTTACC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * *
248033 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTTGTACTAGCTTATTTGA
255 TCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCA
* * *
248098 AATAACATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
319 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * *
248141 TAAGAGATTT-AAAAATGAATCTA-TTTACCAAACGAGTACAAATAAG-TAT-GACTATTAGAAC
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATAGACTATTTGAAC
* * * *
248202 TATTATCTATTTAAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTCTATTCATAC
64 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-ATTCATAC
* * * * *
248266 AAGCTTATTTCA-AATAAAATTATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAACTAATAAGTAAAAGAT
128 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
248329 TAAAAAAATAAATATATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTT
191 T-TAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * *
248394 TCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTT-TATTCATACAGGCTTATTCAA
255 TCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* *
248458 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
320 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * *
248501 TAAAAGATTT-TAAAATAAA-TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAACA
* * *
248563 ATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTATCAGTTCATATC
65 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA-TTCATA-C
* * *
248627 -AGCTTATTC-GAAATAAAAT-ATCAGTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAT
128 AAGCTTATTCAG-AATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *** *
248689 TTAAAAAAATGAATCTGTTTAGTAAACAAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTAT
191 TT--AAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
248754 TTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTAC
254 TTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-C
** * *
248819 AAATAAAATAAT--TAAATTTATTCGTATTCCAAAATTTAATAAG
318 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * ** * *
248862 TAA-AAATTTAAAAAATAAATTTA-TTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTCT-GTCTATTTGAAC
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAAC
* * * * ** * *
248923 AATTATCTTTTTCAAAT-AGTTGTGACCTTTTATTTTGTGATAAATTAA-TTGTTTCTATCCATA
64 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-ATTCATA
* * * * *
248986 -AAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAAAAAATAATAAGTAAAATAT
127 CAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** ** * * * * *
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191 TT-AAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT
* ** * * * * *
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254 TTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-
* ** * *
249177 AAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCTGCAAATTGATATG
318 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * *
249221 TAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTCTATTTGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAACA
* * * ** * * *
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65 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTCATTCAT-AC
* * * *
249348 AAAC-TACTT-AAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATT
128 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *
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192 TAAAAA-TAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * *
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* * *
249536 TTAAAATGATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG
321 -TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * *
249578 TAAAAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAACA
* ** * * * * *
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* * * **
249705 AGCTTATTC-GAAATACAATAATATTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
129 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
* * ** * * * *
249769 TTAAAA-AAATCTGTTTATTGAATAATTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
192 TAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
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* * * *
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320 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * *
249939 CAAGAGATTTAAAAACTAAAGTT-GTTTTCTGAAA-CAGTTCTAATAGTTAT-GACTATTTGAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTAC-CAAACCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAAC
* * * ** * * * *
250001 AAATATCAATATCAAATCATTATGTTC-TTTGCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATAC
64 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCATTCATAC
* * *
250064 AAG-TTGATT-TGGATAAAATCAATACTAATTTCA-TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGA
128 AAGCTT-ATTCAGAATAAAAT-AATACTAATTT-ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** * * * *
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190 TTTAAA-AATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
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* * * *
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316 TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * **
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1 TAAGAGATT--TAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAGACTATTTGAA
* * * ** * * * * * * *
250362 TAATTATCTATATAAAATTGTTATCAACTTTTGTTTTATCACAAAACAA-TTGTTTCTGTTCACA
63 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-ATTCATA
* * * * * * *
250426 AAAGTTTATCCAAAATAAAACAATACTATTTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATT
127 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * * *
250491 CAAAAAATAAATCAATTTACTAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATT
192 -TAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * *
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255 TCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
250598 TTCAACATAA
Statistics
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TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
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* * * *
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* **
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** * **
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* *
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* * ** * * *
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191 GTCATAAAATAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTGACTAACCAAT
TCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTCGTTTTGTCAT
AAAATAAATGA
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* * * * * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** ** *
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* * **
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* * ** * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
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* * ** **
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129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
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* * * **
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* *
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* * * **
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-A
** * * * * * **
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65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACA-A
* * * *
248898 -TTCAAATAGTTCTGTCTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAAT-AGTTGTGACC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC
* * ** *
248950 TTTTATTTTGTGATAAATTAATTGTTTCTATCCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *** ** *
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* * * * **
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* * * * ** *
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
** * * *
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66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
* * * *
249259 TCAAATAGTCATGTCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * * * * * *
249310 TTTTGTTTTATTGTAACACAAATT-TTTTTGTTCATAAAAAAC-TACTTAAAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * *
249373 GATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATCTATTTACCGAACCA
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* * * *
249434 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * *
249487 -TTTATTTTGTCATACAACAGTTGTTTCTTTTCATGCAAGCCTA-TTCAAATTAAAATGATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTA
* * * * * * * *
249550 ATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAG
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* * * ** * *
249615 TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTCTAACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
249667 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTAATACAAGCTTATTCGAAATACAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * *** * *
249731 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTTAAAA-AAATCTGTTTATTGAATAAT
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * ** *
249795 TTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
249847 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATAAAAACTTTTTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * ** * * *
249911 CTTTATTAATATT-TCAAAAACTATTAAACAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCTGAAAC
65 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA-TCTATTTAC-CAAAC
* * * * * **
249974 -AGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATATCAAATCATTATGTTC
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
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* * * * *** *
250089 TAATTTCA-TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAACAATAAATGTGTTTGTGAATC
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* * * * * *
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65 ATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT---TAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* ** * * * ** * *
250335 AAATTCAAATAGTTATGACCGTTTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTATCAAC
126 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * *** * *
250390 TTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAACAATACTAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
250455 TTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATCAATTTACTAAATCAA-
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAG
* * * * *
250519 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * * * * * *
250571 TTTCATTTTATCCTAAAACATTTGTTTTTCA-ACATAAAAGCTTATTTAAAATAAAAT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
250628 TGTTAGTACC
Statistics
Matches: 2220, Mismatches: 464, Indels: 153
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 11 0.00
176 62 0.03
177 70 0.03
178 40 0.02
179 365 0.16
180 663 0.30
181 703 0.32
182 179 0.08
183 121 0.05
184 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
Found at i:251003 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 250761--252112 Score: 845
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 181
250751 TTACTGAATA
* * * *
250761 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTAT
* *
250826 CATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAATAT
66 CATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * *
250891 TTTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACT
131 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACT
* * *** * * * * *
250942 AGTTCAAACAGTTAAGACTATACAAATAATTATCTAATGCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * ** * * * **
251007 TAGAAAATAACTATTT-TAGCTT-ATCCAAGTTTATTTCATAATAAAATAAAACTAATTTGTTAA
66 CATAAAATAATTATTTCT-G-TTCATATAAATTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
* * * * *
251070 TATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAT-AGAACC
128 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCA-AACT
* * * * *
251124 AATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTATGTTCTA
1 AGTTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTA
* * * ** * * * *
251188 TCATAAAATAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGAGTAGAATAATACTAATCTAATAATA
65 TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * *
251253 TTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATTGTTTGCCAAACC
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTGTCAAACT
* * ** * * * ** * *
251305 ACTTGAAATAATTAAGGTTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGGTATGACAATTTATATTA
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTA
** * * *** * * *
251369 TTGTAAAACAATTTTTTCAACTCTTACT-AACTTATTCAAAATAAAATAA-ATTAATTTTAATAA
65 TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATA-TAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTAATAA
* * * * *
251432 TATTTCAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAATTTTGCTAG-CTAAACT
128 TATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC-AAACT
* * * * * * *
251487 AGTTCATATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATTACCTTTTGTTGTGT
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTAT
* * * * * * *
251552 CATAAAACAA-AAGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 CATAAAATAATTA-TTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** *
251616 TCATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCAAACT
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACT
* * * * * *
251668 AGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTT
1 AGTTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * ** * *
251732 ATCTTAAAACAATTTTTTTTTGTTCATAT-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGC--------T-
64 ATCATAAAATAA-TTATTTCTGTTCATATAAAT-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATA
* ** * * * ** *
251787 A-A-TTT-AAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGTATCT-ATTGGCTTGATT
127 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTC-AAACT
* * * * * * * *
251839 AGTGCAAAGAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTC-AATTCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-ATTATAACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * ** * * * * *
251903 TCACAAGACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * * * * * * ** * *
251968 TTCCAAAAATTAACAAGTTAGGGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACCGAACA
130 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACT
* * * * * *
252021 AGTT-AAATAGTTATGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTAT
* * *
252085 CATGAAACAATT-TTATCTATTCATATAA
66 CATAAAATAATTATT-TCTGTTCATATAA
252113 GCTTATCTCA
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 220, Indels: 96
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 33 0.04
170 37 0.04
171 57 0.06
172 2 0.00
173 1 0.00
174 1 0.00
175 1 0.00
177 1 0.00
178 1 0.00
179 1 0.00
180 15 0.02
181 384 0.43
182 325 0.36
183 44 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTAT
CATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACT
Found at i:251378 original size:788 final size:788
Alignment explanation
Indices: 249831--251378 Score: 1656
Period size: 788 Copynumber: 2.0 Consensus size: 788
249821 ATTATCTATT
* * * *
249831 TAAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTTTTTGA
1 TAAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTT-AGTTAACAAAAACTTTTTTGA
* * *
249896 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAACTATTAAACAAGAGATTTAAAAACTAAAGT
65 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAACTAGT-AACAAGAGATTCAAAAAATAAAGT
* * * * **
249961 TGTTTTCTGAAACAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATATCAAATCATTATGT
129 AGTTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATAA
* * * * ***
250026 TCTTTGCTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGTTGATTTGGATAAAATCAATACTA
194 CCTTTGCTTTATCATAAAATAATTATTTCTGATCATACAAATTGATTAAAATAAAATCAATACTA
* * * * * * *
250091 ATTTCATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAACAATAAATGTGTTTGTGAATCAGT
259 ATTACATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACAGT
* * * * * ** * * *
250156 TCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTCTGACTTTTGATTTAGTTAT
324 TCAAACAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAATGAAAATCATTATAACTTTTGATTTAGTTAG
* * * * * *
250221 AAAATAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATGAACTTTCA
389 AAAATAACTATTTCAACTTATACAAGCTTATTTCAAAGAAAATAAAACTAATTTATGAAATTTCA
* * *
250286 AAAAATTAATAAGAAAGAGATTCGAAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCAAATTCAAATAGTTAT
454 AAAAATTAATAAGAAAGAGATTC-AAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAATTCAAATAATTAT
* * * * * * *
250351 GACCGTTTGAATAATTATCTATATAAAATTGTTATCAACTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTT
518 AACCATTTGAACAATTATATATATAAAATTGTTATCAACTTATGTTCTATCACAAAACAATTATT
* * * * *
250416 TCTGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAACAATACTATTTTATTAATATTTTTAAAATTAATAA
583 TCTGTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAATAA
* * * * * *
250481 GTAAGAGATTCAAAAAATAAATCAATTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAA
648 CTAAGAGATTCAAAAAATAAATCAATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAA
* * * *
250546 TTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTATCCTAAAACATTTGTTTTTCAACATAAAAG
713 TTATCTATTTCAAATCAGTATGACATTTCATATTATCCTAAAACATTTGTTTTTCAACATAAAAG
250611 CTTATTTAAAA
778 CTTATTTAAAA
* * *
250622 TAAAATTGTTAGT-ACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTT-TTTAACATACAAGTTTATTT
1 TAAAATTGTT-GTGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTAGTTAACA-AAAACTTT-TTT
* * * *
250685 GAAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAGAATTAGT-AC-A-AGATTCAAAAAATAAA-
63 GAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAACTAGTAACAAGAGATTCAAAAAATAAAG
* * * **
250746 TCAGTTTACTGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
128 T-AGTTTACTGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTA
* * * *
250810 TAACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAAT-AA
191 TAACC-TTTGCTTTATCATAAAATAATTATTTCTGATCATACAAATTGATT-AAAATAAAATCAA
* *
250874 TACTAAATTAC-TAATATTTTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCA
254 TACT-AATTACATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCA
*
250938 AACTAGTTCAAACAGTTAAGACTA-TACAAATAATTATCTAATGCAAATCATTATAACCTTTTG-
318 AAC-AGTTCAAACAGTTAAGACTATTA-AAATAATTATCTAATGAAAATCATTATAA-CTTTTGA
* * * * * * *
251001 TTTTGTTAGAAAATAACTATTTTAGCTTATCCAAGTTTATTTCATAATAAAATAAAACTAATTTG
380 TTTAGTTAGAAAATAACTATTTCAACTTATACAAGCTTATTTCA-AAGAAAATAAAACTAATTTA
* * * * * * *
251066 TTAATATTTC-AAAAATTTATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTATTTATAGAACCAATTC
444 TGAA-ATTTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTCAAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAATTC
* * * *
251129 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTATGTTCTATCATA
508 AAATAATTATAACCATTTGAACAATTATATATATAAAATTGTTATCAA-CTTATGTTCTATCACA
* * * * * * * * * *
251193 AAATAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGAGTAGAATAATACTAATCTAATAATATTTTG
572 AAACAATTATTTCTGTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTTTG
* * * * * *
251258 ACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAAT-ATTGTTTGCCAAACCACTTGAAATAATTAAG
637 AAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATCA--ATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAG
** **
251321 GTTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGGTATGACAATTT-ATATTATTGTAAAACA
700 GCCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCA-GTATGAC-ATTTCATATTATCCTAAAACA
251379 ATTTTTTCAA
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 125, Indels: 39
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
786 2 0.00
787 74 0.12
788 308 0.50
789 95 0.15
790 52 0.08
791 82 0.13
792 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (788 bp):
TAAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTAGTTAACAAAAACTTTTTTGAA
ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAACTAGTAACAAGAGATTCAAAAAATAAAGTAG
TTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCATTATAACC
TTTGCTTTATCATAAAATAATTATTTCTGATCATACAAATTGATTAAAATAAAATCAATACTAAT
TACATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACAGTTC
AAACAGTTAAGACTATTAAAATAATTATCTAATGAAAATCATTATAACTTTTGATTTAGTTAGAA
AATAACTATTTCAACTTATACAAGCTTATTTCAAAGAAAATAAAACTAATTTATGAAATTTCAAA
AAATTAATAAGAAAGAGATTCAAAAAAATAAATCTATTTACAGAACAAATTCAAATAATTATAAC
CATTTGAACAATTATATATATAAAATTGTTATCAACTTATGTTCTATCACAAAACAATTATTTCT
GTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTA
AGAGATTCAAAAAATAAATCAATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAATTA
TCTATTTCAAATCAGTATGACATTTCATATTATCCTAAAACATTTGTTTTTCAACATAAAAGCTT
ATTTAAAA
Found at i:251696 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 250761--251749 Score: 1063
Period size: 363 Copynumber: 2.7 Consensus size: 362
250751 TTACTGAATA
* * * *
250761 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
* * * *
250826 CATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTACTAATAT
66 CATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
* * *
250891 TTTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACTAGTTCAAACAGTTA
131 TTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * * *
250956 AGACTATACAAATAATTATCTAATGCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTTAG-AAAATAACT
196 AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTATT-GTAAAACAA-T
* * * *
251019 ATTTTAGCTTATCCAAGTTTATTTCATAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTT
258 TTTTTAGCTTATCCAAGCTTATTTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTA
*
251084 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATAGAACC
323 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTATAGAACC
* * *
251124 AATTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTATGTTCTA
1 AGTTCAAATAATTATGAA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
* * ** * * *
251188 TCATAAAATAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCAGAGTAGAATAATACTAATCTAATAATA
65 TCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * * * * * *
251253 TTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA-AAATATTGTTTGCCAAACCACTTGAAATAAT
130 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGT
** * * * *
251317 TAAGGTTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGGTATGACAATTTATATTATTGTAAAACAATT
194 TAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTATTGTAAAACAATT
* * *
251382 TTTTCAACTCT-TACTAA-CTTA-TTCAAAATAAAAT-AAATTAATTT-TAATAATATTTCAAAA
259 TTTT-AGCT-TAT-CCAAGCTTATTTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGT--TAATATTTC-AAA
* *
251442 AATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAT-AATTT-TGCTAGCTA-AACT
318 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT-CTA--TAGAACC
* * * * * *
251487 AGTTCATATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATTACCTTTTGTTGTGT
1 AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
* * * * *
251552 CATAAAACAA-AAGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 CATAAAATAATTA-TTTTTGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
** * * *
251616 TCATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTAGTT
130 TTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTT
* * *
251681 ATA-ACTATTTGAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATCT-TAAAACAA
195 A-AGACTATATGAACAATTA-TCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTAT-TGTAAAACAA
251744 TTTTTT
257 TTTTTT
251750 TTTGTTCATA
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 95, Indels: 37
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 1 0.00
361 10 0.02
362 41 0.08
363 405 0.79
364 54 0.11
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
CATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAATTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
TTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTA
AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTATTGTAAAACAATTTT
TTAGCTTATCCAAGCTTATTTCAAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATA
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTATAGAACC
Found at i:252216 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 252004--252238 Score: 319
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 119
251994 TAAAAAAATG
* * * *
252004 AATCTATTTACCGAACAAGTTAAATAGTTATGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTA
1 AATCTATTTACCGAACAAGTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
* *
252069 TAACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATT-TTATCTATTCATATAAGCTTATCTCA
66 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT-TCTATTCATAAAAGCTTATCTCA
** * * *
252123 AATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATTTATTTAAAATTGTT
1 AATCTATTTACCGAACAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTT
* * *
252188 ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTAT
65 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTAT
252239 TCGGATTAAA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 14, Indels: 3
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 18 0.18
120 80 0.80
121 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (119 bp):
AATCTATTTACCGAACAAGTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATCTCA
Found at i:252410 original size:301 final size:301
Alignment explanation
Indices: 251843--252412 Score: 678
Period size: 301 Copynumber: 1.9 Consensus size: 301
251833 TTGATTAGTG
* * * * *
251843 CAAAGAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACA
1 CAAAGAGTTATGACTCTTTAAACAATTATCTATTTAAATTCATTATAACCTTTTGTTTTGTCACA
* * * * *
251908 AGACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
66 AAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
* * ** * * * * **
251973 AAAATTAACAAGTTAGGGATTTAAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTAAATAGTTATGGC
131 AAAATTAACAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTAAATAGTAATAAC
* ** ** * * *
252038 TATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTTTATCT
196 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATGAAAAAATTGTATCA
252103 ATTCATATAAGCTTATCTCAAATCTATTTATTGAATAAGTT
261 ATTCATATAAGCTTATCTCAAATCTATTTATTGAATAAGTT
* * * * *
252144 CAAATAGTTATGACTCTTTAAACAATTATTTATTTAAAATT-GTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
1 CAAAGAGTTATGACTCTTTAAACAATTATCTATTT-AAATTCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAC
* * * *
252208 AAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTT
65 AAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTC
** * * * * *
252272 TGACAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTAAT
129 CAAAAATTAACAAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTT-AAATAGTAAT
* *
252337 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTCATCAT-AAAAAATTGTA
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AAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
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TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATCATGAAAAAATTGTATCA
ATTCATATAAGCTTATCTCAAATCTATTTATTGAATAAGTT
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
252321 AAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTCA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA
* * * *
252386 TCATAAAA-AATTGTATCAATTCATATAGGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA
66 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
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*
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTTT
* * * *
252565 GTCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAAATTTACTA
65 ATCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * *
252628 ATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCTAAAC
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* * *
252681 ACGTACAAA-A-TAATTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGACCTTTTGTTT
1 AAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACCTTTTGTTT
* * * * *
252743 TGTCATAAAATATTTGTTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCTAAATGAAATTCATACA-AGCTTAT
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* * * * *
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* * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTT-TTGTT
** ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * ** * ** *
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* * * * *
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66 TCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * * **
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* * *** * * *
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* * * * ** ** * * * *** *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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1 AAGTTC--AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * * * * *
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* * ** **
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* * * * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTT
* * **
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* *
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* * * ** * ** * * *
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* * * * * * *
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66 TCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGTTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * **
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* * * * * * *
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Statistics
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TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC
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* * *
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** * *
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* *
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* * * *
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** *
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* *
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127 CAAAAATTAAGAAGTAGGAGATT
254120 ATTTGTTTAT
Statistics
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* * ** ** *
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* * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * ** * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * ** *
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* **
255500 TGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTATG
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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** ** *
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* * * * * *
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64 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AAA
* * * * *
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* *** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
256331 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
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* * * * * * * *
256396 AAAGTTCAAAAAGATT-TGACTTTTTAAACAATCGT-TCTAATTATTTAGAGTCGTTATG
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* * * * * * *
256454 AGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAT-TTTTAGTTCATAAAAACTTATTTGAAATTAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* ** * * * * *
256518 CTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAAACTAT-TTT-TTGA
64 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTACTAA
* * * * * *
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* * *
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* * * *
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62 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-A
* * * * *
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* * * * ** *
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** * ** * * * ** *
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* ** * * * * * **
256936 TATAAAC--AACTATTTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTT
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** *
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** ** ** * ** * *
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* * * ** *** ** * ** *
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** * * ** * * *
257134 TTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TT-ATTTTTGTTAAGA-TAAGTTTGTTTGAAATAAAATAAT
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**
257196 ACTAATTT-ATTAAT-ATTTAAA
163 -CT-ATTTCA--AATCA-TTATG
** *** ** * * *
257217 AAATTAATTAGTAAGAGATTTTAAAAGTAAATCTGTTT-A--C---CAAAC-CATTTCAAAT--A
1 ACCTT--TT-GT-TTTG-TCATAAAA--CAAT-TGTTTCATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAA
* ** * * * * * *** **
257273 GTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACA
58 ATAAT-ACTAATT---T-ATTA-ATATTCCAAA-AATTAATAA-GTAAGAGATT-T-A--AAA-A
*** ** * * * * ** * * *
257337 ATTGTTTGATGAATATTTGAACAATTTTTTATTTTGAATCTTTATGACTATTTGAATGATTTTTT
110 A-TAAAT-ATGTTTA-CTAAACAA--GTTCA-----AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* **
257402 ATTTTAAATTGTTATG
165 ATTTCAAATCATTATG
** * * * *
257418 AGTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTTATT-ATACAAGCTTA-TTCGGATTAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-TTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT
* ** * * *
257481 ATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGA
63 ACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA
* ** * * *
257545 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTA
127 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
257599 ACCTTTTGTTTAG-CAATAAAACAATTTTTTTAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
** * * * * *
257663 CTAATTTATTAATATT--TTAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTAAC-GAA
64 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTAAA
* * * * * * *
257725 CATGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAGTTATCTATTTCAAAACATTATG
128 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * ** **
257778 ATATTTTGTTTTATGATAAAACAATTAGATAT-ATTCATGTAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G-TTTCATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * * ** *
257842 -TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAA-CAA-AAATTTTAAAAATAAATAAGTTTTTTGA
64 CT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAA
* * **
257904 ACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTAAA
127 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
**** * *** *
257958 ACCTATTT-CAAAGAACAT-GTTCAAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATA
1 ACCT-TTTGTTTTG-TCATAAAAC-AATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATA
* *
258020 ATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTGCT
61 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * *
258085 GAACCTA-TTCAAATAGTTAAGA-TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
125 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
258140 ACCTTATT-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA
1 ACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* ** * * * *
258204 CTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAA
64 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * *
258269 CAA-TT----T-CTTAT-A-GATTTGACT-A-T-T-TATTT-AAAGTCATTATA
128 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
* * * * * * ***
258310 ACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATAGGAAATAAAAT-ATAC
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * * * ** * * *
258374 TATTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTTGGAAACTAAAGCTAT-TTT-CGAAG
65 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTAAA
* * ** *
258437 C-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAAAAT-TAATCTCAAAT-AGTTATG
128 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCA-TTATG
* * * * * *
258489 ATC-TTTATTTTCTCATAAAAAAATTGTTTC-TGATCATATAAGCTTA-TTCAGATAAAAATAAT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT--TCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAAT
* * * * * *
258551 ACTAATTTAATAATTTTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGA
63 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-AA
* * * * * *
258611 ACAAGTTCAAATTGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATCATTGTA
127 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
258665 ACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA
* ** * * ** *
258729 CTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTAATTACCAAA
64 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTAAA
* * * * *
258794 CAAGTTCAAATGGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATG
128 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
258847 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATG
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA
* * * * * * *
258911 CCACTTTATCAATATTTCAAAAGTTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-CTTTAGCTAA
64 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CTAA
* * * * * * *
258975 TC-AGTTCAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATT
127 ACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
259028 ACTTTTTATTTTGTCATACAATAATTGTT
1 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
259057 ATTGCAACAA
Statistics
Matches: 3049, Mismatches: 728, Indels: 534
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
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171 1 0.00
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ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
Found at i:257417 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 257336--257418 Score: 96
Period size: 35 Copynumber: 2.3 Consensus size: 35
257326 GTCATCAAAC
*
257336 AATTGTTTGATGAATATTTGAACAATTTTTTATTTTG
1 AATTG-TT-ATGAATATTTGAACAATTTTTTATTTTA
* **
257373 AATCT-TTATGACTATTTGAATGATTTTTTATTTTA
1 AAT-TGTTATGAATATTTGAACAATTTTTTATTTTA
257408 AATTGTTATGA
1 AATTGTTATGA
257419 GTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 6
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
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AATTGTTATGAATATTTGAACAATTTTTTATTTTA
Found at i:258179 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 257458--259056 Score: 1170
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257448 TTTATTATAC
* * * * * *
257458 AAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATT
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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128 TCAAATCATTAT-A-ACCTTT-TTTTAGTCATAAAACAATT-G-TTTCAGTTCATAT
** * * *
257818 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAA-CAA-AAAT
1 AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGAT
* * ** * * *
257880 TTTAAAAATAAATAAGTTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATT
63 TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATT
* *** * *** ** *
257945 TCAAATCATTAAAACCTATTTCAAAGAACAT-GTTCAAATTGTTTCTTTTCATAC
128 TCAAATCATTATAACCT-TTTTTTAG-TCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATAT
* *
257999 AAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
258064 AAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCTA-TTCAAATAGTTAAGA-TATTAGAACAATTATCTATT
65 -AAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * *
258127 TCAAATCATTATGACCTTATTTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAC
128 TCAAATCATTATAACCTT-TTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT
* * * *
258180 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAACAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
258245 AAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAACAATTTC--TTA--TA-GA-T-TT-G-AC---TATTTATTT
65 -AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTT
** * * *
258298 -AAAGTCATTATAACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
129 CAAA-TCATTATAACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT
* ** * * * *
258350 AAACTTATAGGAAATAAAAT-ATACTATTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGATATTT
1 AAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * * **
258414 GGAAACTAAAGCTAT-TTT-C-GAAGC-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAAAAT-TAA
65 AAAAAATAAA--TATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCT-A
* * * * * * *
258474 TCTCAAAT-AGTTATGATCTTTATTTT-CTCATAAAAAAATTGTTTCTGATCATAT
126 TTTCAAATCA-TTATAACCTTT-TTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT
* *
258528 AAGCTTATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAAT-TTTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
1 AAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
258588 TAAAAAATAAATGTGTTT-GTCGAACAAGTTCAAATTGTTAAGACTATTAGAATATTTATCTATT
64 TAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATT
* * *
258652 TCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATAT
128 TCAAATCATTATAACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT
* ** *
258705 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** ** * * *
258770 GAAAAAATAAATCTAATTACCAAACAAGTTCAAATGGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTT
65 -AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
258835 AAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAA
129 CAAATCATTATAACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT
* * * * * * *
258887 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCCACTTTATCAATATTTCAAAAGTTAATAAGTTAGAGATTT
1 AAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
258952 AAAAAATAAATCA-CTTTAGCT-AATC-AGTTCAAAT-GATTATGGCCATTTGAACAACTATCTA
65 AAAAAATAAAT-ATGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTAGAACAATTATCTA
* * * * * *
259013 TTTCAAATCGTTATTACTTTTTATTTTGTCATACAATAATTGTT
126 TTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTT
259057 ATTGCAACAA
Statistics
Matches: 1127, Mismatches: 212, Indels: 158
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
167 7 0.01
168 9 0.01
169 48 0.04
170 63 0.06
171 2 0.00
172 2 0.00
173 5 0.00
174 6 0.01
175 20 0.02
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179 172 0.15
180 99 0.09
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATAACCTTTTTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAT
Found at i:259251 original size:238 final size:240
Alignment explanation
Indices: 258820--259259 Score: 564
Period size: 238 Copynumber: 1.8 Consensus size: 240
258810 TGACTATTTG
* * * * *
258820 AACAATTATCTATTTAAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTGCAT
* * *
258885 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCCACTTTATCAATATTTCAAAAGTTAATAAGTTAGAGAT
66 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT--CACTTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * *
258950 TTAAAAAATAAATCACTTTAGCTAATCAGTTCAAATGATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATT
129 TTAAAAAATAAATCACATTACCAAATCAGTTCAAATGATTAAGACCATTAGAACAACTATCTATT
259015 TCAAATCGTTATTACTTTTTATTTTGTCATACAATAATTGTTATTGC
194 TCAAATCGTTATTACTTTTTATTTTGTCATACAATAATTGTTATTGC
* *
259062 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTTA-TGCAT
1 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTGCAT
* ** * * * *
259126 ACAAGCTTATTTATATTAAAATAAT-ATTTTAAT-AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
66 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATCACTTT-ATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * **
259189 TAAAAAATAAATTTA-ATTACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACATTTATCTATT
130 TAAAAAATAAA-TCACATTACCAAATCAGTTCAAATGATTAAGACCATTAGAACAACTATCTATT
259253 TCAAATC
194 TCAAATC
259260 ATTCTGACCT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 28, Indels: 8
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
238 87 0.52
239 4 0.02
241 24 0.14
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (240 bp):
AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTGCAT
AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATCACTTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
AAAAAATAAATCACATTACCAAATCAGTTCAAATGATTAAGACCATTAGAACAACTATCTATTTC
AAATCGTTATTACTTTTTATTTTGTCATACAATAATTGTTATTGC
Found at i:259671 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 259065--260196 Score: 741
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 178
259055 TTATTGCAAC
* *
259065 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTA-TTTTATGCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAT-CATACA
** * * * *
259129 AGCTTATTTATATTAAAATAATA-T--TTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
65 AGCTT-TACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * *
259191 AAAAATAAATTTAATTACCAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAC
129 AAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * *
259242 ATTTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTAGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA--TCATAC
** * * *
259307 TTGC-TTAGTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAATAATAAG-AAAGAGA
64 AAGCTTTA--CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAA-AGA
* * * * * *
259369 TTTTAAAAAATAAATCT-CTCATCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATGTGAAT
125 -TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * * *
259424 AATTGTCTATTT-AGAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTAATA
1 AATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA--TCATA
** *
259487 CAAGCTTTGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATT
63 CAAGCTTT-ACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-T
* * * * * **
259552 TTAAAAAACAAATATGTTTACCAAATCAATTAAAATAATTATGGTTATTTGAAT
126 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
259606 GACTAT-TGATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATCATACA
1 AATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATCATACA
* * * * *
259670 AG-TTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTCAAATATTAATAACTAAGAGATTT
65 AGCTTTA--CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *
259734 AAAAAATAAATCTATTTACCGAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
128 AAAAAATAAATCTATTTACC-AAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
259787 AATTATCAATCTT-AAATCGTTAAGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATAA
1 AATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTTATCATAC
* ** * * * * * *
259850 AAGCTTATTGGC-CTA-AAAATAATGCTAATTTAATAATAATTCAAAACTTAAT-A-T--GACAT
64 AAGC-T-TT-ACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * * * * * * * ** *
259909 TTGAAACATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTTAAATAGTTACAACTA-TTGACTT
126 TTAAAAAATAAATCTATTT-ACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA-AT
* * * * * * * *
259963 AATTATCTATTTC-AATTATTCTAACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTT-TTATCATAC
** * * * ***
260026 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATCCAAATTTATT-A-GCCTCAAAACATTAATAAGTAAAAGATT
64 AAGCTT-TACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAAAGATT
* * * *
260089 TGAAAAAAATAAATCTATTTATCAAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTAAAC
127 T--AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * ** ** *
260143 AATTATTTATTTAAAATTGTTACAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
260197 CAGTTCATAA
Statistics
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0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.01
175 29 0.04
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177 69 0.09
178 7 0.01
179 25 0.03
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183 26 0.04
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATCATACAA
GCTTTACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:260567 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 260257--263277 Score: 1345
Period size: 181 Copynumber: 16.9 Consensus size: 180
260247 TCTTTTTACT
* * * * ** *
260257 GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATACCTTTTGTT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTT
* * * * *** * *
260322 TTATCATAAAAAAATTG--TTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
260385 TAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATA
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATA
* * * * * *
260437 GAATCAGTTCAATTAATCATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGT
* *
260502 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
260567 AATATTTCACAAAA-TAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATT
130 AATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATA
* * * *
260618 GAGCCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAGCTTTTGT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGT
* * * * * * * *
260683 TTTATCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATCTAAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * ****
260748 AATATTAT-GAAAATTAATAACAAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TCATTGGGC
130 AATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATA
* * * * * * * * *
260799 GAACCAATTTAAATAATTAAGACGATATGGATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGT
* * * * * * ** * *
260864 TTTGTCATAAAACAAATATTTTT-GTACATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAGCATTGATTTAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAT-CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
260928 TAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAATATGTTTACCA
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TA
* * * * *
260977 -AACTAGTTC-AATAAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCATTTG
1 GAACCAGTTCAAATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTG
* * * * * *
261040 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTTATACAA-TCTTATTTGGAGTAAAGTAATACTAATTT
64 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGT-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * **
261103 ATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGCT-
127 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTT-TATA
* * * * * * * ** *
261157 TAACCAATGT-AAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATATAGTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
1 GAACCAGT-TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTG
* * * * * * ** * *
261221 TTTTGTTACAAAACAATTGTTTCT-ATTCGTACAAGCTTA-TTCAGAATAGCATAATTCTATTTT
64 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
261284 ATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAGATCTGTTTATT
127 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATA
** * * ***
261338 GAAAAAACTT-AAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGCTATAACCTTTT
1 G-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATAA-CTTTT
* * * * * * * * *
261400 GTTTTATCATAAAATAATTTTATTTTAGTTAAAATAATACAAATTTA-TT-AATATTCAGACAAT
63 GTTTTGTCATAAAACAA--TT-GTTT--TT--CATCATACAAGTTTATTTGAA-A-TAAAATAA-
* * * ** ** * ** * *
261463 TAATAAGTTA--AAGA-TTCAAAAAACAACTCTGTTTACTGA---ATAAATTCAAATA-G-TTAT
118 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAG-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTAT
261520 -
180 A
* ** * * * *
261520 G-ACTA-TTTGAACAATTAT--TTATTTG---AA--ATC-A-TT---ATGA--CT---TTTTGTT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTT
** * ** * * **
261566 TTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAATTAAAATAATATTAATGAATTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * ** * *
261630 ATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATATTTCCT-
131 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATA
* * * * * * * * * *
261680 GAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGT
* * * * * *
261745 TTTATCATAAAACAATTATATCAGTTT-GT-AT-C-AGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGT-T---TTTCATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * *
261806 AATTAATATTTTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCA-ATTTACT-
126 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-TA
* * ** * * * * * *
261861 GAACAAGTTCAAATAGTTACAACTACTTAAACAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGT
* * **
261926 TTTATCATAAAATAA-T-TTTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCCAA-AAAATATATA-TAAATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATA-ATACT-AATT
* * * * *
261986 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATTTGTTT-TCT
126 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-A
* * * *
262040 GAA-CATGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATTTATTTCAAA-CAGGTATGACATTTT
1 GAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAAC-TTTT
* ** ** *
262103 GTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCATATTCAAAAT-AAATAATACTAGTT
63 GTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * *
262165 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTACT-
126 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TA
* * * * * * * *
262220 GAGCAAATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAAATATTTATTTCAAAT-AGTTACGATCTTTTG
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTA-TAACTTTTG
* * * * * **
262284 TTTTGTCGTTAAACAATTGCTTCT-ATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTT
64 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
** * * *
262347 ATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAGTCTGTTTATCA
127 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-A
** * * * * *
262398 -AAATAGTTTAAATAGTTATGATTATTTTAACAATTATCTATGTT-AAATCATTATAA-TCTTTA
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACT-TTTG
* * * * * * *
262460 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTT-TTCATACAAGCTTA-ATCAGATTAAACTAATACTAATTT
64 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * *
262523 AATAATATTTCAAAAATT--T-A-T--GAGATTTAGAAAATAAATGTGTTTACCA
127 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TA
* * * * * * *
262572 -AACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACATTTTGT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGT
* * * * *
262636 TTAGTAATAAAACAA---TATTTCAATTCATACAA-TCTTA-TTCAGAATAAAATAATAATAATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGT-TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * **
262696 TATTAACA-TTCAAAACATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATCTGTTTACC
126 TATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATA
** * **
262752 GAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGGCATTTT
1 GAACCAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAAC-TTTT
* * * *
262815 GTTTTATCATAAAACAATTG--TTTCATTTCATA-AA----AATTAAAATAAAATAATACTACTT
63 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * ** *
262873 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAACCTGTTT-TCC
126 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT-A
* * * * * * * *
262928 TAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATTTCAAATCATTATGA-TCTTGCT
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTG-T
* * * * * * * *
262992 TTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTA-TTCAAGTAAAAATAATACTAATTTAA
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * ***
263056 AAATATTAT-GAAAATTAGT--G-AA-AGATTTAAAAATTAAATGTATTTGCC
129 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATA
* * * ** * * * *
263104 TAACCAATTTAAATCGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TCGACCTTTT-
1 GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT--AACTTTTG
* * * **
263167 TATTTAGTCATATAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
64 T-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
263230 TTATTAATACTTGAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
125 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
263278 TTGCTTACCG
Statistics
Matches: 2175, Mismatches: 482, Indels: 365
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
154 6 0.00
155 19 0.01
156 6 0.00
157 16 0.01
158 5 0.00
159 5 0.00
160 4 0.00
161 3 0.00
162 11 0.01
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167 3 0.00
169 5 0.00
170 1 0.00
171 4 0.00
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173 10 0.00
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185 17 0.01
186 6 0.00
187 19 0.01
188 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATA
Found at i:260965 original size:864 final size:860
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Indices: 259392--261062 Score: 1825
Period size: 864 Copynumber: 1.9 Consensus size: 860
259382 ATCTCTCATC
* * * *
259392 GAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATGTGAATAATTGTCTATTTAGAATTGTTATAACCTTTTGA
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* * * * *
259457 TTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTTGACAAAATAAAATAATACTAATTTATT
66 TTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTTGACAAAATAAAATAATACTAATTTATT
** *
259522 AATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAACAAATATGTTTACCAAATCAATTAAAA
131 AATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAAACAAATATGTTTACCAAATCAATTAAAA
* ** **
259587 TAATTATGGTTATTTGAATGACTATTGATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
196 TAATCATGGCCATTTGAACAACTATTGATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* *
259652 AATTATTTTTATCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTCAAATAT
261 AATTATTTTTATCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATAA
* * * *
259717 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATT
326 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACCGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
259782 TGAACAATTATCAATCTTAAATCGTTAAGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCA
391 TGAACAATTATCAATCTTAAATCGTTAAGATCTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTCTATCA
*** * * * * *
259847 TAAAAGCTTATTGGCCTAAAAATAATGCTAATTTAATAATAATTCAAAACTTAATATGACATTTG
456 TAAAAGCTTATTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATAATTCAAAACTTAATAAGAAATTTA
* * * * * *
259912 AAACATAAATGTGTTTGTCGAACCAATTTAAATAGTTACAACTATTGACTTAATTATCTATTTCA
521 AAAAATAAATGTATTGGGCGAACCAATTTAAATAATTACAACTATGGAC-TAATTATCTATTTCA
* * * *
259977 ATTATTCTAACCTTTTTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTTAGAATA
585 ATCATTATAACCTTTTTTTTAGTCATAAAAAATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTTAGAATA
* *
260042 AAATAATCCAAATTTATTAGCCTCAAAACATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAAATAAATCTAT
650 AAATAAT-CAAATTTATTAACCTCAAAACATTAATAAG---AAGATTT-AAAAAAATAAATATAT
* * * * *
260107 TTATCAAGCAAGTTAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTGTTACAACCT
710 TTACCAAACAAGTTAAATAAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTACAACCA
260171 TTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAATCTTCAAAAAAATTAATAAGAAAAAAA
775 TTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAATCTTCAAAAAAATTAATAAGAAAAAAA
260236 TAAAAAAAAAGTCTTTTTACT
840 TAAAAAAAAAGTCTTTTTACT
* * *
260257 GAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT-ACCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGA
* * * *
260321 TTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTAT-CCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
66 TTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTT-TGACAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
260385 TAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TAGAATCAGTTC
130 TAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAAACAAATAT-GTTTACCA-AATCAATTA
* * *
260447 AATTAATCATGGCCATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
193 AAATAATCATGGCCATTTGAACAACTAT-TGATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCAT
* ** *
260510 AAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
256 AAAACAATTATTTTT-ATCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** *
260575 ACAA-AATAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTG-AGCCAGTTCAAATAGTTAT
320 A-AATAATAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACCGAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
260638 GATTATTTGAACAATTAT-ATAT-TTCAAATCATTATA-AGCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
384 GACTATTTGAACAATTATCA-ATCTT-AAATCGTTA-AGATC-TTTATTTTATCATAAAACAATT
* * * *
260700 ATTTATCT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAGTACTAATCTAATAATATTATGAAAA-T
445 ATTT-TCTATCATAAAAGCTTA-TTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATAAT-TCAAAACT
260762 TAATAACAAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TCATTGGGCGAACCAATTTAAATAATTA-AGACGAT
507 TAAT----AAGAAATTTAAAAAATAAATGT-ATTGGGCGAACCAATTTAAATAATTACA-AC--T
* *
260825 ATGGA-TAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAAATATT-TTT
564 ATGGACTAATTATCTATTTC-AATCATTATAACCTTTT-TTTTAGTCAT-AAA-AAAT-TTGTTT
* * * ** ** *
260887 -GTA-CATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAGCAT-TGATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAA
624 CATATCATACAAGCTTAT-TTAG-AATAAAATA--ATCAAATTTATT-A-ACCTCAAAACATTAA
* * * * *
260946 TAAG-AGATTT-AATAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAATAAGTTATAACTATTTGAACA
683 TAAGAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTAAATAAGTTATAACTATTTAAACA
* * * * *
261009 ATTATTTATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
748 ATTATTTATTTAAAATTATTACAACCATTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTC
261063 TATTTATACA
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 107, Indels: 68
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
862 5 0.01
863 134 0.20
864 252 0.38
865 127 0.19
866 6 0.01
867 3 0.00
868 58 0.09
869 41 0.06
870 24 0.04
871 13 0.02
872 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (860 bp):
GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGA
TTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTTGACAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAAAAATTTTAAAAAACAAATATGTTTACCAAATCAATTAAAA
TAATCATGGCCATTTGAACAACTATTGATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTATTTTTATCATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATAA
TAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATACTTACCGAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCAATCTTAAATCGTTAAGATCTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTCTATCA
TAAAAGCTTATTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATAATTCAAAACTTAATAAGAAATTTA
AAAAATAAATGTATTGGGCGAACCAATTTAAATAATTACAACTATGGACTAATTATCTATTTCAA
TCATTATAACCTTTTTTTTAGTCATAAAAAATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTTAGAATAA
AATAATCAAATTTATTAACCTCAAAACATTAATAAGAAGATTTAAAAAAATAAATATATTTACCA
AACAAGTTAAATAAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATTATTACAACCATTTGTT
TTGACATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAATCTTCAAAAAAATTAATAAGAAAAAAATAAAAA
AAAAGTCTTTTTACT
Found at i:261100 original size:358 final size:361
Alignment explanation
Indices: 260262--263277 Score: 1068
Period size: 358 Copynumber: 8.5 Consensus size: 361
260252 TTACTGAACA
* * * * ** *
260262 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTAT
* * * *** * * * *
260326 CATAAAAAAATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
66 CATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
* * ** ** * * *
260390 TT-TCAAAAATTGAGAAG-TTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTT-TATAGAATCAGT-TCAAT
130 TTAT-AAAAATTAATAAGCAAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTGGCT-GAACCAATGT-AAA
* ** * * * *
260450 TAATCATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
190 TAATTATAACAATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
260515 AATTGTTTTTCATCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCACAAA
255 AAATATTTTTCATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCACAAA
* *** *
260580 ATAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAGCC
320 AT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACC
* * * *
260623 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAGCTTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTAT
* *
260688 CATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAGTACTAATCTAATAATAT
66 CATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
* *
260753 TATGAAAATTAATAA-CAAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TCATTGGGC-GAACCAATTTAAATAA
131 TATAAAAATTAATAAGCAAAG-AATTTAAAAAATAAATCT-ATT-GGCTGAACCAATGTAAATAA
* * * * *
260815 TTA-AGACGATATGGATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
193 TTATA-ACAATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * *
260879 ATATTTTT-GTACATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAGCATTGATTTATTAATATTTTA-AAAA
257 ATATTTTTCAT-CATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCACAAAA
* * *
260942 T-TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAATATGTTTACCAAACT
321 TATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACC
* * *
260981 AGTTC-AATAAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTG
1 AGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTA
* * * * * * * * * *
261045 TCATAAAATAATTGTTTCTATTTATACAATCTTATTTGGAGTAAAGTAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
* * * * * * *
261110 TTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTAACCAATGTAAATAGTT
130 TTATAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAATGTAAATAATT
* * * * *
261175 ATAACAATTTGAACAATTATATAGTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTACAAAAC-AAT-
195 ATAACAATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATA
* * * ** ** * *
261238 TGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTC-AGAATAGCATAATTCTATTTTATTAATATTTCA-AAATT
260 TTTTTC-A-TCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCACAAA-A
* * * * * ** **
261301 TAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAGATCTGTTTATTGAAAAA
321 T-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTA-CCAAACC
* * *** *
261344 ACTT-AAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTACT-TATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA-TATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTA
* * ** ** *
261406 TCATAAAATAATTTTATTT-TAGTT-A-A-AA---TAATACAAATTTATTAATA-T--TC-AGA-
65 TCATAAAACAA--TTATTTATA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTA-AT
* * * * * * *** * * ** ** *
261459 CA-ATTA-ATAAGTTAA-AGATTC-AA-AA---AACAACTCTGTTTACTGAAT-AAAT--T-CAA
126 AATATTATAAAAATTAATA-A-GCAAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAATGTAA
* * * * * * * *
261512 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
189 ATAATTATAACAATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * * * * ** *
261577 -AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAATTAAAATAATATTAATGAATTAATATTTTGAC-
254 CAAATATTTTTCATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTTCACA
* * ** * * * *
261640 AATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATAT-ATTTCCTGAACA
318 AAAT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACC-AAACC
* * * * * * * *
261685 AGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTAT
** * *
261750 CATAAAACAATTA--TATCAGTTTGTATC-AGCTTATTCGAAATAAAACAATACTAAT-TAATTA
66 CATAAAACAATTATTTAT-A-TTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAA-TA
* * * * * * **
261811 ATATTTTAAAAATTATTGAG-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCAATTTACTGAA-CAA-GTTCAA
127 ATATTATAAAAATTAATAAGCAAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAATG-T-AA
* * * * * * * *
261873 ATAGTTACAACTACT-TAAACAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAA
189 ATAATTATAAC-AATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
261937 A-TAAT-TTTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-CAA-AAAATATATA-TAAATTTATTAATATTC
253 ACAAATATTTTTC-A-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA-ACACT-AATTTATTAATATTT
* * * * * **
261997 CA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATTTGTTTTCTGAA-C
314 CACAAAA-T-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACC
* * * * * *
262044 ATGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATTTATTTCAAA-CAGGTATGA-CATTTTGTTT
1 A-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA-TTATAACCA-TTTGTTT
* * * * ** * * *
262107 TGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAAT-AAATAATACTAGTTTATTA
63 TATCATAAAAC-AATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATA
* * * * * ** * *
262170 ATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAAT-TCAA
127 ATATTAT-AAAAATTAATAAG-CAAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAATGT-AA
** * * * * * * * * *
262232 ATAATTATGGCTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGTTACGATCTTTTGTTTTGTCGTTAAA
189 ATAATTATAACAATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * ** * * *
262297 C-AAT-TGCTTCTATTCATGCAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-T
254 CAAATATTTTTC-A-TCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * **
262358 GAAAAT-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAGTCTGTTTATCAAAAT
316 CAAAATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACC
* * * * * * * *
262402 AGTTTAAATAGTTATGATTATTTTAACAATTATCTATGTT-AAATCATTATAATC-TTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATAT-TTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTA
* * * * * * *
262465 TCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTA-ATCAGATTAAACTAATACTAATTTAATAAT
65 TCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATCTAATAAT
* * * * ** ** * *
262529 ATT-TCAAAAATT--TATG---AG-ATTTAGAAAATAAATGTGTTTACCAAACTAGT-TCAAAT-
129 ATTAT-AAAAATTAATAAGCAAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAATGT-AAATA
* * * * * * * * * *
262585 AGT-TAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACATTTTGTTTAGTAATAAAAC
192 ATTATAACAATA-T-GAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
262649 -AATA--TTTCAATTCATACAA-TCTTATTC-AGAATAAAATAATAATAATTTATTAACA-TTCA
255 AAATATTTTTC-A-TCATACAAGT-TTATTCGA-AATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * **
262708 -AAACATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATCTGTTTACCGAATA
316 CAAA-A-T-ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGCTTACCAAACC
* * * **
262757 AGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTAT-GGCATTTTGTTT
1 AGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA-TCATTATAACCA-TTTGTTT
* * * * * *
262819 TATCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATA-AA----AATTAAAATAAAATAATACTACTTTATTA
63 TATCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATA
* * * ** * *
262878 ATATT-TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAACTAAACCTGTTTTCCT-AACTAGT-TCA
127 ATATTAT-AAAAATTAATAAGCAAAGA-ATTTAAAAAATAAATCT-ATTGGCTGAACCAATGT-A
* * * * * * *
262939 AATAGTTATGAA-TATTTGAACAAATATCA-ATTTCAAATCATTATGA--TCTTGCTTTTCTCAT
188 AATAATTAT-AACAATATGAACAATTAT-ATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCAT
* * * * * * * * **
263000 AAAACAATTGTTTCTGATCATAGAAGCTTATTC-AAGTAAAAATAATACTAATTTAAAAATA-TT
250 AAAACAAATATTTTTCATCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAAATAACACTAATTTATTAATATTT
* * * ** * *
263063 -ATGAAAAT-T-AGTGAA-AGATTTAAAAATTAAATGTATTTGCCTAACC
314 CA-CAAAATATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACC
* * * * * * * *
263109 AATTTAAATCGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TCGACC-TTTTTATT
1 AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT-AACCATTTGT-TT
* * * * ** * *
263171 TAGTCATATAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
63 TA-TCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAAT
* *
263235 AATACTT-GAAAACTTAATAAGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAAT
126 AATA-TTATAAAAATTAATAAGCAAAGA-ATTT-AAAAAATAAAT
263278 TTGCTTACCG
Statistics
Matches: 2030, Mismatches: 463, Indels: 326
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 1 0.00
341 15 0.01
342 66 0.03
343 117 0.06
344 6 0.00
346 2 0.00
347 23 0.01
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350 55 0.03
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363 20 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTAT
CATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
TATAAAAATTAATAAGCAAAGAATTTAAAAAATAAATCTATTGGCTGAACCAATGTAAATAATTA
TAACAATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAT
TTTTCATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCACAAAATATAA
GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTACCAAACC
Found at i:261737 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 261429--263299 Score: 1395
Period size: 180 Copynumber: 10.5 Consensus size: 180
261419 TTATTTTAGT
* * * * * * * *
261429 TAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTTAAAGATTCAAAAAACAACTCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * *
261493 GTTTACTGAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCATTATGAC
65 GTTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * *
261558 TTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCCAAT
130 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAA
* ** * * ** *
261609 TAAAATAATATTAATGAATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * *
261674 TTTCCTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATCGTTATGACC
66 TTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA
* * * * **
261739 CTTTGTTTTATCATAAAACAATTATATC-AGTTTGTATC-AGCTTATTCGAAA
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTC-AAA
* * * * * *
261790 TAAAACAATACTAATTAATTAATATTTTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCA-
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-AT
* * * * * * *
261854 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTACAACTACTTAAACAATTTTTTATTTCAAATCGTTATGAC
65 GTTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
261919 ATTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTCCAA
130 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
** * *
261970 -AAAATATATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATT
1 TAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
262032 TGTTTTCTGAACATGTTCAAATAATTATGACTATTTTAACAATTATTTATTTCAAA-CAGGTATG
64 TGTTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATG
*
262096 ACATTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAA
128 ACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * *
262149 -ATAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAAATTT-TAAAATAAATA
1 TA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * ** * * * *
262212 TGTTTACTGAGCAAATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGTTACGA
64 TGTTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * ** *
262277 TC-TTTTGTTTTGTCGTTAAACAATTGCTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAA
129 -CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AA
* * * *
262330 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAGTCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
262391 TTT-ATCAAAATAGTTTAAATAGTTATGATTATTTTAACAATTATCTATGTT-AAATCATTAT-A
66 TTTCCTGAACA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA
* * * * *
262453 -ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTAATCAGAT
129 CAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AA
* * * * * *
262506 TAAACTAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT--T-A-T--GAGATTTAGAAAATAAATGTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * *
262565 TTTACC-AAACTAGTTCAAATAGTTA-AGAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAA
66 TTT-CCTGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * *
262628 CATTTTGTTTAGTAATAAAACAA-TATTTCAATTCATACAATCTTATTCAGAA
129 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AA
* * * * * * * *
262680 TAAAATAATAATAATTTATTAACA-TTCAAAACATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATA
* *
262744 TGTTTACC-GAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTA
64 TGTTT-CCTGAACAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTA
* * * *
262806 TGGCATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AA---AATTAAAA
126 TGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * **
262857 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAACCTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
262922 TTTTCCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTTGAACAAATATCAATTTCAAATCATTATG-
66 -TTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
262984 -ATCTTGCTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATAGAAGCTTATTCAAG
129 CATTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAA
** * * * * *
263036 TAAAAATAATACTAATTTAAAAATATTATGAAAA-T--T-AGTGAAAGATTTAAAAATTAAATGT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
263097 ATTTGCCT-AACCAA-TTTAAATCGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-T
65 GTTT-CCTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
263158 CGACCTTTT-TATTTAGTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
127 -GACATTTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAA
* * * * * *
263215 TAAAATAATACTAATTTATTAATACTTGAAAACTTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATAT
* *
263280 GCTTACC-GAACAAATTCAAA
65 G-TTTCCTGAACAAGTTCAAA
263300 GATTGTTTTA
Statistics
Matches: 1349, Mismatches: 260, Indels: 161
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 10 0.01
174 112 0.08
175 55 0.04
176 199 0.15
177 104 0.08
178 76 0.06
179 156 0.12
180 297 0.22
181 289 0.21
182 29 0.02
183 20 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTCCTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACA
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA
Found at i:261813 original size:523 final size:529
Alignment explanation
Indices: 260461--262912 Score: 1446
Period size: 539 Copynumber: 4.6 Consensus size: 529
260451 AATCATGGCC
* * *
260461 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
1 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCT
* *** * *
260525 CA-TCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCACAAAA-TAATAAG
64 -ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAG
** ** ** * * * * * *
260588 TAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAGCCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAT
127 TAAAAGATTTTTAAAATAAATATATTTACTGA-ACAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
* * * * * * * *
260653 TATATATTTCAAATCA-TTATAAGCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAG
191 AATATATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTATTCGTACAAG
* * * * *
260717 CTTATT-TGAAATAAAATAGTACTAATCTAA-TAATATTAT-GAAAATTAATAACA-AAGAAATT
255 CTTATTCAG-AATAAAACAATACTAAT-TAATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-ATAAGAGATT
* ** * * * * ** * *
260778 TAAAAAATAAATTC-ATTGGGC-GAACCAA-TTTAAATAATTA-AGACGA-TATGGATAATTATT
316 TAAAAAATGAA-TCAATT-TACTGAA-AAACTTCAAATAGTTACA-ACTACT-TAAACAATTACT
** * * * * * * *
260838 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTACATATAAGTTTGT
376 TATTTCAAATCGCTATAACATTTTGTTTTATCATAAAA-TAAT-TTTCTAT-TATA-AAG--T-T
** * * ** * * * *
260903 TCGAAATAAAATAGCATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGATTTAATAAATAA
434 TAAAAAT-ATATA-CA--AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAACAA
* ** * * *
260965 ATATGTTTACCAAACTAGTTC-AATAAGTTATAACT
495 ATCTGTTTACTGAACAAATTCAAAT-AGTTATGACT
* *
261000 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCT
* * *** * * *
261064 ATTTATACAATCTTATTTGGAGTAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
64 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
** ** * * ** * * * *
261129 ACGGATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTAACCAATGTAAATAGTTATAACAATTTGAACAATTA
129 AAAGATTTTTAAAATAAATATATTTACTGAA-CAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATAA
* * * * * *
261194 TATAGTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTT
193 TATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTATTCGTACAAGCTT
** * * * * * *
261259 ATTCAGAATAGCATAATTCTATTTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAATAAGAGATTTAAAAAC
258 ATTCAGAATAAAACAATACTAATTAATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAA
** * * * *
261324 T-AGATCTGTTTATTGAAAAAACTT-AAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAAT
323 TGA-ATCAATTTACTG-AAAAACTTCAAATAGTTACAACTACTTAAACAATTACTTATTTCAAAT
* * *
261386 TGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-TTT-TATT-T-TAG-TT-AAAATA-ATACAAAT
386 CGCTATAACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTCTATTATAAAGTTTAAAAATATATACAAAT
* * * * *
261444 TTATTAATATT-CAGACAATTAATAAGTTAAAGATTCAAAAAACAACTCTGTTTACTGAATAAAT
451 TTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAG-TAAAAATTAAAAAAACAAATCTGTTTACTGAACAAAT
261508 TCAAATAGTTATGACT
514 TCAAATAGTTATGACT
* * * *
261524 ATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTTTGT
1 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTAT
* * * ** * *
261589 TCATACAAGCTTATTCCAATTAAAATAATATTAATGAATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA
66 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
261654 AGATTTTTAAAATAAATATATTTCCTGAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATAATC
131 AGATTTTTAAAATAAATATATTTACTGAACAA-TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATAATA
* * * *
261719 TATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTATCATAAAACAATTATATC-AGTTTGTATC-AGCTT
195 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTA-TTCGTA-CAAGCTT
* * * *
261782 ATTC-GAAATAAAACAATACTAATTAATTAATATTTTAAAAATTATTGAGTAAGAGATTTAAAAA
258 ATTCAG-AATAAAACAATACTAATTAATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAA
* * **
261846 ATGAATCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTACAACTACTTAAACAATTTTTTATTTCAAATC
322 ATGAATCAATTTACTGAAAAACTTCAAATAGTTACAACTACTTAAACAATTACTTATTTCAAATC
* *
261911 GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTCCAAAAAATA
387 GCTATAACATTTTGTTTTATCATAAAATAA--TTTTCTATT-ATA-AAG--T-TT---AAAAATA
* * * *
261976 TATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTTCTG
442 TATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAACAAATCTGTTTACTG
** *
262041 AACATGTTCAAATAATTATGACT
507 AACAAATTCAAATAGTTATGACT
* * *
262064 ATTTTAACAATTATTTATTTCAAA-CAGGTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA-AAATTGTTTCT
* * *
262128 ATTCATACAAGCATATTCAAAAT-AAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
64 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * **
262192 AAAAAATTTTAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAA-AT
129 AAAGATTTTTAAAATAAATATATTTACTGAAC-AATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATA-
* * * * * * * * **
262256 ATTTATTTCAAATAGTTACGATCTTTTGTTTTGTCGTTAAACAATTGCT-TCTATTCATGCAAAA
192 ATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATATCTATTCGTACAAGC
* * * **
262320 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAA
256 TTATTCAGAATAAAACAATACTAATTAATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAA
* ** * * * ** * * *
262381 ACT-AAGTCTGTTTA-TCAAAATAGTTTAAATAGTTATGATTATTTTAACAATTA-TCTATGTT-
321 AATGAA-TCAATTTACTGAAAA-ACTTCAAATAGTTACAACTACTTAAACAATTACT-TAT-TTC
** * * * *
262442 AAATCATTAT-A-ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTAATCAGA
382 AAATCGCTATAACAT-TTTGTTTTATCATAAAATAA-T-TTTCTATT-ATA-AAG-TT--T-A-A
* * * * * * * * *
262505 TTAAACTA-ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT--T-A-T-GAGATTTAGAAAATAAATGT
437 --AAA-TATATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAACAAATCT
** * * * *
262564 GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAAT
499 GTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
262595 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACATTTTGTTTAGTAATAAAACAA-TATTTCAA
1 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTA
* * * * * * *
262659 TTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAACA-TTCAAAACATTAATGAGCA
65 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAATAAGTA
* ** * * * * * * *
262723 AGAGATTTAAAAAAATTAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAAT
129 AAAGATTT-TTAAAATAAATATATTTACTGAACAA-TTTAAATAG-TTATAACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
262787 TATCTATTT-AAAGTCGTTATGGCATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATA-AA
191 AATATATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTA-TTCGTACAA
* * * * * **
262849 ---AATT-AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA
254 GCTTATTCAGAATAAAACAATACTAATTAATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAA
262910 AAA
319 AAA
262913 CTAAACCTGT
Statistics
Matches: 1526, Mismatches: 304, Indels: 174
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
519 1 0.00
520 24 0.02
522 13 0.01
523 232 0.15
524 136 0.09
525 7 0.00
526 2 0.00
527 36 0.02
528 8 0.01
530 36 0.02
531 137 0.09
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534 9 0.01
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537 7 0.00
538 57 0.04
539 271 0.18
540 262 0.17
541 63 0.04
542 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTTTAAAATAAATATATTTACTGAACAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATAATAT
ATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCTATTCGTACAAGCTTATT
CAGAATAAAACAATACTAATTAATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGA
ATCAATTTACTGAAAAACTTCAAATAGTTACAACTACTTAAACAATTACTTATTTCAAATCGCTA
TAACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTCTATTATAAAGTTTAAAAATATATACAAATTTATT
AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAACAAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATA
GTTATGACT
Found at i:262853 original size:531 final size:532
Alignment explanation
Indices: 262096--263299 Score: 1361
Period size: 531 Copynumber: 2.3 Consensus size: 532
262086 AACAGGTATG
* * *
262096 ACATTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTCAAAAT-AAATAATA
1 ACATTTTGTTTAGTCATAAAAC-AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * *
262159 CTAGTTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTACTGA
65 CTAATTTATTAATACTTCAAAACATTAATAAG-CAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * *
262222 GCAAATTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAAATATTTATTTCAAATAGTTACGATCTTTTGTTT
129 ACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATAGTTACGAGCTTTTGTTT
* * * *
262287 TGTCGTTAAACAATTGCTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
194 TATCATAAAACAATTGCTTCTATTCATG-AAAA--A-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** ** *
262352 TATTTTGAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAACTAAGTCTGTTTAT-CAAAATAGTTTAAATAGTT
255 TATTTCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAACTAAACCTGTTT-TCCAAAATAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
262415 ATGATTATTTTAACAATTATCTATGTT-AAATCATTATAATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
319 ATGAATATTTGAACAAATATCAAT-TTCAAATCATTATAATCTTGATTTTCTCATAAAACAATTA
** * * *
262479 TTTCTTTTCATACAAGCTTAATC-AGATTAAACTAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTT
383 TTTCTGATCATACAAGCTTAATCAAG-TAAAAATAATACTAATTTAAAAATATTAT-AAAAA-TT
* * *
262542 A-TG-AGATTTAGAAAA-TAAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATA
445 AGTGAAGATTTA-AAAATTAAATGTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATA
*
262604 ATTATCTATTTCAAATCATTT-TA
509 ATTATCTATTTCAAATCATTTCGA
* * * * *
262627 ACATTTTGTTTAGTAATAAAACAA-TATTTCAATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATAA
1 ACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
262691 TAATTTATTAACA-TTCAAAACATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATCTGTTTACCGAA
66 TAATTTATTAATACTTCAAAACATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * * * *
262755 TAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATG-GCATTTTGT
130 CAAATTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAA-TAGTTACGAGC-TTTTGT
* *
262817 TTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCAT-AAAAATTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
192 TTTATCATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATGAAAAATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
262880 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAACCTGTTTTCCTAACTAGTTCAAATAGT
256 ATTTCAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAACTAAACCTGTTTTCCAAAATAGTTCAAATAGT
* * *
262945 TATGAATATTTGAACAAATATCAATTTCAAATCATTATGATCTTGCTTTTCTCATAAAACAATTG
318 TATGAATATTTGAACAAATATCAATTTCAAATCATTATAATCTTGATTTTCTCATAAAACAATTA
* * *
263010 TTTCTGATCATAGAAGCTTATTCAAGTAAAAATAATACTAATTTAAAAATATTATGAAAATTAGT
383 TTTCTGATCATACAAGCTTAATCAAGTAAAAATAATACTAATTTAAAAATATTATAAAAATTAGT
* * * * * *
263075 GAAAGATTTAAAAATTAAATGTATTTGCCTAACCAATTTAAATCGTTAAGACTATTTGAATAATT
448 G-AAGATTTAAAAATTAAATGTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATT
*
263140 ATCTATTTCAAATCGTTTCGA
512 ATCTATTTCAAATCATTTCGA
* * * * * *
263161 CCTTTTTATTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
1 ACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * *
263226 TAATTTATTAATACTTGAAAAC-TTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGCTTACCGAA
66 TAATTTATTAATACTTCAAAACATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAA
263290 CAAATTCAAA
130 CAAATTCAAA
263300 GATTGTTTTA
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 88, Indels: 44
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
527 40 0.07
528 1 0.00
530 49 0.09
531 190 0.34
532 95 0.17
533 68 0.12
534 19 0.03
535 92 0.16
536 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (532 bp):
ACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATACTTCAAAACATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
AAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATAGTTACGAGCTTTTGTTTTA
TCATAAAACAATTGCTTCTATTCATGAAAAATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAACTAAACCTGTTTTCCAAAATAGTTCAAATAGTTATGAATA
TTTGAACAAATATCAATTTCAAATCATTATAATCTTGATTTTCTCATAAAACAATTATTTCTGAT
CATACAAGCTTAATCAAGTAAAAATAATACTAATTTAAAAATATTATAAAAATTAGTGAAGATTT
AAAAATTAAATGTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATCTATTTC
AAATCATTTCGA
Found at i:263631 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 263301--263987 Score: 712
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 179
263291 AAATTCAAAG
* * * *
263301 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGTTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * *
263365 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTATTTAAATCTCCTAGC-TAGTAATTTTT-AGA
66 CTATTTGAACTGGTT-TGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA-A
* * * *
263428 ATATAAAT-AATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTA-TATGAACAAAAACA
127 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAACAAAAA-A
* * * *
263481 TTTGTTTTATTACAGAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
263546 TTATTTGAACTAGTTATGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAAT
66 CTATTTGAACTGGTT-TGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* * **
263610 ATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAA
129 ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAA-CAAAAAA
* * * * *
263662 GTTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAGTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A
* * * * * * * *
263726 ACAATTTGAATTGGTTCGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTGGGAAT
65 ACTATTTGAACTGGTTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
* *
263791 ATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAATA
129 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAA-A
* ** * * * * *
263843 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTATACAATTGTTTAAATAATCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
263908 CTATTT-ATATTGGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC--ACTTATTAATTTTTGAAAG
66 CTATTTGA-ACTGGTTT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
*
263970 ATTAATAAATTAGCATTA
129 ATTAATAAATTAGTATTA
263988 AAGATTTAAA
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 71, Indels: 33
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 31 0.07
180 57 0.14
181 323 0.77
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTTTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAAA
Found at i:264566 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 264011--264792 Score: 588
Period size: 179 Copynumber: 4.4 Consensus size: 180
264001 TAGATGTGTC
* * * * * *
264011 TACCAAA-TAGTTCAAA-TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCT
1 TACCAAACCAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
* *
264074 TTTA-TTTAGTTATAAAACAATTG-TTTT-AGTTCATACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
65 TTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * *
264136 ATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA-TCAAGAA-ATTAAAAAAATAAATCTATT
128 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT--AGAAGATT-TAAAAATAAA-CCATT
* * * *
264191 TACCAAACAAGTTCAAA-TAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAACTGGTATG-AC
1 TACCAAACCAGTTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGAAC
* * * * *
264253 CTTTATTTTATCATAAAAAAATTG--TTTCAGTTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-CT
64 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC-
* * * * * *
264315 TACTTTATTAATATTGT-AAAAATTGATAAGTTGGACATTTAAAAATAAATCAATT
127 TAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAATAAA-CCATT
*** * * * * *
264370 TATTGAATCAATTCAAATTATTATGCCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTCATGAACTT
1 TACCAAACCAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTT
* * * * ** *
264435 TTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTCA-TCATACAATCCTACTTGGAATAAAATAATAGTAAT
66 TTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
264498 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAATAAACCAGTT
131 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAATAAACCA-TT
** ** * * *
264549 TACCAAACCAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAATTATTATATATTTCAAATTGTTAT-AAC-C
1 TACCAAACCAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTT
* * * *
264612 ATATGTTCTATCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
66 TTAT-TT-TATCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * ** *
264676 ATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTA-AGAGATTTAAACAAT-AA--ATT
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGA-AGATTTAAA-AATAAACCATT
*** * * ** * * * *
264726 TATTTGAACCAGTTCAAATAATTAAGGGTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATG-ACT
1 TA-CCAAACCAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT
264790 TTT
65 TTT
264793 GTAGACACCC
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 99, Indels: 53
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 7 0.01
178 53 0.11
179 186 0.39
180 177 0.37
181 53 0.11
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TACCAAACCAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTT
TTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAATAAACCATT
Found at i:264716 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 264042--264724 Score: 801
Period size: 359 Copynumber: 1.9 Consensus size: 360
264032 AAGACTATTA
** * * **
264042 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATCATGAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTTACATCA
* * *
264107 TACATGCTTATTTAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAATCAAGAAA
66 TACATGCCTACTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAT-AAGAAA
* *
264172 TTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
130 TTAAAAAAATAAATCCATTTACCAAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATATAT
* * * *
264237 TTAAAACTGGTATGACCTTTATTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATTCAA
195 TTAAAACTGGTATAACCTATATTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * * * **
264302 AATAAAATAATCTTACTTTATTAATATTGTAAAAATTGATAAGTTGGACATTTAAA-AATAAATC
260 AATAAAATAATCTTAATGTAATAATATTGTAAAAATTAATAACTAAGACATTTAAACAATAAATC
264366 AATTTATTGAATCAATTCAAATTATTATGCCCATTT
325 AATTTATTGAATCAATTCAAATTATTATGCCCATTT
* * *
264402 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTCATGAACTTTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTTCATCA
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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*
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*
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* * * *
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Done.