Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168115.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_36, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 443530
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 4 of 5
Found at i:273747 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 273542--274167 Score: 863
Period size: 59 Copynumber: 10.7 Consensus size: 58
273532 AAATTCCAAA
* *
273542 AAAAAAATATTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAA-TTTC
1 AAAAAAATATTTTTTGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
* * *
273599 AAAAAAAGA-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGGAAATCAAAGTTTC
1 AAAAAAATATTTTTTG-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAAT-AAATTTTC
273658 AAAAAAATA-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAA-TTTC
1 AAAAAAATATTTTTTG-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
* *
273715 CAAAAAATATTTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
1 AAAAAAATATTTTTT-GGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
* *
273774 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAA-TTTC
1 AAAAAAATA-TTTTTTG-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
* *
273833 CAAAAAATATTTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
1 AAAAAAATATTTTTT-GGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
* * *
273892 AAAAAAAAAGATTTTTGAAGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAA-TTTC
1 AAAAAAATA-TTTTTTG-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
* *
273951 CAAAAAATATTTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
1 AAAAAAATATTTTTT-GGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
* * * * *
274010 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGGAAATCAAAGTTTC
1 AAAAAAATA-TTTTTTG-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAAT-AAATTTTC
274071 AAAAAAATA-TTTTTGTGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTT-
1 AAAAAAATATTTTTTG-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
* *
274128 AAAAAAAGATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
1 AAAAAAATATTTTTTGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
274168 TCCTACACAA
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 40, Indels: 36
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
56 5 0.01
57 84 0.16
58 139 0.27
59 151 0.30
60 117 0.23
61 15 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (58 bp):
AAAAAAATATTTTTTGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTTC
Found at i:273818 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 273540--274167 Score: 995
Period size: 118 Copynumber: 5.4 Consensus size: 118
273530 AAAAATTCCA
* * *
273540 AAAAAAAAATATTTTT-AGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTCAAAAA
1 AAAAAAAAAGATTTTTGA-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTCCAAAA
* * ** *
273604 AAGATTTTTGA-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGGAAATCAAAGTTTC
65 AATATTTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAAT-AAATTTTC
*
273658 --AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTCCAAAAA
1 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTCCAAAAA
273721 ATATTTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
66 ATATTTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
273774 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTCCAAAAA
1 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTCCAAAAA
*
273839 ATATTTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
66 ATATTTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
*
273892 AAAAAAAAAGATTTTTGAAGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTCCAAAAA
1 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTCCAAAAA
*
273957 ATATTTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
66 ATATTTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
* * *
274010 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGGAAATCAAAGTTTCAAAA
1 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAAT-AAA-TTTCCAAA
*
274075 AAATA-TTTTT-GTGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTT-
64 AAATATTTTTTAG-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
*
274128 --AAAAAAAGATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
1 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
274168 TCCTACACAA
Statistics
Matches: 487, Mismatches: 16, Indels: 16
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
116 113 0.23
117 33 0.07
118 281 0.58
119 48 0.10
120 12 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (118 bp):
AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTCCAAAAA
ATATTTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
Found at i:274171 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 273542--274167 Score: 894
Period size: 58 Copynumber: 10.7 Consensus size: 57
273532 AAATTCCAAA
*
273542 AAAAAAATATTTTT-AGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTC
1 AAAAAAATATTTTTGA-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
* *
273599 AAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTGGAAATCAAAGTTTC
1 AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAAT-AAA-TTTC
273658 AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
1 AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
* * *
273715 CAAAAAATATTTTTTAGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
1 AAAAAAATATTTTTGA-GGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAA-TTTC
*
273774 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
1 --AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
* * *
273833 CAAAAAATATTTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
1 AAAAAAATA-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAA-TTTC
* *
273892 AAAAAAAAAGATTTTTGAAGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
1 --AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
* * *
273951 CAAAAAATATTTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAAAAATAAATTTTC
1 AAAAAAATA-TTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAA-TTTC
* * *
274010 AAAAAAAAAGATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTTCTTGGAAATCAAAGTTTC
1 --AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAAT-AAA-TTTC
* *
274071 AAAAAAATATTTTTGTGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTT
1 AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
* *
274128 AAAAAAAGATTTTTGGGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
1 AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTT
274168 TCCTACACAA
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 40, Indels: 32
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
57 118 0.23
58 129 0.25
59 118 0.23
60 114 0.22
61 34 0.07
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (57 bp):
AAAAAAATATTTTTGAGGAAAAGTTGAAAGTATCAATTTTCCTTAGAAATAAATTTC
Found at i:275167 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 274716--288878 Score: 2482
Period size: 181 Copynumber: 78.5 Consensus size: 180
274706 AAAACAAATC
* * ** * * * * *
274716 TATTAATATTTCAAAAA-TAATTAGCAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCCATTTGCCGAACGAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACTGAACAAATG
* * ** * *
274779 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGGATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATG
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * *** * * * ** *
274844 AAACAAATGTTTTTTTTTTCAAATAAGCTTGT-TTGG-AATAAAAGAATATTAATT
129 AAAC-AAT-TGTTTCTACGCATACAAG-TT-TATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
** ** * * * * * * *
274898 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGA-TTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * *
274963 CAATTCGTT-TAACAATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* *
275027 AAACAATTGTTTCTA-GTCATAC-AGTCTTATTGGGAATAAAATTAATGCTAATT
129 AAACAATTGTTTCTACG-CATACAAGT-TTATTGGAAATAAAA-TAATGCTAACT
** * *
275080 TATTAATATTTTGATAATTAATAACCAATGA-ATTTAAAAAATGAATCTG-TTAGCCTG-CCAAA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAA-GAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA--CTGAACAAA
* * * * * * **
275142 TGCAAATATTTATGATTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTAATCA
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCA
* * * * * *
275207 CAAATCAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCT
127 TAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
** * *
275261 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATGA
* * ** *
275326 AAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATACCA-TTTGTTTTGTCATAA
** * * ** * ** * *
275391 AACAATT-TTTGCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATT
130 AACAATTGTTT-CTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * *
275442 TATTAATA-TTCAAACAATT-A-AA--AA-A-A--T-----A--AATCTATTTA-TCGAATAAGT
1 TATTAATATTTCAAA-AATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAAT
** * * * * * *
275490 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTCGTTCTATCA
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTT-GTTTTGTCA
* *** * * *
275554 TAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATT
127 TAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * * * * * * *
275608 TAATAATA-TTCTAATAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATATTTGCCGAACCAATT
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * *
275672 CAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * * *** * ** * *
275736 AAACAATTATTTC-AGCTCATATAAGTTTATACAAAATAAAACAAAACTGATT
129 AAACAATTGTTTCTA-CGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * ** * **
275788 TGTTAATATTTCAAAATTTTATAATTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAATC-AAT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACTGAA-CAAAT
** * * * * **
275851 TCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTA-TACCATTTGTTTTGTCAT
* *** * * * ** *
275916 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAACACTAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * ** * * *
275969 TATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAACCATTT
1 TATTAATATTTCA-AAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * ** *
276033 CAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATC
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * *** * * * *
276098 AAACAATGGGTTCTATTTATACTATTTTATTTGG-AATAAAATAATACTAATT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * ** * * **
276150 TAATAATATTTCAAAATTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGCTGAACAAGTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATGA
* * ** *
276215 AAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATAA
** * * * * * *
276280 AACAAATT-TTT-TTTG--TACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATT
130 AAC-AATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * **
276328 TAATAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAA-AAAT-TGTTTATTGAACCAATTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATGA
** ** * * * * ** *
276387 GTAT-GATTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTTGTTTAGTCATA
66 AAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
276451 AAGCAATTGTTT-TA-GTTCATACAATTTTATT-CAGAATAAATTAATACTAATT
129 AAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTAACT
* ** ** * * * *
276503 TATTAACA-TTCAAAAAATTAGGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGT
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAA-AAAATGAATCTGTTTACTGAACAAAT
** * * * * * ** ** * *
276567 TCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCACTATGACTTTTTATTTTTTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* ** * * *
276632 AAAACAATTGTTT-TA-GTTAATACAAGTTTA-TACAGAACAAAATAAT-ATAAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCT-AACT
** * * * ** *
276685 TATTAATATTT-ATAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTCAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATTAGT
1 TATTAATATTTCA-AAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAAT
* * * * * *
276747 -TAAATAATTATG-GTAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCATTTGTTTTGTTA
64 GAAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCA
* * * * ** * *
276810 TCAAACAATTATTTTTTTATCG--TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATT
127 TAAAACAA-T-TGTTTCTA-CGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * *
276865 TATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAACCAATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAATG
* ** ** * * * * * *
276925 CAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTCTAACATGTT-TTTAGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATACCAT-TTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
276989 AAATATTTGTTTCATA-TCATAC-AGCTTATTCAAAAT-AAATAATCCTAAAT
129 AAACAATTGTTTC-TACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * *
277039 GATATTGACA-TTCAAAAAAATTAATAAGC-AGAGATTTTGAAAAATAAATC-G-TTACCT-AAT
1 --TATTAATATTTC--AAAAATTAATAACCAAGAGA-TTTAAAAAATGAATCTGTTTA-CTGAAC
* * * * *
277099 AAGCTCAAAATAGTTTAGTGACTATTTGAAAACAATTAAATTTTTTTAAAT-GATTATGACC-TT
60 AA-ATGAAAATAG-TTA-TGACTATTTG--AACAATTATA-TATTTCAAATCG-TTAT-ACCATT
* * * *** * *
277162 ATGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-A-GTTCATAAAAGATTATCCAAAACAAAA-AATACTAA
117 -TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAA
*
277224 AT
179 CT
* * * * * * *
277226 TTTTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTTCTGAACAAATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * *** *
277291 CAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTGTATATTTAAAATCATTATGATGTTTTGTTTTATCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* ** * * ** *
277356 AAGCAATTGTTTC-ATTTCATTA-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATT
129 AAACAATTGTTTCTA-CGCA-TACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * *
277408 TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATC-AATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAA-CAAATG
* * * * * * * *
277472 CAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACA-CTGTTTTGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * * ** *
277536 AGACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCCTATTTGG-AATAAAATAATAG-TAATT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAAT-GCTAACT
** * * *
277587 TATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-T---CAAA-G
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * ** * * * *
277647 ---A-AG-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCT-ACTAT
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTC-AT
* * * * *
277704 AAATA-AA-TGTTTC-A-GTTCATACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATT
128 AAA-ACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * ** * ** *
277756 TAATAATATTACAAAAATTAATAATAAAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTGGTGAAGC-AATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAA-CAAATG
* * * * * * * * *
277819 TAAACAGTAAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-AATTTTGTTTTGTTAT
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCA-TTTGTTTTGTCAT
** * * * * * *
277883 AAAACAATCATTT-TA-GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * *
277936 TATTAATATTCCAAAAATGAAT----AAGTGA-TTAAAAAAGTTAATTTGTTTACT-AA-AATCA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAA-TGAATCTGTTTACTGAACAA--A
** * * * * * *
277994 TTTCAAATAATTATG-CCATTTCAAC-ATT-TACTATTTCAAAATCGTAAGA-CATTTGTTTGGT
63 -TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA-TATTTC-AAATCGTTATACCATTTGTTTTGT
* * * * ** * * *
278055 CAT-ATACAA-TGTTT-TGA-TCATTCAAGGGTTATTCAAAATACAATAATACTAATT
125 CATAAAACAATTGTTTCT-ACGCATACAA-GTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * ** * * * * * * * *
278109 TATTATCTTTTTCAAAAATTAATAA-GTAGCGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTT
1 TATTA-ATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * ** * * * * *
278173 TAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTGTATACTTCAAATTATTCTAACATTTTGGTTAGTCACA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATACCA-TTTGTTTTGTCATA
* ** * *
278238 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG-AATAAAATAATTCTAA-T
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * * * *
278289 ATAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGAC-AAACCAG
1 -TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTT-ACTGAACAAA
** * * * * * *
278351 TTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCA-ATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTCTGT
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTC-AAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGT
* * ** * * * *
278414 CATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTAATTTGG-AATAAAATAAAATG--AATT
125 CATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAAT--AATGCTAACT
** * * *
278469 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAAT-ATATTTATGTTTACCT-AACCA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGA-A--TCTGTTTA-CTGAACAA
** * * * * * *
278532 ATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGGTC
62 ATGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTC
* * * *** * * * * **
278597 ATAAGACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAACACTAA-T
126 ATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * **
278651 CTATTACTATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGT
1 -TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAAC-AAA
* * * * * ** ** *
278711 TG-AAATACTTATGATTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCATTTTCACTTTTTGTCCTGTT
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTC
* ** * * * * * *
278774 ATAAAACATTTGTTTCTATTCATACATGCTTATT-TAGATTAAAATAATACTAATT
126 ATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTAACT
* * ** * * * ** *
278829 TCTTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGAT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGA-TTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAAC-AAAT
* * * * * * * *
278893 -CAAATAGTCAAGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTCTTTTGTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* * **** * * * * *
278957 AAAAGATTTGTTTCGGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
** * ** *
279010 TATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAGAATCTGTTTACCAAACAAGCT-
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAA-ATG
* * * * * * * *
279074 TAAATAATTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTAATAACATTTTGTTTTGACATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATACCA-TTTGTTTTGTCATA
* ** * * * *
279139 AAATAATT-TTT-TTTG--TTC-A-TATTATTTGG-AATAAAATAATACAAAAT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGT-TTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * *
279186 TATTAA-AATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAG
1 TATTAATATTTCAA-A-AATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAA
** * * * * * * *
279247 TTCAAAT-GTCATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTC-TTTGTTATGTC
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-AC-CATTTGTTTTGTC
* * *** ** * **
279310 ATAAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGGCTATTCGG-ATTAAAATAATATTAA-T
126 ATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATT-GGAAATAAAATAATGCTAACT
** * ** * * * * * *
279364 TATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGAT-TTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAA-AT
* * * * ** *
279429 G-AAATAGTCATGATTATTTGAATAATTA-ACTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAA
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA-TATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * * *
279492 TAAAACAACTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
127 TAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * * **
279546 TATTAATATTCCAAAAATTAACGACTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGAT-
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAA-ATG
* * * * * * * *
279610 TAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTGTTTTGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* ** * ** ** * *
279675 AAACAATTGGTTCTATTCATGCAACCTTATTTCAAATAAAATAAT-ATAAAT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * **
279726 TGATTAATACTAT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT-ATAT-T-TTTTCTAAACACG
1 T-ATTAATA-TTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGA-ATCTGTTTACTGAACAAA
** ** * * *
279786 TTCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
63 TGAAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTC
* * *** * * * * * * *
279850 ATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGG-TATCAAATAGTACTAATT
126 ATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATT-GGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * ** * * *
279905 TATTTAAAATTTTGAAAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATCTGTTTACT-AAGCGA
1 TA-TTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGA-TTTAAAAAAT-GAATCTGTTTACTGAA-CAA
* ** * * * * * *
279969 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTCTTCTC
62 ATGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTC
** ** ** *
280034 ATAAAACAATTGTTTCTACTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATT
126 ATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
**** * * * * * *
280089 TATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTCACTAAACAAGTT
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * ***
280153 CAAATAGTCAAGTCTA-TTCACACTATTAGCGATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCA-TTTGTTTTGTCA
** ** * * * *
280216 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTGTT-CAGAATAAAATAATACTAATT
127 TAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTAACT
* * * * * *
280270 TATTAATATTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAACT-AGATTTATTTA-TCGAACTAGT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGA-ATCTGTTTACT-GAACAAAT
** * * * * * * * *
280329 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTACGATC-TTTTTTTTCTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTA-TACCATTTGTTTTGTCAT
** *** * * * *
280393 AAAGTAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATT-CAAAGTAAAAT-ATAGCAAAAT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAA-TAAAATAAT-GCTAACT
* ** * * * * * * *
280446 TAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCGAACTAGTT
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * ** * * * * *
280510 CAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTAGCTTTTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTTAGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* *** * ** *** * **
280575 AAATAATTGTTTC-AATTATACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAT-CT-TTT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGT-T-TATTGGAAAT-AAAATAATGCTAACT
* * * ** ** * * * *
280627 GTTTTAACA--TAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AAATCTTATCAAAAATAAAATAAT-ATTAC
1 -TATTAATATTTCAAA-AATT-AAT-A-ACCA-AGAGAT-TTA--AAAAAT-GAAT-CTGTTTAC
* ** * * * * * *
280688 TTTATTAATATTTCAAAAACTGAGAAGTTGGTGA-T-TTAAAGAA-AAATAAATTAGTTTATCGA
55 -TGAACAA-A--T-GAAAA-T----AGTT-ATGACTATT--TGAACAATTATA-TA--TT-TCAA
* *** *
280750 ATCAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-T-ATTCCA-AATTGTTATGACTTTTTAGTTTGTCAT
103 ATC-GTTAT-ACCATTTG-----TT-TTGTCATAAAACAATTGTT-T--C----TA---CG-CAT
* * * ** * * **
280812 AAAACAATTGTTT-TTGTTCACACAAGTTTATTCGGA-T
149 ---ACAA--GTTTATTG--GAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * ** * *
280849 TAAATAATA-TT-AATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAGTAAAATATTTTCAAAATAAATAT
1 T-ATTAATATTTCAA-AAATTAATA-----AC------CAAG----AGATTTAAAAAATGAATCT
* * * ** * * * * * *
280912 GTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGAC
49 GTTTACTGAACAAATGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-AC
* * * * * ** *
280977 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCT-TA-GTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
113 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGC
*
281040 TAATT
176 TAACT
* * ** * * * *
281045 TATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAA--TATTTACAGGACAAGAT-
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAA-ATG
* * ** * * * ** *
281107 TAAATGGTTATGACTATTCAAACATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * *** * * * *
281172 AAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT-ATAAATT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCT-AACT
* ** * * * * *
281224 TATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTA-TGAACACATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTG-TTTACTGAACAAATG
* * * * * **
281287 CAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAGCTTTTTGTTATT-T-A
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-A-CCATTTGTT-TTGTCA
* * ** * * * * ** **
281350 TAAACCAATTATTTCTATTCGTACAAGTGTATTTGAAATAAAATTATTATATTT
127 TAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * *** * * * * * * *
281404 TATTAATATTCCAAAAATTCATAGGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTA-TCAAGCAAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAA-CAAATG
* * * * * * *
281467 CATATCGTTATGAC--TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTTTTGTC
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTG---TTTTGTC
* ** * * **
281530 ATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TAGATTAAAATAATGCTATTT
126 ATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTAACT
*** * * * * *
281585 TATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGT
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAAT
** * * *
281649 TTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
64 GAAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA-TCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTC
* * ** *** **
281712 ATAAAAAAATTGTTTC-A-GTTCATAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATAAT-ACT
126 ATAAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * ** * * * * ** * * *
281766 TTTTTATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCCAAACCAGTT
1 TATTAATATT-TCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* ** * * * * * *
281830 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAGA-ACAATCTCAAATCATTGTGATC-TTTGTTTTCTCAT
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA-TATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
281893 AAAAACAATTGTTTATGA-TCATATAAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATT
128 -AAAACAATTGTTTCT-ACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * * *
281947 TAATAATATTTCAAAAATTAAT----AGGAGATTTAAAAAATTAATGTGTTT-GTCGAACCAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAATG
* * * * * * * * * * * * * *
282007 TAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGCTCTGAACTTTTGTTTAGTCATG
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
282072 CAATAATTGTTT-TA-GTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTACTAATT
129 AAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAAT-A-A-TGCTAACT
* * * * * * *
282127 TGTTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAG
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAA
** * * * * *
282190 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATT-TGGCCATTTGTTTTGTCA
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCA
* * * ** *
282254 TAAAATAGTTGTTT-TA-GTTCATA-AAATCTTA-TCCAAATAAAATAATACT-ACTT
127 TAAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGT-TTATTGGAAATAAAATAATGCTAAC-T
* * ** * * *
282307 TATTCATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCGAATC-AG
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-GTTTACT-GAA-CAAA
** * * * * * * *
282369 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCA
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTA-TACCATTTGTTTTGTCA
* * * ** * *
282434 TAAAACAATTGTTT-TTCAACATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
127 TAAAACAATTGTTTCTAC-GCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** *** *
282488 TATTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAAT-ATATCTGTTTACCAAACCTGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGA-ATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * *
282548 CAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
** * ** * *
282613 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * ** * * * * *
282665 TAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGC-CATACCAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGA-ACAAATG
* * * * * * * * *
282729 CAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
282794 AAAC-ATT-TATCT-CAGCTTATAAAAGCTTATT-CATATTAGAATTAA-ACTAA-T
129 AAACAATTGTTTCTAC-GC--ATACAAGTTTATTGGA-AATA-AAATAATGCTAACT
* * * * * ** ** *
282845 TTTTAATATTTAAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACCAAACCCATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACTGAACAAATG
** * * * * *
282905 TGAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTATGTTTTGTCAT
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTA-TACCATT-TGTTTTGTCAT
* **** * * ** * ** *
282969 AAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAAGAAAATAACACTAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * ** *** * * * *
283022 TATTAATATTT-AGATAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGCAAATCTGCTTA-TCAAACCATT
1 TATTAATATTTCA-AAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAAT
** * * * * * * *
283085 TCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATACCA-TTTGTTTTGTCAT
* * **** * * * * *
283150 CAAACAATTGGTTCTATTTTTAC--TTTTTTTAG-AATAAAATAATACTAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * ** * * *
283200 TAATAATATTTTGAAACTTACTAACCAAGAAGA-TTAAAAAATAAATCTAATTA-TCAAACTAGT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAG-AGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAAT
** * * * * * *
283263 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTG--TT-TTGT
* * * * * * * *
283328 AAACAATTGTTTCAAAACAATTGTTTTGTTC-C-TACAAGCTTATT-CAGATTTAAATAATACTG
125 ---C-A-----T-AAAACAATTG-TTTCTACGCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTA
283390 A-T
178 ACT
* * * * * *
283392 TCAATAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATTTTGTTTA-TCGAATAAG
1 T-ATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACT-GAACAAA
** * * * **
283452 TTTAAAT-GGT-T-A--A---G-AC---TATCTATTTCAAATCGTTCTGA-CATTT-TATGCAGT
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGT-T-TTGT
* * * ** * * *
283503 TATAAAACAATTGTTTC-AGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTT
125 CATAAAACAATTGTTTCTA-CGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAA-CT
* * * * * * * *
283560 TATTAACATTTGAAAAAATAATTACAAAATGAGATTTAAAAAA--AATCTATTTACCGAACAAGT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAC-CAA-GAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAAT
** * * * * * * *
283623 TCAAATAGTTATTACTATTTGAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATAATCATTTGATTTGTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* * * **** * *
283688 AAAACAATTGTTTC-A-GTTAGTATAAGCTTAGAAAAAATAAAATAATACTAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACG-CA-TACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
** ** * * * *
283741 TATTAATATTTCTGAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATC-AGT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACTGAA-CAAAT
* * * * * ** * * * * * * *
283805 AAAAAAAATTATGGCCATTTGAATGATTATGTATTTGAAATCATTATGAGCTTTTGCTTTATCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* * * ** * ** *
283870 AAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTCAACTAAAATAATAATAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
** ** * * * *
283922 TATTAATATTGGAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACCAATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAATG
* * * * * *** *
283986 CAAATAGGTATGACTATTTGAAC-ATTTTTTAATCTCAAATCGTTATAATTTTTGTTTTGTCATT
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT-ATTTCAAATCGTTATACCATTTGTTTTGTCATA
* * * * * ** * *
284050 AAACAATTGTTTTTTA-TCATAGAAGCTT-TT-CAGTTAAAAATAATACTAATT
129 AAACAATTG-TTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAAT-AAAATAATGCTAACT
* * ** * * * * ** *
284101 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAGATAAATGTCCTTA-TGGAACCAGAT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAA-CAAAT
* * ** * * * * * * * *
284165 -CAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGCTTAGTCA
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCA-TTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * * *
284228 AAAAATATTTATTTCATA-TCTTACAAGCTTATTTGG-AATAAAATAATCCAAATT
127 TAAAACAATTGTTTC-TACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * * * *
284282 TATTAACATTTGGAAAATTACTAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * * *
284347 CAAGTAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACC-TTTAGTTTTGACAT
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTT-GTTTTGTCAT
* ** *** ** *
284411 AAAACAATTGTTTC-A-GTTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * ** *
284464 TCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * * *
284528 CAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* * * * ** *
284593 AAACAATTGCTTC-A-GTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATT
129 AAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * ** * * **
284645 TATTAATATTCCAAAAATTAAT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATAAGTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATGA
* * * * * * * * * *
284706 AAATAATTATG-CCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATAT
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTT-ATACCATTTGTTTTGTCATAA
** * * ** *
284770 AACAATTGTTT-TATATCATACAAGTATATTCGG-AATAAAACAATATTAATT
130 AACAATTGTTTCTA-CGCATACAAGTTTATT-GGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * ** * * * * **
284821 TCTTAATCTTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTACTGAACTAGTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATGA
* * * * * ***
284885 AAATAG-T-TGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTG
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC-GTTA--TAC--CAT--TTGTTTTG
* * * * *** * * ** *
284948 TTC-T-ATATAATTATTTATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-T
124 -TCATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * * * *
285003 CTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTT-GTCAAACTAGT
1 -TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAAT
** * * * * * * * * * *
285067 TCAATTTGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTTAGA-CTGTTACACCTTTTGTTTTGTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC-GTTATACCATTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * ** *
285131 AAAACAATTTTTTCAATTCATGCTAGCTTATTCCAAATAAAATAAAATG--AATT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAAT--AATGCTAACT
* * ** * * * * * *
285184 TATTAATAATTCAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTTTGTTTAC-CAACCAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACTGAACAAATG
** * * * * ** * * *
285247 CTAAT-GATTATGACTATTTGAA-TAGTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGCTTTGTCAC
65 AAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* * *** * * * ** *
285310 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-CATAATAAAATAAT-AAAAAT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTAACT
* * * * * *
285362 CTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTA-TCAAACCAGT
1 -TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAAT
** ** * * ** * *
285422 TCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTA-ATTATTTCAAATCCTTTTGACTTTTTGTTCTGTTA
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA-TATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCA
* ** * * * **
285486 TAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAGATTAAAATAATATTTAA-T
127 TAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAAT-GCTAACT
* ** * ** * * * * ** *
285540 TCATTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGAT
1 T-ATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAAC-AAAT
* * * * * *
285605 -CAAATAGTCATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTGTTTTTTGTCA
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATT-TGTTTTGTCA
* ** *** * * * ** * *
285666 TAAAA-AATTATTTAAATTTAGATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGT
127 TAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * *
285719 TGTTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAACTATTTACTGAACAAGTT
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * * **
285783 TAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATTGCTATAGCTTTTTGTTTTAG-CA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCA-AATCGTTATA-CCATTTGTTTT-GTCA
* ** * * * * * *
285846 TAAAA-AGATT-TCATCTATTCATACAAGCCTT-TT-CAGATAAAATAATACCAATT
127 TAAAACA-ATTGT-TTCTACGCATACAAG-TTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * * * *
285899 TATTAATA-TT-AAGACAATTAATGATTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCAC-CACACAAG
1 TATTAATATTTCAA-A-AATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGA-ACAAA
** ** * * ** **
285961 TTTAAATCTTTATAACTATTTGAACAA-CA-A-A-TT---A---TTATCACTTTTTGTTTCATCA
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCA
* ** * * * * ** *
286016 TAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATT-CATATTAAAATAATATTAATT
127 TAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTAACT
** * * * * * * ** * **
286070 TATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAGAAAATAAATATGTTTACCAAACAATTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATGA
* * ** * * * *
286135 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTGTAATAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATAA
* * * *
286200 AACAATTGTTTC-A-G-TTAACATGAGTTTACTT-GAAGTAAAATAATACTAATT
130 AACAATTGTTTCTACGCAT-ACA--AGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * ** ** * * * *
286251 TATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAACTGAATCTGTTTACTAAACAAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTA-AAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * ** * *
286316 CAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTCTTTTGTCAGA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
* ** * ** * * *
286381 AAACAATTGGTTCTATTCATCCAAACTTATTTTG-AATAAAATAAT-ATAAAT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * * * * **
286432 TAATGAATATTTCAAAAGTTAATAA-GAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTTA-TAGGACACGT
1 T-ATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAAT
** * * * *
286495 TTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAATTGTTTTGTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
** ** * * *
286560 AAATGAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG-AATAAAATAATACTAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * ** * * * * * * *
286613 TATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA-TCAAGCGAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAA-CAAATG
* * * ***
286677 TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATA
** * * ** *
286742 AAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGTTTATTTGG-AATAAAATAATATTAATT
129 AAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * * *
286794 TATTAATA-TTCTAAAAATTTATAAGCTAGAGATTTAGAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACAAGT
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAAT
** * * * * * * *
286857 TCAAATAGTCATGTCGATTTGAACTATCATCTATTTCGAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCA
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCA-TTTGTTTTGTCA
* * ** ** * *
286921 TAAAATAATACCAATT-ATTCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAGTAATA
127 T---A-AA-A-CAATTGTTTC----T-A--CG----CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATG
*
286985 CCAA-T
175 CTAACT
* * * * * * * *
286990 TAATTACTATTTCAAAAATTAAT----AA-AGATTT-ATAAATAAATGTATTTACTGAACCAGTT
1 T-ATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATG
* * ** * * * * * *
287049 TAAATAGTTAAGTA-TATGAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
65 AAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* * ** * * ** ** *
287113 AAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATACGAAATAAAATAATATTAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * * * * * *
287166 TATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAGGAAATTAAAAAAATATATATCTATTTACCGAATAAGT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAAT-GA-ATCTGTTTACTGAACAAAT
** * * * * * **
287231 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTATTTTTATTG
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTT-GTTTTGTCA
* * * *** * *
287295 TAAAACAATTGTTTC-A-GTACAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT-ATTACT
127 TAAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * *** * * * * ** *
287348 TATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGGTTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTAAATTAATT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCT-GTTTACTGAACAAATG
* * * * * * * * *
287412 CAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
65 AAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * * * *
287476 TAAATAATTGTTTGT-CATCATACAAGCCTATTCTG-TATAAAATAATACT-ATT
128 AAAACAATTGTTTCTAC-GCATACAAGTTTATT-GGAAATAAAATAATGCTAACT
* * ** * * * * * * * **
287528 TACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGTTC
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATGA
* * * * *
287593 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCAAAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCATAA
* * * **** * ** *
287658 AAAAATTATTTTTGTTTATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-T
130 AACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * * * * * *
287708 GTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGT
1 -TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAAT
** * * * * * * * * * *
287772 TCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTCTTTATTTTAATTCGTTAGGACCTTTTGTTTTATCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTA-TACCATTTGTTTTGTCAT
* * ** * * * ** * *
287837 AAAACAATT-TTTTTA-GTTCTTAGTAGCTTATT-TAGAATAAAAGAAAACAAATT
128 AAAACAATTGTTTCTACG--CATACAAGTTTATTGGA-AATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * *
287890 TATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCGAACCAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACTGAACAAATG
* * * * * *
287954 TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATA
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTA-TACCATTTGTTTTGTCATA
* *** * ** *
288019 AAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGG-AATAAAATAATATTAATT
129 AAACAATTG-TTTCTACGCATACAAGTTTA-TTGGAAATAAAATAATGCTAACT
** ** ** * * *
288071 TATTAATATTTTGAAAATTAGGAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAGCCAA
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTT--AAAAAATGAATCTGTTTACTGAA-CAAA
** * * * * * * * *
288135 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTAT-TTTCTTCAAGTCATGATGACCATTTGGTTT-TC
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAT-TTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTC
* ** * * * *
288198 ATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTACG-AATAAAGTAATACTAATT
126 ATAAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGT-TTATT-GGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * * *
288253 TATTAATA-TTCTAAAATTTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTAGCCTG-ACCAG
1 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA--CTGAACAAA
* * * * * * *
288315 TGCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATCA
63 TGAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCA
* * * * * *
288380 CAAAACAATTGTTTCTATCTG--TACAAGCTTATCT-AAAATAAGATAATTCTAATT
127 TAAAACAATTGTTTCTA-C-GCATACAAGTTTAT-TGGAAATAAAATAATGCTAACT
* * * * * *
288434 TATTAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTCTA-TCAAACAAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAATG
* * * * * * * * **
288494 CAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTGTATCAAATTGCTGTA-ACTTTTTGTTTTGTCAT
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCG-T-TATACCATTTGTTTTGTCAT
* ** * ** * *
288558 AAAACAATTTTTTCTATTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATAC-ATATT
128 AAAACAATTGTTTCTA-CGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTA-ACT
* * ** * *
288612 TGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAAT-AAGT-T-TTT--TGAACACAT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGA-TTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACTGAACAAAT
** * * * * ** *
288671 TCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATAATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
64 GAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-ACCATTTGTTTTGTCAT
* *** * * * **
288736 AAACCAATTGTTTCTATTTATACAA-TCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTT
128 AAAACAATTGTTTCTACGCATACAAGT-TTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
* ** * * * * *
288789 TATTAATA-TTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTT
1 TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACT-GAACAAATG
* * *
288852 CAAACAGTTATGACTGTTTGAACAATT
65 AAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
288879 GTTTATTAAA
Statistics
Matches: 10747, Mismatches: 2432, Indels: 1606
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 16 0.00
166 144 0.01
167 47 0.00
168 62 0.01
169 51 0.00
170 62 0.01
171 100 0.01
172 81 0.01
173 52 0.00
174 102 0.01
175 201 0.02
176 435 0.04
177 806 0.07
178 690 0.06
179 863 0.08
180 1756 0.16
181 2766 0.26
182 1118 0.10
183 434 0.04
184 264 0.02
185 150 0.01
186 65 0.01
187 40 0.00
188 15 0.00
189 18 0.00
190 24 0.00
191 77 0.01
192 19 0.00
193 35 0.00
194 1 0.00
195 15 0.00
196 16 0.00
197 42 0.00
198 14 0.00
199 7 0.00
200 1 0.00
201 6 0.00
202 6 0.00
203 10 0.00
204 2 0.00
206 7 0.00
207 4 0.00
208 3 0.00
209 4 0.00
210 3 0.00
211 4 0.00
212 6 0.00
214 1 0.00
215 11 0.00
216 5 0.00
217 2 0.00
218 2 0.00
219 7 0.00
220 11 0.00
221 12 0.00
222 14 0.00
223 2 0.00
224 2 0.00
225 3 0.00
226 1 0.00
229 7 0.00
230 9 0.00
231 5 0.00
233 2 0.00
234 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAATGA
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATACCATTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTGGAAATAAAATAATGCTAACT
Found at i:275506 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 275296--275618 Score: 402
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
275286 TAAGAGATTT
* *
275296 AAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTC
* * *
275361 AAATCACTATAACATTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTATTCATGCAAGCTTATTTCA
66 AAATCACTATAAC-TTTTCGTTCTATCATAAAACAATTATTT-CTATTCATACAAGCTTATTT-A
*
275424 -AATAAAAAAACACAAATTTATTAATATTCAAACAATTA
128 GAATAAAAAAACACAAATTTAATAATATTCAAACAATTA
* * * *
275462 AAAAAATAAATCTATTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTT
* *** * * *
275526 TAAATTGTTATGACTTTTCGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAGA
65 CAAATCACTATAACTTTTCGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGA
* * *
275591 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
130 ATAAAAAAACACAAATTTAATAATATTC
275619 TAATAATTCA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 20, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.05
166 124 0.93
167 3 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (166 bp):
AAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTC
AAATCACTATAACTTTTCGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
TAAAAAAACACAAATTTAATAATATTCAAACAATTA
Found at i:276247 original size:889 final size:886
Alignment explanation
Indices: 274690--291263 Score: 2854
Period size: 895 Copynumber: 18.4 Consensus size: 886
274680 TCTTTGTAAC
* * * * *
274690 TTATTCAGAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAATAATTA-G--C-AAGAGATTTA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACA-TTC-AAAA-AATTAGGAACAAAGAGATTTA
* * * * * * **
274751 AAAAATAATTCCATTTGCCGAACGAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATGGATTTCA
63 AAAAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * ** * * * ***
274816 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAAATGTTTTTTTTTTCAAATAAGCTTGTTTGGA
128 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGA
* *
274881 ATAAAAGAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATT
191 ATAAAACAATA-TAATTTATTAATA-TTT-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATT
* * * ** * * *
274946 TGTTTACTAAACCAGTTCAATTCGTT-TAACAATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATGA
252 TGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAA
* * * * *
275010 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAG-TCATACAGTCTTATTGGGAATAAAATTAATG
317 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATAAAGT-TTATTCGAAATAAAA-TAATA
* * * * *
275074 CTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAACCAATGA-ATTTAAAAAATGAATCTG-TTAGCC-T
379 CTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT-A-TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAA
* * * * * *
275136 GCCAAATGCAAATA-TTTATGATTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT
440 ACC-AATTCAAATAGTTT-TGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT
* * * * * *
275200 GTAATCACAAATCAATTGTTTCTACGCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCTTATT
503 GTAATCACAAATCAATGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAAT
** * * * **
275265 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTAAAAT
568 AATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAAAAT
* *
275330 AGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAAC
633 AGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACA-TTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
275394 -AATTTTTGCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTATTAATA-TT-CAAA
697 AAATTTTT--T-TT-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTAATAATATTTGAAAA
* * * ** *
275456 -CAAT-TA-A-AAAAATAAATCTATTTATCGAA-TAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACA
758 TCAATAGAGATAAAAAAAAAT-TATTTATCGAACCAA-TTCAAATGA-TTAACACTATTAGAACA
* * **
275515 ATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTCGTTCTA-TCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATAC
820 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTCGTT-TAGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAC
275578 AAGT
883 AAGT
* * * * * *
275582 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAATAATTCA-TAACTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATT-AGGAACAAAGAGATTTAAA
* * * *
275646 AAGTAAATATATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
275711 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTATACAAAATAA
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGAATAA
* * * * * *
275775 AACAAAACTGATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAATTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATT
195 AACAATA-TAATTTATTAATATTT-AAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTT
* * * * **
275839 TACCAAATCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTT
256 TACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCAT
* * *
275904 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAACACTAATT
321 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* * *
275969 TATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAACCATTTC
385 TATTAATATTTAGAAAATTAA-TA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTC
* * * **
276034 AAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATCA
448 AAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTAATCA-CA
*** * * * *
276099 AA-CAATGGGTTCTATTTATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
512 AATCAATGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCA
* * * *
276163 AAATTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
577 AAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAAAATAGTTAAGAC
* ** ** *
276228 TATATGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTT
642 TATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTT
* * * * * *
276293 TGTACAAGCTTATTTGAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATT
707 TATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTAATAATA-TTTGAAAATCAAT-AGAGA--
* * ***
276358 TAAAAAAAAATTGTTTATTGAACCAATTTGTATGATTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
768 TAAAAAAAAATTATTTATCGAACCAATTCAAATGATTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
276423 AATCATTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAGCAATTGTTTTAGTTCATACAATT
833 AATCATTATGACTTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGT
* * *
276477 TTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGGAAGAAAGAGATTTAAGA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAA-A
* * * *
276542 AAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTGTCTATTTAA
65 AAATAAATCTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * * *
276605 AATCACTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGTTTATACAGAAC
128 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGAAT
* *
276670 AAAATAATATAAATTTATTAATATTTATAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTCAAAAATAAATTTGT
193 AAAACAATAT-AATTTATTAATA-TT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * ** * *
276734 TTATCGAATTAGTT-AAATAATTAT-GGTAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACC
255 TTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACT-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACC
* * * * * * * *
276797 ATTTGTTTTGTTATCAAACAATTATTTTTTTATCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTA
319 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* **
276862 ATTTATTAATATTTCA-AAAATT-A-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAAT
382 ATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAAT
*** * * * * *
276924 TCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGCTCTAACATGTTT-T-TAGTCA
446 TCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-TTTGTGTAATCA
* * * * * * ** * * * *
276987 TAAAAT-ATTTGTTTCATA-TCATAC-AGCTTATTCAAAAT-AAATAATCCTAA-ATGATATTGA
510 -CAAATCAATGGGTTC-TACGCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAATAAT-A
* * ** * * * *
277047 CATTCAAAAAAATTAATAAGC-AGAGATTTTGAAAAATAAATC--GTTACCT-AATAAGCTCAAA
572 -TTTC--AAAAATTAATAACCAAGA-AAATTAAAAAATAAATCTAATTA-CTGAACAAG-TTAAA
* * * * * * * *
277108 ATAGTTTAGTGACTATTTGAAAACAATTAAAT-TTTTTTAAATGATTATG-ACCTTATGTTTTGT
631 ATAG-TTA-AGACTATAT--CAACAATT--ATCTATTTCAAATCACTATGAACATT-TGTTTTGT
* * * * * * *
277171 CATAAAAC-AATTGCTTCAGTTCATAAAAGATTA-TCCAAA-ACAAAAAATACTAAATTT-TTAA
689 CATAAAACAAATT--TT--TTTTATACAAGCTTATTTCAAATA-AAAAAACAC-AAATTTAATAA
* * * *
277232 TATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTT-TCTGAACAAATTCAAAT
748 TATTT-GAAAATCAAT-----AGAGA--T-AAAAAA-AAAT-TATTTATC-GAACCAATTCAAAT
*** * * * * * *
277296 -AGTTGTGACTATTTGAATAATTGTATATTTAAAATCATTATGA-TGTTTTGTTTTA-TCATAAA
801 GA-TTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTCG-TTTAGTCATAAA
* * * * *
277358 GCAATTGTTTCATTTCATTA-AAGC
863 ACAATTATTTTAGTTCA-TACAAGT
* * * * ** ** *
277382 TTATTC-GAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAA
1 TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * * * *
277446 AAGTGAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * * * ** ***
277511 TCGTTATGAAC-ACTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTT--TATCATACAAGCCTATTTGGAATA
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATATAAGTTTATACAGAATA
* * * *
277573 AAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-A
194 AAACAATA-TAATTTATTAATATTT---AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * ** * *
277637 TT------T-A--TCAAAGAAGT-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCT
255 TTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCA
* * ** * * *
277691 TTTGTTCT-ACTATAAATA-AA-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTA
320 TTTGTTTTGTC-ATAAA-ACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * **** *
277753 ATTTAATAATA-TTACAAAAATTAATAATAA-AGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGGTGAAGCA
382 ATTTATTAATATTTA-GAAAATTAAT-ATAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA
* * *** * * * * * **
277816 ATTTAAACAGTAAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAA-ATTTTGTTTTGT
444 ATTCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTGTAAT
* * * ** * * * * * *
277880 TATAAAACAAT-CATTTTA-GTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAAT
508 CACAAATCAATGGGTTCTACG--CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAATAAT
* * ** * * ** * * *
277943 ATTCCAAAAATGAAT----AAG-TGATTAAAAAAGTTAATTTGTTTACT-AAAATCATTTCAAAT
571 ATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA-TAAATCTAATTACTGAACA--AGTTAAAAT
* * * * * * * * *
278002 AATTATG-CCATTTCAACATTTA-CTATTTCAAAATC-GTAAG-ACATTTGTTTGGTCAT-ATAC
633 AGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTC-AAATCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * * * * * *
278062 -AATGTTTTGATCATTCAAGGGTTA-TTCAAAATACAATAATACTAATTTATTATCTTTTTCAAA
697 AAAT-TTTT-TTTATACAA-GCTTATTTC-AAATAAAAAAACACAAATTTAATA-ATATTT-GAA
* ** * * * **
278125 AATTAATAAGTAGCGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACCAGTTTAAATAATTATGACTAT
756 AATCAAT-AG-A--GA--TAAAAAA-AAAT-TATTTATCGAACCAATTCAAATGATTAACACTAT
* * * * * * * * * * *
278190 TTGAATAGTTGTATACTTCAAATTATTCTAACATTTT-GGTTAGTCACAAAACAATTATTTCTA-
813 TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAG
*
278253 TTCATACAAGC
876 TTCATACAAGT
** * * * ** ** * *
278264 TTATTTGGAATAAAATAATTCTAATATAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
278328 AATAAATTTGTTTGACAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAAA
66 AATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAA
* * * * * ***
278393 T-GTTATGACCTTTTGCTCTGTCATAAAACAA--ATTTTCAATTCATACT-AGCTAATTTGGAAT
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATA-TAAGTTTATACAGAAT
* * * *
278454 AAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATATATTTAT
193 AAAACAATAT-AATTTATTAATATTT--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATT-T
* * * * * * *
278519 GTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
253 GTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAAC
* * * * * * * *
278584 CTTTTGTTTGGTCATAAGACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAACACTA
318 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
278649 ATCTATTACTATTTCA-AAAATT-A-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGT
382 ATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAAT
* * * * * * * * * * *
278711 TGAAATACTTATGATTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATCATTTTCACTTTTTGTCCTGTTA
446 TCAAATAGTTTTGACTATATGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG---TGTAA
* * * ** * * * * **
278775 T-A-AAA-CATTTGTTTCTATTCATACATGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTCTTAAT
507 TCACAAATCAATGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAACTTAATAAT
* ** * * ** ** * * *
278836 ATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAG
571 ATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAA-ATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAAAATAG
* * * * * ** * * * *
278900 TCAAGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTCTTTTGTCAT-AAA-AGA
635 TTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAAA
* * * * * * * *
278963 TTTGTTTCGGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAAT
700 TTT-TTT---TT-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTAATAATATTT-GAAAA-
* * * * *
279028 TAATAATTAAGAGATTTAAAAAAAGAATCTGTTTA-CCAAACAAGCTT-AAATAATT-ACGACTA
758 T--CAA-T-AGAGA--TAAAAAAA-AAT-TATTTATCGAACCAA--TTCAAATGATTAAC-ACTA
* * * * * * * * * *
279090 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTAATAACATTTT-GTTTTGACATAAAATAATTTTTTTTG
812 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAG
279154 TTCAT---A--
876 TTCATACAAGT
** * * * * * ** *
279160 TTATTTGGAATAAAATAATACAAAATTATTAAAATT-AAGACAATTAATAAGTAAA-AGATTT-A
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAA-AAAATTAGGAA-CAAAGAGATTTAA
* ** * * * * * * *
279222 AAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAAT-GTCATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCA
64 AAAATAAATCTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * ** * *
279285 AATTGTTATGA-CTCTTTGTTATGTCATAAAATAATT-TTTTCTGTTCATACAAGGCTATTCGGA
128 AATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATATAAGTTTATACAGA
* * * * * *
279348 TTAAAATAATATTAA-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATA
191 ATAAAACAATA-TAATTTATTAATA-TTT-AAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
279412 TGTTTACTAAA-CAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTA-ACTATTTCAAATCATTAT
252 TGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATA-TATTTCAAATCGTTAT
* ** * * *** * * *
279475 GACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
315 AACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * *
279540 CTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAACGACTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
379 CTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAA-TA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * * * * * * *
279604 CAAGATT-AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATCATGACCTTTTGTTT
441 CCA-ATTCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGT
** * * * ** * ** * * *
279668 TGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAACCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTGATTA
505 AATCACAAATCAATGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTT-AATA
* ** * * * * * * *
279732 ATACTAT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATATAT-T-TTTTCTAAACACGTTCAAAT
569 ATA-TTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAAAAT
* * * * *** * * *
279793 AGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACC
633 AGTTA-AGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** * * ** * * *
279857 AATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTA-TTCGGTATCAAATAGTACTAATTTATTTAAAATTTTGAA
697 AAAT-TTTTT-TT-ATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAAAACACAAATTTA-ATAATA-TTTGAA
* * * * *
279921 AA-CTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATCTGTTTA-CTAAGCGAGTTCAAAT-AGTTAT
756 AATC-AAT-AG----AGA---T-AAAAA-AAAAT-TATTTATCGAA-CCAATTCAAATGA-TTAA
* * * * *
279983 GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTT-GTCTT-CTCATAAAACAATTG
807 CACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCGT-TTAGTCATAAAACAATTA
*
280046 TTTCTACTT-ATACAAGT
870 TTT-TAGTTCATACAAGT
* * * * * ** **** *
280063 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTCAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * * *
280128 AATAAATCT-GTT-CACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGTCTA-TTCACACTATTAGCGATTTCA
66 AATAAATCTATTTGC-CGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCA
* * * ** * *
280190 AATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTGTTCAGAA
128 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGTTTATACAGAA
* * * * * *
280254 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA--AATAAATAAGAGATTTAAAAACTAGATTTATT
192 TAAAACAATA-TAATTTATTAATATTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * * ** *
280317 TATCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTACGATC-
256 TACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCA
* * ** * * * * *
280380 TTTTTTTTCTCATAAAGTAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAAT-ATAGCAA
320 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAA-TAAAATAATA-CTA
* * * * * *
280443 AATTAATAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTACCGAACTA
382 ATTTATTAATATT-TAGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA
* ** * * * * * * * * *
280507 GTTCAAATAGTTAAGACTGT-TAGAACAATTAGCTTTTTCAAATCGTTCTGACCTTTTATTTAGT
444 ATTCAAATAGTTTTGACTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTAAT
* * * * *
280571 CATAAAAT-AATTGTTTCAATTATACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAAC
508 CA-CAAATCAATGGGTTC-----TAC-----GC-A--TACAA--GTT-T-A---TTTG----AA-
** * * * * * ** *
280635 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAATCTTATCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
547 ATAAAATAA-T-ACTAACTT-A-ATAATATT-TCAAAAAT----TAATA--AC--CAAGAA-AAT
* * * ** * * *
280700 TCAAAAACTGAGAAGTTGGTGATTTAAAGAA-AA-ATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTATGACT
598 T-AAAAAAT-A-AA--T-CT-AATTACTGAACAAGTTAAAATAG-TTA-AG-A-C---TAT----
* * * *** * *
280763 ATTTGAACAATTATTTATTCCAAATTGTTATG-AC-TTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
645 A--TCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGT--TTTGTCATAAAACAAAT-TTTT
* * ** * * * ** * * * *
280826 TGTTCACACAAGTTTA-TTCGGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAGT
705 T-TT-ATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTAATAATA-TTTGA-AAATCAATAG-
* * * * * * * *
280890 AAAATATTTTCAAAATAAATATGTTTACCGAA-TAAGTTCAAAT-AGTCATA-ACTATTTGAATA
765 -AGATA-----AAAAAAAAT-TATTTATCGAACCAA-TTCAAATGA-TTA-ACACTATTAGAACA
*** * * * *
280952 ATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTCTTAGTTCATATA
820 ATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACA
* *
281016 GGC
884 AGT
* * * * * **
281019 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATG-AGTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATT-AGGAACAAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * ** *
281083 ATATGAA--TATTTACAGGACAAGATT-AAATGGTTATGACTATTCAAACATTTATCTATTTCAA
65 AAATAAATCTATTTGCCGAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * ***
281145 ATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCATAAAATAATT-GTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTGAAT
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA-GTTCATATAAGTTTATACAGAAT
* * * *
281209 AAAATAATATAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGT
193 AAAACAATAT-AATTTATTAATATT--TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-
** * * * * * * *
281273 TTTATGAACA-CA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAG
254 TTTACCAA-ATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTAT-AA
** * * * * * * * *
281336 CTTTTTGTTATT-T-ATAAACCAATTATTTCTATTCGTACAAGTGTATTTGAAATAAAATTATTA
317 CCATTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAA-TAATA
* * * * * * *
281399 -TATTTTATTAATATTCCA-AAAATTCATAGGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTATC-AA
379 CTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * * * * *
281460 GCAAGTTCATATCGTTATGACT-T-TGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTT
441 CCAA-TTCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG---
* ** * * *** ** * * **
281523 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-AGATTAAAATAATGCTATTTTA
502 TGTAATCACAAATCAATGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAACTTA
* *** * * * * * *
281587 TTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTT
566 ATAATATTTC-AAAAATTAATAACCAAGAAAATT-AAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTA
* * * *** * *
281651 AAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
629 AAATAG-TTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAA-TCACTATGAACATTTGTTTTGTCAT
* * * *** * * * * *
281714 AAAA-AAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATA-ATACTTT-TTTATATT
692 AAAACAAATT-TTT---TTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACA-AATTTAATAATATT
* * ** * * *
281776 ATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTT-TCCAAACCAGTTCAAAT-AGTT
752 -TGAAAA-T--CAA-T-AGAGA--TAAAAA--AAAATTATTTAT-CGAACCAATTCAAATGA-TT
** * ** * * * * **
281839 ATGACTATTTGAACAAAGAACAATCTCAAATCATTGTGA-TCTTT-GTTTTCTCATAAAAACAAT
805 AACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTCGTTTAGTCAT-AAAACAAT
* * * *
281902 T-GTTTATGATCATATAAGC
868 TATTTTA-GTTCATACAAGT
* * * * *
281921 TTATT-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT---AA-TAGGAGATTTAA
1 TTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAA
* * * * * * * * * *
281980 AAAATTAATGTGTTTGTCGAACCAGTTTAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAA
64 AAAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * ** * * * * ***
282045 ATTGCTCTGAACTTTTGTTTAGTCATGCAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTTGAATA
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGAATA
* * * * ** *
282110 AAATAATACTACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAACATGAGATTTGAAAAAATAAATT
194 AAA-CA-A-TA-TAATTTATTAATATT--TAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
282175 TGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATT-TG
252 TGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATA
* * * * * *
282238 GCCATTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTTAGTTCATAAAATCTTA-TCCAAATAAAATAATAC
316 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * *
282302 TACTTTATTCATATTTCA-AAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAA
380 TAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAA
* * * * * * * * * * * * *
282365 TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTT
441 CCAATTCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTA
* * * * * * * * ** * *
282430 GTCATAAAACAAT-TGTTTTTCAACATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
506 ATCACAAATCAATGGGTTCTAC-GCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAATAA
* * * ** ** ** *
282494 TATTTCAAGAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAATATATCTGTTTACCAAACCTGTTCAAATAG
570 TATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAAAATAG
* * * * *** * * *
282555 TTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAAC-A
635 TTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
282618 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAA
699 ATT-TTT-T-TT-ATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAAAACACAAATTTAATAATA-TTTGAAAA
* * * * * * *
282682 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT-GCCATACCAGTTCAAA-CAGTTAAGACTA
758 -T--CAA-T-AGAGA--TAAAAAA-AAAT-TATTTATCGA-ACCAATTCAAATGA-TTAACACTA
* * ** * * * * *
282745 -TATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCGTTT-GTTTTA-TCATAAAACATTTATCTC
812 TTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTT
* *
282807 AGCTT-ATAAAAGC
874 AG-TTCATACAAGT
* * * * * * * * *
282820 TTATTCATATTAGAATTAA-ACTAATTT-TTAATATTTAAAAAATT---TA-TAAGAGATTTAGA
1 TTATTCAGAATA-AAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAAA
* * * * ** * *
282879 AAATAATTCTATTTACCAAACCCATTTGAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
65 AAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
282943 ATTGTTATTA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAAG
129 ATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGAAT
* * * ** * *
283007 AAAATAACACTAATTTATTAATATTTAGATAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGCAAATCTGC
193 AAAACAATA-TAATTTATTAATATTTA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * *
283072 TTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CA
255 TTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCA
* * * * * * * ** * *
283136 TTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATT-TTTACTTTTTTTAG-AATAAAATAATACTAAT
320 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * ** * * *
283199 TTAATAATATTTTGAAACTTACTAACCAAGAAGA-TTAAAAAATAAATCTAATTATCAAACTAGT
384 TTATTAATATTTAGAAAATTAAT-A-TAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAAT
** ** *
283263 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGT
446 TCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-----TTTTG-TGT
* * ** * * * * * * *
283328 AAACAATTGTTTCAAAACAATTGTTTTGTTC-C-TACAAGCTTA-TTCAGATTTAAATAATACTG
505 AATC-A------CAAATCAA-TGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTA
* * * ** *
283390 A-TTCAATAATATTTTAAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAATAAATTTTGTTTA-TCGAAT
561 ACTT-AATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAA-TCTAATTACT-GAAC
* * ** * *
283449 AAGTTTAAATGGTTAAG---------AC---TATCTATTTCAAATCGTTCTG-ACATTT-TATGC
623 AAGTTAAAATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGT-T-T
* * * * ** * * *
283500 AGTTATAAAAC-AATTGTTTCAGCTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAATTAATACTAATTTTAT
686 TGTCATAAAACAAATT-TTT---TTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAAAACAC-AAATTTAA
* * * *
283563 TAACATTTGAAAAAATAATTACAAAATGAGATTTAAAAAAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAA
745 TAATATTTG----AA-AA-T-CAATA-GAGA-TAAAAAAAAAT-TATTTATCGAACCAA-TTCAA
** * * * * * *
283627 AT-AGTTATTACTATTTGAGCAATTATTTATTTAAAATCATTATAATCATTT-GATTT-GTCATA
799 ATGA-TTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCG-TTTAGTCATA
* * * *
283689 AAACAATTGTTTCAGTT-AGTATAAGC
861 AAACAATTATTTTAGTTCA-TACAAGT
*** * * * ** ** ** *
283715 TTAGAAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TGAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTT-AA
* *** * * ** * * * * * ** * *
283779 AAAATAAATCTGTTTATTGAATCAGTAAAAAAAATTATGGCCATTTGAATGATTATGTATTTGAA
64 AAAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * *
283844 ATCATTATGAGCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTTT--TATCATACAAGCTTATTTCA-AC
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATATAAGTTTA-TACAGAA
* * * *
283906 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTGGAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
192 TAAAACAAT-ATAATTTATTAATATT--TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * ** * * * *
283971 TTTATCGAACCAATTCAAATAGGTATGACTATTTGAAC-ATTTTTTAATCTCAAATCGTTATAA-
254 TTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATAT-ATTTCAAATCGTTATAAC
** * * **
284034 TTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTT-TATCATAGAAGCTT-TTC-AGTTAAAAATAATAC
318 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATA-AAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATAC
* * * * * ** ***
284096 TAATTTAATAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAGATAAATGTCCTTATGGAAC
380 TAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* *** * * * **
284160 CAGA-TCAAATAATTAAAACCAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGCT-
442 CA-ATTCAAATAGTTTTGACTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TG
* * * *** * * * * * * * *
284222 TAGTCAAAAAAT-ATTTATTTCATA-TCTTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTAT
504 TAATC-ACAAATCAATGGGTTC-TACGCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAA
* ** * * * ** *
284285 TAACATTTGGAAAATTACTAAGCAA-AAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCA
567 TAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAA-AATT-AAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAA
* * * * * * * * * * *
284349 AGTAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATG-ACCTTTAGTTTTGACATAA
630 AATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTT-GTTTTGTCATAA
* * * * * * **
284413 AAC-AATTGTTTCAGTTCATAAAAGCATA-TCCAAAATAAAATAATA-ATAATTTCTTAATATTT
694 AACAAATT-TTT---TTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAAAACACA-AATTTAATAATA-TT
* * * * * * *
284475 TAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAAT-AGTTAT
752 TGAAAATCAAT-AG--AGA---T-AAAAAA-AAA-TTATTTATCGAACCAATTCAAATGA-TTAA
* * * * * * *
284539 GATTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTG
807 CACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTA
* * * *
284602 CTTCAGTTTATACAAGC
870 TTTTAGTTCATACAAGT
* * * * * * *
284619 TTATT-TGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT---AA-TAAGTGATTTAAA
1 TTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAAA
* * * * ** * * * * *
284679 AAGTGAATCTGTTTACC-AAATAAGTTCAAATAATTATG-CCATTTCAATAATTATCTATTTCAA
65 AAATAAATCTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * * * * *
284742 ATTGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTA-TATCATACAAGTATATTCGGAAT
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATATAAGTTTATACAGAAT
* * * *
284806 AAAACAATATTAATTTCTTAATCTTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGT
193 AAAACAATA-TAATTTATTAATATTT--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
** * * * * * *
284870 TTACTGAA-CTAGTTCAAAT-AGT-TGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTA
255 TTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC-GTTA--TA
** *** * * * * * * *
284932 CAAAATAAACCTTTTGTTC-T-ATATAATTATTTATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATA
316 -ACCAT--TTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATA
* * * * **
284995 ATACTAATCTAATAATATTTCA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTC
376 ATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * ** * * * * * *
285059 AAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTTAGA-CTGTTA-CACCTTTTG
438 AAACCAATTCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTATAACCTTTTG
* ** * * *** * ** * * * ** * *
285122 TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATGCTAGCTTATTCCAAATAAAATAA-AATGAATTTA
502 TGTAATCACAAATCAATGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AACTTA
* * * ** * * * * * ** * * **
285186 TTAATAATTCAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTGTTTAC-CAACCAGTTCTA
566 ATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAAA
* * * * * * * * * * *
285250 AT-GATTATGACTATTTGAA-TAGTATCTATTTTAAATTATTAT-AACCTTTTGCTTTGTCACAA
631 ATAG-TTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAA-CATTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
285312 AACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCATAATAAAATAATAAAAATCTATTAATATTTC
694 AACAAAT-TTTTT-TT-ATACAAGCTTAT-TTCA-AATAAAAAAACACAAATTTAATAATATTT-
* * * * * **
285375 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTATCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTA
753 GAAAATCAAT-AGAGA--TAAAAAA-AAA-TTATTTATCGAACCAATTCAAATGA-TTAACACTA
* ** * * * *
285439 TTTGAGTAATTAAT-TATTTCAAATCCTTTTGACTTTTTGTTCT-GTTATAAAACAA-TAGTTTC
812 TTAGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTCGTT-TAGTCATAAAACAATTA-TTT-
*
285501 TA-TTCATACAAGC
873 TAGTTCATACAAGT
* * * * ** *** * ** * *
285514 TTATTCAGATTAAAATAATATTTAATTCATTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAA-AAATTTAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATA-CTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAA-CAAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
285578 AAAATAAATATGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCA
64 AAAATAAATCTATTTGCCGAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
285641 AATTGTTATGA-CTTGTT-TTTTGTCATAAAA-AATTATTTAAATTTAGATAAGCTTATTCAAAA
128 AATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGAA
* * * * *
285703 TAAAATAATACTAAGTTGTTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAA-CT
192 TAAAACAATA-TAATTTATTAATATT-T-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTT
* ** * * * * * *
285767 ATTTACTGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATTGCTATA
253 GTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCA-AATCGTTATA
* ** * * * * *
285830 GCTTTTTGTTTTAG-CATAAAA-AGATT-TCATCTATTCATACAAGCCTT-TTC-AGATAAAATA
316 ACCATTTGTTTT-GTCATAAAACA-ATTGT-TTTTGTTCATA-AAG-TTTATTCGAAATAAAATA
* * * * * *
285890 ATACCAATTTATTAATATTAAGACAATTAATGATTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCA
376 ATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * ** * *
285955 CA-CAAGTTTAAAT-CTTTATAACTAT-T---TGA--A-C-A--ACAAATTATTATCACTTTTTG
439 AACCAA-TTCAAATAGTTT-TGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * * *** ** * * * * * *
286008 TTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAATTTA
502 TGTAATCACAAATCAATGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAACTTA
* ** * * * * * ** ** * *
286072 TTAATATTTTGACAATTAATAAGCAA-AAGATTTAGAAAATAAATATGTTTACCAAACAATTTCA
566 ATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAA
* * * * * * * * * * *
286136 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTGTAATAAA
630 AATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * * **
286201 AC-AATTGTTTCAGTTA-ACATGAGTTTACTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
695 ACAAATT-TTT--TTTATACA--AGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTAATAATATT-TG
* * * * * *
286264 AAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAACTGAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAA-GAGTTAT
754 AAAATCAAT-AG--AGATAA--A-AAAA---AAT-TATTTATCGAACCAA-TTCAAATGA-TTAA
* * * * * *
286327 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTC-TTTTGTCAGAAAACAATTGG
807 CACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTCGTTTAGTCATAAAACAATT-A
* * **
286391 TTCTA-TTCATCCAAAC
870 TTTTAGTTCATACAAGT
** * * * ** * * *
286407 TTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTAATGAATATTTC-AAAAGTTAATAAGAAA-AAATTTGA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAAT-AACA-TTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAA
* * *** * * * * *
286469 AAAATAAATTTGTTTATAGGA-CACGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCA
64 AAAATAAATCTATTTGCCGAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** ** * * * ***
286533 AATCATTATGACCAATTGTTTTGTCATAAATGAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAA
128 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGTTTATACAGAA
* * * *
286597 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT
192 TAAAACAATA-TAATTTATTAATATT--TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TT
* * * * * * * *
286662 -TTTATC-AAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
253 GTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAA
*** * * * * * *
286725 TTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATT
317 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC-ATAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
286790 AATTTATTAATATTCTA-AAAATTTATA-AGCTAGAGATTTAGAAAATAAATTTGTTTATCAAA-
381 AATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATATA---AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
** * * * * * * *
286852 CAAGTTCAAATAGTCATGTCGATTTGAACT-ATCATCTATTTCGAATCGTTATGACATTTTGTTT
442 CAA-TTCAAATAGTTTTGACTATATGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG---
* ** * ** ** ** *
286916 TGTCATAAAATAATACCAATTATTCAAAAT-AATTGGTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAG
502 TG---T--AAT--CA-CAA--A-TC--AATGGGTT-CTACGCATACAAGTTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
286980 TAATACCAA-TTAATTACTATTTCAAAAATTAAT-A--AAG---ATTTATAAATAAATGTATTTA
553 TAATACTAACTTAA-TAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTA
* * * * * * * *
287038 CTGAACCAGTTTAAATAGTTAAG--TATATGAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTT
617 CTGAACAAGTTAAAATAGTTAAGACTATAT--CAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACAT
* * * * * * * **
287101 TTGTTTAGTCATAAAA-TAATTGTTTCAATTCATACATGCTTA-TACGAAATAAAATAATATTAA
680 TTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT---TTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAAAACACAAA
* * * * * *
287164 TTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAGGAAATTAAAAAAATATATATCTATTTACCGAA-TA
740 TTTAATAATATTT-GAAAATCAAT-AG-A-G--A-T-AAAAAA-A-A-AT-TATTTATCGAACCA
** * * ** *
287228 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAT-TTTT
793 A-TTCAAATGA-TTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTT-TCGTTT
** * * * * * *
287291 A-TTGTAAAACAATTGTTTCAGTACAAAAAAGC
854 AGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGT
* * * * * * * * *** *
287323 TTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTC--AAAATTTGATAAGTTAGAGGTTTAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAG-GAACAAAGAGATTTAA
**** ** * * * * *
287385 AAAATAAAT-TAGTTTATTAAATTAATTCAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCTATTTT
64 AAAATAAATCTA-TTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** * *
287448 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATTAAATAATT-GTTT-GTCATCATACAAGCCTATTCTG
127 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT--TCATATAAGTTTATACAG
* * * * *
287511 TATAAAATAATACT-ATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATT
190 AATAAAACAATA-TAATTTATTAATA-TTT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
*** * * * * *
287575 TGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAA
252 TGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAA
* * * * * * *
287640 CCTTTTGTTATGTCAAAAAAAAATTATTTTTGTTTATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
317 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-AAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * ***
287705 AATGTAATAATATTCT-GAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACC
381 AATTTATTAATATT-TAGAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACC
* ** * * * * ** * *
287769 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTCTTTATTTTAATTCGTTAGGACCTTTTGTTTTAT
443 AATTCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTAAT
* * ** * * ** * * * * * *
287834 CATAAAACAAT-TTTTTTA-GTTCTTAGTAGCTTATTT-AGAATAAAAGAAAACAAATTTATTAA
508 CACAAATCAATGGGTTCTACG--CATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAACTTAATAA
* ** * * * ** * * * *
287896 TATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAA
570 TATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAAAATAG
* * * * * * * *
287961 TTATGACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
635 TTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAAA
* * * ** * * ** *
288026 TGCTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
700 T--TTTT-TTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTAATAATA-TTTGAAAA-T-
* * * *
288091 GGAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAGCCAATTC-AATTAGTTATA-ACTA
759 -CAA-T-AGAGA--T--AAAAAA-AAA-TTATTTATCGAA-CCAATTCAAATGA-TTA-ACACTA
* * * * * * * * *
288153 TTTGAACCATTAT-TTTCTTCAAGTCATGATGACCATTTGGTTT--TCATAAAAGAATTGTTTCT
812 TTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA-CTTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-T
288215 A-TTCATAC-AGT
874 AGTTCATACAAGT
* * * * * ** ** *
288226 CTTATT-ACGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAACAGATTTAA
1 -TTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAA
* * * * * * *
288290 AAAATAAATTTGTTAGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCA
64 AAAATAAATCTATTTGCC-GAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * * * *
288354 AATTGTTATGACCTTTTCTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTA--TCTGTACAAGCTTAT-CTAA
128 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTC-ATATAAGTTTATAC-AG
* * * * * *
288416 AATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATTT
190 AATAAAACAA-TATAATTTATTAATATT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * * * * * *
288478 GTCTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTGTATCAAATTGCTGTAA
253 GTTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAA
** * * **
288542 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA
317 CCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-T-GTTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * * **
288606 C-ATATTTGTTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAGT-T-TTT--TG
379 CTA-ATTTATTAATATT-TAGAAAATTAAT-A-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * ** *
288664 AA-CACATTCAAATAGTTATGACTATTTG-ATCAATAATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTG
439 AACCA-ATTCAAATAGTTTTGACTATATGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* ** * * * * *** * **
288727 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATACAA-TCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTA
502 TGTAATCACAAATCAATGGGTTCTACGCATACAAGT-TTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTA
* * ** * ** * *
288791 TTAATA-TTCAAAAATTGATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTC
566 ATAATATTTCAAAAATTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCTAATTACT-GAACAAGTTA
* * * * * * * *
288853 AAACAGTTATGACTGTTTGAAC-A--AT-TGTTT---AT---TA--AA-A-AT-TATT-TC-T--
629 AAATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAA
* *** * * * *
288899 -----A-----TTTATACAAGTTTATTGGGAAT--AAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA
694 AACAAATTTTTTTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTAATAATATT-TGAAAA
* ** * * * *** *
288952 TTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTA-CTAAACAAGTTCACAT-AGTTATGTCCA
758 -TCA-A--T-AGAGA--TAAAAAA-AAAT-TATTTATCGAACCAA-TTCAAATGA-TTAACACTA
* * * * * *
289015 TTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTT
812 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTTA
** * **
289079 GTTTGTGCAAAA
875 GTTCATACAAGT
* * * * * ** * *
289091 TTATTTAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATT---AA-TAGGAGATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAAAA
* * * * *** ** * * * * * *
289152 ACTAAGTTTGTTTATGGAAATAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATCTT-AAA
66 AATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAA
* * * * * * * * * ** *
289216 TCATTATGATC-ATTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATACAAGTTTATTTAGATTAA
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGAATAA
* * * * *
289280 AATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
195 AACAATA-TAATTTATTAATATT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * * * * * * * *
289342 CCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATTTATTTGAAATTGTTTTGACCTTT
258 CCAAATCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCATT
* * * * * *
289406 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTT
322 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * **
289471 ATTAACATTT-GAAAAATTAATGAGCAAGAGA-CTAAACTAA-AAAT-TGTTTACTGAA-CAAGT
386 ATTAATATTTAG-AAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTACCAAACCAA-T
* * * * * ** * * * * *
289531 TCAAATAGATTTAACTATTTAAACAATTATCT-TTGT-AAAGTTATTATGATCTTTTATTTTATC
446 TCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATT-TCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTGTAATC
* * * * * * ** * * *
289594 ATAAAACATTTGTTTC-A-GTTCATAAAAACTTATATGAAATAAAATAATACT-ACTTTACTAAA
509 ACAAATCAATGGGTTCTACG--CATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAAC-TTAATAAT
* * * * * * * ** * * *
289656 ATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAACTAAAGT-T-GTTTTTCGAACCAGTTCACATA
571 ATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAA-TCTAATTACT-GAACAAGTTAAAATA
* * * * * * * * *
289719 GTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAAT-AGTTATGATCCTTAT-TTTT-TCATAAAAC
634 GTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAATCA-CTATGAACATT-TGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * ** **
289781 -AATTGTTTCTAATCATACAAG-TTTTTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAA
697 AAATT-TTT-T--TTATACAAGCTTATTTCAAATAAAAA-AACACAAATTTAATAATATT-TGAA
** * * * * * * * *
289844 AATTTATAAGAGATTTAAAAAATATATGTTTGTCGAGCCAGTTCAAAT-AGTTAAGACTACTAGA
756 AATCAAT-AGAGA-TAAAAAAAAAT-TATTTATCGAACCAATTCAAATGA-TTAACACTATTAGA
* * * * * * * ** * *
289908 ATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTT-GTTTACTCATATAATAATTGCTTCAGTTTAT
817 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCAT
*
289972 ACAAGC
881 ACAAGT
* * * ** ** *
289978 TTAATCGGAATAAAATAATACTAATTT-ATTACGATTTGAAAAATTAATAAGC-ATGAGATTTGA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAC-ATTCAAAAAATTAGGAA-CAAAGAGATTT-A
* * * * * *
290041 AAAATTAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
63 AAAAATAAATCTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
290105 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
127 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGAA
* * * * * ***
290170 TAAAATAATACTACTTTATTAAT-TTCAAAAGTTAACAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAAT
192 TAAAACAATA-TAATTTATTAATATTTAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * ** * ** ** * * **
290234 TTACCAAAACAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCATTATTACTT
255 TTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCA
* *** *
290299 TTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAA
320 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-AAGTTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAA
* * *** *
290364 TTTATTAATATTTTA-AGAATT-A-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTT
383 TTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATT
* * * * * * *
290426 CAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGT-TCTATCAT
447 CAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGT-AATCA-
* *** * **** * * * * *
290490 AAAAT-AATTATTTTTGTTTATGCAGGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-T
510 CAAATCAATGGGTTCTACGCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATACTAACTTAATAATATT
* * * * ** ** * * *
290552 TCAAAAAATTAATAACTAAG-AGATTTAAAAGTAAAT-TTGTTTGTCAA-ATTAGTTCAAATAAT
574 TC-AAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACA--AGTTAAAATAGT
* * *** * * *
290614 TAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTGTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAC-AA
636 TAAGACTATATCAACAATTATCTATTTCAAA-TCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAAA
* * * * * * ** * * *
290678 TTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCT-AAAAAAATAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAAG
700 TT-TTT---TTTATACAAGCTTATTTCAAATAAA-AA-AACACAAATTTAATAATA-TTTGAAAA
* * * * ** * * *** * *
290742 TTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-CTAAAATAAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTG
758 TCAAT-AGAGA--TAAAAAA-AAATTA-TTTATC-GAACCAA-TTCAAATGATTAACACTATTAG
* * * ** *
290806 AACAACTATCTATTTCAAATCATTACT-ACTTTTTGTTTTGTTTTAAAACAATTGCTTTTCAAG-
816 AACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACTTTTCGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTT--AGT
*
290869 --ATACAAGC
877 TCATACAAGT
* * * * * * *
290877 TTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAGAATT----A-TAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAAA
* * * * * *
290936 AATTAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * * * **
291001 TTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTTTGGTCATACAGGCTTT-TTTAGAATA
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAG-TTTATACAGAATA
* * * * * **
291064 AAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTAC
194 AAACAATA-TAATTTATTAATATT-T-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * * * *
291129 TTGCCGAA-CTAGTTCAAACAGTTA-AGACTATATAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
255 TTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAAC
* * * * * * * *
291192 CTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTATTTTAGCTT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACT
318 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATA-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
291256 AATTTATT
381 AATTTATT
291264 CACATTTCAA
Statistics
Matches: 11995, Mismatches: 2717, Indels: 1938
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
857 8 0.00
858 60 0.01
859 166 0.01
860 171 0.01
861 67 0.01
862 64 0.01
863 8 0.00
864 95 0.01
865 4 0.00
866 19 0.00
868 2 0.00
871 2 0.00
873 1 0.00
874 1 0.00
876 6 0.00
877 1 0.00
880 7 0.00
881 99 0.01
882 207 0.02
883 37 0.00
884 30 0.00
885 21 0.00
886 141 0.01
887 102 0.01
888 151 0.01
889 375 0.03
890 202 0.02
891 172 0.01
892 357 0.03
893 728 0.06
894 763 0.06
895 1143 0.10
896 546 0.05
897 210 0.02
898 777 0.06
899 638 0.05
900 541 0.05
901 473 0.04
902 428 0.04
903 449 0.04
904 380 0.03
905 709 0.06
906 118 0.01
907 23 0.00
908 14 0.00
909 5 0.00
910 2 0.00
911 3 0.00
912 2 0.00
913 18 0.00
914 16 0.00
915 385 0.03
916 224 0.02
917 18 0.00
918 5 0.00
919 13 0.00
920 13 0.00
921 43 0.00
922 2 0.00
924 7 0.00
925 9 0.00
926 1 0.00
927 2 0.00
928 13 0.00
929 7 0.00
930 7 0.00
931 3 0.00
932 1 0.00
933 9 0.00
934 6 0.00
936 1 0.00
938 5 0.00
939 2 0.00
940 4 0.00
941 7 0.00
942 2 0.00
943 4 0.00
945 5 0.00
947 8 0.00
948 7 0.00
949 5 0.00
951 1 0.00
952 3 0.00
953 6 0.00
954 99 0.01
955 43 0.00
956 153 0.01
957 105 0.01
958 104 0.01
959 34 0.00
960 67 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (886 bp):
TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAGGAACAAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATACAGAATAAA
ACAATATAATTTATTAATATTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
AATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCATTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTAGAAAATTAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTT
TTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTAATCACAAATCAATGG
GTTCTACGCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
AACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACAAGTTAAAATAGTTAAGACTATATCAAC
AATTATCTATTTCAAATCACTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTTTATACAAGC
TTATTTCAAATAAAAAAACACAAATTTAATAATATTTGAAAATCAATAGAGATAAAAAAAAATTA
TTTATCGAACCAATTCAAATGATTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
TTTCGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGT
Found at i:277506 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 277474--277509 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
277464 AATCAATTCA
277474 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
277492 AATAATTAT-CTATTTC
1 AATAATTATGCTATTTC
277508 AA
1 AA
277510 ATCGTTATGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:278569 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 278537--278569 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
278527 AACCAATTCA
278537 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
278555 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
278570 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:278671 original size:362 final size:362
Alignment explanation
Indices: 275462--288878 Score: 7792
Period size: 362 Copynumber: 37.2 Consensus size: 362
275452 CAAACAATTA
* * * * *
275462 AAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
275526 TAAATTGTTATGA-CTTTTCGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTAG
65 AAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * *
275590 AATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAATAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
275654 ATATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
193 ATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * ** * * *** * *
275719 ACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTATACAAAATAAAACAAAAC
258 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * *
275783 TGATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAATTAAGAGATTT
323 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
275823 AAAAAATAATTCTATTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATT
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAA-CAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
275886 TC-AAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
63 TCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
275950 AAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAACAATAAA
128 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
276014 TTTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCTAATCGTTAT
192 TATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * * * * *
276079 AACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATGGGTTCTATTTATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATA
257 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
* * ** * *
276144 CTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAACCAAGAAAATT
322 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * * **
276185 AAAAGATAAATCTAATTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
276250 -AAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-T-TT-GTACAAGCTTATTT-G
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * **
276309 AATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA-AAAT
129 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *** ** * * *
276369 -TGTTTA-TTGAACCAATTTGTAT-GATTAACACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT
193 ATGTTTACCT-AACCAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
276431 TGACTTTTTGTTTAGTCATAAAGCAATTGTTTTAGTTCATACAATTTTA-TTCAGAATAAATTAA
256 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAA
* ** *
276495 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAGGAAGAAAGAGATTT
320 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
276538 AAGAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTGTCTATT
1 AA-AAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * **
276602 T-AAAATCACTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGTTTATAC
63 TCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
* * *
276665 AGAACAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT-ATAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTCAAAAATA
127 GGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** * * * *
276727 AATTTGTTTATCGAATTAGTT-AAATAATTATG-GTAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGC
190 AATATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * * **
276790 TATAACCATTTGTTTTGTTATCAAACAATTATTTTTTTATCGTACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
254 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
*
276855 AATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
318 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** *
276896 AAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTT-ACAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * **
276960 C-AAATCGCTCTAACATGTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATAC-AGCTTATTCA
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
277021 AAAT-AAATAATCCTAAATGATATTGACA-TTCAAAAAAATTAATAAG-CAGAGATTTTGAAAAA
128 GAATAAAATAATACT-AAT-TTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAA
* * * *
277083 TAAAT-CG-TTACCTAA-TAAGCTCAAAATAGTTTAGTGACTATTTGAAAACAATTAAAT-TTTT
188 TAAATATGTTTACCTAACCAA-TTC-AAATAG-TTA-TGACTATTTG--AACAATT--ATCTATT
* * * ** * * ***
277144 TTAAAT-GATTATGACCTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCAGTTCATAAAAGATTATCCA
245 TCAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTG
* * *
277208 AAACAAAA-AATACTAAATTT-TTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
309 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * ** * * *
277261 AAAAAAATAAATGTGTTTTCTGAACAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTGTATATTT
1 -AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * *
277326 -AAAATCATTATGATGTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTC-ATTTCATTA-AAGCTTATTC
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-TACAAGCTTATTT
* * * * * *
277388 GAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAA
127 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
277453 TCTGTTTA-CTGAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
192 TATGTTTACCT-AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * ** *
277517 TGAAC-ACTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAAT
256 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
* *
277580 AGTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
321 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
277623 AAAAAATAAATCTATTTATC--A-AAG-----A-AGTT---CCTATTTGAATAATTACCTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
277676 -AAATCATTATAACCTTTTGTTCT-ACTATAAATA-AA-TGTTTC-AGTTCATACAAGCTTGTTT
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAA-ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
* * *
277736 GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAA-TAA-AGGATTTAAAAAATAA
127 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAA
* ** * * * * * * * *
277799 ATCTGTTT-GGTGAAGCAATTTAAACAGTAAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTT
191 ATATGTTTACCT-AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** * ** * * *
277863 ATGAAATTTTGTTTTGTTATAAAACAATCATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
255 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
* * *
277928 TACAAATTTATTAATATTCCAAAAATGAATAAGT----GA-TT
320 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
277966 AAAAAAGTTAATTTGTTTACTAAA-ATCATTTCAAATAATTATG-CCATTTCAACATTTA-CTAT
1 AAAAAA-TAAATCTGTTTAC-AAACA--AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
278028 TTCAAAATCG-TAAGA-CATTTGTTTGGTCAT-ATACAA-TGTTT-TGA-TCATTCAAGGGTTAT
62 TTCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-GCTTAT
*** * * * *
278087 TCAAAATACAATAATACTAATTTATTATCTTTTTCAAAAATTAATAAGT-AGCGATTTAAAAAAT
125 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * * **
278151 AAATCTATTTA-TTAAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAGTTGTATACTTCAAATTA
189 AAATATGTTTACCT-AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * * * *
278215 TTCTAACATTTTGGTTAGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
253 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * *
278280 AATTCTAATATAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATT
318 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
278325 -AAAAATAAATTTGTTTGACAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
278389 AAAAT-GTTATGACCTTTTGCTCTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTAATTTGGA
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * *
278452 ATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATATATT
130 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-A-A
* * *
278516 TATGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
192 TATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * *
278581 AACCTTTTGTTTGGTCATAAGACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAACA
257 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
* *
278646 CTAATCTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
322 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
278683 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTGAAATACTTATGATTATTTG-ACAAATTATTTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC-AATTATCTATTT
* * * * ** * * * *
278747 C-AAATCATTTTCACTTTTTGTCCTGTTATAAAACATTTGTTTCTATTCATACATGCTTATTTAG
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * * *
278811 ATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAAT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
278875 ATGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTCAAGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
193 ATGTTTACCTAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * ** *
278939 GACCCTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
257 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
* *
279004 CCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT
322 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* *
279045 AAAAAA-AGAATCTGTTTACCAAACAAGCTT-AAATAATTACGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 AAAAAATA-AATCTGTTTA-CAAACAAG-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * *
279108 T-GAAATCGTAATAACATTTTGTTTTGACATAAAATAATTTTTTTTGTTCAT---A--TTATTTG
63 TCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
279167 GAATAAAATAATACAAAATTATTAA-AATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAA
128 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
279229 ATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAAT-GTCATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTT
191 ATATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** * * *
279292 ATGA-CTCTTTGTTATGTCATAAAATAATT-TTTTCTGTTCATACAAGGCTATTCGGATTAAAAT
255 ATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
* ** * * *
279355 AATATTAA-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATATA
318 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TT
* * * * * * *
279400 AAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAACTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
279465 -AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAA
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* ** * * *
279529 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACGACTAAGAGACTTAAAAAATAAATCT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * * * *
279594 ATTTACCAAACAAGATT-AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATCATGA
195 GTTTACCTAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * ** *
279658 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAACCTTATTTCAAATAAAATAATA-T
259 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * *
279722 AAATTGATTAATACTAT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
324 -AATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
279761 AAAAAATATAT-T-TTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATA-TCTATTTGAACAATTATCCATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * *
279823 C-AAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGG
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * ** * *
279887 TATCAAATAGTACTAATTTATTTAAAATTTTGAAAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA
129 AATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AA
* * * * *
279952 ATCTGTTTA-CTAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT
191 ATATGTTTACCTAA-CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * ** **
280016 ATGATCTTTTGTCTTCTCATAAAACAATTGTTTCTACTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATA
255 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATA
* ** *
280080 ATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTC
319 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
280124 AAAAAATAAATCTGTTCACTAAACAAGTTCAAATAGTCAAGTCTA-TTCACACTATTAGCGATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGA-ACAATTATCTATTT
* ** * **
280188 C-AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTGTTCAG
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * *
280252 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAACTAGATT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * * *
280313 TATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTACGA
194 TGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * ** * * * * *
280378 TCTTTT-TTTTCTCATAAAGTAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAAT-ATAG
259 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAA-TAAAATAATA-
* * *
280440 CAAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
322 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
280481 AAAAAATAAATATTTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTAGCTTTTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** *
280546 -AAATCGTTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATT-ATACAATTATCTATTTA
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCT-TATTTG
* *** * * * * * ** * *
280609 AAATCGTTATGAT-CT-TTTGTTTTAACA--TAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-AAATCTTATC
128 GAAT-AAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAA-AATT-AATAAG-T-A-AGAGAT-TTA--
* * ** * * *
280669 AAAAATAAAATAAT-ATTACTTTATTAATATTTCAAAAACTGAGAAGTTGGTGA-T-TTAAAGAA
183 AAAAAT-AAAT-ATGTTTAC-CTA--ACCAATTC--AAA-T----AGTT-ATGACTATT--TGAA
* * * ****
280731 AAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATT-T-ATTCCAAATTGTT
233 CAAT-TATCTA--TT-TCAAATC-GTTATGACCT-TTTG-----TT-TTGTCA-T--AAAACAAT
* * ** * * *
280792 ATGACTTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTCGGATTAAATAAT
283 -TG--TTTTT-G--T-TCAT---ACAA--GTTTAT-TT--GA-AA-TAAAAT---AAT-ACTAAT
** * * * *
280857 ATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAGTAAAATATTT
327 ------TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * * * *
280899 TCAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * **
280963 C-AAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCT-TAGTTCATATAGGCTTATTCA
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
281026 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAATATGAAT
128 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*** * * ** * *
281091 A--TTTACAGGACAAGATT-AAATGGTTATGACTATTCAAACATTTATCTATTTCAAATCATTAT
193 ATGTTTACCTAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
281153 GACTTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT
257 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAAT
* *
281217 A-TAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
321 ACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * *
281258 AAAAAATAAATATGTTTTATGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTG-TTTACAAACA-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
281322 C-AAATAGTTATGAGCTTTTTGTTATT-T-ATAAACCAATTATTTCTATTCGTACAAG-TGTATT
64 CAAAATCGTTATGA-CCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATT
* * * * * * * *
281383 TGAAATAAAATTATTA-TATTTTATTAATATTCCAAAAATTCATAGGTAA-AAATTTTAAAAATA
126 TGGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
281446 AATCTATTTATC-AAGCAAGTTCATATCGTTATGAC--TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGT
190 AATATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
281508 TATAATCTTTTGTTTTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGTTTATTT-AGATTA
254 TATGACCTTTTG---TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTGA-AATA
* * * *
281571 AAATAATGCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTT
314 AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
281620 AAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 -AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
281684 T-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATCA
63 TCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
** * * * *
281747 AAAATAAAATAATAATACTTT-TTTATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAA
127 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * * ** * * * * *
281810 AGCTGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAGAACAATCTCAAATCATTG
191 ATATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
281875 TGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAACAATTGTTTATGATCATATAAGCTTATTTG-GATAAAAATA
256 TGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAAT-AAAATA
*
281938 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AG---GAGATTT
319 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
281978 AAAAAATTAATGTGTTTGTCGAACCAGTTTAAACAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT-
1 AAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** * *
282042 TAAATTGCTCTGAACTTTTGTTTAGTCATGCAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTTG
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGG
* * ** *
282106 AATAAAATAATACTACTAATTTGTTAACA-TTCAAAAAATTAATAAACATGAGATTTGAAAAAAT
129 AATAAAAT-A-A-TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * * *
282170 AAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCA
189 AAATATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * **
282234 TT-TGGCCATTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTTAGTTCATA-AAATCTTA-TCCAAATAAAA
253 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGT-TTATTTGAAATAAAA
* * * *
282296 TAATACTACTTTATTCATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTT
317 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
282342 AAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATT
1 AAAAAATAAATCT-GTTTA-C-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
282405 TC-AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATATAAGTTTATTC
63 TCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT
** * *
282468 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATATA
127 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * *
282529 TCTGTTTACCAAACCTGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
192 TATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * **
282594 AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
257 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
* * *
282659 CTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
322 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * * * * * *
282700 AAAAAATAAATCCATTTGCCATACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
282765 -AAATTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATAAAAC-ATT-TATCTCAGCTT-ATAAAAGCTTATTC
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-A--TTCATACAAGCTTATTT
** * * * *
282826 ATATTAGAATTAA-ACTAATTT-TTAATATTTAAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAA
127 GGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * * * *
282885 TTCTATTTACCAAACCCATTTGAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
191 ATATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * ** *
282950 TTA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAAGAAAATAA
256 TGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
* * *
283014 CACTAATTTATTAATATTT-AGATAATTAATTAGTAAGAGATTT
320 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT
** * * * ** * *
283057 AAAAAGCAAATCTGCTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** * * *
283122 -AAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTTTAC---TTTTTTTAGA
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* ** * * ** *
283183 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTACTAACCAAGAAGA-TTAAAAAATAAATC
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATA
** * * * * * * * * *
283247 TAATTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
194 TGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * *
283312 CCTTTTGTTTTGTTGTAAACAATTGTTTCAAAACAATTG-TTTTGTTCCTACAAGCTTA-TTCAG
259 CCTTTTG--TT-TTGT---C-A-----T-AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGA-
* * * * * *
283375 ATTTAAATAATACTGATTCAATAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTT
310 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
283424 AAAAAATAAATTTTGTTTATCGAATAAGTTTAAATGGTT---A--A---G-AC---TATCTATTT
1 AAAAAATAAA-TCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *** * * **
283477 C-AAATCGTTCTGACATTTTATGCAGTTATAAAACAATTGTTTC-AGCTCATACAAGCTTATTCA
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
283540 AAATAAATTAATACTAATTTTATTAACATTTGAAAAAATAATTACA-AAATGAGATTT-AAAAA-
128 GAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TA-AGTAA-GAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
283602 AAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAGCAATTATTTATTTAAAATCA
189 AAATATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * * ****
283666 TTATAATCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-AGTATAAGCTTAGAAAAAATAAAA
253 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA-TACAAGTTTATTTGAAATAAAA
** *
283730 TAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAATTAATAAGTAAGAAATTT
317 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * * * * * ** *
283776 AAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATC-AGTAAAAAAAATTATGGCCATTTGAATGATTATGTATT
1 -AAAAAATAAATCTGTTTA--CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
283840 T-GAAATCATTATGAGCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTT-
63 TCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** *
283902 CAACTAAAATAATAATAATTTATTAATATTGGAAAAATTAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAA
128 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
283967 TATGTTTATCGAACCAATTCAAATAGGTATGACTATTTGAAC-ATTTTTTAATCTCAAATCGTTA
192 TATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTA
** * * * * **
284031 T-AATTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTTT-TATCATAGAAG-CT-TTTCAGTTAAAAATA
256 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTGAAAT-AAAATA
* * *
284092 ATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT
319 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** ** * * * * * * *
284136 AAAAGATAAATGTCCTTATGGAACCAGATCAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * * * *
284201 -AAATCATTATGATATTTTGCTTAGTCAAAAAATATTTATTTC-ATATCTTACAAGCTTATTTGG
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGG
* * * ** * * *
284264 AATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTACTAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAAT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * *
284329 CTGTTTA-CTGAA-CAAGTTCAAGTAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTA
193 ATGTTTACCT-AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * ** ***
284392 TGACCTTTAGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAAT
256 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * *
284457 AATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT
321 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
284498 AAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAATTATCTATTT
1 -AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
284563 -AAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTG
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
284626 AAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAAT
128 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * *
284687 CTGTTTACC-AAATAAGTTCAAATAATTATG-CCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATTGTTGT
193 ATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * * *
284750 TACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTAT-ATCATACAAGTATATTCGGAATAAAACAAT
257 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * *
284814 ATTAATTTCTTAATCTTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTT
321 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
284856 AAAAAA-AAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTT--GACTATTTGAAGAATTGTATACTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * **** * * * * * *
284918 -AAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTC-T-ATATAATTATTTATGTTCATACATGCTT
65 AAAATC-GTTA-TGAC---CT-TTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
*** * * * *
284980 ATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAT
123 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * * * * * * * * * * *
285045 TAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTTAGA-CT
188 TAAATATGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-
* ** * * * **
285109 GTTA-CACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATGCTAGCTTATTCCAAATAAA
252 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAA
* * *
285172 ATAA-AATGAATTTATTAATAATTCAAAATTTAATAAGTAAGAGATTT
316 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
285219 AGAAAATAATTTTGTTTACCAACCAGTTCTAAT-GATTATGACTATTTGAA-TAGTATCTATTT-
1 AAAAAATAAATCTGTTTACAAACAAGTTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * * * * * * ***
285281 TAAATTATTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCATA
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
** * *
285346 ATAAAATAATAAAAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * ** * *
285407 CTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTAAT-TATTTCAAATCCTTTTGA
195 GTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * * * *
285471 CTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATAT
259 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATA-
* * * ** * * *
285535 TTAATTCATTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTT
322 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
285576 AAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * * ***
285640 -AAATTGTTATGA-CTTGTT-TTTTGTCATAAAA-AATTATTTAAATTTAGATAAGCTTATTCAA
65 AAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * *
285701 AATAAAATAATACTAAGTTGTTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAA
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * *
285765 CTA--TTTA-CTGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAATTG
192 -TATGTTTACCT-AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCG
* * * * * ** * *
285825 CTAT-AGCTTTTTGTTTTAG-CATAAAA-AGATT-TCATCTATTCATACAAGCCT-TTTCAGATA
253 TTATGA-CCTTTTGTTTT-GTCATAAAACA-ATTGT-TTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATA
* * * *
285885 AAATAATACCAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATGATTAAAAGATTT
314 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * **
285934 AAAAAATAAATTTGTTCACCACACAAGTTTAAATCTTTATA-ACTATTTGAAC----A---A---
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * ** * * ***
285988 C-AAATTATTATCACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCAT
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * ** * * * *
286052 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAGAAAATAAATA
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
286117 TGTTTACC-AAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTATG
194 TGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * ** * *
286181 ACCTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTT-A-ACATGAGTTTACTTGAAGTAAAATAAT
258 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACA--AGTTTATTTGAAATAAAATAAT
* * **
286244 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACT
321 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
286286 AGAAAACTGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 A-AAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
286351 CAAAA-CATTATGACTTTTTCTTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAACTTATTTTG
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * *
286415 AATAAAATAATA-TAAATTAATGAATATTTCAAAAGTTAATAAG-AAAAAATTTGAAAAATAAAT
129 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
286478 TTGTTTA--TAGGA-CACGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
193 ATGTTTACCTA--ACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
** ** * * * *
286540 ATGACCAATTGTTTTGTCATAAATGAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
255 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
* * *
286605 TACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
320 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
286648 AAAAAATAAATCTTTTTATCAAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * *
286713 -AAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGTTTATTTGGA
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGA
* * *
286777 ATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTTATAAGCT-AGAGATTTAGAAAATAAAT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
286840 TTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCGATTTGAACTATCATCTATTTCGAATCGTTAT
193 ATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * **
286904 GACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTAT
257 GACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-CAATTGTT-----T--TT-G--TTCATACAAGTTTAT
** * * * *
286969 TCAAAATAAAGTAATACCAATTAATTACTATTTCAAAAA-T--TAA-TAA-AGATTT
306 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * ** *
287021 -ATAAATAAATGTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGTA-TATGAGAACAGTTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATAGTTAAG-ACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * ** *
287084 C-AAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATACGA
64 CAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * * *
287148 AATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAGGAAATTAAAAAAATATATA
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-A-A
* * * * * *
287213 TCTATTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
192 TATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** ** * * * * ***
287277 TGACCTTTAT-TTTTATTGTAAAACAATTGTTTCAGTACAAAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
256 TGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * *
287341 TA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGGTTT
320 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
287383 AAAAAATAAAT-TAGTTTATTAAATTAA-TTCAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCTAT
1 AAAAAATAAATCT-GTTTA-CAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
287445 TT-TAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTGTCA-TCATACAAGCCTATT
62 TTCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
287508 CT-GTATAAAATAATACT-ATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATA
126 -TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
287571 AATTTGTTTA-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGT
190 AATATGTTTACCT-AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * **
287635 TATAACCTTTTGTTATGTCAAAAAAAAATTATTTTTGTTTATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATA
254 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
287700 ATACTAATGTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGATATTT
319 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * * * * *
287744 AAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTCTTTATTT-
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * ** *
287808 TAATTCGTTAGGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAGCTTATTTAG
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * *
287872 AATAAAAGAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTC
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * *
287937 TGTTTACCGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTA
194 TGTTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * *
288002 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATT
259 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT
** **
288067 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAGGAAGTAAGAGATTT
324 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
288106 AAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAGCCAA-TTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAACCATTAT-TT
1 --AAAAAATAAATCTGTTTAC-AA-ACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
288168 TCTTC-AAGTCATGATGACCATTTGGTTT-TCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTA
61 T-TTCAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA
** * * *
288230 TTACGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTTAATAAGTAACAGATTTAAAAAA
124 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
288294 TAAATTTG-TTAGCCTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATT
188 TAAATATGTTTA-CCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
288358 GTTATGACCTTTTCTTTTATCACAAAACAATTGTTTCT-ATCTGTACAAGCTTATCTAAAATAAG
252 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC-ATACAAGTTTATTTGAAATAAA
* *
288422 ATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
316 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
288465 AAAAAATGAATTTGTCTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTGTATC
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * **
288530 -AAATTGCTGTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTCATACAAGCTTATTTTA
65 AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGG
* * * *
288594 AATAAAATAATAC-ATATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAG
129 AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * **
288657 T-T-TTT---TGAA-CACATTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATAATCTATTTTAAATAATT
192 TATGTTTACCT-AACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
288716 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATACAA-TCATATTTGAAATAAAATA
255 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGT-TTATTTGAAATAAAATA
* * *
288780 ATACTAGTTTATTAATA-TTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTT
319 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
288823 AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTGTTTGAACAATT
1 AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATT
288879 GTTTATTAAA
Statistics
Matches: 10146, Mismatches: 2246, Indels: 1331
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
343 9 0.00
344 11 0.00
346 2 0.00
347 82 0.01
348 143 0.01
349 107 0.01
350 20 0.00
351 142 0.01
352 90 0.01
353 224 0.02
354 349 0.03
355 422 0.04
356 374 0.04
357 1010 0.10
358 760 0.07
359 816 0.08
360 773 0.08
361 978 0.10
362 1471 0.14
363 956 0.09
364 304 0.03
365 178 0.02
366 95 0.01
367 61 0.01
368 69 0.01
369 13 0.00
370 8 0.00
371 55 0.01
372 157 0.02
373 14 0.00
374 67 0.01
375 12 0.00
376 1 0.00
377 7 0.00
378 48 0.00
379 11 0.00
380 6 0.00
381 3 0.00
382 6 0.00
383 10 0.00
384 4 0.00
386 2 0.00
387 5 0.00
388 2 0.00
389 8 0.00
390 3 0.00
391 5 0.00
392 2 0.00
394 14 0.00
395 7 0.00
396 2 0.00
397 3 0.00
398 12 0.00
399 4 0.00
400 2 0.00
401 4 0.00
403 4 0.00
404 3 0.00
405 2 0.00
406 2 0.00
407 4 0.00
408 6 0.00
409 4 0.00
410 1 0.00
411 3 0.00
412 8 0.00
413 1 0.00
414 4 0.00
415 4 0.00
416 5 0.00
417 21 0.00
418 121 0.01
419 10 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
AAAAAATAAATCTGTTTACAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
TTTACCTAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
Found at i:280613 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 280531--280651 Score: 163
Period size: 63 Copynumber: 1.9 Consensus size: 63
280521 GACTGTTAGA
* * * *
280531 ACAATTAGCTTTTTCAAATCGTTCTGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTAT
1 ACAATTAGCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGATTTA-ACATAAAATAATTGTTTCAATTAT
* * *
280594 ACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTTCA
1 ACAATTAGCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGATTTAACATAAAATAATTGTTTCA
280652 GTTCATAAAA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
63 46 0.92
64 4 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.07, T:0.46
Consensus pattern (63 bp):
ACAATTAGCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGATTTAACATAAAATAATTGTTTCAATTAT
Found at i:280990 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 280594--288878 Score: 5502
Period size: 181 Copynumber: 46.0 Consensus size: 180
280584 TTTCAATTAT
* * * ** * *
280594 ACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * * * * * ** *
280659 AAATCTTA-TCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAACTGAGAAGTTGGTGAT
66 CAAGCTTATTC--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
*
280723 TTAAAGAAAAATAAAT-TAGTTTATCG---AA--TC----AGTTATGACTATTTGA
129 TT--A-AAAAATAAATCT-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
280769 ACAATTATTTATTCCAAATTGTTATGACTTTTTAG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAC
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* ** * * * * * * *
280833 ACAAGTTTATTCGGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAGTAAAATATT
65 ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
** * * * *
280898 TTCAAAATAAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * *
280949 ATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTT-AGTTCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCAT
* * ** *
281013 ATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAT
65 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * **
281078 TTAAAATATGAA--TATTTACAGGACAAGATT-AAATGGTTATGACTATTCAA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * * *
281128 ACATTTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
** ** *
281193 CAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAAT
66 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
281256 TTAAAAAATAAATATGTTTTA-TGAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGA
129 TTAAAAAATAAATCTG-TTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * *
281308 ATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAGCTTTTTGTTATT-T-ATAAACCAATTATTTCTATTCG
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * ** * *
281371 TACAAG-TGTATTTGAAATAAAATTATTA-TATTTTATTAATATTCCAAAAATTCATAGGTAA-A
64 TACAAGCT-TA-TTCAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
281433 AATTTTAAAAATAAATCTATTTATC-AAGCAAGTTCATATCGTTATGAC--TTTGA
126 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
281486 ACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTC
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG---TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* * * * * * * *
281551 ATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATGCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAG
63 ATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* *
281616 ATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGA
127 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGA
* *
281671 ACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * *
281735 AAAAACTTA-TCAAAAATAAAATAATAATACTTT-TTTATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 ACAAGCTTATTC--AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
281798 TTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** * * * ** * * * * *
281851 ACAAAGAACAATCTCAAATCATTGTGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAACAATTGTTTATGATCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* *** * *
281915 ATAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AG---GAGAT
65 ACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * * * * *
281976 TTAAAAAATTAATGTGTTTGTCGAACCAGTTTAAACAGTTAAGACTATTAGA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * ** *
282028 ATAATTATCTATTTTAAATTGCTCTGAACTTTTGTTTAGTCATGCAATAATTGTTT-TAGTTCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCAT
** * * ** ** *
282092 ACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAACATGA
65 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAAT-A-A-TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA
* * *
282157 GATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAA
126 GATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * * *
282213 ACAATTATCTATTTAAAATCATT-TGGCCATTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTT-TAGTTCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCAT
* * * * * * * *
282276 AAAATCTTATCCAAATAAAATAATACTACTTTATTCATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATT
65 ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
282341 TAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGA
130 TAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * ***
282392 ACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * *
282457 TAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AA-AGATT
66 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** *
282518 TAAAAAATATATCTGTTTACCAAACCTGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
282569 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* *
282634 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATT
66 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
** * * * * *
282699 TAAAAAATAAATCCATTTGCC-ATACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * * *
282750 ATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATAAAACATTTATCTCAGCTT-AT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCAT
* * * *
282814 AAAAGCTTATTCATATTAGAATTAA-ACTAATTT-TTAATATTTAAAAAATT--T-A-TAAGAGA
65 ACAAGCTTATTCA-AATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * ** * *
282873 TTTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACCCA-TTTGAATAATTATAACTATTTGA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
282926 ACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * * *
282990 ATAAGTTTGTTCAAAAGAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTTAGATAATTAATTAGTAAGAGA
65 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * * * * * *
283054 TTTAAAAAGCAAATCTGCTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * **
283107 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTTTA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * * * * **
283172 C---TTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTACTAACCAAGAAGA-
66 CAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGAT
** * * * * *
283233 TTAAAAAATAAATCTAATTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* *
283285 ACGATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAACAATTGTTTCAAAACAATT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG--TT-TTGT---C-A-----T-AAAACAATT
* * * * * *
283350 GTTT-TGTTCCTACAAGCTTATTCAGATTTAAATAATACTGATTCAATAATATTTTAAAAATTAA
53 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * *
283414 T-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATTTTGTTTATCGAATAAGTTTAAAT-GGT-T-A--A---G-
117 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *** * * *
283466 AC---TATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTTATGCAGTTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * *
283528 CAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTTATTAACATTTGAAAAAATAATTACA-AAATGA
66 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTTAAAAATTAA-TA-AGTAA-GA
* *
283592 GATTT-AAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGA
126 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * * * * *
283645 GCAATTATTTATTTAAAATCATTATAATCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT-AGT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA-T
* *** * *
283709 ATAAGCTTAGAAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-GAAATTAATAAGTAAGAAA
65 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA
** ** * * * *
283773 TTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATC-AGTAAAAAAAATTATGGCCATTTGA
128 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** * * ** * * *
283827 ATGATTATGTATTTGAAATCATTATGAGCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTT-T-TATCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCAT
* * ** *
283890 ACAAGCTTATTTCAACTAAAATAATAATAATTTATTAATATTGGAAAAATTAATAAGGAAGAGAT
65 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
283955 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAGGTATGACTATTTGA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * ** * *
284007 AC-ATTTTTTAATCTCAAATCGTTAT-AATTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTT-TTTATCA
1 ACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCA
* ** * ** *
284069 TAGAAGCTT-TTCAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAA
64 TACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** ** * * * ** * *
284133 TTTAAAAGATAAATGTCCTTATGGAACCAGATCAAATAATTAAAACCATTAGA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** ** * * * * * * * *
284186 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGCTTAGTCAAAAAATATTTATTTCAT-ATCTT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCAT
** * * * ** * * *
284250 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTACTAAGCAAAAGAT
65 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
284315 TTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAGTAGTTATGATTGTTTGA
129 TT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * ** * * *
284368 ACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * * *
284433 AAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TT
66 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
284497 TAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGATTATTTAA
130 T-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * *
284549 ATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCAGTTTATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * **
284614 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATT
66 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
284675 TAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATG-CCATTTCA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
284725 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-TATATCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCAT
* * * * * * * *
284789 ACAAG-TATATTCGGAATAAAACAATATTAATTTCTTAATCTTTCAAAAACTAATGAGTAAGAGA
65 ACAAGCT-TATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
284853 TTTAAAAAA-AAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAG-T-TGACTATTTGA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * ** * * **** * * * *
284903 AGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTC-T-ATATAATTATTTAT
1 ACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTA-TGAC---CT-TTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
284966 GTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA
59 GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* * ** * * * * * * *
285031 AGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAA
123 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * ** *
285089 ACAATTATTTATTTTAGACTGTTA-CACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATG
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * *
285153 CTAGCTTATTCCAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATAATTCAAAATTTAATAAGTAAGAGAT
66 CAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
285217 TTAGAAAATAATTTTGTTTACC-AACCAGTTCTAAT-GATTATGACTATTTGA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGA
* * * * * * * * *
285268 A-TAGTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * ** * *
285332 TAAGTTTGTTCATAATAAAATAATAAAAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
66 CAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
285393 TAAAAAATAAATTTCTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** ** * * * * * *
285444 GTAATTAAT-TATTTCAAATCCTTTTGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCAT
1 ACAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * * * *
285508 ACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTTAATTCATTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAA
65 ACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
285573 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTA-TTGA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * *** * *
285625 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTGTT-TTTTGTCATAAAA-AATTATTTAAATTTAG
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * *
285687 ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGAT
65 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
285752 TTAAAAAATGAAA-CTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAA
129 TTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
285804 ACAATTATCTATTT-AGAATTGCTAT-AGCTTTTTGTTTTAG-CATAAAA-AGATT-TCATCTAT
1 ACAATTATCTATTTCA-AATTGTTATGA-CCTTTTGTTTT-GTCATAAAACA-ATTGT-TTCTGT
* * * *
285864 TCATACAAGCCTT-TTCAGATAAAATAATACCAATTTATTAATA--TTAAGACAATTAATGATTA
61 TCATACAAG-CTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATAAGTA
* * * * ** *
285926 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACC-ACACAAGTTTAAATCTTTATAACTATTTGA
123 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * *
285984 AC----A---A---CAAATTATTATCACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * * * *
286039 TAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATT
66 CAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
286104 TAGAAAATAAATATGTTTACCAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * ** * * *
286155 ATAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTT-A-A
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * ** *
286218 CATGAGTTTACTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGA
66 CA--AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * ** *
286283 ACTAGAAAACTGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGA
128 TTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
*** * * * * * *
286337 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTCTTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATC
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* ** * * * * * *
286402 CAAACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTAATGAATATTTCAAAAGTTAATAAG-AAAAAAT
66 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * * * *
286465 TTGAAAAATAAATTTGTTTATAGGACACGTTTAAATAGTTATGATTATTTGA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
** ** ** *
286517 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAATTGTTTTGTCATAAATGAATTGTTTCTATTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
** * ** *
286582 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
66 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
286647 TAAAAAATAAATCTTTTTATC-AAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * *
286698 ATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * ** * * *
286763 AAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAAGCT-AGAGAT
66 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGAT
* * * * * * *
286827 TTAGAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCGATTTGA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
286879 ACTATCATCTATTTCGAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCAAA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-CAATTGTT----
* ** * * * * *
286944 ATAATTGGTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAGTAATACCAATTAATTACTATTTCAAAAA-
56 -T--CT-G--TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * * * *
287008 T--TAA-TAA-AGATTT-ATAAATAAATGTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGTA-TATG
114 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATT
*
287067 AGA
178 TGA
* ** * * * **
287070 ACAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * * * * *
287135 CATGCTTATACGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAGGAAATT
66 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *
287200 AAAAAAATATATATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
130 TAAAAAATA-A-ATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * ** * * *
287253 ACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTAT-TTTTATTGTAAAACAATTGTTTCAGTACAA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * * * * * *
287317 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGGT
65 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
*** * * *
287381 TTAAAAAATAAAT-TAGTTTATTAAATTAA-TTCAAATAATTATG-GTCATTTGA
129 TTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGA
* * ** * * * * **
287433 ATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTGTCATCATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* ** * * *
287498 CAAGCCTATTCTGTATAAAATAATACT-ATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATG
66 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * *
287562 TAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
287613 ACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCAAAAAAAAATTATTTTTGTTTATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * * * * *
287678 AAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGATATT
66 CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * *
287743 TAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * *
287794 ATAATTCTTTATTT-TAATTCGTTAGGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCT
1 ACAATTATCTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCA
** * * * * * *
287857 TAGTAGCTTATTTAGAATAAAAGAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGA
64 TACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
287922 TTTAAAAAATAATTCTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * *
287975 ACAATTATCTCTTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCAT
* * ** * * **
288039 ATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAGGAAGTAAGAGAT
65 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
288104 TTAAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAGCCAA-TTCAATTAGTTATAACTATTTGA
129 TT--AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * * * * *
288158 ACCATTAT-TTTCTTCAAGTCATGATGACCATTTGGTTT-TCATAAAAGAATTGTTTCTATTCAT
1 ACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * * *
288221 AC-AGTCTTATTACGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAACAGA
65 ACAAG-CTTATT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
288285 TTTAAAAAATAAATTTG-TTAGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
288338 GCAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATCACAAAACAATTGTTTCT-ATCTGT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-AT
* * * **
288402 ACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
65 ACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
288463 TTAAAAAATGAATTTGTCTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * * * * *
288515 ATAATTATCTGTATCAAATTGCTGTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTCAT
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCAT
* * ** *
288580 ACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATAC-ATATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAA
65 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *
288643 TTTTAAAAAATAAGT-T-TTT--TGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
128 -TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * ** * * *
288693 TCAATAATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATA
1 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
* * * * * * *
288758 CAATCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATA-TTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATT
66 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
288822 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTGTTTGA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
288873 ACAATT
1 ACAATT
288879 GTTTATTAAA
Statistics
Matches: 6353, Mismatches: 1427, Indels: 655
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 13 0.00
166 29 0.00
167 19 0.00
168 1 0.00
169 3 0.00
170 64 0.01
171 107 0.02
172 8 0.00
173 11 0.00
174 41 0.01
175 142 0.02
176 281 0.04
177 500 0.08
178 466 0.07
179 562 0.09
180 1239 0.20
181 1469 0.23
182 666 0.10
183 285 0.04
184 92 0.01
185 106 0.02
186 22 0.00
187 10 0.00
188 4 0.00
189 14 0.00
190 26 0.00
191 79 0.01
192 9 0.00
193 40 0.01
194 4 0.00
196 3 0.00
197 38 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA
CAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
Found at i:281842 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 280596--288878 Score: 5131
Period size: 363 Copynumber: 23.0 Consensus size: 359
280586 TCAATTATAC
* * ** * *
280596 AATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * * * ** *
280661 ATCTTATCAAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAACTGAGAAGTTGGTGATTTA
66 AGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* *
280726 AAGAAAAATAAAT-TAG-TTT------A--TCGAATCAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
129 -A-AAAAATAAATCT-GTTTTCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
280781 TCCAAATTGTTATGACTTTTTAG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCACACAAGTTTATTC
189 TTCAAATAGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * * * **
280845 -GGATTAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAAAAAGTAAAATATTTTCAAAATAAA
253 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
280909 TATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
318 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
280951 AATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTT-AGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATAC
* * *
281015 AGGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATT
65 AAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * ** *
281079 TAAAATATGAA--TATTTACAGGACAAGATT-AAATGGTTATGACTATTCAAACATTTATCTATT
128 TAAAAAATAAATCTGTTTTCA-AACCAG-TTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
281141 TCAAATCA-TTATGACTTTTTGTTGTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTT
190 TCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
*
281205 GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
254 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
281267 ATATGTTTTAT-GAACACA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAAT
317 ATCTG-TTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * *
281310 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGAGCTTTTTGTTATT-T-ATAAACCAATTATTTCTA-TTCGT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCAT
* * * * * * * *
281372 ACAAG-TGTATTTGAAATAAAATTATTA-TATTTTATTAATATTCCAAAAATTCATAGGTAA-AA
63 ACAAGCT-TATCTAAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
281434 ATTTTAAAAATAAATCTATTTATCAAGCAAGTTCATATCGTTATGAC-TTTGAACAATTATTTAT
125 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
281498 TTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGTTTAT
189 TTCAAATAGTTATGACCTTTTG---TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
281563 TTAGATTAAAATAATGCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAAT
251 TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * *
281628 AAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAAC
315 AAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAT
* * *
281673 AATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* * * * *
281737 AAACTTATCAAAAATAAAATAATAATACTTT-TTTATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
65 AAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * * *
281801 AAAAACTAAAGCTGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAGAACAATCTC
129 AAAAAATAAATCTGTTTT-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
281866 AAATCA-TTGTGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAACAATTGTTTATGA-TCATATAAGCTTATT-T
192 AAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA
* * *
281927 GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAAATTA
254 GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
281987 ATGTGTTTGTCGAACCAGTTTAAACAGTTAAGACTATTAGAAT
317 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * ** * *
282030 AATTATCTATTTTAAATTGCTCTGAACTTTTGTTTAGTCATGCAATAATTGTTTTAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* ** * * * ** *
282095 AGCTTATTTTGAATAAAATAATACTACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAACATGAGAT
66 AGCTTATCTAAAATAAAAT-A-A-TACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
282160 TTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
127 TT-AAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
282225 TTAAAATCA-TT-TGGCCATTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTT-TAGTTCATAAAATCTTATC
189 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * *
282287 CA-AATAAAATAATACTACTTTATTCATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
252 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
282350 AAT-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAAC
316 AATCT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * *
282394 AACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATA
* * *
282457 TAAGTTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AA-AGAT
64 CAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
282517 TTAAAAAATATATCTGTTTACCAAACCTGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATT
127 TTAAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
282582 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
190 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * *
282647 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * * *
282712 CATTT-GCCATACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAAT
320 TGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * * *
282752 AATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATAAAACATTTATCTCAGCTT-ATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATAC
* * *
282816 AAGCTTAT-TCATATTAGAATTAA-ACTAATTT-TTAATATTTAAAAAATT--T-A-TAAGAGAT
65 AAGCTTATCT-AAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * ** * * *
282874 TTAGAAAATAATTCTATTTACCAAACCCA-TTTGAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTAT
127 TTAAAAAATAAATCTGTTT-TCAAA-CCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
282938 TTCAAATTGTTATTA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTC
189 TTCAAATAGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * **
283002 AAAAGAAAATAACACTAATTTATTAATATT-TAGATAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGCAA
253 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
283066 ATCTGCTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAAT
317 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * **
283109 AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTTTTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC
* * * * * * * * **
283173 ---TTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTACTAACCAAGAAGA-T
65 AAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATT
* * * * * *
283234 TAAAAAATAAATCTAATTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACGATTATCTATTT
128 TAAAAAATAAATCT-GTTTTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTT
* * * *
283299 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAACAATTGTTTCAAAACAATTGTTT-TGTTCCTAC
191 CAAATAGTTATGACCTTTTG--TT-TTGT---C-A-----T-AAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
283363 AAGCTTATTCAGATTTAAATAATACTGATTCAATAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTT
243 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
283424 AAAAAATAAATTTTGTTTATCGAATAAGTTTAAAT-G----G-----TT-AA-
308 AAAAAATAAA-TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *** * *
283465 GACTATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTTATGCAGTTATAAAACAATTGTTTCAGCTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * *
283530 AGCTTAT-TCAAAATAAATTAATACTAATTTTATTAACATTTGAAAAAATAATTACA-AAATGAG
66 AGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTT-AAAAATTAA-TA-AGTAA-GAG
* * * * * * *
283593 ATTT-AAAAA-AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAGCAATTATTTA
125 ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
283656 TTTAAAATCA-TTATAATCATTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTT-AGTATAAGCTTA
188 TTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA-TACAAGCTTA
*** * * *
283718 GAAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-GAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAA
250 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* ** * * * *
283782 ATAAATCTGTTTATTGAATC-AGTAAAAAAAATTATGGCCATTTGAAT
313 ATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * *
283829 GATTATGTATTTGAAATCATTATGAGCTTTTGCTTTATCATAAAACAATTGTTT--TTATCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAC
* * * * * *
283892 AAGCTTATTTCAACTAAAATAATAATAATTTATTAATATTGGAAAAATTAATAAGGAAGAGATTT
65 AAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
283957 AAAAAATAAATATGTTTATCGAACCAATTCAAATAGGTATGACTATTTGAAC-ATTTTTTAATCT
129 AAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCT-ATTT
* ** * * *
284021 CAAATCGTTAT-AATTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTT-TTTATCATAGAAGCTT-TTCAG
191 CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAG
* * * * *
284083 -TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAGATAAAT
255 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * ** * *
284147 GTCCTTATGGAACCAGATCAAATAATTAAAACCATTAGAAT
319 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * * * * * *
284188 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGCTTAGTCAAAAAATATTTATTTCA-TATCTTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAC
* ** * * * * * * *
284252 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTACTAAGCAAAAGATTT
65 AAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * ** *
284317 GAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAGTAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTT
129 -AAAAAATAAATCTGTTTTC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
284382 AAAATCA-TTATGACCTTTAGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCATATCCA
191 CAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
284445 AAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAATAAA
254 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
284509 TTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGATTATTTAAAT
318 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * *
284551 AATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCAGTTTATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * *
284616 AGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTA
66 AGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * ** * * * *
284677 AAAAGTGAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAA
130 AAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
284742 ATTGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTT-TATATCATACAAG-TATATTCGGAA
194 ATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCT-TATTCAGAA
* * * * * * *
284805 TAAAACAATATTAATTTCTTAATCTT-TCAAAAACTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAATTT
257 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* *
284868 GTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAG-T-TGACTATTTGAAG
321 GTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * **** * * *
284905 AATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTC-T-ATATAATTATTT-ATG
1 AATTATCTATTTCAAATC-GTTA-TGAC---CT-TTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCA-G
* * * *
284967 TTCATACATGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTA
58 TTCATACAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
285031 AGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAACAATTA
121 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
285096 TTTATTTTAGACT-GTTA-CACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATGCTAGCT
184 TCTATTTCA-AATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* * *
285159 TATTCCA-AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATAATTC-AAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAG
248 TATT-CAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
285221 AAAATAATTTTGTTTA-CCAACCAGTTCTAAT-GATTATGACTATTTGAAT
310 AAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAT
* * ** * * * * ** *
285270 -AGTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGCTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * ** *
285334 AGTTTGT-TCATAATAAAATAATAAAAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
66 AGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * **
285394 AAAAAATAAATTTCTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTAAT-TATTT
129 AAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATT-ATCTATTT
** * * * * *
285458 CAAATCCTTTTGACTTTTTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
191 CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * * * * * * *
285523 TTAAAATAATATTTAATTCATTATTATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATA
256 ATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
285588 TGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTA-TTGAAT
320 TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
285627 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTGTT-TTTTGTCATAAAA-AATTATTTAAATTTAGAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* * *
285689 AAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAAGTTGTTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATT
65 AAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
285753 TAAAAAATGAAA-CTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATT
128 TAAAAAAT-AAATCTGTTTTC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
285817 T-AGAATTGCTAT-AGCTTTTTGTTTTAG-CATAAAA-AGATT-TCATCTATTCATACAAGCCTT
190 TCA-AATAGTTATGA-CCTTTTGTTTT-GTCATAAAACA-ATTGT-TTCTATTCATACAAG-CTT
* * * *
285877 -TTCAG-ATAAAATAATACCAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATGATTAAAAGATTTAAAA
249 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * ** *
285938 AATAAATTTGTTCA-CCACACAAGTTTAAATCTTTATAACTATTTG---
312 AATAAATCTGTTTATCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * ** * *
285983 -A--A-C-A--ACAAATTATTATCACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC
* * * * * * *
286040 AAGCTTAT-TCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATT
65 AAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
286104 TAGAAAATAAATATGTTTACCAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTT
128 TAAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
286169 CAAATCA-TTATGACCTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTT-A-ACATGAGTTTACT
191 CAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA--AGCTTA-T
* * ** *
286230 T--GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAC
251 TCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAA
* * * *
286293 TGAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAAC
314 TAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
286339 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACTTTTTCTTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTA-TTCATCC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC
* * ** * * * * *
286403 AAACTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTAATGAATATTTCAAAAGTTAATAAG-AAAAAATT
65 AAGCTTATCTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
286466 TGAAAAATAAATTTGTTTAT-AGGA-CACGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
128 TAAAAAATAAATCTGTTT-TCA-AACCA-GTTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTAT
** ** *
286529 TTCAAATCA-TTATGACCAATTGTTTTGTCATAAATGAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
189 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
286593 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
253 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
286658 TCTTTTTATC-AAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
318 TCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * *
286700 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC
* * ** * *
286764 AAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTTATAAGCT-AGAGATT
65 AAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-TAAGAGATT
* * * * * * *
286828 TAGAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCGATTTGAACTATCATCTATTT
128 TAAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
286893 CGAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCA
191 CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--ATT----GT--TT-CTATTCA
** * * * * *
286958 TACAAAATTATTCAAAATAAAGTAATACCAATTAATTACTATT-TCAAAAA-T--TAA-TAA-AG
240 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * ** *
287017 ATTT-ATAAATAAATGTATTTA-CTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGTA-TATGAGAAC
304 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAAT
* * * * * *
287072 AGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * * * *
287137 TGCTTATAC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAGGAAATTA
66 AGCTTAT-CTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * **
287201 AAAAAATATATATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
129 AAAAAATA-A-ATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * ** * * * *
287266 TAAAATTGTTATGACCTTTAT-TTTTATTGTAAAACAATTGTTTC-AGTACAAAAAAGCTTATCC
190 TCAAATAGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
287329 AAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGAGGTTTAAAAAATAA
253 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** * * *
287392 AT-TAGTTTATTAAATTAA-TTCAAATAATTATG-GTCATTTGAAT
317 ATCT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAAT
* * * * *
287435 AATTATCTATTTTAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTT--GTCATCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT--TCATA
* ** * *
287498 CAAGCCTATTCT-GTATAAAATAATACT-ATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGAT
64 CAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * *
287561 GTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATT
127 TTAAAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * * * *
287626 TCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCAAAAAAAAATTATTTTTGTTTATAAAAGTTTATTCAA
190 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * *
287691 AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATA
255 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
287756 TATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAT
320 TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * * * **
287796 AATTCTTTATTTTAATTCGTTAGGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTAGTTCTTAGT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * *
287861 AGCTTATTTAGAATAAAAGAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTA
66 AGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
287926 AAAAATAATTCTGTTTACCGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTCTTTCA
130 AAAAATAAATCTGTTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * **
287991 AATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGA
193 AAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * **
288054 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAGGAAGTAAGAGATTTAAAAAAAATAAAT
256 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAAT
* * * * *
288119 TTGTTTA-CTAAGCCAA-TTCAATTAGTTATAACTATTTGAAC
319 CTGTTTATCGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * *
288160 CATTAT-TTTCTTCAAGTCATGATGACCATTTGGTTT-TCATAAAAGAATTGTTTCTA-TTCATA
1 AATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
* * * *
288222 C-AGTCTTAT-TACGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAATAAGTAACAGA
64 CAAG-CTTATCTA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* ** ** * *
288285 TTTAAAAAATAAATTTGTTAGCCTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTAT
126 TTTAAAAAATAAATCTGTT-TTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
288350 TTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTA-TCTGTACAAGCTTA-TC
189 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAAGCTTATTC
* * * * *
288413 TAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGA
253 -AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
288474 ATTTGTCTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAAT
317 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * * *
288517 AATTATCTGTATCAAATTGCTGTAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC
* * * * *
288582 AAGCTTATTTTAAATAAAATAATAC-ATATTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATT
65 AAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
* * * *
288645 TTAAAAAATAAGT-T-TTTT-GAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGATCAATAATCTATT
127 TTAAAAAATAAATCTGTTTTCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
288706 TTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATACAATCATATT-TG
190 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* * *
288770 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTC-AAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
255 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
288834 CTGTTTATCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTGTTTGAAC
319 CTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
288875 AATT
1 AATT
288879 GTTTATTAAA
Statistics
Matches: 6215, Mismatches: 1309, Indels: 805
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
347 13 0.00
348 42 0.01
349 20 0.00
350 22 0.00
351 148 0.02
352 80 0.01
353 56 0.01
354 50 0.01
355 297 0.05
356 274 0.04
357 669 0.11
358 474 0.08
359 610 0.10
360 538 0.09
361 577 0.09
362 772 0.12
363 867 0.14
364 268 0.04
365 46 0.01
366 8 0.00
367 16 0.00
368 20 0.00
369 2 0.00
370 3 0.00
371 52 0.01
372 161 0.03
373 10 0.00
374 68 0.01
375 5 0.00
377 3 0.00
378 44 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
AGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTGTTTTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:283043 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 281481--283134 Score: 870
Period size: 357 Copynumber: 4.6 Consensus size: 358
281471 TCGTTATGAC
* * * * * *
281481 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG---TTCTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ** ** * * * **
281546 TATTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATGCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGT
63 TATTAATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAACACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACT
* * * * * * * * * * * *
281611 AGGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAACAA
128 AAGAGATTT-AAAAAACAAATCCACTTACCAAACCAGTTCAAACAG-TTAAGACTATATAAATAA
* * * * * * *
281675 TTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAG-TTCATAAA
191 TTATCTATTTCAAA-TTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATAAAACATTTATCTCAGCTT-ATAAA
* * * * * * *
281738 AACTTA-TCAAAAATA-AAATAATAATACTTT-TTTATA-TTATAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
254 AGCTTATTC-ATATTAGAATTAA-ACTAATTTATTAATATTTA-AAAAATTAAT-A--AA-AGAT
* * * * * * *
281799 TTAAAAACTAAAGCTGTTTTCCAAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTA
312 TTAAAAAATATATCTATTTACCAAACCCA-TTCAAATAATTATAACTA
** * * * ** * * * * * *
281846 TTTGAACAAAGAACAATCTCAAATCATTGTGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAACAATTGTTTATG
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AAAACAATTGTTTCT-
* * ** * * *
281910 A-TCATATAAGCTTATTTGGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-T
64 ATTAATACAAGCTTA-TTCAAAAGAAAATAACACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACT
* ** **** ** * *
281969 AGGAGATTTAAAAAATTAATGTGTTTGTCGAACCAGTTTAAACAGTTAAGACTAT-TAGAATAAT
128 AAGAGATTTAAAAAACAAATCCACTTACCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATA-AATAAT
* * * * ** * * * * * *
282033 TATCTATTTTAAATTGCTCTGAA-CTTTTG-TTTAGTCATGCAATAATTGTTTTAG-TTCATACA
192 TATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCGTTTGTTTTA-TCATAAAACATTTATCTCAGCTT-ATAAA
* * * * * * *
282095 AGCTTATT-TTGAATAAAATAATACTACTAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAACATGAGA
254 AGCTTATTCAT-ATTAGAAT--TA-AACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AA-A--AGA
* * * * * * * *
282159 TTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
311 TTT-AAAAAATATATCTATTTACCAAACCCA-TTCAAATAATTATAACTA
* * ** ** * * * * *
282208 TTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATT-TGGCCATTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTT-TAG
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * * * * * * * * * * *
282271 TTCATAAAATCTTA-TCCAAATAAAATAATACTACTTTATTCATATTTCAAAAGTTAATAAGTAA
65 TTAATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAACACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAA
* * * * * * * * * * * * * * * *
282335 AAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTA
130 GAGATTTAAAAAACAAATCCA-CTTACCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAATAATTA
** * * * * * * * *
282399 TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAC--ATATAAGT
194 TCTATTTCAAATTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATAAAAC-ATT-TATCTCAGCTTATAAAAGC
* * * * *
282462 TTATTCAAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAAAGATTTAAAAAAT
257 TTATTCATATTAGAATTAA-ACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * **
282526 ATATCTGTTTACCAAACCTGTTCAAATAGTTATGGCTA
321 ATATCTATTTACCAAACCCATTCAAATAATTATAACTA
282564 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * *
282629 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAG
66 TAATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAACACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAG
* * * * * *
282694 AGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCCATACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAATTATT
131 AGATTTAAAAAACAAATCCACTTACCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAATAATTATC
282759 TATTTCAAATTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATAAAACATTTATCTCAGCTTATAAAAGCTTAT
196 TATTTCAAATTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATAAAACATTTATCTCAGCTTATAAAAGCTTAT
* * *
282824 TCATATTAGAATTAAACTAATTT-TTAATATTTAAAAAATTTATAAGAGATTTAGAAAATA-ATT
261 TCATATTAGAATTAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATATA-T
**
282887 CTATTTACCAAACCCATTTGAATAATTATAACTA
325 CTATTTACCAAACCCATTCAAATAATTATAACTA
* * * * * *
282921 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTATGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT-TGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * *
282985 TTAATATAAGTTTGTTCAAAAGAAAATAACACTAATTTATTAATA-TTTAGATAATTAATTAGTA
65 TTAATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAACACTAATTTAATAATATTTTA-AAAATTAATAACTA
* ** * * * ** *
283049 AGAGATTTAAAAAGCAAATCTGCTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTA
129 AGAGATTTAAAAAACAAATCCACTTACCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAATAATTA
283114 TCTATTTCAAATTGTTATAAC
194 TCTATTTCAAATTGTTATAAC
283135 ATTTTATTTT
Statistics
Matches: 1019, Mismatches: 223, Indels: 102
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 81 0.08
357 371 0.36
358 168 0.16
359 14 0.01
360 40 0.04
361 84 0.08
362 124 0.12
363 10 0.01
364 92 0.09
365 30 0.03
366 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
TAATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAACACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAG
AGATTTAAAAAACAAATCCACTTACCAAACCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAATAATTATC
TATTTCAAATTGTTATAACCGTTTGTTTTATCATAAAACATTTATCTCAGCTTATAAAAGCTTAT
TCATATTAGAATTAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATATATC
TATTTACCAAACCCATTCAAATAATTATAACTA
Found at i:284740 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 284707--284741 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
284697 AATAAGTTCA
284707 AATAATTATGCCATTTC
1 AATAATTATGCCATTTC
*
284724 AATAATTAT-CTATTTC
1 AATAATTATGCCATTTC
284740 AA
1 AA
284742 ATTGTTGTTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.47
17 9 0.53
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.03, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCCATTTC
Found at i:285817 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 285781--285818 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
285771 ACTGAACAAG
*
285781 TTTAAATAATTATGACTA
1 TTTAAACAATTAT-ACTA
285799 TTTAAACAATTAT-CTA
1 TTTAAACAATTATACTA
285815 TTTA
1 TTTA
285819 GAATTGCTAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.37
18 12 0.63
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAACAATTATACTA
Found at i:287829 original size:915 final size:912
Alignment explanation
Indices: 286159--287840 Score: 1984
Period size: 915 Copynumber: 1.8 Consensus size: 912
286149 ATTTGAATAA
* *
286159 TTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAACATGAG
1 TTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTAACATGAC
* * * * * *
286224 TTTACTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGA
66 TTTAC-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAACTAAA
* * *
286289 AAACTGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
130 AAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** ****
286354 AACATTATGACTTTTTCTTTTGTCAGAAAACAATTGGTTCTATTCATCCAAACTTATTTTGAATA
195 AACATTATGACTTTTTCTTTTGT-A-AAAACAATTGGTTCTATACATAAAAACTTATCCAAAATA
* *
286419 AAATAATATAAATTAATGAATATTTCAAAAGTTAATAAGAAAAAATTTGAAAAATAAATTTGTTT
258 AAATAATATAAATTAATGAATATTTCAAAAGTTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATTAGTTT
* * * * * *
286484 ATAGGACACGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAAT
323 ATAGAACACATTCAAATAATTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACAAT
*
286549 TGTTTTGTCATAAATGAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
388 TGTTTTGTCATAAATGAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
286614 ATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAGCGAGTTTA
453 ACTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAGCCAGTTCA
* * * ** * *
286679 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAA
518 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTATGTCAAAAA
* * *** * * *
286744 ACAATTGTTTCTATTCAAAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAA
583 AAAATTATTTCTATTCAAAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAA
* * * * * *
286809 AATTTATAAGCTAGAGATTTAGAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCGA
648 AATTAATAAGCTAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACGA
* * *
286874 TTTGAACTATCATCTATTTCGAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATACCAATTAT
713 TATGAACTATCATCTATTTCGAATCGTTAGGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATTAT
286939 TCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAGTAATACCAATTAATTACTATTTCA
778 TCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAGTAATACCAATTAATTACTATTTCA
287004 AAAATTAATAAAGATTTATAAATAAATGTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGTATATGAG
843 AAAATTAATAAAGATTTATAAATAAATGTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGTATATGAG
287069 AACAG
908 AACAG
* * * *
287074 TTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAT
1 TTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTT-GTAATAAAACAATTGTTTCAATT-A-ACAT
* * * *
287138 G-CTTATAC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAGGA-AATT
63 GACTT-TACTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAACT
* * * *
287200 AAAAAAATATATATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
127 AAAAAAAT-GA-ATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * *
287265 TT-AAAATTGTTATGACCTTTATTTTTATTGT-AAAACAATTGTTTC-AGTACA-AAAAAGCTTA
190 TTCAAAA-CATTATGA-CTTT-TTCTT-TTGTAAAAACAATTGGTTCTA-TACATAAAAA-CTTA
* * * * * * * **
287326 TCCAAAATAAAATAATATTACTT-ATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGGTTTAAAAAAT
249 TCCAAAATAAAATAATATAAATTAATGAATATTTCAAAAGTTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAAT
* * * *
287390 AAATTAGTTTATTA-AATTA-ATTCAAATAATTATGGTCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATC
313 AAATTAGTTTA-TAGAA-CACATTCAAATAATTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * *
287453 ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATTAAAT-AATTGTTTGTCA-TCATACAAGCCTATTCT-GTATA
376 ATTATGAACAATTGTTTTGTCA-TAAATGAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCCTATT-TGGAATA
* ** **
287515 AAATAATACT-ATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAAT-TTGT
438 AAATAATACTAATTTACTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAAATCTT-T
* * *
287578 TTATTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACC
502 TTA-TCAAGCCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACC
* * * *
287642 TTTTGTTATGTCAAAAAAAAATTATTTTTGTTTATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
566 TTTTGTTATGTCAAAAAAAAATTATTTCTATTCAAAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
287707 TGTAATAATATTCTGAAAATTAATAA-CTAAGATATTTAAAAAATAAATATATTTATTGAACCAG
631 TGTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGCT-AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAG
* * * * *
287771 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAA-TAATTC-TTTATTT-TAATTCGTTAGGACCTTTTGTTTTA
695 TTCAAATAGTCAAGACGATATGAACT-A-TCATCTATTTCGAA-TCGTTAGGACATTTTGTTTTA
287833 TCATAAAA
757 TCATAAAA
287841 CAATTTTTTT
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 110, Indels: 48
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
914 20 0.03
915 367 0.58
916 216 0.34
917 22 0.03
918 4 0.01
919 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (912 bp):
TTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTAACATGAC
TTTACTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAACTAAAA
AAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
ACATTATGACTTTTTCTTTTGTAAAAACAATTGGTTCTATACATAAAAACTTATCCAAAATAAAA
TAATATAAATTAATGAATATTTCAAAAGTTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATTAGTTTATA
GAACACATTCAAATAATTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACAATTGT
TTTGTCATAAATGAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTACT
AAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATGTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAGCCAGTTCAAAT
AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTATGTCAAAAAAAA
ATTATTTCTATTCAAAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAAT
TAATAAGCTAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCAAGACGATAT
GAACTATCATCTATTTCGAATCGTTAGGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCAATTATTCA
AAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAGTAATACCAATTAATTACTATTTCAAAA
ATTAATAAAGATTTATAAATAAATGTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGTATATGAGAAC
AG
Found at i:288899 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 288741--289010 Score: 384
Period size: 147 Copynumber: 1.8 Consensus size: 147
288731 GTCATAAACC
* * *
288741 AATTGTTTCTATTTATACAA-TCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTC-AAAA
1 AATTATTTCTATTTATACAAGT-ATATTGGAAAT-AAA-AATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* *
288804 ATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTG
63 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACT-AAACAAGTTCAAACAGTTATGACTG
288868 TTTGAACAATTGTTTATTAAA
127 TTTGAACAATTGTTTATTAAA
* *
288889 AATTATTTCTATTTATACAAGTTTATTGGGAATAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
1 AATTATTTCTATTTATACAAGTATATTGGAAATAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * * *
288954 AATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAACAAGTTCACATAGTTATG
66 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAACAAGTTCAAACAGTTATG
289011 TCCATTTGAA
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 11, Indels: 7
0.86 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
146 20 0.19
147 59 0.55
148 28 0.26
149 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (147 bp):
AATTATTTCTATTTATACAAGTATATTGGAAATAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTGTTTG
AACAATTGTTTATTAAA
Found at i:289179 original size:325 final size:325
Alignment explanation
Indices: 288563--289209 Score: 710
Period size: 325 Copynumber: 2.0 Consensus size: 325
288553 GTCATAAAAC
* ** *
288563 AATTTTTTCTATTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACATATTTGTTAATATTCCAAAA
1 AATTATTTCTATTTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACATATTTATTAATATTCCAAAA
** * *
288628 ATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAGTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
66 ATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAGTTTACTAAACACATTCAAATAGTTATGACCATTTGA
* * * *
288693 TCAATAATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATA
131 TCAATAATCTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTATTTATA
* *
288758 CAATCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTT
196 CAATAATATTTGAAATAAAATAATACTAGTCTATTAATATTCAAAAATT-ATAAGTAAAAGATTT
* * * *
288823 AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTGTTTGAACAATTGTTTATTAA
260 AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTAA
288888 A
325 A
* * *
288889 AATTATTTCTATTT-ATACAAGTTTATTGGGAAT-AAA-AATAC-TAATTTATTAATATTCTAAA
1 AATTATTTCTATTTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACAT-ATTTATTAATATTCCAAA
* * * *
288950 AATTAATAGGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAACA-AGTTCACATAGTTATGTC
65 AATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAAT-AA---GTTTACTAAACACA-TTCAAATAGTTATGAC
* *
289013 CATTTGAAT-AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTGTCAAAAAACAATTATTT
124 CATTTG-ATCAATAATCTATTTAAAATAATTATGACCTTTTG-TTTTGTCAAAAAACAATTATTT
* * * * *
289077 TTGTTTGTGCAA-AATTATTT-AGAATAAAATAATACT-GATCTATTAATATTTTAAAAA-T-TA
187 CTATTTATACAATAA-TATTTGA-AATAAAATAATACTAG-TCTATTAATA-TTCAAAAATTATA
** * * * * *
289137 A-TAGGAGATTTAAAAACTAAGTTTGTTTATGGAAA-TAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAAA
248 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-CAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAAA
289200 AATTATTTAT
312 AATTATTTAT
289210 CTTAAATCAT
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 39, Indels: 29
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
322 1 0.00
323 43 0.16
324 7 0.03
325 72 0.27
326 20 0.07
327 60 0.22
328 58 0.22
329 7 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (325 bp):
AATTATTTCTATTTCATACAAGCTTATTGGAAATAAAATAATACATATTTATTAATATTCCAAAA
ATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAGTTTACTAAACACATTCAAATAGTTATGACCATTTGA
TCAATAATCTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTATTTATA
CAATAATATTTGAAATAAAATAATACTAGTCTATTAATATTCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTA
AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATTAAA
Found at i:290308 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 288925--291361 Score: 1404
Period size: 179 Copynumber: 13.7 Consensus size: 178
288915 TGGGAATAAA
* *
288925 AATACTAATTTATTA-ATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTA-
1 AATACTAATTTATTATAT-TTC-AAAAATTAA-A-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * * * * * * *
288988 CTAAACAAGTTCACATAGTTATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
62 CAAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * ** * ** *
289053 GTTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGTTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAAT
126 G-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * * ** ***
289107 AATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATT--AATAGGAGATTTAAAAACTAAGTTTGTTTATGGA
1 AATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA
* * * * * * * * * * *
289170 AATAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATCTT-AAATCATTATGATC-ATTATT
65 AACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * *
289233 TTGTCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAAT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * **
289283 AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT--AATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAA
1 AATACTAATTT-ATTATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA
* * * * * * ** * *
289346 ACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTT
65 AACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * *
289411 TGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
130 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * ** * * *
289460 AATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGA-CTAAACTAA-AAAT-TGTTTA-
1 AATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAA--AATAAGAGATTTAAA-AAATAAATCAGTTTAC
** * * * * *
289521 CTGAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTAAACAATTATCT-TTGT-AAAGTTATTATGATCT
62 CAAAACAA-TTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAA-TCATTATAACCT
* * * * * * * *
289583 TTTATTTTATCATAAAACATTTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATATGAAATAAAAT
123 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * * * * **
289639 AATACTACTTTACTAAAATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAACTAAAGT-TGTTTTT
1 AATACTAATTTA-TTATATTTCAAAAATTAA-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTAC
* * * * * * * * * * *
289703 CGAACCAGTTCACATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAAT-AGTTATGATCCTTA
62 CAAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACCTTT
* * * *
289767 T-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAG-TTTTTTTAGATAAAAAT
125 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAAT
* * * * * ** *
289819 AATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATT--TATAAGAGATTTAAAAAATATAT--GTTTGTCGA
1 AATACTAATTT-ATTATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA
** * * * * * * * * * *
289880 GCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTT
65 AACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
** * * * * * * ***
289945 ACTCATATAATAATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCGGAATAAAAT
130 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * *
289994 AATACTAATTTATTACGATTTGAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTA-
1 AATACTAATTTATTA-TATTTCAAAAATTAA-AA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTAC
** * * *
290058 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
62 CAAAACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * **
290123 GTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * *
290176 AATACTACTTTATTA-ATTTCAAAAGTTAACAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTACCA
1 AATACTAATTTATTATATTTCAAAAATTAA-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCA
* * ** * * *
290240 AAACAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTT
64 AAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* **** **
290305 TTGTCATACAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAAT
* * ***
290356 AATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATT--AATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATTG
1 AATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACCA
* * * * * **
290418 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTT
64 AAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
290483 CTATCATAAAATAATTATTTTTGTTTATGCAGGCTTATTTAGAATAAAAT
129 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * ** **
290533 AATACTAATTTAGTA-ATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAGTAAATTTGTTTGT
1 AATACTAATTTATTATAT-TTC-AAAAATTAA-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
** * * * * ** *
290596 CAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTGTATGACCTTTT
62 CAAAACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATAACCTTTT
* * * * * * *
290661 GCTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCTTATCTAAAAAAATAAT
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAA-AAT
* * ** * * *
290715 AATATTACTTTATTAATATTTTGAAAGTT--AATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAA
1 AATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAA
* * * * * *
290778 AATAAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTACT-ACTTTTTGT
65 AACAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGT
**
290842 TTTGTTTTAAAACAATTGCTTTTCAAG---ATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
128 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTT--AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * *
290893 AAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATT---ATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTA-TTTACC-
1 AATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCA
* * **
290953 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGT
64 AAAC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * * * * * * *
291017 TCTATCATAAAACAATTTTTTTTGGTCATACAGGCTTTTTTAGAATAAAAT
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* *
291068 AATACTAATTTAGTAGTA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTA-CTT
1 AATACTAATTTATTA-TATTTC-AAAAATTAA-AA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATC-AGTTT
* * * * * * * * * * ** *
291131 GCC-GAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
60 ACCAAAAC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * *
291195 TTGTTTTGTCTTAAAATAATTATTTTAGCTT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
124 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * * *
291250 AAAACTAATTTATTCACATTTCAAACATT----T-A-TGATTTAGAAAATAATTCTA-TATACC-
1 AATACTAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACCA
* * * * *
291307 GAACTAGTTCAAATGATTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTAT
64 AAAC-AATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
291362 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 1750, Mismatches: 420, Indels: 179
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 66 0.04
174 64 0.04
175 113 0.06
176 202 0.12
177 124 0.07
178 217 0.12
179 305 0.17
180 231 0.13
181 183 0.10
182 229 0.13
183 11 0.01
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATACTAATTTATTATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAA
ACAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
Found at i:290359 original size:537 final size:534
Alignment explanation
Indices: 288889--291274 Score: 2143
Period size: 537 Copynumber: 4.5 Consensus size: 534
288879 GTTTATTAAA
* ** *
288889 AATTATTTCTA-TTTATACAAGTTTATTGGGAAT-AAA-AATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
1 AATTATTT-TAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAGATT-TAAAA
* * * * * * *
288951 ATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAACAAGTTCACATAGTTATGTCCAT
64 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
289016 TTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGT
129 TTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT
** * * * * *
289081 TTGTGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTGA-TCTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGA
193 TCAT--AAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * ** *** * * * * * * * *
289143 GATTTAAAAACTAAGTTTGTTTATGGAAATAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTT
255 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAACAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCT
** * * * *
289208 ATCTT-AAATCATTATGA-TCATTATTTTGTCATAAAAAAATTG--TTTCATTTCATACAAGTTT
320 AT-TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTT
* *
289269 A-TTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
382 ATTTTAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
289333 ATGTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTGAAATTGTTT
447 ATGTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * *
289398 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
511 TAACCTTTTGTTCTATCATAAAAT
* * * *
289422 AATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAA
1 AATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAGATTT-AAAAA
* * * *
289487 TTAATGAGCAAGAGA-CTAAACTAA-AAAT-TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTA
65 TTAATAAGCAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTA
* * * * * * * *
289548 TTTAAACAATTATCT-TTGTAAAGTTATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAACATTTGTTTCAG
128 TTTGAACAATTATCTATT-TAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* * * * * *
289612 TTCATAAAAACTTATATGAAATAAAATAATACTACTTTACTAAAATTTAAAAAATTAATAAGCAA
192 TTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AA
* * * ** * * * * * * *
289677 GAGATTTGAAAACTAAAGT-TGTTTTTCGAACCAGTTCACATAGTTATGACTATTTAAACAAATA
253 GAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTACCAAAACAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTA
* * * * *
289741 TCAATCTCAAAT-AGTTATGATCCTTAT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCT-AATCATACAAG
317 TCTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA-CATACAAG
* * * *
289802 -TTTTTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAA
379 CTTATTTTAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
289866 TATATGT-TTGT-CGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATTTATTTCAAATCG
444 TAAATGTATT-TACAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * *
289929 TTTTGACCTTTTGTT-TACTCATATAAT
508 TTATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAAT
** * * * *
289956 AATTGCTTCAGTTTATACAAGCTTAATCGGAATAAAATAATACTAATTTATTACGATTTGAAAAA
1 AATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAGATTT-AAAAA
* *
290021 TTAATAAGCATGAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
65 TTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
290086 TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTT
129 TTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTT
* *
290151 CATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATT-A-ATTTCAAAAGTTAACAAGTAAGA
194 CATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGA
* * * * * *
290214 AATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAACAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCT
255 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAACAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCT
* *
290279 ATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATT
320 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATT
** * ** * *
290344 CGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATA
385 TTAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATG
* ** * *
290409 TGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTTAAATTGTTATA
450 TATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
290473 ACCTTTTGTTCTATCATAAAAT
513 ACCTTTTGTTCTATCATAAAAT
* * * * * * *
290495 AATTATTTTTGTTTATGCAGGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAAA
1 AATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAGATT-TAAAAA
* * * * * *
290560 TTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAGTAAATTTGTTT-GTCAA-ATTAGTTCAAATAATTAAGACT
65 TTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
290621 ATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTGTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
127 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTA
* * * * ** * *
290686 GCTCATATAAGCTTATCTAAAAAAATAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGG
191 GTTCATAAAAGCTTATCTAAAATAA-AATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * *
290751 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAAAATAAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTATC
255 GATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAAACAA-TTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATC
** * *
290816 TATTTCAAATCATTACT-ACTTTTTGTTTTGTTTTAAAACAATTGCTTTTCAAGATACAAGCTTA
319 TATTTCAAATCATTA-TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTA
* * * * * *
290880 TTTAAAAT-AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATT-ATAAGAGATTTAAAAATTAAA
383 TTTTAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
290943 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
448 TGTATTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
*
291008 AACC-TTTGTTCTATCATAAAAC
512 AACCTTTTGTTCTATCATAAAAT
* * * * * * * *
291030 AATTTTTTTTGGTCATACAGGCTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGT-AGTATTCTAAAA
1 AATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAG-ATT-TAAAA
** * * * * *
291094 ATTAATAA-CTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTACTTGCCGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACT
64 ATTAATAAGC-AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
291158 ATATAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTATTTTAG
127 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG
* * * * *
291223 CTT-ATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTCACATTTCAAA
192 -TTCATAAAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA
291275 CATTTATGAT
Statistics
Matches: 1539, Mismatches: 250, Indels: 126
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
530 4 0.00
531 1 0.00
532 65 0.04
533 80 0.05
534 156 0.10
535 233 0.15
536 321 0.21
537 359 0.23
538 159 0.10
539 146 0.09
540 5 0.00
541 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
AATTATTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAGATTTAAAAAT
TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCA
TAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
AAAAATAAATCAGTTTACCAAAACAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTCA
AATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAT
AAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTA
CAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
TTCTATCATAAAAT
Found at i:290441 original size:357 final size:352
Alignment explanation
Indices: 288903--291355 Score: 1569
Period size: 357 Copynumber: 6.9 Consensus size: 352
288893 ATTTCTATTT
* * * *
288903 ATACAAGTTTATTGGGAAT-AAA-AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAG
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-A--TAAGAG
** * * * * * *
288966 ATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTAAACAAGTTCACATAGTTATGTCCATTTGAATAATTATCTA
62 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTA
* * * * * **
289031 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGTTTGTGCAAAATTATT
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG-TTATACAAGCTTATT
* * * * * * * * * *
289096 TAGAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTAAAAATT--AATAGGAGATTTAAAAACTAAGT
190 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACA-TTTCAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * *** * * * * * * **
289159 TTGTTTATGGAAATAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAAAAATTATTTATCTT-AAATCATTAT
254 CTATTTACCAAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTAT
* * * * *
289223 GA-TCATTATTTTGTCATAAAA-AAATTGTTTCATTTC
318 AACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA--TC
* * * * **
289259 ATACAAGTTTATT-TAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATT
1 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATT
* ** * *
289323 TAAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATTTAT
65 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTAT
* ** * *
289386 TTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA
128 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTT-ATACAAGCTTATTCA
* * * ** * *
289451 AAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGA-CTAAACTAA-AAA
192 AAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTT-CAAAATTAA--AATAAGAGATTTAAA-AAATAAA
* ** * * *
289514 T-TGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTAAACAATTATCT-TTGT-AAAGTTA
253 TCTATTTACCAAAAC-AGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAA-TTG
* * * *
289574 TTATGATCTTTTATTTTATCATAAAAC-ATTTGTTTCAGTTC
314 TTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA--TC
* * * * * *
289615 ATAAAAACTTATAT-GAAATAAAATAATACTACTTTACTAAAATTTAAAAAATTAATAAGCAAGA
1 ATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGA
* * * * * *
289679 GATTTGAAAACTAAAGT-TGTTT-TTCGAACCAGTTCACATAGTTATGACTATTTAAACAAATAT
61 GATTTAAAAAATAAA-TATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
* * * * * *
289742 CAATCTCAAAT-AGTTATGATCCTTAT-TTTT-TCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAG-T
124 CTATTTCAAATCA-TTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTATACAAGCT
* ** * * * * * * *
289803 TTTTTTAGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATT--TATAAGAGATTTAAAAAA
186 TATTCAAAAT-AAAATAAAACTAATTTATTAACATTTC-AAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * ** * * * * * * *
289866 TATATGT-TTGT--CGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATTTATTTCAAATC
249 TAAATCTATT-TACCAAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * ** * * ** *
289928 GTTTTGACCTTTTGTTTACTCATATAATAA-TTGCTTCAGTTT
313 GTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA--TC
* * ** *
289970 ATACAAGCTTAATCGGAATAAAATAATACTAATTTATTACGATTTGAAAAATTAATAAGCATGAG
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--A-GAG
* * *
290035 ATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
62 ATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT
* * * * *
290100 ATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATC
126 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTT-ATACAAGCTTATT
* * *
290165 CAAAATAAAATAATACTACTTTATT-A-ATTTCAAAAGTTAACAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
190 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAAA-TTAA-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * **
290228 ATCAATTTACCAAAACAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCATTA
252 ATCTATTTACCAAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * *
290293 TTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTCAAC
317 TAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCATC
*
290331 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGAGATT
1 ATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATT
* *
290396 TAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
* ** * * * * * * * * *
290461 TAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTTATGCAGGCTTATTTAGA
130 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG-TTATACAAGCTTATTCAAA
* * * * *
290526 ATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAGTAAATT
194 ATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTC--AAAATTAA-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** ** * * *
290589 TGTTTGTCAAATTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTGTATG
255 TATTTACCAAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT-TAT-
* * *
290654 ACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCAGCTC
318 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA--TC
* * * * * *
290690 ATATAAGCTTA-TCTAAA-AAAATAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGGGA
1 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA--A-TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGA
* * * * * *
290753 TTTAAAAAATAAATCA-GTTTACTAAAATAAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTATC
63 TTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACT-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATC
* ** *
290816 TATTTCAAATCATTACT-ACTTTTTGTTTTGTTTTAAAACAATTGCTTTTCAAG--ATACAAGCT
125 TATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTT--AGTTATACAAGCT
* * *
290878 TATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATT---ATAAGAGATTTAAAAATT
186 TATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAA-AATTAAAATAAGAGATTTAAAAAAT
*
290940 AAATCTATTTACC-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
250 AAATCTATTTACCAAAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG
* * * **
291004 TTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTTTGGTC
314 TTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTTTTTCATC
* ** * * *
291044 ATACAGGCTT-TTTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGA
1 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGA
* ** * * * * * * * *
291108 GATTTTAAAAAATAAATCTACTTGCCGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAATAATTATT
61 GA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
** * *
291173 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAATAATTATTTTAGCTTATACAAGCTTAT
125 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG-TTATACAAGCTTAT
* * * *
291238 TCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTCACATTTCAAACATT----T-A-TGATTTAGAAAATAAT
189 TCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAA-ATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
291297 TCTATATACC-GAACTAGTTCAAATGATTATAACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
253 TCTATTTACCAAAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
291356 CATTATTACT
Statistics
Matches: 1650, Mismatches: 342, Indels: 212
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
352 6 0.00
353 78 0.05
354 189 0.11
355 188 0.11
356 278 0.17
357 300 0.18
358 130 0.08
359 170 0.10
360 178 0.11
361 93 0.06
362 34 0.02
363 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (352 bp):
ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTT
AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTATACAAGCTTATTCAAAAT
AAAATAAAACTAATTTATTAACATTTCAAAATTAAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCAAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTG
TTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCATC
Found at i:290879 original size:717 final size:700
Alignment explanation
Indices: 288925--291261 Score: 1713
Period size: 717 Copynumber: 3.3 Consensus size: 700
288915 TGGGAATAAA
* * * *
288925 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACT
1 AATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTT-TT
* * * * * * * * ** *
288990 AAACAAGTTCACATAGTTATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
60 GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-
* * * * * ** * * *
289055 TTTTGTCAAAAAACAATTATTTTTGTTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATCTAT
124 -TTT-TCATAAAATAATTATTTTTGATTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAA
** * * * * * * * * *
289120 TAATATTTTAAAAATTAATAGGAGATTTAAAAACTAAGTTTGTTTATGGAAA-TAGTTCAAACAG
187 TAATATTCAAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAAT-A-TATGTTTGT-CAAACCAGTTCAAATAA
* * * * * * * *
289184 TTATGACTATTTA-AAAAATTATTTATCTT-AAATCATTATGATCATTAT-TTT-GTCATAAAAA
249 TTAAGACTA-CTAGAACAATTATTTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTACTCATAAAAC
** ** * * ** ** * * * **
289245 AATTGTTTCATTTCATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA
311 AATTACTTCAGCTCATACAAGCTTAATCGGAAAAAAATAATAATAATTTATTAAGATTTGAAAAA
** * * *
289310 TTAAT-A-AGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATT
376 TTAATAAGAGAGATTTGAAAAAATAAATCAGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACCATT
* * * * ** * * *
289371 AGAACAATTATTTATTTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTC
440 TGAACAACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-T-
* * * * * * * *
289436 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAG
503 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATT-ATAAG-AA-A-
** * ** ** * * * * *
289501 ACTAAACTAA-AAAT-TGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGATT-TAACTATTTAAACAATTATC
564 TTTAAA-AAATAAATCAATTTACCAAACTAA-TTCAAATA-ATTATGACCATTTGAACAACTACC
* * * * * * * * *
289562 T-TTGT-AAAGTTATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAAC-ATT-TGTTTCAGTTCATAAAAAC
626 TATT-TCAAA-TCATTAT-AACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGC
289623 TTATAT-GAAATAAAAT
686 TT-T-TCGAAATAAAAT
* * * * *
289639 AATACTACTTTACTAAAATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAACTAAAGTTGTTTTTC
1 AATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTTT-
* * * * * *
289704 GAACCAGTTCACATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGATCCTTATT
60 GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTT-TT
* * * * * * * *
289769 -TTTTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGTTTTTTTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAA
123 GTTTTCATAAAATAATTATTTTTGATTATACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTAA
* * * *
289832 TAATATTCCAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATATATGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTA
187 TAATATTCAAAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTA
* * * * *
289897 AGACTACTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTACTCATATAATAATTGC
252 AGACTACTAGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTACTCATAAAACAATTAC
* * * * *
289962 TTCAGTTTATACAAGCTTAATCGGAATAAAATAATACTAATTTATTACGATTTGAAAAATTAATA
317 TTCAGCTCATACAAGCTTAATCGGAAAAAAATAATAATAATTTATTAAGATTTGAAAAATTAATA
* * * *
290027 AGCATGAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
382 AG-A-GAGATTTGAAAAAATAAATCAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAAC
* *
290092 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAA
445 AACTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-T-ATAAA
* *
290157 AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATT-A-ATTTCAA-AAGTTAACAAGTAAGAAATTT
508 AGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TT----A-TAAGAAATTT
* *
290219 AAAAAATAAATCAATTTACCAAAAC-AATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTT
567 AAAAAATAAATCAATTTACC-AAACTAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAACTACCTATTT
* * * * *
290283 CAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAA
631 CAAATCATTATAAC-CTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTT-TTCGAA
290348 ATAAAAAT
694 AT-AAAAT
* *
290356 AATACTAATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAAC
1 AATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTT-TTGAAC
*
290421 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
64 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-T-
* * * *
290486 TCATAAAATAATTATTTTTGTTTATGCAGGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA
127 TCATAAAATAATTATTTTTGATTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
* **
290551 TTCAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAGTAA-ATTTGTTTGTCAAATTAGTTCAAATAATT
192 TTCAAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAAAA--AATATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATT
* *
290615 AAGACTA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTGTATGACCTTTTGCTTT-GTCATAAAACAA
251 AAGACTACTA-GAACAATTATTTATTTCAAATCGT-TATGACCTTTTG-TTTACTCATAAAACAA
* * * *
290678 TTATTTCAGCTCATATAAGCTT-ATC-TAAAAAAATAATAATATTACTTTATTAATATTTTG-AA
313 TTACTTCAGCTCATACAAGCTTAATCGGAAAAAAATAATAATA--A-TTTATTAAGA-TTTGAAA
* * *
290740 AGTTAATAAG-G-GATTT-AAAAAATAAATCAGTTTACTAAAATAAGTTCAAATAAG-TATGGCC
374 AATTAATAAGAGAGATTTGAAAAAATAAATCAGTTTACT-AAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACC
* * **
290801 ATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTACT-ACTTTTTGTTTTGTTTTAAAACAATTGCTTTT
437 ATTTGAACAACTATCTATTTAAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT
* ** *
290865 CAAG-ATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTATAAGAG
500 --AGTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTATAAGAA
* * * * * * *
290929 ATTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
563 ATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACTAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAACTACCTA
** * *** * **
290994 TTTCAAATTGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTTTTTTTGGTCATACAGGCTTTTTTA
628 TTTCAAATCATTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTTTCGA
291059 GAATAAAAT
693 -AATAAAAT
* * * * **
291068 AATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTACTTGC
1 AATACTAATTTACTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-T-GTTTT
* * * * * * * *
291133 CGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
59 TGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * * * *
291198 TTTTGTCTTAAAATAATTATTTTAGCTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTA
124 -TTT-TCATAAAATAATTATTTTTGATTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
291262 TTCACATTTC
Statistics
Matches: 1316, Mismatches: 234, Indels: 143
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
709 9 0.01
710 51 0.04
711 69 0.05
712 113 0.09
713 121 0.09
714 231 0.18
715 35 0.03
716 223 0.17
717 279 0.21
718 51 0.04
719 64 0.05
720 44 0.03
721 22 0.02
722 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (700 bp):
AATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTTTGAACCA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTCAT
AAAATAATTATTTTTGATTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCA
AAAAATTTATAAGAGATTTAAAAAATATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTACTA
GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTACTCATAAAACAATTACTTCAGCTCA
TACAAGCTTAATCGGAAAAAAATAATAATAATTTATTAAGATTTGAAAAATTAATAAGAGAGATT
TGAAAAAATAAATCAGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAACTATCTATT
TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTATAAAAGCTTATCCAAAA
TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTATAAGAAATTTAAAAAATAAATCAATTTAC
CAAACTAATTCAAATAATTATGACCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTGT
TCTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTTTCGAAATAAAAT
Found at i:291770 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 291362--293840 Score: 1856
Period size: 181 Copynumber: 13.7 Consensus size: 179
291352 AAATCATTAT
* *
291362 TACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCA
** * * * * *
291426 AACCA-TTCCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTAT
63 AATAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * ** *
291490 TCTGTCATCACACAATTGGTTGC-GTTGATACTATTTTATTCGGAATAAAATAA
127 TTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* ** * ** * * *
291543 TACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATAGCCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTA-CCAA
* * * * **
291608 ATAAGTTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
64 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
291673 TCTCATTAAATAATTGTTT-TGCTCGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
129 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
291723 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAA
* * * * *
291788 ATTAGTTCAAATGGTTAAGA-TGATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTT
64 ATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
291852 TAGTCATAAGATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TACAATAAATTAA
128 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * * *
291904 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATTAAATCTATTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTA-TTACCA
* * * * * * * * ** *
291969 AACAAGTTTAAATAGTTATTACAATTTTAACAATTATCTGTTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGA
63 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGT
* * * * ** *
292033 CTTGTTATAAAACAACTATTTCAATTAATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAA
127 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
* * * * * * *
292086 TACAAATTTATTAATATT-ATGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCA
* * * * * ** *
292150 AATAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTT
63 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
292215 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTG-GATAAAAATAA
128 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAA
** ** * * * *
292267 TTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCAA
* * * * * *
292331 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTT
64 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** * *
292395 TTTAAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAA
129 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * ** * **
292445 TACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATATGT-TTACTG
1 TACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAA-ATCTATTACCA
* * * * * * *
292509 AATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTACCTATTTCAAAACATTATGACCTTATGTT
63 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** *
292574 TTATCTTAAAACAATTGGTTCTGTTAATGTAAGCTTATTTCGAAAAAAAATAA
128 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
*
292627 TA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCT
1 TACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTAC-
* * * * * ** *
292689 TAACTTA-TTCAAAAATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTG
61 CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
292753 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGTAATAAAACAA
126 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * *
292807 TACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAA
* * * * * * * *
292872 AT--GTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTT
64 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTT
* * * * *
292935 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAACAA
128 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * ** * * * * *
292987 CACTAAATTATTAATA-TAATAAAATTAATGAGTTGGAAATGTAAAAAATTAATCTGTTTACTAA
1 TACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAA
* * * * * * * *
293051 ACAAGTTCAAATAATCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCTTTATGACATTTTGTT
64 ATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * **
293115 TTGTCTTAAAACAATTATTTTTATTCATACAAAATTATTC-ATAATAAAATAA
128 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
*
293167 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAG
1 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT-ACCA-
* * * *
293228 ACT-AGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGT
63 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
293290 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC-AAAGTAAAATAT
127 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAA
** * * * * * * * *
293343 TACTAAACTAATAATATT-ATAAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTGCCGA
1 TACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTACCAA
** * * * * *
293407 ACCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTT
64 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
293472 AGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTGTTCAAAATAAAATAA
129 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * *
293523 TATTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATATTTACCA
1 TACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTA-TTACCA
* * * *
293588 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
63 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
293653 TTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
128 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * * * ** * ***
293705 TATTACTTTACTAATGTTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGA
1 TACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTACCAA
* * * * * * * * ** *
293770 ATCACTTTAAATAATTGTGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTT
64 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
293835 TGTCAT
129 TGTCAT
293841 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 1812, Mismatches: 411, Indels: 150
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 8 0.00
176 63 0.03
177 62 0.03
178 72 0.04
179 220 0.12
180 473 0.26
181 570 0.31
182 335 0.18
183 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTACCAAAT
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
Found at i:292880 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 291362--293840 Score: 1840
Period size: 361 Copynumber: 6.9 Consensus size: 360
291352 AAATCATTAT
* * * *
291362 TACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * *
291425 AAACCA-TTCCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTA
64 GAA-TAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * * ** * * *
291489 TTCTGTCATCACACAATTGGTTGC-GTTGATACTATTTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTT
127 TTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAAATTT
* ** * ** * * * ** ** *
291552 AATAATATTTTGAAACTTAATAA-CCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATAGCCAAATAAGTTC
191 ATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTC
* * * * * * * *
291616 AAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTCTCATTA
254 AAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
291681 AATAATTGTTTT-GCTCGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
319 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAA
* * * * * *
291723 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * *
291788 ATTAGTTCAAATGGTTAAGA-TGATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-T
66 A-TAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
291851 TTAGTCATAAGATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT-ACAATAAATTAATACT-AATTT
129 TTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATACTAAATTT
* *
291913 ATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATTAAATCTATTTATC-GAACAAGT
191 ATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAA-TAAATCTATTT-TCTGAACAAGT
* * * * * * * * ** *
291976 TTAAATAGTTATTACAATTTTAACAATTATCTGTTT-AGAAGCT-TTAAAACCTTTTGACTTGTT
252 TCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AA-TTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
292039 ATAAAACAACTATTTCAATTAATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
315 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAA
* * * *
292086 TACAAATTTATTAATATTAT-GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * ** *
292150 AATAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTT
65 AAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
292215 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGATAAAAATAAT-TTTAATTTATT
129 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAAATTTATT
** * * * * * *
292279 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAAT
194 AATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAAA
* * ** * * * *
292343 AGTCATGACTATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTCTTTTTTAAT-AAACA
258 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** *
292406 ATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAA
323 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAA
* * * * ** *
292445 TACTAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATGAGTAAGAA-AATTGAAAAAGGAATATGTTTACTG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * * *
292509 AATAAGTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTACCTATTTCAAAACATTATGACCTTATGTT
65 AAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * **
292574 TTATCTTAAAACAATTGGTTCTGTTAATGTAAGCTTATTTCGAAAAAAAATAATA-TAAATTTAT
129 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAAAAAAATAATACTAAATTTAT
* *
292638 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTTA-TTCAA
193 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAAC-AAGTTCAA
* * *
292701 AAATTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAC
256 AAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* *
292766 CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGTAATAAAACAA
321 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAA
* * * * * *
292807 TACTAATTTATTAAAATTCCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
* * * * * * * *
292872 AT-GTTTAAATAGTTATAACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTATTTT
66 ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTT
* * * * * *
292936 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAACAACACTAAA-TTATTA
130 TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAAATTTATTA
* * * * * * * *
293000 ATA-TAATAAAATTAATGAGTTGGAA-ATGTAAAAAATTAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
195 ATATTCA-AAAATTAATAAGTT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAA-
* * * * * * *
293063 AA-TCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACATTTTGTTTTGTCTTAAA
257 AAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** *
293125 ACAATTATTTTTA-TTCATACAAAATTATTCATAATAAAATAA
320 ACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* * * * *
293167 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTGACCAG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-G
* * * *
293228 ACTAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTGTT
65 AATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
293291 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATTACTAAA-CTAA
129 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAAATAATACTAAATTTAT
* * * * * * *
293354 TAATATT-ATAAAATTAATAAG-CAATAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTGCCGAACCAGTTCAA
193 TAATATTCA-AAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAA
* * * * ** * *
293417 ATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
256 AAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
293482 TAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTGTTCAAAATAAAATAA
321 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAA
* * * * *
293523 TATTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAATAAATATATTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * *
293586 CAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG
63 CGAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** * *
293651 TTTTATAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATA-TTACTT
127 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATACTAAATT
* * * * * ** * *
293713 TACTAATGTTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTAT-TGAATC-ACT
190 TATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAA-CAAGT
* * * * *
293776 TTAAATAA-TTGTGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTC
252 TCAAA-AAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTC
293839 AT
315 AT
293841 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 1676, Mismatches: 363, Indels: 156
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 13 0.01
356 215 0.13
357 10 0.01
358 50 0.03
359 184 0.11
360 328 0.20
361 357 0.21
362 221 0.13
363 275 0.16
364 22 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAAATTTATTAA
TATTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAAAAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAA
Found at i:294166 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 294138--294181 Score: 88
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
294128 TCAATCCACT
294138 AATTGAAGAAAATTTCTTACAA
1 AATTGAAGAAAATTTCTTACAA
294160 AATTGAAGAAAATTTCTTACAA
1 AATTGAAGAAAATTTCTTACAA
294182 GATACAAACC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 22 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.09, G:0.09, T:0.32
Consensus pattern (22 bp):
AATTGAAGAAAATTTCTTACAA
Found at i:295581 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 295550--295581 Score: 57
Period size: 15 Copynumber: 2.2 Consensus size: 15
295540 AACAGTCATA
295550 AAACAATTGTTATTG
1 AAACAATTGTTATTG
295565 AAACAATTGTT-TTG
1 AAACAATTGTTATTG
295579 AAA
1 AAA
295582 ATTAATAAGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 6 0.35
15 11 0.65
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (15 bp):
AAACAATTGTTATTG
Found at i:296158 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 295840--296570 Score: 742
Period size: 181 Copynumber: 4.1 Consensus size: 179
295830 TAAAAACACA
* * *
295840 TTCAAATAGTTATTACTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** *
295905 T-AAACTAATTGTTTCTATCCATACATACG-TATTCAAAATAAGATAATACTGGTTTATTCATAT
66 TAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACA-A-GTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
295968 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACTAAGCAAT
128 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAA-CAAG
* * * *
296021 TTCAAATAGTTATGATTGGTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
*
296086 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * **
296151 TAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
130 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAACAAG
* * * * * * * **
296202 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTCATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
296267 TAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTTATCTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
** * * * *
296332 TGAAAATTAATAAG----ATATTTTAAAACTAAATCTGTTTTTCGAA-ATAG
130 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACGAACA-AG
* * * * * * ** *
296379 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTAATTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
296443 TAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAACCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
296508 CAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAAGC-AG
130 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAA-CAAG
*
296559 TTTAAATAGTTA
1 TTCAAATAGTTA
296571 AGAATATTTT
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 79, Indels: 31
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 70 0.15
177 67 0.15
178 3 0.01
179 5 0.01
180 33 0.07
181 267 0.59
182 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAACAAG
Found at i:296777 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 296758--296788 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
296748 TTTTTTGTTA
296758 AAAAATTAAATAAT
1 AAAAATTAAATAAT
*
296772 AAAAATTAACTAAT
1 AAAAATTAAATAAT
296786 AAA
1 AAA
296789 TTAAGAATAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 16 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.03, G:0.00, T:0.26
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATTAAATAAT
Found at i:297782 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 297757--297806 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
297747 CTTTCAATAA
297757 AAAAAAAAAGCCAAACAAAT-
1 AAAAAAAAA-CCAAA-AAATG
297777 AAAAAACAAACCAAAAAATG
1 AAAAAA-AAACCAAAAAATG
297797 AAAAGAAAAA
1 AAAA-AAAAA
297807 TTTTCAAACG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 6
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.15
20 18 0.67
21 5 0.19
ACGTcount: A:0.78, C:0.12, G:0.06, T:0.04
Consensus pattern (19 bp):
AAAAAAAAACCAAAAAATG
Found at i:302278 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 300852--304359 Score: 2096
Period size: 358 Copynumber: 9.7 Consensus size: 355
300842 AAATACAAGT
* * * * * * *
300852 TTGTATTAACTAAAACAA-TGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCAT-GCTGATTTAAAATAGACAA
1 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAA
** * * * * * *
300915 TTGCTCAAATAAT-ACTAATTATTT-AAGCTTGTTCAATAAATAGA--T-TTTTTTAAAAT-ATA
65 TTATTCAAATAGTCA-TAATTATTTGAA-CTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTA
** * * * * * * *
300974 -TTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGCATTAATTTATTTCGAATAAGCTCGTATCAACTG
128 CTTA-TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GA-TA
* * * ** ** * *
301038 AAACTATTATCTTATGACTAAATGAAACATCAAAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGT
189 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * *
301103 CTTAA-TCATATGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTT
252 CATAACT-ATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT
* * * * * ** *
301166 TGAAATAATATTAAATTTGTATTATTTTAATTCCAATAAGC
315 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* ** * * * *
301207 TTATACAAACAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA-AGATTTGAAATTGATA
1 TTGTATGAAC-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * ** * **
301271 ATTGTTCATATAGT-ATTGACTATTTAAACTGGTTCAACAATTAGATTTAGTTTTTAATTTTCTT
64 ATTATTCAAATAGTCA-TAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA-ACTCTT
** ** * * * ** *
301335 GGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTATGAAA
127 ACTTA-TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG--A
* * * * *
301399 AAAAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
187 TAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * *
301464 GTTAAAACTATTTGAAATGGTCTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTT
250 GTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
** * *
301529 CT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAAT
315 -TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * * *
301570 TTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTAATAAC-ATTTGAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
301633 TGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTC-AGTAAATAGAATTT-TTTCTTAAATCTCTTC
66 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAG-ATTTATTTTTTAAA-CTCTTA
* * * * **
301696 CTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTCA-TTTTATTTTA-CTCTGAATAAATTTGTATGAAC
128 CTTAT--AATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-A-
* * * * *
301759 TAAAATAATT-TCTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTATACATATT
187 TAAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AAT
* * * * * ** * * *
301823 A-TCTTAACTGTTTAAACTAGTTCGACAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-GTTATGAATT
249 AGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATT
* * *
301886 TTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAT
313 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
** * * *
301929 TTGTATGAACCGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAGCAATTTGAAATAGATCA
1 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * **
301993 TTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGTACTAGTTCGGTAAATGGATTTATTTTTTAAA-T-TT-CT
65 TTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTACT
* *
302055 TACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAACA
130 TA-TAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAT-AA-A
* * * *
302120 ACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCA
191 ACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGGTCATAACA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
302185 TAATTATTTGATCTAATTTGGTAAACT-GATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAA
254 TAACTATTTGAACTAATTTGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAA
* *
302249 AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
318 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * * * * * *
302287 TTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGTTCGTAACAATTTTAAATAGATTAT
1 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
302352 TGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTAC
66 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA-CTCTTAC
* * * *
302417 TTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGCATGAATAG
129 TTA-TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-ATA-
* * *
302481 AAAC-ATTTTTTTATGATAGAATA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
189 AAACAATTGTTTTATGACA-AA-ACAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
302544 ACATGACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTAACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTT
251 TCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** * * *
302605 GGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGATTAAGC
316 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * ** * *
302645 CTGTATCAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAAT
1 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
302710 TATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAACTCTTACT
66 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAACTCTTACT
* * *** * * * *
302775 TATAAATTTTGGAAATATTAAAAAATTAGCATTATTTTATTTTGGACAAGCTTTTATAAACAAAA
130 TAT-AATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GA-TAAA
* * * * * *
302840 ACAATTCTTTGAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTC
191 ACAATTGTTTTATGA-CAAAAC-AAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * * *
302904 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTT
253 ATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
302969 GAATGTTAATAAATT-TTGATTATTTTATTCTAAATAAGC
317 AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * * * * * *
303008 TTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTA--ACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATA
1 TTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * ** * * * * * ** *
303070 ATTATTCTAATATTTTTGACTGTTTGAACTGGTTCAACGAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
64 ATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTCTTA
* * * ** * ** *
303135 CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTATTTT-TAACCAAATAAACTTCAATTATCA
128 CTTA-TAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAT-A
* * * * * *
303199 TAAACAATTGTTTTATGACAAAACATAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAAT
189 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** ** * * *
303264 CATAACTATTTGATTTGGTTTGATAAATAGATTTATTTCTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTG
252 CATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
303325 AAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
317 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * * * *
303363 TTGTATGATCAAAAACAATAGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAGTAGATAAT
1 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
303428 CATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACT
66 TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTCTTACT
*** * *
303493 TATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGTCTAAGCTTGTATTAACTGA
130 TA-TAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA-TGA-TAA
* * * * * * * * * *
303557 AACAATTGTTTTATGATAGATCAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAGTA
190 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * *
303621 ATAATTATTTGAATTTGTTCGAT-AAT--ATTTAGTTTTTTAAATCTCTTT-CTTCTTAATTTTT
253 ATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT
** * * * * *
303682 TGAATGTTAATAAATTAGTATCAATTTATTCTGAATAACC
316 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * ** *
303722 TTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAAT
1 TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-A-
* * ** * * * * *
303787 TATTTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACT-GATTTGGTAAACAAACTTATTTTTTTAATCTC
64 -A-TTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAACTC
* * * * * *
303851 TTACTAATTCATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTA-ATCTATATAAG-TCTGTATG
125 TTACTTA-T-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATG
* * * * * ** *
303914 AATAAAACAGTTCTTTTACGACAAAACAATAGGTCATAACGACTTGAAATTGATAATCATTCATA
186 -ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * * * * * ** *
303979 TAGTTTTAACTATTCGAA-TAGGTTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGGTTATTAAG
248 TAGTCATAACTATTTGAACTA-ATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * * * * ** *
304043 TTTCAGAATATTATTGAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAAA
312 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
* * * * * * * *
304087 TAGTATGAA-TAGAACAAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA-AGATTTAAAATAGAGA
1 TTGTATGAACTAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATA
* * * ** * *
304150 ATTATTCAAAGAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATCTT
64 ATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTCTT
** * * * * * * *
304214 ACCAATTAGTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACA
127 ACTTA-TAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-TGA-T
* ** * *
304279 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
188 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
304344 TTATAAGTATTTGAAC
251 TCATAACTATTTGAAC
304360 CGGTTTAGTA
Statistics
Matches: 2470, Mismatches: 547, Indels: 264
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 5 0.00
354 10 0.00
355 56 0.02
356 214 0.09
357 198 0.08
358 459 0.19
359 255 0.10
360 144 0.06
361 236 0.10
362 335 0.14
363 416 0.17
364 44 0.02
365 93 0.04
366 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
TTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
TATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTACTT
ATAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTAATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
Found at i:302617 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 301076--304357 Score: 2334
Period size: 539 Copynumber: 6.1 Consensus size: 536
301066 ATCAAAACTA
* * * * * * * *
301076 TTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTCTTAATCATATGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTAATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTT
* * * * **
301141 TTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATAATATTAAATTTGTATTATTTTAATTCCAATAAG
65 TTTAAATCTC-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * *
301206 CTTATACAAACAAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAA-AGATTTGAAATTGAT
129 CTTTTATAAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGAT
* * * ** * ** * * *
301270 AATTGTTCATATAGT-ATTGACTATTTAAACTGGTTCAACAATTAGATTTAGTTTTTAATTTTCT
192 AATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * * * * * * *
301334 TGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTATGAAA
256 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAAT
* * * *
301399 AAAAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
321 AGAAACCAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
301464 GTTAAAACTATTTGAAAT-GGTCTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT
385 GTTATAACTATTTGAACTAGTTC-GATAAACAGATTTACTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAATTT
* * * * ** * *
301528 TCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAATTTATATGAACAAAAATAATTAT
447 T-TGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTC-AAAACAATTGT
*
301592 TTTATGACAAAACAAAAGTAATAACA-
510 TTTATGACAAAACAAAGGTAATAACAT
* * **
301618 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGAATTT-TT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTGGTTTGGTAAATAG-ATTTATT
* * * * * * *
301682 TCTTAAATCTCTTCCTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTCA-TTTTATTTTACTCTGAATA
64 TTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * *
301746 A-ATTTGTATGAACTAAAATAATT-TCTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAT
127 AGCTTT-TATAAACAAAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * **
301808 ATAATTATACATATTA-TCTTAACTGTTTAAACTAGTTCGACAAGTAGATTTATTTTTTAAATCT
190 ATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * *
301872 CTTTGTTATGAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGA
254 CTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGA
** * * * * *
301937 ACCGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAGCAATTTGAAATAGATCATTGTTCA
319 ATAGAAACCAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * * *
302000 AATAGTTATAATTATTTGTACTAGTTCGGTAAATGGATTTATTTTTTAAA-T-TTCTTACTAATT
381 AATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAAACTCTACTTATTAATT
* ** * *
302063 CTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAACAACAATTGT
446 TTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAA-AACAATTGT
*
302128 TTTATGACAAAATGAAAGGTAATAACAT
510 TTTATGACAAAA-CAAAGGTAATAACAT
* * ** *
302156 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGATCTAATTTGGTAAACT-GATTCATT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAT-TGGTTTGGTAAA-TAGATTTATT
* ** *
302220 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
64 TTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
** * * * * *
302285 GCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGTTCGTAACAATTTTAAATAGATT
128 GCTTTTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * *
302350 ATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTT
193 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTT
* * *
302415 ACTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGCATGAATA
257 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATA
* * * *
302480 GAAA-C-ATTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
322 GAAACCAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * * * *
302543 GACATGACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTAACTTTTTAAA-TC-ACTTATTAATTTTTG
385 GTTATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * ***
302606 GAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGATTAAGCCTGTATCAACTAAAACAATTGTTTTA
450 AAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTC-AAAACAATTGTTTTA
* *
302671 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
514 TGACAAAAC-AAAGGTAATAA-CAT
* * * * * *
302696 TTT-AAATAGACAATTATTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAAATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTGGTTTGGTAAATAGATTTA-TT
* * * * * *
302760 TTTTAAA-CTCTTACTTATAAATTTTGGAAATATTAAAAAATTAGCATTATTTTATTTTGGACAA
64 TTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * * *
302824 GCTTTTATAAACAAAAACAATTCTTTGAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAAC
128 GCTTTTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * *
302888 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTCAAATCTTT
192 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCT
* ** * * ** *
302953 TGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT-TTGATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAAG-A
256 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAA
* * * * *
303016 TATGAAA-CAAATATTTTA--ACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT
320 TA-GAAACCAATTGTTTTATGAC--AA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * ** * *
303078 AATATTTTTGACTGTTTGAACTGGTTCAACGAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
381 AATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAA
* * ** **
303143 TTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTATTTT-TAACCAAATAAACTTCAAT-TATCATAAACAA
444 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTGTATGT-TCA-AAACAA
* * ** *
303206 TTGTTTTATGACAAAACATAGATCTTAACAA
506 TTGTTTTATGACAAAACAAAGGTAATAACAT
* * * * *
303237 TTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGATTTGGTTTGATAAATAGATTTATTT
1 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA-TTGGTTTGGTAAATAGATTTATTT
* *
303302 CTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC
65 TTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * *
303363 TTGTATGATCAAAAACAATAGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAGTAGATAAT
130 TTTTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
** * * * * * *
303428 CATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACT
195 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
** *** ** *
303493 TATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTATTAACT-GA
260 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAA-TAGA
* * * * * * *
303557 AA-CAATTGTTTTATGATAGATCAAAAGGT-TTAATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAGT
324 AACCAATTGTTTTATGACA-A-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * *
303620 AATAATTATTTGAATTTGTTCGAT--A-ATATTTAGTTTTTTAAATCTCTTTCTTCTTAATTTTT
387 TATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTA-CTTTTTAAA-CTC-TACTTATTAA-TTTT
* * * * * * ** *
303682 TG-AATGTTAATAAATTAGTATCAATTTA-TTCTGAATAACCTTGTATGAACTAAAACAATTATT
448 TGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGTTC-AAAACAATTGTT
* *
303745 TTATGACTAAACAAAAGGTCA-AA-AT
511 TTATGACAAAAC-AAAGGTAATAACAT
* * * * ** * * * * *
303770 GATTTAAAATAGATAATTATTTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGGTAAACAAAC
1 --TTTGAAATAGAT-A--A-TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-ATTGGTTTGGTAAATAGAT
* * * * * * *
303835 TTATTTTTTTAATCTCTTACTAATTCATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATCT-
59 TTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * * * * *
303899 ATATAAG-TCTGTATGAA-TAAAACAGTTCTTTTACGACAAAACAATAGGTCATAACGACTTGAA
123 A-ATAAGCT-TTTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* ** * ** ** * ** **
303962 ATTGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTCGAA-TAGGTTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAA
186 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTA-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * ** * * * * * * *
304026 TTTTTTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTGAATTAGTATTATTTTA-TCTCAAATAAAATAG
250 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAATTTG
* * * * * * *
304090 TATGAATAG-AACAAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAAAGATTTAAAATAGAGAATTA
314 TATGAATAGAAACCAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA
* * * ** * **
304154 TTCAAAGAGTCATAACTATTTGAAAT-GTTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATCTTACCA
377 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAGATTTACTTTTTAAA-CTC-TACTT
* * * * *
304218 ATTAGTTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATAT-TAACAAA
439 ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGT-TC-AA
* **
304281 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATAATAAC-T
501 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTAATAACAT
* * *
304317 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAGTATTTGA
1 -TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
304358 ACCGGTTTAG
Statistics
Matches: 2170, Mismatches: 475, Indels: 191
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
533 8 0.00
534 77 0.04
535 24 0.01
536 181 0.08
537 143 0.07
538 159 0.07
539 610 0.28
540 295 0.14
541 52 0.02
542 186 0.09
543 253 0.12
544 72 0.03
545 5 0.00
546 93 0.04
547 12 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTT
TTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
TTTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAATTTGTATGAATAGAAA
CCAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATA
ACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAAACTCTACTTATTAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGTTCAAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAGGTAATAACAT
Found at i:304369 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 300974--304370 Score: 2219
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 180
300964 TTAAAATATA
* * * * * * * * **
300974 TTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGCATTAATTTATTTCGAATAAGCTCGTATCAACTGA
1 TTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* * * * ** ** * * *
301039 AACTATTATCTTATGACTAAATGAAACATCAAAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-
* * * * *
301104 T-TAA-TCATATGAAATGGTTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTTC
129 TATAACT-ATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * **
301155 TTATTAATTTTTGAAATAATATTAAATTTGTATTATTTTAATTCCAATAAGCTTATACAAACAAA
1 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AA
* * ** * * *
301220 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAAGATTTGAAATTGATAATTGTTCATATAG-
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * **** ** * * * **
301284 TATTGACTATTTAAACTGGTTCAACAATTAGATTTAGTTTTTAATTTTCTTGG
129 TA-TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * * * *
301337 TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTATGAAAAA
1 TTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACAA
* *
301401 AAACCAATTGTTTGATGACAAAAC-AAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
64 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
301464 GTTAAAACTATTTGAAATGGTCTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAC
127 GTTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
301518 TAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAATTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* * * * *
301583 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTAATAAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * ** * * *
301646 ATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAATAGAATTT-TTTCTTAAATCTCTTCC
130 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
301697 TTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTCA-TTTTATTTTA-CTCTGAATAAATTTGTATGAACT
1 TTAT-TAATTTTTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACA
* * * * *
301760 AAAATAATT-TCTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATATATAATTATACATATT
63 AAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCA-AAT
* * * * ** ** **
301823 A-TCT-TAACTGTTTAAACTAGTTCGACAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTG
126 AGT-TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * **
301877 TTATGAATTTTTAGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAACCGA
1 TTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* * * * *
301942 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-CTATAGCAATTTGAAATAGATCATTGTTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * **
302006 TATAATTATTTGTACTAGTTCGGTAAATGGATTTATTTTTTAAA--T-TT-C
129 TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *** *
302054 TTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAC
1 TTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
** * * * *
302119 AACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * * *
302183 CATAATTATTTGATCTAATTTGGTAAACTGATTCATTTTTTAAATCTTTTAC
129 TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * * * **
302235 TTATTAATTTTAAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAACTGA
1 TTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* * * * * * * * *
302300 AACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGTTCGTAACAATTTTAAATAGATTATTGTTCAAATAATC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * * *
302365 ATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTAC
130 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
* ** * * *
302417 TTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGTTTGCATGAATAG
1 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACAA
* * * * * * * *
302481 AAAC-ATTTTTTTATGATAGAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * * *
302545 CATGACTATTTGAACTAATTTGATAAACAAATTAACTTTTTAAA--TC--AC
129 TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * * * * *
302593 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGATTAAGCCTGTATCAACTAA
1 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* *
302658 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * * * *
302722 CGTAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTTAC
129 TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * *** * * * *
302774 TTATAAATTTTGGAAATATTAAAAAATTAGCATTATTTTATTTTGGACAAGCTTTTATAAACAAA
1 TTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* * * * * *
302839 AACAATTCTTTGAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAG
65 AACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
302902 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTCAAATCTTTTGC
128 TTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
* * * * *
302956 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT-TTGATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTAAGATA-
1 TTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGA-AC
** * * * * * * *
303018 TGAAACAAATATTTTA--ACTAAACAAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
62 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * ***** *
303081 ATTTTTGACTGTTTGAACTGGTTCAACGAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
126 AGTTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** ** * * *
303136 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGCATTATTTT-TAACCAAATAAACTTCAATTATCAT
1 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTGTATGAACAA
* * * * * * * *
303200 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-ATAGATCTTAACAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAAT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** * * *
303264 CATAACTATTTGATTTGGTTTGATAAATAGATTTATTTCTTAAA--TCTT--
129 TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** *
303312 TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATCAAA
1 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* * * * * * * **
303376 AACAATAGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAGTAGATAATCATTCAAATGGCC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * ** * *
303441 ATAATTATTTTAACTAATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAC
130 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* *** * * **
303492 TTATTAATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGTCTAAGCTTGTATTAACTG
1 TTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACAA
* * * * * * *
303556 AAACAATTGTTTTATGATAGATCAAAAGGT-TTAA-TGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAAAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * * *
303619 TAATAATTATTTGAATTTG-TTCG-ATA-ATATTTAGTTTTTTAAATCTCTTTC
128 TTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
303670 TTCTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATCAATTTA-TTCTGAATAACCTTGTATGAACTA
1 TTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGAACAA
* * * * *
303734 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTAAAATAGATAATTATTTATTCTA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGAT-A--A-TTATTCAA
* * * * *
303798 ATAGTCT-TAACCATTTGAACTGATTTGGTAAACAAACTTATTTTTTTAATCTCTTAC
124 ATAGT-TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
303855 TAATTCATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTA-ATC-TATATAAGTCTGTATGAA-T
1 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AACT-TGTATGAACA
* * * * * * * * *
303917 AAAACAGTTCTTTTACGACAAAACAATAGGTCATAACGACTTGAAATTGATAATCATTCATATAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** * * * **
303982 TTTTAACTATTCGAA-TAGGTTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTTTTGG
128 TTATAACTATTTGAACT-GGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * * *
304035 TTATTAAGTTTCAGAATATTATTGAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAAATAGTATGAA-TAG
1 TTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* * * * ** * * *
304099 AACAAATTATTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAAAGATTTAAAATAGAGAATTATTCAAAGAGT
65 AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
304164 CATAACTATTTGAAATGTTTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAATATCTTAC
129 TATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
** * * * *
304216 CAATTAGTTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAACAAA
1 TTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAA
* ** *
304281 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAATAATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
* * *
304346 ATAAGTATTTGAACCGGTTTAGTAA
130 ATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAA
304371 GTTATAATTA
Statistics
Matches: 2507, Mismatches: 606, Indels: 206
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 50 0.02
176 141 0.06
177 219 0.09
178 121 0.05
179 177 0.07
180 452 0.18
181 926 0.37
182 278 0.11
183 35 0.01
184 49 0.02
185 54 0.02
186 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
TAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:305550 original size:69 final size:65
Alignment explanation
Indices: 305428--305565 Score: 195
Period size: 69 Copynumber: 2.1 Consensus size: 65
305418 TATCTGTTTT
*
305428 AAATTGTTATTACTTTTCATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAACATACAAGCTTATTTGAAATA
1 AAATTGTTATTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAACATACAAGCTTATTTGAAATA
** * *
305493 AAATTGTTATTACCTTTTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCAACCTACAAGCTTATTTGA
1 AAATTGTTATTA-C-TTTTCATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT-AACATACAAGCTTATTTGA
305558 AATA
62 AATA
305562 AAAT
1 AAAT
305566 AATACTAATT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 4
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
65 12 0.19
66 1 0.02
67 20 0.31
68 5 0.08
69 26 0.41
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (65 bp):
AAATTGTTATTACTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAACATACAAGCTTATTTGAAATA
Found at i:306768 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 305509--310134 Score: 3213
Period size: 180 Copynumber: 25.8 Consensus size: 180
305499 TTATTACCTT
* * **** * *
305509 TTTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTCAACCTACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * * *
305573 ATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * *
305634 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATGTTATAACA
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATATTATGACC
* * * * * * *
305686 TTTTATTCTATCATAAAACAATTACTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCA-AA-AAAAAAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * ** * * *
305748 ATTTAATAATA-TTCTAAAAATTCAT-AGCTAAGATATTTAAAAAATAAATCCATTTGTCAAACT
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * *
305811 AGTTTAAACTA-TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
128 AGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACC
* * ** ** * *
305865 TTTTGTTTTGTCATAAGACAATTATTTTAGCCCATACAAATTTATTCAGAATAAAATAAAACCAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
305930 TTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTATCGAATC-AG
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAG
* * * *
305994 TTCAAATAAG-TATAACTATTTGAATAATTAACTATTTTCAAATCATTATTA-C
130 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAAT-ATTATGACC
* * * * *
306046 TTCTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATC-AG-TCTATT-TGAAATAAAATAACA
1 TT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-CAAGCT-TATTCAG-AATAAAATAATA
* * * * *
306108 TTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTTTTTA-CTAA
62 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GA
* * * * * ** * *
306171 ACCATTTCAAACAGTTTTGGCTATTTGATTAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACA
125 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACC
* * * * * ** **
306228 TTTTGTTTTATCATCAAATAATTCGTTTT--TCCATACTATTTTATTTTGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * ** ** * * * * *
306291 ATTTAATAATATTAT-GAAACTTAATAAACAAGA-AAATAAAAAATAAATCTAATCT-CCAAACC
65 ATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCGAACA
* * ** * *
306353 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACA
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
* * * *
306407 TTTTGTTCTATCATAAAACAAATT-TTTT-GTTCGTACAAGCTTATTC-GAATTAAAATAATACA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
* * * * *
306469 AATTTAATAATATTTCAACAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCA-CTAAACG
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC-
** * * * * * *
306529 AA-TTCTTATGGTTAAGATTGTTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACC
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
* * * *
306583 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATAGTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
306648 TTTATTAAAATTTAAAAAATTAATAAG-AATGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * *
306712 GTTCAAATAGTTATTACCATTTGAATAATT-TCTATTTAAAATAGTTATGACC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTATGACC
*
306764 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT-AGTACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACT
* * *
306827 AATTTACTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAATC
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-C
* * * *
306891 -AGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACC
* * * * * *
306945 TTTT-TTTTGTTATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * *
307008 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * *
307073 TTCGAATAGTTATGACTATTCGAACCATTATCGATCTT-AAATCATTATGATC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT-ATTATGACC
* * * * * **
307125 TTTT-TTTTGCCACAAAACAATTGTTTCT-GATCATAGAAGCTTATT-TGGTTGAAAATAATACT
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACT
* * * * * * * *
307187 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATGTGCTTATCAAACTA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
** ** * * * *
307252 GTTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTCAATTCATTCTAACC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
* * * * * * *
307305 TTTT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTGA-TATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAGAATCCTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * *
307368 ATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAAATAATTTTGTTTACCGAA
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AAAAAATAAATCTGTTTATCGAA
* * * * * * *
307432 CAAGCTCAAATAGTAATGACTATTTAAATAATTA-CTTATATAAAATTGTTATGACC
126 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAA-TATTATGACC
* * * * *
307488 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTTAGTTCACAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
307552 TTTATTAATATTTCAAAAATTATTTAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACAAA
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * *
307617 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTATATTTAAAAT-TGTAATGACC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-T-ATGACC
* * * * * * * *
307669 TGTTGTTTTGTGATAAAATAATTGCTTCAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATAATA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
** * * * * *
307733 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATCGAATC-G
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAA
* * * * * * *
307797 GTTTAAATAATTATG-GTCATTTTAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAAC
129 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACC
* *** *
307850 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCATCATACAAGCTTACTC-GAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * ***
307914 ATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATAAATTTATC--A-AA-
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* ** * * *
307975 --C---TAGTTCT---TATTTGAGTAATTACCTATTTCAAATTGTTATAACC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACC
* * * * * **
308019 TTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * ** **
308084 TTGAATAATATTT-AAAATATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCGAAGTAG
66 TTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * ** * * **
308148 TTCAAACAATTAAGACTACATGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTATGATT
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATATTATGACC
* * ** * * * *
308200 TTTTGTTTTGCCATAAAACAATCGTTTCGGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATACAATGATGCAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA
* * * *
308264 ATTTATTAATATTCCAAAAATTCATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATCGAATC-A
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAA
* * * * * * * *
308324 TTTCAACTAATTAT-AGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTTATC
129 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
* * * * * * * * *
308377 TTTTG-TTTGTTTATATAACAAATGTTTTTA-ATCATTCAAGCTCATTTAGAATAAAATGATAAT
1 TTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * *
308440 AATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * *
308501 GTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAAAAATTGTATACTTCAAACTATTATAACC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACC
* * * *
308553 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
308618 TTTAATAATATTCCAAAAA-TAATAACTAAGAGAATT-AAAAA-AAA----TTTGTCAAACCAGT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
* * * * * * *
308676 TCAAATATTTAAGACTATAAT-AATAGTTATCTATTTAAAAATGTTATGACC
131 TCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTT-CAAATATTATGACC
* * * * ** *
308727 TTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTGTTTGGAATAAAATAA-AATG
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-
* * * *
308790 AATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACTA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-A
* *
308854 A-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGATCGAAATGC
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGA-C------C
* * * * * ** *
308914 TTTTGTTTTGTCATAAAAGAAATGCTTTT-GTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * ** *
308978 ATCTATTAATATTT--GAAA--ACTAA-TAAGACATTTAAAAAAAAAATCTATTTATTAAACTAG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * *
309038 TTCAAATAGTTATAACTATGTG-ACAAATTATTTATTTCTAATCCTTATGACC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
* * * * * * *
309090 TTTTGTTCTATTACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGATTATTCAGATTAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * *** * * * **
309155 TTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAA-A-AAAAAATTAAAATAAATATGTTTACCAAACTT
66 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA--AAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * * *
309218 GATCAATTGGTCATGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
* * * * * * *
309271 TTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTATTGA-AATAAAATAATACCAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
309335 TTTATTAGTA-TTCTAAAACTTAATAATTAAGAGATTTAAGAAATGAATTTGTTTA-CCAGATAA
66 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA-ACAA
* * * * * *
309398 GTTTAAATAATTATGA-TAATTTGAACAATTATCTATTTGAAAACACTATAACC
129 GTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATATTATGACC
* * **
309451 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGC-TATTTTGAATAAAATAATA-TA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-
* * * * *
309513 AATATATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAC
64 AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC
* *
309576 AAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTAAT-TATTTCAAACTATTAT-AAC
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAA-TATTATGACC
* * ** * **
309630 TTTTGTTTTGCCATAAAATAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATTTTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
309694 ATTTATTAATATGTCAACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAAAAAC
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
* * * * * * * *
309759 TTCAAATAGTCATAACTACTTGGATAATTATCTAGTTCAAATCGTTATAACC
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
** * * * * * **
309811 TTTTGTTTCAT-ATAAAATAATTGTATCAGTTCATAGAGGCTT-TTTTGAGATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTA
* * * * * *
309874 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTATTGACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CCATTA-
65 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA--AC
* *
309936 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGACA
127 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACC
*
309991 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATA-T
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACT
* * * * *
310053 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATATATTT-TCTGAAC
64 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC
*
310116 ACGTTCAAATAGTTATGAC
127 AAGTTCAAATAGTTATGAC
310135 CTTTTGTCTT
Statistics
Matches: 3491, Mismatches: 749, Indels: 415
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 4 0.00
169 121 0.03
170 2 0.00
171 1 0.00
172 6 0.00
173 34 0.01
174 100 0.03
175 53 0.02
176 239 0.07
177 235 0.07
178 47 0.01
179 311 0.09
180 1007 0.29
181 759 0.22
182 295 0.08
183 197 0.06
184 12 0.00
186 3 0.00
187 56 0.02
188 5 0.00
189 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACC
Found at i:308363 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 308322--308364 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
308312 TTTATCGAAT
308322 CATTTCAACTAATTATAGC
1 CATTTCAACTAATTATA-C
308341 CATTTCAAC-AATTAT-C
1 CATTTCAACTAATTATAC
*
308357 TATTTCAA
1 CATTTCAA
308365 ATCATTTTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.35
18 6 0.26
19 9 0.39
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
CATTTCAACTAATTATAC
Found at i:310239 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 309974--310248 Score: 387
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
309964 AATTTTCTAT
* *
309974 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCC
1 TTCAAATCATTATGACATTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCC
310039 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTT-AAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAT
310103 ATATTTTCTGAACACG
131 ATATTTTCTGAACACG
* * * * *
310119 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAAGCATATTC
1 TTCAAATCA-TTATGACATTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTC
* * * * *
310183 GAAATAAAATAATGCT-AGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGA-TTTAAAAAATA
65 CAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAATA
310246 AAT
128 AAT
310249 CTGTTTACTG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 12, Indels: 7
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
144 1 0.01
145 101 0.89
146 12 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (146 bp):
TTCAAATCATTATGACATTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCATATTCC
AAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAT
ATATTTTCTGAACACG
Found at i:310450 original size:326 final size:325
Alignment explanation
Indices: 309860--310452 Score: 700
Period size: 326 Copynumber: 1.8 Consensus size: 325
309850 CTTTTTTGAG
* *
309860 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTGACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTGACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* **
309925 ATTTACCATTAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAC
66 ATTTACCATGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAC
**
309990 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATAA
131 ATTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGC-TATTCCAAATAAAATAATATAA
* * * * * ** *
310055 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTTCTGAACACGT
195 ATTTATTAAAATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATCTACCAAACAAGT
310120 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAAGCATATTCGA
260 TCAAATAGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAAGCATATTCGA
310185 A
325 A
* * *
310186 ATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATT-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT-ATTGACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
310249 CTGTTTA-C-TGAGCAAGTTTAATTAGTTATGATTATTCAAACAGTTATT-TATTTCAAAT-AGT
64 CTATTTACCATGA--AAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATT-TTCTATTTCAAATCA-T
* * * * * **
310310 TTTGATC-TTTTGTTTCATCATAAAATAGTTGTTTCTTTTCATACAAG-TATTTTAGAATAAAAT
125 TATGA-CATTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTATTCCA-AATAAAAT
*** * * *
310373 AATACT-AATTTATTAAAATTTTGAAAACTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTAC
188 AATA-TAAATTTATTAAAATTCCAAAAACTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATCTAC
310437 CAAACAAGTTCAAATA
251 CAAACAAGTTCAAATA
310453 ATCATGTCCA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 36, Indels: 20
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
324 7 0.03
325 41 0.19
326 167 0.76
327 6 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (325 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTGACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCATGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCAAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAC
ATTTTGTTTCATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTATTCCAAATAAAATAATATAAA
TTTATTAAAATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATCTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAAGCATATTCGAA
Found at i:310626 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 310287--310656 Score: 428
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 179
310277 TGATTATTCA
* * * * * *
310287 AACAGTTATTTATTTCAAATAGTTTTGATCTTTTGTTTCATCATAAAATAGTTGTTTCTTTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTTTTGACCTTTTATTTCATCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
310352 ACAAGTATTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTGAAAACTAATAGGTAAGAGATT
66 ACAAGAATTTTAAAATAAAATAATACTAATCTATTAAAATTTTGAAAACT-ATAGATAAGAGATT
*
310417 TAAAAAATAAATTTATCTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTG
130 TAAAAAATAAATTTATCTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTG
* * **
310467 AGCAATTATCTATTTCAAATTGTTATT-ACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATAGTT-TTGACCTTTTATTTCATCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* * * *
310531 TGCAA-AATTATTCAAAATAAAATATTACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T-TA-ATAAGAGA
65 TACAAGAATT-TT-AAAATAAAATAATACTAATCTATTAAAATTTTGAAAACTATAGATAAGAGA
* * * * * *
310592 TTTAAAAACTAAATTTATTTACTAAA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
128 TTTAAAAAATAAATTTATCTACCAAACA-AGTTCAAATAATCATGACCATTTG
310644 AACAATTATCTAT
1 AACAATTATCTAT
310657 CACAAATCGT
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 26, Indels: 11
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.01
177 62 0.39
178 2 0.01
179 3 0.02
180 58 0.36
181 34 0.21
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATAGTTTTGACCTTTTATTTCATCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGAATTTTAAAATAAAATAATACTAATCTATTAAAATTTTGAAAACTATAGATAAGAGATTT
AAAAAATAAATTTATCTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTG
Found at i:311543 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 311138--312797 Score: 1025
Period size: 180 Copynumber: 9.3 Consensus size: 178
311128 ATTTTAACCT
* * * * * *
311138 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAA-TAAGAAATTTAAAAAGTAAAACTGTTTACTAAACCAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTATTTACCAAACCAT
* *** * * * * * *
311202 TTCAAATTGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAATTCGTTATAACCTTTTATTTTGTCA
64 TTCAAATAG-AAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * **
311267 TCAAACAATTGGTTTT-ATTCATACTATTTTATTCATAATAAAATAATACCGA
128 TAAAACAATT-GTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * ** * * * * ** *
311319 TTTAATAATATTTCGACACTTAATAACCAAGAAAATTGAAAAATAAATCCAACTGCCAAACCATT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACCATT
* * * *
311384 TCAAATGGAAAGACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTCATA
65 TCAAATAGAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
311449 AAACAATTGTTTATGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
130 AAACAATTGTTT-TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
*
311499 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACCAAACC-AT
* * * ** * * *
311564 TT-AAATA-ACTATGACTATTTGAGCAATTATCAATCGCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTTTC
64 TTCAAATAGA--AAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * ***
311626 ATAAAACAAATGTTCCTGATCATA-GAGCTTATTTGGTTAA-AAAA-AATACTAA
127 ATAAAACAATTGTT-TTGATCATACAAGCTTA-TT-CAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
311678 TTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACCATT
* ** * * ** * * * **
311743 TCAAATAGTTAAA-ACTATTAGAATGATTATATATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTG
65 TCAAATAG--AAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
311807 GAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAA
128 TAAAACAATTGTTT--TGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
311859 TTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATT-TGTCTATCGAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAT-T-TACCAAACCA
* * * * * * **
311923 GTTCAAATAGTGATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTCATTTTGAT
63 TTTCAAATAG-AAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-T
* * * * *
311988 -ATAAAACAATTGTTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAA
126 CATAAAACAATTGTTTT--GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
312042 TTTTTTAATATTTCAAACATTAATAAGCAAGAG-TTAAAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACAAC
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTA-TTTACCAAACCAT
* * * *
312106 TTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAG-AAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
312171 TAAAATAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAGTAATACTAA
128 TAAAACAATTGTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
312223 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTAAACATGTTTACCAAATCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACCAAACCATT
* * * *** * *
312284 TCAAATA-ATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATTACCTTTTGTTTGGTC
65 TCAAATAGA--AAGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * ** *
312347 ATATAATAATCGTTTCTTATTATACAAGTTTAATT-GGAATAAAATAATAGTAA
127 ATAAAACAATTGTTT-TGATCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAA
* **
312400 TTTATTAATCTTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACC-AT
* * * * * * * * *
312464 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTAC-ACTTCAAAT-AGTTATAATCTTTTGTTCTAT
64 TTCAAATAG-AAAGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
312526 CATAAAACAATTATTTTCGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
126 CATAAAACAATTGTTTT-GATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * **
312580 TATAAAAATA-TTCTAAAAATTAATAATTGAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTCCTAAAATA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAT-TTACC-AAACCA
* * * * **
312643 GTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACTGTTATCTATTTCAAATC---A--A--TTTTGTTTTGTC
63 TTTCAAATAG-AAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
312701 ATTAAACAAATT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCATAATAAAGTAA-AATGAA
127 ATAAAAC-AATTGTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AA
* * * *
312754 TTTATTCATA-TTAAAAAATAAATATGTAAGAGATTTAAAAAATA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
312798 TTTTTGTTTA
Statistics
Matches: 1142, Mismatches: 272, Indels: 138
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 29 0.03
174 53 0.05
175 4 0.00
176 15 0.01
177 117 0.10
178 13 0.01
179 114 0.10
180 319 0.28
181 256 0.22
182 167 0.15
183 54 0.05
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACCAAACCATTT
CAAATAGAAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
Found at i:312085 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 311395--312249 Score: 619
Period size: 182 Copynumber: 4.7 Consensus size: 182
311385 CAAATGGAAA
* * * *
311395 GACTATATGAACGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTATT-GTTTTGTCATAAAACAATTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT-TTCATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
311459 TTATGA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
65 TT-TAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * * *
311523 AAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTTAAATAACTAT
129 AAGCAAAAGATTAAAAAAAATAAATTAGTCTATCGAA-CAACTTCAAATAGCTAT
* * *** * * * * *
311576 GACTATTTGAGCAATTATCAATCGCAAATCATTAAGATCTTT-GTTTTTTCATAAAACAAATGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * **** * * *
311640 CCTGA-TCAT-AGAGCTTATTTGGTTAA-AAAA-AATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAA
66 -TTAATTCATAAAAGCTTA--TCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * ** * * *
311701 TAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAA-TATGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAA
128 TAAGCAAAAGATTAAAAAAAATAAATTA-GTCTATCGAA-CAACTTCAAATAGCTAT
* * ** * * ** * * ** * *** * *
311755 AACTATTAGAATGATTATATATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTTGGAAAATATTTG-T
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
311819 TTCATATCTTACAATCTTATTCGAAATAAAATAATCCA-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAAT
66 TTAAT-TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* ** * *
311883 AAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTCTATCGAACAAGTTCAAATAG-TGAT
129 AAGCAAAAGATTAAAAAAAATAAATTAGTCTATCGAACAACTTCAAATAGCT-AT
* *
311937 GATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTCATTTTGAT-ATAAAACAATTGT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCATTTTG-TCATAAAACAATTGT
* * * *
312001 TTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTTTTAATATTTCAAACATTAAT
65 TTT-AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *
312066 AAGCAAGAG-TTAAAAAAAATAAATTAGTTTATCGAACAACTTCAAATAGCTAT
129 AAGCAAAAGATTAAAAAAAATAAATTAGTCTATCGAACAACTTCAAATAGCTAT
* ** *
312119 GACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
312184 TTAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
66 TTAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
312249 G
131 G
312250 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 127, Indels: 42
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 111 0.21
180 52 0.10
181 135 0.26
182 166 0.32
183 58 0.11
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTT
TTAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GCAAAAGATTAAAAAAAATAAATTAGTCTATCGAACAACTTCAAATAGCTAT
Found at i:312934 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 312869--312935 Score: 89
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
312859 ATCAAACCAG
*
312869 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATATAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATATAT
* * * *
312904 TTCAAATTGTTATGACTTTTTGTCCTATTATA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATA
312936 AAACAATAAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 27 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (35 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGACCAATTATATAT
Found at i:313329 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 313064--314246 Score: 1120
Period size: 180 Copynumber: 6.6 Consensus size: 179
313054 AATAATCATG
* * * * *
313064 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATGAGTAAGAGAA-TTAAAAAATTAATCTATTTACCGA
1 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
* * * **
313128 ACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCAATTTCAAAAAATTATGACCTTTTGTTT
64 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TTT
* *
313193 TGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTA-AATAAAATAAT
128 TGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAATAAT
* * * *
313245 A-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA
1 ACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * * *
313309 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTATTTG
65 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTTTG
* * * *
313374 TCATAAACCAATTGTTTCTACTCATAAAAGCTTATTTATAATAAAATAAT
130 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * * *
313424 ATTAATTTATTAAAATTTTGAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACGGAG
1 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* ** * * * * * *
313489 CGAGTTCAAATAGTTATGACCCTTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTTTGATCTTTTGTTTT
65 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-TTTT
**
313554 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTT-GAAATAAAATAAT
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * *
313605 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
1 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * * * *
313670 CAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATTTATTTCAAACTATTATGACATTTTTTTTG
65 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTTTG
** * ** *
313735 TCATAAAATGATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAGT
130 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * *
313785 ACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAGAATTAAATCTGTTTA-TCGA
1 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GA
** * * * * * * * *
313845 AGTAGTTCAAATACTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATGATGATCTTTATTTT
64 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTTT
* * * * * * * *
313910 CTAACAAAACAATTGCTTATATACATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATT
129 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * * *
313961 GCTAAATTAATAATATTCTAAAAA--AATAAGAAAAAGATTTAAAAAACAAATGTGTTCACCGAA
1 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA
* * * * *
314024 CCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCAT-ACATTTTTTTT
65 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT-ATGACCTTTTTTTT
* * * *
314088 ACTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTT-GAAATAAAATAAT
129 -GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * * * *
314140 ACTAATTTATTAACATT-AAGAAAATTAATAAACTAGAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA
1 ACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAAT-AAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * *
314204 AACAAGTTTAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTT
63 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
314247 AGAATAAATA
Statistics
Matches: 806, Mismatches: 169, Indels: 53
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.01
175 1 0.00
176 128 0.16
177 2 0.00
178 79 0.10
179 125 0.16
180 223 0.28
181 180 0.22
182 59 0.07
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
Found at i:313602 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 313064--314538 Score: 1143
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 180
313054 AATAATCATG
* * * * *
313064 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATGAGT-AAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCGA
1 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * ** *
313128 ACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCAATTTCAAAAAATTATGACCTTTTGTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT-TTT
* *
313193 TGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTA-AATAAAATAAT
129 TGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTAGAATAAAATAAT
* * * * * *
313245 A-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTTCTGA
1 ACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * ** * *
313308 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTATGACCTTTTATTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTT
* * * *
313373 GTCATAAACCAATTGTTTCTACTCATAAAAGCTTATTTATAATAAAATAAT
130 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
313424 ATTAATTTATTAAAATTTTGAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACGGAG
1 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* ** * * *
313489 CGAGTTCAAATAGTTATGACCCTTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTTTGATCTTTTGTTTT
66 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTT-TTTT
**
313554 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTT-GAAATAAAATAAT
130 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * *
313605 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
1 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * ** *
313669 ACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATTATTATTTATTTCAAA-CTATTATGA-CATTTTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGATC-TTTTTT
** * ** *
313732 TTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAGT
128 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * *
313785 ACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA--G--AGATTTAAGAATTAAATCTGTTTATCGA
1 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
** * * * * *
313845 AGTAGTTCAAATACTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATGATGATCTTTATTTT
65 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTT
* * * * * * * *
313910 CTAACAAAACAATTGCTTATATACATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATT
130 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * ** * * *
313961 GCTAAATTAATAATATTCTAAAAA--AATAAGAAAAAGATTTAAAAAACAAATGTGTTCACCGAA
1 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * **
314024 CCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCAT-A-CATTTTTTT
66 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGATC-TTTTTTT
* * * *
314087 TACTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTT-GAAATAAAATAAT
129 T-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * * * *
314140 ACTAATTTATTAACATT-AAGAAAATTAATAAACTAGAAA-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
1 ACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAAT-AAGT-GAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * *
314203 AAACAAGTTTAAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTT-AGAAT-A--A--A-------
63 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGATCTTTTT
* * * * * *
314255 --TATCATAAAATAATTGTCTCAATTCATAAAAGCTTATCT-GAATAAAATAAT
127 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * ** *
314306 A-TTATGTTATTAATATTTCAAAAAACTAATAAGTTAAATATTTAAAAAATAGGTCAGTTT-CTC
1 ACTAAT-TTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-C
* * * * ** **
314369 GAATCGA-TTCAAATAATTATG-GTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAAT-TTT
63 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGATCTTT
* * * * * *
314431 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTAATCAAAATAAAATAAT
125 T-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
*
314488 ACTAATTTATTAATATT-TCAAACATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAA
1 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAATAA
314539 TTTTCTTTGC
Statistics
Matches: 1031, Mismatches: 203, Indels: 120
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.01
166 76 0.07
167 44 0.04
168 4 0.00
169 1 0.00
172 1 0.00
174 5 0.00
175 1 0.00
176 127 0.12
177 6 0.01
178 83 0.08
179 123 0.12
180 227 0.22
181 232 0.23
182 87 0.08
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT
Found at i:314246 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 314225--314258 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
314215 ATAATCATAA
*
314225 CTATTT-GAATAATTAT
1 CTATTTAGAATAAATAT
314241 CTATTTAGAATAAATAT
1 CTATTTAGAATAAATAT
314258 C
1 C
314259 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.38
17 10 0.62
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTAGAATAAATAT
Found at i:317029 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 316269--322678 Score: 4014
Period size: 181 Copynumber: 35.9 Consensus size: 179
316259 TTCAAGGCTA
* * * * * * *
316269 ACAAGCTTATTTGAAATAAAA-AACA-TGAATTTAATATTATTTCAAAAATTGATAA-CAAGGAA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAG
* ** * * * * * * * *
316331 ATTTAAAATATAAACCTATTTGCTGAAATAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTG
64 ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
316396 TTTACCAAA-AATTGTGGCCTTTT-TTTTGGTCATATAACAATTTTTTTTCA-TCAT
127 TTT--CAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCAT
* * * *
316450 TCCAGCATATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT----GA
1 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** *
316510 TTTAAAATA-AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATA--TATGACTATTTGAACAATTGTAAACT
65 TTTAAAAAATAATTTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
316572 TCAAATC-TCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
129 TCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * *
316623 ACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATCTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAGAGA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
316686 ATTAAAAAATAAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAAATATTTGAAGACTATATGAATAATTATCT
65 TTTAAAAAAT--AATTTGTTT-ACTAACTAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCT
*
316751 ATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCAT
126 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT--ATTCAT
* * * *
316805 ACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * *
316869 TTTAAAAAACAATTATATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTCTAT
65 TTTAAAAAATAATT-TGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-
* * * *
316934 TTTC-AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATGAAACAAATATTTTTATTCAT
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * *
316986 ATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
317047 TTAAAAAGTAAATCTATTTATCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
317112 TAAAATCATTATAACTTTTTGTTATGGT-ATAAAACAATTGTTTTTGTTCGT
129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
** ** * *
317163 ACAAAGCTTATTC-AGGCTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGTGAA-A
1 AC-AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGA
* * * * * * *
317226 AATTTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTA-TATCAAACAGTCATGACTATTTGAATAATTAT
63 GA-TTTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAACTAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * **
317290 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAGAAAAAAATTATTTCAATTCAT
124 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * *
317346 AAAAGCATATTCAAAAT-AAATAATACTAAGTTATTAATATTAT-GAAAATTAAT-AGTTAAGAG
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAGAG
* * * * * * * * *
317408 ATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAACAATTTTGGCTATTTCG-ATAATTATCT
64 ATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCT
* * * * **
317472 CTTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTCTATTCAT
126 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCAT
* *
317526 ACAAG-TTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAA-A
1 ACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGA
* * * * ** * *
317586 TGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATT
63 -GATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
*** * * *
317651 TATTTCAAATTGGTGTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTATGTCAT
125 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCAT
* * * * ** * * *
317705 GCATGCTTATTCCG-ATTAACAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAC
1 ACAAGCTTATT-CGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * * *
317768 ATTTAAAGAATAAATATGTTTTCCAAACAAGTTCAACTAGTCAT-AGCTATTTGAATAATTA-CC
64 ATTTAAAAAAT-AATTTG-TTTACTAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT
* *
317831 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTAAGTTCAT
126 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
* * * * * * *
317885 ATAAGCTTCTTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
317950 TTAAAAAAGGAATCTTG-TTACTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTA
66 TTAAAAAA-TAAT-TTGTTTACT-AACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** ** * *
318013 TTTCAAATCATTGGGATATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTAGTTTAT
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
* * * * * * * * *
318067 ATACGCTTATTTGAAATAAAACAATACTGATTTATTAATATTTTTAGAAATTAATGAGAAAGAGA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * *
318132 ATTAAAAAGTGAATCTTG-TTACTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTGTCT
65 TTTAAAAAAT-AAT-TTGTTTACT-AACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** ** * * * *
318195 ATTTTAAAACATTATGACAATTTGTTTCCTCATAAAGCATTTGGTTCTATTCAT
126 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
** * * ** * * *
318249 GTAAGCTTCTTTTG-AATAAAATAATAGAAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAAAAAA
1 ACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
318313 TTAAAATAAACATATTT-TTTGA--ACACT--TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA
65 TTTAAA-AAATA-ATTTGTTT-ACTA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * *
318373 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAT
126 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * *
318427 AAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
318492 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCATGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTACTA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
318557 TCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCAT
129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
** * *
318608 ACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TCCTAAAAATTAATAAGTTGAA-A
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-T-AAGA
* * * * * * ** *
318671 -ATTTTAAAAATAATTTATTCGT-CGAACAAGCTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATTATCT
63 GATTTAAAAAATAATTTGTT--TACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * ** * *
318734 ATATCAACTCGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
126 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
** * * *
318788 ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * *
318849 TTAAAAACTAAATCTGTATATCAAAGC-AGTTCAAATAATTATAATTTTTTGAACAATTATCTAT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
318913 CTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCAT
128 TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * ** * *
318964 ACAAACTTATTTGAAGTAAAATGTTGA-TAAGTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAG
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
319023 ATTTAAAAAATAAATGTCTTTGCCAAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAGTTATCTA
64 ATTTAAAAAAT-AATTTGTTT-ACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * ** * * ***
319088 TTTCAAATTGTTCTGATATTTTG-CTTGTCATAAAA-TAGCATTTTTAGTTCAT
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
* * ** ** * *
319140 ACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA-TTCAAAAAATTAATAAACAACAAA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** *
319204 TTTTATAAAATAAATTTGTTTATCGAAAAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTA
65 -TTTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * **
319268 TTTAAAATAAATAAGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * * * * *
319321 AAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTGAT-TCTTCAAAATTTGATATA-TTAGA
1 ACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATA-AGTAAGA
* * * * *
319383 GATTTAAAAAATACA------T-CGAATTGGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA
63 GATTTAAAAAATA-ATTTGTTTACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** ** * * * *
319441 TTTCAAATTGTTACAAACATTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCAT
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCAT
* * * * * * * * *
319494 ACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTACTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGGT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
319559 TTAAAAAATAAATCTGTTTA-T---TA----AACT-GGT-T-CCTATTTAAACAATTATCTATTT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * ** * **
319613 TAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCAATTCAT
130 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
** * * * * * *
319663 GTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * *
319728 TTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAAC-AATTCAAACAGATAAGACTATATGAACAATTATCTAT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTACT--AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * **
319792 TTGAAATCGCTATGA-CTATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
128 TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * * **
319844 AAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAATAAGTTAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * ** *
319909 TTAAAAAGTGAATCTGTTTATTGAA-TAAATTCAAATAATTATGGCTAGGTCAACAATTATCTAT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTACT-AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * *
319973 TTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTATTTGA-ACTT
128 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTTATTCAT
* * * *
320025 TCAAGCTTATTC-AGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--CAA-TAAGAGA
1 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** * ** *
320085 TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGCAATGACTATTTGAACAATTGTAAAC
65 TTTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * *
320150 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT
128 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * * *
320202 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
320267 TTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATATTTAAGAATATATGAACAATTATTTATT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
320332 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCAT
129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTT--ATTCAT
* * * ** * *
320385 A-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGACCTAATTAATAATTCAAAAA-T--TAA-TAAGAG
1 ACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
320444 ATTTAAAAAAATAATTCTATTTACTTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCT
64 ATTT-AAAAAATAATT-TGTTTAC-TAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
320509 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATATTGTAATAAAACAAATGTTTTTATTCAT
126 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * *
320563 ATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
320623 TCAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
320688 TCAAATCATTATGA-CTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * ** *
320738 ACATGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGTAA-A-AT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
320801 TTAAAAAACAATTATGTTTATCGAACTGGATCAAAT-G--A--AC-------A-AA-TA-CTAAT
66 TTAAAAAATAATT-TGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-AT
* * * * *
320851 CTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTTTTATCAT
128 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCAT
* * ** *
320903 ACAAGCTTATTC-AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGATAA-T--TAA-TAAGAGA
1 ACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * * * * *
320963 TTTAAAAAATAAATGGGTTTGCTAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
65 TTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
321028 TTCAAATCGTTTTGAACTTTT-TTTAGTCAT--AATAATT-ATTTTAGTTCAT
128 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
* * * * * * *
321077 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA-TAGGTAGTTAAAAAATTAATAAGCATGAGA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
321141 TTTGAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGGTCAAATAGCTATGACTATTTCAATAATTATCTA
65 TTT-AAAAAAT-AATTTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
321206 TTTAAAATCGTTATGA-CTATTTGTTTTGTCACAAAACAATTG-TTTTAGCTCAT
127 TTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
* * * * **
321259 AAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAACAAGAGAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * * * * * * * *
321323 TTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAGTTAATTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTAGCTATT
66 TTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
321388 TTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTCA-ACAA
129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCAT
* * ** *
321439 ACAAGATTTTTATAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAAT-A--AA-AGAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* ** * * *
321500 TTAAAAAAGAAATTTGTTTGTTGATCCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATT
66 TTAAAAAA-TAATTTGTTTACT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * * * * * * *
321565 TTAAATTGTTTTAACC-TTCGCTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
129 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * *
321615 GCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTATGAGA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * * *
321679 TTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCAAACCAGTTCAAAAAGTTAAGACTATATGAAAAATTATTTAT
65 TTTAAAAAAT-AATTTGTTT-ACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
321744 TTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTAAGCTCAT
128 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
* ** * * * * *
321796 AGAAGCTTATTTAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATATCAAAAATT--T-A-TAAAAGAT
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
321857 TTAGAAAATAATTT-TACTTACGAAAC-ACATTCAAATAATTAT-AGCTATTTGCACAATTATCT
66 TTAAAAAATAATTTGT--TTAC-TAACTA-GTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT
* * *
321919 ATTTCAAATCATTACTG--CTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAT
126 ATTTCAAATCATTA-TGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * *
321973 ATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** * * * * * *
322037 TTTAAAAAGTAAATCTAGTTGCCAAACCATTTCAAGTAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTAT
65 TTTAAAAAAT-AAT-TTGTTTACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
322102 TTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTTATCAAATAATTGGTTTTATTTAT
128 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* ** * * * * * * * ** *
322154 ACTATTTTATTCAAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATA-TTCTGAAACTTACTAACCAAGAAA
1 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* ** * * *
322218 ATTAAAAAATAAATCTAATTGT-CGAACCAATTCAAATAGTTA--ACT-TTATGTAA-ATGATTA
65 TTTAAAAAAT-AAT-TTGTT-TACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TG-AACA--ATTA
* *
322278 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TT-GT
123 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCAT
* * *
322334 ACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAATAAG--AG-G
1 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * * * * * *
322394 TTTTTTAAAA-AATTTGTTTACCAAATCATTTCAAAT-GATTAAGATTATTAGAAGAATTATATA
64 ATTTAAAAAATAATTTGTTTACTAACT-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** *
322457 CTTCAAATCGTTTTGACCATTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAAATCAT
127 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * * *
322510 ATAAGCTTATTC-ATAATAAATTAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAAATAAATAAGGAAGAGA
1 ACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
322574 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTTTAT
65 TTTAAAAAAT-AATTTGTTTA-CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** *
322639 TTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGCCATAAAACAATT
128 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
322679 TATTAGATGG
Statistics
Matches: 4901, Mismatches: 1024, Indels: 608
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
161 3 0.00
162 8 0.00
163 22 0.00
164 48 0.01
165 44 0.01
166 1 0.00
168 3 0.00
169 130 0.03
170 2 0.00
171 4 0.00
172 55 0.01
173 159 0.03
174 82 0.02
175 152 0.03
176 434 0.09
177 545 0.11
178 285 0.06
179 206 0.04
180 916 0.19
181 1179 0.24
182 303 0.06
183 316 0.06
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAATTTGTTTACTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
Found at i:318302 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 318282--318316 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
318272 ATAGAAATTT
* *
318282 ATTAATATGTCAAAA
1 ATTAATAAGTAAAAA
318297 ATTAATAAGTAAAAA
1 ATTAATAAGTAAAAA
318312 ATTAA
1 ATTAA
318317 AATAAACATA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 18 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.03, G:0.06, T:0.31
Consensus pattern (15 bp):
ATTAATAAGTAAAAA
Found at i:318641 original size:903 final size:890
Alignment explanation
Indices: 316453--322195 Score: 2821
Period size: 903 Copynumber: 6.4 Consensus size: 890
316443 TCATCATTCC
*
316453 AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAA
1 AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* * * * *
316515 AAT-AAAT-TTGTTTACTGAACTAGTTCAAATA-TATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAA
65 AATAAAATATT-TTT--TGAACAATTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAA
* *
316577 TCTCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAA
127 TCT-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAA
* * * * *
316642 AATAATACT-ATCTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAATTTGTT
190 AATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTT
* * * * * * * *
316706 TGCCGA-ACTAGTTCAAATATTTGAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
253 TACC-ATGCAAGTTCAAATATTT-ATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT
* * *
316770 TTT-TTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATG
316 TTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTT--ATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATAAT-
* * * * *
316833 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATATTTACCTAACTA
376 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAACAAATATATTTACCAAACAA
* * * * *
316898 GTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTGTCTATTTTCAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
441 GTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTGACCATTTTCAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTA
* * * * *
316963 ATGAAACAAATATTTTTATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATT
506 ATAAAACAAATATTTTAATTCATATAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATT
*
317028 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
571 TCAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAAGTAAATCTATTTATCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
317093 ATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACTTTTTGTTATGGTATAAAACAATTGTTTTTG
636 ATCTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGAACTTTTTGTTATGGTATAAAACAATTGTTTTTG
** * *
317158 TTCGTACAAAGCTTATTCAGGCTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGTG
701 TTC-TACAAAGCTTATTCAGAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGAG
* * *
317223 AAAAATTTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTATATCAAACAGTCATGACTATTTGAATAATT
765 AAAAATATTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTATATCAAACAGTCATGACTATCTGAACAATT
* * ** *
317288 ATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAGAAAAAAATTATTTCAATTCATAAA
830 ATCTATTTCAAAACATTATGACAATTTGTTTCCTCAGAAAAAAATTAGTTCAATTCATAAA
* *
317349 AGCATATTCAAAAT-AAATAATACTAAGTTATTAATATT-ATGAAAATTAAT-AGTTAAGAGATT
1 AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAG-TAA-AGATT
* * * * * **
317411 TAAAA-AATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTT-AAACAATTTTGGCTATTTCG-ATAATTATCTC
62 TAAAATAA--AATAT-TTT-TTGAACAA-TTTCAAA-TATTATGACTATTT-GAACAATTATCAA
* * * *
317473 TTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGTTATTTT
120 TTTCAAATC-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTA-TTT
* *
317538 G-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGATAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAA
183 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * ***
317601 ATCTATTTA-C-TGAACAATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGG
246 ATTTGTTTACCATG--CAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCAT
* * * *
317664 TGTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTATGTCATGCATGCTTATTCCGATTAACAA-
309 TATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTATT-CGAATAA-AAT
* ** * * * * *
317727 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAGAATAAATATGTTTTCC
370 AATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAACAAATATATTTACC
* * * *
317792 AAACAAGTTCAACTAGTCAT-AGCTATTTGAATAATT-ACCA-TTTCAAATCATTATGACCTTTT
435 AAACAAGTTCAAATAATCATGA-CTATTTGAACAATTGACCATTTTC-AATCATTATAACCTTTT
* * *
317854 GTTTTGTAATAAAAC-AAT-TGTTTAAGTTCATATAAGCTTCTTTGAAATAAAATAGTACTAATT
498 GTTTTGTAATAAAACAAATAT-TTTAA-TTCATATAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATA
* *
317917 TATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAG-GAATCT-TGTTA-CTGAACATG
561 TATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAG-ATTAAAAAAGTAAATCTAT-TTATCT-AACAAG
* * * * *
317979 TTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTGGGA-TATTTTGTT-TTGT
619 TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGAACT-TTTTGTTATGGT
* * * *
318042 AATAAAACAATTGTTTTTAGTT-TATATACGCTTATT-TGAAATAAAACAATACTGATTTATTAA
683 -ATAAAACAATTGTTTTT-GTTCTACA-AAGCTTATTCAG-AATAAAACAATACTAATTTATTAA
* * * * *
318105 TATTTTTAGA-AATT-A-ATGAGAAAGAGA-ATTAAAAAGTGAATCT-TGTTACTGAAC-ATGTT
744 TA-TTTT-GACAATTGATAAGAGAAA-A-ATATTAAAAAGTAAATATGT-TTACCGAACTAT-AT
* * * * *
318164 CAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTGTCTATTTTAAAACATTATGACAATTTGTTTCCTCATA
803 CAAACAGTCATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACAATTTGTTTCCTCAGA
** * * * **
318229 AAGCATTTGGTTCTATTCATGTA
868 AAAAAATTAGTTCAATTCATAAA
* * ** ** * *
318252 AGCTTCTTTTGAATAAAATAATAGAAATTTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAA
1 AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
*
318317 AATAAACATATTTTTTGAACACTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
65 AATAAA-ATATTTTTTGAACAATTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
* ** * * *
318382 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAA
128 C-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAA
*
318447 ATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
191 ATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * *
318512 CCATGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTT
255 CCATGCAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT
* * ** *
318577 GTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
319 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATAATAATTTA
* * * * * * *** * *
318642 TTAACA-TCCTAAAAATTAATAAGTTGAAA-ATTTTAAAAA-TAATTTATTCGTCGAACAAGCTC
382 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAACATTTAAAAAACAAATATATTTACCAAACAAGTTC
* ** * * * * * ** *
318704 AAATAGTCATGTTTATTTGAACTATT-ATC-TATATCAACTCGTTATTATATTTTGTTTTGTCAT
445 AAATAATCATGACTATTTGAACAATTGACCAT-TTTCAA-TCATTATAACCTTTTGTTTTGTAAT
* * ** * * * * *
318767 AAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAGTATTT
508 AAAACAAATATTT-TAATTCATATAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTT
* * * * * * * * *
318831 CAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATCTGTATATCAAAGC-AGTTCAAATAATTATAATT
572 CAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAAGTAAATCTATTTATCTAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
318895 TTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG-A-TATTTGTT-TTGTCATAAAGCAATTGTTTT
636 ATCTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTA-GAACTTTTTGTTATGGT-ATAAAACAATTGTTTT
* *** * * * * * *
318957 TGTTCATACAAA-CTTATT-TGAAGTAAAATGTTGA-TAAGTTAATAATATTCTAAAAATTAATA
699 TGTTC-TACAAAGCTTATTCAGAA-TAAAACAAT-ACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATA
* * * * * * * * *
319019 AGAG----AT-TTAAAAAATAAATGTCTTTGCCAAATTAGT-TCAAATAGTTAAGACTAT-TAGA
761 AGAGAAAAATATTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTA-TATCAAACAGTCATGACTATCT-GA
* *** * * * * * * * * *
319077 ACAGTTATCTATTTCAAATTGTTCTGATATTTTGCTT-GTCATAAAATAGCATT--TTTAGTTCA
824 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACAATTTGTTTCCTCAGAAAA-A-AATTAGTTCAATTCA
*
319139 TACA
887 TAAA
* * * ** ** *
319143 TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAACAACAAATTTT
1 AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTT
* *
319208 ATAAA-ATAAAT-TTGTTTATCGAAAAAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTAT
63 A-AAATA-AAATATT-TTT-T-GAACAA-TTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
* ** * * * * * * *
319269 TTAAAAT-AAATAAGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCT
121 TTCAAATCTTAT-A-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTATTT
* * * * * * * * * *
319333 AAAATAAAATAATATTACTTTATTGATTCTTCAAAATTTGATATA-TTAGAGATTTAAAAAATAC
183 GAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * **
319397 A-TCG---A--ATTG---GTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
246 ATTTGTTTACCA-TGCAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATT
** * * * * * *
319453 ACAAACATTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTT-TCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATA
310 A-TGACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATA
* * * * ** ** * * * **
319517 ATATTAATTTACTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAGGAGGTTTAAAAAATAAATCTGTTTATTA
371 ATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAACAAATATATTTACCA
** * * * **
319582 AAC----T--GGT--TC----CTATTTAAACAATT-ATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGT
436 AACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTGA-CCATTTTCAATCATTATAACCTTTTGT
** * * * * * * * * * *
319634 TTTGTTGTAAAATAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAAT
500 TTTGTAATAAAACAAATATTTTAATTCATATAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATATATT
* *
319699 AATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTAT-TGAAACAA-TTCA
565 AATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGA-TTAAAAAAGTAAATCTATTTATCT--AACAAGTTCA
* * * * * * ** * * *
319761 AACAGATAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATG-ACTATTTATT-TTGTCATA
623 AATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTA-GAACTTTTTGTTATGGT-ATA
*** * * *
319824 AAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTT
686 AAACAATTGTTTTTGTTC-TACAAAGCTTATTCAG-AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTT
** * ** * ** * * ** * * * *
319887 CAAAAATAAATAA-A-TAAGTTATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATTGAA-TAAATTCAAATAATT
749 TGACAATTGATAAGAGAAAAATA-TTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTATA-TCAAACAGTC
* ** * *** * ** ** * * *
319949 ATGGCTAGGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTG
812 ATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACAATTTGTTTCCTCAGA-AAAAAAT-
* * *
320014 TATTTGAACTT--T-CA
875 TAGTTCAA-TTCATAAA
* * * *
320028 AGCTTATTCAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATCAATAAG---AGATTTAA
1 AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* ** * ** * * *
320090 AAAATAAAT-TTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGCAATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCA
65 AATA-AAATATT-TTT-T-GAACAATTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCA
* * * *
320154 AATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
125 AA-TCTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAAT
* * * * *
320219 AAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGT
188 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * *
320284 TTA-C-TGAACCAGTTCAAATATTTAAGAATATATGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
252 TTACCATG--CAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-
* * *
320347 CTTTTGTTTTGTTATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAA-A
314 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTT--ATTCATACA-AGCTTA-TTCGAATAAAATAATA
** * * * * **
320410 ATGACCTAATTAATAATTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAA-ATAATTCTATTTACTT
374 AT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAACA-AA-TATATTTACCA
* * * * * *
320470 AACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATT-ATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTA
436 AACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTGACCAT-TTTC-AATCATTATAACCTTTTG
* * * * * *
320533 TATTGTAATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAAT-TAT
499 TTTTGTAATAAAACAAATATTTTAATTCATATAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATATAT
* * * *
320597 TAATATTTCAAATATTAATAAGAGATTCAAAAAA-TAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAG
564 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT-AAAAAAGTAAATCTATTTATCTAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
320661 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATG-AC-TTTTGTTCTATTATAAAATAA
628 TTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTA-GAACTTTTTGTTATGGTATAAAACAA
* * * * * *
320724 TTGTTTCTATTCATAC-ATGCTTATTC-GAATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAGCA
692 TTGTTTTTGTTC-TACAAAGCTTATTCAGAA-TAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGA-CA
* ** * * **
320786 ATTGAT-A-AGTAAAAT-TTAAAAAACAATTATGTTTATCGAACTGGATC--A-A---ATGA--A
754 ATTGATAAGAGAAAAATATTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTATATCAAACAGTCATGACTA
* * * * * * **
320840 -C---A-AA-TA-CTAATCTCAAATCATTATGATC--TTTGTTTTCTCATAAAACAATTATTTTT
819 TCTGAACAATTATCT-ATTTCAAAACATTATGA-CAATTTGTTTCCTCAGAAAAAAATTAGTTCA
* *
320896 TTATCATACA
882 AT-TCATAAA
* * ** *
320906 AGCTTATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGATAATTAATAAG---AGATTTA
1 AGCATATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* * ** * * * * * *
320967 AAAAATAAATGGGTTTGCTAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
64 AAATA-AAAT--ATTTTTTGAA-CAATTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTC
* * *
321031 AAATCGTTTTGAA-CTTTT-TTTAGTCAT--AATAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGG
124 AAATC-TTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAG-TTATTTGA
* * * **
321091 AATAAAATAATACTAATTTA-TAGGTAGTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAA
185 AATAAAATAATACTAATTTATTA-ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAA
* * * ** * ** * * * * *
321155 TATATTTACTAAACAAGGTCAAATAGCTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
247 TTTGTTTACCATGCAAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
321220 GACTATTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
312 GACT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * ** * * * *
321285 CTATTTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAG
374 ATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAACAAATATA-TTTACC-AA
** * * * * * * *
321348 TTAA-TTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACT-AGCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTT
437 ACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTGA-CCATTTTCAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * * ** *
321411 TTGTAATAAAACAATTGTTTTTCAA--CAAACAAGATTTTTATAAATAAAATAATACTAATTTAT
501 TTGTAATAAAACAAAT-ATTTT-AATTCATATAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATATAT
* * * * * * *
321474 TAATATTTCAAGAATTAATAAAAGATTTAAAAAAG-AAATTTGTTTGT-TGATCCAGTTCAAATA
564 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA-TTAAAAAAGTAAATCTATTTATCT-AACAAGTTCAAATA
* * * * ** ** * * *
321537 GTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTTTAAC-CTTCGCTCTAT--CATAAAAC
627 GTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGAACTTTTTG-T-TATGGTATAAAAC
* * * * * * * * *
321599 AATTGTTTCTATTCATGC-AAGCTTATTC-GAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAA
690 AATTGTTTTTGTTC-TACAAAGCTTATTCAG-AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGAC
* * * * * * * * * *
321662 AATTAATAACTATG--AGAT-TTAAAAAATAAAT-TCGTTTGCCAAACCAGT-TCAAAAAGTTAA
753 AATTGATAA-GA-GAAAAATATTAAAAAGTAAATAT-GTTTACCGAACTA-TATCAAACAGTCAT
* * * *** * ** ** * *
321722 GACTATATGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-T
814 GACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACAATTTGTTTCCTCAGAAAAAAATTAGT
* * *
321786 TTAAGCTCATAGA
879 TCAA-TTCATAAA
* * * * * * *
321799 AGCTTATTTAAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATATCAAAAATTTAT-A--AAAGATTTAG
1 AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA-
* * * *
321861 AAA-ATAAT-TTTACTTACGAAACACA-TTCAAATAATTAT-AGCTATTTGCACAATTATCTATT
64 AAATAAAATATTT--TT-TG-AACA-ATTTCAAAT-ATTATGA-CTATTTGAACAATTATCAATT
* * * * * * * *
321922 TCAAATCATTACT--GCTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTT-TGTT
122 TCAAATC-TTA-TAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTAT-TT
* * * * *
321984 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAA
183 -GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * *
322049 ATCTAG-TTGCCAAACCATTTCAAGTAGTTT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
246 AT-TTGTTTACCATGCAAGTTCAAATA-TTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCAT
* * * * * * ** *
322112 TATAACTTTTTATTTTGTTATCAAATAATTGGTTTTATTTATACTATTTTATTCAAAATAAAATA
309 TATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATA
* *
322177 ATGCA-AATTTAATAATATT
371 AT-AATAATTTATTAATATT
322196 CTGAAACTTA
Statistics
Matches: 3770, Mismatches: 775, Indels: 604
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
873 17 0.00
874 34 0.01
875 173 0.05
876 177 0.05
877 200 0.05
878 138 0.04
879 100 0.03
880 129 0.03
881 110 0.03
882 6 0.00
883 5 0.00
884 68 0.02
885 60 0.02
886 130 0.03
887 33 0.01
888 15 0.00
889 65 0.02
890 13 0.00
891 107 0.03
892 108 0.03
893 133 0.04
894 234 0.06
895 242 0.06
896 96 0.03
897 32 0.01
898 53 0.01
899 173 0.05
900 177 0.05
901 134 0.04
902 247 0.07
903 481 0.13
904 72 0.02
905 7 0.00
906 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (890 bp):
AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAA
ATAAAATATTTTTTGAACAATTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCTT
ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTATTTGAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCATGC
AAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAACAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATG
ACTATTTGAACAATTGACCATTTTCAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATATTT
TAATTCATATAAGCTTCTTCGAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
AGATTAAAAAAGTAAATCTATTTATCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATC
TATTTAAAATCATTAGAACTTTTTGTTATGGTATAAAACAATTGTTTTTGTTCTACAAAGCTTAT
TCAGAATAAAACAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTGATAAGAGAAAAATATTAAAAAGT
AAATATGTTTACCGAACTATATCAAACAGTCATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACAT
TATGACAATTTGTTTCCTCAGAAAAAAATTAGTTCAATTCATAAA
Found at i:319443 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 319411--319443 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
319401 AATTGGTTCA
319411 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
319429 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
319444 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:320258 original size:539 final size:534
Alignment explanation
Indices: 316413--322678 Score: 3286
Period size: 537 Copynumber: 11.7 Consensus size: 534
316403 AAAATTGTGG
* * * * * *
316413 CCTTTT-TTTTGGTCATATAACAATTTTTTTTCA-TCATTCCAGCATATTC-AGAATAAAATAAT
1 CCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAT
* * * * *
316475 ACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT----GATTT--AAAATAAATTTGTTTACTG-A
63 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAA
* * * ** * *
316533 ACTAGTTCAAATA--TATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATC-TCTATAACCT-TTTGT
128 AC-AATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGT-TATGA-CTATTTGT
* * *** * * * * *
316594 TTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATCTAAT
190 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-GTAATTTATT
* * * *** *
316658 AATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAATTTGTTTGCCGAACTAGTTCAA
254 AATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT--AATCTGTTTATTGAACAAGTTCAA
* * * * *
316722 ATATTTGAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAA
316 ATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA
* * * ** *
316785 ATAAGTTTTTTTGAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTC
379 ACAA-TTGTTTTG-A-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * * * *
316849 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTATATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATG
440 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATC-AATTAGTTCAAATAGTAATG
* * ** *
316913 ATTATTTGAACAATTGTCTATTTTC-AATCATTATAA
499 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * *
316949 CCTTTTGTTTTGTCATGAAACAAATATTTTTATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATACT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * *
317014 AATATATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTATCT--AAC
66 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAT-TGAAAC
* * * * * * *
317073 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACTTTTTGTTATG
130 AA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTT-TT
*** * * ** *
317138 GT-ATAAAACAATTGTTTTTGTTCGTACAAAGCTTA-TTCAGGCTAAAATAATACTAATTTATTA
193 GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT-GTAATTTATTA
** * * * * * * ** *
317201 ATATTTTGACAATTGATAAGTGAA-AAATTTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTA-TATCAA
255 ATATTTCAAAAATTAATAAAT-AAGAGA-TTTAAAAAAT-AATCTGTTTATTGAACAAGT-TCAA
* * * * * * *
317264 ACAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAGAAAA
316 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAA
* * ** * * * * *
317329 AAATTATTTCAATTCATAAAAGCATATTCAAAAT-AAATAATACTAAGTTATTAATATTAT-GAA
380 CAATTGTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAA
* * * ** * * * ** *
317392 AATTAATAGTTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTTAAACAATTTTGGCTA
443 AATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAATTAGTTCAAATAGTAATGACTA
* * * *** *
317457 TTTCG-ATAATTATCTCTTTGAAATCACTATAA
503 TTT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
** * *
317489 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAG-TTATTTTG-AATAAAATAATAC
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAC
* * * * *
317552 AAATTTATTAATATT--AAGATAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-A
65 TAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAA
** * * * * * * *
317614 ACAATTTCAAATCTTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGGTGTGACTTTTTGTTT
128 ACAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTT
* ** * * *
317679 TGTCATAAAATAATTGTTT--ATGTCATGCATGCTTATTCCGATTAACAAAAT-AT-TAATTTAT
192 TGTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAAGCTTATT-TGA--AATAAAATAATGTAATTTAT
** * * * * * * **
317740 TAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAACATTTAAAGAATAAATATGTTT-TCCAAACAAGTTCAA
253 TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTAT-TGAACAAGTTCAA
* * * * * * *
317804 CTAGTCAT-AGCTATTTGAATAATTA-CCATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAA
316 ATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA
* * * * * *
317867 ACAATTGTTTAAGTTCATATAAGCTTCTT-TGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAA
379 ACAATTGTTT-TGATCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * * *
317931 AAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTG-TTACTGAA-CATGTTCAAATAGTTATGA
442 AAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTA-TCAATTA-GTTCAAATAGTAATGA
* * * ** **
317994 CTATCTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTGGGA
500 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
** * * * * * * *
318029 TATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTTAGTTTATATACGCTTATTTGAAATAAAACAATAC
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* ** * * * * * * * *
318094 TGATTTATTAATATTTTTAGAAATTAATGA-GAAAGAGAATTAAAAAGTGAATCTT-GTTACTG-
65 TAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAACTAAA-AGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTATTGA
* * * * * * *
318156 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTGTCTATTTTAAAACATTATGACAATTTGTT
127 AACA-ATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTT
** * * * * ** * *
318221 TCCTCATAAAGCATTTGGTTCTATTCATGTAAGCTTCTTTTG-AATAAAATAATAGAAATTTATT
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAAT-GTAATTTATT
* * * * * **
318285 AATATGTCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTAAAATAA-ACATAT-TTT-TTGAACACTTTCAAA
254 AATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAA-AATA-ATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAA
* *
318346 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACC
317 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-C
* * *
318411 AATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAA
381 AATTGTTT-TGA-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
318474 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCATGCGAGTTCAAATAGTTATGACT
443 AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAT--TAGTTCAAATAGTAATGACT
* **
318538 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA
502 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * **
318571 TCTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * ** *
318636 AATTTATTAACA-TCCTAAAAATTAATAAGTTGAAA-ATTTTAAAAAT-AATTTATTCGTCG-AA
66 AATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAA
* * ** * * * * *
318697 CAAGCTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATTATCTATATCAACTCGTTATTA-TATTTTGTTT
129 CAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTA-TTTGTTT
* * * ** *
318761 TGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAA-ATTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
192 TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-GTAATTTATTA
* * * **
318825 GTATTTCAAAAATTAAT--A-AA-AGATTTAAAAACTAAATCTGTATATCAAAGC-AGTTCAAAT
255 ATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTATTGAA-CAAGTTCAAAT
* * * * *
318885 AATTATAATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAGC
318 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAA-C
* * * ** * *
318948 AATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATT-TGAAGTAAAATGTTGA-TAAGTTAATAATA-TTCTAA
381 AATTG-TTTTGATCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * **
319010 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTCTTTGCCAAATTAGTTCAAATAGTTAA-GACTATT
442 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AATTAGTTCAAATAG-TAATGACTATT
* * *
319074 AGAACAGTTATCTATTTCAAATTGTTCTGA
505 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
** * * * *
319104 TATTTTG-CTTGTCATAAAATAGCA-T-TTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAAT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
** * * * *
319165 ACTAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAAC-AACAA-ATTTTATAAAATAAATTTGTTTATC
63 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AACTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTATT
* * * *** *
319228 GAAA-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAATTATCTATTTAAAATAAATAAGACCT-TTT
125 GAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTT
* * * * * *
319290 ATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTA
188 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-GTAATTTA
* * * * * *
319355 TTGAT-TCTTCAAAATTTGATATATTAGAGATTTAAAAAATACATC-G--AATTG-----GTTCA
252 TTAATAT-TTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATA-ATCTGTTTATTGAACAAGTTCA
* * ** * * *
319411 AATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACAAACATTTGTTTTTTCATAAA
315 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA
* * * ** * * *
319476 ACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTACTAAAATTTCAAA
379 ACAATT-GTTTTGATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
319541 AATTAATAAATAGGAGGTTTAAAAAATAAATCTG-TT-T--ATTA----AACTGGT--T-CCTAT
443 AATTAAT--A-A-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAATTAGTTCAAATAGTAATGACTAT
* * *
319595 TTAAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAA
504 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
** * * ** * *
319626 CCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* *
319691 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAAACA
66 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAACA
* * * * * *
319756 ATTCAAACAGATAAGACTATATGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATGACTATTTATTTTGTC
131 ATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGTC
319821 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT
196 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATG-TAATTTATTAATATT
* ** * * *
319886 TCAAAAATAAATAAATAAGTTATTTAAAAAGTGAATCTGTTTATTGAATAAATTCAAATAATTAT
260 TCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATTAT
* ** * * *
319951 GGCTAGGTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTGTA
324 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGT-
* * * * * *
320016 TTTGAACTTTCAAGCTTATTCAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATCAATAA
387 TTTGATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
320081 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAGCAATGACTATTTGAACAATTGT
452 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AATTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTAT
** * *
320146 AAACTTCAAATTGTTATAA
516 CTATTTCAAATTGTTATGA
* * * *
320165 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
320230 AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCA
66 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAACA
* * * * *
320295 GTTCAAATATTTAAGAATATATGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGT
131 ATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTTGTTTTGT
* * * * * * ** *
320359 TATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATAATAGCTTATTTGGAATAAAATAAAATG-ACCTAATTAA
195 CATAAAACAA--TTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAAT--AATGTAATTTATTAA
* * *
320423 TAATTCAAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAAATAATTCTATTTACTT-AACCAGTTCAAAT
256 TATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTT-AAAAAATAA-TCTGTTTA-TTGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
320483 AATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATATTGTAATAAAACA
318 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACA
* * * * * * *
320548 AATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAATAT
382 ATTGTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * *
320612 TAATAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGC
446 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AATTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAAC
* **
320677 AATTATTTATTTCAAATCATTATGA
510 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * *
320702 -CTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTCGAATTAAAATAATATT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* ** * * * *
320766 AATTTATTAATATTTCAGCAATTGATAAGT-AAA-ATTTAAAAAA-CAA-TTATGT-TT------
66 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAACA
* * * * * * * *
320820 A-TCGAACT-G-GAT--C-AAATGAACAAATA-CTAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTC
131 ATTC-AAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTG
* *** * * * * *
320877 TCATAAAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTA-TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAA
194 TCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATAAAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAAT-GTAATTTATTAA
** * ** ** *
320941 TATTT---TGA-TAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGGGTTTGCTAAATC-AGTTCAAATA
256 TATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
321001 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAACTTTT-TTTAGTCAT-AATAAT
319 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAT
* * ** * * *
321064 TATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA-TAGGTAGTTAAAAAATT
384 TGTTTT-GATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATT
* * * ** *
321128 AATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAGGTCAAATAGCT-ATGACTATT
447 AAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-TCAATTAGTTCAAATAG-TAATGACTATT
* * * *
321192 TCAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
505 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
321222 -CTATTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
1 CCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * **
321285 CTATTTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCGA
64 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATTGA
*** * * * * * * * * * * *
321347 GTTAATTCAAATAATCATGGCCATTTAAACAACTAGCTATTTTAAATCATTATTACCT-TTTGTT
127 AACAATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTTGTT
* * * *
321411 TTGTAATAAAACAATTGTTTTTCAA--CA-AACAAGATT-TTTATAAATAAAATAATACTAATTT
191 TTGTCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATAA-AAGCTTATTT-GAAATAAAATAAT-GTAATTT
* * * * * *
321472 ATTAATATTTCAAGAATTAAT--A-AA-AGATTTAAAAAAGAAATTTGTTTGTTGATCCAGTTCA
251 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAA-TAATCTGTTTATTGAACAAGTTCA
* * * * * * * * * *
321533 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTTTAACC-TTCGCTCTATCATAAA
315 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AA
* * *
321597 ACAATTGTTTCT-ATTCATGCAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCT
379 ACAATTGTTT-TGA-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* ** ** *
321659 AAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTGCCAAACCAGTTCAAAAAGTTAA-G
440 AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AATTAGTTCAAATAG-TAATG
* * * *
321723 ACTATATGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATAA
499 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * ** * * *
321759 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-AAGCTCATAGAAGCTTATTTAAAATAGAATAAAAT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * *
321823 TAATTTATTAATATAT-CAAAAATT--T-A-TAAAAGATTTAGAAAATAATTTTACTTA-CGAAA
65 TAATTTATTAATAT-TCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAA
* * * * *
321882 CACATTCAAATAATTAT-AGCTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCATTACTG-CT-TTTCAT
129 CA-ATTCAAATAGTTATGA-CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACTATTT-GT
*** * * * * ** *
321944 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
190 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-GTAATTTATT
* * * **** * *
322009 AATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAG-TTGCCAAACCATTTCAA
254 AATATTTCA-AAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCT-GTTTATTGAACAAGTTCAA
* * * * * * * * *
322072 GTAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTTATCAAA
316 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
* * * ** * * * * *
322137 TAATTGGTTTT-ATTTATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTCTGAA
380 CAATT-GTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAA
* * * * * * ** * ** * *
322201 ACTTACTAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTCGAACCAATTCAAATAGT--TAACT-
442 A--AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AATTAGTTCAAATAGTAATGACTA
**
322263 TTATGTAA-ATGATTATCTATTTCAAATCATTATGA
503 TT-TG-AACA--ATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * ** *
322298 CCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATAC
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC
* * * * *** * **
322361 TAATTTCA-TAATATT-TAAAAA--ACTAA-TAAGAGGTTTTTTAAA-AAATTTGTTTA-CCAAA
65 TAATTT-ATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAA
* * * * * * * *
322419 TCATTTCAAAT-GATTAAGATTAT-TAGAAGAATTATATACTTCAAATCGTTTTGACCATTTGTT
129 -CAATTCAAATAG-TTATGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTT
* * * * * **
322482 TAGTCATAAAACAATTGTTTCAAATCATATAAGCTTA-TTCATAATAAATTAAAACTAATTTATT
191 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAAT-AATGTAATTTATT
* * ** * ***
322546 AATATTTAAAAAATAAATAAGGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
254 AATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * * ** *
322611 AGTTATTATTATTTGAATAATTGTTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGCCATAAAACA
318 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACA
322676 ATT
382 ATT
322679 TATTAGATGG
Statistics
Matches: 4482, Mismatches: 943, Indels: 609
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
514 39 0.01
515 18 0.00
516 11 0.00
517 74 0.02
518 43 0.01
519 24 0.01
520 101 0.02
521 67 0.01
522 92 0.02
523 190 0.04
524 9 0.00
525 7 0.00
526 4 0.00
527 19 0.00
528 3 0.00
529 49 0.01
530 63 0.01
531 130 0.03
532 86 0.02
533 190 0.04
534 184 0.04
535 23 0.01
536 309 0.07
537 572 0.13
538 393 0.09
539 555 0.12
540 386 0.09
541 267 0.06
542 291 0.06
543 230 0.05
544 48 0.01
545 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATTGAAACA
ATTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTTG
ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAATTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATTGTTATGA
Found at i:323413 original size:160 final size:162
Alignment explanation
Indices: 323191--323497 Score: 422
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
323181 GAACATTTGG
* *
323191 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
323256 CTATTTGAACAATTATTTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC
66 CTAATTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACAATTGTTTC
323321 AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATATAAAAAA
131 AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATATAAAAAA
* **
323353 AAAATTAATAAGCAAGAG-TTT-AAAAAAAAAATTTGTTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAAAATTTGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATG
* * ** ** * *
323415 ACTAATTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGATTTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
65 ACTAATTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACAATTGTTT
* *
323480 CAATTTATACAAGCTTAT
130 CAATTCATAAAAGCTTAT
323498 TTGAAATAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 18, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
160 104 0.83
161 5 0.04
162 17 0.13
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
AAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
CTAATTGAACAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGACATAAAACAATTGTTTC
AATTCATAAAAGCTTATCCAAAATATAAAAAA
Found at i:323914 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 323352--324110 Score: 663
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 178
323342 AATATAAAAA
* * * * *
323352 AAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAAAAATTTGTTTACTGAACTAATTCAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * **
323416 CTAATTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGATTTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
66 CTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTT-
** * * *
323481 AATTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTAGTAATATTCC
128 TTTTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* * * * * * * ** * * *
323532 AAAAATTAATAAGTACGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTGCCAAATTAGTTCAAATAATTATGG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * ** * * *
323597 CCATTTCAACAATTATA-ACAATT-TAA---TTACCACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTT
66 CTATTTGAACAATTATATAC--TTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTT
* * * * * *
323657 TTTATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATCTTTC
128 TTT-TTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
** **
323709 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCCGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * *
323774 CTATTTGAACAATTCTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTTTTATGTCACAAAATAATTATTTT
66 CTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTT-TGTCATAAAATAATT-TTTT
* *
323839 TGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCC
129 T-TTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
* * * * *
323890 AAAAATTAATGACTAAGGGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGA
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * *
323955 CTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCAT-AAA-AATTTTTTC
66 CTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTTT-
* ** * * * *
324018 TCAATTCATATTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATAATTTTATTAATATTTC
129 T---TTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA-TTTAATAATATTCC
*
324071 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAATTATGTT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTT
324111 ATAACAGTTA
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 102, Indels: 34
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.01
177 110 0.24
178 29 0.06
179 8 0.02
180 45 0.10
181 241 0.53
182 23 0.05
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATATACTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTT
TTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
Found at i:324995 original size:181 final size:173
Alignment explanation
Indices: 324610--325100 Score: 462
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 173
324600 GCTTATTCAT
* *
324610 AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAGAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTC-AAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAA-AAATAAATT
* * ** *
324675 TATTTTCTGAACTAGTTTAAATAATTA-AGCTACATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGA
62 TATTTTC-AAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
* *
324739 CCTTTTGCTTTATAGTAAATCAATTTTTTCAATTCTTATTAACTTATTTGA
126 -CTTTTGCTTTATAGTAAAACAATTTTTTC-A-TCATATTAACTTATTTGA
* * * * *
324790 AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATCAGTAAGAGGTTTAAAAGATAATTT
1 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTC-AAAAATTAAT-A-TAAGAGATTTAAAA-ATAAATT
* *
324855 TATTTGTCAAACCAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
62 TATTT-TCAAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
* * * *
324920 TCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAAGTGTTTTTGC-TCATA-TAAGTT-TGTTCTA
126 -CTTTTGCTTTAT-AGTAAAACAA-T-TTTTT-CATCATATTAACTTAT-TT-GA
*
324971 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAATT-A-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
1 AATAAAATAATACTAATCTATTAATA-TTCAAAAATTAATATAAGAGATTT-AAAAATAAATTTA
* * * *
325033 TTTATAAAACTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
64 TTT-TCAAACTAGTTTAAATAATTAT-AACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
325096 CTTTT
126 CTTTT
325101 TTCTATTATA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 36, Indels: 31
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.03
176 66 0.25
177 7 0.03
179 4 0.02
180 88 0.34
181 79 0.30
182 5 0.02
183 5 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCAAAAATTAATATAAGAGATTTAAAAATAAATTTATT
TTCAAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTT
GCTTTATAGTAAAACAATTTTTTCATCATATTAACTTATTTGA
Found at i:325095 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 324585--325359 Score: 507
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 174
324575 AAAATAATTA
* * * * *
324585 TTTCCGTTCATAAAAGCTTATTC-ATAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAA
1 TTTCTGTTCATATAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA-T--
* * ** * * * * **
324649 TAACTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTATTT-TCTGAACTAGTTTAAATAATTAAG-CTACATGA
61 TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAT-AAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGA
* * * * * * *
324712 ACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTTAT-AGTAAATCAATTT
124 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAA-TG
** * * *
324765 TTTCAATTCTTATTAA-CTTATT-TGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TTCAAAAAATT
1 TTTCTGTTCATA-TAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATT
* * * * * * * * *
324827 AATCAGTAAGAGGTTTAAAAGATAATTTTATTTGTCAAACCAGTTTAAATAATTAT-AACTATTT
62 -A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATAAAACTAGTTCAAATAGTTATGAA-TATTT
*
324891 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAGTG
122 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TG
* * * * *
324946 TTTTTGCTCATATAAGTTTGTTCTAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAATTAATA
1 TTTCTGTTCATATAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATA
*
325011 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATAAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATT
66 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATAAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAA-CAATT
* * * *
325075 ATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTT-TTCTATTATAAAACAATAG
130 ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-G
* * * * * *
325120 TTTCTATTCATACATGCTTATTC-AGATTAATAAT-ATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTA
1 TTTCTGTTCATATAAGCTTATTCTA-AATAA-AATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTA
* * * ** * * *
325183 ATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGA
63 ATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATATTTATAAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGA
* * * * * *
325248 ATAATTATCAATGTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTA
124 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TG
* * * *
325301 TTTCAGTTCATATAAGGTTATT-TGAAATAAAATAATACT-ATGTTGTTAATATTCCAAAA
1 TTTCTGTTCATATAAGCTTATTCT-AAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAA
325360 ATTATTAATT
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 93, Indels: 66
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 2 0.00
174 50 0.11
175 24 0.05
176 70 0.15
177 4 0.01
178 2 0.00
179 69 0.15
180 108 0.23
181 133 0.28
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
TTTCTGTTCATATAAGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATA
AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATAAAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTA
TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATG
Found at i:325438 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 325335--325505 Score: 261
Period size: 87 Copynumber: 2.0 Consensus size: 87
325325 AAATAAAATA
* * ** * * *
325335 ATACTATGTTGTTAATATTCCAAAAATTATTAATTAGGAGATTTTAAAACTGAATCTATTTATTG
1 ATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTA
*
325400 AACAAGTTTAAATAATTATATG
66 AACAAGTTCAAATAATTATATG
*
325422 ATACTATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTA
1 ATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTA
325487 AACAAGTTCAAATAATTAT
66 AACAAGTTCAAATAATTAT
325506 GAACATTTGA
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 9, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
87 75 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (87 bp):
ATACTATGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTA
AACAAGTTCAAATAATTATATG
Found at i:325907 original size:172 final size:175
Alignment explanation
Indices: 325630--325965 Score: 400
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 175
325620 AATCAGTAAA
* * * *
325630 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAA-TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATT
* * * **
325695 TATTTCAAATTCTTAGGACATTTTTGTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATATGA-GCT
65 TACTTCAAATTCTTAGGACACTTTCGTTTTTA-CATAAAACAATTGTTTCAATCCATAT-ACGCT
* * * *
325759 TATTTGGATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTTTACAATTAATC
128 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTACAATTAATC
* *
325807 AGATTTAAAAAA-AAA-TGTTTACCACACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCT
1 AGATTTAAAAAATAAATTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTAT-T
* *
325870 T-CTTCAAA-TCATT-GTGA-ACTTTCGTTTTCTA-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTACGC
65 TACTTCAAATTC-TTAG-GACACTTTCGTTTT-TACATAAAACAATTGTTTCAATCCATATACGC
325930 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
127 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
325966 CTAGAATTTA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 17, Indels: 15
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.01
172 55 0.40
173 12 0.09
174 52 0.38
175 2 0.01
176 3 0.02
177 12 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
AGATTTAAAAAATAAATTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTT
ACTTCAAATTCTTAGGACACTTTCGTTTTTACATAAAACAATTGTTTCAATCCATATACGCTTAT
TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTTACAATTAATC
Found at i:326088 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 325624--327717 Score: 1386
Period size: 180 Copynumber: 11.7 Consensus size: 179
325614 TTAATTAATC
* * * * * * * *
325624 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAACAAGTTCAAATCGTTATGATTATTTGAATA
1 AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
325689 ATTATTTATTTCAAATTC-TTAGGACATTTTTGTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTCCATA
66 ATTATCTATTTCAAA-TCATTATAAC-CTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
** * * * * *
325753 TGAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTT-----TTACA
128 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAAA
* * * * ** *
325800 ATTAATCAGATTTAAAAAA-AAA--TGTTTA-CCACACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
1 AGTAA-GAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
325861 TAATTATCT-TCTTCAAATCATTGTGAA-CTTTCGTTTTCTAATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
64 CAATTATCTAT-TTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * *
325924 GTACGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAGAATTTAAA
127 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAA
** * * * *
325978 GAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATCTAAAT
1 -AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * *
326043 AATTATCTAATTCAAAAGATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTTATGCA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* *
326108 A-CTTGATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATA
130 AGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAA-A
* * * *
326160 AGTAA-A-AATTTTAAAAATAAATTTATTT-TTAAAACACA-TTCAAATGGTTATGACTATTTGA
1 AGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATCTATTTATT-GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
326221 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTTGTTTTGTCAT-AAACTAGTTGTTTCTGTTCA
63 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCA
* * ** *
326284 -AAAAACATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAATAAATA
126 TACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAA-A
* * * * * * * * *
326339 AGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTTTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTGTGATTATTTGAACA
1 AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
326404 ATTATTTATTTCAAAT-ATTATGATCC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** *
326467 AG-TTCATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATA
130 AGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAA-A
* * * * * * *
326519 AGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCA-CATCGATTTGAA
1 AGTAAG-AGAATTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA
* * * * *
326582 C---TATATATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTG-CTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
** * *
326643 CAAAATTATTT-AGAATAAAACAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATT--A
128 CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAA
* * * *** *
326694 A-TAAGTGATTTAAAAACTAAATCGT-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AGA
1 AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATC-TATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-A
* * * * * * * * * *
326756 CAATTATCTATCTCAAGTCGTAATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * * * *
326820 AGGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTCATA
129 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATT-AAA
* * * * * *
326873 AGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTTTTTGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * ** * *
326936 AATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTGTTTAGTCATAAAATGATTGCTT-TAGCTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * *
327000 ATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAACATTTAGAAAATTAATA
129 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAA-A
*** * *
327052 AGTAAGA-AATT-AAAAA-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
327114 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * ** * *
327178 AGTTTATCCT-AAATAAAATAATTTTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATA
130 AGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATT-AAA
* * * * * *
327230 AGTTAGA-AATTTAAAACATAAATC-AGTTTATCGAATC-AGCTCAAATAATTATGACCATTTGA
1 AGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* *
327292 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAA-CTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTCATT-A
63 ACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA
* ** *
327355 TACAAGCCTA-TCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
126 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAA-A
* * * * ** * *
327410 AGTAGGAAAATTGAAAAATAAAT-TAGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * * *
327474 AATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * * *
327539 AGTTTGTTCCG-AACAAAACAATACTAATTTATTGATATTTTGAAAATTAATA
130 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAA-A
* * * * * * *
327591 ATTAAGAGAATTAAAAAAATAAATATGTTTACT-AAGCCAA-TTTAATTAGTTA-AACTATTTGA
1 AGTAAGAGAATT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * ** * *
327653 ACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCATTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATA
63 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
327718 TAGTTTTATT
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 306, Indels: 191
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 60 0.04
173 10 0.01
174 89 0.06
175 6 0.00
176 73 0.05
177 151 0.10
178 124 0.08
179 199 0.13
180 437 0.29
181 326 0.22
182 35 0.02
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAAA
Found at i:327195 original size:533 final size:531
Alignment explanation
Indices: 325928--327609 Score: 1354
Period size: 533 Copynumber: 3.1 Consensus size: 531
325918 ATTCATGTAC
* * *
325928 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAG-AATTTAA-AGAGTAAGAGAATT
1 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAGAAAATTAATA-AGTAAGA-AATT
* * * *
325991 AAAAAATAAATCTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGCTATGACTATCTAAATAATTATCTAATTC
64 -AAAAA-AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTT
* * * * * * * *
326056 AAAA-GATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-GTTTATGCAACTTGATTTCA
125 AAAATCATTATGACCTTTTATTTT-TCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAATTTATTT-A
* *
326119 AATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAA-TAAATT
187 AATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AGA-TTTAAAAACTAAA--
** * *
326183 TATTTTTA-AAACACA-TTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
246 TCGTTTTACAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTAAT
* *
326246 GACTATTTGTTTTGTCATAAACTAGTTGTTTCTGTTCAAAAAACATTATTTGAAATAAAATAATA
310 GACTATTTGTTTTGTCATAAACTAGTTATTTCTATTCAAAAAACATTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
326311 CTAATTTATTAATATTCCAAAATAAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATTTTTTTATTGAGCG
375 CTAAATTAATAATATTCCAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTATTGAACC
* ** * * * *
326376 AGTTCAAATAGTTGTGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATTATGATCCTTTGTTTTGTC
440 AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGATCCTTTGTTTAGTC
* *
326441 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
505 ATAAAATAATTGCTTCTACTCATACAA
* * *
326468 G-TTCATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTATA-AAAATTAATAAGTTGAAG-ATT
1 GCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAGAAAATTAATAAG-T-AAGAAAT
** * *
326530 TAAAAAATTAATCTATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCA-CATCGATTTGAACT-A-TA--TAT
63 TAAAAAA--AATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGT-ATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTAT
* * * * * *
326590 TTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGCTGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTT
123 TTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTTC-ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAATTTATTT
* *
326654 AGAATAAAACAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGT-GATTTAAAAACTAAATCG
186 A-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAACTAAATCG
* *
326718 TTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AGACAATTATCTATCTCAAGTCGTAATGA
249 TTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTAATGA
* * * * ** * * * *
326782 -TCTTTGTTTTGTCCTAAAAC-ATTTATTTCTATTCATATAGGC-TTATTTGGAGTAAAATATTG
312 CTATTTGTTTTGTCAT-AAACTAGTTATTTCTATTCA-AAAAACATTATTTGAAATAAAATAATA
* ** * *
326844 CTAAATTAATAATATTCTAAACATTCATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATGTTTTTGTTGAAC
375 CTAAATTAATAATATTCCAAA-ATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTATTGAAC
* *
326908 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA-CATTTTGTTTA
439 CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGATC-CTTTGTTTA
* *
326972 GTCATAAAATGATTGCTT-TAGCTCATACAT
502 GTCATAAAATAATTGCTTCTA-CTCATACAA
*
327002 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTATTAACATT-TAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTAA
1 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTAA
** *
327065 AAAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT
66 AAAAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT
* * * * *
327130 CATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATCCTAAATAAA
130 CATTATGACCTTTTATTTT-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAATTTAT-TTAAATAAA
* * *
327195 ATAATTTTACTTTATTAATATTAT-AAAAATTGATAAGTTAGAAATTT-AAAACATAAATCAG-T
193 ATAA-TATAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAG--ATTTAAAAAC-TAAATC-GTT
* * * * * * * *
327257 TTATCGAATCAGCTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACT
251 TTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTAATGACT
* * * * * * * **
327322 -TTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTCATT-ATACAAGC-CTA-TCAAAATAAAATAATACT
314 ATTTGTTTTGTCATAAACTAGTTATTTCT-ATTCA-AAAAACATTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * **
327383 AACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAAA-A-TTGAAAAATAAAT-TAGTTTGTCAAA
377 AAATTAATAATA-TTCCAAAATAAATAAGTA--AAAGATTTAAAAAATAAATGT-TTTTATTGAA
* * * * * * * *
327445 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTT
438 CCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGATCCTTTG-TTT
* * * * ** * *
327510 A-TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAA
501 AGTCATAAAATAATTGCTTCTACTCATACAA
* * * * * * *
327540 GTTTGTTCCG-AACAAAACAATACTAATTTATTGATATT-TTGAAAATTAATAATTAAGAGAATT
1 GCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAGAAAATTAATAAGTAAGA-AATT
327603 AAAAAAA
64 AAAAAAA
327610 TAAATATGTT
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 157, Indels: 128
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
529 1 0.00
530 33 0.04
531 7 0.01
532 20 0.02
533 244 0.26
534 131 0.14
535 3 0.00
536 16 0.02
537 170 0.18
538 146 0.16
539 52 0.06
540 92 0.10
541 3 0.00
542 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (531 bp):
GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTAA
AAAAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATC
ATTATGACCTTTTATTTTTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAATTTATTTAAATAAAATA
ATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGATTTAAAAACTAAATCGTTTTACAAACCA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTAATGACTATTTGTTTTGTC
ATAAACTAGTTATTTCTATTCAAAAAACATTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT
CCAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTATTGAACCAATTCAAATAGTTAAG
ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGATCCTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGCTTC
TACTCATACAA
Found at i:327655 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 325422--327708 Score: 1501
Period size: 361 Copynumber: 6.4 Consensus size: 358
325412 TAATTATATG
* * * * *
325422 ATACT-ATGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAAAG-ATTTAAAAAATGAATCTATTTAT
1 ATACTAAT-TTATTAATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGAATTTAAAAAATAAATATGTTT-T
* * * ** ***
325485 TAAACAAGTTCAAATAATTATGAAC-ATTTGAACAATTATCGATTTGGAATGGCTATAACCTTTT
64 TAACCAA-TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTT
* * ** * **
325549 GGTTTATCATAAAATGATTTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCTAATAAAATAATAC-AA---
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCATT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
*
325609 ATT--TA-TT----AATTAATCAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAACAAGTT
190 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAA-ATTT-AAAAATAAA-TTATTTATC-AAACAAGTT
* * * * *
325665 CAAATCGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTAGGA-CATTTTTGTTTTTAT
251 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGATC--TTTTG-TTTTGT
* * * *** *
325728 CATAAAACAATTGTTTCTGTCCATATGAGCTTATTTGGATTAAAATA
312 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAATA
* * * * **
325775 ATATTAGTTTATTAATATT-T-----TT-ACAATTAATCAG-ATTT-AAAAA-AAA-ATGTTTAC
1 ATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAATTAA-GAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
* * * * * *
325829 CACACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCT-TCTTCAAATCATTGTGAACTTTC
65 AAC-CAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTAT-AACTTTT
* * * ** *
325893 GTTTTCTAATAAAACAATTGTTTC-AATTCATGTACGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCATT-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
325957 ATTAATA-TTCTAGAATTTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTT-GCTGAACAAGT
190 ATTAATATTTC-AAAAATTAATA-AGT-AGAAAATTTAAAAATAAAT-TATTTATC-AAACAAGT
* * * * * * *
326019 TCAAATAGCTATGACTATCTAAATAATTATCTAATTCAAA-AGATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
250 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * *
326083 TAAAACAATTGGTTCTGTTTATGCAACTTGATTTCAAATAAAATA
314 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAATA
* * * * *
326128 ATA-TAAATTTATTAATGTT-TCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTTAAAAATAAATTTATTTT
1 ATACT-AATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAATTAAGAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTT
* * * * *
326189 TAAAACACATTCAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTT
64 T-AACCA-ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTT
* * * *
326254 GTTTTGTCAT-AAACTAGTTGTTTCT-GTTCA-AAAAACATTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
126 GTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTCATT-ATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* * * ** * *
326316 TTATTAATA-TTCCAAAATAAATAAGTA-AAAGATTTTAAAAATAAATTTTTTTATTGAGCGAGT
188 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAA-A-TTTAAAAATAAA-TTATTTATCAAACAAGT
* * * * * *
326379 TCAAATAGTTGTGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGATCCTTTGTTTTGTCAT
250 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
326443 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTCATTCAAAATAAAATA
315 AAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAATA
* * *
326487 ACACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTTGA-AG-ATTTAAAAAATTAATCTAT-TTT
1 ATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAA-TTAAGAGAATTTAAAAAA-TAA-ATATGTTT
* * * * * *
326549 TTGAA-CAAGTTCAAATAGTCACATCGATTTGAAC---TATATATTTCAAATCATTATGACATTT
63 TT-AACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTT
* * ** *
326610 TCTTTTG-CTGTAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAACAATACTAA
125 TGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTCATT-ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA
* * *
326672 TTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGT-G---ATTTAAAAACTAAATCGT-TTTACCAAACCAG
187 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAAA-TAAAT--TATTTATCAAACAAG
* * * *
326732 TTCAAATAGTTATGACTATTT-AGACAATTATCTATCTCAAGTCGTAATGATC-TTTGTTTTGTC
249 TTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *** *
326795 CTAAAACATTTATTTCTATTCATATAGGCTTATTTGGAGTAAAATA
313 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAATA
* * * * * * * * * *
326841 TTGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTCATAAGTAAG-G-ATTTAAAAAATAAATGTTTTTGTT
1 ATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TT
* * *
326904 GAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTG
65 -AACCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTG
* ** ** * * *
326968 TTTAGTCATAAAATGATTGCTTTAGC-TCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTA
127 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTCATTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
327031 TTAACATTT-AGAAAATTAATAAGTA-AGAAA-TTAAAAA-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
191 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAGA-AAATTTAAAAATAAAT-TATTTATCAAACAAGTTCA
* * * * * *
327092 AATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAA
253 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
327157 AAAATTATTT-TAGTTCATATAAGTTTA-TCCTAAATAAAATA
318 ACAATTGTTTCT-GTTCATATAAGTTTATTCC-AAATAAAATA
** * * *
327198 ATTTTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTT-AGA-AATTTAAAACATAAATCA-GTTTA
1 ATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAA-TTAAGAGAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTT-
* * ** * * *
327260 TCGAATCAGCTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTT
63 T-TAACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACTTTT
* * * ** *
327325 GTTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTCATTATACAAGCCTA-TCAAAATAAAATAATACTAACTTA
126 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCATTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
327389 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAAAATTGAAAAATAAATTAGTTTGTCAAACCAGTTCAA
191 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-GAAAATTTAAAAATAAATTA-TTTATCAAACAAGTTCAA
* * * *
327454 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTATCATAAAA
254 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
327519 CAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTCCGAACAAAACA
319 CAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAATA
* * * * *
327559 ATACTAATTTATTGATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGAATTAAAAAAATAAATATGTTTACT
1 ATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TT
* * * ** * **
327624 AAGCCAATTTAATTAGTTA-AACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCATTCAT
65 AA-CCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGT
327688 TTTGTCATAAAACAATTGTTT
128 TTTGTCATAAAACAATTGTTT
327709 ATGTTCATAT
Statistics
Matches: 1514, Mismatches: 305, Indels: 222
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
343 4 0.00
344 90 0.06
345 6 0.00
346 12 0.01
347 8 0.01
348 3 0.00
350 4 0.00
351 2 0.00
352 9 0.01
353 118 0.08
354 129 0.09
355 100 0.07
356 131 0.09
357 172 0.11
358 156 0.10
359 99 0.07
360 128 0.08
361 305 0.20
362 38 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
ATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAATTAAGAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTA
ACCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTT
GTCATAAAACAATTGTTTCTCATTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAAATAAATTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCTGTTCATATAAGTTTATTCCAAATAAAATA
Found at i:328156 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 327868--328195 Score: 394
Period size: 166 Copynumber: 2.0 Consensus size: 166
327858 TAATTCTAAC
* ** * * *
327868 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTTATAAAATGAATTTATTTACTGAATAAGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAAGT
* * * *
327933 TCAAATACTTGTGACTATTTGAACACTTATCTTTTTCAAATTGCTTTAACCTTTTGTTTTGTTAT
66 TCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGCTTTAACCTTTTGTTTTATCAT
*
327998 AAAACAATTTTTTTCTATTTAGACAAGCTTATTAAAT
131 AAAACAATTTTTTTCTA-TCAGACAAGCTTATTAAAT
* *
328035 TTATTAATATTT-AGACAATTAAAAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAG
1 TTATTAATATTTCA-AAAATTAAAAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAAG
* * * * * *
328098 TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTAT-TTATTTTAAGTTG-TTATGACTTTTTGTTTTAT
65 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTT-TTTCAAATTGCTT-TAACCTTTTGTTTTAT
* * *
328161 CATAAAATAATTTTTTTTTATCATACAAGCTTATT
128 CATAAAACAATTTTTTTCTATCAGACAAGCTTATT
328196 CGGATTAAAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 22, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
165 17 0.12
166 92 0.68
167 27 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (166 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAAGT
TCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTGCTTTAACCTTTTGTTTTATCAT
AAAACAATTTTTTTCTATCAGACAAGCTTATTAAAT
Found at i:328348 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 328030--329300 Score: 1011
Period size: 180 Copynumber: 7.1 Consensus size: 180
328020 ACAAGCTTAT
* * * * * *
328030 TAAATTTATTAATATTTAGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAT
1 TAAA-TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
* * * * * * *
328095 AAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTTAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTA
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTA
* ** * ** *
328160 TCATAAAATAATTTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAACGATAT
130 TCATAAAACAATTTTTTTTT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * ** *
328212 TAAATTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGTCGAAC
1 TAAATTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
* * * * *
328276 AAG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTA
* * * ** * * * *
328340 TAATAAAATAATTGTATTAGTTCAAATAGGCTTATTCAAAATAAACTAATAC
130 TCATAAAACAATT-TTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
328392 TAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
1 TAAATTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * *
328457 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACC-TTTGTTTTA
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTTA
* * * *
328520 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCCAAATAAAATAATA-
130 TCATAAAACAATT-TTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
** * ***
328571 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAA-ATTGTTTTGTAAA
1 TAAA-TTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACCAAA
*
328634 CACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATAGTTA-AGACCTTTTGTT
64 CA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATA-ACCTTTTGTT
* ** * * * **
328697 TTGTTGT-AAACTAACTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
127 TTATCATAAAAC-AA-TTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * *
328752 TAATTTGTTAATA-TTTCAGAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATATGCTTT-CCAAG
1 TAAATTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACCAAA
* * * * * * *
328815 CAAGCTCTAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * * * ** * *
328880 GTGATCAAACAATTGTTTATTTCATACAAATTTATTTAGAATAAAATAATAC
129 ATCATAAAACAATTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *** *
328932 TAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
1 TAAATTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * * *
328997 AGTTCAAATAGTCA-CATCAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACTTTTTGTTTT
66 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * * *
329060 GTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCAAACATA-ATTATTCAAAATAAAATAATAC
129 ATCATAAAACAATT-TTTTTTTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * *
329113 TAATTTATTGATATTTTGAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAGACA-AAATTTGTTGACTAAAC
1 TAAATTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTACCAAAC
* * * * * * * * *
329173 TAGTTCAAATAATTATGAGTATTTGAACAATTATCCATCTT-ATATTGTTATGATC-TTTATTTT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTT
* * * * ** ** * *
329236 GTCATAGAACAATTGTTTCTTTCATATTAGCTTATTCGGATTAAGATAATAC
129 ATCATAAAACAATTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
329288 TAATTTAATAATA
1 TAAATTATTAATA
329301 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 177, Indels: 71
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 36 0.04
176 19 0.02
177 60 0.07
178 6 0.01
179 87 0.10
180 421 0.48
181 235 0.27
182 15 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAATTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTAT
CATAAAACAATTTTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
Found at i:329960 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 329299--330634 Score: 972
Period size: 182 Copynumber: 7.4 Consensus size: 181
329289 AATTTAATAA
* * * * *
329299 TAAAAAATAAATGTATTGTGTCT-AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAATGTGTT-T-ACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * ** * * *
329363 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTAAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCT
64 TTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TCA
* *
329428 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
128 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
329481 TAAAAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGGTTAAATAGATATGACTATTTA-AACAATTATCTAT
1 T-AAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
329545 TTAAAATTGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCT
64 TTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATC-
* * * * *
329609 AAAA-AAAATAGTATTACTTTATTAATATTTCAAAAAATTATTAAGTAAAAGATT
127 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * * *
329663 TAAAAATTAAA-GCTAGTTTTC-GAATCAATTCAAATAGTTAGGACCATTTGAACAAATATCAAT
1 TAAAAAATAAATG-T-GTTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTAT
* *** * * ** *
329726 CTCAAATTGCTAT-A-ATCTTTGTTTGGTCATAAAAAAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC
64 TTCAAATCATTATAACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TC
** * * *
329789 -GGATAAATATAATGCTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAGTAAGTAAGAGATT
127 AAAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * * * *
329843 TAAAAAATAAATGTGTTTGCTGAATTAGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATCATCTATTT
1 TAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTT
* * * *
329908 CAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
66 CAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TCAAA
*
329973 ATAAAATAATACTAATTTATT-ATCA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
130 ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
330024 TGAAGAAATAAATCTGTTTTA-TCAAACACA-TTTAAATAGCTATGATTATTTGAACAATCATCT
1 T-AAAAAATAAATGTG-TTTACT-GAAC-CAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCT
** * * * *
330087 ATTGAAAATCATTATGAA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTTCAGCTCATAAAAGCTTAT
62 ATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
** * *
330151 CCAAAATAAAATAGCATTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCT-AGAGATTT
126 -CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TT
* * * * * * * *
330208 TGAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTA-AACAATTATATAT
1 TAAAAAATAAATGT-GTTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTA-TTAGAACAATTATCTAT
* * * ** **** *
330271 TTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTCAACATACGAGCTTATCAA
64 TTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCAA
*
330336 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAGAA-T--T-AGTAAGAGATT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
330384 T-AAAAATAAATATGTTTA-TCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATGTGTTTACT-GAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATT
** * ** * * * *
330447 TCAAATTGTTATAAGC-TTTTGTTCTACCATAAATCAATTATTT-ATGTTCATAAAAGTTTATTC
65 TCAAATCATTATAA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTA-TC
* * ** * * *
330510 GAAATAAAATAATACTAATTTTTATAATA-TTCTGAAAATTCATAACTAAGGGATT
127 AAAATAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
330565 CAAAAAATAAAT-TCATTTCCCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC-AATATGAATAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAATGT-GTTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTA-GAACAATTATCTAT
330628 TTCAAAT
64 TTCAAAT
330635 TGTACTATTT
Statistics
Matches: 904, Mismatches: 197, Indels: 106
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 87 0.10
176 32 0.04
177 15 0.02
178 3 0.00
179 6 0.01
180 118 0.13
181 217 0.24
182 261 0.29
183 152 0.17
184 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
TAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
Found at i:332217 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 332185--332217 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
332175 AACTAGTTTA
332185 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
332203 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
332218 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:332402 original size:177 final size:179
Alignment explanation
Indices: 330668--332700 Score: 1377
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 179
330658 TTTATTCAAG
* * * * * * *
330668 ATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAATTAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA--AAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
330733 ATTTA-CTGAACCTA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAA-AAATATATATTTCGAATCGTTATT
64 ATTTATC-GAACC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
330795 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCAGATAAGCTTGTTT-AA
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
* * *
330847 A-AAAATAATACTAATTTATTTATATTT-ATAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-A-AAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
330910 TATTTA-CCAAGCAATTTCAAATAGTTTTCACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
63 TATTTATCGAACCAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * **
330974 ACCTTTTGTTTTGTCATCAAACTATTGGTTTTATTCATACT-ATTTTATTTGAA
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA-TAAGCTTATTTGAA
* * * * * *
331027 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAACTCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * *
331092 AATTGCCGAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATGTAAACGATTATCTATTTCAAATCGTTATGTC
64 ATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
331157 CTTTTTGTTTTGTCTTAAAA-TAATTTTTTTGTTCATACAAACTTACTT-ATA
129 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGA-A
* * * * * *
331208 TTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * ** * * * *
331273 ATTTTTCGAATCAGTTCATATGGTTAAGATTATTAAAACAATTAT-TCATTTGAAATTGTTCTTA
64 ATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
331337 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
* *
331389 ATAAATTAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATTAAAAGATATTTAAAAAAATAAATC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-TAAAAGAGATTT-AAAAAATAAATC
* ** * * * * * * *
331453 TATTTGTCGAATAAGTTCAAATAGTTATTAATGTTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA
63 TATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * *
331518 CCTTTTGTTTTGTCACAAAAC-AAT-TTTTTCAATTAATACAAGCTTAGTGGTA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT--GTTCATATAAGCTTATTTGAA
* * * * * * *
331570 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAT-GAAAATTAAT--AAGTGATTTAAAAAGTGAATTTC
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * *
331632 TTTATAGAATCATTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAGC
65 TTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
331697 TTTTGTTTGGTCATATAAA-AAATGTTTTTGATCATTTAAGCTTATTTGGA
130 TTTTGTTTTGTCATA-AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
* *
331747 ATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT-T
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
331811 -TGT-TC--ACTGAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAACAATTCTATACTTCAAATTGTTATAA
64 ATTTATCGAAC-CAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
** * * * * * * *
331872 CCTAGTGTTCTATGGC--AAAAC-AATATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGA
128 CCTTTTGTT-T-TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
* * * * *
331923 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCGATAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
331987 GTTTACCGAACCAGTCTGAATATTTAAGACTA-ATGAACAATTATCCATTTCAAAAT-GTTATGA
64 ATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGA
* *** * *
332050 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TATCAATTCATGCT-AGCTTATTTGGA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT-ATAAGCTTATTTGAA
* * * **
332101 ATAAAACAA-AATGAATTTATT-ATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAAACTATATT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AAAGAGA-TTTAAAA-AATAAA
* * * * * *
332164 TCTATTTACCTAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
61 TCTATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
332229 GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAA
126 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
* * *
332283 ATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAA-ATATTTAAAAAATAAATCTAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * *
332346 TTATCAAACCAGTGTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTCTTTCAAATCATTATGACT
66 TTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
** * * * * * *
332410 TTTTGTCCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGA-A
* ** * * ** ** *
332460 TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAATTTTTTTAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * *
332525 GTTTGTCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
64 ATTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
** * * ** * * **
332590 CTTTTGTTTTGTCATAAAGGAATTGATTAAGTTCTTATAAGTTTATTCAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
* * **
332641 ATAAAATAAAACCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTTAAAAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGAGA-TTTAAAAAAT
332701 TTGTTTATTG
Statistics
Matches: 1450, Mismatches: 335, Indels: 135
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
176 81 0.06
177 329 0.23
178 169 0.12
179 101 0.07
180 79 0.05
181 592 0.41
182 70 0.05
183 20 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
TTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGAA
Found at i:332575 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 332554--332586 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
332544 ATAGTCATGA
332554 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
332570 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
332587 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:333832 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 333806--333850 Score: 63
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
333796 TAACATTTAG
*
333806 AAAATCAATAAGCAAGAAATTT
1 AAAAT-AATAAGCAAGAAAATT
*
333828 AAAATATTAAGCAAGAAAATT
1 AAAATAATAAGCAAGAAAATT
333849 AA
1 AA
333851 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.76
22 5 0.24
ACGTcount: A:0.62, C:0.07, G:0.09, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
AAAATAATAAGCAAGAAAATT
Found at i:334424 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 333864--334646 Score: 541
Period size: 181 Copynumber: 4.4 Consensus size: 177
333854 GCTTATTCGA
* ** * * *
333864 AATAAATTAATACTAATTTATTAGCA-TTCAAAAATTAAATAAGAAAGAAATTTAAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
333928 TCTATTTACCAAACAATTTTAAATACTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTAT
64 TCTATTTATCGAA-TA-GTTCAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-ATTAT
* * * * ** * * ** *
333993 AACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATCATTT-TAGTTAATACAAGCTTAGATGG
126 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TCATAGAAGCTTATTTAG
* *** * * *
334046 AATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTTGAAATTAGTAAGTAAGAAATTTTAAAAA-AAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * *
334110 TATTTA-CTGAATCAATT-AATATGATTATGGCCATTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
66 TATTTATC-GAAT-AGTTCAATA-G-TTATAACCA-TTTGAACAATTATCTATTT-AAAATATTA
* * * * *
334173 TGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTGTTT-G
125 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATAGAAGCTTATTTAG
334226 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
334291 CTATTTATCGAAGTAGTTCAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCAATCTAAAATCATTAAGA
65 CTATTTATCGAA-TAGTTCAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT-ATTATGA
*
334356 TC-TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTCATCATAGAAGCTTATTTAG
128 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATCATAGAAGCTTATTTAG
* * * * *
334406 -TTAAAAATAATTCTAATTTAATAATATTT-CAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAAT
1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * *** *
334465 GTGCTTATGGAATTAGTTCAAAAAGTTAAAACCATTAGAATAATTATCTATTTTGGATAGTTCTG
65 CTATTTATCGAA-TAGTTC-AATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATA-TTATG
* * * * *
334530 ATCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACG-AGCTTATTCAG
127 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATCATA-GAAGCTTATTTAG
* * * * * * *
334582 AATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAACAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
334647 TTGTTTAACA
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 90, Indels: 58
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 35 0.07
175 37 0.08
176 60 0.12
177 8 0.02
178 10 0.02
179 71 0.15
180 47 0.10
181 130 0.27
182 70 0.15
183 14 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTATCGAATAGTTCAATAGTTATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATATTATGATCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATCATAGAAGCTTATTTAG
Found at i:335634 original size:177 final size:175
Alignment explanation
Indices: 335271--342417 Score: 2586
Period size: 181 Copynumber: 40.0 Consensus size: 175
335261 CTAATAATAT
* * * * * * * * *
335271 TTTAAAAATTAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
335336 TTCT-AATCATTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAAAATTTTCAATTCATACT-AGTTTATT
66 TT-TAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAATTTT-TATTCATA-TAAGTTTATT
*** * *
335397 CAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
127 TGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGA
* * * * * *
335446 TTCAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCTAATATTTATGACTAATTGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
335511 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
66 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT--TTTTATTCATATAAGTTTATTTG
* * * *
335576 GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATTTTAATACGATA
129 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGA
* * * *
335623 TTTAGAAAATAAATCTTTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * * * *
335688 TTCAAATTGTTATTACATTTTGTTCTATTACAAAACAATAGTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
66 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATTTTTATTCATATAAGTTTATTTGG
* * *
335753 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGATTATGTAA-AA-A-A
130 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATAT-TAATAAGAGA
* * * * * * * * *
335797 TTTAAAAAGTAAATATGTTTATCAAACTAGA-TCAAATAGTTGTGAATATTTAAATAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* *
335861 TTTTAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA-T-TTTTA-TTCATATAAGTTTATT
* * * *
335924 CGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAAATAATAATTAAGAGA
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC---AAATATTAA-TAAGAGA
* * * * *
335977 TTTAAAAAAT-GA-CTATTTACCGAA-CAACTTTAAATAATGATGACTATTTGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
336039 TTTGAGATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTATTCTATTCATACAAGTTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-AATT-TT-TATTCATATAAGTTTATT
* ** * *
336103 TTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGA
127 TGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT--TCAAA-T-ATTAATAAGAGA
* * * * * * *
336156 TTT-AAAAATAAATTTGTTTACCTAA-CAAGTTTAAATCGTTATGATTATTTGATC-A--A-C--
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * *
336213 ----AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACATTGTTTTCTATTCA-ACAAGCTTA-TC
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-AATTTT-TATTCATATAAGTTTATTT
* * * *
336272 CGAATTAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGA
128 GGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A-AA-TATTAA-TAAGAGA
* * ** * * * * *
336324 TTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATGTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
336388 TTTCAAAACATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTAATATAAGTTTATTT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTA-TTCATATAAGTTTATTT
* *
336453 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATGAGTAAGAGAA
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAATATT-A--A-TAAGAG-A
* * * ** * *
336506 TTAAAAAAATGAATATATTTATTGAAA--AAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * *
336569 ATTTCAACA-CTTTATGACTTTTTATTTTATTAGAAAGC-AATTGAATCTATTCATGA-AAGCTT
64 ATTTTAA-ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT---TTTATTCAT-ATAAGTTT
* * * * * *
336631 ATTTTGAATAAAACAACA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAACAA
124 ATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAATATTAATAA--GA-GA
* * * * * * * *
336686 TTTAAACAATAAATTTATTTTTCTAAA-CACGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTT
1 TTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * * *
336750 ATTTCAAATTGGTATGACCATTTGTTTTATGATAAATCAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATT
64 ATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT--TTTTATTCATATAAGTTTATT
* * * * *
336815 TGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGA
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAGAGA
* * * * * *
336868 TTTAAAAAATAAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAAATATTTA
1 TTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
336933 TTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTGGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-TATTCATATAAGTTTATTT
* * * *
336998 GAAATAAAACAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATTGGAGA
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAATATTAATAA---GAGA
* * * * * * *
337049 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT-AAGCTATTGTCT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCT
* * *** *
337112 ATGTCAAATCGTTATGATAGTTTGTTTTGTCGTAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTTGTA
64 ATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC--------ATA--AA--A--CA-AAT--TTT-TA
* ** ** * * *
337177 TTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-GA
111 TTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGA
* **** ** * ** * * * *
337241 TTT-AAAAATAAATATATTTGTTGAACCTGTTTAAATACATAAGACTATTAGAATAATT-T-TTT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * * * *** **
337303 TTTAAATTGTTCTAATTTTTTGTTTAGTCATATAA-TAATTGTTTCAACTCATACGTGCCTATTT
66 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT--ATTCATATAAGTTTATTT
** * * * * *
337367 CAAATAAAACAATACTAATTTATGAACATTT-AGGAA-ATGAATAAGCCAAAAA
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA--AATATTAATAAG----AGA
* * * * *
337419 TTAAAAAAATAAATCAATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
337483 TTTAAAATCATTGTGA--ATTTGTTTTATCATAAAA-AAATTGTTTCAATGCATAGAAGCTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT--ATTCATATAAGTTTATT
*** * * * * *
337545 CAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTTAGAGA
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATA-T--TAA-TAAGAGA
* * * * * * *
337597 TTTAAAAAAAAAAT-TAGTTTATCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
337661 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAATTCTTAGTAA-CTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATTTTT-ATTCATA-TAAGTTTATT
* * *
337725 CT-AAATAAAATGAA-A-TAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
127 -TGGAATAAAAT-AATACT-AATTTATTAATA-TTT-CAAA-TATTAA-TAAGAGA
* * * * * * *
337778 TTT-AAAAA-AATTATGTTTATCAAATC-ATTCAAAT-GATTATGACTATTTGAATAGTTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
337839 TTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA--TTTTTATTCATATAAGTTTATTT
* * * * *
337904 GAAATAAAATAATATTAATTTATTTATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGA
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATT---AA-TAAGAGA
* * * * * *
337956 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATGT-TTTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTA
* * * * * *
338020 TTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAGTCTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-TATTCATATAAGT-TTATT
*** ** * * *
338084 CAAAATAACTTAATGCTAATTAATTAATATTTTGAAA-ATTAATAAGTAATGGA
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAATATTAATAAG--A--GA
* * ** * * * * * * *
338137 TTTAAAAAATGAA-CT-TGTTGGCTTGAA-TAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATAATA
1 TTTAAAAAATAAATCTAT-TT-AC-CAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
338199 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCA-CAAACAATTGTTTCTATTCGTAAAAGCTTAT
63 TATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-TATTCATATAAGTTTAT
* * * *
338263 TTGAAATAACATAA-ATCTAATTTATTAATATTTTAAA-ACTAATAAGAGA
126 TTGGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGA
* * * * * * *
338312 TTTAAAAAATGAATATGTTCATCATCGAA-TAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATT--T-ACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * * *
338376 CTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTGTTCTATTCATACAAGCTT
62 CTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATT-TT-TATTCATATAAGTTT
** ** * * *
338441 ATTTCAAATAAAATTGTACAAATTTATTAATATTT-GACTATTAATAAGTAAAAGA
124 ATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAG----AGA
* * * * * * *
338496 TATAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTA-CT
1 T-TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-
* * ** * * *
338559 TATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTCTCCATACAAGCTTA
63 TATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTAT-T-CATATAAGTTTA
* * * *
338623 TTTGG-AT----T-A-A-T--TTT-TTAATATTTTGACAACTAATAAATAAAATA
125 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT--CAAAT-ATTAATAAGAGA
* * * * * * * ** *
338667 TTTTAAAAATAGATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTTTCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
338731 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTATCAATTCATATAGGCTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-T-T-TATTCATATAAGTTTATT
*** * * *
338795 CAAAATAAAATAATACTAATATTAATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGA
127 TGGAATAAAATAATACTAAT-TT-ATTAATATTTC---AAAT-ATTAATAAGAGA
* * ** *
338850 TTTAAAAAATGAAAT-TATTTTCTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAATAATTATCT
1 TTTAAAAAAT-AAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
338913 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAAC-AATTATTCCTATCCATACAAGCTTAT
64 ATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TT--TATTCATATAAGTTTAT
* * * * *
338977 TTGGAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATATTCCAAAAAAATTAACAAGTAAAAA
126 TTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC--AAATATTAATAAG---AGA
* * **** *
339032 TTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CACATTCAAATAG-TATGGCTATTTGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * * * *
339095 TTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAAATGTATTC
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTATTCATATAAGTTTATTT
** * * * * *
339160 AAAATAAAATAGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAATAAAAGA
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAA-T-ATTAATAAGAGA
* * * * * * ** *
339212 GTTAAAAATTAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTTGAAATAGTTATGACTGCTTGAACAATTATTTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
339276 TTTCAAATAGTTATGATCTTCTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTC
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTATTCATATAAGTTTATTT
** * *
339341 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCAT-AAAAATTAATAGGTAGGAGA
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAATATTAATA---A-GAGA
* * * * * * *
339393 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGGACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * * **
339457 TTTGAAATCATTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATGTTCATGCA-A-AA--TTATTCA
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-ATTTTTATTCATATAAGTTTATTTG
* * *
339518 GAATAAAATAAT-TTAGATCTATTAATATTTTGAAA-ATTAATAAGAGA
129 GAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTTCAAATATTAATAAGAGA
* * * ** * *
339565 TATAAAAACTAAATCTATTTACAAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * * * * *
339630 CTGAAATCCTTATGGTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTA
66 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-TATTCATATAAGTTTATTTG
* * *
339694 GATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
129 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAG----AGA
* * ** * *
339745 TTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTA
1 TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * ** *
339810 TTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC-AATTATTTCAATTCATGCAAGCTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT--ATTCATATAAGTTTATT
** ** * * * *
339874 TAAAATAAAATAATTTTAATTTACTAACATTTGACAAATTAATGAGTAAGAGA
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--CAAA-T-ATTAATAAGAGA
** * * * * *
339927 TTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTTAAATAGATT-TGTCTATTTGAATAATTTTC
1 TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
339990 TA-TTTAAAGTCATTATGACCTGTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCAATTCATA-AAATC
63 TATTTTAAA-TCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT--ATTCATATAAGT-
* ** * * * * *
340052 CTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAACTAATGAGCAAGAGA
122 TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAAT----AAGAGA
* * * * * *
340110 TTTAAAAACTAAAGCTATCTTA--GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAA
1 TTTAAAAAATAAATCTAT-TTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * ** * * * ** *
340173 TCTCAAATAGTTATGATC-TTTGTTTCCTCATAAAA-TAATTGTTTCTGATCATACAAACTAATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTAT--TCATATAAGTTTATT
* * *
340236 CGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
127 TGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGA
* * * * * ** * * *
340285 TTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATATTTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * * * *
340350 TTCAAATCGTTCTGACCTTTCATTTAGTCACACAA-TAATTGTTTCAATTCACACAAGTTTATTT
66 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT--ATTCATATAAGTTTATTT
* * * ** *
340414 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGA
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAAT----AAGAGA
* * * * * * *
340466 TTTGAAAAAATAAATTTGTATACCAAA-CAAGTTCAACT-TTTATGACTATTTGAACAAGTATCC
1 TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * **
340529 ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGT-A-AAAAAAAATGTATTAGTTCATAAAAGCTTAGC
64 ATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTA-TTCATATAAGTTTATT
*** * **
340592 CAAAATAAAATAATGCTACCTTATTAATATTTCAAA-AGTTAATAAGTCAGAGA
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATA-TTAAT-A---AGAGA
** * * * *
340645 TTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAATTAGTTCAAAT-GATTATGACCATTTGAACAACTACCT
1 TTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAACCAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
340708 A-CTTATAATCGTTATTACTTTTTTGTTTTGTCATACAAC-AATTGTTT-TTCAACATGCAAGCT
64 ATTTTA-AATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTATTC-ATAT--AAGTT
* *
340770 TATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAGA-ATTAATAAGAGA
123 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-ATATTAATAAGAGA
* *
340823 TTTAAAAAGTAAATCTGTTTACCAAAACCAA-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * * *
340887 CTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTT-TTCATACAAGTTTATTC
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTATTCATATAAGTTTATTT
* * * * *
340951 AGAATAAAATAATAGTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGA
128 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT-CAAA-TATTAA-TAAGAGA
** * * *
341003 TTTAAAAAATAAAT-TCATTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA-CAT
1 TTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-T
* * * ** * * ** *
341066 ATTTGCAATTTGTTACAACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAGAAATTATTTCAGCTCATGCAAGCTTA
64 ATTT-TAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-A-TTCATATAAGTTTA
* * * *
341130 TTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCATAAATTTATAACTAGGAGA
125 TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAATAT-TAA-TAAGAGA
* * * ** * ** * **
341185 TTTAGAAAATAATTATATTTATTTAAA-TAATT-ATCTA-TT-TTA--ATTTG--TTATTAT-T-
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * ** * * * * * * *
341240 TTTTGATTTTTTATAAAACAATTGTTTTTGT--TAATATAAGTTTGT-TTGACATAA----A-AT
65 TTTTAAATCGTTAT-GACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAAATTTTTATTCATATAAGTTTATTT
* ** * * * * *
341297 -AAACTAATTTATTAAT-ATTTA-GAA-AATT---A-ATTAGTAAGAGA
128 GGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGA
* ** ** * * * *
341338 TTTAAAAGATAAATCTAT-T-TAAAA--AACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT
1 -TT-TAA-A-AAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
341399 CAATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTGGTTCTGTTCATACT-ATTT
62 CTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT--TT-TATTCATA-TAAGTT
* * * * *
341462 TATTCGTAATAAAATAATGCTAATATCA-TAATATTTCAAA-ACTTAATAACCAGGAAA
123 TATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAATA-TTAAT-A--A-GAGA
* * ** * * * * * *
341519 ATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACGATATGAATATTTATTTAT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * * *
341584 TTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGCTTA-TTCG
66 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTATTCATATAAGTTTATTTGG
* * * *
341648 AATTAAAATAATAATAATTTAATGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
130 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAA-TATTAA-TAAGAGA
* * * * **** * * * *
341699 TCTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAATT
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA-C-T----ATTTGAACAATT
* ** * * * * * * *
341764 ATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACATGCT
60 ATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTA-TTCATATAAGTT
** * * * * * *
341829 TATTCAGAATAAATTAATACTAATTTAATAAAATTTAGAAAATTAGTAAGAAAGAGA
123 TATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--CAAA-TATTAA-TAAGAGA
* * * * * * *
341886 TTTAAAAAAATATATCTGTTTACCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATTACGATTTGAACAATTGTTT
1 TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
341950 A-TTTAGAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTA
64 ATTTTA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-A-TTCATATAAGTTTA
** * *
342013 -GAGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCCAAATTAATAAGTAAGAAA
125 TTTGG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--CAAA-TATTAA-TAAGAGA
* * * * * * * * * * * *
342068 TTT--AAAA-AAATTTGTTTATCGAATC-AGTCAAAATAATAATGGCCATTTGAACGATTATCAA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
342129 TTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAGTTATTTTT-TATCATACAAGTTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--AATTTTTAT-TCATATAAGTTTATT
*** *
342193 CAAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGA
127 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAA-T-ATTAATAAGAGA
* * *
342245 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACC-ATCTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCAA
1 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAAT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
342309 TCTCAAATCGCTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TATCATAGAAGCTTATT
65 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTAT-TCATATAAGTTTATT
* * *
342372 TGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
127 TGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAG
342418 TAAGAGATTT
Statistics
Matches: 5327, Mismatches: 1218, Indels: 853
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
152 2 0.00
153 9 0.00
154 7 0.00
155 6 0.00
156 5 0.00
157 5 0.00
158 5 0.00
160 12 0.00
161 11 0.00
162 15 0.00
163 8 0.00
164 8 0.00
165 6 0.00
166 1 0.00
167 4 0.00
168 32 0.01
169 65 0.01
170 152 0.03
171 45 0.01
172 88 0.02
173 86 0.02
174 129 0.02
175 124 0.02
176 232 0.04
177 326 0.06
178 520 0.10
179 524 0.10
180 613 0.12
181 975 0.18
182 740 0.14
183 255 0.05
184 21 0.00
185 18 0.00
186 58 0.01
187 54 0.01
188 38 0.01
189 23 0.00
190 3 0.00
191 33 0.01
192 9 0.00
193 1 0.00
194 2 0.00
195 2 0.00
196 52 0.01
197 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTATTCATATAAGTTTATTTGGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGAGA
Found at i:336376 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 336054--336376 Score: 431
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 170
336044 GATCGCTATA
* * **
336054 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAGATTTATTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAT
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAACATTTATTCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATAT
*
336119 AAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAA
66 AAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCTAACAA
* * *
336184 GTTTAAATCGTTATGATTATTTGATCAACAAATTGTTATG
131 GTTCAAATAGTCATGATTATTTGATCAACAAATTGTTATG
*
336224 ACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACATTGTTTTCTATTCA-ACAAGCTTA-TCCGAATTAAAATAAT
1 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAACATT-TATTCTATTCATACAAGCTTATTCCGAA-TAAAATAAT
* *** * *
336286 -TTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGA
64 ATAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCT-A
*
336349 ATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGA
127 ACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGA
336377 ATAATTATGT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 16, Indels: 9
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 41 0.31
169 65 0.49
170 27 0.20
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (170 bp):
ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAACATTTATTCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATAT
AAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCTAACAA
GTTCAAATAGTCATGATTATTTGATCAACAAATTGTTATG
Found at i:336485 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 336219--341205 Score: 3239
Period size: 181 Copynumber: 27.7 Consensus size: 180
336209 CAACAAATTG
* ** *
336219 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTTCTATTCA-ACAAGCTTATCCGAATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
336282 TAAT-TTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * *
336346 TGAATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATGTATTTCAAAACA
129 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
336398 TTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTAATATAAGTTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * *
336463 AATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATATATTTAT
65 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * *
336528 TGAAA-AAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAACA-CT
129 T-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCA
* * * * * * * *
336580 TTATGACTTTTTATTTTATTAGAAAGCAATTGAATCTATTCATGA-AAGCTTATTTTG-AATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCAT-ACAAGCTTA-TTTGAAATAAA
* * * * *
336643 ACAACA-TAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAACA-ATTTAAACAATAAATTTAT-
63 ATAATACT-AATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATG
* * * * * **
336704 TTTTCTAAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTG
124 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
336761 GTATGACCATTTGTTTTATGATAAATCAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
336826 AATACTAATTTTTTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTAC
* * * * * *
336891 CAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAAATATTTATTTCAAATCA
129 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
336943 TTATGATCTTTTCTTTGGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAAC
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* **
337008 AATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA-TTGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * * * * *
337071 CAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT-AAGCTATTGTCTATGTCAAATCG
129 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCA
*** * **
337123 TTATGATAGTTTGTTTTGTCGTAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTTGTATTCATACAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTC-----ATAA-AAC-A--A-TT-G-----TTT-TATTCATACAAGC
* * * *
337188 TTA-TTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTC-AAAA--ATTAA-TAAG-GATTT-AA
49 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** * ** * ** * * * * *
337246 AAATAAATATATTTGTTGAACCTGTTTAAATACATAAGACTATTAGAATAATT-T-TTTTTTAAA
113 AAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
**
337309 TTG
178 TCA
* * ** * * * * * ** * * *
337312 TTCTAATTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAACTCATACGTGCCTATTTCAAATAAAAC
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *** * * * * *
337377 AATACTAATTTATGAACATTTAGGAAATGAATAAGCCAA-AAATTAAAAAAATAAATCA-ATTTA
65 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA
** * * *
337440 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTAAAATCA
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * **
337493 TTGTGA--ATTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATGCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
337556 AATA-TTACTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TAGTTTA-
65 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAC
* * * *
337618 TCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
129 T-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * *
337671 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAATTCTTAGTAA-CTTATTCT-AAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATA-CAAGCTTATT-TGAAATAAA
*
337734 ATGAA-A-TAAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AATTATGT
63 AT-AATACT-AATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
* *
337794 TTA-TCAAATC-A-TTCAAAT-GATTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCA
125 TTACT-AAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
337849 TTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
337914 AATATTAATTTATTTATATTT-TAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * **
337978 TAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATGT-TTTATTTCAAATTG
129 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCA
* * ** **
338030 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTCAAAATAACT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAA
* * *
338094 TAATGCTAATTAATTAATATTT-TGAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAACT-TGTT
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAATATGTT
** * * * * * * *
338156 GGCTTGAA-TAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATAATATATTTCAAATCA
126 TAC-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
338211 TTATGACCTTTTATTTTATCA-CAAACAATTGTTTCTATTCGTAAAAGCTTATTTGAAATAACAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * *
338275 AA-ATCTAATTTATTAATATTT-T-AAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTCAT
65 AATA-CTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-
* * *
338334 CATCGAATAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
128 C-T-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * *
338389 CTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
** * * ** * * *
338454 TTGTACAAATTTATTAATATTT-GACTATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATCTGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * **
338518 -TCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTA-CTTATTTCAAATTG
128 CT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCA
** *
338571 TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCTCCATACAAGCTTATTTG-GAT----
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-T-CATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * *
338630 T-A-A-T--TTT-TTAATATTT-TGACAACTAATAAATAAAATATTTTAAAAATAGATATGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * * ** * *
338688 CCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTTTCTATTTAAAATCA
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * **
338741 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
338806 AATACTAATATTAATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAATTAT-TT
65 AATACTAAT-TT-ATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTT
** *
338870 T-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
126 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * *
338924 TTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTATTCCTATCCATACAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
338989 AATA-TAAATTTGTTAATATTCCAAAAAAATTAACAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT
65 AATACT-AATTTATTAATATTTC--TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
** * *
339052 TTTGAACACA-TTCAAATAG-TATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-A
127 ACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * **
339104 GTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAA-ATGTATTCAAAATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAA
* * * * * * * * * *
339168 ATAGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAATAAAAGAGTTAAAAATTAAATTTGTTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* ** *
339233 CTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTGCTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-A
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
339285 GTTATGATCTTCTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* *
339350 TAATACTAATTTATTAATA--TCATAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
64 TAATACTAATTTATTAATATTTC-T-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * *
339413 ACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGGACAATTATCTATTTGAAATCA
127 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * *
339467 TTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATG-TTCATGCA-A-AA--TTA-TTCAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * * *
339526 TAAT-TTAGATCTATTAATATTT-TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATATAAAAACTAAATCTATTT
64 TAATACTA-ATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * *
339585 AC-AAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATCTGAAATCC
127 ACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * * *
339639 TTATGGTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * *
339702 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTT-
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * *
339766 GTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
128 CT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
339820 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
** * * * * * *
339885 AATTTTAATTTACTAACATTT-GACAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA
65 AATACTAATTTATTAATATTTCTA-AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * *
339949 CTGAATAAGTTTAAATAGATT-TGTCTATTTGAATAATTTTCTATTT-AAAGTCA
128 CTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCA
* * * * * * **
340002 TTATGACCTGTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAATCCTATCCGAAATAAAA
1 TTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * * *
340067 TAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAACTAATGAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT-CTT
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTT
* * * * *
340131 A--GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT-A
127 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * *
340182 GTTATGATC-TTTGTTTCCTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAACTAATTCG-GATAAA
1 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AA
* *
340244 AATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * ** * * * *
340305 GCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATCG
127 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * * * *
340359 TTCTGACCTTTCATTTAGTCACACAATAATTGTTTCAATTCACACAAGTTTATTT-AGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * *** * * *
340423 TAATATTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTATA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * **
340488 CCAAACAAGTTCAACT-TTTATGACTATTTGAACAAGTATCCATTTAAAATTG
128 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ****
340540 TTATGACCTTTTCTTTTGT-A-AAAAAAAATGTATTAGTTCATAAAAGCTTAGCCAAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* ** *
340603 AATGCTACCTTATTAATATTTC-AAAAGTTAATAAGTCAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA
65 AATACTAATTTATTAATATTTCTAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTA
* ** * * * * *
340666 CCAAATTAGTTCAAAT-GATTATGACCATTTGAACAACTACCTACTT-ATAATCG
128 CTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCA
* * * * *
340719 TTATTACTTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTT-TCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAA
1 TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * *
340783 ATAACACTAATTTATTAATATTTC-AAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTGTTT
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * **
340843 ACCAAAACCAA--TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTG
127 A-CTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
340897 TTATAAACTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTTTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * *
340961 AATAGTAATTTAGTAATATTT-TAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTG
65 AATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-T-ATGTT-
* * * * **
341024 T-C-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA-CATATTTGCAATTTG
126 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTT-CAAATCA
** * * * * * * *
341078 TTACAACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAGAAATTATTTCAGCTCATGCAAGCTTATTTGGAATAGAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * *
341142 TAAAACTAATTTATTAATATTTC-ATAAATTTATAACTAGGAGATTTAGAAAATAATTATATTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCTA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
341206 TTTAAATAAT
Statistics
Matches: 3779, Mismatches: 790, Indels: 476
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 110 0.03
171 50 0.01
172 70 0.02
173 42 0.01
174 15 0.00
175 46 0.01
176 159 0.04
177 96 0.03
178 391 0.10
179 344 0.09
180 413 0.11
181 934 0.25
182 679 0.18
183 263 0.07
184 18 0.00
185 23 0.01
186 1 0.00
187 1 0.00
189 24 0.01
190 3 0.00
191 36 0.01
192 7 0.00
193 6 0.00
195 7 0.00
196 38 0.01
197 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTA
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:336512 original size:349 final size:348
Alignment explanation
Indices: 335865--336512 Score: 781
Period size: 349 Copynumber: 1.9 Consensus size: 348
335855 TATCTATTTT
* *
335865 AAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAAT
1 AAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATCCGAAAT
* * * *
335930 AAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAAATAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGACTATTT
66 AAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTT
* * * * * * *
335995 ACCGAACAACTTTAAATAATGATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAGATCGCTATAACTTTT
131 ACCGAACAACTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACCTTT
* *
336060 TGTTTTGTCATAAAAAGATTTATTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTT
196 TGTTTTGTAATAAAAAGATTTATTCTATTAATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTT
*
336125 ATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTTAA
261 ATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGAATTAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTTAA
336190 ATCGTTATGATTATTTGATCAAC
326 ATCGTTATGATTATTTGATCAAC
* *
336213 AAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAACATTGTTTTCTA-TTCA-ACAAGCTTATCCGA
1 AAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTT-TAGTTCATACAAGCTTATCCGA
* * * * * *
336275 ATTAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
63 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * * * * * *
336339 TGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATGTATTTCAAAACATTGTGA
128 --TTTACCGAACAACTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACACTATAA
*
336404 CCTTTTGTTTTGTAATAAAACA-ATTGT-TT-TAGTTAATATAAGTTTA-TTTGAAATAAAATAA
191 CCTTTTGTTTTGTAATAAAA-AGATT-TATTCTA-TTAATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAA
* *** * * *
336465 TATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAA
252 TATAAATTTATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGAATTAAAAA
336513 AATGAATATA
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 42, Indels: 17
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
347 44 0.18
348 48 0.19
349 153 0.61
350 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (348 bp):
AAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATCCGAAAT
AAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATTT
ACCGAACAACTTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAACACTATAACCTTT
TGTTTTGTAATAAAAAGATTTATTCTATTAATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTT
ATTAATATTAAGAAAATTAATAAATAAAAGAATTAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTTAA
ATCGTTATGATTATTTGATCAAC
Found at i:336983 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 335271--343444 Score: 3971
Period size: 362 Copynumber: 22.7 Consensus size: 360
335261 CTAATAATAT
* ** * * * * *
335271 TTTAAAAATTAAATT-TGTTTACCGAACTAGTTCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * ** * *
335335 TTTCTAATCATTATGA-C-TTTTTTTTGTCATAAAACAAAATT-TTCAATTCATACTAGTTTATT
65 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC--AATTGTTTTATTCATACAAGCTTATT
** * *
335397 CAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTCAAAAAAT-
128 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
335456 AATTCTATTTACCTAACCAA-TTCTAATATTTATGACTAATTGAACAATTATCTATTTTAAATCG
192 AAATATATTTACC-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ***
335520 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAA
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * ** *
335584 TAATACT-AATCTATTAATATT-T-CAAATT-TTAA-TACGATA
318 TAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * *
335623 TTTAGAAAATAAATCT-TTTTA-TCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
1 TTTAAAAAATAAAT-TATTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
** * * * * * * *
335685 TATTTCAAATTGTTATTA-CATTTTGTTCTATTACAAAACAATAGTTCTATTCATACAAGCTTAT
63 TATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
335749 TTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC---GATT-AT--GTAAAAAATTTAAAAAGT-
127 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * **
335807 AAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTGTGAATATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTGT
192 AAATATATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
335872 TATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
256 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
335935 AATACT-AAGTTATTAATATT-TCAAAAAATAATAATTAAGAGA
319 AATA-TAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * ** * * * * *
335977 TTTAAAAAAT-GACTA-TTTACCGAACAACTTTAAATAATGATGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 TTTAAAAAATAAATTATTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** * ** *
336040 TTGAGATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TATTCTATTCATACAAGTTTATT
66 TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-TT-TATTCATACAAGCTTA-T
* *
336103 TTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTAAGAAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAA
127 TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
336164 T-AAATTTGTTTACCTAACAAGTTTAAATCGTTATGATTATTTG-------ATC-A--ACAAATT
190 TAAAATATATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
336218 GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTTCTATTCA-ACAAGCTTATCCGAATTAAA
254 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAA
* *
336281 ATAAT-TTAATTTATTAATATTTCT-ACAATTAATAAGTAAAAGA
317 ATAATATAAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
336324 TTTAAAAAATAAA-TATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATGTA
1 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * *
336388 TTTCAAAACATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAGTTAATATAAGTTTATTT
65 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
336453 GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-ATG
129 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-A
** * * * *
336517 AATATATTTATTGAAAAAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAACA-CTT
193 AATATATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCAT
* * * * * * ** *** *
336581 TATGACTTTTTATTTTATTAGAAAGCAATTGAATCTATTCATGAAAGCTTATTTTGAATAAAACA
256 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * *
336646 ACATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAACA-A
320 ATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * *
336686 TTTAAACAATAAATTTATTTTTCTAAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTA
1 TTTAAAAAATAAA-TTATTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
*** * * * *
336751 TTTCAAATTGGTATGACCATTTGTTTTATGATAAATCAATTGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTT
65 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * *
336816 GAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTTCAAAAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
129 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
336881 ATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAAATATTTATTTCAAATCATTA
194 ATATATTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * ** *
336946 TGATCTTTTCTTTGGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAACAAT
258 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* ***
337011 ATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TTGGAGA
322 ATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
337049 TTTAAAAAATAAA-TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT-AAGCT-ATTGTC
1 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA--TAATTATC
* * * *
337111 TATGTCAAATCGTTATGA-TAGTTTGTTTTGTCGTAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATTTG
63 TATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTC-----ATAA-AAC-A--A-TT-G-----TTT-
** * * *
337175 TATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG
110 TATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*** ** * ** * * *
337239 -----GATTT-AAAAAT-AAATATATTTGTTGAACCTGTTTAAATACATAAGACTATTAGAATAA
174 TAAAAGATTTAAAAAATAAAATATATTT-ACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * ** * * ** * * * * * **
337297 TT-T-TTTTTTAAATTGTTCTAATTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAACTCATACGTG
238 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAG
* * * * * * *
337360 CCTATTTC-AAATAAAACAATACT-AATTTATGAACATT-TAGGAAATGAATAAGCCAAAA-A
302 CTTA-TTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAG-TAAAAGA
* * * ** * * *
337419 TTAAAAAAATAAATCAATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATAT
1 TTTAAAAAATAAATTATTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * **
337484 TTAAAATCATTGTGA--ATTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATGCATAGAAGCTTATTCA
66 TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
337547 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAA-AAAA
130 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAA
* * * * *
337610 T-TAGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATT
195 TATA-TTTA-CCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
337673 ATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAATTCTTAGTAA-CTTATTCTAAATAAAAT
257 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA--AAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
337736 GAA-ATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
319 -AATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
*
337778 TTT--AAAA-AAATTATGTTTA-TCAAATC-A-TTCAAAT-GATTATGACTATTTGAATAGTTAT
1 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
337836 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTG
62 CTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
337901 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTTATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
126 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
337966 -AAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATGT-TTTATTTCAAATT
191 AAAATATATTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTTCAAATC
* * * * **
338029 GTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGTCTTATTCAAAATAACT
254 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAG-CTTATTCAAAATAAAA
* * * * **
338094 TAATGCT-AATTAATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAATGGA
318 TAAT-ATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * ** * * * * * *
338137 TTTAAAAAATGAACTT-GTTGGCTTGAA-TAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATAATAT
1 TTTAAAAAAT-AAATTATTTTAC-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
338200 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCA-CAAACAATTGTTTCTATTCGTAAAAGCTTATT
64 ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT
* * *
338264 TGAAATAACATAA-ATCTAATTTATTAATATTT-TAAAACTAATAAG----AGATTTAAAAAAT-
128 TGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * *
338322 GAATATGTTCATCATCGAATAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
192 AAATATATT--T-A-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
338387 CACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTGTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATA
253 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATA-AAGCTTA-TTCAAAATA
** * * **
338451 AAATTGTACAAATTTATTAATATT-TGACTATTAATAAGTAAAAGA
315 AAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
338496 TATAAAAAAATAAATCT-GTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTA-C
1 T-TTAAAAAATAAAT-TATTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
** *
338558 TTATTTCAAATTGTTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCTCCATACAAGCT
63 -TATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-T-CATACAAGCT
* ** * * * * *
338621 TATTTG-GAT----T-A-A-T--TTT-TTAATATTTTGACAACTAATAAATAAAATATTTTAAAA
124 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * ** * *
338675 AT-AGATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTTTCTATTTAAAAT
189 ATAAAATATATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * *
338739 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAA
253 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * *
338804 ATAATACTAATATTAATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGA
317 ATAATA-TAA-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
**
338850 TTTAAAAAATGAAATTATTTT-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAATAATTATCTA
1 TTTAAAAAAT-AAATTATTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
338914 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGTGTCATAAAACAATTATTCCTATCCATACAAGCTTATTT
65 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
338979 GGAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATATTCCAAAAAAATTAACAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT
129 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* *** *
339042 -AAATATGTTTTTTGAACACA-TTCAAATAG-TATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-
191 AAAATAT-ATTTACCAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
339103 AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAA-ATGTATTCAAAATAA
254 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCT-TATTCAAAATAA
* * * * *
339167 AATAGTACT-AGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAATAAAAGA
316 AATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * ** * *
339212 GTTAAAAATTAAATT-TGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTGCTTGAACAATTATTTA
1 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * *
339276 TTTCAAAT-AGTTATGATC-TTCTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAT
65 TTTCAAATCA-TTATGACCATT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTAT
** * * **
339339 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCAT-AAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
127 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
339403 -AAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGGACAATTATCTATTTGAAATCA
191 AAAATATATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** * *
339467 TTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATG-TTC-ATGCA-AAA--TTATTCAGAATAAAAT
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * *
339527 AATTTAGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGA
319 AATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
339565 TATAAAAACTAAATCTA-TTTAC-AAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCT
1 TTTAAAAAATAAAT-TATTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * ** * *
339628 ATCTGAAATCCTTATGGTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATT
64 ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT
* *
339692 T-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-A
128 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
339755 TAAATGTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
192 -AAATATATTT-ACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
339819 ATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAA
254 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * *
339884 TAATTTTAATTTACTAACATT-TGACAAATTAATGAGTAAGAGA
318 TAATATAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
339927 TTTAAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAATAAGTTTAAATAGATT-TGTCTATTTGAATAATTTTC
1 TTT-AAAAAATAAAT-TATTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * *
339990 TATTT-AAAGTCATTATGACCTGTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAATCCT
63 TATTTCAAA-TCATTATGACC-ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTT
** * * * * * * *
340054 ATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAACTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAC
125 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
340119 TAAAGCTAT-CTTA-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT-
190 TAAA-ATATATTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * * **
340181 AGTTATGATC-TTTGTTTCCTCATAAAATAATTGTTTCTGA-TCATACAAACTAATTC-GGATAA
254 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA-AAGCTTATTCAAAAT-A
*
340243 AAATAATACT-AATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGA
315 AAATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * ** * *
340285 TTTAAAAAATAAA-TATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATATTTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * * * *
340349 TTTCAAATCGTTCTGACC-TTTCATTTAGTCACACAATAATTGTTTCAATTCACACAAGTTTATT
65 TTTCAAATCATTATGACCATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATT
* * ** * *
340413 T-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAT
128 TGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAAT
* * * * * * * * **
340477 -AAATTTGTATACCAAACAAGTTCAACT-TTTATGACTATTTGAACAAGTATCCATTTAAAATTG
191 AAAATATATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
340540 TTATGACCTTTTCTTTTGT-A-AAAAAAAATGTAT-TAGTTCATAAAAGCTTAGCCAAAATAAAA
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAA
* ** * * *
340602 TAATGCT-ACCTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTCAGAGA
318 TAAT-ATAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * ** * * * *
340645 TTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAATTAGTTCAAAT-GATTATGACCATTTGAACAACTACCTA
1 TTTAAAAAATAAATTATTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * ** * * *
340709 CTT-ATAATCGTTATTACTTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTT-TCAACATGCAAGCTTA
65 TTTCA-AATCATTATGAC-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTA
* * *
340772 TTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAAGT
126 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
340833 -AAATCTGTTTACCAAAACCAA--TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAAT
191 AAAATATATTTACC--AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * * * * * * * *
340895 TGTTATAAACTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTT-TTTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAA
253 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAA
* * * *
340959 ATAATAGT-AATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGA
317 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * *
341003 TTTAAAAAATAAATTCATTTGT-C-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA-CA
1 TTTAAAAAATAAATT-ATTT-TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-
* ** ** * * * * * *
341065 TATTTGCAATTTGTTACAACCTTTTGTTTTGTCA-AAAAGAAATTATTTCAGCTCATGCAAGCTT
63 TATTT-CAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTT
* * * * * * ** *
341129 ATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCATAAATTTATAACTAGGAGATTTAGAAAA
125 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
341194 T-AATTATATTT-------A-TTTAAATAATTAT--CTATTT-TA-ATTTGT-TA-TT---AT-T
190 TAAAATATATTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** *
341240 TTTTGA-----T-TTTT-T-ATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGACATAAAAT
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAAT
* *
341297 AA-ACT-AATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATTAGTAAGAGA
319 AATA-TAAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGA
* ** * * * *
341338 TTTAAAAGATAAATCTA-TTTAAAAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCAA
1 TTTAAAAAATAAAT-TATTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * ** *
341402 TTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTC
65 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * **
341467 GTAATAAAATAATGCTAATATCA-TAATATTTCAAAACTTAATAACCAGGAAA-A-TTAAAAAAT
129 GAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA--AAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
341529 -AAATCTAATTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACGATATGAATATTTATTTATTTCAAATC
191 AAAATATATTTAC-CAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * ** * *
341592 GTTATGACCCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCGAATTAAAA
254 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
341656 TAATA-ATAATTTAATGATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
318 TAATATA-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * *** * * * * *
341699 TCTAAAAAATAAATT-TGTTTGCCAAATTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAAT
1 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-C-T----ATTTGAATAAT
* * * * * * *
341763 TATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACATGC
59 TATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGC
* * * * *
341828 TTA-TTCAGAATAAATTAATACTAATTTAATAAAATTT-AGAAAATTAGTAAG-AAAGAGATTTA
123 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAA-AGATTTA
* * * * * * * *
341890 AAAAA-ATATATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATTACGATTTGAACAATTGTTTATTT
185 AAAAATA-AAATATATTTACC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * ****
341954 -AGAATCGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTAGAGG
248 CA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTCA
**
342017 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TCCCAAATTAATAAGTAAGAA-A
310 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA
* * * * * * **
342068 TTT--AAAA-AAATT-TGTTTATCGAATC-AG-TCAAAATAATAATGGCCATTTGAACGATTATC
1 TTTAAAAAATAAATTAT-TTTA-CTAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * * *
342127 AATTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAGTTATTTTTTATCATACAAGTTTAT
63 TATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTAT
** * *
342192 TCAAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT-
127 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
342255 AAATCTATTTATCAAACCA-TCTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCAATCTCAAATCG
192 AAATATATTTA-CCAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * ****
342319 CTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTATCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAA
255 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATA-AAGCTTATTCAAAAT-AAA
* *
342381 ATAATACT-AATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
317 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
** * * * *
342425 TTTAAAACTTAAATGCGT-TTGTTGAACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-ACTTAAATGT
1 TTTAAAAAATAAAT---TATT-TT--AC------T-A-AA--CA-AG-TTCAAATAGTT--ATGA
* * * ** * * ** * * **
342488 GTTTGTTGAACCAATTTAAATAGTT-AAAACTATTA-GAATAATTATCTATT-TCA-AATTGTTC
46 CTAT-TTGAA-TAA-TTATCTATTTCAAATC-ATTATG-ACCATT-TGTTTTGTCATAA---AAC
* * ** * * * *** * * * ** * *
342549 TAACCTT-TTGCTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAA-ACTTATTCAAAAAAAATAA
102 -AA--TTGTT--TTATTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATAT-T
* * * * * * **
342612 TCCAAATTTATTAACTTAAAAAAATTAATAATAAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGATTATTGA
159 TCAAAAATTAATAA-GT-AAAAGA-T--T--TAAAAA-A--T---AAAATATATTT-ACCA---A
* *
342677 GCAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
207 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* ** **
342741 TGACATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACT-AATTTCCT
271 TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
*
342804 AATATT-TCAAAAATTAATAA--AGAAGA
333 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * *
342830 GTATAAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAATAA-TTCAAATAGTCCA--ACTATTTGAACAATTCT
1 -T-TTAAAAAATAAATTAT-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAATAATTAT
* * * *
342891 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA
62 CTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTA
* * * *
342956 TTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAG
126 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
343020 T-AAATCTGTTCACCAA-ATCAGCTCAAATAATTAT-AGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAA
190 TAAAATATATTTACCAACA--AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * ** *
343082 TCATTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTAATCGTATAAGCTTATTTGACATAA
252 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTCAAAATAA
* *
343147 AATAATACT-AATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
316 AATAATA-TAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * ** * * * * * *
343192 TTGAAAGAATAAATCCTTTTACCAAACCAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTATA
1 TTTAAAAAATAAATTATTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * * * * * * *
343256 CTTGAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTATAATAAAGCAATTATTTTTGTTCCTATTAA-CTTATT
65 TTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATA-CAAGCTTATT
* * * * *
343320 TGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
128 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * * * *
343385 ATTTTTTTTATGAACTAGCTC-AATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC
193 AATATATTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
343445 GTTTTGACAA
Statistics
Matches: 5996, Mismatches: 1337, Indels: 969
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 92 0.02
335 104 0.02
336 27 0.00
337 3 0.00
338 1 0.00
343 15 0.00
344 2 0.00
345 4 0.00
346 2 0.00
347 46 0.01
348 50 0.01
349 162 0.03
350 95 0.02
351 172 0.03
352 332 0.06
353 359 0.06
354 70 0.01
355 31 0.01
356 241 0.04
357 328 0.05
358 404 0.07
359 427 0.07
360 456 0.08
361 361 0.06
362 585 0.10
363 457 0.08
364 106 0.02
365 125 0.02
366 48 0.01
367 113 0.02
368 92 0.02
369 137 0.02
370 72 0.01
371 38 0.01
372 12 0.00
373 6 0.00
374 1 0.00
375 4 0.00
376 7 0.00
377 18 0.00
378 72 0.01
379 20 0.00
380 11 0.00
381 18 0.00
382 5 0.00
383 4 0.00
384 17 0.00
385 12 0.00
386 14 0.00
387 20 0.00
388 5 0.00
389 17 0.00
390 3 0.00
391 5 0.00
392 2 0.00
394 3 0.00
396 7 0.00
397 1 0.00
399 1 0.00
402 2 0.00
403 9 0.00
404 5 0.00
405 5 0.00
406 42 0.01
407 86 0.01
408 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
TTTAAAAAATAAATTATTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAT
ATATTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAA
ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA
Found at i:337553 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 337368--337883 Score: 379
Period size: 178 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
337358 TGCCTATTTC
* * *
337368 AAATAAAACAATACTAATTTATGAACATT-TAGGAAA-TGAATAAGCCA-AAAATTAAAAAAATA
1 AAATAAAACAATA-TAACTTATGAACATTCCA-AAAATTG-ATAAGCCAGAAAATTAAAAAAA-A
* * *
337430 AATCAATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTAAAATCAT
62 AATCAATTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTAAAATCAT
*
337494 TGTGAA-TTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATGCATAG-AAGCTTATTCA
126 TATGAACTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATGCATAGTAA-CTTATTCA
* * * * ** * * *
337547 AAATAAAATAATATTACTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAATT
1 AAATAAAACAATATAACTTATGAACATTCCAAAAATTGATAAGCCAGAAAATTAAAAAAAAAATC
* * * * *
337612 AGTTTATCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
66 AATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTAAAATCATTATGA
* * * * * * *
337677 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAATTCTTAGTAACTTATTCT
131 AC-TTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATGCATAGTAACTTATTCA
* * * * ** * ** * * **
337727 AAATAAAATGAA-ATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATTA
1 AAATAAAA-CAATAT-AACTTATGAACATTCCAAAAATTGATAAGCCAGAAAATTAAAAAAAAAA
* * * * * * * * *
337791 T--GTTTATCAAATC-ATTCAAATGATTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTAT
64 TCAATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTAAAATCATTAT
* * *
337853 GACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAAA-TGTTT
129 GAAC-TTTGTTTTATCATAAAA-AAATTGTTT
337884 TTGTTCATAT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 47, Indels: 21
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 144 0.51
179 43 0.15
180 47 0.17
181 46 0.16
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAAACAATATAACTTATGAACATTCCAAAAATTGATAAGCCAGAAAATTAAAAAAAAAATC
AATTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATATTTAAAATCATTATGA
ACTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTCAATGCATAGTAACTTATTCA
Found at i:338755 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 338461--338773 Score: 405
Period size: 170 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
338451 AAATTGTACA
* * * * * *
338461 AATTTATTAATATTTGACTATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAA
1 AATTTATTAATATTTGACAACTAATAAATAAAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* * ** *
338526 GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTACTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTACTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
338591 ATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATT
131 ATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATT
* * ** * *
338631 AATTTTTTAATATTTTGACAACTAATAAATAAAATAT-TTTAAAAATAGATATGTTTACCGAACA
1 AATTTATTAATA-TTTGACAACTAATAAATAAAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * *
338695 AGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATT-TTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTACT-TATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
338759 TCATAAAACAATTGT
129 TCATAAAACAATTGT
338774 ATCAATTCAT
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 21, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.01
170 99 0.82
171 20 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (170 bp):
AATTTATTAATATTTGACAACTAATAAATAAAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTACTTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAAGCTTATTTGGATT
Found at i:339599 original size:715 final size:704
Alignment explanation
Indices: 334661--343444 Score: 3514
Period size: 715 Copynumber: 12.2 Consensus size: 704
334651 TTAACATTTG
* * ** * *
334661 CAATTGTTTCAAATT-ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAA
1 CAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * *
334725 AATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTCAAATAGTTACGACTA
64 AATTAATAAGTAAAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * **
334790 TTTGAATAAATGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAAT
127 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTAT
* * *
334855 TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT---
191 TTATACAA-CTTA-TTCAAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAA
* * ** * * * * * * * *
334917 -GACTTAAAAAGTGAATATGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTGTGGCCATCTCAACAATTATC
252 AGA-TTAAAAA-TAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT
* * * * * *
334981 TATTCCAAATCA-TTATTA-CCTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTTTTTTTTATCATACAAG
315 TATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---TTTTTAT-TCATACAAG
* * *
335044 GTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
375 TTTATTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * ** ** * * ** * *
335109 AAATAAATCTATTTACTGAACCCGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAA
438 AAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACAATT-TCTA-TT-TAA
* * * * *
335174 TAATTATTTAAAAAATGAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA
500 -AATCA-TT-----ATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCATG--CATAC-AGCTTA
** *
335239 TTTGAAATAAAATAATAGTAATCTAA-TAATA--TT-----TT-A-AA-A-A-TT---AAAT---
554 TTCAAAATAAAATAATACTAAT-TAATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * *
335285 T-TGTTTACCGAACTAGTTCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCTAATCATTAT
618 TCTATTTACAAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
*
335349 GA-CTTTT-TTTTGTCATAAAA
683 GACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * * *
335369 CAAAAT-TTTCAATTCATACTAGTTTATTCAAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAA
1 C-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * * * * *
335433 AATTAATAAG---AGATTCAAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAATTCTAATATTTATGACTAA
64 AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * ** *
335495 TTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTTGTT
128 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTTTTTTATT
* * * * ** * * ** * *
335560 CATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAATTTTAATACG--ATA
192 TATACAA-CTT-ATTCAAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAA
* *
335623 -TTTAGAAAATAAATCTT-TTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT
253 GATTA-AAAATAAAT-TTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT
* * * * * * * * *
335685 TATTTCAAATTGTTATTA-CATTTTGTTCTATTACAAAACAATAG-TTCTATTCATACAAGCTTA
315 TATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTA
** * ** * * *
335748 TTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT--CGATT-AT--GTAAAAAATTTAAAAAGT
379 -TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * ** ** * * **
335807 AAATATGTTTATCAAACTAGATCAAATAGTTGTGAA-TATTTAAATAATTATCTATTTTAAATTG
442 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGGACAATT-TCTATTTAAAATCA
* * * * * *
335871 TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
505 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCA-TGCATA-CAGCTTATTCAAAATAAAAT
** *
335935 AATACTAAGTT-ATTAATATTTCAAAAAATAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT-GA-CTATTTAC
567 AATACTAA-TTAATTAATATTT-TGAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
* * * * * * * * * ** * *
335997 CGAACA-ACTTTAAATAATGATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAGATCGCTATAACTTTTT
626 CAAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTT
*
336061 GTTTTGTCATAAAA
691 GTTTTATCATAAAA
* ** *
336075 -AGATT-TATTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-AAG
1 CA-ATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCCA-
* * * * * * *
336137 AAAATTAATAAATAAAAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCTAACAAGTTTAAATCGTTATGAT
62 AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATGAC
* ** *
336201 TATTTG-------ATC-A--ACAAATTGTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTTTT
125 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTT
* * * * * * *
336254 CTATTCA-ACAAGCTTATCCGAATTAAAAT-AATTTAATTTATTAATATTTCTACAATTAATAAG
188 -TATTTATACAA-CTTATTC-AAATAAAATGTA-CTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG
* * * * *
336317 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAA
248 TAAAAGA-TT-AAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * *
336381 TTATGTATTTCAAA-ACATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTG-TTTTAGTTAATATA
310 TTATTTATTTCAAATA-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACA
* *
336444 AGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATGAGTAAGAGAATT
373 AGTTTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT
* * * ** * * * * *
336508 AAAAAAATGAATATATTTATTGAAA-AAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
434 TAAAAAATAAATATGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACAATT-TCTATT
* * * * * * * * * * * **
336572 TCAACA-CTTTATGACTTTTTATTTTATTAGAAAGCAATTGAATCTATTCATGAAAGCTTATTTT
497 T-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTC-ATGCAT-ACAGCTTATTCA
* * * * * * * * *
336636 GAATAAAACAACA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAACAATTTAAACAATAAAT
558 AAATAAAATAATACT-AATTAATTAATATTTTGAAAATTAATAA--GA-GATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * ***
336700 TTATTTTTCTAAACA-CGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGGTA
619 CTA-TTTAC-AAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTA
* * *
336764 TGACCATTTGTTTTATGATAAAT
682 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * *
336787 CAATTGCTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTTTTAAAATTTCAAA
1 CAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * *
336851 AACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACT
64 AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAAT-AAATATGTTTATCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * ** * * *
336916 ATTTCAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTCTTTGGTTATAAAATAATTGTTTCTA
126 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTA
* * * * ** * **
336981 TTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TTG
190 TTTATACAA-CTTA-TTCAAATAAAA-TGTACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
337045 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT-AAGCT-ATT
251 AAGA-TT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA--TAATT
* * * * ** *
337108 GTCTATGTCAAATCGTTATGATAGTTTGTTTTGTCGTAAAATAATACCAATTATTTAGAATAATT
312 ATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTC-----ATAA-AAC-A--A-TT-G--T--TT
** * * *
337173 TGTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAA
362 T-TATTCATACAAGTTTATTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* **** ** * * * *
337235 -TAAG-GATTT-AAAAATAAATATATTTGTTGAACCTGTTTAAATA--CATAAGACTATTAGAAT
424 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT-A-ACTATTTGGAC
* * ** * * ** * * *
337295 AATTT-TTTTTTAAATTGTTCTAATTTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAACT-CATACG
487 AATTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTC-A-TGCATAC-
* * * * * * * * * * *
337358 TGCCTATTTC-AAATAAAACAATACTAATTTATGAACATTTAGGAAATGAATAAGCCAAAAATTA
548 AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTT
* * * *
337422 AAAAAATAAATCAATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTT
608 AAAAAATAAATCTATTTA-CAAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
* * *
337486 AAAATCATTGTGA--ATTTGTTTTATCATAAAA
672 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * * *
337517 AAATTGTTTCAATGCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTATTAATATTCCAAAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * *
337582 TTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TAGTTTATCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCAT
66 TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTAT
* *
337646 TTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTAATT
128 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTT-ATT
* * * *
337711 CT-TAGTAACTTATTCTAAATAAAATGAAATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
192 -TATA-CAACTTATTC-AAATAAAATGTACT-AATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAA
* *
337775 AGATTTAAAA-AAATTATGTTTATCAAATC-A-TTCAAAT-GATTATGACTATTTGAATAGTTAT
252 AGATTAAAAATAAATT-TGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * *
337836 CTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTT
314 TTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTT
* * *
337900 GTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTTATATTTTAAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAA
378 ATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * * **
337965 TAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATGTTTTATTTCAAATTG
441 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACAAT-TTCTATTTAAAATCA
* **
338030 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAGTCTTATTCAAAATAACT
505 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCATG--CATACAG-CTTATTCAAAATAAAA
* *
338094 TAATGCTAATTAATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAA-CT-TGTTG
566 TAATACTAATTAATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTAT-TT-
* *** * * * *
338157 GCTTGAATAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATAATATATTTCAAATCATTATGACCTTT
625 ACAAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTT
* *
338222 TATTTTATCA-CAAA
690 TGTTTTATCATAAAA
* * * * * **
338236 CAATTGTTTCTATTCGTAAAAGCTTATTTGAAATAACATAAATCTAATTTATTAATATT-TTAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT-AATATAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * * * *
338300 ACTAATAAG---AGATTTAAAAAATGAATATGTTCATCATCGAATAAGTTCAAACAGTTATGACT
65 ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTT--T-ATCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACT
* *
338362 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT-AACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTTTGTTC
126 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTT-TT-
* * * **
338426 TATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTGTACAAATTTATTAATATTTGACTATTAATAAGTA
188 TATTTATACAA-CTTA-TTCAAATAAAA-TGTACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTA
* * * *
338491 AAAGATATAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATT
250 AAAGAT-T--AAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
338556 ACTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAAGCT
312 ATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTT
** * * * * * * * *
338621 TATT----T----GGAT-TAATTTTTTAATATTTTGACAACTAATAAATAAAATATTTTAAAAAT
377 TATTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
338677 AGATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTA-ATTTTCTATTTAAAATCA
442 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-G-ACAATTTCTATTTAAAATCA
* *
338741 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT
505 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TC-ATGCATACA-GCTTATTCAAAATAAAAT
*** *
338806 AATACTAATATTAATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAAT-TATTT
567 AATACT-A-ATTAATTAATATT-TTGAAAAT--T-AATAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTT
* * ** * *
338870 TCTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGGTTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
625 AC-AAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTT
* *
338934 TTGTTGTGTCATAAAA
689 TTGTTTTATCATAAAA
* * * ** *
338950 CAATTATTCCTATCCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTGTTAATATTCCAAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCC--AA
* * ** *
339015 AAATTAACAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACATTCAAATAG-TATGGCTA
63 AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTA
* * *
339079 TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTG
127 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTA
* * * * *
339143 TTTATACAAATGTATTCAAAATAAAATAGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAATAA
190 TTTATACAACT-TATTC-AAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA
* ** *
339208 AAGAGTTAAAAATTAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTGCTTGAACAATTA
251 AAGA-TTAAAAA-TAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * * *
339272 TTTATTTCAAATAGTTATGATCTTCTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTT
313 TTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTT
** * *
339337 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCATAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAA
378 ATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* ** * *
339402 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGGACAATTATCTATTTGAAATCA
441 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACAATT-TCTATTTAAAATCA
** * *
339467 TTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATGTTCATGCA-A-A-ATTATTCAGAATAAAATAA
505 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTCATGCATACAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * *
339529 T-TTAGATCT-ATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATATAAAAACTAAATCTATTTACAAAAA
569 TACTA-AT-TAATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAAAA
* * * * * ** * *
339592 TAGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATCTGAAATCCTTATGGTC-TTTATTTTG
632 TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
339656 TCATAAAA
697 TCATAAAA
* * * * *
339664 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAA
* * *
339729 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA
65 ATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTA
* * **
339794 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCA
127 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATT-TTTTT
* * * * ** * * * *
339857 ATTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTTTAATTTACTAACATTTGACAAATTAATGAGTA
189 ATTTATACAA-CTTA-TTCAAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
339922 AGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATAAGTTTAAATAGATT-TGTCTATTTGAATAA
250 AAAGA-TT--AAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAA
* * * **
339985 TT-TTCTATTT-AAAGTCA-TTATGACCTGTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATA
310 TTATT-TATTTCAAA-T-AGTTATGATCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA
* * * * * * * * *
340047 -AAATCCTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAACTAATGAGCAAGAGAT
371 CAAGT-TTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * *
340111 TTAAAAACTAAAGCTAT-CTTA--GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAA
433 TTAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGAC-AATTTCTA
* * * ** * * *
340173 TCTCAAAT-AGTTATGATC-TTTGTTTCCTCATAAAATAATTGTTTC-TGATCATACAAACTAAT
495 TTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCATG--CATAC-AGCTTAT
** **
340235 TC-GGATAAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
555 TCAAAAT-AAAATAATACTAA-TTAATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * ** * * * * * *
340298 TATGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATATTTATCTATTTCAAATCGTTCT
618 TCTATTTACAAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
** * *
340363 GACC-TTTCATTTAGTCACACAA
683 GACCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
* * * * * * **
340385 TAATTGTTTCAATTCACACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTAAAAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAA
* * * * * * *
340450 ATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTATACCAAACAAGTTCAACT-TTTATGACTA
65 ATTAATAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * * * * * * *
340514 TTTGAACAAGTATCCATTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGT-A-AAAAAAAATGTATTAGT
127 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTA-T
* * ** * * ** * * *
340577 TCATAAAAGCTTAGCCAAAATAAAATAATGCTACCTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTCAG
191 TTATACAA-CTTATTC-AAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAA
* * ** * * * *
340642 AGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCAAATTAGTTCAAAT-GATTATGACCATTTGAACAACTAC
252 AGA-TT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * *
340706 CTACTT-ATAATCGTTATTACTTTTTTGTTTTGTCATACAACAATTGTTTTTCA-ACATGCAAGC
314 TTATTTCA-AATAGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGT
* * * *
340769 TTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
376 TTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
340830 AGTAAATCTGTTTACCAAAACCAA--TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAA
439 AATAAATATGTTTACC-AAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACAATT-TCTATTTAAA
** * * * * * * ** * * *
340893 ATTGTTATAAACTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTTTCATACAAGTTTATTCAGAATAA
501 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCATGCATAC-AGCTTATTCAAAATAA
* * * *
340958 AATAATAGTAATTTAGTAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATT
564 AATAATACTAATTAATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT
* ** * * * * ** **
341022 TGTC-AAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTACATATTTGCAATTTGTTACAACC
624 T-ACAAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-CAAATCATTATGACC
*
341086 TTTTGTTTTGTCA-AAAA
687 TTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * ** * * * *
341103 GAAATTATTTC-AGCTCATGCAAGCTTATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAT
1 -CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * * *
341167 AAATTTATAACTAGGAGATTTAGAAAATAATTATATTTAT-------TT-AAATAATTAT--CTA
63 AAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
341222 TTT-TA-ATTTGT-TA-TT---AT-TTTTTG-A----T-TTTT-T-ATAAAACAATTGTTTTTGT
127 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTAT
* * * * * * ** * *
341271 TAATATAAGTTTGTTTGACATAAAATAAACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGA
191 TTATACAA-CTT-ATTCAAATAAAATGTACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAA
* * ** * * * **
341336 GATTTAAAAGATAAATCTATTTAAAAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCA
253 GA-TTAAAA-ATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * * * * * *
341401 ATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTAT
316 ATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTAT
* * * * * ** * * *
341465 TCGTAATAAAATAATGCTAATATCA-TAATATTTCAAAACTTAATAACCAGGAAAATTAAAAAAT
380 TC-AAATAAAATAAT-ATAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * * * * *
341529 AAATCTAATTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACGATATGAATATTTATTTATTTCAAATC
442 AAATATGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGGACAATT-TCTATTTAAAATC
* * * * * ** * *
341592 GTTATGACCCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATT-TTGTTTGTACAAGCTTATTCGAATTAAAA
504 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCATG--CATAC-AGCTTATTCAAAATAAAA
* * ** * * * *
341656 TAATAATAATTTAA-TGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTG
566 TAATACTAA-TTAATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * * * * *
341720 CCAAATTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGA
626 CAAAAATAGTTCAAATAGTTATGA-C-T----ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA
341785 CCTTTTG-TTTAGTCATAAAA
685 CCTTTTGTTTTA-TCATAAAA
* * * * * * * * *
341805 TAATTATTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTAATAAAATT-TAGA
1 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCA-A
* * * * * *
341868 AAATTAGTAAG-AAAGAGATTTAAAAAAATATATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATTA
63 AAATTAATAAGTAAA-A-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
341932 CGATTTGAACAATTGTTTATTT-AGAATCGTTAT-AACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTT
124 CTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTT
* * *** * **
341995 TCAGTTAATACAAGCTTAGAGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCCAAATTAATAA
187 TTA-TTTATACAA-CTTA-TTCAAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA
* * * * * * **
342060 GTAAGAA-ATTTAAAA-AAATTTGTTTATCGAATC-AG-TCAAAATAATAATGGCCATTTGAACG
247 GTAA-AAGATTAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAATA
** ** * * * *
342121 ATTATCAATTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAGTTATTTTT-TATCATACA
309 ATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACA
* * *
342185 AGTTTATTCAAAATAAAATAATCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAA
373 AGTTTATTC-AAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * * *
342250 AAAATAAATCTATTTATCAAACCA-TCTCAAATAGTTATGACTATTT-GAGCAATTATCAATCTC
437 AAAATAAATATGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGGA-CAATT-TCTATTTA
** * * * * * ***
342313 AAATCGCTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTAT-CATAGAAGCTTATT-TGG
499 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A--ATTGTTCATGCATA-CAGCTTATTCAAA
* ** **
342375 TTAAAAATAATACTAATTTAA-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAAT
560 AT-AAAATAATACTAA-TTAATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
342439 GCGTTTGTTGAACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAATGTGTTTGTTGAACCAATT
619 -C-TAT-TT--ACAAAAA-TAGT---TCA-A-A--T---AGTT--ATGACTAT-TTGAA-CAA-T
* *
342504 TAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTG-CTTAGTCAT
663 T--ATA--T---A-T-TT----CAA--ATC-A-TT---A-TG-----ACCTTTTGTTTTA-TCAT
342568 AAAA
701 AAAA
* * * * * * **
342572 TATTTGTTTC-ATATCTTACAAACTTATTCAAAA-AAAATAATCCA-AATTTATTAA-CTTAAAA
1 CAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT--ATAATTTATTAATATTCCAA
* * ** *
342633 AAATTAATAA-TAAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGATTATTGAGCAAGTT-AAATAGTTATGA
63 AAATTAATAAGT-AAAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * *
342696 CTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTT
124 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTTTTT
* * ** * **
342760 TAGTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTTCCTAATATTTCAAAAATTAATAAA
188 TA-TTTATACAA-CTTATTC-AAATAAAAT-GTACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AA
* * * * * *
342825 G-AAGAGTATAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTGAATAA-TTCAAATAGTCCA--ACTATTTGAAC
247 GTAAAAG-AT-TAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAAT
* * * * * **
342885 AATTCTCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
308 AATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC
* * *
342949 AAGCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-ATGATT
372 AAGTTTA-TTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATT
* * * * * * * * **
343013 TAAAAAGTAAATCTGTTCACCAAATC-AGCTCAAATAATTATAGCCATTTCAACAATTATCTATT
434 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACAATT-TCTATT
* * * * * * * **
343077 TCAAATCATTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTAATCGTATA-AGCTTATTTG
497 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---TTCAT-GCATACAGCTTATTCA
* * * ** * *
343141 ACATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTGAAAGAATAAAT
558 AAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * *
343206 CCT-TTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCGTTAT
619 -CTATTTACAAAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
* * * *
343270 AATCTTTTGTTTTATAATAAAG
683 GACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * * * * * * *
343292 CAATTATTTTTGTTCCTATTAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAA
1 CAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * ** *
343356 AATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTTAT-GAACTAGCTC-AATAGTTAAGACT
64 AATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAA-TATGTTTATCAAAC-AATTCAAATAGTTATGACT
*
343419 ATATGAACAATTATCTATTTCAAATC
126 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
343445 GTTTTGACAA
Statistics
Matches: 6183, Mismatches: 1374, Indels: 1025
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
682 1 0.00
683 56 0.01
684 6 0.00
685 5 0.00
690 2 0.00
691 7 0.00
692 65 0.01
693 93 0.02
694 88 0.01
695 14 0.00
696 172 0.03
697 36 0.01
698 19 0.00
699 41 0.01
700 49 0.01
701 167 0.03
702 81 0.01
703 2 0.00
704 240 0.04
705 43 0.01
706 78 0.01
707 9 0.00
708 73 0.01
709 114 0.02
710 116 0.02
711 161 0.03
712 151 0.02
713 139 0.02
714 296 0.05
715 395 0.06
716 229 0.04
717 269 0.04
718 389 0.06
719 175 0.03
720 245 0.04
721 223 0.04
722 113 0.02
723 4 0.00
724 37 0.01
725 135 0.02
726 348 0.06
727 129 0.02
728 135 0.02
729 87 0.01
730 88 0.01
731 13 0.00
732 123 0.02
733 26 0.00
734 38 0.01
735 6 0.00
736 3 0.00
737 7 0.00
738 3 0.00
739 6 0.00
740 7 0.00
741 45 0.01
742 6 0.00
743 2 0.00
744 4 0.00
745 1 0.00
746 2 0.00
747 3 0.00
748 5 0.00
749 6 0.00
750 2 0.00
751 3 0.00
754 3 0.00
756 3 0.00
757 2 0.00
758 4 0.00
761 3 0.00
762 7 0.00
763 1 0.00
764 122 0.02
765 124 0.02
766 132 0.02
767 141 0.02
768 2 0.00
769 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (704 bp):
CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAA
TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTTATTTATA
CAACTTATTCAAATAAAATGTACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAA
ATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATA
GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCAAATAAAAT
AATATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
AACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACAATTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTCATGCATACAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATTAATAT
TTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAAAATAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
Found at i:339755 original size:896 final size:894
Alignment explanation
Indices: 338695--340324 Score: 1948
Period size: 896 Copynumber: 1.8 Consensus size: 894
338685 TTACCGAACA
* ** * * *
338695 AGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTTTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* *
338760 CATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATTAATTAAT
66 CATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATTAATTAAT
* *
338825 ATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAAT-TATTT-TCTAAA-CAAGTTCAAAT
131 ATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATGTATTTGTC-AAACCAA-TTCAAAT
* ** * * *
338887 AGTTATGGTTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGT-GTCATAAAAC
193 AGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAAC
* ** ** *
338951 AATTATTCCTATCCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATAAATTTGTTAATATTCCAAAAA
257 AATTATTCCAATCCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATAAATTTACTAACATT--AAAAA
* **
339016 AATTAACAAGTAA-AAATTT-AAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACA-TTCAAATAG-TATGGC
320 AATTAACAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATATATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGATATGGC
* * * *
339077 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGATCT-TTTGTTTTATCATAAACCAATTGTT
384 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-TTATGACCTGTTTATTTTATCATAAAACAATTATT
*** * * * * * * * *
339139 TTTGTTTATACAAAT-GTATTCAAAATAAAATAGTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATA
447 TCAATTCATA-AAATCCTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTCCAAAAACTAATA
* * ** * * *
339203 AATAAAAGAGTTAAAAATTAAATTTGT-TTACTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTGCTTGAAC
511 AACAAAAGAGTTAAAAACTAAAGCTATCTTA--AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAAC
* ** * ** *
339267 AATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTCTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCT-ATTCATAC
574 AAATATCAATCTCAAATAGTTATGATCTT-TGTTTCCTCATAAAACAATTATTTCTGA-TCATAC
** * *
339331 AAGTTTATTCAAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATCAT-AAAAATTAATAGGTAGGAGAT
637 AAACTAATTCAAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATAT-ATCAAAAATTAATA---A-GAGAT
*
339394 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGGACAATTATCTATT
696 TTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGGACAATTATCTATT
339459 TGAAATCATTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAA
761 TGAAATCATTAAAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAA
339524 AATAATTTAGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATATAAAAACTAAATCTATTTACAA
826 AATAATTTAGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATATAAAAACTAAATCTATTTACAA
339589 AAAT
891 AAAT
* * * * **
339593 AGTTCAAATAGTTATGACTAGTTGAACAATTATCTATCTGAAATCCTTATGGTC-TTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* ** * * *
339657 CATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAAT-TTAA-TAAT
66 CATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATTAATTAAT
* * *
339720 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAG
131 ATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATGTATTTGTCAAACCAATTCAAATAG
*
339785 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
195 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT
* * * * * ** *
339850 TATTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATTTTAATTTACTAACATTTGACAAATTA
260 TATTCCAATCCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATAAATTTACTAACATTAAAAAAATTA
** * * * * * *
339915 ATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTTAAATAGATTTGTCTATTTG
325 ACAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGGCTATTTG
* * *
339980 AATAATTTTCTATTTAAAGTCATTATGACCTGTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCA
390 AACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTGTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCA
* * * * *
340045 TAAAATCCTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAACTAATGAGCAAGAGA
455 TAAAATCCTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTCCAAAAACTAATAAACAAAAGA
* * * *
340110 TTTAAAAACTAAAGCTATCTTAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATC
520 GTTAAAAACTAAAGCTATCTTAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAAATATCAATC
* * **
340175 TCAAATAGTTATGATCTTTGTTTCCTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAACTAATTCGGA
585 TCAAATAGTTATGATCTTTGTTTCCTCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTAATTCAAA
*
340240 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
650 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATATCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* *
340305 GCCAAACTAGTTCAAATAGT
715 ACCAAACAAGTTCAAATAGT
340325 TAAAACTATT
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 110, Indels: 40
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
892 41 0.07
893 1 0.00
894 13 0.02
895 40 0.07
896 227 0.38
897 151 0.25
898 129 0.21
899 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (894 bp):
AGTTCAAATAGTCATAACTAGTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
CATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATTAATTAAT
ATTCCAAAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTCAAACCAATTCAAATAGT
TAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
ATTCCAATCCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATAAATTTACTAACATTAAAAAAATTAA
CAAGTAAGAAATTTAAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGGCTATTTGA
ACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTGTTTATTTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCAT
AAAATCCTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTCCAAAAACTAATAAACAAAAGAG
TTAAAAACTAAAGCTATCTTAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAAATATCAATCT
CAAATAGTTATGATCTTTGTTTCCTCATAAAACAATTATTTCTGATCATACAAACTAATTCAAAT
AAAAATAATACTAATTTAATAATATATCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGGACAATTATCTATTTGAAATCATTAAAACCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATATGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATTTAGATCTATTAAT
ATTTTGAAAATTAATAAGAGATATAAAAACTAAATCTATTTACAAAAAT
Found at i:339993 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 339962--339994 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
339952 AATAAGTTTA
339962 AATAGATTTGTCTATTTG
1 AATAGATTTGTCTATTTG
339980 AATA-ATTT-TCTATTT
1 AATAGATTTGTCTATTT
339995 AAAGTCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.47
17 4 0.27
18 4 0.27
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.09, T:0.55
Consensus pattern (18 bp):
AATAGATTTGTCTATTTG
Found at i:341886 original size:187 final size:187
Alignment explanation
Indices: 341576--342431 Score: 502
Period size: 182 Copynumber: 4.7 Consensus size: 187
341566 ATATGAATAT
* * * * **
341576 TTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTTTGTTTGTACAAGC
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGC
* * *
341641 TTATTCGAATTAAAATAATAATAATTTAATGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCT-AAA
66 TTATTCGAATTAAAATAATAATAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAAA
* *
341705 AAATAAATTTGTTTGCCAAATTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAA
131 AAATAAATCTGTTTACCAAATTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAA
* * * * *
341762 TTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACATG
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTT-GTTCATACAAG
* * * *
341827 CTTATTCAGAA-TAAATTAATACTAATTTAATAAAATTT-AGAAAATTAGTAAGAAAGAGATTTA
65 CTTATTC-GAATTAAAATAATAATAATTTAATAAAATTTCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATCTA
* ** * * * * *
341890 AAAAAATATATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT------ATTACGATTTGAACAA
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAA
* * * * * * * *
341944 TTGTTTATTT-AGAATCGTTATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA
1 TTATCTATTTCA-AATCATTATGACCCTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACA
*** * * * * ** * * *
342007 AGCTTAGAGGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCCAAATTAATAAGTAAGAAATTTA
63 AGCTTATTCGAATTAAAATAATAATAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTA
* * ** * * ** * *
342072 AAAAAAT---T-TGTTTATCGAATCAGT-CAAA---ATAATA--ATGGCCATTTGAACGA
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAA
* * * * * * *
342122 TTATCAATTTCAAATCTTTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAGTTATTTTTTATCATACAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTTGT-TCATACAA
* * * * * * *
342186 GTTTATTCAAAATAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-ATAAGAGAT-TT
64 GCTTATTCGAATTAAAATAATAATAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGAGATCTA
* * ** * * * * *
342248 AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCATCT-CAAATAGTTATGA-C-T----ATTTGAGCAA
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAA
* * ** * * * * *
342302 TTATCAATCTCAAATCGCTAAGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATAGAAG
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTGT-TCATACAAG
* * * * * *
342366 CTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
65 CTTATTCGAATT-AAAATAATAATAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAA
342430 AA
129 AA
342432 CTTAAATGCG
Statistics
Matches: 529, Mismatches: 110, Indels: 67
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
176 8 0.02
177 39 0.07
178 91 0.17
179 47 0.09
180 72 0.14
181 13 0.02
182 114 0.22
183 3 0.01
184 4 0.01
186 46 0.09
187 57 0.11
188 34 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (187 bp):
TTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGC
TTATTCGAATTAAAATAATAATAATTTAATAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATCTAAAA
AAATAAATCTGTTTACCAAATTTGTACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAA
Found at i:342031 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 341240--342431 Score: 749
Period size: 180 Copynumber: 6.6 Consensus size: 180
341230 TGTTATTATT
* * * * * * *
341240 TTTTGATTTTTTATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAG-TTTGTTTGACATAAAATAA-ACTA
1 TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTAG-TCGAAATAAAATAATACTA
* * * ** * *
341303 ATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATTTAAAAAACCAT
65 ATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * *
341368 TTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCAATTTCAAATCATTATAACC
129 TTCAAATAGTTATT-ACGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * ** * * *
341420 TTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTCGTAATAAAATAATGCTA
1 TTTTGA-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTAGTCGAAATAAAATAATACTA
* * * ** * * * * * *
341484 ATATCATAATATTTCAAAACTTAATAACCAGGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACTGAACCAA
65 ATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAA
** * * * * * *
341549 -TTCAAATAGTTAAGACGATATGAATATTTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
128 GTTCAAATAGTTATTACGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * ** * * *
341601 CTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATAATAA
1 TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTAGTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ***
341665 TTTAATGATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATCTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAATTTGT
66 TTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGT
* * * * * * * *
341730 ACAAATGGTTAAGACCATAACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACC
130 TCAAATAGTT------ATTACGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * *
341787 TTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGTTCATACATGCTTATTC-AGAATAAATTAATAC
1 TTTTGATTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTAATACAAGCTTAGTCGA-AATAAAATAATAC
* * * * * *
341849 TAATTTAATAAAATTTAGAAAATTAGTAAGAAAGAGATTTAAAAAAATATATCTGTTTACCAAAT
63 TAATTTAATAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * *
341914 AAGTTCAAATAGTTATTACGATTTGAACAATTGTTTATTT-AGAATCGTTATAACC
126 AAGTTCAAATAGTTATTACGATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATAACC
* **
341969 TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAGGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTAGTCGAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * *
342034 TTTATTAATATTTCCCAAATTAATAAGTAAGAAATTT--AAAA-AAATTTGTTTATCGAATC-AG
66 TTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAG
* * ** * * * * * *
342095 -TCAAAATAATAATGGCCATTTGAACGATTATCAATTTCAAATCTTTATGATC
129 TTC-AAATAGTTATTACGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
* * * * * * * *
342147 TTTTGTTTTATCATAAAATAGTTATTT-T-TTATCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT-CT
1 TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTA--ATACAAGCTTAGTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
342209 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCA
64 AATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* * * * * ** *
342274 -TCTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCAATCTCAAATCGCTA-AGATC
128 GT-TCAAATAGTTATTACGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-ACC
* * * * * **
342327 -TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-T-TTATCATAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAATAC
1 TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTA--ATACAAGCTTAGTCGAAAT-AAAATAATAC
342388 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
63 TAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
342432 CTTAAATGCG
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 189, Indels: 76
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 3 0.00
177 39 0.05
178 91 0.12
179 66 0.08
180 211 0.27
181 113 0.14
182 113 0.14
183 4 0.01
185 3 0.00
186 53 0.07
187 58 0.07
188 31 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTAATACAAGCTTAGTCGAAATAAAATAATACTAA
TTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATTACGATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
Found at i:342457 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 342404--342498 Score: 181
Period size: 47 Copynumber: 2.0 Consensus size: 47
342394 AATAATATTT
342404 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAATGCGTTTGTTGAA
1 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAATGCGTTTGTTGAA
*
342451 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAATGTGTTTGTTGAA
1 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAATGCGTTTGTTGAA
342498 C
1 C
342499 CAATTTAAAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 47 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.06, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (47 bp):
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACTTAAATGCGTTTGTTGAA
Found at i:343115 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 342698--343386 Score: 791
Period size: 360 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
342688 AGTTATGACT
* * *
342698 ATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTG-TTTTA
1 ATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGACATAAAACAATTGTTTTTA
* *
342762 GTTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTTCCTAATATTTCAAAAATTAATAAAG-
66 -ATCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGT
* ** * *
342826 AAGAG-TATAAAAAAATAAAT-TTGTTTACTGAA-TAATTCAAATAGTCCA-ACTATTTGAACAA
129 AAGAGAT-TAAAAAAATAAATCCT-TTTACCAAACCAATTCAAATAGT-CAGACTATTTAAACAA
* * * * * *
342887 TTCTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-CAA
191 TTCTATACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATTCATATCAA
* * * * *
342951 GCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTA
256 -CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGA-GATTTA
*
343015 AAAAGTAAATCTGTTCACCAAATCAGCTCAAATAATTATAGCC
319 AAAAATAAATCTGTTCACCAAATCAGCTCAAATAATTATAGCC
* * * * *
343058 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTA
1 ATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGACATAAAACAATTGTTTTTA
* * **** * * *
343123 ATCGTATAAGCTTATTTGACATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAA
66 ATCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
343188 GAGATTGAAAGAATAAATCCTTTTACCAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGT
131 GAGATTAAAAAAATAAATCCTTTTACCAAACCAATTCAAATAGTCA-GACTATTTAAACAATTCT
* * * * *** * *
343253 ATACTTGAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTATAATAAAGCAATTATTTTTGTTCCTATTAACTTA
195 ATACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATTCATATCAACTTA
*
343318 TTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
260 TTTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
343383 AAAT
325 AAAT
343387 TTTTTTTATG
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 51, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
359 3 0.01
360 123 0.46
361 18 0.07
362 122 0.45
363 3 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (361 bp):
ATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTGGACATAAAACAATTGTTTTTA
ATCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTAAAAAAATAAATCCTTTTACCAAACCAATTCAAATAGTCAGACTATTTAAACAATTCTA
TACTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAATTCATATCAACTTAT
TTAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
AATCTGTTCACCAAATCAGCTCAAATAATTATAGCC
Found at i:343117 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 342698--343386 Score: 560
Period size: 181 Copynumber: 3.8 Consensus size: 180
342688 AGTTATGACT
* * *
342698 ATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAA
*** **
342763 TTCATAAAAGCTTACCCAAAATAAAATAATACTAATTTCCTAATATTTCAAAAATTAATAA--AG
66 TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-
* * ** * * *
342826 AAGAGTATAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAATTCAAATAGTCCAACT
130 AAGAGTATAAAAAAATAAATCTGTTCACCAAATAACTCAAATAATCCAACC
* * *
342877 ATTTGAACAATTCTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCAA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAA
* *
342942 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTA
66 TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * *
343006 AATGA-T-TTAAAAAGTAAATCTGTTCACCAAATCAGCTCAAATAAT-TATAGCC
130 AA-GAGTATAAAAAAATAAATCTGTTCACCAAAT-AACTCAAATAATCCA-A-CC
* * * * * *
343058 ATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTA
* * * * *
343123 A-TCGTATAAGCTTATTTGACATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT-
65 ATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
343186 AAGAG-ATTGAAAGAATAAATCCT-TTTACCAAACCAATTTAAATAGT-TATGACT
130 AAGAGTA-TAAAAAAATAAAT-CTGTTCACCAAA-TAACTCAAATAATCCA--ACC
* * * * * * * * * * * * **
343239 ATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTATAATAAAGCAATTATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAA
* * * * * * *
343304 TTCCTATTAA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT-
66 TTCATA-AAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
*
343367 AAGAG-ATTTAAAAAATAAAT
130 AAGAGTA-TAAAAAAATAAAT
343387 TTTTTTTATG
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 76, Indels: 32
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 132 0.32
180 19 0.05
181 249 0.60
182 14 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAA
TTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
AGAGTATAAAAAAATAAATCTGTTCACCAAATAACTCAAATAATCCAACC
Found at i:344362 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 343449--346620 Score: 2268
Period size: 181 Copynumber: 17.6 Consensus size: 181
343439 CAAATCGTTT
** * *
343449 TGACAAAACAAAAACTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
343514 -TGTATTTAGAAAACATATAT-TTTTTTAAATTTC-TAGTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAA
66 CT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * *
343576 TTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCATGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
130 -TTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
343628 TGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAATTAGATAATTATTCAAATAGTTACAAGTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
** * * * *
343693 CTTGTAAGGTAAATAGATTCA-TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
66 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** * * *** *
343757 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATTGATACAATTGTTTTA
131 TAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
343808 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * *
343873 CTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTCTTTTTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAA
66 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* ** * **
343937 TTA-ATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAACAATTGTTTTA
130 TTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * *
343989 TGAAAAAACTGAA-GTCATAACAATTTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * *
344053 ACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-AAATATTAATAA
65 ACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAA
* * * ** * *
344117 ATTTGCATTATTTTA-TATGAAATAAGCTTGTATGAGTAGAAAA-ATTTGTATTA
129 ATTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTA
* * *
344170 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * **
344235 CTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAA
66 CTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * ** *
344300 TTAGAATT-TTGTTATTTTGAGTAAGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTG
130 TTAGAATTATT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
344352 TGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATCAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGC
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
*** ** * * * *
344416 A-TTGGTCAAGCCAATAAATTAATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
65 ACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * * *
344479 AATTAGCATTATTTTATTTTGATTAAAAC-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
128 AATTAGAATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* ** * *
344533 TGACAAAACAAAGTGGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACT-TATTG
1 TGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT-TTG
** * *
344597 AA-TTGTTTTTATAAAGAGATTTATTTTTT-AAT-TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATA
64 AACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * * * * * *
344657 AATTA-ATATTATTTTATGTTGAACAAACTTATTTGAGCAAAAACATTTGTTTTA
128 AATTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
344711 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * * * *
344776 -TTGGTTCGGCAATCAGAATTATTTTTCAAATTTCTTACTAATTAATTTTTCAAATACTAATAAA
66 CTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* ** ** ** * *
344840 TTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAAAAACTAAAAA-ATTTATTTTA
130 TTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
344892 CGATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAGAATTGTTCATATAGCTGTAACTATTTA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT--AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * * * * *
344957 AACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTGTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAT
64 AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * ** *
345022 GTTAGCATTATTATATTTT-AATTAAGCTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTA
129 ATTAGAATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** *
345075 TAATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * *
345140 CTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCCCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAT
66 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* *** * *
345205 TAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTAT-AATGAAAAAACAATTGTTTTA
131 TAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * * ** * *
345257 TGAAAAAACAAAATTTCATAACGATTTAAAATAAAGAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTAAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * *
345322 C-TGATTCGATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAA
66 CTTG-TTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * *
345385 AGTA-ATATAATTTTA-TTTCAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAATGTTTTA
129 ATTAGA-ATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * ** * * *
345438 TGA-TAAACTAAAAGATTATAATTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
1 TGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * * * *
345502 ACTTGTTTGGTAAGCA-ATTTTTTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-GAATGTTCATA
65 ACTTGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATA
* * ** *
345565 AATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTGAAACAATTATTTTA
128 AATTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
345619 TGACTAAAGAAAAGGCCAAAATGATTCGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGC
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGA
** * * * * * *
345683 A-TTGGTTCAGTAAACACATTCATTTTTTAAAT-TCTTCCTTGTTAATTTTTAGAATATTATTAA
65 ACTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * ** * * * * *
345746 TTTAGCAA-TATTTTACTAAGAATAAACTTGAATGAATAGAAACAAATGTTTTA
129 ATTAG-AATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * *** **
345799 GGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTTTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * *
345863 -TTGGTTCGATAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAA
66 CTT-GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * ** * * * *
345923 TTA-ATATTTTTTTATTCTGAATAATTTTATTTGAATAGAAACAATTGTTTTA
130 TTAGA-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * ** *
345975 AGATAAAACAAAATGTCTTAACAATTTAAAATATATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
346040 CTTATTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATAATATTAAA
66 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* *** * * * *
346104 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATCGTTTTA
130 TTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * ** * * * ** **
346156 AGATAAAACAAAACATCATAACGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAGTTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * *
346221 CTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATGTTTTATTTATT-ATATTTT-GAGTATTAATAAA
66 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * *
346284 TTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTTTGAA-TAGAACAAATTGGTTTA
130 TTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-AATTGTTTTA
* * * * * *
346336 TGACAAAACAAATGATCATAATGATTTGAAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
* * * * **
346401 A--TGAATTTAG-AAAGCAAATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
65 ACTTG--TTTGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * *
346462 AAATTTA-TATTATTTTA-TTGGAAATAAGCTTGCAAGAACAAAACCAATTGTTTTA
127 AAA-TTAGAATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
346517 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATTGAT-CTTTTTTAGATACTAATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * *
346581 CTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTTATAATTCTCTTACT
66 CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACT
346621 AGTATTATTT
Statistics
Matches: 2369, Mismatches: 531, Indels: 184
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 1 0.00
176 70 0.03
177 126 0.05
178 82 0.03
179 187 0.08
180 338 0.14
181 1047 0.44
182 380 0.16
183 134 0.06
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
CTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
TAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
Found at i:345071 original size:542 final size:537
Alignment explanation
Indices: 343472--346606 Score: 2156
Period size: 544 Copynumber: 5.8 Consensus size: 537
343462 ACTCATAGCT
* * * *
343472 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA--TGTATTTAGA-AAACATATAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT-TTT-GATAAACAGATTT
* * * *
343534 -TTTTTTAAATTTCTAGTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAAT
64 ATTTTTTAAATTTCTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAAT
* * * *
343598 AAGCATGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAATTAGA
128 AAGCTTGTATGAGCAAAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-TAGA
* * * *
343663 TAATTATTCAAATAGTTACAAGTATTTGAACTTGTAAGGTAAAT-AGATTCATTTTTAAATCTCT
191 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTAGG-AAATCAGATTCATTTTTAAATCTCT
* * * **
343727 TACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTA-TATGAA
255 TACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTAGTAAAAA
* * * * * * *
343791 TTGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
320 CT-AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
343856 AGTTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTCTTTTTCTTATTAATT
384 AG-TGTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TATTACTTATTAATT
* ** * * * *
343920 ATCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAAT-GAAAACAATTG
447 TTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAATTAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTG
* *
343984 TTTTATGAAAAAACTGAA-GTCATAACA
511 TTTTATGAAAAAAC-AAAGGTCATAATA
* * *
344011 ATTTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTT-ATTTGATAAACAGATTTA
1 A-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTTGATAAACAGATTTA
* *** *
344075 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTAAATATTAATAAATTTGCATTATTTTATATGAAAT
65 TTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAAT
* * * ***
344140 AAGCTTGTATGAGTAGAAAAATTTGTATTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGA
128 AAGCTTGTATGAGCA-AAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGA
*
344205 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAGATTCATTTTTTTAAATCT
191 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTAGG-AAATCAGATTCA--TTTTTAAATCT
* * * * * * ** * * *
344269 ATTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTT-TGTTATTTTGAGTAAGCTT-GCAC
253 CTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTAGTAA
* * * *
344332 AAACAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AATCAAATAATTGTTC
317 AAACTAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTC
* * * ** ** * * **
344396 AAATAGTCATAACTATTTGCATTGGTCAAGCCAATAAATTAATTTTTTAAATCCATTACTTATTA
380 AAATAGT-GTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTA
* * * * *
344461 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGATTAAAAC-TGTATGAACAGAAACAA
444 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAATT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* * *
344525 TTGTTTTATGACAAAACAAAGTGGTCATAGTG
508 TTGTTTTATGAAAAAACAAA--GGTCATAATA
* *
344557 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACT-TATTGAA-TTGTTTTTATAAAGAGATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAT-TTGAACTTGTTTTGATAAACAGATTTA
*
344620 TTTTTT-AA-TTCT-CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATGTTGAACA
65 TTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TTGAA-A
* *
344682 -AA-CTTATTTGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGATATAG
127 TAAGCTTGTATGAGCAAAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-ATAG
* * * * *
344745 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGGCAATCAGAATT-ATTTTTCAAATT
190 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTAGGAAATCAG-ATTCATTTTT-AAATC
* * *
344808 TCTTACTAATTAATTTTTCAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAAG-TTAGTAA
252 TCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTAGTAA
* * * * *
344872 AAACTAAAAAATTTATTTTACGATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAGAATTGTT
317 AAACTAAAAAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT--AAATAATTGTT
* * * *
344937 CATATAGCTGTAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTGTTAGTTATT
379 CAAATAG-TGTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATT
* * ** * *
345002 AATTTTCATAATATTATTATGTTAGCATTATTATATTTTAATTAAGCTTGTATGAGTAGAAACAA
443 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAATTAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
*
345067 TTGTTTTAT-AATAAAACAAAAGGTTATAATA
508 TTGTTTTATGAA-AAAAC-AAAGGTCATAATA
* * * *
345098 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAG-TTCGGTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTTGATAAACAGATTTAT
** * * **
345162 TTTTTAAATCCCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
66 TTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATA
* * * * * ** * * *
345227 GGCTTGTATAATGAAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATTTCATAACGATTTAAAATAAA
129 AGCTTGTATGA-GCAAAAA-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAATAGA
* * * ** * * * * *
345292 GAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTAAAC-TGATT-CGATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATC
191 TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG-TTAGGA-AATC-AGATTCAT-TTTTAAATC
* * * * * * * * * * *
345354 TCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATAATTTTATTTCAGATAAGCTT-TTAT
252 TCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTAGTAA
* * * * ** * * *
345418 GAACTAAAACAAATGTTTTATGAT-AAACTAAAAGATTATAATTATTTTAAATAGATAATTGTTT
317 AAACTAAAA-AATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTC
* * * * * * * *
345482 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAATTTTTTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTA
380 AAATAGT-GTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTA
** * * ** * *
345547 ATTTTCTGAATGTTCATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA-TAAGCATATATGAACT-GAAACA
444 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTT-AATTAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * *
345610 ATTATTTTATGACTAAAGA-AAAGGCCAAAATG
507 ATTGTTTTATGA--AAAAACAAAGGTCATAATA
* * * * * * * *
345642 ATTCGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGCA-TTG-GTTCAGTAAACACATTC
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTTGTTTTGA-TAAACAGATTT
* * * * ** * * *
345704 ATTTTTTAAA-TTCTTCCTTGTTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTAAGA
64 ATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGA-A
* * ** * * * *
345767 ATAAACTTGAATGAATAGAAACAA-ATGTTTTAGGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTTTG-A
126 ATAAGCTTGTATGAGCA-AAA-AATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA--TTTGAA
** * ** *
345829 TAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA-TTGGTT-CGATAAAGAGATTTAGTTTTTAA
187 TAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTTAGGA-AATCAGATTCA-TTTTTAA
* * * * **
345892 ATGTC-T--T-ATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTT-TTTTA-TTCTGAATAATTTT
249 ATCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-TTTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
*** * * * * * *
345951 A-TTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTAAGATAAAACAAAATGTCTTAACAATTTAAAATATATAAT
312 AGTAAAAACTA-AAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAAT
* ** * ** * * *
346014 AGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCA--A
375 TGTTCAAATAG-TGTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TT-ATTA
* * * * * ** * *
346077 CTTATTAATTTTTAGAATAATATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
437 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAATTAAGCTTGTATGAATAG
* * * ** **
346142 AAACAATCGTTTTAAGATAAAACAAAACATCATAACG
502 AAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGGTCATAATA
* ** ** * *
346179 ACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAGTTATTTGAACTTG-CTTGGTAAACAGATTTAT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTTGATAAACAGATTTAT
* * * * * *
346243 TTTTTAAATGTTTTATTTATT-ATATTTTGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTG-AAT
66 TTTTTAAAT-TTCTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTGAAAT
* * ** * * *
346306 AAACTTGTTTGAATAGAACAAA-TTGGTTTATGACAAAACAAATGATCATAATGATTTGAAAATA
128 AAGCTTGTATGAGCA-AA-AAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG--AATA
* * * * * * *
346370 GAAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA--TGAATTTA-GAAAGCAAATTTATTTTTTTAA
189 GATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG---TTAGGAAATCAGATTCA-TTTTTAAA
* * * * **
346432 T-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTGGAAATAAGCTT-G
250 TCTCTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTAG
* * * * * * ** * *
346494 CAAGAAC-AAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATTGAT-CTTT
314 TAAAAACTAAAA--AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTG
* * * * * * *
346557 TTTAGATACTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTCATTTTT
377 TTCAAATAGT-GTAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTT
346607 ATAATTCTCT
Statistics
Matches: 2041, Mismatches: 435, Indels: 238
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
535 3 0.00
536 12 0.01
537 305 0.15
538 34 0.02
539 67 0.03
540 149 0.07
541 309 0.15
542 377 0.18
543 81 0.04
544 390 0.19
545 130 0.06
546 173 0.08
547 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTTGATAAACAGATTTAT
TTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATAAG
CTTGTATGAGCAAAAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAATAGATAATT
GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTAGGAAATCAGATTCATTTTTAAATCTCTTACTAA
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTAGTAAAAACTAAAA
AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTGTAA
CTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTATTACTTATTAATTTTCAAAATA
TTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTAATTAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAA
AAACAAAGGTCATAATA
Found at i:345459 original size:363 final size:358
Alignment explanation
Indices: 343449--346620 Score: 2250
Period size: 363 Copynumber: 8.8 Consensus size: 358
343439 CAAATCGTTT
** * * *
343449 TGACAAAACAAAAACTCATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * *
343514 -TGTATTTAGA-AAACATATATT-TTTTTAAATTTC-TAGTTAATAATTTTTTAAATATTAATAA
66 CTG--TTT-GATAAACAGAT-TTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * *
343575 ATTTATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCATGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAA
127 ATTAATATTATTTTATTTC--AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAA
* * * * * * **
343639 AAGGTCATAATGATTTGAATTAGATAATTATTCAAATAGTTACAAGTATTTGAACTTGTAAGGTA
189 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * *
343704 AATAGATTCA-TTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
254 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *
343768 TATTTCAAATAAG-TT-TATATGAATTGATACAATTGTTTTA
319 TATTTCAAATAAGCTTGTATATGAA--AAAACAATTGTTTTA
* * * * *
343808 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * *
343873 CTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAATTCTTTTTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAT
66 C-TGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * ** * **
343938 TAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACTGAA-
129 TAATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ATAAACAAAAG
** * * * * * * *
344002 GTCATAACAATTTTAAAATAAATAATTATTCAAATAATTATAACTATTTGAACTTATTTGATAAA
192 GTCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
* * *
344067 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT-AAATATTAATAAATTTGCATTATTTT
256 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
344131 ATATGAAATAAGCTTGTATGA-GTAGAAAA-ATTTGTATTA
320 ATTTCAAATAAGCTTGTAT-ATG-AAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
344170 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * **
344235 CTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTGGAATATTAATAAA
66 C-TGTTTGATAAACAGATT--TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * ** *
344300 TTAGA-ATT-TTGTTATTTTGAGTAAGCTTGCACAAACAAAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAA
128 TTA-ATATTATT-TTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAA
* * * *
344363 AAGGTTATAATGATTTG-AATCAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGCA-TTGGTCAAG
189 AAGGTCATAATGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GG
** * * * *
344426 CCAATAAATTAATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATT
252 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
** * *
344489 ATTTTATTTTGATTAAAAC-TG--TATGAACAGAAACAATTGTTTTA
315 ATTTTATTTCAAAT-AAGCTTGTATATGAA-A-AAACAATTGTTTTA
* ** *
344533 TGACAAAACAAAGTGGTCATAGTGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACT-TATTG
1 TGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAT-TTG
* * * * *
344597 AATTGTTTTTATAAAGAGATTTATTTTTTAAT-TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATGTTAATAAA
64 AACTG-TTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
344659 TTAATATTATTTTATGTTGAACAAACTTATTTGAGCAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
128 TTAATATTATTTTAT-TTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAA
* * * *
344724 GGTCATAATGATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGGCAA
191 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAA
* * * * * * * * *
344788 TCAGAATTATTTTTCAAATTTCTTACTAATTAATTTTTCAAATACTAATAAATTTGTTTTATTTT
255 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* *
344853 ATTTCAAATAAG-TTAGTA-A--AAACTAAAAAATTTATTTTA
320 ATTTCAAATAAGCTT-GTATATGAAA--AAACAA-TTGTTTTA
* * * * * * * * *
344892 CGATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAGAATTGTTCATATAGCTGTAACTATTTA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT--AAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * * * *
344957 AACTGGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTGTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTA
64 AACT-GTTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
** ** * * ** * *
345021 TGTTAGCATTATTATATTTTAATTAAGCTTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAA
126 AATTAATATTATTTTATTTCAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAA
* * * *
345086 AAGGTTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTCGGTA
189 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTA
* * *
345151 AACAGATTTATTTTTTAAATCCCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAATTAGTATTATTT
254 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *
345216 TATTCCAAATAGGCTTGTATAATGAAAAAACAATTGTTTTA
319 TATTTCAAATAAGCTTGTAT-ATGAAAAAACAATTGTTTTA
* ** * * * * ** * *
345257 TGAAAAAACAAAATTTCATAACGATTTAAAATAAAGAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTAAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * *
345322 CTGATTCGATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAA
66 CTG-TTTGATAAAC-AGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * *
345386 GTAATATAATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAATGTTTTATGATAAACTAAAA
128 TTAATATTATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAC-AAAA
* * * * * * * *
345451 GATTATAATTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAG
191 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
* * * * * *
345516 CA-ATTTTTTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGTTCATAAATTAATATTATTT
256 CAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * *
345579 TATTTTGAATAAGC--ATATATGAACTGAAACAATTATTTTA
319 TATTTCAAATAAGCTTGTATATGAA--AAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
345619 TGACTAAAGAAAAGGCCAAAATGATTCGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGC
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGA
* * * * * * * * * *
345683 ATTGGTTCAGTAAACACATTCATTTTTTAAAT-TCTTCCTTGTTAATTTTTAGAATATTATTAAT
65 ACTGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
** * *** * * * * * * *
345747 TTAGCAATATTTTACTAAGAATAAACTTGAATGAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAACAAAA
128 TTAATATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACAAAA
* * *** * * *
345812 -ATCATAACGATTTTTGATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAA
191 GGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAA
* * * * * *
345875 AGAGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTTTTTT
255 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
345936 A-TTCTGAATAA--TTTTATTTGAATAGAAACAATTGTTTTA
320 ATTTC-AAATAAGCTTGTATATGAA-A-AAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * ** *
345975 AGATAAAACAAAATGTCTTAACAATTTAAAATATATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * * * *
346040 CT-TATTTAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATAATATTAA
66 CTGT-TTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * *
346103 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATCGTTTTAAGATAAAACAAA
127 ATTAATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT-AAACAAA
** * * * * **
346168 ACATCATAACGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAGTTATTTGAACTTGCTT-GGTA
190 AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTA
* * * *
346232 AACAGATTTATTTTTTAAATGTTTTATTTATT-ATATTTTG-AGTATTAATAAATTAGTATTATT
254 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
346295 TTGTTTTGAATAAACTTGT-T-TGAATAGAACAAATTGGTTTA
318 TTATTTCAAATAAGCTTGTATATGAA-AAAAC-AATTGTTTTA
* * * * *
346336 TGACAAAACAAATGATCATAATGATTTGAAAATAGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
1 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG-AAATA-AATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* * * * **
346400 AA-TGAATTTAGA-AAGCAAATTTATTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
64 AACTG--TTT-GATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* ** * * * *
346462 AAATTTATATTATTTTATTGGAAATAAGCTTGCAAGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACA
125 AAATTAATATTATTTTATT-TCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAACA
* * ** * * * * * * *
346527 AAAAGTCATAATGTTTTGAAATTGAT-CTTTTTTAGATACTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
188 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
* * *
346591 AAACAAATTCATTTTTATAATTCTCTTACT
253 AAACAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTACT
346621 AGTATTATTT
Statistics
Matches: 2213, Mismatches: 483, Indels: 232
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 5 0.00
356 130 0.06
357 79 0.04
358 94 0.04
359 275 0.12
360 174 0.08
361 378 0.17
362 319 0.14
363 437 0.20
364 276 0.12
365 37 0.02
366 6 0.00
368 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
CTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
ATATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCA
TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTGTATATGAAAAAACAATTGTTTTA
Found at i:346932 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 346620--348230 Score: 1028
Period size: 182 Copynumber: 9.0 Consensus size: 179
346610 ATTCTCTTAC
* *
346620 TAGTATTATTTT-ATTTCAAATAACCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTG-TAAAACAA
1 TAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGATAAAACAA
* * * * *
346682 AAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTA
63 AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTA
* * *
346747 AACATATTTATTTTTAAAATTTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAT
127 AACATATTTATTTTT-AAA-TCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
346802 AAATATTATTTTAATATGACTAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAA
1 TAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * *
346867 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAGTAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCTGTAAAC
66 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAAC
* ** *
346932 AGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCCTAATATCAATAAAT
130 ATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * * * ** * * *
346983 TTGTATTATTTT-ATTTGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTAATGACAAAGC-AAAA
1 TAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * * * * * **
347046 GATTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAA
66 G-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTAAA
* * * * * * * *
347111 TATAATTGTTTTTCAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAACA-
129 CATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAA-AT
* * * *
347163 TAGTATTATTTT-ATCTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAAATAATTTTTTTATTACAAAACAA
1 TAGTATTATTTTAAT-TTGAATAAGCTTATATGAA-TAG-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * * **
347226 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATA
63 AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGTA
* * *
347291 AACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAGT
127 AACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * * * *
347345 TAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAACA-AAACTATTGTTTT-TAATAAAACAAAAA
1 TAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
** * * * ** *
347408 GTCATAATAATTTGAAAGAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTT-AAAATGTTTTGTTAA-
66 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGTAAAC
* * * * *
347471 GTGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCCAAATATTAATAAAT
130 AT-ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * * ** * * *
347523 TAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATAT-ACCAAAAACAATTGTTTT-TGACAAAACAAGAA
1 TAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
* * * * * * *
347586 CTAATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTTGTTAAAT
66 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG-TAAAC
* * * * * *
347651 AGAATTATTTACTAAATCTCTTACTTATAAAATT-TTGAAATATTAATAAAT
130 ATATTTATTT-TTAAATCTTTTACTTAT-TAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * * * *
347702 TAGTTTTATTCT-ATTATGAATAAGCTTCTATATG--TTGAAAAAATTGTTTTACGATAAAACAA
1 TAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGC-T-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * * * * * *
347764 AAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTC--ATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCA
63 AAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GTA
* * * ** * *** * * *
347827 AACAAATTTATTTTTTAAATC--TTAGTTTTTTTTTTTTTTAATTTTATTAGAT
127 AACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * *
347879 TAGTACTATTTT-ATTTCGAATATA-CTTGTATGAATAGACATAATTGCTTTAGGACATAACAAA
1 TAGTATTATTTTAATTT-GAATA-AGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * * * * * * * * **
347942 ATGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTCCAAATAGTTATAACTGTTTGAA-AAGATTTGGTA
64 AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT-GTA
* * * * **
348006 AACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTTGTAAAT
127 AACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * **
348056 TAATACTACTTT-ATTCTGAATAAACTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
* * * * * * * * * * *
348119 CA-TAATAACAATTTAAAATAGATAATTTTTGAAATGGACATAATTATTT-AAATAGATTCGATA
65 -AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTG-TA
* * *
348182 AACATATTCATTTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
127 AACATATT--TATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAA
348231 TACTATTTTA
Statistics
Matches: 1128, Mismatches: 256, Indels: 95
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 8 0.01
176 74 0.07
177 163 0.14
178 144 0.13
179 201 0.18
180 172 0.15
181 100 0.09
182 256 0.23
183 10 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA
GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGTAAACA
TATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAAT
Found at i:347810 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 347150--347812 Score: 777
Period size: 357 Copynumber: 1.8 Consensus size: 358
347140 TAATTTTTGG
* * ** * *
347150 AATATTAACAACATAGTATTATTTTATCTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAAATAATTTTTTTA
1 AATATTAACAACATAGTATTATTTTATCTTGAACAAACTTATAT-AACCAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
347215 TTACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAT
65 TGACAAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
347280 CTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAGT
130 CTAGTTCAATAAACAGAATTATTTCTAAAATCTCTTACTTATAAATTGTTGAAATATTAATAAAT
* * *
347345 TAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAACAAAACTATTGTTTTTAATAAAACAAAAAGT
195 TAGTATTATTCTAATATAAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTGTTTTTAATAAAACAAAAAGT
*
347410 CATAATAATTTGAAAGAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAAATGTTTTGTTAAGTGA
260 CATAATAACTTGAAAGAAATAATTACTC-AATAGTCATAACTATTTAAAATGTTTTGTTAAGTGA
347475 TTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCCA
324 TTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCCA
* *
347510 AATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATAT-ACCAAAAACAATTGTTTT-
1 AATATTAACAACA-TAGTATTATTTTATCTTGAACAAACTTATATAACCAAAAACAATTGTTTTA
* *
347572 TGACAAAACAAGAA-CTAATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGA
65 TGACAAAACAA-AAGCTAATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*** *
347636 ACTAGTTTGTTAAATAGAATTATTTACT-AAATCTCTTACTTATAAAATT-TTGAAATATTAATA
129 ACTAGTTCAATAAACAGAATTATTT-CTAAAATCTCTTACTTAT-AAATTGTTGAAATATTAATA
* * * ***
347699 AATTAGTTTTATTCTATTATGAATAAGCTTCTATATGTTGAAAA-AATTG-TTTTACGATAAAAC
192 AATTAGTATTATTCTAATATAAATAAGC-T-TATATGAACAAAACAATTGTTTTTA--ATAAAAC
* * * * ** *
347762 AAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTC-ATAGTCTTAACTATTT
253 AAAAAGTCATAATAACTTGAAAGAAATAATTACTCAATAGTCATAACTATTT
347813 GAACTAGTTT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 44, Indels: 19
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
357 141 0.56
358 26 0.10
359 46 0.18
360 38 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AATATTAACAACATAGTATTATTTTATCTTGAACAAACTTATATAACCAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TAGTTCAATAAACAGAATTATTTCTAAAATCTCTTACTTATAAATTGTTGAAATATTAATAAATT
AGTATTATTCTAATATAAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTGTTTTTAATAAAACAAAAAGTC
ATAATAACTTGAAAGAAATAATTACTCAATAGTCATAACTATTTAAAATGTTTTGTTAAGTGATT
TACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCCA
Found at i:350669 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 350623--350670 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 20
350613 AGGTATGAAA
350623 TTTTAGAAAAAGAAAATTTTG
1 TTTT-GAAAAAGAAAATTTTG
*
350644 ATTTGAAAAAG-AAATTTAATG
1 TTTTGAAAAAGAAAATTT--TG
350665 TTTTGA
1 TTTTGA
350671 TGATGAAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 4
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.26
20 7 0.30
21 10 0.43
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (20 bp):
TTTTGAAAAAGAAAATTTTG
Found at i:356380 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 355994--359973 Score: 3008
Period size: 180 Copynumber: 22.2 Consensus size: 181
355984 ACAAAACATA
* * * * * * * * *
355994 ATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGACATAATTATTTTAAC-CGATTCGATAAACAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG
* * * *
356058 ATTCATTTTTTAAA--TC--ATTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTACTTTTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * ** * *
356118 CAAATAAGTTTGTATGAATTGGAACAATTATTTTAT-AGCAGAACAAAAGGTC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
356170 ATAACGATTTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATCTGAATTTGTTCGATAAACAA
1 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * * *
356234 ATTTATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGAATTATTAAAAAATTATTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
356298 TGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
356350 GTAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTGTTCGATAGACAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * * * *
356415 CTTATATTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATT
66 TTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** *
356479 TTGAATAAGCTTATAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGATTAAACAAGAGGTC
129 TTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * * *
356532 AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGGTCGGTAAATATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * * * *
356597 TTTAATTTTCAAAACTCTTA-TTAGT--TTTTAG-AATATT-ATAAATTAGTATTATTTT-TAAT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT
* * * * * *
356656 CGAATAAGCATCTATGATC-AGAAACAATTGTATTATGACAAAACAAATA--TT
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTC
* * * * *
356707 TTAATGATTT-AAGATTGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAAC-TGATTCGGTAAACA
1 ATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACA
* * * *
356770 GGTTTATTTTTTAAATATATTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
356834 TTCAATAAGCTTGTACGATA-AAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAATGTC
129 TTGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * ** * * * * *
356887 ACAACAATTTGTAGTAAATAATCCTTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC-TGATTC-AGTAAATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACA
* * **
356950 GATTTATTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
357014 TTCATATAAACTTGTATTAACT-AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTT
129 TTGA-ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
357067 ATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGATC-AGTAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAG
* * * * * * * * *
357131 ATTTATTTTTTTAATATCTTTCTTTTTAATTTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTAGTAATTTATTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * *
357195 TGAACAAGCTTGTATGAATTCAAACAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAAGATT
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** * * * *
357247 AGAATGATTTGCAATATATAATTATTCCAGTAATGTTAACAATTTAAAC-TGATTCGGTAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG
* * ** * *
357311 AGTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
357376 CAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAAAATTGCTTTACGACAAAAGAAAAGGTC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
357427 ATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGA-CAACTAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AG
* * * * ** * * *
357491 ATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTTGGGACATTATTAAATTAATATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** *** * * *
357556 TGAATAAAATAGTATGAA-T-AGTCAA---AACTAT-TC-AAATAAAAGGTT
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
357601 ATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGTTTTC-ACAAGCAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAG
* * * *
357665 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTATCT-AAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *** * *
357729 TTGAACAAACTTATATTAGGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTA
129 TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * ** *
357782 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * * * *
357847 ATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
357911 GAATAAGCTTTTATGAGA-TGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTC
131 GAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * ** * * * *
357962 ATAAAAATTTAAAATAAATAATTATTCATATAGTGTTAATTGTTTGAA-TTGATTCGGTAAACTG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG
* *
358026 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
358090 TTGAATAAGCTTGTATG-ACCAGACACAATTATTTAATGATAGAACAAAAGGTT
129 TTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * *
358143 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTTAGA-AAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG
* * *
358207 ATTTATTTTTTAAA--TATT--TTATTAATTATTGAAAAATTAAT--A-TAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** **** * *
358265 CAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** ** * * * * ***
358317 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATGGGCATAATTATTTGAAC-TGATTTGATAATTTG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG
* ***
358381 ATTTATTATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
358446 TGGATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
358498 ATAATGTTTTTAAAAAGATAATT-TTCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTTGTTCAATAGATAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * * *
358562 TTTATTTTTCCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTGATT
66 TTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
358626 TTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAGTC
129 TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * * * *
358679 AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTC-AGCAAACAC
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAG
*
358743 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * ** * *
358803 TCGAATAAGCTCT-TATGATC-AGAAACAGGTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATC
129 TTGAATAAGCT-TGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * *
358855 ATAATGACTTGAGATTTATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTGGAA-TTGGTTC-AAAAAGCA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAA-CA
* ** *
358918 -ATTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * *
358982 TCAAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
129 TTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* *
359034 ATAATGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAAGTTGTTCAATAAACA
1 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
* * * * * **
359097 GATATATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATCAATTTTTTG-ATTGCTAATAAATTAG-----TTTTA
64 GATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
359156 TTCTGAATAAACTTGTATAAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT
127 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * *
359211 AGAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTGATTATTTGAACTAGTTTGATAAACACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * * * * *
359276 TTTATTTTTTTAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATAT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* *
359341 GAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATA--TC
131 GAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTC
** * * *** * * * *
359391 ATAACAATTTGAGATAGATATTTGCCCAAATAATCATAACTATTTGAACTATTTTAG-TAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAG
* ** * *
359455 ATTTATTTTTTAAA---ATT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * *
359516 TGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTC
* * ** * *
359569 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACACGAGTATTTGAACTTGTTTGAT---CA-A
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
* * ** * *
359630 TTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * *
359695 T-AATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGATC
130 TGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
359746 ATAACT-AATTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCCTAAGTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
1 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG
* * * * *
359810 ATTTATTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
359874 TCAAAAATGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGATTTATGACAAAACAGAAA-GTT
130 TGAATAA-GCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTC
* * * *
359927 ATAATTATGTGACACT-GGTAATTATTCAAATAGTCATATAACTATTT
1 ATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTC--ATAACTATTT
359974 TTAAAATTTT
Statistics
Matches: 2981, Mismatches: 690, Indels: 259
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
174 245 0.08
175 98 0.03
176 328 0.11
177 222 0.07
178 154 0.05
179 236 0.08
180 848 0.28
181 640 0.21
182 191 0.06
183 14 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
Found at i:357814 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 357793--357825 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
357783 TAACAATTTG
357793 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
357809 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
357826 TGAACTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:357962 original size:535 final size:529
Alignment explanation
Indices: 355994--368952 Score: 2782
Period size: 535 Copynumber: 24.1 Consensus size: 529
355984 ACAAAACATA
* * * * * * * * * * * *
355994 ATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGGACATAATTATTTTAACCGATTC-GATAAACAG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGTTTCAG-CAAACAA
* * * * *
356058 ATTCATTTTTTAAATC-ATT-T-ATTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTACTTTTATTTTATTTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTATT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
356119 AAATAAG-TTT-GTATGAATTGGAACAATTATTTTAT-AGCAGAACAAAAGGTCATAACGATTTT
129 GAATAAGCTTTATTATGAA---AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTAATAAC-AATTT
* * * * * * * * *
356181 G-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATCTGAATTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTT
189 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTG-CAAATAGAA-TTA-TTTT
* * * * * * ***
356244 TAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGAATTATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCT
251 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * *
356308 TTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTTAAATAAATAATT
316 TTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAT-AATTTAAATAGATAATT
** * * * * * *
356373 ATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTGTTCGATAGAC-AAACTTATATTTTCAAATCT-TTTG
380 ATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGA-A-ACTAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAG
* * * * *
356436 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAAGATATG
442 -TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-AT-
* * * * *
356501 AAACAAATATTTTATGATTAAACAAGAGGTC
504 AGACAAA-A--TTAT--TCAAATAAAAGGTT
* * * *** * * * * *
356532 AGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAG-GTCGGTAAATAT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-GTTTCAGCAAACAA
* * * * * *
356596 ATTTAATTTTCAAAACTC-T-T-ATTAGTTTTTAGAATATT-ATAAATTAGTATTATTTT-TAAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTATTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT
* * * * * * ** **
356656 CGAATAAGCATCTATGATCAGAAACAATTGTATTATGACAAAACAAATA-TTTTAATGATTT-AA
128 CGAATAAGC-TTTATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
* * * * * * * **
356719 GATTGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTGATTCGGTAAACAGGTTTATTTTTTAA
192 -ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TGCAAATAGAATTA-TTTTTAA
* * * * *
356784 ATATATTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGT
254 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTT
* * * * * * * * * * * **
356848 ACGATA-AAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAATGTCACAACAATTTGTAGTAAATAATCCT
319 ATGA-ACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAATTAT
* * * * * * * * *
356912 TCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCAGTAAA-TAGATTTATTTTTAAAATTTCTTACTTA
382 TCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
* * * *
356976 TTAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCATATAAACTTGTATTAACTAA
445 TTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAG
** *
357038 ACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTT
506 ACAA---AATTAT-TCAAAT-AAAAGGTT
* * * * * * * *
357067 ATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAAT-AATAACTATTTGAACT-TGATCAGTAAATA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AACTATTTGAACTGT-TTCAGCAAACA
* * ** * * * *
357130 GATTTATTTTTTTAATATCT-TTCTTTTTAATTTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTAGTAATTTA-
64 AATTTA-TTTTTTAA-ATCTCTTATAATTAA-TTATTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * **
357192 TTCTGAACAAGC-TT-GTATGAATTCAAACAGTTGTTTTATGACTAAGC-AAAAGATTAGAATGA
126 TTC-GAATAAGCTTTATTATGAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAACAA
* * * * * ** ** * * * * * *
357254 TTTGCAATATATAATTATTCCAGTAATGTTAACAATTTAAACTGATTCGGTAAACA-AAGTAATT
186 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TGCAAATAGAA-TTA-T
** * * *
357318 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAA
248 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * *
357383 GCTTATATGAAC-AAAAAAATTGCTTTACGACAAAAG-AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGAT
313 GCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGAT
* * * *
357446 AATCATTCATATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGACAACTAGATTTATTTTTTAATTTTCTT
376 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGA-AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * ** *
357511 AGTTATTAAGTTTTGGGACATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATA
440 AGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA
* *
357576 GTCAAAACTATTCAAATAAAAGGTT
505 GACAAAATTATTCAAATAAAAGGTT
* * * * *
357601 ATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGTTTTCA-CAAGCAG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTG-TTTCAGCAAACAA
* *
357665 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTATCTAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTAT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
357730 TGAACAAACTTATATTAGGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
128 CGAATAAGCTT-TATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
*
357795 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGAATTATTTTCTAAA
192 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTT-GCAAATAGAATTATTTT-TAAA
* * * * *
357860 TCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTCGAATAAGCTTTTA
255 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTA
* * * *
357924 TGAGA-TGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAAATAATTATT
320 TGA-ACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAATTATT
* * * * * * *
357988 CATATAGTGTTAATTGTTTGAATTGATTCGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
383 CAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
* ** *
358052 TAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGACCAGACACA
446 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGACAAA
*
358117 ATTATTTAATGATAGAACAAAAGGTT
511 ATTATTCAA--AT-----AAAAGGTT
* * * *
358143 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTGGTTT-AGAAAACAA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-GTTTCAGCAAACAA
* *
358207 ATTTATTTTTTAAATAT-TT-T-ATTAATTATTGAAAAATTAAT--A-TAGTATTATTTTATTTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTATT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * *
358266 AAATAAGCTTGTATGT-TGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAA
129 GAATAAGCTT-TAT-TATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
** * * * * *
358330 ATAGATAATTGGTCAAATGGGCATAATTATTTGAACTGATTTG-ATAATTTGATTTATTATTTAA
192 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGCA-AA-TAGAATTATT-TTTAA
** ***
358394 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
254 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTT
* * ** *
358459 ATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTTAAAAAGATAATT-TT
319 ATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAT-AATTTAAATAGATAATTATT
* * * * * *
358523 CAAATAGTCATAGCTATTTAAACTTGTTC-AATAGATAGATTTATTTTTCCAAATCTCAT-GCTT
383 CAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGAA-A-CTAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTAG-TT
* * * * *
358586 ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTGATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAA
444 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-T-AGA
* * * *
358651 CAATTATTATATGACTAAACAAAAAGTC
507 CAA-AATTAT-T--C-AAATAAAAGGTT
* * **
358679 AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAAA-TATTTGAACTAG-TTCAGCAAACA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAAAACTATTTGAACT-GTTTCAGCAAACA
* * *
358742 CATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT--TT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAT
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * ** * * * ** *
358803 TCGAATAAGCTCTTATGATCAGAAACAGGTGTTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGACTTGA
127 TCGAATAAGCT-TTATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
* ** * * * * *
358867 GATTTATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTGGAATTGG-TT-CAAAAAGCAATTTAGTTTTTA
191 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGCAAATAG-AA-TTA-TTTTTA
** *
358930 AATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTT
253 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT
* * *
358995 TATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTAT
318 TATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAT-AATTTAAATAGATAATTAT
* * * * * *
359059 TCAAATAGTC-AAATCTATTTGAAGTTGTTCAATAAAC-AGATATATTTTTTTAAATCTCTT-GC
382 TCAAATAGTCTTAA-CTATTTAAACTGGTTC--GAAACTAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-
* * * * ** * * *
359121 TCATCAATTTTTTGATTGCTAATAAATTAG-----TTTTATTCTGAATAAACTTGTATAAACTA-
442 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
*
359180 A-AATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTT
506 ACAA-AATTA---T-T--C-AAATAAAAGGTT
* ** * * *** * * * *
359211 AGAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTGATTATTTGAACTAGTTTGA-TAAACAC
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-GTTTCAGCAAACAA
* * * * * * *
359275 ATTTATTTTTTTAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATA
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * *
359340 T-GAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATA-TCATAACAATTTG
127 TCGAATAAGCTT-TATTATGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTG
* * *** * * ** * *
359402 AGATAGATATTTGCCCAAATAATCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTA
190 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTT-GCAAATAGAATTA-TTTTTA
* ** * * *
359467 AA---ATT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAA--TT
253 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * *
359525 TTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
317 TT--ATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGC-AAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAA
* * *** * * * * * * **
359590 TTGTTCAAATAGACACGAGTATTTGAACTTGTTTG-ATC-A-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
378 TTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
* * * * *
359652 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCT-AATAAACTTGTATGAATA-A
443 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * *
359715 AAACAATTGTTTTATGACAAA-ACCAAAGATC
507 CAA-AA-----TTAT-TCAAATA--AAAGGTT
* * * * ** * ** * *
359746 ATAACTAATTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCCTAAGTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGT-TTCAGCAAACAA
* * * * * *
359810 ATTTATTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATAATTAA-TTATTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * * ** *
359875 C-AAAAATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAGAAAGTTATAATTATGTGA
128 CGAATAA-GCTT-TATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
* * *
359939 CACT-GGTAATTATTCAAATAGTC---A-TA--T-AA--------C---T---A-T-TTTTAAAA
191 -AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGCAAATAGAATTATTTTTAAA
* * ** ** * *
359980 T-TTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAACAATTTTA-TATTATTTTATTAAAAAAAAGCTTG
255 TCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-AGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT
* * * * * * * * *
360042 TGTGAAC-AGAAACAATTATTTTA-GAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAACTG
318 TATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAATTA
* * * ** * * * *
360105 TTCAAATAATCATAGCTATTTCAAA-TTATTCGGTAAAC-AAATTCATATTTTAAATCTCTTACT
381 TTCAAATAGTCTTAACTATTT-AAACTGGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
* * ** * *
360168 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTAATTTCAAATAAGCCTATATGAACTAA
443 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-T-A
* ** * * *
360232 TACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTC
505 GACAA---AATTAT--TCAAATAAAAGGTT
* * * ** *
360262 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATACTTATGACTATTTGAACT-TGTTC-GATAAACA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGT-TTCAG-CAAACA
* * * * * * * * *
360325 TATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAAT
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTAT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * * * * **
360390 TT-GAATAAGCTTGCATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAACTCATAATGATTT
126 TTCGAATAAGCTT-TAT-TATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTT
* * * * * * ** * *
360453 AAAATA-AAAATT-TGCTTAAATAGTCATTACTATTTGAATTTATTTGATAAACA-AATTTATTT
189 GAAATAGATAATTAT--TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTG-CAAATAGAA-TTA-TT
* * * * * * *
360515 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTAATAAATTTGAATTATTTTAATTAAAATAA
249 TTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * * * * * *
360579 GCCTGTATCAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGG
313 GCTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAGC-AAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGA
* * * * * * * * *
360643 CAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCAATTTTTAAA--TCT
375 TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGA-AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *** * *
360705 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAG-TCGGTACGAA
439 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAA
* * * * * *
360769 CA-AAAATAATTGTTTTGCGACAAAACAAAGATC
503 TAGACAA-AA-T-TATT-C-A-AATA-AAAGGTT
* * * * * * * *
360802 GTAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGTACTAG--TCAAGCCAATA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-GTTTC-AGCAAACA
* * * * * *
360865 GATTCATTTTTTAAATC-CATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTAT
64 AATTTATTTTTTAAATCTC-TTA-TAATTAATTATTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * **
360929 TTTGAATAAGACTATATCAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATAGTCATAATGATTT
126 TTCGAATAAG-CTTTAT-TATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTT
* * * * * * * * **
360993 GAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTAGTTTGGTAAGCA-AATTTATTTTT
189 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTT-GCAAATAGAA-TTATTTTT
* * * * * *
361057 AAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTT
252 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
361118 ATATGAAC-AAAA-ACATT-TTTT-TTACGAAA-CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
317 TTATGAACTAAAATA-ATTGTTTTATGAC-AAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAAT
* * * * * *
361178 TATTCATATAGGCTTAACTATTTGAATTGGTTTAAC-AAAC-AAATTT-GTTTTTAAATCTCTTA
379 TATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGG-TT--CGAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
361240 GTTATGAATTTTCATAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT
441 GTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
*
361305 A-AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
506 ACAA-AATTA---T-T--C-AAATAAAAGGTT
* * * * * * *
361336 ATAACGATTTGAAAGATATCATTGTTCAAATAGTTGTAACTGTTTGTGACTATTTAAACTAGTTT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-T-CAA--------AACTATTTGAACT-GTTT
* * * * ** * * *
361401 -GGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGTAT
55 CAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATT-AAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
361465 TATTTTATTCCAAATAGGCTTATATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGACCAAA-AAAAAGTTTAT
118 TATTTTATTTCGAATAAGCTT-TATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TAAT
** * * * * *
361529 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-GATT-CAATAAACTGA
181 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGCAA-ATA--GA
* * ** * * * *
361592 TTTACTTTTTAAATTTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
243 ATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC
** * * * * * *
361657 GGATAAGCTTTTATGATCTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTAAA
307 AAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAT-AATTTAAA
* * * * * * *
361722 TATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTTGTTCGATAAAC-AAATTTATTTTTTTAA
371 TAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCG--AAACTAGATTTA-TTTTTTAA
* * * * *
361786 ATTTCTT-GCTTATTAAAATTTT-CAATGTTAATAAAATT-GTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
433 ATCTCTTAG-TTATT-AATTTTTAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * *
361848 TGTATGAACTA-A-AATAATTATTTTATGACTAAACAAAGGTC
495 TGTATGAA-TAGACAA-AATTA-TTCA--A--ATA-AAAGGTT
* * * * * ** * * * *
361889 AAAACGATTTGACATTGGTAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTGGAACTGGTTCCA-CAAACAC
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-GTTTCAGCAAACAA
* * * ** * * *
361953 TTTTATTTTTTAAATCTC-T-T-ATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA-CTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTATTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * ** * * *
362014 TAAATAAGC-TTA-TATGAACAAA-GATAG-ATAATTG----TTCAAATAGTCATAACTATTTGA
129 -GAATAAGCTTTATTATGAA-AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
* * *** ** * * * * **
362071 ATTAGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTC-TAAATCTCTTATTAAAT--TTT-CAAATATTAAAAAA
191 AATAGATAATTATTCAAA--TAG--TCAT-AAT-TATT-TGAACTGGTTTGCAAATA--GAATTA
** * * * * * * ***
362132 TTAGTATTAT-T-TTA-TTCTGAATAATTTTG---TATGAATAAA--AGCAATTTTTTTACGACA
247 TTTTTA-AATCTCTTACTTATTAAT--TTTTGAAATATTAATAAAGTAG-TATTATTTTATTTC-
* ** * ** * * * * * * *
362189 AAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTAGTT-TGA-ATAG--ATATGACTATTTAATC
307 AAATAAGCT-T--TTATGAACTAAAATA-ATTGT-TTTATGACAAAGCAAAAGGTC-A--TAA--
** * * * *
362250 TTGTTTGGTAAATAGATTTTATTTTTTAAA-ACTC-TAACT-TTT-AACT--TT------TAGA-
362 -TAATT--TAAATAGA--TAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGAAACTAGAT
* ** * * * ***
362302 ATA-TTAATAAA----TTAG-TATT-A-TTTT---ATTTTAAATAAACTT-GTATGA--ATAGAA
422 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT-AATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * * *
362353 ACAAT-TGTTTTTATGACA-AAACAAATGATCATGACAATTTGAAA--TAA
485 TGAATAAGCTTGTATGA-ATAGACAAA--ATTAT-TCAA-ATAAAAGGT-T
** * * * * * *
362400 ATAATTATTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCCATAAA-TAAATTT--A-TTTTTTA-
1 ATAACGATTTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAAT-AGT-CA-AAACT--ATTTGAACTGTTTCAG
* * * * * * *
362459 -AATC--TTTTACTTTTT-AAT-T-TT-TGA--AATT-TTAATAAATTAGT--ATTA-TTTTATT
58 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTATTAA-ATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** *** * * * * * * **
362511 CTAAAT---AT-GCTTTTATGCAT-AGAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
122 TTATTTCGAATAAGCTTTAT-TATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAA
* * * * * *
362571 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT-ATAACTATTTAAACAT-GTTCAGAAAATAG-ATTCAT
186 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTT-TGCAAATAGAATT-AT
* * * * * *
362633 TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTTTTGGAATACTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAA
248 TTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* ** * ** **
362695 TAAACTTGCATGGAAC----A-AATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGTTTTGAAATA
310 TAAGCTTTTAT-GAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATA
* * * * * * *
362755 GATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGA-TT-TTTTTAAAATTC
373 GATAATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGA-AACTAGATTTATTTTTTAAA-TC
* * * * ** * *
362818 TCTTACTCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAACTTATAT
436 TCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
* ** *
362882 GAACTGAAACAATTGTTTAAATTACGAAATAAAAGGTC
500 GAA-T-AGACAA--AATT--ATT-C-AAATAAAAGGTT
* ** ** * *
362920 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACT-TATTTGGTAAACAT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGT-TTCAGCAAACAA
* * * * * * *
362984 ATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * * **
363048 CGAATAACCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGTCAAAACAAATTTATTATTTAATTCTCT
128 CGAATAAGCTT-TATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA---A--A-GTAA-TAAC-
* * * * * *
363113 TAGTTATTAATTTTTAGA-ATATTATT-AGATTAGT-ATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATC
184 -AATT-TGAA---ATAGATA-ATTATTCA-AATAGTCA-TA-ATTA-TTTG---AA-CTGGT-T-
** * * *** ** * * * * *
363175 AACAAAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTTTACAATTGTTTAG
233 TGCAAATAGAATTATTTT-TAA-ATCTC-TTA-CTTAT--TAATTT----TTGA-AA-T-ATTAA
* * ** * *
363240 TAAA-CATTTATT-TTTTAATTCTCTAACTTATTAA--TTTT-TGAAAGATAATAAATTAGTATT
285 TAAAGTA-GTATTATTTT-ATT-TC-AA---A-TAAGCTTTTATGAACTAAAAT-AATT-GTTTT
*** *** * * * * * ** *
363300 ATTTTATTCCATATAA-G-CTTGAAT-GTTTAAA-A-ACAATTGTT-AAAT-GACCAAACAAAAG
340 ATGACAAAGCA-A-AAGGTCAT-AATAATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAAC--TA-
* * * * * * * * ** *
363358 GTAATAAC-GATTTGAAA-TTGA-TAATTATTGACAAGGT-TATAATTATTTGAACTGATTCGAT
399 TTTA-AACTGGTTCGAAACTAGATTTATTTTTTA-AATCTCT-TAGTTA-TT-AA-T--TT---T
* * ** * * ** *
363419 AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTT-TTTTATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTAT
453 -TA-GAA-T-A-TTAATAAATTA-GTA-TTATTTTA-TTTTG--A-A-T-A-AGCTT-GTATGA-
* * * * *
363483 TTTGTTTCAAATAAACTTGTATAAAATGAAACATTGGTTTT
502 ATAG----ACA-AAA-TTAT-TCAAAT-AAA-A--GG--TT
* **** * ** * * *
363524 ATGAC-AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTGTTCATA-TAGTCTTAATTATT
1 ATAACGATTTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATAG-TCAA------A-ACTA-T-TTGA--A-C
* * * * * * * *
363586 TGAACTACTTCAGCAAATAGATTTATTTTTCAAGTCTCTTAGTTATGAATTTTTGAAATATTATT
50 TG---T--TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATT-AAATATTAAT
* * * * ***
363651 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTA-TATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGGAA
108 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTATTATGAA---AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
363714 CAAAAGGTTAA-AACGATTTGATATAGATAATTGTTC--A-A---AT-A--A---GAAGTGGTTC
170 CAAAAAG-TAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-
* * * * * *
363766 AGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
233 TGCAAATAGAA-TTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTAT
* * * * *** * * ** *
363829 TATTTTACTTCATATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTTCATA
296 TATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATA
* * ** * * * * * *** * *
363894 ACAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATTA-CCATAATTATTTGAGCCAATTTGATAAACTA-AA
361 ATAATTT-AAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCG--AAACTAGAT
* * * * *
363957 TTATTTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTTTCA-AATAGTAATAAATTAAG-ATTATTTTATTT
422 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT
* * * * *
364020 TGGATAAGCTTTTATGAATTGA-AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTT
485 TGAATAAGCTTGTATGAATAGACAA-AA-----TTAT--TCAAATAAAAGGTT
*** * * * * * *
364071 CATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GGTAAACA
1 -ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC-TGTTTCAGCAAACA
* * * *
364135 TAA-TTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATT-TTATGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
64 -AATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ATAATTAATTATTA--AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * *** * * * * *
364198 ATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAGGTCAA-AGCAAT
124 ATTTCGAATAAGC-TTTATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAACAAT
* * ** * * * * * * *
364262 TTGAAATATATAATTTTTTTAGTAGTCTTCACTATTTGAATTGGTTCGACAAATAGATTTATTTT
187 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTG-CAAATAGAATTA-TTT
** * ** * *** *
364327 TTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTCTATTTTGCATAAAC
250 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * * ** * *
364392 TTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAAAA
315 TTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAA
* * * * * * *
364456 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCTCGATAAC-AGATTTATTCTTTAAATCTTTTAC
378 TTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGA-AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
** * * ** * *
364520 TTATTAAAATTT-GAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAATAG
442 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAG
*
364584 A-AATAATTGGTTTATTACAAA-ATAAAGGATC
506 ACAA-AA-----TTATT-CAAATA-AAAGG-TT
* * * * * * *
364615 GTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAATAT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGT-TTCAGCAAACAA
* * * *
364679 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-T
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * * ***
364741 TCGAAATAAACTTGCATCAAT-AAAACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGTTTT
127 TCG-AATAAGCTT-TAT-TATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTT
* * ** * * ** ** * *
364804 GAAATAGAAAATTATTTAGGTAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTGAATAGATTCTTTTTTT
189 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTT-GCAAATAGA--ATTATTTT
* * * * * *
364869 TAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGC
251 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * *
364933 TTATATGAAC-ATAAACAATTGTTTTAATTACAAAAG-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
315 TTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTT-ATGAC-AAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGAT
* * * * * * * *
364996 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TTGTTCAATAAAC-AAATGTATTTTTTAAATCTTT
376 AATTATTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC--GAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * * ** *
365059 TACTTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATACGAATAACCTTGTATGAAT
439 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * *
365124 AGAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAAAGTC
504 AG--ACAA--A-ATTAT-TC-AAATAAAAGGTT
* * * * * * * * * * *
365157 ATCACAAGTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTCAA-T-TTGTCTGGTAAAT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGTT-TC-AGCAAAC
* * * * *
365219 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
63 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTAT-TAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * * ** *
365283 -TTCAAAATAAGC-TT-TTATGAACAGAAAATATTATTTTATGATAAAACAAAATGTTGTAGCAA
125 TTTC-GAATAAGCTTTATTATGAA-A-AACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAA
* * * * * * *** *
365345 TTTCAAATAGATAATTGTTCAAACATTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGAATCATTT
186 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TGCAAATAGAATTA-TT
* * **
365410 TTTAAATCTCTCTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
249 TTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * * * * * * *
365473 AGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCATTATGATTTAAAATAGAT
312 AGCTTTTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGAT
* * * * * * * * * * *
365538 AATTATTCAAATAATCACT-ATTATTTGATCTAGTTCAGTAAAC-ATATTTGTGTTTTAAATTTT
376 AATTATTCAAATAGTC-TTAACTATTTAAACTGGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
365601 TTATTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCA-TCTGAATAAGCTTGTATA
438 TTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAGCTTGTATG
* * * ** *
365664 AATAGA-AACGATTGTTTTAAAATAGAACAAAAAATC
501 AATAGACAA--AAT-TATTCAAAT-----AAAAGGTT
* * ** * * ** * * *
365700 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGAATC-GTAAATAG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-GTTTCAGCAAACAA
* * * **
365764 ATTTATTTTTTAAATCTC-T-T-ATTAACTT-TCAAAATATTAAT-GATTAGTTTTACCTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAA-TTAT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** * * * * **
365824 TGAACAAACTTATATCAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAA
128 CGAATAAGCTT-TATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAA
* * * * ** * *
365889 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTATATAAACAGAATTATTTTTTAGA
192 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TGCAAATAGAATTA-TTTTTAAA
* * * * * * ***
365954 TCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TCATTTTATTCCAAATATGCTGGCA
255 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTA
* * * ** *
366018 TGAATTCCAAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTG
320 TGAA--CTAAAATAA-TTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAATTA
* * * ** * * * * * *
366082 TTCATATAGTTTTAAATATTTGAATTTGTTTGGTAAAC-AAATTTACTTTTTAATTCTTTTAGTT
381 TTCAAATAGTCTTAACTATTT-AAACTGGTTCG-AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
** * * * * * *
366146 ACCAATTTTTGGAATATTATTAGATTGGTATTATTTT-TTTT-AATAAGCTTGTATCAATA-AAA
444 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGACA
*
366208 ATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGTT
509 A-AA-----TTAT-TCA-AATAAAAGGTT
* * * * * * * * *
366237 ATAATGATTTGAAGTTTG-CAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACA
1 ATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-GTTTCAGCAAACA
* * * * * * *
366300 AATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAATATTATTTTATT
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
366365 TCAAATAAGCTTGAATATTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAACGATTTGA
127 TCGAATAAGCTTTATTA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
* * * ** * *
366430 AATAGATAATTGTTGACAA-GGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAATAG-ATTCACTTTTT
191 AATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TGCAAATAGAATT-A-TTTTT
* * * * *
366493 AAATCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATTAGCTT
252 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * * * *
366558 GTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAATAGATAA-TA
317 TTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTTAAATAGATAATTA
* * * ** * * *
366621 GTTCATATGGTCTTAATTGGTTAAACTGCTTCAGCAAAC-AGATTTATTTGTCAAATCTCTTAGT
381 -TTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
* * *** *
366685 TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GA
443 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* *
366749 -AACAATTATTTTATAATAGAACAAAATGTT
507 CAA-AATTA-TTCA-AAT-----AAAAGGTT
* * ** * * *
366779 ATAATGA-TTGAAATAGATAATTGTTC-AA-A-T----A--A---GAACTGGATCGGTAAACAGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGTTTCAGCAAACAAA
* * *
366831 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT--TT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * * * ** * *
366893 AAT-TGACTTGTATGATGGAAAGCAACTGTTTTATGATAAAAGAAAATTTCATAACGATTTGAAA
130 AATAAG-CTT-TATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAA
* ** * * ** * *
366957 TACATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-AATT-CAATAACTTGACTTATTTTTTTA
193 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGC-A-AA-TAGAATTA--TTTTTA
* * * * * * *
367020 AATCTCTAACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAACCTTT
253 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT
* * * * * * * ** * *
367085 TATGAATTGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAATTTCATATTTATTTTAAATAGATAATTAT
318 TATGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATA-ATAATTTAAATAGATAATTAT
* * * * * ** * *
367150 TCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-T-GTAACTATTTTTTAAAATTTCTTATT
382 TCAAATAGTCTTAACTATTTAAAC-TGGTTCG-AAACTAG-ATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGT
* * *
367213 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG-AGTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-
443 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
*
367276 A-AACAATTATTTCATGAATAAACAAAAGGTC
506 ACAA-AATTA-TTCA--AAT----AAAAGGTT
* ** * ** ** * *
367307 AGAATAATTTG-AATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-CTC-GATAAACA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACT-GTTTCAG-CAAACA
* * * * * * * *
367369 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGGAATATTTTA-C
64 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * **
367433 TCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATTT-
127 TC-GAATAAGCTT-TATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTG
* * * * *
367496 AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTT-CATAA-ACATATTTACTTT
190 AA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGCA-AATAGA-A-TTA-TTT
** ** *
367559 TTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-T
250 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
* * * *
367619 TTTGTATGAA-TAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATA
315 TTT-TATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATA
* * * * * * * *
367683 A-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAAC-AGATTTATCTTTGAAATCTCC
377 ATTA-TTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTC-G-AAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * **
367746 TACTCATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
439 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * ** *
367811 AGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATC
504 AGACAA-AA-----TTAT-TC-AAATAAAAGGTT
* * * * * * ** * * *
367844 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATGTGAACT-TGCTGGGTAAATAG
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGT-TTCAGCAAACAA
* * * * * * *
367908 CTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TAATTAATTATT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
367973 TGAATAAGC-TT-TTATGAATAGAAACAATTCG--TTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATT
128 CGAATAAGCTTTATTATG-A-A-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAG-TAATAACAATT
* * * * *
368033 TGAAACAGATAATTTTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-T-G--TG----T----TTA----GA
188 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGCAAATAGAATTATTTTTA
* * * *
368082 AA-C-C--A--TATTTATTTTTGAAATATGAGTAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCT
253 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT
** * * * * ** **
368139 TCCATGAAC-AAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTTTAATGTTTTGAAATAGATAAT
316 TTTATGAACTAAAA-TAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAAT
* * * *
368203 TGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAATA-T-GTTCTATTAA-TAGATTCATTTTTTAATTCTCT
379 TATTCAAATAGTCT-TAACTATTT-AA-ACTGGTTCGA--AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * ** * *
368264 TACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGACC
439 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-A
* * * *
368329 TGAAACAATTATTTTATTGCAAAACAAAAGGTC
503 T-AGACAA--A-ATTATT-C-AAATAAAAGGTT
* * * * * ** * *
368362 ACAATGATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTGGGTAAACAT
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGT-TTCAGCAAACAA
* * * * *
368426 ATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TA-TAATTAATTAT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * *
368490 CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATAGTCATAACAATTTGA
127 TCGAATAAGCTT-TATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGA
* * ** * ** * * * *
368555 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTCAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
191 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TGCAAATAGAATTA-TTTTTAA
* * * *
368620 ATCT-TTCACTTATTAATTGTCTT--AATATTAGTAAATTTGTATTATTTTA-ATCAAACTAAGC
254 ATCTCTT-ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAA-TAAGC
** * ** * * * * * *
368681 TTGAATGAATTGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAATTGGATAA
315 TTTTATGAACT-AAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTT-AAATAGATAA
* * * * ** * * * *
368745 TTGTTTAAATAAG-CATAATTATTTAAACTTATTCAATAAATAGATTCATTTTTTCAATCTCTTA
378 TTATTCAAAT-AGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCGA-AACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * **
368809 ATTATTAAATTTTAAAATATTAATAACTTAGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTAGT-TGAACT
441 GTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAA-T
*
368873 -GA-AATAACTTTTTTTATGACAAAACTAAAA-GTT
504 AGACAA-AA------TTAT-TC-AAA-TAAAAGGTT
* **
368906 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
1 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA
368953 TCTAAGTCGG
Statistics
Matches: 9340, Mismatches: 2142, Indels: 1872
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
489 9 0.00
490 4 0.00
491 12 0.00
492 8 0.00
493 4 0.00
494 2 0.00
495 12 0.00
496 3 0.00
497 2 0.00
498 7 0.00
499 5 0.00
500 26 0.00
501 13 0.00
502 25 0.00
503 26 0.00
504 13 0.00
505 27 0.00
506 10 0.00
507 7 0.00
508 6 0.00
509 5 0.00
510 19 0.00
511 16 0.00
512 68 0.01
513 28 0.00
514 78 0.01
515 40 0.00
516 246 0.03
517 47 0.01
518 332 0.04
519 87 0.01
520 31 0.00
521 22 0.00
522 5 0.00
523 6 0.00
524 8 0.00
525 112 0.01
526 104 0.01
527 49 0.01
528 120 0.01
529 59 0.01
530 58 0.01
531 169 0.02
532 185 0.02
533 181 0.02
534 186 0.02
535 865 0.09
536 536 0.06
537 592 0.06
538 685 0.07
539 344 0.04
540 670 0.07
541 337 0.04
542 646 0.07
543 823 0.09
544 467 0.05
545 29 0.00
546 15 0.00
547 8 0.00
548 6 0.00
549 79 0.01
550 11 0.00
551 13 0.00
552 66 0.01
553 40 0.00
554 73 0.01
555 17 0.00
556 6 0.00
557 15 0.00
558 6 0.00
559 1 0.00
560 1 0.00
561 4 0.00
562 7 0.00
563 10 0.00
564 6 0.00
565 2 0.00
566 1 0.00
567 4 0.00
568 3 0.00
569 7 0.00
570 10 0.00
571 3 0.00
572 14 0.00
573 16 0.00
574 20 0.00
575 24 0.00
576 34 0.00
577 28 0.00
578 38 0.00
579 21 0.00
580 6 0.00
581 7 0.00
584 1 0.00
585 2 0.00
586 4 0.00
587 1 0.00
588 5 0.00
589 9 0.00
590 11 0.00
591 17 0.00
592 7 0.00
593 3 0.00
594 1 0.00
595 1 0.00
596 2 0.00
597 4 0.00
598 9 0.00
599 4 0.00
600 3 0.00
601 4 0.00
602 3 0.00
603 6 0.00
604 6 0.00
605 6 0.00
606 8 0.00
607 2 0.00
610 9 0.00
611 1 0.00
612 2 0.00
613 4 0.00
614 5 0.00
616 2 0.00
617 1 0.00
618 3 0.00
620 4 0.00
621 3 0.00
622 13 0.00
623 76 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (529 bp):
ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTGTTTCAGCAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTATAATTAATTATTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
ATAAGCTTTATTATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGCAAATAGAATTATTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT
AAAATAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATAATTTAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CTTAACTATTTAAACTGGTTCGAAACTAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGACAAAATTATTCAAA
TAAAAGGTT
Found at i:360292 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 359969--361932 Score: 1350
Period size: 181 Copynumber: 10.9 Consensus size: 179
359959 GTCATATAAC
* * * * ***
359969 TATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAACAATTTTA-TATTATTTTATTAAA
1 TATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * **
360032 AAAAAGCTTGTGTGAAC-AGAAACAATTATTTTA-GAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
64 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * *
360095 TGGATAACTGTTCAAATAATCATAGCTATTTCAAATTATTCGGTAAACAAATT
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTCGATAAACAAATT
* * ** *
360148 CATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTAATTTCA
1 TAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCG
* * * **
360212 AATAAGCCTATATGAACTAATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
360277 AGATAATTATTCAAATACTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTCGATAAACAAATT
* * * * *
360329 TATTTTTAAAATATTTTACTTATTAA-TTGTAGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAATTT-
1 TATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTC
* * * ** *
360392 GAATAAGCTTGCATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAACTCATAATGATTTAAA
63 GAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
360456 ATA-AAAATTTGCTT-AAATAGTCATTACTATTTGAATTTATTTGATAAACAAATT
127 ATAGATAA-TTG-TTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTCGATAAACAAATT
* * * * * * **
360510 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATATTAATAAATTTGAATTATTTTAATTAA
1 TA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *
360574 AATAAGCCTGTATCAA-TAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAGTGATTTGAA
64 AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAA
** * * * * *
360638 ATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTCGATAAACAAATT
* ** * * * *
360691 CAATTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAA
1 -TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * ** * * **
360754 ATAAG-TCGGTACGAACAAAAATAATTGTTTTGCGACAAAAC-AAAGATCGTAACAATTTGAAAT
65 ATAAGCT-TGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* ** * * * ** * *
360817 AGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGTACTAGTCAAGCCAATAGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTATTCGA-TAAACAAATT
* * * * * *
360869 CATTTTTTAAATC-CATTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTG
1 TA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * *
360933 AATAAGAC-TATATCAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAATGATTTGA
64 AATAAG-CTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
360995 AATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTAGTTTGGTAAGCAAATT
126 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTA-TTCGATAAACAAATT
*
361050 TATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA
1 TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * *
361111 CAAACTTATATGAACAAAAAC-ATT-TTTT-TTACGAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
66 TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * ** *
361173 ATAATTATTCATATAGGCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACAAATT
131 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-ATTCGATAAACAAATT
* * * * * *
361223 TGTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCATAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGA
1 TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
* * * * *
361287 ATAAGCTTGTATGAAC-ATAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAAG
65 ATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
361351 ATATCATTGTTCAAATAGTTGTAACTGTTTGTGACTATTTAAACTAGTTTGGTAAGCATATT
129 AGATAATTGTTCAAATA---GT--C-----ATAACTATTTAAATTA-TTCGATAAACAAATT
** * * *
361413 TATTTTTTAAATCTCCCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAA
1 TA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * *** * * *
361478 ATAGGCTTATATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGACCAAAA-AAAAGTTTATAATGATTTGAAAT
65 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * **
361542 AGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAATAAACTGATT
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTCGATAAACAAATT
* ** * * * * * * *
361594 TACTTTTTAAATTTCCAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGG
1 TA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * *
361659 ATAAGCTTTTATGATCTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATA
65 ATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * *
361724 TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTTGTTCGATAAACAAATT
130 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTATTCGATAAACAAATT
* * * * *
361775 TATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAAATTTT-CAATGTTAATAAAATT-GTATTATTTTATTT
1 TA--TTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
361838 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATGACTAAAC-AAAGGTCAAAACGATTTGAC
62 CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
361902 ATTGGTAATTATTCTAATAGTCTTAATTATT
127 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
361933 GGAACTGGTT
Statistics
Matches: 1397, Mismatches: 317, Indels: 140
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 74 0.05
174 4 0.00
175 6 0.00
176 60 0.04
177 93 0.07
178 30 0.02
179 91 0.07
180 203 0.15
181 552 0.40
182 125 0.09
183 15 0.01
185 1 0.00
186 1 0.00
188 1 0.00
190 22 0.02
191 110 0.08
192 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTATTCGATAAACAAATT
Found at i:361656 original size:725 final size:711
Alignment explanation
Indices: 356046--368939 Score: 2549
Period size: 718 Copynumber: 18.0 Consensus size: 711
356036 TTTTAACCGA
* * * * * *
356046 TTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAA-TC-ATTTATTAATTTTTGAAATATTAA-AAATTACTTT
1 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTCTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
* * **** * *
356108 TATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATTGGAACAATTATTTTAT-AGCAGAACAAAAGGTCAT
64 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCAT
* * * * * * ** *
356172 AACGATTTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATCTGAATTTGTTCGATAAACAAAT
127 AATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACAAAT
* * * * * ** *
356236 TTATTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTGGA-ATTATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTT
191 TTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA-TAATTTT-CATAATATTAATAGATTAGAATTATTTTATTCT
** * * * * ** * *
356299 GGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGTCAAAAC-AAAAGGTCGTAATGATTTTA
253 AAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTTGA
*** * * * * * * *
356362 AATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTTAACTTGTTCGATAGACAAACTT-ATATTTTC
317 AATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGA-TTCA-ATTTTT
** ** ** * * * ***
356426 AAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CT
379 AAATC--TCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTC-
* * ** * * * * * * * * **
356490 TATAAGATATGAAACAAA-TATTTTATGATTAAACAAGAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAAT
441 GATACGA-ACAAAAAAAATTGTTTTACGA-CAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * *** * * * * * * *
356554 TATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGGTC-GGTAAATATATTTAATTTTCAAA-AC-T-CT
504 TGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTA-GTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCCATACT
* * * * *
356615 TATTAGTTTTT-AGAATATT-ATAAATTAGTATTATTTT-TAATCGAATAAGCATCTATG-ATCA
568 TATCAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGC-TATATGAAT-A
* * ** **
356676 GAAACAATTGTATTATGACAAAACAAATA--TTTTAATGATTT-AAGATTGATAATTATTCAAAT
629 -AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAAT
* * *
356738 AGTCATAAATATTTAAAC-TG
691 AGTTATAACTAATTAAACTTG
* ** * * *
356758 ATTCGGTAAACAGGTTTATTTTTTAAATATATTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 -TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-T-CTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAA
* * * *
356823 TATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTACGATA-AAAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAATGT
61 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* ** * * * ** * * * * * * * * * ** * *
356886 CACAACAATTTGTAGTAAATAATCCTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCAGTAAATAG
124 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACAA
* * ** * *
356951 ATTTATTTTTAAAATTTCTTACTTATTAATTTAGGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAATTT-TCATAATATTAATAGATTAGAATTATTTTATT
* * * * * * * *
357015 -TCATATAAACTTGTATTAAC-TAAACAATTGTTTTATGACAAATC-AAAAGGTTATAATGATTT
251 CT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTT
* * * * * * * * * *
357077 TAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGATC-AGTAAATAGATTTATTTTT
315 GAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGA-TAAACAGATTCA-ATTT
** * * ** * * ** *
357141 TTAATATCTTTCTTTTTAATTTTTTAAATGTTAAT-AATTAGTAGTAAT-TTATTCTGAACAAGC
377 TTAA-ATCTCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAG-AATTATGTTATTCCAAATAAG-
* * *** * * * ** * * ** * *
357204 TTG-TATGAATTCAAACAGTTGTTTTATGACTAAGCAAAAGATTAGAATGATTTGCAATATATAA
439 TCGATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGAC-AAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * **** * * * * * * * * * * *
357268 TTATTCCAGTAATGTTAACAATTTAAACTGATTC-GGTAAACAAAGTAATTTTTTAAATCTCTTA
503 TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-AGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATC-CATA
* ** * *** *
357332 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAA
566 CTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATATGAATAA
* * * * * * * * *
357397 AAAAATTGCTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTC
630 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-
* *
357462 T-TAACTATTTAAACTGG
694 TATAACTAATTAAACTTG
* * * * *** * *
357479 TTCGA-CAACTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAAGTTTTGGGACATTATTAAATTAA
1 TTCGATAAAC-AAATTTA-TTTTTAA-ATTC-TACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAA
* ** * * * *
357543 TATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGTCAAAAC--TA---T-T--C-AAATAAAAGG
61 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA---AAAACATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * ** * * * *
357599 TTATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGTTTTCACAAGCA
123 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACA
* * * * * * *
357664 GATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTATC-TAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTAT
188 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAATTTTCAT-AATATTAATAGATTAGAATTATTTTAT
* * * * * * ** * * *
357728 TTTGAACAAACTTATATTAGGA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTAATAACAATT
250 TCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATT
** * * * * * * ** *
357791 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAATAGAATT--ATTT
314 TGAAATAGGCAATTGTTCAAATAG-TATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAG-ATTCAATTT
* * * ** *
357854 TCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTAT-TCTATT-CGAATAA
377 T-TAAATCTC--ACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGT-TATTCCAAATAA
** * ** * * * * * * * *
357917 G-CTTTTATGAGA-TGAAATAATTATTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAAA
438 GTC-GATACGA-ACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAA-AAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
* * *** * * * * * * * *
357980 TAATTATTCATATAGTGTTAATTGTTTGAATTGATTC-GGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATCT
500 TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-AGTCAAGCAAA-TAGATTCACTTTTTAAATC-
* * * * *
358043 CTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
562 CATACTTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATATG
** * * * * * ** *
358107 ACCAGACACAATTATTTAATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAA
625 AATA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * *
358172 ATAGTCATAGCTATTTGAACTGG
689 ATAGTTATAACTAATTAAACTTG
* *
358195 TTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATAT-T--TTATTAATTATTGAAAA-ATTAAT--A-TAG
1 -TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TCTACTTATTAATT-TT-AAAATATTAATAAATTAA
* *** * * * *
358252 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
61 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-CATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
** ** * * * * * * * * * ****
358317 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATGGGCATAATTATTTGAACTGATTTGATAATTTGA
125 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACAAA
* * ** * *
358382 TTTATTATTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGGGTAGTATTATTTTATTT
190 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAA-TTTTCATAATATTAATAGATTAGAATTATTTTATTC
** * * * * * * * *
358446 TGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGTTTTT
252 TAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTTG
* ** * * * * *
358509 AAAAAGATAATT-TTCAAATAGTCAT-AGCTATTTAAACTTGTTCAATAGATAGATT-TATTTTT
316 AAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGA-CTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAATTTTT
** ** * ***
358571 CCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAT-TTGATTTTGAATAAG
379 --AAATCTCA--CTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTT-ATTCCAAATAAG
* ** * * * * * *
358635 CTTC--TATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAAG-TCAGAACGATTTGAAATAGA
439 --TCGATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGAC-AAA-AAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
* * *** * * * * *
358697 TAATTATTCTAATAGTTTTAAATATTTGAACTAGTTC-AGCAAACACATTTATTTTTTAAAT-C-
500 TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG-TCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCCA
* * * *
358759 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCGAATAAGCTCTTATG-A
564 TACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCT-ATATGAA
** * * * * ** *
358821 TCAGAAACAGGTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATGACTTGAGATTTATATTTATTCAAA
627 T-A-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* *
358885 TAGTCATAACT-ATTGGAA-TTGG
690 TAGTTATAACTAATT-AAACTT-G
* ** * * *
358907 TTC-AAAAAGC-AATTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG
1 TTCGATAAA-CAAATTTA-TTTTTAAAT-TC-TACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAA
* * * * * *
358970 TATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
61 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * *
359034 ATAATGACTTT-AAATAGATAATTATTCAAATAGTC-AAATCTATTTGAAGTT-GTTCAATAAAC
125 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAA-CTATTTGAA-TTGGTTTAACAAAC
* * * * **
359096 AGATATATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATCAATTTT--T--TGATTGCTA-A-TA-AATTAGTTT
187 AAATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ATTAT-AATTTTCATAAT-ATTAATAGATTAGAATTA-TTT
* * * * * * **
359154 TATTCTGAATAAACTTGTATAAACTA-AAATAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTTAGAATT
247 TATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACG
** * * * * * * * *
359217 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTGATTATTTGAACTAGTTTGATAAACACATTTATT
311 ATTTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAAT
* * ** * * * * * ***
359282 TTTTTAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATATGAATAA
375 TTTTAAATCTC--ACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAA
* * * * * * *
359347 GCTTG-TATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAATATCATAACAATTTGAGATAGAT
438 G-TCGATACGAACAA-AAAAAATTGTTTTACGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAT
* ** ** * ** * * * *
359410 ATTTGCCCAAATAATCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA---ATT
501 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCCATA
* ** * * * * *
359472 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-TTTTGCATGAACA
566 CTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTAT--ATGAA-T
* * *
359536 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
628 AAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
** ** * * *
359601 GACACGAGTATTTGAACTTG
692 GTTATAACTAATTAAACTTG
* *
359621 TTTGAT---C-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT
1 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-T-CTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
359682 ATTATTTTATTCCTAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-CAAAGATC
62 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TC
* * * * * * * * *
359746 ATAACT-AATTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCCTAAGTATTTGAACTT-GTTCAATAAATA
125 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAACAAACA
* * * * * * * *
359809 GATTTATTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAATTTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
188 AATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTA-TAATTTTCAT-AATATTAATAGATTAGAATTATTTTAT
* * **
359873 T-TCAAA-AATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAGAAA-GTTATAATTA
250 TCT-AAATAA-GCTTGTATGAACAGAAAAAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGA
* * * * * **
359934 TGTGACACT-GGTAATTATTCAAATAG--T--C-ATAT-AACTA-TT---T-------TT-AAAA
312 TTTGA-AATAGGCAATTGTTCAAATAGTATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAATT
* * * * * * ** *
359980 TTT---T-T-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAACAATTTTA-TATTATTTTATTAAAAAAAAGC
376 TTTAAATCTCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAA-ATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAG-
* ** * * * * * *
360039 TTG-TGTGAACAGAAACAATTATTTTA-GAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAA
439 TCGATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAA
* ** * * * * * * * * *
360102 CTGTTCAAATAATCATAGCTATTTCAAATTATTC-GGTAAACAAATTCA-TATTTTAAATCTCTT
503 TTGTTCAAATAGCCATAACTATTT-GAACTAGTCAAGCAAATAGATTCACT-TTTTAAATC-CAT
* * * **
360165 ACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTAATTTCAAATAAGCCTATATGAAC
565 ACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAG-CTATATGAA-
* * *
360229 TAATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
627 TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * *
360294 CTTATGACTATTTGAACTTG
692 GTTATAACTAATTAAACTTG
* * * *
360314 TTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTAGAAATATTAGTAAATTAAT
1 TTCGATAAACAAATTTATTTTT--AA-ATTCTACTTATTAATTTTA-AAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
360379 ATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGCATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAACTC
62 ATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * * ** * *
360443 ATAATGATTTAAAATA-AAAATT-TGCTTAAATAGTCATT-ACTATTTGAATTTATTTGATAAAC
125 ATAATGATTTGAAATAGATAATTAT--TCATATAGTC-TTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAAC
* * * *
360505 AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC-TGAATATTAATAAATTTGAATTATTTTA
187 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAATTTTCAT-AATATTAATAGATTAGAATTATTTT-
* * * * **
360569 ATT-AAAATAAGCCTGTATCAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAGTGAT
248 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGAT
* * *
360633 TTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCAATTTT
313 TTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGTATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAATTTT
* ** * *
360698 TAAATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTCGG
378 TAAATCTCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTCGA
* * * *
360763 TACGAACAAAAATAATTGTTTTGCGACAAAACAAAGATCGTAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
443 TACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * * *
360828 CAAATAGTTATAACTATTTGTACTAGTCAAGCCAATAGATTCATTTTTTAAATCCATTATTTATT
508 CAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCCA-TACTTATC
* * *
360893 AATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGACTATATCAATAGAAACA
572 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTATATGAATA-AAACA
* * *
360957 ATTATTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATA
634 ATTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATA
*
361021 ACTAATTAAACTAG
698 ACTAATTAAACTTG
* * *
361035 TTTGGTAAGCAAATTTATTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
1 TTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATTCTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATT
* * * * *
361098 ATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATT-TTTT-TTACGAAACAAAAAGTCATAAT
65 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* *
361161 GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGGCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACAAATTT-G
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACAAATTTAT
* *
361225 TTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCATAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
195 TTTTTAAATCTCTTA-TTAT-AATTTTCATAATATTAATAGATTAGAATTATTTTATTCTAAATA
* *
361290 AGCTTGTATGAACATAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACGATTTGAAAGATA
258 AGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTTG-AA-ATA
* * * * * * *
361354 -TC-ATTGTTCAAATAGTTGTAACTGTTTGTGACTATTTAAACTAGTTTGGTAAGCATATTTATT
321 GGCAATTGTTCAAATA---GT-A-------TGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAAT
* *
361417 TTTTAAATCTCCCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-A
375 TTTTAAATCT--CACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAA
* * * ** * * * **
361481 GGCTTATATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGACCAAAAAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGAT
438 GTC-GATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGA-CAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAT
* * * * *
361546 AATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCAA-TAAACT-GATTTACTTTTTAAATTTC
501 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-AGTCAAGCAAA-TAGATTCACTTTTTAAA--TC
* * * * *
361609 CA-ACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA
562 CATACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATATGA
* * * * *
361673 TCTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATATATAATTGTTCAAA
626 -ATAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* *
361738 TAGTCATAACT-ATTCAAATTTG
690 TAGTTATAACTAATT-AAACTTG
* * *
361760 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAAATTTT-CAATGTTAATAAAATT
1 TTCGATAAACAAATTTA--TTTTTAAA-TTC-TACTTATT--AATTTTAAAATATTAAT-AAATT
* * *
361824 -GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATA-ATTATTTTATGACTAAAC-AAAG
59 AATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAA-ACATTATTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * * * * * **
361886 GTCAAAACGATTTGACATTGGTAATTATTC-TAATAGTCTTAATTATTGGAACTGGTTCCACAAA
122 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAA
** * * * * *
361950 CACTTTTATTTTTTAAATCTCTTA-T-TAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAA-TATTTTAC
186 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATAATTTTCATAATATTAATAGATTAG-AATTATTTTAT
* * * * * * *
362012 TCTAAATAAGCTTATATGAACA-AAGATAGATAATTGT-T-------CAAATA-GTCATAACTAT
250 TCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-A-AAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGAT
* * * * * *
362067 TTGAATTA-G--TTTGGT--AA-A-CA--A--ATTT--AGT--TTC--T--A-A-ATCTC--TTA
313 TTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGTATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGAT-TCAATTT
* * * ** * * *
362109 TTAAAT-T---TTCA--AA-TATTAAAAAATTAGTATTATT-TTATTCTG--AAT---AAT--TT
377 TTAAATCTCACTT-ATTAATTTTTAAAAAATTAATA-AATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGT
* * * ** * ** *
362159 TG-TATGAATAAAAGCAATTTTTTTACGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAG
440 CGATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAA-AAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAA
* ** ** * * *** * * * *
362222 TAGTTTGAATAGATATGACTATTT-AATCTTGTTTGGTAAATAGATTTTATTTTTTAAAACTC-T
503 TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-CTAGTCAAGCAAATAGA-TTCACTTTTTAAATC-CAT
* * * * *
362285 AACTT-TTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAA
565 -ACTTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATATGAA
* * * * ** *
362348 TAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAACAAATGATCATGACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAA
627 TA-AAACAATTG-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * **
362413 TAGTCATAACTATTTGAACTCA
690 TAGTTATAACTAATTAAACTTG
* * * * * * * *
362435 CTCCATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGT
1 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAA--TTCTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAAT
* * * * * * * ** *
362500 ATTATTTTA-TTCTAAATATGCTTTTATGCATAGAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC
62 ATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * * * * * *
362564 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT-ATAACTATTTAAACAT-GTTCAGA-AAATA
125 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTA-ACAAACA
* * * * ** * *
362626 GATTCATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTTTT-GGAATACTAATAAATTTA-AATTATTTTA
188 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAA-TTTTCATAATATTAATAGA-TTAGAATTATTTTA
* * * * * * * *
362688 TTCAAAATAAACTTGCATG----GAACAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA--TCATAATGTT
249 TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGGTTATAACGAT
** * * * * * * *
362747 TTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATT---TTT
313 TTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAATTT
* * * *
362809 TTAAAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTACTT-CAAAT
377 TT-AAA-TCTC--ACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGA-ATTATGTTA-TTCCAAAT
* * * ** * * ** * * *
362872 AA-ACTTATATGAACTGAAACAATTGTTTAAATTACGAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
436 AAGTC-GATACGAACAAAAAAAATTGTTT-TACGAC-AAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATA
* ** * *** * * * *
362936 GATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATC
498 GATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TAGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATC
** * * * * * ** * *
362999 TTTTACTTATTAATTGTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAACCTTGTATG
562 -CATACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATATG
* * * *** * **
363064 AACAAAAATAATTATTTTATG-TCAAAACAAATTTATTATTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT
625 AA-TAAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAA-AGGTCA--TAATGAT-TT-G--A--AA----T
* * *
363128 AGAAT-ATTATT-AGATTAG-TATTACTTTATTTTGAATAAGCTTG
675 A-AATAATTATTCA-AATAGTTATAAC--TA-ATT--A-AA-CTTG
* * * * * * *
363171 TATCAACAAA-AATAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATT-TGAAGTTTACAATT
1 T-TCGATAAACAA-ATTTA-TTT-T--T------AAA--TTCT-AC--TTATTAATTTTA-AAAT
* * * ** * *
363234 GTTTAGTAAACATT--TATT-TTTTAATTCTCTAACTTATTAATTTTTGAAAGATA-ATAAATTA
48 -ATTAAT-AA-ATTAATATTATTTT-ATT-TC-GA---A-TAA-GCTTGTATGA-ACA-AAA--A
* ** ** **** *
363295 GTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGAATGTTTAAAAACAATTGTTAAATGACCAAACAAAAGGT
98 -CATTATTTTATGACA-A-AA-C---AA-----AAAGTC-A----T-AATGATTTGA-AATA-G-
* * * * * ** *
363360 AATAACGATTTGAAATTGATAATTATTGACAAGGTTATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
142 -AT-A--A-TT---ATTCAT-A-TA--GTC-----T-TAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACAA
* * * * * * * * * *
363425 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTTATTTTTGA-AACATTAATAAATTAGTATTATTTTGTT
189 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA---TTATAATTTTCATAATATTAATAGATTAGAATTATTTTATT
* * * * * *
363489 -TCAAATAAACTTGTAT-AAAATG-AAACATTGGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAAT
251 CT-AAATAAGCTTGTATGAACA-GAAAAAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGAT
** * * * * * * * * *
363550 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTACTTC-AGCAAATAGATT-TATT
313 TTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGA-TAAACAGATTCAATT
* * * * * * * *
363613 TTTCAAGTCTCTTAGTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
376 TTT-AAATCTC--ACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAA
* * *** * * ** ** * * * * * *
363678 G-CTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGGAACAAAAGGTTAAAACGATTTGATATAGAT
438 GTC-GATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGA-CAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGAT
* * ** * * *
363742 AATTGTTCAAATA---AGAAGTGGTT---C-AGT-AAACAAAT---TT-ATTTTTTAAATCTCCT
501 AATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATC-CAT
* * * * * *
363795 ATTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-CTTCATATAGGCTTGTATG-AT
565 ACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGC-TATATGAAT
* * ** * **
363857 GAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTTCATAACAATTTGAAATACATAATTGCTCAAAT
628 --AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAA-
** * * * * ***
363922 TA-CCATAATTATTTGAGCCAA
690 TAGTTATAACTAATTAAACTTG
* * * *
363943 TTTGATAAACTAAA-TTATTTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAA
1 TTCGATAAAC-AAATTTA-TTTTTAAAT-TCT-ACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAA
* * * * *** * *
364007 GATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGTT
61 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-T
* * * * * * * ***
364071 CATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACA
124 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAACAAACA
* * * * *
364135 TAA-TTATTTTTTAAAATTTCTTGTTTATTAATTTT-ATGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
188 -AATTTATTTTTT-AAATCTCTT-ATTA-TAATTTTCAT-AATATTAATAGATTAGAATTATTTT
* * * * * * * *
364198 ATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTCATGACTAAAC-AAAAGGTCA-AAGCA
248 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAA-CG
*** * ** * * * * * * * * * *
364260 ATTTGAAATATATAATTTTTTTAGTAGTCTTCACTATTTGAATTGGTTCGACAAATAGATTTATT
311 ATTTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAAT
* * * * *
364325 TTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTAT-TCTATTTTGCATA
375 TTTTAAATCTC--ACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGT-TA--TTCCAAA
* * * * * * * * * * *
364389 -AACTTG-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAA
435 TAAGTCGATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * *
364452 AAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCTC--G-ATAACAGATTTA-TTCTTTAAAT
499 ATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG-TCAAGCA-AATAGATTCACTT-TTTAAAT
** * ** * * ** * *
364513 CTTTTACTTATTAAAATTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGGTTTTAT
561 C-CATACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTATAT
* * * * * * * * *
364578 GAATAGAAATAATTGGTTTATTACAAAA-TAAAGGATCGTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
624 GAATA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * *
364642 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TATG
687 AAATAGTTATAACTAATTAAACT-TG
* * * *
364667 TTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATTTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAA
1 TTC-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAA-TTCTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA-TTAA
* * * * * * *
364731 -ATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTGCATCAATAAAACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGT
61 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * ** * * * *** *
364793 CATAATGTTTTGAAATAGAAAATTATTTAGGTAGTCATAACTATTTAAACTT-ATTTAGTGAATA
124 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAACAAACA
* * * * * *
364857 GATTCTTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA
188 AATT-TATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAATTTTCATAATATTAATAGATTAGA-ATTATTTTA
* * * * * * * *
364921 CTTC-AAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTAATTACAAAA-GAAAAGGTCATAATGA
249 -TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTT-ATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGA
** * * * * * *
364984 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TTGTTCAATAAACAAATGT-ATT
312 TTTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGAT-TCAAT
* * * * * ** * * * *
365047 TTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATACGAATAA
375 TTTTAAATC--TCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAA
* * * * * * * * * * * *
365112 CCTTG-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAA-AGTCATCACAAGTTGAAATAAA
438 -GTCGATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * ** * * * *
365175 TAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTCAATTTGTCTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
500 TAATTG-TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATC-C
* * *** *
365239 TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTAT
563 ATACTTATCAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATAT
* * * ** *** * * *
365301 GAACAGAAA-ATATTATTTTATGATAAAACAAAATGTTGTAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTC
624 GAATA-AAACA-ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * *
365365 AAACA-TTCATAATTATTTAAACTTG
687 AAATAGTT-ATAACTAATTAAACTTG
* * * * *
365390 TTCAATAAATAGAA-TCATTTTTTAAATCTCT-CTATTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTA
1 TTCGATAAACA-AATTTA-TTTTTAAAT-TCTAC--TTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * *** *
365453 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAAGA
60 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-
* * * * * * * * **
365517 TCATTATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCACT-ATTATTTG-ATCTAGTTCAGTAAA
123 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC-TTAACTATTTGAAT-TGGTTTAACAAA
* * * * * * * *
365580 CATATTTGTGTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
186 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAATT-TTCATAATATTAATAGATTAGAATTATTTT
* * * ** * ** * * * * *
365644 CA-TCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACGATTGTTTTAAAATAGAACAAAAA-ATCATAATGA
248 -ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGA
*** * * * * * *
365707 TTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGAATCG-TAAATAGATTTATT
312 TTTGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAG-TTCGATAAACAGATTCAAT
* * * * ** ** **
365771 TTTTAAATCT--CTTATTAACTTTCAAAATATTAAT-GATTAGTTTTACCTTATTTTGAACA-AA
375 TTTTAAATCTCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTA-TTCCAA-ATAA
* * * * * * * **
365832 CT-TATATC-AACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TTATAATGATTTGAAATAGA
438 GTCGATA-CGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAA-AAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * * * * * *
365894 TAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTATA-TAAACAGAATT-ATTTTTTAGATCT
500 TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTCA-AGCAAATAG-ATTCACTTTTTAAATC-
* * * * * *** * **
365957 CTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TCATTTTATTCCAAATATGCTGGCATGA
562 CATACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT-ATATGA
* * ** * *
366021 ATTCCAAAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTC
626 A-T--AAAACAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
* * * * * *
366085 ATATAGTTTTAAATATTTGAATTTG
687 AAATAGTTATAACTAATTAAACTTG
* * * ** * * *
366110 TTTGGTAAACAAATTTACTTTTT-AATTCT-TTTAGTTACCAATTTTTGGAATATTATTAGATTG
1 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTCTACTTA-TT---AA-TTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * * *
366173 GTATTATTTT-TTT-TAATAAGCTTGTATCAATAAAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGT
60 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-CATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * * * * * **
366236 TATAATGATTTGAAGTTTG-CAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACA
124 CATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACA
* * * * * *
366300 AATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AAGATTAATAAATCA-ATATTATTTTA
188 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAA-TTTTCATAATATTAATAGATTAGA-ATTATTTTA
* * * * * * *
366363 TT-TCAAATAAGCTTGAAT-ATTCA-AAAACAATTGTTATATGACCAAA-TAAAAGGTAATAACG
249 TTCT-AAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACG
** * * * * * * * * *
366424 ATTTGAAATAGATAATTGTTGACAA-GGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAATAGATTCAC
311 ATTTGAAATAGGCAATTGTTCA-AATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAA
* * * * * * * * *
366488 TTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATT
374 TTTTTAAAT--CTCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATA
* * ** * * * * **
366553 AGCTTG-TATGAACTGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGA
437 AG-TCGATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * ** * * * *
366616 TAATAGTTCATATGGTCTTAATTGGTTAAACT-GCTTC-AGCAAACAGATTTA-TTTGTCAAATC
500 TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG--TCAAGCAAATAGATTCACTTT-TTAAATC
* * * * * ***
366678 TCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG
562 -CATACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATATG
* * * * * * * *
366743 AACTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAATGTTATAATGA-TTGAAATAGATAATTGTTCAA
625 AA-TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* *
366807 ATA---AGAACTGGA-T---C--G
689 ATAGTTATAACT-AATTAAACTTG
* *
366822 ---G-TAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
1 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTCTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATAT
* * * *** * * * * * **
366881 TATTTTATTCCAAAT-TGACTTGTATGATGGAAAGCAACTGTTTTATGATAAAAGAAAATTTCAT
64 TATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * ** * * * * * * ** * * ** *
366945 AACGATTTGAAATACATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAA-TAACTTGAC
127 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAAC-AAAT
* * * *
367009 TTATTTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTT-TTAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATT
191 TTA-TTTTTTAAATCTCTTA-TTAT-AATTTTCAT-AATATTAATAGATTAGA-ATTATTTTATT
* * * * ** * * * * ***
367072 TTAGATAACCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATTATAAAAC-AAAA-TTTCATATTTATTT
251 CTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTT-ATAACGATTT
* ** * * * * * * * * * *
367135 TAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TG-TAACTATTTT
315 GAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGAT-TC-AATTT
* * ** ** * * ***
367198 TTAAAATTTCTTATTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGAGTTATTTTATTTTGAATAAG
377 TT-AAA--TCTCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAG
* * * * * * * * *
367263 -C-ATGTATGAACTAAAACAATTATTTCATGA-ATAAACAAAAGGTCAGAATAATTTG-AATAGA
439 TCGA--TACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACA-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
** * * * * * * * *
367324 TAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGA-TAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
500 TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAG-TCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATC-C
* * * * * * * * *
367388 TTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGGAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGA
563 ATACTTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TATATGA
* * * * *
367452 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAA
626 A-TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTATTCAA
* * *
367515 ATAGTCATAACTATTTGAA-TTAG
689 ATAGTTATAACTAATTAAACTT-G
* * * * *
367538 TTTC-ATAAACATATTTACTTTTTAAA-TCT-TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTA
1 -TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATTCTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATA
* ** * * *
367600 TTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATA-ATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCA
63 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-ACATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
** * * * * * * * ** *
367664 TAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTT-GTTCAGTAAACAG
126 TAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAACAAACAA
* * * * * * * * *
367727 ATTTATCTTTGAAATCTCCTACTCATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
189 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA-TAATTTTCATAATATTAATAGATTAGAATTATTTTATTC
* * * * *
367791 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA--TCATAATGATTT
252 T-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGGTTATAACGATTT
*** * * * * * * * * * * *
367854 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATGTGAACTTGCTGGGTAAATAGCTTTATTTTTT
315 GAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAATTTTT
* ** ** * ***
367919 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAG-CT
379 AAATC--TCACTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTC-
** * * * * * *
367983 TTTATGAATAGAAACAATTCG--TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGATAAT
441 GATACGAACAAAAAAAATT-GTTTTACGACAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* ** *
368046 TTTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-T-GT---G----T---TT-A-----GAAA-CCATA-TT
504 TGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTAGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCCATACTT
* * * *
368091 -T--ATTTTTGAAATATGAGTAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCT-TCCATGAACAA
569 ATCAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTAT--ATGAATAA
* ** * * *
368150 AACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTTTAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
630 AA-CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* *
368215 TATAACTATTTGAA-TATG
694 TATAACTAATTAAACT-TG
* * * * * * * * *
368233 TTCTATTAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
1 TTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-TC-TACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAAT
* * * ** *
368298 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGACCTGAAACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTC
62 ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC-ATTATTTTA-TGACAAAACAAAAAGTC
* * * * * **** *
368362 ACAATGATTTGAAATAAATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGGGTAAACAT
125 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAACAAACAA
* * * *
368426 ATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAA
189 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TA-TTA-TAATTTTCATAATATTAATAGATTAGA-ATTATTTTAT
* * * * * *
368489 TCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTCATAACAATT
250 TCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATT
*** * ** * * * *
368552 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTCAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTT
314 TGAAATAGGCAATTGTTCAAATAGT-ATGACTATTTAAAC-TAGTTCGATAAACAGATTCAATTT
* * * * * *
368616 TTAAATCTTTCACTTATTAATTGTCTT--AATATTAGTAAATTTGTATTATTTTAAT-CAAACTA
377 TTAAATC--TCACTTATTAATT-T-TTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAA-TA
* * *** ** * * * *** * * *
368678 AGCTTGA-ATGAATTGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAATTGGA
437 AG-TCGATACGAACAAAAAAAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * * *
368742 TAATTGTTTAAATAAG-CATAATTATTTAAACTTATTCAA-TAAATAGATTCATTTTTTCAATCT
500 TAATTGTTCAAAT-AGCCATAACTATTTGAAC-TAGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATC-
* * * * * * * **
368805 CTTAATTATTAAATTTTAAAATATTAATAACTTAGTATGATTTTATTTCAAATAAGCT-TAGTTG
562 CATACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTATA--TG
* * * * * *
368869 AACTGAAATAACTTTTTTTATGACAAAACTAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
625 AA-TAAAACAA-TTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
368933 AAATAGT
687 AAATAGT
368940 CATGACTATT
Statistics
Matches: 9363, Mismatches: 2010, Indels: 1604
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
672 9 0.00
673 33 0.00
674 218 0.02
675 123 0.01
676 4 0.00
677 36 0.00
678 7 0.00
680 20 0.00
681 1 0.00
682 19 0.00
683 8 0.00
684 2 0.00
685 2 0.00
686 1 0.00
688 1 0.00
689 8 0.00
690 131 0.01
691 12 0.00
692 7 0.00
693 71 0.01
694 125 0.01
695 71 0.01
696 24 0.00
697 222 0.02
698 57 0.01
699 341 0.04
700 67 0.01
701 12 0.00
702 5 0.00
703 6 0.00
704 33 0.00
705 12 0.00
706 96 0.01
707 141 0.02
708 270 0.03
709 47 0.01
710 31 0.00
711 230 0.02
712 557 0.06
713 333 0.04
714 244 0.03
715 446 0.05
716 475 0.05
717 464 0.05
718 593 0.06
719 395 0.04
720 475 0.05
721 342 0.04
722 426 0.05
723 466 0.05
724 424 0.05
725 317 0.03
726 16 0.00
727 13 0.00
728 2 0.00
729 9 0.00
730 64 0.01
731 59 0.01
732 25 0.00
733 67 0.01
734 22 0.00
735 2 0.00
736 4 0.00
737 18 0.00
738 2 0.00
740 1 0.00
742 1 0.00
746 7 0.00
747 7 0.00
748 11 0.00
749 23 0.00
750 3 0.00
751 11 0.00
752 5 0.00
753 3 0.00
754 2 0.00
755 2 0.00
756 5 0.00
757 6 0.00
758 3 0.00
759 21 0.00
760 12 0.00
761 10 0.00
762 4 0.00
765 2 0.00
768 1 0.00
770 4 0.00
771 13 0.00
772 3 0.00
773 3 0.00
775 1 0.00
776 9 0.00
777 7 0.00
778 8 0.00
779 6 0.00
780 2 0.00
781 1 0.00
782 2 0.00
783 1 0.00
784 3 0.00
786 1 0.00
787 5 0.00
788 5 0.00
789 2 0.00
790 4 0.00
791 64 0.01
792 23 0.00
795 4 0.00
796 1 0.00
797 3 0.00
798 33 0.00
799 40 0.00
800 7 0.00
801 2 0.00
802 7 0.00
803 117 0.01
804 72 0.01
805 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (711 bp):
TTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATTCTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTAACAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTATAATTTTCATAATATTAATAGATTAGAATTATTTTATTCTAAATAAGC
TTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGCAA
TTGTTCAAATAGTATGACTATTTAAACTAGTTCGATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCACTTA
TTAATTTTTAAAAAATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGTCGATACGAACAAAAAA
AATTGTTTTACGACAAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA
CTATTTGAACTAGTCAAGCAAATAGATTCACTTTTTAAATCCATACTTATCAATTTTTGAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGATAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTTG
Found at i:362345 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 362037--363094 Score: 903
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 178
362027 ATGAACAAAG
* * * * * *
362037 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAACAAATTTAGTTTCTAA
1 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT-AACTT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * * * * **
362101 ATCTCTTA---TTAAATTTTCAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTA
64 AACTTTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTA
*
362163 TGAATAAAAGCAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
129 TGAATAAAA-CAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * *
362214 ATAGAT-AGTAGTTTGAATAGAT-ATGACTATTTAATCTTGTTTGGTAAATAGATTTTATTTTTT
1 ATAGATAATTA-TTTAAATAG-TCATAACTATTTAA-CTTGTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTT
* * * *
362277 AAAACTCTAACTTTTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTT
62 AAAACTTTTACTTTTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTT
* **
362341 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAAC-AAATGATCATGACAATTTGAA
126 GTATGAATA-AAACAATT-TTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAA
* *** *** *
362396 ATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCCATAAATAAATTTATTTTTTAAA
1 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * ** *
362461 TCTTTTACTTTTTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTTTA
65 ACTTTTAC-TTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTA
* * ** *
362526 TGCATAGAAACAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
129 TGAATA-AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * ** * *
362577 ATAGATAATTGTTTAAATAGT-ATAACTATTTAAACATGTTCAGAAAATAGATTCA-TTTTTAAA
1 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
362640 ATTTTTACTTATTAACTTTTGGAATACTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAACTTGC
65 ACTTTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGT
* * * * *
362704 ATG--GAACA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGTTTTGAA
128 ATGAATAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* *
362752 ATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGA--T-TTTTTTAAA
1 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * *
362814 ATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC-AAATAAACTT
65 A--CTTTTACT-TTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTT
* * ** * * * * *
362878 ATATGAACTGAAACAATTGTTTAAATTACGAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAA
126 GTATGAA-TAAAACAATT-TTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
* * * * * *
362933 ATAGATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTA-TTTTTAAA
1 ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT-AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * ** *
362997 TCTTTTACTTATTAATTGTTGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAACCTTGTA
65 ACTTTTACTT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTA
* * * *
363062 TGAACAAAAATAATTATTTTATGTCAAAACAAA
129 TGAA-TAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAA
363095 TTTATTATTT
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 138, Indels: 71
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 9 0.01
175 57 0.08
176 79 0.11
177 38 0.05
178 21 0.03
179 58 0.08
180 45 0.06
181 258 0.37
182 126 0.18
183 15 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAA
CTTTTACTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATG
AATAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
Found at i:362778 original size:356 final size:354
Alignment explanation
Indices: 362108--363044 Score: 989
Period size: 356 Copynumber: 2.6 Consensus size: 354
362098 TAAATCTCTT
* * * *
362108 ATTAAATTTTCAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAT-TTTGTATGAATA-AA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-ATCTTT-TATGAATAGAA
* * * * * *
362171 AGCAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAGTAGTTTGAATAGAT
64 A-CAA-TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG-T
* * * * *
362236 ATGACTATTTAATCTTGTTTGGTAAATAGATTTTATTTTTTAAAACTCTAACTT-TTAACTTTTA
126 ATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTTA-TTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTTTTG
* ** *
362300 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTT
189 GAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATG---AGAAACAATTGTTTTT
* *
362365 ATGACAAAACAAATGATCATGACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
250 ATGACAAAACAAATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAA
* * *
362430 ACTCACTCCATAAATAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTT
315 ACTCACTCCATAAATAAA-TT-TTTTTAAAATTCTCTTACTC
* * *
362471 TTTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATGCTTTTATGCATAGAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAT-CTTTTATGAATAGAAA
* *
362536 CAACTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTATA
65 CAA-TTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTATG
* ** * *
362601 ACTATTTAAACATGTTCAGAAAATAGATTCATTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTTTTGGAATA
129 ACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTTTTGGAATA
*
362666 CTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATG-G-AACAAATTG-TTTTATGACAA
194 TTAATAAA-TTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAGAAAC-AATTGTTTTTATGACAA
*** * * ***
362728 AACAAAAT-ATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTAAACTTGT
257 AAC-AAATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTCAC
** *
362792 TTGATAAATAGATTTTTTTAAAATTCTCTTACTC
321 TCCATAAATAAATTTTTTTAAAATTCTCTTACTC
* * *
362826 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTC-AAATAAACTTATATGAACT-GA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAAT-ATCTTTTATGAA-TAGA
* * * * * * *
362889 AACAATTGTTTAAATTACGAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATT
63 AACAATTGTTT--ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
* * * *
362954 CATGACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTGTT
126 -ATGACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTT-TT
* *
363017 GAAACATTAATAAATTAATATTATTTTA
188 GGAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTA
363045 ATCCGAATAA
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 74, Indels: 40
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
354 13 0.03
355 64 0.13
356 132 0.27
357 74 0.15
360 15 0.03
361 49 0.10
362 30 0.06
363 100 0.21
364 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (354 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATATCTTTTATGAATAGAAAC
AATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTATGAC
TATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTTTTGGAATATT
AATAAATTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAACA
AATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCCAT
AAATAAATTTTTTTAAAATTCTCTTACTC
Found at i:363122 original size:111 final size:110
Alignment explanation
Indices: 362978--363194 Score: 274
Period size: 111 Copynumber: 2.0 Consensus size: 110
362968 CTTATTTGGT
* * *
362978 AAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA-AACATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAGAACATTAATAAATTAATATTACT
*
363042 TTAATCCGAATAACCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGTCA
65 TTAATCCGAATAACCTTGTATCAACAAAAATAATTATTTTATGTCA
* * * * * * *
363088 AAACAAATTTATTATTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTATTACT
1 AAACAAATTTATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAGAACATTAATAAATTAATATTACT
* ** *
363153 TTATTTTGAATAAGCTTGTATCAACAAAAATAATTATTTTAT
65 TTAATCCGAATAACCTTGTATCAACAAAAATAATTATTTTAT
363195 AATAGAACAA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 15, Indels: 3
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
110 15 0.17
111 75 0.83
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (110 bp):
AAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAGAACATTAATAAATTAATATTACTT
TAATCCGAATAACCTTGTATCAACAAAAATAATTATTTTATGTCA
Found at i:363584 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 363245--363754 Score: 454
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
363235 TTTAGTAAAC
* * * *
363245 ATTTATTTTTTAATTCTCTAACTTATTAATTTTTGAAAGA-TAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *** * ** * *
363309 CATATAAGCTTGAATGTTTAAAAACAATTGTTAAATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * *
363374 ATTGATAATTATTGACAA-GGTTATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
130 ATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
* * * * * * *
363425 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTTATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
363490 CAAATAAACTTGTATAAAATGAAAC-ATTGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTAT-AAATGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * *
363554 AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACT-ACTTC-AGCAAATAG
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCGA-TAAACAA
* * * * * *
363606 ATTTATTTTTCAAGTCTCTTAGTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *** * * *
363671 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGGAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAT
66 CAAATAAGCTTGTAT-AAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
363736 ATAGATAATTGTTCAAATA
130 ATAGATAATTGTTCAAATA
363755 AGAAGTGGTT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 61, Indels: 13
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 38 0.15
181 220 0.84
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTGTATAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGATAAACAA
Found at i:363914 original size:168 final size:169
Alignment explanation
Indices: 363606--363921 Score: 390
Period size: 168 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
363596 CAGCAAATAG
* * *
363606 ATTTATTTTTCAAGTCTCTTAGTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTCAAATCTCCTAGTTATGAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
363671 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGGAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAT
66 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGAAAAAAAAAGTTAAAACAATTTGAA
* *
363736 ATAGATAATTGTTCAAATAAGAAGTGGTTCAGTAAACAA
131 ATACATAATTGCTCAAATAAGAAGTGGTTCAGTAAACAA
* * *
363775 ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTT
1 ATTTATTTTTCAAATCTCCTAGTTATGAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * * * *
363839 -CATATAGGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGAT-AAAAAAAAAGTTCATAACAATT
65 CCAAATAAGCTTATATGAATTG--AAACAATTATTTTATAATGAAAAAAAAAGTT-AAAACAATT
363900 TGAAATACATAATTGCTCAAAT
127 TGAAATACATAATTGCTCAAAT
363922 TACCATAATT
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 19, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.02
167 10 0.08
168 86 0.69
169 26 0.21
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (169 bp):
ATTTATTTTTCAAATCTCCTAGTTATGAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGAAAAAAAAAGTTAAAACAATTTGAA
ATACATAATTGCTCAAATAAGAAGTGGTTCAGTAAACAA
Found at i:363963 original size:349 final size:349
Alignment explanation
Indices: 363418--364055 Score: 779
Period size: 349 Copynumber: 1.8 Consensus size: 349
363408 ACTGATTCGA
* * *
363418 TAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTTATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTCACTTTTTAAATCACCTACTTTATTAATTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTAT
**
363483 TTTGTTTCAAATAAACTTGTATAAAATGAAACATTGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
66 TTTACTTCAAATAAACTTGTATAAAA-GAAACATTGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * * * * *
363548 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTACTTCAGCAAATAGATTTATT
130 ATTTGAAATACATAATTGCTCAAATAGCCATAATTATTTGAACAACTTCAGCAAATAGAATTATT
* * * * * * * *
363613 TTTCAAGTCTCTTAGTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATA
195 TTTCAAATATCTAACTTATCAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAAG-ATTATTTTATTCCAAATA
363677 AGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGGAACAAAAGGTTAAAACGATTTGATATAGAT
259 AGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGGAACAAAAGGTTAAAACGATTTGATATAGAT
363742 AATTGTTCAAATAAGAAGTGGTTCAG
324 AATTGTTCAAATAAGAAGTGGTTCAG
* * * *
363768 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA-TTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTCACTTTTTAAATCACCTACTTTATTAATTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * *
363832 TTTACTTCATATAGGCTTGTATGATGAA-AAACAATT-GTTTTATGATAAAA-AAAAAGTTCATA
66 TTTACTTCAAATAAACTTGTAT-A-AAAGAAAC-ATTGGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATA
* * * *
363894 ACAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATTA-CCATAATTATTTGAGCCAATTTGA-TAAACTA-A
127 ACAATTTGAAATACATAATTGCTCAAA-TAGCCATAATTATTTGA-ACAACTTCAGCAAA-TAGA
* **
363956 ATTATTTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAAGATTATTTTATTTT
189 ATTATTTTTCAAATATCTAACTTATCAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAAGATTATTTTATTCC
** * *
364021 GGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTAT
254 AAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTAT
364056 GATAAAACAA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 40, Indels: 17
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
348 6 0.03
349 193 0.80
350 39 0.16
351 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (349 bp):
TAAACAAATTCACTTTTTAAATCACCTACTTTATTAATTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTAT
TTTACTTCAAATAAACTTGTATAAAAGAAACATTGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
TTTGAAATACATAATTGCTCAAATAGCCATAATTATTTGAACAACTTCAGCAAATAGAATTATTT
TTCAAATATCTAACTTATCAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAAGATTATTTTATTCCAAATAAG
CTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGGAACAAAAGGTTAAAACGATTTGATATAGATAA
TTGTTCAAATAAGAAGTGGTTCAG
Found at i:364118 original size:530 final size:528
Alignment explanation
Indices: 363238--369021 Score: 2271
Period size: 543 Copynumber: 10.8 Consensus size: 528
363228 ACAATTGTTT
* *
363238 AGTAAAC-ATTTATTTTTTAATTCT-CTAACTTATTAATTTTTGAAAGA-TAATAAATTAGTATT
1 AGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * *
363300 ATTTTATTCCATATAAGCTTGAATGTTTAAAAACAATTGTTAAATGACCAAACAAAAGGTAATAA
65 ATTTTATTCCATAT-AGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * *
363365 CGATTTGAAATTGATAATTATTGACAAGGTT--ATAATTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATT
128 CGATTTGAAATAAATAATTGTT--CAA-ATTACATAATTATTTGAAC-CATTCGATAAACAAATT
* * * * * *
363428 CACTTTTTAAATCA-CTTACTTTTTTATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCA
189 -ATTTTTTAAAT-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCA
* * * *
363492 AATAAACTTGTATAAAATGAAAC-ATTGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
252 AATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *
363556 TAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTACTTCAGCAAATAGATTTATTTTTCAAGT
315 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT
* * *
363621 CTCTTAGTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATAT
380 -TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATATAT
* * * * * * *
363686 GAATTGAAACAATTATTTTAT-AATGGAACAAAAGGTTAAAACGATTTGATATAGATAA-T-T-G
444 GAACTAAAACAATTATTTCATGAAT-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATAG
363747 -TTCA-AATAAGAAGTGGTTC
508 CTTCACAATAAGAAGTGGTTC
*
363766 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 AGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
363830 ATTTTACTT-CATATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTTCATA
65 ATTTTA-TTCCATATA-GCTTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
363894 ACAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATTACCATAATTATTTGAGCCAATTTGATAAACTAAATT
127 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-CATAATTATTTGAACC-ATTCGATAAAC-AAATT
* * * * ***
363959 ATTTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTTTCAAATAGTAATAAATTA-AGATTATTTTATTTTGG
189 ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAA
* *** *
364023 ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATATTTATTTTAAATA
253 ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATA
* * ** * * *
364088 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAATTATTTTTTAAAATT
317 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATATATTTA-TTTTTAAAA-T
* *** *
364153 TCTT-GTTTATTAATTTTATG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTA
380 TCTTAG-TTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATATA
* * *
364216 TGAACTAAAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAGGTCAAAGCAATTTGAAATATATAATTTTTT
443 TGAACTAAAACAATTATTTCATGAATAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAA-----T
* ** *
364281 TAGTAGTCTTCACTATTTGAATTGGTTC
503 TA-TAG-CTTCACAATAAGAAGTGGTTC
* * ** * *
364309 -GACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTAT
1 AG-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
364373 TATTCTATTTTGCATA-AACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
64 TATT-T-TATTCCATATAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** *
364437 AACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTAAACTCGCTCGAT-AACAGAT
126 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA--CATAATTATTTGAAC-CATTCGATAAACA-AA
* * * ** *
364500 TTATTCTTTAAATCTTTTACTTATTAAAATTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCA
187 TTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCA
* * * * * * * * *
364565 AATAAGGTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTATTACAAAATAAAGGATCGTAACGATTTGAAAT
252 AATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAAT
*
364630 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT
316 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT
* * * * * * **
364694 TTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCGAAATAAACTTGCAT
380 TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATATAT
* * * * *** *
364758 CAA-TAAAACCAATTGTTTTATGACA-AAAC-AAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGAAAATTATT
444 GAACTAAAA-CAATTATTTCATGA-ATAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTA--
* * * ** *
364820 TAGGTAGTCATAACTATTTA-AACTTATTT
505 TAGCT--TCACAA-TA---AGAAGTGGTTC
* * * * * * * *
364849 AGTGAATAGATTCTTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAATA
1 AGTAAACA-ATT-TATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
* * * *
364913 TTATTTTACTT-CAAATAAGCTTATATGA-ACATAAACAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGT
63 TTATTTTA-TTCCATAT-AGCTTGTATGATA-A-AAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *** *
364976 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATGACTATTTGAATTGTTCAATAAACAA
123 CATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA--CATAATTATTTGAACCATTCGATAAACAA
* * * * ** ** * *
365040 ATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATA
186 AT-TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
365105 CGAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAAAGTCATCACAAGTTGAA
250 CAAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * * *
365170 ATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTCAATTTG-TCTGGTAAATAGATTTATTTTTTA
314 ATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-AGAAAATATATTTATTTTTAA
* * *
365233 AATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGC
377 AAT-TCTTAGTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC
* * * * *** * *
365295 TTTTATGAAC-AGAAA-ATATTATTTTATG-ATAAAACAAAATGTTGTAGCAATTTCAAATAGAT
438 ATATATGAACTA-AAACA-ATTATTTCATGAAT-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGAT
* * * * *
365357 AATTGTTCAAACATTCATAATTATTTA-AACTTGTTC
500 AATT-AT--AGC-TTCACAA-TA---AGAAGTGGTTC
* * * * *
365393 AATAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTCTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTA
1 AGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTC-CTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTA
** * ** * *
365456 TTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
63 TTATTTTA-TTCCATAT-AGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * * *
365520 TTATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCACT-ATTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACAT
125 TAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-CA-TAATTATTTGAACCA-TTCGA-TAAACAA
* * * * *
365583 ATT-TGTGTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCAT
186 ATTAT-T-TTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTT-AT
* * * * * * ** * * * **
365647 CT-GAATAAGCTTGTATAAATAGAAACGATTGTTTTAAAATAGAACAAAAAATCATAATGATTTG
248 TTCAAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTG
* * * * * * *
365711 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGAATC-GTAAATAGATTTATTTTTT
312 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGAAAATATATTTATTTTTA
* * ** * * ** *** * * *
365775 AAA-TC-T-CTTATTAACTTTCAAAATATTAAT-GATTAGTTTTACCTTATTTTGAACAAACTTA
376 AAATTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATA
* * * * * * * * **
365836 TATCAACAAAAACATTTGTTTTATG-ATAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTG
441 TATGAACTAAAACAATTATTTCATGAAT-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATT-
* ** * *
365900 TTAAAATAGTCATAATTATTTA-AATTGGTT-
504 AT-AGCT--TCACAA-TA---AGAAGTGGTTC
* * * * * *
365930 ATATAAACAGAATTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-T
1 A-GTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * *
365994 CATTTTATTCCAAATATGCTGGCATGAATTCCAAAAA-ACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
64 TATTTTATTCCATATA-GCTTGTATG-A-T--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *** * *
366058 ATAACCATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTT--TTAAATATTTGAATTTGTTTGGTAAACA
124 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-A-A-TTACATAATTATTTGAA-CCATTCGATAAACA
* * * * * ** * * * * *
366121 AATTTACTTTTTAATTCTTTTAGTTACCAATTTTTGGAATATTATTAGATTGGTATTATTTT-TT
185 AA-TTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT
* * * ** * * * * **
366185 T-TAATAAGCTTGTATCAATAAAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGA
249 TCAAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * *
366249 AGTTTG-CAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTA
313 A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATATATTTATTTTTAA
* * * * * * * *
366313 GATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
377 AAT-TCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCAT-
* * * ** * *
366378 A-AT-ATTCAAAAACAATTGTTAT-ATGACCAAATAAAAGGT-AATAACGATTTGAAATAGATAA
440 ATATGA-ACTAAAACAATTATT-TCATGAATAAACAAAAGGTCAA-AACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * **
366439 TTGTTGACAAGGTCATAATTATTTGAACTAATTC
502 TTATAG-C---TTCACAA-TA--AGAAGTGGTTC
* * * * * * *
366473 GGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 AGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
366538 ATTTTATTTCGA-ATTAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
65 ATTTTA-TTCCATA-TAGCTTGTATG-A-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * ** * *
366601 AATGATTTG-AATAGATAATAGTTCATATGGT-CTTAATTGGTTAAACTGC-TTC-AGCAAACAG
126 AACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT--TACATAATTATTTGAAC--CATTCGA-TAAACA-
* * * * * * * * *
366662 ATTTATTTGTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
185 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
* * * * * * * **
366727 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAATGTTATAATGA-TTGAA
250 CAAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
366791 ATAGATAATTGTTC--A-A---AT-A--A---GAACTGGATCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
314 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATATATTTATTTTTAAAA
* * * * *
366844 -TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-TGACTTGTA
379 TTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-CATATA
*** * * * * * ** * * * *
366905 TGATGGAAAGCAACTGTTTTATG-ATAAAAGAAAATTTCATAACGATTTGAAATACATAATTGCT
443 TGAACTAAAACAATTATTTCATGAAT-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATT-AT
** * * * * **
366969 CAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTC
506 -AGCT--TCACAA-TA--AGAAGTGGTTC
* * * * * * *
366998 AAT-AACTTGACTTATTTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAAT
1 AGTAAAC--AATTTA-TTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** * * * ** * * * **
367061 ATTATTTTATTTTAGATAACCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAATTTCA
62 ATTATTTTATTCCATAT-AGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** * * * * * ** * * **
367126 TATTTATTTTAAATAGATAATTATTCAGA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATGTA
125 TAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA--CATAATTATTTGAAC-CATTCGATAAA-CAA
* * * * *
367190 ACTATTTTTTAAAATTTCTTATTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGAGTTATTTTATT
186 ATTATTTTTT-AAATATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATT
** * * * * * * * *
367254 TTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTCATGA-ATAAACAAAAGGTCAGAATAATTTG
249 TCAAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAA-GTCATAACAATTTG
** * * * * *
367318 -AATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTC-GATAAACACATTTATTTTTT
312 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTA
* * * * * * ** *
367381 AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGGAATATTTTACTCTGAATAAGCT
376 AAAT-TCTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCA
* * * * * * **
367445 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAA
439 TATATGAACTAAAACAATTATTTCATGA-ATAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAA-ATAGATAA
* * * ** * *
367507 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTC
502 ---TT---ATAG-CTTCACAATAAGAAGT-GGTTC
* *
367542 A-TAAACATATTTACTTTTTAAATCT--T--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATT
1 AGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** ** * * * *
367602 ATTTTATTTTGA-ATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
65 ATTTTA-TTCCATAT-AGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * ** *
367666 ACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTC-AGTAAACAGATT
127 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-TACATAATTATTTGAAC-CATTCGA-TAAACA-AAT
* * * * * * * *
367730 TATCTTTGAAATCTCCTACTCATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
188 TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAA
* * * **
367795 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATA
253 ATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATA
* * * * ** * ** *
367860 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATGTGAACTTGCTGGGTAAATAGCTTTATTTTTTAAATCT
317 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT-T
* * * * * *** * *
367925 TTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGA
381 CTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATATATGA
** * * *
367990 A-TAGAAACAATTCGTT-ATGACA-AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAACAGATAATT-T---
446 ACTA-AAACAATTATTTCATGA-ATAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATAGC
368048 TTCA-AAT---AA-----TC
509 TTCACAATAAGAAGTGGTTC
* * * * * *
368059 A-T-AACTATTTGAATGTGTTTAGAA--ACC-A--TATTTATTTTTGAAATATGAGTAAATTTA-
1 AGTAAACAATTT--AT-TTTTTA-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAG
* * ** * *
368116 TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTCCATGA-ACAAAACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGT
61 TATTATTTTATTCCATAT-AGCTTGTATGATA-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
** * * * * * * * * *
368180 TTTAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAA-TATGTTCTATTAAT
123 CATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA--CATAATTATTTGAACCA--TTCGATAAAC
* * * * *
368243 AGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
184 AAATT-ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTATTTTA
* ** * * **
368307 TTTCAAATAAGCTTATATGACCTGAAACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATT
247 TTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAA-GTCATAACAATT
* * ** * *
368371 TGAAATAAATAATTAG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGGGTAAACATATTTATTTT
310 TGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATATATTTATTTT
* * * ** * *
368435 TTAAA-TCTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG
374 TAAAATTC-T-TAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
* * * * * * *
368499 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-ATAAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAAATAAAT
437 CATATATGAACTAAAACAATTATTTCATGAAT-AAACAAA-AGGTCAAAACAATTTGAAATAGAT
* * *** * **
368562 AATTGTTCAAATAGTCAT-AAAGATTTCAACTTATTC
500 AA---TT---ATAG-CTTCACA-ATAAGAAGTGGTTC
* * * *
368598 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTCACTTATTAATTGTCTT--AATATTAGTAAATTTGT
1 AGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * **
368660 ATTATTTTAAT-CAAACTAAGCTTGAATGAATTGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGGT
62 ATTATTTTATTCCATA-T-AGCTTGTATG-A-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
* ** * * ** * * * * * * *
368723 TATAGTGATTTCAATTGGATAATTGTTTAAATAAGCATAATTATTTAAACTTATTCAATAAATAG
123 CATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-CATAATTATTTGAAC-CATTCGATAAACAA
* * * * * * * *
368788 ATTCATTTTTTCAATCTCTTAATTATTAAATTTTAAAATATTAATAACTTAGTATGATTTTATTT
186 ATT-ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
* * * * * **
368853 CAAATAAGCTTAGT-TGAACTGAAATAACTTTTTTTATGACAAAACTAAAAGTTATAATGATTTG
250 CAAATAAGCTT-TTATGAATTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAACAATTTG
* * * * *
368917 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAAG-TCGGTAAATATA--TA-TTTTA
312 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAGAAAATATATTTATTTTTA
* * * * ** *
368978 AATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATT
376 AAATTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
369022 TCAAAAATTA
Statistics
Matches: 4116, Mismatches: 837, Indels: 594
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
515 4 0.00
516 7 0.00
517 18 0.00
518 339 0.08
519 41 0.01
520 1 0.00
522 2 0.00
523 2 0.00
524 5 0.00
525 125 0.03
526 97 0.02
527 43 0.01
528 109 0.03
529 55 0.01
530 267 0.06
531 119 0.03
532 6 0.00
534 4 0.00
535 9 0.00
536 19 0.00
537 231 0.06
538 419 0.10
539 153 0.04
540 209 0.05
541 232 0.06
542 494 0.12
543 744 0.18
544 322 0.08
545 27 0.01
546 11 0.00
547 1 0.00
548 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (528 bp):
AGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTCCATATAGCTTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA
TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTACATAATTATTTGAACCATTCGATAAACAAATTATTTTTT
AAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
TTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGAAAATATATTTATTTTTAAAATTCTTAGTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCATATATGAACTAAAACAA
TTATTTCATGAATAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATAGCTTCACAATAAGA
AGTGGTTC
Found at i:364582 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 363768--368071 Score: 3364
Period size: 181 Copynumber: 24.0 Consensus size: 181
363758 AGTGGTTCAG
* ** *
363768 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
363832 TTTACTTC-ATATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTTCATAA
66 TTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * *** *
363895 CAATTTGAAATACATAATTGCTCAAATTA-CCATAATTATTTGAGCCAATTTGA
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * * *
363948 TAAACTA-AATTATTTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAAG-ATT
1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATT
* * * * * * *
364011 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAT
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
364076 TTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * ** *
364129 TAAACATAATTATTTTTTAAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTATG-AATGTTAATAAATTAGTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
364192 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAGGTCA-
63 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * *
364255 AA-GCAATTTGAAATATATAATTTTTTTAGTAGTCTTCACTATTTGAA-TTGGTTCGA
127 AATG--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA
* * *** * *
364311 CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
364376 TCTATTTTGCATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
364441 ATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCGCTCGA
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* ** * *
364492 T-AACAGATTTATTCTTTAAATCTTTTACTTATTAAAATTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
364556 TTTATTTCAAATAAGGTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTTATTACAAAA-TAAAGGATCGTAAC
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAAT
364620 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGA
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTC-GA
* * * * *
364673 -AAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-AATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * *
364735 TTTTA-TTCGAAATAAACTTGCATCAATA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATA
65 TTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * * *
364797 ATGTTTTGAAATAGAAAATTATTTAGGTAGTCATAACTATTTAAACTTATT-TA
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * * * *
364850 GTGAATAGATTCTTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAATAT
1 -TAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
364914 TATTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACATAAACAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCAT
63 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
364979 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TTGTTCAA
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * ** *
365033 TAAACAAATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTACTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * **
365098 TTTAATACGAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAAAGTCATCACA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
365163 AGTTGAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTCAATTTG-TCTGG
131 ATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GA
*
365214 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * * **
365276 TATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATGAACAGAAA-ATATTATTTTATGATAAAACAAAATGTTG
63 TATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** * * * * * *
365339 TAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACATTCATAATTATTTAAACTTGTTCAA
126 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
365395 TAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTCTA-TTATTAATTTTT-AGATTATTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
365458 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCATTA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
365523 TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCACT-ATTATTTGATCTAGTTC-A
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * *
365575 GTAAACATATTTGTGTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * **
365640 TTTTCATCT-GAATAAGCTTGTATAAATAGAAACGATTGTTTTAAAATAGAACAAAAAATCATAA
65 TTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
365704 TGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGAATCG-
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA
* * ** * * *
365757 TAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAACTTTCAAAATATTAAT-GATTAGTTTTAC
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * *
365817 CTTATTTTGAACAAACTTATATCAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAATGTTATAATG
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * **
365882 ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTATA
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA
* * * * * *
365933 TAAACAGAATTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TCAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * *
365997 TTTATTCCAAATATGCTGGCATGAATTCCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** * * * *
366062 CCATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAATTTGTTTGG
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * ** * * * *
366115 TAAACAAATTTACTTTTTAATTCTTTTAGTTACCAATTTTTGGAATATTATTAGATTGGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
366180 TTT-TTT-TAATAAGCTTGTATCAATAAAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATG
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
366243 ATTTGAAGTTTG-CAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAACTAGTTC-A
131 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
366293 GTAAACAAATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAATATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
366358 TTTTATTTCAAATAAGCTTGAAT-ATTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * ** *
366422 CGATTTGAAATAGATAATTGTTGACAA-GGTCATAATTATTTGAACTAATTCGG
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * ** *
366475 TAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
366540 TTTATTTCGAATTAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * ** *
366604 GATTTG-AATAGATAATAGTTCATATGGTCTTAATTGGTTAAAC-TGCTTC-A
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA
* * * * * * *
366654 GCAAACAGATTTATTTGTCAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
366719 TTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAATGTTATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
366783 TGA-TTGAAATAGATAATTGTTC--A-A---AT-A--A---GAACTGGATCGG
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
*
366823 TAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * **
366884 TTTATTCCAAAT-TGACTTGTATG-ATGGAAAGCAACTGTTTTATGATAAAAGAAAATTTCATAA
66 TTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * ** *
366947 CGATTTGAAATACATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAA
129 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * * * *
367000 T-AACTTGACTTATTTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATT
1 TAAAC-AGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * **
367064 ATTTTATTT-TAGATAACCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAATTTCATA
64 ATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
367128 TTTATTTTAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
128 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* ** * *
367182 TAAA-TGTAACTATTTTTTAAAAT-TTCTTATTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAG-A
1 TAAACAG-ATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
367243 GTTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTCATGA-ATAAACAAAAGGT
62 -TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGT
* * ** * * *
367306 CAGAATAATTTG-AATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTCGA
124 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * *
367363 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGGAATA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
367427 TTTTA-CTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA
65 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
367490 TGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTTC-A
129 TGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGA
* * *
367543 TAAACATATTTACTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * **
367604 TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
367669 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTC-A
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * ** * * *
367719 GTAAACAGATTTATCTTTGAAATCTCCTACTCATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* **
367784 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAAT
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
367849 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATGTGAACTTGCTGGG
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
367901 TAAATAGCTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
367966 TTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTCG--TTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
368029 AATTTGAAACAGATAATTTTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
368072 TGTGTTTAGA
Statistics
Matches: 3276, Mismatches: 696, Indels: 304
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
162 1 0.00
163 6 0.00
164 79 0.02
165 18 0.01
167 1 0.00
168 25 0.01
169 1 0.00
171 2 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
174 2 0.00
175 7 0.00
176 189 0.06
177 98 0.03
178 19 0.01
179 208 0.06
180 722 0.22
181 1319 0.40
182 498 0.15
183 79 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
Found at i:365025 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 363245--368102 Score: 3501
Period size: 362 Copynumber: 13.5 Consensus size: 359
363235 TTTAGTAAAC
* * * * *
363245 ATTTATTTTTTAATTCTCTAACTTATTAATTTTTGAAAGA-TAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * ** * ** * * *
363308 CCATATAAGCTTGAATGTTTAAAAACAATTGTTAAATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGA
66 TGA-ATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * * * * *
363373 AATTGATAATTATTGACAA-GGTTATAATTATTTGAACTGA-TTCGATAAACAAATTCACTTTTT
129 AATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAG-TAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * * *
363436 AAATCACTTACTTTTTTATTTTTGAAACATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAACTT
192 AAATCTCTTAC-TTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * **
363501 GTAT-AAAATGAAAC-ATTGGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
256 GTATGAACAT-AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * ** * *
363564 TGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTACTTCAGCAAATAG
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAG
* * * * * * * *
363606 ATTTATTTTTCAAGTCTCTTAGTTATGAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *** * * * *
363671 CAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAATGGAACAAAAGGTTAAAACGATTTGAT
66 TGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * ** *
363736 ATAGATAATTGTTCAAATA---AGAAGTGGTT---C------AGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
363789 TCTCCTATTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCATATAGGCTTGTAT
195 TCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
** * * * * ** * *
363854 GATGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAGTTCATAACAATTTGAAATACATAATTGCTCA
260 GAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * *
363919 AATTA-CCATAATTATTTGAGCCAAT-TT-GATAAACTA-
325 AA-TAGTCATAACTATTTGA---ATTGTTCGGTAAA-TAG
* * * * * * *
363955 AATTATTTTTTAAATATCTAACTTATCAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAAG-ATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
364019 TTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATATTTATTTTA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
364084 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATAATTATTTTTTAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTT-A
* ** * * ** *
364149 AATTTCTTGTTTATTAATTTT-ATGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCAT
193 AATCTCTTACTTATTAATTTTGA--AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
364213 GTATGAAC-TAAAACAATTATTTCATGACTAAACAAAAGGTCA-AA-GCAATTTGAAATATATAA
256 GTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATAGATAA
* ** * * * **
364275 TTTTTTTAGTAGTCTTCACTATTTGAATTGGTTCGACAAATAG
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGGTAAATAG
*** * *
364318 ATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAATTTAGTATTATTCTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
364383 TGCATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * *** * *
364448 ATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TCGCTCG-ATAACAGATTTATTCTTTAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTA-AACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
364511 ATCTTTTACTTATTAAAATTTGAAATTTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTTCAAATAAGGTTT
194 ATCTCTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * *
364575 TATGAATAGAAATAATTGGTTTATTACAAAA-TAAAGGATCGTAACGATTTGAAATAGATAATTG
257 TATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * *
364639 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTCAGAAAATAT
321 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCGGTAAATAG
* *
364679 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
364741 TCGAAATAAACTTGCATCAATAAAACCAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGTTTTG
65 TTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * ** * * *
364805 AAATAGAAAATTATTTAGGTAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTGAATAGATTCTTTTTTTT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAGATT-TATTTTTT
* * * *
364870 AATTCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAGCTT
192 AAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * *
364935 ATATGAACATAAACAATTGTTTTAATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
256 GTATGAACATAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * ** * *
365000 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTGTTCAATAAACAA
320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAATAG
* * * * * * *
365040 ATGTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTATCAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTAATA
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * ** *
365105 CGAATAACCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGTCAAAATAAAAAGTCATCACAAGTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
365170 ATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTCAATTTGTCTGGTAAATAGATTTATTTTTTAA
130 ATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * *
365234 ATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT
194 ATCTCTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT
* * * * * ** *** *
365297 TTATGAACAGAAA-ATATTATTTTATGATAAAACAAAATGTTGTAGCAATTTCAAATAGATAATT
256 GTATGAACATAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * **
365361 GTTCAAACATTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAATAG
320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAG
* * * * *
365402 AATCATTTTTTAAATCTCTCTA-TTATTAATTTTTAGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
365466 TTGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGATCATTATGATTTAA
65 TTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * * *
365531 AATAGATAATTATTCAAATAATCACT-ATTATTTGATC-TAGTTCAGTAAACATATTTGTGTTTT
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTAAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTT
* * * * * *
365594 AAATTTTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATCT-GAATAAGCT
192 AAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCAAATAAGCT
* * * * ** * * ** *
365658 TGTATAAATAGAAACGATTGTTTTAAAATAGAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
255 TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
365723 GCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGAATC-GTAAATAG
320 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG-TTCGGTAAATAG
* * * * **
365764 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAACTTTCAAAATATTAAT-GATTAGTTTTACCTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * * *
365824 TGAACAAACTTATATCAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * *
365889 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTAAA-TTGGTTATA-TAAACAGAATTATTTTTTA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-ATT-TAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * *
365952 GATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATT--TGTTCATTTTATTCCAAATATGCTG
193 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * **
366015 GCATGAATTCCA-AAA-AACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATA
256 GTATGAA---CATAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* ** * * * *
366078 ATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAATTTGTTTGGTAAACAA
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAG
* * * ** ** * * *
366122 ATTTACTTTTTAATTCTTTTAGTTACCAATTTTTGGAATATTATTAGATTGGTATTATTTT-TTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
366186 T-AATAAGCTTGTATCAATAAAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
366250 GTTTG-CAATTGTTCAAAAAGCCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTA
130 -ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTA-TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTA
* * * *
366313 GATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
193 AATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * * * * *
366378 AAT-ATTCAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTG
257 TATGA-ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * **
366442 TTGACAA-GGTCATAATTATTTGAACTAATTCGGTAAATAG
321 TTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAG
* * ** * *
366482 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
366547 CGAATTAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-
66 TGAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * ** ** * * * *
366610 AATAGATAATAGTTCATATGGTCTTAATTGGTTAAACTGCTTCAGCAAACAGATTTATTTGTCAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
366675 ATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAT
194 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * * * *
366740 ATGAAC-TGAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAATGTTATAATGA-TTGAAATAGATAATTGT
258 ATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
366803 TCAAATA---AGAAC----TG----GATCGGTAAACAG
322 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAATAG
*
366830 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * ** *
366891 CAAAT-TGACTTGTATG-ATGGAAAGCAACTGTTTTATGATAAAAGAAAATTTCATAACGATTTG
66 TGAATAAG-CTTGTATGAAT--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * * * *
366954 AAATACATAATTGCTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCAAT-AACTTGACTTATTTTTT
128 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAAC-AGATTTA-TTTTT
* * * * * * *
367018 TAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTAGATAACCT
191 TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * * * ** * * *
367083 TTTATGAA-TTGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAATTTCATATTTATTTTAAATAGATAAT
255 TGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * *
367147 TATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAT-G
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAG
** * ** *
367188 TAACTATTTTTTAAAAT-TTCTTATTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG-AGTTATTTT
1 -ATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTT
* * * *
367251 ATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTATTTCATGA-ATAAACAAAAGGTCAGAATAAT
62 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGAT
** * * ** * *
367315 TTG-AATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGCTCGATAAACACATTTATTT
125 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAG-TAAACAGATTTATTT
* * * ** * * *
367378 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGGAATATTTTA-CTCTGAATAA
189 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAA
* *
367442 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGATAGAT
252 GCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGAT
* * *
367505 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTC-ATAAACAT
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-G-TTCGGTAAATAG
* * *
367550 ATTTACTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * **
367611 TGAATAATTTTGTATGAATAGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * *
367676 ATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATCTTTGAAA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
367741 TCTCCTACTCATTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
195 TCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * ** *
367806 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
259 TGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
367871 AAATAGTCATAACTATGTGAACTTGCTGGGTAAATAG
324 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAG
* ** * *
367908 CTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * **
367973 TGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATT-CGTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAA
66 TGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
368037 ACAGATAATTTTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAG-AAACCATATTTATTTTTGA
130 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TATTTAGTAAA-CAGATTTATTTTTTA
368100 AAT
193 AAT
368103 ATGAGTAAAT
Statistics
Matches: 3545, Mismatches: 779, Indels: 346
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
342 1 0.00
343 6 0.00
344 88 0.02
345 39 0.01
346 97 0.03
347 21 0.01
348 24 0.01
349 232 0.07
350 41 0.01
351 1 0.00
352 7 0.00
353 2 0.00
354 2 0.00
355 8 0.00
356 105 0.03
357 272 0.08
358 186 0.05
359 87 0.02
360 254 0.07
361 755 0.21
362 858 0.24
363 371 0.10
364 85 0.02
365 2 0.00
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
TGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG
AACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAATAG
Found at i:368436 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 368087--369021 Score: 840
Period size: 181 Copynumber: 5.2 Consensus size: 179
368077 TTAGAAACCA
* * * * ** *
368087 TATTTATTTTTGAAATATGAGTAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTCCATGAAC-AA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAACTGA
* * *
368150 AACCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTTTAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
64 AA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
368215 TATAACTATTTGAA-TATGTTCTATTAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACT
128 CATAACTATTTGAACT-TATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCT-TTACT
* * *
368268 CATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGACCTGAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * *
368333 ACAATTATTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTAG-TCAAATAGT
65 ACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGT
* * * * *
368396 CATAACTATTTGAACTTGTTGGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACT
128 CATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTT-TACT
* * * * * **
368449 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAA
* * * ** *
368514 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAATA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
65 ACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * * *
368578 ATAAAGATTTCAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTCACT
129 ATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTT-ACT
* * * *
368630 TATTAATTGTCTT--AATATTAGTAAATTTGTATTATTTTAATCAAACTAAGCTTGA-ATGAATT
1 TATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAA-TAAGCTT-ATATGAACT
* * * * * * *
368692 GAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAATTGGATAATTGTTTAAATAA
62 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
* * * * * *
368757 G-CATAATTATTTAAACTTATTCAATAAATAGATTCATTTTTTCAATCTCTTAAT
126 GTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCT-TTACT
* * *
368811 TATTAAATTTTAAAATATTAATAACTTAGTATGATTTTATTTCAAATAAGCTTAGT-TGAACTGA
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTA-TATGAACTGA
* * *
368875 AATAACTTTTTTTATGACAAAACTAAAA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
64 AACAA-TTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
368939 TCATGACTATTTGATCTAAGTCGGT-AA-ATA-T-ATATTTTAAATTTTTTACT
127 TCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAA-TCTTTACT
* * *
368989 TATTAATTGTCAAAATATTAATAGATTAGTATT
1 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
369022 TCAAAAATTA
Statistics
Matches: 612, Mismatches: 114, Indels: 59
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 39 0.06
179 5 0.01
180 18 0.03
181 465 0.76
182 80 0.13
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTACT
Found at i:369016 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 368990--369034 Score: 56
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
368980 TTTTTTACTT
368990 ATTA-ATTGTCAAAATATTAATAG
1 ATTAGATT-TCAAAA-ATTAATAG
369013 ATTAGTATTTCAAAAATTAATA
1 ATTAG-ATTTCAAAAATTAATA
369035 AGAGATTTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
23 11 0.55
24 6 0.30
25 3 0.15
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
ATTAGATTTCAAAAATTAATAG
Found at i:369561 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 369345--369578 Score: 257
Period size: 118 Copynumber: 2.0 Consensus size: 118
369335 ATAGAATAAA
* * ** *
369345 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTGGAAAATAATTATATTTACCGAA
1 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAACATATTTACCAAA
* *
369410 CTAGTTCAAATGATTATAACTATTTGAACAATTATCA-ATTGC-AAATCATTATT
66 CTAGTTCAAATGATTATAACTAATTAAACAATTAT-ATATT-CTAAATCATTATT
369463 ACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTT-AAAAAGTAAACATATTTACC
1 ACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTGAAAAA-TAAACATATTTACC
* * * *
369525 AAA-TCATTTCAAAT-AGTTTTGACTAATTAAATAATTATATATTCTAAATCATTA
63 AAACT-AGTTCAAATGA-TTATAACTAATTAAACAATTATATATTCTAAATCATTA
369579 GAACCTTTTA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 11, Indels: 14
0.80 0.09 0.11
Matches are distributed among these distances:
117 9 0.09
118 87 0.89
119 2 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (118 bp):
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAACATATTTACCAAA
CTAGTTCAAATGATTATAACTAATTAAACAATTATATATTCTAAATCATTATT
Found at i:369871 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 369462--370288 Score: 511
Period size: 180 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
369452 AAATCATTAT
* * * *
369462 TACTAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAA-CAT-ATTTA
1 TACTAATTTAATAATAGTTCA-AAAATAAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATC-TGA-ATA
* ** * * * *
369523 CCAAATC-ATTTCAAATAGTTTTGACTAATTA-AATAATTATATA-TTCTAAATCATTAGAACCT
61 CCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGAAT-ATTAGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATAACCT
* * * * * * **
369585 TTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TGTTGATACTATTTTATTCAGAATAAAATAA
123 TTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * ** * * ** * *
369643 TACT-AGTTAACAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCT-AATAGCCA
1 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGTAAG-AGATTTAAAAATAAATCTGAATA-CCA
* ** * * *
369706 AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
64 AACAAGTTCAAATAGTTAAGAATATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* ** * * *
369770 TTTGTTGTAAAATAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
128 TTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * **
369822 TATTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAA
1 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGAATACCAAA
** * *
369887 TTAGTTCAAATGGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTA
66 CAAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
* *
369952 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCATAATAAATTAA
131 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * *
370002 TACTAA-TT--T-A-A-TTCAAAAAATTGATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT-ATTTAC
1 TACTAATTTAATAATAGTTC-AAAAATAAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGA-ATAC
** * * * * * * *
370060 CAAACAAGTTTGAATAGTTATTACAAT-TT-GAACAATTGTCAATTT-AGAAGCTTTAAAACGTT
62 CAAACAAGTTCAAATAGTTA--AGAATATTAGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATAACCTT
* *
370122 TTGACTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
124 TTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* * * * * **
370179 TACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
1 TACTAATTTAATAATAGTTCAA-A-AATAAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGAATACC
* * * * * * *
370242 GAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAA
63 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATT-ATCTATTTCAA
370289 CTTGTTATGA
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 99, Indels: 68
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
175 21 0.04
176 2 0.00
177 106 0.21
178 12 0.02
179 133 0.26
180 149 0.29
181 65 0.13
182 22 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAATAAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGAATACCAAA
CAAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTA
GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
Found at i:372097 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 372059--372097 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
372049 TAAATAATTG
* * *
372059 TTTATAATTTAATATTATTA
1 TTTAAAATTTAAAACTATTA
372079 TTTAAAATTTAAAACTATT
1 TTTAAAATTTAAAACTATT
372098 TGATTTCAGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (20 bp):
TTTAAAATTTAAAACTATTA
Found at i:373766 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 372931--377140 Score: 1106
Period size: 181 Copynumber: 23.0 Consensus size: 179
372921 CGGGTAGCAA
* * * * * * ***
372931 ACTAGTTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATATGTTTGTTGAA
1 ACTAATTTATTAATA--TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
* * *
372996 CAAGTTCAAATAGTCATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
373060 TGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATACGAGCTTATTTGAAGTAAAATAAT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * ** * *
373112 ACTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATGAG-AAAGAAAATTAAAAAAGGAATCTGTTTACCGA
1 ACTAATTTATT-A-ATATCAAAAATTAATAAGTAAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
* * * * * * *
373176 ATAAGTTCAAATAGTTATGACCATCTAAACAATTATCTATATCAAAACATTGTGACCTTTTGTTT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
373241 TATCTTAAAATAGTTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAAT
* * * **
373293 A-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-TAAAATTTAAAAAATAAAATTATTTTCTTA
1 ACT-AATTTATTAATA--TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
** * * *
373356 ACTTGTTTAAA-ATTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
373419 TGTCATAAACCAATTATTGTCTGATTCATTACAAGATATATTCGTAATAAAAATAAT
128 TGTCATAAAACAATTGTT-TCT-ATTCA-TACAAGCT-TATTTGAAAT-AAAATAAT
*** * * * * * * *
373476 TGGAATTTAAATAAAATTCCCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTG
1 ACTAATTT-ATTAATA-T--CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCG
* * * * * * * * * *
373541 AGCGAGTTTAAATAGTTAT-AACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTTA
62 AACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTG
* * *
373605 TTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAAT
125 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* *** * * * *
373660 ACTAATTTATTAATAT-AATACAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAATATTAATTTATTTACCGAA
1 ACTAATTTATTAATATCAA-A-AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
* *
373724 CAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTGTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTT
* * * ** * *
373788 TTGTTA-AGAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAAATTATTATCATAA-AAAATTATT
127 TTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGA-AATAAAA-TAAT
* * * * * * *
373843 TCT--TTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT
1 ACTAATTT-AT-TAA---TA-TC--A--AAAAT--TAATAA-GTAA-AAAATTTAAAAAATAAAT
** * * * * *
373906 AAGAGCTTT---GAA-AA-AT-AAATGTGTTGAACCATTTTAAATAGTTAAGACTATTATAACAA
52 -TTA--TTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTT-----ATG------A--T--CA-T-TT-GAACAA
* * * * *
373965 TTATCTATTTCAAATCATTACGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAG
95 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * *
374030 TTTA-TTCAGAATAAAATAAC
160 CTTATTTGA-AATAAAATAAT
* * * * * * * * *
374050 AATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAGTATAAATCTATTTATCA
1 ACTAATTTATTAATA-TC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAA--ATAAATTTATTTACCG
* *
374115 AACAAGTTCAAATAGATT-TGA-CTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGAACTTTT
62 AACAAGTTCAAATAG-TTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * * ** *
374177 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAAA
124 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * *** * * * * * *
374233 ACTACTTTTTTAATATGTCAAAAATTAATAAACGAGAGATTT-AAAACTAAAGTTGTTT-TCGAA
1 ACTAATTTATTAATA--TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCG-A
* * * * * *
374296 ACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTATT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* ** * * *
374359 TTCTCATAAAACAATCATTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGGAAAAAAAATTAT
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAAT
* * * * ** **
374413 ACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTCGCTAAA
1 ACTAATTTATTAATA-T-CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
* * * * *
374474 CCAA-TTCAAATAGTTAAGA-CTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTCTAACCTTTTGT
64 -CAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGT
* * * * *
374536 TTAGTTC-TATAATAATTGTTT-TAGTTCATACACA-ATTATTCGAAATAAAATAAT
126 TTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
374590 ACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAGACAAATGTGTTTACCGA
1 ACTAATTTATTAATA-T-CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGA
* * * * *
374655 A-AAGTTCAAAGAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCGATTTAAAATCATTATGA-CTTTTATT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *** *
374717 TTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAAT
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * ** **
374770 ACTACTTTATTATTATTTCGAAAGTTAATAA-TGAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGA
1 ACTAATTTATTA--ATATCAAAAATTAATAAGT-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
* ** * * * * * *
374834 ACAAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TC
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** * ** ** * *
374898 AGTCATAAAACAATT-ATT-T-TTCA-A-AAAATAAATCTGTTCACCAAACTAGT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TAT-T-TGAAATAAAATAAT
* * * * **** * * *** *
374948 TC-AAATTGTT-ATAACATTTTGTTCGATAA-TAAAACAATCGTTTCTATTCATACAAGCTTA-T
1 ACTAATTTATTAATATCA-AAAATT-AATAAGTAAAA-AA---TTT-AAAAAATA-AA-TTTATT
** * ** * * *
375009 T-CATAATAAAAT-AATACTAATTTAGTAAT-ATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAA
57 TACCGAACAAGTTCAA-A-T-AGTTA-TGATCATT-TGAACAATT-AT--CT-----ATTTCAAA
* * * * ***** * **** * *
375069 -AAATA-AATCTGTTTGTCGAACCAATTCAAACAATTAAGACTATATGA-ATAA--TTATTT-AT
109 TCATTATGACCT-TTTGTTTTGTC-A-TAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGA-
** * *
375128 CTTAAATTGTTAT
169 AATAAA--ATAAT
* ** * * * *
375141 GACCT--TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATAGAAGCTTATTTGGAATAAAATAA
1 -A-CTAATTT-ATTAAT-ATCAAA-AATTA-ATAAG-T-A-A-AA---AATTT--AA-AAAAT-A
* * ** * * * * ** *
375204 AACTAATTTA-TTAA-TATTTCAAA-ATTTTATAAAAGATTTAGAA-AATAATTCTATTT-ATTG
49 AATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATA-GTTAT-GATCATTT-GAACAATTA-TCTATTTCA---
* * ** * ** * * * **
375264 AATCGTTTAAAT-A-ATTATAACTATTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTTT
107 AATC-ATT--ATGACCTT-T-TGT-TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCA-TACAAGC---
* *
375323 TTATTTTGTAATAAAAT-TT
161 TTA-TTTGAAATAAAATAAT
** ** * ** ** * ** **
375342 TTTTTTTTGTTAATAT--AAGTTTGTTCAA--AATAAAA--TAACACTAATTTATTAATATTTGT
1 ACTAATTTATTAATATCAAAAATTAAT-AAGTAA-AAAATTTAA-A-AAATAAATT--TATTTAC
* * * * * *
375401 CAAACCAA-TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAAAT-ATTATGACTTT
60 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
375463 TTGTTCTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAAT
122 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * ** *
375521 ACCAACTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATATGCTTACCAAA
1 ACTAATTTATTAATA--TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
* * *
375586 CTAA-ATCAAATAGTCATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
64 C-AAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * * **
375649 CTGTCATAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAAT
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * * * *
375702 ACTAAGTTATTAATATTCAAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAACAAA
1 ACTAATTTATTAATA-TC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
* * * * ** ** *
375767 CAAGTTTAAATAATTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTAAAACTTTTTGTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
375831 TATCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAAT
128 TGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT
* * * * * **
375884 A-TAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTATTGA
1 ACT-AATTTATTAATATCAA-A-AATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
** **
375948 ACAAGTTCAAATCTTTATGA-CTATTTGAACAATTAAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
376011 TTTATCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACTAGCTTATTCGCATTAAAAAAAT
126 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * ** * * *
376065 ATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATCAA
1 ACTAATTTATTAATA--TCAA-AAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
* * * * * *
376129 ACAAGTTTAAATGGTCATGAGT-ATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACATTTTGT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * *
376192 TTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCTTATAAGCTTACTTCAATAAAAAATAAT
126 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAATAAT
* * * *
376247 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATTAATCTATTTATCGA
1 ACTAATTTATTAATA-TC-AAAAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
* * * * * * *
376311 ACATGTTCAAATAGTTATAAT-TTTCTGAATAATTATATATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGATCATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
376375 TTATCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAAA-AAAAGAAT
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT
* * * * * **
376428 A-TAAGTTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAA
1 ACTAA-TTTATTAATA-T-CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
* * * * ** *
376492 ACACGTTCAAGTAGTCATG-TCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
63 ACAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * **
376556 TTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACCAA-ATTATTCAAAATAAAATAAT
127 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * ** * * *
376609 TCTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--AGACA--TAGGAATTAAATTTGTTTATCGAA
1 ACTAATTTATTAATA--TCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
* * * * ** *
376670 CCAGTTCAAATACTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
376733 TGTAATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAGTAAAATATT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * ** ** * * **
376785 GCTAAATTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG----AGCTTCGAAAAATAAATGTGTTTATTGAA
1 ACTAATTTATTAATA-T-CAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA
* * * * * * *
376846 CTAGTTCAAATAGTTAAGA-CTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTACCTTTTGTTA
64 CAAGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
376910 AGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTAATT-AGAATAAAATAAT
128 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAT
* * * * * * * * * * *
376962 AGTAATTCATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCA
1 ACTAATTTATT-A-ATATCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-AA-AAAATAAATTTATTTACCG
* * * ** *
377027 AACAACTTCAAATAGATT-TGA-CTATTTCAATAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACTTTTT
62 AACAAGTTCAAATAG-TTATGATC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTT
* * *
377089 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAA
124 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
377141 CAATTGTTTT
Statistics
Matches: 2968, Mismatches: 773, Indels: 574
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 14 0.00
176 156 0.05
177 220 0.07
178 79 0.03
179 122 0.04
180 299 0.10
181 885 0.30
182 357 0.12
183 270 0.09
184 35 0.01
185 33 0.01
186 54 0.02
187 49 0.02
188 27 0.01
189 30 0.01
190 10 0.00
191 21 0.01
192 11 0.00
193 8 0.00
194 25 0.01
195 9 0.00
196 10 0.00
197 30 0.01
198 7 0.00
199 25 0.01
200 16 0.01
201 25 0.01
202 18 0.01
203 15 0.01
204 14 0.00
205 2 0.00
207 11 0.00
208 8 0.00
209 40 0.01
210 29 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ACTAATTTATTAATATCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACA
AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
Found at i:373833 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 373812--373842 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
373802 TTGTTTTTAT
373812 TCATAAAAAATTATTA
1 TCATAAAAAATTATTA
373828 TCATAAAAAATTATT
1 TCATAAAAAATTATT
373843 TCTTTTCATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
TCATAAAAAATTATTA
Found at i:374572 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 374535--374572 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
374525 TAACCTTTTG
*
374535 TTTAGTTCTATAATAATTGT
1 TTTAGTTCTATAACAATTGT
374555 TTTAGTTC-ATACACAATT
1 TTTAGTTCTATA-ACAATT
374573 ATTCGAAATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 2
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 3 0.19
20 13 0.81
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.08, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTTAGTTCTATAACAATTGT
Found at i:375807 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 375775--375810 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
375765 AACAAGTTTA
375775 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
375793 AATAATTAT-CTATTTG
1 AATAATTATACTATTTG
375809 AA
1 AA
375811 ATCGCTAAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:376156 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 375400--381445 Score: 3518
Period size: 363 Copynumber: 16.6 Consensus size: 362
375390 TTAATATTTG
* * * * *
375400 TCAAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAAAT-ATTATGACTTT
1 TCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * ** **
375463 TTGTTCTGTTATAAAA-CAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATTAAAATAATACCAA
64 TTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATATAAA
* * * * * * *
375526 CTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATATGCTTACCAAACTAA-
128 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AAG
* * ** *
375590 ATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTCTGTCA
191 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * ** *
375655 TAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATA-T
256 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
375718 TCAAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAACTAAATC-TGTTTA
320 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTA
* * * * * ** ** *
375762 ACAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTAAAACTTTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
375827 GTTTTATCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTT
66 GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTT
* * * **
375892 ATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATCTAACAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTC
131 ATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
** * * *
375956 AAATCTTTATGACTATTTGAACAATTAAT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCTTA
194 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * *
376020 AAACAATTGTTTCTATTCATACTAGCTTATTCGCATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCA
258 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
*
376085 ACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTA
323 A-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTA
* * * * * * *
376125 TCAAACAAGTTTAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACATTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * *
376189 TGTTTTGTAATAAAA-CAATTGTTTC-AGTTCTTATAAGCTTACTT-CAATAAAA-AATAATACT
65 TGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT-ATA--
* * * * * *
376250 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACAT
126 AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* * * * *** *
376315 GTTCAAATAGTTAT-AATTTTCTGAATAATTATATATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTAT
190 GTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
376379 CATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAAA-AAAAGAATA-TAAGTTTATCAAT
254 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * *
376442 ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTT-
317 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAACATGTTTA
* * * * * ** *
376487 TCTAAACACGTTCAAGTAGTCATGTCTATTTAAATTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
1 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
376552 TGTTTTGTCATAAAATGA-TTGTTTCTATTCATACCAA-ATTATTCAAAATAAAATAAT-TCTAA
65 TGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-AAA
** ** * * * *
376614 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG----AGACATAGGAATTAAATTTGTTTATCGAACCAGT
128 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * * *
376675 TCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTAAT
192 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
376739 AAAACAATTGCTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCC
257 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** **
376804 AAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTCGAAAAATAAATGTGTTTA
322 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTA
** * * * * * *
376841 TTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTACCTTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
** * * * * * *
376906 GTTAAGTCATAAAA-CAATTATTTCAATTCATACAAGTTTAATTAGAATAAAATAATAGT-AATT
66 GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATT
* * * * * * * * *
376969 CATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAACT
130 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* *
377034 TCAAATAGATT-TGACTATTTCAATAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
192 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * *
377097 ATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAACAAT--TGTTTTCTGAACTA
255 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TA
* ** * * * * *
377159 GTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAAAAATATCAATCTCAAAACATTATGATCATTGTTTTCTCA
318 TTTCAAA-A---ATTA--A--T-AAGTAAGA--GAT-TTAAAA-A--ATAAACA-TG--TT-T-A
* * * * ** * * *
377224 TAAAACAATTGTTTCTAATCA-TACAAGTTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAAT-AT
1 TCAAACAA--G-TTCAAAT-AGT-TATGACTATTT-G--AACAATTAT-CT-ATTTCA-AATCAT
* ** * * *** * ****
377287 TCCA-CAAATTAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCGAACTAGTTCA-A-ATAG-TTA
55 T--ATGACCTT--T---TGTTTTGTCATA-AAATG-ATTT--TTTTCTA-TTCATACA-AGCTT-
*
377348 AAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
106 --A-T-TTAGAATAA--A---A--T--AAT-A---TAA--ATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT
* * * * * * * *
377413 TAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAT
151 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * *
377478 AATTATCTATTTC-AATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAATTAG-TTCTATTCATA
216 AATTATCTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATA
* ** * * * ** * * **
377541 CTATTTTA-TTGAAATAAAATAATCCAAATTTAATAATATTTTGACACTTAATAACCAAGA-A--
279 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* *
377602 -AATAAATATA-A---TTA
344 TAAAAAATAAACATGTTTA
* * * * * * * * *
377616 -CTGAACCATTTCAAACAG-TAAGACTATATGAACGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTT
1 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * ** * * *
377679 TCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTAT-GA-TCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAAT-TCTA
65 TGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATAT-AA
* * *
377740 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAG
127 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * ** * * ** * *
377805 TTCAAATAATTTTGACTATTTGAGCAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCA
191 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *
377869 TAAAAAAATTGTTTTTGA-TCTTA-GAGCTTATTTG-GTTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
256 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ***
377931 CCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTGTGTTT-
320 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTA
* * * ** * * * * * *
377973 GCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTAAAATCATTCTGACTTTT
1 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * * * * * **
378038 TGTTTAGTTAGAAAAT-ATTTGTTTC-ATATCTTACAATCTTATTCAGAATAAAAAAATCCAAAT
65 TGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAAT
* * * * *
378101 TTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGATCAATT
129 TTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * * * ** * ** *
378166 TCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAATTTTTTGTCTTGAT-A
192 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCA
* ** *
378230 TAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAGGCTTA-TCCAATATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
256 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
378293 TTCAAAAACTAATAAGCAGGAG-TTTAAACAATAAA-TTAGTTTA
319 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACAT-GTTTA
** * * *
378336 TTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
378401 GTTTTTTCATAAAA-CAATTGTTGCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
66 GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTT
* * * ** * * * *
378465 ACTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCAAATCAA-TTC
131 ATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTC
* * * * * * * * * * *
378529 AAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
194 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
378594 AACAATTGTTTCTTATT-ATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTATTATTCTCTCA
259 AACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* **
378658 AAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
323 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTA
* * * * * * * * *
378698 CCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTT
* * * * *
378762 TGTTCTATCATAAAATAATTATTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTAGAAATAAAATAATACT-AA
65 TGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAAA
* ** * * * * **
378824 TATAAAAATATTTCAAAAATTAATAA-CAGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAA
128 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC-AA
* * *** * *
378888 -TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTATCTATGTCAAA---TCAT----TTTT-TATTTGT
190 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT-TTTGT
* * ** * * *
378944 CATAAAACAAAAT-TTTCAATTCATACTCGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTCAT
254 CATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * *
379007 A-TTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTAT-TTT-
317 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-AC-ATGTTTA
* * ** * * * **
379052 CCTAACCTGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGCTATGACCTTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
** * * * * * * * * *
379117 GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-TGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAAGAATACT-AATC
66 GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATT
* * * * *
379180 TATTAATATTTCAAAAATCAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTC
130 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * ** * * * * *
379241 AAATAGTTGTGACTGTTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-GTCTTTGTTCTATTATA
194 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
** * * *
379305 AAACAATAATTT-TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCA
258 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
379369 ACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATACGCTTA
323 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTA
* * * * * * *
379409 -CTGAACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTT
1 TC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * ** * *
379473 TGTTTTGTCAGAAAA-AAATCATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAC
65 TGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAA
* * * * * * ** *
379535 A-TTATGAATATTCTAAAAATTAGTAATTAAAATATTTAAAAAATGAATATGTTTAATGAATAAG
127 ATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAG
* * * * * * *
379599 TTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCA
191 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
379664 TAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAACACAAATTTATTAATA-
256 TAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
379727 TTAAAATAATTAATAAGTAAAAAATCTAAAAAATAAATC-TATTTA
319 TTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTA
** * * **
379772 TCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
** * * ** * *
379837 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AA-ATTAATTT
66 GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTT
* ** *
379899 ATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCTAACAAGTTC
131 ATTAATATTT-AA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * ** * *
379963 AAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTTGTAATA
194 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATA
* **
380028 AAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
258 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
380091 TAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATC-TATTTA
322 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAACATGTTTA
* ** * * * * **
380133 CCAAACTTGTTCAGATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAAACATTACAACCTTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * ** * * *
380198 GTTTTGTCATAAAA-CAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTGTTTTGAAT-AAATAATATAAATTT
66 GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTT
* * * *** *
380261 ATTAATATTCCAAAAAAATAATGCTAATTTATTAATCTTTCTAAAATTAATAAGA-C-ATTTA--
131 ATTAATATT--TAAAAATTAA---TAA-GTA--AAAGATT-TAAAA--AATAA-ATCTGTTTACC
* * * * * ** *
380322 AAATAAATTTGTTTATTGAATTAGTTCAAATATATGACTTTTTGAATAATTGTAAACTTCAAATT
184 GAA-CAA---GTTCA---AA-TAG------T-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * * *
380387 GTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAA
234 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * **
380452 TAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTA
299 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTA
* * * * * *
380516 -CTGAACTAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAT
1 TC-AAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * * * *
380580 TTGTTTTATCATAAAACAAGCTTTTTTGC-ATTCATACTAGCCTAATTGGAATAAAATACA-ATG
64 TTGTTTTGTCAT-AAA-ATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATA-ATATA
* * * * * *
380643 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTACCTAACCA
126 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAA
* * * *
380708 GTTCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
190 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * * **
380773 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATCAATTAATATT
255 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*
380838 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTA
320 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTA
* * * * *
380877 TCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCACATCATTATGACTTTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * **
380942 GTTTTGTTATAAAACGA-TTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGGTTAAAATAATACT-AATT
66 GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATT
* * * * * * *
381005 TATTAATATTTAGACAATTGATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTAGATC
130 TATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTC
* * * * *
381070 AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
194 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
381135 AAAAATTATTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTAT-G
259 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCA
* * * *
381199 AAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATC-TGTTTG
323 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAACATGTTTA
* * * * * * *
381239 CCAAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTT
1 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
381303 TGTTTTATCATAAAATGA-TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATT
65 TGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATT
** * *
381367 TATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAATTT
130 TATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT
* *
381431 CAAATTGGTATGACT
193 CAAATAGTTATGACT
381446 TGTTGTTTTG
Statistics
Matches: 4386, Mismatches: 1000, Indels: 596
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 1 0.00
350 98 0.02
351 30 0.01
352 102 0.02
353 141 0.03
354 170 0.04
355 57 0.01
356 61 0.01
357 231 0.05
358 287 0.07
359 182 0.04
360 184 0.04
361 558 0.13
362 704 0.16
363 748 0.17
364 45 0.01
365 112 0.03
366 5 0.00
367 9 0.00
368 1 0.00
369 7 0.00
370 11 0.00
371 8 0.00
372 14 0.00
373 8 0.00
374 4 0.00
375 9 0.00
376 13 0.00
377 7 0.00
378 7 0.00
379 9 0.00
380 6 0.00
381 8 0.00
382 13 0.00
383 114 0.03
384 90 0.02
385 4 0.00
386 34 0.01
387 40 0.01
388 3 0.00
389 5 0.00
390 7 0.00
391 2 0.00
392 12 0.00
393 7 0.00
394 1 0.00
395 1 0.00
398 4 0.00
399 3 0.00
400 1 0.00
401 5 0.00
402 3 0.00
403 6 0.00
404 7 0.00
405 1 0.00
407 9 0.00
408 1 0.00
409 1 0.00
411 5 0.00
412 2 0.00
414 2 0.00
416 6 0.00
417 1 0.00
419 19 0.00
420 99 0.02
421 9 0.00
422 32 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATAAATTT
ATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTA
Found at i:376456 original size:544 final size:544
Alignment explanation
Indices: 375393--381445 Score: 2196
Period size: 543 Copynumber: 11.1 Consensus size: 544
375383 TAATTTATTA
* * * * *
375393 ATATTTGTC-AAACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTTAAAATATTA
1 ATATTT-TCTAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATTATTA
* * * *
375456 TGACTTTTTGTTCTGT-TATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATTAAAATAA
64 TGACATTTTGTTTTGTCT-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
** * * * *
375520 TACCAACTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAACATAAATATGCTTACCAA
128 TATTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGCTTACCAA
*
375585 ACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTC
193 ACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTC
*
375650 TGTCATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAA
258 TGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAA
* * * * *
375715 TATTCAAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAACAAACAAGTTTAAATAA
323 TATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * *
375780 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATCGCTAAAACTTTTTGTTTTATCATAAAATGAT
388 TTATGAATATTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAATCAA
** * * *
375845 TTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGACAATT
453 TTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATATAAATTTATCAATATTAAGACAATT
*
375910 AATAAGTAAAAGA-TCTAACAAATAAAT
518 AATAAGTAAAA-ATTCTAAAAAATAAAT
* * ** *
375937 CTATTTAT-TGAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATTGTTAT
1 ATATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATTATTAT
* * * * *
376001 GACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACTAGCTTATTCGCATTAAAAAAATA
65 GACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATA
* * *
376066 TTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACATGTTTATCAAAC
130 TTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGCTTACCAAAC
* * * * * *
376131 -AAGTTTAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTT
195 TAA-ATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTC
* ** * * *
376194 TGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTATAAGCTTACTTCAATAA-AAAATAATACTAATTTATT
258 TGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAACTTA-TTCAA-AATAAAATAATACTAAGTTATT
* * * * *
376258 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTATCGAACATGTTCAAAT
321 AATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAAT
* * * * **
376323 AGTTAT-AATTTTCTGAATAATTATATATTTTAAAACATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-
386 AATTATGAATATT-TGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAAT
* * *
376386 CAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATATAAGTTTATCAATATTCCAA-A
450 CAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATATAAATTTATCAATATT--AAGA
*
376450 -AATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAAT
513 CAATTAATAAGTAAAAATTCTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** *
376481 ATGTTTTCTAAACACGTTCAAGTAGTCATGTCTATTTAAATTATT-ATCTATTTCAAATCATTAT
1 ATATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAT-TATTTCAAATTATTAT
* ** * * *
376545 GACATTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTCTATTCATACCAA-ATTATTCAAAATAAAATAAT
65 GACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTCGAATTAAAATAAT
* * * ** * ** * * *
376609 -TCTAATTTATTAATATTT-AAAAAATTAATAAG--AGACA--TAGGAATTAAATTTGTTTATCG
129 AT-TAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGCTTACCA
* ** * * * **
376668 AACCAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATG--ATCTTTGT
192 AACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGT
* * *** * * * * * * *
376731 TTTGTAATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATACAAACTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAA
256 TCTGTAATAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAT
* * * * * *** *
376795 TAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAG-CTTCGAAAAATAAATGTGTTTATTGAACTAGTTCAA
320 TAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAA
* * * * * * * * ** *** *
376855 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTACCTTTTG-TTAAGTCATAAA
384 ATAATTATGAATATTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTA-TCATAAA
** * * * * * * * * *
376919 A-CAATTATTTCAATTCATACAAGTTTAATTAGAATAAAATAATAGT-AATTCATTAACATTTGA
448 ATCAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATA-TAAATTTATCAATA-TT-A
* * *
376982 A-A-AATTAATGAGCAAGAGATT-TAAATAAAATAAAT
510 AGACAATTAATAAGTAA-AAATTCT-AA-AAAATAAAT
* * * * *
377017 CTATTTATC-AAACAACTTCAAATAGATT-TGACTATTTCAATAATT-ATCTATTT-AAAGTTGT
1 ATATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAAT-TATTTCAAA-TTAT
* * * * * *
377078 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAAC
62 TATGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAAT
* * * * * * ** *
377142 AAT-TGT--TTTCTGAACTAGTT---CAAATAGTTA-T-TACTATTTGAAAAAAT-ATCAAT-C-
126 AATAT-TAATTTATTAA-TATTTCAACAAATAATAAGTAAAAAATTT-AAAAAATAAAC-ATGCT
* * * * * ** * * *
377196 T--CAAA--ACAT--TAT-GATCATTG--TTTTCTCATAAAACAAT-TGTTTCTAATCA-TA-CA
187 TACCAAACTAAATCAAATAG-TCA-TGACTATT-TGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * *
377249 -AGTTTATT-TG-GATAAAAATAATACTAATTT-A-ATAATATTCCACAAATTAGTGAAAGATTT
248 CATTTTGTTCTGTAATAAAAA-AAT-C--ATTTCAGTTCATA-T--A-AACTTATTCAAA-A--T
* * * * **
377309 AAAA-AATA--AA-TGTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAA-AACTATTAGAATAATTATCT
302 AAAATAATACTAAGT-TA-TT----AA-TA-TTCAAAAAATTAATAAGTA--AG-AGAATTA-AA
** * * * * * *
377369 ATTTCAAATC-ATTCTAACCTTTTATTAA-TATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTT-AAAAA
355 AAAT-AAATCTATT-TAA-C----A--AACAAGTT--CAAA-TAATTA-TGA-ATATTTGAATAA
* * * * * * *
377431 GTA-AAACTGTTTACCAAACCATTTCAAATA-GTTTTGACTATTTGA--ATAATTATCTA-T--T
406 TTATATA-T-TTGA--AAA-CA-CT-AAA-ACCTTTTG--T-TTT-ATCATAA-AATCAATTGGT
* * * * ** * * *
377489 TCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAATAAT-T-AGTTCTATTCATACTATTTTATTG
458 TCTATTCA-TACAAGC--TTATTTTG-AAAAAAAGAATATAAATT-TA-TCA-A-TA--TTA-AG
* ** * **
377552 A-AATAAAATAA-TCCAAATT-T-AATAATATTTT
512 ACAAT-TAATAAGTAAAAATTCTAAAAAATA-AAT
* * ** * * * * * *
377583 GACACTTAATAACCAAGAAAATAAATATAATTACTGAACCATTTCAAACAGTAAGACTATATGAA
1 -ATATTTTCTAAACAAG---TTCAA-ATAGTTA-TG-ACTATTT------G--A-AC-A-AT-TA
** * * ** *
377648 CGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTTTATGA-TCATA
47 --ATTA--T-TT-CAAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA
* * * *
377712 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGA
105 CAAGCTTATTCGAATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAAA
* ** * ** ** *
377775 TTTAAAAAATAAATC-TGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTTTGACTATTTGAGCAATTATCAA
168 TTTAAAAAATAAA-CATGCTTACCAAACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * ** ** * *
377839 TCTCAAATCATTA--AGATCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGATC-T-TAGAGCTTAT
232 TTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTCTGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATA-AACTTAT
**** * * * * *
377900 T-TGGTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
295 TCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATA
* * * * * * * * *
377964 ATTGTGTTT-GCTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAACTATTAGAATAATTATATATTT-AAAATC
360 AATCTATTTAAC-AAACAAGTTCAAATAATTATGAA-TATTTGAATAATTATATATTTGAAAA-C
* *** * * * * * * * **
378026 ATTCTGACTTTTTG-TTTAGTTAGAAAAT-ATTTGTTTC-ATATCTTACAATCTTATTCAGAATA
422 ACTAAAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATCAATTGGTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTTGAA-A
** * * *
378088 AAAA-AATCCAAATTTATTAACATTTGAA-A-AATTAATAAGGAAAAGATT-TGAAAAAATAAAT
484 AAAAGAATATAAATTTATCAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAA-ATTCT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
378149 CTGTTTATC-GATCAATTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTAT
1 ATATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATTATTAT
* ** * * * *
378213 AATTTTTTGTCTTGAT-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAGGCTTA-TCCAATATAAAATA
65 GACATTTTGTTTTG-TCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTCGAAT-TAAAATA
* * * ** * * * * *
378275 ATACTAATTTCTTAATATTTCAA-AAACTAATAAG-CAGGAGTTTAAACAATAAA-TTAGTTTAT
127 ATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACAT-GCTTAC
** * * * * *
378337 TGAAC-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTT
190 CAAACTAAA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT
* * * * ** * * * * * *
378401 GTTTTTTCATAAAACAATTGTTGCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
254 GTTCTGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTA
* * * * * * * *
378466 CTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCAAATCAA-TTCA
319 TTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAACAAA-CAAGTTCA
* *** * * * * * ** ** ** *
378530 AATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATA
383 AATAATTATGAATATTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * ** * * * * *
378595 A-CAATTGTTTCTTATT-ATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATAGT-AATTTATTATTCTCTC
448 ATCAATTGGTTC-TATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATA-TAAATTTATCAATAT-T-
* *
378657 AA-A-AATTATTAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAAT
509 AAGACAATTAATAAGTAA-AAATTCTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * * *
378691 TTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATT-ATATACTTCAAA-TAGTTA
1 ATATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAT-TATTTCAAATTA-TTA
* * * * * * * * * * *
378754 TAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAAT
64 TGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAAT
* * ** * * * ** * * *
378819 ACTAATATAAAAATATTTCAA-AAATTAATAA-CAGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTA
129 ATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTA-AAAAATTTAAAAAATAAACATGCTTACCA
* * * * *** * ***
378882 AACTAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTATCTATGTCAAATCATT-TTTTA-TTTG-T
192 AACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
* * * ** *** * *
378944 C-ATAA-AACAAAAT--TTTCAATTCATACT-CGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTAT
257 CTGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATA-TAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AAGTTAT
* * * * ** * **
379003 TCATATT-AAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCCTAACCTGTTCAAA
320 TAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAA
* * * * * * * ** *
379067 TAATTATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-
385 TAATTATGAATATTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAAT
* * * * * * ** * *
379131 CAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTA-TTCAAAATAAAAGAATACT-AATCTATTAATATTTCAA
450 CAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAA-AAAAGAATA-TAAATTTATCAATA-TT-AA
* *
379194 -A-AATCAATAAG---AGATT-TAAAAAATAAAT
511 GACAATTAATAAGTAAAAATTCTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
379222 CTATTTATC-AAACCAGTTCAAATAGTTGTGACTGTTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
1 ATATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATTATTAT
* * * ** * *
379286 GA-GTCTTTGTTCTAT-TATAAAACAATAATTT-TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAA
65 GACAT-TTTGTTTTGTCT-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
** * * * * **
379348 TACCAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATACGCTTACTGA
128 TATTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGCTTACCAA
* * ** *
379413 ACTAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTT
193 ACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTC
* * * ** *
379478 TGTCAGAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTACA-TTATGA
258 TGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA-AGTTATTA
* * * * * * * * * ** * *
379542 ATATTCTAAAAATTAGTAATTAAAATATTTAAAAAATGAATATGTTTAATGAATAAGTTTAAATA
322 ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAATA
* * * ** * * *
379607 ATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGA
387 ATTATGAATATTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAATCA
* ** * * * * * * *
379672 TTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTAAAATAAT
452 ATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATATAAATTTATCAATATTAAGACAAT
*
379737 TAATAAGTAAAAAATCTAAAAAATAAAT
517 TAATAAGTAAAAATTCTAAAAAATAAAT
* ** * * *
379765 CTATTTATC-AAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTAT
1 ATATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATTATTAT
* * * * *
379829 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AA-A
65 GACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATA
* * * ** *
379892 TTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCTAAC
130 TTAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGCTTACCAAAC
* * * * * * *
379957 -AAGTTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTT
195 TAA-ATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTC
* ** * *** *
380021 TGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTTCAATAAAATAATACTAATTTATTAA
258 TGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAA
* * * * ** * *
380086 TATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACTTGTTCAGATAG
323 TATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAATAA
* * * * * * *
380151 TTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAAACATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAA
388 TTATGAATATTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAATCAA
* * * * * *
380215 TTGGTTCTATTCATGCAAGCTTGTTTTG-AATAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA-AAAA
453 TTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATATAAATTTATCAATATT--AAGACAA
* * **
380278 ATAATGCTAATTTATTAATCTTTCTAAAATTAATAAGACATTT
516 TTAA---TAA-GTA--AA-AATTCTAAAA--AAT-A-A-A--T
* ** * * *
380321 AAAATAAATTTGTTTATTGAATTAGTTCAAATA--TATGACTTTTTGAATAATTGTAA--ACTTC
1 ---AT--ATTT-TCTA---AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TAATTATTTC
* * * * * * * * * * *
380382 AAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAA
55 AAATTATTATGACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAT
* * * * * * **
380447 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAA-AAATTAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATT
120 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAACA
* ** ** * * * * *
380510 TGTTTACTGAACTAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
183 TGCTTACCAAACTAAATCAAATA-GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * ** ** * **
380575 ACCA-TTTGTTTTATCATAAAACAAGCTTTTTTGCA-TTCATACTAGCCTAATT-GGAATAAAAT
247 A-CATTTTGTTCTGTAATAAAA-AA-ATCATTT-CAGTTCATA-TAAACTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
380637 ACA-A-TGAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTT
307 A-ATACT-AAGTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * * * **** **
380699 ACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
369 AACAAACAAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTT
* * * * * * * * * * * * *
380764 TGTTTTGTCATAAAA-CAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATC
434 TGTTTTATCATAAAATCAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATATAAATT
* * *
380828 AATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG---AGATT-TAAAAAATAAAT
499 TATCAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAATTCTAAAAAATAAAT
* * * * * *
380870 CTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCACATCATTAT
1 ATATTT-TCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATTATTAT
* * * * *
380934 GACTTTTTGTTTTGT-TATAAAACGATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTC-AGGTTAAAATAA
65 GACATTTTGTTTTGTCT-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-ATTAAAATAA
* * * * * * *
380997 TACTAATTTATTAATATTT-AGACAATTGATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCG
128 TATTAATTTATTAATATTTCA-ACAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGCTTACCA
* * * * * *
381061 AACTAGATCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTT
192 AACTAAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTT
* * * * * * **
381126 TTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTA
257 CTGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTA
* * * * * * ** *
381191 ATATT-ATGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGCCAAACAAGTTTAAAT
322 ATATTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAAT
* * * * * *
381255 AATTTTGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAT
386 AATTATGAATA-TTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAAT
* ** * * * *
381319 -GATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACA
450 CAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATATAAATTTATCAATATTAAGACA
381383 ATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAAT
515 ATTAATAAGTAAAA-ATTCTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
381413 CTACTTACTGAACAATTTCAAATTGGTATGACT
1 ATATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
381446 TGTTGTTTTG
Statistics
Matches: 4162, Mismatches: 1003, Indels: 689
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
523 6 0.00
524 5 0.00
525 10 0.00
526 6 0.00
527 15 0.00
528 9 0.00
529 14 0.00
530 116 0.03
531 93 0.02
532 17 0.00
533 10 0.00
534 150 0.04
535 188 0.05
536 155 0.04
537 50 0.01
538 157 0.04
539 270 0.06
540 152 0.04
541 195 0.05
542 422 0.10
543 537 0.13
544 489 0.12
545 139 0.03
546 7 0.00
547 1 0.00
548 4 0.00
549 9 0.00
550 6 0.00
551 7 0.00
552 5 0.00
553 9 0.00
554 12 0.00
555 6 0.00
556 6 0.00
557 4 0.00
558 2 0.00
559 9 0.00
560 7 0.00
561 20 0.00
562 12 0.00
563 91 0.02
564 26 0.01
565 109 0.03
566 49 0.01
567 178 0.04
568 52 0.01
569 20 0.00
570 15 0.00
571 13 0.00
572 8 0.00
573 11 0.00
574 2 0.00
575 5 0.00
577 2 0.00
578 7 0.00
579 7 0.00
580 7 0.00
581 4 0.00
582 3 0.00
583 4 0.00
584 3 0.00
587 3 0.00
588 2 0.00
589 5 0.00
590 6 0.00
591 66 0.02
592 9 0.00
593 16 0.00
594 9 0.00
595 6 0.00
596 9 0.00
597 10 0.00
598 6 0.00
599 1 0.00
600 8 0.00
601 7 0.00
602 2 0.00
603 7 0.00
604 17 0.00
605 7 0.00
606 7 0.00
607 5 0.00
608 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (544 bp):
ATATTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAATTATTTCAAATTATTATG
ACATTTTGTTTTGTCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATAT
TAATTTATTAATATTTCAACAAATAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGCTTACCAAACT
AAATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTCTGT
AATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATAT
TCAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTAACAAACAAGTTCAAATAATTA
TGAATATTTGAATAATTATATATTTGAAAACACTAAAACCTTTTGTTTTATCATAAAATCAATTG
GTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAAAAAAGAATATAAATTTATCAATATTAAGACAATTAAT
AAGTAAAAATTCTAAAAAATAAAT
Found at i:376532 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 376511--376544 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
376501 AGTAGTCATG
*
376511 TCTATTT-AAATTATTA
1 TCTATTTCAAATCATTA
376527 TCTATTTCAAATCATTA
1 TCTATTTCAAATCATTA
376544 T
1 T
376545 GACATTTTGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.44
17 9 0.56
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TCTATTTCAAATCATTA
Found at i:377766 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 377447--377766 Score: 376
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
377437 CTGTTTACCA
* ** * * * *
377447 AACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAACCTTTTATT
1 AACCATTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATT
* * * * **
377512 TTGTCATCAAATAATTAGTTCTATTCATACTATTTTATTGAAATAAAATAATCCAAATTTAATAA
66 TTGTAATAAAACAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATCCAAATTTAATAA
** * *
377577 TATTTTGACACTTAATAACCAAGAAAATAAATATAATTACTG
131 TATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATAAATATAATTACTG
* * * *
377619 AACCATTTCAAACAG-TAAGACTATATGAACGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTTTCTT
1 AACCATTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATT
* * *
377683 TTGTAATAAAACAATT-GTT-TATGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTAT
66 TTGTAATAAAACAATTAGTTCTAT--TCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATCCAAATTTAA
377746 TAATATTTCAAAAATTAATAA
128 TAATATTTCAAAAATTAATAA
377767 GTAAGAGATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 24, Indels: 6
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.02
170 3 0.02
171 62 0.51
172 53 0.44
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (172 bp):
AACCATTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATT
TTGTAATAAAACAATTAGTTCTATTCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATCCAAATTTAATAA
TATTTCAAAAATTAATAACCAAGAAAATAAATATAATTACTG
Found at i:378482 original size:362 final size:363
Alignment explanation
Indices: 377389--393866 Score: 4725
Period size: 361 Copynumber: 45.2 Consensus size: 363
377379 ATTCTAACCT
* * * * * * * *
377389 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTGTTTACCAAACCATT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * * * *
377454 TCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * * * *
377519 CAAATAATTAG-TTCTATTCATACTATTTTA-TTGAAATAAAATAATCCAAATTTAATAATATTT
131 AAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * ** * * * * * * *
377582 TGACACTTAATAA-CCA-AG------AAAATAAATATA-ATTACTGAACCATTTCAAACAG-TAA
195 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
377637 GACTATATGAACGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTGTT
260 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
377702 TATGA-TCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATTCTAA
325 TCT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * *
377741 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * ** * * *
377806 TCAAATAATTTTGACTATTTGAGCAATTATCAATCTCAAATCATTA-AGA-TCTTTGTTTTGTCA
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATA-ACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
377869 TAAAAAAATTGTTTTTGA-TCTTA-GAGCTTATTTGG-TTAAAATAATACTAATTTAATAATATT
130 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
377931 CCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTGT-GTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTA
194 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
** * * * * * * * * * * *
377995 AAACTATTAGAATAATTATATATTTAAAATCATTCTGACTTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGT
259 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
378060 TTC-ATATCTTACAATCTTATTCAGAATAAAAAAATCCAAA
324 TTCTAT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
378100 TTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGATCAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * *
378165 TTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAATTTTTTGTCTTGAT-
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTG-TC
* *** *
378229 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAGGCTTA-TCCAATATAAAATAATACTAATTTCTTAATA
129 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** *
378292 TTTCAAAAACTAATAAGCAGGAG-TTTAAACAATAAAT-TAGTTTATTGAACAAATTCAAATAGT
192 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * *
378355 TATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATT
257 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
378420 GTTGCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
322 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * ** * * * *
378462 TTTACTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCAAATCAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAG
* * * * * * * *
378526 TTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
378591 TATAACAATTGTTTCTTATT-ATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTATTATTCTC
130 TAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
378655 TCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTA
194 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
378719 TGACTATTTAAATAATTATATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTA
259 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
378783 TTTTTGTTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTAA
323 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* ** * * * *
378824 TATAAAAATATTTCAAAAATTAATAA-CAGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAAC-A
* * ** * * *
378887 A-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTATCTATGTCAAATC---AT---TTTTT-ATTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGT
* * ** * *
378944 CATAAAACAAAAT-TTTCAATTCATACTCGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTCAT
128 CATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * ** *
379007 A-TTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTA-TTTTCCTAACCTGTTCAAATAA
191 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * ** *
379070 TTATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA
256 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * *
379135 TGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAAGAATACTAA
321 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * *
379178 TCTATTAATATTTCAAAAATCAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * * * * * * *
379239 TCAAATAGTTGTGACTGTTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAGTCTTTGTTCTATTAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
** * *
379304 AAAACAATAATTT-TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTC
131 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * * *
379368 AACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA--TACGCTTACTGAACTAGATCAAATAATCAT
196 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * **
379431 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCAGAAAAAAATCATT
260 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
379496 TC-AGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTACA
325 TCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTA-A
* * * * * * * *
379536 -TTATGAATA-TTCTAAAAATTAGTAATTAAAATATTTAAAAAATGAATATGTTTAAT-GAATAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAACAA
* * * * * * * *
379598 GTTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAAT-GCTATAACCTTTTGTTTTGT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-CAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGT
* * * * * *
379662 CATAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAACACAAATTTATTAATA
128 CATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * **
379727 -TTAAAATAATTAATAAGTAAAAAATCTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAAATCT
192 TTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * **
379790 TTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
256 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
379855 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AA-ATTAA
321 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * *
379896 TTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCTAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * * *
379960 TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTTGTA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTG-TTTTGTC
* **
380025 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
129 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** *
380088 TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTA-TTTACCAAACTTGTTCAGATAGT
193 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * **
380152 TATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAAACATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
257 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * **
380217 GGTTCTATTCATGCAAGCTTGTTTTGAAT-AAATAATA-TAAA
322 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AA
* * * *
380258 TTTATTAATATTCCAAAAAAATAATGCTAATTTATTAATCTTTCTAAAATTAATAAGACATTTAA
1 TTTATTAATATTTC----AAA-AAT--TAA-TAAGTAA-------AAGATT--T---A-A---AA
* ** ** * * * ** *
380323 AATAAATTTGTTTATTGAATTAGTTCAAATA--TATGACTTTTTGAATAATTGTAAACTTCAAAT
42 AATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
380386 TGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAA
107 CGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAA
* * * * * *
380451 ATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT-TTGTTT
172 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTT
* * * * * *
380515 ACTGAACTAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAT
237 ACCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * *
380580 TTGTTTTATCATAAAACAAGCTTTTTTGC-ATTCATACTAGCCTAATT-GGAATAAAATACA-A-
301 TTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTT-CTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATA-ATAC
380641 TGAA
361 T-AA
* * * * * * *
380645 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTACCTAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * * * *
380710 TCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * **
380775 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATCAATTAATATTTC
131 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
380840 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTTG
196 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
380900 ACTATTTGAGCAATTATTTATTTCACATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACGATTGTTT
261 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * **
380965 ATGTTCATACAAGCTTATTCAGGTTAAAATAATACTAA
326 CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
381003 TTTATTAATATTT-AGACAATTGATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTAG
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * *
381067 ATCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
381132 TAAAAAAATTATTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTA
130 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * * * *
381197 T-GAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCT-GTTTGCCAAACAAGTTTAAATAATTT
194 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * ** *
381260 TGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATGATTT
259 TGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** *
381324 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA
323 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** *
381365 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTA-CTGAACA
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACA
* * * * * * * * * * *
381427 ATTTCAAATTGGTATGACTTGTTGTTTTGTCATA-AAATAATTATTTC-TATCG-AACATGCTTA
63 AGTTCAAATAGTTATGAC----T-ATTTG--A-ACAATTATTTATTTCAAATCGTTATA-ACTTT
* * ** * * ** * * **
381489 TTCTAATTAACA-AAATATTAATT-TATTAATATTTCA-ACAA--TTAATAAGTAGTACATTTAA
119 TTGT-TTTGTCATAAA-A-CAATTGT-TT-CTA-TTCATACAAGCTT-ATTTGGAATA-AAAT-A
* * * * * * *
381549 AAAATAA-ATATGT--T-TTTCAAACAAGTTCAACT-AGTCATA-ACTATTTGAATAAT-TATCT
175 ATACTAATTTAT-TAATATTTCAAA-AA-TT-AA-TAAGT-A-AGA-GATTTAAAAAATAAATCT
* * * *** * * * * * **
381607 A-TTT--CAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG--TA-AT-AA-AATAAT-TGTTTCATTTCA-TA
232 AGTTTACCGAA-CA-AGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** *** * * * * *
381662 TAAGCTTATT-TAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTCCA-A-AA-ATTAATGAGAA-A
294 TGACCTT-TTGT--TTTGTCATAAAAC-AATTGT-TT-CTATT-CATACAAGCTTATTCAGAATA
* **
381721 GAGAATTAAAAAAGGAA
352 -A-AA-T--AATACTAA
* * * ** * * * *
381738 TCTTGTTATCGAACATGTTCAAATAGTT-AT--G---ACTATTTGAATAAT-TATCT-ATT-TCA
1 ---T-TTAT-TAATAT-TTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * ** * * ** * * ** *
381794 AATC-ATTGTGACCT--TT-TG--T-TTTATAAAAAACAATTGTTTCAGTTC-ATATAAGCTTAT
59 AA-CAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAA-CTT-T
*** *** * * * *
381851 TTGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCA-A-AA-ATTA-ATGAGAA-AGAGAATTAA
119 TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-TT-CTA-TTCATACAAGCTTATTTG-GAATA-A-AA-TAA
* * * * ** * *
381910 AAGATGAATCTTGTTACCGAACATGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATTTATTTTAA
176 TA-CT-AAT-TTATT----AATAT-TTCAAA-AATTA--A-TAAGT-AA-GA-GATTTA----AA
* * * * * * * ** *
381975 AACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTGGTATGTAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT
222 AA-A-TA--A-ATCTAGTTTAC-C-GAACA-AGTT--CAAAT-AG-TTA--T-GACT---AT--T
* * * * ** ** ***** * *
382040 AGAA-ATTTATTAATATTTAAAAAAATTAAT-A-AGTAAAAATT-T-A-AAAATAAATATATTT-
267 TGAACAATTA-T-CTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTTC
* ** *
382098 T-TTTA-AC-A-C-T-TTCA-AAT-AGTTAAGACT-A
327 TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * ** ****** ***
382126 TTTGAACAATTATCTATTT-TAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTTTGTCATAAACTAATTGTTTC
1 TTT-----ATTA-ATATTTCAAAAAT-TAAT-A--AGTAAAAGATT-T-A-AAA--AA-TAAATC
* * * * * * * *
382190 TGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAA-AG--A-AAATA-AT--ACTAATTTATTAAAATTCCAAAAT-
50 TGTTTATCAAA-C-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AA-TTATT--TATTTC-AAATC
* **** * *** * * **
382246 -TTAATAAGTAAAAG---AGT--TAAAA-AA-TAAATCTATT--TACCAAGC-GAGTTCAAATAG
108 GTT-ATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTGGAATA-
* * * * ** ** ** * *
382300 TTACAACTATTTGAATAA-TTATT--TATTTC-AAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAA
170 --A-AA-TA-AT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAAT-A-AGTAAGAGATT-TAAAAAA
** * * * ** *
382360 GCAAT-T-GTTT------CTA-TTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT-TA
225 TAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCA-AATAG-TTA--TG-ACT-ATTTGA-AC-AA-TTATCT-
* ** * ** * * * *
382415 ATATTCTAAA-AATTAAT-A-AGTTGGAGATT-T-AAAAAATAAATT-TGTTC-A-CCAAACAAG
280 AT-TTC-AAATCATT-ATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAATTGT-TTCTATTCATACAAG
* * * * *
382472 CTCAAATAGTCACGTCCATTTGAACTATTATCTATA
339 CT----TATTCA-G---A-ATAAAATAATA-CTA-A
* ***** ** * * * *
382508 TCAAATTGTTATGATATTT-TGTTTTGTCGTAA--AACAATTGTTTCTATTCATACA-AAAT-TA
1 T----TTATTA--ATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAA-AA--GATT-TA---AAAAATAAATCTG
* * * * * * * * * ** * *
382568 TTCAGAATAAAATAA-TACTAAT--TTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAAGATTTAAAAAC--T
52 TT---TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-AT--TTATTTCAAATCGTT
*** ** * * * ** * **
382628 A-AATCTGCATGTTAAAGT-AGTTCAAATAATTATGATTT-T-TTGA-ACAATTATCTATCTCAA
111 ATAA-CTTTTTGTT-TTGTCA--TAAAACAA-T-TG-TTTCTATTCATACAA-GCT-TATTTGGA
*** * ** * *** ** ** *** ** **
382688 ATCGTTATGATACTTGTTT-TGTAACAAAGCAATTATTTTTGTTCTTACA-AGCTTATTTGGAGT
167 AT-AAAATAATACTAATTTAT-TAATATTTCAA--AAATTAATAAGTA-AGAG---ATTTAAAAA
* * * * *** * * * * * * * * *
382751 A-AAATATTGATAAATTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGA-GATTTAAAAAATAAATGTATTT
224 ATAAATCTAGTTTACCGAACAA-GTTCAAATAGTT-AT--GACTATTTGAACAAT-TATCTATTT
** ** * * * * **
382814 GCTAAATCAGTTCAAAT-A-CTTAAG-ACTAT--TAGAACAATTATGTATTTCAAATCATTATGA
284 -C-AAATCA-TT---ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TG--TTTCTATTCA-TACAA
* * *
382874 CCTT-TTGCTTGTCATAAAATAGTATTTTCAGTTCATACA
338 GCTTATT-C-AG-AATAAAATA--A---T-A---C-TA-A
* * * * * *
382913 TGCTTATTCAA-A-ATAAAATAATACTAATTTGTTACCATTCAAAAAATTAATAAATAACAAATT
1 T--TTATT-AATATTTCAAA-AAT--TAA-----TA--AGT-AAAAGATT--TAAAAAATAAA--
* *
382976 TTACAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
48 -T-C----------TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
* *** * * * * * * *
383041 TAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTGA
101 TCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGG
* * * ** * * * *
383106 AATAAAATAATATTACTTTATTGATACGTAAAAAATTGATATA-TTAG-GATTTAAAAAATACAT
166 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * ** *
383169 C-AAATT---G-----GTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATTGTTAC
230 CTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * **
383225 AAACTTTT-TTTTATTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCACACAAGCCTATTTGGAATAAAATAA
295 GACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
*
383288 TATTAA
358 TACTAA
* * * * * *
383294 TTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAATC-G
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAA-CAA
* * * ** * * *
383357 GTTC------CTAT---T-TTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTCTAT-
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * * *
383411 AGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-
129 A-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * ** * *
383475 TTCTGATAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATATATTTA-TTTGTCGAA-ACAGTTCAAACAA
193 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAG
* * ** * * *
383538 TTAAT-ATTATATGAACAATTATCTATTTGGAATCATTATGAGCATTCGTTTTGTCATAAAACAA
256 TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
383602 CTGTTTC-AGTACATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
320 TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * *** * * * * ** *
383646 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAAGTTACTTAAAAAGTGAATATGTTTATTGAATAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * * * * * *
383711 TCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATATATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
383776 ATAACAATTATATT-TGA-ACATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT
131 AAAACAATTGT-TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
383839 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTAA
194 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * ** * * *
383902 TGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTAT-ATCCTTTTATTTTATCATAAAACAATTA
259 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* *
383966 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAA
323 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
384007 TCTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAG----AGAATT-AAAAA-AAATTTATTTACCTAACCAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * *
384065 TTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTTGTTTTGTC
* * * * *
384130 ATAAAATAAGTT-TTTTTGAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTAATTAA
129 ATAAAACAA-TTGTTTCT--ATTCATACA-AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * ** *
384193 TATTTCAAAAATTAATAAGTATGTGATTTAAAAAATAATTCTA-TTTATCTAACTGGTTCATATA
190 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * *
384257 ATTATGATTGTTTAAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCCTAAAACAA
255 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * **
384322 ATGTTTATGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAA
320 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
384366 TCTATTAATATTTCTAATATT-A-AA--AATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * *
384427 TCAAATAGTTATGATTATTT-AAGCAA-TATTTATTTTAAATCGTTATAA--TTTTGTTCTATTA
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
384488 TAAAACAATTGGTTCTGTTCATACACGCTTATTTAGATTAAGATAATACTAATTTATTAATATTT
130 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
384553 CGACAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAACAAATAT-GTTTACCG---AA---C---TAG--AT
195 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** ** * * *
384604 --CCA-ATGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGTTC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATTTTT
260 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* *
384665 TTTA-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATAATAA
325 TCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAA
* * * * ** * *
384703 TTTAATAATA-TTCTTATAATT-A-AA--AATAGATTT-AAAAA-AAATGGGTTTGTCAAATAAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * * * * *
384761 TTCGAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
384826 TATAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACATT
130 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * *
384890 AAAAAAATTAATGAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
194 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
384954 ATGACTATTTTAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTG
258 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
385018 TTT-TAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAC
323 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** *
385059 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA--ACGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAATCAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCAAA-CAA
* * * * * * * * * *
385121 -TTCAAGTAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
385185 ATAAAACAATTGTTTTTCA-ACAAAGAAGGATT-TTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
129 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-GCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *** * *
385247 ATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTGAAAAAGAAGTCTA-TTTGTTGATCCAGTTCAAATAG
191 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * ** * * * * *
385307 TTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGCTCTATCATAAAATAAT
256 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
385371 TGTTTTTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAACAATAATAA
321 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** *
385414 TTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAACAACTATGAA-ATTT-AAAAATACAT-TCGTTTGCCAAACT
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCAAACA
* * * * * *
385475 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAAAAAATATTTATTTCAAATTGTTATAA--TTTTGTTTTTG
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTG-TTTTG
* * ** * * * * * * *
385538 TCATAAAATAATT-ATTGAAGCTCATAGAAGCTTATTCGGAAGAGAATAAAATTAATTTATTAAT
127 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** **
385602 AATTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTCTA-CCTACAAAATC-AGTTCAAATA
191 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * *
385661 ATTATAACTATTT-ACACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAATCA
255 GTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * ** * *
385725 ATTGTTTTTGTTAATATAAATTTGTTC-GAAATAAAATAATGCTAA
319 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * * ** * * *
385770 TTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTACCAAACCAT
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * *
385834 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * ** ** * * * **
385899 TTAAATAATAGGTTCTATTTACACTATTTTATTTAAAACAAAATAACACAAATTTAAAAATATTT
130 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * ** * * * * * *
385964 TGAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT--TGAACCAA-TACAAATAGTT
195 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTT-TACCGAA-CAAGTTCAAATAGTT
** * * ** *
386026 AAAACTATATAAATGATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATT
258 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * *
386090 GTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCATATTAAAATAATACTAA
322 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
386131 TTTCA-TAATATTT-AAAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-A
1 TTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAA
* * * * * * * * * * ** * *
386190 TTTCAAATGGTTATGACTATTAGAATAATTATATACTTGAAATTGTTTTGACCATTT-TTTAGTT
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * * *** * * *
386254 ATAAAACAATTCTTTCAATTCATACATG-TTATTCAAAATAAATTAATACTAATTGATTAACA-T
129 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
386317 TCAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATTAAATCTA-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
194 TCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * **
386381 ATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAACCATTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTG
258 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
386446 TTTC-AGCTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATATTAA
323 TTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** * *
386487 TTTATGAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATC-A
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAA
* * * * * * * ** * * *
386550 GTT-AAAGTAATTATGGCCATTTGGATAATTATCTATTTCAATTTATTATGACCTTTTATTTTGT
64 GTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGT
* * * *** * *
386614 CATAAAATAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATAT
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
386678 TTTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAAT-TTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATT
193 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
386742 ATGACTAGTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTCA-AATCTTTTTTTTTTGTCATAAAACAAT
258 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * **
386806 TGTTTCTAATCATAGAAGCCTATTC-GGTTAAAAATAATACTAA
321 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAA
* * *
386849 TTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTAAACCA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAA-CA
** * * * * * * *
386908 A-TTCAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA-AACCTTTTGTTTAG
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTT-ATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
386971 TAATAAAA-TATGTGTTTC-ATGTCTTACAAACTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATAAA
127 TCATAAAACAAT-TGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * *
387034 CATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAAT-TTGTTTACC-AATCAAGTTTAAA
190 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTAGTTTACCGAA-CAAGTTCAAA
* * * *
387097 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAC
253 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
*
387162 AATTGTTT-TAATTCATA-AGAGCTTA-TC----------CA-A--AA
318 AATTGTTTCT-ATTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** * *
387194 --TA--AA-A----AAAAATTAATGAGTAGGAG-TTTAAAAATATAAATTTTGTTTA-CTGAACA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAA-TCTGTTTATC-AAACA
* * * * * * * * *
387248 AATTCAGATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGT
** * * *** *
387313 TGTAAAATACTTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATA
128 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * ** *
387377 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTA-TTTGCTGAATTAGTT-AAATAAT
192 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
387440 TATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATCACCTTTTG-TTTGATCATATAACAAT
257 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAAT
* * * *
387504 TGTTTTTGA-TCATATAAGCTTATTC-GAAAAAAAATAATAATAA
321 TGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * * *
387547 TTTATTAGTCTTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAATTGAATCTATTTACCAAACCAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAG
* * * *
387607 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-TTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTATGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
387671 ATAAAACAATTATTTCTATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAACGATACTAATCTAATAATATT
129 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * **
387736 CCATAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAAATA
194 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * *
387800 AGACTATATGAACAATTGTCTAATTCAAATCGTTATTACCTTTTGTCTTGTCATAAAAGAATT-T
259 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
387864 TCTCAATTCATACTAGCTTATTCAGAGTAAAATAA-A-AAA
324 T-TCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
387903 TTTCTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACC
1 --T-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA
* * * * * *
387964 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTTTTACTTTTTGTTTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGT
* * * * ** * *
388029 CATAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATAT
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * **
388093 TTCAAAAATTAATAA-T------TGTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACTAGTTCAAGCAGTT
193 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
388150 ATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTG
258 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** *
388215 TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAA
323 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * ** * *
388256 TTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAACA-TTTTTTAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAA
** * * * * * * *
388319 CATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTTGTC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * * *
388384 ATAAAA-AATTATTTC-AGTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA
129 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA
* * * * * *
388446 -TTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA-TTTATCGAATAAGTTTAAATAA
192 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * **
388509 TTATGGCTATTTGAACAATTATCGATTT-AGAATCACTATAACCTTTGGGTTTGTCATATAATGA
256 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
388573 TT-TTATTTGTTCATATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATGCAAA
320 TTGTT-TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAA
* * *
388617 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAA
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAA
* * * * *
388680 ATTCAAATCA-TTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTC-TTATGACTTTTTGGTTTT
64 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTATAACTTTTT-GTTTT
* * * * * *
388743 GTCATAAAACAATTGTTTCCATCCATACGAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
126 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * *
388808 ATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TTAAA-AAATAT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
191 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * *
388870 TCACGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAA
256 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAA
* ** * *
388934 TTGTTTCAATTCATGTAAGCTTACTTGA-AATAAAACAATACTAA
320 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * **
388978 TTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAATATATCTATTTATTGAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * * * *
389043 TCAAATGGTTATGACTATCTT-AACAATTATCTATTTCAAAACATTA-GACCTTTTGCTTTGTCA
66 TCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * ** *
389106 TAAAACAATTGGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAAT-AAATAATA-TAAATTTATTAATGTT
130 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * ** * *
389169 CCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAACCTA-TTTA-AAAATTAATGTTCCAAAACC
194 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAA-CAA-GTT-C-AAA-T
* * ** * * * * *
389231 AATTGTTTCTATTT-ATACAA-AAT-TA-TTCAGAATAAAATAAT-A-CTAATTTATTACTATTT
254 AGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCA-AAT--CATTATGACCT--TTTGTT--T-TGT
* * * * * *
389290 CA-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTAAAC-TAGTTCA-AAT--AGTTAT
310 CATAAAA-CAAT---TG-TTT-----CT--AT-TC-ATAC-AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAT
*
389350 GACTAT
359 -ACTAA
* *** ** *** * **
389356 TTGAATAATTAATTATCTCCAACCGTTAGGATCTTTGT-TTTG-TCTTAAAACATTTAT-T-TTT
1 TT---T-ATTAA-TAT-TTCAAAAATTA--A--TAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * * *
389417 ATTC-AACAAGCTT-ATTTGGAG-TA-AAATA-TTGCTA-AATTAATAATATTCTAAA-CATTAA
55 A-TCAAACAAG-TTCAAAT--AGTTATGACTATTTG-AACAATTATTTAT-TTC-AAATCGTT-A
* ** ** * * * * *
389475 TAA--GTAAGGATT-T-AAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTA-TT
112 TAACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT-------CTATTC--ATA--CAAGCTTATTT
* * * * * * **** * * ** * *
389535 AGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGACAT-TTTGTTTAGTCATATAA-TAATTGCTTCAA
164 GGAATAA--A-ATAATACTAAT--TTATT-A-ATATTTCAAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTAA
*** * *** * * * * * * ** *
389597 CTCATACATGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAAT--TTATTAAC-AATCAAAAAATTAT-TA
221 AAAATAAAT-C-TAGTTT-ACCGAACA-AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTA
** * ** ** * * * ***
389657 --AGAAA-C-TAGAAAAAATTATG-TTTCTCA-AACAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTGGACA
281 TTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AA---C-AAT-TGTTT--CTATTCATACA
**
389716 A--TTA-TCTA-TTTAAAATTGATATGACCTTACA
337 AGCTTATTC-AGAATAAAA-T-A-AT-A-C-TA-A
*** * * * * *
389747 TTTTATCATAAAATAATTGT-TTTAGTTCATAA--AAATGTATCTGAAATAAAATAATATTACTT
1 -TTTAT--T--AAT-ATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAG-AT-T-TAA-AAAATAA-A-T-CTG
** * * * *
389809 TATTAAT-ATTATA-AAAATC-GATAAGTTA-GA-GATTTAAAACATAAATCAATTTA--TCAAA
52 T-TT-ATCA--A-ACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTT-GAAC---AAT-TATTTATTTCAAA
* * * * * * *
389867 TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGAACTTTTGTTCT
106 TC-GTT---ATAACT-T-----TTTG--T-TTTGTC-A--TAAAACAA-T-TG----TTT-CTAT
* * *** * * * ** * * * **
389932 GTCATA-AAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
148 -TCATACAAGC--TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT---AT-TAATATTTC-AA-AAATTA
* * * * *** *
389995 AT-ATTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATTAAACCAGTTCAAAT
204 ATAAGTAAGAGATT--TAA--A--A-A---A-----TAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* ** *
390058 AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AGCCTTTTGTTTTGTAATAAAAC
254 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
** * * **
390122 AATTAATTATGTTCATACAAGCTTATTGGGAATAAAATAATACTAA
318 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * ** * *
390168 TGCAATAATA-TTCTAAAAAGTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGGCTAGCTAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAC-AA
* * * * * * *
390232 -TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTTATTTCAAA-CTATTATGACCTTTTGTTTTG
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATTTATTTCAAATC-GTTATAACTTTTTGTTTTG
* * * * * * *
390295 TCATAAAATAATTTTTTCGATTCTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAA-AATAAATTTACTAA
127 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * *
390358 TATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATGTTTGCCAAACCAA-TTCAAA
190 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-GTTTACCGAA-CAAGTTCAAA
* * * ** * *
390420 TAATTATGACTATTTGAACCATTATCTGTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTGTGTCACAAAAC
253 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** * * * *
390485 AAATGTTTTTGCTCATATAAGTTTGTTC-GAAATAAAATAATATTAA
318 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * * *
390531 TCTATTTATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTACAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAG
* * * * * * * * * *
390591 CTGAAATAGTTATGAATATTT-AGGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGATCTATT
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
390655 ATAAAGCAATAGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTAG-ATGAATATAATACTAATTTATTAATAT
129 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * * *
390719 TTTGATAACTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACTAA-ATCAAATAGT
193 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATAGT
** * * * * *
390782 CCTGACTATTTGAATAATGATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT
257 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
390847 ATTTC-AGTTCATATAAGGTTATT-TGAAATAAAACAATACT-A
322 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * *
390888 TGCTATTAATATTCCGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAGAAAATGAATCTATTTACCGAACAAG
1 T-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * ** * * *
390953 TTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATTGATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGGTTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * * *
391018 ATAAAATGATTTTTTTCTATTAATACAAGCTTATTTCAAATAACATAATACAAATTTATTACTA-
129 ATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
391082 TT-AAGACAATTAATAAGTAA-ACGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAACAAGCTCAAATC
193 TTCAA-A-AATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * *
391144 GTTATGACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAT
255 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
391208 AATTGTTTCTATCCATGCAAGCTTATT-TGAATTAAAATTATATTAA
318 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAA
* * * * * * * *
391254 TTTATTAATATTTCGACATTTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAA-ATATATGTTTAGCAAACAATT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * * * ** * * * *
391318 TCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATCGTGACGTTTTGTTTTGTAAC
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
* ** * *
391383 AAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATA-TTC
131 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
391447 AAAAAATTAA-AGTGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACAAGTTCAAGTAGTT
196 -AAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
*
391510 ATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGACCTTTTGATTCAAAACATTATGACCT
258 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-----C---A--A-------A-T-----CATTATGACCT
* *
391575 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TATTCATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TA
300 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT-
391637 AA
362 AA
* * * ** * ** *
391639 TTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATCAATTTTTTGAATAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * **
391703 TCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
391768 AAACCATTTGTTTCTACTCAAAAAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
131 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
391832 -AAAATTAATGATTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTA-TTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATG
196 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
391895 ACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATAATCC-TTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTT
261 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * **
391959 TCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
325 TCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * * * * *
391998 TTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTTATCTACCGAACAAG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * * *
392062 TTCAAATAGTCT-TG-TTCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTAAAACATTTTATTTTGT
65 TTCAAATAGT-TATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGT
* ** ** *
392125 CGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAAAAATAATAATACTAATTTATTACA-
128 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAA-AATAATACTAATTTATTA-AT
** * * ** *
392188 ATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATCA--TTATTGAACTAGTTCAAATA
191 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-AGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
392247 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTCTATCCTAAAACAT
255 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
392311 TTAG-TTATGTTCATACAAGCTTATTC-GAAGTAAAATATTGCTAA
320 TT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAA
* ** * * * * ** *
392355 ATTAACAATA-TTCTAAACATTAATAAGT-AAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAAC-CG
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAG
* * * * * ** * * *
392417 -ACTAACAGTTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATGGTTCTGACTTTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
392481 TAAAATAATTGCTTC-AGCTCATATATGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATT
130 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* **
392545 T-AGAAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAA-AAA--T-GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
194 TCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
392603 TTGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTG
258 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
392668 TTT-TAGTTCATAAAAGCTTGTTCAAAATAAAATAATATTAC
323 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * ** **
392709 TTTATTAGTATCACAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-TAATTTATTGAATTAG
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCAAACAAG
* * * * *
392773 TTCAAATAATTATG-GTCATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAAC-TTTTGTTTTGT
65 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA-TAACTTTTTGTTTTGT
* * * ***
392836 CATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
128 CATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
392900 TTTCAAAAATTAATAAAT-GGAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCGAACCAA-TTCAAATA
192 TTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATA
* * ** * **
392962 GGTATGACTATTT-AGACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTAACATAAAACA
255 GTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
393026 ATTATTTCTGTTCAT-TAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAA
319 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * ** *
393070 AGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAA
* * * * * * * *
393134 -TTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTC
* * * * *
393198 ATAAAACAAAAT-TTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTTGAAATAAAATAA-ACAAATTTATTAAT
129 ATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTA-TTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * * * *
393260 ATTTCAAAAAAATTAATTGGTAAGAGGTTTAAAAAAT-GATTTTGTTTGCCAAACTAGTTTAAAT
191 ATTTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
393324 AATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAACA
254 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** * * * * * *
393388 AAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAA
319 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
393433 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGACTTAAAAACTAAATTTGTTTATAAAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* * * * ** * * *
393494 TCCAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTAGGACTTTTTGTTCTATTA
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * * * *
393558 CAAAACAATAGTTTCCGTTCATACATGCTTATTTAGATTTATATAATACTAATTTATCAATATTT
130 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
**** * * * * * * * *
393623 TGGCAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATAT-GTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCAT
195 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* ** *
393687 GACTATTTGAATAATTATAAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATT
260 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
393751 TC-AGCTCATATAAGGTTATTC-GAAATAAAATAATACTAA
325 TCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAA
* * ** * * * * * *
393790 GTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAGGAGATTTTAAAAATGAATTTATTTACCGAACAAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* *
393855 TTAAATAATTAT
66 TCAAATAGTTAT
393867 ATACTACTAT
Statistics
Matches: 11923, Mismatches: 3049, Indels: 2299
0.69 0.18 0.13
Matches are distributed among these distances:
335 33 0.00
336 44 0.00
337 49 0.00
338 96 0.01
339 103 0.01
340 38 0.00
341 154 0.01
342 7 0.00
343 106 0.01
344 22 0.00
345 3 0.00
347 7 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
350 122 0.01
351 142 0.01
352 242 0.02
353 120 0.01
354 474 0.04
355 618 0.05
356 356 0.03
357 863 0.07
358 955 0.08
359 799 0.07
360 594 0.05
361 1507 0.13
362 1183 0.10
363 708 0.06
364 203 0.02
365 205 0.02
366 16 0.00
367 24 0.00
368 26 0.00
369 56 0.00
370 41 0.00
371 41 0.00
372 41 0.00
373 28 0.00
374 28 0.00
375 5 0.00
376 8 0.00
377 37 0.00
378 29 0.00
379 52 0.00
380 33 0.00
381 20 0.00
382 103 0.01
383 149 0.01
384 129 0.01
385 237 0.02
386 88 0.01
387 57 0.00
388 27 0.00
389 28 0.00
390 21 0.00
391 24 0.00
392 42 0.00
393 14 0.00
394 17 0.00
395 33 0.00
396 40 0.00
397 42 0.00
398 28 0.00
399 38 0.00
400 44 0.00
401 50 0.00
402 37 0.00
403 33 0.00
404 12 0.00
405 30 0.00
406 13 0.00
407 21 0.00
408 18 0.00
409 10 0.00
410 8 0.00
411 5 0.00
412 18 0.00
413 20 0.00
414 13 0.00
415 20 0.00
416 14 0.00
417 7 0.00
418 24 0.00
419 12 0.00
420 7 0.00
421 25 0.00
422 10 0.00
423 11 0.00
424 22 0.00
425 15 0.00
426 7 0.00
427 25 0.00
428 11 0.00
429 5 0.00
430 4 0.00
431 5 0.00
432 8 0.00
433 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (363 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
Found at i:378602 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 377389--381445 Score: 2441
Period size: 181 Copynumber: 22.4 Consensus size: 180
377379 ATTCTAACCT
** * * * * *
377389 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTGTTTACCAAACCATT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAT
* * * * * * *
377454 TCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * * *
377519 CAAATAATTAG-TTCTATTCATACTATTTTA-TTGAAATAAAATAATCCAAA
130 AAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* *** * * ** * * * * *
377569 TTTAATAATATTTTGACACTTAATAA-CCA-AG------AAAATAAATATAATTACTGAACCATT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAT
* * * * * * * *
377626 TCAAACAG-TAAGACTATATGAACGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTAAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
377690 AAAACAATTGTTTATGA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAA
130 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * *
377741 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AAT
* * * ** * * * *
377806 TCAAATAATTTTGACTATTTGAGCAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
377870 AAAAAAATTGTTTTTGA-TCTTA-GAGCTTATTTGG-TTAAAATAATACTAA
130 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
377919 TTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTGTGTTTGCTGAACCAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAT
** * * * * * * * * * *
377984 TCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATATATTTAAAATCATTCTGACTTTTTGTTTAGTTAG
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * ** * * *
378049 AAAATATTTGTTTC-ATATCTTACAATCTTATTCAGAATAAAAAAATCCAAA
130 AAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * *
378100 TTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGATCAAT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-
* * * * ** *
378165 TTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAATTTTTTGTCTTGAT-
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TC
* ***
378229 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAGGCTTA-TCCAATATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTATTTGGA-ATAAAATAATACTAA
* * * * * * ***
378282 TTTCTTAATATTTCAAAAACTAATAAGCAGGAG-TTTAAACAATAAAT-TAGTTTATTGAACAAA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAAC-AA
* * * * *
378345 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** *
378410 TAAAACAATTGTTGCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
378462 TTTACTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCAAATCAAT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAT
* * * * * * *
378527 TCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
378592 ATAACAATTGTTTCTTATT-ATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATAGTAA
130 AAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * * *
378643 TTTATT-AT-TCTCTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTA
1 TTTATTAATAT-TC-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-A
* * * * * * * * * *
378706 GTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATATACTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTCTATC
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
378771 ATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * *
378824 TATAAAAATATTTCAAAAATTAATAA-CAGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACTAA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AA
* * ** * *
378888 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTATCTATGTCAAATC---AT----TTTT-TATTTGTC
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTTGTC
* * ** *
378945 ATAAAACAAAAT-TTTCAATTCATACTCGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAA
128 ATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * **
378998 TTTATTCATATT-AAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCCTAACCTGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAT
* * *
379062 TCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTT-TTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *** *
379126 TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAAGAATACTAA
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
379178 TCTATTAATATTTCAAAAA-T--CAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAT
* * * * * * * *
379239 TCAAATAGTTGTGACTGTTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-GTCTTTGTTCTATTA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCA
** * *
379303 TAAAACAATAATTT-TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAA
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** **
379354 TTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATAC-GCTTACTGAACTAG
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACCAAAC-A-
* * * * * *
379418 A-TCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTC
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
379482 AGAAAAAAATCATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTACA
128 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA-A
* * * * * * * * * *** *
379536 -TTATGAATATTCTAAAAATTAGTAATTAAAATATTTAAAAAATGAATATGTTTAATGAATAAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-T
* * * * * * * *
379600 TTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAAAT-GCTATAACCTTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
379664 TAAAATGATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAACACAAA
129 TAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * * * *
379717 TTTATTAATATT-AAAATAATTAATAAGTAAAAAATCTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAG
1 TTTATTAATATTCCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-
** * *
379781 TTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
379846 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AA-ATTAA
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * * * ** *
379896 TTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCTAACAAG
1 TTTATTAATATTCCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-
* * * * *
379960 TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTTGTA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTC
* **
380025 ATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTTCAATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * * * **
380078 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACTTGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AAT
* * * * * **
380143 TCAGATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAAACATTACAACCTTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
380208 AAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTGTTTTGAAT-AAATAATA-TAAA
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AA
*** ** *** * **
380258 TTTATTAATATTCCAAAAA--AATAA-TGCTA-ATTT-ATTAATCTTTCTAAAATTAATAAGACA
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT--ATTTACCAA-ACA
* * * * * * * ** * * *
380318 TTTAAAATAAATTTGTTTATTGAATTAGTTCAA-ATATATGACTT-TTT-GAATAATTGTAAAC-
63 ATTCAAAT--A---G-TTA-TG-ACTATTTGAACA-AT-T-ATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
**** * * * * ** * *
380379 TTCAAATTGT--TATAAC-TTTTTGTTCTA-TCATA-AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTT
117 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGC--TTA--TTTG-GAATA-AA-ATA
* *
380439 ATTCGAAA
174 ATAC-TAA
** * * * * * ** *
380447 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATA-ACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTT
1 TTTATTAATA-T--TCCAA-AA-ATT--AATAAGTAAGAGA-T---TTAA--AAA--ATAAATCT
* ** * * * * * *
380511 GTTTACTGAACTAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
51 ATTTACCAAAC-AATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
380576 CCATTTGTTTTATCATAAAACAAGCTTTTTTGC-ATTCATACTAGCCTAATTGGAATAAAATACA
114 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA-A
380640 -A-TGAA
175 TACT-AA
* * * * * * *
380645 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTACCTAACCAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAAT
* * * * *
380710 TCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
380775 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAA
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
** * *
380826 TCAATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-T
* * * * * *
380887 TCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCACATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
380952 AAAACGATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGG-TTAAAATAATACTAA
130 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
381003 TTTATTAATATT-TAGACAATTGATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTAG
1 TTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-A-
* * * *
381067 A-TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTC
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
381131 ATAAAAAAATTATTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
128 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* *** * * * * *
381184 GTTATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGCCAAACAAGT
1 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA-T
* * * * * ** * *
381249 TTAAATAATTTTGACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCA
65 TCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * *
381313 TAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA
129 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
* * **
381365 TTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTACTTACTGAACAA
1 TTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
* *
381428 TTTCAAATTGGTATGACT
64 -TTCAAATAGTTATGACT
381446 TGTTGTTTTG
Statistics
Matches: 2983, Mismatches: 721, Indels: 345
0.74 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 65 0.02
172 63 0.02
173 73 0.02
174 59 0.02
175 10 0.00
176 60 0.02
177 236 0.08
178 119 0.04
179 160 0.05
180 455 0.15
181 1014 0.34
182 393 0.13
183 63 0.02
184 35 0.01
185 21 0.01
186 7 0.00
187 4 0.00
188 5 0.00
189 9 0.00
190 1 0.00
191 9 0.00
192 5 0.00
193 5 0.00
194 3 0.00
195 3 0.00
197 3 0.00
198 17 0.01
199 22 0.01
200 13 0.00
201 4 0.00
202 8 0.00
204 7 0.00
205 12 0.00
206 15 0.01
208 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
Found at i:378730 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 378702--378755 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
378692 TGTTTACCGA
*
378702 ACTAGTTTAAATAGTTAT
1 ACTACTTTAAATAGTTAT
*
378720 GACTA-TTTAAATAATTAT
1 -ACTACTTTAAATAGTTAT
*
378738 A-TACTTCAAATAGTTAT
1 ACTACTTTAAATAGTTAT
378755 A
1 A
378756 ACCTTTTGTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 4
0.82 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 2 0.06
17 13 0.42
18 12 0.39
19 4 0.13
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
ACTACTTTAAATAGTTAT
Found at i:380236 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 377389--381412 Score: 2944
Period size: 362 Copynumber: 11.1 Consensus size: 361
377379 ATTCTAACCT
* * * * * * * *
377389 TTTATTAATATTTAAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA-ACTGTTTACCAAACCAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTATCTAACAAG
* * * * * *
377453 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAATTCATTATAACCTTTTATTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * * *
377518 TCAAATAATTAG-TTCTA-TTCATACT-ATTTTA-TTGAAATAAAATAATCCAAATTTAATAATA
130 TAAAACAATT-GTTTC-AGTTCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** * * * * * *
377579 TTTTGACACTTAATAA-CCA-AG------AAAATAAATATAATTACTGAACCATTTCAAACAG-T
192 -TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
377635 AAGACTATATGAACGATTATCTATTCCAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATTG
256 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
377700 TTTATGA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-TCTAA
321 TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAT-TAA
* * * * *
377741 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAACAAGT
* * * ** * * *
377806 TCAAATAATTTTGACTATTTGAGCAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * *
377870 AAAAAAATTGTTTTTGATC-T-TAGAGCTTATTTGG-TTAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
131 AAAACAATTGTTTCAGTTCATATA-AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * * * **
377932 CAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTGTGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAA
194 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * * *
377997 ACTATTAGAATAATTATATATTTAAAATCATTCTGACTTTTTGTTTAGTTAGAAAATATTTGTTT
259 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ***
378062 C-ATATCTTACAATCTTATTCAGAATAAAAAAATCCAAA
324 CTAT-TCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
* * * * * * *
378100 TTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGGAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGATCAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCTAACAAG
* * * ** *
378165 TTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAATTTTTTGTCTTGAT-
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TC
* *** *
378229 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAGGCTTA-TCCAATATAAAATAATACTAATTTCTTAATA
129 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAA-GCTTATTTGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** *
378292 TTTCAAAAACTAATAAGCAGGAG-TTTAAACAATAAAT-TAGTTTATTGAACAAATTCAAATAGT
192 TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * *
378355 TATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATT
255 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * **
378420 GTTGCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAA
320 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
* * * ** * ** * * *
378462 TTTACTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAACCTATTTACCAAATCAA-
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAA-CAAG
* * * * * * * *
378526 TTCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
378591 TATAACAATTGTTTCTTA-TT-ATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATAGTAATTTATTATTCT
130 TAAAACAATTGTTTC--AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
378654 CTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTA
193 -TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
378719 TGACTATTTAAATAATTATATACTTCAAAT-AGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTA
257 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
378783 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAA
321 TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
* ** * * * *
378824 TATAAAAATATTTCAAAAATTAATAA-CAGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCT-AAC-A
* * ** * * *
378887 A-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACCGTTATCTATGTCAAATCA-T-T----TTTT-ATTTGT
63 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
378944 CATAAAACAAAAT-TTTCAATTCATACT-CGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTCA
128 CATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * ** *
379006 TATTAAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTTCCTAACCTGTTCAAATAAT
190 TATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * ** *
379071 TATGATTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT
255 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * ** * *
379136 GTTTTTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAAGAATACTAA
320 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
* * * * * *
379178 TCTATTAATATTTCAAAAATCAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAACAAGT
* * * ** * * * *
379239 TCAAATAGTTGTGACTGTTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-GTCTTTGTTCTATTA
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCA
** * * * *
379303 TAAAACAATAATTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACCAATTTATTAATATTT
130 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * * * * *
379367 CAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATAC-GCTTACTGAACTAGATCAAATAATCAT
195 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * **
379431 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCAGAAAAAAATCATT
258 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
379496 TC-AGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTACA
323 TCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTA-A
* * * * * * *
379536 -TTATGAATA-TTCTAAAAATTAGTAATTAAAATATTTAAAAAATGAATATGTTTAAT-GAATAA
1 TTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCTAACAA
* * * * * * *
379598 GTTTAAATAATTAGGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAA--ATGCTATAACCTTTTGTTTTG
64 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT--TATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
379661 TCATAAAATGATTTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAACACAAATTTATTAA
127 TCATAAAA-CAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * **
379725 TATTAAAATAATTAATAAGTAAAAAATCTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATCT
190 TATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * **
379790 TTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
254 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * *
379855 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA-AA-ATTAA
319 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
*
379896 TTTATTAATATTTCAACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCTAACAAG
1 TTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAACAAG
* * * *
379960 TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTTGTA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTC
**
380025 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
129 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** *
380090 CTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAAACTTGTTCAGATAGTTAT
194 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** *
380155 GACTATTTAAACAATTATATATTTCAAAACATTACAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT
258 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** *
380220 TCTATTCATGCAAGCTTGTTTTGAAT-AAATAATATAAA
323 TCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
* * * *
380258 TTTATTAATATTCCAAAAAAATAATGCTAATTTATTAATCTTTCTAAAATTAATAAGACATTTAA
1 TTTATTAATATTTC----AAA-AAT--TAA-TAAGTAA-------AAGATT--T---A-A---AA
* ** * * * ** *
380323 AATAAATTTGTTTAT-TGAATTAGTTCAAATA--TATGACTTTTTGAATAATTGTAAACTTCAAA
42 AATAAATATGTTTATCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA
** * * * * * ** * * * *
380385 TTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAA
106 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAA
* * * * * * *
380450 AATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTT
171 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * * *
380515 ACTGAACTAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAT
235 ACCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
380580 TTGTTTTATCATAAAACAAGCTTTTTTGC-ATTCATACTAGCCTAATT-GGAATAAAATACA-AT
299 TTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTT-CTATTCATACAAG-CTTATTCGGAATAAAATA-ATAT
*
380642 GAA
359 TAA
* * * * *
380645 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTACCTAACCAGT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAACAAGT
* * * * **
380710 TCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
66 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* ** * * * **
380775 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATCAATTAATATTTC
131 AAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * *
380840 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGA
195 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
380901 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCACATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACGATTGTTTA
260 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
380966 TGTTCATACAAGCTTATTCAGG-TTAAAATAATACTAA
325 TATTCATACAAGCTTATTC-GGAATAAAATAATATTAA
* * * * * * *
381003 TTTATTAATATTT-AGACAATTGATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTAG
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAACAAG
* * * * * *
381067 ATCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
381132 TAAAAAAATTATTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTA
130 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * * * * *
381197 TGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTGCCAAACAAGTTTAAATAATTTTG
194 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** *
381262 ACTATTTTG-ACAATTATCTATTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATGATTTTT
259 ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** **
381326 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAA
323 TCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
381365 TTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 TTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
381413 CTACTTACTG
Statistics
Matches: 2896, Mismatches: 634, Indels: 274
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
348 1 0.00
349 3 0.00
350 93 0.03
351 29 0.01
352 103 0.04
353 1 0.00
354 163 0.06
355 47 0.02
356 53 0.02
357 171 0.06
358 215 0.07
359 115 0.04
360 123 0.04
361 545 0.19
362 571 0.20
363 242 0.08
364 2 0.00
365 105 0.04
366 5 0.00
367 1 0.00
369 3 0.00
370 6 0.00
372 4 0.00
377 5 0.00
379 6 0.00
380 3 0.00
382 4 0.00
383 115 0.04
384 89 0.03
385 1 0.00
386 44 0.02
387 27 0.01
388 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATTAA
Found at i:381125 original size:358 final size:351
Alignment explanation
Indices: 380379--381412 Score: 1065
Period size: 358 Copynumber: 2.9 Consensus size: 351
380369 AATTGTAAAC
* * * * * * *
380379 TTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCG
1 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTTGTTCATATAAGTTTATTTG
* *
380444 AAATAAAATAATACTAATCTAA-TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAA
65 AAATAAAATAATACTAATC-AATTAATATTTCAAAAA-T--TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
380508 TTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATATTTAAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
126 TCTGTTTAC-AAACAAGTTCAAATATTT--TGACTATTTG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
380573 TGACCATTTGTTTTATCATAAAACAAGCTTTTTTGCATTCATACTAGCCTAATTGGAATAAAATA
187 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC--GATTTTTTG--TTCATACAAG-CTTATTGG-ATAAAATA
* * * *
380638 CA-A-TGAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTATGTTTA
246 -ATACT-AATTTATTAATATTT-AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * *
380700 CCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTAT
308 CCGAACCAGATCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* *
380744 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTTGTTCATATAAGTTTATTTG
* * *
380809 GAATAAAATAATATTAATCAATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
65 AAATAAAATAATACTAATCAATTAATATTTCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
380873 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCACATCATTATGACT
130 TTTA-CAAACAAGTTCAAATA-TTTTGACTATTTGA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * *
380938 TTTTGTTTTGTTATAAAACGATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTCAGGTTAAAATAATACTAA
192 TTTTGTTTTATCATAAAACGATT-TTT-TGTTCATACAAGCTTATT--GGATAAAATAATACTAA
* * * *
381003 TTTATTAATATTTAGACAATTGATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTAAATATGTTTACCGAACTAGA
253 TTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGA
* * *
381068 TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTAT
318 TCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * ** * *
381102 TTTAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-AAATTATTTCAATTCAAATAAGCTTATTT
1 TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-TGTTCATATAAGTTTATTT
* * * * * *
381166 GAAATAAAATAATACTAAGT-TATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGA
64 GAAATAAAATAATACTAA-TCAATTAATATT-TCAAAA--ATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
381230 ATCTGTTTGCCAAACAAGTTTAAATAATTTTGACTATTTTGACAATTATCTATTTGAAATCACTA
125 ATCTGTTT-ACAAACAAGTTCAAAT-ATTTTGACTA-TTTGACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
381295 TAACCTTTTGTTTTATCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT
187 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACGA-TTTTT-TGTTCATACAAGCTTA--TTGGATAAAATAAT
* *
381360 ACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
248 ACTAATTTATTAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
381413 CTACTTACTG
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 81, Indels: 51
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 14 0.02
358 174 0.31
359 13 0.02
360 51 0.09
361 42 0.07
362 170 0.30
363 8 0.01
364 5 0.01
365 86 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATCAATTAATATTTCAAAAATTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
TTACAAACAAGTTCAAATATTTTGACTATTTGACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
GTTTTATCATAAAACGATTTTTTGTTCATACAAGCTTATTGGATAAAATAATACTAATTTATTAA
TATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGATCAAATAA
TTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
Found at i:381732 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 381439--387187 Score: 3478
Period size: 181 Copynumber: 32.3 Consensus size: 181
381429 TTCAAATTGG
* * * * *
381439 TATGA-CTTGTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-TATCGA-ACATGCTTATTCT-AATTAAC
1 TATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTC-ATACAAGCTTATT-TGAAATAA-
* * * * *
381500 AA-AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG-TAGTACATTTAAAAAATAAATATGTT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
381563 TTTCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
126 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
381619 TGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCATTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * **
381684 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-TGTTATC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATC
* * *
381748 GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
381800 TGTGACCTTTTGTTTTAT-AAAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
381864 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGAAAGAGAATTAAAAGATGAATCT-TGTTACC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTATC
* * * * * * *
381928 GAACATGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATTTATTTTAAAACAT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
381980 TATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACATTTG-GT-A--T-GT--AAGCTTATTTCG-AATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAAT
** * * * *
382037 AATAGAAATTTATTAATATTTAAAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTT-AAAAATAAATATATTTT
65 AATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** ** * * **
382099 TTTAACACTTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGT
128 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * ** *
382153 TATGACCTTTTTTTTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTC-TGTTCATAAAAGCTTATTCAAAAGAA
1 TATGACC--TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * *
382216 AATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAATTTAATAAGTAAA-AGAGTTAAAAAATAAATCTATT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * ** * * **
382280 TACCAAGCGAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGT
126 TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
382336 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC-TATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
*** * * *
382400 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCAC
65 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * * **
382464 CAAACAAGCTCAAATAGTCACGTCCATTTGAACTATTATCTATATCAAATTGT
129 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * ** *
382517 TATGATATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAAATTA-TTCAGAATAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * ** *
382580 TAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAAT----AA-AGATTTAAAAACTAAATCTGCATGT
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* ** * * * * *
382640 TAAAGTAGTTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGT
129 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * *
382693 TATGA--TACTTGTTTTGTAACAAAGCAATTATTT-TTGTTCTTACAAGCTTATTTGGAGTAAAA
1 TATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
382755 TATTGA-TAAATTAATAATA-TTCAAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTT
64 TAAT-ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * *
382814 -GCTAAATC-AGTTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATTATGTATTTCAAATCAT
127 ATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * **
382869 TATGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* ** * * * *
382932 AATACTAATTTGTTACCA-TTCAAAAAATTAATAA-ATAACAAATTTTACAAAATAAATTTGTTT
65 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGA-AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * *
382995 ATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAA
127 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
383050 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * ** * * **
383115 ATATTACTTTATTGATACGTAAAAAATTGATATA-TTAG-GATTTAAAAAAT--A-C-----ATC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
*** * * * **
383170 AAATTGGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATTGT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * * *
383222 TACAAACTTTT-TTTTATTCATAAAACAATTGTTT--TTCATCACACAAGCCTATTTGGAATAAA
1 TATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCATT--TCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * *
383284 ATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * *
383349 -CTAAATC-GGTTC------CTAT---T-TTTGAACAATTATCTATTTTAAATTAT
128 TC-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
383393 TATAACCTTTTGTTCTAT-AGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * *
383457 AATACTAATTTAATAATA-TTCTGATAATTAATAACTAAA-AGATTTAAAAAATATATTTATTTG
65 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * **
383520 TCGAAAC-AGTTCAAACAATTAAT-ATTATATGAACAATTATCTATTTGGAATCAT
128 TC-AAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * **
383574 TATGAGCATTCGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAGTACATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * * * *
383639 ATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAA-ATAAGTTACTTAAAAAGTGAATATGTTTATT
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * * * * * **
383703 GAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATATATTTCAAATTGT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * *
383755 TATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAA-T-TAT-ATTTGAACATTCAAGCTTATTT-AGAATAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTT---CATACAAGCTTATTTGA-AATAA
* *
383816 AATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * ** * **
383880 ACCAAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGT
127 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
383935 TAT-ATCCTTTTATTTTATCATAAAACAATTATTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
1 TATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
383998 TAATACTAATCTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--AGA-A-TT-AAAAA-AAATTTATTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * **
384056 CCTAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
128 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
384110 TATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCATA-ATAGCTTATTTGGAATAA
1 TATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCATTTCATACA-AGCTTATTTGAAATAA
* * * * * * * *
384174 AATAAAACAAATTAATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATGTGATTTAAAAAATAATTCTATTT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * * * * *
384239 ATCTAACTGGTTCATATAATTATGATTGTTTAAACAGTTATCTATTTCAAATCAT
127 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
384294 TATGACCTTTAGTTTTGTCCTAAAACAAATGTTT-ATGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
384358 AATACTAATCTATTAATATTTC--TAA-TATTAA-AAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * *
384419 AAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTT-AAGCAA-TATTTATTTTAAATCGT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
384470 TAT-A-ATTTTGTTCTATTATAAAACAATTGGTTC-TGTTCATACACGCTTATTT-AGATTAAGA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * * *
384531 TAATACTAATTTATTAATATTTCGACAATTGATAAGTAA-A-ATTTAAAAAACAAATATGTTTA-
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * **
384593 C---C--G---AACTAG--AT--CCA-ATGAACAAATATCAATCTCAAATCGC
129 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * * *
384633 TATGTTC-TTTGTTTTCTCATAAAATAATT-TTT-TTTATCATACAAGCTTATTCG-AATAAAAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAA
* * ** * ** *
384694 TAATAATAATTTAATAATA-TTC--TTA-TAATTAA-AAATAGATTT-AAAAA-AAATGGGTTTG
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
384752 TCAAATAAGTTCGAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
128 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
384806 TTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * * *
384871 ATACTAATTTATTGACATTAAAAAAATTAATGAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC
* * *
384936 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCTATTTAAAATCAT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ** * ***
384988 TATGACC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
385052 ATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A-AACGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATC
* * * * * * *
385114 AAATCAA-TTCAAGTAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCAT
130 AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *** *
385166 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT--TTTCA-ACAAAGAAGGATTTTCTAAATAA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATAC-AAG-CTTA-TTT-GAAATAA
* * * *
385227 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---AAA-AGATTTGAAAAAGAAGTCTATTT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * * * **
385288 GTTGATCCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGT
127 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
385343 TATAACC-TTTGCTCTATCATAAAATAATTGTTT-TTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAC
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * ** * * * *
385406 AATAATAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAACAACTATGAAATTT-AAAAATACAT-TCGTTTG
65 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTA
* * * * * * * * **
385468 CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAAAAAATATTTATTTCAAATTGT
128 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ** ** * * * * *
385522 TAT-A-ATTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTATTGAAGCTCATAGAAGCTTATTCGGAAGAGAAT
1 TATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * ***
385585 AAAATTAATTTATTAATAATTCAAAAATT--T-A-TAAGAGATTTAGAAAATAATTCTACCTA-C
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* *
385645 AAA-ATCAGTTCAAATAATTATAACTATTT-ACACAATTATCTATTTCAAATCAT
130 AAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * ** * *
385698 TATTACTTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTT-TTGTTAATATAAATTTGTTCGAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * ** *
385762 AATGCTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTAC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * *
385826 CAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
129 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * ** * *
385879 TATAACCTTTTATTTTGTCATTAAATAATAGGTTCTATTT-ACACTATTTTATTTAAAACAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * ** ** * ** * * * *
385943 AACACAAATTTAAAAATATTTTGAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-TA
* * * ** * * **
386007 TGAACCAA-TACAAATAGTTAAAACTATATAAATGATTATCTATTTCAAATTC-T
128 TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCAT
* ** * * *
386060 TATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTT-GTACAAGCTTA-TTCATATTAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * *
386123 AATACTAATTTCA-TAATATTT-AAAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
65 AATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * * * **
386183 CGAATC-ATTTCAAATGGTTATGACTATTAGAATAATTATATACTTGAAATTGT
129 C-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * ** *
386236 TTTGACCATTT-TTTAGTTATAAAACAATTCTTTCAATTCATACATG-TTATTCAAAATAAATTA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
386299 ATACTAATTGATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTACC
66 ATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * * *
386363 GAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAACCAT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** ** * ** *
386415 TATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATA
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * ** * * * *
386480 ATATTAATTTATGAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
66 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
* * * * * * *
386545 AATC-AGTT-AAAGTAATTATGGCCATTTGGATAATTATCTATTTCAATTTAT
131 AA-CAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * **
386596 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTT-TTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * * * *
386659 AATGCTAATTGATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAATTTGTTTACC
65 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * *
386724 AAACCAGTTCAAATAATTATGACTAGTTGAACAATTATCAATCTCAAATCAT
130 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * **
386776 TCA-AATCTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TAATCATAGAAGCCTATTCG-GTTAAA
1 T-ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AA
* *
386838 AATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
62 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* ** * * *
386898 T-GCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
126 TATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
386954 TCA-AACCTTTTGTTTAGTAATAAAA-TATGTGTTTCATGTCTTACAAACTTATTCGAAATAAAA
1 T-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * ** *
387017 TAATCCAAATTTATAAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAA-AGATTTGAAAAAATAAATTTGTTT
64 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
387081 ACCAATCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATAAAATCAT
127 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * *
387136 TATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTAATTCATA-AGAGCTTAT
1 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACA-AGCTTAT
387188 CCAAAATAAA
Statistics
Matches: 4316, Mismatches: 998, Indels: 508
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 12 0.00
160 11 0.00
161 4 0.00
162 10 0.00
163 55 0.01
164 18 0.00
165 3 0.00
167 5 0.00
168 4 0.00
170 7 0.00
171 125 0.03
172 131 0.03
173 94 0.02
174 134 0.03
175 262 0.06
176 447 0.10
177 256 0.06
178 230 0.05
179 295 0.07
180 544 0.13
181 1183 0.27
182 333 0.08
183 96 0.02
184 57 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
Done.