Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168115.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_36, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 5 of 5
Found at i:381761 original size:326 final size:326
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Indices: 381112--381776 Score: 740
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381102 TTTAAATCGT
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1 TATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *
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65 ATACTAAGTTATTAATATTATCAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCA
* ** * *
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* * * **
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195 TTATAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTA
* * *
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260 ATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAGAAATCTACTTACTGAACAATTTCAAATA
381437 GG
325 GG
* * * * *
381439 TATGACTTGTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TCGAACATGCTTATTCT-AATTAACAA
1 TATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCAAACAAGCTTATT-TGAAATAA-AA
* * ** *
381502 -AATATTAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAGTACATTTAAAAAATAAATATGTTTT
63 TAATACTAAGTTATTAATATTATCAA-AATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATGTTTG
* * * * * * *
381565 TCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTA-TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTT
127 CCAAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTTG-ACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTT
* * *
381629 TGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATT
191 TGTTTTATAATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATT
* * **
381693 TATTAATATTCCAA-A-AATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAAAGGAATCTTGTTA-TCGAAC-A
255 TATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAA-AGAATTAAAAAAGAAATCTACTTACT-GAACAA
*
381753 TGTTCAAATAGT
316 T-TTCAAATAGG
381765 TATGACTATTTG
1 TATGACT-TTTG
381777 AATAATTATC
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 44, Indels: 25
0.80 0.13 0.07
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326 229 0.81
327 37 0.13
328 2 0.01
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Consensus pattern (326 bp):
TATGACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
TACTAAGTTATTAATATTATCAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAA
ACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTTGACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTT
TATAATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAA
TATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAGAAATCTACTTACTGAACAATTTCAAATAG
G
Found at i:382232 original size:356 final size:361
Alignment explanation
Indices: 381427--387198 Score: 1951
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381417 TTACTGAACA
* * * * * * *
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1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTC-ATAAAAGCTTA
* * * * ** * *
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64 TTCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAA
* * ** * * * * * * * * * *
381553 TAAATATGTTTTTCAAACAAGTTCAACTAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 TAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAACA
* * * * * * *
381618 TTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-ATTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAA
193 TTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * ** *
381682 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG--AAAGAGAATTAAAAAAGGAATCT-TGT
256 TAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATATAT-T
* * * * * *
381744 TATCGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
318 CACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * * *
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1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATT
** * * *
381852 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAG-AAAGAGAATTAAAAGATG
66 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-AGAATTAAAAAATA
** *
381916 AATCT-TGTTACCGAA-C-ATGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATTTATTTTAAAAC
130 AATCTAT-TTACC-AAGCGA-GTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAAC
* *
381978 ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAAC-A-T-TTGGTA-T-GT-AAGCTTATTTCG-AATAAAA
192 ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTATTCATAAAGCTTATTT-GAAATAAAA
* *
382036 TAATAGAAATTTATTAATATT-TAAAAAAATTAATAAG-TAAAAATTT-AAAAATAAATATATTT
256 TAATACAAATTTATTAATATTCT--AAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTC
**** **
382098 TTTTAACACTTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
319 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* *
382141 ATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA
1 ATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTTGTTTTGTCATAAAC-AATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA
* * * * *
382206 TTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAAT
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAT
* * * ***
382271 AAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGT
129 AAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAACAT
* * * * *
382336 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTGAAATAAAATA
194 TATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTATTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* ** * * *
382401 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACCA
258 ATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTCACCA
* * * * * *
382466 AACAAGCTCAAATAGTCACGTCCATTTGAACTATTATCT
323 AACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
382505 ATATCAAATTGTTATGA--TATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATT
1 ATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTT
* * * *
382567 ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAAAAA-T--TAA-T-AAAGATTTAAAAAC
63 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAA
* ** * * * * *
382627 TAAATCTGCATGTTA--AAG-TAGTTCAAATAATTATGATTTTTTGAACAATTATCTATCTCAAA
128 TAAATCT--AT-TTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * * * * ** * * * *
382689 TCGTTATGATA-CTTGTTTTGTAACAAAGCAATTATTTTTGTTCTTACAAGCTTATTTGGAGTAA
190 ACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * *
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254 AATAAT-ACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATT
** * * * *
382813 TGCTAAATC-AGTTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATTATGT
318 CACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * *
382857 ATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG-CTTGTCATAAA-ATAGTAT-TTTCAGTTCATACATGCTT
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAACA-A-T-TGTTTCTGTTCATAAAAGCTT
* ** * * *
382918 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTGTTACCA-TTCAAAAAATTAATAAATAACAA-ATTTTACA
63 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA-ATTAAA
* * * * * * * ** * *
382981 AAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA
125 AAATAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAA
* * * * * * *
383045 ATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCTGAAATA
190 A-CATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTATTCAT-AAAGCTTATTTGAAATA
** * * * **
383110 AAATAATATTACTTTATTGATA--CGTAAAAAATTGATATA-TT-AGGATTT----AA-AAA-AT
253 AAATAATACAAATTTATTAATATTC-T-AAAAATTAATA-AGTTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
* *** * * * *
383165 A--CATCAAATTGGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATAATCT
315 ATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
** * * ** * * *
383210 ATTTCAAATTGTTACAAACTTTTT-TTTAT-TCATAAAACAATTGTTTTTCATCACACAAGCCTA
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTT-TGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA
*** * * * * **
383273 TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGGTTTAAAAAAT
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAT
* * * * * **
383338 AAATCTATTTACTAAATCG-GTTC--CT-ATT-----T-T-TGAACAATTATCTATTTTAAATTA
129 AAATCTATTTAC-CAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAACA
* * * * * * * *
383392 TTATAACCTTTTGTTCTAT-AGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAA
193 TTATGACATTTTGTTTTCTCA-TAAAACAATTGTTGCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * * *
383456 TAATACTAATTTAATAATATTCTGATAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATATATTTATTTG
256 TAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATA-TTC
* * * * * * *
383520 TCGAAAC-AGTTCAAACAATTAATATTATATGAACAATTATCT
319 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
** ** * * * * * * *
383562 ATTTGGAATCATTATGAGC-ATTCGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTCAGTACATAGAAGCTTAT
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAT
* * * *** * * *
383626 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAAGTTACTTAAAAAGTG
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATA
* * ** ** *** * * * * ***
383691 AATATGTTTATTGAA-TAAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATATATTTCAAATTGT
130 AATCTATTTA-CCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAACAT
* * * * * * * *
383755 TATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTATAT-TTGA-ACATTCAAGCTTATTT-AGAATAAA
194 TATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGT-TGCT-ATTCA-TAAAGCTTATTTGA-AATAAA
* * * * *
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255 ATAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATT
* * * **
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* * * * * *
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1 ATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA
* * *
383986 TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAG----AGAATT-AAAAA
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAA
* * * * * *
384045 -AAATTTATTTACCTAA-CCAGTTCAAATATTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAT
128 TAAATCTATTTACC-AAGCGAGTTCAAATAATTACA-ACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAA
** * * * * * *
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191 CATTATGA-CATTTTGTTTTCTCATAAAACAA---TTGTTGCTATTCATAA-AGCTTATTTGAAA
* * *** * *
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251 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTA-AAAATTTAAAAAATAAATA
* * * ** * * * * * * *
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314 TATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * * * * *
384282 ATTTCAAATCATTATGACC-TTTAGTTTTGTCCTAAAACAAATGTTTATGTTCATATAAGTTTGT
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAT
*** * * * * *
384346 TTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCTAATATT-A-AA--AATAGATTTAAAAAATA
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATA
* * * * ** * * * * *
384407 AATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGATTAT-TTAAGCAA-TATTTATTTTAAATCGT
130 AATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAA-CAATTATTTATTTCAAAACAT
* * * * * * *
384470 TAT-A-ATTTTGTTCTATTATAAAACAATTGGTT-CTGTTCATACACGCTTATTT-AGATTAAGA
194 TATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATT-GTTGCTATTCATA-AAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * * * *
384531 TAATACTAATTTATTAATATT-TCGACAATTGATAAG-T-AAAATTTAAAAAACAAATATGTTTA
256 TAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTCA
* * * * *
384593 CCGAACTAGATCCAAT-G---A-AC-------A-AA-TATCA
320 CCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
384621 ATCTCAAATCGCTATG---TTCTTTGTTTTCTCATAAAATAATT-TTT-TTTATCATACAAGCTT
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTT-TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGT-TCATAAAAGCTT
* * * * * * *
384681 ATTC-GAATAAAAATAATAATAATTTAATAATA-TTCTTATAATT-A-AA--AATAG-ATTTAAA
63 ATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAA
*** ** *** * * * *
384739 AA-AAATGGGTTTGTCAAATAAGTTCGAATAGTTA-AGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAA
126 AATAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACA-ACTATCT-GAACAATTATTTATTTCAA
* * * * ** * * * * *
384801 ATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT
189 AACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAAT
* * * ** * * * * *
384865 AAAATAATACTAATTTATTGACATTAAAAAAATTAATGAG-CATGAGATTTGAAAAAATAAATCT
252 AAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTA-AAAATTT-AAAAAATAAATAT
* * * * *
384929 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCT
315 ATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * *
384976 ATTTAAAATCATTATGACC--ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTA
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTA
* * * ** *
385038 TCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA--ACGAGATTTAAAAAAT
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAT
* * * *** * * * * * * *
385101 AAAT-TAGTTTACCAAATC-AATTCAAGTAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATC
129 AAATCTA-TTTACC-AAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAAC
* * * * *** *
385164 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT--T-TTCAACAAAGAAGGATTTTCTAAATA
192 ATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTATTC-ATAAAG-CTTA-TTT-GAAATA
* * * * * *
385226 AAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-A---AAAGATTTGAAAAAGAAGTCTAT
253 AAATAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATAT
***** * * * * *
385286 TTGTTGATCCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCC
317 TCACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * *
385331 ATTTCAAATTGTTATAACC--TTTGCTCTATCATAAAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAT
* * * * * * * ** *
385394 TCGAAATAAAACAATAATAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAACAACTATGA-AATTTAAAAAT
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAT
* * * * * * * * * * **
385457 ACAT-TCGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATAAAAAAATATTTATTTCAAATT
129 AAATCT-ATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACA-ACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAAC
* * * * * * * * * *
385520 GTTAT-A-ATTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTATTG-AAGCTCATAGAAGCTTATTCGGAAGAG
192 ATTATGACATTTTG-TTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAATAA
* ** * * * * * *
385582 AATAAAATTAATTTATTAATAATTC-AAAAATTTATAAG----AGATTTAGAAAATAATTCTA-C
254 AATAATACAAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATT
* *
385641 CTACAAAATC-AGTTCAAATAATTATA-ACTATTT-ACACAATTATCT
318 C-ACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGA-ACAATTATCT
** * * * * *
385686 ATTTCAAATCATTATTA-CTTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTAATATAAA-TTTG
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTA
* * * * * *
385749 TTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAG
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAA
* * * * * *** * * * *
385813 TAAATCTACTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
128 TAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAACA
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385878 TTATAACCTTTTATTTTGTCATTAAATAATAGGTT-CTATTTACACTATTTTATTTAAAACAAAA
193 TTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAAT-TGTTGCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** * * * ** * * *
385942 TAACACAAATTTAAAAATATTTTGAAACTTAATAA-CCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTG
256 TAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATAT-ATTC
*** * * * * * **
386006 TTGAACCAA-TACAAATAGTTAAAACTATATAAATGATTATCT
319 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** *
386048 ATTTCAAATTCTTATGACC-TTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTAT
1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTAT
* * * * *
386111 TCATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTT-AAAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
65 TCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAT
* * * * ** ** * * * * **
386171 AAATTTGTTTACCGAATC-ATTTCAAATGGTTATGACTAT-TAGAATAATTATATACTTGAAATT
129 AAATCTATTTACC-AAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCT-GAACAATTATTTATTTCAAAAC
* * * * * * * **
386234 GTTTTGACCATTTT-TTAGT-T-ATAAAACAATTCTTTCAATTCATACATG-TTATTCAAAATAA
192 ATTATGA-CATTTTGTT-TTCTCATAAAACAATTGTTGCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * *
386295 ATTAATACTAATTGATTAACATTC-AGAAAATTAATAAG--AAAGAGATTTAAAAATTAAATCTA
254 AATAATACAAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATATA
* * ** * *
386357 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCT
316 TTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* *** * ** * * * *
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1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-
* ** * * ** *
386467 AT-GGAATAAAATAATATTAATTTATGAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAA
64 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGAATTAAAAAA
* *** * * * * * **
386530 TAAATCTATTTACCAAATC-AGTT-AAAGTAATTATGGCCATTTGGATAATTATCTATTTCAATT
128 TAAATCTATTTACC-AAGCGAGTTCAAA-TAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAA
* * * * * * ** **
386593 TATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
191 CATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAA
* * * * * * * *
386657 ATAATGCTAATTGATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAACAAATTTAAACAATAAATTTGTTT
255 ATAATACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTC
* * * * *
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319 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * * * ** * *
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1 ATTTCAAATTGTT-ATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA
*** * *
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64 TTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAA
* * * * * * * * * * * * *
386887 ATAAATATGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACAAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAAT
127 ATAAATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCT-GAACAATTATTTATTTCAAAA
* * ** * * * * * *
386951 CATTCA-AACCTTTTGTTTAGTAATAAAA-TATGTGTTTC-ATGTCTTACAAACTTATTCGAAAT
191 CATT-ATGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAAT-TGTTGCTAT-TCATA-AAGCTTATTTGAAAT
* * * * * *
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252 AAAATAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAAA-ATTT-AAAAAATAAATA
* * * * * *
387076 TGTTTACCAATCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTT
314 TATTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
* * ** * * *
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1 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTA
*
387187 TCCAAAATAAAA
64 TTCAAAATAAAA
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Statistics
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CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAGCGAGTTCAAATAATTACAACTATCTGAACAATTATTTATTTCAAAACATTA
TGACATTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTGCTATTCATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
CAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTCACCAAAC
AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCT
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383005 TTTAAATAGT
* * * *
383015 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
1 TATGCCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * * * *
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** * * *
383145 TATATTAGGATTTAAAAAATACATCAAATTGGTTCAAATAAT
131 TATACAAGGATTTAAAAAATAAATCAAATT-GTACAAATAAG
* * * * * *
383187 TATGGCTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTT-TTTTATTCATAAAACAAT
1 TATGCCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAT
* ** *
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* * **
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* * *
383358 T-T-CCTATTTTTGAACAATTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTCTAT-AGTAAAATA
1 TATGCCTA--TTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGTTTTATCA-TAAAACA
* *
383420 ATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
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383469 ATAATATTCT
Statistics
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TATGCCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
GTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAACGTAAAAAATTAA
TATACAAGGATTTAAAAAATAAATCAAATTGTACAAATAAG
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Period size: 705 Copynumber: 1.8 Consensus size: 703
382726 TTGTTCTTAC
* * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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195 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAGAAATAACAAATCTTACAAAATAAATATGTTTA
* * * * * *
382996 TCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTT
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* * *
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325 GTTTTATCATAAAACAATTATTTCAA-TCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
383126 TTGATACGTAAAAAATTGATATA-TTAG-GATTTAAAAA-ATA-C-ATCAAATTGGTTCAAATAA
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* * ** *
383186 TTATGGCTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTT-TTTTATTCATAAAACAA
453 TAATGACTATTTGAACAATAATAAACTTCAAATTGTTACAAACTTTTATTTTA-TCATAAAACAA
* * * * * *
383250 TTGTTTTTCATCACACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTC-AAAAAT
517 TTATTTTTCATCACACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAA-TTCAAAAAAT
383314 TAATAAGCAAGAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATCGGTTCCTATTTTTGAACAATTAT
581 TAATAAGCAAGAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATCGGTTCCTATTTTTGAACAATTAT
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646 CTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATAGTAAAATAATTGTTTCAATTCATAT
* *
383437 AAGCTTATTTGGAATAAAATAAT-ACTAATTTAATAATATTCTGATAATTAA-TAACTAAAAGAT
1 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATGA-TAAATTAATAATATTC--A-AA-AAATTAA-TAAAAGAT
* * * *
383500 TTAAAAAATATATTTATTTGTCGAAA-CAGTTCAAACAATTAATATTA-TATGAACAATTATCTA
60 TTAAAAAATAAATGTATTTG-CGAAATCAGTTCAAACAATTAAGACTATTA-GAACAATTATCTA
** * * *
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123 TTTCAAATCATTATGACCATTCG-CTTGTCATAAAACAGA-T-TTTCAGTACATACAAGCTTATT
* * ***
383627 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAGAAATAAGTTA-CTTA-AAAAG
185 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAGAAATAACAAATCTTACAAAA-
* ** * * * **
383689 TGAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAATTATGGCCATGTCAACAATTATATATTTCAAATTG
248 TAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATGTCAACAATTATATATTTAAAATAA
* * * * * ** *
383754 TTATTACCTTTTGTTTTGTCATATAACAATTATATTTGAA-CATTCAAGCTTAT-TTAGAATAAA
313 ATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TATTTCAATCATAAAAGCTTATCTGA-AATAAA
* *
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375 ATAATACTAATTTATTAATAC-GTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATC----TA
* ** * **
383881 CCAAACTAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATATCCTTTT
435 CCAAACTAGTTCAAATAATAATGACTATTTGAACAATAATAAACTTCAAATTGTTACAAACTTTT
** * *
383946 ATTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTA
500 ATTTTATCATAAAACAATTATTTTTCATCACACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTA
*
384011 ATAATATTCAAAAAATTAATAAG
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Statistics
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (703 bp):
AAGCTTATTTGGAATAAAATAATGATAAATTAATAATATTCAAAAAATTAATAAAAGATTTAAAA
AATAAATGTATTTGCGAAATCAGTTCAAACAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGACCATTCGCTTGTCATAAAACAGATTTTCAGTACATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAGAAATAACAAATCTTACAAAATAAATATGTTTAT
CAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATGTCAACAATTATATATTTAAAATAAATATGACCTTTTG
TTTTATCATAAAACAATTATTTCAATCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATACGTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTACCAAACTAGTTCAAATAATAA
TGACTATTTGAACAATAATAAACTTCAAATTGTTACAAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTAT
TTTTCATCACACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAAATTCAAAAAATTAATA
AGCAAGAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATCGGTTCCTATTTTTGAACAATTATCTATT
TTAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATAGTAAAATAATTGTTTCAATTCATAT
Found at i:385231 original size:179 final size:177
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Period size: 181 Copynumber: 23.9 Consensus size: 177
384852 GCTTATTTGG
* * * *
384862 AATAAAATAATACTAATTTATTGACATTAAAAAAATTAATGAGCATGAGATTTGAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * *
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* * *
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*
385043 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAACGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * *
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65 -TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAA
* * * * *
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* * * *
385222 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAA-AGATTTGAAAAAGAAGTCTAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
**** * * * ** * * * * ** *
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* * * * * ** * * * *
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131 TCGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTACAACATAAAAGATTATCCAA
* * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAA--A-GAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * **
385461 -TCGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAAAAAATATTTATTTCAAATTGTTAT
62 CT-ATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTAT
** * * * ** * * * * **
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126 AACCATCG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-CAACATAAAAGATTATCCAA
* * * * * * * * * *
385577 AAGAGAATAAAATTAATTTATTAATAATTCAAAAATTTAT-AAGAGATTTAGAAAATAATTCTAC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * *
385641 CTACAAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTTACACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACT
66 TTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAAC-
** * * *** * * * *
385705 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTA-ATATAAA-TTTGTTCGA
129 CATCGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTACAACATA-AAAGATTATCCAA
* * *
385754 AATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
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63 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAA
* ** * * * * ** ** **
385884 CCTTTTATTTTGTCATTAAATAATAGGTTCTATTTACACT---ATTTTATTTAA
128 CC-ATCGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTA-CAACA-TAAAAGATTATCCAA
* * * ** ** * * * *
385935 AACAAAATAACACAAATTTAAAAATATTTTGAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * ** * * ** * *
386000 TAATTGT-TGAACCAA-TACAAATAGTTAAAACTATATAAATGATTATCTATTTCAAATTC-TTA
63 T-ATT-TACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTT-AAAATCATTA
* * ***** * * * *
386062 TGACCTTTTC-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTTGTACAAGCTTATTCAT
125 TAACC--ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACAACATAAAAGATTATCCAA
* * * *
386115 ATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTAAAAAACTAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * * * * ** * *
386178 TTTACCGAATC-ATTTCAAATGGTTATGACTA-TTAGAATAATTATATACTTGAAATTGTTTTGA
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* * * * * *
386241 CCAT-TTTTTAGTTATAAAACAATT-CTTT-CAATTCATACATG-TTATTCAA
128 CCATCGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTACAA--CATAAAAGATTATCCAA
* * * * * *
386290 AATAAATTAATACTAATTGATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT---AAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * * * *
386355 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAACCATTATAA
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** * * * * *****
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* * *** *
386471 AATAAAATAATATTAATTTATGAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * *
386536 TATTTACCAAATC-AGTT-AAAGTAATTATGGCCATTTGGATAATTATCTATTTCAATTTATTAT
63 TATTTACCAAA-CAAGTTCAAA-TAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTAT
* * ** * ** * * * *
386599 GACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTATCATACAAGCTTATTCAA
126 AACC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACAACATAAAAGATTATCCAA
* * * * * * *
386651 AATAAAATAATGCTAATTGATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
386716 TGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTAGTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTCA-A
63 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATT-ATA
** ** * * ** * *
386780 ATCTTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATAGAAGCCTATTC-G
127 A-C-CATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TACAACATAAAAGATTATCCAA
** * *
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1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
386895 GTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTA-AAACAATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA-
64 ATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACCATTTA-AACAACTATCTATTTAAAATCATT-AT
* * * * * * *** * * * *
386957 AACCTTTTGTTTAGTAATAAAA-TATGTGTTTCATGTCTTACAAA-CTTATTCGA
126 AACC-ATCGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTACAACATA-AAAGATTATCCAA
* * * * ** *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
387075 TTGTTTACCAATCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATATAAAATCATTATG
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* * * * * *
387140 ACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTA-ATTCATAAGAGCTTATCCAA
127 ACC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACA-ACATAAAAGATTATCCAA
* * * * * ** * **** * * *
387192 AATAAAAAAAAATTAA-TGAGTAGGAGTTT-AAAAA-T-AT-AA-A-TTTTGTTTACTGAA-CAA
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* * * * ** * *
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* * ** * * * *** * * *
387300 CCTTTTGTTTTGTTGTAAAATACTTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
128 CC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACAACATAAAAGATTATCCAA
* ** * * *
387351 AATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** ** * * * * * *
387416 TATTTGCTGAATTAGTT-AAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATCA
63 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAA
** * ** * * * *
387480 CC-TTTTGTTTGATCATATAACAATTGTTTTTGATCATATAAGCTTATTCGAA
128 CCATCGT-TTTG-TCATAAAACAATTGTTTTACAACATAAAAGATTA-TCCAA
* * * * * *
387532 AA-AAAATAATAATAATTTATTAGTCTTTCAAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAATTGAATCTAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * *
387595 TTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTTTATACTTCAAATCGTTATAACC
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* * * * ** * * ***
387659 TTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAGAAGCTTATTTGA
130 -ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TACAACATAAAAGATTATCCAA
** * * ** * * *
387708 AATAAAACGATACTAATCTAATAATATTCCATAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * * * * * *
387773 TGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAAATAAGACTATATGAACAATTGTCTAATTCAAATCGTTATTA
63 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAA
* * * * * ** * * *
387838 CCTTTTGTCTTGTCATAAAAGAATT-TTCT-CAATTCATACTAGCTTATTCAG
128 CC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACAA--CATAAAAGATTATCCAA
* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAA--T-TTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
387951 TATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTTTTA
63 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAA
** * * *** * * * *
388016 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-GTTCATATAAGTTTATTCAG
128 C-CATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACAACATAAAAGATTATCCAA
* * *
388066 AATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT----A-ATTGTAAAAAATAAATCTA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * * * * * * *
388126 TTTATCAAACTAGTTCAAGCAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACT
65 TTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAAC-
** * * * * ** * * ****
388191 TTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGG
129 CATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TACAACATAAAAGATTATCCAA
* ** * * * ** *
388240 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAACATTTTTTAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA--AGAGA-TTTAAAAAATAAATC
* * * ** * * * * * * * ** *
388305 TGTTTACTAAACTACATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
63 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAA
* * * * * *** * * ***
388370 CCTTTTGATTTGTCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATAAGGTTATTTGA
128 CC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACAACATAAAAGATTATCCAA
*
388420 AATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA
1 AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-TAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
388483 TCTATTTATCGAATAAGTTTAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCGATTTAGAATCACTAT
61 TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * * ** **** * * *
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126 AACC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTACAACATAAAAGATTA-TCCAA
* * * * *
388601 AATAAAATAATGCAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * * * *
388665 CTGTTTACCGAACAAATTCAAATCATTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTC-TTAT
62 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTA-TTTAAAATCATTAT
* ** * * * ** * * **
388729 GACTTTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCCATCCATACGAGCTTATTCGG
126 AAC--CATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACA-ACATAAAAGATTATCCAA
* * * * * ** *
388783 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TTAAA-AAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * *
388846 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCACGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTAA
63 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATCATTATAA
* * ** * **
388911 CCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTG-TTT-CAATTCATGTAAGCTTA-CTTGA
128 CC-ATCGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTACAA--CATAAAAGATTATC-CAA
* ** * * *
388962 AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAATATATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT-AATA--AAGAGATTTAAAAAATAAATC
*** ** * *
389027 TATTTATTGAACAAGTTCAAATGGTTATGACTATCTT-AACAATTATCTATTTCAAAA-CATTA-
63 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACCAT-TTAAACAACTATCTATTT-AAAATCATTAT
* * * *
389089 GACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTG
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTACAACATAAAAGATTATCCAA
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385743 AATTTGTTCG
* * * * * *
385753 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
* * * * *
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* * * * * * ** **
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* ****
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* * * * *
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259 CAGATA-AAATAATTAAAACCATATAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTT
* * *
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323 GTCATAAAACAATT-TTTT-TTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTCATTA
* * * * * * **
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*
386200 TTATGACTA-TTAGAATAATTATATACTTGAAATTGTTTTGACCATTTTTTAGTTATAAAACAAT
450 TTATGACTAGTT-GAACAATTATATACTTGAAATTGTTTTGACCATTTTTTAGTTATAAAACAAT
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514 TCTTTCAATTCATACATGTTATTCA
* *
386289 AAATAAATTAATACTAATTGATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATTAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
* * * *
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* * * ** * *
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130 AACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATAGGTTCTA-CTAACACAAGCTTAGATAAAACAAAATAAC
** ** ** * *
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* * * *** * ** *
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* * *
386612 GTCATAAAATAATTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTGATTAATA
323 GTCATAAAACAATTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATA
*
386677 TTTTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATT
388 TTTTAAAAA-TAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATT
386742 ATGACTAGTTGAACAATTAT
452 ATGACTAGTTGAACAATTAT
386762 CAATCTCAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (538 bp):
AAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAGTAAAT
CTACTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTATA
ACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATAGGTTCTACTAACACAAGCTTAGATAAAACAAAATAACAC
AAATTTAAAAATATTTCTAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTACCAAACCA
GATAAAATAATTAAAACCATATAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTTGTC
ATAAAACAATTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTT
TAAAAATAATAAGTAACAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGA
CTAGTTGAACAATTATATACTTGAAATTGTTTTGACCATTTTTTAGTTATAAAACAATTCTTTCA
ATTCATACATGTTATTCA
Found at i:386795 original size:717 final size:711
Alignment explanation
Indices: 381502--389210 Score: 3383
Period size: 717 Copynumber: 10.8 Consensus size: 711
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* * * * * * **
381502 AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGT-AGTACATTTAAAAAATAAATATGTTTTT
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * ** * * *
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* * * * * *
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** * ** * *
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* * * * * * *
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251 CAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAATC-TTAT-AACTTTTCTTTTGTCATA
* * * * *
381821 AAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T
313 AAACAATTGTTT--TTTTATACAAGCTTATTCGATATTAAAATAATACTAATTTA-TAATATTCT
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
381948 GACTATCT-GAACAATTATTTATTTTAAAACATTATGACATTTTGTTTTCTCATAAAA-CATTTG
434 GACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTT-
* * ** * * *
382011 GT--A-T-GT--AAGCTTATTTCG-AATAAAATAATAGAAATTTATTAATATTTAAAAAAATTAA
497 TTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAGAAAATTAA
* **** ** *
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560 TAAG-AAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** *
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624 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC--TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TAG
* * * * *
382192 TTCATAAAAGCTTA-TTCAAAAGAAAAT
685 ATAATAAAAGCTTAGAT-GAAATAAAAT
* ** * * *
382219 AATACTAATTTATTAAAATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAATCTATTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * *** * * ** *
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66 AAATC-AATT-AAAGTAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* ** * * * * **
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129 ATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * ***** * *
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193 TTAATATTTTAAAAATTAATAA---AAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTCAA
* * * * * * * * * *
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254 ATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAA-TCTTAT-A-ACTTTTCTTTTGTCATAAA
* ** * *
382541 ACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGA-A-TAAAATAATACTAATTTATTAGTATT-TC
315 ACAATTGTTT-T-TTTATACAAGCTTATTC-GATATTAAAATAATACTAATTTA-TAATATTCTA
* * * ** ** * * * * * *
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376 AAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CAATTCAAATAGTTAAGACTAT
* * * * * * * * ** ***
382667 TTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA--TACTTGTTTTGTAACAAAGCAATTATTTTTGT
440 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCT-TTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTCAAT
* * * * * * * * *
382730 TCTTACAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGA-TAAATTAATAATATTCAAAAAATTAAT----AA
503 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAA
* * ** * * *
382790 GAGATTT-AAAAAATAAATGTATTTGCTAAATC-AGTTCAAATACTTAAGACTATTAGAACAATT
567 GAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * *
382853 ATGTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-CTTGTCATAAAATAGTAT-TTTCAGTTCATACATGC
632 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTAGATAATAAAAGC
* *
382916 TTA-TTCAAAATAAAAT
696 TTAGAT-GAAATAAAAT
* ** * * * * * * * *
382932 AATACTAATTTGTTACCATTCAAAAAATTAATAAATAACAAATTTTACAAAATAAATTTGTTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * *
382997 CAAA-CAAGTTTAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTT
65 CAAATCAA--TTAAAGTAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * * * ** * * * * *
383060 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTT
128 TATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TCATACAAGATTATTC-AAAATAAAATAATACTAATT
* ** * ** ** * **
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191 TATTAATATTTTAAAAATT-A-ATAAAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTCA
* * * * * * *
383181 AATAATTATGGCTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATTGTTACAAACTTTT-TTTTATTCATAA
253 AATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAA-TCTTA-TAACTTTTCTTTT-GTCATAA
* * * * * *
383245 AACAATTGTTTTTCATCACACAAGCCTATTTGGA-A-TAAAATAATATTAATTTATTAAAATT-T
314 AACAATTGTTTTT--TTATACAAGCTTA-TTCGATATTAAAATAATACTAATTTA-TAATATTCT
* * * * * * ** *
383307 CAAAAATTAATAAGCAAGAGGTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATCGGTTC--CTA-TT---
375 AAAAAACTAATAAG--AGA--TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CAATTCAAATAGTTAAG
* * ** * *
383366 --T-TT-GAACAATTATCTATTTTAAATTATTATAACCTTTTGTTCTA-T-AGTAAAATAATTGT
435 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTT-TAGTCA-TAAAATAATT-T
* * * * * * *
383425 TTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGATAATTAATA
497 TTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATTAATA
* * * ** * * * * *
383490 ACTAAA-AGATTT-AAAAAATATATTTATTTGTCGAAAC-AGTTCAAACAATTAAT-ATTATATG
562 A-GAAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTG
** * * * * *
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625 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATA-A
* * *
383615 TAGAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
689 TAAAAGCTTAGAT-GAAATAAAAT
* * * * ** * * * * * **
383638 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATAAGTTACTTAAAAAGTGAATATGTTTATT
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * ** *
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66 AAATCAA-TT-AAAGTAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * * * * * *
383766 GTTTTGTCATATAACAATTATATTTGAACATTCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTA
129 ATTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * **** *
383831 TTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAA
193 TTAATATTTTAAAAATTAATAA--AA-AAATTTAAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTCAAA
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255 TAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAA-TCTTATA-ACTTTTCTTTTGTCATAAAAC
* * *
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317 AATTGTTTTT-TT-ATACAAGCTTATTCGATATTAAAATAATACTAAT-TTATAATATTCTAAAA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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503 TCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGAA
* * * * * ** * * * * * *
384214 TGTGATTT-AAAAAATAATTCTATTTATCTAA-CTGGTTCATATAATTATGATTGTTTAAACAGT
566 AGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
384277 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGTCCTAAAACAAATG-TTTATGTTCATATAAG
631 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GATAATAAAAG
* * *
384341 -TTTGTTTGGAATAAAAT
695 CTTAG-ATGAAATAAAAT
* ** * * *
384358 AATACTAATCTATTAATATTTCTAATATT-A-AA--AATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * *** * * * *
384419 AAA-CTAGTTCAAA-TAGTTATGATTATTT-AAGCAA-TATTTATTTTAAATCGTTATAA--TTT
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* * * * * * * * * * * * *
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128 TATTTTGTCATAAAATAATT--TTTTTTATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
** * * * * *
384542 TATTAATATTTCGACAATTGATAAGTAAAATTTAAAAA-ACAA---ATATGTT-TACC-G---AA
191 TATTAATATTTTAAAAATTAATAA-AAAAATTTAAAAATA-AATCTATTTGTTGAACCAGTTCAA
* * * * * * ** * * *
384598 CTAG--AT--CCAATGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTAT-GTTCTTTGTTTTCTCATAAAAT
254 ATAGTTATGACTATTGAACAATTATCAATTTCAAATC-TTATAACT-TTTCTTTTGTCATAAAAC
* * * *
384658 AATT-TTTTTTATCATACAAGCTTATTCGA-ATAAAAATAATAATAATTTAATAATATTCT-TAT
317 AATTGTTTTTT-T-ATACAAGCTTATTCGATATTAAAATAATACTAATTT-ATAATATTCTAAAA
* * * ** * * *
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379 AACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* *
384783 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTATTTCAGTTCAT
443 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTCAATTCAT
* * * * * * * *
384848 ACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTGACATTAAAAAAATTAATGAGCATGAGAT
507 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGAT
* *
384913 TTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTAACAATTATCTA
572 TTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * ***
384977 TTTAAAATCATTATGACC-ATCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATCC
637 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATAATAAAAGCTTAGAT
*
385041 AAAATAAAAT
702 GAAATAAAAT
* *
385051 AATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA--ACGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTAC
* * * * * *
385113 CAAATCAATTCAAGTAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTTTG
65 CAAATCAATTAAAGTAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
* * * * * *
385178 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACAAAGAAGGATT-TTCTAAATAAAATAATACTAATTTA
130 TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTTATCATACAA-GATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
385242 TTAATATTTCAAAAATTAAT-AAAAGATTTGAAAAAGAAGTCTATTTGTTGATCCAGTTCAAATA
193 TTAATATTTTAAAAATTAATAAAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTCAAATA
* * * * * * *
385306 GTTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATAACCTTTGC-TCTATCATAAAATAA
257 GTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAA-TCTTATAA-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAA
* * *
385370 TTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAACAATAATAATTTAGTAATATTCTGAAAAT
319 TTGTTTTT-TT-ATACAAGCTTATTCGATATTAAAATAATACTAATTTA-TAATATTCT-AAAA-
* * * * *
385434 TAAC-AACTATGAAATTT-AAAAATACATTCGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATA
379 -AACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC-AATTCAAATAGTTAAGACTAT-
* * * * * * * * * *
385497 TA-AAAAAATATTTATTTCAAATTGTTAT-A-ATTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTATTGAAGC
440 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTTTTCAA-T
* * * * * * * *
385559 TCATAGAAGCTTATTCGGAAGAGAATAAAATTAATTTATTAATAATTCA-AAAATT--T-A-TAA
503 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTCAGAAAATTAATAAGAAA
* * ** ** * *
385619 GAGATTT-AGAAAATAATTCTACCTACAAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTATTT-ACACAAT
567 GAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAAT
* * * * * *
385681 TATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTAATATAAA-
631 TATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATAATA-AAAG
* *
385745 -TTTGTTCGAAATAAAAT
695 CTTAGAT-GAAATAAAAT
* * * * *
385762 AATGCTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * *
385827 AAACCATTTCAAA-TAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
66 AAATCAATT-AAAGTAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
* *** * * ** * * * *
385891 TTTTGTCATTAAATAATAGGTTCTAT-TTACACTATTTTATTTAAAACAAAATAACACAAATTTA
130 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATCATACA--AGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * * * * *
385955 AAAATATTTTGAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACCAATACAA
193 TTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AAAATTTAAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTCAA
** * ** * *
386020 ATAGTTAAAACTATATAAATGATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAA
254 ATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATCAATTTCAAA-TCTTAT-AACTTTTCTTTTGTCATAAAA
*
386085 CAATTGTTTTGTTTGTACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAATACTAATTTCATAATATT-TAAAA
316 CAATTGTTTT-TTTATACAAGCTTATTCGATATTAAAATAATACTAATTT-ATAATATTCTAAAA
* * * * *
386148 AACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCATTTCAAATGGTTATGACTATTAG
379 AACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCC-AAACAATTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* * * * * * *
386213 AATAATTATATACTTGAAATTGTTTTGACCATTT-TTTAGTTATAAAACAATTCTTTCAATTCAT
443 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTCAATTCAT
* * * *
386277 ACATG-TTATTCAAAATAAATTAATACTAATTGATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGAT
507 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGAT
* * * *
386341 TT-AAAAATTAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTA
572 TTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * *
386404 TTTAAAACCATTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGCTAATACAAGCTTAGAT
637 TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATAATAAAAGCTTAGAT
*
386469 GGAATAAAAT
702 GAAATAAAAT
* * *** *
386479 AATATTAATTTATGAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * *
386544 AAATCAGTTAAAGTAATTATGGCCATTTGGATAATTATCTATTTCAATTTATTATGACCTTTTAT
66 AAATCAATTAAAGTAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTAT
* * *
386609 TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTGATTA
131 TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ****
386674 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATA
196 ATATTTTAAAAATTAATAA--AA-AAATTTAAA-AATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTCAAATA
* * *
386739 ATTATGACTAGTTGAACAATTATCAATCTCAAATCATTCA-AATCTTTTTTTTTTGTCATAAAAC
257 GTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAATC-TT-ATAA-C-TTTTCTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
386803 AATTGTTTCTAATCATAGAAGCCTATTCGGT-TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAA
317 AATTGTTT-T-TTTATACAAGCTTATTCGATATTAAAATAATACTAATTT-ATAATATTCTAAAA
* * * * *
386866 AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAAACAATTAG
379 AACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CAATTCAAATAGTTAAGACTATTAG
* *** *
386931 AATAATTATCTATTTCAAATCATTCAAACCTTTTGTTTAGTAATAAAAT-ATGTGTTTC-ATGTC
443 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT-T-TTTCAAT-TC
* * * * * **
386994 TTACAAACTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATAAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAA-A
505 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAG-AAAGA
* * *
387058 GATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACC-AATCAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
569 GATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
387122 TTATATAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTA-AT--T-----CATA
634 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATAATAAAAGCTTA
**
387179 -A-GAGCT----T
699 GATGAAATAAAAT
* * * * * *
387186 -AT-CCAA---AATAA-A---AAAAAATTAATGAGTAGGAG-TTTAAAAATATAAATTTTGTTTA
1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAA-TCTATTTA
** * * * * * * *
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* ** * * * * *
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127 TTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA--TCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
** ** * * **
387368 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCTGAATTAGTT
190 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--AA-AAATTTAAAAA-TAAATCTATTTGTTGAACCAGTT
* * * * * * *
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251 CAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAATC-TTAT-AACTTTTCTTTTG-TCAT
* * * ** * * *
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312 AAAACAATTGTTTTT--TTATACAAGCTTATTCGATATTAAAATAATACTAATTTA-TAATATTC
* * * * * * * * *
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374 TAAAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAA-CAATTCAAATAGTTAAGACT
* * * * * * * * *
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438 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTA-GTCATAAAATAATT-TTTCA
* * ** * * * * **
387688 ATTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAACGATACTAATCTAATAATATTCCA-TAAATTAATAACT
501 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CAGAAAATTAATAAGA
* * * * * ** * *
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* * * * * * * * * **
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630 TTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTAGA-TAATAAA
*
387878 AGCTTATTCAGAGTAAAATAAAA-
693 AGC---TT-AGA-TGAAATAAAAT
** * *
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1 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * **
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194 TAATATTTTAAAAATTAATAAAAAAATT-T-AAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTCAAATA
* ** * * *
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257 GTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAATC-TTATAACTTTTCT-TT-TGTCATAAAACA
* * * *
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* * ** * * * * *
388275 TTAA-TAAGTAA-ACATTTTTTAAAATAAATATGTTTACTAAACTACA-TCAAATAGTCATGACT
378 -AAACTAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC-A-ATTCAAATAGTTAAGACT
* * *
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438 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATT-TTTCA
* * * * * *
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501 ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAACATTC-AGAAAATTAATAAG
* * * * * *
388463 TAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTATTTATCGAAT-AAGTTTAAATAATTATGGCTATTTGAACA
564 AAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * ** * * * *
388526 ATTATCGATTTAGAATCACTATAACCTTTGGGTTTGTCATATAATGATT-TTATTTGTTCATATA
629 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTAGATAATAAA
** *
388590 AGCTTATTTCAAATAAAAT
693 AGCTTAGATGAAATAAAAT
* * * * * *
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1 AATACTAATTTATTAATATTTAA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *** * * * *
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65 CAAATC-AATT-AAAGTAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTT
* * * ** * * ** * *
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127 TT-ATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTAT-CATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * ** * * **** *
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190 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--AAAA-ATTTAAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTC
* * * * * * *
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252 AAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCAATTTCAAATC-TTATAA-CTTTTCTTTTGTCA-TA
* * ** * *
388928 AAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTACTT-GA-AATAAAACAATACTAATTTATTAATATTC
313 AAACAATTGTTT--TTTTATACAAGCTTA-TTCGATATTAAAATAATACTAATTTA-TAATATTC
* ** * * * * **** * *
388991 CAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAATATATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATGGTTATG
374 TAAAAA--ACTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAA-TTCAAATAGTTAAG
* * * * * * *
389056 ACTATCT-TAACAATTATCTATTTCAAAAC-ATTAGACCTTTTGCTTT-GTCATAAAACAATTGG
435 ACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATT-T
* * **
389118 TTCTATTCATTCAAGCTTATTTC-AAAT-AAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCA-AAAATTA
497 TTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATT-CAGAAAATTA
* *
389179 ATAAGTAAA-A-ATTT-TAAAAATAAACCTATTTA
559 ATAAG-AAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA
389211 AAAATTAATG
Statistics
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693 121 0.02
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AAATCAATTAAAGTAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTAT
TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATCATACAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTTAAAAATTAATAAAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTGAACAATTATCAATTTCAAATCTTATAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
TTTATACAAGCTTATTCGATATTAAAATAATACTAATTTATAATATTCTAAAAAACTAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
TTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTGAAAAAATAAAT
CTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGATAATAAAAGCTTAGATGAAATAAAAT
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Alignment explanation
Indices: 387199--389210 Score: 1617
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387189 CAAAATAAAA
* * * * * * * *
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1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAA-TCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * ** * *
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64 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTT
** *
387328 TC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCC
128 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * * ** *
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130 T-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * *
387561 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTGAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATG
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATG
* * * * * *
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65 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * *
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* * * * * * * * *
387738 ATAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAAATAAGA
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * ** * * ** * ** * *
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* ** *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* * * ** **
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* *
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* * *
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* * *
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Statistics
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* * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * * * ** * *
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* *** ** *** * * *
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* * * * *
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* * * * * ** ** **
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* * * *
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* ** * * * ** * *
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** * * * * * *
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* * * *** * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** ** * * *
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** * * * * ** * ** *
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** * * * *
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** *** * * * *
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* * * * ** * * *
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** * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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* *
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* * * * * ***
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* * * * * * * * * **
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* * * * * * *
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192 TATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * * *
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255 A-TTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATCA-AAT-TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
* ** * * *
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* * * ** *** *
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* * * **
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* ** *
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* * * * * ** *
391835 ATTAATGATTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
130 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * *
391900 TTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATAATCC-TTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTCTAT
195 TTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAA-CCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * ** * *
391964 TTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGA
257 TCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-CAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-TAA
* * ** * *
392029 AGATTTAAAAAATTAATTTATCTACCGAACAAGTTCAA
318 AGATTTAAAAAA-TAATCTATTTACTAAACCAGATCAA
* ** ** * * *
392067 ATAGTCT-TG-TTCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATTGTTAAAACATTTTATTTTGTCGTA
1 ATAGT-TATGACT-ATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * *
392129 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAAAAATAATAATACTAATTTATTACA-ATTT
63 AAACAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAA-AATAATACTAATTTATTA-ATATTC
** * * ** *
392192 TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATCA-TTATTGAACT-AGTTCAAATAGTTA
125 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTA
* * * * * * *
392251 TGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTCTATCCTAAAACATTTAG
188 TGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATT-G
* * * * * ** *
392315 -TTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAA-TTAACAATATTCTAAACATTAA
250 TTTCTATTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-C-AAATTTATTAATATTC-AAAAATTAA
* * * ** * *
392378 TAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACC-GA-CTA
311 TAAGTAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAACCAGATCAA
* * * * * ** * *
392421 ACAGTTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATGGTTCTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
392486 TAATTGCTTCAGCTCATATATGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAA
66 CAATTGTTTCA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AA
* * ** * * *
392550 AATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAA-AAA--TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTA
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * *
392610 TTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAG
194 TTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * * * * *
392674 TTCATAAAAGCTTGTTCAAAATAAAATAAT-ATTACTTTATTAGTATCACAAAAATTGATAAGTT
256 TTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAATCA--AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAG-T
* * * * ** *
392738 AGAGATTTAAAACATAAAT-TAATTTATTGAATTAGTTCAA
316 AAAGATTTAAAAAAT-AATCT-ATTTACTAAACCAGATCAA
* * * * * *
392778 ATAATTATG-GTCATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCATAAA
1 ATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** *
392842 ATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
65 ACAATTG--TTTCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * **
392906 AAATTAATAAAT-GGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAGGTATGA
128 AAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTATGA
* * *
392969 CTATTT-AGACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT-TAACATAAAACAATTATT
191 CTATTTGA-ACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTGT--CATAAAACAATTGTT
* * *
393032 TCTGTTCAT-TAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAAA-GTAATAATATTCTAAAAATTAATA
252 TCTATTCATATAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT-C-AAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA
* * * * **
393095 ACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCA-ATTCAA
313 AGTAA-AGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAACCAGA-TCAA
* * * * * * *
393139 ATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
393204 CAAAAT-TTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTTGAAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCA
66 C-AATTGTTTC-ATTCATA-TAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-
* ** * * * * * * * *
393266 AAAAAATTAATTGGTAAGAGGTTTAAAAAATGATTTTGTTTGCCAAACT-AGTTTAAATAATTAT
125 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTAT
* * * **
393330 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT-TGCATAAAACAAAAGTT
189 GACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTGT-CATAAAACAATTGTT
* * * * * *
393394 TTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
252 TCTATTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-CAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
393459 G---AGACTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TAAAACCAGTTCCA
314 GTAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACT-AAACCAGATCAA
* * * * ** * * * * * *
393498 ATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTAGGACTTTTTGTTCTATTACAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * ****
393562 ACAATAGTTTCCGTTCATACATGCTTATTT-AGATTTATATAATACTAATTTATCAATATTTTGG
65 ACAATTGTTT-CATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * * * * *
393626 CAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGATCAAATAGTCATGAC
128 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTATGAC
* ** * * *
393690 TATTTGAATAATTATAAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTC-
192 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
393753 AGCTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATT
255 A-TTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-CAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * *
393818 AGGAGATTTTAAAAATGAATTTATTTACCGAACAAGTTTAA
316 A-AAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAACCAGATCAA
* * * * * * * * * ** *
393859 ATAATTATATACTACTATG--TTATTA-ATATTATGAAAAC-TAAT-A-ATTAAAAGATTT-T-A
1 ATAGTTAT-GACTA-TTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTT--TTGTTTTGTCA
* * * * * * * ** * *
393916 -AAAATGAATCTATTTACCGA-ACAAGTTTAA-ATAATTATGACCATTTGAACAATTA-TGGATT
61 TAAAA-CAAT-TGTTT--C-ATTC-A-TATAAGCTTATT-TGA--AATAAAATAA-TACT-AATT
** ** *** ** * * *** *
393977 T-GGAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-
114 TATTAAT-ATTCCAA-AAATTAATAAG---TAAGA-GA---TTT-AAAAAATA-AATC-TATTTA
* * * * * * * * * *** * *
394040 -CAAATAAAATAATACAAAT-TTTATTAATA-TTAAGATAATTAATC-AGTAAAAGATTTAAAAA
167 CCGAAT-AAGT--T-CAAATAATTATGACTATTTGA-ACAATT-ATCTATTTAAATCGTTATAAC
* * * **
394101 ATAAATTTGTTT-AC-TGAACAAGTTTAAATTGTTGT-TATTTCA-ATAATTATTTACTTCAAAT
226 CT---TTTGTTTGTCAT-AA-AA----CAATTGTT-TCTA-TTCATATAA--GCTTA-TTCAAAT
** * * ** * ** * * ** *
394162 --TCTTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTCCATTTGAGCTTATTTAAATT
277 AAAATAATCAAATTTAT-TAATAT--TCAAA-AATTA-ATAAGT--A---AAG---ATTT-AA--
* * ** *
394225 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTAGAAT-TA
326 AAAATAAT-CT-ATTTACTAA-A---CCAG-ATCAA
* * * * * * * * *
394260 ATAATTAAAAGA-T-TTTAAAAAAAAGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTCATAACTTTTTGAA
1 ATAGTT--ATGACTATTT--GAATAA--TT----ATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTG--
* * * ** ** * * * **
394322 TAATTATCTACTTCAAATTATTGTGACCTT--T-T--G--T-TTTGTAATAAAACAATTGTTTTA
53 T--TT-TGT-CATAAAACAATTGTTTCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAA---TACTA
** ** * * *** *** * *** *
394379 ATTCGTGTAAGCTTATTTGAAATAACATAAT-ACTAATTTA-TTAATATTCTAAAATTTAAAGAG
111 ATTTAT-TAA---TATTCCAAA-AA-TTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAAT-AAATCTATTTAC
** * * * * ** * * *
394442 TAAAAAAATT-AAAAAATTA-AATCTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-C-TATTTGA
168 CGAATAAGTTCAAATAATTATGA-CTA-TT--TGAACAA-TT-ATCTATTTA-AATCGT-TAT-A
* * * * * * *
394503 ACAATTATCTAAT-TCA-AAACATCATGACCTTTTGTTT-TGTT-ATA-AAACAATTGGTTCTAT
224 AC-CTTTTGT-TTGTCATAAA-A-CA--A----TTGTTTCTATTCATATAAGC--TT-ATTC-A-
* ** ** ** * * * * *
394563 TTATGCAAGCTTGTTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAATAATTAA
274 -AAT--AA-AAT-AATCAAATTTATTAATATTCAA---A--AA---T-TAATAAGTAAA------
* * ** * *
394627 AAATTTAAAAAATAAATTTATTTTTTAAA-TACGTTCAA
319 -GATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAACCA-GATCAA
* * ** * * *
394665 ATAGTTATGCCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAC
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * *
394730 CAATTTTTTTCCATTCAAAAAATATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAA
66 CAA-TTGTTT-CATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * ** * * ** *** *
394794 AATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAATAAATTTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTA
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * *
394859 TATGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
194 TTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTAT-AACCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
394923 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAAT-A--AA
256 TTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-CAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA
* * * ** * *
394985 AGA-TTAAGAAAATTAATTTGTTTTCCT-CGCAAGTTCAA
318 AGATTTAA-AAAA-TAATCT-ATTTACTAAACCAGATCAA
* * * * * *
395023 ATAGTCA-CATCGATTTGAACT-ATTGTCTATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTAG-CATA
1 ATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATA
* ** * *
395085 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTC
63 AAACAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC
* * * * *
395149 AGAAATTAATAAGT-----ATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTATG
126 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTATG
* * * * * * * *
395208 ATTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTGTCCTAAAACATTTATTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCGTTATAACCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
395272 C--TTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAA-TTAATAATATTCTAAACATTAATAA
253 CTATTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-C-AAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
* * * * * ** * *
395334 CTAAGGATTCAAAAAATAAATGTTTTTGTTAAAGCAGTTCAA
314 GTAAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAACCAGATCAA
* * * * * * * *
395376 ATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * * *
395441 TAATTAGTTTTCGCTT-ATGCATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAA
66 CAATT-G-TTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* ** * * *
395505 AAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAA-AAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACT
128 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACT
* * * * * *
395567 ATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-AA
193 ATTTGAACAATTATCTATT-TAAATCGTTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * *
395631 GTTTATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ATTACTTTATTAATATT-ATAGCAATTGATAAG
256 -TTCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATCA--AATTTATTAATATTCA-A-AAATTAATAAG
* * * * * * *
395694 TTAGAGATTTAAAACATAAAT-AAGTTTATTGAATCAGTTCAA
315 -TAAAGATTTAAAAAAT-AATCTA-TTTACTAAACCAGATCAA
* * * * * * *
395736 ATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTGTTAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** ** * *
395801 CAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
66 CAA-T-TGTTTCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * ** *
395865 AATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACT
* * * * * *
395929 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG
193 ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * ** *
395994 TTCAAATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAGTAT-TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTA
256 TTCATATAAGCTTATTCA-AATAAAATA--ATCAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
396058 AGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGCCAGTTTAA
317 A-AGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAACCAGATCAA
* * * * * ** *
396098 TTATTTA-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTCGTTTTGTCATAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
396161 ACAATTGTTT-ATGTTCATAT-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTA
65 ACAATTGTTTCA--TTCATATAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * *
396224 AAAATTAATCAGCAACAGATTTAAAAAATGAATCTA-TT---G-----GTTC-------TA--AC
127 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * ***
396271 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCACAAATTGATTGTTTCT
192 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * * * * *
396336 ATTTGTACAACCTTATTCAAA-ACAATATAATTCTAACTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGT
255 ATTCATATAAGCTTATTCAAATA-AA-ATAA-TCAAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGT
* * * * *
396400 AAGGATTAAAAAAAATGAAGT-TATTTACTAAACAAGTTTAA
316 AAAGATT-TAAAAAAT-AA-TCTATTTACTAAACCAGATCAA
* * * * ** *
396441 ATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAACTCACCA-GAACCTTTTGTTTTGTTATAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
396505 ACATTTTTTTCTATTTAGACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT-CAAA
65 ACAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * *
396569 CAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTGTGAC
129 -AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * *
396633 TATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
192 TATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
396698 GTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAAT-ATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAG
255 ATTCATATAAGCTTATTCA-AATAAAATAATCA--AATTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
396761 TAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAG-TCTAA
315 T-AAAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACT-AAACCAGATC-AA
* * * * *
396803 ATAGTCATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
396868 AAATTGTATT-AGTTTATATAGGCTTATTCGAAATCAAATAATACTGATTTATTAATATTCTAAA
66 CAATTGT-TTCA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * ** * * * ** *
396932 AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATGAATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCCTAACTA
129 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * *
396997 TTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTCTAT
194 TTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * *
397062 TCATAGAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAGAA
257 TCATATAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-CAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTA-AA
* * * * *
397127 -ATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CATATTCAA
319 GATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAACCAGA-TCAA
* ** * *
397163 ATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTACCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * * *
397227 CCAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCCAAATAGAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAA
65 ACAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * * *
397292 AATTAGTAAGTAA-ATGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACC-AAGCAAGCTCTAATAGTTATGAC
129 AATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * * * * *
397355 TGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTGATCAAACAATTGTTTTT
192 TATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * * *
397420 ATTCGTAGAAGTTTATTCGAAAT-AAATAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTA
255 ATTCATATAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-CAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * *
397484 GGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CA-AT---
317 -AAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTACTAAACCAGATCAA
* * * *
397519 -T--TCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTTATAAA
1 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCAT-AA
* ** ** * ***
397581 AACAATTGTTT-ATGTCCATACAAAATTATTCAAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
64 AACAATTGTTTCAT-T-CATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
397645 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTACC-AAGCT-AGTTCAAATAGTTATG
127 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA--TAAGTTCAAATAATTATG
* * * *
397704 ATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTGTCATAGAACAATTGTTT
190 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTATAACCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
397768 CTTTTCATATCAGCTTATT
253 CTATTCATATAAGCTTATT
397787 TGGATTAAGA
Statistics
Matches: 7484, Mismatches: 1861, Indels: 1667
0.68 0.17 0.15
Matches are distributed among these distances:
341 2 0.00
342 10 0.00
343 133 0.02
344 110 0.01
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TGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ATAAGCTTATTCAAATAAAATAATCAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
AAAATAATCTATTTACTAAACCAGATCAA
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* * * *
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* *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * **
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* * * * * *
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*** * * ** *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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** * * **
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* ** * * * *
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** * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * * * * *
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* *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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1 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** ***
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* ** * *
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* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * **
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* * * **
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* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
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63 TTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
**** * * ** *
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*
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* * *
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1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** **** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * ** *
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66 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* * * * *
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130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGA
* *
391982 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * **
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64 TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** * * * * ** *
392109 AAACATTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTA-TTAA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGA
* ** *
392162 AAAAATAATAATACTAATTTATTACA-ATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
1 AATAA-AATAATACTAATTTATTA-ATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *** * *
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* * * * * * * *
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127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * ** * *
392339 AGTAAAATATTGCTAAATTAACAATATTCTAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATG
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* **** * * * * * * * ** *
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* * * * * * *
392466 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--CTTCAGCTCATATATGCTTATTCGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGA
* * * *
392517 AACAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGTAAGA-AATT-AAAAA-AAA--
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
392577 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA
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* * * * * **
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* * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* *** ** * * * *
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* * * **
392822 AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAA
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* *
392874 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT-GGAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * **
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* ** * * * * *
393001 TAACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTATTTCT-GTTCAT-TAAGCTTA-TTCA
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** * * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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* ** *
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* ** * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
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* ** * * * * **
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* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * * * * ** *
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* * * * **** * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * ** * * * *
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* ** * * * * * * **
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** * ** ** *
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1 A--AT-AAAATAAT--ACTAATT-T--A-TT--AAT-ATTCA-AA--AATTAATAAG---TAAGA
* *** * * * * * * *
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* * ** ** ** * **
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* *
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** * * ** * * * * ** *
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1 AAT-AAA--ATAAT-ACTAATTTATTAATAT--TCAAA-AATTA-ATAAGT--A--AGAG---AT
* ** * ** * * * * ** * *
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51 TT-AA--AAAATAA-ATTTATTTACCAAACAAGTTCA-AA-TAGTTA-T-GACTA-TTT--GAAC
* * * * * * * *** *
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** * * *
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* ** ** ** * **
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1 AATAAAATAA---TACTAATTTAT-TAA---TATTCAAAAATTA-ATAAGTAAGAGATTTA--AA
** *** ** * * * * * * * * *
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* *
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* * *
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*** ** ** * * ** * * * *
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1 AATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAA-G---TAAGAGATTTAA-AA--A
*** ** * ** * * *
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** * * * * *
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** *
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171 AGCTTATTTGA
* * * **
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* *** * * * * *
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* * * **
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* *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAAT
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* * *
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1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
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64 -TTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
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128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-
*** * * * * *
395356 TT-TTTGTTAAAGC-AGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTCCAAATCATTTT
64 TTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAAT
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
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* ** * **
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* * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
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* * * * * **
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* * * *
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* *
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* * * *** * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* * * * * *
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1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * * * ** **
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* * * * * * *
390787 CTATTTGAATAATGATCTATTTTAAATCATTAT-GACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTT
130 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * **
390851 CA-GTTCATATAAGGTTATTTGAAATAAAACAATACT-ATGCTATTAATATTCCGAAAATTAATA
194 -ATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATG-TAATAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
390914 ATTAAGAGATTTAGAAAATGAATCTATTTACCGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAAC
257 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAAC
** *** * * * * *
390978 AATTAT-TGATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTCTATTAAT
320 AATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAAT-AATTTTTTCAACTCAT
* * * *
391042 AC-AAGCTTATTTCAAATAACATAATACA-AATTTATTACTATT-AAGACAATTAATAAGTAA-A
382 ACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATTAGTAAGA
* * * * * * *
391103 CGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGCTCAAATCGTTATGACTATTTCAACAATTATT
443 -GATTTAAAAAATAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
391168 TATTTCAAATTCTTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATCCATGCAAGCTTA
507 TATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTG
* * * * * *
391233 TTTGAATTAAAATTATATTAATTTATTAATATTTCGACATTTAATAAGTAGAAGATTTAAAAA-A
571 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAATA
* * * * * * * *
391297 ATATATGTTTAGCAAACAATTTCAAATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCAT
632 A-ATCTATTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
** * * *
391362 CGTGACGTTTTGTTTTGTAAC
695 TATGAC-TTTTGTTCTGTTAT
* ** * **
391383 AAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATTCA
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * *
391448 AAAAATTAA-AGTGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAGTAGTTAT
65 AAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
* *
391512 GACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGACCTTTTGATTCAAAACATTATGACCTTT
128 GACTATTTGAACAATTATATATTTC--A--A--AT---C----G-TT------A-TA-G-CCTTT
* * * * *
391577 TGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAAT
170 TGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * * ** *** *
391640 TTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCAATTTTTTGAA-TAAGT
233 GTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCAA-T
* * *
391703 TCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCAT
297 TCAAATAGTTAAGACTAT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * ** * *
391768 -AAACCATTTGTTTCTACTCA-AAAAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
361 AAAATAATTT-TTTCAACTCATACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * * * * * * * * *
391831 C-AAAATTAATGATTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATG
424 CAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
391895 ACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATAATCC-TTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTT
489 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
391959 TCTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
553 TTTGTTCATACAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * * *
392023 AGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTTATCTACCGAACAAGTTCAAATAGTCT-TG-TTCATTTGAA
617 A---G-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACAA-TTCAAATAGT-TATGAAT-ATTTGAA
* ** ** * * **
392086 CTATTATCTATTTCAAATTGTTAAAACATTTTATTTTGTCGT
674 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTCTGTTAT
** * *
392128 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAAAAAATAATAATACTAATTTATTACA-ATTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAATAA-AATAATACTAATTTATTA-ATATTT
* * * **
392192 TGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATATCA-TTATTGAACTAGTTCAAATAGTTAT
64 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
392252 GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT-G-ATCTTTGTTCTATCCTAAAACATTTAG
128 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAGCCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * * * *
392315 TTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAAT-TAACAATATTCTAAACATTAAT
192 TTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATGTAATAATATTCTAAAAATTAAT
* * ** * * *
392379 AAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCGA--CTAACAGTTAAGACTATTAGAAC
256 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATT-GAAC
* ** * * ** *
392441 AATTACCTATTTCAAATGGTTCTGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCTTCAGCTCATA-T
320 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAACTCATACT
* * * * * * * *
392505 ATGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGTAAGA-AATT
385 A-ACTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCA-AAAATTAATTAGTAAGAGATTT
* * * *
392569 -AAAAA-AA--ATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTGTCTATTTA
448 AAAAAATAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * *
392630 AAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTGTTCAAAA
513 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTGTTCGAAA
* * ** *
392695 TAAAATAATATTACTTTATTAGTATCACAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-TA
578 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA-ATAAATCT-
* ** * * * * *
392759 ATTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTCGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
637 ATTTA-TCAAACAATTCAAATAGTTATGAAT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TG
* *
392823 ACTTTTGTTTTGTCAT
699 ACTTTTGTTCTGTTAT
* * * *
392839 AAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * *
392903 CAAAAATTAATAAAT-GGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGGTAT
64 TAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * **
392967 GACTATTT-AGACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTAT
128 GACTATTTGA-ACAATTATATATTTCAAATCGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
* * * *
393031 TTCTGTTCAT-TAAGCTTA-TTCATAATAAAATAATACTAAAGTAATAATATTCTAAAAATTAAT
192 TTATGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAAT
* * *
393094 AACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAAC
256 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTAT-TGAAC
* * * * ** * *
393159 AATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAAATTTTCAATTCTTACT
320 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAACTCATACT
* *
393224 AACTTATTTTGAAATAAAATAA-ACA-AATTTATTAATATTTCAAAAAAATTAATTGGTAAGAGG
385 AACTTA-TTTGAAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATA-TTC--AAAAATTAATTAGTAAGAGA
* * * * * * *
393287 TTTAAAAAATGATTTTGTTTGCCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
445 TTTAAAAAATAATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * *
393352 TTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAACAAAAGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCA
510 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTGTTCG
* * * * *
393416 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGACTTAAAAACTAAATTTGT
575 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTAT
* * * * * ** *
393481 TTATAAAACCAGTTCCAATAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTAGGACT
639 TTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATGAATATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-
* *
393545 TTTTGTTCTATTAC
701 TTTTGTTCTGTTAT
* ** * * * * *
393559 AAAACAATAGTTTCCGTTCATACATGCTTATTTAGATTTATATAATACTAATTTATCAATATTTT
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
*** * * * * * * * *
393624 GGCAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGA
65 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * *
393689 CTATTTGAATAATTATAAATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTT
130 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * *
393752 CA-GCTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-GTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
194 -ATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATG-TAATAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * * * * *
393814 AATTAGGAGATTTTAAAAATGAATTTATTTACCGAA-CAAGTTTAAATAATTATATACTACTATG
256 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTA-T-TG
** * * * * * ** * *
393878 --TTATTA-ATATTATGAAAAC-TAAT-A-ATTAAAAGATTT-T-A-AAAATGAATCTATTTACC
317 AACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTT--TTGTTTTGTCATAAAAT-AAT-T-TTT-TC
* * * * * *
393934 GAAC-AAGT-TTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATGGATTTGGAATCATTATAACCTTTT
375 -AACTCA-TACTAACTTATT-TGA--A-AT-AA-AA-TA---A--T--AATAATT-T-A----TT
* ** * * *
393997 AATTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAAT-TT
418 AATAT-TC--AAAA--A-TTAAT-TAGT-A-A-GAG---ATTT--AA-AAAATAAT---TATGTT
** * * * * * * ** * * * * * *
394061 TATTAATATTAAGAT-AATTAATCAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGT
464 TACCAA-A-CAAGTTCAAATAGTTA-T-GACTATTTGAACAAT-TATCTATTT-C--AA-ATTGT
** * ** * *** **
394124 T-T-AAATTGTTGTTATT-TCA-ATAATTATT-TACTTCAAATTCTT-ATGACTTTTTTGTTTTA
520 TATGACCTT-TTGTT-TTGTCATAAAACAATTGT--TT----TTGTTCAT-ACAAGTTTGTTCGA
* * ** * * * * * *
394183 TCATAAAACAATTATTTCTGTCCATTTGAGCTTATTTAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
576 -AATAAAATAA-TATTAAT-T-TA-TT-A--ATATTTCAA--AAATTAAT----A---A--GAGA
* *
394248 TTTTTAGAATTAATAATTAAAAGATTTTAAAAAAAAGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTCAT-
622 --TTT---A--AA-AA-T--AA-A-TCT-------A-TTTATCAAACAA-TTCAAATAGTT-ATG
* * * * * * *
394311 AACTTTTTGAATAATTATCTACTTCAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTGTAAT
664 AA-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTCTGTTAT
* ** * *
394364 AAAACAATTGTTT-TAATTCGTGTAAGCTTATTTGAAATAACATAATACTAATTTATTAATATTC
1 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
394428 TAAAATTTAA-AGAGTAAAAAAATTAAAAAATTAAATCTATTT-GCTGAACAAGTTCAAATAGTT
64 TAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATC-AAACTAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
394491 ATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAAACATCAT-GACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT
126 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
394555 GGTTCTAT-TT-ATGCAAGCTTGTTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCTAAAAAT
190 -ATT-TATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATGTAATAATATTCTAAAAAT
* * *** ** * * *
394617 TAATAATTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTT-TTTAAATACGTTCAAATAGTTATGCCTATT
252 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTA-T
** * * ** * *
394680 TGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGACCATTTGTTTTATCATAAACCAATTTTTTTCCATT
315 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTTCAACT
** * * * * * *
394745 CA-AAAAATATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAA
379 CATACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAATTAATTAGTAAGA
* ** *** * * * * *
394809 TATTTTTAAAATAAATT-TGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAATAATTATT
443 GATTTAAAAAAT-AATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** * * * *
394873 TATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA
507 TATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTG
* * * * *
394937 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAAAGATTAAGAAAATTAA
571 TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGAGATTTA-AAAATAAA
* * *** * * * * *
395001 TTTGTTT-TCCTCGCAAGTTCAAATAGTCA--CATCGATTTGAACTATTGTCTATTTTAAATCAT
634 TCTATTTAT-CAAACAA-TTCAAATAGTTATGAAT--ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
395063 TATGACATTTTGTTTTAG-CAT
695 TATGAC-TTTTGTTCT-GTTAT
** * *
395084 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * *
395149 AGAAATTAATAAGT-----ATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
65 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
395209 TTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTAT-G-ATCTTTATTTTGTCCTAAAACATTTA-TT
130 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAGCCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * * *
395271 -TCTTCATACAAGCTTATTCGAAGTAAAATATTGCTAAAT-TAATAATATTCTAAACATTAATAA
194 ATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
* * *** * * *
395334 CTAAG-GATTCAAAAAATAAATGTT-TTTGTTAAAGCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACA
258 GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACA
* * * * * * *
395397 ATTATCTATTCCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTAGTTTTC-GCTTATGC
321 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTTCAACTCATAC
* * * * * *
395461 -ATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGA-AAT
384 TA-ACTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATTAGTAAGAGATT
* *
395524 TAAAAAA-AATCTA--TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTA-T
447 TAAAAAATAAT-TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
** * * ** * * * * *
395585 TCAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTAAGTTTATAAAAGCTTATTTG
511 TC-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTGTTCG
* * * *
395650 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTAT-AGCAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAA
575 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCA-AAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAA-ATAAA
* * * * * ** *
395714 T-AAGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTG
634 TCTA-TTTA-TCAAACAATTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-
* * * *
395778 TTAACTTTTGTTTTGTCAT
696 ATGACTTTTGTTCTGTTAT
* * ** * *
395797 AAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
395861 CAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAT
64 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
395925 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTT
128 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * * * * * * * * *
395990 TTTGTTCAAATAAGTTTGTTT-AGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATG
193 TATGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
396054 AGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAAGCCAGTTTAATTATTTAA-ACTATTTGAAC
257 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAA-CCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAAC
* ** * * * **
396117 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATA
320 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCA-ACTCATA
* * * ** * * *
396180 -TAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATCAGCAACAGAT
383 CTA-ACTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATTAGTAAGAGAT
*
396244 TTAAAAAATGAATCTA---TT--------GGTTC-------TA--ACTATTTGAACAATTATCTA
446 TTAAAAAAT-AAT-TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *** * * ** ** *
396289 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCACAAATTGATTGTTTCTATTTGTACAACCTTATTC
509 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTGTTC
* * * * * * *
396354 AAAACAATATAAT-TCTAACTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAGGATTAAAAAAAATGA
574 GAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-GATT--TAAAAAT-A
* * * * * * *
396418 AGT-TATTTA-CTAAACAAGTTTAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAACTCAC
632 AATCTATTTATC-AAACAA-TTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
396481 CA-GAACCTTTTGTTTTGTTAT
695 TATG-A-CTTTTGTTCTGTTAT
* * * * * * *
396502 AAAACATTTTTTTCTATTTAGACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATA-TTC
1 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT
* * * * * * * *
396566 AAACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTACCGAA-TAAGTTTAAATAGTTG
65 AAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTA
* * * *
396629 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT-GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
127 TGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAG-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * * * * * *
396693 TTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TA
191 TTTATGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCT-AAAAATTA
* * * * ** * *
396756 ATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTCTAAATAGTCATA-ACTATTT
254 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACCAATTC-AAATAGTTA-AGACTA-TT
* * * * * * ** *
396819 GAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATTGTATT-AGTTT
316 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCAACTC
* * * * * *
396883 ATA-TAGGCTTATTCGAAATCAAATAATACTGATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGA
380 ATACTA-ACTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATTAGTAAGA
* * ** * *
396947 GATTTAAAAAATGAATGA-ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAACAACTATC
443 GATTTAAAAAAT-AATTATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
397011 TATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAACTTAT
507 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAAGTT-T
*
397076 -TTCG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAGAAATTTAAAAAAT
570 GTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AG--ATTT-AAAAAT
* * * * * * *
397138 AAATATGTTT-TCTGAACATATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCAATTACCTATTTCAAAT-A
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* **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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251 TAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** * *
391337 TGAATAATTATCTACTTCAAATCATCGTG-ACGTTTTGTTTTGTAAC
314 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
** * *
391383 AAAACAATTG--TTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATATTACTAATTTATTAATATT
1 AAAACAATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
391446 CAAAAAATTAA-AGTGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAGTAGTT
65 C-AAAAATTAATA-AGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATC-ATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTT
*
391510 ATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGACCTTTTGATTCAAAACATTATGACCT
125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--A--A--AT---C----G----------TTATGACCT
* * * *
391575 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TATTCATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAA
167 TTTATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATATTA
* * * * * *
391638 ATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCAA-TTTTTTGAATAA
230 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-AAGTTTATTGAA-CA
* * * *
391701 GTTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTC
293 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC
391766 AT
358 AT
* * * * * * * * *
391768 AAACCATTTGTTTCT-ACTCAAAAAACCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * * *
391832 -AAAATTAATGATTAAAAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGA
66 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
391896 CTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTATAATCC-TTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTT
129 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
391960 CTATTTATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
193 CTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * ** *
392025 T-TGAAGATTTAAAAAATTAATTTA-TCTACCGAACAAGTTCAAATAGTCT-TG-TTCATTTGAA
258 TAAG-AGATTTAAAAAA-TAAATAAGTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGT-TATGACT-ATTTGAA
* ** * * *
392086 CTATTATCTATTTCAAATTGTTA-AAACATTTTATTTTGTCGT
318 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
* ** * *
392128 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATT-AAAAAAATAATAATACTAATTTATTACA-AT
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA-AATAATACTAATTTATTA-ATA-
** * * *
392190 TTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAAT-ATCATTATTGAACTAGTTCAAATAGTT
63 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAT--TTA-CGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
392250 ATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTCTATCCTAAAACATTTA
125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-
* * * * ** * ** *
392314 G-TTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAACAATATTCTAAACATTA
189 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
** * * * * * * *
392377 ATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCG-ACTAACAGTTAAGACTATTAGAA
253 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** *
392440 CAATTACCTATTTCAAATGGTTCTG-ACTTTTTGTTTTGTCAT
318 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
392482 AAAATAATTG--CTTCAGCTCATATATGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATT
1 AAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
392545 TAGAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TT-AAAAA-AAAT-GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTTT
65 CA-AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
392605 GACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
392670 T-TAGTTCATAAAAGCTTGTTCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAGTA-TCACAAAAATTGAT
192 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAAT
* * * * * *
392733 AAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAA-TTTATTGAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTCGA
255 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TAAGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGA
*
392796 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGTCAT
317 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * *
392839 AAAATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* ** * *
392903 CAAAAATTAATAAATGGAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATAGGTAT
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTA-CGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** *
392967 GACTATTT-AGACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTAT
127 GACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * ** *
393031 TTCTGTTCAT-TAAGCTTATTCATAATAAAATAATACTAAAGTAATAATATTCTAAAAATTAATA
191 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * *** * * * *
393095 ACTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTA-TTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAAC
256 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TAAGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
393159 AATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCAT
319 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
** * * *
393200 AAAACAA--AATTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTTTGAAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATA
1 AAAACAATTGTTTTTC-ATTCATAC-AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * ** ** * * * * *
393261 TTTCAAAAAAATTAATTGGTAAGAGGTTTAAAAAATGATTTTGTTTGCCAAACTAGTTTAAATAA
63 -TTC--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCATTT-ACGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
393326 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAACAAA
123 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * * * *
393390 AGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TCAAAAA-T
188 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT
* * ** ** * *
393453 --TAA-TAAGAGACTTAAAAACTAAATTTGTTTATAAAACCAGTTCCAATAGTTATGAATATTT-
252 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * * *
393514 AAGCAATTATTTATTTTAAATTGTTA-GGACTTTTTGTTCTATTAC
316 AA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * *
393559 AAAACAATAG-TTTCCGTTCATACATGCTTATT-TAGATTTATATAATACTAATTTATCAATATT
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
**** * * * * * *
393622 TTGGCAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCA
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCA--TTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTA
* ** * * *
393686 TGACTATTTGAATAATTATAAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTAT
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
393750 TTC-AGCTCATATAAGGTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATT-TCAAAAATTA
191 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTA
* * * * * ** * * * *
393812 ATAATTAGGAGATTTTAAAAATGAATTTA-TTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATATACTACTA
253 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATAAGTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTAT-GACTA-TT
** * * * * ** *
393876 TG--TTATTA-ATATTATGAAAAC-TAAT-AA-TTAAAAGATTT-T-A-
314 TGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGAACTT--TTGTTTTGTCAT
* * * * *
393916 AAAATGAA-TCTATTT-A-CCGA-ACAAG--T-TT--AAATAATTATGACCATTTGAAC-AATTA
1 AAAA-CAATTGTTTTTCATTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAA-AAT-A--A--T--ACTAATT-
** ** * ***
393971 TGGATTTGGAATCATT-ATAACCTTTTAATTTGTCATAAAATGATTTTTTCTATTCATACAAGCT
55 T--A-TT--AAT-ATTCA-AA--AATTAATAAG---TAAAA-GA---TTT-AAAAAATA-AA--T
* * * * * * * * * * *
394035 TATTT-CAAATAAAATAATACAAAT-TTTATTAATA-TTAAGATAATTAATC-A-GT-AAA-AGA
100 CATTTACGAA-CAAGT--T-CAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATT-ATCTATTTCAAATCG-
* **** * * * * *
394093 TT-TAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTTAAATTGTTGT-TATTTCA-ATAA--TTATTT
158 TTATGACCTTTTATTTTG-TCA-T-AA-AA----CAATTGTT-TCTA-TTCATACAAGCTTATTT
** * ** * * * ** * * ** *
394153 A-CTTCAAATTCTTATGACTTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTCCATTTGAGCTTA
213 AGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATAT-TC-T-AAA-AATTA-ATAAGT--A--AGAG---A
* * * * * * ** *
394217 TTTAAATTAAAATAATATTAA-TTTATT-AATATTTTTAGAATTAATAATTAAAAGATTTTAAAA
265 TTT-AA--AAAATAA-A-TAAGTTTATTGAACA-GTTCA-AA-TAGTTA-T-GACTA-TTT--GA
* * * * * *
394280 AAAAGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-ATTCAT-AACTTTTTGAATAATTATCTACTT
317 ACAA--TT----ATCTATTTCAAATCATT-ATGAAC-TTTTG--T--TT-TGT-CAT
** * ** * * ** ** * *
394335 CAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAATTCG-TGTAAGCTTAT-TTG
1 -AAAACAAT-TG---TTTT-TCAT-TCAT---ACAA--G-CTT-ATTCGAAATAAAATAATACT-
* * * * ** ** *
394398 AAATAACATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAATTTAAAGAGTAAAAAAATTAAAAAATTAA
51 AATTTA-TTAATATTCAA-AAATTAATA-AGT-AAA---AGA---T-------TTAAAAAA-TAA
* * * * *
394462 ATCTATTTGCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAATTCAAAACATCA
98 ATC-ATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
394527 TGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTATTTATGCAAGCTTGTTTCA-AATAAAATAA
161 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAA
* * * * * * *
394591 TATAAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAATAATTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTA-TTTTTTA
225 TATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TAAGTTTATTG
* * ** * *
394654 AATACGTTCAAATAGTTATGCCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGACCATTTGTT
289 AACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
*
394719 TTATCAT
353 TTGTCAT
* * * **
394726 AAACCAATT-TTTTTCCATTCAAAAAATATTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 AAAACAATTGTTTTT-CATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** ** * * *
394790 CTAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAATAAATTTGTTTATTGAGCGAGTTCAAATAGTTATG
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
394855 ACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
394919 TCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAAT-A
192 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* ** * * * *
394983 --AA-AGA-TTAAGAAAATTAATTTGTTT-TCCTCGCA-AGTTCAAATAGTCA-CATCGATTTGA
257 GTAAGAGATTTAA-AAAATAAATAAGTTTAT--T-GAACAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGA
* * *
395041 ACTATTGTCTATTTTAAATCATTATG-ACATTTTGTTTTAG-CAT
317 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTT-GTCAT
* ** * *
395084 AAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATT
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * *
395147 TCAGAAATTAATAAGT-----ATTTAAAAACTAAATCTTTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
395207 GATTATTAGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCCTAAAACATTTATT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
395271 TC--TTCATACAAGCTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATA
192 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * *** * * * * *
395333 ACTAAG-GATTCAAAAAATAAATGTTTTTGTTAAAGCAGTTCAAATAGTTAAGAATATTAGAACA
256 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
395397 ATTATCTATTCCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTAGTCAT
320 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
395437 AAAATAATTAG-TTTTCGCTT-ATGCATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
1 AAAACAATT-GTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
395500 TCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TT-AAAAA-AAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
64 TC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTAC-GAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
395561 TTGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT
125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * **
395625 GTTT-AAGTTTATAAAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAGCAATT
189 GTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * * * *
395688 GATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATAAGTTTATTGAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTG
252 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
395753 AACAATTATCTATTCCAAATCATTGTTAACTTTTGTTTTGTCAT
316 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* ** * *
395797 AAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
** * *
395861 CAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATG
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCA-TTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
395926 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * *
395991 TTGTTCAAATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAG
193 CTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
396056 TAAGAGAATTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-AAGCCAGTTTAATTATTTA-AACTATTTGAACA
258 TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-AAGTTTATTGAA--CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** *
396118 ATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACTATTCGTTTTGTCAT
320 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAACT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
396158 AAAACAATTGTTTAT-GTTCATA-TAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATT
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
396221 CTAAAAATTAATCAGCAACAGATTTAAAAAATGAATC-TATT--G-----GTTC-------TA--
65 C-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAT-TTACGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ***
396269 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTATCACAAATTGATTGTTT
128 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * * * *
396334 CTATTTGTACAACCTTATTCAAAACAATATAAT-TCTAACTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAA
193 CTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * * *
396398 GTAAG-GATTAAAAAAAATGAAGTTA-TTTACTAAACAAGTTTAAATACTTATGACTATTTGAAC
257 GTAAGAGATT-TAAAAAAT-AAATAAGTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** *
396461 AATTATCTTTTTCAACTCACCA-GAACCTTTTGTTTTGTTAT
319 AATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
396502 AAAAC-ATT-TTTTTCTATTTAGACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAACACAAATTTATTAATAT
1 AAAACAATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * * *
396564 TCAAACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTG
64 TCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TCATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
396629 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
396694 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAAT
191 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
* * * * * *
396758 AAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG-TCTAAATAGTCATAACTATTTGAA
255 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAAC-AGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAA
* * *
396822 TAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTAAT
318 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
396864 AAAAAAATTG-TATT-AGTTTATATAGGCTTATTCGAAATCAAATAATACTGATTTATTAATATT
1 AAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * **
396927 CTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATGAATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCCT
65 C-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CATTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
396992 AACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
397057 TCTATTCATAGAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA
192 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * *
397121 G-CAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACATATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAGCA
257 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTAT-TGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
397184 ATTACCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGT
320 ATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
397224 AAACCAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCCAAATAGAATAGTACTAATTTATTAATATTT
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * *
397288 CAAAAATTAGTAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATTTC-TTTACCAAGCAAGCTCTAATAGTTAT
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--TCATTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
397352 GACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTGATCAAACAATTGTT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
397417 TTTATTCGTAGAAGTTTA-TTCGAA-ATAAATAATACTAAGTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
192 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * ** ** * * *
397480 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAA-A---C-AAT--TTCATGTCCATTTGAATA
256 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAACAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACA
* *
397537 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTTAT
320 ATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * *
397578 AAAAACAATTGTTTAT-GTCCATACAAAATTATTCAAAATTAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 -AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
** * * * *
397642 TTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAAAGCTATTTACCAAGCTAGTTCAAATAGTTAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-ATTTACGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
* * *
397703 GATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
397767 TCTTTTCATATC-AGCTTATTTGGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA----AAAAA-T-A-A
192 TCTATTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* ** * * * * *
397824 A-T---ATA-TT------T---T--GTCGA---ACCATTTCAAATAGTTAAGACTATTAGGACAA
256 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* *
397870 TTATCTATTTCAAATCATTCT-AACTTTTTGTTTAGTCAT
321 TTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
** * ** * * *
397909 AAAACAA-TCATTTT-AGTTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTGATTTACTAACATT
1 AAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * * * * **
397972 TGAAAACTTGATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAACAAGCTCAAATAAAT
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCA--TTTA-CGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
398036 ATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * *
398101 TTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCCGAAATAAAAATAATACTATTTTATTAATATT-TCAAAAAT
190 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG-AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAAT
* * * * * *
398163 TATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCT-AGTTT-TTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACCAT
251 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TAAGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * *** * *
398226 TTGAACAAATATGAATCTCAAATTGCTATGATC-TTTGTTTTGTTAT
313 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* ** ** * *
398272 AAAAAAATTGTTGCT-GGTCATACAAGCTTATTC-AGATAAAATAATA-TAATTTAATAATATTT
1 AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * ** ** * * * *
398334 AAAAAATTAGTAAGTAGGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTTGCCAA-ATTAGTTCAAATGGTTAA
65 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CATTTACGAACA--AGTTCAAATAGTTAT
* * * * * ** * *
398397 GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
398462 T-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAAATA
192 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * ** *
398526 AGCAAGAGATTTGAATAAATAAATCTA-TTTACCGAACGAGTTCAAATAGTTAT-AATCATTTGA
256 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-AAGTTTATTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGA
* *
398589 AAAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
317 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
398632 AAAACAATTG--TTTAAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATATT
1 AAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* ** * * *
398695 TTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTA
64 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCA-TTTAC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * ** * * *
398759 TGACCATTTGAATAATTAAATATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAC-ATT-T
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * ** *
398822 CTC-A-GCATATAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--T
191 TTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT
** *** *
398880 -AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAC
255 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
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319 AATTATCTATTTCAAAT
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Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCATTTACGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATAAGTTTATTGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:396640 original size:886 final size:881
Alignment explanation
Indices: 395464--397137 Score: 1993
Period size: 886 Copynumber: 1.9 Consensus size: 881
395454 CTTATGCATG
* * *
395464 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
1 CTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
* *
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66 AAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCA
** * *
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131 CCATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTAAGTTTAGAAAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* ** * * * * * * **
395659 AATATTACTTTATTAATATTATAGCAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATAAGTTTATT
196 AACACAAATTTATTAATATTATAACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAACATAAATAAGTTTACC
*
395724 GAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTGTTA-AC-TTTT
261 GAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATT-CAAA--ATTGTTAGACTTTTT
395787 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
323 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
** *
395852 TTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAATTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAACCAGT-T
388 TTAATATTTTCAAAAA-TAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAACAAGTCT
* * ** *
395914 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTATTTTGTCAT
451 -AAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTATTTTGTAAT
* * * * * *
395978 AAAACAAA-TGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTAG-AATAAAATAGTATTAATTTATTAATATT
514 AAAA-AAATTGTATTAGTTCAAATAAGCTT-ATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
396041 TTGAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGCCAGTTTAATTA-T-TT
577 CTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCCT
* * * * *
396104 AAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTATTCGTTTTGTCATAAAACAATTG
642 -AACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTCATTTTATCATAAAACAATTG
* * ** * * *
396168 TTTATGTTCATATAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
705 TTTATATTCATAGAAACTTATTTCGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTC-AAAAATTAA
*
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768 TAAGCAGA-A-ATTTAAAAAATGAATCTATTGGTTCTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
396296 TTGTTATAACCTTTTATTTTATCACAAATTGATTGTTTCTATTTGTACAAC
831 TTGTTATAACCTTTTATTTTATCACAAATTGATTGTTTCTATTTGTACAAC
* * ** * *
396347 CTTATTCAAAACAATATAATTCTAACTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-GATTAAAA
1 CTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
* * *
396411 AAAATGAAGTTATTTACTAAACAAGTTTAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTC-A
66 AAAAT----CTATTTACTAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTCAA
* * * * * * * *
396475 ACTCACCA-GAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACATTTTTTTCTA-TTTAGACAAGCTTATTTCAA
126 AATCACCATG-ACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-AAGTTTAGAAAAGCTTATTTCAA
396538 ATAAAATAACACAAATTTATTAATATTCA-AACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAA-ACTAAAG
189 ATAAAATAACACAAATTTATTAATATT-ATAACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAACA-TAAA-
* * * * * * **
396601 T-TGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
251 TAAGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTCAAAATTGTTA-
** ** * *
396665 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATA
315 GACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATA
* * * *
396730 TTAATTTATTAATATTTTGACAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
380 TTAATTTATTAATATTTTCAAAAATAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * *
396795 AAGTCTAAATAGTCATAACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
445 AAGTCTAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTG
* * * * * *
396860 TAATAAAAAAATTGTATTAGTTTATATAGGCTTATTCGAAATCAAATAATACTGATTTATTAATA
510 TAATAAAAAAATTGTATTAGTTCAAATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
396925 TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATGAATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
575 TTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
* * *
396990 CTAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTG
640 CTAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCATTTTATCATAAAACAATTG
*
397055 TTTCTATTCATAGAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATA
705 TTTATATTCATAGAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATA
397120 AGCAGAAATTTAAAAAAT
770 AGCAGAAATTTAAAAAAT
397138 AAATATGTTT
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 109, Indels: 46
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Matches are distributed among these distances:
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888 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (881 bp):
CTTATTCAAAACAAAATAATACTAACTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAA
AAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTCAAAATCA
CCATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTAAGTTTAGAAAAGCTTATTTCAAATAAAAT
AACACAAATTTATTAATATTATAACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAACATAAATAAGTTTACC
GAATAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTCAAAATTGTTAGACTTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
ATATTTTCAAAAATAATAAGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTCTAAATA
GTCATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTGTAATAAAAAAA
TTGTATTAGTTCAAATAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
AATGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATCAATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCCTAACTATTTG
AACAACTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTCATTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCAT
AGAAACTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGCAGAAATTT
AAAAAATGAATCTATTGGTTCTAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT
ATTTTATCACAAATTGATTGTTTCTATTTGTACAAC
Found at i:398183 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 397843--398958 Score: 958
Period size: 182 Copynumber: 6.2 Consensus size: 181
397833 GTCGAACCAT
* * * * *
397843 TTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAGGACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACTTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
** * * * * * *
397906 CATAAAACAATCATTTTAGTTCATGCAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTGATTTACTAACAT
64 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
397971 TTGAAAACTTGATAAGTAAGAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
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* ** *
398025 CTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
398090 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAAATAATACTATTTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *** *
398155 TCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTA-GTTTTTGAACCAA-
130 TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACCAAACAAG
* * * ** * ***
398207 TTCAAATAGTTA-AGACCATTTGAACAAATATGAATCTCAAATTGCTATG--ATCTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTGTTTTGT
* * * * * * *
398269 TATAAAAAAATTGTTGCTGGTCATACAAGCTTATTC-AGATAAAATAATA-TAATTTAATAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * **
398332 TTAAAAAATTAGTAAGTAGGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTTGCCAAATTAG
129 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
* * * * *
398384 TTCAAATGGTTA-AGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAGATTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT
* * * *
398447 CATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAACA-
64 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
398511 TTCAAAAAATAAATAAGCAAGAGATTTGAATAAATAAATCTATTTACCGAACGAG
129 TTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
*
398566 TTCAAATAGTTATAA-TCATTTGAAA-AATTATCTATTTAAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTG
1 TTCAAATAGTTATAACT-ATTT-AAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTG
* * * * *
398628 TCATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAGTACTACTTTATTAATA
63 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
398693 TTTTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTGAATC-AG
128 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAC-CAAACAAG
* * * * * ** * * **
398747 TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTAAATATTTCAAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * *
398812 TAAAAC-ATT-TCTCAG--CATATAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
398872 CAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAG
131 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
* *
398919 TTTAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCTA-TTCAAAT
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
398959 TGTTATAGTT
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 154, Indels: 72
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.01
171 12 0.02
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173 2 0.00
175 2 0.00
176 41 0.05
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184 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
Found at i:399741 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 399704--399741 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
399694 CTAATCGATC
*
399704 GATCCCTTTTGTAGGGGATT
1 GATCCCTTTTCTA-GGGATT
399724 GATCCCTTTTCT-GGGATT
1 GATCCCTTTTCTAGGGATT
399742 TTGGTCCTGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.35
20 11 0.65
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GATCCCTTTTCTAGGGATT
Found at i:401323 original size:16 final size:16
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Indices: 401289--401323 Score: 52
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401279 ATATAAGCTC
**
401289 ATACCAATTGTTATGG
1 ATACCAATTGTTAAAG
401305 ATACCAATTGTTAAAG
1 ATACCAATTGTTAAAG
401321 ATA
1 ATA
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ATACCAATTGTTAAAG
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406067 TATAAGTTTG
*** * *
406077 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAGAAAATTAATTTTTAAGAGATTTAGAAAG
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* * * * * *
406142 TAAATCTGTTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
65 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * ** * * *
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* * * * * ** *
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1 -TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA
** * ** * * * * * * *
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64 ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
406387 GTTATGACCTTTTTCTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTT
129 GTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTT
** * * * *
406440 TTCTTATTAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAAT
1 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
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66 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * *
406570 TTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATCCATACAAGCCTA
131 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTT
* * * * * *
406621 TTCAAAAGAAATTAATATTAATTTATTAACA-TTTGAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAA
1 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAA
*** * * * * * *
406685 TAAATCTGTTTAATGAATAAGTTAAAATAGATATTACTATTTGAACAATTGTCAATTT-AAATTC
65 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TC
* * * * * * *
406749 GTTATAACCTTTTGATTTGTCATTACACAATTGTTTTAATTAAAACAAGCTTAG
129 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTT-T
* ** * * *
406803 AT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTATAAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAA
1 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * ** * * * * * * **
406866 TAAATTTGTTTATCAAATTAGTTAAAATAATTGT-AGTCGTTTAAATGATTATCTATTTCAAATC
65 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
406930 GTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTAATCATATAAGCTTAT
129 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAGCTT-T
* * * * *
406984 TT-GAAATACAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAAT
1 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * ** * *
407048 AAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGGTTATTAGAATAATTAT-TAATTTCAAATCT
66 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-A--T----T-T
* * * *
407112 CAAATCGTTAAGA--TATTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTGA-TCATAGAAGCTTAT
123 CAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATTCATACAAGCTT-T
**** * *
407171 TTGGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
1 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* *** ** ** * *
407235 AAATGTGTTTGTTGAGCCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TAATTTCAAATC
66 AAATCTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATC
* * * * * * *
407298 GTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTA
129 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAGCTTT
* * * ** * *
407351 TTCAGAATAAAATAAT-CTAAATTTATAAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAATGATTTGGAAA
1 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAA
* * * * *
407414 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACCATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT
63 AATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * *
407479 TATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGC-TT
128 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTT
* * * * * * *
407532 ATCTAAAATAAAATAATACTAATTTCTGAATAATTCAAAAATTAATAAGCAATAG-TTT--AAAA
1 TTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
407594 TAAAGT-TGTTTAGCAAACAAATTCAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAAT
65 TAAA-TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
407657 CATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTGAATTCATACAAACTTA
128 CGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTT
* * *
407712 GTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCCAAAAATTAATAAGTAATTA-ATTTAAAAA
1 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
407775 GTAAATCTATTTACTAAATC-AGTTC-AATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCAATTTCAAAT
64 ATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
407838 TGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATATAACAATTGTTTT-TGATCATATATG-TTT
128 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-A-AACAATTGTTTTAT--TCATACAAGCTTT
* *
407893 ATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAA
1 -TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
407954 -AAATTTGTTTATCAAACCAATTTAAAATAGTTATGACTATTTGGATAATT-GCATACTTCAAAT
65 TAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAAT
* * * * * * * *
408017 CATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTACTTTTGTTCATACAAGCTTA
128 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTT
* * ** *
408071 TTCAAAATAAAATAATACTAATATGA-AAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
1 TTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * ** * *
408135 TAAATTTGTTTGCCAAAGTAGTTCAAATAGTTAAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC
65 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
408200 ATTTTTGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAGCTTT
Found at i:407194 original size:187 final size:188
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406913 ATTATCTATT
* * * * * *
406923 TCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTAATCATATAAGCTTATTTGA
1 TCAAATCGTTAAGACTATTTGTTTTATCAAAAAACAATTATTTCTAATCATAGAAGCTTATTTGA
* *
406988 AATACAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
66 AATACAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ****
407053 TGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGGTTATTAGAATAATTATTAATTTCAAATC
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* *
407111 TCAAATCGTTAAGA-TATTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGCTTATTTGG
1 TCAAATCGTTAAGACTATTTGTTTTATCAAAAAACAATTATTTCTAATCATAGAAGCTTATTT-G
* *
407175 TTAA-A-AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 -AAATACAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* ** *
407238 TGTGTTTGTTGAGCCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTAATTTCAAATC
129 TATGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTAATTTCAAATC
407298 GTTCTGACCT
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 21, Indels: 5
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
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TCAAATCGTTAAGACTATTTGTTTTATCAAAAAACAATTATTTCTAATCATAGAAGCTTATTTGA
AATACAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTAATTTCAAATC
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407787 ACTAAATCAG
*
407797 TTCAATAATTATGGCCAT
1 TTCAATAATTAT-GCAAT
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407831 TTCAA
1 TTCAA
407836 ATTGTTATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAATAATTATGCAAT
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408221 AAAATTTTAC
* *
408231 GAATAGAACCAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * ** *
408296 AATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAC---TT-A
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* *
408356 -TTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCAT
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* * * * * * *
408406 GTACAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAGTAGATAATTGTTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * *
408471 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGA-TTCTTTTTTAATTCTTTTACTCATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * ** * *
408535 TTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAGCAAACTTATAT
131 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
408586 GAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGCTCATTATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* *
408651 AATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * *
408716 TTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAACTTGTAT
131 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * ** * * * **
408767 GAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGGAATAAATAATTGCACA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
408832 AACAGTCATAA-TGATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
66 AATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * *
408896 ATTGTCTT--AATATTAGTAAATTTGGATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTAT
130 ATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
408948 GAACAAGAAA-AATTTTTTTATAACAAAATAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTC
1 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
** * * * * *
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65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATT
* * * * *
409076 AATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTTTAT
129 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * *
409129 GAACTA-AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
1 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * * *
409193 ATATAATCATGATTATTTGATCCAT-ATC-GTTAAACGTATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTAT
65 AAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * * * * *
409256 TAATTGCTGAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTAATCCGAATAAACTTGTAT
128 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * ** *
409310 AAACAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TCTC
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TC
* * * * *
409374 AAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT-TGATAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * * * *
409434 AA-TATTCAAATAATTAATAGAA-TAGCATTACTTTATTCTGAACA-AA-CTTATAT
129 AATTTTTGAAAT-ATTAATA-AATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
409487 GAACA-AAGGCATTTGTTTTAAGACAAAATAGAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
1 GAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
409551 AAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC----ACTTATT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *
409611 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGCAT
129 AATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
409664 GAATTCA-AAAAAACTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATATGAAATAGATAATTAT
1 GAA-T-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
409728 TCATATAGTCTTTAA-TATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTA
63 TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
409792 TTAGTTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
127 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * ** ** * * * * ** *
409847 GTACAAAAATTATTGTTTTATGACAGTACAAAAAGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * *
409912 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
* * * *
409977 TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTTGAAT
131 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
** * * * * *
410028 GTTTA-AATACAATTGTTATATAACCAAACAAAAGGTAATAAGGATTTTGAAATAGATAATTGTT
1 GAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTT
*** * * * ** ** * * * ** * *
410092 GGCATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTTGGTAAACAGGTTCACTTTTTAAATCATGCATTTTT
64 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
410156 TAATTTAT-AGAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTAT
128 TAATTTTTGA-AATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
410213 GAATTGCAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGACAATTGCTC
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** ** ** * * * *
410278 ATATAGTCTTAATTGCTTGAAC-TGTTTTGGCAA-ATAGCTTAATTTTTTAAATATCTTAGTTAT
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
410341 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTCCAAATAAGTTTATAT
128 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * ** *
410395 GAACTA-AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC
1 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** * *
410459 AAATAG----GA--A-TTG-----GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
65 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * *
410512 AATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAGGCTTGTAT
130 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * ** **
410564 G-ATGAAAAAAAAATTATTTTATAAGAAAACAGAAGTTTGTAACAATTTTGAAATAGATAATTGT
1 GAAT--AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *** * * ** * * *
410628 TCAAATGGCCAAAATTATTTGAACCAATTTAATAAAC-TGGCTTATTTTTTAAATCTCTAATTTA
63 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *** * *
410692 TCAATTTTTGAATTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAACTTTTAT
127 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
410747 GAACT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAAAAAAAAGGTCATATTTATAAT-AAATAGATAATTGT
1 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGT
* ** * *
410810 TCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTATTATTT
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* * *
410874 ATTAATTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTAT
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* **
410929 GAACT-G-AA-AATTATTTTATGACTAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
1 GAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
410990 CTAATAGTCTTAA-TCACTTGAA-TTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
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* * * ** * * * * * *
411053 TTAATTTTT-AGAATACTATTAATTTAACAATAATATACTCCAATTAAGCTTGTAT
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* * * *
411108 GAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
411172 AATAATCATATCTACTAGAACTGGTTC-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTA
66 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
** * * ** **
411232 ATTTTCAAAAAATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT
130 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * *
411284 GAATACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATAGCTT
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTG-TT
* ** * * * * * ***
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* * * * * *
411411 TTAA-TTTTAAGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATAT
127 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *** * * *
411466 GAATAGAAAGAATTTTTTTTATGACACAACAAAAGATTATAGCAATTTAAAATAAATAATTATTC
1 GAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* ** *
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65 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* ** * *
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129 AATTTTTGAAATATTAATAAA--TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
411829 GAACA-AAACCAATTATTTTATGACAAAATAAAATGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTATT
1 GAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
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64 CAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
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* * * * * *
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * *
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66 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTA
* * * * * *
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130 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
412192 GAACAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAACTGTTC
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
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* * ** * ** *
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* * ** * * ** *** * * * * *
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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129 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *** * *
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1 GA-ATAGA-AACAATTGTTTTATGACAA-AACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * *
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* *
412660 TTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTAT
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* ** * * * * * *
412715 GAATAAAAACAATTACTTTATAACAAAACAACAA-GTCATAATTATTTGAAACAAATAATTGCTA
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
412779 AAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTT-TGATAAATAGATTTATTTATTAAATC---T-CTTATT
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* * * * * * *
412839 AATTTTTGAAATATTAACAGATTAGTATTAATTTATTCCAAACAAACTTATAT
129 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
412892 GAACAAAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGCTC
1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
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* * *
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* * *
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1 GAA-T-AGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * ** *
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * *
413319 AATAGT--TATTTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAA
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* * * * *
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* * * * * ** * *
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* * ** * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * * *
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* ** * * ** * *
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1 GA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTT
* * * **
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** * * *** ** *
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* * * * * * *
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
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* * * * * * * *
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* ** ** *
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* * * *
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* **
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* * * ** * * * *** * *
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * ** * ***
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* ** **
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* * * ** * *
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* **
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * ** ** * *
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTC
* * *
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* * ** * * *
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* * * * **
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1 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* ** *
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1 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGT
* * * * *
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** * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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1 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * ** * * * *
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* * **
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* * *** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ***
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** *
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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**** * *
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* * * * **
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*
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* * * *
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* **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *** * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** ** * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * **
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* * * * * * *
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* ** * ***
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* * *
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* * * * *
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**
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** * * **
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* * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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**** * ** * * * *
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* * * * **
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* * * **
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* * * * * *
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* * *
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** *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * ** * *
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* * * ** * * * * * * * *
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* * * *** *
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* * *
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* * * * * * * ** *
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1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTTTTTG
* * * * *** *
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64 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** *
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128 -ATTACAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CAAATTAGTTCAAATAGT
* * * **
421788 TAT-GACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
188 TATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTG
* * ** * * ** **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * *
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** ** * * * **
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* * * * * *
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* * * * * **
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* * ***
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246 AACAATT-GTTTTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * * *
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308 AAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACTAACT
* *
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* * * *
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* * ** ** *
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* ** * * ** * * * * **
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* ** ** * * *** **
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* ** * * * * *** *
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTG
* * * ** * * * * * * * * ** * *
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* * * * * ** * *
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126 ATA-TTACAAAAATTAATAAGAGATTTA--AAA--A--ATAAATTAGTTTACAAATTAGTTCAA-
* * * * ** * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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309 AAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAACT
* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTT-TTTTG
* * * * * **
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64 TCATAAAACAATTGTTTT-AGTTAATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** *
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127 T-A-TTACAAAAATTAAT----AAGAGATT-TAAAAAATAAATTAGTTTAC-AAATTAGTTCAAA
* ** * *
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184 TAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * **
424670 AATAATTGTTTCGGTTCATGA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCA
246 AACAATTGTTT-TTTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* * *
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308 AAAATTAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-AACT
* * * * ** * *
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1 AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTG
*** * * * * * *
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64 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** *
424906 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCT-GTTT----ATT-G---AACCAAT
128 ATTACAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACAAATTAGTTCAAATAGT
* ** * * * *
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188 TATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAAT
** * *** * * *
425023 TGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTT
252 TGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTA
** * * * * * *
425088 ATAACTAAGAGATGTAAAAGATAAATTTATTTGCCAAAGT
315 ATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAACT
* * * * **
425128 AGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTAGT-TATTTATCAAA-AATTATGACCTTTTGTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTA-TT-TCAAATCGTTATGACCTTTT-TTT
* * * * * * * * *
425191 GGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATTCAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
62 TGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *
425256 TCTTTTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGT---TTA---T-CAAACTAGTTCAAATA
127 --TATTACAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACAAATTAGTTCAAATA
* * * ** * * *
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186 GTTATAGCTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
425374 AATTATATTTTTTCATACAACCTTATTCAGAATAAACTAATACTAATCTAATAATATTTGAAAAA
249 AATTGT-TTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAA
** * * * * *
425439 TTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACT
312 TTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAACT
* * * * * * *
425482 AGTTCAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTTTTTGT
* * * * ** * * * * * *
425547 TATAAAATAAGTTTTTTTGAATCCATGCTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAACTTATTAA
65 CATAAAACAA-TTGTTTT-AGTTAATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * * * ** *
425611 TTTTTCAAAAATTAATAAATAAAATATTTAAAAATAATTTTA-TTTACCTAACCAGTTCAAATAA
127 TATTACAAAAATTAAT-AA-GAGAT-TTAAAAAATAA-ATTAGTTTA-CAAATTAGTTCAAATAG
* * * * *
425675 TTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTCTTGTAATAAAAC-A
187 TTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** * *
425738 TATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAT
251 T-TGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAT
* *
425803 TAAT----ATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TAGAACG
313 TAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT--AACT
* * * * * * * * **
425841 AGTTCCAATAATTATGACTTTTTGTTTTGTTATA-AAGTAAT-TGTTTCTATTC-ATACAAGCCT
1 AGTTCAAATAGTTATGAC----T-ATTTG--A-ACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCT
** *** * * * * * * *
425903 ATTTGGATTAAAATAATACTAATT-TATTA-ATATTTCAA-C--A-TT-TAAT-AAGTAA-A--A
56 -TTT-TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTA
* * * ** * * * * * * *
425957 AATT-TTAAAAATA-AATATGTTTATTGAACTAG-GTCAAATAGTGATAACTA-TTTGA-ATTAT
118 ATTTATTAATATTACAA-A-AATTAAT-AA-GAGATTTAAAAAAT-A-AATTAGTTT-ACA--A-
* * * ** * *** * * * *
426017 TATCTATTTGAAATCGTTAT-GACCGTTTG--T-TTTATC-ATAAAAAAATTATT-TCA-GTTCA
173 -AT-TAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTT-T
* ** * ** *** * * *
426075 T-ATAAGCTTATTCAA-AA----TTAAATAATACTAAG-TTATT-AATATTATGAA-AAT-C-AA
233 TGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTTTCATAC-AAGCTTATTCAA-AATA-AAATAATACTAA
* * * * * *
426129 -TAATTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTCAAATA-AGTTTAAATAAT-TATACTATTTC
294 TTTATTAA-T-ATTT-AAAAATTAA--TA--AG--AAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT-CTATTT-
*
426191 AAC-AATT
347 -ACTAACT
* * * * ** * *
426198 ATTCTTTTCAAATTGTTATAACCATTTG---TTTTGTC-A--T-AAA-----ATGA--TTTTTTC
1 A----GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTT
* * * ** * *
426249 TGTTCATACAAGC--TTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTA-TT--AAT-ATA-AAGAC-AA-
62 TG-TCATA-AAACAATTGTTTT-AGT----TAATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAAT
* * * * **
426305 TTAATAAGTA--A-AATATTTAA-AA-A-A--T---AAAT---CT-GTTTACCAAACAAGTTCAA
120 TTATTAA-TATTACAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CAAATTAGTTCAA
* * * * *
426355 AT-CTTAT-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAA
183 ATAGTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
426418 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAATTACAGTAATATTAATTTATTAATATTTTGAC
247 ACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAA
* * * ** *
426483 AATTAATAAGAAAAAGATTTAAGAAATAAA-ATATGTTTTTGGAACA
310 AATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACT--AACT
* ** * * * * * *
426529 AGTTTAAATCA-TCCTAACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTG
* * ** * * * * *
426593 TAATAAAA-AATTGTTTCAAATCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** *
426657 TTCCAAAAATTAATGTGTAAGAG-TATAAAAAAATGAATCAATTTATTGAA-CAGGTTCAAATAG
129 TTACAAAAATTAA----TAAGAGAT-TTAAAAAATAAATTAGTTTA-CAAATTA-GTTCAAATAG
* * * *** * * *
426720 TTAT-GACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATG-CATTTTGTTTTGCCATAAAATAA
187 TTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *** *
426783 TTAGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTTATATTTAAAAAAT
251 TT-GTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAAT
* *
426847 TAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-CTGAAC-
313 TAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AACT
* * * * * * *
426886 ATGTTCAAATATTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAACCATTATGACCTTTTGTTTGG
1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTG
* * * * * *
426951 TCATAAACCAATTATTTCTA-TTCATA-AGAGCTTATTTGGAGTAAAATAATACTAATTTATAAA
64 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACA-AGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ***
427014 AATTTCAAAAGTTTATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTAAGCGAGTTCAAATA
127 TATTACAAAA----ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTAC-AAATTAGTTCAAATA
* * * * *** * * *
427078 GTTAT-GACTGTTTGAACAATTATTTATTCCAAATCACTATGATCTTTTGTTTTATTATAAAACA
186 GTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** *
427142 ATTGTTTTTATTCGTATAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAAT
250 ATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAT
* *** * * * * *
427207 TTATAAGTTGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTCACCAAACA
313 TAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACT
* * * * * * *
427248 AGTTTAAATAGTGAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTATATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTTTTTG
* * ** ** * *
427312 TCGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATGCCAATTTATTAA
64 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** *
427375 TATTTCAACAAATTAATAAGAGATTTAAAAACA-AAATCT-GTTTATCAAACCAGTTCTAATAGT
127 TATTACAA-AAATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT-TAGTTTA-CAAATTAGTTCAAATAGT
* * * * *
427438 TAT-GATTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAACAAT
188 TATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * * * * * * * *
427501 TGGTTATAATCATGCAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAGTATTCTAAAAATTA
252 T-GTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTA
* * * **
427566 AT----AAGAGATTTAAAAAATACATGTGTTGGCTAAACT
315 ATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AACT
* * * * *
427602 AGTTCAAATAATTAAGATTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGT
* * * * ** ** *
427666 CATAAAATAATTTTTTTAGTTCAA-ACATGC-TAATTCAAAATAAAATGGTACTAATTTATTAAC
65 CATAAAACAATTGTTTTAGTT-AATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * **
427729 ATT-CAAAAAATTAATAAACAATAATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATA
128 ATTAC-AAAAATTAAT-AA-GA-GATTT--AAAAAATAAATTAGTTTA-CAAATTAGTTCAAATA
* * * *** *
427793 GTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
186 GTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * * *
427858 TTATTTCAATTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
251 TTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* ** * * * *
427923 GATAAGTTCA-AGATTTAAAAAATAATTCAATTTATCAAATT
314 AATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACT
* * * * * ** * * *
427964 AGTTCAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAAGTTACGAACATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTTTTTGT
* * * * * *
428029 TAT-AAATAATTGTTTT--TCAACATACAAGCCTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
65 CATAAAACAATTGTTTTAGT-TA-ATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * ** *
428090 TATTTTAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-CA-TGTT-C--ACT-GAACCAAT--
127 TATTACAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTAGT-TTACAAATTAGTTCAAATAG
* * ** * * *
428147 TCT-T-G---TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTCATTGTGTTATAAAATAA
187 T-TATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * * * *
428207 TTATATTAATTCATATAAAG-TTATTCAGAATAATATAATACTAATTTAATAGTATTCCAAAAAT
251 TTGT-TTTTTTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAT
* * * * * *
428271 TAATAACTAAA-AGATTTAAAAAATTAATTTGTTTGCCGAAGC-
313 TAATAA-GAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAA-CT
* * * * * * *
428313 AGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTATC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTC
* * * * * * ** *
428378 ATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAACCTA-TTCAAAATAAAATAATAATAATAATTTATTAA
66 ATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTT-GGAAT--AA-AATAATACTAATTTATTAA
* * *** * *
428442 TATTTCAAAAATATTTTTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTCAAATAAAATA--ATACAAATTTA
127 TATTAC-AAAA-A------T-TA---ATA-AGAGATT-TAAAAAATAAATTAGTTTACAAA-TTA
* * *** *** *
428504 -TT--AATA-TTA-AGAC-AATT-AATAAGTAAAAGATTT-AAA--ACAATGACCTTTTTCTTTT
177 GTTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAATAA-TTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTT
* ** * * * ** *
428559 GTAATAAAACAATTGCTTTAGTTCTTATAAG-TTTTTTGAACTAAAATAATACTAATTTATTAAT
239 GTCATAAAACAATTG-TTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * *
428623 ATTACAAAAATTAATGATTAAGAGAATTATTAAAAAA-GAATCTATTTACCGAA-T
303 ATT-TAAAAATTAATAAGAAAGAG-A-T-TTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACT
* * * * *
428677 AAGTTCAAATAGTTGTGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CTTTTTTTTGT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGT
* * * * *
428741 CATAAAACAATTGGTTTT-GTTCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT-TTAACTTTATTAAT
65 CATAAAACAATT-GTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAAT
* * * * ***
428804 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTACTTTTTGAA-TATGTTCAAATAGT
128 ATTACAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACAAATTA-GTTCAAATAGT
* * ** * * * *
428868 TAT-GATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCCAC
188 TATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * *
428932 TGTTTTTTTATCATAAAAGCTTAATT-GGAATAAAATGATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAAT
252 TG-TTTTTT-TCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAT
* *
428996 TAATAAG-TAGA-ATGTTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAGT
313 TAATAAGAAAGAGA--TTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AACT
* * * * * * * *
429037 GAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTAG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTG
* * ** *
429102 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTA-TTTTAAGTAAAATAATTCTAATTTATTAA
64 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTAGTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
429165 TATTCAAAAAAATTAATAATTTGGAGATCTAAAAAATAAA-TATGTTTACCGAATAAGTTTAAAT
127 TATT-ACAAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTA-CAAATTAGTTCAAAT
* * * * * * *
429229 AGTCATAACCATTTAAACT-ATTAGT-TATTTCAAATCGTTAT-AGCATATTGTTTTGTCATAAA
185 AGTTATAGCTATTTGAA-TAATTA-TCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAA
* **
429291 ACAATTGTTTTTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
247 ACAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAA
** * * * *
429356 AATTAAT----AAGAGATTTAAAAGCTAAATTTGTTTACAAAAT
310 AATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACT
* * * * * ** *
429396 CATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT-TATCTT-AAATCGCTACGATCTTCATTTTC
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTG
* * * * ** * ** *
429459 TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTA-TTGGGAGTAAAATGTTGCTAAGCTAATAA
64 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTAGTT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * ** * *
429522 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTCAATGT-GTTTATTGAACTAGTTTAAATA
127 TATTACAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CAAATTAGTTCAAATA
* ** * * * * *
429586 GTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTCTTTAGTCATAAAATA
186 GTTATAG-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * ** * * *
429650 ATTATTTCAGTTCATACATGCCTATTTGAAATAAAATAATACTCATTTATTAACATTCAAAAAAT
250 ATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAT
* * * *
429715 TAATAAGCAAGA-AGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACA
313 TAATAAGAAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-AACT
* * *
429758 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGT
* * * * *** * *
429823 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * ** * * *
429887 TTTCAAATTTTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATAATTTTATTGAATCAATTCAAATAAT
129 TTACAAAAATT-AATAA----GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-CAAATTAGTTCAAATAGT
* * * * * *
429951 TATCGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAT-TTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAAAAAA
188 TATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAA
* ** * *** *
430015 TAGTTTTCATCATACAAGCTTGTTTTGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
251 TTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA
* * * * ** *
430080 ATAGGTAAGAGAATTAAAAAA-AAATATGCTTACCAAACT
315 ATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACT
* * * * * * *
430119 AGTTTAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATATAGTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGT
* * * * * *
430184 CATAAAACAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAGATACAATAATACTAATATAATAAT
65 CATAAAACAATTGTTTTA-GTTAATACAAGCTTAGTTGGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * ** *
430247 ATTATGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAGTAAATTTTTTTGCTGAACCAATTCAAATAGT
128 ATTA-CAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAC-AAATTAGTTCAAATAGT
* * * *
430312 TA-AGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAACTATTATGACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAAA
188 TATA-GCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
430375 TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTA
252 TGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTA
** *
430439 ATAAG--AG-G-TTTAAAAGGTAAATCTATTTACCAAACT
315 ATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACT
* * * * * *
430475 AGTTCTAATAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTC-AATCATTAT-AACTATTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTT-TTTTG
* * * * * * * * *
430538 TCATAAAATAGTTATTTCTA-TTGATTC-AGTCTTATTTGAAATAAAATTAATGCTAATTTGTTA
64 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAG-CTTAGTTGGAATAAAA-TAATACTAATTTATTA
* * * ** *
430601 ATATCT-TAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATGAA-TATTTTGGACTGATCAGTAT-AA
126 ATAT-TACAAAAATTAATAAG--A-G-ATTTAAAAAATAAATTAGTTT--ACAAATTAGT-TCAA
* * * * * * * * * *
430663 ATAGTTATAACTGTTTAAACAATTATCTATTTCAAAGTATTATAATCTTTTGTTTTGTTACAAAA
183 ATAGTTATAGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * ** * *
430728 TAATTGTTTCTATTCATAGAAG-TTGACTT-GGAATAACATAA-ATCTAATTTATTAGTATTTCA
248 CAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTT-A-TTCAAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT-A
** * ** * * * *
430790 AAAGCTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGCTGAATCTATTTATTGATCA
308 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AACT
* * * *
430837 AGTTCAAATAGTTACT-ACTCTTTGAATAATTATCTATATCAAATCGCTA--ACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTG
* * * * ** *
430899 GCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAA
64 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTAGTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
430962 TATTTAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAA
127 TA-TT--ACAA-AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAC-AAATTAGTTCAAATAG
* * *
431027 TTAT-GACTATTTAAACAATTAT-TTTGTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TATTTGTCATAAAAC
187 TTATAG-CTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAAC
* * * * * *
431088 AATTGTTTTTGTACATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAGAA
249 AATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAA
* * * * ** * * *
431153 TTAATAA-ATAAAAAATTTTAAATATAAAAATGTTTGCCAAAC-
312 TTAATAAGA-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAACT
* * * * ** * *
431195 ATGTTCTAATTGTCATAACTATTTGAGTAATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTAT
1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGT
431260 CATAAAACAATTGT
65 CATAAAACAATTGT
431274 ATCAATTCAT
Statistics
Matches: 9162, Mismatches: 2154, Indels: 1751
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Matches are distributed among these distances:
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373 53 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
ACAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACAAATTAGTTCAAATAGTTATAGCTA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTT
CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACT
Found at i:424173 original size:317 final size:316
Alignment explanation
Indices: 423594--424210 Score: 732
Period size: 317 Copynumber: 1.9 Consensus size: 316
423584 TGACTATCGA
* * * *
423594 AACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGGTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAAACATTACGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCAT
* *
423659 GCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAATTTT
66 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAATTTA
** * *
423724 AAAAATAAATATGTTTTCCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
131 AAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
423789 AATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAACAAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAAT
196 AATCATTATAAACTTTCATTTTGTCATAAACAAATTATTTCTATTCATAAAAGATTATTTGAAAT
423854 AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAG
261 AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAG
* * * * *
423909 AACAATTATTTATTTTAAATCATTACGATATTTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAAACATTACGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCAT
** * * * ** *
423973 ACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGAT
66 ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTATTAATATTCCAAAAA-TAATAAG-TAAAAAT
* * * * *
424038 TTAAAAAATAAATTTGTTCACCGAAA-AAGTTTAAATAGTCT-TGTCCATTTGAGCTATTATCTA
128 TTAAAAAATAAATATGTTCACC-AAACAAGTTCAAATAGT-TATGACCATTTGAACAATTATCTA
* * *
424101 TTTCAAAT-AGTTATAATATTTTGATTTATCGT-A-AAAC-AATTATTTCTATTTATACAAA-AT
191 TTTCAAATCA-TTATAA-ACTTTCATTT-T-GTCATAAACAAATTATTTCTATTCATA-AAAGAT
*
424161 TATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
251 TATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG
424211 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 37, Indels: 21
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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315 48 0.19
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318 31 0.12
319 2 0.01
320 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (316 bp):
AACAATTATCTATTTCAAAACATTACGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCCAAAAATAATAAGTAAAAATTTA
AAAAATAAATATGTTCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATAAACTTTCATTTTGTCATAAACAAATTATTTCTATTCATAAAAGATTATTTGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAG
Found at i:424382 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 423908--425826 Score: 789
Period size: 182 Copynumber: 10.8 Consensus size: 173
423898 GATTTAAAAA
* * * *
423908 GAACAATTATTTATTTTAAATCATTACGATATTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
1 GAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGAT-CTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCAT
** * * *
423973 ACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGAT
64 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TAAAAATTAATAA----GAGAT
* * * *
424038 TTAAAAAATAAATTTGTTCACCGAAA-AAGTTTAAATAGTCT-TGTCCATTT
123 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGT-TATGACTATTT
* * * * * * * *
424088 GAGCTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAATATTTTGATTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTT
1 GAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGATCTTTT--TTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTC
** * *
424152 ATACAAAATTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
62 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT-AAAAATTAATAAGAGATTT
* * * *
424217 AAAAACTAAATGTATTTATC-AAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
125 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
* *
424265 CAACAATTATCTATCTTAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCATTCAT
1 GAACAATTATCTAT-TTAAATCATTATGATCTTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCAT
* * * * * *
424330 ACGAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCGAAATTAATAATATTCTAAAAATTAAGAAGAGAGTTAA
64 ACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * *
424395 AAAATAAATTTGTTTGTC-AAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTA
127 AAAATAAATTTGTTTATCGAAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
424441 GAACAATTATCTATATCAAATCATT-TGGACCTTTTGTTTAGTCGTAAAATAATT-TTTTCAGTT
1 GAACAATTATCTAT-TTAAATCATTAT-GATCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATTATTTCCA-TT
* * * * *
424504 TATACATGCCTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTATCATTTAGAAAATTAATAAACAAG
61 CATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAATTAATAAT-ATTTA-AAAATTAAT----AAG
* * *
424568 AAATTAAAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
119 AGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
** * * * * **
424623 GAACAATTATCTATTTATAAGAAGTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCGGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTA-AATCATTATGATC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCA
* * *** *
424688 TGA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AAGGTAAAG
63 T-ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTT-AAAAATTAATAA-G---AG
* ** * * * * *
424751 ATTT-AAAAATAAGTCAGTTTATTGAATC--GCTTCAAATAATTATGACCATTT
121 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAG-TTTAAATAGTTATGACTATTT
** * * *
424802 -ACACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TC
1 GA-ACAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTT-TTTGTCATAAAACAATT-ATTTCCATTC
* * * *
424865 ATACACGCCTATTCGAAATAAAATAACACT-AATGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
62 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTT-AAAAA-T--TAA-TAAGA
* * * *
424929 GATTTAAAAAATTAATCTGTTTATTG-AAC-------CA-A-TT-T--CTATTT
120 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
424970 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTAT-AGTAAAATAATTGTTTCAATTC
1 GAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTT-TT-TGTCA-TAAAACAATTATTTCCATTC
* ** * *
425034 ATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAACTAAGAG
62 ATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT-TAAAAA--T-TAA-TAAGAG
* * * * * ** * * * * *
425099 ATGTAAAAGATAAATTTATTT-GCCAAAGTAGTTCAAACAATTAAGACTATAT
121 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
** * * * **
425151 GAACAATTAGT-TATTTATCAAAAATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGA-
1 GAACAATTA-TCTATTTA--AATCATTATGATCTTTT-TTT-GTCATAAAACAATT-ATTTCCAT
* * * * * *
425214 TCATTCAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAAATTAATAAGTAA
60 TCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAAATTAATAAT-ATTT-AAAAA-T--TAA-TAA
* * *
425279 GAGATTT----AA-AAA---GTTTATC-AAACTAGTTCAAATA--TATAACTATTT
118 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
* ** * * * **
425324 GAACAATTGTAAACTTTAAAT-ATTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATATT-TTTT
1 GAACAATTATCTA-TTTAAATCA-TTATGATCTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTAT-TTCCATT
* *
425387 CATACAACCTTATTCAGAATAAACTAATACT-AATCTAATAATATTTGAAAAATTAATAACTAAG
61 CATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTT-AAAAA-T--TAA-TAAG
* * * * * * * *
425451 AGAATTAAAAAATAAATTTGTTT-GCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATAT
119 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * ** *
425505 GAATAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTTATAAAATAAGTTTTTTTGAATC
1 GAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTT-TTTTGTCATAAAACAA--TTATTTCCATT
* * * * * * * * *
425570 CATGCTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAACTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAATAAA
61 CATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AAATTAATAATATTT-AAAAATTAAT-AA-GAG
* * * ** * * *
425634 ATATTTAAAAATAATTTTATTTA-CCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
121 AT-TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
** * * * **
425687 GAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTCTTGTAATAAAACATATGT-TTT-TGTT
1 GAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGATC-TTT-TTTTGTCATAAAACA-AT-TATTTCCATT
* * * * * * * *
425750 CAAATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATATGAGAT
61 CATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAAAT-TAATAATATTT-AAAAATTAATAAGAGAT
425814 TTAAAAAATAAAT
123 TTAAAAAATAAAT
425827 CTATTTATAG
Statistics
Matches: 1347, Mismatches: 268, Indels: 251
0.72 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
168 44 0.03
169 77 0.06
170 7 0.01
171 30 0.02
172 65 0.05
173 19 0.01
174 4 0.00
175 23 0.02
176 163 0.12
177 130 0.10
178 78 0.06
179 97 0.07
180 93 0.07
181 160 0.12
182 266 0.20
183 85 0.06
184 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
GAACAATTATCTATTTAAATCATTATGATCTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCCATTCATAC
AAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
TAAATTTGTTTATCGAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
Found at i:424708 original size:852 final size:852
Alignment explanation
Indices: 423124--424759 Score: 1827
Period size: 852 Copynumber: 1.9 Consensus size: 852
423114 ACATACACGC
*
423124 TTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAA
1 TTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * *
423189 ATAAGTTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCCTTGTGACTAATTAAACAATTATTTATTTCAAATT
66 ATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATCCTTGT-ACCAATTAAACAATTATCTATTTCAAATA
* * * * ** *
423254 GTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAA
130 GTTATGAATTTTTGATTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAA
* * * *
423319 TAATATTAGTTTATAAATATTTCAACAAATAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
195 TAATACTAATTTATAAATATTTCAACAAAT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAT
* * * * *
423384 CGAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTAAATAATTATCTACTACAAATCATTGTAAATTTTTG
259 CAAACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTAAACAATTATCTACTACAAATCATTATAAATCTTTA
* * * * * *
423449 TTTTGTAACGAAACAATTTTTTCAGTTCACATAAACTAATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
324 TTTTGTAACAAAACAATTTTTCCAGTTCACACAAACTAATTTCAAATAAAATAATACAAATTAAT
* * * * **
423514 GAATATTCTAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAGTTAATATGTTTGCCCAACATTTTTGAAT
389 GAATATTCTAAAATTAA-GAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACATATTCAAAT
* * * * *
423579 AGTTATGACTATCGAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGACA
453 AGTTAAGACTATAGAAACAATTATCTATATCAAAACATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACA
* *
423644 ATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCCAAAAATA
518 ATTGGTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCCAAAAATA
** ** * *
423709 ATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
583 ATAAACAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
** * * *
423774 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAACAAATTGTTTCTGTTCATAA
648 CAATTATCTATTTCAAAGAAGTATGACCTTTCATTTTATCATAAACAAATTGTTTCGGTTCATAA
***
423839 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAATTAATAA-GTAAAAGATT
713 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAA-AAGGT-AAAGATT
423902 TAAAAAGAACAATTATTTATTTTAAATCATTACGATATTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
776 TAAAAAGAACAATTATTTATTTTAAATCATTACGATATTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
423967 ATTCATACAATT
841 ATTCATACAATT
* ***
423979 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTTGGAGATTTAA
1 TTATTTCAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * *
424042 AAAATAAATTTGTTCACCGAAA-AAGTTTAAATAGTCTTGT-CCATTTGAGCTATTATCTATTTC
63 AAAATAAATTTGTTCACC-AAACAAGTTCAAAT--CCTTGTACCAATTAAACAATTATCTATTTC
* *
424105 AAATAGTTAT-AATATTTTGATTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTTATACAAAATTATTCTA-
125 AAATAGTTATGAAT-TTTTGATTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTC-AG
* * *
424168 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAAT-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATGT
188 AATAAAATAATACTAATTTATAAATATTTCAACAAATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
424230 ATTTATCAAACCAGTTTAAATAGT-TATGACTATTTCAACAATTATCTATCT-TAAATCATTAT-
253 ATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTAAACAATTATCTA-CTACAAATCATTATA
* * * * * * * *
424292 GATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCA-TTCATACGAGCTTA-TTCAAAGTAAAATATT
316 AATCTTTATTTTGTAACAAAACAATT-TTTCCAGTTCACACAAACTAATTTCAAA-TAAAATAAT
* * * *
424355 GCGAAATTAAT-AATATTCTAAAAATT-A-AG-AAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCAAA
379 AC-AAATTAATGAATATTCT-AAAATTAAGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAA
*
424416 CCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTAG-AACAATTATCTATATCAAATCATT-TGGACCTTTTGT
442 -CATATTCAAATAGTTAAGACTA-TAGAAACAATTATCTATATCAAAACATTAT-GACCTTTTGT
* * ** * * *
424478 TTAGTCGTAAAATAATTTTTTC-AGTTTATACATGCCTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
504 TTAGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATACAAGCCTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTA
* * *
424541 TT-ATCATT-TAGAAAATTAATAAACAAGAAATTAAAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTT
566 TTAAT-ATTCCA-AAAA-TAATAAACAA-AAATT-AAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTT
* * **
424604 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-ATAAGAAGTATGATCTTTTGTTTTATCAT
626 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AAGAAGTATGACCTTTCATTTTATCAT
* * ** *
424668 AAA-ATAATTGTTTCGGTTCATGAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTT
690 AAACA-AATTGTTTCGGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT
424732 CAAAAATTAAAAGGTAAAGATTTAAAAA
754 CAAAAATTAAAAGGTAAAGATTTAAAAA
424760 TAAGTCAGTT
Statistics
Matches: 646, Mismatches: 106, Indels: 61
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
847 5 0.01
848 115 0.18
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850 13 0.02
851 55 0.09
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853 15 0.02
855 25 0.04
856 150 0.23
857 6 0.01
858 8 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (852 bp):
TTATTTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATTTGTTCACCAAACAAGTTCAAATCCTTGTACCAATTAAACAATTATCTATTTCAAATAG
TTATGAATTTTTGATTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAAT
AATACTAATTTATAAATATTTCAACAAATATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCA
AACAAGTTCAAATAGTCTTGACTATTTAAACAATTATCTACTACAAATCATTATAAATCTTTATT
TTGTAACAAAACAATTTTTCCAGTTCACACAAACTAATTTCAAATAAAATAATACAAATTAATGA
ATATTCTAAAATTAAGAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACATATTCAAATAGT
TAAGACTATAGAAACAATTATCTATATCAAAACATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT
GGTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATATAAATTATTAATATTCCAAAAATAATA
AACAAAAATTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
TTATCTATTTCAAAGAAGTATGACCTTTCATTTTATCATAAACAAATTGTTTCGGTTCATAAAAG
CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAAAGGTAAAGATTTAAAA
AGAACAATTATTTATTTTAAATCATTACGATATTTTTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
TACAATT
Found at i:424976 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 424952--424985 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
424942 AATCTGTTTA
424952 TTGAACCAATT-TCTAT
1 TTGAACCAATTATCTAT
424968 TTGAA-CAATTATCTAT
1 TTGAACCAATTATCTAT
424984 TT
1 TT
424986 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 5 0.29
16 12 0.71
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
TTGAACCAATTATCTAT
Found at i:425044 original size:347 final size:350
Alignment explanation
Indices: 424617--425513 Score: 774
Period size: 354 Copynumber: 2.6 Consensus size: 350
424607 ATAGTTATGA
* * *
424617 CTATTTGAACAATTATCTATTTATAAGAAGTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTATAAGAAGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTC
** * ** * * *
424682 GGTTCATGAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAA-TTAAAAGG
66 AATTCATGAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTAAAA-C
* * * * *
424746 TAA-AGATTTAAAA-ATAAGTCAGTTTA-TTG-AA-TCGCTTCAAATAATTATGACCAT-TTACA
130 TAAGAGATGTAAAAGATAA---A-TTTATTTGCAAGTAG-TTCAAACAATTAAGACCATATGA-A
*
424805 CAATTA-TCTA-TT-TCAAATCATTACAAACTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTCATCA
189 CAATTAGT-TATTTATCAAA-AATTACAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCA
* *
424866 TACACGCCTATTCGA-AATAAAATAACACTAATGTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
252 TACAAGCCTATT-GAGAATAAAATAACACTAATGTATTAATCATTTAAAAAATTAATAAGTAAGA
424929 GATTTAAAAAATTAATCTGTTTATTGAACCAATTT
316 GATTTAAAAAATTAATCTGTTTATTGAACCAATTT
** *
424964 CTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATAACCTTTTGTTCTAT-AGTAAAATAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTT-ATAAGAAGTATAACCTTTTGTTCTATCA-TAAAATAATTGTT
**** *
425027 TCAATTCAT-ATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTATA
64 TCAATTCATGA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTAAA
*
425091 ACTAAGAGATGTAAAAGATAAATTTATTTGCCAAAGTAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACA
128 ACTAAGAGATGTAAAAGATAAATTTATTTG-C-AAGTAGTTCAAACAATTAAGACCATATGAACA
** * * * *
425156 ATTAGTTATTTATCAAAAATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATTCA
191 ATTAGTTATTTATCAAAAATTACAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACA
* * * *
425221 AGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
256 AGCCTATTGAGAATAAAATAACACTAATGTATTAATCATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * **** * ** **
425286 AAAAAGTTTATCAAACTAGTTCAAATATATAA
321 AAAAAATTAATCTGTTTA-TTGAACCA-ATTT
* ** * ** * *
425318 CTATTTGAACAATTGTAAACTTTA-AATATTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATAT
1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTATAAGAAGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGT-T
** * * * * * **
425382 T-TTTTCAT-ACAACCTTATTCAGAATAAACTAATACTAATCTAATAATATTTGAAAAA-TTAAT
64 TCAATTCATGA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTAA-
* * * * * *
425444 AACTAAGAGAAT-TAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAA
127 AACTAAGAG-ATGTAAAAGATAAATTTATTTG-C-AAGTAGTTCAAACAATTAAGACCATATGAA
*
425508 TAATTA
189 CAATTA
425514 TCTTTTTCAA
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 73, Indels: 43
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
345 4 0.01
346 6 0.01
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354 158 0.35
355 8 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (350 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATTTATAAGAAGTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTC
AATTCATGAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTTAAAACT
AAGAGATGTAAAAGATAAATTTATTTGCAAGTAGTTCAAACAATTAAGACCATATGAACAATTAG
TTATTTATCAAAAATTACAAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCT
ATTGAGAATAAAATAACACTAATGTATTAATCATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATTAATCTGTTTATTGAACCAATTT
Found at i:425409 original size:354 final size:348
Alignment explanation
Indices: 424804--425644 Score: 917
Period size: 354 Copynumber: 2.4 Consensus size: 348
424794 GACCATTTAC
* * ** * *
424804 ACAATTATCTATTTCAAATCATTACAAACTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATAC
1 ACAATTATCTTTTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAC
* * * *
424869 ACGCCTATTCGAAATAAAATAACACTAATGTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
66 AAGCCTATTTGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
**** * * ** **
424934 AAAAAATTAATCTGTTTATTGAACCAATTTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
130 AAAAAATTAATCAAACTATTCAAACAATAACTATTTGAACAATTATAAATTTCAAATCATTATAA
* * * * **
424999 CCTTTTGTTCTATAGTAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
195 CCTTTTGTTCTATAGTAAAACAATTATTTCAATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * *
425064 AATTTAATAATATTCCAAAAATTTATAACTAAGAG-ATGTAAAAGATAAATTTATTTGCCAAAGT
260 AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAAT-TAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACT
425128 AGTTCAAACAATTAAGACTATATGA
324 AGTTCAAACAATTAAGACTATATGA
*
425153 ACAATTAGT-TATTTATCAAA-AATTATGACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGATC
1 ACAATTA-TCT-TTT-TCAAATAATTATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTGATC
* *
425216 ATTCAAGCCTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAAATTAATAAGTAAG
62 ATACAAGCCTATTTGA-AATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
425280 AGATTTAAAAAGTTTATCAAACTAGTTCAAATATATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTT-AAA
124 AGATTTAAAAAATTAATCAAACTA-TTCAAACA-ATAACTATTTGAACAATTATAAA-TTTCAAA
**
425344 T-ATTTATAACCTTTTGTTCTATCA-TAAAACAATTATATT-TTTTCATACAACCTTATTCAGAA
186 TCA-TTATAACCTTTTGTTCTAT-AGTAAAACAATTAT-TTCAATTCATACAACCTTATTCAGAA
* ** *
425406 TAAACTAATACTAATCTAATAATATTTGAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTG
248 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTA
* *
425471 TTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGA
313 TTTGCCAAACTAGTTCAAACAATTAAGACTATATGA
* * * * *
425507 ATAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTTATAAAATAAGTT-TTTTTGAATCC
1 ACAATTATCTTTTTCAAATAATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTTG-AT-C
* * * * * * * *
425571 ATGCTAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATGAACTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAATAAAAT
62 ATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAAACT-AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
425636 ATTTAAAAA
126 ATTTAAAAA
425645 TAATTTTATT
Statistics
Matches: 410, Mismatches: 61, Indels: 37
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 8 0.02
350 18 0.04
351 61 0.15
352 43 0.10
353 38 0.09
354 201 0.49
355 40 0.10
356 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (348 bp):
ACAATTATCTTTTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAC
AAGCCTATTTGAAATAAAATAAACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAATTAATCAAACTATTCAAACAATAACTATTTGAACAATTATAAATTTCAAATCATTATAAC
CTTTTGTTCTATAGTAAAACAATTATTTCAATTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
ATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAG
TTCAAACAATTAAGACTATATGA
Found at i:425807 original size:363 final size:353
Alignment explanation
Indices: 424834--425832 Score: 853
Period size: 354 Copynumber: 2.8 Consensus size: 353
424824 ATTACAAACT
* * * * * *
424834 TTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACACGCCTA-TTCGAAATAAAATAACACTAA
1 TTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATGCAAGCCTATTTAG-AATAAAATAATAATAA
* * * * * * ***** * **
424897 -TGTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTA-TTGAACC
65 CT-TATTAATCTTTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAGTTTATCAAACCAGTTCAAAT
** * * *
424959 A-ATTTCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATAGTAA-AATA-
129 ATATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAT-TTTATAACCTTTTG-TCTAT-GTAATAAAAC
** * * *
425021 AT-TGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA
191 ATATGTTTTTATTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAA
* * *
425085 TTTATAACTAAGAG-ATGTAAAAGATAAATTTATTTGCCAAAGTAGTTCAAACAATTAAGACTAT
255 TTAATAACTAAGAGAAT-TAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAATTAAGACTAT
*
425149 ATGAACAATTAGTTATTTATCAAAAATTATGACCT
319 ATGAACAATTAGTTATTTATCAAAAATTATGACCA
* * * *
425184 TTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGATCATTCAAGCCTATTTAGAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATGCAAGCCTATTTAGAATAAAATAATAATAAC
* * *
425249 TTATTAATCTTTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTTATCAAACTAGTTCAAATAT
66 TTATTAATCTTTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAT
* ** * *
425314 ATAACTATTTGAACAATTGTAAACTTTAAATATTTATAACCTTTTGTTCTA--TCATAAAACA-A
131 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAT-TTTATAACCTTTTG-TCTATGTAATAAAACATA
* * * * * * *
425376 T-TATATTTTTTCATACAACCTTATTCAGAATAAACTAATACTAATCTAATAATATTTGAAAAAT
194 TGT-T-TTTATTCATATAAGCTTTTTGA-AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAAT
* * *
425440 TAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATAT
256 TAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAATTAAGACTATAT
* *
425505 GAATAATTA-TCT-TTT-TCAAATCATTATGACCA
321 GAACAATTAGT-TATTTATCAAA-AATTATGACCA
* * * * *
425537 TTTGTTTTGTTATAAAATAAGTT-TTTTTGAATCCATGCTAGCTTATTT-GAAATAAAATAA-AA
1 TTTGTTTGGTCATAAAACAA-TTGTTTTTG-AT-CATGCAAGCCTATTTAG-AATAAAATAATAA
* * * *
425599 TGAACTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAATAAAATATTTAAAAATAATTTTATTTACCTAAC
62 T-AACTTATTAATCTTTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTT--AAA-AAGTTTA--T--CAAAC
* * *
425663 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCATTTGTCT-T
119 CAGTTCAAAT-A-TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATT-TTATAACCTTTTGTCTAT
* * * * *
425727 GTAATAAAACATATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTTGAAATAAAGTAATACTAATCTATTAAT
181 GTAATAAAACATATGTTTTTATTCATATAAGCTT-TTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT
* *
425792 ATTTCAAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
245 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTT
425833 ATAGAACGAG
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 86, Indels: 61
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 7 0.01
351 55 0.10
352 51 0.10
353 45 0.09
354 182 0.34
355 34 0.06
356 3 0.01
357 6 0.01
359 22 0.04
361 14 0.03
362 6 0.01
363 96 0.18
364 6 0.01
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
TTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATGCAAGCCTATTTAGAATAAAATAATAATAAC
TTATTAATCTTTTAAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAT
ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTTTATAACCTTTTGTCTATGTAATAAAACATATG
TTTTTATTCATATAAGCTTTTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATA
ACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACA
ATTAGTTATTTATCAAAAATTATGACCA
Found at i:426237 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 425852--431292 Score: 2011
Period size: 180 Copynumber: 30.3 Consensus size: 179
425842 GTTCCAATAA
* * ** * ** *
425852 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAGTAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCCTATTTGGATTAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAA
* * * * *
425916 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAACATTTAATAAGTAAAA-AATTTTAAAAATAAATATGTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTAT-GACAATTAATAA-TAAAATGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * ** * *
425979 ATTGAACTAGGTCAAATAGTGATAACTATTTGAATTATTATCTATTTGAAATCG
128 ATCAAACAAGTTTAAATA-TTAT-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG
* * * * ** *
426033 TTATGACCGTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATTAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAAT
* * * * * * * *
426098 AATACTAAGTTATTAATATTATGAAAATCAATAATTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTC
66 AATACTAATTTATTAATATTATGACAATTAATAATAAAATGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * *
426163 AAATAAGTTTAAATAATTATACTATTTCAACAATTATTCT-TTTCAAATTG
131 AAACAAGTTTAAAT-ATTATACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCG
* * ** * * *
426213 TTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAAT
* * * *
426278 AATACAAATTTATTAATATAAAGACAATTAATAAGTAAAAT-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
66 AATACTAATTTATTAATATTATGACAATTAATAA-TAAAATGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* *
426342 CAAACAAGTTCAAATCTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-
130 CAAACAAGTTTAAATATTAT-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCG
* * ** * *
426393 TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTTAAATTACAG
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTTAAA-TAAAA
* * * * * * *
426457 TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGAAAAAGATTTAAGAAATAAAATATGTTTT
65 TAATACTAATTTATTAATATTATGACAATTAATAATAAAATGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA
** * * *
426522 TGGAACAAGTTTAAATCATCCTA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCA
129 TCAAACAAGTTTAAAT-AT--TATACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG
* * ** * * *
426575 TTGTGACCTTTTGTTTTGTAAT-AAAAAATTGTTTCAAATCATATAAACTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAAT
*** * * ** * * **
426639 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-GTGTAA-GAGTATAAAAAAATGAATCAATTTA
66 AATACTAATTTATTAATATTATGACAATTAATAATAAAATGA-T-TTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * * * *
426702 TTGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACA
129 TCAAACAAGTTTAAATA-TTAT-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCG
* * * * * *
426755 TTATG-CATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTAG-TTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAA
* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * * *
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** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* *** * *** * * **
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*** * * *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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** * * * * ** **
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * *
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** ** ** * *
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* * *
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* * * * * *
426104 AAGT-TATTAATATTATG-AAAATCAATAATTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTCAAA-
246 AA-TCTAATAATATT-TGAAAAATCAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAC
* * * **
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* * * *
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* *
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* * ** * *
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* * * *
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Statistics
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Consensus pattern (675 bp):
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ATAATACTAATTTATTAATCATTTAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAGTTTATCAAACT
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
** * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * ** *
431202 AATTGTCATAACTATTTGAGTAATTATCAATTTCAAATCG
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* * * * * * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAAT
* * * * * * * * * * **** * *
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* * * * * * ** * *
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* * * ** ** * *
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** * * * * ** ** * ***
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* * ** ** ** ** ** *
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** * **
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** * * * * ** * *
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* * * ** *
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***** * * ** * * * * * * *
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*** * * * * * * * **
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217 GTTCAT-ACAAGCTTATTTA--AATAAAATAA-TA-CT-AATTTAT-TAA---TATT-TTAA-AA
* * * * ** *
431916 AATAATTTTAATTTATTAAA-ATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAAAAATAAATATGT
270 ATTAA---TAA-GTA--AAAGATT-TAAAAA-T-A-AA-T-A-TG-TTT--ATCAA-ACA-A-G-
* * * *
431980 TTTTCAAAGAAGCTTAAATAGA-TA--TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
315 -TTT-AAA-TAG-TT--AT-GACTATTTGA--A--C----AATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * ***
432036 TTATGACCTTTTGATTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATAAAAAG-TTA-TCCAAACTAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCAT-ACAAGCTTATTTTGAA-TAA
* * * * * * * *
432098 AATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAAGATTACTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * ** * * * *
432163 -TTCGAACTAA-TTCAATTAGTTACAACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGAAC-
127 ACT-GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATG-ACT
* * * * * *
432225 -TTTATTTTGTCA-AAAACAATTGTTTTTTTATCATATAAGCTTATTCAGATAATATAATACTAA
188 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAA
* * * * * **
432288 -TTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATGTGTTTGTTGAGTC-AGT
252 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTT-ATCAAACAAGT
** * * * * * *
432351 TCGAATAGATAAGACT-TTTAGAATAATTATCCATTTCAAGTTG
316 TTAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * **
432394 TT-T-ACCTTTTTGTCTAGTCATAAAACT-ATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT--
1 TTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAA
* * * * * *
432453 -A-AATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGTAAAAATAAATTTTTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTT
* * * * * *
432516 TAGC-AAACAAGTTCAAATAGTAATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-TACTATAAAC
126 TA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT--TAT-GAC
* * * **
432579 -TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
187 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTA
* * *
432643 CTTTTTTAATATTTTAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAATC-
251 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTATCAAA-CA
* * *
432706 AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAA--A---A---C----CG
313 AGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
432740 TTAAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAACTTA-TTTGAAATAA
1 TT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAA
* ** * * *
432802 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAATTGATTTAAAAATTAAATATATTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * *
432863 ACCGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
127 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCTTATGACTTTT
* * * * ** ** * *
432928 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATATAAATTTACTCAAAATAAAATAAAACTAACTT
191 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * * * * *
432993 GTTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTACTGAACCAA-TTC
255 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTA-TCAAACAAGTTT
* * * * *
433057 AAATAATTATAACTATTTGAACAATTACCTTTTTCAAATCA
318 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
433098 TTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATATATT-TTTTTGTTCTTATAAGTTTGTTTGGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAA
* * * * *
433162 TAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAGTTTGTTTAC
65 TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * * * * *
433227 CAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGTAATAATTGTCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTT
129 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAA-TCTTATGACTTTTT
* * * * * * * * *
433292 GTTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATACTA-TTTCATTCAGAATGAAATAATACTAATTT
192 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTTA-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** * * * * * *
433356 AATACTATTCTAAAACTTAATAACAAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT-TGAACCAA-TT
255 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAATAAATAT-GTT-TATCAAACAAGTT
* * * * *
433419 CAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATCT
317 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * **
433461 TTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAGAAAATT-TTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAA
* * * * *
433523 ATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * * *
433588 -TCAAACCAGTTCATATGGTTAAGACTATTAGAACATTTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTT
128 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGACTTTT
* ** * * *
433652 TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTT
191 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
433717 ATTAAAATTTCAAAAATTAATATG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAATAGGTTC
255 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTT
* * * *
433781 AAATAGTTATTACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCA
318 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * **
433822 TTATGACCTTTTTTTTTGTCATCAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCATA-TACGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAA
* * *
433885 ATAATACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAATAAATTTATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * * * *
433946 TTTGAATCAA-TTAAAATAATTAT-AGCTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCT
127 ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGACTT
* * * *
434009 TTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTT-TATCAGACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
189 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAA
* * * * *
434073 TTTATTAACATTTCACAAATTAATAAG----GGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-T-------G-
252 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGT
** * **
434125 --AAATAGTTAAAACTATTAGAGTAATTATCTATTTCAAA-CTG
316 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-G
* * * * * *
434166 TT-TGACCTTTT-CTTAGTCATGAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATCTAGAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAA
* * * * * * *
434228 TAAT-CTTAATATATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAGTAAATCTGTGT
65 TAATAC-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
434292 ACCGAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCGTTATAACCTT
127 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATC-TTATGACTTT
* ** * **
434356 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATT
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATT
* * * * **
434421 TATTAATATTTCT-AAAATTAATAAG----CGATTTAAAAAATAAATTTGCTTA-CTGAATTAGT
254 TATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGT
* * * * * *
434480 TAAAATAATTATGGCGATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTG
316 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* ***
434523 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAAT--AA
* * ** *
434587 AATAATAATAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATATGTAAGTGATTTAAAAAGA-AAATTTGTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTT
** ** * * *
434650 TACCAAATTAGTTC-AA-A--TATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGAAC-T
126 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATG-ACTT
* ** * ** *
434710 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAAA
189 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAAT
* * ** *
434775 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C---C-----
253 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTT
* * *
434831 -AAATAG-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCG
317 TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
434869 TTATAACCTTTTG---T-TC------TAATTATTTC-AGCTCATACAAGCTT-GTTCGAAATAAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAA
* * * * * *
434922 ATAATACTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
64 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * ** * * *
434987 CCAAAGC-AGTTCAAACATTTAAGATTACATGAACAATTATCTAATTCAAAT-TAGTTTGACCTT
128 CTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCT--TATGACTTT
* * *
435050 TTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAAT
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACT-AAT
** *** * * * *
435114 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATC-A-T
253 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAA-CAAGT
* ** * * * *
435177 TTCAAATAATTGGGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCA
316 TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * *
435221 TTATTACCTTTTG-TTTGTTCATATAACAAATGTTT-TTTATCATTCAAGCCTA-TTCGAAATAA
1 TTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTTG-AATAA
* * * * *
435283 AATAATAGTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * * *
435348 A-TCGAACCAGTTCATATAGTTTTGACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTT
127 ACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCTTATGACTTT
* * * * * *
435412 TTGTTATGTCATAAAAAAATT-TATTCCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACTAA
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT-TTGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAA
** * * * * * * * *
435476 GGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCAAACTAGT
252 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGT
* * * * ** * *
435541 TCAAATTGTTAAGGCTACATGAACAATTCTTTATTTCAAATCG
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* * * * * * * **
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1 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCTTATTTTGAATAAA
* * * * *
435647 ATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT
64 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * * * *
435711 GCCAAACCAA-TTTAGATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
127 ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-TTATGACTTT
* * * * * *
435775 TTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAAGATTAATT
190 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATT
*
435840 TATTAATATTTTGAAAATTAA
254 TATTAATATTTTAAAAATTAA
435861 GTCTTAACTA
Statistics
Matches: 7263, Mismatches: 1764, Indels: 1241
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
334 25 0.00
335 45 0.01
336 26 0.00
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379 11 0.00
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398 2 0.00
399 12 0.00
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Consensus pattern (358 bp):
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AATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTATGACTTTTTGTTT
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ATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTTAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
Found at i:427212 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 425851--435860 Score: 4338
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425841 AGTTCCAATA
* * ** * * * * *
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* * * * *
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66 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * * ** * *
426096 ATAATACTAAGTTATTAATATTATGAAAATCAATAATTAAGTGATTTAAAAAATGAATCTATTT-
65 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * *
426160 GTCAAATAAGTTTAAATAATTAT-ACTATTTCAACAATTATTCT-TTTCAAATT
130 CT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATC
* * * ** * *
426212 GTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTTG-AATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAA
* * *
426275 AATAATACAAATTTATTAATA-T-AAAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
** * *
426338 TTACCAAACAAGTTCAAAT-CTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC
127 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TC
* * * *
426393 -TTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAAATTACA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAA
* * * * * * * *
426456 GTAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGAAAAAGATTTAAGAAATAAAATATGTTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTT
* * ** * * * *
426521 -TTGGAACAAGTTTAAATCA-TCCTAACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATC
129 ACT-GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * * *
426574 ATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAA-AATTGTTTCAAATCATATAAACTTATTTGAAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* ** * * * **
426638 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGTGTAAGAG-TATAAAAAAATGAATCAATTTA
66 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
426702 TTGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAC
130 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
426754 ATTATG-CATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTAG-TTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTG-AATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAA
* *
426816 AATAATA-TAAATTTATTTATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGT
64 AATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
426878 TT-CTGAACATGTTCAAATATTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAACC
127 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
426932 ATTATGACCTTTTGTTTGGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATA-AGAGCTTATTTGGAGTAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAA
* * * * *
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65 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * *
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* * * * * * **
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* *** * *
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** * * * * *
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* * * * * * ** *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* *
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66 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTT
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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130 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
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** * * ** * *
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65 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAAATAAATCTGTT
* * * *
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* * * ** * * * *
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* * * ** * **
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66 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * *
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130 CTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
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* * *
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* * *
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128 TACTGAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** * * * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA-CAAGCTTATTCGA-AATAA
* * * * * * *
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64 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * *
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129 ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT--AA
* * ** * * * ***
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64 -AATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAA-A--TTAAT-AAGT-A-A-AAGATT-TAAAAAAT
* * * * * * * * *** *
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119 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCA--AATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAAT
428541 C
181 C
* * * * * * * *
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1 ATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * * *
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64 AATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAAAG-A-T-TTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
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125 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * *
428723 ATTATGA-CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * * *
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65 ATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT
* * * *
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128 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
428901 ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCCACTGTTTTTTTATCATAAAAGCTTAATT-GGAATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTT-ATTCGAAATAA
* * * * *
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64 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* ** * * * * *
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128 TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * ** *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * *** * *
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* * * * * * * *
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130 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATC
* * * * ** *
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1 ATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
** *
429329 ATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAGCTAAATTTGTTT
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** * *
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** * * ** * * * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
** * ** * * * * * * *
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66 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * *
429570 TGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
131 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
429621 ATTCTAACCTTTTCTTTAGTCATAAAATAATT-ATTTCAGTTCATACATGCCTATTTGAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * *
429685 ATAATACTCATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTGTT
* *
429749 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC
128 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** * * *
429803 GTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * ** *** *
429868 TAATATTACTTTATTAATATT-TCAAATTTTGAA-AAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATAAT-TT
66 TAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTT
* * *
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128 TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
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1 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCGAAATA
* * * * * *
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** * * * * * *
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127 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * * * * * * * * *
430229 TAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAGTAAATTTTTTTGC
66 TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
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131 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
430344 TATTATGACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-AAATAAA
1 -ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * ** *
430407 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGGTTTAAAAGGTAAATCTATTTA
65 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
** * * * * *
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130 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
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1 ATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAA
* * * * *
430582 AATTAATGCTAATTTGTTAATA-TCTTAAAAATTAATAAGT-AACGAATTTAAAAAATGAATAT-
64 AA-TAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
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126 TTT--ACTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TC
* * * * * * * *
430701 ATTATAATCTTTTGTTTTGTTACAAAATAATTGTTTCTATTCATAGAAG-TTGACTT-GGAATAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-A-TTCGAAATAA
* * ** * ** * *
430764 CATAA-ATCTAATTTATTAGTATT-TCAAAAGCTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGCTGAATCTAT
64 AATAATA-CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
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127 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAA
* * * * *
430943 AATAATACAAATTTATTAATATT-TAGACAACTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
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128 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATC
* * * *
431061 GTTATGA-CTTTT-TATTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTACATACAAGCTTATTC-AGATTAA
1 ATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAA
* * * * * * * * **
431123 AATAATATTAATTTATTAATATTTTGAGAATTAATAAATAAAAAATTTTAAATATAAAAATGTTT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* ** * * * * * ** *
431188 GCCAAACATGTTCTAATTGTCATAACTATTTGAGTAATTATCAATTTCAAATC
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* * * ** * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAA
* * * * * * * * * * * **** * *
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* * * * * * ** * *
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125 GTTTACT-GAACAA--G-TTCAAAT-AGT-TATGACTATTT-G-A-ACAATTAT-CT-ATTTCA-
431422 TAAT-
178 -AATC
* ** * ** * *
431426 ATTCTGAAAATTAATAAG-TAGGACATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCA-A-AT
1 ATTATG-ACCTT--T-TGTTTTGTCA--T--AAAA-CAAT-TGTTT--T---T-A-TTCATACA-
* * * * * ** * ***** * *
431488 AG-TTATGTC-CACTAGAACAATTATCTATTTTAATTTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
48 AGCTTAT-TCGAAATAAAATAA-TA-CTAATTT-ATTAATATT---C--TAAAAAT-TAAT-AAG
** * * * ** * ** * **
431551 TAATTGTTTCTATTCATACAAAAT-TATTTA--GAACAA--AAAAATATTGATTCATTAAGATTT
102 TAAAAGATT-TA--AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA--G-TT-ATGACTATTT
* *
431611 TAA-AA--AT-TA-AT-AAGAGT-
160 GAACAATTATCTATTTCAA-A-TC
** * * * ** * * *** *** ** *
431628 ATTAAAAACTAAATT-TATT-T-ACCAAAC--TAGCTCAAATAGTTATGA-CTT-TTTG-AAT-A
1 ATTATGACCT--TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * ** **** * *****
431684 ATTATATATCTCAAATCGTT-ATGA-TCT-TTGTTTTATCATAG-AACAATTG-TTTCTTTTCAT
64 AATA-ATA-CT-AATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAAT-A-AGTAA-AA--GATTT-AAAAAAT
* * ** * * * * * * * * *
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119 -AAATCTGT-TTACTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAAT-TATCTATT-T--C
*
431803 AAACC
177 AAATC
*** * ** * * * * * * * *
431808 ATT-T--CAAATAGTTACGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATT-GTTCTGACCTTTTGTT
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTC-A-TAAAACAATTGT-T-TTT---ATTCATAC-AAGC--TT-AT
* ** * * * * * * * *
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55 TCGAAATAAAATAA-TA-CT-AATTTAT-TAA---TATTC-TAA-AAATTAA---TAA-GTA--A
* ** * * * * *
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105 AAGATTTAAAAAA-T-A-AA-T--CTG-TTT-----ACTGAACAAG---TTCAAA-TAG-TTATG
* * * *
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* * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT-ACAAGCTTATTCGAAA-TA
* * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * *
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65 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * * * * *
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130 CTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
432393 GTT-T-ACCTTTTTGTCTAGTCATAAAACTATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AGAAT-
1 ATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * * * *
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63 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGT
* * * * * *
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127 TTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * *
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65 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * *
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130 CTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
432739 GTTAAT-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAACTTATTTGAAATAA
1 ATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* ** * * *
432802 AATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--T-AGTAATTGATTTAAAAATTAAATATATT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * *
432862 TACCGAACCAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
128 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * ** * *
432916 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGCTCATATAAATTTACTCAAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * * * * * *
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65 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * *
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129 ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * *
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65 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * * * * *
433225 ACCAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGTAATAATTGTCTATTTTAAATT
129 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
433279 GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATCAAATAATTGGTTCTATTCATACTA-TTTCATTC-AGAATGA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTT-ATTCGA-AATAA
* * * * * * **
433342 AATAATACTAATTTAATACTATTCTAAAACTTAATAA-CAAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAAT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * *
433406 TGTTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCAATTTCAAATC
128 TACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * *
433460 TTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAGA-AAAT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATTAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAA
* * * * *
433522 AATAATACAAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATT
64 AATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * *
433586 TA-TCAAACCAGTTCATATGGTTAAGACTATTAGAACATTTATCTATTTCAAATC
128 TACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *
433640 GTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * *
433704 TTAATACTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATATG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * * *
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* * * * * *
433821 ATTATGACCTTTTTTTTTGTCATCAAACAATTG-TTTCAGTTAATACAAGCATATACGAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * *
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65 ATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * *
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129 ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
433999 ATTTTGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTT-TATCAGACAAGCTTATTTGAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * *
434063 ATAATACTAATTTATTAACATT-TCACAAATTAATAAG----GGATTTAAAAAATAAATGTGTTT
65 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* **
434123 --TGAA-ATAGTT---A-A---A--ACTATTAGAGTAATTATCTATTTCAAA-C
129 ACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * *
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1 AT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * *
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65 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * * *
434469 ACTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCGATTTGAACAATTATCTATTTTAAATT
129 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* *
434522 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAAT--A
* * ** *
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63 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGT
** ** * * *
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* * * * *
434700 TTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGGAATAAA
1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * **
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* * *
434827 --T--AC-----CAAATAG-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATC
129 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * * * *
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** * * * * ** * *
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* * *
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* *** * *
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** * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT-TTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* ** * * * *
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64 AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
** * * * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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1 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * * *
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428370 TGTTTATCAT
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* * * * * *
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428512 AAGACAATTA
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A
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* * * *
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* * *
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*
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* *
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* * * * * *
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Statistics
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* * * *
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* ** * * *
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* * *
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* * ** * ** * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAG
* * * * * *
433235 TTCAAATAGTTTTAACTATTTGTAATAATTGTCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
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* * * * * * * * *
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* ** * * ** ** * *
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* * *
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*
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* * *
433530 AAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACC
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* * * * * ** * * *
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127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * *
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* * * *
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*** * * * *
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* * * * * *
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** **** * *
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* * * * * * * * * *
433956 TTAAAATAATTAT-AGCTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTGACCTTTTATTTTGTT
129 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * *
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* * * ** *
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**
434140 ---T-TA-GAGTAATTATCTATTTCAAA-CTGTT-TGACC
321 GGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACC
* * * *
434173 TTTT-CTTAGTCAT-GAA-ATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAAT-
1 TTTTGTTTTGTCATAGAACA-ATTT-TTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATA
* * * * * * * *
434232 CTTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAGTAAATCTGTGTACCG
62 C-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCA
** * * **
434296 AATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGT
123 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTATTATAACCTTTTGT
* * **
434360 TTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAATTTAT
187 TTTGTCATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * *
434424 TAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGCGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACTGAATTAGTTAAAA
250 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAATAGTTCAAA
* * * * *
434485 TAATTATGGCGATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACC
314 TAATTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
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* * * **
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64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTATTTACCAAACC
* * *
434659 AGTTC-AA-A--TATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGAA-CTTTTGTTTT
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TATTAT-AACCTTTTGTTTT
* * * * * * *
434718 ATCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAAATTAATAA
190 GTCATAAAACAATT-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* *
434782 TATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGTTC-------
253 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAGTTCAAATAAT
* * * *
434840 -----CTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTATAACC
318 TAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
434877 TTTTG---T-TC-T-----AATTATTTCAGCTCATACAAGCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAGAACAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
434932 TTTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAGCAG
66 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAG
* * * * ** * * * *
434996 TTCAAACATTTAAGATTACATGAACAATTATCTAATTCAAATTAGTT-TGACCTTTTGTTCTATC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTTTGTC
435060 ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
193 ATAAAACAATT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* ** * *
435123 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGTTATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAATCATTTCAAATAATT
255 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AGTTCAAATAATT
** * * * * *
435188 GGGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC
319 AAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
435229 TTTTG-TTTGTTCATATAACAAATGTTTTTTA--TCATTCAAGCCTATTCGAAATAAAATAATAG
1 TTTTGTTTTG-TCATAGAAC-AAT-TTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * *
435291 TAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACC
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACC
* * * * *
435356 AGTTCATATAGTTTTGACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGT
127 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
435421 CATAAAAAAATTTATTCCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACTAAGGTAATAATA
192 CATAAAACAATTT-TT-CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** **
435486 -TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGTCAAACTAGTTCAAATTGT
255 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-TAGTTCAAATAAT
* * *
435550 TAAGGCTACATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACC
318 TAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
435592 TTTTGTTTTGCCGTAGAACAATTTTTTTAGTTCCTAGTAA-CTTATTCGGAATAAAATAAAACAA
1 TTTTGTTTTGTCATAGAACAATTTTTTTAGTTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* *
435656 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTGCCAAACCA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAACCA
* * * * * * *
435720 ATTTAGATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
128 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
435785 ATAAAACAAATGTTTT-TATTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAAGATTAATTTATTAATAT
193 ATAAAAC-AAT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
**
435849 TTTGAAAATTAA
256 TTCAAAAATTAA
435861 GTCTTAACTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAGTTCAAATAATTAAGGCTA
TATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
Found at i:436549 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 435896--437819 Score: 1385
Period size: 361 Copynumber: 5.3 Consensus size: 357
435886 CAAACACATA
* * * ** *
435896 TATTTTTTAAATC--CATACTTGTTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCT
1 TATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAAT-TTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCT
* * * * * * *
435959 -ACTAAGCTTGTATGAACATAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AATGATCATAATGATTTGAGA
63 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGATCATAATGATTTGAAA
* * * *
436022 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAGTTCG-ATAATGAGATTTAGTTTTTAAA
128 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTA-AAT-AGATTTATTTTTTAAA
* * *
436086 TC---T-CTTATTAATTTTCAAAATTGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA--TTTTG
191 TCTTTTACTTATTAATTTTGAATA-T-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTT-
* * * * * *
436145 TATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAGATAA-TAG
253 T-TGAATAGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-
* * *
436209 TTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAT
316 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAT
* *
436251 TAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
1 T-ATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA
* * * * *
436316 AATAAACTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATTAGAAAACAAAGGATTATAATGATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGATCATAATGATTTGAAAT
* * * *
436381 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTTAGTAAATAGATTTACTTTTAAAATC
129 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
*
436446 TTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGGTTTTTTG
193 TTTTACTTATTAATTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTTTTTG
** * *
436510 AATAGAAACAAATGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
256 AATAGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
436575 ATAGTCATAACTATTT-AACGTGTTCA-AAAATTTGATTT
321 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAGA--T
* * * * *
436613 TATTTTTAAAATGTT-TACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATTTTATT-TGA
1 TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-A
* ** *
436676 AATAAGCTTGCATGAATAGAACCATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC-----AAAA---CA-AA-G----G----
* * * * * *
436741 AAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCATAACAATTTAAACTTGTTTGA
111 ---A--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAG-
* * * *
436806 TAAATAGAGTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATT
170 TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAA-TTTT-GAATATTAATAAATTAGTATT
*** * * * * * *
436870 ATTTTATTTC-GAATAAGCTTACATGAATTGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCACA
231 ATTTTA-TTCAGAATAAGCTTTTTTGAATAGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** *
436934 ATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTTTTTGGT-AA-ACAT
295 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAT
*
436995 T-TTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTC
1 TATTTTTT-AAATCTTCTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTC
* * * * * **
437058 -GAATAGGCTTGTATGGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGTG-TTTG
62 TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGA-TCATAA-TGATTTG
* * * * *
437121 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGAGTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT
125 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
437185 AAATCTTTTACTTACTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTCAAAATAAGCTT
188 AAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTT
* * * * * ** *
437250 GTTTGAATAGAAAAAAATCATTTTATAACAAACCAAAAGGTTATAGCGATTCCAAATTGATAATT
251 TTTTGAATAGAAACAAAT-ATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
437315 GTTGAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATTGAT
315 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAT
*
437358 TCATTTTTTAAATC-TCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAACA-TAATATTATTTTTCAT
1 T-ATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAA-ATTAATATTA-TTTT-AT
* * * *
437421 T-TCGAATAACCTTATATGAACTA-AAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAA-AAGTCATAATGA
60 TCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGA-TCATAATGA
* * * * * ** * * *
437482 TTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTGTTTGATCTAATTCAGTAAACATAATTATTT
121 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-AGTAAATAGATTTATTT
** * * * * *
437547 TAAAAATTTTTTACTTATTAGTTGTTAAATATTAATAAATTAGTATTATATTAATCTA-AATAAG
185 TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AGAATAAG
* * * * * * * * * *
437611 -TTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAGTCATAAAC-ATTTGAAAAAAAT
248 CTTT-TTTGAATAGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAT-AACGATTTGAAATAGAT
** * * *
437674 AATT-GCCTAAATATTCATAACTATTT-AAATTGGTT-TGATAAATAGATT
311 AATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAATAGA-T
* * *
437722 TATTTTTTAAATC--C--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTATTTTATTCTGA
1 TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAA
* * * * * *
437783 ACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACA
65 ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
437820 CAATAAAAAG
Statistics
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0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 21 0.02
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360 146 0.12
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368 2 0.00
369 2 0.00
370 1 0.00
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386 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGATCATAATGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT
TACTTATTAATTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTTTGAATAG
AAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGAT
Found at i:436552 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 435896--437845 Score: 1362
Period size: 180 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
435886 CAAACACATA
** * * * * * * * * *
435896 TATTTTTTAAATC-CATACTTGTTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCTA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * * * * *
435960 CTAAGCTTGTATGAACATAAATAAATGTTTTAGGACAAAAC-AATGATCATAATGATTTGAGATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* *
436024 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTAGTTC-G-ATAATGAGATT
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* ***
436075 TAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAAT-TGTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
** ** * ** *
436134 GAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAA
64 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * *
436199 TAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* ** * * *
436252 AATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * * * *
436316 AATAAACTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATTAGAAAAC-AAAGGATTATAATGATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGATTTGAAA
* *
436380 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTT-AGTAAATAGATT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAGATT
* *
436433 TACTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * *
436497 ATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAAATGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * *
436562 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AACGTGTTCA-AAAATTTGATTT
131 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAGA-TT
* * *
436613 TATTTTTAAAAT-GTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-G
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * *
436675 AAATAAGCTTGCATGAATAGAACCATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAA
65 -AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * ** *
436740 TAAAAGGTCATAA-TGCTTTGAAATAG--ATAATTGTTCAGATAGCCAT-AACAATTTAAACTTG
129 T---A-G--ATAATTG--TTCAAATAGTCATAACTATT-TGA-A--CTTGTTC-A-GTAAA----
*
436801 TTTGATAAAT
176 -TAGAT---T
* * *
436811 AGAGTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTT
1 -----TA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * *
436875 ATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATT
59 ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * * ** *
436940 TGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTTTTTGGT-AA-ACATT
124 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * * * *
436996 T-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * *
437060 ATAGGCTTGTATGGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGTG-TTTGAAA
66 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAA-TGATTTGAAA
* * * * *
437124 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TGAGTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * *
437177 TATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATGTTA-TTC
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * ** * * * ** **
437239 AAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAAAAAATCATTTTATAACAAACCAAAAGGTTATAGCGATTCCA
64 -GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
437304 AATTGATAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATTGATT
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
* * * * *
437359 CATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAACA-TAATATTATTTTTCATTT
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTT-ATTT
* * * * *
437423 CGAATAACCTTATATGAACTA-AAATAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTT
63 CGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * ** * * *
437486 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTGTTTGATCTAATTCAGTAAACATAAT
126 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
** * * * * * * *
437542 TATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAGTTGTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATATTA-ATCTA
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * * * * * ** *
437605 AATAAGTTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAGTCATAAACATTTGAAAA
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * *
437670 AAATAATTG-CCTAAATATTCATAACTATTT-AAATTGGTT-TGATAAATAGATT
130 AGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAATAGATT
* * * *
437722 TATTTTTTAAATC----CCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAATATTATTTTA-TTCTG
1 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * * * * * * **
437782 AACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACACAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
437846 ATAAATTTGT
Statistics
Matches: 1397, Mismatches: 288, Indels: 174
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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202 1 0.00
203 2 0.00
204 11 0.01
205 92 0.07
206 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATT
Found at i:436748 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 436718--436764 Score: 85
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
436708 ATGACAAAAG
*
436718 AAAAGGTCATAATGTTTTGAAAT
1 AAAAGGTCATAATGCTTTGAAAT
436741 AAAAGGTCATAATGCTTTGAAAT
1 AAAAGGTCATAATGCTTTGAAAT
436764 A
1 A
436765 GATAATTGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.06, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
AAAAGGTCATAATGCTTTGAAAT
Found at i:436888 original size:205 final size:203
Alignment explanation
Indices: 436538--436943 Score: 482
Period size: 205 Copynumber: 2.0 Consensus size: 203
436528 ATGACAAAAC
* *
436538 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAACGTGTTCAAA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACAATTTAACGTGTTCAAA
* * *
436603 AATTTGATTTTATTTTTAAAATGTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATTTATATTATT
66 AATTAGATTTTATTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAACAAATTTATATTATT
* * * * * * * *
436668 TTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCATTTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGT
131 TTATTTGAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGA
436733 TTTGAAAT
196 TTTGAAAT
* * * * *
436741 AAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCATAACAATTTAAACTTGTTTGA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACAATTT-AACGTG-TTCA
* * *
436806 TAAA-TAGAGTTATT-TTTTT-AATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAACAAA-TTAG
64 AAAATTAGA-TT-TTATTTTTAAAATCT-TTACT-TATTAATTTTTGGAACATTAACAAATTTA-
* * *
436866 TATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTACATGAATTGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGT
124 TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
436930 CACAATGATTTGAA
188 CACAATGATTTGAA
436944 GTAGATAATT
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 24, Indels: 14
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
203 48 0.28
204 15 0.09
205 104 0.61
206 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (203 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACAATTTAACGTGTTCAAA
AATTAGATTTTATTTTTAAAATCTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAACAAATTTATATTATT
TTATTTGAAATAAGCTTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCACAATGA
TTTGAAAT
Found at i:437250 original size:565 final size:563
Alignment explanation
Indices: 436196--437261 Score: 1316
Period size: 565 Copynumber: 1.9 Consensus size: 563
436186 TAACAATTTA
* * * *
436196 AAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTA
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACAATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTA
* *
436261 AATCTTCAACTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTG
66 AATCTTCAACTTATTAACTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTA
* * * * * * *
436326 TATAAATAGAAATAATTGTTTTATTAGAAAACAAAGGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
131 CATAAATAGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTAT
*
436391 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTTAGTAAATAGATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTAT
196 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTTAGTAAATACATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
436456 TAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGGTTTTTTGAATAGAAACAA
261 TAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGGTTGTATGAATAGAAACAA
* * *
436521 ATGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
326 ATAGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* ** *
436586 TATTTAACGTGTTCAAAAATTTGATTTTATTTTTAAAATGTTTACTTATTAATTTTTGGAACATT
391 TATTAAACGTGTTCAAAAATCAGATTTTATTTTTAAAATGTTTACTTACTAATTTTT-GAACATT
* **
436651 AATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCATTTGTTTTATGACAAA
455 AATAAATTTATATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCATTTGTTTTATGACAAA
436716 AGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAAAGGTCATAATGCTTTG
520 AGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAAAGGTCATAATGCTTTG
* * * * *
436760 AAATAGATAATTGTTCAGATAGCCATAACAATTTAAACTTGTT-TGATAAATAGAGTTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACAATTTAAACTTGTTCAG-TAAATAGA-TTAATTTTT
* * * * *
436824 TAATTC-TCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAA
64 TAAATCTTC-AACT-TATTAACTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA
* * * * *
436886 GCTTACATGAATTGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAA-AGTCACAATGATTTGAAGTAGAT
126 ACTTACATAAATAGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAGA-TCACAATGATTTGAAATAAAT
* * * *
436950 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTT-TTTGGT-AA-ACATTT-TTTTTAAAATCTTT
190 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTGCTTAGTAAATACATTTACTTTTAAAATCTTT
*
437011 TACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAT-AGGCTTGTATGGA
254 TACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGG-TTGTATGAA
* * *
437075 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATAAGTG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAA
317 TAGAAACAAATAGTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* ** * *
437139 ATAGTCATAA-TGAGTTAAACTTGTTCGGTAAA-CAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACT
380 ATAGTCATAACT-A-TTAAACGTGTTC-AAAAATCAGATTTTATTTTTAAAAT-GTTTACTTACT
* * **
437201 AATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAATAGAA
441 AATT-T-TTGAACATTAATAAATTTATATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAA
437262 AAAAATCATT
Statistics
Matches: 424, Mismatches: 61, Indels: 33
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
562 28 0.07
563 71 0.17
564 105 0.25
565 210 0.50
566 8 0.02
567 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (563 bp):
AAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACAATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTA
AATCTTCAACTTATTAACTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTA
CATAAATAGAAATAATTATTTTATTACAAAACAAAAGATCACAATGATTTGAAATAAATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGCTTAGTAAATACATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGGTTGTATGAATAGAAACAA
ATAGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTAAACGTGTTCAAAAATCAGATTTTATTTTTAAAATGTTTACTTACTAATTTTTGAACATTA
ATAAATTTATATTATGTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCATTTGTTTTATGACAAAA
GAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAAAGGTCATAATGCTTTG
Found at i:437262 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 436741--437845 Score: 824
Period size: 182 Copynumber: 6.1 Consensus size: 178
436731 GTTTTGAAAT
* * * * * * *
436741 AAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGCCATAACAATTTAAACTTGTTTGA
1 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTAAACTTGTTCGG
* * * * *
436806 TAAATAGAGTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATT-TTTGGAATATTAACAAATTAGTAT
65 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTGTTT--AATATTAATAAATTAGTAT
** * * *
436869 TATTTTATTTCGAATAAGCTTACATGAATTGAAATAATTATTTTATTACAAAAC
126 TATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAAC
* * * * * * *
436923 AAAAAGTCACAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTTTTTGG
1 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTAAACTTGTTCGG
* * *
436988 TAAAC--ATTT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT-TAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
437050 TTTAATTCGAATAGGCTTGTATGGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
129 TTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAAC
* *
437101 AAAAAAGTCATAAGTG-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATGAGTTAAACTTGTTC
1 -AAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-ATTTAAACTTGTTC
* *
437165 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATT
63 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-TTAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
437230 ATGTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAAAAAATCATTTTATAACAAACC
127 ATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAAAATTATTTTATAACAAAAC
* * ** ** * * * *
437284 AAAAGGTTATAGCGATTCCAAATTGATAATTGTTGAAATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAG
1 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTAAACTTGTTCGG
** * * * *
437349 TAAATTGATTCATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAACA-TAATATT
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT--AATATTAATAA-ATTAGTATT
* * *
437412 ATTTTTCATTTCGAATAACCTTATATGAACTA-AAATAAATT-TTTTATGACAAAAC
127 A-TTTT-A-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AAATTATTTTATAACAAAAC
* * * * * * ** *
437467 AAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTGTTTGATCTAATTCAG
1 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTTAAACTTGTTCGG
* * ** * * * *
437532 TAAACATAATTATTTTAAAAATTTTTTACTTATTAGTTGTTAAATATTAATAAATTAGTATTATA
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * ** * * * *
437597 TTAATCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTGTAATAGAAC
130 TTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAAC
** * * * * *
437647 AAAAAGTCATAAACATTTGAAAAAAATAATTG-CCTAAATATTCATAACTATTTAAA-TTGGTTT
1 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAA-TATTTAAACTT-GTTC
* * * * *
437710 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC----CCTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAGATTAATAT
63 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTT--AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
437770 TATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAATA-AAAACATTTGTTTTATGACACAAT
126 TATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATAACAAAAC
**
437824 AAAAAGTCATAACAATTTGAAA
1 AAAAAGTCATAATGATTTGAAA
437846 ATAAATTTGT
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 164, Indels: 77
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 12 0.02
177 73 0.10
178 85 0.12
179 68 0.09
180 93 0.13
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182 235 0.33
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185 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATATTTAAACTTGTTCGGT
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAAC
Found at i:438196 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 437845--438928 Score: 889
Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180
437835 ACAATTTGAA
* * ** * * *
437845 AATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTAAGAACT-GAAAAAATTGTTTTACGACAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAA-TGGAAATAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
437908 AACAAAAGGTCATAATGATTGGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTGGCT
64 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-T
** * * *
437973 T-GGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
128 TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* ** * *
438025 ATTGCATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAATGGAATTAATTGTTTTATGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATT-CCAATAAGCTTGTATGAATGGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * *
438090 ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
65 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
*
438155 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTCA-AATATT
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATT
* * *
438206 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGAC-A
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAATAAGCTTGTATGAATG-GAAATAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
438269 AACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAATTGATT
64 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * *
438334 CGATAAACTGATTTGTGTTTTAAATCTCTAACTTATCT-ATTTTTATAATATT
129 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAGAATATT
* * * * * * *
438386 AATAAAGTAATATTATTTTATTTCATATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATGAA-TGGAAATAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
438450 AATATAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTGAACTTGTT
64 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* ** * * * * *
438515 CGGTAAATTGATTT-TTTTCT-AATTTCTTACTTAATAATTTTTTGAATGTT
129 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * ** * * *
438565 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAG
1 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAGCTTGTATGAATGGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
438630 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTAAACTGATT-
65 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
* * * *
438694 TAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATA-T
130 GA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* ** * * * *
438744 --T--A-T--TA--A-TTTA--GCAATATTCTTGT-TGAATAGAAATTAAATGTTTTAAGGCAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAATGGAAA-TAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
438796 ACAAAA-ATCATAACAATTAGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT
65 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
* * * * * *
438860 GGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AGTTTTGA-AATAGT
130 GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
438907 AATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATAAATTAGTATTATTTTATT
438929 TTGAACAATT
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 156, Indels: 75
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 4 0.01
163 6 0.01
165 75 0.11
166 29 0.04
167 1 0.00
168 1 0.00
169 4 0.01
170 3 0.00
172 3 0.00
173 4 0.01
174 1 0.00
175 1 0.00
177 1 0.00
178 2 0.00
179 134 0.19
180 202 0.28
181 240 0.34
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAATAAGCTTGTATGAATGGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCG
ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
Found at i:438418 original size:361 final size:353
Alignment explanation
Indices: 437845--438929 Score: 949
Period size: 361 Copynumber: 3.1 Consensus size: 353
437835 ACAATTTGAA
* * ** * * * * * * *
437845 AATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTAAGAACTGAAAAAATTGTTTTACGACAAA
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATG-AGTGAAACAATTATTTTATGACTAA
* * * * * * * *
437909 ACAAAAGGTCATAATGATTGGAAATAAAGAATTGTTC-ATATAGCCTTAACTATTTAAACTGGCT
65 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGCCATAATTATTTAAACT-GAT
* * * *
437973 TG-GCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTGCATTAGTA
128 TGAGCAAACACATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA-T--A-TA-TA
* *
438037 TTTTTTTATTCCCAATAAGCTTGTATGAATGGAATTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
188 TTATTTTATT-CCAATAAGCTTGTATGAATGGAATTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* *
438102 AACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATT
252 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATT
438167 TATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTCAAATATT
317 TATTTTTTAAAT-TC-TACTTATTAATTTTTCAAATATT
* * * *
438206 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAGGCTTGTATGA-TGAAAAATAATTGTTTTATGAC-
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCATGTATGAGTG--AAACAATTATTTTATGACT
* * * * * *
438268 AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATGGCCATAATTATTTGAATTGA
63 AAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGCCATAATTATTTAAACTGA
* ** * * *
438332 TTCGA-TAAACTGATTTGTGTTTTAAATCTCTAACTTATCT-ATTTTTATAATATTAATAAAGTA
127 TT-GAGCAAACACATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAGAATATT-AT--A-T-
* * ** * * * *
438395 ATATTATTTTATTTCATATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAATATAAGG
185 ATATTATTTTATTCCA-ATAAGCTTGTATGAA-TGGAATTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * **
438459 TCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTGAACTTGTTCGGTAAATT
248 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA
* * * ** *
438524 GATTT-TTTTCTAATTTCTTACTTAATAATTTTTTGAATGTT
313 GATTTATTTTTTAAATTC-TACTTATTAATTTTTCAAATATT
* * *
438565 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAGTTGAAGCAATTATTTTATGACTAG
1 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAG-TGAAACAATTATTTTATGACTAA
* * * *
438630 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTAAACTGATTT
65 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCATAATTATTTAAACTGATTG
* *
438695 AGCAAACACATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATGTTTAGAATA-T-TAT-TA--A-TTT
130 AGCAAACACATTTATGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATATATATTATTTT
* ** * * * * *
438753 A--GCAATATTCTTGT-TGAATAGAAATTAAATGTTTTAAGGCAAAACAAAA-ATCATAACAATT
195 ATTCCAATAAGCTTGTATGAAT-GGAATTAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * *
438814 AGAGATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAGAGATTTAGTTTT
259 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTT
* * *
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* **
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*
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*** * * ** * ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * ** *
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* *** * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * ** * * * * ** * *
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* * * * *** ** * *
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* * *
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* ** * * * * * **
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* * *** * *
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* ** ** * * * * *
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1 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
* * * ** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * *
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* * ** * * ** ** *
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255 AATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTCCAAATAGAAAATTA-TTCA
* ** * * * * *
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* *** * * * * * * *
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1 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAT
** ** *
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* * * *
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* *
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* * *** * * ** *
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* *** *
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* * **
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * ** *
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** * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* ** * * * * * * * *
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* * *
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* * * ** ** *
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* * * * ** *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * * * * * ** * **
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * ** * * ** * * *
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* * * * * ** *
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* * * * ** * * * *
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* * *
442950 TAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTA
64 TAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TA
* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** ** * *
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* * * *** * *
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* * * * ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * **
439413 AATAAGCTTGTATGGATGGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAA
64 AATAACCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACG-ATTCCAA
* * * * * * * * *
439477 ATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTCTGTAAACAGATTT
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1 ATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
* * * * ** * * **
439595 ATAATCTTGTTTGAATAGAAAAAATCATTTTATGA-CAAACTAAAAGGTTATAGTGATTCCAAAT
65 ATAACCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTCCAAAT
** * * * * *
439659 CTAAAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTC
129 AGAAAACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTC
** * * * * *
439712 ATTTTTTTAATTTCTTTA-TTATTAATTTTCAGAATATTAATAACA-TGGTATTATTTTATTTCC
1 ATTTTTAAAATTT-TTAACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTA-ATCC
* * **
439775 -AATAACCTTATATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAA
63 AAATAACCTTATATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTCCAA
* * * * * *
439838 ATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTAGTTCGGTAAATATATTT
127 ATAGAAAACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTC
439893 ATTTTTAAAATTTTTAACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
1 ATTTTTAAAATTTTTAACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
* * * * * * **
439958 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATAATAGAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATA-
66 TAACCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTCCAAATAG
* ** * * * * * *
440022 AATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAAGTTTGATAAATAGATTTT
131 AA-AACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGA-TTC
* * ** * * * *
440075 ATTTTTTAAA----TCACTTATTAATCT-TTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCTA
1 ATTTTTAAAATTTTTAACTTATTAAT-TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
* * * * * * * * **
440135 ATAAACTTATACGAACA-AAACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAAT
65 ATAACCTTATATGAATAGAAACAATTT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTCCAAAT
*** * * * * * * *
440199 ATTTAATTGTTCAAATAGCCTTAATTATTTGAA-TTGATTAGGTAAATAGAATT-
129 AGAAAACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAG-TTCGGTAAATAG-ATTC
* * * * * *
440252 ATTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATT-TTAGAAATTTTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCA
1 ATTTTTAAAATTTTTAACTTATTAATTGTCA-AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATCCA
* * * * * * **
440311 AATAAGC-TAGTATGAATTGGGAA-AATTCTTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
64 AATAACCTTA-TATGAA-TAGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTCCAA
* * * * * * * * * * * *
440374 TTAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA-ATTT
127 ATAGAAAACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTC
440428 ATTTTTAAAA
1 ATTTTTAAAA
440438 CCACTTAGTT
Statistics
Matches: 1021, Mismatches: 201, Indels: 96
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 14 0.01
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179 70 0.07
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183 133 0.13
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTTTAAAATTTTTAACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
TAACCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTCCAAATAG
AAAACTATTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATAGATTC
Found at i:439857 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
439826 TAACGATTTG
439836 AAATAG-ATAACTATTC
1 AAATAGCATAACTATTC
439852 AAATAGTCATAACTATT
1 AAATAG-CATAACTATT
439869 TGATCTAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.48, C:0.12, G:0.06, T:0.33
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAACTATTC
Found at i:440168 original size:540 final size:534
Alignment explanation
Indices: 439193--440437 Score: 1342
Period size: 540 Copynumber: 2.3 Consensus size: 534
439183 CTCTTACATT
* * * * *
439193 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAACATTAATTGAAAC
1 TTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCCAATAAGCTTATATGAATTGAAA-
* * * * * *
439258 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATG
64 AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** *
439323 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCT-TA--T-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAG
129 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAA-ATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
* * * *
439384 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGGATGGAAACAATTGTTTTATGA
193 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAA
* * * **
439449 CAAAATAAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAATTTGAATT
258 CAAAATAAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACA
* *
439514 TGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCTTAATATTAATAAATTG
323 AGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TACTTACTAATTGTCTAAATATTAATAAATTG
* * ** * *
439579 TATCATGTTATTCAAAATAATCTTGTTTGAATAGAAAAAATCATTTTATGAC-AAACTAAAAGGT
385 TATCATGTTATTCAAAATAAACTTATACGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAAC-AAAAAGT
* * * * *
439643 TATAGTGATTCCAAATCTAAAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTG-TTCGGTAAATA
449 AATAATGATTCCAAATATAAAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAA-TTGATTAGGTAAATA
*
439707 G-ATTCATTTTTTTAATTTCTTTATTA
513 GAATT-A-TTTTTTAA-ATC--TATTA
* * *
439733 TTAATTTTCAGAATATTAATAACA-TGGTATTATTTTATTTCCAATAACCTTATATGAACTGAAA
1 TTAATTTT-AGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCCAATAAGCTTATATGAATTGAAA
* * * *
439797 TAATTTTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCAT
64 -AATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *
439862 AACTATTTGATCTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAATTGTCAAA
128 AACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTT-ACTTATTAATTGTCAAA
* *
439926 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTTATA
192 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATA
* * * * * *
439991 ATAGAA-CAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
257 ACAAAATAAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAAC
* * *
440055 AAGTT-TGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATC-ACTTATTAATCT-T-TGAAATATTAATAGAT
322 AAGTTCTG-TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTACTTACTAAT-TGTCT-AAATATTAATAAAT
* ** * * **
440116 TAGTATTACT-TTATTCCTAATAAACTTATACGAACA-AAACCATTTGTTTTATGACAAAACAAA
383 T-GTATCA-TGTTATTCAAAATAAACTTATACGAACAGAAA-AAATCATTTTATGACAAAACAAA
** ** * *
440179 AAGTAATAATGATTTGAAATATTTAATTGTTCAAATAGCCTTAATTATTTGAATTGATTAGGTAA
445 AAGTAATAATGATTCCAAATATAAAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTGATTAGGTAA
*
440244 ATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA
510 ATAGAATTATTTTTTAAATCTATTA
* *
440269 TTAATTTTAGAAATTTTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCCAAATAAGC-TAGTATGAATTGG
1 TTAATTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCC-AATAAGCTTA-TATGAATT-G
* * * * *
440331 GAAAATTCTTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAGTC
61 AAAAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
440396 TTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA-ATTTATTTTTAAAA
126 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAA
440438 CCACTTAGTT
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 92, Indels: 51
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 23 0.04
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543 102 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
TTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCCAATAAGCTTATATGAATTGAAAAA
TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAA
AATAAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACAATTTGAACAAGT
TCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTACTTACTAATTGTCTAAATATTAATAAATTGTATCAT
GTTATTCAAAATAAACTTATACGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATG
ATTCCAAATATAAAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTGATTAGGTAAATAGAATTATT
TTTTAAATCTATTA
Found at i:440214 original size:359 final size:355
Alignment explanation
Indices: 439071--440680 Score: 1208
Period size: 355 Copynumber: 4.5 Consensus size: 355
439061 GAATGAATAG
* *
439071 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATT-AAGATAG
1 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAG
* * * * * *
439135 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTTAGTTCTCTTACATT-TTAATT
65 TCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATT-T-TTAC-TTATTAATT
* *** * ** * * *
439199 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAACATTAATTGAAACAATTGT
126 GTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTAT
* * * * * * *
439264 TTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
191 TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
439329 TGAACTTGTTTGGT--A-AG-CTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAGTATTAA
255 TGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATC---TACTTATTAATT-TTGAAATATTAA
* * * * * * **
439390 TAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGGATGGA
315 TAGATTAGTATTATTTTATTCC-AATAAACTTATA-CGAACGA
* *
439433 AA-CAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AACCAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAAGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
439496 GTCATAACAATTTGAATTTGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGT
64 GTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTGT
** * * * * * * * *
439561 CTTAATATTAATAAATT-GTATCATGTTATTCAAAATAATCTTGTTTGAATAGAAAAAATCATTT
128 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTATTT
* ** ** * * * *
439625 TATGACAAACTAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCTAA-AATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT
193 TATGACAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAAT-AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
439689 AAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTTCTTTA-TTATTAATTTTCAGAATATTAAT
256 GAACTAGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAA-ATC--TACTTATTAATTTTGA-AATATTAAT
* * * *
439753 A-ACATGGTATTATTTTATTTCCAATAACCTTATATGAACTGA
316 AGA-TTAGTATTATTTTA-TTCCAATAAACTTATACGAAC-GA
* * * ** * *
439795 AA-TAATTTTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGT
1 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *
439859 CATAACTATTTG-ATCTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTAACTTATTAATTGTC
66 CATAACTATTTGAAT-TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTT-ACTTATTAATTGTC
* * *
439923 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTTTTTT
129 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
439988 ATAATAGAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
194 ATGACA-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
440053 ACAAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATC-ACTTATTAATCTTTGAAATATTAATAGATT
258 ACTAGTTTGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAATAGATT
* *
440117 AGTATTACTTTATTCCTAATAAACTTATACGAACAA
321 AGTATTATTTTATTCC-AATAAACTTATACGAACGA
* * ** * *
440153 AACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATTTAATTGTTCAAATAGC
1 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
440218 CTTAATTATTTGAA-TTGATTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATT-TTA
66 CATAACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCA
* * * * *
440278 GAAATTTTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGGGAA-AATTCTT
130 -AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA-TAGAAACAATTATT
* * * *
440341 TTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT
192 TTATGACAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
440406 GAACTAGTTTGGCAAACA-ATTTATTTTTAAAACCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
256 GAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATA
* * * * *
440470 GATTAGTATTGTTTTATTTCGA-AAGCTTGGATA--AACAA
317 GATTAGTATTATTTTATTCCAATAAACTT--ATACGAACGA
** * * * * ** * * * * * *
440508 AAATAATTATTTTATGGCATAACAAAAGGTTGTAACGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATGGT
1 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* *** ** * * * ***
440573 CATAACTATTTAAACCGGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGG
66 CATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCAA
* * * *
440635 AAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
131 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGA
440681 TCAAGTACTT
Statistics
Matches: 1002, Mismatches: 201, Indels: 97
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 12 0.01
354 5 0.00
355 269 0.27
356 9 0.01
357 43 0.04
358 15 0.01
359 214 0.21
360 37 0.04
361 139 0.14
362 232 0.23
363 19 0.02
364 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTGTCAA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
GACAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
AGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAGATTAGTAT
TATTTTATTCCAATAAACTTATACGAACGA
Found at i:440697 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 439006--440685 Score: 600
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 176
438996 AAAATTTTTA
* * * *
439006 CTTATTAATTTTTGGAACATTAATAAATT-TATGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGA--A
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAT-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCA
* * * * * * * *
439068 TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATT-AAGA
65 -AGAA-TAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTCAA-A
* ** ** * * **
439132 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTTTAGTTCT
127 TAGTCATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAAC-AATTCA--TTTTTTAAATCT
* *** *
439185 CTTACATTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAACATTA
1 CTT--A--TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-TG
** * * * * * * * *
439250 ATTGA-AACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAGTAGATAATTATTCAA
61 ATCAAGAATAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTCAA
* * ** **** *
439314 ATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGC--TT-ATTTTTTAAAATCTTTT
126 ATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAACAATTCATTTTTT-AAATC---T
* * * * *
439366 ACTTATTAATTGTT-GAAGTATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGGAT
1 -CTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAT
** * * * * * * *
439430 GGA-AACAATTGTTTTATGACAAAATA-AAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCA
63 CAAGAATAATTATTTTATGAC--AATACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAGTAGAGAATTGTTCA
* * *** *** *
439492 AATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
125 AATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAACA-ATTCATTTTTTAAATC---T
* * * * * *
439548 ACTTACTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-GTATCATGTTA-TTCAAAATAATCTTGTTTGA
1 -CTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGA
* * * ** ** * ** *
439609 --ATAGAAAAAATCATTTTATGACAA-ACTAAAAGGTTATAGTGATTCCAAATCTAAAATTGTTC
62 TCA-AG-AATAATTATTTTATGACAATAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTC
* * * ** *** * *
439671 AAATGGCCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTTCTTT
124 AAATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAACA-ATTCA-TTTTTTAA-ATC--T
* ** ** * * * *
439729 ATTATTAATTTTCAGAATATTAATAACA-TGGTATTATTTTATTTCCAATAACCTTATATGAAC-
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-ATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCA
* * * * * * * * *
439792 TGAAATAATTTTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATA
65 AG-AATAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTCAAATA
* * * *** * * * *
439857 GTCATAACTATTTGATCTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATTTTT
129 GTCATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAACA-ATTCATTTTTTAAA--TCT
* *** * * *
439908 AACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA--
1 --CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATC
* * * * * * * * * * *
439971 ATAGAAACAATTTTTTTATAATAGA-ACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGCTCAA
64 A-AG-AATAATTATTTTATGACA-ATACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTCAA
* * ** * * * *
440035 ATAGTCATAACTATTTGAACAAGTTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCA
126 ATAGTCATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAACA-A-TTCATTTTTTAAATCT
* * * * * * * * * * *
440088 CTTATTAATCTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCTAATAAACTTATACGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAA
* * * * * * * * ***
440153 -AACCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATTTAATTGTTCAAATAG
66 GAA-TAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
440217 CCTTAATTATTTGAATTGATTAGGT-AA-ATAGAATT-ATTTTTTAAATCT
130 TCATAACTATTT-AA---ACCAGTTCAACAAACAATTCATTTTTTAAATCT
* * * * * *
440265 CTTATTAATTTTAGAAATTTTAATAAATTCATT-TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-ATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATC
** * * * *
440329 GGGAA-AATTCTTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGTTCATATA
64 AAGAATAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTCAAATA
* * * *** * * *
440393 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAATTTATTTTTAAAACCACTT
129 GTCATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAACAATTCATTTTTTAAA--TC-T
* * * * * * * * *
440444 AGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTC-GA-AAGCTTGGATAAACA
1 -CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCA
* * ** * *
440507 AAAATAATTATTTTATGGC-ATAACAAAAGGTTGTAACGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATG
65 AGAATAATTATTTTATGACAAT-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTCAAATA
* *
440571 GTCATAACTATTTAAACCGGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCT
129 GTCATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAACA-ATTCATTTTTTAAATCT
*
440620 CTTATTAATTTTTGGAAGATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAA
440685 G
66 G
440686 TACTTATTAT
Statistics
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0.74 0.16 0.10
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173 5 0.00
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185 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAA
GAATAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTGAAGTAGAGAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACCAGTTCAACAAACAATTCATTTTTTAAATCT
Found at i:441264 original size:180 final size:174
Alignment explanation
Indices: 440694--441275 Score: 457
Period size: 180 Copynumber: 3.3 Consensus size: 174
440684 AGTACTTATT
* * ** *
440694 ATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAATTATTTGAAC-TGGTTTGACAAACACATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTTGATAAACA-A---A
* ** * *** * * * *
440757 TTTTTTTAAAATCTCTTACAAATTTTTTTAATACTATTAAATTAGTATTATT-TGAATT-GAATA
61 TTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATACTAATAGATCAGTATTATTAT-ATTTAGAATA
* * ** * *
440820 AGCTGGTATGAAAAGAAACATTTGCATTATGACAAAA-TAAAGATCATAAAG
125 A--TTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAG
* * * * *
440871 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAATCATAAATATTTGAAC-TATTTTGATAAATAGATTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTTGATAAACAAATTTTT
*
440935 TTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTATATTTAGAATAATTGTA
66 TTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATACTAATAGATCAGTATTATTATATTTAGAATAATTGT-
* ** * *
441000 CATGAAAAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATTATG
130 -ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAG
* * * *
441046 ATTTTAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACAAATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTATTTTGATAAACAAA-TT
* * * * * *
441108 TTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAAT-GAATTAGTGTTATTTTATTTCA-A
63 TTTTTTAAATCT----CTTATTAATTATCAAAATACTAATAG-ATCAGTATTATTATATTT-AGA
* *
441171 ATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACG
122 AT-AA-TTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAG
* * * *
441226 ATTTGAAATAAATAATTATTCCAATAGTCATTACTATTTGAACTTGTTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTT
441276 TAAATCTTCT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 59, Indels: 38
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Matches are distributed among these distances:
172 3 0.01
173 45 0.14
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTTGATAAACAAATTTTT
TTTAAATCTCTTATTAATTATCAAAATACTAATAGATCAGTATTATTATATTTAGAATAATTGTA
TGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAAG
Found at i:441431 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 441144--441431 Score: 418
Period size: 157 Copynumber: 1.8 Consensus size: 157
441134 TTTAGAATAC
* * * * *
441144 TAATGAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAA
* * *
441209 AACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCCAATAGTCATTACTATTTGAACTTGTT
66 AACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTT
441274 TTTAAATCTTCTACTTATTAATATTTT
131 TTTAAATCTTCTACTTATTAATATTTT
* *
441301 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AAAGCTTT-TATGAACAAAAATAGTTGGTTTATGAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA--TTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAC
** *
441364 AAAACAAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT
64 AAAACAAAA-AATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT
441429 GTT
128 GTT
441432 CAAAAAACAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 13, Indels: 5
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
156 3 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (157 bp):
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAA
AACAAAAAATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTT
TTTAAATCTTCTACTTATTAATATTTT
Found at i:441605 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 441300--443448 Score: 1472
Period size: 181 Copynumber: 12.0 Consensus size: 178
441290 ATTAATATTT
* * * * * * * *
441300 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTATGAACAAAAATAGTTGGTTTATGACA
1 TTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
441365 AAACAAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTG
65 AAACAAAA-GGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
*** * *
441430 TTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
128 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
441481 TTAATAAATTTAAATTATGTTATTTGAAATAAGTTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAA-TTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
441546 AAACAAAAGGTCATAATATTTGGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
65 AAACAAAAGGTCATAATATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * ** * * * *
441611 TCGGTAAGCATATTCCTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATA
129 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * ** * * *** * *
441663 TTAATGAATTCGTATTATCTTACTTCAAATAAAATTATATGAATTGAAACAAGCATTTTATTATA
1 TTAATAAATT-ATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
441728 AAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACTTGT
65 AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * **
441793 T-AGTAAATATATTTATGTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATA
129 TCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
441844 TTTATAAATTAATACTATTTTAATTTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
441908 AAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAGTAGCCATAACGATTTGAACTTG
64 AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * *
441973 TTTAGTAAATAGATTTATGTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATA
128 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATA
* * * * *
442025 TTAATAAATATGTATTATTTTATTTGAAAAAAGCTTAG-ATGAACAGAAAAAAATTCTTTTATGA
1 TTAATAAAT-TATATTATTTTATTTGAAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * * *
442089 GAAAAC-AAAGGTTATAGCTATTTTAAATAG-TAATTATTTAAACAGTCCTAATTATTTAAATTT
63 CAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
442152 GTT-TATAAAACAGAGTCATTTTTTAAATCTTTTTA-TTATTAATTTTTGGATTA
127 GTTCGGT-AAACAGATTTATTTTTTAAA--ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
442205 TTAACAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATAAC
1 TTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
442269 AAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATGATTATTTGATCTAG
64 AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * **
442334 TGT-GGCAAAC--A--TATTTATTAAAATTTTTTACTTGTTAATTGTCAAAATA
128 T-TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
442383 TTAACACATTAGTATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATAAT
1 TTAATAAATTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * *
442447 AGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAGAAATAATTGCTCATATAGTGATAACTTTTTGAACTAG
64 AAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
442512 TTTGATACATAGATTTATTTTTT-AAA--TCACTTATTAATTTTTGAAATA
128 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** * * * * * * * *
442560 TTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATAATA
1 TTAATAAATTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
442625 AAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT-ATAACTTTTTGAACTGGT
65 AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * *
442689 TAGGTAAATAGAATTATTTTTT-AAATCTCTAACTTATTAACTTTTGAAATA
129 TCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
442740 TTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTGAGAA-AATTTTTTTATGAC
1 TTAATAAATT-ATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
442804 AACAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACAATTTGAA-TT
64 AA-AACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * ** * *
442867 GGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATACCTTAGTTATTAATTTTTGGAATA
127 -GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* ** * *
442921 TTATTGGATTAGTATTGTTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
442985 AAAACAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
64 AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
443049 GTTCGGTAAATAAATTCATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA
127 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* ** *
443101 TTAATAAATTATTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAA-A-AAA-AAATCATATATGAC
1 TTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * * * *
443162 CAAACAAAAGGTGATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCATAATTACTTGAACTA
64 AAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
443226 ACTCGGCAAATAGATTTACTTTTT-AAA--TCACTTATTAATTTTTGGAATA
127 GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * *
443275 TTAATAAATAAGAATATTTTATTTTGAAA-AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTTTGAC
1 TTAATAAATTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
443338 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATATGAATTTG
64 AAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * ** *
443403 TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAACTCCTGCTTATTAATTTTT
128 TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTT
443449 TTTATTTTGG
Statistics
Matches: 1533, Mismatches: 359, Indels: 153
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 22 0.01
174 34 0.02
175 3 0.00
176 110 0.07
177 198 0.13
178 128 0.08
179 30 0.02
180 353 0.23
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182 180 0.12
183 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTAATAAATTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
GGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATA
Found at i:443087 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 441300--443448 Score: 1639
Period size: 361 Copynumber: 6.0 Consensus size: 355
441290 ATTAATATTT
* * ** * * **
441300 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTTATGAACA-AAAATAGTTGGTTTATGAC
1 TTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAA-AATTTTTTTATGAC
* *
441364 AAAACAAAATGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT
64 AAAA-AAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATT
* * *
441429 GTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-
126 GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAG
* * * * *
441493 AATTATGTTATTTGAAATAAGTTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
189 TATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * ** *
441558 ATAAT-ATTTGGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAGCAT
253 ATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAA
* * * *
441622 ATTCCTTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATA
317 ATT--ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * ** * *
441663 TTAATGAATTCGTATTATCTTACTTCAAATAAAATTA-TATGAATTGAAACAAGCATTTTATTAT
1 TTAATAAATT-ATTTTATTTTATTTCAAAT-AAGCTAGTATGAATAGAAA-AA--ATTTTTTTAT
* * * *
441727 -A-AAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATATTCATGACTATTTGAACT
61 GACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * * * * *** *
441790 TGTTAG-TAAATATATTTATGTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTATAAATT
125 TGTTCGAAAAACAGATTTAT-TTTT-TAA-ATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * * * * *
441854 AATACTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
187 AGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
** * * * * * * **
441919 TCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCTCAAGTAGCCATAACGATTTGAACTTGTTTAGTAAATA
251 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA
* * * *
441984 GATTTATGTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATA
316 -AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATA
* * * *
442025 TTAATAAA-TATGTATTATTTTATTTGAAAAAAGCTTAG-ATGAACAGAAAAAAATTCTTTTATG
1 TTAATAAATTAT-T-TTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATAG-AAAAAATTTTTTTATG
* * * * * * * * * * *
442088 AGAAAACAAAGGTTATAGCTATTTTAAATAG-TAATTATTTAAACAGTCCTAATTATTTAAATTT
62 ACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * * *
442152 GTT-TATAAAACAGAGTCATTTTTTAAATCTTTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAACAAATT
126 GTTCGA-AAAACAGATTTATTTTTTAAATC---TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * * * * *
442215 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTATAACAAAGCAAAAGG
187 AGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * *
442280 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATGATTATTTGATCTAGTGT-GG-CAA-
251 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAAT
* * * * * * **
442342 ACA-TATTTATTAAAATTTTTTACTTGTTAATTGTCAAAATA
315 AAATTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * * * * * *
442383 TTAACACATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATAAT
1 TTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTC-AAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTTTTTTATGAC
* * ** * * * *
442447 AGAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAAGAAATAATTGCTCATATAGTGATAACTTTTTGAACTA
64 A-AA-AAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * * * *
442511 GTTTGATACATAGATTTATTTTTTAAATC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTA
126 GTTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * * * * * * * *
442574 TTACTTTATTCCAAATAAACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTAAT
191 TTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
442639 AATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGT-ATAACTTTTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAAT
255 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-AAT
* *
442703 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAACTTTTGAAATA
319 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* *
442740 TTAATAAATTCATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTGAGAAAATTTTTTTATGACA
1 TTAATAAATT-ATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTTTTTTATGACA
* * * * *
442805 ACAAAAAAGGTCATAACGATTTGAATTAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACAATTTGAATTGGT
65 A-AAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GT
* * * * **
442870 TCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATACCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTGGATTAGTA
128 TCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAAT--CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
* * *
442935 TTGTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
191 TTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
443000 AATGATTT-AAAGTATAGAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAAAT
255 AATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAAT
*
443064 TCATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA
319 T-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * ** *
443101 TTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-A-AAAAAA-TCATATATGACC
1 TTAATAAATTATT-TTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTTTTTTATGA-C
* * * * * * * **
443163 AAACAAAAGGTGATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACCATAATTACTTGAACTAA
64 AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTG
* ** * * * *
443227 CTCGGCAAATAGATTTACTTTTTAAATC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATAAG-AA
127 TTCGAAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * *
443289 TATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAGGTCAT
192 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
443353 AATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATATGAATTTGTTCGATAAACAAATT
255 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAA-T
* *
443418 TATTTTTTTAAA-CTCCTGCTTATTAATTTTT
319 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
443449 TTTATTTTGG
Statistics
Matches: 1404, Mismatches: 312, Indels: 149
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 106 0.08
354 80 0.06
355 107 0.08
356 10 0.01
357 162 0.12
358 149 0.11
359 61 0.04
360 22 0.02
361 334 0.24
362 183 0.13
363 160 0.11
364 22 0.02
365 2 0.00
366 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TTAATAAATTATTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAAAAATTTTTTTATGACAA
AAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCG
AAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTATTTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
Done.