Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168116.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_360, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31511
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Found at i:1360 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 1056--1484 Score: 470
Period size: 180 Copynumber: 2.4 Consensus size: 177
1046 AAAGGATATG
* * * * * * * *
1056 AAAAAATAAATCTGTTTAC-CAATCAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAA-CAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA-TATTATCTATTT
1120 AAAATCATTATGACCTTCTGTTTGGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCCA
64 AAAATCATTATGACCTTCTGTTTGGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCA
*
1184 AGATAAAATAATACAAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAG-TTT
129 A-ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-CAAGAGATTT
* * * *
1237 AAAAAAATTAATTTGTTTATTTAACAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTA
1 -AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTA
* * * * ** * *
1302 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTC-GTAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
65 AAATCATTATGACCTTCTGTTTGGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCAA
** *
1366 ATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGTGATTT
130 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGAGATTT
* ** * * * *
1414 AAAAAATGATTTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTG
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAT-ATTATCTATTTA
1479 AAATCA
65 AAATCA
1485 ATATTACCAT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 33, Indels: 13
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 47 0.22
177 21 0.10
179 1 0.00
180 62 0.30
181 37 0.18
182 40 0.19
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTAA
AATCATTATGACCTTCTGTTTGGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCAAA
TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAGAGATTT
Found at i:1477 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1445--1477 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
1435 AATTAGTTCA
1445 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
1463 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
1478 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:2394 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2365--2414 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
2355 TAGTTTTTAT
2365 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
2383 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
2397 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
2412 TAA
1 TAA
2415 CTGTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:2694 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2655--2696 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
2645 TCACATAACA
* *
2655 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
2673 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
2690 AATAATT
1 AATAATT
2697 AATAATTGTC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:3618 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3596--3632 Score: 58
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
3586 AACAAATAGT
*
3596 TTTATTTTTTATT-ATAA
1 TTTATTTTTAATTAATAA
3613 TTTATTTTTAATTAATAA
1 TTTATTTTTAATTAATAA
3631 TT
1 TT
3633 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.67
18 6 0.33
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (18 bp):
TTTATTTTTAATTAATAA
Found at i:5987 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5958--6007 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
5948 TAGTTTTTAT
5958 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
5976 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
5990 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
6005 TAA
1 TAA
6008 CTGTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:6294 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 6272--6307 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
6262 TAACAAATAG
*
6272 TTTATTTTTTATTATAA
1 TTTATTTTTAATTATAA
6289 TTTATTTTTAATTATAA
1 TTTATTTTTAATTATAA
6306 TT
1 TT
6308 AATAATTGTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 18 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (17 bp):
TTTATTTTTAATTATAA
Found at i:6779 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 6743--6779 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
6733 TCAAATAGTA
* *
6743 ATAATTATTTGAAGTGGTC
1 ATAATTATTTAAACTGGTC
6762 ATAATTATTTAAACTGGT
1 ATAATTATTTAAACTGGT
6780 TTGGTAAATA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 16 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.16, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
ATAATTATTTAAACTGGTC
Found at i:7457 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 7036--7512 Score: 575
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 176
7026 AAGCTGATTT
* * *
7036 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGCATAAG
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAG
* * * * *
7101 CTTTTAT--ACTGAGACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
65 CTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
* * * * **
7164 CTATTCAAATGGACATGACTGTTTGAACTGATTCGATAAAAAAATTA
130 CTATTCAAATAGACATAACTATTTAAACTGATTAAATAAAAAAATTA
* * * *
7211 ACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCGAATAAG
1 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAG
* * * *
7276 CTTGTATGAAATGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTTAAATAGATAA
65 CTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
* * *
7341 -TATTCAAATAGCCATAACTATTTAAATTTG-TTAAATAAAGAAATTA
130 CTATTCAAATAGACATAACTATTTAAA-CTGATTAAATAAAAAAATTA
* * *
7387 ATTTTTTTAAACTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATCTTGGA
1 A-TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAA
* *
7452 TAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGGTTTTTTGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
61 TAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
7513 TTAATATTTC
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 38, Indels: 14
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
175 60 0.24
176 35 0.14
177 58 0.23
178 2 0.01
180 62 0.24
181 34 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGC
TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAAC
TATTCAAATAGACATAACTATTTAAACTGATTAAATAAAAAAATTA
Found at i:7605 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 7573--7605 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
7563 AATTAGTTCA
7573 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
7591 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
7606 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:8783 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 8765--8789 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
8755 TTATAAATTT
8765 ATATAATTATATA
1 ATATAATTATATA
8778 ATATAATTATAT
1 ATATAATTATAT
8790 CACATAACAA
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
ATATAATTATATA
Found at i:9759 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9720--9761 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
9710 TCACATAACA
* *
9720 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
9738 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
9755 AATAATT
1 AATAATT
9762 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:10012 original size:921 final size:898
Alignment explanation
Indices: 8519--10342 Score: 3008
Period size: 921 Copynumber: 2.0 Consensus size: 898
8509 TGATTAAAAT
*
8519 TTTTAAATAAATTAATTATAGCTGTATAGATTATAACTAAGAAATTAATATTCTTATTTAATTAT
1 TTTTAAATAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAAATTAATATTCTTATTTAATTAT
* *
8584 TATTATGTATATTTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATAGTAGATATAAG
66 TATTATATATATCTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATAGTAGATATAAG
* * **
8649 ATCTCAGGACAAATTTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATTAATTTTTATGATTTATATTAAT
131 ATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAAAATATAATTATTAATTTACATGATTTATATTAAT
* *
8714 TTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTAATTGGATTGCTTATAAATTTATATAATTATATAA
196 TTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTAATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATATAA
8779 TATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAAGTTATTTTTAATTAATAATTAAT
261 TATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAAGTTATTTTTAATTAATAATTAAT
*
8844 AATTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTTAAAATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTA
326 AACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTTAAAATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTA
8909 AAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATAT
391 AAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATAT
8974 TATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAA
456 TATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAA
* * *
9039 AAAATTCTATCATTTGATAATTATTATTTATTCTCAACATACTTAGAGCACCTAAAAATGTATCT
521 AAAATTCCATCATTGGATAATTATTAGTTATTCTCAACATACTTAGAGCACCTAAAAATGTATCT
*
9104 CAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATAGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTT
586 AAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATAGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTT
* * * *
9169 TAAGCCCATAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGGCTT
651 TAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTT
* *
9234 TTTTTATTTATAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTAT
716 TTTTTATTTATAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCAT
* * * *
9299 AATTATTTAAACCGGTTTGTTAAATTAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATT
781 AATTATTTAAACCAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATT
9364 AAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTG
846 AAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTG
* *
9417 TTTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCTTATTTAATTAT
1 TTTTAAATAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAAATTAATATTCTTATTTAATTAT
*
9482 TGTTATATATATCTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATA
66 TATTATATATATCTTATTAG--------A--T-AATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATA
9547 GTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAAAATATAATTATTAATTGGTAAAC
120 GTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAAAATATAATTATTAATT--T--AC
*
9612 AT-ATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGC
181 ATGATTT--ATATTAATTTTT-A-A-TTAT-TT-A--TTAATTATGAATAAATTAATTGGATAGC
*
9676 GTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATA
237 GTATAAATTTATATAATTATATAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATA
*
9741 ATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTG-TTAAATATATATATT
302 AGTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTTAAA-ATATATATT
*
9805 ATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATG-CTAATGCA
366 ATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTC-AATGCA
9869 TTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATA
430 TT-AAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATA
* *
9934 ATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTAGTTATTCTCAAC
494 ACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTAGTTATTCTCAAC
* *
9999 ATTCTTA-AGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTAAAA
559 ATACTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAA
* *
10063 TCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTTAGAAACAAAATCTGACGTTTT
624 TAGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTT
* *
10128 AAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
689 AAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCAA
*
10193 ATAGTAATAACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT
754 ATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCATAATTATTTAAACCAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT
*
10258 AAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGTTTATAA
819 AAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAA
10323 GTTGAAAATCAATTG
884 GTTGAAAATCAATTG
10338 TTTTA
1 TTTTA
10343 TGACAAAAAG
Statistics
Matches: 858, Mismatches: 41, Indels: 31
0.92 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
898 79 0.09
906 1 0.00
908 1 0.00
909 88 0.10
911 1 0.00
912 4 0.00
913 2 0.00
914 12 0.01
915 1 0.00
916 1 0.00
917 4 0.00
918 2 0.00
919 1 0.00
920 6 0.01
921 527 0.61
922 128 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (898 bp):
TTTTAAATAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAAATTAATATTCTTATTTAATTAT
TATTATATATATCTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATAGTAGATATAAG
ATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAAAATATAATTATTAATTTACATGATTTATATTAAT
TTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTAATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATATAA
TATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAAGTTATTTTTAATTAATAATTAAT
AACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTTAAAATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTA
AAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATAT
TATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAA
AAAATTCCATCATTGGATAATTATTAGTTATTCTCAACATACTTAGAGCACCTAAAAATGTATCT
AAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATAGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTT
TAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTT
TTTTTATTTATAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCAT
AATTATTTAAACCAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATT
AAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTG
Found at i:11041 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 11018--11057 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
11008 TTTAACCAAA
11018 TTCATAAATTATATTATTAT
1 TTCATAAATTAT-TTATTAT
**
11038 TTCATAGCTTATTTATTAT
1 TTCATAAATTATTTATTAT
11057 T
1 T
11058 AAATATCAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.44
20 10 0.56
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.03, T:0.57
Consensus pattern (19 bp):
TTCATAAATTATTTATTAT
Found at i:11103 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 11078--11120 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
11068 AATTAAATAA
*
11078 AAATATTTTAATA-TTTTAATTT
1 AAATA-TTTAAAACTTTTAATTT
11100 AAATATTTAAAACTTTTAATT
1 AAATATTTAAAACTTTTAATT
11121 ATTAACATTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.32
22 13 0.68
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (22 bp):
AAATATTTAAAACTTTTAATTT
Found at i:11577 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11545--11577 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11535 AATTAGTTCA
11545 AATAATTATGACTATTTC
1 AATAATTAT-ACTATTTC
11563 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
11578 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTC
Found at i:12491 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 12462--12511 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
12452 TAGTTTTTAT
12462 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
12480 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
12494 TAATTAAAA-TAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
12509 TAA
1 TAA
12512 CTGTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 1 0.03
14 12 0.40
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:13190 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 13172--13196 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
13162 CGTATAAATT
13172 TAATATAATTATG
1 TAATATAATTATG
13185 TAATATAATTAT
1 TAATATAATTAT
13197 ATGACATAAC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.04, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TAATATAATTATG
Found at i:13247 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13208--13249 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
13198 TGACATAACA
* *
13208 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
13226 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
13243 AATAATT
1 AATAATT
13250 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:14945 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14643--15737 Score: 750
Period size: 177 Copynumber: 6.1 Consensus size: 177
14633 AAAGGATATG
* * * * * * *
14643 AAAAAATAAATCTGTTTA-CCAATCAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * *
14707 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAA
65 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAA
* *
14772 GATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTT
129 -ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGA-TTT
* ** * * *
14824 AAAAAATTAATTTGTTTATTTAACAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAAT-ATTATCTATTTA
1 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTA
* *
14888 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
66 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TCCAAA
* *
14953 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TGATTT
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTT
* * ** * * *
15000 -AAAAATGATTTTGTTTA-CTGAATTAGTTCT-AATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACCAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * ** * **
15062 TGAAATCAATATTACCTTTTGTTCGGTCATATAATA-AATGGTTT-TTTATCATACAAGC-T-TC
64 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-ACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATC
** * ** * *
15123 TGAATAAAATAACACTAATTTATTAACCTTTCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTT
126 CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG--ATTT
* * *
15178 AAAAAATAAATTTATTTATCGAACCCGTTTAAATAGTTATGACTATTGGAATGAATGTA--TAGT
1 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AAT-TATCTA-T
* * * *
15241 TT-AAATCAGTTATTTAAAAAGTAAACCTTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-ATGCATGTTAA
63 TTAAAATCA-TTA--T-----G---ACC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCA
* * * * * * *
15304 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAGTCTAATAATA-CTCTGAAAATTAATAACTAAGAG
114 TACAAGCTTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--GA-AG
15368 ATTT
174 ATTT
* * * * *
15372 AAAAAATAAAATATGTTTGTCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
1 AAAAAAT-AAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * ** * * * * *
15437 TAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCGTAAAATGATTTTTTCAATTCATGCTAGCTTATTCAGA
65 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCA-A
*
15502 ATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA-ATTT
129 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTT
* * * * * * * * * * *
15550 AACAAATAATTTTGCTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAATAATTATTTATTTC
1 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTA
* * * * ** * * * * ***
15615 AAATAATTATGACCTTTTTTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTTGGAA
66 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATCCAAA
* * * * * *
15680 TAAATTAATACTACTCTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-TAGATCT
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTT
15727 AAAAAATAAAT
1 AAAAAATAAAT
15738 CTTTTTAGAT
Statistics
Matches: 709, Mismatches: 153, Indels: 108
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 39 0.06
175 39 0.06
176 43 0.06
177 150 0.21
178 20 0.03
179 115 0.16
180 49 0.07
181 46 0.06
182 62 0.09
183 5 0.01
184 2 0.00
187 1 0.00
190 5 0.01
191 14 0.02
192 17 0.02
193 4 0.01
194 51 0.07
195 45 0.06
196 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTA
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGATTT
Found at i:15062 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15030--15062 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15020 AATTAGTTCT
15030 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
15048 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
15063 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:15978 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15949--15998 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
15939 TAGTTTTTAT
15949 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
15967 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
15981 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
15996 TAA
1 TAA
15999 CTGTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:16297 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16258--16299 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
16248 TCACATAACA
* *
16258 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
16276 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
16293 AATAATT
1 AATAATT
16300 AATAATTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:18094 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 18055--18096 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
18045 TCACATAACA
* *
18055 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
18073 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
18090 AATAATT
1 AATAATT
18097 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:18481 original size:917 final size:918
Alignment explanation
Indices: 15967--18678 Score: 4563
Period size: 917 Copynumber: 3.0 Consensus size: 918
15957 AATTAATTGA
15967 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
*
16032 TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAG--------A---TAATTAAATTTATTTATGATAA
66 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTTAATTAAATTTATTTATGATAA
*
16086 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGA-CAAATTTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTAT
131 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACCAAA-TTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTAT
** * ** * * * *
16150 TAATTTTTATGATTTATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATTGCT
195 TAATTGGTA-AACATAT-TTAAATATT-A--ATTT-TTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCG
*
16215 TATAAATTTATATAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAA
254 TATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAA
*
16280 TTTATTTTTAATTAATAATTAATAATTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTAT
319 TTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTAT
* *
16345 TTGATTTATTAAGTAGCTAATT-AAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATT-
384 TTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTC
*
16408 AAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACA
449 AAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATA
* * *
16473 AGATACTAACATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATC
514 AGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATT
*
16538 CTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCG
579 CTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTAAAATCG
* * *
16603 CGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAA
644 TGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGATGTTTTAAA
*
16668 TCATAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
709 TCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*
16733 G---T-A--A--T-AA-----C-----TATTTAAACCGGTTTGGTAAATCAATTTATTTTTTAAA
774 GTAATAACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
*
16779 TCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTT
839 TCTCTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTT
16844 GAAAATCAATTGTTT
904 GAAAATCAATTGTTT
16859 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
*
16924 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
66 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTTAATTAAATTTATTTATGATAA
* *
16989 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCCTTTATTCAGAATATAATTATT
131 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACCAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATT
17054 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAAT
196 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAAT
* *
17119 TTATTTAATTATGTAATATAATTATATGACATAACAAATAG-----------------TTTATTT
261 TTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTT
*
17167 TTAATTAATAATTAATAACTGTGTTTATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTT
326 TTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTT
* *
17232 ATTAAATAGCTAATTAAAATTTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATT
391 ATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATT
* *
17297 TATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAACATACT
456 CATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACT
* * * *
17362 AATATTTGAAATTTTTAAAAGTTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTAAACATTATTAGAG
521 AATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAG
17427 CACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATA
586 CACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATA
17492 ATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGATGTTTTAAATCATAAT
651 ATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGATGTTTTAAATCATAAT
* *
17557 TATTATCTATATGCCTTTTTTTACTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAA
716 TATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAA
*
17622 CTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTCAATCTCTTA
781 CTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
17687 CTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATC
846 CTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATC
17752 AATTGTTT
911 AATTGTTT
17760 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
17825 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTTAATTAAATTTATTTATGATAA
66 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTTAATTAAATTTATTTATGATAA
* *
17890 ATTAGATAATAGTAAATATAAGATCTAAGGACCAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATT
131 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACCAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATT
* *
17955 AATTGGTAAACATATTTAAATCTTAATTTTTAATTATTAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAAT
196 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAAT
18020 TTATATAATTATGTAATAT-ATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTT
261 TTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTT
18084 TTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTT
326 TTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTT
18149 ATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATT
391 ATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATT
18214 CATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACT
456 CATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACT
18279 AATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAG
521 AATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAG
18344 CACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATA
586 CACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATA
*
18409 ATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAAT
651 ATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGATGTTTTAAATCATAAT
18474 TATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAA
716 TATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAA
18539 CTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
781 CTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
*
18604 CTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGTTTATAAGTTGAAAATC
846 CTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATC
18669 AATTGTTT
911 AATTGTTT
18677 TA
1 TA
18679 TGACAAAAAG
Statistics
Matches: 1704, Mismatches: 66, Indels: 75
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
880 84 0.05
881 38 0.02
882 309 0.18
885 1 0.00
886 1 0.00
888 1 0.00
890 1 0.00
891 2 0.00
892 95 0.06
896 1 0.00
897 72 0.04
898 4 0.00
900 22 0.01
901 393 0.23
902 4 0.00
903 85 0.05
904 3 0.00
917 588 0.35
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (918 bp):
TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTTAATTAAATTTATTTATGATAA
ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACCAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATT
AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAAT
TTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTT
TTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTT
ATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATT
CATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACT
AATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAG
CACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATA
ATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGATGTTTTAAATCATAAT
TATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAA
CTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
CTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATC
AATTGTTT
Found at i:19439 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 19415--19455 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
19405 ATTAACTAAT
*
19415 AATATTTAATA-TTTTAATTTA
1 AATATTTAAAACTTTTAATTTA
19436 AATATTTAAAACTTTTAATT
1 AATATTTAAAACTTTTAATT
19456 ATTAACATTC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.56
22 8 0.44
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (22 bp):
AATATTTAAAACTTTTAATTTA
Found at i:19795 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 19491--20584 Score: 637
Period size: 177 Copynumber: 6.0 Consensus size: 176
19481 AAAGGATATG
* * * * * * * *
19491 AAAAAATAAATCTGTTTAC-CAATCAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAA-CAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA-TATTATCTATTT
* *
19555 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCCA
64 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCA
* *
19619 AGATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTT
128 A-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT
* * * *
19672 AAAAAAATTAATTTGTTTATTTAACAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTA
1 -AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTA
* * *
19737 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCAAA
* *
19802 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTT
130 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* ** * * * *
19849 AAAAAATGATTTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTG
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAT-ATTATCTATTTA
* * ** * * *** * **
19914 AAATCAATATTACCTTTTGTTCGGTCATATAATAATTGTTTTTTTTATCATACAAGC---TTCTG
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGT-TCATAAAAGCTTATTCCA
* ** * *
19976 AATAAAATAACACTAATTTATTAACCTTTCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTT
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA---ATTAA-TAAGAGATTT
* * *** * * * * * * *
20029 AAAAAATAAATTTATTTA-TCGAACCCGTTTAAATAGTTATGACTATTCGAACGAATGTATAGTT
1 AAAAAATGAATTTGTTTACT-GAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA-TATTATCTA-TT
* * *
20093 T-AAATCAGTTATTTAAAAAGTAAACCTTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-ATGCATGTTCAT
63 TAAAATCA-TTA--T-----G---ACC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCAT
* * * * * * * *
20156 ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAGTCTAATAATACTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAT
114 AAAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGAT
20221 TT
175 TT
* * * * * * * * * *
20223 AAAAAATAAAATATGTTTGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
1 AAAAAAT-GAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAA-TATTATCTATTT
* * * * * * * * ***
20288 TAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCGTAAAATAATTTTTTCAATTCATGCTAGCTTATT-CAG
64 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCA-
* *
20352 AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAATTT
128 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * *** *
20401 AACAAAT-AATTTTGCTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATAATTATTTGAATAATTATTTATT
1 AAAAAATGAA-TTTGTTTA-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAAT-ATTATCTATT
* * * * * ** * * * * ***
20464 TCAAATAATTATGACCTTTTTTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTTGG
63 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCA
* * * * * *
20529 AATAAATTAATACTACTCTATTAATATTTTAAAAATTAATAATAGATCT
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
20578 AAAAAAT
1 AAAAAAT
20585 AAATCTTTTT
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 159, Indels: 87
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 77 0.11
177 171 0.24
178 25 0.04
179 19 0.03
180 126 0.18
181 53 0.07
182 92 0.13
183 6 0.01
184 2 0.00
187 1 0.00
191 14 0.02
192 2 0.00
193 20 0.03
194 51 0.07
195 52 0.07
196 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTAA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
Found at i:19912 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 19880--19912 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
19870 AATTAGTTCA
19880 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
19898 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
19913 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:19984 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19491--20019 Score: 496
Period size: 176 Copynumber: 3.0 Consensus size: 178
19481 AAAGGATATG
* * * * * * * * * *
19491 AAAAAATAAATCTGTTTAC-CAATCAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAA-CAAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAA-TATTATCTATTT
* ** * * * *
19555 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCCA
64 AAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGA
* * *
19619 AGATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTTA
128 A-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--TGAGTTTA
* * * * * *
19673 AAAAAATTAATTTGTTTATTTAACAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTAA
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATATTATCTATTTAA
* * ** *
19738 AATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
66 AATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGAAAT
*
19803 AAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGA-TTT-
131 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAGTTTA
* ** * *
19849 AAAAAATGATTTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTG
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT-ATTATCTATTTA
* * * ***
19914 AAATCAATATTACCTTTTGTTCGGTCATATAATAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCTT-CT-G-
65 AAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTG-TTTCAGT-TCATACAAGCTTACTCGA
* ** * *
19976 AATAAAATAACACTAATTTATTAACCTTTCAAAAGTTAGTAAGT
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
20020 AAGAAATTTA
Statistics
Matches: 295, Mismatches: 47, Indels: 16
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
176 80 0.27
177 46 0.16
178 7 0.02
179 12 0.04
180 69 0.23
181 39 0.13
182 40 0.14
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATATTATCTATTTAA
AATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAGTTTA
Found at i:20829 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 20800--20849 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
20790 TAGTTTTTAT
20800 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
20818 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
20832 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
20847 TAA
1 TAA
20850 CTGTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:22068 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22029--22070 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
22019 ATCTATAACA
* *
22029 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
22047 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
22064 AATAATT
1 AATAATT
22071 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:22832 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 22793--22834 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
22783 TCACATAACA
* *
22793 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
22811 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
22828 AATAATT
1 AATAATT
22835 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:22885 original size:763 final size:760
Alignment explanation
Indices: 21966--23413 Score: 2648
Period size: 763 Copynumber: 1.9 Consensus size: 760
21956 TTAATTTATT
*
21966 GAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCTATAACAAA
1 GAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCCATAACAAA
22031 TAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATT
66 TAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATT
22096 TTGGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAA
131 TTGGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAA
22161 TATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAA
196 TATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAA
22226 TTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAA
261 TTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAA
* *
22291 TTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAA
326 CTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAACAAATAAGTATGAAA
* * *
22356 TACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATTGTTTTTAAGCCCAGAATTTTTCAGA
391 TACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGC---TGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGA
* * * *
22421 AACAA-AGTCTGATGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTT
453 AACAAGA-TATGACGTTTTAAATCATAATTATTATCCATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTT
*
22485 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTG
517 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTG
*
22550 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAAGTTTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTT
582 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTT
22615 GTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATT
647 GTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATT
22680 ATAACTGTATAGATTATAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTAC
712 ATAACTGTATAGATTATAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTAC
*
22729 GAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATTTCACATAACAA
1 GAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATC-CATAACAA
22794 ATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTAT
65 ATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTAT
*
22859 TTT-GTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAGCAATAA
130 TTTGGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAA
22923 ATATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCA
195 ATATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCA
* *
22988 ATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATGCTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTTCATCATTGGATA
260 ATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATA
23053 ACTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAACAAATAAGTATGAA
325 ACTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAACAAATAAGTATGAA
*
23118 ATACAATGAAAAATTCAAATCGTGCAATAATTGTGCTGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAA
390 ATACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCTGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAA
23183 CAAGATATGACGTTTTAAATCATAATTATTATCCATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAA
455 CAAGATATGACGTTTTAAATCATAATTATTATCCATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAA
* *
23248 ATAGATAATTTTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTA
520 ATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTA
*
23313 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTT
585 AATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTT
*
23378 TCAAATAAGTTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTA
650 TCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTA
23414 TGACAAAAAG
Statistics
Matches: 662, Mismatches: 21, Indels: 7
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
760 245 0.37
761 1 0.00
763 341 0.52
764 75 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (760 bp):
GAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCCATAACAAA
TAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATT
TTGGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAA
TATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAA
TTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAA
CTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAACAAATAAGTATGAAA
TACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCTGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAAC
AAGATATGACGTTTTAAATCATAATTATTATCCATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAA
ATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTT
CAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAA
CTGTATAGATTATAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTAC
Found at i:24636 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 24604--24636 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
24594 AATTAGTTCA
24604 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
24622 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
24637 AAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:24719 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 24216--24770 Score: 492
Period size: 176 Copynumber: 3.1 Consensus size: 177
24206 AAAGGATATG
* * * * * * * * * *
24216 AAAAAATAAATATGTTTAC-CAATCAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTT
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAAT-AAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAA-TATTATCTATTT
* ** * * * * *
24280 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTA-TCCA
64 AAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGA
* * *
24344 AGATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTT
128 A-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--TGAGTTT
* * * * * *
24397 AAAAAATTAATTTGTTTATTTAATAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTAA
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAATAAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATATTATCTATTTAA
* * ** *
24462 AATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
66 AATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGAAAT
*
24527 AAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGA-TTT
131 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAGTTT
* * *
24573 AAAAAATGATTTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTA
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAATAAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT-ATTATCTATTTA
* * * * ***
24638 AAATCAATATTACCTTTTGTTCGGTCATATAATAATTATTTTTTTTATCATACAAGCTT-CT-G-
65 AAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATT-GTTTCAGT-TCATACAAGCTTACTCGA
* * ** * * *
24700 AATAAAATAACACTAATTTATCAACCTTTCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTT
128 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G-AGTTT
* *
24753 AAAAAATAAATTTATTTA
1 AAAAAATGAATTTGTTTA
24771 TCGAACCCGT
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 51, Indels: 19
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 83 0.26
177 45 0.14
178 6 0.02
179 81 0.26
180 57 0.18
181 39 0.12
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAAAAATGAATTTGTTTACTGAATAAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATATTATCTATTTAA
AATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTCGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAGTTT
Found at i:25551 original size:17 final size:15
Alignment explanation
Indices: 25521--25567 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
25511 ATAGTTTTTA
25521 TTAATTATAAATTAAT
1 TTAATTA-AAATTAAT
25537 TGATAATTAAAATT-AT
1 T--TAATTAAAATTAAT
25553 TTAATT-AAATTAAT
1 TTAATTAAAATTAAT
25567 T
1 T
25568 AGAACTATAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 8
0.78 0.00 0.22
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.18
14 8 0.29
16 4 0.14
17 5 0.18
18 6 0.21
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (15 bp):
TTAATTAAAATTAAT
Found at i:25870 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25831--25872 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
25821 TCACATAACA
* *
25831 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
25849 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
25866 AATAATT
1 AATAATT
25873 AATAATTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:26804 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 26765--26806 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
26755 TCACATAACA
* *
26765 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
26783 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
26800 AATAATT
1 AATAATT
26807 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:28106 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 28077--28126 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
28067 TAGTTTTTAT
28077 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
28095 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
28109 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
28124 TAA
1 TAA
28127 CTGTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:31126 original size:180 final size:175
Alignment explanation
Indices: 30822--31285 Score: 493
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 175
30812 AAAGGACATG
* * * * * * *
30822 AAAAAATAAATCTGTTTAC-CAATCAAGTTCAAATAGTT-GTGACTATTTGAACAATTATTTATT
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAA-CAAATTCAAATAGTTAG-GGCTATTTGAA-TATTATCTATT
* *
30885 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCC
63 T-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCC
* *
30949 AAGATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTT
126 AA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTT
* * * *
31003 AAAAAAATTAATTTGTTTATTTAACAAATTTAAATAGTTAGGGCTATTTGAATATTATCTATTTA
1 -AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAGGGCTATTTGAATATTATCTATTTA
* * *
31068 AATTCATTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
65 AA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCAAA
* * *
31133 TAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTGATTT
129 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * *
31180 AAAAAATGATTTTGTTTCCTGAACTAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTG
1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAGGGCTATTTGAAT-ATTATCTATTT-
* * ** * *
31245 AAATCAATATTACCTTTTGTTCGGTCATATAATAATTGTTT
64 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
31286 TTTTATCATA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 36, Indels: 17
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 42 0.17
177 45 0.19
178 5 0.02
180 71 0.30
181 35 0.15
182 39 0.16
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTAGGGCTATTTGAATATTATCTATTTAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCCAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
Done.