Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168122.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_366, whole genome shotgun sequence
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4138 TTATAACAAT
* * * *
4148 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTATGAAACAAATTTTTTTT
1 TTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTATGAAACAAATTTATTTT
** * * *
4213 TAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAAAAGCTTGTA
66 TAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATACTACTTTATTATGAAAAAGCTTGTA
4278 TG
131 TG
* * *
4280 TTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACTAATTTGAT-AAATAGATTTAAT
1 TTGAAATAAATAATT-CTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTT-ATGAAACAAATTT-AT
* * *
4343 TTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATA-TAGTACTACTTTATTATGAA
63 TTTTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATACTACTTTATTATGAA
4400 CAATCTTATA
Statistics
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0.83 0.12 0.05
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132 64 0.63
133 38 0.37
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Consensus pattern (132 bp):
TTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTATGAAACAAATTTATTTT
TAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATACTACTTTATTATGAAAAAGCTTGTA
TG
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Indices: 5378--7812 Score: 541
Period size: 180 Copynumber: 13.6 Consensus size: 179
5368 GTCAACGAAT
* * * ** * *
5378 TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCT-CTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTCG
* * *
5443 AATAGGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAACTATTTGAAATA
65 AATAAGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATA
5508 GATAATTGTTAAAATGGCTATAATTATTTGAACCGATTCAATAAACTGAC
130 GATAATTGTTAAAATGGCTATAATTATTTGAACCGATTCAATAAACTGAC
5558 TTATTTTTT-AATCT-TAACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTCG
1 TTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTCG
* * *
5621 AATAAGCTTTTATGAACT-AAAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTCAT-ATTATTTTA
65 AATAAGCTTATATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAA-AAAAGGTCATAACTATTTGA
* * * ** ** *
5684 AATAGATAATTGTTTAAAT--CATCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-AAAT
126 AATAGATAATTGTTAAAATGGC-T-ATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAACTGAC
* * ** * ** * * ** * *
5737 TTATTTTTTCAATTTCTAGGTATTAATGTTCTT-CCATGTTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTC
1 TTATTTTTTAAATCTCTACTTATCAA--TTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTC
* * * *** * * * * * * *
5801 AAATAAGCATGTATGAACTAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAGAAGGTTAAAACGATTTGAAA
64 GAATAAGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAACTATTTG-AA
** * * * * * *
5865 ATAGATAATTGTTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTTGCAAT-CA-T-AT
127 ATAGATAATTGTTAAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-CG-ATT-CAATAAACTGAC
* * * ** *
5918 TTATTTTTTAAAAT-TCTTA-TTGATTAATT-TTTAGAATATTATTAATTTAGCAA-TATTTTA-
1 TTATTTTTT-AAATCTC-TACTT-ATCAATTCTTGA-AATATTAATAAAGTA-AAATTATTTTAT
* * *
5978 CTCCTAATAAGCTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA--TCATAACAAT
61 CT-CGAATAAGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAACTAT
* * * * * ** *
6040 TT-AAGATAGATAATTATTCAAAT-ACTCATAAATATATGAATTGATTCGATAAA-TAGA-
122 TTGAA-ATAGATAATTGTTAAAATGGCT-ATAATTATTTGAACCGATTCAATAAACT-GAC
* * * * ** * *
6097 TTTTGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTAT-TTTTTAAATCTCTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTCG
* * * * *
6159 AAT-AGTTTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAA
65 AATAAG-CTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAA
* * * ** * * * * ** *
6222 ATAGATAATAGTTCAAATGGAC-ATGACCAGTTGAACTTG-TTCGATGAACAAAT
127 ATAGATAATTGTTAAAATGG-CTATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAACTGAC
* * * * ** *
6275 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTATTTTTTAAATCT-CTACTTATCAATTCTTGA-AATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTC
** * * * * * * * *
6339 -AA-AAAATGTGTATGAAT-AGAAAGAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA
64 GAATAAGCT-TATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
6401 AATAAATAATTATTCAAATAT-TC-ATAACTATTTGAA-CGCCTT-AGTGAA-TAGAT
126 AATAGATAATTGTT-AAA-ATGGCTATAATTATTTGAACCG-ATTCAATAAACT-GAC
* * * *** * * **
6454 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTTCTTTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCC
1 TTATTTTTTAAATC-TCTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCT-C
* * * * * * * *
6518 GAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAACTGGTGTATGACAAAACAAAGGACATAA-TGATTTGAA
64 GAATAAGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAACT-ATTTGAA
* * * * * * *
6581 ATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTAAAAC-ATGTTTAGA-AAACAT-AT
127 ATAGATAATTGTTAAAATGGCT-ATAATTATTTGAACCGA--TTCA-ATAAAC-TGAC
* * * * * * * * *
6635 TTACTTTTTAAGT-TTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTTATATTACTTTAT-TTGA
1 TTATTTTTTAAATCTCTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTCG-
* ** ** * * * *
6697 TAAAAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAA-GCCATAA-TGTTTTGA
65 -AATAAGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAACT-ATTTGA
* * * * * * * *
6760 AATAGATAATTGTTAAGATAG-TCATAACTATTTGAACATG-TTTAGTAAAC-AAA
126 AATAGATAATTGTTAAAATGGCT-ATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAACTGAC
* * * * * **
6813 TTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTC
1 TT-ATTTTTTAAATCTC-TACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTC
* * * * *
6877 AAATAAGCTTATATAAGTTG--ACACAATTATTTTATTACAAAAAAAAAGGTCACT-A-TAATTT
64 GAATAAGCTTATAT--GATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCA-TAACT-ATTT
* * * * * ** *
6938 GAAATTA-ATAATTGTTCAAATAG-TA-ATGTCTAATTAAACTTATTCCAA-AAACAT-AT
124 GAAA-TAGATAATTGTTAAAATGGCTATA-AT-TATTTGAACCGATT-CAATAAAC-TGAC
* * * * * * *
6994 TTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAAT-TC
1 TTATTTTTTAAA-TCTCTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTT-ATCTC
* * * * *
7058 AAATAAGCTTGTATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTGA
64 GAATAAGCTTATAT-GATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAACTATTTGA
* * * ** * *
7121 AATAAATAATTGTTCATATAAT--C-ATAA-CATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGAT
126 AATAGATAATTGTT-A-A-AATGGCTATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAACTGAC
* * * ** ** * *
7174 TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTC-TACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTCG
*** *
7238 AATAAGCTTATATGAACTAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAA-TGATTTGAA
65 AATAAGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAACT-ATTTGAA
* * * * * * * ** *
7300 ATAGATATTTATTCAAACT-GTTATAACTATTTG-ATCTAGTTTGATAAACAT-AT
127 ATAGATAATTGTT-AAAATGGCTATAATTATTTGAACCGA-TTCAATAAAC-TGAC
* * * * * * * ** * **
7353 TTACTTTTGACATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC-C
1 TTATTTTTTA-AATCTCTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTT-ATCTC
* * * ** * * * * *
7417 AAATAAGCTTGTATAAACAGAAACTATTATTTTAT-AACAGAAAAAA-GTCATAACAATTTGAAA
64 GAATAAGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
* * * * * * *** * *
7480 TAAATAATTGATT-AAATAG-TCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGAT
128 TAGATAATTG-TTAAAATGGCT-ATAATTATTTGAACCGATTCAATAAACTGAC
* * * ** * * *
7532 TTATTTTTTAAATCTC--C-TATTAATTTTTGAAATATTAAT-AGGTTAGTATTTTTTTATTTTG
1 TTATTTTTTAAATCTCTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAG-TAAAATTATTTTATCTCG
* * ** * * *
7593 AACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATATGTTTTAGGACAAAATAAAAGGTCATAA-TGATTTAAA
65 AATAAGCTTATATGATGAAAAACAAT-TGTTTTATGA-AAAAAAAAAGGTCATAACT-ATTTGAA
* * * * * * * ** *
7656 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATGTGAACTGATT-AGGTAAACAAAA
127 ATAGATAATTGTTAAAATGGCTATAATTATTTGAACCGATTCA-ATAAACTGAC
* * * * ** * *
7709 TTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATT-TTGAAATATTAATAAATTCATTTTACTTAAT-TC
1 TTATTTTTTAAATCTC-TACTTA-TCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTC
7772 TGAATAAGC-TATATGAATTGAAAAA-AA-TGTTTTATGAAAAA
64 -GAATAAGCTTATATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAA
7813 GCACAAACAA
Statistics
Matches: 1733, Mismatches: 361, Indels: 323
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 61 0.04
176 74 0.04
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180 502 0.29
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184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTATTTTTTAAATCTCTACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATCTCGA
ATAAGCTTATATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAG
ATAATTGTTAAAATGGCTATAATTATTTGAACCGATTCAATAAACTGAC
Found at i:5818 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 5375--8873 Score: 2234
Period size: 181 Copynumber: 19.6 Consensus size: 177
5365 TCAGTCAACG
*
5375 AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAAT-TTCTA-TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * *
5440 TTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAACTATTTG
63 TCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * ** *
5503 AAATAGATAATTGTTAAAAT-GGCTATAATTATTTGAAC-CGATTCAATAAACT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-A
* * * * * * ** *
5555 GACTTATTTTTT-AATCTT-AACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTTATC
1 AATTTATTTTTTAAAT-TTCTA-TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * **
5618 TCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAACAAAAGGTCAT-ATTATTT
63 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* *
5682 TAAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAA
126 GAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAA
* * ** * *
5734 AATTTATTTTTTCAATTTCTAGGTATTAATGTTCTTCCATGTTAATAAATTAGTAGTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATTTCTA-TTATTAAT-TT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
5799 TCAAATAAGCATGTATGAACTA-AAA-AATTATTTTATGACTAAACAGAAGGTTAAAACGATTTG
63 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * ** * *
5862 AAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTTGCAATCA
127 -AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA-AA
* * * * * * *
5915 TATTTATTTTTTAAAATTCTTATTGATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACT
1 AATTTATTTTTTAAATTTC-TATT-ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * *
5980 CCTAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTT-A
63 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * *
6043 AGATAGATAATTATTCAAATACTCATAAATATATGAA-TTGATTCGATAAATA
128 A-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-A
* *
6095 GATTT-TGTTTTTAAA--TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 AATTTAT-TTTTTAAATTTCTATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * *
6157 TGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACTATTTGA
64 CAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * *
6221 AATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACCAGTTGAACTTGTTCGATGAACA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAAA
* *
6272 AATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAAT-TTCTA-TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
6337 TCAAA-AA-ATGTGTATGAATAGAAAGAACTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
63 TCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *** * *
6400 AAATAAATAATTATTCAAATATTCATAACTATTTGAACGCCTT-AGTGAATA
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAAA
* * ** *
6451 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTTCTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAAT-TTCTA-TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * **
6516 CCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAACTGGTGTATGACAAAAC-AAAGGACATAATGATTTGA
63 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * **
6580 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAACATGTTTAG-AAAA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-GAACTTGTTCGGTAAAA
* * *
6630 CATATTTACTTTTTAAGTTT-TACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTACTTTA
1 -A-ATTTATTTTTTAAATTTCTA-TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * ***
6692 TTTGATAAAAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGCCATAATGTTT
61 TTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* **
6757 TGAAATAGATAATTGTT-AAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGTAAACA
125 TGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-A
* * * *
6811 AATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC
1 AATTTATTTTTTAAATT-TC-TA-TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
6875 TCAAATAAGCTTATAT-AAGTTGACACAATTATTTTATTACAAAAAAAAAGGTCACT-ATAATTT
63 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTT
* ** * * * **
6938 GAAATTA-ATAATTGTTCAAATAGTAATGTCTAATTAAACTTATTC-CAAAAA
126 GAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAA
* * * *
6989 CATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTA
1 -A-ATTTATTTTTTAAA-TTTCTA-TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * *
7054 ATTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
61 TTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * *
7119 GAAATAAATAATTGTTCATATAATCATAAC-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACA
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-A
* * *
7171 GATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT
1 AATTTATTTTTTAAATTTC-TATTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * **
7236 TGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA
64 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * *
7299 AATAGATATTTATTCAAACT-GTTATAACTATTTGATCTAGTTTGATAAACA
128 AATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-A
* * * * * *** *
7350 TATTTACTTTTGACATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
1 AATTTATTTTTTA-AATTTCTA-TTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
7415 CCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACTATTATTTTATAACAGAA-AAAA-GTCATAACAATTTGA
63 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * *
7478 AATAAATAATTGATT-AAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACA
128 AATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-A
* ** ** * *
7529 GATTTATTTTTTAAA--TCTCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTAGTATTTTTTTATTTT
1 AATTTATTTTTTAAATTTCTATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * ** *
7592 GAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATATGTTTTAGGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
7656 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATGTGAAC-TGATTAGGTAAACA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-A
* * * * * * *
7706 AAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-CTTAA
1 AATTTATTTTTTAAATTTC-TA-TTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* * * * *
7769 TTCTGAATAAGC-TATATGAATTGAAAAAAATGTTTTATGA-AAAAGC---A---CA-AACAATT
62 TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * **
7825 TGAAATAGATAATTGTT-AATATATTCTTAATTATTAGAACTAGTTCGACAAACA
125 TGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-A
* * **
7879 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTGTATTAGTATTATTTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATTTC-TA-TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
*** * * * * * * **
7944 TTGGATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTTATAATGATTTGA
63 TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
8009 ATTATATAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGT---A
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAA
* * * * * *
8056 AA--CATCTCTT--A---C--TTATTCATTTTTGAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 AATTTATTTTTTAAATTTCTATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * *
8112 ATATAAACATGTATG-ATCAAAAATAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAA
65 AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
8176 ATAGATCATTATTGAAATAGCCATAATTATTTAAAC-TGATTTGGTAAACA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-A
* * * * *
8226 GATTCACTTTTTAAA--TC-ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TAATCATGTTATT
1 AATTTATTTTTTAAATTTCTA-TTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATT
** * * * * *
8287 TTGAATAAGCTTGTATGAATTA-AAACAATTATTTTGTAACAAAATAAATGGTCATAACAAATTT
63 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTT
* * * * **
8351 -CAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTTGTTTAGTAAAAA
126 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT-AAAA
* * *
8403 AAATTATTTTTTTAAACTCTTGC--TTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTGTA
1 AATTTA-TTTTTTAAA-T-TT-CTATTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * **
8466 TTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGATCATAATGATT
61 TTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * **
8530 TTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTCAATAAACA
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-A
* ** * * * * *
8584 GATTTATTTTTTAAACCTTTCGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATGTTATT
1 AATTTATTTTTTAAA--TTTCTATTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
8649 CCGAATAAGCTTGTA--ATATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGCCGA-AACAATT
63 TCAAATAAGCTTGTATGA-ATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATT
* * ** * * * **
8711 TGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATA
125 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA-A
* * * * * *
8765 CATTTATATTATAAA--TCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATATTTAATT
1 AATTTATTTTTTAAATTTCTATTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTT
* * * * *
8828 -GAATAACCTTCTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
8874 GATCTTAACG
Statistics
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AATTTATTTTTTAAATTTCTATTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAA
Found at i:7401 original size:359 final size:361
Alignment explanation
Indices: 5047--8873 Score: 2884
Period size: 359 Copynumber: 10.8 Consensus size: 361
5037 TTTTAAATAG
** * ** *
5047 CTTATTAAACTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
** * * * *
5112 AAACAATTGTTCAATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTCGAAACAGATAATTGTTTTATATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG
* * * * * * *
5177 TCT-TAACTATTTGTATTGCTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
130 T-TATAACTATTTGAACTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTT
* * * * * * *
5241 TTG-AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATACCGAATAAGCATATATGAATTGAAACAATTAT
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * *
5304 TTTATAATAGAACAATAGGTTATAACAA-TTGAAATAGATAATTGTTC-AA-A-T-ATGA--A-T
256 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
5361 TG-----GTTCAGTCAAC-GAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
321 TGAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ***
5397 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGATGAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * *
5462 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATGG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
5525 CTATAATTATTTGAACCGATTCAATAAAC-TGACTTATTTTTT-AA--TCTTAACTTATCAATTC
130 TTATAACTATTTGAACTG-TTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATTTCTT-ACTTATTAATTT
* ** * * *
5586 TTGAAATATTAATAAAGTAAAATTATTTT-ATCTCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAAACAATTG
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * ** * *
5650 TTTTATGATAAAAACAAAAGGTCAT-ATTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACT
255 TTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACT
* * *
5713 ATTTGAACTTGTTCGGTAAA-AAATTTATTTTTTCAATTTC-TA
318 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** ** * * ** *
5755 GGTATTAATGTTCTT-CCATGTTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAAC
1 CTTATTAAT-TT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
5819 TAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAGAAGGTTAAAACGATTTGAAAATAGATAATTGTTCTAAT
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
5883 AGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTTTG-CAATCATATTTATTTTTTAAAATTCTTA-TTGATTAA
128 AGT-TATAACTATTTGAACT-G-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTT-ATTAA
* * * * * * * *
5945 TTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCTAATAAGCTTATATGAATAGAAACAAT
189 TTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * *
6009 TGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAACAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAAA
253 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
6072 TATATGAA-TTGATTCGATAAATAGATTT-TGTTTTTAAA--TC-T-
317 TATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTA
*
6113 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT-AGTTTTGTATGAA-T
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACT
* * *
6176 AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
65 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * * * * **
6240 GGACATGACCAGTTGAACTTGTTCGATGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
128 AGTTATAACTATTTGAAC-TGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
6305 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-AA-ATGTGTATGAATAGAAAGAACTA
192 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTG
* * *
6367 TTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATATTCATAACTA
255 TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
*** * * * *
6431 TTTGAACGCCTT-AGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
319 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
*** * ** *
6473 CTTATTAATTTTTGTTCTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAA-TA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
6537 GAAACAACTGGTGTATGACAAAAC-AAAGGACATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
66 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
6601 TCATAACTATTTAAAACATGTTTAGA-AAACATATTTACTTTTT-AAGTT-TTACTTATTAA-TT
130 TTATAACTATTT-GAAC-TGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
6662 TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTACTTTATTTGATAAAAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTG
192 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * ***
6726 TTTTATGATAAAACAAAAAGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT-AAGATAGTCATAACTA
255 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTA
* ** * * *
6790 TTTGAACATGTTTAGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
319 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** * *
6833 CTCATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGCTTATAT-AAGTT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CT
* * * * * *
6896 GACACAATTATTTTATTACAAAAAAAAAGGTCACT-ATAATTTGAAATTA-ATAATTGTTCAAAT
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * *
6959 AGTAATGTCTAATTAAACT-TATTCCAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATT
128 AGTTATAACTATTTGAACTGT-TT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
* * * *
7023 ATTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGT
191 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * *
7088 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATCATAAC-ATT
256 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
7152 TGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
321 TGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
7193 -TTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
7257 AAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAACT-G
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAG
* * * * * * *
7320 TTATAACTATTTGATCTAGTTTGATAAACATATTTACTTTTGACATTTTTTACTTATTAATTGTC
130 TTATAACTATTTGAACT-GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
7385 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACTATTATTTT
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
7450 ATAAC-AGA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGATT-AAATAGTCATAACTATTTA
259 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
7512 AACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC---
323 AACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
** * * * * *
7548 C-TATTAATTTTTGAAATATTAATAGGTTAGTATTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
* * * *
7612 AAAC-ATATGTTTTAGGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
7676 TTATAATTATGTGAACTGATTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTT
130 TTATAACTATTTGAACTG-TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
7741 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTA-CTTAATTCTGAATAAGC-TATATGAATTGAAAAAAATGTT
194 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * *
7803 TTATGA-AAAAGC----A--CA-AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATATTCTTAATTAT
257 TTATGACAAAA-CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTAT
* * ** *
7859 TAGAACTAGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
320 TTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* ** * *
7901 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTGTATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * *
7965 AAAATAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTTATAATGATTTGAATTATATAATTGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
8030 TCATAACTATTTAAACTG---G-T--TCAGTA---A------ACATCTCTTACTTATTCATTTTT
130 TTATAACTATTTGAACTGTTTGATAAACA-TATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
8080 GAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCATATAAACATGTATG-ATCAAAAATAATTGTT
194 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
8143 ATATGACCAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATCATTATTGAAATAGCCATAATTATTT
257 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
8208 AAAC-TGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAA--TC--A
322 GAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * *
8244 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA-TAATCATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
* * * * * ** * *
8308 AAAACAATTATTTTGTAACAAAATAAATGGTCATAACAAATTT-CAATAGACAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
8372 GTCATAACTATTTAAATTTGTTT-AGTAAAAAAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATT
129 GTTATAACTATTTGAA-CTGTTTGA-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATT
* * * *** *
8435 TTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTGTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTG
191 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* ** * * *
8499 TTTTATGTCAAAAC-AAAAGATCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
255 TTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * *
8563 TTTGAACTTTTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAACCT-TTCG
319 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-A
* * * * * **
8606 CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTTGGATTATGTTATTCCGAATAAGCTTGTAAT-ATA-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGA-AC
* * * * * ** * *
8669 TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGCCGA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
8733 AGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATACATTTATATTATAAA--TC-T-CTTATTAATTT
128 AGTTATAACTATTTGAACT-GTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
8794 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATATTTAATT-GAATAACCTTCTATG-ATCAGAAACAATTA
192 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
*
8857 TTTTATTACAAAACAAA
255 TTTTATGACAAAACAAA
8874 GATCTTAACG
Statistics
Matches: 2764, Mismatches: 545, Indels: 327
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 48 0.02
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342 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
TATAACTATTTGAACTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:8175 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 7893--8213 Score: 374
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
7883 TATTTTTTAA
* * ** *** * *
7893 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTGTATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTGT
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAGATAAACATGT
* * * ** * * *
7958 ATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAAAACCAAAGGTTATAATGATTTGAATTATATAATTGTT
66 ATGAACAAAAATAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* *
8023 CAAATGGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAAC
131 CAAATAGCCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAAC
* *
8059 ATCTCTTACTTATTCATTTTT-GAAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAACATG
1 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAGATAAACATG
* * * * *
8123 TATGATCAAAAATAATTGTTATATGACCAAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATCATTAT
65 TATGAACAAAAATAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* *
8188 TGAAATAGCCATAATTATTTAAACTG
130 TCAAATAGCCATAACTATTTAAACTG
8214 ATTTGGTAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 28, Indels: 2
0.81 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.01
166 125 0.99
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAGATAAACATGT
ATGAACAAAAATAATTGTTATATAACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
CAAATAGCCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAAC
Found at i:10489 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 10075--12978 Score: 1018
Period size: 181 Copynumber: 15.9 Consensus size: 181
10065 CGGCAAACAC
* * * * * * *
10075 ATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGGAATATCATTAAATTAGTACTATTTTAAT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATC
* * * *
10139 TCAAATAAGGTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAATGGTCATAACGATTTGA
65 TCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
10202 GATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAT-TTCAAAAAATAG
130 AATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAG
* * * *
10254 ATTTAGTTTTTAAA--TA-T-CTTATTAATTTTCTA-AATATTAATAGATAAATATTATTTTA-C
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC
* * * *
10313 TCTAAAT-AGTTATGCATGAACATAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
65 TC-AAATAAGAT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * **
10377 GAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGCTCAATAAACCG
128 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * *
10431 ATTTATTTTTAAAATCTACTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT
* * * *
10495 CTGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAATGACAAAACAATAGATCATAACTAA-T
66 C-AAATAAGA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT-ATAACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATT
* ** * *
10558 TGAAATAAATAATTGTTTAACCA-ATCATAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAATAG
127 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * *
10613 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT
* * * * *
10678 CAAATACACA-TGTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAATGTCATAACTATTTG
66 CAAATA-AGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
10742 AAATAAATAATTGTTTAACTAG-CAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGACAAAATAG
129 AAATAAATAATTGTTCAAATAGAC-ATAACTATTTGAACT-TG-TTCA--A-TAAATAG
* * * * * ** * * * * *
10799 -TTATAACTATTT-GAGCTGGTTCGACAAACACATTTATTTTTCA-AATCTCTTACT-TATTAAT
1 ATT-T-ATTTTTTAAATCT-ATT------ACTTATTAATTTTT-AGAA--TATTAATAAATT-AG
* * * * * * * * * * *
10860 TTTTGGAATATTAT-T-AAATTAGTATTATTTTAATTTG-AATAATCTAGTATGA-AA-AGAAAT
53 TATT---ATTTTATCTCAAATAAG-ATTGTATGAA-TAGAAACAAT-T-GTTTTATAACA-AAAC
** * * * * * ** * * * * *
10920 AATTGTTTTATGATAAAATATAGACCAT-AACGA-T-TTGAGATAG--ATAA-T-TGTTCAAATA
110 AAAAG-GTCAT-A-ACAAT-TTGA-AATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTAT-TTGAACTT
*
10978 G-TC-ATAACTATTTG
169 GTTCAATAA--A-TAG
** * * * * *
10992 AACTATTTCAGTAAATAAATCTAGTTTTTAAATCTATTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCA
1 ATTTATTT---T--TTAAATCTA----TT--A-C--TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * ** * * *
11057 GTATTA-TTTATTTGTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATAA-AAAATC-GAAG
52 GTATTATTTTATCT-CAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-CAAAAG
* ** * * * ** *
11119 GTCA-AACGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTTAACTTGTTCGGTAAGT
115 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAAT
*
11183 AA
180 AG
* * * * * * *
11185 ATTTATTTTTTAAATCTGTAAATTTATTTTTTTAATCTCCTACCTATTAAT-TTCAGAATATTAA
1 ATTTATTTTTTAAATC--T--A-TTA-CTTATTAAT-T--T--TTA-GAATATTAATAA-ATTAG
* * ** ** * ** * *** ** *
11249 TAAATTAGTATTAT-TTATTCTAA-ATAAATTTGGGT-GAATAGAAACAATTGCTT-TATGACAA
53 T--ATTA-TTTTATCTCA-AATAAGAT-TGTATGAATAGAA-A-CAATTGTT--TTATAACAAAA
* * * * * *
11310 CAAAAGATCATAACTATATGAAATAAATAATTGTTCAAATA-ATTATAACTATTTGATC-T-TAC
109 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAACTTGTTC
*
11372 ATGGTAAATAG
173 A--ATAAATAG
* * *
11383 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC
* * * * * * * *
11447 TCAAATACA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACTATTTG
65 TCAAATA-AGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * * * *
11511 AAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTT-AAATGCGCTAAAAAAACAT
129 AAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAATAG
*
11564 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * ** *
11626 -TC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTATTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTA
64 CTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *** *
11689 AAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAGTAG
129 AAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * * * *
11742 ATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT
** ** * * * * * * *
11807 TGAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAGTTG-TTTATGACGAAACAAAATGTCATAATAATTTGA
66 CAAATAAGATTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * ** * *
11870 AATAGATAATTATTCAAATA-ATTATATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT
130 AATAAATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * * * * **
11922 ATTTATTTTTAAAAGCT-TCCACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTAT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * * * * * * *
11986 CT-GAAGAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTG
64 CTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * **
12050 AAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTAGGAAATAG
129 AAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * *
12103 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATGA-TAATTACTTTGTATTATTTTAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
* * * * * ** ****
12166 T-TGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAA-AATTTTATCTTATGACAAAACAAAAGGTTTTGGGGAT
63 TCTCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGT-T-TTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
** * * * * *
12229 TTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAA
126 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * * * *
12285 ATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTAT-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT
* * * * * * **
12349 CTGAATAA-ATTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
66 C-AAATAAGA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* ** * * *
12413 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGCAC-TGGTCACGCTAACAT--
129 AAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCA--ATAA-ATAG
* * * *
12466 ATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTAT-T
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT
* * * ** * * * ** *
12530 CTGAATAAGACTGTATCAATAGAAATTATTGTTTTATGACAAAACAAATGGGCATAATGATATGA
66 C-AAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * ** * * *** * *
12595 AATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAA
130 AATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * *
12647 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC
* * * * * * * * * **
12706 TCTAAACAAAATTATATGAACTA-AAACATTTGTTTCATGACAAAACAAAAAGACTTAATGATTT
65 TC-AAATAAGATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
** * * * * * * * *
12770 GAAATGCATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTAGTTCAATAAACAA
128 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
* * * * * * *
12824 ATTTATTTTTCAAATCTCA-TAATTATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-ATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC
** * * * * * * * *
12888 TTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACGACTTGA
65 TCAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * *
12952 GATATATAATTGTTTAAATAGTCATAA
130 AATAAATAATTGTTCAAATAGACATAA
12979 GTTTTGGACT
Statistics
Matches: 2037, Mismatches: 516, Indels: 343
0.70 0.18 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 6 0.00
175 41 0.02
176 32 0.02
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179 58 0.03
180 241 0.12
181 578 0.28
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201 8 0.00
202 2 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCT
CAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAAATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
Found at i:10722 original size:363 final size:359
Alignment explanation
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Period size: 363 Copynumber: 8.4 Consensus size: 359
10059 TTAGTTCGGC
* * * * * * * *
10069 AAACACATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGGAATATCATTAAATTAGTACTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * * * *
10134 TTAATTC-AAATAAGGTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAATGGTCATAACG
66 TT-ATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * ** *
10196 ATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTATTTCAAAAAATAGATTTAG
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-T-TTTCAGTAAATAGATTTAT
* * * *
10260 TTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTTCT-AAATATTAATAGATAAATATTATTTTA-CTCTAAA
193 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAAT-AGTATTATTTTATTTC-AAA
** * * * *
10319 TAGTTATGCATGAACATAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
255 TA-ACATGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *
10384 ATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGCTCAAT
319 ATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGCTCAAT
** * * *
10425 AAACCGATTTATTTTTAAAATCTACTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
10490 TTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAATGACAAAACAATAGATCATAACT
66 TTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * ** *
10555 AATTGAAATAAATAATTGTTTAACCAATCATAACTATTTGAAATTGTTCAGTAAATAGATTTATT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-TTCAGTAAATAGATTTATT
** *
10620 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAC
194 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAATA-
* * * * *
10685 ACATGTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAATGTCATAACTATTTGAAATAAAT
257 ACATGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * **
10750 AATTGTTTAACTAG-CAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTAT
321 AATTGTTCAAATAGAC-ATAACTATTTGAACT-TGCTCAAT
* * *
10789 GACAAAATAGTTATAACTATTTGAGCTGGTTCGACAAACACATT-TA-TTTTTCAAATCTCTTAC
1 -A-AACATA--T-T---TATTT----T--TT----AAA-TC-TTCTACTTATT--AA--T-TT--
* * * * * * * *
10852 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAATCTAGTATGAAAAG
39 TTA-GAA-TATT--AATA-AATT--AGTATTA---TTTT-ATTCTGAATAAACTTGTATGAACAG
* * * * * * *
10916 AAATAATTGTTTTATGATAAAA-TATAGACCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
93 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
10980 CATAACTATTTGAACTATTTCAGTAAATAAATCTAGTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTTTCA
158 CATAACTATTTGAAAT-TTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
* * ** *
11041 AAATATTAATAGATCAGTATTA-TTTATTTGTAAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTT
222 AAATATTAATAAAT-AGTATTATTTTATTT-CAAATAA-CATGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
11105 AT-AAAAAATC-GAAGGTCA-AACGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTT
284 ATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTG
*
11167 AACTTGTTCGGTAAGTAAATTTATTTTTT
348 AACTTG--C------T-CA---A-----T
* * * * *
11196 AAATCTGTAAATTTATTTTTTTAATCTCCTACCTATTAA-TTTCAGAATATTAATAAATTAGTAT
1 AAA-C---ATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * *
11260 TA-TTTATTCTAAATAAATTTGGGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGAC--AACAAAAGATCATA
62 TATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA
* * * * *
11322 ACTATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTG--ATCTTACATGGTAAATAGAT
127 ACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TTTCA--GTAAATAGAT
*
11385 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCA
189 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
11450 AATACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
253 AATA-ACATGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * *
11515 ACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTT-AAATGCGCTAAAA
317 AGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACT-TGCTCAAT
*
11558 AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTA
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * * * *
11620 TTTTATTC--AATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTATTTCATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
64 TTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * ** * *
11682 TGATTTAAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTTGGTAAGTAGATTC
129 T-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TT-TTCAGTAAATAGATTT
* * **
11746 ATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
191 ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * **
11810 ATAAGCCTATATGAA-ATGATACAGTTG-TTTATGACGAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAAT
254 ATAA-CATGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * **
11873 AGATAATTATTCAAATA-ATTATATCTATTTGAACTTGTTCGGT
317 AGATAATTGTTCAAATAGA-CATAACTATTTGAACTTGCTCAAT
* * * * * * * **
11916 AAACATATTTATTTTTAAAAGCTTCCACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTATT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
11981 TTAATCTGAAGAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGTCATAACG
66 TTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACT
* * * * * * *
12045 ATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTAGGAAATAGATTTATT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-TTCAGTAAATAGATTTATT
* * ** * * *
12110 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-GAATGA-TAATTACTTTGTATTATTTTAATTGAAAT
194 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAAT-ATTAA-TAAATAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** ***
12173 AAGCTTGTAGGAATAGAAA-AATTTTATCTTATGACAAAACAAAAGGTTTTGGGGATTTGAAATA
256 AA-CATGTATGAACAGAAACAATTGT-T-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * ** *
12237 GGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
318 GATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGCTCAAT
* * * * * *
12279 AAACAAATTCAGTTTTTAAATC-TCTTATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
12343 GTTATTCTGAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAA-T
65 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
* * * ** *
12407 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTGCACTGGTCACGCTAACAT--ATTC
130 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTTCA-G-TAA-ATAGATTT
** * * * *
12470 ATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-TTCTGA
191 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * ** * * * *
12534 ATAAGACTGTATCAATAGAAATTATTGTTTTATGACAAAACAAATGGGCATAATGATATGAAATA
254 ATAACA-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** * * * ***
12599 AATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGT
318 GATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGCTCAAT
* * * *
12641 AAACAAATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAAAATAATATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
12701 TTTATTCTAAACAAAATTATATGAACTA-AAACATTTGTTTCATGACAAAACAAAAAGA-CTTAA
65 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAA
* * * * * * * *
12764 -TGATTTGAAAT-GCATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTT-AAACTAGTTCAATAAACAAAT
128 CT-ATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-T-TTTCAGTAAATAGAT
* ** * * * * * **
12826 TTATTTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTG
189 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATA-AATAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * *
12891 AATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAACGACTTGAGAT
253 AATAA-CATGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * * * * *
12955 ATATAATTGTTTAAATAGTCATAAGT-TTTGGACTAGTTCACT
317 AGATAATTGTTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGCTCAAT
** *
12997 AAACA-A---A-----T-AATCCCCTACTTATTACTTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** ** * * * *
13051 TTTATTATGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCGTAACT
65 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT
13116 ATTTGAAAT
130 ATTTGAAAT
13125 GATTCGATAA
Statistics
Matches: 2096, Mismatches: 439, Indels: 336
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.00
347 1 0.00
349 8 0.00
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351 6 0.00
352 1 0.00
355 5 0.00
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366 3 0.00
367 1 0.00
368 1 0.00
369 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AAACATATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTTTCAGTAAATAGATTTATTTT
TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAACAT
GTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGCTCAAT
Found at i:11205 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11181--11222 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
11171 TGTTCGGTAA
11181 GTAAATTTATTTTTTAAATCT
1 GTAAATTTATTTTTTAAATCT
*
11202 GTAAATTTATTTTTTTAATCT
1 GTAAATTTATTTTTTAAATCT
11223 CCTACCTATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 20 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.05, T:0.60
Consensus pattern (21 bp):
GTAAATTTATTTTTTAAATCT
Found at i:11967 original size:539 final size:535
Alignment explanation
Indices: 11229--13124 Score: 1665
Period size: 539 Copynumber: 3.5 Consensus size: 535
11219 ATCTCCTACC
* * **
11229 TATTAA-TTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTAAATAAATTTGGGTG-A-ATAG
1 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACATAG
* * *
11290 AAACAATTGCTTTATGAC-AACAAAAGATCATAACTATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAATT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAG-TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATT
* ** * * * * *
11354 ATAACTATTTGATCTTACAT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
129 ATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAAC-CTTACTTATTAATTTTTA
* * *
11418 AAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTA
191 AAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATA-ACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * *
11483 TGATAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTT-AA
255 TGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAA
* * * * * *
11547 ATGCGCTAAAAAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
320 CT-AGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
11612 TTATATTATTTTATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTATTTCATGACAAAACAAAAGGT
384 TTATATTATTTTATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTATTTCATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * ** *
11677 CATAATGATTTAAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAGTAG
449 CTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAA
11742 ATTCATTTTTTAAATCTCTTTCT
514 ATTCATTTTTTAAATCTCTTT-T
* * * * * *
11765 CATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAA-AT-G
1 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACATAG
* * *
11828 ATACAGTTG-TTTATGACGAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT
66 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * *
11892 TATATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAAGCTTCCACTTATTAACTGTCA
128 TATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAACCTT--ACTTATTAATTTTTA
* * * *
11957 AAATATTAATAAATTAACATTATTTTAATCTGAAGA-AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
191 AAATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTTCAA-ATAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
12021 ATGACAAAATAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAATTATTTGA
254 ATGACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGA
* * * *
12086 ACTTA-TTTAGGAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATGA-TAAT
319 AC-TAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTTGAAAT-ATTAAT
* * * * * *
12148 TACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAA-ATTTTATCTT-ATGACAAA
380 AAATTTATATTATTTT-ATT-CAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACA-TTTAT-TTCATGACAAA
* *** * * *
12211 ACAAAAGGTTTTGGGGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC
440 ACAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC
*
12276 GATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTATT
505 GATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT-TT
* * *
12308 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAATTTGTATGAAC--AG
1 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACATAG
* * * *
12371 AAATAATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * * * *
12436 GATAACTATTTGCACTGGTCACGCT-AACATATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTT
128 TATAACTATTTGAACTTGT-TCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAACC-TTACTTATTAATTTTT
* * * * * * **
12500 AGAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-TTCTGAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATTATTGTT
190 AAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-AAAT-A-ACTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * *
12563 TTATGACAAAACAAATGGGCATAA-TGATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAAT
252 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAAT
* * * *
12627 TGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATT-ATTTTTCAAAATATTAAT
316 TGAACTAGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAAT
* * * ** * * *
12688 AAAATAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACTAAAACATTTGTTTCATGACAAAACA
380 AAATTTATATTATTTTATTC--AATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTATTTCATGACAAAACA
* * * * * * * *
12753 AAAAGACTTAATGATTTGAAAT-GCATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTAAACTAGTTCAA
443 AAAGGTCTTAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGA
* * **
12817 TAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCATAAT
507 TAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC-TTTT
* * * * *
12847 TATTAATTTTCATAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAT--
1 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACATAG
* * * * * * * * *
12910 AAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTTATAACGACTTGAGATATATAATTGTTTAAATAGTC
66 AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAA-GTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATT
* * * ** ** * * *
12975 ATAAGT-TTTGGACTAGTTCACTAAACA-A---A----TAATCCCCTACTTATTACTTTTTGAAA
129 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAACCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * **
13031 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATG
194 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TCAAATA-ACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
* * *
13095 ACAAAAGAAAAGTTCGTAACTATTTGAAAT
257 ACAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
13125 GATTCGATAA
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 214, Indels: 113
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
526 3 0.00
527 85 0.08
528 7 0.01
529 1 0.00
533 1 0.00
536 9 0.01
537 49 0.04
538 81 0.07
539 369 0.34
540 81 0.07
541 11 0.01
542 19 0.02
543 158 0.14
544 205 0.19
545 13 0.01
546 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (535 bp):
TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACATAG
AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTAT
AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAACCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
TTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
AATAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTAGTT
TAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATT
ATTTTATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTATTTCATGACAAAACAAAAGGTCTTAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTCATT
TTTTAAATCTCTTTT
Found at i:14052 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 13478--14722 Score: 869
Period size: 180 Copynumber: 7.0 Consensus size: 180
13468 TAGTCTTAAT
* * * * ** * *
13478 TATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTAACCTTTTGTTTTGT-AGAAAACAATTGTTTC-
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* ** * * * ** * ** * *
13541 AGTTAATATTAGCTCATTTGAAATAATATAATTTTAATTTATTAGTATACCAAAAATTAATGAGT
66 A-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGT
* * * * *
13606 AAGAGAATTAAAAAAAAAGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCGATTAGTTATGAC
130 AA-AG-ATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
13660 TATCTAAATAATTATCTATTTCGAAAT-ATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGGTTC
1 TATTTAAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * *
13724 TATTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-AATTCCAAAATTAATAAG
65 TATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG
* * * * * *
13787 CAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGAC
129 TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * *
13839 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTT
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* **
13904 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTA
66 ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTA
* ** * *
13969 AAGATTTAAATAATAAATCTGTTTACCGAGTAAATTCAAATAATTATGAC
131 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
14019 TATTTAAATAGTTATATATGTCAAATCGTTATGATC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTC
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * *
14083 TATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTT-TAAAAATTAATAAG
65 TATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAG
* * * * *
14147 TTAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCATATAGTCATGTC
129 -TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
14200 CATTTGAACT-GTTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT-ACAATAAAATAATTGTTT
1 TATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTT
* ** * * *
14263 CCATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTC-AAATATTAATAA
64 CTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATAA
* * *
14327 G----GATTT-AAAAATAAATGTGTTT--------AGTTTAAATAGTTAAGAC
128 GTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * *
14367 TA-TTAGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTTTGATC-TTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTT
1 TATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * * * *
14430 CAATTCATACATA-CTTATTTGAAATATAATAATACTAATTTTTTAA-AATTCAGAAAATTAATA
64 CTATTCATACA-AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAAATTAATA
** ** * * * * * * *
14493 AG-AAATTTTTTTAAAA-AAATTTATTTACTGAATAAGTTTAAATAGTAATGAT
127 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * ** * * * * * * *
14545 TATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTACGAC-TTTTATTTTATCATAAAACAACTATTT-T
1 TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
* * * ** * * * *
14608 AGTACATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGT
66 A-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAG-
* * * * * ** *
14673 TAGAGATTTAAAAAGTAAATCAGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATG
129 TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
14723 GCCATTTTAA
Statistics
Matches: 839, Mismatches: 183, Indels: 84
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 7 0.01
167 99 0.12
168 6 0.01
170 11 0.01
171 4 0.00
175 15 0.02
176 6 0.01
177 63 0.08
178 48 0.06
179 129 0.15
180 205 0.24
181 142 0.17
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183 48 0.06
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTA
AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
Found at i:14291 original size:361 final size:344
Alignment explanation
Indices: 13653--14570 Score: 880
Period size: 361 Copynumber: 2.6 Consensus size: 344
13643 GTTCGATTAG
* * * * *
13653 TTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCGAAATATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTAAATAATTATCTA-TTC-AAATGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * *
13718 TGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTCCAAAATT
64 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAAAATTCAAAAATT
* * * * * *
13781 AATAAGCAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
127 AATAAGCAAAAATTCAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGA
** * * * ***
13846 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTGTTCATA
192 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTCCATTCATA
** *** *
13911 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAA-ATTAATAAGTAAAGATT
257 CAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTC-AAATATTAATAAG----GATT
13975 TAAATAATAAATCTGTTTACCGAGTAAATTCAAATAA
317 TAAA-AATAAATCTGTTT----AGT---TT-AAATAA
* * * *
14012 TTATGACTATTTAAATAGTTATATATGTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTAAATAATTATCTAT-TCAAAT-GTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * *
14077 TATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTAAAAATTA
64 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-AAATTCAAAAATTA
* * * * * *
14142 ATAAGTTAGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCATATAGTCATGTCCATTTGA
128 ATAAG-CAAAAATTCAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGA
** *
14207 ACTGTTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTT-ACAATAAAATAATTGTTTCCATTCAT
192 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTGTTTTGAC-ATAAAATAATTGTTTCCATTCAT
*
14271 ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTCAAATATTAATAAGGATTTAAA
256 ACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGGATTTAAA
* *
14336 AATAAATGTGTTTAGTTTAAATAG
321 AATAAATCTGTTTAGTTTAAATAA
* * * * *
14360 TTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTCCAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAA
1 TTATGACTATTTA-AATAATTATCTATT-CAAA-TGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * *
14424 TTGTTTCAATTCATACATA-CTTATTTGAAATATAATAATACTAATTTTTTAAAATTCAGAAAAT
63 TTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCA-AAAAT
** *** * * * * * * **
14488 TAATAAG-AAATTTTTTTAAAA-AAATTTATTTACTGAATAAGTTTAAATAGTAATGATTATTTG
126 TAATAAGCAAAAATTCAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTG
* *
14551 AATAATTATCTATTTAAAAT
191 AACAATTATCTATTTCAAAT
14571 TGTTACGACT
Statistics
Matches: 460, Mismatches: 86, Indels: 40
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
345 48 0.10
346 8 0.02
347 8 0.02
348 108 0.23
349 4 0.01
352 3 0.01
356 12 0.03
357 8 0.02
358 5 0.01
359 91 0.20
360 21 0.05
361 144 0.31
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (344 bp):
TTATGACTATTTAAATAATTATCTATTCAAATGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATA
AGCAAAAATTCAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAACAA
TTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTGTTTTGACATAAAATAATTGTTTCCATTCATACAAA
ATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAATATTAATAAGGATTTAAAAATAA
ATCTGTTTAGTTTAAATAA
Found at i:14869 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 14629--14873 Score: 332
Period size: 134 Copynumber: 1.8 Consensus size: 134
14619 GTTTATCCAA
* * *
14629 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAGTAAATC
* * *
14694 AGTTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTA
66 AGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTA
14759 TTCG
131 TTCG
* * * *
14763 AATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCATAAATTAATAA-TTACGAGATTTAGAAGGTTAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTA-GAGATTTAAAAAGTAAAT
* * **
14827 CCGTTTA-CTGAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTAT
65 CAGTTTATC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTAT
14874 ATATTTGAAA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 14, Indels: 4
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
133 4 0.04
134 91 0.96
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (134 bp):
AATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAGTAAATC
AGTTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTA
TTCG
Found at i:15478 original size:333 final size:335
Alignment explanation
Indices: 14965--15579 Score: 744
Period size: 333 Copynumber: 1.8 Consensus size: 335
14955 ACTAATGTCA
* * ** * *
14965 TAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTTAAA
1 TAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAA
* * * * **
15030 TAGTTAAGAGTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAAC
66 TAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
15095 AATTTTTTTAGTTCTTAGAAACTTATTCATAATAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TTTCAAAA
131 AATTTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCATAATAAAATAAAACAAATTTATTAATACTTTCAAAA
* *
15159 CTTAATAAGTAA-AAAATTAAAAAAACAATTATGTTTGCCTAACCAGT-TAAAATAATTATGACT
196 C-TAATAAGTAATAAAATTAAAAAAACAAAT-TGTTGGCCTAACCAGTAT-AAATAATTATGACT
15222 ATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTAGAATAAAAT
258 ATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTAGAATAAAAT
15287 AATAATAATTTAT
323 AATAATAATTTAT
* *
15300 TAATATTTTAAAAATTAAGT-AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTTTTTTACTAAACTAGTTCAA
1 TAATATTTTAAAAATTAA-TAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAA
* * *
15363 TTAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGACGATTTGTTTTGTCATAAA
65 ATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAA
** * ** * *
15426 ACAATTATTTCT-GTTCATACAGTCTTATTCGA-AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATACTTTG
129 ACAATT-TTTCTAGTTCATACAAACTTATTC-ATAATAAAATAAAACAAATTTATTAATACTTTC
* * * * ** * * *
15489 GAAACTAATAAGTAATAGATTTAAATAAGGAAATTGTTGGTCTGACCAGTATAAATAGTTATGAC
192 AAAACTAATAAGTAATAAAATTAAAAAAACAAATTGTTGGCCTAACCAGTATAAATAATTATGAC
* *
15554 TGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
257 TATTTGAACAATTATCTATATCAAAT
15580 CATTGTAACC
Statistics
Matches: 233, Mismatches: 40, Indels: 16
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (335 bp):
TAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAA
TAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTTTTCTAGTTCATACAAACTTATTCATAATAAAATAAAACAAATTTATTAATACTTTCAAAA
CTAATAAGTAATAAAATTAAAAAAACAAATTGTTGGCCTAACCAGTATAAATAATTATGACTATT
TGAACAATTATCTATATCAAATTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTAGAATAAAATAAT
AATAATTTAT
Found at i:16575 original size:730 final size:716
Alignment explanation
Indices: 15278--18133 Score: 1957
Period size: 730 Copynumber: 4.0 Consensus size: 716
15268 TTTTTGTTTA
**
15278 GAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGTAGTAAAAGATTTAAAAAATAATT
1 GAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATT
* * * * *
15343 TTTTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGA
66 GTTTAAC-AAAC-AGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * *
15407 CGATTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTGTTCATACAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGC
129 CCTTTTG-TTTGTTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAGACTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * * * **
15471 TAATTTATTAATACTTTGGAAACTAATAAGTAATAGATTTAAATAAGGAAAT-TGTTGGT-CTGA
192 TAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATG-AATCTGTT--TACAAA
*
15534 CCAGTAT-AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTATTGTTT
252 CCAGT-TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTGTAACCTATTGTTT
* * * * *
15598 TATCACAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTTGAATAACATAATTCTATTTTATTAAT
316 TATCACAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATTCAAATTTATTAAT
* * * *
15663 ATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAAAAAGTACAAATAAT
381 ATCCCAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAAAAAGTACAAAGAAT
* * * *
15728 TATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAA
446 TATAACTATGTGAACAATCATCTAGTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAA
* ** * * * * * *
15793 TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATTACATAAATTTATTAATATTTGACACAT-AG
511 TTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAAAAATCAA
*
15857 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ATCAAATAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTA
576 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAAT-AAATAA-TCTCAAATAGTTATGACTATTTA
* * * * *
15920 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCA
639 AACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
15984 TACAAGCCTATTTG
703 TACAAGCCTATTTG
* * *
15998 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTT-TAAAATAATA
1 GAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAT-
** * *
16062 TGTTTAACAAACACGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
65 TGTTTAACAAACA-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-
* * * * *
16127 ACCTTTTGTTTGTTATAAAACAATAGTATCAATTCATATAGCCTTACTCGAAATAAAAT-ATCAC
128 ACCTTTTGTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAGACTTATTCGAAATAAAATAAT-AC
* *
16191 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAAATGAATCTATTTACAAAA
192 TAATTTATTAATATT-TGAAAATTAAT-AGTAAGAGA-TTT-AAAAAATGAATCTGTTTAC-AAA
* * * *
16256 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACAATTGTCTATTCCAAATTGTTATGACCT
252 CCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTAT-CAATT-TCAAAT-C--ATTG-TA--ACCT
* * * *
16321 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATT-AAAT
309 ATTGTTTTATCACAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAATTCAAAT
* * * *
16385 TTATTAATAATCCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTTACAAAAT-AATTTGTTT-TCTGAACAA
373 TTATTAAT-ATCCCAAAAATTAATAAATAAGAAA-TTTAAAAAATGAATCTGTTTATC-GAA-AA
* * * * * * *
16447 A-TTCAAAGAGTTTTAACTATTTGAAGAATCATCTAGTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTG
434 AGTACAAAGAATTATAACTATGTGAACAATCATCTAGTTCAAATCA-CTATAACATTTTGTTTTG
* * * * *
16510 TTAT-AAACCAACTATTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTTTTAAT
498 TCATAAAACAAAAT-TTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTTATTAAT
* *
16574 ATTTAAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATGAGTAATCTCAAATAGT
562 ATTTAAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATAAATAATCTCAAATAGT
* * *
16639 TATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACATTT
627 TATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
**
16704 GTTTCTATTCATACAAGTTTATTTG
692 GTTTCTATTCATACAAGCCTATTTG
* ** * * **
16729 GAATAAAATAATACT-A--TATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 GAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAT
*** *
16791 CTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 -TGTTTAACAAAC-AGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
16855 GACCTTTTG-TTGTGTAGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
127 GACCTTTTGTTTGT-TA-TAAAACAATAGTTTCTATTCATACAGACTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
16919 ACTGATTTGTTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGATTTATAAACTAAATCTGTTTATCGAAC
190 ACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-CAAAC
** ** * *
16981 CAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATCTT-AAATCATAATGATCT-TTGTTTT
253 CAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCAAT-TTCAAATCATTGTAACCTATTGTTTT
* * * * * * * * * * * * * *
17044 GTCATACAACAGTTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTTGATTAAAATGATACTAATTTAATAATA
317 ATCACAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATTCAAATTTATTAATA
**** ** * * * * ** * * * *
17109 TTATGAAGGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGGC-AAACTAGTTCAAATAGT
382 TCCCAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAAA-AAGTACAAAGAAT
* * * * *** * * * *
17173 TAAAACTAT-TAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC-AAT
446 TATAACTATGTGAACAATCATCTAGTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAA
* *** * * * *
17236 TATTTC-AGTTCATACAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAAT
511 T-TTTCTA-TCCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
17300 ---TAA-TAAGAGATTT-AAAAAGAAATATGTTTACTAAACAATTTCAATTAGATATGACTATTT
573 CAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATAAATAATCTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * ** * **
17360 GAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT-TAGTGA
638 AAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * ***
17424 ATAAAAACTTATCCA
702 ATACAAGCCTATTTG
* * * * ** * *
17439 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAG
1 GAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AA-
* * * * * * * * * * * * *
17504 CTGTTT-TCTGAAGCAATTCTAAACAATTATGACTATTTGTACAAATATCAATCTCAAATCGTTA
64 TTGTTTAAC--AAACAGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
17568 TGATCTTTAT-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATACA-AGCTGATTCG-AGTAAAAAT
126 TGACCTTT-TGTTTGTTATAAAACAATAGTTTCT-ATTCATACAGA-CTTATTCGAAAT-AAAAT
* * * * *
17629 AATACTACTTTAATAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
187 AATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-CA
** * * * * * ** * * *
17691 ATTCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTG-T
250 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTGTAACCTATTGTT
* * * * * * *
17754 TTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATGCAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTAT
315 TTA-TCACAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAATTCAAATTTAT
*** * * * * * *
17818 TAACT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATAAGTTC
377 TAA-TATCCCAAAAATTAATAAATAAGAAATTT-AAAAAATGAATCTGTTTATC-GAAAAAGTAC
* ** * * * * * *** *
17881 AAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATAA-ACTTTTGTTTTGTCATT
439 AAAGAATTATAACTATGTGAACAATCATCTAGTTCAAATCACTATAACA-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
17945 AAAC--AATTGATTC-AGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACGACTTTATTAATGTT
503 AAACAAAATT--TTCTA-TCCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATT
** * * * * * * * *
18007 TTGAAAAT---TAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAATCAGT-TTAAATAATTA
565 TAAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATAAAT-AATCTCAAATAGTTA
* * ** **
18067 TGGA-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATT
629 T-GACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
18130 GTTT
692 GTTT
18134 TTCAACATGC
Statistics
Matches: 1726, Mismatches: 327, Indels: 170
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
709 2 0.00
710 110 0.06
711 9 0.01
712 14 0.01
713 208 0.12
714 174 0.10
715 212 0.12
716 138 0.08
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718 2 0.00
719 57 0.03
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727 5 0.00
728 35 0.02
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732 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (716 bp):
GAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATT
GTTTAACAAACAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTGTTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAGACTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACAAACCAGTTCAA
ATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTGTAACCTATTGTTTTATCACAAAA
TAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATTCAAATTTATTAATATCCCAAAAA
TTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAAAAAGTACAAAGAATTATAACTATG
TGAACAATCATCTAGTTCAAATCACTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTTTCTATCC
ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAAAAATCAATAAGTAAAAG
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATAAATAATCTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTA
TTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTATTT
G
Found at i:17632 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16532--17860 Score: 464
Period size: 176 Copynumber: 7.4 Consensus size: 179
16522 TATTTCTATC
* * * * * * * * *
16532 CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTTAAAAAATCAATAAGTAAAA
1 CATACAAGCTGATTCGAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-AAAAATTATTAAGTAAGA
** *** * * * * * * * *
16597 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTAATGA-GTAATCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTT
65 GATTTAAAAAATAAAGATGTTTACCAATGCAAT-TCAAACAATTAAGACTATTAGAACAAATATC
* * * * * * *
16661 TATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTA-TT
129 AATCTCAAATCA-TTATGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGAT
* * * * * ** * * *
16713 CATACAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTA---TATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGA
1 CATACAAGCTGATTCGAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTTAAAAATTATTAAGTAAGA
** ** * * * * * * *
16775 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA--CAAGTTCAAA-TAGTCATATTCATTTGAACAATTA
65 GATTTAAAAAATAAAGATGTTTA-CCAATGCAA-TTCAAACAATTAAGACT-ATTAGAACAAATA
* * * *
16837 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTGT-GT-AGTAAAACAATTGTTTCTA-TT
127 TCAATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTT-TAGTCA-TAAAATAATTGTTTC-AGAT
** * * * * **
16891 CATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGA-TTTGTTAATATTTTGAAA--ATTAA-TAAGA
1 CATACAAGCTGATTCGAAAGAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTAAAAATTATTAAGTAAGA
* * ** * * * * * * * * * *
16952 GATTTATAAACTAAATCTGTTTATCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATT
65 GATTTAAAAAATAAAGATGTTTA-CCAATGCAATTCAAACAATTAAGACTATTAGAACAAATATC
* * * * * * * ***
17016 TATCTTAAATCATAATGA-TCTTTGTTTTGTCATACAACAGTTGTTTCTTTT
129 AATCTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGAT
* * * * ** * * * * ** *
17067 CACATAAGCTTATTTG-ATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTATGAAGGTTAATAAGTAAGA
1 CATACAAGCTGATTCGAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TAAAAATTATTAAGTAAGA
* ** * * * * * *
17131 GATTTAAAAAATAAATATGTTTGGCAA-ACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTA-AACAATTATC
65 GATTTAAAAAATAAAGATGTTTACCAATGC-AATTCAAACAATTAAGACTATTAGAACAAATATC
* * ** * * * * *
17194 TATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTT
129 AATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGAT
* * * * * * *
17246 CATACAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAA--ATTAA-TAAGA
1 CATAC-AAGCTGATTCGAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAATTATTAAGTAAGA
* * * * ** * * *
17308 GATTT-AAAAAGAAATATGTTTACTAA-ACAATTTCAATTAGA-TATGACTATTTGAACAATTAT
65 GATTTAAAAAATAAAGATGTTTACCAATGCAA-TTCAAACA-ATTAAGACTATTAGAACAAATAT
* * * ** * * * *
17370 CTATTTAAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-AG-T
128 CAATCTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTCAGAT
* * * * * * *
17422 GAATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAG
1 -CATACAAGCTGATTCGAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-AAAAATTATTAAGTAAG
* * * * * * *
17487 AGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTCTGAA-GCAATTCTAAACAATTATGACTATTTGTACAAATA
64 AGATTTAAAAAATAAAGATGTTTAC-CAATGCAATTC-AAACAATTAAGACTATTAGAACAAATA
* **
17551 TCAATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTT-GTCATAAAATAATTGTTTTTGAT
127 TCAATCTCAAATCATTATGA-CTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGAT
* * **
17604 CATACAAGCTGATTCGAGTA-AAAATAATACTACTTTAATAATATTTTGAAA--ATTAA-TAAGA
1 CATACAAGCTGATTCGA-AAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAATTATTAAGTAAGA
* * * * * * * * * **
17665 TATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAATTCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATTT
65 GATTTAAAAAATAAAGATGTTTACCAATGCAATTCAAACAATTAAGACTATTAGAACAAATATCA
* * *
17730 ATTTCAAATCATTTTGACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
130 ATCTCAAATCATTATGACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGAT
* * * *
17780 CATGCAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAG
1 CATACAAGCTGATTCGAAAGAAAATAATACTACTTTATTAA-TATTT-AAAAATTATTAAGTAAG
17844 AGATTTGAAAAAATAAA
64 AGATTT-AAAAAATAAA
17861 TCTATTTACT
Statistics
Matches: 901, Mismatches: 194, Indels: 106
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 33 0.04
176 197 0.22
177 170 0.19
178 178 0.20
179 88 0.10
180 47 0.05
181 136 0.15
182 49 0.05
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
CATACAAGCTGATTCGAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAATTATTAAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAAGATGTTTACCAATGCAATTCAAACAATTAAGACTATTAGAACAAATATCAA
TCTCAAATCATTATGACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGAT
Found at i:17898 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 15279--18133 Score: 2057
Period size: 359 Copynumber: 7.9 Consensus size: 357
15269 TTTTGTTTAG
* * *
15279 AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGT-AGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
15342 TTTTTTACT-AAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTAT
64 CTGTTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * *
15405 GACGATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTCG-AAATAAAGTAA
129 AACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAG-CTTATTCGAAAATAAAATAA
* * * * * **
15468 TGCTAATTTATTAATACTTTGGAAACTAATAAGTAATAGATTTAAATAAGGAAAT-TGTTGGT-C
192 TACTACTTTATTAATA-TTTTGAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAA-AAATAAATATGTT--TAC
* * * * * *
15531 TG-ACCAGTAT-AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTAACCTATT
250 -GAATCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTT
* * * * *
15594 GTTTTATCACAAAATAATTGTTTCTA-TTCGTACAAGCTTATTTG-
313 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
15638 AATAACATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * **
15703 TGTTTA-TCGAA-AAAGTACAAATAATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTAT
65 TGTTTACT-GAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * **
15766 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TTAAATAAAAT-
129 AACCTTTTG-TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTC-AGATCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATA
* * * *
15827 -TACATAAATTTATTAATA-TTTGACACATAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
191 ATAC-T-ACTTTATTAATATTTTGA-A-A-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-
* * * ** * *
15890 CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG
249 CGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTG
* * *** * * *
15955 TTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTGG
314 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * *
15999 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTT-TAAAAT-AATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * ** * *
16062 TGTTTAAC--AAACACGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
65 TGTTT-ACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * *
16125 GAACCTTTTGTTTGTTATAAAACAATAGTATCA-ATTCATA-TAGCCTTACTCG-AAATAAAAT-
129 -AACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGA-TCATACAAG-CTTATTCGAAAATAAAATA
* * * * * *
16186 ATCACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAAATGAATCTATTTA
191 AT-ACTACTTTATTAATATTTTGAAAATT-A--A-TAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTA
* * * ** *
16251 CAAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACAATTGTCTATTCCAAATTGTTAT
249 CGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-T---A-T-T-TATTTCAAATCATTTT
* * **
16316 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTCTG-
305 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-GA
*** * *
16369 AATAAAATAAT--TAAATTTATTAATAATCCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTTACAAAAT-A
1 AATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
16430 ATTTGTTTTCTGAA-CAAATTCAAAGAGTTTTAACTATTTGAAGAATCATCTAGTTCAAATAGTT
62 ATCTGTTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * *
16494 ATGACATTTTGTTTTGTTATAAACCAACTATTTC-TATCCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAAT
127 ATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGAT-CATACAAGCTTATTCGAAAATAAAAT
* * * ** * * *
16557 AATACAAATTTTTTAATATTTAAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAAT
190 AATACTACTTTATTAATATTTTGAAAAT---TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-AC
* * * * **
16622 GAGT-AATCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTT
250 GAATCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTT
* * * *
16685 GTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGG
313 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * *
16730 AATAAAATAATACT-A--TATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
16792 TGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
65 TGTTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * **
16855 GACCTTTTGTTGTGT-AGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTC-AAAATAAAATA
129 AACCTTTTGTT-TGTCA-TAAAACAATTGTTTC-AGATCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATA
* * * * *
16917 ATACTGA-TTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTATAAACTAAATCTGTTTATCGAAC
191 ATACT-ACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CGAAT
* ** *
16981 CAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATCTT-AAATCATAATGATC-TTTGTTTT
254 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTT
* * ** * * *
17044 GTCATACAACAGTTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTTG-
318 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * ** *
17083 ATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTATGAAGGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
17148 TGTTT--GGCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCT
65 TGTTTACTG-AACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
17210 AACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAAGCTTATTTG-GAATAAAATAA
129 AACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATAC-AAGCTTATTCGAAAATAAAATAA
* * * * *
17274 TACTAATTTATTAACA-TTTGAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAGAAATATGTTTACTAAACA
192 TACTACTTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATC-
* * * * * ** *
17337 ATTTCAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGT
255 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGT
** * * * *
17402 CATAAAACAATTGCTTT-AGTGAATAAAAACTTATCCAA
320 CATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
17440 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * *
17505 TGTTTTCTGAAGCAA-TTCTAAACAATTATGACTATTTGTACAAATATCAATCTCAAATCGTTAT
65 TGTTTACTGAACCAAGTTC-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** * **
17569 GATCTTTAT-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTCGAGTA-AAAATAAT
129 AACCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAAT
* * *
17632 ACTACTTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAATTCAG
193 ACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAA-TCAG
* * * * *
17697 TTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA-CTTTTGTTTAGTCA
257 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
17761 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATGCAAGCTTATTCGA
322 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
*
17797 AAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTG-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
17861 TCTATTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTA
63 TCTGTTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
17925 TAAACTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGATTCAGTTCACAAAAGTTTA-TCCAAAATAAAATAA
128 TAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAA
* * *
17989 TACGACTTTATTAATGTTTTGAAAATTAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTACTGAATC
192 TACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAC-GAATC
* * * * * **
18053 AGTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATT-ACCTTTCATTTT
255 AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATT-TTGACCTTTTGTTTT
18116 GTCATAAAACAATTGTTT
318 GTCATAAAACAATTGTTT
18134 TTCAACATGC
Statistics
Matches: 1998, Mismatches: 371, Indels: 254
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
353 12 0.01
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373 1 0.00
374 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
GTTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA
CCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGATCATACAAGCTTATTCGAAAATAAAATAATACT
ACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACGAATCAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
Found at i:18161 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15279--18163 Score: 1586
Period size: 180 Copynumber: 16.0 Consensus size: 177
15269 TTTTGTTTAG
* * * * *
15279 AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAGTAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATT
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * *
15343 TTTTTACT-AAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TATTATG
62 AGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
** * * ** **
15406 ACGATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAGTCTTATTCGA
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACTTATTCGA
* * * * * * **
15458 AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATACTTTGGAAACTAATAAGTAATAGATTTAAATAAGGAAAT
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTTTGAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAA-AAATAAAT
* * * *
15523 -TGTTGGT-CTG-ACCAGTAT-AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
61 CAGTT--TACTGAATCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * * * * * * *
15584 GTAACCTATTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCT-ATTCGTACAAGCTTATTTG-
123 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACTTATTCGA
* * * * * *
15638 AATAACATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATC
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * * * *
15703 TGTTTA-TCGAAAAAGTACAAATAATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATA
62 AGTTTACT-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
** * **
15767 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--AATTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAACTTATTCGA
* * *
15819 AATAAAAT--TACATAAATTTATTAATA-TTTGACACATAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATAC-T-ACTTTATTAATATTTTGA-A-A-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * *
15881 TTTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
60 TCAGTTTACT-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * * * * *
15945 TGACTTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTTGG
124 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACTTATTCGA
* * * * * *
15999 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAAAGATTT-TAAAAT-AAT-
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * * * **
16061 ATGTTTAAC--AAACACGTTCAAAGGGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
62 A-GTTT-ACTGAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * ** *
16124 TGAACCTTTTG-TTTGTTATAAAACAATAG--TATCAATTCATATAGCCTTACTCGA
124 TG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAACTTATTCGA
* * * *
16178 AATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAAATGA
1 AATAAAATAAT-ACTACTTTATTAATATTTTGAAAATT-A--A-TAAGAGA-TTT-AAAAAATAA
* * *
16242 ATCTA-TTTAC-AAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATACAATTGTCTATTC
59 ATC-AGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-T---A---TCTATTT
* * * * *
16305 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCTG
114 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAACTTATTC-G
16369 -
177 A
* * *** * *
16369 AATAAAATAAT--TAAATTTATTAATAATCCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTTACAAAAT-AA
1 AATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAG---AGA-TTTAAAAAATAAA
** * * * * * * * *
16431 TTTGTTTTCTGAA-CAAATTCAAAGAGTTTTAACTATTTGAAGAATCATCTAGTTCAAA-TAGTT
60 TCAGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TT
* * * * * * * *
16494 ATGACATTTTGTTTTGTTATAAACCAACTATTTCT-ATCCATACAAGCTTATTCAA
123 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAT-CATACAAACTTATTCGA
* * * ** *
16549 AATAAAATAATACAAATTTTTTAATATTTAAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAAT---TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
16614 TGTTTAATGAGT-AATCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTCAAA-TAGTTAT
62 AGTTTACTGAATCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTAT
** * * ** * *
16677 GATATTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTGG
125 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACTTATTCGA
*
16730 AATAAAATAATACTA---TATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
16792 TGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCAT-ATTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
62 AGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * *
16855 GACCTTTTGTTGTGT-AGTAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTCAA
125 GACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACTTATTCGA
* * * *
16908 AATAAAATAATACTGA-TTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTATAAACTAAATCTGT
1 AATAAAATAATACT-ACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGT
* * * * * *
16972 TTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATCTT-AAATCATAATGAT
65 TTACT-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTATTATGAC
* * * * * * *
17035 C-TTTGTTTTGTCATACAACAGTTGTTTCTT-TTCACATAAGCTTATTTG-
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATCATACAAACTTATTCGA
* * * * *
17083 ATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTATGAAGGTTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAA----AATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
17147 -ATGTTT--GGCAAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
61 CA-GTTTACTG-AATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * * *
17208 CTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-T-TATTTCAGTTCATACAAAGCTTATTTGG
123 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAA-CTTATTCGA
* * *
17264 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTTGAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAGAAAT-ATG
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-G
* * * * * * * *
17326 TTTACT-AAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTAAC
64 TTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * *
17390 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-CTTT-AGTGAATAAAAACTTATCCAA
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-T-CATACAAACTTATTCGA
** * *
17440 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGC
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT-TGAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * **
17505 TGTTTTCTGAAGCAATTCTAAACAATTATGACTATTTGTACAAATATCAATCTCAAATCGTTATG
62 AGTTTACTGAATCAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * *
17570 ATC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATACAAGCTGATTCG-
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACTTATTCGA
* * *
17620 AGTAAAAATAATACTACTTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAAT-ATG
1 AAT-AAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-G
* * * * * * * *
17684 TTTAC-CAATTCAGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGA-
64 TTTACTGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * *
17747 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATGCAAGCTTATTCGA
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAACTTATTCGA
* * *
17797 AAGAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTG-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * *
17861 TCTA-TTTACTGAATAAGTTCAAATAGCTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTA
60 TC-AGTTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * ** * *
17925 TAAACTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTGATTCAGTTCA-CA-A-AAGTTTATCCAA
124 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT--TTTCATCATACAAACTTATTCGA
* * *
17979 AATAAAATAATACGACTTTATTAATGTTTTGAAAATTAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTT
1 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTT
* * * *
18044 TACTGAATCAGTTTAAATAATTATGGA-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCT
66 TACTGAATCAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCT
** * * *
18108 TTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATGCAAACTTATTTGA
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACTTATTCGA
18156 AATAAAAT
1 AATAAAAT
18164 TATTAGTACT
Statistics
Matches: 2125, Mismatches: 411, Indels: 342
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
174 11 0.01
175 37 0.02
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179 249 0.12
180 431 0.20
181 390 0.18
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185 2 0.00
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192 3 0.00
193 1 0.00
194 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTT
TACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACTTATTCGA
Found at i:18202 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 18093--18229 Score: 186
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
18083 TATCTATTTC
* ** *
18093 AAATTATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATGCAAACTT-ATTTGAA
1 AAATTATTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTCAACATAC-AACTTCATTTGAA
18157 ATA
65 ATA
* * * *
18160 AAATTATTAGTACTTTTCATTTTTTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGTTCATTTGAAA
1 AAATTATTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTCAACATACAACTTCATTTGAAA
18225 TA
66 TA
18227 AAA
1 AAA
18230 ATAATACTAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 8, Indels: 2
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
66 4 0.07
67 57 0.93
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (67 bp):
AAATTATTAGTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATAATTTTTCAACATACAACTTCATTTGAAA
TA
Found at i:18540 original size:182 final size:176
Alignment explanation
Indices: 18179--18829 Score: 543
Period size: 182 Copynumber: 3.6 Consensus size: 176
18169 GTACTTTTCA
* * * * ** * *
18179 TTTTTTCATAAAACAATAATTTTTGAACATACAAGTTCATTTGAAATAAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAA-TTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAAATTA
* * * * * * * **
18244 TTAATATT-TCAAGATT-T-AGTATGAGATTCAAAAAATAAATCTGTTTACTAAATAAGTTCAAA
64 ATAATATTCT-AAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TTAAACCAGTTCAAA
*
18306 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACATTTTG
127 TAGTTAAGACTA-TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACATTTTG
* * **
18357 TTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATATACATTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAA
1 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACA-ATTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAA
* *
18422 TAATATTCTAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTGTCAAAGCAGTTCAAA
65 TAATATTCTAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTT-T-AAACCAGTTCAAA
* ** *
18487 TAGTTAAGACTATATGAATTAATCTAT-TATTTCAAATCATTATAACTTTTTG
127 TAGTTAAGACTAT-TGAA-CAAT-TATATATTTCAAATTGTTATAACATTTTG
* * * * * * * * *
18539 TTTTGTTATAAAACAATTATTTCAGCTCATCCAAATTTATTTGTAATAAATTAA-ACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATAC-AATTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAA
* * *
18603 TAATATTTCAAAAATT-T-A-TAAGAGATTT-AAAAA-AAATGTTATTTATTGAACCAGTTCAAA
65 TAATA-TTCTAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTT-TTAAACCAGTTCAAA
* * *
18663 TAATTATA-ACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
127 TAGTTA-AGACTA-TTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACATTTTG
* * * * *
18714 TTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATCTA
1 TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAA-TTTATTTGAAATAAAATAATACTAAAT-TA
* * *
18778 ATAAGATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATTTGTTT
64 ATAATATTCT-AAAATT-ATAACTAAGAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTT
18830 AACTATTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (176 bp):
TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAAATTAAT
AATATTCTAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTAAACCAGTTCAAATAGT
TAAGACTATTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACATTTTG
Found at i:19759 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 18861--19824 Score: 570
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
18851 CAGTAGATTC
* * * * * *
18861 ATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTAGAATATAAATAAATTAACATTACTTTATTCCGA
1 ATTTTTTAAATCTC--TACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAA
* * * ** * *
18925 ATAAGAC-TATATCAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATTGTCATAATGATTTGGAA
63 ATAA-ACTTGTAT-AATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
* * * * * *
18988 TAAATAATTGTTCAAATTGTTATAA-TTACTTGAA-TTGGTTTGGT-AACTAATTT
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTT-TTTGAACTTGATTTAGTAAACTAATTT
** * *
19041 AATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTACAAAATATGAATAAAATTAATAGTATTTTTATTT-A
1 -ATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAAA-TAATATTA-TTTTATTTCA
* * ** * * * * *
19102 GAACAAAC-T-TAT-ATGAACAAAATATTTGTTTTACAAAAAAAAAAAACG--ATAACGAATTGA
62 -AATAAACTTGTATAATG-A-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGA
* * * * * * * * * * *
19162 AATAGATAATTATTTATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCA-CAAGCAAATTT
124 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTTGATTTAGTAAACTAATTT
* ** * * * * * *
19217 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTATCGA-TTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGA
1 ATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTC-AA
* * * * * * * *
19280 ATAAGCTGGAATGAA-CATAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAA-GTTATAACA-ATTAGAAA
63 ATAAACTTGTAT-AATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAA
* * * * * *
19342 TATATAATTATGCAAATAGTAATAACTATTTAAAC-TGATTTAGT-AACTATATTT
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTTGATTTAGTAAACTA-ATTT
* * * * *
19396 ATTTTTTAATTCTCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAAT
1 ATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAAT
*
19461 AAACTTGTATAATGAAAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGA
65 AAACTTGTATAATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGA
* *
19526 TAATTGTTCAAATGGCCATAA-TTATTTGAA-TTGATTT-GATAAACTAATTT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTT-TTTGAACTTGATTTAG-TAAACTAATTT
* * * ***
19576 ATTTTTTAAATCTCTAACTTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGA
1 ATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAA
** * * * * ** * *
19641 TAAGTTTTTATGA-GCTAAAACT-ATTGTTTTATGATAAAGTAAAAGGTCA-AAATGGTTTTAAA
64 TAAACTTGTATAATG--AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAA-GATTTGAAA
19703 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTTG-TTTAGTAAAC-AGATTT
126 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTTGATTTAGTAAACTA-ATTT
* * * *
19757 ATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAAAATTATATTATTTTATTTCA
1 ATTTTTT-AAATCTC-TACTTATTAATTTT-TAAATATTAAT-AAAATAATATTATTTTATTTCA
19822 AAT
62 AAT
19825 GTTTTATGAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATA
AACTTGTATAATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTTGATTTAGTAAACTAATTT
Found at i:20608 original size:181 final size:175
Alignment explanation
Indices: 19826--23759 Score: 1296
Period size: 181 Copynumber: 22.2 Consensus size: 175
19816 ATTTCAAATG
* * * * * * * *
19826 TTTTATGACATAACAAAGGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCAAAACTAT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * * *
19891 TAT-AATTGGTTCGACAAACATAATTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAAGTTTTAGAATATTAT
66 T-TGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTTATACTTATTAATTTTTA-AATATTAA
** * * * ** * * *
19952 TAGTTTAGCATTATTTTACTCTGAATAAGCTTCCACGAATAGAAACAATTG
129 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
* * * * * * * *
20003 TTTTATGACAAAAC-AAATATCATACT-TTTTGAGATAGATAATTATTGAAATAGTTATAACTAT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
20066 TTAAACTCATTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TAT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
66 TTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTTATACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT
20128 AAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAATTTTGTAT-AAATAAAACAATTA
130 AAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAATTTT-TATGAAA-AAAACAA-TA
* * * * * **
20177 TTTTACAACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGGTAATAGTTCAAATGGACATGGCTA
1 TTTTACGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
20241 TTTGAACTTATTCGACAAACATATTTATTTTTTAAAACTCCA-ACTTATTAATTTTTAGAATATT
65 TTTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAACT-TATACTTATTAATTTTTA-AATATT
** * * * * * * *
20305 AATAAAAAAGGATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATT
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT-AATTTTTATGAA-AAAAACAATA
* ** * *
20357 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTAT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
20422 TTGAACTCGTTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTATAATTTTAA
66 TTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTTATACTTATTAATTTTTA-AATATTAA
* *
20487 TAAATTATTTTTATTTTTATTCTGAATAAGTTTTTATGAACAAAAACAACTA
129 TAAATTAGTATTA-TTTTATT-TGAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
* *
20539 GTTTACGACAAAACAAAAGATCAT-ATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
20603 TTGAAC-GAGTT---TAGAA-A-A--CATTTTTT---C-----CTTATTAATTTTTGGAATATAA
66 TTGAACTCA-TTCGATA-AACAGATTTATTTTTTAAACTTATACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * ** *
20652 ATAAATTTA-AATTATTTTATTTAAATTAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTA
128 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAA-TAA-TTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
** * * * * * *
20704 TTTTGTGGCAAAACGAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAC
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * ** * *
20769 TTGAACTTATTCAATAAATAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCT-TACTCATTAATTTTTGGAATATT
66 TTGAACTCATTCGATAAACAGATT-TATTTTTTA-AACT-TATACTTATTAATTTTT-AAATATT
* * * * * * *
20832 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATAGGAACTAAGACAATTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT-AATTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
** ** * * *
20885 TTTTATTAC-AAACAATTG--C-T--TTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * * *
20944 TTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAA-TTGT-AA-ATTA
66 TTGAACTCATTCGATAAACAGATTTA--TTTTTTAAA-CTTATACTTATTAATTTTTAAATATTA
* * * * *
21006 AT--A-T--TA-T-TTTAATTTGAATAAACTTATATGAAAGAAACAATTG
128 ATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAT-AATTTTTATGAAAAAAACAA-TA
* * ** * * ** *
21049 TTTTATGACAAAACAAAA-AGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATAACAA
1 TTTTACGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * *
21113 TTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTCAATCTTTTACATTGTTAATTGTCTT-AATA
65 TTTGAACTCATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTT-AAACTTATAC-TTATTAATT-T-TTAAATA
* * * * *
21176 TTAATAAATT--TCATTTATATTT-CTTGTAATAAGATTGTATGAATATATAAA-ATTC
125 TTAATAAATTAGT-A-TTAT-TTTATTTG-AATAA-TTTTTATGAA-A-A-AAACAATA
** * * * ** * *
21231 TTTTTTGACTAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACTA-TCATAATTA
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTA
* * ** * * *
21295 TTTAAACT-TTTTTAGTAAACAGATTTATATTTTTAAATGTCTATA-TTATTAATTTTTGGATTA
65 TTTGAACTCATTCGA-TAAACAGATTTAT-TTTTTAAA-CT-TATACTTATTAATTTTT-AAATA
* * ** * * *
21358 TTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGAACTAAAACATTTC
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACA-ATA
* * * ** * * * * * *
21413 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAGAGATAATTATTCAAAAAATCATGATTAT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * * * *
21477 TTGATCT-AGTTC-AGTAAACATATTT-GCTTTTAAAATTTTACTTATCAATTGCTGAAATATTA
66 TTGAACTCA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAACTTATACTTATTAATT-TTTAAATATTA
** ** * *
21539 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCATGTATGAACAGAAACAATTA
128 ATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
** * * * * * * *
21591 TTTTATAATAGAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGCTT-AAATAGTCAAAATT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
21654 GTTTGAACT-AGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AA--TCT-CTTGTTAATATTTGAAATATT
64 ATTTGAACTCA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTTATACTTATTAAT-TTTTAAATATT
* * * ** * ** * * *
21714 AATAGATTGGTATTACTTTATTCCAAACAAACATATATGAACAAAAACATTTG
127 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA-TAATTTTTATGAA-AAAAACA-ATA
* * * * *
21767 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTAT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** ** * *
21832 TTGAACT-AGTTAGGTAAATTGAAATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATTATTA
66 TTGAACTCA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTTATACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * *
21896 ATAAA-TACATTTTATTTTATTCTAAAAAAGCTATTATGAATTCAAAAA-AACT-
128 ATAAATTA-GTATTATTTTATT-TGAATAA-TTTTTATGAA---AAAAACAA-TA
* * * * * * *
21948 TATTTATTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAAT
1 T-TTTA-CGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * *
22013 ATTTGAACT-AGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTTA-TTATTAATTTTTGAAATA
64 ATTTGAACTCA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA-ACT-TATACTTATTAATTTTT-AAATA
* * * * * *
22076 TTATTAGATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTA
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
* * * ** ** * * **
22130 TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAAGTTTACAATTGCTCAAATAGTCATTGCTA
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * ** *
22194 TTTGAACT-AGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
65 TTTGAACTCA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTTATACTTATTAATTTTT-AAATATT
* * ** ** * *
22258 AATAAATTAGTATTATTTGATTCTGAATAAAATTGAATGCGCAAATACAATT
127 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAT-AATTTTTATG-AAAAAAACAATA
* * * ** * * * *
22310 TTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTA
1 TTT-TACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * ** * * *
22375 TTTGAACTGATTCGATAAATAGATTCACCTTTTAAA-TAACTTAGTTGTTAATTTTTGAAATATT
65 TTTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTTA--TACTTATTAATTTTT-AAATATT
* * * * *
22439 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTAAAACAGTTA
127 AATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACA-ATA
* * * * * ** * * * * *
22492 TTTTATGATAAAATAAATGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAACTGT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** *
22557 TTCAACT-ACTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTGGTTTTTGGAATATTA
66 TTGAACTCA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTTATACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * ** * ** *
22621 TTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTAGATGAACTAAAACAATTA
128 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
* * * * ** * * *
22673 TTTTACAATAGAACAAAAGGTTTTAGTAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC---
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * *
22732 -TG-GTTCA---G-TAAGCAAATTTATTTTTTAAACATTCTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAA
66 TTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAC-TTATACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
* ** * * **
22791 TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAAAA-AAT-
129 TAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATA-ATTTTTATGAAAAAAACAATA
* * * * ** * * * *
22838 TGCTTTATGAAAAAATAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCGTAATT
1 T--TTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
22903 ATGTGAAC-CAATT---T-----GATGTATTTTTTAAATCTCTA-ATTTATCAATTTTTGAAATA
64 ATTTGAACTC-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-CT-TATACTTATTAATTTTT-AAATA
* * * ** *
22958 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCTG-ATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTA
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT-TGAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
** * * * *
23013 TTTTATAATAAAACAAAAGGA-CATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
1 TTTTACGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * ** * **
23077 TTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAACTTGTTGTTTATTAATTTTTTGAATGCTA
65 TTTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTT-ATACTTATTAA-TTTTTAAATATTA
* * * * * * * *
23142 ATTAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAGGTATATATGAACTGAAAATACTA
128 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA-ATTTTTATGAA--AAAAACAATA
* * * * *
23194 TTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TT-ATAATATTCTTAACTA
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA
* * ** * ** *
23256 TTCGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-TCT-T--TTATTAATTTTTAGAATATTA
65 TTTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACT-TATACTTATTAATTTTTA-AATATTA
* * * *** * *
23317 TTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
128 ATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTTGAATAA-TTTTTATGAA-AAAAACAA-TA
* * * ** * * * * * *
23369 CTTTATGACAAAAC-AAATATCATAACAATTTGAGATAGATGATTGTTCAAAAAATCATAATTGT
1 TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * * * *
23433 TTGAATTGGTTCAATATATAGATTTAGTTTTTAAA-TCT-T--TTATTAATTTTTGAAATACTAA
66 TTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACT-TATACTTATTAATTTTT-AAATATTAA
*
23494 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAAT-
129 TAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAATTTT-TATGAA-AAAAACAATA
* * * * * * * * *
23543 TGCTTTATGACAAAACAAAATATTATATTGATTTGATACAGATAATAGTTCAAATGGACATAACT
1 T--TTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * **
23608 ATTT-AAGCTTGTTC-AGTGAACAAATCTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATA
64 ATTTGAA-CTCATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTTATACTTATTAATTTTTA-AATA
* * * *
23671 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAAT-
125 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAT-AATTTTTATGAA-AAAAACAATA
*
23724 TGATTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAA
1 T--TTTACGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAA
23760 CTCACTCGGT
Statistics
Matches: 2897, Mismatches: 637, Indels: 443
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
164 19 0.01
165 68 0.02
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167 51 0.02
168 22 0.01
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184 12 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
TTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTCATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAACTTATACTTATTAATTTTTAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTGAATAATTTTTATGAAAAAAACAATA
Found at i:20657 original size:166 final size:166
Alignment explanation
Indices: 20459--20774 Score: 377
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
20449 TTTTTAAATC
* * * ** * * **
20459 TTTTACTTATTAATTTTTATAATTTTAATAAA-TTATTTTTATTTTTATTCTGAA-TAAGTTTTT
1 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATAAATAAATTTA-AATTA-TTTTATT-TAAATTAAGCTTGC
*
20522 ATGAACAAAAACAACTAGTTTACGACAAAACAAAAGATCAT-ATGATTTGAAATACATAATTGTT
63 ATGAACAAAAACAACTAGTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATACATAATTGTT
*
20586 CAAATAGTCATAACTATTTGAACGAGTTTAGAAAACATT
128 CAAATAGTCATAACTACTTGAACGAGTTTAGAAAACATT
* *
20625 TTTTCCTTATTAATTTTTGGAATATAAATAAATTTAAATTATTTTATTTAAATTAAGCTTGCATG
1 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATAAATAAATTTAAATTATTTTATTTAAATTAAGCTTGCATG
* * * ** * * * * *
20690 AACAAAACCAATTATTTTGTGGCAAAACGAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAA
66 AACAAAAACAACTAGTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAA
20755 ATAGTCATAACTACTTGAAC
131 ATAGTCATAACTACTTGAAC
20775 TTATTCAATA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 23, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.02
165 46 0.37
166 72 0.58
167 3 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (166 bp):
TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATAAATAAATTTAAATTATTTTATTTAAATTAAGCTTGCATG
AACAAAAACAACTAGTTTACGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATACATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTACTTGAACGAGTTTAGAAAACATT
Found at i:22636 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 21338--22642 Score: 851
Period size: 363 Copynumber: 3.6 Consensus size: 360
21328 TAAATGTCTA
* * ** * ** *
21338 TATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGAACT
1 TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCAAATAAGCTTCTATGAACA
* * * * * ** *
21403 AAAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAG-AGATAATTATTCAAAAAA
65 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAGTAGACAATTGCTCAAATAA
* * * * * * * ** * * * **
21467 TCATGATTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATATTTGCTTTTAAAAT-T-TTACTTATCAATTGC
130 TCATTACTATTTCAACTAGCTCGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
* * * * * * * **
21529 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCA-TGTATGAACAGAA-ACAATTAT
194 TGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTGATTCTGAATAA-AATTGAATGCGCA-AATACAATT-T
* * * * * * * * * * *
21592 TT-TATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGCTT-AAATAGTCA-AAATT
256 TTAT-TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCACATAGCCATAAA-T
* * * * * * * *
21654 GTTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTA--TTTT--TTAA-TC
318 ATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTCACCTTTTAAATAACTT
* * * * ** * * * * * *
21692 TCTTGTTAATATTTGAAATATTAATAGATTGGTATTACTTTATTCCAAACAAACATATATGAACA
1 TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTTTTCAAATAAGCTTCTATGAACA
* * ** * **
21757 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATA
65 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAAGTAGACAATTGCTCAAATA
* * * * * ** ** ** **
21821 ATCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATTGAAATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
129 ATCATTACTATTTCAACTAGCTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
** * * * * *
21886 TGAATTATTAATAAA-TACATTTTATTTTATTCT-AAAAAAGCTATTATGAAT--TCAAA-AAAA
194 TGAAAGATTAATAAATTA-ATATTATTTGATTCTGAATAAA---A-T-TGAATGCGCAAATACAA
* * * * *
21946 CTTATTTATTGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAA
253 -TT-TTTATTGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGCCATAA
* * ** * **
22011 ATATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTT
316 ATATTTGAACTAGTTCGACAAACAAATTCACCTTTTAAATAACTT
* * * *
22056 TATTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTCAAATAAGCTTCTATGAACAA
* * ** *
22121 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAGTTTACAATTGCTCAAATAGT
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAGTAGACAATTGCTCAAATAAT
* * ** *
22186 CATTGCTATTTGAACTAGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
131 CATTACTATTTCAACTAGCTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
*
22251 AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTGATTCTGAATAAAATTGAATGCGCAAATACAATTTTTATA
196 AAAGATTAATAAATTAATATTATTTGATTCTGAATAAAATTGAATGCGCAAATACAATTTTTAT-
* * *
22316 TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTGAA
260 TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGCCATAAATATTTGAA
* * *
22381 CT-GATTCGATAAATAGATTCACCTTTTAAATAAC-T
325 CTAG-TTCGACAAACAAATTCACCTTTTAAATAACTT
* **
22416 TAGTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAAC
1 TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-TTTCAAATAAGCTTCTATGAAC
* * * * * * * *
22481 TAAAACAGTTATTTTATGATAAAATAAATGGTCATAACAATTTCAAA-TAGATAATTGTTCATAT
64 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAAGTAGACAATTGCTCAAAT
* ** * **
22545 AATC-TTAACTGTTTCAACTA-CTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTGGT
128 AATCATT-ACTATTTCAACTAGC-TCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAAT
* * * *
22608 TTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTC
191 TTTTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTGATTC
22643 CAAATAAGCT
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 160, Indels: 62
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 83 0.11
355 55 0.07
356 7 0.01
357 37 0.05
358 8 0.01
359 77 0.10
360 14 0.02
361 132 0.17
362 149 0.20
363 154 0.20
364 40 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTTTCAAATAAGCTTCTATGAACAA
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAGTAGACAATTGCTCAAATAAT
CATTACTATTTCAACTAGCTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTG
AAAGATTAATAAATTAATATTATTTGATTCTGAATAAAATTGAATGCGCAAATACAATTTTTATT
GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGCCATAAATATTTGAAC
TAGTTCGACAAACAAATTCACCTTTTAAATAACTT
Found at i:22690 original size:362 final size:355
Alignment explanation
Indices: 19994--23759 Score: 1808
Period size: 362 Copynumber: 10.6 Consensus size: 355
19984 CCACGAATAG
* * ** * * *
19994 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA--TCAT-ACTTTTTGAGATAGATAATTATTGAAATAG
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAA
* * * * *
20056 TTATAACTATTTAAACT-CATTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA---TAT-CTTATTAATTTT
64 TCATAACTATTTGAACTAC-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* ** ** * * *
20116 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAATTTTGTATAAATAAAACAATTATTTT
128 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAACAAAACAATTATTTT
* * * ** * * * * ***
20181 ACAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATAGTTCAAATGGACATGGCTATTTGA
193 ACAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAATTATTTGA
* * * ** *
20246 ACTTA-TTCGACAAACATATTTATTTTTTAAAACTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATA
257 AC-TAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTT-AAA-TCTTA-TTGTTAATTTTTGA-AATATTAATA
** * * * * *
20309 AAAAAGGATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAG
316 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * **
20349 AAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGT
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAAT
* *
20413 CATAACTATTTGAACT-CGTTCGTTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTAC-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * ** * *
20477 -ATAATTTTAATAAATTATTTTTATTTTTATTCTGAATAAGTTTTTATGAACAAAAACAACTAGT
129 GA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAAC-AAAACAATTATT
* * * * ** * *
20541 TTACGACAAAACAAAAGATCAT-ATGATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
191 TTACAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAATTATTT
* * * * * * *
20605 GAACGAGTT-TAGAAA-ACA--T-TTTTT---CCTTA---TTAATTTTTGGAATATAAATAAATT
255 GAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTATTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAA-T
* **
20659 TA-AATTATTTTATTT-AAATTAAGCTTGCATGAACAA
319 TAGTATTATTTTATTTCAAA-TAAGCTTATATGAACAA
* * * * * *** * *
20695 AACCAATTATTTTGTGGCAAAACGAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * ** * *
20760 CATAACTACTTGAACTTA-TTCAATAAATAGATTCT-TTTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATTTT
65 CATAACTATTTGAAC-TACTTCGATAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
20823 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-ATAGGAACTAAGACAATTGTT
128 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATGAAC-AAAACAATTATT
** * ** ** * * *
20887 TTATTACA-AAC-AATTG-C-T--TTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
191 TTACAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAATTATTT
* * * * *
20946 GAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTT-TTTTTAAATCTT-TTGCTT-A---TT---A-ATT-GT
255 GAACTAGTTCGATAA--ATA--GATTTATTTTTAAATCTTATTG-TTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
21000 AAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAACTTATATGAA-AG
315 AAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * * *** *
21040 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCACAAATAGT
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTAAATAGATAATTATTCAAATAAT
* ** * * *
21105 CATAACAATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTCAATCTTTTACATTGTTAATTGT
65 CATAACTATTTGAACTACTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TTATTAATT-T
* * ** * * *
21169 CTT--AATATTAATAAATTTCAT-TTATATTTCTT-GTAATAAGATTGTATGAATATATAA-AAT
127 -TTGAAATATTAATAAA-TTAATATTAT-TTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAACA-A-AACAAT
* ** * * * * *
21229 TCTTTTTTGACTA-AACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACTA-TCATAA
187 T-ATTTTACAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAA-TAGTCATAA
* * ** * * * *
21292 TTATTTAAACT-TTTTTAGTAAACAGATTTATATTTTTAAATGTCTATATTATTAATTTTTGGAT
249 TTATTTGAACTAGTTCGA-TAAATAGA-TT-TATTTTTAAA--TCT-TATTGTTAATTTTTGAAA
* * * *
21356 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTAAATGAACTA
308 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * *
21404 AAACATTTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGAGATAATTATTCAAAAAATC
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAATAGATAATTATTCAAATAATC
* * * * * ** * * **
21469 ATGATTATTTGATCTAGTTC-AGTAAACATATTT-GCTTTTAAA-ATTTTACTTATCAATTGCTG
66 ATAACTATTTGAACTACTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
21531 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCATGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
130 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAACA-AAACAATTATTTTA
* * * * * * *
21596 TAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGCTTAAATAGTCAAAATTGTTTGAA
194 CAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * * * *
21661 CTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAATC-TCTTGTTAATATTTGAAATATTAATAGATTGGT
258 CTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTATTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
21725 ATTACTTTATTCCAAACAAACATATATGAACAA
323 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* **
21758 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAT
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * * ** **
21823 CATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATTGAAATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
65 CATAACTATTTGAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
21888 AATTATTAATAAA-TACATTTTATTTTATTCTAAAAAAGCTAT-TATGAATTCAAAAAAACTTAT
130 AAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGAATGAA--CAAAACAA-TTA-
* * * * *
21951 TTATTGAC-A-A-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAAAT
189 TT-TT-ACAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAATT
** * * * *
22013 ATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTTATTATTAATTTTTGAAATATT
251 ATTTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAA--ATC-TTATTGTTAATTTTTGAAATATT
* * *
22078 ATTAGATTAGTATTATTTT-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
312 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * ** * ** *
22121 AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAGTTTACAATTGCTCAAATAGT
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAA-TAGATAATTATTCAAATAAT
** * * **
22186 CATTGCTATTTGAACTAGC-TCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
65 CATAACTATTTGAACTA-CTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * ** ** **
22250 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTGATTCTGAATAAAATTGAATGCGCAAATACAATT-TTTA
129 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAACAAA-ACAATTATTT-
** * * * * *
22314 TATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACATAGCCATAATTATTTG
192 TACAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAATTATTTG
* *
22379 AACT-GATTCGATAAATAGATTCACCTTTTAAATAACTTAGTTGTTAATTTTTGAAATATTAATA
256 AACTAG-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT--CTTA-TTGTTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * *
22443 AATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTA
316 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * *
22483 AAACAGTTATTTTATGATAAAATAAATGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCATATAAT
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * * * **
22548 CTTAACTGTTTCAACTACTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTGGTTTTTG
65 CATAACTATTTGAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* *
22613 GAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-AGATGAACTAAAACAATTATTTT
130 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATGAAC-AAAACAATTATTTT
** ** * * **
22677 ACAATAGAACAAAAGGTTTTAGTAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AACTGGTT--
193 ACAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAATTATTTGA
** * ** * * *
22737 -C-AGTAAG-CAAATTTA-TT-TTTTAAACAT-TCTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAAT
257 ACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAA-ATCT-TA-TTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * **
22796 TAATATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTATGATGAA
319 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
** * * * ** ** * ***
22833 AAA-A-TTGCTTTATGAAAAAATAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCAAATAAT
* * * * * * * * * *
22896 CGTAATTATGTGAACCAATT---T-----GATGTATTTTTTAAATCTCTAATTTATCAATTTTTG
65 CATAACTATTTGAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * ** ** ** *
22953 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCTGATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTA
130 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAA-CAAAACAATTATTTTA
* * * *** * *
23018 TAATAAAACAAAAGGACATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
194 CAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * * * ** *
23083 CTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAACTTGTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGCTAATTAA
258 CTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTATTG----TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
* ** * **
23147 TTAGAATTATTTTATTTTGAAT-AGGTATATATGAACTG
318 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TATATGAACAA
* *
23185 AAA-ATACTATTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TT-ATAATA
1 AAACAT-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTATTCA-AATA
* * * * ** * ** *
23246 TTCTTAACTATTCGAATTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTT
63 ATCATAACTATTTGAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
23307 T-AGAATATT-ATTAATTTATCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTAC
128 TGA-AATATTAATAAATTAAT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAAC-AAAACAATTAT
** * * * * * * *
23370 TTTATGACAAAACAAATA--TCATAACAATTTGAGATAGATGATTGTTCAAAAAATCATAATTGT
190 TTTACAATAGAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AAATAGTCATAATTAT
* * * * * *
23433 TTGAATTGGTTCAATATATAGATTTAGTTTTTAAATCTT-TTATTAATTTTTGAAATACTAATAA
253 TTGAACTAGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTATTGTTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** * * *
23497 ATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAG
317 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACAA
* ** ** * *** * * *
23536 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATATTATATTGATTTGATACAGATAA-TAGTTCAAATGG
1 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-AAATAGATAATTA-TTCAAAT-A
** * * * **
23600 A-CATAACTATTT-AAGCTTGTTC-AGTGAACAAATCTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATT
63 ATCATAACTATTTGAA-CTACTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * *
23662 TTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTT-ATATGAATAGAAACAATT
126 TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGA-ATGAACA-AAACAATT
** * * *
23725 GA-TTTATGACA-AACAAAAGATCATAACTATTTGAA
188 -ATTTTACAATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
23760 CTCACTCGGT
Statistics
Matches: 2615, Mismatches: 616, Indels: 358
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
340 125 0.05
341 44 0.02
342 4 0.00
343 7 0.00
344 6 0.00
345 97 0.04
346 149 0.06
347 147 0.06
348 73 0.03
349 14 0.01
350 79 0.03
351 73 0.03
352 132 0.05
353 80 0.03
354 122 0.05
355 133 0.05
356 155 0.06
357 126 0.05
358 32 0.01
359 103 0.04
360 162 0.06
361 191 0.07
362 254 0.10
363 237 0.09
364 70 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAATAGATAATTATTCAAATAATC
ATAACTATTTGAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGAACAAAACAATTATTTTACA
ATAGAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTA
GTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTATTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
Found at i:23787 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 23634--23905 Score: 404
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
23624 TGAACAAATC
*
23634 TATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTATTTCG
1 TATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AAGTAAGTATTATTTTATTTCG
* * *
23698 AATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGATTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACTATTTGAACT
65 AATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAACT
23762 CACTCGGTAAATAGATT
130 CACTCGGTAAATAGATT
** * * *
23779 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTAAGTATTATTTTATTTTGA
1 TATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTAAGTATTATTTTATTTCGA
** * *
23844 ATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAA
66 ATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAA
23906 ATAGATAATT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 13, Indels: 3
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
144 5 0.04
145 83 0.74
146 24 0.21
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (146 bp):
TATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAGTAAGTATTATTTTATTTCGA
ATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAACTC
ACTCGGTAAATAGATT
Found at i:24264 original size:505 final size:502
Alignment explanation
Indices: 23341--24264 Score: 1123
Period size: 505 Copynumber: 1.8 Consensus size: 502
23331 TTTTACTCCA
* *
23341 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAATATCATAACAATTTGAGATA
1 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATA
* * * * *
23406 GATGATTGTTCAAAAAATCATAATTGTTTGAATTGGTTCAATATATAGATTTAGTTTTTAAATCT
66 GATAATTGTTCAAAAAATCATAACTATTTGAAGTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
* * ** *
23471 TTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAG
131 TTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTACTATTATTTTAGTCTGAATAAGCTTGCATGAATAG
* * * * *
23536 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATATTATATTGATTTGATACAGATAATAGTTCAAATGGA
196 AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAACAGATAATAGTTCAAATAGA
* * * * * * *
23601 CATAACTATTTAAGCTTGTTCAGTGAACAAATCTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTA
261 CAAAACTACTTAAACATATTCAGTGAACAAATCTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTCTA
* *
23666 GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGATTTA
326 GAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGATTTA
*
23731 TGACAAACAAAAGATCATAACTATTTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
391 TGACAAACAAAAGATCACAACTATTTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
23796 ACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTAAGTATTATTTTATTTTG
456 ACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTAAGTATTATTTTATTTTG
* * **
23843 AATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAAT
* * * * *
23908 AGATAATTGTTCACATAGTCATAGCTATTTGAAAGT-GTTCAGA-AAATATATTTA-TTTTTAAA
65 AGATAATTGTTCAAAAAATCATAACTATTTG-AAGTGGTTCA-ATAAATAGATTTAGTTTTTAAA
* * * *
23970 TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTCTATTATTTTAGT-TGAAATAGGCTTGCA
128 -TCTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTACTATTATTTTAGTCTG-AATAAGCTTGCA
* * * * * * *
24034 TGAATAGAACCAAATT-TTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTT
189 TGAATAGAAAC-AATTGCTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAACAGATAATAGTT
* * * * * *
24098 TAGATAGTCAAAACTACTTAAACATATTC-G-GCAACAAGAT-TCATTTTTTAATTCTCTTTCTC
253 CAAATAGACAAAACTACTTAAACATATTCAGTG-AACAA-ATCT-ATTTTTTAAATCTCCTACTC
* *
24160 ATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AA
315 ATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TAGAA
* * *
24224 ACAATTGTTTTATTACAAA-ACAAAGGTCACAA-TGATTTGAA
379 ACAATTGATTTATGACAAACA-AAAGATCACAACT-ATTTGAA
24265 ATAGATAATA
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 58, Indels: 25
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
502 46 0.13
503 62 0.18
504 15 0.04
505 221 0.63
506 6 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (502 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAAAAATCATAACTATTTGAAGTGGTTCAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCT
TTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTACTATTATTTTAGTCTGAATAAGCTTGCATGAATAG
AAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTAAAACAGATAATAGTTCAAATAGA
CAAAACTACTTAAACATATTCAGTGAACAAATCTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTCTA
GAATATTAATAAATTAATATTAATTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGATTTA
TGACAAACAAAAGATCACAACTATTTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
ACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTAAGTATTATTTTATTTTG
Found at i:24316 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 23745--25641 Score: 1068
Period size: 180 Copynumber: 10.6 Consensus size: 181
23735 AAACAAAAGA
** * * * *
23745 TCATAACTATTTGAAC-TCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACAT-GTTAGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTT-CTTATTAATTT
* * * * * ** * * * *
23808 TTGGAATTTTAATAAGTAAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTGGT
64 CTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTT
* ** *
23873 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
23926 TCATAGCTATTTGAA-AGTGTTCA-GAAAATATATTTATTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACA-TGTT-AGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTT
* ** * * * ** *
23987 -TTGAAATATTAATAAATTTCTATTATTTTAGTTGAAATAGGCTTGCATGAA-TAGAACCAAATT
64 CTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAAC-AATT
* * * * * *
24050 -TTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAG
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
24105 TCAAAACTACTTAAACATATTCGG-CAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTC
1 TCATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAAC-AGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTC
*
24169 TAGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTT
65 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTT
* * **
24234 TATTACAAAAC-AAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
24285 TCATAACTATTTGAACATGTTAGGT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAAC-AGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTC
* * ** *
24349 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATATACAAACTGAAACAATTGTTT
65 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTT
* * *
24414 TATTACAAAAC-AAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * * ** * * *
24465 TTATGATTAGCTAAACTTGTTTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATGT-TC-TACTTATTAATTG
1 TCATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAACAGATTCATTTTTT-AAT-TCTCTTTCTTATTAATT-
* * * * *
24528 TC-AAAATATTAATAAA-TAATATT-TTGTTA-ATCAGAATAA-CATGTATG-AC-AGAAACAAT
63 TCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCA-AATAAGCTTATATGAACTA-AAACAAT
* * *** * * *
24586 TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTGACATAAATAATT-TTGAAATAG
125 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * *
24642 TCATAAAGATTTGAA-ATTGTTCA-ATAAATAGAATT-ATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATT
1 TCATAACTATTTGAACA-TGTT-AGGTAAACAG-ATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATT
* * ** *
24703 GTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAATTTGTATGAAC-AGAAA-AAT
63 -TCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAAT
** * * * *
24764 CATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAG
125 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * **
24820 TCAAAATTATTTAAACTTGTTTGACT-AATAGATTC-CTTTTTAAATCTC--AATTATTAATTT-
1 TCATAACTATTTGAACATGTTAG-GTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTC
* * ** * * * *
24880 TCATAATATT-ATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTT
65 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTT
* * * *
24944 TTATGA-AAAACAAAATATTTTTGTCATAATGTTTTGAAATAGATGATTGTT-AGATAG
129 TTATGACAAAAC-AAA-A----GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
25001 TCATAATTATTTGAAC-TTTTCA-ATAAACATATTCATTTTCCTAGTTTCTCTTACTCATTAACT
1 TCATAACTATTTGAACATGTT-AGGTAAACAGATTCATTTT-TTA-ATTCTCTTTCTTATTAA-T
* * * * *
25064 TT-TGGAATATT-ATAAATTAAGTATTATTTTACTTCAAATAAGGTTATGTTAACTGAAAACAAT
62 TTCTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAAT
* * * * * *
25127 TTTTTTATTACAAAACAAACGGTCACAATGATTTGGAAATGGATAATTATTCAAATAG
125 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
25185 TCATGACTATTTGAA-ATTGTTCGGTAAACATATTTATATTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTG
1 TCATAACTATTTGAACA-TGTTAGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTT-CTTATTAATT-
* * * * * *
25248 TC-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTAATGAAAC-AGAAATAA
63 TCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTAT-ATG-AACTA-AAACAA
* *
25310 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-AATT----T-G----TTGTTCAAATAG
124 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
25358 TCATAA-TGATTT-AA-ATTTTTGTGGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAAT
1 TCATAACT-ATTTGAACA-TGTT-AGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTT-CTTATTAAT
* * * * * * *
25419 TGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATCTAAAATAGGCTTGTATGAA-TAGATGA-AA
62 T-TCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-A-AACAA
* * *** ** *
25481 TCT-TTTTATAATAAAACAAAAGG-CTATAGCAATTCCAAATAGATAATTGTTAAAATAG
124 T-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * ** *
25539 TAATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTCT
* * *
25604 AGAATATTAACAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
66 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
25642 TGTTTTATGA
Statistics
Matches: 1343, Mismatches: 274, Indels: 198
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 28 0.02
172 18 0.01
173 93 0.07
174 1 0.00
175 35 0.03
176 65 0.05
177 116 0.09
178 94 0.07
179 146 0.11
180 269 0.20
181 211 0.16
182 55 0.04
183 57 0.04
184 60 0.04
185 39 0.03
186 32 0.02
187 18 0.01
188 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TCATAACTATTTGAACATGTTAGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTCT
AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:24876 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 24502--24910 Score: 426
Period size: 177 Copynumber: 2.3 Consensus size: 177
24492 ACATATTTAT
* * * * * *
24502 TTTTTAAATGTTCTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TAATATT-TTGTTAATCAGAAT
1 TTTTTAAATCTTC-AATTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCAAAAT
* * *
24565 AACATGTATGACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTGACATAAATA
64 AACATGTATGACAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATA
*
24630 ATTTTGAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCAATAAATAGAATTAT
129 ATTTTGAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCAATAAATAGAATTAC
* * * *
24679 TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAA
1 TTTTTAAATCTTCAATTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAA
* * *** *
24744 -ATTTGTATGAACAGAAA-AATCATTTTATGAC-AAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGAT
66 CA--TGTATG-ACAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAAT
* * * *
24806 AATTGTTGAAATAGTCA-AAATTATTT-AAACTTGTTTGACT-AATAG-ATTCC
128 AATT-TTGAAATAGTCATAAA-GATTTGAAA-TTG-TTCAATAAATAGAATTAC
* *
24856 TTTTTAAATC-TCAATTATTAATTTTCATAATATT-ATAACTTAGTATTATTTTATT
1 TTTTTAAATCTTCAATTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
24911 TTGAATAAGC
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 28, Indels: 20
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 19 0.10
176 47 0.24
177 73 0.37
178 45 0.23
179 11 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTTTTAAATCTTCAATTATTAATTGTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAA
CATGTATGACAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTCAAATAAATAAT
TTTGAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTGTTCAATAAATAGAATTAC
Found at i:25412 original size:717 final size:715
Alignment explanation
Indices: 24329--25641 Score: 1774
Period size: 717 Copynumber: 1.8 Consensus size: 715
24319 CCTTTTTTAA
* * * *
24329 TTCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATAT
1 TTCTCTTACTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCATAT
24394 ACAAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
66 ACAAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
24459 AAATAGTTATGATTAGCTAAACTTGTTTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATGTTCTACTTATTA
131 AAATAGTCATGACTAGCTAAACTTGTTCGAAAAACATATTTATATTTTAAATCTTCTACTTATTA
24524 ATTGTCAAAATATTAATAAATAATATTTTGTTAATCAGAATAACATGTATGACAGAAACAATTAT
196 ATTGTCAAAATATTAATAAATAATATTTTGTTAATCAGAATAACATGTATGACAGAAACAATTAT
* * *
24589 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATACCAATTTGACATAAATAATTTTGAAATAGTCATAAAGATTT
261 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG------AT-ATGTTCAAATAGTCATAAAGATTT
*
24654 GAAATTGTTCAATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAA
319 GAAATTGTTCAATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAA
* * *
24719 ATTTGTATTATTTTAT-TCAAAATAAATTTGTATGAACAGA-AAAATCATTTTATGA-CAAACAA
384 ATTTGTATTATTTTATCT-AAAATAAACTTGTATGAACAGATAAAATCATTTTATAATAAAACAA
* ** * * *
24781 AAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCAA-AATTATTTAAACTTGTTTGAC
448 AAGGCTATAGCAATTCCAAATAGATAATTGTTAAAATAGT-AATAATTATTTAAACTTGTTCG-C
* *
24845 T-AATAGATTC-CTTTTTAAATCTC-AATTATTAATTTTCATAATATT-ATAACTTAGTATTATT
511 TAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTCAGAATATTAACAACTTAGTATTATT
*
24906 TTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGAAAAACAAAATATTTTTGTCAT
576 TTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGAAAAACAAAATATTTTTGTCAT
24971 AATGTTTTGAAATAGATGATTGTTAGATAGTCATAATTATTTGAACTTTTCAATAAACATATTCA
641 AATGTTTTGAAATAGATGATTGTTAGATAGTCATAATTATTTGAACTTTTCAATAAACATATTCA
25036 TTTTCCTAGT
706 TTTTCCTAGT
**
25046 TTCTCTTACTCATTAACTTTTGGAATATT-ATAAATTAAGTATTATTTTACTTCAAATAAGGTTA
1 TTCTCTTACTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTACTTCAAATAAGCATA
*** * *
25110 TGTTAACTGAAAACAATTTTTTTATTACAAAACAAACGGTCACAATGATTTGGAAATGGATAATT
65 TACAAACTG-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAA-GGTCACAATGATTT-GAAATAGATAATT
** ** *
25175 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAA-TTGTTCGGTAAACATATTTATATTTTAAATCTTTTACT
127 ATTCAAATAGTCATGACTAGCT-AAACTTGTTCGAAAAACATATTTATATTTTAAATCTTCTACT
*
25239 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT-TTAAT-ATGAATAAGCTTGTAATGAAAC
191 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TAATATT-TTGTTAATCA-GAATAA-CATGT-ATG--AC
* * * *
25302 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTG-T-TGTTCAAATAGTCATAAT
249 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGATATGTTCAAATAGTCATAAA
* *** * *
25365 GATTT-AAATTTTTGTGGTGAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATA
314 GATTTGAAATTGTT-CAATAAACAGAATTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCTTAATA
** * * *
25429 TTAATAAATTTGTATTATTTTATCTAAAATAGGCTTGTATGAATAGATGAAATCTTTTTATAATA
377 TTAATAAATTTGTATTATTTTATCTAAAATAAACTTGTATGAACAGATAAAATCATTTTATAATA
25494 AAACAAAAGGCTATAGCAATTCCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGT
442 AAACAAAAGGCTATAGCAATTCCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGT
* * * * *
25559 TCGGTAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAACAAGTTAGTA
507 TCGCTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATTTTCAGAATATTAACAACTTAGTA
25624 TTATTTTATTTCGAATAA
571 TTATTTTATTTCGAATAA
25642 TGTTTTATGA
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 58, Indels: 40
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
715 7 0.01
716 47 0.09
717 120 0.23
718 42 0.08
719 81 0.16
720 100 0.19
721 21 0.04
722 26 0.05
723 29 0.06
725 42 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
TTCTCTTACTCATTAACTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCATAT
ACAAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAGTCATGACTAGCTAAACTTGTTCGAAAAACATATTTATATTTTAAATCTTCTACTTATTA
ATTGTCAAAATATTAATAAATAATATTTTGTTAATCAGAATAACATGTATGACAGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGATATGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAAATTG
TTCAATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTA
TTATTTTATCTAAAATAAACTTGTATGAACAGATAAAATCATTTTATAATAAAACAAAAGGCTAT
AGCAATTCCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTAATAATTATTTAAACTTGTTCGCTAAATAGATT
CACTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTCAGAATATTAACAACTTAGTATTATTTTATTTCGAA
TAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGAAAAACAAAATATTTTTGTCATAATGTTTTGA
AATAGATGATTGTTAGATAGTCATAATTATTTGAACTTTTCAATAAACATATTCATTTTCCTAGT
Found at i:27493 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 25934--30539 Score: 2071
Period size: 181 Copynumber: 25.6 Consensus size: 181
25924 TATTAATTTA
* * * * * * * * *
25934 TTTATTATGAACAAACTTATATGAACATAAACATTTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGTTATAACA
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * *
25998 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATCATTAGAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATT
66 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATT
* *
26063 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTAT
131 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * * ** * **
26114 TTTATTTTGAATAAGCTAGCATGAATTGAAAA-TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAAC
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** * * * * ** * *
26178 AATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACAAATTAAACTAGTTTGACAAACAAATTTAA
65 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * *
26243 TTTTTAAA--T-TT-C---TTAGTTTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTAT
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
26289 TTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACATAAATAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGGTTATTTT
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCA----
* * * * * * * ** *
26354 GTAAATAATTGATTTGAAGTATACAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCAGTAA
61 -T-AA-CA---ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAA
* * * * *
26419 ACA-A-AT-TTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAAGATTAAGAAATTAGTATTAT
120 ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
26478 TTTATTCTGAATATA-CTTGTATGATATAAAAAAAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTAACAG
1 TTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAT-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
26542 CAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGG-CAATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAA-AAATTC
64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTC-ATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT
* *
26605 ACTTTTTAAA----TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TAT
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** *
26654 TTTGTT-TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
1 TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** * ** *** ** * *
26718 GATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTGTAACTATTTGATTTTACTCGGTTGACAAAATTAA
65 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAAC-AGATTTA
* ** * *
26783 TTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTATTATTAT
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
26835 TTTATTTTCG-ATATGCTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTACGTCAAAACAAAATGTCATAAC
1 TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * ** * *
26899 GATTTCAAATAAACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAT
65 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * * * *
26964 TTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAGTTTGGATTAT
130 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** * ** *
27016 TTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGAT-ATGAAATTAATAT-TTTT-TGACTAAACAAAATATCAGA
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCA--AAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * ** * * * *
27078 ATGATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAATTATTTGAACTGGTTCCGCAAGCACATTT
63 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTT
* *
27143 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
128 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
27197 TTT-TAACTGAATAAGCTTCTATGATCAAAAACAATTGTTTAATGACAAAAC-AAAGAT-ATTAA
1 TTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAA
** * * * * * ** * * *
27259 TGATTTGAGATTGAAAATTGTTCAAATTGTCATACCTAATTAAACTGGTTCAGTAAACAGATTTA
64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* **
27324 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAACATTAATAAATTCTTATTAT
129 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
27377 TTTATTTTGAATAAGGTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATA
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* ** * * * * *
27442 ATTTCAAATAGATAACCATTCAAATGGCCATAATTATTT-TACTGATTCAGTAAATAGATTTATT
66 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATT
* * **** * *
27506 TTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTCAAAAATATTAATAGATTAGTATGAT
131 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * *
27557 TTTATTCT-ATCTAAGCTTGTACT-AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAATGGTTATAA
1 TTTATTCTGA-ATAAGCTTGTA-TGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
27620 CAATTTTAAATAGACAATTACTC-AATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA
64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
** * *
27684 TTTTTTTAAATCTCTTTTTGTGATTAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAA
129 -TTTTTTAAATCTCTTACT-T-ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** **
27739 TTTCTTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTAAAACAATTGTTTTTTAAGTAAACAAAAGGTCAGGACA
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * ** * ** * * * *
27804 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGGACTTTTTCGATAAAGAAATTTATA
66 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATT
** * *
27869 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTCAATTAGTATTAT
131 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * ** *
27920 ATAAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAACTATTTTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATG--------ATC-A----AAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * ** * * **
27985 AAAGATTATACCAATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTCGAC
53 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGT
** * * ** * *** *
28050 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
118 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * * *
28114 TTTATTCTGAATAAAATAGTTTGA--ATAGAACTAATTGTTTGATGACAAAATAATATGTTATAA
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCA-AAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * * * * *
28177 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTCGAAATGGTTTGATAAGCAAATTTA
64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* * *
28242 CTTTATAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTT-AATATTAATAAATTAGTTTTAT
129 TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * * *
28295 TTTCTT-TCAAACAAACTTATATTAACAAAAATAATTATTTTGTGACAAAATATAAA-GTAATAA
1 TTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAA
** * * * * ** * * * *
28358 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTCAAACTAGTTTGGTAAATAGAATTA
64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* *
28423 TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAA-AAATTAGTTTTAT
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* * * * * *
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* * * * * * *** * * **
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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** * * * * * **
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* *
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* * * * * * * * **
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1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * *
29060 ATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
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* * * *
29125 TTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATTAT
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** * ** * * *
29177 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACCGAAACAA-TGATTGTATG-CTAAACAAAAGTTCA-AAC
1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* * * * * * * * * * *
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64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTA
* * * * * * * * *
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129 TTTTTTAAAT-CTCTT-ACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * * ** *** * *
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1 TTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGATCA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * *** * **
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** * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * ** * *
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* * *** *
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* * ** *
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* * * ** *** * *
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63 ACAATTTGAAATAG-ATAATTATTCAAA-TGGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTCGGTAAACAGA
* * *
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* * * * * *
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1 TTTATTCTGAATA-AGCT-TGTATG-ATCAAAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * ** *
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* * * * * *
30005 ACCAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTGCTAATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TGTTAT
120 A-CAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * *
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1 TTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * ** * * *
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65 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTG-AACTGGTTCGGT-AAACAGATTT
* *
30195 ATATTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
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* * * * *
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1 TTTATTCT-GAAT-AAGCTTGTATGATC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * *
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1 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAAC
* * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * **
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* * * * * * * *
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*
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28873 GGC
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* * * **
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* * * *
28940 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAGTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
65 GAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAACTTTTGAAATATTAA-AAAGTAGTATTATTCTATT
* * * * *
29004 -TGGATAAGATTTTATGAA-CTAAAACAACT-ATTTATGACAAAACAAATGGTCA-AATGATTTT
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* * * * * * *
29065 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-AGATTTATTTTTT
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* * *
29129 CAAATCTCAT-GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGC
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** * * * *
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319 TATGTATGAACAAAAACAATGATTGTAGGATAGAACAAAAGTTCAAA-CAATCTGAAATAGATAA
* *
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Statistics
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AATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAACTTTTGAAATATTAAAAAGTAGTATTATTCTATTCT
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CTCATAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAATATGTAT
GAACAAAAACAATGATTGTAGGATAGAACAAAAGTTCAAACAATCTGAAATAGATAATTATTCAA
ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGATATATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTT
GAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAACCTTATATATTGAAAAACAATTGTTAA
GGC
Found at i:30237 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 29298--30531 Score: 706
Period size: 182 Copynumber: 6.7 Consensus size: 178
29288 TTGGTAAACA
** * * * *
29298 CATTAATTTTTCAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGATCAG
1 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTTATTCGTAATAAGCTTGTATGAACAA
* * ** * * **
29361 AAACAATTGTTTTATGAGAAA-ACAAAGATCATAATGATTT-AAGATTGAT-ATTTGTTTAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATAT-TCAAATAG
** * * * * * * *
29423 TCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCT
126 TCATAACCATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTAAAATATCTTACT
* * * * * * * * * *
29477 TATTAAATTTTGAAATATTAAAAAAGTATTAT-TTATTTTATT-TTGGATAAGTTTTTAGGAACT
1 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-T-TTATATTATTTTATTCGT-AATAAGCTTGTATGAACA
* *
29540 AAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAG
* * * ** * * * * *
29604 TCAAAACTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTGTTTTTTTAAATCTCCTAC-
126 TCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TT-TATTTTAAAATATCTTACT
*** * * * *
29658 CTATTAA-TTTCAAAATATTAATAAA--AAGTATTATTTTAATC-TGAATTAAACTTGTATGAAT
1 C-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGT-AA-TAAGCTTGTATGAAC
** * * *
29719 AGAAAA-AATTGTTTTATGACAAACAAAACATTATAACTATTTGAAAT-GAATAATTTTTCAAAT
62 A-AAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAA-TATTCAAA-
* *** * *
29782 TAGTCATAACGATAAAAACTTGCTCCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACT
123 TAGTCATAACCATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATTTA--TTTTAAAATATCTTACT
* * *
29840 TATTAATTTTTGGAATATTAACTAAATATTGATCTATCTTTTATT--TCAATACA-CTATGTATG
1 CATTAATTTTTGGAATATTAA-TAAAT-TT-ATAT-TATTTTATTCGT-AATA-AGCT-TGTATG
* * * * * * * *
29902 AATAGAAACAATTGGCTTTATGATAAAACAAACGGTAATAACTAATTTGAAATAGGTAATTGCTT
59 AACAAAAACAATT-GTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAA-T-ATT
* * ** * * *
29967 CCAAATAATCCATTAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAACAACCAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTT
119 -CAAATAGT-CA-TAACCATTTGAACT-TGTTCGGTA-AA-CAGATTTA--TTTTAAAATATCTT
*
30030 GCT
176 ACT
* * *
30033 AATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATGTTATTTTATTCGTAATAAGCTTGTAAGAAC-AAA
1 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGTAATAAGCTTGTATGAACAAAA
* *
30097 ACAATTATTTTATGACACAACAAAAGGTCATAACGA-TTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCA
66 ACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TATTCAAATAGTCA
* *
30161 TAACCATTTGCAACTTGTTTGGTAAAACAGATTCATATTTT-AAATCTCTTACT
129 TAACCATTTG-AACTTGTTCGGT-AAACAGATT--TATTTTAAAATATCTTACT
* *
30214 CATTAATTTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAAGCCTATATGAAC
1 CATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGTAAT-AAGCTTGTATGAAC
* * *
30277 TAAATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAAA
62 -AAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TATTC-AAA
* * * * *
30342 TAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTGAAAATATTTTACT
123 TAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTT-AAAATATCTTACT
** * ** * * * *
30399 TTTTAATTTCTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTTAATC-TGAATAAACTTGTGTGAACAA
1 CATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTA-TTTTATTCGT-AATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
30463 AAACAATTGTTTTATGACAAATAAAAAGTCATAACAATTTGGAATAAATAATATTCAAATAGTCA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTCAAATAGTCA
30528 TAAC
129 TAAC
30532 TGATTTGATA
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 152, Indels: 141
0.74 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 1 0.00
179 43 0.05
180 122 0.15
181 119 0.14
182 126 0.15
183 56 0.07
184 35 0.04
185 84 0.10
186 52 0.06
187 53 0.06
188 21 0.03
189 30 0.04
190 15 0.02
191 13 0.02
192 17 0.02
193 44 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
CATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGTAATAAGCTTGTATGAACAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTCAAATAGTCATA
ACCATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTAAAATATCTTACT
Done.