Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168123.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_367, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 745--777 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
735 AACAAAAGTC
745 ATAATAATTTGAAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
*
762 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATAATTTGAAATAG
778 TCATGATATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
ATAATAATTTGAAATAG
Found at i:1101 original size:15 final size:16
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Indices: 1081--1122 Score: 50
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1071 AACAAAAGTT
*
1081 ATAATT-TTGAAATAG
1 ATAATTATTCAAATAG
1096 ATAATTATTCAAATAG
1 ATAATTATTCAAATAG
1112 TCATAATTATT
1 --ATAATTATT
1123 AAACTATTGG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
15 6 0.26
16 8 0.35
18 9 0.39
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
ATAATTATTCAAATAG
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Indices: 910--1540 Score: 394
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900 TATGAACAAA
* * * * *
910 AAAAGTCA-AAC-ATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGAT
1 AAAAGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-AGATTCA-
* * * * *
973 AAAA-ATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTT-TAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATT
63 AAAAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAGA-ATTAGTATTATTTTATT
* * * **
1036 CTAAAAAACTTATATGAA-AAAATATTTTATGAC
126 -TGAAAAACATGTATGAACAAAA-A-AATATGAC
*** * * * * * *
1069 AAAACAAAAGTTATAATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTA-TTAAAC-TATTG
1 AAAA-GTCAG-AACAA-TTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGATT-
* * * * * * * *
1132 GTAAACATATTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA--ATTATTATTTTAT
61 -CAAAAAGATTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAGAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
1195 TTCAAATAAGC-TATATGAAGAAAAAATTTTTTATAAAA
125 TTGAAA-AA-CATGTATGAACAAAAAA----ATAT-GAC
* * * * * *
1233 AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TATTCGTAACATGAAC-GTTTG-ACAG-TTC
1 AAAAGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGT--CAT-AACTATTTGAACAGATTC
* * **
1294 AAAAA-ATTTTATTTTTAAATCTTTAGTTATTAATTTTT-AAATATTATTAATTAGTATTATTTT
62 AAAAAGATTTT-TTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAAGAATTAGTATTATTTT
*
1357 ATTTTGAATAAGCATGTATGAACAAAAAAATATGAC
123 A-TTTGAA-AAACATGTATGAACAAAAAAATATGAC
* * *
1393 AAAAGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAAAA
1 AAAAGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGATTCAAAA
1458 AGATTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAGAATTAGTATTATTTTATTTGAAA
66 AGATTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAGAATTAGTATTATTTTATTTGAAA
*
1523 AACTTGTATGAACAAAAA
131 AACATGTATGAACAAAAA
1541 CATTTTATGA
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 68, Indels: 77
0.72 0.13 0.15
Matches are distributed among these distances:
156 17 0.05
157 21 0.06
158 31 0.08
159 17 0.05
160 91 0.25
161 33 0.09
162 50 0.14
163 41 0.11
164 46 0.13
165 19 0.05
166 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (156 bp):
AAAAGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGATTCAAAA
AGATTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAGAATTAGTATTATTTTATTTGAAA
AACATGTATGAACAAAAAAATATGAC
Found at i:1816 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1786--1844 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23
1776 CGATAAACAT
* *
1786 AATTTATTTTTTTAAATTTACT-
1 AATTAATTTTTTTAAATTTAATA
* *
1808 TATTAA-TTTTTAAAATTTAATA
1 AATTAATTTTTTTAAATTTAATA
1830 AATTAATATTTTTTA
1 AATTAAT-TTTTTTA
1845 TTGAATAAGC
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 6, Indels: 4
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.46
22 9 0.32
24 6 0.21
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (23 bp):
AATTAATTTTTTTAAATTTAATA
Found at i:1959 original size:976 final size:987
Alignment explanation
Indices: 139--3458 Score: 2655
Period size: 976 Copynumber: 3.2 Consensus size: 987
129 TTTTTTAGTT
*
139 CTCTCACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCAAATAAGCT--TATG
1 CTCTTACTTATTAATTTTTGAA-ATTAATAAATTCA-T-TTATTTTATTC-AATAAGCTAGTATG
* * * * ** *
201 TTAACTG-AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATAATTATT
62 --AA-TGAAAATAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-AATTGTT
* * ** * *
264 CAAATAGTCATGACTATTTGAAATTGTTCGGT-AAACATATT-TTTTTTAAATCTTTTGCTTATT
121 ---ATAGTCGTAACTA-TTG-AACGGTTCGGTAAAAAAT-TTATTTTTTAAATCTTTAG-TTATT
* * * *
327 AATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAATTA
179 AATTTTTAAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAA--A
* * *
392 TTTTATGACAAAAAAGATATAAAATTT-AAAT-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAAC
241 --TTATGAC-AAAAAG-TATAAGATTTGAAATAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * *
455 GTGA--TGAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTTAG--TAATAATTTGAA
302 -TGATTTAAAAGATTT-TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAAAAATTAGTA
* * *
516 TTATTTTATCTGAAATAGGCTTGTATAAAAATAGAATCTTTTTATGACAAAACAAAAGGT-T-AT
361 TTATTTTATTTGAAA-A-GCTTGTATGAAAA-A-AA-CATTTTATGAC-AAACAAAAGGTATAAT
** * * *
579 AGTTCCAAATAGATAA-TATTTAAA-GTCATAA-TATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGTTTTTTT
420 A-TTTGAAATAGATAATTATTGAAATGTCATAATTATTTAAACTT-TT-AGTAAACA-TTATTTT
* * *
641 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAACC
481 TTAAA-CACTT-ATTA-TAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCAAATAAGC
* * *
705 TTATATGAATGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
541 TTATATGAATG--A-AATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTG
* * * *
769 TTTAAATAGTCATGA-TATTTG-ATTAGTTTG-G-TAAACAT-ATTTA-TGTTTTAAATTTTTAA
603 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTGCGATAAACATAATTTATTTTTTTAAA-TTTTAC
* * * * *
828 TTATTAATTGTCAAAATATAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-A
666 TTATTAATTTTTAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TGAATAAGCTT-TATGAATTGAA
* * *
892 AATTGTTTTATG-AACAA-AAAAAGTCA-AACATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTTATAA
729 AATTGTTTTATGCAA-AACAAAAA-TCATAAAATTTGAAATAAATAATTG-TCAAATAGTAATAA
*
954 CTATTTGAACTAGTTTGATAAAAATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTT-TAATATTAATA
791 CTATTTGAACTAGTTTGATAAAAATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1018 GATTTGTATTATTTTATTCTAAAAAACTTATATGAA-A-AAATATTTTAT-GACAAAACAAAAGT
856 -ATTTGTATTA-TTTATTCT-AAAAACTTATATGAACATAAAT-TTTTATAGAC--AACAAAA-T
* *
1080 -T-ATA-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTA-TTAAACT-ATTGGTAAACA-
914 ATAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAT-GT--TAATTATTTAAACTGA-TGGTAAACAG
*
1139 TATTATTTTTTAAA
974 AATTATTTTTTAAA
1153 -TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-A-TTATTTTATTTCAAATAAGCTA-TATG
1 CTCTTACTTATTAATTTTT-GAA-ATTAATAAATTCATTTATTTTA-TTC-AATAAGCTAGTATG
*
1212 AA-GAAAA-AATT-TTTTAT-A-AAAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TATT
62 AATGAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-AATTGTTATAGT
* *
1270 CGTAAC-A-TGAACGTTTGACAGTTCAAAAAATTT-TATTTTTAAATCTTTAGTTATTAATTTTT
126 CGTAACTATTGAACGGTT--C-GGT-AAAAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTAGTTATTAATTTTT
*
1332 AAATATTATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACAAAAAAA-TATGAC-AA
186 AAATATTATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATGACAAA
*
1395 AAGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAAAAA
251 AAGT-ATAA-GATTTGAAAT-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTT-AAAA
*
1459 GATTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAGAATTAGTATTATTTTATTTGAAAA
312 GATTTTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAA
*
1524 ACTTGTATGAACAAAAACATTTTATGACAAACAAAAGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
377 GCTTGTATGAA-AAAAACATTTTATGACAAACAAAAGGTATAAT-ATTTGAAATAGATAATTATT
* * *
1589 GAAATGTCATAATTATTTGAACTTTTGGTAAACA-TATTTTTTAAA-AATTATTATAATTTTGGA
440 GAAATGTCATAATTATTTAAACTTTTAGTAAACATTATTTTTTAAACACTTATTATAATTTTGGA
*
1652 ATATTAATAAATTA-TTTATTTTATTTCAAAT-TGCTTATATGAATG-AATTTTTTATGACAAAA
505 ATATTAATAAATTAGTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAATTTTTTATGACAAAA
1714 CAAAAGGTCAT-A-AATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTGC
570 CAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTGC
*
1777 GATAAACATAATTTATTTTTTTAAA-TTTACTTATTAATTTTTAAAATTTAATAAATTAATATT-
635 GATAAACATAATTTATTTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTAATAAATTAGTATTA
*
1840 TTTT-ATTGAATAAGC-TTATGAATTGAAACATTGTTTTATGCAAAACAAAAATCCATAATGATT
700 TTTTAATTGAATAAGCTTTATGAATTGAAA-ATTGTTTTATGCAAAACAAAAAT-CATAA-AATT
** * *
1903 TGAAATAAATAATTGT-TTATAGTAATAACTATTTGAACT-GCTTT-ATAAACATTTATTTTTTA
762 TGAAATAAATAATTGTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAG-TTTGATAAAAATTTATTTTTAA
1965 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTATTCTAAAAACTTATATGAACA
826 AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTATTCTAAAAACTTATATGAACA
* *
2030 TAAATTTTTTTAGACAACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATGTTAATTATT
891 TAAATTTTTATAGACAACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATGTTAATTATT
* *
2095 TGAACTGATGGTAAATAGAATTATTTTTTAAA
956 TAAACTGATGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA
* * **
2127 TCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTATTAAATTCATTTTATTTTATTCTTTAAGCTAGTATGAA
1 -CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTAATAAATTCA-TTTATTTTATTCAATAAGCTAGTATGAA
*
2192 TTGAAAATTATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAATTGTTCAATAGT
64 -TGAAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAATTGTT--ATAGT
* * * * * *
2257 CTTAACTATTTAATGGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGGAA
126 CGTAACTATTGAACGGTTCGGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCT-TTAGTTATTAATTTTT-AAA
* *
2322 TATTATTAGAGTTAGTATT-TTTTATTTTGTAATAGGCTTGTACGAA-ATATAAACTAATTGTTT
189 TATTATTA-A-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACA-A-AAA--AA----TT
* * *
2385 ATGACAAAACAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAAT-ATAACTATTTGAA
243 ATGAC--AA-AAA-G-TATAA-GATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
2449 TTGGTTCGGTAACATATTATCTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA
301 CTGATT---TAAAAGATT-TTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAA-AAATTAGTA
*
2514 TTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTATATGACCAAACAAAAGGTAA
361 TTATTTTATT-TGAA-AAGCTTGTATGA-AAAAAAC-A---TTT-TATGA-CAAACAAAAGGT-A
* * * * *
2579 TAATAATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGCTATAATTATTTAAATTGATTTTA-TAAATAGA
416 TAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGTC-ATAATTATTTAAA---CTTTTAGT-AA-ACA
* * * * *
2643 TTCACTTTTTAAATCACTTATTA-ATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAA
474 TT-ATTTTTTAAA-CACTTATTATA-ATTTTGGAATATTAATAAATTAG-TTTATTTTATTTCAA
* *
2707 GTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA
535 ATAAGCTTATATGAA-TG--A-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATA
*
2772 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTT-TTTC-AGTAAACA-AATTTATTTTTTTTA
595 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTGCGA-TAAACATAATTTA-TTTTTTTA
* * * *
2834 AACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGGATAAGCTTTA
658 AA-TTTTACTTATTAATTTTTAAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTAA-TTGAATAAGCTTT-
*
2899 ATGAATTGTAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATATT-AAATAAATAATTGT
719 ATGAATTG-AA-AATTGTTTTATG-CAAAACAAAA-ATCATAA-AAT-TTGAAATAAATAATTGT
** * ** * * *
2963 CCCCATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAGCAGATTTATTTTTCCAAATCTTTTGCAT
778 -CAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TAGTTTGATAA--AAATTTATTTTT-AAAATCTCTT--AT
* * *
3027 AGTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTAG-ATTACTTTA-TCGAAATAAGCATGTAAGATAT-A
836 --TAA-TTTTTGAAATATTAAT-AATTT-GTATTA-TTTATTCTAAA-AA-C-T-T---ATATGA
* * ** * *
3088 AAACAAATATTTTAT-GACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAG
888 ACATAAAT-TTTTATAGAC--AACAAAATAT-AAAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AAT-G
* ** * * * *
3152 TTTTAACTATTTGGACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
947 --TTAATTATTTAAACT-G-ATGGTAAACAGAATTATTTTTTAAA
* * ** **
3197 TCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCT
1 -CTCTTACTTATTAATTTTTG-AA-ATTAATAAATTCA-T-TTA-TTTTATTC-AATAAGCTAGT
* * * * ** ** *
3261 ATG-ATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAATAAAGGTTTTAATGATTTGAAATTGACAATTGTT
59 ATGAATGA-AAATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-AATTGTT
* * * * * *
3325 CAAATAGTCATAACTATTTAAATCGGTTCGATAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATT
121 ---ATAGTCGTAACTA-TTGAA-CGGTTCGGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCT-TTAGTTATT
* *
3390 AATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACA
179 AATTTTT-AAATATT-ATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAA-A
3454 ATTAT
240 ATTAT
3459 TTTATGATAA
Statistics
Matches: 1920, Mismatches: 189, Indels: 336
0.79 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
972 6 0.00
973 15 0.01
974 47 0.02
975 22 0.01
976 137 0.07
977 87 0.05
978 39 0.02
979 65 0.03
980 10 0.01
981 35 0.02
982 10 0.01
983 21 0.01
984 17 0.01
985 44 0.02
986 20 0.01
987 30 0.02
988 34 0.02
989 45 0.02
990 51 0.03
991 17 0.01
992 48 0.03
993 24 0.01
994 22 0.01
995 11 0.01
996 1 0.00
997 52 0.03
998 28 0.01
999 19 0.01
1000 1 0.00
1001 20 0.01
1002 47 0.02
1003 13 0.01
1004 6 0.00
1005 36 0.02
1006 24 0.01
1007 8 0.00
1008 20 0.01
1009 12 0.01
1010 12 0.01
1011 17 0.01
1012 19 0.01
1013 7 0.00
1014 12 0.01
1015 30 0.02
1016 12 0.01
1018 1 0.00
1019 6 0.00
1020 2 0.00
1021 1 0.00
1022 9 0.00
1023 1 0.00
1024 27 0.01
1026 14 0.01
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1028 2 0.00
1032 4 0.00
1033 30 0.02
1034 20 0.01
1035 46 0.02
1036 20 0.01
1037 14 0.01
1038 4 0.00
1039 1 0.00
1040 9 0.00
1041 2 0.00
1042 8 0.00
1043 13 0.01
1044 32 0.02
1045 3 0.00
1046 21 0.01
1047 5 0.00
1049 11 0.01
1050 8 0.00
1052 2 0.00
1054 10 0.01
1055 20 0.01
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1057 1 0.00
1058 1 0.00
1059 1 0.00
1061 10 0.01
1062 9 0.00
1063 8 0.00
1064 24 0.01
1065 3 0.00
1066 1 0.00
1068 13 0.01
1069 1 0.00
1070 39 0.02
1071 4 0.00
1072 20 0.01
1073 25 0.01
1074 30 0.02
1075 7 0.00
1076 15 0.01
1077 7 0.00
1078 32 0.02
1079 49 0.03
1080 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (987 bp):
CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTAATAAATTCATTTATTTTATTCAATAAGCTAGTATGAATG
AAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAATTGTTATAGTCGTAA
CTATTGAACGGTTCGGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTAGTTATTAATTTTTAAATATTATT
AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTATGACAAAAAGTATAAGA
TTTGAAATAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAAAAGATTTTTTTTTAAA
TCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAAAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAGCTTGTATGAAAAA
AACATTTTATGACAAACAAAAGGTATAATATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGTCATAATTAT
TTAAACTTTTAGTAAACATTATTTTTTAAACACTTATTATAATTTTGGAATATTAATAAATTAGT
TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
TTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTGCGATAAACATAATTTAT
TTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTAATTGAATAAGC
TTTATGAATTGAAAATTGTTTTATGCAAAACAAAAATCATAAAATTTGAAATAAATAATTGTCAA
ATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAAAATTTATTTTTAAAATCTCTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAATTTGTATTATTTATTCTAAAAACTTATATGAACATAAATTTTTATAGACAACAA
AATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATGTTAATTATTTAAACTGATGGTAAACAGAA
TTATTTTTTAAA
Found at i:2133 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 145--2882 Score: 663
Period size: 163 Copynumber: 16.2 Consensus size: 160
135 AGTTCTCTCA
*
145 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATGTTAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTATTTCAAA-AA-CTTA---T-A-TG
* * ** * ** *
208 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGT
58 AAA-AAATATTTTATGAC--AACAAAATAT-AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT
* * * *
272 CATGACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACATATT-TTTTTTAAATCTTTT
118 -ATAACTATTTG-AACTGAT-GGTAAACAAATTATTTTTTAAATC---T
* ** * * *
320 GCTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTATTTT-ATTTCAA-AAACTTATATG---A
* *
384 AAAAATTATTTTATGACAA-AAAAGATATAA-AATTT-AAAT--ATAATTGTTCAAATAGTCATA
59 AAAAA-TATTTTATGACAACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT-ATA
* * *
444 ACGATTTGAACGTGAT-G-AAA-GATTTATTTTTTAAATCTTTT
121 ACTATTTGAAC-TGATGGTAAACAAATTATTTTTTAAATC---T
* * * * * * * *
485 ACTTATTAATTTTTG--TTAGTAATAATTTGAATTATTTTATCTGAAATAGGCTTGTATAAAAAT
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTTATTTCAAA-A-ACTTATAT-GAAA-
* ** * * * **
548 AGAATCTTTTTATGACAAAACAAAAGGT--TATAGTTCCAAATAGATAATAT-TT-AA-AGTCAT
61 A-AAT-ATTTTATGAC--AACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAATAGT-AT
* * * * * *
608 AA-TATTTAAACTTGTTCAGTAAA-TAGTTTTTTTTTAAATCT
120 AACTATTTGAAC-TGAT-GGTAAACAAATTATTTTTTAAATCT
* * * *
649 CTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAACCTTATATGAA
1 C----TTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAATTTGTATTATTTTATTTCAA-AAACTTATATG-A
* * * *
714 TGAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGTCAT--AATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
59 --AAA-AATATTTTATGAC--AACAAAA-T-ATAAAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAATA
* * * * * *
777 GTCATGA-TATTTG-ATTAGTTTGGTAAACATATTTATGTTTTAAATTTTT
116 GT-ATAACTATTTGAACT-G-ATGGTAAACA-AATTATTTTTTAAA--TCT
* * ** * * *
826 AATTATTAATTGTCAAAATA-TAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAAT
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTATTTC-AAA-AA-CTTATATGAA-
* * *
889 AGAAATTGTTTTATGAACAA-AAAA-AGTCAAAC-ATTTGAAATA-ATTAATTGCTCAAATAGTT
60 A-AAA-TATTTTATG-ACAACAAAATA-TAAAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTC-AATAG-T
* * * *
950 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAA-AATTTATTTTTAAAATCT
118 ATAACTATTTGAACT-G-ATGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCT
* *
994 CTTATTAATTTTT-TAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCTAAAAAACTTATATGAAAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTTGTATTATTTTATT-TCAAAAACTTATATGAAAAAA
* * * *
1058 TATTTTATGACAAAACAAAAGT-T-ATA-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
64 TATTTTATGAC--AACAAAA-TATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT-ATAACT
* *
1120 A-TTAAACT-ATTGGTAAACATATTATTTTTTAAATCT
124 ATTTGAACTGA-TGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCT
* * *
1156 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-AT-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTATATGAAGAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTTATTTCAAA-AA-CT-TAT-ATGAAAA
* * * * *
1219 AATTTTTTAT-A-AA-AAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATTCG--TAAC-A
62 AATATTTTATGACAACAAAATA-T-AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTATAACTA
* * *
1277 --TGAACGTTTGACAGTTCAAA-AAATTTTATTTTTAAATCTTT
125 TTTGAAC---TGA-TGGT-AAACAAATTAT-TTTTTAAATC--T
* * * * * * *
1318 AGTTATTAATTTTT-AAATATTATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACAA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTTA-TTTCAA-AAACTTATATGAA-AA
** * * * * *
1382 AA-A-AATATGAC-A-AAAGT-CAGAACGATTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTA
62 AATATTTTATGACAACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT-ATAACTA
* *
1441 TTTGAACTGAT-TTAAA-AAGATTTTTTTTTAAATCT
125 TTTGAACTGATGGTAAACAA-ATTATTTTTTAAATCT
* * * * *
1476 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAAGAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAACTTGTATGAACAAAAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTTATTTCAAAAACTTATATG-A-AAAAA
* ** * ** * * *
1541 CATTTTATGACAAACAAAAGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAA-ATGTCATAATTAT
64 TATTTTATGAC-AACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA-GT-ATAACTAT
** * **
1605 TTGAACTTTTGGTAAACATATT-TTTTAAAAAT-T
126 TTGAACTGATGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCT
* * * * ** **
1638 ATTA-TAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAT-TTATTTTATTTCAAATTGCTTATATGAATGAAT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTTATTTCAAA-AACTTATATGAAAAAAT
* ** * * * *
1700 TTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTAT
65 ATTTTATGAC--AACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGT-ATAACTAT
* * *
1764 TTGAATTTGTTGCGATAAACATAATTTATTTTTTTAAATTT
126 TTGAA-CTGATG-G-TAAACA-AA-TTA-TTTTTTAAATCT
* ** * *
1805 ACTTATTAATTTTTAAAAT-TTAATAAATTAATATT-TTTTA-TTGAATAAGCTTATGAATTGAA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTATTTCAA-AAACTTAT--A-TGAA
* * * * * ** * *
1867 ACATTGTTTTATGCAAAACAAAA-ATCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT-TATAGTAATA
60 AAAATATTTTATG-ACAACAAAATAT--AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGT-ATA
* ** *
1930 ACTATTTGAACTGCTTTATAAAC-ATTTATTTTTTAAATCT
121 ACTATTTGAACTG-ATGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCT
1970 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTA-TTTA-TTCTAAAAACTTATATGAACATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTTATTTC-AAAAACTTATATGAA-A-AA
* *
2033 AT-TTTTTTAGACAACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAT-GT-TAATTATT
63 ATATTTTAT-GACAACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTATAACTATT
*
2095 TGAACTGATGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTT
127 TGAACTGATGGTAAACA-AATTATTTTTTAAA--TC-T
* ** * ** *
2133 ACTTATTAATTTTTTAAATTATT-A-AATTCATTTTATTTTA-TTCTTTAAGC-TAGTATGAATT
1 -CTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAATTTGTATTATTTTATTTC-AAAAACTTA-TATGAA--
* ** *
2194 GAAAATTATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-AATTGTTCAATAGTC
60 -AAAA-TA---TTTTATGACAACAAAATAT-AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGT-
* * *
2258 TTAACTATTT-AA-TGGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCT
118 ATAACTATTTGAACT-GAT-GGTAAACAAATTATTTTTTAAATCT
* * * * ** * *
2301 CTAAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGAGTTAGTATT-TTTTATTTTGTAATAGGCTTGTAC
1 C----TTATTAATTTTTGAAATATTAATA-A-TTTGTATTATTTTA-TTT-CAA-AAACTTATAT
* * ** * * * *
2365 GAAATATAAACTAATTGTTTATGACAAAACAAAGGT-TATAATGATTTGAAGTATACAATTATTC
57 G-AA-A-AAA-T-A-T-TTTATGAC--AACAAA-ATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
2429 AAATAATATAACTATTTGAATTGGTTCGGT-AACATATTATCTTTTTAAATCT
112 -AATAGTATAACTATTTGAACT-GAT-GGTAAACAAATTAT-TTTTTAAATCT
* * * * *
2481 CTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGGAATAAGCTTGTATGATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTATTTC--AA-AAAC-T-TAT-AT-G
* ** * * * *
2545 AAAACAATTGTTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATG
58 AAAA-AA-TATTT-TATGA-C-AACAAAATATAA-AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATA
* * * ** * *
2610 GCTATAATTATTTAAATTGATTTTATAA-ATAGATTCACTTTTTAAATCA
116 G-TATAACTATTTGAACTGATGGTA-AACA-A-ATT-ATTTTTTAAATCT
* * * *
2659 CTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAGTAAGCTTATATGAACT
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTATTTCAA--AAACTTATATG-A--
* * * * *
2724 GAAACAATTGTTTTATGACAA-AATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATA
59 -AAA-AA-TATTTTATGACAACAA-AATA--T-AAAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATA
* ** *
2788 GTCATAACTATTTGAATTTTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAACTCTT
116 GT-ATAACTATTTGAA-CTGAT-GGTAAACAAA-TTA--TTTTTTAAA-TC-T
* *
2841 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTA
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAATTTGTATTATTTTA
2883 ATTTGGATAA
Statistics
Matches: 1968, Mismatches: 340, Indels: 502
0.70 0.12 0.18
Matches are distributed among these distances:
155 4 0.00
156 10 0.01
157 26 0.01
158 65 0.03
159 82 0.04
160 110 0.06
161 75 0.04
162 97 0.05
163 162 0.08
164 150 0.08
165 78 0.04
166 51 0.03
167 65 0.03
168 46 0.02
169 86 0.04
170 113 0.06
171 99 0.05
172 63 0.03
173 67 0.03
174 49 0.02
175 64 0.03
176 109 0.06
177 52 0.03
178 97 0.05
179 74 0.04
180 35 0.02
181 2 0.00
182 29 0.01
183 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (160 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTTGTATTATTTTATTTCAAAAACTTATATGAAAAAATA
TTTTATGACAACAAAATATAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTATAACTATTTGAA
CTGATGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCT
Found at i:2312 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41--4858 Score: 1083
Period size: 180 Copynumber: 27.9 Consensus size: 170
31 AACAAAACCA
* * * *
41 ATTGTTTTCTGACAAAAAAA-AT-A-AATATTTTTAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACT
1 ATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAACT
* * * * ** *
103 CTTTGAACTTGTT--TAGTACAGATTCATTTTTTAGTTCTCTCACTTATTAATTTTTGAATATTA
65 ATTTGAACTGGTTGATA-AACA-ATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTT-AAAATTA
* * * * *
166 ATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCT-TATGTTAACTGAAACA-
126 TTAAATTAATTTTATTTTATTC-TATAAGCTATATG--AATTGAAA-AT
* * * * ** * *
213 ATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATGA
1 ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAA
* * * * * *
277 CTATTTGAAATTGTTCGGTAAAC-ATATT-TTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTAAAATAT
63 CTATTTGAACTGGTT-GATAAACAAT-TTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAAA-AT
* * * * *
340 TAATAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAA
124 TATTAAATTAATTTTATTTT-ATTCT--ATAAGC-TATATGAATTGAAAAT
* *
388 ATTATTTTATGAC-AAAAAAGAT-ATAA-AATTT-AAAT--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACG
1 ATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACT
* * *** * *
447 ATTTGAAC--G-TGATGAAA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTTAGTAAT
65 ATTTGAACTGGTTGAT-AAACAATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAAAATTATT
* * * * * *
508 AATTTGAA--TTATTTTA-TCTGAAATAGGCTTGTATAAAAAT-AGAAT
128 AAATT-AATTTTATTTTATTCT---ATAAGC-TATAT-GAATTGAAAAT
* * * * **
553 -CT-TTTTATGACAAAACAAAAGGT--T-ATAGTTCCAAATAGATAATAT-TT-AA-AGTCATAA
1 ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAATAGTCATAA
* * * * * * *
610 -TATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGTTT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATAT
63 CTATTTGAACTGGTTGA-TAAACAATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTT--AAAAT
** * * * *
673 TAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAACCTTATATGAA-TG-AAAT
124 TATTAAATTAATTTTATTTTA-TTCTATAAGC-TATATGAATTGAAAAT
* * * *
720 AATT-TTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATG
1 -ATTGTTTTATGACAAAA-AAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAATAGTCATA
* * * * * * * * *
783 A-TATTTG-ATTAGTTTGGTAAACATATTTATGTTTTAAATTTTTAATTATTAATTGTCAAAATA
62 ACTATTTGAACT-GGTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAAT-
* * * * * *
846 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAA-
124 TATTAAATTAATTTTATTTTATTCT--ATAAGC-TATATGAATTGAAAAT
* *
893 ATTGTTTTATGAACAAAAAAAG-TCA-AAC-ATTTGAAATA-ATTAATTGCTCAAATAGTTATAA
1 ATTGTTTTATG-ACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTC-AATAGTCATAA
* * *
954 CTATTTGAACTAGTTTGATAAA-AATTTA-TTTTTAAA-ATCT-CTTATTAATTTTTTAATATTA
63 CTATTTGAACT-GGTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTTAAAATTA
* * ** * * *
1015 ATAGATTTGTATTATTTTATTCTAAAAAACTTATATGAA---AAAAT
126 TTAAATTAATTTTATTTTATTCT-ATAAGC-TATATGAATTGAAAAT
* * *
1059 A---TTTTATGACAAAACAAA-AGTTAT-A-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGACAAAA-AAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAA
* * * * **
1118 TTA-TTAAACT-ATTGGTAAAC-ATATTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGGAA-TAT
63 CTATTTGAACTGGTTGATAAACAAT-TTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATTAT
* * *
1176 T-AATAAATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTATATGAA--GAAAAA
127 TAAATTAATT-TTATTTTA-TTC-TATAAGCTATATGAATTGAAAAT
* * *
1220 ATT-TTTTAT-A-AAAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTATTCGTAACATGAA
1 ATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGT--CAT-AA
* * * * *
1281 C-GTTTG-AC-AGTTCA-AAA-AATTT-TATTTTTAAATCTTTAGTTATTAATTTTTAAATATTA
63 CTATTTGAACTGGTTGATAAACAATTTAT-TTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAA-ATTA
* * * * *
1340 TT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAA--CAAAA-
126 TTAAATTAATTTTATTTTATTCT--ATAAGC-TATATGAATTGAAAAT
** * * *
1384 A----AATATGAC---AAAAG-TCAGAACGATTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACT
1 ATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAACT
* *
1440 ATTTGAACTGATT--TAAAAAGATTT-TTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTA-
65 ATTTGAACTGGTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTT-AAA-ATTAT
* * * * * *
1498 -AGAATTAGTATTATTTTATT-TGAAAAACTTGTATGAA--CAAAA-
127 TA-AATTAATTTTATTTTATTCT-ATAAGC-TATATGAATTGAAAAT
** * ** * * *
1540 A-CATTTTATGACAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAA-ATGTCATAAT
1 ATTGTTTTATGACAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA-GTCATAAC
* * ** * * *
1602 TATTTGAACT-TTTGGTAAAC-A--TATTTTTTAAAAAT-TA-TTA-TAATTTTGGAATATTAAT
64 TATTTGAACTGGTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTT-TAAAATTATT
1660 AAATT-A-TTTATTTTATT-TCA-AATTGCTTATATGAA-TG---A-
128 AAATTAATTTTATTTTATTCT-ATAA--GC-TATATGAATTGAAAAT
* * *
1698 ATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-AATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTCATAA
* *
1760 CTATTTGAATTTGTTGCGATAAACATAATTTATTTTTTTAAAT-T-TACTTATTAATTTTTAAAA
63 CTATTTGAACTGGTT--GATAAAC--AATTTA-TTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAA
* * ** *
1823 TTTAATAAATTAATATT-TTTTATTGAATAAGCT-TATGAATTG-AAAC
123 -TTATTAAATTAATTTTATTTTATTCTATAAGCTATATGAATTGAAAAT
* ** * * *
1869 ATTGTTTTATG-CAAAACAAAAATCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT-TATAGTAATAAC
1 ATTGTTTTATGACAAAA-AAAGAT-CATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAAC
* * *
1932 TATTTGAACTGCTTTATAAAC-ATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAA-TATT-
64 TATTTGAACTGGTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATTATTA
* * *
1991 AA-TAATTTGTATTATTTATTCTAAAAACTTATATGAA--CATAAAT
129 AATTAATTT-TA-T-TTTATTCTATAAGC-TATATGAATTGA-AAAT
* * * *
2035 -TT-TTTTA-GACAACAAAATAT-AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAT-GT--TAATTA
1 ATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTA
* * * * *
2093 TTTGAACT-GATGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATTATTA
66 TTTGAACTGGTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTAAAATTATTA
* *
2157 AATTCATTTTATTTTATTCTTTAAGCTAGTATGAATTGAAAATT
129 AATTAATTTTATTTTATTCTATAAGCTA-TATGAATTGAAAA-T
* *
2201 ATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA-AATTGTTCAATAGTCTTAACTA
1 ATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTA
* * *
2265 TTT-AA-TGGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGGAATATTAT
66 TTTGAACTGGTT-GATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTT--AAAATTAT
* * * * * *
2328 TAGAGTTAGTATTTT-TTATT-TTGTAATAGGCTTGTACGAAATAT-AAACT
127 TA-AATTA--ATTTTATT-TTATTCT-ATAAGC-TATATG-AAT-TGAAAAT
* * ** * * * * *
2377 AATTG-TTTATGACAAAACAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAAT-ATAA
1 -ATTGTTTTATGACAAAA-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAA
* * *
2440 CTATTTGAATTGGTTCGGT-AAC-ATATTATCTTTTTAAA--TCT-CTTATTAAATTTTGAAAGA
63 CTATTTGAACTGGTT-GATAAACAAT-TTAT-TTTTTAAATCTCTACTTATT-AATTTTTAAA-A
* * * * * ** *
2500 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACA
123 TTATTAAATTAATTTTATTTTATTC--TATAAGC-TATATGAATTGAAAA-T
* * * * * *
2551 ATTGTTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATGGATAATTGTTGAA-ATGGCTAT
1 ATTGTTT-TATGA-CAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATA-GTC-AT
* * * * * * * *
2615 AATTATTTAAATTGATTTTATAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC-ACTTATTAATTTTTTGAAA
61 AACTATTTGAACTG-GTTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTT-AAA
* *** * * *
2677 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAGTAAGCTTATATGAACTGAAACA-
122 -ATTATTAAATTAATTTTATTTTA-TTCTA-TAAGC-TATATGAATTGAAA-AT
* * *
2730 ATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA
1 ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAATAGTCATAA
* ** *
2795 CTATTTGAATTTTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
63 CTATTTGAACTGGTTGA-TAAAC-AATTTA--TTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTT-AAA
** * * * *
2859 TATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATT-TGGATAAGCTTTAATGAATTG-TAAT
122 -ATTATTAAATTAATTTTATTTT-ATTCT--ATAAGCTAT-ATGAATTGAAAAT
* * * * *
2911 AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATATT-AAATAAATAATTGTCCCCATAGTCAT
1 -ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAAT-TTGAAATAGATAATTGT-TCAATAGTCAT
** * * * * * * * **
2975 AACTATTTGAACTTATTCAATAAGCAGATTTATTTTTCCAAATCTTTTGCATAGTAATTTTTTGA
61 AACTATTTGAACTGGTT-GATAAACA-ATTTATTTTT-TAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAAA
* * ** * * * * *
3040 ATGTCAATAAATTTAGATTACTTTA-TCGAAATAAGC-ATGTAAGATAT-AAAACA
122 AT-T-ATTAAATTAATTTTATTTTATTC--TATAAGCTATATGA-AT-TGAAAA-T
* * * * * * * **
3093 AATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAA
1 ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAA
* **
3158 CTATTTGGACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATA
63 CTATTTGAACTGG-TTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTT-AAA-A
* * ** * *
3223 TTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAACA-
123 TTATTAAATTAATTTTA-TTTTATTC-TATAAGC-TATATGAATT-GAAA-AT
* * * ** ** * *
3274 ACTATTTTATGACAAAATAAAGGTTTTAATGATTTGAAATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAAC
1 ATTGTTTTATGACAAAA-AAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAAC
* * * *
3339 TATTT-AAATCGGTTCGATAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATA
64 TATTTGAACT-GGTT-GATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTT-AAA-A
* * * * * * ** *
3403 TTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACA
123 TTATTAAATTAATTTTATTTTA-TTCT-ATAAGC-TATATGAATTGAAAA-T
* * * * ** *
3454 ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATATCAAATAGGCCAT
1 ATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TC-AATA-GTCA-
* ** * * **
3519 TAATTATTT-AACTAATTTGGTAAAATCGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTAGGA
60 TAACTATTTGAACT-GGTTGAT-AAA-CAATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTT-TTA
* * * * * *
3583 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTA-CTTCTAT-TATTGAAACCA-
120 AA-ATTATTAAATTAATTTTATTTTATTCTAT-AAGC-TATATGAATTGAAA--AT
* * * * *
3636 ATTGTTTTATGACAAATTCAAAAGGTTATAA-ATGATTTTAAATAGATAATTGTT-AA-AATAAA
1 ATTGTTTTATGACAAA---AAAAGATCATAACA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGT-CA
*** * * * * * *
3698 TATA-TATTTGAACTTAATCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTATTAATTTTCCA
60 TA-ACTATTTGAACTGGTTGA-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTT-TA
* * * * * * *
3762 AATGTTAGTAAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAACTGAAACA-
120 AA-ATTA-TTAAATTAATTTTATTTTATTCT--ATAAGC-TATATG-AATTGAAA-AT
** * * ** * * *
3819 ATTG-TTT-TGACTCAATGAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGA--CAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAATAGTCATAA
** *
3882 C-ATTTGAACTAATTCGAT-AACAAGTTTA-TTTTTAAATCTCATACTTATTAAATTTTAAAACA
63 CTATTTGAACTGGTT-GATAAACAA-TTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATT-AATTTTTAAA-A
* * * * *** *
3944 TT-TCAAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCT-TGT-ACAAACAAAACA
123 TTAT-TAAATTAATTTTATTTT-ATTCT--ATAAGCTATATGA-ATTGAAAA-T
* * ** *** *
3994 ATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACCATTCATATAGTCTTAA
1 ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATAA
* ** * * ** **
4059 CTATTTGAACTGGTTAGGTAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATA
63 CTATTTGAACTGGTT-GATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAA-TTTTTAAA-A
* * * ** * *
4124 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATAAATAGAACCAAT
123 TTATTAAATTAATTTTATTTTATTCT--ATAAGCTA-TATGAATTGAA--AAT
** * * ** * *
4177 -TT-TTTGCTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAA
1 ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATAA
* * ** ** * * *
4240 CTATTTGAAATAGTT--T-GGCAAGTAGATTTACTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAATAT
63 CTATTTGAACTGGTTGATAAACAA-TTTATTT-TTTAAATCTC-TACTTATTAATTTT-TAAAAT
* * *** * * ** * ** *
4302 TAATAAATTAGTACAATTTTATTTCGAACAAATTTATATTAA-CAAAAACA
124 TATTAAATTAATTTTATTTTA-TTC-TA-TAAGCTATATGAATTGAAAA-T
* * ** * *
4352 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATA
1 ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATA
* * * * * ** * *
4417 ATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCGAAA--TCT-CTTATAAATTTTAGAAATA
62 ACTATTTGAACTGGTTGA-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTT-TAAA-A
* * * * *
4479 TTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTG-AAAT
123 TTATTAAATTAATTTTATTTTA-TTC-TATAAGC-TATATGAATTGAAAAT
* * * *
4529 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTA
1 -ATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCATA
** * * * * *
4594 GTTATTTGAACTAGTTTGACAAACGTATTCATTTTTTAAATCT-TAGTTATTAATTTTTAGAATA
62 ACTATTTGAACT-GGTTGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTA-AA-A
* * * * * *
4658 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAT-AAACAA
123 TTATTAAATTAATTTTATTTTATTCT--ATAAGC-TATATGAA-TTGAAA-AT
* * *
4710 ATT-TTTATAAT-AGAAAAAAAGAGTTATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 ATTGTTT-T-ATGACAAAAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCATA
* * * * *
4773 ACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAA--TGT-CTTATTAATTCTTGAAATA
62 ACTATTTGAACTGGTTGA-TAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATT-TTTAAA-A
* * *
4835 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
123 TTATTAAATTAATTTTATTTTATT
4859 TCAAAAAAGC
Statistics
Matches: 3575, Mismatches: 667, Indels: 803
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
156 18 0.01
157 16 0.00
158 68 0.02
159 77 0.02
160 116 0.03
161 113 0.03
162 55 0.02
163 132 0.04
164 148 0.04
165 98 0.03
166 49 0.01
167 82 0.02
168 81 0.02
169 89 0.02
170 81 0.02
171 94 0.03
172 69 0.02
173 84 0.02
174 73 0.02
175 64 0.02
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179 291 0.08
180 317 0.09
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Consensus pattern (170 bp):
ATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCATAACTA
TTTGAACTGGTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATTATTAAA
TTAATTTTATTTTATTCTATAAGCTATATGAATTGAAAAT
Found at i:3194 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 128--4858 Score: 1122
Period size: 363 Copynumber: 13.7 Consensus size: 359
118 GTACAGATTC
** * **
128 ATTTTTTAGTTCTCTCACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAT
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCAAAT
* * * **
192 AAGC-T-TATG-TTAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAAT
66 AAGCTTCTATGATT-A--GAAACAACTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * ** *
254 -AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTG-TTCGGTAAACATATTT-TT-TTTAAAT
127 AAACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTT-AAATCGATTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAAT
* * * * * * * * * *
315 CTTTTGCTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTA
191 CTGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTT-ATTCGAAATAAGCATGTA
* * * *
378 TGA-ACAAAA-AATTATTTTATGAC--AA-AAAAGAT-ATAA-AATTT-AAAT--ATAATTGTTC
255 AGATAAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** * * *
433 AAATAGTCA-TAACGATTTG---AACGTGATGAA-AGATTT
320 TAATAGT-ATTAACTATTTGACTAATTTGGTAAACACATTT
* * * * * * *
469 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG--TTAGTAAT-AATTTGAATTATTTTATCTGAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAC-CAAA
* * * * * * **
531 TAGGCTTGTAT-A--AAAATAGAATCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGT--T-ATAGTTCCAAAT
65 TAAGCTTCTATGATTAGAA-ACAA-CTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * *
589 AGATAATAT-T--TAA-AGTCATAA-TATTTAAACTTG-TTCAGTAAATAG-TTT-TTTTTTAAA
127 AAACAAT-TGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TCGATTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAA
* * * * * * * * *
646 TCTCTTA-ATTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC--AATAACCTTA
190 TCTGTTACA-TAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCGAAATAAGCATG
* ** * *
708 TATGA-ATGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
253 TAAGATAAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * *
770 T-TAAATAGTCA-TGA-TATTTGATTAGTTTGGTAAACATATTT
318 TCT-AATAGT-ATTAACTATTTGACTAATTTGGTAAACACATTT
* * * * ** *
811 ATGTTTTAAAT-TTTTAATTATTAATTGTCAAAATA-TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-CCAAA
* * * *
874 TAAGCTTGTATGAATAG--A-AATTGTTTTATGA-ACAAAAAAA-GTCA-AAC-ATTTGAAATAA
65 TAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
** * * * **
932 TTAATTG-CTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAA-A-ATTTATT-TTTAAAAT
129 ACAATTGTC-CAAATAGTCATAACTATTTAAATCGA-TTCAATAAACAGATTTATTGTTT-AAAT
* * * * * * * *
992 CTCTT--AT--TAATTTTT-TAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCTAAA-AAAC-T-T-A
191 CTGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTATTCGAAATAAGCATGTAA
* * * * *
1048 TAT-GAAAA-AA-TATTTTATGACAAAACAAAA-GTTATAAT--TTTGAAATAGATAATTATTCA
256 GATAAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCT
* ** *
1107 AATAGTCA-TAATTATTAAACT-A-TTGGTAAACATA-TT
321 AATAGT-ATTAACTATTTGACTAATTTGGTAAACACATTT
* **
1143 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-T--TATTATTTTATTTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACCAAA
* * * *
1201 TAAGC-TATATGA--AGAAA-AA--ATTTT-TTATAAAAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGA
65 TAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
* ** * * * * *
1258 TAATTGT-TTATTCGTAACATGAAC-GTTT-GA-C-AGTTCAA-AAA-A-TTTTATT-TTTAAAT
130 CAATTGTCCAAATAGT--CAT-AACTATTTAAATCGA-TTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAAT
** * * * * *
1314 CT-TTAGTTATTAATTTTT-AAATAT-TATTAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCATGTA
191 CTGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCGAAATAAGCATGTA
* * * ** *
1375 TGA-ACAAAA-AA--A---TATG-----ACAAAA-GTCAGAACGATTTGAAATAAATAATT-TTC
255 AGATAAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *
1426 AAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGA-TT--TAAAAAGATTT
320 TAATAGT-ATTAACTATTTG-ACTAATTTGGTAAACACATTT
* * ***
1464 -TTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAA-GAATTAGTATTATTTTATTTGAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACCAAA
* * * ** *
1523 -AA-CTTGTATGA--ACAAA-AAC-ATTTTATGACAAACAAAAGGT-ATAATGATTTGAAATAGA
65 TAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
* * ** * * * *** * **
1581 TAATTATTGAAAT-GTCATAATTATTTGAA-C-TTTTGGTAAAC--A--TATTTTTTAAA--AAT
130 CAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATCGATTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGT
* * * * *
1637 TA-TTA-TAA-TTTTGGAATATTAATAAATTA-T-TTATTTTATTTC-AAAT-TGC-T-T---AT
195 TACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCGAAATAAGCATGTAAGAT
** ** * * *
1690 ATGAATGAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-AATTTTAAATAGATAATTGTT-TAAA
259 AAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AA
* * *
1751 TAGTCA-TAACTATTTGAAT-TTGTTGCGATAAACATAATTT
323 TAGT-ATTAACTATTTGACTAAT-TTG-G-TAAACA-CATTT
* * ***
1791 ATTTTTTTAAA--T-TTACTTATTAATTTTTAAAAT-TTAATAAATTAATATT-TTTT-ATTGAA
1 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCAAA
* * * **
1850 TAAGC-T-TATGAATT-GAAAC-ATTGTTTTATG-CAAAACAAAA-ATCCATAATGATTTGAAAT
65 TAAGCTTCTATG-ATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAA-AAAAGGT-CATAACAATTTGAAAT
* ** * * * * *
1909 AAATAATTGT--TTATAGTAATAACTATTTGAA-CTGCTT-TATAAAC--ATTTATTTTTTAAAT
127 AAACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATC-GATTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAAT
* * * *
1968 CTCTT--AT--TAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTA-TTTATTCTAAA-AA-C-T-T-A
191 CTGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTATTCGAAATAAGCATGTAA
* * * * ** * * *
2022 TATGAACATA-AATTTTTTTA-GAC--AACAAAATAT-AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
256 GAT-AAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
2082 -AAT-G--TTAATTATTTGAACTGA--TGGTAAATAGAATT
320 TAATAGTATTAACTATTTG-ACTAATTTGGTAAACACATTT
* * * ** **
2117 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAA-ATTATTAAATTCA-TTTTATTTTATTC-TT
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAACCAAA
** * *
2178 TAAGCTAGTATGAATT-GAAA-ATTATTGTTTTATGAC-AAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
65 TAAGCTTCTATG-ATTAGAAACA--ACTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * ** *
2240 AGA-AATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTT-AAT-GGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATC
127 AAACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATCGATTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAATC
* * ** * * * * * * * * * *
2300 TCTAAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGAGTTAGTATT-TTTTATTTTGTAATAGGCTTGTA
192 TGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAATA-AATTAGTATTACTTTA-TTCGAAATAAGCATGTA
* * * * * * * *
2364 CGA-AATATAAACTAATT-GTTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTA
255 AGATAA-A-AAAC-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
* * * ** * *
2426 TTCAAATAATA-TAACTATTTGAATTGGTTCGGT-AACATA-TT
317 TTCTAATAGTATTAACTATTTG-ACTAATTTGGTAAACACATTT
* * **
2467 ATCTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGA
1 AT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACCAA
* * * * * * * *
2528 ATAAGCTTGTATGATAAAAAACAATTGTTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAAT
64 ATAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTT-TATGA-CAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
** * ** * * * ** * *
2593 GGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTAAATTGATTTTATAAATAGATTCACTT-TTTAAA
127 AAACAATTGTCCAAATAGTC-ATAACTATTTAAATCGATTCAATAAACAGATTTA-TTGTTTAAA
* * * * * * *
2656 TC----ACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTC-AAGTAAGCTTA
190 TCTGTTACATAGTAA-TTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCGAAATAAGCATG
* ** * * * * * *
2716 TATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTG
253 TAAGATA-AAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
* ** * *
2780 TT-TAAATAGTCA-TAACTATTTGAATTTTTTCAGTAAACAAATTT
317 TTCT-AATAGT-ATTAACTATTTGACTAATTT-GGTAAACACATTT
* ***
2824 ATTTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTG
1 A--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA-CCA
* * * * * *
2888 GATAAGCTT-TAATGAATT-GTAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATATT-A
63 AATAAGCTTCT-ATG-ATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAAT-TTGA
* ** * * *
2950 AATAAATAATTGTCCCCATAGTCATAACTATTTGAA-CTTATTCAATAAGCAGATTTATT-TTTC
124 AATAAACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATC-GATTCAATAAACAGATTTATTGTTT-
* * *
3013 CAAATCTTTTGCATAGTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTAG-ATTACTTTA-TCGAAATAAG
187 -AAATCTGTTACATAGTAA-TTTTTGAAATATCAATAAA-TTAGTATTACTTTATTCGAAATAAG
* * * *
3075 CATGTAAGATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATAATTTGAAATAAATAA
249 CATGTAAGATAAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAA
* ** *
3140 TTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGGACTGGTTTGGCAAACACATTT
314 TTATTCTAATAGTATTAACTATTT-GACTAATTTGGTAAACACATTT
* *
3187 ATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAACCAAA
* ** ** **
3252 TAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAATAAAGGTTTTAATGATTTGAAATTGA
65 TAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
* * * *
3317 CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATCGGTTCGATAAATAGATTTATTGTTTAAATCTGT
130 CAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATCGATTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGT
* * * * * *** * *
3382 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAGCTTGTATGATA
195 TACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTATTCGAAATAAGCATGTAAGATA
* *
3447 AAAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATATCAAA
260 AAAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTAT-TCTAA
* * *
3511 TAGGCCATTAATTATTTAACTAATTTGGTAAA-ATCGATTT
323 TA-G-TATTAACTATTTGACTAATTTGGTAAACA-C-ATTT
** ** *
3551 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TAT
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCAAAT
* * * * * * *
3615 CTA-CTTCTATTATT-GAAACCAATTGTTTTATGACAAATTCAAAAGGTTATAA-ATGATTTTAA
66 -AAGCTTCTATGATTAGAAA-CAACTATTTTATGACAAA--AAAAAGGTCATAACA--ATTTGAA
* * ** * * * * ** * * *
3677 ATAGATAATTGTTAAAATA--AATATA-TATTTGAA-CTTAATCAGCAAATAGATTTATTTTTTT
125 ATAAACAATTGTCCAAATAGTCATA-ACTATTTAAATC-GATTCAATAAACAGATTTATTGTTTA
* * * * ** * * * * * *
3738 AATCTCTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAGTAAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTT
188 AATCTGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAAT-AAATTAGTATTACTTTATTCGAAATAAGCAT
* * * * ** * *
3803 GTATGA-AACTGAAACAATT-GTTT-TGACTCAATGAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAAT
252 GTAAGATAA--AAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAAT
* * * *
3865 TATTTTAATAGTCTTAAC-ATTTGAACTAATTCGAT-AACA-AGTTT
315 TATTCTAATAGTATTAACTATTTG-ACTAATTTGGTAAACACA-TTT
* * * * * ***
3909 A-TTTTTAAATCTCATACTTATTAAATTTTAAAACATTTCA-AAATTAGTATTATTTTAATTTGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTAA-CCAA
* ** ** * * * **
3972 ATAAGCTTGTACAAACA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
64 ATAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * *** * * * * * * ** * *
4036 GATAACCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-CTGGTT-AGGTAATTAGATTTATTTTTTAATT
128 AACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATC-GATTCA-ATAAACAGATTTATTGTTTAAAT
* * *** * * ** * * * * *
4099 TTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAA-AATAGT
191 CTGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTA-TTCGAAATAAGCAT-GT
* * * * * * *
4162 ATAAAT-AGAACCAATT-TTTTGCTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA
254 A-AGATAAAAAACAATTATTTT-ATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * ** *
4225 TTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAAATAGTTTGGCAAGTAGATTT
317 TTCTAATAGT-ATTAACTATTTG-ACTAATTTGGTAAACACATTT
* * ** ** *
4269 A---CTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT--AATATTAATAAATTAGTACAATTTTATTTCGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACCAA
* ** * * ** * * * * * **
4329 ACAAATTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAATGATTTGAAAT
64 ATAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
4394 AGACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-CTAGTTCAGTAAATAGAATTATT-TTCGAAA
127 AAACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATCGA-TTCAATAAACAGATTTATTGTT-TAAA
* * * * * *
4457 TCTCTT--ATA--AATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTA-TTCTATTTC-AAATAAGCTTG
190 TCTGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTT-TA-TTCGAAATAAGCATG
* ** * * * * *
4516 TATGAGT-TGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
253 TAAGA-TAAAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
* ** * ** ** *
4580 TTC-ATATAGTCTTAGTTATTTGAACTAGTTTGACAAACGTATTC
317 TTCTA-ATAGTATTAACTATTTG-ACTAATTTGGTAAACACATTT
* * ****
4624 ATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACCAA
* ** * * * * * *
4686 ATAAGCTTTTATGAACATAAACAAAT-TTTTATAATAGAAAAAAAGAGTTATAACATTTTGAAAT
64 ATAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACA-AAAAAAAG-GTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * ** * *
4750 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTAGCAAACATATTTATTTTTTAAA-
127 AAACAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATCGA-TTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAAT
* * * * *
4813 -TG-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
191 CTGTTACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTATT
4859 TCAAAAAAGC
Statistics
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Consensus pattern (359 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAACCAAAT
AAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAC
AATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAATCGATTCAATAAACAGATTTATTGTTTAAATCTGTT
ACATAGTAATTTTTGAAATATCAATAAATTAGTATTACTTTATTCGAAATAAGCATGTAAGATAA
AAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG
TATTAACTATTTGACTAATTTGGTAAACACATTT
Found at i:4481 original size:178 final size:175
Alignment explanation
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1395 AAGTCAGAAC
* *
1405 GATTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTA--AAA-AG-ATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGCAAATAGAATTA
* * * *
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65 TTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA-
* *
1526 TTGTATGAACAAAAAC-A--TTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTATAAT
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* * * * * * *
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1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGAATTAT
** * * * ***
1628 TTTAAAAAT-TATTA-T-AATTTTGGAATATTAATAAATTA-T-TTATTTTATTTCAAATTGCTT
66 TTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATT
* ** * *
1688 ATATG-----AATGAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
131 TTATGAACAAAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * * ** * * *
1727 -ATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTGCGATAAACATAATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAATAGAA-TT
* * * * *
1791 ATTTTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTAAAAT-TTAATAAATTAATATT-TTTTA-TT-GAAT-
64 A-TTTTTTAAATCT-CTTACTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
** *** *
1851 AAGCTTATGAATTGAAAC-ATTGTTTTATG-CAAAACAAAAA-TCCATAAT
127 AATTTTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGT-TATAAT
* * * * * *
1899 GATTTGAAATAAATAATTGTT--TATAGTAATAACTATTTGAACT-GCTTTA--TAA-ACATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTAGCAAATAGAATTA
* * * *
1958 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTA-TTTA-TTCTAA-AAAC
65 TTTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA-
* * * * *
2019 TTATATGAAC-ATAA-ATTTTTTTA-GAC--AAC-AAAA-TATAAAAC
129 TTTTATGAACAAAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAAGT-TATAAT
* * * * *
2060 AATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAT-GT--TAATTATTTGAACT-G-ATGGTAAATAGAATTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGAATTAT
** * * **
2119 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAA-ATTATTAAATTCA-TTTTATTTTA-TTC-TTTA
66 TTTTTAAATCTCTTAC-TA--AATTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATA
* ** ** ** * * *
2180 AGCTAGTATGAATTGAAAATTATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAAC
127 A-ATTTTATGAA-CAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * ** * * *
2230 AATTTGAAATAGA-AATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTT-AA-TGGTTCGGTAAACA-ATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGAATTAT
* * * * * *
2290 TTTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGAGTTAGTATT-TTTTATTTTGTAA
66 TTTTTAAATCTC----TTACTAAATTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCG-AA
** * * * *
2354 TAGGCTTGTACGAA-ATATAAACTAATTGTTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAAT
125 TA-AATTTTATGAACA-A-AAAC-AATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * * * * * ** *
2407 GATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAAT-ATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAACAT---ATTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAA-ATAGAATTA
* *
2468 TCTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGGAATAA
65 T-TTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAA
* * * * *
2532 GCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAAT
128 -ATTTTATGA-ACAAAAACAATT-TTT-TATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * * * * * * *
2583 AATTTGAAATGGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTAAATTGATTTTA-TAAATAG-ATT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-AGTTTAGCAAATAGAATT
* * * * * *
2645 CACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTC-AAGT
64 -ATTTTTTAAATCTCTTACTAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-T
* * ** * * * *
2709 AAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
126 AA-ATTTTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * ** * *
2761 AATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTTTTCAGTAAACA-AATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGCAAATAGAA-TT
*
2824 ATTTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTT-
64 A--TTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTC
* * * **** * * * * *
2887 GGATAAGCTTTAATGAATTGTAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAC
122 GAATAA-ATTTTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * ** * ** ** *
2943 AATATT-AAATAAATAATTGTCCCCATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAGCAGATTT
1 GAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGCAAATAGAATT
* * * * * *
3006 ATTTTTCCAAATCTTTTGCATAGTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTAG-ATTACTTTA--TC
64 ATTTTT-TAAATCTCTTAC-TA--AA--TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
3067 GAAATAAGCA-TGTAAGATA-TAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAT
122 G-AATAA--ATTTTATGA-ACAAAAAC-AATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * * ** * * * * * *
3124 AATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGGACTGGTTTGGCAAACACATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGAATTAT
* * ** *
3189 TTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAAT
66 TTTTTAAATCTCTTAC-TA--AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAAT
* * ** * * * * *
3253 AAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAA-TAAAGGTTTTAAT
126 AA-ATTTTATGAACAAAAACAA-TTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * * * * * *
3304 GATTTGAAATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATCGGTTCGATAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAATAGAATTA
* * * **
3368 TTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTTAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * *
3433 AAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
126 AA-ATTTTATGA-ACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* ** * * * * * * *
3485 AATTTGAAATAGATAATCATATCAAATAGGCCATTAATTATTT-AACTAATTTGGTAAAATCGAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATA-GTCA-TAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAATAGAA
*
3549 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-
62 TTATTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AATTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *** * * *
3612 TATCTACTTCTATTATTGAAACCAATTGTTTTATGACAAATTCAAAAGGTTATAAAT
123 AAT-AAATTTTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAA-ACAAAAAGTTAT-AAT
* * * * * *
3669 GATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATA--AATATA-TATTTGAACTTA-ATCAGCAAATAGATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAC-TAGTTTAGCAAATAGAATT
* * * * * * *
3730 ATTTTTTTAATCTCTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAGTAAAATTAGTATTAATTTA-TTCTA
64 ATTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AATTTT-GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * ** * ** ** * * *
3794 AATAAGCTTGTATGAAACTGAAACAATTGTTT-TGACTCAATGAAAGGTCAAAAT
123 AATAA-ATTTTATG-AACAAAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* ** * * * * *
3848 GATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAAC-ATTTGAACTA-ATTCG-ATAACA-AGTT-
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCA-AATAGAATTA
* * * *
3908 TATTTTTAAATCTCATACTTATTAAATTTTAAAACATTTCA-AAATTAGTATTATTTTAATTT-G
65 T-TTTTTAAA--TC-T-CTTACTAAATTTTGAAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCG
* * ** * * * *
3971 AATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAAT
123 AATAA-ATTTTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
*** * * * * * *
4025 GATTTGAAATAGATAACCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT-GGTTAGGTAATTAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GCAAATAGAATTA
* * * * ** * *
4089 TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTTAA--ATC-T-CTTACTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
** * * * * * *
4154 AAAATAGTATAAATAGAACCAATTTTTTGCTGACAAAACAAAAGGTTATAAT
126 -AAATTTTATGAACAAAAACAATTTTTT-ATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * * *
4206 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGGCAAGTAG-A-T-T
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGAATTAT
** ** ** *
4268 TACTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAATATTAATAAATTAGTACAATTTTATTTCGAACAA
66 TTTTTAAATCTCTTACT-A--AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* *
4333 ATTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAAT
128 ATTT-TATGAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAAC-AAAAAGTTATAAT
* * * * *
4384 GATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAATTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGAATTAT
** * * * * *
4449 TTTCGAAATCTCTTA-TAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGC
66 TTTTTAAATCTCTTACTAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-A
* **** * * * *
4513 TTGTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
129 TTTTATGAACAAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * * ** * *
4561 AATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGTTATTTGAACTAGTTT-GACAAA-CGTATTC
1 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-CAAATAGAATT-
* * * * *
4624 ATTTTTTAAATCTTAGTTA-TTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
64 ATTTTTTAAATC-T-CTTACTAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * *
4688 AAGCTTTTATGAACATAAACAAATTTTTATAATAGAAA-AAAAGAGTTATAA-
126 AA-ATTTTATGAACAAAAACAATTTTTTATGACA-AAACAAAA-AGTTATAAT
* * * *
4739 CATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTA
1 GA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGAATTA
* *
4804 TTTTTTAAATGTCTTA-TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
65 TTTTTTAAATCTCTTACTAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
4861 AAAAAAGCTT
Statistics
Matches: 2540, Mismatches: 537, Indels: 418
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.00
156 1 0.00
157 1 0.00
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Consensus pattern (175 bp):
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TTTTTAAATCTCTTACTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATT
TTATGAACAAAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
Found at i:4608 original size:177 final size:177
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Indices: 1406--4875 Score: 2010
Period size: 180 Copynumber: 19.8 Consensus size: 177
1396 AGTCAGAACG
* *
1406 ATTTGAAATAAATAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATT---TAAAAAGATTT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAATAGATTTAT
* * * *
1465 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAA-GAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AA-CT
65 TTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* ** *
1527 TGTATGAA--CAAA-AA-CATTTTATGAC-AAACAAAAGGT-ATAATG
130 TGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * ** * *
1569 ATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GTCATAATTATTTGAACT--TTTGGTAAACATA-TT-TT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATT
** * * *
1629 TTAAAAAT-TATTAT-AA-TTTTGGAATATTAATAAATTA-T-TTATTTTATTTCAAAT-TGCTT
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*
1688 ATATGAA-TG----AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-A
131 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * *
1727 ATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTGC-GATAAACATA-ATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-CAG-T-AA-ATAGATT
* * * * *
1790 TATTTTTTTAAATTTACTTATTAATTTTTAAAAT-TTAATAAATTAATATT-TTTTA-TT-GAAT
62 TA-TTTTTTAAATCT-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* *
1851 AAGC-T-TATGAATTGAAAC-ATTGTTTTATG-CAAAACAAAA-ATCCATAATG
125 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATA
* * * * *
1900 ATTTGAAATAAATAATTGTT--TATAGTAATAACTATTTGAACT-GCTTTA-T-AA-ACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAATAGATTTAT
* *
1959 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTTGTATTA-TTTA-TTCTAAA-AA-C
65 TTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC
* * * * ** * *
2019 TTATATGAA--CATA-AATTTTTTTA-GAC--AACAAAATAT-AAAACA
129 TTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * *
2061 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAT-GT--TAATTATTTGAACT-GAT-GGTAAATAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATT
* * * **
2120 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-TAA-ATTATTAAATTCA-TTTTATTTTA-TTC-TTTA
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* *
2180 AGCTAGTATGAATTGAAA-ATTATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGTCATAACA
126 AGCTTGTATGAATTGAAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * *
2231 ATTTGAAATAGA-AATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTT-AA-TGGTTCGGTAAACA-ATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATT
* * * * **
2291 TTTTAAATCTCTAAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGAGTTAGTATT-TTTTATTTTGTAAT
66 TTTTAAATCTC----TTATAAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTCAAAT
* * * *
2355 AGGCTTGTACGAAATAT-AAACTAATTG-TTTATGACAAAAC-AAAGGTTATAATG
125 AAGCTTGTATG-AAT-TGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * *
2408 ATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAAT-ATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAACAT--A-TTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAA-ATAGATTTAT
* *
2469 CTTTTTAAATCTCTTATTAAA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGGAATAA
65 -TTTTTAAATCTCTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA
** * *
2532 GCTTGTATG-ATAAAAAACAATTGTTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATA
127 GCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * * *
2584 ATTTGAAATGGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTAAATTGATTTTA-TAAATAGATTCA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-AGTTCAGTAAATAGATTTA
* * * * * *
2647 CTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAGTAAG
64 TTTTTTAAATCTCTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * *
2712 CTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACA
128 CTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTA--
* * **
2827 TTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTT-GGAT
64 TTTTTTAAA-TC-T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAAT
* * * *
2891 AAGCTT-TAATGAATTGTAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACA
125 AAGCTTGT-ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * ** * **
2944 ATATT-AAATAAATAATTGTCCCCATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAGCAGATTTA
1 AT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAATAGATTTA
* * * * *
3007 TTTTTCCAAATCTTTTGCATAGTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTAG-ATTACTTTA--TCG
64 TTTTT-TAAATCTCTT--ATA--AA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-
* * * * * * *
3068 AAATAAGCATGTAAG-ATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATA
121 AAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * ** * * ** * * *
3125 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGGACTGGTTTGGCAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATT
* * **
3190 TTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATA
66 TTTTAAA--TC-T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATA
* * * * ** *
3254 AGCTTCTATG-ATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAA-TAAAGGTTTTAATG
126 AGCTTGTATGAATT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * *
3305 ATTTGAAATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATCGGTTC-GATAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAG-TAAATAGATTTA
* * * **
3368 TTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTTAAT
64 TTTTTTAAATC---T-CTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
** * *
3433 AAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATA
125 AAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
** * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATA-GTCA-TAACTATTTGAACTAGTTCAGT-AAATAGATT
** *
3550 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC-T
62 TATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
3613 ATCTA-CTTCTAT-TATTGAAACCAATTGTTTTATGACAAATTCAAAAGGTTATAAATG
123 AT-AAGCTTGTATGAATTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCAT-AATA
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAATAGATTTA
* * ** * * *
3731 TTTTTTTAATCTCTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAGTAAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAA
64 -TTTTTTAA-ATC--TCTTATAAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* ** ** * *
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123 ATAAGCTTGTATG-AATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAA-ATAGATTTA
* * * *
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* *** * * *
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*** * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAATAGATTTAT
* * * * ** * **
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** * * * * * * *
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126 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATT
* ** * *
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66 TTTTAAATCTCTTA-T-A--AATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
** * * *** * * *
4332 AATTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTAATAATG
126 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATA
* * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATT
** * * * *
4450 TTCGAAATCTCTTATAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
* * * *
4515 GTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
131 GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
* * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTA-AATA-G-ATTT
* * * **
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* * * * * * *
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125 AAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAG-GTCATAATA
* * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATT
* * * *
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66 TTTTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
4871 GTATG
131 GTATG
4876 TTCAAATAAA
Statistics
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GTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA
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4736 TAACATTTTG
* * * *
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**
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* * *
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* *
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4995 GAACAAACTT
Statistics
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GTTC
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4869 TTGTATGTTC
* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTT
* * * * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* * **
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* * ** * * *
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* * * * * * * * * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAACATATTTATTTTTT
* * * ** *
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* ** * * *
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* * * * * ** * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTT
* * * ** * *
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65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGC-
* * * * * * * *
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* **
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* * *
6012 AAATCTCCTA-TGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTA-TCTCGAACAGGC
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* * *
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* * * * * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAACAT-ATTTATTTT
* * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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126 CTAGTAT-GAA-TAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-A-TGATTTG
* * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTT
* * * * * ***
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* * * * * *
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126 CTA-GTATGA-ATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
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* * * * * *
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* * * *** *
6616 GTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGTGAAGATCATAATGATTTG
129 GTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACATATTTATTTTT
** * * * ** **
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64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* * * * ** **
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* * ** * * *
7024 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CCTAGGTAAACAGATTTATTTTTTA
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* *** * ** * *
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* * **
7152 TAATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTG
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* * * *
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* * * *
7268 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTATT-TGAATTAAGC
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* * ** * *
7330 TTGCATGAATGAAATCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTG
127 TAGTATGAAT-AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * *
7384 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTCGGTAAACATATTCATTTTTT
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* * * *
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65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGC-T
* * * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * ** * * **
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66 AATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAG
* * * * **
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* * * ** * *
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* * * *
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66 AATCTCTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCT
* * * * * * * *** *
7873 TGTATGAACAGAAAAAATCATTGTATGACAAAATAAAAAGTTATAGCAATTTC
128 AGTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
7926 AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTT-ACACTTGTTC-AGTAAATATATTCATTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTGGTTCGA-TAAACATATTTATTTTT
* * **
7989 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
64 TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-
* * * * * ** *
8054 TA-TATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACAGAACCAAAGGTCATAACAATTTC
127 TAGTATGAA-TAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * *
8107 AAATAGATATTTATTCAAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTG
1 AAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTT-
* * * * * *
8172 AAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGACTAAGTT
64 TAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT
* ** * * * **
8236 TGTATGAATAGAAATTATTATTTTATAATAGAAA-AAAA-ATCATAACAATTTG
128 AGTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * *
8288 AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTT
* * * ** * *
8353 AAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACAAACTTA
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-TA
** * * *
8415 -TACAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
129 GTATGAATAAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * *
8466 AAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTA
* * * *
8530 AATCTCTTACATATTAAATTTTGATATATTAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTA
66 AATCTCTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTA
* * * *
8594 GTATGAATTGAAAAAATTGTCTTATGACAAAACAAAA----A-CA--ATTTG
129 GTATGAA-TAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * ** * *
8639 AAATAGATAACTGTT-AATATAGT-TTAATTATTAGAACTAGTTTAACAAACAAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTT
* * * * * * *
8702 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
65 AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTA
* * * * * * *
8767 GTAGGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGTGATTTG
129 GTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
8819 AAGTATACATTTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACAT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAT
8872 CTTTTATTAA
Statistics
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0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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165 2 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTAGT
ATGAATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
Found at i:7644 original size:721 final size:709
Alignment explanation
Indices: 4879--9504 Score: 2558
Period size: 721 Copynumber: 6.5 Consensus size: 709
4869 TTGTATGTTC
** * * * * * * *
4879 AAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAATTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATA-GTCATAAATATTTGAACT-GTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * *
4943 AAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTTATTTCGAACAAACT
64 AAATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCT
* * **
5004 TATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATT
128 T-TATGAACAAAAA-AATTGATTTATGACAAAACAAAAG--AATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
5069 ATTCAATTAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTT-ACATAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
189 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-
* ** ** * *
5132 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCCAAATAATCTAGTATGAATT
252 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATGAA-T
* * * *
5194 CA-AAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-TA
315 -AGAAATAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
5257 TAGT-ATTAAATATTTGAACTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAAT
378 TAGTCA-TAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATA-TTATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAA-
* * * * * ** **
5321 TTTTGGAATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAGAATA-AA-
440 -TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGATAAGTTTGTATGAAT-AGAA-ACAAT
* * * * * * * ** * **
5384 TATTTTA-TGACAAAATAAAATG-TTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAA
501 TGTTTTACT-ATAAAACAAAA-GATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGA
** * * *
5447 CTATTTGAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGA
564 CTATTTGAACT-TTTTAG-AAA-AAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * *
5512 TTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGAACTT-TCAAATA-AAATC-ATTA---T
624 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ATT----TTAT-AAATAGAAA-CAATTATTTT
** * * * *
5571 ATGATGAAGCAAAAGGTAATAACGATTTG
682 ATGACAAAACAAAA-ATCATAACAATTTG
* * * * * * * ** * * * *
5600 AAATAGATAATTATTGACATCGCCATAATTATTTGAA-TAGATTTGACAAACAGAGTCACTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT-G-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTT
** * * * **
5664 AAATCACTTACGTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTT
64 AAATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT
* ** * * * *
5729 GTATGAACTGAAACGATT-ATTCTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATT
129 -TATGAAC-AAAAAAATTGATT-TATGACAAAACAAAA-G-AATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * ** * * *
5793 GTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAAC-TACTTTAGCAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGT
189 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T
* ** * * * * * *
5857 TATTAATTTTTAGAATATTTTTAAA-TTAGTATTATTTTATTTTCAATATGCTTATATAAACTA-
253 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * * * *
5920 AAA-CATTATTTTATAACATAATAATAGGTTAT-A-GCAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
317 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * *
5982 --A-AACCAATT----TAG-TAAAT-GA-AT-TTATTTTTTAAATCTCCTA-TGTATTAATTTTT
381 TCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATATTATTTTTTAATTCTCTTACT-AATTAA--TTT
* * *
6035 GAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTA-TCTCGA-ACAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGT
443 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GATA-A-GTTTGTATGAAT-AGAAACAATTGT
* * * * * * *
6096 TTTA-TGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGCTACA--ATT
504 TTTACT-ATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-T-CATGACT
* ** * * * * * * * *
6158 ATTTAAATCGATTT-GATAAACTGACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAAATTTTGAAATTT
566 ATTTGAA-CTTTTTAGA-AAA---AATTTATTTTTTAA-ATCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
6222 TAATAAAATAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTTTT-TCAAACT-GAAACAATTGTTTTATGAT
625 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTTTAT-AAA-TAGAAACAATTATTTTATGAC
** *
6285 AAAACAAAAGA-C-TAGATTTATTTT
687 AAAACAAAA-ATCATA-A-CAATTTG
* * * * * * *
6309 AAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAAT-AGTCATAAATATTTGAAC-TGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTT
* * * * * ***
6373 AAAAT-TTCTT-GTGTATT-GATGTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTAAATA
64 -AAATCTT-TTACT-TATTAAAT-TT-TGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
* * * ** *
6434 AGCATGTATGAGCTAAAAAAATT-ATTTTATGACTAAACAAAAGTTTAGA-ATGGTTTGAAATAG
124 AGC-TTTATGAAC-AAAAAAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGAATA-ACA--ATTTGAAATAG
* * * ** *
6497 ATAATTGTTCGAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCTGTAAGCATATTTATTTTTTAAA--T
183 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** * *
6559 CTT-TTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGA
248 CTTATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGA
* *** * *
6622 ATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAGTGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA
313 ATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
6686 TACTCATAACTATTTAAATTGGTTCGATAAATAGATT-TTGTTTTGAA-TCTCTTATTAATT--T
378 TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATATTATT-TTTT-AATTCTCTTACTAATTAAT
*
6747 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAGTTTTGTATGAATAGAAGCAATTGT
441 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATA-AG-TTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * *
6811 TTGACGATAAAAC-AAAGTGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGAC
504 TTTACTATAAAACAAAAG-ATCATAA-TAATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAG-TCATGAC
* * * * *
6872 TATTTAAACTTGTTTTGTGAATAAATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATA
565 TATTTGAAC-T-TTTT-AGAAAAAATTTATTTTTTAAATCT--TACTTATTAATTTTTGA-AATA
* * * * *
6936 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAATTTGTATGAATGGAAACAACTATTTTATGACA
624 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTT-TATAAATAGAAACAATTATTTTATGACA
7001 AAACAAAATATCATAACAATTTG
688 AAACAAAA-ATCATAACAATTTG
* ** *
7024 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * ** *
7089 ATCTTTTACTTATTAAATTTTGGTCTTTTAAGGAATTAGTATTATTTTGTTCCGAATAAGCTTTA
66 ATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTT-
*
7154 ATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTT
130 ATGAACAAAAA-AATTGATTTATGACAAAACAAAA-GA-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
7219 CAAATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAACATACTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
192 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAT
*
7282 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTA-TTTGAATTAAGCTTGCATGAAT-GAAA
256 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTTTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
7344 TCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCA
320 T-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
7409 TAACTATTTAAAC-ATGTTCGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTCTGAA
384 TAACTATTTAAACTA-GTTCGATAAACATATT-ATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATT-TGAA
* * * * *
7473 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTATATGAGTTGAAACAATTGTTTTACT
446 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACT
* * * *
7538 ATAAAACAAAAGCTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-T
510 ATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT
* * *
7602 TTATTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGCAATATTAATAAATT
575 TT-TT-AGAAAA-A-ATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* *** * *
7667 AATATTATTTTAACCCT-AATAACCTTTTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
634 AGTATTATTTT-ATTTTGAATAA-ATTTTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
7731 GTCATAACAATTTG
697 -TCATAACAATTTG
* * * * * *
7745 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGATCTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-TGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * *
7810 AATCTTTTACTTATT-AATTGTCTTA-ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGAAATAAGC
65 AATCTTTTACTTATTAAATT-T-TGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGC
* * * * *
7872 TTGTATGAACAGAAAAAA-TCATTGTATGACAAAATAAAAAGTTATAGCAATTTCAAATAGATAA
127 TT-TATGAACA-AAAAAATTGATT-TATGACAAAA-CAAAAG-AATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
7936 TTGTTAAAATAGTCACAATTATTT-ACACTT-GTTCAGTAAATATATTCATTTTATAAATCTCTT
187 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
7999 AATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT
251 -ATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * ** * * *
8063 TGAAATAATTTTTTTATGACAGAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATATTTATTCAAAAT
315 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAAT
* * * * * *
8128 AGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTGAAAATT-T-TTACTTATTAAT
379 AGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATA-TTATTTTT--TAATTCTCTTACTAATTAA-
* ** *
8191 TGTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGACTAAGTTTGTATGAATAGAAATTATTA
440 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-TAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTG
* ** *
8256 TTTTA-TAATAGAAA-AAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT
503 TTTTACT-ATA-AAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACT
* * *
8318 ATTTTGAACTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTA
566 A-TTTGAACT-TTTTAG-AAA-AAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * * *
8381 ATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACAAACTTATACAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAA
627 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-TTTTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * **
8446 TAAAAGGTCATAATGATTTG
691 CAAAA-ATCATAACAATTTG
* * * *
8466 AAA-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTA
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT-GTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTA
* * * *
8530 AATCTCTTACATATTAAATTTTGATATATTAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCTA
65 AATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCT-
* ** *
8594 GTATGAATTGAAAAAATTG-TCTTATGACAAAAC---A-AA-AACAATTTGAAATAGATAACTGT
128 TTATGAA-CAAAAAAATTGAT-TTATGACAAAACAAAAGAATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
8653 T-AATATAGT-TTAATTATTAGAAC-TAGTTTAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
191 TCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TT
* * * * *
8715 ATTAATTTTTAAAATATTATTATA-TTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTAGGAATAGA
254 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * * * * * *
8778 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAGTATACATTTGTTTAAATAGTC
318 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
8843 ATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAAC-----ATCTTTT-A------T--TAATT--TTTGAAAG
383 ATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAACATATTATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATTTGAAAT
** * * *
8892 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTATA-TG
448 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGATAAGTTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTACT-
** * * * * * * * * * * *
8955 ACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGGCCATAATTATTT-AAAT
510 ATAAAACAAAAGATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT
* * * *
9019 TGATATGGTAAACAAATTCACTCTTTT-AATC-T-CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATT
575 T--TTTAG-AAA-AAATTTA-TTTTTTAAATCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
9080 AGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTGTAACAAAACAAAAG
634 AGTATTATTTTATTTTGAATAA-ATTTTAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-
* ** *
9144 GTCATAATGATTTT
696 ATCATAACAATTTG
* * * * * * * * *
9158 CAATAGACAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTT
1 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-CTGTTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTT
* * * * * * ** *
9223 AAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTT
64 AAATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC--
* * * * * * ** * *
9287 TTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT-ATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAAT
127 TTTATGAAC-AAAAAAATTGATTTATGA-CAAAACAAAA-G-AATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
9351 TGTTCAAATAGTGATAACTATTT-AAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAA-C-CTTG
188 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTT-
** * * * * *
9413 AACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTT-GGATTATTTTA-TTATGAATAAGCTTCTAAG-
251 -A-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATGA
* * * *
9475 ATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAA
313 ATA-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
9505 TATTTTATGA
Statistics
Matches: 3075, Mismatches: 613, Indels: 452
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
690 1 0.00
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698 1 0.00
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727 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (709 bp):
AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTGTTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAA
ATCTTTTACTTATTAAATTTTGATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTA
TGAACAAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATT
TTTAAAATATTAATAAATTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
TTAAACTAGTTCGATAAACATATTATTTTTTAATTCTCTTACTAATTAATTTGAAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCTGATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACTATAAAACAAAA
GATCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTTTTAGAAAAA
ATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
AATAAATTTTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAACAATTTG
Found at i:8699 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 8461--8803 Score: 397
Period size: 173 Copynumber: 2.0 Consensus size: 173
8451 GGTCATAATG
* * **
8461 ATTTGAAAAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACAAAATTATTT
1 ATTTGAAAAGATAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTGGTTAGACAAACAAAATTATTT
* * * *
8526 TTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGATATATTAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCCGAATAA
66 TTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTAAAATATTAATAAAT-CAGTATTATTTTATTCCAAATAA
* *
8590 GCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTCTTATGACAAAACAAAAACA
130 GCTAGTAGGAATAGAAAAAATTGTCTTATGACAAAACAAAAACA
* * *
8634 ATTTGAAATAGATAACTGTT-AATATAGT-TTAATTATTAGAACTAGTTTA-ACAAACAAATTTA
1 ATTTGAAA-AGATAACTGTTCAA-ATAGTCATAATTATTAGAACT-GGTTAGACAAACAAAATTA
** * * * * *
8696 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
63 TTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * *
8761 AAGCTTGTAGGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAA
128 AAGCTAGTAGGAATAGAAAAAATTGTCTTATGACAAAACAAAA
8804 GGTTATAGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
ATTTGAAAAGATAACTGTTCAAATAGTCATAATTATTAGAACTGGTTAGACAAACAAAATTATTT
TTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAG
CTAGTAGGAATAGAAAAAATTGTCTTATGACAAAACAAAAACA
Found at i:8980 original size:162 final size:161
Alignment explanation
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Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 161
8703 AATCTCTTAG
* * * * * *
8713 TTATTAATTTTTAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAGGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAGGAATAAA
* * * * * * * *
8778 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAGTATACAT-TTGTTTAAATAGT
66 AACAATTGTTATATGACAGAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA--ATACATATTCTTGAAATAGC
8842 CATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACATCTT
129 CATAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACATCTT
* * *
8875 TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATG-ATCAA
1 TTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAGGAAT-AA
*
8939 AAACAATTGTTATATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGG
65 AAACAATTGTTATATGA-CAGAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACAT-ATTCTTGAAATAG
9003 CCATAATTATTTAAATTG
128 CCATAATTATTTAAATTG
9021 ATATGGTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (161 bp):
TTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAGGAATAAA
AACAATTGTTATATGACAGAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATATTCTTGAAATAGCCA
TAATTATTTAAATTGGTTCAATAAACATCTT
Found at i:9370 original size:182 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 3.3 Consensus size: 180
8865 TAAACATCTT
* *** * * *
8875 TTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA-ATTTGTATGATCA
1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACT
* * * * * * * * *
8938 AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGG
65 GAAACAATTGTTTTAT-AACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
9003 CCATAATTATTTAAATTGATATGGTAAACAAATTCACTCTTTT-AA-TC-T-C
129 TCATAACTATTTAATTTG-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
*
9052 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGC-TTGTATGAACTG
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACTG
* * * * * * *
9116 AAATAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAGTTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATAAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
9181 CATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
130 CATAACTATTT-AATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
* * * *
9233 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT
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**
9297 GAAACAATTGTTTTATATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
65 GAAACAATTGTTTTATAACAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
9362 TGATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAC-CTTGAAC
129 TCATAACTATTT-AATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTG--C
* * * *
9416 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTATGAATAAGCTT
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
9470 CTAAGATATG
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 59, Indels: 22
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTGTATGAACTG
AAACAATTGTTTTATAACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
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Alignment explanation
Indices: 8875--9504 Score: 580
Period size: 182 Copynumber: 3.5 Consensus size: 181
8865 TAAACATCTT
* *** ** * * **
8875 TTATTAA-TTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTATGATCAA
1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTG
* * * * * * * * * * * *
8939 AAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATACATAATTCTTGAAATGGC
65 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
9004 CATAATTATTTAAA-TTGATAT-GGTAAACAAATTCACTCTTTT--AA-TC-T-C
130 CATAACTATTTAAATTTG-T-TCAGTAAAAAAATTTA-TTTTTTCAAACTCTTGC
* *
9052 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTGA
* * * * *
9117 AATAATTATTTTGTAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTCAATAGACAGTTGTTCAAATAGTC
66 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTC
* ** *
9182 ATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAACTCTTGC
131 ATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGC
* * * *
9233 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTATGAACT
1 TTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTCTATGAACT
* ** * *
9297 GAAACAATTGTTTTATATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAG
* * *
9362 TGATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAC-CTTGAAC
129 TCATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTCAAACTCTTG--C
* * * * *
9416 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTATGAATAAGCTTCTAAGATA-TG
1 TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGA-ACTG
* * *
9480 AAACAAATATTTTATGACTAAACAA
65 AAACAATTATTTTATAACAAAACAA
9505 TATTTTATGA
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 69, Indels: 23
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTGA
AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTCAAACTCTTGC
Found at i:9504 original size:19 final size:19
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Indices: 9480--9523 Score: 81
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
9470 CTAAGATATG
9480 AAACAAATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
9499 AAAC-AATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
9517 AAACAAA
1 AAACAAA
9524 AGGTAAAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.52, C:0.11, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
AAACAAATATTTTATGACT
Found at i:9665 original size:200 final size:202
Alignment explanation
Indices: 9286--9672 Score: 441
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 202
9276 TGGATAAGCT
* * * * *
9286 TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATATTAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAAT
1 TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATACTAAAGCAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * *
9351 TGTTCAAATAGTGATAACTATTTAAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTGAAC
66 TATTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAACCTT-AAC
* * * * *
9416 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTATGAATAAGCTTCTAAGATATGA
130 TTAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTAATATGAATAACCTTCTAAGATATGA
9481 AACAAATA
195 AACAAATA
*
9489 TTTTATG-ACT-AAACAA-TATTTTATGACTAAA-CAAAAGGTAAAAAATGATTTGAAATAGATA
1 TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTAT-ACTAAAGCAAAAGGT-AAAAATGATTTGAAATAAATA
* * *
9550 ATTATTCTAATAGCT-TTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTAT-AAATCTCT
64 ATTATTCAAATAG-TGATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAA-C-CT
*
9613 T-ACTTAATAA-TTTTTGAAATGTTATTAAATTAGCATTATATTTAAT-TGAATAACCTTCTA
126 TAACTTAATAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGCATTAT-TTTAATATGAATAACCTTCTA
9673 TGATCAAAAT
Statistics
Matches: 155, Mismatches: 22, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (202 bp):
TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATACTAAAGCAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAAATAAT
TATTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAACCTTAACT
TAATAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTAATATGAATAACCTTCTAAGATATGAA
ACAAATA
Found at i:11601 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11579--11612 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
11569 TTCCAAATAG
* *
11579 CAATAACTATTTTGTTT
1 CAATAAATAATTTGTTT
11596 CAATAAATAATTTGTTT
1 CAATAAATAATTTGTTT
11613 TAATTCTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.06, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
CAATAAATAATTTGTTT
Found at i:12013 original size:181 final size:180
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Indices: 11723--14651 Score: 2267
Period size: 181 Copynumber: 16.4 Consensus size: 180
11713 TCAAATATGT
* * *
11723 TATTTGAACTTATTCGGTAAGCA-AATTATTTTTTAAATC--TT-C-TA--AATTTTTAGAATA-
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * ** * * * * *
11780 AAATAAATTAGTATCA-TTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
11844 AATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAAC
130 AACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*** *
11895 TATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * *
11960 TAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
*
12025 AACAAAAGGTCATGACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
130 AACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** *** * *
12076 TATTCGAAAGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * *
12140 TAACAAATTTA-TATTATTTTATTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACA
66 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAA-ATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACA
*
12204 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCATAAC
129 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
12256 CATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAGAGTA
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
12320 TTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAACCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTTATGAT
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * * * *
12382 GAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAAC
128 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
12435 TATTTAAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTAGTTTTCAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * ** *
12500 TAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGGCAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
12565 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAAC
130 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * *
12616 TATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCT-GAATG
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAAT-
* * * * * * *
12680 A-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGA
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
12743 TAAAATAAAAGGTTATGATTATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGATAAC
127 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
12797 TATTTAAACTTGTTTGATAAACA-ATTTCAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTAGAATA
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * *
12861 TTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * *
12926 AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAAC
129 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * *
12978 TATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATA
1 TATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
13042 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAAC-TGTATCAATAGAAATAATTGTTTAATGAC
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAAT-AAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * *
13106 AAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAAC
128 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
13159 TAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * ** * * *
13219 TAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAAC-ATTCATTTTATGACA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-GTTTTATGACA
* * * * *
13283 AAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTTTAAC
129 AAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAC
* *** * * ** * * *
13335 TATTTGAAC-GGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * *
13398 TATTAGAA-TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAA-AATTGTTTTATGAC
66 TAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
13461 AAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
128 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* **
13514 TATTTGAA-TTGGTTCAGTAAACA-A---A------AAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAAT
1 TATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * *
13567 ATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCTATATAGGGTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGA
64 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
13631 CAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGCCA-AAC
127 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** * ** *
13684 TATTTGAA-TTGATT-GAATAAATTGATTTATGTTTTAAAT-TTCCAAATT-TTCAATTTTT-GA
1 TATTTGAACTTG-TTCG-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-AATTTTTAG-
* * *** * * *
13744 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTA
61 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTA
* * * * *
13808 TAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAATAGTTATAAT
124 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
13865 TATTTAAACTTGTTTGGTTAATAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTTTTAATTTCCTA-AA
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTT-TTAGAA
* * * * ** * *
13928 TGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATA
63 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCT-TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
13992 ACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAAC
126 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *** * * * * *
14047 TATTTGAACTGGTTCAACAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* ** * * * * * * *
14112 TATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAATTGTTTAATGACA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTGTTTTATGACA
* *** * * * *
14176 AAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTTAAATACTCATAAC
129 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *
14227 TATTTAAAC-TG-TCTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA
1 TATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
** *
14286 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * * * * * *
14351 AAATAAAAGATCATAAAAATTTAAAACAAATAATTATTTAAATATTCATAAC
129 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
*** * * * * * *
14403 TATTTGAACTCACTAGTTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTTATTTTTGGAATTT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * *
14467 TAATAAA-T--TATTATTTTATTCTAATAAGCTTTTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGGCAAA
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
14529 ACAAAAAGTCATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAC
131 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * *** * * * * *
14579 TATTTAAACGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATAT
1 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
*
14643 TAGTAAATT
66 TAATAAATT
14652 TGTTGGATTA
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TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
Found at i:16571 original size:14 final size:14
Alignment explanation
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Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
16542 CCATCTCACC
16552 TATTATTTTATTCA
1 TATTATTTTATTCA
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1 TATTATTTTATTC
16579 GAAATAAGCT
Statistics
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Consensus pattern (14 bp):
TATTATTTTATTCA
Found at i:16976 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16565--17039 Score: 513
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
16555 TATTTTATTC
* * *
16565 ATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAATGT
1 ATATTATTTTATTTG-AATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGT
* * * *
16630 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGTTTAATAAATAGA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAAACTTGTTCAATAAACAGA
** *
16695 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTA
130 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAACAAATTA
* * * * *** * ***
16745 GTAATATTTTATTTCGCATAAGCCTA-AATGAATTGAGACAATTATTTTATGATGAAACAAAAGG
1 ATATTATTTTATTT-GAATAAG-CTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGG
* * * *
16809 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA
64 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTA-TTAAACTTGTTCAATAAACA
* * * * * *
16874 TATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTA
128 GATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAACAAATTA
* *
16926 ATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGT
1 ATATTATTTT-ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGT
* * * *
16991 CATAAACAAT-ATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
65 CAT----AATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATT
17040 TGAAATTATT
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
ATATTATTTTATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTAAACTTGTTCAATAAACAGAT
TCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAACAAATTA
Found at i:17093 original size:124 final size:119
Alignment explanation
Indices: 16937--17163 Score: 294
Period size: 124 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
16927 TATTATTTTA
* *
16937 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAACAATA
1 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAA-A
* *
17002 TTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTTAGTTAATAG
64 -TTGAAAT-AAATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAAATTATTTAGTTAATAG
* * * * *
17060 ATTTGAGATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTCTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAA
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* *
17124 TTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGAA
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17164 CTTGTTCAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATT
GAAATAAATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAAATTATTTAGTTAATAG
Found at i:17706 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17661--17707 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
17651 GGTAATAACA
17661 ATTTGAAATAG-ATAATT
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* *
17678 -GTTCAAATAGTCATAATT
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1 ATTTGAAATAGT
17708 TTTGCAAACA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
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Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:19313 original size:359 final size:361
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Indices: 17999--29066 Score: 3079
Period size: 356 Copynumber: 31.0 Consensus size: 361
17989 AAAGTTTAAT
* * * * * * * * *
17999 TAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAT
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * *
18064 AATTGGTTTT--GTTCATGCAAGCTTATTTCG-AAT-AAAATAATA-TAAATTTATTAAAATTCT
66 AATT--TTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAAAAAATACT-AATTTATTAATATT-T
* * *** * * *
18124 -GAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAACATAAATGAATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGA
126 AAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * ** * ** * * ** *
18188 CTATTCGAACAATTATCTATTTCCAATCATTATAACAATTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTC
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* * * * *
18253 TATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAA
255 TGTTCACACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
18317 TAAAAGATTTAAATAATAAATCTA-TTTATCGAGCAAGTTCAAA
319 TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * * *
18360 TAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * **
18425 CAATTATTTT-TATTCATACAAGTTTATGT-GGAAT-AAAATAATACTTATTTATTTTTATTCT-
65 CAATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * *
18486 AAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
127 AAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * *
18550 TCCATTTGAACTGTTATCTA-TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTT
189 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
* * ** * * ** *
18614 CTTTTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAAT-TACAATTTATTACTATTTTGAAAATCAAT-
254 CTGTTCACACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* ** * * *
18676 -G---GGGATTT-AAAAATAAATGTGCTT-TCTAAACCATTTCAAA
317 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAACTAGTTCAAA
* * * * ** ** * * *
18716 TAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
18781 TAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAAT-ATAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAGA
65 CAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAA-A
* * * *
18844 AAATTAATAAG--AA-ATTT-AAAA-AAATTTATTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
129 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
** * * ** * * * * *
18903 TTCAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTCAGT
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGT
* * * * * * *
18968 ACACAAAAGTTTATCTGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAG
258 TCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * *
19033 AGA-TTAAAAAAT-AATCAGTTTGTCAAATTAGTTTAAA
323 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * *
19070 TAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
*
19135 AATTTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAA
66 AA-TTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTT-AAA
* * * * *
19198 AAATTAATCAGT-AAGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTG
129 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
19262 TTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTCTGT
193 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGT
* * * * * *
19327 TCACACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAA
258 TCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * ** *
19391 GAGACTTAAAAAAAAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAA
322 GAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAACTAGTTCAAA
* * * * * * * *
19431 CAGTTAAGGCTATATGAAC-ATT-TC--TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAA-
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
19491 ACTTTTTTCAATTCTTAGTAA-TTTATTCAAAATAAAATAAA-A-TAATTTATTAATATTTCAAA
66 AATTTTTTCAATTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
** * * * * * * *
19553 TCTCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAATTATGGCT
130 AATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
19617 ATTTAAACAATTATCTATTGCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTT
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * * * *** *
19681 GTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGAAGTA
256 GTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *
19746 AGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTTAAT
321 AGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-AAACTAGTTCAAA
* * * * * *
19787 TAGTTATAACTATTTCAACAATTA---ATTTC-AATCATTATGACTATTTTTTTTTTGTGATAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGA--ACTTTTGTTTTGTCAT-AA
* ** * * * ** * *
19848 AACAATTATTTCTGTTTATA-TAGTCTTATTAGAAAT-AAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTT
63 AACAATTTTTTCAATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTA
* ** * * ** * *
19911 GAAAGCTAATAAGTAACGGATTTGAAGAATGAAA-CTGTTGGCTTG-ACCAGTGCAAATAGTTAT
127 AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAT-AAATCTGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * ** * ** * * *
19974 GATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTCATTTTATCACAAAACAATTGA-
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-AT
* ** * *
20037 TTCTATTCGTACAAGCTTATTTG-AATAACATAAT-TCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAA
252 TTCTGTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * ** * * *
20099 TAAGTGAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAA
315 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGT-TCAAA
** *
20146 T-GATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 TAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
*** * * * * *
20209 ACAAAAATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTACATA--AATTTATTAATGTGTA
64 ACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAA-AAAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * *
20271 GACACA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTT-T
127 -AAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
20333 GACTATTTGAAAAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATGAAACAATTGTT
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
* * * * * * *
20397 TTTCTTCATACAAGCCTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
253 TCTGTTCACACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** *
20461 AGTAAAATATTT-TAAAATAAAT-ATGTTTATTGAACAAGTTCAAA
317 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * * * * *
20505 TAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAATCGTTATG-ACATTTTGTTTTTTCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * **
20569 TAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTC-AAA-ATAAAATATCACTAATTTATTAATATTTTGA
65 CAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAAT-ACTAATTTATTAATATTTAAA
** * * *
20632 AAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGTTATGAC
129 AAATTAATAAGTAA-AGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
20697 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATGCTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAGATAATT-GTT-T
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * * *
20759 GTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTA
256 GTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *
20823 A-AAATTTAAAAAATAAATTTA-TTT-TCTAAACATA-TTCAAA
321 AGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATC-AAAC-TAGTTCAAA
* * * ** * *
20863 TAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTAAG-ACTTTT-TGTTTGTGATAAAC
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGT-TTTGTCATAAAA
* * * * * * **
20926 CAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAA
65 CAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
* * * ** * * *
20990 TATTACTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGTAAGCTCAAATAAG-TATTAAT
130 AATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACT
* * * * * * *
21054 GTTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTG
* * ** * * * *
21119 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTAAT-AT-TTTGC--AAATTAATAGGTA
257 TTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
21179 GGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAA
321 AGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * * * * *
21221 TAGTCATGTCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
** * * * * *
21286 AATTATTTT-TGTTCATAC-AGAATTATTCAAAATAAAATAACAT--TGATTTATTAATATTTTA
66 AATT-TTTTCAATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAA-AAAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * * *
21347 AAAATTAAT---TAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCATATAGTTATGAT
128 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * *
21408 TATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTAATGATC-TTTATTTTGACATACAACAATTGTTTCT
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * * * * * **
21472 TTTCACATAAGCTTATTCG-ATTAAAATGATAATAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTA
256 GTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* **
21535 AGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTGTCAAACTAGTTTTAA
321 AGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * * *
21576 TAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTA-ACCTTTT-TTTAGTTATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
21639 TAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT--AAATAATACT-A--TATTAACATTTGAAA
65 CAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
* * * * * *
21699 AATTAATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGA
130 AATTAAT-AAGTAA-AGATTT---AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * *
21764 CTATTTGAATAATTATCTATATAAAATTTTTTTAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTATTT
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TATTT
*** * * *
21829 GCTAAACCAATCAAATAG-TTATGACTGTTAGAAT-AATTATATATTTCAAATCGTTCTAACCTT
254 -CT-GTTC-A-CACA-AGCTTAT---T-TGA-AATAAAATA-ATA-TT--AA---TT-T-A--TT
* * * *
21892 -TTGTTTAGTCATAAAATAATAATATTTTATTAACATTTAGAAATTTAATAAGCAAGGAATTTAC
298 AAT-ATT--TCA-AAAAT--TAATA----AGT---A---AGAGA-TT--TAA--AA--AA--T--
* * *
21956 AAAAATAAATTTATTTACCGAA-TAAGTTCAAA
336 --AAATCAGTTTA--T--CAAACT-AGTTCAAA
* * * * * *
21988 TAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * * * * *
22053 AATTGTTTCATTTCATAAAAGTTTATCCAAAAT-AAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAA
66 AATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
* * ** * ** * ** * * *
22117 ATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACAATTTATTGAATTAGTTCAAATAGTTTTGGCCAT
131 ATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * ** * * * * *
22182 TTAAACAATCATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT-TTTG
194 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGT-
* ** ** * *
22246 TCATACAAGCCAATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATAAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AG
258 TCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* ** * *
22310 AAGA-TT-----AT---T-TGTTTATTGAACCAATTCAAA
323 -AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * ** *
22340 TAATTATGACTATTCGAACAATTATATATTTCAAGTTGTT-ATAACATTTTGTTTTGTCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * *
22404 CAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATGCTAATCTAATAATA-TCATG
65 CAATTTTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTA-A
* * * * * * * * *
22466 AAAATCAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGG
128 AAAATTAATAA-GTAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** ** ** *
22530 CTATATAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGTTCTTTTGTTTTGTCATAATCT-ATTA--AC
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* ** * * * *
22592 AT-TTCA-A-AA--TTAATACAAGATTTAAA-AAT-TAAATTTGTT--TA-TT-AAACCAGTTGA
255 -TGTTCACACAAGCTTATTTGAA-A-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA--AATT-A
* * * * *
22646 A-ATAGTTATGACTATTT---GAGT-AATTA-TTTAT-----T--TT-AAA
314 ATA-AG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * **
22683 TTGTTATGACTTTTTG------T-TCTGTTAT-AAA--A-TAAG-AGTTTATG-TTAAT-ATAAG
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTAAGAACTTT-TGTTTTGTCATAA-
** ** * * *** * * ** * *
22734 TTC-ATTCATATTAAAATT-ATACTAA-TTTATT-AAAATTTCAATAGT--TAATAAATAAAAAA
63 AACAATT--T-TTTCAATTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTAT-TAATA
* * * * * * * *
22793 TTTTAAAAATAAATATGTTTACCAA-A-TTAGATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAAATATCT
123 TTTAAAAAATTAATAAG--TA--AAGATTTA-A--AAATA--AAT--CTGTTT-ACT-GA-A-CA
* * ** ** *** * *
22856 ATTTCAAATCA-TTACGACCT-TTTG---TTTTATC-A-TAAAAAAAATTAT----TTTAG-TTA
173 AGTTCAAAT-AGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** **** * * ** *
22909 AT-ATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGC-TA-TT-AATATTCCAA-AA-ATTAA-TAA
236 GTCATAAAATAATT--ATTTCTGTTCACAC-AAGCTTATTTGAA-A-TAAAATAATATTAATTTA
* * * ** * ** *** * * *
22967 TTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGA---ACAAGTTTAAAT-A-ATTAT--GACTATT
296 TT-A-ATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTA-AAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGT
*
23025 TGAACA
357 TCAA-A
* ** ** * *
23031 -A-TTAT--CTATTTG-A-AATT-GCTATAACGTTC-TGTTTTGTCAATAAATGATTT-TTTTGT
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT----TTCAAATCAT-T-AAGAACT--TTTGTTTTG-
* * * * * * * ** *
23087 TCATACAAGC--TTATTTCGATT-A-A-AA--TAATAT--AAATATATTAATATTAAGACACTTA
57 TCATA-AAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATA-A-AAAAAATACTA-ATTTA
* ** * * *
23143 ATAAGTA---AATGATTTAA-AA---AAG------AAAT--AT-T-TTTA-TCAAATAAGTTCAA
117 TTAA-TATTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAA
** * * * * *
23190 ATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAG
180 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * * *
23255 CAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTA-TTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTACA
245 TAATTATTTCTGTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAA
*
23319 AA-TAATGAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA-CTAAA-TAAGTTCAAA
309 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATC-AAACT-AGTTCAAA
* * ** * *
23370 TAGTCATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* *
23434 CAATTGTTTTC-ATTCATAAAACAATTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATA-
65 CAATT-TTTTCAATTCAT---ACAA---GCT-TATTC--GAA----A--T--AA-AAAA-AATAC
** * * * *
23497 TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TTAAACT
110 T-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-
* * * *
23561 ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATTGTTATGACCTTTTTGTTTT
172 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTT
* ** * * * * * *
23626 GGCCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAA-CTTATTTGGAA-AAAATTATAGT-ATTTATTAA
236 -GTCATAAAATAATTATTTCTGTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * ** * * * * *
23688 AATTCCAAACATTAATTGGTAAAAGATTT-AAAAATAAATC--TATTACCGAGCGAGTTCAAA
300 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGT-TTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * * * * *
23748 TAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATGTCAAACCGTTATGAATCTTTTG-TTTGTTCATAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAA-CTTTTGTTTTG-TCATAAA
* * * ** * * *
23812 A-AATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAACTTATTAATATTTAAA
64 ACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* * ** *
23875 AAAGTTAAATAAGTTGGAA-ATTTAAAAAATAGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
129 AAA-TT-AATAAG-T-AAAGATTT-AAAAATA-AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
23939 GTC-ATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTTTGGACTTTTTCTTTT-TCATAATAATAA--G
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAA-AATAATTA
* ** ** * * * * *
24000 TTTCTGTTAATGCAAAATTA-TTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATACTTT-GAAAA-T-
251 TTTCTGTTCACACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTA
* * * * *
24061 -TAA-TAAGACATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAAAC-AGTTCAAA
314 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAG-TTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * * * * * * **
24107 TAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATATCATCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * * * * * **
24170 -AATTGTTCCTTTTCATACAAGTTTATTC-AGATTAAAATAATA-TCAATTTAATAATATTCCAA
65 CAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACT-AATTTATTAATATTTAAA
* * * * * * *
24232 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCGGAGCTAGTTTAAATAGTTAAGACT
129 AAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * * *
24297 GTTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTCA
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTATTTCT
* * * * * * *
24361 GTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAACATTAACGAA-
256 GTTCACACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAG
* * * *
24424 TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAAAA
319 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCAGTTTA-TCAAACTAGTT--CAAA
* * * * * * * **
24470 TA-TT-TGACTTTTTAAACAATCATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGC-TTCATTTTGTCAT
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCT-ATT--TCAAA-TCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
24532 AAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAAT-AAAATAATA-TTACTTATTAATATT
61 AAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATT
** * * * ** * *
24594 TTGAAAATTAAGAAG---AGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTTCGAACCTA-TTCAGATAGTTA
125 TAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTA
* * * **
24655 AGACTATTTGAACAAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGA---TTTGTTTT-TCATAAAA-AA-T
187 TGACTATTTGAAC-AATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * *
24713 ATGTTTTGATCATC-CAAGCTTA--TGCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCAAAA
250 AT-TTCTGTTCA-CACAAGCTTATTTG-AAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTT-CAAAA
* * *
24775 A-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-GGTTGT-TGCTAAACCAATTCAAA
310 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTT-TAT-C-AAACTAGTTCAAA
* * * * ** ** * * *
24823 TAGTTAAGAAGTA-TAGAATAATTA-CTATTT-AAATTGTTCTG-ACCTATGTTTAT-TCATATA
1 TAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTT-TGTCATAAA
* * * * * *
24883 ATAATGTTTT-ACGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTT--
64 ACAATTTTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * * * *
24944 ---A-T--T---T----ATTT-----CAAAT-TG-TTA-TG-ACATTTGTTCAAACAATTAAGAC
128 AAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
24987 TATATGAACAGTTATTTATTTCAAATTGTTAAGACTTTTTGTTTTGGCATAAAACAATGT-TTT-
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TATTTC
* * * * ** * * **
25050 TGGTTAAGATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTT-AGCAAATTAATTC
255 T-GTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAA
* *
25113 GT-AGAGATTT-AAAAAT-AATACTA-TTTA-CTATA-TCATTTCAAA
318 GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-C-AGTTTATC-AAACT-AGTTCAAA
* * * * *
25155 TAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTA-TT-AAATCGTTAATAAACTTTT-TATT-TCATAATC
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAA-GAACTTTTGTTTTGTCATAA--
* * * ** * * * *
25216 AA-ACATTGGTTT--GTTCATACTATTTTATTTGAAAT-ATAATAATGCTAATTTGA-TAATATT
63 AACA-ATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTT-ATTAATATT
** * ** * * * * *
25276 TTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAAATCTAATTGT-CT-AACTAGTTCAAATAGTT
125 TAAAAAATTAATAA-GTA-AAGATTTAAAAATAAATCT-GTT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
25339 AAGACTATAT-AA-ATATTATCTATGTT-AAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGT-AAATAAT
186 ATGACTATTTGAACA-ATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* ** * * * *
25400 TGTTT-TGTT-GTATAAGCTTAATTCTG--ATTAAATAATACTTAATTTAATAATATTT-TAAAA
249 TATTTCTGTTCACACAAGCTT-ATT-TGAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* ** ** *
25460 -TAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG-TTACTTGAA-TTGTTTCAAA
311 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-TCAAACTAG-TTCAAA
* * * * ** ** * *
25509 TGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * ** * ** *
25574 AATTGTTCCAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAAT-AAATTAATAATAATTTATTAGCATTCAAAA
66 AATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
* * *
25637 AATTAATGAG-AAAGATATT-TAAA-AAA-------A-T----AAGTT----T-GTT-T-ACCAT
130 AATTAATAAGTAAAGAT-TTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * **
25680 TAGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTT
194 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTT
* * * * * * *
25745 AATACAAGCTTAGTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTGATATCTCCTAAAA-TAATAAG-AAA
259 CACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * ** * * *
25808 AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCAATT-AAA
323 AGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACT-AGTTCAAA
* * ** * *
25846 GTAATTATG-GTCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAA
1 -TAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
* ** * *
25909 ATAATTTTTTTGA-CCATACAAGCTTATTC-AAA-AAAAAAAA-ACTAATTTATTAATATTTCAA
64 ACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* * *
25970 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAAATATGTTTA-TCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGA
129 AAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
26033 CTATTTGAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
190 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
* * * * ** *
26096 CTGATCATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA
254 CTGTTCACACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
26157 -TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTA-TTTATCGAACCAGTTCAAA
318 GTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCAAACTAGTTCAAA
* ** * * * * * *
26200 GAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCATTCTA-ACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-AAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * *
26264 -TATTTGTTC-ATATCTTACATGCTTATTTGGAAT-AAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGA
65 CAATTTTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACT-AATTTATTAATATTTAA
* * * * *
26325 AAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAATAAAT-TCATTTA-TCGGACAAATTCAAATAGTTAT
128 AAAATTAATAAG-TAAAGATTT--AAAAATAAATCT-GTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * * *
26388 GACGATTTGAAGAATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTT
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
* * *** * *
26453 TCAGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATA
253 TCTGTTCACACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
** * * * *
26517 AACAAGAG-TTTAAAAAAATAAAT-ATTTTTACCAAACAAATTCAAA
317 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * *** * * * ** *
26562 TAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCACAAAAC
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
** * * * * **
26627 AATCGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAA
66 AATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
* * * * * * * * *
26691 ACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTATTTAC-CAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCC
131 ATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * *
26754 ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-T
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
** * * * * *
26818 GATT-GTATAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
256 G-TTCACACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
26881 TAAGAGATTTACAAAATAAAT-ATGTTTACCAAATTAGTTAAAA
319 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * * * *
26924 TAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATA-ACCTTTTGTTCTATCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-AGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * *
26988 CAATTATTTT-TGTTCAT-CTAAGCTGT-TT-GAAAT-AAAATAATACT-ATATA-TAATA-TTC
65 CAATT-TTTTCAATTCATAC-AAGCT-TATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * ** * *
27045 AAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAATAAAT-TGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC
127 AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
27109 TATATGAACAATTAACTATTTTAAATTG---T----TTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTAC
191 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-C
** * * * *
27166 AATTCATA-ATAGCTTATTT-AGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAT
255 TGTTCACACA-AGCTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
27229 GTAAGAGATTTAAAAAGT-AATTATGTTTACCTAACCAATTCAAA
318 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACTAGTTCAAA
* * * * **
27273 TAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAAT
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-
* * * * * * * * *
27338 AAATATTTTT--GTTTATATAAGTTTGTTC-AAA-ATAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAA
65 CAAT-TTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAA
* * * * *
27399 AAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
129 AAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * **
27460 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT-ATCTACCA-AATAATAA-TAGTTTC
192 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AATAATTA-TTTC
* * * * * * *
27522 TATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATT-ATATTT--GACATTAATAAGT
255 TGTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* ** * * *
27584 AA-AAATTTTTAAAATAAAT-A-TATTACCAAAACTTGATCAAA
320 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGT-TTATC-AAACTAGTTCAAA
* * * * * * * * * *
27625 TAGTCATGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAAACCATTATGATCTTTT-CTTTGTCATAAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * ** * ** **
27689 AATATGTTTCAGTTCATATAAAATTATCCGAAAT-AAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGA
66 AAT-TTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAAT-TTATTAATATTTAAA
* * * * * * *
27752 AAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAATGAATATATTT-CCGAACAAG-TCTAAATAATTATAAT
129 AAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTC-AAATAGTTATGA-
* * * * *** * *
27815 GTATTTCAACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTTTT
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-A---TTA
* * * * * *
27879 TTTATATTTATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-CAA---ATT--TA---C---AATTAAT
251 TTTCTGTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
27932 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAA
316 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGTTCAAA
** * * * ** *
27978 TTTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
28042 CAATTGTTTTTAATT-ATATAAGCTTATAT--AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA
65 CAATT-TTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTT-A
* * * * *
28104 ATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGA
127 AAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
** * * ** * * *
28168 CTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCCATTGTGACCATTTT-TTTTG-CAATAAAATGATTGT
190 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACC-TTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTAT
** * * * * * ** * *
28231 TTCAATTTATATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAGT
252 TTCTGTTCACACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *
28296 GAGTAAGAGAATTAAAAAATGAAT-ATGTTTAACGAAC-ATGTTCAAA
316 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAACTA-GTTCAAA
* * *
28342 TAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * *
28406 CAATTAGTTTT-TGTTCATTGCAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
65 CAATT--TTTTCAATTCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACT-AATTTATTAATATTT
* * * * * * *
28468 CAAAATTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTC-AATAGTTAT
126 AAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * ** * *
28532 AACTATCTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGT
188 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
* * * * * * * * *
28597 TTCTATTCATAAAAGCCTA-TTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAT
252 TTCTGTTCACACAAGCTTATTTGA-AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * *
28661 TATA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTA-CTGAGCAAGTT-TAA
315 TA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATC-AAACTAGTTCAAA
* ** ** *
28707 -A--TA-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATTCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** * *
28768 CAA-TTGTTCCATTCATACAATTTTTATTCGAAA-CAAAATAATACTAATTATATTAATATTCT-
65 CAATTTTTTCAATTCATACAA-GCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATT-TATTAATATT-TA
** * * *
28830 AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
127 AAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * ** ** * *
28894 TTTATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
189 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT
* * ** * * *
28959 TCTATTCATACAAAATT-TATTAAGAATAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAA-T--
253 TCTGTTCACACAAGCTTAT-TTGA-AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
29020 TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAA
315 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGTTCAAA
29066 T
1 T
29067 TCGTTAAGAT
Statistics
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Consensus pattern (361 bp):
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AATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
ATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCA
CACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAACTAGTTCAAA
Found at i:19668 original size:356 final size:358
Alignment explanation
Indices: 18172--21818 Score: 1167
Period size: 359 Copynumber: 10.2 Consensus size: 358
18162 TTCTAAACAC
** * * * * ** * * *
18172 GTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCCAATCATTATAACAATTTATTTTGTT
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** * * * * * * *
18237 ATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
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* * * * * * * * * * * *
18301 TTCTAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTT-ATCGAGCAAGTTCAAATAGTT
130 TT-GAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAAAATCTGTTTGCT-AAACTAGTTCAAACAATT
* * * * * * * * * * *
18365 ATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T
192 AAGGCCATATGAACAATTAT-CATTTCAAATCA-TTAAGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAACT
* * ** * * * ** *
18429 TATTTTTATTCATACAAGTTTATGT-GGAAT-AAAATAATACTTATTTATTTTTA-TTCTAAAAA
255 T-TTTTCA-TCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAA
* * * *
18491 TTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA-ATAAATTTATTTA-TCGAACAA
317 TCAATAAG-TA-AGATTTAAAAAGAT-AATATGTTTACT-GAACCA
* * * * * * *
18535 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-GTTATCTA-TTCAAAT-TGTTATGACATTTTGTTTTG
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
18597 TCGTAAAATAATTTTTTCTTTTCATACAAAA--TTATTT-AGAATAAAATAAT-TACAATTTATT
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* * * * * * * * *
18658 ACTATTTTGAAAATCAAT--G---GGGATTTAAAAATAAATGTGCTTT-CTAAACCATTTCAAAT
125 AATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAAAATCTG-TTTGCTAAACTAGTTCAAAC
* * * ** ** * * * *
18717 AGA-TAAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTCCAAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAA
188 A-ATTAAGGCCATAT-GAACAATTATC-ATTTC-AAATCATTAAGAACTTTTATTTTGTCATAAA
* * * * * * *
18780 ATAA-TTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAAT-ATAATAATACTAATTTATTAACA-TT-A
249 ACAACTTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCA
* * * **
18841 AGAAAATTAATAAG-AA-ATTT-AAAA-A-AATTTATTTA-TCGAATAA
312 A-AAAATCAATAAGTAAGATTTAAAAAGATAATATGTTTACT-GAACCA
* * * * * *
18884 GTTCAAATAGTTAAGACTATTCAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * * *
18949 ATAAAATAACTATTTCAGTACACAAAAGTTTATCTGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATT
66 ATAAAATAAATATTTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
19014 TCAAAAATTAATAAGTTAGAGATT-AAAAAATAATCAGTTTG-TCAAATTAGTTTAAATAATTAT
131 T-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAAAATCTGTTTGCT-AAACTAGTTCAAACAATTAA
* * *
19077 GGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
194 GGCCATATGAACAATTATC-ATTTCAAATCATTAAGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAACTTTT
* * *
19142 TTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATC
258 TTCATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATCAATA
*
19207 AGTAAGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTGAACCA
323 AGTAAGATTTAAAAAGATAATATGTTTACTGAACCA
* * * * * *
19243 GTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATATATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTATCT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * *
19307 CATAAAATGATTATTTCTGTTCACACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATAT
65 CATAAAATAAATATTTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * *
19372 TCTGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAAAAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAGTTA
130 T-TGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAAAATCTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAATTA
* * * *
19437 AGGCTATATGAAC-ATT-TC-TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGT-AAA-AACTTTT
193 AGGCCATATGAACAATTATCATTTCAAATCATTAAGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAACTTTT
* * * * * **
19497 TTCAATTCTTAGTAA-TTTATTCAAAATAAAATAAA-A-TAATTTATTAATATTTC-AAATCTCA
258 TTC-A-TCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATCA
*
19558 ATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAATTATGTTTGCCT-AACCA
320 ATAAGT-A-AGATTTAAAAAGATAA-TATGTTT-ACTGAACCA
* * * * *
19599 GTTCAAATAATTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTGCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * * *
19664 ATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 ATAAAATAAATATTTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-T
* * * * * * ** *
19729 TTGTAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTAT
130 TTGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAAAATCTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAATTA-
* * * * * * * *
19794 A-ACTATTTCAACAATTA--ATTTC-AATCATTATGACTATTTTTTTTTTGTGATAAAAACAA-T
193 AGGCCATATGAACAATTATCATTTCAAATCATTAAGA--ACTTTTATTTTGTCAT-AAAACAACT
** * * ** * * ** *
19854 TATTTCTGTTTATA-TAGTCTTATT-AGAAAT-AAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAG
255 T-TTT-TCATCATACAAG-CTTATTCA-AAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAA
* * * **
19916 CT-AATAAGTAACGGATTTGAAGAATGA-AA-CTGTTGGCTTG-ACCA
316 ATCAATAAGTAA--GATTT-AA-AAAGATAATATGTTTAC-TGAACCA
* * * * * * * **
19960 GTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTCATTTTATC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATC
* * * * ** * * * *
20024 ACAAAACAATTGA-TTCTATTCGTACAAGCTTATTTG-AATAACATAAT-TCTATTTTATTAATA
66 ATAAAATAAAT-ATTTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATA
* * ** * * ** * **
20086 TTCTAAAAATTAATAAGTGAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAATGAT
129 TT-TGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAAAATCTGTTTGCTAAACTAGT-TCAAACAAT
* * * * ** * *
20150 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-
191 TAAGGCCATATGAACAATTATC-ATTTCAAATCATTA-AGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAAC
*** * * * * * *
20213 AAATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATTACATA--AATTTATTAATGTGT-AGAC
254 TTTTTTC-A-TCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA-AAAATACTAATTTACTAATATTTCA-AA
* * * * **
20274 ACAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTA-TCAAATAA
314 AAATCAATAAGT--AAGATTTAAAAAGAT-AATATGTTTACT-GAACCA
* * ** * *
20320 GTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAA-AATTTTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTGT
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * * * * ** * *
20382 CATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
65 CATAAAATAAATATTTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * ** * * ** * * * *
20446 TTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCA
129 -TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAAAATCTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAAT--
* * * ** * * * * *
20511 TAA--CTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAATCGTTATG-ACATTTTGTTTTTTCATAAAATAA-
191 TAAGGCCATATGAACAATTA-TCATTTCAAATCATTAAGAAC-TTTTATTTTGTCATAAAACAAC
* * * * * * **
20572 TTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAAT--AAAATATCACTAATTTATTAATATTT-TGAAA
254 TTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAAT-ACTAATTTACTAATATTTCAAAAA
* ** * * * *
20634 ATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAA
316 ATCAATAAGT-A-AGATTTAAAAAGAT-AATATGTTTACTGAACCA
* * *
20680 GTTGAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAATGC--TATGA-CTTTTGTTTTG
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTC-AAAT-CTTTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
20742 TCATAAGAT-AAT-TGTT-TGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-TAAATTTATTAAT
64 TCATAAAATAAATAT-TTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
** * * * * * *
20803 ATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATA-TTCAAATAG
128 ATTTGAAAA-TTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAAAATCTGTTTGCTAAAC-TAGTTCAAACA-
* * * * ** * *
20866 TTCTAA--CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTAAG-ACTTTT-TGTTTGTGATAAACC
189 AT-TAAGGCCATATGAACAATTATC-ATTTCAAATCATTAAGAACTTTTAT-TTTGTCATAAAAC
* ** * * * *
20927 AA-TTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCCAA
251 AACTTTTTTC-AT-CATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAA
* * * * * ***
20989 ATATTACTAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATTGAGTAA
314 AAATCAATAAGT--AAGATTTAAAAAGAT-AATATGTTTACTGAACCA
* * * * * * * ** * *
21036 GCTCAAATAAG-TATTAATGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * ** * * *
21100 CATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-ACTTAAT-AT-T
65 CATAAAATAAATATTTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * * *
21162 TTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCA
130 TTGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAA-AAATCTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAATTA
* * * * * * * * * *
21227 TGTCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
193 AGGCCATATGAACAATTATC-ATTTCAAATCATTAAGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAACT-T
** * * * * * *
21292 TTTTGTTCATAC-AGAATTATTCAAAATAAAATAACAT--TGATTTATTAATATTT-TAAAAATT
256 TTTTCATCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAA-AAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATC
* * *
21353 AATTAG--AGATTTAAAAAG-TAAATCTATTTACTGAACCA
319 AATAAGTAAGATTTAAAAAGAT-AATATGTTTACTGAACCA
* * * * * * * * *
21391 ATTCATATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-TGTAATGATCTTTAT-TTTGA
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTT-TGTTTTA
* * * * * * * * * * * * *
21454 -CATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCG-ATTAAAATGATAATAATTTAATAATT
64 TCATAAAATAAATATTTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * ** * *
21517 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG-TCAAACTAGTTTTAATAGTT
129 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAAAATCTGTTTGCT-AAACTAGTTCAAACAATT
* * * * * * *
21581 AAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTA-ACCTTTT-TTTAGTTATAAAATAA-
192 AAGGCCATAT-GAACAATTATC-ATTTCAAATCA-TTAAGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAAC
* ** * * * *
21642 TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT--AAATAATACT-A--TATTAACATTT-GAAAAA
254 TTTTTTCA--TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAA
* * * * * * *
21701 TTAATAAAGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAA
317 TCAAT-AAG-TA-AGATTT-AAAAAGAT-AATATGTTTACTGAACCA
* * * * * * * * * * *
21748 TTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATATAAAATTTTTTTAACCTTTTATTTTGTC
1 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATC
21813 ATAAAA
66 ATAAAA
21819 CAATGTATTT
Statistics
Matches: 2540, Mismatches: 556, Indels: 381
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
348 9 0.00
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351 12 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTATC
ATAAAATAAATATTTCTGTTCACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
TGAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAAAAATCTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAATTAAGG
CCATATGAACAATTATCATTTCAAATCATTAAGAACTTTTATTTTGTCATAAAACAACTTTTTTC
ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATCAATAAGT
AAGATTTAAAAAGATAATATGTTTACTGAACCA
Found at i:20519 original size:179 final size:181
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Indices: 17953--21822 Score: 2544
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17943 TATAAGCCTG
* * * * * * * *
17953 AGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTTGTTTATTGAAA-AAGTTTAATTAGTTATGACTATCTAAA
1 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** ** * *
18017 TAATTATCTATTTCAAA-ACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCAT
64 CAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCAT
* * * * *
18080 GCAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCTGAAAATTAATA
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* * *** * * *
18135 AGTAA-AAATTTAAAACATAAATGAATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * *
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* *
18263 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
130 AGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATA
* * * * * * *
18315 AATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTA-TCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
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65 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * ** *
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128 CAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * *
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1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * * * * * *
18561 TGTTATCTA-TTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCTTTTCATACA
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** * * * * *
18625 AAATTATTTAGAATAAAATAAT-TACAATTTATTACTATTTTGAAAATCAAT-
130 AGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * *
18676 -G---GGGATTT-AAAAATAAATGTGCTTT-CTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
18735 AATTATCTATTCCAAAATTGTTTTGA-TCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATA
65 AATTATCTATTTC-AAATAGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * *
18799 CATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATA
* * * * * ** *
18853 AG--A-A-ATTT--AAAA-AAATTTATTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTCAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
18910 AATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTC-AGTACACA
65 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * *
18973 AAAGTTTA-TCTGATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * ** * * * *
19027 AGTTAGAGA-TTAAAAAAT-AATCAGTTT-GTCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *
19089 AATTATCTATTTCAAATCA-TTAAGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCA-TCAT
65 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCAT
* * * * *
19150 ACAAGCTTATTC-GAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATC
127 ACAAGCTTATTCAG-AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATA
* * * * * * *
19207 AGT-A-AGATTTAAAAAGTTAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * ** * * *
19270 ATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTCTGTTCACACAA
66 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * * *
19335 GTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATA
131 GCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
19386 ACTAAGAGACTTAAAAAAAAAATTTGTTTGCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAAC-
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
19450 ATT-TC--TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAA-ACTTTTTTCAATTCTTAGT
66 ATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-C
* * * * ** *
19510 AA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAATCTCAATA
129 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * *
19561 AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTAAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
19625 AATTATCTATTGCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATA
65 AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** ** *
19690 AGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGA
130 AGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
19742 AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
19807 ATTA---ATTTC-AATCA-TTATGACTATTTTTTTTTTGTGATAAAAACAATTATTTCTGTTTAT
66 ATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGAC--TTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * ** * **
19867 A-TAGTCTTATT-AGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATA
127 ACAAG-CTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * ** ** * * * *
19922 AGTAACG-GATTTGAAGAATGAAA-CTGTTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAA
1 AGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * * *
19985 CAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAAC-CTTCATTTTATCACAAAACAATTGATTCTATTCGTA
64 CAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * *
20048 CAAGCTTATT-TGAATAACATAAT-TCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * **
20101 AGTGAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAAT-GATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGT-TCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
* * * * ***
20164 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * *
20229 AAGCTTATTTCA-AATAAAATTACATAAATTTATTAAT-GTGTAGACACA-TAATA
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* * * *
20282 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAA
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* * * * *
20345 AATTTTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACA
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* *
20409 AGCCTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
130 AGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * * * *
20461 AGTAAAATATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
20525 ATTATTTGTTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAG
66 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
20590 GCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATT
131 GCTTATTCAGAATAAAATAAT-ATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * *
20641 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
20706 AATTATCTATTTCAAA-ATGCTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAGATAATTG-TT-TGTTCATAC
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* ** *
20767 AAGCTTATTTCA-AATAAAATAAT-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATA
129 AAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * *
20819 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
20882 AATTATCTATTTCAAATGGTTAAGACTTTTTG-TTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACA
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* * * ** * *
20946 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAATATTACTA
130 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * ** * * * * *
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1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
21062 AATTTTTTATTTCAAATAGTTATGA-TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC
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* * * * **
21126 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-A---CTTAATATTTTGCAAATTAATA
129 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
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* * * * * *
21240 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC-
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* * * *
21304 AGAATTATTCAAAATAAAATAACATTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-
130 AG-CTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * *
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1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * *
21417 AATTATCTATCTCAAATTGTAATGA-TCTTTATTTTGACATACAACAATTGTTTCTTTTCACATA
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* * * * *
21481 AGCTTATTC-GATTAAAATGATAATAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATA
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* * * ** * *
21531 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCAAACTAGTTTTAATAGTTAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
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* * * *
21657 CAAGCTTATT-TGAA-ATAAATAATACT-A--TATTAACATTTGAAAAATTAATAA
128 CAAGCTTATTCAGAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A
* * * * * * * *
21708 AGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * ** * * * *
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21823 GTATTTGCTA
Statistics
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GCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
Found at i:22018 original size:16 final size:17
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Statistics
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Found at i:22170 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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21965 TTTATTTACC
* * * * *
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* * *** * *
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*
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* * * * *
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* * *
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Statistics
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AATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACAATTTATT
Found at i:22940 original size:182 final size:183
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Indices: 22718--23046 Score: 392
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22708 AAAATAAGAG
* * * * ** * * *
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* ** * * *
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*
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* * * * * * * * *
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* *
23029 CAATTATCTATTTGAAAT
130 CAAATATCTATTTCAAAT
23047 TGCTATAACG
Statistics
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AAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAATTATGACTATTTGAAC
AAATATCTATTTCAAATCATTACGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTAT
Found at i:23146 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 22958--23400 Score: 484
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22948 ATATTCCAAA
* * * * *
22958 AATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTA
1 AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATGAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * *
23023 TTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTGTTTTGTCAATAAATG-ATT-TTTTTG
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*
23086 TTCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATATAAATAT-ATTAATATTAAGAC
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* * **
23138 ACTTAATAAGTAAATGATTTAAAAAA-GAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACT
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* * * * * *
23202 ATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTA
64 ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTCATAAAG-AATTGTTTCTA
* * ***
23267 TTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTAC
128 TTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTGATTAATATTAAGAC
* * * * *
23318 AAATAATGAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTA
1 AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATGAATATGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
*
23382 TCTGAACAATTATCTATTT
65 TTTGAACAATTATCTATTT
23401 CAAACATTGT
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 34, Indels: 19
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
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181 21 0.10
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TTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTCATAAAGAATTGTTTCTATTC
AAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTGATTAATATTAAGAC
Found at i:23440 original size:179 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 9.9 Consensus size: 178
22598 AAATTAATAC
* * * ** * **
22608 AAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTATTAAACCAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTAT
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* * ** * * * ** * *
22673 TTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTCTGTTATAAAATAAGAG-TTTATGTTAATATAAG-T
66 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTAT-TCAA-ACAAGCT
* * * * * * ** *
22735 TCATTCATATTAAAATTATACTAATTTATTAAAATTTCAATAGTTAATAAATAA
129 T-ATTCAGATT-AAATAATATTAA-TTATTAATATTTCCACAAATAATAAGT-A
* * * * * * * *
22789 AAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAAATAT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * **
22854 CTATTTCAAATCATTACGACC-TTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTATTTTAGTT-AATATAAAA
66 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTAAT-AAAACAATTGTTTTA-TTCAA-ACAAGC
* * * * * *
22917 TTATTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAATTA
128 TTATTC-AGATTAAATAATATTAA-TTATTAATATTTCCACAAA-TAATAAGTA
* * * * * *
22970 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
1 A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* *** * * * ** * * *
23035 TCTATTTGAAATTGCTAT-AACGTTCTGTTTTGTCAAT-AAATGATTTTTTTGTTCATACAAGCT
65 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGT-AATAAAACAATTGTTTTATTCAAACAAGCT
* *** **
23098 TATTTC-GATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGACACTTAATAAGTA
129 TA-TTCAGATT-AAATAATATTAAT-TATTAATATTTCCACAAATAATAAGTA
* * **
23150 AATGATTTAAAAAAGAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTA
1 AA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * ** * * *
23215 TTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCT
65 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTT-TATTCAAACAAGCT
* * *
23279 TATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTACAAATAATGAGTA
129 TATTCAGATTAAATAATATTAATT-ATTAATATTTCCACAAATAATAAGTA
* *
23330 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
*
23394 TCTATTTCAAA-CATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACAA
65 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTT-ATTC---AAACAA
* * * *
23458 TTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAATA-TTCCAAAAATT
126 ---GCT-TATT---C-AG---A--T----T-AAATAATATTAA-TTATTAATATTTCCACAAA-T
23522 AATAAGTA
171 AATAAGTA
* * *
23530 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TTAAACTACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * ** ** * * *
23594 TATATTTTAGATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGGCCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAA-C
65 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTT-GTAATAAAACAATTG-TTTTATTCAAACAAGC
** ** * * * * **
23658 TTATTTGGAAAAAATTATAGTATTTATTAA-AATTCCA-AACATTAATTGGTAA
128 TTATTCAGATTAAATAATATTAATTATTAATATTTCCACAA-A-TAATAAGT-A
* * * * *** * * *
23710 AAGATTT-AAAAATAAATCT-ATTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTAT
1 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
23773 TTATGTCAAACCGTTATGA-ATCTTTTG-TTTGTTCATAAAA-AATTGTTTCTATT-AATACAAT
66 CTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTTGTTTTG-TAATAAAACAATTGTTT-TATTCAA-ACAAG
* * * * * * *
23834 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTT-AAAAAAGTTAAATAAGTTGG
127 CTTATTC-AGATTAAATAATATTAA-TTATTAATATTTCCACAAA--T-AATAAG-T-A
* * * * * * *
23892 AA-ATTTAAAAAATAGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTC-ATTTGAACTATTA
1 AAGATTTAAAAAATA-AATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * * *
23955 TCTATTTTAAATCGTTTTGGA-CTTTTTCTTTT-TCATAATAATAA--GTTTCTGTT-AATGCAA
65 TCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTTGTTTTGTAATAA-AACAATTGTTT-TATTCAA-ACAA
** * * *
24015 AATTATTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATACTTT-GA-AAAT--TAA-TA
126 GCTTATTCAGATT-AAATAATATTAAT-TATTAATA-TTTCCACAAATAATAAGTA
* * * * * * * *
24066 AGACATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAA-ACAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATT
1 A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * ** * *
24130 ATCTATCTCAAAAT-GTTATGA--TCTTTATATCATCATAAAA-AATTGTTCCTT-TTCATACAA
64 ATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTT--TTATTCAAACAA
* * * *
24190 GTTTATTCAGATTAAAATAATATCAATTTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTA
126 GCTTATTCAGATT-AAATAATATTAA-TTATTAATATTTCCACAAA-TAATAAGTA
* * ** * * * *
24245 AGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCGGAGCT-AGTTTAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAAT
1 A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC--AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
24308 TATTTATTTCAAATCATTCTAACC-TTTTGTTTAG-ATATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA
63 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTA-ATAAAACAATTGTTTTA-TTCAAACAA
* * *
24371 GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT
126 GCTTATTCAG-ATTAAATAATATTAA-TTATTAATATTT
24410 GAAACATTAA
Statistics
Matches: 1229, Mismatches: 284, Indels: 215
0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 11 0.01
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203 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTATTCAAACAAGCTTA
TTCAGATTAAATAATATTAATTATTAATATTTCCACAAATAATAAGTA
Found at i:23469 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 23428--23470 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
23418 TTGTTTTGTA
*
23428 ATAAAACAATTGTTTTCATTC
1 ATAAAACAATTGTTCTCATTC
23449 ATAAAACAATTGGTTCT-ATTC
1 ATAAAACAATT-GTTCTCATTC
23470 A
1 A
23471 ACAAGCTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.80
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ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAACAATTGTTCTCATTC
Found at i:23590 original size:200 final size:202
Alignment explanation
Indices: 23247--23645 Score: 504
Period size: 200 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
23237 TTTTATTTTG
* * * * * *
23247 TCATAAAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATAAAACAATATAAATTGATTAATAT
* * * *
23312 TTCTACAAATAATGAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCAT
66 TTCCAAAAATAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCAT
* * *
23377 GACTATCTGAACAATTATCTATTTCA-AACATTGTGACCTTTTTGTTTT-GTAATAAAACAATTG
131 GACTATCTGAACAATTATATATTTCAGAACATTATGACCTTTTTGTTTTGGCAATAAAACAATTG
23440 TTTTCAT
196 TTTTCAT
*
23447 TCATAAAACAATTGGTTCTATTC-AACAAGCTTATTTC-GAATAAAACAATATAAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTA-TTCAG-ATAAAACAATATAAATTGATTAAT
* *
23510 A-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TTAAACTACGTTCAAATAG
64 ATTTCCAAAAA-TAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAG
* * * *** * *
23573 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGGCCATAAACCA
127 TCATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAGAACATTATGACCTTTTTGTTTTGGCAATAAAACA
23638 ATTGTTTT
192 ATTGTTTT
23646 TGTTCATACA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 24, Indels: 10
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
199 22 0.13
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (202 bp):
TCATAAAACAATTGGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCAGATAAAACAATATAAATTGATTAATAT
TTCCAAAAATAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCAT
GACTATCTGAACAATTATATATTTCAGAACATTATGACCTTTTTGTTTTGGCAATAAAACAATTG
TTTTCAT
Found at i:23801 original size:379 final size:379
Alignment explanation
Indices: 23086--23820 Score: 836
Period size: 379 Copynumber: 1.9 Consensus size: 379
23076 GATTTTTTTG
* * *
23086 TTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGACACTTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATATATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
* **
23151 ATGATTTAAAAAAGAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTAT
66 ATAATTTAAAAAAGAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
23216 TTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTA
131 ATATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTA
* * *
23281 TTCAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTACAAATAATGAGTAAAGATTTAAAAAATAA
196 TTCAGA-TAAATAATTATAATTGATTAATAATTCCACAAATAATGAGTAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
23346 ATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAACATTGT
260 ATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACAATTATCTATGTCAAACATTAT
23411 GACCTTTTTGTTT-TGTAATAAAACAATTGTTTTCATTCATAAAACAATTGGTTCTA
325 GACCTTTTTGTTTGT-TAATAAAA-AATTGTTTTCATTCATAAAACAATTGGTTCTA
*
23467 TTCA-ACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATATATTAATATT--AAGACAATTAATAAGT
* *
23529 AAA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTT-T-AAACTACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
64 AAATAATTTAAAAAAGAAATAT-TTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
23591 TTATATATTTTAGATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGGCCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACA
127 TTATATATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTTATTTT-GCCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACA
** *
23656 A-CTTATTTGGA-AAA-AATTATAGTATTTATTAA-AATTCCA-AACATTAATTG-GTAAAAGAT
190 AGCTTATTCAGATAAATAATTATA--ATTGATTAATAATTCCACAA-A-TAA-TGAGT-AAAGAT
* * * * * * * *
23715 TT-AAAAATAAATCT-ATTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATG
249 TTAAAAAATAAATATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACAATTATCTATG
* * *
23778 TCAAACCGTTATGA-ATCTTTTGTTTGTTCATAAAAAATTGTTT
314 TCAAA-CATTATGACCT-TTTTGTTTGTTAATAAAAAATTGTTT
23821 CTATTAATAC
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 41, Indels: 33
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
377 8 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (379 bp):
TTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATATATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
ATAATTTAAAAAAGAAATATTTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
ATATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGCCATAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTA
TTCAGATAAATAATTATAATTGATTAATAATTCCACAAATAATGAGTAAAGATTTAAAAAATAAA
TATGATTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATCTAAACAATTATCTATGTCAAACATTATG
ACCTTTTTGTTTGTTAATAAAAAATTGTTTTCATTCATAAAACAATTGGTTCTA
Found at i:25816 original size:158 final size:156
Alignment explanation
Indices: 25520--25833 Score: 359
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
25510 GGTTAAGACT
* * * *
25520 ATTAGAACAATTATCTATTTGAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCCAG
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAG
* * * *
25585 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATGAGAAA
66 TTAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAA
* *
25650 GATATTTAAAAAAATAAGTTTGTTTACC
131 AATATTT--AAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * *
25678 ATTAGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTAA
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTCAA
* * **
25742 GTTAATACAAGCTTAGTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATT-GATATCTCCTAAAA-TAATAA
65 GTTAATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAG-CAT-TCAAAAAATTAATAA
25804 GAAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTGTTTACC
127 GAAAAATA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACC
25834 GAATCAATTA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 19, Indels: 12
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 18 0.14
157 2 0.02
158 100 0.76
159 12 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (156 bp):
ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAG
TTAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAA
AATATTTAAAAATAAATTTGTTTACC
Found at i:28353 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 25686--29066 Score: 1934
Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 179
25676 CCATTAGAAT
* ** * * * * * *
25686 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTT-AAGTTAATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAT
* * * * * *
25750 AAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTGATATCTCCTAAAA-TAATAAG-AAAAAAT
64 AAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGAA-
* * * * * * *
25812 TTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAA-TT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAAT
126 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAA-TAGTTATGACT-ATCTGAAC
* * * * * * *
25866 GATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGA-CCATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAT
* *
25928 AAGCTTATTCAAAA-AAAA-AAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGAATT
* * *
25991 AAAAAACAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
128 AAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * ** * * * *
26043 AATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGA-TCATA
1 AATTATCTA-TTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATA
* *** * * *
26105 GAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATT
63 TAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAAT
* * * * * ** *
26166 TAAAAAAGAAATTTATTTATCGAACCAGTTCAAAGAGTTAAAACTAT-TAGAAT
127 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAAC
* * * * * * *
26219 AATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTG-TTC-ATATCTTAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTAT-TCATAT
* *** * * *
26282 ATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAA-ATAT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-A-
* * * * * *
26345 TTGAAAAAATAAAT-TCATTTATCGGACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAG
126 TT-AAAAAATAAATAT-GTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* *
26400 AATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAT
* * *
26463 ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAA--ACAAGAGT
64 A-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGA-A
* * * * * *
26526 TTAAAAAAATAAATATTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
126 TT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* ** * ** * * * *
26581 AATTGTCTATCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCACAAAACAATCGTTTC-AGTTCATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAT
* * * * * *
26645 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAATT
* * * * * * * * * * *
26710 AAAAAGTCAATCTATTTA-CCAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAAT
128 AAAAAATAAATATGTTTATCGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * * * *
26762 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGATT-GTA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATA
* * * *
26825 TAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
63 TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAAT
* * * ** * *
26890 TACAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAAC
127 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * * * * * * * * * *
26943 AATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTAT-CATAAAACAATTATTTTTGTTCATCT
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT-T-TGCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAT
* * * *
27007 AAGCTGT-TT-GAAATAAAATAATACT-ATATA-TAATA-TTCAAAAATTAATAACT-ATGAGAT
64 AAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-AT
* * ** * * * *
27066 TTAAAAATAAAT-TGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAC
127 TAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * * * *
27118 AATTAACTATTT-TAA--A-T-TG--TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAATTCATA-
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTT-CTATTCATAT
* * * * *
27174 ATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGAT
64 A-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAA
* * * * * *
27238 TTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
126 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * ** * * * * *
27292 AATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATATA
* * * *
27357 AGTTTGTTCAAAATAAAA-AATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAATTAA
* * * * * * **
27418 AAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGG
130 AAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * ** * * * ** * *
27468 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATCTACCA-AATAATAATAGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCATAA-AATAATTGTTTCTATTCATATA
*** * * * *
27532 AGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATT-ATATTT--GACATTAATAAGTAAA-AATTTT
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAA-TTA
* * * * ** * * * *
27593 TAAAATAAATAT-ATTACCAAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATGTGAAT
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* * * * * * *
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1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAAT-TGTTTCTA-TTCATA
** * * * ** * *
27707 TAAAATTATCCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAATAGAT
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATA-A---TTGTTTCTATTCA
*
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* * ** *
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* * * ** * * *
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1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAT
* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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1 AATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATT-GTTTCTATTCATA
** * *
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* * * *
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125 A-TT-AAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * * *
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1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATAT
* * * * * *
28609 AAGCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTATA-TAAAAGAT
64 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGT-AAAGAA
* * * * *
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126 TTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * ** * * * * *
28722 AATTATTTATTTCAAATTGTTATTATTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCCATTCATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATAT
** * * **
28786 AATTTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA
64 AA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGA
* * * * ** *
28850 TTTAAAAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAAC
125 ATTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
* * * ** *
28905 TATCATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-
* ** * *
28970 AAAATTTATT-AAGAATAAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGAT
63 TAAGCTTATTCAA-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAA
* * * *
29031 TTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAAT
126 TTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
29067 TCGTTAAGAT
Statistics
Matches: 2515, Mismatches: 513, Indels: 346
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 6 0.00
168 33 0.01
169 38 0.02
170 10 0.00
171 6 0.00
172 91 0.04
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174 50 0.02
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184 143 0.06
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
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GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGAATTAAA
AAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAAC
Found at i:30245 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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29985 TGGACTTTTT
* * ** * * * * *
29995 TGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-ATGCTTGTTCAAAATTAAATAATATTAA-T
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*
30058 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCT-TTTACCAAATCAGTTC
64 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTC
** * * ** * ** *
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**
30176 TGTT-TGTCATGTAACAATTATTTTT-TATCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
1 TGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACTAATT
* * * *
30239 TATTAATCTT-TAAAAATTTAATAAGTATA-AGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATTAGT
64 TATTAATATTCTAAAAA-TTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGT
* * * *
30302 TTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTG
127 TCAAATAATTATAACCATTTCAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTG
* *
30356 TGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATAGTAATATA
1 TGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
30421 ATAATATTCTAAAAATTAATGACTGAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTGCCAAA
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30476 CTAATTCAGT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 43, Indels: 22
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 34 0.14
180 87 0.35
181 82 0.33
182 43 0.17
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TGTTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAGTTCAA
ATAATTATAACCATTTCAACAATTATATACTTCAAATCATTATAACCTTG
Done.