Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167828.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_100, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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File 1 of 2
Found at i:840 original size:11 final size:11
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Indices: 801--840 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 3.5 Consensus size: 11
791 TTTTCATAAA
801 ATAATTTAATTT
1 ATAATTT-ATTT
**
813 ATAATAAATTT
1 ATAATTTATTT
824 ATAATTTATTT
1 ATAATTTATTT
835 ATAATT
1 ATAATT
841 ATAATAAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 19 0.79
12 5 0.21
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Consensus pattern (11 bp):
ATAATTTATTT
Found at i:844 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 801--855 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
791 TTTTCATAAA
*
801 ATAATT-TAATTTA-TA
1 ATAATTATAATTTATTT
816 ATAAATTTATAATTTATTT
1 AT-AA-TTATAATTTATTT
**
835 ATAATTATAATAAATTT
1 ATAATTATAATTTATTT
852 ATAA
1 ATAA
856 GATTTAATAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 6
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.06
16 2 0.06
17 17 0.52
18 9 0.27
19 3 0.09
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Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATAATTTATTT
Found at i:874 original size:21 final size:21
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Indices: 841--882 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
831 ATTTATAATT
841 ATAATAAATTTA-TAAGATTTA
1 ATAATAAATTTATTAA-ATTTA
862 ATAATCAAA-TTATTAAATTTA
1 ATAAT-AAATTTATTAAATTTA
883 GTGTTAATTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
21 13 0.68
22 6 0.32
ACGTcount: A:0.52, C:0.02, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
ATAATAAATTTATTAAATTTA
Found at i:2815 original size:503 final size:497
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Indices: 1667--4524 Score: 3201
Period size: 503 Copynumber: 5.8 Consensus size: 497
1657 ACAATTATTG
* * * * *
1667 CATGATTTTATTTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTATATACATTATTAGGTGCTCCA
1 CATGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
** * * * *
1732 AGGATGTTAAGGAATTACATATGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTG
66 AGGAACTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
* * * *
1797 GCGCTTGATGTGATTAATTATGTGGC-AACTTGTTTTAGCAGTATATAGGGGGAGCAGTCGAAGC
131 GTGCTTGATGTGATTAATTGTGT-GCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGCACTCGAAGC
* * * * *
1861 TTAATGTTTTTGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGGA-TTTCACTGGAGTCGAGCTTTAAAA
194 CTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAAT-GATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAAA
*
1925 TATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTC
258 TATGAAAGCATTGTTTT-GCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTC
* * * * ** *
1990 TTAAACTTGTTCAAACAAAGAAACATGCTAGAAC-T--TGCATTTGGTTTAA-TTTTCACA-CTG
322 TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCTGCTTTTAATTTAATTTTTCATAGC-G
* * * * * * *
2050 TTAACTGAAAGTTATAAA-AGATTTTAGAGCTTAAAACATTAGACTTAGTTTTTAAATAATTATA
386 TTAACTGTAAGTTATAAAGA-ATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTATG
* ** * *
2114 GTCATAAAAGGCATTCCCAGAATTTCAAATTGTGAAATAAAAACCATTTT
450 GGCATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTG--ATAAAAACCATTTT
* * * * * *
2164 CACATAATTTTAATTTTTTATTATCTTTCATACTTATTTTCTTTTAGATATATTTTTAGGTGCTC
1 --CATGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTC
* * *
2229 TAAGGAACTTGTGGGATTACATAAGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTTTTAT
64 TAAGGAACTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAT
* * *
2294 TAGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATAGGGTAAGCGCTCGAAG
129 TGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATAGGG-GAGCACTCGAAG
* * * * *
2359 TCTAACT-TTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTCGCTGGAGTCTAGCTTTAAA
193 CCTAA-TGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAA
* *
2423 ATATGAAAGCATTGTTTTGCCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTAAATCCAATGT
257 ATATGAAAGCATTGTTTTG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT
* *
2488 GTTAAACATGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGTGCTGCTTTTAATTTAATTTTTCATAG
321 CTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAAC-T-TGCTGCTTTTAATTTAATTTTTCATAG
* * *
2553 CGTTAA-TGTAAGTTATATAGAATTTCGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAAATAT
384 CGTTAACTGTAAGTTATAAAGAATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTAT
2617 -GGCATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTTAAAAACCATTTTTT
449 GGGCATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGA--TAAAAACCA--TTTT
* * *
2669 CATGATTTTAATTTATCATTGTGTTTTATACTTATTTGCTTTTAGATACACTTTTAGGTGCTCTA
1 CATGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
* * * *
2734 AGGAACTTGTGGGATTACTTATGAAGGATCTTGATATTTGGATATTATTTGT-AGAGTTGTTATT
66 AGGAACTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGA-AGTTGTTATT
* * *
2798 GGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGC
130 GGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGGAGCACTCGAAGC
* * * *
2863 TTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTACTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTAAAGCTTTAAAAT
194 CTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAAAT
** * ** * *
2928 AAAAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATTAACCTGAAAATCTTGAATCCAATGTTT
259 ATGAAAGCATTGTTTT-GCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTCT
* * *
2993 TAAACTTGCTCAAACAAAGAAACAT-ATAAAACTTGC-G---TTAGTTTTAATTTTTCATAGTGT
323 TAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCTGCTTTTA-ATTTAATTTTTCATAGCGT
* * * * * *
3053 TAAGTGTAAATTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTATGTTTCTGAACAATTTTGGG
387 TAACTGTAAGTTATAAAGAATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTATGGG
3118 CATAAAAA-CAGTTCGCACAA-TT---A-T-TG--------CA----
452 CATAAAAACCA-TTCGCACAATTTCAAATTGTGATAAAAACCATTTT
* * *
3146 C--GATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTGTTTTCTTTTAGATACATTTTTACGTGCTCTA
1 CATGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
* * * * * *
3209 AGGAAGTTAATGAGGAATTACATATGGATGACCTTCATATTTGGATATTATTTGGGAAGTTG-TA
66 AGGAACTT-ATG-GG-ATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTA
* * * *
3273 TTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCAAA
128 TTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGGAGCACTCGAA
* * *
3338 GCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGCCAAGCTTTAAA
192 GCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAA
* * * * *
3403 ATATGAAAGCAATGCTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATCAATTTTATTATCTTGAATCCAATGT
257 ATATGAAAGCATTG-TTTTGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATG-
* * * * * * *
3468 TTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAGCATGATAAAA-TT--TGCATTGATTTTAATTTTTCATAGT
320 TCTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCTGCTTTTAATTTAATTTTTCATAGC
* * *
3530 GTT-ACGTGTAAGTTATAAAGTATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTTATTTTTGAACAATTC
385 GTTAAC-TGTAAGTTATAAAGAATTTTGGAGCTTAAAACATCAGAC-TTTGTTTTTGAACAATTA
*
3594 TGGGCATAAAAACTATTCGCACAA-TT---A-T-TG--------CA----
448 TGGGCATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGATAAAAACCATTTT
* *
3626 CA--ATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGATTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
1 CATGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
* * * * *
3689 A-GAATGTTAAGGAATTACATATAAATGATCTTGATAGTTAGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
66 AGGAA-CTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
* * * *
3753 GGCGCTTAATGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTTTAGCAGTATATAGGGGGAGCACTCGAAGC
130 GGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGCACTCGAAGC
* *
3818 CTAATGTTTTTGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAAAT
194 CTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAAAT
*
3883 ATGGAAGCATTG-TTTGAACAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTC
259 ATGAAAGCATTGTTTTG--CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTC
* * * * *
3947 TTAAACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTAGAACTTGCAT--TTGT--TTAAATTTTTCACA-CT
322 TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGC-TGCTTTTAATTTAATTTTTCATAGC-
* * * * * * *
4007 GTTAACTGAAAGTTACAAAGGATTTTAGAGCTTAAAACATCAAACTTAGTTTTTGAACACTTATG
385 GTTAACTGTAAGTTATAAAGAATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTATG
** * * * *
4072 AACATAAAAGCCATTCCCAGAGTTTCAAATTGTGACATAAAAACCATTTT
450 GGCATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTG--ATAAAAACCATTTT
* * * *
4122 CGCATGATTTTAATTTTTTATTGTCTTTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATCTTTAGGTGCTC
1 --CATGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTC
* *
4187 TAAGGAACTTATGGGATTACATAAGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTTTTAT
64 TAAGGAACTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAT
* * *
4252 TGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATAGGGTAAGCGCTCGAAA
129 TGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATAGGG-GAGCACTCGAAG
* * * * * *
4317 CCTAATTTTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTCGGTGGAGTCCAGCTTTAAAA
193 CCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAAA
* *
4382 TATGAAAGCATTGTTTTGCCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTAAATCCAATGTG
258 TATGAAAGCATTGTTTTG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTC
* * *
4447 TTAAACATGCTCAAACAAAGAGACATGGTAAAACTTGCGCTGTTTTTAATTTAATTTTTCATAGC
322 TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTT--GCTGCTTTTAATTTAATTTTTCATAGC
*
4512 GTTAAGTGTAAGT
385 GTTAACTGTAAGT
4525 GAGCGATACG
Statistics
Matches: 2021, Mismatches: 253, Indels: 164
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
475 63 0.03
476 36 0.02
477 301 0.15
478 246 0.12
479 70 0.03
480 107 0.05
481 3 0.00
482 2 0.00
483 2 0.00
492 2 0.00
493 2 0.00
494 1 0.00
495 1 0.00
496 3 0.00
497 20 0.01
498 63 0.03
499 323 0.16
500 310 0.15
501 10 0.00
502 11 0.01
503 340 0.17
504 63 0.03
505 40 0.02
506 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (497 bp):
CATGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
AGGAACTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
GTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGAGCACTCGAAGCCT
AATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAAATAT
GAAAGCATTGTTTTGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTCTTAA
ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCTGCTTTTAATTTAATTTTTCATAGCGTTAAC
TGTAAGTTATAAAGAATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTATGGGCATA
AAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGATAAAAACCATTTT
Found at i:3424 original size:477 final size:475
Alignment explanation
Indices: 2672--4522 Score: 2187
Period size: 500 Copynumber: 3.8 Consensus size: 475
2662 ATTTTTTCAT
* * *
2672 GATTTTAATTTATCATTGTGTTTTATACTTATTTGCTTTTAGATACACTTTTAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * *
2737 AACTTGTGGGATTACTTATGAAGGATCTTGATATTTGGATATTATTT-GTAGAGTTGTTATTGGT
66 AACTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGGGA-AGTTGTTATTGGT
* * *
2801 GCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCTTA
130 GCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCAAAGCCTA
* ** **
2866 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTACTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTAAAGCTTTAAAATAAA
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGCCAAGCTTTAAAATATG
* ** *
2931 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATTAACCTGAAAATCTTGAATCCAATGTTTTAA
260 AAAGCATTG-TTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* *
2996 ACTTGCTCAAACAAAGAAACAT-ATAAAACTTGCGTTAGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
324 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
* *
3060 AAATTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTATGTTTCTGAACAATTTTGGGCATAAAA
389 AAATTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACT-TGTTTTTGAACAATTATGGGCATAAAA
3125 AC-AGTTCGCACAATTATTGCAC
453 ACAAGTTCGCACAATTATTGCAC
* * *
3147 GATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTGTTTTCTTTTAGATACATTTTTACGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * *
3212 AAGTTAATGAGGAATTACATATGGATGACCTTCATATTTGGATATTATTTGGGAAGTTG-TATTG
66 AACTT-ATG-GG-ATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGGGAAGTTGTTATTG
*
3276 GTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCAAAGCC
128 GTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCAAAGCC
*
3341 TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGCCAAGCTTTAAAATA
193 TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGCCAAGCTTTAAAATA
* * * *
3406 TGAAAGCAATGCTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATCAATTTTATTATCTTGAATCCAATGTTTT
258 TGAAAGCATTG-TTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATG-TTT
* * *
3471 TAAACTTGCTCAAACAAAGAAGCATGATAAAATTTGCA-TTGATTTTAATTTTTCATAGTGTTAC
321 TAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTGCATTTG-TTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
* * * *
3535 GTGTAAGTTATAAAGTATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTTATTTTTGAACAATTCTGGGCA
385 GTGTAAATTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGAC--TTGTTTTTGAACAATTATGGGCA
*
3600 TAAAAACTA-TTCGCACAATTATTGCAC
448 TAAAAACAAGTTCGCACAATTATTGCAC
* * *
3627 AATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGATTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA-G
1 GATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * * * *
3691 AATGTTAAGGAATTACATATAAATGATCTTGATAGTTAGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGC
66 AA-CTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGGGAAGTTGTTATTGGT
* * * * * * *
3756 GCTTAATGTGATTAATTGTGTGCCAACTTGTTTTAGCAGTATATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTA
130 GCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCAAAGCCTA
* * * *
3821 ATGTTTTTGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAAATATG
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGCCAAGCTTTAAAATATG
* * *
3886 GAAGCATTGTTTGAACAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTCTTAA
260 AAAGCATTGTTT-AGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * * * * * *
3951 ACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTAGAACTTGCATTTGTTTAAATTTTTCACACTGTTAACTG-
324 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
* * * * **
4015 AAAGTTACAAAGGATTTTAGAGCTTAAAACATCAAACTTAGTTTTTGAACACTTATGAACATAAA
389 AAA-TTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTT-GTTTTTGAACAATTATGGGCATAAA
* *
4080 AGCCATTCCCAGAGTTTCAAATTGTGACATAAAAACCATT-TTCGCAT
452 A---A----CA-AG-TTC-------G-C------ACAATTATT-GCAC
* * * *
4127 GATTTTAATTTTTTATTGTCTTTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATCTTTAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * *
4192 AACTTATGGGATTACATAAGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTTTTATTGGTG
66 AACTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGGGAAGTTGTTATTGGTG
* * * *
4257 CTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGTAAGCGCTCGAAA-CCT
131 CTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAAGGG-GAGCACTC-AAAGCCT
** * * * *
4320 AATTTTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTCGGTGGAGTCC-AGCTTTAAAATA
194 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAG-CCAAGCTTTAAAATA
* * *
4384 TGAAAGCATTGTTTTGCCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTAAATCCAATGTGTT
258 TGAAAGCATTGTTTAG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT
* * * * * *
4449 AAACATGCTCAAACAAAGAGACATGGTAAAACTTGCGCTGTTTTTAATTTAATTTTTCATAGCGT
322 AAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTT--GC-ATTTGT--TTTAATTTTTCATAGTGT
4514 TAAGTGTAA
382 TAAGTGTAA
4523 GTGAGCGATA
Statistics
Matches: 1179, Mismatches: 145, Indels: 73
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
475 65 0.06
476 25 0.02
477 308 0.26
478 242 0.21
479 77 0.07
480 104 0.09
481 2 0.00
483 1 0.00
484 1 0.00
486 3 0.00
493 1 0.00
494 1 0.00
499 5 0.00
500 311 0.26
501 6 0.01
502 2 0.00
503 4 0.00
505 19 0.02
506 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (475 bp):
GATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
AACTTATGGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGGGAAGTTGTTATTGGTG
CTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCAAAGCCTAA
TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGCCAAGCTTTAAAATATGA
AAGCATTGTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAAC
TTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAA
ATTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTGTTTTTGAACAATTATGGGCATAAAAACA
AGTTCGCACAATTATTGCAC
Found at i:6145 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5833--7267 Score: 809
Period size: 181 Copynumber: 8.0 Consensus size: 179
5823 AATTGAAATA
* * *
5833 CAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCCTACTTATT
1 CAAATAGCCATAATTATTTGAATT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTT-AAATCTTCTACTTATT
* * **
5898 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTACGAATAAGCTAGTATGATGAAAAACAA
64 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCTAAAACAA
5963 TTATTTTATGTCAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATT
129 TTATTTTATGTCAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATT
* * * * *
6014 CAAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTCGATAAATTGATTTATGTTTTAAATCTTCAACTTATC
1 CAAATAGCCATAATTATTTGAATTG-TTCGATAAATAGATTTAT-TTTTAAATCTTCTACTTATT
* * * * *
6079 AATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGGGACAAGCTTTTATGATCTAAAACAA
64 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCTAAAACAA
* * * * * * *
6144 TTGTTTTATGATAAAATAAAAAAGGTCATAATGATTTTAGATAGATAATTATT
129 TTATTTTATG-TCAAA-ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATT
* * * * *
6197 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGCTTA
1 CAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGTTCGATAAATAGATTTA--TTTTTAAATCTTC-TACTTA
* * * * * * *
6261 TTAATTTTCT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTGAAA
62 TTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCTAAAA
* * * * * *
6325 CAATCATTTTATGACTAAACAAAAGGTT-AGAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
126 CAATTATTTTATGTCAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATT
* * * * ** * * * * *
6379 CTAATAGTCTTAACTATTTGAACCGGATCAACAAACACATTTATTTTTTAAA---TC--CTTATT
1 CAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATT
* * * ** * * * *
6439 AATTTTTAGAATATTATTAACTTAGCAATATTTTA-CTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-ATAAAC
64 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATCTA-AAAC
* * * * * * * * *
6502 AAATGTTTTAAGGACAAAAC-AAAGATCACAACGATTTGAGATAGATAATTATT
127 AATTATTTT-ATGTCAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATT
* ** * ** * *
6555 TAAATAGTTATAACTATTCAAACTAGTTCGGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA---TCT-CTTATT
1 CAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATT
* * * * * *
6616 AATTCTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-AAATAA--TTGGTATGA-ATAGAAA
64 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTT-GTATGATCTA-AAA
* *** * **
6677 CAATTTTTTTACAACAAAA-AAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATAGTT
126 CAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAAATA-TT
* * * * * * * *
6731 CAAATGGACATGACTATTTGAACTGGTTTGATAAACTA-ATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAT
1 CAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGTTCGATAAA-TAGATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTAT
* * * * * * * * *
6795 TAATTTTTAGAATGTTAATATATTAGTATTAGTTTATTCCAAATAAACTTGTATGA-ATAGAAAC
63 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCTA-AAAC
* ** * ** * * *
6859 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
127 AATTATTTTATGTCAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATT
* ** * ** * * *
6912 CAAACAATCATAACTATTTGAACTCACTT-GATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTA
1 CAAATAGCCATAATTATTTGAA-T-TGTTCGATAAATAGATTTA--TTTTTAAATCTTCTACTTA
** * * * * * * *
6976 TTAA-TTTTGGAATATTAATTAATTAGA-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATTTAAAC-AGAA
62 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCTA-AA
* * * * *
7038 ACAATTGA-TTTATGAT-AAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
125 ACAATT-ATTTTATG-TCAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATT
* * * *
7093 CAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTC-AAAAATTAGCTTTATTTTCTAAAAT-TT-TACTTA
1 CAAATAGCCATAATTATTTGAAT-TGTTCGATAAA-TAGATTTATTTT-T-AAATCTTCTACTTA
** * * ** * **
7155 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAATTCGCTTGCAT-AAATAGAA
62 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATCTA-AA
* * *
7218 CCAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAA
125 ACAATTATTTTATGTCAAAACAAAAGT-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAA
7268 TTGTTTAGAT
Statistics
Matches: 999, Mismatches: 203, Indels: 105
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 19 0.02
176 199 0.20
177 49 0.05
179 25 0.03
180 134 0.13
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182 100 0.10
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184 76 0.08
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
CAAATAGCCATAATTATTTGAATTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTTCTACTTATTAA
TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCTAAAACAATT
ATTTTATGTCAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAAATATT
Found at i:7381 original size:91 final size:92
Alignment explanation
Indices: 7232--7398 Score: 228
Period size: 91 Copynumber: 1.8 Consensus size: 92
7222 TTGTTTTATG
* * * * * *
7232 ACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTCAACT
*
7297 TGATCGATAAAAAAAAATTATTTTACA
66 GGATCGATAAAAAAAAATTATTTTACA
* * *
7324 ACAAAA-AAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTCAACT
*
7388 GGTTCGATAAA
66 GGATCGATAAA
7399 CTAATTAATT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 11, Indels: 1
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
91 58 0.91
92 6 0.09
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.11, T:0.32
Consensus pattern (92 bp):
ACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTCAACT
GGATCGATAAAAAAAAATTATTTTACA
Found at i:7558 original size:272 final size:271
Alignment explanation
Indices: 7064--7568 Score: 653
Period size: 272 Copynumber: 1.9 Consensus size: 271
7054 AAAACAAATG
* * * *
7064 GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAATT
1 GTCATAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAACT
* * * *
7129 AGCTTTATTTTCTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
66 AGATTAATTTTCTAAAATTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
*** * *
7194 CAAAATTCGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGA
131 CAAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGA
* * * *
7259 AATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTTGATCGATAAAAAAAAATTATTTTACA
196 AATAAATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTCAACTTGATCGATAAAAAAAAATTATTTTACA
7324 ACAAAAAAAAA
261 ACAAAAAAAAA
* * * *
7335 GTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTG-GTTCGATAAA
1 GTCATAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAA-TGTGTTC-AAAAA
* * *
7399 CTA-ATTAATTTT-TTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATATA-TTAGTATTATT
64 CTAGATTAATTTTCTAAAAT-TT-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATT
* * *
7461 TTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GATCATAATG
126 TTATTCAAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAAT-
*
7525 A-TTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTGAACT
189 ATTTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTCAACT
7569 CACTCAATAA
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 28, Indels: 13
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
270 5 0.03
271 62 0.31
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273 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (271 bp):
GTCATAATAATTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGACATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAACT
AGATTAATTTTCTAAAATTTAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
CAAAATAAACTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGA
AATAAATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTCAACTTGATCGATAAAAAAAAATTATTTTACA
ACAAAAAAAAA
Found at i:7741 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 7405--7741 Score: 453
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 176
7395 TAAACTAATT
* * * * *
7405 AATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATATATTAGTATTATTTTATTCCAA
1 AATTTTTAAAATCTTCAACTGATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGAATTATTATATTCCAA
*
7470 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
66 ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
* * *
7535 AATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTGAACTCACTCAATAAAC
131 AATAATTGTTCAAACAATCAAAACAATTTGAACTCACTCAATAAAC
**
7581 AATTTTTAAAATCTTTTACTGATTAATTTTT-GAATATTAAT-TAATTAGAATTATTATATTCCA
1 AATTTTTAAAATCTTCAACTGATTAATTTTTAGAATATTAATAT-ATTAGAATTATTATATTCCA
* * * * * * * *
7644 AATAAGCTTGTTTGAATATAAATAATTGGTTTATGACAAAGCAAATGGTCATAATGATTTGAAAT
65 AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * *
7709 AGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACAATTTGAA
130 AAATAATTGTTCAAACAATCAAAACAATTTGAA
7742 TGTGTTCAGA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 22, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.01
175 110 0.80
176 27 0.20
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AATTTTTAAAATCTTCAACTGATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGAATTATTATATTCCAA
ATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAACAATCAAAACAATTTGAACTCACTCAATAAAC
Found at i:7892 original size:627 final size:631
Alignment explanation
Indices: 6678--7938 Score: 2129
Period size: 627 Copynumber: 2.0 Consensus size: 631
6668 GAATAGAAAC
*
6678 AATTTTTTTACAACAAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
1 AATTATTTTACAACAAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
*
6743 ACTATTTGAACTGGTTTGATAAACTAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTCGATAAACTAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAAT
6808 GTTAATATATTAGTATTAGTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAC
131 GTTAATATATTAGTATTAGTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAC
6873 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTCA
196 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTCA
** * *
6938 CTTGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATTAATTAGA
261 CTCAATAAAC-AA--TATTTTTTAAAATCTTTTACTGATTAATTTTGGAATATTAATTAATTAGA
* *
7003 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATTTAAACAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAATGGTCA
323 ATTATTATATTCCAAATAAGCTTATTTAAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAATGGTCA
* *
7068 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAAAAATTAGCT
388 TAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACAATTTGAATGTGTTCAAAAATTAGCT
*
7133 TTATTTTCTAAAATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAA
453 TTATTTTCTAAAATTATACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAA
7198 ATTCGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATA
518 ATTCGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATA
7263 GATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTTGATCGATAAAAAAA
583 GATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTTGATCGATAAAAAAA
*
7312 AATTATTTTACAACAAAAAAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
1 AATTATTTTACAACAAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
7376 ACTATTTGAACTGGTTCGATAAACTAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAAT
66 ACTATTTGAACTGGTTCGATAAACTAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAAT
*
7441 GTTAATATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAC
131 GTTAATATATTAGTATTAGTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAC
** *
7506 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAACAATCATAACTATTTGAACTCA
196 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTCA
*
7571 CTCAATAAAC-A-A-TTTTTAAAATCTTTTACTGATTAATTTTTGAATATTAATTAATTAGAATT
261 CTCAATAAACAATATTTTTTAAAATCTTTTACTGATTAATTTTGGAATATTAATTAATTAGAATT
* * * * * * *
7633 ATTATATTCCAAATAAGCTTGTTTGAATATAAATAATTGGTTTATGACAAAGCAAATGGTCATAA
326 ATTATATTCCAAATAAGCTTATTTAAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
*
7698 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACAATTTGAATGTGTTCAGAAAA-TAGCTTT
391 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACAATTTGAATGTGTTCA-AAAATTAGCTTT
* * *
7762 ATTTTTTAAAATTATACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATCTTATTTTATTCAAAAT
455 ATTTTCTAAAATTATACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAT
* * *
7827 AT-GCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAG
520 -TCGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAG
* * *
7891 ATAATTGTTTAGATAGTCATAACTGTTTCAACTTGATTGATAAGAAAA
584 ATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTTGATCGATAAAAAAA
7939 TTCATTTTTT
Statistics
Matches: 591, Mismatches: 34, Indels: 11
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
627 324 0.55
628 6 0.01
631 1 0.00
633 238 0.40
634 22 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (631 bp):
AATTATTTTACAACAAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATG
ACTATTTGAACTGGTTCGATAAACTAATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAAT
GTTAATATATTAGTATTAGTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAAC
AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTCA
CTCAATAAACAATATTTTTTAAAATCTTTTACTGATTAATTTTGGAATATTAATTAATTAGAATT
ATTATATTCCAAATAAGCTTATTTAAACAGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACAATTTGAATGTGTTCAAAAATTAGCTTTA
TTTTCTAAAATTATACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATT
CGCTTGCATAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATATTTTGAAATAGAT
AATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTCAACTTGATCGATAAAAAAA
Found at i:8462 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 8049--8474 Score: 460
Period size: 179 Copynumber: 2.4 Consensus size: 177
8039 TATCACTATG
* * * * * * * * ** *
8049 ATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTTA-T
**
8114 TTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATCATTTTATTCTGAATAA
65 TTTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATCATTTTATTCAAAATAA
* *
8179 GCTAGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGTCATAACA
130 GCTAGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAGTCATAACA
* * *
8227 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
* ** ** *
8292 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAAT-TTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAG
66 TTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATCATTTTATTCAAAATAAG
* * * * * *
8356 CTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATAACAAAGCAAAAGGTTATAGCG
131 CTAGTATAAACA-AAAACAATTATTTTATAACAAA--AAAA-GTCATAACA
** * * ** *
8406 ATTTTCAATAAATAATTGTTCAGATAATTATAATTATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTCATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
8471 TTTA
66 TTTA
8475 TTAGTATATT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 34, Indels: 7
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
176 52 0.25
177 34 0.16
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179 65 0.31
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACGATTTAAACTTATTCAGTAAACAGATTTATT
TTTAAATCTTTTACTTATAAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATCATTTTATTCAAAATAAG
CTAGTATAAACAAAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAGTCATAACA
Found at i:8841 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 8832--8882 Score: 52
Period size: 4 Copynumber: 13.0 Consensus size: 4
8822 AAATAGTATA
* * *
8832 TAAT TAAT TAAT TACAT TTAC TAAT TAAT AAAT TAAT TAA- T-AT TAAT
1 TAAT TAAT TAAT TA-AT TAAT TAAT TAAT TAAT TAAT TAAT TAAT TAAT
8879 TAAT
1 TAAT
8883 AACAATAATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 6
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
2 1 0.03
3 2 0.05
4 32 0.84
5 3 0.08
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (4 bp):
TAAT
Found at i:9199 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 9188--9212 Score: 50
Period size: 6 Copynumber: 4.2 Consensus size: 6
9178 CTAAAAAATA
9188 ATTAAT ATTAAT ATTAAT ATTAAT A
1 ATTAAT ATTAAT ATTAAT ATTAAT A
9213 ATAAGTTAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 19 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (6 bp):
ATTAAT
Found at i:9698 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 9677--9720 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 2.9 Consensus size: 15
9667 TAAAAAATTA
9677 AAATATAT-AATAAT
1 AAATATATAAATAAT
9691 AAATATATAATATAAT
1 AAATATATAA-ATAAT
*
9707 TAATACTATAAATA
1 AAATA-TATAAATA
9721 TTATTCTAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.31
15 1 0.04
16 12 0.46
17 5 0.19
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (15 bp):
AAATATATAAATAAT
Found at i:9788 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9742--9804 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
9732 ACCTAATATA
*
9742 ATTATAAATAATAATTAAT
1 ATTATTAAT-ATAATTAAT
9761 ATT-TATAATATAATGTAAT
1 ATTAT-TAATATAAT-TAAT
*
9780 ATTATTAATA-AATTATT
1 ATTATTAATATAATTAAT
9797 AGTTATTA
1 A-TTATTA
9805 TTGGAGATTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 9
0.78 0.04 0.18
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.11
18 15 0.39
19 18 0.47
20 1 0.03
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (18 bp):
ATTATTAATATAATTAAT
Found at i:9937 original size:22 final size:22
Alignment explanation
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Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
9899 TTATATTTAT
*
9909 AAATATTAAAATTATTATAATA
1 AAATATTAAAATTATAATAATA
**
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1 AAATATTAAAATTATAATAAT
9952 TGTTTATATT
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AAATATTAAAATTATAATAATA
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10122 TTAAGTATAC
* *
10132 ATATAT-ATGTTAATT
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ATATATAATATTATTT
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10131 CATATATATG
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10161 TT-ATATAATAA-ATTAT
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*
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TTAATATAATAATATTAT
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10313 TATCTCAATT
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*
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*
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TATAATTATAA
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10314 ATCTCAATTT
* *
10324 ATAATTATAATATAATTATTAATAATAACTATAA
1 ATAATTATATTATAATAATTAATAATAACTAT-A
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ATAATTATATTATAATAATTAATAATAACTATA
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11065 TAAATAATTG
* *
11075 AATATTA-AATTGTAATTAT-TAAT
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*
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1 AATATTATAATTTTAAT
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AATATTATAATTTTAATCATATAAT
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11084 TTGTAATTAT
11094 TAATAATATTAATAATTTTAA-GCATA
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*
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*
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TAATAATATTAATAATTTTAATGCATA
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11489 AATATATTTT
*
11499 ATTATTCATTAATTAATA
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ATTATTAATTAATTAATA
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11496 TTTATTATTC
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*
11535 ATTAATTATT
1 ATTAATTAAT
**
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ATTAATTAAT
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11844 TCATAAAAGC
*
11854 TTATTCAAAATATAGTAATACTAAT
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*
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1 TTATTCAAAATATAGTAAAACTAAT
11902 AAGAAATTTA
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12529 AAAATTTTTT
* * * * *
12539 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATA
1 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTACTTTAATCCAAAAAAACTTATATAAACA
* * * *
12604 GAAA-CAATTG-TTTATAACAGAACAAAAAGTCATTACT-ATTTGAAATAAATAATTACTCAAAT
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* * *
12666 AGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGATACATAGATTTTATTTTTTAAATC
129 AGT-AT-ACTTTTTGAACTAGTTAGATAAATAGA-ATTATTTTTTAAATC
* * * * *
12716 ACTTATTAACTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTCCAAAAAAACTTATATGAAC
1 ACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAACAAATTAGTATTACTTTAATCCAAAAAAACTTATATAAAC
* * * **
12780 AAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATATATAATTGTTCAAATA
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* * * *
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130 GTATACTTTTTGAACTAGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAA--TC
* *
12893 TTATTTATTAATTTTTAAAATATTAACAAA
1 --ACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAA
12923 ATTCATTTTA
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AAAGCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAG
TATACTTTTTGAACTAGTTAGATAAATAGAATTATTTTTTAAATC
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13622 ATAATATTCT
** * * * ** *
13632 AAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-AGTTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAA-
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATA-ATAAT
* * *
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* * *
13760 TCAATTTATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAAATAATTAAAATTTC
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* *
13813 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAT-AATTCTGTTTACCT-AGCTAGTTCAAATAATAAT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAATAAT
* ** *
13876 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-TAATGT
65 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTAT-T
* * * * * * * * *
13940 TTTTGTTCATA-TAAGTTTGTTCAAAATAAAATAACACTAATA-TATTAATATTTC
129 TTCTATTCATACT-AGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATAAAATTATTAAAATTTC
** * **
13994 AAAAATTAATAA--AA-A-TTTTAAAAAAT-AAATCTATTTA-TCAAACCGGTTCAAAT--TAA-
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAATAAT
* * * * * * * *
14050 GACTATTT-AAGTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTATGTTATAAGATAATAGT
65 GACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTATT
* * * * * * * * * *
14114 TTCTATTTATTCAAACTTA-TTCGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTT
129 TTCTATTCATACTAGCTTATTTAGAA-TAAAATAAAATAAAATTATTAAAATTTC
* * * * * * * *
14168 GACAATTAATAAGTAA-AAAATGTAAAAAATAAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAACAATCAT
1 AAAAATTAATAAGTAAGAGAAT-TAAAAAATAAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATAAT
* * * * * *
14232 GACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTCTTCTATCATAACAAAATTA-T
65 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACATTATT
* * * * *
14296 TTCAATTCATA-TAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTCTTAATATTTT
129 TTCTATTCATACT-AGCTTATTTAG-AATAAAAT-A-A--AA--TA--AA-ATTATTAAAATTTC
* * * * * * *
14359 GAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAAT-GAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAATAATTAT
1 AAAAATTAATAAGT-AAGAGAATTAAAAAATAAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATAAT
* * * * * ** * * * *
14422 AATTATTTAAACAATTATTTATTGGAAATCACTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATT-TT
65 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATTATT
* * * * * * * *
14486 TTTTATTCATACAAGCTTGTTTTGTATAAAATAATACAAATTTATT-AAA-TT-
129 TTCTATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAAATTATTAAAATTTC
* * * * ** *
14537 AAGACAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAT-AAATCTGTTTACTAAACAACTTCAAATCGTTA
1 AA-A-AATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATAA
**
14600 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACGATTTGTTTTGTCATAAA
64 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
14657 CCAATTGTTT
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AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAATAATG
ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTATTTT
CTATTCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAAATTATTAAAATTTC
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14765 ATCAATATTC
* *
14775 ATTA ATTA A-TA ATTA ATTA ATTA A-TA ATT- ATTC ATTA AATA ATTA
1 ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA ATTA
* *
14820 ATGA TATTA AATA ATTA A
1 ATTA -ATTA ATTA ATTA A
14838 AATATATAAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 7, Indels: 8
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ATTA
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14767 CAATATTCAT
14777 TAATTAA
1 TAATTAA
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1 TAATTAA
14791 TTAATTAA
1 -TAATTAA
*
14799 TAATTAT
1 TAATTAA
*
14806 TCATTAAA
1 TAATT-AA
14814 TAATTAA
1 TAATTAA
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14831 TAATTAA
1 TAATTAA
14838 AATATATAAT
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TAATTAA
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14765 ATCAATATTC
14775 ATTAATT-AATAATTA
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1 ATTAATTAAATAATTA
*
14804 ATTCATTAAATAATTA
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*
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1 ATTA-ATTAAATAATTA
14837 A
1 A
14838 AATATATAAT
Statistics
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14876 TTCATATTAA
14886 TAATTTATATAT
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14898 TAATTTATATAT
1 TAATTTATATAT
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14921 TAAT
1 TAAT
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Statistics
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TAATTTATATAT
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15194 ACAATCCAAT
* *
15204 TTAATATTA-AAT-TATTAATTTATGA
1 TTAATATTATAATATATTAATTAATCA
*
15229 -TAATTAGTATAATATATTATATTAATCA
1 TTAA-TATTATAATATATTA-ATTAATCA
15257 TTAATATTATAATAT
1 TTAATATTATAATAT
15272 TAAATATATT
Statistics
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TTAATATTATAATATATTAATTAATCA
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15526 ATTTATTAAG
* *
15536 AATATATTGTAAT
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AATATATTATTAT
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*
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*
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* *
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* * * * ** *
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* *
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* ** * **
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* * * * * * *
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* * * *
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** *
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* *
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* *
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*
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*
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* *
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* *
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1 TATTAAT
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*
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* *
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*
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*
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* * **
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* * *
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* *
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* *
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* * *
27194 AGGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTATCGAATCAATTTAAATAGTTATGAC
130 A-AAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGGC
* * * *
27246 AATTTGAACAATTATATATTTTC-AATTGTTAT-AACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 -ATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * * *
27309 ATCTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATATTAATCTAGTAATATTATG-AAATTTAATAA
63 TTCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATGAAAAATTAATAA
* * * *
27373 CTAATAGATTTAAAAAATAAACTT-GTTTACCGAATTAATTCAAATAGTTAAGGC
128 GTAA-AGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGGC
* * ** *
27427 -TATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTT-TTTTGTTGTAAAACAAATATTTT
1 AT-TTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
** * * * *
27489 TGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
64 TCATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATGAAAAATTAATAAG
27553 AGACTTAATA
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 61, Indels: 42
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 72 0.18
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183 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC
ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTATGAAAAATTAATAAGTA
AAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAATTCAAATAGTTATGGC
Found at i:28211 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 28024--28534 Score: 422
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
28014 ATCTGCTTAC
* ** * * **
28024 CAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTA
1 CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
* * **
28089 TTATATCA-ACAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTA
66 TTATAACACA-AAACAATT-GTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTA
*
28153 ATAATATTTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT
129 ATAATATTTCGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT
* * * * * *
28205 CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTCTATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACGTTTTC
1 CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
* * * ** * *
28270 TTTTAACGCAAAACAATTGTTTTGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAAT
66 TTATAACACAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAAT
** * * * **
28335 AATATTTTTAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTT-T
131 AATATTTCGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT
* * * * * * * * * * *
28383 ACTGAATCAGTTCAAATGGTTAAAATTAT-TAGAATAATTATCTATTTCATATCATTTTGATCTT
1 -C-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATAT-CAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTT
* * * ** * * *
28447 TTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA-CTTTATTCAGAATAAATTAATACTAA
63 TTATTATA-ACACAAAACAATTG-TTCTGTTCATACAAGC-TTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* * *
28510 TTTATTAACATTTAGAAAATTAATA
125 TTTAATAATATTTCGAAAATTAATA
28535 TGAAAGAGAT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 62, Indels: 14
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 7 0.03
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181 114 0.44
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTA
TTATAACACAAAACAATTGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAAT
AATATTTCGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGT
Found at i:29196 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 29164--29196 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
29154 AACTAGTTTA
29164 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
29182 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
29197 CAAATTGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:29949 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 28622--30830 Score: 1226
Period size: 180 Copynumber: 12.4 Consensus size: 180
28612 ACCAAATCAA
* * * * * * * * *
28622 TTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATTTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTG-TTTGATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TC
** * * ** *
28686 ATATGACAATTGTTTTT-TTTATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTCTAT-TCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* **
28750 CTTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACCAA-
129 -ATT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAA-CAAG
* ** * * * * * *
28801 TTCAAATAGTTATGGCTATTACAGCAGTT-TGTATACTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT--TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
28865 CATAAAACAA-T-TATTTCTGTTTATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAAACTAATCTAATAA
64 CATAAAACAATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
28927 TATTTTGAAAATTACTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTGTTT-GTCAAACTAG
128 TA--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTACT-GAACAAG
** * * * *
28983 TTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
29048 TAAAACAA-T-ATTTTCAATTCATACT-AGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAAA
66 TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * *
29109 ATTTCAAAAATTAATAAG----AGAATTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACTAG
129 A-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CTGAACAAG
* * * *
29160 TTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTC
* * *
29225 ATAAAACTAA-TG-TTTT-TGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTA
65 ATAAAAC-AATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTAT-TTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * **
29285 ATATTTCAAACATTAAT-A--AAAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCAAACTGG
127 ATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACT-GAACAAG
* * * * * * * * * *
29338 TT-TAA-A-TTAAGACTATTT-AAGCGATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTCTATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
*** * * ** * **
29399 ATAAGGTAATAG--TTTCTATTTAT-TCAAGCTTATTCGGATTAAAATAATAGAAATTTATTAAT
65 ATAAAACAATTGTTTTTCTATTCATAT-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
29461 ATTTTGACAATTAATAAGTAAAA-AATT---AAAT--A-TGTTTACTAAACTAG
129 A--TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAACAAG
* * * *** * * * * *
29508 ATCAAACAGTCATGACTATTTGAATGGTTATCTATTTCAGATCGTTATGACGTTTTCTTCTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
29573 TAAAA-AAAT-TATTTCAATACATATAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATA
66 TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
29635 TTTTGAAAAA-TAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTTAACAAG
130 --TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACAAG
* * * * * * * ** * * *
29689 TTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTCTTTGTTGAAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * *
29754 TAAAATGATT-TTTTTTTGTTCATATAAGCTTATTTTGAATAATATAATACAAATTTATTAA-AT
66 TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
29817 TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAG
131 TAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACAAG
* * * *
29869 TTCAAATCGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
29932 TAAAACAATTGTTTTT-TTTTCATACT-AGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
66 TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * *
29994 ATTTCGGCAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAG
129 A-TT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACTGAACAAG
* * * * * ** * *
30049 TTCAAATAGTCATGACTATTTGCATAATAATCTATTTCAAATCATCGTGAGCTTTT-TTTTGTAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
30113 TAAAATAATTG--CTTCAATTCATATAAGCCTA-TTTGAGAT---A-AA-A-TAA--TA-T--T-
66 TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** ** * * * *
30163 CCAAAAATTAA-AGAGTAACGGAATTAAAATAATGAATTTTCTTA-TCAATCAAG
130 TTAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATTGT-TTACTGAA-CAAG
* * * * * * * **
30216 TTGAAATAGTTATAACTATCTAAACACTTATCTATTTCAAAACATTATGAAATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** ** * *
30281 TAAAACAATTG--ATTCTATTTGTGCAACCGTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
66 TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * *
30343 TTCAAAAAATTAATAAGT-ATA-ATTT-TAGAATAAAGCTATTTTCTGAACACA-
130 TT--AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACTGAACA-AG
* *
30394 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
30459 TAAACCAATTG--TTTCTATTCAAACAAACTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ***
30522 TAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAG
131 T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACTGAACAAG
* * * *
30574 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
30639 TAAAACAATTG--TTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATATATTAACAT
66 TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** * * *
30702 TCTAAAAATTAATAAGTTGAATATTTAAAAAATTAATTAGTTTA-TCGAACCAG
130 T-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-GTTTACT-GAACAAG
* * * * * * * * * **
30755 TTCAACTAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTG
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
30820 TAAAACAATTG
66 TAAAACAATTG
30831 GTTCTTATCG
Statistics
Matches: 1579, Mismatches: 339, Indels: 222
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 22 0.01
167 55 0.03
168 31 0.02
169 6 0.00
170 13 0.01
171 5 0.00
172 10 0.01
173 104 0.07
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175 41 0.03
176 11 0.01
177 107 0.07
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180 311 0.20
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182 96 0.06
183 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTTCTATTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACTGAACAAG
Found at i:31404 original size:633 final size:631
Alignment explanation
Indices: 30201--31468 Score: 2169
Period size: 633 Copynumber: 2.0 Consensus size: 631
30191 ATAATGAATT
*
30201 TTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATAACTATCTAAACACTTATCTATTTCAAAACATTATGA
1 TTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA
*
30266 AATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTTGTGCAACCGTATTTTGAATAAAATAATATA
66 AATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTTATGCAACCGTATTTTGAATAAAATAATATA
* *
30331 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTATAATTTTAGAATAAAGCTATTTTCTGAACACATT
131 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAATAAAGCTATTTTCTGAACACATT
*
30396 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATA
196 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATA
30461 AACCAATTGTTTCTATTCAAACAAACTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTAAA
261 AACCAATTGTTTCTATTCAAACAAACTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTAAA
30526 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATT
326 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATT
*
30591 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA
391 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA
30656 TTCATACAAGTTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTG
456 TTCATACAAGTTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTG
* * *
30721 AATATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCGAACCAGTTCAACTAGTCATGTCCATTTGAACTATTAT
521 AAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAT
30786 CTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTGTAAAACAATTGG
586 CTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTGTAAAACAATTGG
* * *
30832 TTCTTATCGATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGA
1 TTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA
* *
30897 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTTATGCAAGCGTATTTTGAATAAAATAATATA
66 AATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTTATGCAACCGTATTTTGAATAAAATAATATA
* *
30962 AATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAAAATAAAGCTATTTTTTGAACACA
131 AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAG--AATAAAGCTATTTTCTGAACACA
* *
31027 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCA
194 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
31092 TAAATCAATTGTTTTTGTTCAGACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTTTAATTAATTAATATTC
259 TAAACCAATTGTTTCTATTCAAACAAACTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTA
*
31157 CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTT-AGTGAGTTCAAATAGTTATG
324 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TTGAGTGAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
31221 ATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTT
388 ATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTT
* * * * *
31286 CTATTCATACTAGTTTATTTGGAATAAACTAATACTAATATATTAATATTCTAAACATTAATAAG
453 CTATTCATACAAGTTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAG
31351 TTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTAT
518 TTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTAT
* *
31416 TATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGT
583 TATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTGTAAAACAATTGG
31465 TTCT
1 TTCT
31469 ATTCATACAC
Statistics
Matches: 597, Mismatches: 37, Indels: 4
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
631 160 0.27
633 435 0.73
634 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (631 bp):
TTCTTATCAATCAAGTTGAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA
AATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTTATGCAACCGTATTTTGAATAAAATAATATA
AATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAGAATAAAGCTATTTTCTGAACACATT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTGTCATA
AACCAATTGTTTCTATTCAAACAAACTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAATATTAAA
AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATT
ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGTTTATTTGGAAAAAAATAATACTAATATATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTG
AAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAT
CTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTATTGTAAAACAATTGG
Found at i:31428 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 30835--32307 Score: 1095
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 181
30825 CAATTGGTTC
* * * * * * *
30835 TTATCGATCAAGTTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACAT
1 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACAT
* * * * * *
30900 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTTATGCAAGCGTATTTTGAATAAAATAATATAAAT
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAAT
* * * *
30965 TTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGTA-AA-ATTTTAGAAAATAAAGCTA-T
131 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGA-TTTAAAAAATAAA-TTAGT
* * * *
31015 TTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
1 TTATCGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * * * *
31078 AATTTGTTTTGTCATAAATCAATTGTTTTTGTTCAGACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTTTA
64 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTA
* * * *
31143 ATTAATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
129 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTAGT
* *** * * * *
31195 TTA-CTTAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATC
1 TTATC-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGA-C
* * * * * * * *
31259 -TTTTGTTTTGTTATAAAATAGTTGTTTCTATTCATACTAGTTTATTTGGAATAAACTAATACTA
64 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTA
* * * *
31323 ATATATTAATATTCTAAACATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGT
129 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTAGT
* * * * *
31376 TTATCAAACCAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAT
1 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACAT
* ** * * * *
31441 TTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACACA-ATTATTTATAATAAAGTAATACTAA
66 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAA
* * *
31505 TTTATTAACATTC-AATACATTAATAAGCAAGAA-ATTTTAAAAAGA-AAATTTA-T
130 TTTATTAATATTCTAA-AAATTAATAAG-TAGAAGA-TTTAAAAA-ATAAA-TTAGT
* * * * * * *
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1 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAATTATTATGACA
* * * * * **
31622 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGATCATAAAAGCTTGTCCCA-AATAAAATAATATT
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT-TTAGAATAAAATAATATT
* * * * * * *
31685 ACTTCATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGAAGATTTAAAACATAAATCAGT
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* * * * * * *
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1 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTA-TTATCTATTTCAAATTATTATGACA
* * * * *
31802 CTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACTAGCTTATTCATAATAAAATAATATT
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*
31866 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-GT
128 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGT
* * * *
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1 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACAT
* * * *
31975 TTTGTTCTT-TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATAATA
66 TTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTA
* * * * *
32038 ATGTAATAATATTTTGAAAAATTAATAACTA-ATAGATTTAAAAAATAAATT-TT
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* ** * * * ** * * * * *
32091 TTGCTTAAACCGGTTCAAATAGTTAAGGCTATAGGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACA
1 TT-ATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATGACA
* * * * * * * *
32156 TTTTGTTTTATCGTAAAATAATTTTTTC-AGTTCTTACTAA-CTTATTCACAATAAAATAA-AAT
65 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATATT
* * * *
32218 AATTTATTAATATT-TAAAAAATTATTCAA-TA-AGAGATTTAATAAATAATTTTGT
128 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AAGTAGA-AGATTTAAAAAATAAATTAGT
* * *
32272 TT-GCTGAACCAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAA
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32308 TAATTAAAAT
Statistics
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TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTAGT
Found at i:41054 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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* * * * **
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* ** * * * * * * ***
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* * * * * *** * * * *
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* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-ACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-
* * * * * *
40627 CT-GTTTACTAAATC-AGTTCAATTAGTTATAACTATTTAAATAATTTTTTTATTTCAAATCATT
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* * * ***
40690 ATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTT-A
126 ATGA-CATTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAG-CTTATTTGA
* * * ** * ** *
40744 GAATAAAGTAATGCTAATGTATTAATATTTTGA-AAATTCGTAACTAACGGATTTAAAAAATGAA
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-ACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
40808 -T-TTGTTGGCCT-GACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATAAT
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACT
* * * * *
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* * * * * * *
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129 ACATTTTGTTTTATCACAAAACAATT-GTTTCCATTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * *
41286 ATTAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAA-T
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-ACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACT
* ** * *
41350 ATATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAAT-AGTTTT
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* ** * * * * **
41414 GACCTTTTGTTTCGTC-CTAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAA
128 GACATTTTGTTTTATCAC-AAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTATTTGA
** * * *
41467 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAAC
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41532 TATTTT-CTAAA
64 TATTTTACTAAA
41543 ATCAATAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTACAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAACTA
TTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
ATTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCCATTCATACAAGCTTATTTGA
Found at i:41618 original size:41 final size:42
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41551 TTGTAAGTGA
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Statistics
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TTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAT
Found at i:42003 original size:179 final size:179
Alignment explanation
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41590 AGATTTAAAA
* * *
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* * * * * * * * ** **
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* * ** ** * *
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*
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* **
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* * * *
41907 TAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGT-TAGTTTATTTGAAATAAAATAATATT
127 TAATAAAACAATTGGTTCAATTCAT-TCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATT
* * ***
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* * * *
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61 AAGTTCAAATAGTCATAACTATCTTAATAATTATCTACTTCAAAACATTACAACCATTTTGTTTT
* * *
42089 GTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAA
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* *
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1 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAA-AAAT
42192 TTATTTAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAAAATAAATGTTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTCATAACTATCTTAATAATTATCTACTTCAAAACATTACAACCATTTTGTTTTGTAAT
AAAACAATTGGTTCAATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATT
Found at i:42137 original size:183 final size:180
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41590 AGATTTAAAA
* * *
41600 ATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA
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* * * * * *
41664 ATTCAAATCGTTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTG
65 GTTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTTTTGTTTTG
* * ** * *
41728 TCATAAAATAATTTTTTCCGTCTATACGAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATT
129 TCATAAAACAATTGTTTCATTC-ATTCAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATATT
* * ** * *
41781 GATTTATTAATATTTC-AACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAA-AAATAAGTTTACCAAACA
1 -ATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* * * * *
41843 AGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTAA-CATTTTGTTTT
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTT
* * * *
41906 GTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGT-TAGTTTATTTGAAATAAAATAATATT
128 GTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCAT-TCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATT
* * *
41960 ATTTTATTAATATTCAAAAAATTAAAAAGTAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACA
1 A-TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
* *
42025 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAAACATTACAACCTTTTTGTTTTG
64 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTG
* *
42090 TCATAAAACAATTGGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAA
129 TCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT-T
* * * *
42144 ATTTATTGATGTTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTTAAAAATAAAT
1 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAAT
42192 TTATTTAAAA
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 54, Indels: 33
0.80 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 4 0.01
179 71 0.21
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATT
Found at i:42907 original size:181 final size:180
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42203 TTAATGTTCC
* ** * * *
42213 AAAACCAATTGTTTCTA-TTTATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTATTTTATTACTATT
1 AAAA-CAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
* * * ** * *
42277 TTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAGACTAAATCTCTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAT
63 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
42338 AACTATTTGAACAATTATCTATCTCCAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCCT
128 AGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * ** * *
42390 AAAACATTTAATTTTTA-TTCA-ACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATATT
1 AAAACAATT--GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** *
42453 CTAAACATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCTGAATCAGTTCAAATAGTTA
64 -TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATCAGTTCAAATAGTTA
* * *
42516 -AGACTA-TTATAACAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
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* * * * *
42570 AAAATAATTGCTTCAATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTA
1 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * * *
42635 GAAAATTATTAAGTAAGA-AATTAGAAAAA-AAATCTA-TTTACCTAA--AGTTCAAATATTTTT
66 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATC-AGTTTATCGAATCAGTTCAAATA-GTTA
* * * * * *
42695 TA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CTTGATATTTTATCAT
127 TAGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCAT
* * **
42748 AAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCTAAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATTA
1 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * *
42812 TAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATA
64 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATA
* * *
42877 GCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGCCAT
129 GCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
*
42929 AAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 AAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
42992 TGAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTA
64 T-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTA
* * * *
43056 TAACTATTTGAACAATTATATATTTTC-AATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
127 TAGCTATTTAAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
43110 AAAACAATTATTT-ATCTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATCTAGTAATATCA
1 AAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-T
* * * * * ** * * * * *
43174 TGAAATTTAATAACTGATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAATTTAAACAGTTAAA
64 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATA
* *
43239 GCTATATGAAA-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGT
129 GCTAT-TTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
43291 AAAACAAATT-TTT-TGTTCATATATGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
1 AAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * *
43354 TAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAATCTA-TTTA-C-CATACTAGTTCAATTAGTT
64 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAAT-C-AGTTCAAATAGTT
* * * * *
43412 ATAACAATTTGAACATTTATTTATTTCAAATCGT
126 ATAGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGT
43446 ACTAAATTAA
Statistics
Matches: 842, Mismatches: 164, Indels: 101
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 7 0.01
176 91 0.11
177 17 0.02
178 125 0.15
179 97 0.12
180 137 0.16
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182 19 0.02
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATAGC
TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
Found at i:43256 original size:362 final size:351
Alignment explanation
Indices: 42241--43445 Score: 1155
Period size: 362 Copynumber: 3.4 Consensus size: 351
42231 TTATACAAAA
* * * * *
42241 TTATTCAGAATAAAATAATACTATTTTATTACTATTTTG-AAAATTAATAAGAGATTTAAAGACT
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
42305 AAATCTCTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCCAATTGT
65 AAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTCAATCGT
* * * *
42370 TATGATTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTAATTTTTATTCA-ACAAGCTTATTCAAAGTAAAATA
130 TATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATA
* * * *
42434 TTGTTAAATTAATAATATTC-TAAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GCT
193 ATATT-AATTAATAATA-TCATAAA-ATTAATAAGTAA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-
* * *
42497 GAATCAGTTCAAATAGTT-AAGACTATTATAACAATTATTTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG
253 GAATCAGTTCAAATAGTTAAAG-CTA-TATAAAAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * *
42561 TTTAGTCATAAAATAATTG--CTTCAATTCATACATGC
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* *
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24 6 0.19
25 14 0.45
26 6 0.19
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ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.03, T:0.63
Consensus pattern (26 bp):
ATTTAATTTTTTTAAATCTATTAGTT
Found at i:54648 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 54444--56194 Score: 1396
Period size: 180 Copynumber: 9.6 Consensus size: 181
54434 TTTATTTAAT
* * **
54444 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTATTTTTA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCGA
* * * * * *
54507 ATAAACTTGTATG-ATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATA
64 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* *
54571 TATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAAAAAATTTA
129 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTA
* * * * *
54624 TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTAATCCGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * **
54689 AGGCTTGTATGATAAAAACAACAATTGGTTTATGATGAAACAAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT
66 AAGCTTGTATGA-ATAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * *
54754 ATATAATT-ATTAAATGGTTGA-AATTATTTGAAC--GATTTGATAAACTAATTTA
128 AGATAATTGTTTAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTA
* * * * * *
54806 TTTTTTAAATCTCTAACTTATCAACTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * ** * * * * *
54870 AAGCTTTTATGCACCGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTCAAATATA
66 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * *
54935 TAATTGTTCAAATAGTTATAACAATTTTAACTTGTTCAGTAAACTAATTTA
131 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA
* * * * * * *
54986 TGTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAA
1 --TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
** * * * ** * * ** *
55051 ATTGGCATGTATGAGCTA-AAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAAAATCAGAACAAGTTGAAA
64 ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * ** *
55115 TAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGATTTGACAAACACATTTA
127 TAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTA
* *
55170 -TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
** * ** *
55229 AATTTTGTATGAATACCAATTATTCTAAATCATTGGTATTATTTTACAACAAAACAAAATGTCAT
66 AAGCTTGTATGAATA-GAA--A--C---A--ATT-G-----TTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * * * * * * * * *
55294 AACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGCTAAATAGATT
115 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATT
55359 TA
180 TA
** * * *
55361 TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
* * *
55425 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAA-GAAAAGATCATAATGATTTGAAATA
65 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATA
* * * * **
55489 AATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTT-GGTAAACAAA-TT-
129 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTA
* * * * *
55540 TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAAATTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* * * * * * *
55603 AAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATCACAAAATAAATAGTCATAA-AATTTGAAATAG
65 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * ** *
55667 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTAGAAAAATAAATTTA
130 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTA
* * * *
55720 TTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATCTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAA
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-G
** * *
55781 AATAAGCTT-TCATGAATAGATCCAATTGCTTTCTGACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTGAA
63 AATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT-TTGAA
* * * * *
55844 ATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAATTATTTGAACTTTTTCGGTAAAAAAATTCA
126 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA
* * * * **
55900 TTTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTGAAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTTAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * * *
55965 AA-TTTATATTAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAA
66 AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * *
56028 ATAATTATTCAAATAGTCA-GACTATTTGAATTTATTCAGTAAATATATTTA
130 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA
* * * * * *
56079 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAAT
1 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
*
56144 AAGCTTG-CTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
66 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
56195 AATTATCTAT
Statistics
Matches: 1245, Mismatches: 256, Indels: 141
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 50 0.04
177 44 0.04
178 119 0.10
179 175 0.14
180 260 0.21
181 189 0.15
182 87 0.07
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196 3 0.00
197 57 0.05
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Consensus pattern (181 bp):
TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA
TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA
Found at i:55115 original size:362 final size:364
Alignment explanation
Indices: 54444--56144 Score: 910
Period size: 358 Copynumber: 4.7 Consensus size: 364
54434 TTTATTTAAT
* * * * * * **
54444 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACAATAGTATTATTTTATTTTTAAT
1 TTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTGAGAATATTAATACAATAATATTATTTTATTTCAAAT
* * * * *
54509 AAACTTGTATGATAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATAT
66 AAACTTGTATGACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATATAT
* * *
54574 AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * * * *
54639 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGATAA
196 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATAGGCATGTATGATAA
* ** * ** * *
54704 AAACAACAATTGGTTTATGATGAAACAAAAAGTTCATAATGATTTGAAATATATAATTATT-AAA
261 AAACAACAATTAGTTTATGATGAAACAAAAAAATCAGAACAAGTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
54768 TGGT-TGAAATTATTTGAAC-GATTTGATAAACTA-ATTTA
326 TAGTCT-AAACTATTTGAACTGATTTGACAAAC-ACATTTA
*
54806 TTTTTTAAATCTCTAACTTATCAACTTTTGA-AATATTAATA-AGTAATATTATTTTATTTCAAA
1 TTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA-TTTTGAGAATATTAATACAATAATATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *
54869 TAAGCTTTTATGCACCGAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTCAAATAT
65 TAAACTTGTATG-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATAT
* * ** *
54934 ATAATTGTTCAAATAGTTATAACAATTTTAACTT-GTTCAGTAAACTAATTTATGTTTTTTTAAT
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAAAAATTTA--TTTTTTAAAT
* * * * * * * *
54998 TTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTCAAATTGGCATGTAT
191 CTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATAGGCATGTAT
*** * * *
55063 GA-GCTAA-AACAATTATTTTATGATTAAACAAAAAAATCAGAACAAGTTGAAATAGATAATTGT
256 GATAAAAACAACAATTAGTTTATGATGAAACAAAAAAATCAGAACAAGTTGAAATAGATAATTAT
* *
55126 TCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGACAAACACATTTA
321 TCAAATAGTCTAAACTATTTGAACTGATTTGACAAACACATTTA
* * * * **
55170 -TTTTTAAATC-CTTA-TTA--ATTTTTGA-AATAGTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 TTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTGAGAATATTAATACAA-TAATATTATTTTATTTCAAA
** * * ** *
55228 TAATTTTGTATGAATACCAATTATTCTAAATCATTGGTATTATTTTACAACAAAACAAAATGTCA
65 TAAACTTGTATG---A-C----A---GAAA-CA-----ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * * * * * * * *
55293 TAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT-GTT-TGCTAAATAG
113 TAATAATTTCAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGGTTCAG-TAAAAAA
* * * * *
55356 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATT
176 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTATAAT
*** ** * * * ** * * * ** *
55420 TTGAATAAACTTGTATGA-ATAGA-AACAATT-GTTTTATGACCAAA-GAAAAGATCATAATGAT
240 CCAAATAGGCATGTATGATAAAAACAACAATTAG-TTTATGATGAAACAAAAAAATCAGAACAAG
* * * * * * ** *
55481 TTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTCACTTGGTAAACA-AATT-
304 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTA-AACTATTTGAACTGATTTGACAAACACATTTA
* * * *
55540 TTTTTT-AATCTTTTACTTATTAAATTTTGA-AATTTTAATA-AATTAATATTATTTTA-TTCTA
1 TTTTTTAAATCTCTAACTTA-TCAATTTTGAGAATATTAATACAA-TAATATTATTTTATTTC-A
* * * *
55601 AA-AAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTATCACAAAATAAATA-GTCATAA-AATTTGAA
63 AATAAA-CTTGTATG-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATAATTTCAA
* * * * * * * *
55663 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTTAGAAAAATAAATTTATTGTTTA
125 ATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAA-AAATTTATTTTTTA
** * * * * *
55727 AAT-TATTATTTATTAATCTTTTG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGC-
188 AATCTCCTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTATAATCCAAATAGGCA
* * * * ** * * ***
55788 TTTCATGA-ATAGATC--CAATT-GCTTTCTGACAAAAC-AAAAAGTCATAATGTGTTGAAATAG
251 TGT-ATGATA-AAAACAACAATTAG-TTTATGATGAAACAAAAAAATCAGAACAAGTTGAAATAG
* * * * * ** * * *
55848 ATAATTGTTTAGATAGTC-ATAATTATTTGAACT-TTTTCGGTAAAAAAATTCA
313 ATAATTATTCAAATAGTCTA-AACTATTTGAACTGATTT-GACAAACACATTTA
* * * * * * **
55900 TTTTTTAATTCTCTTACTCATTCATTTTTGA-AATATTAATA-AGTTAGTATTATTTTATTTTTA
1 TTTTTTAAATCTCTAACTTA-TCAATTTTGAGAATATTAATACA-ATAATATTATTTTATTTCAA
* * * * * * *
55963 AT-AATTTATATTAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
64 ATAAACTTGTA-TGAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAAT
* * * * ** * *
56026 AAATAATTATTCAAATAGTCA-GACTATTTGAATTTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATC
127 ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATC
** * * * * *
56090 TTTTACTTATTAATTATCGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
192 TCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATA
56145 AGCTTGCTGA
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 224, Indels: 128
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
357 4 0.00
358 177 0.17
359 98 0.09
360 99 0.09
361 106 0.10
362 167 0.16
363 36 0.03
364 82 0.08
365 3 0.00
368 1 0.00
369 3 0.00
370 6 0.01
371 11 0.01
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374 5 0.00
375 112 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (364 bp):
TTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTGAGAATATTAATACAATAATATTATTTTATTTCAAAT
AAACTTGTATGACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTCAAATATAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCCT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATAGGCATGTATGATAA
AAACAACAATTAGTTTATGATGAAACAAAAAAATCAGAACAAGTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCTAAACTATTTGAACTGATTTGACAAACACATTTA
Found at i:55695 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 55642--55697 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
55632 TATCACAAAA
*
55642 TAAATAGTCATAAAATT
1 TAAATAGTCATAATATT
*
55659 TGAAATAG--ATAATTGTT
1 T-AAATAGTCATAA-TATT
55676 TAAATAGTCATAACTATT
1 TAAATAGTCATAA-TATT
55694 TAAA
1 TAAA
55698 CATGTTTAGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 7
0.74 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 10 0.32
17 4 0.13
18 17 0.55
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
TAAATAGTCATAATATT
Found at i:57808 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 57680--57809 Score: 176
Period size: 65 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
57670 TATTAGTATT
* * *
57680 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTATGATAGAAAGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGATAATAA
57745 CA
65 CA
*
57747 ATTTTATTT-AATAAGCTTGTATGTTGGAAAA-TAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATAATA
1 ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTT-GAAAAGCAATTGTTTTATGACAGAAA-AAAAGATAATA
57809 A
64 A
57810 TGAGTTGAAA
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 4, Indels: 6
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
64 3 0.05
65 40 0.70
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67 9 0.16
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (66 bp):
ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTATGACAGAAAAAAAGATAATAAC
A
Found at i:58368 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 57747--58373 Score: 592
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 177
57737 GGTAATAACA
**** * *
57747 ATTTTA-TTT-AATAAGCTTGTATGTTGGAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * **
57810 TGAGTTGAAATAGATAATTATTC-AA-GACCATAATTATTTGATCTAATTCGGTAAGCTGATTTA
66 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGACCAT-ACTATTTGAACTGATTC-GTAAACAAATTTA
* * * *
57873 TTTTTTATAT-CT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
129 TTTTTTAAATCCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTT
* * * * * *
57920 ATTTTATTTTGCATAAGCTTTTAT--ACTGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGTTCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * *
57983 CT-ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATACTTATTTGAATTTGTTTAGTAAACAAATTT
66 -TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGACCATAC-TATTTGAA-CTGATTCGTAAACAAATTT
** * *
58047 ATTTTTTCAAATCTCATACTTATTAATTTTCAGAATGTTAATAAATCAGTATTT
128 ATTTTTT-AAATC-C-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-TTT
* ** * * * * *
58101 TTTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAAGAATTGTTTTATGAAAAAACAAAATATCATAA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
** * *
58166 CCATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGA-CATGACTATTTGAACTGATTCGATAAACAAATTA
66 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GACCAT-ACTATTTGAACTGATTCG-TAAACAAATTT
* *
58230 ACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTT
128 ATTTTTTAAATC-C-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTT
58282 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATA
1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATA
* *
58346 ATGATTTTAAATAGACAATTATTCAAAT
65 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
58374 AGTCATAGCT
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 75, Indels: 32
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 54 0.15
174 7 0.02
175 38 0.11
176 6 0.02
178 1 0.00
179 1 0.00
180 27 0.08
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184 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGACCATACTATTTGAACTGATTCGTAAACAAATTTATT
TTTTAAATCCTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTT
Found at i:58672 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 58648--58691 Score: 54
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58638 ATAATAAAAA
58648 TTAAATATTTTAAT
1 TTAAATATTTTAAT
*
58662 TTAAATATTTAAAAT
1 TTAAATATTT-TAAT
58677 TTAAA-AGTTTTAAT
1 TTAAATA-TTTTAAT
58691 T
1 T
58692 ATTAACATTC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 15 0.58
15 11 0.42
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TTAAATATTTTAAT
Found at i:58687 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 58634--58691 Score: 73
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58624 ATATCAATAA
58634 TTAAATAATAAAAATTAAATATTTTAAT
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* *
58662 TTAAATATTTAAAATTTAAA-AGTTTTAAT
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58691 T
1 T
58692 ATTAACATTC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
28 8 0.31
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TTAAATAATAAAAATTAAATATTTTAAT
Found at i:58696 original size:23 final size:24
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Indices: 58661--58705 Score: 56
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58651 AATATTTTAA
*
58661 TTTAAATATTTAAAATTTAAAAGT
1 TTTAAATATTTAAAATTCAAAAGT
* *
58685 TTTAATTA-TTAACATTCAAAA
1 TTTAAATATTTAAAATTCAAAA
58706 AATTAATAAG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 1
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 11 0.61
24 7 0.39
ACGTcount: A:0.49, C:0.04, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (24 bp):
TTTAAATATTTAAAATTCAAAAGT
Done.