Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167828.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_100, whole genome shotgun sequence
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* * * *
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* * *
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* ** *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGTTTAAAAAATAATTTGTTTACT-GAA-CTAGT
* * * * * *
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*
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59420 AT
178 AT
* * * *
59422 GTAATAATA-CTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAACTTTGTTTGCTGAACTAG
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* * * * * **
59485 TT-AAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGA-TCTTTTGTTTTATC
62 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACT-TTTTGTTTCGTC
* * * * *
59548 ATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAAT
126 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AAT
* **
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1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAA-TTTGTTTA-CTGAACTAGTT
* * * * * * * *
59663 CAAATAATTATGATTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
64 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTCGTCATA
* **
59728 AAACAAATGTTTTTGTTCATA
129 AAACAATTGTTTCAGTTCATA
59749 TATGTTTGTC
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TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAATTTGTTTACTGAACTAGTTCA
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59346 AATAAACCTT
* * *
59356 TTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTCATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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* **
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* * * ** *
59486 TAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGATC
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* * * *
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* * * * *
59599 AATTTATTAATA-TTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAACAAATAATTTTGCATACCT-AACT
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* * * *
59659 AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAAGAATTATTTATTTCAAATAATTATGACC
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1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
59734 ATGTTTTTGT
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AAATAATTAAGACTATATGAAGAATTATCTATTTCAAATAATTATGACC
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59840 TTCAGATAAT
**
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1 TAATAATAAATTATAAGTATAGA
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1 TAATAATAAATTATAAGTATAGA
59894 -AATAAT
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59900 TTAATTTATT
Statistics
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TAATAATAAATTATAAGTATAGA
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59840 TTCAGATAAT
***
59850 TAATAATAAATTATAAGTATTTA
1 TAATAATAAATTATAAGTAGAAA
59873 TAATAAT-AATTATAAGTAAGAAA
1 TAATAATAAATTATAAGT-AGAAA
59896 TAAT
1 TAAT
59900 TTAATTTATT
Statistics
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60291 TTACATAACA
* *
60301 AATAGTTTATTTTTTATT
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1 AATAATTTATTTTTAATT
60336 AATAATT
1 AATAATT
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AATAATTTATTTTTAATT
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60741 AAAATGTGTC
* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* *
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* *
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* * * *
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** * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * *
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1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * * * *
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* * ** ** * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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** * * * * *
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** * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * ** * * * * *
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* ** * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
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* * * ** *
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* * * * *
62716 ATGACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
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* ** * * * * * *
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126 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTAAGAACAGAAACAATTGTTTT
** * *
62896 ATGACAAAACAAATTGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
62960 A-TGTGTTCAAAAAACATA-TTATTTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATAAA
66 ACT-TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * *
63023 TTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AGACTAATTATTTT
127 -TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTAGTAAGAACAGAAAC-AATTGTTTT
* * * *
63074 ATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
63139 ACTTTTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAA
66 ACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * ** * *
63204 ATTAG-AGCTATTTTATTTCAAATAAGCTTATGT--TAATTGAAATAATTATTTT
126 ATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGC-TA-GTAAGAACAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
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1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
63321 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTGTTAATTGTCAAAATATTAATAAA
66 ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T--CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * * * *
63386 TTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
127 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTAAGAACAGAAACAATTGTTTT
* * *
63437 ATTATAAAACAAAAAGTCATAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA
63459 CAATTCAGTT
Statistics
Matches: 1969, Mismatches: 448, Indels: 221
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 75 0.04
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Consensus pattern (177 bp):
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ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTAAGAACAGAAACAATTGTTTT
Found at i:61463 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 60751--63458 Score: 2024
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60741 AAAATGTGTC
* * * * * * * * *
60751 ATGAGAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAATTATTTAA
1 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * **
60816 ACTTTTCGATAAATAGATTTATTTTTTGAATGTTTTACTTATTAGTTGTCTGAATATTAATAAAT
66 ACTATTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
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* ** * * * * *
60944 AGGTTATAGCGATTAGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGTACTTG-TTCGATA
193 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TA
* * * * *
61008 AACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAATAGA-ATTATATTAT
257 AACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTAT
* * * *
61072 TTCAAATAAGC-TAGTA-CAGACAGAAACAATTGTTTT
321 TTGAAA-AAACTTA-TATGA-ACAGAAATAATTGTTTT
* * * *
61108 GTGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGC
1 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** *
61172 ACTAATCAGGTCAATTGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTCAAAATATTGATAAA
66 ACTATTC-GGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* * *
61236 TTAGTATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAATACAAA
129 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * *
61300 TGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTAGTAA
193 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAA
* * * *
61365 ATAGTTTTATTTTTTAAATTTCTTCTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTC
258 ACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-
* * * *
61430 TGAAAAAACTTATATGTACAAAAACATTTGTTTT
322 TGAAAAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTT
* ** * * *
61464 ATGACAAAATAAAAGAACATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
1 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * * * *
61529 ACTGGTTAGGCAAACTGAATTGTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAA
66 ACT-ATTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAA
* * ** ** * * * * * *
61593 ATTTGTTTTGCTTTATTTTTGAATAAG-TTACTAAGAA-ATGAAAAAAATTGTTTTACGCCAAAA
128 ATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTT-GTATGAACA-G-AAACAATTATTTTATGACAAAA
** * * * * * * * *
61656 CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAAATATTTGAACTAGTTCA
189 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
* * * * * *
61721 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTA
254 GTAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * *
61786 TTTTATTTCAAGCAAACTTATGTGAATAGAAATAATTGTTTT
315 TTTTATTTGAA-AAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTT
* * * * *
61828 ATGAGATAAATAAAATGTTC-TAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1 ATGATA-AAATAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
61892 GAATTGGTTCAGTAAACAGATTAACTTTTTAAATC-TT--TTATTAATTTTTAAAATATTAGTAA
64 GAACT-ATTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* * ** * * *
61954 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAA
128 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * **
62019 AGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TAATTT-GATA
193 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TA
* ** * * **
62082 AACTGATTTATTTTTTAAAACTCCAACTTCTTAATTTTTGAAA-ATTAATAAAGCAATATTATTT
257 AACAGATTTATTTTTT-AAA-T--TTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * *
62146 TATTTTGGAAAAAATTTATAT--ACTGAAATAGTTGTTTT
318 TA-TTT-GAAAAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTT
* * *
62184 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAACTATTGAAAATAGTCATAACTATTTG
1 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
62249 AACTTATTCGGTAAATAGA--T-TTTTTTAAA-CAATTT--TTATTAATTTTCTAAATTTTAATA
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* * * * * * * *
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127 AATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
** * * * * * **
62373 AATATCATAATAATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTTAAAA
192 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA
* * * * **
62438 AACACA-TT-TTTTTTAAA-TCCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGTTATTATTTTATT
257 AACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* ** * * *
62500 CTGAATAATTTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTT
322 -TGAAAAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTT
* * * * * * * * *
62534 ATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAA-CAGTTCAAATGGACATGACTATTTA
1 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
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65 AAC-TATTCGGTAAAAAGA-TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATT-AATTTTCAAAATATTAAT
* * * * *
62662 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
126 AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * *
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191 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * *
62792 AAACAAATTTATTATTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTAGAGATATTAATAAATTAATATTATT
256 AAACAGATTTATTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * *
62856 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTC
317 TTA-TTTGAAAAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTT
* * ** ** *
62896 ATGACAAAACAAATTGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGA
1 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *** * *
62960 ATGTGTTC--AAAAAACATATTATTTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATAAA
66 A-CTATTCGGTAAAAAGAT-TTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* *
63023 TTTA-TATTATTTTATT-CGAAATAAGCTTGCATGAACA-AGACTAATTATTTTATGACAAAACA
129 -TTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-AATTATTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
63085 AATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTTGGT
191 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
* * * *** **
63150 AAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAAATTAGA-GCTA
256 AAACAGATTTATTTTTTAAATT-TC-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTA
* * * * ** *
63214 TTTTATTTCAAATAAGCTTATGTTAATTGAAATAATTATTTT
315 TTTTATTTGAAA-AAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTT
* * * ** * *
63256 ATTACAAAATAGAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTTGA
1 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
63321 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTGTTAATTGTCAAAATATTAATAAA
66 AC-TATTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
* * * * *
63386 TTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAA
129 TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
*
63451 AGTCATAA
194 GGTCATAA
63459 CAATTCAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (355 bp):
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AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
GATTTATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAA
AAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTT
Found at i:61904 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 60751--63458 Score: 1977
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* * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-
* *
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* * * * * *
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* * * * *
61108 GTGATAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGC
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * ** * * *
61172 ACTAATCAGGTCAATTGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAA-TTTCAAAATATTGATAAA
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* * * * * *
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129 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * * *
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1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
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66 A-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * * * * *
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* ** *
61464 ATGACAAAATAAAAGAACATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
61529 ACTGGTT-AGGCAAACTGAATTGTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATA
66 A-TTGTTCA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
* * ** ** * *
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127 AATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTA-TATGAATA-G-AAATAATTGTTTT
* * ** * * * * * *
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1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
61712 ACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATA
66 A-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
** * *
61777 TTAGTATTATTTTATTTCAAGCAAACTTATGTGAATAGAAATAATTGTTTT
129 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * ** *
61828 ATGAGATAAATAAAATGTTC-TAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
1 ATGACA-AAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
61892 GAATTGGTTCAGTAAACAGATTAACTTTTTAAATC-TT--TTATTAATTTTTAAAATATTAGTAA
64 GAATT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * *
61954 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTT
128 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-AGAAATAATTGTTTT
* * * * * *
62006 ATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * ** * *
62071 ATAAT-TTGA-TAAACTGATTTATTTTTTAAAACTCCAACTTCTTAATTTTT-GAAAATTAATAA
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** * * ** * *
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128 ATTAGTATTATTTTA-TTT-CAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * * * * *
62184 ATGATAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAACTATTGAAAATAGTCATAACTATTTG
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
62249 AACTTATTCGGTAAATAGA--T-TTTTTTAAA-CAATTT--TTATTAATTTTCTA-AATTTTAAT
65 AA-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAAT
* * * * * *
62307 AAATTAGTATTACTATATTTCAAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTTT
126 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTT
* * ** * * * *
62361 TTGACTAAACAAAATATCATAATAATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGCCTTAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * *
62426 ACTGGTTTAAAAAACACA-TT-TTTTTTAAATC----CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAA
66 A-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* ** * *
62484 TT-GTTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTT
129 TTAG-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * * * ** * * * *
62534 ATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAACAGTTCAAATGGACATGACTATTTAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
62599 ACTTGTTCGGTAAACATATTTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAATTTTAGAATAATAATAA
66 A-TTGTTCAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * *
62664 ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTT
128 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * *
62716 ATGACAAAACAAAAGATCATAAAGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * *
62781 ACTTGCTT-GGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTAGAGATATTAATAA
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* ** * * *
62844 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTC
128 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
** *
62896 ATGACAAAACAAATTGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * * * *
62960 ATGTGTTCAAAAAACATA-TTATTTTTTAAATTTTTATTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATAAAT
66 AT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-
** * * *
63024 TTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AGACTAATTATTTT
129 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGA-AATAATTGTTTT
* * * * *
63074 ATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* ** * * * * * *
63139 ACTTTTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAA
66 A-TTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * *
63204 ATTAG-AGCTATTTTATTTCAAATAAGCTTATGTTAATTGAAATAATTATTTT
128 ATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * * * * * *
63256 ATTACAAAATAGAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTGACTATTTGA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** * * * * *
63321 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTGTTAATTGTCAAAATATTAATAAA
66 A-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * * * *
63386 TTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
129 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * *
63437 ATTATAAAACAAAAAGTCATAA
1 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA
63459 CAATTCAGTT
Statistics
Matches: 1998, Mismatches: 432, Indels: 195
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 76 0.04
174 51 0.03
175 24 0.01
176 164 0.08
177 313 0.16
178 246 0.12
179 143 0.07
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ATTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTT
Found at i:63306 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 63274--63306 Score: 50
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63264 ATAGAAGGTC
*
63274 ATAATTATTTGAAATAG
1 ATAATTATTTCAAATAG
63291 ATAATTA-TTCAAATAG
1 ATAATTATTTCAAATAG
63307 TCTTGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
16 8 0.53
17 7 0.47
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTCAAATAG
Found at i:63781 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 63494--64002 Score: 499
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
63484 AATAATTTTG
* * ** * ** * * *
63494 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTT
1 ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* *
63559 TTGTTCATATAAGT-TTGA-TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
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* ** *
63622 CA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-GCCAT-ACTAATTCAATTAGTTATA
128 -AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-GTTTAG-CATGACTAATGCAAACAATTATA
* * *
63675 ACTATTTGACCAAATATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * ** **
63740 CTGTTTATATAATCTTATTTAGAATAAAGTAATGGTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
66 TTGTTCATATAATCTTATTTAGAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * * * *
63805 TAATG-GATTTAGAAAATGTATCTTTTAGCTTGACTAGTGCAAACAATTATG
130 TAA-GAGATTTAAAAAATAAATCGTTTAGCATGACTAATGCAAACAATTATA
* * * *
63856 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
63921 TTGTTCATACAAACTTATTCATAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAG
66 TTGTTCATATAATCTTATTTAGAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
*
63986 TGAGAGATTTAAAAAAT
130 TAAGAGATTTAAAAAAT
64003 GAATATGTTT
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 52, Indels: 18
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 12 0.04
181 253 0.95
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
TTGTTCATATAATCTTATTTAGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCGTTTAGCATGACTAATGCAAACAATTATA
Found at i:63878 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
63836 GACTAGTGCA
63846 AACAATTATGACTATTTG
1 AACAATTAT-ACTATTTG
63864 AACAATTAT-CTATTT
1 AACAATTATACTATTT
63879 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AACAATTATACTATTTG
Found at i:64409 original size:300 final size:300
Alignment explanation
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Period size: 300 Copynumber: 1.9 Consensus size: 300
63844 CAAACAATTA
* *
63854 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGT
1 TGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTAT
* * *
63919 TTTTGTTCATACAAACTTATTCATAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTA
66 TTTTGTTCATACAAACTTATTCATAATAAAAAAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * **
63984 AGTGAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTTGGCTATTTGAACAA
131 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATATAACTATTTGAACAA
* * * **
64049 TTATCTAGTTTAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAAATTTTTTTATTCATACAAG
196 TTATCTAGTTTAAATTGCTATAACCTCTTGTATTGCCATAAAATAAATTTATCAATTCATACAAG
64114 CTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAATTTTGAATAGTTT
261 CTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAATTTTGAATAGTTT
* * * * * *
64154 TGACTATTGGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
1 TGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTAT
** * * * * *
64219 TTTTGTTCATATTAGCTTATTTATATTAAAAAAATAT-TAATTTATTAATATTTCAACAATTAAT
66 TTTTGTTCATACAAACTTATTCATAATAAAAAAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
** * *
64283 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAT
130 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAAT-ATAACTATTTGAAC
* ** *
64348 AATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGGCC-CTTGT-TTCGCCATAAAA-CAATTATATCAATTCAT
194 AATTATCTAGTTT-AAATTGCTATAACCTCTTGTATT-GCCATAAAATAAATT-TATCAATTCAT
* *
64409 ATAGGCTTATT
256 ACAAGCTTATT
64420 CGAAATAAAA
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 39, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
299 6 0.03
300 185 0.83
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (300 bp):
TGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTAT
TTTTGTTCATACAAACTTATTCATAATAAAAAAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATATAACTATTTGAACAA
TTATCTAGTTTAAATTGCTATAACCTCTTGTATTGCCATAAAATAAATTTATCAATTCATACAAG
CTTATTTCAAATCTGTTTACCGAATAATTTTGAATAGTTT
Found at i:64507 original size:180 final size:181
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Period size: 181 Copynumber: 12.4 Consensus size: 181
64136 AATAATTTTG
* * * * * *
64146 AATAGTTTTGACTATTGGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * * * * * *
64211 ATAATTATTTTTGTTCATATTAGCTTATT-TATATTAAAAAAATATTAATTTATTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
64275 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCA
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA
* * * * * *
64327 AATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGGCC-CTTGTTTCGCCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * *
64391 ACAATTATATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * *
64456 AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTCA
131 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA
* * *
64507 AATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
64572 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCCA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
* * * * ***
64635 AAGATTAATAAGTAA-AAATATATAAAATAAATTTATTTTTTGAACACA-TTCAA
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACA-AGTTC-A
* * * * ** * *
64688 AATAATTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCTTAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
64753 CCAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTATTAAAATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * ***
64817 AAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCA
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA
* * * * * *
64869 AATAATTATGATTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCC-TTTATTTTGTAATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ***
64933 AGCAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * *
64998 AAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAATTATATCTATTTATCAAACCAA-TTCA
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-CAAGTTCA
* * * *
65046 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-GTCAAATAGGTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * ** * *
65109 ACGATTGTTTCTGTCCATACAAACTTATTAGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* ** * *
65174 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTATTGAACCAGTTTA
131 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA
* ** * *
65225 AATAGTTAAGACTATTAT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
65289 AATAATTG-TTC-AGTTCATACATACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TCCA
65 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
65351 GAAAATTAATAAGCAAG-GAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTA
129 -AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA
* * * ** *
65404 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
*** ** * * *
65468 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATC-AA--TATTTCAAAAATTGAGAAATAATATT
64 AA----A--C--AAT-TGTTTCTATT-C-ATA-CAAACTTA-TTC-GAAA-T-A-AAATAATACT
* * * ** * * **
65530 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTTAAAACATAAA-TCATTTTATTGAATC
112 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAA-C
65594 -AGTTCA
175 AAGTTCA
* * ** * **
65600 AATAGTTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAAATTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * **
65665 ATAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTAATTAG-AATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTTA
66 ACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-ACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * *
65728 AAAATTAATAAGTAGGAGA--T------T--ATTTGTTTACTGAACTAA-TTCA
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAAC-AAGTTCA
* * * * * * ** * * *
65771 AATATTTATGACTATTTAAACAATTATATGTTTCAAGTCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * * ***
65836 ACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAAAGATAATAATACTAATCTAATAATATTATGAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * ** *
65901 AGTTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATATATATGTCGAACCAGTTCA
131 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA
* * * * * * *
65952 AATAGTAAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-ATTCTTTTATTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * ** * * * ***
66016 AAAAAATGTTTTTGTTAATATAATTTTGTT-TAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
** * *
66080 AAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACTAGTTCA
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA
* * * * * *
66129 ATTAGTTATAACAATTT-AACAATTA-CTTATTTCATATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * ** * *
66192 AACAATTATTTCTATTGATATAGTCTTATTCAAAATAAAGCAATGCTAATTTATTAATATTCTAA
65 AACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * *
66257 CAATTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAAATGAATCTATTGACCTG-ACCA-TTACA
130 AAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-GAACAAGTT-CA
* * ** * * *
66309 AATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTTACAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
*
66373 ACACTTGTTT
66 ACAATTGTTT
66383 TTGAATTACA
Statistics
Matches: 1600, Mismatches: 369, Indels: 175
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.00
171 121 0.08
172 2 0.00
173 2 0.00
175 67 0.04
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCA
Found at i:64591 original size:481 final size:481
Alignment explanation
Indices: 63675--64606 Score: 1142
Period size: 481 Copynumber: 1.9 Consensus size: 481
63665 ATTAGTTATA
* * * *
63675 ACTATTTGACCAAATATTTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTGGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
* * ** * *
63740 CTGTTTATATAATCTTATTTAGAATAAAGTAATGGTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
66 CTGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAAAAATAGTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAG
** * ** * * * *
63805 TAATGGATTTAGAAAATGTATCTTTTAGCTTGACTAGTGCAAACAATTATGACTATTTGAACAAT
131 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTAGCTTGACAAGTGCAAACAATAATAACTATTTGAACAAT
* * * * ***
63870 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAAC
196 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTTTTCCCACAAAACAATTATATCAATTCATACAAAC
* * * * *
63935 TTATTCATAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAGTAAGTGAGAGATTTAAAA
261 TTATTCATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* *
64000 AATGAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTTGGCTATTTGAACAATTATCTAGTTTAAATT
326 AATGAATATCTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTTGACTATTTGAACAATTATCTAGTTTAAATT
*
64065 GCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGT
391 GCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAATAAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGT
64130 TTACCGAATAATTTTGAATAGTTTTG
456 TTACCGAATAATTTTGAATAGTTTTG
* * * * * *
64156 ACTATTGGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTGGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
* * * * *
64221 TTGTTCATATTAGCTTATTTATATTAAAAAAATATTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATAA
66 CTGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAAAAATAGTAATTTATTAATATTTTCAA-AATTAATAA
* * * *
64285 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-C-TGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAT
130 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTAGCTTG-ACAAGTGCAAACAATAATAACTATTTGAAC
** * * *
64348 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGGCC-CTTG-TTTCGCCATAAAACAATTATATCAATTCATAT
193 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTTTTC-CCACAAAACAATTATATCAATTCATAC
** * *
64411 AGGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATT
257 AAACTTATTC-ATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *
64475 TAAAAAATGAATCTCTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTA-TT
321 TAAAAAATGAATATCTTTACCAAACAAGTTCAAATAATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAGTT
* * * * *
64539 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAA-CAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC
385 T-AAATTGCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAATAAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTC
64603 AAAT
448 AAAT
64607 AAAATAATAT
Statistics
Matches: 377, Mismatches: 66, Indels: 16
0.82 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
479 4 0.01
480 125 0.33
481 244 0.65
482 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (481 bp):
ACTATTGGAACAAATATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
CTGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAAAAAATAGTAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAG
TAAAAGATTTAAAAAATAAATATTTTAGCTTGACAAGTGCAAACAATAATAACTATTTGAACAAT
TATCTATTTCAAATCATTATGACCTCTTGTTTTCCCACAAAACAATTATATCAATTCATACAAAC
TTATTCATAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
AATGAATATCTTTACCAAACAAGTTCAAATAATTTGACTATTTGAACAATTATCTAGTTTAAATT
GCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAATAAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAATCTGT
TTACCGAATAATTTTGAATAGTTTTG
Found at i:65526 original size:36 final size:36
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Indices: 65484--65557 Score: 130
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
65474 ATCCAAAATA
*
65484 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTGAG
1 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTAAG
*
65520 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAG
1 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTAAG
65556 AA
1 AA
65558 GTTGGAGATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 36 1.00
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Consensus pattern (36 bp):
AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTAAG
Found at i:67068 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 67040--67093 Score: 62
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67030 TTTGAATATG
67040 TATAATTAATACATAATCAT-AT
1 TATAATTAATACATAATCATGAT
*
67062 TA-AATT-AT-TATAATCATGAT
1 TATAATTAATACATAATCATGAT
67082 TATAATTCAATA
1 TATAATT-AATA
67094 TTATTAAATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 8
0.74 0.03 0.23
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.31
20 6 0.23
21 8 0.31
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Consensus pattern (23 bp):
TATAATTAATACATAATCATGAT
Found at i:67172 original size:16 final size:16
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Indices: 67153--67220 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 4.1 Consensus size: 16
67143 TAAATAAGAT
67153 AATAATAATTTATTTA
1 AATAATAATTTATTTA
*
67169 AATAATAATTCATGATT-
1 AATAATAATTTAT--TTA
*
67186 AATAAATTATTTATTTTA
1 AAT-AATAATTTA-TTTA
* *
67204 AATATTATTTTATTTA
1 AATAATAATTTATTTA
67220 A
1 A
67221 TTTTAATAAT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 10
0.72 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 17 0.41
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AATAATAATTTATTTA
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Indices: 67110--67177 Score: 57
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67100 AATATTATTT
* *
67110 ATAATAAGAATTTATATTTA
1 ATAATAATAATTTAT-TTAA
**
67130 ATAAATTAATAA-TTAAATAA
1 AT-AA-TAATAATTTATTTAA
67150 GATAATAATAATTTATTTAA
1 -ATAATAATAATTTATTTAA
67170 ATAATAAT
1 ATAATAAT
67178 TCATGATTAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 9
0.72 0.11 0.17
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.37
20 12 0.32
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22 5 0.13
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ATAATAATAATTTATTTAA
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67213 TTATTTAATT
67223 TTAATAATCAATTTAAAATATA
1 TTAATAATCAA-TT-AAATATA
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1 TTAATA-ATCAATTAAATATA
67265 ATACAAGTTA
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TTAATAATCAATTAAATATA
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67383 AAACTAAATA
67393 ATTATATTATTATAAATAATT
1 ATTATATTATTATAAATAATT
* *
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1 ATTATATT-ATTATAAATAA
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ATTATATTATTATAAATAATT
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67575 TAATCTTTAT
* *
67585 TAACTAATAATTTACACATTTAAA
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*
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1 TA
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TAACTAATAATTTAAACATTCAAA
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67877 TTCAATAGCC
*
67887 ATTAATA-ATATTGTTAATT
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67925 A
1 A
67926 ATGATTCTTA
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ATTAATACAATTATTAATT
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68178 ATCTCGAATC
* * * * * *
68188 GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
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66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
68318 GGAATTTTAATAAATTAGCACTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTATATGACCA
130 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTATATGAACA
* * * *
68369 GAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
68434 TCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTAT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTT-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT
* **
68497 TGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA
129 TGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACA
* * * *
68549 -AAGCCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGTTAATTGTTCAGATA
1 GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
68613 GTCATAACTATTTTAACTTATTTAGTAAACATATTCTTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATT-TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * **
68678 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATT
129 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * * *
68730 GAAACAAGTGTTTTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAT
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
68795 TAATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCT-TGTACTTATTAATTGT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTT
*** * * * * * * * *
68859 CAAAATATTAATTAATTAATATTATTTTAATTCGATTAAACTTGTATGAATA
129 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
* ** * * *
68911 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-CATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
68975 GCCATAA-TGATTAGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTGT
65 GTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * *
69039 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTAGATAAACA
128 -TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * * *
69091 GAAAAAATTCTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAGAT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAACA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
69155 GTCCTAATTATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATA-TTTTTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT
* **
69219 TTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA
128 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-A
* * * * *
69273 -AAACAACTCTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * * **
69337 TCATGATTATTTGATCTAGTGTGGTAAACATA---TTTTTAAAATTTTTTACTTACTAATTGTCA
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
69399 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATGAATA
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
** * * *
69449 GAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ***
69514 TCATAACTATTTGAACTAGTTT-G-ATACATAGATTTATTGCCTAAA--TC--ACTTATTAATTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT--ATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** *
69573 TTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACA
128 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * * * *
69626 AAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTTAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** * * *
69691 T-ATAATTTTTTTAAAC-TGGCTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTT
66 TCATAA-CTATTTGAACTTGTTTA-GTAAAC-ATATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * **
69754 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAATT
128 TTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACA
* * *
69807 GAGAA-AATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
1 GA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
69871 GTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** *
69935 TTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
128 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
* * * * * *
69988 GAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
70053 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATT-TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
70114 GAAAGATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCAAATAATCATGTATGATA-A
130 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ACA
* * * * *
70165 -AAATCAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-
1 GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *** ** * *
70228 GACCATAATTATTTGAACTAATTTCGCAAATGGATTCACTTTTT-AATCACTAACTTATTAATTT
65 G-TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATT-TTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * *
70292 TTGGAATATTAATAAACTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
128 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
* * *
70345 GAAACAATTATTTTATGACAAAAC---A--TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
70405 TCGTAACTAT
66 TCATAACTAT
70415 ATAAATTTGC
Statistics
Matches: 1642, Mismatches: 336, Indels: 142
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 40 0.02
176 18 0.01
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178 9 0.01
179 21 0.01
180 361 0.22
181 783 0.48
182 25 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
Found at i:69018 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 68188--70464 Score: 2073
Period size: 361 Copynumber: 6.3 Consensus size: 361
68178 ATCTCGAATC
* * * * *
68188 GAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * *
68253 TCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * ** *
68318 GGAATTTTAATAAATTAGCACTATTTTATTTTGAAA-AAGCTTATATGACCAGAAACAATTGGTT
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
68382 TATGACAAAATAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTG
195 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
68447 AACGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTACTTATTAATTATTGGAATATTAATAA
260 AACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATTA
* * *
68511 ATTTA-AATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA
324 A-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACA
* * ** *
68549 -AAGCCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGTTAATTGTTCAGATA
1 GAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
68613 GTCATAACTATTTTAACTTATTTAGTAAACATATTCT-TTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
68677 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAGTGTT
129 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
68742 TTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTAATGACTATTT
194 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ***
68807 GAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTTGTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATT
259 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATT
* * * * * *
68872 AATTAATATTATTTTAATTCGATTAAACTTGTATGAATA
323 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * *
68911 GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-CATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATA
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
68975 GCCATAA-TGATTAGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTACTTG
65 GTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * * *
69038 TCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTAGATAAACAGAAAAAATT
128 T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
* * * * * * * *
69100 CTTTTATTACAAAACAAAAGGTTATAGAT-ATTTCAAATAGATAATTATTCAAACAGTCCTAATT
191 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
69164 ATTTAAATTTGTTTAGTAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTAT
255 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
* *
69228 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA
318 TAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-A
* * * * * *
69273 -AAACAACTCTTTTATGACAAATCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * * *
69337 TCATGATTATTTGATCTAGTGTGGTAAAC--A--TATTTTTAAAATTTTTTACTTACTAATTGTC
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
69398 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * * *
69463 ACAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGA
196 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *** *
69528 ACTAGTTTGATACATAGATTTATTGCCTAAATC---ACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAGA
261 ACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATTA-A
* * *
69589 TTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACA
325 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
69626 AAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAGTATATAATTGTTTAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
69691 T-ATAATTTTTTTAAACTGGCTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTT
66 TCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
69755 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAATTGAGAA-AATTG
130 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATAGA-AACAATTG
* * * *
69817 TTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
192 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
69882 TTGAA-TTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT-
257 TTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
*
69945 ATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
320 ATTA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
69988 GAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAGAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* ** *
70053 TCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
70114 GAAAGATTAATAAACTATTATTATTTTATTTCAAATAATCATGTATG-ATAAAAATCAATTGTTA
131 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA-CAATTGTTT
* * * * * *
70178 TATGACCAAACAAAAGGTGATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTT
195 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
** * * *** * * * * *
70242 GAACTAATTTCGCAAATGGATTCACTTTTT-AATCACTAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
259 GAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATT
* * *
70306 AACTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
323 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * *
70345 GAAACAATTATTTTATGACAAAAC---A--TCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAG
1 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * * * *
70405 TCGTAACTATATAAATTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAA-CTCCTGCTTATTAA
66 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
70465 ATTCTTTTTA
Statistics
Matches: 1559, Mismatches: 302, Indels: 115
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
352 56 0.04
353 15 0.01
354 127 0.08
355 1 0.00
356 15 0.01
357 92 0.06
358 425 0.27
359 10 0.01
360 16 0.01
361 509 0.33
362 277 0.18
363 16 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATTAAT
TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA
Found at i:69218 original size:542 final size:536
Alignment explanation
Indices: 68196--71499 Score: 2292
Period size: 542 Copynumber: 6.2 Consensus size: 536
68186 TCGAAAAAAT
* * * *
68196 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTCATAACT
1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * *** *
68261 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTT
66 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
* * * * * * *
68326 AATAAATTAGCACTATTTTATTTTGAA-AAAGCTTATATGACCAGAAACAATTGGTTTATGACAA
131 AATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
68390 AATAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATT-CTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGT
195 AACAAAAAGTCAT-AAGATTTGAAATAAATAATTGC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * * **
68454 TTAGAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATTATTGGAATATTAATAAATTTAAA
258 TTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TT-TAATATTAATAAATTTGTA
* ** *
68518 TTATTTTATTCGAAATAAGCTT-GCATGAACAAAGCCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
320 TTATTTTATTCAAAATAAGCTTAG-ATGAACAAA-AAAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTAA
* * * * * * * *
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382 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA-TTTAAATTGTTTAGTAAACAAAA
* * * * * * *
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446 TCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
*
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
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* * * * **
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*
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* * * * ** * *
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259 TGGTAAACAAATTTATT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTTGTAT
* *** * * * *
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* * * * * **
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384 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTAAATTGTTTA-GTAAACAAAAT
* * * *
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*
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* * * * *
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1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * ***
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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195 AACAAAAAGTCATAA-GATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
** * * * *
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259 TGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAA-TTTGTA
* ** * *
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* * * * * ** * * **
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380 AATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTT-AAATTGTTTAGTAAACA
* * * * * * *
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* * * *
70324 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT
508 TCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAC
* * * * *
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1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * **
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* * * * ** * * *
70466 T--T--CTT--T-TTA--TT--TT-GGATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGTCAA
130 TAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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318 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTAGATGA-A-CAAAAAAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTA
* * * * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* ** * * * * * *
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1 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * ** * * **
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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*
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* * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * ** *
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* *
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TATAAATAATTAA
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*
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*
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TATATATATAATAAGTTAT
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* *
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ATTATATATTTATTAATATA
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72431 TAAATTTTAC
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*
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*
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* *
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*
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