Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167855.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_125, whole genome shotgun sequence
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AATAATTATGCTATTTC
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2696 TAGTTTTTAT
2706 TAATTATAAATTAATTGA
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1 TAATTAAAATTAATTA
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1 TAA
2756 CTGTATAGAT
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TAATTAAAATTAATTA
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3005 TCACATAACA
* *
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AATAATTTATTTTTAATT
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3932 TCACATAACA
*
3942 AATAGTTTATTTTT-ATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
3959 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
3976 AATAATT
1 AATAATT
3983 AATAACTGTG
Statistics
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AATAATTTATTTTTAATT
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2714 AATTAATTGA
2724 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
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66 TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATA
* * ** *
2854 GTAGATATAAGATCTCAGGACAAATTTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATTAATTTTTATGA
131 GTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAATTGGTATAA
** * *
2919 TTTATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATTGCTTATAAATTTATA
196 CATATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATA
2984 TAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
261 TAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
*
3049 TAATAATTAATAATTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAA
326 TAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAA
3114 GTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAAC
391 GTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAAC
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456 TATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAACATT
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* * *
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*
3439 TATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
716 TATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
* * *
3504 AACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATCAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTC
781 AACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTC
3569 TTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTT
846 TTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTT
3634 T
911 T
3635 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
*
3700 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
66 TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAG--------A--T-AATTAAATTTATTTATGATAA
3765 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATT
120 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATT
*
3830 AATTGGTA-AACATAT-TTAAATATATTTAAATTTATTAATTTTAATTATGAATAAATTTATTGG
185 AATTGGTATAACATATATT-AAT-T-TTT-AA-TTATT--TATTAATTATGAATAAATTTATTGG
*
3893 ATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTA-TTTTTA
243 ATAGCGTATAAATTTATATAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTA
3957 TTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATA
308 TTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATA
* *
4022 TATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTAT-ACAATAAATATGGTTATGTTAAT
373 TATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAAT
4086 GCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAA
438 GCATT-AAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAA
* * *
4151 ATAA-TAGATACTAATATTTGAAATTTC-TAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTC
502 ATAACAAGATACTAACATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTC
* *
4214 AACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTAT-TAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTA
567 AACATCCTTAGAGCACCT-AAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTA
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631 AAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGT
4342 TTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
696 TTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTT
*
4407 CAAATAGTAATAACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTT
761 CAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTT
*
4472 TTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGTTTA
826 TTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTA
4537 TAAGTTGAAAATCAATTGTTT
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4558 TA
1 TA
4560 TTACAAAAAG
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TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATA
GTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAATTGGTATAA
CATATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATA
TAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
TAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAA
GTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAAC
TATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAACATT
TGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCTA
AAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGC
GAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAATTATTATC
TATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
AACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTC
TTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTT
T
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6226 TAGTTTTTAT
6236 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
6254 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
6268 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
6283 TAATT
1 TAATT
6288 GTATAGATTA
Statistics
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TAATTAAAATTAATTA
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6224 TATAGTTTTT
6234 ATTAATTATAA
1 ATTAATTAT-A
6245 ATTAATTGATA
1 ATTAATT-ATA
6256 ATTAAAATTAT-
1 ATT--AATTATA
6267 -TTAATTA-A
1 ATTAATTATA
6275 ATTAATTATA
1 ATTAATTATA
6285 ATT
1 ATT
6288 GTATAGATTA
Statistics
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ATTAATTATA
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6536 TCACATAAAA
*
6546 AATAGTTTATTTTT-ATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
6563 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
6580 AATAATT
1 AATAATT
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Statistics
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AATAATTTATTTTTAATT
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7470 TCACATAACA
*
7480 AATAATTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
7498 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
7515 AATAATT
1 AATAATT
7522 AATAACTGTG
Statistics
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17 16 0.73
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AATAATTTATTTTTAATT
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9289 ACTGAATTAG
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1 TTCAAATAATTAT-GCTAT
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1 TTCAAATAATTATGCTAT
*
9334 TTGAAAT
1 TTCAAAT
9341 CAATATTACC
Statistics
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8931 ACCAATCAAG
* * * * * * * * *
8941 TTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTC-GAC
1 TTCAAATAATTATGGCTATTT-AAAAATTATCTATTTAAAATCAATATTACCTTTCG-TTCGGTC
* * * *
9005 AAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAGATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
64 -ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-T-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
9070 TTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGTTTATTTAACAAA
126 TTCAAAAATTAATAAG--TGAGTTTAAAAAAATGAATTTCTTTACTGAACAAA
* * * * * * **
9123 TTTAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTAAAATCATTATTATCTTTCGTTTTGTCAT
1 TTCAAATAATTATGGCTATTTAAAAATTATCTATTTAAAATCAATATTACCTTTCGTTCGGTCAT
*
9188 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTC
66 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGC-T-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* ** *
9253 AAAAATTAATAAGTGA-TTT-AAAAAATGATTTTCTTTACTGAATTAG
129 AAAAATTAATAAGTGAGTTTAAAAAAATGAATTTCTTTACTGAACAAA
* *
9299 TTCAAATAATTATGGCTATTTCAAAAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTCGGTCA
1 TTCAAATAATTATGGCTATTT-AAAAATTATCTATTTAAAATCAATATTACCTTTCGTTCGGTCA
* * *** ** * **
9364 TATAATAATTGTTTTTTTTATCATACAAGC-TTCTGAATAAAATAACACTAATTTATTAACCTTT
65 TAAAACAATTG-TTTCAGT-TCATACAAGCTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
9428 CAAAAGTTAGTAAGT
128 CAAAAATTAATAAGT
9443 AAGAAATTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATAATTATGGCTATTTAAAAATTATCTATTTAAAATCAATATTACCTTTCGTTCGGTCAT
AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTGAGTTTAAAAAAATGAATTTCTTTACTGAACAAA
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10077 TCACATAACA
* *
10087 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
10105 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
10122 AATAATT
1 AATAATT
10129 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
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AATAATTTATTTTTAATT
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11553 AAACAGTTGT
* * * * *
11563 GACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGACAAAAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
11628 TCAGTTCATAAAAGCTCA-TCAAGATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGA
66 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
11692 GCAAGAGTTTAAAAAATTAATTTGTTTTATTTAACAA-TTTAAATAGTTAT
131 G--AGA-TTTAAAAAA-TAATATG-TTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTAA
* * * *
11742 GGCTATTTGAA-TATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTCGTTTTGTCATAAAAGAATTGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*
11806 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
66 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
11871 GTGATTTAAAAAATGATATGTTTGCTGAACAAGTTTAAATAGTTAA
131 GAGATTTAAAAAATAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTAA
* * * * * * *
11917 GACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTATCGTAAAATAATTTTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
11982 TCAATTCATGCTAGCTTATTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
66 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
12046 AGA-ATTTAACAAAATAATTTTGCTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATA
130 AGAGATTTAA-AAAATAA-TATGTTTA-CTGAACAAGTTTAAATAGTTA-A
* * * * * * * *
12095 -ATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTT-TTTTGTC-GAAAACAAATGTT
1 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *** * * * * *
12157 T-TGTCCATATAAGTTTGTTTGGAATAAATTAATACTACTCTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
66 TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
12221 TAGATCTAAAAA
131 GAGATTTAAAAA
12233 TAAATCTTTT
Statistics
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GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
GAGATTTAAAAAATAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTAA
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12746 TCACATAACA
*
12756 AATAATTTATTTTTTATT
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AATAATTTATTTTTAATT
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* *
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AATAATTTATTTTTAATT
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*
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AATTTATTAATTATGTATA
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14951 AATTAATTGA
* *
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* * * **
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* *
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*
15221 TATTTACGTAATATAATTATATCACATAAAAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
261 TAATTACGTAATATAATTATATCACATAAAAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
*
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** *
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*
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*
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*
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* * *
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* * *
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* ** * *
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*
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905 AATTGTTT
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1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGCATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
*
15936 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
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* *
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*
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* * *
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430 GTCAATGCATTCAAATATTCAAAAATATTTAAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAA
* * *
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* * *
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* *
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*
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* *
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*
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*
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1 TA
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TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGCATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATA
GTAGATATAAGATCTAAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAATTTACATGA
TTTATATTAATTTTTAATTAATTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCTTATAAATTTATA
TAATTACGTAATATAATTATATCACATAAAAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
TAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATTATTTGATTTATTAAGT
AGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTAAGTCAATGCATTCAAATATTCAAAAAT
ATTTAAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAACATTT
GAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCCCAACATCCTTAGAGCACCTAA
AAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACAAAATGAAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTGC
GAATCGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCCGACGTTTTAAATCATAATTATTATC
TATATGCCTTTTATTTATAATAATTTGATAATAGATAATTGTTTCAATAGTAAGAACTATTTGAA
GCGGTCATAATTGATTTATAACCGTTTGAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTC
TTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGT
TT
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* *
16185 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
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1 AATAATT
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AATAATTTATTTTTAATT
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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1 AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAATATTATATATTTAA
* * **
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* *
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* ** * * * *
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* * * * *** **
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* **
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* *
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*
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*
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* *
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*
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*
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* *
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17 15 0.71
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18682 CAGAAACAAA
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* *
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*
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* *
19016 TTGAAATTTCAAAAAATTTCATCATTGGATAATTATTATTCATTCTCAACATCCTTAGAGCACCT
326 TTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCT
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391 AAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGT
* *
19146 GCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTT-ATGCTTTAAATCATAATTATT
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*
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* *
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*
19461 ATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAAAT
780 ATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATATCCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAAAT
*
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19591 TTGGTAAACATATTTAAATATT
910 TTGGTAAACATATTTAAATATT
*
19613 AATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTGTTGGATAGCG--------TATA
1 AATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATA
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* * *
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*
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326 TTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCT
* *
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*
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*
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*
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*
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*
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* * *
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66 TAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
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131 TAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTCATTTATTAA
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196 GTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAATATTCATAA
* * *
20796 CTATTTGAATATTATTCTAAATTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGATACTAATAT
261 CTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAACAT
* *
20861 TTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAGCACCT
326 TTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCT
* * *
20926 AAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAACGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGT
391 AAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGT
* * * * * *
20991 GCGAATAGTTTTGAAGCCCAAAATTGTTTAGAAATAAAATTTGACGTTTTAAATCATAATTATTA
456 GCGAATAGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTTTGATGTTTTAAATCATAATTATTA
** * * *
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521 TCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
** * * *
21121 TGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTTGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAT
586 TGAACCGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTTGTAAATCAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAAT
* * *
21186 TCTTGAAGTATTATAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGTTTAAAAGTTGAAAATCAATTG
651 TCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTG
21251 TTTTA
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AATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATA
TAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
TAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTCATTTATTAA
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CTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAACAT
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TCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
TGAACCGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTTGTAAATCAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAAT
TCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTG
TTTTAATTGTTTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCTTA
TTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATATCCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAAATT
AGATAATAGAAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAAT
TGGTAAACATATTTAAATATT
Found at i:22016 original size:22 final size:22
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21981 ATTAACTAAT
* *
21991 AATATTTTAATATTTTAATTTA
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22013 AATATTTAAAAATTTTAATT
1 AATATTTAAAAATTTTAATT
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Statistics
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AATATTTAAAAATTTTAATTTA
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24821 TTTGACAAAA
* * *
24831 AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCTAAAGATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTC
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* * * * * *
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* * * ** *
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*
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* * ** * *
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* **
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*
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Statistics
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AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTCAA
AAATTAATAAGAAGAGTTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAATTATGGTATT
TCAATATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTCATTCGGTCAT
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* * * * * * * *
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* *
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* * * *
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* ** * * * * **
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* * * * * *
27710 -ATGAAATAATAGTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTGATTT
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* ** * * * *
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* *
27823 AAATCAATATTACCTTTTGTT
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27844 CGGTCGTATA
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 41, Indels: 11
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Consensus pattern (177 bp):
AAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATATTATCTATTTAA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTAACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAGA
TAAAATAATACTAATTTATCAATAGTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
Found at i:27821 original size:16 final size:17
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27789 AATAATTATGGCTATTTC
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Statistics
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AATAATTATGCTATTTC
Found at i:28746 original size:21 final size:21
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Indices: 28720--28763 Score: 61
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28710 TAATTATAAA
* *
28720 TTAATTGATAATTAAAATTAT
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*
28741 TTAATTAATAAGTAATATTAT
1 TTAATTAATAAGTAAAATTAT
28762 TT
1 TT
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Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
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TTAATTAATAAGTAAAATTAT
Found at i:28749 original size:18 final size:19
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28698 TATAGTTTTT
*
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*
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1 ATTAAT
28750 AAGTAATATT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 3
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ATTAATTATAAATTAATTA
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29015 AATAGATAAT
* *
29025 TGCAAACGAATTTGAATATCTTGAATCCAAT-TATTTAAACTTGCTCAAACAAAAAAACATGGTA
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*
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* * * *
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* * * *
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*
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* * **
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* *
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*
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* *
29501 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAA-AAAAATGTTAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
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* * *
29630 AACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTAAAAACCATTCGCATGATTATTGCATGATT
130 AACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGATT
* ** * * *
29695 TTATTTTTTCAATGTTTTTCATACTTATTTTCTTTCAGATACA-TTTTAGGTGCTCTAAGGAAGT
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* * * **
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*
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* * *
29888 TTTTGAAATTTTATGTCTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGTTTTAAAATATGAAAG
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* **
29953 CATTGTTTTACCATATTTTTAAA
454 CATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* *
29976 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTACTCAAACAAAGAAACATGGTAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
* *
30041 AACTTGCATTGGATTTAATTTTTCATAGTGTTAAGAGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
66 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
* * * * * * * *
30106 ACATTAAACTTTGTTTTTGAACAATTATGGGCATAAAAACTATTCGCACAATTATTGCACGATTT
131 ACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGATTT
* * *
30171 TAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTTTTTGC-TTTACG-TACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGC
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* ** * * *
30234 TGAGGAATTACAGATGAACAATATTCATATTTGGATATTGTTTGTGACGTTGTTATTGGTGCTTG
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* *
30299 ATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGAGGAGCACTCGAAGCCTAATGCC
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* *
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390 TTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGC
* *
30429 ATTGTTTTACCAAGTTTTTAAA
455 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
*
30451 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAAT-TATTTAAACTTGCTCAAACAAAAAAACATGGTA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT-TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTA
* * *
30515 AAACTTGTATTGGTTTTAATTTCTCATAGTTTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAA
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* * * * * *
30580 AACATGAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGGCTTAAAAGCCATTCGCACAATTGTTGCACGATT
130 AACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGATT
* * * * * *
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*
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* *
30775 ATGTGAGTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTA-AAGGAGGAGCAC-CTGAAGCCTAATG
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* *
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*
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* *
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* *
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66 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
* * * * * * *
31054 ACATCAGACCTTTTTTTTTTTAAGAATTTTGGGCATAAAAACCATTTGCAAAATTTCAAAATTGT
131 ACATCAGA-C-TTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGC---A--T---AA----
* *
31119 GTAATAAAAACCATTTTTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCGTACTTATTTGATTTTAGA
182 -T--T-------A---TTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGA
* * * *
31184 TACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTG-TGAGATTACATTTGGATGATC-TCGATATTTGGATA
234 TACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAGTTGAGGA-ATTACATATGAATGATCTTC-ATATTTGGATA
* * * * * * * *
31247 TTATTTGTGAAGTTGTTATTAGCGCTTGATGTGATTAGTTGTTTGCTGACTTGTTTTAGTAGTTT
297 TTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTT
* * * * * * *
31312 ATAGGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTTTGTTTTTCTTCGAATATGATTTTCT
362 ATAAGAGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCA
* * *
31377 CTAGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGAATTGTTTTAGAAGGTTTTTAAA
427 CTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* *
31427 TGGAAATGAATTTGAATATATTGAATCC---------AA--TG---AAAC------A-A-GGTAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
* * * * ** * *
31470 AACTAGCATTAGTTTTTTATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAACTTAGAAAGGATTTTGAAGCTTAA
66 AACTTGCATT-GGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAA
* * *
31535 AATATCAGA-----TTT-T-----A-T-T----TT-----CGA---GC--AATTTTTGCATGATT
130 AACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGATT
* * * *
31573 TTAATTTTTTGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTTGGTGCT-TGAAGGAAC
195 TTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCT-AAGGAAG
* * * * *
31637 TT-ATGGGATTACATATTAATGATCTTGATATTTGGATACTATTTGTGAAGTTGTTATTAGTGCT
259 TTGA-GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCT
* * * * * * *
31701 TAATGTAATTAATTGTGTGCTAACTTATTTTAGCAATTTAT-AGAAGTAGCACTCGAAGCCTAAT
323 TGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAG-AGGAGCACTCGAAGCCTAAT
* ** * ** *
31765 GGTTTTGAAATTTTAAATTTTGCTTTGAAATTGATTTTCACTGG-AGTGGAGCTTTAAAATTTGA
387 GCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATGA
*
31829 AAGCAGTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
451 AAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* *
31855 TTG-AAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTTAAACAAATAAACATGGTA
1 -TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTA
* * * *
31919 AAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACA-----AGGTGTAAGTTATAAAGGATTTTAGAGCTTAA
65 AAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAA
* *
31979 AACATCAGACTTAGTTTTTTGAACAATTCTGGG-TATAAAAACCATTCGCTCAGTTTCAAATTGT
130 AACATCAGACTTTG-TTTCTGAACAATTCTGGGCT-TAAAAACCATTCG--CA---T--AA---T
* ** * *
32043 GACGTAAAAACCATTTTTGAATGATTTTAATTTTTTATTGTCTTTCATACTTATTTGCTTTTTGA
183 ----T-------A---TTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGA
* ** * * *
32108 TACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTTCGGGATTACATATGAATGATCTTGATGTTTGGATATT
234 TACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATT
* * * * * * *
32173 ATTTGTGAAGCTGTTATTGTTGCTTGATATGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCCGTATAT
299 ATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTAT
* * * * * * *
32238 AGGGGGAGCACTTGAAGCCTAATGCTTTTGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTCCATT
364 AAGAGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT
* * * *
32303 GG-AGCTGAGTTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGATTTTTAAA
429 GGTATC-AAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* * * * *
32351 TGGAAATGACTTTGAATATCTTGAAT-CAATTGTTTTAAA-TGTGCTCGAACAAAGAAACCTGAT
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAA-TGTTTTAAACT-TGCTCAAACAAAGAAACATGGT
* * * * * *
32414 AAAACTTGCGTTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAATGTAAGTTATAAAGGATTTTGAAGCTAA
64 AAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTA
* * * * * * *
32479 AAATATTAGACTTTATTTTTCAACAATTCTGGGCATAAAAGA-CATTTGTACAATTTTAAATTGT
129 AAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAA-ACCATTCG--C-A---T-AA---T
* *
32543 GACATAAAAACAATCTTTGCATGATTGTAATTTTTCGTTGTG-TTCAGTACTTATTTGCTTTTCG
183 ----T-------A---TTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCA-TACTTATTTGCTTTTAG
* * * * * * *
32607 ATA-ATTTTTAGGAGCTCTAAGAAACTTGTGGGATAACATATGAATGATC-TCTATATTTGGTTA
233 ATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTC-ATATTTGGATA
* *
32670 TTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACA-TGTTTTAGCTGTT
297 TTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAA-ATTGTTTTAGCAGTT
* * * * * * *
32734 AACAGGGGGAGCACTCAAAGCCTAATATTAGCATTTGAAAATTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAT
361 TATAAGAGGAGCACTCGAAGCCT-A-A-T-GCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAT
* ** * * * *
32799 TTTCTCTGG-AGTTGAGCTTTAAAATATGAAAACGTTGTTTTAGCAAGTTTTTTAA
422 TTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* *
32854 TGTAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAAT-TTCTTAAACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTT-TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTA
* * * * * * * **
32918 AAACTTGAATT-GTTTTAATTATTCACAGCGTTAAATGTAAGTTATAACGGATTTTACAGCTTAA
65 AAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAA
* * * * *
32982 AACATCAGACATAGTTTTTGAATAATTCTGGGCATAAAAGCCATTCGCACAATTTCAAATTGTGT
130 AACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAA---A----C-C-A-TTC-------G-
* * ** * *
33047 CATAAAAACCTTTTTTGCATGATTTCAATTTTTTATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAAATA
177 CAT---AA---TTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
* * * * *
33112 CATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATAAGAATGATCTTGATATTTGGATATTAT
236 CATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTAT
* * *
33177 TTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTTAACTTGTTTTAGCAGTTTGTA
301 TTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGC-TAAATTGTTTTAGCAGTTTATA
* * ** * * * * *
33242 AG-GGAAGCGCTTGAAGGATAAT-TTTTTGGAAATTTAATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTCCC
365 AGAGG-AGCACTCGAAGCCTAATGCTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCAC
** * * * *
33305 T-CAAGTCCAGCTTTAAAATGTGAAAGAATTATTTT-GACAGGTTTTTAAA
428 TGGTA-TCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAG-CAGGTTTTTAAA
* ** *
33354 TGGAAATGAATTTGAATATCTTGAA-CCAAATGTGCTAAACATGCTCAAACAAAGAAACATGGT-
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCC-AATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTA
* * * * * ***
33417 --ACTTGCGTTGGTTTTAATTTTTCACAGCGTTAAGTGTAAGTTATAAA-GACTTT-GTTTTTGA
65 AAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTT-A
* * **** *
33478 ACAA-ATCTGGCATAAAAACCATTC-GCACAATT-TGAAATTGTGACTT-AAAA--A--C-CAT-
129 A-AACATCAGAC-T----TTGTTTCTGAACAATTCTG-----G-G-CTTAAAAACCATTCGCATA
* * * * * * *
33533 -TT-TTCCATGATTTTAATTTATCATTGCGTTTTAAAATTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGG
181 ATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGG
* * * * * * * * *
33596 TGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACTTGTGAAAGATCATGATAGTTGGATATTATTTGTGAAGTT
246 TGCTCTAAGGAAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTT
* * * * * *
33661 GTTATTGGTGCTTGTTGTGATTAAATGTGTGCTAAATTATTTTAGTAGTTTATAAAAGGAGCACT
311 GTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACT
* * * * * * *
33726 TGCATCGTAATGCTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAACGATTTTCATTGG-----AGC--
376 CGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTT
* *
33784 ---------AAAGCATTGTTATAGCAGGTTTTTAAG
441 TAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* * *
33811 TGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACAT-ATAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
* *
33875 AACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
66 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
* * * * * * * * *
33940 ACATCAGA-TTTCGTTTCGGCACAATTTTGGGCATAAAAATCTTTTGCACAATTATTGCACGATT
131 ACATCAGACTTT-GTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGATT
* * * *
34004 TTAATTTTTCGTTGTGTTTCATGCTTATTTTCTTTTAGATAAATTTTTAGGCGCTCTAA-GAAGG
195 TTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAA-G
* * * ** * *
34068 CTGAGGAATTACTTATCAACAATCTTAATATTTGGATATTATTTGTAAAGTTGTTATTGGTGCTT
259 TTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTT
* * * * * *
34133 TATGTGATTGATTTTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTCTATAAG-GTGAGCACTCGAAGTCTAATA
324 GATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAG-GAGCACTCGAAGCCTAATG
* *
34197 CTTTTGAAATTTTATGTTTTACTTTGAAAATGATTTTCATTGG-AGTCAAGCTTTAAAATATGAA
388 CTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATGAA
*
34261 ACCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
452 AGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* * *
34286 TGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAGACAAAGAAACACGGTAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
* * * * * * * *
34351 AACTGGAATTGGTTTTAATTTTTCATAATTTTAAGTGTAAGCTATAAAAGATTTTGTAGCTTAAA
66 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
* * * *
34416 ACATCAGACTTTATTTCTGAACAATTTTGGGCATAAAAACCATTCGCATAATTATTGCACGATTT
131 ACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGATTT
* * * * * *
34481 TAGTTTTTCATCGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATGCATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGCT
196 TAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAGTT
* * ** * *
34546 GAGGAATTGCAGATGAACAATCTTCCTAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGA
261 GAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGA
* * * * * *
34611 TATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATAAGCGGAGCACTTGAAGCATTA-GCTT
326 TGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTT
*
34675 TTGAAATTGTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAA-CA
391 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCA
*
34739 TTGTTTTACCAGGTTTTTAAA
456 TTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
*
34760 TGCAAATGAATTTAAATATCTTGAATCCAAT-TTTTAAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTA
*
34824 AAACTTGCATTGGTTTTAATTTCTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAA
65 AAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAA
* * * * *
34889 AACATTAGACTTTGTTTATGAACAATTCTGGGCATAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATT
130 AACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGATT
* *
34954 TTAATTTTTCGTTGT-TTTCCATACTTATTTGGTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATG
195 TTAATTTTTCGTTGTGTTT-CATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAG
* *
35018 TTAACGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTT
259 TTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTT
* * * *
35083 GATGTAATTAATTATGTGCTCAATTATTTTAGCAGTTTAT-AGTGAGAGCACTCGAAGCCTAATG
324 GATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAG-GAGCACTCGAAGCCTAATG
* * * * * *
35147 TTTTTAAAATTTTATG-TTTGCTTCGAAAATGATTTACACTAGTATCAAGATTTAAAGA-ATGAA
388 CTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAA-ATATGAA
*
35210 AGCATTGTTTTA-CTAGGTTTTCAAA
452 AGCATTGTTTTAGC-AGGTTTTTAAA
* * *
35235 TTCAAATGACTTTGAATATCTTGAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
* *
35300 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGAATGTTAT-AAGGGTCTTTGGAGCTTAA
66 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGAT-TTTGGAGCTTAA
* * * *
35364 AACA-CTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGGCTT-AAAACCACTCGCACAGTTATTGCATGAT
130 AACATC-AGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGAT
* * * * * *
35427 TTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATTCTTATTTACTTCTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAA-GAGT
194 TTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGA-A
* * * * * * * *
35491 GTTGAGGAATTATATATGAATGATTTTCATCTTTGAATATTATTTGTCAAGTTATTATTGCTGCA
258 GTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCT
* * *
35556 TGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTAT-AGTGAGAGCCCTAGAAGCCTAAT
323 TGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAG-GAGCACTCGAAGCCTAAT
* * *
35620 GC-TTTGAAA----ATGATTTGC-------A-G--------TGCTATCAAGATTTAAAATATGAA
387 GCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAA
* *
35664 AGTATTGTTTTACCAGGTTTTTAAA
452 AGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
*
35689 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
* * *
35754 AACTTGCATTGG-TTTAAATTTT-ATAATGTTAAGTGTATGTTAGAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
66 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
* * * * * * *
35817 ACATTAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTAGGCTTAAAAACAATTTGCACAATTATTGCA-CATTT
131 ACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGA-TT
* *
35881 TTAA-TTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGT
195 TTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAGT
35945 TGAGG-ATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTG
260 TGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTG
* * *
36009 ATGTGGTTAATTATGTGCTAAATTGTTCTAGCAGTTTAT-AGAGAAAGCACTCGAAGCCTAATGC
325 ATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAG-GAGCACTCGAAGCCTAATGC
* * * * *
36073 GTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTGAAATATGAAAG
389 TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG
* *
36138 CATTGTTTTACCAAGTTTTTAAA
454 CATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
36161 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
*
36226 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAA
66 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
* * * *
36291 ATATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCT--GCTATGAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGAT
131 ACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCT-T-AAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGAT
* ** *
36354 TTTAATTTTTCGTTGTTTTTCGCACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATG
194 TTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAG
* * *
36419 TTGTGGAATTACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTGGTTATTGGTGCTT
259 TTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTT
* *
36484 GATGTGATTAATTATGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGC
324 GATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGCCTAATGC
* * *
36549 TTTTGAAATTTTTTGTTTTGCTTTG-AAATGATTTGCACTAGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG
389 TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG
*
36613 CATT-TTTTAGCTGGTTTTTAAA
454 CATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* * * *
36635 TAG-AAATGAGTTTGAATATCTTCAATCCAAT-TATTTAAACTTGCTTAAACAAA-AAAAATGGT
1 T-GCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT-TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGT
* *
36697 AAAACTTGCTTTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTA
64 AAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTA
* * * * * * *
36762 AAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGAGCTTGAAAACCATTCACACAATTGTTGCACGAT
129 AAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGAT
*
36827 TTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATG
194 TTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAG
* * ** *
36892 TTGACGAATTACATATCAATGATCTTCATATTTGGATATTATTCATGAAGTTGTTTTTGGTGCTT
259 TTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTT
* * * * *
36957 GATGTGATT-AGT-TGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCAAAGCCTAATAC
324 GATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGCCTAATGC
*
37020 TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAAT--TATTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG
389 TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG
*
37083 CATTG-TTTAG-TGGATTTTTAAA
454 CATTGTTTTAGCAGG-TTTTTAAA
* *
37105 TAG-AAATGAATTTGAATATCTTGAGTCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTA
1 T-GCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTA
* * *
37169 AAACTTGCATTGTTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAATCTTAA
65 AAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAA
* * * * *
37234 CACATCAGACTTTATTTTTGAACAATTTTGGGCAT-AAAA--A--C-CAT--TT-TTGCATGATT
130 AACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGATT
* * * * * * *
37290 TTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCCTTTAGATACATTTTTAGATGCTATACGAAACT
195 TTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAGT
* * * * * * *
37355 TG-TGAGATTAAATTTGGATGATC-TCGATATTTGGATATTAGTTGTGACGTTATTATTGGTGCT
260 TGAGGA-ATTACATATGAATGATCTTC-ATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCT
* * * * * * * *
37418 TGATGTGATTAGTTGTTTGCTGACTTGTTTTAGCAGTTTGTAGGAGGAGCACTCAAAGCCTAATG
323 TGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGCCTAATG
* * * * * * * *
37483 CTTTTGAAATTTTATATTTTTCTTCGAATATGATTTTCTCTAGTGTCAAGGTTTAAAATATG-AA
388 CTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAA
* *
37547 --ATTGTTTTAGAAGATTTTTAAA
453 GCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* * * * *
37569 TGGAAAAGAAATTGAATATATTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA-AATTGAAACCA-GGT
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAA-AGAAA-CATGGT
* * ** * *
37632 AAAACTAGCATTGGTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAACTTAGAAAGGATTTTGAAGCTT
64 AAAACTTGCATTGG-TTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTT
* ** *
37697 CAAGTATCGGACTTTG--T-T------TTC---G------AA-CA-----AT--TT-TTGCATGA
128 AAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCATAATTATTGCATGA
* * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * ** *
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*
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449 GAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* * * *
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1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
* * * * *
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* * * * * *
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* ** *
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* * * ** * * ** *
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** ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
38514 TGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGTTCAAATAAAGAAACATGGTAA
1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
** * *
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66 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
* * * * ** * *
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* * * * * **
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* * *
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* *
38833 --T--TT-A-T-TGTGCTAAATTGTTTTAACAGTTTAT-AGGGAGAGCACTCGAAGCCTAATGCT
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* *
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*
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455 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
** *
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1 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
* * * *
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* * * * * ** *
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Statistics
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Found at i:34930 original size:474 final size:476
Alignment explanation
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* *
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* * * * *
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* *
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*
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* *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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1 AAAGCATTGTTTTAGC-AGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* *
35662 AAAGTATTGTTTTACCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
1 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * *
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* * * * *
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* * * *
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260 ATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATAT
* *
35982 TATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGGTTAATTATGTGCTAAATTGTTCTAGCAGTTTA
325 TATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTA
** * * *
36047 T-AGAGAAAGCACTCGAAGCCTAATGCGTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGATTTGCA
390 TAAG-GGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCA
* *
36111 CTGGTATCAAGATTTGAAATATG
454 CTGGTATCAAGCTTTAAAATATG
* *
36134 AAAGCATTGTTTTACCAAGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
1 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
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* * *
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* * **
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* *
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* *
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324 TTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTT
* *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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** * * *
36930 TTATTCATGAAGTTGTTTTTGGTGCTTGATGTGATT-AGT-TGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTT
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* * *
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* *
37079 AAAGCATTG-TTTAG-TGGATTTTTAAATAG-AAATGAATTTGAATATCTTGAGTCCAATGTTTT
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* *
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* * * * * * * *
37831 GATACTATTTGGGAAGTTGTTATTAGTTCTTAATGTAATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCA
320 GATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCA
* * * * * * ** *
37896 ATTTAT-AGAAGCAGCAC-CAAAAGCGTAATGGTTTTGAAATTTTAAATTTTGCTTTTAAAATGA
385 GTTTATAAG-GGGAGCACTC-GAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA
* ** *
37959 TTTTCGCTGG-AGTGGAGCTCTAAAATATG
448 TTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATG
* * *
37988 AAAGCAGTGTTTTAGCAGGTTTTTAAAAGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
1 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * * * *
38053 ACTTGCTTAAACAAATAAACATGGTAAAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCACAGAGTTAAGTGT
66 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
* * * * * *
38118 AAGTTATAAAGGATTTTAGAGCTTAAAACATCAGACATAGTTTTTGAACAATTATGGGCATAAAA
131 ATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCATAAAA
* * * *
38183 ACCATTCCCCCAATTTCAAATTGTGACGTAAAAACCATATTTGCATGATTTTGATTTTTTATTGT
196 ACCATT--CGC-A---C--A-----A--T--------TA-TTGCACGATTTTAATTTTTCATTGT
* * * ** ** *
38248 CTTTCATACTTATTTGCCTTTT-GATACATTTTTATGTTCTCTAAGGAACTTTCGGGATTACATA
237 GTTTCATACTTATTTG-CTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATA
* ** * ** ** *
38312 TGAATGATCTTGACGTTTTGATATTATTTGCAAAGTTGTTATTCTTGCTTGATGTGATTAATTGT
301 TGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTAT
* * * * * *
38377 GTGCTAACTTATTTTAGCCGTATATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTCG-AGTTTTAT
366 GTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTT-GAAATTTTAT
* * * * * *
38441 GTTTTGCTTTGCAAATGATTTCCATTTG-AGTCGAGTTTTAAAA-ATG
430 GTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATG
* *
38487 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAGTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
1 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * ** *
38552 ACTTGTTCAAATAAAGAAACATGGTAAAACTTAAATT-GTTTTAATCTTTCATAGTGTTAAGTGT
66 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
* * * * *
38616 ATGTTATAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTAAATAATTCTGGGCTTAAAA
131 ATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCATAAAA
* * * * * *
38681 ACAATTCGCCCAATTATTGCACGATCTTAATTTTTCATTCTTTTTCATACTTATTT-CCTTTAGA
196 ACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGA
* * * *
38745 TACATTTTCAGGTGCTCTAAGGGTGTTCAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGAATATT
261 TACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATT
* *
38810 ATTTGTGAAGTTATTATTGGTGC------T--TT-A-T-TGTGCTAAATTGTTTTAACAGTTTAT
326 ATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTAT
*
38864 -AGGGAGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCAC
391 AAGGG-GAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCAC
*
38928 TGGTATCAAGATTTAAAATATG
455 TGGTATCAAGCTTTAAAATATG
* **
38950 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGCAAAT-AATTTGAATATCTTGAATCCAACATTTTAA
1 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* *
39014 ACTTGCTCAAACAAAGAAAGATGGTAAAACTTGCATTGGTTTGAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
66 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
* * * * **
39079 AGGTTTTAATGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTCTGGGTGTAAAA
131 ATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCATAAAA
* * * * * *
39144 ATCTTTCACACAATTATTGCACAATCTTAATATTTT-GTTGTGTT
196 ACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAAT-TTTTCATTGTGTT
39188 AAGTGTAAGT
Statistics
Matches: 4240, Mismatches: 529, Indels: 332
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
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501 3 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (476 bp):
AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
ATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCATAAAA
ACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGA
TACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATT
ATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTAT
AAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT
GGTATCAAGCTTTAAAATATG
Found at i:36838 original size:473 final size:474
Alignment explanation
Indices: 35619--39187 Score: 3870
Period size: 473 Copynumber: 7.6 Consensus size: 474
35609 AGAAGCCTAA
* * * *
35619 TGCTTTGAAAATGATTTGCAGTGCTATCAAGATTTAAAATATGAAAGTATTGTTTTACCAGGTTT
1 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
*
35684 TTAAAT-GCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAGAAACA
66 TTAAATAG-AAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA
* * *
35748 TGGTAAAACTTGCATTGG-TTTAAATTTT-ATAATGTTAAGTGTATGTTAGAAAGGATTTTGGAG
130 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * **
35811 CTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTAGGCTTAAAAACAATTTGCACAATTATTGCA
195 CTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCT-GGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCA
*
35876 C-ATTTTTAA-TTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
259 CGA-TTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
*
35939 GGATGTTGAGG-ATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
323 GGATGTTGTGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
* * * * **
36003 TGCTTGATGTGGTTAATTATGTGCTAAATTGTTCTAGCAGTTTATAGAGAAAGCACTCGAAGCCT
388 TGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTATAG-GGGAGCACTCGAAGCCT
*
36068 AATGCGTTTGAAATTTTATGTTT
452 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTT
* * * *
36091 TGCTTCGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTGAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAAGTTT
1 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
36156 TTAAAT-GCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA
66 TTAAATAG-AAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA
*
36220 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAAGATTTTGGAG
130 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* *
36285 CTTAAAATATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCT-GCTATGAAAAACCATTCGCACAATTATTGC
195 CTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGCT-T-AAAAACCATTCACACAATTATTGC
* **
36349 ACGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCGCACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
258 ACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
* *
36414 GGATGTTGTGGAATTACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTGGTTATTGG
323 GGATGTTGTGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
*
36479 TGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCCT
388 TGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGGAGCACTCGAAGCCT
*
36544 AATGCTTTTGAAATTTTTTGTTT
452 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTT
* * *
36567 TGCTTTG-AAATGATTTGCACTAGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT-TTTTAGCTGGTTT
1 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
* * * *
36630 TTAAATAGAAATGAGTTTGAATATCTTCAATCCAAT-TATTTAAACTTGCTTAAACAAA-AAAAA
66 TTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT-TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA
* *
36693 TGGTAAAACTTGCTTTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
130 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* *
36758 CTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGAGCTTGAAAACCATTCACACAATTGTTGCA
195 CTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTG-GCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCA
36823 CGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
259 CGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
** * ** *
36888 GATGTTGACGAATTACATATCAATGATCTTCATATTTGGATATTATTCATGAAGTTGTTTTTGGT
324 GATGTTGTGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* *
36953 GCTTGATGTGATT-AGT-TGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCAAAGCCTA
389 GCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGGAGCACTCGAAGCCTA
*
37016 ATACTTTTGAAATTTTATGTTT
453 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTT
* * *
37038 TGCTTTGAAAATTA-TT-CACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTG-TTTAG-TGGATT
1 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGG-TT
* *
37099 TTTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAGTCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACA
65 TTTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA
* * *
37164 TGGTAAAACTTGCATTGTTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAT
130 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * * * * *
37229 CTTAACACATCAGACTTTATTTTTGAACAATTTTGGGCATAAAAACCA-T-------TT-TTGCA
195 CTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCT-GGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCA
* * * * * *
37285 TGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCCTTTAGATACATTTTTAGATGCTATACG
259 CGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
* ** * * * * * *
37350 AAACTTGT-GAGATTAAATTTGGATGATC-TCGATATTTGGATATTAGTTGTGACGTTATTATTG
324 GATGTTGTGGA-ATTACATATGAATGATCTTC-ATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
* * * *
37413 GTGCTTGATGTGATTAGTTGTTTGCT-GACTTGTTTTAGCAGTTTGTAGGAGGAGCACTCAAAGC
387 GTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAGA-TTGTTTTAGCAGTTTATAGG-GGAGCACTCGAAGC
*
37477 CTAATGCTTTTGAAATTTTATATTT
450 CTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTT
* * * * * * * * * *
37502 TTCTTCGAATATGATTTTCTCTAGTGTCAAGGTTTAAAATATG-AA--ATTGTTTTAGAAGATTT
1 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
* * * * *
37564 TTAAATGGAAAAGAAATTGAATATATTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA-AATTGAAACC
66 TTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAA-AGAAA-C
* * ** * *
37628 A-GGTAAAACTAGCATTGGTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAACTTAGAAAGGATTTTGA
129 ATGGTAAAACTTGCATTGG-TTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGG
* * *
37692 AGCTT----C---A-A----GTATC-GGAC--TT-T-G-TT--------TTCGA-ACAATTTTTG
193 AGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGCTTAAAAACCATTC-ACACAATTATTG
* * * *
37730 CATGATTTTAATTTGTT-GATGTGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTATGTGCTCT
257 CACGATTTTAATTT-TTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCT
* * * * * *
37794 -A--A-GTTAT-GAGATTACGTATTAATGATCTTGATATTTGGATACTATTTGGGAAGTTGTTAT
321 AAGGATGTTGTGGA-ATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAT
* * * * * * * *
37854 TAGTTCTTAATGTAATTAATTGTGTGCTA-ACTTGTTTTAGCAATTTATAGAAGCAGCAC-CAAA
385 TGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAGA-TTGTTTTAGCAGTTTATAG-GGGAGCACTC-GA
* * **
37917 AGCGTAATGGTTTTGAAATTTTAAATTT
447 AGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTT
* * * ** * * *
37945 TGCTTTTAAAATGATTTTCGCTGG-AGTGGAGCTCTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAGGTT
1 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTA-TCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTT
* *
38009 TTTAAA-AGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTTAAACAAATAAAC
65 TTTAAATA-GAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAAC
* * * * *
38073 ATGGTAAAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCACAGAGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTAGA
129 ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGA
* * * * * *
38138 GCTTAAAACATCAGACATAGTTTTTGAACAATTATGGGCATAAAAACCATTCCCCCAATTTCAAA
194 GCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCT-GGCTTAAAAACCATT----C-A---C---
* * * ** *
38203 TTGTGACGTAAAAACCATATTTGCATGATTTTGATTTTTTATTGTCTTTCATACTTATTTGCCTT
247 -----AC-----AA--TTA-TTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTG-CTT
* * ** * * ** *
38268 TT-GATACATTTTTATGTTCTCTAAGGAACTT-TCGGGATTACATATGAATGATCTTGACGTTTT
298 TTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGT-GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTG
** ** *
38331 GATATTATTTGCAAAGTTGTTATTCTTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTA-ACTTATTTTAGC
362 GATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAGA-TTGTTTTAGC
* * *
38395 CGTATATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTCG-AGTTTTATGTTT
426 AGTTTATA-GGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTT-GAAATTTTATGTTT
* * * * * *
38445 TGCTTTGCAAATGATTTCCATTTG-AGTCGAGTTTTAAAA-ATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTT
1 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTA-TCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTT
* * * *
38508 TTTAAGTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGTTCAAATAAAGAAACA
65 TTTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA
** *
38573 TGGTAAAACTTAAATT-GTTTTAATCTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
130 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * * * * *
38637 CCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTAAATAATTCTGGGCTTAAAAACAATTCGCCCAATTATTGCA
195 CTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCT-GGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCA
* * * * * *
38702 CGATCTTAATTTTTCATTCTTTTTCATACTTATTT-CCTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAG
259 CGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
* ** * *
38766 GGTGTTCAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGAATATTATTTGTGAAGTTATTATTGGT
324 GATGTTGTGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* *
38831 GC------T--TT-A-T-TGTGCTAAATTGTTTTAACAGTTTATAGGGAGAGCACTCGAAGCCTA
389 GCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTATAGGG-GAGCACTCGAAGCCTA
38885 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTT
453 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTT
38907 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
1 TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
* ** *
38972 TT-AATTGCAAAT-AATTTGAATATCTTGAATCCAACATTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAAGA
66 TTAAATAG-AAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA
* * * *
39035 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTGAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAGGTTTTAATGGATTTTGGAG
130 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * * * *
39100 CTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTCTGGGTGTAAAAATCTTTCACACAATTATTGCA
195 CTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGCT-TAAAAACCATTCACACAATTATTGCA
* *
39165 CAATCTTAATATTTT-GTTGTGTT
259 CGATTTTAAT-TTTTCGTTGTGTT
39188 AAGTGTAAGT
Statistics
Matches: 2635, Mismatches: 336, Indels: 261
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
439 1 0.00
442 1 0.00
443 148 0.06
444 4 0.00
445 47 0.02
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449 2 0.00
450 2 0.00
452 4 0.00
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501 4 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (474 bp):
TGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTT
TTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACAT
GGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGC
TTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCACG
ATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGA
TGTTGTGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGC
TTGATGTGATTAATTGTGTGCTAGATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATG
CTTTTGAAATTTTATGTTT
Found at i:37635 original size:464 final size:463
Alignment explanation
Indices: 33047--39136 Score: 4873
Period size: 474 Copynumber: 13.0 Consensus size: 463
33037 CAAATTGTGT
* * * ** * *
33047 CATAAAAACCTTTTTTGCATGATTTCAATTTTTTATTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAAATA
1 CATAAAAACCATTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
** * * *
33112 CATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATAAGAATGATCTTGATATTTGGATATTAT
66 CATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTAT
* *
33177 TTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTTAACTTGTTTTAGCAGTTTGTA
131 TTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGC-TGA-TTGTTTTAGCAGTTTAT-
* * ** ** * * * * *
33242 AGG-GAAGCGCTTGAAGGATAAT-TTTTTGGAAATTTAATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTCCC
193 AGGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTT-GAAATGATTTTCAC
** * * *
33305 T-CAAGTCCAGCTTTAAAATGTGAAAGAATTATTTT-GACAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTG
256 TGGTA-TCAAGCTTTAAAATATGAAAG-ATTGTTTTAG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTG
** * * *
33368 AATATCTTGAA-CCAAATGTGCTAAACATGCTCAAACAAAGAAACATGGT---ACTTGCGTTGGT
318 AATATCTTGAATCC-AATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGCATT-GT
* * * *** * *
33429 TTTAATTTTTCACAGCGTTAAGTGTAAGTTATAAA-GACTTTG-TTTTTGAACAA-ATCTGGCAT
381 TTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTT-AA-AACATCAGAC-T
**** *
33491 AAAAACCATTC-GCACAATT-TGAAATTGTG
443 ----TTGTTTCTGAACAATTCTG-----G-G
* * * * * * * * *
33520 ACTTAAAAACCATTTTTCCATGATTTTAATTTATCATTGCGTTTTAAAATTATTTGCTTTTAGAT
1 -CATAAAAACCATTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGAT
** * * * * * * *
33585 ACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACTTGTGAAAGATCATGATAGTTGGATATTA
65 ACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTA
* * * * *
33650 TTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGTTGTGATTAAATGTGTGCTAAATTATTTTAGTAGTTTATA
130 TTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTTAGCAGTTTATA
** *** * * * * *
33715 AAAGGAGCACTTGCATCGTAATGCTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAACGATTTTCATTG
194 GGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAATGATTTTCACTG
* * * * *
33780 G-----AGC-----AA-A-G---CATTGTTATAGCAGGTTTTTAAGTGCAAATGAATTTGAAAAT
258 GTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATAT
* * *
33830 CTTGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACAT-ATAAAACTTGCATTAGTTTTAAT
323 CTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGCATT-GTTTTAAT
* * * *
33894 TTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGA-TTTCGTTTCG
387 TTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTT-GTTTCT
* *
33958 GCACAATTTTGGG
451 GAACAATTCTGGG
* * *
33971 CATAAAAATCTTTTGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATGCTTATTTTC
1 CATAAAAA-------C-C-ATTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGC
* * * * * * * * ** *
34036 TTTTAGATAAATTTTTAGGCGCTCTAAGAAGGCTGAG-GAATTACTTATCAACAATCTTAATATT
57 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAG-ATTACATATGAATGATCTTCATATT
* * * * *
34100 TGGATATTATTTGTAAAGTTGTTATTGGTGCTTTATGTGATTGATTTTGTGCTAAATTGTTTTAG
121 TGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTTAG
* * * * * *
34165 CAGTCTATAAGG-TGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTTGAAATTTTATGTTTTACTTTGAAAATG
185 CAGTTTAT-AGGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAATG
* *
34229 ATTTTCATTGG-AGTCAAGCTTTAAAATATGAAACCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAAT
248 ATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATGAAA-GATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAAT
* * * * *
34293 GAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAGACAAAGAAACACGGTAAAACTGGA
311 GAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGC
* * * * * * *
34358 ATTGGTTTTAATTTTTCATAATTTTAAGTGTAAGCTATAAAAGATTTTGTAGCTTAAAACATCAG
376 ATT-GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAG
* *
34423 ACTTTATTTCTGAACAATTTTGGG
440 ACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
* * *
34447 CATAAAAACCATTCGCATAATTATTGCACGATTTTAGTTTTTCATCGTGTTTCATACTTATTTGC
1 CAT-AAAA--A--C-CAT--TT-TTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGC
* * * * * ** * *
34512 TTTTAGATGCATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAG-GAATTGCAGATGAACAATCTTCCTAGT
57 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAG-ATTACATATGAATGATCTTCATATT
* * *
34576 TGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAG
121 TGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTTAG
* * * ** * * *
34641 AAGTTTATAAGCGGAGCACTTGAAGCATTA-GCTTTTGAAATTGTATGTTTTGCTTTGAAAATGA
185 CAGTTTATAGGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAATGA
* * *
34705 TTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAACATTGTTTTACCAGGTTTTTAAATGCAAATGAA
249 TTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAA
* *
34770 TTTAAATATCTTGAATCCAAT-TTTTAAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCAT
314 TTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT-AAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGCAT
* * * *
34834 TGGTTTTAATTTCTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATTAGAC
378 T-GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAGAC
*
34899 TTTGTTTATGAACAATTCTGGG
442 TTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
34921 CATAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGT-TTTCCATACTTATTTG
1 CATAAAAACCA-T-------TT-TTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTT-CATACTTATTTG
* **
34985 GTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTAACGA-ATTACATATGAATGATCTTCATAT
56 CTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTT-GTGAGATTACATATGAATGATCTTCATAT
* * * *
35049 TTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTAATTAATTATGTGCTCAATTATTTTA
120 TTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTTA
* * * *
35114 GCAGTTTATAGTGA-GAGCACTCGAAGCCTAATGTTTTTAAAATTTTATG-TTTGCTTCGAAAAT
184 GCAGTTTATAG-GAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAAT
* * * * **
35177 GATTTACACTAGTATCAAGATTTAAAGA-ATGAAAGCATTGTTTTA-CTAGGTTTTCAAATTCAA
247 GATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAA-ATATGAAAG-ATTGTTTTAGC-AGGTTTTTAAATGGAA
* * *
35240 ATGACTTTGAATATCTTGAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTT
309 ATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTT
* * * *
35305 GCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGAATGTTAT-AAGGGTCTTTGGAGCTTAAAACA-
374 GCATT-GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGAT-TTTGAAGCTTAAAACAT
*
35368 CTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGG
437 C-AGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
* * * * * *
35396 CTTAAAACCACTCGCACAGTTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATTCTTATTTACT
1 CATAAAA--A----C-CA-TTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCT
* * * * * *
35461 TCTAGATACATTTTTGGGTGCTCTAA-GAGTGTTGAG-GAATTATATATGAATGATTTTCATCTT
58 TTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGA-TGTTGTGAG-ATTACATATGAATGATCTTCATATT
* * * * * * *
35524 TGAATATTATTTGTCAAGTTATTATTGCTGCATGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAG
121 TGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTTAG
* *
35589 CAGTTTATAGTGA-GAGCCCT-AGAAGCCTAATGC-TTTGAAA----ATGATTTGC------A-G
185 CAGTTTATAG-GAGGAGCACTCA-AAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAATG
* * * *
35640 --------TGCTATCAAGATTTAAAATATGAAAGTATTGTTTTACCAGGTTTTTAAATGCAAATG
248 ATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG-ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATG
* *
35697 AATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCA
312 AATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGCA
* * * * * * *
35762 TTGGTTTAAATTTT-ATAATGTTAAGTGTATGTTAGAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATTAGAC
377 TTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAGAC
* *
35826 TTTGTTTCTAAACAATTCTAGG
442 TTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
* * *
35848 CTTAAAAACAATTTGCACAATTATTGCAC-ATTTTTAA-TTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTG
1 C--ATAAA-AA----C-C-ATTTTTGCACGA-TTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTG
*
35911 CTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAG-GATTACATATGAATGATCTTCATATT
56 CTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAGATTACATATGAATGATCTTCATATT
* * * *
35975 TGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGGTTAATTATGTGCTAAATTGTTCTAG
121 TGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTTAG
* * * *
36040 CAGTTTATA-GAGAAAGCACTCGAAGCCTAATGCGTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATG
185 CAGTTTATAGGAG-GAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAATG
* * * * * *
36104 ATTTGCACTGGTATCAAGATTTGAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAAGTTTTTAAATGCAAATG
248 ATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG-ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATG
*
36169 AATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCA
312 AATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGCA
* * * * *
36234 TTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAAATATTAGA
377 TT-GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAGA
36299 CTTTGTTTCTGAACAATTCT--G
441 CTTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
* **
36320 CTATGAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCGCACTTATTT
1 C-AT-AAAAACCA-T-------TT-TTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTT
*
36385 GCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTG-GAATTACATATGAATAATCTTCATA
55 GCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAG-ATTACATATGAATGATCTTCATA
* *
36449 TTTGGATATTATTTGTGAAGTGGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAGATTGTTTT
119 TTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTT
* *
36514 AGCAGTTTATAAGG-GGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTTTGTTTTGCTTTGAAAT
183 AGCAGTTTAT-AGGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAT
* * * *
36578 GATTTGCACTAGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT-TTTTAGCTGGTTTTTAAATAGAAAT
247 GATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG-ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAAT
* * * * *
36642 GAGTTTGAATATCTTCAATCCAAT-TATTTAAACTTGCTTAAACAA-AAAAAATGGTAAAACTTG
311 GAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT-TTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTG
* * *
36705 CTTTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATTA
375 CATT-GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCA
*
36770 GACTTTGTTTCTGAACAATTCTGAG
439 GACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
* *
36795 CTTGAAAACCATTCACACAATTGTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGC
1 CAT--AAA--A---AC-C-ATTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGC
* *
36860 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGACGA-ATTACATATCAATGATCTTCATATT
57 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTG-TGAGATTACATATGAATGATCTTCATATT
** * *
36924 TGGATATTATTCATGAAGTTGTTTTTGGTGCTTGATGTGATT-AGT-TGTGCTAGATTGTTTTAG
121 TGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTTAG
*
36987 CAGTTTATAAGG-GGAGCACTCAAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAA--A
185 CAGTTTAT-AGGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAATGA
* *
37049 TTATTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTG-TTTAG-TGGATTTTTAAATAGAAAT
249 TT-TTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG-ATTGTTTTAGCAGG-TTTTTAAATGGAAAT
*
37112 GAATTTGAATATCTTGAGTCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGC
311 GAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGC
* * *
37177 ATTGTTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAATCTTAACACATCAG
376 ATTG-TTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAG
* * *
37242 ACTTTATTTTTGAACAATTTTGGG
440 ACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
* * *
37266 CATAAAAACCATTTTTGCATGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCCTTTAGATA
1 CATAAAAACCATTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
* * * * ** * * *
37331 CATTTTTAGATGCTATACGAAACTTGTGAGATTAAATTTGGATGATC-TCGATATTTGGATATTA
66 CATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAGATTACATATGAATGATCTTC-ATATTTGGATATTA
* * * * * *
37395 GTTGTGACGTTATTATTGGTGCTTGATGTGATTAGTTGTTTGCTGACTTGTTTTAGCAGTTTGTA
130 TTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTGA-TTGTTTTAGCAGTTTATA
* * * * *
37460 GGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATATTTTTCTTCGAATATGATTTTCTCTA
194 GGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAA-ATGATTTTCACTG
* * * * * *
37525 GTGTCAAGGTTTAAAATATG-AA-ATTGTTTTAGAAGATTTTTAAATGGAAAAGAAATTGAATAT
258 GTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATAT
* *
37588 ATTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA-AATTGAAACCA-GGTAAAACTAGCATTGGTTTTT
323 CTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAA-TGAAA-CATGGTAAAACTTGCATT-G-TTTT
** * * ** *
37651 AATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAACTTAGAAAGGATTTTGAAGCTTCAAGTATCGGACTTTG--T
384 AATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT
37714 -T------TTC---G
449 CTGAACAATTCTGGG
* * * *
37719 ------AACAATTTTTGCATGATTTTAATTTGTT-GATGTGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGAT
1 CATAAAAACCATTTTTGCACGATTTTAATTT-TTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGAT
* * * * * *
37777 ACATTTTTATGTGCTCT-A--A-GTTATGAGATTACGTATTAATGATCTTGATATTTGGATACTA
65 ACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTA
* * * * * * *
37838 TTTGGGAAGTTGTTATTAGTTCTTAATGTAATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAATTTATA
130 TTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTGA-TTGTTTTAGCAGTTTATA
* * * * ** * *
37903 GAAGCAGCAC-CAAAAGCGTAATGGTTTTGAAATTTTAAATTTTGCTTTTAAAATGATTTTCGCT
194 GGAGGAGCACTC-AAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGC-TTTGAAATGATTTTCACT
** * * *
37967 GG-AGTGGAGCTCTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAGGTTTTTAAAAGGAAATGAATTTGAA
257 GGTA-TCAAGCTTTAAAATATGAAAG-ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAA
*
38031 TATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTTAAACAAAT-AAACATGGTAAAACTTGCATTAGTTT
320 TATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC-AATGAAACATGGTAAAACTTGCATT-GTTT
* * * *
38095 TAATTTTTCACAGAGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT-AGAGCTTAAAACATCAGACATAGT
383 TAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGA-AGCTTAAAACATCAGACTTTGT
* *
38159 TTTTGAACAATTATGGG
447 TTCTGAACAATTCTGGG
** * * * * * ** * *
38176 CATAAAAACCA--TTCCCCCAATTTCAA--ATT-G-TGACG-TAAAAACCATATTTGCATGATTT
1 CATAAAAACCATTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTG-TGTTTCATA-CTTATTTGC-T--TTT
* * *** ** * ** * *
38234 TGAT---TTTTTA-TTGTCTTTCATACTTAT-TTGCCTTTTGA-TACATTTTTATGTTCTCTAAG
61 AGATACATTTTTAGGTG-C--TC-TAAGGATGTTG---TGAGATTACATATGAATGATCT-TCA-
* * * ** ** * * *
38293 GAACTTTCGGGATTACATATGAATGATCT-TGACGTTTTGATATTATTTGCAAAGTTGTTATT-C
117 -TA-TTT--GGA-T--AT-T--AT--T-TGTGAAG--TTGTTATT-GGTGC-TTGATGTGATTAA
* ** *** ** *
38356 TTGCTTGATG-TGATTAATTGTGT-GCTAACTTATTTTAGCCGTA-T-ATAGGGGGAGCACTCGA
165 TTG--TG-TGCTGATT-GTT-T-TAGC-AGTTTATAGGAGGAGCACTCA-A-----AGC-CT--A
** * * * * * *
38417 A-GCCTAATGCTTTTCGAGTTTTATGTTTTGCTTTGCAAATGATTTCCATTTG-AGTCGAGTTTT
214 ATG-CT--T--TTGA--AATTTTATGTTTTGCTTTG-AAATGATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTT
*
38480 AAAA-ATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAGTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAA
270 AAAATATGAAAG-ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAA
* * * ** * *
38544 TGTTTTAAACTTGTTCAAATAAAGAAACATGGTAAAACTTAAATTGTTTTAATCTTTCATAGTGT
334 TGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGCATTGTTTTAATTTTTCACAGTGT
* * * * *
38609 TAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTAAATAATTCTGGG
399 TAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
* * * * * *
38674 CTTAAAAACAATTCGCCCAATTATTGCACGATCTTAATTTTTCATTCTTTTTCATACTTATTT-C
1 C--ATAAA-AA-----CC-ATTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGC
* * *
38738 CTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGGGTGTTCAG-GA-ATTACATATGAATGATCTTCATAT
57 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTT--GTGAGATTACATATGAATGATCTTCATAT
* * *
38801 TTGAATATTATTTGTGAAGTTATTATTGGTGC------T--TT-A-T-TGTGCTAAATTGTTTTA
120 TTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCT-GATTGTTTTA
* *
38855 ACAGTTTATAGG-GAGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAAT
184 GCAGTTTATAGGAG-GAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAAT
* * * *
38919 GATTTGCACTGGTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGCAAAT
247 GATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAG-ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAAT
** * *
38984 -AATTTGAATATCTTGAATCCAACATTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAAGATGGTAAAACTTGC
311 GAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGC
* * * * * *
39048 ATTGGTTTGAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAGGTTTTAATGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAG
376 ATT-GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAG
*
39113 ACTTTGTTTTTGAACAATTCTGGG
440 ACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
39137 TGTAAAAATC
Statistics
Matches: 4665, Mismatches: 656, Indels: 601
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
442 1 0.00
443 145 0.03
444 9 0.00
445 57 0.01
446 81 0.02
447 66 0.01
448 5 0.00
449 2 0.00
450 7 0.00
451 106 0.02
452 127 0.03
453 39 0.01
454 118 0.03
455 5 0.00
456 19 0.00
457 79 0.02
458 25 0.01
459 246 0.05
460 15 0.00
461 22 0.00
462 229 0.05
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464 152 0.03
465 64 0.01
466 38 0.01
467 10 0.00
468 9 0.00
469 18 0.00
470 104 0.02
471 182 0.04
472 130 0.03
473 326 0.07
474 856 0.18
475 442 0.09
476 401 0.09
477 16 0.00
478 6 0.00
479 1 0.00
480 7 0.00
481 6 0.00
482 11 0.00
483 6 0.00
484 8 0.00
485 7 0.00
486 6 0.00
487 12 0.00
490 3 0.00
491 9 0.00
492 2 0.00
493 6 0.00
494 3 0.00
495 2 0.00
496 1 0.00
497 1 0.00
498 78 0.02
499 96 0.02
500 41 0.01
501 4 0.00
503 3 0.00
504 1 0.00
506 5 0.00
507 13 0.00
508 9 0.00
509 12 0.00
511 10 0.00
512 8 0.00
513 4 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (463 bp):
CATAAAAACCATTTTTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA
CATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGTGAGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTAT
TTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTGATTGTTTTAGCAGTTTATAGG
AGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAATGATTTTCACTGGTA
TCAAGCTTTAAAATATGAAAGATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTT
GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGCATTGTTTTAATTTTT
CACAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACA
ATTCTGGG
Found at i:39288 original size:114 final size:115
Alignment explanation
Indices: 39057--39301 Score: 300
Period size: 114 Copynumber: 2.1 Consensus size: 115
39047 CATTGGTTTG
* ** *
39057 AATTTTTC-ATAGTGTTAAGTGTAGGTTTTAATGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTT
1 AATTTTTCGAT-GTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTT
* **
39121 TTTGAACAATTCTGGGTGTAAAAATCTTTCACACAATTATTGCACAATCTT
65 TCTGAACAATTCTGGGCATAAAAATCTTTCACACAATTATTGCACAATCTT
*
39172 AATATTTT-GTTGTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGA-TTTGGAGCTTAAAACAAT-AGACTTTGT
1 AAT-TTTTCGATGTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGATTTTGGAGCTTAAAAC-ATCAGACTTTGT
* ** * ** *
39234 TTCTGAACAATTTTGGGCATAAAAATCTTTTGCATAATTATTGCATGATTTT
64 TTCTGAACAATTCTGGGCATAAAAATCTTTCACACAATTATTGCACAATCTT
39286 AATTTTTCGATGTGTT
1 AATTTTTCGATGTGTT
39302 TGATAGTTAT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 16, Indels: 9
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
113 4 0.04
114 76 0.69
115 25 0.23
116 5 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (115 bp):
AATTTTTCGATGTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT
CTGAACAATTCTGGGCATAAAAATCTTTCACACAATTATTGCACAATCTT
Found at i:39720 original size:591 final size:578
Alignment explanation
Indices: 38605--39751 Score: 1573
Period size: 591 Copynumber: 2.0 Consensus size: 578
38595 ATCTTTCATA
* * * *
38605 GTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTAAATAATTC
1 GTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACAATAGACTTTGTTTCTAAACAATTC
* * *
38670 TGGGCTTAAAAACAATTCGCCCAATTATTGCACGATCTTAATTTTTCATTCTTTTTCATACTTAT
66 TGGGCATAAAAACAATTCGCACAATTATTGCACGATCTTAATTTTTCATTCTGTTTCATACTTAT
**
38735 TTCCTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGGGTGTTCAGGAATTACATATGAATGATCTTCATA
131 TTCCTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGGCAGTTCAGGAATTACATATGAATGATCTTCATA
*
38800 TTTGAATATTATTTGTGAAGTTATTATTGGTGCTTTATTGTGCTAAATTGTTTTAACAGTTTATA
196 TTTGAATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGCTTTATTGTGCTAAATTGTTTTAACAGTTTATA
* * * *
38865 GGGAGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTG
261 AGGAGAGCACTCGAACCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAAAGATTTGCACTC
* * *
38930 GTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGCAAATAATTTGAATAT
326 GTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGGTTTTAAATGCAAATAATTTGAATAT
*
38995 CTTGAATCCAACATTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAAGATGGTAAAACTTGCATTGGTTTGAAT
391 CTTGAATCCAACATTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTGAAT
* * * * *
39060 TTTTCATAGTGTTAAGTGTAGGTTTTAATGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTG
456 TTTTCATAGTGTTAAATGTAGGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTCTTTCTG
* *
39125 AACAATTCTGGGTGTAAAAATCTTTCACACAATTATTGCACAATCTTAATATTTTGTT
521 AACAATTCTGGGCGTAAAAATCATTCACACAATTATTGCACAATCTTAATATTTTGTT
* * *
39183 GTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGA-TTTGGAGCTTAAAACAATAGACTTTGTTTCTGAACAATTT
1 GTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACAATAGACTTTGTTTCTAAACAATTC
* * * * * * * *
39247 TGGGCATAAAAATC-TTTTGCATAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGA-TGTGTTTGATAGTT
66 TGGGCATAAAAA-CAATTCGCACAATTATTGCACGATCTTAATTTTTC-ATTCTGTTTCATACTT
* * * * *
39310 ATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTTTAAGGCAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTT
129 A-TTTCCTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGGCAGTTCAGGAATTACATATGAATGATCTTC
* *
39375 ATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGCTTAATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGT
193 ATATTTGAATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGC------T--TT-A-T-TGTGCTAAATTGT
* * *
39440 TTTAGCAGTTTTATAAGGTGAGCACTTGAACCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGA
247 TTTAACAG-TTTATAAGGAGAGCACTCGAACCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGA
* * * *
39505 AAAAGATTTTCATTCG-AGTCAAGCTTTAAAATATGAACGCATTATTTTAGCAGGGTTTTAAATG
311 AAAAGATTTGCACTCGTA-TCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGGTTTTAAATG
* ** *
39569 CAAATGAATTTGAATGTCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTAAAA
375 CAAAT-AATTTGAATATCTTGAATCCAACATTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAA
* * *
39634 CTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAATGTATGTTATAAAGGCTTTTGGAGCTTAAAAC
439 CTTGCATTGGTTTGAATTTTTCATAGTGTTAAATGTAGGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAAC
* * *
39699 ATTAGACTTTCTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAAATCATTCGCACAGTTAT
504 ATCAGACTTTCTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAAATCATTCACACAATTAT
39752 GTACGATTTT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 60, Indels: 21
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
577 84 0.17
578 113 0.23
584 1 0.00
586 2 0.00
587 1 0.00
588 1 0.00
589 21 0.04
590 110 0.22
591 159 0.32
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (578 bp):
GTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACAATAGACTTTGTTTCTAAACAATTC
TGGGCATAAAAACAATTCGCACAATTATTGCACGATCTTAATTTTTCATTCTGTTTCATACTTAT
TTCCTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGGCAGTTCAGGAATTACATATGAATGATCTTCATA
TTTGAATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGCTTTATTGTGCTAAATTGTTTTAACAGTTTATA
AGGAGAGCACTCGAACCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAAAGATTTGCACTC
GTATCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGGTTTTAAATGCAAATAATTTGAATAT
CTTGAATCCAACATTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTGAAT
TTTTCATAGTGTTAAATGTAGGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTCTTTCTG
AACAATTCTGGGCGTAAAAATCATTCACACAATTATTGCACAATCTTAATATTTTGTT
Found at i:40098 original size:474 final size:476
Alignment explanation
Indices: 39183--40252 Score: 1540
Period size: 474 Copynumber: 2.2 Consensus size: 476
39173 ATATTTTGTT
* * * * *
39183 GTGTTAAGTGTAAGTTAGAAAGGATTTGGAGCTTAAAACAATAGACTTTGTTTCTGAACAATTTT
1 GTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGTTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCT
* * * * * *
39248 GGGCATAAAAATCTTTTGCATAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGATGTGTTTGATAGTTATT
66 GGGCATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATT
* * * * *
39313 TTCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTTTAAGGCAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTTATA
131 TGCTTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGGCAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCATCATA
* * * *
39378 TTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGCTTAATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTT
196 TTTGAATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGCATAATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTT
* * *
39443 AGCAGTTTTATAAGGTGAGCACTTGAACCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA
261 AGCAGTTTTATAAGGAGAGCACTAGAACCCTAATGCTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA
* * * *
39508 AGATTTTCATTCGAGTCAAGCTTTAAAATATGAACGCATTATTTTAGCAGGGTTTTAAATGCAAA
326 AGATTTGCACTCGAGTCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGGTTTTAAATGCAAA
*
39573 TGAATTTGAATGTCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTG
391 TGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTG
39638 CATTGGTTTTAATTTTTCATA
456 CATTGGTTTTAATTTTTCATA
* *
39659 GTGTTAAATGTATGTTATAAAGGCTTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTCTTTCTGAACAATTC
1 GTGTTAAGTGTATGTTATAAAGG-TTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTC
* * * * *
39724 TGGGCGTAAAAATCATTCGCACAGTTA-TGTACGATTTTAA-TTTTCGTTGTTTTTCATACTTAT
65 TGGGCATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTAT
* ** *
39787 TTGCTTTTAGATGCATTTTCAGGTGCTCTAAGGGTGTTGAGGAATTATATATGAATGATCATCAT
130 TTGCTTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGGCAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCATCAT
* * *
39852 ATTTGAATATTATTTGTGAAGTTATTATTGTTGCATGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTT
195 ATTTGAATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGCATAATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTT
*
39917 TAGCAG-TTTAT-AGTGAGAGCACTAGAAGCCTAATGCTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAA
260 TAGCAGTTTTATAAG-GAGAGCACTAGAACCCTAATGCTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAA
* * * * **
39980 AATGATTTGCACTGGTA-TCAAGATTTGAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGTTTTTTAAATGC
324 AAAGATTTGCACTCG-AGTCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGGTTTTAAATGC
* *
40044 AAATGAATTTGAATATCTTGAGTCCAATGTTTTAAACTT-TCTCAAACGAAGAAACATGGTAAAA
388 AAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGT-TCAAACAAAGAAACATGGTAAAA
*
40108 CTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATT
452 CTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATA
* *
40133 GTGCTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTC
1 GTGTTAAGTGTATGTTATAAAGG-TTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTC
* * *
40198 TGTGTATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCATGATCTTAATTTTTCGTTGTGTT
65 TGGGCATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTT
40253 AAGTGTAAGT
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 65, Indels: 12
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
473 3 0.01
474 268 0.51
475 150 0.29
476 43 0.08
477 59 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (476 bp):
GTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGTTTTGGAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCT
GGGCATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATT
TGCTTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGGCAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCATCATA
TTTGAATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGCATAATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTT
AGCAGTTTTATAAGGAGAGCACTAGAACCCTAATGCTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA
AGATTTGCACTCGAGTCAAGATTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGGTTTTAAATGCAAA
TGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTG
CATTGGTTTTAATTTTTCATA
Found at i:40322 original size:115 final size:115
Alignment explanation
Indices: 40120--40360 Score: 347
Period size: 115 Copynumber: 2.1 Consensus size: 115
40110 TGCATTGGTT
* * * * **
40120 TTAATTTTTCATTGTGCTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGT
1 TTAATTTTTCGTTGTGCTAAGTGTAAGTTAGAAACGATTTTCCAGCTTAAAACATCAGACTTTGT
* * *
40185 TTCTGAACAATTCTGTGTATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCATGATC
66 TTCTGAACAATTCTGGGCATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCACGATC
* *
40235 TTAATTTTTCGTTGTGTTAAGTGTAAGTTAGAAACGATTTTCCAGCTTAAAACATTAGACTTTGT
1 TTAATTTTTCGTTGTGCTAAGTGTAAGTTAGAAACGATTTTCCAGCTTAAAACATCAGACTTTGT
* * * *
40300 TTGTGAACAATTTTGGGCATAAAAATCTTTCGCACAATTATTGCACGATT
66 TTCTGAACAATTCTGGGCATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCACGATC
40350 TTAATTTTTCG
1 TTAATTTTTCG
40361 ATGTATTTCA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 15, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
115 111 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.16, T:0.41
Consensus pattern (115 bp):
TTAATTTTTCGTTGTGCTAAGTGTAAGTTAGAAACGATTTTCCAGCTTAAAACATCAGACTTTGT
TTCTGAACAATTCTGGGCATAAAAATCATTCGCACAATTATTGCACGATC
Found at i:43546 original size:947 final size:949
Alignment explanation
Indices: 41727--43546 Score: 2234
Period size: 947 Copynumber: 1.9 Consensus size: 949
41717 ATCATTCGCA
*
41727 CAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGGTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTA
1 CAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGGTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTA
** * *
41792 GGTGCTCTAAGGATGTTAAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAG
66 GGTGCTCTAAGGAACTTAAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATACTATTTGTAAAG
* ** * * * ** *
41857 TTGTTATTGGTGCTTAATGTGATTCATTACGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATTGGGGGAGCA
131 TTGTTATTAGTGCTTAATGAAATTAATTACGTGCTAAATTGTTTTAGCAATTTATAGAAGCAGCA
* ** *
41922 CCCGAAGCCTAATGTTTTTGAAAATTTATGTTTTTGCTTTGAAAATGATTTTGACTGGTATGAAG
196 CCCGAAGCCTAATGGTTTTGAAAATTTAAATTTTTGCTTTGAAAATGATTTTGACTGGAATGAAG
* * *
41987 CTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTAGCAGGTTCTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGACTC
261 CATTAAAATATGAAAGCAGTGTTTAGCAGGTTCTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATC
* * *
42052 CAATGTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAGCATGGTAAAACTTGCATTGGTTTGAATTTTTCATAG
326 CAATGTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTCCATTGGTTTGAATTTTTCACA-
* * ** ** **
42117 TGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCATAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTA
390 ---TAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGAACCTTAAAACAT-ATAG----TACTTAGTTTTTGAA
* * * *
42182 AATTTTGGGCATAAAAACCATGTGCAAAATTTCAAAATTGCGGCATAAAAACCATTTTTGCAAGA
447 AATTCTGAGCATAAAAACCATGTGCAAAATTTCAAAATTACGACATAAAAACCATTTTTGCAAGA
* * * * *
42247 TTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCGTAGTTATTTGCTTTTAGATACACTTTTAGGTGCTCTATGGAA
512 TTTTAATTTTTAGTTGTCTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACACTTTTAGGTGCTCTAAGGAA
* * * * *
42312 CTTGTGAGATTACATTTGGATGATCTCGATATTTCGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGCGCA
577 CTTGTCAGATTACATATGAATGATCTCGATATTTCGATATTATTTGTGAAGCTGTTATTGGCACA
* * * * * * **
42377 TGATATGATTAGTTGTTTGCTGACTTATTTTACCAGTTTATAGGAGGAGCACTTAAGGCTTAATG
642 TGATATGATTAATTGTGTGCTAACCTATTTTACCAGTATATAGGAGGAGCACTGAAGGCCCAATG
* * * *
42442 CTTTTGAAATTTTATGTTTTTCTTCGAATATGATTTTCTCCAGTGTCAAGCTGTAAAATATGAAA
707 CTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGATTTCCTCCAGAGTCAAGCTGTAAAATATGAAA
*
42507 GAATTGTTTTAGAAGATTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATATTGAATCCAATGTTTTAAACT
772 GAATTGTTTTAGAAGATTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATATTGAATCAAATGTTTTAAACT
* *
42572 TGCTCAAACAATGAAACAAGGTAAAACTATATCATTGGTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGT
837 TGCTCAAACAAAGAAACAAGATAAAACTATATCATTGGTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGT
42637 AACTTAGAATGGATTTTGAAGCTTCAAATATCAGACTTTGTTTTCGAG
902 AACTTAGAATGGATTTTGAAGCTTCAAATATCAGACTTTGTTTTCGAG
* * ** *
42685 CAATTTTTGCATGATTTTAATTTTTTGTT-GTGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATATATTTTT
1 CAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGGT-TTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTT
* * * * *
42749 AGGTGCTCTAAGGAACTTATGGGATTACATATTAATGATCTTGATATTTGTATACTATTTGTAAA
65 AGGTGCTCTAAGGAACTTAAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATACTATTTGTAAA
**
42814 GTTGTTATTAGTGCTTAATGAAATTAATTGTGTGCTAACA-TGTTTTAGCAATTTATAGAAGCAG
130 GTTGTTATTAGTGCTTAATGAAATTAATTACGTGCTAA-ATTGTTTTAGCAATTTATAGAAGCAG
* * * *
42878 CACTCGAGGCCTAATGGTTTTGAAATTTTAAATTTTT-CTTTGAAAATGTTTTTCG-CT-GAAGT
194 CACCCGAAGCCTAATGGTTTTGAAAATTTAAATTTTTGCTTTGAAAATGATTTT-GACTGGAA-T
* * *
42940 GGAGCATTAAAATATGAAAGTAGTGTTTTAGCAGGTTTTTAAAT-AGAAATGAATTTGAATATCT
257 GAAGCATTAAAATATGAAAGCAGTG-TTTAGCAGGTTCTTAAATGA-AAATGAATTTGAATATCT
* * *
43004 TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTTAAACAAATAAACATGGTAAAACTTCCATTGGTTTTAATTT
320 TGAATCCAATG-TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTCCATTGGTTTGAATTT
43069 TTCACA-AAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT-AGACCTTAAAACAT-TAG-ACTTAGTTTTTGAAC
384 TTCACATAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGA-ACCTTAAAACATATAGTACTTAGTTTTTGAA-
* * *
43130 AATTCTGAGCATAAAAACCAT-TCGCATAATTTC-AAATTATGACGTAAAAACCATTTTTGCAAG
447 AATTCTGAGCATAAAAACCATGT-GCAAAATTTCAAAATTACGACATAAAAACCATTTTTGCAAG
* *
43193 ATTTTAATTTTTTAG-TGTCTTTCATACTTATTTGCTTTTTGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
511 ATTTTAA-TTTTTAGTTGTCTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACACTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * ***
43257 AACTT-TCAGGATTACATATGAATGATTTTGATGTTTGGATATTATTTGTGAAGCTGTTATTTTT
575 AACTTGTCA-GATTACATATGAATGATCTCGATATTTCGATATTATTTGTGAAGCTGTTATTGGC
* * * * *
43321 ACTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACCTGTTTTAGCAGTATATAGGCGGAGCACTCGAA-GCCC
639 ACATGATATGATTAATTGTGTGCTAACCTATTTTACCAGTATATAGGAGGAGCACT-GAAGGCCC
* * * ** * * * *
43385 AATGCTTTTGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTCCGT-TGGAGTCGAGTTTTATAATA
703 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGATTTCC-TCCAGAGTCAAGCTGTAAAATA
* * ** * * *
43449 TTAAAGCATTGTTTTAGTCGGTTTTTAAATGGAAATGACTTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTT
767 TGAAAGAATTGTTTTAGAAGATTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATATTGAATCAAATGTTTT
* **
43514 AAA-TGTGCTCGAACAAAGAAACCTGATAAAACT
832 AAACT-TGCTCAAACAAAGAAACAAGATAAAACT
43547 TGAATCACAG
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 119, Indels: 41
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
946 3 0.00
947 314 0.43
948 37 0.05
952 3 0.00
953 1 0.00
954 33 0.05
956 2 0.00
957 42 0.06
958 239 0.33
959 54 0.07
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (949 bp):
CAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGGTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTA
GGTGCTCTAAGGAACTTAAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATACTATTTGTAAAG
TTGTTATTAGTGCTTAATGAAATTAATTACGTGCTAAATTGTTTTAGCAATTTATAGAAGCAGCA
CCCGAAGCCTAATGGTTTTGAAAATTTAAATTTTTGCTTTGAAAATGATTTTGACTGGAATGAAG
CATTAAAATATGAAAGCAGTGTTTAGCAGGTTCTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATC
CAATGTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTCCATTGGTTTGAATTTTTCACAT
AAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGAACCTTAAAACATATAGTACTTAGTTTTTGAAAATTCTGAG
CATAAAAACCATGTGCAAAATTTCAAAATTACGACATAAAAACCATTTTTGCAAGATTTTAATTT
TTAGTTGTCTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACACTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTCAGA
TTACATATGAATGATCTCGATATTTCGATATTATTTGTGAAGCTGTTATTGGCACATGATATGAT
TAATTGTGTGCTAACCTATTTTACCAGTATATAGGAGGAGCACTGAAGGCCCAATGCTTTTGAAA
TTTTATGTTTTGCTTCGAAAATGATTTCCTCCAGAGTCAAGCTGTAAAATATGAAAGAATTGTTT
TAGAAGATTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATATTGAATCAAATGTTTTAAACTTGCTCAAAC
AAAGAAACAAGATAAAACTATATCATTGGTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAACTTAGAA
TGGATTTTGAAGCTTCAAATATCAGACTTTGTTTTCGAG
Found at i:43899 original size:485 final size:483
Alignment explanation
Indices: 42687--44504 Score: 1660
Period size: 495 Copynumber: 3.8 Consensus size: 483
42677 TTTTCGAGCA
* * *
42687 ATTTTTGCATGATTTTAATTTTTTGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATATATTTTTAGG
1 ATTTTTGCATGATTTTAATTTTTTATTGCGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGG
* * *
42752 TGCTCTAAGGAACTTATGGGATTACATATTAATGATCTTGATA-TTTGTATACTATTTGTAAAGT
66 TGCTCTAAGGAACTT-TAGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTTG-ATATTATTTGTAAAGT
* ** * * *
42816 TGTTATTAGTGCTTAATGAAATTAATTGTGTGCTAACATGTTTTAGCAATTTATAGAAGCAGCAC
129 TGTTATTAGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAA-ATGTTTTAGCAGTTTATAGGAGGAGCAC
* ** * * * * * **
42881 TCGAGGCCTAATGGTTTTGAAATTTTAAATTTTTCTTTGAAAATGTTTTTCGCTGAAGTGGAGCA
193 TCGAAGCCTAAT-GTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGATGGAGTAGAGTT
* * *
42946 TTAAAATATGAAAGTAGTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCC
257 TTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCC
* * * ** * ***
43011 AATGTTTTAAACTTGCTTAAACAAATAAACATGGTAAAACTTCCATTGGTTTTAATTTTTCACAA
322 AATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAA----C-TT-GAATCAAGAGTT---AA
* * * *
43076 AGTGTAAGTTATAAAGGATTTTAGACCTTAAAACATTAGACTTAGTTTTTGAACAATTCTGAGCA
378 AGTGTAAGTTATAAAGAAATTTAGACCTTAAAACATCAGACTTAGTTTTTGAACAAATCTGAGCA
* * *
43141 TAAAAACCATTCGCATAATTTCAAATTATGACGTAAAAACC
443 TAAAAACCATTCGAACAATTTAAAATTATGACGTAAAAACC
* * **
43182 ATTTTTGCAAGATTTTAATTTTTTAGTGTC-TTTCATACTTATTTGCTTTTTGATACATTTTTAG
1 ATTTTTGCATGATTTTAATTTTTTATTG-CGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAG
* *
43246 GTGCTCTAAGGAACTTTCAGGATTACATATGAATGATTTTGAT-GTTTGGATATTATTTGTGAAG
65 GTGCTCTAAGGAACTTT-AGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTT-GATATTATTTGTAAAG
* ** * * * *
43310 CTGTTATTTTTACTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACCTGTTTTAGCAGTATATAGGCGGAGCA
128 TTGTTATTAGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAA-ATGTTTTAGCAGTTTATAGGAGGAGCA
* * * * * *
43375 CTCGAAGCCCAATGCTTTTGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTCCGTTGGAGTCGAGT
192 CTCGAAGCCTAATG-TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGATGGAGTAGAGT
* * *
43440 TTTATAATATTAAAGCATTGTTTTAGTC-GGTTTTTAAATGGAAATGACTTTGAATATCTTGAAT
256 TTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAAT
* * *
43504 CAAATGTTTTAAA-TGTGCTCGAACAAAGAAACCTGATAAAACTTGAATCACAGAGTT-AAGTGT
320 CCAATGTTTTAAACT-TGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTGAATCA-AGAGTTAAAGTGT
* *
43567 AAGTTATAAAGAAATTTAGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAAATCTG-GCATAAAA
383 AAGTTATAAAGAAATTTAGACCTTAAAACATCAGACTTAGTTTTTGAACAAATCTGAGCATAAAA
* *
43631 ACCATTCGAACAATTTTAAAATTATGACTTAAAAGCC
448 ACCATTCGAACAA-TTTAAAATTATGACGTAAAAACC
* * * * *
43668 ATTTTTGCATGATTTCAATTTATAATTGCGCTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACAATTTTAGG
1 ATTTTTGCATGATTTTAATTTTTTATTGCGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGG
* * *
43733 TGCTCTAAGGAACTTGT-GGATTACTTGTGAAGGATCTTGATAGTTTGATATTATTTGTAAAGTT
66 TGCTCTAAGGAACTT-TAGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTTGATATTATTTGTAAAGTT
* * * *
43797 GTTATTGGTGCTTGTTGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGTAGTTTATAGGAGGAGCACT
130 GTTATTAGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAA-TGTTTTAGCAGTTTATAGGAGGAGCACT
* * * *
43862 CGAAGCGTAATGTTTTCAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCAATGGAGTAAAGTTT
194 CGAAGCCTAATGTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGATGGAGTAGAGTTT
* *
43927 TAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCA
258 TAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCA
* *
43992 ATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAGAAACAT-ATAAAACTTGCATTAGTTTTTATCTTTCATAGT
323 ATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTG----A------A----TCA-AGA
** * * * * * ** * *
44056 GTT-CTGTGT-AGTTATAAAG-GATTTTGCAGCTTAAAACATCAGATTTTGTTTCGGAACAATTT
373 GTTAAAGTGTAAGTTATAAAGAAATTTAG-ACCTTAAAACATCAGACTTAGTTTTTGAACAAATC
* *
44118 TGGGCAT-AAAA--A-T----C----T----TT-TG-C------ACA
437 TGAGCATAAAAACCATTCGAACAATTTAAAATTATGACGTAAAAACC
* * * * * *
44141 ATTATTGCACGATTTTAATTTTTCT-TT-CTGTTTCATAGTCATTTTCTTTTAGATACATTTTTA
1 ATTTTTGCATGATTTTAATTTTT-TATTGC-GTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTA
* * * * * * * *
44204 GGCGCTCTAAAGAAGTTGAGGAATTACTTATGAATGATCTTCATA-TTTGGATATTAGTTGTGAA
64 GGTGCTCTAAGGAACTTTAGG-ATTACATATGAATGATCTTGATAGTTT-GATATTATTTGTAAA
* * * *
44268 GTTGTTATTGGTGCTTTATGTGATTAA-TGTGGTGCTAAATTATTTTAGCAGTCTATAAGG-GGA
127 GTTGTTATTAGTGCTTGATGTGATTAATTGT-GTGCTAAA-TGTTTTAGCAGTTTAT-AGGAGGA
* * *
44331 GCACTCGAAG--T-A-GCTTTTAAAATTTTATGCTTTGCTTTGAAAATGATTTTC-ACTCGAGTC
189 GCACTCGAAGCCTAATG-TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGA-TGGAGT-
* * * * *
44391 A-AGCTTTAAAATATGAAAGCACTGTTTTAGCAAGTTTTTTAAATGCAAATGAATTTAAATATCT
251 AGAGTTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGC-AGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCT
* *
44455 TGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTG
315 TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTG
44505 TATTGGTTTG
Statistics
Matches: 1121, Mismatches: 158, Indels: 111
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
469 1 0.00
470 66 0.06
471 74 0.07
472 11 0.01
473 71 0.06
474 93 0.08
475 3 0.00
479 1 0.00
480 2 0.00
481 2 0.00
484 15 0.01
485 245 0.22
486 150 0.13
487 1 0.00
488 1 0.00
489 3 0.00
490 6 0.01
491 1 0.00
494 5 0.00
495 301 0.27
496 7 0.01
497 46 0.04
498 16 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (483 bp):
ATTTTTGCATGATTTTAATTTTTTATTGCGTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGG
TGCTCTAAGGAACTTTAGGATTACATATGAATGATCTTGATAGTTTGATATTATTTGTAAAGTTG
TTATTAGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATGTTTTAGCAGTTTATAGGAGGAGCACTCG
AAGCCTAATGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGATGGAGTAGAGTTTTAA
AATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATG
TTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTGAATCAAGAGTTAAAGTGTAAGTTATA
AAGAAATTTAGACCTTAAAACATCAGACTTAGTTTTTGAACAAATCTGAGCATAAAAACCATTCG
AACAATTTAAAATTATGACGTAAAAACC
Found at i:44484 original size:471 final size:475
Alignment explanation
Indices: 43699--44638 Score: 1285
Period size: 473 Copynumber: 2.0 Consensus size: 475
43689 ATAATTGCGC
* * * * *
43699 TTCATACTTATTTGCTTTCAGATACAATTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGATTACTTGTGAA
1 TTCATACTCATTTGCTTTCAGATACAATTTTAGGCGCTCTAAAGAACTTGAGGATTACTTATGAA
* * *
43764 GGATCTTGATAGTTTGATATTATTTGTAAAGTTGTTATTGGTGCTTGTTGTGATTAATTATGTGC
66 GGATCTTCATAGTTTGATATTAGTTGTAAAGTTGTTATTGGTGCTTGTTGTGATTAATTAGGTGC
* * * *
43829 TAAATTGTTTTAGTAGTTTATAGGAGGAGCACTCGAAGCGTAATGTTTTCAAAATTTTATGTTTT
131 TAAATTATTTTAGCAGTCTATAGGAGGAGCACTCGAA-CGTAATGTTTTCAAAATTTTATGCTTT
* * *
43894 GCTTTGAAAATGATTTTCAATGGAGTAAAGTTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTT
195 GCTTTGAAAATGATTTTCAATCGAGTAAAGCTTTAAAATATGAAAGCACTGTTTTAGCAGGTTTT
43959 TAAATGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAGAAACAT-
260 TAAATGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAGAAACATG
** * ** *
44023 ATAAAACTTGCATTAGTTT-TTATCTTTCATAGTGTTCTGTGT-AGTTATAAAGGATTTTGCAGC
325 ATAAAACTTGCATTAGTTTGAAAT-TTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGATTTTGCAGC
** *** *
44086 TTAAAACATCAGATTTTGTTTCGGAACAATTTTGGGCATAAAAATCTTTTGCACAATTATTGCAC
389 TTAAAACATCAGACCTTGTTTCGGAACAATTTTGGGCATAAAAAGAATTTGCACAATTATGGCAC
44151 GATTTTAATT-TTTCTTTCTGT
454 GATTTTAATTGTTTCTTTCTGT
* * * * *
44172 TTCATAGTCATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGCGCTCTAAAGAAGTTGAGGAATTACTTATGA
1 TTCATACTCATTTGCTTTCAGATACAATTTTAGGCGCTCTAAAGAACTTGAGG-ATTACTTATGA
* *
44237 ATGATCTTCATA-TTTGGATATTAGTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTT-TATGTGATTAATGT-G
65 AGGATCTTCATAGTTT-GATATTAGTTGTAAAGTTGTTATTGGTGCTTGT-TGTGATTAAT-TAG
44299 GTGCTAAATTATTTTAGCAGTCTATAAGG-GGAGCACTCGAA-GT-A-GCTTTT-AAAATTTTAT
127 GTGCTAAATTATTTTAGCAGTCTAT-AGGAGGAGCACTCGAACGTAATG-TTTTCAAAATTTTAT
* *
44359 GCTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTCGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCACTGTTTTAGCAA
190 GCTTTGCTTTGAAAATGATTTTCAATCGAGTAAAGCTTTAAAATATGAAAGCACTGTTTTAGC-A
*
44424 GTTTTTTAAATGCAAATGAATTT-AAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAG
254 GGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAAA-ATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAG
* * *
44488 AAACATGGTAAAACTTGTATTGGTTTGAAATTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGATTT
318 AAACATGATAAAACTTGCATTAGTTTGAAATTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGATTT
* * * * *
44553 TGGAGCTTAAAACATCGGACCTTGTTTCTGAACAATTTTGGTCGTAAAAAGAATTTGCACAATTA
383 TGCAGCTTAAAACATCAGACCTTGTTTCGGAACAATTTTGGGCATAAAAAGAATTTGCACAATTA
*
44618 TGGCATGATTTTAATTGTTTC
448 TGGCACGATTTTAATTGTTTC
44639 CTACGTTAAG
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 46, Indels: 23
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
470 71 0.17
471 71 0.17
472 33 0.08
473 133 0.33
474 97 0.24
475 4 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (475 bp):
TTCATACTCATTTGCTTTCAGATACAATTTTAGGCGCTCTAAAGAACTTGAGGATTACTTATGAA
GGATCTTCATAGTTTGATATTAGTTGTAAAGTTGTTATTGGTGCTTGTTGTGATTAATTAGGTGC
TAAATTATTTTAGCAGTCTATAGGAGGAGCACTCGAACGTAATGTTTTCAAAATTTTATGCTTTG
CTTTGAAAATGATTTTCAATCGAGTAAAGCTTTAAAATATGAAAGCACTGTTTTAGCAGGTTTTT
AAATGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTCAAACAAAGAAACATGA
TAAAACTTGCATTAGTTTGAAATTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGATTTTGCAGCTT
AAAACATCAGACCTTGTTTCGGAACAATTTTGGGCATAAAAAGAATTTGCACAATTATGGCACGA
TTTTAATTGTTTCTTTCTGT
Found at i:46774 original size:474 final size:471
Alignment explanation
Indices: 44815--47232 Score: 3262
Period size: 475 Copynumber: 5.1 Consensus size: 471
44805 ATTCTGAAAA
* * *
44815 ATTGTTTTAGCATGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACTTG
1 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATG-TTTAAACTTG
* *
44880 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTATGCT
65 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
* * ** *
44945 ATAAAGGATTTTGGAGCTTCAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTCAGCGTAAAAACCAT
130 ATAAAGGATTTTGGAGC-TAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
* *
45010 TCGA-AAAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTT-TTGTTTCATACTTA-ATGCTTTTAGATAC
194 TC-ACACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTT-TTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC
* * **
45072 ATTCTTAGGTGCTCTAAAGATGCTGAGGAATTACAGATGAACAATCTTCATATTTGGATATTATT
257 ATT-TTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTT-GATATTATT
*
45137 TGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGG
320 TGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGG
* * * * *
45202 GGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTAGGTTTTGCTTCGAAAATGATTTTCCCTAGA
385 GGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACT-GA
45267 GTA-AAGCTTTAAAATATGAAAGC
449 -TATAAGCTTTAAAATATGAAAGC
* * *
45290 ATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACTTG
1 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATG-TTTAAACTTG
*** * *
45355 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAACATTAAGTGTAAGCT
65 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
* * * * *
45420 ATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATTATACTTTGTTTCTGAATAATTCTGAGCATAAAAACCAT
130 ATAAAGGATTTTGGAGC-TAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
* * *
45485 TCGA-ACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTT-TTTGCTTTTAGATACA
194 TC-ACACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
* * **
45548 TTTTTAGGTGCTCTAAGAATGCTGAGGAATTACAGATGAACAATCTTCATATTTTGATATTATTT
258 -TTTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATA-TTTGATATTATTT
* ** * * *
45613 GTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATATGCTAAATTGTTTTAAAAATTTATAAGC
321 GTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGG
* * * * *
45678 GGAGCACTCGAAACCTAATTCTTTTGATATTTTATGTTTTTCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTA
386 GGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGATA
45743 TCAAGCTTTAAAATATGAAAG-
451 T-AAGCTTTAAAATATGAAAGC
* * * *
45764 ATTGTTTTACCAGGTTTTTAAGTGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATGCAATATTTTAAACTTG
1 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAAT-GTTTAAACTTG
*
45829 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTGATTTTTCATAGTGTTAAGTG--TGTT
65 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
* * * * * *
45892 ATAAAGGATTTTGAAGCTAAAACATCAGACCTTGTTTCTAAATAATTCTTGGCTTAAAAGCCATT
130 ATAAAGGATTTTGGAGCTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
* * * * * * *
45957 CGCAAAATTATTGCACGATTTTAATTTTTTGTTGCTTTGCATACTTATATGCTTTTAGATACATT
195 CACACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA-T
* * * * *
46022 TTTAGGTCCTCTAAGGATACTGAGGAATTATATACGAATGATGTTCATATTTGGATATTATTTGT
259 TTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTT-GATATTATTTGT
*
46087 GAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTTATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA--GGG
323 GAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGG
* * * **
46150 AGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGGAAATGATTTTCACCGACGTC
388 AGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGATAT-
46215 AAGCTTTAAAATATGAAAGC
452 AAGCTTTAAAATATGAAAGC
* * * * * *
46235 ATTGTTTTAGCAGGTTTTGAAATGGAAATGAATTTCAATATCTGGAATCAAATGTCTTGAACTTG
1 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT-TTAAACTTG
* *
46300 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACCTGCATTGGTTTTCATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
65 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
* *
46365 ATAAAGGATTTTGAAGCTAAAACATCAGACCTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
130 ATAAAGGATTTTGGAGCTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
* * * * *
46430 CACACAATTATCGCATTATTTCACTTTTTCGTTGTTTTTCATACCTATTTGCTTTTAGATACATT
195 CACACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATT
* * * *
46495 TTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATAGGAATGTTCTTCATATTTGCATATTGTTTGTG
260 TTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTG-ATATTATTTGTG
* * *
46560 AAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCTGTCTATAGGGGGA
324 AAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGA
* * *
46625 GCACTTGAAGCCTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCGCTGATATAA
389 GCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGATATAA
46690 TGCTTTAAAATATGAAAGC
454 -GCTTTAAAATATGAAAGC
* * * * *
46709 ATTGTTTTAGCGGGATTTTAAATGCAAATGAACTTAAATATCTAGAATCCAATTGTTTAAACTTG
1 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAA-TGTTTAAACTTG
*
46774 CTCAAAC-AAGAAAACATGGTAAAACATGCATTGGTTTTAA-TTTTCATAGTGTTAAGTGTATGT
65 CTCAAACAAAG-AAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGT
* * * *
46837 TATAAAGGATTTTGGAGATTAAAACGTTAGACTTTGCTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
129 TATAAAGGATTTTGGAG-CTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
* * * * *
46902 TTCGCACATTTATTGTATGATTTCAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTACATACA
193 TTCACACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATAC-
* * * * *
46967 ATTTTAGGTGCTTTAAGGATGTTGAGGAATTATATATGAATGTTCTTCATTTTTAGATATTATTT
257 ATTTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTT-GATATTATTT
* * *
47032 GTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTTCTAAATTATTTTAGCTGTTTATAGGG
321 GTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGG
* * *
47097 GGAGCACTCGAAGCCTAATGATTTTGAAATTTTATGGTTTGCTTT-AAAACTGATTTGCATTGAT
386 GGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA-TGATTTGCACTGAT
*
47161 ATAAAGATTTAAAATATGAAAGC
450 AT-AAGCTTTAAAATATGAAAGC
* *
47184 ATTGTTCTAGCGGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATC
1 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATC
47233 TAAAACTTGC
Statistics
Matches: 1737, Mismatches: 181, Indels: 50
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
470 77 0.04
471 192 0.11
472 254 0.15
473 162 0.09
474 378 0.22
475 665 0.38
476 9 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (471 bp):
ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTAAACTTGC
TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTA
TAAAGGATTTTGGAGCTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTC
ACACAATTATTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTT
TAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGATATTATTTGTGAA
GTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGC
ACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGATATAAGC
TTTAAAATATGAAAGC
Found at i:50324 original size:411 final size:412
Alignment explanation
Indices: 49561--50364 Score: 1256
Period size: 411 Copynumber: 2.0 Consensus size: 412
49551 AACTATTTTA
49561 ATTTTTCATTTTTTTTCATACATATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTAA
1 ATTTTTCATTTTTTTTCATACATATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTAA
* * *
49626 GGAATTACATATGAATGATCTTCTTCTTTGGATATTATTTATGAAGTTATTATTTGTGCTTGATG
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGCTTGATG
* *
49691 TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCGGTTTATAAGGGCAGCACTTGAAGTCTAATGTTTTC
131 TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGCAGCACTCGAAGTCTAATGTTTTC
* * * *
49756 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
196 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATT
* * * *
49821 GTTTTACCAGGTTTATCAATTCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCGAAAGTTTTAAACTTGCTC
261 GTTTTACCAGGTTTATAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTAAACTTGCTC
* * * * *
49886 AAACAGAGAAACGTGGCAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTCTA
326 AAACAAAGAAACATGGCAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTTATA
49951 AAGTATTTTAGAGTTTAAAACC
391 AAGTATTTTAGAGTTTAAAACC
* * *
49973 ATTTTTC-TTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTG
1 ATTTTTCATTT-TTTTTCATACATATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTA
* * *
50037 AGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGAT-TTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGAT
65 AGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGCTTGAT
* *
50101 GTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTTTAATGTTTT
130 GTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGCAGCACTCGAAGTCTAATGTTTT
* * *
50166 TGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGC-GTGGGTATAAAGATTTAAAATATTAAAGCA
195 CGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGCACT-GGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCA
*
50230 TTGTTTTACCAGGTTCT-TAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
259 TTGTTTTACCAGGTT-TATAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTAAACTTG
* * *
50294 CTCAAACAAAGAAATATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTT
323 CTCAAACAAAGAAACATGGCAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTT
50359 ATAAAG
388 ATAAAG
50365 GTTGTTGGAG
Statistics
Matches: 356, Mismatches: 33, Indels: 7
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
410 1 0.00
411 265 0.74
412 90 0.25
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.17, T:0.43
Consensus pattern (412 bp):
ATTTTTCATTTTTTTTCATACATATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTAA
GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTATTATTGGTGCTTGATG
TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGCAGCACTCGAAGTCTAATGTTTTC
GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATT
GTTTTACCAGGTTTATAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAAAGTTTTAAACTTGCTC
AAACAAAGAAACATGGCAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTTATA
AAGTATTTTAGAGTTTAAAACC
Found at i:50810 original size:886 final size:886
Alignment explanation
Indices: 49086--52694 Score: 4113
Period size: 886 Copynumber: 4.0 Consensus size: 886
49076 CACGATTTCA
*
49086 ATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTAAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
1 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTAAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
*
49151 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGAT-TTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
* * * *
49216 TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAATTAATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATACTTTT
130 TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTT
* * * * * * * *
49281 CAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATTAAGCTTTAAAATATGAAAGCGTT
195 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGC-GTGGTATAAAGATTTAAAATATTAAAGCATT
* * * *
49346 GTTTTAGCAGATTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATAT-TATGAATCCAATG-TTTAAACTTGCT
259 GTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCT-TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * * * ** *
49409 TAAACAGAGAAACGTGGTAAAACTTGAATTAGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGCGCATGTTAT
323 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTTAT
* * * * * * *
49474 AAAGGATT-TTCGAGGTTAAAAC-ATTAGACATTGTTTCTGAGA-AATTCTGGGCTTCAAAACTA
388 AAAGGATTGTTGGA-GTT-AAACGCTAAGACTTTGTTTCT-AAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
* * * * * *
49536 TTCACAGAATTATTGAACTATTTTAATTTTTCATTTTTTTTCATACATATTTGCTTTCAGATACA
450 TTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACA
* * *
49601 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTAAGGAATTACATATGAATGATCTTCTTCTTTGGATATTATTT
515 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTT
* * * * *
49666 ATGAAGTTATTATTTGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCGGTTTATAAG-
580 GTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGACGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGA
* * *
49730 GGCAGCACTTGAAGTCTAATGTTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGT
645 GG-AGCACTCGAAATCTAATGTTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGT
* * * *
49795 ATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT-TATCAATTCAAATGAATTTGAATAT
709 ATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCT-TAAATTCAAATAAATTTGAATAT
* * * * *
49859 CTTGAATCGAAAGTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAAACGTGGCAAAACTTGCATTGGCTTTAAT
773 CTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAAT
* * *
49924 TTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTCTAAAGTATTTTAGAGTTTAAAACC
838 TTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGTATTTTGGAGCTTAAAACC
*
49973 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
1 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTAAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
50038 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATTTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATTTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* **
50103 GATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTTTAATGTTTTTG
131 GATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTTG
50168 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGCGTGGGTATAAAGATTTAAAATATTAAAGCATTG
196 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGCGT-GGTATAAAGATTTAAAATATTAAAGCATTG
50233 TTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCA
260 TTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCA
*
50298 AACAAAGAAATATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTTATAA
325 AACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTTATAA
*
50363 AGG-TTGTTGGAGCTTAAACGCT-AGACTTTGTTTCTAAACAGTTCTGGGCTTAAAAACCATTCG
390 AGGATTGTTGGAG-TTAAACGCTAAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCG
* *
50426 CACAATTATTGCACGATTTCAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTT
454 CACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTT
* * *
50491 TAGGTGCTCTCAGGATGTTGAGTAATTACATATGAATGATCTCCATATTTGGATATTATTTGTGA
519 TAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGA
* * * * *
50556 AGTTGTTACTGGTGCTTTACATTATTATTTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAG
584 AGTTGTTATTGGTGCTTGACGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAG
*
50621 CACTCGAAATCTAATGCTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCGCTGGTATAA
649 CACTCGAAATCTAATG-TTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAA
*
50685 AGATTTAAAATATGAAAGTATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGA
713 AGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGA
* * ** *
50750 ATCCAATGTCTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGTGTTGGTTTTAATTTTTC
778 ATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTC
*
50815 ATAGTGTTAAGTGTAT-TTATAAAGGCA-TTTGGAGCTT-AAA-C
843 ATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAA-GTATTTTGGAGCTTAAAACC
*** * * * * * *** ** ** * *
50856 ATTAGACTTTGTTTGTGA-AC-AATTCTGGGCTTAAAAAT-CATTCGCACAATTAT-TGCACGAT
1 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATT-T--GCTTTAAGATACATTTTTA-GGTGCTCT-AAGGAT
* * * * ** * * *
50917 -TTCA--ATTTTTCGT-TG--TTTTTTTCATACTT--ATTTGCTTTTAGAT-ACA-TT-TT-TAG
61 GTTGAGGA-ATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATTT--TTTT-G-TGA-AGTTGTTATTG
* * *
50970 GTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACATGAATCATGTTC-ATATGTGGATATTATTTGCGAAG
120 GTGCT-T---GATG-T---G-ATT--A-AT---T-ATGTGCTAAAT-T-G---TT-TTAGC--AG
* * **
51034 TTGT-TATTGGTGCTTGATGTGA-TTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTTATAGGGGGA
161 TT-TATA-AGG-G---GA-G-CACTCGA--A-GT-CT--A--A---TA-C----TT-T-------
* * *
51097 GCACTCGAAGCCTAATACTTTGGAAATTTTATGTTTTTCTTTGAAAATAATTAT-CACTGGTATG
194 ----T----G---AA----------ATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATT-TGC-GTGGTATA
* * * * * * * *
51161 AAGCTTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTGAATACAAATGAATTTGAATATCATG
236 AAGATTTAAAATATTAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTG
* * *
51226 AATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATCGGTTTTAATTTTT
301 AATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT
* * * * * *
51291 CATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATT-TTGGAGCCTAAAAC-ATTAGACTTTGTTTCTGAG
366 CATAGCGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTGTTGGAG--TTAAACGCTAAGACTTTGTTTCTAAA
* * * * * *
51354 GAATTCTGGGCTTAAAAGCCATTCGCAAAATTATTGCACTATTTTAATTTTTCATTGCTTTTCGT
429 CAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCAT
*
51419 ACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGAGGAATTACATATGAATGAT
494 ACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGAT
* * *
51484 CTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAATGGTGCTTTACGTGATTATTTATGTGCTAAA
559 CTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGACGTGATTAATTATGTGCTAAA
* *
51549 TTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTATAATGTTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTT
624 TTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAATCTAATGTTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTT
* * * * * * *
51614 TGAAAATGATTTTCCCTGGTATTAAGCTTTAAAATGTGGAAGCATTGTTTTACCAGGTTTTTAAA
689 TGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAA
* * **
51679 TTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTGGTCAAACAAAGAAATGTGGTAA
754 TTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAA
*
51744 AACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTCTAAAGTATTTTGGAGCTTAAA
819 AACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGTATTTTGGAGCTTAAA
51809 ACC
884 ACC
* *
51812 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTCCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
1 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTAAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
*
51877 GGAATTATATATGAATGATCTTCATATTTGGATTTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATTTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* **
51942 GGTTAATTATGCACTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTTG
131 GATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTTG
*
52007 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGTGCG-GGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATT
196 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAA-TT-TGCGTGGTATAAAGATTTAAAATATTAAAGCATT
52071 GTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
259 GTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
*
52136 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGCATGTTATA
324 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTTATA
* * * * *
52201 AAGG-TTTTTGGAGTTTAACG-TCAGACTTTGTTTCTAAGCAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCT
389 AAGGATTGTTGGAGTTAAACGCTAAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCG
* * *
52264 CACAATTATTGCATGATTTTTAATTTTTCATTGTTTTTCCTACTTATTTGCTTTCAGATGCATTT
454 CACAATTATTGCACGA-TTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTT
*
52329 TTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTG
518 TTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTG
* * * ** *
52394 AAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTAT-TATCAAAATTGTTTTAGTGGTTTATAAGGGG
583 AAGTTGTTATTGGTGCTTGACGTGATTAATTATGT-GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGG
*
52458 AGCACTC-AAAGTCTAATGCTTTT-GAAAATTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTA
647 AGCACTCGAAA-TCTAATG-TTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTA
* * *
52521 TAAAGATTTAAAACATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCT
710 TAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCT
** * *
52586 TGAATCCAAT-TATTTAAGTTTGCTTC-AACAAAAAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAAT
775 TGAATCCAATGT-TTTAAACTTGC-TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAAT
* * *
52649 TTTTCATGGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGCA-TTTGGAGCTTAAA
838 TTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAA-GTATTTTGGAGCTTAAA
52695 CATTAGACTT
Statistics
Matches: 2301, Mismatches: 282, Indels: 279
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
877 4 0.00
878 7 0.00
879 17 0.01
880 4 0.00
881 8 0.00
882 11 0.00
883 24 0.01
884 16 0.01
885 76 0.03
886 942 0.41
887 375 0.16
888 3 0.00
889 2 0.00
890 2 0.00
893 4 0.00
894 6 0.00
895 1 0.00
897 2 0.00
898 2 0.00
899 4 0.00
900 1 0.00
901 6 0.00
902 3 0.00
903 1 0.00
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906 2 0.00
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909 1 0.00
910 2 0.00
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924 2 0.00
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933 2 0.00
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936 1 0.00
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949 2 0.00
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958 8 0.00
959 4 0.00
960 17 0.01
961 7 0.00
962 4 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (886 bp):
ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTAAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATTTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
GATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTTG
AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGCGTGGTATAAAGATTTAAAATATTAAAGCATTGT
TTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAA
ACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTTATAAA
GGATTGTTGGAGTTAAACGCTAAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCA
CAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTA
GGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAG
TTGTTATTGGTGCTTGACGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCA
CTCGAAATCTAATGTTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGA
TTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATC
CAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATA
GTGTTAAGTGTATGTTATAAAGTATTTTGGAGCTTAAAACC
Found at i:51777 original size:476 final size:474
Alignment explanation
Indices: 49973--51810 Score: 2671
Period size: 476 Copynumber: 3.9 Consensus size: 474
49963 GTTTAAAACC
* *
49973 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
1 ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
* *
50038 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGAT-TTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGACG
* *
50102 TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTTTAATGTTTTT
131 TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTCTAATG-TTTT
* * * *
50167 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAAT-AATTTGCGTGGGTATAAAGATTTAAAATATTAAAGCAT
195 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCT-GGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCAT
*
50231 TGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
259 TGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* *
50296 CAAACAAAGAAATATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTTAT
324 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTAT
* ** * *
50361 AAAGG-TTGTTGGAGCTTAAACGCTAGACTTTGTTTCTAAACAGTTCTGGGCTTAAAAACCATTC
389 AAAGGATT-TTGGAGCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTC
50425 GCACAATTATTGCACGATTTCA
453 GCACAATTATTGCACGATTTCA
* *
50447 ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTCAGGATGTTGA
1 ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
* * * * *
50512 GTAATTACATATGAATGATCTCCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTACTGGTGCTTTACA
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGACG
* * *
50577 TTATTATTTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAATCTAATGCTTTT
131 TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTCTAATG-TTTT
* * *
50642 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCGCTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGTATT
195 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATT
* *
50707 GTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTCTTAAACTTACTC
260 GTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
** *
50772 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGTGTTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAT-TTATA
325 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATA
* * *
50836 AAGGCA-TTTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTGTGAACAATTCTGGGCTTAAAAATCATTCG
390 AAGG-ATTTTGGAGCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCG
50900 CACAATTATTGCACGATTTCA
454 CACAATTATTGCACGATTTCA
*
50921 ATTTTTCGTTGTTTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATG-C
1 ATTTTTCATTG--TTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTC
* * * * *
50985 TGAGGAATTACACATGAATCATGTTCATATGTGGATATTATTTGCGAAGTTGTTATTGGTGCTTG
64 -GAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTG
* * * * * *
51050 ATGTGATTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATAC
128 ACGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAG-TTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTCTAAT-G
* * * * * * * *
51115 TTTGGAAATTTTATGTTTTTCTTTGAAAATAATTATCACTGGTATGAAGCTTTAAAATATAAAAG
191 TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAG
* * * * * * *
51180 CATTGTTTTAGCAGGTTTTTGAATACAAATGAATTTGAATATCATGAATCCAATCTTTTAAACTT
256 CATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTT
* *
51245 GCTCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATCGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGT
321 GCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGT
** *
51310 TATAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAGCCA
386 TATAAAGGATTTTGGAG-CTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCA
* * *
51375 TTCGCAAAATTATTGCACTATTTTA
450 TTCGCACAATTATTGCACGATTTCA
* * *
51400 ATTTTTCATTGCTTTTCGTACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
1 ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
* *
51465 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAATGGTGCTTTACG
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGACG
* *
51530 TGATTATTTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTATAATGTTTTC
131 TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTCTAATGTTTT-
* * * *
51595 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATTAAGCTTTAAAATGTGGAAGCATT
195 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATT
* * *
51660 GTTTTACCAGGTTTTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTGGTC
260 GTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
** * * *
51725 AAACAAAGAAATGTGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTCTA
325 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATA
*
51790 AAGTATTTTGGAGCTTAAAAC
390 AAGGATTTTGGAGC-TAAAAC
51811 CATTTTTCTT
Statistics
Matches: 1214, Mismatches: 135, Indels: 28
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
474 185 0.15
475 259 0.21
476 351 0.29
477 329 0.27
478 17 0.01
479 73 0.06
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (474 bp):
ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGACG
TGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTCTAATGTTTTG
AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTG
TTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCA
AACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAA
AGGATTTTGGAGCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCA
CAATTATTGCACGATTTCA
Found at i:52163 original size:411 final size:412
Alignment explanation
Indices: 51400--52218 Score: 1241
Period size: 411 Copynumber: 2.0 Consensus size: 412
51390 CACTATTTTA
* *
51400 ATTTTTCATTGCTTTTCGTACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
1 ATTTTTCATTGCTTTTCATACTTATTTCCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
*
51465 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAATGGTGCTTTACG
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAATGGTGCTTGACG
* ** *
51530 TGATTATTTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTATAATGTTTTC
131 TGATTAATTATGCACTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTATAATCTTTTC
* * * * * **
51595 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATTAAGCTTTAAAATGTGGAAGCATT
196 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTTCCCGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATT
* * *
51660 GTTTTACCAGGTTTTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTGGTC
261 GTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTGCTC
** ** * *
51725 AAACAAAGAAATGTGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTCTA
326 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGCATGTTATA
51790 AA-GTATTTTGGAGCTTAAAACC
391 AAGGT-TTTTGGAGCTTAAAACC
* * * *
51812 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTCCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
1 ATTTTTCATTGCTTTTCATACTTATTTCCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
* * * *
51877 GGAATTATATATGAATGATCTTCATATTTGGAT-TTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAATGGTGCTTGACG
* * *
51941 TGGTTAATTATGCACTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTT
131 TGATTAATTATGCACTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTATAAT-CTTTT
*
52006 -GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGT-GCGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCA
195 CGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTT-TCCCGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCA
*
52069 TTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
259 TTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTGC
*
52134 TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGCATGTTA
324 TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGCATGTTA
*
52199 TAAAGGTTTTTGGAGTTTAA
389 TAAAGGTTTTTGGAGCTTAA
52219 CGTCAGACTT
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 38, Indels: 7
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
411 268 0.73
412 98 0.27
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (412 bp):
ATTTTTCATTGCTTTTCATACTTATTTCCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGA
GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAATGGTGCTTGACG
TGATTAATTATGCACTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGTATAATCTTTTC
GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTTCCCGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATT
GTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTGCTC
AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGCATGTTATA
AAGGTTTTTGGAGCTTAAAACC
Found at i:52472 original size:475 final size:473
Alignment explanation
Indices: 51812--53319 Score: 2276
Period size: 475 Copynumber: 3.2 Consensus size: 473
51802 GCTTAAAACC
* *
51812 ATTTTTCTTTGTTTTTCATACTTATTTCCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
1 ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
* *
51877 GGAATTATATATGAATGATCTTCATATTTGGAT-TTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
* * * *
51941 TGGTTAATTATGCACTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTT
131 TGATTAATTATGTACTAAATTGTTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTT
* * *
52006 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTGTGCGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATT
196 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGT-CTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATT
*
52071 GTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
260 GTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
* **
52136 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGCATGTTATA
325 AAACAAAAAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATA
* * * *
52201 AAGGTTTTTGGAG-TTTAACGTCAGACTTTGTTTCTAAGCAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCTC
390 AAGGATTTTGGAGCTTAAACATCAGACTTTGTTTCTAA-CAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGC
*
52265 ACAATTATTGCATGATTTTTA
454 ACAATTATTGCACGA-TTTTA
* * *
52286 ATTTTTCATTGTTTTTCCTACTTATTTGCTTTCAGATGCATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
1 ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
*
52351 GGAATTACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
66 GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
* * *
52416 TGATTAATTAT-TATCAAAATTGTTTTAGTGGTTTATAAGGGGAGCACTCAAAGTCTAATGCTTT
131 TGATTAATTATGTA-CTAAATTGTTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTT
* * *
52480 TGAAAATTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAACATGAAAGCAT
195 TGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTG-TCTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCAT
**
52545 TGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAAT-TATTTAAGTTTGC
259 TGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT-TTTAAACTTGC
*
52609 TTC-AACAAAAAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATGGTGTTAAGTGCATGTT
323 -TCAAACAAAAAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTT
*
52673 ATAAAGGCA-TTTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
387 ATAAAGG-ATTTTGGAGCTTAAACATCAGACTTTGTTTCT-AACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
*
52737 TCGCACAATTACTGCACGATTTTA
450 TCGCACAATTATTGCACGATTTTA
*
52761 ATTTTTTC-TTGCTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTG
1 A-TTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTG
*
52825 AGGAATTACATATGAATGATCTTCGTATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGAT
65 AGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGAT
* * * * *
52890 GTGATTAATTATGTGCTAAATTGTATTAGTAGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTTT
130 GTGATTAATTATGTACTAAATTGTTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTT
* * *
52955 TGAAATTTTTTGTTTTGCTTTGAAAATGATTT-TCAATGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCA
195 TGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGTC--TGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCA
* *
53019 TTATTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACATGC
258 TTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* * * * *
53084 TGAAACAAACAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTCTTAATTTTTCATAGTGTTAGGTGTATGTTA
323 TCAAACAAAAAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTA
* * * * *
53149 CAAAGGATTTTGAAGCTTAAACATCAGACTTTATTTTTGAACAATTCTGGGCTTAATAACCATTC
388 TAAAGGATTTTGGAGCTTAAACATCAGACTTTGTTTCT-AACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTC
*
53214 GCACAATTATTGCACGATTTCA
452 GCACAATTATTGCACGATTTTA
* * * *
53236 ATTTTTCAATCTTTTTCTTACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAAGATGTTGA
1 ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
*
53301 GGAATTACTTATGAATGAT
66 GGAATTACATATGAATGAT
53320 TGCACAATTA
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 80, Indels: 31
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
473 1 0.00
474 101 0.11
475 767 0.82
476 67 0.07
477 2 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (473 bp):
ATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGA
GGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
TGATTAATTATGTACTAAATTGTTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTT
GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGTCTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTG
TTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCA
AACAAAAAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAA
AGGATTTTGGAGCTTAAACATCAGACTTTGTTTCTAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCAC
AATTATTGCACGATTTTA
Found at i:53412 original size:107 final size:107
Alignment explanation
Indices: 53214--53415 Score: 273
Period size: 107 Copynumber: 1.9 Consensus size: 107
53204 ATAACCATTC
* * *
53214 GCACAATTATTGCACGATTTCAATTTTTCAATCTTTTTCTTACTTATTTGCTTTTAGATACATTT
1 GCACAATTATTGCACAATTTCAATTTTTCAATCTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTT
*
53279 TTAGGTGCTCTAAAGATGTTGAGGAATTACTTATGAATGATT
66 TTAGGTGCTCTAAAGATGCTGAGGAATTACTTATGAATGATT
* * *
53321 GCACAATTATTGCACAATTAT-AATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTATATGA-AT
1 GCACAATTATTGCACAATT-TCAATTTTTCAATCTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGAT-ACAT
** * *
53384 TTTTAGGTTTTCTAAGGATGCTGCGGAATTAC
64 TTTTAGGTGCTCTAAAGATGCTGAGGAATTAC
53416 AAATGAACAA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 11, Indels: 4
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
107 80 0.98
108 2 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.13, G:0.14, T:0.46
Consensus pattern (107 bp):
GCACAATTATTGCACAATTTCAATTTTTCAATCTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTT
TTAGGTGCTCTAAAGATGCTGAGGAATTACTTATGAATGATT
Found at i:55543 original size:469 final size:468
Alignment explanation
Indices: 54656--55572 Score: 1252
Period size: 469 Copynumber: 2.0 Consensus size: 468
54646 TAGTTTCTGA
* * * *
54656 ACAATTCTGGGCATAAAAACCATTCACACAATTTCAAATTGTGACGTAAAAACCATTTTTGCATT
1 ACAATTCTAGGCATAAAAACCATTCACACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATCTTTGCATG
* * * * * *
54721 ATTTTAATTTTTTATTGTCTTTAATACTTATTTGCGTTTTGATATATTTTTAGGTGCTCTAAGGA
66 AATGTAATTTTTCATTGTCTTCAATACTTATTTGCGTTTCGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGA
* * * * * * *
54786 ACTTTCGTGATTGCATATGAATGATCTTGATGTTTTGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGCTGC
131 ACTTTCGGGATTACATATGAACGATCTTCATATTTGGACATTATTTGTGAAGTTGTTATTGCTGC
* * * * * *
54851 TTGATGTGATTCATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTATATAGGGGGAGCACTCCAAGCCTAAT
196 TTGATGGGATTAATTGTATGCTAACATGTTTTAGCAGTATACAGGGGAAGCACTCCAAGCCTAAT
* * * * * * *
54916 GCTTTTGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAGTGATTTTCGTTGGAGTTGAGTTTTAAAATGTGAA
261 GCTTTTGAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTTGAGCTTTAAAATATGAA
* * * *
54981 AGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGACTTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTTAAAT
326 AGCATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTCTTAAAT
* * * *
55046 GTGCTTGAACAAAGAAACCTGATAAAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCACAGTGTTAAATATTG
391 GTGCTTAAACAAAGAAACATGATAAAACTTGAATT-GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAATATTG
55111 TACTTTATTTTCCG
455 TACTTTATTTTCCG
* * * *
55125 ACAATTCTAGTCATAAAAGA-CATTCACAGAATTTTAAATTGTGACATAAAAGCCATCTTTGCAT
1 ACAATTCTAGGCATAAAA-ACCATTCACACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATCTTTGCAT
* * *
55189 GAATGTAATTTTTCGTTGTGTTCAGTACTTATTTGC-TTTGCGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
65 GAATGTAATTTTTCATTGTCTTCAATACTTATTTGCGTTT-CGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
*
55253 GAACTTGT-GGGATTACATATGAACGATCTTCATATTTGGACATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
129 GAACTT-TCGGGATTACATATGAACGATCTTCATATTTGGACATTATTTGTGAAGTTGTTATTGC
* * *
55317 TGCTTGATGGGATTAATTGTATGCTAACATGTTTTAGCTGT-TAACAGTGGAAGCACTCGAAGCC
193 TGCTTGATGGGATTAATTGTATGCTAACATGTTTTAGCAGTAT-ACAGGGGAAGCACTCCAAGCC
55381 TAATGCTTTTGAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTTGAGCTTTAAAATA
257 TAATGCTTTTGAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTTGAGCTTTAAAATA
* * *
55446 TGAAAGCATTGTTTTAGTAAGTTTTTAAATGGAAATAAATTTGACTATCTTGAATCCAATGTCTT
322 TGAAAGCATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTCTT
*
55511 AAACT-TG-TTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGAATTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAA
387 AAA-TGTGCTT-AAACAAAGAAACATGATAAAACTTGAATTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAA
55573 GTGTAAGTTA
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 53, Indels: 13
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
468 28 0.07
469 358 0.92
470 3 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (468 bp):
ACAATTCTAGGCATAAAAACCATTCACACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACCATCTTTGCATG
AATGTAATTTTTCATTGTCTTCAATACTTATTTGCGTTTCGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGA
ACTTTCGGGATTACATATGAACGATCTTCATATTTGGACATTATTTGTGAAGTTGTTATTGCTGC
TTGATGGGATTAATTGTATGCTAACATGTTTTAGCAGTATACAGGGGAAGCACTCCAAGCCTAAT
GCTTTTGAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTTGAGCTTTAAAATATGAA
AGCATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTCTTAAAT
GTGCTTAAACAAAGAAACATGATAAAACTTGAATTGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAATATTGT
ACTTTATTTTCCG
Found at i:56484 original size:498 final size:496
Alignment explanation
Indices: 55136--60065 Score: 4644
Period size: 476 Copynumber: 10.0 Consensus size: 496
55126 CAATTCTAGT
* * * * * *
55136 CATAAAAGA-CATTCACAGAATTTTAAATTGTGACATAAAAGCCATCTTTGCATGAATGTAATTT
1 CATAAAA-ACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGAC-TAAAA-CCATTTTTGCA-GATTTTAATTT
* **
55200 TTCGTTGTG-TTCAGTACTTATTTGCTTTGCGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGG
62 TTCATTGTGTTTCA-TACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGG
* * *
55264 ATTACATATGAACGATCTTCATATTTGGACATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGGGA
126 ATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGA
* * *
55329 TTAATTGTATGCTAACA-TGTTTTAGCTG-TTA-ACAGTGGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTT
191 TTAATTGTGTGCTAA-ATTGTTTTAGCAGTTTATA-AG-GG-AGCACTCGAAGCATAATGCTTTT
* * **
55391 GAAATTTTATATTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTTGAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
252 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
* * * * * *
55456 GTTTTAGTAAGTTTTTAAATGGAAATAAATTTGACTATCTTGAATCCAATGTCTTAAACTTGTTC
317 GTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
* * *
55521 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGAATT-GTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTATA
382 AAACAAAGAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATA
* ** * * * * *
55585 AACGATTTTACAGCTTAAAATATCAGACATAGTTTTTAAACAATTATGGG
447 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
* * * *
55635 CGTAAAAGCCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACATAAAAACATTTTTTGCACGACTTTAA-TTT
1 CATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGAC-TAAAACCA-TTTTTGCA-GATTTTAATTTT
* * *
55699 T-ATTTGTATTTCATACTTATTTTCTTTTAGATAAATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGA
63 TCA-TTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGA
* * *
55763 TTACATAAGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATT-GTGCTTGATGTGAT
127 TTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGAT
* ** * * * *
55827 TAATTATGTGCTAACCTGTTTTAGCAGTTTGTAAGGGAAGCGCTCGAAGGATAAT-TTTTTGAAA
192 TAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGG-AGCACTCGAAGCATAATGCTTTTG-AA
* * ** * * *
55891 ATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTTGCTCGAGTTC-GGCTTTAAAATATGAAAGCATTAT
255 ATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAG-TCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGT
* * ** *
55955 TTT-GCCAGGTTTTTAAACGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTGCTAAACATGCTCA
319 TTTAG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCA
* * * * *
56019 AACAGAGAAACATTGTAAAACTTGCGTTGGTTTTGATTTTTCACAGCGTTAAGTGTAAGTTATAA
383 AACAAAGAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAA
* * * * * *
56084 AGAAATTTGGAGCTTAAAACATGAGACTTTGTTTTTGAACAAATCT-AG
448 AGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
* *
56132 CGTAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTTAAAACCATTTTTGCATGATTTTAATTTAT
1 CATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGAC-TAAAACCATTTTTGCA-GATTTTAATTTTT
* * *
56197 CATTGTGTTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACCTGTGGGACT
64 CATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATT
* * * * * * * *
56262 ACTTGTGAAGGATCTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAATTTCTTATTGGTGCTTGTTGTGATTA
129 ACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTA
* *
56327 ATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGCATAATACTTTCGAAATT
194 ATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAG-GGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAAATT
** * *
56392 TTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGTTGGAGTAAAGCTCTAAAATATGAAAGCATTGTTTTA
258 TTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTA
* * *
56457 GCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAA
323 GCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAA
* * *
56522 AGAAACA-TATAAAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT-AGTTTATACAGGA
388 AGAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAG-TTATAAAGGA
* * **
56585 TTTTGGAGCATAAAACATTAGACTTTGTTTCGGAACAATTTTGGG
452 TTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
* * * *
56630 CATAAAAACCTTTTGCACAA-TT---A-T-TG-C---AA-C-GTTTT--A-A---T--TTTTTCG
1 CATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTAAAACCATTTTTGCAGATTTTAATTTTTCA
* * * * * * * * *
56675 TTGTCTTTTATACTTATTTTCTTTTAGATAAATTTTTAAGCGCTCTAAGGAAGTTGAGGAATTAC
66 TTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTAC
* * * * *
56740 TTATGAACGATCTTCATATTTTGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTCCTTTATGTGATTAAT
131 ATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAAT
* * * *
56805 TGTGTGCTGAATTCTTTTAGCAGTCTATAAGGAGAGCAATCGAAGCATAATGCTTTTGAAATTTT
196 TGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGG-GAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAAATTTT
* * * * * *
56870 ATGTTTTGCTTTGAAAATTATTTTTATTGGGGTTAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGC
260 ATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGC
* * *
56935 AGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTATAAACTTACTCAAACAAAA
325 AGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAG
* * * * *
57000 AAACATGGTAAAATTTGCATTTGTTTTAA-ATTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTT
390 AAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTT
57064 TGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
455 TGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
* *
57106 CGTAAAAATCATTCGCACAA-TT---A-T-TG--------CA------CA-ATTTTAATTTTTCG
1 CATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTAAAACCATTTTTGCAGATTTTAATTTTTC-
* * * * * * * *
57150 A-TGTGTTTTAATGCTTATTTTCTTTTAGATGCATTTTTAGGCGCTCTAAGGAAGTTGAGGAATT
65 ATTGTG-TTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATT
*
57214 ACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGATTGATGTGATTA
129 ACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTA
* * *
57279 ATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTAAAAT
194 ATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAG-TTTATAA-GGGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAAAT
* *
57344 TTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTTAAGCTTTAAAATATGAAATCATTGTTTT
257 TTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTT
* * *
57409 AGTAGGTTTTTAAATGCAAATCAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACA
322 AGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACA
* * *
57474 AAGAAACATTGTAAAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGCTATAAAGGA
387 AAGAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGA
* *
57539 TTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGAG
452 TTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
57584 CATAAAAACCATTCGCACAA--TC--A-T-TG--------CA------C-GATTTTAATTTTTCA
1 CATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTAAAACCATTTTTGCAGATTTTAATTTTTCA
* * * * *
57628 TTGTGTTTCATGCTTATTTGCTTTTAAATACATTTTTA-------TAATG--C-TGAGGAATTAC
66 TTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTAC
* ** * *
57683 AAATGAAAAATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGCTTAATGTGATTAAT
131 ATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAAT
* * * * *
57748 TATATGC-------TTTTAGAAGTTTATAGGTGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTT
196 TGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAG-GGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAAATTTT
* *
57806 ATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATGTGAAAGCATTGTTTTAT
260 ATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGG-AGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAG
* *
57870 CAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAAGGTTTTAAACTTGCTCAAACAAA
324 CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAA
* * * * **
57935 GAAACATGGTAAAACTTGTATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATACGGGATT
389 GAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATT
* * * *
58000 TTGGAACTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGG
454 TTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
* * * *
58043 CTTAAGAACCATTCGCAC-AGTT---A-T-TG--------CA------CA-ATTTTAATTTTTCG
1 CATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTAAAACCATTTTTGCAGATTTTAATTTTTCA
*
58087 TTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTAC
66 TTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTAC
* * * *
58152 ATAAGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTAATTTAT
131 ATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAAT
* * * * * *
58217 TATGTGCTAACTTGTTTTAACAGTTTGTAAGGGAAGCACTCGAAGGATAAT-TTTTTGGAAATTT
196 TGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGG-AGCACTCGAAGCATAATGCTTTT-GAAATTT
* * *** * ** * *
58281 TATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTTGGTCGAGTCCGGCTTTAAAATATGAAAGTATTATTTT-G
259 TATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAG
* * * * ** ** *
58345 CCAAGTTTTAAAATGGTAATGAATTTGAATATCTTGACTAAAATGTGCT-AAGTATGCTCAAACA
324 -CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACT-TGCTCAAACA
* ** *
58409 AAGAAACATAGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATACCGTTAAGTGTAAGTTATAAAGAA
387 AAGAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGA
* * * * * * *
58474 ATTGGGAGCTTAAAACGTGAGACTTTGTTTTTCAACAAATCT-GG
452 TTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
* * *
58518 CATAAAAACCATTCGCATAATTTCAAATTGTGACTTAAAAACCAGTTTTGCATGATTTTAATTTA
1 CATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGAC-T-AAAACCATTTTTGCA-GATTTTAATTTT
* * *
58583 TCATTGCGTTTCATACTTATTTGCTTTTTAGATACATTATTAGGTGCTCTAGGGAACTTGTGGGA
63 TCATTGTGTTTCATACTTATTTGC-TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGA
* ** * *
58648 TTACTTGGGAAGGATCTTCATA-TTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTTATGTGAT
127 TTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGAT
* * * *
58712 TAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTCTATAAGGGGATCACTCGGAA-CATAATGTTTTTCAA
192 TAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAA-GGGAGCACTC-GAAGCATAATGCTTTTGAA
* * *
58776 ATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTGAAGCTTTAATATATGAAAGTATTGTT
255 ATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTT
*
58841 TTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAAGTTGCTCAAA
320 TTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA
* ** * *** **
58906 CAAAGAAACA-TGATAAAACTTGTAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTT---TGT---T
385 CAAAGAAACATTG-TAAAACTTGCATTGG-TTTT--A-ATT-TTTCAT-AGTGTTAAGTGTAAGT
* * * * * **
58964 TCT-GAGCAATTTTGG-G-TGTAAAAATCATTTACACAATTATTGCTCGATTTT-AA-TTTTTTG
443 TATAAAG-GATTTTGGAGCT-T-AAAA-CA--T-CA-GACT-TTG-T---TTTTGAACAATTTTG
59024 TTGTG
495 --G-G
* ** * * ** *
59029 TTAAGTGTAAGTTGGAAAGGATTTTTGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAAACATTTTGG
1 --CA---TAA-----AAACCA---TT-CGC--ACAATTTCA-A-ATTG----TG----A------
* *
59094 GCATAAAAACATTTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTTGA-TGTGTTTCATACTTATTT
34 -C-T--AAA-A-----C-C-ATTTTTGCA-GATTTTAA-TTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTT
* * ** * * * *
59158 TCTTTTACATACATTTTTAGACGCTCTAAGGAAGTTGAGGAATTACATATGAACGATCTTCATAT
85 GCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATGATCTTCATAT
*
59223 TTGGATATTATTTGTGAA---GTTATTGGTGCTTGGTGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTA
150 TTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTA
* * * *
59285 GTAGTTTCTAAGAGGAGCGCTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAA-TTTATGTTTTGCTTTGAAAATG
215 GCAGTTTATAAG-GGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATG
* * *
59349 ATTTTCACTGGTA-TCAAGCCTTAAAATATGAAAGCATTG-TTTAGCAGGTTGTTAAATGGTAAT
279 ATTTTCACTGG-AGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAAT
*
59412 GAATTTGAATATCTTGAATCCATTGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA-TGATAAAACTTG
343 GAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATTG-TAAAACTTG
* * *
59476 CATTGGTTTTAATTTTTAATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCA
407 CATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCA
* **
59541 GACTTTATTTTTGAACAATTTTAAG
472 GACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
* * *
59566 CATAAAAACCATTTGCAAAATTTCAAAATTGTGGCATAAAAGCCATTTTTGCAAGATTTTAATTT
1 CATAAAAACCATTCGCACAATTTC-AAATTGTGAC-TAAAA-CCATTTTTGC-AGATTTTAATTT
* *
59631 TTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGAGA
62 TTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGA
* * * * *
59696 TTACATTTGGATGATCTCCATATTTGGATATTATTTGTGACGTTGTTATTGGCGCTTGATGTGAT
127 TTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGAT
* * * * * *
59761 TAGTTGTTTGCTGACTTGTTTTAGCAGTTTATAGGAGGAGCACTC-AGAGCCTAATGCTTTTGAA
192 TAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAG-GGAGCACTCGA-AGCATAATGCTTTTGAA
* * * * * * * *
59825 ATTTTACGTTTT-TTTTTAATATGATTTTCTCTAGTGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGAATTGTT
255 ATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTT
* *
59889 TTAGAAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATATTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA
320 TTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA
* ** * * * ** *
59954 CAATGAAACAAGGTAAAACTAGCATTGGTTTTTAATTTTTTACAGTGTTAAGTGTAACCTAGAAA
385 CAAAGAAACATTGTAAAACTTGCATTGG-TTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAA
* * ** * *
60019 GGATTTTGAAGCTTCAAATGTCAGACTTTGGTTTCGAACAATATTTG
449 GGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAAT-TTTG
60066 CATGATTTTA
Statistics
Matches: 3704, Mismatches: 537, Indels: 377
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
458 2 0.00
459 323 0.09
460 10 0.00
466 4 0.00
467 75 0.02
468 1 0.00
469 71 0.02
470 6 0.00
473 2 0.00
475 37 0.01
476 742 0.20
477 230 0.06
478 118 0.03
479 1 0.00
480 1 0.00
481 3 0.00
483 1 0.00
485 4 0.00
486 1 0.00
487 2 0.00
491 3 0.00
492 2 0.00
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494 1 0.00
495 5 0.00
496 126 0.03
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499 425 0.11
500 169 0.05
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502 9 0.00
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504 5 0.00
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511 1 0.00
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516 5 0.00
520 3 0.00
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522 1 0.00
523 2 0.00
524 4 0.00
525 2 0.00
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528 1 0.00
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535 1 0.00
537 2 0.00
538 4 0.00
539 2 0.00
540 4 0.00
541 1 0.00
542 6 0.00
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546 1 0.00
547 6 0.00
548 100 0.03
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550 72 0.02
551 1 0.00
552 51 0.01
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554 5 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (496 bp):
CATAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTAAAACCATTTTTGCAGATTTTAATTTTTCA
TTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTAC
ATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAAT
TGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAAATTTTA
TGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCA
GGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGA
AACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT
GGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGG
Found at i:58113 original size:936 final size:935
Alignment explanation
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55752 AACTTGTGGG
* * *
55762 ATTACATAA-GAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATT-GTGCTTGATGTG
1 ATTACA-AATGAAAGATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGCTTTATGTG
* * * * * * *
55825 ATTAATTATGTGCTAACCTGTTTTAGCAGTTTGTAAGGGAAGCGCTCGAAGGATAAT-TTTTTGA
65 ATTAATTATATG-----CT-TTTTAGCAGTCTATAAGGGGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTG-
* * ** *
55889 AAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTTGCTCGAGT-TC-GGCTTTAAAATATGAAAGCAT
123 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-G-GTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
* * ** *
55952 TATTTT-GCCAGGTTTTTAAACGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTGCTAAACATGC
186 TATTTTAG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* * * * * * *
56016 TCAAACAGAGAAACATTGTAAAACTTGCGTTGGTTTTGATTTTTCACAGCGTTAAGTGTAAGTTA
250 TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTA
* * * * *
56081 TAAAGAAATTTGGAGCTTAAAACATGAGACTTTGTTTTTGAACAAATCT-AGCGTAAAAACCATT
315 TAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTCTGGGCGTAAAAACCATT
* * *
56145 CGCACAATTTCAAATTGTGACTTAAAACCATTTTTGCATGATTTTAATTTATCATTGTGTTTCAT
380 CGCACAA-TT---A-T-TG---------CA------CA--ATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCAT
* * * * *
56210 GCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACCTGTGGGACTACTTGTGAAGGAT
422 GCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATGAT
* * * *
56275 CTTGATAGTTGGATATTATTTGTGAATTTCTTATTGGTGCTTGTTGTGATTAATTGTGTGCTAAA
487 CTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAA
* *
56340 TTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAGCATAATACTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTT
552 TTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCATAATACTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTT
* * *
56405 TGAAAATGATTTTCGTTGGAGTAAAGCTCTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
617 TGAAAATGATTTTCGCTGGAGTAAAGCTTTAAAATATGAAATCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAA
* * *
56470 TGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACA-TATAA
682 TGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATTGTAA
* * * *
56534 AACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT-AGTTTATACAGGATTTTGGAGCATAA
747 AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAG-TTATAAAGGATTTTGGAGCTTAA
* * * * *
56598 AACATTAGACTTTGTTTCGGAACAATTTTGGGCATAAAAACCTTTTGCACAATTATTGCAACG-T
811 AACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTT-GGCATAAAAACCATTCGCACAATCATTGC-ACGAT
* * * * * *
56662 TTTAATTTTTTCGTTGTCTTTTATACTTATTTTCTTTTAGATAAATTTTTAAGCGCTCTAAGGAA
874 TTTAA-TTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTT-A------T-A--AT
*
56727 GTTGAGGA
928 GCTGAGGA
** * * * *
56735 ATTACTTATGAACGATCTTCATATTTTGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTCCTTTATGTGA
1 ATTACAAATGAAAGATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGCTTTATGTGA
* * * *
56800 TTAATTGTGTGCTGAATTCTTTTAGCAGTCTATAAGGAGAGCAATCGAAGCATAATGCTTTTGAA
66 TTAATTATATGC-----T-TTTTAGCAGTCTATAAGGGGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAA
* * * ** *
56865 ATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATTATTTTTATTGGGGTTAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATT
125 ATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATT
* *
56930 TTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTATAAACTTACTCAAA
190 TTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAA
* * * *
56995 CAAAAAAACATGGTAAAATTTGCATTTGTTTTAA-ATTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAG
255 CAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAG
* *
57059 GATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTTTGGGCGTAAAAATCATTCGCAC
320 GATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTCTGGGCGTAAAAACCATTCGCAC
* * * *
57124 AATTATTGCACAATTTTAATTTTTCGATGTGTTTTAATGCTTATTTTCTTTTAGATGCATTTTTA
385 AATTATTGCACAATTTTAATTTTTCGTTGT-TTTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTA
* * * * *
57189 GGCGCTCTAAGGAAGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAG
449 GGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAG
*
57254 TTGTTATTGGTGATTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTTATAAGGGGAGC
514 TTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAG-TTTATAAGGGGAGC
* * * *
57319 ACTCGAAGCCTAATACTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTTAAG
578 ACTCGAAGCATAATACTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTAAAG
* *
57384 CTTTAAAATATGAAATCATTGTTTTAGTAGGTTTTTAAATGCAAATCAATTTGAATATCTTGAAT
643 CTTTAAAATATGAAATCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAAT
*
57449 CCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATTGTAAAAGTTGCATTGGTTTTAATTTTTCAT
708 CCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCAT
*
57514 AATGTTAAGTGTAAGCTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATT
773 AATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATT
*
57579 TTGAGCATAAAAACCATTCGCACAATCATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATGCTTA
838 TTG-GCATAAAAACCATTCGCACAATCATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTA
*
57644 TTTGCTTTTAAATACATTTTTATAATGCTGAGGA
902 TTTGCTTTTAGATACATTTTTATAATGCTGAGGA
* *
57678 ATTACAAATGAAAAATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGCTTAATGTGA
1 ATTACAAATGAAAGATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGCTTTATGTGA
* * *
57743 TTAATTATATGC-TTTTAGAAGTTTAT-AGGTGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTT
66 TTAATTATATGCTTTTTAGCAGTCTATAAGG-GGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAAATTTT
* * *
57806 ATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATGTGAAAGCATTGTTTTATC
130 ATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGC
* *
57871 AGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAAGGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAG
195 AGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAG
* * **
57936 AAACATGGTAAAACTTGTATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATACGGGATTT
260 AAACATGGTAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTT
* * * * * *
58001 TGGAACTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAGAACCATTCGCACAGTTA
325 TGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTCTGGGCGTAAAAACCATTCGCACAATTA
*
58066 TTGCACAATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCT
390 TTGCACAATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCT
*
58131 CTAAGGAACTTGTGGGATTACATAAGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTA
455 CTAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTA
* * * * * * *
58196 TTGGTGCTTGATGTAATTTATTATGTGCTAACTTGTTTTAACAGTTTGTAAGGGAAGCACTCGAA
520 TTGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAA
* * * * * * * ***
58261 GGATAAT-TTTTTGGAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTTGGTCGAGTCCGGCTTTAA
585 GCATAATACTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTAAAGCTTTAA
* * * ** * **
58325 AATATGAAAGT-ATTATTTT-GCCAAGTTTTAAAATGGTAATGAATTTGAATATCTTGACTAAAA
649 AATATGAAA-TCATTGTTTTAG-CAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAA
** * * **
58388 TGTGCT-AAGTATGCTCAAACAAAGAAACATAGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATACC
712 TGTTTTAAACT-TGCTCAAACAAAGAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAAT
* * * * * * * * *
58452 GTTAAGTGTAAGTTATAAAGAAATTGGGAGCTTAAAACGTGAGACTTTGTTTTTCAACAAATCTG
776 GTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTG
*
58517 GCATAAAAACCATTCGCATAATTTCAAATTGTGACTTAAAAACCAGTTTTGCATGATTTTAATTT
841 GCATAAAAACCATTCGC---A---C--A-----A--T------CA---TTGCACGATTTTAATTT
* * * ** *
58582 ATCATTGCGTTTCATACTTATTTGCTTTTTAGATACATTATTA-GGTGCTCTAGGGA
882 TTCATTGTGTTTCATACTTATTTGC-TTTTAGATACATTTTTATAATGCT-GA-GGA
* ** * *
58638 ACTTGTGGGATTACTTGGGAAGGATCTTCATA-TTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGC
1 A--T-T---A-CAAAT--GAAAGATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGC
* * *
58702 TTTATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTCTATAAGGGGATCACTCGGAA-CATAA
57 TTTATGTGATTAATTATATGC-----T-TTTTAGCAGTCTATAAGGGGAGCACTC-GAAGCATAA
* * * *
58766 TGTTTTTCAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGG-AGTGAAGCTTTAATATATG
115 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATG
* *
58830 AAAGTATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
179 AAAGCATTATTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* *
58895 AGTTGCTCAAACAAAGAAACATGATAAAACTTG
244 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTG
58928 TAAAGGATTT
Statistics
Matches: 1882, Mismatches: 241, Indels: 138
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
934 25 0.01
935 225 0.12
936 319 0.17
937 112 0.06
940 1 0.00
942 1 0.00
943 75 0.04
945 1 0.00
946 1 0.00
947 1 0.00
949 1 0.00
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962 1 0.00
963 1 0.00
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967 2 0.00
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972 2 0.00
973 112 0.06
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975 179 0.10
976 6 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (935 bp):
ATTACAAATGAAAGATCTTCATATTTGGATATTATTTATGAAGTTGTTATTGGTGCTTTATGTGA
TTAATTATATGCTTTTTAGCAGTCTATAAGGGGAGCACTCGAAGCATAATGCTTTTGAAATTTTA
TGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCA
GGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGA
AACATGGTAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT
GGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAACAATTCTGGGCGTAAAAACCATTCGCACAATTAT
TGCACAATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTC
TAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTAT
TGGTGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAG
CATAATACTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTAAAGCTTTAAAA
TATGAAATCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTT
TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATTGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAA
GTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGCATA
AAAACCATTCGCACAATCATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTT
AGATACATTTTTATAATGCTGAGGA
Found at i:59131 original size:115 final size:115
Alignment explanation
Indices: 58929--59145 Score: 339
Period size: 115 Copynumber: 1.9 Consensus size: 115
58919 TAAAACTTGT
* **
58929 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAGCAATTTTGGGTGTAAAAATCATTT
1 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCATAAAAATCATTT
* *
58994 ACACAATTATTGCTCGATTTTAATTTTTTGTTGTGTTAAGTGTAAGTTGG
66 ACACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTTGATGTGTTAAGTGTAAGTTGG
*
59044 AAAGGATTTTTGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAA-ACATTTTGGGCATAAAAA-CATT
1 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACA-ATTTTGGGCATAAAAATCATT
*
59107 TCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTTGATGTGTT
65 T-ACACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTTGATGTGTT
59146 TCATACTTAT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 7, Indels: 4
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
114 6 0.06
115 87 0.94
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (115 bp):
AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCATAAAAATCATTT
ACACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTTGATGTGTTAAGTGTAAGTTGG
Found at i:61261 original size:475 final size:471
Alignment explanation
Indices: 60228--62696 Score: 3297
Period size: 474 Copynumber: 5.2 Consensus size: 471
60218 TGCTAACTTG
* * *
60228 AGCAAATAAGTATAAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGTGTGAATGGTTTTTAA
1 AGCAAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAA
*
60293 GCCCAGAATTTTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTA
66 GCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTA
* *
60358 ACACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTCTAAAAC
131 ACACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAG-AAGTTTAAAAT
* * * * *
60423 ATTGGATTGAAGATATTCAAATTCTTTTGTATTTAAAAACCTGTTAAAACAATGCTTTCGTATTT
195 ATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACC-G-TAAAACAATGCTTTCATATTT
* * * * * *
60488 TAAAGT-TTGATAGCAGTGAAAATCATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGAATTAGGCT
258 TAAA-TCTTGATACCAATGCAAATCATTTTAAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACT
* *
60552 TCGAGTGCTCCCCTAAAAACTACTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATA
322 TCGAGTGCTCCCCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATA
* * * *
60617 ACAACTTCACAAATATTTTCCAAATATGAAGATCTTTCATATGTAAATCCTCAACATCCTTAGAG
387 ACAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTTAGAG
60682 CACCTAAAAATGTATCTAAA
452 CACCTAAAAATGTATCTAAA
* * * *
60702 AGCAAATAAGTACGAAAAACAGTGAGAAATTGAAATCGTTCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAA
1 AGCAAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAA
* * * *
60767 GCCTAGAATTGTCCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGGTCCAAAATCCTTTATAACATACACTTA
66 GCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTA
* *
60832 ACACTATGAAAAATTAAAATCAATGCAAGATTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGTAAGTTTAAAAT
131 ACACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAG-AAGTTTAAAAT
* * ** * *
60897 ACTGGATTCAAGATATTTAAATTCATTTGCAACTAAAAACCTAGTAAAAAAAATGCTTTCATATT
195 ATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACC--GT-AAAACAATGCTTTCATATT
* * * **
60962 TTAACTCGTGATA-CAAGTGCAAATCATTTT-AAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGTATTAGGG
257 TTAAATCTTGATACCAA-TGCAAATCATTTTAAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGAC
* * *
61025 TTCGAGTGCTCCTCCTATAAACTGCTAAAGCAATTTAGCACATAATTAGTCACATCAAGCACAAA
321 TTCGAGTGCTCC-CCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAA
* * * *
61090 TAACAACTTTAGAAATAATATCCAAATATAAAGATCATTCATATGTAATTCTTCAACATCCTTAG
385 TAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTTAG
*
61155 AGCACCTAAAAATGTATCTGAA
450 AGCACCTAAAAATGTATCTAAA
* ** * * *
61177 AGAAAATAAGTATGAAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTTA
1 AGCAAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAA
* * * **
61242 GACCAAAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATTTTTTTGGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTT
66 GCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAA-TGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTT
* * * * *
61307 AACACTATG--------------A-GCAGGTTCTACCACGTTTCTCTGTTTGAGCAGTTTAAAAT
130 AACACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGAAGTTTAAAAT
61357 ATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACCAGGTAAAACAATGCTTTCATATTT
195 ATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACC--GTAAAACAATGCTTTCATATTT
*
61422 TAAATCTTTATACCAATGCAAATCATTTTAAAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACT
258 TAAATCTTGATACCAATGCAAATCATTTT-AAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACT
* * *
61487 GT-GAGTGCTCCACTTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATGACATTAAGCACCAA
322 -TCGAGTGCTCC-CCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAA
* *
61551 TAATAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAAG-TCCATTCGTATAG-AATTCCTCAACATCCTT
385 TAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAAGAT-CATTCATAT-GTAATTCCTCAACATCCTT
*
61614 AGAGCACCTAAAAATGTAACTCAAAAA
448 AGAGCACCTAAAAATGT-A-TC-TAAA
** * * * *
61641 AAAAAATAAGTATGAAAAACATTGATAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATAGCTTTTAT
1 AGCAAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAA
*
61706 GCCCAGAATTGTTCAAAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTA
66 GCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTA
* * * * *
61771 ACACGATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTCTACCACGTTTCTCTGTTTGAGCAGTTTAAAATA
131 ACACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGAAGTTTAAAATA
61836 TTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACCGGGTAAAACAATGCTTTCATATTTT
196 TTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACC--GTAAAACAATGCTTTCATATTTT
**
61901 AAATCTTTCTACCAATGCAAATCATTTTAAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACTGT
259 AAATCTTGATACCAATGCAAATCATTTTAAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACT-T
*
61966 -GAGTGCTCCACTTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATA
323 CGAGTGCTCC-CCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATA
* * *
62030 ATAACTTCACAAATAATATCCAAATGTGAAGATCATTCATATGGAATTCCTCAACATCCTTAGAG
387 ACAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTTAGAG
*
62095 CACCTAAAAATGTATCTCAA
452 CACCTAAAAATGTATCTAAA
* * * * *
62115 AGCAAATAGGTATGAAAAACATTGATAAATTGAAATCATGCAATAATTGAGCGAATGGCTTTTAT
1 AGCAAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAA
*
62180 GCCCAGAATTGTTCAAAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTA
66 GCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTA
* **
62245 ACACGATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTTTGCAAGTTTAAAAA
131 ACACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAG-AAGTTT-AAAA
*
62310 CATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAA-C------CAATGCTTTCATATTTT
194 TATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACCGTAAAACAATGCTTTCATATTTT
* ** * * * * *
62368 AGAGATTGATACCATTGGAAATCGTTTT-AAAGCAAAATATAAAATTTCAAAAGCATTATACTTC
259 AAATCTTGATACCAATGCAAATCATTTTAAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACTTC
* * *
62432 GAGTGCTTCCCCTATAAACTGCTAAATCAATTTAGCACAGAATTAGTCACATCAAGCACCAATAA
324 GAGTGC-TCCCCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATAA
* * *
62497 CAACTTCACAAATAACATCCAAATATGAAAATCATTCATATGTAAGTCCTCAACATCCTTAGAGC
388 CAACTTCACAAATAATATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTTAGAGC
* *
62562 ACCTAAAAATGCATCTGAA
453 ACCTAAAAATGTATCTAAA
* * * * *
62581 AGCAAATAAGTATGAAAAACAATGAAAAATTAAAATGGTGCAATAATTGTGCAAATGGTTTTTAA
1 AGCAAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAA
** * * *
62646 GCCCAGAATTCCTCAGAAACAAATTTTAATGTTTTAAGCTCTAAAATCCTT
66 GCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATG-TTTAAGCTCCAAAATCCTT
62697 CATATCAATG
Statistics
Matches: 1782, Mismatches: 176, Indels: 81
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
459 41 0.02
460 52 0.03
461 180 0.10
462 4 0.00
463 42 0.02
464 83 0.05
465 1 0.00
466 246 0.14
467 58 0.03
474 434 0.24
475 253 0.14
476 84 0.05
477 172 0.10
478 132 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.12, T:0.30
Consensus pattern (471 bp):
AGCAAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAA
GCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTA
ACACTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGAAGTTTAAAATA
TTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACCGTAAAACAATGCTTTCATATTTTAA
ATCTTGATACCAATGCAAATCATTTTAAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACTTCGA
GTGCTCCCCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATAACAA
CTTCACAAATAATATCCAAATATGAAGATCATTCATATGTAATTCCTCAACATCCTTAGAGCACC
TAAAAATGTATCTAAA
Found at i:62067 original size:938 final size:930
Alignment explanation
Indices: 60231--62696 Score: 3195
Period size: 938 Copynumber: 2.6 Consensus size: 930
60221 TAACTTGAGC
* * *
60231 AAATAAGTATAAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGTGTGAATGGTTTTTAAGCC
1 AAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTTAGCC
*
60296 CAGAATTTTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTAACA
66 CAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTAACA
*
60361 CTATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTCTAAAACATT
131 CTATG--------------ATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATT
* * * * *
60426 GGATTGAAGATATTCAAATTCTTTTGTATTTAAAAACCTGTTAAAACAATGCTTTCGTATTTTAA
182 GGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACC-G-TAAAACAATGCTTTCATATTTTAA
* * * *
60491 AGTTTGATAGCAGTGAAAATCATTTTCAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGAATTAGGCTTCGA
245 A-TTTGATACCAATGAAAATCATTTT-AAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACTTCGA
* *
60556 GTGCTCCCCTAAAAACTACTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATAACAA
308 GTGCTCCCCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATAACAA
* * *
60621 CTTCACAAATATTTTCCAAATATGAAGATCTTTCATATGTAAATCCTCAACATCCTTAGAGCACC
373 CTTCACAAATAATATCCAAATATGAAG-TCATTCATATGTAAATCCTCAACATCCTTAGAGCACC
* * * *
60686 TAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTACGAAAAACAGTGAGAAATTGAAATCGTTCAATAATTG
437 TAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAAAACAATGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTG
* * *
60751 AGCGAATGGTTTTTAAGCCTAGAATTGTCCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGGTCCAAAATCCT
502 AGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCT
* * * *
60816 TTATAACATACACTTAACACTATGAAAAATTAAAATCAATGCAAGATTTACCATGTTTCTTTGTT
567 TTATAACATACACTTAACACGATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGATTTACCACGTTTCTCTGTT
* *
60881 TGAGTAAGTTTAAAATACTGGATTCAAGATATTTAAATTCATTTGCAACTAAAAACCTAGTAAAA
632 TGAGTAAGTTTAAAATACTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCAACTAAAAACCGAGTAAAA
*
60946 AAAATGCTTTCATATTTTAACTCGTGATACAAGTGCAAATCATTTTAAAGCAAAACATAAAATTT
697 AAAATGCTTTCATATTTTAAATCGTGATACAAGTGCAAATCATTTTAAAGCAAAACATAAAATTT
* ** * * *
61011 CAAAAGTATTAGGGTTCGAGTGCTCCTCCTATAAACTGCTAAAGCAATTTAGCACATAATTAGTC
762 CAAAAGCATTAGACTTCGAGTGCTCCACCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATC
* * *
61076 ACATCAAGCACAAATAACAACTTTAGAAATAATATCCAAATATAAAGATCATTCATATGTAATTC
827 ACATCAAGCACAAATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATAAAGATCATTCATATGGAATTC
* *
61141 TTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTGAAAGA
892 CTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTCAAAGA
** * *
61180 AAATAAGTATGAAAAACAAAGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTTAGAC
1 AAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTTAGCC
* * **
61245 CAAAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATTTTTTTGGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTAAC
66 CAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAA-TGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTAAC
* * * * *
61310 ACTATGA-GCAGGTTCTACCACGTTTCTCTGTTTGAGC-AGTTTAAAATATTGGATTCAAGATAT
130 ACTATGATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATAT
*
61373 TCAAATTCATTTGCATTTAAGAACCAGGTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAATCTTTATACCAA
195 TCAAATTCATTTGCATTTAAGAACC--GTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAAT-TTGATACCAA
* *
61438 TGCAAATCATTTTAAAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACTGT-GAGTGCTCCACTT
257 TGAAAATCATTTT--AAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACT-TCGAGTGCTCC-CCT
* * *
61502 ATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATGACATTAAGCACCAATAATAACTTCACAAAT
318 ATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATAACAACTTCACAAAT
* *
61567 AATATCCAAATATGAAGTCCATTCGTATAG-AATTCCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGT
383 AATATCCAAATATGAAGT-CATTCATAT-GTAAATCCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGT
* ** * *
61631 AACTCAAAAAAAAAAATAAGTATGAAAAACATTGATAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAA
446 -A-TC-TAAAAGCAAATAAGTATGAAAAACAATGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAA
* * * * *
61696 TAGCTTTTATGCCCAGAATTGTTCAAAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAA
508 TGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAA
61761 CATACACTTAACACGATGAAAAATTAAAACCAATGCAAG-TTCTACCACGTTTCTCTGTTTGAG-
573 CATACACTTAACACGATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGATT-TACCACGTTTCTCTGTTTGAGT
* * ** * * *
61824 CAGTTTAAAATATTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACCGGGT-AAAACAAT
637 AAGTTTAAAATACTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCAACTAAAAACCGAGTAAAAAAAAT
* **
61888 GCTTTCATATTTTAAATCTTTCTACCAA-TGCAAATCATTTTAAAAGCAAAACATAAAATTTCAA
702 GCTTTCATATTTTAAATCGTGATA-CAAGTGCAAATCATTTT-AAAGCAAAACATAAAATTTCAA
*
61952 AAGCATTAGACTGT-GAGTGCTCCACTTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCAC
765 AAGCATTAGACT-TCGAGTGCTCCACCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCAC
* * * *
62016 ATCAAGCACCAATAATAACTTCACAAATAATATCCAAATGTGAAGATCATTCATATGGAATTCCT
829 ATCAAGCACAAATAACAACTTCACAAATAATATCCAAATATAAAGATCATTCATATGGAATTCCT
*
62081 CAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTCAAAGC
894 CAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTCAAAGA
* * * * *
62118 AAATAGGTATGAAAAACATTGATAAATTGAAATCATGCAATAATTGAGCGAATGG-CTTTTATGC
1 AAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTTA-GC
*
62182 CCAGAATTGTTCAAAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTAAC
65 CCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTAAC
* **
62247 ACGATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTTTGCAAGTTTAAAAACA
130 AC--T-----A-T------GATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTTT-AAAACA
62312 TTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAA-C------CAATGCTTTCATATTTTAG
180 TTGGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCATTTAAGAACCGTAAAACAATGCTTTCATATTTTA-
* * * * *
62370 AGA-TTGATACCATTGGAAATCGTTTTAAAGCAAAATATAAAATTTCAAAAGCATTATACTTCGA
244 A-ATTTGATACCAATGAAAATCATTTTAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACTTCGA
* * *
62434 GTGCTTCCCCTATAAACTGCTAAATCAATTTAGCACAGAATTAGTCACATCAAGCACCAATAACA
308 GTGC-TCCCCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATAACA
* * *
62499 ACTTCACAAATAACATCCAAATATGAAAATCATTCATATGTAAGTCCTCAACATCCTTAGAGCAC
372 ACTTCACAAATAATATCCAAATATG-AAGTCATTCATATGTAAATCCTCAACATCCTTAGAGCAC
* * * *
62564 CTAAAAATGCATCTGAAAGCAAATAAGTATGAAAAACAATGAAAAATTAAAATGGTGCAATAATT
436 CTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAAAACAATGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATT
* * ** * * *
62629 GTGCAAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTCCTCAGAAACAAATTTTAATGTTTTAAGCTCTAAAATC
501 GAGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATG-TTTAAGCTCCAAAATC
62694 CTT
565 CTT
62697 CATATCAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
933 1 0.00
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953 6 0.00
954 43 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.17, G:0.12, T:0.30
Consensus pattern (930 bp):
AAATAAGTATGAAAAACATTGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTTAGCC
CAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTGTAACATACACTTAACA
CTATGATGCAAGTTTTACCATGTTTCTTTGTTTGAGCAAGTTTAAAACATTGGATTCAAGATATT
CAAATTCATTTGCATTTAAGAACCGTAAAACAATGCTTTCATATTTTAAATTTGATACCAATGAA
AATCATTTTAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACTTCGAGTGCTCCCCTATAAACTG
CTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACCAATAACAACTTCACAAATAATATCCA
AATATGAAGTCATTCATATGTAAATCCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGC
AAATAAGTATGAAAAACAATGAAAAATTGAAATCGTGCAATAATTGAGCGAATGGTTTTTAAGCC
CAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTAATGTTTAAGCTCCAAAATCCTTTATAACATACACTTAACA
CGATGAAAAATTAAAACCAATGCAAGATTTACCACGTTTCTCTGTTTGAGTAAGTTTAAAATACT
GGATTCAAGATATTCAAATTCATTTGCAACTAAAAACCGAGTAAAAAAAATGCTTTCATATTTTA
AATCGTGATACAAGTGCAAATCATTTTAAAGCAAAACATAAAATTTCAAAAGCATTAGACTTCGA
GTGCTCCACCTATAAACTGCTAAAACAATTTAGCACATAATTAATCACATCAAGCACAAATAACA
ACTTCACAAATAATATCCAAATATAAAGATCATTCATATGGAATTCCTCAACATCCTTAGAGCAC
CTAAAAATGTATCTCAAAGA
Found at i:63922 original size:476 final size:475
Alignment explanation
Indices: 62703--67037 Score: 5954
Period size: 477 Copynumber: 9.1 Consensus size: 475
62693 CCTTCATATC
* * *
62703 AATGATCTTCATATTTGGATATTGTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATATGCTTAATTATGT
1 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* *
62768 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATATGGGGAGCACTCGAAGTTTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
* * * * *
62833 TTGCTTTGAAAATAATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTAGCGGGTT
131 TTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT
* * * *
62898 TTTAAATACAAATGAATTTGAATATCATGAATCCAATATTTTAAACTT-CCCTAAACAGAGAAAC
196 TTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAACTTACTC-AAACAAAGAAAC
* * *
62962 GTGGTAAAACTTGCATTGGTTTTACTTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTGGA
260 ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGA
* **
63027 GCTT-AACATTAGACTTTGTTTTTGTTGAATT-TCGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGC
325 GCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCT-GGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGC
* * *
63090 ACCATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGC-TTTCGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
389 ACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
*
63154 GGATGTTGAGGAATTACATATG
454 GGATGTTGAGGAATTACACATG
*
63176 AATGATCTTCATATTTGGATATTCTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
1 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
*
63241 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGTGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
* * * * *
63306 TTGCTATGAAAATGATTTGCGCTGGTATAAAGATTTATAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT
131 TTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT
* * *
63371 CTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACA
196 TTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACA
*
63436 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGTTTTTGGAG
261 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * * ** * *
63501 CTTCAACATTAGGCTTTATTTCTGAATAATTCTGGGCTTAAAAACCATTTGCACAATTACTGCAC
326 CTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * *
63566 GATTTCAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAAATACATTTTTAGGTGCTTTAAGG
391 GATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * *
63631 ATGCTAATGAATTACACATG
456 ATGTTGAGGAATTACACATG
*
63651 AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
1 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * * * *
63716 GCTAAATTGTTTTAACAGTTTGAT-TGGGACAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTATG
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTT-ATAAGGG-GAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATG
* ** * *
63780 TTTTGCTTTGAAAATAATTTTCACTGGTATCGAGCTTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTAGCAGG
129 TTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGG
* * * *
63845 TTTTTAAATACAAATAAATTTGAATATAATGAATCCAATGTTTTAAACTTTCTTAAACAGAGAAA
194 TTTTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAA
* *
63910 CATGGCAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGCTTTTGG
259 CATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGG
* * * * ** *
63975 AGCATAAACGTTAGACTTTATTGCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTACTGC
324 AGCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGC
* ** * *
64040 ACGATTTCAATTTTTTGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACACTTTTAGTTGCTCTAA
389 ACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCT-A
64105 AGGATGTTGAGGAATTACACATG
453 AGGATGTTGAGGAATTACACATG
*
64128 AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
1 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * * * * *
64193 GCTAAATTGTTTTAGCACTTT-TATTGGGAGACCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTCTATG
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-AGGG-GAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATG
* * * * * *
64257 TTTTGCTTTGAAAATAATTTTCACTGTTATCAAGCTTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTAGCAGA
129 TTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGG
* * * * *
64322 TTTTTAAATACAAAATGAATTTGAATATAATGAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAA
194 TTTTTAAATAC-AAATAAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAA
* * * *
64387 ACGTGGTAAAACTTGCGTTGG-TTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTACAAAGGATTTTG
258 ACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTG
* * *
64451 GAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAAATCTGAGCTTAAAAACTATTCGCACAATTATT
323 GAGCTT-AAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATT
* * * ** *
64516 GCACCATTTTACTTTTTCATTGTTTTTCATACTGATTTGCTTCCAAATACATTTTTAGGTGCTCT
387 GCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCT
* *
64581 AAGGATGTTGAGGAATTATATATG
452 AAGGATGTTGAGGAATTACACATG
* *
64605 AATGATATTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAACTATGT
1 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * * * *
64670 GCTAAATTATTCTAGCAGTTTATAAGTGGTGCACTCGAAGTCTAATTCTTTTGAAATTTTATGTT
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
* * * * *** *
64735 TTGCTTTGAAAATGATTTGCTCTGTTATAAAGATGGGAAATATGAAAGCATTGTCTTACCAGGTT
131 TTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT
* * * *
64800 CTTAAATTCAAATGACTTTGAATATC-TAGAAT-C--TGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAAC
196 TTTAAATACAAATAAATTTGAATATCAT-GAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAAC
* **
64861 ATGGTAAAACGTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATCATATAAAGGATTTTGGA
260 ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGA
* *
64926 GC-T---C---AGACTCTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACTATTCGCACAATTATTGCA
325 GCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCA
* *
64984 -GAATTTTAATTTTTAATTGTTTTTCTTACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
390 CG-ATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
*
65048 GGATGTTGAGGAATTACATATG
454 GGATGTTGAGGAATTACACATG
* *
65070 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTTATAAATTATGT
1 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * *
65135 GCTAAATTGTTTTAGCTGTTTATAAGGGGAGTAGTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
* * * *
65200 TTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAACATTGTTTTACCAAGTT
131 TTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT
* ** * * *
65265 CTTAAACGCAAATCAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTACGCAAACAAAGAAACA
196 TTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACA
*
65330 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAA-GTTTTTGGAG
261 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* ** * *
65394 CTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGCAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCTTACAATTACTGCAT
326 CTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * * *
65459 GATTTCAATTTGTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATATATTTTTAGATGCTCTAGGG
391 GATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
*
65524 ATGCTGAGGAATTACACATG
456 ATGTTGAGGAATTACACATG
* *
65544 AATGATCTTCATTATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGGTTAATTATG
1 AATGATCTTCA-TATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATG
* ** * *
65609 TGCTAAATTGTTTCAGCAGTTT-TATAGGGGCAGGTCTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTAT
65 TGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-AGGGG-AGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTAT
* *
65673 GTTTTGCTTTTG-AAATGATTTTCACTGGTATTAAGCTTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGC
128 GTTTTGC-TTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGC-TTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACC
* * * * *
65737 AGGTTTTTAAATACAAATGAATTTGAATATAATGAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAGAG
191 AGGTTTTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAG
* * * * * *
65802 AAACGTCGTAAAACTTGGATCGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTT
256 AAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTT
* * *
65867 TGAAGCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCAAAATTA
321 TGGAG-CTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTA
* ** * * *
65932 TTGCACTATTTTAATTTTTCATTACTTTTCATACTTATTAGCTTTCAGATGCATTTTTAGGTGCT
385 TTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCT
*
65997 CTAAGGATGTTGAGAAATT-CA-ATAGG
450 CTAAGGATGTTGAGGAATTACACAT--G
*
66023 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATGGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
1 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * * * *
66088 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGTGGAGCTCTCAAAGTCTAATGCTTTCGAAATTTTATGTC
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
* * * * * *
66153 TTGCTATGAAAATGATTTGCGCTGGTATAAAGATTTATATTATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT
131 TTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT
* * *
66218 CTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACA
196 TTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACA
* *
66283 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAA-GTTTTTCGAG
261 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * * *
66347 CTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGCAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGTACAATTACTGCCC
326 CTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * * * * *
66412 GATTTCAATTTGTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAAATATATTTTTAGATGCTCTAGGG
391 GATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* *
66477 ATGCTGGGGAATTACACATG
456 ATGTTGAGGAATTACACATG
*
66497 AATGATCTTCATTATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATG
1 AATGATCTTCA-TATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATG
* * * * * *
66562 TGCTAAATTATTTTAGTAGTTTTTAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATTCTTTTGAAATTTTATGT
65 TGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGT
* * * * *
66627 TTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGCTATCAAA-CTTTAAAATACGAAAGCATTATTTTAACGGG
130 TTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTAT-AAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGG
* * **
66691 TTTTTAAATACAAA-AGAATTTGAATATCTTCG-ATCCAATGTTTTAGACTCGCTCAAACAAAGA
194 TTTTTAAATACAAATA-AATTTGAATATCAT-GAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGA
*
66754 AACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTT
257 AACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTT
* * * * * *
66819 GAAGCTTAAAAGATTAGACTTTGTTTGTGAGGAATTCTGGCCTTAAAAACTATGCGCACAATTAT
322 GGAGCTT-AAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTAT
* ** **
66884 TGCACGATTTTACTTTTTTGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTCCAGATACATTTTTAGGTGCTC
386 TGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTC
*
66949 TAAGGATGTTGAGGAATTACATATG
451 TAAGGATGTTGAGGAATTACACATG
* * *
66974 AATGATCTTCTTATTTGGATATTATTTGTGAAGTTATTATTGGTGCTTGATGTTATTAATTATG
1 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATG
67038 GGAGCACTTG
Statistics
Matches: 3420, Mismatches: 396, Indels: 89
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
465 328 0.10
466 2 0.00
467 10 0.00
468 81 0.02
471 1 0.00
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479 137 0.04
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Consensus pattern (475 bp):
AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTT
TTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTT
TTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAACTTACTCAAACAAAGAAACA
TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAG
CTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
GATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
ATGTTGAGGAATTACACATG
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* * *
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* * *
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* *
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* * **
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*
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*
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*
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* *
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* *
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* * * **
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* *
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* * * *
63607 AATACATTTTTAGGTGCTTTAAGGATGCTAATGAATTACACATG
908 AATACATTTTTAGATGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACATG
63651 AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
1 AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * * *
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* * *
63781 TTTGCTTTGAAAATAATTTTCACTGGTATCGAGCTTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTAGCAGGT
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* * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
64235 CTAATACTTTTGAAATTCTATGTTTTGCTTTGAAAATAATTTTCACTGTTATCAAGCTTTAAAAT
583 CTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTATGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAAT
* * * * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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* * *
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1 AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * * * * *
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* * * * * *** * *
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* * * * * *
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* * **
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* *
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** * *
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* * * * *
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518 GGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGT
*
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* *
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*
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** *
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* * *
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908 AATACATTTTTAGATGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACATG
*
65544 AATGATCTTCATTATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGGTTAATTATG
1 AATGATCTTCA-TATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATG
* **
65609 TGCTAAATTGTTTCAGCAGTTTTATAGGGGCAGGTCTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTATG
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*
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*
65738 GGTTTTTAAATACAAATGAATTTGAATATAATGAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGA
193 GGTTTTTAAATACAAATGAATTTGAATATAATGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGA
* * * * *
65803 AACGTCGTAAAACTTGGATCGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTT
258 AACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTT
* *
65868 GAAGCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCAAAATTAT
323 GGAGCCT-AAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTAT
* * ** * *
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387 TGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTC
* *
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452 TAAGGATGTTGAGGAATTAC-ATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTA
* * * *
66062 TGGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGTGGAGCTCTCAAA
516 TTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAA
* * * *
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* * *
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*
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* * *
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* * *
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906 TAAATACATTTTTAGATGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACATG
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1 AATGATCTTCA-TATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATG
* * * *
66562 TGCTAAATTATTTTAGTAGTTTT-TAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATTCTTTTGAAATTTTATG
65 TGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTTATAGGGGCAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTATG
* * * * * *
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130 TTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGG
* ** * * *
66691 TTTTTAAATACAAAAGAATTTGAATATCTTCG-ATCCAATGTTTTAGACTCGCTCAAACAAAGAA
195 TTTTTAAATACAAATGAATTTGAATATAAT-GAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAA
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259 ACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTG
* * * * * * *
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324 GAGCCT-AAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATT
* * *
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388 GCACGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCT
* *
66950 AAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCTTATTTGGATATTATTTGTGAAGTTATTATT
453 AAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
* * ***
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518 GGTGCTTGATGTGATTAATTAT--GTG--C-T-AAA---T-TGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGA-
** * * * * * ** * * ** * ** *
67076 TTACCCCG--GTATAAAG-ATTTAAAATATGAAAGCATTTT--T-TTATCA-GGTTCTTAAAT-G
572 GCA-CTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAAT-TTTATG--TTTTGCTATGAAAATGATT-TGCACTGG
* * * * ** * * * * *
67133 CA-AATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA--AATTTGCTCAAA-G-AAATAAACATGG
632 TATAA-AGATTT-AAAAT-ATGAAAACATTGTTTTACCAAGTT-CTTAAATGCAAATAAA-TTTG
* * ** *** *** *
67193 TAA-AACTTGGAT----TGGTTTT-AA-TTTTTCATAGTGTTAAG-TGTATGTTATAAA---G--
692 -AATATCTTGAATCCAAT-GTTTTAAACTTACTCA-A--ACAAAGAAACATGGTA-AAACTTGCA
* ** * *** * * ** * *
67245 --GGTTTTGGA-GCTT-AAAACATTAGAAT-T-TGTTTTTGAGGAATTCTGG-GCTT-AA-A--A
751 TTGGTTTT-AATTTTTCATAGTGTTA-AGTGTATGTTATAAAGG-TTTTTGGAGCTTAAACATTA
** * *
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* * * *
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878 GTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAA-ATACATTTTTAGATGCTCTAAGGATGCTGAGGA
*
67396 ATTACATATG
942 ATTACACATG
* *
67406 AATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATTT
1 AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * * * *
67471 GCTAAATTGTGTTAGCAG-TTAATAGGAGG-AGCACTTGAAGCCTAATATTTTTCAAATTTTATG
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTTATAGG-GGCAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTATG
*
67534 TTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATTAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGG
130 TTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGG
* * *
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* * * * * * *
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260 CATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTGG
* * * * * * *
67727 AGCTTAGAACATTATACATTGTTTATGATGAATTCT-CGCTTAAAAACTATTCGCACAATTATTG
325 AGCCTA-AACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTG
* * *
67791 CACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTTCTTTCAGATACTTTTTTAGGTGCTCTA
389 CACGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
* *
67856 AGGATGTCT-AGGAATTACATATGAATGATCTTCTTATTTGGATATTATTTGTTAAGTTGTTATT
454 AGGATGT-TGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
* **
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* * * *
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582 TCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTATGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAA
* * ** * * *
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* * * ** *
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712 TTAAACTTACTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAA
* * * * * * *
68179 GTGTATATTACAAAGGCTTTTGGAACATAAACATTAGACTTTATTTCTGAACAATTCTGGGCTTA
777 GTGTATGTTATAAAGGTTTTTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGCAATTCTGGGCTTA
* * * * *
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842 AAAACCATTCGCACAATTACTGCACGA-TTTCAATTTGTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTT
* * * *
68308 CAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCT-AGGAAATTACATATG
906 TAAATACATTTTTAGATGCTCTAAGGATG-CTGAGG-AATTACACATG
* * *
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1 AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * * *
68420 GCTAAATTGTTTTAGCAG-TTTATAAGGG--G--CTCGAAGTCTAATGCTTTTGAAATTTTATGC
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* * * * * * *
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* * * ** *
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*
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* * * ** *
68674 GAGCTTAAACGTTAGACTTTGTTTCTAAACAGTTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTG
324 GAGCCTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTG
* *
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*
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* *
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1 AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
* * *
69366 GCTAAATTATTTTAGCAGTTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATACTTTGGAAATTTTATGT
66 GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTTATAGGGGCAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTATGT
* * * * *
69431 TTTTCTTTGAAAATAATTATCACTGGTATGAAGCTTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTAGCAGGT
131 TTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGT
* * *
69496 TTTTAAATACAAATGAATTTGAATATCATAAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAAAC
196 TTTTAAATACAAATGAATTTGAATATAATGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAAAC
* * *
69561 ATGGCAAAACTTGCATCGGTTTTAATTTCTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTGGA
261 ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTGGA
* *
69626 GCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAGCCATTCGCAAAATTATTGC
326 GCCT-AAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGC
* * * *
69691 ACTATTTTAATTTTTCATTGCTTTTCGTACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
390 ACGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
*
69756 GGATGTCGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGG-----A----T--A----TTATT--
455 GGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
* * *
69804 TG--TGAT-T-A-T--TTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAATAT
520 TGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCT
* * * * * *
69862 AATG-TTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATTAAGCTTTAAAATG
585 AATGCTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTATGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATA
* * * * * *
69926 TGGAAGCATTGTTTTACCAGGTTTTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTC
649 TGAAAACATTGTTTTACCAAGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT
** * *
69991 AAACTTGGTCAAACAAAGAAACGTGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGT
714 AAACTTACTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGT
*
70056 GTATGTTCTAAA-GTATTTTGGAGCTTAAA
779 GTATGTTATAAAGGT-TTTTGGAGCTTAAA
70085 ACCATTTTTC
Statistics
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0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (951 bp):
AATGATCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGT
GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTTATAGGGGCAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTATGT
TTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGT
TTTTAAATACAAATGAATTTGAATATAATGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAAAC
ATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTGGA
GCCTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCA
CGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
GCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTA
ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTATGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATG
AAAACATTGTTTTACCAAGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
ACTTACTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGT
ATGTTATAAAGGTTTTTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGCAATTCTGGGCTTAAAAA
CCATTCGCACAATTACTGCACGATTTCAATTTGTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAAAT
ACATTTTTAGATGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACATG
Found at i:67423 original size:432 final size:432
Alignment explanation
Indices: 66613--67468 Score: 1349
Period size: 432 Copynumber: 2.0 Consensus size: 432
66603 CCTAATTCTT
* * *
66613 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGCTATCAAACTTTAAAATACGAAAGCA
1 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTACACCGCTATCAAAATTTAAAATACGAAAGCA
* * *
66678 TTATTTTAACGGGTTTTTAAATACAAAAGAATTTGAATATCTTCGATCCAATGTTTTAGACTCGC
66 TTATTTTAACAGGTTCTTAAATACAAAAGAATTTGAATATCTTCGATCCAATGTTTTAAACTCGC
66743 TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTA
131 TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTA
* * *
66808 TAAAGGATTTTGAAGCTTAAAAGATTAGACTTTGTTTGTGAGGAATTCTGGCCTTAAAAACTATG
196 TAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATTAGAATTTGTTTGTGAGGAATTCTGGCCTTAAAAACCATG
* * * *
66873 CGCACAATTATTGCACGATTTTACTTTTTTGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTCCAGATACATT
261 CGCACAATTATTGCACCATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTCAAGATACATT
*
66938 TTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCTTATTTGGATATTATTTGT
326 TTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGT
*
67003 GAAGTTATTATTGGTGCTTGATGTTATTAATTATGGGAGCAC
391 GAAGTTATTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGGGAGCAC
* * * *
67045 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTTAAAATGATTTACCCCGGTAT-AAAGATTTAAAATATGAAAGC
1 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTACACCGCTATCAAA-ATTTAAAATACGAAAGC
* * * *
67109 ATTTTTTTATCAGGTTCTTAAATGCAAATA-AATTTGAATATCTT-GAATCCAATGTTTTAAATT
65 ATTATTTTAACAGGTTCTTAAATACAAA-AGAATTTGAATATCTTCG-ATCCAATGTTTTAAACT
* * * * *
67172 TGCTCAAAGAAATAAACATGGTAAAACTTGGATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATG
128 CGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATG
* * * *
67237 TTATAAAGGGTTTTGGAGCTTAAAACATTAGAATTTGTTTTTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACC
193 TTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATTAGAATTTGTTTGTGAGGAATTCTGGCCTTAAAAACC
* *
67302 ATTCGCACAATTATTGCACCATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTAAGATAC
258 ATGCGCACAATTATTGCACCATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTCAAGATAC
67367 ATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATT
323 ATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATT
*
67432 TGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTAT
388 TGTGAAGTTATTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTAT
67469 TTGCTAAATT
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 35, Indels: 6
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
431 4 0.01
432 381 0.99
433 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (432 bp):
TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTACACCGCTATCAAAATTTAAAATACGAAAGCA
TTATTTTAACAGGTTCTTAAATACAAAAGAATTTGAATATCTTCGATCCAATGTTTTAAACTCGC
TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGCATGTTA
TAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATTAGAATTTGTTTGTGAGGAATTCTGGCCTTAAAAACCATG
CGCACAATTATTGCACCATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTCAAGATACATT
TTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGT
GAAGTTATTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGGGAGCAC
Found at i:68025 original size:473 final size:476
Alignment explanation
Indices: 67045--70084 Score: 4163
Period size: 473 Copynumber: 6.5 Consensus size: 476
67035 ATGGGAGCAC
* * * *
67045 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTTAAAATGATTTACCCCGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCA
1 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCA
* * * *
67110 TTTTTTTATCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAATTTGC
66 TTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* * * *
67175 TCAAAGAAATAAACATGGTAAAACTTGGATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTA
131 TCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTA
* * * **
67240 TAAAGGGTTTTGGAGCTTAAAACATTAGAATTTGTTTTTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
196 TAAAGGATTTTGGAGCTT-AAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
* * *
67305 CGCACAATTATTGCACCATTTTAATTTTTCGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTAAGATACATT
260 CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATT
67370 TTTAGGTGCTCTAAGGATGT-TGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTG
325 TTTAGGTGCTCTAAGGATGTCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTG
* * * *
67434 TGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATTTGCTAAATTGTGTTAGCAGTTAATAGGAG
390 TGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAG
* * **
67499 GAGCACTTGAAGCCTAATATTT
455 GAGCACTCGAAGTCTAATGCTT
* * * *
67521 TTCAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATTAAGCTTTAAAATATGAAAGCA
1 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCA
* * * * * *
67586 TTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATAC-AA-GAATTTGAATATCATGAATCCAATGTTTTAAAGTTGC
66 TTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* * * * * * *
67649 TTAAACAGAGAAACGTGGTAAAACTTGAATTAGTTTTTATTTTTTATAGTGTTAAGTGAATGTTA
131 TCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTA
* * * * ** * *
67714 TAAACGATTTTGGAGCTTAGAACATTATACATTGTTTATGATGAATTCT-CGCTTAAAAACTATT
196 TAAAGGATTTTGGAGCTTA-AACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
* *
67778 CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTTCTTTCAGATACTTT
260 CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATT
*
67843 TTTAGGTGCTCTAAGGATGTCT-AGGAATTACATATGAATGATCTTCTTATTTGGATATTATTTG
325 TTTAGGTGCTCTAAGGATGTCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTG
* * **
67907 TTAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTATTCA-CAGTTTATAACT
390 TGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGT-TTTAGCAGTTTATAAGA
* *
67971 GGAGCACTCGAAGTATAATGGTT
454 GGAGCACTCGAAGTCTAATGCTT
* *
67994 TTGAAATTTTATGTTTTTCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGATAGCA
1 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCA
* * *
68059 TTGTTTTACCGGGTTCTTAAATTCAAATGAATTTGAATATCTGGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
66 TTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* ** * *
68124 TTAAACAGAGAAATGTGGTAAAACTTGCATTGGTTTGAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATATTA
131 TCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTA
* * * * * *
68189 CAAAGGCTTTTGGAACATAAACATTAGACTTTATTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACTATTC
196 TAAAGGATTTTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTC
* * *
68254 GCACAATTATTGCATGATTTTCATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTTCTTTCAGATACATTT
261 GCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTT
*
68319 TTAGGTGCTCTAAGGATGTCT-AGGAAATTACATATGAATGATCTTCTTATTTGGATATTATTTG
326 TTAGGTGCTCTAAGGATGTCTGAGG-AATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTG
*
68383 TGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGAGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAG-G
390 TGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAG
68447 G-G--CTCGAAGTCTAATGCTT
455 GAGCACTCGAAGTCTAATGCTT
* * *
68466 TTGAAATTTTATGCTTTGCTTTTTAAAATGATTTGCATTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGC
1 TTGAAATTTTATGTTTTGC-TTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGC
*
68531 ATTGTTTTACCTGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
65 ATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
* * *
68596 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCGTTAAGTGCATGTT
130 CTCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
* * *
68661 ATAAAGG-TTGTTGGAGCTTAAACGTTAGACTTTGTTTCTAAACAGTTCTGGGCTTAAAAACCAT
195 ATAAAGGATT-TTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
* * *
68725 TCGCACAATTATTGCACGATTTCAA-TTTT-GTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAT
259 TCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACAT
68788 TTTTAGGTGCTCTAAGGATGT-TGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTT
324 TTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTT
* * ** *
68852 GTGAAGTTGTTACTGGTGCTTTACATGATTATTTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGA
389 GTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGA
*
68917 GGAGCACTCGAAATCTAATGCTT
454 GGAGCACTCGAAGTCTAATGCTT
* *
68940 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCGCTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGTA
1 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCA
* * *
69005 CTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTCTTAAACTTAC
66 TTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
*
69070 TCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCGTTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTA
131 TCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTA
* * * *
69135 TAAAGGCA-TTTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTGTGAACAAATCTGCGCTTAAAAATCATT
196 TAAAGG-ATTTTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
* * *
69199 CGCACAATTATTGCACGATTTCAATTTTTCGTTGTTTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA
260 CGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTG--TTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACA
* * *
69264 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATG-CTGAGGAATTACACATGAATG-TCTTCATATGTGTATATTATT
323 TTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATT
* * *
69327 TGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATGATGTGCTAAATTATTTTAGCAGTTTTATAG
388 TGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAG-TTTATAA
* * *
69392 GGGGAGCACTCGAAGCCTAATACTT
452 GAGGAGCACTCGAAGTCTAATGCTT
* * * * * *
69417 TGGAAATTTTATGTTTTTCTTTGAAAATAATTAT-CACTGGTATGAAGCTTTAAAATATAAAAGC
1 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATT-TGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGC
* * * * * * *
69481 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATACAAATGAATTTGAATATCATAAATCCAATCTTTTAAACTTG
65 ATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
* * * *
69546 CTCAAACAGAGAAACATGGCAAAACTTGCATCGGTTTTAATTTCTCATAGTGTTAAGTGCATGTT
130 CTCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
* ** *
69611 ATAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAGCCAT
195 ATAAAGGATTTTGGAG-CTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCAT
* * * *
69676 TCGCAAAATTATTGCACTATTTTAATTTTTCATTGCTTTTCGTACTTATTTGCTTTCAGATACAT
259 TCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACAT
69741 TTTTAGGTGCTCTAAGGATGTC-GAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGG-----A---
324 TTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTT
69797 -T--A----TTATT--TG--TGAT-T-A-T--TTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGA
389 GTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGA
* *
69846 GGAGCACTCGAAATATAATG-TT
454 GGAGCACTCGAAGTCTAATGCTT
* * * * * *
69868 TTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATTAAGCTTTAAAATGTGGAAGC
1 TT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGC
* *
69933 ATTGTTTTACCAGGTTTTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTG
65 ATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
* * * *
69998 GTCAAACAAAGAAACGTGGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
130 CTCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT
* *
70063 CTAAAGTATTTTGGAGCTTAAA
195 ATAAAGGATTTTGGAGCTTAAA
70085 ACCATTTTTC
Statistics
Matches: 2292, Mismatches: 242, Indels: 85
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
451 9 0.00
452 205 0.09
453 22 0.01
455 1 0.00
456 1 0.00
457 1 0.00
458 4 0.00
460 2 0.00
462 5 0.00
466 1 0.00
468 1 0.00
470 96 0.04
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472 40 0.02
473 763 0.33
474 197 0.09
475 217 0.09
476 307 0.13
477 291 0.13
478 72 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (476 bp):
TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTGCACTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCA
TTGTTTTACCAGGTTCTTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
TCAAACAGAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTA
TAAAGGATTTTGGAGCTTAAACATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTC
GCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCATTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTCAGATACATTT
TTAGGTGCTCTAAGGATGTCTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGT
GAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGG
AGCACTCGAAGTCTAATGCTT
Found at i:70908 original size:859 final size:853
Alignment explanation
Indices: 69235--70943 Score: 2224
Period size: 859 Copynumber: 2.0 Consensus size: 853
69225 TTTCGTTGTT
*
69235 TTTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACA
1 TTTTTCATACTTATTTCCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACA
*
69300 TGAATGTCTTCATATGTGTATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATGATG
66 TGAATGTCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATGATG
** *
69365 TGCTAAATTATTTTAGCAGTTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATACTTTGGAAATTTTATG
131 CACTAAATTATTTTAGCAGTTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATACTTTGGAAATTTTATG
* * * * *
69430 TTTTTCTTTGAAAATAATTATCACTGGTATGAAGCTTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTAGCAGG
196 TTTTGCTTTGAAAATAATTATCACGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTACCAGG
* * *
69495 TTTTTAAATACAAATGAATTTGAATATCATAAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAAA
261 TTCTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATAAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAA
**
69560 CATGGCAAAACTTGCATCGGTTTTAATTTCTCATAGTGTTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTGG
326 CATGGCAAAACTTGCATCGGTTTTAATTTCTCATAGCATTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTGG
* * * *
69625 AGCCTAAAACATTAGACTTTGTTTCTGAGGAATTCTGGGCTTAAAAGCCATTCGCAAAATTATTG
391 AGCCTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAGCAATTCTGGGCTTAAAA--CA-TCGC--AATTACTG
* * *
69690 CACTATTTTAATTTTTCATTGCTTTTCGTACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
451 CACTATATTAA-TTTGCATTGATTTTC-TA--TA-TT-CTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
69755 AGGATGTCGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGATTATTTATGTG
510 AGGATGTCGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGATTATTTATGTG
* * *
69820 CTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAATATAATGTTTTCGAAATTTTATGTTT
575 CTAAATTGTATTAGCAGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAACATAATGTTTTCGAAATTTTATGTTT
* * * * * *
69885 TGCTTTGAAAATGATTTTCCCTGGTATTAAGCTTTAAAATGTGGAAGCATTGTTTTACCAGGTTT
640 TGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTACCAGGTTC
* * * * *
69950 TTAAATTCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACTTGGTCAAACAAAGAAACGT
705 TTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACATGCTCAAACAAACAAACAT
* *
70015 GGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTT-CTAAAGTATTTTGGAG
770 GGTAAAACTTGCATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTAC-AAAGGATTTTGAAG
70079 CTTAAAACCATTTTTCTTTG
834 CTTAAAACCATTTTTCTTTG
* * *
70099 TTTTTCATACTTATTTCCTTTTAGATACATTTTTCGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATA
1 TTTTTCATACTTATTTCCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACA
* * * * *
70164 TGAATGATCTTCGTATTTGGAT-TTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGGTTAATTAT
66 TGAATG-TCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATGAT
* * *
70228 GCACTAAATTGTTTTAGCAG-TTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTTGAAATTTTAT
130 GCACTAAATTATTTTAGCAGTTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATACTTTGGAAATTTTAT
**
70292 GTTTTGCTTTGAAAATAATT-TGTGCGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTACCA
195 GTTTTGCTTTGAAAATAATTAT-CACGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTACCA
* * * * *
70356 GGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTACACTTGCTCAAAACAAAG
259 GGTTCTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATAAATCCAATCTTTTAAACTTGCTC-AAACAAAG
* * * *
70421 AAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGCATGTTATAAAGGTTTT
323 AAACATGGCAAAACTTGCATCGGTTTTAATTTCTCATAGCATTAAGTGCATGTTATAAAGGATTT
* *
70486 TGGAG-CT-TAACGTCAGACTTTGTTTCTAAGCAATTCTGGGCTTAAAA-A-C-C-ATT-CT-CA
388 TGGAGCCTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAGCAATTCTGGGCTTAAAACATCGCAATTACTGCA
*
70543 C-A-ATT-A-TTGCA-TGATTTT-TA-A-T-TTT-AGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTT
453 CTATATTAATTTGCATTGATTTTCTATATTCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTC
*
70598 GGGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGA
518 GAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGG-----A----T--A----TTATT--TG--TGA
* * *
70663 TGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTATTAGTAGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTT
564 T-T-A-T--TTATGTGCTAAATTGTATTAGCAGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAACATAATG-TT
* *
70728 TT-GAAATTTTTTGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCATTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGC
623 TTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGC
* *
70792 ATTATTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACATG
688 ATTATTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACATG
* *
70857 CTGAAACAAACAAACATGGTAAAACTTGCATTGG-TCTTAATTTTTCATAGTGTTAGGTGTATGT
753 CTCAAACAAACAAACATGGTAAAACTTGCATTGGCT-TTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGT
70921 TACAAAGGATTTTGAAGCTTAAA
817 TACAAAGGATTTTGAAGCTTAAA
70944 CATCAGACTT
Statistics
Matches: 742, Mismatches: 73, Indels: 65
0.84 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
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836 3 0.00
838 1 0.00
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ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (853 bp):
TTTTTCATACTTATTTCCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACACA
TGAATGTCTTCATATGTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATGATG
CACTAAATTATTTTAGCAGTTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATACTTTGGAAATTTTATG
TTTTGCTTTGAAAATAATTATCACGGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTACCAGG
TTCTTAAATACAAATAAATTTGAATATCATAAATCCAATCTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAA
CATGGCAAAACTTGCATCGGTTTTAATTTCTCATAGCATTAAGTGCATGTTATAAAGGATTTTGG
AGCCTAAAACATCAGACTTTGTTTCTAAGCAATTCTGGGCTTAAAACATCGCAATTACTGCACTA
TATTAATTTGCATTGATTTTCTATATTCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTCGAG
GAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGATTATTTATGTGCTAAATTGTAT
TAGCAGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAACATAATGTTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA
TGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAA
TAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTCAAACATGCTCAAACAAACAAACATGGTAAAACTTG
CATTGGCTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTACAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACCATT
TTTCTTTG
Found at i:70952 original size:448 final size:452
Alignment explanation
Indices: 70117--71940 Score: 2078
Period size: 475 Copynumber: 3.9 Consensus size: 452
70107 ACTTATTTCC
* *
70117 TTTTAGATACATTTTTCGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCGTATTT
1 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTT
* * ** *
70182 GGAT-TTTTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGGTTAATTATGCACTAAATTGTTTTAGC
66 GGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGA
* * * * *
70246 AGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGTCTAATACTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATAAT
131 AGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAT
* * *
70311 TTGTGC-GGGTATAAAGATTTAAAATATAAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATAA
196 TT-T-CTTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGA
*
70375 ATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTACACTTGCTCAAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCA
259 ATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC-AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCA
** * * *
70440 TTGGTTTTAATTTTTCATAGCATTAAGTGCATGTTATAAAGGTTTTTGGAGCTT-AACGTCAGAC
323 TTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAACATCAGAC
70504 TTTGTTTCT-AAGCAATTCTGGGCTTAAAAACCATT-CT-CACAA-TT-A-TTGCATGATTTTTA
388 TTTGTTTCTGAA-CAATTCTGGGCTTAAAAACCATTACTGCACAATTTCATTTGCATGATTTTTA
70563 A
452 A
*
70564 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGGGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTT
1 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTT
* *
70629 GGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTATTAGT
66 GGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGA
*
70694 AGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTTTGTTTTGCTTTGAAAATGAT
131 AGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAT
* * *
70759 TTTCATTGGTATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAA
196 TTTC-TTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAA
* * *
70824 TTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACATGCTGAAACAAACAAACATGGTAAAACTTGCATT
260 TTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATT
* * * *
70889 GGTCTTAATTTTTCATAGTGTTAGGTGTATGTTACAAAGGATTTTGAAGCTTAAACATCAGACTT
325 GGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAACATCAGACTT
* * *
70954 TATTTTTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTCACACAATTATTGCACAATTTCAATTTTTCAA
390 TGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT---AC------TGCACAATTTC-A-TTTGC-A
*
71019 TGTTTTTCATACTTA
443 TGATTTT--TA---A
* * *
71034 TTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTTTACA-GATGTTGAGGAATTACCTACGAATGATCTTC
1 -----TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTA-AGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTC
* * * * *
71098 ATATTTGGATATTGTTTGTGAAGTTCTTATTGGTGCTCGATGTGATTAATTATGTGATCAATTGT
60 ATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGT
* * *
71163 TTTACAAGTTTATAATTAG-AGCACTCGAAGCCAAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGA
125 TTTAGAAGTTTATAA-GAGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGA
* * * *
71227 AAATGATTTGCTCTGGTTTAAAGATTTAGAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTACATGC
189 AAATGATTTTCT-TGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGC
* * ** *
71292 AAATGAATTTGAATGTCATGAATCCAATGTTTTAATTTTGCTCAAACAAATAAACATGGTAAAAC
253 AAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAAC
* * * * * *
71357 TTGCATTGGTTTTTATTTTTCATAATGTTAAGTATAAGCTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAAACA
318 TTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTT-AAACA
* * *
71422 TCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGGCATAAAAACAATTCAAACAATTATTGCACGATTATAA
382 TCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGC-T-TAAA-AA--C---C-ATTACTGCAC------AA
*
71487 TTCTTCATTGTGTTTCAT-ACTTATTTAC
432 -T-TTCATT-TG---CATGA-TT-TTTAA
* * * **
71515 TTTTATATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGCTGAGGAATTACAGATGAACAATCTTCATATTT
1 TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTT
* *
71580 GGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTAGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTTGA
66 GGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGA
* * *
71645 AGTTTAT-TG-GCACAGCACTCAAAGCCTAATTCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATG
131 AGTTTATAAGAG-A-AGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATG
* * * * * * * *** * *
71708 ATTTTCACTGGCATCAAGCTTTAAAATATCATTAATCCAATGTTTTTGAAGGTTTTTAAATACAA
194 ATTTTC-TTGGTATAAAGATTTAAAATATGA--AA-GCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAA
* * *
71773 ATGAATTTCAATATCATT-AATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAGAGAAACATGATAAAACT
255 ATGAATTTGAATATC-TTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACT
*
71837 TGCATTGGTTTTAATTTTTCATAAG-GTTAAGTGAATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAACAT
319 TGCATTGGTTTTAATTTTTCAT-AGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAACAT
* ** * *
71901 TAGACCATGTTTCTGAACAATTTTGGGCTTAAGAACCATT
383 CAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATT
71941 CGCATAATTA
Statistics
Matches: 1165, Mismatches: 143, Indels: 116
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
446 1 0.00
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449 2 0.00
452 1 0.00
458 1 0.00
459 5 0.00
460 2 0.00
462 1 0.00
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465 7 0.01
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469 3 0.00
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474 1 0.00
475 334 0.29
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ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (452 bp):
TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTT
GGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGA
AGTTTATAAGAGAAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGAT
TTTCTTGGTATAAAGATTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTACCAGGTTCTTAAATGCAAATGAAT
TTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTG
GTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAACATCAGACTTT
GTTTCTGAACAATTCTGGGCTTAAAAACCATTACTGCACAATTTCATTTGCATGATTTTTAA
Found at i:72292 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 72261--72302 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
72251 CACAGTTATT
*
72261 AATTATTAATTAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
72279 AATTA-TAATAAAAAATA
1 AATTATTAATAAAAAATA
*
72296 AACTATT
1 AATTATT
72303 TGTTATGTGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.62, C:0.02, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AATTATTAATAAAAAATA
Found at i:73513 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 73473--73523 Score: 54
Period size: 11 Copynumber: 5.1 Consensus size: 10
73463 ATCTATAAAG
73473 TTATAATTAA
1 TTATAATTAA
73483 TT-TAATTAA
1 TTATAATTAA
73492 --ATAATTTAA
1 TTATAA-TTAA
73501 TTATCAATTAA
1 TTAT-AATTAA
73512 TTTATAATTAA
1 -TTATAATTAA
73523 T
1 T
73524 AAAAACTATA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 12
0.74 0.00 0.26
Matches are distributed among these distances:
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9 11 0.31
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TTATAATTAA
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Alignment explanation
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74397 TATTGATTTC
74407 AAATAG-ATAATTATTG
1 AAATAGCATAATTATTG
74423 AAATAGCCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
74440 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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AAATAGCATAATTATTG
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Indices: 74860--74901 Score: 59
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74850 GAATGTTAAT
*
74860 AATTAAAAGTTTTAAATATTTA
1 AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
74882 AATTAAAA-TATTAAAATATT
1 AATTAAAAGT-TTAAAATATT
74902 ATTATTTAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 1 0.06
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Consensus pattern (22 bp):
AATTAAAAGTTTAAAATATTTA
Done.