Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168125.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_369, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30605
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Found at i:1241 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 219--4459 Score: 1516
Period size: 181 Copynumber: 23.7 Consensus size: 180
209 ATAAATTATA
* * * * * * *
219 GAAATATTAATAAATTATTTTTATTCTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAGTTGAA-ACAATTATT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTG-A--ATTTAAATAAAATTATT
* ** * * * * *
282 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATTT
* ** * * *
347 GAACT-GGTTTGACAAACATATTCATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTTT
128 GAACTAAGTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** ** * * *
398 -ACAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTTTA-TGAACAGAAACA-AATT
1 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTAA-ATAAA-ATTA-T
* * * ** * *
459 TTTATAATAGAAA-AAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
62 TTTATGACA-AAACAAAAG-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTA
*
523 TTTGAACT-AGTTTAG-AAA-AAATTTA-TTTTTAAA-----T-CTTATTAA-TTTT
125 TTTGAACTAAG-TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
569 GAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAA-ACTT--ATATGAAA-AAACATTTATT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAAT-TTAAATAAA-A-TTATT
* *
630 TTATGACAAAACAAAA-TTAATAATGATTTGAAATAGATAA-TATTCA-ATTAGTCATAATTATT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACA-TAGTCATAACTATT
* * *
692 TGAACT-GGTTACGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
127 TGAACTAAGTCA-GCAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
746 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTAAAAAAAAAAACT
1 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAA--GACT-TGAATT--TAAATAAAA-T
* * * * * *
810 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTC-TATAGCCTTAAAT
59 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACT
* * * * * *
874 ATTTGAACT-GGTTC-GACAAAGAAATTTTTTTTTTTAATTCTCTTAGTTATTCATTTTT
124 ATTTGAACTAAG-TCAG-CAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
932 GGAATATTATTAAATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAA-ACTTGTATGAATAAA-AATAATTATT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAAT--TTAAATAA-AATTATT
* * * * * ** * * *
995 TTATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATTT
* *
1060 GAACTAAGTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTT
128 GAACTAAGTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
1112 GAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGA-TTGAACTTTCAAATAAAATTGTTA
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAA-TTT-AAATAAAATTATTT
** * * * * *
1176 TATGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
1241 AA-TAGATTC-GACAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTTT
129 AACTA-AGTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *** * ** * *
1293 GAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTA-CGAACTGAAACGATTGTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTAAAT-AAA--ATTATT
* * * * * * * * *
1356 CTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTA
63 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATTT
** * *
1421 GAACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTT
128 GAACTAAGTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * *
1474 -AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATTATG-CTT--A-TAAAACTAAAACATTA
1 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGACTTGAATTTAAA-T-AAA-ATTA
* ** * * * * * * * *
1534 TTTTATAACTTAATAATAGGTTATAGT-AATTGAAATAAGATAATTGTTCAAATAG--A-AACCA
61 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCACATAGTCATAACTA
* * * *
1595 ATT----T-AGT----AAACGAATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTT
125 TTTGAACTAAGTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
1642 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCCAAT-AGGCTT-ATATGATGAAA-AACAATT-G
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGA-AT--TTAAATAA-AATTAT
* * * * * * *
1702 TTTATGAC-AAAGAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGC-TACAGTTA
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATA-A-CTA
** * ** * * * * * *
1764 TTTGAA-TCAA-TTTGATAAATCTGACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTT
125 TTTGAACT-AAGTCAG-CAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * *
1821 GAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTA-TCTCAAATAAG-CTT---TTTCAAACTGAAACAATT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAGACTTGAATTT-AAA-T--AA-AATT
* * * * * * * * * * *
1881 ATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTT-TAATTGATAATTGTTTAAATCGTTATAAACT
60 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCAT-AACT
* *** ** * * * * * * *
1945 ATTTAAACTTTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATTTCTT-GTGTTTTGATGTTCT
124 ATTTGAACTAAGTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAAT-TTTT
* * * * * * ** *
2003 -ACATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAA-TCGTGTATGAGCTAAA-AGAATTATT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTG-A--ATTTAAATAAAATTATT
* * * * * *
2065 TTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCTTAACTATT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-ACATAGTCATAACTATT
* * * ** *
2129 TAAACT-GGTTCTA-TAAGTATATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
127 TGAACTAAG-TC-AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
2179 -AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGAA--TAAA-AACAATTA
1 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG--ACT-TGAATTTAAATAA-AATTA
* ** * * * * * *
2240 TTTTATGACCAAA-TGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTAT
61 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTAT
** * * *
2304 TTGAA-TTGGTTC-GATAAATAGATTT-TGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
126 TTGAACTAAG-TCAG-CAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
*** ** * * *
2355 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTATGAATAA-TTTTGTATGAATAGAA-ACAATT-TG
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAAT--TTA-AATAAAATTAT-
* * * * *
2416 TTTGATGATAAAAC-AAAGTGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGGT-ATGA
62 TTT-ATGACAAAACAAAAG-GTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTA-TTCACAT-AGTCATAA
* * ** ** *
2477 CCATTTGAACT-TGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT
122 CTATTTGAACTAAG-TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * *
2536 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTTGTATTATTGGAA-ACAACTAT
1 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTG-A--ATTTAAATAAAATTAT
** * ** * *
2598 TTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATT
** * *
2663 TGAACT-CCT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
127 TGAACTAAGTCA-GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
*** * * * * * * *** ** *** *
2716 GTTCTTTTAAGAAGTTATTTTTTCTTTTATTTTGAATAAG-CTTTTACGAACAAAAACAATTGA-
1 GAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTA-AATAA-AATT-AT
* ** * * *
2779 TTTATGATAAAACAAAAGG-ACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTAT
** * * * *
2843 TTGAACGT--GTTCAAAAAATATACTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
126 TTGAAC-TAAG-TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * *
2897 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGCA-TGAACAGAACCAATTGT
1 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTAA-ATAA--AATTAT
* ** * *
2959 TTTATAACAAAAC-AAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCATAACTAT
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC-ACATAGTCATAACTAT
* * ** * * * * *
3022 TTAAAC-ATGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTT
126 TTGAACTAAG-TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
3076 GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTT-ATATGAGTTGAA-ACAATTGT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGA-AT---TTAAATAAAATTAT
* * * * * * * *
3138 TTTACT-ACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
62 TTTA-TGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTAT
* * * * * * * **
3202 TTAAATTTATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCT
126 TTGAACTAAGTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
3257 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG-CTTG--TATAAATAGAAACCATTGT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTAAAT--AAA--ATTAT
* * ** * * * **
3319 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATT
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATT
* ** ** * *
3384 TGAACT-TGTTTGGTGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT
127 TGAACTAAG-TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TT
* ** * * * * *
3440 --AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAA-AAGGCTTGTA-TGAATAGGAAAAATCATT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTAA-A--TAAAATTATT
* *** * * * * * * *
3501 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAGTAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTT
63 TTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * *
3566 AAACT-TGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTT
128 GAACTAAG-TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *** * * *
3619 GAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTT--ATATGAACTGAAATAATTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAAT-TTAAAT--AA-AATTAT
* * ** * * * * *
3681 TTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATGACTATT
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATT
* ** * ** * * *
3746 TGATCT-AGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAAT-TTTTATTTATTAATTGTT
127 TGAACTAAG-TCAGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * *
3800 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAG-TTTGTA-TGAATAGAAACTATTATT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTAA-ATAAA--ATTATT
* * * * * ** *
3863 TTATAATAGAAA-AAAA--TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATT
63 TTATGACA-AAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATT
* *** ** * * * *
3925 TGAATTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
127 TGAACTAAGTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * *
3975 GAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTCTGAACAA-ACCTATACGAA--CAAA-AATATTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGA-CT-T--GAATTTAAATAA-AATT
* * * * * *
4036 ATTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
60 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTA
* * * * * *
4101 TTTGAACTGA-TTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTT
125 TTTGAACTAAGTCA-GCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
4157 GAAGTATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA-TTGAA-AAAATTGT
1 GAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAG--ACT-TGAATTTAAATAAAATTAT
* * * * * * * *
4219 TTTATGGCAAAAC-AAA---AA-CA--ATTTGAAATAGATAATTGTTAATATGGTCTTAATTATT
62 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATT
* * * * *
4277 AGAACT-AGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTC
127 TGAACTAAG-TCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
4331 AAAATATTACTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTA-TGAACAGAAATAATTGTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTAA-A-TAA-AATTATT
* * * * * * * * * *
4394 TTATGACAGAATAAAATGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATT
63 TTATGACAAAACAAAA-GGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATT
4459 T
127 T
4460 TAATTGGTTT
Statistics
Matches: 3143, Mismatches: 657, Indels: 521
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 36 0.01
167 42 0.01
168 91 0.03
169 18 0.01
170 28 0.01
171 51 0.02
172 11 0.00
173 7 0.00
174 122 0.04
175 62 0.02
176 181 0.06
177 160 0.05
178 114 0.04
179 353 0.11
180 393 0.13
181 1065 0.34
182 229 0.07
183 27 0.01
184 30 0.01
185 50 0.02
186 70 0.02
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTTGAATTTAAATAAAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCACATAGTCATAACTATTTGAA
CTAAGTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
Found at i:3415 original size:902 final size:893
Alignment explanation
Indices: 219--10233 Score: 2483
Period size: 900 Copynumber: 11.1 Consensus size: 893
209 ATAAATTATA
* * * * * * ***
219 GAAATATTAATAAATTATTTTTATTCT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTT
* * ** * * *
283 TATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTC-ATATAGTCTTAGCTATT
65 TATAACAGAAA-AAAA--CCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCATAACTATT
* ** * * * ** *
346 TGAACTGGTTTGACAAACATATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTTACAATATTATTAA
126 TAAACT-GTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
* * * * * * *
411 ATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAAAT-TTTTATAATAGAAAAA
188 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGC-TATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACA-AAAAA
* ** * *
474 AAGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTAG
250 AAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCAG
* * *
538 -AAA-AAATTTA-TTTTTAAA----T-CTTATTAATTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTT
313 AAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * * * * **
595 TATTTCGAACAAACTTATATGAA-A-AAACATTTATTTTATGACAAAAC-AAAATTAATAATGAT
378 TAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * ** * ** *
657 TTGAAATAGATAATA-TTCAATTA-GTCATAATTATTTGAACTGGTTACGTAAACAGAA-TTATT
443 TTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGGT-ATAAACATTTGAACTTGTTTGGTGAACA-AATTTATT
* * **
719 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAA
506 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTAGAAA
* * ** * * ** *
781 TAATCTAGTATGAATTAAAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
568 -AAGCTTGTATGAA-T---AGGAAAAA-TCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCA
* * ** * ** * * *** * * **
846 AGTAGATAATTATT-CTATAGCCTTAAATATTTGAACTGGTTC-GACAAAGAAATTTTTTTTTTT
627 AATAAATAATTATTAAAATAGTCACAACTATTTAAACTTCCTCAG-TAAACAAA-TTCATTTTTT
* * * * * ** * * * *** *
909 AATTCTCTTAGTTATTCATTTTTGGAATATTATTAAATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTT
690 AAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAAGAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * ** * * **
974 GTATGAATAAAAATAATT-ATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACGATTTCAAGTTTATAATT
755 ATACGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAAATAATT
* * ** * * ** *
1038 GTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAG-TCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-
819 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAAAAAACATACTTACTTTTGAAAAT-TTTTAC
*
1100 TTATTAATTTTT
882 TTATTAATTGTT
* * * * * * ** * *
1112 GAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGAACT-TTCA-AATAAAATTGTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCA-TGAACAGAA-ACAATTATT
* * **** * * * * *
1175 ATATGATGA-AGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-GACATGGCCATAATTAT
64 -T-T-ATAACAGAAAAAAACCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTA-ATAGTCATAACTAT
* * ** * * * * * *
1238 TTGAA-TAGATTCGACAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTTTGAAATATTA
125 TTAAACT-G-TTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTA
* ** * * * * * *
1302 ATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACT-GAAACGATTGTTCTATGACAAA
184 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
1366 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTAGAACT-ACTT
247 A-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TT
* * * * *
1430 CAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTAT
310 CAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAATAT
* ** * * * * * * ** * * * *
1495 TATTTTATTTTGAATTATGCTTATA-AAACTA-AAAC-ATTATTTTATAACTTAATAATAGGTTA
373 TATTTTA-ATCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
** * * * * *
1557 TAGTAA-TTGAAATAAGATAATTGTTCAAATA-G---AAAC----CAA----TTTAGTAAACGAA
436 TAACAATTTGAAATAA-ATAATAGTTCAAATAGGTATAAACATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAA
* * *
1609 TTTATTTTTTAAATCTCCT-ATTTATTAATT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATC
500 TTTATTTTTTAAATCT-CTAACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * *
1672 CCAATAGGCTTATATG-AT--GAAAAA-CAATTGTTTATGAC-AAAGAAAAGTTTATAACGATTT
563 AGAAAAAGCTTGTATGAATAGGAAAAATC-A-T-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTT
* * * * ** * * * *
1732 GAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAGTTATTTGAATCAATT--TGA-TAAATCTGACTT-A
625 CAAATAAATAATTATTAAAATAGTC-ACAACTATTT-AA--ACTTCCTCAGTAAA-C-AAATTCA
* * * * * * ** * * **
1792 ATTTTTAAATATC-TAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTATCTCAAA
684 TTTTTTAAATCTCTTAA-TAATTAATTTTTGAAATATTAAGAACTTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * ** * ** *** * *
1856 TAAGCTTTTTCAAACTGAAACAATT-ATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTT-TAATT
748 TAAGCTTATACGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATA
* * * * * * ** **** * * *
1919 GATAATTGTTTAAATCGTTATAAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAAT
812 AATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACATACTTACTTTTGAAAAT
* * *
1983 TTCTT-GTGTTTTGA-TGTT
876 TT-TTACT-TATTAATTGTT
* * * * * * * * * * *
2001 CTACATGTTAATAAATTAGTATCATTTT-ATTTCAAATAATCGTGTATGAGCTA-AAAGAATTAT
1 -GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGCATGAAC-AGAAACAATTAT
* *** * * *
2064 TTTATGACTA-AACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTAT
63 TTTATAAC-AGAA-AAAA-ACCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTAT
* * * *
2128 TTAAACTGGTTCT-ATAAGTATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAA
125 TTAAACT-GTT-TGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
* * * * * * * * **
2192 TTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGAATAAAAACAATTATTTTATGACCAAATGAA
188 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTA-TATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAA
* * * *
2257 GATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTGGTTC-GATAA
252 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGA-AA
* * *
2321 ATAGATTT-TGTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
316 ACAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTT
* * ** * * ** *
2382 TTAT--GAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTTGTTTGATGATAAAACAAAGTGTCATAACTA
378 TAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * * * *
2445 TTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGGTATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATTT
442 TTTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGGTATAAACATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTT
*
2510 TTTAAATCTCTAACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
507 TTTAAATCTCTAACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTAGAA-A
* * * * *
2573 AA-TTTGTAT-TATTGGAAACAA-CTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATA
568 AAGCTTGTATGAATAGGAAA-AATC-ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATA
* * * *
2635 AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCCT-AGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC
631 AATAATTATTAAAATAGTCACAACTATTTAAACTTCCTCA-GTAAACAAATTCATTTTTTAAATC
* * * *** * * * * * *
2698 TTTTACTTATTAATTTTTGTTCTTTTAAGAAGTTATTTTTTCTTTTATTTTGAATAAGCTTTTAC
695 TCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAAGAACTTA-GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAC
* * * * *
2763 GAACAAAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCA
759 GAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCA
* **
2828 AATAGTCATAACTATTTGAACGT-GTTCAAAAAATATACTTA-TTTTTTAAATTTTTACTTATTA
824 AATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAAAAAACATACTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTA
*
2891 ATTTTT
888 ATTGTT
* * *
2897 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTT
1 GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATT
* *
2960 TTATAACA-AAACAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT
64 TTATAACAGAAA-AAA-ACCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT
* * *
3024 AAACATGTTTGGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATATTAATA
127 AAAC-TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTGGAATATTAATA
* ** *
3088 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTGAAACAATTGTTTTACT-ACAAAACA
187 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATATGAATAAAAACAATTATTTTA-TGACAAAA-A
* * * * * * * * *
3152 AAAGGTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAATTTATTCAGA
249 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGA
* *
3217 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
314 AAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* *
3282 TTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACCATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
377 TTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* * *
3347 TTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTGAACATATTTATT
442 TTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGGTATAAACATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATT
* * *
3411 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAAAAG
506 TTTTAAATCTCTAACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAGAAAAA-
* * * * *
3476 GCTTGTATGAATAGGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAGTAGATA
570 GCTTGTATGAATAGGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATA
* * ** * *
3541 ATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTA
635 ATTATTAAAATAGTCACAACTATTTAAACTTCCTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTA
* * **
3606 ATAATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
700 ATAATTAATTTTTGAAATATTAAGAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACGAACAA
* ** * * *
3671 AAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATATTTATTCAAATAGT
765 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
3736 CATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAATTTTTATTTATTAATTGTT
830 CATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACATACTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTGTT
* * * *
3800 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACTATTATTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * * * * * *
3865 ATAATAGAAAAAAATCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
66 ATAACAGAAAAAAACCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * *
3930 TGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
131 TG-TTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
3995 TTTTTTTTATTCTGAACA-AACCTATACGAACAAAAATATTTATTTTGTGACAAAATAAAAGGTC
195 -TTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTC
* * *
4059 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATT-AGGTAAACAA
256 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCA-GAAAACAA
* * * * * *
4123 AATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAAGTATTAATAAATTCATTTTATTTTATTC
320 ATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
* * * *
4188 CAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAC---AA---A-AACAATTTGAA
383 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * ** * * *****
4246 ATAGATAATTGTT--AATATGGTCTTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTA
448 ATAAATAATAGTTCAAATA-GGT-ATAAACATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTA
* * * * ** * * **
4309 AATCTTTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTACTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
511 AATCTCTAACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAGAAA-AAGCTTG
* ** * * * * ** * * * *
4374 TATGAACA-GAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAATGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATT
575 TATGAATAGGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTCAAATAAATAATT
* * * ** **
4438 GTTTAAATAGT--C-A-TAATT--A-TT--T---T-----AATTGGTTTAGTAAA-CATCTT--T
638 ATTAAAATAGTCACAACTATTTAAACTTCCTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC-TCTTAAT
* * * ** * *
4483 TATTAATTTTTGAAAGA-TATA-AA-TTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAATTTGTATGATA-A
702 AATTAATTTTTGAAATATTA-AGAACTTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATACGA-ACA
* * * ** * *
4543 AAAACAA-TGGTTATATAACCAAACAAAAGGTA-ATAATGA-TTCGAAATACATAATTATTGAAA
764 AAAACAATTGATT-TATGACAAAACAAAAGG-ACATAACAATTTC-AAATAAATAATTATTCAAA
* * * * *** * * *
4605 TGGCCATAATTATTTAAACT-GATAT-GGTAAACAGA-TTCACTTTT-TAAA--TCT-CTTATTA
826 TAGTCATAACTATTTGAACTAG-T-TCAAAAAACATACTT-ACTTTTGAAAATTTTTACTTATTA
4663 ATT-TT
888 ATTGTT
* * * * * **
4668 CAGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTT
1 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTT
* * * ** * *
4733 TGTAACA-AAATAAAAGGTCATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
65 TATAACAGAAA-AAAA--CCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTT
** * * * * * *
4797 GAATTTGTTTTGTAAAAAAAATTATTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGA
127 -AAACTGTTTGGTAAATATATTTA-TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* *** * * * *
4862 AATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-ATTAAAAC
187 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAA-
* * * * * * *
4925 CAAAGGTCGTAATGATTTTTAAA-AAATAATTG-TCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTG-TTT
248 AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTC
* * * * * * ***
4987 AGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTGGA
311 AGAAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTA-CTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAATTAATA
* * *** * * * * *
5051 ATATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGA-ATAAACGAAAGGT-
372 TTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTC
* * * * * * ** * ** ** *
5113 AAAAAATTATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGCTTTAATTATTTGAACTAGTTCAGCAAAT
435 ATAACA--ATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGGTATAAACATTTGAACTTGTTTGGTGAAC
* * * * * * *
5177 ACATTTATATTATAAATCTCTTACTTAATAATT-T-TTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATT
497 AAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTAT-TT
* * * * *
5240 TAATT-GAATAACCTTCTATG-ATCA--AAATCAATTATTTTATTACAAAAC-AAAGATC-TAAC
559 T-ATTAGAAAAAGCTTGTATGAAT-AGGAAA--AATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAC
* * * ** * ** * * ** *
5299 GATTTGATATTGATAACTTTCTTGGTTATTAAGTTTCA-AAATATTATTAAA-TTAGT-A-TTAA
620 AATTTCAAATAAATAA--TTATT--AAAAT-AG--TCACAACTA-T-TTAAACTTCCTCAGTAAA
*** ** * * * * ** * *
5360 TTTATTCCA--AATAAAATAGTATGAACATAACCAATTGTTTGATGACAAAATAA-AACGTTA-T
676 CAAATT-CATTTTTTAAAT-CTCT-TA-ATAATTAATT-TTTGA--A-ATATTAAGAAC-TTAGT
* * ** * * * * * **
5421 AATGATTTGAAATAG-ATAA--TTATCCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTT-TG-GTAAAC
732 -ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACGAACA---AAAAC-AATTG--AT--TTATGACAAAAC
* *** * * * * * * **
5481 AGATTCACTTTTTAA-ATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATAGT-ATTATTTTA
788 AAAAGGAC---ATAACA-AT-TT-C-AAATAA----ATAATTATT--CAAATAGTCA-TA-ACTA
* * ** *** **
5544 TTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACA-A-TTGTTTTATGACAAA--AAAAAGTATTAA-TGA
838 -TTTG----AAC-TA-GTTCA-AAAAACATACTTACTTT-TGA-AAATTTTTACTTATTAATTG-
5604 TTT
892 -TT
* * * * * * *
5607 GAAATAGATAATTTTCAAA-TAG--TTATAATT-ATTTGAACT-GGTTTG-GT-AATAGAATTAT
1 GAAATA-TTAA---T-AAATTAGTATTAT-TTTAATCTGAA-TAAGCTTGCATGAACAGAA--A-
* * * *** *
5665 TTTCTAAATCTCTTACTTATAA-ATTTTTGAAATATTAATA-CATTA-GTTTTAGTCTGTTCTGA
56 ---C--AAT-TATT--TTATAACA-----GAAA-A--AA-ACCATAATGATTT-G--AAAT-AG-
* * * * *
5727 ATGCACTTGTATGAGCTAA-AAT-AAAAGTCA--TAACAC--TTTGAATAAATAATTATTCATAT
99 AT--AATTGT-T---CTAATAGTCATAACT-ATTTAA-ACTGTTTG-GTAAAT-A-TATT--TAT
* * * * *
5786 AGTTTTAACTATTTGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAAAT-AAATGTTAATAAATTAGTA
151 -TTTTTAA--ATCT---C------TTAT--TAATTT----T---TGGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
5850 TTATTTTATTT-AGAATAAGTTTGTATGAACT-AAAACAATTATTATATGATTAAACAAATGATT
195 TTATTTTATTTCA-AATAAG-CTATATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAAAAAAGGTC
* * * * * * * * *
5913 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTCGAATTGGTTCAGCAAACATA
256 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGAAAACAAA
* * *
5978 TTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTATTATTATTTT-ATCCA
321 TTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCA
* * * * * **
6039 AATAAGCATG-ATG---AGAAACAATTATTTTAAGAGAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGAA
385 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA-AA
* * * * * * ** * *
6099 T-GATATTTGTTTAAATA-GTCAT-AACTATTT-AAATTGATT--CAAAAAATAGTTTTAGTTTT
449 TAAATAATAGTTCAAATAGGT-ATAAAC-ATTTGAACTTGTTTGGTGAACAA-A--TTTATTTTT
* * * * * * * *
6158 TAAATCGCTTACTTATTAACTT-T-TGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTCGGATAAG
509 TAAATCTCTAACTTATTAA-TTGTCT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTAGAAAAAG
* * * * * * *** * * * *
6221 TTTCTATGAGCT--GAAACATTATTTTATAATGGAAGAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGTT
571 CTTGTATGA-ATAGGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTTCAAATA---
* * * ** * * * *
6283 AGATTGATTGTTCAAATAGTC-CAATCTATTTAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATCTTTTTAA
631 A-A-TAATTATTAAAATAGTCACAA-CTATTTAAACTTCCTCAGTAAACAAATTCAT-TTTTTAA
** * * * * * * *
6347 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTG
692 ATCTCTTAATAATTAA-TTTTTGAAATATTAAGAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
* *** * * ** * * * * *
6411 TATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTAAACAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGA
756 TACGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAAATAATT-A
* ** * * ** * **
6476 -TCTAATAGTGTTAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTT
820 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACATACTTACTTTTGAAAAT-TTTTACTT
*
6539 ATTAATTTTT
884 ATTAATTGTT
* * * * * * * *
6549 GTAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTT
* * ** * * * *
6613 ATAA-AAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTTA
66 ATAACAGAAA-AAA-ACCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAA
* *** * * ** * *
6677 ATTGTTTCAAAAAATAGATTTA-GTTTTAAATCTCTTATT-ATTTTTCAAATTATTAATAGATAA
129 ACTGTTT-GGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTA
* * * * * * **
6740 ATATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAG
192 GTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTAT--ATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAG
** * * * * *
6803 GTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTG-TT-TGATAA
253 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGA-AA
* * * * *
6866 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTT
316 ACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* * * * *
6931 ATTCCAAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACTAT
379 AATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAAT
* * * *** * ** * * *
6995 TAGAAATAAATACTTGTTCATCCA-GTCAT-AACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATT
443 TTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGGT-ATAAAC-ATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTA--
* * * * * * *
7058 TTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATGAATAAACTAGCATTATTTTATTTTGA
504 TTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTAGA
* * * * *** * * *
7121 ATACA-CATGTTTGAATA-GAAACATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
566 A-AAAGCTTGTATGAATAGGAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAAT
* ** * *
7184 AAATAATTGTGTTAACTAATAATAACTATTTGAATGTGTTTTATGACAAAAAAGTCCTAACTATT
630 AAATAA-----TT-A-T--T-A-AA--A--T--A---G-----TCAC-AACTA-T-TTAA--ACT
* * * * *
7249 TGACCT-AGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
665 T--CCTCAG--T---AAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * ** * * *
7313 TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAA
723 GAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACGAACAA-AAACAATTGATTTATGACAAAA
* ** * *
7377 TGAAAA-G-CATAACGGTCT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT
787 -CAAAAGGACATAACAATTTCAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T
** * * * * * *
7438 TCAGTAAATAGATTTAGTTTT-TAAA--TCT-CTTATTAATT-TT
849 TCAAAAAACATACTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTGTT
* * * ** * ** *
7478 CAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTTTTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTT
1 -GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTT
* * * ** * * * * * * * *
7543 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATGGACATGATTATTTG
65 TATAACAGAA-AAAA-ACCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTA
** * * *
7608 AACTTGTTTGGTAAGCAAATTTAATTTTT-AATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
128 AAC-TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTTGGAATATTAATAA
* ** * * * **
7672 ATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAA
188 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAA
* * * * * * ** * *
7737 AGATCATAATTATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-ACGCGGTA
251 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGAA
* * *
7801 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTT
315 AACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * ** * * *
7866 TATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAAGAATTCATTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACAAT
378 TAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * ** ** * *
7931 TTGCAATAGATAATGGTTCAAATA-GTCAT-AACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTAT
443 TTGAAATAAATAATAGTTCAAATAGGT-ATAAAC-ATTTGAACT-TGTTTGGTGAACAAATTTAT
* * *
7993 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCA-AT
505 TTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-AGA-
* * * * * ** *
8054 ATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
566 AAAAGCTTGTATGAATAGGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAAT
* * * * ** *
8118 AGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAAT
630 AAAT-AATTATTAAAATAGTCACAACTATTTAAACTTCCTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAAT
** * * * * *
8182 CTCTTTCTCATTAATTTTT-AGAGTATT-AGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTAT
694 CTCTTAATAATTAATTTTTGA-AATATTAAG-AACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT
* * * * * * * * *
8245 ATGAA-ATGATACAATTG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTAT
757 ACGAACA-AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAAATAATTAT
* * * ** * * *
8308 TCAAATAATTATAACTATTT-AACTTGTTCAGCAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTATACTTA
821 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACATACTTACTTTTGAAAAT-TTTTACTTA
* *
8371 TTAACTGTC
885 TTAATTGTT
* * * * * * *
8380 AAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTT
1 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTT
** ** * * * *
8445 ATGGCA-AAACAAAA-GGTCAATGATTTGAAATAAAT-ATTAATTCAAATAGTCATAACTATTTG
66 ATAACAGAAA-AAAACCAT-AATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCTAATAGTCATAACTATTTA
* ** * * * * *
8507 AACTTATTTCATAAACAGATTTATTTTTCAAATGTTTTGCTTATTAATTATCT--AATGGA-TAA
128 AAC-TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATT-TTTGGAAT--ATTAA
* * * * * * *
8569 TAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGATAAAA
185 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TATATGAATA-AAAACAATTATTTTATGACAAAA
* *
8633 TAAAAGGTTATGGAA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-T
248 -AAAAGGTCAT--AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGAT
* * * *
8695 TC-GATAAGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA
309 TCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA-A
* * ** * * * * * *
8759 -ATTATGTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTGTGACAAAATAAAAGGTC
370 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
** * * * * **
8822 ATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAACA-GTCAT-AACTATTTGCACTGGTCAGGTGAAC
435 ATAACAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATAGGT-ATAAAC-ATTTGAACTTGTTTGGTGAAC
* * * * * * *
8884 AGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATTAATT-T-TTAGACTATTAATAAATTAGCATTACTTT
497 AAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTGTCTTA-A-TATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * **
8947 ATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATA-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGA
560 ATTAGAAA-AAG-CTTGTATGAATAGGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAA
* * * * * * * * * *** * * *
9010 TATGAAATAAATTATTATTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTCGGTAAATAAATTTATTT
622 TTTCAAATAAATAATTATTAAAATAGTCACAACTATTTAAACTTCCTCAGTAAACAAATTCATTT
* * * * * * *
9075 TTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAAA
687 TTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAAGAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * ** * **
9136 CTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGTACATAATTATTTGAAATGGATAA
752 CTTATACGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAAATAA
* * * * * * **
9201 TTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAAA-AAATTTA-TTTT-CAAATCTCA
817 TTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCAA-AAAACATACTTACTTTTGAAAAT-TTT
*
9262 TAATTATTAATT-TT
879 TACTTATTAATTGTT
* * ** * * * * * * *
9276 CATAATATTATTAGTTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTGTTT
1 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTT
* ** * * * * *
9341 TATGACA-AAGCAAAAAGGTTATAACGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
65 TATAACAGAA--AAAAA--CCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * * ** *
9405 TGAATTGGTTCAGTAAACA-AATAATCTCCT--A---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
126 TAAACT-GTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
* * * *
9464 TAGTAGTT-TTTTA-TTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA
190 TAGTA-TTATTTTATTTC-AAATAAGC-TATATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AA
* * * * * *
9526 AAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATGGCCATAACTATTTGAATTGATTGA-AT
250 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGA-
*** * * * *
9590 AAATTGATTTATGTTTTAAAT-TTCCAAATT-TTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA
314 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTT--TACTTATT--AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* **** * * * * *
9653 TTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
375 TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * ** * *
9717 CGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAGATA-GTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAACAAATT
439 CAATTTGAAATA-AATAATAGTTCAAATAGGT-ATAAACATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATT
** * * * * *
9780 TATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTTATTT
502 TAT-TTTTTAAATCT-CTAACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA-TT
* * * * * * * * * *
9844 AGAATAAG-TATGTACGAAT-TGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTG
563 AGAAAAAGCT-TGTATGAATAGGAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTC
* ** * * **** * * * *
9907 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACAGATTC-GATAAATATATTTATTTTGT
626 AAATAAATAATTATTAAAATAGTCACAACTATTTAAACTTCCTCAG-TAAACAAATTCATTTTTT
* * * * ** ** * * * * *
9971 AAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTT
690 AAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAAGAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CT
* * * * *
10036 GTATA-G-ACAGAAACAATTG-TTTAATGACAAAAC-AAA-GATCATACCAATTTGAGATAGATA
754 -TATACGAACAAAAACAATTGATTT-ATGACAAAACAAAAGGA-CATAACAATTTCAAATAAATA
* * * ** * * * * *
10096 ATTATTCAAATACTCATAACTATTT-AAATTG-TCTAGTAAACAGATTTAGTTTT-TAAA--TCT
816 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-AAAAAACATACTTACTTTTGAAAATTTTT
10156 -CTTATTAATT-TT
880 ACTTATTAATTGTT
* * ** * * *
10168 CAAACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
1 GAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTT
10233 T
65 T
10234 TATGGCAATA
Statistics
Matches: 6905, Mismatches: 1590, Indels: 1255
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
868 6 0.00
869 74 0.01
870 2 0.00
871 53 0.01
872 28 0.00
873 147 0.02
874 120 0.02
875 60 0.01
876 1 0.00
877 15 0.00
879 24 0.00
880 11 0.00
881 41 0.01
882 154 0.02
883 20 0.00
884 11 0.00
885 70 0.01
886 67 0.01
887 8 0.00
888 71 0.01
889 176 0.03
890 286 0.04
891 95 0.01
892 125 0.02
893 458 0.07
894 203 0.03
895 245 0.04
896 318 0.05
897 404 0.06
898 258 0.04
899 192 0.03
900 585 0.08
901 118 0.02
902 437 0.06
903 207 0.03
904 41 0.01
905 119 0.02
906 44 0.01
907 22 0.00
908 17 0.00
909 8 0.00
910 10 0.00
911 17 0.00
912 10 0.00
913 4 0.00
914 12 0.00
915 6 0.00
916 9 0.00
917 10 0.00
918 12 0.00
919 3 0.00
920 8 0.00
921 2 0.00
922 2 0.00
923 5 0.00
924 12 0.00
925 11 0.00
926 9 0.00
927 7 0.00
928 6 0.00
929 2 0.00
930 45 0.01
931 37 0.01
932 74 0.01
933 80 0.01
934 116 0.02
935 94 0.01
936 277 0.04
937 25 0.00
938 17 0.00
939 21 0.00
940 22 0.00
941 17 0.00
942 18 0.00
943 13 0.00
944 4 0.00
946 3 0.00
947 3 0.00
948 5 0.00
949 7 0.00
950 8 0.00
952 5 0.00
953 5 0.00
954 9 0.00
956 7 0.00
957 2 0.00
958 3 0.00
959 6 0.00
960 14 0.00
961 5 0.00
962 15 0.00
963 4 0.00
964 16 0.00
965 19 0.00
966 16 0.00
967 7 0.00
968 40 0.01
969 93 0.01
970 28 0.00
971 33 0.00
972 11 0.00
973 4 0.00
974 8 0.00
975 17 0.00
976 26 0.00
978 2 0.00
979 6 0.00
980 77 0.01
981 43 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (893 bp):
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTATTTT
ATAACAGAAAAAAACCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAAC
TGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTCAAATAAGCTATATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAAT
GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCAGAAAACAAATTTAT
TTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
TAGTTCAAATAGGTATAAACATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAAC
TTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAGAAAAAGCTTGTATGAATAGGA
AAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATTATTAAAATAGTCA
CAACTATTTAAACTTCCTCAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAA
ATATTAAGAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACGAACAAAAACAATTGATTTATG
ACAAAACAAAAGGACATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
AGTTCAAAAAACATACTTACTTTTGAAAATTTTTACTTATTAATTGTT
Found at i:3615 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 221--5290 Score: 2779
Period size: 362 Copynumber: 14.2 Consensus size: 358
211 AAATTATAGA
* * * * * *
221 AATATTAATAAATTATTTTTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * *
286 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * * *
351 TGGTT-TGACAAACATATTCATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTTTACAATATTATTAAAT
130 TTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTGA-AATATTAATAAAT
* * * * *
413 TAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAAAT-TTTTATAATAGAAA-AAA
193 TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAA
* * *
475 AGAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-G-
256 AG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTAGGT
* *
538 AAA-AAATTTA-TTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTGA
318 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGG
* * * *
571 AATATTAATATATTAGTATTACTTTATTTCGAACAAA-CTTATATGAA-A-AAACATTTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAA-AAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * ** * * * *
633 TGACAAAACAAAA-TTAATAATGATTTGAAATAGATAA-TATTCAATTAGTCATAATTATTTGAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * *
696 CTGGTT-ACGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
129 CTTGTTCA-GAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * * *
760 TTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTAAAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAA
192 TT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG----AACAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAA
** * * * * * * *
824 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTATTC-TATAGCCTTAAATATTTGAACTGGTTC
251 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTA
** * * * * * * *
888 GACAAAGAAATTTTTTTTTTTAATTCTCTTAGTTATTCATTTTTGG
315 GGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTGG
* * * ** * * *
934 AATATTATTAAATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * ** * *
999 GACAAAACAAAATGTTATAACGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAC
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * * *
1064 TAAG-TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAAT
130 T-TGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAT
* * ** * * ** *
1127 TAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGATTGAACT-TTCA-AATAAAATTGTTATATGATGAAGCAA
193 TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA-TGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * * * * **
1189 AAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAA-TAGATTCGAC
255 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G-TTAGGT
* * * ** *
1253 AAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTTTGA
318 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTGG
* * * * * *
1295 AATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAACT-GAAACGATTGTTCTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
1359 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT-GTTAGA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA-A
** * * * * * * *
1423 ACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAA
128 ACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTGA-AATATTAATAAA
* * * * * * * ** *
1488 TTAGTATTATTTTATTTTGAATTATGCTTATA-AAACTA-AAAC-ATTATTTTATAACTTAATAA
192 TTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * ** * *
1550 TAGGTTATAGTAA-TTGAAATAAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC-----CAA-T-TTA-GTA
255 AAGGTCATAACAATTTGAAATAA-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTAGGTA
** * **
1603 AACGA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTTA
319 AAC-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGG
*** * * * * *
1644 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATT-GTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTAT
* * * * * * *
1707 GAC-AAAGAAAAGTTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGC-TACAGTTATTTGA
65 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-A-CTATTT-A
* * * * * * * * *
1769 ATCAAT-TT--GATAAATCTGACTTAATTTTTAAATATC-TAACTCATCAATTTTTGAAATTTTA
127 AAC-TTGTTCAGA-AAATAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAA-TTTTGAAATATTA
* * * * * * * *
1830 ATAAAATAATATTATTTTATCTCAAATAAGCTT-TTTCAAACTGAAACAATTATTTTATGATAAA
187 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* *** * ** * * * * * *
1894 ACAAAAGGTTATATTTATTT-TAATTGATAATTGTTTAAATCGTTATAAACTATTTAAACTTTTT
251 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAC-TGTT
* * * * * * * **
1958 TGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTCTT-GTGTTTTGATGTTCT
314 AGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACT-TATTAATTTTGG
* * * * * * *
2003 ACATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAATCGTGTATGAGCTA-AAAGAATTATTTT
1 A-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTT
* * * *** * *
2067 ATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAA
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * *
2132 ACTGGTTCTA-TAAGTATATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTAGAATATTATTAA
128 ACTTGTTC-AGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTGA-AATATTAATAA
* * * * * * * * * * * * **
2192 TTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTAGTGTGAATAAAAACAATTATTTTATGACCAAA-TGA
191 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * * * * *
2256 AGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAA
256 AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTAGGTAA
* * *
2321 ATAGATTT-TGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGA
320 ACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGG
* **
2357 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTATGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTG
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT-TTT-
* * * * * *
2420 ATGATAAAAC-AAAGTGTCATAACTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGGT-ATGACCATTT
63 ATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTT
* ** ** * * *
2483 GAACTTGTTTTGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TAACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
126 AAACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAA-TTATTAATTTTGA-AATATTAAT
* ** * *** * *
2547 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTTGTATTATTGGAAACAACTATTTTATGACAAAACA
189 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** **
2612 AAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCCTAGGTA
254 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTAGGTA
* *
2677 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGT
319 AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGG
** * * * * * * * * * * *
2718 TCTTTTAAGAAGTTATTTTTTCTTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACAAAAACAATTGA-TTT
1 AATATTAATAAATTA-GTATTATTTTA-TTTGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTT
* * * *
2782 ATGATAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
* * * * *
2847 ACGTGTTCAAAAAATATACTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
128 ACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
2911 TTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAAC-AA
192 -TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* *** * * * * *
2974 AGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTTGGTAA
256 AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTAGGTAA
* * * *
3039 ACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTGG
320 ACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGG
* * * * *
3078 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAGTTGAAACAATTGTTTTAC
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA-
* * * * * * *
3143 T-ACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTAAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTAAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * *
3207 TTTATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAAT
129 CTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
3272 TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACCATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
193 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * *
3337 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTGAAC
258 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTAGGTAAAC
*
3402 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-T
322 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGG
* * *
3440 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAAAAGGCTTGTATGAATAGGAAA-AATCATTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAA-GCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
3504 TGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAGTAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTTAAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * *
3569 CTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATAATTAATTTTTGAAATATTAATAACT
129 CTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAT
** * * * * *
3634 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACCAAAG
193 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
3699 GTCATAACAATTTCAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCA-ATAAA
258 GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT-AGGTAAA
** * *
3763 CATATTTACTTTTGAAAAT-TTTTATTTATTAATTGTTGA
321 CATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGG
* * * *
3802 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
3867 AATAGAAA-AAAA--TCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 GACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
** * * * *
3929 -TTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTCTAAATCTCTT-ATTA--ATTTTTGAAATATTAATAAAT
129 CTTG-TTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTGAAATATTAATAAAT
* * * * * * * * * * *
3990 TAGTATTTTTTTTATTCTGAACA-AA-CCTATACGAACAAAAATATTTATTTTGTGACAAAATAA
193 TAGTA-TTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * *
4053 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGGTA
255 AAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTAGGTA
* * * *
4118 AACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTT-G
319 AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTGG
* ** * * * *
4158 AAGTATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTT
1 AA-TATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * *
4222 ATGGCAAAAC--AA----A-AACAATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATGGTCTTAATTA-TTA
63 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTA
* * * * * * *
4278 GAACTAGTTCA-ACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTACT
127 -AACTTGTTCAGA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT-GAAATATTAAT
* * * *
4342 ATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATA
189 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* ** * * * * * * *
4407 AAATGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTTAA---TT-GG-
254 AAA-GGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTAGGT
* * * *
4467 -------TTTA---GTAAACATCTTTTA-TTA--ATTTTTGA
318 AAACATATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTGG
* * ** * ** *
4496 AAGA-T-ATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAATTTGTATG-ATAAAAAACAATGGTTATA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAA-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTA
* * * ** * * * * * * *
4558 TAACCAAACAAAAGGTAATAATGATTCGAAATACATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTAAA
64 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * * *
4623 C-TGATAT-GGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTCAGAATATTAATAA
129 CTTG-T-TCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTGA-AATATTAATAA
* ** ** * * * *
4682 ATTAGTATCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTGTAACAAAATAAA
191 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * * * **
4747 AGGTCATAACGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTTGTAA
256 AGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTAGGTAA
* * * * *
4812 AAAAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGA
320 ACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGG
* * * * * *
4852 AATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAAAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * * *
4916 T-ATTAAAACCAAAGGTCGTAATGATTTTTAAA-AAATAATTG-TCAAATAGTCATAACTGTTTA
64 TGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
* * * * * * *
4978 AACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCT-TTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAA
127 AACTTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTT-AAATCTCTTA-ATTATTAA--TTTTGAAATATTAA
* * * ** * * * *
5041 TAAATTTGGAATATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGA-ATAA
188 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA
* * * * * * *
5104 ACGAAAGGT-AAAAAATTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG-CTTTAATTATTTGAACTAG
251 ACAAAAGGTCATAACA--ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-G
* * * * * * * *
5167 TTCA-GCAAATACATTTATATTATAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGA
312 TT-AGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGG
* * * * * *
5215 AATATTATTAAATTAGCATTATATTTAATTGAATAACCTTCTATG-ATCA-AAATCAATTATTTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAAAAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-CAATTATTTT
*
5278 ATTACAAAACAAA
63 ATGACAAAACAAA
5291 GATCTAACGA
Statistics
Matches: 3645, Mismatches: 831, Indels: 475
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
334 3 0.00
335 48 0.01
336 1 0.00
337 52 0.01
338 78 0.02
340 5 0.00
341 11 0.00
342 55 0.02
343 9 0.00
344 2 0.00
345 5 0.00
346 97 0.03
347 97 0.03
348 126 0.03
349 67 0.02
350 38 0.01
351 18 0.00
352 118 0.03
353 145 0.04
354 32 0.01
355 52 0.01
356 126 0.03
357 330 0.09
358 205 0.06
359 141 0.04
360 269 0.07
361 475 0.13
362 611 0.17
363 266 0.07
364 17 0.00
365 30 0.01
366 61 0.02
367 53 0.01
368 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAAAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
TGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTAGGTAAACATAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGG
Found at i:4878 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4645--5097 Score: 497
Period size: 181 Copynumber: 2.5 Consensus size: 179
4635 ACAGATTCAC
*
4645 TTTTTAAA-TC-T-CTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT-ATTTTATTTTGAATA
* * * *
4706 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTGTAACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTTCAATAGAC
64 AGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTCAAAAAAC
* * *
4771 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTTGTAAAAAAAATTATT
129 AATTG-TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAAAAAAATTATT
* *
4823 TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTACTATTTTATTTTGGATAA
1 TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAATAA
* * * ** * * * * *
4888 GCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATATTAAAACCAAAGGTCGTAATGATTTTTAAAAAATA
65 GCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTCAAAAAACA
* * * *
4953 ATTGTCAAATAGTCATAACTGTTTAAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATT
130 ATTGTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAAAAAAATTATT
* * * * *
5003 TTTTCAAAC-CTTTAGCTTATTAATTTTTTG-AATGTCAATAAATTTGGAATATTTTATTTTGAA
1 TTTTTAAACTC-TTA-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATATTTTATTTTGAA
* *
5066 TAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTAT
62 TAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTATTTTAT
5098 GAATAAACGA
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 36, Indels: 17
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.03
179 3 0.01
180 52 0.23
181 150 0.66
182 16 0.07
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTTGAATAAG
CTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTCAAAAAACAA
TTGTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTAGTAAAAAAAATTATT
Found at i:6079 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 5882--6210 Score: 373
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
5872 GTATGAACTA
* ** *
5882 AAACAATTATTATATGATTAAACAAATGATTAAAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCT-AATA
1 AAACAATTATTATAAGAGAAAACAAA-GATCAAAATGATTTGAGAAT-GATAATTATT-TAAATA
* * * * * * *
5945 GTCTTAATTATTCGAATTGGTTCAGCAAACATA-TTTATTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTT
63 GTCATAACTATTCAAATTGATTCA--AAAAATAGTTTAGTTTTTAAATCCTTACTTATTAACTTT
* * *
6006 TAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTATCCAAATAAGCATGATGAG
126 TAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATCCAAATAAGCATGATGAG
* * * *
6054 AAACAATTATTTTAAGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGAATGATATTTGTTTAAATAGTC
1 AAACAATTATTATAAGAGAAAACAAAGATCAAAATGATTTGAGAATGATAATTATTTAAATAGTC
* *
6119 ATAACTATTTAAATTGATTCAAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCGCTTACTTATTAACTTTTGA
66 ATAACTATTCAAATTGATTCAAAAAATAG-TTTAGTTTTTAAATC-CTTACTTATTAACTTTTAA
6184 AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTAT
129 AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTAT
6211 TTCGGATAAG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 20, Indels: 13
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.05
170 1 0.01
171 58 0.45
172 25 0.19
173 1 0.01
174 1 0.01
175 37 0.29
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
AAACAATTATTATAAGAGAAAACAAAGATCAAAATGATTTGAGAATGATAATTATTTAAATAGTC
ATAACTATTCAAATTGATTCAAAAAATAGTTTAGTTTTTAAATCCTTACTTATTAACTTTTAAAA
TATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATCCAAATAAGCATGATGAG
Found at i:6547 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5836--10274 Score: 2546
Period size: 181 Copynumber: 24.5 Consensus size: 181
5826 TAAATAAATG
* * *
5836 TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAGAATAAGTTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * * * ** * * * *
5899 TTAAACAAATGATTAAAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCTAATAGTCTTAATTATTCGAATT
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
* * *
5963 GGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA
128 GGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * ** * * * *
6013 TTATTAAATTATTATTATTTTA-TCCAAATAAGCATG-ATG---AGAAACAATTATTTTAAGAGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * * * *
6073 AAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGAAT-GATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATTGA
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG
** * ** * ** *
6136 TTCAAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCGCTTACTTATTAACTTTT-GAAATA
130 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * * * * * *
6188 TTAGTAAAGTAGTATTATTTTATT-TCGGATAAGTTTCTATGAGCT-GAAAC-ATTATTTTATAA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGA
*** * * * * *
6250 TGGAAGAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATT
64 CAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATA-ATTGA----TCAAATAGT-CATAACTATT
* * * * * * * *
6313 TAAACTT-GTTCAATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATG
122 TGAA-TTGGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * **
6374 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTGCTTTATGATT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * **
6439 AAACAAAAAGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGATCTAATAGTGTTAACTATTTGAATTGGT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
* *
6504 TCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GTAATA
131 TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * *
6555 TTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGGTTGTATTAAAAGAAACAATTGTTTTAT-A-A
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
6617 AAAAATAAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAATTGT
66 AAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG
** * * *
6682 TTCAAAAAATAGATTTA-GTTTTAAATC---T-CTTATT-ATTTTTCA-AATTA
130 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAA-TA
* * * * ** * * **
6729 TTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAGAAACAATTGTTTTACAACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
6794 AAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGT
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGG
* ** * *
6859 TTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATA
130 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * *
6910 TTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * ***
6975 AAACAAAAGATCATAACTATTAGAAATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTT-G
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGG
* * * * *
7039 CTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
130 TTCAGTAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
7093 TGAATAAACTAGCATTATTTTATTTTGAATACA-CATGTTTGAATAGAAAC-ATTGGTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
7156 AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTGTTAACTAATAATAACTATTTGAATGT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-ATCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T
* * * * * * * * ** *
7221 GTTTTA-TGACAAAAAAGTCCTAACTATTT-GACCTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTA-AA
128 GGTTCAGT-A-AACAAA-T--TTATTTTTTAAATCT--TTT-----ACTTA-TTAATTTTTAGAA
*
7283 TC
180 TA
* * * * * * * * * ** *
7285 TCT--T-ACTTATTAATT-TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAA--GCT
1 T-TAATAAATTAGT-ATTATTT----TATT-CTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTG-T
** * ** * *
7344 GGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATGAAAAGCATAACGGTCT-AAGATAGATAATT
57 TTTATG-ACA-AAACAAAAG----GT--C---ATAACA---AT-----T-TGAA-ATAGATAATT
* * * * *
7408 -ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CT
101 GA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* *
7468 TATTAATTTTCAAAATA
165 TATTAATTTTTAGAATA
* * * * ** * *
7485 TTAGTAGATTAGTATTATTTTTTTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
7550 AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATT-ATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTT-
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
** * * ** *
7613 GTTTGGTAAGCAAATTTAATTTTT-AATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATA
129 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
7665 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * * * * *
7730 AAACAAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTAC
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT-G
* *
7795 G--CGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
129 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * ** *
7846 TTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATACGCTTGTATGAACAAAAAGAATTCATTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
7910 AAAACAAAAGGTCATGACAATTTGCAATAGATAATGGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-
* * * *
7974 GTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
129 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * *
8026 TTAATAAATTTGTATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** *
8090 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * *
8154 -GTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAGAGTA
128 GGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
8207 TTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
8270 AAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATT-ATTCAAATAATTATAACTATTT-AACTT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * * * * * *
8333 -GTTCAGCAAACATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTAACTGTCAAAATA
128 GGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * * * *
8386 TTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGGCA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * * *
8451 AAACAAAAGGTC--AATGATTTGAAATAAAT-ATTAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * * * *
8513 TTTCA-TAAACAGATTTATTTTTCAAATGTTTTGCTTATTAATTATCT--AATGGA
129 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAAT--A
* * * * * *
8566 -TAATAACTTTGTATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-AATTATTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
8628 TAAAATAAAAGGTTATGGA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
64 CAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T
* * * * *
8692 T-GTTC-GATAAGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATA
127 TGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * *
8746 TTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTGTGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * * *
8810 AAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGG
66 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG
* * * * * *
8874 -TCAGGTGAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGACTA
130 TTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * ** * * *
8926 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATAATTATTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * * * * *
8990 AAAACAAATGGTCATAATGATATGAAATAAATTATT-ATTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTA
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * *
9054 GTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA
129 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * * * * * *
9103 TTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * * * *
9168 AAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATT-ATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACT
66 AAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATT
** * * ** * * *
9230 GGTTCAACAAAAAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATAATA
128 GGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * * * *
9283 TTATTAGTTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTGTTTTATGACA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
9348 AAGCAAAAAGGTTATAACGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGG
66 AAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG
**
9413 TTCAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATA
130 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATA
* * * *
9455 TTAATAAATTAGTAGTT-TTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAATAATTGTTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * *
9518 CAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATGGCCATAACTATTTGAATTG
64 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * * *** * ** * *
9583 ATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAAT-TTCCAAATT-TTCAAATTTT-GAAATA
129 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-AATTTTTAG-AATA
* * * * * * * *
9636 TTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGAT
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
9700 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTAAACTT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
** * * * *
9764 -GTTTGGTTAACAAATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAATTTTCT-GAATG
128 GGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT-TAGAATA
* * * * * *
9818 TTAATAAAATAATATTATTTTTATT-TAGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAATTATTTTATA
1 TTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT-GAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
9881 ACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCTAATAGTCATAACTATTTGAAC
63 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * * * *
9945 AGATTC-GATAAATATATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATA
127 TGGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* ** * * * * * *
10000 TTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTTGTAT-AGACAGAAACAATTGTTTAATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
10064 AAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATT-ATTCAAATACTCATAACTATTTAAATT-
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * *
10126 G-TCTAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCA-AACTA
129 GTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA-TA
** *
10175 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTTATGGC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATGAC
* * * * *
10240 AATACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAAT
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
10275 ATTGGTAAAT
Statistics
Matches: 3305, Mismatches: 737, Indels: 440
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
171 122 0.04
172 99 0.03
173 10 0.00
174 31 0.01
175 128 0.04
176 102 0.03
177 245 0.07
178 59 0.02
179 284 0.09
180 707 0.21
181 784 0.24
182 186 0.06
183 192 0.06
184 5 0.00
185 42 0.01
186 88 0.03
187 35 0.01
188 2 0.00
189 1 0.00
190 6 0.00
191 5 0.00
192 7 0.00
193 8 0.00
194 5 0.00
195 13 0.00
196 26 0.01
197 14 0.00
198 11 0.00
199 9 0.00
200 6 0.00
201 4 0.00
202 9 0.00
204 1 0.00
206 1 0.00
207 3 0.00
210 8 0.00
211 2 0.00
212 1 0.00
213 4 0.00
214 7 0.00
215 23 0.01
216 10 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT
TCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATA
Found at i:7715 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7236--10274 Score: 2351
Period size: 180 Copynumber: 17.0 Consensus size: 181
7226 ATGACAAAAA
* * * * ** * *
7236 AGTCCTAACTATTTGACCTAGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
7301 TT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTATGAAAAGAAACAATTGT
66 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * *
7365 TTTGTGACAAAATGAAAA-G-CATAACGGTCT-AAGATAGATAATTATTCAAAT
130 TTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
7416 AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * ** *
7476 TTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTTTTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGT
65 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * *
7541 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAAT
130 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * *
7593 GGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAAATTTAATTTTT-AATCTCCTACCTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
7657 TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCT
66 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* ** * * * *
7722 TTATGACAAAACAAAAGATCATAATTATTTGAAATAAATGACTGTTCAAAT
131 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* *** * *
7773 AGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * **
7838 TTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAAGAATTCAT
66 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * **
7903 TTATGATAAAACAAAAGGTCATGACAATTTGCAATAGATAATGGTTCAAAT
131 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
7954 AGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** * *
8017 TTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTA
65 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
*
8081 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTCAAAT
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAAT
* * * * * *
8134 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
8199 TTAGAGTATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-
66 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGT
* * * *
8262 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAAT
130 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
8314 AATTATAACTATTT-AACTTGTTCAGCAAACATATTT-ATTTTTAAAATCT-TATACTTATTAAC
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAAT
* * * * * * ** * * *
8376 TGTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTA
64 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * *
8441 TTTTATGGCAAAACAAAAGGTC--AATGATTTGAAATAAAT-ATTAATTCAAAT
129 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAAT
* * * * * *
8492 AGTCATAACTATTTGAACTTATTTC-ATAAACAGATTT-ATTTTTCAAATGTTTTGCTTATTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
8555 TATCT--AATGGA-TAATAACTTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTATAAGAATAGCAAA-
64 T-TTTAGAAT--ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAG-AAAC
* * * * *
8615 AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGGAA--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
124 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT--AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
8673 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
8738 TTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTG-T
66 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * *
8802 TTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAC
131 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
8853 AGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGTGAACAGA-TTCATTATTTAAATCTGTTACTTATTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTAATT-TTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *** * * *
8916 TTTTAGACTATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATAATT
64 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * * *
8980 ATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATATGAAATAAATTATTATTTAAAT
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
9034 TGTTATAACTAATTGAACTAGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
9095 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTT
66 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* ** * *
9160 TTACGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATAT
131 TTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *** * * * *
9211 AG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAAAAAATTT-ATTTTCAAATCTCATAATTATTAATT
1 AGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * * *
9274 TTCATAATATTATTAGTTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTGT
65 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * * *
9339 TTTATGACAAAGCAAAAAGGTTATAACGACTTGAAATATATAATTGTTCAAAT
130 TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
9392 AGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC--A---AA----T-AATCTCCTACTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * ** * *
9446 TTT-GAAATATTAATAAATTAGTAGTT-TTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATT
65 TTTAG-AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * **
9509 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGGTCAAAT
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *** * ** *
9563 GGCCATAACTATTTGAA-TTGATT-GAATAAATTGATTT-ATGTTTTAAATTTCCAAATT-TTCA
1 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-GTAAACAAATTTAAT-TTTTAAATCTCTTACTTATT-A
* * * * * *
9624 AATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAA-ATGAAACA
62 ATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACA
* * * * *
9687 ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAGAT
125 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTCAAAT
* * * * * *
9744 AGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGTTAACAAATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAAT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-ATTTTTAAATCT-CTTACTTATTAAT
* * * * * **
9808 TTTCT-GAATGTTAATAAAATAATATTATTTTTATTTAGAATAAG-TATGTACGAATTGAAACAA
64 TTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAA
* * * * *
9871 TTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
126 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
9927 AGTCATAACTATTTGAAC-AGATTCGATAAATATATTT-ATTTTGTAAATCTCTTACTTATAAAT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTAATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** * * * * *
9990 TTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGTTTGTAT-AGACAGAAACAATT
64 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATT
* * * * *
10054 GTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAAT
128 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * *
10107 ACTCATAACTATTT-AAATTG-TCTAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATT
1 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** *
10166 TTCA-AACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTG
65 TTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * * * *
10230 TTTTTATGGCAATACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAAT
129 -TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
10275 ATTGGTAAAT
Statistics
Matches: 2267, Mismatches: 485, Indels: 217
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 54 0.02
172 77 0.03
173 3 0.00
174 2 0.00
175 64 0.03
176 97 0.04
177 211 0.09
178 58 0.03
179 203 0.09
180 689 0.30
181 598 0.26
182 101 0.04
183 108 0.05
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
Found at i:7916 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 7263--10274 Score: 2387
Period size: 361 Copynumber: 8.4 Consensus size: 362
7253 CTAGTTTGAC
* * * * *
7263 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
7327 TTTAATCTAAATAAGCTGGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAATGAAAA-G-CATAA
65 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA
* * * *
7389 CGGTCT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTCAGTAAATAGATT
128 TGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAATAAATAGATT
* * * * * *
7452 TAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTTTTTTGA
191 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
** * * *
7513 ATAATTTTGCATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT
256 ATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * **
7577 AGGTAATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGT
320 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* *
7620 AAGCAAATTTAATTTTT-AATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * * * *
7684 TTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATTA
66 TTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * ** ** * *
7749 TTTGAAATAAATGACTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAAATTTATTT
131 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTT
** * * *
7814 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACG
196 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG
* * * * *
7879 CTTGTATGAACA-AAAAGAATTCATTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACAATTTGCAATAGATA
261 CTTGTATGAACATGAAACAATT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
** *
7943 ATGGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA
325 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGT
* * * ** * **
7981 AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
*
8045 TTATTC--AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
66 TTATTCTGAATA-AA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
8108 GATTTGAAATAGATAAATT-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTCA
129 GATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTA
* * * *
8172 TTTTTTAAATCTCTTT-CTCATTAATTTTTAGAGTATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
193 TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* * * * * *
8236 TAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAG
257 TAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * *
8300 ATTATTATTCAAATAATTATAACTATTT-AACTTGTTCAGC
322 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* ** * * * * *
8340 AAACATATTT-ATTTTTAAAATCTTATACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAACTAATATTAT
1 AAACAAATTTAATTTTT-AAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
8404 TTTAATCCGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTC--AATG
65 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
8467 ATTTGAAATAAAT-ATTAATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTC-ATAAACAGATTTA
130 ATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAATAGATTTA
* * * * *** * * * *
8530 TTTTTCAAATGTTTTGCTTATTAATTATCTAATGGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAA
193 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
* * * * * * *
8594 TAAGCTTATAAGAATA-GCAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATGGA-AATTTGAAA
257 TAAGCTTGTATGAACATG-AAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AACAATTTGAAA
* *
8656 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTC-GAT
319 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-T
* * * * *
8700 AAGCAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTAT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-ATATTAT
* ** * *
8764 GTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATG
65 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * * * *
8828 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGTGAACAGATTCAT
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAATAGATTTAT
* * * * * * **
8892 TATTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGACTATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATA
194 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * ** * *
8957 AGAC-TGTATCAATA-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATATGAAATAA
259 AG-CTTGTATGAACATGAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * *
9020 ATTATTATTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTCGGT
322 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * *
9061 AAATAAATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * * * *
9122 TTATTTTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTACGACAAAACAAAA-GTACATAATT
66 TTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATG
* * * ** * * *
9186 ATTTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAAAAAATTTA-
130 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTAT
* ** * * * * ** * *
9249 TTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGTTTAATATTATTTTATTTTGAATA
194 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* * * * * * *
9314 AGCTTGTATGAACAT-AAAAAATTGTTTTATGACAAAGCAAAAAGGTTATAACGACTTGAAATAT
259 AGCTTGTATGAACATGAAACAATT-ATTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* *
9378 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGT
322 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGT
*
9419 AAAC--A---AA----T-AATCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAGTT-
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATA-TTA
* ** ** * * *
9472 TTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAAT
64 TTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
** * * * *
9537 GATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATGGCCATAACTATTTGAA-TTGATTGAATAAATTGATTTA
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAATAAATAGATTTA
* ** * * * * * **
9601 TGTTTTAAAT-TTCCAAATT-TTCAAATTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGG
193 TTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
* * * * *
9664 ATAAGGTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-
256 ATAAGCTTGTATGAACATGAAACAATTA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * **
9727 ATGATAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGGT
320 A-GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * *
9771 TAACAAATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAATTTTCT-GAATGTTAATAAAATAATATT
1 AAACAAATTTA-ATTTTTAAATCT-CCTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAATATT
* * *** * * *
9834 ATTTTTATT-TAGAAT-AAGTATGTACGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTCA
63 A-TTTTATTCT-GAATAAACT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * ** * *
9897 GAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACAGATTCGATAAATATAT
125 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGAT
* * * * ** * * * * *
9962 TTATTTTGTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTG
190 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * * * *
10027 AATAAGTTTGTAT-AGACA-GAAACAATTGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAG
255 AATAAGCTTGTATGA-ACATGAAACAATTATTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* *
10089 ATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTT-AAATTG-TCTAGT
318 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGT
* * * *
10133 AAACAGATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTCA-AACTATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAATATTAT
** * * * * * *
10193 TTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTTATGGCAATACAAAAGATCATAAC
65 TTTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* *
10258 GATTTAAAATAAATAAT
129 GATTTGAAATAGATAAT
10275 ATTGGTAAAT
Statistics
Matches: 2110, Mismatches: 444, Indels: 202
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
348 2 0.00
349 1 0.00
350 1 0.00
351 4 0.00
352 188 0.09
353 81 0.04
354 1 0.00
355 4 0.00
356 115 0.05
357 290 0.14
358 235 0.11
359 119 0.06
360 239 0.11
361 542 0.26
362 37 0.02
363 79 0.04
364 169 0.08
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
AAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
TTATTCTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG
CTTGTATGAACATGAAACAATTATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
Found at i:10390 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 10179--10374 Score: 272
Period size: 101 Copynumber: 2.0 Consensus size: 101
10169 AAACTATTAA
** * * *
10179 TAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTTATGGCAAT
1 TAAATTCA-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTTATGGCAAA
10243 ACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATATTGG
65 ACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATATTGG
10280 TAAATTCATATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-ATTTTATGGCAAA
1 TAAATTCATATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTTATGGCAAA
* * * *
10343 ACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAAT
65 ACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAAT
10375 TGTTCAAATA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 9, Indels: 5
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 41 0.49
101 42 0.50
102 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (101 bp):
TAAATTCATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTTATGGCAAAA
CAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATATTGG
Found at i:10428 original size:277 final size:278
Alignment explanation
Indices: 10027--10554 Score: 652
Period size: 277 Copynumber: 1.9 Consensus size: 278
10017 TTTTACTCTG
* * * *
10027 AATAAGTTTGTATAGACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAGATCATACCAATTTGAGATA
1 AATAAGCTTGTATAGACAGAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATA
* *
10092 GATAATTATTCAAATACTCATAACTATTTAAATTGTCTAGTAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC
66 GATAATTATTCAAATACTCATAACTATTGAAATTGTCTAGTAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTC
* *** *
10157 -T-T-ATTAA-TTTTCAAACTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATGAA
131 TTCTCATTAATTTTTCAAA-TAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCCTATATGAA
* * * *
10218 TAGAAACAATTGTTTTTATGGCAATACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATATTGGTAA
195 TAGAAACAATT-ATATTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATATTGGTAA
10283 ATTCATATTATTTTATTTGA
259 ATTCATATTATTTTATTTGA
* * * **
10303 AATAAGCTTGTAT-GAACAGAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATAG-ACAGAAACAATTATTTAATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
10367 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC
64 TAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTGAAATTGTCTAGTAAACAGATTCAGTTTTTAAATC
* * * *
10432 TCTTGCTCATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATG
129 TCTT-CTCATTAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCCTATATG
* * * * * *
10497 AATTGATACAATTATATTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
193 AATAGAAACAATTATATTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAAT
10555 TATTCAAATA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 36, Indels: 10
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
275 1 0.00
276 36 0.17
277 75 0.36
278 1 0.00
280 38 0.18
281 51 0.24
282 7 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (278 bp):
AATAAGCTTGTATAGACAGAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATACTCATAACTATTGAAATTGTCTAGTAAACAGATTCAGTTTTTAAATCTC
TTCTCATTAATTTTTCAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCCTATATGAAT
AGAAACAATTATATTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATATTGGTAAAT
TCATATTATTTTATTTGA
Found at i:10710 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 10281--10781 Score: 594
Period size: 182 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
10271 TAATATTGGT
* * *
10281 AAATTCATATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGGCAAAAC
1 AAATTAATATTATTTTAATTTG-AATAAGCTAGTATGAACA-AAACAATTATTTTATGACAAAAC
* *
10345 AAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTTAG
64 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * ** *
10409 TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGAAATAGTAAT
129 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAC
* * * ** * *
10461 AAGTTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA-TATGAATTGATACAATTATATTATGACAAAAC
1 AAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAG-CTAGTATGAA-CAAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * *
10525 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGG
64 AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * * *
10590 TAAACATATTTATTTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAC
129 TAAACAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAC
* * *
10643 AAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAGTAATTGTTTTATGAAAAAACA
1 AAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACA
* * * * *
10708 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGT
65 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
*
10773 AAATAGATT
130 AAACAGATT
10782 TGAGATAAGC
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 49, Indels: 12
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 91 0.34
181 32 0.12
182 142 0.54
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA
AACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAATAGTAAC
Found at i:10879 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 10660--10882 Score: 313
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
10650 TATTATTTTA
* * *
10660 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAGTAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
1 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAGAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAAATT
*
10725 GAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
66 GAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
* * * * * *
10779 ATTTGAGATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAA
1 ATTTGA-ATAAGCTAGTATGAACA-AAAGAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAAA
* *
10843 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
64 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAA
10883 CTTGTTTAAT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 12, Indels: 3
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 6 0.07
120 81 0.90
121 3 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (119 bp):
ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAGAAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAAATT
GAAATAAATAATTGTTCAAATAACCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAG
Found at i:11049 original size:297 final size:298
Alignment explanation
Indices: 10479--11056 Score: 673
Period size: 297 Copynumber: 1.9 Consensus size: 298
10469 ATTATTTTAT
* * * ** *
10479 TTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATATTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
1 TTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTG
** * ** * *
10544 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTT
66 AAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTT
* * **
10609 ATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTA
131 AAATC--TTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATA-TATGTTAATTCAAATAAGCTA
* *
10674 GTATGAACAAAAGTAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
193 GTATGAACAAAAGCAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
* *
10739 TTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAGA
258 CTCAAACAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAGA
* * * * * *
10780 TTTGAGATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAATT
1 TTTGA-ATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATT
* *
10845 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATTCA-TTTTT
65 GAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTT
*** *
10909 TAAATC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTCGAATA-ATGTT-ATTCCAAATAAGCT
130 TAAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATT--AATATATGTTAATT-CAAATAAGCT
* * * * ** *
10970 TGTATGAACAGAAA-CAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAAT
192 AGTATGAACA-AAAGCAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
*
11034 TGCTCAAACAATCATAATTATTT
256 TGCTCAAACAATCATAACTATTT
11057 AATTGGTCAG
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 41, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
296 3 0.01
297 108 0.47
298 4 0.02
299 4 0.02
301 15 0.06
302 97 0.42
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (298 bp):
TTTGAATAAGCCTATATGAATAGAAAAAATTATATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAATTG
AAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTT
AAATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAACAAATTAATATATGTTAATTCAAATAAGCTAGTA
TGAACAAAAGCAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTC
AAACAATCATAACTATTTGAAATTATTCAGTAAATAGA
Found at i:11202 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10793--11416 Score: 489
Period size: 180 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
10783 GAGATAAGCT
* * * * * * * *
10793 TGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCAAATTGAAATAGATAATT
1 TGTATGAACAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * *** * * * *
10858 GTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC---T-T
65 GTTCAAATAGTCATAATTATTT-AACTGGTAGGACAAGCAGATACATTTTCTAAATCTCTTATGT
*** * * **
10919 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT--CGAATAATGTTATTCCAAATAAG-C
129 ATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAAC-ATTACT-TTATTCTGAATAAGAC
* * * *
10969 TTGTATGAACAGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAAT
1 -TGTATGAACAGAAACAATT-GTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
11034 TGCTCAAACAATCATAATTATTTAATTGGTCAGGCCAA-TAGATACATTTTCTAAATCTGTTACT
64 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTAACTGGT-AGGACAAGCAGATACATTTTCTAAATCTCTTA-T
* *
11098 -TATTAATTTTCCAAATATTAATAACTTAGCATTACTTTATT-TGAATAAGAC
127 GTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGAC
* * * * * *
11149 TGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGATAAAATAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATT
1 TGTATGAACAGAAACAATTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** ** *
11214 ATTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTTGACAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATGT
65 GTTCAAATAGTCATAA-TTATTTAACTGGTAGGACAAGCAGATACATTTTCTAAATCTCTTATGT
** * * *
11279 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAA-AC
129 ATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGAC
* * * *
11329 T-TATAGGAACAAAAACATTTGTTCTATGACAAAACAAAGGGTAATAACGATTTGAAATAGATAA
1 TGTAT--GAACAGAAACAATTGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
11393 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
63 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
11417 GAAATAGTTT
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 80, Indels: 29
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 22 0.06
177 74 0.21
179 79 0.23
180 103 0.29
181 72 0.21
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
TGTATGAACAGAAACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAATTATTTAACTGGTAGGACAAGCAGATACATTTTCTAAATCTCTTATGTAT
TAATTTTCCAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGAC
Found at i:11271 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11079--11410 Score: 411
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 180
11069 CAATAGATAC
* * *
11079 ATTTTCTAAATCTGTTACT-TATTAATTTTCCAAATATTAATAACTTAGCATTACTTTATT-TGA
1 ATTTTCTAAATCTCTTA-TGTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGA
* * * * * * *
11142 ATAAGACTGTAT-GAATAGAAACAATTGCTT-TATGATAAAATAAATGATCATAACGATTTGAAA
65 ACAA-ACT-TATAGAACAAAAACAATTG-TTCTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTGAAA
*
11205 TAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTAATTAAACTGGTTTGACAAGCAGATTT
127 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTAAACTGGTTTGACAAGCAGATTT
* ** * *
11259 ATTTTTTAAATCTCTTATGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAA
1 ATTTTCTAAATCTCTTATGTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAA
* * *
11324 CAAACTTATAGGAACAAAAACATTTGTTCTATGACAAAACAAAGGGTAATAACGATTTGAAATAG
66 CAAACTTATA-GAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTGAAATAA
*
11389 ATAATTGTTCAAATAGTCATAA
130 ATAATTATTCAAATAGTCATAA
11411 TTATTTGAAA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 20, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.03
180 55 0.43
181 68 0.54
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTCTAAATCTCTTATGTATTAATTTTCCAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAA
CAAACTTATAGAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAGGATAATAACGATTTGAAATAAA
TAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTAAACTGGTTTGACAAGCAGATTT
Found at i:11423 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11378--11424 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
11368 GGTAATAACG
11378 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
* *
11395 -GTTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
11413 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
11425 TTTGCAAACA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.35
18 6 0.26
19 9 0.39
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:13336 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 12280--15631 Score: 2454
Period size: 181 Copynumber: 18.7 Consensus size: 181
12270 TCTGTTTACC
* * ** * ** * * *
12280 ATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTAATTCGTTATAAAATAATTGTTTAAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
* * * *
12345 TTAATACAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATCTCCT-AAAA-TAATAAG
66 TTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-T-TTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
12407 -AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAA-TT-AAAGTAATTATTGTC-
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AAACAAGTTCAAA-TAGTTA-TGACT
* * * *
12460 ATTTGAACGATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
** * **
12524 ACCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGGAAGTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* *
12589 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACT
131 GAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * ** * * * *
12640 ATTTAAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGGTC-TTTGCTTTGTTAGAAAATAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T
* * *** * * *
12703 -GATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-
64 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * ** * * **
12762 TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTGTCAAACCAGTTTAAATAGTTAAAACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
12816 ATTAT-AATAATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC
1 ATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAATAATTGTTTT
* * * **** * *
12879 A-TATCTTACATGATTATTTGGTATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAA
64 AGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
* * * * ** **** *
12942 GCAAAATATTTGAAAAAAGAAATCCATTTATTGGACAAATTCAAATAGTTATGACT
127 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
12998 ATTTGAAAAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCA
1 ATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA
** * * * **
13062 GTTCATA-ATAGCTTAACCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAAC
65 GTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * * *
13126 AAGAG-TTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACT
129 AAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *** ** * *
13179 ATTTAAACAGTTGTCTATCGAAAATCATTCCGACCTTTCGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
* * * *
13244 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAATTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
13309 GTGATTTAAAAAGTCAATCTGTTTACCAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCC
131 GAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
13360 ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTT-G
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
* * * * *
13424 ATT-GTATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTA
66 -TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* ** ** *
13488 AGAGATTTACAAAATAAATCCATTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * *
13540 ATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
* * ** * * * *
13605 TTCATCCAAGCTAATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
13670 GAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT
131 GAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
13721 ATATGAGCAATTATCTATTT-TAA--A-T-TG--TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-TTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-A
* * * * * *
13778 ATTCATA-ATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAGG
65 GTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
13841 TAAAAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * *
13895 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTGAAATAAATATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
* * * * * *
13960 TTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
14022 -AGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
131 GAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * ** * * *
14072 ATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-TATCTATCATAAAATAATAGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAATAATTGTTT-T
*** * * *
14135 A-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGT
64 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * * ** * *
14199 AAAAAATTT-TAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
14251 ATTTGAATAAATATCTATTTCAAA-CTATTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAA-AATATATTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTT
* * ** ** * * * * *
14314 AATTCATATAAAATTATTTGAAATAAATTAATACT-ATGTTGTTAATGTTTTGAAAATTAATAAT
64 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * *
14378 TAAGAGATTTAAAAAATGAATA-ATTTACCGAACAAG-TCTAAATAATTATAACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTC-AAATAGTTATGACT
* * * ** * * * *
14431 ATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATGATT-TTTTAT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-
* * *
14495 ATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC---------AA-A-TTT-ACAATTAATAAGT
65 GTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
* * * * * * **
14547 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATCTTTATGACT
129 AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
14600 ATTTGAA-AATTTTTTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
1 ATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA
* * * * *
14664 GATT-ATATAAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAA
65 G-TTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-AAATTAATAA
* * ** *
14726 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACT
127 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * *
14781 ATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTG-CAATAAAATGATTGTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTTA
* * * ** *
14845 GTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTA
65 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTA
* * * ** *
14910 AGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTATGACT
130 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *
14962 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTT
* ** * *
15026 -GTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG
64 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * * * ** * *
15089 TAA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTTGAATAGTTGTAACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
15142 ATTTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T
* * * * ** * *
15207 A-TTCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAA
64 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
* * * *
15271 TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAGCAAGTTTAAATAGTTATGACT
128 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * *
15325 ATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTA-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
** ** * * * **
15389 TTCATACAATTTTATTTGAAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTG
66 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
15454 GAGA-TTAAAAGAATAAATTTGTTAATCGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TT
131 GAGATTTAAAA-AATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * **
15504 CATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGCCCTT
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTT
** *
15569 A-TTCATACAAAATTATT-AAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAATTAATAAG
64 AGTTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
15632 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 2508, Mismatches: 552, Indels: 223
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 32 0.01
169 89 0.04
170 8 0.00
171 2 0.00
173 7 0.00
174 128 0.05
175 5 0.00
176 133 0.05
177 132 0.05
178 16 0.01
179 162 0.06
180 678 0.27
181 829 0.33
182 213 0.08
183 74 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:14450 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 14418--14450 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
14408 AACAAGTCTA
14418 AATAATTATAACTATTTC
1 AATAATTAT-ACTATTTC
14436 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
14451 GAAATCGCTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTC
Found at i:15044 original size:711 final size:705
Alignment explanation
Indices: 12396--18647 Score: 2430
Period size: 711 Copynumber: 8.8 Consensus size: 705
12386 AATATCTCCT
* *
12396 AAAA-TAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-AATT-AAAGTAATTATT
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAATTCAAA-TAATTA-T
* * * * * * *
12457 GTC-ATTTGAACGATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTT
63 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATT
** * * *
12520 TTTGACCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGGAA
128 TTTGATTATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATT---AA
* ** * * * *
12585 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
190 -TAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATA
* ** * * * * * * * * * * *
12649 ATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAG-GTCTTTGCTTTGTTAGAAAATAATTATTTCTGATCATAGA
253 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATA
* *** * * *
12712 AGCTTATTC-GGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
316 AGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT
* * * * ** *
12772 AAAAAAGAAATTTATTTGTCAAACCA-GTTTAAATAGTTAAAACTATTAT-AATAATTATCTATT
380 AAAAAATAAATATATTT-ACAAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * * *
12835 T-TAAATCATTCT-AACCTTTT-TTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATCTTACATGATTATT
442 TCAAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTATTTTGT-TCATACAAGCTTATT
** * * * * * *
12897 TGGTATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGC-AAAATATTTGAAAAAA
503 TGAAATAAAATAATACT-AATATAATAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTT-AAAAAA
* ** * **** * * * * * * *
12960 GAAATCCATTTATTGGACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTAAT-TATTTAAAATC
565 TAAATTAATCTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATT-ATCTATTT-GAA--
* * * ***
13024 ATTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAATAGCTTAACCAAAATAAA
626 ATTAT----TTTTGTTCT-ACCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTT-A--TTTATAAA
* *
13088 ATAATATTAATT-TCTTAATATTTCA
683 ATAAAATGAATTATC--AATATTT-A
* * * * * *
13113 AAAATTAATAA--ACAAGAGTTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG
1 AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATG
* * * *** ** * * * * *
13176 ACTATTTAAACAGTTGTCTATCGAAAATCATTCCGACCTTTCGTTTTGTCACAAAATAATTGTTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTT
* * * * * ** *
13241 TAG-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTAATAA
129 TTGATT-ATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * * * * ** *
13305 TTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTGTTTACCAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTC-AAT
193 --AA--GATTTAAAAAATAAATATACTTATCAA-ACAAGTTCAAATAGTCATAACTA-TTCAAAT
* * * * * * *
13368 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGATTGTATA
252 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATA
* *
13432 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
316 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTA
* ** * * * * *
13497 CAAAATAAATCCATTTACCAAA-TTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTC
381 AAAAATAAATATATTTA-CAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
13561 -AAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATCCAAGCTAATTTGA
444 AAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA
13624 AATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
506 AATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * *
13689 TATCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTTAAATTGTTTTTG
571 AATCTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTGAAATTATTTTTG
* *
13754 TTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATGAATTTAT
636 TTCTACCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATTT---ATAAAATAAAATGAA-TTAT
*
13819 TAATATTTAA
697 CAATATTT-A
* * * * * *
13829 AAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGAC
* ** * *
13894 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTGAAATAAATATTTTT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTT
* * * *
13959 GTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAG
131 GATTATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAG
* * * * ** ** *
14024 ATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTA
196 ATTTAAAAAATAAATATACTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATAATTATCTA
** * * * * * *
14089 TTTCAAATTGTTATGACTTTTTATCTAT-CATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
261 TTTCAAATCATTATGACTTTTTGT-TTTGCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATATAAGTTTATT
*** * ** * * **
14152 TGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAAATTTTAAAATAA
324 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAA
* * * * * *
14216 ATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAACTATTA
389 ATATATTTA-CAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTA
* * ** * ** *
14281 TGATCTTTTCTTTTGTCATAAAA-AATATATTTCAATTCATATAAAATTATTTGAAATAAATTAA
453 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* ** * ** * * * *
14345 TACT-ATGTTGTTAATGTTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TAATTTACCG
516 TACTAAT-ATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATCTACCA
* *
14408 AACAAG-TCTAAATAATTATA-ACTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTG
580 AACAAGTTC-AAATAATTA-AGACTATATCAACAATTATCTATTTGAAAT---TAT----TTTTG
* ** * *
14471 TTCTATCATAAAATGATTTTTT-ATATTTATACA-AGCTTA-TT-TCAAATAAAAT-AA-TA-CA
636 TTCTACCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATA-ATAGCTTATTTATAAAATAAAATGAATTATCA
14529 A-ATTT-
699 ATATTTA
* * * **
14534 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATCTTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGAC
* * * * * * *
14599 TATTTGAA-AATTTTTTTATTTTAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
66 TATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
* * * * *
14663 TGATTATATAAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAATAATAAG
130 TGATTATATAAGCTTAT-TCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAA-AAAT--TAA-
* *
14727 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAA
190 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATAA
* * *
14791 TTATCTATTTTAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGCAATAAAATGATTGTTTCAGTTTATATAAG
254 TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGC-ATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAG
* *
14856 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAA
318 TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAA
* * *
14921 AAATGAATATGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
383 AAATAAATATATTTAC-AAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* *
14986 ATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAA
447 ATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * * * *
15051 AATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAA-TATGT
511 AATAATACT-AATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-AT
* * * ** * * * * * *
15113 TTTCTAAACACA-TTTGAATAGTTGTA-ACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGAC
574 CTACCAAACA-AGTTCAAATAATT-AAGACTATATCAACAATTATCTATTTGAA---A-T-T-A-
* ** ** * * * * * *
15176 CTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATAC
630 -TTTTTGTTCTACCATAAAACAATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATT---TAT-AAAATAA-AA
* * *
15241 T-AATTTATTAAAATTCCA
689 TGAA-TTATCAATATT-TA
* * * * * * *
15259 AAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AAGCAAGTTTAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAATTATGA
* * ** * *
15323 CTATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TGTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAT-TT
* * ** ** * * *
15386 CT-ATTCATACAATTTTATTTGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
129 TTGATT-ATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* ** * ** *
15449 AGTTGGAGA-TTAAAAGAATAAAT-TTGTTAATCGAACAAGTTCAAATAGTCAT-GTTCATTTGA
192 A----AAGATTTAAAA-AATAAATATACTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACT-A-TTCA
* * * * * * * *
15511 ACT-ATCATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGCCCTT-A-TTC
249 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTG--TTTCAGTTT
* ** * *
15573 ATACAAAATTATT-AAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGA
311 ATATAAGTTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* *
15633 G-ATT------T-AA-A-A---ACTAA-A---TC---T-G-T-T---TA-TCGAAC------C-A
375 GAATTAAAAAATAAATATATTTACAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
15664 GTTCAAATTGTTAAG-ATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCACACAAGCTCATTT
440 TTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
15728 GGAGTAAAATATTGCTAA-ATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
504 GAAATAAAATAATACTAATA-TAATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
15791 AA-TATGTTTGCCGAACAAATTCAAATAGTTAAGA-T-TATTAGAGCAATTATCTATTTTAAATC
567 AATTA-ATCTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATATCA-A-CAATTATCTA-TTTGAA--
* * * *
15853 ATTATTACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTTTTTTTAGTTCATACA-AGCTTATTTGAAATA
626 ATTA-T---TTTTGTTCTA-CCATAAAACAA-TTTTTTCAATTCATA-ATAGCTTATTT---ATA
* * * *
15916 AAATAATACT-AATTTATTAACATTCAA
681 AAATAA-AATGAA-TTATCAATATT-TA
** * * * ** * * *
15943 AAAATTAAT-ACCAAAAAATTTAAGAAAATAAATCTGTTTACGGAGTAAGTTTAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGA
* * * * * * * *
16007 CTTTTTAAATAATTATCTATTTAAAATAAATAT-ACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AAT-TGTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT
* * * * * * * *
16069 TCAGTTCATAAAAGTTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATA
130 TGA-TT-ATATAAGCTTATTC-AAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * **
16133 AGTTAGAAATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATCAAATCGA-TTCAAATAATTATTGCCT-TTCAA
192 A---A-AGATTTAAAAAATAAAT-ATACTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTCA-TAACTATTCAA
* ** * * *
16195 ATAATTATTTATTTCAAATCATTACAAATTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTAGTTTTCA--TCA
250 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAATAATT-G-TTTCAGTTTA
** * * ** *
16257 TATAAGCCTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAGTAATTGGTAGGAGA
312 TATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
16321 TTTAAAAAATAAATCTGTTT----AC-T-AT--ATTAG-T-T-CCTATTTGAAC-ATTA-CTTAT
377 ATTAAAAAATAAATATATTTACAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TAT
* * * * * * * *
16373 TTC-AAATCATTAT-AACCTTTTATTCTATTATAAAATAATT-TTTCAGTTCATATAAGCATA-T
441 TTCAAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATT
* *
16434 TCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
503 TGA-AATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-
* ** * *
16499 AAATCT-ATTTGTCAAAGC-AGTTTAAACAATTAAGACTATA-CGAACAATTATCTATTTGAAAT
566 AAAT-TAATCTACCAAA-CAAGTTCAAATAATTAAGACTATATC-AACAATTATCTATTTG-AA-
* ** * * * * * *
16561 CATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCACACA-AGCTTGTTCA-AAATT
626 -A-T-T-A-TTTTTGTTCTACCATAAAACAATTTTTTCAATTCATA-ATAGCTTATTTATAAAAT
* *
16624 AAATAATACTAATTATTAATATTCTA
685 -AA-AAT--GAATTATCAATATT-TA
** *** * *
16650 AAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAATAAATCCATTTACCAAATC-ATTTCAAATAATTATG
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAATTATG
* * * ** * * ** *
16714 GCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTACATTTTG-TTTGTCATGTAACAATTAT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATAT
* * * * * * * * *
16778 TTTTTATCATACAAGTTTATTCAGAAT-AAATAATACTAATTTTTTAATCTTT-AAAAATTTAAT
127 TTTTGATTATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-TTAAT
* * * * * * **
16841 AAGTATAAGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATC-AGTTTAAATAATTATAACTATTTGAA
191 -A--A-AAGATTTAAAAAATAAATATACTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAA
* * * * * * * * * * * * ** * *
16905 TATTTGTATACTTCTAATCATTCTAACCTTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAC
251 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAATAATTGTTTCAGTTTATAT
** * * * *
16970 AAGTTTATT-TGAATAAAATAATACTAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATT
315 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAAT
* * * * * * * *
17033 TAAAAAATAAATTTCTTTGCCGAAC-TAATTCCAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATT
379 TAAAAAATAAATATATTT-ACAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * ** * *
17097 TC---A-A--AT-CACTTTTATTTTGCCATAAAATAATT-TTTCAATTCATACTAGCTTA-TTCA
442 TCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGA
* * * * * ** *
17153 TAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTAA-AGGATTTAAAAAACAA
506 -AATAAAATAATACT-AATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGA-GATTTAAAAAATAA
* ** * ** * * * * * *
17216 TTTTGTTTACTTAACTAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
568 ATTAATCTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTGAAA---TTA
* ** * * **
17281 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT--ATTCAT-ATAAGTTTGTTTGGAAAA-AAA
630 T----TTTTGTTCTACCATAAAAC-AAT-TTTTTCAATTCATAAT-AGCTTATTTATAAAATAAA
* *
17342 AT-ACTAATATACTAATA-TTC
688 ATGA--ATTAT-C-AATATTTA
* * * * * * *
17362 AAAATTAATAAG----AGGTTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCACTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGA
* * * * * * ** * * *
17423 CAATTTCAGCAATTATTTCTTCCAAATTGTTATGA-CTTTTTTTTTGTTATAAAA-TAATAGTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATA-TTT
* * * * * * *
17486 TT-ATTTATACAAGCTTGTTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAATAA
129 TTGA-TTATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** ** * * * * * *** **
17550 CTAAAATTTTTTTAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAACAGTCGTGGTTATTTGAATAC
193 --AAGA--TTTAAAAAATAAATATACTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATA-
** * * *
17615 A-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-ATATTATTTCAGTTCATATA
253 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG-CATAAAATA-ATTGTTTCAGTTTATATA
* * * * * *
17678 AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
316 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTA
* * * * * *
17743 AAAAATGAAT-TGTTTACTAA-A----C--A-AGTT-TGTCTATTTCAACAATTTATCTATTTGA
381 AAAAATAAATATATTTACAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCA
* * * ** * * *
17798 AACTACTAT-AACCATTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCCTAGAAGCTTATTTCG-A
445 AAATATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGCTTATTT-GAA
* * *
17861 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AACACAATTAATAAGC-AAAAGATTTAAAAAATAAA
507 ATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAA-A-AATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * *
17923 -TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTA
569 TTA-ATCTACCAAACAAGTTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTGAAA---TTA
* ** * **
17987 TGACTCTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTT-TGTTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATA
630 T---T-TTTGTTCTACCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATA-ATAGCTTATTT---ATAAAATA
* * *
18050 ATATTAATTTATTAATATTTCA
686 AAATGAA-TTATCAATATTT-A
* * ** * * *
18072 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCAAACAAATTCAAATAGTCATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGAC
* * * * * * * * * *
18137 TATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTGTAACCTTTTATTTTATAATAAAACAATTGTTTTA
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTT
* * * * ** * * * *
18202 GCTCATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTA
131 GATTATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A
* * * * * * * * * * *
18267 AGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTATCGAATATGTTCAAATAGTTATGACTA-TCTGAACAATT
193 A-AGATTTAAAAAATAAATATACTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTC-AAATAATT
* * * * * * ** *
18331 ATCTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTTTCCATAAAATAATTGGTT-ATGTTCATGCAAGC
256 ATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTG-TTTTGCATAAAATAATTGTTTCA-GTTTATATAAGT
***
18395 TTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAA
319 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAA
** * * *
18457 AAAATAAATATATTTTATGAACACGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC-A
382 AAAATAAATATA-TTTACAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
18521 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAAT
446 AAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * * * * *
18586 AAAATTATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAACTAAATT
509 AAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
18648 TGTTTACTAA
Statistics
Matches: 4276, Mismatches: 908, Indels: 695
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
681 1 0.00
682 10 0.00
683 105 0.02
684 289 0.07
685 97 0.02
686 13 0.00
687 2 0.00
692 5 0.00
693 3 0.00
694 2 0.00
695 1 0.00
696 1 0.00
697 13 0.00
698 16 0.00
699 5 0.00
701 3 0.00
702 8 0.00
704 12 0.00
705 197 0.05
706 199 0.05
707 169 0.04
708 284 0.07
709 286 0.07
710 252 0.06
711 358 0.08
712 207 0.05
713 86 0.02
714 220 0.05
715 93 0.02
716 311 0.07
717 61 0.01
718 27 0.01
719 69 0.02
720 191 0.04
721 34 0.01
722 20 0.00
723 190 0.04
724 316 0.07
725 116 0.03
726 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (705 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAATTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTT
GATTATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAG
ATTTAAAAAATAAATATACTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATATAAGTTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
ATATTTACAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGA
ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
ATATAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATCTACCAAACAAG
TTCAAATAATTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTGAAATTATTTTTGTTCTACCATAAAACA
ATTTTTTCAATTCATAATAGCTTATTTATAAAATAAAATGAATTATCAATATTTA
Found at i:15066 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 12327--24036 Score: 3948
Period size: 362 Copynumber: 32.4 Consensus size: 360
12317 TTAATTCGTT
* * * *
12327 ATAAAATAATTGTTTAAGTTAATACAAGCTTAGTT-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
12391 CTCCTAAAA-TAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATT-AAAGTAAT
65 -TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAA-TAGT
* * * * * *
12453 TATTGTC-ATTTGAACGATTATCTGTTTC-AAATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAA
127 TA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** **
12515 TTGTTTTTGACCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
190 TT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
** * * *
12580 AGGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATT
254 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * * * * *
12643 TAAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAG-GTCTTTGCTTTGTT
317 TGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * *** * *
12686 AGAAAATAATTATTTCTGATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
12750 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTATTT-GTCAAACCAGTTTAAATAGTT
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAGTTCAAATAGTT
** * * * *
12810 AAAACTATTAT-AATAATTATCTATTT-TAAATCATTCT-AACCTTTT-TTTTAGTCATAAAA-T
128 ATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTT-GTCATAAAACA
** * * * ** * *
12870 ATTTGTTTCATATCTTACATGATTATTTGGTATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAA
189 ATTT-TTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* * * ** * * *
12934 ATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAAGAAATCCATTTATTGGACAAATTCAAATAGTTATGACTA
251 ATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
12999 TTTGAAAAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAC
315 TTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* ** * *
13045 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-ATAGCTTAACCAAAATAAAATAATATTAATTTCTTAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * ** *
13109 TTCAAAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAATAATTTTTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTT
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTT
* * * ** * * * *
13173 ATGACTATTTAAACAGTTGTCTA--TCGAAAATCATTCCGACCTTTCGTTTTGTCACAAAATAAT
128 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** ** *
13236 TGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAACTA
191 T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* ** * * * * * * * *
13301 ATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTGTTTAC-CAAGTC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTT
255 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
13364 CAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTC
318 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
13407 ATATAATAATTGTTT-TGATT-GTATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCT
1 ATAAAATAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** ** * *
13470 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATCCATTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTA
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
13535 TGACTATTTGAACAATTGTATACTTC-AAATCATTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
13598 ATTTTTGTTCATCCAAGCTAATTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTTCAAAAATTAA
192 -TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * ** * * * *
13663 TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAG
256 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * *
13728 CAATTATCTATTT-TAA--A-T-TG--TTTTTGTTTTGCC
321 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
13761 ATAAAACAATTTTTTCAATTCATA-ATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATA
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
** * * * * * *
13824 TTTAAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAAT
64 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA-CAGTTCAAATAGT
* * **
13888 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTGAAATA-A
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ACA
* * * * * ** * * *
13951 ATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAA-T
189 ATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *
14015 --TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
254 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
** * ** * * *
14076 GAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTT-ATCTATC
318 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* *** *
14118 ATAAAATAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*** * * * * * * ** * * *
14182 TTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCA
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTA
* * * * *
14246 TGACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAACTATTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAA-AATATA
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-T-
*** * ** * * * **
14310 TTTCAATTCATATAAAATTATTTGAAATAAATTAATACT-ATGTTGTTAATGTTTTGAAAATTAA
192 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
14374 TAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATA-ATTTACCGAACAAG-TCTAAATAATTATAACTATTTCA
256 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * * *
14437 ATAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTCTATC
320 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * *
14478 ATAAAATGATT-TTTTATATTTATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC-AA---ATT--TA
1 ATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * **
14535 ---C---AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAACAAATTCAAATCTT
64 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC-AGTTCAAATAGT
* * * *
14593 TATGACTATTTGAA-AATTTTTTTATTTTAAATTATTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
127 TATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAAATATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
14656 TTGTTTTTGATT-ATATAAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAA
190 TT-TTTTTG-TTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AA
* *
14719 A-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATACTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT
251 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** * *
14783 TCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTG-C
316 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * *
14827 AATAAAATGATTGTTTCAGTTTATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 -ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
14892 TCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACTGAACATGTTCAAATAGTTA
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-GTTCAAATAGTTA
*
14957 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGG
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
* *
15022 TTTTGTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT
193 TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** * *
15086 AAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACA-TTTGAATAGTTGTAACTATTTGAA
257 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* *
15149 GAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTC
321 TAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTC
* * * * *
15190 ATAAATTAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTTATTAAAA
1 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
15254 TTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAGCAAGTTTAAATAGT
64 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-C-AGTTCAAATAGT
* * * * * *
15318 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** * *
15383 GTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAA
192 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
*** * * *
15447 TAAGTTGGAGA-TTAAAAGAATAAAT-T-TGTTAATCGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATT
256 TAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATATAT-TTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATT
* * *
15508 TGAACT-ATCATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTC
317 TGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * ** *
15552 GTAAAACAATTGCCCTT-A-TTCATACAAAATTATT-AAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAAT
1 ATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * *
15614 ATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATTG
63 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
15674 TTAAGA-TTTTTG------T-T-T-TGTCATAA-A--A-CAA-TTGT-TTTTGT--TCACACAAG
126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-
* ** * * * ** **
15721 CTCATTTG--GAGTA-AA--ATA-TTGCTAAATTAATAAT-ATTCTAA-AAATTAATAAGT-AAG
190 TTTTTTTGTTCA-TACAAGCTTATTTG--AAA-TAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-
* ** * * * * * * *
15777 AGATT--T-A--AAAA-ATAAAT---------ATGTTTGCCGAACAAATTCAAATAGTTAAGATT
249 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * *
15827 ATTAGAGCAATTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTAGTC
314 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * ** *
15874 ATAAAATAATTTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
1 ATAAAATAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * *
15939 TCAAAAAATTAAT-ACCAAAAAATTTAAGAAAATAAATCTGTTTACGGAGTA-AGTTTAAATAGT
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACTGA--ACAGTTCAAATAGT
* * * * * *
16002 TATGACTTTTTAAATAATTATCTATTT-AAAATAAATAT-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * * * * * * *
16065 TGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTG
191 T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * *
16130 ATAAGTTAGAA-ATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTA-TCAA-ATCGATTCAAATAATTATTGCCT-
255 ATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACTGAACA-AG-TTCAAATAGTTA-TGACTA
** * ** *
16190 TTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTACAAATTTTTG-TTTGTC
315 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * *
16235 ATAAAACAATTAGTTTTCA--TCATATAAGCCTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 ATAAAATAATT-G-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * *
16298 TT-CAAAAAGTAATTGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT----A--T--ATTAG-T-
64 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
16352 T-CCTATTTGAAC-ATTA-CTTATTTC-AAATCATTAT-AACCTTTTATTCTATTATAAAATAAT
129 TGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * * * *
16412 TTTTCAGTTCATATAAGCATA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
191 TTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * * * *
16476 ATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTATTT-GTCAA-AGCAGTTTAAACAATTAAGACTATA
255 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATATTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
16539 CGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * *
16583 ATAAAAAAATTGTTTCAATTCACACAAGCTTGTTCAAAATTAAATAATACTAA-TTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** ** * *
16647 CTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAATAAATCCATTTACCAAATCATTTCAAATAATTA
66 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * * * * **
16712 TGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTAT-TACATTTTG-TTTGTCATGTAACAAT
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAAA-TATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
16775 TATTTTT-TATCATACAAGTTTA-TTCAGAAT-AAATAATACTAATTTTTTAATCTTT-AAAAAT
191 T-TTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-
* * * * * * *
16836 TTAATAAGTATAAGATTTAACAAATAAATCTATTTA-TCAA-ATCAGTTTAAATAATTATAACTA
252 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * * *
16899 TTTGAATATTTGTATACTTCTAATCATTCTAACCTTGTGTTCTGTC
315 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * ** * ** * *
16945 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATT-TGAATAAAATAATACTAATATAATAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
17009 CTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTGCCGAACTAATTCCAATAGTTAA
66 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
17074 GACTATATGAACAATTATCTATTTC---A-A--AT-CACTTTTATTTTGCCATAAAATAATTTTT
130 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTT
*** * * * * *
17132 CAATTCATACTAGCTTA-TTCATAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATA
195 TTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
17195 TGTAAAGGATTTAAAAAACAATTTTGTTTACTTAACTAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACA
258 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
** *
17260 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
323 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *** * *
17298 ATAAAACAAATGTTTTTA-TTCATATAAGTTTGTTTGGAA-AAAA-AATACTAATATACTAATAT
1 ATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
17360 T-C-AAAATTAATAAG--AG-G-TTTAAAGAAATAAATCTATTTA-TCGAACCACTTCAAATAGT
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTACT-GAA-CAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * *
17418 TATGACAATTTCAGCAATTATTTCTTCCAAATTGTTATG-ACTTTTTTTTTGTTATAAAATAATA
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-
* * * * * * *
17482 GTTTTTATTTATACAAGCTT-GTTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTA
191 TTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* ** ** * * * * ** **
17546 ATAACTAAAATTTTTTTAAAATAAATATGTTTA-TCGAACTAGATCAAACAGTCGTGGTTATTTG
255 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** *
17610 AATACA-TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
319 AATA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * *
17652 ATAAAA-ATATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATAT
1 ATAAAATA-ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
17716 TCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TGTTTACT-AA-A---C--A-AGTT-T
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * **
17771 GTCTATTTCAACAATTTATCTATTTGAAACTACTAT-AACCATTTGTTTTGTCATAAAATGATTT
130 GACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAAATATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT
* *
17835 TTTCTGTTCCTAGAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AACACAATT
193 TTT-TGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATT
* * ** **
17897 AATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTG
254 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * ** *
17962 AACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTCTTTGTTTTGTC
319 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* ** ** *
18004 ATAAAAGAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * *
18069 TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-TTCAAACAAATTCAAATAGTCA
66 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC-AGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
18133 TGACTATTTGAATAATTATGTATTTC-AAATCATTGT-AACCTTTTATTTTATAATAAAACAATT
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
18196 GTTTTAGCTCATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAA
192 -TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * *
18261 TGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTA-TCGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGA
256 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
18325 ACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACCTTTTGTTTT-TCC
320 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGT-C
* * ***
18366 ATAAAATAATTGGTT-ATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
1 ATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * *
18429 TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTTA-TGAACACGTTCAAATAAT
64 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACTGAACA-GTTCAAATAGT
* * *
18492 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAAT
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-
* * * * * *
18556 TTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATTATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTA
190 TTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * *
18621 TTAAATAAAAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACT-AAAAGAGTTTAAATAGTTGTGACTATTTG
255 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
18685 AATAATTATTTATTTCAATTCGTTAT-AATCTTTTGTTTTGTC
319 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTC
* * ** **
18727 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTTATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * * * * * *
18791 TCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATCTGTTAATTGAATAAGATCAAATAGTCA
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
18855 T-ATCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAATTGTTATG-ACATTTT-TTTTGTCATAAAACAA--
129 TGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** ** * *
18915 TTATTGATTCATACAAAATTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTC-AAAATT--
192 TTTTTG-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
18977 TAA-TAAGAGA-TTAAAAAACT-AATCTGTTTATTGAACCAA-TTCAAATTA-TTATGATCTTTG
256 TAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATATATTTACTGAA-CAAGTTCAAA-TAGTTATGA-C--T-
* * ** * * * ** * **
19037 TTTTGTCATAAAGCAAT-TGTTTCTATTCA-TACAAGC---TTATTCAG--
314 ATTTG-AAT-AA-TTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * ** *
19081 AGTAAAAT-ATTG-GTAAATTAATA-ATA--TT-TTAAAAATTAATAAGAGAT-TTAAAATATAA
1 A-TAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA-AGCTTATTCAAAA-TAA-AATA-ATACTAATTTATTA
* * * ** * * * * *
19139 ATGTGTTTGACAAACCAATTCAA-ATAGATAAGA-CTACCAGAACAAT-TATCTATTT-C-AAAT
61 A--T-ATT-CCAAA--AATT-AATA-AG-TAAGAGAT-TTA-AAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * * **
19199 TGTTCTAACCT-TTTAT--TTAGTTAT-AA-AATAAT-TTTTTC-AGCTCATATATG--C--TTG
115 AGTTC-AA-ATAGTTATGACTA-TT-TGAACAATTATCTATTTCAAAAT-AT-TATGAACTTTTG
** * ** * * ** * *
19253 -TTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATACATAAGAAATTAAAAAAA
174 TTTTGTCATAAAACAAT--TTTTTTGTT--CA--TACAAGCTT-AT---T-TGAAA-TAAAATAA
* * * * * * * * **
19317 TAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATA
227 T-ACTA-ATTTAT-TAA-TATTTCAAA-AATTAAT-A-AG--T-AA-AA-GAT-T-TAAAAAATA
**** * * ** * *
19381 AATATGACCTTT--TGTTTTA--TCATAAAACCATTATTCCAATTCAT-AA-AAGCTTATTTGAT
278 AATAT-A--TTTACTGAACAAGTTCA-AATA--GTTATGACTATT--TGAATAA--TTATCT-AT
* * * * * *
19440 ATAAAAT-AATATTACTTTATTAATATT-TC
332 TTCAAATCATTATGACTTT-TT-GTTTTGTC
* * * ** * * ****
19469 A-AAATTTGATAAGTTAGAGATTTACAAAATAAGTCAGTT-TGTC-AAATTGGTTCAA-A-TAA-
1 ATAAA-ATAAT-TGTTTCAG--TT-C-ATACAAG-C--TTAT-TCAAAATAAAAT-AATACTAAT
**** ** * * * * * ** * * *
19528 TTATGGGCATTTGAACAATTATTTAGTTCA-A-ATTGTTATGAA-AATTTTGTTT--TG-TCA--
55 TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAGT
* * * * ** * * ** * *
19585 TAAAATA-AT-TG--T-TTTTATCATACACACCTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTGTTAA
118 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-A-TTATCTATTTCAAAATATTATGA-ACT--TTTGTT-T
* * ** * * * *** * ** ** ** *
19644 TGT-TTCAAAC-ATTTATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACCAATTCCT-A
177 TGTCATAAAACAATTT-T---T--TTG-TTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAA
* ** * * *** * *
19706 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACCT-TTCGCTTTATTATAAAAT-AAT-TGTTTC
233 TTT-----ATTA-ATATTTCAAAAATTAATAA-GTAAAAGATTTA--A-AAAATAAATATATTT-
* * * * * **
19768 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTAATTT-AAT-A--A--TA-TTCAAAAAAT
287 A-CTGA-ACAAG----TTC-AAAT--AGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
* * **** *
19825 TAATAAGTAAGAG-ATT-TC
342 T-ATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
19843 A-AGAATAAAATTGTTTGCTGAAGTGGTTTAGAACAATTATATATTTC-AAAT--CATTATGACC
1 ATA-AA-ATAATTGTTT-C---A---GTTCA-TACAA-GCT-TA-TTCAAAATAAAATAAT-A-C
* * * * * * * *
19904 T--TTTGTT-TTA-TCATAAAACAATGATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAA
51 TAATTTATTAATATTC--CAAA-AATTA-ATAAG-T-A-A-GAG---ATTT--AA-AAAATAAAT
* * * * * ** * * *
19965 CTAATTTA-TTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAA
102 CT-GTTTACTGAACAGTTCAAATAGTT-AT--G--A-CTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAA
* ** * *
20028 ACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTT
157 AAT-ATT---AT-G--A--ACT-TTTG---TTTTGT---CAT-AAA-----ACAA--TTTT--TT
* * * *
20093 TG-TCATAAAACAATTATTTTTTTTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAAT
196 TGTTCAT----------------------ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * * * * *
20157 AATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAGCTAGTTCAAAT
239 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAAT
* ** * * * *
20222 ATTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTC
304 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *** * *
20278 ATAAAAGAGGTTTGTTTGAATTCATACTAGCCTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTACTAAT
1 ATAAAATA--ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * * *
20342 ATTTCAAAAAATAATAAATAAGATATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAA
63 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAAC-AGTTCAAATAG
* * * * *
20406 TTATGACTATTTGAAGAATTATATATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--T-TACCTA
126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A
* * * * * * *
20467 ATCATCTTGGTT--T----G-TTCA---G-AATAAAGTAATAATAGTCTATTAATATTTCAAAAA
189 AT-TTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * *
20521 TTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTAT
252 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
** * * * * * *
20581 TTGAGCAATTATTTATTT-AAATCGTTAGGACTTTTTGTTCTATT
316 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* *** *
20625 ATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * * * ** * *
20689 TTCGATAATTAATAAGTCAA-AAATTTTTAAAATAAATATATTTATTGAACTAGACCAAATAATC
65 TCCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTT
* * * * *
20753 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-ATATCGTTATG-ACTTTTTTTTTTTGTCATAAAAGAA
128 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
*** * ** * *
20816 TTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATT
190 TT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
20881 AATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACATA-TTTAAATAATTAT-AATCAT
254 AATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-AT
* ** * *
20943 TTGAATAATTATCTATTTGAAAT-AGCATAACCTTTTGTTTTGT-
316 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* *** * *
20986 A-AAAAAAAAAATTTCTA-TTCATTCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAAT
1 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
21047 ATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATC
63 ATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATA
** * ** * ** * * *
21110 GTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAGAATAA
125 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * ** *
21175 TTATTTATGTTCATACAAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTCTAAATATTTTGACAAT
190 TT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
21239 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAATAATTTCAAATAGTCATGACTATTT
253 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* *
21304 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG-C
318 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * ** * *
21346 AATAAAACACTTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATAT
1 -ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** *
21411 TCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAATAAA-ATATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTT
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTT
* * * *
21475 ATGATTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTAT-AACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
128 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * ** ** * *
21539 TGGTTCTGTTCATGCAAACTTATTCCAAATAAAAT-ATTTTAAATTTATTAATAATCCAAAAATT
191 T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
21603 CATAAGTAAAA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
254 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** *
21667 AAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTTGTC
319 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTC
** ** * * ** * * *
21710 ATAAACCAATTGTTTCTA-TTTGTGA-AACCTTTTTTTGACATAAAATAATACAAATTTATTAAA
1 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCAT-ACAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
21773 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTT-GTCGAGCAAGTTCAAATAG
63 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC-AGTTCAAATAG
* * * * * * *
21837 TT-TGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAAT
126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * *
21901 TGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAAATT
191 T-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
*** * * * ** * * *
21965 AATAAGTTTGAGATATAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTG
254 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * **
22030 AACT-ATTTTCTATTTCAAATCATAATGAC--AGTGTTTTGTC
319 AA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* ** * ** * * *
22070 GTAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTTATATATTAAGATT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
*** * * * * *
22135 TTGATAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTACTAAAACAATTCAAATATTTA
66 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACT-GAACAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
22195 TGACTATTTGAACAGTTATCTATCTC-AAATCTTTATGATC-TTTATTTTGTAAAAAAACAATTG
129 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* * * * * * * *
22258 TTTCCT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAGTTAG
192 TTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
22322 TAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATGTATTT-GTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAG
256 TAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * *
22385 AATAATGATCTATTTCAAATTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTC
319 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * *
22427 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAACATT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * ** *
22492 -CAAAACAGTAATGAGCAATACATTTTAAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTGAAATAGA
66 CCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAG-
* * *
22556 TT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * * * *
22619 TTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTC-AAAAG
190 TT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAAT
* * * * ** * ** * *
22683 CAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTGAAAGCTCTTTTTTGAACCACTTC-AATAGTTATGACTATT
253 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
22747 TGAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTCT-TTTTCTC
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
22791 AAAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
22855 T-CTAAAATTAATAAG--AG-G-TTTAAAAAAATAAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGT
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AAATCTGTTT-----A-C---T-GAACAGT
* * * *
22915 TACGACTATTAGAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTT-AAAATCATTACGACCATTT
118 T----C----A-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTT
* * * *** *
22979 GTTTTATCATAAAACAATTCTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTA
173 GTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* *
23044 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCA-GTTTA-TCGAATCAA-T
237 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACT-GAA-CAAGT
* * * * * * * * * *
23105 TCAAATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATC
298 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * * **
23168 ATAAAATAATTGTTTTCA--ACGTACAAGTTTTTTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 ATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * * * *
23231 TTCAAGAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAACAAATCAATTTATTAAACCAATTTAAATTAGTT
65 TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAA-TAG-T
* * * * *
23292 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTAT-AACCTTTGTTCTATCATAAAACAATT
127 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * *
23356 TTTCTGCTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TT-ATAAAATTAA
192 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA
* * * * * * * *
23419 TAACTATAAGATTT-AAAAATAAAT-TCATTT-GTCGATCCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATG
256 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-ATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** *
23481 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAC-TTTTGTTTTGTC
319 AATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACTTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
23523 ATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATT
1 ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * **
23588 TCAAAAATTTATAAGTAAG-GATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAACGAGTTCAAATAGTTA-
66 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTAT
* * *
23651 -AC--TTTGCACAATTATCTATTT-TAAATCATTATTATA-TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTG
130 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
* * ** * * *
23710 TTTTTGTTAATATAATTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
192 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
23775 CAGCAAGAGATTTAACAAGT-AA-A-ATCTACTGCCAAACAATTTCAAATAGTGT-T-ACTATTT
257 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTG---AACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTT
* * *
23835 GAATAATTATCTATTTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTC
318 GAATAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * *
23879 ATCAAAACAATTGGTTCTA-TTTATATTA-TTTCATT-AGAAATAAAATAATGC-AATTTAATAA
1 AT-AAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTT-ATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * *** * * * ** * *
23940 TATTTCAAAACTTAATAACCGAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTGCTGAACCAATTCAAATAG
62 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAG
* * ***
24005 TTAAGACTATATGAGTGATTATCTATTTCAAA
126 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
24037 TCAAAAATTA
Statistics
Matches: 8465, Mismatches: 2068, Indels: 1633
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
321 2 0.00
322 63 0.01
323 52 0.01
324 3 0.00
325 1 0.00
326 10 0.00
327 31 0.00
328 5 0.00
329 1 0.00
331 1 0.00
332 2 0.00
334 2 0.00
335 5 0.00
336 8 0.00
337 17 0.00
338 13 0.00
339 11 0.00
340 5 0.00
341 9 0.00
342 8 0.00
343 2 0.00
344 11 0.00
345 134 0.02
346 136 0.02
347 226 0.03
348 103 0.01
349 160 0.02
350 142 0.02
351 138 0.02
352 299 0.04
353 277 0.03
354 290 0.03
355 495 0.06
356 420 0.05
357 392 0.05
358 240 0.03
359 466 0.06
360 337 0.04
361 824 0.10
362 1196 0.14
363 669 0.08
364 315 0.04
365 31 0.00
366 12 0.00
367 3 0.00
368 8 0.00
369 5 0.00
370 5 0.00
371 2 0.00
372 3 0.00
373 1 0.00
374 14 0.00
375 18 0.00
376 71 0.01
377 217 0.03
378 29 0.00
379 19 0.00
380 14 0.00
381 12 0.00
382 19 0.00
383 27 0.00
384 21 0.00
385 28 0.00
386 20 0.00
387 15 0.00
388 20 0.00
389 13 0.00
390 4 0.00
391 6 0.00
392 9 0.00
393 1 0.00
394 4 0.00
395 5 0.00
396 12 0.00
397 1 0.00
398 3 0.00
399 10 0.00
400 4 0.00
402 1 0.00
404 1 0.00
405 10 0.00
406 6 0.00
408 9 0.00
409 2 0.00
411 7 0.00
412 11 0.00
413 1 0.00
415 12 0.00
416 14 0.00
417 15 0.00
418 4 0.00
419 4 0.00
421 2 0.00
422 3 0.00
423 1 0.00
424 3 0.00
425 4 0.00
426 9 0.00
427 4 0.00
428 22 0.00
429 11 0.00
430 9 0.00
431 3 0.00
432 2 0.00
433 1 0.00
434 9 0.00
435 15 0.00
436 13 0.00
437 4 0.00
438 7 0.00
439 18 0.00
440 3 0.00
444 2 0.00
445 13 0.00
446 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
ATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTC
Found at i:16211 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16172--16218 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
16162 ATCAAATCGA
*
16172 TTCAAATAATTATTGCCT
1 TTCAAATAATTATTGCAT
*
16190 TTCAAATAATTATT-TAT
1 TTCAAATAATTATTGCAT
*
16207 TTCAAATCATTA
1 TTCAAATAATTA
16219 CAAATTTTTG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.46
18 14 0.54
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.02, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATTGCAT
Found at i:16731 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 15681--18994 Score: 2183
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 180
15671 TTGTTAAGAT
* * * *** * * *
15681 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCACACAAGCTCATTTGGAGTAAAATATTGCTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * *
15746 ATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACAAAT
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAC-ATT
* * * * * *
15811 TCAAATAGTTAAGATTATTAGAGCAATTATCTATTTTAAATCATTATTACC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * **
15862 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * * * *
15927 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAAT-ACCAAAAAATTTAAGAAAATAAATCTGTTTA-CGGAGTA
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATATATTTATC--A--A
* * * * * * *
15990 A-GTTT-AAATAGTTATGACTTTTTAAATAATTATCTATTTAAAATAAATAT-ACC
125 ACATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
16043 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTA-TCTAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTA
* * * * *
16107 CTTTATTAATAGTTC-AAAAATTGATAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAGTCA-ATTTATCAAATC
65 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTATCAAA-C
* * ** * * ** **
16170 GA-TTCAAATAATTATTGCCT-TTCAAATAATTATTTATTTCAAATCATTACAAAT
127 -ATTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
** * * *
16224 TTTTG-TTTGTCATAAAACAATTAGTTT-TCATCATATAAGCCTAATCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * * *
16287 ATTTATTAATATTC-AAAAAGTAATTGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-T---AC-TA
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACATT
* * *
16345 T--ATTAG-T-T-CCTATTTGAAC-ATTA-CTTATTTCAAATCATTATAACC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * * *
16390 TTTTATTCTATTATAAAATAATT-TTTCAGTTCATATAAGCATATTCAGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
16454 TTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTATTTGTCAAAGCA
66 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATATTTATCAAA-CA
* * * ** * *
16518 GTTT-AAACAATTAAGACTATACGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACT
128 -TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * *
16571 TTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCAATTCACACAAGCTTGTTCAAAATTAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** *
16636 -TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAATAAATCCATTTACCAAATCAT
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATCAAA-CAT
* * * * ** * *
16700 TTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAAAATTGTTATTACA
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC--AAATCATTATGACC
** * * * *
16754 TTTTG-TTTGTCATGTAACAATTATTT-TTTATCATACAAGTTTATTCAGAAT-AAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
16816 ATTTTTTAATCTT-TAAAAATTTAATAAGTATA-AGATTTAACAAATAAATCTATTTATCAAATC
65 ATTTATTAATATTCTAAAAA-TTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAA-C
* * * * * * * * * *
16879 AGTTT-AAATAATTATAACTATTTGAATATTTGTATACTTCTAATCATTCTAACC
127 A-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * **
16933 TTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATT-TGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * ** * *
16997 TATAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTGCCGAACTAAT
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAC-ATT
* * *
17062 TCCAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC------A-C
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * ** * * *
17106 TTTTATTTTGCCATAAAATAATT-TTTCAATTCATACTAGCTTATTCATAATAAAATAA-AATGA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-A
* * * * * * * *
17169 ATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTAA-AGGATTTAAAAAACAATTTTGTTTA-CTTAACT
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAAC-
* * * **
17232 AGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
127 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * ***
17286 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAA-AAAA-AATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
17349 TATACTAATATTC--AAAATTAATAAG--AG-G-TTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCAC
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATATATTTATC-AAACAT
* * * * * * **
17408 TTCAAATAGTTATGACAATTTCAGCAATTATTTCTTCCAAATTGTTATGA-C
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * * * *
17459 TTTTTTTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTATTTATACAAGCTTGTTCAGATTAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** ** * * *
17524 TTTATTAATATT-TCAATAATTAATAACTAAAATTTTTTTAAAATAAATATGTTTATCGAACTAG
66 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAC-AT
* * ** ** * **
17588 ATCAAACAGTCGTGGTTATTTGAATACA-TATCTATTTCAAATTGTTATGACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
17640 TTTTGTTTTGTCATAAAA-ATATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
17704 AGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TGTTTA-CTAA-A--
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACATT
* * * * *
17764 -C--A-AGTT-TGTCTATTTCAACAATTTATCTATTTGAAA-CTACTATAACC
130 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATC-ATTATGACC
* ** * * * *
17811 ATTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCCTAGAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTA
* * * *
17875 ATTTATTAATA-T-TAACACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
65 ATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAC-
* ** * * **
17938 AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-C
127 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** *
17991 TCTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA
1 T-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
18056 ATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTCAAACAA
65 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAC-A
* * * * * *
18120 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTGTAACC
128 TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * **
18173 TTTTATTTTATAATAAAACAATTGTTT-TAGCTCATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
18237 ATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATTTATTTATCGAATATG
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAT-
* * *
18302 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATTACC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * ***
18354 TTTTGTTTT-TCCATAAAATAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TA
1 TTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-
* *
18417 AATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTTAT-GAAC
64 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTATCAAAC
* * *
18479 ACGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
127 A-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * ** *
18534 TTTTGTTTTGTCATAAATCAATTTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATTATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * * *
18599 TTTATTAAAATTCCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTAAAAGAGT
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAAACA-T
* * * * * * *
18664 TT-AAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAATTCGTTATAATC
129 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * ** **
18715 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** * * * * * *
18780 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATCTGTTAATTGAATA-AG
66 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAA-ACAT
* * * * * * * ** *
18843 ATCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAATTGTTATGACA
129 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** *
18895 TTTT-TTTTGTCATAAAACAA-T-TAT-TGATTCATACAAAATTATTCAAAAGAAAATAATACTA
1 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* *
18956 ATTTTTTAATATT-TCAAAATT--TAA-TAAGAGA-TTAAAAAA
65 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
18995 CTAATCTGTT
Statistics
Matches: 2467, Mismatches: 533, Indels: 274
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 70 0.03
167 43 0.02
168 6 0.00
169 6 0.00
170 16 0.01
171 109 0.04
172 32 0.01
173 180 0.07
174 66 0.03
175 23 0.01
176 10 0.00
177 68 0.03
178 5 0.00
179 92 0.04
180 568 0.23
181 922 0.37
182 226 0.09
183 20 0.01
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACATTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
Found at i:17794 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 17762--17795 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
17752 TTGTTTACTA
*
17762 AACAAGTTTGTCTATTTC
1 AACAAGTTTATCTATTTC
17780 AACAA-TTTATCTATTT
1 AACAAGTTTATCTATTT
17796 GAAACTACTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.67
18 5 0.33
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.06, T:0.47
Consensus pattern (18 bp):
AACAAGTTTATCTATTTC
Found at i:19132 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19095--19133 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
19085 AAATATTGGT
* *
19095 AAATTAATAATATTTTAA
1 AAATTAATAAGAATTTAA
19113 AAATTAATAAGAGATTTAA
1 AAATTAATAAGA-ATTTAA
19132 AA
1 AA
19134 TATAAATGTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAATAAGAATTTAA
Found at i:19461 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19016--24038 Score: 2968
Period size: 181 Copynumber: 28.0 Consensus size: 180
19006 ATTGAACCAA
** * * * *
19016 TTCAAATTATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * * *
19079 AGAGTAAAATATTGGTAAATTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAATATAAA
66 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * ***
19140 TGTGTTTGA-CAAACCAA-TTCAAATAGATAAGACTACCAGAACAATTATCTAT
129 TATGTTT-ATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * ** * * *
19192 TTCAAATTGTTCTAACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTTTTTCAGCTCATATATGCTTGTTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
19257 AAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTTAGAAAATTAATACA-TAAGAAATTAAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATA-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
*
19321 TATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTAT
129 TATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *** * * * * *
19373 TTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACCATTATTCCAATTCATAAAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * * *
19438 ATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTACAAAATAAGT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* *** * * * *
19503 CA-GTTTGTCAAATTGGTTCAAATAATTATGGGC-ATTTGAACAATTATTTAG
130 -ATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * ** *
19554 TTCAAATTGTTATGAAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TCATACACA-CCTATT
1 TTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACA-AGCTTATT
* * * * * *
19617 TGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATGTTTCAAACATTTATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * *
19682 ATCTTTTTACCAAAC-----C--A-A--T-T-CCTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * * * *
19723 TTCAAATTTTTATAACCTTTCGCTTTATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
19788 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAGAATAAA-
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
** * * *
19852 AT-TGTT-T-------G--CTGA-AG---TG-GT-TTAGAACAATTATATAT
130 ATGT-TTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
19887 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TGATTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* * *
19951 GAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * ** *
20016 TCTATTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAAC
129 TATGTTTATCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *** *
20068 TTCAAATCGTTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTTTCATACAAGTTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
20133 GAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAA
* ** * * * * ** * *
20197 ATTTGTTTGCCGAGCTAGTTCAAATATTTAAAACTATATAAACAATTATCTAT
128 ATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
20250 TTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAGAGGTTTGTTTGAATTCATACTAGCCTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA--ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
20314 TGGAATAAAATAA-AATGAATTTACTAATATTTCAAAAAATAATAAATAAGATATTTAAAAAATA
64 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
20378 ATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATATAT
127 AATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** *
20432 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT--T--TAC------CT-AA-TCAT-CTTGGTT-TGTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TT
* * * * *
20483 CAGAATAAAGTAATAATAGTCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--G--ATTTAAAAAATAA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * * *
20544 ATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTAT
128 ATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
20597 TT-AAATCGTTAGGACTTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * **
20661 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTCAA-AAATTTTTAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGT-AAGAAATTTAAAAAATAAA
* ** * ** * * *
20725 TATATTTATTGAACTAGACCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
129 TATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
20777 TTCATATCGTTATGACTTTTTTTTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* ** * *
20842 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGT-AAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * *
20906 ATCTGTTTA-CTAAACATA-TTTAAATAATTAT-AATCATTTGAATAATTATCTAT
128 ATATGTTTATC-AAACA-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *** * * *
20959 TTGAAATAG-CATAACCTTTTGTTTTGT-A-AAAAAAAAAATTTCTATTCATTCAAGCTTATTTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
*
21021 AAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATA
66 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATA
* * ** *
21083 AATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTAT
127 AATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * * * *
21137 TTCAACTTGTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAGAATAATTATTT-ATGTTCATACAAGTTTA-TT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * *
21200 CAGATTAAAATAATATTAATTTCTAAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATA
* * * * * *
21264 AATATATTTA-CTGAATAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
127 AATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
21318 TTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTG-CAATAAAACACTTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
21382 GAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAA-TTAAATAAA-A
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGA-AATTTAAA-AAATA
* * * * * *
21445 TATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTAT
127 AATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * * *
21499 TTCAAAACATTATAACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAACTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* ** ** * *
21564 CAAATAAAAT-ATTTTAAATTTATTAATAATCCAAAAATTCATAAGTAA-AATTTTAAAAAATAA
65 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAA
* *
21627 ATATGTTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTAT
128 ATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * *
21680 TTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTGTGA-AACCTTTTT
1 TTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-ACAAGC-TTAT
* * * * *
21744 TTGACATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATA
63 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATA
* * * * * * *
21809 AATTTATTTGTCGAGCAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAATTATTTAT
127 AATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
21862 TTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * ** * *
21927 AAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATATAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
21992 CTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTTTCTAT
130 ATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * *** * ** **
22043 TTCAAATCATAATGA-C-AGTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
22106 AAATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACA-AAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAA-ATAAA
* * * * *
22166 TCTATTTACTAAAACAA-TTCAAATATTTATGACTATTTGAACAGTTATCTAT
129 TATGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * **
22218 CTCAAATCTTTATGATC-TTTATTTTGTAAAAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
22282 GATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
22347 GTATTTGTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAATGATCTAT
130 ATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * **
22398 TTCAAATTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * *
22463 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAACATTCAAAACAGTAATGAGCAATACATTTTAAAAAAATAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA-ATTAATAAGTAAGA-AATTT-AAAAAATAA
** *
22528 ATATGTTTGCCAAACAAGTTGAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
22581 TT-AAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AAGTTCATAAAAACTTATC
1 TTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TTCATACAAGCTTATT
* * ** * * *
22644 TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTCAAAAGCAATAAGCAAGAGATTTAAAAATTGA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-A
** * * ** * * * *
22709 AAGCTCTTTTTTGAACCACTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAAT
127 AATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
22762 CTCAAATCATTATGATCTTTCT-TTTTCTCAAAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTA-T
1 TTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATT
* * *
22824 TCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAATTAATAAG--AG--GTTTAAAAAAAT
64 TGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAAT
* *
22884 AAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAA-ATAGTTACGACTATTAGAATAGTTATGACTATTTCAAC
126 -AAATATGTTT-----ATCA----AACA-AGTT----C----A-AATAGTTATGACTATTTGAAC
22948 AATTATCTAT
171 AATTATCTAT
* * * * * * * * * ***
22958 TTAAAATCATTACGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* *
23023 AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
23088 CA-GTTTATCGAATCAA-TTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTAT
130 -ATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
23139 TTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTCAA--CGTACAAGTTTTTTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTT
* * *
23202 TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAACAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA
* * *
23263 TCA-ATTTATTAAACCAA-TTTAAATTAGTTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
129 T-ATGTTTATCAAA-CAAGTTCAAA-TAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *** *
23317 TTCAAATTTTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAACAATT-TTTCTGCTCATACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
23380 GAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTATAAAATTAATAACTATA-AGATTT-AAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTA-AGAAATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
23442 T-TCATTTGTCGATCCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTAT
129 TAT-GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** *
23494 TTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
23559 AAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAG-GATTTAGAAAATAATT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * * *
23623 CTATTTA-CAAAACGAGTTCAAATAGTTA--AC--TTTGCACAATTATCTAT
130 ATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** *** * * ** * *
23670 TTTAAATCATTATTATATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAATTTTGTTCG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
23734 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGCAAGAGATTTAACAAGTAAA-
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
23798 ATCTACTGCCAAACAATTTCAAATAGTGT-T-ACTATTTGAATAATTATCTAT
130 ATGT-TTATCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ** *
23849 TTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAAACAATTGGTTCTATTTATATTA-TTTCAT
1 TT-CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT-AT
* * * * *** *
23913 TAGAAATAAAATAATGC-AATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCGAGAAAATTAAAAAATA
63 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATA
* * ** * * * * ***
23977 AATTTAATTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAGTGATTATCTAT
127 AATAT-GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
24031 TTCAAATC
1 TTCAAATC
24039 AAAAATTAAT
Statistics
Matches: 3776, Mismatches: 846, Indels: 445
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 146 0.04
165 67 0.02
166 2 0.00
167 3 0.00
168 36 0.01
169 132 0.03
170 6 0.00
171 2 0.00
173 1 0.00
174 2 0.00
175 149 0.04
176 226 0.06
177 190 0.05
178 187 0.05
179 186 0.05
180 358 0.09
181 1071 0.28
182 652 0.17
183 196 0.05
184 9 0.00
186 6 0.00
190 3 0.00
191 2 0.00
192 1 0.00
194 3 0.00
195 7 0.00
196 94 0.02
197 16 0.00
199 10 0.00
200 7 0.00
201 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATA
TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:19833 original size:169 final size:167
Alignment explanation
Indices: 19613--20198 Score: 500
Period size: 164 Copynumber: 3.4 Consensus size: 167
19603 CATACACACC
* * * * *
19613 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATGTTTCAAACATTTATAAGTAGGAGATTTAAAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * **
19678 ATAAATCTTTTTACCAAACCAATTCCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACCTTT
65 ATAAATCTATTTACCAAACCAATTCCT-TTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTT
* * *
19743 CGCTTTATTATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATATAAGCT
129 CGCTTTATCATAAAACAA-TGATTTCAGTTCATACAAGCT
* * * *
19782 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAGA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * ** *
19847 ATAAAAT-TGTTT-GC---TGAAGTGGTTTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTT
65 AT-AAATCTATTTACCAAACCAATTCCTTTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTT
* *
19907 TGTTTTATCATAAAACAATGATTTCAGTTCATACAAGCT
129 CGCTTTATCATAAAACAATGATTTCAGTTCATACAAGCT
* *
19946 TATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
20011 ATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATC
65 ATAAATCTATTTACCAAAC-----C--A-A--T-T-CCT-TTAGAACAATTATATATTTCAAATC
* * * * * *** *
20076 GTTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTTTCATACAAGTT
117 ATTATAACCTTTCGCTTTATCATAAAACAATGA-TTTCAGTTCATACAAGCT
* * * * * *
20128 TATTTGAAATAAAATAACACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAATTAAAAA
1 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
20193 ATAAAT
65 ATAAAT
20199 TTGTTTGCCG
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 58, Indels: 35
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.02
164 125 0.37
165 8 0.02
168 4 0.01
169 58 0.17
170 4 0.01
175 1 0.00
176 1 0.00
179 1 0.00
180 1 0.00
181 51 0.15
182 75 0.22
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTATTTACCAAACCAATTCCTTTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTCG
CTTTATCATAAAACAATGATTTCAGTTCATACAAGCT
Found at i:24999 original size:203 final size:198
Alignment explanation
Indices: 24630--25298 Score: 657
Period size: 199 Copynumber: 3.3 Consensus size: 198
24620 TACCGTGATG
* * * **
24630 ATAAAATAAAATGTCACCTTATGTTTTTTTTTTGTGATGTTAGTTTTCATTAGCTATTTATGGAA
1 ATAAAATCAAACGTCACCTTATG--CTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCATTAGCTATTTAT--AA
* * * * * *
24695 AAAAAA-AGTCATTTAAGGCTATATTTGTCACAAAAAAAATGAGAAAACCTAATATATTAGTGAC
62 AAAAAACA-TCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGAC
* *
24759 AAAAGGTAAATCATCATAGTATTAGTGACAAAATTATCG-CTATCAATGATTGTAAGACAATGTC
126 AAAAGGTAAATCATCATAGAATTAGTGACAAAATTATCGTC-A-CAATGATTGTAAGATAATGTC
* *
24823 TATTGTGACA
189 AAATGTGACA
* *
24833 ATAAAATCAAACGTCACCTTATGCGTTAATTTTTGTGACATTAGTTTTCATCAACTATTTATAAA
1 ATAAAATCAAACGTCACCTTATGC-TT--TTTTTGTGACATTAGTTTTCATTAGCTATTTATAAA
* * * *
24898 CAAAAACATCGTTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCTGATATGTTTA-TGAT
63 -AAAAACATCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCTAATAT-ATTAGTGAC
* * * * * * *
24962 GAAAGGTAAATCATTATAGAATTTGTGACATAATTATCATCACCAATGATTATAAGATATTGTCA
126 AAAAGGTAAATCATCATAGAATTAGTGACAAAATTATCGTCA-CAATGATTGTAAGATAATGTCA
25027 AATGTG-CA
190 AATGTGACA
* * * * ** ** * *
25035 ATAAAATTACACATCACCTTATGCTTTTTTTATGATGTTAGTTTTTGTTAGTTATTTATGAAGAA
1 ATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCATTAGCTATTTAT-AAAAA
* * *
25100 AAACATCATTGAAGGCTATAACCATCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAA
65 AAACATCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAA
* ** * * * * * *
25165 GATAAATTGTCACA-ATATTGGTGACACAATCATTGTCACAAATTATTGTAAGATAATGTCAAAT
130 GGTAAATCATCATAGA-ATTAGTGACAAAATTATCGTCAC-AATGATTGTAAGATAATGTCAAAT
*
25229 GTCACA
193 GTGACA
* * * *
25235 ATAAAATCAAATGTCACCTTATGCTTTTTTTGTGACATTAG-ATTCATTAGATATATATAAAAAA
1 ATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCATTAGCTATTTATAAAAAA
25299 GGTCATTAAA
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 76, Indels: 29
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
198 10 0.03
199 141 0.37
200 38 0.10
201 2 0.01
202 28 0.07
203 125 0.33
204 34 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
ATAAAATCAAACGTCACCTTATGCTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCATTAGCTATTTATAAAAAA
AACATCATTAAAGGCTATAATCGTCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAG
GTAAATCATCATAGAATTAGTGACAAAATTATCGTCACAATGATTGTAAGATAATGTCAAATGTG
ACA
Found at i:25130 original size:199 final size:200
Alignment explanation
Indices: 24656--25388 Score: 614
Period size: 199 Copynumber: 3.7 Consensus size: 200
24646 CCTTATGTTT
* * * *
24656 TTTTTTTGTGATGTTAGTTTTCATTAGCTATTTATGGAAAAAAAAAGTCATTTAAGGCTATATTT
1 TTTTTTTGTGATGTTAGTTTTCATTAGCTATTTAT-GAAAAAAACA-TCATTAAAGGCTATAATC
* * * *
24721 GTCACAAAAAAAATGAGAAAACCTAATATATTAGTGACAAAAGGTAAATCATCATAGTATTAGTG
64 GTCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAGGTAAATCATCATAGAATTAGTG
* * * * *
24786 ACAAAATTATCGCTATCAATGATTGTAAGACAATGTCTATTGTGACAATAAAATCAAACGTCACC
129 ACAAAATTATCGCTACCAATGATTATAAGACAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACATCACC
24851 TTATGCG
194 TTATGCG
** * * * *
24858 TTAATTTTTGTGACATTAGTTTTCATCAACTATTTATAAACAAAAACATCGTTAAAGGCTATAAT
1 TT--TTTTTGTGATGTTAGTTTTCATTAGCTATTTATGAA-AAAAACATCATTAAAGGCTATAAT
* * ** * *
24923 CGTCACAAAATAAATGATAAAATCTGATATGTTTA-TGATGAAAGGTAAATCATTATAGAATTTG
63 CGTCACAAAATAAATGATAAAATCTAATAT-ATTAGTGACAAAAGGTAAATCATCATAGAATTAG
* * * * * *
24987 TGACATAATTATC-ATCACCAATGATTATAAGATATTGTCAAATGTG-CAATAAAATTACACATC
127 TGACAAAATTATCGCT-ACCAATGATTATAAGACAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACATC
25050 ACCTTATGC-
191 ACCTTATGCG
* ** * * * *
25059 TTTTTTTATGATGTTAGTTTTTGTTAGTTATTTATGAAGAAAAACATCATTGAAGGCTATAACCA
1 TTTTTTTGTGATGTTAGTTTTCATTAGCTATTTATGAA-AAAAACATCATTAAAGGCTATAATCG
* ** * *
25124 TCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAGATAAATTGTCACA-ATATTGGTG
65 TCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAGGTAAATCATCATAGA-ATTAGTG
* * * * * * * * **
25188 ACACAATCATTG-TCACAAATTATTGTAAGATAATGTCAAATGTCACAATAAAATCAAATGTCAC
129 ACAAAATTATCGCT-ACCAATGATTATAAGACAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACATCAC
25252 CTTATGC-
193 CTTATGCG
** * * * ** * * * *
25259 TTTTTTTGTGACATTAG-ATTCATTAGATATATAT--AAAAAAGGTCATTAAATGATTTAATCAT
1 TTTTTTTGTGATGTTAGTTTTCATTAGCTATTTATGAAAAAAACATCATTAAAGGCTATAATCGT
* * * * * * *
25321 AACTAAATAAATGATAAAAAT-T-ATATAGTAATG---AAAGATAAATCATCACAGTATTAGTGA
66 CACAAAATAAATGAT-AAAATCTAATATATTAGTGACAAAAGGTAAATCATCATAGAATTAGTGA
*
25381 CACAATTA
130 CAAAATTA
25389 ACATCATTAA
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 91, Indels: 32
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
192 29 0.07
195 9 0.02
196 34 0.08
197 6 0.01
198 4 0.01
199 144 0.34
200 36 0.08
201 2 0.00
202 26 0.06
203 101 0.24
204 38 0.09
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (200 bp):
TTTTTTTGTGATGTTAGTTTTCATTAGCTATTTATGAAAAAAACATCATTAAAGGCTATAATCGT
CACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACAAAAGGTAAATCATCATAGAATTAGTGAC
AAAATTATCGCTACCAATGATTATAAGACAATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAACATCACCTT
ATGCG
Found at i:25643 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 25623--25652 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
25613 AATCCAAATC
25623 TTGTGTTGAAGGTGA
1 TTGTGTTGAAGGTGA
*
25638 TTGTGTTGATGGTGA
1 TTGTGTTGAAGGTGA
25653 ATTTGGGTCA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.40, T:0.43
Consensus pattern (15 bp):
TTGTGTTGAAGGTGA
Found at i:26349 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 25946--27868 Score: 1552
Period size: 180 Copynumber: 10.8 Consensus size: 181
25936 AAGCATAGAT
* * * * * * *
25946 AAAGATCATAACGATTTGAGATGGATAATTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAACCATT-TCCA
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TTGTTCA
* * *
26010 -TAAACAAAATTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCATTATTA
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * ** * * *
26069 TATTA-TTCTAAA-AATTTTTTCACAAACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAAGA
129 TTTTATTTC-AAATAAACTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
26122 AAATGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATGGACATAACTATTTAAACTTGTTCAGT
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * *
26187 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-TT
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
26251 TTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
131 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
26302 AAAGATCATAACTATTTTAAACAAACAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGGT
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * ** *
26367 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAAT-AACTAGTATTA-T
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** *
26430 TTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TCTTTATGGCAAAACA
131 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACA
* * * *
26481 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAGTTGATCAAATAGTCATAA-TATTTGAA--TGTGC-TT
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * * * ** * *
26542 AGA-AAACTT-TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAGCAAATTTGAATTATT
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
26604 TTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTTTTTATGACAAAACA
131 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
26654 AAAAGTTATAGCAATTTGATAT-GGTACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
* * * *
26718 AAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATC
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
26783 TTATTTTAGATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACA
131 TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* *
26834 AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTT-ACACTTG-TC-
1 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCA
* * * * * *
26895 --CAACAAATTCATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAAGTAGCATT
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * *
26957 ACTTTA-TTCTAAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATTACAAAACA
128 ATTTTATTTC-AAATAA-ACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
27011 AATGGTCATCACAATTTAAAATAAATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA-TTGGTTTAG
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG
* * * * * *
27075 TAAACAAATTTATATTTTAAATCTCTT-TTTTTTTATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * **
27139 TTTACTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGATGAAACA
130 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
27191 AAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-TGA
1 AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-
* * * * *
27255 TAAACAAAGTTATTTTTTAAATC-C---CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTAT
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
27316 TTTACTTT-GAAT-AAGTTACTAAGAACTA-AAAAAATTATTTTACGACAAAACA
130 TTTA-TTTCAAATAAACTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * * **
27368 AAAGGTAATAA-TGACTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTT-AAATTGGTTTG
1 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * * * * * *
27431 GCAAATACATTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTA
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
27496 TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGTTCTATAACATAACA
129 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
27549 AAAGGTTATAA-TAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG
1 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
* * * * *
27613 TAAACAGATTTATTTTTTACATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAGTAAATTAGTATTAT
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-T-T
* * ** * *
27678 AAAATTTTATATCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAGTTGTTTTATGACAAAACA
128 ---ATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
27735 AAAGTTCATAA-TGAGTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAA-TTTTTGAACTAAT-TTG
1 AAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTC
* * * * * * *
27797 A-TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAAATTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATT
63 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
27860 ATTTTATTT
128 ATTTTATTT
27869 TAGATATGTT
Statistics
Matches: 1394, Mismatches: 291, Indels: 121
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 45 0.03
173 58 0.04
174 36 0.03
175 11 0.01
176 70 0.05
177 272 0.20
178 26 0.02
179 171 0.12
180 299 0.21
181 252 0.18
182 10 0.01
183 2 0.00
184 6 0.00
185 53 0.04
186 83 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
Found at i:27210 original size:357 final size:358
Alignment explanation
Indices: 25970--27868 Score: 1447
Period size: 357 Copynumber: 5.3 Consensus size: 358
25960 TTTGAGATGG
* * * ** *
25970 ATAATTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAACCAT-TTCCATAAACAAAATTA-TTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * ** * *
26033 C----TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCATTATTATATTA-TTCTAAA-AATTTTTTCAC
65 CTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGT-AT
* * * * * * *
26092 AAACAGAAACAATTGTTTAATGACAAAAGAAAATGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTGCTCA
128 GAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
26157 AATGGACATAACTATTT-AAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
193 AATAGTCATAACTATTTGACACTTGTCCA--ACA-A-ATTCATTTTTTAAATC-CTTACTTATTA
* * *
26221 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCCAAATAA-ACTTGTTTGAATAGAAACAA
253 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGACTTGTATGAATAGAAACAA
* * * * *
26284 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTTAAACAA
317 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAA
* * * * * *
26326 ACAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * *** * * **
26391 TTACTTATCAATTTTTGGAATATTAAT-AACTAGTATTA-TTTATTTCAAATATGCTTGTATGAA
66 TTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * * * *
26454 TAGAAACAATT-TCTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAGTTGATCAAA
131 CAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * * * **
26518 TAGTCATAA-TATTTGA-A--TGTGCTTAGAAA-ACTTTTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTT
195 TAGTCATAACTATTTGACACTTGT-CCAACAAATTCATTTTTT-AAATCCTTACTTATTAATTTT
** * * * *
26578 TAGAATATTAGCAAATTTGAATTATTTTATTTAAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAA-ATTTTTT
258 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGACTTGTATGAATAGAAACAATTATT
* * * * * *
26641 TTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATAT-G
322 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAA
* * *
26677 GTACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * *
26742 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTATGA
66 TTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
* * * * *
26806 ATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
*
26871 CAGTCATAACTATTT-ACACTTGTCCAACAAATTCATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTT
195 TAGTCATAACTATTTGACACTTGTCCAACAAATTCATTTTTTAAATCC-TTACTTATTAATTTTT
* * * * *
26935 AGAATGTTAATAAAGTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTCTTT
259 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGACTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * *
26999 TATTACAAAACAAATGGTCATCACAATTTAAAATAA
323 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAA
* * * ** *
27035 ATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA-TTGGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
27099 CTT-TTTTTTTATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGA
65 CTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
* * ** *
27163 ACAAAAACATTTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
27228 TAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGAT-AAACAAAGTT-ATTTTTTAAATCC---CTTACTAAT
195 TAGTCATAACTATTTG-AC-A-CTTG-TCCAACAAA-TTCATTTTTTAAATCCTTACTTATTAAT
* * * * * *
27288 TTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTACTTTGAATAAG--TTACTAAGAACTA-AAAAA
255 TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGACTT-GTATGAA-TAGAAACA
* * ** *
27349 ATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTAATAATGACTTAAAATAA
316 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAA
* * * * * * * * * *
27392 AGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTT-AAATTGGTTTGGCAAATACATTTATTTTTTAAACCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
27456 CTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGA
65 CTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
* * * * * ** *
27521 ACAGAAATAATTGTTCTATAACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAA
130 ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
27586 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGT-AAACAGATTTATTTTTTACATCTCCTACTTATTAAT
195 TAGTCATAACTATTTG-AC-A-CTT-GTCCAACAAATTCATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAA-
* ** * *
27650 TTTTTA-AATATTAGTAAATTAGTATTATAAAATTTTATATCGAAT-AGGCTTGTATG-ATGAAA
254 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-T-T---ATTTTAT-TTAAATAAGACTTGTATGAAT-AGA
* * * ** * * *
27712 AACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGAGTTGAAATAG
312 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAA
* * * * ** * * *
27759 ATAATTATTCAAATGGCCATAA-TTTTTGAACTAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
27823 TAACTTATCAAATTTT-GAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTT
66 TTATTTAT-TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
27869 TAGATATGTT
Statistics
Matches: 1232, Mismatches: 247, Indels: 119
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
351 81 0.07
352 77 0.06
353 117 0.09
354 8 0.01
355 13 0.01
356 116 0.09
357 300 0.24
358 213 0.17
359 73 0.06
360 16 0.01
361 42 0.03
362 25 0.02
363 6 0.00
364 1 0.00
365 17 0.01
366 48 0.04
367 77 0.06
368 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTGACACTTGTCCAACAAATTCATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAA
Found at i:28745 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 28434--30581 Score: 1770
Period size: 181 Copynumber: 11.9 Consensus size: 181
28424 TTGTTATTAT
* * * * * * *
28434 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGA-CTCATTGTTTTTGTGAAAAAAACAATTATTAT-GTG
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTG-TTTTGT-CATAAAACAATTGTTTTAGTT
* * * * * *
28497 CGTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAATAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
63 CATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** ** * * *
28562 GATCTAAAAAATAAATTTGATTATTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAG
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
28616 AACACTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * * *
28681 ACATGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGA
66 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** * * * *
28745 TTTAAGAAATAAATCTGTTTACCGAATAAATTCAAATGGTTATTACTATGTG
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
28797 AACAATTGTCTATTT-AGAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAAG-TA
1 AACAATTATCTATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTC
* ** * ** * *
28860 ATACTAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAA
64 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
28925 ATTTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTG
129 A-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
28979 AACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTATCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCA
* *
29043 TACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAG
65 TACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
29103 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
29156 AACAATTATCAATCTT-AAATTTTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGT-A
1 AACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA
* ** *
29218 TTAGAAGCTTATTT-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
65 -TACAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * ** *
29278 GATTTAAAACATAACTGTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGG
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
29332 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTGGTTTTA-TATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGT-TC
* * * * * * * *
29395 TTACAAGCTTATCTAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAGT-TTTAAAAAATTAATAAGCAAAAG
64 ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
29459 ATTTGAAAAAAAATAAATATGTTTATC-AAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTG
129 ATTT---AAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * **
29514 AACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCGGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * ** * * * *
29579 AAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGTT
66 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * *
29644 TTAAACAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTTAAATAGTT-TGACTATTTG
131 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
29694 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT-CTTTG--GTAAAACATTTGTATCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * **
29756 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-ATGA
66 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GA
* * * * * * * * * **
29820 TTTAAAAAGTGAATATGTTTACTGAATCAGCTCAAATAATTATG-GTCGTTCC
130 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
** * * * *
29872 AGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTT--TATCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCA
* * * * * *
29935 TACAAGTTTA-ATCGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAG
65 TACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
29998 ATTTAAAAAAATAAA-TTGCTTACCAAACCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTA
129 ATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
30051 AACAATTGTATACTTGAAATCGTTATAACTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * * * * * * * *
30115 ACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * *
30180 TTAAAAAATAAATTTTTTTGCCGAACCAGTTTCAAATAGTTAAGACTATATG
131 TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
30232 ACCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCA
* * * *
30297 TACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAG
65 TACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
30361 ATTT-AAAAAT-AATTTCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATG-TTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATTT-GTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
30412 AATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * * *
30477 ATAAG-TTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGA
66 ACAAGCTTAT-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
30540 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
128 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGT
30582 CATGTATGTT
Statistics
Matches: 1560, Mismatches: 344, Indels: 125
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 151 0.10
177 220 0.14
178 62 0.04
179 142 0.09
180 262 0.17
181 310 0.20
182 299 0.19
183 110 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:30604 original size:363 final size:361
Alignment explanation
Indices: 28499--30581 Score: 1773
Period size: 359 Copynumber: 5.8 Consensus size: 361
28489 ATTATGTGCG
** * * *
28499 TACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAATAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *** ** * * * *
28564 TCTAAAAAATAAATTTGATTATTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACACTTATCTAT
66 T-TTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
28629 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTTA
130 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
28694 GAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAATAAAT
195 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
28759 CTGTTTACCGAATAAATTCAAATGGTTATTACTATGTGAACAATTGTCTATTTAGAATTGTTATA
260 CTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AATCGTTATA
* * * * *
28824 ACCTTTTGATTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCAAGTAA
324 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCA
* ** * ** * *
28861 TACTAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAA
1 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * * *
28926 TTTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCGA
66 --TTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
28991 TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-TATCATACAAGTTTATT
129 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATT
29055 C-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
193 CAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
29114 AAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTTAAAT--T
256 AAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAATCGT
* ** **
29177 TTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT--GGT-A
320 TATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCAATTCA
* * * *
29218 TTAGAAGCTTATTTGG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
1 -TACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * ** * * ** * *
29278 GATTTAAAACATAACTGTGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATCT
64 GATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
29343 ATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TATTGGTTTTATATCTTACAAGCTTA-
128 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTAT
* * * * *
29406 TCTAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAGT-TT-TAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAA
192 TC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AAA
* * *
29469 AAATAAATATGTTTATC-AAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAA
252 AAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AA
* * * **
29532 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAA-TTATTTCGGTTCA
315 ATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCA
* * **** * * * *
29578 TAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGT
1 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
** * *
29643 TTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
66 TTTAAA-AATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ***
29707 TTAAAATTGTTATGACCTTTT-CTTTG--GTAAAACATTTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCA
130 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
29769 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGAA
195 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAA
* * * * * * ** **
29833 TATGTTTACTGAATC-AGCTCAAATAATTATG-GTCGTTCCAGTAATTATCTATTTCAAATCGTT
259 TCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTT
* * * *
29896 ATTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTT--A-TCA
321 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCAATTCA
* * * * * * *
29935 TACAAGTTTAATCGAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGA
1 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
29999 TTTAAAAAAATAAA-TTGCTTACCAAACCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTGTATA
66 TTT--AAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
30063 CTTGAAATCGTTATAACTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTC
129 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
30127 AAAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
194 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
30192 TTTTTTTGCCGAACCAGTTTCAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATCGTTA
259 TCTGTTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCGTTA
* * *
30257 TGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTA
322 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCA
* *
30297 TACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAG
1 TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
30361 ATTTAAAAAT-AATTTCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATG-TTATTTGAATAATTATCTA
65 ATTTAAAAATAAATTT-GTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
30424 TTTAAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTGTT
129 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATT
* *
30489 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAA
193 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
30554 ATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
258 ATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
30582 CATGTATGTT
Statistics
Matches: 1369, Mismatches: 288, Indels: 128
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
352 24 0.02
353 109 0.08
354 6 0.00
355 6 0.00
356 66 0.05
357 104 0.08
358 157 0.11
359 283 0.21
360 113 0.08
361 45 0.03
362 180 0.13
363 274 0.20
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCGTTATAAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAATTCA
Done.