Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168126.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_37, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 4000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 8
Found at i:257 original size:28 final size:25
Alignment explanation
Indices: 226--285 Score: 66
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
216 AAACTTATAA
226 ATTTATAAATATCTATTATTAATTATTT
1 ATTTATAAA-AT-TATTATTAATT-TTT
*
254 ATTTGTTTAAAATTATTATTAATTTTT
1 A-TT-TATAAAATTATTATTAATTTTT
281 ATTTA
1 ATTTA
286 AATTATATTA
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ATTTATAAAATTATTATTAATTTTT
Found at i:288 original size:22 final size:24
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230 ATAAATATCT
* *
240 ATTATTAATTATTTATTTGTTTAAA
1 ATTATT-ATTAATTATTTATTTAAA
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1 ATTATTATTAATTATTTATTTAAA
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306 AATTTAAAAG
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ATTATTATTAATTATTTATTTAAA
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829 TTATGTTTAC
839 TATTTATAATAAATAT
1 TATTTATAATAAATAT
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1 TATTTATAATAAATAT
869 TA
1 TA
871 AGTAAAAGAT
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TATTTATAATAAATAT
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Indices: 1613--1674 Score: 90
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1603 GTGAATTATT
*
1613 AATATTATTTTAATATTATATATAAT-ATAATG
1 AATAATATTTTAAT-TTAT-TATAATAATAATG
1645 AATAATATTTTAATTTATTATAATAATAAT
1 AATAATATTTTAATTTATTATAATAATAAT
1675 CATATTATTT
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AATAATATTTTAATTTATTATAATAATAATG
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1628 TTATATATAA
*
1638 TATAATGAATAATATTTTAATTTAT
1 TATAATGAATAATATATTAATTTAT
1663 TATAAT-AATAATCATATT-ATTTAT
1 TATAATGAATAAT-ATATTAATTTAT
1687 CAATTGTATA
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TATAATGAATAATATATTAATTTAT
Found at i:1684 original size:30 final size:32
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1603 GTGAATTATT
1613 AATATTATTTTAATATTATATATAATATAATG
1 AATATTATTTTAATATTATATATAATATAATG
*
1645 AATAATATTTTAAT-TTAT-TATAATAATAAT-
1 AATATTATTTTAATATTATATATAAT-ATAATG
*
1675 CATATTATTT
1 AATATTATTT
1685 ATCAATTGTA
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AATATTATTTTAATATTATATATAATATAATG
Found at i:1802 original size:29 final size:29
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1732 TAGTTTGAAA
*
1742 TATTATAAATTAATATAATAATATATTAT
1 TATTATAAATTAATATAATAATACATTAT
*
1771 TATTATATATTAATA-AATTAATAACATT-T
1 TATTATAAATTAATATAA-TAAT-ACATTAT
1800 TATTA-AAATTAA
1 TATTATAAATTAA
1812 AATGTTGAAT
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TATTATAAATTAATATAATAATACATTAT
Found at i:1939 original size:14 final size:15
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Indices: 1922--1959 Score: 51
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1912 ATAATTTAAA
1922 TAATATTAAT-TTTT
1 TAATATTAATATTTT
*
1936 TAATAATAATATTTT
1 TAATATTAATATTTT
1951 TAATTATTA
1 TAA-TATTA
1960 TTAGCATTAA
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TAATATTAATATTTT
Found at i:2914 original size:22 final size:24
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2795 TTTATCATTG
*
2805 ATAATATATTTAATTTATTTAATTAT
1 ATAATATA-TT-ATTAATTTAATTAT
* *
2831 ATAATATTATTA-TAAATTAAATAT
1 ATAATA-TATTATTAATTTAATTAT
* * * *
2855 TTTAT-TATAATATAA-TAAATGTTAT
1 ATAATATATTAT-TAATTTAA--TTAT
2880 ATAATATATTATTAATTTAATTAT
1 ATAATATATTATTAATTTAATTAT
2904 ATAATA-A-TATTAATTTA
1 ATAATATATTATTAATTTA
2921 TTAAACAATT
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ATAATATATTATTAATTTAATTAT
Found at i:2990 original size:13 final size:14
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2962 AATATTTAGA
2972 TAATTAA-TAATAT
1 TAATTAATTAATAT
2985 TAATTAATTAATAT
1 TAATTAATTAATAT
*
2999 TCTATTATATTAA-A-
1 T-AATTA-ATTAATAT
3013 TAATTAAT
1 TAATTAAT
3021 AAGAATTTAT
Statistics
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TAATTAATTAATAT
Found at i:3958 original size:21 final size:22
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Indices: 3909--3970 Score: 74
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3899 TTCAAAAATA
*
3909 TAATTATAATTATA-ATTATAT
1 TAATAATAATTATATATTATAT
*
3930 TATTTAATAATTATATATTAT-T
1 TA-ATAATAATTATATATTATAT
*
3952 TAATAATAATTTTATATTA
1 TAATAATAATTATATATTA
3971 AAGGTTAAAT
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TAATAATAATTATATATTATAT
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3905 AATATAATTA
*
3915 TAATTATAATTATATTATT
1 TAATAATAATTATATTATT
*
3934 TAATAATTA-TATATTATT
1 TAATAATAATTATATTATT
3952 TAATAATAATT
1 TAATAATAATT
3963 TTATATTAAA
Statistics
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TAATAATAATTATATTATT
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4857 AATATCTAAA
*
4867 TATATTAATGTATAATTATAATT
1 TATATTAAT-TATAATAATAATT
*
4890 TATA-TAATTTATAAAAATAATT
1 TATATTAA-TTATAATAATAATT
*
4912 TGTATTAATTATTAA-AATAA-T
1 TATATTAATTA-TAATAATAATT
* *
4933 TA-ACT-ATTATAATTATAATT
1 TATATTAATTATAATAATAATT
4953 TA
1 TA
4955 ATATAAATAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 13
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TATATTAATTATAATAATAATT
Found at i:8914 original size:181 final size:179
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8708 TTCTTAGTAA
* * *
8718 CTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGGGATTTAAA
1 CTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
8783 AAATAATTTTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
66 AAATAAATATGTTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * *
8848 TCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTTTGTTCATATAAG
130 TCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
* * *** * * * *
8899 TTTGTTTGGAATAAAATAATGTTAATCTATTCATATTTTAAAAATTAAGAA-TAAGAGATTT-AA
1 CTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
8962 AAATAAATCTGTTATT-AAACCAGTTC----AGTTA-G-TTATTTAAACAATTCTTTA-TTCCAA
66 AAATAAATATGTT-TTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * *
9019 TCATTATGACCATTTGTTTGTCAT-AAATAATTGTTTTTGTTCATAC-AG
130 TCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
* * * * * ** *
9067 TCTTATTCGG-ATAAAGTAATGCTAATGTATTAATATTT-TGAAATTTATAAGTAATG-GATTTA
1 -CTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTA
* ** ** * * *
9129 AAAAATGAATATGTTGACCTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCA
64 AAAAATAAATATGTT-TTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * *
9194 AATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTG-TTTTGTTCGTAAAAG
128 AATCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
** * * * * * * * *
9246 CTTA-TTAAAATAACATAA-ATCTAATTTATTTGATA-TTATTAAAA-CAATGAGCACGAGATTT
1 CTTATTTGGAATAAAATAATA-CAAATTTA-TTAATATTTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
9307 AAAAAATGAAACTAT-TTTTCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTT
63 AAAAAAT-AAA-TATGTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *** *
9371 CAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTACACATACAAA
126 CAAATCGTTATGACC-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAG
** * * * * *
9427 CTTATTTCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTTAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTAAA
1 CTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
9492 AAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA
66 AAATAAATATGTTTTC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
9557 -CTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCTTACAAG
130 TC-GTTATGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
* * * * * *
9608 CTTATTTGGATTAAAATAATATTAAATTT-TTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTA
1 CTTATTTGGAATAAAATAATA-CAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * ** * *
9672 AAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATTTATTTAAA
65 AAAATAAATATGTTT-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *** * *
9737 ATCATTTTGACCTTTTTTTTGTCCTAAAACAATTGTATCAATTCATATAGG
129 ATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
** * * *
9788 CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAA-TAATGAGTAAGAGATTTAA
1 CTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * *
9852 AAAATGAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTGTTTTCA
65 AAAATAAATATGTTTTC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCA
* * **
9916 AATTGTTATGACC-TTTTTTTGTCATAAAACAATCGTTCCTGTTCATACAAG
128 AATCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
* * * * *
9967 TTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAA
1 CTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * ** *
10031 AAATTAATTTGTTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGAC
66 AAATAAATATG-TTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
10071 CTTTAGTTTC
Statistics
Matches: 925, Mismatches: 203, Indels: 91
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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168 34 0.04
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173 1 0.00
174 9 0.01
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATATGTTTTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG
Found at i:9364 original size:18 final size:19
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9324 TTCGAACAAG
*
9334 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
9353 TT-AAATAATTAT--CTAT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
*
9369 TTCAAATCATTATGAC
1 TTCAAATAATTATGAC
9385 CTTTTTATTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 6
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.22
17 9 0.33
18 9 0.33
19 3 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAATTATGACTAT
Found at i:9538 original size:361 final size:359
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Indices: 8716--11118 Score: 991
Period size: 361 Copynumber: 6.8 Consensus size: 359
8706 AGTTCTTAGT
** * * * ***
8716 AACTTATTTGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGGGATTTA
1 AACTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAATTTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * * *
8781 AAAAAT-AATTTTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTAAATAATTATCTATTTC
66 AAAAATGAA-TATGTTT-ACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * * **
8845 AAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAAGTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAA
129 AAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCGTAAAAGCTTATTTAAAA
* * * * * * * * * *
8910 TAAAATAATGTT-AATCTATTCATATTTTAAAAATTAAGAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCT
193 TAAAATAATATTAAAT-TTTTAATATTTCAATAATCAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* *** * ** * * * **
8972 -GTTATTAAACCAGTTC----AGT--TAGTTATTTAAACAATTCTTTA-TTCCAATCATTATGAC
257 ATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
* * * * *****
9029 CATTTGTTTGTCAT-AAATAATTGTTTTTGTTCATACA
322 CTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAACACATACA
** *** * * * * * **
9066 GTCTTA-TTCGGATAAAGTAATGCTAATGTATTAATATTTTGAAATTT-ATAAGTAATGGATTTA
1 AACTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAATTTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * *
9129 AAAAATGAATATGTTGACCTGACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCA
66 AAAAATGAATATGTTTA-CTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCA
*
9194 AATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTTGT-T-CGTAAAAGCTTA-TTAAAA
130 AAT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-TCTCCGTAAAAGCTTATTTAAAA
* * * * * **
9256 TAACATAA-ATCTAATTTATTTGATATTATTAA-AA-CAATGAGCACGAGATTTAAAAAATGAAA
193 TAAAATAATAT-TAAATT-TTTAATATT-TCAATAATCAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAT-AAA
* * * *
9318 CTAT-TTT-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
254 -TATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * *
9381 TGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTACACATACA
318 TGACC-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTATCAACACATACA
* * *
9425 AACTTATTTCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTTAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTA
1 AACTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAATTTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * *
9490 AAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCA
66 AAAAATGAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * ** *
9555 AACTGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCTTACAAGCTTATTTGGATT
130 AA-TGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCGTAAAAGCTTATTTAAAAT
* * *
9620 AAAATAATATTAAATTTTTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATAT
194 AAAATAATATTAAATTTTTAATATTTCAATAATCAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * * *
9685 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATTTATTTAAAATCATTTTGACCT
259 TTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT
* ** *
9750 TTTTTTTGTCCTAAAACAATTGTATCAATTCATATA
324 TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAACACATACA
** * * ** * *
9786 GGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAAATAATGAGTAAGAGATTT
1 AACTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-TAGAAATTTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
9850 AAAAAATGAATCTATTTTCTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTGTTTT
65 AAAAAATGAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCT-ATTT
* * ** * * * * * **
9914 CAAATTGTTATGACC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATCGTTCCTGTTCATACAAGTTTATTTTGA
128 CAAA-TGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCGTAAAAGCTTATTTAAA
* * * * *
9977 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATTAATT
192 ATAAAATAATATTAAATTT-TTAATATTTCAATAATCAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* *** * * * * * * *
10040 TGTTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTATGAC--CTT---TAGTT-TC-A-TTATAAACCA-AATG
256 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTA-AAATCATTATG
* * * * * *
10096 ----TTTCTGT-TCATGCAAGCATATTTGAAAT-AA-A-ATA-T
320 ACCTTTTTTTTGTCAT-AAAACA-A-TTG-TATCAACACATACA
* * * * * * * * *
10131 TAC-TAGTTT---AT-TAATATTCCAAA--AATTGATA---AGTAA---AA-GAGTTAAA-A---
1 AACTTA-TTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAATTTAATAAGTAAAAGATTT
* * * ** * * *
10178 AATAAAT--CTGT-TTACCAT-GCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCAATTATTTATTTC
65 AAAAAATGAATATGTTTAC-TAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTC
* *** * * * * ***
10239 AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCGGAA
129 AAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCGTAAAAGCTTATTTAAAA
* * * * * ** *
10304 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTGAA-AATTAATAGGTAGGAGATTAAAAAAATAAATA
193 TAAAATAATATTAAATTT-TTAATATT-TCAATAATCAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * ** * * * * *
10367 TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGA
256 TATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * *
10432 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATCTCT-T-----CATGCA
321 CCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT-TGTATCAACACATACA
* *** ** * * *
10467 AAATT-GGCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAA---ATTAA-TAAAAGATTTA
1 AACTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAATTTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * * * *
10527 AAAACTAAATCTCTTTACAAAAATAGTTCTATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTCTT-
66 AAAAATGAATATGTTTACTAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTAT-TTC
* * * * * * * **
10591 AAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TCCATACATGCTTATTCGAA
129 AAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TTCTCCGTAAAAGCTTATTTAAA
* * * * * * * *
10654 TTAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGGAATTTAAAAAAATAAA
192 ATAAAATAATATTAAATTT-TTAATATTTCAATAATCAATAAGCAAAAG-ATTT-AAAAAATAAA
* * * * *
10717 TATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAGAATAGTTATCTATTTTAAATCATT
254 TATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATT
* * * * * * *** *
10780 CTAACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATA
317 ATGACCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAACACATACA
* * * * *
10823 AGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAGAAA-TTAATGAGTAAGAGATTT
1 AACTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AGAAATTTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
10887 AAAAATATAAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTTTTTATT
65 AAAAA-ATGAATATGTTTACT-AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTGTTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *** * * * **
10951 T-AAAGTCATTATGACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATACA
127 TCAAA-T-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCGTAAAAGCTTATTTA
* * * * * * * *
11015 AAATAAAATAATACT--ATTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAGAAACTAA
190 AAATAAAATAATATTAAATTTT--TAATATTTCAATAATCAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAA
** * * * * *
11078 AGCTATTT-TCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
253 ATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
11119 CAAATATCAA
Statistics
Matches: 1577, Mismatches: 358, Indels: 225
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
324 35 0.02
325 19 0.01
326 78 0.05
327 41 0.03
328 6 0.00
329 2 0.00
331 1 0.00
332 9 0.01
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338 3 0.00
339 18 0.01
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341 18 0.01
342 2 0.00
344 10 0.01
345 10 0.01
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347 28 0.02
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350 20 0.01
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352 109 0.07
353 9 0.01
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364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AACTTATTTAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGAAATTTAATAAGTAAAAGATTTA
AAAAATGAATATGTTTACTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCGTAAAAGCTTATTTAAAATAA
AATAATATTAAATTTTTAATATTTCAATAATCAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT
ACCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTT
TTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAACACATACA
Found at i:10104 original size:145 final size:144
Alignment explanation
Indices: 9912--10190 Score: 343
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 144
9902 ATTATCTGTT
* ** **
9912 TTCAAATTGTTATGACCTTTTTTTGTCATAAAACAATCGTTCCTGTTCATACAAGTTTATTTTG-
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTAGTTGTCATAAAACAATCGTTCCTGTTCATACAAGCATA-TTTGA
* * *
9976 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATTAAT
65 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAAT
*
10039 TTGTTTTTTGAACATG
129 CTGTTTTTTGAACATG
* *
10055 TTCAAATAGTTATGACCTTTAGTT-TCATTATAAACCAAAT-GTTTCTGTTCATGCAAGCATATT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTAGTTGTCA-TA-AAA-C-AATCGTTCCTGTTCATACAAGCATATT
* * *
10118 TGAAATAAAATATTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAA
62 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAA
10183 ATCTGTTT
127 ATCTGTTT
10191 ACCATGCAAG
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 14, Indels: 11
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
142 3 0.03
143 23 0.20
144 7 0.06
145 60 0.52
146 22 0.19
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (144 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTAGTTGTCATAAAACAATCGTTCCTGTTCATACAAGCATATTTGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAATCT
GTTTTTTGAACATG
Found at i:10361 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 10055--11169 Score: 923
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 182
10045 TTTGAACATG
* * * * * * * * * **
10055 TTCAAATAGTTATGACCTTTAGTTTCATTATAAACCAAATGTTTCTGTTCATGCAAGCATATTTG
1 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * * * *
10120 AAATAAAATATTACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGAGTT-AAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* ** * * *
10184 TCTGTTTACCATGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCAATTATTTAT
131 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
10236 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCG
1 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
10301 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAGGAGA-TTAAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
* * * * *
10365 TATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTAT
131 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * **
10417 TTGAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATCT-CTTCA-TGCA-A-AA--TT-GG
1 TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
10474 CAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTT-AAAAACTA
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATA
* * * * * *
10534 AATCTCTTTA-CAAAAATAGTTCTATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGT
129 AATATGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
10588 CTT-AAATCA-TTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TTTCCATACATGCTTAT
1 -TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTT-CATACAAGCTTAT
* * * *
10649 TCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG-GAATTTAAAAAAA
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAAA
* * * * * *
10713 TAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTAT
127 TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
10769 TTTAAATCA-TTCT-AACCTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
10831 TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAGAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATAT
64 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAT
* * * *
10895 AAATATGTTTACTAAACAATTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTTTTTAT
128 AAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
10950 TT-AAAGTCA-TTATGA-CTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTAT
1 TTCAAA-T-AGTTATGATC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
11012 ACAAAATAAAATAATACTATTTTACTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGATATTT-AGAAAC
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAA
* * * *
11075 TAAAGCTAT-TTT--CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAAT
127 TAAA--TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
11130 CTCAAATAGTTTATGATC-TTTGTATTCTCATAAAACAATT
1 TTCAAATAG-TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
11170 ATTAATAATT
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 148, Indels: 83
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 23 0.03
171 64 0.09
172 6 0.01
173 1 0.00
175 40 0.05
176 37 0.05
177 1 0.00
178 2 0.00
179 7 0.01
180 75 0.10
181 386 0.52
182 96 0.13
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (182 bp):
TTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAA
TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:10603 original size:352 final size:359
Alignment explanation
Indices: 10201--11062 Score: 974
Period size: 352 Copynumber: 2.4 Consensus size: 359
10191 ACCATGCAAG
* * * *
10201 TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAATCA-TTATGATCTTTTATTTTGTC
* *
10265 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* *
10330 CTGAAAATTAATAGGT-AGGAGA-TTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATC
128 CTAAAAATTAATAAGTAAGGA-ATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATC
* * * * *
10393 ATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATCT
192 AAGACCATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACC-TTTGTTTAGTCATAAAACAAT-T
* *
10458 -CTTCA-TGCA-A-AA-TT-GGCAAAATAAAATAATACTGATCTATTAATATTTTGA-AAATTAA
255 ACTTCAGTGCATATAACTTAGGCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAACA-TTTGAGAAATTAA
* *
10516 T-A-AA-AGATTTAAAAA-CTAAATCTCTTTAC-AAA-AAT
319 TGAGAAGAGATTTAAAAATATAAATATCTTTACTAAACAAT
* * * *
10551 AGTTCTATTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTCTTAAATCATTATGATC-TTTATTTTGT
1 --TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTAAATCATTATGATCTTTTATTTTGT
* *
10615 CATAAAACAATTGTTTC-TTTCCATACATGCTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
63 CATAAAACAATTGTTTCAATT-CATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATA
* * *
10679 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGGAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGT
126 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGGAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAAT
* * * * * *
10744 TAAGACTATTAGAATAGTTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
191 CAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
* * *** *
10809 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAGAAATTAAT
256 CTTCAGTGCATATAA-CTTAGGCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTTGAGAAATTAAT
*
10874 GAGTAAGAGATTTAAAAATATAAATATGTTTACTAAACAAT
320 GAG-AAGAGATTTAAAAATATAAATATCTTTACTAAACAAT
*
10915 TTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTTTTTATTTAAAGTCATTATGA-CTTTTTATTTTGT
1 TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAA-TCATTATGATC-TTTTATTTTGT
* * * * * * * *
10978 AATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATACAAAATAAAATAATACTATTTTACTAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
11043 T-TCAAAAATTAATAAGTAAG
127 TCT-AAAAATTAATAAGTAAG
11063 ATATTTAGAA
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 54, Indels: 45
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 6 0.01
351 102 0.24
352 117 0.27
353 4 0.01
354 2 0.00
356 7 0.02
357 33 0.08
358 1 0.00
360 2 0.00
361 17 0.04
362 47 0.11
363 83 0.19
364 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA
AAAATTAATAAGTAAGGAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCAAGA
CCATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTACTTCA
GTGCATATAACTTAGGCAAAATAAAATAATACTAATCTATTAACATTTGAGAAATTAATGAGAAG
AGATTTAAAAATATAAATATCTTTACTAAACAAT
Found at i:11388 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 11320--11401 Score: 55
Period size: 10 Copynumber: 8.0 Consensus size: 10
11310 TATTTCGTTC
11320 TTATTATT--
1 TTATTATTAA
11328 TTATTATATAA
1 TTATTAT-TAA
*
11339 TTAATATTATAA
1 TTATTA-T-TAA
11351 TTAATT-TTAA
1 TT-ATTATTAA
*
11361 -TATTAATAA
1 TTATTATTAA
*
11370 TCATTATTAA
1 TTATTATTAA
11380 TTGATTATTTAA
1 TT-ATTA-TTAA
11392 TTATTATTAA
1 TTATTATTAA
11402 GCTTAAATAG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 6, Indels: 16
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
8 10 0.17
9 5 0.08
10 15 0.25
11 14 0.24
12 13 0.22
13 2 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.01, G:0.01, T:0.56
Consensus pattern (10 bp):
TTATTATTAA
Found at i:11400 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 11338--11400 Score: 60
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
11328 TTATTATATA
*
11338 ATTAA-TATTATAATTAATTTTAAT
1 ATTAATTATTATTATTAATTTTAAT
* *
11362 ATTAATAATCATTATTAATTGATT-AT
1 ATTAATTATTATTATTAATT--TTAAT
11388 -TTAATTATTATTA
1 ATTAATTATTATTA
11401 AGCTTAAATA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 5
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
24 5 0.16
25 22 0.71
26 2 0.06
27 2 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.02, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (25 bp):
ATTAATTATTATTATTAATTTTAAT
Found at i:11641 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11424--12931 Score: 1062
Period size: 175 Copynumber: 8.5 Consensus size: 178
11414 ATAACTGTTT
* * * * *
11424 GAACAATTTTTTATTTCTAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * **
11489 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGA
66 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA-G-A-GAGA
* * * *
11554 TTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGCTCATGA
128 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGCTCATTA
* * * * *
11605 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * ** * *
11670 TAGAA--TTATTCAAAATAAAATAATTTTGAGTT-TTAATATTTTAAAAATTAATA-AGAGATTT
66 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGAGAGATTT
* * * * * *
11731 AAAAACTAAATCTATTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATGAC-CATTT
131 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTCATTA
* * * * * *
11779 GAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGATC-TTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCCT-TTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTC
* * * * * * *
11842 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA-AGAGATC
65 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGAGAGATT
* * ** *
11906 TAAAAAATAAATATG-TTAGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACT-ATCA
130 TAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGCTCATTA
* * * * * *
11955 GAATAATTATTTATTTCAAATCATTCT-ATCCTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-TAGT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * *
12018 TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAATTAA-AGCAAGA
63 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAG--AGA
* * *
12081 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AACAATTTCAAATAGATATGCT-ATTTA
126 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGCTCA-TTA
* * ** * ** * *
12133 -AACAATTATTTGTTT-AACATTATTTTGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TACAGATA
1 GAACAATTATCTATTTCAA-ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TAT-
* * * * *
12195 ACA-A-AATCTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAA
63 TCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AG--A
* * ** * * * * *
12257 GAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTCAA-AGCAGTTCTAATAGTTATGATTATTT
124 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGCTCATTA
* * * * *
12313 GAATAAATAT-TAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTAT
1 GAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-T
* * * *
12374 CATATAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATA-AGTAA
64 CATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGAG--A
* * ** * * * *
12437 GA-GTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTA
126 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGCTCATTA
* * * * * ** * *
12488 GAATAATTTTCTATTTCAAATCCTTTTGACCTTTCGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAATTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * * * *
12553 TACAAGCATATTCGAAAGAAAATAATGCTAATTTATTAA-CTTTGAAAGATTAATAAGCAAGATA
66 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AG--AGAGA
* * * * * *
12617 TTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGATTATTA
128 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGCTCATTA
* * * **
12669 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * * * * * **
12733 ACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTCTTAATATTTTGTAAA-T--TA-AGAGAT
65 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGAGAGAT
* * * *
12794 TTAAAAAATAAATCAGTTTACT-AACTTAGTTTAAATAATTATGGC-CATTA
129 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGTTAT-GCTCATTA
* ** * * *
12844 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTCA-AC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTC
* *
12908 ATGCAAGCTTATTTGAAATAAAAT
65 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
12932 TGTTAGTACT
Statistics
Matches: 1040, Mismatches: 226, Indels: 128
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 31 0.03
174 74 0.07
175 200 0.19
176 145 0.14
177 108 0.10
178 138 0.13
179 71 0.07
180 86 0.08
181 172 0.17
182 10 0.01
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGAGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGCTCATTA
Found at i:11787 original size:174 final size:178
Alignment explanation
Indices: 11404--12901 Score: 726
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 178
11394 ATTATTAAGC
* ** * * * *
11404 TTAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTTTTTATTTCTAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
1 TTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTAATGATCTTTTGTTTTGTCAT
* *
11469 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTT
66 AAAACAATTGTTTATATTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTATGTTATTAATATTTT
** * * * *
11534 GCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGT
130 AAAAATTAATA-G-AGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * ** * * *
11585 TCAAATAGTCATG-CTCATGAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTAAATAGTTATGAC-CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTAATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * * **
11649 TAAAATAATTGTTTATGTTCATAGAA-TTATTCAAAATAAAATAATTTTGA-GTT-TTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATTT
* *
11711 TAAAAATTAATA-A-GAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAACCAGT
129 TAAAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* *
11759 TTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TAATGATC-TTTATTTTGTCA
1 TTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTAATGATCTTTTGTTTTGTCA
* * *** * * *
11822 TACAACAATTGTTTCCT-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATGATACTAAT-TTAATAATAT
65 TAAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATAT
* * * *
11885 TTCAAAAATTAATA-A-GAGATCTAAAAAATAAA--TATGTTAGCTGAACTAGT
127 TTTAAAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CTAAACAAGT
* ** * ** * * ** *
11935 TCAAATAGTTAAAACTATCAGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTCT-ATCCTTTTTGTTTAGT
1 TTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTAATGAT-C-TTTTGTTTTGT
* *** *
11998 CATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-TTATTAAC
63 CATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAAT
* * * *
12061 A-TTAAAAAATTAA-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AACAA-T
125 ATTTTAAAAATTAATAG-AGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * * * * ** **
12112 TTCAAATAGATATG-CTATTTAAACAATTATTTGTTT-AACATTA-TTTTGAAATTTTGTTTTGT
1 TT-AAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAA-A-TAGTAATGATCTTTTGTTTTGT
** * * * *
12174 CATAAAACAATTGTACAGATAACA-A-AATCTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACT-TTATTAA
63 CATAAAACAATTGTTTATAT-TCATACAA-GTTATTC-AAAATAAAATAATACTA-TGTTATTAA
* * * * * * **
12235 TATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTCAAAGC-AGT
124 TATTTTAAAAATTAAT-AG-AGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAA-CAAGT
** * * * * *
12293 TCT-AATAGTTATGATTATTTGAATAAATAT-TAATCTCAAATCGTTATGATC-TTTG-TTTGTC
1 T-TAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATAGTAATGATCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
12354 ATAAAACAATTGTTT-TTTATCATATAAGCTTATT-TAGATAAAAATAATACTAAT-TTAATAAT
64 ATAAAACAATTGTTTATAT-TCATACAAG-TTATTCAAAAT-AAAATAATACT-ATGTTATTAAT
* * * * ** * *
12416 ATTTTAAAAATTAATA-AGTAAGA-GTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGATC-AGT
125 ATTTTAAAAATTAATAGAG-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * ** * * * ** ** * * **
12468 TCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCCTTTTGACCTTTCGTTTAATCAT
1 TTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTAATGATCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
12533 AAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCATATTCGAAAGAAAATAATGCTAAT-TTATTAA-CTT
66 AAAACAATTGTTT-ATATTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATATT
* * * * * * * **
12595 TGAAAGATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCGAACAAGT
128 TTAAAAATTAAT-AG-AGGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
* * ** * * **
12649 TCAAATAATTATGATTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTGTGAAT-TTTTGTTTTGTC
1 TTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTAATG-ATCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
12712 ATAAAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTCTTAATA
64 ATAAAACAATTGTTTATA-TTCATACAAG-TTATTCAAAATAAAATAATACTA-TGTTATTAATA
** *
12776 TTTTGTAAA-T--TA-A-GAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACT-AACTTAGT
126 TTTTAAAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAAC-AAGT
* * * * * * * **
12824 TTAAATAATTATGGCCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCAT
1 TTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTAATGATCTTTTGTTTTGTCAT
*
12889 AAAACAGTTGTTT
66 AAAACAATTGTTT
12902 TTCAACATGC
Statistics
Matches: 1027, Mismatches: 217, Indels: 152
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 31 0.03
174 79 0.08
175 178 0.17
176 142 0.14
177 108 0.11
178 135 0.13
179 67 0.07
180 81 0.08
181 190 0.19
182 11 0.01
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTAATGATCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTATTCAAAATAAAATAATACTATGTTATTAATATTTTA
AAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGT
Found at i:12902 original size:533 final size:524
Alignment explanation
Indices: 11465--12930 Score: 1490
Period size: 533 Copynumber: 2.7 Consensus size: 524
11455 TTTTGTTTTG
* * * *
11465 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT-A-A
* * * * * * * * * *
11530 TTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTC
64 CTTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATT
* * * * * ** *
11595 ATGCTCATGAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
128 ATG-TTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * ** * *
11660 TTTATGTTCATAGAA-TTATTCAAAATAAAATAATTTTGA-GTTTTAATATTTTAAAAATTAATA
192 TTTA-GTTCACAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACT-ACTTTTTAATATTTT-TAAA-T--TA
11723 AGAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATT
251 AGAGATTTAAAAACTAAATC-AGTTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATT
* * * *
11787 ATCTATCTCAAATCATAATGATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCCTT-TCATACAAGCT
315 ATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATACAAGCT
* * *
11851 TATTTGGATTAAAATGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAA
379 TATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAA
11916 ATATGTTAGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATCAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTC
444 ATATGTTAGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATCAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTC
* *
11981 TATCCTTTTTGTTTAG
509 TATCCTTTTCGTTTAA
* * * * *
11997 TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAC-
** * *
12062 TTAAAAAATT-A-AAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAACAATTTCAAATAGA-TA
65 TTTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAACAAGTTCAAATA-ATTA
* * * * *
12124 TGCTATTTA-AACAATTATTTGTTTAACATTATTTTGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
129 TGTTA-TTAGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * **
12188 ACAGATAACAAAATCTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAA
193 TTAGTTCACAAAAT-TTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT-TTAATATTT------TTA--AA
* * * ** * ** *
12253 GTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTTCAAAGCAGTTCT-AATAGTTATGATTATTTGAAT
248 TTAAGAGATTTAAAAACTAAATCAGTTTACT-AAACCAGTT-TAAATAGTTATGACCATTTGAAC
* * *
12317 AAATAT-TAATCTCAAATCGTTATGATCTTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATATA
311 AATTATCT-ATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACA
* *
12380 AGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GTAAA
375 AGCTTATTTAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATCTAAA
* * * * * * *
12444 AAATAAATGTGTTTGTTGATC-AGTTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATT-TTCTATTTCAA
438 AAATAAATATGTTAGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATCAGAATAATTATT-TATTTCAA
* *
12507 ATCCTTTTGA-CC-TTTCGTTTAA
502 ATCATTCT-ATCCTTTTCGTTTAA
* * * *
12529 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCATATTCGAAAGAAAATAATGCTAATTTATTAACT
1 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACT
* *
12594 TTGAAAGATTAATAAGCAAGATATTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATT
66 TTGAAA-ATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-CGAACAAGTTCAAATAATT
* * *
12659 ATGATTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTGAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
128 ATG-TTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
12724 TTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTCTTAATATTTTGTAAATTAA
192 -TTTAGTTCACAAAA-TTTATCCAAAATAAAATAATACTAC-TTT-TTAATATTTT-TAAATTAA
* * * * *
12789 GAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACT-AACTTAGTTTAAATAATTATGGCCATTAGAACAATTA
252 GAGATTTAAAAACTAAATCAGTTTACTAAAC-CAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTA
* * * * * * *
12853 TCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTCAACATGCAAGCTT
316 TCTATCTCAAATCGTTATGATCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTT
*
12918 ATTTGAAATAAAA
380 ATTT-AGATAAAA
12931 TTGTTAGTAC
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 135, Indels: 82
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
526 6 0.01
527 48 0.06
528 37 0.05
529 35 0.05
530 5 0.01
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532 150 0.20
533 184 0.24
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535 23 0.03
536 23 0.03
537 50 0.07
538 32 0.04
539 13 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (524 bp):
TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACT
TTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAACAAGTTCAAATAATTATG
TTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA
GTTCACAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTTAATATTTTTAAATTAAGAGATTTAA
AAACTAAATCAGTTTACTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTCAA
ATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTTAGATAAA
AATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATCTAAAAAATAAATATGTTAGCTG
AACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATCAGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTATCCTTTTCGT
TTAA
Found at i:13130 original size:244 final size:242
Alignment explanation
Indices: 12699--13136 Score: 562
Period size: 244 Copynumber: 1.8 Consensus size: 242
12689 TCATTGTGAA
* *
12699 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTA
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGATCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * * * *
12764 CTTTTCTTAATATTTTGTAAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTAACTTAGTTTAAA
66 CATTTATTAATATTTTCAAAATTAAAAGATTCAAAAAATAAATCAGTTTACGAACTAAGTTTAAA
* * *
12829 TAATTATGGCCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAAC
131 TAATTATGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTCATTTTGTCATAAAAC
12894 AGTTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTAGTAC
196 AGTTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTAGTAC
* ** * *
12941 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGAAT-GTATAAGTTTATCTAAAATAAAATAATACT
1 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAG-ATCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACT
13005 A-ATTTATTAATA-TTTCAAGAATTAGTACAAGATTCAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAA-TAA
65 ACATTTATTAATATTTTCAA-AATTA--A-AAGATTCAAAAAATAAATC-AGTTTA-CGAACTAA
* * * * **
13066 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAATATTTTGTTTTGTC
124 GTTTAAATAATTATGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTCATTTTGTC
13131 ATAAAA
189 ATAAAA
13137 TAATTATTTT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 24, Indels: 12
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
240 4 0.02
241 14 0.08
242 56 0.34
243 2 0.01
244 85 0.52
245 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (242 bp):
TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGATCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTA
CATTTATTAATATTTTCAAAATTAAAAGATTCAAAAAATAAATCAGTTTACGAACTAAGTTTAAA
TAATTATGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTCATTTTGTCATAAAAC
AGTTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATTGTTAGTAC
Found at i:13145 original size:24 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13113--13158 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
13103 TCAAATTGTT
13113 ATAATA-TTTTGTTTTGTCATAAA
1 ATAATATTTTTG-TTTGT-ATAAA
13136 ATAATTATTTTTGTTTGTATAAA
1 ATAA-TATTTTTGTTTGTATAAA
13159 TTTATTCGAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
23 9 0.43
24 7 0.33
25 5 0.24
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.09, T:0.54
Consensus pattern (22 bp):
ATAATATTTTTGTTTGTATAAA
Found at i:13504 original size:19 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13465--13495 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
13455 ATTAAAAGAT
13465 TTAATCTATTTGATTA
1 TTAATCTATTTGATTA
13481 TTAATCTATTTGATT
1 TTAATCTATTTGATT
13496 TTTATTAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.06, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
TTAATCTATTTGATTA
Found at i:14159 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14137--14178 Score: 50
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
14127 TTAGATTAAT
14137 TAATAA-AATATATTGAGAA
1 TAATAAGAATAT-TTGA-AA
*
14156 TAATAAGCATATTTGAAA
1 TAATAAGAATATTTGAAA
14174 TAATA
1 TAATA
14179 TTAATATTAA
Statistics
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19 10 0.48
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ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.10, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
TAATAAGAATATTTGAAA
Found at i:14814 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 14476--14893 Score: 422
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
14466 GGTCTTAGTG
* * *
14476 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGATTCATT
* *** * * * * *
14541 TTTTAAATCTCTTATTCATTAATTTTTTGAATATTGATAAGTTAGTATTGTTTTATTTCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTATTCATTAATTATCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTCAAATAA
*** * *
14606 GCCTATATAAATTGATACATTTTTTTATGATGAA-ACAAAAGATCAAAACA
131 GCCTATATAAAAAAATACATTGTTTTATGA-CAATACAAAAGATCAAAACA
* * * * *
14656 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATTACTATTTGAATTTATTTGATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGATTCATT
* *
14721 TTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTATCCAAATA-TAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAAT
66 TTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTATCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATCTCAAAT
* * * * **
14783 AAGCTTTTATGAACAAAAATA-ATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTCATAATG
129 AAGCCTATAT-AA-AAAAATACATTGTTTTATGACAATACAAAAGATCAAAACA
* * *
14836 ATTT-AAA-ATA-AATT-TTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGGTAAATAGATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTT-AAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGATT
14894 TGAAATAAGT
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTATTCGATAAACAGATTCATT
TTTTAAATCTCTTATTCATTAATTATCCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATCTCAAATAA
GCCTATATAAAAAAATACATTGTTTTATGACAATACAAAAGATCAAAACA
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Period size: 9 Copynumber: 6.1 Consensus size: 8
15823 TTTAATTGGA
15833 ATATTAAT
1 ATATTAAT
15841 ATATTAAT
1 ATATTAAT
15849 AGTATTAAT
1 A-TATTAAT
*
15858 ATAAT-AT
1 ATATTAAT
15865 -TATTAAT
1 ATATTAAT
15872 AATATTAAT
1 -ATATTAAT
15881 A
1 A
15882 ATTTATTCAT
Statistics
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Consensus pattern (8 bp):
ATATTAAT
Found at i:15856 original size:17 final size:17
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Indices: 15834--15881 Score: 57
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15824 TTAATTGGAA
15834 TATTAATATATTAATAG
1 TATTAATATATTAATAG
*
15851 TATT-A-ATA-TAATAT
1 TATTAATATATTAATAG
15865 TATTAATAATATTAATA
1 TATTAAT-ATATTAATA
15882 ATTTATTCAT
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Consensus pattern (17 bp):
TATTAATATATTAATAG
Found at i:15888 original size:23 final size:23
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Indices: 15832--15881 Score: 75
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15822 TTTTAATTGG
*
15832 AATATTAATA-TATTAATAGTATT
1 AATA-TAATATTATTAATAATATT
15855 AATATAATATTATTAATAATATT
1 AATATAATATTATTAATAATATT
15878 AATA
1 AATA
15882 ATTTATTCAT
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AATATAATATTATTAATAATATT
Found at i:15933 original size:12 final size:11
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15906 TATTTAGAAT
15916 ATTAATTATTA
1 ATTAATTATTA
*
15927 GATTAATTATAAA
1 -ATTAATTAT-TA
15940 ATTAATTATTA
1 ATTAATTATTA
15951 ATTA
1 ATTA
15955 TATATTATTT
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ATTAATTATTA
Found at i:16917 original size:20 final size:19
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Indices: 16866--16925 Score: 56
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16856 TAATATATAT
*
16866 TAATAATATTAGTAATT-A
1 TAATAATATTATTAATTAA
*
16884 T-A-AATATTTTTTAATTAA
1 TAATAATA-TTATTAATTAA
16902 TAATAATATATATTAATTAA
1 TAATAATAT-TATTAATTAA
16922 -AATA
1 TAATA
16926 TTAAAAATTT
Statistics
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TAATAATATTATTAATTAA
Found at i:17061 original size:19 final size:19
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Indices: 17037--17074 Score: 58
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17027 TCCAAGTATC
*
17037 ATAATAAAATTATAATATT
1 ATAATAAAAATATAATATT
*
17056 ATAATAAAAATATTATATT
1 ATAATAAAAATATAATATT
17075 GTTTAATTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
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19 17 1.00
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Consensus pattern (19 bp):
ATAATAAAAATATAATATT
Found at i:17554 original size:182 final size:180
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Indices: 17235--17962 Score: 713
Period size: 182 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
17225 AAATTAGTAT
* * * * * * * ** *
17235 TATTTATCGAACAAGTTTAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTAT-TGATTTGGAATCACTATA
1 TATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATA
* * * * * * ** *
17299 ACCTTTTGGTTTGTCATATAATGATT-TTATTTGTTCATATAAGCTTACTTCAAATAAAATAATA
65 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TCTATTCATACGAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
17363 CAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
129 CAAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
17416 TATTTATCGAAGAAATTCAAATCGTTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTTAAATTC-TTATG
1 TATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATA
* * *
17480 ACTTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTCTATCCATACGAGCTTA-TTCAAATTAAAATAAT
65 AC-ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACGAGCTTATTTCAAA-TAAAATAAT
*** * *
17544 ATTGATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAA-AAAT-
128 ACAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * *
17595 AAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTA
1 TA-TTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
* * * ** *
17660 ACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTGAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
65 ACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACGAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * * *
17725 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAATC
130 AAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATC
* * * *
17778 TATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAAATATCTATTTCAAAACATTACAA
1 TATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
* * * *
17843 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACT-ATTGGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-
66 CATTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACGAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * *
17906 AAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATT
130 AAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
17957 TATTTA
1 TATTTA
17963 AAAATTAATG
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 85, Indels: 34
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 98 0.22
180 61 0.14
181 93 0.21
182 185 0.41
183 5 0.01
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAA
CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACGAGCTTATTTCAAATAAAATAATACA
AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
Found at i:18466 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 18265--18764 Score: 543
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
18255 TTGTTGAATC
* * *
18265 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
* * * *
18330 CATAAAATAATTGCTTCAACTCATACATGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAA-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
18395 TCAAAAAATT-ATTAAGTAAGA-AATTAGAAA-AAAAATCTA-TTTATCGAACA
130 T-AAAAAATTGA-TAAGTAAGAGAATTA-AAACAAAAATC-AGTTTATCGAACA
* * * **
18445 AGTTCAAATATTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTATAT-TTTA
1 AGTTCAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-T-TGTTTA
* * * * *
18509 -TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAGGCTTATTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCA-ATCATACAA-GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
18572 TATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATT
127 TATTA-AAAAATTGATAAGTAAGAGAATTAAAACAAAAATCAGTTTATCGAACA
* * * *
18626 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAATTATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAG
* *
18690 TCATAAAACAATTATTTTTC-ATCATACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
65 TCATAAAACAA-T-TGTTTCAATCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
18753 TATTTAAAAAAT
127 TA-TTAAAAAAT
18765 AAATATGTTT
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 37, Indels: 33
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 128 0.48
181 122 0.46
182 9 0.03
183 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AGTTCAAATAATTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT
CATAAAACAATTGTTTCAATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
AAAAAATTGATAAGTAAGAGAATTAAAACAAAAATCAGTTTATCGAACA
Found at i:18686 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 18068--18764 Score: 820
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 359
18058 TTTAAAAACT
*
18068 AAATCTCTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTCAATTGT
1 AAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTCAATTGT
* * * * * * *
18133 TATGATTATTGTTTTGTCCTAAAACATTTAATTTTTGTTCAACAAGCTTATTCAGAGTAAAATAT
66 TATGATTATTATTTTATCATAAAACAATTAATTTTAGTTCAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * ** * *
18198 TGCTAAATTAATACTATTCTAAACATTAATAAGTAAGGATGTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAA
131 TACTAAATTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGGATGTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAA
* * * *
18263 TCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTA
196 TCAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTA
* * *
18328 GTCATAAAATAA-T-TGCTTCAACTCATACATGCTTATTC-GAAACAAAATAATACTAATTTATT
261 GTCATAAAACAATTATGCTTC-A-TCATACAAGCCTATTCAG-AACAAAATAATACTAATTTATT
18390 AATATTCAAAAAATTATTAAGTAAGAAATTAGAAAAA
323 AATATTCAAAAAATTATTAAGTAAGAAATTAGAAAAA
* * *
18427 AAATCTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATT
1 AAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTC-AATT
* *
18490 GTTATGACCTTA-TATTTTATCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATA-AAGGCTTATT-TGAAAT
64 GTTATGA--TTATTATTTTATCATAAAACAATTAATTTTAGTTCA-ACAA-GCTTATTCAG-AAT
* ** * * * * *
18551 AAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGT
124 AAAATAATACTAAATTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAG-GATGTAAAAAATAAATCAGT
* * *
18616 TTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
188 TTATCGAATCAGTTCAAATAATTAAGACCA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* ** *
18680 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAA
252 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATGCTTCATCATACAAGCCTATTCAGAACAAAATAATACTAA
*
18745 TTTATTAATATTTAAAAAAT
317 TTTATTAATATTCAAAAAAT
18765 AAATATGTTT
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 44, Indels: 22
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 6 0.02
359 70 0.25
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362 6 0.02
363 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
AAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTTCAATTGT
TATGATTATTATTTTATCATAAAACAATTAATTTTAGTTCAACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
TACTAAATTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGGATGTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAA
TCAGTTCAAATAATTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTA
GTCATAAAACAATTATGCTTCATCATACAAGCCTATTCAGAACAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTCAAAAAATTATTAAGTAAGAAATTAGAAAAA
Found at i:18883 original size:157 final size:157
Alignment explanation
Indices: 18597--18913 Score: 444
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
18587 TAAGTTAGAG
* * * * *
18597 ATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATA
* *
18662 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTC
66 TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCATACAAACCTATTC
* *
18727 -AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
131 GA-AATAAAATAATACTAATCTAGTAAT
* * *
18754 ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAT
1 ATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATAT
* *
18818 ATTTTC-AATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAACTTA
65 A-TTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCATACAAACCTA
18881 TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAGTAAT
128 TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAGTAAT
18911 ATT
1 ATT
18914 ATGAAATTTA
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 14, Indels: 8
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
156 3 0.02
157 134 0.94
158 5 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.06, T:0.41
Consensus pattern (157 bp):
ATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATTATATA
TTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCATCATACAAACCTATTC
GAAATAAAATAATACTAATCTAGTAAT
Found at i:19072 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 18754--19187 Score: 457
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 181
18744 ATTTATTAAT
* * * * *
18754 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATATA
* *
18819 TTTTCAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAACTTATTC
66 TTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATCTTCATACAAACTTATTC
*
18884 GAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAACTGATAG
131 AAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAACTGATAG
* * * *
18935 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATATA
* * * * * * * ** *
19000 TTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTC
66 TTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATCTTCATACAAACTTATTC
* * * * *
19065 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA--G--AG
131 AAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTAT-GAAATTTAATAACTGATAG
* * * * * * * * * * *
19112 ATTTAATAAATAAATCTATTTACCATACTAGTTCAATTAGTTATA-ACAATTTGAACATTTATTT
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATAT
*
19176 ATTTCAAATCAT
65 ATTTTAAATCAT
19188 ATTAAATTAA
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 42, Indels: 8
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
177 61 0.29
178 1 0.00
179 1 0.00
180 1 0.00
181 145 0.69
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Consensus pattern (181 bp):
ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATATA
TTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTATCTTCATACAAACTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAACTGATAG
Found at i:19073 original size:338 final size:338
Alignment explanation
Indices: 18445--19107 Score: 801
Period size: 338 Copynumber: 2.0 Consensus size: 338
18435 TTATCGAACA
* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * *
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*
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* * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* ** * * ** * * * *
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* *
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*
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** * * **
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* ** * * * * * ***
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* * * * * * ** * * *
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** * * * * * *
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*
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* **
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26250 ATATTTTACT
26260 TATTAATT-TTAGAA
1 TATTAATTATTAGAA
26274 TATTAATTAATTAGAA
1 TATTAATT-ATTAGAA
*
26290 TTATTAATTATTATAA
1 -TATTAATTATTAGAA
26306 T-TTAATTA
1 TATTAATTA
26314 ATTATAATAA
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TATTAATTATTAGAA
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26249 AATATTTTAC
26259 TTATTAATT-TTAGAATATTAATTAATTAGAA
1 TTATTAATTATTAGAAT-TTAATTAATTAGAA
*
26290 TTATTAATTATTATAATTTAATTAATTA
1 TTATTAATTATTAGAATTTAATTAATTA
26318 TAATAAATAT
Statistics
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TTATTAATTATTAGAATTTAATTAATTAGAA
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26986 CTCTCATACC
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*
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27046 A
1 A
27047 AATGTATATT
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ATGTGAAAAAACTAAGAAATAAAACT
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28842 ATAAGAATAA
*
28852 AATTATTAATATTATTGTTT
1 AATTATTAATATTA-T-ATT
*
28872 AATTGAATAA-ATTATATT
1 AATT-ATTAATATTATATT
**
28890 AATTATTAATATTATAAG
1 AATTATTAATATTATATT
28908 AATTATTA
1 AATTATTA
28916 TAAAGATTAT
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AATTATTAATATTATATT
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28996 AATTGGTTTT
29006 TAATTAATTATTAATATTA
1 TAATTAA-TA-TAATA-TA
29025 TAAATTAATATAATAT-
1 T-AATTAATATAATATA
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29065 ATTAAGTAAA
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TAATTAATATAATATA
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29143 ATTATAACAA
29153 TAATTA-TTTAA-AATTAATTAAATT
1 TAATTATTTTAATAATTAATT-AATT
* *
29177 TAA-TATTTTAATTATTAATTTATT
1 TAATTATTTTAATAATTAATTAATT
29201 TAATTAATATTTAAT
1 TAATT-AT-TTTAAT
29216 TGTAATTAAA
Statistics
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TAATTATTTTAATAATTAATTAATT
Found at i:29610 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29232--29644 Score: 431
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
29222 TAAATAAATT
* * * * *
29232 CTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTA
1 CTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTA
* * * *
29297 ATATGAATAGGCTTGTATGATAGAAAAACAATTGGTTTATGATGAAACAAAAGTTCATAATTATT
65 ATATGAATAAGCTTGTATGATAG-AAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * ** *
29362 TGAAATAGATAATTATTTAAATGGCTGTAATTATTTGAACTGATTTGATAAA
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATGGCTATAACAATTTGAACTGATTAGATAAA
* * *
29414 CTAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAGTAATATTATTTTAT
1 CTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTAATATTATTTTAA
* * * * *
29479 TTTGAATAAGCTTTTATGCACT-G-AAACATTTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATT
66 TATGAATAAGCTTGTATG-A-TAGAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
* * * *
29542 TTAAATATATAATTATTCAAATAG-TCATAACAATTTTAACTTG-TTCAG-TAAA
129 TGAAATAGATAATTATTCAAATGGCT-ATAACAATTTGAAC-TGATT-AGATAAA
* * * * * *
29594 CTGATTTATGTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAA
1 CTAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
29645 TTGGCATGTA
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 34, Indels: 13
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.01
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ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.10, T:0.46
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CTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGTAATATTATTTTAA
TATGAATAAGCTTGTATGATAGAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
AAATAGATAATTATTCAAATGGCTATAACAATTTGAACTGATTAGATAAA
Found at i:30288 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
30225 ATCACAAAAC
*
30235 AAATAGTCATAAAAATTT
1 AAATAGTCATAAATATTT
* *
30253 GAAATAG--ATAATTGTTT
1 -AAATAGTCATAAATATTT
*
30270 AAATAGTCATAACTATTT
1 AAATAGTCATAAATATTT
30288 AAA
1 AAA
30291 CGTGTTTAGA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 5, Indels: 5
0.75 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
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17 7 0.23
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19 6 0.20
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGTCATAAATATTT
Found at i:30336 original size:359 final size:337
Alignment explanation
Indices: 30150--30762 Score: 788
Period size: 337 Copynumber: 1.8 Consensus size: 337
30140 TCTTTTACTT
*
30150 ATTAATTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACAGAA
1 ATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAA-TTTATATGAACAGAA
*
30214 ACAATTGATTTATCACAAAACAAATA-GTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
64 ACAATTGATTTATCACAAAACAAA-AGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC
* * * * * *
30278 ATAACTATTTAAACGTGTTTAGAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTT-
128 ATGACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATATATTACTTATTAATTTTTA
* * ** *
30341 TGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGATCCAATTGCTTT
192 T-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * *
30406 CTAACAAAACAAAAAGTCATAATGTGTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTAATAACTATTTGA
256 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTGTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAA
30471 ACTTTTTCAGTAAACAA
321 ACTTTTTCAGTAAACAA
* * * * * *
30488 ATTCATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAATTTATATTAACTGAAAC
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATTTATATGAACAGAAAC
* * * *
30553 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCA-G
66 AATTGATTTATCACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATG
* * * * * * *
30617 ACTATTTGAACTTATTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTATCAAAAT
131 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATATTACTTATTAATTTTTATAAT
* * *
30682 ATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGT-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
196 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
30746 AAAACAAAAAGTCATAA
261 AAAACAAAAAGTCATAA
30763 CAATTATCTA
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 35, Indels: 11
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
335 56 0.24
336 67 0.28
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339 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (337 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAATTTATATGAACAGAAAC
AATTGATTTATCACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATG
ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATATTACTTATTAATTTTTATAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAAGTCATAATGTGTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTAAACTTT
TTCAGTAAACAA
Found at i:30415 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 29863--30474 Score: 646
Period size: 181 Copynumber: 3.4 Consensus size: 178
29853 TTGGTATTAT
* * * * * * *
29863 TTTACAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTTTT
1 TTTATAACAAAACAAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ***
29928 TGAACTTGTTTGCTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAT-AATATTAA
65 TAAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTT-TGAATATTAA
* *
29992 TAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTGT
128 TAAATTAATATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGA
* * * *
30044 TTTATGATC-AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTAT-AACAAAACAAAAG-TCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
30108 TTAAACTTGCTTGGTAAATAGATTT-TTTTT-AATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAAATTTAA
64 TTAAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTTGAATA-TTAA
*
30170 TAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAG-TTTGTATGAACAGAAACAATTGA
128 TAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTGA
* * *
30222 TTTATCACAAAACAAATAGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATAACAAAACAAA-AGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
30287 TAAACGTGTTTAGAAAAATAAATTTATTGTTTAAAT-TATTATTTATTAATTTTTTGAATATTAA
65 TAAACTTGTTT-GATAAATAGATTTATT-TTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTTGAATATTAA
* * ** *
30351 TAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGATCCAATTGC
128 TAAATTAATATTATTTTATTC-GAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGA
* * * * * * *
30403 TTTCTAACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTAATAACTAT
1 TTTATAACAAAAC-AAAAGTCATAAAGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
*
30467 TTGAACTT
64 TTAAACTT
30475 TTTCAGTAAA
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 52, Indels: 32
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 14 0.04
178 121 0.33
179 17 0.05
180 4 0.01
181 186 0.51
182 20 0.06
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTATAACAAAACAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
AAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAA
ATTAATATTATTTTATTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGA
Found at i:30540 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 29972--30544 Score: 419
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 181
29962 TCTCCAACTT
* * * * *
29972 ATTAATTTTTAT-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTT-TATGAATAG
1 ATTAATTTTT-TGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCAAAAT-AAGTTTGTATGAACAG
* * ** * * * * *
30034 AAACAATTGTTTTATGATC-AAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATA
63 AAACAATTGATTTAT-AACAAAACAAAAAG-TCATAAAAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATA
* * * ** * * * * *
30097 GTCATAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAATAGATT--TT-TTTTAATCTTTTACT-T
126 GTAATAACTATTTAAACGTGTTTAGAAAAACAAATTCATTGTTTAAAT-TATTA-TAA
* * **
30150 ATTAA-TTTTTGAAAATTTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACAGAA
1 ATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAACAGAA
* * * * *
30214 ACAATTGATTTATCACAAAACAAATAGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
65 ACAATTGATTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTAA
* * **
30279 TAACTATTTAAACGTGTTTAGAAAAATAAATTTATTGTTTAAATTATTATTT
130 TAACTATTTAAACGTGTTTAGAAAAACAAATTCATTGTTTAAATTATTATAA
* * *
30331 ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTT-TATGAATAGAT
1 ATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAG-TTTGTATGAACAGAA
* * * ** *
30395 CCAATTGCTTTCTAACAAAACAAAAAGTCAT-AATGTGTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTA
65 ACAATTGATTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAAAT-TTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTA
* * *
30459 ATAACTATTTGAAC-TTTTTCAG-TAAACAAATTCATT-TTTGAAA-TATTAATAA
129 ATAACTATTTAAACGTGTTT-AGAAAAACAAATTCATTGTTT-AAATTATT-ATAA
*
30511 ATTAGTATTATTTT-ATTTTTAAT-AATTTATATTA
1 ATTA--ATT-TTTTGAATTTTAATAAATTTATATTA
30545 ACTGAAACAA
Statistics
Matches: 328, Mismatches: 47, Indels: 37
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 13 0.04
178 109 0.33
179 20 0.06
180 28 0.09
181 128 0.39
182 25 0.08
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (181 bp):
ATTAATTTTTTGAATTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGTTTGTATGAACAGAAA
CAATTGATTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTAAT
AACTATTTAAACGTGTTTAGAAAAACAAATTCATTGTTTAAATTATTATAA
Found at i:30612 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 30580--30612 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
30570 ACAAAAGGTC
30580 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
30597 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
30613 TCAGACTATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:30653 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 30330--30660 Score: 390
Period size: 156 Copynumber: 2.1 Consensus size: 157
30320 AATTATTATT
30330 TATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAGA
1 TATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAA-CTTTTATGAATAGA
** * *
30394 TCCAATTGCTTTCTAACAAAACAAAAAGTCATAATGTGTTAAAATAGATAATTATTTAGATAGTA
65 AACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGTGTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTA
*
30459 ATAACTATTTGAACTTTTTCAGTAAACA
130 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA
* * *** *
30487 AATTCA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTTAATAA-TTTATATTAACT-
1 TATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAACTTT-TATGAA-TA
* * * *
30548 GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTATTTAAATA
63 GAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATG-TGTTAAAATAGATAATTATTTAAATA
* * *
30612 GTCA-GACTATTTGAACTTATTCAGTAAATA
127 GTAATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA
*
30642 TATTTATTTTTT-AAATATT
1 TATTAATTTTTTGAAATATT
30661 TTACTTATTA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 20, Indels: 14
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
155 37 0.25
156 76 0.51
157 35 0.24
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (157 bp):
TATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAACTTTTATGAATAGAA
ACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGTGTTAAAATAGATAATTATTTAAATAGTAA
TAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA
Found at i:32320 original size:65 final size:66
Alignment explanation
Indices: 32214--32343 Score: 194
Period size: 65 Copynumber: 2.0 Consensus size: 66
32204 AATTAGTATT
* *
32214 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTATGATAGAAA-GAAAGGTAATA
1 ATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTAATA
32278 ACA
64 ACA
32281 ATTTTATTT-AATAAGCTTGTATGTTGGAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTT-GAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
32344 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 2, Indels: 6
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
64 3 0.05
65 42 0.71
66 5 0.08
67 9 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (66 bp):
ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
A
Found at i:35882 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 35434--36351 Score: 924
Period size: 181 Copynumber: 5.1 Consensus size: 181
35424 TAGATAATTG
* * * * *
35434 TTAT-ACTTCTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA-ACAAGCTTATTCAGATTAAAAT
1 TTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAT
** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** **
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* *** *
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* * * * * * *
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*
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* *
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* * *
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*
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * ** * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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** ** * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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TAAAAATAATAAAAATAAAATTGTACTAATTTATAATAAATAAT
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*
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1 AT
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ATAAATTTAGTATA
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ATAATTATAAT
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*
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TAATTAATAAT
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*
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*
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1 T
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TAATTAATAATAAT
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AATAATATTAATAAATA
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*
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* *
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*
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ATTATTAATAATAATATATTATT
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*
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* *
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* * *
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*
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TATATTATATTATTTAATAATAA
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45256 TCATGATATT
* * * *
45266 TTATTTAGAA-AAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAA
* * * ** *
45330 AATAAATCTAATTGTT-GAA-CTAGTTAAAATAGTTATGACAA-TATGAATTATTATCTATTTTA
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* * *
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* * * * * ** *
45445 TTATTCTGATTAAAATAACACTAGTTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
1 TTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAA
* * * * *
45510 AATAATTTTTTTTACAAAGCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTAAAATC
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* * *
45575 GTTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTCTAGTTCATACAAGC
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*
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TTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAA
AATAATTATTGTTAAAAGCAGTTAAAATAGTTAAGACAATTAAAACAATTATCTATTTAAAATCG
TTATGACCTTTTCTTTAGTTATAAAACAATTGTTCTAGTTCATACAAGC
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45685 ATTTGTTTAC
* * * *
45695 CATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCATTATA-ACCTTTTGA-TTTGTCATAAAACAATTATTT
1 CATTTGAACAATTATCTGTCTCAAATCATTA-AGACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTATTT
** * * * ***** * *
45758 AAGTTAATACAAGCTTAGAGGGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCCCAAAATAATAAG
64 TTGATCATAGAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAG
*
45823 TAAGAAATTTTAAAATAAATATGTTTACCGAATCAAAATAAAATAATTATGGT
129 TAAGAAATTTTAAAATAAATATGTTTACCGAATCAAAATAAAATAATTATGCT
** * * * * *
45876 CATTTGAATGATTATCTGTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATATTTGTTTTT
1 CATTTGAACAATTATCTGTCTCAAATCATTAAGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
* * *
45941 GATCATATAAGCTTATTCCAAATAAAATATTACTAATTTTTTAATATTT-CAAAAATTAATAAGT
66 GATCATAGAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAA-TAATAAGT
* * * ** * *
46005 AAGAGATTTTAAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CGAGTTCAAATAGTTATGACT
130 AAGAAATTTT---AAAATAAATATGTTTACCGAATCAAAATAAAATAATTATG-CT
* *
46060 -ATTTGAACAATTAT-TAGTCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
1 CATTTGAACAATTATCT-GTCTCAAATCATTAAGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-
* **
46122 TT-ATCATAGAAGCTTATT-TAGTTAAAAATAATACTAATTTA
64 TTGATCATAGAAGCTTATTCCAAAT-AAAATAATACTAATTTA
46163 ATAAGAGATT
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CATTTGAACAATTATCTGTCTCAAATCATTAAGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTT
GATCATAGAAGCTTATTCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAGTA
AGAAATTTTAAAATAAATATGTTTACCGAATCAAAATAAAATAATTATGCT
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46424 AGTTTAATTA
46434 AATT-ATTAATATAT
1 AATTAATTAATATAT
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1 AATTAATTAATATAT
46462 AATTAAT
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46469 ATTGATATTA
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AATTAATTAATATAT
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46406 ACAACTAAAC
46416 AATTAATAAGT-TTAATTA
1 AATTAATAA-TATTAATTA
*
46434 AATTATTAATATATAATT-
1 AATTAATAATAT-TAATTA
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1 AATTAATAAT-ATTAAT
46469 ATTGATATTA
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AATTAATAATATTAATTA
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46443 TATATAATTA
* *
46453 ATTAATAATAATTAATATTGAT
1 ATTAATAATAAATAATATTAAT
46475 ATTAATAATAAATAATATTAAT
1 ATTAATAATAAATAATATTAAT
46497 ATTA
1 ATTA
46501 TTATTATTAG
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ATTAATAATAAATAATATTAAT
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46728 TTAATTTAAT
* * * * * * *
46738 ATGATTTG-AAATAAATAAATGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTATGGTAAATAGATT
1 ATGA-TTGAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATT
* * * *
46802 TATTTATTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAA
65 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAA
* *
46867 ACTTATATAAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATA
130 ACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
46915 ACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTT
1 ATGATTGAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
* * *
46980 ATTTTTTAAATCTATCAGTTATTAA-ATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTCGA
66 ATTTTTTAAATC--TC--TTATTAATATTTCA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA
* ** * * * * * *
47044 ATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
126 ACAAACTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
47096 ATGATTGAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAGATTT
1 ATGATTGAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTT
47161 ATTTTTTAAAT
66 ATTTTTTAAAT
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ATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAACAAA
CTTATATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
Found at i:47276 original size:17 final size:18
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47239 AACAAAAGTT
*
47249 CATAATGATTTGAAATAG
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*
47267 -ATAATTATTT-AAATGG
1 CATAATTATTTGAAATAG
47283 CCATAATTATTTGAA
1 -CATAATTATTTGAA
47298 CTAATTCGAT
Statistics
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CATAATTATTTGAAATAG
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Indices: 47012--47328 Score: 442
Period size: 157 Copynumber: 2.0 Consensus size: 157
47002 TAAATTTCAT
* * * *
47012 AATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGAAAAATAATTGTTTTAT
* * *
47077 GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTGAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC
* * *
47142 TGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTA
131 TAATTCGATAAACAGATTTATGTTTTA
* *
47169 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAGAAAAATAATTGTTTTA
* * *
47233 TGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTG
65 TGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGA-TTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTG
*
47296 AACTAATTCGATAAACTGATTTATGTTTTA
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47326 AAT
1 AAT
47329 CTCTAACTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (157 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAGAAAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTTATAATGATTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC
TAATTCGATAAACAGATTTATGTTTTA
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Period size: 338 Copynumber: 2.0 Consensus size: 338
46813 TCTCTTATTA
* * *
46823 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAACATT
1 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAACAAT
* * *
46888 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACT
66 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
* ** * * * * * *
46953 ATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATCAGTTATTAAATTTCATAATATT
131 ATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAAATTTCATAATATT
* * * * * *
47018 ACTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTATGACAAA
196 AATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAA
* ** * * *
47083 ACAAAAGGTTATAATGATTGAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATT
261 ACAAAAGGTCATAACAATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTGAACTTG-TT
*
47147 TGATAAACAGATTT
325 CGATAAACAGATTT
* * ** * * ** *
47161 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAAT
1 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAACAAT
* * * * *
47226 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAAT
66 TGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAAC
** * * *
47290 TATTTGAACTAATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTATAATAT
130 TATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAAATTTCATAATAT
* *
47355 TAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTT-TATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGAT
195 TAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAG-TTTGTATGAAGAT-AAACAATTGTTTTATGAC
* *
47418 AAAATATAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTGAACTT
258 AAAACAAAAGGTCATAACAA-TTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTGAACTT
*
47482 GTTCGATAAATAGATTT
322 GTTCGATAAACAGATTT
*
47499 TTTTTTTAA
1 ATTTTTTAA
47508 TTTCTTACTT
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 53, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACT
ATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAAATTTCATAATATT
AATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACAATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTGAACTTGTTC
GATAAACAGATTT
Found at i:47477 original size:181 final size:178
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Indices: 47163--47646 Score: 530
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47153 ACAGATTTAT
* *** *
47163 TTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAAT
1 TTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* * * * * * * *
47226 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATT
65 TGTTTTATGA-TAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAT
47291 ATTTGAACTAATTCGATAAACT-GATTTATGTTTTAAATCTCTAACTT-ATCAA
128 ATTTGAACTAATTCGATAAA-TAGATTT-TGTTTTAAATCTCTAACTTAAT-AA
* * * *
47343 TTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT
1 TTTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATT
**
47408 GTTTTATGATAAAATATAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATA
66 GTTTTATGATAAAA-A-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATA
** * * * *
47473 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTTTTTTTTAATTTCTTACTTAATAA
129 TTTGAACTAATTCGATAAATAGATTTTGTTTTAAATCTCTAACTTAATAA
* ** * *
47523 TTTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAGTTGAAGCAAT
1 TTTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAAT
* * *
47587 TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA-AGTCAA
65 TGTTTTATGA-TAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
47647 CTATTTGGAA
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181 122 0.48
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GTTTTATGATAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATT
TGAACTAATTCGATAAATAGATTTTGTTTTAAATCTCTAACTTAATAA
Found at i:47611 original size:180 final size:178
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47151 AAACAGATTT
* *
47161 ATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGGCTTGTATGATGAAAAATAA
1 ATTTTTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATG--AAACAA
* * * * * * * *
47225 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAAT
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47290 TATTTGAACTAATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCA
127 TATTTGAACTAATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCA
* * * * *
47342 ATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
1 ATTTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-A-TGAAACAAT
**
47407 TGTTTTATGA-TAAA-ATATAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAA
63 TGTTTTATGACTAAACA-A-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAA
** * * * *
47470 ATATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGATTT-TTTTTTTAATTTCTTACTTAAT-A
126 ATATTTGAACTAATTCGATAAACT-GATTTATGTTTTAAATCTCTAACTT-ATCA
* *
47522 ATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAGTTGAAGCAAT
1 ATTTTTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA--TGAAACAAT
* * *
47587 TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA-AGTCAA
63 TGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
47647 CTATTTGGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
179 9 0.04
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAACAATTGT
TTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATT
TGAACTAATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCA
Found at i:48293 original size:182 final size:181
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Period size: 182 Copynumber: 4.0 Consensus size: 181
47938 ACATTAATTT
* * * * **
47948 TAAATAAATTTA--TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTG-GACATTAAT-AATTTTTATTA
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* * * * *
48008 TTTTTTTTGAAAT-AGCTTGCA-ATG-A-AG-ACCAATAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTA
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*
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* * *
48121 TAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
48186 TTTTATTTCAAATAAGCTCACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAATGTTACAAT
66 TTTTATTT-AAATAAGCTCACATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAT
* * * *
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* * * * *
48303 T--A-A-ACTTATTTTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATCAATATT
1 TAAATAGATTTATTTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * *
48364 ATTTTAATTTGAATTAGCTCGTATGGATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAAGTCATA
65 ATTTT-ATTTAAATAAGCTCACATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAGTTATA
* * * * * * *
48429 A-GAATTTAAAATAAATAATTATTCAGATAGTCATAACAATTTGAATTTCTTCAA
128 ATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
*
48483 TAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * ** * * *
48545 TATTTTATTTGAAGTAAGCTTATATGAACA-AATAAAATCATTATATGACAAACCAAAAGGTTAT
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* ** * * * * * *
48609 AGTGATTCCAAATCA-ATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTAAACTTGTTTGA
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48664 TAAATA
1 TAAATA
48670 ATACTAATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
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TAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTAAATAAGCTCACATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
Found at i:48860 original size:19 final size:19
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Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
48818 AAAATTAAAC
*
48828 AATATAATATTTTTATTAT
1 AATATAATAATTTTATTAT
*
48847 AATATTATAATTTTATTAT
1 AATATAATAATTTTATTAT
48866 GATACTTGGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATATAATAATTTTATTAT
Found at i:49985 original size:12 final size:12
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Indices: 49962--50000 Score: 53
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49952 AAATATTATA
49962 TAAT-TAATAAT
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* *
49973 TAATTTTATAAT
1 TAATCTAATAAT
49985 TAATCTAATAAT
1 TAATCTAATAAT
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1 TAAT
50001 ATTCTAAATA
Statistics
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TAATCTAATAAT
Found at i:50061 original size:23 final size:22
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50025 ATGAATAAAT
*
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Statistics
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TATTAATACTATTAATATATTA
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Period size: 255 Copynumber: 1.8 Consensus size: 254
50776 CGGATCAATG
* *
50786 CAAATAGTTATGACTGTTCGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACA
1 CAAATAGTTATGACTATTCGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATATTGTCACA
* * *
50851 AAACAATTGTTCTGTTCGTACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAA
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* * * * * * * **
50916 AAATTTACAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCT
131 AAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAATTCAAATAGTAATAACT
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196 ATTTAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATCTATTTACCAAATAAATT
* * * * * *
51040 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTCGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATATTGTCACA
* * * * **
51105 AAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTG
66 AAACAATT-GTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCC
* * * * *
51169 GATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAATAAATTCAAATAGTAATA
129 AAAAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AAACAAATTCAAATAGTAATA
*
51233 ACTATTTAAATAATTAT
193 ACTATTTAAACAATTAT
51250 CTATTTCAAA
Statistics
Matches: 175, Mismatches: 32, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (254 bp):
CAAATAGTTATGACTATTCGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATATTGTCACA
AAACAATTGTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAA
AAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAACAAATTCAAATAGTAATAACT
ATTTAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTTCAAATCTATTTACCAAATAAATT
Found at i:51554 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 51025--51562 Score: 521
Period size: 180 Copynumber: 3.0 Consensus size: 177
51015 TTCAAATCTA
* * * * *
51025 TTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACC
1 TTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
51090 TTTTGTATTGTCATAAAACAATTATTT-TTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATATT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTAAT-TTCATAAAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-T
* *
51153 AATTTATTAATATT-TGGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
127 AATTTA-TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATG
* * * * ** * *
51206 TTTATCAAATAAATTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGATC
1 TTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
51271 TTTTGTTTCGTCATAAAAAAATGTATCAATTT-ATATAGGCTTATTT-GAAATAAAACAATACTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGT-TTAATTTCATAAAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TA
* * * * * *
51334 ACTTATCAATATTCAAAAAATTAATGAA-TAAGAGATTTAAAAATTGAATCTG
128 ATTTAT-AATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
51386 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCACTAAGACC
1 TTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
51451 TTTTATTTTGTTATAAAATAATTGTTTACTTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTAATTTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATAT-AA
**
51516 TTTACTAATATTCTAAGGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT
129 TTTA-TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT
51563 CTATATTAGT
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 58, Indels: 29
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Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
180 151 0.53
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Consensus pattern (177 bp):
TTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTAATTTCATAAAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAATT
TATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATG
Found at i:52437 original size:16 final size:16
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Indices: 52416--52446 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
52406 AATTAATAAA
52416 AATCAAATAGATTAAT
1 AATCAAATAGATTAAT
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1 AATCAAATAGATTAA
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Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
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AATCAAATAGATTAAT
Found at i:52792 original size:24 final size:22
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52742 TTCGAATAAA
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1 TTTAT-ACAAACA-AAAATATTAT
52798 AACAATTTGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATACAAACAAAAATATTAT
Found at i:54182 original size:537 final size:536
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52969 AGTACTAACA
* * ** * * * * *
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* * * * * *
53044 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGCCATAATTATTTAAACTAAG-TTAGTAAACT-GATT
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* * **
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* * * * *
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* * *
53232 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAATAT
255 ATAATTGTTCAAATAAGCATAATTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAATAT
* *
53297 CCTGCTTATTAATCTTTCAAAGTTAATAAATTAGCATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAA
320 CCTGCTTATTAATCTTTCAAAGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
53362 TTGAAACAATTATTTTATGATTAAACGAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAAT
385 CTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAAT
53427 AATCTTAACTATTTGAACTGATCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
450 AATCTTAACTATTTGAACTGATCAGCAAACACATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTT
*
53492 TAAAATATTATTAAATTAGTATT
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* * *
53515 ATTTTTATCTAAATAAGCTTATATGATAAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAGATCATAAC
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* * * * * * *
53579 GATTTGAGATTA-ATATTTATTCAAATAATCATAACTA-TTAGAACTGCTTT-GAAAAACAGCTT
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128 TAGTTTTTAAATCTCTTA-TT--TAA-TTTTTAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG
** * * * * *
53706 ATAAGTTTTTGTTATCT-GAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCAAAATAATGTTAAACA
189 ATAAACTTTTGTGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATTCAAAATAATGTTAAACA
* * * *
53770 AATAATTGTTTAAAT-AGCAT-ATCTATTTGAAATTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAT
254 AATAATTGTTCAAATAAGCATAAT-TATTTGAAATTGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAAT
* * * * * * *
53833 CTCTTGC-T-TTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTGTTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
318 ATCCTGCTTATTAA-TCTTTCAAAGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT
* * * *
53896 GAACTAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGAT-AGAATGATTTGAAATA-AATAATTAT
382 GAACTAAAACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGG-TCAAAAGGATTTGAAATAGAA-AATTAT
* * * * * * *
53959 TCTGATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCTAACATATTTTATTTTTTAGA-TC-T-CTTAT
444 TCTAATAATCTTAACTATTTGAACT-GATCAGCAAACACA-TTTATTTTTTAAACTCTTACTTAT
*
54021 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATC
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* * * *
54051 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-AAGGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTA
1 ATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGATAA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAA
*
54115 TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTA
65 CGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTA
* ** *
54180 GTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTTAAAATATTAAT-AACTCAAAATTATTTTATTT-TGA-AT
130 GTTTTTAAATCTCTTATTTAATTTTT-AAATATTAATAAAGT-AGTATTATTTTATTTCAGATA-
* * * ** ** * *
54241 AA-TTCTATATGAAC-ATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAAT-TTGAAAT
192 AACTT-T-TGTGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATTCAAAATAATGTT-AAAC
* ** * * * * * * * *
54303 AGATAATTGTTCTCATGAGCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCA-TTTTTTAAAT
253 AAATAATTGTTCAAATAAGCATAATTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAAT
* * * * * * * *** *
54367 CTCCTACCTATTAAT-TTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTA
318 ATCCTGCTTATTAATCTTTC-AAA-GTTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA
* * * * ** * *
54431 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTAGAAATAAAAAATTATT
381 TGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGAAAATTATT
54495 C
445 C
54496 AAACAGTTAT
Statistics
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GTTCAAATAAGCATAATTATTTGAAATTGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTGCT
TATTAATCTTTCAAAGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
CAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAGGATTTGAAATAGAAAATTATTCTAATAATCTT
AACTATTTGAACTGATCAGCAAACACATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTAAAATA
TTATTAAATTAGTATC
Found at i:54415 original size:181 final size:178
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52969 AGTACTAACA
* * *** * * ** *
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1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
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** * *
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129 ATTTTTTAAATCTCTCCTATTAATTTTTAAAATATTAA-TAAATTAGTATT
** * * * * ** *
53154 ATTTTATTTTGGATAAACTTTTGTGAAC-TAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAATTCACA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
53218 ATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT
65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-AGCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* * * * * * *
53283 AGTTTTTCAAATATCCTGCTTATTAATCTTTCAAA-GTTAATAAATTAGCATT
129 A-TTTTTTAAATCT-CT-CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** * *
53335 ATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTATTTTATGATTAAACGAAAGGTCAAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
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65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-AGCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* *
53463 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATT
129 ATTTTTTAAATCTC-T-CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
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1 ATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGTATGA-ACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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125 ATTTATTTTTTAAATCTC-T-CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * ** *
53694 ATTTTATTTCAGATAAGTTTTTGTTATC-TGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCAAAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
53758 TAATGTT-AAACAAATAATTGTT-TAAATAGCATATCTATTTGAAATTGTTTAGTAAACAAATTT
66 CGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* ** *
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129 A-TTTTTTAAATCTC-TCCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * *
53872 GTTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGGAT-A
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGG-TCA
* * * * * ** * *
53935 GAATGATTTGAAATAAATAATTATTCTGATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCT-AACATA
63 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-CATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGA
* * * *
53999 TTTTATTTTTTAGATCTCT--TATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATC
126 -TTTATTTTTTAAATCTCTCCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * *
54051 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATT
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
54114 ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTT
65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG-CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
* * * **
54179 AGTTTTTAAATCTCT--TATTAATTTTTAAAATATTAATAACTCAAAATT
129 ATTTTTTAAATCTCTCCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
54227 ATTTTATTTTGAATAA-TTCTATATGAACATAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATG
1 ATTTTATTTTAAATAAGCT-TGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
54291 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATGAGCATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTC
65 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-AGCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTT
** *
54356 ATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATT
129 ATTTTTTAAATCT-CT-CCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
54408 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
1 ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
54473 CTATTAGAAATA
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Statistics
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TTTTTAAATCTCTCCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
Found at i:54513 original size:181 final size:181
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52999 GCATGTTGAA
* ** * * * * * * * *
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* * * * **
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* * ** * *
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* * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * * *
53248 TCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTCAAATATCCTGCTTATTAATCTT
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* * * * * * *
53313 TCAAA-GTTAATAAATTAGCATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG
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* ** * * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAG
* * * * *
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65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* * * * *
53493 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTTATATG-ATAAA
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAACTTGTATGAAT-AG
* * * * *
53545 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATTAATATTTATTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT-TTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
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65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTT
** * * ** *
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129 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAA-TAG
* * * **
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
** * * *
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* * * * ** *
54026 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGG
127 TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATA-G
* * * * * *
54081 AAACAATTGTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
54145 CATAACTATTTAAACTGGTTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTA
* * ** * * * * *
54206 AAATATTAATAACTCAAAATTATTTTATTTTGAAT-AATTCTATATGAACAT
131 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACT-TGTATGAATAG
* * * ** * * **
54257 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATGAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-AG
* * * * **
54322 -CATGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGC
65 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT
* *
54386 AAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAG
130 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAATAG
* * *
54438 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTAGAAATAAAAAATTATTCAAACAG
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*
54502 TTATAACTATTT
65 TCATAACTATTT
54514 AAGCTTAATA
Statistics
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183 9 0.01
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AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
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*
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1 ATTAATAATTAATTATTAAT
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1 ATTAATAATTAATTATTAAT
54577 ATTAAT
1 ATTAAT
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Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
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ATTAATAATTAATTATTAAT
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54552 ATTAA-TATTAAA
1 ATTAATTATTAAA
*
54564 ATTAATTATTAAT
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54577 ATTAATTAT
1 ATTAATTAT
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Statistics
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ATTAATTATTAAA
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54564 ATTAATTATT
*
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*
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Statistics
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* * * * * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
55197 ACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTTAAAT-TCCTTACTTATTAATTTTTGGA
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* * * * * * *
55261 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCATGTATGGAAAGAAAC
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* * *
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* ** * * * **
55378 ACTAATTGAACTATTTTTGTAAAGAGATTTA-GTTTTT-AA-ATCTT--TTATTAATTTTCAAAA
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* ** *
55438 TATTAAT-AGATCAGTATTATTTTATTTTG-CCAA--TT-T-TGCATGAAGA-
129 TATTAATAAAAT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATGAA-AC
* * * * * * * *
55484 GATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
1 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * * *
55549 ATTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTAT-TTTTTTAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCAGA
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* ** * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
55728 TAACTATTTGAACTTGCATGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAACTCTTTTACTTATCAATTTTTGG
63 TAACTATTTGAAC-TGGTTTGCAAACATATTTATGTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA
* *
55792 AATATTAATAAACTAGTAATATTTTATTT
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55821 CAAATATGCT
Statistics
Matches: 680, Mismatches: 148, Indels: 81
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Matches are distributed among these distances:
170 27 0.04
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AATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTTTGCAAACATATTTATGTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
TTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATGAAAC
Done.