Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168126.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_37, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 424845
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Warning! 4000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 8
Found at i:94117 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 94076--94131 Score: 73
Period size: 22 Copynumber: 2.6 Consensus size: 23
94066 ATAATTGTTA
94076 TAATTA-AATA-ATAATCTAATT
1 TAATTATAATATATAATCTAATT
94097 TAATTATAATATATAAT-TAATT
1 TAATTATAATATATAATCTAATT
* *
94119 AAAATATAATATA
1 TAATTATAATATA
94132 AATATTTAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.19
22 20 0.65
23 5 0.16
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (23 bp):
TAATTATAATATATAATCTAATT
Found at i:94383 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 94354--94396 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.9 Consensus size: 14
94344 ATAATATAAC
94354 TAATAATTAATATT
1 TAATAATTAATATT
94368 TAATATATTAAT-TT
1 TAATA-ATTAATATT
94382 TATATTAATTAATAT
1 TA-A-TAATTAATAT
94397 ATTAGTTTTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 6
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.36
15 13 0.52
16 3 0.12
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (14 bp):
TAATAATTAATATT
Found at i:95273 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 94731--95804 Score: 903
Period size: 181 Copynumber: 6.0 Consensus size: 179
94721 TGTTTTATAT
* * ** * *
94731 ATAATTATTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAA-ATGATTTATGTTTTAAATCT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATA-AATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
94795 -TCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TAT
65 CT-TACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTGTAT
* * * * * * *
94858 -AAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACGATTTTAAA-ATG
127 GAACA-GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATA-G
* * * * * *** * *
94912 ATAATTGTTTAAACAGTCA-AACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTC-C
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * **
94975 TTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCATGTATGAA
66 TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAA
* * * * *
95040 CTG-AACAATTATTTTATGACCAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAG
130 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAG
* * * *
95090 ATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTCAACAAATACATTTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATA-AATTTATTTTTTAAATC
* ** * *
95154 TCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTATTCCGAATAAGTTTGTATG
64 TCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATG
* *
95219 GACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATACTGATTT-AAGATAG
128 AACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAG
* * * * * * *
95271 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAA--TC
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
** * *
95334 -T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA
66 TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAA
* * *
95397 TAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAGAATCATAATGATTTGAAATAA
130 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAG-ATCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * ** * *
95448 ATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTCGATAAACAAATTTATTTTAAAAATATT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
*
95513 TTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGA
66 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TTTGTATGA
* * ** *
95577 ATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
129 ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * *
95629 ATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATTTTGAACGTG-TTCAA-AAAAAAATTTATTTTAT-ATTT
1 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAAC-TGATTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
95691 TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTGTTT-GAAATAAGCTTGTA
64 TCTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGTTTGTA
* * *
95754 TGAACAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAA
126 TGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAA
95805 TTTGTTTGGT
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 129, Indels: 63
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 79 0.11
177 65 0.09
178 57 0.08
179 71 0.10
180 161 0.22
181 260 0.35
182 39 0.05
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAAC
AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAG
Found at i:95556 original size:357 final size:360
Alignment explanation
Indices: 94798--95656 Score: 931
Period size: 357 Copynumber: 2.4 Consensus size: 360
94788 TAAATCTTCA
* * * * * *
94798 ACTTCTTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAAA
* * *
94862 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAAC-GATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAA
66 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TACTGA-TTTAAATA-GATAATTGTTCAAA
* ** * * * *
94925 CAGTCA-AACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCCTTGCTTATTAATTT
127 TAGTCATAACTATTTAAACTTATCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAATCCTTGCTTATTAATTT
** *
94989 TCTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCATGTATGAACTGAACAATTATTT
192 TCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCATGTATGAACTGAACAATTATTT
* * * *
95054 TATGACCAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTA
257 TATGACAAAACAAAAGATCAGAATAATTTGAAATAAATAATTATTATAATAGTCATAACTATTTA
* * * * ** *
95119 AACTGATTCAACAAATACATTTTATTTTTTAAATCTCTT
322 AACTCACTCAACAAACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
* ** * * *
95158 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTATTCCGAATAAG-TTTGTATGGA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TATGAA
* * * *
95221 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACTGATTTAAGATAGATAATTATTCAAAT
64 AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACTGATTTAA-ATAGATAATTGTTCAAAT
* *
95285 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTT
128 AGTCATAACTATTTAAACTT-ATCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAATCCTTGCTTATTAATTT
* * * ***
95346 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTAT
192 TCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCATGTATGAACT-G-AACAATTAT
* * * *
95410 TTTATTACAAAAC-AAAGAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTCATAATTA
255 TTTATGACAAAACAAAAG-ATCAGAATAATTTGAAATAAATAATTATTAT-AATAGTCATAACTA
* * * *
95473 TTTGAACTCACTCGATAAACA-AATTTATTTTAAAAATATTTT
318 TTTAAACTCACTCAACAAACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
*
95515 ACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA-A
* * *
95580 A-AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATG
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACTGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
*
95644 GTCATAATTATTT
129 GTCATAACTATTT
95657 TGAACGTGTT
Statistics
Matches: 412, Mismatches: 70, Indels: 36
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 146 0.35
358 129 0.31
359 36 0.09
360 98 0.24
361 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAAA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACTGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACTTATCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAATCCTTGCTTATTAATTTTCAA
AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCATGTATGAACTGAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGATCAGAATAATTTGAAATAAATAATTATTATAATAGTCATAACTATTTAAACT
CACTCAACAAACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
Found at i:95820 original size:357 final size:351
Alignment explanation
Indices: 94798--95820 Score: 897
Period size: 357 Copynumber: 2.9 Consensus size: 351
94788 TAAATCTTCA
* * * * * *
94798 ACTTCTTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAAA
* * * * *
94862 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAAC
66 --AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATA-GATAATTGTTCAAAT
* * ** * *
94926 AGTCA-AACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCCTTGCTTATTAATTTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTTAGTTCATAAATAGATTTA-TTTTT-ATT-ATTTCTTATTAATTTT
* * * * * *
94990 CTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAACAAGCATGTATGAACTG-AACAATTATTT
189 CAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTT
* * * *
95054 TATGACCAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTA
253 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAATTAG-T--TT-TTA-AATAGTCATAACTATTTA
* * * * ** *
95119 AACTGATTCAACAAATACATTTTATTTTTTAAATCTCTT
313 AACTCACTCAACAAACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
* ** * *
95158 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTATTCCGAATAAG-TTTGTATGGA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TAT-GA
* * * * * *
95221 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACTGATTTAAGATAGATAATTATTCAAAT
63 AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA-ATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
95285 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCCGATAAATAGATATAGTTTTTA-AATCTCTTATTAATTTTC
127 AGTCATAACTATTTGAACTTAGTTC-ATAAATAGATTTA-TTTTTATTATTTCTTATTAATTTTC
* ** *
95348 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
190 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
95413 ATTACAAAAC-AAAGAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTG
254 ATGACAAAACAAAAG-GTCATAATAATTTG-AAT---TAGTT-TTTAAATAGTCATAACTATTTA
* * *
95477 AACTCACTCGATAAACA-AATTTATTTTAAAAATATTTT
313 AACTCACTCAACAAACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
*
95515 ACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA-A
* *
95580 AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
95645 TCATAATTATTTTGAACGT-GTTCAAAAAAAAATTTATTTTATATTTTTTTACTTATTAATCTTT
129 TCATAACTA-TTTGAACTTAGTTCATAAATAGATTTATTTT-TA-TTATTT-CTTATTAAT-TTT
* * * *
95709 -GGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTTTGTTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
189 CAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATT
* * *
95772 TTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAATTTGTTTGGTAAATAG
252 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TAATTTGAATTAGTTT-TTAAATAG
95821 ATTCATTTTT
Statistics
Matches: 529, Mismatches: 101, Indels: 69
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
356 3 0.01
357 156 0.29
358 122 0.23
359 53 0.10
360 103 0.19
361 77 0.15
362 15 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (351 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTAGTTCATAAATAGATTTATTTTTATTATTTCTTATTAATTTTCAGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAATAATTTGAATTAGTTTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTCACTCAACA
AACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
Found at i:96099 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 95792--96185 Score: 409
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
95782 ACAAAAGGTC
* * * * **
95792 ATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTGTTAA
* * * *** *
95857 AATTGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTGAT
66 AATTGTAATAAATTAATATTATTTTATCTCGAATAAGCCTATATGAACAAAAATAATTGTTTGAT
*** * * * * *
95922 GGTGAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAGATAGTT
131 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCCA-ATAGTT
* * * ** *
95973 ATTACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTGTTAA
96038 AATAT-TAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAG-CTAATATGAACAAAAATAATTGTTT
66 AAT-TGTAATAAATTAATATTATTTT-ATCTCGAATAAGCCT-ATATGAACAAAAATAATTGTTT
* * *
96100 TATGACAAAACACAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCCAATAGTT
128 GATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCCAATAGTT
** * * *
96154 ATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAGATT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
96186 TGAAATAAGC
Statistics
Matches: 172, Mismatches: 37, Indels: 8
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 165 0.96
182 5 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTGTTAA
AATTGTAATAAATTAATATTATTTTATCTCGAATAAGCCTATATGAACAAAAATAATTGTTTGAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCCAATAGTT
Found at i:96452 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 96431--96463 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
96421 TAACGATTTG
96431 AAATAG-ATAATTGTTC
1 AAATAGCATAATTGTTC
96447 AAATAGTCATAATTGTT
1 AAATAG-CATAATTGTT
96464 TGCACTAGTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTGTTC
Found at i:96510 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 96189--96586 Score: 434
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
96179 ACAGATTTGA
* * * * * *
96189 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AAATATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAC
1 AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAC
* * ** *
96253 TAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTCAAAT
65 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTCGCCAAACAGATACATTTTTCAAAT
** * *
96318 CTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTCTG
130 CTCTCACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGAATTACT-TTATTCCG
* *
96370 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-
1 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-AAAC
* * * *
96434 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGCACTAG-TCAAGCCAAA-AGATACA-TTTTCTA
65 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTC--GCCAAACAGATACATTTTTC-A
* *
96496 AATC-CATTACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGCATTACTTTATTCCG
127 AATCTC-TCACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGAATTACTTTATTCCG
* * *
96551 AATAAGATTATATG-ACTAGAAACAATTGTTTTATGA
1 AATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGA
96587 TAAATTAATA
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 27, Indels: 16
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 14 0.08
181 160 0.88
182 8 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (181 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAACT
AGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTCGCCAAACAGATACATTTTTCAAATC
TCTCACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGAATTACTTTATTCCG
Found at i:96699 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 96686--96712 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 10
96676 TTAATATATA
96686 TAATTATAAG
1 TAATTATAAG
96696 TAATTATAAG
1 TAATTATAAG
96706 TAATTAT
1 TAATTAT
96713 TATATAATAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 17 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (10 bp):
TAATTATAAG
Found at i:96733 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 96665--96734 Score: 50
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
96655 AAGTATATTT
* *
96665 TAATTTTATAATTAATATATA
1 TAATTATATAATAAAT-TA-A
*
96686 TAATTATAAGTAATTATAAGTAA
1 TAATTAT-A-TAA-TA-AATTAA
*
96709 TTATTATATAATAAATTAA
1 TAATTATATAATAAATTAA
96728 TAATTAT
1 TAATTAT
96735 TACTATACTA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 6, Indels: 10
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
19 11 0.28
20 2 0.05
21 9 0.23
22 2 0.05
23 10 0.26
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25 2 0.05
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.03, T:0.47
Consensus pattern (19 bp):
TAATTATATAATAAATTAA
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* * *
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*
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*
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AATAAATTATATTATTATT
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ATTATTATTTAAT
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* * *
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* *
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* * * *
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100516 TTAGCAAGTT
* * * *
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1 CAGAATAAATTTCATCCTTCATCATTTGATCACCACTCACAGGCTTCTCAGCACTAGCCATTCCA
* * *
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* * * *
100652 CAGAATAAATTTCATCCTTCATCATTTGTTCACCACTCACAGGCTTCTTAGCATTAG-CAGTTTC
1 CAGAATAAATTTCATCCTTCATCATTTGATCACCACTCACAGGCTTCTCAGCACTAGCCA-TTCC
* * * *
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65 AAAATAAAATT-TATCTTCTATCACTTGATCACCACTCATAGGCTTCTCAACACTAGCCATTC
* * * * * *
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100840 CAAAA
64 CAAAA
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100495 TCATTAATAA
* * *
100505 GCTTCTTAGCATTAGCAAGTTCAGAACAAGTTTCATCCTTCATTATTTGATCACCACTCATAGGC
1 GCTTCTTAGCATTAGCAAGTTCAGAACAAATTTCATCCTTCATCACTTGATCACCACTCATAGGC
* * *
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* * *
100635 TTCAACACTAGCCATTCCAGAATAAATTTCATCCTTCATCATTTGTTCACCACTCACAG
131 CTCAACACTAGCCATTCCAAAACAAATTTCATCCTTCATCATTTGTTCACCACTCACAG
* *
100694 GCTTCTTAGCATTAGC-AGTTTCA-AACAAA-TTCTAT-CTTCTATCACTTGGTCACCATTCATA
1 GCTTCTTAGCATTAGCAAG-TTCAGAACAAATTTC-ATCCTTC-ATCACTTGATCACCACTCATA
* * *
100755 GGCTTCTCAGCACTAGCCATTCCAGAAT-AAATTCTATCTTCTATTACTTGGTCACCACTCATAG
63 GGCTTCTCAGCACTAGCCATTCCAAAATAAAATT-TATCTTCTATCACTTGATCACCACTCATAG
* *
100819 ACTTCTCAGCACTAGTCATTCCAAAACAAATTTC
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100853 GTCCATTACC
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101588 CTTCCTTTTC
101598 TTTCATTTTTTTACTT
1 TTTCATTTTTTT-CTT
101614 TTTCATTTTTTT-TT
1 TTTCATTTTTTTCTT
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1 TTTCATTTTTT-TCTT
* *
101642 TTTTACTTTTTTCTT
1 TTTCATTTTTTTCTT
101657 TTTC
1 TTTC
101661 TCTTCTCATT
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*
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101644 TT
1 TT
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101592 CTTTTCTTTC
* * *
101602 ATTTTTTTACTTTTTCATTTTTTTTTTTTATTTTTT
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1 ATTTTTTTAC-TTTTTCATTTTT-TCTTCTCATTTTT
101674 CATCCATTAG
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*
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1 TTTTTTA
101625 TTTTTTA
1 TTTTTTA
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1 TTTTTTA
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*
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1 TTTTT
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Indices: 104908--105659 Score: 659
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104898 TTAAATAATT
* * * * *
104908 AGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-AGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCTAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * *
104972 AGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAATACCTTTATTTTTTAAA----TCCTTTTTAA-TT
64 -GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAACTT
* * * * * * * * * ** * *
105031 TTCAAAATAGTGATAGATTGGTATTAGTTTACTATAAATAATTTTGTATGAAT
127 TT--GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAAC
** * * * * *
105084 AGAAATTATTGTTTTACGATAAAACAAATTATCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATG
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
* * * ** *
105149 GACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTAAATTTATTTTTTAAATCTTAAACTTATTAGCTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAACTTT
* * *
105214 TAGAATATTAATTAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTCTATGAAT
128 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAAC
* ** * *
105265 AAAAACAATTGTTTTATGGTAAAATAAAATATCATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G
* * *
105330 TCATAACTATTTGATCTTGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAACTTT
* *
105394 TGGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
128 T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAAC
* * * * *
105445 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAATGATTGGAAATAGATACTTATTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-ATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
105509 GTCATAACTATTTGAACATGCTCA-TAAATAGATTT-GTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTTTT
64 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAACTTTT
105572 GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGC-ATGAAC
129 G-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTT-CTATGAAC
* * *
105622 ATAATCAATTGTTTTATGACATAACAAAATATCATAAT
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105660 GTTTTATTTC
Statistics
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AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAACTTTTGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAAC
Found at i:105757 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 105589--105763 Score: 192
Period size: 83 Copynumber: 2.1 Consensus size: 83
105579 TAATAAATTT
* * * *
105589 ATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACATAATCAATTGTTTTATGACATAACAAAATAT
1 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAACATAATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * **
105654 CATAATGTTTTATTTCAA
66 CACAATGTTTGAAATCAA
* * * *
105672 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAAC-TGAATCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGG
1 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAACAT-AATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
*
105736 TCACGATGATTTGAAAT-AA
65 TCACAATG-TTTGAAATCAA
105755 ATAATTATT
1 AT-ATTATT
105764 CAAATAGTCA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 13, Indels: 5
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
82 1 0.01
83 64 0.84
84 11 0.14
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (83 bp):
ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTACATGAACATAATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
CACAATGTTTGAAATCAA
Found at i:105859 original size:264 final size:260
Alignment explanation
Indices: 105415--105922 Score: 651
Period size: 264 Copynumber: 1.9 Consensus size: 260
105405 TAAATTAGTG
** * * *
105415 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCAT
1 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAC
* * *
105480 AATGATTGGAAATAGATACTTATTCAAATGTCATAACTATTTGAACATGCTCATAAATAGATTTG
66 AATGATTGGAAATAAATAATTATTCAAATGTCATAACTATTTGAACATGCTCATAAACAGATTTG
* * * * **
105545 TTTTAAAATTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAA
131 TTTTAAAATTTTTACTTATTAACTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCAAATAA
* * *
105610 GCTTGCATGAAC-ATAATCAATTGTTTTATGACATAACAAAATA-TCATAATGTTTTATTTCAAA
196 GCTTACATGAACAAAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGTTTTATTTCAAA
105673 TA
259 TA
* * * * *
105675 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTGAATCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCAC
1 TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAC
* * * ** * *
105740 GATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATACCTATTTGAATTTGTTCAATAAACATATT
66 AATGATTGGAAATAAATAATTATTCAAAT-GTCATAACTATTTGAACATGCTC-ATAAACAGATT
* * *
105805 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCAA
129 T-GTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCAA
*
105870 ATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
192 ATAAGCTTACATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
105923 AAATTTAAAG
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 33, Indels: 8
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
260 80 0.38
261 19 0.09
262 10 0.05
263 9 0.04
264 87 0.42
265 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (260 bp):
TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAC
AATGATTGGAAATAAATAATTATTCAAATGTCATAACTATTTGAACATGCTCATAAACAGATTTG
TTTTAAAATTTTTACTTATTAACTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCAAATAA
GCTTACATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTATTTCAAATA
Found at i:106131 original size:441 final size:440
Alignment explanation
Indices: 105303--106132 Score: 944
Period size: 441 Copynumber: 1.9 Consensus size: 440
105293 ATATCATAAT
* ** *
105303 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTTGCTTGGTAAATAAATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTTGCTTAATAAACAAATTTATT
* * * * * * * ***
105368 TTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATATTTTACTTATTAAGTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCAAATAA
* * ** **
105433 GCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTGGAAATAGATA
131 GCTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTGGAAATAGATA
* * * *
105498 CTTATTCAAATGTCATAACTATTTGAACATGCTCATAAATAGATTTGTTTTAAAATTTTTACTTA
196 CATATTCAAATGTCATAACAATTTGAACATGCTCATAAACAAATTTGTTTTAAAATTTTTACTTA
* * * **
105563 TTAACTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACATAATC
261 TTAACTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAACCTTGCATGAACAGAAGA
** * * * ** * *
105628 AATTGTTTTATGACATAACAAAATATCATAATGTTTTATTTCAAATATTATTTTATTTCAAATAA
326 AATCATCTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG-TCAATTTCAAATAATATATTATTTCAAATAA
105693 GCTTATATTAACTGAATCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGATG
390 GCTTATATTAACTGAATCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGATG
* *
105744 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATACCTATTTGAAT-TTG-TTCAATAAACATATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-ATCTTGCTT-AATAAACAAATTTA
*
105807 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCAAAT
64 TTTTTTAAATATTTTACTTATTAAGTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCAAAT
* * *
105872 AAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATT-TAAAGTAG
129 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTGGAAA-TAG
* * * * ** * *
105936 ATA-ATAGTTCTATTAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTTATTTTTTAAATC
193 ATACATA-TTCAAAT-GTCATAACAATTTGAACATG-CTCATAAACAAA-TTT-GTTTTAAAAT-
* * *
106000 TTTTACTTATTAA-TTGTCT-TAATATTAATACATTTATATTATTTTATTCGAAATAACCTTGTA
252 TTTTACTTATTAACTT-T-TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAACCTTGCA
* * *
106063 TGAACAGAAGAAATCATCTTATGACAAAATAAAAGGTTAT-A-G-CAATTTCAAATAGATA-ATT
315 TGAACAGAAGAAATCATCTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGTCAATTTCAAATA-ATATATT
106124 A-TTCAAATA
379 ATTTCAAATA
106133 GTCATTGTTA
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 58, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
440 7 0.02
441 172 0.54
442 33 0.10
443 9 0.03
444 4 0.01
445 11 0.03
446 82 0.26
447 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (440 bp):
ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGATCTTGCTTAATAAACAAATTTATT
TTTTAAATATTTTACTTATTAAGTGTTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTAATCCAAATAA
GCTTATATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTGGAAATAGATA
CATATTCAAATGTCATAACAATTTGAACATGCTCATAAACAAATTTGTTTTAAAATTTTTACTTA
TTAACTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAACCTTGCATGAACAGAAGA
AATCATCTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGTCAATTTCAAATAATATATTATTTCAAATAAG
CTTATATTAACTGAATCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGATG
Found at i:106227 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 105673--107671 Score: 1129
Period size: 181 Copynumber: 11.0 Consensus size: 179
105663 TTATTTCAAA
* * * * * * *
105673 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATTAACTG-AATCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAT-AATTATTTTATGACAAAACAAAA-GT
** ** * * *
105737 CACGATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATACCTATTTGAATTTGTTCAATAAACAT
64 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAT
* * * *
105802 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTGTTGAAATATTAATAAAATAA
129 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * *
105854 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGTC
* * * * * ***
105919 ATAAAAATTT-AAAGTAGATAA-TAGTTCTATTAGTCATAACAATTTGAACTTGTTTGGTAAACA
65 ATAACAATTTGAAA-TAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAACA
* *
105982 AATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATACATTTA-
128 TA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATA-AATTAG
* * * * * *
106036 TATTATTTTATTCGAAATAACCTTGTATGAACAGAAGA-AATCATCTTATGACAAAATAAAAGGT
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GT
* * * * * * * *
106100 TATAGCAATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTGTTATTTAAACTGGTTTAAT-AA-AT
64 CATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAACAT
*
106163 AGTTTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTCGAATATTAATAACTTAG
129 A-TTT-ATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG
* *** * * * * *
106217 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATAAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGTCA
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCA
* * * * * *
106282 TAACAATTTGAAATGGATAATTATTCAAATAGCCAT-GACTTTTTGATCTAGTTCAGTAAACATA
66 TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAG-CTATTTGAACTTGTTCAATAAACATA
* * ***
106346 TTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTAG
130 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
106397 TATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACT-ATTGTTTTAT-AGTAGAACAAAAAG
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-TAATTATTTTATGA-CAAAAC-AAAAG
* * * * * * * * *
106460 TCTTAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAGATAATCATAACAATTTGAA-TTGGTCTAATAAAA
63 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTC-AATAAAC
* * * * *
106524 AGATTTATTTTTTAGATC---TA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAGAGTAG
127 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG
* * * * * * * * * *
106574 TATTAATTTATTACGAATAAACTTATATGGACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTC
** * * ** * * *
106639 ATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTTAAACTAGTT-AGGTAAGA-
65 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTA-TTTGAACTTGTTCA-ATAA-AC
* * * *
106702 AGAATTATTTGTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTCA-
127 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATT-AG
* * * * * *
106752 TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTA-ACAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAGA-AATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G
** * * * * * * *
106815 TCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT-AAATTGGTTCAGTAAAC
63 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTT-GTTCAATAAAC
* * * ** * * * *
106879 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAGTGTTATTAGATTTG
127 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAG
* * * * *
106933 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATG-AATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAAAG
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAATAATTATTTTATGACA-AA-ACAAAA-
* * * *
106997 GTTTATTTTTTAAATAACTAATTT-AAATA-ATACATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
62 G---------T-CATAAC-AATTTGAAATAGATA-A-TTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAC
** * * * * * * * *
107060 GGGCTCGATATATAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAACTTTTGAAAGATTAATAAAC
114 TTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAAT
107124 TAG
177 TAG
* * * * * * *
107127 CATTATTTT-ATTC---TGAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGG
1 TATTATTTTAATCCAAAT-AAGCTTGTATGA-ACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * * * * ** * ** *
107187 TAATATTAATATTGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTAATTGAACTAATTCAG
63 T--CA-TAACA---ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAA
* * * * ** *
107252 TAAATAGAATTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAC
122 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
107311 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTC
* * * * * * *
107376 ATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAACAAA
65 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAACATA
* * * * *
107441 TTAATTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATCAG
130 TTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * **** * * * * *
107492 TATTCTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTTTGTCAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTC
* * * * * * ** *** *
107557 AAAACAATTTTACATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAATCGGCAAACAAA
65 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAACATA
* * *
107622 TTTATTTTTTCATATCTTTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
130 TTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATT
107672 TGGACATAAT
Statistics
Matches: 1436, Mismatches: 289, Indels: 185
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 9 0.01
177 129 0.09
178 133 0.09
179 16 0.01
180 156 0.11
181 510 0.36
182 177 0.12
183 22 0.02
184 90 0.06
185 11 0.01
186 4 0.00
187 39 0.03
188 1 0.00
189 7 0.00
190 3 0.00
191 28 0.02
192 5 0.00
193 14 0.01
194 78 0.05
195 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCA
TAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTCAATAAACATAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
Found at i:108467 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 107824--109697 Score: 863
Period size: 181 Copynumber: 10.4 Consensus size: 179
107814 TATAAATTGA
* * * * ** * * * *
107824 AATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATA
1 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
107889 ACTATTTG-TACTTGTTTGGTAA-ATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCATT-TTTATTAATTTTT
66 ACTATTTGAAAC-GGTTTAGTAAGA-A-ATTTA-TTTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * *
107951 TGAATGTTACTAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAACCTTTTATGAACTA-AAAC
125 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-AATATATAAAC-AGAAAC
* * ** * ** * * * * * *
108007 AATTGTTTTATAACCAAATAAAATATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTA
1 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * ** * *
108072 ACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAA
66 ACTATTTGAAACGGTTTAGT-AAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * ** * *
108135 TATTATTAAA-T--TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACA-AAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATATATAAACAGAAAC
* * * * * * ** * * *
108183 AATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATACAGTCTTA
1 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * * ** * *
108248 ACTATTT-CAACTGATTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAA
66 ACTATTTGAAAC-GGTTTAGTAA-GAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
108312 TATTATTAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTATAAACAGAACC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATA-TATAAACAGAAAC
* * * * * *
108364 AATT-TTTTGATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTCGAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAA
1 AATTATTTT-ATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
108428 AACTATTTGAAATGGTTTAGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTA-A
65 AACTATTTGAAACGGTTTAGTAAG-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGA
* ** * * *
108492 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAAATTATATTCATAAAAAT
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAA-TATATAAACAGAAAC
* * * *
108545 AATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
1 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
108610 ATTATTT-AAACCGGTTCAGTAA-ATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAA
66 ACTATTTGAAA-CGGTTTAGTAAGA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* * *** * * *
108673 ATATTAATAAATTACT-TTCATTCTATTTCAAATGAGCTTGTATAAGCTA-AAAT
128 ATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCAAAT-AAAATATATAAAC-AGAAAC
* * * * *
108726 AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGACTTA
1 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
108791 ACTATTTGAAAGGGTTTGAGAAATG-GATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAGAA
66 ACTATTTGAAACGGTTT-AGTAA-GAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
** * ** * *
108855 TATTGCTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
129 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATATATAAACAGAAAC
* * * *
108907 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*** * * * * * *
108972 ACTATTTGAATTAGTTCAATAA-ACTGATTTTATTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTCTTAAA
66 ACTATTTGAAACGGTTTAGTAAGA---AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* ** * **** *
109032 ATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAAC
128 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-AATATATAAACAGAAAC
* * * * * *
109085 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAAT-GGCTAT
1 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AT
* * * *
109149 AATTATTTG-AACTGATTAGGTAA-ACTAATTTATTCTTTTAAAT-TAGTTACTTATTAATTTTT
65 AACTATTTGAAACGGTTTA-GTAAGA--AATTTATT-TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTT
* * * *** * * *
109211 -GAAATATTACTAAAGTAGTGTTATTTTATTTTGGATAAATGTTTATGAACTA-AAAC
125 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA-ATATATAAAC-AGAAAC
* * * ** * * *
109267 AATTGTTTTATGATGAAACAAATA-GTCATAATTATTTTAAATAAATAATTGCTCAAATAG-CTA
1 AATTATTTTATGATAAAACAAA-AGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-A
* * * ** * *
109330 TAATTA-TTCAAACTTGTTCGGTAA-ACAGATTTATTTTTAAAATCTCATGA-TTATTAATTTTT
64 TAACTATTTGAAAC-GGTTTAGTAAGA-A-ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
* * * * ** * * *
109392 TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-CTTCCAATAAGCT-TGTACGAACTGAAGC
125 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATATATA--AACAGAAAC
** * * * * ** * * * *
109447 AATTATTACACGACTAAAA-AAAATGTCAGAATGATTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTCTT
1 AATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** ** *
109511 AACTATTTGAATTGGTTCGGTAA-ACACATTTATTTTTTGAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GA
65 AACTATTTGAAACGGTTTAGTAAGA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-
* * * ** * * * *
109570 AATATTATTAAATTAGTAATATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGATCAGAAAT
127 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-AATATATAAACAGAAAC
* * * * * * * * *
109624 AATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATCAAAACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGCCATA
1 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
109688 ATTATTTGAA
66 ACTATTTGAA
109698 CTGATTTGGA
Statistics
Matches: 1310, Mismatches: 309, Indels: 151
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 161 0.12
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178 137 0.10
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182 163 0.12
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184 3 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAAACGGTTTAGTAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATATATAAACAGAAAC
Found at i:108741 original size:362 final size:354
Alignment explanation
Indices: 107824--109699 Score: 1062
Period size: 362 Copynumber: 5.2 Consensus size: 354
107814 TATAAATTGA
* * * * * ** * * * *
107824 AATTGTTTTATAACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATA
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
* ** * ** * **
107889 ACTATTTGTACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCATTTTTATTAATTTTTTGA
66 ATTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGATTTA--TTTTT-AAATCTC-TTATTA-TAATTTTTAAA
* * * * *
107954 ATGTTACTAAATTAGTATTAATT-TA-TTCTAAATAACCTTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTT
126 ATATTAATAAATTACTATT-ATTCTATTTC-AAATAAGCTTGTATG--CTAAAAACAATT-TTTT
* ** ** * * *
108016 ATAACCAAATAAAATATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATA-ATCTTAACTATTT
186 ATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-TT-TAAATAGA-CATAACTATTT
* * ** * * * *
108079 GAATTGATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
248 GAAATGGTTTAGTAAGC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTACTA
* * * * *
108143 AA-T--TATTATTTTA-ATCCAAATAAGCTTGTA-CAA-ACAAAAC
312 AATTAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-ATTATATGAATA-AAAAC
* * * * * * ** * *
108183 AATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATACAGTCT-T
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TAT
* * * * * * * * * * *
108247 AACTATTTCAACT-GATTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGA
65 AATTATTTAAACTAG-TTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTCTT-ATTA-TAATTTTTAAA
* * * * * ** * *
108311 ATATTATTAAATTAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAAAATAGTAT--AAACAGAACCAATTTTTTG
126 ATATTAATAAATTACTATTATTCTATTTC-AAATAAGCTTGTATGCTAA-A-AA-CAATTTTTT-
* * * *
108373 ATGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTCGAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAACTATTTGA
186 ATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTTTT-AAATAGACATAACTATTTGA
* * *
108438 AATGGTTTAGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
250 AATGGTTTAGTAAGC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTACTAAA
* ** *
108503 TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAAATTATATTCATAAAAAT
314 TTAGTATTATTTTATTTCGAA-AAAATTATATGAATAAAAAC
* *
108545 AATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
** *
108610 ATTATTTAAACCGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAAT
66 ATTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTT-TAAATCTCTTA-TTAT-AATTTTTAAAAT
* *
108675 ATTAATAAATTACT-TTCATTCTATTTCAAATGAGCTTGTATAAGCT-AAAATAATTATTTTATG
128 ATTAATAAATTACTATT-ATTCTATTTCAAATAAGCTTGTAT--GCTAAAAACAATT-TTTTATG
* * * * *
108738 ATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGACTTAACTATTTGAAAG
189 ATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTTAAATAGACATAACTATTTGAAAT
* * * * *
108803 GGTTTGAGAAATG-GATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCA-TTTTTAGAATATTGCTAAAT
253 GGTTT-AGTAA-GCAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTACTAAAT
** *
108866 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
315 TAGTATTATTTTATTTCGAA-AAAATTATATGAATAAAAAC
* * ** * *
108907 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
* * * * * *
108972 ACTATTTGAATTAGTTCAATAAACT-GATTTTATTTTTTAAATGTCTTA-T-TAATTCTTAAAAT
66 ATTATTTAAACTAGTTCAGTAAA-TAGA-TTTA-TTTTTAAATCTCTTATTATAATTTTTAAAAT
** * * *
109034 ATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAC
128 ATTAATAAATTACTATTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGCT-AAAAACAATT-TTTTATGAT
* * * * * *
109099 AAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAAT-GGCTATAATTATTTGAACT-
191 AAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-TTTAAATAGAC-ATAACTATTTGAAATG
* * * * *
109162 GATTAGGTAAACTAATTTATTCTTTTAAAT-TAGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAG
254 GTTTA-GTAAGC-AATTTATT-TTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTACTAAAT
* * * * *
109226 TAGTGTTATTTTATTTTGGATAAATGTTTATGAACT-AAAAC
315 TAGTATTATTTTATTTCGAAAAAAT-TATATGAA-TAAAAAC
* * * ** * * * *
109267 AATTGTTTTATGATGAAACAAATAGTCATAATTATTTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGCTATA
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
* * * * * **
109332 ATTATTCAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCATGATTATTAATTTTTTGAAT
66 ATTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT-AAATCTC-TTATTA-TAATTTTTAAAAT
* * * * * * ** *
109397 GTTAATAAATTAGTATTATT-T-TCTTCCAATAAGCTTGTACGAACT-GAAGCAATTATTACACG
128 ATTAATAAATTACTATTATTCTAT-TTCAAATAAGCTTGTATG--CTAAAAACAATT-TTTTATG
* * * ** * * *
109459 ACTAAAA-AAAATGTCAGAATGATTTGAAATTGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAA
189 A-TAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-TT-TAAATAGACATAACTATTTGAA
* ** * * * *
109522 TTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTGAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
251 ATGGTTTAGTAAGCA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTACTAAAT
* * * * * * *
109583 TAGTAATATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAAT
315 TAGTATTATTTTATTTCGAAA-AA-ATTATATGAAT-AAAAAC
* * * * * * * **
109624 AATTATTTTATGAGAAAACAAAGA-TCAA-AACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGCCAT
1 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
*
109687 AATTATTTGAACT
65 AATTATTTAAACT
109700 GATTTGGAAA
Statistics
Matches: 1187, Mismatches: 260, Indels: 143
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 3 0.00
356 54 0.05
357 187 0.16
358 60 0.05
359 205 0.17
360 131 0.11
361 44 0.04
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363 69 0.06
364 7 0.01
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (354 bp):
AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATA
ATTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAATCTCTTATTATAATTTTTAAAATATT
AATAAATTACTATTATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATGCTAAAAACAATTTTTTATGATAAAAT
AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTTTTAAATAGACATAACTATTTGAAATGGTTTAGT
AAGCAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTACTAAATTAGTATTATTT
TATTTCGAAAAAATTATATGAATAAAAAC
Found at i:108867 original size:543 final size:535
Alignment explanation
Indices: 108002--109156 Score: 1243
Period size: 543 Copynumber: 2.1 Consensus size: 535
107992 TTTATGAACT
* * * * * *
108002 AAAACAATTGTTTTATAACCAAATAAAATA-TCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-AGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * ** * * * * *
108065 AATCT-TAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACA-AATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
64 -AGCTATAATTATTTAAACCGGTTCAGTAAATAGAA-TTATTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT
* * * *
108128 TTTGAAATATTATTAAATTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAACAATTGTTTTA
127 TTTAAAATATTAATAAATTATTATTCTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAACAATTATTTTA
* * *
108193 CGACAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATACAGTCTTAACTATTTCAA
192 CGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCATACAGACTTAACTATTTCAA
** * * * * *
108258 CTGATTCGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAAT
257 AGGATTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCAGAATATTACTAAAT
* * *
108323 TAGTTTTATTTTA-TTCTGAATAA-AATAGTATAAACAGAACCAATT-TTTTGATGATAAAATAA
322 TAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGAATA-TATAAACAGAAACAATTGTTTT-ATGATAAAACAA
* * * * * *
108385 AAGGTTATAACGATTCGAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTAGTA
384 AAGGTTATAACAATTCGAAATAGAAAATTGTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTCAATA
* * *
108450 AGC-AAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
449 AACTAAATTTACTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
108514 TTATTTCAAACAAAATTATAT-TCAT-A
510 TTATTTCAAACAAAATTATATGT--TGA
* * *
108540 AAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
108605 TTATAATTATTTAAACCGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT
66 CTATAATTATTTAAACCGGTTCAGTAAATAGAATTATTTT-TAAATCTCTTACTTATAAATTTTT
* * * * * *
108670 AAAATATTAATAAATTACTTTCATTCTATTTCAAATGAGCTTGTATAAGCTAAAATAATTATTTT
130 AAAATATTAATAAATTA--TT-ATTCTAATCCAAATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTATTTT
* * * * ** * *
108735 ATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGACTTAACTATTTGA
191 ACGACAAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCATACAGACTTAACTATTTCA
* * * * * * *
108800 AAGGGTTTGAG-AAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAGAATATTGCTAA
256 AAGGATTCG-GCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCAGAATATTACTAA
** * * *
108864 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAA
320 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAATATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * * *
108929 AGGTTGTAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCAATAA
385 AGGTTATAACAATTCGAAATAGAAAATTGTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTCAATAA
* * * * *
108994 ACTGATTTTATTTTTTAAATGTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATT
450 ACTAAATTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** *
109059 TCAAATAAGCTTGTATGTTGA
515 TCAAACAAAATTATATGTTGA
* * * * *
109080 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
109145 CTATAATTATTT
66 CTATAATTATTT
109157 GAACTGATTA
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 95, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
537 5 0.01
538 76 0.15
539 40 0.08
540 118 0.23
541 4 0.01
542 22 0.04
543 215 0.42
544 26 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (535 bp):
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
CTATAATTATTTAAACCGGTTCAGTAAATAGAATTATTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTA
AAATATTAATAAATTATTATTCTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAACAATTATTTTACGAC
AAAAGAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATCATTCATACAGACTTAACTATTTCAAAGGA
TTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCAGAATATTACTAAATTAGT
ATTATTTTATTTCGAATAAGAATATATAAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTA
TAACAATTCGAAATAGAAAATTGTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTCAATAAACTAAA
TTTACTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAC
AAAATTATATGTTGA
Found at i:109369 original size:540 final size:533
Alignment explanation
Indices: 107773--109703 Score: 1471
Period size: 540 Copynumber: 3.6 Consensus size: 533
107763 TAATTTAGGA
* ** * * *
107773 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGTCTAAGCTTGTATAAATTG--A-AATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-TTTTAT
* * * * * * * ** * *
107835 AACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGACAATTGCTCAAATAGTAATAACTATTTGTAC
64 GATAAA-AAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AA
** * ** * *
107900 TT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTCATTTTTATTAATTTTTTGAATGTTACTAA
127 TTGGTTCAGTAAACA-ATTTA-TTTTTT-AAATCTC----TTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * * * * * *
107964 ATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAACCTTTTATG-AACTAAAACAATTGTTTTATAACCAAATA
185 ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGTTA--AAAATAATTATTTTATGACAAAACA
** * * * * * *
108027 AAATATCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCT-TAACTATTTGAATTGATTCG
247 AAAGGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGCTATAATTATTTGAACTGATTCA
* * * * * *
108090 GTAAACA-AATTTATTTT-TAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA--TT-
310 GTAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAAGTACTTTC
* * * * * * * * *
108150 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAA
374 ATTCTATTTCAAATAAGCTTGTATAAGCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA
* * *** * * * ** * **
108214 CGATTTGAAATAGATAATCATTCATACAGTCTTAACTATTTCAACTGATTCG-GCAATTAGATTT
439 CAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGACTTAACTATTTCAAAGGGTTCGAG-AAACAGATTT
* * * *
108278 ATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAG
503 ATTTTTTAAATCTCTT-GTTATTAATTTTTAG
* * ** * * *
108310 AATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTCTGAATAA-AATAGTATAAACAGAACCAATTTTTTGA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTA-TATGAATAGAAACAATTTTTT-A
* * * * *
108374 TGATAAAATAAAAGGTTATAACGATTCGAAATAGATAATTTTTAAAATAGTCAAAACTATTTGAA
63 TGATAAAA-AAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
108439 ATGGTTTAGTAAGCAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAAT
127 TTGGTTCAGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* ** * *
108504 TAGTATTATTTTATTTCAAACAAAATTATAT-TCATAAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAA
187 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGT--TAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
108568 AGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACCGGTTCAGTAAA
250 GGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAA
*
108633 TAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTTTCATTCTA
315 TAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAAGTACTTTCATTCTA
* * * *
108698 TTTCAAATGAGCTTGTATAAGCTAAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAACAATTT
380 TTTCAAATAAGCTTGTATAAGCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * **
108763 GAAATAAATAATTGTTCATATAGACTTAACTATTTGAAAGGGTTTGAGAAATGGATTTATTTTTT
445 GAAATAAATAATTGCTCAAATAGACTTAACTATTTCAAAGGGTTCGAGAAACAGATTTATTTTTT
*
108828 AAATCTCTTAGTTATTCATTTTTAG
510 AAATCTCTT-GTTATTAATTTTTAG
**
108853 AATATTGCTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-TTTTAT
* * * *
108918 GATAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
64 GATA-AAAAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * *
108983 TAGTTCAATAAACTGATTTTATTTTTTAAATGTCTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTGGT
128 TGGTTCAGTAAAC--AATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* *
109048 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAA
191 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTT-AAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAA
* * *
109113 TAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCTATAATTATTTGAACTGATT-AGGTAAACTA-
255 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTTGAACTGATTCA-GTAAA-TAG
* * * * * * * *
109176 ATTTATTCTTTTAAAT-TAGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTACTAAAGTAGTGTT-ATTTTA
318 AATTATT-TTCTAAATCT-CTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAAGTACT-TTCATTCTA
*** * * **
109239 TTTTGGATAAATG-TT-TATGAA-CTAAAACAATTGTTTTATGATGAAACAAATA-GTCATAATT
380 TTTCAAAT-AA-GCTTGTAT-AAGCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAACA
* * **
109300 ATTTTAAATAAATAATTGCTCAAATAG-CTATAATTA-TTCAAACTTGTTCG-GTAAACAGATTT
441 ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGACT-TAACTATTTCAAA-GGGTTCGAG-AAACAGATTT
* * *
109362 ATTTTTAAAATCTCATGATTATTAATTTTTTG
503 ATTTTTTAAATCTCTTG-TTATTAATTTTTAG
* * * * * * ** *
109394 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAATAAGCTTGTACGAACT-GAAGCAATTATTACAC
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATT-TTTTAT
* * * * * *
109458 GACTAAAAAAAATGTCAG-AATGATTTGAAATTGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
64 GA-TAAAAAAAAGGT-TGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * *
109522 TTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTGAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
127 TTGGTTCAGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
109587 AATATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGATCAGAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAGATC
191 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATG-TTAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT-
* * * * *
109650 AA-AACAATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTGATT
253 AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTTGAACTGATT
109704 TGGAAAAAAA
Statistics
Matches: 1124, Mismatches: 218, Indels: 103
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 2 0.00
536 3 0.00
537 40 0.04
538 181 0.16
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540 303 0.27
541 181 0.16
542 30 0.03
543 214 0.19
544 28 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (533 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTTTTTATGA
TAAAAAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG
TTCAGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAATTATTTGAACTGATTCAGTAAATAGAATTATTT
TCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAAGTACTTTCATTCTATTTCAAATAAG
CTTGTATAAGCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
TTGCTCAAATAGACTTAACTATTTCAAAGGGTTCGAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGT
TATTAATTTTTAG
Found at i:110355 original size:168 final size:172
Alignment explanation
Indices: 110134--110582 Score: 446
Period size: 168 Copynumber: 2.6 Consensus size: 172
110124 ATACGAAAAG
* * * *
110134 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAACTTGATATAAATAATTGTTCAAATAGTC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
110199 ATAACTATTTGAAC-TATTCCGATAAATAAATTTA-GTTAGA-TA-T-TAATTTTCAAAATATTA
66 ATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAATAAATTTATGTTAAACTACTATAACTTTCAAAATATTA
** **
110259 AT-AGA-TCAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAA
130 ATCA-ATTC-ATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAACAA
* * * *
110302 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGAC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
110367 ATGACTATTTGGACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTACTAACTTTCAA
66 ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAAATTTA--TGTTAAA----CTA-CTA-TAACTTTCAA
* * * * *
110432 AGTATTAATCAATTCGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAG
123 AATATTAATCAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAACAA
* * *
110482 AAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
110547 CATAACGATTTGAA-TTAGCTCAGTAAACAGATTTAT
65 CATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAATAAATTTAT
110583 TTTTAAAATT
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 36, Indels: 23
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 80 0.35
169 6 0.03
171 4 0.02
176 2 0.01
178 1 0.00
179 1 0.00
180 69 0.30
181 65 0.29
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAAATTTATGTTAAACTACTATAACTTTCAAAATATTAA
TCAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGCATGAACAA
Found at i:110585 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 110246--110700 Score: 488
Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 179
110236 AGATATTAAT
* * * * ** * *
110246 TTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTG
1 TTTC-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * * * ** * *
110311 TTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATT
65 TTTTAGGACAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAGACATAACGATT
* * * *
110376 TGGACTTATTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTACTAAC
130 TGGAATTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACCTACTAAC
* * * *
110426 TTTCAAAGTATTAATCAATTCGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG
1 TTTCAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTG
*
110491 TTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAGTCATAACGAT
65 TTTTAGGACAAAA-AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAGACATAACGAT
* ** * * *
110556 TT-GAATTAGCTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAAT
129 TTGGAATTA-CTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACCTACTAAC
* * * ** *
110607 TTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGG
1 TTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* *
110672 TTT---ATAACAAAAAG-TCATAACTATTTGAA
66 TTTAGGACAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAA
110701 CATGTTTAGA
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 43, Indels: 11
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 15 0.07
176 5 0.02
177 4 0.02
179 3 0.01
180 118 0.52
181 84 0.37
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (179 bp):
TTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGT
TTTAGGACAAAAAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAGACATAACGATTT
GGAATTACTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACCTACTAAC
Found at i:111417 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 111206--111706 Score: 499
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 177
111196 TAGTTTTTAT
* * * * *
111206 TAATTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTACATGAATAGAAATA
1 TAATTTTTAGAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTT-CATGAATAGAAATA
* * * * * *
111271 ATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAACGACTTAAAATAAATAATTGTTCAAATGGACATGA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT-TTCAAA-AGACATGA
* ** *
111336 CTATTTGAACTTA-TTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-CTAC
127 CTATTTGAACTAACTCAG-CAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTC-AC
* ** *
111387 TAATTTTTAGAGTATTAATCAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGT-ATGAATAGAAAT
1 TAATTTTTAGAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AA-TT-TCATGAATAGAAAT
* *
111451 AATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAAATTTTCAAACA-ATCAT
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAAT-AATTTTCAAA-AGA-CAT
* * * ** *
111515 GACAATTTAAACTAACTCAGCAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTCAT
125 GACTATTTGAACTAACTCAGCAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTCAC
* * *
111568 TAATTTTTGGAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATACATTTCTATGAATAGAAAC
1 TAATTTTTAGAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-ATTTC-ATGAATAGAAAT
* * * * *
111632 AATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATA
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT-TTC-AAAAGACATG
111697 ACTATTTGAA
126 ACTATTTGAA
111707 TGTGTTCAGA
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 43, Indels: 26
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 8 0.03
181 240 0.91
182 14 0.05
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (177 bp):
TAATTTTTAGAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTCATGAATAGAAATAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTTTCAAAAGACATGACTAT
TTGAACTAACTCAGCAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACTCAC
Found at i:112096 original size:183 final size:178
Alignment explanation
Indices: 111754--112204 Score: 500
Period size: 183 Copynumber: 2.5 Consensus size: 178
111744 TCGAAATCAG
* *
111754 CTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGTCATAACGATTTGAAA-AAAATAA
1 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * * *
111818 TAGTTCAAATGGACATGATTATTT-AAACTTGTTCGGTAAATTTTTTTTTTAAATCTCCAACTTA
66 TTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAAACCTGTTCGATAAATTTCTTTTTTAAATCTCCAACTTA
**
111882 TTAATTTTTAGAATATTAATTTATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
131 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
*
111930 CTTGTATGAATAGAAAC-ATATGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAAAT
1 CTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAT
* * * *
111994 AATTGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACCCT-TTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAATCTT
64 AATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAAACCTGTTCGAT--A-A-ATTT-CTTTTTTAAATCTC
*** *
112058 TTGCTTATTAATTTTTTA-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
124 CAACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
* * * * * * * * *
112113 TTTTTATGCACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTAGAAAT-AGATA
1 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAATA
*
112177 ATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA
65 ATTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAA
112205 TATGTTTAGA
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 34, Indels: 16
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 31 0.13
177 20 0.09
178 30 0.13
179 4 0.02
180 1 0.00
181 1 0.00
182 33 0.14
183 100 0.43
184 8 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAATAA
TTGTTAAAATAGTCATAATTATTTGAAACCTGTTCGATAAATTTCTTTTTTAAATCTCCAACTTA
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA
Found at i:112324 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 111880--112324 Score: 429
Period size: 183 Copynumber: 2.4 Consensus size: 182
111870 ATCTCCAACT
* ** * ** * *
111880 TATTAATTTT-TAGAATATTAATTTATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGA
1 TATTAATTTTATA-AATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAACAAA
* * * *
111944 AAC-ATATGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAAATAATTGTTTAAATAG
65 AACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTAGAAATAAAATAATTGTTAAAATAG
* * * * *
112008 TTATAATTATTTGAACCCTTTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAATCTTTTGC
129 TCATAACTATTTGAAACCTTTAGATAAACAGATTTACTTTTTGAAATCTTTTGC
* * * ** * *
112062 TTATTAATTTTTTAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTTTATGCACAGA
1 -TATTAATTTTATAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAACAAA
* * * *
112127 AACAATTGGTTTATGACAAAATAAAAGGTAATAATGATTAGAAAT-AGATAATTGTTAAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTAGAAATAAAATAATTGTTAAAATAGT
** * * *
112191 CATAACTATTTGAATATGTTTAGA-AAATATATTTA-TTTTTGAAATTTTTATG-
130 CATAACTATTTGAA-ACCTTTAGATAAACAGATTTACTTTTTGAAATCTTT-TGC
* * *
112243 TATTAATTTTATGAATTTTAGTAAATTTA-AATTATTTT-TTTTCGAAATAAGCTTACATGAACA
1 TATTAATTTTATAAATTTTAATAAA-TTAGAATTATTTTATTTT-G-AATAAACTTACATGAACA
112306 AAAACCAATTGTTTTATGA
63 AAAA-CAATTGTTTTATGA
112325 TAGATAATTG
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 36, Indels: 17
0.80 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.02
180 31 0.14
181 31 0.14
182 53 0.24
183 95 0.44
184 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (182 bp):
TATTAATTTTATAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAACAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAATGATTAGAAATAAAATAATTGTTAAAATAGTC
ATAACTATTTGAAACCTTTAGATAAACAGATTTACTTTTTGAAATCTTTTGC
Found at i:112450 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 112170--112450 Score: 326
Period size: 154 Copynumber: 1.8 Consensus size: 154
112160 ATGATTAGAA
* *
112170 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATATGTTTAGAAAATATATTTATTTTTGAAA
1 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATATATTCAGAAAATATATTTATTTTTGAAA
* * * **
112235 TTTTTATGTATTAATTTTATGAATTTTAGTAAATTTAAATTATTTTTTTTCGAAATAAGCTTACA
66 TTTTTATGCATTAATTTTATGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTACTTCGAAATAAGCTTACA
112300 TGAACAAAAACCAATTGTTTTATG
131 TGAACAAAAACCAATTGTTTTATG
* *
112324 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGGTAAACATA-ATTT-TTTTT-
1 ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA-TATATTCAG-AAA-ATATATTTATTTTTG
* * *
112385 TAATTATCTTACT-CATTAATTTT-TAGAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTTACTTC-AGATA
63 AAATT-T-TTA-TGCATTAATTTTAT-GAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTACTTCGAAATA
112446 AGCTT
123 AGCTT
112451 GTACGAACTG
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 12, Indels: 16
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
153 4 0.04
154 57 0.53
155 42 0.39
156 4 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (154 bp):
ATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAATATATTCAGAAAATATATTTATTTTTGAAA
TTTTTATGCATTAATTTTATGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTACTTCGAAATAAGCTTACA
TGAACAAAAACCAATTGTTTTATG
Found at i:112701 original size:511 final size:510
Alignment explanation
Indices: 111881--112817 Score: 1133
Period size: 511 Copynumber: 1.8 Consensus size: 510
111871 TCTCCAACTT
** * ** *
111881 ATTAATTTTTAGAATATTAATTTATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
1 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTACGAATAGAAA
* * * * * *
111946 CATATGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAAAATAATTGTTTAAATAGTTA
66 AATATCTTTTATGACAAAAAAAAATATCATAATAATTTGAAATAAAATAATTATTTAAATAGTCA
* *
112011 TAATTATTTGAACCCTTTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTA
131 TAATTATTTGAACCCTTTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAATCTTTTACGTATTAA-----TA
* * * * * * * *
112076 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTTTATGCACAGAAACAATTGGTTTAT
191 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTAT
* * * * *
112141 GACAAAATAAAAGGTAATAATGATTAGAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTTGAA-
256 GACAAAACAAAAAGTAATAATAATTAGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACAATTTGAAC
* * * * * *
112205 TATGTTTAGAAAATATATTTATTTTTGAAAT-TTTTA-TGTATTAATTTTATGAATTTTAGTAAA
321 T-TGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTGAAATCTTTTACT-TATTAATTGTATGAATATTAATAAA
*
112268 TTTAAATTATTTTTTTTCGAAATAAGCTTACATGAACAAAAACCAATTGTTTTATGATAGATAAT
384 TTT---TTA-TTTTATTCGAAATAAGCTTACATGAACAAAAACCAATTGTTTTATGATAGATAAT
112333 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATAATTTTTTTTTAATTATCTTACT
445 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATAATTTTTTTTTAATTATCTTACT
112398 C
510 C
*
112399 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTACTTCAG-ATAAGCTTGTACGAACT-GA
1 ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCAGAATAAACTTGTACGAA-TAGA
* * * *
112462 AATAAT-TCTTTTATTACAAAAGAAAAATGTCATAATAATTTGAAAT-AGATAATTATTTAAATG
64 AA-AATATCTTTTATGACAAAA-AAAAATATCATAATAATTTGAAATAAAATAATTATTTAAATA
* * ** * * *
112525 GTCATCATTATTTGAA-CTTGTTTTATAAATATATTTATTTTTTTAAATCTTTTACGTATT-A-A
127 GTCATAATTATTTGAACCCT-TTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATA
*
112587 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
191 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTAT
* *
112652 GACAAAACAAAAAGTCATAGTAAGTT-GAAATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTGA
256 GACAAAACAAAAAGTAATAATAA-TTAGAAATAAATAATTG-TTAAAATAGTCATAACAATTTGA
* * * *
112715 ACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAA
319 ACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTATGAATATTAATAAA
**
112780 TTTTTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
384 TTTTTATTTTATTCGAAATAAGCTTACATGAACAAAAA
112818 ATTTTATTTT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 55, Indels: 30
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
508 29 0.08
509 3 0.01
511 132 0.37
512 33 0.09
513 1 0.00
517 3 0.01
518 126 0.36
519 27 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (510 bp):
ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCAGAATAAACTTGTACGAATAGAAA
AATATCTTTTATGACAAAAAAAAATATCATAATAATTTGAAATAAAATAATTATTTAAATAGTCA
TAATTATTTGAACCCTTTCGATAAACAGATTTACTTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATAAATAT
TAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAA
AACAAAAAGTAATAATAATTAGAAATAAATAATTGTTAAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTT
CAGAAAACAAATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTAATTGTATGAATATTAATAAATTTTTAT
TTTATTCGAAATAAGCTTACATGAACAAAAACCAATTGTTTTATGATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATAATTTTTTTTTAATTATCTTACTC
Found at i:112738 original size:175 final size:173
Alignment explanation
Indices: 112328--113119 Score: 581
Period size: 178 Copynumber: 4.4 Consensus size: 173
112318 TTTATGATAG
* *
112328 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATAATTT-TTTTTTAATTAT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAA--AT
* * * ** * * *
112392 CTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTACT-TCAGATAAGCTTGTACG
63 C-T--T--TTACTTATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGA-ATAAGCTTGTATG
* * * * * *
112456 AACTGAAATAATTCTTTTATTACAAAAGAAAAATGTCATAATAATTTGAAATAG
122 AACAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAGTAATTTGAAATAA
* * * * * * * *
112510 ATAATTATTTAAATGGTCATCATTATTTGAACTTGTTTTA-TAAATATATTTATTTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATC
* *
112574 TTTTACGTATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTTGTATGAACAGAA
64 TTTTACTTATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
*
112639 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTAAGTTGAAATAA
129 A-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTAATTTGAAATAA
*
112685 ATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** * * * *
112749 TTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTTTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAAC
65 TTTACTTATTAA-AATATTAATA--AATTAA-TATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAAC
* * * ** *
112813 A-AAAAATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAAAGTGCTTTCAAATAA
125 AGAAAAA--TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTAATTTGAAATAA
* * * * * * *
112863 ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTTAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-T
* * * * * * *
112928 TTTATCATTAATTTTTAGATTATTAGTAAATTAGTATTAATTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGA
65 TTTA-C-TT-A---TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * * *
112992 ACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAGAATGTCATAATGATTTAAAATAG
123 ACAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTAATTTGAAATAA
** * * * * * * * * * *
113044 ATAATTAATCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCAATAAATATATTTATTTCTAAAATTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
113109 TTACTTATTAA
66 TTACTTATTAA
113120 TTGTCGATAT
Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 29 0.06
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185 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (173 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
TTACTTATTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA
ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTAATTTGAAATAA
Found at i:113062 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 112324--113152 Score: 766
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
112314 TTGTTTTATG
* * * *
112324 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACATAATTT-TTTTTTAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT-ATTTATTTTTTAA
* * * *
112388 TTATCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTACTTC-AGATAAGCTTG
65 ATCTTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA-ATAAGCTTG
* * * * *
112452 TACGAACTGAAATAATTCTTTTATTACAAAAGAAAAATGTCATAATAATTTGAA
128 TATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAATGTCATAATAATTTGAA
* * * * *
112506 ATAGATAATTATTTAAATGGTCATCATTATTTGAACTTGTTTTA-TAAATATATTTATTTTTTTA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTA
* * *
112570 AATCTTTTACGT-ATT-A-----A-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAACTT
64 AATCTTTTAC-TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTT
* * * *
112627 GTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTAAGTTGAA
127 GTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAA
* * ** *
112681 ATAAATAATTGCTT-AAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
1 ATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAA
*
112745 ATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT--T-TTATTTTATTCGAAATAAGCTT
65 ATCTTTTACTCATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTT
* * * ** *
112805 GTATGAAC--AAAAAATTTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTA-AAGTGCTTTCAA
127 GTATGAACTGAAACAA--TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TAATTTGAA
* * * * *
112859 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAAATTGTTTAGTAAACATATTCATTTTTTAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * *
112924 TCTTTTTA-TCATTAATTTTTAGATTATTAGTAAATTAGTATTAATTTATTTCGAATAAGCTTAT
66 TC-TTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGT
* * * * *
112988 ATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAGAATGTCATAATGATTTAAA
129 ATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAA
* * * * * * * *
113040 ATAGATAATTAATCAAATAGTCATGATTATTTGATCTAGTTCAATAAATATATTTATTTCTAAAA
1 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * *
113105 TTTTTTACTTATTAA-TTGTCGATATATTAATAAATTAGTATTAGTTTA
66 TCTTTTACTCATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
113153 ATCCAAATAA
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 85, Indels: 69
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 23 0.04
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
TCTTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTAT
GAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAA
Found at i:113512 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 113169--113661 Score: 496
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
113159 ATAAGGATTA
* * * * *
113169 ATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA--G-TTTTTGAC
1 ATAACTATTTGAACTGGTTAG-TAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTATTGATTTTTGAA
* * * * * * * * * *
113231 ATATTAACATATTAGTGTTACTTTATTCCAGAACAAACTTA-TATTAACAAAAATATTTGTTTTA
65 ATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCA-AATAAGC-TAGTATGAACAAAAAAAATTATTTTA
* * * * ** *
113295 TGACAAAACAAAGGGTCATATTTATTTGCAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-
128 TGACAAAACAAAAGCTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
* *
113347 ATAACTATTTGAATTGGTTAAGTAAAGAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTGATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTGGTT-AGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTGATTTTTGA
* * *
113412 AATATTAATA-ATTTGTTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAAACTTATTTT
64 AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA--CAAAAAAAATTATTTT
* *
113476 ATGACAAAATAAAAGCTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCT
127 ATGACAAAACAAAAGCTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
* * * *
113530 TTAAATATTTGAACTGGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTGGTT-AGTAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTGATTTTTG
** * * * *
113594 AAATATTTTTAGATTAATATTATTTCATTCCAAATAAGTTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTA
63 AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAAAAATTATTTTA
113659 TGA
128 TGA
113662 TAGTACAAAA
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 42, Indels: 18
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 43 0.16
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184 30 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
ATAACTATTTGAACTGGTTAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTATTGATTTTTGAAA
TATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAACAAAAAAAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGCTCATAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT
Found at i:114156 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 113676--114668 Score: 675
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
113666 ACAAAAGGTT
* * *
113676 ATAACAATTTGAAGTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTG
* * * * ** ** *
113737 AGAGATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAAGCAATTGTTAT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTT
* * * * ** * * * *
113802 ATGACCAAACAAAGGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGACC
128 ATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * *** * * * * * * *
113855 ATAATTATTTAAACTGATTCAATAAACAAATTCACTATGTAAA--TC--ACTTAATAATTTTTGC
1 ATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGA
* * * * *
113916 AATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTGAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
* ** * *
113981 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAATC
130 AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * *
114032 TTAACTGTTTGAACTGCTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGGTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGA
* * * * *
114097 AATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAGCAATTGTTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * *
114162 AATAGAACAAAAGATTTTGACAATTTGAAATAGGTAATTGTT----T--T-
130 AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * *
114206 A-AACTA---GAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAAGTTTTG
* * * * *
114266 AAATATTAATAAATTAGTTTTCTTTTCTTTCAAATAGGCTTGTACGGTGAA---AAACAATTGTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTA---TGAACTGAAACAATTGTT
* * **
114328 TTATGACAAAAC-AAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTC
126 TTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * * * * *
114382 ATAATTATCTGAACTGATTGGATAAAC----TGA--CTTTAAATCTC-AACTTATCAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTGTTTGG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGA
* * ** * *
114440 AATATTATTAAAGTAACATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
* * **** * * *
114505 AATAAAACAAAAGGTTATGTTTATTTTAAATA-ATAATTATTCAAATAGTC
130 AACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * **
114555 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTTTAATTTTTTGTTTATTAAGTTTTT
1 ATAACTATTTGAAC-TGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAG-TTTT
* * * *
114620 G-AATGTTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTGTGAAC
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
114669 AAAATGATTT
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 145, Indels: 74
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 29 0.05
170 102 0.16
171 1 0.00
173 110 0.17
174 31 0.05
175 2 0.00
176 3 0.00
177 91 0.14
178 65 0.10
179 30 0.05
180 17 0.03
181 145 0.23
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATAACTATTTGAACTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATA
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
Found at i:114643 original size:524 final size:523
Alignment explanation
Indices: 113692--114656 Score: 1158
Period size: 524 Copynumber: 1.8 Consensus size: 523
113682 ATTTGAAGTA
* *
113692 GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAATTAGTAT
1 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
113757 TATTTTGTTTCGAATAAGCTTGAATGTTCAAAAAGCAATTGTTATATGACCAAACAAAGGGTAAT
66 TATTTTCTTTCAAATAAGCTTGAACGGTCAAAAAGCAATTGTTATATGACAAAACAAAGGGTAAT
** * *
113822 AATGATTTAAAATAGATAATTGTTGAAATGACCATAATTATTTAAACTGATTCAATAAACAAATT
131 AACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATCTAAACTGATTCAATAAAC--A-T
* * **
113887 CACTATGTAAATCACTTAATAATTTTTGCAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
193 CACTATGTAAATCACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTCAAATAA
* *
113952 GCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
258 GCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * * *
114017 ATTGTTTATATAATCTTAACTGTTTGAACTGCTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
323 ATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGCTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
114082 CTTATTAAGGTTTGAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTG
388 CTTATTAAGGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTG
114147 AAGCAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGATTTTGACAATTTGAAATAGGTAATTGTTTTAAACTA
453 AAGCAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGATTTTGACAATTTGAAATAGGTAATTGTTTTAAACTA
114212 GAACTG
518 GAACTG
* *
114218 GTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
1 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
* * * * * * *
114282 GTTTTCTTTTCTTTCAAATAGGCTTGTACGGTGAAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GT
62 GTATTATTTTCTTTCAAATAAGCTTGAACGGTCAAAAAGCAATTGTTATATGACAAAACAAAGGG
* * ** * **
114345 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTCATAATTATCTGAACTGATTGGATAAAC-
127 TAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATCTAAACTGATTCAATAAACA
* * *
114409 TGACT-T-TAAATCTCAACTT-ATCAATTTTTGAAATATTATTAAAGTAACATTATTTTATTTCG
192 TCACTATGTAAA--TC-ACTTAAT-AATTTTTGAAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTCA
* * * * * ** * *
114471 AATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTATGTTTATTTTAAAT
253 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * *
114536 A-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTTTAA
318 AGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-TGCTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAA
* * ** * * *
114599 TTTTTTGTTTATTAAGTTTTTG-AATGTTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAA
381 TCTCTTACTTATTAAG-GTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
114657 GCATGTGTGA
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 64, Indels: 24
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
521 4 0.01
522 1 0.00
523 48 0.13
524 147 0.40
525 13 0.04
526 16 0.04
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528 24 0.07
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ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (523 bp):
GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTAT
TATTTTCTTTCAAATAAGCTTGAACGGTCAAAAAGCAATTGTTATATGACAAAACAAAGGGTAAT
AACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATGACCATAATTATCTAAACTGATTCAATAAACATCAC
TATGTAAATCACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAACATTATTTTATTTCAAATAAGCT
TGTATGAACTAAAACAATTATTTGATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGCTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAAGGTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAACTGAAG
CAATTGTTTTATAATAGAACAAAAGATTTTGACAATTTGAAATAGGTAATTGTTTTAAACTAGAA
CTG
Found at i:115168 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 114671--120103 Score: 2737
Period size: 180 Copynumber: 30.3 Consensus size: 181
114661 GTGTGAACAA
* * * * *
114671 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTTGACAAACACA-
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGAT
* * * * * ** *
114734 TT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAACATTTTAGTAT
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * *
114797 G-AATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTATTTTATGATAAAAC-AAAGATCAT
128 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
114849 AACGATCT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAAAT
1 AATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
*
114913 TTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTG
** *
114974 -AATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** *
115026 AATGATTTAAAATAGATAACAGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * *
115091 TATTTTTTAAATCTTTTTCTTTTTAATTTTCT-TAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTG
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG
*
115154 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * * * * * * *
115206 AGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACAAAATTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * * * * *
115271 CATTTTTTAAATATCTTAATTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAATTTGGTATTATTTTATTTCA
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* * * * * *
115335 AATAAACTTATATGAATTGAAACAATTCTTTTCTAACAAAACAAAAGGTCAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * ** *
115387 ACTGATTTGAAATA-ATTAATTATTCGAATAGTCA-AGGTTATTTG-ATTTAGTTC-AGTAAACA
1 AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACA
* * * * * ** *
115448 TATTTA--TTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
62 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * * *
115511 CCAAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTTAT
127 TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
115566 AATGATTTGATATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTTGATAAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * * * **
115630 TTATTTTTTAAA--T-AT-GTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTGTTCCA
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
* * * * * *
115691 AATAAACTTATATGAACA-AAGACATTTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTCAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * * *
115743 AACAATTTGAAATAGATAATTGTCCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTT-AAGTAAAAAAAA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-T-AAACAGA
* * * * *
115807 TTAATTTTTCAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TTC
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * * * *
115867 AGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTCAT
129 A-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * ** *
115921 AAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATCTAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAAT
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * * * ** **
115985 TTA-ATTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGTTTAGTATTATTTTATTCCA
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA
** * * * * * * *
116049 AATAAGCTTGTACAAACATAAATAATTATTTTATAACAGAATAAAAGGTTAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * * * * * * * *
116101 AGCAATTTGAAGTATACAATTCTTCTATTATTCAAATAGTCCT-ACTATTTGAGCTAGTTTGGTA
1 AATGATTTGAA--ATA-GA----T-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
* * *
116165 AAAAGATTTATATTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTT
58 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * * * * * * ** * *
116230 TATTTCAAATAGGCTTAAATTATTAAAAACATTTGTTATATGACCAAACAAAACATAAA
123 TATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
116289 AACAATTTGAAATCGATAA---TT---ATGGTC-TTACTTATTTGAA-ATGATTC-AGTAAACAA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAG
* * ** * *
116345 ATTTATTTTTT-AA-GTC--ATTTATTAATTTTTGGGATATTAATAATTTA-CATTATTTTATTT
63 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* ** * *
116405 TG-AATAAACTTGTATGAACT-GAAATGATTGTTTTATGA-AAAACAAAAAGTCAT
127 TGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* ** * * *
116458 AATGATTT-ACAATAGATAATTATTCTTATAGTCTTTAACTGTTTGAAC-TGCTTCAATAAACAG
1 AATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAG
* **
116521 ATCTATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTCAAAATATT-ATCAAATTAGTATTATTTTAT
63 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
116584 TCT-TAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACAGAACAAAAAGTTAT
126 T-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGAT
* *
116692 TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
65 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * *
116756 AAATAGGCTTGTGTG-AT-G-AA-AA-TATTGTT-TTAC--GAC--AA----AT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATT-TTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
116796 AATGATTTGAATTATATAATTGTTGAAATGGCCAAAATTATTTGAACTAAT-TTAG-TAAATAGA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGATAAACAGA
* * * * * * *
116859 TTCACTTTTTAAA----TTACTTAATAATTTTTGGAATATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTC
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * *
116920 AAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCGT
129 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * * * * * *
116973 AATGGTTTTAAATATACAACTGCTCAGATAGTCGTAACTATTTGAATTTATTCAAAAAAATAGAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAACAGAT
* * * *
117038 TTATTTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTATTT
65 TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTT
* * * * *
117103 G-CATAAGCTTTTGTGAACT-GCAACAA-TATTTTTATAACAAAAC-AAAGGTCAT
128 GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** ** *
117155 AATGATTTTAAATA-AGTAATTGTCCAAATAGTCATAAGAATTTGAGTTTGTTC-AGTAAATAGA
1 AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGA
* * * * *
117218 TTTATTTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTGATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGGATT-TTTTAT
64 TTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
117281 TTCG-AATTAGCATGTATG-ATATGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAG
126 TT-GAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * ** * * ** * * *
117337 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAATTATTTAAACAAGTTTGACAAACACATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * **
117402 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATAATTTT--AATATTATTAAATTAGTTTTATTTTTAACC
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT--TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT-ATT
* * * * * *
117465 T--AATAAACTTCTACG-ATCAGAAACGATTGTTTTATGACAAAA-ACAAAGATCAT
127 TGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGGTCAT
** * * * * * *
117518 AACAATTTGATATTA-ATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCGAA-TTGGTTTGATAAACAAA
1 AATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGA
* * *
117581 TTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATT
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT--AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * *
117646 TTG-AATAAGTTTGTGTG-ATAAAAAACAATTACTTTATAACAAAACAAAAGGTCAC
126 TTGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** * * *
117701 AACGATTTGAAATAGATTATTGTT-AGAATAAG-CATAATTATTTTAACTAATTCGGTAATCAAA
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* ** * *
117764 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGTCA---T-TTT-
64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* ** * * *
117824 -AATAAGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGCTTTATGCCAAAACAAAATGCCAT
129 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
117876 AATGATTTTAAACAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGGACTTGTGCGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * *
117941 T-TTTTTTAAAATCTCTTTCTTAATAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-
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* * * * *
118003 AAATAAGCTTATATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAG
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* * * ** ** * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAGA
* * ** * **
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* * *
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* * * * * * * * * * *
118233 AATGATTTGAAATTGAAAATCAG-TCATATGGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTTG-CAATCAGA
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* * * ** * * * * * * *
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64 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-
** * * * * * * *
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** * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * * * *
118656 TATCTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTCTG
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* * *
118720 -AATAAGCTTGTAT-AAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
129 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** *** * * * ** * * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * ** * *
118836 TATTTTTTAGAA-CTCTTAGTTATGAATTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTATGTTATTATG
66 TATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TG
* * * * * * * *
118900 -AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTAT-AGCAGAATAAAAGATTAT
129 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * ** * * **
118952 AACAATTTG-AATTGAT--TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-AA-TTCTTAAA
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* *
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* ** * * ** * * * * *
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* * *
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** * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * ** * * *
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1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
** * * * **
119582 TATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATTTTATTAAATTAGCATTATTTTTATCCG-
66 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGA
* ** *
119642 AATAAGCTTATATGCTTAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-ATCAT
130 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * *
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1 AATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGAT
* * * *
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* * * * * *
119820 G--ATAAGATTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAACGGTCAA
128 GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * *
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* * * * **
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* * ** * *
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* * * * *
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120104 AACAAAAATA
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* * * *
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* * * * * * *
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** ** *** ** * * *
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* ** * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
117598 TTATTTATTAAAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTA-TAATTTTATTTTGAATAAGTTTGTG
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* ** * * * *** * *
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* * * * * *
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* * * * * * *** *
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* * * * * *
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Statistics
Matches: 760, Mismatches: 194, Indels: 113
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Matches are distributed among these distances:
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184 14 0.02
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (183 bp):
TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAA
CTGAAACAATTGTTTTATAACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATATACAACTGCTCAAAT
AGTCATAACAATTTGAATTTATTCAAAAAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTC
Found at i:118122 original size:355 final size:351
Alignment explanation
Indices: 117036--118890 Score: 1047
Period size: 358 Copynumber: 5.2 Consensus size: 351
117026 AAAAAAATAG
* *
117036 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTTAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGT-TTTATTTTA-
* * * ** *
117101 TTGCATAAGCTTTTGTGAACTGCAACAATAT-TTTTATAACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTT
63 ----ATAAGCTTCTATGAACTGAAACAAT-TGTTTTATGCCAAAACAAAATG-CATAATGATTTT
* * * ** * *
117164 AAATAAGTAATTGTCCAAATAGTCATAAGAATTTGAGTTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTT
122 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGA-ATTGTTCGGTAAATAGA-TT-TTTTTTT
* * * * * * *
117229 CAAATCTTTTGCTTATTGATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGGATT-TTTTATTTCGAATTAGCA
184 AAAATCTTTT-CTTAATAATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTT-GAATAAGCT
* * * *
117293 TGTATGATATGAAACAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATT
246 TGTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
117358 ATTCTAATAGTTTTAATTATTTAAACAAGTT-TGACAAACAC
311 ATTATAATAGTTTTAATTATTTAAACTAGTTCAG-TAAACAA
117399 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATAATTTT--AATATTATTAAATTAGTTTTATTTTTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT--TTTTAAAATATTATTAAATTAGTTTTA--TTT-
* * * * * * **
117462 ACCTAATAAACTTCTACGATCAGAAACGATTGTTTTATGACAAAAACAAAGAT-CATAACAATTT
61 ---TAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG-CCAAAACAAA-ATGCATAATGATTT
* * * * * * * * * *
117526 GATATTAATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTCGAATTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT
121 TAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATT-GTTCGGTAAATAGATTT-TTTTTT
* *
117591 AAATATCTTATTTATTAA-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TAATTTTATTTTGAATAA
184 AAA-ATC-T-TTTCTTAATAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAA-TTTA-TTTGAATAA
* * * * * *
117654 GTTTGTGTGATAA-AAAACAATTACTTTATAACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGAT
243 GCTTGTATGA-AATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** * * * *
117718 TATTGTTAGAATAAG-CATAATTATTTTAACTAATTCGGTAATCAA
307 AATTATTATAAT-AGTTTTAATTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAA
* * * * *
117763 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAAAATATTAATAAATTAGTGTCATTTTAATA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTAATA
* * * *
117828 AGCTTGTATTAACTGAAACAATTGCTTTATGCCAAAACAAAATGCCATAATGATTTTAAACAAAT
66 AGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAATG-CATAATGATTTTAAATAAAT
* *
117893 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGGACTTGTGCGGTAAATAGATTTTTTTTTAAAATCTCTT
130 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTT-GAATTGTTCGGTAAATAGATTTTTTTTTAAAATCT-TT
* *
117958 TCTTAATAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAAATG
193 TCTTAATAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAAATG
* * * * *
118023 AAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAATTAGGTAATTATTTTAATAGT
257 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGT
** * * * * *
118088 TTTAACCATATGAATTGGTTCAGTAAAGAA
322 TTTAATTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAA
* * *
118118 ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATT-TTTATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTT-TTATTTTAAT
*** * ** * * * *
118182 CCAAAGAAGCT-TGTACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
65 ---AAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAATG-CATAATGATTTTAAA-
* * * * ** * * ** *
118246 TGAA-AATCAG-TCATATGGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTTG-CAATCAGATTTGTTTTTT--
125 TAAATAAT-TGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAAT-AGATTT-TTTTTTAA
* * * ** ** * * * ** *
118306 AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTGGGAATAATATTAAATTAGTAGTACTTTATTTCGAATAAAATA
186 AATCTT-TT-CTTAATAA-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTT-GAATAAGCTT
* * * * * *
118371 GTATGAACA--AAACCAATTGTTTGA-AAGAAAACAAATA-GTTATAACAATTTGTAATAGATAA
247 GTATGAA-ATGAAA-CAATTATTTTATAACAAAACAAA-AGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAA
*** * * ** * *
118432 TTATTCAT-ATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAATAG
309 TTATT-ATAATAGTTTTAATTATTT-AAACTAGTTCAGTAAACAA
* * * *
118475 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTTTATTTTGA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAG--TTTTATTTT-A
* * * * ** * * ** * * ** *
118540 ACAAACTTATATAAACAAAAAAAAATGTTTTATAACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATA
63 ATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAATG-CATAATGATTTTAAATA
* * * * * * * * *
118605 GATAACTGTTCACATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTCGGTAAATAGAATTATCTTCT-AAATC
127 AATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAATAG-ATTTTTTTTTAAAATC
* * * *
118669 TCTTACTT-ATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-TTCATTCTATTCTGAATAAGCTTGTA
190 T-TTTCTTAAT-AATTTTT-GAATGTTAATAAATTAGTATTAATT-TATT-TGAATAAGCTTGTA
* * * * * * * *
118732 T-AAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
250 TGAA-ATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * *
118796 -TGTATAATCTTAACTGTTTGAATTA-ATCTA-CAAACAA
314 AT-AATAGTTTTAATTATTTAAACTAGTTC-AGTAAACAA
* * * * *
118833 ATCTATTTTTTAGAA-CTCTTAGTTATGAATTTTAAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 ATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTTTTAT
118891 GTTATTATGA
Statistics
Matches: 1137, Mismatches: 279, Indels: 159
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
354 7 0.01
355 166 0.15
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357 214 0.19
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361 5 0.00
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365 11 0.01
367 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (351 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTAATA
AGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGCCAAAACAAAATGCATAATGATTTTAAATAAATA
ATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAATAGATTTTTTTTTAAAATCTTTTCT
TAATAATTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAAC
AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTTTTA
ATTATTTAAACTAGTTCAGTAAACAA
Found at i:118697 original size:178 final size:180
Alignment explanation
Indices: 118398--118795 Score: 469
Period size: 178 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
118388 TGTTTGAAAG
* * * * *
118398 AAAACAAATAGTTATAACAATTTGTAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
1 AAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
* * * * *
118463 TTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAG-
66 TTCGGTAAATAGAATTACTTTCTAAATCTCTTACTGATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * *
118527 T-ATTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAAAAAATGTTTTATAAC
131 TCATTCTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAAAAAATATTTTATAAC
* * * * *
118576 AAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTCACATAGTTATAATTATTTGAACTGG
1 AAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
*
118641 TTCGGTAAATAGAATTA-TCTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
66 TTCGGTAAATAGAATTACT-TTCTAAATCTCTTACTGATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * * **** * * *
118705 TTTCATTCTATTCTGAATAAGCTTGTATAAGTTGAAATAATTATTTTATGAC
130 -TTCATTCTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAAAAAATATTTTATAAC
* * *
118757 AAAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
1 AAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
118796 TGTATAATCT
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 33, Indels: 5
0.83 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.01
178 111 0.61
180 1 0.01
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
TTCGGTAAATAGAATTACTTTCTAAATCTCTTACTGATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
TCATTCTATTCTGAACAAACTTATATAAACAAAAAAAAATATTTTATAAC
Found at i:119138 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 119025--119158 Score: 189
Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
119015 AATTAGTATT
119025 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTAAAAAAATAATTATTTAATGACAAAAC-AAAAAAAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTAAAAAAATAATTATTTAATGACAAAACGAAAAAAAATAA
119089 CA
66 CA
* * ** * * * *
119091 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTGTGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGATAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTAAAAAAATAATTATTTAATGACAAAACGAAAAAAAATAA
119156 CA
66 CA
119158 A
1 A
119159 ATTGAAATAG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 8, Indels: 1
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
66 47 0.80
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ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (67 bp):
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTAAAAAAATAATTATTTAATGACAAAACGAAAAAAAATAA
CA
Found at i:119854 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 119125--120103 Score: 619
Period size: 179 Copynumber: 5.5 Consensus size: 175
119115 GTTGAAAAAT
* * * ** * * *
119125 AATTGTTTTATGACAAAACGAAAGATAATAACAAATTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-GACCAT
1 AATTATTTTATGACAAAAC-AAAAATCATAA-TGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAT
* * * * * * * *
119189 AATTATTTGAACTAATTTAGTAAACTGA-TTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATATTCT-
63 AACTATTTGAACT-AGTTCGAAAAAT-ACTTTA-TTTTTTAAATCTCTTG-ATAATAAT-TTTTG
* * * *
119252 AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTTGATAAAG-TTTTATGAATTGAAAT
123 AAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTA-TTTAGAT-AAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * * * *
119307 AATTGTTTCATGACCAAATAAAAGTTCATAACGATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATAATCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * * *
119372 ACAATTTAAACCTA-TTCGATAAATAAATTAATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTAA
64 ACTATTTGAA-CTAGTTCGAAAAAT-ACTTTATTTTTT-AAATCTCTTG-ATAATAATTTTTGAA
* * *
119436 ATGTTAATAAATCAGTATTTATTTT-TTTAAATAAGCTTGTATGAGCTGAAA-
125 ATATTAATAAAT-AGTA-TTATTTTATTTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * * *
119487 ATATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTTACAATGATTTCAAATACATAATTATTCTAATAGTCTT
1 A-ATTATTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * **
119552 AACCATTTAAACTAATTC-AACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-AT--TAATTTTCAAAA
63 AACTATTTGAACTAGTTCGAA-AAATAC-TTTATTTTTTAAATCTCTTGATAATAATTTTTGAAA
* * * ** *
119613 TTTTATTAAATTAGCATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTATATG--CTTAGAAAC
126 TATTAATAAA-TAGTATTATTTTAT-TTAG-ATAAGCTTGTATGAAC-T-GAAAC
* * *
119665 AATT-TTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGACTTAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
119729 CTATTTGAAGTAGTTCGAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGAATAATAATTTTTGAAATA
65 CTATTTGAACTAGTTCGAAAAATA-CTTTATTTTTTAAATCTCTTG-ATAATAATTTTTGAAATA
* * *
119794 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGATAAGATTTTATGAACTGAAAC
128 TTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * ** * * *
119843 AATTGTTTTATGGCAAAACAAACGGTCAAAATGATTTTCAATAGATAATTGTTCAATTAGTCATA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAA-AATCATAATGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
119908 TCTATTTGAGCTTGTTTGATAAACATA--AT-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATCAATTTTTTG-A
64 ACTATTTGAACTAGTTCGA-AAA-ATACTTTATTTTTTAAATCTCTTGATAAT-AA-TTTTTGAA
* * * *
119969 ATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAT
125 ATATTAATAAAT-AGTATTATTTTATT-TAGATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * * * * *
120022 AATTATTTTATGACTAAACAAAACTTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTA
1 AATTATTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
120087 ACTATTTGAACTAGTTC
64 ACTATTTGAACTAGTTC
120104 AACAAAAATA
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 125, Indels: 89
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 72 0.11
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177 26 0.04
178 67 0.11
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180 67 0.11
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183 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (175 bp):
AATTATTTTATGACAAAACAAAAATCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTAGTTCGAAAAATACTTTATTTTTTAAATCTCTTGATAATAATTTTTGAAATATTA
ATAAATAGTATTATTTTATTTAGATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
Found at i:120520 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 120123--123615 Score: 2501
Period size: 181 Copynumber: 19.5 Consensus size: 181
120113 ATTTAATTTT
* * * * * * *
120123 TATTATTAAATTAATATTATCTTAATCCAAATAAGCTTTTATGAA-A-AAATCAATTGTTTT-TG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTTATG
* ** ** * *
120185 ACAAAATAATGA-TCATAACAATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * *
120248 -TGATTCGGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAA
129 TTG-TTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * ** * *
120297 TATTAATAAATAAGCATTATTTTATCCTAAA-AATTTTTGTAAGAATAGAAATAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * *
120361 ACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAACATGATTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
120425 CTATTTAGTCAACAAATTTATTTTTTAGATCTCTCACCTATTAATTTTTAGCA
129 TTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
120478 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATGG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
120543 CAAAAAAAAGAGAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTTGAG
66 CAAAACAAA-A-AG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * *
120608 CTTGCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-----TA-TT-TT-A--CTT---A
128 CTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * **
120649 -A-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACTATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * *
120712 CAAAACAAAATG-CTATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACAATTATTTGAA-
66 CAAAACAAAAAGTC-ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * * *
120774 TGTGCTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATTTC-TACATAGTAATTTTTGGAA
129 T-TGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
120827 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TAGAATAAGCTTTTATAAACATAAACAATTGTTTAAT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * ** * *
120890 GACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTAAAC
64 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * *
120955 TTGTACAGTAAACATATTCATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTCTA-AA
129 TTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAA
* * * * * * *
121008 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATG
** * * * * * * * * *
121072 ATGAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATGGATAATTATTTAAATATTTATGATTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * *
121137 TGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTACAATTTTTTACTTATTAATTGTTAAAA
130 TGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * * *
121189 TATTAATAAATTAATAGTATTTCAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTACGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * *
121254 CAAAGCAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
66 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
121319 ATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACGTATTAATTATTT-TAA
131 GTTTAGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAGAA
* * *
121371 TATTAATAAATTTGTATTACTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATGGCAAA-AATTATTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTAT
* * * * *
121434 GATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
121499 TTGTTTAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTAGAA
129 TTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
121552 TTTTAATAAATTAGAATTATGTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTGTG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * *
121616 ATAAAACAAAAGGTTATAACT-ATTTAAAACAGATAATTGTTGAACT-TTCATAACTATTT-ACA
65 ACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-A
* ** ** * * * * *
121678 CTGGTCAAGCCAATAGATTTATTTTTTAAATCTATTGCTTATTACTTTTTATAA
128 CTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
121732 TATTAATAAATTAGCATTAATTTATTCCAAATAAGAC-TG--T--ATA-AAA-AATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* ** * *** * * ** * *
121790 ATAAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTTGTAAATAATTGAACT
65 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
121855 AGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTT-AAT-TCTTACTTATTAATTTTCAAAA
130 TGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * * *
121905 TATTAATGAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAACTTATTTGAACAAAAAC-ATTAGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA-TTTTATG
* * * *
121969 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATAATTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** *
122034 GGTTCAAAAAATAGAA-TTAGTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTT-GAAA
130 TGTTTAGTAAATA-AATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * * * *
122087 TATTAATAAATTTGT-TTATTTTATTCCAAATAAG-TTAGTAAGAATTGAAAAAAATTATTTTAC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAATAG-AAACAATTATTTTAT
* * * * * * * *
122150 AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTT-AAA
64 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
122214 TTCG-TTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAA
129 TT-GTTTAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
122268 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTA--A
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * ** * * *
122331 CAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAA-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
66 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
122394 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAATTATT-GAAA
131 GTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * * * *
122445 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACTATTATTTTATC
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATG
* * * *
122509 A-AAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-GACCATAATTATTTGAA
65 ACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * *
122571 C-TGATTT-GATAAATTGAA-TTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTA-AA
128 CTTG-TTTAG-TAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAA
* * * ** * *
122625 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACT-GAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * *
122689 ATAAAATAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATT
65 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
122754 TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA
130 TGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * *
122807 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAACAAGCATGTATGAACTA-AAACAACTATTTTATA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
122871 ACTAAAC-AAAAGCCCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAAC
65 ACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
122935 TAGATTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT-ATACTTATTAATTTTTAGAA
129 TTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** * *
122987 TATTATTAATTTAACAATATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTA-G
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
** * * * *
123050 AACAAAATGAAGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAAC
65 -ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
123114 -TGATTCAGTAAA-AAGATTTAGTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTT-GAAA
129 TTG-TTTAGTAAATAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * ** * * *
123163 TAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAATTTTGTATGAATAGCAATAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
123228 TAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTATATGAACTT
66 CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
123293 GTTTGGTAAACAGATTAATTTTTTAAGTCT-TCAACTTATTAATTTTTAAAA
131 GTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * **
123344 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAATAGAAACAATTGCTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * *
123409 TAAAA-AAAAAGATTATAACGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATAACAATTTGAACT
66 CAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
123473 TGCTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAG
130 TGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
123524 TATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTTGAATAAGTTTGT-TTAAGTAGAATA-AATTGA-TTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA-ACAATT-ATTTTA
* **
123586 TGACAAAATAAATGGTCATAACT-ATTTGAA
63 TGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAA
123616 TGTGTTCAGA
Statistics
Matches: 2626, Mismatches: 559, Indels: 262
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
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185 1 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
Found at i:120770 original size:350 final size:345
Alignment explanation
Indices: 120355--123516 Score: 742
Period size: 361 Copynumber: 8.9 Consensus size: 345
120345 AAATAATTAT
* *
120355 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAACATGATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGAACA-GATTATT
* * ** * * * *
120420 TGAACCTATTTAGTCAACAAATTTATTTTTTAGATCTCTCACCTATTAATTTTTAGCATATTAAT
65 TGAACCTACTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-ACATAGTAATTTTTAGAATATTAAT
* * *
120485 AAA-TTAGTATTATTTTATTATA-AATAAACTTGTA-AGAATAGAAACAATTATTTTATGGCAAA
129 AAATTTA-TATTATTTTATT-TAGAATAAACTTGTATA-AACAGAAACAATTATTTAATGACAAA
* ** * * *
120547 AAAAAGAGAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTG
191 AAAAA-AG-G-TCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTG
* *
120612 CT-CGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATT-TTACTTAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
253 -TACAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TTCTTACTTAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
120675 GAATAAACTTGTATGAATAAAAACTATTGG
316 GAATAAACTTGTATGAATAAAAACTATTGG
* * *
120705 TTTATGACAAAACAAAATG-CTATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACA-ATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT-G-AACAGATT
** * * * * *
120767 ATTTGAATGTGCTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTACATAGTAATTTTTGGAATATTA
62 ATTTGAACCTACTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTACATAGTAATTTTTAGAATATTA
* * * *
120832 ATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTTTATAAACATAAACAATTGTTTAATGACAAAA
127 ATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTTAATGACAAAA
* * * * *
120897 CAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTACA
192 AAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTGTACA
* *
120962 GTAAACATATTCATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTTGTATTA
257 GTAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTA--C--------T-T--A-A-TAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
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307 TTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAAAAACTATTGG
** * * ** * * **
121066 TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATGGATAATTATTTAAAT-ATTTATGATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGA-ACA-GATTAT
* ** * * * * * * * *
121130 TTGAACTTGTTCA-ATAAACATATTCA-TTTTTACAATTTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATT
64 TTGAACCTACTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTA-AA-TCTCTACATAGTAATTTTTAGAATATT
* * * ** * * * * * *
121193 AATAAATTAATAGTATTTCAATCCA-AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTACGACAA
126 AATAAATTTATATTATTT-TATTTAGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTTAATGACAA
* * * * * * *
121257 AGCAAAAA-GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
190 A-AAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTGT
* * * * * *
121321 TCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACGTATTAATTATTTTAATATTAATAAATTTGT
254 ACAGTAAACAGATTCATTTTTT-AAA---TTT-C-------TTA-CTT-A-A-TAATAAATTAGT
* * *
121386 ATTACTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATGGCAAAAATTA-T--
303 ATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAAT---AAAAACTATTGG
* * * * * * * *
121429 TTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAGCTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGA-ACAGA-TTAT
* ** * * * * * * * * *
121493 TTGAACTTGTTTA-ATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTAGAATTTTA
64 TTGAACCTACTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTACATAGTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * * * ** *
121557 ATAAA-TTAGAATTATGTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTGTGATAA
127 ATAAATTTA-TATTATTTTATTT-AGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTTAATGACAA
* * * * * * * * * ** * *
121620 AACAAAAGGTTATAACTATTTAAAACAGATAATTGTT-GAACTTTCATAACTATTTACACTGGT-
190 AAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTGTA
** * * *
121683 CAAGCCAATAGATTTATTTTTTAAATCTATTGCTTATTACTTTTTATAATATTAATAAATTAGCA
255 C-AGTAAACAGATTCATTTTTTAAA--T-TT-C---TTAC----T-T-A-A-TAATAAATTAGTA
* *** *
121748 TTAATTTATTCCAAATAAGAC-TGTAT--A-AAAAATTA-T--
304 TTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAATAAAAACTATTGG
* ** * *** * *
121784 TTTATGATAAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT--ACTTGTAAATA
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGAAC-AG--ATTA
* * * * * * * * * *
121847 ATTGAA-CTAGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAATTCT-TACTTATTAATTTTCAAAATATTA
63 TTTGAACCTA-CTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTACATAGTAATTTTTAGAATATTA
* * * * * * * * *
121910 ATGAATTAATATTATTTTATTCCA-AACAAACTTATTTGAACAAAAAC-ATTAGTTTTATGACAA
127 ATAAATTTATATTATTTTATT-TAGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTA-TTTAATGACAA
* * * * * * * * * * *
121973 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTACAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT
190 AAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTGTA
** * * ** *
122038 CAAAAAATAGAATT-AGTTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-TG
255 CAGTAAACAG-ATTCA-TTTTTTAAATTTCTTAC---TTAA-TAAT--AA-ATTAGT--ATTAT-
* * * * **
122101 TTTATTTT-ATTCCAAATAAGTTAGTAAGAATTGAAAAA-AATTAT
308 TTTATTTTGA----ATA-AACTT-GTATGAA-T-AAAAACTATTGG
** * * * * *
122145 TTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATAT-AGCCTTA-ACTA
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGA-AC--AGATTA
* * * ** * *
122208 TTT-AA-ATTCGTTC-GACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATA
63 TTTGAACCTAC--TCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TACATAGTAATTTTTAGAATA
* * * * * * *
122270 TTATTACA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTT--TAA
124 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TAGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTTAATGA
* * * * *
122331 CAGAACAAAAA-GTTATAACAATTTGAAATATATAA-T-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
187 CA-AAAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * *
122393 GGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAATTATTGAAATATTAATAAATTA
251 TGTACAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-T--T-C-T--T-A--CTT---A-A-TAATAAATTA
*** ** * **
122458 GTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACTATTAT
301 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACTATTGG
* * * * * *
122503 TTTATCA-AAAAC-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGACCATAATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGAACA-GATTAT
** ** * *
122566 TTGAA-CTGA-TTTGATAAATTGAA-TTATGTTTTAAATCTCTAACTTA-TCAATTTTTTA-AAT
64 TTGAACCT-ACTCAGA-AAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCT-ACATAGT-AA-TTTTTAGAAT
* * * * * * * * *
122626 ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTATTTTATGAT
123 ATTAATAAATTTATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTTAATGAC
* * * * * * * * * *
122691 AAAATAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG
188 AAAAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTG
*** * * *
122756 TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
253 TACAGTAAACAGATTCATTTTTT-AAA--T-TT-C---TT-A---CTT-AA---TAATAAATTAG
* * * *
122821 TATTATTTTGTTTTGAACAAGCATGTATGAACTAAAACAACTA-T--
302 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-T-AAA-AACTATTGG
* * * * * * * *
122865 TTTATAACTAAAC-AAAAGCCCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-AGCCTTA-ACT
1 TTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGA-AC--AGATT
* ** * * * * *
122927 ATTTGAA-CTAGATTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTATACTTATTAATTTTTAGAATATT
62 ATTTGAACCTA-CTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTACATAGTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * * *
122991 -ATTAATTTAACAATATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTA-GA-A
126 AATAAATTT-ATATTATTTTATTT-AGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTTAATGACA
** * * ** * * * * * * *
123052 CAAAATGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAAC-TG
189 -AAAAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTG
* * * * * *
123116 ATTCAGTAAAAAGATTTAGTTTTTAAATATCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATT
253 -TACAGTAAACAGATTCA-TTTTTTAA-AT-TTCTT-A--CTT---A-A-TAATAAATTAGTATT
* ** ** *
123181 ATTTTATTCT-ATATAATTTTGTATGAATAGCAA-TAATTGT
306 ATTTTATTTTGA-ATAAACTTGTATGAATAAAAACT-ATTGG
* * * * * *
123221 TTTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAAT-AGACATGACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGA-ACA-GATTAT
* * ** ** * * * * * * * *
123285 ATGAACTTGTTTGGTAAACAGATTAATTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAA
64 TTGAACCTACTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TCTACATAGTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * *
123350 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTTTATAAATAGAAACAATTGCTTT-ATGATAAA
128 TAAATTTA-TATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATT-ATTTAATGACAAA
* * * * * ** * *
123413 AAAAAAGATTATAACGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATAACAATTTGAACTTGCT-
191 AAAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTG-TA
* * * * *
123477 TAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAT
255 CAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAT-TTCTTACTTAATAAT
123517 TTTAGAGTAT
Statistics
Matches: 2168, Mismatches: 450, Indels: 391
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
344 4 0.00
345 4 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (345 bp):
TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGAACAGATTATTT
GAACCTACTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTACATAGTAATTTTTAGAATATTAATAA
ATTTATATTATTTTATTTAGAATAAACTTGTATAAACAGAAACAATTATTTAATGACAAAAAAAA
AGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTAAACTTGTACAGTAA
ACAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTTAATAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTT
GTATGAATAAAAACTATTGG
Found at i:120796 original size:166 final size:169
Alignment explanation
Indices: 120481--120804 Score: 413
Period size: 166 Copynumber: 1.9 Consensus size: 169
120471 TTTAGCATAT
* * *
120481 TAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAACTTGTAAGAATAGAAACAATTATTTTATGGCAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAACTTGTAAGAATAAAAACAATTAGTTTATGACAA
* * *
120546 AAAAAAGAGAGATCATAATTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTTGAGCTT
66 AAAAAAGAGAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCACAACTATTTGAGATT
* *
120611 GCTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAA
131 GCTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTAA
* * * * *
120650 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACTATTGGTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAAACTTGTAAGAATAAAAACAATTAGTTTATGACAA
* * * * * * *
120715 AACAAA-A-TGCT-ATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTACAATTATTTGA-ATG
66 AAAAAAGAGAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTCACAACTATTTGAGAT-
* *
120776 TGCTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT
130 TGCTCAGAAAACAGATTTATTTTTTAAAT
120805 TTCTACATAG
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 22, Indels: 5
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.01
166 66 0.50
167 2 0.02
168 1 0.01
169 62 0.47
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Consensus pattern (169 bp):
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* * *
120309 AGCATTATTTTA-TCCTAAAAATTTTTGTAAGA--ATA-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAA
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* * * * * *
120370 AAAGTCATA-ATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGAAC--ATGATTATTTGAACCTATTTA
245 AAGGTTATACA--ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT--ACTTATAATTATTTGAA-CTGTTTA
* * * * * ** *
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305 GTAAATAAATTTA-TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTA
** * ** * * * *
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367 TTTTATTCCAAATAAGCTT-TTTGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAA-AG-G-TCAT
** * * * * * * * ** *
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427 AACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATT
* **
120627 TATTTTTTAAATAT-T-TTAC----------TT--A-A-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
492 TATTTTTTAAA-ATCTCTTACTGATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCA
* * ** * * *
120676 AATAAACTT-GTATGAAT-AAAAACTATTGGTTTATGACAAAACAAAATGCTATAACT-ATTTGA
556 AAT-AAGTTAGTATGAATGAAAAA-AATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAA-TGATTTGA
* ** * * * *
120738 AATAAATAATTGTTTAAATAGTTACAATTATTTGAA-TGTGCTCAGA-AAATATATTTATTTTTT
618 AATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-ATAAATAAATTTATTTTTT
* * *
120801 AAAT-T-TCTACATAGTAATTTTTGGAA
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* * * * *
120827 TATTAATAAATTTATATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTTTATAAACATAAACAATTGTTTAATG
1 TATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT-TTG
* *
120891 ACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAACTATTTAAACT
63 ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAACTATTTAAACT
* * * * *
120956 TGT-ACAGTAAACATATTCATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTCTAAATATTAATAAATT
127 GGTCA-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATT
* *** * * *
121020 TGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGG
190 AGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATGAA---A-A-AATTATTTTATGATAAAAC-AAAGG
* * * * * * * * *
121085 TCATAAAGATTTGAAATGGATAATTATTTAAATATTTATGATTATTTGAACTTGTTCAATAAACA
249 TTATACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTTATAATTATTTGAAC-TGTTTAGTAAATA
* * * * * *
121150 TATTCATTTTTACAATTTTTTACTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAATAGTATTTCAAT
312 AATTTATTTTTA-AA-TTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * *
121215 CCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTACGACAAAGCAAAAAGTCATAACGATTTAA
374 CCAAATAAGCTT-TTTGAACAAAAA-CATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
* * *
121280 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA
437 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAA
* * * *
121345 AATCTTTTAC-GTATTAATTATTTTAATATTAATAAATTTGTATTACTTTATTTGAAATAAGCTT
502 AATCTCTTACTG-ATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TT
** * * ** * *
121409 -GTATGAATGGCAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATT
564 AGTATGAATGAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * *
121473 GTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTATTACTT
629 GTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTT
*
121538 ATTAACTTTTAGAA
694 ATTAATTTTTAGAA
* * * *
121552 TTTTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATATAAACAATTGTTTTGTGA
1 TATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT-TGA
* * * * * *
121617 TAAAACAAAAGGTTATAACTATTTAAAACAGATAATTGTTGAACT-TTCATAACTATTTACACTG
64 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAA-TAGTCATAACTATTTAAACTG
** * * * * *
121681 GTCAAGCCAATAGATTTATTTTTTAAATCTATTGCTTATTACTTTTTATAATATTAATAAATTAG
128 GTCAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAG
* * *
121746 CATTAATTTATTCCAAATAAGACTGTAT-AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAATGGTTATAGC
192 TATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAA-GGTTATA-C
* * * * *
121810 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTTGTAAATAATTGAACTAGTTTAGTAAATAAATTTAT
255 AATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTTATAATTATTTGAACT-GTTTAGTAAATAAATTTAT
* * * *
121875 TTTTTAATTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATGAATTAATATTATTTTATTCCAAACAAA
319 TTTTAAATTCTTACTTATTAATTTT-AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAG
*
121940 CTTATTTGAACAAAAACATTAGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
383 CTT-TTTGAACAAAAACATTA-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAA
* * * * *
122005 TTGTACAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCAAAAAATAGAATTAGTTTTTT-AAATCTCTT
446 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTA-TTTTTTAAAATCTCTT
* *
122069 ACTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTATTTTATTCCAAATAAGTTAGTAAGAATT
510 ACTGATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTAGTATGAA-T
* * * *
122133 GAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATA
573 GAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
122198 GCCTTAACTATTT-AAATTCGTTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTT
638 GCCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTT
*
122262 TCAGAA
702 TTAGAA
* * * * * *
122268 TATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTG-TTTTAA
1 TATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTTGA
* * * **
122331 CAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATATATAATT-TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGG
64 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAATAGTCATAACTATTTAAACTGG
* * *
122395 TTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAATTATTGAAATATTAATAAATTAG
129 -TCAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAG
* * *
122459 TATTATTTTATTCCAAAT-AGGCTTATATGATGAAAAACTATTATTTTATCA-AAAACAAAAGTT
192 TATTATTTTATTCCAAATAAGAC---TAT-ATGAAAAA--ATTATTTTATGATAAAACAAAGGTT
* *
122522 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGAC-CATAATTATTTGAACTGATTT-GATAAAT
251 -AT-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT-ACTTATAATTATTTGAACTG-TTTAG-TAAA-
* * * * *
122585 TGAA-TTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA
310 TAAATTTAT-TTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
**** * ** * * **
122649 TTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATAATTT
372 TTCCAAATAAGCTTTT-TGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * *** * *
122714 TAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
435 AAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * * ** * *
122779 AAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAACAAG-C
500 AAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGTT
* * * * * *
122843 ATGTATGAACT-AAAACAACTATTTTATAACTAAACAAAAGCCCAAAATGATTTGAAATAGATAA
564 A-GTATGAA-TGAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * ** * *
122907 TTGTTCTAATAGCCTTAACTATTTGAACTAGATT-GGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTA-TA
627 TTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTA
122970 CTTATTAATTTTTAGAA
691 CTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * *
122987 TATTATTAATTTAACAATATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATATTTTAGAA
1 TATTAATAAATTAA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTTG-A
** * * ** * * * * *
123052 CAAAA-TGAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTG
64 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAACTATTTAAACTG
* * * *
123116 ATTC-AGTAAA-AAGATTTAGTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATT
128 -GTCAAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
* * *** * * *
123175 AGTATTATTTTATTCTATATAATTTTGTATGAATAGCAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG
190 AGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATG-A-A--AA-AATTATTTTATGATAAAAC-AAAGG
* * * * *** * * * * *
123240 TCATA-ATGATTTAAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTATATGAACTTGTTTGGTAAAC
249 TTATACA--ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTTATAATTATTTGAAC-TGTTTAGTAAAT
* * * * *
123304 AGATTAATTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
311 AAATTTATTTTTAAATTCTT--ACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
*** * * * * ** * * * * * *
123369 TTTGAATAAACTTTTATAAATAGAAACAATTGCTTTATGATAAAAAAAAAGATTATAACGACTTG
373 TCCAAATAAGCTTTT-TGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTA
* * * * * *
123434 AAATAAATAATTATTCAAATGGTCATAACAATTTGAACTTGCTT-AGTAAATAAATTTATTTTTT
436 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAATAGATTTATTTTTT
* * * * *
123498 -AAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAGTATTAATAAA--T-TA--ATGTTATTT----T-A-TT-
500 AAAATCTCTTACTGATTAATTTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTA
* * ** * *
123550 -T-TGAAT-----AAGTT-TGTT-TAAGTAGA-ATAA----AT--TGATTT---ATGACAA-AA-
565 GTATGAATGAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAAT-A-AATAAT
* * * * *
123594 ---T-AAATGGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAATATATCT-TTTTTT-AAT-TTTTA
628 TGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTA
123650 CTTATTAATTTTTGA-AA
691 CTTATTAATTTTT-AGAA
* * * *
123667 TATTAATAAATCTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATTG-ATAGAACCAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAAT-TAAATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTA-TGAACAGAAACAATTGTTTT-T
* * * * * * * * * *
123730 GACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAAATAATTTTTTAGATACTCGTAACTATTTGAAT
62 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGA-ATAGTCATAACTATTTAAAC
** ** * * *
123795 TTATTTAGTAAA-AAGATTCATTTTTTTATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAA
126 TGGTCAAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTT-AAATATTAATAAA
* * * * * *
123858 TTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAA
188 TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGACTATATG----AAAA-AATTATTTTATGATAAAAC-AAA
* * * * * *** *
123923 GGTCACA-ATGATTTGAAAAAAGATAA-TGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACT-TATTCGA
247 GGTTATACA--ATTTG-AAATAGATAATTG-TTTAAATACTTATAATTATTTGAACTGT-TTAG-
* * * * ** * *
123985 TAAACATATTTGTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCAGATATTAATAAATTGATATTA
306 TAAATA-AATT-TATTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * ** *
124050 TTTTAATT-CGAATAAGCTTGTACT-AATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
367 TTTT-ATTCCAAATAAGCTT-T-TTGAACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
124113 ACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAATCATAA-TGATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATT
428 ACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATT
* * * **
124177 TATTTTTT-AAATCTTTTATTTG-TTAATTGTCTT-AATATTAGTAAATTTACATTATTTTATTT
492 TATTTTTTAAAATCTCTTA-CTGATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT
* * * * ** *** * *
124239 GAAATAAGCTT-GTGTG-TTCAAAATAAATTATTTTATATTAAAACAAAAGTTTATAGTGATTTC
554 CAAATAAG-TTAGTATGAATGAAAA-AAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTG
* * ** * * * * **
124302 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATT---T-GATAAACATATTTTTTA
617 AAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTA
* * * *
124363 AATCTTTTAATTATTAATTTTCAAAA
682 AATCTATTACTTATTAATTTTTAGAA
** * ** * * ** *
124389 TATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATAT-AA-ACTAA-AATTTTTTTTGAC
1 TATTAATAAATTA-AATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTTGAC
* * * * * * * *
124451 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATGACTATTTAATCTAG
65 AAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAACTATTTAAACTGG
*** * * * * * *
124516 TTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGT
129 TCAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGT
* * * * *
124581 ATTATTTTAATT-CGAATAAG-CTTAGATGAACAGAAACTATTGTT-TTATAACATAACAAAAAG
193 ATTATTTT-ATTCCAAATAAGAC-TATATGAA-A-AAATTATT-TTATGAT-A-A-AAC-AAAGG
* * * * * * * *
124643 TCATAACAATTAGAATTAAATACTTGCTTAAATATTTATAACTATTTGAACTGATTT-GATAAA-
249 TTAT-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTTATAATTATTTGAACTG-TTTAG-TAAAT
* * * * * * *
124706 CAACTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTGAAATATCAATAGATTCATATTATTTTATTT
311 AAATTTA-TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC
** * * * * * * * * *
124768 TGAACAA-ATTTATACGAACAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATATGA
375 CAAATAAGCTTT-T-TGAACAAAAACA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
* * * * * * *
124832 AATAGATAATTGTGGCAAATA-TCATAATTATGTT-AACTGGTT-AGGTAAACAAACTTATTTTT
437 AATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGTTCA-ATAAATAGATTTATTTTT
* * *** * * *
124894 T--AATCTCTTACTTATT-A-TTTTGAAAATATTAATCAATCCATTTTATTTTATTCCGAATAAG
499 TAAAATCTCTTACTGATTAATTTTTG--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAG
* * * ** *
124955 CTAGTATGAATTGAAAAAAA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
562 TTAGTATGAA-TGAAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * *** * *
125019 ATTGTTCATAT-GATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAA-AAA-TTATTTTTTAAACCTTT
626 ATTGTTCAAATAG-CCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTAT
* *
125080 TAATTTTTAATTTTT-GAA
689 TACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** * * * * *
125098 -ATTGTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATACGAACAAAAATAATTGTTTTAT
1 TA-T-TAATAAATTAA-ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT-T
* * * * * * * * * *
125162 GACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGTAATATACAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTAAAT
62 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * ** * *
125227 TGATTC-AGTAAGCAGGTTTA-TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAT
126 TG-GTCAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* * * ** * **
125290 TAGTATTATTTTATTACGAATAAG-CTTGTATGATCAAAAACAAAAGTTATATGACCAAACATAA
189 TAGTATTATTTTATTCCAAATAAGAC---TAT-ATGAAAAA-ATTA-TTTTATGATAAAACA-AA
* * ** * * *
125354 GGTAATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTGCAATAGC-CATAATTATTTAAACTAATTT-GATA
247 GGTTAT-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA-CTTATAATTATTTGAACT-GTTTAG-TA
* * * *
125417 AATAGATTCACTTTTTAAA-TC--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
308 AATAAATTTA-TTTTTAAATTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
* ** * * *
125479 ATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACTGAAATA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA--T-GT--C-A-
371 ATTCCAAATAAGCTT-TTTGAAC--AAAAACATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * *
125536 -T--AAT-G---ATT-TT---A-A---ATAACTATTTCAATTTGTTCAGTAAACA-ATTTTATTT
433 TTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA-TTTATTT
** * * * * * * ** ***
125585 TTTTTAA-CTCTTGCTCATTAATTTTTTAAATATCAAGAAATTAGCGTTATTTTATTTTGGATAA
497 TTTAAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAA
*** * *** * *
125649 GTTTCAATGAATTG-AAACAA-TAGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-TAATAAA
561 GTTAGTATGAA-TGAAAAAAATTA-TTTTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAA
* *** * * * *
125711 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATATT
624 TAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTA
* **
125776 TTGCTTATTAATTTTTCCAA
688 TTACTTATTAATTTTTAGAA
* ** * * * * * * * *
125796 TGTTAATAAATTTGGATTATTTTATGAT-GAATAAGCTTTTAAGATA-TGAAATAAATATTTTAT
1 TATTAATAAA-TTAAATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTT-T
* * * * * **
125859 GACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAAC
62 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-GAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * * * *
125924 TAGTTC-GGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
126 T-GGTCAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
* ** * * * * *
125988 TAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATAATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAG
189 TAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAG--ACTAT-AT--GAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAG
* * * * * * * * * ** *
126052 ATTTTAACAATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAAC
248 GTTAT-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATACTTATAATTATTTGAACT-GTTTAGTAAAT
* * * * * *
126117 ATATTTATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTGAAATACTAATCAATTAATATTATTTTAT
311 AAATTTA-TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * *
126182 TTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGATCATAATGAT
373 TCCAAATAAGCTT-TTTG--AACAAAAAC-ATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGAT
* **
126246 TTGAAATAGATAATCATTCAAAT
433 TTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
126269 GACCATAATT
Statistics
Matches: 4249, Mismatches: 860, Indels: 648
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
679 4 0.00
680 71 0.02
681 76 0.02
682 25 0.01
683 2 0.00
684 2 0.00
685 89 0.02
686 43 0.01
687 156 0.04
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690 1 0.00
691 2 0.00
692 3 0.00
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700 7 0.00
701 64 0.02
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725 107 0.03
726 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (707 bp):
TATTAATAAATTAAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTTGACA
AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTC
AAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCCAAATAAGACTATATGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAGGTTATACAATTTG
AAATAGATAATTGTTTAAATACTTATAATTATTTGAACTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTAAA
TTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTTGA
ACAAAAACATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTACTGATTAATT
TTTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTAGTATGAATGAAAAAAATTATT
TTATAACAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT
GAACTTGTTCAATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAA
Found at i:123716 original size:143 final size:145
Alignment explanation
Indices: 123449--123754 Score: 349
Period size: 143 Copynumber: 2.1 Consensus size: 145
123439 AATAATTATT
* * *
123449 CAAATGGTCATAACAATTTGAACTTGCTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGAAAATAAATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * *** * * *
123514 AATTTTAGAGTATTAATAAATTAATGTTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTTTAAGTAGAATAAAT
66 AATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGATTAAGTAGAACAAAT
123579 TGATTTATGACAAAA
131 TGATTTATGACAAAA
* *
123594 TAAATGGTCATAACTATTTGAA-TGTG-TTCAGAAAATATATCT-TTTTTT-AAT-TTTTACTTA
1 CAAATGGTCATAACTATTTGAACT-TGCTT-AGAAAATAAATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* *
123654 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATCT-ATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATTGA-TAGAA
64 TTAATTTTAG-AATATTAATAAAT-TAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG-ATTAAGTAGAA
* *
123717 CCAATTGTTTTATGACAAAA
126 CAAATTGATTTATGACAAAA
*
123737 CAAAAGGTCATAA-TATTT
1 CAAATGGTCATAACTATTT
123755 TGAAATAAAT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 19, Indels: 13
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
142 23 0.17
143 69 0.50
144 13 0.09
145 32 0.23
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (145 bp):
CAAATGGTCATAACTATTTGAACTTGCTTAGAAAATAAATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
AATTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGATTAAGTAGAACAAAT
TGATTTATGACAAAA
Found at i:124247 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 123635--125538 Score: 956
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 178
123625 AAAATATATC
* * * * *
123635 TTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATCTATATTATTTTATTCAAAA
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-GAA
* * * * * * *
123698 TAAGCTTGCATTGATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAA
64 TAAGCTTGTA-TAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAA
* * * * * * * *
123763 ATAATTTTTTAGATACTCGTAACTATTTGAATTTATTT-AGTAAAAAGATTCA
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTA
* * * * * * *
123815 TTTTTTTATTCTCTTACTCT-TTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
1 TTTTTTAAATCTTTTA-TTTATTAATTATCT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCGA
* * * * * **
123878 ATAAGCCTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAAA
63 ATAAGCTTGTAT-AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT-AAAA
* * ** * * *
123942 -AAGATAATGATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTGT
125 TAA-ATAATTATTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTT-A
* * * *
123998 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCAGATATTAATAAATTGATATTATTTTAATTCGAAT
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-ATTCGAAT
*
124063 AAGCTTGTACTAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAA
65 AAGCTTGTA-TAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAA
* * * * * *
124128 TAATTATTTAAATAATCATAATGATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA
129 TAATTATTCAAATAGTCATAAT-ATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA
* * * * * *
124179 TTTTTTAAATCTTTTATTTGTTAATTGTCTTAATATTAGTAAATTTACATTATTTTATTTGAAAT
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCG-AAT
* ** * * * * *** *
124244 AAGCTTGTGTGTTCA-AAATAAATTATTTTAT-ATTAAAAC-AAAAGTTTATAGTGATTTCAAAT
65 AAGCTTGTATAAT-AGAAA-CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTAAAAT
* * *
124306 AGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTTGATAAAC--A--TA
126 AAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA
* * * ** *
124356 TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AGCTTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAA
* * ** * * *
124420 TAAGTTTATATAA-ACTAA-AATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGA
64 TAAGCTTGTATAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAA
* * * * *
124482 TAATTATTCAAACAGTCATGACTATTT-AA-TCTAGTTTGGTAAATATATTTA
129 TAATTATTCAAATAGTCAT-AATATTTGAACT-TA-TTTGATAAACAGATTTA
* * *
124533 TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTAT-TGAAATATTAGTAAA-TTAGTATTATTTTAATTCGA
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCGA
* * * * *
124596 ATAAGCTTAG-ATGAACAGAAACTATTGTTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAA-TTAGAAT
63 ATAAGCTT-GTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTA-AAA
* * * * * *
124659 TAAATACTTGCTT-AAATATTTATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACA-ACTTA
125 TAAATAATT-ATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA
* * * * *
124713 TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-T-TGAAATATCAATAGATTCATATTATTTTATTTTGAA
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTCGAA
* * * * * *
124772 CAA-ATT-TATACGA-ACAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATATGAAA
64 TAAGCTTGTATA--ATAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAA
* * * ** * * * *
124834 TAGATAATTGTGGCAAATA-TCATAATTATGTT-AACTGGTTAGGTAAACAAACTTA
125 TAAATAATTAT-TCAAATAGTCATAA-TAT-TTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA
* * * ** * ** *
124889 TTTTTT-AATCTCTTACTTATT-ATTTTGAAAATATTAATCAATCCATTTTATTTTATTCCGAAT
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-CGAAT
* * * * * * * *
124952 AAGCTAGTATGAATTGAAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
65 AAGCTTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAA
* * * * * *
125017 TAATTGTTCATAT-GATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAA-A-AATTA
129 TAATTATTCAAATAG-TCATAA-TATTTGAACTT-ATTTGATAAACAGATTTA
* * * * * *
125066 TTTTTTAAACCTTTTAATTT-TTAATT-TTTGAAAT-TGTATTAGATTAATATTATTTTATTTTG
1 TTTTTTAAATCTTTT-ATTTATTAATTATCT-AAATAT-TAATAAATTTATATTATTTTA-TTCG
* * * * * * * * * * **
125128 AATAAACTTATACGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGTAAT
62 AATAAGCTTGTA-TAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAAT
* * * * * * *
125193 ATACAATTATTCAAATAGTAATAATTATTT-AAATTGA-TTCAGTAAGCAGGTTTA
126 AAATAATTATTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTT-ATTTGA-TAAACAGATTTA
** * * *
125247 -TTTTTAAATCACTTACTTATTAATT-TTTGAAAGATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTACGA
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-CGA
* * ** * * * * * * *
125309 ATAAGCTTGTATGATCAAAAACAAAAGTTATATGACCAAACATAAGGTAATAACATTTTGAAATA
63 ATAAGCTTGTATAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA
* * * * * * *
125374 GATAATTGTTGC-AATAGCCATAATTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTCA
127 AATAATTATT-CAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA
* * * *
125427 CTTTTTAAATC----ACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
1 TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGA
* * *
125486 ATAAGCTTGTAAGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
63 ATAAGCTTGT-ATAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
125539 TGATTTTAAA
Statistics
Matches: 1339, Mismatches: 285, Indels: 203
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 5 0.00
173 62 0.05
174 16 0.01
175 95 0.07
176 38 0.03
177 206 0.15
178 40 0.03
179 215 0.16
180 172 0.13
181 293 0.22
182 96 0.07
183 97 0.07
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTATCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAATA
AGCTTGTATAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATA
ATTATTCAAATAGTCATAATATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTA
Found at i:124320 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 124299--124334 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
124289 TTATAGTGAT
124299 TTCAAATAG-ATAATTA
1 TTCAAATAGTATAATTA
124315 TTCAAATAGTTATAATTA
1 TTCAAATAG-TATAATTA
124333 TT
1 TT
124335 TAAACTTATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAGTATAATTA
Found at i:124534 original size:354 final size:359
Alignment explanation
Indices: 123635--124603 Score: 862
Period size: 364 Copynumber: 2.7 Consensus size: 359
123625 AAAATATATC
* * ** *
123635 TTTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCT-ATATTATTTT-ATTCAA
1 TTTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAAT-TGATATTATTTTAATTC-G
** * * * * * * * * *
123696 AATAAGCTTGCATTGATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAAT
64 AATAAGCTTATACTAATACAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAAT
* * * * * * * ** * * * *
123761 AAATAATTTTTTAGATACTCGTAACT-ATTTGAATTTA-TTTAGTAAAAAGATTCATTTTTTTAT
129 AAATAATTATTCAAACAATCATAA-TGATTTGAA-CTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * ** * * * *
123824 TCTCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTAT
192 TCTTTTACT-TATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGCATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGT
* ** * * * * * * * * *
123888 ATGAACTAAAA-CAATTGTTTTAT-TACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAAAAAGATAATG
256 GTGTTC-AAAATAAATTATTTTATAT-TAAAACAAAAGTTTATAGTGATTT-CAAATAGATAATG
** *
123951 ATTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATA
318 ATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACATA
* * *
123993 TTTGTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCAGATATTAATAAATTGATATTATTTTAATT
1 ----TTTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTGATATTATTTTAATT
* *
124058 CGAATAAGCTTGTACTAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAA
62 CGAATAAGCTTATACTAATACAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAA
* * *
124123 ATAAATAATTATTTAAATAATCATAATGATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
127 ATAAATAATTATTCAAACAATCATAATGATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
124188 TCTTTTATTTGTTAATTGTCT-TAATATTAGTAAATTTA-CATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTT
192 TCTTTTACTTATTAATTAT-TGAAATATTAGTAAA-TTAGCATTATTTTAATTCG-AATAAGCTT
*
124250 GTGTGTTCAAAATAAATTATTTTATATTAAAACAAAAGTTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTA
254 GTGTGTTCAAAATAAATTATTTTATATTAAAACAAAAGTTTATAGTGATTTCAAATAGATAATGA
* *
124315 TTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTTGATAAACATA
319 TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACATA
* ** * *
124356 -TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAGCTT-AGTATTATTTTATTTTGA
1 TTTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTGA-TATTATTTTAATTCGA
* * * * *
124419 ATAAGTTTATA-TAA-ACTAA-AATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATA
65 ATAAGCTTATACTAATACAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA
* * * * *
124480 GATAATTATTCAAACAGTCATGACT-ATTT-AATCTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAAT
130 AATAATTATTCAAACAATCAT-AATGATTTGAA-CTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* *
124543 TTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTT
193 CTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGCATTATTTTAATTCGAATAAGCTT
124604 AGATGAACAG
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 85, Indels: 44
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 6 0.01
354 127 0.25
355 10 0.02
356 3 0.01
357 4 0.01
358 62 0.12
362 7 0.01
363 60 0.12
364 216 0.43
365 9 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (359 bp):
TTTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTATCAAAATATTAATAAATTGATATTATTTTAATTCGAA
TAAGCTTATACTAATACAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAA
ATAATTATTCAAACAATCATAATGATTTGAACTAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
TTACTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGCATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTGTGTT
CAAAATAAATTATTTTATATTAAAACAAAAGTTTATAGTGATTTCAAATAGATAATGATTCAAAT
AGTTATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACATA
Found at i:124629 original size:354 final size:358
Alignment explanation
Indices: 123635--126268 Score: 1623
Period size: 354 Copynumber: 7.4 Consensus size: 358
123625 AAAATATATC
* * ***
123635 TTTTTTTAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATCTA-TATTATTTTATTCAAAA
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * *
123698 TAAGCTTGCAT-TGATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATA
65 TAAG-TT-TATAT-AAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * * ** * * * *
123762 AATAATTTTTTAGATACTCGTAACTATTTGAATTTA-TTTAGTAAAAAGATTCATTTTTTTATTC
127 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
123826 TCTTACTCT-TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATAT
192 TCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTAGAT
* ** * *
123890 GAACTA-AAACAATTGTTTTAT-TACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAAAAAGATAATGAT
256 GAAC-AGAAACAATTGTTTTATAT-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTAT
** * *
123953 TCAAATAGTTATGGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTGT
318 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGATAAAC--A-TT-A
* * * * *
123998 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCAGATATTAATAAATT-GATATTATTTTAATTCGAA
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * *
124062 TAAGCTTGTACTAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAA
65 TAAGTTTATA-TAA-ACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * *
124127 ATAATTATTTAAATAATCATAA-TGATTTGAA-CTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAATCTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
124190 TTTTATTTGTTAATTGTCTT--AATATTAGTAAATTTA-CATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTT-
192 TCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCG-AATAAGCTTA
* ** * * * * * *** *
124250 GTGTGTTCA-AAATAAATTATTTTATATTAAAACAAAAGTTTATAGTGATTTCAAATAGATAATT
253 G-ATGAACAGAAA-CAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* *
124314 ATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTTGATAAACA-TA
316 ATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACATTA
* * **
124356 TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * *
124421 AAGTTTATATAAACTAA-AATT-TTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATA
66 AAGTTTATATAAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
124484 ATTATTCAAACAGTCATGACTATTT-AATCTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTT
131 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
124548 ACTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTAGATGAACA
196 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTAGATGAACA
* * * * * * * * *
124613 GAAACTATTGTTTTATAACATAACAAAAAGTCATAACAATTAGAATTAAATACTTGCTT-AAATA
261 GAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATA
* *
124677 TTTATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAACTTA
325 GTTATAACTATTTGAACTTATTTGATAAAC-A-TTA
* *
124713 TTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTT-GAAATATCAATAGATTCA-TATTATTTTATTTTGAA
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAA
* * ** * *
124772 CAAATTTATACGAACAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATATGAAATAG
65 TAAGTTTATATAAACAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * *
124837 ATAATTGTGGCAAATA-TCATAATTATGTT-AA-CTGGTTAGGTAAACAAACTTATTTTTT-AAT
128 ATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTAT-TTGAATCTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
124898 CTCTTACTTATT-A-TTTTGAAAATATTAATCAATCCA-TTTTATTTT-ATTCCGAATAAGC-TA
191 CTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTA
** * * *
124958 GTATGAATTGAAAAAAATATTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
253 G-ATGAACAGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
125022 GTTCATAT-GATCT-TAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAAAAATTA
316 ATTCAAATAG-T-TATAACTATTTGAACTT-ATTTGAT-AAACATTA
* * * * * * *
125066 TTTTTTAAACCTTTTAATTTTTAATTTTTGAAAT-TGTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAA
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
** * * * * * * * *
125130 TAAACTTATACGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGTAATAT
65 TAAGTTTATA-TAA-ACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * *
125195 ACAATTATTCAAATAGTAATAATTATTTAAAT-T-GATTCAGTAAGCAGGTTTA-TTTTTAAATC
128 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCTAG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* *
125257 ACTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTACGAATAAGCTT-GTA
192 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTAG-A
* * ** * * * * * *
125320 TGATCAAAAACAAAAGTTATATGA-CCAAACATAAGGTAATAACATTTTGAAATAGATAATTGTT
255 TGAACAGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
** * * * *
125384 GC-AATAGCCATAATTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTCA
319 -CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGAT-AA-ACATT-A
* * **
125427 CTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * *
125487 TAAGCTTGTA-AGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--T-GT--C-A--T--AAT-
65 TAAGTTTATATA-AAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
125540 G---ATT-TT---A-A---ATAACTATTTCAAT-TTGTTCAGTAAACA-ATTTTATTTTTTTTAA
127 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCTAGTTCGGTAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAA
* * * * * ** * * * *
125592 -CTCTTGCTCATTAATTTTTTAAATATCAAGAAATTAGCGTTATTTTATTTTGGATAAGTTTCA-
190 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTT-AG
** * * * ** * * *
125655 ATGAATTGAAACAATAGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-TAATAAATAATTGTT
254 ATGAACAGAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATT
* * *
125719 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA
319 CAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGATAAAC--A-TTA
* * * * * * **
125762 TTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTC-CAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATGATGA
1 TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * * *
125826 ATAAGCTTT-TA-AGATATGAAATAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAA
64 ATAAG-TTTATATA-A-A-CAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* ** * * *
125889 TAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTT-AAACTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAA
125 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * **
125953 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACT-GAATAAGCTTCT
190 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTCGAATAAGCTTAG
* * * * ** *
126017 AT-AATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-TAAAGATTTTAACAATTTGAAATTGATAATTAT
254 ATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * *
126080 TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCGGTAAACATATTTA
318 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAAC--A-TTA
* * * * * * * **
126124 TTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTGAAATACTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * **
126189 AAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
66 AAG-TT-TAT-AT-AAACAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
*
126253 AGATAATCATTCAAAT
126 AGATAATTATTCAAAT
126269 GACCATAATT
Statistics
Matches: 1780, Mismatches: 357, Indels: 268
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 3 0.00
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339 1 0.00
340 67 0.04
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342 3 0.00
343 3 0.00
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366 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (358 bp):
TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
AAGTTTATATAAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATCTAGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTAGATGAACA
GAAACAATTGTTTTATATCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TTATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACATTA
Found at i:126192 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 125548--126268 Score: 620
Period size: 180 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
125538 ATGATTTTAA
* * * * * * * *
125548 ATAACTATTTCAATTTGTTCAGTAAACA-ATTTTATTTTTTTTAA-CTCTTGCTCATTAATTTTT
1 ATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATA-TTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** * * * * * *
125611 TAAATATCAAGAAATTAGCGTTATTTTATTTTGGATAAGTTTCAAT-GAATTGAAACAA-TAGTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTCTATAG-ATAGAAACAATTA-TT
* * * * * *
125674 TTATGTTA-AAACAAAAGGTCATAATGATTT-TAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
127 TTATG--ACAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * *
125728 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTC
1 ATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATATCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * *
125793 CAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATGAT-GAATAAGCTTTTA-AGATATGAAATAAATATTT
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-ATCGAATAAGCTTCTATAGATA-GAAACAATTATTT
* * * *
125856 TATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTT
128 TATGAC-AAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
125910 TTAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA
* *
125975 AATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATA-ATCAGAAACAATTATTTT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATC-GAATAAGCTTCTATAGAT-AGAAACAATTATTTT
* * * *
126038 ATAACAAA-ATAAAGATTTTAACAATTTGAAATTGATAATTATTCAAATAGTC
129 ATGACAAACA-AAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* *
126090 ATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * *
126155 AATACTAATCAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GATAAAAAAAACAATTGTTT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTCTATAGAT---AGAAACAATTATTT
* * *
126219 TATGACAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT
128 TATGACAAAC-AAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
126269 GACCATAATT
Statistics
Matches: 439, Mismatches: 81, Indels: 39
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 9 0.02
180 166 0.38
181 153 0.35
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
ATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATATCGAATAAGCTTCTATAGATAGAAACAATTATTTTAT
GACAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
Found at i:126321 original size:517 final size:513
Alignment explanation
Indices: 125798--126776 Score: 1110
Period size: 517 Copynumber: 1.9 Consensus size: 513
125788 TTTTCCAATG
* * *
125798 TTAATAAAT-TTGGATTATTTTATGATGA-ATAAGCTT-T-TAAGATATGAAATAAATATTTTAT
1 TTAATAAATATT--ATTATTTTAT-ATCATATAAGCTTGTGTAA-AT-TGAAACAAATATTTAAT
* * * * * **
125859 GACTAAA-CAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAA
61 GA-GAAATCAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGACT-ATTACTCAAATAATAATAACTATTTAA
* * *
125922 ACTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAA
124 ACTAGTTCGCTAAACATATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCG-AATATTAATAA
*
125986 ATTAGTATT-ATTT-TTAACTGAATAAGCTTCTA-TAA-TCAGAAACAATT-ATTTTATAACAAA
187 ATTAGTATTAATTTATT--CTGAATAAGCTTCAATTAACT-A-AAAC-ATTCATTTTATAACAAA
* * * * *
126046 ATAAAGAT-TT-TAACAATTTGAAATTGAT-AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AG
247 AGAAA-ATGTTAGAACAATATGAAATAGATAAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTGA-
* * * * * *
126107 TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATATGTTATTTATTAATTTTTGAAATACTAATCAATTAAT
310 TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATCAAT
* *
126172 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATAAAAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGA
375 ATTATTTTA-ATCAAATAAGCTTGTATG---AAAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAG-
* *
126236 TCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGACCATAATTATTTTTAAAATTTTTTACATAA
435 TCATAATAATTTGAAATACATAATCATTCAAATGACCATAATTATTTTTAAAATTTTTTACATAA
126301 TAATTTAGGAAATA
500 TAATTTAGGAAATA
* * * * *
126315 TTAATAAATCATTATTATTTTATTTCATCTAAGCTTGTGTTAATTGAAACAATTGTTTAATGAGA
1 TTAATAAAT-ATTATTATTTTATATCATATAAGCTTGTGTAAATTGAAACAAATATTTAATGAGA
* * * * *
126380 AATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACTATTGCTCAAATAATAATAACTATTTGAACTTGT
65 AATCAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGACTATTACTCAAATAATAATAACTATTTAAACTAGT
* * *
126445 TTGCTAAACATATTTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTAT
130 TCGCTAAACATATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
126510 TAATTTATTCTGAATAGGCTTGAATTGACTAAAACATTCATTTTATAACTAGAGAAAATGTTAGA
195 TAATTTATTCTGAATAAGCTTCAATTAACTAAAACATTCATTTTATAACAAAAGAAAATGTTAGA
* * *
126575 ACAATATGAAATAGATAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAACTGATTTAGTAAACAAATT
260 ACAATATGAAATAGATAAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTGATTCAGTAAACAAATT
* * * * *
126640 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATCAGTATTATTTTAATCATA
325 TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATCAATATTATTTTAATCAAA
** * *
126705 TAAGCTTGTATGACCAAAACAATTGTTTTAGGACAAAAGAAAAAGTCATAATAATTTGAAATACT
390 TAAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATACA
126770 TAATCAT
455 TAATCAT
126777 CAATATAGTC
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 59, Indels: 39
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
514 43 0.11
515 14 0.04
516 84 0.22
517 141 0.37
518 98 0.25
519 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (513 bp):
TTAATAAATATTATTATTTTATATCATATAAGCTTGTGTAAATTGAAACAAATATTTAATGAGAA
ATCAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGACTATTACTCAAATAATAATAACTATTTAAACTAGTT
CGCTAAACATATTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCGAATATTAATAAATTAGTATT
AATTTATTCTGAATAAGCTTCAATTAACTAAAACATTCATTTTATAACAAAAGAAAATGTTAGAA
CAATATGAAATAGATAAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTAAACTGATTCAGTAAACAAATTT
ATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATCAATATTATTTTAATCAAAT
AAGCTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATACAT
AATCATTCAAATGACCATAATTATTTTTAAAATTTTTTACATAATAATTTAGGAAATA
Found at i:127741 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 127393--127850 Score: 496
Period size: 177 Copynumber: 2.6 Consensus size: 177
127383 AATCTCTTAG
* * * *
127393 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATT-TTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACATA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
** * * * * * * **
127457 AATGATTGATTTATGATAGTACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATACAATTAGTCAAATAGTT
66 AACAATTGATTTATGACAGAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGACAATTAGTCAAATAGCC
* * * *
127522 ATAACTATTTAAACTATTTTGGTAAACAGATTTATGTTTTAAATCTC
131 ATAACTATTTAAACTATTTCGATAAACAGATTCATGTTTTAAATCAC
* *
127569 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATCAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * *
127634 AACAATTG-TTATATGACCA-AACAATAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATTGGTGAAATGG
66 AACAATTGATT-TATGA-CAGAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGACAATTAGTCAAATAG
* * * *
127697 CCATAATTATTTGAATTGA-TTCGATAAATAGATTCACT-TTTTAAATCAC
129 CCATAACTATTTAAACT-ATTTCGATAAACAGATTCA-TGTTTTAAATCAC
* * *
127746 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * *
127811 AATAATT-ATTTTATAACTGAACAAAAGGTCATAACTATTT
66 AACAATTGA-TTTATGACAGAACAAAAGGTAATAACGATTT
127851 GAATTTATTC
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 40, Indels: 15
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 35 0.15
177 194 0.83
178 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
AACAATTGATTTATGACAGAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGACAATTAGTCAAATAGCC
ATAACTATTTAAACTATTTCGATAAACAGATTCATGTTTTAAATCAC
Found at i:128092 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 127838--131891 Score: 2836
Period size: 181 Copynumber: 22.7 Consensus size: 180
127828 TGAACAAAAG
* * ** *
127838 GTCATAACTATTTGAATTTATTCAATAAACAAATTTATGTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
127902 TGGAAATATTAAGAAATTTGTAGTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * *
127967 TTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * **
128019 ATCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCCTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTT
* * ** * *
128084 TAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT-AGGTTGTATG-A-TGAAAAACAATTAT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGT
* * * *
128146 TTTATGACAAAAGAAAA-GT--T--CG---T-AAA-A-ATAATTGTTCAAATG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *** * * * *
128188 GCCATAATTATTTGAACCAATTTGATAAACTAACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT
* * * * *
128253 TAAAATATTAATAAGA-TAATGTTA-TTTATTTTAAATAAGC-TGTTATGAACTGAAACAATTAT
65 TGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * *
128315 TTTATGATAGAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * **
128368 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAAATTTATCTTTTAAAATTTATTGTTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
* ** * * * * *
128433 TCTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATAAACTAAAAAAATTAT
64 T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * * * *
128497 TTT-TGACTAAATAAAAGGT-TTGAATGATTTAAAAGATATAATTGTTCTAAGA
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
128549 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
128614 T-ATAATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGGTTGTGTAAACAGAAACAATTGTT
65 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * * * *
128678 TTATGACAAAATAAAA-ATCATAACGATGTGAGATGGATAATTGTTCAAATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * **
128729 ATCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAAATTTA-GCTTTAAATC--T-CTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT
* ** *
128789 TGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TGGAAACAATTATT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTT
* * * *
128853 TTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGCTT-AAATG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA--TTCAAATA
* * * * * *
128905 GACATGATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTATCTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTA-CTTATTAATTT
* * ** * * * *
128969 TT-AGAATATCAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAAGAA-TAAAAAATATTG
64 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTG
** ** *
129032 TTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
129086 -TCTATAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
1 GTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTT
* * * *** * * *
129150 TTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* ** * * *
129215 TTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
129266 GTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
129330 TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTGCATGAA-TAGAACCAACTA
65 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG
* *** * * *
129392 TTTTATGAAAAAACAAAATAACATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * **
129446 GTCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAACAGATTTATTTCTTACTTCTCTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTT
* * * *
129511 TTG-AATATTAATCAAA-TAGCATTATTTT-TTTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTG
64 TTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * *
129573 TTTTATTACAAAACTAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
*
129627 GTCA-AGACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 GTCATA-ACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT
* * * * * *
129690 GTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGT
63 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * ** *
129755 TTTATGACACAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** ** * * *
129808 ATCACAAAGATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATT-T
* * * *
129873 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATATTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAATT
64 -TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATT
* * * *** * *
129935 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAGCAATTTCAAATAGATAATTATTGAAATA
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
129990 GTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
130055 CGTAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAAATT-TT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTT
* * *
130119 TTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
130171 GTCATGACTATTT-AATCTAGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTACAATTTTTTACTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAA-CTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTA-AA-TCTTTACTTATTAATT
* ** * * * * * * *
130234 GTCAAAATATTAATAAAGTCGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTA
63 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTG
* * * * * * *
130298 TTTTATAACAGAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
130352 GTCATAACTATTTGAACTCGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TTT-CTTACTAATTTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
130414 GAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTATGAACAAACTTATATGAA-T-AAAAATATTTGTT
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-A-TTGTT
* * *
130477 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
130529 GTCATAATTATTT-AAATTGGTTAGGTAAACAGAA-TTA-TTTTTAAATC--T-CTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTT
* *** * ** *
130588 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAAAAAA
64 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA--C--TGAAACAA
* * * * * *
130652 CTTAG-ATTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAGTGTTCATATA
124 -TT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
130710 GTCTTAAATATTTGAA-TAAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTAAGTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
* * * * * * ** * *
130774 TTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTATATGAACAAAAATAACTGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * * ** *
130839 TTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
130891 GTCAT-A-TATTTGAACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT
* * * *** * ** * *
130951 AAAAGAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGAATGATA-AAAAATAATTGTTA
66 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTT
* * * * *
131015 TATAACCAAACAAAAGG-CTATAAT-TTTTGGTAAATATATAATTATTCATATA
130 TATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTT-G-AAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * *
131067 ATCTTAATTATTTGAAC-TATATAAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTA-TCA----
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
131123 --AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
131186 TATAACAGAA-AAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
131236 G---GAAC----TG--CTTCG---G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTACTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTT
* * * * ** *
131288 TTGAAATATTGATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTAT-AAAGGAAAAACAATCG
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTG
* * * *
131352 TTTAATGACAAAACAAAAGTTCCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * ** * *
131405 GATCATATTTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTGACTTATTTTTTTAAATCTTTAACTTATAAAT
1 G-TCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTT-ACTTATTAAT
** * * * * * * * *
131469 TTTCAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGGATAAACTTTTATGAACTGAAAAAATTA
62 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * *
131534 TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATATATAATTACTT-AAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
* * * * * **
131588 GTTATAACTATTTGAATTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTATTGTTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-TTACTTATTAA-T
* * * ** *
131652 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCATGTATGAGTTG-AA-AATTA
62 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * * * * * *
131714 TTTTATGACTAAAGAAAAAGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** ** * *
131768 GTCTTAACTATTTAAAC-TAATACAGTAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTT
* * ** * * * *
131832 TTAAAATATTATTATTTTAGCATTATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA
131892 AAGATTAAAA
Statistics
Matches: 3064, Mismatches: 634, Indels: 350
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
157 21 0.01
160 2 0.00
161 5 0.00
162 3 0.00
166 2 0.00
167 3 0.00
168 54 0.02
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172 2 0.00
173 1 0.00
174 3 0.00
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178 54 0.02
179 172 0.06
180 470 0.15
181 1059 0.35
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185 1 0.00
186 52 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
Found at i:128311 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 128002--128321 Score: 432
Period size: 169 Copynumber: 1.9 Consensus size: 168
127992 GATTTTAAAT
* ** *
128002 AAATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATT
1 AAATAATTATTCAAATAACCATAATTATTTGAACCAATTTGATAAACAAACTTATTTTTTAAATT
* * *
128067 CCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAGGTTGTATGA
66 CCCTACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTGTATGA
128132 TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGTTCGTAA
131 TG-AAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGTTCGTAA
* ** *
128171 AAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTTGATAAACTAACTTATTTTTTAAA-T
1 AAATAATTATTCAAATAACCATAATTATTTGAACCAATTTGATAAACAAACTTATTTTTTAAATT
* * *
128235 CTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAGA-TAATGTTA-TTTATTTTAAATAAGCTGTTA
66 CCCT-ACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTG-TA
128298 TGAACTG-AAACAATTATTTTATGA
128 TG-A-TGAAAACAATTATTTTATGA
128322 TAGAACAAAA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 14, Indels: 10
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 19 0.14
169 109 0.83
170 2 0.02
171 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (168 bp):
AAATAATTATTCAAATAACCATAATTATTTGAACCAATTTGATAAACAAACTTATTTTTTAAATT
CCCTACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTGTATGA
TGAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAGTTCGTAA
Found at i:129789 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 127838--133424 Score: 3286
Period size: 362 Copynumber: 15.7 Consensus size: 359
127828 TGAACAAAAG
* * ** * *
127838 GTCATAACTATTTGAATTTATTCAATAAACAAATTTATGTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTT
1 GTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * **
127902 TGGAAATATTAAGAAATTTGTAGTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTGTT
64 T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
127967 TTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAATTATTT
128 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * **
128032 GAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATTC-CCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
193 GAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTT-AATTCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAAT
* * *
128096 AAATTAATATTATTTTATTTCAAAT-AGGTTGTATG-A-TGAAAAACAATTATTTTATGACAAAA
256 AAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTATTTTATGACAAAA
* * *
128158 GAAAA-GT--T--CG---T-AAA-A-ATAATTGTTCAAATG
319 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** * * *
128188 GCCATAATTATTTGAACCAATTTGATAAAC-TAACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTT
1 GTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * * *
128252 TTAAAATATTAATAAGA-TAATGTTA-TTTATTTTAAATAAGC-TGTTATGAACTGAAACAATTA
63 TTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGAACAGAAACAATTG
* * * *** *
128314 TTTTATGATAGAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
126 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * ** * *
128379 TTGAACTTGTTTGGTAAGCAAATTTATCTTTTAAAATT-TATTGTTTATTAATTTTCTGAATGTT
191 TTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTAT-TTTT--AATTCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATT
* * * * * * *
128443 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATAAACTAAAAAAATTATTTT-TGACTAA
253 AATAAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * * * *
128507 ATAAAAGGT-TTGAATGATTTAAAAGATATAATTGTTCTAAGA
318 ACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
128549 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTT
1 GTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
128614 TATAATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGGTTGTGTAAACAGAAACAATTGTTT
65 GA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * *
128679 TATGACAAAATAAAAA-TCATAACGATGTGAGATGGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
129 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * ** *
128743 AA-TTGGTTCGATAAATAAATTTAGCTTTAA--ATC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
194 AACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATA
* * ** * * *
128802 AATTATTATTATTTTATTTT-GAATAATTTTGTATGAATGGAAACAATTATTTTACGATAAAACA
257 AATTAGTATTATTTT-TTTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* * *
128866 AAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTT-AAATG
321 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
* * * * * * *
128905 GACATGATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC-TATCTTATTAATTT
1 GTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTT
* * * ** * * * *
128969 TTAGAATATCAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAAGAATA-AAAAATATTGT
64 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGT
* * *
129033 TTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA-TCTATAACTA
127 TTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA
* * * * * * *
129096 TTTGAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATTTT
190 TTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTAT-TTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATT
* * * * ** **
129160 AATAAATTAGAATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAC-AA
253 AATAAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAA
* ** * *
129224 ATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATA
318 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
129266 GTTATAACTATTTGAACGTGTTCAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTT
1 GTCA-AACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * * * *
129329 TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTGCATGAATAGAACCAACTA
63 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * * * *
129392 TTTTATGAAAAAACAAAATA-ACATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTA
126 TTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
129456 TTTGAACATGTTTGGTAAACAGATTTATTTCTTACTTCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTA
190 TTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTT-TTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTA
* * * *
129521 ATCAAA-TAGCATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAA
254 AT-AAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * *
129585 ACTAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
318 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*
129627 GTCAAGACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
1 GTCAA-ACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * *
129691 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGTT
63 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * * * **
129756 TTATGACACAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCACAAAGATTT
128 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * *
129821 GAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAAT
193 GAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTT-AATTCTCTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAAT
* * * * ** *
129885 AAATTTGTATTATATTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAATTATTTTATGACAAAAC
256 AAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAATTG-AAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * *** * * *
129950 AAAAGGTTACAGCAATTTCAAATAGATAATTATTGAAATA
320 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
129990 GTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
1 GTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
130055 CGTAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAAATT-T
65 -GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAA-CAATTGT
* * * *
130118 TTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
127 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * ***
130183 T-AATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTTACAATT-TTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTA
192 TGAA-CTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTT--AATTCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTA
* * ** * * * *
130246 ATAAAGTCGTATTA-TTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAACAT-AAACAATTATTTTATAACAG
254 ATAAATTAGTATTATTTTTTTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * *
130309 AATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATA
317 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
130352 GTCATAACTATTTGAACTCGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAC-TA--ATTTTT
1 GTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * *
130414 GAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTATGAACAAACTTATATGAATAAAAATATTTGTTTT
65 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTT
* * *
130479 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTATTT-A
130 ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
130543 AATTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTAA--ATC-T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA
195 ACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAA
* * * * * * ** *
130603 ATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTCAAAAAAAAAACTTAGATTATAACAA
258 ATT-AGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAATT----GAAACAA-TTATTTTATGACAA
* * *
130667 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAGTGTTCATATA
317 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
130710 GTCTTAAA-TATTTGAA-TAAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTAAGTTATTAATT
1 GTC--AAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * * * * * * * *
130773 TTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTATATGAACAAAAATAACTGT
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* * * * ** * ** * *
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* * ** * *
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192 TGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAAT
* * * ** * * * * *
130962 AAATTAGTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGAATG-ATAAAAAATAATTGTTATATAACCAAAC
256 AAATTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
131026 AAAAGG-CTATAAT-TTTTGGTAAATATATAATTATTCATATA
320 AAAAGGTC-ATAATGATTT-G-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
131067 ATCTTAATTATTTGAAC-TATATAAGCAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA-TCA---
1 GTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
131123 --AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTT
64 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
131186 TATAACAGAA-AAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG---GAAC----TG
129 TATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
131243 --CTTCG---G-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATT-ACTTTTTGAAATATTGAT
194 AACTT-GTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT
* * * * ** ** *
131301 AAATTAATATTA-TTTTATTCTGAATAGGCTTGTAT-AAAGGAAAAACAATCGTTTAATGACAAA
256 AAATTAGTATTATTTTTTTTC-AAATAAGCTTGTATGAATTG--AAACAATTATTTTATGACAAA
* *
131364 ACAAAAGTTCCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
318 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * *
131405 GATCATATTTATTTGAA-TTGATTCGATAAAC-TGACTTATTTTTTTAAATCT-TTAACTTATAA
1 G-TCA-AACTATTTGAACTTG-TTTGATAAACAT-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTA
* * * * * * * * *
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* * * *** * * *
131532 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTCT-AAATATATAATTACTT-AAATAGTTATAA
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* * * **
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187 CTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTT--AATTCTCTTACTTATTAATTTTTTGA
* * * * *
131658 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCATGTATGAGTTG-AA-AATTATTTTAT
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* * * * * * * *
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* * ** ** * *
131768 GTCTTAACTATTTAAAC-TAATACAGTAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 GTC-AAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * ** * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * *
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*
132067 AACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
317 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * *
132110 CCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAAC-TGATTTATGTTGTAAATCTCTAACTTATCAATT
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* * * * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * * ** *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
133068 TAAATTTA-TATTATCTTATTTGAAATAAACTTGCAT-AAATAAAACCAATTGTTTTATGACAAA
255 TAAA-TTAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAA-CAATTATTTTATGACAAA
* *
133131 ACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
318 ACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
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1 GTCA-AACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATT-TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* *** * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * ** *
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* **
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** ** * * *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * ** * *
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** ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ***
129352 TATTTTATTCGAAATAAACTTGCATGAATAGAACCAACTATTTTATGAAAAAACAAAATAACATA
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** * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * **
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* * *
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*
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* * * ** *
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*
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* * * *
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448 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * * * **
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* ** * * * * *
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* * * * * *
130311 TAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTG
320 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
130376 ATAAATAGATTTATTTTTTAAA---TTT-CTTACTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTA
385 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATTA
* * * * * * * *
130437 CTTTATTATGAACA-AA-CTTATATGAATAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
449 TTTTATT-TGAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-
* * *
130500 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCACATA
511 ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
130529 GTCATAATTATTT-AAATTGGTTAGGTAAACAGAA-TTA-TTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * ** *
130588 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATGAATTCAAAAAAAAA
64 TTGTAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTA-TATGAA--C--TAAAAAA
** * * * *
130651 ACTTAGATTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAGTGTTCATATAGTCTTA
123 A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TA
* * * * *
130716 AA-TATTTGAA-TAAGTTTGACAAATAAATTTATTTTTTAATTCTCTAAGTTATTAATTTTTGAA
186 AACTATTTGAACT-AGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * * * *
130779 ATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTATATGAACAAAAATAACTGTTTTATG
250 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * ** * *
130844 ATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATAGTCAT-A-TATTTGAACT
315 ACA-AACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
130907 AGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAAGAGTAATAAATTA
379 TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTT
** * * * * * * *
130968 GTATTATTTTATTACAAATAAGCTTGAATGATA-AAAAATAATTGTTATATAACCAAACAAAAGG
443 GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
* *
131032 -C-TATAATTTTTGGTAAATATATAATTATTCATATA
507 TCATATAA--TTT-G-AAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** * * *
131067 ATCTTAATTATTTGAACTATATAAG-CAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATCAA---
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
131124 ---AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACTGAAACAATTATTT
65 TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTT
* * * * * * *
131186 TATAACAGAA-AAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG---GAAC----TG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACTATTTG
* ** * * * * *
131243 --C---TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTACTTTTTGAAATATTGATAA
195 AACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * *
131303 ATTAATATTATTTTATTCTGAATAGGCTTGTATAAAGGAAAAACAATCGTTTAATGACAAA-ACA
260 ATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAACA-A
* ** * **
131367 AAAGTTCCTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GATCATATTTATTTGAA-TTGATTCG
323 AAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCG
* * * * * **
131430 ATAAACT-GACTTATTTTTTTAAATCTTTAACTTATAAATTTTCAAAATATTAATAAAGTAATAT
385 ATAAA-TAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTTGTAT
* * * * * *
131494 TATTTTATTTCG-GATAAACTTTTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
447 TATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* *
131558 ATTTATTCT-AAATATATAATTACTT-AAATA
511 A-TAATT-TGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
* * * * * **
131588 GTTATAACTATTTGAATTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTATTGTTTATTAATT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * **
131652 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCATGTATG-AGT-TGAAAATTAT
64 TTGT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTAT
* * * * * * * * *
131715 TTTATGACTAAAGAAAAAGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACTATT
* * * * *
131780 TAAACTA--AT-ACAGTAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
193 TGAACTAGTTTGACA--AA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* ** ** * *
131842 ATTATTTTAGCATTATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC-A-------A--A-AGA
255 AATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * *
131896 -TTAAA---AT---AATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTT
320 CAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC
* * * ** *
131953 AAAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
384 GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTATT
* * ** * *
132018 ATTTTATTTTG-AATAGGCTTTTATGATGAAAAACAATTATTTTATGAC-AAACAAAAGTTCATA
448 ATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-
* *
132081 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
511 ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * * ** * * * *
132110 CCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGATAAACTGATTTATGTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** * * * * * * *
132174 T-TAAAATATTAATAAAGTAATCTTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTTATAAATTGAAACAATTG
65 TGT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTATATGAACTAAAAAAATTA
* * * * * * * *
132238 CTTTATAATAAGTAA-AAAA-GTCATACCGATTTTAAAAAGATAATTGTGCAAATAGTC-ATAAC
127 TTTTATGACAA--AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTA-AAC
* * *
132300 TATTTGAACTTA-TTCGATAAA-AAGATTTATTTTTT-AAT-TTCTTGCTTATTAATTTTCT-AA
189 TATTTGAAC-TAGTTTGACAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT-TGAA
* * * * * ** * *
132360 ATGTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAG-TGTGTATGAATTGAAACAATTATTTTAC
250 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * *
132424 GACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTA-TTCAAA
314 GAC-AAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* ** * * * * *
132487 TTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTTGAAAT-TCTTACTTATTAATTTCTAGAATATT-ATTA
378 TT-GTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAA
* * * * * * * * *
132550 ATTTAGCAATATTTTACTTTG-AATATG-TGTGTATAAATAAAAATAAATATTTTAAGAC-AAAC
439 ATTT-GTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
132612 -AAAGGTCATA-ACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAATTA
501 AAAAGGTCATATA--ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
132651 GTCATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
132712 TGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAAT-AGTTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGT
65 TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAG-CTTATATGAACTA-AAAAAATTAT
* * * * * * * * *
132775 TTTATGATAAAATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTTAAATGGAC-ATGACTAT
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTA-AACTAT
* ** * * * **
132839 TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTA
192 TTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* ** * * * * *
132903 ATCAATTAGCATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-
256 ATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAC
* * *
132967 ACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATT----T-G----AGC---TT--ACTTG---
321 A-AAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
133015 G-TAAACAGATTTAGTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATAT
384 GATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTGTAT
* * * * * *
133079 TATCTTATTTGAAATAAACTTGCATAAATA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
447 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
133143 AATATTTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
511 -ATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
133173 GTCATAATTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGATTCT-TTTTTTAAAAT-TC-T-C---TTACTC
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATT-TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * * * *
133231 TT-TAAT-TT--TCAA--A--A-TATTTTATTCCAAATAAGTTTGTATGAAC-AAAAACAACTGT
64 TTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTAAAAA-AATTAT
** * *
133286 TTTATG-GTAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TAAAACTAT
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-AAACTAT
* * * * * *
133349 TTGAA-TTGGTTCAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTCTTGAAATATTA
192 TTGAACTAGTTTGA-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
*
133409 ATAAATTAGTATTATT
256 ATAAATTAATATTATT
133425 AATAATAAGT
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (539 bp):
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTAAAAAAATTATTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTAAACTATTTGA
ACTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
TTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAA
GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATAATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATA
Found at i:131940 original size:162 final size:161
Alignment explanation
Indices: 131729--132043 Score: 360
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
131719 TGACTAAAGA
* * * * **
131729 AAAAGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTAATACAGT
1 AAAAGTTAAAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATACAAA
* * * * **
131794 AAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTATTTTAGCATTATT
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATT
131859 TTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
131 TTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * ** **
131890 AAAAGATTAAAATAATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTAA
1 AAAAG-TTAAAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATACAA
* * *
131955 AAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
65 AAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTAT
* * * *
132020 TTTATTTTGAATAGGCTTTTATGA
130 TTTACTCTGAATAAGCTTGTATGA
132044 TGAAAAACAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 29, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
161 5 0.04
162 119 0.96
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (161 bp):
AAAAGTTAAAATAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATACAAA
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTATT
TTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
Found at i:132188 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 131886--132999 Score: 894
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 177
131876 GTATGAACAG
* * * * *
131886 AAACAAAAGATT-AAAATAATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGG
1 AAACAAAAG-TTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
* * *
131950 TTT-AAAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
65 TTTGATAAAA-AGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* *
132014 TATTATTTTATTTTGAATAGGCTTTTATGATGAAAAACAATTATTTTATGAC
128 TATTATTTTATTTTGAATAAG-TTGTATGAT-AAAAACAATTATTTTATGAC
** *
132066 AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACCCATAATTATTTGAATTGAT
1 AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGAT
** * * * * * *
132131 TTGATAAACTGATTTATGTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATC
66 TTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** * *
132196 TTATTTTATTTCGAATAAGTT-TTTTATAAATTGAAACAATTGCTTTATAAT
130 TTATTTTATTTTGAATAAGTTGTATGAT-AA---AAACAATTATTTTATGAC
* ** * * *
132247 AAGTAAAAAAG-TCATACCGATTTTAAAAAGATAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AA--ACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * *
132311 -ATTCGATAAAAAGATTTATTTTTT-AATTTCTTGCTTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATT
63 GATTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATT
* ** *
132373 AGTGTTATTTTATTTTGAATAAGTGTGTATGAATTGAAACAATTATTTTACGAC
126 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGT-TGTATG-ATAAAAACAATTATTTTATGAC
* * * ** *
132427 TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-ATAATTGTTCTAATAGTCCTAACTATTCAAATTGG
1 -AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
** * * * * * *
132491 TTTGGCAAACACATTTATTTTTTTGAAAT-TCTTACTTATTAATTTCTAGAATATTATTAATTTA
65 TTTGATAAAAAGATTTA-TTTTTT-AAATCTC-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
132555 GCAATATTTTACTTTGAATATGTGTGTATAAATAAAAATAAATATTTTAAGAC
127 GTATTATTTTATTTTGAATAAGT-TGTAT-GATAAAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
132608 AAAC-AAAGGTCATAACGATTTGAGATAGATAATTGTTTAATTAGTCATAACTATTTGAATTGAT
1 AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGAT
* * * * * *
132672 TTGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATAT
66 TTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
132734 TATTTTATTCTAAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT
131 TATTTTATTTTGAATAAG--TTGTATG-ATAAAAACAATTATTTTATGAC
* ** * * * *
132783 AAA-ATAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTTAAATGGACATGACTATTTGAACTT
1 AAACA-AAAGT-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
* * * * * *
132847 G-TTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATCAATTA
63 GATTTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
* * * * * *
132911 GCATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
127 GTATTATTTTATTTTGAAT-AAGTTGTAT-GATAAAAACAATTATTTTATGAC
* *
132964 AAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATT
1 -AAACAAAAGTTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT
133000 ATTTGAGCTT
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 154, Indels: 79
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 61 0.08
176 5 0.01
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178 14 0.02
179 76 0.10
180 199 0.27
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183 12 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
AAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGAT
TTGATAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
TATTTTATTTTGAATAAGTTGTATGATAAAAACAATTATTTTATGAC
Found at i:133019 original size:163 final size:164
Alignment explanation
Indices: 132849--133163 Score: 451
Period size: 164 Copynumber: 1.9 Consensus size: 164
132839 TTGAACTTGT
* * * *
132849 TTGGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATCAA-TTAG
1 TTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAAATATTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTA-
* *
132912 CATTATTTTATTATG-AATAAACTTGTATAAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
65 CATTATCTTATT-TGAAATAAACTTGCATAAATA-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
132975 TCATAACTA-TTTGAAATAAATAATTATTTGAGCTTAC
128 TCATAA-TATTTTGAAATAAATAATTATTTGAGCTTAC
* ** * *
133012 TTGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAT
1 TTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAAATATTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAC
*
133077 ATTATCTTATTTGAAATAAACTTGCATAAATAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
66 ATTATCTTATTTGAAATAAACTTGCATAAATAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
133142 TAATATTTTGAAATAAATAATT
131 TAATATTTTGAAATAAATAATT
133164 GTTTAAATAG
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 12, Indels: 9
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
163 18 0.13
164 114 0.84
165 3 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (164 bp):
TTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAAATATTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTAC
ATTATCTTATTTGAAATAAACTTGCATAAATAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
TAATATTTTGAAATAAATAATTATTTGAGCTTAC
Found at i:133971 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 133949--133998 Score: 73
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
133939 GTTCTATTAT
133949 AATTATAATATTATAATAA
1 AATTATAATATTATAATAA
*
133968 AATTATAAAATTATAATAA
1 AATTATAATATTATAATAA
* *
133987 AAATATTATATT
1 AATTATAATATT
133999 GTTTAATTTT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 27 1.00
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (19 bp):
AATTATAATATTATAATAA
Found at i:134585 original size:176 final size:175
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Indices: 134353--134823 Score: 536
Period size: 183 Copynumber: 2.6 Consensus size: 175
134343 ATCGAACAAA
* * * * * *
134353 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTCTATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTGATTTA
1 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTC-AT-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
* *
134418 TTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTATCAAACAAGTTCAAATAAT
* * **
134483 TATGACTAT-TTGAATAATTATCTACTTCACATCATTGTAA-CATTTT
129 TATGACTATCTT-AATAATTATCTACTTCAAAACATTACAACCATTTT
* * * *
134529 GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
1 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCAT-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
* * * * *
134594 TTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAAGTTGTTTATCGAACAAGTTCA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAA-AAA----TTTATCAAACAAGTTCA
* *
134659 AATAATTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAAACATTACAACCTTTTT
123 AATAATTATGACTATCTTAATAATTATCTACTTCAAAACATTACAACCATTTT
* *
134712 ATTTTGTCATAAAACAATTAG-TTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTT
1 ATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTC-ATTCATT-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTT
* *
134776 ATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTAT
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAAAAATTTAT
134824 TTAAAAATTA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 37, Indels: 23
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 75 0.30
177 17 0.07
178 3 0.01
181 4 0.02
182 61 0.25
183 85 0.35
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (175 bp):
ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTTATCAAACAAGTTCAAATAATTA
TGACTATCTTAATAATTATCTACTTCAAAACATTACAACCATTTT
Found at i:135554 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 134872--136065 Score: 930
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 180
134862 TATTATTTAG
* * * * *
134872 AATAAAATAATACTATTTTATTACTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
134933 T-CTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCCAATTGTTAT-
66 TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
134996 AATTTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTAATT-TTT-GTTCA-ACAAGCTTATTCA
131 AACTTTTGTTTTGTCAT-AAA-A--TAATTGTTTAGTTCATAAAAGCTTATTGA
* * * * * * * *
135047 GAGTTAAATATTACTAAATTAATAATATTCTAAACATTAAGAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
135111 AT-GTTT-GCTGAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAACTATCTATTTCAAATCGTT-
65 CTAGTTTATC-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * ** * *
135173 TGACCTTTT-TTTAGTCATAAAATGATTGCTTCAACTCATACATGCTTATTTGA
129 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTAGTTCATAAAAGCTTA-TTGA
* * * *
135226 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCA-AAAAATTATTAAGTAAGA-AATTAGAAAA-AAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
135288 CTA-TTTATCGTA-CAAGTTTAAATATTTTTTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTA
65 CTAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
135351 TGACCTTATATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCTGA
129 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-AGTTCATAAAAGCTTAT-TGA
* * * * *
135405 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
135469 TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
66 TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
135534 AACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT--TTCATCACACAAGCCTATTCAA
131 AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAGTTCAT-A-A-AAGCTTATT-GA
* *
135586 AATGAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
135650 CT-GTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTC-AATCGTTA
65 CTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTA
* * * *
135713 T-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTCAA
129 TGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTA-GTTCATAAAAGCTTATT-GA
* * * * * *
135767 AATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAAT-
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * * *
135831 TTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTAT-
66 TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * *
135895 AACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTCCGA
131 AA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTAGTTCATAAAAGCTTAT-TGA
* * *
135948 AATAAAATAATATTAATTTACTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAATAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
136008 CTA-TTTA-C-CATGCTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACATTTATTTATTTCAAAT
65 CTAGTTTATCGAAT-C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
136066 TATACTAAAT
Statistics
Matches: 812, Mismatches: 161, Indels: 89
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 1 0.00
176 31 0.04
177 113 0.14
178 83 0.10
179 145 0.18
180 25 0.03
181 394 0.49
182 10 0.01
183 1 0.00
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAGTTCATAAAAGCTTATTGA
Found at i:135761 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 134872--136060 Score: 1118
Period size: 362 Copynumber: 3.3 Consensus size: 358
134862 TATTATTTAG
* * * *
134872 AATAAAATAATACTATTTTATTACTATTTTG-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
134936 TTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCCAATTGTTATAA-T
65 TTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTACAATCGTTATAACC
* * * * * * * *
134999 TTTTGTTTTGTCCTAAAACATTTAATTTTTGTTCA-ACAAGCTTATTCAGAGTTAAATATTACTA
130 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
135063 AATTAATAATATTCTAAACATTAAGAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAA-TATGTTTGCTGAATCA
193 ATTTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAATCA
* * * *
135126 ATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAACTATCTATTTCAAATCGTT-TGACCTTTT-TTTAGT
257 ATTCAAATAGTTAAGGCTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
** * * *
135188 CATAAAATGATTG--CTTCAACTCATACATGCTTATTTGA
321 CATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCGA
* ** * * *
135226 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTATTAAGTAAGAAATTAGAAAA-AAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
135290 ATTTATCGTA-CAAGTTTAAATATTTTTTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
63 ATTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTACAATCGTTATAA
* * * * * * *
135354 CCTTATATTTTATCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATAT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-ATGTTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
135418 TACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATTAGTTTATCGAATC
191 TAATTTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATC
* * * * * *
135483 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTTT
256 AATTCAAATAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
* * *
135548 CATAAAACAATTGTTTTTCATCACACAAGCCTATTCAA
321 CATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA
*
135586 AATGAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
135651 TGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTCAATCGTTATA
62 TATTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTACAATCGTTATA
*
135715 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
135780 TAATCTAGTAATATTATGAAATTTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
191 TAATTTAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATC
* * * * *
135845 AATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTG
256 AATTCAAATAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTG
* * ** * * * *
135909 TCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTCCGA
320 TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
135948 AATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAATAAATAAATCTATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * *
136013 TA-C-CATGCTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACATTTATTTATTT
66 TATCGAAT-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
136061 CAAATTATAC
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 141, Indels: 50
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 34 0.05
356 66 0.10
357 72 0.11
358 118 0.18
359 14 0.02
360 63 0.09
361 15 0.02
362 280 0.42
363 2 0.00
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTACAATCGTTATAACCT
TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATT
TAATAATATTATAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAATTC
AAATAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCGA
Found at i:136028 original size:539 final size:529
Alignment explanation
Indices: 134872--136065 Score: 1207
Period size: 539 Copynumber: 2.2 Consensus size: 529
134862 TATTATTTAG
* * * * *
134872 AATAAAATAATACTATTTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATT
* * * * ** *
134937 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCCAATTGTTATAATTTT
64 TACC--ATCAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTT
* * ** * * * * *
135002 TGTTTTGTCCTAAAACATTTAATTTTTGTTCAACAAGCTTATTCAGAGTTAAATATTACTAAATT
127 TGTTTTGTCATAAAACAATTAATTTTTCATCAACAAGCCTATTCAAAATGAAATAATACTAAATT
*
135067 AATAATATTCTAAACATTAAGAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATCAATTCAA
192 AATAATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATCAATTCAA
* * *
135132 ATAGTTAAGACTATTAGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTTGACCTTTTTTTAGTCATAAAATG
257 ATAGTTAAGACTATTAGAACAACTATATATTTCAAATCGTTTAACCTTTTTTTAGTCATAAAATA
* * ** * *
135197 ATTGCTTCAACTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAAT
322 ATTGATTCAACTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAGTAACATTCAAAAAAT
* * * * ** * * *** *
135262 TATTAAGTAAGAAATTAGAAAAAAATCTATTTATCGTACAAGTTTAAATATTTTTTACTATTTGA
387 TAATAACTAAGAAATTAAAAAAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
* * *
135327 ACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTATATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA
452 ACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTATATTTTATCATAAAACAAATGTTTCAGTTCATA
*
135392 AAAGCTTATCTGA
517 AAAGCTTATCCGA
* *
135405 AATAAAATAATATTACTTTATTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAAT-
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA-ATAAATC
* * * * *
135469 TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
60 TA-TTTA-C-CATCAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-
* *
135534 AACTTTTGTTTTTTCATAAAACAATT-GTTTTTCATCACACAAGCCTATTCAAAATGAAATAATA
121 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAATTTTTCATCA-ACAAGCCTATTCAAAATGAAATAATA
* * * * * *
135598 CTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCGA
185 CTAAATTAATAATATTCT-AAAAATTAAGAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATATGTTTGCT-GA
* * * *
135661 ATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTC-AATCGTTATAACCTTTTGTT
247 ATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAACTATATA-TTTCAAATCGTT-TAACCTTTT-TT
* * *
135725 TTGTCATAAAATAATT-ATTTATCTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAGT
309 TAGTCATAAAATAATTGATTCAAC-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAGT
* * * * * * *
135789 AATATT-ATGAAATTTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAA-TTCAA
373 AACATTCA-AAAAATTAATAACTAAGA-AATTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAA
* * * * * * * * *
135852 ATAGTTAAGGCTATATGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCGTAAAA
434 ATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTATATTTTATCATAAAA
** * * *
135917 CAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTCCGA
499 CAAATGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCGA
*
135948 AATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAATAAATAAATCTATT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAGATTTAA-AAATAAATCTATT
* * * *
136013 TACCATGCTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACATTTATTTATTTCAAAT
64 TACCAT-C-AGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
136066 TATACTAAAT
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 100, Indels: 48
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
532 2 0.00
533 28 0.05
534 1 0.00
536 4 0.01
537 77 0.14
538 76 0.14
539 121 0.23
540 24 0.04
541 69 0.13
542 10 0.02
543 119 0.22
544 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTA
CCATCAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTAATTTTTCATCAACAAGCCTATTCAAAATGAAATAATACTAAATTAATA
ATATTCTAAAAATTAAGAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATCAATTCAAATAG
TTAAGACTATTAGAACAACTATATATTTCAAATCGTTTAACCTTTTTTTAGTCATAAAATAATTG
ATTCAACTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAGTAACATTCAAAAAATTAAT
AACTAAGAAATTAAAAAAAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAA
TTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTATATTTTATCATAAAACAAATGTTTCAGTTCATAAAAG
CTTATCCGA
Found at i:136212 original size:22 final size:24
Alignment explanation
Indices: 136187--136236 Score: 70
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
136177 AATATAACAG
136187 TTATTG-TAATTAA-TTA-AAATAT
1 TTATTGCTAA-TAATTTATAAATAT
136209 TTATTGCTAATAATTTATAAATAT
1 TTATTGCTAATAATTTATAAATAT
136233 TTAT
1 TTAT
136237 AAAATATTAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 9 0.36
23 6 0.24
24 10 0.40
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.04, T:0.52
Consensus pattern (24 bp):
TTATTGCTAATAATTTATAAATAT
Found at i:136352 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 136304--136373 Score: 86
Period size: 22 Copynumber: 3.2 Consensus size: 21
136294 CCTAAAATAA
*
136304 TAATATTAATATTATTATAACT
1 TAATATTAATATTATTATTA-T
*
136326 AAATATTAATATTATTTATTAT
1 TAATATTAATATTA-TTATTAT
*
136348 TAATATCAATATTAGTTATTAT
1 TAATATTAATATTA-TTATTAT
136370 TAAT
1 TAAT
136374 TAATTCTATA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 2
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 37 0.88
23 5 0.12
ACGTcount: A:0.44, C:0.03, G:0.01, T:0.51
Consensus pattern (21 bp):
TAATATTAATATTATTATTAT
Found at i:138604 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 138203--138606 Score: 460
Period size: 182 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
138193 TTAAAAATCT
* * *
138203 CTTATTAAATTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTCTATGATA
1 CTTATT-AATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTACTAAATAAGCTTCTATGATA
* * * * * * ** *
138266 AGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTTAAATAG
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* * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * *** * *
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** * * *
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* * ** * * *
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* * *** * * * * * **
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* *
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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*
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*
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* ** * *
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*
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1 ATGTGCTTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAAGTTTTAGAT
* * *
146654 ATAATATTAGTTATTTAAACTTTTAA-TAGGCCCTTATCACGTGTAGGTGAAAAGGCAAGAAGCC
66 ATAATATTAGTTATTTAAACTTTTAACAAGG-CCTTATCACATGTAGGTGAAAAGGAAAGAAGCC
*
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*
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*
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259 TAAAAAATTATA
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AAAAATTATACAAGCAATT
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*
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TTAATATAATATTAATTATTATAAA
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*
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TATAAATATATAATAATAATTA
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* * *
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** * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTTC
* ** * ** * * * * * *
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* * * ** *
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130 TACATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAACTA
* * * * *
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*
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*
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1 C-ATAATTATTTGAA
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149492 AATTAGCATT
* *
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65 ACA
*
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65 A
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CA
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**** * * *
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** * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * *
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* ** * * * *
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1 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAA--AACAAAAGGTTAT
* *
149987 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAAATT
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**
150052 AACTTTTTAAATCACTTGGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTT
129 AA-TTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTT
*
150105 ATTTTATTTTGAATAAGCCTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA
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* *
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* *
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*
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1 TTAAATA-TTTTAAT
150512 T
1 T
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TTAAATATTTTAAT
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*
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* *
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*
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*
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* *
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** ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* *
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** * * * *
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* *
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* * *
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* * * * *
152971 GAATAAGAATATATGAACAGAAACAATTATTTTATGGCAATACAAATGGTCATAATGATTTGAAA
64 AAATAAGAATATAAGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* *
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153140 T
1 T
153141 TCTTAATTTT
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TAAACAGTTTTACTTTTTTAAATTTCTTAC
Found at i:154427 original size:181 final size:181
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Indices: 153109--155206 Score: 1465
Period size: 181 Copynumber: 11.7 Consensus size: 181
153099 AATTTCTTAC
* * * * * *
153109 TAAACCAGTTTTACTTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 TAAA-CAGATTTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * * * *
153174 GTTTTATTC-CAAACAAATTTATAATGTACAAAAACATTTTGTTTTATGACAAAATAAAAGAACA
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* * * * *
153238 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAATTAATTTGAACTGGTTAGG
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* * * * * * * * *
153296 CAAACTGAATTGTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAG-TATT
* * * * ** *
153360 ACTTTA-T-TCAAAT-AG-TTCTAAGAA-ATGAAA-ATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTAT
64 ATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT
* * * * * * * * *
153419 AACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAAATATTTGAACTAGTTC-A
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* * * * * *
153473 GT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTACTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
153537 TTTTATT-TCAAATAAACTTGTGTGGATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAA
65 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
** * * * *
153601 CAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-GGTTC-A
129 TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * *
153652 GTAAATAGATTAATTTTTT-AA-ATCTT--TTATTAATGTTT-GAAATATTAGTAAATTAGTATT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
*
153712 ATTTTATTC-CAAATAGGCTTGTATG-AT-GAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCA
64 ATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCA
* * * * ** *
153774 TAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TAATTTGA
126 TAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * ** *
153829 TAAACTGATTTATTTTTTAAA-ACTCTAACTTCTTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGCAATATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATA-TCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
153892 A-TTTATTTTGAAA-AAACTTTTATGTACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCAT
64 ATTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT
* * *
153954 AATGATTTTAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTTG-
127 AATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGA
* * *
154009 TAAATAGA--T-TTTTTTAAA-AT-TT-CTTATTAATTTTCTA-AATTTTAATAAATTATTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
154067 CTATATT-TCGAATAAGCATGTATGAACT-GAAGCAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATCAAA
65 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATA
* * * *
154130 ATAATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TTAACTATTTGAAC-TGCTTCAGA
128 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-GA
* * * *
154184 -AAGCACATTTA-TTTTT-AA-ATC---CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTGGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * *
154241 TTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAATGTCATAA
65 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAA
* * * * * * *
154305 TGATTTGAAATAAATAACAGCTCAAATAGACATGACTATTTAAAGTTGTTCGA
129 TGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * *
154358 TAAACAGATTTATATTTTAAATATCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * *
154423 TTTATTC-CAAATAAATTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAAA
66 TTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAAT
* * * * *
154487 GATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGG
130 GATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
154539 TAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
154603 TTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGA-AAAA-AAAATTGTCATA
65 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA--GTCATA
* *
154665 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAA-TGTGTTCAA
128 ATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGA
* * * * * * *
154718 AAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATAAATTTA-TATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTA
* * * *
154781 TTTTATTC-GAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACTAATTATTTTATGACAAAACAAATCA-TCAT
65 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAA--AGTCAT
* * * * *
154843 AATGTTTTGAAACAGATAATTA-TTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
127 AATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * * * *
154898 TAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAAATTAG-AGCTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-TTA
* * * * * * * *
154962 TTTTATT-TCAAATAAGCTTATGTTAACT-GAAAAAATTATTTTA-GTACAAAATAGAAGGTCAC
65 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACA-AAAGTCAT
* * * * * *
155024 AATTATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAATCTTGACTATTTGAACTTGTTTGG
127 AATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * * *
155079 TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTCACTTGTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
155143 TTTTAATC-CGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACGAAAAGTCATAA
65 TTTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTCATAA
155207 CAATTTTGTT
Statistics
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0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 5 0.00
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TAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
Found at i:154846 original size:540 final size:529
Alignment explanation
Indices: 153143--155212 Score: 1773
Period size: 540 Copynumber: 3.9 Consensus size: 529
153133 TTCTTACTTC
** * * * ** * *
153143 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTCCAAACAAATTTATAATGTACAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGT-ATGAAC-AAAA
* * * * * * *
153208 CATTTTGTTTTATGACAAAATAAAAGAACATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAATAGTC
64 CA-ATTATTTTATGACAAAA-CAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGAC
* * * ** * * * * ** *
153273 ATAATTAATTTGAACTGGTTAGGCAAACTGAATTGTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTTG
126 ATAACT-ATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATTAATTTTTG
* * * * * ** *
153338 AAATATTAATAAATTTGTTTTTACTTTA-TTCAAAT-AGTTCTAAGAA-ATGAAA-ATTTGTTTT
189 -AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCAAATAAATTTTGTGAATA-GAAACAATTGTTTT
** * * * * * * * * * *
153399 ACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAAATATTTGA
251 ATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
153464 ACTAGTTCAGT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTACTAATTTTTAG-AATATTATTAT
316 ACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTAATAA
* * * * * * *
153527 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTGTGGATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAA
380 ATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AACAAA
* * * * *
153592 AGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGGTTCAGTAAA
444 A-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAATGGTTCAGAAAA
* * *
153657 TAGATTAATTTTTTAAATCTTTTA
507 CACATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
* * * **
153681 TTAATGTTTGAAATATTAGTAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAG
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAA-
* * * *
153745 CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCA
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACA
* ** * * *
153809 TAATTATTTGAATAATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAA-ACTCTAACTTCTTAATTTTTGAA
127 TAACTATTTGAATTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATA-TCTAACTTATTAATTTTTG-A
** * * * *
153873 ATATTAATAAAGCAATATTA-TTTATTTTGAAA-AAACTTTTATGTACTA-AAACAATTGTTTTA
190 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAA-TTTTGTG-AATAGAAACAATTGTTTTA
* *
153935 TGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
252 TGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * ** *
154000 CTTATTTTGTAAATAGA--T-TTTTTTAAA--ATTT-CTTATTAATTTTCTAAATTTTAATAAAT
317 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
154059 TATTATTACTATATTTCGAATAAGCATGTATGAACT-GAAGCAATTATTTTTTGACTAAACAAAA
382 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAA
* * * * *
154123 GATCAAAATAATTTGGAATAGATAATTGTTCAAATAGTTTAACTATTTGAACTGCTTCAGAAAGC
445 G-TCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAA-TGGTTCAGAAAAC
**
154188 ACATTTA-TTTTTAAATCCTTA
508 ACATTTATTTTTTAAATTTTTA
* ** * ** *
154209 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC
* * * * * *
154274 AATTATTTTATAATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAA-CAGCTCAAATAGACAT
65 AATTATTTTATGACAAAAC-AAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGACAT
* * *
154338 GACTATTTAAAGTTGTTCGATAAACAGATTTATATTTTAAATATCTAACTTATTAATTTTTAGAA
128 AACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATTAATTTTT-GAA
* *
154403 TAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTT-TGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
154468 CAAAATAAAAGATCATAAAGATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT
255 CAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*
154533 GTTCGGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA
320 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAA
* * *
154598 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGA-AAAAAAAATTGTC
385 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAA--GTC
* * *
154662 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAATGTGTTCAAAAAACATA
448 ATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAATG-GTTCAGAAAACACA
154726 TTTATTTTTTAAATTTTTATTTA
511 TTTATTTTTTAAA---TT-TTTA
* * * * *
154749 TTAATTTTTGGAGTTTTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAC-
* * * * *
154814 AATTATTTTATGACAAAACAAATCATCATAATGTTTTGAAACAGATAATTATTTAGATAGTCATA
65 AATTATTTTATGACAAAACAAAT-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATA
* * * * * * * *
154879 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTAT
129 ACTATTTGAA-TTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATTAATTTTT-GAAT
* * * * * *
154944 ATTAATAAATTAG-AGCTATTTTATTTCAAATAAGCTTATGTTAACT-GAAAAAATTATTTTA-G
192 ATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAA-ATTTTGTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
155006 TACAAAATAGAAGGTCACAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCTTGACTATTTGAAC
254 -ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
155071 TTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTCACTTGTTAATTGTCA-AAATATTAATAAAT
318 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGAAATATTAATAAAT
* * * * * *
155135 TAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACGAAAA
382 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAA
*
155200 GTCATAACAATTT
445 GTCATAATAATTT
155213 TGTTTACAAA
Statistics
Matches: 1226, Mismatches: 249, Indels: 111
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
527 1 0.00
528 106 0.09
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530 201 0.16
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543 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (529 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAAC
TATTTGAATTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTAACTTATTAATTTTTGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAATTTTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGG
TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGTCATAATAAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAATGGTTCAGAAAACACATTTATTTTTT
AAATTTTTA
Found at i:154882 original size:359 final size:359
Alignment explanation
Indices: 153118--155206 Score: 1633
Period size: 359 Copynumber: 5.8 Consensus size: 359
153108 CTAAACCAGT
* * ** * *
153118 TTTACTTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTC
1 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * * **
153183 CAAACAAATTTATAATGTACAAAAACATTTTGTTTTATGACAAAATAAAAGAACATAATGATTTG
65 CAAATAAACTTGT-ATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTG
* ** * *
153248 AAATAGATAATTGTTTCAAATAGTCATAATTAATTTGAACTG-GTT-AGGCAAAC-TGAATTGTT
127 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TGTGTTCA-ATAAACAT-ATTTATT
* * * * * * *
153310 TTTTAAATCTCTTGCTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTTACTTTATTC-AAAT-
187 TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTCGAAATA
* * * ** * * * *
153373 AG-TTCTAAGAA-ATGAAA-ATTTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAA
250 AGCTTGTATGAACA--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
153435 GAATTGTTCATATAGCCTTAAATATTTGAACTAGTTCAGT-AACAAA
313 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* * * * *
153481 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTACTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * **
153545 CAAATAAACTTGTGTGGATAGAAATAATTGTTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
65 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
153610 ATATATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACG-GTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
153674 -TCTT--TTATTAATGTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTAT
194 TTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTAT
** * *
153736 GATGAAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCA
259 GAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * ** * * **
153801 AATGGCCATAATTATTTGAA-TAATTTGATAAACTGA
323 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* * * **
153837 TTTATTTTTTAAAACTCTAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTA-TTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTT
* * * * *
153901 GAAA-AAACTTTTATGTACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTA
65 CAAATAAACTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGA
* * *** **
153964 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTTTGT-AA-ATAGAT-TTTTTTA
128 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * *
154025 AA-ATTT-CTTATTAATTTTCT-AAATTTTAATAAATTATTATTACTATATTTCG-AATAAGCAT
192 AATTTTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTT
* * * * * * * * *
154086 GTATGAACTGAAGCAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGATCAAAATAATTTGGAATAGATAATTG
255 GTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * *
154151 TTCAAATAGT-TTAACTATTTGAAC-TGCTTCAG-AAAGCACA
319 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAA-CAAA
* **
154191 TTTA-TTTTTAAA--TC---CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
** * * * *
154249 TAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
66 -AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAA
* ** * * * * * * *
154314 ATAAATAACAGCTCAAATAGACATGACTATTT-AAAGTTGTTCGATAAACAGATTTATATTTTAA
129 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATG-TGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * **
154378 ATATCTAACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAATTTGT
193 AT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGT
* * * * * * *
154443 GTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAAAGATTTGAAATATATAGTTGTT
257 ATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATT
*
154508 CAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
321 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* * *
154547 TTTATTATTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * *
154612 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGTTTATGA-AAAAAAAATTGTCATAATGATTTGAAA
66 AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAA-GGTCATAATGATTTGAAA
*
154676 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAATGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT
130 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAT
* ** * * *
154740 TTTTATTTATTAATTTTTGGAGTTTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCAT
195 TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTAT
* ** * * *
154804 GAACAAAACTAATTATTTTATGACAAAACAAATCATCATAATGTTTTGAAACAGATAATTATTTA
259 GAACAAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
*
154869 GATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
323 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
* * * ** **
154906 TTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGTATATTAATAAATTAGA-GCTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
154970 CAAATAAGCTTATGTTAACT-GAAAAAATTATTTTA-GTACAAAATAGAAGGTCACAATTATTTG
65 CAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG-ACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * ***
155033 AAATAGATAATTATTCAAATAATCTTGACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
127 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT
* * * * * *
155097 AAATCTTTCACTTGTTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCG-AATAAGCT
191 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCT
* *
155161 TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACGAAAAG-TCATAA
254 TGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAA
155207 CAATTTTGTT
Statistics
Matches: 1372, Mismatches: 289, Indels: 131
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
347 2 0.00
348 38 0.03
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350 2 0.00
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363 19 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATT
TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGA
ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAA
Found at i:155247 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 155223--155269 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
155213 TGTTTACAAA
155223 ACTATTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
155241 GACTATTT-GAATAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
155259 -CTATTTCAAAT
1 ACTATTTCAAAT
155270 TGTTATTACC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.24
17 3 0.12
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19 7 0.28
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:156044 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 155712--157093 Score: 1246
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155702 AATAATTTTG
* ** * *
155712 AATAGTTATGATTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** * * * * *
155777 ACAATTATTTTTTTTCATATTAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAC
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
*
155842 AATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCA
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* * * * ***
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1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * * *
155957 ACAATTATATCAATTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAT
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
156022 AATTAATGAGTAAGAAATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
131 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
** * * *
156073 AATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
156138 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-----TCAAAT-ATA--AATTTACTAATATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *** *
156195 GATTGATAAGTAA-AAATGTATAAAATAAATTTGTTTTTTGAACACGTTCAA
131 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTC-A
* * * * * * *
156246 AATAATAATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
156311 CCAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
**
156376 AATTAATAAGTAA-AATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC-AAGTGAGTTCA
131 AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGTTCA
* * * * *
156427 AATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCATTTGTTTTGTAATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * **
156492 ACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
66 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
156557 AA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAATTATATTTGTTTATCGGACTAA-TTCA
131 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC-AAGTTCA
* *
156604 AATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTATCTATCTT-AAATCGGTATGA--TATTTGTTTCGTCAT
1 AATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * * ** * *
156665 AAAACAATTATTTTTGTCCATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTACTAAACTAATAATATTTT
63 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *** *
156730 AAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAACCAGTTCA
128 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
* * * * *
156780 AATAGTTAAGACTA-TTATAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTTTTTTAGTCATA
1 AATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-GTCATA
* * * * * * *
156844 AAATAATTG-TTC-AGTTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAATATTATTTTATTAA-AATTC
64 AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
156906 AAAAAATTAATAAGCAAGGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTTA
128 -AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
* * *
156960 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
157024 AACAATTGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATCAATATTTCA
65 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
157088 AAAATT
129 AAAATT
157094 GAGAAATAAT
Statistics
Matches: 971, Mismatches: 192, Indels: 77
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 26 0.03
173 110 0.11
175 6 0.01
176 142 0.15
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179 22 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
Found at i:156167 original size:481 final size:480
Alignment explanation
Indices: 155232--156172 Score: 1280
Period size: 480 Copynumber: 2.0 Consensus size: 480
155222 AACTATTTCA
* * * *
155232 AATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
155297 ACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
66 ACAAATATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * *
155362 AATTAATACGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCATACCAGTTCAATTAGTTATAACTA
131 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCATACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
* * * * * * * *
155427 TTTTACCAAATATTTTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTTATCATAAAATTATTTCTATTC
196 TCTAAACAAATATTCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTCACCATAAAATTATATCAATTC
* * * * *
155492 ATACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGAGAG
261 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA
* * *
155557 ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTA
326 ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* *
155622 GTTTAAATTTCTATAACCTTTTGTATTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
391 GTTTAAATTTCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
155687 CAAATCTATTTACCAAATAATTTTG
456 CAAATCTATTTACCAAATAATTTTG
* * *
155712 AATAGTTATGATTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
155777 ACAATTATTTTTTTTCATATTAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAC
66 ACAAATATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
155842 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTAATAACT
131 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-ATACAAGTTCAAATAGTAATAACT
* * * * *
155906 ATCTAAATAATTA-TCTATTTCAATTCGTTATGACCTTTTGTTTCACCATAAACAATTATATCAA
195 ATCTAAACAAATATTCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTCACCAT-AA-AATTATATCAA
* * ** * * *
155970 TTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAATAATTAATGAGTAA
258 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* *
156035 GAAATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTAT
323 GAAATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
156100 CTA-TTTCAAATTGT-TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGC
388 CTAGTTT-AAATT-TCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAGC
156162 TTATTTCAAAT
450 TTATTTCAAAT
156173 ATAAATTTAC
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 57, Indels: 11
0.85 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
479 30 0.08
480 183 0.46
481 180 0.45
482 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (480 bp):
AATAATTATGACTATTGGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAAATATTTTTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCATACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
TCTAAACAAATATTCTATTTAAAATCGTTATGACCATTTGTTTCACCATAAAATTATATCAATTC
ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAA
ATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
GTTTAAATTTCTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
CAAATCTATTTACCAAATAATTTTG
Done.