Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168126.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_37, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 4000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 5 of 8
Found at i:189511 original size:18 final size:19
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*
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*
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TAAATTAAATATAATTAGC
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*
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ATATAATTAGCTAAATT
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1 TAATTAATTAATAT
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*
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TAATTAATTAATAT
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*
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TAATTATAAATATAATATTTAC
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190601 AGTTAATAAG
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*
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190642 TT
1 TT
190644 GAAATAAATT
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TTATAATAATAACTAA
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192104 TTGTATTTAA
*
192114 AATTATACTTATT
1 AATTATAATTA-T
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1 AATTATAATTAT
*
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*
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1 AATTATAATTAT
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1 AATTA-TAATTAT
*
192176 AATTATAATCA-
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* * *
192198 TATGATTATTATT
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* *
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*
192222 -ATTATTACTTAT
1 AATTA-TAATTAT
192234 AATTATTAATTAT
1 AATTA-TAATTAT
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1 AAT
192250 ATTAATATAA
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AATTATAATTAT
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192104 TTGTATTTAA
* * *
192114 AATTAT ACTTATT AATTAT AATTAT AATTATT AATTTAAA AATTAT TATT-T
1 AATTAT AATTA-T AATTAT AATTAT AATTA-T AA-TT-AT AATTAT AATTAT
* * * *
192165 AA-TATT AATTA- AATTAT AATCA- AATTAT AA-TAT TATGAT TATTATT
1 AATTA-T AATTAT AATTAT AATTAT AATTAT AATTAT AATTAT AATTA-T
* * *
192211 CATT-T AATAAT -ATTATT ACTTAT AATTATT AATTAT AAT
1 AATTAT AATTAT AATTA-T AATTAT AATTA-T AATTAT AAT
192250 ATTAATATAA
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AATTAT
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*
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* *
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ATTATATAATAATTATT
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1 ACAAATA
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ACAAATAAAATAATTTTAATT
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193087 TTATTATATA
* *
193097 TTATTATAAT-AATATATAATAATCT
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*
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TTATTTAATAAATAAACAATAATT
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*
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** *
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*
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193483 TTATAAAATA
*
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*
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TATTTATTTTATTAATTAATTAAAAATTATT
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1 ATTA
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ATTATATTATTATATAA
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*
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* * *
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*
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* *
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*
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*
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**
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AAATATTAAAATTATAATAATA
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* *
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*
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* *
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*
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TTATATAATAATATTAT
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*
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*
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Consensus pattern (14 bp):
AAATTATAATAATT
Found at i:204868 original size:22 final size:22
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204828 AATTATCTGA
204838 AATTATAATAATTAA-ATTAAAT
1 AATTATAAT-ATTAATATTAAAT
* *
204860 AATTTTAATTTTAATATTAAAT
1 AATTATAATATTAATATTAAAT
*
204882 TATTA
1 AATTA
204887 AAATGATTTA
Statistics
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AATTATAATATTAATATTAAAT
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205164 AATTTAAAGT
*
205174 TATTAATTATTAGATTAATA
1 TATTAATTATTAAATTAATA
*
205194 TATTAATTATTAAATTAATT
1 TATTAATTATTAAATTAATA
*
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1 TATTAATTATTAAATTAA
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Statistics
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19 6 0.18
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TATTAATTATTAAATTAATA
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205761 ATGTAATTTA
* *
205771 AATTTA-AATTTATATAATA
1 AATTTATAAATTATAT-ATT
205790 AATTTAT-AATTATATATT
1 AATTTATAAATTATATATT
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205830 AA-TTATAA
1 AATTTATAA
205838 TAAATCAAAT
Statistics
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AATTTATAAATTATATATT
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206400 AATTTTCAAA
* *
206410 ATATTTAACAAATATTTTAATAATT
1 ATATTAAATAAATATTTTAATAATT
* *
206435 ATTATTAAATAAAT-TTTTACTAGTT
1 A-TATTAAATAAATATTTTAATAATT
*
206460 ATATTTAATA
1 ATATTAAATA
206470 CTATAATATA
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ATATTAAATAAATATTTTAATAATT
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206495 TTAAATCTAA
*
206505 TTTATTTATATAA-TTAAAATT
1 TTTACTTAT-TAATTTAAAATT
206526 TTTACTTATTAATTTAAAATT
1 TTTACTTATTAATTTAAAATT
206547 AAAATAATTG
Statistics
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TTTACTTATTAATTTAAAATT
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206550 ATAATTGTTA
206560 TAATTA-AAT-AATAATCTAATT
1 TAATTATAATAAATAATCTAATT
206581 TAATTATAATAAATAAT-TAATT
1 TAATTATAATAAATAATCTAATT
* *
206603 AAAATATAATA
1 TAATTATAATA
206614 TAAATATTTA
Statistics
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TAATTATAATAAATAATCTAATT
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206828 ATAATATAAC
206838 TAATAATTAATATT
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206852 TAATATATTAAT-TT
1 TAATA-ATTAATATT
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1 TA-A-TAATTAATAT
206881 ATTAGTTTTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
14 9 0.36
15 13 0.52
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ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (14 bp):
TAATAATTAATATT
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Indices: 207247--208275 Score: 792
Period size: 181 Copynumber: 5.7 Consensus size: 178
207237 CTATTTGATA
* * ** * * * * *
207247 AAATGATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAATATTATTT
1 AAATAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAATATTT
* * * * * * *
207312 TATTTTGGATAAGCTTT-TAT-AAAATGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACG
64 TATTTCGAATAAG-TTTGTATGAACA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * * * * *
207375 ATTTTAAA-ATGATAATTGTT-TAAACAATCA-AACTATTTAAACTTATTTGGT
127 ATTTGAAATA-GATAATTATTAT-AATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGAT
* * * *
207426 AAATAGATTTATTTTTT-AATTCATTGCTTATTAATTTTCTGAATGTTAATAAAATAGTATTATT
1 AAATA-ATTTATTTTTTAAATTC-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTAATATT
** * * * * *
207490 TTATTTCGAATAAGCATGTATGAAC-TAAACAATTATTTTATGACCAAACAAAAGGTCAGAATAA
63 TTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * * *
207554 TTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTAAACTAATTCAAC
128 TTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGAT
* **
207605 AAATACATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAATAT
1 AAATA-A-TTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTAATAT
* * *
207670 TTTATTCCGAATAAGTTTGTATGGACAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACTG
62 TTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* ** *
207734 ATTT-AAGATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCCGAT
127 ATTTGAA-ATAGATAATTATT-ATAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGAT
* * ** *
207786 AAATAGATATAGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAT-ATATTT
1 AAATA-ATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTAATATTT
* * * * *
207847 TATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGAATCATAATGA
64 TATTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-ATCATAATGA
* * * *
207911 TTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTCGAT
128 TTTGAAATAGATAATTATTAT-AATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGAT
* ** * * *
207962 AAACAAATTTATTTTAAAAATATTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATT
1 AAA-TAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAATATT
* * ** *
208027 TTATTTCGAATAAGCTTT-TATGAATAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
63 TTATTTCGAATAAG-TTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * *
208091 ATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATGGTCATAATTATTTTGAACGT-GTTC-AA
127 ATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCATAACTA-TTTGAAC-TAATTCGAT
* * * * * * *
208143 AAAAAATTTATTTTAT-ATTTTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTA-TATTATTT
1 AAATAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAAT-TTTTGAATATTAATAAA-TTAGTAATATTT
* * * * * *
208206 TGTTT-GAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACT-
64 TATTTCG-AATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TG
208269 ATTTGAA
127 ATTTGAA
208276 TTTGTTTGGT
Statistics
Matches: 696, Mismatches: 116, Indels: 77
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 52 0.07
176 86 0.12
177 7 0.01
178 147 0.21
179 87 0.12
180 77 0.11
181 198 0.28
182 41 0.06
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAATAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTAATATTTTA
TTTCGAATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
GAAATAGATAATTATTATAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCGAT
Found at i:208123 original size:357 final size:358
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Indices: 207272--208129 Score: 898
Period size: 357 Copynumber: 2.4 Consensus size: 358
207262 TAAATCTCCA
* * * * * *
207272 ACTTCTTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAAA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAAA
* * * * *
207336 TGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAAC
66 --AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTAAATA-GATAATTGTTCAAAT
* ** * * * *
207400 AATCA-AACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAATTCATTGCTTATTAATTTT
127 AGTCATAACTATTTAAACTTATCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAATCA-TGCTTATTAATTTT
** * *
207464 CTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAACAATTATTTT
191 CAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAACAATTATTTT
* * * *
207529 ATGACCAAACAAAAGGTCAGAATAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTAA
256 ATGACAAAACAAAAGATCAGAATAATTTGAAATAAATAATTATTATAATAGTCATAACTATTTAA
* * * ** *
207594 ACTAATTCAACAAATACATTTTATTTTTTAAATCTCTT
321 ACTAACTCAACAAACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
* ** * *
207632 ACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTATTCCGAATAAG-TTTGTATGGA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTT-TAT-GA
* * * * *
207695 CAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATACTGATTTAAGATAGATAATTATTCAAAT
63 AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAA-ATAGATAATTGTTCAAAT
* *
207759 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTTT
127 AGTCATAACTATTTAAACTT-ATCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAATCATGCTTATTAATTTT
* * *** *
207821 CAAAATATTAATAAATTAATA-TATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
191 CAAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACT--AAACAATTATT
* * * *
207884 TTATTACAAAAC-AAAGAATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATT-TAAATAGTCATAATTAT
254 TTATGACAAAACAAAAG-ATCAGAATAATTTGAAATAAATAATTATTAT-AATAGTCATAACTAT
* * * * *
207947 TTGAACTCACTCGATAAACA-AATTTATTTTAAAAATATTTT
317 TTAAACTAACTCAACAAACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
*
207988 ACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAA-A
** *
208053 AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
65 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
208118 TCATAATTATTT
129 TCATAACTATTT
208130 TGAACGTGTT
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 73, Indels: 37
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.01
356 115 0.28
357 148 0.36
358 8 0.02
359 33 0.08
360 99 0.24
362 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAAAA
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTAAACTTATCCGATAAATAGATATAGTTTTTAAATCATGCTTATTAATTTTCAAAA
TATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACTAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGATCAGAATAATTTGAAATAAATAATTATTATAATAGTCATAACTATTTAAACTAA
CTCAACAAACACAATTTATTTTAAAAATATCTT
Found at i:208439 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 208164--208429 Score: 331
Period size: 146 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
208154 TTTATATTTT
* * * * * *
208164 TTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTGTTTGAAATAAGCTTGTATGAA
1 TTACTCATTAATCTTTGGAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCCTATATGAA
* * * * **
208229 CAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGAT
66 CAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAGTAAATAGAT
208294 TCATTTTTTAAATCCC
131 TCATTTTTTAAATCCC
*
208310 TTACTCATTAATTTTTGGAAT-TGTAAT-AAGTTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCCTATAT
1 TTACTCATTAATCTTTGGAATAT-TAATAAAGTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCCTATAT
** * *
208372 GAATTGATATAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
63 GAACAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAA
208430 TTATTTAGAT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 17, Indels: 6
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
145 6 0.06
146 93 0.93
147 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.14, T:0.42
Consensus pattern (146 bp):
TTACTCATTAATCTTTGGAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCCTATATGAA
CAGAAATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAGTAAATAGAT
TCATTTTTTAAATCCC
Found at i:208570 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 208263--208656 Score: 454
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
208253 ACAAAAGGTC
* * * * **
208263 ATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTGTTAA
* * * *** *
208328 AATTGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGAATTGATATAATTGTTTTAT
66 AATTGTAATAAATTAATATTATTTTATCTCGAATAAGCCTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
* * * *
208393 GGCAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT-TAGATAGTT
131 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCCA-ATAGTT
* * * ** *
208444 ATTACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTGTTAA
208509 AATAT-TAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAG-CTAATATGAACAAAAATAATTGTTT
66 AAT-TGTAATAAATTAATATTATTTT-ATCTCGAATAAGCCT-ATATGAACAAAAATAATTGTTT
* *
208571 TATGACAAAACACAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCCAATAGTT
128 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCCAATAGTT
** * * *
208625 ATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAGATT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
208657 TGAAATAAGC
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 32, Indels: 8
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 170 0.96
182 5 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (181 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCCCTTACTCATTAATTGTTAA
AATTGTAATAAATTAATATTATTTTATCTCGAATAAGCCTATATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCCAATAGTT
Found at i:208922 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 208901--208933 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
208891 TAACGATTTG
208901 AAATAG-ATAATTGTTC
1 AAATAGCATAATTGTTC
208917 AAATAGTCATAATTGTT
1 AAATAG-CATAATTGTT
208934 TGCACTAGTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTGTTC
Found at i:208980 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 208660--209056 Score: 434
Period size: 180 Copynumber: 2.2 Consensus size: 181
208650 ACAGATTTGA
* * * * *
208660 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AAATATTTTATGACAATACAAAAGGTTATAGCGATTTAAAC
1 AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTAAAC
* ** *
208724 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTCAAAT
65 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTCGCCAAACAAATACATTTTTCAAAT
** * *
208789 CTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTCTG
130 CTCTCACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGAATTACT-TTATTCCG
* *
208841 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAGAA-ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-
1 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTT-AAAC
* * * * *
208904 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTGCACTAG-TCAAGCCAAA-AGATACA-TTTTCTA
65 TAGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTC--GCCAAACAAATACATTTTTC-A
* *
208966 AATC-CATTACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGCATTACTTTATTCCG
127 AATCTC-TCACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGAATTACTTTATTCCG
* * *
209021 AATAAGATTATATG-ACTAGAAACAATTGTTTTATGA
1 AATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGTTTTATGA
209057 TAAATTAATA
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 26, Indels: 17
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 10 0.05
180 135 0.74
181 37 0.20
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (181 bp):
AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTCATAACGATTTAAACT
AGATAATTATTCAAATAGCCATAATTATTTGAACTAGTTCGCCAAACAAATACATTTTTCAAATC
TCTCACTTATTAATTTTTAAAATAATAATAAATTAGAATTACTTTATTCCG
Found at i:209169 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 209156--209182 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 2.7 Consensus size: 10
209146 TTAATATATA
209156 TAATTATAAG
1 TAATTATAAG
209166 TAATTATAAG
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* * * *
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* *
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*
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *** * *
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* * * * **
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* * ***
215224 AATAAATTTGTATTACTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATGGCAAA-AATTAT
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* * * *
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* * * * * * * * *
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*** * * ** * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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Statistics
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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*** * * *
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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** * * *
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* * ** * *
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881 TAACTTA
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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** *
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* * **
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* * * *
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* *
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** * * * *
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* * * * * *
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* *** * * *
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* * ** * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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*** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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* * * * * ** *
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* * *
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* ** * * * * **
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* ** * * * * *
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** * * ** * **
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* * * * ** * * * * *
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*
218209 TTTAAATCTTTTAA-TTA
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** ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *** * ** * * * * * *
218601 -TTCATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATACGAACA-AACACATTTGTTTTATG-ACAAAACA
378 TTTAACAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AAAATTATTTTA-GAACAAAA-A
** * * * * * *
218663 AAATG-TCATAACAATATGAAATAGATAATTGTGCAAATA-TCATAATTATGTT-AACTGGTTAG
440 AAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTGATT-C
* * * *
218725 GTAAACAA-ACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATCCA-TTT
502 GTAAA-AAGATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AAT-TAGTAT
* * * * * * * * *
218788 TATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
559 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAAGTTATA
** * * * * * *
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623 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAATAGAT
* ** * * * * * * **
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686 TAATTTTTTAAATCTACTACTTATTAATTTTAGAATA-T-TAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * ** * * * * * ** *
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749 AAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATCATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAA
* * * * * * * * * * **
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814 CAGATAATTGTTGAAATA-CCATAACTATTTATACTGA-TCAAGATAA-TAGAATTATGTTTTAA
219105 ATC----ACTTA
876 ATCTATAACTTA
* * * * * *
219113 TTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTATGAATAAGCTTGTATGATCAAAAA
1 -TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTA-GAATAAGCTTGTATAAAC-TAAA
* * ** * * * *
219177 CAA-AAGTTATATGACCAAACATAAAGG-AATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTGC-AATAGC
63 CAATTA-TTTTATGATAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTT-CAAATAGT
* * ** * * * *
219239 CATAATTATTTAAACTAATTT-GATAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTT-
125 CATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTC
* ** * * * * * * *
219298 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTAAGAACTGAAATAATTGTTT
189 TA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTGAACAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTT
* * * *
219363 TATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATA-ACT-A----TT--T--C---A--ATTTG-
252 TATAACTAAACAAAA-GTCA-AAAGATTTGAAATAGA-TAATTGTTTAATAGCTTAATTATTTGA
* * * * *
219412 --T---TCAGTAAACA-ATTTTATTTTTTTTAA-CTCTTGCTCATTAATTTTTTA-AATATCAA-
314 ACTAGATCAATAAACACA-TTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAAT
* * * ** **** * ** * * *
219468 GAAATTAGCGTTATTTTATTTTGGATAAGTTTCAATGAATTGAAACAA-TAGTTTTATGTTA-AA
375 TAATTTAACAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTA-TTTTA-G-AACAA
* * * *
219531 ACAAAAGGTCATAATGATTT-TAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
437 AAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATT
* * * * * *
219595 GGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCCAATTTTAATAAATTTGGAT
501 CGTAAAAAGATTTATTTTTT-AAATA---T-CTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AATTAGTAT
** * * * * *
219660 TATTTTATGATGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAATAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG
559 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAAGTTAT
* * ** * * ** *
219724 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATATATT
622 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT
* * * * *
219789 TATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACT
687 AATTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCC
* * * * * * * * * *
219852 GAATAAGCTTCTAT-AATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAA-TAAAGATTTTAACAATTTGAA
749 AAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATTATTTTATCATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAA
** * * * * * * * *
219915 ATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTC--GGTAA-ACATATTTATTTTTT
813 ACAGATAATTGTTGAAATA-CCATAACTATTTATACT-GATCAAGATAATAGA-A-TTATGTTTT
* * * *
219977 AAATATGTTATTTA
874 AAATCTATAACTTA
* * * **
219991 TTAATTTTTGAAATACTAATCAATTAATATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGATAAAAAA
1 -TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-AGAATAAGCTTG--T-AT-AAACT
* * *
220055 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG--AT--C-A--T--AAT-GAT--TTG---AAATAG-
60 AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
220104 -ATAA-TCA-TTCAA-------A-TGACCATAATTATTTTTAAAAATTT-TTACATAATAATTTA
125 CATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTT-TAAATTTCTTACTTATTAATTTT
** * * * * * * * * *
220157 GGAAATATTAATAAATCATTATTATTTTATTTCATCTAAGC-T-TGTGCTAATTGAAACAATTGT
188 CTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTGAAC-AAGCATATATG--AACTAAAACAATTAT
* * * * * * ** * *
220220 TTAATGA-GAAATTAAAAGGTTATAACA-ATTTTAAATAGACT-ATTGCTCAAATA-ATAATAAC
250 TTTATAACTAAA-CAAAA-GTCA-AA-AGATTTGAAATAGA-TAATTG-TTTAATAGCT--TAAT
* * *** * * * *
220281 TATTTGAACTTGTTTGCTAAACATA-TT-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTCGAATGT
307 TATTTGAACTAGATCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* ** * * ** * * * * *
220344 TAA-TAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAGGCTTGAATTGACT--AAAACATTCATTTTATAA
371 TAATTAATTTAACAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-TGAATAGAAAAAATT-ATTTTAGAA
* * * * ** * * * * * * *
220406 CTAGAGAAAATG-TTAGAACAATATGAAATAGATAAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTAAAC
434 C-A-AAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * *
220470 TGATTTAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
496 TGA-TTCGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AAT
* * ** * * * *
220534 CAGTATTATTTTAATC--ATATAAGCTTGTATGACCA-AAACAATTGTTTTAGGACAAAAGAAAA
553 TAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAA
* * ** * * * * *
220596 AGTCATAATAATTTGAAATACTTAATCA-TCAATATAGTCTTAACTATTTGAAC-CGGTTCGATA
616 AGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TA
* * ** *
220659 ATTAGATCT-ATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTCGTTGATATGATCTTAACTATTTGAACTAGGT
679 AATAGAT-TAATTTTTTAA--ATC-T-ACTA--C-TT-AT-TAAT-TT---TA---GAA-TA--T
* * ** * * * ** * **
220723 TGA-AAATTAGATTTATTTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAGT
724 TAATAAATTAG---TATTATTTT-A--TTC----CAAATAAG-CTT---ATATGAACAAA-AACA
* ** * * *** **** ****
220787 ATTATTTTAT-TTCGAATAAAATAG-TATGAACAGAACCAATTGTTTGATAACAAAAT-AAA-AG
774 ATTATTTTATCATAAAACAAAA-GGTTAT-AAC-GATTTAA--AACAGATAA-TTGTTGAAATA-
* * * * * * * *
220848 CTAATAACTATTTGA-AATGGAT--TGGTAAGTAGATTTA-CTTTTAAATCT-TCTACTGA
832 C-CATAACTATTT-ATACT-GATCAAGATAA-TAGAATTATGTTTTAAATCTAT-AACTTA
* * * * * * *
220904 TTAATTTTTTAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATTAACAAAAAC
1 -TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATAAAC-TAAAC
** * * * * ** * * *
220969 AATTGCTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATA
64 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * * *
221034 ATTGTTTGAACTGGTTCGGTAAACAGAATTATTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGAAA
129 ACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCT-AAA
* ** * **
221098 TATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAA-TTGAAC-A--A----A-
193 TATTAATAAATT-AGTATTATTTT-TTTTGAACAAGCATA-TATGAACTAAAACAATTATTTTAT
** * * * * * * * *
221152 AGGT---C---A-T-AACA-ATTTAAAACAGATAAGTG-TTCATAGTTTTAACTATTTGAACTGG
255 AACTAAACAAAAGTCAAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAG-CTTAATTATTTGAACTAG
* * * * **
221207 TTTC-ATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATT-ATTAGGTT
319 -ATCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATTAATTT
** * * * * * ** **
221269 -AGTATTTTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAATAATTGA-TTTATGATA-GTACGAAA
381 AACAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATT-ATTTTA-GA-ACAAAAAAAA
* * * * * * *
221331 GGTTATAATGATTTGAAATATACAATTAG-TCAAATAGTTATAACTATTTAAACT-ATTTTGGTA
443 GATCATAATGATTTGAAATAAATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA--TTCGTA
* * * * *
221394 AACAGATTTATGTTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
505 AAAAGATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * * * * *
221459 CCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAATAGGTAATAACGATTTA
568 CTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAAGTTATAATGATTTG
** * * * * * * * *
221523 AAATAGATAATTGGTGAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAATAGATTCACTTTTT
631 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTAATTTTTT
* * **
221587 AAA--T-C-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTAAAATAAGCTT
695 AAATCTACTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
* * * * *
221648 GTATGAACTAAAATAATTATTTTATAACT-GAACAAAAGG---T--C-A--T--AAC---T-A-T
759 ATATGAACAAAAACAATTATTTTATCA-TAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAACAGATAATT
* * *
221697 -TTG-AAT----T---TATTCA-A-T-A--AACA-AAT----TTATGTTTTTAAACTCT-T-GCT
823 GTTGAAATACCATAACTATTTATACTGATCAAGATAATAGAATTATG-TTTTAAA-TCTATAACT
221741 TA
886 TA
** * ** * * * * *
221743 TTAATTTTGGAAATATTAAGAAATTTGTAGTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAATTGAAAC
1 -TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATAAACT-AAAC
* * ** * * * *
221808 AATTGTTTTATG-TCAAAACAAAATGTCAT-ATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAATCAT
64 AATTATTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
221871 AATTATTTGAACTTATTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATTCCCTACTTATTAATTTT-TAA
128 AACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCT-A
* * * ** * ***
221934 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA-ATAGGTTGTATGATGAAAAACAATTATTTTAT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTGAACA-AGCATATATGAACTAAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * * *
221998 GACAAAAGAAAAGTTCGTAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAA
255 AACTAAACAAAAG-TC--AAAAGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAG-CTTAATTATTTGAA
* ** * * * *
222062 CCA-ATTTGATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAA-TA
315 CTAGA-TCAATAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATTA
** *** ** * *
222124 AGATAATGTTA-TTTATTTTAAATAAGC-TGTTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATA-GAA
377 ATTTAACAATATTTTATTCCAAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAAAAATTATTTTA-GA-ACAAA
* * * * * * * *
222185 CAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
438 AAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTC
* * * *
222250 GTAAGCAA-ATTTATTTTTTAAAATTTATTGTTTATT-ATTTTCTGAATGTTAATAAATTAGTAT
502 GTAA-AAAGATTTATTTTTT-AAA--TA-T-CTTATTAATTTT-TAAATATTAAT-AATTAGTAT
* * * * * *
222313 TATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATAAACTA-AAA-AATTATTTT-TGACTAAATAAAAGGTT-
559 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAAGTTA
* * * * * * * * * * * *
222373 TGAATGATTTAAAAGATATAATTGTTCTAAGAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTCGACAAACAC
621 T-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAG
* ** * * * * * * *
222437 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTATAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTC
684 ATTAATTTTTTAAATCTACTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * * * * * * * * * *
222502 TGAATAAGGTTGTGTAAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-ATCATAACTATGTGAG
748 CAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATCATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAA
** * * * * *
222566 ATGGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA-ATTGGTTC--GATAAATA-AATT-TAGCTT
813 ACAGATAATTGTTGAAAT-ACCATAACTATTT-ATACT-GATCAAGAT-AATAGAATTAT-GTTT
222626 TAAATC--T--CTTA
873 TAAATCTATAACTTA
* * * ** *
222637 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-TGGAAA
1 -TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATAAACT--AAA
* * ** * * * *
222701 CAATTATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTT-AAATGGACA
63 CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
222765 TGATTATTTGAACTTG-TTCGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTT-TA
127 TAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTCTA
* * ** * * * * * *
222828 GAATATCAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAAGAA-TAGAAA-ATATTGTTT
191 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTGAACAAGCATATATGAACTA-AAACA-ATTATTT
* * * * * * * * *
222891 CATGACAAAACAAAATATCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATATCTATAACTATTT
252 TATAACTAAACAAAA-GTCA-AA-AGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGCT-TAATTATTT
* * *** * * * *
222955 GAACTCGCTTGGTAAACAAATTTATCTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATTTTAA-
312 GAACTAGATCAATAAACACATTTATTTTTTAAA-TCTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAAT
* * * * * * **
223018 TAAATTAGA-ATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATG-ACAAA
375 TAATTTA-ACAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTA-GAACAAA
* * ** * * * * * *
223081 TAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTA
438 AAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTC
* *
223146 G-AAAACATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATT
502 GTAAAA-AGATTTATTTTTTAAA--TAT-CTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AA-TTAGTATT
* * ** * * * **
223209 ATTTTATTC-GAAATAAACTTGCATGAATAGAACCAACTATTTTATGACAAAACAAAATA-ACAT
560 ATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAA-AGTTAT
* * * * * *
223272 AATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTGGTAAACAGATT
622 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT
* * ** * * *
223337 TATTTCTTACTTCT-CTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTT-TTTCA
687 AATTTTTTAAATCTAC-TACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
*** * * * * * * ** * *
223400 AATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACTAAAGGTCACAATAATTTGAAAT
750 AATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATCATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAAC
* * * ** * * * * *
223465 AGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGA-ACTTG-TTTAGAAAACATATTTATTTTTTAA
815 AGATAATTGTTGAAATA-CCATA-ACTATTT-ATAC-TGATCAAGATAATAGAATTATGTTTTAA
* *
223527 ATCTTTTACTTA
876 ATCTATAACTTA
* * * * * *
223539 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGCATGAACAGAAA
1 -TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTAGAATAAGCTTGTATAAAC-TAAA
* * * * * * * *
223603 C-ATTGTTTTATGACACAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCAC
63 CAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * * *
223666 AAAGATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGTCTTA
128 AACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTCTAA
* * * * * * * *
223730 ATATTAATAAATTTGTATTATATTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAATTATTTTA
192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTG-AACAAGCATATATGAAC--TAAAACAATTATTTTA
* * * * * * * * *
223795 TGACAAAACAAAAGGT-TACAGCAATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGTCATAATTATTTAA
254 TAACTAAACAAAA-GTCAAAAG--ATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAG-CTTAATTATTTGA
* * * * * * *
223859 ACTTGTTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCGTAATATTAA-TA
314 ACTAGATCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATTA
* ** * *** *
223922 ACTTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTA-AAATAAATT-TTTTATG-ACAAAA
377 ATTTAACAATATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AAATTATTTTA-GAACAAAA
* * * *
223984 TAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT-AATCT-AGT
439 -AAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA-T
* * * * ** * *
224046 TCGATAAACATATTTATTTTTATAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAGTCGTA
500 TCG-TAAAAAGATTTATTTTT-TAA--ATAT-CTTATTAATT-TTTAAATATTAAT-AATTAGTA
* * * * * * * * * * * *
224111 TTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTATTTTATAACAGAATAAAATGTCCA
558 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATA-AACAAAAAGT-TA
* * *
224176 T-ACGATTTGGAAATAAATTTAATT-TATCAAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTT-GATAA
621 TAATGATTT-GAAATAGA--TAATTAT-TC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAA
* * * * *
224238 ATAGATTTATTTTTTAAAT-T--T-CTTACTAATTTTTCGAAATCATT-ATAGAGTTAGTATTAC
680 ATAGATTAATTTTTTAAATCTACTACTTATTAA-TTTTAG-AAT-ATTAATA-AATTAGTATTAT
** * * * *
224298 TTTATTATGAAA-AAACTTATATGAA-ATAAAA-AA-TATTTGTTTTATGACAAACAAAA-GTCA
741 TTTATT-CCAAATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTATTT-TATCAT-A-AAACAAAAGGTTA
* * * * * * * * * * * ** * *
224358 TAATGATTGAAAATAGATAATTGTTCACGATAGTCACAATTATTTAAATTGGTTTAGGTAAACAG
801 TAACGATTTAAAACAGATAATTGTTGA-AATA-CCATAACTATTTATACTGATCAAGAT-AATAG
224423 AATTAT-TTTTAAATC--T--CTTA
863 AATTATGTTTTAAATCTATAACTTA
* * * * * *
224443 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAA-TCATTTTAATTTTATTCCAAAATAA-CTAGTATGAATTCAA
1 -TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATT-ATTTTATT-TAGAATAAGCTTGTAT--A---AA
* * * * * * * *
224505 CACAAAAAACTTAGTTTAT-ACAAAAGTAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATCAAGTGCTTC
58 C-TAAACAA-TTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGAT-AATTG-TTC
* * * * ** * * *
224569 ATATAGTCTTAAATATTTGAA-TAAAGTTTGACAAAATAAATTTATTTTTT-AATTCTCTAAGCT
118 AAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTT-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATT-TCTTA-CT
* ** * * * * * **
224632 TATTATTTTTGAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTATATGAA-TAAA
178 TATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTTTGAACAAGCATATATGAACTAAA
* * * * * * ** * *
224696 ATAACTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAATA-ATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAG-
242 ACAATTATTTTATAACTA-AACAAAA-GTCA-AA-AGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGC
* * ** * *
224758 -TCATATATTTG-ACTAGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTAA
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ***
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
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*
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* * * * *
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** ** * * ** * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * *
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Statistics
Matches: 1215, Mismatches: 230, Indels: 161
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350 3 0.00
351 10 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
AATATTAATAAATTGATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATACTAATACAAACAATTGGTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAATGATTTGAAC
TAGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATT
AGCATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTGTGTTCAAAATAAATTATTTTATATTAAAACAAAAGT
TTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACA
ATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTATCAA
Found at i:219013 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 217569--219397 Score: 1049
Period size: 181 Copynumber: 10.2 Consensus size: 178
217559 TGATAGAACC
* * * * * * *
217569 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTTGAAATAAATAATTTTTTAGATACTCGTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATA
* ** * * * * *
217634 ACTATTTGAATTTATTTAGTAAA-AAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTTAA
65 ACTATTT-AACTGGTTTGGTAAACAA-ATT-A-TTTTTTAAATCTTTTAAT-TATTAATTTTTGA
* ** * ** * *
217697 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTAAAAC
125 AATATTAATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACAAAAAT
* * ** * * *
217751 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAAAAAGATAATTATTCAAATAGTTAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATA-TCAT
** ** * * * * * ** *
217816 GGCTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATCCAGA
64 AACTATTT-AACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAA
* * * * * * * * *
217881 TATTAATAAATTGATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACTAATAGAAAC
127 TATTAATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACAAAAAT
* * * * * *
217933 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTTAAATAATCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ATCATA
* * * * * *
217998 A-TGATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTGTTAATTGTCTT--
65 ACT-ATTT-AACTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATT-T-TTGA
* * * * * *****
218060 AATATTAGTAAATTTACATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTGTGTTC-AAAAT
125 AATATTAATAGATTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATACAAACAAAAAT
* * * * *** * * *
218113 AAATTATTTTAT-ATTAAAACAAAAGTTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
1 -AATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCA
* ** * * **
218177 TAATTATTTAAACTTATTCGATAAAC--A-TATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTCAAAA
63 TAACTATTT-AACTGGTTTGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
218239 TATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATAAACTAAAGT
127 TATTAATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACAAAAAT
* * * *
218291 --TT-TTTT-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATG
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATA
* * * * * *
218352 ACTATTTAATCTAGTTTGGTAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAAT
65 ACTATTTAA-CTGGTTTGGTAAACA-AATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * *
218417 ATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTAGATAAACAGAAACT
128 ATTAATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACA-AAAAT
* * * * * * * *
218469 -ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTAGAATTAAATACTTGCTT-AAATATTTAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA-TCAT
* * * *
218532 AACTATTTGAACTGATTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTGAAAT
64 AACTATTT-AACTGGTTTGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAAT
* * * ** * * *
218592 ATCAATAGATTCATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATACGAACAAACAC
128 ATTAATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACAAAAAT
* * * *
218643 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATATGAAATAGATAATTGTGCAAATATCATAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATCATAA
* * * *
218708 TTATGTTAACTGGTTAGGTAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
66 CTAT-TTAACTGGTTTGGTAAACAAA-TTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATA
** * ** ***
218773 TTAATCA-ATCCATTTTATTTTATTCCGAATAAGCTAGTATGA-ATTGAAAAA-
129 TTAAT-AGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT--TAT-ACAAACAAAAAT
* * * *
218824 AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTCATATGATCTTA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-ATCATA
* * *
218888 ACTATTTGAATTGGTTTGGTAAA-AAATTATTTTTTAAACCTTTTAATTTTTAATTTTTGAAAT-
65 ACTATTT-AACTGGTTTGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATA
* *
218951 TGTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATACAAACAAAAAT
129 T-TAATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACAAAAAT
* * * * * * * *
219002 AATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGTAGTATACAATTATTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-TCATA
* * * ** * ** * *
219067 ATTATTTAAATTGATTCAGTAAGCAGGTT-TATTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAAG
65 ACTATTT-AACTGGTTTGGTAAACAAATTAT-TTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAAT
* * * * ** * *
219127 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGATCAAAAAC
128 ATTAATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACAAAAAT
** * * * * *
219178 AAAAGTTATATGACCAAACATAAAGG-AATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTGC-AATAGCCA
1 AATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATA-TCA
* ** * * * * *
219241 TAATTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTT-AG
63 TAACTATTT-AACTGGTTTGGTAAACAAATT-ATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGA-
* * * ** * **
219301 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTA-AGAACTGAAAT
125 AATATTAATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACA-AACAAAAAT
* * *
219355 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTTAAATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
219398 ACTATTTCAA
Statistics
Matches: 1288, Mismatches: 299, Indels: 125
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 58 0.05
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175 106 0.08
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178 18 0.01
179 134 0.10
180 129 0.10
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182 145 0.11
183 39 0.03
184 3 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATCATAA
CTATTTAACTGGTTTGGTAAACAAATTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTTGAAATATT
AATAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATACAAACAAAAAT
Found at i:219159 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 218146--219397 Score: 450
Period size: 177 Copynumber: 7.1 Consensus size: 174
218136 AGTTTATAGT
* * ** * *
218146 GATTTCAAATAGATAATTATT-CAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTCGATAAAC--A-T-A
1 GATTTGAAATAGACAATTATTGC-AATAGCCATAATTATTTAAACTAATTAGATAAACAGATTCA
* * ** ** *
218206 TTTTTTAAATCTTTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 CTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAT
* * * * *
218271 AAGTTTATATAAACTAAAGT--TT-TTTT-TGACAAAACAAAAGGTCATAAC
125 AAGCTTGTA-AAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * * * * * * * *
218319 AATTTAAAATAGATAATTATT-CAAACAGTCATGACTATTTAATCTAGTTTGGTAAATATATTTA
1 GATTTGAAATAGACAATTATTGC-AATAGCCATAATTATTTAAACTAATTAGATAAACAGATTCA
* * * * *
218383 TTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAA
65 CTTTTTAAA----TCACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTATGAA
* * * *
218447 TAAGCTTAG-ATAAACAGAAACT-ATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAAC
124 TAAGCTT-GTA-AAACA-AAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * * *** * * * * *
218500 AATTAGAATTAAATACTTGCTT-AAATATTTATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACA-ATTTA
1 GATTTGAAATAGACAATT-ATTGCAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTAGATAAACAGATTCA
* * * * * * *
218563 TTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTGAAATATCAATAGATTCA-TATTATTTTATTTTGAACAAA
65 CTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTATGAATAAG
* * * * * * * *
218626 TTTATACGAACAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
128 CTTGTA-AAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * ** * *
218675 AATATGAAATAGATAATT-GTGCAAATA-TCATAATTATGTT-AACTGGTTAGGTAAACAAACTT
1 GATTTGAAATAGACAATTATTGC-AATAGCCATAATTAT-TTAAACTAATTAGATAAACAGA-TT
* * * * **
218737 -ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATCCA-TTTTATTTTATTCCG
63 CACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTATG
* ** * *
218800 AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAA-AA-TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
122 AATAAGCTTGTA--AA-ACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * * * ** * * *
218855 AATTTGAAATAGATAGTTGTT-C-ATATGATCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAA-AAATT-
1 GATTTGAAATAGACAATTATTGCAATA-G-CCATAATTATTTAAACTAATTAGATAAACAGATTC
* * * * * * * * *
218916 ATTTTTTAAACCTTTTAATTTTTAATTTTTGAAATTGTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAA
64 ACTTTTTAAA----TCACTTATTAATTTTTGAAAAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAA
* * *
218981 TAAACTTATACAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAAC
124 TAAGCTTGTA-AAACAAAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * * *
219034 GATTTGTAGTATACAATTATT-CAAATAGTCATAATTATTTAAATTGATTCAG-TAAGCAGGTTT
1 GATTTGAAATAGACAATTATTGC-AATAGCCATAATTATTTAAACTAATT-AGATAAACAGATTC
219097 A-TTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAG
64 ACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAG
* * * ** *
219161 CTTGTATGATCAAAAACAAAAGTTATATGACCAAACATAAAGG-AATAAC
128 CTTGTA-AAACAAAAATAATTGTTTTATGA-CAAACA-AAAGGTAATAAC
* * * *
219210 -ATTTTGAAATAGATAATTGTTGCAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTTGATAAATAGATTCA
1 GA-TTTGAAATAGACAATTATTGCAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTAGATAAACAGATTCA
*
219274 CTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCA--AATAA
65 CTTTTTAAATCACTTATTAATTTTT-GAAAATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT-ATGAATAA
** * *
219337 GCTTGTAAGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
127 GCTTGTAA-AACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTAATAAC
*
219387 GATTTTAAATA
1 GATTTGAAATA
219398 ACTATTTCAA
Statistics
Matches: 833, Mismatches: 181, Indels: 126
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 46 0.06
174 27 0.03
175 96 0.12
176 139 0.17
177 166 0.20
178 24 0.03
179 125 0.15
180 117 0.14
181 87 0.10
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
GATTTGAAATAGACAATTATTGCAATAGCCATAATTATTTAAACTAATTAGATAAACAGATTCAC
TTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAAATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTT
GTAAAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTAATAAC
Found at i:219957 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 219552--220028 Score: 568
Period size: 180 Copynumber: 2.6 Consensus size: 181
219542 TAATGATTTT
* * * * * *
219552 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-A
* * ** * * * * *
219617 AATATTTTGCTTATTAATTTTTCCAATTTTAATAAATTTGGATTATTTTATGATGAATAAGCTTG
65 AATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAATGAATAAGCTTC
* * * *
219682 TAAGATATGAAATAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGA
130 TAAGATATGAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGA
* ** *
219734 AATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* *
219799 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACTGAATAAGCTTC
66 ATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAA-TGAATAAGCTTC
* **
219863 TATA-ATCA-GAAACAATTATTTTATAAC-AAA-ATAAAGATTTTAACAATTTGA
130 TA-AGAT-ATGAAACAAATATTTTATAACTAAACA-AAAGATTAGAACAATTTGA
*
219914 AATTGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
1 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * *
219979 ATATGTTATTTATTAATTTTTGAAATACTAATCAATTAATATTATTTTAT
66 ATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
220029 TTCAAATAAG
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 40, Indels: 11
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 121 0.48
181 73 0.29
182 55 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (181 bp):
AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
ATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAATGAATAAGCTTCT
AAGATATGAAACAAATATTTTATAACTAAACAAAAGATTAGAACAATTTGA
Found at i:222851 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 221686--226860 Score: 3066
Period size: 180 Copynumber: 29.0 Consensus size: 181
221676 TGAACAAAAG
* * * * *
221686 GTCATAACTATTTGAATTTATTCAATAAACAAATTTATGTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAA-TT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * *
221749 TTGGAAATATTAAGAAATTTGTAGTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAATTGAAACAATTGT
65 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT
* * * * *
221814 TTTATGTCAAAACAAAATGTCAT-ATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATA
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
221866 ATCATAATTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCCCTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTT
* * ** * *
221930 TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT-AGGTTGTATG-ATGAAAAACAATTAT
65 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTAT
* * * ** * *
221993 TTTATGACAAAAGAAAAGTTCGTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATG
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *** * * * *
222046 GCCATAATTATTTAAACCAATTTGATAAACTA-ACTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
222110 TTAAAATATTAATAAGA-TAATGTTA-TTTATTTTAAATAAGC-TGTTATGAACT-GAAACAATT
65 TTAGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-TATGAA-TAGAAACAATT
* * * * *
222171 ATTTTATGATAGAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * **
222226 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAAATTTATTGTTTATT-ATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * *
222290 TCT-GAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATAAACTA-AAA-AATTA
65 T-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTA
* * * * * * * *
222352 TTTT-TGACTAAATAAAAGGT-TTGAATGATTTAAAAGATATAATTGTTCTAAGA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
222405 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * * * * *
222470 TATAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGGTTGTGTAAACAGAAACAATTGTTT
66 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * * * *
222535 TATGACAAAATAAAA-ATCATAACT-ATGTGAGATGGATAATTGTTCAAATA
131 TATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * **
222585 ATCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAAATTTA-GCTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** *
222644 TT-GAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATGGAAACAATTAT
65 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT
* * * * *
222708 TTTACGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGCTT-AAATG
129 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
* * * * * *
222761 GACATGATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
222826 TAGAATATCAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAAGAATAGAAA-ATATTGTT
66 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTATT
* ** ** * *
222890 TCATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
130 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
222942 -TCTATAACTATTTGAACTCGCTT-GGTAAACAAATTTATCTTTTAAATTTTTTACTTATTAATT
1 GTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *** * * *
223005 TTT-GAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTGTTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTG
64 TTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* * ** * *
223069 GTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTTAAATA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
223122 GTTATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
223185 TT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTGCATGAATAGAACCAACT
65 TTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT
*** * *
223247 ATTTTATGACAAAACAAAATAACATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
127 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * **
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
223367 TTGAATATTAATAAAATAGTATTATTTT-TTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTGTTT
66 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * * * *
223431 TATTACAAAACTAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
131 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
223482 GTCA-AGACTATTTGAACTTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
1 GTCATA-ACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * *
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64 TTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
* ** * *
223608 TTTTATGACACAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * * *
223726 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATATTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAAAT
65 -TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG--AAACAAT
* * *** * * *
223788 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTTACAGCAATTTCAAATAGATAATTATTGAAATA
126 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
223908 TCGTAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTA-AAATAAATT-
66 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-CAATTA
* * * *
223971 TTTTATGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
128 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * * * * *
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64 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT
* * * * * *
224153 TTTATAACAGAATAAAATGTCCAT-ACGATTTGGAAATAAATTTAATT-TATCAAAATA
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* * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
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66 TAG-AAT-ATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACA-A-
* *
224334 TTGTTTTATGAC-AAACAAAA-GTCATAATGA-TTGAAAATAGATAATTGTTCACGATA
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* * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * *** * *
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64 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT-TTGAATAAGCTTGTATGAA-T----AGAAA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACT--TGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAA
* * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
224701 TGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATA
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* *
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* * * *** * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * *
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** * **** * * * * *
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* * ** * * * *** * * * * *
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* * * * * ** ** * *
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*
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * * * **
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* * ** * * ** * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * ** *
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1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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*
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* *
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*
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* *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* **
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* * * * * *
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** * * * * * ** *
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* * * *
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*
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* *
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* * *
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Statistics
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0.87 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
497 17 0.04
498 50 0.13
499 5 0.01
500 1 0.00
501 250 0.63
502 74 0.19
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (499 bp):
TTGCACGATTTTAATTTTTCATTATGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTTAGGTGC
TCTAAAGATGTTGAGGACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGCTGTTATTG
GCGCTTGATGTGATTCATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATAGGAGGAGCACTCAAAGCC
TAATGATTTTGAAATTTTATGTTTTGTTTAGAAAATGATTTTCACTAGAGTCAAGCTTTAAAATA
TAAAAGAATTGTTTTAGAAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATATTGAATCCAATGTTTT
AAACTTGCTCAAACAAAGAAACAAGGCAAAACTAGCATTGGTTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAG
TATAACTTAGAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTATTTTCGAACAATTTTGGGCATA
AAAATCATTTGCAAAATTTCAAAATTGTGGCATAAATACCATTT
Found at i:249996 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 249955--250016 Score: 115
Period size: 27 Copynumber: 2.3 Consensus size: 27
249945 CTTAGTTTTT
*
249955 GAACAATTCTGGATATAAAAATCATTC
1 GAACAATTCTAGATATAAAAATCATTC
249982 GAACAATTCTAGATATAAAAATCATTC
1 GAACAATTCTAGATATAAAAATCATTC
250009 GAACAATT
1 GAACAATT
250017 TCAAATTGTG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 34 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.15, G:0.10, T:0.29
Consensus pattern (27 bp):
GAACAATTCTAGATATAAAAATCATTC
Found at i:250638 original size:969 final size:939
Alignment explanation
Indices: 248652--251500 Score: 2984
Period size: 969 Copynumber: 3.0 Consensus size: 939
248642 GGAATTACAA
* * * * * * * *
248652 ATGAATGATCTTCATTTTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTAATGTGATTAATTA
1 ATGAATGATATTGATATTTGGATACTAGTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTAACGTAATTAATTG
* * * * ** * * *
248717 TAG-GCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGGAGCACTTGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTA
66 T-GTGCTAACTTATTTTAGCAATATATAGAAGCAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTA
** **** * * *
248781 TGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTTACTGGAGTTAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCA
130 AATTTTGCTTTGAAAATGATTTCCGGTGGAGTCAAACTTTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCA
* * * *
248846 GGTTTTTAAATGGAAATGAATTTAGA-TATCTTGAATCCAATGTTTTTAACT-TGCTCAAACAAA
195 GGTTTTTAAAAGAAAATGAATTT-GACTATCTTGAATCAAATG-TTTTAAATGTGCTCAAACAAA
** * * * *
248909 GAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATT
258 GAAACATACTAAAACTCGCATTGGTTTTAATTTTTC--AGAGTTAAATGTAAGTTAAAAAGGATT
* * ** *
248974 TTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTA-TTTTTGAACAATTT-TGGTCATAAAAGCCATTTGCAA-A
321 TTGAAGCTTAAAACATCAAAC-TTAGTTTTTCAACAATTTCTGG-CATAAAAAACATTCG-AACA
* * *
249036 ATTTCAAAATTGTGGCATGAAAACCATTTTTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTT
383 ATTT-TAAATTGTGACATAAAAACCATTTTTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGT-TTTCATACTT
* * *
249101 ATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGAGATTACATTTGGATGATCTTG
446 ATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATGATCTTG
* * * *
249166 ATATTTGGATATTATTTGTGAAGCTGTTATTGGCGCTTGATGTGATTAGTTGTTTGCTGACTTGT
511 ATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGCGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGT
* * * * *
249231 TTTAGCCATTTATCGGAGGAGCACTCAAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTTCTTCGAA
576 TTTAG-CAGTTATAGG-GGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAA
* * * * * * *
249296 TATGATTTTCTCTAGTGTCGAGCTTTAAAATATGAAAGAATTGATTTAGAAGGTTTTTAAATGGA
639 AATGATTTTCGCTAGAGTCGAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGG-TTTTAAATGAA
* * * *
249361 AATGAATTTGAATATATTGAATCCAATGTTTTAAACATGCTCAAACAACGAAACAAGGTAAAACT
703 AATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACATGCTTAAACAAAGAAACAAGGTAAAACT
* * * *
249426 AGCATTGGTTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAACTTAGAAAGGATTTT-GAAGCTTAAAAT
768 AGCATTGG-TTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGATTTTAG-AGCTTAAAAC
* ** **** * * *****
249490 ATCAAACTTTGTTTTCGAACAATT-TTCGCATGATTTTAATTTTTTGTTGTGTTTCATACTTATT
831 ATCAGACTTTGTTTT-GAACAATTCTGGGCAT-AAAAGAA--ATTCGCAAAATTTCA-A---ATT
* * * * * * * **** *
249554 -TG-CTTTCAGATACATTTTTAG-GTG-CTCTAA-GGAACTTGTGGGATTACAT
888 GTGAC-ATAAAAAACATTTTT-GCATGATTTTAATTTTTCTTGTGGGATAACAT
* * *
249603 ATTAATGATCTTGATATTTGGATACTAGTTGTGAGGTTGTTATTGGTGCTTAACGTAATTAATTG
1 ATGAATGATATTGATATTTGGATACTAGTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTAACGTAATTAATTG
* * **
249668 TGTGCTAACTTGTTTTAGCAATTTATAGAAGCAGCACTCGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTAA
66 TGTGCTAACTTATTTTAGCAATATATAGAAGCAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTAA
* ** * *
249733 ATTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGGTGGAGTGGAGCTTTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGTAG
131 ATTTTGCTTTGAAAATGATTTCCGGTGGAGTCAAACTTTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAG
* * * *
249798 GTTTTTAAATGGAAATGAATTTGACTATCTTGAATCTAATGTTTTAAACT-TGCTCAAATAAAGA
196 GTTTTTAAAAGAAAATGAATTTGACTATCTTGAATCAAATGTTTTAAA-TGTGCTCAAACAAAGA
* * *
249862 AACATACTAAAACTCGCATTGGTTTTTATTTTTCAGAGAGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTT
260 AACATACTAAAACTCGCATTGGTTTTAATTTTTC--AGAGTTAAATGTAAGTTAAAAAGGATTTT
* *
249927 -AGAGCTTTAAACATCAAACTTAGTTTTTGAACAA-TTCTGG-ATATAAAAATCATTCGAACAAT
323 GA-AGCTTAAAACATCAAACTTAGTTTTTCAACAATTTCTGGCATA-AAAAA-CATTCGAACAA-
* * *
249989 TCTAGATATAAAAATCAT-TCGAACAATTTCAAATTGTGACCTTTTTTGCATGATTTTATTTTTT
384 T-T---T-T--AAAT--TGT-G-AC-A--T-AAA----AACCATTTTTGCATGATTTTAATTTTT
** * *
250053 TATTGTCTTTCATATTTATTTGCTTTTTGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTT-TCGGGAT
430 CGTTGT-TTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGT-GGGAT
* **
250117 TACATATAAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGTTGCTTGATGTGATT
493 TACATATGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGCGCTTGATGTGATT
* * *
250182 AATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTATATAGAGGGAGCACTTGAAGCCTAATTCTTTGGAAAT
558 AATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGT-TATAG-GGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAAT
* * * *
250247 TTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTGTCGCTAAAGTCAAGCATTAAAATATGAAAGCATTGTTTT
621 TTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTAGAGTCGAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTT
* * * *
250312 AGCAGGTTTTAAACGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTATTGTTTTTAACATGCTTGAACAA
686 AGCAGGTTTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACATGCTTAAACAA
* * * * * *
250377 AGAAACATGGTAAAACAAGAATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTCAAGTGTAAGTTATAAAAGAT
751 AGAAACAAGGTAAAACTAGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGAT
* * *
250442 TTTAGGGGTTAAAACATCAGACTTTGTTATTGAATAATTCTGGGCATAAAAGAAATTCGCAAAAT
816 TTTAGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTT-TTGAACAATTCTGGGCATAAAAGAAATTCGCAAAAT
250507 TTCAAATTGTGACATAAAAAACATTTTTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTGGGATAACAT
880 TTCAAATTGTGACATAAAAAACATTTTTGCATGATTTTAATTTTTC--T-TG--TGGGATAACAT
* * * * * *
250572 ATGAATGATATTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGTTTGATGTGATTAATTG
1 ATGAATGATATTGATATTTGGATACTAGTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTAACGTAATTAATTG
* ** * * * * *
250637 TGTGCTAACTTATTTTAGCAGTATATAGGGGGAGCCCTCGAAGCCTAATACTTTTGTAGTTTTAT
66 TGTGCTAACTTATTTTAGCAATATATAGAAGCAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTAA
* * * *
250702 GTTTTGCTTTGAAAATGATTTCCGTTGGAGTCAAATTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAG
131 ATTTTGCTTTGAAAATGATTTCCGGTGGAGTCAAACTTTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAG
* * *
250767 GTTTTTAAAAGAAAATGAATTTGAGTATCTTGAATCAAATGTTTTAAATGTTCTCGAACAAAGAA
196 GTTTTTAAAAGAAAATGAATTTGACTATCTTGAATCAAATGTTTTAAATGTGCTCAAACAAAGAA
* ** * *
250832 ACCTGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCAGTGTTAAATGTAAGTTAAAAAGGATTTTGAA
261 ACATACTAAAACTCGCATTGGTTTTAATTTTTCAGAGTTAAATGTAAGTTAAAAAGGATTTTGAA
* * * * * *
250897 GCTTAAAATATTAGACTTTGTTTTTCAACAATTTTTGGCATAAAAAACATTCGGACAATTTTAAA
326 GCTTAAAACATCAAACTTAGTTTTTCAACAATTTCTGGCATAAAAAACATTCGAACAATTTTAAA
* * * *
250962 TTGTGACATAAAAATCATCTTTGCATGATTGTAATTTTTCGTTGTGTTCAGTACTTATTTGCTTT
391 TTGTGACATAAAAACCATTTTTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTCA-TACTTATTTGCTTT
* * * *
251027 TCGATACATTTTTAGGTACTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATAATCTTGATAATTGGA
455 TAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATGATCTTGATATTTGGA
* * * * *
251092 CATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGCCCTTGGTGTGATTAATTGTGTGCTAACATGTTTTAGCTGT
520 TATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGCGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGT
* *
251157 TAACAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTT
585 T-ATA-GGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTT
* * * *
251222 CGTTGGAGTTGAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGAAAATGAATTT
648 CGCTAGAGTCGAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGC-AGGTTTTAAATGAAAATGAATTT
* * * * *
251287 GAATATCTTGAATCTAATGTCTTAAACTTG-TTCAAACAAAGAAACACGATAAAACTTGCATTGG
712 GAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACATGCTT-AAACAAAGAAACAAGGTAAAACTAGCATTGG
* * * * * * *
251351 TTTAAAATTTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTACGAAGGATTTTACAGCTTAAAACATCAGACATA
776 TTTTAATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGATTTTAGAGCTTAAAACATCAGACTTT
* ** * * ** *
251416 GTTTTTGAACAATTCTGGGCAAAAAAGCCATTCGCACAATTTCAAATTGAGACATAAAAGCCTTT
841 G-TTTTGAACAATTCTGGGCATAAAAGAAATTCGCAAAATTTCAAATTGTGACATAAAAAACATT
251481 TTTGCATGATTTTAATTTTT
905 TTTGCATGATTTTAATTTTT
251501 TATTGTATTT
Statistics
Matches: 1596, Mismatches: 246, Indels: 114
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
947 5 0.00
948 246 0.15
949 203 0.13
950 22 0.01
951 314 0.20
952 4 0.00
953 2 0.00
955 1 0.00
956 3 0.00
957 2 0.00
958 5 0.00
959 5 0.00
960 2 0.00
961 6 0.00
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964 3 0.00
965 11 0.01
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967 131 0.08
968 96 0.06
969 510 0.32
970 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (939 bp):
ATGAATGATATTGATATTTGGATACTAGTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTAACGTAATTAATTG
TGTGCTAACTTATTTTAGCAATATATAGAAGCAGCACTCGAAGCCTAATACTTTTGAAATTTTAA
ATTTTGCTTTGAAAATGATTTCCGGTGGAGTCAAACTTTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAG
GTTTTTAAAAGAAAATGAATTTGACTATCTTGAATCAAATGTTTTAAATGTGCTCAAACAAAGAA
ACATACTAAAACTCGCATTGGTTTTAATTTTTCAGAGTTAAATGTAAGTTAAAAAGGATTTTGAA
GCTTAAAACATCAAACTTAGTTTTTCAACAATTTCTGGCATAAAAAACATTCGAACAATTTTAAA
TTGTGACATAAAAACCATTTTTGCATGATTTTAATTTTTCGTTGTTTTCATACTTATTTGCTTTT
AGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGGATTACATATGAATGATCTTGATATTTGGAT
ATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGCGCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTT
ATAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGC
TAGAGTCGAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTAAATGAAAATGAATTTGAAT
ATCTTGAATCTAATGTTTTAAACATGCTTAAACAAAGAAACAAGGTAAAACTAGCATTGGTTTTA
ATTTTTCACAGTGTTAAGTGTAAGTTACAAAGGATTTTAGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTT
GAACAATTCTGGGCATAAAAGAAATTCGCAAAATTTCAAATTGTGACATAAAAAACATTTTTGCA
TGATTTTAATTTTTCTTGTGGGATAACAT
Found at i:251641 original size:500 final size:497
Alignment explanation
Indices: 250561--251896 Score: 1713
Period size: 500 Copynumber: 2.7 Consensus size: 497
250551 TCGTTGTGTT
* * *
250561 TGGGATAACATATGAATGATATTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGTTTGAT
1 TGGGATTACATATGAATGATCTTGATA-TTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGAT
* * *
250626 GTGATTAATTGTGTGCTAACTTATTTTAGCAG-TATATAGGGGGAGCCCTCGAAGCCTAATACTT
65 GTGATTAATTGTGTGCTAACATATTTTAGCAGTTA-ATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTT
* * * **
250690 TTGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTCCGTTGGAGTCAAATTTTAAAATATGAAAGCA
129 TTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGTTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCA
* *
250755 TTGTTTTAGCAGGTTTTTAAAAGAAAATGAATTTGAGTATCTTGAATCAAATGTTTTAAA--TGT
194 TTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTTAAACTTG-
* * * * *
250818 TCTCGAACAAAGAAAC-CTGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTT-TCAGTGTTAAATGTAAGT
258 T-TCAAACAAAGAAACAC-GGTAAAACTTGCATTGGTTTAAATTTTCACAATGTTAAGTGTAAGT
* * * * * *
250881 TAAAAAGGATTTTGAAGCTTAAAATATTAGACTTTGTTTTTCAACAATTTTTGGCATAAAAAACA
321 TAAAAAGGATTTT-AAGCTTAAAACATCAGACATAGTTTTTCAACAATTCTGGGCATAAAAAACA
* * * * *
250946 TTCGGACAATTTTAAATTGTGACATAAAAATCATCTTTGCATGATTGTAATTTTTCGTTGTGTTC
385 TTCGCACAATTTCAAATTGAGACATAAAAACCATCTTTGCATGATTGTAATTTTTCATTGTGTTC
251011 AGTACTTATTTGCTTTTCGATACATTTTTAGGTACTCTAAGGAACTTG
450 AGTACTTATTTGCTTTTCGATACATTTTTAGGTACTCTAAGGAACTTG
* * ** *
251059 TGGGATTACATATGAATAATCTTGATAATTGGACATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGCCCTTGGT
1 TGGGATTACATATGAATGATCTTGAT-ATTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGAT
* * *
251124 GTGATTAATTGTGTGCTAACATGTTTTAGCTGTTAACAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTT
65 GTGATTAATTGTGTGCTAACATATTTTAGCAGTTAATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTT
* **
251189 TAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGTTGGAGTTGAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
130 TGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGTTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
* * *
251254 TGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTCTTAAACTTGTT
195 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTTAAACTTGTT
* *
251319 CAAACAAAGAAACACGATAAAACTTGCATTGGTTTAAAATTTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTAC
260 CAAACAAAGAAACACGGTAAAACTTGCATTGGTTT-AAATTTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTAA
* * *
251384 GAAGGATTTTACAGCTTAAAACATCAGACATAGTTTTTGAACAATTCTGGGCA-AAAAAGCCATT
324 AAAGGATTTTA-AGCTTAAAACATCAGACATAGTTTTTCAACAATTCTGGGCATAAAAA-ACATT
* * * * * *
251448 CGCACAATTTCAAATTGAGACATAAAAGCCTTTTTTGCATGATTTTAATTTTTTATTGTATTTCA
387 CGCACAATTTCAAATTGAGACATAAAAACCATCTTTGCATGATTGTAATTTTTCATTGT-GTTCA
* *
251513 -TACTTATTTGC-TTTCAGATACATTTTTGGGTGCTCTAAGGAACTTG
451 GTACTTATTTGCTTTTC-GATACATTTTTAGGTACTCTAAGGAACTTG
* *
251559 TGGGATTACTTATGAATGATCTTCATATTCGGATATTATTTGTGAAGTTGTTA-TGAGTGCTTGA
1 TGGGATTACATATGAATGATCTTGATATT-GGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG-GTGCTTGA
* * *
251623 TGTGATTAATTATGTGCTAA-ATTATTTTAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAATG-CTAATGC
64 TGTGATTAATTGTGTGCTAACA-TATTTTAGCAGTTAATAGGGGGAGCACTCGAA-GCCTAATGC
* ** *
251686 TTTTGAAATTTTTTGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGCAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAG
127 TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGTTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAG
* * * * *
251751 TATTGTTTTCGCAGGTTTTTAAATGGAAATTAAAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAAC
192 CATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAAT-GAAAAT-GAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTTAAAC
* * * ** * * *
251816 TTGCTCAAAGAAACAAACACGGTAAAACTTGCATTCATTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTTA
255 TTGTTCAAACAAAGAAACACGGTAAAACTTGCATT-GGTTTAAATTTTCACAATGTTAAGTGTAA
*
251881 GTTATAAAGGATTTTA
319 GTTAAAAAGGATTTTA
251897 GAGACTTATT
Statistics
Matches: 726, Mismatches: 94, Indels: 32
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
498 254 0.35
499 27 0.04
500 336 0.46
501 10 0.01
502 96 0.13
503 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (497 bp):
TGGGATTACATATGAATGATCTTGATATTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
TGATTAATTGTGTGCTAACATATTTTAGCAGTTAATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTT
GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGTTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
GTTTTAGCAGGTTTTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCAAATGTTTTAAACTTGTTC
AAACAAAGAAACACGGTAAAACTTGCATTGGTTTAAATTTTCACAATGTTAAGTGTAAGTTAAAA
AGGATTTTAAGCTTAAAACATCAGACATAGTTTTTCAACAATTCTGGGCATAAAAAACATTCGCA
CAATTTCAAATTGAGACATAAAAACCATCTTTGCATGATTGTAATTTTTCATTGTGTTCAGTACT
TATTTGCTTTTCGATACATTTTTAGGTACTCTAAGGAACTTG
Found at i:252884 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 252751--252884 Score: 164
Period size: 65 Copynumber: 2.1 Consensus size: 65
252741 GTTATAAAGG
* * * * *
252751 ATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTATGAATAATTCTGGCTGTAAAAAGCATTCGCACA
1 ATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTATTTATGAACAATTCTGGCTATAAAAAGCATTCGCAAA
* * *
252816 ATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTATTTTTGAACAATTTTGGGC-ATAAAAA-CTATTTGCA
1 ATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTATTTATGAACAATTCT-GGCTATAAAAAGC-ATTCGCA
252879 AA
64 AA
252881 ATTT
1 ATTT
252885 CAAAATTATG
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 8, Indels: 4
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
64 1 0.02
65 55 0.93
66 3 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (65 bp):
ATTTTGAAGCTTAAAACATCAGACTTTATTTATGAACAATTCTGGCTATAAAAAGCATTCGCAAA
Found at i:254553 original size:500 final size:489
Alignment explanation
Indices: 253369--260572 Score: 7200
Period size: 475 Copynumber: 14.9 Consensus size: 489
253359 TTACATGATT
* * * * * *
253369 TTTTTTGTTGTGTTTCATGCTGATTTGCTTTCAAATACATTTTTAGGTGCTTTAAGGAACTTGTG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* * * * * * *
253434 GGAATACATATTAATGATCTTGATGTTTGGATATTATTTTTGAAGTTGTTATTAGTGCTTAATGT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * * * * *
253499 AATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAATTTATA--GAAGCA---GCA--CTAATGGTTTTGA
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGA
* * *
253557 AATTTTA-GATTTTGCTTTGAAAATAATTTTCGCTGGAGTGC-AGCTTTAAAATATGAAAGCAGT
196 AATTTTATG-TTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGT-CAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
* * *
253620 GTTTTACCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTTAATCCAATGTTTTAAACTTGCTT
259 GTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
* * *
253685 AAACAAATAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGAGTTAAGTGTAAGTTATA
324 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATA
* * *
253750 AAGGATTTTAGAGCTTAAAACATCAGACATAGTTTTTGAACAATTCTGGGCAT-AAAA-A-TCGC
389 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTG-TTTTGAACAATTCTGGGCATAAAAACATTCGC
* *
253812 ACAATTTCAAATTATG---GCGTTTTTGCATGATTTTAA
453 ACAATTTC-AATT-TGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * * * *
253848 TTTTTTGTTGTCTTTCATGCTTATTTGCTTTTTGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGAAACTT-TC
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGT-
* * *
253912 GGGATTACATATGAATGATCTTGATATTTGGGTATTATTTGTGAAGTTGTTATTGTTGCTTGATG
65 GGGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
* * * * * * *
253977 TGATTAGTTATGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTATATAGAGGGAGCACTTGAAGCCTAATTCTTTG
130 TGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAG-GGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTT
* * * * ** * *
254042 GAAAATTTATGTATTGC-TTGAAAAATGATTGTCGCTAAAGTCAAGCGTTAAAATATGGAAGCAT
194 GAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
* * * * * * * **
254106 TATTTTAGCAGGTTTTTAAACGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTATTTTTTTTAACACGCT
258 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
** * * * * * *
254171 TGAACAAAGAAACATGGCAAAACATGGATTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTCAAGTGTAAGTTAA
323 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
* * * *
254236 AAAGGATTTTAGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTCTTTGAATAATTCTGGGCATAAAAGAAATTT
388 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGT-TTTGAACAATTCTGGGCATAAAA-ACATTC
*
254301 GCAAAATTTCAAATTGTGACATAAAAAACATTTTTGCATGATTTTAA
451 GCACAATTTC-AATT-TG-C-----AAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * * * * *
254348 TTTTTCATTGTGTTTGACACTTATATGCTTTTAGATACATTTTTAGATGCT-TCAAGGAACTTTT
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCT-AAGGAACTTGT
* *
254412 GGG-TTAACATATGAATGATATTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGAT
65 GGGATT-ACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGAT
* * * * * * *
254476 GTGACTAATTGTGTGTTAACTTGTTTTAGCAGTATGTAGGCGGAGCACTTGAAGACTAATGCTTT
129 GTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGG-GGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTT
* * * * *
254541 TGTAGTTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTCCATTGGAGTCAAGTTTTAAAATATGAAAGCAT
193 TGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
* * * *
254606 TGTTTTAGCGGGTTTTAAAATGGAAATGAATTTGAGTATCTTGAATCAAATGTTTTAAA-TGTGC
258 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACT-TGC
* * *** *
254670 TCAAACAACA-AAGCCTGGTAAAACTTATGTTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAATGTAAGTT
322 TCAAACAA-AGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * * * * * *
254734 ATAAAAGATTTTGAAGCTTAAAATATTAGACTTTGTTTTTCAAAAATTCTGGGCATCAAAAATAT
386 ATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTG-TTTTGAACAATTCTGGGCAT-AAAAACAT
* * ** *
254799 TCGCAGAATTTTAAATTGTGACATAAAAACCACCTTTGCATGATTGTAA
449 TCGCACAA-TTTCAATT-TG-C----AAA-CATTTTTGCATGATTTTAA
* * ** *
254848 TTTTTTGTTGTG-TTCAGTACTTATTTGCTTGTCTATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGC
1 TTTTTCGTTGTGTTTCA-TACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGT
* * * * * *
254912 GGGATTACATATGAATGATCTTGATATTTGGACATTATTTATAAAGTTATTATTGGCGCTTGATG
65 GGGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
* * *
254977 TGATTAATTATTGTGTGCTAACA-TGTTTTAGCTGTTAATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTTATGC
130 TGATT-A--ATTGTGTGCTAA-ATTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGCACTCGAAGCCTAATGC
* * ** **
255041 TTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAATTGATTTTTGCTGGAGTTGAGCTTTAAAATATGAAAG
190 TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAG
* *
255106 CATTGTTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTCTTAAACTT
255 CATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTT
* * * * * * *
255171 GTTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTAGCTTTAATTTTTTACAGTTTTAAGTATAAGT
320 GCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGT
* ** * * * *
255236 TATATAGGATTTTACAACTTAAAACATCAGACATAGTTGTTGAACAATTTTGGGCA-AAAAAGCC
385 TATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTT-TTGAACAATTCTGGGCATAAAAA--C
* * * **
255300 ATTCGGACATTTTCAAGTTGTGACATAAAAACCTTTTTTGCACAATTTTAA
447 ATTCGCACAATTTCAA-TT-TG-C----AAA-CATTTTTGCATGATTTTAA
** ** * *
255351 TTTTTTATTGAATTTCATACTTATTCGCTTTTAGATACATTTTTTA-GTGCTCTAAAGAACTTGT
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACA-TTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGT
* * * * * * * *
255415 GAGATTACATAAGAATGATATTGACATTTGGATATTAATTGTGGATTTGTTATTGGTGCTTGATG
65 GGGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
* * * * * * * *
255480 TGATTAATTGTGTGCTAACTTTTTTTAGAAGTTTATAAGGGAAACGCTCGAATG-ATAAT-TTTT
130 TGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGGAGCACTCGAA-GCCTAATGCTTT
* * * * *
255543 TGGAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATAATTTTCGCTTGAGTCCAGCTTTAAAATATGAAAAAG
193 T-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATG--AAAG
* * * * * * * *
255608 CATTATTTT-TCAGGTTTATAAATTGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCAAACGTGTTAAACAT
255 CATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTT
* * * *
255672 GCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTGGCGTTGGTTTTAATTTTTCACAGCGTTAAGTGTAAGT
320 GCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGT
** * *
255737 TATAAACAATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTTGAATAAATCT-GGCATAAAAACCA
385 TATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTG-TTTTGAACAATTCTGGGCATAAAAA-CA
*
255801 TTCGCACAATTTGAAATTGTGACTGAAAAACCATTTTTGCATGATTTTAA
448 TTCGCACAATTT-CAATT-TG-C----AAA-CATTTTTGCATGATTTTAA
* * ** * ** *
255851 TTTATCATTCCGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTGTTAGGTGCTCTAATAAACTCGTG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* * * * *
255916 GGATTACTTATGAAGGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTCATTGGTGCTTGTTGT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* *
255981 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCACTCGAAG-CTCAAAGCTTTT
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGGAGCACTCGAAGCCT-AATGCTTTT
* * *
256045 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCATTGGAGTAAAGCTTTAAAATAAGAAAGCATT
194 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
* * * *
256110 GTTTTTGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGGTC
259 GTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTC
* * *
256175 AAACAAAGAAACAT-ATAAAACTTGCATTAGTATTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATA
324 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATA
* ** * *
256239 AAGGATTTTGGATCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAACTT-TGTTCATAAAAGTCTTTC
389 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT-TGAACAA-TTCTGGGCATAAAA-ACATTC
256303 GCACAA-TT--A-TTG----CA------C--GATTTTAA
451 GCACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * ** * *
256326 TTTTTCGTTGCGTTTCATACTTATTCT-CTTTTAGATATATTTTTAGGCACTCTAAGGAAGTTGA
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATT-TGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGT
* * *
256390 GGAATTAGATATGAACGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
65 GGGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATG
* *
256455 TGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGAGAGCACTCGAAGCCTAATCCTTTT
130 TGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTT
* * *
256520 GAAATTGTT-TGTTTTGCTTTGAAAATGATTTCCACTGGAGTTAGGCTTTAAAATATGAAAGCAT
194 GAAATT-TTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
* * * * *
256584 TGTTTTAGCAGATTTTTAAATTGAAATGACTTTGAATATCTTGAATCCAATATTTTAAACTTACT
258 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* *
256649 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTAT
323 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
* * * * **
256714 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACAT-AAAATTTATTTTTGAACAATTCCGGGTTTAAAAACCATTC
388 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTT-GTTTTGAACAATTCTGGGCATAAAAA-CATTC
256778 G--C-A---CAA-TT------A---TTGCATGATTTTAA
451 GCACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * * ** *
256801 TTTTTCGTTCTGTTTAATACTTATTTGCTTTTAAATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* * * * * * * *
256866 GAATTACATATGAATGATTTTCATGTTTGGATATCATTTTTAAAGTTGTTATTCGTACTTGATGT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * * *
256931 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAATTTATATGAGGAGGACTCGAAACCTAATGCTTTTG
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTG
*
256996 AAATTTT-TGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATGCAAGCATT
195 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGG-AGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
* * * *
257059 ATTTTAGCCA-GTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATTTTGAATCAAACGTTTTAAACTTGCT
259 GTTTTAG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * *
257123 C-AACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCAATAGTTTTTATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTAT
323 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
* * *
257187 AAAGGATTTTGGA-CTTAAAATATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCGTAAAAACCATTC
388 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT-TGAACAATTCTGGGCATAAAAA-CATTC
257251 GCACAA-TT--A-TTG---A-A------C--GATTTTAA
451 GCACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * * * *
257274 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTGGATAAATTTTTACGTGCTCTAAGGAAGTTGAG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* * * ** * *
257339 GAATTTCATATGAATAATCTTCATATTTATATATTATTTCTTAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * * *
257404 GATTAATTATTTGTTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGCGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTG
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTAT-AGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTG
* *
257469 AAATTTTACGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTG
195 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTG
* * * *
257534 TTTTAGCAGATTTTTAAATTGAAATCAATTTGAATATCTTGAA-CCTAATGTTTTAAATTTGCTC
260 TTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCC-AATGTTTTAAACTTGCTC
* * * *
257598 AAACAAAGAAACATGGTAAAATTTGCGTTGGTTTTAATTTTTTATAATGTTAAGTGTAAGTTATA
324 AAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATA
* * * *
257663 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACCTCAAACTTTGTTTCTGAACAATTCTAGGCGTAAAAACCATT--
389 AAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT-TGAACAATTCTGGGCATAAAAA-CATTCG
* *
257726 CAC-A---CAA-TT------A---TTGGACGATTTTAA
452 CACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * ** *
257750 TTTTTTGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCGCTAAGGATGTTGAG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* * ** * *
257815 GAATCACATAAAAATAATCTTCATATTTGGATATTGTTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * * * * *
257880 GATTAATTATGTGCTAAATTGCTTTAGAAATTTATATGGGCAGGACTCGAAGCCTAATGCTTTTG
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTG
* * * *
257945 AAATTTTATGTTTTACTTTAAAAATTATTTTCACTGGTA-TGAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
195 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGG-AGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATT
*
258009 GTTTTAGCAGGTTTTCTAAATGGGAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTAG-
259 GTTTTAGCAGGTTTT-TAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTT-GC
* * * *
258073 TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTAGTTTTAGTTTTTCATAATATTAAGTGTAAGTTA
322 TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAG-T-
* * **
258138 TATAAAGAATTTTGGAGCTTAAAACCTCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGTGTAAAAACCA
385 TATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT-TGAACAATTCTGGGCATAAAAA-CA
258203 TTCGCACAA-TT--A-TTG----CA----T---T-ATTTTAA
448 TTCGCACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* ** * * ** *
258229 TTTTTCATTGTGTTTCATAAATATTCGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTGTAAGGATGTTGAG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* * * *
258294 GAATTACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTAGTGAAGTTGTTATTGGTGCCTGATGT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * * ** * *
258359 GACTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGCTGA-CGACTTGAAGTCTAATGCTTTT
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGC-ACTCGAAGCCTAATGCTTTT
*
258423 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TCAAGCTTTAAAATATGAAATCAT
194 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGG-AGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
* * *
258487 TGTTTTATCTGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATGTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
258 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * *
258552 CAAACAAAGAAACATGGTAAAGCTTGCATTTGTTTTTATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTAT
323 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
* * * * * *
258617 AATGGATTTTGGAGCCTAAAACGTCAGACTTTGTTTCTGAATAATTCTGGGCTTAAAAACCATTT
388 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT-TGAACAATTCTGGGCATAAAAA-CATTC
*
258682 GCATAA-TT--A-TTG----C------GCA--ATTTTAA
451 GCACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * ** *
258705 TTTTTCGTTATGTTTCATACTTATTTGATTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTTGAG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* * *
258770 GGATTACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTG-AGTTGTTATTGGTACCTGATGT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * * * ** * * *
258834 GACTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGAAGTTTATATGCTGA-CGACTTGGAGTCTAATGCTTTT
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGC-ACTCGAAGCCTAATGCTTTT
* * * *
258898 GAAATTTTTTTCTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-GATATTAAGCTTTAAAATATGAAAGCA
194 GAAA-TTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGA-GTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCA
* * *
258962 TTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTCAACTTGG
257 TTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGC
* * * * *
259027 TCAAATAAGGAAAAATGGTAAAACTTGCATTGGTTGTAATTTTTCATTGTGTTAAGTGTAAGTTA
322 TCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTA
* * *
259092 T-AA--A----GGA-CTT------T--G----T-TTCTGCACAATTCTGGGCTTAAAAAGCATTC
387 TAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTGAACAATTCTGGGCATAAAAA-CATTC
*
259136 G--C-A---CAA-TT------A---TTGCATGATTTTAG
451 GCACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * ** *
259159 TTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGGTCTAAGGATGTTGAG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* * * * * *
259224 GAATTACATATGAATGATCTTCGTATTTGGATATTGTTTGTGAAGTCGTCATTGGTGCTTGATTT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * * *
259289 GATTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGCTGTTTATAGGGGGAGCACTCGAAGCCTAAAGCTTTTG
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTG
* *
259354 AAATTTTTTGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-GATATCAAGCTTTAAAATATGGAAAGCAT
195 AAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGA-GTCAAGCTTTAAAATAT-GAAAGCAT
259418 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
258 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * * * * *
259483 AAAACAAAAAAACGTGGTAAAACTTGCATTTGTTTTAATTTTTCATAATATTAAGTGTGAGTTAT
323 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
*
259548 AAAGAATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCATAAAAACCATTC
388 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT-TGAACAATTCTGGGCATAAAAA-CATTC
*
259613 GCATAA-TT--A-TTG----CA------CA--ATTTTAA
451 GCACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * ** *
259636 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGATTTTAGATACATTTTTAGGTGCTGTAAGGATGTTGAG
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
* *
259701 GGATTACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTG-AGTTGTTATTGGTGCTTGATAT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * * * * *
259765 GATTAATTATGTGCTAAATTATTTTAGAAGTTTATATGAGGA-CGACTTGAAGTCTAATGCTTTT
131 GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATA-GGGGAGC-ACTCGAAGCCTAATGCTTTT
* * * *
259829 GAAATTTTTTCTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCAC-CGATATCAAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
194 GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGA-GTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCAT
* * *
259893 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAGTTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGGT
258 TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCT
* * * *
259958 CAAATAAAGAAAAATGGTAAAACTTGCATTGGTTGTAATTTTTCATTGTGTTAAGTGTAAGTTAT
323 CAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTAT
* * * *
260023 AACGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCT-ACACAATTTTTGGCTTAAAAAGCATT
388 AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT-TGA-ACAATTCTGGGCATAAAAA-CATT
*
260087 CG--C-A---CAA-TT------A--TTT-CATGATTTTAG
450 CGCACAATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
* * * * ** **
260111 TTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACTTTTTTAGGTGGTCTAAAGATGTTGAA
1 TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
** * * *
260176 AAATTACATATGAATGATCTTCGTATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTCATTGGTGCTTGATTT
66 GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
* * *
260241 GATTAATTATGTTCTAAATTAG-TTTAGCTGTTTATAGAGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTT
131 GATTAATTGTGTGCTAAATT-GTTTTAGCAGTTTATAG-GGGAGCACTCGAAGCCTAATGC-TTT
* * *
260305 TGAAATTTGTTTGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-TATATC-AGCTTTAAAATATGAAAGC
193 TGAAATTT-TATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGA-GTCAAGCTTTAAAATATGAAAGC
260368 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
256 ATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTG
* * * * *
260433 CTCAAACAAAAAAACATGGTAAAACTTGCGTTTGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGGGTAAGTT
321 CTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTT
* * * * * * *
260498 ATAAAGGATTTTAGAGCTCAAAACATCAGACTTTATTTCTAAATAATTCTGGGCGTAAAAGCTAT
386 ATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTT-TGAACAATTCTGGGCATAAAAAC-AT
*
260563 TCACACAATT
449 TCGCACAATT
260573 ATTTGATTTT
Statistics
Matches: 5761, Mismatches: 768, Indels: 389
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
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458 1 0.00
460 1 0.00
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463 3 0.00
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469 4 0.00
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471 2 0.00
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ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (489 bp):
TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGTG
GGATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGT
GATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAGGGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGA
AATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGT
TTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAA
ACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAGTGTAAGTTATAAA
GGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTTGAACAATTCTGGGCATAAAAACATTCGCACA
ATTTCAATTTGCAAACATTTTTGCATGATTTTAA
Found at i:266287 original size:444 final size:444
Alignment explanation
Indices: 265445--266301 Score: 1207
Period size: 444 Copynumber: 1.9 Consensus size: 444
265435 ATTTTTCTTT
** *
265445 GAAAATGATTTTAACTGGAGTTGAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGTAGGTTTTTAAAT
1 GAAAATGATTTTAACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGTTTTTAAAT
* * *
265510 AGAAGTTAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAA
66 AGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAA
* * *
265575 ACTTGCATTAGTTTTAATTTTTTATAATGTTAACCGTAAGTTATGAAGGATTTTCGAGCTGAAAA
131 ACTTGCATTAGTTTCAATTTTCTATAATGTTAACCGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAGCTGAAAA
* ** * *
265640 CATAAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTTTGAGTAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTA
196 CATAAGACTTTGTTTCTGAACAACTCTGGGAGTAAAACAATGCGCACAATTATTGCACGATTTTA
* * *
265705 ATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCATTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAATGAACTTGT
261 ATTTTTCGTTGTGTTTCACACTTATTTGCATTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGA
** * * * *
265770 GGGATTACATATTAATGATGTTGATATTTGAATATTATTTGTGAAGTTCTTATTAGTGCTTACTG
326 GAAATTACATATGAATAATATTCATATTTGAATATTATTTGTGAAGTTCTTATTAGTGCTTACTG
* *
265835 TAATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTCAGCAATTTATAGAAGCAGCACTCGAAGC
391 TAATTAATTGCGTGCTAAATTGTTTCAGCAATTTATAGAAGCAGCACTCGAAGC
* * * * *
265889 GAAAATGATTTTCACTGTAGTCAAGCTTTCAAATATTAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAAT
1 GAAAATGATTTTAACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGTTTTTAAAT
* *
265954 GGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTCAA-TTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAA
66 AGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAA
* ** * * *
266018 ACTTGCATTGGTTTCAATTTTCTATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGTATTTTGGAGCTTAAAA
131 ACTTGCATTAGTTTCAATTTTCTATAATGTTAACCGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAGCTGAAAA
* * *
266083 TATCAGACTTTGTTTCTGAACAACTCTGGGCGTAAAAACAATGCGCACAATTATTGCTA-GATTT
196 CATAAGACTTTGTTTCTGAACAACTCTGGGAGT-AAAACAATGCGCACAATTATTGC-ACGATTT
* * * **
266147 TAATTTTTCGTTGTGTTTGACCCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGATGTT
259 TAATTTTTCGTTGTGTTTCACACTTATTTGCATTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTT
* * * *
266212 GAGAAATTACATATGAATAATATTCATATTTGGATATTATTTTTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGA
324 GAGAAATTACATATGAATAATATTCATATTTGAATATTATTTGTGAAGTTCTTATTAGTGCTT-A
*
266277 -TGTGATTAATTGCGTGCTAAATTGT
388 CTGTAATTAATTGCGTGCTAAATTGT
266302 CTTAGAAGTC
Statistics
Matches: 359, Mismatches: 51, Indels: 6
0.86 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
443 108 0.30
444 249 0.69
445 2 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.11, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (444 bp):
GAAAATGATTTTAACTGGAGTCAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTATTTTAGCAGGTTTTTAAAT
AGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAA
ACTTGCATTAGTTTCAATTTTCTATAATGTTAACCGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAGCTGAAAA
CATAAGACTTTGTTTCTGAACAACTCTGGGAGTAAAACAATGCGCACAATTATTGCACGATTTTA
ATTTTTCGTTGTGTTTCACACTTATTTGCATTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAACTTGA
GAAATTACATATGAATAATATTCATATTTGAATATTATTTGTGAAGTTCTTATTAGTGCTTACTG
TAATTAATTGCGTGCTAAATTGTTTCAGCAATTTATAGAAGCAGCACTCGAAGC
Found at i:269149 original size:263 final size:263
Alignment explanation
Indices: 268634--269156 Score: 631
Period size: 263 Copynumber: 2.0 Consensus size: 263
268624 TTATCTGTGA
*
268634 AGTTGTTATTAGTGCTTAATGTAATTAATTGTGTGCTAACTTGTTATAGCAATTTATAGAAGCAG
1 AGTTGTTATTAGTGCTTAATGTAATTAATTGTGTGCTAACTTGTTATAGCAATATATAGAAGCAG
* * * * * ***
268699 CACTCGAACCCTAATGGTTTTGAAATTTTAAATTTCACTTTGAAAATGATTTTCGCTGGAGTGTG
66 CACTCGAACCCTAATGCTTTAGAAATTTTAAATTTCACTTTGAAAATGATTGTCACTGAAGTCAA
* *
268764 GCTTTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAGGTTTTTAACTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAA
131 GCTTTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAGGTTTTAAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAA
** * * * * *
268829 TCGAATGTTTTTCGACTTGCTTAAACAAATAGACATGTTAAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCA
196 TCGAATGTTTTTAAACGTGCTTAAACAAAGAAACATGTAAAACATGCATTAGTTTTAATTTTTCA
268894 TAG
261 TAG
** * * * *
268897 AGTTGTTATT-GTTGCTTGTTGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTATATAGAAGGA
1 AGTTGTTATTAG-TGCTTAATGTAATTAATTGTGTGCTAACTTGTTATAGCAATATATAGAAGCA
* * * *** **
268961 GCACTTGAAGCCTAATTCTTTAGAAATTTTGTGTTTTGCTTTGAAAATGATTGTCACTGAAGTCA
65 GCACTCGAACCCTAATGCTTTAGAAATTTTAAATTTCACTTTGAAAATGATTGTCACTGAAGTCA
* * *
269026 AG-TATT-AAATATGGAAGGATTGTTTTAGCAGGTTTTAAAATGGAAATGAATTTGAAATATCTT
130 AGCT-TTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAGGTTTTAAAATGGAAATGAATTTG-AATATCTT
* * * *
269089 GAATCTATTG-TTTTAAACGTGCTTGAACAAAGAAACATGGTAAAACATGCATTGGTTTTAATTT
193 GAATCGAATGTTTTTAAACGTGCTTAAACAAAGAAACAT-GTAAAACATGCATTAGTTTTAATTT
269153 TTCA
257 TTCA
269157 CAGTGTCAAG
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 39, Indels: 8
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
262 67 0.31
263 150 0.69
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (263 bp):
AGTTGTTATTAGTGCTTAATGTAATTAATTGTGTGCTAACTTGTTATAGCAATATATAGAAGCAG
CACTCGAACCCTAATGCTTTAGAAATTTTAAATTTCACTTTGAAAATGATTGTCACTGAAGTCAA
GCTTTAAAATATGAAAGCAGTGTTTTAGCAGGTTTTAAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAA
TCGAATGTTTTTAAACGTGCTTAAACAAAGAAACATGTAAAACATGCATTAGTTTTAATTTTTCA
TAG
Found at i:271555 original size:476 final size:476
Alignment explanation
Indices: 269281--288738 Score: 17542
Period size: 476 Copynumber: 40.6 Consensus size: 476
269271 ATTTTGGCAT
* * * *
269281 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCACACTTATATGCTTTTAGATACATTTTTAGATGCTTTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * * *
269346 AACTTTTG-GGACA--ACATATGAGTGATGTTGATATTTGGACATTATTTGTGAAGTTGTTATCG
66 -A-TGTTGAGGA-ATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
* ** * * * *
269408 GTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAACA-TGATTTAGCTGTTAACAGGGGGAGCACTCGAAGC
128 GTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAA-ATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGC
* * *
269472 CTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTCCTTTGAAAATGATTTTCACTAGAGT-T-GAGCTTTAAG
192 CTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-G-GTATAAAGCTTTAAA
* * * *
269535 ATTTGAAAGTATTGTTTTAGCAAGTTTTTTAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT
255 ATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT
* * * * * *
269600 CTTAAACTTGTTCCAACAAAGAAACATGGTAAAGCTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAAAGTTA
320 TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTA
* ** * * ** *
269665 AGTGCAAGTTATAAAGGATTTTATAGCTTGAAACATCAGACATTGTTAGTGAACAATTCTGAGCG
385 AGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCG
* *
269730 TAAAAACCATTTGCACAATTATTGTAC
450 TAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * *
269757 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTAATACTTATTTGCTTTTAGATAAATTTTT-GGTGCTCTAAGA
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
*
269821 ATGTTTAGGAATTACATATGAATGATCTTCAT-TTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * ** * * *
269885 GTTGATGTGATTAATTATGTGCCAAAATGTTTTAGCTGTTTATAGGGGGAGCACACGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* * * * *
269950 TGCTTTTCAAATTTTATGCTTTGCCTTGAAAATGATTTTTACTAGAG-CT-AAGCTTTAAAATAT
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-G-GTATAAAGCTTTAAAATAT
* *
270013 GAAATCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTC
259 GAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA
*
270078 AACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAATGTTAAGTG
324 AACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
** * ** * *
270143 TAAGTTATAAAGGATTTTATAGCTTAAAACATCAGACATTGTTAATGAACAATTCTAGACGTAAA
389 TAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAA
*
270208 AACCATTCGCACAATTATTACAC
454 AACCATTCGCACAATTATTGCAC
* *
270231 GATTTTAATTTTTCATTGTCTTTC--A--TATTTGCTTTTAGATACATTTTT-GGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
*
270291 ATGTTGGGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * * * *
270356 CTTGATGTGATTAATTATGTGCCAAATTGTTTTAGCAGTTTACAGGGGGAGCACACGACGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* *
270421 TGCTTTTCG-AATTTTATGCTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTAGAG-CT-AAGCTTTAAAATA
196 TGCTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-G-GTATAAAGCTTTAAAATA
* * *
270483 TGAAATCATTGTTTTAGCAGCTTTTTAAACGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT
258 TGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT
* *
270548 AAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTCAATTTTTCTTAATGTTAAGT
323 AAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGT
* * *
270613 GTAAGTTAT------TTTT-GAGCTTAAAACATCAGACTTTCTTTATGAACAATTCTGGCCGTAA
388 GTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAA
270671 AAACCATTCGCACAATTATTGCAC
453 AAACCATTCGCACAATTATTGCAC
*
270695 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTACTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * *
270760 ACGTTGAGGAATTACGTATGAATAATCTTCGTAGTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * * *
270825 CTTGATGTGATTAATTTATGTGTTAAATTGTTTTAAAAGTTTATATGGGGAGAACCCAAAGACTA
131 CTTGATGTGATTAA-TTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTA
* *
270890 ATGCTTTTTAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACCGGTATAAAGCTTTAAAATATG
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
*
270955 AAAGCATTGCTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * *
271020 ATTTACTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCGTTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* ** * * * ****
271085 AAGTTACAAATTATTTTAGAGCTTAAAACATCATAATTTGTTTCTGAACAATTCTAAATGTAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
* *
271150 ACAATTCGCACAATTATTACAC
455 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * * * *
271172 GATTTTAATTTTCCATTGTGTTTCATACTTATTTACTTTTAGAAACATTTTTATGTGCTCTACGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* *
271237 TTGTTGAGGAATTACATAAT-AATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
66 ATGTTGAGGAATTACAT-ATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* * * *
271301 GCTTAATGTGATTAATTATCG-GCTAAGTTGTTTGAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCAAAGCCT
130 GCTTGATGTGATTAATTAT-GTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCT
* * *
271365 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAAAGATTTTCTCTGGTATAAAGCTTCAAAATAT
194 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATAT
* * * * *
271430 GAAGGCTTTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGTAAATGAATTGGAATATCTTAAATCCAATGTTTTA
259 GAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA
* * *
271495 AACTTGCTCAAACAATGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTACTTTTTCATAATGTTAAGCG
324 AACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
* * * * *
271560 TAGGTTATAAAGGAATTTGGAGCTTAAAACATCAGACCTTGTTTCTAAACAATTTTGGGCGTAAA
389 TAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAA
* * *
271625 AACAATCCGCACAATTATTGCAT
454 AACCATTCGCACAATTATTGCAC
** *
271648 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGAACTAGGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * *
271713 TTGTTGAGGAATTACATATGAATAATCATCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTTTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * *
271778 CTTGATGTGATTAATTATATGCTATATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGTAAGACTTGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
** * *
271843 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTTGCTCGAGT-T-GA-CTTTAAAATTT
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-G-GTATAAAGCTTTAAAATAT
** *
271905 GAAAGCATTGTTTTAGCAACTTTTTAAATGGAAATGAATTTCAA-A-C----A---AA-G----A
259 GAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA
* * * *
271956 AACATGGT-------A-AAAC-T--T-----G--CATTGGTTTTAA-TTTTCACAATGTTAAGTG
324 AACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
* ** * * * * *
272002 TAGGTTATAAAGGATTTTATAGCTTAAAATATCAGACATAGTTTTTGAACAATTGC-GGGCATAA
389 TAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATT-CTGGGCGTAA
*
272066 AAGCCATTCGCGCAATTTCAAATTGTGACATAAGAACCTTTTTTGCAC
453 AAACCATT--CGC-A---C-AA---T----T----A------TTGCAC
* *
272114 GATTTTAATTCTTTC-TTGTATTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGCTGCTCTAAG
1 GATTTTAATT-TTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
** * * * * * *
272178 GAACTTGAGGGATTACATAAGAATGATATTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTTTTGTTGGT
65 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* * * * * **
272243 GCTTGATGTGATTAATTGTGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATAAGGGAAGTG-CTCGAAGGAT
130 GCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAG-GACTCGAAGCCT
* * *
272307 AAT-TTTTTGGAAATTTCATGTTTTGCTTT-AAAAGTAATTTTCACTAGAGT-T-AAGCTTTAAA
194 AATGCTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAA-TGATTTTCACT-G-GTATAAAGCTTTAAA
* * * *
272368 ATATGAAAGCATTATTTT-GCCAGG-TTTGAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTAAATCAAATG
255 ATATGAAAGCATTGTTTTAG-CAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATG
* * * ** * **
272431 TGTTAAGCATGCTCAAACAAAGAAACATTATAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCACAGCGTT
319 TTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTT
** * * * *
272496 AAGTGTAAGTTATAAAAAATTTTAGAGCTTAAAACATCAGACTTTATTTTTGAAC-ATATCTGGT
384 AAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAAT-TCTGGG
272560 C-TAAAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTTAAAAACCATTTTTGC
448 CGTAAAAACCATTCGCACAA-TT---A-T-TG----------CA------C
* * * *
272610 ATGATTTTAATTTATCATTGCGTTTCATACTTA-TTGCTTTTAGATACGTTTTTAGGTGCTCTAA
1 --GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
** * * * *
272674 GGAACTTGTGGGATTACTTATGAAGGA---TC----TT-G--A-TATTTG-G-A-----TA----
64 GGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
* * * ** * * * *
272717 --CTTGTTGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCACATTATAAGTGAAGCACTCGAAGCCT
129 TGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCT
* * * *
272780 AATGCCTTTGAAATTTTATGTTTTGTTTTCAAAATGATTTTCACTAG-AGTAAAGCTTTAAAATA
194 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TAAAGCTTTAAAATA
* * *
272844 AGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGTAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCCAATGTTTT
258 TGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATG---T
* * * * *
272909 TTTAAATTTGGTCAAACAAAGAAACA-AGTAAAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCATAGTGTTA
320 TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTA
* * *
272973 AGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGGCA
385 AGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCG
* * * *
273038 TAAAAATCGTTTGCACAATTATTGCGC
450 TAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * **
273065 GATTTTAATTTTTTGTTGTTTTTCATACTTATTTGCTTTTAAATACATTTTTAGGCCCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
** * * * * * *
273130 AAATTGAGGAATTACATATGAATCATCTTCACATTTAGATATTATTTGTTAAGTTCTTATTGTTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * * * *
273195 CTTGATGTGATTAATTGTGTGCCAAATT-TTTTAGCAGTTTATAAGCGTAGCACTCGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* * * * * * *
273259 TGTTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCAATTG-AGTCAAGCTTTAAAAAATT
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TAAAGCTTTAAAATATG
* * *
273323 ATAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGATTCCAATGTTTTCA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* *
273388 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGCAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTTATAATGTTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * ** *
273453 AAGTTATAAAGTATTTTGGAGCTTAAAACATCAGGCTTTGTTTCTGAACAACGCTGGGCTTAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
*
273518 ACCATTCGCACAATTATTGCAT
455 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
*
273540 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTCAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* *
273605 ATATTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTTTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * *
273670 CTTGATCTGATTAATCATGTGCTAAATTGTTTTAGAGGTTTATATGGGGA-GAATCCAAAGCCTA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACT-CGAAGCCTA
* * * *
273734 ATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCATTGGCATCAAGCTTTAAAATATG
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
* *
273799 AAAGCATTGTTTTAGCGGGTTTTTAAATAGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * *
273864 ACTTGCTCAAACAAGGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTGATAATGTTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * * * * * *
273929 AAGTTATGAAGGTTTTTCGAGCTTAAAACATCAAACTTTCTTTCTAAACAA-TCTTGGGAGTAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTC-TGGGCGTAAA
*
273993 AACAATTCGCACAATTATTGCAC
454 AACCATTCGCACAATTATTGCAC
274016 GATTTTAATTTTTCGTTGTG-------C---TTT-C------ATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * *
274064 ATGTTGTGGAATTACATATGAATAATCTTCATATTTAGATATTATTTATGAAATTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * *
274129 CTTCATGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTCGTAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* *
274194 TGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAAAT-ATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATGTG
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTG-AAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
* * * *
274258 AAAGCATTGTTTTAGCAAGCTTTTAAATGGAAATGAATTGGAATATCTTGAATCTAATG--TT-A
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
*
274320 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGATTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * * *
274385 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCATACTTTTTTTCT--A-AA-TATGGGTGTAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
* *
274446 A-GATTTGGCACAATTATTGCAC
455 ACCA-TTCGCACAATTATTGCAC
* * * *
274468 GATTTTTAATTTTTCATTGTGTTACATACTTATTTGCTTTCAGATACATTTTTAGGTGCTATAAG
1 GA-TTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
* * * *
274533 GATGTTGGGGAATTACATATGAATCATCTTCATATTTGGATATTATTTTTGAAATTGTTATTGGT
65 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* * * * *
274598 GCTTAATGTAATTAATTATGTGCTAAATAGTTTTAAAAGTTTATATGGGGAGGACTTGAAGCCTA
130 GCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTA
274663 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
* * * * *
274728 AAGGCTTTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGTAAATGAATTGGAATTTCTTGAATCCAATGTTTTAA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * **
274793 ACTAGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACGTGCATTGGTTTTGCTTTTTCATAATGTTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * * *
274858 AAGTTATAAAGGATTTTGAAGCTTAAAACATTAGACTTTGTTTCTAAACAATTCTGGGGGTAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
* *
274923 ACAATTCACACAATTATTGCAC
455 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
274945 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * *
275010 ATGTTGAGGAATTACATATGGATTATCTTCATATTTGGATATTACTTGTGAACTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * *
275075 CTTGATGTGATTAATTATATGATAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGTAAGACTCGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* * * * *
275140 TACTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCGCTAGAGT-T-GAGCTTTAAATTTT
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-G-GTATAAAGCTTTAAAATAT
* * *
275203 GAAAGCATTATTTTAGCAAGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTCTTA
259 GAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA
* * * *
275268 AACTTGTTCAAACAAATAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTCAATTTTTCACAATGTTAAGTG
324 AACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
** * * * * * *
275333 TAAGTTATAAAGGATTTTATAGCTTAAAACTTTAGACATAGTTTTTGAACAATTCTGGGCATAAA
389 TAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAA
* * *
275398 AGCCATTCGCATGATCTTGATAGTTTTTGCAT
454 AACCATTCGC---A-C---A-A-TTATTGCAC
* * * *
275430 GATTTTAATATTTTC-TTGTATTTCATACTAATTTGCTTTTAGACACATTTTTAGGTGCTGTAAG
1 GATTTTAAT-TTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
** * * * *
275494 GAACTTG-TGAGATTACATAAGAATGATCTTGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTAG
65 GATGTTGAGGA-ATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
* * * **
275558 TGCTTGATGTG----ATTA---GC---A--G---T----G--TATAAGGGAAGTG-CTCAAAGGA
129 TGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAG-GACTCGAAGCC
* * * * * * **
275601 TCAT-TTTTTGGAAATTTTATATTTTGCTTTAAAAATAATTTTCGCTTGAGT-CCAA-CTTTAAA
193 TAATGCTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCAC-TG-GTATAAAGCTTTAAA
* * * * * * **
275663 ATATGAAAGCATTATTTTA-CCGGGTTTGAAATGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCAAACAT
255 ATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT
* * * * * **
275727 GTTAAACATGCTAAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCGTTGGTTTTAATTTTTCACAGCGTTA
320 TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTA
* * * * * * *
275792 AGTGTAAGTTATAAAGAATTTTGGAGCATAAAACATCAAACTTT-TTTTTGAACAAATCT-TGCA
385 AGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCG
275855 T-AAAACCATTCGCACAATTTCAAATTGTGACTTAAAAACCATTTTTGC
450 TAAAAACCATTCGCACAA-TT---A-T-TG----------CA------C
* * ** *
275903 ATGATTTTAATTTATCATTGCATTTTATACTTATTTGCTTTTAGATACA-TTTTAGGTGCTCTAA
1 --GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
*** * * * * *
275967 GGAACATGTGGGATTACTTATGAAGGA---TC----TT-G--A-CATTTG-G-A-----TA----
64 GGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
* * * * *
276010 --CTTGTTGTGATTAATTGTGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGAGGAGCG-CTCGAAGCC
129 TGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAG-GACTCGAAGCC
* *
276072 TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTCCACT-GAAGTAAAGCTTTAAAAT
193 TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TAAAGCTTTAAAAT
* * * * *
276136 AAGAAAGTATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATGAATTTGAAAATCTTGAATCTAATGCTT
257 ATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATG---
* * * *** * *
276201 TTTTAAACTTGGTCAAACAAAGAAACAT-ATAAAACTTGCATTAGCAGTAATTTTTCGTAGTGTT
319 TTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTT
* * * * *
276265 AAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTTGAGCTTAAAACATTAGACTTTATTTCCGAACAATTTTGGGC
384 AAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGC
* *** * * *
276330 ATAAAAATGGTTCACACAATTGTTACAC
449 GTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * * * *
276358 GATTTTGATTTTTCATTGTGTTTCATTCTTATTTTCTTTTAGATACAATTTTAGGCGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * *
276423 AAGTTCAGGAATTACATATGAACGATCTTCATATTTGAATATTATTTGTTAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * * * * * * *
276488 CTTGGTATGATTAATTGTGTCCCAAATT-TTTTAGCAGTTTATAAGTGGAGCACTCGAAGTCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* * *
276552 TGCTTTTG-AATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACT-GTATTTAACCTTTAAAATATT
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TAAAGCTTTAAAATATG
* * *
276615 AAAGCATTTTTTTAGCAGGATTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTCA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * * *
276680 ACTTTCTCAAACAAAGAAACAT-GTAAAACTTGCACTGGTTTTAATTTTTTATAGTGTTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * * *
276744 AAGTTATAAAGGATTTTGTAGCTTAAAACATCAAACTTTGTTTATGAACAATTTTGGGCGTAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
*
276809 ACAATTCGCACAATTATTGCAC
455 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
*
276831 GATTTTAATTTTTTGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * *
276896 ATGTTCAGGAATTACATATGAATAATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTT
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * *
276961 CTTGATATGATTAATTAGGTGCTAAATTGTTTTAGAGGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* * *
277026 TGCTTTTGAAATTTTGTGTTTTGCTTTGAAAATTATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGA
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGA
* * * *
277091 AAGCATTTTTTTAGTAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTTAATATCTTGAATCTAATGTTTTAAA
261 AAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAA
*
277156 CTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTTATTTTTCATAATGTTAAGTGTA
326 CTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTA
* * *
277221 AGTTATAAAGGATTTTCGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTTTGGACGTAAAAA
391 AGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAAA
*
277286 TCATTCGCACAATTATTGCAC
456 CCATTCGCACAATTATTGCAC
* * *
277307 GATTTTAATTTTTCGTCGTCTTTCATACTTA-TTGCTTTTAGATACATTTTTGGGTGC-CATAAG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTC-TAAG
*
277370 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATTTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
65 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* * * * * *
277435 GCTTGATATGATTAATTATGTACTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGAGAGCACTCAAAGCCTG
130 GCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACT------C--
*
277500 GAGTTAAGCTTTATGTACTAAATTGGTGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATGATTTT
187 --G--AAGC--------CT-AA----TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTT
* ** * ** * *
277565 CACTGG-AGTTAAGCTTTAAAATATGAAATTATTGTTTTACCTCGTTTTTAATTGGAAATAAATT
235 CACTGGTA-TAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATT
* * * *
277629 TGAATATCTTGAATCCAATGTTTTCAACATGCTCAAACAAAGAAATATGGTAAAACTTGCAATGG
299 TGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGG
* * * * * *
277694 TTTTAATTTTTCATAATGTTAAGCGTATGTTATAAAAGATTTTGGAGCATAAAACATTAGGCTTT
364 TTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTT
* * *
277759 GTTTCTGAACAACTT-AGGGCTTAAAAACAATTCGCACAATTATTGCAC
429 GTTTCTGAACAA-TTCTGGGCGTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * *
277807 GATTTTAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTACGTGCTCTAACG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
277872 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * *
277937 CTTGATGTGATTAAATATGTGCTAAATTATTTTAGTAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* * *
278002 TGCTTTTGAAATTTAATGTTTTGCTTTAAAAATGATTTTCACTGG-AGTTAAGCTTTAAAATATG
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TAAAGCTTTAAAATATG
* * *
278066 AAATCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTCA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * *
278131 ACTTGCTCAAATAAAAAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCATAATGTTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * ** *
278196 AAGTTATAAAAGATTTTGGAGCCTAAAACATCAGACTTCATTTATGAACAATTCTGGGCGTAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
*
278261 ACCATTCGCACAATTGTTGCAC
455 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * * * *
278283 GACTTTAATTTTTCGTTTTGTTTCATACTTATTTTCTTTTTA-ACACATTTTTAAGTGCTCAAAG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGC-TTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
* * * *
278347 GATGTTCAGGAATTACGTATGAATGATCTTCATAATTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTAGT
65 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* * *
278412 GCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGGTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTA
130 GCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTA
* *
278477 ATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTT-AAAGATGATTTTCACTGGTGTAAAGCTTTAAAATAT
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAA-ATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATAT
* * * *
278541 GAAAGCATTGTTTTCGCAGATTTTTAAGTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATATTTTA
259 GAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTA
* * *
278606 AACTTGCTCAAACAAGGAAACATGGGAAAATTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
324 AACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
* * * * *
278671 TAAGTTATAAAAGAATTTGGAGATTAAAACATCA-AGCTTTGTTTATGAACAATTCTGGGCAT-A
389 TAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGA-CTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAA
*
278734 AAACTCATTCGCACAATTAATGCAC
453 AAAC-CATTCGCACAATTATTGCAC
* *
278759 GATTTTAATTTTT-GTTGTGTTTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCGAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * *
278823 GTGTTGAGGAATTACATATGATTGATATTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTAGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * *
278888 TTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGTTTATATCGGGAGGACTCGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* * * *
278953 TGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTAAAAATGATTTTCACTGGTGTAAAGCTTTAAAATAAGA
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGA
* * * * *
279018 AAGCATTGTTTTCA-CAGATTTTTAAGTGAAAATGAAGTTGAATATCTTGAATCCAATATTTTAA
261 AAGCATTGTTTT-AGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * **
279082 ACTTGCTCAAACTAAGAAACATGGGAAATTTTGCATTGGTTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGG-TTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
* * * * *
279147 TAAGTTGTAAAAGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAACTTTGTTTATGAACAATTCTGGGCAT-AA
389 TAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAA
279211 AACACATTCGCACAATTATTGCAC
454 AAC-CATTCGCACAATTATTGCAC
* * * *
279235 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCACACTTATTTTCTCTTAGATACATTTTTAGGTGCTCGAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
*
279300 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGCTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * *
279365 TTTGATGTGATTAATTATGTGCAAAATTGTTTT-GTAAGTTTATATCGGGAGGACTCGAAGACTA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAG-AAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTA
** * *
279429 ATATTTTTGAAATTTCATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATG
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
*
279494 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATATTTTAA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * *
279559 ACTTGCTCAAACAAAAAAAAATGGTAAAACTTGCATTAGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * * * *
279624 AAGTTATAAAGGATTTTCGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTCAACAATTTTGGACATAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
*
279689 ACCATTCGCACAATTGTTGCAC
455 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
* *
279711 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACAATTTTAGGTGCTATAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
279776 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * * * *
279841 TTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAAGTGTTTTAGCAGTATATAAGTGGAGCG-CTCGAAGACTA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAG-GACTCGAAGCCTA
** *
279905 ATGCTTTCAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGG-AGTTAAGCTTTAAAAATA
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTA-TAAAGCTTT-AAAATA
* *
279969 TGAAATCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT
258 TGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT
* * *
280034 CAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGATTTTAACTTTTCATAATGTTAAGT
323 AAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGT
* * * *
280099 GTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCCTAAAACATCAGACGTTGTTTATGAACAATTTTGGGCGTAA
388 GTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAA
*
280164 AAACCATTCGCACAATTGTTGCAC
453 AAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * * *
280188 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTTCTTTTAGACACATTTTTAAGTGCTCAAAGA
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * *
280253 ATGTTCAGGAATTACATATGATTGATCTTTATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTTTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * *
280318 TTTGATGTGATTAATTATGTGCAAAATTGTTTTATAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGACTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
** * *
280383 TATTTTTGAAATTTCATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATATGA
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGA
* * * *
280448 AAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATAGAAATGAGTTTTAATATCTTGAATCCAATATTTTAAA
261 AAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAA
* * *
280513 CTTGCTCAAACAAAAAAAAAATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAATTGT
326 CTTGCTCAAAC-AAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * * *
280578 AAGTTAAAAAGGATTTTGGAACTTAAAACATCAGGCTTTGTTTCT-AGACAACTT-AGGG-GTTA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGA-ACAA-TTCTGGGCG-TA
* *
280640 AAAATCATTCGGACAATTATTGCAC
452 AAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * *
280665 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTACGTGCTTTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
280730 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * * *
280795 CTTGATGTGATTAATTGT-TGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGTGGAGCG-CTTGAAGACTA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAG-GACTCGAAGCCTA
*
280858 ATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGCAGT-T-AAGCTTTAAAATA
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTG--GTATAAAGCTTTAAAATA
* *
280921 TGAAATCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT
258 TGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTT
* * * *
280986 CAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGAATTGGTTTTAACTTCTCATAATGTTAAGT
323 AAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGT
* * * * *
281051 GTAAGTTATAAAAGATTTTGGAGCCTAAAGCATCAGACTTTGTTTATGAACAATTCTGGGCATAA
388 GTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAA
* *
281116 AAACCATTCGCACAATTGTTGTAC
453 AAACCATTCGCACAATTATTGCAC
*
281140 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTCCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * *
281205 ATGTTGAGGAATTACATATGAATAATGTGCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTAGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * *
281270 CTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGGTTATATGGGGAGGGCTCGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* * * * *
281335 TAG-TTTTGAAATTCTATGTTTTGCTTTGAAAATGAGTTTT-AGGTGCTCTAAGGAACTTGTGGT
196 T-GCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA-TTTTCA-CTGGTATAA--AGC-T-T--T
* * * ** *** * * ** * * ** *
281398 ATTACATAAGAATG-ATCT-TGATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGGTTGATGT
252 A--AAATATGAAAGCAT-TGTTTTAGCAGGTTTTTAAATG-GAA-ATG-AATT--TGAAT-ATCT
* * ** * ** * ** * * * * * ****
281461 GATTAAT--TATGTGCT-AACTTGTTTTAGC--AGTTTATAAGG--GAA-GTGC-TCGAAAGATA
308 --TGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAG-AAACATGGTAAAACTTGCATTG-GTTTTA
* * * ** * ** * *
281517 ATTTTTTGGA-AATTTTATGT-TTTGTTTTAAAAATAATTTTCACTTGAGTCCAGTTTTAAAATA
369 A-TTTTT-CATAATGTTAAGTGTAAG--TTATAAAGGA--TT---TTG-G---AG-CTTAAAACA
* * * * * * *** * * * *
281580 TGAAAGCATTATTT-TG-CCAGGTT-TGAAATGGAAATGAACTTGAATATCTTGAATCAAATGTG
420 TCAGA-CTTTGTTTCTGAACA-ATTCTG-GGCGTAAA--AAC---CAT-TC--GCA-C-AAT-TA
**
281642 TTAAAC
471 TTGCAC
* * ***** *** * * * * *** ** * *
281648 -ATGCTCAA-ACAAAGAAACATG-TTAAAACTTGCGTTGGCTTTAATTTTTCACAGCGTTAACTG
1 GAT-TTTAATTTTTCG--TTGTGTTTCATACTT--ATTTGCTTT--TAGAT-ACA-TTTTTA-GG
* * * * * ** * * * * *
281710 TAAGTTATAAAGAATTTTGGAGCATAAAACATCA-GATTTTGTTTTTGAACAAATCTGGCATAAA
56 T--GCTCT-AAGGATGTT-GAGGA-ATTACAT-ATGA--ATGATCTT---CATATTTGG-AT---
** * * * ** * * * * *
281774 AACCATTTGCAT-AATTTCAAATCATTTTTGCATGATTTTAATTTATCAT-TGCGTTTCATAGTT
106 -ATTATTTG--TGAAGTT---GTTATTGGTGCTTGA-TGTGATTAATTATGTGC---T-A-A---
* * * * **
281837 ATTTGCTTTTAGATACAGTTT-TA---GG-TG-CTCTAAG--GAA--CTTATGGGATTACTTATG
156 A-TTG-TTTTAG--A-AGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATT--TTATG
** ** * * * * *
281892 --AAGCATCTTGATATTTGGATACTT-GCT-GTGATTAA---TT---GTATGCTAA--ATTGTTT
214 TTTTGC-T-TTGA-AAAT-GAT-TTTCACTGGT-ATAAAGCTTTAAAATATG-AAAGCATTGTTT
* * * ** *** *
281945 TAGCA-GTTTATAAGA-GCAGCACTCGAAGCCT-AAT-TCTTTTGAAATTTTACGTTTTTCTTTG
272 TAGCAGGTTTTTAA-ATG--GAAAT-GAA-TTTGAATATC--TTG-AA---T-CCAATGT-TTT-
* ** *** * ** *
282006 AAAATTATTTTCACTAGAGTAAAGCTTTAAAGTAAAAAC--GCATT-ATTTTAGCAGGTTTTT-A
323 AAACTTGCTCAAAC-AAAG-AAA-C---ATGGT-AAAACTTGCATTGGTTTTA--A--TTTTTCA
* * * ** *
282067 -AATG-CAAATG-AA-TT-TGAAA--ATCTT---G---AATCCA--ATA-TTT-TTT-T--A-AA
377 TAATGTTAAGTGTAAGTTAT-AAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAA
* * ** * ** *
282111 CT-TGGTCAAACAAAGAAACATAT---A-AACCA-TGCAT
441 TTCTGGGC--GTAAA-AACCAT-TCGCACAATTATTGCAC
* * * * ** * * *
282145 TAGTTTTAATTTTTCATAGTG-TT-A-A-GTATAAG-TTATA-A-AGGA-TTTT-GGAGCT-TAA
1 GA-TTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATA-CATTTTTAGGTGCTCTAA
*** * * *** * * * * * *
282200 --AACATCA-GACCTTGTTTCTGAATAATTTTGGGCATAAAAATCATTCGCACAATTA-TTG-CA
64 GGATGTTGAGGA-ATTACATATGAATGATCTT---CAT----AT--TT-GGA-TATTATTTGTGA
* * * * ** * * *
282260 AGATT-TTAATT-TTTCATTG-TGT-A-TCA-TA-CT--TATTTTCTTTTAGATACATTTTTA-G
117 AG-TTGTT-ATTGGTGC-TTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGA-A-GTTTATATG
* * * * * * * * **
282315 GTGCTGTAAGGAAGTTGAAG---AATTACATATT-AATGATCTTCATATTTGGATATT--ATTTG
177 G-G--G--AGG-ACTCGAAGCCTAA-TGC-TTTTGAA--AT-TTTATGTTTTGCT-TTGAAAATG
* * * * * ** * * * *
282374 CTAATTTGTTATTGGTGCTTGATG-TGATTAATTTTGTGCCAA--ATTG-TTTATCA-GTTTATA
230 ---ATTT-TCACTGGT--ATAAAGCT--TTAA-AATATG-AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTA
* * * * * *** * **
282434 AGTGGAGCACTCGAAGCTT-AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTC--A
285 AATGGA--AAT-GAA-TTTGAAT-ATCTTG-AATCCAATG---T--TTT-AAACT--TGCTCAAA
** * * * * *
282496 CTGGAGTCAAGC-T-TTAAAATATTAAAGCATT-GTTTTAGCAGGTTTTT-A-AATG-AAAATG-
336 C-AAAG--AAACATGGTAAAA-CTT---GCATTGGTTTTA--A--TTTTTCATAATGTTAAGTGT
* ** * * * * **** * * **** * **
282554 AA-TT-T-GATTATCTTGAATC-CAATGTTTTAAAC-TTGCTTAAACAAAAAAACAT--G-GT-A
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTG-TTTCTGAACAATTC-TGGGCGTAA
**
282610 AAA-C-TT-G--C-ATTAGTTTTA-
453 AAACCATTCGCACAATTA-TTGCAC
* * * *** * * * ** *
282628 AATTTTCATAATGTTAACTGTAAGTTAT-AAAGGATT-TTAGAGTTTA-AAACATTAAACTTT-G
1 GATTTT-A-ATTTTTCGTTGT--GTT-TCATA--CTTATTTGCTTTTAGATACATT----TTTAG
* ** ** * ** * * * *
282689 TTTAT-TAACAAT-TCTGGGCGTAAAAAGCAT-TCGCACAATTAT-TGCACGATTT-TA-ATT-T
55 GTGCTCTAAGGATGT-TGAG-G-AATTA-CATAT-G---AATGATCTTCA-TATTTGGATATTAT
* * * *
282747 TTCGTTG-TGTTGCATTACCTAT-TTGCTT--T-TAGA-TACATTTCTAGGTGCTCTAAGGA-AG
111 TT-G-TGAAGTTG--TTA--T-TGGTGCTTGATGT-GATTA-A--T-TATGTG--CTAA--ATTG
* * * * ** * * ** *
282805 -TTAAGGAA--TTACATAGGAATAATCTTC-ATATTTG-GTTATTATTTGTGAAGTTGTTATTGG
160 TTTTA-GAAGTTTATATGGGGAGGA-C-TCGA-A---GCCTAATGCTTT-TGAAATT-TTA-T-G
* * * * * * * * * * *
282865 TGCTTGATTTGATTAATTATGTGCTAAATCGTTTTAGAAG-TTTATATGGGGAGACTCGAACCCT
214 T-TTTGCTTTGA-AAATGAT-T-TTCACT-GGTATA-AAGCTTTA-A----AATA-T-G-A----
* * * * * * * * *
282929 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGG-TATAAAGTTTTAAAAT-
261 AA-GC-ATTG---TTTTA------GC-------AGGTTTTTAAATGGAAATGAA-TTTGAATATC
* ** * * * * * *
282992 ATGAAAGCATTGTTTTAGCAGA-TT-TTTAAATGAAA-ATGAA-ATTG-AATATCTTG-ATTCCA
307 TTGAATCCAATGTTTTA--A-ACTTGCTCAAA-CAAAGA--AACATGGTAA-AACTTGCATT---
* ** * * * * * ** ** * ** * *
283051 ATGTTTTAAACTTACTCAAAAAAAG-AAACATGGTAAAACTTGCACTGG-TTTT-AATTTTTCAT
362 -GGTTTT-AA-TTTTTC--ATAATGTTAA-GT-GT--AAGTTATAAAGGATTTTGGA-GCTTAAA
* * * * * * ** * * * *
283113 ACTGTTA-AGTGTAAG-TTATAAAGTATTTTGGAGCTTAAAACATCAGGCTTTGTTTCTAACCAA
417 AC-ATCAGACT-T-TGTTTCTGAACAATTCTGG-GCGTAAAA-ACCA---TTCG---C--A-CAA
* *
283176 CTCTGTGCTTAAAAGC
468 TTAT-TGC-----A-C
* ** * ** * ** * *
283192 CATTCGCACAATTATT-GCACGAT-TTTAATTTTTCA-TTGCGTTT-CATACTTATTTGCTTTTA
1 GATT---TTAATTTTTCG-TTG-TGTTTCATACTT-ATTTGCTTTTAGATAC--A--T--TTTTA
* * * * *
283253 GATACAATTTTAGG-TGCTTGAGGGATGTTGAGGAATTACTTATGAATGATCTTCATATTTGGAT
54 GGTGC--TCTAAGGATG--T---------TGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGAT
* *
283317 ATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGTTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTT
106 ATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTT
* * * * * *
283382 TATGA-GTGAAGCACTCGAAGCTTAATACTTTTTAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTT
171 TAT-ATGGGGAGGACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTT
* * *
283446 CACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGTATTGTTTTAGCAGATTTTTAAATTGAAATGAATTT
235 CACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTT
*
283511 GAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGT
300 GAATATCTTGAATCCAATGTTTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGT
*
283576 TTTAATTTTCCGA-AATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTT
365 TTTAATTTTTC-ATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTT
* * *
283640 GTTTATGAAGAA---TGGGCAG-AAAAACCATTTGCACAATTATTGCAC
429 GTTTCTGAACAATTCTGGGC-GTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* *
283685 GATTTGAATTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* *
283750 ATGTTGAGGAATTACATATGAATAATCTTTATATTTGGATATTA-TTGTG-AGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * * *
283813 CTTGATGTGATTAATTGTCTGCTAAATTGTATTCAGCAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAA-CCTA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGT-TTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTA
* * *
283877 ATGCTTTTCGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATTATTTTCACCGGTATCAAGCTTTAAAAATA
195 ATGCTTTT-GAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTT-AAAATA
* * *
283942 CGAAGGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTTAAATGGTAATG-ATCTTGAATATCTTGAATCCAATGTT
258 TGAAAGCATTGTTTTAGCAGG-TTTTTAAATGGAAATGAAT-TTGAATATCTTGAATCCAATGTT
* * * *
284006 TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGCAAAACTTGCTTTGGTTTTAATTTTTCACAGTGTTAA
321 TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAA
* * * * * *
284071 GTGTATGTTATAAAGGATTTT-GAGCTTAAACCATCATACTTTATTTCTGAACAATTATGGGCTT
386 GTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGT
***
284135 AAAAACCATTCTTTCAATTATTGCAC
451 AAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* *
284161 GATTTTAATTTTTTGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACTTTTTTAGGTGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* *
284226 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATTTTCATATTTTGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * *
284291 CTTGATGTGATTAATTATATGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGGAGAGCACTCGAA-CTCTA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGC-CTA
* * *
284355 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTCCTTTAAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTGAAAATATG
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
* * *
284420 AAAGCATTGTTTTAGCAGATTTTTAATTGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATTTTTTAA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * *
284485 ACTTGTTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCGTAATGTTAACTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * * * * *
284550 AAGTTATAAAGGATTTTAGAGTTTAAAACATTAAACTTTGTTTATGAACAATTCTGGGCATAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
284615 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
455 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
*
284637 GATTTTAATTTTTCAG-TGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTTGGTGCTCTAAG
1 GATTTTAATTTTTC-GTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
* * * *
284701 TATGTTGAGGAATTACATAGGAATAATCTTCATATTTGGTTATTATTTGTCG-AGTTGTTATT-G
65 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGT-GAAGTTGTTATTGG
* * * * * * * *
284764 TGCTTGATGTGATTAATTGTCTGCTAAATTGTTTCAGCAGTTTTATAAGGAGAGCACTCGAA-AC
129 TGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAG-TTTATATGGGGAGGACTCGAAGCC
* *
284828 TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGC-TTGAAAATGATTTTCACCGGTATCAAGCTTTAAAATA
193 TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATA
* * * *
284892 CGAAGGCATT-TGTTTAGCAGGTTTTTAAATGCAAATG-ATCTTGAATATCTTGAATCCAACGTT
258 TGAAAGCATTGT-TTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAAT-TTGAATATCTTGAATCCAATG-T
* * *
284955 TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGCAAAACTAACTTGCATTGG-TTTAA-TTTTCACAGT
320 TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGG--TAA--AACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAAT
* * * * *
285018 GTTAAGCGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAACCATTAGACTTTG-TTCTGAACAATTAT-
381 GTTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTG
* *
285081 GGCTTAAAAGCCATTCGCACAATATATTGCAC
446 GGCGTAAAAACCATTCGCACAAT-TATTGCAC
* * * *
285113 GGTTTTTAATTTTTTCGTT-T-ATTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACACTTTTAGGTGGCTCTA
1 -GATTTTAA-TTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGT-GCTCTA
* * * *
285176 AGGACGCTGAGG-ATTACGTATTAATGATCTTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
63 AGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATC-TTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
* * *
285240 AGTTCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGC
127 GGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGC
* *
285305 CTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAAT
192 CTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAAT
* * * * *
285370 ATGAATGCATTGTTTTACCAGATTTTTAAATGGAAATAAATTTAAATATCTTGAATCCAATGTTT
257 ATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTT
* * * * * *
285435 TAAACTTCCTCAAACAAAGAAACATAGTAAAACGTCCATTGTTTTTAATTTTTCAAAATGTTAAG
322 TAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAG
* ** * * * * *
285500 TGCAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTCGAAACATCAAACTTTATTTATGAACAATTTTGGGCATA
387 TGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTA
** * **
285565 AAAGTCTTTCGCACGGTTATTGCAC
452 AAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* *
285590 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGCGCTCTAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA-G
* *
285655 GA-GTTGAGGAATTACATATGAACGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGGAGTTGTTATTGGT
65 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* * * * * * * * *
285719 GCCTGATGTGATTAATTGTCTGCTAAATTGTTTCAGCAGTTTTATAAGGAGAGCACTCGAAACCT
130 GCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAG-TTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCT
* * *
285784 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTCTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAAATAC
194 AATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATAT
* * *
285849 GAAGGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTTAAATGCAAATG-ATCTCGAATATCTTGAATCCAATGTTT
259 GAAAGCATTGTTTTAGCAGG-TTTTTAAATGGAAATGAAT-TTGAATATCTTGAATCCAATGTTT
* *
285913 TAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGCAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAGTGTTAAG
322 TAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAG
* * * * * *
285978 CGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAACCATTAGACTTTGTTTCTGAACAATTATGGGCTTA
387 TGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTA
*
286043 AAAGCCATTCGCACAATTATTGCAC
452 AAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* *
286068 GATTTTTATTTTTCGTTGT-TATTCATGCTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGT-TTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
* * * *
286132 GATGTTGAGGAATTACGTATTAATGATCAAATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
65 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATC--TTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
* * * *
286197 TTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTCTTTTATAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCC
128 GTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCC
* *
286262 ATTAA-G-TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTTGTATCAAGCTTTAAAA
193 --TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAA
* * *
286325 TATGAAAGCATTGTTTTAGCAGATTTTTAATTGGAAATGAATTTTAATATCTTGAATCCAATGTT
256 TATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTT
* *
286390 TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAATATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGCTAA
321 TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAA
* * * * * * * * * *
286455 GTGTAAGTTACAAACGATTTTCGAGCTTAAAACATCAAATTTTCTTTCTAAACAATGCTAGGAGT
386 GTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGT
* * *
286520 AAAAACAATTTGCACAATTATTGCAA
451 AAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * *
286546 TATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTCATACTTACTTACTTTTAGATACATTTATT-GGTGCTCTAG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTG-TTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTT-TTAGGTGCTCTAA
* * * *
286610 GGATGTTGAGGAATTACCTATGAATGGTCAAATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
64 GGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATC--TTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
* * * *
286675 GTTGCTTGATATGATTAATTATGTGGTAAATTGTTTTATAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGC
127 GGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGC
*
286740 CATTAA-G-TTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAGCTTTAAA
192 C--TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAA
* *
286803 ATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGATTTTTAAATGGAAATGAATTTAAATATCTTGAATCCAATGT
255 ATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGT
* ** * *
286868 TTTAAACTTCCTCAAACAAAGAAACACAGTAAAACGTGCATTGGTTTTAATTTTTCAAAATGTTA
320 TTTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTA
* * * *
286933 AGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTCAAAACATCAGACTTTGTTTATTAACAATTCTGGGTG
385 AGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCG
* * *
286998 TAAAAATCATCCGCACAGTTATTGCAC
450 TAAAAACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * *
287025 GATTTAAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTTCTTTTAGATACTTTTTTAGGTGCTCAAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
287090 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* *
287155 TTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGGTTT-TATGGGGAGGACTCGAAGCCTA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAA-GTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTA
* *
287219 ATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGC-TTGAAAATGATTTTCACTGGTGTAAAGCTTTAAAATATG
195 ATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
* * * * * *
287283 AAAGCATTGTTTCAGCAGATTTTGAAGTGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATATTTTAA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * *
287348 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGG-GAAATTTGGCATTGGTATTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTT-GCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTG
* * * *
287412 TAAGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAACTTTGTTTATGAACAATTCTGGGTGTAAA
389 TAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAA
* * *
287477 ACCCATTCGCAAAACTATTGCAC
454 AACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * * *
287500 GATTTTAATTTTTCATTGTCTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTTGGTGCTCTAAGT
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* * * * * * * *
287565 AAGTTGAGGAAATACATAGGAATAATCTTCATATTTTGTTATTATTTGTCAAGTTGTTATTGGTT
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * *
287630 CTTGATTTGTTTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGA-GAGTAGAAGCCTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* *
287694 TGTTTTTTAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATCAAA-CTTTAAAATATG
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTAT-AAAGCTTTAAAATATG
* * *
287758 AAAGCATTGTTTTAGCAGATTTTTAATTGGAAATGAATTTTAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
260 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTTTTAA
* * *
287823 ACTTGCTCAAACAAAGAAATATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCATAATGCTAAGTGT
325 ACTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGT
* * * * * * *
287888 AAGTTATAAAGGATTTTCGAGCTTAAAACATCAAATTTTGTTTCTAAACAATGCTGGGAGAAAAA
390 AAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAA
** *
287953 ATAATTTGCACAATTATTGCA-
455 ACCATTCGCACAATTATTGCAC
* * *
287974 GTATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTCATACTTACTTGCTTTTAGATACAGTTTTAGGTGCTCTAG
1 G-ATTTTAATTTTTCGTTGTG-TTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAA
* * * * *
288039 GGATGTTGAGGAATAACGTATAAATGATCAAATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
64 GGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATC--TTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
* * *
288104 GTTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGGTTT-TATGGGGAGGACTCGAAG
127 GGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAA-GTTTATATGGGGAGGACTCGAAG
* *
288168 CCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTAAAGCTTTAAAA
191 CCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAA
* * * * * *
288233 TATGAAAGCATTGTTTCAGCAGATTTTGAAGTGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATATT
256 TATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAATGGAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATGTT
* *
288298 TTAAACTTGCTAAAACAAAGAAACATGAG-AAAATTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTA
321 TTAAACTTGCTCAAACAAAGAAACATG-GTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTA
* * * *
288362 AGTGTAAGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAAACTTCAAACTTTGTTTATGAACAATTCTGGGCG
385 AGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCG
288427 T-AAAACTCATTCGCACAATTATTGCAC
450 TAAAAAC-CATTCGCACAATTATTGCAC
* * * *
288454 GATTTTAAGTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCGAAGG
1 GATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGG
* *
288519 GTGTTGAGTAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
66 ATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
* * * * ** *
288584 TTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGTTTATATGGGGAGTATTAAAAGACTAA
131 CTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGCCTAA
* *
288649 TGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATTAAGCTTTAAAATATGA
196 TGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGA
*
288714 AAGCATTGTTTTAGCCGGTTTTTAA
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CTTGCTCAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTA
AGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAATTCTGGGCGTAAAAA
CCATTCGCACAATTATTGCAC
Found at i:281511 original size:183 final size:183
Alignment explanation
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** *
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* *
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* * *
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* * * * *
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1 TTTTAGGTCCTCTAAGGAACTTGAGGAATTACATAAGAATAAT-GTGCATATTTGGATATTATTT
* * * * * *
281435 GTGAAGTTGTTATTGGTGGTTGATGTGATTAATTATGTGCTAACTTGTTTTAGCAGTTTATAAGG
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* * * *
281500 GAAGTGCTCGAAAGATAATTTTTTGGAAATTTTATGTTTTGTTTTAAAAAT
130 GAAGGGCTCGAAAGATAATGTTTTGGAAATTCTATGTTTTGCTTTAAAAAT
281551 AATTTTCACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
182 4 0.03
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ACGTcount: A:0.28, C:0.06, G:0.23, T:0.43
Consensus pattern (183 bp):
TTTTAGGTCCTCTAAGGAACTTGAGGAATTACATAAGAATAATGTGCATATTTGGATATTATTTG
TGAAGTTGTTATTAGTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGGTTATAAGGG
AAGGGCTCGAAAGATAATGTTTTGGAAATTCTATGTTTTGCTTTAAAAATGAG
Found at i:289108 original size:420 final size:420
Alignment explanation
Indices: 288327--290048 Score: 1667
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288317 GAAACATGAG
* * * *
288327 AAAATTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTA
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* * * * * * * *
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* * * *
288455 -ATTTTAAGTTTTCATTGTG-TTTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCGAAG
130 TATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTCATACTTACTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCGAAG
* * *
288518 GGTGTTGAGTAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
195 GGTGTTGAGGAATTACATATGAATGATCATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGT
* * * * **
288583 GTTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGTTTATATGGGGAGTATTAAAAGACTA
260 GCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAAGACTA
* *
288648 ATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATTAAGCTTTAAAATATG
325 ATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATG
288713 AAAGCATTGTTTTAGCCGGTTTTTAATTGGT
390 AAAGCATTGTTTTAGCCGGTTTTTAATTGGT
* *
288744 AAAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCATAATGCTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAGCTGA
1 AAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGCTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAGCTTA
*
288809 AAACATCAAATTTTGTTTCTAAACAATGCTGGGAGTAAAAATAA-TTTGCACAAT-TATTGCAGT
66 AAACATCAAATTTTGTTTATAAACAATGCTGGGAGTAAAAATAATTTTGCACAATGTATTGCAGT
*
288872 ATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTCATACTTACTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTC-TAGG
131 ATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTCATACTTACTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCGAAGG
* *
288936 GATGTTGAGGAATTACGTATGAATGATCAAATAATATCTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
196 G-TGTTGAGGAATTACATATGAATGATC--ATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
* * * *
289001 TTGCTTGATATGATTAATTATGTGATAAATTGTTTTATAAGGTTT-TGTGGGGAGGACTCGAAGC
258 GTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAA-GTTTATATGGGGAGGACTCGAAGA
*
289065 CTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTAAAGCTTTAAAAT
322 CTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAAT
* * * * * *
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387 ATGAAAGCATTGTTTTAGCCGGTTTTTAATTGG-T
* * * * **** ** *
289165 ATAAATTTGAATAT-CTTGAATCCAATATTTT-A-AACTTGCTAAAACAAAGAAACATGAGAA-A
1 A-AAACTTGCAT-TGGTT---T-TAAT-TTTTCATAA--TGCTAAGTGTAAG--TTAT-A-AAGG
* * **** * *
289226 ATTTGC-ATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAA-AGAT-TTTGGAGCTTA
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* * * * ** *
289288 AAACTTCAAACTTTGTTTATGAACAAT-TCTGGGC-GTAAAACCCATTCGGACAATTATTGCACG
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* *
289351 ATTTTAAGTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTTCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCGAAGGG
145 ---TT--G--T-----GT-TTTCATACTTACTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCGAAGGG
* * *
289416 TGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGT
197 TGTTGAGGAATTACATATGAATGATCATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGC
* * *
289481 TTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGTTTATATGGGGAGTATTC-AATGACTAA
262 TTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGTTTATATGGGGAGGACTCGAA-GACTAA
* *
289545 TGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATTAAGCTTTAAAATATGA
326 TGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTATAAAGCTTTAAAATATGA
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391 AAGCATTGTTTTAGCCGGTTTTTAATTGGT
*
289640 AAAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCATAATGCTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAGCTTA
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* * *
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129 GTA-TTTT-AATTTTTCGTTGTGTTTTCAT-ACTTACTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTC
** *
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* *
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* *
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313 ACT-CGAAGACTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA-TTTTCACTGGTATAA
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GTGTTGAGGAATTACATATGAATGATCATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTG
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* * *
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*
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* *
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*
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* *
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*
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* * *
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* *
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* * * ** *
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*
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1 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCATAATGCTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAG
*
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*
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* *
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326 CTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTAAAGCTTTAAAAT
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*
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456 TAAACTTGCTAAAACAAAGAAACATG-GTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAA
* *
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520 GTGTAAGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAACTTTGTTTATGAACAACTT-AGGGCG
* * *
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584 TAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAAGTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTT
* *
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* *
289453 ATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGTTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAG
714 ATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAG
* * * *
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*
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1 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCATAATGCTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAG
*
289701 CTTAAAACATCAAATTTTGTTTCTAAACAATGCTGGGAGTAAAAAACAATTTTTGCAC-ATATAT
66 CTGAAAACATCAAATTTTGTTTCTAAACAATGCTGGGAGT-AAAAACAA--TTTGCACAAT-TAT
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127 TGCAGTA-TTTT-AATTTTTCGTTGTGTTTTCAT-ACTTACTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGT
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189 GCTC-TAGGGATG-TTGAGGAATT-ACGTATGAATGATCAAATAATATT-TGGATATTATTTGTG
*
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250 AAGTTGTTATTG-TTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGGTTTTATGGGG
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314 AGGACT-CGAAGCCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA-TTTTCACTGGTG
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377 TAAAGCTTT-AAAATATGAAAGCATTGTTTCAGCAGATTTTGAAG-TGGAAATAAATTTGAATAT
* * *
290082 CTTG-ATCCCCAATTATTTTTTAAACTTGGCTCAAACATA-AAATATGGTTAAAACTTGCATTGG
440 CTTGAAT--CCAA-TA--TTTTAAACTT-GCTAAAACAAAGAAACATGG-TAAAACTTGCATTGG
* * **
290145 TTTTAATTTTTCCATAATTTTAAGTGTAAGTT-TAAAAGATTTTGGAGCTGAAAACATCAGGCTT
498 TTTTAATTTTT-CATAATGTTAAGTGTAAGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAACTT
* * * * *
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* * *
290274 TGTGTTTCACACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTACGTGCTCTAAAGATGTTGAGGAATTACA
627 TGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTACGTGCTCGAAGGATGTTGAGGAATTACA
290339 TATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGA--TGA-TAATT
692 TATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATT
* * * *
290401 ATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGTGGAGCACTCGAAG-CTTAATACTTTTAAAATTTT
757 ATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATAAGGGGAGCACTCGAAGAC-TAATGCTTTTGAAATTTT
*
290465 ATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTTAAGCTTTAAAATATGAAATCATTGTTTTAGC
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290530 AGGTTTTTAAT
886 AGGTTTTTAAT
* * * * * * *
290541 TGGAAATAAATTTGAATAT-CTTGAATCCAATGTTTTCA-ACTAGCTCAAACAAAGAAACATGGT
1 TGG-TA-AAACTTGCAT-TGGTT---T-TAGT-TTTTCATAAT-GCT------AAG-----T-GT
* ** ** *** *
290604 AAAACTTGCATTGGTTTTAACTTTTCATAATGTTATG-TGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAGCCT
45 --AAGTTATAAAGG-----A-TTTTC-----G--A-GCTG-AAAACATCAA--ATTTT---G--T
* * * * * **
290668 AAAATATCAGACTTTGTTTATGAACAATTCTGGGCGTAAAAACCATTCGCACAATTGTTGCACAA
86 ----T-T----C------TA--AACAATGCTGGGAGTAAAAACAATTTGCACAATTATTGCAGTA
* *
290733 TTTTAATTTTTCGTTGTG-TTTCATACATATATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCT-TGAA
134 TTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTCATAC-T-TACTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCT-AG
* * *
290796 GGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATC--TTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
196 GGATGTTGAGGAATTACGTATGAATGATCAAATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
* * * *
290859 GGTGTTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAT-ATGTTTATATGGGGAGGACTCGAAG
261 GTTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGGTTT-TATGGGGAGGACTCGAAG
* * * * ***
290923 ACTAATGTTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAGAATGATTTTCACTAGTACCAAGCTTTAAAA
325 CCTAATGGTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGTGTAAAGCTTTAAAA
* * * * * * * *
290988 TATGAAAGAATTATTTTAGCAGGTTTTTAAATGAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCCAATATT
390 TATGAAAGCATTGTTTCAGCAGATTTTGAAGTGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATATT
* * *
291053 TTAAACTTGCTCAAACAAAAAAACATGGTAAAACTTGCGTTGGTTTTAATTTTTCATAATCG-TA
455 TTAAACTTGCTAAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAAT-GTTA
* * * ** * *
291117 ATTGTATGTTATAAAGGATTTTGGAGCTTAAAACATCAGGCTTTGTTTCTGAACAACTTAGGGCT
519 AGTGTAAGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAACTTTGTTTATGAACAACTTAGGGCG
* * * * *
291182 TAAAAACCATTCGTATAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACCTATTTGCTT
584 TAAAAACCATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAAGTTTTCATTGTGTTTCATACTTATTTGCTT
*
291247 TTAGATACATTTTTACGTGCTCTAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGG
649 TTAGATACATTTTTACGTGCTCGAAGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGG
* * * *
291312 ATATTATTTGTAAAGTTGTTATTGATGCTTGATGTGGTTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAG
714 ATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAG
* *
291377 TTTATAAGTGGAGCACTCGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTT
779 TTTATAAGGGGAGCACTCGAAGACTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTT
* * *
291442 TCATTGGAGTTAAGCTTTAAAATATGAAATCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAGT
844 TCACTGGAGTTAAGCTTTAAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAAT
291495 TGG
1 TGG
291498 AAATGAATTT
Statistics
Matches: 2523, Mismatches: 121, Indels: 170
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
895 2 0.00
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ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.18, T:0.42
Consensus pattern (896 bp):
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GTATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTTCATACTTACTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAG
GGATGTTGAGGAATTACGTATGAATGATCAAATAATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATT
GTTGCTTGATATGATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGGTTTTATGGGGAGGACTCGAAGC
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ATGAAAGCATTGTTTCAGCAGATTTTGAAGTGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATATTT
TAAACTTGCTAAAACAAAGAAACATGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATGTTAAG
TGTAAGTTATAAAAGATTTTGGAGCTTAAAACATCAAACTTTGTTTATGAACAACTTAGGGCGTA
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Found at i:291461 original size:476 final size:474
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Period size: 476 Copynumber: 4.7 Consensus size: 474
289626 GGTTTTTAAT
* *
289636 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAGTTTTTCATAATGCTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTCGAG
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* * * * * * *
289701 CTTAAAACATCAAATTTTGTTTCTAAACAATGCT-GGGAGTAAAAAACAATTTTTGCAC-ATATA
65 CTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAAT--TAGGG-CTTAAAAACCA--TTCGCACAAT-TA
*
289764 TTGCA-GTAGTTTTAAATTTTTCGTTGTGTTTTCATAACTTACTTGCTTTTAGATACATTTTTAG
124 TTGCACG-A-TTTT-AATTTTTCGTTGTG-TTTCAT-ACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAG
* * * *
289828 GTGCTCTTAGGGATGTTTGAGGAATTAACGTATGAATGATCAAATAATATTATGGATA-TATTTG
184 GTGCTC-TAAGGATG-TTGAGGAATT-ACATATGAATGATC--TTCATATT-TGGATATTATTTG
* *
289892 TGAAGTTGTTATTGTTTGCTTGATAT-GTTAATTATGTGCTAAATTGTTTTATAAGGTTT-T--G
243 TGAAGTTGTTATTG-ATGCTTGATATGGTTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAA-GTTTATAAG
* *
289953 TGGGAGGACTGCG-AGCCTAATGGTTTTGAAA-TTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTTCACT
306 T-GGAGCACT-CGAAGCCTAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGA-TTTTCACT
* * * * * *
290016 GGTGTAAAGCTTTAAAAATATGAAAGCATTG-TTCAGCAGATTTTGAGTTGG-AATAAATTTGAA
368 GGAGTTAAGCTTT-AAAATATGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGGAAATAAATTTGAA
* *
290079 TATCTTG-ATCCCCAATTATTTTTTAAACTTGGCTCAAAC-ATAAAATA
432 TATCTTGAAT--CCAA-TA--TTTTAAACTT-GCTCAAACAAAAAAACA
* *
290126 TGGTTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCCATAATTTTAAGTGTAAGTT-TAAAAGATTTTGG
1 TGG-TAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTT-CATAA-TGTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGG
* * *
290190 AGCTGAAAACATCAGGCTTTGTTTCTGAACAACTTAGGGCTTAAAAATCATTCGCACAATTATTG
63 AGCTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAA-TTAGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTG
* *
290255 CACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCACACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTACGTGCTCTA
127 CACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTA
*
290320 AAGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
192 AGGATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTG
* * * *
290385 GTGCTTG--AT-GATAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGCAGTTTATAAGTGGAGCACTCGAAGCT
257 ATGCTTGATATGGTTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAGAAGTTTATAAGTGGAGCACTCGAAGCC
* *
290447 TAATACTTTTAAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTTAAGCTTTAAAATA
322 TAATGCTTTTGAAATTTTATGTTTTGCTTTGAAAATGATTTTCACTGGAGTTAAGCTTTAAAATA
* *
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387 TGAAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATATTTT
* * *
290577 CAACTAGCTCAAACAAAGAAACA
452 AAACTTGCTCAAACAAAAAAACA
* *
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1 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATG-TAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * * * * *
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*
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* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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449 TTTAAACTTGCTCAAACAAAAAAACA
* * *
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1 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAAT-GTAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * *
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65 CTTAAAACATCAGACTTTGTTTCTGAACAA-TTAGGGCTTAAAAACCATTCGCACAATTATTGCA
* *
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*
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* *
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*
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* * * * *
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389 AAAGCATTGTTTTAGCAGGTTTTTAATTGGAAATAAATTTGAATATCTTGAATCCAATATTTTAA
*
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454 ACTTGCTCAAACAAAAAAACA
* *
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1 TGGTAAAACTTGCATTGGTTTTAATTTTTCATAATG-TAAGTGTAAGTTATAAAGGATTTTGGAG
* * * * *
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* *
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129 CGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAG
* * * * *
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194 GATGTTGAGGAATTACATATGAATGATCTTCATATTTGGATATTATTTGTGAAGTTGTTATTGA-
* * * * * * *
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322 TAATG
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ATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACTTATTTGCTTTTAGATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGA
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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** *
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*
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*
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*
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* *
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AAAAATTCGCACAATTATTGCACGATTTTAATTTTTCGTTGTGTTTCATACCTATTTGCTTTTAG
ATACATTTTTAGGTGCTCTAAGGAAGTTGAAGAATTACATAGGAATAATCTTCATATTTTGATAT
TATTTGTGAAGTTGTTATTGGTGCTTGATGTAATTAATTATGTGCTAAATTGTTTTAAAAGTTTA
TATGGGGAGGACTCGAAGTAA
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*
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*
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1 AAAATAA-AAAT
*
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1 AAAATAAAAAT
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1 AAAATA-AAAAT
*
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**
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* * *
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*
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AAAATAAAAAT
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*
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*
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* *
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* *
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*
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* *
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*
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*
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*
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*
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AAATAAAAA
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* *
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*
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*
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*
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*
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AAGATAAAAAATTAAAAAAT
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**
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*
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*
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*
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*
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AAATAAAA
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* * *
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*
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AAAATAAAATAAAAAAAAA
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* * * *
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*
293949 ATAAAAAAATAAAAAATAAAATAAAATAAAAAAATATTAAAACAAAACAAAAAAG
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* * * *
294004 ATAAATAAAATACAAAAA-AATATAAAATAACCAAAAT-TTAAATAAAAAATATAAGAAG
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294062 -TAAAAAAATAAAAAATA
1 ATAAAAAAATAAAAAATA
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* *
294043 AAATAAAAAATATAAGAAGTAAAA
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*
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1 AAAT
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*
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* * *
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1 AA
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* * *
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**
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*
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Done.