genome.fa.s307.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168132.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_375, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30256

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622--668	12	4.1	12	75	10	53	44	2	0	53	1.12
617--690	27	2.8	27	80	10	73	40	1	2	55	1.22
633--672	22	1.9	21	90	10	64	42	0	0	57	0.98
2945--2983	19	2.1	18	85	4	51	48	0	2	48	1.15
2942--2984	18	2.4	17	81	11	50	46	0	2	51	1.13
2940--3011	30	2.4	31	81	13	87	44	0	2	52	1.15
2940--3024	15	5.6	15	72	19	52	45	1	2	50	1.22
3179--6066	180	16.2	179	74	9	1813	40	8	10	41	1.69
3179--6066	712	4.1	711	76	8	1999	40	8	10	41	1.69
3180--6066	893	3.3	883	77	9	2603	40	8	10	41	1.69
3632--6025	877	2.7	872	77	9	2308	40	7	10	41	1.68
6201--6247	17	2.7	17	75	15	51	57	2	0	40	1.11
6484--6523	15	2.5	16	84	12	55	57	2	0	40	1.12
6568--6608	21	1.9	22	90	5	66	51	2	0	46	1.14
6718--6781	22	3.0	21	79	4	58	51	1	1	45	1.20
7223--7263	21	2.0	21	85	9	57	53	0	4	41	1.22
8121--8164	21	2.1	21	83	8	54	56	0	2	40	1.11
8391--8443	20	2.5	22	77	17	60	47	5	1	45	1.37
9194--9238	22	2.0	22	83	8	56	46	2	6	44	1.42
9234--9280	12	3.5	13	77	11	51	53	0	0	46	1.00
9238--9311	21	3.8	20	69	26	61	52	0	1	45	1.09
9531--9598	29	2.3	30	82	9	79	54	4	1	39	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9730--9808	38	2.0	39	83	14	99	46	0	1	51	1.08
10312--10375	20	3.3	18	79	20	67	45	1	0	53	1.10
10347--10383	17	2.3	15	90	9	56	48	0	0	51	1.00
10343--10383	16	2.6	16	88	11	59	46	0	0	53	1.00
10528--10568	18	2.2	19	86	4	57	46	4	0	48	1.23
10821--10879	12	5.0	12	73	22	54	42	0	1	55	1.09
10834--10889	25	2.2	24	81	12	60	44	0	1	53	1.11
10901--10961	23	2.6	23	82	7	70	57	0	0	42	0.98
10967--11025	23	2.5	23	78	13	59	38	3	8	49	1.50
11022--11053	10	3.1	11	82	17	50	53	0	0	46	1.00
11212--11243	12	2.8	12	95	4	57	50	0	0	50	1.00
11527--11591	23	2.9	24	76	21	61	49	1	0	49	1.10
11489--11569	16	5.7	15	71	20	50	48	1	1	49	1.17
11554--11614	31	2.0	31	87	6	88	54	1	1	42	1.20
11636--11683	14	3.4	13	78	16	51	37	2	4	56	1.30
11924--11990	14	4.8	13	77	18	64	44	2	2	49	1.32
11943--12040	14	7.4	14	70	21	70	44	1	1	53	1.14
12199--12236	20	1.9	20	94	0	67	50	0	0	50	1.00
12447--12502	27	2.1	27	83	6	71	46	0	1	51	1.11
12429--12489	18	3.2	19	71	21	56	49	0	3	47	1.18
12495--12541	22	2.1	23	84	11	62	53	4	0	42	1.20
12610--12644	15	2.5	14	90	9	54	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12610--12647	14	2.7	15	88	12	62	63	0	0	36	0.95
12640--12674	18	1.9	18	88	0	52	45	0	0	54	0.99
13182--13233	17	3.1	16	78	10	59	48	0	1	50	1.12
13182--13250	35	2.0	34	83	8	86	49	0	1	49	1.09
14108--14158	18	2.8	19	77	11	54	45	0	0	54	0.99
14445--14531	20	4.4	20	68	20	58	50	0	0	49	1.00
14447--14531	29	2.9	28	72	19	84	50	0	0	49	1.00
14475--14533	24	2.5	23	84	13	75	50	0	0	49	1.00
14453--14650	14	15.0	14	66	26	60	51	1	0	46	1.11
14545--14657	25	4.6	24	76	16	81	53	0	0	46	1.06
14575--14657	33	2.5	34	83	11	93	54	1	0	44	1.08
14573--14665	36	2.6	34	77	16	91	53	1	1	44	1.14
14810--14856	18	3.0	15	77	19	51	55	4	0	40	1.19
14816--14856	18	2.3	18	87	8	57	53	4	0	41	1.22
14891--14955	12	5.5	12	74	15	55	46	1	0	52	1.10
14841--14935	42	2.3	43	80	14	101	47	2	2	48	1.25
14904--14972	25	2.7	26	82	17	74	47	1	1	49	1.19
14904--14973	13	5.4	13	73	24	51	48	1	1	48	1.19
14887--14951	19	3.5	19	74	18	64	46	1	0	52	1.10
15066--15129	32	2.0	32	82	11	78	51	1	3	43	1.26
15301--15360	15	4.3	15	71	26	51	53	1	0	45	1.10
15303--15360	20	2.8	22	70	29	63	53	1	0	44	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15305--15361	13	4.2	13	72	24	55	52	1	0	45	1.11
15475--15527	19	2.8	19	75	21	58	64	1	0	33	1.05
15484--15533	17	2.8	18	75	22	52	66	0	0	34	0.92
15491--15539	12	3.8	12	77	15	53	63	0	0	36	0.95
15485--15567	27	3.1	27	83	10	100	60	0	1	38	1.05
15482--15540	23	2.6	24	81	10	70	64	0	0	35	0.94
15511--15598	37	2.5	35	79	20	94	53	0	3	43	1.17
16110--16183	24	2.9	24	80	11	76	45	1	1	51	1.18
16140--16202	28	2.3	28	86	8	85	42	3	3	50	1.34
16293--16335	22	2.0	22	86	8	63	55	0	0	44	0.99
16641--16681	13	3.1	14	79	6	50	48	0	0	51	1.00
16683--16800	9	13.6	9	67	27	51	48	0	1	49	1.17
16689--16800	28	4.0	29	69	21	71	48	0	0	50	1.13
16702--16793	16	5.4	18	68	21	65	48	1	1	48	1.15
16690--16793	32	3.0	35	73	18	94	48	0	0	50	1.14
16636--16800	83	2.0	83	82	13	207	49	1	1	48	1.16
16695--16786	22	4.1	22	68	13	64	47	1	1	50	1.15
16913--16982	21	3.4	21	69	11	63	45	0	0	54	0.99
16922--16982	13	4.5	13	71	15	52	47	0	0	52	1.00
17268--17349	18	4.7	17	73	13	69	41	2	2	53	1.27
17461--17517	15	3.7	15	79	13	62	49	1	0	49	1.11
17475--17567	25	3.7	24	71	23	68	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17479--17552	15	4.9	15	76	14	55	48	0	0	51	1.00
17499--17568	21	3.4	21	73	18	67	47	0	0	52	1.00
17534--17591	15	3.9	15	75	16	50	50	0	1	48	1.11
17499--17584	20	4.2	20	80	14	86	47	0	1	51	1.08
17546--17603	20	2.8	20	78	2	62	53	0	1	44	1.10
17472--17573	41	2.6	39	80	17	106	49	0	0	50	1.00
17511--17596	40	2.1	39	81	14	95	51	0	1	47	1.08
17530--17625	28	3.3	26	73	16	66	51	2	2	44	1.25
17872--17995	63	2.0	59	81	6	140	49	4	3	43	1.37
18157--18203	22	2.1	22	84	7	60	59	0	0	40	0.97
18152--18203	16	3.1	18	71	23	58	57	0	0	42	0.98
18620--18656	15	2.5	15	87	12	51	43	0	2	54	1.14
19027--19064	13	2.8	13	81	18	51	44	2	0	52	1.14
19374--19435	33	1.9	32	86	3	88	58	0	0	41	0.98
19366--19447	33	2.5	32	75	16	62	59	0	0	40	0.97
19407--19460	16	3.4	16	76	20	51	61	0	0	38	0.96
19566--19599	17	2.1	16	88	5	50	44	0	0	55	0.99
20486--20534	27	1.9	24	84	12	62	53	2	0	44	1.12
20864--20944	17	4.5	18	74	13	60	48	2	0	49	1.14
20911--20967	17	3.4	17	81	11	57	49	0	3	47	1.18
22404--22508	9	10.1	9	71	21	57	45	2	2	48	1.32
22429--22488	31	1.9	32	89	3	95	46	5	1	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22394--22508	32	3.6	32	78	11	114	46	2	2	48	1.30
22667--22704	15	2.5	15	84	12	51	47	7	0	44	1.32
22988--23034	21	2.2	21	88	7	69	42	2	0	55	1.12
23485--23529	18	2.6	18	82	3	56	48	4	2	44	1.35
23559--23624	30	2.3	29	82	10	82	53	1	0	45	1.09
23575--23633	9	6.2	9	78	7	55	54	0	0	45	0.99
23587--23668	42	1.9	42	83	11	105	54	0	1	43	1.07
25277--25379	13	8.2	13	68	22	51	50	0	1	46	1.19
25272--25325	15	3.4	16	80	12	58	51	0	0	48	1.00
25283--25333	15	3.2	16	82	17	63	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2