Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168134.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_377, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 302--354 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
292 TATTTACTGA
*
302 ACTAGTTCAAATAATTAT
1 ACTATTTCAAATAATTAT
*
320 AACTATTT-AAACAATTAT
1 -ACTATTTCAAATAATTAT
338 -CTATTTCAAATATATTA
1 ACTATTTCAAATA-ATTA
355 CTTTTTGTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 5
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 4 0.14
18 13 0.45
19 6 0.21
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.02, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:1886 original size:181 final size:179
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Indices: 795--3616 Score: 2296
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785 TTATCGAATT
* * * * **
795 AGTTCAAATGGTTAAGACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGACCTTTT-TTGAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
857 C--AAAACAA-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAACAT
66 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * ** *
918 TTGGAAAATTAATAAGAAAGTGATT-AAAAATAAATCTATTT-GTGAATA
130 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * * * * *
966 AGTTCAAATAATTATTATTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATCATTATTAACCTTTTGATTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
1031 TCAT-AAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-AGAATAAAATAATACTAATTTATT-A-
65 TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * **
1092 ATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAATC-GTTTA-CGAATT
128 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * ** **
1142 AGTTAAAATAATTATG-CCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
1206 CATAAAATAATTTTTTTA--TCATACAAGCTTATTTCAAA-ATAAATAATACTAATTGATTAATA
66 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
1268 TTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAAC-
129 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * ** *
1318 CGTTTAAATAGTTATGAC---TTGAACAATTATC-A-ATCAAATCATTAAAACC-TTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * **** *
1377 CATAAAA-AAGTTGTTTCTA-ATCATA-TAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAAT
66 CATAAAACAA-TTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
1439 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTT-CCAAACC
128 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
** * * ** * *
1490 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * ** * *
1554 CATAAAA-TATT-TGTTTA-TATCTTACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTGAC
66 CATAAAACAATTAT-TTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * *
1615 ATTTCAAAAAATTACTAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGCTTA---AA-A
128 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * *
1666 AGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTG-ACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * *
1729 CATAAAACAATTATTCCAGTTCATTA-AAGCTTATCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATA
66 CATAAAACAATTATTTTAGTTCA-TACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
1793 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
129 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * *
1845 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
1910 CATAAAACAATT-TTTTAGTTCATATAAGCTTACTTGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ***
1974 TCCAAAAATTAATAAGT--GA-TTTAAAAAGTGAATCTATTTATAAAATC-
130 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CA
* * * * * * * * *
2021 AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * *
2086 CATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATC
66 CATAAAACAATTATTTTAGT-TCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
2151 TTTCAAAATTTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACCA
129 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CA
* * * * * * *
2200 A-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
2263 CATAAAACAATTATTTATA-TTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
66 CATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
2327 TTCCAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCC
129 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CA
* * * *
2380 A-TT-AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
2443 CATAAAACAATAATTTTCA-TTCATACTAGCTTATTAAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTATTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
2506 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAATC-
128 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CA
* * * * * *
2559 AGTTCAAATAATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTATTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
2624 CATAAAATAA--AGGTTTATGTTTA-ATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAAT
66 CATAAAACAATTA-TTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
2686 ATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGC-
128 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CA
* * * * *
2735 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGGA-TTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTTG
* *
2799 -CTATAAAACAA-TAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTA
65 TC-ATAAAACAATTA-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
2861 AAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATCTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACT
126 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
** * * * * * *
2916 ACATCAAATTGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
2981 CA-AAAA-AAATATTTCAGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTATTAATA
66 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA
* * * * *
3043 TTAT-GAAAATTAATAATTAAGAGATTTCAAAAATGAATC--TTTATCGAACA
129 TT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * ** * * *
3093 AGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * **
3158 TATAAAATGACTT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
66 CATAAAA-CAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * *
3221 A-TTGAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA
128 ATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * *
3274 AGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
3339 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * * *
3404 TTTGATAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAAA
130 TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
* * * * * *
3455 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
3520 AATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
3585 TCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAA
130 TTCAAAAATTAATA-AGTAAGAG-TTTAAAAAA
3617 ATGAATCTAA
Statistics
Matches: 2159, Mismatches: 380, Indels: 214
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 42 0.02
172 113 0.05
173 45 0.02
174 45 0.02
175 150 0.07
176 373 0.17
177 260 0.12
178 170 0.08
179 212 0.10
180 262 0.12
181 478 0.22
182 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
Found at i:2507 original size:714 final size:700
Alignment explanation
Indices: 67--12241 Score: 5570
Period size: 709 Copynumber: 17.3 Consensus size: 700
57 TTCGGAATAA
* * * * ** *
67 AATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGATTTAAAAAATGAATATGTTTGTCA
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTTAATAA--GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * *
131 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTATTTCAAA--ATT-TAACCTTTTGTTT
63 AACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
193 GTCATAAAATAATT-TTTCA-ACTCATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAA
128 ATCATAAAA-AATTATTT-ATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
256 TATTTC-TAAAATT--T-A-TAAGAGATTT-AAAAATAATTCTATTTACTGAACTAGTTCAAATA
190 TA-TTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC-GAACAAGTT-AAATA
* * * * * * *
315 ATTATA-ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT--ATATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATA
251 GTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * **
377 AT-TGTTT-GTTAATA-AA-ATTTTTGA-AATAAAATTGT-ATAATTTATTAA-ATTT-AAAAAT
315 ATAT-TTTCATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * ** * * * * *
434 TAATCAGT-AGAGATTT---AAGTAAA-TTGCTTGCCAAACTA-TTCAAATAGTTTTGAC-ATTT
379 TAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * *
492 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTT-TTTTGTC--AAAACAATTGTTTT--TTTA
443 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTTCA
* ** * **
551 TACTATTTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAAGAAAATT
507 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAG-TGATT
* * * * * * * *
615 AAAAAATAAATCTAATT-GCCAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC-TATTGAACAATTATCTATTTC
570 TAAAAATAAATCTATTTATCAAAC-AGTTTAAATAGTTATGGCAT-TTAAACAATTATC-ATTTC
* * * * * * *
678 AAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTTA-AAACAATTGTTTTGTT-T-GTACAAGCTTA-TTCAAA
632 AAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAACAATTATTTT-TTATCATACAAGCTTATTTCGAT
739 TAAAAT
695 TAAAAT
* ** * * *
745 AATACTAATTTA--AA-A--T----ATTT-TTAA-A-A-TT-ATTAAT-AAGAT-TTTATCGAAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * * * *
794 TAGTTCAAATGGTTAAGACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TGACCTTTT-TTGAG
66 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-
* * * * *
856 TCA-AAACAATGT-TTCA-GTTCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATTAACA
129 TCATAAAAAAT-TATTTATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** *** * * ** * *
917 TTTGGAAAATTAATAAGAAAGTGA-TT-AAAAATAAATCTATTTGTGAATAAGTTCAAATAATTA
192 TTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACGAACAAGTT-AAATAGTTA
** * * * * *
980 TTATTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATCATTATTAACCTTTTGATTTGTCAT-AAACAAT-T
255 AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT
* * * **
1043 GTTTCAATTAATACAAGCTTA-GATAGAATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATTTCCTAAATTA
319 -TTTC-ATTCATACAAGCTTATTA-AGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* ** ** * *
1105 ATAAGTAAGAATTTAAAAAATAAA-TCGTTTA-CGAATTAGTTAAAATAATTATG-CCATTTGAA
381 ATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
** * *
1167 TGATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTT--TATCATAC
446 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTAGT-TCATAC
* *
1230 AAGCTTATTTCAAAAT-AAATAATACTAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATT
510 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATT
* * * * *
1294 TAAAAATAAATCTATTTATCGAACCGTTTAAATAGTTAT-G-ACTTGAACAATTATCA-ATCAAA
570 TAAAAATAAATCTATTTATCAAACAGTTTAAATAGTTATGGCATTTAAACAATTATCATTTCAAA
* * * * * * *
1356 TCATTAAAACCTTTAT-TTTGTCATAAAAAAGTTGTTTCTAATCATA-TAGCTTATTT-GGTTAA
635 TCATTATAACCTTT-TGTTTGTCATAAACAA-TTATTTTTTATCATACAAGCTTATTTCGATT-A
1418 AAAT
697 AAAT
* *
1422 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTT-CC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * ** * * *
1485 AAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTT
62 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * **
1550 TAGTCATAAAATATTTGTTTATA-TCTTACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTG
127 TA-TCATAAAA-AATTATTTATATTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACT-AATTTATT-
* * * *
1613 ACAT-TTCAAAAAATTACTAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGCTTA--AA-AAGTTCAA
188 A-ATATTCAAAAAATTAATAA-CTTAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTACGAACAAGTT-AA
* * * * *
1673 ATAGTT-ATACTATTTG-ACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA
248 ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
1736 CAAT-TATTCCAGTTCATTA-AAGCTTATCCAA-ATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCA
313 CAATAT-TTTCA-TTCA-TACAAGCTTAT-TAAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA
* * *
1798 AAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTTATGAC
374 AAAATTAATAAGTAAGAGTTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* *
1863 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTAG
438 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTAG
* * * *
1928 TTCATATAAGCTTACTT-GAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTG
503 TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTG
* * * *
1992 ATTTAAAAAGTGAATCTATTTATAAAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCCA
567 ATTTAAAAA-TAAATCTATTTATCAAA-CAGTTTAAATAGTTATGG-CATTTAAACAATTAT-CA
** *
2057 TTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAGCTTATT
628 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT-GTCATA-AACAATTA-TTTTTTATCATACAAGCTTATT
*
2122 TCGAATAAAAT
690 TCGATTAAAAT
*
2133 AATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * *
2198 CAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAT
66 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAT
* * *
2263 CATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATAT
130 CATAAAA-AATTATTTATATTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
2328 TCCAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCCA-TTAAATAGTTA
193 TCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTA-CGAA-CAAGTTAAATAGTTA
* * * * *
2392 AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATAAT
255 AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-AT
* *
2457 TTTCATTCATACTAGCTTATTAAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT
319 TTTCATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * *
2521 AAGTAAGAGATTAAAAAA-ATAATTCTATTTACCTAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATGTGA
383 AAGTAAGAGTTTAAAAAATA-AATT-TATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * * *** *
2584 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTATTGTCATAAAATAAAGGTTTATGTTTA-A
445 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTA-GTTCATA
* * * * *
2648 TAAGTTTGTTC-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
509 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTT-A
* * * *
2712 AAAATAAATCTATTTATCAAAGCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAA
572 AAAATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTTAAATAGTTATGGC-ATTTAAACAATTA-TCATTTCAA
* * * *
2777 ATCATTATGGA-TTTTTGTTT-TGCTATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAG
634 ATCATTAT-AACCTTTTGTTTGT-C-AT-AAACAATTATTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTC-G
2838 ATTAAAAT
693 ATTAAAAT
* * * * *
2846 AATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAATCTTAAAAAATAAATATGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAG---AGAT-TTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * *
2911 GAACTACA-TCAAATTGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTA
62 GAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTT-
* * * * * * *
2975 TTTTGTCA-AAAAAAATATTTCA-GTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTTA
124 GTTTATCATAAAAAATTATTT-ATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAAT-TTA
* * * *
3037 TTAATATT-ATGAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTCAAAAATGAA-TCTTTATCGAACAAGTTTA
186 TTAATATTCA-AAAAATTAATAACTT-AGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTA-CGAACAAG-TTA
* * * ** * * *
3099 AATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAA
247 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * ** ** *
3164 ATGACTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATA-TTGAA
312 A-CAATATTTTCATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAA
* * **
3227 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATCGTTATGAC
375 A-AATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGAC
* * *
3292 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
438 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTA
* * * ** *
3357 GTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTA
502 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
* * * * * * ** * *
3422 AAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA
566 ---GATTT-AAAAATAAATCTATTTATC-AAACAGTTTAAATAGTTATG-GCATTTAAACAATTA
* * * * * * * *
3487 TCGATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAAT-AA-AATAATTGTTTCAGTTCATATAAAC
625 TC-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAACAATTATT-TTTTA--TCATACAAGC
** *
3550 TTATTTTAAATAAAAT
685 TTATTTCGATTAAAAT
* * * *
3566 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-A-AAGAG---T----AAGAGA-A---TT----AA-
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * *
3613 -AA---AAAT-G-AAT--CTA----AACAATTATCTATTTCAAA--ATATATGA-CTTTTTTTTA
66 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTTTA
* * * * *
3663 TCGTAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
129 TCATAAAA-AATT-ATTTATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * ** * * *
3726 TATTCCAAAAATTAATAA---A-AAATTTTAAAAATAAATCAATTTTCTGAACATGTTTAAATAA
190 TATTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTAC-GAACAAG-TTAAATAG
* * * * ** **
3787 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAATTGTTTTGTCATAAATGAAT
252 TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * *
3852 -TATTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAATT
317 AT-TTTC-ATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * *** * ** *
3915 AATAAGTAAAACATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTTAAATTGTTATGACTATTTA
380 AATAAGTAAGA-GTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* **
3979 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
444 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TAGTTC
* * * *
4042 ATACAAGTTTATTC-AGAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGTTGAA
506 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T---
* * * * * *
4106 GATTTAAAAAATTAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATTATC
566 GATTT-AAAAATAAATCTATTTATC-AAAC-AGTTTAAATAGTTATGGC-ATTTAAACAATTATC
* ** * ** * **
4170 TATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTTATTCATACAAAATTA
627 -ATTTCAAATCATTATAACCTTTT-GTTTGTCAT-AAACAATTATTTTTTA-TCATACAAGCTTA
*
4234 -TTC-ATAAAAAAT
688 TTTCGAT-TAAAAT
* * * * * * *
4246 AATATTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * * *** * *
4311 CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATCTGAAATTGGTATGATC-ATTGTTTTA
66 CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTA
* * * * * * * * * *
4375 TCCTAAAACATTTATTTCTATTCATAGAAGCTTGTTCAAAGTAAAATACTACTAAATTAATAGTA
129 TCATAAAA-AATTATTTATATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
4440 TTCTAAAAATTAAT-A---AG-GATTTAAAAAATAGATGTGTTTGCCGAAC-AGTTCAAATAGTT
192 TTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTT-ACGAACAAGTT-AAATAGTT
* * * * * * *
4499 AAGACTATTAGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT-T
254 AAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT
* * * * *
4563 ATTTCAGTTCATATATGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATT
319 -TTTCA-TTCATACAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATT
* * * * * * * * *
4626 AATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATG
380 AATAAGTAAG-AGTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * *
4691 AACAATTATCTATTTAAAACTGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTT-A
444 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAG-TTCA
* * * * * * *
4755 TAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGA
507 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T---GA
* * * * * *
4820 TTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTAT
568 TTT-AAAAATAAATCTATTTATC-AAACAGTTTAAATAGTTATGG-CATTTAAACAATTATC-AT
* * * * * *
4885 TTTAAAT-GTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACCTA-TT
629 TTCAAATCATTAT-AACCTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTT
* *
4947 CAAAATAAAAT
691 C-GATTAAAAT
* * *
4958 AATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
** * ** ** * *
5022 GAATTAGTTCAAA-AGGTTATGACTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTG
62 GAACCAATTCAAATA-GTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
5086 TTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCGTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAA
125 TT-TATCATAAAA-AATTATTTATATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * *
5151 TAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAGA-TT--CCAATAAATT-TATT-TGAACCAGTTCAAA
187 TAATATTCA-AAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTGT-TTACGAACAAGTT-AAA
* * * * * * * *
5210 TAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT-GTAAAAC
249 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * *
5274 AAT-TTTTCAGTTCTTAGTAA-CTTATT-CGAA-ATAATAA-AACAAATCTATTAATATTTCAAA
314 AATATTTTCA-TTCATA-CAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAA-TAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * ** *
5334 AA-TAATCAGCAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAA-AATTATGACTA
376 AATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * *
5397 TTTAAATAATTATCGATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTT-TT
440 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTAGT
* * * * * * **
5461 TCAAATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAG
504 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---
* * * * * * ** *
5526 AGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAATTAGTT-TAACTATTTGAACAATTAT
566 -GA-TT-TAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTTAAATAGTTATGGC-ATTTAAACAATTA-
* * * * * * *
5590 TTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTAGTCATAC-AGTCT
625 TCATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTATTTTTTA-TCATACAAG-CT
* *
5653 TA-TTCAAAATAAAAT
686 TATTTC-GATTAAAAT
* * * * * *
5668 AATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAATGA-ATTTCAAAAATGAATTTG-TTAG
1 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATT--TAA-TAA-GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
*** * * * * * * * * *
5731 CTTGCCAGTGCAAATATTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTG
61 CGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * **
5796 TGTTATCACAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCTTAT
125 T-TTATCATAAA-AAATTATTTATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * **
5861 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGTTAAAA
187 TAATATTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTT-ACGAACAAGTT-AAA
* * * *
5926 TAGTTATGACTATTT-ATCAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
249 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
5990 AAT-TTTTGCTATTCATACAATCTTATTTCA-AATAAAATAACACA-AATTTATTAATATTT-AA
314 AATATTTT-C-ATTCATACAAGCTTA-TTAAGAATAAAATAATA-ATAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
6051 ACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGA
375 A-AATT-AATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGA
* * * ** *
6116 CTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCATTACGA-C--TT-TTTT-T-ATAAAA-AATTGTTTT
437 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
* * *
6174 TGTTCATACAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTCAAATAA-TAA
501 AGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT--TCAAA-AATTAA
** * * * * ** ** ** * *
6237 GTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAA
561 -TAAGTGA-TTTAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAGTTTAAATAGTTATGGC-ATTTAAACAA
** * * * * * * *
6302 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGAT-TTTAA-AATAATTGTATCAGTTCATATA
622 TTATC-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTG-TCATAAACAATTATT-TTTTA--TCATACA
* *
6365 GGCTTA-TTCGAAATAAAAT
682 AGCTTATTTCG-ATTAAAAT
* * *
6384 AATACTAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAC
* * * * ** *
6448 CGAA-CAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTT
61 CGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
6512 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATACGGTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAACGC
124 G-TTTATCATAAAA-AATTATTTATATTCATACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACT-AA---
* * * *** ** * * * ** *
6576 TTTCTGTTGTCATATACGAGAGAGGCTT-ATTCCATAAACA-CCAATATATATATAAATCTATTT
182 -TT-T-AT-TAATATTC-A-A-AAAATTAATAACTTAGAGATTTAA-A-A-A-ATAAAT-TGTTT
* * * * * * *
6639 TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATAGTTATGACCTTT
235 AC-GAACAAGTT-AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTT
* * * *
6703 TGTTTTGTCATAAACCAAT-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAAACAAAATAATACTAAT
298 TGTTTTGTCATAAAACAATAT-TTTC-ATTCATACAAGCTTATTAAG-AATAAAATAATAATAAT
* * * * * ** * **
6766 TTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAGCAAACT
360 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTT
* * * * * **
6830 CAAATAGTTATGAC-GTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATA
424 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** *
6894 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
489 AAACAATT-TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
6957 TAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
552 -AAAAATTAATAAG-T---GATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACA-GTTTAAATAGTTATG
* * * * * ** * * *
7022 TCCCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGATTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
610 -GCATTTAAACAATTATC-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTGTCAT-AAACAATTATTT-
* ** * *
7087 TCT-TCATACAAAATTATTTAGAATAAAAT
671 TTTATCATACAAGCTTATTTCGATTAAAAT
* * * * * *
7116 AATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATTAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTT---GAAA
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG-AA
* * * * * *
7178 TCAATTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTT
65 CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTT
* * * * * ** * *
7242 GTCATAGAAAAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCGATTAAGATAATACTAA--T-TTAATA
128 ATCATA-AAAAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
7304 AT-AAAAAA-T-A-AA--T---G-TGT------T---TTG---CCGATCTAGTTCAAATAGTTAA
192 TTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACGAACAAGTT-AAATAGTTAA
** * * * * *
7347 GACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAAT-TAT
256 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAT-T
* *
7411 TTCAATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAA
320 TTC-ATTCATACAAGCTTATTAAG-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * * * * * *
7474 TAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGA-TATAACCATTTG
382 TAAGTAAGAG-TTT-AAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTG
* ** * *
7538 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCAT
444 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTAGTTCAT
* ** * * * *
7603 AAAAATTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGA
508 ACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA--ATTAA-TAAGTGA
* * * * *
7667 TTTAAAAACTAAAGCTATTT-TCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAAATATCAA
568 TTTAAAAA-TAAATCTATTTAT-CAAA-CAGTTTAAATAGTTATG-GCATTTAAACAATTATC-A
* ** * * * * * *
7731 TCTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAACTATTTCTTATCATATAAGCTTATTT
628 TTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTT
*
7795 AGATTAAAAT
691 CGATTAAAAT
* * * *
7805 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTT-GC
1 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * *
7869 GAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTAT
62 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * *
7934 TTAGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
126 TTA-TCATAAAA-AATTATTT-ATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
7998 TAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTGAGAAATAAATATGTTTACCAAACAAG-CAAA
187 TAATATTCAAAAAATTAATAA-CTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CGAACAAGTTAAA
** * * ** *
8061 TAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATTATTACGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
249 TAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * ** *
8125 CAAT-TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAA-AATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCAA
313 CAATAT-TTTCA-TTCATACAAGCTTAT-TAAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAA
* * *
8188 AAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAA-TTAGTTTATCGAATCGA-TTCAAATAATTATGG
375 AAATTAATAAGTAAGA-GTTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGA
* ** * *
8251 CCATTTGAACAATTATAAATTAT-AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
437 CTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
**** * * *
8315 TTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGTAAG
500 TAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
8380 AGATCTAAAAATAAA--TAGTTAT------G----ACTA-TT-T-G------AACAACTATGTAT
565 TGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACAGTTTAAATAGTTATGGCATTTAAACAATTAT-CAT
** * *
8424 TTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTT
629 TTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTATTTTT-TATCATACAAGCTTATTT
* *
8488 AGAATAAAAT
691 CGATTAAAAT
* * ** ***
8498 AATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTGTT
1 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * *
8563 AAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATAT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGT
62 GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-
* ** * * * *
8626 TTTGTCATAAAACAATTATTTCA-GCTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGT
125 TTTATCATAAAA-AATTATTT-ATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
8690 TAATATTTC-AAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAATACTATTTACCAATCG-TTA-AAATAAT
187 TAATA-TTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAA-A--A--TA--AATTGTTTACGAACAAG
* * * * * *
8752 TATAAAATAATTATA-ACTATTT-AA-AATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGT
244 T-T-AAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * *
8814 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
306 CATAAAACAA-TATTTTCATTCATACAAGCTTATTAAG-AATAAAATAATAATAATTTATTAATA
* *
8878 TTT-AGAAAATTAATCAGTAA-AGATTTAAAAAAT-AA---ATTT---------G-T---ATAGT
369 TTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAAT
* * * ** * * *
8924 TTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATT
432 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * ** * * * * * * *
8989 GGTTCT-GTTCATACTATTTTATTTGGAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTAAAACTTA
497 --TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
** * * * * * * * * *
9053 ATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGTCAAAGGAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGA
560 AT----AAGTGATTTAAAA-ATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTTAAATAGTTATGGC-ATTTAA
** * * **
9118 ATGATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGT-TTG
618 ACAATTATC-ATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTG-TTTGTCAT-AAACAATTATTTTT-TATCA
* *
9180 TACAAGCTTA-TTCAAATTAAAAC
678 TACAAGCTTATTTC-GATTAAAAT
* * * *
9203 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGA--TCAAAAA-AAAT-TATTTATCG
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * ** * ** * *
9264 AACCAGTTTATAT-GATTAAT-ACTGTTAGAGCAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGATCTTTTG
63 AACCAATTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * ** *
9327 TTTTGTCATAAAAGCAATTATTTCAGT-TT-ATACAAGCTAACTCGAAATAAATTAATACTAATT
125 -TTTATCATAAAA--AATTATTT-A-TATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATT
* * *** * *
9390 TATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTT
184 TATTAATATTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAA-AAAATAAAT-TGTTTA-CGAACAAGTT
* * * * * *
9455 CAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCAT
246 -AAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
9519 AAAACAAT-TGTTTCAGTTAATACAAGTTTA-TATGGAAT--AA-AATAAT-A---A--AA-ATT
309 AAAACAATAT-TTTCA-TTCATACAAGCTTATTA-AGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * **
9572 T-----ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTT-AAATAATTAT
371 TCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * *
9631 GGCAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
435 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
** *
9696 TTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATT
499 TTAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA--
* * * * * *** * *
9761 CGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAAC-TATAAGAAT
561 --TAAGTGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTTAAATAGTTATGGCAT-TTA-AAC
* ** * * * * **
9825 AATTATCTATTTTAAATTGTTCTAGCCTATTT-TTAGTCAT-AA-AATAAAGTTTCATATCATAC
620 AATTATC-ATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTGTCATAAACAAT-TA-TTTTTTATCATAC
* **
9887 AAGCTTATTTAGAGCAAAAT
681 AAGCTTATTTCGATTAAAAT
* * * * *
9907 AATCCTAATATATTAACATTTGAAAATTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTAC
1 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTAAT-A--A-GAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTAC
** * * * * * **
9972 C-AAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTATTTGAA-AGATTAATATTTAAAATCGTTATGATTTTTT
61 CGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
10035 GTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGTTATCTAAAATAAAATAATACCAATTT
124 G-TTTATCATAAA-AAATTATTTATA-TTCATACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
10099 TTTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTTAAAAAAT-AAGTGTTTTCTGAATAAATT
185 ATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA-CTTAGAGA-TTTAAAAAATAAATTGTTTAC-GAACAAGTT
** * * * * ** *
10161 CAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATA
246 -AAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
10226 AAACAAT-TGTTTCAATTCATTA-AAGCTAATT-TGAAATAAAATAACAATAACTTATTAATATT
310 AAACAATAT-TTTC-ATTCA-TACAAGCTTATTAAG-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * * * * *
10288 TCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTA
371 TCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTA
* * * ** * * *
10352 TGGCTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACATTT-TTTCGTCATAAAACAATTGT
434 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
*** * * * * *
10416 TTTTCATCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATT
498 TTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
10481 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT----C-G---AAGTAGTTCT--TATTTGAATAAT
563 AGT----GATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAACAGTTTAAATAGTTATGGCATTTAAACAAT
* * * * * * **
10536 TACCTATTTCAAATCATTATAA-TTTTTATTCTATTC-TAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAG
623 TATC-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT-T-GTCATAAACAATTATTT-TTTATCATACAAG
*
10598 CTTATTT-GAAATAAAAT
684 CTTATTTCG-ATTAAAAT
* * * * **
10615 AATACTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGT
1 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTAC
* * * * ** * ** **
10680 CGAAGCAATTTAAATAGTTAAGACAATACGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTG
61 CGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
10745 TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTA
125 -TTTATCATAAAA-AATTATTTATA-TTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * * *
10809 TTAACATTCCAAAAATTAAT-A---AGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATC-ATTTCA
186 TTAATATTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CGAA-CAAGTT-A
* * * * * * * * * * * *
10869 AATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATA
247 AATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
10934 ACAAGTGTTTTTGA-TCATTCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTCCAA
312 ACAA-T-ATTTTCATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
10998 AAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTATTCATCAAACTAGTTCAAATAAATATGACT
375 AAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACT
** * * * * *
11063 ATTTGAATGATTATATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA
439 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TA
* * * * * *
11128 -TTCATACAAGCTTATTTGGAATTAAATAATACAAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACT
502 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-T
* * * * * * * * * * *
11191 AAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTGA-CAAACCAATTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATT
562 AAGTGATTTAAAAATAAATCTATTT-ATCAAA-CAGTTTAAATAGTTATGGC-ATTTAAACAATT
* * * ** *
11255 ATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAA-AGA-AATTTTCAATTCATACTAG
624 ATC-ATTTC-AAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAACA-ATTATTTTTTA-TCATACAAG
*
11317 CTGATTT-GAAATAAAATAAAAT
684 CTTATTTCG--AT----TAAAAT
* * * ** * *
11339 AAAATAAAATGAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAATATATTTCTA
1 --AAT--ACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATT--T-AATAAGAGATTTAAAAA-ATAAATATG
* * * * *
11404 TTTACCTAACCAATTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC
56 TTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-TATTTCAAATCATTATGACC
* * *
11469 -TTTGCTTT-GCATAAAAAA--ATGT-T-TT--T----G-TTCA-T--AATAAAGTAATACT--T
120 TTTTG-TTTATCATAAAAAATTATTTATATTCATACAAGCTT-ATTAAAATAAAATAATACTAAT
* * * *
11516 CTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGT
183 TTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTA-CGAACAAGT
* * * * *
11576 TCAAATAGTTATGACTATCTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCGTT-TGA-C-TTTGTTTCCTGT
245 T-AAATAGTTAAGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTT--TGT
* * * * * *
11637 TATAAAAC-ATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
306 CATAAAACAATAT-TTTC-ATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
* ** * * * * * * * ** *
11701 TTTCAACAATTAGCAAGTAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTC
369 TTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATT
* * * * * *
11766 ATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAA-GATTG
433 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
** * * *
11830 GTTTCGGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAA
497 -TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--
* * * *
11895 TAATTAAGAGATTTAAAAA-AGAATCTATTTATCAAATAAGTTTAAAT-GATTATGACTATTTGA
558 TAA-TAAGTGATTTAAAAATA-AATCTATTTATCAAA-CAGTTTAAATAG-TTATGGC-ATTTAA
* * * * * *
11958 ACAATTATTTATTTGAAATCACTATAACATTTTGTTTTGACATAAATAATT-TTTTCTGT-TCAT
618 ACAATTA-TCATTTCAAATCATTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAACAATTATTTT-T-TATCAT
*
12021 ACAAGCTTATTTCGAATAAAAT
679 ACAAGCTTATTTCGATTAAAAT
* * * * * *
12043 AATACAAAATTATTAATA-TTAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATATGTTTAT
1 AATACTAATTTATTAATATTTCA-A-AATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * **
12107 C-AAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTT
61 CGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TTATTTCAAATCATTATGACCT-TT
* * * * * * * * *
12169 TGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGGTTATTTAGATTAAAATAATACTAA-TT
123 TG-TTTATCATAAAA-AATTATTTATATTCATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTT
12233 ATTAATATT
185 ATTAATATT
12242 TTGACAATTA
Statistics
Matches: 9019, Mismatches: 1730, Indels: 1460
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
658 2 0.00
659 33 0.00
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Consensus pattern (700 bp):
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ATAAAAAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA
AAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACGAACAAGTTAAATAGTTAAGACTA
TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTCATT
CATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATAAATCTATT
TATCAAACAGTTTAAATAGTTATGGCATTTAAACAATTATCATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
TTTGTCATAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTTCGATTAAAAT
Found at i:2881 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 784--3616 Score: 2329
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774 TTAATAAGAT
* * * * * *
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** * * *
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* ** * * *
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* * * * * * * *
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191 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
1034 T-AAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-AGAATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATT
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**
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* * * * * *
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* * * *
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* * *
1256 AATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACCG
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAG
* * ** *
1320 TTTAAATAGTTATGAC---TTGAACAATTATC-A-ATCAAATCATTAAAACC-TTTATTTTGTCA
190 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *
1379 TAAAA-AAGTTGTTTCTAATCATA-TAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATAT
255 TAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
1441 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTG
318 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * ** * * *
1480 TTT-CCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTAT-TATTTCAAATTATTTTGACC
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* * * * * * * *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACT-A
* * * **
1605 ATTTATTGACATTTCAAAAAATTACTAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGCTTA--AAA-A
130 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACA
* * ** *
1667 GTTCAAATAGTTAT-ACTATTTG-ACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAC
189 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
1730 ATAAAACAAT--TATTCCAGTTCATTA-AAGCTTATCCA-AATTAAAATAATACTAATTTCTTAA
254 ATAAAACAATAGT-TTCTA-TTCA-TACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA
*
1791 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTG
315 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTG
* * *
1834 TTTACCGAA-CAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAC
1 TTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * *
1898 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTA-GTTCATATAAGCTTACTTGA-AATAAAGTAATGCT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * *
1961 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATAAAATCAGTTT
129 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTC
* * * * * ** * * *
2026 AAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
193 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
2091 AACAATTA-TTTTTTTATCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTT
258 AACAA-TAGTTTCTAT-TCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
*
2154 C-AAAATT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
320 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * * * *
2188 TTTACCGAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTATAACC
1 TTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * *
2253 TTTTG-TTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
* * * * * * *
2317 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCCA-
131 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AA-ACAG
* * ** *
2381 TT-AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCA
190 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
2445 TAAAACAATAATTT-TCATTCATACTAGCTTATTAAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATAT
255 TAAAACAATAGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * *
2508 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTA
318 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * *
2548 TTTACCTAATCAGTTCAAATAATTATGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAAC
1 TTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * ** * *
2613 TTTTGTATTGTCATAAAATAAAGGTTTATGTTTA-ATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
*
2677 TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAGCAGTTCAA
131 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAGTTCAA
* * * *
2742 ATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGGA-TTTTTGTTTTG-CTATAA
195 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTGTC-ATAA
* * * *
2805 AACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAA
258 AACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* *
2870 AAATTAATAAGTAA-AAATCTTAAAAAATAAATATG
323 AAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTG
* * * **
2905 TTTACCGAACTACA--TCAAATTGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGA
1 TTTACCGAA-T-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * ** *
2968 CCTTTTATTTTGTCA-AAAAAAATAT-TTCA-GTTCATATAAACTTATT-TGAAATAAAATAATA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTATGTTCATATAAGTTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * * * *
3029 CT-ATGTTATTAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTCAAAAATGAATC--TTTATCGAA
127 CTAAT-TTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
* * * ** ** * *
3091 CAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATCGCTATAACTTTTTGTTTT
187 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * **
3156 GTTATAAAATGACT-TTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
251 GTCATAAAA-CAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * *
3219 ATA-TTGAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
314 ATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * *
3263 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
1 TTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * *
3327 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTA
** * * * * * *
3392 ATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAAAAG
130 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAG
* * * * * *
3457 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAA
190 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
3522 TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAACTTATTTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
255 TAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* *
3585 TCCAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAA
318 TTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAA
3617 ATGAATCTAA
Statistics
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TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
Found at i:4257 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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3616 AATGAATCTA
* * * *
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* **
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* * * * * * *
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* ** ** * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** ** * *
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* * ** *** * * *
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* *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * *
4043 TACAAGTTTATTCAGAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGA
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* * *
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* * * ** * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * *
4225 ACAAAATTATTCATAA-AAAATAATATTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG----AGAT
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* * * * *
4285 TTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * *
4400 AGAAGCTTGTTCAAAGTAAAATACTACTAAATTAATAGTATTCTAAAAATTAATAAG-----GAT
66 ACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAAAGAT
* * * * ** * *
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130 TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * ** * *
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65 TACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAA-AG
* * *
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* * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TT
* * * * * **
4754 -ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGA
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* * * * * *
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* * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCA
* * * * *
4935 TACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGGAG
65 TACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTA-AAG
* * ** **
4999 ATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAA-AGGTTATGACTATTTG
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* * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * *
5116 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAA-CTAAGAGA
66 ACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAA-AGA
** * * * * * *
5180 -TT--CCAATAAATTTA-TT--TGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATG
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* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * * * *
5288 TAGTAA-CTTATTCGAAAT--AATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAATCAG-CAAGA
65 TA-CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAA-A
* * * * * * * *
5348 GATTTAAAAAATAATTTTGTTT-GTCGAACCAGTTCAAA-AATTATGACTATTTA
127 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
5401 AATAATTATCGATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-TTTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCA
* * * * * *
5464 AATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-TAAGAG
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* * * * * * *
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128 A-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * *
5581 AACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
5646 AC-AGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-CTAATGA
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* * ** * * * * *
5709 ATTTCAAAAATGAAT-T-TGTTAGCT-TGCCAGTGCAAATATTTATGATTGTTTG
128 ATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
5761 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTGTTATCACAAATCAATTATTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * ** **
5826 ACAAGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGA
66 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAA-AGA
* ** * *
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* * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCA
* * * * * *
6005 TACAATCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATA-TTTAAACAATTAAAAAAATAAAA
65 TACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA-AATT-AATAAGTTAAA
* * *
6069 GATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
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* * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * *
6181 ACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCT-CAAA-TAATAAGTAAAAG
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* * * * * ** *
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* * ** * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTC
* * * *
6360 ATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCT-AAAATTAATGAG-TAAG
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* ** * * *
6423 AGATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTG
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* *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * ** * * *
6543 ATACGGTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAACGCTTTCTGTTGTCA-TATACGAGAGAGGCTTAT
66 ACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACT-AA---TTTAT-TAAT-ATTTTA--A-A-A--ATTAA
* * ** * *
6606 TCCA--TAAACA-CCAATATATATATAAATCTATTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTAT
118 T-AAGTTAAAGATTTAA-A-A-A-ATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
6668 TTG
178 TTG
* *
6671 AACAATTAT-TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * ** *
6735 ACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
66 ACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAAAGAT
* * * ** *
6800 TTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAGCAAACTCAAATAGTTATGAC-GTTTG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * ** *
6849 AATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * * **
6914 ACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGAT
66 ACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAAAGAT
* * * **
6979 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGTCCCTTTG
130 TTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * *
7030 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGATTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTCTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
** * * *
7094 ACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAA-T--TAA-TTAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAAAGAT
* * * *
7155 TTAAAAACTAAATCTGTTTGA--AATCAA-TTCAAATAGTTATGACTACTTG
130 TTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
7204 AACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAAA-AATTGTTTCTTTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCA
* * * * *
7267 TATAAGCTTATTCGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
65 TACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
7307 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 2811, Mismatches: 550, Indels: 293
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.00
171 25 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTAAAGATT
TAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:4464 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4428--4466 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
4418 AAATACTACT
*
4428 AAATTAATAGTATTCTAA
1 AAATTAATAGGATTCTAA
4446 AAATTAATAAGGATT-TAA
1 AAATTAAT-AGGATTCTAA
4464 AAA
1 AAA
4467 ATAGATGTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.74
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ACGTcount: A:0.56, C:0.03, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAATAGGATTCTAA
Found at i:5695 original size:890 final size:879
Alignment explanation
Indices: 51--12242 Score: 5872
Period size: 890 Copynumber: 13.8 Consensus size: 879
41 GTTTATTCAT
* * *
51 AGCTTATTCGGAATAA-AATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATA-ACTA-AGATTTAA
1 AGCTTATTCGAAATAATAATACTAATATATTAATATTTC-AAAAA-TAATAGA--AGAGATTTAA
* * * * * * *
112 AAAATGAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAT-TATTTCAA
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** * **
176 AAT--TTA--ACCTTTTG-TTTGTCATAAAATAATT-TTTCAACTCATACAAGCTTATTTGAAAT
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* * * * *
235 AGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCTAAAATT--T-A-TAAGAGATT-TAAAAAT-AATTCTA
188 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATT-TG
* * * * *
294 TTTA-CTGAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TA-TATTAC
251 TTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
** * * * * ** ** **
356 TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTGT--TAATA-AAATT-TTTGAAATAAAATTGTA-TAA
315 CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * **
416 TTTATTAA-ATT-TAAAAATTAATCAGTAGAGATTT--AAGTAAAT-TGCTTGCC-AAACTA-TT
380 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGA-ATTTAAAAATAAATAT--TTACCGAGTC-AGTT
* * * *
474 CAAATAGTTTTGAC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTT-TTTTGTC--A
441 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
534 AAACAATTGTTT-T-TTTATACTATTTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
506 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
596 AAAATTAATAA--A-GAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGC-CAACTAGTTCAAATAGTTAAGAC
571 AAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA-AGTTATGAC
** * * *
657 TA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT--TAAAACAATTGTTT-T
635 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT
* ** * * * *
718 GTTTGTACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTA-AAATATTTTTAAAATTATTAAT-A-
700 ATTCATACAAACTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAATAAG
* * * * *
780 AGA--T-----T---T-TA--TCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTA-TTAAATAATTATCTAT
764 AGATTTAAAAATAAATCTATTTCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * *
831 TTCAAATCGTT-TGACCTTT-TTTGAGTCAAAACAA-TGTTTCAGTTCATACA
829 TTCAAATCGTTATGA-CTTTGTTTTA-TTAAAACAATTATTTCAGTTCATAGA
* * * * * *
881 AGCTTATT-TAGAATAAATAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGTGA-TT-
1 AGCTTATTCGA-AAT-AATAATACTAATATATTAATATTT-CAAAAATAAT-AG-AAGAGATTTA
* * * * * * * * * *
943 AAAAATAAATCTATTTG-TGAATAAGTTCAAATAATTATTATTATTTTAATAATTATCTATTTAA
61 AAAAAT-AATATGTTTGCCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCA
* * * * * * * * * *
1007 AATCATTATTAACCTTTTGATTTGTCAT-AAACAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAGAT-AGA
124 AATCGTTA-TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAA
* *
1070 ATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTCCT-AAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAAA-TC
186 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTT
* ** * * * * **
1131 GTTTA-CGAATTAGTTAAAATAATTAT-GCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
250 GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * *
1194 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTA-TCATACAAGCTTATTTCAAAAT-AAATAATACT
315 CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATAC-AGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* ** * * *
1256 AATTGATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGA-ACC
378 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-TGA-ATTTAAAAATAAA--TATTTACCGAGTCA
* * * * * * *
1319 GTTTAAATAGTTATGAC---TTGAACAATTATC-A-ATCAAATCATTA-AAACCTTTATTTTGTC
438 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTC
* * * **** *
1378 ATAAAA-AAGTTGTTTCTAATCATA-TAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA
503 ATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
1440 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATGTGTTT-CCAAACCAGTTCAAATAGTT
566 TTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA-AGTT
** * * * * * * * * *
1503 AAAACTATTAGAATAATTAT-TATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTG
630 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* * * ** * * *
1567 TTTATA-TCTTACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTGACATTTCAAAAAATTAC
695 TTTCTATTCATACAAACTTATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT--AAAAATTAA
* * ** ** *
1630 TAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGCTT--AAAAAGTTCAAATAGTT-ATACTATTTG-AC
757 TAA-TAAGAGATTT--AAAAATAAATCTATTTCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * *
1691 AATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTCCAGTTCATTA-
819 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-C-TTTGTTTT-A-TTAAAACAATTATTTCAGTTCA-TAG
1755 A
879 A
* * *
1756 AGCTTA-TCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTT
1 AGCTTATTCGAAA-T--AATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAA-TAAT-AG-AAGAGATTT
* * * * * *
1819 AAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
60 -AAAAAAT-AATATGTTTGCCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTT
* * * * * *
1884 AAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTAGTTCATATAAGCTTACTT-GAA
122 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAA
* * * * * * *
1948 ATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCT
186 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTT
* * * * ** * * * * *
2009 ATTTATAAAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATTA
250 GTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* ** * * * *
2073 CCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAAT
314 CCATTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TGTTTCTAGTCATAC-AGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT
* * * **
2136 ACTAATTTATTAATCTT-TCAAAATTTAATAAG-AG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
375 ACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTGAATTT-AAAAATAAATA--TTTACCGAGT
* * * * * * *
2198 CAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTGTATACTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTG-TTT
436 CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTT
* * * * * * *
2261 ATCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT
500 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
2326 ATTCCAAAAATTAATAACTTA-GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCCA-TT-AAATA
565 ATTTCAAAAATTAATAA-GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAA-A
* * * *
2388 GTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAA
627 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
2453 TAATTT-TCATTCATACTAGCTTATTAAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTAAAAAA
692 TTATTTCT-ATTCATACAAACTTATTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAA
* * * * * *
2516 TTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAATTCTATTTACCTAATCAGTTCAAATAATTATGACTATG
753 TTAATAA-TAAGAGATT-TAAAAATAAATCTATTT--CGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * ***
2581 TGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTATTGTCA-TAAAATAAAGGTTT-ATGT
814 TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-GAC-TTTGT-TT-T-ATTAAAACAATTATTTCA-GT
* *
2644 TTA-ATA
873 TCATAGA
* * * *
2650 AGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--AAGAGATTTAAA
1 AGCTTATTC-GAA-ATAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAA-TAATAGAAGAGATTTAAA
* * ** * * * **
2713 AAATAAATCTATTTATCAAAGCAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATTTATTTCAAA
63 AAAT-AATATGTTTGCCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCAAA
* * * * *
2778 TCATTATGGA-TTTTTGTTTTG-CTATAAAACAA-TAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGA
126 TCGTTAT-GACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTA--TT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
* * * * * * *
2839 TTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATCTTAAAAAATAAATA
186 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGAT-TAAAAAAATAAATT
* * * ** * * * * * *
2903 TGTTTACCGAACTACATCAAATTGTAATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGA
249 TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* * * * * * * **
2968 CCTTTTATTTTGTCA-AAAA-AAATATTTC-AGTTCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATAC
314 CCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAG-TCATA-CAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * *
3030 T-ATGTTATTAATATTATGAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTCAAAAATGAATCTTTATCGA-AC
377 TAAT-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT--GA-ATTT-AAAAATAAATATTTACCGAGTC
* * ** *
3092 AAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATCGCTAT-AACTTTTTGTTTT
437 -AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTT
* * * * * * ***
3156 GTTATAAAATGACTT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
500 GTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* ** *
3219 ATA-TTGAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAAT
563 ATATTTCAAA-AATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA-
* * * *
3283 CGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
626 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * * * *
3348 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAT
691 ATTATTTCTATTCATACAAACTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAAT
* * * * * ** * *
3413 TAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTT
754 TAATAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTT--CGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* ** * * * * *
3478 GAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCA
815 GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC--TTTG-TTT-TATTAAAACAATTATTTCAGTTCA
*
3543 TATA
876 TAGA
* ** * *
3547 AACTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAAT--TA-AAGAG---T--AA
1 AGCTTATTCGAAAT--AATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATAATAGAAGAGATTTAAAA
* * * * *
3604 GA-GA-A---TT-----A-A----AAA-A---ATGA--ATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-
64 AATAATATGTTTGCCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTC-AAATC
* * * * * * **
3647 -ATATGA-CTTTT-TTTTATCGTAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAA
128 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* ** ***
3708 ATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA--AA-A-ATTTTAAAAATAAATCAATTT
191 ATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
3768 -TCTGAACATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAA
254 ATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCAT
* ** * ** * ***
3832 TTGTTTTGTCATAAATGAATTATTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATT
318 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATAC-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * *
3897 TATTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTTA
382 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGA-ATTTAAAAATAAA--TATTTACCGAGTCAGTTCA
** * * * **
3961 AATTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGCTCTTTTGTTTTGTCATAAA
443 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
4026 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAA
508 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
4091 AATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTA
573 AATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA-AGTTATGACTA
* * * ** * *
4156 TTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTAT
637 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* * *
4221 TCATACAAAATTATTCATAA-AAAATAATATTAATTTATTACTATTTCAAAAA-T--TAATAAGA
702 TCATACAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGA
*
4282 GATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATT
765 GATTTAAAAA-TAAATCTATTT--CGAATCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATT
* * * * * *
4346 TATCTGAAATTGGTATGATCATTGTTTTATCCTAAAACATTTATTTCTA-TTCATAGA
826 TATTTCAAATCGTTATGA-CTTTGTTTTAT--TAAAACAATTATTTC-AGTTCATAGA
* * *
4403 AGCTTGTTC-AAAGTAA-AATACTACTAAATTAATAGTATTCTAAAAATTAAT--AAG-GATTTA
1 AGCTTATTCGAAA-TAATAATACTAATATATTAATA-T-TTC-AAAAA-TAATAGAAGAGATTTA
* * *
4463 AAAAATAGATGTGTTTGCCGAACAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTG-TTTC
61 AAAAATA-ATATGTTTGCCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATC-GATTTC
* * *
4526 AAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATATATGCTTATTCAAAA
123 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
* * * * * *
4591 TAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTG
187 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTG
* * * * *
4656 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAACTGTTATGACC
251 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * *
4721 TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGCTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTA
316 ATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAG-TCAT-ACAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
4785 CTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAG
379 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-GA-ATTT-AAAAATAAAT--ATTTACCGAGTCAG
* * * *
4850 TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GTTATGAACTTTTGTTTTGTCA
439 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* *** *
4914 TAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT
504 TAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * **
4978 TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAAAGGTTAT
568 TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAA-GTTAT
* * * *
5042 GACTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATT
632 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * * *
5107 TCTGTTCGTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTATGAAAATTAATAA
697 TCTATTCATACAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
** * * * * *
5172 CTAAGAGA-TT-CCAATAAATTTATTT-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTC
760 -TAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
*
5234 TTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATGTAAAACAATT-TTTCAGTTCTTAGTA
824 TTTATTTCAAATCGTTATGA-C-TTTGTTTTAT-TAAAACAATTATTTCAGTTCATAG-A
* * *
5293 A-CTTATTCGAAATAATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAATAATCAGCAAGAGATTTAAAA
1 AGCTTATTCGAAATAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATAAT-AG-AAGAGATTTAAAA
* * * *
5357 AATAATTTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAA-AATTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCATAT
64 AATAA-TATGTTTGCCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCAAAT
* ** * * *
5421 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTTTTTCAAATAAGTTTGTTCAAAATAAA
127 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTATTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
* *
5485 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTT
191 ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAATAAATTTGTTT
* * * *
5550 ATTAAACCAGTTCAATTAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATT
254 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCATT
*
5614 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAGTCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTT
319 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * ** * *
5679 ATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAATGAATTTCAAAAATGAATTTGTTAGCTTGCCAGTGCAA
383 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT--TGAATTT-AAAAATAAATAT-TTACCGAGTCAGTTCAA
* * * * * *
5744 ATATTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AATCTTTTGTGTTATCACAAA
444 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * ** *
5808 TCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCTTATTAATATTCCAAA
508 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * ** *
5873 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTA
573 AATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA-AGTTATGACTA
* * *
5938 TTT-ATCAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTA
637 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-CTA
* * * *
6001 TTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAAAAAAATA
701 TTCATACAAACTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATT--AATAATA
* * * * *
6066 AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
762 AGAGATTT-AAAAATAAATCTA-TT-TCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** *
6131 TTTATTTTAAATCATTACGACTTT-TTTTA-TAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACA
824 TTTATTTCAAATCGTTATGACTTTGTTTTATTAAAACAATTATTTCAGTTCATAGA
* * ** *
6184 AGCTTATTCAGATTAA-AATAATATTAATTTATTAATATTTCCTCAAATAATAAGTAAAAGATTT
1 AGCTTATTC-GA--AATAATAATACTAATATATTAATATTT-CAAAAATAAT-AG-AAGAGATTT
* * * * * ** * * *
6248 TAAAAATAAATATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTC
60 AAAAAAT-AATATGTTT-GCCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTC
* ** * * * *
6313 AAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGATTTTAAAATAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAA
123 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTAT-TTAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
* * * *
6377 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTA
186 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
6442 GTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAC
250 GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * * *
6507 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATACGGTTATTCCAAATAAAATAATA-TA
315 CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACT-
* * * * * * **** * * *
6571 AACGCTTTCTGTTGTCATATACGAGAGAGGCTTATTCCATAAACACCAATATATATATAAATCTA
378 AA----TT-T-AT-TAATATTCTA-A-A----AATT-AAT-AAGTTGAATTTAAAAATAAA--TA
* * ** * * *
6636 TTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATTTCAAATAGTTATGAC
426 TTTACCGAGTCA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA
* * * *
6699 CTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTA
490 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * * * *
6764 ATTTATTAGTATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAGCAAA
555 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
* * * * * * **
6828 CTCAAATAGTTATGAC-GTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCA
620 TTCAAA-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** *
6892 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
684 TAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* ** * * *
6957 TAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATG
747 TAAAAATTAATA-ATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTT-CGAATCA-GTTCAAATAGTTAAG
* ** * * * * * *
7022 TCCCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAGATTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
808 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTGTTTTAT--TAAAACAATTATTTC
** *
7087 TCTTCATACA
870 AGTTCATAGA
** * * * * * *
7097 AAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAAT--TAGAGATTTAAA
1 AGCTTA-TTCGAA-ATAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAA-TAATAGAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * *
7160 AACTAAATCTGTTTG--AAATCAATTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAA
63 AAAT-AATATGTTTGCCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCAAA
* * * **
7223 TCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAAA-AATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTC------
126 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTATTT-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
* * *
7280 ----GAT--TAA--GA-TAATA--CT--AATT--TAA-T---A-A-T-AAAAAATAAATGTGTTT
189 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTT
* * * ** * *
7323 -TGCCGATCTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACC
254 AT--CAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * **
7386 TTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
316 ATTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATAC-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * *
7450 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTTACCTA-ACA
379 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TTGA-ATTT--AAAAA-TAA-ATATTTACCGAGTC-
* * * * *
7514 AGTTCAAATAGA-TATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
437 AGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * * *
7578 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAATTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTCATTAAT
501 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * ** *
7642 ATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAGTTCAAATAGT
565 ATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA-AGT
* * * * * * * * *
7707 TATGA-TCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAAC
629 TATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
7770 TATTTCT-TATCATATAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
693 TATTTCTAT-TCATACAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * * * *
7834 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGA
755 AATAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTT-CGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGA
* * * * * * *
7899 ATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
817 ACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTGT-TTTA-T--TAAAACAATTATTTCAGTTCAT
*
7963 ACA
877 AGA
* * * *
7966 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
1 AGCTTA-TTCGAA-ATAATAATACTAATATATTAATATTTC-AAAAA-TAAT-AG-AAGAGATTT
* * * * * * * * * * *
8030 GAGAAATAAATATGTTTACCAAACAAG--CAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTACTTA
60 AAAAAAT-AATATGTTTGCCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTC
** * * * * * *
8093 AAATTATTACGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
123 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAA
* * * * * *
8158 TAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATTAG
187 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTG
* * * ** * ** * *
8223 TTTATCGAATCGA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATAAATTAT-AAATTGTTATTA
251 TTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATTATTATGA
* * * * **
8286 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
314 CCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-AGTCATAC-AGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
8350 TAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAGTAAG-AG-ATCT---AA-AAATA---A---A-T-AG--
377 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTGAATTTAAAAATAAATATTTACCGAGTCAGTT
* * * *
8398 -------TTATGACTATTTGAACAACTATGTATTTCAAATTGTTAT-AACCATTTGTTTTGTCAT
441 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
8455 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTC
505 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * ** ** * *
8519 TAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTGTTAAACCAA-TTCAAACAGTTAA
570 -AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAA-AGTTAT
* ** * *
8583 GACTATAT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
632 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* ** * * * * *
8646 TC-AGCTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATA
697 TCTA-TTCATACAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA
* * * ** * * * *
8710 AGTAAGAGATTTAAAATACTATTTACCAATCGTTAAAATAATTATAAAATAATTATA-ACTATTT
759 A-TAAGAGATTTAAAA-A-TA--AATCTAT--TTCGAATCAGT-TCAAATAGTTA-AGACTATTT
* * * * **
8774 -AA-AATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
815 GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC--TTTGTTTTAT--TAAAACAATTATTTCAGTTCA
*
8837 TATA
876 TAGA
* * * *
8841 AGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAA-AGATTT
1 AGCTTATTCGAAAT--AATAATACTAATATATTAATATTTCA-AAAA-TAAT-AG-AAGAGATTT
* * * *
8904 AAAAAATAA-A--TTT--------G-T---ATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAA
60 AAAAAATAATATGTTTGCCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCAA
* * * * * * ** ***
8954 ATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCT-GTTCATACT-ATTTTATTTGGAA
125 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATT-TAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAA
* * * * ** * * *
9017 CAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAGATAAATCT
187 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA-TTAATAAGTAAG-AGATTAAAAAAATAAATTT
** * ** * **
9081 AATTGTCAAAGGAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAA-TAGTTATG
250 GTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATG
* * ** * *
9144 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TTGTTTGTACAAGCTTATTCAAATTAAAACAATA
313 ACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAG-TCATAC-AGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * **
9207 CTAATTTAATAATATT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGA-TCAAAAA-AAATTATTTATCGAACCA
376 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGA-ATTTAAAAATAAA-TATTTACCGAGTCA
* * * * * * * * * *
9269 GTTTATATGATTAAT-ACTGTTAGAGCAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTTGT
438 GTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
9333 CATAAAAGCAATTATTTC-AGTTTATACAAGCTAACTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
502 CATAAAA-CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
9397 A-TTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTA-TCGAAAAAGTTCAAAT
565 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAA-
* * * * * * *
9460 AGTTATAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACA
626 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * ** **
9525 ATTGTTTC-AGTTAATACAAGTTTATATGGAATAAAAT-A-A-T-A---A--AA-ATTT----AT
691 ATTATTTCTA-TTCATACAAACTTAT-TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAT
* * * * * * * *
9575 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTT-AAATAATTATGGCAATTA
754 TAATAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCT-ATT-TCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* * * * * * ***
9639 GAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATC
815 GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-C-TTTGTTTT-AT-TAAAACAATTATTTCAGT-TC
*
9704 ATACA
875 ATAGA
* * *
9709 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTCGTAAGAGATTTA
1 AGCTTATTCGAAAT--AATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAA-TAA-TAG-AAGAGATTTA
* * * ** * * *
9774 AAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TAAGAATAATTATCTATTTT
61 AAAAAT-AATATGTTTGCCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCGATTTC
* * * * * *
9838 AAATTGTTCT-AGCCTATT-TTTAGTCATAAAATAA--AGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTTA
123 AAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTT-AGT-TCATATAAGCTTATTCA
* ** * * * * * *
9898 GAGCAAAATAATCCTAATATATTAACATT-TGAAAATTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAA
184 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAA-TTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAATAA
* * * * * * * **
9962 ATTTGTTTACCAAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTATTTGAA-AGATTA-ATATTTAAAATCGTT
246 ATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTATT
*** * * * *
10025 ATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGTTA-TCTAAAATAAAAT
310 ATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAG-TCAT-ACAGCTTATTC-AAAATAAAAT
* * ** * * * *
10088 AATACCAATTTTTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAGTGTTTTCT
372 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-TTGA-A-TTT-AAAAATAAATATTTACC
* * * * * * * * *
10152 GAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATA-TTTTG
432 GAGTCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTTTTG
* * * * ** * * *
10216 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA-AAGCTAATTTGAAATAAAATAACAATAACTTA
496 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * **
10280 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCA
560 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCA
* * * * ** * *
10344 AATAATTATGGCTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGAA-CATTT-TTTCGTCATAA
624 AA-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * **
10407 AACAATTGTTTTTCA-TCATA-AAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
687 AACAATTATTTCT-ATTCATACAAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* * *
10470 AAAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT---ATC-G---AAGTAGTT----CT
748 AAAAATTAA-TAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGAC-
* ** * * * * * *
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810 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTGT-TT-TATT-AAAACAATTATTTCAG
*
10588 TTCATACA
872 TTCATAGA
* * * * * * *
10596 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGGGATTTA
1 AGCTTATTCGAAAT--AATAATACTAATATATTAATATT-TCAAAAATAAT-A-GAAGAGATTTA
* * * * * * ** *
10661 AAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAATTTAAATAGTTAAGACAATACGAAA-AATTATCTATTT
61 AAAAAT--AATATGTTTGCCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAATAATTATCGATTT
* ** * * **
10725 CAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTTGAA
122 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAA
* * * * * * *
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186 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTT
* * * * * ** * * * ** *
10851 ATTTATTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTA
250 GTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
* ** * * * * * *
10915 CCTTTTGTTTGGTCATATAACAAGTGTTT-TTGATCATTCAAGCTTATTCAGAATACAATAATAC
314 CCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAG-TCATAC-AGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * * * * **
10979 TAATTTATTAATCTTCCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTATTCATC-AAAC
377 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TG-AATTT-AAAAATAAA--TATTTACCGAGTC
* ** * * *
11043 TAGTTCAAATAAATATGACTATTTGAATGATTATATACTTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTTT
437 -AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTT
* * * *** * * * *
11107 GTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATTAAATAATACAAATATAATAAT
500 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
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* * * * * * *
11233 ATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAGA
626 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * * * *
11298 AAT-TTTCAATTCATACTAGCTGATTTGAAATAAAATAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATA
691 ATTATTTCTATTCATAC-A---AACTT--ATTCAAATAAAAT--AAT--ACT-AATTTATTAATA
* * * * * * * *
11362 TTGCAAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAATATATTTCTATTTACCTAACCAATTCAAACAAT
745 TT-TAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAATA-A-ATCTATTT--CGAATCAGTTCAAATAGT
* * * * * *
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804 TAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTG-TTT-TATTAAAACAAT-T
*
11491 -TTT-TGTTCAT---
865 ATTTCAGTTCATAGA
* *
11501 A----A-T---AA-AGTAATACT--TCTATTAATATTTCAAAAATTAAT--AAGAGATTTAAAAA
1 AGCTTATTCGAAATAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAA-TAATAGAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * **
11553 ATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGACA-AATTATTTATTTCAAAT
65 AT-AATATGTTTGCCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAATAATTATCGATTTCAAAT
* * * * * * * * *
11617 CGTT-TGA-C-TTTGTTTCCTGTTATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTA
127 CGTTATGACCTTTTGTTT--TGTCATAAAATAATTATTT-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATA
* ** * * *
11679 AAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAACAATTAGCAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATG
189 AAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA-AATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * *
11742 TTTATCGAACTAGATCAAATGGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGAC
251 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGAC
* * * * * * * *
11806 CCTTTCTTTTGTCATAAAA-GATTGGTTTC-GGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
315 CATTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTAG-TCATA-CAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
11869 TAGTTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAA-AGAATCTATTTATCAAA
377 TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTT--GA-ATTTAAAAATA-AA--TATTTACCGAG
* * * * * **
11931 TAAGTTTAAATGATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCACTAT-AACATTTTGTTT
435 TCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTT
* * * * * * * *
11995 TGACAT-AAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACAAAATTATTA
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** * * * *
12058 ATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATATGTTTA-TCAAACAAGTTCAA
563 ATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAA
* * *
12120 ATGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAA
625 AAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * ** * *
12184 CAAATGTTTTTGTTCATATAAGGTTATTTAGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTT
689 CAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
12243 TGACAATTAA
Statistics
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AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTA
TCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATACAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TCTAAAAATTAATAAGTTGAATTTAAAAATAAATATTTACCGAGTCAGTTCAAATAATTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAG
GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTAT
TCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAATAAATC
TATTTCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACT
TTGTTTTATTAAAACAATTATTTCAGTTCATAGA
Found at i:7824 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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7322 TTGCCGATCT
* * ** * * * *
7332 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGT
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*
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* *
7461 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAATATGTTTACCTAACA
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* * *
7514 AGTTCAAATAGATATAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
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* * * ** * * *
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* * *
7644 TTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACC
130 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATTTTCCAAACA
* * * * ** *
7695 AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
7759 CATAAAAAAACTATTTCTTATCATATAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
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* * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
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* *
8002 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAGAAATAAATATGTTTACCAAACA
128 ATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTT-CCAAACA
* ** * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATC-TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *** * *
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* * * * *
8181 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCG
128 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-TA-TTT-TCCAAACA
* * ** ** * *
8235 A-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATAAAT-TATAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTA-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
8298 TCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAACAATTATTTCT-ATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
8363 TTTCAAGAATTAGTAAG
129 TTTCAAAAATTAATAAG
8380 AGATCTAAAA
Statistics
Matches: 707, Mismatches: 135, Indels: 49
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Matches are distributed among these distances:
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179 175 0.25
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTATTTCTATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATTTTCCAAACA
Found at i:8242 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 7336--12242 Score: 2958
Period size: 360 Copynumber: 13.9 Consensus size: 360
7326 CGATCTAGTT
* ** * * *
7336 CAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* * *
7401 AAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCA
66 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * * * *
7465 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTAA-TATGTTTACCTAA-CAAGTTCAAATAGATA
130 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTA-GTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
7528 TAACCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
193 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * ** * * * *
7593 TTCAATTCATAAAAATTTATCT-GAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTCAAAAATTATT
258 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * *
7657 AAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCCAAACCAG
322 AAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * ** *
7697 TTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTGTC
1 --CAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
7760 ATAAAAAAACTATTTC-TTATCATATAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATAT
63 ATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
7824 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGT-GTTT-GCGAATC-ATTTCAAATGGT
127 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
7886 TAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATT
191 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
*
7951 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTA
256 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * *
8015 ATAAGCAAGAGATTTGAGAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
320 ATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * *
8057 CAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTATCTACTTAAAATTATTACGAACTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* ** * *
8122 AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTCA
66 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * *
8187 AAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCGA-TTCAAATAATTATGG
131 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** ** * * *
8251 CCATTTGAACAATTATAAATTAT-AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
196 CTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGT
* *
8315 TTCA--ACATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T
258 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ***
8374 -AGTAAGAGATCTAAAAATAAA--TAGTTATGACTATTTGAA-
322 AAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTA-TT-T-ACCA-AACAAG
* ** * * * * ** * * ** * ** *
8413 CAACTA-TGTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTT--TGTCA-TA-AAAC---AATTAT-T--
1 CAAATAGT-TATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* * *
8467 T-------TTG-TTC-----ATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT
64 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * ** * ** * *
8518 CTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTGTTAAACCAA-TTCAAACAGTTA
129 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
8582 AGACTATAT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
193 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
8645 TTCAGCTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATA
258 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** ** *
8710 AGTAAGAGATTTAAAATACTATTTACCAATCGTTAAAATAATTAT
323 AGCAAGAGATTTAAAA-A-TA--AATCTAT--TTACCA-AACAAG
* * * * *
8755 AAAATAATTATAACTATTT-AA-AATTATTTATTTCAAATCATTAT-TACTTTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCAT
** * * * *
8817 AAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
65 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* *
8881 AGAAAATTAATCAGTAA-AGATTTAAAAAAT-AA--A---T-T----T---G-T---ATAGTTTT
130 A-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * *
8927 GACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGT
194 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * * * * *
8992 TCTGTTCATACTATTTTATTTGGAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAA
259 TCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** **
9057 CCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGTCAAAGGAG
324 GCAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * ** * *
9095 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGTTTTGTC
1 --CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTC
** ** * * * *
9159 ATAAAACAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTCAAATTAAAACAATACTAATTTAATAATATT
63 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
9223 TC-AAAATTAATAAGTAAGAGA--TCAAAAA-AAATTA-TTTATCGAA-CCAGTTTATAT-GATT
128 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAG-TT
* * * * ** * * *
9281 AAT-ACTGTTAGAGCAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAGCAAT
192 -ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAAT
* * ** * * *
9345 TATTTCAGTTTATACAAGC-TAACTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAT
255 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT
* * *
9408 TAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCGAAA-AAG
318 TAATAAGCAAGAGATTT-A-AAAATAAATCTATTTA-CCAAACAAG
* * * * *** * *
9453 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCA
1 --CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* * * **
9518 TAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTATATGGAATAAAAT-A-A-T-A---A--AA-ATTT
64 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
9573 -----ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAT-TAGTT-AAATAATTAT
129 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *** * *
9631 GGCAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
194 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** * * *
9696 TTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATT
259 TCAGT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** *
9761 CGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAG
323 AGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
** ** * * ** * * * *
9800 TTCAAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCT-AGCCTATT-TTTAGTC
1 --CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * *
9863 ATAAAATAA-AGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTTAGAGCAAAATAATCCTAATATATTAACAT
63 ATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * * * *
9926 TTGAAAATTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT-AAGCTCAAGTAGT
127 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGT
* * * * ** *
9990 TATGACTATTTGAA-AGATTA-ATATTTAAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAAT
191 TATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
10053 TGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCTAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATTTCAAAAATTA
255 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
10118 ATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAGTGT-TTT-CTGAATA-AATT
320 ATAAGCAAGAGA-TTT-AAAAATAAATCTATTTAC-CAA-ACAA-G
* * * * *
10161 CAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTATCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
10225 AAAACAATTGTTTCAATTCATTA-AAGCTAATTTGAAATAAAATAACAATAACTTATTAATATTT
65 AAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
10289 CAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCT-GTTTACCAAATCAA-TTCAAATAATTA
129 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTA
* * * * *
10352 TGGCTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGAA-CATTT-TTTCGTCATAAAACAATTG
193 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * *
10415 TTTTTCA--TCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
257 --TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * *
10478 ATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT----ATC--G
320 ATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * * * * *
10514 -AAGTAGTTCT---TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTAT-AATTTTTATTCTAT-TC-
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTT-T-TGTCA
* * *
10572 T-AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTA
64 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * *
10636 T-GAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAA-TTTAAATAGTT
128 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTT
* * ** * ** * *
10699 AAGACAATACGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
192 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
10763 GTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTA
256 GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** * **
10827 AT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATCATTT
320 ATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTA-CCAAACA-AG
* * * * * * * * *
10867 CAAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATA
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * * * * * *
10932 TAACAAGTGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTCCA
66 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * **
10997 AAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTA-TTCATC-AAACTAGTTCAAATAAATATG
131 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATG
** * * ** * * *
11060 ACTATTTGAATGATTATATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTT
195 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
11125 CTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATTAAATAATACAAATATAATAATA-TTCTAAAAATTAATA
260 C-AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * *
11188 A-CTAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTTGA-CAAACCAATT
323 AGC-AAGAGATTTAAAAATAAATCTATTT-ACCAAA-CAA-G
* * * * * *
11228 CAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCAT
1 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
11292 AAAAGAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTGATTTGAAATAAAATAAAATAAAATAAAATGAATTTA
65 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TT----TAAAATAAAAT--AAT--ACT-AATTTA
* * * ** * * *
11356 TTAATATTGCAAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAATATATTTCTA-TTTACCTAACCAA-TT
120 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAAT-TAGTTTATCGAATCAAGTT
* * *
11419 CAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTGCTTTG-CATA
183 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * *
11482 AAA-AAATG-TT---TT--T----G-TTCA--T--AATAAAGTAATACT--TCTATTAATATTTC
248 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-ATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* *
11529 AAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAG
312 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
* * *
11575 TTCAAATAGTTATGACTATCTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCGTT-TG-AC-TTTGTTTCCTG
1 --CAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTT--TG
* * * * * *
11636 TTATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
61 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * *
11701 TTTCAACAATTAGCAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAA-TATGTTTATCGAA-CTAGATCAAATG
126 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTA-GTTTATCGAATCAAGTTCAAATA
* * * * * * *
11763 GTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAA-G
189 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * * *
11826 ATTGGTTTCGGTTCATATAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAA
253 ATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
** * *
11890 ATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA-AGAATCTATTTATCAAATAAG
316 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATA-AATCTATTTACCAAACAAG
* * * * *
11935 TTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCACTAT-AACATTTTGTTTTGA
1 --CAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGT
* * * ** * *
11998 CAT-AAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAAATTATTAATA-
62 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
12061 TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGA-TATGTTTATC-AAACAAGTTCAAAT-
127 TTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTATCGAATCAAGTTCAAATA
* ** *
12122 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAACA
189 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACA
* ** * * *
12186 AATGTTTTTGTTCATATAAGGTTATTTAGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTT
253 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
12243 TGACAATTAA
Statistics
Matches: 3535, Mismatches: 740, Indels: 543
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
330 6 0.00
331 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
AGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
AAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
Found at i:8410 original size:153 final size:153
Alignment explanation
Indices: 8239--8517 Score: 400
Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
8229 GAATCGATTC
* * * *
8239 AAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATAAATTAT-AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATA
1 AAATAATTATGACCATTTGAACAACTATAAATT-TCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATCATA
*
8303 AAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
65 AAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
8367 AAGAATTAGTAAGAGATCTAAAAAT
129 AAGAATTAGTAAGAGATCTAAAAAT
* * ** *
8392 AAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATGTATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTATGACCATTTGAACAACTATAAATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATCATAA
*** *
8457 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
66 AACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
8518 CTAAAAATTC
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 14, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (153 bp):
AAATAATTATGACCATTTGAACAACTATAAATTTCAAATTGTTATAACCATTTGTTTTATCATAA
AACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
GAATTAGTAAGAGATCTAAAAAT
Found at i:8759 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 8743--8767 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 2.3 Consensus size: 11
8733 TACCAATCGT
8743 TAAAATAATTA
1 TAAAATAATTA
8754 TAAAATAATTA
1 TAAAATAATTA
8765 TAA
1 TAA
8768 CTATTTAAAA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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Consensus pattern (11 bp):
TAAAATAATTA
Found at i:8858 original size:183 final size:179
Alignment explanation
Indices: 8392--11209 Score: 1141
Period size: 181 Copynumber: 15.9 Consensus size: 179
8382 ATCTAAAAAT
* * * **
8392 AAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATGTATTTCAAATTGTTATAACCA-TTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATAACTATTT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CATTTTGTTTTGTCATA
*
8456 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCT
63 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
* * ** * * *
8520 AAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTGTTAAACCAATTC
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
* * *
8573 AAACAGTTA-AGACTATATAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
1 AAATAGTTATA-ACTATTTAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
** * * *
8637 ACAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAA
65 ACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * ** *
8702 ATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAATACTATTTACCAATCGTTAAAATAATTATA
130 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAAT-CCAATCGTTAAAACAA-T-TA
* * * *
8756 AAATAATTATAACTATTTAAAATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 AAATAGTTATAACTATTTAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
8821 CAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGA
66 CAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A
* *
8884 AAATTAATCAGTAA-AGATTTAAAAAAT--A---AAT--TT-------GT-
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
* * * * *
8919 --ATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCA
1 AAATAGTTATAACTAT-TTAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * * * * *
8982 AACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTTGGAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTAA
64 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * * * * * * ** * *
9047 AACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAATCTAATTGTCAAAGGAGTTC
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
* * *
9098 AAATAGTTA-AGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCA-TTTGTTTTGTCA
1 AAATAGTTATA-ACTAT-TTAA-AATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACATTTTGTTTTGTCA
** * * * *
9160 TAAAACAATT-TTTTTGTTTGTACAAGCTTATTCA-AATTAAAACAATACTAATTTAATAATATT
61 TAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** * * *
9223 TC-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TCAAAAAA-AATTAT-TTATCG---AACCAGTTT
125 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA--ATCCAATCGTTAAAACAATTA
* * * ** * *
9273 ATAT-GATTA-ATACT-GTTAGAGCAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGATC-TTTTGTTTTGTC
1 AAATAG-TTATA-ACTATTTA-A--AATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTC
** * * ** * * *
9334 ATAAAAGCAATTATTTCAGTTTATACAAG-CTAACTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA
60 ATAAAA-CAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
9398 -TTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCG--AAAA-AGTTC
123 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCCA---ATCGTTAAAACAATTA
* * * *** * * *
9456 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * *
9521 AACAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTATATGGAATAAAAT-A-A-T-A---A--AA-ATTT---
64 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
**** ** ** ** *
9573 --ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTT-
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
* ** * * *** ** *
9621 AAATAATTATGGCAATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTGTTATAA
1 AAATAGTTATAACTATT-TAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * *
9686 AACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
64 AACAATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
** **** * * * * *
9751 AAAATTAATTCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
* ** * ** * * * * *
9803 AAATAGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAGCCTATT-TTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATAACTAT-TTAA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * ** * * * *
9867 AATAA--AGTTTCATATCATACAAGCTTATTTAGAGCAAAATAATCCTAATATATTAACATTTGA
64 AACAATTATTTTTGT-TCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * *
9930 AAATTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAAT----TTGTTTACCAAATAAGCTC
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCCAATCG-TTA--AAACAA-TTA
* * * * * * **
9983 AAGTAGTTATGACTATTTGAAAGATTA-ATATTTAAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTT-AAA-ATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
10047 AGCAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCTAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATTTCAA
64 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * **** * * *
10112 AAATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAATAAGTGTTTTC-TGAATA-AATTC
129 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
* * * * * * * *
10162 AAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* *** * * * * *
10227 AACAATTGTTTCAATTCATTA-AAGCTAATTT-GAAATAAAATAACAATAACTTATTAATATTTC
64 AACAATTATTTTTGTTCA-TACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
10290 AAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT-C--T-GTTTACCAAATCAATTC
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCG-TTA--AAA-CAATTA
* ** * *
10343 AAATAATTATGGCTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACA-TTT-TTTCGTCATA
1 AAATAGTTATAACTATTT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCATA
* ** * ** *
10406 AAACAATTGTTTTTCATCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
63 AAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * **
10471 AAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-CTAT--TT------ATCG
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
* * * * *
10514 AAGTAGTTCT---TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAA-TTTTTATTCTAT-TC-T
1 AAATAGTTATAACTATTT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTT-T-TGTCAT
* * ** * *
10573 -AAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTA
62 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * **** * ** * *
10636 T-GAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAATTT
125 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCCAATCGTTAAAACAATTA
*** **
10691 AAATAGTTA-AGACAATACGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-ATTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATA-AC--TATTTAAAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
10754 AAAATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTC
62 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * * * *
10818 CAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATCATTTC
126 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
* ** * * * * * * *
10868 AAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
1 AAATAGTTATAACTATTT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
10933 AACAAGTGTTTTTGATCATTCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTCCAA
64 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* ** * * * * *
10998 AAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTATTC-ATCAAACTAGTTC
129 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAAC-AATTA
** * * * * ** *
11049 AAATAAATATGACTATTTGAATGATTATATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATAGTTATAACTATTT-AA-AATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
11114 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATTAAATAATACAAATATAATAATA-TTCTA
64 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* *
11178 AAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAAT
128 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
11210 TTGTTTGACA
Statistics
Matches: 2046, Mismatches: 437, Indels: 309
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 11 0.01
162 3 0.00
163 103 0.05
164 13 0.01
165 66 0.03
166 36 0.02
167 102 0.05
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169 8 0.00
170 1 0.00
171 11 0.01
172 1 0.00
173 9 0.00
174 2 0.00
175 61 0.03
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184 8 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATAACTATTTAAAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCAATCGTTAAAACAATTA
Found at i:9740 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 9406--9745 Score: 402
Period size: 165 Copynumber: 2.0 Consensus size: 167
9396 CATTCAAAAA
* * *
9406 ATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTA
1 ATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAATAATTATAACAA
* * * *
9471 TTTGAACAATTGTATATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAGT
66 TTAGAACAATTATATATTTAAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAGT
* **
9536 TAATACAAGTTTATATGGAATAAAATAATAAAAATTT
131 TAATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATAAAAATTT
* * * ** **
9573 ATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTT-AAATAATTATGGCAA
1 ATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAATAATTATAACAA
* * **
9636 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTGTT-ATAAAACAATTGTTT-TT
66 TTAGAACAATTATATATTTAAAATTGCTATAACCGTTTGTTTT-TTCATAAAACAATTGTTTCAG
**
9699 TTATCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTT
130 TTA--ATACAAGCTTATAT-AAAATAAAATAATAAAAATTT
9739 ATTAATA
1 ATTAATA
9746 TTTCAAAAAT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 23, Indels: 9
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.02
165 64 0.44
166 60 0.41
167 19 0.13
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
ATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAATAATTATAACAA
TTAGAACAATTATATATTTAAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAGT
TAATACAAGCTTATATAAAATAAAATAATAAAAATTT
Found at i:10055 original size:526 final size:522
Alignment explanation
Indices: 9121--10105 Score: 1150
Period size: 526 Copynumber: 1.9 Consensus size: 522
9111 TATATGAATG
* * *
9121 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTTGTACAAG
1 ATTATCTATTTCAAATAGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTTATACAAG
* *
9186 CTTATTCAAATTAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATCAAAAA
66 CTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATAAAAAA
* * * * * * *
9251 AAATTATTTATCGAACCAGTTTATATGATTAATACTGTTAGAGCAATTATCTATTTTAAATTGTT
131 AAATTATTTATCAAACCAGTTCAAATGATTAAAACTATAAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTT
* * * * * *
9316 TTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAGCAATTATTTCAGTTTATACAAGCTAACTCGAAATAAATTA
196 TAGACCTATTGTTTAGTCATAAAAGCAA-TATTTCAGTTCATACAAGCTAACTAGAAATAAATTA
*
9381 ATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATC
260 ATACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATC
* * * *
9446 GAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGT
325 CAAAAAGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGAATATTTAAAATCGCTATGACCTTTTGT
* * * **
9511 TTTTTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGTTTATATGGAATAAAATAATAAAAATTTATT
390 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGGTTATATAAAATAAAATAATAAAAATTTATT
9576 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTAAATAATTATGGCAATTAGA
455 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTAAATAATTATGGCAATTAGA
9641 ACA
520 ACA
* * *
9644 ATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTT-TTATCATAC
1 ATTATCTATTTCAAATAGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTGTT-T-ATAC
* * **
9708 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTCGTAAGAGATTT
63 AAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGA--T
* * *
9773 AAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAAT-AGTTAAAACTATAAGAATAATTATCTATTT
125 AAAAAA-AAAT-TATTTATCAAACCAGTTCAAATGA-TTAAAACTATAAGAACAATTATCTATTT
* **
9837 TAAATTGTTCTAG-CCTATT-TTTAGTCATAAAA-TAA-AGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTT
187 TAAATTGTT-TAGACCTATTGTTTAGTCATAAAAGCAATA-TTTCAGT-TCATACAAGC-TAACT
* * ** * * * *
9897 AGAGCA-AAA-TAATCCTAATATATTAACATTTGAAAATTTAATAAGCATGAGATTTGAA-AAAA
248 AGA-AATAAATTAATACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTT-AAGAAAA
* * * *
9959 TAAATTTGTTTA-CCAAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTATTTGAA-AGATT-AATATTTAAAAT
311 TAAATCTATTTATCCAAA-AAGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA-ATTGAATATTTAAAAT
* ** * * * *
10021 CGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCTAAAATAAA
374 CGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGGTTATATAAAATAAA
** *
10086 ATAATACCAATTTTTTAATA
439 ATAATAAAAATTTATTAATA
10106 TTTCAAAAAT
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 63, Indels: 31
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
523 46 0.12
524 6 0.02
525 42 0.11
526 104 0.27
527 93 0.24
528 18 0.05
529 18 0.05
530 53 0.14
531 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (522 bp):
ATTATCTATTTCAAATAGCTATAACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTGTTTATACAAG
CTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATAAAAAA
AAATTATTTATCAAACCAGTTCAAATGATTAAAACTATAAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTT
TAGACCTATTGTTTAGTCATAAAAGCAATATTTCAGTTCATACAAGCTAACTAGAAATAAATTAA
TACTAATATATTAACATTCAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCC
AAAAAGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGAATATTTAAAATCGCTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGGTTATATAAAATAAAATAATAAAAATTTATTA
ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTAAATAATTATGGCAATTAGAA
CA
Found at i:10132 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9573--12242 Score: 1484
Period size: 180 Copynumber: 15.0 Consensus size: 180
9563 ATAAAAATTT
* * * * * * * *
9573 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTT-AAATAATTATGGCAAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAATAATTCAAATAGTTATGACTAT
* * *** * *** * **
9637 TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCGTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTA
65 TTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-
* **
9702 TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
129 TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
** * * ** * * **
9754 ATTAATTCGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAATTCAAATAGTTATGACTAT
** * * * ** * * * * * *
9819 AAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAGCCTA--TT-TTTAGTCATAAAATAA-AGTTTCA-
65 TTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTAT-G-ATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* ** * * * *
9879 TATCATACAAGCTTATTT-AGAGCAAAATAATCCTAATATATTAACATTTGAAAA
128 T-TCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
9933 TTTAATAAGCATGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTA
1 ATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA-TTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
9998 TTTGAA-AGATTA-ATATTTAAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAG
64 TTTGAACA-ATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * *
10061 TTCATAAAAGGTTATCTAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATTTCAAAA
128 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * ** *
10114 ATTAATAAGCAAGAGATTTTAAAAAAT-AA-GTGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTA
1 ATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTA
*** * * * *
10177 TTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAAT
64 TTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * *
10242 TCATTAAAGCTAATTTGAAATAAAATAACAATAACTTATTAATATTTCAAAA
129 TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
10294 ATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCTAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * ***
10359 TTCAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGA-ACATTT-TTTCGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
65 TTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* *
10422 TCATAAAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
129 TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
10474 ATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT------T-A-TCGAAGTAGTTCT---TAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAATTC-AAATAGTTATGACTAT
* * * * *
10527 TTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAAT-TTTTATTCTAT-TC-T-AAATAATTGTTTCAG
65 TTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * *
10588 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTAT-GAAA
128 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
* * * * ** * * *
10641 ATTAATAA-CTAAGGGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAATTTAAATAGTTAAGACA
1 ATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTT-ACCAAATAATTCAAATAGTTATGACT
** * * ** * *
10705 ATACGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
63 ATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * *
10770 TTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAA
128 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *** * * * *
10823 ATTAAT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AATTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * ** * * * * *
10884 TTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAGTGTTTTTGAT
65 TTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTT
** * * * *
10949 CATTCAAGCTTA-TTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTCCAAAA
130 CATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * * * **
11000 ATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAAATAAATTTATTCATCAAACTAGTTCAAATAAATATGACTAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAATTCAAATAGTTATGACTAT
** ** * ** * * * *
11065 TTGAATGATTATATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA-T
65 TTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT
* * * * * *
11129 TCATACAAGCTTATTTGGAATTAAATAATACAAATATAATAATA-TTCTAAAA
129 TCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * *
11181 ATTAATAA-CTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGA-CAAACCAATTCAAATATTTAAGACT
1 ATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAA-TAATTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * * *
11243 ATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAGAAAT-TTTCA
63 ATTTGAACAATTACCTATTTC-AAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* ** * * *
11306 ATTCATACTAGCTGATTTGAAATAAAATAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTGCAAAA
127 GTTCATAAAAGCTTATTTG-----AAATAAAAT--AAT--ACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
** * ** * ** * *
11370 ATTAATAAATAAGATATTTAAAAATATATTTCTATTTACCTAACCAATTCAAACAATTATGACTA
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACC-AAATAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
11435 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A-ACCTTTGCTTTG-CATAAAA-AAATGTTTTTG
64 TTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* *
11496 -T--T-----C--A--T--AATAAAGTAATACT--TCTATTAATATTTCAAAA
128 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * *
11533 ATTAAT-A---AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAATTCAAATAGTTATGACTAT
* ** * * * *
11594 CTG-ACAAATTATTTATTTCAAATCGTT-TG--ACTTTGTTTCCTGTTATAAAACATTTGTTTCT
65 TTGAAC-AATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTT--TGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * *
11655 -GTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACA
126 AGTTCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
** * * * * * * * *
11709 ATTAGCAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGA-TCAAATGGTCATGATT
1 ATTAATAAGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAATA-ATTCAAATAGTTATGACT
* * *** * * *
11772 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAA-GATTGGTTTC
63 ATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCA-TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT
* * * * *
11835 GGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAA
126 AGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
** * * * *
11890 ATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-GAATCTATTTATCAAATAAGTTTAAAT-GATTATGACTA
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA-TTCAAATAG-TTATGACTA
** * * * * * * *
11953 TTTGAACAATTATTTATTTGAAATCACTATAACATTTTGTTTTGACAT-AAATAATT-TTTTCTG
64 TTTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AG
* * *
12016 TTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACAAAATTATTAATA-TT-AAGATA
128 TTCATAAAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-A
* * * * * *
12069 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAGATATGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTAT
1 ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAA-TTCAAATAGTTATGACTAT
** ** * * *
12133 TTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-CTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT
65 TTGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGA-TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * *
12197 TCATATAAGGTTATTT-AGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTT
129 TCATAAAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
12243 TGACAATTAA
Statistics
Matches: 1936, Mismatches: 417, Indels: 273
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
156 7 0.00
157 6 0.00
158 53 0.03
159 18 0.01
160 7 0.00
161 2 0.00
162 1 0.00
163 23 0.01
166 2 0.00
167 80 0.04
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170 10 0.01
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172 1 0.00
173 1 0.00
174 11 0.01
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177 129 0.07
178 25 0.01
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183 7 0.00
184 7 0.00
186 4 0.00
188 6 0.00
189 39 0.02
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191 50 0.03
192 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAATTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
ATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
Found at i:11453 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11421--11453 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
11411 AACCAATTCA
11421 AACAATTATGACTATTTG
1 AACAATTAT-ACTATTTG
11439 AACAATTAT-CTATTT
1 AACAATTATACTATTT
11454 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AACAATTATACTATTTG
Found at i:12150 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10524--11501 Score: 409
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 178
10514 AAGTAGTTCT
* ** * * * *
10524 TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAATTTTTATTCTAT-TC-TAAATA-ATTGTTTC
1 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTT-T-TGTCATAAA-ACATTTTTTC
* * * * *
10586 AGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTATGAAAATTAATAAC
63 TGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG
** * * * * * *
10650 TAAGGGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAA-TTTAAATAGTTAAGAC
126 TAAAAGATTTAAAAAAT-AAATATATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** * * ** * *
10704 AATACGAAAAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-
1 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAA-CATT-TTTTC
* * * *
10768 AGTTCATAGAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATAC-AAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAA
63 TGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAAA-TTATTAATATT-TAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
10831 GT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGC
125 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * * * *
10881 CATTTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAGTGTTTT-
1 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-A-TTTTTTC
* * * * * * *
10945 TGATCATTCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTCCAAAAATTAATAAGT
63 TGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
** * * * **
11010 AAGCGATTTAAAAAATAAATTTATTCATCAAACTAGTTCAAATAAATATGAC
127 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
** * * ** * * *
11062 TATTTGAATGATTATATACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCT
1 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTTTTCT
* * * * *
11127 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATTAAATAATAC-AAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAACT
64 GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAAT-TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
11191 AAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGA-CAAACCAA-TTCAAATATTTAAGAC
127 AAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * ** *
11242 TATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAAGAAATTTTCA
1 TATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTTTTCT
* * * * *
11306 ATTCATACTAGCTGATTT-GAAATAAAATAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTGCAAAA
64 GTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAAT--AAT--ACT---A--AA-TTATTAATATT-TAAAA
* * * ** * * * * *
11370 ATTAATAAATAAGATATTTAAAAATATATTTCTATTTACCTAACCAA-TTCAAACAATTATGAC
117 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATATATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
11433 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTGCTTTG-CATAAAAAAATGTTTT-TG
1 TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCAT-AAAACATTTTTTCTG
11496 TTCATA
65 TTCATA
11502 ATAAAGTAAT
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 139, Indels: 79
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 117 0.19
178 17 0.03
179 29 0.05
180 111 0.18
181 155 0.25
182 57 0.09
183 4 0.01
187 1 0.00
189 40 0.07
190 29 0.05
191 51 0.08
192 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTTTTCTGT
TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAAATTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAA
GATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
Found at i:12556 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12256--13926 Score: 1181
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180
12246 CAATTAATAT
* * * * * *
12256 GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATATGAAATGGTTTGGTAAACCGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
12321 TTTTTACATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * *
12386 AACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTAATAAT
130 AACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * *
12436 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGAATTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * *
12501 TTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTAT-AAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * *
12566 AACTTCTAT-AAGTTAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC
130 AACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * *
12617 GATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCTTAACTGTTGGAATTGGTTCAGCAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * * * *
12682 TTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAGTCTAAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * *
12747 AACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC
130 AACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * *
12798 AATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTATTTCGATAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGA-TTCGGTAAACAGATTTA
**
12862 -TTTTTAAATCTCTTAC---T-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
12922 CAACTTGTATG-TTGAAAAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAAC
129 AAACTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * *
12974 GATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAACTGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
13039 TTTTTAAATCTCTTA--T-TAATTTTTGAAATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * ** * * *
13101 GCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAAC
131 ACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* ** * * * * ** ** *
13150 AATTTTCAATAGATAATTTTTTAAATAATAATAACTATTTGAGCTTCTTCGGTAAACATATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * ** * *
13215 TTTTTCAAATCTTTTTCTTATTAGTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
66 TTTTT-AAATCTCTTACTTA-TA-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
* * * * *
13279 TAAACTTGTGTGAACT-AAAACAATTATTTTTTGACTAAGC-AAAGGTTAA-AAT
128 TAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TAATAAC
* * * * * *
13331 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAAATGATTCGGCAAACACATTTAA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
13396 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * **
13461 AGCTTGTATG-ATAAGAAACAAATT-TTTTATAACAAAAC-AAAGATCATAGT
130 AACTTGTATGAATAA-AAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * * ** *
13511 AATTTGACAAAACAAAAATATTTGAACTAGT--T--C-A---GAAA-G---CAGCT--TTAGTTT
1 GATTTGA-AATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTC-GGTAAACAG-AT
* * * *
13562 TTAAATCTTT---T-GCTTA---ATAATTTTTGAAATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTA-TTT
62 TT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * * *
13618 CAGATAAATTTTTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAAT
125 GA-ATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * ** *
13675 GATTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTG-TTAAGTAAACATA-TT
1 GA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGATTCGGTAAACAGATTT
* * **
13738 ATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
64 A-TTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
* * * * * * * *
13802 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATCACTAAACAAAAGGTCATAAT
126 AATAAACTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
* * * * * * * *
13857 TATTTGAAATAGATAATTGTTCCAATAATCTTAACTATTTGAACTGGATT-GGCAAAACACATTT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-GATTCGG-TAAACAGATTT
13921 ATTTTT
64 ATTTTT
13927 ATTATTAAAT
Statistics
Matches: 1181, Mismatches: 241, Indels: 136
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
162 7 0.01
163 64 0.05
164 23 0.02
165 6 0.01
167 5 0.00
168 2 0.00
169 1 0.00
170 4 0.00
171 10 0.01
173 3 0.00
174 11 0.01
175 1 0.00
176 193 0.16
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178 9 0.01
179 13 0.01
180 244 0.21
181 374 0.32
182 105 0.09
183 12 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
ACTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
Found at i:12718 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12256--13471 Score: 1184
Period size: 181 Copynumber: 6.8 Consensus size: 180
12246 CAATTAATAT
* * * * * * *
12256 GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCAAAACTATATGAAATGGTTTGGTAAACCGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
12321 TTTTTACATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAC
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* ** * * *
12385 AAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTAATAAT
130 AAACTTGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * * * *
12436 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGAATTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
12501 TTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* *
12566 AACTTCTAT-AAGTTAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC
131 AACTTGTATGAA-TTAAAACAATTATTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAAC
* * * * * * *
12617 GATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCTTAACTGTTGGAATTGGTTCAGCAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * * *
12682 TTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-GTCTAAA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA
* *
12745 TAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAAC
129 TAAACTTGTATGAATTA-AAACAATTATTTTATGATA-AACAAAAGGTTATAAC
* * * * *
12798 AATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAATT-ATTTCGATAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA-TTCGGTAAACAGATTTA
* *
12862 -TTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * *
12922 CAACTTGTATG--TTGAAAAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAAC
130 AAACTTGTATGAATT--AAAACAATTATTTTATGAT-AAACAAAAGGTTATAAC
* * * * *
12974 GATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGTCATAATTATTTGAATTGATTCGATAAACTGATTTAT
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
* * * *
13039 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * *
13100 AGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGTTCATAAC
131 AACTTGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTT-ATAAC
* ** * * * * * * *
13150 AATTTTCAATAGATAATTTTTTAAATAATAATAACTATTTGAGCTT-CTTCGGTAAACATATTTA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGATTCGGTAAACAGATTTA
* * * *
13214 TTTTTTCAAATCTTTTTCTTATTAGTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTG
65 TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-G
* * * * * *
13277 AATAAACTTGTGTGAACTAAAACAATTATTTTTTGACTAAGC-AAAGGTTAAAAT
127 AATAAACTTGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGA-TAAACAAAAGGTTATAAC
* * * * * * *
13331 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAAATGATTCGGCAAACACATTTAA
1 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
* *
13396 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAAT
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAT
*
13460 AAGCTTGTATGA
130 AAACTTGTATGA
13472 TAAGAAACAA
Statistics
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0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 1 0.00
175 9 0.01
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTCGGTAAACAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
AACTTGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGATAAACAAAAGGTTATAAC
Found at i:13849 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 13559--13901 Score: 512
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
13549 GCAGCTTTAG
* *
13559 TTTTTAAATCTTTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAAATAGTATTATTTTATTTCAGATA
1 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * *
13624 AATTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAACCAAAAGGTCATAATGATTTTAAAATAGA
66 AACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATCACAAACCAAAAGGTCATAATGA-TTTAAAATAGA
* *
13689 TAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAACTTGTTAAGTAAACATATTATT
130 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACATATTATT
*
13741 TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATGAAA-TAGTATTATTTTATTTCAAA
* * *
13804 TAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATCACTAAA-CAAAAGGTCATAATTATTTGAAATA
64 TAAACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATCAC-AAACCAAAAGGTCATAATGATTTAAAATA
* *
13868 GATAATTGTTCCAATAATCTTAACTATTTGAACT
128 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
13902 GGATTGGCAA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 13, Indels: 7
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
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182 95 0.66
183 9 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (181 bp):
TTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATGAAATAGTATTATTTTATTTCAAATA
AACTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATCACAAACCAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTAAGTAAACATATTATT
Found at i:13964 original size:153 final size:152
Alignment explanation
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Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 152
13763 ATTTTTTGAA
* * ** *
13773 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATCA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTAATCTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATCA
* * *
13838 CTAAACA-AAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCCAA-TAATCTTAACTATTTGAAC
66 C-AAA-ATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAGTAATCATAACTATTTGAAC
13901 TGGATTGGCAAAACACATTTATTTT
128 TGGATTGGCAAAACACATTTATTTT
* * *
13926 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTAATCTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATC
** *
13990 ACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAGCTAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAACTG
65 ACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAATCATAACTATTTGAACTG
14055 ATTCAGTAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
151 4 0.04
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154 5 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.12, T:0.39
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TATTAATAAATTAGTATTATTTAATCTCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATCA
CAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTAATCATAACTATTTGAACTGG
ATTGGCAAAACACATTTATTTT
Found at i:15334 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 15.7 Consensus size: 180
13916 CATTTATTTT
* * * *
13926 TATTATTAAATTAGTATTATCTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * *
13990 ACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGCTAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAAC-
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
14053 TGATTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTTTAAAA
130 TG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA
* * * * ** * * * * *
14102 TGTTAGTAAATCAATATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTACGAACAGAAACAGTTATTTTACG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
14166 ACAAAATAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATGACTATTTGAATT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * ** *
14231 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-CATTAATTTTTAGAA
130 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA
* * *
14282 TATTAATAATTTAGTA-TATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
14345 ATAAAA-AAATA--TCATAACTATTCGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAGC
65 ACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
14407 TTGCTCCA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTTTTGGAA
129 TTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA
* * * * * * * *
14460 TACTAATAAAGTAGTAGTATTGTATTTCAAATAAGCTTGTACGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
14525 CGAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATCACTATTTGAA-TG
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * *
14589 TGTTCA-AAAATAGATTTATTTTTAAAATTTC-TACTTATTAATTTTTGAAA
130 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA
* * *
14639 TGTTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
14703 ACAAAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATGACTATTTAAATT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
14768 TGTTCGGTTAACAGATTCATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTAGGAA
130 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAA
* * * * * **
14820 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCCTATATGAACTA-ATACAATTGTTTTAAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * *
14884 ATC-AAACAAAAGGTCATAATAACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGAC
65 A-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * **
14948 TTTTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCAAA
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAA
* * * * * *
15000 GTATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTAT
1 -TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
15064 GAAAAAATAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATCTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
15129 TTTTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTTTTAATTATTTGAA
129 TTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAA
* * * *
15182 TATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAA-AATTGTTTTATAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
15246 CAAAATAAAAGGAT-ATAGCAATTTGAAAAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTTAACT
66 CAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*
15310 TGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
130 TGTTCAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
** * * * * * *
15363 TATTAATAAGCTAGAATTATGTTATTTGGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTGTGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
15428 TAACACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAACAATCATAAATATTTGCA-TT
66 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * *
15492 GGGCAGGCT-AACAGATTCATTTTTTAAAT-TCATTAGTTATTAAATTTTAGAA
131 GTTCA-G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATT-AATTTTTGAA
* * * * *
15544 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTG-AATAAGATTGTATGACTAGAAACATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
15608 ACAAAACAACTA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCTTCAAATAGTTA-AACTAATTG-AG
65 ACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * **
15670 TTAATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
129 TT-GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAA
* * * * * * *
15724 TAGTAATAAATGAATATTATTTTATTTTGAACA-AA-CTTATTTGAA-A-AAAAAATTTATTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTA
* ** * *
15785 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAG
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * *
15850 CTGGTTCAGCAAATGGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTAATT-TTTTTTGAAA
128 CTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AA
* * * * *
15903 TATTAATAGATTTA-TTTTATTTTATTTTG-AATAAG-TTACTAAGAACTA-AAA-AATTTTTTT
1 TATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAA-TTGTTT
** * * * * ** *
15963 TACAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAAGAATTGTTCATATACCCTTAACTATTTG
61 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
16028 AA-TTAGTTCA--AATA-A-ATTTATTGTTTAAATCTCTTAGTTGTTAATTTTTAAAA
126 AACTT-GTTCAGTAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA
* * * * * * *
16081 TATTATTATATTAGTGTTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTACGAACATAAATAATT-TTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
16144 ATAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACCATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
16209 GGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTCCTACTTATTAACTTTTGACA
130 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-A
* ** * *
16261 TATTAATAAATTACTATTATTTTATTCCAAAT-AGAATTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAG-CTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
16324 GACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** ** * *
16389 -TGATTC-GATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAA
129 TTG-TTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAA
* * * * *
16442 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCAGATAAGCTAT-TATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCT-TGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
16505 GATAAAATAAAAGGTCATAATGGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * *
16570 TTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTTCGTGCTTATTAATTTTTTGAA
129 TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAA
* * * *
16623 TGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
16686 AACTAAACAAAAAGTCAGAAACGATTTGAAATAAAGAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
64 GACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
16751 CT
128 CT
16753 ATTCGACAGA
Statistics
Matches: 2119, Mismatches: 432, Indels: 194
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 51 0.02
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183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
Found at i:16318 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 16295--16333 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
16285 TTCCAAATAG
16295 AATTGTATGATGA-AAAAC
1 AATTGTATGATGACAAAAC
* *
16313 AATTGTTTTATGACAAAAC
1 AATTGTATGATGACAAAAC
16332 AA
1 AA
16334 AAGTTCATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
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ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (19 bp):
AATTGTATGATGACAAAAC
Found at i:17282 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16784--26999 Score: 4075
Period size: 181 Copynumber: 56.4 Consensus size: 180
16774 TTTAAATCCT
* * * *
16784 TAATACTAATTTATTAATCTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAATAAATCTATTTAC
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* * * * * * * * * * *
16848 CAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCGTTATAACCTTTTG
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* * * * * *
16913 TTTTGTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTA-TT-AAAAAAAA
131 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * *
16962 TAATACTAATCTAATAATATTCCTAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAA-AATT-TTTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * **
17024 CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
66 CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
17089 TTTTGACATAAAACAACTT-TTTCAATTCATAGTAGCTTATTTGGAATAAAA
131 TTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
*
17140 TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
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* * * **
17204 CCTAACTACTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT
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* * * * * *
17269 ATTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *** * *
17321 TAATACTAA-TTATTTACATTTTTTAAATTAAT-AGTTAGGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT
* * * * * *
17383 ACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTT
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* * *
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* * * * * * * *
17496 TAATACTGATCTATTAATATTTTAGAAACT--TAA--AAGAGATTTAAAAACTAAATT-TGTTCA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA
* * ** * * *
17556 -CAAAGC-AGCTT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGCCTATCTCAAATCGTTATGATC-T
65 CCTAA-CTAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
17617 TTATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAA-TAAAA
* * * *
17671 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAGTGT-TTGT-
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATT-TA
* ** ** * *
17734 --TGAATTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTT
65 CCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
17797 T-TTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTTTATGCAAGCTTATTTAAAATAAAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
** * * * * *
17850 TAATACTAATTTATTAGCATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAACATAAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * ** *
17915 TTAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTTTCTATTT-AAAGACATTACAAACTTT
66 CTAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTT
* * * * *
17978 TTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTA-TTGAAAATAAAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTG-AAATAAAA
* * * * * *
18031 TAATACTATTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * *
18095 TTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTT
66 CT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * *
18159 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTTCCACACAAGCTTATTTGGAGTAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT-CATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** * * * * *
18211 TAGTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT-A
* ** ** * * * * *
18275 -CGAACCCGTTCAAATAGTTAAAACCATTAGAACAATTATCTAGTTCAAATAATTCTGACCTTTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * * *
18339 ATTTAATCACAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAACTAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
18391 TAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAATATGCAAG-GAATTTTAAAAAT-ATATCTATT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAT-TCTATT
* * * * **
18453 TACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTT
63 TACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * *** *
18518 TTGTTTTATAATAAAATAATTGTTTC-AGTCTTTAAAAGTTTATCCCAAATAACA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-AT-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * ** * * * *
18572 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAACAAATCAATTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * * ** * *
18637 C-AAATCGGTTCAAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTA-TTCAAATTGTTATGAACATTT
66 CTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * *
18700 ATTTTGCCATAAAA-ATTTTTTTTTCATT-ATAAAGCCTATTTGGAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
18750 TAATACTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA
* * * * * *
18814 TCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTCTATATTTCAAATCATTATAACCTTTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
18879 ATTTTGTCATAAAA-AATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** **
18930 TAATACTAATCTAATAATATTAT-AAAAATTCGTATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTT
1 TAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT
* * * * * * *
18993 GCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAG-GTGATATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTT
64 ACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * **
19057 TTGCTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** *
19111 TAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * * * * *
19172 CAAACCAATTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTGCAAATCATTATGACCATTTG
66 CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * *
19237 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TCAATACAGTCTTATTCGAAATAAAA
131 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTC-ATAAAG-CTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * *
19288 TAATGCTAATTAATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAA-TATGTTG
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT
* * * * * * * *
19351 GCCTGACCAGTGCAAATAGTTTTGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT
64 ACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * *
19416 TGTTTTGTC--ACAACAATTGTTTCTATTCCTACAAGCTTATTCGAAATAACA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
19467 TAATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTGAATT-TTTTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTT
* *** * * * *
19526 A-TTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGTGATTACCTGTTTTAAA-C-TGCTATAAC
64 ACCT-AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT--TATGAC
* * * * *
19587 CTTTGGTTTTGTCATAAAATAAATT-TTTTTATTCATAAAAGCTTATTTTAATTAAAA
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
19644 TAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * *
19708 -CTGAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACTTT
65 CCT-AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * *
19770 TTGTTTTTTCAAAAAACAAATT-TTTTTATTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
19824 -AATA-TTATTTATTAATATTTCAACAATTAATGAGTAAAAGATTTAATAAAT-A---TGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * *
19883 CTTACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG
66 CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
** * * * * * **
19948 TTTCATCATAAAACAATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAA
131 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** *
19999 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATTTGCAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA
* * ** * * * **
20063 CCGAACAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACTATTTTTTATTTCAAATCATTATGATATTTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * **
20128 GTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
20180 AAATA-TAAATTTATTAATA-TTCAAAAAAATTAGTAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATT
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATT
* * * * *
20242 T-TCTAAAC-ACATTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAAT-AGTTATGAG
63 TACCT-AACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
** * *
20304 CTTTTGTTTTGTCATAAGCCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAA
125 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
20361 TAATACTAGTCTATTAATATTTCACAAA-T--TAA-TAAGA-TTTTAAAAAATAAATT-TGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA
* * * * * * * *
20420 TCGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATC
65 CCTAACTAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACC
* * *
20484 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAA
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** * *
20540 TAATACTAATTTATCAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTT-AAAAGTAAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * * * * * *
20603 CCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATGACCTTTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * **
20668 GTTTTTTAACAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAA-ATTATTCAAAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT--AAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * ** * *
20720 TAATACTGATCTATTAAAATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATT-TGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA
** * * ** **
20780 CAGAAATAGTTTAAATAGTTATGA-TAAATCATT-ATGAATCT-T-TATTTC--ATCA-TAAAAC
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACT--AT--TTGAACAAT-TATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
20838 AATTGTT-TATTT-TCATATAAGC--TT-ATTCGGATTAAAATAATA-CTAATTT--AATAATA
125 -CTT-TTGT-TTTGTCATA-AAACAATTGTTTC-TATT--CATAA-AGCTTATTTGAAATAAAA
** ** * * * * * ** * ** **
20894 TTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGA-ATCGGTTCAAATAGTTAGG
1 TAATACTAATTTATTA-ATATTTCAAAAATTAA--TAAGTA-AGAGAT---TT-AAA-AAATAAT
* * * * * * * * **
20958 ACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCA-TTTTGACCTGTTGTTTAGTTATAAAAAAAAT-TA
57 TCTATT--TAC--CTAACTAGTTCAAAT-AGTTATGA-C---TATTT-G----AACAATTATCTA
** * ** * ** ** * **
21021 TTTTGATTCA-TACAAGCTTATTCAG-AATGAAATAATACTAATT-TATTAAC-ATTCA-AAAAA
108 TTTCAAATCATTATGACCTT-TT--GTTTTGTCATAAAAC-AATTGT-TT--CTATTCATAAAGC
* ** * *
21081 TAATGAGCAA-AAGA
166 TTATTTGAAATAAAA
** ** *** ** * * * *
21095 TTTTAAAAAAAAATCT-AT-TTATCAAACAAGTTTGAAT-AGATTTGACTATTTGAATAATTA-T
1 TAATACTAATTTAT-TAATATT-TCAAA-AA--TT-AATAAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAATT
* * ** ** * ** * **
21156 CTATTTAAAGTCATCAGACCTTTTGTT-TTATCA--TAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATAAAAAC
58 CTATTT--A--CCT-A-A-C--TAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTG-AACAATT-AT--CTA-
* * * ** *
21217 TTATCCAAAATAAAATAAT-ACTACTTTAT-TAATTT-TCA-AAAATTAAAAAG---CAAGTT-A
108 TT-T-C-AAAT--CATTATGAC--CTTT-TGT--TTTGTCATAAAA--CAATTGTTTCTA-TTCA
*
21274 T-GA-C-TATTTG-AATAAATA
160 TAAAGCTTATTTGAAATAAA-A
* * * ****** * ** ** ** **
21292 TCAAT-CTTAAATCATTATGATCTTTGTTTCCTT-ATAAAATAA-TTATTTCTTATCATACAAGC
1 T-AATAC-TAATTTATTA--ATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTT-AAAAAATA-ATTC
* ** * * * * * * ** * *
21354 TTATTCAAATAAAAATAATACTAAT--TTATTAATATTCT-AA-AACTTAGTAAGAGACTTAAAA
59 -TATTTACCT--AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAA-TTA-T---CTATTTCAAA
** * *** ** * *
21415 AAATAAATGTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAATAAGTTTTAATTTCAAA
115 TCAT-TATGACCTT-TTG-TTTTG-TC--ATA---AA-ACAATT-G--T---TTCT-A-TTC--A
* * ** *
21480 TCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAGAA
160 T-A----AAGC--TTATTT-GAAATAAAA
** * * * ** * * * *
21509 TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTACTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA-ACATTCAAAA
1 TAA-T-ACT-AATTTAT-TAA---TA-TT-TCA-AAAAT--TAATAA-GTA--AGAGATTTAAAA
** *** ** * ** * * *
21573 AATTAATAAGTAAGAGATTTGAA-AAAAT-AAATTTGTTTATCGAACAAATTTGAATAGTTATGA
51 AA-TAAT-TCT-ATTTACCT-AACTAGTTCAAA-TAG-TTAT-G-AC-TATTTGAACA---AT--
* *
21636 TGATTTGAACAATTACCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCAT-AAACAATTGTTT-
102 T-A--T---C---T----ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
***
21699 TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
154 TA-TTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
*
21728 TAATACT-ATTGTATTAATATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA----A--T-
1 TAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * * * ** * *
21781 -C--A--A-TTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * **
21840 GTTTTCTCCTAAAACAATTGCTTT-TCAAT-ATAGAAGCCTATTCAAAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
21892 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAGAATTAATAA-T-AGA-TTTTAAAAAA-AA-TCTGTTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * ** *
21952 CAAACCAATTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-
66 CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * **
22015 TTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAAA
131 TTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
22067 TAATACTAATTTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAACATAAATCTATTT-
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * ** * ** *
22130 GCTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTACATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTT
65 CCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
22195 TGTTTTCTCATAAAACAATTGTCTTC-GTTAATATAAGTTTATTCGAAATAAAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
22248 TAATACTAATTTATTAATATTTTATAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * * * * *
22313 -CTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAACTATCTATTTCTAATCATTAT-AACTTC
65 CCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-
* * * * * ** **
22376 TTATTTTGTCATCAAACAATTG-GTCATGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
** * ** * * * * *
22430 TAATACTAATTTAAGAATA-TTCTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTG
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * * ** *
22494 TCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAGGACCTTTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTT
* ** * * ** *
22559 TCTTTTGTCGCAAAACGATTGTTT-TATTCATACAAGCTTTTTTTTATTAAAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * ** * * * * **
22611 CAATGCAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGATATTTAAAAAATAATTTTTTTTGT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * * * * * * * ** * * *
22676 CGAA-TCAATTGAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATTTGTTTGAAATTGTTCTAACATTTT
66 CTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
22740 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCCTATTT-AGAATAAAT
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * * *
22792 TAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAATAAATATGTTTAA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * * * * *
22853 CGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAAAAAAATGTCTATTTAAAATCGTTATCACCTTTT
66 CTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * ** *
22918 GATTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATAAAAGCTTAGATGGAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * * *
22970 TAATGCTAATTTATTAATACCTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * * ** ** * **
23034 CCAAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCGTTTGAATGATTATCTACTTT-AAGTCATCCTGA-CTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTT
* * * *
23096 TTGATTTATCATAAAACAATT-TTTTTA-TCATAACTAAGCTTATATGAAATAACAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-A--AAGCTTATTTGAAATAA-AA
* *** *
23151 TAA-ATCTAATTATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAATGTTT
1 TAATA-CTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTT
* * * *
23215 A--TGAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT-TAATTCTCAAAGGTCATTAAGA-
64 ACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATT-TCAAA--TCATTATGAC
* * ** **
23275 -TATTTGTTTTGTCA-AAAAC-ATTGATTTTTA-TCATAGAGGCCTTCCTTG-GTTAAAAA
125 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATA-AAG-CTTATTTGAAAT-AAAA
* * * * * * *
23331 CAATACTAATTTACAATAATAATTTTAAAAAATTAATCAGTAAGAAATTTACAAAAATAAAATGT
1 TAATACTAATTT--ATTAAT-A-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAAT-AATTCT
* * * * * * * * *
23396 GTTT--CTGAGCCTAATTCAAATCAGTTAAACGCCTATTCGAATAATTAT-TAATTTTAACCTCA
60 ATTTACCT-A-ACTAGTTCAAAT-AGTT--ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAA-ATC-
* * * * * * *
23458 ATTTTGGACCTTTTGTGTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCTTACAAGCTTATTCGAAATAA
117 ATTAT-GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATA-AAGCTTATTTGAAATAA
23522 AA
179 AA
* * * * **
23524 TAAT-CTAA--T-TTAACA-TTCAAAAATTAATAAGGAA-ATGATTTGCAAAAATAAATCCGTTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAATTCTATTT
* * * * * * *
23583 ATCGAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTT
64 ACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* ***
23648 TGTTTTGACATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
23701 TAACACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT--AAAATAAAT-TGTTTA-
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * *
23761 CTAAACAAATTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTT-AAATCGTTATGACCTTT
66 CT-AACTAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * ** * **
23824 TATTTTATCATAAAATAATTATTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAA
129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * *
23877 TAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAA-TATGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTA
* * * * * *
23941 CC-AAATCAATTCAAATAATTAATGTC-ATTTCAACAATTATCAATTTC-AA--A-T-TG----T
65 CCTAACT-AGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * * * * *
23995 TTGGTTGGTCGTATAGCAATTGTTTTTTATT-ATATATGTTTATTTGAAATAAAA
128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * *
24049 TAATAGTAATTTATTAAT-CTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAAAATAAATT-TGT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A-AAAAAT-AATTCTAT
* * * * * * * ** ** *
24112 TTACCGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-GCATACTAAAAATTGTTATAACC
62 TTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * *
24176 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAA
126 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** * * * * *
24232 TAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATT-TGTTTG
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAATTCTATTTA
* * * * *
24296 CCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTC-AA--A-T-TG--TTTTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
24354 GTTTTCTCATAAACCAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
24406 TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTATGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTG
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * *
24470 CCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCATTT
65 CCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * **
24535 GTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA
130 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** * * *
24587 TAAAACTAA-TCCTTAATATTTCAAAAATT-ATAA-T---AGATTTAAAAAATAAATATATTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * ** *
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** * * * ** * * * * * *
24710 TTTTTTCTTTTGTTACAAAACAATAATTTGTGTTCATAAAAACTTATTCG--ATTAAT
124 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * *
24766 TAATA-T-ATTTATTAATATTTCAACAATTAAATAAGTTAA-AAATTTTACAAAATAATAC-GTT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAG-TAAGAGA-TTTAAAAAATAATTCTATT
* * * * * * * * *
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* * **
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* * * *
24952 TAAATACTAAGTTATTAATA-TTCTAAAA-TAATAATTAAGAGATTAAAAAAAATGAATTCTATT
1 T-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAAT-AATTCTATT
* * * * * * * *** *
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63 TACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
** ** * * *
25077 TTGTTTTGTCACCAAATGATCTTTTTCTGTTCACATAAGCTTATTTTG-AATAAAA
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* * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATT
* * ** * * * ** *
25193 TACCAAACAAGTTCAAATCTTTATAACTAATTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-AACTT
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* *
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128 TT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTATTTGAAA-TAAAA
* * * * * * * * * * *
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1 TAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAT-TCTATTT
* * * * * *
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* * *
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128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
25493 CAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATCAGTAAGAGAATTAAAAATTAA-TCTGTTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * * * **
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* * *
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128 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATT-TGAAATAAAA
* * * * * *
25673 TAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATATTTAAAAAATAAATATGTTTT
1 TAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
* * * * * * * * ** **
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** * * * **
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* * *
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1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAATTCTATTT
* * * * * * *
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* * * * * ** *
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129 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAA
* ** * * * *
26036 TAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCCATTCAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTAC
* * * * * * * ** * *
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* * * ** **
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* * *
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* * * * * ** *
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*
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * *
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** * * *
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* * * ** *
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* * * * *
26701 TTTATTTTATCATAGAACGATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATGTGAAATAAAA
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* ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * **
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* * *
26936 TAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTA
27000 TTGAACCAAT
Statistics
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16774 TTTAAATCCT
* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
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** ** *
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* *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * *
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254 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * *
17462 ACAATCTG-TTCATT-A-A-AA-ATTATTT-AGACTAAAA
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* * * * * * * * *
17496 TAATACTGATCTATTAATATTTTAGAAACT--TAA--AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTCAC
1 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * ** * * *
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* * * * *
17619 ATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTA
127 ATTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTGAAA-TAAAATAATACTAATTTA
* ** * ** **
17684 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAA-AATAAGTGTTTGTTGAATTAGTTCAA
191 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAA-ATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
** ** * * * *
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255 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
17811 CAATTATTTCAGTTTT-ATGCAAGCTTATTTAAAATAAAA
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* * * *
17850 TAATACTAATTTATTAGCAT-TTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAACATAAATCTATTTA
1 TAATACTAATTTATTA--ATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * **
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* * * * *
17978 TTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATTGAAAATAAAATAATACTATTTT
126 TATTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTG-AAATAAAATAATACTAATTT
* * ** *
18043 ACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCA
190 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* * *
18108 AATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAA
254 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
18172 ACAATTGTTTTTTTCCACACAAGCTTATTTGGAGTAAAA
319 ACAATTGTTTTTTT-CATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * ** * * * *
18211 TAGTGCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-AC
** ** * * * * * *
18276 GAACCCGTTCAAATAGTTAAAACCATTAGAACAATTATCTAGTTCAAATAATTCTGACCTTTTAT
65 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGAACTTTTAT
** * * * *
18341 TTAATCACAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAACTAAAATAATACTATTTTAT
129 TTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
18405 TAACATTT-AGAAAATTAATATGCAAG-GAATTTTAAAAATATATCTATTTACCAAACAAATTCA
192 TAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG-A-TTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* * ** * *
18468 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATAATAAA
254 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *** * * * *** *
18533 ATAATTGTTTCAGTCTTTAAAAGTTTATCCCAAATAACA
319 ACAATTGTTTTTTTC-ATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * ** * *
18572 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAACAAATCAATTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
* * * * * * * ** *
18637 CAAATC-GGTTCAAATAATTATGGCAATTTAAACAATTATCTATTCAAATTGTTATGAACATTTA
64 CGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGAACTTTTA
* ** * * * *
18701 TTTTGCCATAAAAATTTTTTTTTC-ATT-ATA-AAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTG
128 TTTTGTCA-AAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
18763 TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAGTTCAA
191 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * *
18828 ATAGTTATGACTATTTGAACT-ATTCTATATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
18892 A-AATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
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* * * ** **
18930 TAATACTAATCTAATAATATTATAAAAATTCGTATCTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTG
1 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTT-
* * * * * * *
18994 CCGAACTAGTTCAAATAGTTAAG-GTGATATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTT
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** * * * * * *
19058 TGCTTTGTCATAAAACAT-A-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAAT
126 TATTTTGTCA-AAAA-ATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAAT
** * *
19121 TTATTAATATTTTGAAAATTAAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA-T
188 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGT
* * * * * * *
19181 TCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTGCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCAT
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* * *
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* * * * * * * **
19288 TAATGCTAATTAATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATATGTTGGC
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** *
19480 TTAATA-TTCTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTGAATTTTTTTATTGAATAAGTTCA
191 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCA
* * * * * * *
19540 AATAGTTATGACTATTTGAGTGATTACCTGTTTTAAA-C-TGCTATAACCTTTGGTTTTGTCATA
254 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * *
19603 AAATAAATT-TTTTTATTCATAAAAGCTTATTTTAATTAAAA
317 AAA-CAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
19644 TAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *
19709 TGAATAAATTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATG-ACTTTTT
65 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGAAC-TTTT
* * * * * * * *
19772 GTTTTTTCAAAAAACAAATT-TTTTTATTCATAGAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATA-TTATTT
127 ATTTTGTCAAAAAA-TAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * **
19834 ATTAATATTTCAACAATTAATGAGTAAAAGATTT---AATAAATATGTTTACCTTACAAGTTCAA
190 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAA
* * * **
19896 ATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCATCATAAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * **
19961 CAATTATATCTGTTAATATAGGCTTATTCAAAATAAAA
320 CAATTGT-TTTTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
** * *
19999 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATTTGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAC
1 TAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
** * * *
20064 CGAACAAGTTTGAATAGTTATGACTATTTGAACTATTTTTTATTTCAAATCATTATGATA-TTTT
64 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGA-ACTTTT
* * * * * *
20128 GTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCCAAATAAAAAAATA-TAAATTT
127 ATTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACT-AATTT
* * *
20192 ATTAATA-TTCAAAAAAATTAGTAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTAAACACA-
190 ATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACA-AG
* * * *
20253 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAAT-AGTTATGAGCTTTTGTTTTGTC
250 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * *
20317 ATAAGCCAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTTGAAATAAAA
314 ATAAAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * * * *
20361 TAATACTAGTCTATTAATATTTCACAAA-T--TAA-TAAGA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
* * * * *
20421 CGAGCAAGTTTAAATAGTTATTATGCCTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCT
64 CGAACAAGTTCAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGAACT
* * *
20485 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT
124 TTTATTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAAT
* * ** * * *
20550 TTATCAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTT
188 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* * * * * * * *
20614 CAAATAGTCATGTCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTTTAACA
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** **
20679 AAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAA
317 AAACAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
* * * ** * * *
20720 TAATACTGATCTATTAAAATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTT--
1 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * *
20779 --AC-AG---AAATAG-T-T---TA----AATAGTTAT-GA--TAAATCATTATGAA-TCTTTAT
65 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGAACT-TTTAT
** * * * * * * *
20825 TTCATCATAAAACAATTGTTTATTTTCATATAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAAT
129 TTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
20890 AATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCGAATC-GGTTCAA
193 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAA
* * * * * * * *
20949 ATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGACCTGTTGTTTAGTTATAAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAA
* * * * *
21014 AAAATTATTTTGATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATGAAA
319 ACAATTGTTTT-TTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * *
21053 TAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATAATGAGCAAAAGATTTTAAAAAA-AAATCTATTTAT
1 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-
* ** * * *
21117 CAAACAAGTTTGAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTCATCA-GACCTTTT
64 CGAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA-TCATTATGAACTTTT
* * * * * * ** *
21180 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT
127 ATTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAATTT
21244 ATTAAT-TTTCAAAAATTAA
190 ATTAATATTTCAAAAATTAA
21263 AAAGCAAGTT
Statistics
Matches: 3243, Mismatches: 682, Indels: 393
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
331 8 0.00
332 80 0.02
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334 2 0.00
335 84 0.03
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339 7 0.00
341 2 0.00
342 2 0.00
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363 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACG
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGAACTTTTATTT
TGTCAAAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
TTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
Found at i:21329 original size:137 final size:137
Alignment explanation
Indices: 21137--21395 Score: 310
Period size: 137 Copynumber: 1.9 Consensus size: 137
21127 TGAATAGATT
* * * *
21137 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTCATCAGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
1 TGACTATTTGAATAAATATCAATTTAAAGTCATCAGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATT
* *
21202 TCAGT-TCATAAAAACTTATCCAAA-ATAAAATAATACTACTTTATTAATTTTCAAAAATTAAAA
66 TC-GTATCATAAAAACTTATCCAAATA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAAA
21265 AGCAAGTTA
129 AGCAAGTTA
* * * * *
21274 TGACTATTTGAATAAATATCAATCTTAAA-TCATTATGATC-TTTGTTTCCTTATAAAATAATTA
1 TGACTATTTGAATAAATATCAAT-TTAAAGTCATCA-GACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTA
* * * * *
21337 TTTCTTATCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
64 TTTCGTATCATAAAAACTTATCCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA
21396 CTTAGTAAGA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 16, Indels: 8
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
136 1 0.01
137 92 0.90
138 9 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (137 bp):
TGACTATTTGAATAAATATCAATTTAAAGTCATCAGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTATT
TCGTATCATAAAAACTTATCCAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAAAAG
CAAGTTA
Found at i:21558 original size:494 final size:498
Alignment explanation
Indices: 20804--21759 Score: 1265
Period size: 494 Copynumber: 1.9 Consensus size: 498
20794 ATAGTTATGA
* * * **
20804 TAAATCATTATGAATCTTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTATTTTCATATAAGCTTATTCGGA
1 TAAATCATTATGAATCTTTATTTCATCATAAAACAATTATTTATTATCATACAAGCTTATTCAAA
* *
20869 TTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTT
66 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATGTATTT
* * * *
20934 ACCGAATCGGTTCAAATAGTTAGGACTATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTGACCTGT
131 ACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTAACCTGT
* * *
20999 TGTTTAGTTATAAAAAAAATTATTTTGATTCATACAAGCTTATTCAGAATGAAATAATACTAATT
196 TGTTTAGTCATAAAAAAAATTATTTAGATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
* * *
21064 TATTAACATTCAAAAAA-TAATGAGCAAAAGATTTTAAAAAA-AAATCTATTTATCAAACAAGTT
261 TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAATT
* * * * *
21127 TGAATAGATT-TGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTAAAGTCATCA-GACCTTTTGTTTTATCA
326 TGAATAG-TTATGA-TGATTTGAACAATTACCAATTTAAAATCATCATGACCTTTTGTTTTACCA
21189 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTT-TATTAAT-TT
389 T-AAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTA-TTGTATTAATATT
21252 TCAAAAATTAAAAAGCAAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCT
452 TCAAAAATTAAAAAGCAAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCT
* * * * *
21299 TAAATCATTATG-ATCTTTGTTTCCTTATAAAATAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTCAAA
1 TAAATCATTATGAATCTTTATTTCATCATAAAACAATTATTTATTATCATACAAGCTTATTCAAA
* * * *
21363 TAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAACTTAGTAAGAGACTTAAAAAAATAAATGTGTT
66 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGA-TTAAAAAAATAAATGTATT
*** * *
21428 TGTTGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAATAAGTT-T-TAATTTCAAATCATTTTAAC
130 TACCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAA-TTATCT-ACTTCAAATCATTTTAAC
* * * * *
21490 CTTTTGTTTAGTCAT-AGAATAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTACTT-GGAATAAAATAATA
192 CTGTTGTTTAGTCATAAAAAAAATTATTT-AGATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATA
* * * * *
21552 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA
255 CTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
*
21617 CAAATTTGAATAGTTATGATGATTTGAACAATTACCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
320 CAAATTTGAATAGTTATGATGATTTGAACAATTACCAATTTAAAATCATCATGACCTTTTGTTTT
* * *
21682 GCCATAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTGTATTAATA
385 ACCATAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTATTGTATTAATA
*
21747 TTTCAAAAGTTAA
450 TTTCAAAAATTAA
21760 TAAGAGATTT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 51, Indels: 24
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
494 144 0.36
495 116 0.29
496 109 0.27
497 28 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (498 bp):
TAAATCATTATGAATCTTTATTTCATCATAAAACAATTATTTATTATCATACAAGCTTATTCAAA
TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATGTATTT
ACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACAATTAGAACAATTATCTACTTCAAATCATTTTAACCTGT
TGTTTAGTCATAAAAAAAATTATTTAGATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAATT
TGAATAGTTATGATGATTTGAACAATTACCAATTTAAAATCATCATGACCTTTTGTTTTACCATA
AACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTATTGTATTAATATTTCAA
AAATTAAAAAGCAAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCT
Found at i:21889 original size:164 final size:166
Alignment explanation
Indices: 21687--22101 Score: 441
Period size: 175 Copynumber: 2.5 Consensus size: 166
21677 GTTTTGCCAT
* * * * *
21687 AAACAATTGTTTT-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTGTATTAATATTT
1 AAACAATTGTTTTCA-ATCATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATT-TAATAATATTT
* *
21750 CAAAAGTTAATAAGAGA-TTT-AAAAAA-T-AAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAA
64 CAAAA-TTAATAAGAGATTTTAAAAAAATTCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAA
* * * *
21811 CTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTTGTTTTCTCCTA
128 -TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTT-TTCTATCATA
21851 AAACAATTGCTTTTCAAT-ATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
1 AAACAATTG-TTTTCAATCATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC
* * * *
21915 AAGAATTAATAATAGATTTTAAAAAAAATCTGTTTACCAAACCAATTCTAATAGTTATGACTATT
65 AA-AATTAATAAGAGATTTT-AAAAAAA-----TT--CAAACCAATTCAAATAATTATGACCATT
*
21980 TGAACAATATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTTCTATCATA
121 TAAACAATATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTTCTATCATA
*** * *
22026 AAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTG
1 AAACAATTGTTTTCAATCATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TC
22091 AAAATTAATAA
65 AAAATTAATAA
22102 CTAAGAAATT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 21, Indels: 27
0.81 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 59 0.28
165 13 0.06
166 1 0.00
167 6 0.03
173 1 0.00
174 5 0.02
175 89 0.42
176 37 0.18
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
AAACAATTGTTTTCAATCATAGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA
AAATTAATAAGAGATTTTAAAAAAATTCAAACCAATTCAAATAATTATGACCATTTAAACAATAT
CTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTTTTCTATCATA
Found at i:22487 original size:363 final size:354
Alignment explanation
Indices: 21806--26999 Score: 950
Period size: 363 Copynumber: 14.4 Consensus size: 354
21796 TGGCCATTTA
* * *
21806 AACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTCTCCTAAAACAATTGCTTTTCAATAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAATAT
* *
21871 AGAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAGAATTAATAATAGATTTTA
65 A-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAGAATTTA
* *
21936 AAAAAAATCTGTTTACCAAACCAATTCTAATAGTTATGACTATTTGAACAATATCTATTTCAAAT
129 AAAAAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATATCTATTTCAAAT
** * **
22001 TGTTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAA
194 CATTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAACAATTGGTCATGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAA
* * * * *
22066 ATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAACATAAATCTATTTG
259 ATAATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTG
*
22131 -CTAAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTACATG
324 TC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
*
22162 AACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTCTTCGTT-AA
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG-CTT--TTCAA
** * * * *
22226 TAT-AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTATAAAATTAATCAGTAAGA
62 TATAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAAT-AAT-AGA
* * * *
22290 GATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAACTATCT
124 -ATTTAAAAA--AAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCT
* * * ***
22355 ATTTCTAATCATTATAA-CTTCTTATTT-TGTCATCAAACAATTGGTCATGTTCATACT-ATTTT
185 ATTTCAAATCATTATAACCTT-TT-TTTCTATCATAAAACAATTGGTCATGTTCATA-TAAGCCT
22417 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCT-AAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAA
247 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAA-TTAATAACCAAGAAAATTAAAAA
* *
22481 ATAAATCTAATTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
311 ATAAATCTAATTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * ** * *
22525 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTAGGACCTTTTTCTTTTGTCGCAAAACGATTG-TTTT-ATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C-TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAAT-
* * *** * * * * **
22588 ATACAAGCTTTTTTTTATTAAAACAATGCAAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAT
63 ATA-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-AAT-AGA-
* * ** * * * * * * * * * *
22653 ATTTAAAAAATAATTTTTTTTGTCGAATCAATTGAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTATTTG
124 ATTTAAAAAA-AA-TCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTA
* ** * * * * * *
22718 TTTGAAATTGTTCTAACATTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCCTAT
186 TTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAACAATTG-GTCATGTTCATATAAGCCTAT
* * * ** * * * **
22781 TTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAA--GAG-ATTTTAAAAAATA
249 TCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATA
* ** ** * * ** **
22842 AATATGTTTAACGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTG
314 AATCTAATTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * * * * * ** *
22883 AAAAAAATGTCTATTTAAAATCGTTATCACCTTTTGATTAGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTT
1 -AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCA-AT
* * ** * * * * *
22946 AATAAAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATACCTACTAAAA-TAATAAGTAA
63 -AT-AAAGCCTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAAATTAATAA-T-A
* * ** * * * ** * *
23009 GAAACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCGTTTGAATGATTA
122 G-AA-TTTAAAAA-AAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-CAATA
* ** * * * *
23073 TCTACTTT-AAGTCATCCTGA-CTTTTGATT-TATCATAAAACAATT--T-TTTTATCATAACTA
182 TCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAACAATTGGTCATGT-TCAT-A-TA
* * ** * **
23132 AGCTTATAT-GAAATAACAATAA-ATCTAATTATATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AA
242 AGCCTAT-TCAAAATAA-AATAATA-CTAATT-TAAGAATATTCT-GAAAATTAATAACCAAGAA
* * * * * **
23193 GATTTAAAAAATAAA---AA-TGTTTATGAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTG
302 -AATTAAAAAATAAATCTAATTG-TCA-AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* ** * * * *
23244 AGCAATTAT-TAATTCTCAAAGGTCATTAAGA-TATTTGTTTTGTCA-AAAAC-ATTGATTTT-T
1 AACAATTATCT-ATT-TCAAA--TTGTTATGACT-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCA
* * **** * *
23304 ATCATAGAGGCCT-TCCTTGGTTAAAAACAATACTAATTTACAATAATAATTTTAAAAAATTAAT
61 AT-ATA-AAGCCTATTC-AAAAT-AAAATAATACTAATTT--AATAAT-A-TTTCAAAAATTAAT
* * * ** * * *
23368 CAGTAAGAAATTTACAAAAATAAAATGTGTTT-CTGAGCCTAATTCAAATCAGTTAAACGCCTAT
118 -AAT-AG-AATTT---AAAA-AAAATCTATTTACCAAACC-AATTCAAAT-AGTT--ATGACTAT
* * * * * * * * * * *
23432 TCGAATAATTAT-TAATTTTAACCTCAATTTTGGACC-TTTTGTGTAGTCATAAAATATTTGTTT
172 TTGAACAA-TATCT-ATTTCAA-ATC-ATTAT-AACCTTTTTTTCTA-TCATAAAACAATTG-GT
* * * * * * *
23495 CAT-ATCTTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAATTT---AACATTC-AAAAATTAATAA
230 CATGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATAA
** * * * *** * * * * * **
23554 GGAA-ATGATTTGCAAAAATAAATCCGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTG
295 CCAAGA-AAATT-AAAAAATAAATCTAATTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * ** *
23615 AACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTG--TTTCAGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCA-AT-
* * * * * * *
23678 ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
63 AT-AAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA--TAGAA
* * * * * *
23743 TTTAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAATTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACAATTGTCTATT
125 TTTAAAAAAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATT
* * * * * * * *
23806 T-AAATCGTTATGACCTTTTATTT-TATCATAAAATAATT-AT-TTGAATTCATACAAGCTTAGT
188 TCAAATCATTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAACAATTGGTCATG--TTCATATAAGCCTATT
** * ** * ** * * *
23867 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGA
250 CAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAA
* ** ** * * * ** *
23932 ATATGTTTACCAAA-TCAATTCAAATAATTAATGTC-ATTTC
315 ATCTAATTGTCAAACT-AGTTCAAATAGTTAA-GACTACATG
* * * * * * *
23972 AACAATTATCAATTTCAAATTGTT-TG---GTTG--GTCGT-AT--AGCAATTGTTTTTTATTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTC-TCATAAAACAATTGCTTTTCAATAT
* ** ** * * *
24028 ATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAT-CTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 A-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAA-T-AGA-A
* * * * *
24092 TTTAAGAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT-TGCA
125 TTT---AAAAA-AAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATAT-C-
* ** ** * ** ** *
24156 TACTAAAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTAT
184 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAACAATTGGTCATGTTCATATAAGCCTAT
* * * ** ** * * *
24221 TCGAAATAAAATAATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAACA
249 TCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATA
* ** * * *
24286 AATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATATG
314 AATCTAATTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
*
24327 AACAATTATCTATTTCAAATTG---T---TTTTGTTTTCTCATAAACCAATT--TTTTCAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAA-T-A
* * *** * * *
24384 TACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTATGAG
64 TA-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA-ATA-GA-
* * * * * * * *
24448 ATTTAAAAAATAATTTTGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTA
124 ATTTAAAAAA-AA-TCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTA
* * * * * * ** * ** *
24513 TTTCAAATCACTATGACCATTTGTTT-TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTT
186 TTTCAAATCATTATAACC-TTTTTTTCTATCATAAAACAATTGGTCATGTTCATATAAGCCTATT
* * * * *
24577 CAAAATAAAATAAAACTAATCCTTAA-TAT-TTC-AAAAATT-ATAA--TAG--ATTTAAAAAAT
250 CAAAATAAAATAATACTAAT--TTAAGAATATTCTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAT
* * * * * *
24634 AAATATATTTATCAAACTAGTATCAAAAAGTTATGACTA-TTG
313 AAATCTAATTGTCAAACTAGT-TCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * * * * * *
24676 AGCATAAGTTATTTTATTTCAAATTGGTTATTATTTTTTTCTTTTGTTACAAAACAATAATTTG-
1 A--ACAA-TTA-TCTATTTCAAATT-GTTATGA--CTTTTGTTTT-CT-CATAA-AACAA-TTGC
* * * * * * * *
24740 TGTTC-ATA-AAAACTTATTC--GATTAATTAATA-T-ATTTATTAATATTTCAACAATTAAATA
55 TTTTCAATATAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AATA
* * * *** * * *
24799 AGTTAAAAATTTTACAAAATAATAC-GTTTATTGAACTAGA-TC-AATA-TCCCATCGATTATTT
119 A--T-AGAA-TTTA-AAAAAAAT-CTATTTACCAAACCA-ATTCAAATAGT--TAT-GACTATTT
* * * * * * **
24860 GTATAAGTGTTTATTTCAAATCATTATGAACCTTTTGTTT-TGTCATAGAAAAAATATTTTTCA-
174 GAACAA-TATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTT-TTTCTATCAT--AAAACA-ATTGGTCAT
* * * **
24923 GTTCCATAATCAGCCT-TTACGAAATAAAATAAATACTAAGTTATTAATATTCT-AAAA-TAATA
233 GTT-CAT-ATAAGCCTATT-CAAAATAAAAT-AATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATA
** * * * * * * * * **
24985 ATTAAG-AGATTAAAAAAAATGAATTCTATTTATCGAAC-AATTTAAATAATTAAG-C-ATTTG
294 ACCAAGAAAATT--AAAAAAT-AAATCTAATTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * * * ** * *
25045 AACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCACCAAATGATCTTTTTCTGTTC-
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCA-TAAA--A-CAATTGCTTTTCA
* * *** * *
25109 ACAT-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAGGTAA
61 ATATAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA-A-AATTAATA-AT-A
* * * ** * *
25170 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATCTTTATAACTAATTGAACAATTA
122 GA-ATTT-AAAAA-AAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TA
* ** * ** * *
25234 TTTATTTCAAATTGTTATAA-CTTTTAGTTT-TGTCATAAAACAATTATTTC-TATTCATACAAG
182 TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT--TTTCTATCATAAAACAATT-GGTCATGTTCATATAAG
* * * * * ** *
25296 CTTATTCAAATTAAAATAATATTAATATATAA-AA-ATTTTGACAAA-TAATGAGTAA-AAGATT
244 CCTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-T-TAAGAATATTCTGA-AAATTAATAACCAAGAA-A-A
* * ** * * * * **
25357 TTAAAAAAATATATGT--TTACCGAGCAAGTTCAAATAGTCT-TGACTATTTG
304 TT-AAAAAATAAATCTAATTGTCAAACTAGTTCAAATAGT-TAAGACTACATG
* * ** * * * * *
25407 AATAATTATTTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTATAATAAAATAATTG-TTTT-AGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCA-AT-
* ** * * *
25470 ATATAAGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATCAGTAAGA
63 ATA-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAAT-AAT-AGA
* * * * * * * * *
25534 GAATTAAAAATTAATCTGTTTACTAAA-CATGTTCAAATAGTTATTACTATCTGGATAATTATCT
124 -ATTTAAAAA-AAATCTATTTACCAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCT
* * ** * ** *
25598 ATTTCAAAACATTATGATATTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGGTTC-TGTTCATGCAAGCTTA
185 ATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAACAATTGG-TCATGTTCATATAAGCCTA
*** ** ** ** * *
25661 TTGTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATATTTAAAAAA
248 TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA
* ** * * * *** **
25724 TAAATATGTTTTTCGAAC-ACGTTCAAATATTTGTCACTATTTG
312 TAAATCTAATTGTCAAACTA-GTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * ** * * ** *
25767 AATAATTATCTATTTCAAGTCGTTACAATTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTTTGTTC-A
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTG--CTT-TTCAA
* * * *
25831 TA-AAAGCTTACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
62 TATAAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AG
* * * * *
25895 ATTTTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAA-CAAGTTTAAGTAGTTATGACTCTTTGAACAATTAT
123 A-ATTT-AAAAA-AAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TAT
* * * * * * * ** ** **
25959 TTCTTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTT-TGTTATAAAATAATTATTTCTAT-TT-ATGCAATT
183 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAACAATT-GGTC-ATGTTCATATAAGC
* ** * * ** * **** * *
26021 TTATTTGAGATAAAATAACACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAA
245 CTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCT-GAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAA
* * * * * * * * **
26085 AAATAAATC-CATTCATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTG
309 AAATAAATCTAATT-GTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * * * * * *
26131 AGCTATTATCTATTTCAAATGGTTATAACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATT--ATTTCTATTT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTC-A-AT
*** * * *
26194 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAG-ATT
63 ATA-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAGAATT
** * * * *
26258 TAAAAATTAAATCTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTACTTCAACAATTATCTATCT
127 TAAAAA--AAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTT
** * * * * * * * * **
26323 CAAATTGTTATGATCTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGA
189 CAAATCATTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAACAATTG-GTCATGTTCATATAAGCCTATTCAA
* * * * * * * * * *
26386 AGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
253 AATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATC
** * * * *
26451 TGTTTG-CTGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAG
318 TAATTGTC-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACAT-G
* * * * * ** * * *
26488 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAATATTTTGTTTAGTCATAAAATAATT--TTTGCAGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCA-AT-
* * * * * *
26551 ATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAACAAAA
63 ATA-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAAT--A-ATAG
* *
26615 AATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
123 AA-TTT-AAAAA-AAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TAT
* ** * * * * * *
26679 ATATTT-ATAAGAAGTATGACCTTTTATTT-TATCATAGAACGATTGTTTCA-GTTCATAAAAGC
183 CTATTTCA-AATCATTATAACCTTTT-TTTCTATCATAAAACAATTG-GTCATGTTCATATAAGC
* * * ** ** * * *
26741 TTATGT-GAAATAAAATAATATTGCTTTATTAATATT-TCAAAAATTGAA-AA-GATA-AAGATT
245 CTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTAAGAATATTCT-GAAAATT-AATAACCA-AGAA-AAT
* * * * * * * * * ** *
26801 TAAAAAATAAGT-TAGTTTATCGAA-TCACTTCAAATAATTATGGCCATTTA
305 TAAAAAATAAATCTA-ATTGTCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
* * * * *
26851 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAAC-TTTGATTTTGTCTTAAAACAATTGTTTTTC-ATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-GACTTTTG-TTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAAT-
* *
26914 ATACAAGCCTATTCAAAAT-AAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
63 ATA-AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-T-AGA-
26978 ATTTAATAAATAAATCTATTTA
124 ATTTAA-AAA-AAATCTATTTA
27000 TTGAACCAAT
Statistics
Matches: 3700, Mismatches: 797, Indels: 677
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
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378 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGCTTTTCAATATA
AAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAGAATTTAAA
AAAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATATCTATTTCAAATCA
TTATAACCTTTTTTTCTATCATAAAACAATTGGTCATGTTCATATAAGCCTATTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTAAGAATATTCTGAAAATTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTC
AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTACATG
Found at i:24494 original size:355 final size:350
Alignment explanation
Indices: 23693--24513 Score: 872
Period size: 355 Copynumber: 2.3 Consensus size: 350
23683 AGCTTATCCA
* * *
23693 AAATAAAATAACACT-AATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTT--AAAATAAA
1 AAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAT
* * ** *
23754 TTGTTTACTAAACAAATTTAAATTATTATGACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAATCGTTATGA
65 TTGTTTCCT-AACAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTCTATAAAAATCGTTATAA
* *
23819 CCTTTTATTTTATCATAAAATAATTATTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACT
129 CCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACT
* ** * ***
23884 AATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACCAAATCA
194 AATATAAAAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAAATATGTTTACCAAATCA
* * * * * *
23949 ATTCAAATAATTAATGTCATTTCAACAATTATCAATTTCAAATTGTTTGGTTGGTCGTATAGCAA
259 ATTCAAATAATTAATGACATATCAACAATTATCAATTTCAAATTGTTTGGTTGCTCATAAACCAA
** *
24014 TTGTTTTTTATTATATATGTTTATTTG
324 TTGTTTTCAATTATATATGCTTATTTG
* *
24041 AAATAAAATAATA-GTAATTTATTAAT-CTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAAAAT
1 AAATAAAATAAAATG-AATTTATTAATAATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A-AAAAAT
* * * * *
24104 AAATTTGTTTACCGAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTG-CATACTAAAAATTG
62 -AATTTGTTT-CCTAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTC-TA-TAAAAATCG
* *** * * *
24168 TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
123 TTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAAT
* ** * *
24233 AATACTAATATAAAAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAACAAATTTGTTTGCC
188 AATACTAATATAAAAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAAATATGTTTACC
* * * * *
24298 AAA-CTAGTTCAAATAATTAA-GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTTGTTTTCT
253 AAATC-AATTCAAATAATTAATGAC-ATATCAACAATTATCAATTTCAAATTG--TTTGGTTGCT
24361 CATAAACCAATT-TTTTCAATTCATACTA-GCTTATTTG
314 CATAAACCAATTGTTTTCAATT-ATA-TATGCTTATTTG
* * * *
24398 GAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTATGAGATTTAAAAAATAATT
1 AAATAAAATAAAATGAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-T
* * * * *
24463 TTGTTTGCCTAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTATCTAT
65 TTGTTT-CCTAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTCTAT
24514 TTCAAATCAC
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 64, Indels: 38
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 3 0.01
348 40 0.10
349 3 0.01
353 6 0.02
354 48 0.12
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357 70 0.18
358 6 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (350 bp):
AAATAAAATAAAATGAATTTATTAATAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
TGTTTCCTAACAAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTGTCTATAAAAATCGTTATAACC
TTTTATTCTATCATAAAACAATTATTTGAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATACTAA
TATAAAAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAAATATGTTTACCAAATCAAT
TCAAATAATTAATGACATATCAACAATTATCAATTTCAAATTGTTTGGTTGCTCATAAACCAATT
GTTTTCAATTATATATGCTTATTTG
Found at i:27039 original size:123 final size:124
Alignment explanation
Indices: 26894--27118 Score: 299
Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 124
26884 GATTTTGTCT
* * * *
26894 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAAT-AAATAATAGTAATTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTGTTTTACATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTC
*
26958 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCTGTTA
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCTGTTA
* ** * * * ***
27017 TAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTTACATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTC
* *
27082 CAAAAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
66 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
27119 GTTTGTCGAA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 16, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
123 29 0.34
124 56 0.66
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (124 bp):
TAAAACAATTGTTTTACATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATATTC
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAATTCTGTTA
Found at i:27697 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 27053--28015 Score: 847
Period size: 361 Copynumber: 2.7 Consensus size: 361
27043 GCTTTTTTGG
* * ** * * *
27053 AATAAAATAATAATAATTTAATAATATTCCAAAAATTGATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATC
* *** * *
27118 TGTTTGTCGAAGTGGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTATCAAAAATTATG
66 TCTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTGATTATCAAAAATTATG
** * * * *
27183 GCCTTTTGTTTGGCCATATAGCAACTGTTTTTGATCACTCAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAC
131 AACTTTTGTTTAGCCATAAAACAACTGTTTTTGATCACTCAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAA
* * *
27248 TAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACT
196 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACC
*
27313 AGTTCAAATACGTAACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCA--TTATAACCTTTTG-TTCTA
260 AGTTCAAATACGTAACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAAT-AGTTTAT-ACCTTTTGTTTCTA
*
27375 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA-TCTTATTCAA
323 TCATAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGT-TTATTCAA
* *
27414 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTATGAGAATTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATC
* **
27479 TCTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCT-ATT-TCAAATCGTTAT
66 TCTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTGATTATCAAA-AATTAT
* * * * * * *
27542 GAACTTTTGTTTTAG-CATAAAATAAGTTTTTTTTGAATTTA-TACTAGCTTATTTGGAATAAAA
130 GAACTTTTG-TTTAGCCATAAAACAA-CTGTTTTTG-A-TCACT-CAAGCCTATTCGGAATAAAA
* *
27605 TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-CA-AA-AGATTTCAAAAAT-AATTCTATTTA
190 TAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTTA
* ** * *
27665 CCTAACCAGTTCAAATAAC-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTTATATCTTT
253 CCGAACCAGTTCAAAT-ACGTA--ACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATAGTTTATACCTTT
* * * * ***
27729 TGTTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGG
315 TGTTTCTATCATAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAA
* * *
27776 AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATC
* * ** * * ** * * * *
27837 TATTTAT-GAAATGAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAT-TTATT-TCAAATAGTTA
66 TCTTTGTCG-AACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTGATTATCAAA-AATTA
* * ** * * * * * * *
27899 TG-ACTTGTTTTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTGTTCA-TACAATCTTATTCAGATTAAAATA
129 TGAACTT-TTGTTTAGCCATAAAACAACTGTTTTTGATCACT-CAAGCCTATTCGGAATAAAATA
* * * * * *
27962 ATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA
192 ATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAA
28016 CATGTTTATT
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATC
TCTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTAAAACTATATGAACAATTATCTGATTATCAAAAATTATG
AACTTTTGTTTAGCCATAAAACAACTGTTTTTGATCACTCAAGCCTATTCGGAATAAAATAATAA
TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAACCA
GTTCAAATACGTAACTATTTGAACAATTATAAACTTCAAATAGTTTATACCTTTTGTTTCTATCA
TAAAACAAATATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAA
Found at i:27841 original size:178 final size:177
Alignment explanation
Indices: 27016--29948 Score: 1311
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27006 CAATTCTGTT
* * * * * * * * *
27016 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTTTTTGGAATAAAATAATAATAATTTAATAATATT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** *** * *
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* * * * * *
27146 GACTATATGAACAATTATCTGTTTATCAAA-AATTATGGCCTTTTG-TTTGGCC
127 GACTATTTGAACAATTATCT-ATT-TCAAATAGTTAT-GACTTTTGTTTTTGTC
* * * * * * * *
27198 ATATAGCAACTGTTTTTGATCACT-CAAGCCTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCA-TACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
27262 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAAT-ACGT
65 TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAAC-T
* ** * * * *
27326 A--ACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCA-TTATAACCTTTTG-TTCTATC
125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
** * *
27377 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA-T
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** **
27441 TCTGAAAATTAATAACTATGAGAATTAAAAAATAAATTTCTTTGTCGAACCAGTTCAAATATTTA
66 TC-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACTA
** * * *
27506 AAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTAG-C
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG-ACTTTTGTTTTTGTC
* * * * * * *
27558 ATAAAATAAGTTTTTTTTGAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
1 ATAAAACAA-TTATTTTTG--TTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * *
27622 TATTTCAAAAATTAACAAAAGATTTCAAAAATAATTCTATTTACCTAACCAGTTCAAATAACTAT
62 TATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACTAT
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127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG-TTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
* * * * *
27739 ATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATAT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA-TCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * ** * **
27803 TTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TGAAATGAGTTGAAATAGTTATGA
65 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG-AACCAGTTCAAATAACTATGA
* * *
27867 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTGTT-TTTTTGTT
129 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTT-TTGTTTTTGTC
* * * *
27916 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAATCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * ** ** * *
27981 TCAATAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA-CATGTTTATTGAAATAAATT-AAAT-AGT
66 TCAA-AA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACCG-AACCAGTTCAAATAACT
* *
28043 AATGACTATTTGAATAATTAT-TAATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTC
125 -ATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
* * *
28097 ATATAAGC--TTA------TTCA-A-AA---TA----AAATAATACTAAGT--T-ATTATATTAC
1 ATA-AAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAA-AATAA-TACTAATT-TATTA-
* * * * ** * * * * *
28142 A-A---AAATTAA-TAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAGCAACTTTAAATAAT
61 ATATTTCAA-AAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAAC
** * * * * * *
28202 TATGACTATTCCAATAATTTTCTTTTTGAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTTGTC
124 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
* * *
28256 ATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATACAAGT-TTATTAC-GAATAAAATAATA-AAAATTATTAAT
1 ATAAAA-CAATTATTTTTGTTCATACAA-TCTTATT-CGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * **
28317 A--T-AAAGACACTTAATATGTAAAACATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAAT
63 ATTTCAAA-A-A-TT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAAT
* * **
28379 --CTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACTTTCTG-TTTTGTC
121 AAC-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTT-TGTTTTTGTC
* * * * * * * *
28435 CTAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATTACAATAATATTAATTTATTACTAT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * ** * * *** ** **
28499 TTTGGCAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAGTAATAAATATGTTTTTTGAAAAAGTTCAAATAGTT
64 TTT--CAA-AAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACT
* * * * * ** *
28563 CTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTGTGACCTTTTG-TTTCATA
125 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
* * * * * * *
28616 ATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACCAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * ** ** * **
28681 CCAAAAAACAATGAGTAAGAGAATAAAAAAATGAATTTGTTTATTGAACTTGTTTAAATAGTTAT
66 TC---AAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACTAT
* * * *
28746 GACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAA-ACATTATGACATTTTG-TTTTGTC
127 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGAC-TTTTGTTTTTGTC
* ** * * ** * * *
28797 ATAAAATAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTC-AAATAAAAAAATA-TAAATTTATTAATA
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTA-TTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * *** * **
28860 TTTGAAAAATCAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTTGAA-CACGTTTAAATAGT
64 TTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCGAACCA-GTTCAAATAAC
* * *
28924 TATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTC
124 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
* * * * * * *
28978 ATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * **
29043 ACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAGTTACC-AAGCGAGTTCAAATAGTTA
66 TCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CCAGTTCAAATAACTA
* * *
29107 TGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATAATCTTTTG-TTTTGTC
126 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
* * * * * * * * * *
29159 CTGAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGT-TTTTTAGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATA-
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAA-TCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * ** * * *
29222 TTCTTAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATACACTGAACAAGTTCAAAT-AGT
65 TTC-AAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACT
* * * *
29286 CAT-ATCCATTTGAGCTATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTG-TTTTGTC
125 -ATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-TTTTGTTTTTGTC
* * * * ** ** ** *
29340 GTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATCAATATT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * * * ** *
29405 TTGAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACCCGTTCTAATAGTTATGATT
66 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACTATGACT
* *
29470 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAA-ATGTTATGATTTTTG-TTTTGTC
131 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACTTTTGTTTTTGTC
* * * * * * * * * * * * *
29516 ATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTGCAGTAAATTATTGCTAAATTAATAGTA-T
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * * * *
29580 TCTAAAAATTAATAACATATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAATCAATTCAAATGATTAAGAC
66 TC-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACTATGAC
* * * ** *
29645 TATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTTTTATGACCTTTTG-TTTAGTC
130 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
* * * *
29693 AT-AAA-AATTTTTTTTCAGTTCATAC-ATGCTTATTTGAAATAAAAATAATATTAATTTATTAA
1 ATAAAACAATTATTTTT--GTTCATACAAT-CTTATTCGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
29755 CA-TTCAAAAATTAATAAACAACAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGATCAAGTTCAAATA
62 TATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATA
** * * ** *
29819 GTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTT-ATTATAAATATGACCTTTTG-TTTTATC
122 ACTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATAGTTATGA-CTTTTGTTTTTGTC
* ** * * * *
29875 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AATGCTTATCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
1 ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAT-CTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
29939 TTCAAAAATT
65 TTCAAAAATT
29949 TGATAAGTTA
Statistics
Matches: 2143, Mismatches: 455, Indels: 306
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
158 7 0.00
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162 4 0.00
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165 11 0.01
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167 2 0.00
168 2 0.00
169 2 0.00
171 2 0.00
172 2 0.00
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186 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAATCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAACTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTTGTC
Found at i:28239 original size:159 final size:160
Alignment explanation
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Period size: 159 Copynumber: 2.1 Consensus size: 160
27915 TATAAAACAA
* * * * * *
27925 TTGTTTCTGTTCATACAATCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATT
1 TTGTTT-TG-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTACAAAAATT
* * * * **
27990 AGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAACATGTTTATTGAAATAAATTAAATAGTAATGACTATTTG
64 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGTTTATCGAAATAAATTAAATAATAATGACTATTCC
*
28055 AATAATTATTAATTTCAAATCGTTATGACCTT
129 AATAATTATTAATTTCAAATCGTTATAACCTT
*
28087 TTGTTTTGTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATT-ATATTACAAAAATTAA
1 TTGTTTTGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTACAAAAATTAA
* * * * ** *
28151 TAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATC-TGTTTGTCGAGCA-ACTTTAAATAATTATGACTATTCC
66 TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAA-CATGTTTATCGA-AATAAATTAAATAATAATGACTATTCC
** * *
28214 AATAATT-TTCTTTTTGAAATTGTTATAACCTT
129 AATAATTATT-AATTTCAAATCGTTATAACCTT
28246 TTGTTTTGTCATA
1 TTGTTTTGTCATA
28259 AAATAAATTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 25, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.01
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161 2 0.01
162 6 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (160 bp):
TTGTTTTGTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTACAAAAATTAA
TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAACATGTTTATCGAAATAAATTAAATAATAATGACTATTCCAA
TAATTATTAATTTCAAATCGTTATAACCTT
Found at i:29183 original size:543 final size:539
Alignment explanation
Indices: 28095--30060 Score: 1576
Period size: 543 Copynumber: 3.6 Consensus size: 539
28085 TTTTGTTTTG
** * *
28095 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATT-ATATTACAAAAATTAATAAGTAAG
1 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * * * *
28159 ATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAGCAACTTTAAATAATTATGACTATTCCAATAATTTTC
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* * * * * * * *
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131 TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGATTA
* * * ** * ** *
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* * * * * * *
28353 AATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAAT-CTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTCTT
258 AATCTGTTTATCGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * *
28417 ATGACTTTCTGTTTTGTCCTAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTACAATA
323 ATGACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATA
* ** ***** ** ***
28481 ATATTAATTTATTACTATTTTGGCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGTAATAAATATGTTTTTTG
387 ATACTAATTTATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTTACC
* * * *
28546 AAAAAGTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCTTTTGTT
451 AAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
28611 TCATAATAAAACAATTATTTTAGT
516 TCATAATAAAACAATTATTTTAGT
* * * ** *
28635 TCATATAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAAACAATGAGTAAG
1 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * **
28700 AGAATAAAAAAATGAATTTGTTTATTGAACTTGTTTAAATAGTTATGACTA-TCTAAATAATTAT
66 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTC-AAATAATTAT
* * * ** *
28764 CTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTA
130 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTA
*
28829 TTTCAAATAAAAAAATATAAATTTATTAATATTTGAAAAATCAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
195 TTTCAAATAAAATAATA-AAATTTATTAATATTTGAAAAAT-AATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
* * * *
28894 AATATGTTTTTTTGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGT
258 AATCTG-TTTATCGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
* * *
28959 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTGGAA-TAAAAT
322 TATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAAT
*
29023 AATACTAATTTATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAG-TTAC
386 AATACTAATTTATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAC
** * * *
29087 CAAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTG
450 CAA-AAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
** ** * *
29152 TTTTGTCCTGAAACAATTGTTTCTA-T
514 TTTCATAATAAAACAATTATTT-TAGT
* ** **
29178 TCATATAAG-TTTTTTAGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTTG
1 TCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * * * **
29242 GAGATTTAAAAAATAAATTTATACACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAGCT-ATT
65 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGA-CTA-TTCAAATAATT
* * *
29305 ATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAT
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGAT
* *
29370 TA-TTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATCAATATTTTG-AAAAT--TAAG-AAGAGATTTAAAA
193 TATTTC-AAATAAAATAAT-AAAATTTATTAATA-TTTGAAAAATAATAAGTAA-AAATTTAAAA
* * * * * *
29430 ACTAAATCTATTTATCGAACCCGTTCT-AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA
254 AATAAATCTGTTTATCGAACACGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
29494 ATGTTATGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGCTTATTTG-CAGTAA
318 TTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAA
* * * * * ** * *
29558 ATTATTGCTAAATTAATAGTATT-CTAAAAA-T--TAA-TAACATATTTAAAAAATAAATATGTT
383 AATAATACTAATTTATTAAAATTAC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * ** *
29618 TGCCGAATCAA-TTCAAAT-GATTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTTTTATGAC
447 TACC-AA-AAAGTTCAAATAG-TTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
* * *
29680 CTTTTGTTT-AGTCATAAAA-ATTTTTTTTCAGT
508 CTTTTGTTTCA-TAATAAAACAATTATTTT-AGT
* * * * * **
29712 TCATACATGCTTATTTGAAATAAAAATAATATTAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAAACAA
1 TCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * * ** *
29776 CAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGATCAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA
65 GAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTCAAATAATTA
* *** * * *
29841 TCTATTT-ATTATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-AATG
129 TCTATTTCA-AATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAA-G
* * * * * * * *
29903 CTTA-TCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTTGATAAGTTAGAGATTT-
191 ATTATTTC-AAATAAAATAATA-AAATTTATTAATATTTGAAAAA--TAATAAG-TAAAAATTTA
* * *** * * * * *
29966 AAAAATAAGT-TAG-TTATTGAATTGGTTCAAATAATT-TTAGCCATTTGAACAATTATCTATTT
251 AAAAATAAATCT-GTTTATCGAACACGTTTAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTT
* * *
30028 CAAATTGTTACGAACGTTTGTTTTGTTATAAAA
314 CAAATTGTTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAA
30061 AATAGATTTT
Statistics
Matches: 1142, Mismatches: 234, Indels: 101
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
532 1 0.00
533 9 0.01
534 118 0.10
535 152 0.13
537 6 0.01
538 114 0.10
539 84 0.07
540 68 0.06
541 150 0.13
542 50 0.04
543 371 0.32
544 18 0.02
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTCAAATAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGATTAT
TTCAAATAAAATAATAAAATTTATTAATATTTGAAAAATAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTATCGAACACGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATTAAAATAATAC
TAATTTATTAAAATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAAA
GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTCATA
ATAAAACAATTATTTTAGT
Done.