Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168137.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_38, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 2000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 5 of 8
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184688 TTAATATTAT
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TTTAAATTATAATAATAAAA
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185105 TAATATCAAC
* * * *
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1 AATAT
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AATAT
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185119 CTAATATGAT
* *
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*
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TATATTATAAAATAAATAA
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185094 TAAAAAATTA
* * *
185104 ATAATATCAACAATACTAATATGATT
1 ATAATATAAATAATA-TTATAT-ATT
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1 ATAATAT-AAATAATATTATATATT
185155 ATAATATAAATAATATTAT-TATT
1 ATAATATAAATAATATTATATATT
*
185178 -TATTA-AAATAAT
1 ATAATATAAATAAT
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ATAATATAAATAATATTATATATT
Found at i:185181 original size:27 final size:25
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185112 AACAATACTA
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1 ATAT-ATTATAATATAAAATAATATT
185148 ATATATTATAATAT-AAATAATATT
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1 ATATATTATAATATAAAATAAT
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ATATATTATAATATAAAATAATATT
Found at i:185195 original size:27 final size:24
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185112 AACAATACTA
*
185122 ATATGATTATAATATAAAATAATATT
1 ATAT-ATTATAAAAT-AAATAATATT
*
185148 ATATATTATAATATAAATAATATT
1 ATATATTATAAAATAAATAATATT
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ATATATTATAAAATAAATAATATT
Found at i:185370 original size:24 final size:22
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185325 TAAAATAAAA
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ATTAAATAAATAATCAATTAAT
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185621 TTATAGTATA
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* *
185663 TAATAATATTTATAATTATATTTATAAACTAT
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185695 TA
1 TA
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TAATAATATCTATAATTATATTAATAAACTAT
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*
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1 TTAATATATTTAATA
*
185754 TT-ATATTTTCTAATA
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185769 -TAATA-ATTT
1 TTAATATATTT
185778 TAAATAATCA
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TTAATATATTTAATA
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185953 ATTCTTATTT
*
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*
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* *
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1 AATTAATAAATATTTATT
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AATTAATAAATATTTATTAATATA
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186749 TTAATAATTC
*
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1 AATAATATTATTAAAATAT
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1 AATAATATTATTAAAATAT
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AATAATATTATTAAAATAT
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186797 TAAT-TTAAATAAT-TATTT-TTTAATT-ATTT-TTAATTAATAAAA
1 TAATATTAAATAATATATTTATTTAATTAATTTGTTAATTAATAAAA
*
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1 TAATATTAAATAAT-ATATTT-ATTTAATTAATTTGTTAATTAATA
186885 TTTCGATGAT
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*
187447 AACATT-TTATT
1 -A-ATTATTAAT
*
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1 AATTATTAAT
187468 AATT
1 AATT
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AATTATTAAT
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187831 ATTATTAAAC
*
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ATATATTATTTAATTAT
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* *
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*
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*
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1 ATATTAATAGAAATTATT
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191105 AATAGAAATA
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*
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1 ATTAATTAATA
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ATTAATTAATAAAATATTAATATATT
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*
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1 TAATAATAT
*
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1 TAATAATAT
*
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1 TAATAA-TAT
*
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1 TAATAA-TAT
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1 TAATAATAT
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1 TAATAATAT
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1 T
191169 TTAATTAATA
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TAATAATAT
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191103 TAAATAGAAA
*
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*
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1 TAATTAATATTAATAATATTT
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1 TAATTAATATT
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TAATTAATATTAATAATATTT
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191108 AGAAATAATT
* * *
191118 ATATTAATAAAATTATTAATTATTATTAATTATTAAA
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* *
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191192 AT
1 AT
191194 TAAACATTCA
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ATATTAATAAAATTATTAATTAATATTAATAATAAAA
Found at i:191534 original size:178 final size:174
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191199 ATTCAAATAG
* * *
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*
191274 TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAATAATACTATTTAATTTAAAATTTCAAAATTAT
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* *
191339 AGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAGCAAGTTCAATGT
131 AGTAAAAAGACTT-AAAAAT--ATCTATTTACTAACAAGTTCAATGT
* * * *
191386 TTATGAGTATTTGAACAATTATTATATTTCATATTGTTATAATCTTTTA-TTTGTTCATAAAC-A
1 TTATGACTATTTGAACAATTA-TATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTG-TCATAAACTA
* * * *
191449 ATTGTTTCTATTCGTAGCAAGTTTATTCGAAATAAA-AATA-TA-TTAATTTATTAATTCTAAAA
64 ATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAATAATACTATTTAATTTA-AAATT-TAAAA
*** *
191511 ATTAATAAGT-TGGAGACTTAAAAATATCTATTTACTAACAATTTCAAATAGT
126 ATT-AT-AGTAAAAAGACTTAAAAATATCTATTTACTAACAAGTTC-AAT-GT
** * * * ** ** * * *
191563 CATGT-TTTCATAATTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTACGACATTTTTTTTTGTCGTAAAA
1 --T-TATGAC-TATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCAT-AAA
* * ** * *
191627 C-AATTATTTCTATTCATACAATATTATTC-AGAATAAAATAGTACTAATTT-A-TTAATATTTT
61 CTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGA-AAT-AAATAATACT-ATTTAATTTAA-AATTT
* * * * * *
191688 TAAAATTA-A-T-AAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACCAGTTTAAATAG-
122 AAAAATTATAGTAAAAAGACTTAAAAA-T--ATCTATTTA-CTAACAAG-TTCAAT-GT
* * * * * * * *
191743 TTATAATTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACTAAT
191807 TGTTTCTATTCATA
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191821 CAAATTTATT
Statistics
Matches: 344, Mismatches: 62, Indels: 59
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
175 29 0.08
176 36 0.10
177 100 0.29
178 58 0.17
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181 20 0.06
182 9 0.03
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184 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (174 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAACTAAT
TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAATAATACTATTTAATTTAAAATTTAAAAATTAT
AGTAAAAAGACTTAAAAATATCTATTTACTAACAAGTTCAATGT
Found at i:191822 original size:176 final size:176
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Period size: 180 Copynumber: 4.7 Consensus size: 176
191193 TTAAACATTC
* *
191203 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** *
191268 ACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-GAA-ATAAATAATACT-ATTTAATTTAAAATTT
66 AATAATTGTTTCTATTCATACAATATTATTCAGAATA-AAATAATACTAATTT-A-TTAAATTTT
* * * *
191330 CAAAATTATAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAGCAAG-TT
128 AAAAATTA-AGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACCAGTTT
* * * * * * * *
191380 CAAT-GTTTATGAGTATTTGAACAATTATTATATTTCATATTGTTATAATCTTTT-ATTTGTTCA
1 AAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTG-TCA
* * *
191443 T-AAACAATTGTTTCTATTCGTAGCAAGT-TTATTC-GAAATAAAA-ATATATTAATTTATT-AA
63 TAAAATAATTGTTTCTATTCATA-CAA-TATTATTCAG-AATAAAATA-ATACTAATTTATTAAA
* * *
191503 TTCTAAAAATTAA-TAAGTTGGAGACTT-AAAAAT--ATCTATTTACTAA-CAATTT
124 TTTTAAAAATTAAGTAA----GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACCAGTTT
* ** * * ** * *
191555 CAAATAGTCATGTTTTCATAATTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTACGA-CATTTTTTTTTG
1 -AAATAGT--T-ATAAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTG
* * * *
191619 TCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATA
60 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-A
* * *
191684 TTTTTAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACCAGTTT
124 TTTTAAAAATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAACCAGTTT
* *
191737 AAATAGTTATAATTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
191801 AATAATTGTTTCTATTCATACAA-ATTTATTCA-AAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCT
66 AATAATTGTTTCTATTCATACAATA-TTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAA-ATT-T
* * * * * *
191864 AAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACGGAACCGGTTC
127 TAAAA--ATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-TAACCAGTTT
* * * * *
191917 AAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCT-AACATTTTGTTTAGTCATA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
191981 AAATAATT-TTTTTAGTTCATAC-ATGCTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
65 AAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAT-ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
192039 CATTCAAAAG
Statistics
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0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.01
175 18 0.03
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179 69 0.13
180 130 0.25
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182 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
AATAATTGTTTCTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTTAAA
AATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAACCAGTTT
Found at i:192055 original size:357 final size:349
Alignment explanation
Indices: 191200--192057 Score: 817
Period size: 357 Copynumber: 2.4 Consensus size: 349
191190 AAATTAAACA
* * *
191200 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTTGTTTTGTCA
* * * * *
191265 TAAACTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATACT-ATTTAATTTAAAAT
65 TAAAATAATTATTTCTATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-A-TTAAAAT
* * * *
191328 TTCAAAATTATAGTAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAGCAAGTTCAATGTTTATGAG
128 TTCAAAATTA-A-T-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACAAGTTAAATGTTTATAAG
* * *
191393 TATTTGAACAATTATTATATTTCATATTGTTATAATCTTTTATTTGTTCATAAACAATTGTTTCT
190 TATTTGAACAATCATTATATTTCAAATCGTTATAATCTTTTATTTGTTCATAAACAATTGTTTCT
* * * * **
191458 ATTCGTAGCAAGTTTATTCGAAATAAAAATATATTAATTTATTAATTCTAAAAATTAATAAGTTG
255 ATTCATAGCAAATTTATTCGAAATAAAAATATATTAATTAATAAATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* *
191523 GAGACTTAAAAATATCTATTTACTAACAAT
320 GAGACTTAAAAATATCTATTTACGAACAAG
* ** * ** *
191553 TTCAAATAGTCATGTTTTCATAATTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTAC-GACATTTTTTTT
1 TTCAAATAGT--T-ATAAC-T-ATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-CTGACATTTTGTTT
* * * * *
191617 TGTCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAT-ATTATTCAGAATAAAATAGTACTAATTTATTA
60 TGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC-ATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
191681 ATATTTTTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTATCAAACCAGTTTAAATAG-TT
124 A-AATTTCAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACAAG-TTAAAT-GTTT
* * * *
191745 ATAATTATTTGAACAATCA-TCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTGT-TTTG-TCATAAAATAAT
185 ATAAGTATTTGAACAATCATTATATTTCAAATCGTTATAATCTTT-TATTTGTTCAT-AAACAAT
191807 TGTTTCTATTCATA-CAAATTTATTC-AAAGT-AAAATAT-TGCTAAATTAATAATATTCTAAAA
248 TGTTTCTATTCATAGCAAATTTATTCGAAA-TAAAAATATAT--T-AATTAATAA-ATTCTAAAA
* * * * **
191868 ATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACGGAACCGG
308 ATTAATAAGTAAGAGACTT-AAAAAT--ATCTATTTAC-GAACAAG
* * *
191914 TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACATTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTTGTTTTGTCA
* * * *
191979 TAAAATAATT-TTTTTAGTTCATACATGCTTCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAACA-T
65 TAAAATAATTATTTCTA-TTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
192042 TCAAAAGATTAATAAA
129 TC-AAA-ATTAATAAA
192058 TAAATTATGT
Statistics
Matches: 404, Mismatches: 71, Indels: 56
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
353 11 0.03
354 10 0.02
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361 13 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
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TTCAAATAGTTATAACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACATTTTGTTTTGTCAT
AAAATAATTATTTCTATTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC
AAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACAAACAAGTTAAATGTTTATAAGTATTTG
AACAATCATTATATTTCAAATCGTTATAATCTTTTATTTGTTCATAAACAATTGTTTCTATTCAT
AGCAAATTTATTCGAAATAAAAATATATTAATTAATAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGACT
TAAAAATATCTATTTACGAACAAG
Found at i:193541 original size:113 final size:114
Alignment explanation
Indices: 193422--193653 Score: 349
Period size: 113 Copynumber: 2.0 Consensus size: 114
193412 AGACTCAAAC
* * * * * *
193422 TTTAAAATATGAAGTATTGTTTTATCAAGTTTTTAAATGAAAATGAATTTGAATATTTTGAATCC
1 TTTAAAATATAAAATATTATTTTAGCAAGTTTTTAAATAAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCC
* *
193487 AATCTTTTAAACTTGGTCAAACAAAAAAACATGATAAC-TTGCCTTGGT
66 AATCTTTTAAACTTGGTCAAACAAAAAAACATAATAACTTTGCATTGGT
193535 TTTAAAATATAAAATATTATTTTAGCAAGTTTTTAAATAAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCC
1 TTTAAAATATAAAATATTATTTTAGCAAGTTTTTAAATAAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCC
* * * *
193600 AATGTTTTAAACTTGTTCAAGCAAAGAAACATAATAACTTTGCATTGGT
66 AATCTTTTAAACTTGGTCAAACAAAAAAACATAATAACTTTGCATTGGT
193649 TTTAA
1 TTTAA
193654 TTTTTCACAG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 12, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
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TTTAAAATATAAAATATTATTTTAGCAAGTTTTTAAATAAAAATGAATTTGAATATCTTGAATCC
AATCTTTTAAACTTGGTCAAACAAAAAAACATAATAACTTTGCATTGGT
Found at i:195364 original size:9 final size:9
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Indices: 195350--195385 Score: 72
Period size: 9 Copynumber: 4.0 Consensus size: 9
195340 TGCTGAAATT
195350 TCACACTTC
1 TCACACTTC
195359 TCACACTTC
1 TCACACTTC
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1 TCACACTTC
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1 TCACACTTC
195386 CGAGTGATTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
9 27 1.00
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TCACACTTC
Found at i:196256 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 196237--196265 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
196227 ATTTGTATCT
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1 TACTTGAATAAAAA
196251 TACTTGAATAAAAA
1 TACTTGAATAAAAA
196265 T
1 T
196266 TTGCAACATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TACTTGAATAAAAA
Found at i:196291 original size:18 final size:18
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Indices: 196268--196309 Score: 75
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196258 ATAAAAATTT
*
196268 GCAACATATTCACTCAAA
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1 GCAACATACTCACTCAAA
196304 GCAACA
1 GCAACA
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Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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GCAACATACTCACTCAAA
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Alignment explanation
Indices: 196521--196584 Score: 65
Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 25
196511 AAAAATATAA
196521 TCTCTTGTAGAACAAAATACTATGATT
1 TCTCTT-T-GAACAAAATACTATGATT
* * * *
196548 TCTCTTTTAACAGAGTTCTATGATT
1 TCTCTTTGAACAAAATACTATGATT
*
196573 TCTCTTTTAACA
1 TCTCTTTGAACA
196585 GAACAATTAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
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TCTCTTTGAACAAAATACTATGATT
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Indices: 199737--199769 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
199727 TCATGCTCAC
199737 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
199770 AAGATCCATG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (2 bp):
AT
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Indices: 208873--209015 Score: 85
Period size: 22 Copynumber: 6.5 Consensus size: 22
208863 ATTACTGTGG
* *
208873 TATCAATGATTCATTATTAAA-T
1 TATCAATGATTTACTA-TAAAGT
* *
208895 TATCAGTGATTTACTATTAAGT
1 TATCAATGATTTACTATAAAGT
* *
208917 TATGAATAATTTACTACT-AAGT
1 TATCAATGATTTACTA-TAAAGT
** * *
208939 TATTGATAATTTATTATAAAGT
1 TATCAATGATTTACTATAAAGT
* ** * *
208961 TAT-AACTAATTTTTTATGACGT
1 TATCAA-TGATTTACTATAAAGT
*
208983 TATCAATGATTTACTATAAAAT
1 TATCAATGATTTACTATAAAGT
*
209005 TATTAATGATT
1 TATCAATGATT
209016 AAAGAATTTA
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 21, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (22 bp):
TATCAATGATTTACTATAAAGT
Found at i:209705 original size:180 final size:176
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Indices: 209355--209708 Score: 447
Period size: 180 Copynumber: 2.0 Consensus size: 176
209345 TCAATTTGTC
* * * *
209355 ATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAGAATAAAAAAATACTAAACTATTAATATT
1 ATAAAACAAAAGTTTCTGTTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAAAAATACTAAACTATTAATATT
* * * ** *
209420 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTA
66 TCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAATAAATATATTTACCAAACTAAATCAAATAGTCATGACTA
* * * * **
209485 TTTGAGTAATTATTTCTTTCAAATTGTAATGACATTTTGTTTTATT
131 TTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTATT
* * * **
209531 ATAAAACAAAAGTTTCTGTTTATACAAGTTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATT
1 ATAAAACAAAAGTTTCTGTTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAAAAATACTAAACTATTAATATT
* *
209596 TCAATAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAAATCAAATAGTCATG
66 TCAAAAATTAATAAG---AAATTT-AAAAATAAATATATTTACCAAACTAAATCAAATAGTCATG
* *
209661 ACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
127 ACTATTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTA
209709 GCTCATATAA
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 25, Indels: 4
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
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179 5 0.03
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Consensus pattern (176 bp):
ATAAAACAAAAGTTTCTGTTTATACAAGTTTATTCAGAATAAAAAAATACTAAACTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAATAAATATATTTACCAAACTAAATCAAATAGTCATGACTA
TTTGAATAAATATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTGTTTTATT
Found at i:210709 original size:180 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 29.5 Consensus size: 180
209787 TAATTTTTAA
* * *
209797 TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG----
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
209858 AGTTTTAAAGAATAAATCTGTTTACCAAA-TCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT-AGATTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
209922 ATACTTT-AAATCGTTATAACCTTTTATTCTGTCATAAAACAATTATTTTTGT
129 CTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGT
* * * * * * * * * *
209974 TCATGCATGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATATAATAGTATTTAGAAAATTAATAACTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
210039 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTA-ATTTCAATAGTTAAGACTATATGAATAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGA-TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * *
210103 CTATTTCAAA----T-T-A-CGTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAAT
129 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTT-AGT
* * * * *
210147 TCATACTAGCTTATTT-AGAATAAAATAAAAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTCA
1 TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAA
* ** * * * *
210211 GAGATCCAAAAAATAATTTTGTTTATCTAACTAG-TTCAAAT-GATTATGAATATTTGAATAATT
64 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATT-AAATAG-TTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
210274 TTCTATTTCAAATCATTAGGACTTTTTCTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTGT
127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGT
* ** * * * ** *
210328 TTATGTAAGTTTGTTCGAAATAAAA-AATACTAAACTATTAATATTTTAAAATTAATAAG----A
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAAA
** * * * * ** *
210388 GATTTAAGCAATAAATCTATTTATCAAA-TCAGTTTAAATAGTTATGATTATTTTAGCAATTATT
66 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACT-AGATTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * *
210452 TCTTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAA-TAGCTTCT-GC
130 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA--TTTTAGT
* * * * *
210503 TCATACAAGTTTA-TTCAGATTAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAATATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAA
* * * * *
210567 AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAGATT-AATAGTCATGACTATTTGAATAAATAT
65 AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
** * * *
210631 CTATTTCAAATCGTTATGATATTTCGTTTTGTCATTAAAA-AATTACTTCAGT
129 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTATTTTAGT
* * * *
210683 TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * * *
210748 GGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAAC-AAATTTAAATAATTA-GACTATTTCAACAATTAT
65 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGA-TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
210811 CTATTTGAAATCGCTATAACATTTTATTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGT
129 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGT
* * * * * * *
210863 TCATACGAGCTCATTTCAAATAAAATAAGATTAATTTATTAATA-TTAAGATAATTAATAACTAA
1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-A-AATTAATAAGTAA
* * * * * ** * *
210927 AAGATTTAGAAAATAAATATTTTTACCAAACAAG-TTCAAATCTTTATGACTATTTAAAAAATTA
64 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* ** * * * *
210991 TTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTATTTTGTCATAATATAATTGTTTCTA-T
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TAGT
** * * * * *
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1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCA-AAATTAATAAGTAA
* * * * *
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64 AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA
* * *** * *
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128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGT
* *** * * ***
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1 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAA
* ** * * * * * * *
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* * * * * * ***
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* * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA-AT-TATTTTAGT
* * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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** * * * * * *
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63 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGATT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * *
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* * * * ** * * *
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**
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* * * * **
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* * * * * ** * *
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* * *
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*** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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** *
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* * * * *
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* * * * * * ***
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * *
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** *
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* * ** *
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*
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TACCAAT
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* *
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* * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * * *
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*
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* **
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*
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** * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* * * ** * *
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129 TCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * *
238621 AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTGATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
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* * * *
238686 TATGTTT-TCTG--T-AG-TC----A---A-GACTATCT-AATAATTATTTAT
129 TCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
238725 TTCAAATTA-TTGTGACCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTTATT
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* * * * * ** * *
238788 AGAAATAAAATAATGCTATTTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGAAATAAGAAATGA
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* * * * * * * *
238853 GTTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTAT
128 ATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
239031 AATATTTTTTTTGAATATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
127 AATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * *
239085 TTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTT-TGTTCATAAAAGCTTATT
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* * * *
239148 CGAAATAAAATAATTCTAATTTATTAAAATTATAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAA
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* * * ** * * * *
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* * * *
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* * *
239512 AAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAACTAAA
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* * * *
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* * * * * *
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1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
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* * * **
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127 AATCTG--TTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTAT
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1 TTCAAAT-AGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
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126 AAATCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATT
* * * * *
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* * * * * *
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126 AAATCT-GTTTATCGAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * *
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1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
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64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
240296 ATCTGTTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTAT
128 ATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *** * *
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1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
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* * * * * *
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128 ATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
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1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
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64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
240658 ATCTATTTACCGAATCAGTTCAAATTA-TTATG-GTCATTTTAACAATTATCTAT
128 ATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAA-TAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* *
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64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
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128 ATCTGTTTATCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTAT
* * * * * ** * *
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
240952 GAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTACGAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
241017 TTTGTTTCTCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTA--TGAACAATTAGCTAT
129 TCTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
241067 TTGAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * *
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66 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*** * *
241192 TCTGTTTA-CTGAACCGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
129 TCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * * * *
241244 TTTAAATCA-TTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTAATATAAGTTTGTT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * *
241307 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTAAAAAATTAATCAGT-AGAAGATTTAAAAAGTA
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATA
** * * * * * *
241371 AATCTACTTA-CTAAACAATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCCAT
127 AATCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * * **
241425 TTCAAATCA-TTATAACGTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * *
241489 -AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
** ** * * * **
241553 ATCTAATTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAATGATTATCTA-
128 ATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * **
241605 TTCTAAATCGTTATGAGTTTTTCTTTTG-CTGTAAAACAATTATTT-TGGTCATACAAGCTTATA
1 TTC-AAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT-
* * * * *
241668 T-GGATTAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTCATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
241732 AATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTTATCTAT
127 AATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTAT
* * * * * * * * * * * *
241787 TTCAAATTGTTCTAACTTTTTCTCTAGTTATAAAACAAATGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT-
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
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65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAAAT
* * * * * * * *
241915 AAATCTGTTTAGCAAACAAGTTCATATAGTTATTATTATTTGAATAA-TAGTTTAT
126 AAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTAT
* * * * * * * * *
241970 TTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAGACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTAGAT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TT
* * ** * * * *
242034 -GGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAATTAAAAAATTT-AAAAATAA
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * **
242097 ATCTATTTA-CTGAATCAA-TTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTAT
128 ATCTGTTTATC-GAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
242150 TTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTT-TGA-TCATACAAGCTTAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* * *
242212 T-GAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATA-TAACATATTT-AAAAA
63 TCG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
242274 -AAATTTGTTTACCGAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATCAAT
125 TAAATCTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
* * ** * * *
242329 CTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTCA-TCATAGAAGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC
** * * *
242392 -AGTTGAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAA
65 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * ** ** * * *
242456 ATATGTTTGCCGAACT-AGTTTAAATAGTTAAAACTATAAGAATAGTTATGTAT
128 ATCTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
242509 TTCAAATCA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTTGTTTC-AGATCTTACAAGCTTAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTT-TTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
242571 TC-ATCATAAAATAATCCAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAA-
63 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
242634 AAATCTATATA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
126 AAATCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * *
242689 TTAAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATTA-AAGCTAAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCA-TACAAGCTTAT
* * * ** * *
242751 CCAAAATAAAATAATGCTAATTCCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAG-TTTAAAAAAAA
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAA
* * * *
242815 TAAAAT-TGTTTA-CTTAACAAATTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TAGT-TAT
125 T-AAATCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTAT
* * * * * * * *
242870 TTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * *
242934 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTACTAAGT----GATTTAAAAAGTGAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
242995 TTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATAACTATTTCAATAATTATCTAT
129 TCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
243047 TTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACT--TTTATTTTTAATCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTT-TTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* * **
243110 TAGAAA-AAAATAATACTAATTTTTTAACCTTTCAAAAATTAATAAGT----GATTT-AAAAATA
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * * *
243169 AACCTGCTTA-CTAA-ACTAGTTCAAACAATTATGATTATTTGAACAACTGTATAC
127 AATCTGTTTATCGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
243223 TACGAATCA-TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTT-TGTTCAGACAAGTTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * * *
243286 CAAAATAAAATAATATTAATCTAATAAAAATTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTTAAAAAATAA
64 CGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * ** ** *
243351 ATTTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTAT
128 ATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * *
243404 TTTAAATTGTTATGACCTTTTCATTTGTCATAAAATAGTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * *
243469 GAATAAAATAA-AATGAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAG
66 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * ** *
243533 TTTGTTTACCTAACCAGTTTACATAACTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
129 TCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * ** *
243585 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGGTTT-TA-TCATATAAATTTGTTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
243648 AAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTATAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * *
243709 TC-ATTTATCAAACT-AGTT--TGTAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTGT
129 TCTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT
* * * * * ** * **
243758 TTCTAATTGTTATGACTTTTTATTCTGTTGTAAAACAA-TAGTTCTATTCAT-CTAAGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTC
* * * *
243821 -AGATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAACAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
243884 ATATATTTACCAAACT-AGATT-AAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
128 ATCTGTTTATCGAA-TAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
243937 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AA--ATTT-TAGTTGAAATAGGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
243996 CAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAAT--
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
244059 A--TGTTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 ATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ** *
244110 TTGAAATCA-ATATAAACTTTTATTTTGAT-ATAAAATAATTTATTCTAAACATACAGGCTTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* * * *
244173 TC-AATTAAAATATTA-TAAATTTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAA
63 TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
244235 TAAATCTATTTAGCAAACAATTTCAAATCA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTAT
125 TAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
244291 TTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAA-AACTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * * *
244355 GATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * *
244420 ATGTTTATCGAATAAATTCAAATAGCCATGACTATTTGAATATTTGTCTTTT
130 CTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TAT
* * * * * * *
244472 TTCAAATCA-TTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTGTT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * *
244535 TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGTAAAAGAATTAAAAAATG
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA-AGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
244599 AA-CCGATTTA-CTGAACAAATTCTAATAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTAT
127 AATCTG-TTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * *
244653 CTCAAA-ACATTATGACCTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGATTCTATTTATGCAAGCTTATT
1 TTCAAATA-GTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* *
244717 TTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-GTTACAAAATTAATAAGTACA-A-A-TT-AAAAA
63 TCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
244775 -AAATCTGTTTTTCGAACACA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTACCTAT
125 TAAATCTGTTTATCGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
244830 TTCAAATCA-TTGTGACCATTTGTTTTGTCATAAACTAATTTGTTCTATTCAAACAAGCTTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * * *
244894 GGAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAATTAACAAGTAAAAGATTTAAAACATAAAT
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
244959 CTATTT-GCTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAATTATTTAT
130 CTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *** * *
245010 TTCAAGTCGTTATGATCTTTTGTGTTTATCATACAAAGGCCTTATTTT-TAATTCATTAAAAGTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGT-TTTGTCATA-AAA-TAATT-TTTTCT-ATTCA-TACAAGCT
* * * * **
245074 TATTCGAGATAAAA-AATACT-ATATACTTTATATTCTAAAAATTAATAGGTTGTGAGATTTTAA
60 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATT-TAAAAATTAATAAG-TAAGAGA-TTTAA
* * * * * * * *
245137 AAAATTAATATGTTTAT-GAA-CAGTTCATATAGTCATGTC-CTTTGAACTATTATCTAT
121 AAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * *
245194 TT-AAATCGGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CGTTGTTTCTA-TC-TACATA-ATTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACA-AGCTTATT
* * * * *
245254 CTCAGAATAAAAT-A-A-TAATTTA-T-ATATTT-AAAATTAATAAG--ATACATTT--AAACTT
64 C-GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * *
245309 AATC--TTT-CCGAATCAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
127 AATCTGTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
245361 CTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAATATTTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * * * *
245424 GGAGTAAAATATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAGTTAATAAGT-ATAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
245488 TGTGTTTA-CTG-ATCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTAT
129 TCTGTTTATC-GAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * *
245540 TTTGAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACACGCCTATT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
245603 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTAAAAAAAAAT
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAAAAAT
* * * *
245668 AAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTAT
126 AAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
245722 TTAAAATTGTTATGTCTTTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTTTATAAAAGCTTAT
1 TTCAAATAGTTATGAC--CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * * * *
245787 CCAAAATAAAATAATATTACTTTATTATTATTTAAAAAATTGACAAGTTAGAGATTTAGAACAT-
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
245851 AATTTAGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATATGAATAATTATTTAT
127 AATCT-GTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
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1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
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* * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * *
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** ** * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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*** * * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* *
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* * **
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** *
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* * *
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*
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* * ** *
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* *
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**
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* * * ** * * * * *
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* * * *
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* ** ** * *
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* * ** * * **
237547 AATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAACGAG-TAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTT
253 AATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATTAATCAGTT
** * * * * *** * * * * *
237611 TGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGAATATATGAACACTTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTT
316 TATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * ** * * * *
237676 TTGTTTTATCATAAAATGAGTT-TGTTTGAATTCATACTAGCATATTTGGAATAAAATAA-AATG
381 TTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGT-TTTTCATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-
* * * ** *
237739 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAGATTT-AAAAATAATTATGTTTACTTAACTAGTT
442 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATT
* * * * *
237802 CAAAAAATTATGA-TAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCA
507 CAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTCTTCT-A
* * * * * * * * *** *
237865 TAAAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTT
569 TAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AT--T--T-TAATAATA-TT
* * * * * * * * *
237930 CAAAAATTAATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTA
627 CTAAAAGTAAGA-GA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* *
237995 TTTGAACAATTATTTAT
690 TTAGAACAATTATCTAT
* * * * *
238012 TTCAAATCGTTATGACATTTTGTTCT-TTTATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATT
* * * * *
238075 C-AGATTAAAATAATACTAATTT-TTAATATTTC-AATAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAAT
64 CGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAAT
* ** * * * * * *
238137 AAATATGTTTATTGAA-CTAGATT-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
127 AAATCTGTTTA-CCAAGCAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATA
* * * * * *
238200 GTTATGACCTTTAGTTTTATCATAAAA-AATTTATTTTTGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAA
190 GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * **
238264 ATAATAATAATAAGTTATTAATATT-ATGAAAATTAATAA-TTAAGATATTTAAAAAATGAATTT
254 ATAATACTAAT---TTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATTAATCA
** * * * * * * * * * * * ** ***
238327 GTTTGCCTAATAAATTTAAATAATTATGACTATTTCAATAATGATCTATTTGAAATTGTTGCAAC
313 GTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** * * * * * **
238392 CTTTTGTTTTGTCATAACATGATAT-TTTGT-GTTTATACAAACTTATTTGGAATAGCATAATAC
378 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTCATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATAC
* * ***
238455 AAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAA
441 TAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
** ** * **
238518 C-AAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTT
501 CTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTT
* * * * * * *
238581 GTGTC-ATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCATATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATT
563 CT-TCTATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAA--ATAA-AATA-T--TTTAAT
* * *
238645 AATATTTTGATAATTGATAGGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTT--T---C----T---G
621 AATA--TT-CTAA---A-A-GTAAGAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAA
* * *
238697 TAGTCAAGACTATCT--AATAATTATTTAT
678 TAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTAT
** * * * * * * * *
238725 TTCAAATTATTGTGACCTTTAGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTAG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCG
* * * * * * * *
238790 AAATAAAATAATGCTATTTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGAA--ATAAGAAATGA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA-A-AATTTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
238853 GTTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACA-TT
129 ATCTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAATAGTT
* * ** * * ** * ***
238917 ATGATATTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAA
193 ATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
238981 TA-TAAATTGATAAATATTTCAAAAACTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATTTTTTTT
258 TACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAATCA-GTTTATC
* * * * * * * * * * *
239043 GAATATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGT
320 AAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGT
* * * *
239108 TTTGTCATAAACCAATTGTTTTT-GTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTAT
385 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * *
239172 TAAAATTAT-AAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCATGCGAGTTCAA
449 TAATATT-TCAAAAATTAAT--A-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAA
* * * * * * * ** * * *
239236 ATATTTACGAATATTTGAACAATTATTTATTGCAAGTTGTTATGATATTTTATT-TTGTCATAAA
510 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TAAATCATTATGATCTTTTGTTCTTCT-ATAAA
* * * * *
239300 ACAA-TATTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTGTTAATATTCTAA
573 ATAATTA-TTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATTTTAA-----TAATATTCT--
* * * * * * ** * * * *
239364 AAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTCATTGAGTAAGTTTAAATAGTCATGTC
629 -AAA--AGTAAG--AGA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * *
239429 CATTTGAACTATTATCTAT
688 TATTAGAACAATTATCTAT
* * * * ** * * ** *
239448 TTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTATTC
* * * *
239512 AAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---AAA-TTTAAAAACTAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
239572 ATCTTTTTATCGAA-CTAGTTCAAATAGTTGA-GATTATTTAAATAATTATCTATCTCAAATCA-
129 ATCTGTTTA-CCAAGCAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-AG
* * * * * * ** * *
239634 TTATGA-ACTTTGTTTTATCATAAAAATAATTGTTTCTATTTATACAA-CCTATTCAGAGTAAAA
191 TTATGACATTTTGTTTTATCAT-AAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * *
239697 TATTTCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAA-TAATTGCA-TT
255 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATTAA-T-CAGTT
* ** ** * *
239759 TGTCAAAGTAGTTCAAATAAT--TAACACTTTTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCA-AAC
316 TATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTC-CATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGAC
* * * * * *** *
239821 CTTTGGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTT-AGTTTATACATTTTTATTTGAAATAAAATAATGC
378 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATAC
* * * * * ** **
239884 AAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAACAAATTTTAAAAAATAAATTTGCTTACTGAA
441 TAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-A--AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * *
239948 C-AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAAATATGA-CATTTTGTT
501 CTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTT
* * * *
240011 -TTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA-ATAGTTTA-TCTAAAATCAAATAATATTATCTT
563 CTTCT-ATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACA-AGCTTATTC-AAAAT--AA-AATA-T-T-TT
* * **
240072 ATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCGAA-TTGAT
618 AATAATATTCT-AAAA--G-TAAG--AGA-ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACT-GAACAAG-T
* * * * *
240134 TCAAATAATTATA-ACCATTTGAACAATTGTTTAT
673 TCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * *
240168 TTCAAATCATTGCGAACTTTTCTTTTA-TCATAAAACAATTTTTTTTCA--TCATACAAACCTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAA--TTGTTTCAGTTTATACAAGCTTAT
* * * * ** * ***
240230 TTGAAATAAAATAATATTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGGGA-TTTAAAAAAT
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCA-AAAATTTTAAAAAAT
* * * *
240294 AAATCTGTTTATCGAA-CAAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCA
127 AAATCTGTTTA-CCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-A
* * ** * *
240358 -TTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTAGGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
190 GTTATGACATTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * * **
240421 ATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAG--CAAGAGTTTAAAAATATAAATTTGTT
254 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGA-TTTAAAAA-ATTAATCAGTT
* * * * * * * * * *
240484 TACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATAATGACCTT
316 TATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
* * * *
240549 TTATTCTATCATAAAACAGTTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
381 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
240612 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTACCGAA-TCAG
444 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AA
* * * ** * *
240676 TTCAAATTA-TTATG-GTCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT-TGG
505 TTCAAA-TAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTCT--
* * * * * * * *
240738 TC-ATATAACAATTGTTTTTGA-TTATACAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
565 TCTATAAAATAATTATTTCT-ATTTATACAAGCTTA-TTCAAA-ATAA-AATA-T--TTTAATAA
* * * * * *
240801 TCTTTCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAA-ACAGTTCAAATAGTT
623 T-ATTCTAAAAGTAA-GAG-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACA-AGTTCAAATAGTT
* * * * * *
240864 GTA-ATTATTTG-ACTAATTGTATAC
683 -AAGACTATTAGAAC-AATTATCTAT
* * * ** * * *
240888 TTCAAATCGTTATAACATTTT-ATTATGTTGT-AAATCAATTATTTCTA-TTCATACGAGCTTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTA-GTCATAAAAT-AATTGTTTC-AGTTTATACAAGCTTAT
* * * * * *
240950 TCGAAATAAAATAATACTAATCTAGTAATATTCTAAAAATTAATAA-CTACGAGA-TTTAAAAAA
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-A-AAAATTTTAAAAAA
* * * * ** * *
241013 TAAATTTGTTT-CTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA--TGAACAATTAGCTATTTGAAATT
126 TAAATCTGTTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATA
* * * * ** * **
241075 GCTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAA
190 GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-ATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAA
* * *
241139 ATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTGAAAAA-TAATTCTGTT
254 ATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAA-TCAGTT
* ** * ** * * * **
241198 TA-CTGAACCGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTATTT
316 TATC-AAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT
* * * * * * *
241262 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-GTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAA
380 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
241326 TATATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAGAAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTACTAAAC-AAT
444 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAA-
* * * * *
241390 TTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTAT-AACGTTTTATT-TTGT
505 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTCTTCT
* * ** * * * ** *
241453 CATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAT
568 -ATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCA-AA-ATAA-AATA-T--TTTAATAATAT
* * * * * ** *
241518 TCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTT
626 T-CTAAA---AGTAA--GAG-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTT
* **
241582 AAGACTA-TATCAATGATTATCTA-
683 AAGACTATTA-GAACAATTATCTAT
** * * * * * * * *
241605 TTCTAAATCGTTATGAGTTTTTCTTTTG-CTGTAAAACAATTATTT-TGGTCATACAAGCTTATA
1 TTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTC-ATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTAT-
* * * * * ** * * *
241668 T-GGATTAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTCATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAAT
* ** * * * * * * *
241731 AAATTTGTTTACCGAA-TTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTTATCTATTTCAAATT
127 AAATCTGTTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATTTATTTAAAATA
* * * * * * * * * *
241795 GTTCTAAC-TTTT-TCTCTAGTTATAAAACAAATGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATA
190 GTTATGACATTTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTATTTATA-TTCATAAAAGTTTATTCAAAATA
* * * * * * *
241857 AATTAATACTAATCTATTAACATTCGAAAAATTAACAAG-AAAGAGATTTTAAAAAAATAAATCT
252 AAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTTAA-AGA-TTT-AAAAAATTAATCA
* * * * ** * * * ** *
241921 GTTTAGCAAACAAGTTCATATAGTTAT-TATTATTTGAATAA-TAGTTTATTTAAAATTGTTATA
313 GTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGT-CCATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
241984 ACCTTTTGATTTGTCATAAGACAATTG-TTTT-AGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAAT
376 ACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAAT
* * * **
242047 ACTGATTTATTAATATTTCCTAAATTATTAATTAAA-AAATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGA
439 ACTAATTTATTAATATTT-C-AAA-AATTAA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * *
242110 A-TCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTT
500 ACT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTT
* * * * * *
242174 -TTATCATAAAATAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTGAAAATAAAATAATATTAATTTAT
563 CTTCT-ATAAAATAATTATTTCT-ATTTATACAAGCTTATTCAAAAT--AA-AATA-T--TTTAA
* * * * * * * * *
242237 TAATATTTCAAAAATTAATATATAACATATTTAAAAA-AAATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAAT
620 TAATA-TTCTAAAAGT-A-AGA-GA-AT-TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * *
242301 AGTTATGACTATTTA-AGCAATTATCAAT
679 AGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTAT
* ** * * *** * *
242329 CTCAAATCGTTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTCATCATAGAAGCTTATTC-
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCG
** * * * * * *
242392 AGTTGAAAATAATATTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAAA
66 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATA
* * * * ** ** * * * *
242455 AATATGTTTGCCGAA-CTAGTTTAAATAGTTAAAACTATAAGAATAGTTATGTATTTCAAATCA-
128 AATCTGTTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-AG
* * * * * * * * **
242518 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCAGA-TCTTACAAGCTTATTCATCATAAAA
191 TTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-ATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * ** * *
242582 TAATCCAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAAA--AATC--TATA
255 TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTT-AAAAAATTAATCAGTTTA
* * * * * * *
242643 TACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTT
318 T-C-AAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT
** * * ** *
242708 TTGTTTTAACATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATTA-AAGCTAATCCAAAATAAAATAATGCTA
381 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCA-TACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTA
** * **
242770 ATTCCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAG-TTTAAAAAAAATAAAAT-TGTTTACTTAAC
443 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAGAGATTT--AAAAAAT-AAATCTATTTACCAAAC
* * * **
242833 AAATTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TAGT-TATTTAAAATTGTTATGA-CATTTTGTT-
502 TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGTTC
* * * * * * *
242894 TTATTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
564 TT-CTATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTC-AAA-ATAA-AATA-T--TTTAAT
* * * * * * ** *
242958 AATATTTTAAAAATTACTA-AGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTA-TCGAATTAGTTCAAATAA
621 AATATTCT-AAAAGTA--AGAG-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAG
** *
243021 TTATA-ACTATTTCAATAATTATCTAT
681 TTA-AGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
243047 TTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACTTTTATT-TTT-A-ATCATACAAGCTTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATA-AA--ATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTA-
* * * **
243109 TTAGAAA-AAAATAATACTAATTTTTTAACCTTTC-AAAAATTAATAAG---TGA-TTT-AAAAA
62 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAA
* * * * * * * * * * * * *
243167 TAAACCTGCTTACTAAACTAGTTCAAACAATTATGATTATTTGAACAACTGTATA-CTACGAATC
126 TAAATCTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTA-AAAT-
* * * * * * * *
243231 A-TTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCAGACAAGTTTATTCAAAATAAA
189 AGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * * * * **
243295 ATAATATTAATCTAATAAAAATTCAAAAATTAATAA-TTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTT
254 ATAATACTAAT-TTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTT-AAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTT
* * * * *** * * * ** *
243359 GTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTT
317 ATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
** * * * * *
243424 TCATTTGTCATAAAA-TAGT-TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAA
382 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * * * *
243486 TTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTTTGTTTACCTAACCAGT
444 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAAT
* * ** * * ** * *
243551 TTACATAACTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT-TTGTCA
506 TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTCTTCT-A
** * * * *
243615 TAAAATAAATGGTTT-TATCATATA-AA-TTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATAT
569 TAAAAT-AATTATTTCTAT-TTATACAAGCTTATTCAAAAT--AA-AATATT--T-TAATAATAT
* * * * * * ** *
243677 TTTAAAAATTAATAAGAGATTTATAAAATAAATCA--TTTA-TCAAACTAGTT--TGTAGTTATG
626 TCT-AAAAGTAA-GAGA-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAAG
* * * *
243737 AATATTTA-AGCAATTATTTGT
686 ACTA-TTAGAACAATTATCTAT
* * * * ** * * *
243758 TTCTAATTGTTATGACTTTTTATTCT-GTTGTAAAACAATAG-TTCTA-TTCAT-CTAAGCTTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATAC-AAGCTTAT
* * * ** * *
243819 TC-AGATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAA-TTTAAAAAAT
63 TCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
243882 AAATATATTTACCAAACTAGATT-AAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
127 AAATCTGTTTACCAAGCAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-A
* * * * *
243946 -TTATGACCTTTTGTTTTGTCA-AAAA-AA--ATTT-TAGTTGA-AATAGGCTTATTCAAAATAA
190 GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATA-TTCATAA-AAGTTTATTCAAAATAA
* **
244004 AATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA-TTAAAAGATTTAAAAAA-T-AT--GTT
253 AATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTT-AAAGATTTAAAAAATTAATCAGTT
* * * * * * * * *
244064 TACCAAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCAATAT-AAACT
316 TATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA-T
* * * ** * * * *
244128 TTTATTTTGAT-ATAAAATAA-T-TTATTCTAAACATACAGGCTTATTTCAATTAAAATATTA-T
380 TTTGTTTTG-TCATAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACT
* * *
244189 AAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAA
442 -AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * * **
244252 C-AATTTCAAATCA-TTATGATTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CTTTTTGT
501 CTAA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAATCATTATGATC-TTTTGT
* * * * * * * * *
244314 T-TTATCATAAAA-AACTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAT
562 TCTTCT-ATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTA--T---TCAAAATAA-AATATTTTAA
* * * *
244377 TAATATT-TGGATAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAATAAATTCA
620 TAATATTCT--A-AA--AGTAAG--AGA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCA
** * * * * * *
244440 AATAGCCATGACTATTTGAATATTTGTCTTTT
676 AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATC-TAT
* * * * * * * * * *
244472 TTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCG
* * * * *
244537 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-AGAGTAAAAGA-ATTAAAAAATG
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATA-AGCAAAA-ATTTTAAAAAATA
* * * * * * * * * * * *
244599 AA-CCGATTTACTGAA-CAAATTCTAATAGTTACGAGTATCTAAAAAATTATCTATCTCAAAACA
128 AATCTG-TTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT-TTAAAATA
* * * * ** * ***
244662 -TTATGACCTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGATTCTAT-TT-ATGCAAGCTTATTTTGAATA
190 GTTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATT-TATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATA
* *
244724 AAATAATA-TAAATTTATTAATGTT-ACAAAATTAATAAG-TACAA-A-TTAAAAAA--AATCTG
252 AAATAATACT-AATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTTA-AAGATTTAAAAAATTAATCAG
* * * ** * * * *
244782 TTTTTCGAACACA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTGTGAC
314 TTTATCAAACA-AGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
* * * *
244846 CA-TTTGTTTTGTCAT-AAACTAA-T-TTGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCGGAGTAAAATAAT
377 CATTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAAT
* * * * **
244907 ATTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAACAAGTAAA-AGATTTAAAACATAAATCTATTT-GCTG
439 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
* * * * * *
244969 AGTGAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATGATCTTTTGT
500 ACT-AATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGT
* *** * * * *
245033 GT-TTATCATACAAAGGCCTTATTTTTAATTCATTAAAAGTTTATTCGAGATAA-AAAATACTAT
562 -TCTTCT-ATA-AAA-TAATTATTTCT-ATTTA-TACAAGCTTATTC-A-A-AATAAAATA-T-T
* * * * * *
245096 ATACTTTATATTCTAAAAATTAATAGGTTGTGAGATTTTAAAAAATTAATATGTTTA-TGAAC-A
616 TTA-ATAATATTCT-AAAAGT-A-A------GAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAA
* * * * *
245159 GTTCATATAGTCATGTCCT-TT-GAACTATTATCTAT
671 GTTCAAATAGTTAAG-ACTATTAGAACAATTATCTAT
* * ** * * *
245194 TT-AAATCGGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CGTTGTTTC--TATCTACATA-ATTATT
1 TTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACA-AGCTTATT
* * * * * *
245254 CTCAGAATAAAAT-A-A-TAATTTA-T-ATATT--TAAAATTAATAAG-ATACA-TTT--AAACT
64 C-GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAAT
* * * * * * * *
245308 TAATC--TTT-CCGAATCAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCA
127 AAATCTGTTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-A
* * * * * * * * *** *
245370 -TTATG--ATCTTTGTTTTGTCCTAAAATATTTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAA
190 GTTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAA
* ** * * * * * **
245432 ATATTGTTAAATTAATAATATTCTAAAAGTTAATAAG-TATAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTA
254 ATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTTA
* * * * * * * * * * * ** * *
245496 -CTGATCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTATTTTGAATCATTTTGACCTTT
318 TC-AAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * * * *
245560 TGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTT-AGTTCATACACGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
382 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * * * *
245623 TTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGTGAGAAATTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAA
445 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA---AGAGATT--TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAA
* ** * * *
245688 TTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG-TCTTTTTTTATTTTG
505 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATC-TTTTGT-TCTTC
* * * * * *
245751 TCATAAAATAATTGTTTCAATTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTATT
567 T-ATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAAAAT--AA-AATA-T--TTTAATAAT
* * * * *
245816 ATT-TAAAAAATTGACAAGTTAGAGATTTAGAACAT-AATTTAGTTTA-TCAAATCAA-TTCAAA
624 ATTCT--AAAA--G-TAAG--AGA-ATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACT-GAA-CAAGTTCAAA
* * * * * *
245877 TAATTATGGCCA-TATGAATAATTATTTAT
678 TAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTAT
* * * *
245906 TTCAAATCGTTATGAACTTTTGCTTT-GTCATAAAATAATTGTTTTTCA--TCATATAAGCCTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTG--TTTCAGTTTATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
245968 TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTC-AATAATTAATAAGTAGGACA-TTTAAAAAAT
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCA-AAAATTTTAAAAAAT
* * * * * * * * * *
246031 AAATCCGTTTACGAAACCAGTTTAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGT
127 AAATCTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGT
* * * * * * * *
246096 TATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
192 TATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * * **
246161 ATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAA-CTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTGC
257 ATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATTAA-TCAGTTTAT
* * * * * * * * * * * *
246224 CGAACTAGTTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTCTTTCAAATCATTATGATC-TTTT
319 CAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTT
** * * *
246288 GTTTTGTTGTAAAACAATT-TTTTT-AGTTCAAACTAA-CTTATTTGGAATAAAATAA-ACAAAT
383 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATAC-AAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAAT
* * **
246349 TTATTAATATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAACTAATTCTATTTTTCAAAC-AAG
445 TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTACCAAACTAA-
* * * * * *
246413 TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTGTA
505 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTCTTCT-
* * * * * * * * * * *
246477 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTATTTGGAATAA-AATAATATTAATTTATTAATAT
568 ATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTA-TT-CAA-AATAA-AATA-T--TTTAATAATAT
* * * * * * *
246541 T-TGAAAAATTAATAAGTAAGAA-TTAAAAACTAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAATTAGTTA
626 TCT---AAA--AGTAAG--AGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
246604 TA-AATATTTGAACAATTATTTAT
684 -AGACTATTAGAACAATTATCTAT
** ** * * *
246627 TTCAAATCACTATGGTCATTTGTTTTA-TCATTAAATAATTGTTTC-TTTTGATAC-AGTCTTAT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTT-ATACAAG-CTTAT
* * * * * * * *
246689 TTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTC-TAAAAGTAATAAGTAACAAA-TTTAAAAAAT
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAAT
** * * * *
246752 AAATCTGTTGGCTTGATTAGTGCAAATAGTT-ATGATAGTTTCAATAACTATCTATAATATCGCA
127 AAATCTG-T---TT-ACCA-AGC--A-AGTTCA-AATAG-TT--ATGACTAT-T-TGA-A---CA
* * ** * * * *
246816 AATAGTTATGACCAGTGCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTC
173 ATTA-TT-T----ATTTAAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTC
* * ** * * * *
246881 ATACAAGCTTATTTGAAATAATATAATTCTAATTTATTAAAATTCTAAAAGTTAATAAG-TAATA
232 ATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTTAA-A
* * * * * * ** * *
246945 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TTTAATC
295 GATTTAAAAAATTAATCAGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATT-ATC
* * * *
247009 TATTTCAAATCGTTA-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTC-TTCATACAAGCTT
359 TATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTCATTCATACAAGCTT
* * * * *
247071 ATTTCAAATAAAGTAATACAAATTTATTAATA-TTAAAATAATCAATATGTAA-AGATTTAAAAA
423 A-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATA---AAGAGATTTAAAAA
*** ** * * * *
247134 ATAAATCTATTTATTGAA-TAAGTTCAAATAGTTACAACTAGTTGAACAATTATTTATTTTGAAT
483 ATAAATCTATTTACCAAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAAT
* * * * * * ** * ** *
247198 CGTTAT-AACTTTT-TATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGCTCATACAAGCTTATT-TGATTA
546 CATTATGATCTTTTGT-TCTTCT-ATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * *
247260 AAATACTATTAATTTGTTAATATTTCAACAATTAATAAATAA-ATAATTGT-AAAAATATATATG
609 AAATA-TTTTAA-----TAATA-TT---C---TAA-AAGTAAGAGAATT-TAAAAAATAAATATG
* * * * * *
247323 TTTATTGATCAAGTTCAAATAATCATA-ACTATTTGAATAATTATCTAT
659 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
247371 TTCAAACCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAGTTCATATATGCTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCG
* * * * * * * **
247436 AAATAAAATAATACAAATATATTAATATTCATAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTTAAAAAACGAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATAAA
* * * * * *
247500 TATGTTTACCGTA-CAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT
130 TCTGTTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-AGTT
* * * * * * * * ***
247563 TTGATC-TTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTCTTTTGAATAAAATA
193 ATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATA
* * * * *
247627 ATA-TAAATTTATTAATATCCCAAAAATTACTATG-TAGAA-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTT
257 ATACT-AATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTTA-AAGATTTAAAAAATTAATCA-GTTTA
** * * ** * * * * *
247688 TTGAGCACA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAACTATTTATTTCAAAT-AGTTATGAC-CT
318 TCAAACA-AGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACATT
* * * * **
247750 TTGCTTTTGTCATAAACCAATTATTTCT-ATTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
381 TTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
247814 TTTATT-A-A--T-----A--AGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCAAGC-AAGTCC
444 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAA-TTC
* * * * * * *
247866 GAATAGTTATGATCT-TTTG--T--TT-TGCCA-TAAAAT-AAT-TG-T-TTCTATTC-T-TA-C
508 AAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTAT-CTATTTAAATCATTATGATCTTTTGTTCTTCTATA
* ** * * * ** * * *
247917 AAGT--TTA-TT-TA-GAATA-AA-ATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-AA-A-T-TAATAG
571 AAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTC-AAAATA-AAATATTTTAATAATATTCTAAAAG
* * * * * * * * * **
247971 ATAGGAG-ATCT-AAAAA-AAATCTATTTA--AAACAGGTTTAAATAGTCATGTTTATTTA-AAC
634 -TAAGAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAC
248030 AATTATCTAT
697 AATTATCTAT
* * * * * * *
248040 TTCGAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACTGAA--TTA
1 TTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTATAC--AAGCTTA
* * * ** * *
248102 TT-TAGAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAAC
62 TTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAA
* * * * * * * *
248162 TAAATCTATTTACTGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATT
126 TAAATCTGTTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATA
* * * * ** *
248226 GTTATG--ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTT-T-TTCATAAGAGCTTATTC-GGATTA
190 GTTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAA
* * * * * * *
248286 AGTAATACTAATTTAATGATA---AAAAATAAATATA-TT--TG--CTAAATCAATTCAAAT-AG
253 AATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATA-AGTTAAAGATTTAAA-AAATT--AATCAG
* * * ** * * * *
248342 -TTA--AGACTA-TT-ATAATAAT--TAT-C-TTT-TTCAA--ATC-A-TTCTAA-CCTTTTG-T
314 TTTATCAAACAAGTTCA-AATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* ** **** * * **** * * *
248391 TTTGTCATAAAATAATTATTTTAGT-TTTA-------TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
378 ATT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATAC
* ** * ** **
248448 TTATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAA-AAATTTGCTTACTGAAC-
441 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT
* * * * * * *
248509 AAGCTCAAATAGATATG---ATTTGAACAATTATCTATTGAAAATCATTTTGACCATTTGTT-TT
503 AA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TAAATCATTATGATCTTTTGTTCTT
* * * * * * *
248570 ATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTATTTGAGATAA-AATAATACTACTTTATTA
566 CT-ATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTA-TTCA-A-AATAA-AATA-T--TTTAATA
* * * * *
248633 ATATTTTAAAAATTATTAATCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTTTCTGAACTAA-TTCAA
622 ATATTCT--AAA--AGTAA--GAGA-ATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAAC-AAGTTCAA
* ** * *
248696 ATAGTTACGACTATTTCAACAAATATCAAT
677 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
248726 CTCAAATCGTTACGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAAATATTTCTG-ATATGCAAGCTTATTC-
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCG
* * *** *
248788 AAATAAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTTGAAAATTAAT-A--AAAGA-TTTAAAAAATAAA
66 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * *
248849 TGTGTTTGCCAAATC-AGTTGAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATGTATATGAAATCA-TT
130 TCTGTTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT-AGTT
* * * * * * * * *
248912 GTAACTTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAGAAAAAAAA
193 ATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTATA-TTCATAAAAGTTTATTCA-AAATAAAA
* * * * *
248975 TTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATCAATAAG-CAAGAGATTTCAAAAAATAAATCTGTT
255 -TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTTAA-AGATTT-AAAAAATTAATCAGTT
**** * * * * * *
249039 TA-CTGTGTAGGTTTAAATGATTATGAT-TA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-A
316 TATC-AAACAAGTTCAAATAATCATG-TCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
* * **
249100 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG--TTTCAATTCATAAAAG-TTATCAAAAATAAAATAATAC
379 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATAC
* * ** *
249162 TACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAA-CCAGTTTACTGAAT
441 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAAC
* * * * * * ** * * *
249226 TAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGTTATTACCTTTCGTT-TT
502 TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTCTT
* * * * ** * ** **
249290 GTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATTGTTATTACTTTTTGT
566 CT-ATAAAATAATTATTTCT-ATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAA----TATT--TTAATAA
* * * * *
249354 TTTGTCATTAAATAATTATTTTTTTGCATACAG-GCTTATTTGAAATAAAATAATTCTAATTTAT
623 TAT-TC--T--A-AA--A-------G--TA-AGAG--AATTT--AA-AAAATAAATAT-GTTTA-
* ** * * * * ** *
249418 TTTAGGAATTAG-T-AAGAGATTTAA-A-AAATA-AATCTGTTTATCGAACTAG
663 -CT--GAACAAGTTCAA-ATAGTTAAGACTATTAGAA-C-AATTAT----CTAT
* *** * * * *
249467 TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATAAGCTTTTATTCCGCC
1 TTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTAGTCAT-AAAAT--AATTGTT-T---C----A----G--
* * * *
249531 ATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTC-ACAATAACATAATACTAATTTAATAATAT
48 ----------------T-TT-ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
* * * * * * *
249595 TCTAAAAATTCATAA-CTAAAAGA-TCTAAAAAATAAATTCATGTGTA--GATCAA-TTCAAA-C
94 TCAAAAAATTAATAAGC-AAAA-ATTTTAAAAAATAAA-TC-TGTTTACCAAGCAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
249654 GATTAGGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
155 G-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACA
** * ** * * *
249719 ATTATTTCA-GCTCATACAAGTTTATTCGGAATAGAATGAA-ATTAATTTATTAATATTTTAAAA
219 ATTATTT-ATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA
* * * * * *
249782 ATTTATAAG-CAAGAGATTTAAAAAA-TAATTCTATTTTCTGAATC-AGTTCAAATAAT--TGTA
281 ATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATTAA-TC-AGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGT-
* * * ** * *
249842 ACTATGTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTAC-TTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCT
342 -CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
249906 TTT-GTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAGTATTT-AGAAAATTATT
405 TTTCATTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT
* * * *
249968 CATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATGTGAATA
468 -A-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * *
250033 ATTATCTATTACAAATCATTAT-AACTTTTTGTT-TTCTATCAAACAATTGGTTT-TGTTCATAC
531 ATTATCTATT-TAAATCATTATGATC-TTTTGTTCTTCTATAAAATAATT-ATTTCTATTTATAC
* ** * * * * * *
250095 TATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCCAAACTTAATAACCAAGAAAATT
593 AAGCTTATTC-AAA-ATAA-AATA-T--TTTAATAATATT-CTAAA---AGTAA--GAG-AATTT
* ** * ** ** * * *
250160 AAAAAGTAAATATAATTGCCAAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACCA-TATGAACGATTATCAAT
645 AAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAACAATTATCTAT
* ** * * *
250222 TTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTT-GTCATAAAATAATT-TTTTTGTTTGTACATGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
250285 GGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
250348 AATTTCTTTACCAAACCAA-TTCAAAT-GATTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCG
128 AATCTGTTTACC-AAGCAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAG
* * * * * * * * **
250411 TTTTAACCTATTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAA
191 TTATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTATA-TTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAA
* * * ** ** * *
250474 TTAATACTAATTTATTTACAGTAGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTCAAAAAAATAAAT-ATAT
254 ATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTT--AAAAAATTAATCA-GT
* * * * * * ** *
250538 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATCTGTTTAAAATTGTTATGACC
315 TTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGT-CCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
* * * *
250602 TTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTG--TTTCAGTTAATACAAGCTTATACGAAATAAAATAACACT
379 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTAT-TGAAATAAAATAATACT
* ** * * * * ** *
250665 AATATATTAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATTA
442 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA
* * * * * * * * * * *
250730 GTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTT-TTGT
504 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTCTT-C
** * * * * *
250794 TATAAAGCAATTGTTT-T-TTATCACACAAACTTATTAAAAAATAATAATACTAATTTATTAATA
567 TATAAAATAATTATTTCTATT-T-ATACAAGCTTATT-CAAAATAA-AATA-T--TTTAATAATA
* * * ** * *
250857 TTTTAAAAATTAATATGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCGAATAGTT
625 TTCT-AAAAGT-A-A-G--AGA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
250922 ATGACTATTTGAACAATTATCAAT
683 AAGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * ** * * ** *
250946 ATCAAATCATTATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCTGATCGTAGAAGCTTATTCG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCG
** * * * * * * *
251010 -GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATAAT-AAAATTATTAACAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATA
66 AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAA-AATTAATAAGCAA-AAATTTTAAAAAATA
* * * * ** ** ** * * * *
251072 ACTATGTTTGTCTAA-CCTGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATTGT
128 AATCTGTTT-ACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGT
* * ** * * * * * ***
251136 TCTGATC-TTGTGTTTGGTCATAAAATATTTGTTTCATA-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
192 TATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-ATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * * * * * * * * *
251199 TAATCCCAATATATTAACATTAAAAAATCAATAAG-CAAGAGAATTAAAAAAAATAAATCTGTTT
255 TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTTAA-AG-ATT-TAAAAAATTAATCAGTTT
* * ** ** * * * * ** *
251263 GTCGAACAAACTCAAATTCTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGAC-CT
317 ATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACATT
* * *
251326 TTGTTTTGTTATAAAA-ATATTG--TTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TGCAAAATAAAAAAAATAC
381 TTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTG--AAAT-AAAATAATAC
* * ****
251387 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAACAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAAC
441 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT--A-AAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * * * *
251452 AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTTGTATATTTAAAATCATTATGACCTTTTATT-TT
502 TAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAATCATTATGATCTTTTGTTCTT
* * * * * * **
251516 GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAGTATTTTAA
566 CT-ATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AT--T--T-TAATAA
* * * * * * * * ** ** * *
251580 TATTTTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAGTCTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTAT
623 TATTCT-AAAAGTAA-GAG-AATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAA
* ** *
251645 G-GTCATTTCAACAATTATCTAA
685 GACT-ATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
251667 TTCAAATTGTTATGAACTTTGGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCA--TCACACAAGCCTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-TAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTC
* * * ** * * * *
251729 AAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGAGA-TTTAAAAAATAAC
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAATAAA
* * ** * *
251793 TCTGTTTACC--G-AA---C----CG-T-TG-CTATTTGAAGAATTACCTATTTCAAATCGTTAT
130 TCTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
251845 AACCTTTTGCTTTGTTATAAAATAATTATTTCA-ATTCATACAAGCTTATTAAAAATAAAATAAT
195 GACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-ATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * ** * *
251909 ACTAACTTAATAATATTTTAAAAATTAATAA-CAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTG
259 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAAATTAATC-AGTTTA-TC
* * * * * * * ** * *
251972 AAGC-AGTTCAAAGAGTTAAAGACGAAGTGAATAATTATCTATTTCTAATCATTATGATC-TTTT
320 AAACAAGTTCAAATA-ATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTT
** * * ** *
252035 GTTTTGTCATAAAACAA-T-CATTTCAGTTTATATAATTTTATTCAAAATAAAATAATAC-AGA-
383 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTA-AT
* * ** * * * * ** *
252096 TTATTAACATTTCAAAAATTAAT-AAGTGGCTTAAAATATGAATTTGTTTACTGAA-TCATTTCA
445 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AATTCA
* * * * * * * * *
252159 AATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCAATTTTGAATCGTTATTA-CATTTTGTT-TGGTCATA
509 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAATCATTATGATC-TTTTGTTCT--TC-TA
* * * ** *
252222 TAACA-AA-TATTTTTGATCATT-T-C-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTGATC
569 TAAAATAATTATTTCT-AT--TTATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-ATTTTAA--TAAT-AT-
* * * * * ** * * *
252282 TATAAAAAATTAATAAGAGATTTCAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGCTCAAATAGTTATGA
626 TCT--AAAAGTAA-GAGA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGA
* * *
252347 CTATTTGAACAACAGAATAATTGTAT
687 CTA-TT--AGAAC--AATTA-TCTAT
* * * * *
252373 ACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-A-TCTTCATACAAGCTGA
1 --TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TT-ATACAAGCTTA
* * ** * * *
252436 TTTGGAATAAAATAATACTAAAGTAATAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAAGAGAA--TT-AAA
62 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-AA-A-AATTTTAAAA
* * * * * * * *
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* * * ** * *
252561 T-GTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACATTTTTTTCA-ATTCATACTAGCTTATTCGAAAT
188 TAGTTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-ATATTCATAAAAGTTTATTCAAAAT
* * **
252624 AAAATAAAAC-AAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T---GATTTAAAAAAATAATTTT
251 AAAATAATACTAA-TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAA-TCA
** * * * * * * *
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* * * * * * * *
252749 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTT-GTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACT
378 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTT-ATTGAAATAAAATAATACT
* * * *
252813 AATCTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTT
442 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATT
* * * * * *
252877 TAAATAATTATGACTATTTGACA-AATTATTTATCTCAAATCATTAT-AACTTTTTGTT-TTGTT
507 CAAATAGTTATGACTATTTGA-ATAATTATCTAT-TTAAATCATTATGATC-TTTTGTTCTT-CT
* * * * *
252939 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGACTTATTCGAATTAA-AATAATACTAATTTATTAATA
568 ATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAG-CTTATTC-AA--AATAA-AATA-T--TTTAATAATA
* * * * * *
253002 TTTCGATAATTAA-TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGCTTAACTAAATT-AAATAA
625 -TTC--TAA--AAGTAAG---AGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAG
** * * *
253065 CCATGACTATTTGAATAATTATCTAT
681 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
* * * * * * ** * *
253091 TTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTGTTAGAAAATAATTGTTTCAATTCATGTAAGTTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCG
* * * * ** * *
253156 AAATAAAATAATACCAAATTATTAATATTC-TAAAATTAATAATTAAAGGA-TTTAAAAAATGAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AATTTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
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130 TCTGTTTACC-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTA
* * * * * * * * *
253283 TAATC-TTTTATTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAAT
194 TGA-CATTTT-GTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTA-TTCAAAATAAAAT
* * * *
253346 AATA-TAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATGA-TTT
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* * * * * * * * *
253408 ATCGAACAAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAACGATTAGCTATTTCAAATCGTTATAACATTT
317 ATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
* * ** *
253473 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
382 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
253537 TATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATCGAACCAATTGAAA
446 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAAA
* * * *
253601 TAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATTATC-TTTGTT-TTATCATAAAA
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* * * * * * *
253664 TAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGACTAAAATATTGCTAAATTATTAATATTCTAAAA
574 TAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA-T--T---TTAATAATATTC-----
* * * * ** * * **
253729 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-AAA-GTGCTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAATAAAA
628 --TAA-AAGTAAGAGAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAA-GACT
* * ** * *
253792 ATTAATAAGTAAGAAATTTAA
689 ATT-AGAA-CAA-TTATCTAT
*** * * * * * * *
253813 AAAAAATGTGTTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTTAAAT
1 TTCAAAT-CG-TT-ATG-ACC--TT----TTGTTTAGTC-A-T--AA-AA-TA-AT-TGTT---T
* * * *
253878 CATTTTGTTCATACATGCTTATTCGAAATATAATAATAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAA
45 CA----GTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAA
* * * * *
253943 TAAACAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATTA-TTATGGCTATTTGA
106 TAAGCAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAGCAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGA
* ** ** *
254007 ACAATTATCTATTTAAAATAAATATG--ATCTTT-TTTTATCATAAAATGATTGTTT-TAGTTCA
170 ACAATTATTTATTTAAAATAGTTATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATA-TTCA
* * * * * * *
254068 TAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAAATTGATAAGTT-GAGA
233 TAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTTAAAGA
* * * * * *
254132 TTT----AA--AGTCAGTTTATTGAATCAA--TCAAATAATTATGACCATTTGAACAGTTATCTA
297 TTTAAAAAATTAATCAGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
254189 TTTCAAAT-GTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCACT-GTACAAGCCTAT
361 TTTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAGCTTAT
* *
254251 TCGAAATAAAAGAGA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAT
425 T-GAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--A-GAGATTTAAAAAAT
* *
254314 AAATCTATTTACTAAAC-----C----AGTT-T--C-AGTTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA
485 AAATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTATTT-AAATCA
* * * * * * *
254366 TTATGACCTTTTATTCTAT-TATAAAATAATTACTTCAATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAA
548 TTATGATCTTTTGTTCT-TCTATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
254430 TA
612 TA
254432 ATACTAATTT
Statistics
Matches: 15250, Mismatches: 3297, Indels: 2824
0.71 0.15 0.13
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (706 bp):
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAATTTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATAGTTATG
ACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAAATTAATCAGTTTATCAAACAA
GTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
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TCAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGAC
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* * *
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* * ** * * *
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* * * * * ***
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** * * * * * * * * * * *
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** * * * * ***
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* * *
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377 AAATAATATTAATCT-AT-AATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAAGGTTTAAAAAAAATAAAT-T
* ** * * * * * * *
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* ** * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGT-
* * * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * * * * * * *
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* * * * ** * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * * * **
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* *
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* * * * ** * *
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1 TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
** * * * *
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*** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* *** * * * * * *
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** ** * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * * * * *
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* * * * * ** **
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * * * * * ** * *
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*** * * ** * **
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* * * * * * *
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* ** * * * ** * **
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * ** ** * * * *
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** ** * * * * * * *
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* * * *
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309 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * **
242217 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATATAACATATTTAAAAAAAAT---T
374 ATAAAATAATATTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAATA-ATAAAAGGTTTAAAAAAAATAAAT
** * * * * * *
242279 TGTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AAGCAATTATCAATCTCAAATCGTTA--
437 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
*
242341 AAATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTCA
501 ACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TCA
* ** * *
242376 -TCATAGAAGCTTATTC-AGTTGAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
* * * * * ** *
242439 AGAGATTTAAAAAAAAAATATGTTTGCCGAACTAGTTTAAATAGTTAAAACTATAAGAATAGTTA
64 --AGATTT-AAAAAATAATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTA
* * * *
242504 TGTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCAGATCTTACAAGCTT
126 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCAGATCATACAAGCTT
** * * * *
242569 ATTCATCATAAAATAATCCAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTGAAAAA
191 ATTCAGAAAAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG----ATATTTGAAAAA
* * * * * *
242634 AAATCTATATACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCAT
252 AAACCTATATACTAAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAACTATATATCTAAAATCAT
* ** * *
242699 TATGACCTTTTGTTTTAACATAAAATAATTGTTTCAGTTCATTA-AAGCTAATCCAAAATAAAAT
317 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCA-TACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
** * **
242763 AATGCTAATTCCT-TAATATTTCAAAAATTAATGA-GCAAGAGTTTAAAAAAAATAAAATTGTTT
381 AATATTAA-T-CTATAATATTTCAAAAATTAATAATAAAAG-GTTTAAAAAAAAT-AAATTGTTT
* * *
242826 ACTTAACAAATTGAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TAGT-TATTTAAAATTGTTATGACATT
442 ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTAAAATTGTTATGACATT
* * *
242889 TTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTT-A
506 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCA
* * * *
242916 GTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTACTAAGT-
1 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
242980 GATTTAAAAAGTGAATTTGTTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATAACTATTTCAATAATTATCT
65 GATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * * * *
243045 ATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGTCATATAACT-TTTATTTTTA-ATCATACAAGCTTA
129 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATATTT-GTTTCAGATCATACAAGCTTA
* * * *
243108 TTTAGAAAAAAATAATACTAATTTTTTAACCTTTCAAAAATTAATAAG-TGATTT-AAAAATAAA
192 TTCAGAAAAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAT-ATTTGAAAAA-AAA
* * * * *
243171 CCTGCT-TACTAAACTAGTTCAAACAATTATGATTATTTGAACAACTGTATA-CTACGAATCATT
255 CCT-ATATACTAAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAACTATATATCTA-AAATCATT
* * * * *
243234 ATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCAGACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
318 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * *
243299 TATTAATCTAATAAAAATTCAAAAATTAATAATTAAAAGGTTT--AAAAAATAAATTTGTTT-GT
383 TATTAATCT-ATAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAAGGTTTAAAAAAAATAAA-TTGTTTACT
* ** * * * *
243361 CAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTC
445 -AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTG
* *
243426 ATTTGTCATAAAATAGTT-TTTTCAA
509 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTC-A
* * * *
243451 TTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTGATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
* * * * * * *
243515 AAAGATTTAAAAAATAAGTTTGTTTACCTAACCAGTTTACATAACTATGATTATTTGAACAATTA
64 --AGATTTAAAAAATAA-TTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTA
* * * * * **
243580 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGGTTT--TATCATATAAATT
126 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-ATTTGTTTCAGATCATACAAGCT
* ** * * * *
243643 TGTTCA-AAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTT-ATAAAAT
190 TATTCAGAAA-AAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGATATTTGA-AAAA-
* * * *** * * * * * * ** *
243706 AAATC-ATTTA-TCAAACTAGTT--TGTAGTTATGAATATTT-AAGCAATTATTTGTTTCTAATT
252 AAACCTATATACT-AAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAA-CAACTATATATCTAAAATC
* * * * * ** * * * * * *
243766 GTTATGACTTTTTATTCTGTTGTAAAACAATAG-TTCTATTCAT-CTAAGCTTATTCAGATTAAA
315 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAA
* * * * * *
243829 ATAATACTAATTTACTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAA-ATTT--AAAAAATAAATATATT
379 ATAATATTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAAGGTTTAAAAAAAATAAAT-TGTT
* * * * * * * ** *
243891 TACCAAACTAGATT-AAATAATCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
441 TACTAAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACAT
*
243955 TTTGTTTTGTCA-AAAA-AA--ATTTT-A
505 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCA
* * * * * * * ** *
243979 GTTGAAATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTA
1 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
* * *
244044 AAAGATTTAAAAAAT-A--TGTTTACC-AAATAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA
64 --AGATTTAAAAAATAATTTGTTTACCGAACT-AGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTA
* ** * * * * * *
244105 TCTATTTGAAATCAATATAAACTTTTATTTTGAT-ATAAAATAATTT-ATTCTA-AACATACAGG
126 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAAT-ATTTGTTTC-AGATCATACAAG
** * * *
244167 CTTATTTCA-ATTAAAATATTATAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAATATTT
188 CTTA-TTCAGAAAAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAA-A-AATTAATAAG----ATATTT
* * * * * * * * *
244229 AAAAAATAAATCTATTTAGC-AAACAATTTCAAATC-ATTATGATTATTTAAACAATTATTTATT
246 GAAAAA-AAACCTATATA-CTAAACAAGTTCAAA-CAATTATGACTATTTGAACAACTATATATC
* ** * * * ***
244292 TTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAA-AACTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGG
308 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * ** * **
244356 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGGATAATTAATAAGTAAAATATTT--AAAAAATAAA
373 AATAAAATAATATTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAAGGTTTAAAAAAAATAAA
* ** * * * * * **
244419 TATGTTTATCGAATA-AA-TTCAAATAGCCATGACTATTTGAATATTTGTCTTTTTTCAAATCAT
436 T-TGTTTA-CTAA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTAAAATTGT
* *
244482 TGTGACATTTTGTTTTGTAATAAAATAATTG-TTTCA
497 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCA
* * * * *
244518 GTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AGAGT
1 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGT
* ** * * * * ** * * * *
244582 AAAAGAATTAAAAAATGAA-CCGATTTACTGAACAAATTCT-AATAGTTACGAGTATCTAAAAAA
64 ---AGATTTAAAAAAT-AATTTG-TTTACCGAACTAGTT-TAAATAATTATAACTATTTGAATAA
* * * * * * * * *
244645 TTATCTATCTCAAAACATTATGACCTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGATTCTA-TTTATGCA
123 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTC-AGATCATACA
** * * ** * * *
244709 AGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTAC-AAAATTAATAAGTACAAATT-AA
186 AGCTTATTCAGAAAAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG-A-TATTTGAA
* * ** * * * * * ** * *
244772 AAAAAATCTGT-TTTTCGAACACA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTACCTATTTCAA
249 AAAAAACCTATATACT-AAACA-AGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAACTATATATCTAAA
* * * * * * * ** *
244835 ATCATTGTGACCATTTGTTTTGTCATAAACTAATT-TGTTCTATTCAAACAAGCTTATTCGGAGT
312 ATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGT-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * *
244899 AAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCCAAAATTAACAAGTAAAAGATTT--AAAACATAAATCT
376 AAAATAATATTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAAGGTTTAAAAAAAATAAAT-T
* * * *** * * * *
244961 ATTTGCTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAACAATTATTTATTTCAAGTCGTTATGA
438 GTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGA
* *** * *
245025 TC-TTTTGTGTTTATCATACAAAGGCCTTATTTTTAA
502 -CATTTTGT-TTTGTCATA-AAA-TAATT-GTTTTCA
* * * * * *
245061 TTCATTAAAAGTTTATTCGAGATAAAA-AATACT-ATATACTTTATA-TTCTAAAAATTAATAGG
1 TTCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTA-TTAATATTTC-AAAAATTAATA--
* * * * * * * ** *
245123 TTGTGAGATTTTAAAAAATTAATATGTTTA-TGAAC-AGTTCATATAGTCATGTC-CTTTGAACT
61 -AGT-AGA-TTTAAAAAA-TAATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAA-T
* ** *
245185 -ATTATCTATTT-AAATCGGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CGTTGTTTC-TATC-TAC
121 AATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCAGATCATAC
* * *
245245 ATA-ATTATTCTCAGAATAAAATAAT---AATTTA-T-ATATTT--AAAATTAATAAGATACATT
185 A-AGCTTA-T-TCAGAAAAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAT--ATT
*** * * * * * * * * * *
245302 T-AAACTTAATCT-T-TCCGAATCAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTC
245 TGAAAAAAAACCTATATACTAAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAACTATATATCTA
* * * * ***
245364 AAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCCTAAAAT-ATTTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGA
310 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * *
245427 GTAAAATATTGTTAAAT-TAATAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGT-ATAGATTT--AAAAAATAA
374 ATAAAATAATATT-AATCT-ATAATATTTC-AAAAATTAATAA-TAAAAGGTTTAAAAAAAATAA
* * * * * * * ** ** *
245487 ATGTGTTTACTGATCTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTATTTTGAATCATTT
435 AT-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
* *
245552 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-A
499 TGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCA
* * * * * **
245586 GTTCATACACGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGTG
1 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
* * * * * * * *
245651 AGAAATTAAAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGAC-ATTTGAACAAT
64 AG--ATT--TAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAAT
* * * * * * * *
245715 TATCTATTTAAAATTGTTATGTCTTTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-ATTTTATAA
124 TATCTATTTCAAATCGTTATGAC--CTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCAGA--TCATAC
* ** * ** * * *
245779 AAGCTTATCCA-AAATAAAATAATATTACTTTATTATTATTTAAAAAATTGACAAGTTAGAGATT
185 AAGCTTATTCAGAAA-AAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATT---AA-TAAGATATT
* * ** * * * * * * * *
245843 T-AGAACATAATTTAGTTTA-TCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATATGAATAATTATTTA
245 TGA-AAAAAAACCTA-TATACT-AAA-CAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAACTATATA
* * * * * * ** * * *
245905 TTTCAAATCGTTATGAACTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTT
306 TCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
** * * ** **
245970 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAATAATTAATAAGTAGGACATTT--AAAAAATA
371 AAAATAAAATAATATTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAAAGGTTTAAAAAAAATA
* * * * * * * *
246032 AATCCGTTTACGAAACCAGTTTAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTT
434 AAT-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTT
* * * * * * *
246097 ATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT-ATTTCTG
498 ATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTC-A
* * * * *
246133 TTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACT
1 TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * *
246196 AAGGGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGGCTATATGAACAAT
64 -A--GATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAATAAT
* * * * * ** * * * *
246260 TCTTTCTTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTT-TTTTAGTTCAAACTAA
124 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TATTTGTTTCAGATCATAC-AA
** * * * *
246324 -CTTATTTGGAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-A
187 GCTTATTCAGAAAAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATT-A--A-TAAGATATTTGA
* ** * * * * *
246386 AAAAACTAATTCTAT-TTTTCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
248 AAAAA--AA-CCTATATACT-AAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAACTATATATCT
* * * * * * * * * ***
246450 CAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGTTTTTGTTCAAATAAGTTTATTTGGA
309 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * *
246515 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAA---TT--AAAAACTAAA
374 ATAAAATAATATTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAATAA-TAA-AAGGTTTAAAAAAAATAAA
* * * * * * * ***
246575 TTTGTTTATTAAACCAGTTCAATTAGTTATAAATATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCACTAT
436 -TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
* * * *
246640 GGTCA-TTTGTTTTATCATTAAATAATTG-TTTCTT
500 -GACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTC-A
* * * * ** * *
246674 TTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAGTAATAAGTA
1 TTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-
* ** * * *
246737 ACAAATTTAAAAAATAAATCTGTTGGCTTGATTAGTGCAAATAGTTATGATAGTTTCAATAACTA
64 --AGATTTAAAAAAT-AA--T-TT-G--T--TTACCG-AACTAGTT-T-A-A--AT-AATTA-TA
* * * * * * * * *
246802 TCTATAATATCGCAAATAGTTATGACCAGTGCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAC
110 ACTAT--T-T-G--AATAATTAT--CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * *
246867 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAAATAATATAATTCTAATTTATTAA-AATTCTAA
167 ATTTGTTTC-AGATCATACAAGCTTATTCAGAAA-AAAATAATACAAATTTATTAACATTTC-AA
* * * * * * * * *
246929 AAGTTAATAAGTAATAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTA-TCGAACAATTTCAAATAGTTATAA
229 AAATTAATAAG--AT--ATTTGAAAAAA--AACCTATATACT-AAACAAGTTCAAACAATTATGA
** * * * * * * *
246992 CTATTTGAAC-TTTAATCTATTTCAAATCGTTA-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
287 CTATTTGAACAACT-ATATATCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT
* * * ** * * *
247054 GCTCTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATACAAATTTATTAATA-TTAAAATAATCAAT
351 -TTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATCTA-TAATATTTCAAA-AATTAAT
* * * * * * ** *
247117 -ATGTAAAGATTT--AAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTACAACTAGTTGA
412 AAT-AAAAGGTTTAAAAAAAATAAAT-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * * * * * **
247179 ACAATTATTTATTTTGAATCGTTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTTG
475 ACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTCA
* * * * * * * * *
247238 CTCATACAAGCTTATTTG-ATTAAAATACTATTAATTTGTTAATATTTCAACAATTAATAAATAA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAG
* * ** * * * *
247302 ATAATTGTAAAAATATATATGTTTATTGATCAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATTAT
66 AT--TT-AAAAAATA-ATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * *
247367 CTATTTCAAACCTTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAGTTCATATATGCTTA
127 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCAGATCATACAAGCTTA
* * *
247432 TTCA-AAATAAAATAATACAAATATATTAATA-TTCATAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-AAAA
192 TTCAGAAA-AAAATAATACAAATTTATTAACATTTCA-AAAATT-A--A-TAAGATATTTGAAAA
** * * *** * * * * * * * *
247494 AACGAATATGTTTACCGTACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
251 AA--AACCTATATACTAAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAACTATATATCTAAAAT
* * * * * * * * * ***
247559 CATTTTGATCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTTATGTTTATACAAGCTTCTTTTGAATAAA
314 CATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
* * ** * *
247624 ATAATATAAATTTATTAATATCCCAAAAATTACTATGTAGAAA--TTT--AAAAAATAAATATGT
379 ATAATATTAATCTA-TAATATTTCAAAAATTAATA-ATA-AAAGGTTTAAAAAAAATAAAT-TGT
** * * * * * * * * *
247685 TTTTTGAGCACA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAACTATTTATTTCAAATAGTTATGAC-
440 TTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACA
* ** *
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504 TTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTC-A
* * * *
247779 TTCATACAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
247824 AGTAAAAGAT
Statistics
Matches: 8406, Mismatches: 1817, Indels: 1191
0.74 0.16 0.10
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518 91 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAG
ATTTAAAAAATAATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTGTTTCAGATCATACAAGCTTATTCA
GAAAAAAATAATACAAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGATATTTGAAAAAAAACCTATA
TACTAAACAAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAACTATATATCTAAAATCATTATGACCTT
TTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATC
TATAATATTTCAAAAATTAATAATAAAAGGTTTAAAAAAAATAAATTGTTTACTAAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAA
ATAATTGTTTTCA
Found at i:247282 original size:179 final size:180
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246835 AATAGTTATG
* * * * * * *
246845 ACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAATATAATT
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTCTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * * * * * *
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* * * *
246973 CAATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTTAATCTATTTCAAATCGTTAA
129 CAAGTTCAAATAGTTACAACTAGTTGAACATTAATCTATTTCAAATCGTTAA
* *
247025 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTGCTCTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAGTAATAC
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTGCTCTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* * *
247090 AAATTTATTAATATTAAAATAATCAATATGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATA
66 AAATTTATTAATATTAAAATAATCAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* **
247154 AGTTCAAATAGTTACAACTAGTTGAACAATT-ATTTATTTTGAATCGTTATA
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* * * * *
247205 ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTGC-TCATACAAGCTTATTT-GATTAAAATACT
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCT-CTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
** * ** * * * * * * *
247267 ATTAATTTGTTAATATTTCAACAATTAATAAATAAATA-ATTGT-AAAAATATATATGTTTATTG
64 ACAAATTTATTAATATTAAAATAATCAATAAGT-AATAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTATCG
* * * * * * * * *
247330 ATCAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAACCTTTATG
127 AACAAGTTCAAATAGTTACAACTAGTTGAA-CATTAATCTATTTCAAATCGTTA-A
* * * * ** * *
247385 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTAT-CAGTTCATATATGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTCTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT
* * * * * ** * * * *
247448 ACAAATATATTAATATTCATAA-AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAACGAATATGTTTACCGT
64 ACAAATTTATTAATATT-AAAATAATCAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA
* * ** * * **
247512 ACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTTTG
128 ACAAGTTCAAATAGTTACAACTAGTTGAAC-ATTAATCTATTTCAAATC-GTTAA
* * * * * * * **
247566 ATCTTTTGTTTTGTCATTAAACAATTATTT-ATGTTTATACAAGCTTCTTTTGAATAAAATAATA
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTCTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* ** * * * * * * *
247630 TAAATTTATTAATATCCCAAA-AATTACTATGTAGA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGA
65 CAAATTTATTAATAT-TAAAATAATCAATAAGTA-ATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA
* * * * * * * * *
247692 GCACA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAATAACT-ATTTATTTCAAATAGTTATG
128 ACA-AGTTCAAATAGTTACAACTAGTTGAA-CATTAATCTATTTCAAATCGTTA-A
** * * * *
247746 ACCTTTGCTTTTGTCATAAACCAATTATTT-CTATTCATACAAACTTA-TCCAAAATAAAATAAT
1 ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTCTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT
*
247809 ACTAATTTATTAATA
64 ACAAATTTATTAATA
247824 AGTAAAAGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTGCTCTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
AAATTTATTAATATTAAAATAATCAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
AGTTCAAATAGTTACAACTAGTTGAACATTAATCTATTTCAAATCGTTAA
Found at i:248214 original size:178 final size:175
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Period size: 178 Copynumber: 2.3 Consensus size: 175
247855 CAAGCAAGTC
* * * * *
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64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-ATAGGAGATCTAAAAAAAATCTA
* ** *
247994 TTTAAAACAGGTTTAAATAGTCATGTTTATTTAAACAATTATCTATTT
128 TTTAAAACAGGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATCT
* *
248042 CGAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCTATTCATACTGAA-TTATTTA
1 CGAATAGTTATGA-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC--AAGTTATTTA
* * *
248106 GAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A-A-GAGATTTAAAAACTAAATC
63 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAGGAGATCTAAAAA--AAATC
* * * *
248168 TATTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCT
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* * *
248220 CAAATTGTTATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTT-T-TTCATA
1 CGAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATA
248269 AGAGCTTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (175 bp):
CGAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTATTTAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAGGAGATCTAAAAAAAATCTATTT
AAAACAGGTTCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATCTATCT
Found at i:248634 original size:175 final size:180
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Period size: 180 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
248361 TATCTTTTTC
* * * * * * *
248371 AAATCATTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGTTTTATACAAGCTTATTTGGA
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*
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* *
248499 CTTACTGAACAAGCTCAAATAGATATGA-T-TTGAACAATTATCTAT-TGA
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* * * * *
248547 AAATCATTTTGACCATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTTGAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * *
248612 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAATCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAA--T-
* * * * * * *
248677 TT-TTT-CTGAACTAA-TTCAAATAGTTACGACTATTTCAACAAATATCAATCT-C
127 TTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAGATATGACTA-TTGAACAATTATCTATATGA
* * * * * * * * * * *
248729 AAATCGTTACGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAAATATTTCTGAT-ATGCAAGCTTA-TTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * *** *
248791 TAAAAATAATACTAATTTAATAAAATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGT
66 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATTT
* ** * * * * * *
248852 GTTTGCCAAATC-AGTTGAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATGTATATG-
129 GTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGATATGACTATT-GAACAATTATCTATATGA
* * * *
248904 AAATCATTGTAACTTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GA
* * *
248968 AAAAAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATCAATAAGCAAGAGATTTCAAAAAATAAA
64 AATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT--AAAAATAAA
* *** * * * *
249033 TCTGTTTACTGTGTAGGTTTAAAT-GATTATGATTATTGAACAATTATCTAT-TTA
126 TTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGA-TATGACTATTGAACAATTATCTATATGA
* * * * ***
249087 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAG-TTATCAAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** ***
249151 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAACCA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATTT
** * * **
249215 GTTTACTGAATTAGTTCAAATA-ATTATGGCCATTTGAACAATTATCTAT-TTC
129 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGA-TATGACTA-TTGAACAATTATCTATATGA
* ** * * * * * *
249267 AATTTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTCGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA
249330 AATAAAAT
64 AATAAAAT
249338 TGTTATTACT
Statistics
Matches: 617, Mismatches: 134, Indels: 75
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 7 0.01
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AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATTTGT
TTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTGAACAATTATCTATATGA
Found at i:249384 original size:67 final size:67
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Indices: 249270--249404 Score: 180
Period size: 67 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
249260 CTATTTCAAT
*
249270 TTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAA
1 TTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAA
249335 AA
66 AA
* * * * *** * *
249337 TTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTATTTTTTTGCATACAGGCTTATTTGAAATAA
1 TTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAA
249402 AA
66 AA
249404 T
1 T
249405 AATTCTAATT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 10, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TTGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAA
AA
Found at i:249716 original size:180 final size:177
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Indices: 249467--255095 Score: 1922
Period size: 180 Copynumber: 31.4 Consensus size: 177
249457 ATCGAACTAG
* * * * * * * ** *
249467 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATAAGCTTTTATTCCGCCA
1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
249532 TAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCACAATAACATAATACTAATTTAATAATATTC
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
249597 TAAAAATTCATAACTAAAAGATCTAAAAAATAAATTCATGTGTAGATCAA
129 TAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TGTAGATCAA
* * *
249647 TTCAAACGATTAGGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAA-TATTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * * *
249712 TAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTCGGAATAGAATGAA-ATTAATTTATTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
249776 TTAAAAATTTATAAGC-AAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTTCTGAATCAG
128 TTAAAAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTGT-AG-ATCAA
* * * * *
249828 TTCAAATAATT-GTAACTATGTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTCTTGTTTTGT
1 TTCAAAT-ATTAG-GACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGT
* * * * * *
249891 CATAAAACAATTGCTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAGTA-
63 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
249954 TTTAGAAAATTATTCA-TAAGAGATTTAAAAAGTAAA-TCTATT-TACCAAACTAT
127 TTTA-AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTGTA--GATC-AA
** * * * * * * *
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1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * *
250071 TCAAACAATTGGTTTTGTTCATACTATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTC
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * * * *
250136 CCAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAGTAAATATAATTGCCAAAGT-AG
129 TAAAAATTAATAACTAA-AAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTG-TAGA-TCAA
* * * * * *
250187 TTCAAATAGTTAAGACCATATGAACGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCA
1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * ** * * *
250252 TAAAATAATT-TTTTTGTTTGTACATGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * *
250316 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACCAAACCAA
129 TAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTCATT-GTAGATCAA
* * * * * *
250367 TTCAAATGATTAAGATTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTATTGTTTAGTC
1 TTCAAAT-ATTAGGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
250431 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAATTAATACTAATTTATTTACAGT
64 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** ** *
250496 AGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTCAAAAAAATAAATAT-ATT-TATCGAACAA
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** * * * *
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1 -TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * * *
250614 ATAAAGCAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTATACGAAATAAAATAACACTAATATATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * *
250679 TTTAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATTTGTT-TACTGAATTAG
128 TTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTA--G-ATCAA
* * * * * *
250731 TTAAAATAATTATGG-CCATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTT
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* * * *
250795 ATAAAGCAATTGTTTTT-TATCACACAAACTTATT-AAAAAATAATAATACTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATAT
** * * ** * * *
250858 TTTAAAAATTAATATGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTT-TACCAAACCAG
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* * * * * * * *
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1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * * *** * *
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65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * **
251038 TAAAATTATTAACAAGTAAGAGATTTAAAAAATAACTATGTTTGTCTA-ACCTG
129 TAAAA--ATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTG--TAGATCAA
** * * * * * * *
251091 TTCAAATAGTTAAAACTAT-TAAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGATCTTGTGTTTGGTC
1 TTCAAATA-TTAGGACTATAT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * * * *
251155 ATAAAATATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCCAATATATTAACA-
64 ATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * *
251218 TTAAAAAATCAATAAGC-AAGAGAATTAAAAAAAATAAATCTGTTTGTCGAACAAA
127 TTTAAAAATTAATAA-CTAAAAG-ATT-TAAAAAATAAAT-TCATTGTAGATC-AA
* * * * * * *
251273 CTCAAATTCTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTT
1 TTCAAA-TATTAGGACTATATGAACAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * * *
251336 ATAAAA-ATATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATA
64 ATAAAACA-ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
251400 TTTTAAAAATTAATAAAC-AAGAAAATTTAAAAAATAAA-TCTATTTTTTGAACAAA
126 TTTTAAAAATTAAT-AACTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTC-A-TTGTAGATC-AA
* * * * * * * *
251455 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTTGTATATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * * * *
251520 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAGTATT-TTAATATT
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATT
* * * * ** ** * * *
251584 TTAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAGTCTGTTTACCAAATTAG
128 TTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCATT-GTAGATCAA
* * * * * * *
251632 TTCAAATAATTATGGTC-ATTTCAACAATTATCTAATTCAAATTGTTATGAACTTTGGTTTTGTC
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** ** * * *
251696 ATAAAACAA--AATTTTCATCACACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT
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* * * *
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* *** * * * * * *
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1 TTC-AAATATTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** * * *
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65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
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* * * * * * *
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** ** * * ** *
252042 CATAAAACAATCATTTCAGTTTATATAATTTTATTCAAAATAAAATAATAC-AGA-TTATTAACA
63 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA
* * ** * * ** *
252105 TTTCAAAAATTAATAAGT----GGCTTAAAATATGAATTTGTT-TACTGAATCAT
126 TTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTA--G-ATCAA
* * * * ** * * *
252155 TTCAAATAATTATGG-CCATTTCAACAATTATCAATTTTGAATCGTTATTACATTTTGTTTGGTC
1 TTCAAAT-ATTA-GGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
252219 ATATAACAAATATTTTTGATCATTTC-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTGAT-C
64 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCA-TACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * * *
252282 TATAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTCAAAAATAAATTTGTT-TACCAAACTAG
127 TTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTA--GATC-AA
* * * * * * *
252332 CTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACAGAATAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
1 TTCAAATA-TTAGGACTATATG---AAC--AATTA-TCTAT--TTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * ** ** *
252397 TTTTGTCATAAAATAATTATTTATCTTCATACAAGCTGATTTGGAATAAAATAATACTAAAGTAA
57 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * ** * * *
252462 TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAATTAAATTTGTTTGCCA-ACCAG
121 TAATATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTCATTG-TAGATCAA
* *
252519 TTCAAATATTTAGGACTATATGAACAATTATTTATTTCCAAAT-GTTATGACCTTTTTGTTTTAT
1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGT
* * *
252583 CATAAAAC-ATT-TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAC-AAGTTTATTAA
63 CATAAAACAATTGTTTTT--GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAA-TTTATTAA
* * * ** * *
252645 TATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAAATAATTTTGTTTGCCTA-ACCAG
124 TATTTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTT-AAAAAATAA-ATTCATTG--TAGATCAA
* * * *
252698 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAAT-ATTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** * *
252763 TAAAATAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTT
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
252828 CAAAAATTAATAAC----AGATTTAAAAAATAAA-TCTATT-TATCAAACTAG
129 TAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTGTA--GATC-AA
* * * * * * * * *
252875 TTTAAATAATTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATCTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTT
1 TTCAAAT-ATTAGGACTATATGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
252939 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-TAGACTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * ** *
253003 TTCGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTGCTTA-ACTAAA
127 TTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTG--TAGA-TCAA
** * * * * *
253057 TT-AAATAACCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAAT-ATTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *** ** * * * *
253121 GAAAATAATTGTTTCAATTCATGTAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAAATTATTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * ** *
253186 T-AAAATTAATAATTAAAGGATTTAAAAAATGAATTTGTT-TACCGAACAA
129 TAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTA--GATCAA
* ** * * * * * * * * *
253235 GTTTAAATAATTCTGAATATTTGAACAATTATCTATTTGAAGTTGCTATAATCTTTTATTTTTGT
1 -TTCAAAT-ATTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGT
* * *
253300 CATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
63 CATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
253363 A--TTAAGACAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAATGATT-TATCGAACAA
125 ATTTTAA-A-AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTA--GATCAA
* * * * * *
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1 -TTCAAA-TATTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * **
253482 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
64 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** *
253547 TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTT-TATCGAACCAA
128 TTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTA--G-ATCAA
* ** * * * * * * *
253595 TTGAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCATTATTATC-TTTGTTTTATCA
1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
253659 TAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGACTAAAATATTGCTAAATTATTAATATTC
65 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
253724 TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAA-AAAGTGC-TTGTTGAACCAG
129 TAAAAATTAATAACTAAAAGA-TTTAAAAAATAAA-TTCATTGTAG-ATCAA
** * * * * * *** * * *
253774 TTCAAATAGTTAATA-AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAAATGTGTTTGTTGAACCAATT
1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAA-TTATCTATTT----CAAAT-CG-TT-ATG-ACC--TT
* ** * * * *
253838 CAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATCTTAAATCATTTTGTTCATACATGCTTATTCG
54 ----TTGTTTTGTC-A-TAAAAC-A------A--TT--GT--TTTTGTTCATACAAGCTTATTC-
* * * ** *
253903 AAATATAATAATAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAC-AAAAAATTTAAAAAATAAA
99 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AACTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* *
253967 -TCTATT-TACCAAACAA
163 TTC-ATTGTA--GATCAA
* * *** * *
253983 GTTCAAATTATTATGG-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGATC-TTT-TTTTAT
1 -TTCAAA-TATTA-GGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
** * * * * *
254045 CATAAAATGATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTAATAATAT
63 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * ** * * * *
254110 TTCAAAAATTGATAAGT-TGAGATTT--AAAGTCAGTTTATTG-A-ATCAA
127 TTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTAGATCAA
* * * * *
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1 TTCAAAT-ATTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * * *
254219 TAAAATAATTGTTTTT-CACTGTACAAGCCTATTCGAAATAAAAGAGA-ACTAATTTATTAATAT
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* ** *
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* * * * * * * * *
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* ** *** * * *
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* * * * ** * **
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* * * * * * *
254503 TTCAAACAATTAGGATTATATAAATAGTTGTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
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**
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* * * ** *
254623 AAAAATTAATAAGT----GATCTAAAAAGTAAATTTGTT-TATTGAATCAG
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* * * * * * * * * * *
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1 TTCAAAT-ATTA-GGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * ** * *
254733 ATATAACAATAGCTTTTTGAACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAAT-C
64 ATAAAACAATTG-TTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * ** * *
254797 TTT-CAAA-GACTAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTT-TACCGAACTAG
127 TTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTA--GATC-AA
* * * ** * * * * *
254846 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTGAACTTCAAATTGTTAT-AGCTTTTTGTTCTATC
1 TTCAAATA-TTAGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTC
* * * ** * * *
254910 ATAAAATAATT-CTTTTGTTCATATC-AGCTTATTCGGAATGTAATAATATTAATCTAATAATAT
64 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-CAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * ** * * *
254973 TCCAAAAATTAATAACT-AAGGTAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAG
127 TTTAAAAATTAATAACTAAAAG-ATTTAAAAAATAAA-TTCATTGTAGATC-AA
* * *
255026 TTCAAATAATTAAAGACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTCTTTTG-
1 TTCAAAT-ATT-AGGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
255089 CATAAAA
63 CATAAAA
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Statistics
Matches: 4131, Mismatches: 975, Indels: 686
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Matches are distributed among these distances:
164 1 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCATTGTAGATCAA
Found at i:250792 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 249428--257556 Score: 3419
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249418 TTTAGGAATT
* * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * *
249853 AATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTT-TGTTTATA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATA
* * * * * * *
249916 TAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAGTA-TTTAGAAAATTATTC
128 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATA
* * * * ** * * * * * *
249969 A-TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATGTGAATA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
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** * * *** *
250096 ATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATATTATTCCCAAACTTAATA
130 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
** * * * ** * ** ** * * * *
250148 ACCAAGAA-AATTAAAAAGTAAATATAATTGCCAAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACCATATGAAC
1 AGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * ** **
250212 GATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTTGTACA
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* * * * * * *
250276 TGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
130 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * ** * * * * *
250328 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACCAAACCAATTCAAATGATTAAGATTATTAGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
250393 ATTATCTATTTCAAATCGTTTTAACCTATTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * * * * **
250458 GCTTATTCGGAATAAATTAATACTAATTTATTTACAGTAGAAAAATTAATA
131 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
250509 AGAAAAAGATTTCAAAAAAATAAATATATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGA
1 AGTAAAAGATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * * *
250573 ACAATTATCTGTTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCAGTTAATA
63 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * *
250638 CAAGCTTATACGAAATAAAATAACACTAATATATTAATATTTTTAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* ** * * *
250692 AGTAAAAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * ** *
250757 ATAATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTTATAAAGCAATTGTTT-TTTATCACACA
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* *
250821 AACTTATT--AAAAAATAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
130 AGCTTATTCGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * ** * *
250872 TGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCGAATAGTTATGACTATTTGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * ** * * * *
250937 ATTATCAATATCAAATCATTATAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTCTGATCGTAGAA
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** * * *
251001 GCTTATTCG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA--ATAAAATTATTAACA
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* * * * * * ** ** *
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* * * * * * *
251116 AATTATCTATTTCAAATTGTTCTGATCTTGTGTTTGGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATAC
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* * * * * * * *
251180 AAGCTTATTTGGAATAAAATAATCCCAATATATTAACA-TTAAAAAATCAATA
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251232 AGCAAGAGAATTAAAAAAAATAAATCTGTTT-GTCGAACAAACTCAAATTCTTATGACTATTTGA
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* * *
251296 ACAATTA-CTTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTGTTTTGTTATAAAA-ATATTGTTTCAGTTCA
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* * * *
251358 TAAAAGCTTATGCAAAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
126 TACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
** * * * ** * * *
251415 AACAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
1 AGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
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251480 ATTTGTATATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
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** * *
251545 AGCTTATTTAAAATAAAATAATAATAGTATT-TTAATATTTTAAAAATTAATA
130 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * ** ** * *
251597 AGT----GATTTAAAAAGTGAGTCTGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAAC
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAAC
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
251772 AGT-AGAGATTTAAAAAATAACTCTGTTTACCGAACC-G----------T-TG-CTATTTGAAGA
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** * * * * * * *
252120 AGT----GGCTTAAAATATGAATTTGTTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * * * ** * *
252181 ATTATCAATTTTGAATCGTTATTACATTTTGTTTGGTCATATAACAAATATTTTTGATCATTTC-
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TACA
* * * *
252245 AGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTGATCTATAAAAAATTAATA
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* ** * * *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTG---A
* * * * * * *
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63 AC--AATTA-TCTAT--TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-G
* * * ** * **
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* * * * * * * * *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * *
252545 ATTATTTATTTCCAAAT-GTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACATTTTTTTCAATTCATAC
66 ATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* * *
252609 TAGCTTATTCGAAATAAAATAAAAC-AAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
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* *
252662 AGT----GATTTAAAAAAATAATTTTGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTT-ACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * ** *
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64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
* * * * * * *
252787 AAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TA
129 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
252837 A-TAACAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTG-AC
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
252899 AAATTATTTATCTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
65 -AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
* * ** *
252963 -TAGACTTATTCGAATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATA
128 CAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * * ** *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * **
253081 AATTATCTATTTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTGTTAGAAAATAATTGTTTCAATTCATGTA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * *
253146 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAAATTATTAATATTCT-AAAATTAATA
130 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * * *
253197 ATTAAAGGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTCTGAATATTTGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
253262 ATTATCTATTTGAAGTTGCTATAATCTTTTATTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATAC
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAC
*
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129 AAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAA-A-AATTAATA
* * *
253379 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ATGATTTA-TCGAACAAGTTCAAATTATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * *
253442 CGATTAGCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
** * *
253506 CAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
253560 AG----AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-TCGAACCAATTGAAATAGTTATAACTATTTGAAT
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
253620 AATTATCTATCTCAAATCATTATTATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * *
253684 AGCTTATT-TAGACTAAAATATTGCTAAATTATTAATATTCTAAAAATTAATA
130 AGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * ** * * **
253736 AGTAAAAGATTTTAAAAAA-AAA-GTGCTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAATAAAAATTAATA
1 AGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATT-ATGACTATT--T-
* * **** * * * ** * *
253799 AGTAAGAA--ATTTAAAAAAAATGTGTTTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
61 -G-AACAATTATCTATTTCAAAT-CG-TT-ATG-ACC--TT----TTGTTTTGTC-A-TAAAAC-
* * * *
253862 ATTATCTATCTTAAATCATTTTGTTCATACATGCTTATTCGAAATATAATAATAATAATTTATTA
111 A--A--T-TGTT---TCA----GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* **
253927 ACATTCAAAAAATTAATA
164 ATATTTTAAAAATTAATA
** * * * ** * * *
253945 AACAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATTATTATGGCTATTTGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* *** * * ** * *
254010 ATTATCTATTTAAAATAAATATGATC-TTT-TTTTATCATAAAATGATTGTTTTAGTTCATAAAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * * * *
254073 GCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTAATAATATTTCAAAAATTGATA
131 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
** * * * * * *
254124 AGT-TGAGATTT--AAAGT-CA---GTTTATTGAATCA-ATCAAATAATTATGACCATTTGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * *
254181 GTTATCTATTTCAAAT-GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT---TTCACTGTA
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* *
254242 CAAGCCTATTCGAAATAAAAGAGA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
128 CAAGCTTATTCGAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
** * * * *
254296 AGTAGGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACCAG-T----T--TCA-G----TTTGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * ** * *
254348 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTCTATTATAAAATAATTACTTCAATTCATATAA
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* * * *
254413 GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
131 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * * * * *
254464 ACTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTGCCGAAACTGTTCAAACAATTAGGATTATATAAATA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * *
254529 GTTGTCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAAG-T--T-C-A
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* * * * * ** * * *
254634 AGT----GATCTAAAAAGTAAATTTGTTTATTGAATCAGTTTAAATAATTATGGTTATGTCAATA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * ** ** *
254695 GTTATCTATTTTAAATCATTATTACCCTTTGTTTGGTCATATAACAATAGCTTTTTGAACATTCA
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* * * * * * *
254760 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATCTTTCAAAGACTAATA
130 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * *
254812 AG----AGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * * * * *
254872 ATTGTGAACTTCAAATTGTTAT-AGCTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTCTTT-TGTTCATATC
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-C
* ** * * * **
254935 -AGCTTATTCGGAATGTAATAATATTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATA
129 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * ** * * * *
254987 ACT-AAGGTAATTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATAATTAAAGACCATATGAA
1 AGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAA
* * * * *
255051 CAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTCTTTTG-CATAAAATAAGTTTTTTTGAATTCA
64 CAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCAGTTCA
* * * * * * ** * *
255114 TACTAGTTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATGTT-TT--TGCTCATATAAGTT--T-
126 TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AAT-TTATTAAT-ATTTTAAAAATTAATA
* *** *** * * *
255166 TGT-TTTG-TTGTAAAATAATTGTTTTGTTTGTAC--AAGCTTA-TTCAGATTAAAATAAT-ACT
1 AGTAAAAGATT-TAAAA-AATAAATTTG-TT-TACTGAA-C-CAGTTCA-A--ATAATTATGACT
* * ** ** ** ** * * *
255225 AGTTT----AA-TA-GTAATTCAAA-AATTAAT-A-AGTAAGAGATT-TAAAAAAATAAATTTGT
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** * * * * * *
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116 TT------TCAGTTC--AT--ACAAG-CTTATTCGAAATAA--A-ATAATACTAAT--TTATTAA
****
255342 TATTTTATTTGGTT-ATA
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**** * ** ** *
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1 AGTAA-AA--GATTT-AAAAAAT-AAA-TTTGTTTACTGAACCAGTTCAA-A-TAA-TTA-TGAC
* * ** ** * * ** ** * * *
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* * * * *** ** *
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* *
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* * * * ** * * *
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1 AG--TA-AAAGATTTAAAA-AATA--AATTTGTT--TACTGAACC--AGTTCAAATAATTATGAC
* * * * ** * * ** *
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56 TATTT---GAA-CAAT-TATCTA-TT--TC-----AAATCGTTATGACCTTTTG---TTTTGTCA
*** ** * * * * *** * * * *
255687 TATTTCAAATTG-TT-AGGACCTTCAA-ATTGTTTTTAATCAAAATTATGTCCAAATTTATTAAA
105 TAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAA-TA-ATACTAATTTATTAAT
** *
255749 ATTCAAAAAACTAATA
166 ATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
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* * * * * * *
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** * *
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* ** * * * * * * * * * *
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* ** * * * * ** *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* ** * * ***
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177 TAATA
** * * * * * *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
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* *
256450 GCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAA-TAATA
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** * * *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* ** * * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * ** * *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACA
** * * *
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66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
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** * * * *
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65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-
* *
257525 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
129 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
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Statistics
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GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
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* ** * * *
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65 ATAAAATAATACTATATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * *
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* * ** * * ** * *
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1 AAATCGTTATAA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * ** *
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65 ATAAAATAATACTATA-TTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * ** *
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1 AAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
* * * * * ** * * *
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** * * ** * * * * * *
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* * * * ** ** * *** *
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1 AAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
* *
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * *
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* ** *
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* ** * * * *
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* * ** ** * *
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* *
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* * * * *
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* * ** * * * * **
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* * * *
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* * ** * * * ** ** *
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* * * * * * ***
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* * * * * * *
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* ** * ** ** *
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* * * * * *
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* * **
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* * *** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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**
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * ** * *
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* *
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* * *
254340 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTCTATTATAAAATAATTACTTCAAT
1 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTT-TT-TATCATAAAATAATTACTTCAAT
* *
254405 TCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
64 TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACT-AG
* ** ** * *
254470 AGATTTAAAAAATAATTTTATTTGCCGAAACTGTTCAAACAATTAGGATTATATAAATAGTTGTC
128 AGATTT--AAAATAAGTTTA-TT---GAAAC-AATCAAACAATTAGGACCATATAAACAGTTATC
* *
254535 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-A-AGTTC-A-TA-GAA
186 TATTTCAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCACAGTACAACTATGAA
*
254594 ATAAAATA-ATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
250 ATAAAAGAGA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT
254637 GATCTAAAAA
Statistics
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0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
337 1 0.00
338 78 0.31
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341 9 0.04
343 9 0.04
344 3 0.01
345 3 0.01
346 1 0.00
347 7 0.03
348 33 0.13
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (333 bp):
TTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTTTTATCATAAAATAATTACTTCAATTC
ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAGAGA
TTTAAAATAAGTTTATTGAAACAATCAAACAATTAGGACCATATAAACAGTTATCTATTTCAAAT
ATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCACAGTACAACTATGAAATAAAAGAGAA
CTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACTAAACC
AGTTTCAG
Found at i:255579 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 255163--255701 Score: 480
Period size: 182 Copynumber: 3.0 Consensus size: 180
255153 CTCATATAAG
* * ** * * *
255163 TTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTT-GTTTGTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAG
1 TTTTGATTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTCAGAATAAAATAATACTAA
* *
255227 TTTAATAGTAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAG
66 TTTAATA--AATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAG
* * * * * * *
255292 TTCAAATGGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGATA
129 TACAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACA
* * * * * *
255344 TTTT-ATTTGGTTATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTT-GTTTAGAATAAACTAATACT
1 TTTTGATTT-GTTATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAG-TCAGAATAAAATAATACT
* * *
255407 AATTTAGTAACATTAGAAAAATTAATAA-AAATGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-
64 AATTTAATAA-ATT-CAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAAT
*** * ** *
255470 CAAGTACAAATAGTTTTTACAATTTGAACAATTGTCTATTTTGAATCGTTATAACC
126 C-AGTACAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACA
* * * *
255526 TTTTGATTTGTTATAAAATAACTGTTTTAATTAATACAAGCTTAGACAGAATAAAATGATACTAA
1 TTTTGATTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTCAGAATAAAATAATACTAA
* ** * * **
255591 TTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTTAATCAT
66 TTTAATAA-A-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCA-
* * ** * * *
255655 TTA-AAATAATTATCACCATTTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTA
128 GTACAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
255702 GGACCTTCAA
Statistics
Matches: 284, Mismatches: 61, Indels: 26
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 4 0.01
181 82 0.29
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183 9 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTTGATTTGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGTCAGAATAAAATAATACTAA
TTTAATAAATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATCAGTA
CAAATAGTTAAGACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACA
Found at i:257184 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 256236--257495 Score: 873
Period size: 361 Copynumber: 3.5 Consensus size: 361
256226 ATCTTTTTTA
* * * * *
256236 TTTTTTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TAA-TCCA
1 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGT-TA
* * * ** * * * *
256299 ATAATACTCCGAA-AATTAATAACCA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTGAACCAGTT
65 TTAATATTTC-AACAATTAATAAATATA-AGATTTAAAAAATAAA-TAGTTTATC-GAACAAATT
* * * * * * ** * * * *
256361 CAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTAATGACCTTTTATTTTA-TCAT
126 CAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATCATAACCTTTT-GTTTAGCCA-
* * * * * * * **
256425 AAA-ATAATTTTTTCAATTGATACTAGCTTATTCAAAAT-AAAATAAAATGAATTTATTAATATT
189 AAAGATGATTTCTTCTATTTATACAAGCTTATTC-GAATGAAAATAATACAAATTTATTAATA--
** * * * * * * ** * * *
256488 TTAA-A-AA-TAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAATTCTGCTTATCTAACCGGTTCAAATAATT
251 TTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGATCAAAAAATC
* * * * * *
256550 ATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TG
316 ATGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTCTC
* * * * * * *
256596 TTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTTATCCATATAAGTTTGTTC---AT-AATTAATACT-ACTC
1 TTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGT-
* * * ** * * *
256655 TATTAATATTTTAAAAATTAAT--A-AT-AGATCTAAAAAATAAATCTTTTTATCAAACCAGTTC
63 TATTAATATTTCAACAATTAATAAATATAAGATTTAAAAAATAAAT-AGTTTATCGAACAAATTC
* * * ** * * * * **
256716 AAATTGTTATTACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATCATTA-AGACTTTTTGTTCT-GTTAT
127 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATCATA-ACCTTTTGTT-TAGCCA-
** * * *
256779 AAA-AAAATAGT-TTCTATTTATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATT
189 AAAGATGAT-TTCTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAATGAAAATAATACAAATTTATTAATATT
*** * ** * *
256842 TCTATAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAAAAATCAT
253 AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGATCAAAAAATCAT
* * * * *
256907 GGCTATTTGAATAATTAT-TCATTTCAAATCGTTATGGCTTT-TC
318 GACTAATAGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACTTTCTC
256950 TTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTA
1 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCT-GTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTA
* *
257014 TTAATA-TTCTAA-AATTTAATAAATA-AGAGATTTAAAAAATGAAACTA-TTTATTGAACCAAT
65 TTAATATTTC-AACAA-TTAATAAATATA-AGATTTAAAAAAT-AAA-TAGTTTATCGAACAAAT
* * *
257075 TTAAATAAGT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATT-GCTATAACCTTTTGTTTAGCC
125 TCAAAT-AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATC-ATAACCTTTTGTTTAGCC
* *
257138 AAAAGATGATTTCTTCTATTTATACAAGCTTATTTTGAA-GAAAATAATATAAATTTATTAATAT
188 AAAAGATGATTTCTTCTATTTATACAAGCTTA-TTCGAATGAAAATAATACAAATTTATTAATAT
* * * *** *
257202 TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATTGTTA
252 TAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGATCAAAAAATCA
** *
257267 TGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATGACTTTCTG
317 TGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTCTC
* * * * * * **
257312 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTGAATTAAAATAATATTATTTTAT
1 TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTAT
*
257377 TAATATTTCAACAATTAATAAGTATAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAATTCAAA
66 TAATATTTCAACAATTAATAAATATAAGATTTAAAAAATAAATA-GTTTATCGAACAAATTCAAA
*
257442 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATCATGACCTTTTGTTT
130 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATCATAACCTTTTGTTT
257496 TGTAATAAAA
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 137, Indels: 98
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
352 4 0.01
353 28 0.04
354 137 0.19
355 75 0.11
356 6 0.01
357 34 0.05
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359 1 0.00
360 20 0.03
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362 159 0.22
363 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TTTTGTCATAAAAAAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTAT
TAATATTTCAACAATTAATAAATATAAGATTTAAAAAATAAATAGTTTATCGAACAAATTCAAAT
AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATCATAACCTTTTGTTTAGCCAAAAGATG
ATTTCTTCTATTTATACAAGCTTATTCGAATGAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAAT
TAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGATCAAAAAATCATGACTAATA
GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTCTC
Found at i:258191 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 257784--258953 Score: 664
Period size: 181 Copynumber: 6.5 Consensus size: 181
257774 TAAACATTTG
* * *
257784 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
1 TTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * *
257849 AAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
66 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAT
* * ** * **
257914 AATTATTTATTTCAAATCATTGTGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
131 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATAATTTAGTTTGTCATAAAACAATAA
* * * * * *
257965 TTTTTATTCAAACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAAT
1 TTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
*** *
258030 AAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGA
66 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGTCATGA-CCATTTGA
* * ** *
258093 ACT-ATTATCTATTTGAAATCGTTATGATAATTT-GTTTGATTGTAAAATAATAA
129 A-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGATAATTTAGTTTG-TCATAAAACAATAA
* * * * * * * ***
258146 TTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAGTAAACTAATACCAATTTATCACTATTTTGAAAA-T--T
1 TTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* ** * * * * * * *
258208 AA--AAAGGATTTAAAAAATAAAGGTATTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAAGACTATTAGA
66 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAG-TCATGACCATTTGA
* * ** * * * *
258270 ACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA-CCTTTTGTTTAGTGATAAAATAACT-G
129 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATAATTTAGTTT-GTCATAAAACAA-TAA
* * * * * **
258323 TTTC-AGTTCGTACATGCTTATTC-GAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTA
1 TTTCTA-TTCATACAAGATTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* ** * *
258386 ATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
64 ATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACCATTT
* * * *** * * **
258450 GAACAA-TATCTATTTGAAATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTG
127 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATAATTTAGTTTGTCATAAAACAATAA
* * * * * *
258504 TTTC-AGTGCATAAAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATA-TCACTTTGTTAATATTTCAAAAATT
1 TTTCTA-TTCATACAAGATTATTCAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * * * * * *
258566 GATAAGTTAGACATTTAAAAAATATATC-AGTTTATCAAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATT
63 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACCATT
* * * * * * **
258629 TGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-ACTTTTGTTTTGTTATAAATCAATTG
126 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATAATTTAG-TTTGTCATAAAACAATAA
* * ** ** ** * * *
258685 TTTTTCATT-AAACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATTTTAATTTACTAATATTTCAAAAACTAA
1 TTTCT-ATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
** * * * * * *
258749 TAAGTAGGATATTTAAAAAACAAATCTATTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGA
65 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGA
** ** * *** * *
258813 ATAATTAAATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTA-TTATGCCATAAAACAATTA
129 ATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATAATTTAGTT-TGTCATAAAACAATAA
* * * * * * * ***
258866 TTTCTGTTCATATAAGTTTATTTAGAATAAAATATTACT-ATGTAATAATATTTTGAAAATTAAT
1 TTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* *
258930 AAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
258954 TTGTTTGCTA
Statistics
Matches: 769, Mismatches: 182, Indels: 77
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 39 0.05
177 87 0.11
178 7 0.01
180 99 0.13
181 469 0.61
182 42 0.05
183 26 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTCATGACCATTTGAAT
AATTATCTATTTCAAATCATTATGATAATTTAGTTTGTCATAAAACAATAA
Found at i:258729 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 257792--259038 Score: 828
Period size: 362 Copynumber: 3.5 Consensus size: 359
257782 TGTTTCTGTT
* * ** * * * *
257792 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA
1 CATAAAAGCTTATTGAGAATAAAATATTACT-ATGTA-TAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGA
* ** * * * * * * * * * *
257857 TATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATT
64 CATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAATTATC
* * * * * * * * **
257921 TATTTCAAATCATTGTGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAAACAAGTTTA
128 TATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTTAT-AAATAACTG-TTTCAGTTCAAACAAGCCTA
* * * ** ** ** * *
257985 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAAT
191 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAACATTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAAC
* * * * ** *
258050 AAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTGAAATC
256 AAATCTATTTACTCAAACAA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTAAATATTTCAAATC
* * *** * *** * * *
258113 GTTATGATAATTTGTT-TGATTGTAAAATAATAATTTCTA-TT
319 ATTATAACCTTTTATTAT-ACCATAAAACAATTATTTC-AGTG
* * * * * * * * **
258154 CATACAAA-ATTATTTAGAGTAAACTAATACCAATTTATCACTATTTTGAAAA-T--TAAA-AAG
1 CATA-AAAGCTTATTGAGAATAAAATATTA-CTATGTAT-AATATTTCAAAAATTAATAAATAAG
* * * * *
258214 -GATTTAAAAAATAAAGGT-A-TTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAAGAC-TATTAGAACAAT
63 ACATTTAAAAAATAAA--TCAGTTTGCTAAACCAATTCAAATAATTAAGGCCATA-T-GAACAAT
* * * * * ** *
258275 TATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTGATAAAATAACTGTTTCAGTTCGTACATGC
124 TATCTATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTTAT-AAATAACTGTTTCAGTTCAAACAAGC
* * * *
258340 TTATTCGAAATATAATAATACTAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
188 CTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAACATTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAATTT-AAA
* * * ** *
258405 AAATAAATCTGTTTAC-CAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTTGAA
252 AAACAAATCTATTTACTCAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAATATTTCAA
* * *
258468 ATCATTATAACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTG
316 ATCATTATAACCTTTTATTATACCATAAAACAATTATTTCAGTG
* * * *
258512 CATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATCACTTTGT-TAATATTTCAAAAATTGATAAGTTA
1 CATAAAAGCTTATT-GAGAATAAAAT-AT-T-ACTATGTATAATATTTCAAAAATTAATAAATAA
* * * * *
258575 GACATTTAAAAAATATATCAGTTT-ATCAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTA
62 GACATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCT-AAACCAATTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAATTA
*
258639 TCTATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAATCAATTGTTTTTCA-TT-AAACAAGC
126 TCTATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAAT-AACTG--TTTCAGTTCAAACAAGC
* * ** * ** * *
258702 CTATTTGGAATAAAATAATTTTAATTTACTAATATTTCAAAAACTAATAAGTAGGATATTTAAAA
188 CTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAACATTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAA
* * *
258767 AACAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAAATATTTCAAAT
253 AACAAATCTATTTACTCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAATATTTCAAAT
** * * *
258832 TGTTATAACCTTTTATTATGCCATAAAACAATTATTTCTGTT
318 CATTATAACCTTTTATTATACCATAAAACAATTATTTCAGTG
* * * ** *
258874 CATATAAGTTTATTTAGAATAAAATATTACTATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAAATAAGAG
1 CATAAAAGCTTATTGAGAATAAAATATTACTATGT-ATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAC
** * * * * *
258939 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTA
65 ATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCTAAACCAATTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAATTATCTA
* * *
259004 TTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGCTATAAA
130 TTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAA
259039 ATTATTTTTC
Statistics
Matches: 696, Mismatches: 152, Indels: 75
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 1 0.00
357 39 0.06
358 177 0.25
359 60 0.09
360 6 0.01
361 162 0.23
362 205 0.29
363 40 0.06
364 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (359 bp):
CATAAAAGCTTATTGAGAATAAAATATTACTATGTATAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGACA
TTTAAAAAATAAATCAGTTTGCTAAACCAATTCAAATAATTAAGGCCATATGAACAATTATCTAT
TTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTTATAAATAACTGTTTCAGTTCAAACAAGCCTATTCGA
AATAAAATAATACTAATTTACTAACATTAAAAAAACTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAACAAATC
TATTTACTCAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAAATATTTCAAATCATTATAA
CCTTTTATTATACCATAAAACAATTATTTCAGTG
Found at i:259077 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 259052--259104 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
259042 ATTTTTCGAC
*
259052 AATTAATAAATGAAAGA-TTTAA
1 AATTAATAAATAAAAGATTTTAA
*
259074 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAA
1 AATTAATAAATAAAAGATTTTAA
*
259097 AATAAATA
1 AATTAATA
259105 TATTTACCAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.56
23 12 0.44
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.08, T:0.32
Consensus pattern (23 bp):
AATTAATAAATAAAAGATTTTAA
Found at i:260235 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 260203--260235 Score: 50
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260193 AACTAGTTCA
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1 AATAATTAT-ACTATTTG
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1 AATAATTATACTATTT
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AATAATTATACTATTTG
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260106 TAATTATTTT
* *
260116 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-AAT
1 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA-TTAAT----AAGAGATTTAAAAATAA-
* ** * * * **
260179 ATTATTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
60 A-T-CTGTTTACCAAACCAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
260244 TATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC
123 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTC
* *
260298 AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATATAAATCTC
1 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTG
* * * * * **
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* * *
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130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGT-TTATTC
* * * **
260475 -GAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAATAGATTTAGAAAATGT
1 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTA-AAAATAA
** ** * * * * *
260539 ATCTGTTGGCCTGACCAGTGCAAACTATTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCGAATCATTA
60 ATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
260604 TAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTCATCC
125 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTC
* * * *
260656 AGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTGAATCTG
1 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTG
* * * *
260721 TTTACCAAA-AATGTTCAAAAAATTATGACTATTTGCACAATTATATATTTCAAATTGC-TATAT
65 TTTACCAAACCA-GTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-CAT-TAT
* ** *
260784 AACCTTTTCTTTTGTTGTAAAACAATTTTTTGTTATTCATACA
126 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATTCATACA
260827 TGCTTATTTC
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
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AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATCTGT
TTACCAAACCAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTC
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Indices: 260851--264621 Score: 1901
Period size: 357 Copynumber: 10.6 Consensus size: 356
260841 CTATTTACCG
* *
260851 AATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
* * * * * **
260916 TTGTCATAAGACAATTGTTTTTGCTCATACAAGCTTATTCGATTTAAAATAATATTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAATTTATTA
** * * *
260981 ATATT-TTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTTAAAT
130 ATATTCTAAAC-ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTCAAAT
* * * * ** * *
261045 AGTAATAACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAGACA
194 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTATAATAA-ACA
* * * *
261110 ATTGTATCAG-TACATATATACTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAA
257 ATTGTTTCTGTTA-ATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
*
261174 TTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCCGTTTACTA
320 TT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTA
** * * *
261213 AATAAGTTCAAATAGTTTTTGA-TATTTGAGCAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTTA
1 AATAAGTTCAAATAG-TTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTG
* * * *
261277 TTTTGTCACAAAACAATTCTTTTTGTTTATACAAACTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTTAC
64 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATAT-AATTTAT
* * *
261342 TAAAATTCCAAACATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACA-TTCAA
128 TAATATTCTAAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACA-AGTTCAA
* * * *
261405 ATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTTATGTTGTAATAAA
192 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGT-T-TTATAATAAA
* *
261470 CCAATTGTTTCTGTTAATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATTCTAATTTATTAAAATTTCAAA
255 -CAATTGTTTCTGTTAATAAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * **
261534 AATCTATAAGTACA-TGATTTAAACAATAAATTTGTTTACTA
318 AAT-TAT-AGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTA
*** * * **
261575 AGCGAGTTCAAATAG--TTGACTTTTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TATTTTGT
1 AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGT
* * * * * * *
261637 TTTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTGTT-TGAAATAAAATAATGCTAATTTAT
65 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAAT-ATAATTTAT
* ** * * * **
261701 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTTTAAGATTTTAAAAA-AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAA
128 TAATATTCTAAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTCAAA
* * ** * *
261765 TACTTATGTCCGTTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATTATAAAAC
193 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTATAAT-AAAC
* * * * *
261830 AATTATTTCTATTCATGCAAAA-TTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCACAA
256 AATTGTTTCTGTTAAT--AAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* ** *
261894 ATTA-A-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTA
319 ATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTA
* * * ** * * * * *
261930 GACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATCTATCTCAAATTGA-TAAGA-TCTTTG
1 -AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTG
* * * * * * * * * * **
261992 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAGA-AAAATATTGCTAAACTA
64 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCTAA-ATAAAATAAT-ATAATTTA
* * * * **** *
262056 ATAATATTCTAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAA
127 TTAATATTCTAAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTCAA
* * * * * *
262121 ATAGTTGA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATTATTTTGACATTTT-ATTTAGTCATAA
192 ATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTA-TAAT-A
* * * * *** * * *
262184 AATAATTGTTTCAGTTCACACATTTTTATTTAAAA-AATAATAATACAAATTTATTAATATTTTA
253 AACAATTGTTTCTGTTAATA-AAACTTATTCAAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * ** *
262248 AAAACTA-A-TAAGTGATTTTAAAAGTGAATCTATTTA-TCG
316 AAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACT-A
* * * * * * * * * * *
262287 AATCATTTTAAATAATTATGGCTATTTCAATGATTATGTATTTCAAATCATTATTAATCTTTTGT
1 AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGT
* * * * * *
262352 TTGGTCGTATAACAAATGTTTTTTTTTATCATTCAAGCTTATTC-AAAT---A-AA-AT-A---A
65 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTAT-A--CAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAATTTA
* * * * * * *** *
262407 -T-CT-TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATTAAATCTGGTTACCGAACTAGTTCA
127 TTAATATTCTAAACATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTCA
* * ** * * * *
262468 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACGTCAAATCATAATAACATTTTGTTTTGTCATAAA
191 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTATAAT-AA
* * * * * *** * * *
262533 ACAATTATTTATGTTCATATGAGCTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTTCAAA
254 ACAATTGTTTCTGTTAATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * ** **
262598 AATTAATAACTTAA-AGAATTAAAAAACAGATTTGTTTGTTGA
318 AATT-AT-A-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACT-A
* * * ** * * *
262640 ACT-AGTTCAAATA-TTTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTG
1 AATAAGTTCAAATAGTTT-TGACTATTTGAATAATTATTTATTTC-AAATCATTATGACTTTTTG
** * * *
262702 TTTTGTC-TAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AGTGAATTT
64 TTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-T-AATTT
* * * * * *
262764 ATTAATATT-TGAAAAATTAATAAGTAATAGATTT---AAATAATTCTGTTTACCT-AACCAGTT
126 ATTAATATTCT-AAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TTAAACAAGTT
* * * * * * * * *
262824 CAAATAATTAT-AC-CTTTGAATAGTTATTTATTTCAAGTCGTTATGACCTTTT-TTTTGTCATT
189 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTAT-AAT
* * * * ** * *** ** *
262886 AAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGCAATACTAATCTATTAATATTTCA
252 AAACAATTGTTTCTGTTAATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* *
262951 AAAATTA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCG
316 AAAATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACT-A
** * * * *
262990 AACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-TT
1 AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
* * * * * * * * *
263054 TTATCATAAAACTATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATCACTTTAGTA
66 TTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATAT-AATTTATTA
* * * * * * * **
263119 ATATT-TCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCAAATGAGTTCAAA
130 ATATTCT-AAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATTAAACAAGTTCAAA
* * * * * *
263182 TAGTTATGA-TCATTTGAGCAATTAGCTATTTAAAATCATTATGAAGTTTTGTTTTGTCATAAAA
193 TAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTATAAT-AAA
* ** * * * * *
263246 CAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTT-TTAGTATTTCAAA
255 CAATTGTTTCTGTTAATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAA
** * * ** *
263310 AATTA-A-T-A-AG---TATGAGAT-TATCTATTTACCA
318 AATTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTA
** * * * * ** * *
263341 AACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAATTTTTATT
1 AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
* * * * * * * *
263406 TTATCATAAAACAATGATTTATATTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATATAAT
66 TTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCTA-AATAAAATAATA-TAATTTATT
* * * * ** *
263470 AATATTAC-GAATATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAA
129 AATATT-CTAAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTCAAA
* * * * * ** * * * **
263534 TAGTTAAGGCTATATGAATAATTATGTATTTCAAATTGTTATAACATTTTATTTTGTCGTAAAAC
193 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTATAAT-AAAC
* * * * ** * *** * ** *
263599 AAATATTTCTATTCATATAAGTTTGTTTGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAA
256 AATTGTTTCTGTTAATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
**
263663 TTA-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
320 TTATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTA
* *** * * * * * *
263698 AACT-AGTTCAATTAGTTAAAACAATTTCAACAATTATTTGTTTCAAATCGTTATGACTATTTGT
1 AA-TAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGT
* * * * * * * * * *
263762 TTTATTATAATATAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATT-TGGAATAAAGTAATGCTAATTTA
65 TTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAG-CTTATTCT-AAATAAAATAAT-ATAATTTA
* ** * * **** * * *
263825 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATGTAAAAAATGAATTCAT-TGGCCTGACCAA-TGC
127 TTAATATTCTAAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAAT-ATGTTTATTAAACAAGTTC
* * * *
263888 AAATAGTTATTACTATTTGAACAATAATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCACA-
190 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTAT-A-AT
* * * ** * * * * * *
263952 AAATAATTATTTCTATTTGTACAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATACTACA
252 AAACAATTGTTTCTGTTAATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* **
264017 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAACA-AAATCTATTTA-TCA
316 AAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCCGTTTACT-A
* * * * *** ** * *
264060 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATATTTACCAATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
* * *
264125 TTGTCATAAAATAATT-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATT-TCAATTAAAATAATGCA-AATTT
66 TTGTCATAAAACAATTATTTTTGT-TT-ATACAAGCTTATTCT-AAATAAAATAAT--ATAATTT
* * * * ** *
264187 ATTAACA-T-TAAGATAATTAATAAGTAAAAGAATTAAGAAATAAATATGTTTATCGAATAAGTT
126 ATTAATATTCTAA-A-CATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTT
* * *
264250 CAAATAGTTATGACGATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTGTTCAT-A
189 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTT-TT-ATAA
* * * * * ***** **
264314 -AAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGCATATTTGGGTTAAAATAATGTTAATTTATTAATATTTC
251 TAAACAATTGTTTCTGTTAATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * *** *
264378 GATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACTG
315 AAAAATT-AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTA
* ** * * * *
264422 AACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
1 AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
* * * * *
264487 TTGTCATAAAACAATTATATTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATA-TAATTTATTA
* ** * * * * * ** * *
264552 ATA-TCTAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAAGAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATT
130 ATATTCTAAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTCAAATA
264616 GTTATG
195 GTTATG
264622 GCATTTTGTT
Statistics
Matches: 2637, Mismatches: 623, Indels: 300
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
347 32 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (356 bp):
AATAAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAATTTATTAA
TATTCTAAACATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTCAAATAG
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTATAATAAACAATTG
TTTCTGTTAATAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATAG
TAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTACTA
Found at i:261821 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 260837--264621 Score: 2269
Period size: 181 Copynumber: 21.2 Consensus size: 179
260827 TGCTTATTTC
* * * * * *
260837 AAATCTATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** * **
260902 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTTTGCTCATACAAGCTTATTCGATTTAAAATA
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
260967 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* *** * * * * * * **
261018 AAATATGTTTATTGAATAAGTTTAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * * * * * **
261083 TATGACCTTTTGTTTCATCATAAGACAATTGTATC-AGTACATATATA-CTTATTCAAAATAAAA
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAA
* * * *
261146 TAATACTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* * * * * * *
261199 GAATCCGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTTTTGA-TATTTGAGCAATTATCTATTTCGAATCA
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
261263 TTATGACCTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTCTTTTTGTTTATACAAACTTATTCT-AAATAAA
65 TTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAA
* * * * *
261327 ATAATA-TAAATTTACTAAAATTCCAAACATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAT
128 ATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* *** * *
261380 AAATATGTTTTTTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * **
261444 TTATGAC-TTTTTTATGTTGTAATAAACCAATTGTTTCTGTTAATAAAAGCTTATTCAAAAT-AA
65 TTATGACATTTTGT-T-TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * * *
261507 ATAATTCTAATTTATTAAAATTTCAAAAATCT-ATAAGTACATGA-TTTAAACAAT
128 ATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAT-TAATAAG-AAAAGATTTTAAA-AAT
* * * * * * * * **
261561 AAATTTGTTTACTAAGCGAGTTCAAATAG-T-TGACTTTTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
261624 TATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTGTTTGAAATAAAATA
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* **
261689 ATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTTAAGATTTTAAAAA-
131 ATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* * * ** *
261739 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATACTTATGTCCGTTTGAACAATTATCTACTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ** *
261804 TATGACATTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCATAATAAAAT
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
*
261868 AATACTAATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAG---AGA-TTTAAAAACT
130 AATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAAGATTTTAAAAA-T
* ** * * * * *
261916 AAATCTATTTATTAGACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATCTATCTCAAAT--T
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
261979 GATAAGATCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCGAAGA-AAAA
66 TATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAA-ATAAAA
* * ** * * *
262043 TATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* * * * * * *
262096 AAATGTGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAGTTGA-GACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATTA
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *** *
262160 TTTTGACATTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCACACATTTTTATTT-AAAAAATA
65 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAA-A
* * * *
262223 ATAATACAAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATAAG---TGATTTTAAAAGT
128 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTTAAAAAT
* * * * * * * * * ** *
262273 GAATCTATTTATCGAATC-ATTTTAAATAATTATGGCTATTTCAATGATTATGTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * *
262337 TTATTA-ATCTTTTGTTTGGTCGTATAACAAATGTTTTTTTTTATCATTCAAGCTTA-TTCAAAT
65 TTATGACA--TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
262400 AAAATAAT-C-----------T-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATT
125 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAA-T
* * * * * **
262444 AAATCTGGTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACGTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** *
262509 AATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATATGAGCTTATTTGGAATAAAATA
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * ** * * *
262574 ATAGTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTTAAAGAATTAAAAAAC
131 ATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-GAAAAGATTTTAAAAAT
* * **** * * * * * *
262625 AGATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCAAAAT-G
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCA
* * * * *
262689 TTATGACCTTTTGTTTTGTC-TAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAAT
65 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* *
262753 AA-AGTGAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAATAGA-TTT--AAAT
130 AATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* * * * * * * * * *
262802 AATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTAT-AC-CTTTGAATAGTTATTTATTTCAAGTCGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * * **
262865 TATGACCTTTT-TTTTGTCATTAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGCA
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* *
262929 ATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAAAGATTTTAAAAAT
* * * * * * *
262976 AAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * ***
263041 TATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACTATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * * *
263104 AATA-TCACTTTAGTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAAT
130 AATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
** * ** * * *
263156 AAATCAATTTATCAAATGAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAGCAATTAGCTATTTAAAATCA
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * **
263220 TTATGA-AGTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAA
65 TTATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAA
* * **
263283 ATAATATTAAGTTT-TTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTATGAGA---T-----T
128 ATAATACTAA-TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* * * *
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1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
263392 TA-AAAATTTTTATTTTATCATAAAACAATGATTTATATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAA
66 TATGACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAA
* * * * *
263455 TAATACTAATATAATAATA-TTACGAATATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTA--AAAATTAATAA-GAAAAGATTTTAAAAAT
* * * * * * * **
263508 AAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATGTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
263573 TATAACATTTTATTTTGTCGTAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGTTTGTTTGGAAT-AAATA
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
* * * *
263637 ATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTTAAAAAT
* * * * ** * * * * *
263684 AAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAATTAGTTAAAACAATTTCAACAATTATTTGTTTCAAATCGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * *
263749 TATGAC-TATTTGTTTTATTATAATATAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAG
66 TATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAA
* ** * *
263812 TAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATGTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* * ** * * * * * *
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1 AAATCT-GTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * ** * *
263928 ATTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAATAATTATTTCTATTTGTACAAGCTTA-TTCAGAATAAC
64 ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAA
* ** * * *
263992 ATAATTCTAATTTATTAATACTACAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAACA
128 ATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA-GAAAAGATTTTAAAAA-T
* * * * * * * **
264046 AAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATATTTACCAATTTCAAATCGC
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
264111 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAAT
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * *
264176 AATGCAAATTTATTAACA-TTAAGATAATTAATAAGTAAAAGA-ATTAAGAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAG-AAAAGATTTTAA-AAAT
* * * * * * *
264228 AAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACGATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * ***
264293 TATGACTTTTTGTTGT-TCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATACAAGCATATTTGGGTTAAAATA
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
** * *
264357 ATGTTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* * ** * * * *
264408 AAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTAT
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * **
264473 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATAT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAT
66 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * ** * * *
264537 AATATTAATTTATTAATATCTAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAAG
130 AATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTTAAAAAT
* * *
264588 AAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATTGTTATG
1 AAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
264622 GCATTTTGTT
Statistics
Matches: 2807, Mismatches: 642, Indels: 311
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Matches are distributed among these distances:
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167 10 0.00
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169 4 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
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TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAAAGATTTTAAAAAT
Found at i:263454 original size:883 final size:891
Alignment explanation
Indices: 260844--264567 Score: 2231
Period size: 883 Copynumber: 4.2 Consensus size: 891
260834 TTCAAATCTA
* * * * * * ** *
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* *** * **
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTA
* * * * **
260973 ATTTATTAATATTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAA
130 ATTTATTAATA-TTTGA-AA--AATTAA-TAAGAGATTT--AAAATAAATTTGTTTACTAAACCA
* * * * * * *
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188 GTTCAAATAATTAA-AACAATTTCAACAATTATT-TATTTCAAATCGTTATGA-CTATTTGTTTT
* * * * * * * *** **
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250 ATTATAACATAATTATTTCTA-TTCATAAAGT-CTTATTTGGAATAAAGCAATACTAATC-TATT
* * * * * * * * ** *
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312 AATATTCT-AAAAATTAATAAG-AA-CGATGTAAAAAATAAATTCATTGACCTGACCAA-TGCAA
* * * * ** * **
261224 ATAGTTTTTGA-TATTTGAGCAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCACAA
373 ATAG-TTATGACTATTTGAACAATAATTTATTTAAAATCATTATGACC-TTTTGTTTCATCACAA
* * * * * * * * * * *
261288 AACAATTCTTTTTGTTTATACAAA-CTTATTCTAAATAAAATAATAT-AAATTTACTAAAATTCC
436 AATAATTATTTCTATTTATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT-TCTAATTTAGTAATACTAC
* * * * * * *
261351 AAACATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAA-ATAAAT-ATGTTTTTTAAACACA-TTCAAATAGTTA
499 AAAAATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAACA-AAATCA-ATTTATCAAACA-AGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
261412 TGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTTATGTTGTAATAAACCAA-T
561 TGACTATTTAAACAATTACCAATTTAAAATCACTATAACCTTTTGT-T-TTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
261475 TGTTTCTGTTAATAAAAGCTTA-TTCAAA-ATAAATAATTCTAATTTATTAAAATTTCAA-A-AA
624 TTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAAATA-AAATAATGCAAATTTATTAACA-TT-AAGATAA
* * * * * * *
261536 TCT-ATAAGTACATGATTTAAACAATAAATTTGTTTA-CTAAGCGAGTTCAAATAG-T-TGACTT
686 T-TAATAAGTAAAAGAATT----AAT-AA-TAGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** ** * * * *
261597 TTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTT-ATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTA
743 TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAAT-TTTTGTTTT-TCATAAAACAATGATTTATG
* * * * * * * *
261661 TTTATACAAGTTTGTTTGAAATAAAATAAT-GCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT
806 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAG-TAATATAATAATATTTC-GAAAATTAATAACT
** * * *
261724 TTAAGATTTTAAAAA-AAATCTA
869 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
** * * * ** * * * ** *
261746 TTTACCAAACAAGTTCAAATACTTATGTCCGTTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATTATGACA
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * ** ** *
261811 TTTTGTTTTATTATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTC-ATAATAAAATAATACTA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATATAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTA
* * * * * * *
261875 ATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTAGACTAGTTCA
130 ATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGAGATTT-AAAA-TAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCA
** * * * * * * * * * * *
261940 AATAATTATGACTATTTGAACGATTATCTATCTCAAATTGATAAGA-TCTTTGTTTTATCATAAA
193 AATAATTAAAACAATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTATTATAAC
* * * * * *
262004 ATAATTGTTTCTATTCATACAA-ACTTA-TTCGAAGAAA--AATATTGCTAAACTAATAATATTC
258 ATAATTATTTCTATTCATA-AAGTCTTATTTGGAATAAAGCAATA---CTAATCTATTAATATTC
* * * ** * *
262065 TAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTG-CC-GAACCAGTTCAAATAGTTG
319 TAAAAATTAATAAG--AACGATGTAAAAAATAAAT-TCATTGACCTG-ACCAATGCAAATAGTT-
* * * * * * * * *
262128 A-GACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATTATTTTGACATTTTATTT-AGTCATAAAATAATT
379 ATGACTATTTGAACAATAATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCA-TCACAAAATAATT
* * * * *** ** * * * * ** *
262191 GTTTC-AGTTCACACATTTTTATTTAAAA-AATAATAATACAAATTTATTAATATTTTAAAAACT
443 ATTTCTA-TTTATAAAAGCTTATCCAAAATAA-AATAATTCTAATTTAGTAATACTACAAAAATT
* * *** * * * * * *
262254 ---AA-TAAGTGATTTTAAAAGTGAATCTATTTATCGAATC-ATTTTAAATAATTATGGCTATTT
506 AAGAACTAAGAGATTTAAAAACAAAATCAATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** *** * * * * * * *
262314 CAATGATTATGTATTTCAAATCATTATTAATCTTTTGTTTGGTCGTATAACAAATGTTTTTT-TT
570 AAACAATTACCAATTTAAAATCACTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTTTTCTA
* * * * *
262378 TATCATTCAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-C---TTTCA--AAAATT-A-ATAAGTAAGAGAT
632 T-TCATACAAGCCTATTTCAAATAAAATAATGCAAATTT-ATTAACATTAAGATAATTAATA-A-
* * * * * *
262434 TTGAAA-AATT-A-AATCTGGTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTA
693 GTAAAAGAATTAATAAT-AGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATA
** * **
262496 TACGTCAAATCA-TAATAACA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATATGAGCTT
757 TATTTCAAATCATTAA-AA-ATTTTTGTTTT-TCATAAAACAATGATTTATGTTCATACAAGCTT
* * * *
262559 ATTTGGAATAAAATAATAGTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTTAAAGAATTAAAAAA
819 ATTTGGAATAAAATAATAGTAATATAATAATATTTCGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA
* *
262624 CAGATTTG
884 TAAATTTG
** * * ** *
262632 TTTGTTGAACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACC
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
*
262697 TTTTGTTTTGTC-TAAAACAATTTTTTCAATTCATACT-AGCTTATTCGAAATAAAATAA-AGTG
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATA-TAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA-TT
262759 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAATAGATTT-AAAT-AATTCTGTTTACCT-AACCA
129 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAATAAATT-TGTTTA-CTAAACCA
* * * * * * *
262821 GTTCAAATAATT-ATAC-CTTTGAATAGTTATTTATTTCAAGTCGTTATGACCT-TTTTTTTGTC
188 GTTCAAATAATTAAAACAATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTTGTTT-T-
* * *
262883 ATTA-AACA-AA-TATTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTTGGAATAAAGCAATACTAATCTATTAA
250 ATTATAACATAATTATTTCTATTCATA-AAGTCTTATTTGGAATAAAGCAATACTAATCTATTAA
* * * * * *
262944 TATT-TCAAAAATTAATAAG-A-GATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATC-GAACCAGTTCAAATA
314 TATTCT-AAAAATTAATAAGAACGATGTAAAAAATAAATTC-ATTGACCTG-ACCAATGCAAATA
* * * * *
263004 GTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACT-
376 GTTATGACTATTTGAACAATAATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAA-TA
* * * *
263067 ATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATC-ACTTTAGTAATATTTCAAAA
440 ATTATTTCTA-TTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAAT-TCTAATTTAGTAATACTACAAAA
* * * **
263130 ATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAA-ATAAATCAATTTATCAAATGAGTTCAAATAGTTATGA-TC
503 ATTAAGAACTAAGAGATTTAAAAACA-AAATCAATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-
* * * * * *
263193 ATTTGAGCAATTAGCTATTTAAAATCATTATGAA-GTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
566 ATTTAAACAATTACCAATTTAAAATCACTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT
** * **
263257 C-A-TCATACAAGCCTA-TTCAAAATAAAATAATATTAAGTTT-TTAGTATTTCAA-A-AATTAA
629 CTATTCATACAAGCCTATTTC-AAATAAAATAAT-GCAAATTTATTAACA-TT-AAGATAATTAA
** * * * *
263316 TAAGTATGAG-ATT-AT-CTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTA
690 TAAGTAAAAGAATTAATAATAGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
263377 TATATTTCAAATCATTAAAAATTTTTATTTTATCATAAAACAATGATTTATATTCATACAAGTTT
755 TATATTTCAAATCATTAAAAATTTTTGTTTT-TCATAAAACAATGATTTATGTTCATACAAGCTT
** * * *
263442 ATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTACGAATATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA
819 ATTTGGAATAAAATAATAGTAATATAATAATATTTCGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAA
263507 TAAATTTG
884 TAAATTTG
** * * * * *
263515 TTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATGTATTTCAAATTGTTATAACA
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * * * *
263580 TTTTATTTTGTCGTAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGTTTGTTTGGAAT-AAATAATATTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
* *
263644 TTTATTAATATTTTG-ATAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCA
131 TTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGAGATTT--AAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCA
* * * *
263708 ATTAGTTAAAACAATTTCAACAATTATTTGTTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTATTATAAT
193 AATAATTAAAACAATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTATTATAAC
* * * * *
263773 ATAATTATTTCTATTGATACAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAA
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* * *
263838 AATTAATAAGTAACGGATGTAAAAAATGAATTCATTGGCCTGACCAATGCAAATAGTTATTACTA
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*
263903 TTTGAACAATAATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAATAATTATTTCTAT
386 TTTGAACAATAATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAATAATTATTTCTAT
* * * * * * *
263968 TTGTACAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATACTACAAAAATTAATAACTAAG
451 TTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATTCTAATTTAGTAATACTACAAAAATTAAGAACTAAG
* * *
264033 AGATTTAAAAACAAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATATTTACC
516 AGATTTAAAAACAAAATCAATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACC
* * * *
264098 AATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTA
581 AATTTAAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATACAAGCCTA
*
264163 TTTCAATTAAAATAATGCAAATTTATTAACATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGAATTAAGAAAT
646 TTTCAAATAAAATAATGCAAATTTATTAACATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGAATT----AAT
* * * * *
264228 AAATATGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACGATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGT
707 -AATA-GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCAT
** * * * * **
264293 TATGACTTTTTGTTGTTCATAAAACAAATG-TTTTTGTTCATACAAGCATATTTGGGTTAAAATA
770 TAAAAATTTTTGTTTTTCATAAAAC-AATGATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATA
* * * * * * *
264357 AT-GTTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATA
834 ATAG-TAATATAATAATATTTCGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * *
264415 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAC
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * *
264479 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATT-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATT
*
264543 AATTTATTAATATCT-AAAAATTAAT
129 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT
264568 GGGCAAGAGA
Statistics
Matches: 2205, Mismatches: 462, Indels: 312
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (891 bp):
TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAA
TTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGAGATTTAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAAT
AATTAAAACAATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTATTTGTTTTATTATAACATA
ATTATTTCTATTCATAAAGTCTTATTTGGAATAAAGCAATACTAATCTATTAATATTCTAAAAAT
TAATAAGAACGATGTAAAAAATAAATTCATTGACCTGACCAATGCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATAATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCACAAAATAATTATTTCTATTTATA
AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATTCTAATTTAGTAATACTACAAAAATTAAGAACTAAGAGATT
TAAAAACAAAATCAATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCAATTT
AAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCA
AATAAAATAATGCAAATTTATTAACATTAAGATAATTAATAAGTAAAAGAATTAATAATAGTTTA
CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAATTTTT
GTTTTTCATAAAACAATGATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATATAA
TAATATTTCGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTG
Found at i:263488 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 263174--263489 Score: 395
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
263164 TTATCAAATG
* * ** * *
263174 AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAGCAATTAGCTATTTAAAATCATTATGAAGTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTAGATATTTAAAATCATTAAAAAGTTTTATTTTAT
* * ** *
263239 CATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTTTTAGTAT
66 CATAAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATAT
*
263304 TTCAAAAATTAATAAGTATGAGATTATCTATTTACCAAACC
131 TACAAAAATTAATAAGTATGAGATTATCTATTTACCAAACC
* * * *
263345 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAATTTTTATTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTAGATATTTAAAATCATTAAAAAGTTTTATTTTAT
** *
263410 CATAAAACAA-TGATTTAT-ATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAA-TATAATAA
66 CATAAAACAATTG-TTTATCA-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAAGT-TAATAA
* *
263472 TATTACGAATATTAATAA
128 TATTACAAAAATTAATAA
263490 CTAAAAGATT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 21, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
170 4 0.03
171 117 0.97
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTAGATATTTAAAATCATTAAAAAGTTTTATTTTAT
CATAAAACAATTGTTTATCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATAT
TACAAAAATTAATAAGTATGAGATTATCTATTTACCAAACC
Found at i:263502 original size:532 final size:530
Alignment explanation
Indices: 260837--264621 Score: 1245
Period size: 528 Copynumber: 7.1 Consensus size: 530
260827 TGCTTATTTC
* ** * *
260837 AAATCTATTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
* * * * * * * * * * * **
260902 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTGTTTTTGCTCATACAAGCTTATTCGATTTAAAATA
66 AATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
* * * ** * * * * * * *
260967 ATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT--ATGTTTAT
131 ATAGTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAGAACTTAAAGAATTAAAAAACAAATCAAT-TTGAT
** * * * ** ** * * *
261030 TGAATAAGTTTAAATAG-TAATAACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT
195 CAAAT-AGTTCAAATAGTTAA-GACTATATGAGCAATTAGCTATTTCAAAATATTATGAACTTTT
** * * * * * * * * *
261094 GTTTCATCATAAGACAATTGTATCAGTACATATATA-CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AACT
258 GTTTTGTC-TAAAACAATTTTTTCAATTCATACA-AGCCTATTCAAAATAAAATAA-AGTGAATT
* * * ** * **
261157 TATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCCGTTTACTAAATAAGTTC
320 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGA-TT--ATAAT---TCTATTTACCAAACCAGTTC
* * * * * * ** * * *
261222 AAATAGTTTTTGATATTTGAGCAATTATCTATTTCGAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCACA
379 AAATA-ATTAT-ACATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAAC-TTTT-TTTTATCATA
* * * * * ** * * * * *
261287 AAACAATTCTTTTTGTTTATACAAACTTATTCTA-AATAAAATAATA-TAAATTTACTAAAATTC
440 AAACAAATATTTATATTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAACAATACT-AATATAATAATATTA
*
261350 CAAACATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAT
503 C-AA-ATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
* **** * * **
261380 AAATATGTTTTTTAAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACCGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
261444 TTATGAC-TTTTTTATGTTGTAATAAACCAATTGTTTCTGTTAATAAAAGCTTATTCAAAAT-AA
65 TAATAACATTTTGT-T-TTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
** * * * * * * * * * ***
261507 ATAATTCTAATTTATTAAAATTTCAAAAATCT-ATAA-GTACATGATTTAAACAATAAATTTGTT
128 ATAATAGTAATCTAATAATATTTCAAAAAT-TAAGAACTTA-AAGAATTAAAAAACAAATCAATT
** * * * ** ** * *
261570 T-A-CTAAGCGAGTTCAAATAGTT--GACTTTTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATA
191 TGATC-AA-ATAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGCAATTAGCTATTTCAAAATATTATGA-A
* * * * * ** * ** *
261631 -TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATGCT-
253 CTTTTGTTTTGTC-TAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAG-TG
* * * *
261694 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGT-TTAAGATTTTAAAAAAAATCTATTTACCAAACA
316 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAT-AGA--TT---ATAATTCTATTTACCAAACC
* * * * * **
261757 AGTTCAAATACTTATGTCCGTTTGAACAATTATCTACTTCAAATCATT-ATGACATTTTGTTTTA
374 AGTTCAAATAATTA--TACATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAAC-TTTT-TTTTA
* * * * ** * * * *
261821 TTATAAAACAATTATTTCTATTCATGCAAAATTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
435 TCATAAAACAAATATTTATATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAACAATACTAATATAATAATA
*
261886 TTTCACAAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAACT
500 -TT-ACAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * ** * *
261916 AAATCTATTTA-TTAGACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATCTATCTCAAAT--
1 AAATCTGTTTACCGA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCA
* * * * * * * *
261978 TGATAAGATCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAA-CTTATTCGAAGA-AA
65 TAATAACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATA-AAAGCTTA-TCCAAAATAA
* * * * * * * * ***
262041 AAT-ATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGT
127 AATAATAG-TAATCTAATAATATTTC-AAAAATTAAGAACTTAAAGAATTAAAAAACAAATCAAT
* ** * * * * * *
262104 TTG-CCGAACCAGTTCAAATAGTTGAGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTGAAATTATTTTG-A
190 TTGATC-AAATAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAGCAATTAGCTATTTCAAAATATTATGAA
* * * * * * **** *
262166 CATTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCACACATTTTTATTTAAAA-AATAATAATA-
253 C-TTTTGTTTTGTC-TAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAA-AATAA-AG
** * * * * * * * *
262229 CAAATTTATTAATATTTTAAAAACTAATAAGTGAT--TTTAAAAGTGAATCTATTTATCGAATCA
314 TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTATAA-T---TCTATTTACCAAACCA
* * * * ** * * * **
262292 TTTTAAATAATTATGGCTATTTCAATGATTATGTATTTCAAATCATTATTAATCTTTTGTTTGGT
375 GTTCAAATAATTAT-AC-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTA-AAAACTTTT-TTTTAT
* * * * * * * *
262357 CGTATAACAAATGTTTTTTTTTATCATTCAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT-CT--T-TCAA-A
436 CATAAAACAAA--TATTTATAT-TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAACAATACTAATAT-AATA
* *
262416 A-ATT---AA-T-A-AGTAAGAGATTTGAAAAATT
497 ATATTACAAATTAATAATAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * **
262444 AAATCTGGTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACGTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
* ** ****
262509 AATAACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATATGAGCTTATTTGGAATAAAATA
66 AATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
* * *** * *
262574 ATAGTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTTAAAGAATTAAAAAACAGATTTGTTTGTTG
131 ATAGTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAGAACTTAAAGAATTAAAAAACAAATCAATTTGATC
* * * * *
262639 AACTAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAGCAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTT
196 AAATAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGCAATTAGCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTT
* * *
262704 TTGTCTAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGAAATAAAATAAAGTGAATTTATTAA
261 TTGTCTAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAGTGAATTTATTAA
* * *
262769 TATTTGAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAATAATTCTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTA
326 TATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGA-TT--ATAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTA
* * * * * * ** * * * *
262834 TACCTTTGAATAGTTATTTATTTCAAGTCGTTATGACCTTTTTTTTGTCATTAAACAAATATTTT
388 TACATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAACTTTTTTTTATCATAAAACAAATATTTA
* * * ** * * * *
262899 TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGCAATACTAATCTATTAATATTTCAAA--AATTAATAA
453 TATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAACAATACTAATATAATAATATTACAAATTAA-TAATAA
262962 GAGATTTAAAAAAT
517 GAGATTTAAAAAAT
* * * *
262976 AAATCTGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCAT
1 AAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
* * * * * *
263041 TATGACCTTTT-TTTTATCATAAAACTATTGTTT-TAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
66 AATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTAT-GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAT
* * * * * * * *
263104 AATA-TCACTTTAGTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTT-A
130 AATAGT-AATCTAATAATATTTCAAAAATTAAGAACTTAAAGAATTAAAAAACAAATCAATTTGA
* * *
263167 TCAAATGAGTTCAAATAGTTATGA-TCATTTGAGCAATTAGCTATTT-AAAATCATTATGAAGTT
194 TCAAAT-AGTTCAAATAGTTAAGACT-ATATGAGCAATTAGCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTT
*
263230 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATA-TTA
256 TTGTTTTGTC-TAAAACAA-T-TTTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAA-AGTGA
*
263292 AGTTT-TTAGTATTTCAAAAATTAATAAGT-ATGAGA-T-T-A-TCTATTTACCAAACCAGTTCA
317 A-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAT-AGATTATAATTCTATTTACCAAACCAGTTCA
* * *
263351 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAATTTTTATTTTATCATAAA
380 AATAATTAT-A-CATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAACTTTT-TTTTATCATAAA
*
263416 AC-AATGATTTATATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTACGA
442 ACAAAT-ATTTATATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAACAATACTAATATAATAATATTAC-A
*
263480 ATATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
505 A-ATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * **
263508 AAATTTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATGTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
* * * * * * * * * * ****
263573 TATAACATTTTATTTTGTCGTAAAACAAATATTTCTATTCATATAAGTTTGTTTGGAAT-AAATA
66 AATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
* * * ** * * * ***
263637 ATATTAATTTATTAATATTTTGATAATT---AA--TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-A-
131 ATAGTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAGAACTTAA-AGAATTAAAAAACAAATCAATTTGAT
* * * * * * ** * *
263695 CTAAACTAGTTCAATTAGTTAAAACAATTTCAACAATTATTTGTTTC-AAATCGTTATG-ACTAT
195 C-AAA-TAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGCAATTAGCTATTTCAAAAT-ATTATGAACT-T
* * * * * * *** * *
263758 TTGTTTTAT-TATAATATAATTATTTCTATTGATAC-AGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCT-A
256 TTGTTTTGTCTA-AA-ACAATTTTTTCAATTCATACAAG-CCTATTCAAAATAAAATAAAG-TGA
** ** **
263820 ATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATGTAAAAAATGAATTC-ATTGGCCTGACC
317 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAATAGAT-T-----AT-AATTCTATTTACCAAACC
* * * * * ** * *
263883 AATGCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATAATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCAT
374 AGTTCAAATAATTA-TAC-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAACTTTT-TTTTAT
* * * * ** * * * * * * *
263948 CACAAAATAATTATTTCTATTTGTACAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATAC
436 CATAAAACAAATATTTATATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAACAATACTAATATAATAATAT
264013 TACAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAACA-
501 TAC--AAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAA-AT
* * * * * * *
264046 AAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATATTTACCA-ATTTCAAATCG
1 AAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TATATTTCAAATC-
* * * * * * * * * *
264110 CT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAA
64 ATAATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTATTTATGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATAA
* * * * * * * * *
264173 AATAAT-GCAAATTTATTAACA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGAATTAAGAAATAAAT--A
127 AATAATAG-TAATCTAATAATATTTCAA-A-AATTAAGAACTTAAAGAATTAAAAAACAAATCAA
* * * * * * ** *
264233 TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACGATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCGTTATG
189 T-TTGATCAAAT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGCAATTAGCTATTTCAAAAT-ATTATG
* * * *****
264297 -ACTTTT-TGTTGTTCATAAAACAAATGTTTTT--GTTCATACAAGCATATTTGGGTTAAAATAA
251 AACTTTTGTTTTG-TC-TAAAAC-AAT-TTTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * **
264358 TGTTAATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACTGA
312 AGTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGA--TT----ATAATTCTATTTACCAA
* * * * * * ** *
264423 ACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTT
371 ACCAGTTCAAATAATTAT-AC-ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAACTTTT-TTT
* * * * * * * * * *
264488 TGTCATAAAACAATTATATTA-GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTA
433 TATCATAAAACAAATAT-TTATATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAACAATACTAATATAATA
* *** *
264552 ATATCTAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAAG
497 ATAT-TACAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
264588 AAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATTGTTATG
1 AAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATG
264622 GCATTTTGTT
Statistics
Matches: 2514, Mismatches: 549, Indels: 359
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 11 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
AAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCAT
AATAACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
ATAGTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAAGAACTTAAAGAATTAAAAAACAAATCAATTTGATC
AAATAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAGCAATTAGCTATTTCAAAATATTATGAACTTTTGTT
TTGTCTAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAAAGTGAATTTATTAA
TATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTATAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAC
ATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAAAAACTTTTTTTTATCATAAAACAAATATTTATAT
TCATACAAGTTTATTCAGAATAAAACAATACTAATATAATAATATTACAAATTAATAATAAGAGA
TTTAAAAAAT
Found at i:264731 original size:145 final size:141
Alignment explanation
Indices: 264463--264915 Score: 366
Period size: 146 Copynumber: 3.1 Consensus size: 141
264453 AATTATCTAT
* * * * *
264463 TTCAAATTA-TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATT-AGTTCATATAAGC-TTA
1 TTCAAA-TAGTTATGACAC-TTTATTTTGTCATAAAACAATCAT-TTCTGTTCATACAAACATT-
** * ** * *
264524 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TCTAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAAG
62 TTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAA-
264588 AAATCTATTTACCAAACAAA
123 AAATCTATTTA-CAAACAAA
* * * * *
264608 TTCAAATTGTTATGGCATTTTGTTTTTTCATAAAACAATCATTTCTGTTCATA-ACAACATTTTT
1 TTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAAACAATCATTTCTGTTCATACA-AACA-TTTT
*
264672 TG-CATAAAATAATATAGATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTCAAAAAATAG
64 TGAAATAAAATAATATA-ATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAAGTAAAAATT-AAAAAA-A-
* *** *
264736 ATATGT-TTTTTGAACACA
124 A-ATCTATTTACAAACAAA
* **
264754 TTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAACATTTTTG
1 TTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAAACAATCATTTCTGTTCATACAAACATTTTTG
**
264819 AAATAAAATAATGCCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATCAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AAGTAAAA-A-TTAAAAAA-AAA
* *
264883 TCCATTTACAGAGCAAA
126 TCTATTTACA-AACAAA
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1 TTCAAATAGTTATGAC
264916 TGTTTTAACA
Statistics
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TTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAAACAATCATTTCTGTTCATACAAACATTTTTG
AAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAAAATCTAT
TTACAAACAAA
Found at i:264903 original size:146 final size:145
Alignment explanation
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264518 AGCTTATTCA
* *** * *
264528 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TCTAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAAGAAAT
1 AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
264592 CTATTTACCA-AACAAATTCAAATTGTTATGGCATTTTGTTTTTTCATAAAACAATCATTTCTGT
64 CTATTTA-CAGAACAAATTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAAACAATCATTTCTGT
264656 TCATAACAACATTTTTTG
128 TCATAACAACATTTTTTG
* * *
264674 -CATAAAATAATATAGATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTCAAAAAATAGA
1 AAATAAAATAATATA-ATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * *** * * **
264737 TATGTTTTTTGAACACATTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGT
63 TCTATTTACAGAACAAATTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAAACAATCATTTCTGT
264802 TCAT-ACAAACA-TTTTTG
128 TCATAAC-AACATTTTTTG
**
264819 AAATAAAATAATGCCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATCAATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* *
264884 CCATTTACAGAGCAAATTCAAATAGTTATGAC
64 CTATTTACAGAACAAATTCAAATAGTTATGAC
264916 TGTTTTAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
144 2 0.01
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ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (145 bp):
AAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACAGAACAAATTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAAACAATCATTTCTGTTCA
TAACAACATTTTTTG
Found at i:265087 original size:181 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 8.5 Consensus size: 180
264744 TTTGAACACA
* * * * * *
264754 TTCAAAT-AGTTATGACACTTTATTTTGTCATAAATCAATTGTTTCTGTTCATACAAACATT-TT
1 TTCAAATCA-TTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGC-TTATT
* * * * * *
264817 -TGAAATAAAATAATGCCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATCA-ATAAAAGATTTAAAAAAT
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** * * * * * *
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* * * *
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* * *
264999 AGAAAAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAA
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* * *
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129 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTAT
* * * * * **
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* * ** ** * * * * * *
265180 AGAATAAAATATTACCGATCAATAAATATTTTGAAAA-T--T-GTTAAAAGATTTAAAAACTAAA
64 AGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
265241 TCTGTTTATTGCAA-TAGTTCAAATAGTTATGATTACTTGAATAATTATCTAT
129 TCTGTTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
265293 TTCGAATCACTAT-A-----ATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCCTT-TT-ATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTATTCATACAAGCTTATTC
* ** * * * * * *
265350 GGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAA
64 AGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * *
265415 TGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATATAT
129 TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
265467 TTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACAAGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * *
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63 C-AGAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAG-GTAAGAGATTTA-AAAA
* * * * *
265594 ATAAATCTATTTACCGAATAAGTTTTAAA-AGATT-TTACTATTTGAACAATTATCTAT
124 ATAAATCTGTTTACTGAACAAG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
265651 TT-AAAGTCATTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-GTTCAGTTCATAAAAACTTAT
1 TTCAAA-TCA-TTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
265714 CCA-AAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAGAAATTAATAAGCAAGAGATGT-AAAAA
62 TCAGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
265776 CAAAT-TGTTTTCTAAACCAA-CTCAAATAGTTATAATTATTTAAACAAATATCAAT
125 TAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** *
265831 CTCAAATAATTACGA-TCTTTGTTTTCTCATAGAACAATTGTTTCGAATCATACAAGCTTATTC-
1 TTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
265894 GGATAAAA-AATACTAATTT-TAAAATATT-TCAAAGATT-A-A--TAAGAGATTTAAAAAATAA
65 GAAAAAAATAATACTAATTTAT-TAATATTCT-AAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * * *
265952 ATATGTTT-GTCGAGCCAGTTTAAATAGTTACAACTATTAGAATAATTATTTAT
128 ATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
266005 TTGAAATCGTTATGACCTTTCTTTTAGTCATATAATAATTG-TTTCAGTTCATATAAGCTTATT-
1 TTCAAATCATTATGACTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
266068 TGAAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCT-AGAGATTTGAAAAAAT
64 AGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * *
266132 AAATCTATTTACTAGAA-AAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
126 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
266187 TTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATAAAAGCTTATCC
1 TTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTC
* *
266251 A-AAAGAAATTAATACTACTTTATTAATATT
64 AGAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATT
266281 TGCTGTCTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAG
AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:266096 original size:536 final size:540
Alignment explanation
Indices: 265308--266281 Score: 1333
Period size: 536 Copynumber: 1.8 Consensus size: 540
265298 ATCACTATAA
* ** * *
265308 TTTTGTCATAGAACAATTGTTTCCTTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAA
1 TTTTCTCATAGAACAATTGTTTCCAATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAA
* *
265373 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAGTTCAAA
66 TAATATTCCAAAAATTAATAAG---AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAA
* *
265438 TAATTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTTAGTCATAAAA
128 TAATTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTAGTCATAAAA
* * * **
265503 CAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAAAATAATACTTATTTATTAACATTTGAAA
193 CAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAAAATAATACTAATTGATTAACATTCAAAA
* * *
265568 AATTAATGAGCAAGAGATTT-ATAAAAATAAATCTATTTAC-CGAATAAGTTTTAAAAGA-TT-T
258 AATTAATAAGCAAGAGATTTGA-AAAAATAAATCTATTTACTAGAA-AA--ATTAAAAGAGTTAT
* * *
265629 TACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
319 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
*
265693 GTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAGAAATTAAT
382 GTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAGAAATTAAT
265758 AAGCAAGAGATGTAAAAACAAATTGTTTTCTAAACCAACTCAAATAGTTATAATTATTTAAACAA
447 AAGCAAGAGATGTAAAAACAAATTGTTTTCTAAACCAACTCAAATAGTTATAATTATTTAAACAA
265823 ATATCAATCTCAAATAATTACGATCTTTG
512 ATATCAATCTCAAATAATTACGATCTTTG
*
265852 TTTTCTCATAGAACAATTGTTTCGAATCATACAAGCTTATTCGGA-TAAAA-AATACTAATTTTA
1 TTTTCTCATAGAACAATTGTTTCCAATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAA-TTTA
* * * * * * *
265915 A-AATATTTCAAAGATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAGCCAGTTTAAATA
65 ATAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATA
* * * * * * * *
265978 GTTACA-ACTATTAGAATAATTATTTATTTGAAATCGTTATGACC-TTTCTTTTAGTCATATAAT
130 ATTA-AGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTAGTCATAAAAC
* * ** *
266041 AATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTGATTAACATTCAAAAA
194 AATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAAAATAATACTAATTGATTAACATTCAAAAA
* *
266105 ATTAATAAGCTAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAGAAAAATTAAAATAGTTATGACTA
259 ATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAGAAAAATTAAAAGAGTTATGACTA
* *
266170 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
324 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCAGT
* *
266235 TCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAATTAATACTACTTTATTAATATTT
389 TCATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
266282 GCTGTCTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (540 bp):
TTTTCTCATAGAACAATTGTTTCCAATCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAA
TAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAA
TTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTTTAGTCATAAAACAA
TTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAAAATAATACTAATTGATTAACATTCAAAAAAT
TAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAGAAAAATTAAAAGAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCAGTTC
ATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAGAAATTAATAAGCAAGAG
ATGTAAAAACAAATTGTTTTCTAAACCAACTCAAATAGTTATAATTATTTAAACAAATATCAATC
TCAAATAATTACGATCTTTG
Found at i:266683 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 266320--268061 Score: 635
Period size: 177 Copynumber: 9.8 Consensus size: 176
266310 TTTGAACAAC
* * * * * *
266320 TATCTATTTCAAATTGCTATTACATTTTGTTTTATCAT-AAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAG
1 TATCTATTTCAAATTGTTA-TAAATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCT-ATTCATACAAG
* * *
266383 CTTATTTGATATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCATG--AATTAATAAGATATTTAAAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--TGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
** * * *
266446 ATAAATCTGTTTATTGAATTAGTACAAATAGTCATAACTATTTGAACAAT
127 ATAAATCTGTTTATTGAACCAGTACAAACAGTCATAACTATATGAAAAAT
266496 TATCTATTTCAAATTGTTATAAATTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATTGTTATAAA-TTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGC
* * * * *
266561 TTATTCGAAATAAAATAATACTGATTTAGTAAAATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTA
65 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * ** *
266626 AGT-TCGTTTGTTGAACCAGTTTAAACAGTTA-AGACTATATGAAAAAT
130 AATCT-GTTTATTGAACCAGTACAAACAGTCATA-ACTATATGAAAAAT
* ** * *
266673 TATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTTATCATAAAATAATTATTTC-ATCTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATTGTTAT-AAATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTAT-TCATACAAG
* * * * ** *
266737 TTTATTTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA--T-TAA-TAAGAGATTTAAA
* * * * *
266802 AAATAATTCTATTTATAGAA-CTGGATC--A-A---ATAA-T-TAT----AAT
125 AAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTA-CAAACAGTCATAACTATATGAAAAAT
*** ** * * * * * ** * *
266842 TA-C---TTCAAATCACTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATT-GTTCAGTTTATATAAGC
1 TATCTATTTCAAATTGTTAT-AAATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGC
* ** **
266902 TTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGAACT-AA
65 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATT-A--A-TAAGAGATTTAAA
* * ** * * * * * *
266965 AAA-AAATCTTTTTACTGAATAAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAAT
125 AAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTACAAACAGTCATAACTATATGAAAAAT
* * * * * * * * *
267016 TATCTATTTCAAAATATTATGACTTTTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTT-TGTTCATGCAAG
1 TATCTATTTCAAATTGTTATAAATTTT-GTTTTATCATAAAAAAATT-ATTTCTATTCATACAAG
* * * *** * *
267080 TTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTCATGTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAA
64 CTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGATTTAAA
* * * * * * * *
267143 AAATAAATTTATTT-TGTGAA-TACGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTAAACAAT
125 AAATAAATCTGTTTAT-TGAACCA-GTACAAACAGTCATAACTATATGAAA-AAT
* * ** * ** * *
267195 TATCTATTTCAAATCGTTAGGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCA-AGCAAT
1 TATCTATTTCAAATTGTTA-TAAATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATA-CAAG
* * * *
267259 TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT--TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
64 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAA
** * * * * * * * * **
267322 ATTTAAATATGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATCA-GAACACC
125 AAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTACAAACAGTCATAACTAT-ATGAAAAAT
* * ** * * * * *
267374 TATTTATTTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGT
1 TATCTATTTCAAATTGTTA-TAAATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGC
** * *
267439 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAATTAATGAGTTGGAGATTTTAAA
65 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A---AGAGA-TTTAAA
** * * ** * * * * * **
267503 AAATAAAGT-AATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACTAT
125 AAATAAA-TCTGTTTATTGAACCAGTACAAACAGTCATAACTATATGAAAAAT
** * * * * * * * * * **
267555 TATCTATTTCAAATCATCATGACATTATGTCTTGTCGTAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAAA
1 TATCTATTTCAAATTGTTAT-AAATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGC
* * ** * * *
267620 TTATTT-AGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTGAAAACT
65 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
*** * ** * * * * *
267684 AAATCTGTTTAGCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
129 AAATCTGTTTATTGAACCAGTACAAACAGTCATAACTATATGAAAAAT
* * * ** * * * * *
267732 AAGCTATCTCAAATCATTAT-GATCTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATTGTTATAAAT-TTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGC
* * * * ** * * *
267796 TTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAGCTAATAATATTCT-AAAAGTTAATAGGTAAGAGATTTAAG
65 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TT-A-A--TAAGAGATTTAAA
* ** ** * * * *
267860 AAATAAATGTGTTTGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTAT-TAGAACAAT
125 AAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTACAAACAGTCATAACTATAT-GAAAAAT
* * ** * *
267912 TATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAACTAATTGTTT-TAGTTCATACAT
1 TATCTATTTCAAATTGTTATAA-ATTTTGTTTTA-TCATAAAAAAATTATTTCTA-TTCATACAA
** * * * *
267975 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAT-AAAATTAATAGGCAAGAAATTTT
63 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTGAAAATTAAT----AAGAGA-TTT
* *
268039 AAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
122 AAAAAATAAATCTGTTTATTGAA
268062 TAAGTTTAAA
Statistics
Matches: 1210, Mismatches: 262, Indels: 182
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 15 0.01
163 10 0.01
164 53 0.04
165 35 0.03
168 3 0.00
169 6 0.00
170 2 0.00
173 3 0.00
174 6 0.00
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182 39 0.03
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TATCTATTTCAAATTGTTATAAATTTTGTTTTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTGTTTATTGAACCAGTACAAACAGTCATAACTATATGAAAAAT
Found at i:267230 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 266845--268143 Score: 1024
Period size: 179 Copynumber: 7.2 Consensus size: 178
266835 TTATAATTAC
* * * * * *
266845 TTCAAATCACTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTG-TTCAGTTTATATAAGCTTATTT-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTA
* * * *
266908 GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGAACT-AAAAA-AAA
65 GAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAATAAA
* * *
266971 TCTT-TTTACTGAATAAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
127 T-TTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * *
267023 TTCAAAAT-ATTATGA-CTTTTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTTTGTTCATGCAAGTTTATT
1 TTC-AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATT
* * *
267086 TTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTCATGTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAA
63 TAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAA
* ** *
267150 TTTATTTTGTGAATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
127 TTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * **
267202 TTCAAATCGTTAGGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCA-AGCAATTTTA-TT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATA-CAAGCTTATTT
* * **
267265 CGAAATAAAATAATACTAATTTATT--TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATTTAA
64 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAATAA
* ** * ** *
267328 ATATGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTA-TCAGAACACCTATTTAT
126 ATTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTAT
* * * * * * *
267381 TTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTA
* * * * **
267446 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGATTTTAAAAAATAAA
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-T--AAAAATTAAAAAATAAA
* ** * * * * *
267510 GTAATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTAT
127 TTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * **
267562 TTCAAATCATCATGACATTATGTCTTGTCGTAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAAATTATTTA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * * * *
267627 GAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTC-AAAAATTAGTAAG--AGATTTGAAAACTAAATC
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATT
* * * * *
267689 TGTTTAGC-AAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATAAGCTAT
129 TGTTTA-CTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * *
267739 CTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTA
* * * ** * * * * * *
267803 GAGTAAAATATTGCTAAGCTAATAATATTCTAAAAGTTAATAGGTAAGAGATTTAAGAAATAAAT
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTAAAAAATAAAT
* * ** * **
267868 GTGTTTGCTGAACCAGTTTAAATAGTTAAAACTA-TTAGAACAATTATCTAT
128 TTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTAT
** * * * * * *
267919 TTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAACTAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTA
* * * * * *
267984 AAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCATAAAATTAATAGGCAAGAAATTTTAAAAAATAAA
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-AAA--TTAAAAAATAAA
* *
268049 TTTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
127 TTTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * *
268101 TTAAAATCATTATGACCTTGTGTTTTATCA-ATATATAATTGTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTT
268144 CCAAAATAAA
Statistics
Matches: 881, Mismatches: 192, Indels: 92
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 8 0.01
176 62 0.07
177 90 0.10
178 53 0.06
179 283 0.32
180 87 0.10
181 192 0.22
182 101 0.11
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTTAG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATTTG
TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
Found at i:267441 original size:358 final size:353
Alignment explanation
Indices: 266845--268143 Score: 1031
Period size: 357 Copynumber: 3.6 Consensus size: 353
266835 TTATAATTAC
** * * * * * * ** *
266845 TTCAAATCACTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTG-TTCAGTTTATATAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTA-TTCATACAATATTATTCG
* * * * * ** *
266909 AAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGAACTAAAAAAAATCT
65 AAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAAATCT
* * * *
266974 TTTTACTGAATAAGTTCAAACAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA
129 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTTC-AAATCATTATGA
* * * *
267038 -CTTTTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTT-TGTTCATGCAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA
192 TCTTTT-GTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATA
* * *
267101 TAAATTTATTCATGTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATTTATTTTGTGAATAC
255 T-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTTGTGAATAC
267166 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
319 GTTCAAATAGTTAT-ACTATTTAAACAATTATCTAT
* *
267202 TTCAAATCGTTAGGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCA-AGCAATTTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTT-TATTCATA-CAATATTATTC
267266 GAAATAAAATAATACTAATTTATT-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATTTAAAT
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATTATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA--TAAAT
* * ** * * * *
267330 ATGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATCAGAACACCTATTTATTTCAAATCGTTATT
127 CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
267395 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
191 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATA-
* * * * * * ** *
267460 TAATTTATTAATATT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGATTTTAAAAAATAAAGTAATTTACTAAAT
255 TAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-T--AAAATTTAAAAAATAAATTTATTTTGTGAAT
* * * * *
267524 AAGTTCAAATAGTCATATCCATTTGAACTATTATCTAT
317 ACGTTCAAATAGTTATA-CTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * * * * *
267562 TTCAAATCATCATGACATTATGTCTTGTCGTAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAAATTATT-T
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAA-TTGTTTTATTCATACAATATTATTCG
* * *
267626 AGAATAAAATAATATTAGTTTATTAATATT-TCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTGAAAACTAA
65 A-AATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAA-TAA
* * * * *
267686 ATCTGTTTAGC-AAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATAAGCTATCTCAAATCATT
125 ATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-ATCTATTTCAAATCATT
* * * * *
267750 ATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAGTAAAATAT
188 ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAA
* ** * * * * * * *
267814 TGCTAAGCTAATAATATTCTAAAAGTTAATAGGTAAGAGATTTAAGAAATAAATGT-GTTTGCTG
253 T-ATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAATAAATTTATTTTG-TG
* * *
267878 AA-CCAGTTTAAATAGTTAAAACTA-TTAGAACAATTATCTAT
314 AATAC-GTTCAAATAGTT-ATACTATTTA-AACAATTATCTAT
* * * * *
267919 TTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATAAACTAATTGTTTTAGTTCATAC-ATGCTTATTC
1 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTA-TTCATACAAT-ATTATTC
* * * * *
267983 AAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTC-ATAAAATTAATAGGCAAGAA-ATTTTAAAAAAT
64 GAAATAAAATAATACTAATTTATT-ATATTCTA-AAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTT--AAAAT
* * * * * *
268046 AAATTTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCAT
123 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TATCTATTTCAAATCAT
* * * *
268111 TATGACCTTGTGTTTTATCA-ATATATAATTGTT
187 TATGATCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTT
268144 CCAAAATAAA
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 157, Indels: 88
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 41 0.06
357 226 0.31
358 226 0.31
359 15 0.02
360 119 0.16
361 13 0.02
362 73 0.10
363 24 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (353 bp):
TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTATTCATACAATATTATTCGA
AATAAAATAATACTAATTTATTATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAAATCTGT
TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATATCTATTTCAAATCATTATGATCTT
TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATATAATTT
ATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTTGTGAATACGTTCAAA
TAGTTATACTATTTAAACAATTATCTAT
Found at i:268048 original size:539 final size:539
Alignment explanation
Indices: 266845--268116 Score: 1303
Period size: 539 Copynumber: 2.4 Consensus size: 539
266835 TTATAATTAC
** * * * * * * * *
266845 TTCAAATCACTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTG-TTC-AGTTTATATAAGCTTATTT
1 TTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * ** * *
266908 GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGAA--CTAAAAAA-A
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTATAA-AATTAATGAGCAAGA-AATTTTAAAAAATA
** * * *
266970 ATCT-TTTTACTGAATAAGTTCAAACAGTTATGAT-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-A
128 AAGTAATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATCTATTTGAACTATTATCTATTTC-AAATCA
* * * ** *
267032 TTATGACTTTTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTTTGTTCATGCAAGTTTATTTTGAATAAAAT
192 TTATGACTATTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAAT
* * * **
267097 AATATAAATTTATTCATGTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAATAAATTTATTTTGTGA
257 AATATAAATTTATTAATGTTCAAAAAATTAATAAG-AAAAATTAAAAAATAAATCTATTTAGCAA
* * * *
267162 ATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAGGACCTTTTGTTT
321 ATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATAAGCTATCTCAAATCATTAGGACCTTTTGTTT
* ** * * *
267227 TGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCAAGCAATTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTA
386 TGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTAATATA
* *
267292 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATTTAAATATGTTTACTGAACGAGTTCAAATAGTT
451 TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTT
** * *
267357 ATGACTATCAGAACACCTATTTAT
516 AAAACTATCAGAACAACTATCTAT
* * * *
267381 TTCAAATCGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCA
1 TTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *** *
267446 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATTAATGAGTTGGAGATTTTAAAAAATAAAG
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTATAAAATTAATGAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAG
* * * *
267511 TAATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCAT-ATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATCAT
131 TAATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAT
* **
267575 GAC-ATT-ATGTCTTGTCGTAAAATAATTTTTTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAA
196 GACTATTCAT-T-TTGTCATAAAATAATTGATTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAA
* * * * * * * * *
267638 TATTAGTTTATTAATATTTC-AAAAATTAGTAAG-AGATTTGAAAACTAAATCTGTTTAGCAAAC
259 TATAAATTTATTAAT-GTTCAAAAAATTAATAAGAAAAATTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAA-
* * * *
267701 TA-GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATAAGCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTT
322 TACGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATAAGCTATCTCAAATCATTAGGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
267764 GTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTTGGAGTAAAATATTGCTAAGCTAATAA
387 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA-AGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-CTAAT-A
* * * * * *
267828 TATTCTAAAAGTTAATAGGTAAGAGATTTAAGAA-ATAAATGTGTTTGCTGAACCAGTTTAAATA
449 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AATATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATA
* *
267892 GTTAAAACTATTAGAACAATTATCTAT
513 GTTAAAACTATCAGAACAACTATCTAT
* *
267919 TTCAAATTGTT-TTAACCTTTTGTTTAGTCAT-AAACTAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTAT
1 TTCAAATCGTTATT-ACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC-AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
*
267981 TCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCATAAAATTAAT-AGGCAAGAAATTTTAAAAAA
63 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-ATAAAATTAATGA-GCAAGAAATTTTAAAAAA
* ** * * *
268045 TAAATTTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTATGA-CTATTT-AAATAATTATCTATTTAAAAT
126 TAAAGTAATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATCTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAAT
268108 CATTATGAC
190 CATTATGAC
268117 CTTGTGTTTT
Statistics
Matches: 607, Mismatches: 106, Indels: 43
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
535 1 0.00
536 100 0.16
537 133 0.22
538 168 0.28
539 201 0.33
540 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
TTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTATAAAATTAATGAGCAAGAAATTTTAAAAAATAAAG
TAATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTAT
GACTATTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTTTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATA
TAAATTTATTAATGTTCAAAAAATTAATAAGAAAAATTAAAAAATAAATCTATTTAGCAAATACG
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATAAGCTATCTCAAATCATTAGGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTCTATTCAAGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACTAATATATTCTA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATATAAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAAC
TATCAGAACAACTATCTAT
Found at i:268102 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 268066--268105 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
268056 ACTGAATAAG
*
268066 TTTAAATAGTTATGACTA
1 TTTAAATAATTAT-ACTA
268084 TTTAAATAATTAT-CTA
1 TTTAAATAATTATACTA
268100 TTTAAA
1 TTTAAA
268106 ATCATTATGA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.43
18 12 0.57
ACGTcount: A:0.42, C:0.05, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
TTTAAATAATTATACTA
Found at i:269170 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 268868--272092 Score: 2332
Period size: 181 Copynumber: 17.9 Consensus size: 181
268858 ATGAGCGATA
* * * * * **
268868 ATCTATTTCGAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTA-TTTGTACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT
** * * *
268932 TATTCGGATTCAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
66 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * * * *
268997 ATAAAGT-TATTTATCGAATTAGTTTAAATGGTTAAGACTATTACAAAAATT
131 ATAAA-TCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
* * * * *
269048 ATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT
* * * *
269113 TATTTAGAATAAATTAAT-CTTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTTAAA
66 TATTTAGAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAA
* * * * * *
269177 AAATAAATCTATCTACCAAACAAATTTAAATAGTTATTATTATTTA-AACAATT
129 AAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATT
* * ** * * * * * * *
269230 GTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAGCAATTATTTCAGTTAATACAAGTT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT
*** * ** * * * * *
269295 TAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAACTATTAAATAAAAAATTTAAAAA
66 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
269360 ATAAATCTATTTACC-GACTTAGTTAAAAT-GATT-TGACCATTTGAATGATT
131 ATAAATCTATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAG-TTATGACTATTAGAATAATT
** * *
269410 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTATGATT-ATAGAA
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-G-TTCATACAA
* ** * * * *
269473 GCTTA-TTCGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTAT-GAAAAGTAATAAGTAAGAGATAT
63 GCTTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * **
269536 AAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATT
126 AAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
* * * * * * *
269592 TTCTATTTCAAATCATTATGGCCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGC
* * * * * *
269656 TTA-TTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGA
65 TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* * *
269719 AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATAACTACTT-GAACAATT
127 AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATT
* * * * ** * *
269774 ATTTATTTAAAATCGTTACGATATTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAGGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAA-GC
** * * *** **
269838 TTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGCAAATTAATAACCAAGAG-TTTAAAA
65 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
269902 AGATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTACGACTACTGGAATAATT
130 A-ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
* * ** * * * * * * *
269955 GTCTATTTAAAATTGTTATGACATTCTATTTTATCATGAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT
* *
270020 TATTT-GAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
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* * * * * * ** * * * * ** *
270084 AGTGAATTTGTTTAGCGAATTAGTGCAAATAATTTTGGCTATTTTAGTAATT
130 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
* * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGT-TCATACAA
* * * * *
270198 GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTT
63 GCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
270262 TAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATT
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* * * * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGC
* * * *
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* * **** ** * *
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* * * *
270497 ATCTATTTGAAATCATTATGACC-TTT-TATTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGC
* * * *
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65 TTATTTA-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
270622 AAAATAATTCTATTTGCCTAACCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTA-AATAATT
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* * * * * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT
* * * * * *
270740 T-TGTTCGAAATAAAAAAAATACTAATCTACTATTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTCAA
66 TAT-TTAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * **
270800 AAAATAAATATATTTAGCAAACAAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAGCAATT
128 AAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
* * * * ** * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGC
* * * * * * * *
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65 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
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* * * *
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1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
* * * * * *
271098 TTATTT-GATGTAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGGAAGAGAATTAAA
65 TTATTTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * *
271162 AACA-GAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATA-AACAATT
129 AA-ATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAGAATAATT
* * * **
271215 ATCTATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGGAAGC
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGC
* * * * *
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65 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** *** *
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130 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
* * * * * * **
271390 ATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTA-TTTATACAAAA
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGC
* *
271454 TTATTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
65 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* *** * * *
271515 ACTAAATCTATTTACTGGACCAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTA-AAGAATT
130 AATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATT
* * *
271567 ATCTATCTT-AAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTTATACAAG
1 ATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAG
* * * ** * *
271629 CTTA-TTCGAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAG
64 CTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-
* * * * ** * * *
271692 AAAAATAAATGTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATACTTAAGATTATTAGAATAATT
127 AAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
* * * * *
271747 ATCTATTTCAAATCATTCTGACATTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTTATACATA-
1 ATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACA-AG
* * * * *
271811 CTTA-TTCGAGATAAAATAATACT-ATTCTATTAACA-TTCAAAAAATTAATGAGCAAGA-AATT
64 CTTATTTAGA-ATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * *
271872 -AAAAA-AAATCTATTTATCAAAGAAATTCAAATAGTCGA-GGCTATTTGAACAATT
126 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTAGAATAATT
* * * * * * *
271926 ATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAACCT
1 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCT
** * * ** * * * ***
271991 TATCCAAAATAAAATAATATTACCTTATTAATATTTCAAAAGTTGAGAAGTTTCAGATTTAAAAA
66 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * **
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Statistics
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Found at i:269999 original size:544 final size:533
Alignment explanation
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* * * * **
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*
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* * * *
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* *
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* * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * ** * *
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* * * *
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* *
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* * * ** **
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314 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCT
* *
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* * * * * * *
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443 TTTATTAATATTTTACAAATTAATAACTAAGAATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACCGAATAAGT
* *
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507 TCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATT
* * * * * * *
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* *** * *
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* * * * * * * ** * * * *
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127 AATAAATGTATTT-GCCGAATTAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAA
* *
270148 TCATTA-GTACCTTTTGTTTGGTCATATAAC-ATTGTATTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAAT
190 TCATTATG-ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG---TTTTATCATACAAGCTTATTCGAAAT
** * **
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* * * * * * *
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314 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCT
* ***
270341 TTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
379 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * ***
270404 TATAATAATATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGGTGAAGT-AG
443 TTTATTAATATTTTACAAATTAATAACTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-TAAG
* *
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506 TTCAAATAGTTATGACTAT-TGAATAATT
* * * * * *
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1 ATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GATTCATACAAGCTT
* * * * *
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* * * ** * *
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128 ATAAATGTATTTGCCGAATTAATTCAAATAGTTAAGACTA-TTAAATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
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192 ATTATGACC-TTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTT-ATCATACAAGCTTATTCGAAAT-A
* * * ** * *
270753 AAAAAATACTAATCTACTATTATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTCAAAAAATAAATATATTT
252 AAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * * *
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** * ** * * * *
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* * * * * * *
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443 TTTATTAATATTTTACA-AATTAATAACTAAGA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAG
* *
271005 TTCAAATAGTCATGACTATTTAAGTAATT
506 TTCAAATAGTTATGACTATTGAA-TAATT
* * *
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1 ATCTATTTCAAATCGTTATGACA-TTT-TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTGA-TTCATACAAG
* * * * * * * *
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* * * * * *
271162 AACA-GAATCTATTTACC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATATAAACAATTATCTATTTCA
126 AA-ATAAATGTATTTGCCGAATTAA-TTCAAATAGTTAAGACTAT-TAAATAATTATCTATTTCA
* * * * ** *
271225 AAACATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGGAAGCTTATTTTG-AA
188 AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCGAAA
* * ** * *
271289 TAAAATAATATTAATTTTTTAATTTTTTAAAAATTAATAAG----G-TTTAAAAAATAAATTTAT
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** *** * * * *
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314 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCT
* * * ** ** *
271414 TTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTTTA-TTTATACAAAATTATTTAAAATAAAATAATATTAA
379 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * **
271478 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--GAG-ATTTAAAAACTAAATCTATTTACTGGACCAGTT
443 TTTATTAATATTTTACAAATTAATAACTAAGAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTT
* * *
271540 CAAATAGTTATGGCTATTTAAAGAATT
508 CAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATT
*
271567 ATCTATCTT-AAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTTATACAAG
1 ATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGATTCATACAAG
* * ** *
271629 CTTATTCGAAG-TAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAG
62 CTTATTCG--GTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-
* * * *
271692 AAAAATAAATGTGTTTGCCGAATTAGTTCAAATACTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCA
124 AAAAATAAATGTATTTGCCGAATTAATTCAAATAGTTAAGACTATTA-AATAATTATCTATTTCA
* * * * *
271757 AATCATTCTGACATTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTTATACATA-CTTATTCGAG
188 AATCATTATGAC-CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA--TCATACA-AGCTTATTCGAA
*
271821 ATAAAATAATACT-ATTCTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAA-A-TT-AAAAA-AAAT
249 ATAAAATAATACTAATT-TATTAACATTC-AAAAATTAATAAG-AA-AAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
271881 CTATTTATCAAAGAAATTCAAATAGTCGA-GGCTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
310 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTAT
* * * * *
271945 GACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATA
374 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
* **
272010 TTACCTTATTAATATTT
439 CTAATTTATTAATATTT
272027 CAAAAGTTGA
Statistics
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0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
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546 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
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TTCGGTTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
AATGTATTTGCCGAATTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
TACAAATTAATAACTAAGAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTGAATAATT
Found at i:270673 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 270647--270703 Score: 75
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
270637 GCCTAACCAA
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1 TTCAAATAATTATGACTAT
* *
270682 TTCAAATCATTATGACCAT
1 TTCAAATAATTATGACTAT
270701 TTC
1 TTC
270704 TTTTATCATA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 6
0.80 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.18
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Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAATTATGACTAT
Found at i:272383 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 272078--273776 Score: 1261
Period size: 181 Copynumber: 9.4 Consensus size: 180
272068 ATCAAATTAG
* * * * ** *
272078 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTGT-TCA-TCATATGAGCCTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATT-TCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
272141 CAAAATATAATAATACTAATTT-TTAATAATTCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAA
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
272205 ATCTGTTTACCCAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTGTATAT
128 ATCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * * * * * *
272258 TTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATGCACGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * *
272323 AAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAAATAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
272387 TTGTTTGCCAAACTATTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTAT
130 CTATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * * *
272438 TTTTAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-AAATATTTTTGTTCAT-CTAAGTTTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ATAATTATTTCTATTCATAC-AAGCTTA-T
* * * ** *
272501 TTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAAT--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAA
63 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
272563 ATCTATTTA-CTAAACCAATTCAACTAGTTATAACAATTTGGACAATTGTTTAT
128 ATCTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
272616 TTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATAC-AGTTTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-CTTATTC
* * * * * *
272680 GAAAGAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTATGAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * * *
272744 ATATGTTGGCCTAATTAGTGCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATAATCTTT
128 ATCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * * * *
272797 TTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCAGAAAATAATTGTTTCTATT-AGTACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCA-TACAAGCTTATTC
* * * * * *
272861 GGAATAACATAATTCTAATCTATTAATATTTCAAAAAT--TAA-TAAGATATTTAAAAACTAAAT
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
272923 CTGTTTA-TTGAGTAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTAT
130 CTATTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** * *
272974 TTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TCTTATATTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT-TTCTATTCATACAAGCTTA-TT
* * * *
273038 C-AATTAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * ** *
273101 AATTTATTTATC-AAATAAGGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATTTAT
127 AATCTATTTACCTAACT-A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * ** * * * * * *
273155 TTC-AATCGTTACGATTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCGTACATGCTTATTC-
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * **
273218 AAATTAAAATAA-ATTTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAATAA
66 AAA-TAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
273282 ATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATAATTATCTAT
128 ATCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
** ** * * * *
273335 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAGCAATTCTATC-AGTTCATATAGGCTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
273399 GAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAGAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
273464 TCTATTTATCGAACAACTTTAGAA-AGTTATGGCTATATGAATAATTTTATAT
129 TCTATTTACCTAACTAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * ** *
273516 TTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTCTAATAAAACAATTATTTCTATTTATGTAAGCTTATTCC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
* *
273581 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAATA-ATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
273644 TCTATTT-CCTTAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAA
129 TCTATTTACC-TAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * **
273696 TTGAAA-GAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAA-TAGTTTCTATTCATACAAG-TGTAT
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCTATTCATACAAGCT-TAT
* *
273758 TTGAAATAATATAATACTA
63 TCGAAATAAAATAATACTA
273777 CAAAAATCAA
Statistics
Matches: 1200, Mismatches: 265, Indels: 108
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 11 0.01
177 161 0.13
178 103 0.09
179 20 0.02
180 424 0.35
181 458 0.38
182 23 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT
Found at i:273409 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 272078--273771 Score: 1149
Period size: 358 Copynumber: 4.7 Consensus size: 357
272068 ATCAAATTAG
* * * *
272078 TTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTGT-TCATCA-TATGAGCCTAT
1 TTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTT-TCT-ATTAGTA-CAGCTTAT
* * * * * *
272140 TCAAAATATAATAATACTAATTT-TTAATAATTCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATA
62 TC-AAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTTAAAAATA
* * * * * * * **
272204 AATCTGTTTACCCAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTGTATATTTCAAATTGTT
124 AATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * * *
272269 ATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATGCACGCTTA-TTCAAAATAAAATA
189 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-CTTATATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATA
* * * * * * * * * * * **
272333 ATACTAATATAATAATATTATGAA-AAATAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGCC
252 AAACAAATTTATTAACATT-TCAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * * *
272396 AAACTA-TTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTAT
316 AAACAACGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
** ** * * * * *
272438 TTTTAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAAAATAT-TTT-TGTTCATCTA-AGTTTAT
1 TTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAA-ACAAT-TGTTTCTATT-A-GTACAGCTTA-
** ** * *
272500 TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---ATATTTAAAAAATA
61 -TTCAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATA
* * * * ** * * * *
272562 AATCTATTTA-CTAAACCAA-TTCAACTAGTTATAACAATTTGGACAATTGTTTATTTCAAATCG
124 AATCTATTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * *
272625 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTGATAC-AG-TTTTATTCGAAAGAAA
187 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-CTTATATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAA
* ** * * * ** * * * *
272688 GTAATGCTAATTTATTAATATTATGAA-AATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATATGTTG
249 ATAAAACAAATTTATTAACATT-TCAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * ** * * *
272752 GCCTAATTA-GTGCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATAATCTT-T
313 ATCAAACAACGT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTAT
* * *
272797 TTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCAGAAAATAATTGTTTCTATTAGTACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAGTAC-AGCTTA-TTC
* * * *
272862 GAATAACATAATTCTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---ATA-TTTAAAAACTAAAT
64 AAATAAAATAATT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAA-TAAAT
* * ** * * * ** *
272923 CTGTTTATTGAGTAAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGCTATA
127 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *
272988 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTCTTATATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAAAAC
192 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTCTTATATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAAAC
* * * *
273053 AAATTTATTAATA-TTCAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAAT
256 AAATTTATTAACATTTC-AAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* *
273117 AAGGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACGATTATTTAT
320 AACGTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * *
273155 TTC-AATCGTTACGATTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCGTACATGCTTATTCA
1 TTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAGTACA-GCTTATTCA
* *
273219 AATTAAAATAAATTTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAATAAAT
65 AA-TAAAAT-AATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTTAAAAATAAAT
* * * *
273284 ATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAAATATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
127 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
273349 ACCTTTTGTTTCATCATAAAGCAATTC-TATCAGTTCATATAGGCTTA-TTCGAAATAAAATAAC
192 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTAT-A-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAA
* * * * *
273412 ACTAATTTATTAACATTTCAAGAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAA
254 ACAAATTTATTAACATTTCAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA
* * * *
273477 CAACTTTAGAA-AGTTATGGCTATATGAATAATT-TTATAT
319 CAACGTTA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TAT
* * *
273516 TTCAAATCATTATGACA-TTTTGTTTTCTAATAAAACAATTATTTCTATTTATGTA-AGCTTATT
1 TTCAAATCATTATGA-ATTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTA-GTACAGCTTATT
* * * *
273579 CCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAATAATTTAAAAAATAAA
63 -CAAATAAAATAAT-TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAA
* * * * * *
273644 TCTATTT-CCTTAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAATTGAAA-GAGTT
126 TCTATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * * *
273707 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATAGT-TTCTATTCATACAAG-TGTATTTGAAATAATAT
189 ATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT--TCTTATATTCATACAAGCT-TATTTCAAATAAAAT
273770 AA
251 AA
273772 TACTACAAAA
Statistics
Matches: 1073, Mismatches: 203, Indels: 115
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
356 8 0.01
357 101 0.09
358 370 0.34
359 95 0.09
360 52 0.05
361 318 0.30
362 116 0.11
363 10 0.01
364 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTCAAATCATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAGTACAGCTTATTCAA
ATAAAATAATTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTAT
TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
TTTGTTTTATCATAAAACAATTCTTATATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAAACAAATT
TATTAACATTTCAAGAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAACGTT
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
Found at i:274352 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 273828--275873 Score: 1263
Period size: 179 Copynumber: 11.5 Consensus size: 178
273818 ACCAAGCAAA
* * * * * * *
273828 TTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTATTTTTATTCATACAAGTTTA-TT-
1 TTCAAATAGTTATGA-CCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
273891 A-AGAGATAATAGTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA--
65 ATA-AAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
273953 TGTGTA-TGAACAAGTTTATATAATCATG-TTCATTTAAACAATTATCTAT
129 TGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * **
274002 TTTAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTGATGCAAAATTATTC
1 TTCAAAT-AGTTATGA-CCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-
** * * * * * *
274066 AAAAAAAATAATACTAATCTATTAAT-TTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAT
63 TGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
274126 TTGTTTACTGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATCTAT
128 TTGTTTACTG-AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
274177 CTCAAATAGTTTTGATCTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-TTTACTACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTTG
* * *
274241 ATTAAATAATACTAATTTAATTATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATA
65 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATT
* * *
274306 TGTTTGCTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
129 TGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
274356 TTCAAATTGTTTTGATCTTT-TCTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTTTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT
* * * * * ** *
274419 TAGAATAAATTATTACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAAATA
63 T-G-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * * * *
274484 AATCTCTTTACTGAACAAATTCAAATAGATT-TGACTATTTGGACAATTATATAT
125 AATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAG-TTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
274538 TT-AAAGTTA-TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCAATTCATAAAAACTTATC
1 TTCAAA--TAGTTATGAC-CTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-
*** * * * *
274601 CAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATT-TCAAAAATTAATTAGTAAGA-AATTAAAAAACT
62 -TTGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-T
* ** * * ** *
274664 AAAGTTGTTT-CCAAACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAAACATCAAT
124 AAATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
274717 CTCAAATCA-TTATGATCTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACTAGCTTATTT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTT
*
274781 GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
64 -GAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * ** * ** *
274842 TATGTTT-GTCAAACCAGTTCAAATAACTAAGATTATTAT-AATTATTATTTAT
127 TTTGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-TGAACAATTATCTAT
* *
274894 TTCAAATCA-TTCTGACCTTT-TCTTTAGTCATATAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
1 TTCAAAT-AGTTATGACCTTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * *
274956 TTGGAATAAAATAATACTCATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAT
62 TT-G-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * *
275021 AAATTTGTTTATTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAGTTGTATTT
124 AAATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
275076 TTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTT-TGATTCATAAAAGCCTT-TC
1 TTCAAATAGTTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAG-CTTAT-
** * ** * * *
275138 TAAAAAAAATAATACTCCTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
62 TTGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * *
275202 ATTTGTTTACTGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGGATAACTATCTAT
126 ATTTGTTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
275255 TTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCA-ACATACATGCTTATTC
1 TTCAAATAGTTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT
* * *
275318 GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAA
64 G--ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** *
275378 ATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATT--GACTATTTGAACAATTATCTAT
126 ATTTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * **
275429 TTCAAATTGTTATAACC-TTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACATTCTTATTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-
* *
275493 AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
65 -ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
275558 TCTTTGCCGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAAATGT-TTTAT
129 TGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC-AAT-TATCTAT
* * * * * * * * * *
275609 TTGAAATTGCTATGACTTTTGCTTTGTCATAAAACATTTATTTC-AGCTCATACAAGTTTATTTG
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
275673 AAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AA
65 --ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
275736 TTCTATTTA-TCGAAATAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAAAAAGTGTCTAT
127 TT-TGTTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * * * * * * *
275789 TCCAAATCTTTATTACTTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATAGTTATGAC-CTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
275854 AAATAAAATAATACTAATTT
65 --ATAAAATAATACTAATTT
275874 CTTATTATAG
Statistics
Matches: 1478, Mismatches: 299, Indels: 183
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 37 0.03
173 73 0.05
174 131 0.09
175 58 0.04
176 76 0.05
177 150 0.10
178 75 0.05
179 233 0.16
180 176 0.12
181 221 0.15
182 221 0.15
183 25 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA
TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:274692 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 273828--275873 Score: 1353
Period size: 361 Copynumber: 5.7 Consensus size: 359
273818 ACCAAGCAAA
* * * ** *
273828 TTCAAA-TAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATT-
1 TTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
273891 --AA-GAGATAATAGTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT-A
65 GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAA
* ** * * * * * * * * * **
273951 A-ATGTGTA-TGAACAAGTTTATATAATCATG-TTCATTTAAACAATTATCTATTTTAAATCATT
129 ATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * ** * * ** ** *
274013 ATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTGATGCAAAATTATTCAAAAAAAATAAT
193 ATGACCTTTT-CTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT
* * * * *
274078 ACTAATCTATTAAT-TTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAA
257 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACTG-A
* * * *
274138 ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATCTAT
321 ACAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * * * * * *
274177 CTCAAA-TAGTTTTGATC-TTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC-TTTTACTACAAGCTTATT
1 TTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCA-TACAAGCTTATT
* * * * *
274239 TG--ATTAAATAATACTAATTTAATTATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
64 CGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAAT-
* ** * *
274301 AAATATGTTTGCTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
127 AAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * *
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192 TATGACCTTTTCTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATA
* * * ** * *
274431 TTACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTCTTTACT
255 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTCTTTACT
* * * *
274496 GAACAAATTCAAATAGATT-TGACTATTTGGACAATTATATAT
319 GAAC-AGTTCAAATA-ATTAAGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * * *
274538 TT-AAAGTTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATATCAATTCATAAAAACTTATCC
1 TTCAAA-TTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * *
274602 AAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGA-AATTAAAAAACTAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAA-TAA
* * ** * * **
274666 AGT-TGTTT-CCAAACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAAACATCAATCTCAAATCATT
129 A-TATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * *** * *
274728 ATGATCTTTGT-TTCATCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACTAGCTTATTTGGATAAAAATA
193 ATGACCTTT-TCTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAT-AAAATA
* * * * *
274792 ATACTAATTTAATAATATTCTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTC
255 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACT-
* * * **
274852 AAACCAGTTCAAATAACTAAGATTATTAT-AATTATTATTTAT
319 GAA-CAGTTCAAATAATTAAGACTATT-TGAACAATTATTTAT
* * * * * * * *
274894 TTCAAATCATTCTGACCTTTTCTTTAGTCATATAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * *
274959 GAATAAAATAATACTCATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAA
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* *** * * * * *
275023 ATTTGTTTATTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAGTTGTATTTTTAAAATTGT
129 ATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * * *
275086 TATGACCTTTTGTTT-TGTATAAAACAATTGTTT-TGATTCATAAAAGCCTT-TCTAAAAAAAAT
192 TATGACCTTTTCTTTAT-CATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAG-CTTATTTGAATAAAAT
** * * *
275148 AATACTCCTTTATTAATATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
254 AATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTAC
* * * * * * *
275212 TGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGGATAACTATCTAT
318 TGAA-CAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATTTAT
* * * *
275255 TTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCAA--CATACATGCTTATTC
1 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * *
275318 GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* * *
275379 TCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAATT--GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
130 TATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * **
275442 AACCTTGTTC--TATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACATTCTTATTTGTAATAAAATAAT
195 GACCTT-TTCTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAAT
* * * *
275504 ACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTGCCGAA
257 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACTGAA
* * *
275569 CTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAAATGT-TTTAT
322 C-AGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAAC-AAT-TATTTAT
* ** * * ** * *
275609 TTGAAATTGCTATGA-CTTTTGCTTTGTCATAAAACATTTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTG
1 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCG
* * * * * * *
275673 AAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATT
66 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
275738 CTATTTATCGAAA-TAGTTTAAATAATTATA-ACTATTTGAAAAAGTGTCTATTCCAAATCT-TT
131 ATGTTTA-CCAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTT
* * * * * * ** * * * *
275800 ATTACTTTTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAA
193 ATGACCTTTT-CTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAA
275865 TACTAATTT
256 TACTAATTT
275874 CTTATTATAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
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AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
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ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTACTGAACAGT
TCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATTTAT
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273818 ACCAAGCAAA
* * * * * * * *
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1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* *** * * *
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* ** * *
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* ** * *
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* * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * **
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* * *
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*
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* * * *
274615 ACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGAAATTAAAAAACTAAAGTTGTTT-CCAAA
255 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAACTAAATTTGTTTACCAAA
* *
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320 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAACATCTATCTCAAAT-ATTATGATCTTTGTTTTA
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383 TCATAAAACAATTGTTTTTTTA-CATAC-AGCTTATTT-GATAAAAATAATACTAATTTAATAAT
* *
274808 ATTCTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAACTAAG
445 ATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG-CAAACTAGTTCAAATAA-TAAG
* ** *
274873 ATTATTATAATTATTATTTAT
508 ACTATTATAACAATTATCTAT
** * *
274894 TTCAAATCATTCTGACCTTTTCTTTAGTCATATAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-
*
274959 GAATAAAATAATACTCATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA
65 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * * *
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129 TTTCTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT-AAATTATTAT
* ** * *
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193 GA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAA-ACTTATCCAAAAAAAATAATA
** * *
275152 CTCCTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACTGA
256 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TTAAAAAACTAAATTTGTTTAC-CA
* * * * * * * * * *
275215 ATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGGA-TAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT
318 AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAC-ATCTATCTCAAA-TATTATGATC-TTTGTT
* ** * * *
275279 TTGTCATAAAACAATT-TTTTTCAACATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTA
380 TTATCATAAAACAATTGTTTTTTTACATACA-GCTTATTTGATA-AAAATAATACTAATTTAATA
* * * * *
275343 ATATT-TCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAAT-
443 ATATTCT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GCAAACTAGTTCAAATAATA
*
275406 TGACTATT-TGAACAATTATCTAT
506 AGACTATTAT-AACAATTATCTAT
* * **
275429 TTCAAATTGTTATAACCTTGTTC--TA-TCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACATTCTTATT
1 TTCAAATTGTTATGACCTT-TTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
* * * **
275490 TGTAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAA
64 TG-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * **
275555 ATTTCTTTGCCGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAAATGT-TTTATTTGAAATTGC
128 ATTTCTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AAT-TATATATTT-AAATTAT
* * ** * ** ** * *
275619 TATGACTTTTGCTTTGTCATAAAACATTTATTTCAGCTCATACAAGTTTATTTGAAATAGAATAA
190 TATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTA-TCCAAAAAAAATAA
* *
275684 AACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGA
254 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
275722 GATTTAGAAA
Statistics
Matches: 1128, Mismatches: 184, Indels: 101
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
527 4 0.00
528 47 0.04
529 2 0.00
531 2 0.00
532 96 0.09
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (528 bp):
TTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TCTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAATTATTATGAC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAAAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAACTAAATTTGTTTACCAAACAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAAACATCTATCTCAAATATTATGATCTTTGTTTTATCATAAAA
CAATTGTTTTTTTACATACAGCTTATTTGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAAT
TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCAAACTAGTTCAAATAATAAGACTATTATAACAA
TTATCTAT
Found at i:275173 original size:181 final size:180
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Indices: 273828--275873 Score: 1363
Period size: 182 Copynumber: 11.5 Consensus size: 180
273818 ACCAAGCAAA
* * * * * * *
273828 TTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAAGAATTATTTTTATTCATACAAGTTTA-TT-
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
273891 -AA-GAGATAATAGTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAA-
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * ** * *
273953 -TGTGTA-TGAACAAGTTTATATAATCAT-GTTCATTTAAACAATTATCTAT
130 TTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATATAT
* ** * ** * * ** *
274002 TTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTGATGCAAAATTA-TTC
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTTG
* * * ** *
274066 AAAAAAAATAATACTAATCTATTAATTTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
274127 TGTTTACTGAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGTACAATTATCTAT
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* * * * * * * * *
274177 CTCAAATAGTTTTGATC-TTTATTTTATCATAAAATAATTG-TTTCTTTTACTACAAGCTTATTT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCA-TACAAGCTTATTT
*
274240 G--ATTAAATAATACTAATTTAATT-ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
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* * * * *
274302 AATATGTTTGCTGAACTAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTAT
127 AATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATATAT
* * * * *
274356 TTCAAATTGTTTTGATCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTCAGTTCATACAAGCTT-TTT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTT
* * * * ** *
274419 TAGAATAAATTATTACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAAATA
65 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * * * * * *
274484 AATCTCTTTACTGAACAAATTCAAATAGATT-TGACTATTTGGACAATTATATAT
127 AATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATATAT
* * * * * * *
274538 TT-AAAGTTATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATATCAATTCATAAAAACTTATC
1 TTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-ATTCATACAAGCTTATT
** * * * *
274601 CAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAGA-AATTAAAAAACTA
64 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TA
* * ** * **
274665 AAGTTGTTT-CCAAACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAAACATCA-AT
127 AATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-ATAT
* ** * ** ** *
274717 CTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACTAGCTTATTT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAT-TCATACAAGCTTATTT
* * *
274781 G-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
65 GAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * ** ** * ** *
274841 ATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAACTA-AGATTATTAT-AATTATTATTTAT
128 ATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATT-TGAACAATTATATAT
** * * * *
274894 TTCAAATCATTCTGACCTTTTCTTTAGTCATATAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTT
* * * *
274958 GGAATAAAATAATACTCATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
** * * *
275023 ATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAGTTGTATTT
128 ATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATAT
* * * *
275076 TTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT-ATAAAACAATTGTTTTGATTCATAAAAGCCTT-TCT
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATACAAG-CTTATTT
* ** * *
275139 -AAAAAAAATAATACTCCTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * * * *
275203 TTTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGGATAACTATCTAT
129 TTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATAT
* * * * *
275255 TTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA-ACATACATGCTTATTCG
1 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTTG
* * *
275319 AAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATTAAAT
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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TATTA
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* * *
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*
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*
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*
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TTATAATTTATATTATATTATA
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*
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* *
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* * *
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*
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AATAATTATT
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*
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*
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** *
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*
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* *
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* *
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*
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TATTATTAATAAT
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*
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AATAATTAAT
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * * **
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*
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* * * * *
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** **
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* * * * *
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* * * *** * *
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* *
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* * * * * ** *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTT
**
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* *
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*
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* * * * * * * *
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* * * ** ** ** * *
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** * * * * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * *
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* ** * * *
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*
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* *
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*
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