Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168138.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_380, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:705 original size:181 final size:181
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63 TACTTCTTAT
* * * ** *
73 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTT
* * ** *
137 AAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
65 -AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * ** *
201 ATGTATGAACT-GAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAATATTAGAACGATTTG
128 TTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * *
255 AAATAGATAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGCTCAGCAAA-ACATTTATTTTTT
1 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT
* * * * * *
318 AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTA-CTTCAATAAGCT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * *
381 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTG
129 TGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * *
433 AGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTAATAAATAGATTTAATTTTTA
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
* **
497 AATC-C---CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * *
558 TATAAATAGAAATAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTTATAACCATTTG
131 TATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * *
609 AAATAGATAATAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
** * * ** **
674 AATCTCGAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATCTCAAATAAAATTG
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
739 CATAAATAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
131 TATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * *
790 AAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTACTTGAACTCGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTT
* * * * *
855 AAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCT
65 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * * * ** * *
920 TTTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATTGTAATGATTTG
129 TGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * *
973 AAATAGATAATTA-TTCAAATAGTGACAAATATTTGAACGT-GTTC-GAAAAACATATTTATTTT
1 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAG-TAAATAGATTTATTTT
* *
1035 TTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTTGAAGTA
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TA
* * ** * *
1096 AGCTTATATGAATAGAAA-AGATCATTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
125 AGCTTGTATGAATAGAAATA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * *
1153 AAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC-GATAAATAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTT
* * * *
1216 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTATTATTATTATCT-TTTTGAATAG
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TATTTTGAATAA
* * *
1279 GC-TGATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
126 GCTTG-TATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * *
1335 AAATA-A-AATACTTATACAAATAATCATAACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTT
1 AAATAGATAATA-GT-T-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTT
* * * * ** * * * * *
1398 TTTAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAGTATTAATTTAATTTAAATAAGT
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * * * ** * *
1463 TTTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTG
128 TTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * *
1517 AAATACATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTT-TGATAAACATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTT
* * * *
1581 AAA--TC-TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTT
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * * * * * **
1642 ATATGGACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTG
130 GTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * *
1694 AAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGCAAACAGAATTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTT
* * * **
1758 AAATCTTTTACATATTCAA-TTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC
65 AAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * ** *
1821 TAGTATGAATTGAAAAAAATTGCTTTATGACAAAAC--AA----A-AACAATTTG
128 TTGTATGAATAG-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * ** * * *
1869 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTTGGCAAATAAATTTGTTTTTTA
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * ** * *
1934 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
1999 TATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTT
131 TATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * *
2050 TAGTATGCA-ATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTC-GATAAATAAATTTATTTT
1 AAATA-G-ATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAGATTTA-TTT
* * * **
2112 TTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAA
62 TTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * * * * *
2177 ACATATAT-AATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAAC--AA----AT---GATTTG
126 GCTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * *
2224 AAACT-GATAA-ATGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAACT-GATTCAGTAAACATATTCACTT
1 AAA-TAGATAATA-GTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAATAGATTTATTT
* * * * *
2285 TTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAG
62 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* ** * * * * * *
2350 CTTGTATGGATTTAGATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTT-
127 CTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * * * * **
2405 AAATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAATTTG-T-AATAAA-AGGTCATAATGATT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAT-TTATTTTTT
* * * * * * * * * * * *
2467 AAA----ATA--GA-CAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATT-TGTTTA--GTAAATAAA
65 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-A-AATTAGTATTAT-TTTATTTTGAATAAG
* * * * ***** * * ** * * ** *
2522 TTTATTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTT-TGA-ATTATTAATAA-ATTAGAATTATTTT
127 CTT-GTATGAA-TAGAAATAATT-ATTTTATGACA-AAACAA-AAGGTTATAACGATTTG
** * *** * * * *** ** *
2579 ATTTTGGATAAGCTTTTATGAAT--TGA-AAC-AATTGTTTTA-TGTCAAAACAAAAGGTCATAA
1 A-AATAGATAATAGTTCA--AATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCAGTA-AATA-G--AT--
* * * * * * * * * *
2639 TGATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCAATATTTGAACTTGTTCGAGAAACAGATTTA
56 TTATTTT--TTAAAT--CTCTT--ACT--T-ATTAATTTTTGAA-ATATT--A-ATA-A-A-TTA
* * ** * * * ** * * **
2704 TTTTTCCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATA-AATTTAGATTATTTTATTTC--
105 GTATT--ATTTTATTT--TGAATAA--GCTTGTATG--AATAGAA-ATA-ATTATTTTATGACAA
* * * * *
2766 GA-ATAAGCTTGTAA-GATATG
160 AACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * * * * * * *
2786 AAACAAATATTTTATGACTACACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATTAATAATTATTCTAATAGC
1 AAATAGATA----AT-AGTTCA-AATA-GTCATAACTATTTG-AACTAGT--TCAGT-AAATAGA
* * * * ** * * * *
2851 TTTAACTATTTGAATTAGCTCAGTAAACACATTTA-TTTTGTAAAT-TT-ATTACTTATTAATT-
55 TTT-A-TTTTTTAA--ATCTC--T-TACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGT-ATTA
* * *** * ** * * *
2912 TTTGAAATATTATTAAATTAG-TAT-TATTTTTAACCAAATAA-GCTTCTATGATAAAAATCAAT
111 TTT----TATT-TTGAATAAGCT-TGTATGAAT-A-GAAATAATTATTTTATGA-CAAAA-CAAA
* * * * *
2974 TGTTTTTTTACAAAACAAATATCTT
166 AG----GTT--ATAAC-GAT-T-TG
* * **
2999 AACGACTTAAGATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATATTTT
1 AA--A--T-AGA-TAAT-A--GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATT
* *
3064 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCA
57 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * * * * * * *
3128 TATATGCTTGTATG-ATCGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTA
122 -ATAAGCTTGTATGAATAG-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * *
3189 AAATAGATAATCA-TTCAAA-CGCCTATAATTATTTTAACTAATTC-GATAAACAGATTTATTTT
1 AAATAGATAAT-AGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAGATTTATTTT
* * * * * ** *
3251 TTAAGTTTCTTATTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAA
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAA
* * * * * * *
3314 GCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATAATGATTTT
126 GCTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * *
3370 AAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTT-TGTTAAA-CGAATTTATTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAG-ATTTA-TTTT
* * * * * *
3433 TTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAGGC
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * *
3497 TTGT-TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTAGAATGATTTC
128 TTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * * * *
3550 AAATAAATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATT-AG-ACAAAAAATTTTATTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTA-AATAGA-TTTATTTT
* * ** * * * * *** *
3612 TTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAATAAAAAAAAGC
63 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * *
3677 TTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGTTCATAAC-ACTTTG
128 TTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGA-TTTG
* * * * *
3731 AAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TG-ACAATTAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTA-AA-TAGATTTATTTTT
* * ** * ** **
3794 TAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAA
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * ** * * * *
3858 TAGTATGAACAGGACCAATTGTTTTATGACAAAATAAGAA-GTTATAATGATTAG
128 TTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAA-AAGGTTATAACGATTTG
* * * * *
3912 AAATAGATAGTTA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAT-GATTTAGTAAATAGATTTACTTTT
1 AAATAGATA-ATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTT
* ** * *
3975 TAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAAA
64 TAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * * *
4039 CTTATATTAA-CGAAGACAACTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
127 CTTGTATGAATAGAA-ATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* ** * * * *
4094 AAATAAATAATTA-TTCATGTAGTCTTAACTATTGGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT
* * ** *
4158 AAATTTCTTAGC-TATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGC
65 AAATCTCTTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * * *
4221 TTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
128 TTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * ** *
4275 AAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * *
4339 AA--TC-T-GTTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTC
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
4400 TAT--ATTGAAAGGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATAACAATTTG
131 TATGAATAGAAA--TAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * *
4451 AAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCAT-A--A-TT--A-T--TT--G--AATTGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
* * * *
4503 AA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAATATT-A-CAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
66 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * *
4561 TATGAACTA-AAACAATT-GTTTATGGCAAAACAAAAGGTCAT-ACTGATTTT
131 TATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAC-GATTTG
* * ** * * * *
4611 AAATTGATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTCAAATTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTT
* * *
4674 TCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAGTAA
64 T-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAA
* * * * * * *
4737 GCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATGTG
126 GCTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * * * * *
4793 AAATTA-AAAATTA-TTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAACACATTTATTTTT
1 AAA-TAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT
* * * * *
4856 TTAA-GTCTT--TTACTAAGTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAG
64 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAG
* * * *
4916 CTTGTATG-ATCAAAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAA-GTCATAATGATTT-
127 CTTGTATGAAT-AGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* *
4968 AAGATTGATATTTA-TTCAAATAGTCATAACT
1 AA-ATAGATA-ATAGTTCAAATAGTCATAACT
4999 TGCCTTTTAA
Statistics
Matches: 3563, Mismatches: 871, Indels: 626
0.70 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
159 7 0.00
160 37 0.01
161 34 0.01
162 2 0.00
163 5 0.00
164 40 0.01
166 2 0.00
167 1 0.00
168 2 0.00
169 2 0.00
170 2 0.00
171 1 0.00
172 94 0.03
173 52 0.01
174 129 0.04
175 180 0.05
176 169 0.05
177 209 0.06
178 146 0.04
179 111 0.03
180 398 0.11
181 864 0.24
182 454 0.13
183 325 0.09
184 12 0.00
185 3 0.00
186 1 0.00
188 1 0.00
189 1 0.00
190 3 0.00
191 2 0.00
192 2 0.00
193 3 0.00
195 1 0.00
196 1 0.00
197 8 0.00
198 8 0.00
199 6 0.00
200 21 0.01
201 19 0.01
202 15 0.00
203 8 0.00
204 16 0.00
205 13 0.00
206 13 0.00
207 11 0.00
208 10 0.00
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217 5 0.00
218 7 0.00
219 2 0.00
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Consensus pattern (181 bp):
AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
TATGAATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
Found at i:916 original size:364 final size:359
Alignment explanation
Indices: 73--2411 Score: 1700
Period size: 364 Copynumber: 6.5 Consensus size: 359
63 TACTTCTTAT
* * *
73 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTT
* ** * * *
137 AAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCA
65 -AAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * * ** * *
202 TGTATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAATATTAGAACGATTTGAAATAGATAAT
129 TGTAT-AAAT-AAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAA-
* * * * * * * *
266 TATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGCTCAGCAAA-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
191 TACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * *
330 TATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCA-ATATTTTA-CTTC-AATAAGCTTGTATGAATAG
256 TATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATA-ATTTTATC-TCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
392 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTG
318 AAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * * * *
433 AGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTATTTGAA-TGGTTTAATAAATAGATTTAATTTTT-
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
** * * **
496 AA-A--TCCCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTG
66 AATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * **
558 TATAAATAGAAATAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTTATAACCATTTGAAATAGATAATAGC
131 TATAAATA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATA-C
* * * * * ***
623 TCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCGAACTTAT
194 TCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
** * *
688 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATCTCAAATAAAATTGCATAAATAGAAATA
259 TAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATA
**
753 ATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG
323 ATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * * * * *
790 AAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTACTTGAACTCGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTT
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTT
* *
855 AAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCT
65 -AAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* * ** ** *
920 TTTATGAACA-AAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATTGTAATGATTTGAAATAGATAAT
129 TGTAT-AA-ATAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAA-
* * *
984 TATTCAAATAGTGACA-AA-TATTTGAACGT-GTTC-GAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
191 TACTCAAATA--GACATAACTATTTGAAC-TAGTTCAG-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * * *
1045 TACCTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTGAAGTAAGCTTATATGAA
252 TACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * *
1108 TAGAAA-AGATCATTTGGTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
315 TAGAAATA-ATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * *
1153 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * * * *
1218 AATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTATTATTATTATCT-TTTTGAATAGGC-
66 AATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TATTTTGAATAAGCT
* *
1281 TGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-A-AAT
129 TG-TAT-AAATAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
1344 ACTTATACAAATA-ATCATAACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTTT
192 AC---T-CAAATAGA-CATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTT
** * * * * *
1408 TACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAGTATTAATTTAAT-TTAAATAAGTTTTTATGAA
252 TACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTA-TAATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
1472 CATAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTG
315 TAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * * * *
1517 AAATACATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGATAAACATATTTATTTTTT-
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
* * * * * * *
1581 AA-A-TCTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTA
66 AATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
** * * * *
1643 TATGGACAAAA-ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTG
131 TATAAATAAAATA-ATTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAA-TA
* * * *
1707 CTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACAT
193 CTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCA-GCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * *
1771 ATTCAATTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAT-TCCGAATAAGCTAGTATGAATTGA
257 ATT-AATTTTTAAATATTAATAAATT-AGTATAATTTTATCT-CAAATAAGCTTGTATGAATAG-
* ** *
1834 AAAAAATTGCTTTATGACAAAAC---A-A--A-AACAATTTG
318 AAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * * * ** * *
1869 AAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTTGGCAAATAAATTTGTTTTTTA
1 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTA
* * * ** * *
1934 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
66 AATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * ** * *
1999 TATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTTTAGTATGCA-ATT
131 TAT-AA-ATAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-G-ATAAT
* * * * * * * * * *
2062 ATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTC-GATAAATAAATTTATTTTTTTAAAATCTCTTA
192 ACTCAAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAG-CAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTA
* * * * * * * *
2126 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACATATAT-AATA-
254 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
** ** * **
2189 AAA-AACAATTGTTAT---ATGAC-CAA-A-CA-AATGATTTG
318 AAATAATTATT-TTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * * * * * * * *
2224 AAACT-GATAAATGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACATATTCACTTT
1 AAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGATTTATTTT
* * * *
2286 TTAAATCA-CTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAG
63 TTAAAT-ATTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * * *
2350 CTTGTATGGATTTAGATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGA
127 CTTGTAT-AAATAAAATAATTTTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGA
2412 CAATTGTTTA
Statistics
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TATAAATAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATACTC
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ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATT
ATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATAGCATAATTATTC
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63 TACTTCTTAT
* ** * *
73 AAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* * ***
137 AAAATTTTTTGTTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
65 -AAATCTCTAACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-
* * * * * * *
201 A-TGTATGAACT-GAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAATATTAGAACGATTTGAAATAGATA
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
391 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTGTTGAAGTAG
321 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
455 TCATAACTATTTGAATG-GTTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAATC--CCTTATTAACTTTTGA
386 TCATAACTATTTGAACGTGTTGAA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTACC-TATTAA-TTTT-T
** * * * *
517 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTTTTTTAC
447 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAA-AATTATTTTAT
* * *
582 GACAAAACAAAATGTTATAACCATTTG
511 GACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
* * * *
609 AAATAGATAA-TAGCTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAATAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAATTA-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTT
* * * * *
672 TAAATCTCGAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATCTCAAATAAAAT
64 TAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAT
* * *
737 TGCATAAATAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
129 TGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * * * * * *
802 GTTCAAAGAGTCATAACTACTTGAACTCGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATATTTTAC
194 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAGCAAATAAATTTATTTTTTT-AAATCTCTTAC
* * *
867 TTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAA
258 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAA
* ** *
932 AACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAAATTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
323 AACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
996 GACAAATATTTGAACGTGTTCGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTGTCT
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* * *
1061 TAATATTAATAAATT-GTATTATTTTA-TTTGAAGTAAGCTTATATGAATAGAAAAGATCATTTG
446 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAACTTATATGAATAGAAAA-ATTATTTT
*
1124 GTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
509 ATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
* * * *
1153 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
1218 AATCTCTTAA-TTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTATTATTATTATCT-TTTTGAAT-AG
66 AATCTC-TAACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT-T-TATTTCGAATAAG
** * * * *
1279 GCTGATATGAACTA-AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAA
127 ATTG-TAT-AAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AAA
* * * * * * * * *
1343 TACTTATACAAATAATCATAACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTT-AATTTT
189 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAGCAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
1407 TTACTTATTAATTATCAAAATATTAATAAAATAGTATTAATTTAATTTAAATAAGTTTTTATGAA
254 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA
* ** * * * * * *
1472 CATAAATTATTGTTTTGTAACAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATACATAATTGCTCAAAT
319 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
1537 AGTCATAACTTTTTGAAC-TAGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTA-TTATTAATTTTT
384 AGTCATAACTATTTGAACGT-G-TTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTACCTATTAATTTTT
* * * * * *
1600 GAAATATTAATAGATTAGTTTTATTTTATTTTGAACAAACTTATATGGACA-AAAACATTTGTTT
447 --AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAAA-A-TTATTT
* **
1664 TATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTG
508 TATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
* * * * ** *
1694 AAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACAGAATTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
1759 AATCTTTTACATATTCAA-TTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGCT
66 AATCTCTAACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGAT
* * * ** *
1822 AGTATGAATTGAAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAA-A-C---A--ATTTGAAATAGATAAT
129 TGTATAAATAG-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * ** * *
1880 TGTTCATATAGTCTTAATTATTTAAACTAGTTTGGCAAATAAATTT-GTTTTTTAAATCTCTTAA
193 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAGCAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
* ** * *
1944 TTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACAAA
258 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAA
* * * ** ** ** * * *
2009 AATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTTTAGTATG-CAATTATTCAAATAGT
323 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * * *
2073 CATAATTATTT-AAATTGGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTT
387 CATAACTATTTGAACGT-GTT-GAAAAACATATTTA-TTTTTT-AAA--TC-TACCTATTAATTT
* * * ** * * *
2137 TTGAAAGATTAGTAAATTACTATTATTTTATTTCAAATAAACATATAT-AATAAAAAACAATTGT
445 TT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAT-AGAAA-AATTAT
* *
2201 TATATGACCAAAC--AA----AT-G--ATTTG
506 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
* ** * * * * * *
2224 AAACT-GATAAATGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAAC-TGATTC-AGTAAACATATTCACTT
1 AAA-TAGATAATTACTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTTATTT
* ** * * * *
2285 TTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGACTAAG
62 TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* ** ** * * * * * * * *
2350 CTTGTATGGATTTAGATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTT-AAATAGACA
127 ATTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * * * * ** *** **
2414 ATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAATTTG-TAATAAAAGGTCATAATGATTA-AAATAGACA
191 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAGCAAA--T-A-AAT--TTATTTTTTTA-A
* ** ** * * * *
2477 AT-TGTTCAAATAGTCATAACAATTT-GAATTTGTTTAGTAAATAAAT-TTATTTTAAACTCTTG
249 ATCTCTT-ACTTA-T--TAA-TTTTTAGAA--T-ATTAATAAATTAGTATTATTTT--A-T-TT-
* * ** * * * * * * * * **
2539 CTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGGA-TAAGCTTTTATGAATT
301 -TGAATAA-GCTT---TTATGAACAAA-AACAATTGTTTTA---T-GACAAAAC---AAAAAATT
* ** * * ** * ** * ** * * *
2603 GA-AACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTTAAATAAAT-AA-TTATTCAA
353 -ATAACAA---TTTGAAAT--AGATAATTGTTCA-AATAG-TCATAACTATTTGAACGTGTTGAA
* * ** *** ** * * * *** *
2664 ATAGTCATCAATATTTGAACTTGTTCGAGAAACAGATTTATTTTTCCAA-ATCATTTCCTTATTA
410 A-A---A-C-ATATTT--ATTTTTTAAATCTACCTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGT-
* *
2728 ATT-TTTTGAATGTTAATAAATTTAGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAA
464 ATTATTTT--AT-TT--TGAA--T--A--A----ACTT---AT-A---TG--A-ATA-GAAA-AA
* * * * * * *
2792 ATATTTTATGACTACACAAAAGGTCAAAACGATTTG
502 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
* * * * *
2828 AAATTA-ATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAA-TTAGCTC-AGTAAACACATTTATTT
1 AAA-TAGATAATTACTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTCGA-TAAACAGATTTATTT
* * * * * ** *
2889 TGTAAATTTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAA
62 TTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAA
* * * * * * * * * * *
2953 GCTTCTAT-GATA-AAAATCAATTGTTTTTTTACAAAAC-AAATATCTTAACGACTT-AAGATTA
126 GATTGTATAAATAGAAAA--AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAA
* * * ** **
3014 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATATTTTTA-TTTTTTAAATCT
188 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAGCAAATAAATTTATTTTTTTAAATCT
* * * *
3078 TTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCATATATGCTTGTAT
253 CTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTAT
* * ** * * ** * **
3141 GATCGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTAAAATAGATAATCATTCA
316 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * * * *
3206 AA-CGCCTATAATTATTTTAAC-TAATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAGT-TTCTTATTTAT
381 AATAGTC-ATAACTATTTGAACGT-GTT-GAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTACCTA-TTA-
** * * * *
3268 TATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACT-GAAA
441 -ATTTT--TAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTATATGAA-TAGAAA
* * * *** *
3331 CAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATAATGATTTT
500 -AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTG
* * ** * * *
3370 AAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGTTAAAC-GAATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAG-ATTTA-TTTTT
** * * * * *
3434 TAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAGGC
64 TAAATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGA
* * * * * *
3497 TTGT-TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TTAGAATGATTTCAAATAAATA
128 TTGTAT-AAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * * * * * * * *
3559 ATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTAGACAAA-AAATTT-TATTTTTTAAATATC
191 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAG-CAAATAAATTTAT-TTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *** * *
3621 TTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAATAAAAAAAAGCTTGTATGAA
254 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA
* * * * * * *
3686 -TAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGTTCATAACACTTTGAAACAGATAATTGTTCATA
319 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * * ***
3750 TAGTCTTAACTATTTGAAC-TAGTTTGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAG
383 TAGTCATAACTATTTGAACGT-G-TTGAAAAACATATTTATTTTTTAA--ATC-TACCTATTAA-
* ** * * **
3814 TTTTAGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-ATAGTATGAACAGGACCAATT
442 TTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAATA-GAAAAATT
* * *** *
3878 GTTTTATGACAAAATAAGAA-GTTATAATGATTAG
504 ATTTTATGACAAAACAA-AAGGTTATAGCAATTTG
* * * * * * *
3912 AAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATGATT-TAGTAAATAGATTTACTTTT
1 AAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTT
* * * *
3975 TAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAGAA-
64 TAAATCTCTAACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * * * * **
4038 ACTTATATTAA-CGAAGACAACTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
127 A-TTGTATAAATAGAA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT
** * * * * * *
4102 AATTATTCATGTAGTCTTAACTATTGGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTA-TTTTTTAAATTTCT
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* ** * *
4166 TAGC-TATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATGAA
255 TA-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAA
* * **
4230 CAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAAT
319 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * **
4294 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-GTTATTAATTCTT
384 AGTCATAACTATTTGAACGT-G-TTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTACCTATTAATT-TT
* * ** ** *
4357 GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTATATTGAA-AG-GCAATTGTT
446 -TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC-T-TATA-TGAATAGAAAAATTATT
* * * *
4420 TTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATAACAATTTG
507 TTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAGCAATTTG
* ** * * * *
4451 AAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA-----T---T-----GATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * * * * *
4503 AA--TCT--CTTATTAACTTTTGAAATATT-A-CAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
66 AATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTG
* * * * * * * ** *
4561 TATGAACTA-AAACAATT-GTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATACTGATTTTAAATTGATAATTG
131 TAT-AAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA
** * * * * * * *
4624 TTCAAATCA-TCATAACTATTCAAATTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGC
195 TTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAG-CAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * **
4687 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAGTAAGCTTGTATGAACTG
258 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTTTATGAACAA
* * * ** * ** * * * *
4751 AAACAATTATTGTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATGTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAG
322 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
4815 TCTTAACTATTTAAAC-TGGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAAGTCT-TTTACTAAGTTTTA
386 TCATAACTATTTGAACGT-GTTGA-AAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTACCTATTAA-TTTT-
* * * * *
4878 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTATTT
446 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAAACTTATATGAAT-AGAAA-AATTATTT
*
4941 TATGAGAAAACAAA
508 TATGACAAAACAAA
4955 GTCATAATGA
Statistics
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0.71 0.17 0.12
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
AAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
AATCTCTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTG
TATAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTAT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAGCAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACGTGTTGAAAAACATATTTATTTTTTAAATCTACCTATTAATTTTTAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAATAGAAAAATTATTTTATGACAAAACAA
AAGGTTATAGCAATTTG
Found at i:2488 original size:63 final size:63
Alignment explanation
Indices: 2387--2509 Score: 228
Period size: 63 Copynumber: 2.0 Consensus size: 63
2377 TCACAAAATA
* *
2387 AAAAGGTCATAATGATTTAAATAGACAATTGTTTAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTAAT
1 AAAAGGTCATAATGATTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTAAT
2450 AAAAGGTCATAATGATTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGT
1 AAAAGGTCATAATGATTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGT
2510 TTAGTAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
63 58 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (63 bp):
AAAAGGTCATAATGATTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTAAT
Found at i:3174 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 2450--4998 Score: 1613
Period size: 361 Copynumber: 7.1 Consensus size: 358
2440 AATTTGTAAT
* * * * * *
2450 AAAAGGTCATAATGA-TTAAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTAG
1 AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG
* * * ** * * *
2514 TAAATAAATTTA--TTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGAATTA-
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
***** * * * * *
2575 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAAT
130 TTTTATACCAAATAAGCTTGTATTAA--CAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
* * * * * * *
2640 GATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATCAA-TATTTGAACTTGTTCGAGAAACAGATTTA
192 GACTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTA
* * * *
2704 TTTTTCCAAATCATTTCCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTCG
255 TTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG
* * * * * *
2767 AATAAGCTTGTAAGATATG-AAACAAATATTTTATGACTACAC
317 AATAAGCTTGTATGA-ACGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * *
2809 AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATTA-ATAATTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAATTAGCTC
1 AAAAGGTTAAAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATT-GTTT
* * * *
2872 AGTAAACACATTTATTTTGTAAATTTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
63 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
* * * *
2937 ATTTTTA-ACCAAATAAGCTTCTATGATAA-AAATCAATTGTTTTTTTACAAAACAAATA-TCTT
128 ATTTTTATACCAAATAAGCTTGTAT--TAACAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCAT
* ** * **
2999 AACGACTT-AAGATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATATTT
189 AACGACTTGAA-A-TAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGAT
3063 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
252 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
* *
3127 ATATATGCTTGTATGATCGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
317 A-ATAAGCTTGTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * ** *
3170 AAAAGG-TAAGAATGATTTAAAATAGATAATCATTCAAA-CGCCTATAATTATTTTAACTAATTC
1 AAAAGGTTAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGTTTA
* * * *
3233 GATAAACAGATTTATTTTTTAAGTTTCTTATTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATAAATTAGTAT
64 G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTG-AAATATTATTAAATTAGTAT
* ** * * *
3297 TA-TTTTATTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTAT
127 TATTTTTATACCAAATAAGCTTGTATTAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAT
* * * * * * * ** *
3361 AATGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGTTAAA-CGAAT
189 AACGACTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAG-AT
* *
3425 TTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TT
252 TTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
3487 CTAAATAGGCTTGT-TGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
315 C-GAATAAGCTTGTATGAAC-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * * * *
3531 AAAATGTTAGAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAATTGATTAG-
1 AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGT
* * * ** * *
3595 ACAAAAAATTTTATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTA
66 A-AACAGA-TTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
* * * * * * *
3660 TTTTAATA-AAAAAAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGTTCATAA
129 TTTTTATACCAAATAAGCTTGTATTAA-CAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAG-TCATAA
* * * *
3724 C-ACTTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAATTAGATTT
191 CGAC-TTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTT
* ** * ** *
3788 ATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
254 ATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG
** * * * *
3851 AATAAAATAGTATGAAC-AGGACCAATTGTTTTATGACAAAAT
317 AATAAGCTTGTATGAACGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
3893 AAGAA-GTTATAATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGATTTA
1 AA-AAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTA
* * * * * *
3957 GTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAATTAGTATT
64 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATT
** * * * * * *
4022 A-TTTTATTTCAAAGAAACTTATATTAACGAAGACAACTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATA
128 ATTTTTATACCAAATAAGCTTGTATTAAC-AA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
* * * ** * *
4086 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCATGTAGTCTTAACTATTGGAACTAGTTT-AGCAAATAGATT
190 ACGACTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-CAAATAGATT
* *
4150 TATTTTTTAAAT-TTCTTAGC-TATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTC
253 TATTTTTTAAATCTT-TTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
4212 CGAATAGGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAGAAC
315 CGAATAAGCTTGTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* ** * *
4256 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGG
1 AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTAG
* *
4320 TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-
65 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTAT
**** * * ** * * *
4380 TTTTATTTTGAATAGGCTTCTATATTGAA-AGGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAAGTAATAA
130 TTTTATACCAAATAAGC-T-TGTATT-AACAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAA
* * * * * * *
4444 CAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAAT-GGC----C-A--T-AATTA-TTTG---AATTGATTTA
191 CGACTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTA
* * * *
4496 TTTTTTAAATC---T-CTTATTAACTTTTGAAATATT-A-CAA-TAGTATTATTTTATTTTGGAT
255 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * *
4554 AAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGGCAAAAC
320 AAGCTTGTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * ** *
4592 AAAAGGTCATACTGATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTCAAATT-TGTTC
1 AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAATTGT-TTA
* * ** * *
4655 GATAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTA
64 G-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATTTCTTATTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTA
** * * * * * *
4719 TTA-TTTTATTTCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAATGTTA
126 TTATTTTTATACCAAATAAGCTTGTATTAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCA
* * * * * * * * * * *
4783 AAATGA-TGTGAAATTAAAAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACT-GGTTCAGCAAACAC
188 TAACGACT-TGAAA-TAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA-CAAATAG
* * * *
4846 ATTTATTTTTTTAAGTCTTTTAC-TA--AGTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TA
250 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
4906 TCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAATAATTATTTTATGAGAAAAC
314 TC-GAATAAGCTTGTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * *
4952 -AAA-GTCATAATGATTT-AAGATTGATATTTATTCAAATAGTCATAACT
1 AAAAGGTTAAAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
4999 TGCCTTTTAA
Statistics
Matches: 1729, Mismatches: 337, Indels: 249
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
335 1 0.00
336 34 0.02
337 83 0.05
338 6 0.00
339 3 0.00
340 22 0.01
341 10 0.01
342 74 0.04
343 9 0.01
344 19 0.01
347 4 0.00
348 5 0.00
350 1 0.00
351 6 0.00
352 1 0.00
355 7 0.00
356 19 0.01
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360 132 0.08
361 412 0.24
362 324 0.19
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364 33 0.02
365 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTAGT
AAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT
TTTATACCAAATAAGCTTGTATTAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGACT
TGAAATAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTATTTTTT
AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
GTATGAACGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
Found at i:3610 original size:542 final size:534
Alignment explanation
Indices: 2476--4998 Score: 1648
Period size: 542 Copynumber: 4.7 Consensus size: 534
2466 TAAAATAGAC
* * * *
2476 AATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGTTTAGTA-AATAAA-TTTA--TTTTAAA-CTC
1 AATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGATTAG-ACAAAAAATTTTATTTTTTAAATCTC
* * * ** *
2536 TTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA
63 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
2601 TTG-AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAA
127 TCGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTC-AA
* * * *
2665 TAGTC-ATCAATATTTGAACTTGTTCGAGAAACAGATTTATTTTTCCAAATCATTTCCTTATTAA
191 -AGTCTAT-AATATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTT--TAA--ATTT-CTTATTTA
* *
2729 TT-TTTT-GAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAAGATA-TGAAAC
249 TTATTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAAC
* * * * * *
2790 AAATATTTTATGACTACA-CAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATTA-ATAATTATTCTAATAGCT-
312 AATTGTTTTATGACTA-ATCAAAAGGTTATAATGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAG-TA
* * ** * * * *
2852 TTAACTATTTGAATTAGCTCAGTAAACACATTTATTTTGTAAATTTATTACTTATTAATTTTTGA
374 ATAACTATTTGAATT-GATTTGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-
* * * *
2917 AATATTATTAAATTAGTATT-ATTT-TTAACCAAATAAGCTTCTATG-A-TAAAAATCAATTGTT
437 AATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT--CTAAATAAGCTTATATGAACT-GAAA-CAATTGTT
* * * * *
2978 TTTTTACAAAACAAATATCTT-AACGACTTAAGATTAAT
498 TTATGACAAAACAAA-ATGTTAAACGATTTAA-ATAAAT
* * * * * * *
3016 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAATATTTTTATTTTTTAAATCTTT
1 AATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAATTGATT-AGACAAAAAATTTTATTTTTTAAATCTCT
*
3080 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCATATATGCTTGTATG-AT
64 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-ATAAGCTTGTATGAAT
* * *
3144 CGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAAGAATGATTTAAAATAGATAATCATTCAAAC
128 CGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAA-
* * * * *
3209 GCCTATAATTATTTTAACTAATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAGTTTCTTATTTATTATTTT
192 GTCTATAA-TATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTATTTT
* * *
3274 AGTAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGT
256 AG-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * *
3338 TTTATGACTAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATT
318 TTTATGACTAATCAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATT
*
3403 TGAACTTG-TTTGTTAAACGA-ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAATGTTA
383 TGAA-TTGATTTG-TAAAC-ACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAATATTA
* *
3466 ATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAGGCTTGT-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
444 ATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
*
3530 CAAAATGTTAGAATGATTTCAAATAAAT
509 CAAAATGTTA-AACGATTT-AAATAAAT
* * * *
3558 AATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAATTGATTAGACAAAAAATTTTATTTTTTAAATATCTT
1 AATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAATTGATTAGACAAAAAATTTTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * * * *** *
3623 ATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTAATAAAAAAAAGCTTGTATGAAT-
65 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAATAAGCTTGTATGAATC
* * * * * * *
3687 -AAAACAATTGTTTTACGACAAAAGAAAAAGTTCATAA-CACTTTGAAACAGATAATTGTTCATA
129 GAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGA-TTTAAAATAGATAATTATTCA-A
* ** * **
3750 TAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTTGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAG
191 -AGTCTATAA-TATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATT-A-
** * ** * * * *
3814 TTTTAGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGGACCAATTG
252 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
* * *
3879 TTTTATGACAAAAT-AAGAA-GTTATAATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCAA-AAC
317 TTTTATGAC-TAATCAA-AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AATAAC
* * * * * *
3941 TATTTGAAATGATTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTAT-TGATTAATTTTCTAAAAT
379 TATTTGAATTGATTT-GTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-TCTTATTAATTTT-T-GAAT
* * * * * *
4005 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAGAAACTTATATTAAC-GAAGACAACTATTTTATG
440 ATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-AAATAAGCTTATATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATG
* * * *
4068 AAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
503 ACAAAACAAAATGTTA-AACGATTT-AAATAAAT
* * * * * * *
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1 AATTGTTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGATTAGACAAA-AAATTTTATTTTTTAAATCTC
* * * *
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63 TTA-CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATG
* * * * ** * *
4228 AA-CAAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCA
125 AATCGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTC-
* * * ** * * *
4291 AATAGTC-ATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATT-
189 AA-AGTCTATAA-TATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTA
* * * * * * *
4354 CTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTAT--ATTGAAAGGCAAT
252 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA--CAAT
* ** * * ** * * * * ** *
4416 TGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATAACAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAAT
315 TGTTTTATGA-CTAATCAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAAC
*
4480 TATTTG-A---A-TTG-------ATTTATTTTTTAAA--TC--TCTTATTAACTTTTGAAATATT
379 TATTTGAATTGATTTGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * ** * * *
4529 -A-CAA-TAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTG-TTTATGGCAAA
443 AATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * **
4590 ACAAAAGGTCATACTGATTTTAAATTGAT
508 ACAAAATGTTAAAC-GA-TTTAAATAAAT
* ** * *
4619 AATTGTTCAAATCA-TCATAACTATTCAAATTTG-TTCGATAAACAAA-TTTATTTTTTCAAATC
1 AATTGTTC-AAT-AGTCTTAACTATTTGAA-TTGATTAGACAAA-AAATTTTATTTTTT-AAATC
* *
4681 TCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGCTTGTAT
61 TCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-TAAGCTTGTAT
* * * * * * * * *
4745 GAA-CTG-AAACAATTATTGTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATGTGAAATTA-AAAATTAT
124 GAATC-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT-TTAAAATAGATAATTAT
* * * * *
4807 TCTAATAGTCT-TAACTATTTAAACTGGTTC-AGCAAACACATTTATTTTTTTAA-GTC-T-TTT
187 TC-AA-AGTCTATAA-TATTTGAACTAGTTCGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTT
* * * **
4867 ACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATGATCAAAA
248 A-TTA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACTGAA
* * ** * * * * *
4931 ATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAA-GTCATAATGATTT-AAGATTGATATTTATTCAAATAGTC
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4993 ATAACT
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CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAATCGA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAGTCT
ATAATATTTGAACTAGTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATTATTTTAGAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
TAATCAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTGA
TTTGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
TAATTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTTAAA
CGATTTAAATAAAT
Found at i:5366 original size:20 final size:20
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5328 TCGGTAAATA
* *
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TATTAATTTTTGAAATATCT
Found at i:5378 original size:18 final size:18
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5323 CCAGTTCGGT
* *
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AAATATTATTAATTTTTG
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4523 AATATTACAA
* *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * *
5217 TTCATTCTGAA-TAAGCTTATATG-ATTAAAATAATTATTTTATAACTAAACAACAA-GTCAAAA
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* * * * * * *
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* * * *
5343 A-TTTTTTAAATATCTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTGTGAAT
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* *
5405 AAGCTTATATGA-AAAGAAACAATTGTTTTATGATG-AAATAAAGATCATAATGATTTAAGATAG
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* *
5468 ATAATTGTTCACATAGTCATAACT
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AATTTATTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTCAT
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AAAGTAAAAACTATTCTAATAGTCCTAACTATTTAAACCAGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTT
AAATATCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATCTGAATAAGCTTATAT
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TAGTCATAACTTGCCTTTTAATTTTTGAAAATTAATAAAG
Found at i:5775 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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4995 AACTTGCCTT
* * * * * * *
5005 TTAATTTTTGAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTATGAATTGAAACA
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* * *
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* * * *
5132 ATTTATTCGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTTAAAATCTCTTGCTCA
130 A-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCT-TTACT-A
* * * * *
5184 TTAAATTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTCA-TTCTGAATAAGCTTATATGATTA-AAA
1 TT-AATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * * * * * * * * *
5247 TAATTATTTTATAACTAAACAACAA-GTCAAAACGATTTGAAGTAGATAACTGTTCTAATAGTCC
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * *
5311 TAACTATTTAAACCAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAATATCT--TA
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* * *
5360 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTGT-GAATAAGCTTATATGAAAAGAAA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA
** * * *
5424 CAATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCACATAGTCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * *
5487 TAACTATTTAAACTAT-TTCTATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCT--TA
128 TAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTA
** * * * * * ** **
5536 TTAATTTTCAAAATTTTAATAGATCAGTATTATTTT-GTTCTGAATAATTTTGCATGAATAGAAA
1 TTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * * * * * * *
5600 TAATTGTTTTATTAAAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGACAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
5665 GACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-CTTTTAAATCTCCTACCTA
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*
5716 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
* * *
5781 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGCAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--T
* * * * *
5845 AATAACTATTTAAACTTGCTCAGTAAATACATTTATTTTTTTTAAATC--T--TA
126 CATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTTTACTA
* * * *
5896 TTAATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAAC
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
** * *
5961 AATTGGCTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * *
6025 AACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTA
129 AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC-TA
** * *
6076 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATGTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAAAA
1 TTAA-TTTTT-GAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAA
* * * * * *
6140 ACAATTATGTTATGAAAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * *
6205 TAACTATTCAAACTT-TTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCGCA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC-TA
* ** * * * *
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1 TTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * ** * * * *
6322 TAATTATTTTATGATGAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * **
6387 GACTATTTGAACTTGTACGGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTCA
129 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTACT-A
* * * * * * *
6439 TTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACA-AAAA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
* * * *
6502 AATTTGTTTTTTAAGAAAACGAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
65 AA-TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
6566 TAACTATTTTAATTTATTCAGTAAATAGAGTTGTTGTTTAAATCTTTTACTTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTAC-TA
* * * * * * *
6619 TTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
1 TTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAAC
* * * *** * * ***
6684 AATTATTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* ** * * * * *
6749 ACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCT--TA
130 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTA
* * * *
6796 TTAATTTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCCGAATAAGCTTATAGGAATAGAAA
1 TTAATTTTT--GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAA
* * *
6861 CAATTG--TTGTGAC-AAACAAAAGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
6923 AAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAAACAGA-TTAATTTTTAAATTTGTTACTTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTC-GG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTAC-TA
* * * * * * * *
6976 TTAATTTTTAGAATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCCAAATGAGATTGTATTAATAGCAAA
1 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAG-AAA
* ** * * * * *
7041 -AATTATTTTATGATGAAACAAATGGTCATAATGATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATTGTTAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** *
7105 AACTAATTAAACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-C-A
129 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTA
* * * * *
7153 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAA
1 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTATATGAATAGAA
* * * * *
7216 ACATTTGTTTTATGACAAATA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATACTTATTCATATAGCC
63 ACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
7280 TTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATA
127 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA-CTA
* ** * * * * *
7334 CTAATTTTCAT-AATATTTTTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAA
1 TTAATTTT--TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAA
* * * * * *** * * *
7397 ATAACTGTTTTTTGACAAAATAAAAGGTTATACCAATTTAAAATATATAATAGTTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** *
7462 TAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTACT-A
* * *
7515 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTT-TAT-AATGGAAAA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAG-AAA
* * * * * * *
7578 CAATTGTTTTATGGCAAAA-TAAATGTCCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGCCA
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* * * * *
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128 TAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCT-TTACTA
* * *** ** * **
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*** * * *
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61 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
7822 TCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAAAAATTTCTTGCTTA
125 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT---TAAATCT-TTAC-TA
* * * * *
7881 TTAATTTTCTAAATGTTAATAAAATAGTA-TATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAA
1 TTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAGAAA
* ** * * * *
7944 CAATTATTTTTATGATTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-GTCT
64 CAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
8008 TAATTGTTTGAACGGGTTCGGCAAACACA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA-CTA
* * ** * * * ** * * *
8060 TTAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTCAAGTCAAATAAGCTTGTTTGGGAT-GAAAC
1 TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT-GAATAGAAAC
* * * * *
8124 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
8188 ACTATTTGAAC-TGATTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAACTC-TTGCTTA
130 ACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTAC-TA
* * * * * **
8237 TTAATTTTTGAAATATTAGT-AAGTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGTTTTTACAAACT-GAAA
1 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TAG-AA
* * * * * *
8299 ACAATTATTTT-TGACAAAACAAAAGTTCGT-ATG-TTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * **
8361 -AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTTATGTTTAAAATCTCTTGGTCA
128 TAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCT-TTACT-A
* * *
8415 TTAAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
1 TT-AATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
8467 GCATAAACTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
TTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTACTA
Found at i:6274 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 5005--8467 Score: 2426
Period size: 361 Copynumber: 9.6 Consensus size: 357
4995 AACTTGCCTT
* * * * ***
5005 TTAATTTTTGAAA-ATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TAGATAAGTTTTTATGAATTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * * *
5068 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TGATGAATTT-AAATAGATAATTGTTCGAATAGTCA
65 CAATTATTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
5131 -AATTTATTCGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTTAAAATCTCTTGCTCATTAAATTTTT
128 TAA-CTATTTGAACTT-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTCATT-AATTTTA
* * * * * **
5194 TAATGTTAATAAATTAGTATTATTTCA-TTCTGAATAAGCTTATATGATTA-AAATAATTATTTT
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTT
* * * * * * * * *
5257 ATAACTAAACAACAA-GTCAAAACGATTTGAAGTAGATAACTGTTCTAATAGTCCTAACTATTTA
253 ATGACAAAACAA-AAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * *
5321 AACCAGTTCGGTAAATATATTTATTTTTTAAA--TAT-CTTA
317 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTA
*
5360 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTGT-GAATAAGCTTATATGAA-AAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAACAA-AA
* ** * *
5423 ACAATTGTTTTATGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCACATAGTC
64 ACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * *
5486 ATAACTATTTAAACTATTTCTATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAA
127 ATAACTATTTGAACT-TTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT-AA
* * * * * ** * * *
5547 AATTTTAATAGATCAGTATTATTTT-GTTCTGAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTGTTTTA
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTA
* * ** * * * * *
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254 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** *
5676 CTTGTTCGGTAAATAGATTTACTTTTAAATCTCCTACCTA
319 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTAAAT-TTTTACTTA
* * * *
5716 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* *
5780 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGCA
65 CAATTATTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--
* * * * *
5844 TAATAACTATTTAAACTTGCTCAGTAAATACATTTATTTTTTTTAAA--TC-T--T-ATTAATTT
125 TCATAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TT
* * * * ***
5903 TTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGC
186 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATT
* *
5968 TTATGACAAAACAAAAGCTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTT
251 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
6033 GAA-TGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTA
316 GAACT-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT-AAATTTTTACTTA
* *
6076 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATGTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAAAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAA
* * *
6140 ACAATTATGTTATGAAAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
64 ACAATTATTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * **
6205 TAACTATTCAAACTTTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCGCATTAATATTTGGAA
128 TAACTATTTGAACTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT-TTTAAAA
** * * * *
6270 TATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAACAGATATAATTATTTTATG
192 TATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG
** * * * * *
6335 ATGAAACAAAATGTCATAA-TGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
256 ACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
6399 TTGTACGGTAAACATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTCA
320 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTT-TAAAT-TTTTACTTA
* * * * * *
6439 TTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAA-
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAAC
* * *
6502 AATT-TGTTTTTTAAGAAAACGAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
66 AATTAT-TTTATGAA-AAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
6566 TAACTATTTTAATTTATTCAGTAAATAGAGTTGTTGTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-G
128 TAACTATTTGAACTT-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-T-TAA
* * * * * *
6630 AATATTAATAAATTTGTATTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTAT
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTAT
* * * * * * ***
6695 GACAAAACCAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAATCACTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
255 GACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
6760 TTATTCAATAAACAAATTCAGTTTTTAAA--TCT-CTTA
320 TTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTA
* * * * *
6796 TTAATTTTTGAGAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTCCGAATAAGCTTATAGGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * * * *
6861 CAA-T-TGTTGTG-ACAAACAAAAGGTCATAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCA
65 CAATTATTTTATGAAAAAACAAAA-GTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * * *
6923 AAACTATTTGCACTGGTCAGGCCAAACAGA-TTAATTTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAG
128 TAACTATTTGAACTTTTC-GG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAA
* * * * * * * *
6987 AATATTAATTAATTAGCATTACTTTATTCCAAATGAGATTGTATTAATAGCAAA-AATTATTTTA
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAATAATTATTTTA
** * * * * * * *
7051 TGATGAAACAAATGGTCATAA-TGATTTGCAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTAA
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
7115 ACTAGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTCA
318 ACTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTA
* * * *
7153 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * * * * * * *
7217 CATTTGTTTTATGACAAATAA-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATACTTATTCATATAGCCT
65 CAATTATTTTATGA-AAA-AACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
7281 TAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGAT-ACTAATTTTCAT
128 TAACTATTTGAACT-TTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTCATTAATTTT-AA
** * * * * * *
7345 AATATTTTTAGATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAACTGTTTTT
190 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTA
* * * * * * *
7409 TGACAAAATAAAAGGTTATACCAATTTAAAATATATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * *
7474 CTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCA
319 CTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTA
* * * **
7515 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTT-TAT-AATGGAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-CAAAAA
* ** * * * * * *
7578 CAATTGTTTTATGGCAAAATAAATGTCCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATTGCCAT
65 CAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
7643 AATTATTTGAACTGATTT-GATAAATTGATTTTATTTTTTAAATCTCTAACTTC-TCAATTTTTG
129 AACTATTTGAACT--TTTCGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TCATTAA-TTTTA
* * *** ** * ** ** * **
7706 AAATATTAATAAATTAATATTATGTTATTTTGGATAAATTTTTAAAAACTTAAAAAAAAATTTTA
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTA
* * *
7771 TTATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAACT-A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** *
7835 AATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAAAAATTTCTTGCTTA
317 AACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTT----AAATTT-TTACTTA
* * * * * *
7881 TTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAATAGTA-TATTTTAGTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA
1 TTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAA
** * * * *
7944 CAATTATTTTTATGATTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-GTCT
65 CAATTA-TTTTATGAAAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * *
8008 TAATTGTTTGAACGGGTTCGGCAAACACA-TTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTAGAA
128 TAACTATTTGAAC-TTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAAAA
* ** * * * ** * * * * *
8072 TATTATTAGTTTAGCAATATTTCAAGTCAAATAAGCTTGTTTGGGA-TGAAACAATTGTTTTATG
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-GAACAGAAATAATTATTTTATG
* * * * *
8136 ACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
256 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
8199 TGATTC-GATAAACAGATTTAGTTTTT-AACTCTTGCTTA
321 TG-TTCAG-TAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTA
* * * * ** *
8237 TTAATTTTTGAAATATTAGT-AAGTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGTTTTTACAAACTGAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAC-AAAAA
* * * * *
8300 CAATTATTTT-TGACAAAACAAAAGTTCGT-ATG-TTTTAAATAGAAAATTATTCAAATAGTCA-
65 CAATTATTTTATGAAAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** *
8361 AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTTATGTTTAAAATCTCTTGGTCATTAAATTTTTC
129 AA-CTATTTGAACTT-TTCGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATT-AA-TTTTA
* *
8426 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
189 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
8468 CATAAACTAA
Statistics
Matches: 2455, Mismatches: 525, Indels: 254
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
351 6 0.00
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354 13 0.01
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368 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAAAAAC
AATTATTTTATGAAAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
AGTAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTTA
Found at i:8561 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 8422--8558 Score: 251
Period size: 70 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
8412 TCATTAAATT
8422 TTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTAAGATAATTGT
1 TTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTAAGATAATTGT
8487 TTATTA
66 TTATTA
8493 TTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTGAA-ATAATTG
1 TTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACT-AAGATAATTG
8556 TTT
65 TTT
8559 TATGACTAAA
Statistics
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0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (71 bp):
TTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTAAGATAATTGT
TTATTA
Found at i:9335 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 8497--9591 Score: 767
Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 177
8487 TTATTATTTC
* * * ** *
8497 AAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCT-TGCATAAACTGAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTCAATAAGCTAT--ATGAACAAAAACAATTGTTTT
* * * ** *
8560 ATGACTAAAA-AAAAGGTTAGAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTG
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* * * *
8624 AACTAATTCA---ACAAACACTTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
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* * *
8675 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTA-TATTATTTT-ATTTCAATAAGC-TATATGAACAA-AAACAATTGTTTT
* * * * * *
8739 ATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAA
62 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * *
8803 ACTACTTTCATG-AACAA-ATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATGAGTTTTTA
127 ACTA-GTT-AGGTAA-AAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * ** * *
8851 AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAGTTTAAATAA--T-TTTTAATGAATA-GATTGTTTTAT
1 AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTCAATAAGCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
8912 GATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATATATAATTGTTCAAAT-GCACATGACTATTTGAA
64 GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA
* * * * **
8976 CTTGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTCA
128 CTAG-TTAGGTAAA-AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
*** * * * * * *
9027 AAATGGAAATAATTTGTACTATTTTATTTCAAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTAT
1 AAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTC-AATAAGC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * *
9092 GACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAG
64 GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
9157 TAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
129 TAGTTAGGTAAA-AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
9207 AAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAGTAAGCTAGTATGAATTAAAAA-AGTTGTTTT
1 AAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTCAA-TAAGCTA-TATGAA-CAAAAACAATTGTTTT
* * * * *
9271 ATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACTATTTGA
62 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
9336 ACTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTAG
127 ACTAGTTAGGTAAAAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
9388 GAATATTATTAGATTAGTATTTTTTTTTTTTGC-ATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTA-TA-TTATTTTATTT-CAATAAGCTA-TATGAACAAAAACAATTGTTTT
* ** * * * * * * * * * *
9452 ATTACGAAACAAAAAGGTTATAATGATTTCAAGTATACAATTATTTAAATAATCATAACTACTTA
62 ATGATAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
9517 AATTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTG
126 AACTAGTTAGGTAAA-AGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
*
9570 AAAGATTAATAAATTAGTATTA
1 AAATATTAATAAATTA-TATTA
9592 ACGATTTAAA
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 154, Indels: 77
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Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
AAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTCAATAAGCTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
GTTAGGTAAAAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:9359 original size:361 final size:351
Alignment explanation
Indices: 8497--9385 Score: 837
Period size: 352 Copynumber: 2.5 Consensus size: 351
8487 TTATTATTTC
* * * * *
8497 AAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAATAA--TT--ATGAA-TGAAAAAATTGTTTTA
* * *
8561 TGACTAAAA-AAAAGGTTAGAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTT-TAATAGTCTTAACTATTTG
61 TGA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAT-ATAGTCTTAACTATTTG
* * * * * * *** ** *
8624 AACTAATTCA-ACAAACACTTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAA
124 AACTAGTTCATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATAGAAATAAA
* * * *
8688 TTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAG
189 TTAGTACTATTTTAATTTAAAAAAACTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAG
* ** * * * *
8753 ATCATAATGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTTCATGAAC
254 ATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTACATAAAC
*
8818 AAATTTAATTTTTAAATCTCTTATGAGTTTTTA
319 AAATTTAATTTTTAAATCTCTTATGAATTTTTA
* * * * * *
8851 AAATATTAATAGATTAGTATTATTTTAGTTTAAATAATTTTTAATGAATAGATTGTTTTATGATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAATAATTATGAATGAAAAAATTGTTTTATGATA
* * * * * * * * *
8916 AAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATATATAATTGTTCAAAT-GCACATGACTATTTGAACTTG
66 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAG-TCTTAACTATTTGAACTAG
* * * * * *
8980 TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTCAAAATGGAAAT-AATTTGT
130 TTCA-TAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATAGAAATAAATTAGT
* *
9044 ACTATTTT-ATTTCAAAAAAACTTATATGAACAA-AAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGGT
194 ACTATTTTAATTT-AAAAAAACTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGAT
* * * * * ** *
9107 CAAAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAGTAGTTAGGTAAATAG
256 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTACATAAACA-
* * *
9172 AA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
320 AATTTAATTTTTAAA--TC-T-CTTATGAATTTTTA
* * *
9207 AAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCCAAGTAAGCTAGTATGAATTAAAAAAGTTGTTT
1 AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAGTT-CAAATAA--T--TATGAATGAAAAAA-TTGTTT
* *
9270 TATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACTATTTG
59 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTG
9335 AACTAGTTCGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
124 AACTAGTTC-ATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
9386 AGGAATATTA
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (351 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTCAAATAATTATGAATGAAAAAATTGTTTTATGATA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGT
TCATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATAGAAATAAATTAGTAC
TATTTTAATTTAAAAAAACTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCAAAA
CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTACTTACATAAACAAATTTA
ATTTTTAAATCTCTTATGAATTTTTA
Found at i:10256 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 9622--12443 Score: 2197
Period size: 181 Copynumber: 15.7 Consensus size: 179
9612 GTCTGTCAAA
* * ** * *
9622 CAGTTCAAATATTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAG
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
9687 TTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAAC
66 TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * **
9751 ATTCAAAAAATTAATAAGCACGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
130 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * * * *
9803 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTACGACCTTTTATTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** ** * *
9868 TTATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-ATAGCTTAACT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** ** *
9931 TATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAAT
129 TA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC
* * * * *
9984 CAGTTCAAATAATTATG-GTCGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* ** * * *
10048 GTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAATCCTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*
10113 ATGTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
130 AT-TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * * * * * *
10164 CAGTTCAAATGGATATGACTACTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
10229 TCATAAAACAA-TGATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAA
66 TCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
10292 TATTTAAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAAAT-T-TATT--TGAAC
129 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AATAAATCTGT-TTACTGAAC
* * ** * * * * * *
10342 CAATTCAAATAGTTAAGGGTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * * * * * *
10407 TTGTAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
10470 TATTTTAAAAA--AATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCCATTTGCTGAAC
129 TA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
** * * *
10521 CAACTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTATGTCCTTTTGTTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
10586 TCATAAAATAATT-TTT-TTTTCAAATAA-TTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTACTA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
10648 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAT
131 -TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * *
10699 TAGCTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTAGTTGTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * ** * *
10762 GTCATAAAACAAATGTTTCTAG-TCATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
10826 TATTCTAAAATTTAATAACTAATGA-ATTTAGAAAATGAATCTG-TTAGCCTG-CC
129 TATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTA-AAAATAAATCTGTTTA--CTGAAC
* * * * * * * * *
10879 CAATGCAAATATTTA-GATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * **
10943 TCACAAATCAATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTT-GAAATAACATATTTCTAGCTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
11007 ATTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTACTGAAC
130 ATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * *
11056 AAGTTAAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-ATCCTTTTATTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTT
* * * *
11120 GTTATAAAACAATT-TTTGCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAACACAAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
11183 ATATTCAAACAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAAA
128 ATATTTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC
* * * * * *
11237 AAGTTCAAATAGTTA-GACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * * *
11301 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCGCATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
11366 CTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAAA
131 -TTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * *
11417 AAGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCGTTATGACCTTTTG-TTTG
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
** * * *
11481 ATTTTAAAACAATTGTATT-AGTTCATATAGGCATT-TTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATT
66 -TCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGC-TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
11543 AATATTCATAAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
127 AATATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * * *
11598 AAGTTTAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TCGACCTTCTATTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTGTTTT
* * *
11662 GTCTTAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAGAATAATA-TAAATTTATTAA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * *
11726 TATTTCAAAAATTAATAACT-AGAAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TTGAAC
129 TATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * *
11777 ACA-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTT
1 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
11841 GTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAG
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
11905 TATTCCAAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAGC
129 TATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACT-GAAC
* * * * * * * ** *
11958 AAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCGAATAGTTATGATATTTTGTTTTA
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
12023 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * **
12087 ATTCTAAAAATTAAT-GGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
130 ATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
* * * * ** * * * * *
12138 AAATTCACATAGTCATGTTTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTG
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * *
12203 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTACTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
12268 TTTTGAAAA-T--TAA-TCAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAAT
131 -TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTGTTTACTGAAC
* ** *
12315 CAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTAGCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTT
1 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTT
* * * * *
12378 GTCATAAAACAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAGATAATACTAATTTAATAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
12443 A
130 A
12444 AAAATAAATG
Statistics
Matches: 2112, Mismatches: 432, Indels: 199
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 138 0.07
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178 240 0.11
179 240 0.11
180 625 0.30
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC
Found at i:10443 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 9626--16572 Score: 1142
Period size: 181 Copynumber: 38.9 Consensus size: 176
9616 GTCAAACAGT
* * * *
9626 TCAAATATTTAAGACTAT-TAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-CTGACCTTTTG-TTTAGT
1 TCAAATACTTAAGACTATAT-GAACAATTATCGATTTCAAATCGTTAC-GACATTTTGTTTTA-T
* * * * * * * *
9688 TATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAT-GCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA
63 CATAAAACAATT-TTTT-TTTCA-A-ATAACTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATA
** * * * * * * * *
9752 TTCAAAAAATTAATAAGCACGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAACAAGT
123 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAA-C
* * * * * * * * * * *
9807 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTACGACCTTTTATTTTATTAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
** * * * * * * *
9872 AAAACAATTGTTTCAATTCATAATAGCTTAACTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTT
66 AAAACAATT-TTT-TTTTCA-AATAACTT-ATTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTT
* ** ** * * **
9937 AAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCAGT
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAAC
* * * * * * *
9988 TCAAATAATTATGGTCGT-T-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTGTTTTGT
1 TCAAATACTTA-AGAC-TATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACA-TTTTGTTTTAT
* * * * * *
10050 CATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAATCCTATTTAGAATAAAATAATAA-TAATTTATTAATA
63 CATAAAACAATT-TTTTT-TTCAAATAA-CTTATTCA-AATAAAATAA-AACTAATATATTAATA
* * * * **
10114 TGTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGT
123 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
*** * * ** * ** * * *
10168 TCAAATGGATATGACTACT-TGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTATCA
1 TCAAATACTTAAGACTA-TATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCA
* * * * * *
10232 TAAAACAATGATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTT
65 TAAAACAAT--TTTTTTTTCAAATAA-CTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
* * * *
10297 AAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAACAATAAATTTA-TT-TGAACCAAT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCTGAACCAAC
* ** * ** **
10346 TCAAATAGTTAAGGGTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATTGT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * *
10411 AAAACAATTTTTTTAGTTCTTAGTAACTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAATATTTT
66 AAAACAATTTTTTT--TTC-AAATAACTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTT
* * *
10476 AAAAA--AATTAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTCCATTTGCTGAACCAAC
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTT-CTGAACCAAC
* * * * * *
10525 TCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * * * * * *
10590 AAAATAATTTTTTTTTCAAATAATTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTACTATTTTGAA
66 AAAACAATTTTTTTTTCAAATAACTTATTCA-AATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTTAAA
* * * ** *
10655 AATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATTAGC
130 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * ** * * * *
10703 TCAAATAGTTTA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TAGTTGTTTTGTCA
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACAT-TTTGTTTTATCA
* ** * * * * ** * *
10766 TAAAACAAATGTTTCTAGTCATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTC
65 TAAAAC-AAT-TTTTTTTTCAAATAA-CTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
* * * * * * * *
10831 TAAAATTTAATAACTAATGA-ATTTAGAAAATGAATCTGTTAGCCTG-CCCAA-
126 TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATTTATT--TCTGAACCAAC
* * * * ** ** * *
10882 TGCAAATA-TTTAGATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTTATCA
1 T-CAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCA
* * * ** * * *** *
10946 CAAATCAATTGTTTCTATTCATACAT-GTTTATTTGAAATAACATATTTCTAGCT-TATTAATA-
65 TAAAACAATT-TTT-TTTTCA-A-ATAACTTA-TTCAAATAAAATAAAACTA-ATATATTAATAT
* * * * * *
11008 TTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTACTGAA-CAAGT
124 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAA-C
* ** * * * * * * * * *
11060 TAAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTA-TATCCTTTTATTTTGTTA
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGA-CATTTTGTTTTATCA
* * * * * *
11124 TAAAACAATTTTTGCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATA-TT
65 TAAAACAATTTTT--TTTTCAAATAA-CTTA-TTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
* * * * * * * * *
11188 CAAACAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-AAAGT
126 TAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAA-C
* * ** * * * * *
11241 TCAAATAGTT-AGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
** * * * *
11305 AAAACAATTATTTTTGTTCGCATAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATACTTT
66 AAAACAATT-TTTTT-TTCAAATAA-CTTATTCA-AATAAAATAAAACTAATATATTAATA-TTT
* * * * * * ** *
11370 GACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACT-AAAAAAG
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * * * * * * * *
11420 TCCAAATAGTCATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTGATT
1 T-CAAATACTTA-AGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATC
* ** * * * * * *
11484 TTAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCATTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
64 ATAAAACAATT-T-TTTTTTCAAATA-AC-TTATTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATT
* * * * * *
11548 TCATAAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAGT
125 TTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAA-C
* * * ** * * * * * * * *
11602 TTAAATAGTCATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTCGACCTTCTATTTTGTCTT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * * * * *
11667 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAGAATAATA-TAAATTTATTAATATTT
66 AAAACAATT-TTT-TTTTCAAATAA-CTTA-TTCAAATAAAATAAAACT-AATATATTAATATTT
* * * * * * *
11731 CAAAAATTAATAACT-AGAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTTGAA-CACAT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCTGAACCA-AC
* * * ** * ** * *
11781 TCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATACTTA-AGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCA
* * * * * * * *
11845 TAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTATTC
65 TAAAACAATT-TTTTT-TTCAAATAA-CTTA-TTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
* * * * * *
11910 CAAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG-AGCAAGC
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAA-C
* * * * * ** * * * *
11962 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCGAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * * * * * *
12027 AAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT
66 AAAACAATT-TTT-TTTTCAAATAA-CTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTT
* ** * ** * *
12092 AAAAATTAAT-GGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAAT
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * * ** * * * * * ** * * *
12142 TCACATAGTCATGTTTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * * * * * * *
12207 AAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTGATTTACTAATATTTT
66 AAAACAATT-TTT-TTTTCA-AATAACTTATTCA-AATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTT
* * * * * * * **
12272 GAAAA-T--TAA-TCAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGAATCAGT
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * ** * * *
12319 TCAAATAGTTATGACTACT-TGAACAATTATCTAGCTCAAATCGTTATG--ATGTTTATTTTGTC
1 TCAAATACTTAAGACTA-TATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACAT-TTTGTTTTATC
* * * * * * * * *
12381 ATAAAACAATTGCTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAGATAATACTAATTTAATAATA--
64 ATAAAACAATT--TTTTTTTCAAATAA-CTTATTCA-AATAAAATAAAACTAATATATTAATATT
** ** ** * * ** *
12444 AAAATAAATGTGTTTTGTCAATCCAG-TTCAAATAGTTAAGA-TTA-TT-AGAA-CAA-
125 TTAA-AAAT-TAATAAGT-AA--GAGATTTAAA-AAATAA-ATTTATTTCTGAACCAAC
* ** * * * * * * ** * * **
12497 TTATCTATTTCAA-A-TCATTCTG-AC-CTT-TTG-TTT--AGTC-ATAAAACA-ATTATTCCAG
1 TCAAATACTT-AAGACT-A-TATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTA-
** * * *
12552 TTCAT---ACAA-GCTTATTT--GA-AA--TA---AAAT--AAT---ACTAATTTATTAATATTC
62 -TCATAAAACAATTTTTTTTTCAAATAACTTATTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATT-
** * * * * * *
12600 AAAAAAATT-ATAAGCAAGCGATTTAAAAAAATTAATATGTTTACCT-AA-CAAGT
125 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTT--CTGAACCAA-C
** * * * * * * * * *
12653 TCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * * * *
12718 AAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAATTTATCTGAAATAAAATAATACT-ATTTCATTAATATTT
66 AAAACAATT-TTTT-TTTCA-AATAACTTAT-TCAAATAAAATAAAACTAATAT-ATTAATATTT
* * * * ** * **
12782 CAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCTGAACTAGT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTCTGAACCAAC
* * * * ** * * *
12834 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATTAATCTCAAA---TTACTATGATCTTTGTTTGT-T
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGA-CAT-TTTGTTT-TAT
* * * * * * * * * *
12895 TATAAAAAAATTATTTCTTATCATACAAGCTTATTCAGATTTAAATAATAA-TAATTTAATAACA
63 CATAAAACAATT-TTT-TTTTCAAATAA-CTTATTCA-AATAAAATAA-AACTAATATATTAATA
* * * * * **
12959 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATGTGTTTGCTGAATCATT
123 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * * *** *
13014 TCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTG-TTTAGTC
1 TCAAATACTTAAGACTATAT-GAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTA-TC
* * * * * * * * *
13077 ATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTCATTTATTAACATT
64 ATAAAACAATT-TTTT-TTTCAAATAA-CTTATTCA-AATAAAATAAAACTAATATATTAATATT
** * * * *
13142 CAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGC
125 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAA-C
* ** * * * * ** * * * *
13196 TCAAATAGTTATTATTATTTGAAAAATTATCTATTGAAAATTGTTATGA-ACTTTTTTTTTGTCA
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACA-TTTTGTTTTATCA
*** * * * *
13260 TAAAACAATTGCTTCAATTCATAA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
65 TAAAACAATT--TTTTTTTCA-AATAA-CTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATATT
* * * * *
13324 TCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCGAA-TAAGT
125 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTCT-GAACCAA-C
* * * * * * ** ** *
13373 TCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * *
13438 AAAACAA-TTCTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 AAAACAATTTTTTTTTCAA-AT--AA-CTTA-TTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
* * * * * ** *
13502 CAAGAA-T--T-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCAAAATAAT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAAC
* * * * * * * * ** * *
13549 TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * * * * * *
13614 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT
66 AAAACAATT-TTTTT-TTCAAATAA-CTTATTCA-AATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTT
* * *** * *
13679 AAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTTGCTAAACCAAT
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * * * * * ** * * * *
13730 TCCAATAGTTAAGATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTATTAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
** * * * * *
13795 AAAACAATTATTTCAACTT-ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTT
66 AAAACAATT-TTT--TTTTCAAATAA-CTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
* * * ** * **
13859 CAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCAAATCAGT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTT-CTGAACCAAC
* * ** * **
13911 TCAAATAATTATAAACTAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTAC-TTT
1 TCAAATACTTA-AGAC------T-A-TA--TGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTT
* * * * * *
13975 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTT
55 TGTTTTATCATAAAACAATT-TTTTT-TTCAAATAA-CTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATAT
* *** ** **
14040 ATTAATA-TTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGGTTTACCAAACCATT
116 ATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * ** * * * ** * **
14102 TCATATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTGGTCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
* * * ** ** * * * *
14167 CAAACAATTGGTTCTGTTT-ATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTT
66 AAAACAATT--TT-TTTTTCA-AATAACTTA-TTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
** * ** * * * * * * * * ** **
14231 CGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAGTCTAACTGCTAAATGAGT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTCTGAACCAAC
* * ** * * * *
14283 TCAACTAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCA
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGA-CATTTTGTTTTATCA
* ** ** * * * * *
14347 TAAAACAATTTTTTAGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTT
65 TAAAACAATTTTTT-TTTCAAATAA-CTTA-TTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTT
* * * * *
14412 GAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTATCGAA-GAAGT
127 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAA-C
* * * * * * *
14461 TTATATGA-TTAATACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATCGGTT-TGACCTTTTG-TTTAG
1 TCAAAT-ACTTAAGACTATAT-GAACAATTATCGATTTCAAATC-GTTACGACATTTTGTTTTA-
* ** *** * * * * *
14522 TCATAAAGCAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA
62 TCATAAAACAATT-TTT-TTTTCAAATAA-CTTATTCA-AATAAAATAAAACTAATATATTAATA
** * * * * *
14587 TTAAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAGTCTATTTATCGAA-CAAGC
123 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATTTATTTCT-GAACCAA-C
* * * * * ** * * * *
14643 TCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCACTA-TACCTTTTATTTTGTCA
1 TCAAATACTTA-AGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCA
** * * * * * *
14706 TAAAACAATTGTTTCGGTT--AATACGAGTTTATATGATATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
65 TAAAACAATT-TTT-TTTTCAAATA--A-CTTAT-TCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATAT
* * *
14769 TTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAATCAA-
124 TT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAAC
* * * * * * * * * * * *
14822 TTAAATAATTATGGCAATTTGAATACTTATCTATTCCAAATAGCGATA--ACCA-TTTGTTTTGT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAAT--CGTTACGA-CATTTTGTTTTAT
* * * * * *
14884 TATCAAACAATTATTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATA
63 CATAAAACAATT-TTTTTT-TCAAATAA-CTTATTC-AAAT-AAAATAAAACTAATATATTAATA
* * * * **
14949 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACCAGT
123 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAAC
* * * * * * * * *
15000 TCAAATAGTTAAAACTATAAT-AATAATTACCTATTTCAAATCATT-CTA-ACCTAT-TTTTAGT
1 TCAAATACTTAAGACTAT-ATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACA-TTTTGTTTTA-T
* * * * * ** *
15061 CATAAAA-TATTTGTTTCATATCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATCCTAATATATTAACA
63 CATAAAACAATTT-TTT--TTTCAAATAA-CTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATA
** * * * * *
15125 TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-TAAGC
123 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAA-C
* * * * * * * * * * *
15180 TTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCA
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATT-ATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCA
* *** * * * * *
15243 TAAAAAAATTGCTTCAGTTCATAA-AAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATT
65 TAAAACAATT--TTTTTTTCA-AATAA-CTTATTC-AAATAAAATAAAACTAATATATTAATATT
* ** * * *
15307 TTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATGCATTTTTTGAACAAAT
125 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTA-TTTCTGAACCAAC
* ** * * * * *
15361 TCAAATAGTTGCGACTATTTGAACAACTGTAT--ATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTATC
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAA-T-TATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATC
* * * *
15424 ATAAAACAATTGTTTCATTTCATTAA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATAA-TAATTTATTAATA
64 ATAAAACAATT-TTT-TTTTCA--AATAACTTA-TTCAAATAAAATAA-AACTAATATATTAATA
** * * * * ** * *
15487 TTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCAAT
123 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * * * * * *
15538 TCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACA--TTGTTTTGTCA
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACG-ACATTTTGTTTTATCA
* * * * ** * *
15601 TAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 TAAAACAATT-TTTTT-TTCAAATAA-CTT-ATTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
* *
15666 CAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTT-T------A-
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTAT-TTCTGAACCAAC
* * * * * * * ** * * * *
15708 TCAAAGTAGTT---CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTCTATTA
1 TCAAA-TACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCA
*** * * * *
15770 TAAATA-AATGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAA-TAATTTAATAATATT
65 TAAA-ACAAT-TTTTTTTTCAAATAA-CTTATTC-AAATAAAATAA-AACTAATATATTAATATT
* * * * * * *
15833 ATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TGT-TGAAGCAAT
125 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCTGAACCAAC
* * * * *
15883 TTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTTTATCAT
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
** * * * * *
15948 AAAACAATCGTTTTAGTTCATAA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC
66 AAAACAAT--TTTTTTTTCA-AATAA-CTTA-TTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTT
* * * * * * **
16012 CAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATCATT
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * * * * * * * *
16060 TCAAATAATTATG-GTCATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCGTTA-GTACCTTTTG-TATGTC
1 TCAAATACTTAAGACT-ATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACG-ACATTTTGTTTTATC
* ** * * * * *
16122 ATATAACAAATGTTTTTGATC-ATTCAAGCTTATTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCT
64 ATAAAAC-AAT-TTTTTTTTCAAAT-AA-CTTATTCA-AATAAAATAAAACTAATATATTAATAT
* * * * * **
16186 TTTAAAAATTAATAAG---CA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACCAGT
124 TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCT-GAACCAAC
* * ** * ** ** * *
16236 TCAAATGA-TTATA-ACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTC
1 TCAAAT-ACTTA-AGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATC
* * * * * ** * *
16299 ACAAAACAATTATTTCTGTTCATACAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAATAATATT
64 ATAAAACAATT-TTT-TTTTCAAATA-ACTTA-TTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATT
* * * * * * ** **
16364 CTAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAGTTTGTTTGATGAATTAGT
125 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-CTGAACCAAC
* * * * * *
16416 TCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTGTCA
1 TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTC-AAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCA
* *** * * *
16480 TAAAACAAAATTTCAATTCATACTAGCTTATTCAGAATAAAATAAAA-TGAATTTATTAATATTT
65 TAAAAC-AATTTTTTTTTCA-AATAACTTATTCA-AATAAAATAAAACT-AATATATTAATATTT
* * *
16544 AAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAA
126 TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
16573 ATATTTCTGT
Statistics
Matches: 5212, Mismatches: 1156, Indels: 798
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.00
151 6 0.00
152 7 0.00
153 16 0.00
154 6 0.00
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157 3 0.00
158 3 0.00
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161 7 0.00
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163 4 0.00
164 4 0.00
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179 437 0.08
180 1093 0.21
181 1314 0.25
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184 2 0.00
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189 1 0.00
190 8 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTATCAT
AAAACAATTTTTTTTTCAAATAACTTATTCAAATAAAATAAAACTAATATATTAATATTTTAAAA
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTCTGAACCAAC
Found at i:11526 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 9623--12414 Score: 2262
Period size: 361 Copynumber: 7.8 Consensus size: 359
9613 TCTGTCAAAC
* ** *
9623 AGTTCAAATATTTA-AGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-G
* * * ** * *
9687 TTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA
64 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
9752 TTCAAAAAATTAATAAGCACGAA-ATTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGT
129 TTC-AAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * *
9816 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAACCATTACGACCTTTTATTTTATTATAAAACAATT
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT
* * *
9881 GTTTCAATTCATA-ATAGCTTA-ACTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATT
257 GTTTCTATTCATACA-AGCTTATTC-GAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAATT
* ** * **
9944 GATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTA-TCGAATC
319 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACT-AAAAA
* ** * * *
9985 AGTTCAAATAATTAT-GGTCGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTG
*** * * *
10049 TCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAATCCTATTT-AGAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * *
10113 ATGTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATGG
128 AT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
10176 ATATGACTACTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTATCATAAAACAA-
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT
* * * * * *
10240 TGATTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATATAATAATATTTAAAAAATT
256 TG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * * **
10305 AATAACTAAGAGATTTAAACAATAAATTTATTT--GAACCA
319 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAAAA
** * * * * * *
10344 A-TTCAAATAGTTA-AGGGTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTACGACATTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTG
** * * * ** * * *
10407 TTGTAAAACAATTTTTTTAGTTCTTAGTAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAACAAATCTATTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * *
10471 ATTTTAAAAA--AATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCCATTT-GCTGAACCAA-CTCAAATA
128 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * *
10532 CTTATGACTATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCGTTATGTCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
190 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAA
* * * * * * *
10597 TT-TTT-TTTTCAAATAA-TTTGTTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTACTATTTTGAAAAT
255 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTAAAAAT
* * * **
10658 TAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATT
318 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAAAA
* * * *
10700 AGCTCAAATAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTAGTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTG-TTTG
* * * * * *
10763 TCATAAAACAAATGTTTCTAG-TCATACAATCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * ** *
10827 ATTCTAAAATTTAATAACT-AATGAATTTAGAAAATGAATCTG-TTAGCCTGCCCAA-TGCAAAT
128 ATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TC-GAACAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
10889 ATTTA-GATTGTTTGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTGTTATCACAAATCA
189 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACA
* * * * * ** *
10953 ATTGTTTCTATTCATACATGTTTATTTGAAATAACAT-ATTTCTAGCTTATTAATATTCAAAAA-
254 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTAAAAAT
* * * * *
11016 -ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAAATGAATATGTTTACTGAACA
318 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTACTAAAAA
* * * * *
11057 AGTTAAAATGGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-ATCCTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTT-GTTTG
* * * *
11121 TTATAAAACAATT-TTTGCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAA
64 TCATAAAACAATTGTTT--TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
11184 TATTCAAACAATTAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAAAAGTTCAAATAG
127 TATTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * *
11249 TTA-GACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAT
* * * ** * * *
11313 TATTTTTGTTCGCATAAGCTTATTC-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATACTTTGACAAA-
256 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTT-AAAAAT
* * *
11376 TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAAAA
318 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAAAA
* * * *
11418 AGTCCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTCGTTATGACCTTTTGTTTGAT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG-T
** * * *
11483 TTTAAAACAATTGTATTAGTTCATATAGGCATT-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
11547 TTCATAAAATTAATGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTC
129 TTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * *
11612 ATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT-TCGACCTTCTATTTTGTCTTAAAACAATT
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT
* * *
11676 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAGAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
257 GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-AAAAATTA
* * * * * * *
11740 ATAACT-AGAAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TTGAACAC
320 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AAAAA
* * * *
11779 A-TTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGT
* * *
11843 CATAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGTAT
65 CATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
11908 TCCAAAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAGCAAGCTCAAATAGTTA
130 T-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * ** * *
11973 TGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCGAATAGTTATGATATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGT
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* *
12038 TTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-
259 TTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* ** * *
12102 GGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAA
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* * *** * * * * *
12140 A-TTCACATAGTCATGTTTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTGT
* ** * * *
12204 CATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAAAAAATTATTT-AGAATAAAATAATATTGATTTACTAAT
65 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
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128 A-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAG
* ** *
12327 TTATGACTACTTGAACAATTATCTAGCTCAAATCGTTATGA--TGTTTATTTTGTCATAAAACAA
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* *
12390 TTGCTTCTTTTCATACAAGCTTATT
255 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
12415 TAGATTAAGA
Statistics
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ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
CTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAAAAA
Found at i:12586 original size:153 final size:152
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12280 ATCAGAGATT
* *
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* * * ** *
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*
12420 TAAGATAATACTAATTTAATAA
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* *
12442 TAAAAA-TAAATGTGTTT-TGTCAATCCAGTTCAAATAGTTAAGATTA-TTAGAACAATTATCTA
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** * *
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*
12567 TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
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12595 TA
1 TA
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Statistics
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TAAAATAATACTAATTTAATAA
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Alignment explanation
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * *
12779 TTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTT-TCTGAACT-
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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* * *
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* * * * ** ** * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *** *
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*
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130 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
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* * * *
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129 A-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATA
* * ** * * *
13547 A-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * *
13611 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
13675 TTCTAAAAATTCATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCGTTT-GCTAA-A
130 TTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
* * * * * * * * *
13725 CCAATTCCAATAGTTAAGATTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCT
1 --AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * * *
13790 ATTATAAAACAATTATTTCAACTT-ATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
13854 TATTTCAAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCAAATCAGTTCAAATA
128 TA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-----ATC-G----AATA
* * * * * *
13918 A-TTATAAACTAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATTA-CTTTTGTTTT
1 AGTT-CAAA-TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
** * * * **
13981 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
64 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * **
14046 ATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCGGTTTACCAAACC
129 ATTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
* * * * * * *
14099 ATTTCATATAGTTTTGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * ** * * *
14164 CATCAAACAATTGGTTCTGTTTATACTATTTTATTTGGAATAAAATAATACAAATTTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * * * * *** * * *
14229 TTCGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAGATAAGTCTAACT-GCTAAATG
130 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATA
* * * * *
14280 AGTTCAACTAGTTAAGACTATATGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
14345 CATAAAACAATT-TTTTAGTTCGTATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACAAATTTAATAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
** * * *
14409 TTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATTTGTTTATCGAAGA
130 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
* * * *
14458 AGTTTATAT-GATTAAT-ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGGTT-TGACCTTTTGTTT
1 AGTTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
14520 AGTCATAAAGCAATTGTTTCAATTCATGCAAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTA
63 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
14584 ACATTAAAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAGTCTATTTATCGAACA
127 ATATT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTATCGAATA
* * * * * * *
14640 AGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCACTAT-ACCTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
14704 CATAAAACAATTGTTTCGGTTAATACGAGTTTATATGATATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * * * *
14769 TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAATCA
130 TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT-A
* * * * * ** * *
14821 A-TT-AAATAATTATGGCAATTTGAATACTTATCTATTCCAAAT-AGCGATAACCATTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTG
* * * ** *
14883 TTATCAAACAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAATAATACTAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* **
14947 TATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAACC
128 TA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
** * * * * * *
14997 AGTTCAAATAGTTAAAACTATAAT-AATAATTACCTATTTCAAATCATTCTAACCTATT-TTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * * *
15060 TCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATCCTAATATATTAAC
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
15124 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTATCGAATA
129 ATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
* *
15177 AGCTT-AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTAAT-TATTTAAAATCATTATGA-CTTTTGTTTT
1 AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * *** *
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64 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
15304 ATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATGCAT-TTT-TTGAACA
129 A-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-C-TGTTTATCGAATA
* ** * * * * * ** *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
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* * * * *
15487 TTCCAAAAATTAAT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACCAAATCA
130 TT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT-A
* * * * * * *
15536 A-TTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-ATTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* *
15599 CATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 CATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
15662 ATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC--A-A
129 A-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
* * * * * *
15712 AG------TAG-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTCTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * *
15768 TATAAATA-AA-TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAATTTAATAATA
66 CATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
15831 TT-ATGAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-TGT-T-GAAGCA
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* * * * * ** *
15881 A-TTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAATTTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
15945 CATAAAACAATCGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATAT
66 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
16010 TCCAAAAATTAAT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTA-CTGAATC
131 T-CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATA
* * * * * * * *
16057 ATTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACATTTATCTATTTCAAATCGTTA-GTACCTTTTG-TAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTT
* * ** * * * *
16119 GTCATATAACAAATGTTTTTGATCATTCAAGCTTA-TTCAGAATACAATAATACTAATTTATTAA
64 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
16183 TCTTTTAAAAATTAATAAGC---A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACC
128 T-ATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
* * * * * * *
16233 AGTTCAAAT-GATTATAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
16297 TCACAAAACAATTATTTCTGTTCATACAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATAATAATA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
16362 TTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGAATT-AAAAATAAGTTTGTTTGAT-GAATT
130 TTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCGAATA
* * * * * *
16413 AGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGCTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
** * * * *
16477 TCATAAAACAA-AATTTCAATTCATACTAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAA
65 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * *
16539 TATTTAAAAAATTAATAA-AAAGATATTTAAAAAA
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TCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
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* *
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*
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AATATTTAAAAA
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17114 TCATAAAGCC
*
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* * *** * * * **
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* *
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** * * *
17307 TTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTTAGA-GATTT-AA
1 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAG-TAAATGATTTAAA
* * * *
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* * * * * *
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AAATAAAATCTATTCACTAAAAAAGTTCAAAAAATCAAGACTATTTCAAAAATTAACTATTTCAA
ATCGTTATGATATTTTGTCTTCTCATAAAATAATTATTTCTACCTATAAAAGA
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19217 TAAGCGATGC
*
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*
19908 ATACCAATTGTTAAGG
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1 ATACCAATTGTTAAAG
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1 ATA
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ATACCAATTGTTAAAG
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* * * * *
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** * * * * **
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* * * ** * *
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* *
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AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAATTAAAAATATTCTAAAAA
TTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATA
TGAACAATTATTTTTGTCATCAAAC
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25252 GAACAATTAT
* * * ** ** * * *
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* ** * ** * * * ** **
25327 AAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACT-AGTTCAA
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* * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
25508 AATATTTTAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTATCTAATAAGTTCAAAT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTCAAAT
* * * *
25573 GGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGGCCTTTT-
130 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * ** *
25622 TTTTGGTTATAAATACAATT-TCTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATT
1 TTTT-GTCATAAA-ACAATTGT-TTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * ** *
25686 TATTAACA-TTAAAAAATTAATTTACAAAAAGAGATTT--AAAA-AAA-----TTA--AAGAAGT
62 TATTAATATTTCAAAAATTAA--TA-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAATAAGT
** * * * * *
25740 TCAAAATAGTTATTG-CTATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCATTTG
124 TC-AAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * ***
25797 ATTTGGTGCCAGT-AAATAATTATTTCAGTT-AGTACATAAGCTTA-GACAGAAT-AAATAATAC
1 -TTT--TGTCA-TAAAACAATTGTTT-TGTTCA-TAC--AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * * * *
25858 T-ATGTATTTAATACTTTC-TAAATTAATAAACTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTGTTTAACTG
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* ** * * * ** * * * *
25920 AAAGTCAGTAAAAATAATTTATGGGCCATATCAAATGATTTTC-ATTTGAAATCGTTATGAGCTT
117 -AA-TAAGTTCAAAT-AGTTAT-GACTAT-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
25984 TTG
177 TTG
* * ** *
25987 -TTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGATCATA-AATGCTTTATTCAAAATATAATAAATAATAATA
1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAA-GC-TTATT-TGAA-AT-A-AAATAATACTA
* * * * **
26050 ATTTATACGGCTATTATTTGAAAAATTATTCAAAGTAAGAGATTCTGAAAAATAAATTTGTTGCC
59 ATTTAT-----TAATATTTCAAAAATTAAT--AAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * * *
26115 GACCTAAGTTCAAATAGGTATGAATATTTGAACAATT-TACAATCTCAAATCGTTAAGA-TTTTT
116 TA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT-CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
26178 G
179 G
* * * * * * *
26179 TTTTGTCATTAAACAATTATTTT-TATCATAGAAGCTTATTCG--GTTAAATAATACTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
26241 TAATATTTC-AAAATTACTAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGCTTGCAAAATCAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-TAATAAGTTCAAA
* ** * * * * * **
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129 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * ** * * * * * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * * * * *
26421 TAACATTTGGAAAATTAATAAGCAA-AAATTTGAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AATAAGTTCAAA
* * * * * *
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* * * *** * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
26598 TAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAGTAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTCAA
* ** * * * * *
26662 ATATTTACAACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCCTTATGACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
*
26714 TTTTGTCATAAAACAATCGCTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
26779 TAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTCAAA
* * * * * *
26840 TAATTATCGTC-ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTTACCTTTTG
129 TAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * *
26891 -TTTGATCATATAACAATTGTTTAT-ATCATACAAGCATGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTC
1 TTTTG-TCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-
* * *
26954 A-TAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TAAAA-AAATTTGTTTACTGAACCAA-TTC
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AA-TAAGTTC
* * * * * *
27015 AAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTCTATACTTCAAATCAATTGTTTACAAAATAAACATTTTG
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC----G-TT-----AT-GACCTTTTG
* * * * * * * * * *
27080 TTTTATTATAAAATAATTATTCATGTTCATACATGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * *
27145 TAACATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAATTTAAATTTGTTTGTCAAACT-AGTTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAA-TAAGTTCAA
* * * * * * *
27209 TTTGTTAAGACTATATAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * *
27261 TCTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCAAACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT--GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTT
* *
27324 A-TAGATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAACT-AGT
63 ATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTAA-TAAGT
* * *
27385 TCTAAT-GATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
124 TCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * *
27441 TTTTTTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGA-TCGTAATAAAA-AA-A--AATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTGTTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
27501 TTAGTATTTCAGAAATTAAT---T-AGAGATTT-AAAAATAAATCTT-TTTATTAAACTAA-TTC
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACT-AA-TAAGTTC
*** * * *
27559 AAATAGTTATGACTATTTGTGCAATTAAT-TATTTCAAATCATTCTGA-CTTTTA
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
27612 TTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
27676 TTATTATTTCAACAATAAATAAGTTAA-AAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACT-AGATC
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AA-TAAGTTC
* * * * *
27738 AAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTACGA-C-TTT-
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
27789 TTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGCCAAGTTGT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
27853 TAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTACAAAACAAGTTTAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTAC-TAATAAGTTCAA
* * * * * *
27917 ATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAGAAAT-GCTATAACCTTTTG
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACCTTTTG
** * * * *
27969 TTTTGTCATAAAA-AGAGTTCATCTATTCATACAAGCCTATTTCG-GATAAAATAATA-TAAATT
1 TTTTGTCATAAAACA-A-TTGTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATT
* * * * *
28031 TATTAATA-TT-AAGACAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCACATAAGT
62 TATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA-ATAAGT
* * * ** *
28094 TTAAATCA-TTATGACTA-TT---T-A--AGC-A--ACAAATTATTATGACTTTTTG
124 TCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * *
28140 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATATAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAAT-CTTAATTT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATAC-TAATTT
** * * * *
28203 ATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAATTTCA
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AATAAGTTC-
* * * *
28268 AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGATCTTTTA
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * *
28321 TTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAGTTAACATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * ** * * * * *
28386 TAATATTCCAAAAATTAATGATTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTTACTGAACAAATTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTACT-AATAAGTTCAA
* * * * * * *
28451 AGAGTTTTGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTC
128 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
28503 TTTTATCAGAAAACAAATGGTTCGATTCATCCTAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG-TTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTT
* * * * * *
28566 ATTAATATTCCAAAAGTTAAT-AGCAA-AAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAACACA-TTC
63 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AATA-AGTTC
* * *
28628 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTG
126 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* *
28682 TTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *** *
28746 TTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTATCGAGCGAGTTTA
64 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTA-CTAATAAGTTCA
* * *
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* * * *
28863 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAGTTTATTT-AGAATAAAATAATATTAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * *
28926 TTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
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* ** * * * *
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** * *
29043 TTTCATCATAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATACAA-ATTATTTGAAATAA
1 TTTTGTCAT---A-AA-A-C-A--ATT--G--T--TT--TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * *
29107 AATAATACCAATTTATTACTATTTTAAAAA-T--TAA-TAA-AGATTT-AAAAATAAATGTGTTT
49 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* * * ** * *
29166 GCTAA-ACTAGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTT
114 ACTAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
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177 TTG
* * **
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1 TTTT-GTCATAAAACAATTGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * *
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64 TTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAATAAGTTCA
* * * *
29362 AATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGATCCTTTTA
127 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTG
* ** ** * * *** * *
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1 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
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AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAATAAGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
Found at i:26872 original size:16 final size:18
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1 AATAATTATCGTCATTTC
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1 AA
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AATAATTATCGTCATTTC
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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1 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
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* * * * ** * *
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128 TCAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGA
* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-A----TT-----AT-GACCTT
* * * * * * *
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* * * * * ** * * *
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116 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTA
*
27203 GT
179 GA
* * * * * * ** * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * * *
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66 AAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTA-ATATTT
* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * *
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1 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
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* * *
27684 TCAACAATAAATAAGTTAAAAATTT-AAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGA
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* * * * ** *
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* *** * *
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* * * ** * *
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128 TCAAAAATTAATAAGTTAA-AAATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACTGAACTAGA
* * * * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** *
27976 AT-AAA-AAGAGTTCATCTATTCATACAAGCCTATTTCGGATAAAATAATATAAATTTATTAATA
64 ATAAAACAATAGTT--TCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * *
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* * *
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* * *
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64 ATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATATTAATTTATTAATAT
** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
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* * * * * *
28575 CCAAAAGTTAAT-AG-CAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-ACA
128 TCAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGA
*
28625 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCA
1 -TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
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65 TAAAAC-AATAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * * *
28754 TCAAAAGTTAATAAG-AAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA-TCGAGCGAGT
128 TCAAAAATTAATAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACTAGA
* * * ** *
28807 TTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
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66 AAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
28935 TAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
130 -AAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGA
* ** * * * * * * **
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
29051 TAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATACAA-ATTATTTGAAATAAAATAATAC
65 T---A-AA-A-C-A--A-T-AG--T--TT-CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAT
* * * * * * *
29115 CAATTTATTACTATTTTAAAAA-T--TAA--TAAAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGCTAAACT
113 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTTAAAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACT
*
29174 AGT
178 AGA
* * ** * *
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCA
* * * * *
29242 TAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT
65 TAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
* * * * ** * *
29306 T-AGAAACTTAATAAG-AAAGAAATTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGT
128 TCA-AAAATTAATAAGTTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAGA
* * * ** * * **
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1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
29424 TAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATT-ACTTATTAATATTT
65 TAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
29488 CAAAA
129 CAAAA
29493 TTTGATAGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
170 12 0.00
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*
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAAACAATTATACTA
Found at i:27963 original size:528 final size:532
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26438 ATAAGCAAAA
* * * *
26448 ATTTGAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTT
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* * * * * * *
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* * * * * * *
26574 CAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAG-TTTAAAAAAGTA
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* * * * * ** * * * * **
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* * * * *
26702 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGCTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
256 TACGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * * *
26766 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGTGATTTAAAAAGTGAATTTGTTTACC
320 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACA
** * * * *
26827 AAATTAGTTCAAATAATTATCGTC-ATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTGT-T-ACCTTT
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* * * * * * *
26889 TGTTTGATCATATAACAATTGTTTAT-ATCATACAAGCATGTTT-GGAATAAAATAATACTAATT
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* *
26952 TCA-TAATCTTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAG
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* * * *
26983 ATTTTAAAA-AAAT-TTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAG-AATT-CTA
1 ATTTAAAAATAAATCTT-TTTACTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTG-AGCAATTAAT-
* * * * * *
27044 TACTTCAAATCAATTGTTTACAAAATAAACATTTTGTTTTATTATAAAATAAT--TATTCATGTT
63 TATTTCAAATC-A----TT-C----T-GAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGT-TTC-TATT
* * * * * * * * *
27107 CATACATGTTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATCTAATAACATTTCAAAAATTAATAACTAAG
114 CATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAA
** * * * * * * * * * *
27171 AGATTTAAAATTTAAATTTGTTT-GTCAAACTAGTTCAATTTGTTAAGACTATATAAATAATTAT
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* * * * *
27235 CTATTTCAAATTGTTACGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCAAACT-AGCT
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* ** *
27298 TATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTA-TAGATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAA
305 TATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTA-ATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAA
** * * *
27360 AAAT-AATTCTATTTACCTAACTAGTTCT-AATGATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
368 AAATGAA-TCTATTTACAAAACAAGTT-TAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* *
27423 AATTGTTATAACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TTTGATCGTAA
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*
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* *
27526 ATTTAAAAATAAATCTTTTTATTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGTGCAATTAATTAT
1 ATTTAAAAATAAATCTTTTTACTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAATTAT
* * * *
27591 TTCAAATCATTCTGACTTTTATTCTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
66 TTCAAATCATTCTGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
* *
27656 ATTAAAATAATATTAATTTATTATTATTTCAACAATAAATAAGTTAAAA-ATTT-AAAAATAAAT
131 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* *
27719 ATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTGTTTCAAATTGTTACG
195 ATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACG
* * *
27784 A-C-TTT-TTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATGC
260 ATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * *
27845 CAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAACTATTTACAAAACA
325 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACAAAACA
* *
27910 AGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AGAAATGCTATAACCTTTTGTTTTG
390 AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AAATG-TATAACCTTTTGTTTTA
* * * * *
27974 TCATAAAA-AGA-GTTCATCTATTCATACAAGCCTATTTCGGATAA-AATAATATAAATTTATTA
453 TCATAAAACAAATGTT--TTTGTTCATATAAG-CT-TTTC-G-TAATAA-AA-AAAAATTTATTA
* * *
28036 ATA-TTAAGACAATTAATAATTAAAAG
510 ATATTTCAGA-AAGT--TAATT-AGAG
* * * * * * **
28062 ATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCACA-TAAGTTTAAATCA-TTATGACTATTTAAGCAACAAAT
1 ATTT-AAAAATAAATCTTTTTACTAAACTAA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAGCAATTAAT
* * *
28125 TA-TT---ATGA--CT---TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTTTTCATATAAGCTTAT
63 TATTTCAAATCATTCTGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* **
28180 TCAAATTAAAATAATCTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
127 TCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
*
28245 AATATGTTTACTGAA-TA-ATTTCAAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
192 AATATGTTTACTGAACTAGA--TC-AAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * *
28308 ATT-TGATCTTTTATTTTGTAATAAAACAACTGTTTCAGTTAACATAAGCTTATTTGAAGTAAAA
254 GTTACGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAA
* **
28372 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGATTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTTA
319 TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTA-AAAAATGAATCTATTTA
** * * * * * * *
28437 CTGAACAAATTCAAAGAGTTTTGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAACAT-TATGACCTTT
383 CAAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAA-ATGTATAACCTTT
* * * * *
28501 TCTTTTATCAGAAAACAAATG-GTTCGATTCATCCT-AGCTTATTTCG-AATAAAATAATATAAA
446 TGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTG-TTCAT-ATAAGC-T-TTTCGTAAT-AAA-AA-A-AAA
* * *
28563 TTAATTAATATTCCA-AAAGTTAA-TAGCAAAA
503 TTTATTAATATTTCAGAAAGTTAATTAG---AG
* *
28594 ATTTTAAAAATAAAT-TTGTTTACTGAAC-ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-AT
1 A-TTTAAAAATAAATCTT-TTTACTAAACTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAAT
* * *
28656 CTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
63 -TATTTCAAATCATTCTGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATAGTTTCTATTCATACAAGCTT
** * * *
28720 ATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAA-AAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAA
125 A-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
28783 AATAAATCTTTTTA-TCGAGCGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA
188 AATAAATATGTTTACT-GAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * *
28847 TTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGTTTATTT-AGAAT
252 TTGTTACGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGA-AAT
* * * * *
28909 AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTG
315 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
** * * * ** * * * * * * * *
28973 TTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCTATTTAAACTATCATCTATTTCGAACTATCATGACA
379 TTTACAAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGT-ATAACC
* * * * * * *
29038 TTTTGTTTCATCATAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATACAA-ATTATTTGA
443 TTTTGTTTTATCAT---A-AA-A-CAA--A-T--G--T--TT-TTGTTCATATAAGCTT-TTCGT
* * * *
29102 AATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTA-AAAATTAA-TAAAG
491 AATAAAA-AA-A--AATTTATTAATATTTCAGAAAGTTAATTAGAG
* * * * * * ** *
29146 ATTTAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAACAATT-ATCTA
1 ATTTAAAAATAAATCTTTTTACTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAAT-TA
* * * *
29210 TTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTAT
65 TTTCAAATCATTCTGA-CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATAGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * * *
29274 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGA-AACTTAATAAG-AAAGAAATTAAAAAA
127 TCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-ACAA-TTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAA
* ** * * * * *
29336 ATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATT
189 ATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * ** * * * * ***
29401 GTTATGATCCTTTTATTTTATTGTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAATAAA
254 GTTACGAT-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAA
* * *
29466 ATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAA
318 ATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
29493 TTTGATAGTG
Statistics
Matches: 2000, Mismatches: 338, Indels: 326
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
526 4 0.00
527 68 0.03
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539 5 0.00
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555 26 0.01
556 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (532 bp):
ATTTAAAAATAAATCTTTTTACTAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTAATTAT
TTCAAATCATTCTGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTACTGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTACGA
TCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACAAAACAA
GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTATAACCTTTTGTTTTATCA
TAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGCTTTTCGTAATAAAAAAAAATTTATTAATATTTCAGAA
AGTTAATTAGAG
Found at i:29021 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 29000--29033 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
28990 AATAGTCATT
29000 TCTATTT-AAACTATCA
1 TCTATTTCAAACTATCA
*
29016 TCTATTTCGAACTATCA
1 TCTATTTCAAACTATCA
29033 T
1 T
29034 GACATTTTGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.44
17 9 0.56
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.03, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
TCTATTTCAAACTATCA
Found at i:29045 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 28120--29394 Score: 1111
Period size: 361 Copynumber: 3.5 Consensus size: 358
28110 ATTTAAGCAA
* * * * *
28120 CAAATTATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATATAAGCTTATTCA-A
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * * *
28184 ATTAAAATAATCTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
66 A-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT
* * *
28249 TGTTTACTGAATAATTTCAAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAA-ATCATTT
130 TGTTTACCGAACAAGTTC-AAATAGTCATGACTATTTGAACT-ATTATCTATTTCAATATCA--T
* * * * * *
28312 GATC-TTTTATTTTGTAATAAAAC-AACTGTTTC-AGTTAACATAAGCTTATTT-GAAGTAAAAT
191 GACCATTTTGTTTTGTAAT-AAACTAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAAT
* * ** *
28373 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGATTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTATTTAC
253 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTAC
* * *
28438 TGAACAAATTCAAAGAGTTTTGACTATCTGAACAATTATCTATTT
314 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
28483 CAAAACATTATGACCTTTTCTTTTATCAGAAAACAAATGGTTCGATTCATCCTAGCTTATTTC-G
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAG
* * * * * *
28547 AATAAAATAATATAAATTAATTAATATTCCAAAAGTTAAT-AG-CAAAAATTTTAAAAATAAATT
65 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATT
* * * *
28610 TGTTTACTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
130 TGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATTATCTATTTC-AAT-ATCATG
*
28674 ACCA-TTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
192 ACCATTTTGTTTTGTAATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATA
* * * *
28738 CTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA-TCGAG
257 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---AAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA
* * * * *
28802 CGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
318 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
** * * * *
28843 CAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAGTTTATTTAGA
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * *
28907 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTT
66 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTT
** * *
28972 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATTTCTATTTAAACTATCATCTATTTCGAACTATCATGA-
131 GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATTATCTATTTC-AA-TATCATGAC
* * * *
29036 CATTTTGTTTCATCATAAAATAATACCAATTATTCAGAATAATTGGTATTCATACAA-ATTATTT
194 CATTTTGTTT--T-GT--AATAA-A-C--TAATT--G--T--TT-CTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
29100 GAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTAAAAATTAAT--AAAGATTT-AAAAATAAATGT
243 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * **
29162 GTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTT
308 ATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
* * * *
29213 CAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCA
1 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
29277 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAACTTAATAAG-AAAGAAATTAAAAAAATAA
64 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAA-AAATTTAAAAAATAA
* * *
29340 ATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGAA-TAATTATCTATTT
127 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACT-ATTATCTATTT
29395 AAAATTGTTA
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 131, Indels: 77
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
358 2 0.00
359 43 0.06
360 130 0.18
361 189 0.26
362 8 0.01
363 81 0.11
364 6 0.01
366 4 0.01
367 1 0.00
368 1 0.00
370 75 0.10
371 37 0.05
372 105 0.14
374 1 0.00
376 44 0.06
377 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTATTATCTATTTCAATATCATGACCA
TTTTGTTTTGTAATAAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
Found at i:29649 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 29358--29650 Score: 358
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
29348 ACCAAACAAG
* ** * * *
29358 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGATCCTTTTATTTTATT
1 TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATACTTTTATTTTATC
* * * *
29423 GTAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTATTAATATTT
66 ATAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATATAACTTACTAATATTT
*
29488 CAAAATTTGATAGTGTATCGGATCAA
131 AAAAATTTGATAGTGTATCGGATCAA
* * *
29514 TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATACTTTTATTTTATC
* * * * * *
29578 ATAAAAATAATTTTTTC-AT-CATACAAGCCTATTCAATATAAAATAATACTAATTTACTAATAT
66 AT-AAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTACTAATA-
29641 TTTAAAAATT
128 TTTAAAAATT
29651 AATAAGTAGA
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 20, Indels: 6
0.81 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
154 25 0.22
155 23 0.20
156 66 0.58
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (156 bp):
TTCAAATAATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATACTTTTATTTTATC
ATAAAACAATTGTTTCAATACATAAAAGCCTATCCAAAATAAAATAATATAACTTACTAATATTT
AAAAATTTGATAGTGTATCGGATCAA
Done.