Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168140.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_382, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 29819
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Found at i:476 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1--1949 Score: 1259
Period size: 182 Copynumber: 10.9 Consensus size: 180
* ** * * *
1 TTTACCGAACAAGTTTGAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTGTGAT
1 TTTACTGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-
** * ** * * *
65 TTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAGTATT
64 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * * *
130 AATTTATTAATATTTCGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
129 AATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * * *
183 TTTACCGAAGAAGTTCAAATAGCCATGATTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTGACT
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
* * * * * *
248 TTTTGTTTTGTAACAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *
313 TTTATTACTATTCCAAAAATCAAAAAGCAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTA
131 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTA
* *
365 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAC
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGAC
* *
429 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-T
65 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* * *
492 AAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAAAATTTTAAAAATAAATCAA
129 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * *
545 TTTTCTGAAC-TTTTTAAGTAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C
* ** * * * **
609 A-ATTGTTTTGTCATAAATGAATTATTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA-ACTA
65 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* *
672 ATTTATTAATATTCC-AAAATTAATAAGTAAAACATTT-AAAAATAAATTTG
130 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * *
722 CTTAC-CAAGTGAGTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-C
1 TTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
785 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTAAAATATAATAATACT
65 -ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
* ** * * *
849 AATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTA
129 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * ** *
902 TTTACTGAACAAGTTCAAATTGTCATGTCTATTTGAACTATTATATATTTGAAATTGTTATGATA
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
* * * ** * *
967 TTTTATTTTGTCGTAAAA-AATAT-TTT-TATTCATACAAAATTATTCATAAAA-AAATTAATAT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT--TAAAATAAAATAATAC
* * *
1028 TAATTTATTACTATT-CAAAAATTAATAAG---AGATTT-AAAACTAAATCT-
128 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * ***
1075 CTTACCGAATGC-GGTTCATAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTGAAATTGGTATG
1 TTTACTGAA--CAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
1138 --ATCTTGTTTTATGCCTAAAACCATTTATTTCTATTCGATA-AAACTT-TTTCCAAAGTAAAAT
63 ACATTTTGTTTTGT-CATAAAA-CAATTGTTTCTGTTC-ATACAAGCTTATTT--AAAATAAAAT
** * * * * * *
1199 TCTACTAAATTA-TAGTATT-CTAAAATTAATAAG----GATTT-AAAAAT--ATGTG
123 AATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
1248 TTTGC-CAA-TAGTTC-AATAGTTCA-GACTATTAGAAGCAATTATCTATATTCAAATCGGTTTT
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT-TTCAAATC-ATTAT
* * * * ** * * * * *
1309 GACCTTCTCTTTAGGTCATAAAATTATTATTTCAGTTCATATATGCCTTATTCAAAATAAAATAA
62 GACATTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAAT-A
* * * * *
1374 ATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAAT-AGTAAGAAATTAAAAAAAT-AATCTG
124 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTA
* *
1430 TGTTA-TCGAAGCAAGTTCCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAAACTATTA
1 T-TTACT-GAA-CAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTA
* * * * * **
1493 TGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGCTT-ATAAAACCTTATCCAAAATAAAATA
61 TGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-G-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATA
* * ** * ** * *
1556 ATATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAA
124 ATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * *
1614 TTTA-TCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GTTATGA
1 TTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** * * * *
1677 -ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAG
64 CA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAC
* * * * *
1741 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTG
128 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTA
** ** * * * *
1794 TTTACCAAATTAGTTCAAA-AGGTTATGACTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATTATTATAAC
1 TTTACTGAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * ** * * *
1858 CTTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTGGTAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
65 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * ***
1923 ATGTACTAATATTATGAAAATTAATAA
130 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
1950 CTAAGAGATT
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 292, Indels: 170
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.01
169 10 0.01
170 4 0.00
171 6 0.00
172 21 0.02
173 37 0.03
174 61 0.04
175 70 0.05
176 34 0.02
177 43 0.03
178 138 0.10
179 147 0.11
180 241 0.17
181 185 0.13
182 246 0.18
183 51 0.04
184 27 0.02
185 19 0.01
186 6 0.00
187 13 0.01
188 16 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACA
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTA
Found at i:622 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 23--1949 Score: 1275
Period size: 180 Copynumber: 10.7 Consensus size: 179
13 GTTTGAATCA
* * * **
23 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTGTGATTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * * *
88 TTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTCGACAAA-
65 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAAT
* * * *
152 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAGAAGTTCAAATAG
129 TAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATAG
** * * * * * * * *
205 CCATGATTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTAACAAAATAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
270 TGTTTCAGTTCATATAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTCCAAAAATCA
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* * * * *
335 AAAAGCAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAG
131 ATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAG
* *
387 TTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* *
451 TTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAA
65 TT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * ** * * *
514 TTAATAATTAAAAATTTTAAAAATAAATCAATTTTCTGAACTTTTTAAGTAA
128 TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAGTTCAAATAG
** **
566 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAATTGTTTTGTCATAAATGAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * **
631 TATTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCC-AAAATTA
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* ** * * * *
694 ATAAGTAAAACATTT-AAAAATAAATTTGCTTAC-CAAGTGAGTTTAAATTG
131 ATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA--CAGTTCAAATAG
* *
744 TTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-CTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * **
808 TTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTAAAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATT
65 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * *
872 AATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTG
130 AATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AGTTCAAATAG
* * * * * ** ** * *
924 TCATGTCTATTTGAACTATTATATATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTCGTAAAA-AAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * *
988 AT-TTT-TATTCATACAAAATTATTCATAAAA-AAATTAATATTAATTTATTACTATT-CAAAAA
66 -TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT--TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * *
1049 TTAATAAG---AGATTT-AAAACTAAATCT-CTTACCGAATGCGGTTCATAATAG
128 TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA--CAGTTCA-AATAG
* * * *** * * *
1099 TTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTGAAATTGGTATGA--TCTTGTTTTATGCCTAAAACCA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAA-CA
* * * * * ** * * *
1161 TTTATTTCTATTCGATA-AAACTT-TTTCCAAAGTAAAATTCTACTAAATTA-TAGTATT-CTAA
64 ATTGTTTCTGTTC-ATACAAGCTTATTT--AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * * *
1222 AATTAATAAG----GATTT-AAAAAT--ATGTGTTTGC-CAATAGTTC-AATAG
126 AATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAGTTCAAATAG
* * * * * *
1267 TTCA-GACTATTAGAAGCAATTATCTATATTCAAATCGGTTTTGACCTTCTCTTTAGGTCATAAA
1 TT-ATGACTATTTGAA-CAATTATCTAT-TTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATAAA
** * * * * * * * *
1331 ATTATTATTTCAGTTCATATATGCCTTATTCAAAATAAAATAAATACTATTTTATTAACATTCAA
61 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTCCA
* *
1396 AAAATTAAT-AGTAAGAAATTAAAAAAAT-AATCTGTGTTA-TCGAAGCAAGTTCCAAATAG
124 AAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACT-GAA-C-AGTT-CAAATAG
* * * *
1455 TTATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAAACTATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAA
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * ** * * **
1519 TTGTTT-TAGCTT-ATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAA
65 TTGTTTCT-G-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* ** * * * *
1582 TTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAATTAGTTCAAATAA
128 TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAGTTCAAATAG
* * * * * *
1636 TTATGGCCTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
1 TTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * * *
1700 TTGTTTTTCATCATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
65 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * ** *
1765 AATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAA-AGG
130 AATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAGTTCAAATA-G
* * * * * *
1816 TTATGACTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTGTGTTCTGTCATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* ** * * * * * ***
1881 TATTTCTGTTGGTAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTACTAATATTATGAAAATTA
66 TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
1946 ATAA
131 ATAA
1950 CTAAGAGATT
Statistics
Matches: 1375, Mismatches: 290, Indels: 162
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.01
169 10 0.01
170 4 0.00
171 6 0.00
172 21 0.02
173 37 0.03
174 62 0.05
175 70 0.05
176 33 0.02
177 44 0.03
178 139 0.10
179 148 0.11
180 240 0.17
181 185 0.13
182 228 0.17
183 51 0.04
184 27 0.02
185 19 0.01
186 6 0.00
187 13 0.01
188 16 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
ATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAGTTCAAATAG
Found at i:1037 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 25--4035 Score: 1455
Period size: 181 Copynumber: 22.4 Consensus size: 179
15 TTGAATCATT
* * * * * *
25 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTGTGATTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-TATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * ** ** * * * *
90 GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAGTATTAATTTATTAATATTTCGACAAA-TA
65 GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAAATTA
** * * * * * * *
154 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAGAAGTTCAAATAGCC
127 ATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* * * ** * * * * *
207 ATGATTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTGACT-TTTTGTTTTGTAACAAAATAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-TATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * *
271 GTTTC-AGTTCATATAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTCCAAAAATCA
65 GTTTCTA-TTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTA
* ** * * * * *
335 AAAAG-CAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
127 ATAAGTTGA-AG-ATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* * * * *
389 ATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTC-AAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * ** *
453 GGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
65 -GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATT
* * * * * * ** * * ** *
516 AATAA-TTAAAAATTTTAAAAATAAATCAATTTTCTGAAC-TTTTTAAGTAATT
126 AATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* * * * * **
568 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA-ATTGTTTTGTCATAAATGAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-TATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** ** *
632 ATTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAAT
65 GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
** * * * ** * ** * *
696 AAGTAAAACATTT-AAAAATAAATTTGCTTAC-CAAGTGAGTTTAAATTGTT
129 AAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATTGTC
* * * *
746 ATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGCTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
** * * *
811 TTTCTATTCATACAAGTTTATTAAAATATAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATA
66 TTTCTATTCATACAAAATTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATA
876 AGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
130 AGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* * * * ** *
926 ATGTCTATTTGAACTATTATATATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTGTCGTAAAA-AATAT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAAT-T
* *
990 -TTT-TATTCATACAAAATTATTCATAAA-AAAATTAATATTAATTTATTACTATTCAAAAATTA
65 GTTTCTATTCATACAAAATTATT-A-AAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTA
* * * * * * *
1052 ATAA---G-AGATTT-AAAACTAAATCT-CTTACCGAATGC-GGTTCATAATAGTT
127 ATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAA--CAAGTTCA-AATTGTC
* * * * *** * * * *
1101 ATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTGAAATTGGTATGATCTTGTT-TTATG-CCTAAAACCATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATT-TTATTTTGTCATAAAA-CAAT
* * * * ** * * *
1163 TATTTCTATTCGATA-AAACTTTTTCCAAAGTAAAATTCTACTAAATTA-TAGTATTCTAAAATT
64 TGTTTCTATTC-ATACAAAATTATT--AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATT
* * * * * *
1226 AATAA---G--GATTT-AAAAA-T-ATGTGTTTGC-CAA-TAGTTC-AATAGTTC
126 AATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTG-TC
* * * ** * * * *
1270 A-GACTA-TTAGAAGCAATTATCTATATTCAAATCGGTTTTGACCTTCTCTTTAGGTCATAAAAT
1 ATGACTATTTA-AA-CAATTATATAT-TTCAAATC-ATTATGATATTTTATTT-TGTCATAAAAC
* * * *** * *
1333 TATTATTTC-AGTTCATATATGCCTTATTCAAAATAAAATAAATACTATTTTATTAACATTCAAA
61 AATTGTTTCTA-TTCATACA-AAATTATT-AAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTC-AA
* * * * *
1397 AAATTAAT-AG-T-AAGAAATTAAAAAAATAATCTGTGTTA-TCGAAGCAAGTTCCAAATAGTT
121 AAATTAATAAGTTGAAG-ATTTAAAAAATTAATCTAT-TTACT-GAA-CAAGTT-CAAATTGTC
* * * * ** *
1457 ATGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAAACTATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATC-ATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
1521 GTTT-TAGCTT-ATA-AAACCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAAAT
65 GTTTCTA--TTCATACAAA-ATTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAT
* * * * ** ** *
1583 TGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-TCGAATTAGTTCAAATAATT
125 TAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATTGTC
* * * * * * * *
1638 ATGGCCTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 AT-GACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATA-TTTTATTTTGTCATAAAACAAT
* ** *
1701 TGTTTTTCA-TCATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
64 TGTTTCT-ATTCATACAAAATTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * * ** ** ** *
1765 AATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAATTAGTTCAAAAGGTT
126 AATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* * * * ** * * * *
1818 ATGACTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTGTGTTCTGTCATAAAACAATTA
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * * * *
1883 TTTCTGTTGGTA-AAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATGTACTAATATT-ATGAAAATTA
66 TTTCTATTCATACAAA-ATTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTA
* * * * * * * *
1946 ATAA-CTAAGAGATTCCAATAAA-T--T-TA-TT--TGAACCAGTTTAAATAGTT
127 ATAAGTTGA-AGATT-TAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* * * * * * * * *
1993 AAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATC-----G-----TTA---TATCGTAAAACAATTT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * * * * * *
2045 TTTC-AGTTCTTAGTAACTTATTCGAAAT--AATAAAACAAATCTATTAATATTTCAAAAA-TAT
66 TTTCTA-TTCATACAAAATTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAA
** * * * ** * *** *
2106 TAAG-CAAGAGATGTAAAAAA-TAATTTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAAAAATT
128 TAAGTTGA-AGATTTAAAAAATTAA-TCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* ** * * ** * *
2158 ATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * *
2223 TTTTCTTTTTCA-ATTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTC-AAAAT
66 -TTTC-TATTCATA-CAAAATTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAAAT
* * * * * * *
2286 TAATAAG-TAAGAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAA-TTC-AATTAGT-
125 TAATAAGTTGA-AGA-TTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATT-GTC
* * * * * * * * *
2341 TTAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCA-TTTGTTTTATCACAAAACAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-TATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
* **** * * *
2405 GTTTCTAGTCATACGGCCTTATTCAAATAAAACAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
65 GTTTCTATTCATACAAAATTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT
* ** * * * * * *
2470 AACTAAAATGAATTTTAAAAATGAAT-T-TGTTAGCTTG-CCCAGTGCAAATAT-TT
129 AAGTTGAA-G-ATTTAAAAAATTAATCTAT-TTA-C-TGAACAAGTTCAAAT-TGTC
* * * * * * * * * * ** * *
2523 ATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTGTTATCGCAAATCAATTA
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * ** **
2588 TTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAGC
66 TTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAAT
* * ** * * *
2653 AAG-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTT
129 AAGTTGA-AGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* * ** * ** *
2704 ATGACTATTT-ATCAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * *
2767 TTTGCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAACACAAATTTATTAATATTTAAACAATTAA
66 TTT-CTATTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATT-A
* * ** * * * * * *
2832 AAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAATAAGTTTAAATAGTT
127 ATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATTGTC
* * * * *
2885 ATGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAATCATTACGA-CTTTT-TTTT-T-ATAAAA-AATTG
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * * * **
2944 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTCAAA-TAA
66 TTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-CAAAAATTAA
** * * * * ** * * * *
3008 TAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGCC
128 TAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* * * * ** ** * ** *
3060 ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTGATTTTAAAATAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTG-TCATAAAACAATT
* * *** * * *
3124 GTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAATCA
65 GTTTCTA-TTCATACAAAATTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTA
* * * * * *
3188 ATGAG-TAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTC
127 ATAAGTTGA-AGATTTAAAAAATTAATCTA-TTTACTGAACAAGTTCAAATTG-TC
* * * ** * ** *
3242 -TTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * *
3306 TTTCTGTTCATATACAGTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAT
66 TTTCTATTCATACAAAATTATT-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAA
* * ** * * * *
3370 TAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTAAACACGTTCAAATAGTT
128 TAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* ** * * *
3421 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAACCAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCA-TTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
** * * **
3485 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTTGTATTCCAAAAATTAA
65 GTTTCTATTCATACAAAATTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAA
** * * * ** * *
3550 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAAGCAAACTCAAATAGTT
128 TAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATTGTC
** * * * * *
3602 ATGACCGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCA-TTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATT
** *
3666 GTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA
65 GTTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAA
* * * ** * * *
3731 TAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACATGTTCAAATAGTT
128 TAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATTGTC
* ** * * * * * * *
3783 ATGTCCCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGATTTTTTTTTATCATAAAACAATTG
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
3848 TTTCTCTTCATACAAAATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTTTTAAAAATTAAT
66 TTTCTATTCATACAAAATTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAAT
* * * * * * *
3913 ---TAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTGCTGAATCAA-TTCAAATAGTT
129 AAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATTGTC
* * * * * * *
3960 ATGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAT-CTTTATTTTGTCATAAAATAATTG
1 ATGACTATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTATGATATTTTATTTTGTCATAAAACAATTG
*
4024 TTTCTTTTCATA
66 TTTCTATTCATA
4036 TAAGCTTATT
Statistics
Matches: 3005, Mismatches: 627, Indels: 400
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
158 6 0.00
159 12 0.00
160 21 0.01
161 3 0.00
162 33 0.01
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165 40 0.01
167 2 0.00
168 11 0.00
169 11 0.00
170 5 0.00
171 7 0.00
172 19 0.01
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179 184 0.06
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Consensus pattern (179 bp):
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Found at i:1914 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 1--4074 Score: 2795
Period size: 361 Copynumber: 11.4 Consensus size: 362
* ** *
1 TTTACCGAACAAGTTTGAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTGTGAT
1 TTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGA-
** * ** * *
65 TTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAGTATT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATT
* * * * * * *
130 AATTTATTAATATTTCGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAGA
129 AATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
** * * * *
194 AGTTCAAATAGCCATGATTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTG-ACTTTTTGTTTTG
193 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTG
* * * * * *
258 TAACAAAATAATTG--TTTCAGTTCATATAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAC
257 TCATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
321 TATTCCAAAAATCAAAAAGCAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTA
321 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT-TAAAAATAAATCTG
* * * * *
365 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACA
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACC
* *
430 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATA
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** * * * *
493 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAA-AAATTTTAAAAATAAATCAATTT-TCTGAAC-
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACA
** * * * * * * **
555 TTTTTAAGTAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAATTGTTTTGT
193 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGT
** * * * ***
620 CATAAATGAATTATTTCTT--TTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT
258 CATAAAACAATTGTTT-TTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
682 A-TTCCAAAATTAATAAGTAAAACATTTAAAAATAAATTTG
322 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTG
* *** * * * *
722 CTTACCAAGTGAGTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-CT
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGAC-
* * * * *
786 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-AAAATATAATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTA
* * *
850 ATTTATTAATGTTTTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-CTGAACA
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACA
* * * * * * *
913 AGTTCAAATTGTCATGTCTATTTGAACT-ATTATATATTTGAAATTGTTATGATA-TTTTATTTT
193 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTTTTGTTTT
* * * *
976 GTCGTAAAA-AA-TATTTTT-ATTCATACAAAATTATTCATAAA-AAAATTAATATTAATTTATT
256 GTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAACTTATTCA-AAATAAAA-TAATACTAATTTATT
* *
1037 ACTA-TTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAACTAAATCT-
319 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTG
* * * * * **
1075 CTTACCGAATGC-GGTTCATAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTGAAATTGGTATG
1 TTTACC-AA-ACAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * *
1138 A--TCTTGTTTTATGCCTAAAACCATTTATTTCTATTCGATA-AAACTTTTTCCA-AAGTAAAAT
63 ACCTTTTGTTTTGT-CATAAAA-CAATTGTTTCTGTTC-ATACAAGCTTATT-CAGAA-TAAAAT
** * * * * * * *
1199 TCTACTAAATTA-TAGTATTCT-AAAA-T--TAA-TAAG-GATTT-AAAAAT--ATGTGTTT-GC
123 AATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * *
1253 CAA-TAGTTC-AATAGTTCA-GACTATTAGAAGCAATTATCTATATTCAAATCGGTTTTGACCTT
188 GAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA-TAATTATCTAT-TTCAAATC-GTTATGAACTT
* * * * * **
1315 CTCTTTAGGTCAT--AA-AATTATTATTTCAGTTCATATATGCCTTATTCAAAATAAAATAAATA
249 TTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTT-TTTCA-TTCATACA-AACTTATTCAAAATAAAAT-AATA
* * * *
1377 CTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT-AGTAAGA-AATTAAAAAAATAATCTG
309 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AATCTG
* * * * * *
1430 TGTTATCGAAGCAAGTTCCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAACTATTATG
1 T-TTA-CCAAACAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATG
* * * * * *
1495 ACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGCTT-ATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAAT
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-G-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
* * ** *
1558 ATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAA
126 ATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA
** * * * *
1623 TTAGTTCAAATAATTATGGCCTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GTTATGAACTTTTGTTT
191 CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTT
* *
1687 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTA
255 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
1751 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAATAAATTTG
320 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTG
** * * *
1794 TTTACCAAATTAGTTCAAA-AGGTTATGACTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATTATTATAAC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGAC
* * * ** * *
1858 CTTGTGTTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTGGTAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTA
* * * * * ** * *
1923 ATGTACTAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGA-TT--CCAATAAATTTA-TT-T-GAACCAG
130 ATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
* * * * * * * *
1982 TTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTAT--A-----------TCG
195 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCA
* ** * * * *
2034 TAAAACAA-T-TTTTTCAGTTCTTAGTAACTTATTCGAAAT--AATAAAACAAATCTATTAATAT
260 TAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
2095 TTCAAAAA-TATTAAGCAAGAGATGTAAAAAATAATTTTG
324 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAATAAATCTG
**** * * * * * ** * **
2134 TTTGTTGAACCAGTTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCATATCGTTATGACC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACC
* * * * * *
2199 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCTTTTTCA-ATTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAT
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC-TGTTCATA-CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT
* * * * **
2263 TAATTTATTAATATTTTCAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTAAAC
128 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-
* * * * ** * *
2328 CAA-TTCAATTAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTT
191 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTT
* * * * *** * *
2391 ATCACAAAACAATTGTTTCT-AGTCATACGGCCTTATTC-AAATAAAACAATGCTAATTTATTAA
256 GTCATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
2454 TA-TTCTAAAAATTAATAACTAAAATGAATTTTAAAAATGAATTTG
321 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-G-A-TTTAAAAATAAATCTG
**** * * * * * ** * *
2499 -TTAGCTTGCCCAGTGCAAATATTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAAT
1 TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGAC
* * ** * * * * * *
2563 CTTTTGTGTTATCGCAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATT-TGAAATAACATAAT-TC
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATAT-
** ** ** * * *
2626 TAGCTTATTAATATTCCAAAAATTAGCAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACA
128 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACA
* *
2691 AGTTAAAATAGTTATGACTATTT--ATCAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACCTTTTGTTTT
193 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTT
* * * *
2753 GTCATAAAACAA-T-TTTTGCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAAAATAACACAAATTTATT
256 GTCATAAAACAATTGTTTTTC-ATTCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
2815 AATATTT-AAACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
319 AATATTTCAAA-AATT-AATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTG
* * * * * * *
2861 TTTATCGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAATCATTACGA-C
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACC
* * *
2924 TTTT-TTTT-T-ATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATATTAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAA
* * * * * * * *
2985 TTTATTAATATTTCCT-CAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAAAAA
131 TTTATTAATATTT--TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA
* ** * * *
3048 GTCCAAATAGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGAT
194 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTG-T
** * * * ** *
3112 TTTAAAATAATTG--TATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
258 CATAAAACAATTGTTTTTCA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
3175 ATTCCTAAAATCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TAG
322 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCT-G
* * * * * * *
3217 TTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACC
1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACC
* *
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66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATT-CAGAATAAAATAATATT
* * * * ** *
3345 AATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTAAACAC
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA
* * * * *
3409 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATC
194 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTC
* * * * * **
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* *
3538 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
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** * ** ** * *
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1 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTATGAC
* * * ** * *
3642 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATT-TGAAATAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATATT
* * ** * * *
3706 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAT
129 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA
* ** * *
3771 GTTCAAATAGTTATGTCCCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGA-TTTTTTTTTAT
194 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTTTTGTTTTGT
* * * * *
3835 CATAAAACAATTGTTTCTC-TTCATACAAAATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTAATG
258 CATAAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
3899 TTTTAAAAATTAAT---T-AGAGATTTAAAAACTAAATCTG
323 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTG
* * * * * * ** *
3936 TTTGCTGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAT
1 TTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGAC
* * * * * * * *
4000 C-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCCGATTAAGATAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTA
*
4064 ATTTAATAATA
130 ATTTATTAATA
4075 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 2894, Mismatches: 634, Indels: 371
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
339 12 0.00
340 113 0.04
341 7 0.00
342 82 0.03
343 14 0.00
344 15 0.01
345 12 0.00
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348 37 0.01
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351 9 0.00
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353 23 0.01
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357 329 0.11
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367 10 0.00
368 19 0.01
369 16 0.01
370 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAA
TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTTTCATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTG
Found at i:3175 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 2034--4074 Score: 1491
Period size: 181 Copynumber: 11.3 Consensus size: 179
2024 CGTTATATCG
* * * * * * *
2034 TAAAACAATTTTTTCAGTTCTTAGTAA-CTTATTCGAAAT--AATAAAACAAATCTATTAATATT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *** ** * *
2096 TCAAAAATATTAAGCAAGAGATGTAAAAAATAATTTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAAAAATTATG
65 TCTAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
2161 ACTATTTAAATAATTATCGATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
130 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * * * * *
2212 TAAAACAAATGTTTTCTTTTTCA-ATTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
1 TAAAACAATTG-TTTC-TGTTCATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
2276 TTT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-TTAAACCAA-TTCAATT
63 TTTCT-AAAA-TAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA--AAGTTCAAAT
* * * ** * *
2338 AGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGTTTTATCA
123 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * *
2395 CAAAACAATTGTTTCTAG-TCATAC-GGCCTTATTC-AAATAAAACAATGCTAATTTATTAATA-
1 TAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *** *
2456 TTCTAAAAATTAATAACTAAAATGAATTTTAAAAATGAATTTG-TTAGCTTG-CCCAGTGCAAAT
64 TTCT-AAAA-TAATAAGTAAAA-G-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C-CGAAAAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
2519 ATTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTGTTATCG
123 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTGTCA
* * * * * * * * ** *
2577 CAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCTTATTAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * *** * *
2642 CAAAAATTAGCAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATG
66 CTAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATG
* *
2707 ACTATTT--ATCAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCA
130 ACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * *
2757 TAAAACAATT-TTTGCTATTCATACAATCTTATTTC-AAATAAAATAACACAAATTTATTAATAT
1 TAAAACAATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
2820 TT-AAACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTTAAATAGT
64 TTCTAA-AA-T-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGT
* * * *
2884 TATGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAATCATTACGA-CTTTT-TTT-TTA
126 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCA
* * * *
2934 TAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * **
2997 TCCTCAAATAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAAAAAGTCCAAATAGCCAT
65 T-CTAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTAT
* * **
3062 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGATTT
129 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG-TCA
* * * * * *
3114 TAAAATAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
3179 CTAAAATCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TAGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTCT
66 CTAAAAT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
3243 TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCA
129 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* *
3295 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATATACAG-TTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAT
* * * * *** *
3358 TTCAAAAATTATTAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TTTAAACACGTTCAAATAGTT
64 TTCTAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTT
* * * *
3421 ATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
127 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * * ** *
3475 TAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTTGTATTC
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** *
3540 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAAGCAAA-CTCAAATAGTTA
66 CTAAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA--AAAGTTCAAATAGTTA
** * * **
3603 TGACCGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGTCA
128 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA
* * ** *
3656 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *** * *
3720 CTAAAAATTAATAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACATGTTCAAATAGTTA
66 CT-AAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA-AAGTTCAAATAGTTA
* ** ** * *
3784 TGTCCCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGATTTTTTTTTATCA
128 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTGTCA
* ** * *
3837 TAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATT-TATAATAAAATAATACTAATTTATTAATGTT
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
3901 T-TAAAA-ATTAA-TTAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTGCTGAATCAA-TTCAAATAGTTAT
65 TCTAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-AAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
3962 GACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-TTTGTCA
129 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTGTCA
* * * * * *
4013 TAAAATAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCCG-ATTAAGATAATACTAATTTAATAATA
1 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
4075 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 1501, Mismatches: 288, Indels: 150
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 70 0.05
176 112 0.07
177 87 0.06
178 22 0.01
179 22 0.01
180 316 0.21
181 612 0.41
182 125 0.08
183 107 0.07
184 27 0.02
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
CTAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAAAAGTTCAAATAGTTATGA
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCA
Found at i:3616 original size:542 final size:542
Alignment explanation
Indices: 1--4074 Score: 2373
Period size: 542 Copynumber: 7.6 Consensus size: 542
** * * ** *
1 TTTACCGAACAAGTTTGAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTGTGAT
1 TTTACCGAACAAGTTAAAAT-AGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-
** * * *** * * *
65 TTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAGTATT
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCCAAATAAAATAATATA
* * * *** *
130 AATTTATTAATATTTCGACAAA-T-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAG
128 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAAC
** * * ** * *
193 A-AGTTCAAATAGCCATGATTATTTGAATAATTATCGATTTCAAATCATTGTGACTTTTTGTTTT
191 ACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * * ** *
257 GTAACAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAACTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAC
254 ATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** * * * * *
321 TATTCCAAAAATCAAAAAGCAAGAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTAC-TAAAC-AAGTTCAAA
318 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTTAAGCAAAGTCCAAA
* * * * *
384 TAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAAATA-TTATGA-CATTTTGTTTTG-TCATAA
382 TAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTC-AAATAGTTATGATC-TTTTG-TTTGATTATAA
* * * * *
446 AACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCC
444 AATAATT-GTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCC
* * * * * *
509 AAAAATTAATAATTAA-AAATTTTAAAAATAAATCAA
507 TAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * ** * * * * *
545 TTTTCTGAAC-TTTTTAAGTAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
1 TTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
** ** * * * ***
609 AATTGTTTTGTCATAAATGAATTATTTCTTTTCAAACAAGCTTATTTTGAATAAAATAA-ACT-A
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTCCAAATAAAATAATA-TAA
* * * * ** **
672 ATTTATTAATA-TTCCAAAATT-AATAAGTAAAACATTT-AAAAATAAATTTGCTTACCAAGTGA
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAA-ACA
* * * * *
734 -GTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG-CTCTTTTGTTTTG
192 CATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGAC-CTTTTGTTTTA
* * * *
797 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-AAAATATAATAATACTAATTTATTAATG
255 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** ** * * * * * * *
861 TTTTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTACTGAA-C-AAGTTCAAATTG
320 TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTTAAGCAAAGTCCAAATAG
* * * * * * * * **
924 TCATGTCTATTTGAACT-ATTATATATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTG-TCGTAAAA-A
385 TTATGACTGTTTGAA-TAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT-GTTTGATTATAAAATA
** * * *
986 ATAT-TTT-TATTCATACAAAATTATTCAT-AAA-AAAATTAATATTAATTTATTACTATT-CAA
448 AT-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATT--TGAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCCTA
* *
1046 AAATT-A-A-TAAGAGATTT-AAAACTAAATCT-
509 AAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * * * * * * *
1075 CTTACCGAATGC-GGTTCATAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTGAAATTGGTATG
1 TTTACCGAA--CAAGTT-AAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * * * * * **
1138 A--TCTTGTTTTATGCCTAAAACCATTTATTTCTATTCGATAAAACTTTTTCCAAAGTAAAATTC
63 ACCTTTTGTTTTGT-CATAAAA-CAATTGTTTCTATTC-ATACAAGTTATTCCAAA-TAAAATAA
* * * ***
1201 TACTAAA-TTA-TAGTA-TTCTAAAATT-AATAAG--G--ATTT-AAAAAT--ATGTGTTT-GCC
124 TA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTA
* * * * * * *
1254 AATA-GTTC-AATAGTTCA-GACTATTAGAAGCAATTATCTATATTCAAATCGGTTTTGACCTTC
188 AACACATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA-CAATTATTTAT-TTCAAAT--ATTATGACCTTT
* ** * * * *
1316 T-CTTTAGGTCATAAAATTATTATTTC-AGTTCATATATGCCTTATTCAAAATAAAATAAATACT
248 TGTTTTA--TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAAT-AATACT
* * * ** * *
1379 ATTTTATTAACATTCAAAAAATTAAT-AGTAAGAA-ATTAAAAAAAT-AATCTGTGTTA-TCGAA
308 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATATGT-TTACT-TAA
* * * * * * *
1440 GC-AAGTTCCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAACTA-TTATGACCTTTTA
370 GCAAAG-TCCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTG
* * * * ** *** * *
1503 TTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGCTT-ATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTT
433 TTTGATTATAAAATAATTGTTTCTA--TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * *
1566 ATTAATATT-TTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAA
496 ATTAATATTCCT-AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
* ** * * ** * * * *
1614 TTTATCGAATTAGTTCAAATAATTATGGCCTGTTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GTTATGAA
1 TTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** *
1678 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAACCTATTCAAAATAAAATAATAGT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC-AAGTTATTCCAAATAAAATAATA-T
* * **
1742 -AATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAGGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAAT
127 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGTA-GAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAA-
* * * * * * *
1804 TA-GTTCAAA-AGGTTATGACTATTTGAGCAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTGTGTTC
190 CACATTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * * *
1867 TGTCATAAAACAATTATTTCTGTTGGTAAAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATGTACTA
253 TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
*** * * ** * * **
1931 ATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGA--TT-CCAATAAAT-T-TATT--TGAA-C-CAGTTTAA
317 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGT-TTACTTAAGCAAAGTCCAA
* * * * * * *
1987 ATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTAT-ATC----G--T-A--A-AACA
381 ATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTGATTATAA-A
* * * * * * * *
2041 AT--TT-TTTC-AGTTCTTAGTAA-CTTATTCGAAAT--AATAAAACAAATCTATTAATATTTC-
445 ATAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCT
* * * * * *
2098 AAAAATATTAAGCAAGAGATGTAAAAAAT-AATTTTG
508 AAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTA
*** * * * * * * *
2134 TTTGTTGAACCAGTTCAAAA-AATTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCATATCGTTATGAC
1 TTTACCGAACAAGTT-AAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * *
2198 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTCTTTTTCA-ATTAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC-TATTCATA-CAAG-TTATTCCAAATAAAATAATA
* * * *
2262 TTAATTTATTAATATTTTC-AAAATT-AATAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTA
126 TAAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAAATAAGT-AGA-AATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTA
* * *
2325 AAC-CAATTCAATTAGTT-TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCATTTGT
188 AACAC-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGT
* * * * *
2388 TTTATCACAAAACAATTGTTTCTAGTCATAC-GGCCTTATTC-AAATAAAACAATGCTAATTTAT
251 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * **
2451 TAATATTCTAAAAATTAATAACTAAAATGAATTTTAAAAATGAATTTG-TTAGCTT--GCCCAGT
315 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-G-ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTTAAGCAAAGT
* * * * * *
2513 GCAAATATTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTG--TG-TTAT
377 CCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTGATTAT
* * * * **
2575 CGCAAATCAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAACATAATTCTAGCTTATTAATAT
442 --AAAAT-AATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
2640 TCCAAAAATTAGCA-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
504 TCCTAAAATTA--ATAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
*** * * * *
2680 TTTGTTGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTT-ATCAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACC
1 TTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
2744 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTGCTATTCATACAATCTTATTTCAAATAAAATAACACAA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAA-GTTATTCCAAATAAAATAATATAA
* * * ** *
2808 ATTTATTAATATTT-AAACAATTAAAAAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
129 ATTTATTAATATTTCAAA-AATTAAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACA
* * *
2872 -AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT-AAATCATTACGA-CTTTT-TTTT-
192 CA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
2932 T-ATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATAATATTAATTTATTAAT
255 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** **
2994 ATTTCCTCAAA-TAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCCAA--AAAGTCCAAAT
319 A-TTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTTAAGCAAAGTCCAAAT
** * * * * * *
3056 AGCCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTGATTTTAAAATA
383 AGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTGATTATAAAATA
* * * * *
3121 ATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAA
448 ATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAA
*
3185 TCAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-TA
512 TTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * * *
3216 GTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTCTTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGAC
1 -TTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* *
3281 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATACAGTTATTCCAAATAAAATAATATAA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGTTATTCCAAATAAAATAATATAA
* * * *
3346 ATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATTAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTTAAACACG
129 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACACA
*
3410 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
194 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * **
3475 TAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAACAAAATAATACTAATTTATTTGTATTC
258 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
* * *
3540 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTAAGCAAACT-CAAATAGTTA
323 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTTAAGCAAAGTCCAAATAGTTA
* * *
3603 TGACCGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTG-TCATAAAATAATTG
388 TGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTG-TTTGATTATAAAATAATTG
*
3667 TTTCTATTCATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAA
452 TTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCT-AAAATTAA
** *
3731 TAGGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCTA
516 TA-GTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * * ** * *
3759 TTTACCAAACATGTTCAAATAGTTATGT-CCCTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAG
1 TTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
3823 ATTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTCTTCATACAAAATTATT-TATAATAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGTTATTCCA-AATAAAATAATA-T
* * * * * * *
3887 -AATTTATTAATGTTTTAAAAATT-AAT---TAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTGCTGAATC
127 AAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATTAAAC
* * * * * * *
3947 A-ATTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTG
191 ACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
4010 TCATAAAATAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCCG-ATTAAGATAATACTAATTTAATAAT
255 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
4074 A
319 A
4075 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 2788, Mismatches: 543, Indels: 404
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
519 25 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (542 bp):
TTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTATTCCAAATAAAATAATATAAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACACATT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
AAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTTAAGCAAAGTCCAAATAGTTATGA
CTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTGATTATAAAATAATTGTTTC
TATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCTAAAATTAATAGTA
AGAGATTTAAAAAATGAATCTA
Found at i:4213 original size:151 final size:153
Alignment explanation
Indices: 3949--4225 Score: 357
Period size: 151 Copynumber: 1.8 Consensus size: 153
3939 GCTGAATCAA
* * *
3949 TTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTAAGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCAT
* * ** * * *
4014 AAAATAATTGTTTCTTTTCATATAAGCTTATTCCGATTAAGATAATACTAATTTAATAATAAAAA
66 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAAAAA
4079 ATAAATATGTTTTGCCGATCTAG
131 ATAAATATGTTTTGCCGATCTAG
* * *
4102 TTCAAATAGTTAAGACTA-TT-AA-AATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTT-TGTTTAGTC
1 TTCAAATAGTTAAGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTAT-TTT-GTC
* *
4163 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
64 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCCG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATA
4226 TTCAAAAAAT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 15, Indels: 8
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
149 1 0.01
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152 2 0.02
153 17 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.08, T:0.42
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TTCAAATAGTTAAGACTACTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGACCTTTATTTTGTCAT
AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATACTAATTTAATAATAAAAA
ATAAATATGTTTTGCCGATCTAG
Found at i:4340 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 4124--7603 Score: 948
Period size: 181 Copynumber: 19.7 Consensus size: 179
4114 AGACTATTAA
* * *
4124 AATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
4189 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
66 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* *
4253 AAAAAAATTAATATGTTTACATAACAAGTTTAAATAGATATAACCATTTGAAC
130 -AAAAAATAAATATGTTTACA-AAC-AGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * *
4306 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
** * * * *
4371 AATTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTC-AAAAATTATTAAGCAAGAGATTT
66 AGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * *
4435 AAAAACTAAAGCTAT-TTTCCAAACCCAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAAC
130 AAAAAATAAA--TATGTTTACAAA--CAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * * * ** * * * * ** *
4488 AAATATCAATCTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAACTATTT-GTTATCATAT
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAT-TCATAC
* * * * *
4551 AAGCTTATTTAGATTAAAATATTACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
65 AAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * *
4616 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCA-TTTCAAATGGTTA-AGACTATTAGAAT
129 TAAAAAATAAATATGTTT-AC-AAACAGTTT-AAATAGTTATA-ACCATTTGAAC
* * * * * * *
4669 AATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
* *
4734 AGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
66 AGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * **
4798 GAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGCTTAAATTGTTATTATTATTTGAAC
130 AAAAAATAAATATGTTTA-CAAAC-AGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * * * * * *
4850 AATTATCTACTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
* * * * *
4915 AGCTTATCCT-AATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAG-GTT
66 AGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * **
4976 AAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAAC
130 AAAAAATAAATAT-GTTTA-C-AAACAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * ** *
5028 AATTAT-AAATTATAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTTTCAA--CA
1 AATTATCTATTTA-AAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTA--TTTCAATTCA
* * *
5089 TACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAGAATTAGTAAG--AGAT
62 TACAAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAG
* ** * * *
5151 CTAAAAATAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAACTATGTATTTCAAATTGTTATAACCATTTG--
126 ATTTAAA-AAATA--AAT-A-TGTTT-ACA-AAC-A-G--TTT-AAATAGTTATAACCATTTGAA
5213 -
179 C
** * * ** *
5213 TTTTGTC-A--TAAAA-CAATTAT----TTTTG--T--TCATACAA-GTTTATTTAGAATAAAAT
1 AATTATCTATTTAAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT-CAAT----T
* * * * * * *
5265 AATACTAA-TTTA-ATAATATTCTAAA-AATTCATAA-CTA--AGAGATTT-AAAAAA-TAA-AA
60 CATAC-AAGCTTATTTAA-A-T-AAAATAATAC-TAATTTATTA-ATATTTCAAAAAATTAATAA
* * ** * * * * * * * *
5321 TC--CATTTGTTAAACCAATTCGAACAGTTAAGACTATATAAACA-ATT-ATTATTTCA-AATCA
119 GCAAGAGAT-TTAAA--AAAT--AA-A--TATG--TTTACAAACAGTTTAAATAGTT-ATAACCA
5381 TTATG-AC
173 TT-TGAAC
* * * ** * * * * ** * **
5388 ATTTATGT-TTT---GTCA-TAAAACAATTAT-TTCAGCTCATACAA-GTTTATTTAGAATAAAA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTAG-TCATAAAACAATTATTT-CAAT-TCA
* * * * * * * * ** * * *
5446 TA-AAACTAATTT--GT-TAATATTTCAAAATT-TT-ATAAGT-AAGAGATTTAA-AA--AATA-
62 TACAAGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAAATTAATAAGCAAGAG
* *** ** * * * * * * *
5500 ATACTATTTACCAAAT-CGGTTA-AAATAATTATAAAATAATTATAACTATTTAAAC
126 AT-TTAAAAAATAAATATGTTTACAAACAGTT-T-AAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * * * * * ** *
5555 AATTATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATATA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
* * * * *
5619 AGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAAAGATT
66 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAAT-AAGCAAGAGATT
* * * * * *
5682 TAAAAAAT-AA-A--TTT-------G-GT--ATAGTTTTGACTATATGAAT
129 TAAAAAATAAATATGTTTACAAACAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * * * * ** ** *
5719 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACT
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
** * * * * * * * * *
5784 ATTTTATTTGGAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTT-TAAAACTTAATAACCAAGAAAATT
66 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
* * * * * * * *
5848 AAAAGATAAATCTAATTGT-CAAAGGAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAAT
130 AAAAAATAAATAT-GTT-TACAAA-CAGTTTAAATAGTTATA-ACCATTTGAAC
* * *** *
5900 GATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTT-TTT-GTCATAAAACAATT-TTTTTGTT-GTA
1 AATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACC-TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATA
* * * *
5960 CAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAGA-
64 CAAGCTTATTTAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * * *
6022 TT--AAAA-AAAT-TGTTTATCGAACCAGTTTATAT-GATTA-ATACTATTAGAGC
128 TTAAAAAATAAATATGTTTA-C-AAACAGTTTAAATAG-TTATA-ACCATTTGAAC
* ** * * * * * *
6072 AATTATCTATTTTAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAGCAATTGTTTCAGTTTATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA-CAATTATTTCAATTCATAC
** * * * *
6137 AAGCTTACTCAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTC---AAA-TAAGAAGAAAGAGATT
65 AAGCTTA-TTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * *
6197 TAAGAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
129 TAA-AAAATAAATATGTTTA-C-AAACAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* *** ** * * * *
6251 AATTGTCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTAGTTAATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-ATTTCAATTCATAC
* *** *
6316 AAGTTTATACGGAATAAAAT--TA-T-A---A--AA-ATTT------ATTAATAAGTAAGAGATT
65 AAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* ** * ** *
6365 TAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAG-TTAAATAATTATGGCAATTTGAAC
129 TAAAAAATAAATATGTTTA-C-AAACAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* *** * * * * * ***
6417 AATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATCATAC
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAAT-TCATAC
* * * *
6482 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATTAGTAAAAGATT
65 AAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * *** *
6546 TAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATAAAAAT
129 TAAAAAATAAATATGTTT-ACAAA-CAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * ** * * * * *
6599 AATTATCTATTTTAAGTTGTTCT-AGCCTATT-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATT-ATA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCA-ATTCATA
* * * * * *
6661 CAAGCTTATTTAGAACAAAATAATCCTAATATATTAACATTT-GAAAAATTAATAAGCATGAGAT
64 CAAGCTTATTTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * ** * * * *
6725 TTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAACTCAAGTAGTTATGACTATTTGAA-
128 TT-AAAAAATAAATATGTTTA-CAAA-CAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * * * * * *
6779 AGATTA-ATATTTAAAATCGTTATGA--TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA
1 A-ATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAC
* * * *
6841 AAGGTTATCTAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATT
65 AAGCTTAT-TTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * *
6905 T-AAAAA-AAATAAGTGTTTTCTGAATA-AATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAAC
129 TAAAAAATAAAT-A-TGTTTAC--AA-ACAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * ** *
6958 AATTGTATATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCA-TA
* * * * * *
7022 -AAG-TAATTCAAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGTGAT
64 CAAGCTTATT-TAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGAT
* * * * * ** * *
7083 TTAAAAAGTGAATATGTTTACCAAATCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAAC
128 TTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAA-CAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * * * * * *
7137 AATTACCTATTTTCAAATCGTTATGAACATTTT-TTCA-TCATAAAAAAATTGTTTTTC-A-TCA
1 AATTATCTA-TTTAAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAA-T-TATTTCAATTCA
* * * * * * *
7198 TAAAAGCCTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATTAGTAAAAG
62 TACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAG
* * * * ** *
7261 ATTT-AAAAATAAATCTATTT---ATC-G---AAGTAGTT-T--TTATTTGAAT
126 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAACAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
* * * * * * * * *
7304 AATTACCTATTTCCAAATCATTATAACTTTTTATTCTATTC-T--AATAATTATTTCAGTTTATA
1 AATTATCTATTT-AAAATCATTATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATA
* * *
7366 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TT-ATGAAAATTAATAA-CTAAGGG
64 CAAGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAAATTAATAAGC-AAGAG
* * * * * ** *
7428 ATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAATTTAAATAGTTA-AGACAATACGAAT
126 ATTTAAAAAAT-AAATATGTTT-AC-AAACAGTTTAAATAGTTATA-ACCATTTGAAC
* ** ** * * * * * * *
7485 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAGA
1 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
* * *
7550 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACA-TTCCAAAAATTAATAAG
66 AGCTTATTT-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAG
7604 TGATTTAAAA
Statistics
Matches: 2496, Mismatches: 545, Indels: 513
0.70 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
163 4 0.00
164 74 0.03
165 71 0.03
166 140 0.06
167 87 0.03
168 30 0.01
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171 24 0.01
172 70 0.03
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174 46 0.02
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184 3 0.00
185 7 0.00
187 2 0.00
188 15 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
AGCTTATTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTA
AAAAATAAATATGTTTACAAACAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAAC
Found at i:4650 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 4073--5135 Score: 909
Period size: 182 Copynumber: 5.9 Consensus size: 181
4063 AATTTAATAA
* * *
4073 TAAAAAATAAATATGTTTTGCCG-ATCTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TT-AA-AATTATCTAT
1 TAAAAAATAAATATG-TTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * **
4134 TTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTT-
64 CTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTA-TCATACAAGCTTATTTA
4198 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
128 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* ** * * *
4252 TAAAAAAATTAATATGTTTACATAA-CAAGTTTAAATAGATATAACCATTTGAACAATTATCTAT
1 T-AAAAAATAAATATGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * ** *
4316 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTCGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAATTTATCT-
64 CTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGTA-TCATACAAGCTTATTTA
* * *
4380 GAAATAAAATAATACTACTTCATTAATATTTC-AAAAATTATTAAGCAAGAGATT
128 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * *
4434 TAAAAACTAAAGCTAT-TTT-CCAAACCCAGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAAATATCAA
1 TAAAAAATAAA--TATGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * *
4497 TCTCAAATCGCTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAAAACTATTTGTTATCATATAAGCTTATTT
63 TCTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTG-TATCATACAAGCTTATTT
* * * * *
4561 AGATTAAAATATTACTAATTTAATAATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
127 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * * * * * *
4616 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAATCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATCT
* * * * * *
4681 CAAATCATTTTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTAG
66 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--GTATCATACAAGCTTATTTAG
* *
4745 ATTAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
129 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * **
4797 TGAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAGCTT-AAATTGTTATTATTATTTGAACAATTATCTA-
1 TAAAAAATAAATATGTTTACCGAATC-AG-TTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTAT
* * *
4859 CTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAAAAGCTTATC
64 C-TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--GTATCATACAAGCTTAT-
* * * * *
4923 CT--AATAAAATAATTCTACTTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAG-GT
125 TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
* * * * **
4975 TAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATAAAT-
1 TAAAAAATAAATAT-GTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATC
** * * * * *
5038 TATAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTT
65 TA-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTGT-ATCATACAAGCTTA-TTT
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Statistics
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TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
Found at i:4884 original size:363 final size:361
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* * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* *** *
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* * * *
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* * * * *
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128 TTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAGAA-CAAGTTT-AAATA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
4949 TATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAG-GTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATC-GAATC-GGTTCAA
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** * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
5133 CAAGAA-T--T-AGTAAGAGATCTAAAAA-TAAA-TA-GTT--ATGA-CT
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* * * * * ** ** * *
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* * ** * * * *
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** * ** * * * * ** *
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** * * * * * * * *
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* ** * ** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AGT-TCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTATTATGAAC-TTTTGTTT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
5830 TTAATAACCAAGAAAATTAAAAGA-TAAATCTAATTGT-CAAA-GG
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* * ** * * *
5873 AGTTCAAATAGTTAAGA-CTATATGAATGATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCATTT-TTTT
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* * * * * * * *
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* *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
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* **
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127 ATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTTAAATA
** * * * *** * * * *
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*** * * * *
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* * * * * *
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* * *** * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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127 ATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTTAAAT
* * * * * * * *
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* ** * * ** *
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** * * ** *
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTATTATGA-ACTTTTGTTTT
* * ** * * * * ** *
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64 GTCATAAAACAATTATTTGTA-TCATAAAAGCTTATT-TAGATAAAATATTACTAATTTATTAAT
* * * *
7058 ATTTC--AAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACCA-AATCAA-TTCAAAT
127 ATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAA-CAAGTTTAAAT
** * ** * * * * *
7119 A-ATTATGGCTATTTCAACAATTACCTATTTTCAAATCGTTATGAACATTTT-TTCA-TCATAAA
190 AGA-TATAACCATTAGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTAT-AACCTTTTATTTAGTCATAAA
* * * * * * * *
7181 AAAATTGTTTTTC-A-TCATAAAAGCCTGTTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-
252 ACAATTG--TTTCAATTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAACATTTCA
* * * *
7243 AAAATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTA-TTT----ATC-
315 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA-CTATTTTCCAAACCA
* * * * * * * *
7284 -G---AAGTAGTT-T--TTATTTGAATAATTACCTATTTCCAAATCATTAT-AACTTTT-TATTC
1 AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTAATT-CAAATTATTATGAACTTTTGTTTTG
** * * * * * *
7340 T-ATTCTAATAATTATTTCAGT-TTATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
65 TCA-TAAAACAATTATTT--GTATCATAAAAGCTTATTT-AGATAAAATATTACTAATTTATTAA
* * * * *
7403 TA-TT-ATGAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTC-GAAGCAA-TTTA
126 TATTTCA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATATGTTT-ACAGAA-CAAGTTTA
* * * * ** * *
7464 AATAG-T-TAAGACAATACGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-ATTTTATTTTGTCAT
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* * * * * * * * *
7526 AAAATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCC
249 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAACATTTC
* * * ** *
7591 AAAAATTAAT----AAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTAT-TGAATC-
314 AAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACT-AAACTATTT-TCCAAACCA
* * ** * * * ** * *
7635 ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTG-TTTG-
1 AGTTCAAATAGTTATGATCATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGT
* * * * *
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* * * * * *
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130 TCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAGAACAAGTTTAAATAGA-
* * * * * * * ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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** * * *
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** ** * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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** * * * * *
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* *** ** * *
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * *
9426 TCGTAAACCAATTGTTTTTGT-TCATAAAAGCTTATTT-GCTACAAAATAATACTAATTTATTAA
65 TCATAAAACAA-T-TATTTGTATCATAAAAGCTTATTTAG--ATAAAATATTACTAATTTATT-A
* * * ** * ** *
9489 AAATTT--AAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAAATATGTTTATTGAGCGGGTTTGA
125 ATATTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATATGTTTACAGAACAAGTTTAA
* * * * * * * * * * * *
9552 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTCTT-CTTATAAA
188 ATAGATATAACCATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAT-TTAGTCATAAA
* * * * * * * *
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252 ACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCT-GAAATAAAATAATACTAATTCATTAACATTTC-A
*** * * * *
9679 AAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAA-TTTGTTTACTAAA-TA
315 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAACTAT-TTT-CCAAACCA
* * * * * * **
9726 AGTTCAAATAGTTAAG-TCTATTCGAACTATTAACTATTTCAAATCATTATTTTA-TTTTGTTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGATC-ATTTGAACAATTATCTAATTCAAATTATTA-TGAACTTTTGTTTT
**
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CATAAAACAATTATTTGTATCATAAAAGCTTATTTAGATAAAATATTACTAATTTATTAATATTT
CAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTTAAATAGATAT
AACCATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTT
TCAATTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTAATTCATTAACATTTCAAAAATTAATAA
GCAAGAGATTTAAAAACTAAACTATTTTCCAAACCA
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4996 GAATCGGTTC
* * * *
5006 AAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATAAATTAT-AAATTGTTATTACCTTTTGTTTTATCATA
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*
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129 AAGAATTAGTAAGAGATCTAAAAAT
* * ** *
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*** *
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AACAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
GAATTAGTAAGAGATCTAAAAAT
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TAAAATAATTA
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*
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*
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ATTCAAATTAATAATA
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* * * * * ** * * *
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** * * * * ** * *
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** * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * * **
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* * **
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* ** * * * * * *
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** *
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* * *
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* *** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * ** ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * **
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* * * * * ***
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* * *
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127 AAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAAAAGTTCAA
* * * * ** * * *
7288 -TAGTT-T--TTATTTGAATAATTACCTATTTCCAAATCATTATAACTTTTTATTCTAT-TC-T-
1 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATTGTTATGACCTTTTGTT-T-TGTCATA
* * ** *
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63 AAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-
* ** * * * * *
7410 AAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAA-TTTAA
126 CAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAT-AAATGTGTTTATCGAA-AAAGTTCAA
* ** * * ** *
7465 ATAGTTA-AGACAATACGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAATTTTATTTTGTCATAAA
1 ATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * * *
7529 ATAATTGTTTTAGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAA
65 ACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--A
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128 AATTAATAAG
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CAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAT
TAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTATCGAAAAAGTTCAA
Found at i:6428 original size:166 final size:167
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* *
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* * *
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* * *
6317 AGTTTATACGGAATAAAATTATAAAAATTTATTAATAAGT
128 AGCTTATACGAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATAAGT
* * ** **
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*
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* **
6485 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
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Statistics
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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127 TCACAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAAAATA
* *
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1 AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTT
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AATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTCATCAAACTAGT
TCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATATACTTCAAAATGTTATAACATTTTGCTTTGTCAC
AAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTAATTTGAAATAAAATAAAATA
Found at i:8783 original size:179 final size:176
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*
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* ** *
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* * * * * * * * *
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1 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATATATTTATC-AA-ATAGTTCAAATGATTATGACTATTTGAACA
** * * *** ** * *
9031 ATTAACTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAATA
63 ATTATTTATTTCAAAT-AGTTAT-AACTTTT-TTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACA
* ** *
9095 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTAAATTAATGAG
125 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * * * *
9149 TAATAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAAT-AGCTATGACTATCTAAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAT-AGTTCAAATGA-TTATGACTATTTGAACAA
* * * * *
9213 TTATCTATTTTAAA-ACATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCA
64 TTATTTATTTCAAATA-GTTAT-AACTTTT-TTTTGTCATAAAAC-ATTTGTTTCTGTTCATACA
* *
9276 AGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAG
125 AGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG
* * * * * * **
9330 TACA-A-ATTTTAAAAATAAATCTGTTT-TCTACACA-TTCAAATAATTATTTCTATTTGAACAA
1 TA-AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAATAGTTCAAATGATTATGACTATTTGAACAA
** * * * * * * * *
9391 TTATCCATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCGTAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAG
64 TTATTTATTTCAAATAGTTAT-AACTTTT-TTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * *
9456 CTTATTTGC-TACAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTTAAAAATTAATAAG
127 CTTA-TT-CAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTCAAAAATTAATAAG
* * * * **** **
9508 TAAAATATTTTAAAAAATAAAATATGTTTATTGAGCGGGTTTGAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
1 TAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATATATTTA-TCAAATAGTTCAAATGA-TTATGACTATTTGAAC
* * * * * **
9572 AATTATTTATTTCAAATTA-TTATGATCTTTTGTCTTCTTATAAAACAATTGTTTCTACTCATAC
62 AATTATTTATTTCAAA-TAGTTAT-AACTTTT-TTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCATAC
** * *
9636 AAATTTATTCGAACTAGAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
124 AAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG
** * * * * * *
9691 TTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAATAAGTTCAAAT-AGTTAAGTCTATTCGAACT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATC-AAAT-AGTTCAAATGA-TTATGACTATTTGAACA
**
9754 ATTAACTATTTCAAAT
63 ATTATTTATTTCAAAT
9770 CATTATTTTA
Statistics
Matches: 1056, Mismatches: 201, Indels: 146
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 33 0.03
167 55 0.05
168 46 0.04
169 4 0.00
170 2 0.00
171 1 0.00
176 2 0.00
177 10 0.01
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183 114 0.11
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAATAGTTCAAATGATTATGACTATTTGAACAATT
ATTTATTTCAAATAGTTATAACTTTTTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA
TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAG
Found at i:8967 original size:166 final size:169
Alignment explanation
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Period size: 167 Copynumber: 2.0 Consensus size: 169
8729 ATTTTTTCTG
8739 TTCATACAAGGTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGGTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
* * * * *
8804 AAGATTT-AAAAAATAAGTATGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTA
66 AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTA
** *
8867 TTTATTTCAAA-AAGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAA
131 ACTATTTCAAATAA-TTATGACCT-TTTGTTTTGTAATAAA
* * **
8906 TTCATACAAGGTTA-TTCAGATTAAAATAATAC-TAATTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGGTTATTTCA-AATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTA
* * * *
8969 AAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTGAAATAATCATGATTATTTGAATAATT
65 AAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATT
*
9034 AACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAA
130 AACTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAA
9074 ACAACGGTTT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 17, Indels: 9
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
166 40 0.27
167 55 0.38
168 48 0.33
169 3 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTCATACAAGGTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATCATGACTATTTGAACAATTA
ACTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAA
Found at i:9413 original size:527 final size:528
Alignment explanation
Indices: 8378--9424 Score: 1267
Period size: 528 Copynumber: 2.0 Consensus size: 528
8368 TTTGTTTCTG
* *
8378 TTCATACATGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
* * * ** *
8443 AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTCATGATTATTTGAATAATTAT
66 AAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAAATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTAA
* * *** ** * *
8508 CTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCATATAAGTTT
131 CTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTTCTTTTGTAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAATAAGCTT
* * * *
8573 ATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA
196 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAA
* * * * * * * * ***
8638 GAATCTATTTATCAAATAAGTTTAAATGATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATTGC
261 AAATCTATTTACCAAATAAGCTCAAATGACTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTGAAAACAC
* * *
8703 TATAACATTTTGTTTTGACATAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGGTTATTTCAAATAAAATAA
326 TATAACATTTTGTTTTGACATAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* *
8768 TACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTATGTTTATCAA
391 TACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAA
* **
8833 ACAAGTTCAAATGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAAGTTATGA-CTCTTTGTTT
456 ACAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAAAGTTATGATCT-TTTGTTT
8897 TGTCATAAA
520 TGTCATAAA
* **
8906 TTCATACAAGGTTATTCAGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
*
8970 AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC-AAATTGAAATAATCATGATTATTTGAATAATT
66 AA-ATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAAA-TCAAATAATCATGATTATTTGAATAATT
*
9034 AACTATTTCAAATCA-TTATGA-CCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAATAAG
129 AACTATTTCAAAT-AGTTATGACCCTTTTCTTTTGTAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAATAAG
* ** * *
9097 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTAAATTAATGAGTAATAGACTTAAA
193 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAA
* * * * *
9162 AAATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAAT-AGCTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTTAA
258 AAA-AAATCTATTTACCAAATAAGCTCAAATGA-CTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTGAA
* * * *
9226 AACATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTAAA
321 AACACTAT-AACATTTTGTTTTGACAT-AAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA
* * * *
9289 TAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACA-AAAATTAATAAGTACAA-ATTTTAAAAATAAATC
383 TAAAATAATACAAAATT-ATTAATATTA-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* ** **
9351 TGTTT-TC-TACACA-TTCAAATAATTATTTCTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATG
446 TGTTTATCAAACA-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAAAGTTATG
9413 ATCTTTTGTTTT
509 ATCTTTTGTTTT
9425 ATCGTAAACC
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 68, Indels: 27
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
526 10 0.02
527 169 0.39
528 189 0.43
529 66 0.15
530 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (528 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
AAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAAATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTAA
CTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTTCTTTTGTAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAATAAGCTT
ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGACTTAAAAAA
AAATCTATTTACCAAATAAGCTCAAATGACTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTGAAAACAC
TATAACATTTTGTTTTGACATAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
TACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAA
ACAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAAAGTTATGATCTTTTGTTTT
GTCATAAA
Found at i:9786 original size:542 final size:528
Alignment explanation
Indices: 8378--9811 Score: 1407
Period size: 542 Copynumber: 2.7 Consensus size: 528
8368 TTTGTTTCTG
* * * * *
8378 TTCATACATGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATT-AATATTTCAACAATTAATAAGTA
1 TTCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTT-AACAATTAATAAGTA
** *
8442 AAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTCATGATTATTTGAATAATTA
65 AAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC-AGATTGAATAGTCATGATTATTTGAATAATTA
* * * * **
8507 TCTATTTCAAA-TAGTTATGACCCTTT-TCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCATATAAG
129 TCTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTGTCTTCT-T-ATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAG
* *
8570 TTTATTCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TTAAGAGATTTAA
191 TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT-AGAGATTTAA
* * * * * * * *
8634 AAAA-GAATCTATTTA-TCAAATAAGTTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTG
255 AAAATAAATTTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTCGAACTATTATCTATTTC
*** * * * *
8696 AAATTGCTA-TAACATTTTGTTTTGACAT-AAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGGTTATTTCAA
318 AAATCATTATTAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAA
* *
8759 ATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAGTAT
382 ATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* **
8824 GTTTATCAAACAAGTTCAAATGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAAGTTATGACT
447 GTTTATCAAACAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAAAGTTATGACT
* *
8889 CTTTGTTTTGTCATAAA
512 CTTTGTTTTATCAAAAA
* * * * * *
8906 TTCATACAAGGTTATTCAGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
1 TTCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTTAACAATTAATAAGTAA
* * * *
8970 AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTGAAATAATCATGATTATTTGAATAATTA
66 AA-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAGATTG-AATAGTCATGATTATTTGAATAATTA
* * * * * ** * *
9035 ACTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAATAAGCTT
129 TCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTCTTCTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGTTT
* * * * * *
9100 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACT-TAAATTAATGAGTAATAGACTTAAAAA
194 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAA
** * * * * * *
9164 ATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAATAGCTATGACTA-TCTAAATAATTATCTATTTTAAAA
258 ATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACT-ATTATCTATTTCAAAT
* * * *
9228 CATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTTAAATAA
322 CATTATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
* * * *
9292 AATAATA-TAAATTGATTAATATTACA-AAAATTAATAAGTACAA-ATTTTAAAAATAAATCTGT
386 AATAATACAAAATT-ATTAATATTA-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* ** **
9354 TT-TC-TACACA-TTCAAATAATTATTTCTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGA-T
449 TTATCAAACA-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAAAGTTATGACT
9415 CTTTTGTTTTATCGTAAACCAA
512 C-TTTGTTTTATC--AAA--AA
* * *
9437 TTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATT-TGCTACAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTTAAAAAT
1 ---------TTCATAAAAGCTTATTCAGAT-CAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTTAACAAT
* * * * * *
9501 TAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAAATATGTTTATTGAGCGGGTTTGAATAGTTATGACTAT
56 TAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAAAT-AAATATGTTTATCGAAC-AGATTGAATAGTCATGATTAT
* * * * *
9566 TTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTCTTCTTATAAAACAATTGTTTCTACT
118 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTCTTCTTATAAAACAATTGTTTCAATT
* * * * *
9631 CATACAAATTTATTCGAACTAGAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGA
183 CATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGA
* * *
9696 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTAAGTCTATTCGAACTATTAACT
248 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACTATTATCT
** **
9761 ATTTCAAATCATTATTTTATTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTGTT
313 ATTTCAAATCATTATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTT
9812 AGCTTTATAG
Statistics
Matches: 727, Mismatches: 140, Indels: 64
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 12 0.02
527 152 0.21
528 188 0.26
529 72 0.10
530 4 0.01
531 2 0.00
539 2 0.00
540 27 0.04
541 44 0.06
542 216 0.30
543 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (528 bp):
TTCATAAAAGCTTATTCAGATCAAAATAATACTAATTTATTAAAAATTTAACAATTAATAAGTAA
AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAGATTGAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTCTTCTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGTTTAT
TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATA
AATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTCGAACTATTATCTATTTCAAATCATT
ATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
TACAAAATTATTAATATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAA
ACAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCCATTTCAAAAAGTTATGACTCTTTGTTTT
ATCAAAAA
Found at i:12131 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 12110--12165 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
12100 ATAGTCATAA
12110 CTATTTGAATAATTAT
1 CTATTTGAATAATTAT
*
12126 CTATTT-CA-AATCTCAT
1 CTATTTGAATAAT-T-AT
12142 AACTATTTGAATAATTAT
1 --CTATTTGAATAATTAT
12160 CTATTT
1 CTATTT
12166 CAAATTGCTA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 12
0.70 0.04 0.26
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.09
15 2 0.06
16 14 0.44
18 8 0.25
19 2 0.06
20 3 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.04, T:0.48
Consensus pattern (16 bp):
CTATTTGAATAATTAT
Found at i:12144 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 12095--12170 Score: 136
Period size: 34 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
12085 AATGAACAAG
*
12095 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
12130 TTCAAAT-CTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
12164 TTCAAAT
1 TTCAAAT
12171 TGCTATGACC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
34 33 0.82
35 7 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (35 bp):
TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
Found at i:12432 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 12143--22628 Score: 6572
Period size: 181 Copynumber: 58.2 Consensus size: 179
12133 AAATCTCATA
* * * ** *
12143 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAACTGTAT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-T
* * * * * * *
12208 TAGTTCACATAGGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAG
65 TTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** *
12273 TAAGATATTTAAAATATGAATGTGTTTACCGGACAAGTTCAAATGGTTATG
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
12324 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-CGTTATAACCTTTTGTTGTGTCATCAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
12388 ATGTTCATATAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
66 -TGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
12452 GCAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACATA-TTCAAATAGTTATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * *
12503 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
12568 CTATTCATACAAG-TGTATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
66 -TGTTCATACAAGCT-TATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
12632 GTAA-AAATTTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCATATCA-TTATG
128 GTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
* * * * ** *
12684 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * ** * *
12749 CTATTCATACAAGTTTAGTTAGATTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATCAATAGG
66 -TGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * ** *
12814 TAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTTTTTACTGAACAAGTTTAAATAGATT-TG
129 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * *
12866 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
12930 TTAGTTCATA-AAACTTATCT-GAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TT-GTTCATACAAGCTTAT-TAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
12993 AGCAAGAGATTTTAAAACTAAAGT-TGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
13046 ACTATTTGAAGAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTATT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-T-GT
* * * * *
13109 TTTGATCATATAAGCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA
64 TTTGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
13171 -TAAGAGATTTAAAAAATTAATGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
13222 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * *
13287 CAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
66 -TGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * *
13351 GCATGAGATTTGAAAATATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
128 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * * *
13404 AATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATT-TGACCATTTGTTTTATCATAAAATAGTTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
13468 TAGTTCATAAAATCATATCCA-AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG
66 T-GTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
13532 TAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAATTATG
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
13583 GCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAAAACTGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC--ATAAAACAATTGT
*** * * * *
13648 TTTCAACATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAA-T--TAA
64 TTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
13710 -TAAGAGATTTAAAAAATATATCTATTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
13761 ACTATATGAATAATTACCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
13826 CTATCCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTGAAAATTAATAA
66 -TGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * * * **
13890 CTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAACTAGTTTAAACAGTTAAA
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** *
13942 ACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
14007 TAGCTCATACAAGATTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATT--T-A-
66 T-GTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** ** * *
14067 TAAG-GATTTAGAAAATAATTTTGTTTACTAAATTAGTTTGAATAATTATA
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * *
14117 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT-TGCTTTATGTTTTGTCATAAAATAATTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT
* * * * * * *
14181 TTTGTTAATATAAGTTTATTCGAAAGAAAATAACACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATC
64 TTTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA
* * * * * * * *
14245 AGTAAGAGAATTAAAAAGTAAATTTGCTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
14298 TCTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCATTATAACATTTTAG-TTTGTCATCAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * * * * * ** *
14362 TCTATTCATACTAGTTTATTTAGAATAAAATAACATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAA
64 TTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** * ** * *
14427 -TCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAG
128 GT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * *
14479 ACTACATGAATGATTATCTATGTT-AAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
14543 TTATTCATACAAGCTTATTAGGATTTAAATAATACTAATTCGA-TAATGTTTTAAAAATTAATAA
65 TTGTTCATACAAGCTTATTA-GAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
14607 GT-A-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATGGTTAAG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
14657 ACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCGTTATCACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
14722 CAGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATCCTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATTA
66 -TGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-TA
** * * * *
14786 CAAAAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATT
127 -AGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
14841 ACTATTT-AAGTAATTGTCTATTT-AAATTCGTTATAACCAGTATTTGAGTAATTGTCTATTTAA
1 ACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACC--T-TTT--GT-TTTGTC-A--TAA
* * * * * *
14904 AATC-ATTATAATCACTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAGCACAAATTTAA-ACAAA
55 AA-CAATTGT--T---TTG---T-TCAT---ACAA--GCTT-A-TTAGAATAAA-ATAATAC-TA
** * * * *
14967 ATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTT
101 ATTTATTAATA-T------TTCA-A------AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** ** *
15032 GTTTACCGAATTAGTAAAAATAATTATG
152 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
15060 GCCATTCGAA-AGATTATCTATTTGAAATCGTTATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
15124 TT-TAATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
65 TTGT--TCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * **
15188 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAGTTACA
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
15241 ACTATTTGAACAATTTTCAATCTC-AATTGTTA-AGATC-TTTGTTTTATAATTAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
15303 TTTTTACCATAAAAGCTTATTCA-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAA--ATT
65 TTGTT--CATACAAGCTTATT-AGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * *** * * **
15364 AA-TAAGAGATTTAAAAATTAAATGTGCTTGCGGCACCAGTTCAAATAATTAAA
126 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * ** ** * *
15417 ACCATTAGAATAATTATCTATTACAGATTGTTTTGATATTTTGTTAAGT--TAAAAAATATTCAT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATT-GT
** * * * * * * * **
15480 TTCATATCTTATAAGCTTATTCGAAATAACATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAA-A
64 TTTGT-TCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** * *
15544 ACGAAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATA
127 A-GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
15599 ATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGACATATAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * * *
15664 CAATTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAG
66 -TGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
15729 TAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATG
129 TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
15780 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
** * * * * * *
15845 CAGTTCCTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAG
65 TTGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * ** * *
15910 T----TATTTAAAAAGTGAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATC
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
15957 ACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
16022 TATATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
66 TGT-TCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
16087 TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATG
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** ** * * *
16137 ACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAAATTTTTACAAAATAAACCTTTTGTTCTATTATAA
1 ACTATTTGAATAA-T-TAT-C-T-ATTTCAAATCGTT-----AT-AACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
16202 AATAATTATTTATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT-AA
55 AACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** * * * * *
16266 AAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTTAATTTGTTAAG
118 AAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
16329 ACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
16393 TCGATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTACAAAAA-T--TA
66 T-G-TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
16454 A-TAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACTAGTTCTAATAATTATG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
16506 ACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAAAT-GTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ATTTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
* * * * * * *
16568 TTTGTTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTACAAAAA-T--TCA
64 TTTGTTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
16630 -TAAGAGATTTTAAAAATAAATCTTTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATA
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * *** * *
16681 ACTATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTCCATTATAAAACAATAGTT
1 ACTATTTGAATAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * ** *
16745 TCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATAA
65 T-TGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
16810 TTAAAAAATTTAAAACATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * *
16862 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAGAA-AATTATT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTT
* * * * * * * *
16925 TCAGTTCATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAATAGTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAA
65 T-TGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * ** * *
16990 TTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * *
17042 ACTATTTAAATAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TC
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-
* * * * * * * *
17105 ATCTATTTATACAAGCCTATTTCAG-ATAAAATAATTCAAATTTATTACTA--ACAAGATAATTA
64 -TTTGTTCATACAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTA
* * *
17167 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCACAA-AAGTTCAAATCGTTATG
124 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
17223 ACTATTTGAA-CA--A-CGAATT---A---TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
17278 CTGTTCATACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAGTAA
66 -TGTTCATACAAGCTTATT-AGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
17342 GCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTCATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
17394 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG-CAATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTT
** * * * * *
17458 GCGGTTAACATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATGA
65 -TTGTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * *
17522 GTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATG
128 GTAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
17575 ACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAATAATTGGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * *
17639 TTTGTTCATCCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTT-AT
64 TTTGTTCATACAAGCTTA-TT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * ** *
17701 AAGCGAA-A-ATTTGAAAAATGAATTTTTTTATTAAACACGTTCAAATAGTTATG
126 AAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
17754 ACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
17819 CTATTCATGCAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAA
66 -TGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * *
17882 GCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
17934 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
17999 CTATTCATAAAAG-TATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
66 -TGTTCATACAAGCT-TA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * * **
18062 AGTTAGAGATTTAAAGAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCCTG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** ** * * * * *
18115 TCTATTTGACCAAACATCTATTTCGAA-CTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATGCCA
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT--AA-AA---CA
* ** * *
18179 ATTATTCAAAATAATTGGCATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTACTA
59 ATT-GT-----T--TT-G--TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *** * *
18244 TTTCAAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATT
112 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
*
18304 AAG
177 ATG
* ** * * * * *
18307 CCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGAA-CTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
18371 TTAATGT-ATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAAT
65 TT-GT-TCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT
* * *
18434 AAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
126 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * **
18487 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * * * * ** *
18552 TTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAATTTTGATA
64 TT-TGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
18616 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TAGAATCAA-TTCAAATAATTTTG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCA-AA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
18669 GCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GATTATGAA-TTTTTGTTTTATCATAAAATAATTAT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
18732 TTT-TCATCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAAT
64 TTTGT--TCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* ** ** * *
18796 AAGTAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATG
126 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
18850 ACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * * * * *
18915 TTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAATTTAATAA
65 TTGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * ** *
18979 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTAAG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * * * *
19031 ACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * **
19096 TAGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGCGT-AAA-AA-A--AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-A
66 T-GTTCATA-CAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * *
19151 GTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
19203 AGTATTTGAACAATTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAAATGCTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
** * * * * ** *
19268 TTGTTCATGTAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTTGAAAATTAAGAAG
65 TTGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
19333 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATA
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * * *
19384 ACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATCATGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTAT
1 ACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
19447 TTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAA
64 TT-TGTTCATACAAG-CTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA
* * ** * * **
19510 -AATGTAACG-GATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCTGACGAGTGCAAATAGTTAAA
125 TAA-GTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ***
19565 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
19630 CTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA
66 -TGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * **
19694 GTAAGAGCTTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
19746 ATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTATTTTGTTATAAAACAAATTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTT
* * * *
19811 TTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATACAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATG
65 TTGTTCATACAAGCTTA--TTAGAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* **
19874 AGTAA-A-AATTAAAAAA-AAAGT-T-TTT--TGAACACA-TTCAAATAGTT-TG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
19920 ACTATTTG-ATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTTGT
1 ACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT
* * * * * *
19984 TTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATA
64 TT-TGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
20049 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAACTTCAAATAGTTATG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
20102 ATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
20167 CTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
66 -TGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * *
20231 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
20283 TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * ** * **
20348 CTATTTGTGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAA-T--TAA-
66 -TGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
20409 TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGTA-GAAAC-AGTTCAAATAGTTATG
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TT-TACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * ** * * * * *
20460 ATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTT
* * * * *
20524 TCTTTTTATACAAGTTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-
65 T-TGTTCATACAAGCTTATT-AGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
20587 A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * * *
20637 ACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
20702 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGA
66 -TGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* **
20766 GTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * * ** * *
20813 ACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTACGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * * *
20877 TCGGTTCAAAAAAACTTATCT-GAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTAAAACTTAGTA
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* * * *
20941 AGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCGC-ACCAA-TTCAAATA-TTATG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG-TTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
20993 ACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * *
21057 TCTAATCATACAAGGTTTTTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TA
65 T-TGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* ** * * * *
21117 A-TAAGAGATTTAAAAAAT--ATATGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
21167 ACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
** * *
21232 CAGTTTATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA
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* * * * *
21296 GCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
128 GTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
21349 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
21414 TTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTC-AAAAGT--TAA
65 TT-GTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** *
21476 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAATTATG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * ** * * ** * * * ** *
21527 GCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCATTATTGCTTTTTATTTTGTCTTAAAA-TTTTTTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * **
21591 TAAAT-ATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAA-T--TAA-
66 T-GTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * *
21651 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATG
129 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
21702 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTT
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* * * * *
21767 CTATTTATACAAACATATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAATAA
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* ** * *
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* * * * * * * * * * * *
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
21947 TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA
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* * *
22012 G---G-GATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GACATAGTTCAAATAAG-TATGG
128 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAAT-AGTTAT-G
* * * * * * * *
22061 GC-ATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
22125 T-TCAACATTCAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA
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* * *
22186 -TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTG
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* * * * *
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1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
22302 CTATTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTA-TTCTAAAAATTAATAA
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* * * * * * *
22366 CTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAG
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** * * * * * * * *
22418 ACTACATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTT
1 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
22483 CAGCTT-ATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTC-AAAATT--T-
66 -TG-TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATA
* * * * * ** *
22542 TGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATTGAACCAA-TTCAAAT-GATTATG
127 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * * *
22595 ACTATTTGAACAATTATCAATTTTAAATCATTAT
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22629 TACTAATTTA
Statistics
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Found at i:14522 original size:896 final size:886
Alignment explanation
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Period size: 896 Copynumber: 11.5 Consensus size: 886
12223 TATTTGAAAT
* * * * * * *
12233 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGATATTTAAAATATGAATGTGT
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** * ** * * **
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* *
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*
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* * *
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* * * * * *
12615 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCATATCAT
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* * * * **
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** *
12997 AGAGATTTTAAAACTAAAGTTGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAATA
749 AGAGATTTAAAAAATAAAGTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAAGAAATA
* * *
13062 TCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACATCTATTTTTGATCATATAAGCTTA
814 TCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCATAAAACATCTATTTTAGATCATACAAGATTA
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879 TTCGGATA
*
13135 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAATGTATTTAC
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* * ** *
13200 CAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-TGCTCTGACCTTT
66 CAAACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTATATG--CTTT
* * * *
13263 TGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT
128 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-ATGTTCATATAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
13327 TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTGAAAATATAAATCTAT-TTA-CTAAACAAG
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* * * * * *
13390 TTCAAATAGTTATGAATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCATT-TGACCA-TTTGTTTTATC
251 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGTC
* * ** * *
13453 ATAAA-ATAGTT-GTTTTAGTTCATA-AAATCATATCCA-AATAAAATAATACTACTTTATTAAT
315 ATAAACA-A-TTGGTTCTA-TTCATACAAGT-ATATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
* * *
13514 ATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAATTCAAATAA
376 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACCAGTTCAAAT-A
* * * *
13578 TTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAA
438 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATAATCTTTTGTTTTGTC-AAAAAAAA
* * *
13642 AACTGTTTTCA-ACATACAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAGAA
501 AACTGTTTT-ATTCATACAAGTTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAA-AA
* *
13706 TTAATAAGAGATTTAAAAAATATATCTATTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATATGA
563 TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGA
*
13770 ATAATTACCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTATCCATA
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* * *
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* * * * * **
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755 TTAAAAAATAAAGT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAAGAAATATCAAT
* ** * *
13963 TTCAAATTGTTATGA-CAATTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TATTTTAGCTCATACAAGATTATT
819 CTCAAATCATTATGATC--TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTATTTTAGATCATACAAGATTATT
14026 C-GA-A
881 CGGATA
* * * * *
14030 ATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTTATAAG-GATTTAGAAAA-TAATTTTGTT
1 A-A-AATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAA-TGTATT
* * ** *
14092 TACTAAATTAGTTTGAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTAT-TGCTT
63 TACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTATATGCTT
* * * * * * *
14156 TATGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTAATATAAGTTTATTCGAAAGAAAATAACACTAAT
127 T-TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATATAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAAT
* * *
14221 TTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGAATTAAAAAGTAAATTTGCTTATC-AAACCATT
190 TTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAA-TAAATTTG-TTATCTAAACCATT
* * * *
14285 TCAAATAGTTTTGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCATTATAACATTTTAG-TTTGTCA
252 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTT-GTTTTGTCA
* * * * *
14349 TCAAACAATTGGTTCTATTCATACTAGTTTATTTAGAATAAAATAACATTAATTTAATAATATTT
316 T-AAACAATTGGTTCTATTCATACAAGTATATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTT
** * * * * * *
14414 TGAAACTTAATAA-TCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAA
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** ** * ** * *
14478 GACTACATGAATGATTATCTATGTT-AAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTC-GTAAAACAATTG
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* * * *
14541 TTTTATTCATACAAGCTTATTAGGATTTAAATAATACTAATTCGA-TAATGTTTTAAAAATTAAT
506 TTTTATTCATACAAGTTTATTA-GATTAAAATAATACTAATTC-ATTAAT-ATTTCAAAATTAAT
* * * * *
14605 AAGTAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAT-AAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATA
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* * * * * *
14669 ATTATCTATTTGAAATCGTTATCACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTC-AGCTCATACA
630 ATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATC-CATACA
* * * * * * **
14733 AGCTTATTCAAAATAAATTAATCCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATT
693 AACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TA-AGCAAGAGATT
* * * * * * * * * *
14798 CAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG-TAATTACTAT-TTAAGTAATTGTCTA
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* * * ** * * *** * * * *
14861 T-TTAAATTCGTTAT-AAC-CAGTATT-TGAGT-AATTGTCTATTTAAAATCATTATAATCACTT
818 TCTCAAA-TCATTATGATCTTTGTTTTCTCA-TAAAACATCTATTTTAGATCA-TACAA-GA-TT
* *
14921 GATTTGTCATA
878 -ATTCG-GATA
**** * * * * * * * * *
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1 AAA-ATA-AAACTAATTTA--ATAATATTT-CA-AAAAT-TAATAAGA--GATTTA-AAAAATTA
* * * * * * * * *
14995 TTGAAATTA--ATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTAAAAATAATTA
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* ** * * * ** **** *
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* ** * * * * *
15121 GTTTTTAATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAA
148 GTTTATGTTCATATAAGCTTATTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAA
* * * * * **
15186 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTATC-GAACTAGTTCAAATAGTTACAACTATTTG
211 TAAGCAAGAGAATT-AAAAATAAAT-T-TGTTATCTAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
15249 AACAATTTTCAATCTC-AAT--TGT-TAAGATCTTTGTTTTATAATTAAACAATT-GTTTTTTTA
273 AACAATTATCTATTTCAAATCAT-TATAACAT-TTTGTTTTGTCA-TAAACAATTGGTTCTATT-
* * * * *
15309 CCATAAAAGCT-TATTCA-ATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAG-
334 -CATACAAG-TATATTTAGAAT-AAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * ** * * *
15370 --AGATTTAAAAATTAAATGTGCTTGCGGCACCAGTTCAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTA
395 AAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * * ** * * ** * * * * *
15433 TCTATTACAGATTGTTTTGATATTTTGTTAAGTTAAAAAATATTC-ATTTCATATCTTATAAGCT
459 TCTATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAAACTGTTTTAT-TCATACAAGTT
* * * * * * * *
15497 TATTCGAAATAACATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAAAATTAA-AACGAAAAAGATTTGAAA
523 TATTAG-ATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTT-CAAAATTAATAA-G----AGATTT-AAA
* * * * * * *
15561 AAATAAATCTGTTTACTGAAT-AAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTAAA
580 AAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTTAA
* * * * * * * *
15625 ATTGTTATGACCTTTCGTTT-TGACATATAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAGCATATCCAAAA
644 ATTGTTATAACCTTTTGTTTAT--CATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAA-CTTATTCAGAA
* * * * *
15688 TAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAAATAAATTT
706 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAGTT
* * * * * * ** * * * * * * * * *
15752 ATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC
770 GTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAAGAAATATCAATCTCAAATCATTATGAT
* ** * * * * * * *
15817 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGCTTCAGTTCCTATAAGCTTATT-TGAAA
835 C-TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTATTTTAGATCATACAAGATTATTCGGATA
* * * * ** * * * *
15869 TAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAGTTATTTAAAAAGTGAATATGTTTA
1 -AAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAATGTATTTA
* * * * * *
15934 CCAAATTAGTTCAAATAATTATCACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGT-TACCTTT
65 CCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTATAT-GCTTT
* * * * *
15998 TGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTAT-ATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
128 TGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTATGTTCATATAAGCTTATT-TGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
16062 TCTTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAAATTTGTT-TACTGAATCAGTTC
191 TATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTAT-CTAAACCATTTC
* * * * *
16126 AAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAAATTTTTACAAAATAAACCTTTTG
254 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC--A---TT-----AT-AACATTTTG
* * * * ** * * * * * * *
16191 TTCTATTATAAAATAATTATTTATGTTCATACATGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATCTA
308 TTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTATTCATACAAG-TATATTTAGAATAAAATAATAATAATTTA
* * * * * * ** * * *
16255 ATAATATTT-AAAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTTA
371 TTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCA
* * * * * * * * *
16319 ATTTGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGT-TATA
434 A-ATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAATC-TTTTGTTTTGTCAAAA
* * * * * * * * *
16382 AAATAA-TTTTTTCGATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTA
497 AAAAAACTGTTTT--ATTCATACAAGTTTATTAG-ATTAAAATAATACT-AATTCATTAATATTT
* * * * * * *
16445 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAA-CTAGTTCTAATAATTATGACT
558 C-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
16509 ATTTGAATAATTTTCTATTTCAAAATGTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ATTTGTTTTTG
622 A-TTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* * ** * * * * *
16572 TTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTAC-AAAAATTCAT----A
685 TCCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGCA
* * ** * * * * *
16632 AGAGATTTTAAAAATAAA-TCTTTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AGCAAT
749 AGAGATTTAAAAAATAAAGT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAAG-AAA
* * * * * * *
16695 TAAT-TATTTCAAATCGTTTTGA-CTTT-TTGTTCCATTATAAAACA-ATAGTTTCTA-TTCATA
812 T-ATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTT-TT-C-TCATAAAACATCTA-TTT-TAGATCATA
* ** *
16755 CAAGCTTATTTAGATT
871 CAAGATTATTCGGATA
* * * * * * * * * *
16771 AAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAA-TAATTAAAAAATTTAAAACATAAATATG
1 AAAATAAAACTAATTTAATAATA-TTT--CAA-AAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATTAATGTA
* * * * *
16835 TTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA--TTATTATGA
61 TTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCTTA-TATG-
* * ** *
16898 CTTTTGTTTTGTCATAAGAA-AATTATTTCA-GTTCATATAAGGTTATTCAAAATAAAATAATAG
124 CTTTTGTTTTGTCATAA-AATAATTGTTT-ATGTTCATATAAGCTTATT-TGAATAAAATAATAC
* * ** * * *
16961 TAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTAT-TTA-CTGAA
186 TAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGAATT-AAAAAT-AAA-TTTGTTATCTAAA
* * * * ** *** *
17024 CAAGTTT-AAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTT
247 CCA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTT
* *** * ** *
17088 TGTCATAAAAAGATTTCATCTATTTATACAAGCCTATTTCAG-ATAAAATAATTCA-AATTTATT
311 TGTCATAAACA-ATTGGTTCTATTCATACAAGTATATTT-AGAATAAAATAA-TAATAATTTATT
* * * * **
17151 ACTA--ACAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACC-ACAAAAGTTCA
373 AATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA-ACCAGTTCA
* * * * *
17213 AATCGTTATGACTATTTGAAC-A--A-C-----GAATTA-TTATAA-CTTTTTATTTTGTC-ATA
434 AAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAATC-TTTTGTTTTGTCAAAA
* * * * * * * * *
17266 AAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
497 AAAAAACTGTTT-TATTCATACAAGTTTATT-AGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCA
* * * * * *
17331 ACAATTAGTAAGCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTACCGAA-CAATTTCAAATAGTCATGA
560 A-AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGA
* ** * * * *
17395 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTT-TGCAATAAAATAATTGTTG
620 CTA-TTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAT-C-ATAAAACAATTGTTT
** * *
17459 CGGT-TA-ACATAAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAAT
682 CTATCCATACA-AA-CTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
* * ** * * * * * ** *
17520 GAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAA-TCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATGACTATCTGA
744 AAGCAAGAGATTTA-AAAAATAAAGT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGA
* * * * * * * * * * *
17584 ACAATTATCTATTTAAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAATAAT-TGGTTTT-GTTC
807 AGAAATATCAATCT-CAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAA-CATCT-ATTTTAGATC
* * **
17646 ATCCAAGCTTATTTCAAAT-
868 ATACAAGATTA-TTCGGATA
* * * * * * * * *
17665 AAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTT-ATAAGCGAAAATTTGAAAAATGAATTTTT
1 AAAATAAAACTAATTTAA-TAATATTTCAAAAATTAATAA--G-AGATTTAAAAAATTAATGTAT
** * * * * * *
17728 TTATTAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGA-C
62 TTACCAAACTA-GTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTAT-ATG
* ** * * * **
17791 CATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATGCAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTA
124 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATATAAGCTTATTT-GAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
17855 ATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA-CCAAGCGA
188 ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGAATT-AAAAATAAAT-TTGTTATCTAAACCA
* * * * *
17919 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTGTTTTAT
250 TTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGT
* * * *
17983 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-
314 CAT-AAACAATTGGTTCTATTCATACAAGTATATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
* * * * * * *
18047 TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAGAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTC
378 TTC-AAAAATTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATA-TT
* * * ** * * *
18112 CTGTCTATTTGACCAAACATCTATTTCGAACTA-TTATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAATAAT
440 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATAGTTATAATC-TTTTGTTTTGTCA-AAAA-AA-
* ** ** * * *
18175 GCCAATTATTCAAAATAATTGGCATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATT
500 ---AA--A--C----T-GTT-TTATTCATACAAGTTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTCATT
* * * ** * *
18240 ACTATTTCAAAAATTAATAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTGAA-CTAGTTCAAATAAT
551 AATATTTC-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
18303 TAAGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGAA-CTTTTATTTAGTCATAAAATAAT
615 TATGACTAT-TGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTA-TCATAAAACAAT
** ** * *
18367 TGTTT-TAATGTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAAT
677 TGTTTCT-ATCCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAAT
* * * * * ** *
18430 TAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATT
740 TAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATA
* * * * * * * * * * *
18493 TGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTT-TTATTTTTATTGTAAAACAAT-TGTTTCA
804 TGAAGAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTT-TTCTCA---TAAAAC-ATCTATTTTA
* * ** *
18556 -ATACATAAAAGCTTA-TCCAAAA
864 GAT-CATACAAGATTATTCGGATA
* * * * ** * *
18578 TAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
1 -AAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAA-AAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATTAATGTA
* * * ** * * *
18641 GTTTA-TAGAA-TCAATTCAAATAATTTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATGATTATG
61 -TTTACCA-AACT-AGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CTTAT-
* * * ** * * * *
18704 AAT--TTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAAT
121 -ATGCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATATAAGCTTATT-TGAATAAAATAAT
* * * * * * ** * *
18767 ACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATAAGTAGGAG-ATGCAAAAAATTGATCTGTT-TACTG
184 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAAT--TAAAAATAAATTTGTTAT-CTA
* * * * **
18830 AATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGC-TTTTGT
245 AACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CATTTTGT
* * ** * * * * * * * * *
18894 TATATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAAT
309 TTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTATTCATACAAGTATATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATT
* * * * * *
18959 AATA-TTCTAAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAA
373 AATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAA
* * * * * * ** * **
19023 TAGTTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGA-CTTTTTGTTTTATC-GTAAA
436 TA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAATC-TTTTGTTTTGTCAAAAAA
* * * ** * * ** *
19086 ACAATTTTTTTAGTTTTTAGTAA-CTTATTTAGCGT-AAA-AA-A--AATTTATTAATATTTCAA
499 AAAACTGTTTTA-TTCATA-CAAGTTTA-TTAGATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC-A
* * * * * * *
19145 AAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATGAGTATT
560 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACTA-T
* ** ** * * * * * *
19209 TGAACAATTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAAATGCTTT-TGTT
624 TGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTG-TTTCTATC
** ** ** * * * * * *
19273 CATGTAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTTGAAAATTAAGAAGTAAGA
687 CATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAAGA
* * * * ** * * ** * **
19338 GATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTT
752 GATTTAAAAAATAAAGTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAAGAAATATCA
* * * * * * *
19403 A-CTTTAAATCATGATGACTATTTGTTTTGTCATAAAAGAAT-TATTTCTA-TTCATAC-AGTCT
817 ATC-TCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTCTCATAAAA-CATCTATTT-TAGATCATACAAG-AT
19464 TATTCGGA-A
877 TATTCGGATA
* ** * * *
19473 TAAAGTAATGCTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAA-AATGTAACGGATTTAAAAAATGAAT-
1 -AAAATAAAACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAA-G--A--GATTTAAAAAATTAATG
** * * * * *
19535 T-TGTTAGCCTGACGAGTGCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGT-T
59 TAT-TTA-CCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCT-TAT
* * *** * * * * * ** *
19597 ATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAA
121 ATG--CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATATAAGCTTAT-TTGAATAAAATAA
* * ** * *
19662 TTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGCTTTAAAAAATGAATTTGTT-TACTG
183 TACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTAT-CTA
* * * * * *** * *
19726 AACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTATT
245 AACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTT
* * * *
19791 TTGTTATAAAACAAATT-TTTTTATTCATACAAGCT-TATTTTA-AATAAAATAATACAAAATTT
310 TTGTCAT-AAAC-AATTGGTTCTATTCATACAAG-TATA-TTTAGAATAAAATAATA-ATAATTT
* * *
19853 -TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAA-TTAAAAAA-AAAGT-T-TTT--TGAACACA-TTC
370 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCGAAC-CAGTTC
* * * * *
19910 AAATAGTT-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGAA
433 AAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAATCTTTTGTTTTGTCAAAA
** ** * ** * * * * * *
19974 ACCAATTTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCA
497 AAAAAACTGTTT-TATTCATACAAGTTTATTAG-ATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC-
* * * * * *
20039 AAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCG-AGCAACTTCAAATAGTTATGA
559 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * * * * * *
20103 TTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
620 CT-ATTGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTC
* ** ** * *
20168 TATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
683 TATCCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGC
* * * * * * *** * * * *
20233 AGGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAACAAT
748 AAGAGATTTAAAAAATAAAGT-TGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATGAAGAAA
* * * * * * * ** *
20297 TATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTA-TTTGTGCAA
812 TATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATCTATTT-TAGATCATACAA
* **
20360 AATTATTTAGA-A
874 GATTATTCGGATA
* * * ** * *
20372 TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGT-TT
1 -AAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-TA-ATGTATT
* * * * * * * * *
20436 GTA-GAAAC-AGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTCAAATAATTATGAT-C
63 -TACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-CTTAT-ATGC
* * * * * * * **
20498 -TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAGTTTATTCAAATTAAAATAATACTA
125 TTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTGTTTATGTTCATATAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATACTA
* * *
20562 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATGTAT-TTATC-GAACC
188 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGCAAGAGAATT-AAAAATAAAT-T-TGTTATCTAAACC
* * * * * ** * * * *
20621 AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
249 ATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGT
* ** * * * ** *
20686 CATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCT-TATTCAAAACAAAATAATAGCAATTTATTAAC
314 CAT-AAACAATTGGTTCTA-TTCATACAAG-TATATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAAT
* * * * * * * * *
20749 ATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGTAATAGA
376 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTT-CAA-ATA
* ** *
20809 TT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-TTACGA-CTTTTTGTTTTGTC-ATAAAA
438 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATAATC-TTTTGTTTTGTCAAAAAAA
* ** ** * * ** * * * * *
20869 CATTTGTTTCGGTTCAAAAAAACTTATCT-GAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTAAA
500 AAACTGTTT-TATTCATACAAGTTTAT-TAG-ATTAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAA
* * * ** * *
20933 ACTTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCGCACCAA-TTCAAATA-TTATGACT
562 A--T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATCAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
20996 ATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCTTTAT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
622 A-TTGAATAATTATCTAT-TTTAAATTGTTATAACCTTT-TGTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
** * * *
21060 AAT-CATACAAGGTT-TTTAG-ATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT---
684 -ATCCATACAAACTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
21119 -AAGAGATTTAAAAAATATA--TGTTTGTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTA-GAATAA
747 CAAGAGATTTAAAAAATAAAGTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTA-TATGAAGAA
* * * * * ** ** * * *
21180 TTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATA-AT-TGCTTCAGTTTATACA
811 ATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTT-GTTTTCTCATA-AA-ACATCTATTTTAGATCATACA
* * *
21243 AGCTTAATCAGA-A
873 AGATTATTCGGATA
* * * *
21256 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATC
1 -AAAATAAAACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATT-AATG
* * * * * * * * *
21320 TGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAA
59 TATTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTATAT
* * ** * *** *
21385 CCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACA
123 GC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAT-GTTCATATAAGCTTAT-TTGAATAAAATAATA
* * * * *
21449 CTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCAAT-TTA-CCAA
185 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAATT-AAAAATAAAT--TTGTTATCTAA
** * * * * ** * ** * *
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246 ACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTT
* * ** * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * *** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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623 T-TGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * * * * *
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686 C-CATACAAACTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGC
* ** * * * *** * *
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748 AAGAGATTTAAAAAATAAAGT-TGTTTGCCAAAC-CAGTTCAAA-CAGTTA-AAACTATATGAAG
* * * * * * * * * * * ** * *
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* * *
22135 AAGCTTATT-TGAAA
872 AAGATTATTCGGATA
* * * * *
22149 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA
1 -AAAATAAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATTAATGTATTTA
* * * * * * **
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* * * * * * * * *
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129 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTATGTTCATATAAGCTTATTT-G-AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * *
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192 ATTAATATTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGA-ATTAAAAATAAATTTGTTATCTAAACCATTTC
* * ** * * ** * * *
22407 AAACAGTTAAGACTACATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAA
254 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAA
** * *
22472 AGCAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCT-TA-TTCGAAATAGAATAA-AACTAATTTATTAAT-T
319 A-CAATTGGTTCTA--TTCATACAAG-TATATTTAG-AATAAAATAATAA-TAATTTATTAATAT
* * * * * ** *
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* *
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ATATTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAATTAAAAATAAATTTGTTATCTAAACCATTTCAAATAGT
TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCATAAACAATTG
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*
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16589 AGAATAAAAT
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CTATTTCAAATAATTAT
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * **
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* * * * ** ** * * **
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189 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACT
* * * * * *
18833 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATA
253 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * *
18898 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAA
317 TCATAAAACAATT-GTTTCATT-ATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
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1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC-AAAA-TT--T-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATT
* * ** * * * * * * *
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* * * * ** * * **
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*
19126 -A--AATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATGTTTGCC
186 TACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTT-CC
* * * * * ** *
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248 AAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * ** ** * * *
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* * *
19290 AATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAA--TTTTCAAAATT---TAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATT
* * * * * * * *
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60 TGTTTATCGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTAT
* * * *
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* * * * * **
19481 TGCTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAA-AATGTAACG-GATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCC
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** * * ** *
19544 TGACGAGTGCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGT
248 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
* *** * *
19609 TTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTA-TCTAA
313 TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATT-ATACAAGCTTATTC-GA
* * * * *
19652 AATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGCTTTAAAAAATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC--AAAATT--T-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATT
* * * ***
19717 TGTTTA-CTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTAT
60 TGTTTATC-GAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
19780 AACTTTTTATTTTGTTATAAAACAAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTT-TAAATAAAATAA
123 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCTT-TTTCGAAATAAAATAA
* * * * *
19843 TACAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAA-A-AATTAAAAAA-AAAGT-T-TTTT-G
186 TAC-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTTCC
* * *
19901 AACAC-A-TTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTA
248 AA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG
* * * * *
19963 TTTTGTCAGAAACCAATTTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGA
312 TTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTC-ATT-ATACAAGCTTATTCGA
* * * *
20008 AATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTC-AAAATT--T-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATT
* * * * * *
20073 TGTTTATCG-AGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTAAAAT-AGTTAT
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* * * *
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123 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTT-TTCGAAATAAAATAAT
* * * *
20200 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
187 ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAA
* * * * * * *
20265 CAAGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTT
251 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
* * ** *
20330 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTGCAAAATTATT-TA
316 GTCATAAAACAATTGTTTC-A-TTATACAAGCTTATTCGA
* * * *
20369 GAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATATG
1 -AATAAAATAATACTAATTTATT-A-ATTTTCAAAATTTAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTG
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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127 TTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTCTATTCATACAAGCTTT-TTCGAAA-TAAAATAATAC
* * * * *
20560 TAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTAT-CGAACC
189 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCCAAACT
* * * * * * *
20621 AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGT
253 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
20686 CATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA
318 CATAAAACAATTGTTTCA-TT-ATACAAGCTTATTCGA
* **
20724 AACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TTAAAAA-AAA--
1 AATAAAATAATA-CTAATTTATT-A-ATTTTCAAAATT--T-AGTAAGAGATTTAAAAATAAATT
** *
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* * * * ** * * * * *
20846 CGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCGGTTCAAAAAAAC-TTATCTGAAATCAAATAA
122 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTTTTC-GAAATAAAATAA
* * * * * * * * * * **
20910 TACTACTTCACTAATATTTTAAAACTTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCGC
186 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAA
* * * * * * * *
20975 ACCAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATC-TTTATT
250 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * * *
21038 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGGTTTTTAGA
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* * * * * * * *
21080 TA-AAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-ATATATGTTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC-AAAATTTAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTT
* ** * * * * * *
21143 GTCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT
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* * * * ** * **
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130 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTCGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * *
21271 TTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGT
193 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGT
* * * * *
21336 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTTATTTTGTCA
256 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCA
* * * * *
21401 TAAAACCATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAA
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* * * * ***
21437 AATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAATTTAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * ** * *
21502 TACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCATTATTG-CTT
64 TATCGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCT
* * * * * * * *
21566 TTTATTTTGTC-TTAAA-ATTTTTTTTTAAAT-ATACAATCTTATTT-GAAATAAAATAAAACTA
128 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTT-TTTCGAAATAAAATAATACTA
* * * **
21627 ATTTATTAATATT-T---CACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACTAG
191 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAG
* * * * *
21688 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCA
255 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
21753 TAAAATAATTATTTCTATTTATACAAACATATT-TA
320 TAAAACAATTGTTTC-A-TTATACAAGCTTATTCGA
* * *
21788 GAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATC
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC--AAAATT--T-AGTAAGAGATTTAAAAATAAATT
* * ** * * * * * * * **
21853 TGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGAGTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
60 TGTTTATCGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * ** * *
21918 CCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTT-TAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATA
125 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT-TTTCGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
21982 TTACTTTATTAATATT-TCAAAAGT--TAATAAGGGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGACA
188 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-TCCAAA
* * * * * *
22043 -TAGTTCAAATAAG-TATGGGC-ATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTT
251 CTAGTTCAAAT-AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTT
* * ** * *
22105 TTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATTCAAGCTTATTTGA
314 TTGTCATAAAACAATTG--TTTCATTATACAAGCTTATTCGA
* * * *
22147 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAA-AATTTAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGT
* * * * ** *
22211 TTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC
63 TTATCGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
22275 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAA
127 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAA
* * *
22340 TTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGT
192 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGT
* * ** * * *
22405 TCAAACAGTTAAGACTACATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCAT
256 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
22470 AAAGCAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATTCGA
321 AAAACAATTGTTTCA--TTATACAAGCTTATTCGA
* * * * *
22505 AATAGAATAAAACTAATTTATTAATTGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATT-TTCAAAATTTAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATTTGTT
* * * *
22570 TATTGAACCAATTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTTAAATCATTAT
64 TATCGAAACAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
22629 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 3160, Mismatches: 706, Indels: 374
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TTAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACTAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCATTATACAAGCTTATTCGA
Found at i:22631 original size:535 final size:530
Alignment explanation
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* * * ** * *
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* * * * ** * *
12271 AGTAAGATATTTAAAATATGAATGTGTTTACCGGACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGAACA
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* * * * * * * *
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* *
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* * * ** *
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310 AAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTT
* * * * ** *
12526 CAAATAGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTT-G
374 CAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCT-T-TTTCG
* * * *
12589 AAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTTAAAAATAAA
436 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTTAAAAATAAA
* * *
12653 TCTGTTTACCGAGCAAGTTCATATCA-TTATG
500 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
* * * ** * *
12684 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTCTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
12749 CTA--TTCATACAAGTTTAGTT-AGATTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAA-TCAA
66 C-AGCTT-ATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAA
* * *
12810 TAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTTTTTACTGAACAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTG
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** * * * *
12874 AACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTG-TTTTAGTTC
183 AACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--AC
* * * * *
12937 ATA-AAACTTATCTGAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
245 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAG
* * * * * * * * * *
13001 ATTTTAAAACTAAAGT-TGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAAATATCA
306 ATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCT
* ** * * * * * *
13065 ATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAA-CATCTATTTTTGA-TCATATAAGCTTA
370 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAAT-TATTTCT-ATTCATACAAGCTTT
* * *
13127 TTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
432 TTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA
* * * * *
13186 ATTAATGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
495 ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
13222 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTCTGACCTTTTGTTTAGTT-ATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TTTCATAAAACAATTGTT
* * *** * *
13286 TCA-ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT
65 TCAGCTT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAGTTAAT
* * * *
13349 AAGCATGAGATTTGAAAATATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAA
128 -A--A-GAGATTT-AAAA-ATAAATCTATTTATTGAACAA-TTCAAATA-TTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
13414 CAATTATTTATTTAAAATCATT-TGACCATTTGTTTTATCATAAAATAGTTG-TTTTAGTTCATA
185 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--ACATA
* * * ** * *
13477 AAATCATA-TCCAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAGATT
248 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATT
* * * *
13541 TAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTAT
309 TAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTAT
** * * * * *
13604 TTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAAAAAAACTGT-TTTC-A-ACATACAAG-TTT
372 TTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATC--ATAAAATAA-T-TATTTCTATTCATACAAGCTTT
** * * *
13665 ATTTAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
432 -TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAA
* *
13725 ATATATCTATTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATG
495 ATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
13761 ACTATATGAATAATTACCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
13826 CTATC-CATACAAA-CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATA
66 C-AGCTTATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAGT--TA
* * ** * * * * ** * *
13889 ACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTAAACTAGTTTAAACAGTTAAAACTATATGAATA
126 A-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAAC-AATTCAAATA-TTATGACTATTTGAACA
* ** ** * * *
13954 ATTATTTATTTCAAATTGTTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGCTCATACA
187 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA--ACATACA
* * * * * *
14018 AGATTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTT-TTAATATTTCAAAAATTTATAAG-GATTTAGAAA
250 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * ** ** ** * * * * * *
14081 ATAATTTTGTTTACTAAATTAGTTTGAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC
315 ATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * *
14146 ATTATTG--CTTTATGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTAATATAAG-TTTATTCGAAAGA
380 GTTA-TGACCTTT-TG-TTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTT-TTCGAAATA
* * * *
14208 AAATAACACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGA-ATTAAAAAGTAAATTTG
441 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-TAAATCTG
* * * * *
14271 CTTATCAAACCATTTCAAATAGTTTTG
504 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * * * *
14298 TCTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCATTATAACATTTTAG-TTTGTCATCAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTTTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * * * **
14362 TCTA--TTCATACTAGTTTATTTAGAATAAAATAACATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAAT
65 TC-AGCTT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGT--T
* * * ** * * ** *
14425 AATCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTACATGAAT
125 AAT-AAG-AGATTTAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * *
14490 GATTATCTATGTT-AAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTG-TTTTATTCATAC
186 AATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATAC
* * * * * * *
14553 AAGCTTATTAGGATTTAAATAATACTAATTCGA-TAATGTTTTAAAAATTAATAAGTAAGATTTA
249 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGATTTA
* * * * * * * *
14617 AAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATGGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTG
311 AAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTT-GAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
14681 AAATCGTTATCACATTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTTC-AGCTCATACAAGCTTATTCAAA
375 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTCGAA
* * * * ** **
14745 ATAAATTAATCCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATTACAAAAAGAGATTCAAAAAAATAAA
438 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAA-TA-AGTAAGAGATT-TTAAAAATAAA
* * *
14810 TTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATT
500 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
14841 ACTATTTAAGTAATTGTCTATTTAAATTCGTTATAACCAGTATTTGAGTAATTGTCTATTTAAAA
1 ACTATTT--G-AA----C------AA----TTAT---C--TATTT-A-AAATCGT-TA--T--GA
* * * * **
14906 TCATTATAATCACTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG-TTAGCACAAA-TTTAAACAAAAT
37 -CCTT-T--T--GTT--TTT-TCATAAAACAATTGTTTCAGCTTA-TA-AAAGCTTATTCAAAAT
* * ** * *
14969 AAAATAATATTGATTTATTAATATTTTTGAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTG
91 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAG--AG--ATTT-AAAAATAAATCTA
** * * ** * * * * * *
15033 TTTACCGAATTAGTAAAAATAATTATGGCCATTCGAA-AGATTATCTATTTGAAATCGTTATGAG
150 TTTATTGAA-CAATTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
15097 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAACAATA
212 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAA-CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * *
15162 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACTAG
276 ATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAG
** * * * * * * *
15227 TTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTTTCAATCTC-AATTGTTAAGATC-TTTGTTTTATAA
337 TTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCA
* * * * * * * *
15290 TTAAACAATTGTTT-TTTTACCATAAAAGCTTATTC-AATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA
401 TAAAATAATTATTTCTATT--CATACAAGCTTTTTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *** * *
15353 TTC-AAAAA--ATTAA-TAAGAGA-TTTAAAAATTAAATGTGCTTGCGGCACCAGTTCAAATAAT
463 TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
**
15413 TAAA
527 TATG
* * * * * * ** **
15417 ACCATTAGAATAATTATCTA-TTACAGATTGTTTTGATATTTTGTTAAGTT-A-AAAA-ATATTC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTA-AAATCGTTATGACCTTTTGTT-TTTTCATAAAACA-ATT-
* * * * * * * *
15478 ATTTCATATCTTAT--AAGCTTATTCGAAATAACATAATCCAAATTTATTAACATTTGGAAAA-T
62 GTTTC--AGCTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAGT
* * * * *
15540 TAA-AACGAAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATAATTAT
124 TAATAA-G----AGATTT--AAAAATAAATCTATTTATTGAACAA-TTCAAATA-TTATGACTAT
* * ** ** * * *
15604 TTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGACATATAACAATTG-TTTCAAT
180 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAA-
* * *** * * *
15668 TCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAG
244 -CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG
* * * *
15733 AGTTTAAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC
306 A-TTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATC
* * * * ** * *
15798 TATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-AGTTCCTATAAGCTTA
369 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT-
* * * *
15862 TTT-GAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAAGTAATAAGT----TA-TTTAAAAA
431 TTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA
* * ** * *
15921 GTGAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATC
496 -TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * ** * *
15957 ACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * * * * *
16022 TATATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
66 CAGCTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAGT--TAA-
* * * * * *
16087 TAAGAGATTTAAAAAAAAATTTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATT
127 TAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * *
16152 GTATACTTCAAATCAAATTTTTACAAAATAAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTATTTATGT
190 ATCTATTTCAAATC--A---TT-----AT-GACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-T
* * ** * *
16217 -TCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT-AAAAATTTAATAACTA
242 AACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--T--TAA-TA
* * * ** * * * * * * *
16280 AGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTTGTCAAACTAGTTTAATTTGTTAAGACTA-TATAAACAATT
302 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACT-TGAACAATT
* * * * * *
16344 ATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCGATTCATACTAGCT
366 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCT
* *
16409 TATTT-GAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTAC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAA
430 T-TTTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTA
* * * * * *
16467 AAAATAATTATGTTTACCTAACTAGTTCTAATAATTATG
492 AAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
16506 ACTATTTGAATAATTTTCTATTTCAAAAT-GTTATAACTTTTTGTTTTGTCAT-AAA-ATTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * * * * * *
16568 TTTG-TTCATATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATACAAATCTATTAATATTACAAAAATTCATA
65 TCAGCTT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
* ** * * *
16632 AGAGATTTTAAAAATAAATCTTTTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTA
129 AGAGA-TTTAAAAATAAATCTATTTATTGAAC-AATTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATT-
* * * * *** * * * *
16697 AT-TATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTCCATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCT
190 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATACAAGCT
* * * * *
16761 TATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAA-TAATTAAAAAATTTAAA
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* * * * * * * * * *
16824 ACATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA
313 AAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
16889 TTATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAGAA-AATTATTTC-AGTTCATATAAGGTTATTCAAAAT
378 TTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAA-AATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTCGAAAT
* * * * * * * *
16951 AAAATAATAGTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTAT
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** * *
17016 TTACTGAACAAGTTTAAATAATTATG
505 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** * * * *
17042 ACTATTTAAATAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACA-ATTGT-
* * * * * * * * * *
17105 ATCTA-TTTATACAAGCCTATTTC-AGATAAAATAATTCAAATTTATTACTA--ACAAGATAATT
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* * ** * *
17166 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCA-CCACAAAAGTTCAAATCGTTATGACTATTT
125 AATAAG----AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGA-ACAA-TTCAAAT-ATTATGACTATTT
* * * * * * *
17230 GAAC----A---A---CGAATTATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGT-TC
182 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TAAC
* * * * *
17284 ATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAGTAAGCAAAA
245 ATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----A
* * * * * * *
17348 GATTTAAAACATAAATATGTTTACCGAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCT
305 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCT
** * * * ** * * *
17413 ATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTT-TGCAATAAAATAATTGTTGCGGTTAACATAAGCTTAT
370 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAT-C-ATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTT-T
* * * **
17477 TT-GAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAA
432 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTTAAAAA
* * *
17540 TGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATG
496 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
17575 ACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAATAATTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATT-GT
* ** * *
17639 TT-TG-TTCATCCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTT-
64 TTCAGCTT-ATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAGTTA
* * * * * *
17699 ATAAGCGAAAATTTGAAAAATGAATTTTTTTATTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
126 ATAA--G-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAACA-ATTCAAATA-TTATGACTATTTGAA
* * * * * * * * * *
17764 CAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATGC
185 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATAC
* *
17829 AAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATT
249 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATT
* * * * *
17892 TAAAAAATAAATCTTTTTACC-AAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATT
309 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATT
** * * * *
17956 TCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAG-TATATTT-
373 TCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCT-T-TTTC
* * *
18019 GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGA-TTTAAAGAATAA
435 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAA-AATAA
* * **
18083 ATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCCTG
499 ATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * ** ** * * *
18115 TCTATTTGACCAAACATCTATTTCGAA-CTATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATGCCA
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTTTCAT--AA-AA---CA
* * * * * * *
18179 ATTATTCAAAATAATTGGCATTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTACT
59 ATTGTT-----TCA---GC-TT-ATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
18243 ATTTCAAAAATTAATAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAATTAAG
113 ATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAAC-AATTCAAAT-ATTATG
* ** * * * * *
18307 CCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGAACTTTTATTTAGTCATAAAATAATTG-TT
175 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** *
18371 TTAATGTATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATA
240 TTAA--CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA
* * * *
18435 AGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
302 AG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACA
* * * ** * * * * *
18499 ATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTTATTTTTATTGTAAAACAATTGTTTCAATACATAA
363 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC--TTT-TGTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC
* * * * * ** * *
18564 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAATTTTGATAAGTTAGAGATT
425 AAGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
18627 TAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TAGAATCAA-TTCAAATAATTTTG
489 TTAAAAATAAATCT-GTTTACCA-AA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * *
18669 GCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAAT-GATTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCG-TTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAA-T-TG
* * * *** * *
18733 TTTCA--TCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAA-TTAA
63 TTTCAGCTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAGTTAA
** ** * * *
18795 TAAGTAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
127 T-A--A-GAGAT-TTAAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAA
* * ** * * * * * * ** *
18860 TAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAA
185 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AACATAC
* ** * * *
18925 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAATTTAATAACTAAGAGATT
249 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAA---ATTAA-TAAGAGATT
* * ** * * *
18989 TAAAAAATAAATGTATTTACCAAACCGGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTCTTTATT
309 TAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACT-TGAACAATTATCTATT
* * * * * * * ** *
19053 TTAAATCGTTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT-TTTTTAGTTTTTAGTAA-CTTATTT
373 TCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATA-CAAGCTT-TTT
* ** *
19116 AG-CGT-AAA-AA-A--AATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATA
434 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATA
* * * * *
19170 ATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATG
498 AATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * *
19203 AGTATTTGAACAATTATCTATTTCGAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCAAAAAACAAATGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTG-TT
* ** * *** * * *
19268 T-TG-TTCATGTAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATTTTTTGAAAA-TTAAG
65 TCAGCTT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAGTT---
* * * * * * * *
19330 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTGAATTAGTTATAACTATTTGAAC
125 AA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAA-CAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
19395 CATTATTTACTTT-AAATCATGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCTATTCATA
186 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATA
* * * * *
19458 C-AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAA-AATGTAACGG
248 CAAG-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-G--A--G
* * * ** *
19520 ATTTAAAAAATGAAT-T-TGTTAGCCTG-ACGAGTGCAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTAT
306 ATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-CC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTAT
* *** * * *
19582 CTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGC-TT
368 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTT
* * * * * * *
19646 ATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGCTTTAAAAAA
432 TTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA
* * **
19711 TGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
496 TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
19746 ATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTATTTTGTT-ATAAAACAAATTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT-TTCATAAAAC-AATTGT
* * ** * * *
19810 TTTA--TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAA
64 TTCAGCTT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAA
* * * ** *
19872 TGAGTAAAAATTAAAAA-AAAAGT-TTT-TTGAACACATTCAAATAGTT-TGACTATTTGATCAA
127 TAAG--AGATTTAAAAATAAATCTATTTATTGAACA-ATTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAA
* * *
19933 TTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTTGTTTCTGT-TCATAC
188 TTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-T-TAACATAC
* * * * *
19996 AAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTT
249 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
* * * * * * ** * * *
20061 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTATTTA
310 AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
20126 AAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TTTATTGGGA
375 AAATTGTTATGACCTTTTG-TTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTT-TTCGAA
* * *
20190 ATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT
438 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCT
* *
20255 GTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
503 GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
20283 TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
20348 CTA-TTTGTGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTTTAAAA-TTAA
66 C-AGCTTAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAA
* * * * * * *
20409 TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGTAGAAACAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAAT
127 TAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATTG-AACAATTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * ***
20474 TATTTATCTCAAATAATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGTTTCTTTTTATACAAG
189 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA-ATTGTTT-TTAACATACAAG
* * * * *
20538 TTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAA
252 CTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
20602 TAAATGTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAGCAATTATTTATTTCAAAT
316 TAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTACTT-GAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
20665 TGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAA
379 TGTTATGACCTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTCGAAATAA
* *
20729 AATAATAGC-AATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATGAGTAAGAGA--TTAAAAA-AAA--TGT
442 AATAATA-CTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGT
* **
20787 TTATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TG
505 TTACCAAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * * * * * *
20813 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAGTCATTACGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * *
20878 C-GGTTCAAAAAAACTTA-TCTGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTAAAACTTAGTA
66 CAGCTT-ATAAAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-GT--TA
* * *
20941 AGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTT-TTCGCACCAATTCAAATATTATGACTATTTGAACA
126 A-TAAGAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATT-G-AACAATTCAAATATTATGACTATTTGAACA
* * * * *
21005 AATATCAATCTTAAAAT-AGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAC
187 ATTATCTAT-TTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAA-CATAC
* * * *
21068 AAGGTT-TTT-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAA
249 AAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * * * *
21130 AAAATATATGT-TTGT--CGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCA
312 AAAATAAATCTATT-TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * ** * **
21192 AATCATTTTGACCTTTGGTTTAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTTTATACAAGCTTAATC-AGA
376 AATTGTTATGACCTTTTGTTTA-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTTTTCGA-A
* * * *
21255 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATC
438 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-TAAATC
* *
21320 TGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATG
502 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
21349 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTT-TATTTTGTCATAAAACCATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTTT-TCATAAAACAATTGT
* * * *
21413 TTTAG-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT
64 TTCAGCTT-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAAT
* ** * * * **
21477 AAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-CCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGC
128 AAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTGAACA-A-TTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
21541 TACCTATTTCAAATCATTATTG-CTTTTTATTTTGTC-TTAAA-ATTTTTTTTTAAATATACAAT
189 TATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAG
* **
21603 CTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
252 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
21668 AAATCTATTTACTGAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
317 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * * * *
21733 TATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAAACATATTTAG-AATAAAAT
382 TATGACCTTTTGTT-TATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGC-TTTTTCGAAATAAAAT
*
21797 AATACTAATTTAGTAATATTC-ATAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATCTGTTTAC
445 AATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTAC
* ** * *
21860 CCAATTAGTTCAAACAGTTAAG
509 CAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
21882 AGTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGCTTTATT-ATAAAATAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTTTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
21946 TTAGCTCATATAAGCTTATCCCAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
65 TCAGCTTATAAAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
* * * *
22011 AGGGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCG-ACATAGTTCAAATAAGTATGGGC-ATTTGAACAA
129 AGAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTATTGAACA-A-TTCAAAT-ATTAT-GACTATTTGAACAA
* * * * * * * * *
22073 CTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATTCAAG
188 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAAG
* * *
22138 CTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGT
252 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
22203 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGT
317 AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
* * * *
22268 TATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTTTTTCGAAATAAAATA
382 TATGACCTTTTGTT-TATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTTTTCGAAATAAAATA
* * * * *
22333 ATACTAATTTAGTAGTATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTTCCA
446 ATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * *
22398 AACTAGTTCAAACAGTTAAG
511 AACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * * * * *
22418 ACTACATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAGCAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * **
22483 CAGCTTATACAAGCTTATTCGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAA
66 CAGCTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAGTTAATAA
* *
22547 GAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATTGAACCAATTCAAATGATTATGACTATTTGAACAATTAT
130 GAGATTTA-AAAATAAATCTATTTATTGAA-CAATTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTAT
* *
22612 CAATTTTAAATCATTAT
192 CTATTTCAAATCATTAT
22629 TACTAATTTA
Statistics
Matches: 7832, Mismatches: 1545, Indels: 1142
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
528 9 0.00
529 21 0.00
530 233 0.03
531 75 0.01
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559 4 0.00
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572 2 0.00
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574 2 0.00
575 5 0.00
576 31 0.00
577 10 0.00
578 8 0.00
579 2 0.00
580 11 0.00
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586 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
CAGCTTATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG
AGATTTAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAACATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
TTGTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTTTTCGAAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCA
AATAGTTATG
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Alignment explanation
Indices: 23119--23625 Score: 408
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
23109 TTTGTTTAGT
* * *
23119 CATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGC-TA-TTCAGAATAAATTAATACT-AATTTATTAAC
1 CATAAAACAATT-TTACAGTTAATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAC
*
23181 ATTCAA-AAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAATAAAATAAATCTAT-TTATCAAACAAGTTCAAA
63 ATT-AAGAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAA-AAAATAAA--TATGTTACCAAACAAGTTCAAA
*
23243 T-AGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTTAGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGC
123 TCA-TTATGACAATTTGAACAATTGCCTATTTAGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGC
* * *
23300 CATAAAATAATTTTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT
1 CATAAAACAATTTTACAGTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAACATT
* * * *
23365 AAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAATAAGTTCAAATCATTATG
66 AAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAACAAGTTCAAATCATTATG
* * *** * ** * ** **
23430 ACTATTTGAGCAATTATTTATTT-CAA-CTTATTATGACTTTTTGTTTTAT
131 ACAATTTGAACAATTGCCTATTTAGAAGC-T-TTAAAACCTTTTGACTTGC
* * * * * * * * *
23479 CATAAAATAATTGTTTA-TGTTCATTCAAACTTA-TTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAAT
1 CATAAAACAA-T-TTTACAGTTAATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTAAC
** * * *
23542 ATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-AG
63 ATTAAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACCAAACAAGTTCAAATCA-
* * *
23606 TCATGACTATTTGAATAATT
126 TTATGACAATTTGAACAATT
23626 ATATATTTCA
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 44, Indels: 28
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 6 0.02
179 64 0.24
180 100 0.37
181 92 0.34
182 5 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
CATAAAACAATTTTACAGTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAACATT
AAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTACCAAACAAGTTCAAATCATTATG
ACAATTTGAACAATTGCCTATTTAGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGC
Found at i:23706 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 22632--24168 Score: 1220
Period size: 181 Copynumber: 8.5 Consensus size: 180
22622 TCATTATTAC
* * *
22632 TAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGA-AAATCTATTTACCAAA
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTACCAAA
* * * * * * * *
22695 CCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * ** *
22760 GTCATCAAACAATTGGTTCT-GTTGATACT-ATTTTATTTGAAATAAAATAATAA
129 GTCATAAAATAATT-GTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTTG-AATAAAATAATAT
* * ** * **
22813 TAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCT-AATAGCCAAA
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAA
* ** * *
22876 CAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * ** * * *
22941 CTCGTAAAATAATTATTTT-GTTTGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATAC
129 GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATAT
* * * * * *
22993 TAATTTAATAATA-GTT-CAAA--AATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-C
* * * * * * * *
23054 -AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTGTTTAG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * *
23118 TCATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGC-TATTCAGAATAAATTAATAC
130 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATT-TGAATAAAATAATAT
* *** * *
23169 TAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAATAAAATAAATCTATTTATCAAA
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAA-AAAATAAATCTGTTTACCAAA
* * * *** * * ** **
23233 CAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACT
64 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
23297 TGCCATAAAATAATT-TTTCAGTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATAT
128 TGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTT-GAATAAAATAATAT
* ** * * * * *
23350 AAATTTATTAATATTAAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTACCAAATA
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
** * * * *
23414 AGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTGTTTTA
66 AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
23478 TCATAAAATAATTG-TTTATGTTCAT-TCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTT
130 TCATAAAATAATTGTTTTA-GTTCATAT-AAGCTTATT-TGAATAAAATAATAT
* * * *
23530 TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
* * *
23595 AGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGT
66 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
23660 AATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAATAC
131 CATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAA-TAAAATAATAT
* * * * * ** * * *
23711 TGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAA-AATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCGAAT
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * ** * * *
23775 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTA
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
23840 TCTTAAAACAATTG-GTTATGTTCATGTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAT
130 TCATAAAATAATTGTTTTA-GTTCATATAAGCTTATTT-GAATAAAATAATAT
* * * * * **
23892 AAATTTATTAATATTTT-AGAAATTAATAAGTTAAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTTAAC
1 TAATTTATTAATATTTTGA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
** * * * * * * *
23955 TTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTG
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
24020 TCATAAACTAATTGTTTCTA-TGCATACAAGCTTATTCAT-AATAAAATAATAT
130 TCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAAGCTTATT--TGAATAAAATAATAT
* * * * *
24072 TAATTTATTAA-AATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAGAC
1 TAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* *
24136 AAGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATT
65 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATT
24169 TGCTAAACAG
Statistics
Matches: 1066, Mismatches: 245, Indels: 89
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 117 0.11
177 15 0.01
178 5 0.00
179 80 0.08
180 293 0.27
181 536 0.50
182 19 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGAATAAAATAATAT
Found at i:24056 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 22792--24168 Score: 1366
Period size: 542 Copynumber: 2.5 Consensus size: 538
22782 TGATACTATT
* * ** * * *
22792 TTATTTGAAATAAAATAATA-ATAATTTAATAATATTTTGA-AACTTAATAA-CCAAGAAAATTA
1 TTATTTCAAATAAAATAATATA-AATTTATTAATATTAAGATAA-TTAATAAGTCAA-AGATTTA
* ** * * * ** **
22854 AAAAATAAATCTAATAGCCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCA
63 AAAAATAAATATGTTA-CCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * * * *
22919 AATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGTAAAATAATTATTTTGTTTG--TACAAGCTTATTC-GAA
127 AATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-GTTTATATGCATACAAGCTTATTCAG-A
* * * * * *
22981 TTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTT-CAA-AAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
190 TTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * *
23044 TTACCAAATC-AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACC
255 TTA-CAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACC
* * *
23108 TTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCTATTCAGAATAAATTAATACTAAT
318 TTTTCTTTAGTAATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * *
23173 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGT
383 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAAATTAATAAAAGAAATCTATTTATCAAACAAGT
* * * * * * *
23238 TCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTTAGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCAT
448 TCAAATAGTTATGACAATCTAAACAATTACCTATTTAGAAACATTAAAACCTTTTGACTTACCAT
* *
23303 AAAATAATTTTTCAGTTAATACAAGC
513 AAAACAATTGTTCAGTTAATACAAGC
* *
23329 TTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAA
1 TTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGTCAAAGATTTAAAA
* * * *
23394 AATAAATATGTTACCAAATAAGTTCAAATCATTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTT
66 AATAAATATGTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
* * * * *
23459 ATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAAAA
131 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATATGCATACAAGCTTATTCAGATTAAAA
* *
23524 TAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
196 TAATATTAATTTATTAATA-TTT-ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-
*
23589 CGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTC
258 CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTC
* * ** * * *
23654 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTTCATATGAGCTTATT-TGAAGTAAAATAATACTGATTTA
323 TTTAGTAATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGC-TATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTA
* ** * * * * * * *
23718 TTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGA-AAAAGGAATCTGTTTATCGAATAAGTTCA
386 TTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAAATTAATAAAAGAAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
* *** ** * *
23782 AATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCA-AAACATTATGGCCTTTTGTTTTATCTTAA
451 AATAGTTATGACAATCTAAACAATTACCTATTT-AGAAACATTAAAACCTTTTGACTTACCATAA
* **
23846 AACAATTGGTT-ATGTTCATGTAAGC
515 AACAATT-GTTCA-GTTAATACAAGC
* * *
23871 TTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAGA-AATTAATAAGTTAAA-TTTTAAA
1 TTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTAAGATAATTAATAAGTCAAAGATTTAAA
* * * * * * *
23934 AAATAAATTTGTTTTCTTAACT-TGTTTAAA-AATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCA
65 AAATAAATATG-TTAC-CAAATAAGTTCAAATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA
* * * * * * *
23997 AATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTCTATGCATACAAGCTTATTCATAAT
127 AATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATATGCATACAAGCTTATTCAGATT
* * *
24062 AAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGT
192 AAAATAATATTAATTTATTAATATTT-ACAA-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * *
24127 TTACCAGACAAGTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATT
255 TTA-CAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TAATT
24169 TGCTAAACAG
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 133, Indels: 38
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
535 5 0.01
536 69 0.10
537 91 0.13
538 9 0.01
540 4 0.01
541 218 0.32
542 276 0.40
543 13 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (538 bp):
TTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTAAGATAATTAATAAGTCAAAGATTTAAAA
AATAAATATGTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATATGCATACAAGCTTATTCAGATTAAAA
TAATATTAATTTATTAATATTTACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACAA
ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTT
AGTAATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAC
ATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAAAATTAATAAAAGAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG
TTATGACAATCTAAACAATTACCTATTTAGAAACATTAAAACCTTTTGACTTACCATAAAACAAT
TGTTCAGTTAATACAAGC
Found at i:24146 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 22629--24158 Score: 1267
Period size: 361 Copynumber: 4.3 Consensus size: 359
22619 AAATCATTAT
* * *
22629 TACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAAAGA-AAATCTATTTAC
1 TACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAA-ATAAATTTGTTTAC
* * * * * * * * * * * *
22691 CAAACCATTTTAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATTTATTCCAAATCATTATAACCTTTTA
63 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG
* * * * ** *
22756 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGA-TACTATTTTATT-TGAAATAAAATAATAATAATTT
127 TTTTATCATAAAACAATTGGTTATGTTCATTA--AGCTTATTCAG-AATAAAATAAT-ATAATTT
* ** * * ** *
22819 AATAATATTTT-GAAACTTAATAACCAAGAA-AATTAAAAAATAAATCT-AATAGCCAAACAAGT
188 ATTAATATTTTAGAAA-TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAACAAGT
* ** ** * * *
22881 TCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCTCGT
250 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *** *
22946 AAAATAATTATTT-T-GTTTGTACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA
315 AAAATAATTGTTTCTAGTGCATACAAGCTTATTCTAA-TAAAATAA
* * *
22990 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* * * * *
23051 ATC-AGCTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTG-T
66 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTA-AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
* *
23114 TTAGTCATAAAACAATT-GTTACAGTTCATATAAGC-TATTCAGAATAAATTAATACTAATTTAT
129 TTA-TCATAAAACAATTGGTTA-TGTTCAT-TAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTAT
* ** * * *
23177 TAACATTCAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCA
190 TAATATTTTAGAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAA-AAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCA
* * *** * * ** ** *
23241 AATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAACCTTTTGACTTGCCATAA
253 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** *
23305 AATAATT-TTTC-AGTTAATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAA
317 AATAATTGTTTCTAGTGCATACAAGCTTA-TTCTAATAAAATAA
* * *
23347 TA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATG-TTAC
1 TACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
* * * * * *
23408 CAAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTT
63 CAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTA-TTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTT
* * * * *
23472 GTTTTATCATAAAATAATTGTTTATGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTA
126 GTTTTATCATAAAACAATTGGTTATGTTCATT-AAGCTTATTCAGAATAAAATAA-TATAATTTA
*
23537 TTAATATTTT-GACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCA
189 TTAATATTTTAGA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCA
* * * * *
23601 AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAA
253 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* **
23666 ATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATT-TGAAGTAAAATAA
318 ATAATTGTTTCTAGTGCATACAAGCTTATTCT-AA-TAAAATAA
* * * * * ** * * *
23708 TACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAA-AATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * ** *
23772 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
*
23837 TTATCTTAAAACAATTGGTTATGTTCATGTAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATATAAATTTATT
129 TTATCATAAAACAATTGGTTATGTTCAT-TAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATT
* * * * ** *
23901 AATATTTTAGAAATTAATAAGTTAAA-TTTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCTTAACTTGTTTAAA
191 AATATTTTAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAA
* * * * * *
23964 AATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAACT
255 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
24029 AATTGTTTCTA-TGCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAA
320 AATTGTTTCTAGTGCATACAAGCTTATTC-TAATAAAATAA
* * * * *
24069 TATTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAG
1 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
* *
24134 ACAAGTTCAAATAGTGATAACTATT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
24159 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 941, Mismatches: 171, Indels: 115
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 6 0.01
356 56 0.06
357 203 0.22
358 10 0.01
359 5 0.01
360 165 0.18
361 344 0.37
362 141 0.15
363 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTT
ATCATAAAACAATTGGTTATGTTCATTAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATAT
TTTAGAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
TTCTAGTGCATACAAGCTTATTCTAATAAAATAA
Found at i:25209 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 24138--26576 Score: 1951
Period size: 180 Copynumber: 13.5 Consensus size: 180
24128 TACCAGACAA
* * * * * *
24138 GTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATTTGCTAAACAGATTTATATTTTAAATCTCTTACTC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *** * * *
24203 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATT-TTGATAGGCTTATATG-ATGAAAA
66 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * **
24266 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTGAAATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATT
* * * * * *** * *
24319 GTTCAAATCGCCACAATTATTTGAACTGATTCAATTAAATTGATTTATTTTTTAAATCT-TCAAC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TAC
* * * * * *** *
24383 TTCTCAAATTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTA-
64 TTAT-TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * * *
24447 AAACATTTGTTTTATTATAAAAAAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATT
127 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * * *
24501 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * * * *
24566 TATTAGTTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATTGA
65 TATTA-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGC-TTGTATGAATAGA
* * * * *
24630 AACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATT
128 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * ** * ** * * * *
24683 GTTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * ** * * ***
24748 ATCAA-TTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTT-TCTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
66 ATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* *
24811 ACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * *
24862 GTTCAAATAGTCATAACAATTTGAAC-TAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
*** ** *
24922 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAA
65 TATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
24987 ATAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATA
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * **
25039 ATTCAAATGGACATGACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTCTTAAGTCTCCAACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACT
* * * *
25103 CATTAA-TTTTATTATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
65 TATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
25167 ACAATTGTTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACT
129 ACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
25220 GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
** * *** *
25285 TATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATAAATAGAA
65 TATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
** * *
25350 ACAATTGGTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * ** ** *
25401 GTTTAAATAGTCATAA-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTAAC
1 GTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-AC
* **
25463 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTACATGAATA
64 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * *
25527 G-AACTAATT-TTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATT
126 GAAAC-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
*** * * ** ** * *
25581 GTTTGGATAGTCGTAACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTCCTTTTTTAGTTTTCTTACTC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * ***
25646 ACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCACATGAACT-GAA
66 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * *
25710 ACAATTATTTTATTAGAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
25763 ATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTATTCGGCAAACATATTTA-TTTTTAAATCT-TCTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACT
** * * * *
25826 TATTAATTGTCAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAA
65 TATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** ** * * *
25890 ACAATTATTTTATAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATT
* * * * * *
25942 GTTCAAATTGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TT-TTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * *
26005 ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGAATTAATTGATTCTAAATAGGCTTGTATGAACCA-AA
66 ATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * *
26069 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * *
26121 ATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATTTCTTCCTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
26186 ATTTATTTTTGAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAGTT-CGAATAAGCTTGTACGAACA-AA
66 ATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
26249 ACAATTATTTTACGAGAAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATA
129 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * **
26301 GTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* ** * * * *
26365 TAGTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTAGTATCAATAGA
65 TATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTT-GTATGAATAGA
* * * * * *
26429 ACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATT
128 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * ** *
26482 ATACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
26546 GATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTA
66 -ATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTA
26577 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 1786, Mismatches: 405, Indels: 134
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.00
176 71 0.04
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178 29 0.02
179 290 0.16
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184 5 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
ATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
Found at i:25526 original size:719 final size:715
Alignment explanation
Indices: 24138--26576 Score: 2250
Period size: 719 Copynumber: 3.4 Consensus size: 715
24128 TACCAGACAA
* * * * *
24138 GTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATTTGCTAAACAGATTTATATTTTAAATCTCTTACTC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-
* ** *
24203 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTT-TGATAGGCTTATATG-ATGAAAA
62 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAA
* ** * * *
24266 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATCGCC
127 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *** * * *
24331 ACAATTATTTGAAC-TGATTCAATTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTCAACTTC-TCAAATTT
191 ATAACTATTTGAACTTG-TT-TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-TCAT-TAATTT
* * *** * *
24394 TAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACATTTGTT
252 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
* * * * * *
24458 TTATTATAAAAA-AAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
316 TTATAACAAAAACAAAAGTTTATAATGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATT
* ** * * *
24522 TGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTCAAAT-TTCTTGCTTATTAGTTTTTTGAATGTTA
380 TGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTT-TT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTA
* * * * * *
24586 ATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAA
443 ATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGC-TTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAA
* * * * ** *
24650 ACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTC
506 ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTAAAAT-TTTGAACTAATTA
* * * * * * * *
24715 GACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATCAATTTTAG-AATATT-ATTAGTTTAGCAA
570 GA-AAACAAATTTAATTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTAT
* * * *
24778 TATTTTTCTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAA
632 TATTTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAGGTCATAA
*
24843 TGATTTGAGATAGATAATT
697 TGATTTGAAATAGATAATT
* * *
24862 GTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTA
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
** ** *
24927 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT-AAAAATAA
66 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAAATAA
* * * * * * *
24991 TTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGACATGAC
131 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * **
25056 TATTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTCTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTATTATAT
196 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCCAACTCATTAATTTTAAAATAT
* * * *
25120 TAATAAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
260 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAA
* * * * ***
25185 AAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCAC
325 AAACAAAAGTTTATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGT
* * *
25250 TCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGT
389 TCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGT
* * *
25315 ATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGGTTTATGAC-AAATAAAAGGTCA
453 ATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCA
* * * *
25379 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAAAATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGA
517 AAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTC-TAAAATTTTGAACTAATT-AGAAAACAAA
*
25443 TTTATTTTTTAAATTTTAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTATTC
579 TTTAATTTTTAAATTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTTATTC
* ** * *
25507 AAAATAAGCTTACATGAATAG-AACTAATT-TTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGA
643 -GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTATTTTAAGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGA
25570 AATAGATAATT
705 AATAGATAATT
*** * * ** ** *
25581 GTTTGGATAGTCGTAACTATTTAAACTTA-TTTGGTAAATAGATTCCTTTTTTAGTTTTCTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T
* * * *
25645 CACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCACATGAACTGAA
64 ---TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAA
* *
25710 ACAATTATT-TTATTA-GA-AAAGA-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT
125 A-AATAATTGTT-TTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * *
25771 AGTCATGACTATTTGAACTTATTCGGCAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTG
187 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCATTAATT-
* * * * *
25835 TCAAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATT
251 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
** * * * *
25899 TTATAAC-AAGTCAAAAGGTTT-TAAAGCTTCTAAATAGACAATTGTTCAAATTGTAATAACTAT
316 TTATAACAAAAACAAAA-GTTTATAATGATT-TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAT
*
25962 TTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTT-TTATTAATTTTTTGAATGTTAA
379 TTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAA
* * * * **
26025 TAAATTAGAATTAATTGATTCTAAATAGGCTTGTATGAACCA-AAACAATTGTTTTATGACTAAA
444 TAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAA
* * *
26089 CAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCA-TTTGAACTAATTT
507 CAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TAA-AATTTTGAACTAA-TT
* * * * * *
26153 GGTAAACAAATTTAATTTTTAAATTTCTTCCTTATTTATTTTTGAACTATTATTAAA-TTAGTAT
569 AGAAAACAAATTTAATTTTTAAA-TT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTAT
* * * * *
26217 TA-TTTTAGTTCGAATAAGCTTGTACGAACA-AAACAATTATTTTACGAGAAAATAAAAGGTCAT
632 TATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAA-CAAAGGTCAT
* * * *
26280 AACGATTTAAAATAAATAATA
695 AATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * *
26301 GTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAA--ATC-T-CT
* * ** * * * *
26365 TAGTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTAGTATCAAT-AG
61 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAATGAA
** * * * * *
26428 AACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGT
125 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * ** * * *
26493 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTATTGATTAATTTTCT
190 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCATTAATTTT-A
26558 AAATATTAATAAATTAGTA
254 AAATATTAATAAATTAGTA
26577 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 1398, Mismatches: 257, Indels: 123
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
716 2 0.00
717 23 0.02
718 185 0.13
719 405 0.29
720 338 0.24
721 102 0.07
722 67 0.05
723 118 0.08
724 138 0.10
725 11 0.01
726 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAAAATAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTCATTAATTTTAAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAA
AACAAAAGTTTATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTC
GGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAAC
GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTAAAATTTTGAACTAATTAGAAAACAAATTTAATT
TTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGC
TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
Found at i:26517 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 24138--26576 Score: 1979
Period size: 361 Copynumber: 6.8 Consensus size: 360
24128 TACCAGACAA
* ** * * * *
24138 GTTCAAATAGTGATAACTATTTGAACTAATTTGCTAAACAGATTTATATTTTAAA-TCTCTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTT-CT
* * ** * * *
24202 CATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATCATTTTATTT-TGATAGGCTTATATG-ATGAAA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGA
* * ** * * *
24265 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATCGC
129 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * *** ** * * * * *
24330 CACAATTATTTGAACTGATTCAATTAAATTGATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTCTCAAATTT
193 CATAACTATTTGAACTAATT-TGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTT
* * * ** * * *
24394 TAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTAATAAGCTTTTATGAACTAAAACATTTGTTT
256 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTT
* * * *
24459 TATTATAAAAAAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAGATAATT
319 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * ** *
24501 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAGCATATTTATTTTTTCAAA-TTTCTTGC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTTCTT-C
* * * * *
24565 TTATTAGTTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATT
64 TTATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC-TTGTATGAATA
* * * * * * * * *
24628 GAAACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAT
127 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * ** * * * * *
24693 TCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTATCAATTTTA
192 TCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* ** * * * **
24758 G-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTTCTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
257 GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTT
* * *
24822 ATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT
320 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * *
24862 GTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTAGTTTGGTCAATAGATTTAGTTTTTAAA---TC-TCTT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTTCTT
** ** *
24923 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAA
66 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
24988 TAATTTTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATGGACAT
131 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * * ** *
25053 GACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAATAGA-TTATTTTCTTAAGTCTCCAACTCATTAA-TTTT-AT
196 AACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * *
25115 TATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
259 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTAT
* * * * *
25180 GACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAATAACT
322 GA-TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * *** * *
25220 GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTT-TAC
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAAT-TTTCTTC
* * * * *
25284 TTATTAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATAAATAG
64 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
25348 AAACAATTGGTTTATGAC-AAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
128 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * *
25412 CATAA-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTAACTTATTAATTTT
193 CATAACTA-TTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTT
** *
25474 TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTTATTCAAAATAAGCTTACATGAATAGAACTAATT-T
256 TGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAAC-AATTAT
* *
25537 TTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATT
317 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
*** * * * ** *
25581 GTTTGGATAGTCGTAACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTCCTTTTTT-AGTTTTCTTACT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTT-CT
* * * * ***
25645 CACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCACATGAACT-GA
65 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * *
25709 AACAATTATTTTATTAGAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT
129 AACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
25774 CATGACTATTTGAACTTATTCGGCAAACATATTT-ATTTTTAAATCT-TCTACTTATTAATTGTC
193 CATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTT
* * * *
25837 AAAATATTAATAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTT
257 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTT
* * ** ** * * *
25901 ATAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATT
320 ATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATT
* * * * *
25942 GTTCAAATTGTAATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TT-TT
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTTCTT
* * * * * *
26005 ATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGAATTAATTGA-TTCTAAATAGGCTTGTATGAACCA-
66 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * *
26067 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
128 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
26132 CTTAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATTTCTTCCTTATTTATTTTTG
193 CATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
26197 AACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAGTTCGAATAAGCTTGTACGAACAAAACAATTATTTTAC
258 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTAT
* * * * * *
26262 GAGAAAATAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATA
322 GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
26301 GTTTATATAGTCTTAACTATTTGAACTTGTTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGG
1 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTT-C
* * ** * * *
26364 TTAGTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ATTAGTATCAATAG
64 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GTATGAATAG
* * * * * *
26428 AACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGT
128 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * *
26493 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTC
193 CATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-
26557 T-AAATATTAATAAATTAGTA
256 TGAAATATTAATAAATTAGTA
26577 ATAATAATTT
Statistics
Matches: 1646, Mismatches: 367, Indels: 128
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
355 23 0.01
356 181 0.11
357 6 0.00
358 142 0.09
359 188 0.11
360 140 0.09
361 410 0.25
362 239 0.15
363 188 0.11
364 80 0.05
365 45 0.03
366 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTCTTCTT
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
AACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATGATA
AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
Found at i:28479 original size:536 final size:542
Alignment explanation
Indices: 27685--28701 Score: 1181
Period size: 536 Copynumber: 1.9 Consensus size: 542
27675 GGTAAATTGA
* *
27685 TTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTTTGG
1 TTTAGTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGG
* * *
27750 ATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTTAAATA
66 ATAAGCTTTTATGAACGAAAACAATGATTTTATGACAAAACAAAAGGGCATAAGAACTTTAAATA
* * *
27815 GACAATTGTTCAAATAGTCCTAATTATGTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATC
131 GACAATTGTTCAAATAGTCCAAATTATGTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTAATTTTT-AAATC
* ** *
27880 TCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAAAATTATTTTATTCCAATTAAGCTTGTATA
195 TCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAAAATTATTTTATTCCAATTAAACTTGTATA
* ** * *
27945 AATTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTA
260 AACTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTA
*
28009 GCAGTCTTAACTATTTAAACTAG-TTC-G-ACAA-AC--TTATATATTTTAA-ATCTT-TTATTA
325 ACAGT-TTAACTATTTAAA-TAGATTCAGCA-AACACATTTAT-TATTTTAATATCTTATTATTA
* **
28066 A-TTTTTGGAATATTATT-AATTAATATTATTTTTAT-CT-AAAAAGCTTGTATGATTAG-AACA
386 ATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTA-TTTTATCCTGAAAAAGCCTGTATGAAAAGAAACA
* *
28126 ATTTTTTTATGAGAAAA-TAAGGATCATAAACTATTTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAT
450 ATTTTTTTATGACAAAATTAAAGATCATAAACTATTTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAT
28190 TACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAGC
515 TACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAGC
** * *
28218 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTAT
1 TTTAGTTTTTAAA-CTCTTACTTATTA-ACTTTTG-AATATTAATAAAGTAGTA--TTATTTTAT
*
28283 TTTGGATAAGTTTTTATGAATCG-AAACAAATG-TTTTATGA-AAATA-AAAGAGGGCATCAACG
61 TTTGGATAAGCTTTTATGAA-CGAAAAC-AATGATTTTATGACAAA-ACAAA-AGGGCAT-AA-G
* * * * *
28344 -ACTTTACATAGATAATTGTTTAAATAGT-CAAATCTATTTGAACTTGTTCA-TAAACA-ATTT-
120 AACTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCCAAAT-TATGTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTA
** * *
28404 A-TTTT-AA-CTCTTGGCTCATTAATTTTTCAAATGGTTAATAAATTACTATTATTGTCCTTTTT
184 ATTTTTAAATCTCTT-GCTCATTAATTTTTCAAAT-GTTAATAAATTAAAATTATT-T--TATTC
* * * * *
28466 GAA-TAAACTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAA
244 CAATTAAACTTGTATAAACTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAA
* * * * *
28530 ATAAATAATTGTTCTAATAGTTTAACTATTTGAATTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAAT
309 ATAAATAATTATTCTAACAGTTTAACTATTTAAATAGATTCAGCAAACACATTTATTATTTTAAT
* *
28595 CTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATCCTGAATAAGCCTGTA
374 ATCTTA-TTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATCCTGAAAAAGCCTGTA
28660 TGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATTAAAGATCATAA
438 TGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAATTAAAGATCATAA
28702 TGATTTGAGA
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 49, Indels: 52
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
532 5 0.01
533 30 0.07
534 31 0.08
535 12 0.03
536 71 0.18
537 47 0.12
538 58 0.14
539 51 0.13
540 9 0.02
542 7 0.02
543 22 0.05
544 13 0.03
545 15 0.04
546 20 0.05
547 11 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (542 bp):
TTTAGTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGG
ATAAGCTTTTATGAACGAAAACAATGATTTTATGACAAAACAAAAGGGCATAAGAACTTTAAATA
GACAATTGTTCAAATAGTCCAAATTATGTGAACTTATTCAGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCT
CTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAAAATTATTTTATTCCAATTAAACTTGTATAA
ACTGAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAA
CAGTTTAACTATTTAAATAGATTCAGCAAACACATTTATTATTTTAATATCTTATTATTAATTTT
TTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATCCTGAAAAAGCCTGTATGAAAAGAAACAATTTTT
TTATGACAAAATTAAAGATCATAAACTATTTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATTACTAT
GTGAACTGGTTCAAAAAATAGC
Found at i:29137 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 26637--29786 Score: 1418
Period size: 181 Copynumber: 17.5 Consensus size: 179
26627 ATCCCTTATA
*
26637 AATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGT-TTTATTCTATTCCGAATAAG-TGTGTAT-AAGCTA-A
1 AATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTT-TTTTATTCCGAATAAGCT-TGTATGAA--TAGA
* * *
26697 AATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTC
61 AATAATTGTTTTATGAT-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *** * *
26762 TTAACTGTTTGAACTAGTTCAACAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTAGT-TATT
125 ATAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAA-CTCTTA-TCTATT
* * * * ** * * *
26819 AACTTTTAG-ATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTATATGAATAGAAATAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAA
* * *
26883 TTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
66 TTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
26948 TATTTTAACTAGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAA----TATCTTATT
130 TATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATC-TATT
* * * *
26995 AATTCTT-GAAATATTAATAAATTA-T-TTTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAA
1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTT-TTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAAT-AGAA
* * * * * * * * * *
27056 ACAATTGTTTTAAGACAAAATAAAAAGTAATAA-AATTTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCC
62 ATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * **
27120 AT-ACTTATTTG-AACTGTTTCAGTAAACTGATTTATTTTTTAAA-TC-CCT-TATT
125 ATAAC-TATTTGAAATTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATCTATT
* * * * * * * *
27172 AACTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTT-TT-GGGATAAGCTTATATGAGCT-GAAAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ATAG-AAA
* * * *
27233 TAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCATAA-AATTTGAAATAAATAATTATTTATATAGTCAT
63 TAATTGTTTTATGATAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
27297 AACTGTTT-CAATTGATTTGGCAAAC-GAATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGT-TATT
127 AACTATTTGAAATTG-TTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAA-CTCTTA-TCTATT
* * * * ** * *
27350 AATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATTAGCTTGTATAAATAGAAAT-A
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAA
* * * *
27414 TTATTTTATGATAGAATAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
66 TTGTTTTATGATA-AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
27479 CTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAACTTATTTTTTAAAATC-TCT-TATT
129 CTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATCTATT
* * * * *
27528 AATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-TTGAAAAA
1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT-TTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* * * * * ** * * ** * *
27591 CAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAGATACGGTAGCTGTTCAAATGGCCA
63 TAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCA
* **
27656 TAATTATTTGAACTATT-TT-GGTAAATTGATTTATTTTTTAAACTCTTA-CTTATT
126 TAACTATTTGAA--ATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATC-TATT
* * ** * * *
27710 AACTTTT-GAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAAC
1 AATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTTTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAT
* * * * *
27772 AA-TGATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCCT
64 AATTG-TTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * ** * * *
27836 AATTATGTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTT-GCTTATT
127 AACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAA-CTCTTATC-TATT
* * ** * * *
27891 AATTTTTTGAATGTTAATAAATTAAAATTATTTTATTCC-AATTAAGCTTGTATAAATTGAAATA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAATA
* * * ** * ** ** *
27955 ATTATTATATGACTAAACAAAA-GTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGCAGTCTTAA
65 ATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** *
28019 CTATTT-AAACTAGTTCGACAAAC---TTATATATTTTAAA-TCTT-T-TATT
129 CTATTTGAAA-TTGTTCGGTAAACAGATT-TATTTTTTAAACTCTTATCTATT
* * * * * * *
28065 AATTTTTGGAATATT-ATTAATTAATATTATTTTTA-T-CTAAAAAGCTTGTATGATTAG-AACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATA
* * * * * * *
28126 ATTTTTTTATGAGAAA-ATAAGGATCATAAACTATTTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCAT
65 ATTGTTTTATGATAAACAAAAGG-TCAT-AAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *** * * *
28190 TACTATGTGAACTGGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTA-CTTATT
127 AACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTCTTATC-TATT
* * * * ** * * * *
28244 AGTTTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAATCGAAA
1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA--TTTTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
28309 CAAATGTTTTATGA-AAATAAAAGAGGGCATCAACGACTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGT
63 TAATTGTTTTATGATAAA-CAAA-AGGTCAT-AAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * **
28372 CA-AATCTATTTGAACTTGTTC-ATAAACA-ATTTA--TTTT-AACTCTTGGCTCATT
124 CATAA-CTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATCT-ATT
* * * *
28424 AATTTTTCA-AATGGTTAATAAATTACTATTATTGTCCTT-TT-TGAATAAACTTGTATGAACT-
1 AATTTTT-AGAAT-ATTAATAAATTAGTATT-TT-T--TTATTCCGAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * *
28485 GAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATAG
59 GAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
28550 T-TTAACTATTTG-AATTGATTCAGCAAACACATTTATTTTTTTAATCTCTTA-CTTATT
123 TCATAACTATTTGAAATTG-TTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAACTCTTATC-TATT
* * * * * * *
28607 AATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-TCCTGAATAAGCCTGTATGAAAAGAAAC
1 AA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAT
* * * ** * * * *
28671 AATTTTTTTATGACAAA-ATTAAAGATCATAATGATTTGAGATAGACAATT-TTTAAATAGTCAC
64 AATTGTTTTATGATAAACA--AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * ** *
28734 AACTGTTTGAAA-TGTTTCCCATAAATAAATTTAGCTTTTAAA-TC-TCT-TATT
127 AACTATTTGAAATTG-TT-CGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATCTATT
* * * * ** ** * ** *
28785 AATTTTTCAAAATATTAATAGATCAGTATTATTTTAATTCTAAATAATTTTGCACAAAAACCAGA
1 AATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTTATTCCGAATAAGCTTG--TATGAA-TAGA
* * * *
28850 AATAAATT-TGTTTATGACAAAC-AAAGGTTATTAACAATTTCAAATAGATAATTGTTTCAAATG
61 AAT-AATTGT-TTTATGATAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
* * * *
28913 GACAATAACTATTTTGAACTTGTTCGGTGGGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAGCTCCTATCTAT
122 GTC-ATAACTA-TTTGAAATTGTTC-----GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA-CTCTTATCTAT
28978 T
179 T
* *
28979 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACTTGTATGAATAGAAATAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAA
* * * * * *
29044 TTATTTTATGA-AAACAAATGGTCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACT
66 TTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
29108 ATTTGAAATTGCTCGGTAAACGGATTTA-TTTTTAAA-TCTT-T-TACTT
131 ATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATCTA-TT
* * * * * * * * * * *
29154 ATCATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGCATAAACAAAAAC
1 A--ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAT
* * * *
29219 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-ATATTTAAAATAGATAATTGAT-AAATAGTGCA
64 AATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CA
* * * *
29282 TAACTATTTG-AATGTGTTC-ATAAA-A-ACTTATATTTTTAAATTTTTA-CTTATT
126 TAACTATTTGAAAT-TGTTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAACTCTTATC-TATT
* * * * *** * *
29334 AATTTTTGGAAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAAG-TTGTATGATTGAAAAA
1 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGAAT-AAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* * * * * * * *
29398 AAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTC
63 TAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATA-A-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
29463 ATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCA-TTTTTAAA-TCTT-T-TATT
125 ATAACTATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATCTATT
* * * * ** ** * *
29514 AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATT-TTAGATAAGCTTGTACAAATATAAACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAATA
*** * ** *
29578 ATTGTTTTGCAATAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
65 ATTGTTTTATGAT-AAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * *
29642 ACTATTTG-CACTAATCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAGA-TCCATTA-CTTATT
128 ACTATTTGAAATTGTTC-GG-TAAACAGATTTATTTTTTAAACT-C-TTATC-TATT
* * * * ** * *
29695 AATTTTTATAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAG-TCTGTATGGATAGAAACA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGAATAAGCT-TGTATGAATAGAAATA
* * * *
29759 ATTCTCTTATGACAAAACAAATGGTCAT
65 ATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCAT
29787 CACGATAAGT
Statistics
Matches: 2259, Mismatches: 512, Indels: 396
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 4 0.00
171 16 0.01
172 16 0.01
173 50 0.02
174 36 0.02
175 78 0.03
176 126 0.06
177 205 0.09
178 186 0.08
179 310 0.14
180 348 0.15
181 377 0.17
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187 28 0.01
188 17 0.01
189 7 0.00
190 21 0.01
192 18 0.01
193 21 0.01
194 11 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAA
TTGTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAAATTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAACTCTTATCTATT
Found at i:29701 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 29091--29779 Score: 792
Period size: 358 Copynumber: 1.9 Consensus size: 358
29081 TAAACAATTG
* * ** *
29091 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTCGGTAAACGGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 TTCAAACAGTCATAACTAGTTGAAATTGCTCGGTAAACAAATTCATTTTTAAATCTTTTACTTA-
* * * *
29156 CATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGCATAAACAAAAACAA
65 CATTTTTGGAATATTAATAAACTAGAATTATCTTATTTCAAATAAGCTTGCACAAACAAAAACAA
*
29221 TTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGATAAATAGTGCATAAC
130 TTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGATAAATAGTGCATAAC
* ** **
29286 TATTTGAATGTGTTCATAAAAACTTATATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGA-AATATT
195 TATTTGAATCTAATCATAAAAACTTATATTTTTAAATCATTACTTATTAATTTTT--ATAATATT
* * * *
29350 AACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAAGT-TGTAT-GATTGAAAAAAAATTGTTTTATGAC
258 AACAAATTAGCATTATTTTATTTAAAAT-AAGTCTGTATGGA-T-AAAAAAAATTCTCTTATGAC
29413 AAAACAAAAAGTTATATAGCAATTTGATATAGATAACTA
320 AAAACAAAAAGTTATATAGCAATTTGATATAGATAACTA
* *
29452 TTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTAAATCTTTTA-TTA-
1 TTCAAACAGTCATAACTAGTTGAAATTGCTCGGTAAACAAATTCATTTTTAAATCTTTTACTTAC
* * * * * *
29515 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTACAAATATAAACAAT
66 ATTTTTGGAATATTAATAAACTAGAATTATCTTATTTCAAATAAGCTTGCACAAACAAAAACAAT
* *
29580 T-GTTT-TGCAATAAAATAAAAAGGTCAT-AATGATTT-GAATAGATAATT-ATTCAAATAGT-C
131 TGGTTTATG--ACAAAA-AAAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAATAGATAATTGA-T-AAATAGTGC
* * *
29639 ATAACTATTTGCA-CTAATCAGGCTAACAAATTTAT-TTTTTAGATCCATTACTTATTAATTTTT
190 ATAACTATTTGAATCTAATCA---TAA-AAACTTATATTTTTAAAT-CATTACTTATTAATTTTT
* * ** * *
29702 ATAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGTCTGTATGGATAGAAACAATTCTCTT
250 ATAATATTAACAAATTAGCATTATTTTATTTAAAATAAGTCTGTATGGATAAAAAAAATTCTCTT
29767 ATGACAAAACAAA
315 ATGACAAAACAAA
29780 TGGTCATCAC
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 38, Indels: 30
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
356 2 0.01
357 9 0.03
358 89 0.32
359 50 0.18
360 48 0.17
361 78 0.28
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TTCAAACAGTCATAACTAGTTGAAATTGCTCGGTAAACAAATTCATTTTTAAATCTTTTACTTAC
ATTTTTGGAATATTAATAAACTAGAATTATCTTATTTCAAATAAGCTTGCACAAACAAAAACAAT
TGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGATAAATAGTGCATAACT
ATTTGAATCTAATCATAAAAACTTATATTTTTAAATCATTACTTATTAATTTTTATAATATTAAC
AAATTAGCATTATTTTATTTAAAATAAGTCTGTATGGATAAAAAAAATTCTCTTATGACAAAACA
AAAAGTTATATAGCAATTTGATATAGATAACTA
Done.