Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168141.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_383, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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123 TTTAGTGCAC
** * *
133 AGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTCTAT
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * * *
198 TTCGAATAAATTTGTAT-AAGTAGAAACAATTTGTTTTATAAGAAACAAAAA--TCATAACGATT
64 TTCAAATAAACTTATATGAA-CAAAAACAA---ATTTTAT--GAAA-AAAAAGGTCTTAACGATT
* * * * * ** *
260 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTCAGTAAAC
122 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
312 A-ATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGA-TTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
375 --T-GAACAAGCTT-TATGAAC-AAAA-AAATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA
63 TTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAAATTTTATG--AAAA-AAAAGGTCTTAACGATTTGA
* * * * * **
434 AAT-GGTAATTGTTCAAATAGAT-ATAATTATTTGAAC--GTGC-ATGAAT
125 AATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * *
480 AGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAA--TTTGTAATATTAATCAATT--TA-TATTTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TAT
* * ** * * * * * *
540 TTGAAGATAAGCTTGCATGAACATGAACCAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGTT
64 TTCAA-ATAAACTTATATGAACA-AAAACAAA---TTTTATG--AAAA-AAAAGGTCTTAACGAT
* * * * ** * * * *
605 TTAAAATAGATAA-TATTTTAGACAGTCCATTGCTATTTGAGCTA---CAATAAAGC
121 TTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT-CATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAA-T
* * * ** *
658 A-AATT-TTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAA-TTAAGTAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * ** * *
719 TTCAAATAAGCTTATTTGAATGAAAACCATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCAT-A-GATTTG
64 TTCAAATAAACTTATATGAA-CAAAAACA-AATTTTA-T-GAAAA-AAAAGGTCTTAACGATTTG
* * * * * * *** *
782 AAATAG-TTATGTATTCAAATAATCATGATTAATTTCAA-TTGTTCGGGTAAAC
124 AAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAACTAGTTC-AACAAAT
* * ** ** *
834 ATATTTATTTTTGTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTGTAAATGTAG-ATGAGAT
1 AGATTTA-TTTT-TTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTAT--TAT
* * * * * * * *
898 TTTGAATCCGAATAACCTTGTATGAGCATAAACTAATTGGTTTTATGACAAAACAAAGAGTCCAT
59 TTT-ATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAAC-AA---ATTTTATGA-AAAA-AAAG-GT-C-T
* * * * * * ** *
963 GAACAATTTGGAAATAAAGTAATTGTTGCAAATAGTCCATAAC-ACTTTGAACTTGTTTGATAAA
114 TAACGATTT-GAAATAGA-TAATTATT-CAAATAGT-CATAACTA-TTTAAACTAGTTCAACAAA
*
1027 C
174 T
* * *
1028 AAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-TAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAA--TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
1089 TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGTCAAAACAAAA--TGTTATATGAT
64 TTC-AAATAAACTTATATGAACA-AAAACAA--ATTTTATG--AAAA-AAAAGGTCTTA-ACGAT
* * *
1151 TT-AAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAA-TCATTTAAACTTA-TTCGATAAAC
121 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTAAAC-TAGTTCAACAAAT
* * * * *
1203 AGA-TT-CTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TGGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*
1265 TTCAAATAAACTTATATGAACCAAAACAAATTTTATGATAAAAAAAGGTCTTAACGATTTGAAAT
64 TTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAAATTTTATGA-AAAAAAAGGTCTTAACGATTTGAAAT
* * * * * *
1330 AGATAATTATTCGAATAATCATGAC-GTTT-GAC-AGTTCAATAAAT
128 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * *
1374 ATATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-AT
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * **
1437 CTAAATAAGCATGTATGAACAAAAACAACA----A-G-ACAAAAA-GTCAGAACGATTTGAAATA
66 C-AAATAAACTTATATGAACAAAAACAA-ATTTTATGAAAAAAAAGGTCTTAACGATTTGAAATA
* * **
1495 AATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAAT
129 GATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * *
1541 AGATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTA
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * *
1604 T-GAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTGGTTTGATGACAAAACAAAAGGT-TATAATGATTT
65 TCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAAAT--TTT-ATG--AAAA-AAAAGGTCT-TAACGATTT
* * * * ** *
1666 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTT-AGGTAAAC
123 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCA-ACAAAT
** * * *
1718 AGAAATATTTTTTAAAAATATCTTACTTAGTAATTTTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTTATTT
1 AGATTTATTTTTT--AAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTT
*** ** **** *
1782 TATTTCAAATTGGC-TAGTATGAATTGAAAATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAC-AT
61 TATTTCAAATAAACTTA-TATGAA-CAAAAACAAATTTTATGA-AAA--AAAAGGTCTTAACGA-
* * * * * * * *
1845 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTGATGTGGTTCGATAAAC
120 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AA------A-CTAGTTCAACAAAT
* * * * *
1908 ATAATTATTTTTTTAAGATTTTTACTTATTAATTTTT-AAATTTTAATAAATTAATAATATTTTA
1 AGATTTA-TTTTTTAA-A-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * ** * * *
1972 -ATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATAGCAAAACAAAA-ATCCATAATGAT
63 TTTC-AAATAAACTTATATGAACAAAAAC-A-AATTTTAT-G-AAAA-AAAAGGT-CTTAACGAT
* *** * ** * *
2035 TTGAAATAAATAATTATTTTGATAGTCATAACTATTTGAACT-GCTTTGATAAAC
121 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCAACAAAT
* * *
2089 ATATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TT
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *** * * * *
2151 CTAAACAAACTTATATGAACATAAACCTTTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGA
66 C-AAATAAACTTATATGAACA-AAAAC-AAATTTTATGA-AAAA-AAAGGTCT-TAACGATTTGA
* * * * **
2216 AATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTATTTGAACT-GATT-AGGTAAAT
125 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCA-ACAAAT
* * * *
2266 AGAATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA
* * * ** ** * *
2330 -TTCTTAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAATTATTGTTTTATGACAAGAAAAAAGGTCATAACAA
63 TTTC-AAATAAACTTA-TATGAA--CAAAAACA-AATTTTATG--AA-AAAAAAGGTCTTAACGA
* * * * * *** *
2393 TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACCATTT-AA-TGGGTTCGGTAAAC
120 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCAACAAAT
* * * * * * *
2447 AAATTTATTTTTTAAGTCTCTAAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * * * **
2512 TTTGTATAAGCTTGTACGAATATAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGT-TATAGTGATTT
64 TTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA--ATTTTATGA-A-AA-AAAAGGTCT-TAACGATTT
* * * * * * * *** *
2576 GAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAAC
123 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * * *
2628 ATATTTATTTTTTAAA-TCT-CTTATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * ** *
2690 CGGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTG
66 C-AAATAAACTTATATGA-ACAAAAACAAAT-TT-TATGA--AAA-AAAAGGTCTTAACGATTTG
* * * * * * ** *
2755 AAATGGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTAAA-TTGATTTTATAAAT
124 AAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTAG-TTCAACAAAT
* * * * *
2806 AGATTCACTTTTTAAA--TCACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATT
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * * *
2869 TCAAGTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTA
65 TCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA--ATTTTATG--AAAA-AAAAGGTCTTAACGATTTGA
* * * * *** *
2934 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAAC
125 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * * *
2984 AAATTTCTTTTTTTAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAA
1 AGATTT-ATTTTTTAAA-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
** * **** * * * *
3049 TTT-GGATAAGCTT-TAATGAATTGGAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATA
63 TTTCAAATAAACTTAT-ATGAACAAAAACAA--ATTTTATG--AAAA-AAAAGGTCTTAACGAT-
* * * ** * * **
3112 TT-AAATAAATAATTGTCCCCATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAATAAGC
121 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCAACAAAT
* * * * *
3165 AGATTTATTTTTCCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTTTGAAA-GTCAATAAATTTAG-ATTATTT
1 AGATTTATTTTT-TAAA--TTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * * * ** **
3228 TA--TCGAAATAAGCATGTAAGATA-TAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATA
61 TATTTC-AAATAAACTTATATGA-ACAAAAAC-AA-ATTTTATGA--AAA-AAAAGGTCTTAACG
* * ** ** * *** *
3290 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGGACTGGTTTGGCAAAC
119 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * *
3346 ACATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-T
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * ** * * *
3410 AACCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAACAACTATTTTATGACAAAATAAAGGTTTTAATGATTTG
64 -TTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA--ATTTTATGA-AAAA-AAAGGTCTTAACGATTTG
* * * * * * *
3475 AGATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TCGGTTCGATAAAT
124 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-AGTTCAACAAAT
* *
3526 AGATTTATTATTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * **
3591 TTTTAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
64 TTCAAATAAACTTATATGA-ACAAAAACAA--ATTTTATG--AAAA-AAAAGGTCTTAACGATTT
* * * * * * * *
3655 GAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGATAAAT
123 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * **
3707 CGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * * *** * *
3771 TTCTATCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGT-TATAATGATT
64 TTC-AAATAAACTTATATGAACAAAAACAA--ATTTTATGA-AAA--AAAAGGTCT-TAACGATT
* * * * * * * * * *
3835 TTAAATAGATAATTGTTAAAATAATAATTATTATTTGAACTTA-TTCAGCAAGT
122 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TAGTTCAACAAAT
* * * * * *
3888 AGATTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTCCAAATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTA
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * * ** *
3952 -TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC-AATTGTTTTGACTCAATAAAAGGTCAAAATGATTT
63 TTTC-AAATAAACTTATATGAACAAAAACAAATT-TTATGA---AAAAAAAGGTCTTAACGATTT
** * * * * * * *
4015 GAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAAC
123 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * * * *
4067 A-AGTTTA-TTTTTAAATCTCATACTTATTAAATTTTAAAACATT-TTAAAATTAGTATTATTTT
1 AGA-TTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT
* * * ** * * * *
4129 AATTT-GAATAAGCTTGTACAAAC-AAAACAATTGTTTTTACGACAAAAAAAAGGTCATAATGAT
62 -ATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA---ATTTTATG--AAAAAAAAGGTCTTAACGAT
* * * * * * * *
4192 TTGAAATAGATAATCATTCATATTGTCTTAACTATTTGAACTGGTT-AGGCAATT
121 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCA-ACAAAT
* ** * ** *
4246 AGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAA-ATT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * *
4311 TTCAAATAAA-ATAGTAT-AA-ATAGAACCAATTTTTTGCTAACAAAACAAAAGGT-TATAATGA
64 TTCAAATAAACTTA-TATGAACA-AAAACAAATTTTATG-----AAAA-AAAAGGTCT-TAACGA
* *** *
4372 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TAGTTTGGCAAGT
120 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTCAACAAAT
* * **
4427 AGATTTA----CTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTGCTAAATATTAATAAATTAGTACAATTTT
1 AGATTTATTTTTTAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTG--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * ** *
4487 ATTTCGAACAAATTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAAGTAATAATGAT
62 ATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA--ATTTTATG---AAA-AAAAAGGTCTTAACGAT
* * * * * **
4552 TTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAAT
121 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * * * * * * *
4606 AGAATTATTTTTGAAA-TCT-CTTATAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * **** * * *
4669 CAAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
66 CAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA--ATTTTATG--AAAA-AAAAGGTCTTAACGATTTGAA
* * * * * * * **
4734 ATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAA-
126 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * * * *
4782 CGTATTCATTTTTTAAATCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AG-ATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
4846 TTCGAATAAGCTTTTATGAACATAAACAAATTTTTATAATAGAAAAAAAGAGT-TATAACAATTT
64 TTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAAA-TTTTAT--GA-AAAAAAAG-GTCT-TAACGATTT
* * * * *
4910 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAAC
123 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
* * * *
4962 ATATTTATTTTTTAAA-TGT-CTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 AGATTTATTTTTTAAATTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
5025 CAAA
66 CAAA
5029 AAAGCTTGTA
Statistics
Matches: 3634, Mismatches: 760, Indels: 648
0.72 0.15 0.13
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CAAATAAACTTATATGAACAAAAACAAATTTTATGAAAAAAAAGGTCTTAACGATTTGAAATAGA
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCAACAAAT
Found at i:1688 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1667--1699 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
1657 TAATGATTTG
1667 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
1683 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
1700 TGAATTGGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:2457 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1485--5040 Score: 2469
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1475 AGTCAGAACG
* * * ** * *
1485 ATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTAT
* * * *
1549 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTATGAACA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATA
* * ** * * *
1610 AACTTATATGAA-CAAAAAC-ATTGGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATG
129 AGCTTGTATGAATTGAAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATA
* * * * *
1662 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTAGGTAAACAGAA-ATAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA-AATTTAT
* * * *
1726 TTTTTAAAAATATCTTACTTAGTAATTTTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAA
65 TTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-AA
** * * * *
1790 ATTGGCTAGTATGAATTG-AAA-ATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACA
126 ATAAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAATA
* * * * *
1844 TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTGATGTGGTTCGATAAACA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-A------A-CTGGTTCGGTAAACA
* * * *
1909 TAA-TTATTTTTTTAAGAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AAATTTTAATAAATTAATAATATTTT
58 -AATTTA-TTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
1971 AATCTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAA-ATCCATAATG
120 -ATTTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAA-AAAAGGT-CATAATA
* * *** * * * *
2033 ATTTGAAATAAATAATTATTTTGATAGTCATAACTATTTGAACTGCTTTGATAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
* *
2098 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAA
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* * * ** * * * *
2159 ACTTATATGAA--CATAAACCTTTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTTATAACA
130 GCTTGTATGAATTGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATA
* * * * *
2210 ATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTATTTGAACTGATTAGGTAAATAGAA-TTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA-AATTTAT
* * * *
2274 TTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTTAAT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAAT
* ** *
2338 AAGCTAGTATGAATTGAAAATTATTGTTTTATGACAAGAAAAAAGGTCATAACA
128 AAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGACAA-AAAAAAGGTCATAATA
* * *
2392 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACCATTT-AA-TGGGTTCGGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * * * **
2455 TTTTTAAGTCTCTAAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATA
* * * * * *
2520 AGCTTGTACGAA-T-ATAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAGTG
129 AGCTTGTATGAATTGA-AAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAATA
* * * * * * *
2572 ATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
* **
2637 TTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAA
** * * * *
2698 GCTTGTATG-ATAAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACA
130 GCTTGTATGAAT-TGAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAATA
* * * * * * * *** * * * *
2750 ATTTGAAATGGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTTAAATTGATTTTATAAATAGATTCAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTAT
* * *
2814 TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAGT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAAT
* * *
2875 AAGCTTATATGAACTG-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACA
128 AAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATA
* * * *
2928 ATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTCTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTT-AT
* **
2993 TTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGGATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATA
* * * *
3057 AGCTT-TAATGAATTG-GAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACA
129 AGCTTGT-ATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATA
* * ** ** ** * *
3109 ATATT-AAATAAATAATTGTCCCCATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAGCAGATTTAT
1 AT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTAT
* * * * * * **
3173 TTTTCCAAATCTTTTGCTTAGTAATTTTTTGAAA-GTCAATAAATTTAG-ATTATTTTATCGAAA
65 TTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAAA
* * * * * *
3236 TAAGCATGTAAG-ATAT-AAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATA
127 TAAGCTTGTATGAAT-TGAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATA
* * * ** * * * *
3290 ATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGGACTGGTTTGGCAAACACATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * ***
3355 TTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTAAATAA
* * * * ** *
3420 GCTTCTATG-ATT-AGAAACAACTATTTTATGACAAAATAAAGGTTTTAATG
130 GCTTGTATGAATTGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATA
* * * * * * *
3470 ATTTGAGATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATCGGTTCGATAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGGTAAACAAATTTAT
* * * *
3534 TATTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTTAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATA
** * *
3599 AGCTTGTATG-ATAAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATA
129 AGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATA
** * * * * ** * *
3651 ATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGATAAATC-GATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-CAAATTTAT
* ** **
3715 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATA
* * * *
3780 AGCTTGTATTAATTG-AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAATG
129 AGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGGTCATAATA
* * * * * * ** * * ** *
3832 ATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAATAATTATTATTTGAACTTATTCAGCAAGTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * * *
3897 TTTTTAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTCCAAATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATA
* * * * *
3961 AGCTTGTATGAACTG-AAACAATTG-TTT-TGACTCAATAAAAGGTCAAAATG
129 AGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATA
* ** * * ** * *
4011 ATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAGTTTA-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * * * *
4075 TTTTAAATCTCATACTTATTAAATTTTAAAACATT-TTAAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATA
* ** * *
4139 AGCTTGTA-CAA-ACAAAACAATTGTTTTTACGACAAAAAAAAGGTCATAATG
129 AGCTTGTATGAATTGAAAACAATTG-TTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATA
** * * * * * ** *
4190 ATTTGAAATAGATAATCATTCATATTGTCTTAACTATTTGAACTGGTTAGGCAATTAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * ** * ** *
4255 TTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAA
** * * * * * * * *
4320 AATAGTATAAATAG-AACCAATT-TTTTGCTAACAAAACAAAAGGTTATAATG
130 GCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTT-ATGACAAAA-AAAAGGTCATAATA
* * * * * * **
4371 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATAGTTTGG----CAAGTAGATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
** * ** * *
4432 TACTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTGCTAAATATTAATAAATTAGTACAATTTTATTTCGAAC
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAAT
** * * ** * * * *
4496 AAATTTATATTAA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAAGTAATAATG
128 AAGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGGTCATAATA
* * * * * *
4550 ATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAGAA-TTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACA-AATTTAT
* * * * *
4614 TTTTGAAATCTCTTA--TA--AATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCAAATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATA
* * * *
4675 AGCTTGTATGAGTTG-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
129 AGCTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATA
* * * * * ** ** *
4727 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAACGTATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * *
4792 TTTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATA
* * * * * * *
4854 AGCTTTTATGAA--CATAAACAAAT-TTTTATAATAGAAAAAAAGAGTTATAACA
129 AGCTTGTATGAATTGA-AAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAG-GTCATAATA
* ** * *
4906 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
* * * *
4971 TTTTAAA--T-GT-CTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAA
5032 GCTTGTATG
130 GCTTGTATG
5041 TTCAAATAAA
Statistics
Matches: 2665, Mismatches: 575, Indels: 278
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 8 0.00
176 25 0.01
177 375 0.14
178 331 0.12
179 417 0.16
180 333 0.12
181 769 0.29
182 179 0.07
183 83 0.03
184 2 0.00
187 1 0.00
188 41 0.02
189 76 0.03
190 18 0.01
191 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAG
CTTGTATGAATTGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATA
Found at i:4411 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 76--5040 Score: 2958
Period size: 539 Copynumber: 9.3 Consensus size: 537
66 ACAAAATAAA
* * *** *
76 ATAACAATTT-AAATAGA-AA--GTTC-AATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTTAGTGCACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAATAGA
** *
136 TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT-ATTCTATT-
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATT-TATTC
* ** * * * * *
199 TCGAATAAATTTGTAT-AAGTAGAAACAATTTGTTTTAT-A-AGAAACAAAA-ATCATAACGATT
130 T-AAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAA-TTG-TTTATGACA-AAATAAAAGGTCATAATGATT
* * * * *
260 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTC-AGTAAACAATTTTATTTT
190 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAGTTTA-TTT
* * * *
323 TTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTTGAAATTTAATAAATTAGTATTATTTT-A--TGAACAAGC
253 TTAAATC-TCTACTTATTAAATTTTAGAAATTTTATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGC
** * * * * **
384 TT-TATGAACAAAA-AA--ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAAT-GGTAATT
317 TTGTACAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATT
* * * * * *
444 GTTCAAATAGAT-ATAATTATTTGAAC--G-T-GCATGAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACT
382 ATTCATATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTTAG-ATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTT-CT
* * *
504 TATTAATTTGT--AATATTAATCAATTTA-TATT-TATTT-TT-GAAGATAAGCTTGCATGAACA
443 TATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATTAT-TTTATTCGAA-ATAAGCTTGTATGAACA
*
563 TGAACCAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTT
505 TAAACC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
*** * * * * ** * * **
596 CATAATGTTTTAAAATAGATAATAT-TTTAGACAGTCCATTGCTATTTGAGCTACAATAAAGC--
1 -ATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACT--TATTTAGCAA
* * ** * *
658 A-A-A-TT-TTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAA-TTAAGTAATATTAATAAATTAGTA-TATTTT
61 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTT
* * * *
717 ATT-TCAAATAAGCTTATTTGAA-TGAAAACCATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCAT-A-GA
126 ATTCT-AAATAAGCTTATATGAACTG-AAACAATTG-TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * * * *
778 TTTGAAATAG-TTATGTATTCAAATAATCATGATTAATTTCAA-TTGTTCGGGTAAACATA-TTT
188 TTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCTTAACT-ATTTGAACTAGTTC-GATAAACA-AGTTT
* * * *
840 ATTTTTGTTAAATCTTTTACTTATT-AATTGTCA-AAATATTTGTAAATGTAG-ATGAGATTTTG
249 A--TTT-TTAAATC-TCTACTTATTAAATT-TTAGAAAT-TTTATAAAT-TAGTAT--TATTTT-
** * * *
902 AATCCGAATAACCTTGTATGAGCAT-AAACTAATTGGTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCCATGA
304 AATTTGAATAAGCTTGTA-CA-AATAAAAC-AATT-GTTTTATGACAAAACAAAAG-GT-CAT-A
* * * * *
965 ACAATTTGGAAATAAAGTAATTGTTGCAAATAGTCCATAAC-ACTTTGAACTTGTTTGATAAACA
362 ATAATTT-GAAATAAA-TAATTATT-CATATAGT-CATAACTA-TTTGAACTGGTTAGATAAACA
* * *
1029 AATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-TAATATTAAT-AATTTGTATTATTTTATT
422 GATTTATTTTTTAAATC--TT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
1091 CAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATTATTTTATGTCAAAACAAAATGTT
484 CGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** * * * * *
1144 AT-ATGATTT-AAATA-ATAATTATTCAAATAGTCATAA-TCATTTAAACTTA-TTCGATAAACA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTATTTAG-CAAATA
* * * * * *
1204 GA-TT-CTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TGGTATTATTTTATT
64 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT
* ** * * * *
1266 -TCAAATAAACTTATATGAACCAAAACAAAT-TTTATGA-TAAA-AAAAGGTCTTAACGATTTGA
129 CT-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * * * *
1327 AATAGATAATTATTCGAATAATCATGAC-GTTTG-AC-AGTTCAATAAATATA-TTTATTTTTTA
193 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACA-AGTTTA-TTTTTA
* * * * * *
1388 AAT-TTTACTTATT-AATTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCATG
256 AATCTCTACTTATTAAATTTTAGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTG
** * * * * * **
1450 TATGAA-CAAA-AA------CA--ACAAGACAAAAAGTCAGAACGATTTGAAATAAATAATT-TG
320 TACAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTAT-
* * * * *
1504 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTATTAA
384 TCATATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTTATTAA
* * * * * *
1568 TTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTATGAACA-AA-CTTATATGAACA-AAAAC-
449 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAA-ATAAGCTTGTATGAACATAAACCA
*
1629 ATTGGTTTGATGACAAAACAAAAGGTT
512 ATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** * * ** * *
1656 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA-GCAAATAG
** * * * * *
1720 AAATATTTTTTAAAAATATCTTACTTAGTAATTTTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA
65 ATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAATTTA
** * * ** *
1784 TT-TCAAATTGGC-TAGTATGAATTGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA-CAT
127 TTCT-AAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGA-
* *
1845 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTGATGTGGTTCGATAAACAT
188 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAA---CT-A----GTTCGATAAACA-
* * * * * * *
1910 AATTATTTTTTTAAGATTTTTACTTATT-AATTTT-TAAATTTTAATAAATTAATAATATTTTAA
244 AGTT-TATTTTTAA-ATCTCTACTTATTAAATTTTAGAAATTTT-ATAAATTAGTATTATTTTAA
* ** * * *
1973 TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAA-ATCCATAATGATT
306 TTTGAATAAGCTTGTACAAATA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGT-CATAATAATT
* * * *
2036 TGAAATAAATAATTATT-TTGATAGTCATAACTATTTGAACTGCTTTGATAAACATATTTATTTT
368 TGAAATAAATAATTATTCAT-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTATTTT
* * * * * *
2100 TTAAATC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAACAAACTTA
432 TTAAATCTTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTG
* * *
2164 TATGAACATAAACC-TTTGTTTTACGACAAAACAAAAGTTT
497 TATGAACATAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * *
2204 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTATTTGAACTGA-TTAGGTAAATAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTA-GCAAATAG
* * * * *
2268 AATTATTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTAATTTATT
* * **
2332 CTTAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-ATTATTGTTTTATGACAAGAA-AAAAGGTCATAACAAT
129 CTAAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACA--ATTG-TTTATGACAA-AATAAAAGGTCATAATGAT
* * * * *
2394 TTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACCATTT-AA-TGGGTTCGGTAAACAAATTTATTT
189 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAAGTTTA-TT
* * * * * * * *
2457 TTTAAGTCTCTAAGTTATT-AATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGTATAA
252 TTTAAATCTCT-ACTTATTAAATTTTAGAAATTTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA
* * * * * * * * *
2521 GCTTGTACGAATATAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAGTATACA
315 GCTTGTACAAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATA
* * * * * *
2586 ATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATC-TCTT
379 ATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTT
* * * * *
2650 ATTAAATTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGATA-AAAA
444 ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGA-ACATAA
* * * *
2714 AACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTA
508 ACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * *
2744 ATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTGAAAT-GGCTATAATTATTT-AAATTGATTTTA-TAAAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-A-TTTAGCAAAT
* * * *
2806 AGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA
63 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTA
* **
2867 TT-TCAAGTAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACAATT
127 TTCT-AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTG-TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT
* * * * * * *
2931 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTCTTTTT
190 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAAC-AAGTT-TATTT
* * * *
2996 TTAAA-CTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTAATTTGGATAAG
253 TTAAATCTC-TACTTATTAAATTTTAGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAG
** * * *
3059 CTT-TA-ATGAATTGGAATAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATATT-AAATAAA
316 CTTGTACA--AA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAAT-TTGAAATAAA
* * ** ** * *
3121 TAATTGTCCCCATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAGCAGATTTATTTTTCCAAATCT
377 TAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT-AGATAAACAGATTTATTTTT-TAAATC-
* * * * * *
3185 TTTGCTTAGTAATTTTTTGAAA-GTCAATAAATTTAG-ATTATTTTA-TCGAAATAAGCATGTAA
439 -TT-CTTATTAA-TTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTAT
* * * * * *
3247 G-ATATAAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTC
500 GAACATAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
* * * * * ** * ** * * *
3284 AAAATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGGACTGGTTTGGCAAACACA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAATAGA
* *
3349 TTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT-ATTT-TTAA
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATT--
* * * **
3412 CCAAATAAGCTTCTATG-ATTAGAAACAACTAT-TTTATGACAAAAT-AAAGGTTTTAATGATTT
129 CTAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAA-T-TGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTT
* * * * * * *
3474 GAGATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATCGGTTCGATAAA-TAGATTTATTAT
191 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCGATAAACAAG-TTTATT-T
* * * * * *
3537 TTAAATCTATTACTTATT-AATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTTAATAAG
253 TTAAATCT-CTACTTATTAAATTTTAGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAG
* * * *
3601 CTTGTATGATAA-AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATA
316 CTTGTA-CA-AATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATA
* * * * * * ** *
3665 ATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGATAAATC-GATTTATTTTTTAAATC-TCT
379 ATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTCT
* ** *
3728 TACTT-ATTAGTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTATTAA
443 TA-TTAATT--TTTA--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAA
* *
3792 -TTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGGTT
503 CAT-AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** * * * * * * * *
3826 ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTAAAATAATAATTATTATTTGAACTTATTCAGCAAGTAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAATAGA
* * * * *
3891 TTTATTTTTTTAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTCCAAATGTTAGTAAATTAGTATTAATTTATTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
* ** *
3955 TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTT-TGACTCAATAAAAGGTCAAAATGATTTGAAA
130 TAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* ** * *
4019 TAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAGTTTATTTTTAAATC
195 TAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAGTTTATTTTTAAATC
*
4084 TCATACTTATTAAATTTTAAAACATTTTA-AAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTAC
260 TC-TACTTATTAAATTTTAGAA-ATTTTATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTAC
* * * * *
4148 AAACAAAACAATTGTTTTTACGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCA
323 AAATAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * ** ** * *
4212 TATTGTCTTAACTATTTGAACTGGTTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAA
387 TATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAA--ATCTT-CTTATTAA
* * * ** *
4277 GTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATAGTAT-AA-ATAGAACCA
449 TTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACATA-AACCA
* *
4339 ATT-TTTTGCTAACAAAACAAAAGGTT
512 ATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTT
** * * * * *
4365 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATAGTTTGGCAAGTAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGCAAATAG
* * *
4429 ATTTA----CTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTGCTAAATATTAATAAATTAGTA-CAATTTTA
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG--AAATATTAATAAATTAGTATTAA-TTTA
* * * ** * * *
4488 TTTCGAACA-AA-TTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAAAGTAATAATGA
127 -TTCTAA-ATAAGCTTATATGAACTGAAACAATT-GTTTATGACAAAAT-AAAAGGTCATAATGA
* * * *
4551 TTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTAGTTC-AGTAAA-TAGAATTA
188 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAACAAG-TTTA
* * * * *
4613 TTTTTGAAA--TCT-CTTA-TAAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCT-ATTTCAAA
250 TTTTT-AAATCTCTACTTATTAAATTTTAGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAA
* ** * * * *
4673 TAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
312 TAAGCTTGTA-CAAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAA
* * * * * *
4738 ATAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTTGACAAAC-GTATTCATTTTTTAAATCT
376 ATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
4802 TAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTTTATGAA
440 T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA
* * *
4866 CATAAA-CAAAT-TTTTATAATAGAAA-AAAAGAGTT
503 CATAAACCAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAG-GTT
* *
4900 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGCAAACAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTTAGCAAATAG
* * * *
4964 ATTTATTTTTTAAA--T-GT-CTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
* *
5024 TCAAAAAAGCTTGTATG
130 T-AAATAAGCTTATATG
5041 TTCAAATAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
510 13 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTAGCAAATAGA
TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT
AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAAGTTTATTTTTAAATCT
CTACTTATTAAATTTTAGAAATTTTATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTACAAA
TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCATATA
GTCATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTTATTAATTTTTAA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACCAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTT
Found at i:5062 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 4911--5158 Score: 347
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
4901 TAACAATTTG
* * * *
4911 AAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGCAAACATATTTATTTTT
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** *
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5039 TGTTC
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* *
5044 AAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTTA
1 AAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAGATTTAGTTTTTA
* * * *
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5159 GAACAAACTT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 13, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
133 97 0.97
134 3 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.09, T:0.44
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AAATAAATAATTGCTCAAATAGGTATAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACAGATTTAGTTTTTA
AATCACTTATCAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG
TTC
Found at i:6419 original size:528 final size:532
Alignment explanation
Indices: 5113--9001 Score: 1792
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5103 TTTTTAAATC
* * * * * * *
5113 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTGGTATTACTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGATCA
* * *
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66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * *
5243 -TCATAATTATTTGAA-CTAGTTACATAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
131 CT-ATAATTATTTGAATCGA-TTTGATAAACAGAATTAATTTTTAAATATCTTACTTATTAATTT
* * * * ** *
5306 TGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAATCTAGTATGAATTCAAAAAAAACTTA
194 TGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAA--CTGAAACAA-TTA
* * *
5371 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAATAGATAATTATTCTATAGTATTAAATAT
255 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCCATAGTACTAAATAT
* * * * * *
5436 TTGAACTGGTTCGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAT
319 TAGAACTCGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAT
* * * * *
5501 TAGATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAAATATTTTATGACAAAAT
384 TAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAAT--ATATTTTATAACAAAAT
* * * ** * *
5566 AAAATGTTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAGTCAG
447 AAAAGGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG--AAAACCAATT--A-TAAGTCAG
*
5631 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
507 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * ** * *
5658 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGA-ACT-TT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTT-ATA-TGAT
** * ** * * * *
5721 CAAATAA-AATCATTATATGA-TGAAGCAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTGAC
64 CAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAAG-AAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * *
5784 ATCGCCATAATTATTTGAATAGATTTGACAAACAGAGTCACTTTTTAAATCA-CTTACTTATTAA
127 ATAGCTATAATTATTTGAATCGATTTGATAAACAGAATTAATTTTTAAAT-ATCTTACTTATT-A
* * *
5848 ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACGATT
190 ATTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * * * *
5913 ATTCTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCACATAGTCCTAACTG
254 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-CATAGTACTAAATA
* *
5978 TTAGAACTACTTTAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
318 TTAGAACT-CGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * ** *
6042 TTTAAATTAGTATTATTTTATTTTC-AATATGCTTATATAAACTAAAACAT-TATTTTATAACAT
382 ATTAAATCAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAACTTATATAAA-TAAAA-ATATATTTTATAACAA
* *
6105 AATAATAGGTTAT-A-GCAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-AAACCAATT-T-AGT-A-A
444 AATAAAAGGTTATAATG-AATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAAACCAATTATAAGTCAGA
**
6163 ATGA-ATTTATTTTTTAAATCTCCT
508 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * * *
6187 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATCCCGAATAGGCTTATATGATGA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGATCA
* *
6251 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
6316 CTACAATTATTTGAATCGATTTGATAAACTGACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTT
131 CTATAATTATTTGAATCGATTTGATAAACAGAATTAATTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTT
* * * * * *
6381 GAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTATCTCGAATAAGCTT-TTTCAAACTGAAACAATTGTTT
195 GAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTAT-TCGAATAAGCTTGTAT-GAACTGAAACAATTATTT
* * * * * * * *
6445 TATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTT-TA-AATCATCATAACTATT
258 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCCATAGT-A-C-TAAATA-T
* * ** * * * *
6508 TA-AACTTGTTTGGTAAAC--ATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTGATGTTCT--AATGT
319 TAGAACTCGTTAGACAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGT-TATTAAT-TTTTAGAATAT
* * * * * * * ** * * *
6567 TAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAGCTAAAAAAATTATTTTATGACTA
381 TATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATAT-AAATAAAAATA-TATTTTATAACAA
* * ** * * ** *
6632 AACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA-CTATT-TGAACTGG
444 AATAAAAGGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG--AAAACCAATTAT-AA---G
* * *
6695 TTCTATAAGCATATTTATTTTTTAAA--T-CT
503 -TC-AGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * * * * *
6724 --TTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGC-TAGTGTGAA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTA-TATG-A
* * * * * *
6785 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAATG--AAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAA
63 TCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * *
6847 TA-CTCATAACTATTT-AATTGGTTCGATAAATAG-ATT--TTGTTTTAA-ATC-T-CTTATTAA
128 TAGCT-ATAATTATTTGAATCGATTTGATAAACAGAATTAATT-TTTAAATATCTTACTTATTAA
* * *
6904 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTATGAA-TAGAAACAA
191 -TTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTC-GAATAAG-CTTGTATGAACT-GAAACAA
* * * * * *
6967 TTGTTTGATGATAAAAC-AAAGTGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGATA-T
252 TTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTC-CATAG-TACT
* ** * * * ** ** *
7029 GACCATTTGAACTTGTTTTG-TGAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGA
313 AAATATTAGAACTCG-TTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGA
* * * ** * * * *
7092 ATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-TGAATAAATTTGTATGAATGGAAACAA-CTATTTTAT
377 ATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAAT--AAA-AATATATTTTAT
* * ** * * * * * * *
7155 GACAAAACAAAATATCATAA-CAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATT-TG
439 AACAAAATAAAAGGTTATAATGAA-TTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG--AAAACCAATTAT-
* **
7217 AACTCCTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
500 AAGT-C-A-G-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
*** * * *
7254 ACTTATTAA-TTTTGGTCTTTTAA-GAATTAGTATTATTTT-TTCCGAATAAGCTT-TATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGATCA
* * * ** * *
7315 AAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAG-GACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATA
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTA-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * *
7379 G-TCATAACTATTTGAA-CG-TGTTCAAAAAACATACTT-ATTTTTAAAT-TTTTACTTATTAAT
130 GCT-ATAATTATTTGAATCGAT-TT-GATAAACAGAATTAATTTTTAAATATCTTACTTATTAA-
* * * * *
7439 TTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAA-TGAACCAATAT
191 TTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAAT-T
* * * * *
7503 TTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACT
254 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-CATAGTAC-TAAAT
* ** * * * * * *
7567 ATTTA-AACAT-GTTCGGTAAACATATTCA-TTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTGGAATA
317 A-TTAGAAC-TCGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATA
* * * * * ** *
7628 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGCTTATATGAGTTGAAACAAT-TGTTTTACT-A
380 TTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATAT-AAAT-AAA-AATATATTTTA-TAA
* * * * * * * ** * *
7691 TAAAACAAAAGGTTACAAT-AATTTTAAATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATT
441 CAAAATAAAAGGTTATAATGAA-TTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG--AAAACCAATT--A-T
* * * **
7755 TATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
500 AAGTCAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
** * * * *
7789 ACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTT-TATAAAT-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATAT-GATC
* * * ** *
7852 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-GAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* ** * * * * * *
7916 AGTTATAAAGATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
129 AGCTATAATTATTTGAA-TCGATTTGATAAACAGAATTAATTTTTAAATATCTTACTTATTAATT
* ** * * * * *
7980 GTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCA
193 -T-TGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
* *** * ** *
8044 TTTTATGACAAATA-AAAA-GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTAAAATAGTCAC-AATT
255 TTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CCATAGT-ACTAAAT
* * * * * * * * *
8106 ATTTA-CACTTGTTCAG-TAAATATATTCATTTTATAAAATCTCTTAATTATTAATTTTGA-AAT
317 A-TTAGAACTCGTT-AGACAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAAT
* * * *** * * *
8168 ATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTTAAT
379 ATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAA-CTTATAT-AAAT-AAA-AATATATTTT-AT
* * ** * * * * ** * *
8233 GACAGAACCAAAGGTCATAA-CAATTTCAAATAGATATTTATTCAAAATAGTCATGACTATTTGA
439 AACAAAATAAAAGGTTATAATGAA-TTCAAATAGATAATTGTTC-AAATAG--AAAACCAATT-A
* * * ** **
8297 TCTAGTTCAATAAACATATTTACTTTTGAAAAT-TTTT
499 T-AAG-TC-AGAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCCT
* * * * *
8334 ACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGACTAAGTTTGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTATATG-AT
* ** * * * * * ** * **
8398 -AGAAATTATTATTTTATAATAGAAA-AAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAAT-ATTGCTCAAA
64 CAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * *
8459 TAGTTCATAACTATTTTGAA-CTGTTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-ATC-T-CTTATTA
128 TAGCT-ATAATTA-TTTGAATC-GATTTGATAAACAGAATTAATTTTTAAATATCTTACTTATTA
* * * * * * * ** ** * *
8520 ATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTGAACAAACTTATACAAACAAAAATATTT
190 A-TTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * *
8584 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAATT
254 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-CATAGTAC-TAAAT
* ** * ** *
8648 ATTTGAACT-GTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTT-GAATATT
317 ATTAGAACTCGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
* * * * * * *
8711 AATAAA-CA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAA-ATTGTTTTATGACA
382 ATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTA-TAT-AAAT-AAAAATA-TATTTTATAACA
* * * ** ** *
8772 AAACAAAA----ACAAT---TTGAAATAGATAATTGTT-AATATAGTTTAA-TTATTAGAACTAG
443 AAATAAAAGGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTGTTCAA-ATAG-AAAACCAATTA-TA--AG
* * *
8828 TTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
503 -TC-AGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
* ** * * * * *
8860 AGTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATG-ATC
* * * * * * * * * *
8924 AGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTTAAAT
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAA-GTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
8988 AG-TCATAATTATTT
129 AGCT-ATAATTATTT
9002 AAATTGGTTC
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Consensus pattern (532 bp):
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AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
CTATAATTATTTGAATCGATTTGATAAACAGAATTAATTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTG
AAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCCATAGTACTAAATATTAGAACT
CGTTAGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATCA
GTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAATATATTTTATAACAAAATAAAAGGTTA
TAATGAATTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGAAAACCAATTATAAGTCAGAAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCCT
Found at i:7103 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 6167--9019 Score: 2032
Period size: 180 Copynumber: 16.0 Consensus size: 179
6157 TAGTAAATGA
** * *
6167 ATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATCC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * * * * **
6231 CGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTGA
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* * * * * *
6295 AATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTGAA-TCGATT-TGATAAAC-T
128 AATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAT
* * * * * * * * * *
6346 GACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTATC
1 -ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-
* * * * * ***
6411 TCGAATAAGCTT-TTTCAA-ACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTT
63 TTGAATAAGCTTGTATGAATA--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * **
6474 TAAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC--
126 GAAATAAATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* * * * *
6526 ATTTATTTTTTAAAAT-TTCTT-GTGTATTGATGTTCT-AATGTTAATAAATTAGTATCATTTTA
1 ATTTATTTTTT-AAATCTT-TTACT-TATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * ***
6588 TTTCAAATAAGCATGTATGAGCTA-AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTT
62 TTT-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * *
6652 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTA-TAAGCAT
125 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAT
* * * * *
6707 ATTTATTTTTTAAATC---T--TTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * ** * ** *
6767 CGAATAAGCTAGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-TGAAGATCATAATGATTTGAG
64 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
6830 ATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTT-AA-TTGGTTC-GATAAATAG
129 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACAT
*
6880 ATTT-TGTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * *
6940 TGAAT-AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGATAAAAC-AAAGTGTCATAACTATTTG
64 TGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTG
* * * * ** * *
7003 AAATAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAA
127 AAATAAATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
*** *
7056 ATTTA-TTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * **
7120 GAATAAATTTGTATGAATGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAA
65 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
** *
7185 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCCT-AGGTAAACAG
130 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAT
* ** * * *
7234 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGTCTTTTAA-GAATTAGTATTATTTT-TTCC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * * * *
7297 GAATAAGCTT-TATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAG
65 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * **
7361 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACAT
130 TAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
*
7411 ACTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * ***
7473 TGAAATAAGCTTGCATGAAT-GAACCAATATTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTG
64 TG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
7537 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAACAT
127 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* * * * * *
7590 ATTCA-TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
* * * * * * * *
7654 AGATAAGCTTATATGAGTTGAAACAATTGTTTTACT-ATAAAACAAAAGGTTACAATAATTTTAA
66 A-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
7718 ATAAACAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAGAAAACAT
129 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
** * *
7769 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
** * *
7834 CAAATAAGCTT-TATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
64 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* ** *
7898 ATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTC-GATAAACAG
129 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAT
*
7949 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * *
8013 AGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATCATTTTATGACAAATA-AAAA-GTTATAGCAATTTC
64 TG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
8076 AAATAGATAATTGTTAAAATAGTCACAATTATTT-ACACTTGTTCAGTAAATAT
127 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACAT
* * * * *
8129 ATTCATTTTATAAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * *
8193 TTGAATAAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTTTTTTTAATGACAGAACCAAAGGTCATAACAAT
63 TTGAAT-AAGCTTGTATGAA-TAGAAACAA-TTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * * *
8257 TTCAAATAGATATTTATTCAAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAATAAACAT
124 TTGAAATAAATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
** *
8314 ATTTACTTTTGAAAAT-TTTTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * ** * * * *
8378 TTGACTAAGTTTGTATGAATAGAAATTATTATTTTATAATAGAAA-AAAA-ATCATAACAATTTG
63 TTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTG
** ** * *
8441 AAATAAAT-ATTGCTCAAATAGTTCATAACTATTTTGAAC-TGTTTTGGTAAATAG
127 AAATAAATAATTATTCAAATAG-TCATAACTA-TTTGAACTTG-TTCAGTAAACAT
*
8495 ATTTATTTTTTAAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * * * * **
8555 TGAACAAACTTATACAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAA
64 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * *
8620 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTT-AGGTAAACAA
129 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACAT
* * * * * * *
8670 AATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAAATTTTGAATATTAATAAA-CA-TTTTATTTTATTCC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * *
8733 GAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC--AA----A-AACAATTTGAAA
65 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * ** *
8791 TAGATAATTGTT-AATATAGT-TTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAA
130 TAAATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
* * ** * *
8840 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * **
8905 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
65 -GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
8970 GTATACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTCA-TAAACAT
129 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAT
9020 CTTTTATTAA
Statistics
Matches: 2130, Mismatches: 415, Indels: 256
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT
Found at i:7183 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5044--9019 Score: 2492
Period size: 181 Copynumber: 22.3 Consensus size: 179
5034 TTGTATGTTC
* * * * * * * *
5044 AAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-ATAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTAGTTTT
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* * * * *
5107 TAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTGGTATTACTTTATTTCGAACAAACT
64 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCT
* * * * * * * **
5168 TATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTAATAATGATTTG
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* * * * *
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* * ** *
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* * * **
5347 TAGTATGAATTCAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
126 TTGTATGAA-T-AGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
5404 AAAATAGATAATTA-TTC-TATAGT-ATTAAATATTTGAACTGGTTC-GACAAAGAAATTTATTT
1 -AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTT
* * * * * * * ** *
5465 TTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAA
62 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAG
* * * * * * ** *
5530 CTTGTATGAATAAAAATAAATATTTTATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTC
125 CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* ** * * * *
5585 AAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAG-TCAGTAAACAGATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT
* * * * *
5649 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATT
65 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTT
* * * * * ** * * *
5714 GAACT--TTCA-AATAAAATCATTATATGATGAAGCAAAAGGTAATAACGATTTG
128 GTA-TGAAT-AGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * * * * * * *
5766 AAATAGATAATTA-TTGACATCGCCATAATTATTTGAA-TAGATT-TGACAAACAGAGTCACTTT
1 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACATATTTATTTT
** * *
5828 TTAAATCACTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGC
63 TTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGC
* * * *
5893 TTGTATGAACT-GAAACGATTATTCTATGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTG
126 TTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * ** * * *
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1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTA
* ** * * *
6012 AATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATATGCTTA
66 AATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
6077 TATAAACTA-AAAC-ATTATTTTATAACATAATAATAGGTTATAGCAA-TTG
129 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * *
6126 AAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC-----CAA--T-TT-AGTAAATGA-ATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-CATATTTATTTTTT
** * ** *
6178 AAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATCCCGAATAGGCTT
65 AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAATAAGCTT
* * * * * **
6242 ATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTCATAATGATTTG
128 GTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * *
6294 AAATAGATAATTA-TTCAAAT-GGCTACAATTATTTGAA-TCGATT-TGATAAAC-TGACTTAAT
1 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAT-ATTTATT
* * * * * * * * *
6354 TTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTATCTCGAATAA
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* * * * * *** *
6419 GCTT-TTTCAA-ACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTT
124 GCTTGTATGAATA--GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * **
6475 AAATAGATAATTGTTTAAATCA-TCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAAC--ATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT
* * * * * *
6537 AAAAT-TTCTT-GTGTATTGATGTTCT-AATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAG
65 -AAATCTT-TTACT-TATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAG
* * * * * * ***
6599 CATGTATGAGCTA-AAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTG
125 CTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * *
6654 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTA-TAAGCATATTTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTT
* * * * ** *
6718 AAATC---T--TTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCGAATAAGCTA
65 AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTT
* * ** * **
6778 GTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-TGAAGATCATAATGATTTG
128 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
6828 AGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTT-AA-TTGGTTC-GATAAATAGATTT-TGTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACATATTTATTTTT
*
6889 TAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTT
64 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAG-C
* * * *
6949 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGATAAAAC-AAAGTGTCATAACTATTTG
126 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTG
* * * ** * *
7003 AAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATGACCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTA-TTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT
*** * **
7066 AAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTGAATAAATTTG
65 AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTG
* * **
7131 TATGAATGGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTG
129 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* ** *
7182 AAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCCT-AGGTAAACAGATTTATTTTT
1 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTTT
* ** * * *
7244 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGTCTTTTAA-GAATTAGTATTATTTT-TTCCGAATAAGCTT
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* * *
7307 -TATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTG
128 GTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * ** *
7358 AAGTAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATACTTA-TTTTTA
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTA
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* * * * ***
7485 GCATGAAT-GAACCAATATTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTG
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* * * * *
7537 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAACATATTCA-TTTTTA
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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130 ATGAATAGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * *
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** * ***
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* * *
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* * ** *
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1 AAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTT
* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTT-T
* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 AAATAGATA-ATAGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTT
** * * *
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** * * *
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126 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * ** * *
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1 AAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCATAACTA-TTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTT
* * *
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63 TT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGC
* ** * * * * * **
8564 TTATACAAACAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
126 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * *
8618 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGTT-AGGTAAACAAAATTATTTTTT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTTTT
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
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1 AAATAGATAATAGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT
* * ** * * *
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* * * * * **
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128 GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
* * * * * * *
8968 AAGTATACAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTCA-TAAACAT
1 AAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAT
9020 CTTTTATTAA
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* * **
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * **
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* * * * *
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* * * * ** * * * * * *
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** * ** * *
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* * * * * * *
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* * *
6126 AAATAGATAATTGTTCAAATAG--A-AAC-----CAA-T-TTAG-TAAA-TGAATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTAGATAAACAG-ATTTATTTTTTA
** * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *** *
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* * * * *
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1 AAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAAC-TGTTAGATAAACAGATTTATTTTTT
* * * ** * * * *
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* * * * * ***
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126 TTGTATGA-ATAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * *
6663 ATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCTA-TAAGCATATTTATTTTTTAAA--TCT-
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* * * * ** * * *
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252 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAAT
* ** **
6786 AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-TGAAGATCATAATGATTTG
315 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * * * * *
6828 AGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTT-AATTGGTTCGATAAATAGATTT-TGTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTAGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
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* * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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255 TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAATAGAA
* *
7142 ACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTG
319 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* ** *
7182 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCCTAGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAA
** * *
7247 ATCTTTTACTTATTAATTTTGGTCTTTTAA-GAATTAGTATTATTTT-TTCCGAATAAGCTT-TA
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* * *
7309 TGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAACAATTTGAAGTAGATAATTGTTC
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* ** * * *
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* * *
7438 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAAT-GAACCAAT
261 TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAACTTGTATGAATAGAAACAAT
* ** ***
7501 ATTTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTTTG
324 -TATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * * * *
7537 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGTAAACATATTCA-TTTTTA
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* * * * *
7601 ATTCTCTTACTCATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTA
65 AATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTG
* ** * * * * * * * * *
7665 TATGAGTTGAAACAATTGTTTTACT-ATAAAACAAAAGGTTACAATAATTTTAAATAAACAATTA
129 TATGAATAAAAACAATTGATTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
7729 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTATTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
193 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTAACTTA
** * *** * *
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*
7858 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTG
321 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTG
* * ** *
7896 AAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAAGATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
1 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTA
* * *
7961 AATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-AGAAATAAGCT
65 AATCTTTTACTTATTAATT-T-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCT
* * * * *
8024 TGTATGAACAGAAAA-AA-TCATTTTATGACAAATA-AAAA-GTTATAGCAATTTCAAATAGATA
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* * * * *
8085 ATTGTTAAAATAGTCACAATTATTT-ACACTTGTTCAGTAAATATATTCATTTTATAAAATCTCT
189 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTT-T-AAATCTC-
* *
8149 TAA-TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGCTTATATGA
250 TAACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAA-CTTGTATGA
* * * * * *
8212 ACT-GAAATAATTTTTTTTAATGACAGAACCAAAGGTCATAACAATTTC
313 A-TAGAAACAA-TTATTTT-ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * *
8260 AAATAGATATTTATTCAAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCA-ATAAACATATTTACTTTT
1 AAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT-AGATAAACAGATTTA-TTTT
** * * *
8324 GAAAAT-TTTTACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGACTAAG
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* * ** * * * *
8387 TTTGTATGAATAGAAATTATT-ATTTTATAATAGAAA-AAAA-ATCATAACAATTTGAAATAAAT
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* ** * * *
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* * * **
8511 CT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTGAACAAACTTATACAAA
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* * * * * * **
8573 CAAAAATATTTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTG
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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8802 T-AATATAGT-TTAATTATTAGAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
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** * * * * *
8865 TTAATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAT
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* * * * * **
8930 AATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG
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9131 ---AAATGGCCATAATTATTT-AAATTGATAT-GGTAAACAAATTCACTTTTTTAA--TCT--CT
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* *
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* * * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * * ** ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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9632 TATTTTATGA
Statistics
Matches: 3314, Mismatches: 673, Indels: 481
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Matches are distributed among these distances:
320 5 0.00
321 76 0.02
322 14 0.00
323 13 0.00
324 13 0.00
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327 7 0.00
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367 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAA
ATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
TGAATAAAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAATCTCTAACTTATTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTA
TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
Found at i:9484 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 9186--9593 Score: 466
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 178
9176 TTTTAATCTC
* *
9186 TTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTATATCATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
1 TTATTAATTTTTGAATATTAAGAAATTATATCATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAAC
* * * *
9251 AATTGTTTTGTAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTTCAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATA
66 AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATA
* *
9316 A-TATTTGAATTTGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTTAAATGCTTGT
131 ACTATTTAAACTTGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTTAAATGCTTGT
* * ** *
9363 TTATTAATTTTTGAAATATTGAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGCTAAACTTTTATGAACTGA
1 TTATTAATTTTTG-AATATTAAGAAATTA-TATCATTTTA-TTTGAATAAACTTGTATGAACTGA
** *
9428 AACAATTGTTTTAT-ATTAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
63 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
9492 ATAACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAA-CCTTTAGC
128 ATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAAAAAATTTATTTTTTTAAATGC-TT-GT
* * *
9544 TTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT-TGGATTATTTTATTCTGAATAA
1 TTATTAA-TTTTTGAATATTAAGAAATTAT--ATCATTTTATT-TGAATAA
9594 GCTTTAAGAT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 27, Indels: 18
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 13 0.07
178 13 0.07
179 62 0.32
180 66 0.34
181 33 0.17
182 6 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (178 bp):
TTATTAATTTTTGAATATTAAGAAATTATATCATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACTGAAAC
AATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTAAACTTGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTTAAATGCTTGT
Found at i:9631 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 9607--9650 Score: 81
Period size: 18 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
9597 TTAAGATATG
9607 AAACAAATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
9626 AAAC-AATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
9644 AAACAAA
1 AAACAAA
9651 AGGTAAAAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 18 0.75
19 6 0.25
ACGTcount: A:0.52, C:0.11, G:0.05, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
AAACAAATATTTTATGACT
Found at i:9792 original size:199 final size:201
Alignment explanation
Indices: 9415--9792 Score: 448
Period size: 200 Copynumber: 1.9 Consensus size: 201
9405 TTGGCTAAAC
* * * * *
9415 TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATATTAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATT
1 TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATACTAAACAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAAATAATT
* * * * * *
9480 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAACCTTTAGCT
66 ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAACCTTTAGCT
* * * * *
9545 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTAAGATATGAAA
131 TAATAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATCTGAATAAGCTTTAAGATATGAAA
9610 CAAATA
196 CAAATA
*
9616 TTTTATG-ACT-AAACAA-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTAAAAAATGATTTGAAATAGATAA
1 TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTAT-ACTAAACAAAAGGT-AAAAATGATTTGAAATAAATAA
* * * *
9678 TTATTCTAATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTAT-AAATCTCTT
64 TTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAACCT-TT
*
9741 A-CTTAATAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGCATTATATTTAAT-TGAATAA
127 AGCTTAATAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGCATTAT-TTTAATCTGAATAA
9793 CCTTCTATGA
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 22, Indels: 14
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
198 13 0.09
199 57 0.38
200 72 0.48
201 7 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (201 bp):
TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATACTAAACAAAAGGTAAAAATGATTTGAAATAAATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTCAGCAAATACATTTATATTATCAAACCTTTAGCT
TAATAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAATCTGAATAAGCTTTAAGATATGAAA
CAAATA
Found at i:11442 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10706--14052 Score: 1876
Period size: 181 Copynumber: 18.6 Consensus size: 179
10696 AGTTAGATTG
* * * *
10706 ATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATCTTTTTAAATCTCT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTCC
* * * * * *
10770 TGCGTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTGAATAAACTTGTATGAA
62 TACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
10834 TTGAAAAAATT-TCTTTATGATTAAAA-AAAATATTAGAA-TAATTTGAAATAGATA
126 TAGAAACAATTGT-TTTATGA-CAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* ** ** * **
10888 ATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCT
* * * * * *
10952 ACTTATTAATTTTT-GTAATATTATTAAGTTAGTATTAATTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTAA
63 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
11015 -AAAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATA
126 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
* ** * * * *
11067 ATAGTTCAAATAGTCATAAC-A----AA-TT-TCAAAAAATAGATTTAGTTTTAAA--T-CT-CT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTACT
* * * * * ** * *
11121 TATTAATTTTCAAAATATTAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATAAATAGAA
66 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * *
11186 ACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATA
131 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * *
11234 ATTATTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTAC
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCCTAC
* * * *
11299 CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGA
65 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
11364 AATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATA
130 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
* ** * * *
11414 CTTGTTCATCTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAAGAGATTTATTTTTTTAAAATCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGA-TAAACAAATTTA--TTTTT-AAATCTC
* * * * * * * *
11478 TTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATTA-TTTATT-TCGAATACA-CATGTTTG
61 CTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA-AGCTTGTATG
* * * *
11540 AATAGAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAAATA
124 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * *
11596 ATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGACAA-AATAGTCTTAACTATTTGAA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG-TTGAT-A-AACAA-A-T-TT-A-T-TTTTAA
* ** ** * * ** ** *
11659 CTAGTTTGGCAAACACATTTAATTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA-T-TA
56 --A-TCT--CCTACTTA-TTAATTTTTAGAA--TATTA---ATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
* * * * * ** * ** * * **
11721 AATTAGTATTATTTTAATCTAAATAA--GCTGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT
110 AATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATG-ACA-AAACAAAAG----AT--C---AT
* *
11784 AAAAGGCATAACGATTTAAGATAGATA
162 --AA--C-TAT---TTGAA-ATAGATA
* * * * *
11811 ATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--T-CT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCT
* * * * * * ** * *
11872 -CTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACA
63 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * *
11936 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAACAAATA
128 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
11988 ATTATTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTA
* * * * * *
12053 CCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAG
64 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
12118 AAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATG
129 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * *
12169 ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTACG-CGGTAAACAGATTTA--TTT---T-T--TA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT--GTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTA
* * * *
12225 ---A--AATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATACGCTTGTATGAACA
64 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
12284 AAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTAAAATAGATA
128 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
** * * **
12336 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT--GATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCCT
* *
12399 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAA
63 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAA
* * * *
12462 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
126 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * ** * *
12516 ATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATCCATTTTTTAAATCTCTTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTA
* * * * *
12581 CTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-AT
64 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-
* ** * * *
12644 GATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATT
128 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
* * ** * * * **
12695 ATTATTCAAATAATTTTAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTATA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCCTA
* * * * * * * *
12760 CTTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-CG
64 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
12824 AAAACAATTGTTTTATGGCAAAA-AAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAAATA
129 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * ** *
12876 TTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTGAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTG
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGA-TAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCCTA
* * * * * *
12941 CTTATTAATTATCTA-AATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAA
64 CTTATTAATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
13003 TA-ACAAAAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGTTATGA-TGATTTGAAATAGGTA
126 TAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * *
13057 ATTGCTCAAATAGTGACAACTATTTAAACTTGTTTGATAAAC-AATTTCAGTTTTTAAATATCTT
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTT-A-TTTTTAAATCTCCT
* * *
13121 ATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA
63 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA
*
13186 GAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAA-AGTCATAA-TGATTTGAAATAGATA
128 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * *** * * **
13238 ATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT-TGATAAACAAATTTATT-TTTAAATCTCCTA
* * * * * *
13303 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAAC-TGTATCAATA
64 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTATGAATA
* * * * * * *
13367 GAAATAATTGTTTAATGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATA
128 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * *
13419 ATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CT-
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTA
* * * ** * * *
13480 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAA
64 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * *
13545 AAAC-ATTCATTTTATGACAAAACAAAAG-TACATAATTATTTGAAATGGATA
129 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGAT-CATAACTATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
13596 ATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAAC-GGTTCAACAAACAAATTTATTTTCAAATCTCATA
1 ATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTT-GATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTA
* * * * * * *
13659 ATTATTAATTTTCATAATATTATTAGAA-TAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAAC
64 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
13722 ATAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TGACTTGAAATATATA
127 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* *
13775 ATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC-AA---A----T-AATCTCCTA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTGA-TAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTA
* * *
13830 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAAT-AATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATG-ATG
64 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * *
13892 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCA-AAATGATTTGAAATAGATA
127 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * *** * *
13945 ATAGTTTAAATGGCCATAAATATTTGAA-TTGATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCA
1 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTG-ATAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCCT
* * *
14009 AATT-TTCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT
63 ACTTATT-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
14053 TTGGATAAGC
Statistics
Matches: 2441, Mismatches: 537, Indels: 375
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 8 0.00
166 45 0.02
167 185 0.08
168 3 0.00
169 10 0.00
170 106 0.04
171 39 0.02
172 5 0.00
173 4 0.00
174 17 0.01
175 19 0.01
176 20 0.01
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180 335 0.14
181 709 0.29
182 169 0.07
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184 5 0.00
185 1 0.00
186 7 0.00
187 4 0.00
188 1 0.00
189 3 0.00
191 7 0.00
192 9 0.00
193 3 0.00
194 2 0.00
195 22 0.01
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199 9 0.00
200 4 0.00
201 1 0.00
202 1 0.00
203 1 0.00
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208 2 0.00
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211 4 0.00
212 1 0.00
213 3 0.00
214 12 0.00
215 29 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCCTACT
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATA
Found at i:11570 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11179--11623 Score: 502
Period size: 182 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
11169 ATTTTGCATA
* * * * * * *
11179 AATAGAAACAATTGTTTTATTA-AAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATAGATAATTATTCAA
1 AATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * *
11243 ATGGACATGACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
66 CTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
* * * * *
11308 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATG
131 TTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCATTTATTCCAAATAAACATGTATG
* * * *
11358 AATAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCAT
1 AATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
* * * ** *
11423 CTAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-AGTAAAGAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATT
66 CTAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGA-TAAACAAATTTA-TGTTTT-AAATCTCCTACCTATT
* * * * *
11487 AATTTTTGGAATATGAATAAACTAGCATT-ATTTATTTCGAATACACATGTTTG
127 AATTTTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCATTTATTCCAAATAAACATGTATG
* *
11540 AATAGAAATAATTGGTTTATAACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTA
1 AATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGA-TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCA
* *
11604 ACTAATAATAACTATTTGAA
65 ACTAGTCATAACTATTTGAA
11624 TGTGTTTTAT
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 38, Indels: 9
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
179 19 0.09
180 55 0.25
181 13 0.06
182 97 0.44
183 38 0.17
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AATAGAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAA
CTAGTCATAACTATTTGAACTTGTTGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
TTTAGAATATGAATAAACTAGCATTCATTTATTCCAAATAAACATGTATG
Found at i:12093 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11638--14064 Score: 1915
Period size: 181 Copynumber: 13.6 Consensus size: 181
11628 TTTTATGACA
* * * * * * *
11638 AAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * * * * *
11703 ATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTGTGAAAAGAAACAAT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* *
11768 TGTTTTATGACAAAATAAAAGG-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTC
131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTC
* * * * *
11818 AAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--T-CT-CTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * * * ** *
11878 AATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
** * * *
11943 TTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
11995 AAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * * *
12060 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAAT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * * * *
12125 TGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATGATTGTTC
131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *** *
12176 AAATAGTTATAACTATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTA---TTT---T-T--TA---A--A
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * * *
12227 ATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAACAAT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * * * *
12292 TGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACT-ATTTAAAATAGATAATTGTTC
131 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTC
** * * * * * **
12343 AAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * *
12407 ATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* *
12470 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** * * *
12523 AAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCGGTAAATAAATCCATTTTTTAAATCTCTTTCTCATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * *
12588 ATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATGAA-ATGATACAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAA
** ** *
12651 TTG-TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* ** * ** * * **
12702 AAATAATTTTAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * * * * * *
12767 GTTTTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC-GAAAACAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAA
* * * * *
12831 TTGTTTTATGGCAAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** *
12883 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-GAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * * * * * *
12947 AATTATCTA-AATGA-TAATAACTTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATAAGAATA-ACAA
65 AATT-TTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGA-AA
* * * * * * * * **
13009 AAATTATTTTATAATAAAATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGTAATTGCTC
127 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * *
13064 AAATAGTGACAACTATTTAAACTTGTTTGATAAAC-AATTTCAGTTTTTAAATATCTTATTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * *
13128 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* *
13193 TTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
130 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * ** * * * **
13245 AAACAGTCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGCCAACAGATTCATTATTTAAATCTGTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * ** * * * *
13309 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAAC-TGTATCAATAGAAATA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * ** * * * *
13373 ATTGTTTAATGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
13426 AAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CT-CTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
* * * * ** * *
13487 ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAAC-AT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
* * *
13551 TCATTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTC
131 T-GTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * *** * * *
13603 ATATAG-CTTTAACTATTTGAAC-GGTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATT
1 AAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * * ** * *
13665 AATTTTCATAATATTATTAGAA-TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAA
65 AATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * *
13729 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTC
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
* *
13782 AAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATT
* * * * ** *
13836 AATTTTT-GAAATATTAAT-AATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGGTTGTATGATGAAAAACA
65 AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * *
13899 ATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTT
129 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTC
* * * * *** * * * *
13952 AAATGGCCATAAATATTTGAA-TTGATT-GAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCAAATT-T
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCG-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAT
* * **
14014 TCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTT
64 T-AATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
14065 TTGTTTAAAA
Statistics
Matches: 1780, Mismatches: 388, Indels: 157
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 130 0.07
168 1 0.00
169 5 0.00
170 102 0.06
171 28 0.02
172 2 0.00
173 2 0.00
174 2 0.00
175 10 0.01
176 102 0.06
177 171 0.10
178 11 0.01
179 237 0.13
180 299 0.17
181 665 0.37
182 13 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTA
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTC
Found at i:12257 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 12059--12546 Score: 460
Period size: 167 Copynumber: 2.8 Consensus size: 167
12049 CCTACCTATT
* ** * * *
12059 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA
* * * *
12124 TTGCTTTATGACAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAAC
66 TTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
12189 TATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
131 TATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
* ** *
12226 AATTTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAACAA
1 AATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA
* * * * *
12291 TTGGTTTATGATAAAACAAAAGGTCATGACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
66 TTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
** *** * * *
12356 TATTTGAAAGTGTTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTA
131 TATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTA----T----TTTTTA---A
* * * * *
12404 TTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAATATAAGCTTGTATGAACAAAA
1 --AATTTTTAGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATTTCAA-ATAAACTTATATGAACAAAA
** * * * *
12467 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTC
62 ACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
*
12531 ATAACCATTTGAACTT
126 ATAACTATTTGAACTT
12547 GTTCGGTAAA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 39, Indels: 19
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 132 0.50
171 1 0.00
175 6 0.02
178 1 0.00
179 6 0.02
180 118 0.44
181 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (167 bp):
AATTTTTAGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAACAAAAACAA
TTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA
Found at i:14034 original size:707 final size:700
Alignment explanation
Indices: 11684--14054 Score: 2126
Period size: 707 Copynumber: 3.3 Consensus size: 700
11674 CATTTAATTT
* * *
11684 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGC
1 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC
* * * * * *
11749 TGGTGTGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGCATAACGATTT-AAGATAGATAAT
66 TTGTATGATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAAT
* *
11813 TATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGTTTCAGTAAATAGATTTA-GTTTTTAAA--T-CT-C
129 TATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTG-TTGAGTAAATAGATTCATG-TTTTAAATCTCCTAC
* * * * *** *
11873 TTATTAATTTTCAAAATATTAGTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGA
192 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAACTGTATGAA-AGA
* * * * *
11938 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT-ATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTCAAATGGA
256 AACAATTG-TTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * *
12002 CATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
319 TATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--T-CTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
12067 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGC-TTT
381 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATT-CTTTT
* * * *
12131 ATGACAAAATAAAAG-ATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
445 ATGACAAAAAAAAAGTA-CATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTT-TAACTATTTG
* ** *
12195 AACTTACGCGGTAAACAGATTTATTTT----T-TA-AA--A-T--TTTTGGAATATTAATAAAAT
508 AACTTA-GC---AAACAAATTTATTTTCAAATCTATAATTATTAATTTTCTAATATTATTAAAAT
* * *
12249 AGTATTATTTTATTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAAGG
569 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
* * * * *
12314 TCATGACT-ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-AGTGTTCAGAAAA
633 TTAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCAGTAAA
*
12377 TAGATTTA
696 CA-A--TA
* * *
12385 TTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTC-AAT
1 ---TT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAA-
* * *
12447 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
60 ATAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* * * * * *
12512 GATAATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTGTTCG-GTAAATAAATCCATTTTTTAAATC
123 GATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC-TGTT-GAGTAAATAGATTCATGTTTTAAATC
* * * * * ** *
12576 TCTTTCTCATTAATTTTTAGAGTATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTAAATAAGCCTATATG
186 TCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAACTGTATG
* ** * * *
12640 AAATGATACAATTGTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATTATTATTCAAA
251 AAA-GAAACAATTGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * ** * * *
12705 TAATTTTAACTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTTATACTTATTAGTT
315 TAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---TACTTATTAATT
* * * * * * *
12770 TTCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACGAAAACAATTGT
377 TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTCT
* * * *
12835 TTTATGGCAAAAAAAAAAGT-CATAATGATTTGAAATAAATATTTATTCAAATAGTCATAACTAT
442 TTTATGAC-AAAAAAAAAGTACATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TTAACTAT
* * ** * *
12899 TTGAACTTATTGAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTATCTAA-ATGA-T
505 TTGAAC---TT-AGCAAACAAATTTA-TTTTCAAATC-TATAATTATTAATTTTCTAATATTATT
* * * * * * *
12962 AATAACTTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAATAACAAAAATTATTTTATAATAA
564 AA-AA--TAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAA-AAAAATTGTTTTATGATAA
* * * * * * * *
13026 AATAAAAGGTTATGATGATTTGAAATAGGTAATTGCTCAAATAGTGACAACTATTTAAACTTGTT
624 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGT
*
13091 TGA-TAAACAATTTCA
688 TCAGTAAACAA--T-A
* * * *
13106 GTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTAAA
1 ----TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAA
* *
13170 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
61 TAAGCTTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAG
* * * * * ** *
13235 ATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCCAACAGATTCAT-TATTTAAATCT
124 ATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGTTGA-GTAAATAGATTCATGT-TTTAAATCT
** * * ** *
13299 GTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAAACTGTATCA
187 CCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAACTGTATGA
* * * *
13364 ATAGAAATAATTGTTTAATGACAAAACAAATGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTTAAA
252 A-AGAAACAATTGTTT-ATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * * *
13429 TTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTT
315 TAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTT
* * *
13493 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAAC-ATTCATTT
380 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTC-TTT
* ** *
13557 TATGACAAAACAAAAGTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAGCTTTAACTATTTG
444 TATGACAAAAAAAAAGTACATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TTTAACTATTTG
* *
13622 AACGGTTCAACAAACAAATTTATTTTCAAATCTCATAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGAA
508 AAC--TT-AGCAAACAAATTTATTTTCAAATCT-ATAATTATTAATTTTC-TAATATTATTAAAA
* *
13687 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
568 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
* * *
13752 GTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCAGTAAAC
632 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAAC
13817 AA-A
697 AATA
* * * *
13820 -T-AATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTTTTTTATTCTAAATAGGG
1 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC
*
13882 TTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAA-
66 TTGTATGAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * *
13946 TAGTTTAAATGGCCATAAATATTTGAATTGATTGAATAAATTGATTTATGTTTTAAATTTCCAAA
129 TA-TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTG-TTGAGTAAATAGATTCATGTTTTAAATCTCCTAC
* * *
14011 TT-TTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTT
192 TTATT-AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
14055 GGATAAGCTT
Statistics
Matches: 1332, Mismatches: 259, Indels: 149
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
703 2 0.00
704 74 0.06
705 77 0.06
706 19 0.01
707 342 0.26
708 76 0.06
709 29 0.02
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (700 bp):
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGC
TTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGTTGAGTAAATAGATTCATGTTTTAAATCTCCTACTTAT
TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAACTGTATGAAAGAAACAA
TTGTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
AAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAAAA
AAAGTACATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTTAACTATTTGAACTTAGCAAACA
AATTTATTTTCAAATCTATAATTATTAATTTTCTAATATTATTAAAATAGTATTATTTTATTTCG
AATAAGCTTGTATGAACAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAATA
Found at i:14844 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 14177--14886 Score: 560
Period size: 176 Copynumber: 4.0 Consensus size: 177
14167 AATAAAATAA
* * * * * * *
14177 TATTATTTTATTTCGAATAAGTATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAACTAAATAAAAGGTC
1 TATTATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* * * * * * * *
14242 AGAATGATTTGAAATAGATAGTTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATAT
66 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAAAAAATAT
* * * **
14306 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTAAAATATTATTAGTT
130 ATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * *
14355 TAACAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAATTGTTTAATGACAAAACAAAG
1 T---ATTATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
*** * ***
14419 A-TCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTTAAATA-CTCATAACTATTTAAACT-G-TCTGGTA
62 AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGC-CATAACTATTTAAACTAGTTC-AAAA
* * *
14480 AACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
125 AATATATTTA-TTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-T
* *
14531 AGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAA
1 --TATTATTTTACTTC-GAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
** * * * **
14594 GATCATAAAAATTTAAAACAAATAATTATTTAAATATTCATAACTATTTGAACTCACTAGTT--A
63 G-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTT-AA---ACTAGTTCAA
* * ** *
14657 AACA-A-ATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTTATTTTTGGAATTTTAATAAAT
123 AAAATATATTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * *
14710 TATTATTTTA-TTCTAATAAGCTTT-TATGAATAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGT
1 TATTATTTTACTTCGAATAAG-TTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGT
* *
14773 CATCATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGCCATAACTATTTAAACGT-GTTCAAAAAATA
65 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTTAAAC-TAGTTCAAAAAATA
* ** *
14837 TATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATATTAGTAAAT
129 TATTTATTTTTTA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
14886 T
1 T
14887 TGTTGGATTA
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Consensus pattern (177 bp):
TATTATTTTACTTCGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTTAAACTAGTTCAAAAAATATA
TTTATTTTTTAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
Found at i:17224 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 16793--17277 Score: 562
Period size: 179 Copynumber: 2.7 Consensus size: 179
16783 CCTATAAAGC
* * *
16793 TAACAGAATTCATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGC
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* *
16857 AAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGT
64 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGT
* **
16922 TTAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCTCATTAATTTTTGAAATAG
129 TCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCTCATTAATTTTCAAAATAG
* * * * *** * ***
16973 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTA-AATGAATTGAGACAATTATTTTATGATG
1 TAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAG-CTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCA
* * *
17037 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTTGT
65 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA-TTAAACTTGT
* * * * * * *
17102 TCGATAAACATATTTATTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
129 TCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTT-CTCATTAATTTTCAAAATAG
*
17154 TAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGGCAA
1 TAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAA
* * *
17219 AACAAAAGGTCATAAACAAT-ATTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
66 AACAAAAGGTCAT----AATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
17278 TGAAATTATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAACAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGGCAA
AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAAACTTGTTC
AATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTCTCATTAATTTTCAAAATAG
Found at i:17397 original size:120 final size:123
Alignment explanation
Indices: 17175--17401 Score: 293
Period size: 124 Copynumber: 1.9 Consensus size: 123
17165 TATTATTTTA
* *
17175 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAACAATA
1 ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAAACAATA
* *
17240 TTTGAAATAAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATTATTTAGTTAATAG
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* * * * * *
17298 ATTTGAGATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTCTATGACAATACAAAAGGTTAT-AGCAA
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* *
17361 -A-TTGAAAT-AGATAATTGTTCAAACAGCCATAACTATTTGAA
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17402 CTTGTTCAAT
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Consensus pattern (123 bp):
ATTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAAACAATA
TTTGAAATAAAATAATTGTTCAAACAACCATAACTATTTGAAATTATTTAGTTAATAG
Found at i:17924 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 17903--17935 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
17893 TAACAATTTG
17903 AAATAG-ATAATTGTTC
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Statistics
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AAATAGCATAATTGTTC
Found at i:17943 original size:19 final size:18
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Indices: 17899--17944 Score: 60
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
17889 GTAATAACAA
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*
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Consensus pattern (18 bp):
TTTGAAATAGTATAATTG
Found at i:18635 original size:181 final size:181
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Indices: 18190--22061 Score: 2667
Period size: 181 Copynumber: 21.6 Consensus size: 181
18180 TATAAGCGTG
* * * * * * * *
18190 AGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTTGTTTACTGAAA-AAGTTTAATTAGTTATGACTATCTAAA
1 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
18254 TAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATG
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATA
* *
18318 CAAGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-AATTCTGAAAATTAATA
127 CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * *
18372 AGTAA-AAATTTAAAACATAAATGC-ATTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
18434 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAACAATTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
18499 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * *
18552 AATAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
18617 GTTATATATTTCAAATCATTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * ** *
18682 AGTTTATGTGGAATAAAATAATACTTATTTATTTTTA-TTCTAAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * *
18734 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * *
18799 GTTATCTA-TTCAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCGTAAAA-TATTTTTTCTATTCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
** * *
18861 AATTATTTAGAATAAAATAATTAC-AATTTATTACTATTT-TGAAAATCAAT-
130 GCTTATTTAGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * *
18911 -G---GGGATTT-AAAAATAAATGTGCTT-TCTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
18970 AATTATCTATTCCAAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
65 AATTATCTATTTC-AAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * **
19035 ATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * ** *
19088 AG--A-A-ATTT--AAAA-AAATTTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTCAAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
19146 ATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTATTTTATCATAAAATAACTATTTC-AGTACACAAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * *
19210 AGTTTATCT-GATATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * ** * * * *
19262 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGTCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
19327 ATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACA
* * * ** *
19391 AGCTTA-TTCGAAATAAAAAAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATC
129 AGCTTATTTAG-AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * *
19445 AGT-A-AGATTTAAAAAGTTAATATGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * ** * * *
19507 AATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTCTGTTCACACA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
19572 AGTTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTGAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
19624 ACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAACAGTTAAGGCTATATGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * * * *
19688 ATTTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAA-ACTTTTTTCAATTCTTAGT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-C
* * * *
19752 AA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC---AAATCTCAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAAT-T-AATA
* * * ** * * * * * *
19803 AGTAAGAGATTCAAAAAATAATTATGTTTGCCTAACCAGTTCCAATAATTATGGCTATTTAAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
19868 ATTATCTATTGCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * * * *
19933 GTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TGTAAATTAAGA
130 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * *
19984 AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
20048 AATTA---ATTTC-AATCATTATGACTATTTTTTTTGTGATAAAAACAATTATTTCTGTTTATA-
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACT-TTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * **
20108 TAGTCTTA-TTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTT-TGAAAGCTAATA
128 AAG-CTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * ** ** * * * *
20162 AGTAACG-GATTTGAAGAATGAAA-CTG-TTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGA
1 AGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * *
20224 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTCGTTTTATCACAAAACAATTGATTCTATTCGTAC
63 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
20289 AAGCTTATTT-GAATAACATAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * *
20341 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAAT-GATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGT-TCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
** ***
20404 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * *
20469 AAGCTTATTTCA-AATAAAAT--TACATAAATTTATTAATATGT-AGACACA-TAATA
128 AAGCTTATTT-AGAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCTGA-AAATTAATA
* * * *
20522 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAAAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
20586 ATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTT-TGTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCA-TTATAACTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
20649 AGCCTATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATA
129 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * ** * * *
20701 AGTAAAATATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
20765 ATTATTTGTTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAG
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
20830 GCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATT
130 GCTTATTTAGAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * *
20881 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTA-CTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
20945 TAATTATCTATTTCAAA--ATGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTG-TT-TGTTCAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCAT--TAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
*
21006 ACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAAT--TAAATTTATTAATA-TTC-CAAAATTTAATA
126 ACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTGAAAA-TTAATA
* * * * *
21060 AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCTAAACATA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * *
21122 TAATTATCTATTTCAAAT-AGTTA-AGACTTTT-TGTTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCA-TTATA-ACTTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
* * *
21184 ACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTC-CAAATATTACTA
126 ACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAA-ATTAATA
* ** ** * * * * *
21239 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGTAAGCTCAAATAAG-TATTAATGTTTAAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
21303 AATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC
65 AATTATCTATTTCAAATCA-TTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
21367 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-A---CTTAATATTT-TGCAAATTAATA
128 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTGAAAATTAATA
* * * * * * *
21416 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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*
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129 AGCTTATTTAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCTG-AAAATTAAT-A
* * * ** * * *
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* * ** * *
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Statistics
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314 GAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * ** * *
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* * * *
19581 GAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATA
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** *
19949 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGA
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * *** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * *** *
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* * * * *
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129 ACTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAATCTAA-TAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * *
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** * * * * * * * * * * *
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* * * * *
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320 AATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
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21771 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-GTCAAACTAGTTTTAATAGTTAAGACTATTAGAAC
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* * * * * * *
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** * * * * * *
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** * * * **
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310 -A-TTTGAATAAAATAATAT-TA-ATTT-ATTAAT-ATTCTAAAAATTAATA
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*
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* * * ** ** * * * *
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* * * * * * **
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* * ** * * * *
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* * * * **
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** * ** *
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* ** * * * * *
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* * * * *
23631 CAATTATCTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTC-ATTCAT
64 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT-ATTTCAATTCAT
* * *
23695 AAAACAATTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAATATTCCA
126 ATAAC-------T-TATTC-A-AA----A--T--AA-AATA-AA-AT-AATTTATTAATATTTC-
* ** *
23760 AAAAT-TAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTATGA
168 -AAATCTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATATGTTTACTAACCA-GTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
23823 CTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT-TTTC
230 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC
* * * * *
23887 TGTTCATAACAA-CTTATTTGGAA-AAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCCAAACATTAATT
295 TGTTCAT-ACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * ** * * * *
23948 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAAC
* * * * * * *
24012 AATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTG-TTTGTTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAC
65 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAA-AATTATTTCAATTCATAT
* * * ** ** *
24076 AATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTAAAAAAGT-TAATAAGTTGGAAATT
128 AA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-TCAAA-TCTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
24140 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATT
189 TAAAAAAT-AATATGTTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT-AAATAATTATCTATT
* * * * * * * * * * **
24204 TTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTAATGCAAAATTATTCAT
251 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT--T
* * * *
24269 -ATTAAAATAATATTGATCTATTAATACTT-TGAAAA-T--TA
314 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
* * * ** *
24307 A-TAAGACATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAAAC-AGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAA
* * * * * * * ** * * **
24369 TAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATATCATCATAAAAAAATTGTTCCTTTTCATA
64 CAATTATTTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATTATTTCAATTCATA
* * * * * * *
24432 CAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGAT
127 TAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTC--AAATCTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * * *
24496 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCGGAGCTAGTTTAAATAGTTAAGACT-GTTAGAACAATTATTTAT
188 TTAAAAAAT-AATATGTTTAC-TAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTAT
* * * *
24560 TTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
250 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-
* * * * *
24624 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAACATTAACGA
313 TGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAA-TA
* * * * * * *
24668 A-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAAAATA-TT-TGACTTTTTA
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTT--CAAATAGTTAAGACTATTTG
* * * * ** * *
24729 AACAATCATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGC-TTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG
62 AACAATTATT-T-ATT--TCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAA
* * * * * *
24793 TTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAA---ATTAAG-A
121 TTCAT-ATAACTTATTC-AAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATA-TTTCAAATCTAATAAGTA
* * * * * * *
24853 AGAGATTTAAAAACTAAAACTAT-TTTTCGAACCTA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAA
182 AGAGATTTAAAAA--ATAA-TATGTTTACTAACC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAT
* * * * * * *
24916 TAT-TAATCTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTTTGATCATCCAAG
243 TATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAG
* * *
24978 CTTA--TGCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TA
307 CTTATTTG-A-AT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * *
25025 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAATA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACA
* * ** * * * * * * *
25089 ATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCTATTGTTTAT-TCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACA
66 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT-TGTCATA-AAAAATTATTTCAATTCATATA
* * * * * * *
25153 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-ATTTATTTCAA-ATTGTTATGACC
129 A-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCA--AATCT-AATA-AG-TAAGA-G
* * * * ** * * * * *
25216 ATTTGTTCAAACAATTAAGA-CTATA-TGAA-CAGTT-ATTTA-TT-TCA-AATTGTTAAGACTT
186 A--T-TT-AAA-AAATAATATGTTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TAAATAATT
* * *** * * ** * * ***
25274 -TTTGTTT--TGGCA-TA-AAACAATTGTTTTGGT--TAAGATAAGTT-TATTC--AAAATA-AA
244 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAA-TTAT-TTCTGTTCATACAA
* * * ** * **** ** *
25328 -ATAATACT-AATTTATTAATATTTAGCAAATTAAT-TCGTAAGAGATTTAA-A
306 GCTTAT-TTGAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATA
* * * * * ** *
25378 A-A--------------ATAAATCTATTTACTATA-TCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * * * * * * ** **
25427 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTATTTCGTAATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACT
65 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATTATTTCAATTCATA-T
** ** * ** * ** * *
25492 ATTTTATTTGAAATATAATAATGCTAATTTGA-TAATATTTTGAAA-CTTAATAACCAAGAAAAT
128 AACTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTT-ATTAATA-TTTCAAATC-TAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
25555 TAAAAAAAAATCTAATTGT-CTAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATGT
189 TAAAAAATAATAT-GTT-TACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT-T
** * * * * ** *
25619 T-AAATTGTTATGACC-TTTCTTTTGTCGTAAAATAATTGTTT-TGTTTGTATAAGCTTATTCTG
251 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TG
* * * *
25681 ATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATA
315 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
25722 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG-TTACTGAA-TTGTTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAG-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
25785 AATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCCAGTTCATACA
65 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATATA
* * * ** * * *
25850 AGCTTATTTAGAATAAATTAATAATAATTTATTAGCA-TTCAAAAAAT-TAATGAGAAAGATATT
129 A-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC---AAATCTAATAAGTAAGAGATT
* * *
25913 T---AAA-AA-A-----A-T-A--AGTT----T-GTT-T-ACCA-TTAGAATAATTGTCTATTTA
189 TAAAAAATAATATGTTTACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTC
** * * * * * ** * *
25956 AAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTAATACAAGCTTAGTTGAAA
253 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG-AA
*
26021 TAAAATAATATTAATTTATTGATATCTCCT-AAAA-TAATA
317 TAAAATAATATTAATTTATTAATAT-T-CTAAAAATTAATA
* * * ** * * * *
26060 AG-AAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCAATT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACT-AGTTCAAA-TAGTTAAGACT-ATTTGA
** * * * * ** *
26121 ATGATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGA-CCATA
63 ACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATA
*
26184 CAAGCTTATTCAAAA-AAAA-AAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAA-AGAT
127 TAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAA-TAATTTATTAATATTTC--AAATCTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
26245 TTAAAAAACAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAGT
188 TTAAAAAA-TAATATGTTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTA-T
* ** * * * * *
26309 CTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGCTTATTCG
250 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
** *
26373 GTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATT-TCAAAAA-T--TA
315 AAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * * * *
26412 A-TAAGAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTA-TCGAACCAGTTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAAT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
26475 AATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATT-TGTTC-ATATCTTAC
65 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTAT-TTCAAT-TCATAT
* *** ** * * * * *
26538 ATGCTTATTTGGAATAAAATAATCTCAATTTATTAAAATTTGAAAAAT-TAATAAGCAAAATATT
128 A-ACTTATTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTT--CAAATCTAATAAGTAAGAGATT
* ** * * * * * *
26602 TGAAAAAATAA-ATTCATTTATCGGACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAGAATTAACTAT
189 T-AAAAAATAATA-T-GTTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * *
26666 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATA-ATAGCTTATC
250 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTGTTCATACA-AGCTTAT-
*** * *
26730 CAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT-TCAAAAATTAATA
312 TTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
** * * * * *
26774 AACAAGAG-TTTAAAAAAATAAATATT-TTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA
* * *** * ** * * * *
26837 CAATTGTCTATCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC
64 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATAT
* * * * *
26902 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTT
128 AA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC-AAATCTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * * *
26967 AAAAAGTCAATCTATTTACCAAGTCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTC
190 AAAAAAT-AATATGTTTACTAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
27032 AAATCATTATTACCTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTT-TGATT-GTATAAGTTTATTCAG
253 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTG-TTCATACAAGCTTATT-TG
* *
27095 AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAATA
315 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * *
27136 AGTAAGAGATTTACAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACA
* * * * * * * *** *
27201 ATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATCTAA
66 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATATAA
** * * * * * *
27266 GC-TATTTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAAT-TAATAACTATGAGATTT
130 -CTTA-TTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTC--AAATCTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * * * * * *
27329 AAAAAATAAAATTGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAACTATTT-
190 AAAAAATAATA-TGT-TTACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTC
* * * * **
27393 TAA--A-T-TG--TTTTTCTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAATTCATA-ATAGCTTATTTAG
253 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-CTGTTCATACA-AGCTTATTT-G
* *
27450 AATAAAATAAAATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATA
315 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * *
27491 TGTAAGAGATTTAAAAAGT-AATTATGTTTACCT-AACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAA
* * ** * *** *
27554 CAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATAT
64 CAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATAT
* * * *
27619 AAGTTTGTTCAAAA-AAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAA---AATTAA-TAAGAGATT
128 AA-CTTATTCAAAATAAAATAAA-A-TAATTTATTAATATTTCAAATCTAA-TAAGTAAGAGATT
* * * * * ** *
27679 TAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTT
189 TAAAAAAT-AATATGTTTA-CTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTT
** * * * * *
27744 CAAATTGTTATGACCTTTT-ATCTATCA-AATAATAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
252 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTA-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTT-
* * * * *
27806 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA
314 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* ** * * * * * * * * *
27848 AGTAA-AAATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATGTGAAT
1 AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* ** * * * * *
27912 AAATATCAATTTCAAACCATTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATGTTTCAGTTCATAT
65 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAAT-TATTTCAATTCATAT
* * * * * * * *
27977 AAAATTATCCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAAT-TAATAATTAATAGAT
128 -AACTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAT-TTATTAATA-TTT-CAAATCTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * *
28040 TTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAAG-TCTAAATAATTATAATTATTTCAACAATTATCTGT
188 TTAAAAAAT-AATATGTTTA-CTAACCAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* * * * * * *
28104 TTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTTTTTTTATATTTATACAAGCTTA
250 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-A---TTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
* *
28168 TTTCAAATAAAATAATA-CAA---ATT--TA--C----AATTAATA
311 TTT-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * ** *
28202 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATTTTTATGACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
* * ** * * *
28265 AATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATT-ATAT
65 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATT-ATTTCAATTCATAT
* * * ** *
28329 AAGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAATAATAAGTAAAAGATT
128 AA-CTTAT-TCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAA-ATCTAATAAGTAAGAGATT
* * * * *
28393 TAAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTT
189 TAAAAAAT-AATATGTTTACT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTT
* * ** * ** * * * * *
28458 TAAATCATTGTGACCATTTT-TTTTG-CAATAAAATGATTGTTTCAATTTATATAAGTTTCTTCA
252 CAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-T
* * * *
28521 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTG
314 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * * *
28563 AGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAATGAAC-ATGTTCAAATAGTTATATGACTATCTAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTA-GTTCAAATAGTTA-A-GACTATTTGA
* * * **
28627 ACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTT-TGTTCA
63 ACAATTATTTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTA-TTTCAATTCA
** ** * * *
28690 TGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAA-AAA
125 TATAA-CTTATTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTC-AAATCTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
28754 TTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAAGAATTATCTAT
187 TTTAAAAAAT-AATATGTTTACTAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTAT
* ** * * * *
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250 TTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-
* * * * *
28884 AGAATAAAAATAATACTAATTT-TTAAAATTCCAAAAATTATTA
313 TGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * *
28927 TA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAGCAAGTT-TAA-A--T-AGACTATTTGAAC
1 -AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAC
** * * * * *
28986 AATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCCATTCATACA
65 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTCAATTCATATA
* * * * * * **
29050 ATTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAAT-TAATAAGTTGGAGATTT
129 A-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-T-CAAATCTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * ** * *
29114 AAAAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTCT-TGTTTATTTGAACT-ATCATCTATT
190 AAAAAAT-AATATGTTTA-CTAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTT-AAATAATTATCTATT
** * * ** *
29177 TCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAG
251 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT-TG
* *
29242 AATAAAATAATACTAATTTTTTAATATT-TCAAAAA-T--T-
315 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * *
29279 AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTA-TCAAACCAGTTCAAATTGTTAAGA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTAAGA
29333 TTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 8013, Mismatches: 2015, Indels: 1511
0.69 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
331 4 0.00
332 3 0.00
333 12 0.00
334 33 0.00
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390 1 0.00
391 2 0.00
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Consensus pattern (355 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACA
ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCAATTCATATAAC
TTATTCAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATTTCAAATCTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
TAATATGTTTACTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATT
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAAT
ATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
Found at i:20408 original size:538 final size:532
Alignment explanation
Indices: 18190--22060 Score: 2592
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18180 TATAAGCGTG
* * * * * * *
18190 AGTAAGAGAATTAAAAAAATGAATTTGTTTACTGAAA-AAGTTTAATTAGTTATGACTATCTAAA
1 AGTAAGAG-ATTTAAAAAATGAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * * ** *
18254 TAATTATCTATTTCAAAACAATATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTCATGC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATAC
* *
18319 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATTCT-GAAAATTAATAAGTAAAAATTT
129 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-TAG-AAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * *
18383 AAAACATAAATGC-ATTTTCTAAAC-ACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
192 AAAAAATAAAT-CTATTTACTAAACTA-GTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAAAAATTA--TATT
* * * *
18446 TCAAATCA-TTATAACAATTTAT-TTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
252 TCAAAT-AGTTATGAC--TTTTTGTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT
*
18509 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAATAAAAGATTTAAATAATA
313 AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA-AATA
* * * * * * * *
18572 AATCTATTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTATATATTTCAAATCATT
376 AATCTGTTTATTGA-CAAG-TCAAATAGTTATAAATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-T
* * * * * **
18637 TATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTTATTCATACAAGTTTATGT-GGAATAAAA
438 TAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGA-TTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAA
** * *
18700 TAATACTTATTTATTTTTATTCTAAAAATTAATA
500 TAATAC-TATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * * * * *
18734 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
18799 GTTATCTA-TTCAAATTGTTATGACATTTT-TTTTGTCGT-AAA-ATATTTTTTCTATTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTT-TGTTCATACA
** * * ****
18860 AAATTATTT-AGAATAAAATAAT-TACAATTTATTACTATTTTG-AA--AATCAA-TGGGGATTT
130 AGCTTATTTCA-AATAAAATAATATA-AATTTATTAATATTTAGAAATTAAT-AAGTAAAAATTT
* * * * * * * * *
18919 -AAAAATAAATGTGCTTT-CTAAACCATTTCAAATAGATAAGACTATTAGAACAATTATCTATTC
192 AAAAAATAAATCT-ATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTTA-ACTATTTGAAAAATTA--TATTT
* * * * * * *
18982 CAAAATTGTTTTGA-TCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATACATGCTTATTCA
253 C-AAATAGTTATGACT-TTTTGTTT-GTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-A
* * *
19046 -AAATATAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAGAAAATTAATAAG---AA-ATTT-AAAA-AAA
314 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAA
* * * * * * ** * * *
19103 TTTATTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTCAAATAATTATCTATTTAAAATCATTA
378 TCTGTTTATTG-ACAAG-TCAAATAGTTATA-AATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * * *
19167 TGACATTTTATTTTATCATAAAATAACT-ATT-TCAGTACACAAAAGTTTA-TCTGATATAAAAT
440 TAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCT-A-TTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAAT
* **
19229 AATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
501 AATACTA-TTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * ** ** * * * *
19262 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGTCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * **
19327 ATTATCTATTTCAAATCATTAAGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAA
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATACAA
* * * * *
19392 GCTTA-TTCGAAATAAAA-AAAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAAATTAATCAGT-AAGATT
131 GCTTATTTC-AAATAAAATAATATA--AATTTATTAATATTT--AGAAATTAATAAGTAAAAATT
* * * * * * * * *
19454 TAAAAAGTTAATATGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATATATTT
191 TAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAA-AAAT-TATATTT
* * * * * ** * * * * *
19519 CAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTCTGTTCACACAAGTTTATTTGAA
253 CAAATAGTTATGACTTTTTGTT-TGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAA
* * * * * * * *
19584 ATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGAGACTTAAAAAATAAATTT
317 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAATCT
* ** * * ** * * * *
19649 GTTTGCTAAACTAGTTCAAACAGTTA-AGGCTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTATGA
381 GTTT-ATTGACAAG-TCAAATAGTTATA-AATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-A
* * * * ** * * * * *
19713 CCTTTTATTTTGTCGTAAAA-ACTTTTTTCAATTCTTAGTAA-TTTATTCAAAATAAAATAA-AA
442 ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCTATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
*
19775 TAATTTATTAATA-TTT-CAAATCTCAATA
506 T-ATTTATTAATATTTTGAAAAT-T-AATA
* * * * * * * * *
19803 AGTAAGAGATTCAAAAAAT-AATTATGTTTGCCTAACCAGTTCCAATAATTATGGCTATTTAAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
19867 AATTATCTATTGCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATATA
65 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATACA
* * ** * * *
19932 AGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGAAGTAAGAAATTTA
130 AGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAG-AAATTAATAAGTAA-AAATTTA
* * * * *
19997 AAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTTAATTAGTTATAACTATTTCAACAATTA-ATTTC-AA
193 AAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAAAAATTATATTTCAAA
* * * * *
20060 TCA-TTATGACTATTTTTTTTGTGATAAAAACAATTATTTCTGTTTATA-TAGTCTTATTAGAAA
257 T-AGTTATGACT-TTTTGTTTGTGAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTAGAAA
* * * ** ** *
20123 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGTAACGGATTTGAAGAATGAAA-CT
318 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAT-AAATCT
** * * * *
20187 GTTGGCTTGACCAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC
381 GTT-TATTGACAAGT-CAAATAGTTATAAATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
* * * * * * ** * *
20252 CTTCGTTTTATCACAAAACAATTGATTCTATTCGTACAAGCTTATT-TGAATAACATAATTCTAT
444 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA-
* *
20316 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
508 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* *
20341 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTAT-AAAT-GATTATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGT-TCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
* * * * *
20404 CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAATTTCTATTCATAC
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATAC
* * *
20469 AAGCTTATTTCAAATAAAATTACATAAATTTATTAATATGTAGACACA-TAATAAGTAAAAGATT
129 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAGA-A-ATTAATAAGTAAAA-ATT
*
20533 TAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAA-TAAGTTCAAATAGTTTGACTATTTGAAAAATTATTTATT
191 TAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACT-AGTTCAAATAGTTTAACTATTTGAAAAATTA--TATT
* * * * *
20596 TCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATTCAG-
252 TCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGA
* * * * *
20660 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAATAAATAT
316 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCT
* * * * * * *
20725 GTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTGTTTCAAATCGTTATGAC
381 GTTTATTG-ACAAG-TCAAATAGTTATAAATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
* * *
20790 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT-ATCAC
444 -TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGAT-TCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT-AC
*
20853 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATT
506 T-ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * *
20881 GGTAAGAGATTTAAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAAT
1 AGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
20946 AATTATCTATTTCAAAAT-GCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGA-TAAT-TGTTTGTTCATAC
65 AATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATAC
*
21008 AAGCTTATTTCAAATAAAATAAT-TAAATTTATTAATATTCCA-AAATTTAATAAGTAAAAATTT
129 AAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-TAGAAA-TTAATAAGTAAAAATTT
* * *
21071 AAAAAATAAATTTATTTTCTAAACATA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTT
192 AAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-TAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAAAAATTA--TATTT
* * * *
21135 CAAATAGTTAAGACTTTTTGTTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTTGAAA
253 CAAATAGTTATGACTTTTTGTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAA
* ** * *
21200 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAATATTACTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTG
318 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTG
* * * *
21265 TTTATTGAGTAAGCTCAAATAAG-TATTAATGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAAT-AGTTATGA
382 TTTATTGA-CAAG-TCAAAT-AGTTATAAATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTAT-A
* *
21328 TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
442 ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGA-TTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
21392 TA---CTTAATATTTTGCAAATTAATA
506 TATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * *
21416 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAACTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
21481 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAC-A
66 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATACAA
* * * * * *
21545 GAATTA-TTCAAAATAAAATAACACT-GATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT---TAGAGATTT
131 G-CTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTAGAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * * * * * *
21605 AAAAAGTAAATCTATTTACTGAACCAATTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTC
192 AAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTT-TAACTATTTGAAAAATTA--TATTTC
* * * ** * * * * * *
21670 AAATTGTAATGATCTTTAT-TTTGACATACAACAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTCG-AT
254 AAATAGTTATGA-CTTTTTGTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAA
* * * * * *
21733 TAAAATGATAATAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
318 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTG
* ** * ** * * * * *
21797 TTTGTCAAACTAGTTTTAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTAAC
382 TTTAT-TGACAAG-TCAAATAGTTATA-AATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAA-
* * **
21861 CTTTT-TTTAGTTATAAAATAATT-ATT-TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAATAATAC
443 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGATTCT-A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
*
21922 TA--TATTAACA-TTTGAAAAATTAATAA
506 TATTTATTAATATTTTG-AAAATTAAT-A
* * * * *** * * *
21948 AGCAACAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTT--AAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * * *
22013 TAATTATCTATAT-AAATTTTTTTAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
64 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
22061 TGTATTTGCT
Statistics
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0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGTTCATACAA
GCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTAGAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAA
AATAAATCTATTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTTAACTATTTGAAAAATTATATTTCAAATAGT
TATGACTTTTTGTTTGTGATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATTGAC
AAGTCAAATAGTTATAAATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTC
ATAAAATAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTT
TGAAAATTAATA
Found at i:22257 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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22215 AATAAGTTCA
22225 AATAATTATGACTATTTG
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1 AATAATTATACTATTT
22258 AAAATCATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:23396 original size:180 final size:183
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 2.5 Consensus size: 183
23185 ATATTCCAAA
* * * * *
23195 AATTAATAA-TTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGAC
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*
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**
23320 TTGTTC-ATACAA-GCTTATTTC-GATTAAAATAATATAAATAT-ATTAATATTAAGAC
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* * * * **
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* * * * * *
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* * ***
23504 ATTCAATACAATGCTTATTCAAGATTAAATAATTTTAATTGATTAATATTTCTAC
130 ATTCAATACAATGCTTATTC-AGATTAAATAATATAAATTGATTAATATTAAGAC
* * * * * * *
23559 AAATAATGAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACT
1 AATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATGACT
*
23624 ATCTGAACAATTATCTATTT
66 ATTTGAACAATTATCTATTT
23644 CAAAACATTG
Statistics
Matches: 218, Mismatches: 39, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (183 bp):
AATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTTAAATAATTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTATTTTGTCATAAAGAATTGTTTCTAA
TTCAATACAATGCTTATTCAGATTAAATAATATAAATTGATTAATATTAAGAC
Found at i:23580 original size:184 final size:182
Alignment explanation
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22835 AATTAATACG
* * * ** * **
22845 AGATTT-AAAAATTAAATTTGTTTATTAAACCAGTTGAAATAGTTATGACTATTTGAGTAATTAT
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * ** * * *
22909 TTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAAATAATAG-TTTATGTTCATATAAG-TT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTA-ATTCATACAAGCTT
* * * * * ** *
22972 CA-TTCAGATTAAAATTATACT-AATTTATTAAAATTTCA-ATAGTTAATAAATAAA
130 -ATTTC-GATTAAAATAATA-TAAATATATTAATA-TTAAGACAAATAATAAGTAAA
* * * * * * * *
23026 AAATTT-TAAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAAATAT
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * ** * * * * **
23090 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAATTTATTTTAGTTAATATAAAAT
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* * ** * * *
23155 TA-TTCAAAATAAAATAATACT-AAGCTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAATTAAG
129 TATTTC-GATTAAAATAATA-TAAATATATTAATATT--AAGACAAATAATAAGTAAA
* * ** * * *
23209 AGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * **
23273 CTATTTGAAATTGCTATAACGTTCTGTTTTGTCAATAAATG--ATT-TTTTTGTTCATACAAGCT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC-ATAAA-GCAATTGTTTTAATTCATACAAGCT
**
23335 TATTTCGATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGACACTTAATAAGTAAA
129 TATTTCGATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAA
* * **
23389 GGATTTAAAAAAATAAATATTTTTA-TCAAATAAGTTC-AATCTTTATGACTATTTGAACAATTA
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * *
23452 TTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTAATTCAATACAATG
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TAATTC-ATACAA-G
* * *** *
23517 CTTA-TTCAAGATT-AAATAATTTTAAT-TGATTAATATTTCTACAAATAATGAGTAAA
127 CTTATTTC--GATTAAAATAATATAAATAT-ATTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAA
* *
23573 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTCATGACTATCTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
*** * * * * *
23638 CTATTTCAAAACATTGTGACCTTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCATTCATA-AAACAA
66 CTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAATTCATACAAGC--
** * * * * *
23702 TTGGTTCTATTCAACAAGCTTATTTCGAATAAAACAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
128 TTATTTCGATT-AA-AA---TA-AT---AT-AAA-TATATTAA--TATTAAGA---C--AAA-TA
23767 ATAAGTAAA
174 ATAAGTAAA
** * *
23776 A-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
23839 ATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT-TTTCT-GTTCATAACAA-CT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TAATTCAT-ACAAGCT
* * * * * *
23901 TATTTGGA-AAAAATAATAGT-AATTTATTAAAATTCCAA-AC-ATTAATTAGTAAA
129 TATTTCGATTAAAATAATA-TAAATATATTAATATT--AAGACAAATAATAAGTAAA
* * ** *** * * *
23954 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * **
24018 TTATGTCAAATCGTTATGA-TCTTTTG-TTTGTTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTAATACAATT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGTTTTG-TCATAAAGCAATTGTTT-TAATTCATACAAGC
* * * **
24080 TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAACT-TATTAATATTAA-A-AAAGTTAATAAGTTGGA
128 TTATTTC-GATTAAAATAATA-TAAATATATTAATATTAAGACAAA--TAATAAG-TAAA
* * * * * * * *
24136 A-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAT
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** * * * **
24199 CTATTTTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-GTTAATGCAAAATT
66 CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTT-TAATTCATACAAGCTT
* ** * * *
24263 A-TTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAATACTT-TGA-AAAT--TAA-TAAG
130 ATTTC-GATTAAAATAATATAAATATATTAATA-TTAAGACAAATAATAAGTAAA
* * * ** * * *
24312 ACATTT-AAAAACTAAATCTGTTTTTTAAA-ACAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** ** *
24375 TCTATCTCAAAATGTTATGA-TCTTTATATCATCATAAAAAAATTGTTCCTT--TTCATACAAGT
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTT--TTAATTCATACAAGC
* * * * *
24437 TTA-TTCAGATTAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAG
128 TTATTTC-GATTAAAATAATATAAATATATTAATATT--AAGACAAATAATAAGTAAA
* * * ** * * * *
24492 AGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGCGGAGCT-AGTTTAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTA
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAC-TAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* ** * * * * * * * *
24555 TTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCT
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTG-TCATAAAGCAATTGTTTTAATTCATACAAGCT
* * * * * *
24619 TA-TTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAACATTTGAA-AC-ATTAACGAA-TAAG
129 TATTTC-GATTAAAATAATA-TAAATATATTAATA-TT-AAGACAAATAA-TAAGTAAA
* * * * *
24673 AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAAAATA-TT-TGACTTTTTAAACAAT
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACT-AAATAAGTT--CAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** ** * *
24735 CATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGC--TTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCAT
63 TA-TCT-ATT--TCAAA-TTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAATTCAT
* * * * * * * ** *
24798 AAAAACTTATCT-GAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGA-AAAT--TAAG-AAG
122 ACAAGCTTATTTCG-ATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAA
* * * * * *
24855 AGATTTAAAAACTAA-AACTAT-TTTTCGAACCT-A-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAAA
1 AGATTTAAAAA--AATAAATATGTTTACTAA-ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * ** * *
24916 TAT-TAATCTCAAATCATTATGA--TTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTTTGA-TCATCCAA
63 TATCT-ATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTG-TTTTAATTCATACAA
* * * * * *
24977 GCTTA-TGCAGATAAAAATAATACT-AATTTAATAATATT---CCAAA-AATTAA-TAAG
126 GCTTATTTC-GATTAAAATAATA-TAAATATATTAATATTAAGACAAATAA-TAAGTAAA
* * * * * * *
25030 AGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAATAATTA
1 AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
25093 TCTATTTTAAATTGTTCTGACCTATTGTTTAT-TCATATAA-TAATTGTTTTAGTTCATACAAGC
65 TCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTT-TGTCATA-AAGCAATTGTTTTAATTCATACAAGC
25156 TTATT
128 TTATT
25161 CAAAATAAAA
Statistics
Matches: 1631, Mismatches: 366, Indels: 279
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 7 0.00
174 10 0.01
175 105 0.06
176 79 0.05
177 100 0.06
178 26 0.02
179 113 0.07
180 189 0.12
181 348 0.21
182 90 0.06
183 149 0.09
184 99 0.06
185 59 0.04
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187 9 0.01
188 2 0.00
189 3 0.00
190 1 0.00
191 1 0.00
192 2 0.00
193 1 0.00
194 2 0.00
195 6 0.00
196 3 0.00
197 6 0.00
198 5 0.00
199 8 0.00
200 26 0.02
201 67 0.04
202 7 0.00
203 11 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAATTCATACAAGCTTA
TTTCGATTAAAATAATATAAATATATTAATATTAAGACAAATAATAAGTAAA
Found at i:23713 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 23672--23714 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
23662 TTGTTTTGTA
*
23672 ATAAAACAATTGTTTTCATTC
1 ATAAAACAATTGTTCTCATTC
23693 ATAAAACAATTGGTTCT-ATTC
1 ATAAAACAATT-GTTCTCATTC
23714 A
1 A
23715 ACAAGCTTAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 16 0.80
22 4 0.20
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (21 bp):
ATAAAACAATTGTTCTCATTC
Found at i:24172 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 23690--25187 Score: 910
Period size: 181 Copynumber: 8.4 Consensus size: 179
23680 ATTGTTTTCA
* *
23690 TTCATAAAACAATTGGTTCTATTCA-ACAAGCTTATTTC-GAATAAAACAATATAAATTTATTAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAA
* * *** *
23753 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGT
64 TATTCCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
23818 TATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTT-
129 TATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG
* * **
23868 TGTCATAAACCAATT-TTTCTGTTCATAACAA-CTTATTTGGAA-AAAATAATAGTAATTTATTA
1 T-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTA
* * * * * * * *
23930 AAATTCCAAACATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGCGAGTTCAAATA
63 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * *
23995 GTTATAACTATTTAAATAATTATTTATGTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTG
127 GTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG
* ** * *
24048 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * *
24113 ATT-AAAAAAGTTAATAAGTTGGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAG
65 ATTCCAAAAA-TTAATAAG-TAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
* ** * * * * * *
24177 TCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTTAAATCGTTTTGACTTTTTCTTT-
128 TTATAACTATTT-AAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG
* * * * ** * * * *
24228 TATCATAAAATAATTGTTTCTGTTAATGCAAAATTATTCATATTAAAATAATATTGATCTATTAA
1 T-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
** * * ***
24293 TACTT-TGAAAATTAAT-A--AGACATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAA-ACAGTTCAAATA
64 TA-TTCCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATA
* * * * * * *
24353 ATTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAAT-GTTATGATC-TTTATATC
127 GTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTG
* * * * * * *
24405 ATCATAAAAAAATTGTTCCTTTTCATACAAGTTTATTCAGATTAAAATAATATCAATTTAATAAT
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAAT
* * * ** * * *
24470 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCGGAGCTAGTTTAAATAGT
65 ATTCCAAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
24535 TA-AGACT-GTTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAG
129 TATA-ACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-G
* *
24587 AT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
* ** * * * ** *
24650 CATTTGAAACATTAACGAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAA-AAGTTAAAA
64 TATTCCAAAAATTAA-TAAGT-AGAAATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTT--CA
* * * * * * *
24713 AATA-TT-TGACTTTTTAAACAATCATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGCTTCAT-TTTG
123 AATAGTTATAACTATTTAAATAATTA-TCT-ATT--TCAAA-TCGTTATGACCTT-TTGTTTG
* * * * *
24773 -TCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA-TAATTTATTA
*** * * * * * * * *
24835 ATATTTTGAAAATTAAGAAG-AG--ATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAACCTA-TTCAAATA
63 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * *
24896 GTTA-AGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTCAAATCATTATGA--TTTTGTTT-
127 GTTATA-ACTATTTAAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG
* * * * *
24946 TCTCATAAAAAAATTGTTTTTGA-TCATCCAAGCTTATGCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAAT
1 T-TCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATA-TAATTTATT
* * *
25009 AATATTCCAAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAA-TTCAAAT
62 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAAT
* * * * * *
25070 AGTTA-AGAGTA-TTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGACCTATTGTTTA
126 AGTTATA-ACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG
* * *
25124 TTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAA
25188 CATTTATTTA
Statistics
Matches: 1029, Mismatches: 221, Indels: 141
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 15 0.01
175 117 0.11
176 81 0.08
177 121 0.12
178 57 0.06
179 126 0.12
180 86 0.08
181 265 0.26
182 55 0.05
183 9 0.01
184 10 0.01
185 7 0.01
186 66 0.06
187 12 0.01
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATAATTTATTAATA
TTCCAAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
TAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTG
Found at i:24595 original size:538 final size:541
Alignment explanation
Indices: 23909--25193 Score: 1369
Period size: 538 Copynumber: 2.4 Consensus size: 541
23899 CTTATTTGGA
* * * * * *
23909 AAAAATAATAGT-AATTTATTAAAATTCCAAACATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
1 AAAAATAATA-TCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
* * * * *
23973 ATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-AATAATTATTTATGTCAAATCGTTATG
65 GTTTGCCGAGCCAGTTCAAATAGTTA-AGACTA-TTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTG
* * **
24036 ATCTTTTGTTT-GTTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTAATACAATTTTATTCAAAATAAAATAAT
128 ACCTTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * **
24099 ACTAACTTATTAATA-TTAAAAAAGTTAA-TAAGTTGGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-C
193 ACTAATTTATTAACATTTAAAAAA-TTAACGAA-TAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATC
* * * * * *
24160 CAAACAAGTT-CAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTA-TCT-ATT-TTAAA-TCGTTTTGA-C
256 CAAA-AAGTTAAAAATA-T-ATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTATTAAAGTCGTTATGAGC
* * *
24219 TTTTTC-TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTAATGCAAAA-TTAT-TCATATTAAAATAATA
318 ---TTCATTTTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTAAT-AAAAACTTATCTCA-AATAAAATAATA
* * * *
24281 TTGA-TCTATTAATACTTTGAAAATTAATAAGACATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTTAAAAC-A
378 TT-ACTCTATTAATACTTTGAAAATTAAGAAGACATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCAAAACTA
* * *
24344 GTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCT-ATCTCAAAAT-GTTATGATCTTT-ATATC
442 -TTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAAATAT-TAATCTC-AAATCATTATGAT-TTTGATATC
* *
24405 ATCATAAAAAAATTGTTCCTTT-TCATACAAGTTTATTCAGAT
502 -TCATAAAAAAATTGTT--TTTATCATACAAGCTTATGCAGAT
*
24447 TAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
1 AAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
* * * * * * *
24512 TTTGCGGAGCTAGTTTAAATAGTTAAGACTGTTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACC
66 TTTGCCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGACC
* * *
24577 TTTTGTTTAGAT-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
131 TTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * **
24640 AATTTATTAACATTTGAAACATTAACGAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAAA
196 AATTTATTAACATTTAAAAAATTAACGAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCCAAAA
* **
24705 AGTTAAAAAATATTTGACTTTTTAAACAATCATTCTAATTACTTAAAGTCGTTATGAGCTTCATT
261 AGTT-AAAAATATATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTA-TTAAAGTCGTTATGAGCTTCATT
* * * *
24770 TTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTA
324 TTATCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTCAAATAAAATAATATTACTCTATTA
* * * * *
24835 ATATTTTGAAAATTAAGAAGAGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAACCTATTCAAATAGTTA
389 ATACTTTGAAAATTAAGAAGACATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCAAAACTATTCAAATAATTA
* *
24900 AGACTATTTGAACAAATATTAATCTCAAATCATTATGATTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTT
454 AGACTATTTGAACAAATATTAATCTCAAATCATTATGATTTTGATATCTCATAAAAAAATTGTTT
*
24965 TTGATCATCCAAGCTTATGCAGAT
519 TT-ATCATACAAGCTTATGCAGAT
24989 AAAAATAATA-CTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 AAAAATAATATC-AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
** * * * * * *
25049 GTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGAGTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTGAC
65 GTTTGCCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGAC
* * *
25114 CTATTGTTTA-TTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
130 CTTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
25177 TAATTTATTAACATTTA
195 TAATTTATTAACATTTA
25194 TTTATTTCAA
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 91, Indels: 62
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
537 7 0.01
538 320 0.51
539 47 0.08
540 10 0.02
541 10 0.02
542 80 0.13
543 139 0.22
544 11 0.02
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (541 bp):
AAAAATAATATCAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
TTTGCCGAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGACC
TTTTGTTTAGTTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
AATTTATTAACATTTAAAAAATTAACGAATAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCCAAAA
AGTTAAAAATATATGACCATTTAAACAATCATTCTAATTATTAAAGTCGTTATGAGCTTCATTTT
ATCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTCAAATAAAATAATATTACTCTATTAAT
ACTTTGAAAATTAAGAAGACATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCAAAACTATTCAAATAATTAAG
ACTATTTGAACAAATATTAATCTCAAATCATTATGATTTTGATATCTCATAAAAAAATTGTTTTT
ATCATACAAGCTTATGCAGAT
Found at i:25918 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 25582--25930 Score: 384
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 179
25572 GTCTAACTAG
** * *
25582 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAATGATTATCTATGTTAAATTGTTATGACCTTTCTTTTGTCGT
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTTAAATCGTTATGACCTTTCTTTTGTCAT
* ** ** * * * * **
25647 AAAATAATTGTTTTGTTTGTATAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTA
66 AAAACAATTGTTCAGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATAATAATTTAATAACATTCAA
*
25712 AAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTACTGAATTGT
131 AAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTACTGAATTGT
* *
25760 TTCAAATGGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTAT-TTGAAATCGTTTTGACCTTT-TGTTTAG
1 TTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACAATTATCTATGTT-AAATCGTTATGACCTTTCT-TTT-G
* * *
25822 TCATAAAACAATTGTTCCAGTTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATAATAATTTATTAGC
62 TCATAAAACAATTGTT-CAGTTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATAATAATTTAATAAC
* * * *
25886 ATTCAAAAAATTAATGAGAAAGATATTTAAAAAAATAAGTTTGTT
125 ATTCAAAAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTT
25931 TACCATTAGA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 25, Indels: 11
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.04
178 47 0.34
179 16 0.12
180 56 0.40
181 15 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATGTTAAATCGTTATGACCTTTCTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTCAGTTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATAATAATTTAATAACATTCAA
AAAATTAATAACAAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTACTGAATTGT
Found at i:26073 original size:158 final size:156
Alignment explanation
Indices: 25777--26090 Score: 350
Period size: 158 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
25767 GGTTAAGACT
* * * *
25777 ATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCCAG
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAG
* * * *
25842 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATGAGAAA
66 TTAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAA
* *
25907 GATATTTAAAAAAATAAGTTTGTTTACC
131 AATATTT--AAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * *
25935 ATTAGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTAA
1 ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTCAA
* * **
25999 GTTAATACAAGCTTAGTTGA-AATAAAATAATATTAATTTATT-GATATCTCCTAAAA-TAATAA
65 GTTAATACAAGCTTA-TTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAG-CAT-TCAAAAAATTAATAA
26061 GAAAAA-ATTTTAAAAATAAATTTGTTTACC
127 GAAAAATA-TTTAAAAATAAATTTGTTTACC
26091 GAATCAATTA
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157 2 0.02
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Consensus pattern (156 bp):
ATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTCAAG
TTAATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAATAATAATTTATTAGCATTCAAAAAATTAATAAGAAA
AATATTTAAAAATAAATTTGTTTACC
Found at i:26297 original size:176 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 18.9 Consensus size: 178
25933 CCATTAGAAT
* * ** * * * * ** * *
25943 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
* * * * * * * *
26008 AGCTTAGTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTGATATCTCCTAAAA-TAATAAGAAAAAATTTT
66 AGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* * * * * * *
26072 AAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAAT
128 AAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAA-TAGTTATGACT-ATTTGAAC
* * * * *
26123 GATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGACCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
* *
26186 AGCTTATTCAAAAAAAAAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAA
66 AGCTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAA
*
26251 AACAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
131 AATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * *
26299 AATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATAG
1 AATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAC
** * *
26362 AAGCTTATTCGGTTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTA
65 AAGCTTATTC--AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* * * * * * ** * *
26424 AAAAAGAAATTTATTTATCGAACCAGTTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAAT
128 AAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * ** *
26475 AATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTCAT-ATCTTACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
* * * * * * *
26539 TGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTT
66 AGCTTA-TT-CAAAAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT
* ** * * *
26603 GAAAAAATAAAT-TCATTTATCGGACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAG
127 -AAAAAATAAATAT-GTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
26656 AATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATA-
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGATCATAC
* *
26720 ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAA--ACAAGAGT
65 A-AGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGA-T
* * * *
26783 TTAAAAAAATAAATATTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAAC
125 TT-AAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *** * ** * ** *
26838 AATTGTCTATCGAAAATCGTTATGACCTTTCATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
* * * * *
26903 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTTA
66 AGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTA
* * * * * ** * * * * * *
26968 AAAAGTCAATCTATTTACCAAGTCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTCAAT
128 AAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * ** *
27019 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTG-TTTTGATTGTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAC
* *
27083 AAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
65 AAGCTTATTCA-AA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT
* * ** * *
27148 ACAAAATAAATATGTTTACCAAATTAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAAC
127 AAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
27200 AATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTGTTCAT-CT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATAC-
* * * * * * *
27264 AAGCTATTTTGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTATGAGATTT
65 AAGCT-TATTCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTT
* ** * * * *
27329 AAAAAATAAA-ATTGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAAC
127 AAAAAATAAATA-TGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * ***
27381 AATTAACTATTT-TAA--A-T-TG--TTTTTCTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAATTCATA-
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATAC
* * *
27437 ATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGAT
65 A-AGCTTATTCA-AA-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAT
* * * * *
27501 TTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
125 TTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
27555 AATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
* * * *
27620 AGTTTGTTCAAAAAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAA
66 AGCTTATTC--AAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAA
* * * * **
27682 AAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGG
129 AAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * * * * *
27732 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-ATCTATCA-AATAATAATAGTTTCT-ATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTTTGA-TCATA
* ** ** * *
27794 CAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATTT
64 CAAGCTTA-TT-CAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TT
** * * ** * * *
27859 TTTAAAATAAATATATTTACCAAACTTGA-TCAAATAGTCATGACTATGTGAAT
126 TAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * ** * *
27912 AAATATCAATTTCAAACCATTATGATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATGTTTCAGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTTTGATCATAC
** * * ** *
27977 AAAATTATCCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAATAGATT
65 AAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATT
* * * * * * * * *
28041 TAAAAAATGAATATATTTACCGAA-CAAGTCTAAATAATTATAATTATTTCAAC
126 TAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
28094 AATTATCTGTTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTTTTTTTATATTTA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-A-TTGTTTTT-GA-TCA
28158 TACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC-AA---ATT--TA---C---AATTAATAAGTAAAAGA
62 TACAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGA
* **
28211 TTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATTTTTATGACTATTTGAAC
124 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * *
28265 AATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATTATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
* *
28330 AGCTTATAT-AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAGTAAAAGATT
66 AGCTTAT-TCA-A-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGT-AAAGATT
* ** * ** *
28393 TAAAAAATAAATATGCTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAAT
126 TAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** ** *
28446 AATTATCTATTTTAAATCATTGTGACCATTTT-TTTTG-CAATAAAATGATTG-TTTCAATTTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTTGA-TCAT
* * * * * *
28508 ATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAA
63 ACAAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAT
* * * * *
28573 TTAAAAAATGAATATGTTTAAT-GAA-CATGTTCAAATAGTTATATGACTATCTAAAC
125 TTAAAAAATAAATATGTTT-ATCAAACCA-ATTCAAATAG-T-TATGACTATTTGAAC
* * * *
28629 AATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAG-TTTTGTTCATG
1 AATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGATCATA
* * *
28692 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAAAATT
64 CAAGCTTA-TTCAAA-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATT
* * * *
28756 TAAAAAATAAATATGTTT-TCTAAA-CACGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAAG
126 TAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** *
28809 AATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCT-ATTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATA
* * * * *
28873 AAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATACTAATTT-TTAAAATTCCAAAAATTATTATA-TAAAAGA
64 CAAGCTTATTC--AA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGT-AAAGA
* * ** * *
28936 TTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTGAGCAAGTT-TAA-A--TA-GACTATTTGAAC
124 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * **
28986 AATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTCCATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATAC
** * **
29049 AATTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATT
65 AAGCTTATTC-AAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATT
* * * **
29113 TAAAAAATAAATTTGTTGATCGAA-CAAGTTCAAATAGTCT-TGTTTATTTGAAC
126 TAAAAAATAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGT-TATGACTATTTGAAC
* * ** *
29166 TATCATCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATAC
** * * *
29230 AAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAGTAAG---AGATTTA
65 AAGCTTATTCA-AA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTA
* * * *
29292 AAAACTAAATCTGTTTATCAAACCAGTTCAAATTGTTA
128 AAAAATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTA
29330 AGATTTTTGT
Statistics
Matches: 2517, Mismatches: 535, Indels: 313
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
AGCTTATTCAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAA
AATAAATATGTTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:27130 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 25968--29741 Score: 2329
Period size: 362 Copynumber: 10.6 Consensus size: 357
25958 ATTGTTATAA
* * * *
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1 CTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTTA-TT-ATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
26032 TAATTTATTGATATCTCCTAAAA-TAATAAGAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC
62 TAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAAC
* * ** * *
26096 AA-TT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCGTTAAGACCTTTT-TTT
125 AAGTTCAAA-TAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* ** ** * * *
26157 TGTCATAAAATAATT-TTTTTGACCATACAAGCTTATTC-AAA-AAAAAAAAACTAATTTATTAA
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* * *
26219 TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAACAAATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATA
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* * ** * *
26282 GTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGTTAAGAT
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* * * * * ** *
26325 CTTTGT-TTTGTCATAAAACAATTATTTCTGATCATAGAAGCTTATTC-GGTTAAAAATAATATT
1 CTTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTT-T-ATTATATAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACT
* * * * * * *
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63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
* ** * * * * * *
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128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * *
26515 TAAAATATTTG-TTCA-TATCTTACATGCTTATTTGGAATAAAATAAT-CTCAATTTATTAAAAT
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* * * * ** *
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* * *
26641 TATGACGATTTGAAGAATTAACTATTTAAAATCATTATGAC
317 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
26682 C-TTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
1 CTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTT-A-TT-ATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* ** *
26745 CTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAACAAGAGTTTAAAAAAATAAATATTTTTACCAAAC
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* * * *** * **
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125 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* *
26875 TCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
190 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
26940 TTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTATTTACCAAGTC-AGTTCAAATAAT
255 TTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAA--CAAGTTCAAATAGT
* * * * *
27004 TATGGCCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC
317 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
27045 CTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTGATTGTATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTA
1 CTTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTT-ATTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTA
* * **
27110 ATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTACAAAATAAATATGTTTACCAAATTAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * *
27175 TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCA
128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** * *
27240 TAAAACAATTATTTTTGTTCAT-CTAAGCTATT-TT-GAAATAAAATAATACTAATATAATAATA
193 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAG-T-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
27302 TTCCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAAA-AT-TGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAG
255 TTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATAT-T-TACC-AACAAGTTCAAATAG
* * * * *
27365 TTAAGACTATATGAACAATTAACTATTT-TAA--A-T-TG--
316 TTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
27400 -TTTTTCTTTTGCCATAAAACAATT-TTTACAATTCATA-ATAGCTTATTTAGAATAAAATAA-A
1 CTTTTT-GTTTGTCATAAAATAATTGTTT--TATT-ATATA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATA
* * * *
27461 ATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAGTAATTATGTTTACCTAA
61 CT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AA
* * *
27526 CCAA-TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTT
123 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
** * * * ** * * * * * * *
27590 TGTTGTAAAATAAATATTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAAAAAAAAAATACTAATCTATTAA
188 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
27655 TATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGT
253 TATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGT
* * * **
27717 TATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
317 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * ** *
27758 C-TTTTATCTATCA-AATAATAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACT
1 CTTTTTGTTTGTCATAA-AATAATTGTTT-TATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
** * * * ** * **
27821 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAATTTTTTAAAATAAATATATTTACCAAACTT
63 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* * * * * * * * *
27886 GATCAAATAGTCATGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAAACCATTATGATCTTTTCTTTTGTC
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
27951 ATAAAAAAATATGTTTCAGTTCATATAAAATTATCCGAAATAAAGTAATACT-ATGTTATTAATA
192 ATAAAACAAT-TGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATA
* * * * *
28015 TTTTGAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCGAACAAG-TCTAAATAAT
255 -TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACC-AACAAGTTC-AAATAGT
* * * * * * * *
28079 TATAATTATTTCAACAATTATCTGTTTGAAATCACTATAAC
317 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
28120 C-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTTTTTTTATATTTATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATA
1 CTTTTTG-TTTGTCATAAAATA-A---TTGTTT-TA-TTATATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATA
* * *
28182 ATAC-AA---ATT--TA---C---AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCG
58 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
** * * * ** *
28234 AACAAGTTCAAATTTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTT
122 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
28299 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATT-ATATAAGCTTATATAG-ATTAAAATAATATTAATTTAT
187 TTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGTTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** **
28362 TAATATTTCAATAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGTTCAAA
250 TAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAACAAGTTCAAA
* ** * * *
28427 TAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGAC
313 TAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
28472 CATTTTT-TTTG-CAATAAAATGATTGTTTCAATTTATATAAGTTTCTTCAAAATAAAATAATAC
1 C-TTTTTGTTTGTC-ATAAAATAATTGTTT-TA-TTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * ***
28535 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAATGAACA
62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
* * * *
28600 TGTTCAAATAGTTATATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTT
126 AGTTCAAATAG-T-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
28664 TGTGATAAAACAATTAGTTT-TGTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
188 TGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * *
28727 AATATTTCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAAT
251 AATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-CAACAAGTTCAAAT
* * *
28791 AGTTATAACTATCTGAAGAATTATCTATTTCAAGTCATTATGAC
314 AGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
28835 CTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCTATTCATAAAAGCCTATTCAGAATAAAAATAATAC
1 CTTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATT-ATATAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATAC
* * * * * * ** *
28900 TAATTT-TTAAAATTCCAAAAATTATTATA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAGC
62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAAC
* * ** * *
28963 AAGTT-TAA-A--TA-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTGTTTTG
125 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
29023 TCATAAAACAATTGTTCCA-TTCATACAATTTTATTCGAAACAAAATAATACTAATATATTAATA
190 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * *
29087 TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGATCGAACAAGTTCAAATAGTC
255 TT-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CCAACAAGTTCAAATAGT-
** ** *
29152 T-TGTTTATTTGAACTATCATCTATTTCAAATCATTATGA-
317 TATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * ** *
29191 -TATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATAC
1 CT-TTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTT-TATT-ATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAC
* * * * * *
29255 TAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAGTAAG--AGA-TTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACCA
62 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
* * * ** * * *
29317 GTTCAAATTGTTAAGA-TTTTTG---TTTTGTC-A--T-AGAA-CAAT-TG---TTTT-TTTTTT
127 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * **
29368 CAT---AC-A-------AG--C-T-C-A---T-TT-GGAGTAAAATATTACTAAATTAACAATAT
191 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
29412 TCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTT
256 T-TCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACCAA-CAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
29476 AAGATTATTAG-AGCAATTATCTATTTTAAATCGTTATGAC
318 ATGACTATTTGAAG-AATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
29516 C-TTTTGTTTAGTCATAGAATAATTGTTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA
1 CTTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTG-TTTTA-TT-ATATAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATA
* * *
29579 CTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATACA-CAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-C-
61 CTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA-AGTAAG--AGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
*** * * * * * * *
29640 GGTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-A-AATGTACCATTTGG
122 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGT
* *
29703 TTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTAT
186 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTAT
29742 CTGATAA
Statistics
Matches: 2662, Mismatches: 555, Indels: 397
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
323 5 0.00
324 124 0.05
325 58 0.02
326 2 0.00
327 2 0.00
328 14 0.01
329 9 0.00
330 20 0.01
331 1 0.00
332 5 0.00
333 2 0.00
335 6 0.00
336 1 0.00
339 3 0.00
340 8 0.00
341 2 0.00
343 2 0.00
344 9 0.00
345 4 0.00
348 5 0.00
349 32 0.01
350 5 0.00
351 66 0.02
352 209 0.08
353 132 0.05
354 72 0.03
355 292 0.11
356 149 0.06
357 330 0.12
358 79 0.03
359 56 0.02
360 5 0.00
361 42 0.02
362 342 0.13
363 239 0.09
364 269 0.10
365 28 0.01
366 29 0.01
367 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
CTTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTTATTATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
Found at i:29146 original size:539 final size:540
Alignment explanation
Indices: 25943--29329 Score: 2457
Period size: 539 Copynumber: 6.3 Consensus size: 540
25933 CCATTAGAAT
* * ** * * *
25943 AATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACTTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATACA
* * * * * *
26008 AGCTTAGTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTGATATCTCCTAAAA-TAATAAGAAAAAATTTT
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* * * * * *
26072 AAAAATAAATTTGTTTACCGAATCA-ATT-AAAGTAATTATG-GTCATTTGAATG-ATTATCTAT
127 AAAAATAAATATGTTTATC-AAACACGTTCAAA-TAGTTATGACT-ATTTGAA-GAATTATCTAT
* * * * * *
26133 TTCAAATCGTTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGA-CCATACAAGCTTATTC
188 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTC
* *
26195 A-AA-AAAAA-AAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAACAA
253 AGAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * *
26256 ATATGTTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAGTCTCAAATTGT
318 ATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGT
* * * * * * **
26319 TAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-TGATCATAGAAGCTTATTCG-GTTAAAAAT
381 TATGATCTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCAT--TCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAAAT
* * *
26382 AATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAAGAAATTTATTTATCG
443 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCG
* * * *
26444 AACCAGTTCAAAGAGTTA-A-AACTA-TTAGAAT
508 AACAAGTTCAAATAGTTATATGACTATTTA-AAC
* * * * * * *
26475 AATTATCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTCAT-ATCTTACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT-TTGTTCATACA
* * * * * *
26539 TGCTTATTTGGAATAAAATAATCTCAATTTATTAAAATTTGAAAAATTAATAAGCAAAATATTTG
64 AGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-
* ** ** * *
26604 AAAAAATAAAT-TCATTTATCGGACAAATTCAAATAGTTATGACGATTTGAAGAATTAACTATTT
126 AAAAAATAAATAT-GTTTATCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTT
* * * * * * *
26668 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTCAGTTCATAATAGCTTATCCAA
190 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTCAG
* *
26733 AAT-AAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAA--ACAAGAGTTTAAAAAAATAA
255 AATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAAATAA
* * * * * ***
26795 ATATTTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTGTCTATCGAAAATCGTTA
318 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
26860 TGACCTTTCATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAAT
383 TGATCTTT-TTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
26925 ACTAATTTATTAATATTTCGAAAACTAATAATTAAGTGATTTAAAAAGTCAATCTATTTA-CCAA
446 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAA
* * * * *
26989 GTC-AGTTCAAATA-AT-TATGGCCATTTCAAT
510 --CAAGTTCAAATAGTTATATGACTATTTAAAC
* * * * *
27019 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTGATT-GTAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTA-TAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTG-TTCATAC
* * * *
27083 AAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
63 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATT
* * * * * * * *
27147 TACAAAATAAATATGTTTACCAAATTA-GTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACT
125 TAAAAAATAAATATGTTTATCAAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATT
* * * * * * ** **
27211 TCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTT-GTTCATCTAAGC-TATTTT
189 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTCA
* * * * **
27274 GAA-ATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTATGAGATTTAAAAAATAA
254 GAATA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * *
27338 A-ATTGTCTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAACTATTTTAAA----T
318 ATA-TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
27398 -TG-T-TTTTCTTTTGCCATAAAACAATTTTTACAATTCATA-ATAGCTTATT-TAGAATAAAAT
382 ATGATCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTT-CCATTCATACA-AGTTTATTCGA-AATAAAAT
* * *
27458 AA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-ATGTAAGAGATTTAAAAAGT-AATTATGTTT
443 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT-T-AGAGATTTAAAAAATAAATT-TATTT
* * * *
27520 ACCTAACCAA-TTCAAATA-AT-TATGACTATTTGAAC
504 ATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATATGACTATTTAAAC
* * ** * *
27555 AATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATAT-TTTTGTTTATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AAT-TGTTTTGTTCATAC
* * ** * * * *
27619 AAGTTTGTTCAAAAAAAAAAAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTA
63 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* * * * *
27681 AAAAATAAATTTATTTATCAAAC-CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGGAATTATTTATTTC
127 AAAAATAAATATGTTTATCAAACAC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC
** * * * * * * * *
27745 AAATTGTTATGACCTTTT-ATCTATCA-AATAATAATAGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TG
191 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTCAG
* * ** * **
27806 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAA-ATTTTTTAAAATAAA
255 AATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAA
* ** * * * * * * *
27870 TATATTTACCAAACTTGATCAAATAGTCATGACTATGTGAATAAATATCAATTTCAAACCATTAT
319 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * ** * *
27935 GATCTTTTCTTTTGTCATAAAAAAATATGTTTCAGTTCATATAAAATTATCCGAAATAAAGTAAT
384 GATCTTTT-TTTTGTCATAAAACAAT-TGTTCCA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAAT
** * * * *
28000 ACT-ATGTTATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAATAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCGA
446 ACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAATT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGA
* * *
28064 ACAAG-TCTAAATAATTATA--ATTATTTCAAC
509 ACAAGTTC-AAATAGTTATATGACTATTTAAAC
* * * * * *
28094 AATTATCTGTTTGAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATTTTTTTTTATATTTA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAATA-A---TTGTTT-TGTTCA
* *
28158 TACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAA---ATT--TA---C---AATTAATAAGTAAAAGAT
60 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-AT
* * ** * * *
28212 TTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAACAAGTTCAAATTTTTATGACTATTTGAACAATTTTTTATT
124 TTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATT
* ** * *
28276 TTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATT-ATATAAGCTTATAT-
189 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATTCATAAAAGCTTAT-TC
* *
28339 AG-ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
253 AGAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* *** ** * * *
28402 AATATGCTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTCAAATAATTATCTATTTTAAATCATT
317 AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * ** * * * * *
28467 GTGACCATTTTTTTTG-CAATAAAATGATTGTTTCAATTTATATAAGTTTCTTCAAAATAAAATA
382 ATGATC-TTTTTTTTGTC-ATAAAACAATTG-TTCCATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
* * * * * * *
28531 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAAT-
444 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AATTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ATC
* *
28595 GAACATGTTCAAATAGTTATATGACTATCTAAAC
507 GAACAAGTTCAAATAGTTATATGACTATTTAAAC
* * *
28629 AATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGAACTTTTGTTTTGTGATAAAACAATTAGTTTTGTTCATGC
1 AATTATCTATTTC-AAATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTTGTTCATAC
*
28693 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTA
63 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTA
* *
28758 AAAAATAAATATGTTT-TCTAAACACGTTCAAATAGTTATAACTATCTGAAGAATTATCTATTTC
127 AAAAATAAATATGTTTATC-AAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTC
* ** * *
28822 AAGTCATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAATTAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCCTATTCAG
191 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTCAG
* * *
28886 AATAAAAATAATACTAATTT-TTAAAATTCCAAAAATTATTATA-TAAAAGATTTAAAAAATAAA
255 AATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * *
28949 TTTATTTACTGAGCAAGTT-TAA-A-T-A-GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
319 TATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
29009 TATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCATTCATACAATTTTATTCGAAACAAAATAATAC
384 GATCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTCCATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * *
29074 TAATATATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTGATCGAAC
448 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA-TTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAAC
* ** *
29138 AAGTTCAAATAG-TCT-TGTTTATTTGAAC
511 AAGTTCAAATAGTTATATGACTATTTAAAC
* * * *
29166 TATCATCTATTTCAAATCATTATGATA-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTAT-A-ACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TGTTCATAC
** * * * *
29230 AAAATTA-TTAAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAGTAAG---AGATTT
63 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * *
29291 AAAAACTAAATCTGTTTATCAAAC-CAGTTCAAATTGTTA
126 AAAAAATAAATATGTTTATCAAACAC-GTTCAAATAGTTA
29330 AGATTTTTGT
Statistics
Matches: 2276, Mismatches: 427, Indels: 302
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
530 19 0.01
531 164 0.07
532 160 0.07
533 213 0.09
534 223 0.10
535 90 0.04
536 229 0.10
537 119 0.05
538 85 0.04
539 275 0.12
540 125 0.05
541 13 0.01
542 33 0.01
543 120 0.05
544 217 0.10
545 170 0.07
546 21 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (540 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTGTTCATACAAG
CTTATTTGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA
ATAAATATGTTTATCAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
ACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTT
TTTTTGTCATAAAACAATTGTTCCATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAATTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAAT
AGTTATATGACTATTTAAAC
Found at i:29347 original size:141 final size:145
Alignment explanation
Indices: 29176--29481 Score: 336
Period size: 147 Copynumber: 2.1 Consensus size: 145
29166 TATCATCTAT
* *
29176 TTCAAATCA-TTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAAATTATT
1 TTCAAAT-AGTTAAGAT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAAAATCATT
* *** *
29239 AAGAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATT-TCAAAAA-T-T-AGTAAGAGATTTAAAAACTAA
64 AAGAATAAAATAATACTAAATTAACAATATTCT-AAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* *
29300 ATCTGTTTATCAAACCAG
128 ATATGTTTATCAAACCAA
* * * * ** *
29318 TTCAAATTGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTTTTTTCATACAAGCTCATTT
1 TTCAAATAGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCTATTCATACAAAATCATTA
* * *
29383 GGAGTAAAATATTACTAAATTAACAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 AGAATAAAATAATACTAAATTAACAATATTCTAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* *
29448 TATGTTTGTCGAACCAA
129 TATGTTTATCAAACCAA
29465 TTCAAATAGTTAAGATT
1 TTCAAATAGTTAAGATT
29482 ATTAGAGCAA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 22, Indels: 11
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
141 23 0.17
142 13 0.10
143 45 0.34
144 2 0.01
146 1 0.01
147 50 0.37
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (145 bp):
TTCAAATAGTTAAGATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATTCATACAAAATCATTAA
GAATAAAATAATACTAAATTAACAATATTCTAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTATCAAACCAA
Done.