Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168144.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_386, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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588 AATTTAATAA
* * * * * **
598 TAAAAAATAAATGTGTTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATGT-ATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTCAACAATTATCTATT
* * * * *
663 TCAAATCGTT-TTGACCTCTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
65 TCAAATCATTATT-ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCA
* *
727 AA-ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCAAAAAATTAATAAGTGAGAGATT
129 AATA-AAAATAATACTAATTTATTAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * * * * *
780 TAAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTCAATAATTATCTTTT
1 T-AAAAAATAAATGTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTCAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
845 TAAAATCATTATAACCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAATCTTGTCCA
65 TCAAATCATTATTA-CTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCA
* * * *
910 AATTAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATT
129 AATAAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * * * * * * * *
963 TAAAAACTAAACCTATATT-CCAAACTAGTTCAATTAGTTACGACCATTTGAACAAATATCAATC
1 TAAAAAATAAATGTAT-TTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTCAACAATTATCTATT
* * * * * * *
1027 TCAAATTATTATGA-TCTTTGTTTTGTCA-AAAAAAATT-TTT-ATGATCATATAAGCTTATTCA
65 TCAAATCATTATTACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATTCA
*
1088 AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
129 AATAAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *
1141 TAAAAAATAAATGTATTTGCCAAATC-AGTTGAAATGGTTAAGACTATTAT-AATAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAATGTATTTGCCAAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATT-TCAACAATTATCTAT
* ** * *
1204 TTCAAGTTGTT-TTACTTTTTGTTTAGTCATAAAACTATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTCA
64 TTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCA
* * * *
1268 GAAT--AAA-CAT--TAATTTATTAACTTTCAAACAATTAATAAGCAAAAGATT
129 -AATAAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATT
1317 TGAAAAAATAAAT
1 T-AAAAAATAAAT
1330 TTGTTTATTG
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 92, Indels: 39
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.02
176 28 0.06
177 16 0.04
178 131 0.30
179 20 0.05
180 32 0.07
181 4 0.01
182 102 0.23
183 97 0.22
184 4 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
TAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTCAACAATTATCTATTT
CAAATCATTATTACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCAAA
TAAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
Found at i:1421 original size:18 final size:19
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Indices: 1398--1442 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
1388 TTATGAACTT
*
1398 TTGTTTTACCGT-AAACAA
1 TTGTTTTACCATAAAACAA
* *
1416 TTGTTTCATCATAAAACAA
1 TTGTTTTACCATAAAACAA
1435 TTGTTTTA
1 TTGTTTTA
1443 GTTTATAAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 1
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.41
19 13 0.59
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTACCATAAAACAA
Found at i:2051 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1753--4149 Score: 1751
Period size: 182 Copynumber: 13.5 Consensus size: 180
1743 GTTTATTCAA
* * * * * *
1753 AATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
**** * * * * * *
1818 TATTTGTTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATCATCTATTTCATATCATTATGA
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** * * * * * *
1883 CCTTTTATTTTGTTTTAAGACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTACTTGG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * *
1934 AATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATTC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
1999 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTATTA
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * * * *
2064 CTTTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * *
2115 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * *
2180 TATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTTAAATCATTATA
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** ***
2245 ACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTCAT
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * ** * * *
2297 AATGAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAACCTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATTAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* *** * * * * *
2362 TAATTAATGAACTAGTTCAAATAATTA-AGACTATATGAACGATTATCAATTTCAAATCTTTATG
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * *** ** **
2426 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAAAATTT-TTTTCGCACAAGCTTATTTGG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
** * ** * * *
2477 TTTAAGATAATAAAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
2542 TATTTACCAAACCAGTTC--ATAGGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTT
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATA-ATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
2604 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * *
2657 AATAAATTAATAC-----TA--AA-ATTTAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAGAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATC
* ** ** * * *
2714 TATTTACTAAATAAGTTCAAATAATCGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGA
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * **
2779 CCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACATGCTTAAATGG
130 CC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* *
2831 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** * ** ** * * * *
2891 TGTTT-CTTGAATCAGTAAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTCTA
65 TATTTAC-CAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * ** * * ***
2955 ACCTTTTATTTTGTTATGAAGCAATTATTT-TTTATAAGACAAGCTTATTCAA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGG
* *
3007 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * **
3069 GTTT-TCGAA-TAGTT--AA-AATTAT---TA---GAATAATTATCTATTTAAAATTGTT-TGAC
66 ATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * *
3122 C--TTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATTATACAAGCTTATTTGA
131 CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTGG
* * * * *
3171 AATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTCATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * ** * * * *
3235 ACTGTTTACCAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCATTA
63 TCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTA
* * **
3299 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATACGG
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * *
3353 AATAAAATAATACTAATCTATCAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *** *
3414 TGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATT-TTGGTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * *
3478 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTACATGCTTATTTGA
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * * * * *
3530 AATAAAATAATAATAGTTTA-TAATATTCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * ** * *
3594 TGTTTACCGAATCGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
3659 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAACCTATTTGG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
*
3710 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
** * * * * * *
3775 CTATTTACTGAA-C----C----AA-T-T-CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTCATA
64 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * *
3828 ATCTTTTGTTCT-ACTATAAAATAATTGTTTCAGTTCACATATGCTTATTCGA
129 ACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* * * *
3880 AATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAGAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAAATAGAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAAT
* * ** ** * * * * *
3945 CTGTTTGCTGAAGTAGTTCAAACATTTA-AGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTT
64 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
** * * *
4009 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGC
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
* *
4062 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATGAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
4123 TGTTTATCGAATCATTTCAAATAATTA
65 TATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTA
4150 GGGTCATTTC
Statistics
Matches: 1751, Mismatches: 380, Indels: 174
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 9 0.01
164 51 0.03
165 8 0.00
166 20 0.01
167 3 0.00
168 14 0.01
169 22 0.01
170 125 0.07
171 26 0.01
172 35 0.02
173 43 0.02
174 60 0.03
175 11 0.01
176 92 0.05
177 225 0.13
178 21 0.01
179 77 0.04
180 255 0.15
181 310 0.18
182 326 0.19
183 18 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
ATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGG
Found at i:2655 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 1752--4128 Score: 1684
Period size: 181 Copynumber: 13.4 Consensus size: 179
1742 AGTTTATTCA
* * ** * * *
1752 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * *
1817 CTATTTGTTGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATCATCTATTTCATATCATTAT
66 CTATTTACTAAATC-AGTTC--ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* ** * * * * * * *
1881 GACCTTTTATTTTGTTTTAAGACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTACTTG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
1933 GAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAACTAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
1998 CTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAATCGTTAT
66 CTATTTACTAAATCAGTTC--ATAGTTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * *
2062 TACTTTTTGTTTTCTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
2114 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * *
2178 TCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGTAATAATTATCTATTTTAAATCATTA
65 TCTATTTACTAAATCAGTTC--ATAGTTAAGACTATTTG-AACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** *
2243 TAACCTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTA-TTC
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * ** ** * * *
2295 ATAATGAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAACCTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATTAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
2360 TCTAATTAATGAA-CTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACGATTATCAATTTCAAATCTTTA
65 TCTATTTACTAAATC-AGTTC--ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *** * **
2424 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAAAAATTTT-TTTCGCACAAGCTTATTTG
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
*** * ** * *
2476 GTTTAAGATAATAAAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATATAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
2541 TTATTTACCAAACCAGTTCATAGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
66 CTATTTACTAAATCAGTTCATA-GTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* *
2606 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTG
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
2656 GAATAAATTAATAC-----TA--AA-ATTT-AAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAGAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAA
* * * *
2712 TCTATTTACTAAATAAGTTCA-A-ATAATCGTTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTT
65 TCTATTTACTAAATCAGTTCATAGTTAA--G--ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * **
2775 ATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACATGCTTAAATG
126 ATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
2830 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * * * *
2890 TTGTTT-CTTGAATCAGTAAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTCT
66 CTATTTAC-TAAATCAGT--TCATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * * **
2954 AACCTTTTATTTTGTTATGAAGCAATTATTTT-TTATAAGACAAGCTTATTCA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTG
3006 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * **
3067 GT-GTT--T---TC-G--AATAGTTAAAATTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATTGTT-TGAC
66 CTATTTACTAAATCAGTTCATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* *
3122 C--TTGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATA-TT-ATACAAGCTTATTTG
131 CTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTT--TAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
3170 AAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAAAAAATTCATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
3234 AACTGTTTACCAAATAAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATCATT
64 ATCTATTTACTAAATCAGTTC--ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATT
* **
3298 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATACG
126 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
3352 GAATAAAATAATACTAATCTATCAATATTTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * *
3413 TTGTTTACTAAATCAGTTAAAATAATTTTG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
66 CTATTTACTAAATCAGTT--CATAGTTAAGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
3477 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTACATGCTTATTTG
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * *
3529 AAATAAAATAATAATAGTTTA-TAATATTCCTAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * ** * * *
3593 TTGTTTACCGAATCGGTTCAAATAATTTTGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
66 CTATTTACTAAATCAGTTC--ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *** * *
3658 AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACCTATTTG
129 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
3709 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA
* * * * * * *
3774 TCTATTTACTGAA-C----CA-A-TT---CCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCGTCATAA
65 TCTATTTACTAAATCAGTTCATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * * *
3829 TCTTTTGTTCT-ACTATAAAATAATTGTTTCAGTTCACATATGCTTATTCG
130 CCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
3879 AAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAGAATTAATAACTAAGAGATTTAAATAAATAGA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAA
* * * * * * * *
3944 TCTGTTTGCTGAAGT-AGTTCAAACATTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTT
65 TCTATTTACT-AAATCAGTTC--ATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** *
4008 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTG
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
4061 CAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
*
4122 CTGTTTA
66 CTATTTA
4129 TCGAATCATT
Statistics
Matches: 1732, Mismatches: 371, Indels: 190
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 9 0.01
164 53 0.03
165 6 0.00
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167 3 0.00
168 9 0.01
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172 29 0.02
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175 6 0.00
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182 316 0.18
183 20 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTATTTACTAAATCAGTTCATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:4685 original size:181 final size:181
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Indices: 4193--4690 Score: 483
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 181
4183 TTTTATCATT
* * *
4193 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATATGTAA-AAGAT
1 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAGA-
* * * * * * *
4257 TTTAAAAAAAAAGTATGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATAT
65 TTTAAAAAATAA-TTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATTTAT
* *
4322 TTTAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTAACA
129 TTTAAATTAGTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCAATTAACA
* * ** * *
4375 CAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACTAACGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTCAG-AGA
1 CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAGA
* * * *
4438 TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGGT-TATATGAACAATTCTTTA
65 TTTAAAAAAT-AATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTT-ATGTCTATTTGAACAATTATTTA
* * * * ***
4502 TTTTAAATTGGTATGAACC-TTTGTTTTG-CTGTAGAACAATT-TTTCAATTCTTA
128 TTTTAAATTAGTAT-AACCTTTTGTTATGTC-ATAAAACAATTATTTCAATTAACA
* * *
4555 GTAA-CTTATTCAGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAG
1 -CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAG
* * * * * * *
4618 ATTTAAAAAATAATTCTGTTTGCCAAGCTAGTTCAAAAAATTATGTCTATTTGAATAGTTATTTA
64 ATTTAAAAAATAATT-TGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATTTA
*
4683 TTTCAAAT
128 TTTTAAAT
4691 CGTTATGACA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 50, Indels: 25
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 2 0.01
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182 57 0.22
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAGAT
TTAAAAAATAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACAATTATTTATTT
TAAATTAGTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCAATTAACA
Found at i:5547 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5526--5558 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
5516 ATAGTCATAA
5526 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
5542 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
5559 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:5769 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 5283--6331 Score: 723
Period size: 182 Copynumber: 5.8 Consensus size: 179
5273 TATTTCAAAT
* *
5283 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCT-AATAAGTTCAAATT-GTTATG
1 AAAATTAATAAGT-AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTC-AATTAGTTATG
* * * * ** * * *
5346 ACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTT
62 ATTATTTGAACAATCATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *** *
5411 TTCTTCACACAAACTTATTTGGATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTCC-
127 CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA--TTCCA
* * * * * *
5465 --AATTAATAAGTATAAGATTT-TAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATAA
1 AAAATTAATAAGTA-AA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAATTAGTTATGA
* * * * * ** * *
5526 CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATC
63 TTATTTGAACAATCATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
5591 -AGTTCATATAGGCTTATTCTAAATAAAGTAATACTAATTTATTAATATTCTA
128 TA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* ** * * *
5643 AAATTTAAGGAGTAAGAGATTTAAGAAAATGAATCTACTTACTGAATAAGTTCAATTAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAA-AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATGA
* *
5708 TTATTTGAACAATCATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC
63 TTATTTGAACAATCATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
** * * *
5773 TATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAAT--TAAAATTGTCAATATTCCA
128 TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
* ** * *
5824 AAAATTAATAAGTCAAAA-TAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACCCA-TTCAAATAATTATGAC
1 AAAATTAATAAGT-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTC----AATTA-G-T
* * * * *
5887 TATCTATCTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCA
58 TAT-GAT-TATTTGAACAATCATATATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
5951 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
120 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
6011 AAAATTAATAAGTTAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTAAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAG-TAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATGAT
** * * * *
6076 TATTTGAACAATTGTTTTTTTCAAAT-AGTTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT
64 TATTTGAACAATCATATATTTCAAATCA-TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * ***
6139 CTATTCAAACAAGTTTATACTGAATAAAATTATACTAATTTAGTAATATTTTG
127 CTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * * * *
6192 CAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTCA-C
1 AAAATTAATAAGTA-AA-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAATTAGTTATG
* * * * * ** * * *
6255 ATGCACTTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAGAAA-AAGTAT
62 AT-TATTTGAACAATCATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGT
6319 TTCTATTCATACA
125 TTCTATTCATACA
6332 TATTCTGCAA
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 132, Indels: 80
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 4 0.01
178 23 0.03
179 121 0.17
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181 138 0.20
182 207 0.30
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188 5 0.01
189 22 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAATTAGTTATGATTA
TTTGAACAATCATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
Found at i:6449 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 6184--6461 Score: 407
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
6174 TAATTTAGTA
* * *
6184 ATATTTTGCAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAAT
1 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCCAACAAGTTCAAAT
* * *
6249 AGTCACATGCACTTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAGAAAA
66 AGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATA-AAAA
6314 AGTATTTCTATTCATAC
130 AGTATTTCTATTCATAC
* * **
6331 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAGCAAGTTGACT
1 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCCAA-CAAGTTCAAA
** *
6394 TAGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA
65 TAGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAAA
6459 AGT
130 AGT
6462 TGTTTATGTT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 13, Indels: 4
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
145 10 0.09
146 79 0.68
147 28 0.24
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (146 bp):
ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCCAACAAGTTCAAAT
AGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTCGTTTTGTCATAAAAAA
GTATTTCTATTCATAC
Found at i:6575 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 6393--6602 Score: 411
Period size: 105 Copynumber: 2.0 Consensus size: 105
6383 GCAAGTTGAC
6393 TTAGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 TTAGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
*
6458 AAGTTGTTTATGTTCATATAGAATTATTGAAAATAAAATA
66 AAATTGTTTATGTTCATATAGAATTATTGAAAATAAAATA
6498 TTAGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 TTAGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
6563 AAATTGTTTATGTTCATATAGAATTATTGAAAATAAAATA
66 AAATTGTTTATGTTCATATAGAATTATTGAAAATAAAATA
6603 ATACTGATTT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
105 104 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (105 bp):
TTAGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
AAATTGTTTATGTTCATATAGAATTATTGAAAATAAAATA
Found at i:7417 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 6613--11324 Score: 1400
Period size: 360 Copynumber: 12.9 Consensus size: 358
6603 ATACTGATTT
** ** * * **
6613 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGC--ATTTCAAATTAAAATAATACTGATTTAATAA-TATTCCAA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTAAA
* * * **
6675 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAC-ATTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAGGAC
64 AAATT-ATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-CTATTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATAAC
* * ** * * * *
6739 TA-TTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTCTTA-ACTTT-TATTTAGTCATAAAATAATTATT
126 TATTTA-AACAATTATCTATCTTAAATTATTATGATA-TTTGT-TTT-GTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * * *
6801 TCAGTTTATATAAGTTTATTCGGAAT-AAAATAACACTAATTTATTAA-CTTTCGAAAAGTTAGT
187 TTTGTTCATATAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAAT
* * * * *
6864 AACCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTGAA
250 AAGCAA-AAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA
* * * * *
6929 CAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCCTTTTGTTTTGTAATAAAA
313 TAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CCTTTTATTTAGTAATAAAA
* * * * * * *
6976 CAATTGTTTCAGTTTATAAAAACTTACTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAA-TATTTCAAA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTAAAA
* * *
7040 AATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTAACCAGTTCAAATAGTTATAACTAT
65 AATTA-TAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * * ** *
7105 TTAAATAAATATCAATCTTAAATCATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTTTGATC
129 TTAAACAATTATCTATCTTAAATTATTATGATATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* *
7170 ATATAAGCTGATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG
194 ATATAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAA-
* * ** * *
7235 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAATTAGTTTGAATAGTTATGGCTATTAGAATAATTATCTA
258 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
* * *
7300 TTTCAACTTGTTCTAACCTTTTATTTAGTTATAAAA
323 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTAATAAAA
* * *
7336 TAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTAAAAA
* * * *
7401 ATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTATCGAA-CAGGTTCAAATAGTTACAACT
66 ATT-ATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTTTGAACCA-GTTCAAATAGTTATAACT
* * * *
7465 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-
127 ATTTAAACAATTATCTATCTTAAATTATTATGATATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTG
* * * * * * *
7529 TTCATACAAG-TATATTTGGATCAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
191 TTCATATAAGCT-TATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
* * ** *
7593 AAAATTT-AGAATTAAATATGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATAAGAATAATTA
255 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTA
** * * * * *
7656 TCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAA
319 TCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTAATAAAA
* * *
7696 CAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAATTATTAACTTTCAAAAA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTAAAAA
* * **
7761 ATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTGAAATAAATATAACTA
66 ATT-ATAAGTAAGAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTA
** * * **
7826 TTTAAACAATTATCTAT-TTAAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAG
128 TTTAAACAATTATCTATCTT-AAATTATTATGA-TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * *
7890 TTCATA-AATACTTATCCGAA-ATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGC
191 TTCATATAA-GCTTATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGC
* * * ** *
7953 AAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATTTA-AATA
254 AA-AAATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATA
* * * * * **
8015 AATATCAATCTCACAA--GATTATTATCTTTGT-TTT-GCCATAAAA
315 ATTATCTATTTCA-AATTG-TTATAACCTTT-TATTTAGTAATAAAA
* * * * * * *
8058 TAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATTT-GAATAAAAAAATACTAATTTAATATTA-TTTT-GA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT-AT-TAACTTTTAAA
* * * * * *** *
8120 AAATCAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGTCAGTTCAAATAGTTA-ACAC
64 AAAT-TATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATA-AC
* ** * * * * * *
8184 TA-TTAGAATAATTATCTAT-TTCAAATCGTTCTAACCT-TTTATTTAGTAATAAAATAATTGTT
126 TATTTA-AACAATTATCTATCTT-AAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
*** * * * * * * * *
8246 TCAATTCAAACAAACTTATTTGGAA-GAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAGAAATTAAT
187 TTTGTTCATATAAGCTTA-TTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAA-TATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * *
8309 ATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
250 AAGCAA-AAATTT-AAAAAATAAATATGTTTACT-GAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGA
* * ** *
8373 ACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAA-CTTTTATTTTA-TCATAAAA
312 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTA-TTTAGTAATAAAA
* ** * ** * * *
8420 CAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA-TATTTTAAA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTAAAA
* * * * * * *
8484 GATCAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAAAC-AGTTTATCGAATCACTTCAAATAATTATAAC
65 AAT-TATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
8547 TATTTGAATAATCATCTAT-TTCAAATCATTATTACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
126 TATTTAAACAATTATCTATCTT-AAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
*** * ** * * ** ** ** * * *
8610 TTCAACATACAAGCTTATTTTAA-ATAAAATCATTATTGCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG
188 TTGTTCATATAAGCTTATTCGAATA-AAAAT-AATACT-AATTTAATAATAT-TTCAAA-AA-T-
** * * *
8674 TTTTGAA-CATACAAGCTTATTTTATATAAAAT-AATACTAATTTA-TTAAT-ATTTCAAGAATT
246 TAAT-AAGCA-A-AA----A-TTTA-A-AAAATAAATA-T-GTTTACTGAATAAGTTC-A-AA-T
* * * * * ** * * *
8735 AGTATGAGA-T-TCA-AAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCA-AA--TATTTA-TGACTAT
296 AGT-TAAGACTATTAGAATAAT-TATCTATTT-C-AAA-TTGTT-ATAACCT-TTTATTTAGTAA
**
8793 TTGAA
354 TAAAA
* * * * * * * * **
8798 CAATTATAT-ATTTCAAATTATTG-TAATATTTTTGTCCTGTCATAAAACAATTA-TTTTCGTTC
1 CAATTGTTTCAGTTCATA-CA-AGCT--TA--TTTG----G-AATAAAATAA-TACTAAT--TT-
* * * * ***
8860 ATATAAGTTTATTCAAAATAAAGTAATACAAAATTAAAAATATTCTAAAAATCATAACTAAAAGA
51 AT-TAA-CTT-TT--AAA-AAA-TTAT----AAGTAAGAA-ATT-TAAAAA--AT-A--AATCTA
* * * ** * * *
8925 TTTAAAAAATAAATCAGTTTGCTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATCTAT
98 TTT-----TTGAACCAG-TT-C--AAATAGTTATAACTA-T-----T-TA--AACAATTATCTAT
* * * * * ** * ** *
8990 TTTAAATTGTTATTACCT-TTTGTTTTGTTATAAAGA-AATTATTTCAGCTCATCCAAGTTTATT
145 CTTAAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTTTGTTCATATAAGCTTATT
* ** * * * *
9053 CGTAAT-AAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAA-AAGTTAGAGATTTAAAAAA-
207 CG-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAA-ATTAATAAG-CAAAAATTTAAAAAAT
* * ** * * * * * *
9115 AAAAATTATTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATA-ACCATTTGAACAATTATATATTTCAAATC
269 AAATA-TGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATT
* * * * *
9179 ATTATACCCTTTTGTTTTGTCATAAAA
332 GTTATAACCTTTTATTTAGTAATAAAA
* * *** * * * * * *
9206 TAATTATTTTTTTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTCT-AAC
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTTAAAA
* * * * *
9270 AATTAATAACTACGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTGGTCAAACCACTTCAAATAGTTA-AA-
65 AATT-ATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTT--T-GAACCAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
9331 GATGTATGAACAATTATCTAT-TGCAAATTGTTATGGCCT-TTTAG-TTTGTCGTAAAACAATT-
126 TAT-T-TAAACAATTATCTATCT-TAAATTATTAT-G-ATATTT-GTTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * * * * *
9392 TTTCAGTGCTTACTAA-CCTATTTGGAATAAAACA-AA-ACAAATTTACTAATGTTTCAAAAATT
185 TTTTTGTTCATA-TAAGCTTA-TTCGAATAAAA-ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
* * * * * * ** * * * *
9454 ATTAGGTAAGAGATTTAAAATATAATTATGTTTGTTGAACT-AGTTCAAATAATTATGATTATTT
247 AATAAGCAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
* ** * * * *
9518 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
310 GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTAATAAAA
* ** * * * ** * *
9567 CAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATCGAATAATATTAATTTA-TAA-TATTTTAAA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTAAAA
* * * ** * * *
9630 AA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTCT
65 AATTATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTAT
* * * * *
9692 TTGAACAATTATTTAT-TTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT
129 TTAAACAATTATCTATCTT-AAATTATTATGA-TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * ** *
9756 TCATAT-AGTCTTATTCGGAAT-AAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTA
192 TCATATAAG-CTTATTC-GAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
* ** ** * * ** * * * * * *
9819 AAGGATTTAGGAAATGTAT-TCTTTGGCCTGACCAA-TGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAAT
255 AA-AATTTAAAAAATAAATATGTTT--ACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
** * * * * *
9882 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAA
317 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTAATAAAA
* ** * * **
9924 CAATTGTTTCTA-TTCGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTAA-TATTCCAA
1 CAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTAAA
* * * * *
9987 AAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
64 AAATT-ATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
* ** * * **
10052 ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTCC
127 ATTTAAACAATTATCTATCTT-AAATTATTATGA--TATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
10115 TATTCATACAAGCTTATTCTGAAT-AAAATAATA-TAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAA
189 TGTTCATATAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * ** *
10178 GTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTGAAATAGTTCTGACTATT-GAACAAT
252 GCAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
** * * * *
10242 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTAGTT-GTCATAAAC
317 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTAATAAAA
** * * ** * ** **
10283 CAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTAAAAA
** *** * *
10348 ATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTA
66 ATT-ATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * * * *
10412 TTTAAATAATTATTTAT-TTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA
128 TTTAAACAATTATCTATCTT-AAATTATTATGAT-ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * ** * *
10476 TTCATACAAGTTTATTTGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAAGATTAAAAAAATTAGT-TG--
191 TTCATATAAGCTTATTCGAATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
* * * ** * * * * * * *
10537 GAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACT-ATTA
255 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-TAATTA
* * ** * ** * **
10601 CCAAATTT-AAATCATTATGATATTTTGTTTTA-TCGTAAAA
319 TC-TATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-ATTTAGTAATAAAA
* ** * *
10641 CAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAA
1 CAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTAAA
* * * * * *
10704 AAA-T-TAA-TAAG---CTTAAAAATTAAATATATTTATTGGACCGGTTCAAATAGTTATAATTA
64 AAATTATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * ** ** * * * *
10763 TTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGCTTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATT
128 TTTAAACAATTATCTATCTTAAATTATTATGATATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* ** * * * * ** *
10828 CATACAAAATTATTTGGAGT--AAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA
193 CATATAAGCTTA-TTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAA
* * *
10890 GAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGA-TGAACT-AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
256 -AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACTGAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
* * * * *
10952 ATCTATTTCAAATTATTCTGA-CTTTTGGTTTAGTTATAAAA
318 ATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-ATTTAGTAATAAAA
* * * * * * **
10993 TAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATTTTTTAAACATCCAAAA
1 CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATT-AACTTTTAAAA
* * * ** **** ** * *
11057 AATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAAAAAAATCTGCTGCCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACGA
65 AATT-ATAAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTATTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTA
* * * * **
11122 TTTGAACAATTATCTAT-TTAAAATTGTTATGGCCT-TTTG-TTTATCATAAAACAATTG-TTCA
128 TTTAAACAATTATCTATCTT-AAATTATTAT-G-ATATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * * * *
11183 GTTCATAAAAGCTTA-TCCAA-AATTAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAATTTTAGAAG
190 GTTCATATAAGCTTATTCGAATAA--AAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
*** * * * * * *
11246 TTGGAAATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCGAATCAACTT-AAATAGTTATGGCTGTTTGAAC
253 -CAAAAATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACT-GAAT-AAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAT
*
11308 AATTATCTAATTCAAAT
314 AATTATCTATTTCAAAT
11325 CATTATGAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
CAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTAAAAA
ATTATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTT
AAACAATTATCTATCTTAAATTATTATGATATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT
ATAAGCTTATTCGAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAATT
TAAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT
CAAATTGTTATAACCTTTTATTTAGTAATAAAA
Found at i:8153 original size:542 final size:536
Alignment explanation
Indices: 7184--8609 Score: 1501
Period size: 542 Copynumber: 2.6 Consensus size: 536
7174 AAGCTGATTC
* *
7184 GAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATA
1 GAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTTAAAAAATA
* * * ** * * * *
7247 AATGTGTTTACTGAATTAGTTTG-AATAGTTATGGCTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAACTTG
63 AATCTATTTATTGAACAAG-TTGAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTAAAATTG
* * * * * * * * *
7310 TTCTAACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAAT
126 TTATGA-CTTTTTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA-AAACTTATCTGAAATAAAAT
* * * *
7375 AATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTA
188 AATACTACTTTATTAA-TATTTCAAAAATT-ATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAGCTACTTA
* * * *
7439 TCGAACAGGTTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTTA
250 TCGAACAGGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATGATTATGATCTTTA
* ** * * * *
7504 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGTATATTTGGATCAAAATAATATTAATTTAA
315 TTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGTAGATTTGAATCAAAAAAATACTAATTTAA
* * * *
7569 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAGAATTAAATATGTTTATCGAA-CCAGTTCAAAT
380 TAATATTCCAAAAATCAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTA-CCAAGCCAGTTCAAAT
* * * * *
7633 AGTTAAGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAACA
444 AGTTAACACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTCATTTAGTAATAAAACA
* * *
7698 ATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
509 ATTATTTCAATTCAAACAAACTTATTTG
*
7726 GAATAAAATAATACTAAATTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAA
** * *
7791 TCTATTTATTGAACAAGTTGAAATAAATATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTAT
65 TCTATTTATTGAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
*
7856 GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAATACTTATCCGAAATAAAATAATA
130 GAC-TTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA-ACTTATCTGAAATAAAATAATA
* * * * *
7921 GTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAAC
192 CTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA-TAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTACTTATCGAA-
* * * *
7986 CA-GTTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAAATATCAATCTCACAA-GATTATTATCTTTGTTTT
255 CAGGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAAATATCAATCTCA-AATGATTATGATCTTTATTTT
* *
8049 GCCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCT-GATTTGAAT-AAAAAAATACTAATTTAATAT
319 GCCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAG-TAGATTTGAATCAAAAAAATACTAATTTAATAA
*** * * *
8112 TATTTTGAAAATCAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAGTCAGTTCAAATAG
383 TATTCCAAAAATCAATAAGTAA-AAATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAG
* * * *
8177 TTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTATTTAGTAATAAAATAAT
446 TTAACACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTCATTTAGTAATAAAACAAT
*
8242 TGTTTCAATTCAAACAAACTTATTTG
511 TATTTCAATTCAAACAAACTTATTTG
* * * * * * *
8268 GAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAGAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAAC-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAA
* * * * **
8333 TCTATTTATCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
65 TCTATTTATTGAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
* *
8398 GAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCTAAAATAAAATAATA
130 G-ACTTTT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT-AAAACTTATCTGAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
8463 TTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAC-AGTTTATCGAA
192 CTACTTTATTAATATTTCAAAAAT-TATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTA-CTTATCGAA
* * * * * * * * * *
8527 TCA-CTTCAAATAATTATAACTATTTGAA-TAATCATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTATT
255 -CAGGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAACAAAT-ATCAATCTCAAATGATTATGATC-TTTATT
*
8590 TTGTCATAAAACAATTGTTT
317 TTGCCATAAAACAATTGTTT
8610 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 121, Indels: 47
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
540 39 0.05
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543 39 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (536 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAAT
CTATTTATTGAACAAGTTGAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
ACTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTAC
TTTATTAATATTTCAAAAATTATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTACTTATCGAACAGGTT
CAAATAGTTACAACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATGATTATGATCTTTATTTTGCCATAA
AACAATTGTTTCTGATCATACAAGTAGATTTGAATCAAAAAAATACTAATTTAATAATATTCCAA
AAATCAATAAGTAAAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAGTTAACACTAT
AAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTCATTTAGTAATAAAACAATTATTTCAATT
CAAACAAACTTATTTG
Found at i:8328 original size:902 final size:904
Alignment explanation
Indices: 6613--8639 Score: 2736
Period size: 903 Copynumber: 2.2 Consensus size: 904
6603 ATACTGATTT
* * * *
6613 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGCAT-TTCAAATTAAAATAATACTGATTTAATAATATTCCAAAA
1 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGTATATT-AAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAA
* * *
6677 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATACA-TTT-GCTGAACCAATTCAAATAGTTAGGACT
65 ATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATA-AGTTTATC-GAACCAATTCAAATAGTTAAGACT
* * * *
6740 ATTAGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTCTTAACTTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAG
127 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAG
* * * * * * * *
6805 TTTATATAAGTTTATTCGGAATAAAATAACACTAATTTATTAACTTTCGAAAAGTTAGTAACCAA
192 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACTAAATTATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCAA
* * *
6870 GAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTGAACAATTA
257 GAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAAATAAGACTATTTAAACAATTA
* * *
6935 TCTATTTAAAATTGTTAAAACCCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAACT
322 TCTATTTAAAATTGCTAAAACCCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACT
* * *
7000 TACTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAA
387 TACTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAA
* *
7065 CTAAAGCTATTTTTTAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAAATATCAATCTTAAATCA
452 CTAAAGCTATTTTTTAACCAGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAATAAATATCAATCTCAAATCA
* * * *
7130 TTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTTTGATCATATAAGCTGATTCGAATAAAAATA
517 TTATGATAATTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATTCGAATAAAAATA
* * *
7195 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTG
582 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTC
* ** *** * *
7260 AATTAGTTTGAATAGTTATGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAACTTGTTCTAACCTTTTATT
647 AATCAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTATT
* * * *
7325 TAGTTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTA
712 TAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAACTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTA
*
7390 ACTTTTGAAAAATTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTATCGAACAGGTTCAAAT
777 ACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTATCGAACAGGTTCAAAT
* * * *
7455 AGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAA
842 AGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAA
***
7517 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGTATATTTGGATCAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAA
1 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGTATATTAAAAT-AAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAA
* * * * *
7582 ATTAATAAGTAAAAATTT-AGAATTAAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATA
65 ATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATT
* *
7646 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGATCTTTCATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTT
130 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATT-AACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTT
* **
7710 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAATTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGA
194 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACTAAATTATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCAAGA
* * *
7775 AATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTGAAATAAATATA-ACTATTTAAACAATTAT
259 AATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAAATA-AGACTATTTAAACAATTAT
** * * *
7839 CTATTTAAAATTGCTATGA-CTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAATACTT
323 CTATTTAAAATTGCTAAAACCCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTT
* *
7903 A-TCCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAA
388 ACT-CGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAA
*
7967 CTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAAATATCAATCTCACAA-
452 CTAAAGCTATTTTTT-AACCAGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAATAAATATCAATCTCA-AAT
* * ** *
8031 GATTATTATCTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATTTGAATAAAAA
515 CATTATGATAATTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATTCGAATAAAAA
* ** * *
8096 -AATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATCAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
580 TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
8160 -CAAGTCAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT
645 TCAA-TCAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTT
8224 ATTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAACTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTA
709 ATTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAACTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTA
* * * *
8289 TTAACTTTTGAGAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAGGTTCA
774 TTAACTTTTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTATCGAACAGGTTCA
** *
8354 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAA
839 AATAGTTACAACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAA
8419 A
904 A
** * * * * * ** *
8420 CAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAG
1 CAATTGTTTCTTTTCATACAAGTATAT-TAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAA
* * * *
8485 ATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ACAGTTTATCGAATCACTTCAAATAATTATA-ACT
65 ATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATA-AGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACT
* * * * *
8548 ATTTGAATAATCATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
127 ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTATTTAGTCATAAAACAA-T-TATTTC
* **
8613 A--ACATACAAGCTTATTTTAAATAAAAT
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8640 CATTATTGCC
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TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAAGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTA
GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTAACTTTTATTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCA
TACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACTAAATTATTAACTTTCAAAAAATTAATAACCAAGAAA
TTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAAATAAGACTATTTAAACAATTATCTA
TTTAAAATTGCTAAAACCCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTACT
CGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAAATTTAAAAACTAA
AGCTATTTTTTAACCAGTTCAAATAGTTACAACTATTTAAATAAATATCAATCTCAAATCATTAT
GATAATTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATTCGAATAAAAATAATAC
TAATTTAATAATATTTCAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTCAATC
AGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTATTTAGT
AATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAACTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTT
TTGAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTACTTATCGAACAGGTTCAAATAGTT
ACAACTATTTGAACAATTATCTATCTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTATCATAAAA
Found at i:8575 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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6635 CATTTCAAAT
* * * *
6645 TAAAATAATACTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAC-
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * **
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAAT
** * * * **
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* * * * * * *
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* * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * *
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* * * ** ** * * * *
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* *
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1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** ** ** * * ** *
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* * *
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* * * *
7369 GAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTCATAAGCAAGAA-ATTTGAAAAAATAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * *
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63 CTATTTATCGAACCA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * ** *
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127 GAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCT-TA-TTGGAA
* * * * * *
7549 TCAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT-AGAATTAAATAT
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** *
7612 GTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGA
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* * * *
7676 TCTTTCA-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAA
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* *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * ***
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* * *
7857 -ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAATA-CTTATCCGAAA
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* * * * * * *
7911 TAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * * * * *
7976 TTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTACGACTATTTAAATAAATATCAATCTCACAA-GATTATTAT
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* ** * * * * * *
8040 C-TTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATTTGAA
130 CTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTGGAA
* * * ** * * * * *
8090 TAAAAAAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATCAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * *
8155 TTTA-CCAAGTCAGTTCAAATAGTTA-ACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCT-A
66 TTTATCGAA-CCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * *
8217 ACCTTTTA-TTTAGTAATAAAATAATTGTTTCAATTCA-AACAAACTTATTTGGAA
129 A-CTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA-AAGCTTA-TTGGAA
* * * * * *
8271 GAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAGAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATC
* * *
8335 TATTTATCGAA-CAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
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** **
8399 AACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCTAAAA
128 AACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTAT-TGGAA
* * * * * *
8453 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAGATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAAC-A
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
8517 GTTTATCGAATCACTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAATCATCTATTTCAAATCATTATTAC
66 -TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA
* * * **
8582 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--ACATACAAGCTTATTTTAAA
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* * ** * * * * * ** * *
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1 TAAAAT-AATACT-AATTT-ATTAATAT-TTCAAA-AA-T-TAAT-AA-GTAAAAG---A-TTTA
* * * * * ** * *
8698 TATAAAAT-AATACTAATTTAT-TAA-TATTTCAAGAATTAG-TATGA-GATTCAAAAAATAAAT
53 -A-AAAATAAAT-CT-ATTTATCGAACCAGTTC-A-AA-TAGTTATAACTATTTGAATAAT-TAT
* * * * * ** * ** * *
8758 CTGTTTACTAAACCAGT-TCAAATATTTATGACTAT-TTGAACAATTATATATTTCAAATT-ATT
110 CTATTT-C-AAATCATTATGAACT-TTTAT-TTTATCAT-AA-AACAAT-TGTTTC-AGTTCA--
*** * **
8820 GTAATATTTTTGTCCTGTCA
165 -TAA-AAGCTTAT--TGGAA
* * * * * *** * * *
8840 TAAAACAAT--TATTTTCGTTCATATAAGTTTATTCA-AAATAAAGTAATACAAAATT-AAAAAT
1 TAAAATAATACTAATTT-ATT-A-AT-ATTTCAAAAATTAAT-AAGTAA-A-AGATTTAAAAAAT
* *** * * * * * * * * * * *
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* * * ** * * ** *
8963 ATT-AAAAC-TATATGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTTGTTT-TGTT-ATAAA
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** **
9024 GAAATTATTTCAGCTCA
169 -AGCTTA-TT--G-GAA
** * * * * * * * * *
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* * * * *
9105 ATTTAAAAAAAAAAAT-TATTTA-CTGAACCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTATA
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* * * * * *** *
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*
9232 TTTGAAA
175 -TTGGAA
* * * * * **
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * **
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** * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * *
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* * * ** * * *
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** * * * *
9600 TCGAATAATATTAATTTA-TAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
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* * ** * ** * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCT
*** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
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66 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
10201 ATTT-TCTGAA-CACGTTGAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
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* * * * ** **
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* * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* *** * * * * ** *
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* * * * * *
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* * ** *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * ** * * *
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* * * * *
10620 ATA-TTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAA-ATTATTTAGAA
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* * *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *** *
10732 TTTATTGGACCGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGC
66 TTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC
* * * *
10797 -TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-ATTATTTGGAG
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* * ** * * *
10847 T-AAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
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65 ATTT-ATCGAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * * * *
10972 -ACTTTTGGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAA
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* * * * * *
11026 TAAAATAATACT-ATTTTTTAA-ACATCCAAAAAATTAATAAG-CAAGGAATTTAAAAAAAAAAA
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** ** * ** * * * * **
11088 TCT-GCTGCCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACGATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
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** * ***
11152 GGCCTTTT-GTTTATCATAAAACAATTG-TTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAA
127 GAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTAT-TGGAA
* * * * * * **
11205 TTAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAATTTTAGAAGTTGGAA-ATTTAAAAAATAAAT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
* * ** * * *
11268 AGTTTATCGAATCAACTT-AAATAGTTATGGCTGTTTGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATG
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*
11332 AACTTTTCTTTT
128 AACTTTTATTTT
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TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATTGGAA
Found at i:8652 original size:67 final size:66
Alignment explanation
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8559 CATCTATTTC
*
8569 AAATCATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
1 AAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
8634 TA
65 TA
* * * *
8636 AAATCATTATTGCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATACAAGCTTATTTTATAT
1 AAATCATTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAT
8701 A
66 A
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1 AAAT
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Statistics
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A
Found at i:10466 original size:540 final size:535
Alignment explanation
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8626 ATTTTAAATA
* ** * *
8636 AAATCATTATTG-CC-TTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGAACATACAAG-CTTATTTT
1 AAATCATTA-TGACCATTT-GTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAGTCTTA-CTC
* * * * ** *
8697 A-TATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTATGAGATTCAAAAAAT-AA
62 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAA
* * * * * * * *
8756 ATCTGTTTA-CTAAACCAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATT
127 ATCT-TTGACCT-GACCAATCCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * ** ** * * * * *
8820 GTAATATTTTTGTCCTGTCATAAAACAATTATTT-TCGTTCATATAAGTTTATTCA-AAATAAAG
190 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAA
* * ** * * * * * *
8883 TAATACAAAATTAAAAATATTCTAAAAA-TCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-G
252 TAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTA-TTTAT
* * * ** * * * ** *
8946 CTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATTACCTTTT
314 C-GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * *
9011 GTTTTGTTATAAAGA-AATTATTTC-AGCTCATCCAAGTTTA-TTCGTAATAAAATAAAACTAAT
378 GTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGATTATTTAG-AATAAAATAATA-TAAA
* ** * * * * * *
9073 TTTTTAATATTTCAAAATTTTAA-AAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAAAT-TATTTA-CTGAACCA
439 CTGATAATAATCCAAAA-ATTAATAAG--A-A-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTA
* *
9135 GTTCAAATAATTATAAC-CATTTGAACAATTATATATTTC
497 GTTCAAATAGTTATAACTCA-TTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * **
9174 AAATCATTAT-ACCCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTTTTCATACAAG-CTTA-TTTG
1 AAATCATTATGA-CCATTTGTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAGTCTTACTCAG
* * * * * * **
9236 AAATAAAATAATACTAATCTAATAAGATTCTAACAATTAATAACTACGAGATTTAAAAAAT-AAA
64 -AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAA
* ** ** * * * * * * * * **
9300 TTTTTTGGTCAAACCACTTCAAATAGTTAAAGA-TGTATGAACAATTATCTATTGCAAATTGTTA
128 -TCTTTGACCTGACCAATCCAAATAATT-ATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** * * * * * *
9364 TGGCCTTTTAG-TTTGTCGTAAAACAATT-TTTC-AGTGCTTACTAA-CCTATTTGGAATAAAAC
191 TGACCTTTT-GTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTAGAAATAAAAT
* * * * * *
9425 AAAACAAATTTACTAATGTTTCAAAAATT-ATTAGGTAAGAGATTTAAAATATAATTATGTTTGT
253 AATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATTA-GTAAGAGATTTAAAAAATAATTA--TTTAT
* * * *
9489 TGAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG
314 CGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * ** * * *
9554 TTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATCGAATAATATTAATTTAT
379 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATAAACTGAT
* ** * * * *
9619 AATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACTAGTTCAATTAGTT
444 AATAATCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTT
* *
9684 ATAACTCTTTGAACAATTATTTATTTC
509 ATAACTCATTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
9711 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAGTCTTATTCGGAA
1 AAATCATTATGACCATTTGTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAGTCTTACTCAGAA
* * * *** * ** * *
9776 TAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGTATTCT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAATCT
* * * *
9841 TTGGCCTGACCAATGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
131 TTGACCTGACCAATCCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
9906 TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAG-AATAATATAATTCTA
196 TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATAATACTA
*
9970 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAG
260 ATTTATTAATATT-CAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT-TATTTATCGAACAAG
* * * *
10035 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTA
322 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
10100 TAAAATAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATATAAACTGACTAATAAT
387 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATT-TAGAATAAAATAATATAAACTGA-TAATAAT
* * * *
10164 CCAACAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTGAAC-ACGTTGAAATAGTTC
450 CCAAAAATTAATAAG---AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACTA-GTTCAAATAGTTA
*
10227 TGACT-ATTGAACAATTATCTATTTC
510 TAACTCATTGAACAATTATCTATTTC
* *
10252 AAATCATTATGACC-TTT-TAGTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAG-CTTACTCAG
1 AAATCATTATGACCATTTGT-GTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT-AAAGTCTTACTCAG
*
10314 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAAT
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAAT
* ** * * * * **
10378 CTATTTACC-GAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
129 CT-TTGACCTGA-CCAATCCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
10442 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
192 GACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATA
* ** * * *
10507 CTAATTTATTAAGATT-AAAAA--AATTAGTTGGA-AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAC
257 CTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATTAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AA-TTATTTATCGAAC
* * * * * * **
10568 AAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAAATTT-AAATCATTATGATATTTTGTTTT
319 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
10632 ATCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
383 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATA-TAAACTGA-TAA
* * * * * *** **
10696 TATTTCAAAAATTAATAAG---CTTAAAAATTAAATATATTTATTGGACCGGTTCAAATAGTTAT
446 TAATCCAAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTAT
* *
10758 AA-TTATTTGAACAATTATCTATCTC
511 AACTCA-TTGAACAATTATCTATTTC
*** * * * * * ** * **
10783 AAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-AATTATTTGGA
1 AAATCATTATGACCATTTGTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAGTCTTACTCAGA
* * * ** * * * *
10846 GT-AAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAT-AAATG
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAA--
* * * ** * * * * *
10908 TGTTTGA--TGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTC
128 TCTTTGACCTG-ACCAATCCAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
10970 TGA-CTTTTGGTTTAGTTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATA
191 TGACCTTTT-GTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATA
* * * * * ** *
11033 ATACT-ATTTTTTAAACATCCAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAAAA-AAAAATCTGCTG
254 ATACTAATTTATT-AATATTC-AAAAATTAATTAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAATTAT-T--TA
* * * * * * ** *
11095 CCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACGATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTT
313 TCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
*
11160 G-TTTATCATAAAACAATTGTT
378 GTTTTGTCATAAAACAATTGTT
11181 CAGTTCATAA
Statistics
Matches: 1590, Mismatches: 331, Indels: 178
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
528 15 0.01
529 109 0.07
530 80 0.05
531 74 0.05
532 23 0.01
533 64 0.04
534 1 0.00
535 2 0.00
536 158 0.10
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538 211 0.13
539 80 0.05
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541 101 0.06
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543 66 0.04
544 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
AAATCATTATGACCATTTGTGTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAGTCTTACTCAGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAAATCT
TTGACCTGACCAATCCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATTTATCGAACAAGTTCA
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATAAACTGATAATAATCCAAAA
ATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTCATTGA
ACAATTATCTATTTC
Found at i:10902 original size:717 final size:715
Alignment explanation
Indices: 8747--11226 Score: 1648
Period size: 718 Copynumber: 3.5 Consensus size: 715
8737 TATGAGATTC
* * * * * * *
8747 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAAC-CAGTTCAAATATTTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
1 AAAAAATAAATCTATTTTCTGAACAC-GTTGAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTT
* * * ** * * * * * * * *
8811 CAAATTATTGTAATATTTTTGTCCTGTCATAAAACAATTATTTTCGTTCATATAAGTTTATTCAA
64 CAAATCATTATGA-CCTTTTGT-TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAG
* ** * * * *
8876 AATAAAGTAATACAAAATTAAAAATATTCTAAAAATCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-
127 AATAAAATAATATTAATTTATAAA-ATTCCAAAAAT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** * * * * * * * * ** *
8940 AGTTT-GCTGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATCTATTTTAAATTGTTATT
188 A-TTTATC-AAACTAGTCCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
9004 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAGA-AATTATTTC-AGCTCATCCAAGT-TTATTCGTAATAAAATAA
251 ACCATTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTATTTCTA-TTCAT-AAAGTCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * ** * * *
9066 AACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAA-AAGT-TAGAGATTTAAAAAAAAAAATTATTT-A-
313 TACTAATTTATTAAGA-TTAAAAAAATTAATAAGTAAAG-GATTT-AAAAAATAAATTCTTTGAC
* * * * * * *
9127 CTGAACCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAACAATTA-TATATTTCAAATCATTAT-ACCCTT
375 CT-AAACAATGCAAATAATCATGACCATTTGAACAATTACCA-ATTTCAAATCATTATGA-CATT
* * * * * ** *
9190 TTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTTTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAAT
437 TTGTTTTATCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAG-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * * * * * * *
9254 CTAATAAGATTCTAACAATTAATAACTACGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTGGTCAAACCACT
501 TTATTAATATTCCAAAAATTAA-GAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTT-ATCGAACAAGT
* * * * *
9318 TCAAATAGTTA-AA-GATGTATGAACAATTATCTAT-TGCAAATTGTTATGGCCTTTTAG-TTTG
564 TCAAATAGTTATAACTAT-T-TGAACAATTATCTATCT-CAAATCGGTATGACCTTTT-GTTTTA
* * * * * ** * * * * * *
9379 TCGTAAAACAATT-TTTC-AGTGCTTACTAACCTATT-TGGAATAAAACAAAACAAATTTACTAA
625 TCATAAAACAATTGTTCCTA-TTCATACAAAATTATTCT-GAATAAAATAATATAAACTGAATAA
** * * * *
9441 TGTTTCAAAAATTATTAGGTAAGAGATTT
688 TAATCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTT
* * * * * *
9470 AAAATAT-AAT-TATGTTTGTTGAACTA-GTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTAT
1 AAAAAATAAATCTAT-TTT-CTGAAC-ACGTTGAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTAT
* * * ** **
9532 TTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
62 TTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCA
** * ** * *
9597 GAATCGAATAATATTAATTTATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
126 GAATAAAATAATATTAATTTATAAAATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * *
9662 TATCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTCTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCAT
191 TATCAAACTAGTCCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCAT
* * * * * *
9727 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATT
256 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATT
* *** ** ** * * *
9792 TATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGTATTCTTTGGCCTGACCAATGC
321 TATTAAGATTAAAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATTCTTTGACCTAAACAATGC
* ** * * * *
9857 AAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
386 AAATAATCATGACCATTTGAACAATTACCAATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCACAA
* * ** * *
9922 AACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTCCAA
451 AACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
* * *
9987 AAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
516 AAATTAA-GAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * *
10052 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTCCTA
580 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCTA
** * *
10117 TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGTAA
645 TTCATACAAAATTATTCTGAATAAAATAATATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAATAAGTAA
10182 AAATTT
710 AAATTT
10188 AAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTGAAATAGTTCTGACTATTGAACAATTATCTATTTCA
1 AAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTGAAATAGTTCTGACTATTGAACAATTATCTATTTCA
* *
10253 AATCATTATGACCTTTTAG-TTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAAT
66 AATCATTATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAAT
10317 AAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
130 AAAATAATATTAATTTA-TAAAATTCCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTAT
** * * * ** *
10382 TTA-CCGAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATC
190 TTATCAAACT-AGTCCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* *
10446 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGT-TTATTTGAAATAAAATAATACTA
254 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-AAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * *
10510 ATTTATTAAGATTAAAAAAATTAGT-TG-GAA-G-TTTAAAAAATAAATT-TGTTTACC-AAACA
318 ATTTATTAAGATTAAAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATTCT-TTGACCTAAACA
* * * *
10569 AGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAAATTT-AAATCATTATGATATTTTGTTTTA
382 A-TGCAAATAATCATGACCATTTGAACAATTACC-AATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTA
** *
10633 TCGTAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
445 TCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * **
10698 TTTCAAAAATT-A-A-T-A-AG-CTTAAAAATTAAATATATTTATTGGACCGGTTCAAATAGTTA
510 TTCCAAAAATTAAGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * *
10757 TAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGT
575 TAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * * * *
10821 TTCTATTCATACAAAATTATT-TGGAGT-AAATATTGCTAAACT-AATAATATTCTAAAAATTAA
640 TCCTATTCATACAAAATTATTCT-GAATAAAATAAT-ATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAA
*
10883 TAAGTAAGAGATTT
703 TAAGTAA-AAATTT
* * ** * ** *
10897 -AAAAATAAATGTGTTTGATGAACTA-GTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATCTATTTTCTGAAC-ACGTTGAAATAGTTCTGACTATT-GAACAATTATCTATTT
* * * * * * ** * * **
10960 CAAATTATTCTGA-CTTTTGGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTA-TTTG
64 CAAATCATTATGACCTTTT-GTTT-GTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAG
* * * *
11023 AAATAAAATAATACTATTTTTTAAACA-TCCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTTAAAAAAAAAA
127 -AATAAAATAATATTAATTTATAAA-ATTCC-AAAAATTAATAAG--A-G-ATTT-AAAAAATAA
** ** ** * * * * * * **
11087 ATCT-GCTGCCAAAAAAGTTCAAATAGTTATGACGATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
184 ATCTATTTATCAAACTAGTCCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
11151 TGGCCTTTTG-TTTATCATAAAACAATT-GTTC-AGTTCATAAAAG-CTTATCCAAAATTAAATA
249 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCAT-AAAGTCTTATTCGAAATAAAATA
* *
11212 ATAATACTTTATTAA
312 ATACTAATTTATTAA
11227 TATTTCAAAA
Statistics
Matches: 1417, Mismatches: 284, Indels: 127
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
707 1 0.00
708 112 0.08
709 108 0.08
710 183 0.13
711 16 0.01
712 1 0.00
713 1 0.00
714 1 0.00
716 58 0.04
717 206 0.15
718 373 0.26
719 76 0.05
720 11 0.01
721 151 0.11
722 63 0.04
723 56 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
AAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTGAAATAGTTCTGACTATTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAGAATA
AAATAATATTAATTTATAAAATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA
AACTAGTCCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTT
TTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAGTCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
AGATTAAAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATTCTTTGACCTAAACAATGCAAATA
ATCATGACCATTTGAACAATTACCAATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCACAAAACAA
TTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
AAGAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
ACAATTATCTATCTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCTATTCATA
CAAAATTATTCTGAATAAAATAATATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
Found at i:12176 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 11871--12646 Score: 792
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 181
11861 TAATTTTTCT
* * * * * *
11871 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGAGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAACAA
1 AATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
** * * ** * * *
11936 GTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTC
66 GTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
* ** * * * *
12001 ATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTC-AATTAAAATATTACA
131 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACA
** * * *
12052 AATTTATTAATATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAA
1 AATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * *
12117 GTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTC-TTATGACTTTTTGTTTTGT
66 GTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * * **
12181 CATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATT
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
** ** * * * *
12233 AATTTATTAATATTTTGACTATTAATAAGCAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATCAAACAA
1 AATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * * * *
12298 GTTCAAATAGGC-ATAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCGTTGTGACCTTTTGTTTCAT
66 GTTCAAATA-GCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTAT
* * * * *
12362 AATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
130 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
* * * * * * * * *
12414 AATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATTGATTCTATTTTTCGATCAA
1 AATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
* * *
12479 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTTAT
66 GTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTAT
* * * *
12544 CATAAAATAATTGTTTCTATTCAT-CAAAGCTTAGTCTAAATAAAATAATATA
130 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
*
12596 AATTTATTAATATTCTAG-AAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATCT
1 AATTTATTAATATTC-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
12647 ATTAATATTC
Statistics
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0.80 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 6 0.01
181 401 0.82
182 78 0.16
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAA
GTTCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
Found at i:12650 original size:46 final size:46
Alignment explanation
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12574 TTAGTCTAAA
*
12584 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAAT
1 TAAAA-AA-ATAAATCTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAAT
12632 TAAAAAAATAAATCTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAAT
1 TAAAAAAATAAATCTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAAT
12678 TAAAAAAAATAAATCTATT
1 T-AAAAAAATAAATCTATT
12697 TTTTTGAACA
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 1, Indels: 3
0.94 0.01 0.04
Matches are distributed among these distances:
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47 19 0.30
48 5 0.08
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Consensus pattern (46 bp):
TAAAAAAATAAATCTATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAAAT
Found at i:12756 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12709--12758 Score: 52
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12699 TTTGAACACA
12709 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
12728 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
12744 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
12759 CCTTTTGTTT
Statistics
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0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
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ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:12951 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 12646--13197 Score: 576
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 180
12636 AAAATAAATC
* * **
12646 TATTAATATTCTAGAAATTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAAATAAATCTATTTTTTTGAACACA-
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAACA-AG
*
12709 TTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
63 TTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * *
12773 ATAATCCAATTATTTTTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATT
127 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGAATATTT-AAATAAAATAATACTAATT
* * *
12828 TATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTC
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
* * * * *
12893 AAATAGTTATCACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGTTTTGTCATAA
66 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * ** * *
12958 AATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTGATT
131 AACAATTATTTCTATTCATACAAGAATATT-TAAATAAAATAATACTAATT
* * * * ** * * * *
13009 TATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAA-CATGTTTGCCGAACAAGTT
1 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACTGAACAAGTT
* * * * * ** *
13073 CAAATAGTCATGTCCATTTAAACAATTATCTAGTTCAAATCA-TTATGACCTCCTATTTTGTCAT
65 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
13137 AAAACAATTATTTCTATTCATGCAA-AATTATTTAGAATAAAATAATACTAATA
129 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGAA-TATTTA-AATAAAATAATACTAATT
13190 TATTAATA
1 TATTAATA
13198 CTTTGAAGAT
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 59, Indels: 17
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 3 0.01
181 254 0.84
182 43 0.14
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTATTTCTATTCATACAAGAATATTTAAATAAAATAATACTAATT
Found at i:14167 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 13793--14645 Score: 684
Period size: 181 Copynumber: 4.8 Consensus size: 176
13783 TATAATTATT
* * * * * *
13793 TTATCTATTTCAAATTGTTGTTACTTTTTGTTTGATCATAAACTAATCGTTTCTATTCATAAAAG
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TATTGTTTG-TCATAAAAT-AT-GTTTCTATTCATACAAG
* * * *
13858 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAAA
62 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AAGAAATTTAAA
* * * *
13923 AAATAAATCTATTTGCCT--AGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAATAA
125 AAATAAATCTATTT-ACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
*
13974 TTTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTATTGTTTGTCATAAAGCATATGTTTCTATTCATACAAG
1 -TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTGTTTGTCATAAA--ATATGTTTCTATTCATACAAG
* **
14039 TTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAAATTTTAA
62 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAGAAA-TTTAA
* * * * * *
14104 AAAATAAATCTATTTAATGAA-TAAGTTCAAATAGTCATGTCCA-TTAGAACTA
124 AAAATAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAA
* * * * **
14156 TTATCTATTTCAAATCATTATGA--AAT-TTTGT-TTACAAAT-TGTTTTTATTCATACAAAATT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTGTTTGTCATA-AAATATGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * *
14216 A-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTTCAAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAC
65 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAAGAAATTTAAAAAA
** *
14277 TAAATCTGCTTATTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
128 TAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* * * * * * * * * *
14325 TTATTTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTTTTTTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTTATGCAAGCT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTGTTTGTCAT-AAAATA-TGTTTCTATTCATACAAGCT
* * * * ** * * *
14389 TATTTGGAGTAAAATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAA
64 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAA-GAAGAAATTTAAAAA
* * * * * * * *
14454 ATAAATATGTTTGCT-AAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
127 ATAAATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
* *
14503 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATAT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTATTGTTT-GTCATAAAAT-A-TGTTTCTA-TTCATACA-
* * *
14567 A-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-
60 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG-AAGAAATTTA
14630 AAAAA-AAATCTATTTA
123 AAAAATAAATCTATTTA
14646 TTGGACATTG
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 100, Indels: 71
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 62 0.12
170 7 0.01
171 4 0.01
172 5 0.01
173 5 0.01
174 106 0.20
175 7 0.01
176 4 0.01
177 11 0.02
178 65 0.12
179 8 0.01
180 19 0.04
181 161 0.30
182 70 0.13
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGACTATTGTTTGTCATAAAATATGTTTCTATTCATACAAGCTTA
TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAAGAAATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACTGAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
Found at i:14553 original size:355 final size:357
Alignment explanation
Indices: 13793--14644 Score: 803
Period size: 355 Copynumber: 2.4 Consensus size: 357
13783 TATAATTATT
* * * * * * *
13793 TTATCTATTTCAAATTGTTGTTACTTTTTGTTT-GATCATAAACTAATCGTTTCTATTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAG-TCATAAAATAATTGTTTTTATTCATAAAA
*
13857 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTAAA
65 -CTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAG---AAAATTAAA
* * * *
13922 AAAATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTTATTTATTTCA
125 AAAATAAATCTATTTG-CAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTTATTTATCTCA
* ** *
13987 AATCGTTATGATCTATTGTTTGTCATAAAGCATATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGAAATA
189 AATCATTATGATCTATTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATA
** * **** *
14052 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAAATTTTAAAAAATAAATCTAT
254 AAATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATAT
* * * *
14117 TTAATGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTAGAACTA
319 TTAATAAATAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAA
* *
14156 TTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTA--C-----A-AATTGTTTTTATTCATACAAA
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATA-AAA
* * * * * *
14213 ATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTCATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAC
65 CTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTAAAAAAA
* *
14277 TAAATCTGCTTATTG-AACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAA-TTATTTATCTCAAA
129 TAAATCT--AT-TTGCAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTTATTTATCTCAAA
* * * * * * *
14339 TCATTATGAT-T-TTTTTTTTCATAAAAAA-ATTGTTTCTGTTTATGCAAGCTTATTTGGAGTAA
191 TCATTATGATCTATTGTTTGTCATAAAAAATA-TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAA
* * * * *
14401 AATATTGCTAAAATAATAATATTTTAAAAATTAATAACCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTT
255 AATAATACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATATT
** * * * *
14465 TGCTAAACT-AGTTTAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
320 TAATAAA-TAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAA
* *
14503 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTTAGTTCATATAT
1 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TTCATA-AA
* * * *
14567 ACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATT-T
64 ACTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAG--A-AAATTAA
14630 AAAAA-AAATCTATTT
124 AAAAATAAATCTATTT
14645 ATTGGACATT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 70, Indels: 55
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
347 75 0.19
348 74 0.19
349 2 0.01
350 22 0.06
351 41 0.10
352 4 0.01
353 1 0.00
354 17 0.04
355 115 0.29
356 3 0.01
357 6 0.02
358 4 0.01
359 4 0.01
361 1 0.00
363 27 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
TTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCATAAAAC
TTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTAAAAAAATA
AATCTATTTGCAACCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTTATTTATCTCAAATCATT
ATGATCTATTGTTTGTCATAAAAAATATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
ACTAAAATAATAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATATATTTAATAA
ATAAGTTCAAATAGTCAAGACCATTAGAACAA
Found at i:16563 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16516--16566 Score: 70
Period size: 17 Copynumber: 2.9 Consensus size: 18
16506 ACTGAACCGG
16516 TTCAAATAATTATGACTAT
1 TTCAAATAATTAT-ACTAT
*
16535 TT-AAACAATTATA-TAT
1 TTCAAATAATTATACTAT
16551 TTCAAATAATTATACT
1 TTCAAATAATTATACT
16567 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 5
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.18
17 11 0.39
18 10 0.36
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
TTCAAATAATTATACTAT
Found at i:17252 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 16674--17439 Score: 538
Period size: 180 Copynumber: 4.3 Consensus size: 177
16664 GATTTAACGG
* * * * * * *
16674 CTATGTGAACAATTCTCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTT
* ** * ** ** * * *
16739 TATTTGTATAAGTTTGTTTATAATAAACTAATA-TGAATTTATTAATATTTTGATAA-T--TAA-
65 TGTTCATA-AAG-CTAATTGGAATAAA-TAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * *
16799 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG--TATAAAACTAGTTCAATTAGTTATAA
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * *
16849 CAATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-CTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTC
1 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATC-GCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
* * * * *
16913 TGTTGATATAATCCTACTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAAT
65 TGTTCATA-AA-GCTAATTGGAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
16978 AATG-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGCAT-GACCAA-TACAAATAGTTATAA
127 AA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTT--TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * ** **
17029 TTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT
**
17094 TGTTCATACAA-CTAATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
65 TGTTCATA-AAGCTAATT-GGAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * *
17157 TAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * * * *
17209 CTATTTGAACAGTTACT-TATTTCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAATATTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTA-TATATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
** ** * * *
17273 TGTATTCATAAAGGCTTGTTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCTAACAACTAATAA
65 TG--TTCATAAA-GCTAATTGGAA-T-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * * * *
17338 GTAA-ATGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGA
125 GTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * *
17391 CCATTTGAATAGTTATATAATTCAAATCGCTATGA-CTTTTGTTTTGTCA
1 CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCA
17440 AACAGTCATG
Statistics
Matches: 469, Mismatches: 92, Indels: 54
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 44 0.09
175 50 0.11
177 3 0.01
178 22 0.05
179 18 0.04
180 180 0.38
181 40 0.09
182 109 0.23
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTT
GTTCATAAAGCTAATTGGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
Found at i:17746 original size:143 final size:144
Alignment explanation
Indices: 17599--17862 Score: 381
Period size: 143 Copynumber: 1.8 Consensus size: 144
17589 TGTCATAGCT
* *
17599 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTACAAAAAATAGATTCAT
* * * *
17663 TTTTTAAATTTC-TACTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATGACAAAA
65 TTTTTAAATCTCTTACTCAGTAATTTTAGAAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTATGACAAAA
17726 ACAAATGGTCTTAATG
129 ACAAATGGTCTTAATG
* ***
17742 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGTACGGTAAATAGATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTACAAAAAATAGATTCATT
* *
17807 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAT
66 TTTTAAATCTCTTACTCAGTAATTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTAT
17863 TTTGAATAAG
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 12, Indels: 5
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
143 69 0.65
144 37 0.35
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (144 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTACAAAAAATAGATTCATT
TTTTAAATCTCTTACTCAGTAATTTTAGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATGACAAAAAC
AAATGGTCTTAATG
Done.