Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168145.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_387, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:459 original size:180 final size:181
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Indices: 129--622 Score: 527
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 181
119 CCAACGCTTG
* * * * * *
129 GCATGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACACGCACCATGGCCCAGCATGTGTCGATGGTGTTTG
1 GCATCTGCCGATGGTGGTTGAGGCAACCACCCGCACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCG
* * **
194 ATGGAACCGCCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCGATAGTGGTCGAGGCAACCACCTTCACCAA-
66 ATGCAACCGCCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACCCGCACCAAG
* * * *
258 GGCTC-GACACGTGCTGATGGTGCTTAAAGCAACCAGC-CATACCAGGGGCCA
131 GGC-CAGACACGTGCTGATGGTGCTCAAAGCAACCA-CTCACACCAAGGCCCA
* * *
309 TCTTCTGCCGATGGTGGTTGAGGCAACCACCCGCACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATAGTGTTCG
1 GCATCTGCCGATGGTGGTTGAGGCAACCACCCGCACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCG
* *
374 ATGCAACCACCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCTATGGTGGTCGAGGCAACCACCCGCACCAAG
66 ATGCAACCGCCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACCCGCACCAAG
** * * *
439 GGCCAGTTA-GTG-TCGATGGTGCTCAAGGCAACGACTCACACCAAGGCCCG
131 GGCCAGACACGTGCT-GATGGTGCTCAAAGCAACCACTCACACCAAGGCCCA
* *** *
489 GCATGTGCCGATGGT-GTTCGAGGCAACCACCCGCACCAA-GCTTGGCATGTGCCGATGGTGGTC
1 GCATCTGCCGATGGTGGTT-GAGGCAACCACCCGCACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTC
* * * * * * * * **
552 GAGGCAACCGCACGCACCATGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCGATGG-AACTGCCCGCACCA
65 GATGCAACCGCCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGA-GGCAACCACCCGCACCA
*
616 GGGGCCA
129 AGGGCCA
623 TCTTGTGCTG
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 45, Indels: 13
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 79 0.30
180 179 0.68
181 5 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.30, T:0.17
Consensus pattern (181 bp):
GCATCTGCCGATGGTGGTTGAGGCAACCACCCGCACCAAGGCCCAGCATGTGCCGATGGTGTTCG
ATGCAACCGCCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACCCGCACCAAG
GGCCAGACACGTGCTGATGGTGCTCAAAGCAACCACTCACACCAAGGCCCA
Found at i:720 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 3--735 Score: 455
Period size: 45 Copynumber: 16.3 Consensus size: 45
1 CT
* * * *
3 ATGGTGGTCAAGGCAACCGCCCGTACCAAGGG-CCAG-TTGGTGTCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCAT-GTGCCG
* * ** * *
48 ATGGTGCTCGAGACGAATGGCCCGCACCAAGGCCC-GACATGTGTCG
1 ATGGTGGTCGAGGC-AACCGCCCGCACCAGGGCCCAG-CATGTGCCG
* * ** ***
94 ATGGAGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAACGCTTGGCATGTGCCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * * *
139 ATGGTGGTCGAGGCAACCACACGCACCATGGCCCAGCATGTGTCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * * * * *
184 ATGGTGTTTGATGG-AACCGCCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCG
1 ATGGTGGTCGA-GGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * ** * * * *
229 ATAGTGGTCGAGGCAACCACCTTCACCAAGGCTC-GACACGTGCTG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAG-CATGTGCCG
* ** * ** * * * *
274 ATGGTGCTTAAAGCAACCAG-CCATACCAGGGGCCATCTTCTGCCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACC-GCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * *
319 ATGGTGGTTGAGGCAACCACCCGCACCAAGGCCCAGCATGTGCCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * * * * * * * *
364 ATAGTGTTCGATGCAACCACCCACACCAGGGGCCATCTTGTGCCT
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * *
409 ATGGTGGTCGAGGCAACCACCCGCACCAAGGG-CCAG-TTAGTGTCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCAT-GTGCCG
* * * * * *
454 ATGGTGCTCAAGGCAA-CGACTCACACCAAGGCCCGGCATGTGCCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCG-CCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * * ***
499 ATGGTGTTCGAGGCAACCACCCGCACCA-AGCTTGGCATGTGCCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* *
543 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCACGCACCATGGCCCAGCATGTGCCG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * * * * *
588 ATGGTGTTCGATGG-AACTGCCCGCACCAGGGGCCATCTTGTGCTG
1 ATGGTGGTCGA-GGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
* * * * *
633 ATGGTGGTTGAGGTAACTGCCCGCACCAAGGGCCGA-CATGTGCTG
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AGGGCCCAGCATGTGCCG
* * * * *
678 ATGGTGATCGAGGCAACTGCCCGTACCAGGGCCCAGCTTGTGCCA
1 ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
*
723 ATGGTGGTTGAGG
1 ATGGTGGTCGAGG
736 TAAGTGCACG
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 142, Indels: 44
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
44 55 0.10
45 422 0.81
46 46 0.09
47 1 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.31, T:0.18
Consensus pattern (45 bp):
ATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAGGGCCCAGCATGTGCCG
Found at i:767 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 536--780 Score: 228
Period size: 90 Copynumber: 2.7 Consensus size: 90
526 AAGCTTGGCA
* * * * * * * *
536 TGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCACGCACC-ATGGCCCAG-CATGTGCCGATGGTGTTCGA
1 TGTGCCAATGGTGGTTGAGGTAACTGCACGCACCAAAGG--CAGACATATGCTGATGGTGATCGA
* *
599 TGGAACTGCCCGCACCAGGGGCCATCT
64 TGGAACTGCCCGCACCAGGGCCCAGCT
** * * * *
626 TGTGCTGATGGTGGTTGAGGTAACTGCCCGCACCAAGGGCCGACATGTGCTGATGGTGATCGA-G
1 TGTGCCAATGGTGGTTGAGGTAACTGCACGCACCAAAGGCAGACATATGCTGATGGTGATCGATG
*
690 GCAACTGCCCGTACCAGGGCCCAGCT
66 G-AACTGCCCGCACCAGGGCCCAGCT
* * * * *
716 TGTGCCAATGGTGGTTGAGGTAAGTGCACGTACCAAAAGGCAG-CCTATGCTGATGATGGTCGAT
1 TGTGCCAATGGTGGTTGAGGTAACTGCACGCACC-AAAGGCAGACATATGCTGATGGTGATCGAT
780 G
65 G
781 CATGTGCCAC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 23, Indels: 9
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
89 4 0.03
90 113 0.89
91 10 0.08
ACGTcount: A:0.20, C:0.26, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (90 bp):
TGTGCCAATGGTGGTTGAGGTAACTGCACGCACCAAAGGCAGACATATGCTGATGGTGATCGATG
GAACTGCCCGCACCAGGGCCCAGCT
Found at i:3580 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 3562--3596 Score: 61
Period size: 13 Copynumber: 2.7 Consensus size: 13
3552 TTCCTGGCAC
3562 CCTACGCTCCACT
1 CCTACGCTCCACT
3575 CCTACGCTCCACT
1 CCTACGCTCCACT
*
3588 CCTATGCTC
1 CCTACGCTC
3597 TCCCTTTCTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 21 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.51, G:0.09, T:0.26
Consensus pattern (13 bp):
CCTACGCTCCACT
Found at i:7953 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7532--7980 Score: 474
Period size: 171 Copynumber: 2.6 Consensus size: 171
7522 GAGGGGGGCT
* * * * *
7532 GGGCAGATCCCCAACTTGCGCATTCTGCTTCTTTGGCCAGCTGAGCACCCGCACGCTCGTTTTAT
1 GGGCTGATCCCCGACTTGCGCATTCTGCCTCTTTGGTCGGCTGAGCACCCGCACGCTCGTTTTAT
* * *
7597 GGGTTGACTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAGTCTAAGCATATGGACCAGACCAAGGGTTGCGG
66 GGGTTGACTTAGGCATACAAAGTTCATTCCCAGTCTAAGCACA-GGACCAGACCAAGGGTTGCAG
* * *** *
7662 CAGTAGGACCAGTAGCAAGATCGACAGCATGTTGGGGGGACC
130 CAGCAGGACCAGCAGCAAGATCGACAGCATGAAAGGGGAACC
* * * ** ** * * * *
7704 GGG-TCAATCCCCGGCTTGCACATTCTGCCTCTCCGGTCGGCTGAGTGCCCACATGCTCCTTTTG
1 GGGCT-GATCCCCGACTTGCGCATTCTGCCTCTTTGGTCGGCTGAGCACCCGCACGCTCGTTTTA
* * * *
7768 TGGGTTGGCTTAGGCATACAAAGTTCATT-CCATGTCTAAGCCCCA-G-CCAGACCGAGGGTTGT
65 TGGGTTGACTTAGGCATACAAAGTTCATTCCCA-GTCTAAG-CACAGGACCAGACCAAGGGTTGC
* *
7830 AGCAGCAGGACCAGCAGTAGGATCGACAGCATGCAAAGGGGAACC
128 AGCAGCAGGACCAGCAGCAAGATCGACAGCATG-AAAGGGGAACC
* * * *
7875 GGGCTGATCCCCGACTTACGCATTATGCCTCTTTGGTCGGCTCAGCACCCGCACGCTCGTTTCAT
1 GGGCTGATCCCCGACTTGCGCATTCTGCCTCTTTGGTCGGCTGAGCACCCGCACGCTCGTTTTAT
** * *
7940 GGGTTGACTTAGGCATACGGAGTTTATTCCCAGTTTAAGCA
66 GGGTTGACTTAGGCATACAAAGTTCATTCCCAGTCTAAGCA
7981 TATGGAGTTA
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 52, Indels: 14
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 43 0.20
171 89 0.41
172 85 0.39
173 2 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.28, G:0.27, T:0.24
Consensus pattern (171 bp):
GGGCTGATCCCCGACTTGCGCATTCTGCCTCTTTGGTCGGCTGAGCACCCGCACGCTCGTTTTAT
GGGTTGACTTAGGCATACAAAGTTCATTCCCAGTCTAAGCACAGGACCAGACCAAGGGTTGCAGC
AGCAGGACCAGCAGCAAGATCGACAGCATGAAAGGGGAACC
Found at i:8004 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 7952--8004 Score: 61
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
7942 GTTGACTTAG
* ** *
7952 GCATACGGAGTTTATTCCCAGTTTAA
1 GCATACGGAGTTAATTCAAAGTCTAA
*
7978 GCATATGGAGTTAATTCAAAGTCTAA
1 GCATACGGAGTTAATTCAAAGTCTAA
8004 G
1 G
8005 ATCGGACCGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 5, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 22 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (26 bp):
GCATACGGAGTTAATTCAAAGTCTAA
Found at i:16162 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 16100--16239 Score: 104
Period size: 44 Copynumber: 3.2 Consensus size: 44
16090 AATGGGGTCA
* *
16100 AGGCAACCGCCCGTACCAAGGCCAGCTTGTG-CTAATGGTGCTCG
1 AGGCAACCACCCGAACCAAGGCCAGCTTGTGTC-AATGGTGCTCG
* * * * * *
16144 AGGCAACCACCTGAACCAAGGGCATCTTTTGTCGATGGTGGTCG
1 AGGCAACCACCCGAACCAAGGCCAGCTTGTGTCAATGGTGCTCG
** ** * * *
16188 AGGCAACCGTCC-ACACCAAGGCCCAGCACGTGCCGATGGTGTTCG
1 AGGCAACCACCCGA-ACCAAGG-CCAGCTTGTGTCAATGGTGCTCG
16233 AGGCAAC
1 AGGCAAC
16240 AGCTCACACC
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 18, Indels: 5
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
43 1 0.01
44 50 0.67
45 24 0.32
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.29, T:0.17
Consensus pattern (44 bp):
AGGCAACCACCCGAACCAAGGCCAGCTTGTGTCAATGGTGCTCG
Found at i:16532 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 15864--16547 Score: 213
Period size: 45 Copynumber: 15.5 Consensus size: 45
15854 CGACATGTGT
* * * * * * * *
15864 CGATGGTGTTCGAGGCAACCACCCGCCCCAAGGCCCAGT-ATGTGT
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCA-TCTTCTGC
* * * * *
15909 CGATGGTGTTTGACGTAACCACCGGCACCAGGGG-CATCTTCTGT
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
* * ** * * ** *
15953 CGATGGTGGTTAG-GGCAAGAGCCCACACCAAGGGCCGGCTTGTGC
1 CGATGGT-GTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
* * * * * *
15998 CGATGGTGGTCAAGGCAACCGCCTGCACCAAGGGCCATCTTCTAC
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
* ** * * * * *
16043 CGATGGTGGTCGAGACAACCGCCAGCACCAAAAGGCCCAGC-ACGTG-
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACC--AGGGGCCATCTTC-TGC
* * * * * * * *
16089 CAATGG-GGTCAAGGCAACCGCCCGTACCA-AGGCCAGCTTGTGC
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
** * * * * * * * *
16132 TAATGGTGCTCGAGGCAACCACCTGAACCAAGGG-CATCTTTTGT
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
* * * * * * * *
16176 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGTCCACACCAAGGCCCAGC-ACGTGC
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTC-TGC
* * * * * * **
16221 CGATGGTGTTCGAGGCAACAGCTCACACCAGGGGCCAACATGAGC
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
*
16266 CGATGGTGTT---GG--ACCGCCTGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
* * ** * * *
16306 CGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGTTCCAAGGGCTATCTTCTGT
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
* ** * * *
16351 CGATGGTGGTT-GAAGTAACTACCCGTACCA-AGG-C--C--CAGAC
1 CGATGGT-GTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTG-C
* * * * * *
16391 AGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCAACAGGGGCCAACATATGC
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
* * * * * * * *
16436 CAATGGTGTTTGACGTAACCGCCCACACTAGGGGCCAGCATATGC
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
* * **
16481 CAATGGTGTTCGACGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTAT
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
**
16526 CGATGGTGGCCGAGGTAACCGC
1 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGC
16548 ACACACCAAG
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 138, Indels: 56
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
39 5 0.01
40 48 0.10
41 3 0.01
42 11 0.02
43 9 0.02
44 81 0.17
45 298 0.63
46 9 0.02
47 9 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.30, G:0.30, T:0.18
Consensus pattern (45 bp):
CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTGC
Found at i:16558 original size:175 final size:171
Alignment explanation
Indices: 16119--16558 Score: 404
Period size: 175 Copynumber: 2.5 Consensus size: 171
16109 CCCGTACCAA
* * * * * * * * *
16119 GGCCAGCTTGTGCTAATGGTGCTCGAGGCAACCACCTGAACCAAGGG-CATCTTTTGTCGATGGT
1 GGCCAGCATATGCCAATGGTGGTCGACGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCATCTTCTGTCGATGGT
* * *
16183 GGTCGAGGCAACCGTCCACACCAAGGCCCAGCACGTGCCGATGGTGTTCGAGGCAACAGCTCACA
66 GGTCGAGGTAACCG-CCACACCAAGGCCCAGCA---GCAGATGGTGTTCGAGGCAACAGCCCACA
* * **
16248 CCAGGGGCCAACATGAGCCGATGGTGTTGGACCGCCTGCACCAGG
127 ACAGGGGCCAACATGAGCCAATGGTGTTGGACCGCCCACACCAGG
* * * * * ** *
16293 GGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGTTCCAAGGGCTATCTTCTGTCGATGGT
1 GGCCAGCATATGCCAATGGTGGTCGACGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCATCTTCTGTCGATGGT
* * ** * *
16358 GGTTGAAGTAACTAC-CCGTACCAAGGCCCAG-A-CAGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCAAC
66 GGTCGAGGTAAC--CGCCACACCAAGGCCCAGCAGCAGATGGTGTTCGAGGCAACAGCCCACAAC
*
16420 AGGGGCCAACAT-ATGCCAATGGTGTTTGACGTAACCGCCCACACTAGG
129 AGGGGCCAACATGA-GCCAATGGTG-TTG--G--ACCGCCCACACCAGG
* * * *
16468 GGCCAGCATATGCCAATGGTGTTCGACGTAACCGCCCGCACCAGGGGCCATCTTCTATCGATGGT
1 GGCCAGCATATGCCAATGGTGGTCGACGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCATCTTCTGTCGATGGT
*
16533 GGCCGAGGTAACCGCACACACCAAGG
66 GGTCGAGGTAACCGC-CACACCAAGG
16559 GTTGGATTGT
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 42, Indels: 21
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 46 0.22
171 3 0.01
173 2 0.01
174 40 0.19
175 120 0.56
177 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.30, G:0.30, T:0.18
Consensus pattern (171 bp):
GGCCAGCATATGCCAATGGTGGTCGACGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCATCTTCTGTCGATGGT
GGTCGAGGTAACCGCCACACCAAGGCCCAGCAGCAGATGGTGTTCGAGGCAACAGCCCACAACAG
GGGCCAACATGAGCCAATGGTGTTGGACCGCCCACACCAGG
Found at i:18175 original size:45 final size:43
Alignment explanation
Indices: 18124--18292 Score: 133
Period size: 45 Copynumber: 3.7 Consensus size: 43
18114 AGGGTGAGCA
* *
18124 GTGCCAATGGTGGTTGGGGCATGTGGCCACACCAAGGGCCAGCGT
1 GTGCCAATGGTGGTTGAGGCA--TGCCCACACCAAGGGCCAGCGT
* * *
18169 GTGCCAATGGTGGTCGATGCAACTGCCCGCACCAAGGGCCAGCGT
1 GTGCCAATGGTGGTTGAGGC-A-TGCCCACACCAAGGGCCAGCGT
* * * * *
18214 ATGTCGATGGTAGTCAATGTGGC-TGCCCACACCAAGGGCCAGCGT
1 GTGCCAATGGTGGT---TGAGGCATGCCCACACCAAGGGCCAGCGT
* * *
18259 GTGCCGATGGTGGTCGAGGTAACTGCCCACACCA
1 GTGCCAATGGTGGTTGAGG-CA-TGCCCACACCA
18293 GCTCGAGGCA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 20, Indels: 14
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 3 0.03
45 90 0.93
46 1 0.01
48 3 0.03
ACGTcount: A:0.20, C:0.28, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
GTGCCAATGGTGGTTGAGGCATGCCCACACCAAGGGCCAGCGT
Found at i:18345 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 18295--18388 Score: 116
Period size: 45 Copynumber: 2.1 Consensus size: 45
18285 CCACACCAGC
** *
18295 TCGAGGCATGTGCCTACACCAAGGCCCAGCATGTGTCGATGCTGT
1 TCGAGGCAACTGCCTACACCAAAGCCCAGCATGTGTCGATGCTGT
* * * * *
18340 TCGAGGCAACTGCTTGCACCAAAGCTCGGCATGTGTCGATGGTGT
1 TCGAGGCAACTGCCTACACCAAAGCCCAGCATGTGTCGATGCTGT
18385 TCGA
1 TCGA
18389 CGTAACCACC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 8, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 41 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.27, G:0.30, T:0.23
Consensus pattern (45 bp):
TCGAGGCAACTGCCTACACCAAAGCCCAGCATGTGTCGATGCTGT
Found at i:18468 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 18328--19061 Score: 274
Period size: 90 Copynumber: 8.2 Consensus size: 90
18318 GCCCAGCATG
* * * * ** *
18328 TGTCGATGCTGTTCGAGGCAACTGCTTGCACCAAAGCTCGGC-ATGTGTCGATGGTGTTCGACGT
1 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAACAGCCCGCACCAAGGCTC-GCTATGTGTCGATGGTGTTCGACGT
* *
18392 AACCACCTGCACC-AGGAGCCATCTTT
65 AACCACCCGCACCAAAG-GCCATCTTT
* * *
18418 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAAGAGCCCGCACCAAGGGCT-GACT-TGTGTCGATGGTGGTCGAGG
1 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAACAGCCCGCACCAA-GGCTCG-CTATGTGTCGATGGTGTTCGACG
* * *
18481 TAATCGCCCGTACCAAAGGCCATCTTT
64 TAACCACCCGCACCAAAGGCCATCTTT
* * * * * * *
18508 TGTCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCTCGCACCAAGGCTCGGTATGTGCCGATGGTGTTCGATGCA
1 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAACAGCCCGCACCAAGGCTCGCTATGTGTCGATGGTGTTCGACGTA
* ** * * * *
18573 TCCGTCCACACTAGAGGCCATCTTC
66 ACCACCCGCACCAAAGGCCATCTTT
** * * * * * * * *
18598 TACCGATGATGGTCAAGGCAAAAGCCTGCACCAAGGGTCGGCT-TGTGCCGATGGTGGTCGAGGC
1 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAACAGCCCGCACCAAGGCTC-GCTATGTGTCGATGGTGTTCGACGT
* * * ***
18662 AACCGCCCGCACC-GAGGCCCAGCACA
65 AACCACCCGCACCAAAGG-CCATCTTT
* * * * * * * * *
18688 TGCCGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCACACCAAGGGC-CAGCT-TGTGCCGATGGTGCTCGAGG
1 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAACAGCCCGCACCAA-GGCTC-GCTATGTGTCGATGGTGTTCGACG
* ** ** * *
18751 CAACTGCCCATACCAAGGGCCATCTTC
64 TAACCACCCGCACCAAAGGCCATCTTT
* * * * ** *
18778 TGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCA-CCCGTACCAAGGCTCAAC-ACATGTCGATGGTGTTCGAGG
1 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAA-CAGCCCGCACCAAGGCTC-GCTATGTGTCGATGGTGTTCGACG
* * * ** * * *
18841 CAACCGCTCGCACCAGGGGCCAGCATG
64 TAACCACCCGCACCAAAGGCCATCTTT
* * * * * * * * * * *
18868 TGTCGATGGTGTTCAACGTAACCGCCCACACCAGGGGC-CATCT-TCTGCCGATGGTGGTCGAGG
1 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAACAGCCCGCACCA-AGGCTC-GCTATGTGTCGATGGTGTTCGACG
* ** *
18931 TAA-GAGCCCGCACCAAAGGCCGGCTTG
64 TAACCA-CCCGCACCAAAGGCCATCTTT
* * * * * * *
18958 TGTCGATGGTGCTCGAGGTAACCA-CCCGCACCAAGGCCCAGC-ACGTGCCGATGGTGTTCGAGG
1 TGTCGATGGTGGTCAAGGCAA-CAGCCCGCACCAAGGCTC-GCTATGTGTCGATGGTGTTCGACG
* * * * * * *
19021 TAATCGCCCGTACCAAAGCCCAGCATG
64 TAACCACCCGCACCAAAGGCCATCTTT
*
19048 TGTCAATGGTGGTC
1 TGTCGATGGTGGTC
19062 GAGGTAACCG
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 131, Indels: 42
0.74 0.20 0.06
Matches are distributed among these distances:
89 17 0.03
90 459 0.93
91 16 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.30, T:0.20
Consensus pattern (90 bp):
TGTCGATGGTGGTCAAGGCAACAGCCCGCACCAAGGCTCGCTATGTGTCGATGGTGTTCGACGTA
ACCACCCGCACCAAAGGCCATCTTT
Found at i:18541 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 18409--19071 Score: 386
Period size: 45 Copynumber: 14.7 Consensus size: 45
18399 TGCACCAGGA
* * * ** *
18409 GCCATCTTTTGTCGATGGTGGTCAAGGCAAGAGCCCGCACCAAGG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * * * *
18454 GCTGA-CTTGTGTCGATGGTGGTCGAGGTAATCGCCCGTACCAAAG
1 GC-CATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * *
18499 GCCATCTTTTGTCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCTCGCACC-AAG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * * * * * *
18543 G-C-TCGGTATGTGCCGATGGTGTTCGATGCATCCGTCCACACTAGAG
1 GCCATC--T-TGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * * * ** * *
18589 GCCATCTTCTACCGATGATGGTCAAGGCAAAAGCCTGCACCAAGG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* ** *
18634 GTCGGCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-GAG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* *** * * * *
18678 GCCCAGCACATGCCGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCACACCAAGG
1 G-CCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * * ** *
18724 GCCAGCTTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAACTGCCCATACCAAGG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * *
18769 GCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACCCGTACC-AAG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* *** * * * **
18813 GCTCAACACATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCTCGCACCAGGG
1 GC-CATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * * * * * * * **
18859 GCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCAACGTAACCGCCCACACCAGGG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * **
18904 GCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGTAAGAGCCCGCACCAAAG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
** * * * *
18949 GCCGGCTTGTGTCGATGGTGCTCGAGGTAACCACCCGCACC-AAG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* ** * * * *
18993 GCCCAGCACGTGCCGATGGTGTTCGAGGTAATCGCCCGTACCAAAG
1 G-CCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
* * * * * *
19039 CCCAGCATGTGTCAATGGTGGTCGAGGTAACCG
1 GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCG
19072 TCAGTGTCAC
Statistics
Matches: 476, Mismatches: 128, Indels: 28
0.75 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.00
43 1 0.00
44 16 0.03
45 441 0.93
46 13 0.03
47 1 0.00
48 2 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (45 bp):
GCCATCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAAG
Found at i:18560 original size:135 final size:135
Alignment explanation
Indices: 18421--19036 Score: 538
Period size: 135 Copynumber: 4.6 Consensus size: 135
18411 CATCTTTTGT
* * ** * *
18421 CGATGGTGGTCAAGGCAAGAGCCCGCACCAAGGG-CTGACTTGTGTCGATGGTGGTCGAGGTAAT
1 CGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAG-CTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAAT
* * * * * *
18485 CGCCCGTACCAAAGGCCATCTTTTGTCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCTCGCACCAAGGCTCGGT
65 CGCCCGTACCAAGGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCTCAGC
**
18550 ATGTGC
130 ACATGC
* * * * * * * * * * * *
18556 CGATGGTGTTCGATGCATCCGTCCACA-CTAGAGGCCATCTTCTACCGATGATGGTCAAGGCAAA
1 CGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAG-GGCCAGCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAAT
* * * * ** * * *
18620 AGCCTGCACCAAGGGTCGGCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCGAGGCCCAGC
65 CGCCCGTACCAAGGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCTCAGC
18685 ACATGC
130 ACATGC
* * * *
18691 CGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCACACCAAGGGCCAGCTTGTGCCGATGGTGCTCGAGGCAA-C
1 CGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAATC
* * * *
18755 TGCCCATACCAAGGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCACCCGTACCAAGGCTCAAC
66 -GCCCGTACCAAGGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCTCAGC
*
18820 ACATGT
130 ACATGC
* * * * * * * *
18826 CGATGGTGTTCGAGGCAACCGCTCGCACCAGGGGCCAGCATGTGTCGATGGTGTTCAACGTAACC
1 CGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAATC
** * * ** *
18891 GCCCACACCAGGGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGTAAGAGCCCGCACCAAAGGC-CGGC
66 GCCCGTACCAAGGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACC-AAGGCTCAGC
*** *
18955 TTGTGT
130 ACATGC
* * * * ** *
18961 CGATGGTGCTCGAGGTAACCACCCGCACCAAGGCCCAGCACGTGCCGATGGTGTTCGAGGTAATC
1 CGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAATC
19026 GCCCGTACCAA
66 GCCCGTACCAA
19037 AGCCCAGCAT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 95, Indels: 12
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
134 3 0.01
135 367 0.97
136 10 0.03
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.31, T:0.18
Consensus pattern (135 bp):
CGATGGTGTTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGGCCAGCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGTAATC
GCCCGTACCAAGGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCGCACCAAGGCTCAGCA
CATGC
Found at i:18697 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 18311--18881 Score: 521
Period size: 180 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
18301 CATGTGCCTA
* * * * * * *
18311 CACCAAGGCCCAGCATGTGTCGATGCTGTTCGAGGCAACTGCTTGCACCAAAGCTCGGCATGTGT
1 CACCAAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCTCGCACCAAGGCTCGGTATGTGC
* * * *
18376 CGATGGTGTTCGACGTAACC-ACCTGCACCAG-GAGCCATCTTTTGTCGATGGTGGTCAAGGCAA
66 CGATGGTGTTCGACGCAACCGACC-ACACCAGAG-GCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCAAGGCAA
* * * *
18439 GAGCCCGCACCAAGGGCTGACTTGTGTCGATGGTGGTCGAGGTAATCGCCCG
129 AAGCCCGCACCAAGGGCTGACTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * * *
18491 TACCAAAGG-CCATCTTTTGTCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCTCGCACCAAGGCTCGGTATGTG
1 CACC-AAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCTCGCACCAAGGCTCGGTATGTG
* * * * * *
18555 CCGATGGTGTTCGATGCATCCGTCCACACTAGAGGCCATCTTCTACCGATGATGGTCAAGGCAAA
65 CCGATGGTGTTCGACGCAACCGACCACACCAGAGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCAAGGCAAA
* *
18620 AGCCTGCACCAAGGG-TCGGCTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
130 AGCCCGCACCAAGGGCT-GACTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * * * * * *
18671 CACCGAGGCCCAGCACATGCCGATGGTGTTCGAGGTAACCGCCCACACCAAGGGC-CAGCT-TGT
1 CACCAAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCTCGCACCAA-GGCTC-GGTATGT
* * * * * *
18734 GCCGATGGTGCTCGAGGCAACTGCCCATACCA-AGGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCGAGGCA
64 GCCGATGGTGTTCGACGCAACCGACCACACCAGA-GGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCAAGGCA
* * * *** * * *
18798 ACCA-CCCGTACCAA-GGCTCAACACATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCTCG
128 A-AAGCCCGCACCAAGGGCT-GACTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
* * *
18851 CACCAGGGGCCAGCATGTGTCGATGGTGTTC
1 CACCAAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTC
18882 AACGTAACCG
Statistics
Matches: 315, Mismatches: 66, Indels: 20
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 7 0.02
180 295 0.94
181 13 0.04
ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.30, T:0.20
Consensus pattern (180 bp):
CACCAAGGCCCAGCATATGTCGATGGTGTTCGAGGCAACCGCTCGCACCAAGGCTCGGTATGTGC
CGATGGTGTTCGACGCAACCGACCACACCAGAGGCCATCTTCTGCCGATGGTGGTCAAGGCAAAA
GCCCGCACCAAGGGCTGACTTGTGCCGATGGTGGTCGAGGCAACCGCCCG
Done.