Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168148.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_39, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 321909
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Warning! 2000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 4
Found at i:855 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 506--923 Score: 441
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
496 CAAATAGAAC
* * * *
506 CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTACAAATAGTAA
1 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAATAA
* ** *
571 AAACTATTTGAAATGTTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAA
64 AAACTATTTGAAATGTTTTAGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGACAAATTTTCGAA
*
636 ATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCCGAACAAACTTATATGAA-CAAAAA
129 ATATTAACAAATTAGTATTATTTAATTCCGAACAAACTTATAT-AAGCAAAAA
* * * * * * *
688 CAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTAATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAACTAATTATA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAAAA
* * * * *
753 ATTATTTGAACTAG-TTTAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTACCAAATTTT-GA
66 ACTATTTGAAAT-GTTTTAGTAAACA-AATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGA-CAAATTTTCGA
* * * * **
815 AATATTAACATATTAGTTTTATTTTATTCC-AAGTAAACTTATATAAGCTGAAA
128 AATATTAACAAATTAGTATTATTTAATTCCGAA-CAAACTTATATAAGCAAAAA
* * * * *
868 TAATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
924 TATAGTTTTA
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 36, Indels: 13
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.02
180 109 0.56
181 63 0.32
182 18 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAAAA
ACTATTTGAAATGTTTTAGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGACAAATTTTCGAAAT
ATTAACAAATTAGTATTATTTAATTCCGAACAAACTTATATAAGCAAAAA
Found at i:2194 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 1308--2194 Score: 589
Period size: 178 Copynumber: 5.0 Consensus size: 175
1298 AAATCTCTTA
* * * ****
1308 CTTATTAATTTTTGAAATCTTAAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACT
* * * * ** * * * *
1373 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTTATATAAAATAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGA-TTTAAAT-AGATAATTATTCTAATA
* ** * * * *
1438 ATGATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTCAAATATTTT
128 GTTTTAACTATTTGAA-TTGGTTC-GAAAACATATTTATTTTTT--AA-A-TCT
* * *
1491 GCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAG---T-GTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAC
1 -CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAAC
* * * * * * ** *
1551 TAAAACAATAGTTTTATGACTAAGCAAAAAATTAAAATAACTCAAAATAGATAATTATTTTAATA
64 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGA-TTTAAATAGATAATTATTCTAATA
* * * * * *
1616 GTTTTAACCATTTGATTTGATTCAGCAAACACATTTACTTTTTAAATCTGTT
128 GTTTTAACTATTTGAATTGGTTC-GAAAACATATTTATTTTTTAAATC---T
* * * * * *
1668 ACTTATTAATTTATGAAATATTATTAAAGTAGTACTATTTT-TATCCAAATAAGCTTATATGATC
1 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTTTATGAAC
* * * * * *
1732 -AATAATAAATT-TTTT-TGTCAAAAC-AAAGATCATAACGATTTAAGATTGATATTTATTC-AA
64 TAA-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTAA-ATAGATAATTATTCTAA
* * * * *
1792 TTGGTTGTAACTAATTGAACTGGTTCGAAAA-ATAGTTTTAGTTTTTAAATCT
126 -TAGTTTTAACTATTTGAATTGGTTCGAAAACATA--TTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
1844 CATAATAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTTTTATTTTAGTT-CAGATAAGTTTTTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTTTATGAACT
* * * * *
1908 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGA-TTTAAATAGATAATTATTCTAATAG
** * * * *
1973 TCATATCTATTTGAGCTT-GTTCGATAAGCATAGTTATTTTTTTAAATCT
129 TTTTAACTATTTGA-ATTGGTTCGA-AAACATATTTA-TTTTTTAAATCT
** * * *
2022 CTTATTAATTTTTTCAGTTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACTA
* * * * * *
2087 AGATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTT-AAATAGATAATTATTCTAATAGT
*
2152 TTTAACTATTTGAATTGGTTAGGCAAAACATATTTATTTTTTA
130 TTTAACTATTTGAATTGGTT-CG-AAAACATATTTATTTTTTA
2195 TTAATAAATT
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 125, Indels: 74
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 55 0.10
176 19 0.03
177 77 0.14
178 197 0.36
179 122 0.22
180 12 0.02
181 27 0.05
182 3 0.01
183 8 0.01
184 13 0.02
185 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACTA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAATGATTTAAATAGATAATTATTCTAATAGTT
TTAACTATTTGAATTGGTTCGAAAACATATTTATTTTTTAAATCT
Found at i:2257 original size:154 final size:152
Alignment explanation
Indices: 2041--2317 Score: 362
Period size: 153 Copynumber: 1.8 Consensus size: 152
2031 TTTTTCAGTT
* * * *
2041 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAGATAATTGTTTTATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAGACAATTGTTTTATGA-T
* ** * * **
2106 AAACA-AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAACAGTTTTAACTATTTGAATTGG
64 AAA-ATAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGG
2170 TTAGGCAAAACATATTTATTTTTTA
128 TTAGGCAAAACATATTTATTTTTTA
2195 TTAATAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATT-TTTCTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAG--ACAATTGTTT-TATGA
* *
2258 TAAAATAAAGATCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGA
63 TAAAATAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGA
2318 GCTAGTTTAA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 13, Indels: 9
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
152 4 0.04
153 52 0.49
154 50 0.47
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (152 bp):
TTAATAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAAGACAATTGTTTTATGATAA
AATAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGGTTA
GGCAAAACATATTTATTTTTTA
Found at i:2613 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 2193--2675 Score: 524
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 176
2183 ATTTATTTTT
* * * * * *
2193 TATTAATAAATTAGTATTATCTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATT-TTTCTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-TATG
* * * * *
2257 ATAAAAT-AAAGATCATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAGCT
65 ACAAAATAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * *
2321 AGTTTAATAAACAGATTTAGTTTTTAATAGTCTTATTAATTTTCAAAA
129 AATTTAATAAACAGATTCAGTTTTTAATAGTCCTATTAATTTTCAAAA
* * * * * *
2369 TCTTAATGAATCAGTATTATTTTATTGTAAAT-AATTATGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
2433 ACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACT
65 ACAAAATAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * ** *
2498 AATTTGGTACACAGATTCATTTTTTAAGCCTTTTACCTATTAA-TTTCTATAA
129 AATTTAATAAACAGATTCAGTTTTTAA---TAGT-CCTATTAATTTTC-AAAA
* *
2550 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGACTAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
*
2615 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
66 CAAAATAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
2676 GCTTGCTCAG
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 47, Indels: 17
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 51 0.20
177 71 0.29
180 6 0.02
181 115 0.46
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAATAAAAGATCATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAA
TTTAATAAACAGATTCAGTTTTTAATAGTCCTATTAATTTTCAAAA
Found at i:3021 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2705--4948 Score: 1546
Period size: 181 Copynumber: 12.4 Consensus size: 180
2695 ATGAATTGAT
* * * * ** * *
2705 ACAACTGTTTTATGACGAGACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAGTAGTT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * * * ***
2770 ATGACAATTAGAACTTGTTCGGTAAAGATATTTATGTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGCCAA
65 ATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTA
* * * * * * *
2835 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAAAAGCTTATGTGAACAAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * *
2887 ACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAAAAATAATTGTGCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
2952 TAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTTTCTAA
66 TAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAA
* * *
3017 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATGAATAAAA
130 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * * *
3068 AAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAGAGTAA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
3133 TAACTATTTGAACTTGA-TCGATAAACAG-TTTCAGTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTTG
66 TAACTATTTGAACTT-ATTTGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * * * * * * ** *
3196 GAATAATAATAAATTA-AATTTATGTTA-TTCGGAGTCAGCTTGTACAAATAGAA
128 AAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * * * * * * * *
3249 ACAATTGTCTTGTAACAAAGCAAAAGGTTATAATGCTTTGAAATAGATAATTATTTAAACAGTTA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** ** * * * * *
3314 TAACTATTTGTAC-TGGTCAATCCAACAAATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTCATTAATTTTGA
66 TAACTATTTGAACTTATTTGAT-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTA
* * * ** * * *
3377 AGATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TGTGTCAATAGAA
129 A-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTGTATGAATAAAA
* * ** * * * * *
3430 ACAACTG-CTTATGACAAAACAAATGGTTATCATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
3494 TAACTATTTAAAC-TAGTTTGGTAAATAGATTGACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAA
66 TAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
* * * *
3554 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * * * *
3606 ACATTTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTTATAAT-AGTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG-C
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * * **
3669 TTTAACTATTTGAA-TCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATTTTGGTTATTAATTTTT
65 -ATAACTATTTGAACT-TATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
3733 ATAATATTATTATATTAGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAACATAA
128 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * * *
3787 ATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
3852 TAACTATTTGAATTTGTTT-AGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
66 TAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
* * *
3916 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-CTCAAAACAAGCTTGTATG-ATGAAAC
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAA
* * * *
3968 ACATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAAAT-ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATGGT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * * * * *
4031 GATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTCTCAAAATTTG
64 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTT
* * *** *
4096 AAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-AAA
128 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA
* * * * *
4149 ACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
*
4214 TAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTTAAACTTCTTGCTTA-TTAATTAAT
66 TAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTTACTT-ATTAAT
* * ** * * *
4277 TTTTCAAATGTTAACAAAAGAGTATTATTTTTTTTCAAATAAGCATGTATGAACT-GAA
124 TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAA
* * * * * * * * * *
4335 ACGATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAGTAGTCT
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** ** * *
4400 TAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
66 TAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AA
* ** * * * * * *
4465 ATATTATTACTTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAA
130 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * ** * * *
4516 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATTTGAGATATATAATTGATCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
4580 TAACTAATTGAAATGATTTTG-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-C---TTAATTTTTGA
66 TAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
* ** ** *
4640 ATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAAAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * ** * * * *
4692 ACAATTATTTTATGACAAAATAACATA-CCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGAC
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * *
4756 ATGACTGTTTAAAATTATTCGAT-AA-ATATATATATTTTAAATCTCTAATTTATTAA-TTTTAG
65 ATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-
* *
4818 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAA
129 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAA
* * * * * * *
4870 ACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAATC
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
4934 ATAACTATTTGAACT
65 ATAACTATTTGAACT
4949 CGCTTGATAA
Statistics
Matches: 1621, Mismatches: 369, Indels: 148
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 18 0.01
176 122 0.08
177 129 0.08
178 107 0.07
179 11 0.01
180 176 0.11
181 847 0.52
182 64 0.04
183 3 0.00
184 2 0.00
185 17 0.01
186 124 0.08
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAA
Found at i:4018 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 2694--16440 Score: 6321
Period size: 362 Copynumber: 38.5 Consensus size: 358
2684 AGTAAGCCTA
* * * * * *
2694 TATGAATTGATACAACTGTTTTATGACGAGACAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-A-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * ** * * * *
2759 CTCAAGTAGTTATGACAATTAGAACTTGTTCGGTAAAGATATTTATGTTTAAAATCTTTTACTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
**** * * * * ** *
2824 TTAATTGCCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAA-AAGCTTATGTGAACAAAAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAACA
* * * * * *
2888 CAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAAAAATAATTGTGCAAATAGTCAT
193 C-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
** * * * * * *
2953 AACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTAGTTTTCTAAA
256 AACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAA
*
3018 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTG
320 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTG
* * * * * * *
3057 CATGAATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
3122 TCAAAGAGTAATAACTATTTGAACTTG-ATCGATAAACAGT-TTCAGTTTTTAAATATCTTATTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * ** **
3185 ATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTA-AATTTATGTTATTCGGAGTC-AGCTTGTACAAATAGA
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTC-AAAACAAGCTTGTA-TGAT-GA
* * * * * * * * *
3248 AACA-ATTGTCTTGTAACAAAGCAAAAGGTTATAATGCTTTGAAATAGATAATTATTTAAACAGT
189 AACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
3312 -TATAACTATTTGTACTGG-TCAATCCAACAAATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTCATTAATTT
253 CT-TAACTATTTGAACTGGTTTGAT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT
* * * * *
3374 TGAAGATATTAACAAATTAGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TG
315 TTAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTG
* * * * * * * *
3419 TGTCAATAGAAACAACTG-CTTATGACAAAACAAATGGTTATCATGATTTGAAATAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
3483 TCAAATTGTTATAACTATTTAAACTAGTTTGGTAAATAGATTGACTTTTTAAA--TC-T-CTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * * ** *
3544 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAACACA
* * * * *
3609 TTTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTTATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG-CTTTA
195 -TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TTA
* * * **
3673 ACTATTTGAA-TCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATTTTGGTTATTAATTTTTATAA
257 ACTATTTGAACT-GGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AA
* * * *
3737 TATTATTATATTAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCTTG
320 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * *
3776 TATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
3841 TCAAATAGTCTTAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
*
3906 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAACACA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAACACA
* * * * **
3971 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTTAAATAGATAATTATTCAAATGGTGATAA
195 -TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAA
* * ** ** * * * * *
4036 TTATTTGAACTGATTTGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATTCTCAAAATTTGAAATA
258 CTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAAATA
* * * * *
4101 TTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
322 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * *
4138 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
*
4202 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAACTTCTTGCTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAA--TC-T-CTT
* * * ** * * *
4267 A-TTAATTAATTTTTCAAATGTTAACAAAAGAGTATTATTTTTTTTC-AAATAAGCATGTATGAA
124 ACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-A
* * * * * * * *
4330 CTGAAAC-GATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAG
186 -TGAAACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * *
4394 TAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
249 TAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * * *
4459 TTTAAAATATTATTACTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTG
314 TTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * ** * * *
4505 TATAAATAGAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATATATAATTGAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
4570 CAAATAGTCATAACTAATTGAA-ATGATTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-C---T
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *** * ** * *
4630 TAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAAT-AAAAAC
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-ATGAAACAC
* * * *** * * * * * * *
4694 AATTATTTTATGACAAAATAACATACCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTTAAATGGACATG
194 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA
* * * ** * * * * * *
4759 ACTGTTTAAAATTATTCGAT-AA-ATATATATATTTTAAATCTCTAATTTATTAA-TTTTAGAAT
257 ACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AAT
* *
4821 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACTTG
321 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * * * * *
4859 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ***** * ** **
4924 TTAAATAATCATAACTATTTGAACTCGCTT-GATAAACAAACTTATAGGAACTAAAACAATTGTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATA-TT-TATTTTTTAAATCTCTT-AC
****** * * * * *
4988 TTATTACAAAAGAAAAAGTCATTGTGATTTGAAA-TAG-A-TA-ATTATTC-AAATAATCATGAC
126 TTATTA-ATTTTTGAAA-T-A-T-T-A-AT-AAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTG--
* * * *** **** * * * * ** *
5048 TAT-TTG--A-AC-TTGTTTGGTA-AACATATTTATTCTTTAAAATCTTTTACTTA-TTAATTG-
181 TATGATGAAACACATTGTTT--TATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * * * *** * **
5105 TCAAA-A-TATTAA-TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATT
244 TCAAATAGTCTTAACT--ATTTGAACTGGTTTGA--TAAACAAATTTAT-TTTTTA-AATCTCTT
** * ** ** * * * *** *
5167 GTTTTATGGCAAAATAAAAAGTCATAACAAGTAGGAATAAATAATTGCACAAATATTCAT-AATG
303 -ACTTAT--TAATTTTTAAA-T-AT--TAA-TA--AATTAGT-ATT--A-TTTTATTC-TGAATA
*
5231 A-TTTG
353 AGCTTG
* * * * * * ****** * *
5236 AACTTATTCGGTAAACAAATT-TATCTTTTAAC-TCTTTTA-CTTATTAATTG-TCTT-AATATT
1 TA-TGAAT-AG-AAAC-AATTGT-T-TTATGACAAAAAAAAGGTCA-TAA-TGAT-TTGAA-A-T
* ** * ** ** * * * * * * * * *
5296 A-ATAACT-TTGTATTA-TTTTATTTGAATTGAGCTTGTAT-GAACAGAAAAAATTCTTTTGTAA
55 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTA-A-ACATATTTATTTTTTAA
*** ** * * * * * *
5357 CAAAACAAAAGGTTAAAGTGATTTCAAATAGATAATTCTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTT
117 -ATCTC-TTA-CTT--ATTAATTT---TT-GA-AA----T--ATTAAT-A-AATTA-GT--A-TT
** * * * *
5422 ATTATTAATTTTTCCCAATAAGCTTATATGAACTGAAACA-ATTTTTTTATGATAAAACAAAAGG
160 ATT-TT-A---TTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGAAACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * * * * * ** * * * *
5486 TTATAAGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTGGTCTAGTTCGGTAAACAT
218 TCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAA
* * * * *
5551 ATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTGTTTTAAT
283 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* *
5615 ATTAATAAGCTTG
346 CTGAATAAGCTTG
* * * * *
5628 TATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGC
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
5693 TCAAATACTCATAACTATTTAAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * ** *
5753 TTAATATTTAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTT-TTC-TAACAAACTTATATGAACAAAAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAACA
*
5816 CATTTATTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAATGATTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
193 CA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAAT-ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
5879 ATAATTATTT-AGACT-GATTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
254 TTAACTATTTGA-ACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* *
5942 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC---
317 -AAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
*
5982 TA-GTAT-G--ACAA-------A--AC----AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
6030 CATATAGTC-TTACATATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTAT
66 CAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * ** *
6094 TAATTATT-AGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAT
130 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAACA-
* * * * * ** * * *
6158 AATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAAAAGTCATA
193 CATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA
* * * * * * * *
6223 ACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTATAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAAG
257 ACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* *
6288 A-T--T-AATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
321 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * *
6322 AATG-TTCA-AGTACAATTGTTATT-TGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAAT
1 TATGAAT-AGA-AACAATTGTT-TTATGA-CAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
*** * * * ** * * * * * *
6384 TGTTGGCATGGCCATAATTATTTGAAC-TAATTCGACAAACGTATTCACTTTTTAAA--TC--AT
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
6444 TTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTGTATGA
126 TTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTGTATG-
* * *
6508 ATTGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATCATTGTTCAT
185 A-TGAAACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ** * * * *
6572 ATAGTCTTAACTATTTCATCTGCTTTGGCAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
248 ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
6637 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTA
313 TTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * ** * *
6684 TATGTACTA-AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAA-GTTATAACAATTTGAAATTGATAATA
1 TATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * *
6747 GTTCAAAAAG--A-AAC----TG-----GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * *
6800 ATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC-AAATAGGCTTGTATGATGAAAA
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAAC
* * * * * *
6864 ACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTGAAAT-GGCA
192 AC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-
** * *** * ** ** * * * * *
6928 AAAATTATTTTGAACCAATTCGATAAACTGACATAATTTTTAAGTCTCTAACTTATCAATTTTGA
254 TTAACTA-TTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * * *
6993 AATGTTAATAAAGTAATA-TATTTTATT-TTAGATAAGCTTT
318 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTG
* * * * * *
7033 TATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * ** **
7097 GTTCAAATAGCCATAACTATTTGACCTTG-TTCGCTAAATAGATTCATTTTTTAAAATTTGATGT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
** * *** ** * *
7161 TTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCATGCATGAACTGA
126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGA
* * * * * * * *
7226 AA-AAATTATTTTATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAAT
189 AACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
7290 CTTAATTATTTGAACTAG-CTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATTTTT
253 CTTAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
7354 AGAATACT-ATCAATTTAGCAATATTTTACTTC-AAATAAGCTTG
317 A-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTG
* * * * * *
7397 CATGAATATAAATAA-T-TATTAT-------------T-ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
7446 CAAATAATCAAAACTATTAGAAC-TGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--TA-
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * * * **
7507 -AATTTTCAAAATATTAATAAATTGGT-TT-TATT-TT--GAATAATTTTGTATGAATAGAAACA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-AT-GAAACA
* * * * * * * * * *
7566 -ATTGTTTTACGACAAAATATAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-AT
193 CATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTT
* * * * * * * * *
7629 GATTATTTGAACTTG-TTCAGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATAAAATGTTTAG
256 AACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTA-
* * * *
7693 AATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA
318 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * *
7734 TATTAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGTGATTTGGAATAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * *
7799 TTAAATAGTCATATCTATTTGAACTAGCTTAGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
7864 TATTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGAAACA
* * * * * *
7929 -ATTGGTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATA
193 CATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA
* * * * *
7993 ACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AACCATATTTA-TTTTTAAA---ATT--TTATTAATTTCTCAA
257 ACTATTTGAACTG-GTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAA
* **
8050 ATATTAATAAATTTA-TATTACTTTATTCAAAATAAGCTTG
319 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
8090 CATGAACAGAACCAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGTTAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
8155 TCAGATAGTCATAATTATTTGAA-TATGTTAAGTAAACAAATTGATTTTTGAATTCTCTTACTCA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
8219 TTAATTTTTGGAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTGAAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGAAA
* * * ** * *
8283 TA-ATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGAGGATTTAAAATA-ATTAATTATTCAAATAG--
191 CACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC
** * * ** *
8344 TTAGGACTATTTGAACAT-GTTCAAAAAACATATTTATTTCCTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
254 TTA--ACTATTTGAAC-TGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
8408 TAAACTATTAATAAATTAATAATATTGTTATT-TGAATAAACTTG
316 TAAA-TATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTGAATAAGCTTG
* * * *
8452 TATGAACAGAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTG
* * ** * * *
8516 TTTAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTGGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
8580 TTAATTATCTT--TATATTAATAAATTTGTATTA-TTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
129 TTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-AT-GAA
* ** * * * * * * *
8642 A-AAATCATTTTACGATAAAACAAAATGTTATAGCA-ATTTTAAAAAGATAATTGTTGAAATAGT
190 ACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * * * *
8705 CATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTG
253 CTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * * *
8769 TAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTC
317 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * *
8811 TATGAACT-GAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
8874 TTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTG
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * *
8939 TTAATTGGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-ATGAATAGGCTTGTATGAATGGAAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCA-AAACAAGCTTGTATG-AT-GAAA
* * * * * *** * *
9003 CA-ACTATTTTATAATTAAAAAAAAAAACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
191 CACATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * *
9067 ATAACTATTTGAACTCATTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AGTTTTGA
254 TTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * ** * * *
9129 AATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTA
318 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * *
9170 TATGAA-AAAAACATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA-AAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
9234 TCAAATAGTTATAATTACTTGAAC-TGATTAGGTAAATAGAATTA-TTTTT-AA--TC-T-CTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
9292 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGAAA
* * * * * *
9356 AAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCATATAGTC
191 CACA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * *
9421 TTAAATATTTGAA-TGGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTG
254 TTAACTATTTGAACT-GGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * *
9485 AAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
317 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * * * * ** *
9527 TATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAATGATTTTAAGTTTACAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
9592 TCAAATAGTTAT-A-TATTTGAA-TTAGTTCAGTAAACATA-AT-TTTTTTACAATCTCTTACTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACATATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTT
* * * * * * * *
9652 ATTAATGTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-AAATAGGCTTGAATGATCAAAA
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAAC
* * * * * * * *
9716 ACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAACAAATAATTGTTCATATAGT-
192 AC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
9780 TTAAATTGTTTGGATTGCTTT-AGCAAACAAATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTT
254 TT-AACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** *
9844 GGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
317 -AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
9887 TATAAACT-GAAACAATTATTTTATAAGAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGCTAATTG
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *
9951 TTCAAATAG--A-AAC----T-AA----TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * ** *
10004 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGACAAAAAAC
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAACAC
* * * * * * * *
10069 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAATGATTTGCAATAGATAATTATTTAAATGGCCATA
194 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA
* * * * * ** * *
10134 ATTATTTGTATTGATTCGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTTTTAATTTTTTAAA
257 ACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAA-TTTTTAAA
* * * *
10198 TATTAATAAA-TAATATTATTTTATT-TCAGATATGCTTT
320 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTG
* * **
10236 TATGAACT-GAAACAATCAT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTCATACTTCTTAT-AAATAGATAA
1 TATGAA-TAGAAACAAT--TGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAA
* * * * * * * *
10298 TTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTTG
61 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* *** * * *
10363 TTTATTAATTTTTTG-AATGA-TAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCATGAATGAAC
125 CTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-A-
* * ** * * * * **
10425 TGAAA-AAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATGATTGTTTTAAT
186 TGAAACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
10489 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAGAAACACATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
250 AGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *
10553 TTAGAATATT-ATTAATTCA-CAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTG
315 TTA-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTG
* * * * *
10597 TATGAACAGAAACGATTGTTTTATGATAAAACAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGT
* * * * * * * *
10661 TGAAATACTCGTAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAGATTTA-GTTTTAAA-ATC-T-CTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** * *
10721 TTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAAAT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTAT-GAT-GAAAC
* ** * * * *
10786 A-ATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCGA-AACTATTTGAAATAGACAATAGCTT-AAATGGAC
192 ACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAA-TATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTC
* ** * * * * *
10848 ATAACTATTTGAACTTCTTTGGTGAACAGATTTATTTTTTAGA--TCTT-C-----AA---CT--
254 TTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* *
10900 -TATTAAT--TTTAG-A--A---TA-T-T-AATAA-ATTG
319 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * *
10927 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CATTTGAAATAAATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
10991 TCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATTTTATTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
11056 TTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTC-CAATAAGTTTTTATGAACAGAAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGAAA
* * ** * *
11120 CAACA--GGTTTATGATAAAATGAAA-TTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
191 C-ACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
11182 ATAACTATTTGAA-TGTGTTAAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
254 TTAACTATTTGAACTG-GTT-TGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
*
11244 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTG
317 -AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTG
* * *
11287 CATGAATAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTG
* * * * * *
11351 CTT-AGAT-GATCATAACTATTTGGAA-ATGTTT-GACAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTA
64 -TTCAAATAG-TCATAACTATTT-GAACTTGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
11412 CTCATTAATTTTAG-AATATTCATGAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCATATATGAACT
125 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTGTATG-A-T
* * * * *
11475 GAAATA-ATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATA
187 GAAACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
*** * ** * * * * *
11539 GTCAGGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTACTTACTAGTTGT
251 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T
* * * * *
11604 TGAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTG
315 TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * ** *
11648 TATGAATGGAAACAATTTTTTTATGATAAAAAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * *
11712 CAATTAGTCATAAGAATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* ** *
11777 AATTTTCT-TAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATGGAAA-A
131 AATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-AT-GAAACA
* ** ** * * * * *
11839 AATCATTTGGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCA-ATTTCAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
193 CATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * ** * * * *
11903 AATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAT
256 AACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AA
* *
11968 TATTAATAACTTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAG-TTG
320 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * * * * *
12006 AAATGAACTA-AAATAATT-TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATACTT
1 -TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * *
12069 ATTCAAATAGTTATGACT-TTTGATA-TAGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGC
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC
* ** * * * * *
12129 TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAATAGA
126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-AT-GA
** * * * * ** * * *
12194 AA-TTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGT
189 AACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
12258 CATAACTTTTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTG
253 CTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* * * * *
12319 AAATATTAATATATTAGAATTATTTTATTCTGAACAAACTTA
317 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * *
12361 TATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAACAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * *
12426 TCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-CGAATAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
12490 TTAATTTTTTATATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTC-AAATAAGCTAGTATGAAGTGAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGAA
* * * * *
12553 AAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA----ACAAT-TTT-AAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
190 ACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * *
12612 TAACTATTTGAACTAGTTTGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGA
255 TAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AA
** *
12677 ATATTTTTATATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTG
319 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * * * * * * * *
12717 TATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAATGCTTTGAAGTATACAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
12782 TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
** * ** * * * * * *
12846 ATTAATTTTTGAGAGGA-TAATAAATTACTATTATTTTATTTTAAATAAACATATATGATCAAAA
128 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAAC
* * * * * * * * * *
12910 ACAATTGTTATATGACCAAATAAAGGGTAATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTGAAATGGCCA
192 AC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * * *
12975 TAATTATTGGAA-TCGATTT-AGTAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG
255 TAACTATTTGAACT-GGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-
* *
13038 AATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAACTAAGCTTG
317 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTG
* ** * *
13080 TGTGAATTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG-CAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** * * *
13144 TCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTAAA-CTTTTGCTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * **** * *
13206 TATTTTTTGAATTATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGAAACA
* * * * * * *
13271 AAATGTTTTATGTCAAAACTAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT
193 CATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * * * *
13336 CACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTTTTAATTTTTT
256 AACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATC-TCTTACTTATTAA-TTTTT
* *
13399 GAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
317 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * * ** * *
13441 TAAG-ATACGAAACAAATATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTCGAAATAGATAATTA
1 TATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** *** * ** * * *
13505 TTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAACTCAACAAACACATTTATTTTTTATATCTCTCACTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
13570 TTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATGATTAGAAA
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCAAAACAAGCTTGTATGA-T-GAAA
* * * *
13634 CA-ATT-TTTTATGACAAAAC-ATAGATCTTAATGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTC
191 CACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
13695 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATATTTATTTTTTAAAGCTCTTACTTATTAATTTTTGA
254 TTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
* * *
13758 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAACAAGCTTG
318 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * * **
13799 TATG-ATAAAAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCA
1 TATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * * *
13863 TTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAA-ATAATTCGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAGTTTCTTAC
64 TTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
13925 TTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATCAATTAGTGTTATTTTAATC-CATCTAAGCTTGTAGTAACT
126 TTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAAC-AAGCTTGTA-TGA-T
* * * * * * * *
13988 GAAA-AAAATGTTTTCTGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGACAATTGTTCAAATA
187 GAAACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** ** * * * * *
14052 GTAATAACTATTCAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTATTTCCTATTAATTT
251 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * *
14117 TTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTCTTCTGAATAAGCTTG
314 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * ** *
14162 TGTGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** ** *
14227 TCTAATAATCTTAACCATTTAAACTAATTCGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
14291 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTATAAAT-AAACA
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAAACAAGCTTGTAT-GATGAAACA
* * * * * ** *
14354 -ATTATTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATGAATGATTTGGAATAGGTAATCATTCATA-AGTC
193 CATT-GTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT-AAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** **** ** * * * **
14417 TTTAACTATTTTGTAACATCGGTTTGGCAATTGGAGATATTGTTTAATTTTCTTGGTTTATATAA
254 -TTAACTA-TTTG-AAC-T-GGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTAT-TAA
* * * ** **
14482 -GTTTAGGAATATTAATAAGTTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAA
312 TTTTTA--AATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
14531 TATGAATAGGACCGAAGTTGTTTGAT-ATAAAAACAAAAGTTATAAAGCGAGTTTAGAAATAGAT
1 TATGAATAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAAA-AAAGGTCAT-AA-TGA-TTT-GAAATAGAT
* * * *
14595 AATTAG-TCAAAATAGGATCAATTAAACTATTTGAA-ATGGTTAGCAATA-A-ATTTACTTTTTA
59 AATT-GTTC-AAATA-G-TC-A-T-AACTATTTGAACTTGTTTAGTAA-ACATATTTATTTTTTA
* * *
14656 AATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC--AA-AA-CTT
116 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAACAAGCTT
* * ** * * *
14717 ATATTAAAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCA
180 GTATGATGAAACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATT-G
* * * * ** *
14781 TTCATA-AG--TTAA-TATTTGAACTAG-TTCAGCAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATT
243 TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *
14840 ATT-ATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTC--AATAAGCTTA
307 ATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * ** *
14890 TAT--A-ACAAACAATTGTTTTATG--ATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA-GATTGTT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* *
14949 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* *
15008 AA-TTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTA-TTTATTC--AA-TAGCTTCTAT-ATTGAAACA-A
131 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGA-TGAAACACA
* * * * *
15065 TTGTTTTATGAGAAAACAAAATGT-A-AA-ATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAATCTTAACC
195 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACT
* * * * * *
15126 ATTTCAATTGATTCGA-ACAAAAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAACTTTTAAATATT
260 ATTTGAACTGGTTTGATA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATT
* *
15189 -ATAAATTTGCATTA---T-TT-T-AATAAGCTT-
324 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
** *
15216 TATGAACTA-AAACAATTG-TTT-TGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * **
15278 TCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-G-ACAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTC-TGGTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTA-AA-CATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
** ** * ** * ** *
15339 ATTAA-TTTT-AAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAACAGGAC
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGATGA-AAC
* * * * * * *
15402 A-ATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTA-AATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTCA
192 ACATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * *
15464 AAACTATTTGAA-TGGTTT-AGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTA
255 TAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-T-
* *
15527 AAATATTAATAAA-T--TATT-TTTTATT-TCGAATAAACTTA
317 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTG
* * ** *
15565 TATTAAT-GAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * * * * *
15629 TTCATGTAGTCTTAACTATTTTG-ACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTT
64 TTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * **
15693 ATTAA-TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTC-GAATATGCTTATATGAACAAA-
128 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGATGAAAC
* * * * *
15755 ACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCA
192 AC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * *
15819 TAACTATTTGAATTGGTTTGGT-AAC-GATTTA-TTTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTCTTGAA
255 TAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TT-TA
* * * *
15877 AATATTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTC
318 AATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
* * * * * *
15919 TAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATAATAATTTGAAATAGATAGT
1 TATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA--AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
15981 TGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA--TG---A-T-----T-TAT-TTTTTTAAA--T-GT-CT
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * *** * * * *
16029 TATTAACTTTTGAAATATTAATCAA-TAGTATTAATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAA
127 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATG-A-TGA
* *
16093 AACA-ATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTC-AATCA-
189 AACACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG
* ** * * * * *
16153 TCGTAACTATTCAAATTTG-TTAATAAACAAATTTATTTTTTCAAAT-TCTTGCTTTTTAATTTT
252 TCTTAACTATTTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * *
16216 TTGAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTC-CAAGTAAGCTTG
315 TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTG
* * * * * * *
16259 TATGAACT-GAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAATTA-AAAATT
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATT
* * * * * * * *
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* * ** *
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Statistics
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Alignment explanation
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2823 ATTAATTGCC
* *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
3411 TAAGAC-TGTGTCAA-TAGAAACAACTG-CTTATGACAAAACAAATGGTTATCATGATTTGAAAT
575 TAAG-CTTGTATCAACTA-AAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * *
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703 TCTTGCTTTAATTAATTTTT
*
3552 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACAAA-CTTATATGAACAAAAACATTTGTTT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAA-AAAGCTTATATGAACAAAAACA-TTGTTT
* * *
3616 TACGATAAAAGAAAAGGTTATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG-CTTTAACTATT
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* **
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* * * *
3743 TATATTAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAAT
191 TATATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-
*
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255 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG
* *
3873 TAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
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** * *
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* ** * * ** **
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445 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAACTG-GTCAATCAAACAAAT
* * * *
4063 TTATTTTTTAAATCTCCAAATT-CTCA-AAATTTGAA-ATATTAATAAAATAATATTATTTTATT
509 TCATTTTTTAAAT-T-C--ATTACTCATAAATTTGAAGATATTAACAAAATAACATTACTTTATT
* * * * * * * *
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570 TTGAATAAGCTTGTATCAACTAAAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
* * * * * *
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4255 AACTTCTTGCTTATTAATTAATTTTT
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* * * ** * * * * ** *
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1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTGTTT
*
4345 TATGACT-AAATAAAAGGTCA-AA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-TAGTAGTCTTAACTA
64 TATGA-TAAAACAAAAGGTCATAATA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCATA-TAGTCTTAACTA
* ** * * * *
4406 TTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
126 TTTGAACTGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * * * *
4471 TTACT-TTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACATTTGTTTTATGACAAA
190 TTA-TATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** * * * * *
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* *
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* * * ** * ** * * * * * * * *
4661 TTTTATTTTGAATA-ATTTTGCATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAATAACATACCATAA
383 TTTTA-CTCGAAAACAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTCTTATAACAAAACAAAAGATCATAA
** * ** ** * * * * ** * * *
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447 TGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAACAGTGATAACTATTT-GAACTGGTCAATCAAACAAATT
* * * * * * * * ** * **
4787 -ATATTTTAAATCTC-TAATTTATTAATTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
510 CATTTTTTAAAT-TCATTACTCATAAATTTGAAG-ATATTAACAAAATAACATTACTTTATTTTG
* * * * * * * *
4849 AATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAA
573 AATAAGCTTGTATCAACTA-AAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * ****
4913 TAAATAATTATTTAAATAATCATAACTATTTGAACTCGCTT-GATAAACAAACTT-ATAGGAACT
637 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAG-TAAACAGA-TTGAT--CTTTT
* ** * *****
4976 AAAACAATTG-TTTTATTACAAAAGA
698 TAAACTCTTGCTTTAATTA-ATTTTT
* * * * * * *
5001 AAAAGTCATT-GTGATTTGAA-ATAGATAATTA-T-TCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTT
1 AAAA-T-ATTAATAAATT-AATAT-TAT-TTTATTCTCAAA-AAGC-T---TATATGAAC-----
** * * * *
5062 TGGTAAACATAT-TTATTCT-TTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCA-AA-ATATTAAT-AAAT
51 --AAAAACAT-TGTT-TTATGATAAAA-C----A---A--AA-GGTCATAATAGATT--TGAAA-
* * ** * * * * *** **
5122 TAGTATTATT-TTAATCTGAATAAACTTATA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAATAAA
98 TAG-ATAATTGTTCA--T--ATAGTCTTA-ACT-ATTTG-AAC--TGGTTTGATAAAAAAAT-TT
** ** ** *** * * * *** * * * * *
5185 AAGTCATAACAAGTAGGAATAAATAATTGCACAAATATTCATAATGATTTGAACTTATTCGGTAA
152 ATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATT-ATTAT-ATTAGTA-TTATT--TTAT
* * * * *** ** ** * * ** * ** * *
5250 ACA-AATTTATCTTTTAACTCTTTTACTTATTAATTGTCTTA--ATATTAATAACTTTGT-ATTA
210 TCAGAA-TAAGCTTGT-A-T-GAATA-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTTATAATGA
* ** *** * * ** * *** * ** *
5311 TTT----TATTTGAATTGAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTCTTTTG-TAACAAAACAAAAGGTT
270 TTTGAAATATAT-AATTGTTCAAATA-G-TCATAACTATTTGAATTGTTTAGTAAAC-ATA--TT
* * *** * * * ** * *
5371 AAAGTGATTTCAAAT-AGATAATTCTTCAAATAATCATAATTATT--TAAACTTATTATTAATTT
329 -TAGT--TTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGA-AA-TATTAATAAA-TTAGTATT-ATTT
* * * * * * * * * * * *
5433 TTC-CCAATA-AGCTTATATGAACT-GAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAA-GA
386 TACTCGAAAACAGCTTGTA-CAAATAGAAACAATTGTCTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * * * * * ** * ** * *
5494 TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATGATTATTTGGTCTAGTTCGGT-AAACATATTTATT
450 TTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAACT-GGTCAATCAAACAAATTCATT
* * * * * *** ** *
5558 TTTTAAAATT-TTTACTTATTAATTGTTGAA-ATATTAATAAATTAGTGTTGTTTTAATATT-AA
514 TTTT-AAATTCATTACTCA-TAAAT-TTGAAGATATTAACAAAATAACATTACTTT-ATTTTGAA
* * * * * *
5620 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
575 TAAGCTTGTATCAACTA-AAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
* * * *
5684 AATAATTGCTCAAATACTCATAACTATTTAAACTAGTTT-GATAAATAGATTTAT-TTTTTAAA-
639 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAG-TAAACAGATTGATCTTTTTAAAC
*
5746 TC-T-C-TT-ATTAATATTT
703 TCTTGCTTTAATTAATTTTT
* * *
5762 AAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTT-TTCT-AACAAA-CTTATATGAACAAAAACATTTATT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCTCAA-AAAGCTTATATGAACAAAAACA-TTGTT
* * * *
5824 TTATGACAAAA-AAAATGGTCATAAT-GATTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
63 TTATGATAAAACAAAA-GGTCATAATAGATTTGA-AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
* * *
5886 TTT-AGACT-GATTAAGTAAACAAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
126 TTTGA-ACTGGTTTGA-TAAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATA
* * * *
5948 TTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC---------T-------A--G---TATGAC
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* * * * *
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* * * * * * * * *
6055 GTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATT-AGAATATTATTAGATTA
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** * * ** * * * * * * *
6119 GTATTATTTTTTTCCAAATA-AGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAATACAAAAGG
377 GTATTATTTTACTCGAAA-ACAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTCTTATAACAAAACAAAAGA
* * * ** * * * * * *** *
6183 TTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGT-AAAT
441 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAACT-GGTCAATCAAAC
* * * * * * * * *
6247 AGATTTATTTTATAAA-TCTTTTACAT-ATTAATTTTTGAA-AGATT----AATTAGCATTATTT
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* *** * * * * *
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** *** * * * * * * * *
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*
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* * * ***
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* * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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** * * * ** ** * * *** *
6892 CATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTGAAATGGCAAAAATTATTTTGAACCAATTCGAT-AAAC
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* * * * * * * * * * *
6956 TGACA-T-AATTTTTAAGTCTC-TAACTTATCAATTTTGAA-ATGTTAATAAAGTAATA-TATTT
505 --AAATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTCAT-AAATTTGAAGATATTAACAAAATAACATTACTT
* * * * * * * * *
7016 TATTTT-AGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATATTT
566 TATTTTGA-ATAAGCTTGTATCAACTAAAACAACTGTCTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
7080 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGACCTTG-TTCGCTAAATAGATTCAT
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* * *
7144 -TTTTTAAAAT-TTGATGTTTATTAATTTTT
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** * * * * ** * ** *
7173 TTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCATGCATGAACTGAAAAA-ATTATTT
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
7363 TCA-ATTTAGCAATATTTTACTTCA-AATAAGCTTGCATGAATATAAATAA-----TTAT-----
190 TTATA-TTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * *
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253 AAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTA
* * ** * *
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* ** ** * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * *
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7872 GAAATTTTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGT
1 AAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTGTT
* * * *
7935 TTATGAAAAAATAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATT
63 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATT
* ** * * *
7999 TGAA-TGTGTTCAGA-AACCATATTTA-TTTTTAAA---ATT--TTATTAATTTCTCAAATATTA
128 TGAACTG-GTT-TGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAATATTA
* * * * * * * ** * *
8056 ATAAATTTA-TATTACTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATTTTATGATAGA
190 TTATA-TTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACA-A
* * * * * *
8120 ACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGT-TAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTGAATATGTT
253 AAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-TATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTT
* * * * * * *
8184 AAGTAAACAAATTGA-TTTTTGAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATAAATAAATTAGTA
316 TAGTAAACATATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * *
8248 TTATTTTATTTC-AAATA-AGCTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGT
380 TTATTTTA-CTCGAAA-ACAGCTTGTA-CAAATAGAAACAATTGTCTTATAACAAAACAAAAGAT
** * * * * ** * *
8310 CACGAGGATTTAAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACATGTTCAA-AAAAC
442 CATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAAC-TGGTCAATCAAAC
* * ** * * * * * * * * *
8373 ATATTTATTTCCTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTAA-ACTATTAATAAATTAATAATATTGT
505 AAATTCATTTTTTAAATTC-ATTACTCA-TAAATTTGAAGA-TATTAACAAAATAACATTACT-T
* * * * *
8436 TA-TTTGAATAAACTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GA
566 TATTTTGAATAAGCTTGTATCAACTA-AAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-
* * * * ** * *
8498 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTGGGTAAACAAATTTAT-
629 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAGATTGATC
* * *
8561 TTTTTAAATGTTTTAC-TT-ATTAATTATCTT
694 TTTTTAAA-CTCTTGCTTTAATTAATT-T-TT
* ** * * * * **
8591 --TATATTAATAAATTTGTATTA-TTTATTC-AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTATATGAACA-AAAACATTGTTT
* * * ** * * * * * *
8652 TACGATAAAACAAAATGTTATAGCA-ATTTTAAAAAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTT
64 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT
* * ** * * * * * * * *
8716 AAACTTGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGTAATATTAATA
129 GAACTGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTATTA
** * * *
8780 -ACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACT-GAAATAATT-TTTTATGACAAAAC
193 TA-TTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-
* * * * *
8842 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATCTAGTTTA
255 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-T-GTTTA
* * * ** *
8906 GTAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTTTACTTGTTAATTGGTAAAATATTAATAAATTAGTATT
318 GTAAACATATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** * * * * * * * *
8970 ATTTTAATATGAATA-GGCTTGTATGAATGGAAACAACTATTTTATAATTAAAAAAAAAAACCAT
382 ATTTTACT-CGAAAACAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTCTTATAA-CAAAACAAAAGATCAT
* ** * * ** ** * *
9034 AATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTGAT-AAATAGAT
445 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAACT-GGTCAATCAAACA-AA
* * * * * ** *
9098 TTTATTTTTTAAATCTC-TTA-T--TAAGTTTTGAA-ATATTAATATATTAGTATTACTTTATTC
508 TTCATTTTTTAAAT-TCATTACTCATAA-ATTTGAAGATATTAACAAAATAACATTACTTTATTT
** * * * * * ** * * *
9158 CAAACAAACTTATATGAA-AAAAACATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
571 TGAATAAGCTTGTATCAACTAAAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
9222 ATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTACTTGAACT-GATTAGGTAAATAGAATT-A--TTTTT
636 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTA-GTAAACAG-ATTGATCTTTTT
9283 -AA-TC-T-C-TT-ATTAATTTTT
699 AAACTCTTGCTTTAATTAATTTTT
* * *
9301 GAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTC-CAAATAAGCTAGTATGAATTGAA-AAAAAC-TT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCT--TAT--A-TGAACAAAAACATT
* * * * *
9363 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGGTAATTATTCATATAGTCTTAAAT
60 GTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
* ** * * * *
9427 ATTTGAA-TGGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATAT
125 ATTTGAACT-GGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATAT
* ** * * *
9491 TATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAA
188 TATTATATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
9556 AACAAAGGGTTATAATGATTTTAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTGAATTAGTT
253 AA-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTT
* * * * *
9619 CAGTAAACATAATT--TTTTTACAATCTCTTACTTATTAATGTTTGAAAGATTAATAAATTAGCA
316 TAGTAAACATATTTAGTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
9682 TTATTTTATTTC-AAATA-GGCTTG-A-ATGATCAAAAACAATTGT-TATATGACCAAACAAAAG
380 TTATTTTA-CTCGAAA-ACAGCTTGTACA-AAT-AGAAACAATTGTCT-TATAACAAAACAAAAG
** ** * * * * * * * * * * * * ** *
9742 GCCATAATTTTTTATAAACAAATAATTGTTCATATAGT-TTAAATTGTTTGGATTGCTTTAGCAA
440 ATCATAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAACAGTGAT-AACTATTTGAACTGGTCAATCAA
* * * * * * ** * * *
9806 ACAAATTTATTTTTTACATCTC-TTAGTTATCAATTTTTGGA-ATATTATTAAATTAATATTATT
503 ACAAATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTCAT-AA-ATTTGAAGATATTAACAAAATAACATTACT
*** * * * * * * * * * * * *
9869 TTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATAAGAGAATAAAAGGTTATAACGA
565 TTATTTTGAATAAGCTTGTATCAACTAAAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
** * * * *
9934 TTTGAAATAGCTAATTGTTCAAATAG--A-AAC----T--A--A-TTTGGTAAATAAATTTAT-T
630 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAGATTGATCT
*
9986 TTTTAAAACTCTTAC-TT-ATTAATTTTT
695 TTTT-AAACTCTTGCTTTAATTAATTTTT
* * *
10013 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-CAAATAGGCTTGTATG-ACAAAAAACAATTGTT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTATATGAAC-AAAAAC-ATTGTT
* * * * * * * * * * *
10076 TTATGACAAAACAAAAGTTCGTAAT-GATTTGCAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATT
63 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATT
* * * * *** * * * *
10140 TGTATTGATTCGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTTTTAATTTTTTAAATATTAAT
128 TGAACTGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTATT
* * * * * * *
10205 A-AATAATATTATTTTATTTCAG-ATATGCTTTTATGAACT-GAAACAATCAT-TTTTATGATAA
192 ATATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAAAAAT--TGTTTTATGACAA
* * ** * * * * *
10266 AACAAAAGGTCATACTTCTTAT-AAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTTAT
253 AA-AAAAGGTTATAATGATT-TGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGT
* * * * **
10330 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTG-AATGA-TAATAAATTA
315 TTAGTAAACATATTTA-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATTAATAAATTA
* * * * * * * * * * * *
10393 GTATTA-TTTATTTTGAATA-AGCATGAATGAACT-GAAAAAATTATTTTACAACTAAACAAAAG
377 GTATTATTTTA-CTCGAAAACAGCTTGTA-CAAATAGAAACAATTGTCTTATAACAAAACAAAAG
* * ** * * ** * ** * *
10455 GTCAGAACAATTTGAAATAGATGATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGA-GAAA
440 ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAACTGG-TCAATCAAA
* * * * ** ** * * * *
10519 CACATT-TTTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTCACAATATTTT
504 CAAATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTCATAAATTTGAAG-ATATTAACAAAATAACATTACTTT
* * * * * * *
10581 ACTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACGATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATCATAATGAT
567 ATTTTGAATAAGCTTGTATCAACTA-AAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * *
10644 TT-AAGATAGATAATTGTTGAAATACTCGTAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATAGATT--TA
631 TTGAA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAG-TAAACAGATTGATC
* * *
10705 GTTTTAAAATC-T-C-TT-ATTAGTTTTT
694 TTTTTAAACTCTTGCTTTAATTAATTTTT
* * ** * * *
10730 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATAAATAGAAATA-ATTGTT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTATATGAACA-AAA-ACATTGTT
* * ** * * * * * *
10793 TTACGACAAAACAAAATATCGA-AACT--ATTTGAAATAGACAATAGCTT-AAATGGACATAACT
63 TTATGATAAAACAAAAGGTC-ATAA-TAGATTTGAAATAGATAATTG-TTCATATAGTCTTAACT
** * * * * * *
10854 ATTTGAACTTCTTTGGTGAACAGATTTATTTTTTAGATC--TT-C-----AA---CT---TATTA
125 ATTTGAACTGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTA
* * * *
10905 --ATTTTAG-A--A---TATT---AATAA-ATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
190 TTATATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
10958 CAAAAGATCATAA-CATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGGTTA
255 -AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTA
* * * * * *
11022 GTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATT
318 GTAAACATATTTA-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * ** * ** * * ** * *
11087 ATTTTGTTTCCAATA-AGTTTTTATGAACAGAAACAACAGGT-TTATGATAAAATGAAA-TTTAT
382 ATTTT-ACTCGAAAACAGCTTGTACAAATAGAAACAA-TTGTCTTATAACAAAACAAAAGATCAT
* * * * ** *
11149 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTAAGAAAACATAT
445 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAACTG-GTCAATCAAACAAAT
* * * * * * * * * * *
11213 TTATTTTTAAAATT-TTTACTTATTAATTTTTGGA-ATATTAATAAATTTATATTATTTTA-TTT
509 TCATTTTTTAAATTCATTACTCA-TAA-ATTTGAAGATATTAACAAAATAACATTACTTTATTTT
* * * * *
11275 GAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTG
572 G-AATAAGCTTGTATCAACTA-AAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTG
* * * * *
11338 AAATAGATAATTGCTT-AGAT-GATCATAACTATTTGGAAA-T-GTTT-GACAAACAAATTAAT-
634 AAATAAATAATTG-TTCAAATAG-TCATAACTATTT--AAACTAGTTTAG-TAAACAGATTGATC
* * *
11397 TTTTTAATTCTCTTAC--TCATTAA-TTTT
694 TTTTTAA-ACTCTTGCTTTAATTAATTTTT
* * * * * *
11424 AGAATATTCATGAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATATATGAACTGAAATA-ATTGTT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTATATGAAC--AAAAACATTGTT
* * * * * * ***
11487 TTATTACAAAACAAAAGGTCACAA-CGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCAGGACTATT
63 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATT
* ** * * * * * *
11551 TGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTACTTACTAGTTGTTGAAATATT-TA
128 TGAACTGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAT-
* * * ** * * *
11615 TAAATTAATATTATTTTAAT-ATGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTTTTTTATGATAAAA
191 TATATTAGTATTATTTTATTCA-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * **
11679 AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAAGAATTTGAACTTGTTTAG
255 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTAG
* * * * *
11743 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATT-GTATTA
319 TAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * ** * * *
11806 TTTTATTTGAAATA-AGCTTGTATGAATGGAAAAAATCAT-TTGGTGACAAAACAAAA-AGTTAT
383 TTTTACTCGAAA-ACAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTCTT-ATAACAAAACAAAAGA-TCAT
*** * * * * * * * * *
11868 AGCAATTTCAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAAT-AAACAGAT
445 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAAC-TGGTCAATCAAACAAAT
* * * ** * ** ** * *
11932 TCATTTTTTAAATCTC-TTAATTATTAATTTTTAGATTATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC
509 TCATTTTTTAAAT-TCATTACTCATAAATTTGAAGA-TATTAACAAAATAACATTACTTTATTTT
* * * * * * * *
11996 AAATAAG-TTGAAATGAACTAAAATAA-TTTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
572 GAATAAGCTTG-TATCAACTAAAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
12059 ATAAATACTTATTCAAATAGTTATGACT-TTTGATA-TAGTTTGGTAAACA-ATTTAT-TTTTTA
636 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTTAGTAAACAGATTGATCTTTTTA
* * * *
12120 AAATTTTGC-TT-ATTAATTGTC
700 AACTCTTGCTTTAATTAATTTTT
* * * **
12141 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCTTTTATGAATAGAAATTATTGTTT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTATATGAACA-AAAACATTGTTT
* * * ** * * * * * *
12205 TGTAATAGAACAAAAAATCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTT
64 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT
* * * *
12269 GAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATA
129 GAACTGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTATTA
* * * * * * *
12330 TATTAGAATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAA
193 TATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA-AA
* * * * * ** **
12395 AAGGTCATAGTGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGAATAGGTA
257 AAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTA-GTA
* * * * * * *
12460 AACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTATATATTAATAAATTTA-TTTTATT
321 AACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* * * * * * * *
12524 TTATTTC-AAATA-AGCTAGTATGAAGT-GAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-A-C--A
385 TTA-CTCGAAA-ACAGCTTGTA-CAAATAG-AAACAATTGTCTTATAACAAAACAAAAGATCATA
* * * ** * ** *
12582 AT--TTT-AAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGA-CAAAAAAATT
446 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAACT-GGTCAATCAAACAAATT
* * * * * *** * * ** * *
12643 TATTTTTTAAATCTC-TTAGTTATTAATTTTTGGA-ATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTC
510 CATTTTTTAAAT-TCATTACTCA-TAA-ATTTGAAGATATTAACAAAATAACATTACTTTATTTT
* * * * * * * * *
12706 GAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAATGCTTTGAA
572 GAATAAGCTTGTATCAACTA-AAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
12770 GTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTTA
636 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAG-TAAACAGATTGATCTTTTTA
*
12834 AATCTCTTAC-TT-ATTAATTTTT
700 AA-CTCTTGCTTTAATTAATTTTT
* ** * * * * *
12856 GAGAGGA-TAATAAATTACTATTATTTTATT-TTAAATAAACATATATGATCAAAAACAATTGTT
1 -AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTGTT
* ** * * * * * * * * * *
12919 ATATGACCAAATAAAGGGTAATAAT-GATTTGAAAAAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATT
63 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATT
* * * * * * ** *
12983 GGAA-TCGATTT-AGTAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAATTATTA
128 TGAACT-GGTTTGA-TAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
* * * * * ** *
13046 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-ACTAAGCTTGTGTGAATTCAAACAATTGTTTTATGACAAA
190 TTATATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * *
13110 ACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-GCAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGTTC
254 A-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTT
* * * * * * * *
13174 GGTAAACAAATTTA--TTTTAAA-CTTTTGCTTATTATTTTTTGAATTATTAAGAAATTAATATT
317 AGTAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** * * * ** * *
13236 ATTTTATTTTGGATA-AGCTTTTATGAATTGAAACAAAATGTTTTATGTCAAAACTAAATGGTCA
382 ATTTTA-CTCGAAAACAGCTTGTACAAATAGAAAC-AATTGTCTTATAACAAAAC-AAAAGATCA
* * * * * * * * *
13300 TAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCAGT-AAACAGA
444 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAAC-TGGTCAATCAAACAAA
* * ** * *** * * * * * *
13364 TTTATTTTTTCAAA-TCATTTCCTTTTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAGATTATTTTATT
508 TTCATTTTTT-AAATTCA-TTACTCATAAATTTGAAG-ATATTAACAAAATAACATTACTTTATT
* ** * * * * * ** *
13428 CTGAATAAGCTTGTAAGATAC-GAAACAAATAT-TATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTC
570 TTGAATAAGCTTGTATCA-ACTAAAACAACTGTCT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
* * * ** * ** * ** * *
13491 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAACTCAACAAACACATTTAT-TTTT
633 GAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAGATTGATCTTTT
* **
13555 TATATCTCTCAC-TT-ATTAATTTTT
698 TA-AACTCTTGCTTTAATTAATTTTT
* * * * * * * ** *
13579 GAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TAAC-CAAATAAGTTTCTATGATTAGAAACAATT-TT
1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT-TCTCAAA-AAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTGTT
* * * * * * *
13641 TTATGACAAAAC-ATAGATCTTAAT-GATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
63 TTATGATAAAACAAAAGGTCATAATAGATTTGA-AATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
* * * * * *
13703 TTGAACTTGTTTGGT--AAATATTTATTTTTTAAAGCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
127 TTGAACTGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAT
* * * * * *
13766 TAAATTAATATTATTTTATTTCA-AACAAGCTTGTATG-ATAAAAAGCAATTATTTTATGATAAA
191 TATATTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAAAAA-AAATTGTTTTATGACAAA
* * ** * * * * **
13829 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAATAATT
254 A-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTGTTT
* * * * * * *
13893 CGATAAAC-TGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATCAATTAGT
317 AG-TAAACAT-ATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAATAAATTAGT
* * * ** * * * * * * * * *
13956 GTTATTTTAATCCATCTA-AGCTTGTAGTAACT-GAAAAAAATGTTTTCTGACAAATCAAAAGGT
379 ATTATTTTACTCGA-AAACAGCTTGTA-CAAATAGAAACAATTGTCTTATAACAAAACAAAAGAT
* * * * * * * ** * **
14019 TATAATGATTTTAAATTGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTCAAACTTGTTTGAT-AAACA
442 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTGATAACTATTTGAAC-TGGTCAATCAAACA
* * * * * * * * ** *
14083 GATTTATTTTTTTAAA-TCTATTTC-CTATTAATTTTTTAA-ATGTTAATAAATTAGTATTAATT
506 AATTCA-TTTTTTAAATTC-ATTACTC-A-TAA-ATTTGAAGATATTAACAAAATAACATTACTT
* * * * * * * * * * **
14145 TCTTCTGAATAAGCTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAAT
566 TATTTTGAATAAGCTTGTATCAACTAAAACAACTGTCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
* * * * * * * ** * *
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*
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* * * * * *
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* * * * * **
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** **** ** * * ** *
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* ** ** *** *
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* * * * *
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* * * * *
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296 -TC-A-T-AACTATTTGAATTGTTTAGTAA-ACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * **
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* * * ** * *
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* * ** * * * * **
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484 ATTTGAACT-GGTCAATCAAACAAATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTCATAAATTTGAAG-ATA
* ** * * * * *
14855 TT-ACTAAATTAGTATTA-TTT-TATTCAATAAGCTTATAT-AAC--AAACAATTGTTTTATG--
546 TTAAC-AAAATAACATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAACTAAAACAACTGTCTTATGAC
* * * ** * * *
14912 -ATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA-GATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--
610 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG
* *
14973 TTTGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA-TC-T-C-TT-ATTAA-TTTT
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* * * * ***
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1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAAAAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTGTTTT
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * ** **
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321 AA-CATATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** ** * ** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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511 ATTTTTTAAAT-TCATTACTCA-TAAATTT-GAAGATATTAACAAAATAACATTACTTTATTTTG
* * * * * * * **
15555 AATAAACTTATATTAA-TGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
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** * ** * * *
15619 TAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTTGACTAGTTTAGCAAATAGATTTAT-TTTTTAAA
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* *
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* * * * * * *
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1 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTCAAAAAGCTTATATGAACAAAAAC-ATTGTTTT
* * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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Statistics
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AATTTTT
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2800 TTTATGTTTA
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* * * * * * * * * *
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* * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * **
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** * * * * * * * ** * *
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* * * * ** * * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * *
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* * *
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** * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * * ** *
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* ** * * * * * * *
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* * *
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* * *
4212 CATAACTATTTGAA-CTTGTTT-AGTAAACAGATTTATTTTTTTAAACT-TCTTGCTTATTAATT
321 -ATAACTATTTGAATC-GGTTTGA-TAAAAAAATTTA-TTTTTTAAA-TATCTTGCTTATTAATT
* * * *
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* * * *
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* ** ** *
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* *
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* * * * ** ** *
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191 CTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAA
* * * * * *** * * * * *
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* * * ** * * * * * ***
4756 -ATGACTGTTTAAAAT-TATTCGAT--AAATATATATATTTTAAATCTCTAATTTATTAA-TTTT
320 TATAACTATTT-GAATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTT
* * ** * * * * * *
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* * * ****
4945 AACTCGCTT-GATAAACAAACTT-ATAGGAACT
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* ** ** ***** * * * * * *
4976 AAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCATT-GT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
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* * ** * * * **** *
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* * * * ** * *
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**** * *** * *
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* * * * ** *** * * * * *
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** ** * * * ** * * *
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**** * * * * * *
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** * * *** * ** * *
5400 ATAATCATAATTATTTA-AACTTATTATTAATT-T-TTCCCAATAAGCTTATATGAAC-TGAAAC
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* * * * * * * * * *
5461 AATTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAA-GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAATCATG
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* *** * ** * *
5525 ATTATTTGGTCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT
505 ACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * *** * * * *
5562 AAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTGTTTTAAT-ATTAATAAGC
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5749 CTTATTAATATTTAAAATATTAATAGATTA-GTA-TTACTTTT-TTCT-AACAAACTTATATGAA
188 CTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTA-TTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA
* * * *
5810 CAAAAACATTTATTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAAT-GATTT-AGAATAGATAATTGTTCA
252 CAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAA-GGTCATAATAG-TTTGA-AATAGATAATTGTTCA
* * * * * *
5872 AATAG-TCATAATTATTT-AGA-CTGATTAAGTAAACAAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
314 AATAGCT-ATAACTATTTGA-ATCGGTTTGA-TAAA-AAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTA
* ** * * *
5933 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC---TA-G-------
375 TTAATTTTT-ATAATATTAACAAA-AGAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCATGTATGAACATAA
* * * *
5985 ----------TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
438 ACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* **** * *
6040 T-ACATATTTGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTT
503 TAAC-TATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * * * * * ** * *
6079 AATTCTCTTAGTTATTAATTATTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTTTCCAAATAAGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCTT
* * * * * * * * ** * ** *
6144 ATATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGACAATACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATT
66 GTAT-AATGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
6208 GTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGTAAATAGATTTA-TTTTATAAATCTTTTAC
130 ATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGA-TTTGATAAACAAATTTAGTTTT-TAAATCTCTT-C
* ** * * * **
6271 ATATTAATTTTTGAAAGA-T--T-AATTA-GCA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGA-ATGTTC
192 ---TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTT-ATATGAAC
** * ** * * * ***
6329 AAGTACAATTGTTATT-TGACCAAACAAAAGGTAATAAT-GATTTGAAATAGCTAATTGTTGGCA
253 AAAAACAATTGTT-TTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * ** * * *** * * *
6392 TGGCCATAATTATTTGAA-CTAATTCGACAAACGTATTCACTTTTT-AA-ATCAT--TTATTAAT
316 TAGCTATAACTATTTGAATC-GGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAA-
* * * * * ** *
6452 TTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTCA-AATAAGTTTGTATGAA-TTGAAA
379 TTTTTATAATATTAACAAA--A-GAGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCATGTATGAACAT-AAA
* * * * * *
6515 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATCATTGTTCATATAGTCTT
439 CAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * **** * * *
6580 AACTATTTCATCTGCTTTGGCAAATAGATTAATTTTTT
504 AACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * * * * *
6618 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-TT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCTT
* * * * * * * *
6682 -TAT-ATGTACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAA-AGTTATAACA-ATTTGAAATTGAT
66 GTATAATG-A--AACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-ATATTTGAAATAGAT
* * * *
6743 AA-TAGTTCAAAAAG--A-AAC----TG----G-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTT
126 AATTA-TTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---
* * * * * * *
6795 TACTTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTA-GTA-TTACTTTATT-TCAA-ATAGGCTTGTAT
187 T-CTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACA-A-ACTTATAT
** ** * * * * * * *
6856 GATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTGA
249 GAACAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * ** * *** ** * * * ** *
6921 AATGGCAAAAATTATTTTGAACCAATTCGATAAACTGACATAATTTTTAAGTCTCTAACTTATCA
314 AATAGCTATAACTA-TTTGAATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTA
* * * * * * * *
6986 ATTTTGA-AATGTTAA-TAAAGTAATA-TATTTTATTTTAG-ATAAGCTTTTATGAAC-TGAAAC
378 ATTTTTATAATATTAACAAAAG-AGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCATGTATGAACAT-AAAC
* * * *** * * * *
7046 AATTATTTTATGATAAAACAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCAT
440 AATTATTTTATGACAAAA-TAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * * ** * * *
7111 AACTATTTGACCTTGTTCGCTAAATAGATTCATTTTTT
504 AACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* ** ** ** * * * * *** ** *
7149 AAAATTTGATGTTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCA
1 -AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCT
* * * * * *
7214 TGCATGAACTGAAA-A-AATTATTTTATAACTAAACAAAAGGT--TAGAATGATTTGAAATAGAT
65 TGTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA-AAT-ATTTGAAATAGAT
* * * * * * * ** * * * * *
7275 AATTGTTCTAATAATCTTAATTATTTGAACT-AGCTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTT
126 AATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGATTTGA-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCT
* * * * * * * **
7339 TACGTATTAATTTTT-AGAATACT-ATCAATT-TAGCA-ATATTTTACTTC-AAATAAGCTTGCA
190 T-C---TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTATA-TATTTATTTTA-TTCTGAACAAACTTATA
* * * * * *
7399 TGAATATAAATAA-T-TATT---AT-----------T-ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTC
248 TGAACAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
7447 AAATA-ATCAAAACTATTAGAA-CTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTT-AA-ATC-T-CTTAT
313 AAATAGCT-ATAACTATTTGAATC-GGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTAT
* * * * * * *** * *
7506 AAATTTTCAAAATATTAATAAATTG-GTTTTA-T-T-TT--GAATAATTTTGTATGAATAGAAAC
376 TAATTTTTATAATATTAACAAA-AGAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCATGTATGAACATAAAC
* * * * * * * * * *
7565 AATTGTTTTACGACAAAATATAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-AT
440 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCTT
* * * * * * * * *
7629 GATTATTTGAACTTGTTCAGTGAATAAATTTATTTTTT
504 AACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * ** * * *** * *
7667 AAATCTCTAACTTATAAAATGTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACT
1 AAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCT
* * * *
7732 TATATTAATAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AGTGATTTGGAATAAATA
65 TGTA-TAAT-GAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * * ** * * * *
7794 ATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGAACTAGCTTAG-TAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTTTT
127 ATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAAT-GATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT
* * ** * * *
7858 ACTTATTATTTTTTGAAATTTTAATAAATTAGA-A-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAA
191 -CTTA--A-TTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA
* * * * * * *
7921 CAGAAACAATTGGTTTATGAAAAAATAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCATA
252 CAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** *
7985 TAG-TCATAACTATTTGAAT-GTGTTCAGA-AACCATATTTA-TTTTTAAA-A--TT--TTATTA
316 TAGCT-ATAACTATTTGAATCG-GTT-TGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTA
* * ** * * * * *
8041 ATTTCTCA-AATATTAATAAATTTA-TATTACTT-TATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACC
378 ATTT-TTATAATATTAACAAA-AGAGTATTA-TTGTATTCAGAATAAGCATGTATGAACATAAAC
* * * * * * * * * *
8103 AATTATTTTATGATAGAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGTTAATTGTTCAGATAGTCATA
440 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA
* * *
8168 ATTATTTGAATA-T-GTT-AAGTAAACAAATTGATTTTTG
505 ACTATTT-AA-ACTGGTTCAA-TAAACACATTGATTTTTT
* * ** * * * * *
8205 AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-CTCAAAACAAGCT
* * * * ** ** *
8269 TATATGAACTGAAATA-A-TTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGAGGATTTAAAATA-ATTA
65 TGTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGA-TA
* ** * ** * * *
8331 ATTATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACATG-TTCAAAAAACATATTTA-TTTCCTAAATCTTT
127 ATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-ATGATTTGATAAACAAATTTAGTTT-TTAAATC---
* * * *
8394 TACTTATTAATTTTT-AAACTATTAATAAATTA-ATA-ATATTGTTATT-TGAATAAACTTGTAT
187 T-CTTCTTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTATATATTTATT-TTATTCTGAACAAACTTATAT
* * * * * * * * * *
8455 GAACAGAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTTA
249 GAACAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * * * * * *
8520 AATAG-TCATAA-GATTTGAA-CTTGTTGGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATT
314 AATAGCT-ATAACTATTTGAATC-GGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATT
* *** * * * * *
8582 AATTATCTT-T-ATATTAATAAATTTGTATTATT-TATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA
377 AATT-T-TTATAATATTAACAAAAGAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCATGTATGAACATAAAC
* * * * * * * * * * * * *
8644 AATCATTTTACGATAAAACAAAATGTTATAGCAATTTTAAAAAGATAATTGTTGAAATAGTCATA
440 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA
* * * *
8709 ATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTCA-TTTTT
505 ACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * ** * * * * *** *
8745 AAATCTCTTAATTACTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCTT
* *
8810 CTATGAACTGAAATA-A-TT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATGATTTGAAATAGATAA
66 GTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAGATAA
* * ** * *
8871 TTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCT-AGTTT-AGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATTTTT
128 TTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGA-TTTGA-TAAACAAATTTAGTTTTT-AAA---TC
* ** * * * * * ** *
8933 TACTTGTTAATTGGTAAAATATTAATAAATTA-GTA-TTATTTTAATATGAATAGGCTTGTATGA
187 T-CTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGA
*** * * ** * *** * *
8996 ATGGAAACAACTATTTTATAATTAAAAAAAAAAACCATAAT-GATTTGAAATAAATAATTGCTCA
251 ACAAAAACAATTGTTTTACGA-TAAAAGAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
9060 AATAG-TCATAACTATTTGAACTC-ATTTGATAAATAGATTTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTAT
314 AATAGCT-ATAACTATTTGAA-TCGGTTTGATAAA-AAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTAT
* * * ** * * * * *
9119 TAAGTTTTGA-AATATTAATATATTAGTATTACTT-TATTCCA-AACAAACTTATATGAA-AAAA
376 TAA-TTTTTATAATATTAACAAAAGAGTATTA-TTGTATT-CAGAATAAGCATGTATGAACATAA
* * * * *
9180 ACATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-T
438 ACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT
* * * * * * *
9244 ATAATTACTTGAACTGATT-AGGTAAATAGAATT-A-TTTTT
503 -TAACTATTTAAACTGGTTCA-ATAAACA-CATTGATTTTTT
* * * * *
9283 -AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--CATTTTATTTTATTCCAAATAAGC
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCA--ATATTTTACTCAAAACAAGC
* * * * * * *
9341 TAGTATGAATTGAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGGT
64 TTGTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAGAT
* * * * * * ** * *
9405 AATTATTCATATAGTCTTAAATATTTG-AATGGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCT
126 AATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAAT-GATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC-
* * * * * * * *
9469 TAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTA-GTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
189 ---TTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGA
* * * * * * * * * ** *
9532 ACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAAT-GATTTTAAGTTTACAATTGTTCAA
251 ACAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * * * *
9596 ATAGTTAT-A-TATTTGAATTAG-TTCAGTAAACATAA--T-TTTTTTACAATCTCTTACTTATT
315 ATAGCTATAACTATTTGAATCGGTTTGA-TAAA-AAAATTTATTTTTTA-AATATCTTGCTTATT
* * * ** * * * * * * *
9655 AATGTTTGA-AAGATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCA-AATAGGCTTGAATGATCAAAAAC
377 AAT-TTTTATAATATTAACAAAAGAGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCATGTATGAACATAAAC
* * * * * * *** * * * *
9718 AATTGTTATATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAACAAATAATTGTTCATATAGT-TT
440 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* * ** * * * ** * *
9782 AAATTGTTTGGATTGCTTTAGCAAACAAATTTATTTTTT
504 -AACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * ** * ** * * * *
9821 ACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCTT
* * * * * * * * ** *
9886 ATATAAACTGAAACA-A-TTATTTTATAAGAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGCTAAT
66 GTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAAT
* * *
9949 TGTTCAAATAG--A-AACTAATT----TG----G-TAAATAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACT
129 TATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTT-AAA-TC-T-CT
* ** * ** *
10002 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATA-TTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ACAA
190 TCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAAC-A
* * * * * * * * *
10064 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAAT-GATTTGCAATAGATAATTATTTAAATG
254 AAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *** * * * *
10128 GCCATAATTATTTGTATTGATTCGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTTTTAATTT
318 GCTATAACTATTTGAATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTT-GCTTATTAATTT
* * * * *
10192 TT-TAAATATTAATAAATA-A-TATTATTTTATTTCAG-ATATGCTTTTATGAAC-TGAAACAAT
382 TTAT-AATATTAACAAA-AGAGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCATGTATGAACAT-AAACAAT
* * * * * * * * *
10252 CATTTTTATGATAAAACAAAAGGTC-ATAC-TTCTTATAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATA
443 TA-TTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGAT-TT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTA
** *** * *
10315 ACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTT
505 ACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGA-TTTTTT
* ** ** * * * *** * *
10353 AAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGA-TAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCA
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAT-ATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCT
* * * ** * * * *
10416 TGAATGAACTGAAA-A-AATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCAGAACA-ATTTGAAATAGATG
65 TGTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-ATATTTGAAATAGATA
* ** * * * * * * * *
10478 ATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAGAAACACATTT-TTTTTTAAATCTCTTA
127 ATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT-
* * * * *
10542 CTTATTAATTTTT-AGAATATT-ATTAATTCACA-A--TATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATG
191 C---TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT-ATATATTTATTTTA-TTCTGAACAAACTTATATG
* * * * * *
10601 AACAGAAACGATTGTTTTATGATAAAA-CAAAGATCATAAT-GATTT-AAGATAGATAATTGTTG
250 AACAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAG-TTTGAA-ATAGATAATTGTTC
* * * * *
10663 AAATA-CTCGTAACTATTTGAA-CTAGTTTGATAAATAGATTTA-GTTTTAAA-ATC-T-CTTAT
313 AAATAGCT-ATAACTATTTGAATC-GGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTAT
* * ** * *** * * *
10722 TAGTTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAATTTTGTATAAATAGAAA
376 TAATTTTT-ATAATATTAACAAAAGAGTATTATTGTATTC-AGAATAAGCATGTATGAACATAAA
* * * * ** * * * * * * *
10785 TAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCGAAACTATTTGAAATAGACAATAGCTT-AAATGGACA
439 CAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCT
* ** *** * * *
10849 TAACTATTTGAACTTCTTTGGTGAACAGATTTATTTTTT
503 TAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * *
10888 AGATCT-TCAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATT-G-----------T-------A---
1 AAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCT
* * *
10929 TGAAT-A-GAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AACATTTGAAATAAATAATT
65 TGTATAATGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * * * *
10989 GTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGGTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTTAAATATTTTAT
130 ATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAAT-GATTTGATAAACAAATTTA-GTTTTT-AA-A-TCT-C
* * * * * * ** *
11053 TTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTA-GTA-TTATTTTGTT-TCCAATAAGTTTTTATGAAC
189 TTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCT-GAACAAACTTATATGAAC
* ** * * * *
11115 AGAAACAACAGGTTTATGATAAAATG-AAA-TTTATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
253 AAAAACAATTGTTTTACGATAAAA-GAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
11177 TAG-TCATAACTATTTGAAT-GTGTTAAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTA
316 TAGCT-ATAACTATTTGAATCG-GTT-TGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTA
** * ** * * * * * * *
11238 ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCA
378 ATTTTTATAATATTAACAAA-AGAGTATTATTGTATTCAG-AATAAGCATGTATGAACATAAACA
* * * * * * *
11301 AATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTGCTT-AGAT-GATCA
441 ATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGA-TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG-TCT
** * * *
11363 TAACTATTTGGAAA-T-GTTTGACAAACAAATTAATTTTTT
503 TAACTATTT--AAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * * * * * * *
11402 AATTCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTCATGAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCA
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-CTCAAAACAAGCT
* * * * * **
11465 TATATGAACTGAAATA-A-TTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAA
65 TGTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAA
* ** * * ** * *
11528 TTTTTCAAATAGTCAGGACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTA-TTTTGTAAATCTTTT
128 TTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-ATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTT-TAAATCTCTT
* * * * * * *
11591 ACTTACTAGTTGTTGAAATATTTATAAATTA-ATA-TTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAA
191 -CTTA--A-TTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA
*** * * * * * *
11654 TGGAAACAATTTTTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATT
252 CAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
** * * * * * *
11717 AG-TCATAAGAATTTGAA-CTTGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAA
317 AGCT-ATAACTATTTGAATC-GGTTTGA-TAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAA
* ** * * * *** *
11779 TTTTCT-TAATATTAA-TAAATTGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAA
379 TTTT-TATAATATTAACAAAAGAGTATTATTGTATTCAG-AATAAGCATGTATGAACATAAACAA
* ** * * * * * * * * * *
11841 TCATTTGGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
442 TTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAAC
* * *
11906 TATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTT
507 TATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * * * * *
11941 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGATTATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-T
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-CTCAAAACAAGCT
* * * ** *
12004 TG-A-AATG-AACTAAAATAATT-TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAT
65 TGTATAATGAAAC--ACAT--TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
12065 ACTTATTCAAATAGTTATGACT-TTTGATAT-AGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAAATTTT
126 AATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGA-TTTGATAAACAAATTTAGTTTTT-AAA-TCT
* * ** * * * * *
12127 GCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA-ATA-TTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAA
188 -CTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA
* * ** *** * * ** * * * *
12190 TAGAAATTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
252 CAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
12255 AG-TCATAACTTTTTGAA-CTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTT-AA-ATC-T-ATTATTAAT
317 AGCT-ATAACTATTTGAATC-GGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAAT
* * ** * * * * * * * * * *
12314 TTTTGA-AATATTAATATATTAGAATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTT
380 TTTT-ATAATATTAACAAAAGAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCATGTATGAACATAAACAATT
* * * ** * * *
12378 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
444 ATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTA
* * ** * *
12443 TTTGAACCGAAT-AGGTAAACAAAATT-ATTTTTT
509 TTTAAACTGGTTCA-ATAAAC-ACATTGATTTTTT
* * * *** * *
12476 AAATCTCTTACATATTAATTTTTTATATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTC-AAATAAGC
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGCAATATTTTA-CTCAAAACAAGC
* * * *
12539 TAGTATGAAGTGAAA-AAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-A-C---AAT-TTT-AAATAGATA
64 TTGTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATA
* * * * * * * *
12596 ATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTTGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
127 ATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGA-TTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC--
* * ** * * * * *
12660 AGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTA-GTA-TTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGA
189 --TTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCT-GAACAAACTTATATGA
* * * * * * * * *
12722 ATAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAAT-GCTTTGAAGTATACAATTGTTCAA
251 ACAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
12786 ATAG-TCATAACTATTT-AAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATT
315 ATAGCT-ATAACTATTTGAATC-GGTTTGATAAAAAAATTTA-TTTTTTAAATATCTTGCTTATT
* ** * ** * * * * * * *
12849 AATTTTTGAGAGGA-TAATAAATTACTATTATTTTATTTTA-AATAAACATATATGATCAAAAAC
377 AATTTTT-ATAATATTAACAAAAGAGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCATGTATGAACATAAAC
* * * * * * * * * *
12912 AATTGTTATATGACCAAATAAAGGGT-AATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTGAAATGGCCAT
440 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAA-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT
* ** * * * * * *
12976 AATTATTGGAA-TCGATTTAGTAAACATATTCACTTTTT
504 AACTATTTAAACT-GGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * * ***
13014 AAATCACTTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTAACTAAGCT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAAC-AAGCT
* * * * *
13078 TGTGTGAATTCAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTTAAATAG-CA
65 TGTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
13139 ATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAAATTTA--TTTTAAA-CTTTT
127 ATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-ATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
13200 GCTTATTATTTTTTGAATTATTAAGAAATTA-ATA-TTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA
191 -CTTA--A-TTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA
*** * * * * * *
13263 TTGAAACAAAATGTTTTATG-TCAAAACTAAATGGTCATAAT-GATTTTAAATAAATAATTGTTC
252 CAAAAAC-AATTGTTTTACGAT-AAAA-GAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
13326 AAATAG-TCATCACTATTTGAA-C-TTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCT
313 AAATAGCT-ATAACTATTTGAATCGGT-TTGA-TAAAAAAATTTATTTTTT-AAAT-ATCTTGCT
* * * ** * * * *
13387 TTTTAATTTTT-TGAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAGATAC-
373 TATTAATTTTTAT-AATATTAACAAA-AGAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCATGTATGA-ACA
* * * * * * * * * *
13449 GAAACAAATATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTCGAAATAGATAATTATTCTAATAG
435 TAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *** * *
13514 TTTTAACTATTTGAACTAACTCAACAAACACATTTATTTTTT
500 TCTTAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * * * * * *
13556 ATATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTAAC-C-AAATAAGT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATA-TTTT-ACTCAAAACAAGC
* * * * *
13619 TTCTATGATTAGAAACA-A-TT-TTTTATGACAAAAC-ATAGATC-TTAATGATTTGAGATTA-A
64 TTGTAT-AAT-GAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGA-AATAGA
* * * * * *
13678 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGT-AA-ATATTTATTTTTTAAAGCTC
125 TAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAA-ATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC
* * * *
13740 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATA-TTATTTTATT-TCAAACAAGCTTGTAT
187 -T-CTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCT-GAACAAACTTATAT
* * * * **
13802 GATA-AAAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATCATT
249 GA-ACAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * *** * * *
13865 CAAATGGCTATAATTATTTTAAAT-AATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTAT
312 CAAATAGCTATAACTA-TTTGAATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTAT
** * * * ** *
13929 T-A-TTTTAGTAAGTATTAATC-AATTAGTGTTATTTTAATCCA-TCTAAGCTTGTA-GTAAC-T
376 TAATTTTTA-TAA-TATTAA-CAAAAGAGTATTATTGT-ATTCAGAATAAGCATGTATG-AACAT
* * * * * * * * * *
13988 GAAAAAAATGTTTTCTGAC-AAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGACAATTGTTCAAATA
436 -AAACAATTATTTTATGACAAAAT-AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * ** * *
14052 GTAATAACTATTCAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTT
499 GTCTTAACTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGA-TTTTTT
* * * * * * * * ** *
14096 AAATCTATTTCCTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTT-CTTCTGAATAAGCT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTAC-TCAAAACAAGCT
* * * * *
14160 TGTGTGAATTGAAACA-A-TTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACA-ATTTCAAATAGATA
65 TGTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-ATATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * * * *
14222 ATTGTTCTAATAATCTTAAC-CATTTAAACTAATTCGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTT
127 ATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAA-TGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
14285 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGA-A-TTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTAT-A
191 -C---TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTT-ATTCTGAACAAACTTATATGA
* * * * * **
14346 A-ATAAACAATTATTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATGAAT-GATTTGGAATAGGTAATCATT
251 ACAAAAACAATT-GTTTTACGATAAAAG-AAAAGGTCAT-AATAG-TTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** **** ** * * *
14409 CATA-AGTCTTTAACTATTTTGTAACATCGGTTTGGCAATTGGAGATATTGTTTAATTTTCTTGG
312 CAAATAG-CTATAACTA-TTTG--A-ATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTT-G
* * * * *** * * *
14473 TTTATATAA-GTTTAGGAATATTAATAAGTTACGTATTATTTTATTCTA-AATAA-AATAATATG
371 CTTAT-TAATTTTTA-TAATATTAACAAAAGA-GTATTATTGTATTC-AGAATAAGCAT-GTATG
* ** * * * *
14535 AATAGGACCGAAGTTGTTTGATAT-A-AAAACAAAA-GTTATAAAGCGAGTTTAGAAATAGATAA
431 AACATAAAC-AA-TTATTT--TATGACAAAATAAAAGGTCA-AAA-CGA-TTT-GAAATAGATAA
* *
14597 TTAG-TCAAAATAGGATCAATTAAACTATTTGAAA-TGGTTAGCAAT--A-A-ATTTACTTTTT
488 TT-GTTC-AAATA-G-TC--TT-AACTATTT-AAACTGGTT--CAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * *
14655 AAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC--AA-AA-CT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTA-CTCAAAACAAGCT
* * * *
14716 TATATTAA--AAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTGAAATAAATAA
65 TGTA-TAATGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-ATATTTGAAATAGATAA
* * * * * * ** *
14777 TTCATTCATA-AGT--TAA-TATTTGAACT-AGTTCAGCAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTT
128 TT-ATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGATTTGA-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTT
* * * * *
14836 AATTATTATTTTT-AGAATATTACTAAATTA-GTA-TTATTTTATTC--AATAAGCTTATAT-AA
191 -CTTA--ATTTTTGA-AATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA
* * * * *
14895 C--AAACAATTGTTTTATGAT---AGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA-GATTGTTCAAAT
252 CAAAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
14954 AG-TCATAACTATTTGAA-C-TTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AA-ATC-T-CTTATTAATT
317 AGCT-ATAACTATTTGAATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATT
* ** * * * *
15012 TTGA-AATATTAA-AAATTAGTATTATT-TATTC--AAT-AGCTTCTAT--A-TTGAAACAATTG
381 TTTATAATATTAACAAAAGAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCATGTATGAACAT-AAACAATTA
* * * * * *
15068 TTTTATGAGAAAACAAAATGT--AAA--ATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAATCTTAACCAT
445 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTAT
* * * * * *
15128 TTCAATTGATTCGAACAAA-AAATTTATTTTTT
510 TTAAACTGGTTC-AATAAACACATTGATTTTTT
* * * *
15160 AAATCT-TTACTTATTAACTTTT-AAATATT-ATAAATTTGCATTA-TTT--T---AATAAGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCTT
* * *
15216 -TATGAACT-AAA-ACAATTG-TTT-TGACAAAA-AAAAGGTCATAACA-ATTTGAAACAGATAA
66 GTAT-AA-TGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-ATATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * ** * * *
15274 TTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTCTGGT
128 TTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAA--ATCT-CT
* ** * * * * *
15338 TATTAA-TTTT-AAATATTCTTAAATTA-GTA-TTATTTTATTTTAAATAAA-ATAGTATGAAC-
190 TCTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTA-TATGAACA
** * * * * * * * *
15397 AGGACAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTA-AAT-GATTAGAAATAGATAGTTATTCAAAT
254 AAAACAATTGTTTTACGATAAAAGAA-AAGGTCATAATAG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * *
15459 AG-TCAAAACTATTTGAAT-GGTTT-AGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAAT
317 AGCT-ATAACTATTTGAATCGGTTTGA-TAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAAT
* * * * * * * *
15521 TTTCTAAAATATT-A-ATAA-ATTATT-TTTTATTTC-GAATAAACTTATAT-TA-ATGAAGACA
380 TTT-TATAATATTAACAAAAGAGTATTATTGTA-TTCAGAATAAGCATGTATGAACAT-AA-ACA
* * * * * * **
15579 ATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAA
441 ATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAA
** * * ** * * *
15644 CTATTTTGACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTT
506 CTATTTAAACTGGTTCAATAAACACATTGATTTTTT
* * * * * * * * * * * *
15680 AAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTC-GAATATGCTT
1 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCTT
* * * * * * *
15744 ATATGAA-CAAA-ACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACA-ATTTGAAATAGAT-AT
66 GTAT-AATGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-ATATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * *
15805 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGT-AAC-GATTTA-TTTTTAAATCTGTTATT
129 TATTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTT
* * * * * ** * **
15867 AATTCTTGAAAATATTTATTAAATTA-GTA-TTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTAT-ATTGAAA
194 AATTTTTG-AAATA-TTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGA-ACAAA
* * * * * * * * *
15929 AGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATAATAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGC
256 AACAATTGTTTTACGATAAAA-GAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
* *
15993 CATAATTATTTGAAT
320 TATAACTATTTGAAT
16008 GATTTATTTT
Statistics
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Consensus pattern (541 bp):
AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCAAAACAAGCTT
GTATAATGAAACACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATTA
TTCAAATAGTCATAACTAATTGAAATGATTTGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTCTTAA
TTTTTGAAATATTAATAAATTATATATTTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACAA
TTGTTTTACGATAAAAGAAAAGGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCTATAAC
TATTTGAATCGGTTTGATAAAAAAATTTATTTTTTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTATAATAT
TAACAAAAGAGTATTATTGTATTCAGAATAAGCATGTATGAACATAAACAATTATTTTATGACAA
AATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTT
CAATAAACACATTGATTTTTT
Found at i:5410 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 4961--5424 Score: 465
Period size: 181 Copynumber: 2.6 Consensus size: 182
4951 CTTGATAAAC
* * * * * *
4961 AAACTTATAGGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGTCAT-TGTGATTTGAAATA
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* * * * *
5024 GATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTCTTTAAAATC
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* * * ** * ** * * * *
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* * * *
5207 ATAATTGC-ACAAATATTCATAATGATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTA-TCTTTTAACTC
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** * * *
5270 TTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAACTTTGTATTATTTT-ATTTGAATT
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* * * * * * *
5324 GAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTCTTTTGTAACAAAACAAAAGGTTA-AAGTGATTTCAAATAG
1 AAACTTATATGAACAGAAAAAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAGTGATTTGAAATAG
*
5388 ATAATTCTTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTATT
66 ATAATTCTTCAAATAATCATAA-TATTTGAACTTATT
5425 ATTAATTTTT
Statistics
Matches: 226, Mismatches: 48, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (182 bp):
AAACTTATATGAACAGAAAAAATTCTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAGTGATTTGAAATAG
ATAATTCTTCAAATAATCATAATATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTCTTTAAAATCTT
TTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT
Found at i:5875 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 5444--5957 Score: 504
Period size: 176 Copynumber: 2.9 Consensus size: 176
5434 TCCCAATAAG
* * *
5444 CTTATATGAACTGAAACAATTT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAA-GATTTGAAATAAATA
1 CTTATATGAACAGAAAC-ATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATA
* * * * * * * *
5507 ATTATTCAAATAATCATGATTATTTGGTCTAGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATTTTTA
65 ATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAGACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTT-AAA--TCT-
* * * * *
5572 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTGTTTTAATATTAATAAG
126 CTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTT-ATATTAACAAA
* * * * *
5624 CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
1 CTTATATGAACAGAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
* * * * * *
5689 TTGCTCAAATACTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
66 TTGTTCAAATAATCATAATTATTTAGACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
*
5754 TAATAT-TTAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTT-T-TCTAACAAA
131 TAAT-TGTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-CTTTTATAT-TAACAAA
* *
5800 CTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAA-AAAATGGTCATAATGATTT-AGAATAGAT
1 CTTATATGAACAGAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGA-AATAAAT
* * * *
5863 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAGACT-GATTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCT
64 AATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAGACTAGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-
* *
5927 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
125 T-CTTATTAATTGTTAAAATATTAATAAATT
5958 CATTTTATTT
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 45, Indels: 26
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 10 0.04
176 100 0.36
177 30 0.11
178 9 0.03
179 5 0.02
180 64 0.23
181 58 0.21
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
CTTATATGAACAGAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAA
TTGTTCAAATAATCATAATTATTTAGACTAGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
TAATTGTTAAAATATTAATAAATTAGTATTCTTTTATATTAACAAA
Found at i:6006 original size:160 final size:160
Alignment explanation
Indices: 5825--6156 Score: 408
Period size: 160 Copynumber: 2.1 Consensus size: 160
5815 ACATTTATTT
5825 TATGACAAAAAAAATGGTCATAATGATTT-AGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ATTATT
1 TATGACAAAAAAAATGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATACA-TATT
* *
5888 T-AGACTGATTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTA
64 TGA-ACTGATTAAGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAG-AATATTA
* *
5951 ATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCGAATAAGC-TA
127 ATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
* *
5984 GTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTACATATT
1 -TATGACAAAA-AAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATACATATT
* ** * * * *
6048 TGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATTAGAATATTATT
64 TGAACTGATTAAGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAGAATATTAAT
* *
6113 AGATTAGTATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTA
129 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
6145 TATGAACAAAAA
1 TATG-ACAAAAA
6157 TAATTGTTTT
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 15, Indels: 16
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
159 1 0.01
160 130 0.87
161 18 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (160 bp):
TATGACAAAAAAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATACATATTTG
AACTGATTAAGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTATTAGAATATTAATAA
ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTA
Found at i:6278 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 5653--6310 Score: 801
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 337
5643 TTATTTTATA
5653 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAACTATTTAAACT
* * *
5718 AGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTTAAAATATTAATAGATTAGTAT
66 AGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTTAAAATATTAATAGATTAGTAT
* *
5783 TACTTTTTTCTAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAAAAAATGGTCATAA
131 TACTTTTTTCCAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAATGGTCATAA
* * * *
5848 TGATTTAGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAGACTGATTAAGTAAACAAAATTA
196 CGATTTAGAATAGACAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAGACTGATTAAGTAAACAAAATTA
* * *
5913 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TA-AATTCATTTTATTTTATTCCGA
261 TTTTATAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAAGATTAATTAGAATT-ATTTTATTTTATTCCGA
5976 ATAAGCTAGTATG
325 ATAAGCTAGTATG
* * * * * * *
5989 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TTACATATTTGAAC
1 ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAAC-TATTTAAAC
* * * * * *
6053 TGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATTAGAATATTATTAGATT
65 TAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT-A-T-TTAAAATATTAATAGATT
* * * *
6118 AGTATTATTTTTTTCCAA-ATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAATACAAAA-
126 AGTATTACTTTTTTCCAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA-AAAAAAT
* ** **
6181 GGTTATAACGATTT-GAAGTTTACAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTT-GAACT-AGTTTGGT
188 GGTCATAACGATTTAGAA-TAGACAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAG-ACTGA-TTAAGT
* * * * *
6243 AAATAGATTTATTTTATAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAAGATTAATTAGCATTATTTTAT
250 AAACAAAATTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAAGATTAATTAGAATTATTTTAT
6308 TTT
315 TTT
6311 GAATAAGCTT
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 39, Indels: 20
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
335 3 0.01
336 83 0.31
337 4 0.01
338 1 0.00
339 2 0.01
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343 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (337 bp):
ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATACTCATAACTATTTAAACT
AGTTTGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTTAAAATATTAATAGATTAGTAT
TACTTTTTTCCAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAATGGTCATAA
CGATTTAGAATAGACAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTAGACTGATTAAGTAAACAAAATTA
TTTTATAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAAGATTAATTAGAATTATTTTATTTTATTCCGAA
TAAGCTAGTATG
Found at i:6387 original size:177 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5985--15860 Score: 610
Period size: 181 Copynumber: 55.6 Consensus size: 181
5975 AATAAGCTAG
* * * * * *
5985 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTACATATTTG
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTAACATATTTG
* * * ** *
6050 AACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATTAGAATATTATTAG
66 AACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGATTAG
* *
6115 ATTAGTATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTT
131 ATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * *
6166 TATGA-CAATACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTA-C-AATTGTTCAAAAAGTCATAAC-TA
1 TATGACCAA-ACAAAAGGTAATAATGATTTGAA--ATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATA
* * * * *
6227 TTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTATAAATCTTTTACATATTAATT-TTTGAA-A-GA
62 TTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGA
** ** **
6289 TTA-ATTAGCATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGA-ATGTTCAAGTACAATTGTTAT
127 TTAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTT-T
*** ** * *
6344 T-TGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTGGCATGGCCATAA-TTATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * ** * * * * *
6407 GAACTAATTCGACAAACGTATTCACTTTT-TAAATC-ATT---TATTAATTTTTTAGAATATTAA
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACATATTAA-TTATTAGAATATGAT
* ** * * * ***
6467 TAAATTATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTGTTT
128 TAGATTAGCATTA-T-TTTT-TTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
6524 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATCATTGTTCATATAGTCTTAAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * * * ** * *
6588 CATCT-GCTTTGGCAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TTTGAAATATTAT
65 GAACTAG-TTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGAT
* * * * * * * *
6651 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTATATGTACTAAAACAATTATTT
128 TAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
** * * ** * * *
6705 TAT-AATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATTGATAATAGTTCAAAAAG--------A---
1 TATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTAACATATTT
* * * * * * * * *
6758 -AACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAGATATTAAT
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGA-ATATGATT
* * * * * **
6821 AAATTAGTATTACTTTATTT-CAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTT
129 AGATTAGCATTA-TTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * ** * * * * * * *
6874 TATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTT-GAAATGGCAAAAATTATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTAACA-TA-TT
* * * ** * * * * * *
6938 TGAACCAATTCGATAAACTGACA-TAATTTT-TAAGTCTCTAACTTATCAATT-TT-GAA-ATG-
64 TGAACTAGTTTGGCAAAC--AAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGA
* * * * * ** *
6997 TTA-ATAAAGTAATATATTTTATTT-TAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTT
127 TTAGAT-TAG-CAT-TATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
** * * * * ** * *
7054 TATGATAAAACAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAAC-TATT
1 TATGACCAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATT
* * * * * * * * ** *** * ** * *
7118 TGACCTTG-TTCGCTAAATAGATTCATTTTTTAAAATTTGATGTTTATTAATTTTTTTAATGTTA
64 TGAACTAGTTTGGC-AAACAAATTTATTTTAT-AAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGA
* * * ** * * ** * *
7182 ATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAGTAAGCATGCATGAACTGAAAA-AATTATTT
127 TTAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
7237 TATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAA-TCTTAA-TTATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTC-AAAAAGTC-TAACATATT
* ** * * * * *
7300 TGAACTAGCTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAATTTTTAGAATACT-AT
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATA-TGAT
* * * ** * * * *
7364 CA-ATTTAGCAATATTTTACTT-CAAATAAGCTTGCATGAATATAAATAA-T-TAT
128 TAGA-TTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* ** *
7416 TAT--------------T-ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAA-TC-AAAACTATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAA-AAGTCTAACA-TATT
* * * ** * * * *
7464 AGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTT-TAAATCTCTT--ATA--AATT-TTCAAAATATTA
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATT-AGAATATGA
* * * * * ** * * *
7523 ATAAATT-G-GTT-TTATTTT--GAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
127 TTAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * * ** * * *
7573 TACGACAAAATATAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGATATGA-TTATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAG-TCTAACATATTT
* ** ** * * * * * * *
7637 GAACTTGTTCAGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATAAAATGT-TTAGAATATTAA
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATAT-TAAT-TATTAGAATATGAT
* ** ** * * * *
7701 TAAATTATTATTATTTTATTT-TGAATAAACTTATATTAATAGAAACAATTGTTT
128 TAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * ** * * *
7755 TATGACAAAACAAAAGATCATAGTGATTTGGAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATATC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * ** * * * * * * * * * *
7819 GAACTAGCTTAGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATT-ATTTTTTGAAATTTTAAT
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGATT
* * * * * *
7883 AAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTT
129 AGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
7936 TATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * *
8000 GAA-T-GTGTTCAG-AAACCATATTTATTTT-TAAA-AT-TT---TATTAATT-TCTCA-AATAT
65 GAACTAGT-TT-GGCAAA-CAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTAT-T-AGAATAT
* * * * * * * ** * * *
8054 TAATAAATTTA-TATTACTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATTT
125 GATTAGA-TTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
8111 TATGA-TAGAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGTTAATTGTTCAGATAGTCATAA-TTATT
1 TATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATT
** * * * * * *
8174 TGAA-TATGTTAAGTAAACAAATTGATTTT-TGAATTCTCTTAC-TCATTAATTTTTGGAATATA
64 TGAACTA-GTTTGGCAAACAAATTTATTTTAT-AAATCTCTTACAT-ATTAATTATTAGAATATG
* * * ** *
8236 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-CAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTT
126 ATTAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * ** * *
8292 TATTACAAAACAAAAGGTCACGAGGATTTAAAATAATTAATTATTCAAATAGT-TAGGAC-TATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTA--ACATATT
**** * ** * * * *
8355 TGAAC-ATGTTCAAAAAACATATTTATTTCCTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AACTATTA
64 TGAACTA-GTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAA-TATGA
* * ** * * * * * *
8418 ATAAATTAATAATATTGTTATTT--GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTAT
127 TTAGATTAGCATTATT-TT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
8473 TATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTC-ATA-AGATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATG-ATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTA-ACATATT
* * * * * * * ** * *
8535 TGAACTTGTTGGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCT-TTATATTAA
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTAT-TAGAATATGAT
* * * * * * * **
8599 TAAATTTGTATTA-TTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATCATTT
128 TAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTGTTT
* ** * * *** * * * * * *
8652 TACGATAAAACAAAATGTTATAGCAATTTTAAAAAGATAATTGTTGAAATAGTCATAA-TTATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * **** * * * * * *
8716 AAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTT-TAAATCTCTTA-ATTACTAATT-TTTGTAATATTAA
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACA-TATTAATTATTAG-AATATGAT
* ** * ** *
8778 TA-ACTTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTCTATGAACTGAAATAATT-TTT
128 TAGA-TTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
8831 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * * * * * ** * * *
8895 GATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTT-TAAAATTTTTTACTTGTTAATTGGTAAAATATTAAT
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTAT-AAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGATT
* * ** *** * * *** * *
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129 AGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* ** *** ** * *
9012 TATAATTAAA-AAAAAAAACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAC-TAT
1 TATGACCAAACAAAAGGTA--ATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATAT
** * * *
9075 TTGAACTCA-TTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTC-T---TATTAAGTT-TT-GAAATA
63 TTGAACT-AGTTTGGCAAACA-AATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAA-TTATTAG-AATA
* * * * * * * * *
9133 TTAATATATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATATGAA-AAAAACATTTGTTT
124 TGATTAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * *
9190 TATGA-CAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATA-ATTAC
1 TATGACCAA-ACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTA-ACA-TAT
* * * *
9252 TTGAACT-GATTAGGTAAATAGAA-TTATTTT-T-AATCTC-T---TATTAATT-TTTGAAATAT
63 TTGAACTAG-TTTGGCAAACA-AATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATAT
* * * * * *
9308 TAATAAATT--CATTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAA-AACTTATTT
125 GATTAGATTAGCA--TTATTTTTTTCCAAATAAGCTTA-TATGAA--CAAAAACAA-TTGTTT
* * * * * *
9367 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCATATAGTCTTAA-ATATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * ** * *
9431 GAA-TGGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATT-TTTGAAATATTAT
65 GAACT-AGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGAT
* ** * * *
9494 TAGATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTT
128 TAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
9548 TATGACAAAACAAAGGGTTATAATGATTTTAAGTTTA-C-AATTGTTCAAATAGT-T-ATATATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA--ATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTAACATATT
* ** * * * * *
9609 TGAATTAGTTCAGTAAACATAATTT-TTTTA-CAATCTCTTACTTATTAATGT-TT-GAAAGATT
64 TGAACTAGTTTGGCAAACA-AATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAAT-TATTAG-AATATG
* * * * *
9670 AATAAATTAGCATTATTTTATTT-CAAATAGGCTTGA-ATGATCAAAAACAATTGTTA
126 ATTAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTT
** ** * * ** * * * *
9726 TATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAACAAATAATTGTTCATATAGTTTAA-ATTGTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTT-GAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTAACA-TATT
* * * * * ** * * * *
9790 TGGA-TTGCTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTAT
64 TGAACTAG-TTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGAT
* ** * * ** *
9854 TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTT
128 TAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
** * * * *
9908 TAT-AAGAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGCTAATTGTTC--AAA---T---AGA---
1 TATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTAACATATTT
* * * * * * * * *
9961 -AACTAATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAAT
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGATT
* ** * * *
10024 AAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ACAAAAAACAATTGTTT
129 AGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAAACAATTGTTT
* * ** * * * * ** * *
10077 TATGACAAAACAAAAGTTCGTAATGATTTGCAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAA-TTATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * ** ** * * * * * *
10141 GTA-TTGATTCGATAAACTGACTTATTTTTTAAATCT-TTAACTTTTTAATTTTTTA-AATATTA
65 GAACTAG-TTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTT-ACATATTAA-TTATTAGAATATGA
* * ** * * * **
10203 ATA-AATAATATTATTTTATTT-CAGATATGCTTTTATGAACTGAAACAATCAT-TTT
127 TTAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAAT--TGTTT
** * * ** * *
10258 TATGATAAAACAAAAGGTCATACTTCTTAT-AAATAGATAATTGTTTAAATAA-TCATAAC-TAT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATT-TGAAATAGCTAATTGTTCAAA-AAGTC-TAACATAT
* * * * *** * *
10320 TTAAACTTA-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGAT
63 TTGAAC-TAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAAT-AT
* * * * * * *
10384 -AATAAATTAGTATTATTTATTTT--GAATAAGCATGA-ATGAACTGAAAA-AATTATTT
125 GATTAGATTAGCATTATTT-TTTTCCAAATAAGC-TTATATGAAC-AAAAACAATTGTTT
** * * * ** * * ** *
10439 TACAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATGATTGTTTTAATAGTCTTAAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * * * *
10503 GAACTGGTTCGAG-AAACACATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATT
65 GAACTAGTTTG-GCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGATT
* * * * *
10566 A-ATTCA-CAATATTTTACTTT--GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACGATTGTTT
129 AGATT-AGCATTATTTT--TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
10618 TATGATAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTGAAATACTCGTAAC-TATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAA-ATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATT
** * * * * *
10680 TGAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTA-AAATCTC-T---TATTAGTT-TTTGAAATATTA
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGA
* * * * * ** * * * * *
10739 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTGTTT
127 TTAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * ** * * ** *
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1 TATGACCAAACAAAAGGT--AATAATGATTTGAAATAG-CTAATTG-TTCAAAAAGTC-TAACAT
** ** * * * * *
10854 ATTTGAACTTCTTTGGTGAACAGATTTATTTTTTAGATCT-TCAACTTATTAATT-TTAGAATAT
61 ATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCT-TACATATTAATTATTAGAATAT
* * * * * * ***** * * ** *
10917 TAATAAATT-GTATGA-ATAGAAAC-AAT-TG-TTTTATG-ACAAAA-CAAAAG-AT
125 GATTAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * **** * * * *** *
10966 CAT-AACATTTGAAA--TAAATAAT--TGTTCAAAGAGTCATAACTAT-TTGAACTCGGTTAGTA
1 TATGACCAAACAAAAGGT-AATAATGAT-TTGAAATAG-C-TAA-T-TGTTCAA-AAAG-T-CT-
* *** * * *
11025 AACAGATTT--A-T--TTTTTTAAA-TATTTTA-TTTATTAAT-T-TT---TGA--AATT-TT--
56 AACATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACAT-ATTAATTATTAG
* * * * ** *
11073 AATA-----A-ATTAGTATTATTTTGTTTCC-AATAAGTTTTTATGAACAGAAACAACAGGTT
120 AATATGATTAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
** ** * * * *
11129 TATGATAAAATGAAA-TTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * * * * *
11192 GAA-T-GTGTTAAGAAAACATATTTATTTT-TAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTA
65 GAACTAGT-TT-GGCAAACAAATTTATTTTAT-AAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGA
* * * * ** * * * *
11253 ATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAAATGTTT
127 TTAGA-TTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * *
11308 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGCTT--AGATGATCATAAC-TA
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGA-TTTGAAATAGCTAATTG-TTCAAAAAG-TC-TAACATA
* * * * *
11369 TTTGGAAAT-GTTTGACAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTAC-TCATTAATT-TTAGAATAT
62 TTT-GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACAT-ATTAATTATTAGAATA-
* * * * ** *
11431 TCATGA-ATTAGTATTATTTTATTT-CAAATAAGCATATATGAACTGAAATAATTGTTT
124 TGATTAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
11488 TATTACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTC-AGGAC-TATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTA--ACATATT
* **** * * * * * * * *
11551 TGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTACTTACTAGTTGTT-GAAATAT-TT
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGAT
* ** ** *** * *** *
11614 ATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAATGGAAACAATTTTTT
128 -TAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** ** ** *
11669 TATGA-TAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAAGA-ATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * * * ** * *
11731 GAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATT-TTCTTAATATTAAT
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATT-AGAATATGATT
* * * * ** **
11795 AAATT-GTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATGGAAAA-AATCATTT
129 AGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTT
** * * * *** * * * * *
11847 GGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * **** * * * * * * *
11911 AAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTAGATTATTAAT
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACA-TATTAATTATTAGAATATGATT
* * * *
11975 A-ACTTAGTATTATTTTATTT-CAAATAAG-TTGAAATGAACTAAAATAATT-TTT
129 AGA-TTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * ** * * *
12027 TATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGT-TATGAC-T-TT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTA--ACATATT
* * * * * * * *
12089 TGATA-TAGTTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAAAT-T-TTGCTTATTAATTGTCAAAATATTA
64 TGA-ACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTAT-AAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGA
* * ** ** * * * * **
12150 ATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAATAGAAATTATTGTTT
127 TTAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* ** ** * ** ** * * *
12205 TGT-AATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAC-TTTT
1 TATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATT
** * * * * * * *
12268 TGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATT-TTTGAAATATTAA
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGAT
* * * ** * * * *
12328 TATATTAGAATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTT
128 TAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
12382 TATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * * * * * * *
12446 GAAC-CGAATAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTA-TATATTAA
65 GAACTAG-TTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAA-TTATTAGAATATGAT
* ** * *
12509 TAAATTTA-TTTTATTTTATTT-CAAATAAGC-TAGTATGAAGTGAAAAA-AATTATTT
128 TAGA-TTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTA-TATGAA--CAAAAACAATTGTTT
* * * * *
12564 TATGACAAAAC-AAA---AACAAT--TTT-AAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * ** * * **
12621 GAACTAGTTTGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTA
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGATTA
* * * * * * *
12686 TATTAGTATTATTTTATTT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT
130 GATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * *
12738 TACGA-TAGAACAAAAGGTTATAATGCTTTGAAGTATA-C-AATTGTTCAAATAGTCATAAC-TA
1 TATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAA--ATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATA
* * ** * * * * * **
12799 TTTAAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAGGAT
62 TTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATT-AGAATAT
* * * * * * *
12864 -AATAAATTA-CTATTATTTTATTT-TAAATAAACATATATGATCAAAAACAATTGTTA
125 GATTAGATTAGC-ATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * ** * * *
12920 TATGACCAAATAAAGGGTAATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTGAAATGGCCATAA-TTATTG
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * * * * * *
12984 GAA-TCGATTTAGTAAACATATTCACTTTT-TAAATCACTTACTTATTAATT-TTTGAATTATTA
65 GAACTAG-TTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAA-TATGA
* * * * * * * ***
13046 ATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAACTAAGCTTGTGTGAATTCAAACAATTGTTT
127 TTAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * *
13101 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGC-AATTGTTCAAATAA-TCATAAC-TATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAA-AAGTC-TAACATATT
* * * * * * * * *
13163 TGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTT-TAAA-CTTTTGCTTATT-ATTTTTTGAAT-T-ATT
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGATT
** *** * *** *
13222 AAGAAATTAATATTATTTTATTT-TGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAAAATGTTT
129 -AG--ATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAC-AATTGTTT
* * * * * ** * *
13279 TATGTCAAAACTAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATCACTATT
1 TATGACCAAAC-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTAACA-TATT
* ** * * * * * * * * * *
13343 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCAT-TTCCTTTTTAATTTTTTGAATGTTA
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTAT-AAATC-TCTTACATATTAATTATTAGAATATGA
* * * ** * * * * * *
13407 ATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAGATAC-GAAACAAATATTA
127 TTAGA-TTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * * * *
13462 TATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTCGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAG-TCTAACATATTT
** *** * * * * * * *
13526 GAACTAACTCAACAAACACATTTATTTTTTATATCTCTCACTTATTAATT-TTTGAAATATTATT
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGATT
* ** * * ** *
13590 AGATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGTTTCTATGATTAGAAACAATT-TTT
129 AGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
13642 TATGACAAAAC-ATAGATCTTAATGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGA-AATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATT
* * * * * * * * *
13704 TGAACTTGTTTGG-TAA-ATATTTATTTTTTAAAGCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAA
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGAT
* ** * * * *
13766 TAAATTAATATTATTTTATTT-CAAACAAGCTTGTATGATA-AAAAGCAATTATTT
128 TAGATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACAATTGTTT
** * * ** * *
13820 TATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTC-AAATGGCTATA-ATTATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTA-ACA-TATT
* * * * ** ** * * * * *
13883 TTAAATAATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATT-TTAGTAAGTATTA
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AA-TA-TG
* ** ** ** *
13946 ATCA-ATTAGTGTTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTA-GTAACTGAAAAA-AA-TGTTT
126 ATTAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATG-AAC--AAAAACAATTGTTT
* * * * * *
14001 TCTGA-CAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGAC-AATTGTTCAAATAGTAATAAC-TAT
1 TATGACCAAA-CAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAG-CTAATTGTTCAAAAAGT-CTAACATAT
** * ** * * * * * * * *
14063 TCAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTATTTCCTATTAATTTTTTA-AATGTT
63 TTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACATATTAA-TTATTAGAATATG
* * * * * ** * * ***
14127 AATAAATTAGTATTAATTTCTTCTGAATAAGCTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTT
126 ATTAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** * * * *
14183 TATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAA-TCTTAAC-CATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTC-AAAAAGTC-TAACATATT
* * * * * * * * *
14246 TAAACTAATTCGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAT
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAG-AATATGAT
* * * * * *
14309 TAAATTAGAATTATTTTAATT--AGAATAAGCTTGTAT-AA-ATAAACAATTATTTT
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* * * * * * ** *
14362 TACGACAAAAGAAAAAGGTCATGAATGATTTGGAATAGGTAATCATTC-ATAAGTCTTTAAC-TA
1 TATGACCAAA-CAAAAGGTAAT-AATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC--TAACATA
* **** ** * * *** *
14425 TTTTGTAACATCGGTTTGGCAATTGGAGATATTGTT-TAATTTTCTTGGTTTATATAAGT-TTAG
62 -TTTG-AAC-T-AGTTTGGCAAACAAATTTATT-TTATAAATCTCTT-ACATAT-TAATTATTA-
* * * * * ** * * ** *
14488 GAATATTAATA-AGTTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAATAGGACCGAAGTTGT
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14552 TT
180 TT
* * * *
14554 GATAT-A-AAAACAAAA-GTTATAAAGCGAGTTTAGAAATAGATAATTAG-TCAAAATAGGATCA
1 --TATGACCAAACAAAAGGTAAT-AA-TGA-TTT-GAAATAGCTAATT-GTTCAAAA-A-G-TC-
* * * *
14615 ATTAA-ACTATTTGAAAT-GGTTAGC-AATAAATTTACTTTT-TAAATCTCTTAC-TAATTAATT
55 --TAACA-TATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACAT-ATTAATT
* * * * * *
14675 TTTAAAATATTAATA-ACTTAGTATTATTTTATTT-C-AA-AA-CTTATAT-TA-AAAAACAATT
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14733 GTTT
178 GTTT
* * ** ** * *
14737 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCATTC-ATAAGT-T-A-ATATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATT-GTTCAAAAAGTCTAACATATTT
** ** * * * *
14798 GAACTAGTTCAGCAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATT-ATTTTTAGAATATTACT
65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACA-TATTAATTATTAGAATATGATT
* * *
14860 AAATTAGTATTATTTTATT-C-AATAAGCTTATAT-AAC--AAACAATTGTTT
129 AGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * ** *
14908 TATG---ATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG--AGATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTA-ATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATT
* * *
14967 TGAACT--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-T---TATTAATT-TT-GAA-AT-ATT
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGATT
* * * * ***
15022 AAAAATTAGTATTA-TTTATT-C-AAT-AGCTTCTAT--ATTGAAACAATTGTTT
129 --AGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
** * * * * *
15071 TATGAGAAAACAAAATGT-A-AA--ATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAA-TCTTAAC-CATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * * * * * *
15130 CAA-TTGATTCGAACAAA-AAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAACTT-TTA-AATATTA
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* * *
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127 TTAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * ** * * * *
15236 T-TGA-CAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATTT
* * ** * * * *** **
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65 GAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGATTA
* * * ** **
15359 AATTAGTATTATTTTATTT-TAAATAA-AATAGTATGAAC-AGGACAATTGTTT
130 GATTAGCATTATTTT-TTTCCAAATAAGCTTA-TATGAACAAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * *
15410 GATGACAAAATAAGAA-GTTA-AATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTC-AAAACTATT
1 TATGACCAAACAA-AAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTCTAACA-TATT
* * * * * *
15472 TGAA-TGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTT-TAAATCTCTTAC-TGATTAATTTTCTA-AA-AT-
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTA-TTTTATAAATCTCTTACAT-ATTAATTAT-TAGAATATG
* * * * * ** *
15531 ATTA-A-TA-AATTATTTTTTATTTCGAATAAACTTATATTAATGAAGACAATTGTTT
126 ATTAGATTAGCATTA-TTTTT-TTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
** * ** ** ***
15586 TATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAAC-TATTT
1 TATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATA-TT
* * * * * ** * *
15650 TG-ACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATT-TTCAGAATATTAC
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* * * * * *
15713 TAAATTAGTATTACTTTATT-CGAATATGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTT
128 TAGATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
* * ** * *
15765 TATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATT
1 TATGACCA-AACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAAAAGTC-TAACATATT
* * * *
15827 TGAATTGGTTTGG-TAAC-GATTTATTTT-TAAATCT
64 TGAACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCT
15861 GTTATTAATT
Statistics
Matches: 7366, Mismatches: 1669, Indels: 1326
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
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156 9 0.00
157 8 0.00
158 9 0.00
159 8 0.00
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AACTAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTATAAATCTCTTACATATTAATTATTAGAATATGATTAG
ATTAGCATTATTTTTTTCCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTT
Found at i:6619 original size:181 final size:177
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* *
5985 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC-TTACATATTT
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
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* ** * ** *
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125 ATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGA-AACAATTGTT-T
* * * *** * * *
6344 T-TGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGCTAATTGTTGGCATGGCCATAATTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * *
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66 AACT-GTTCGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATC-TTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAAA-
* * **
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126 TATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
** * * * *
6524 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATCATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTC
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
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* * * *
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125 ATATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTT
* * * * * ** * * *
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1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
6763 ----GTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAGATATTAAT-AA
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* * ** *
6823 -ATTAGTATTACTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTT
126 TATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * ** * * * * *
6874 TATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAACTGTTGAAAT-GGCAAAAATTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA-TT
** * ** * * * * * *
6938 TGAACCAATTCGATAAACT-GACATAATTTTTAAGTCTCTAACTTATCAATTTTGAAATGTTAAT
64 TGAA-CTGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA-TTA--ATTTTTTAAATATTAAT
* * * * *
7002 AAAGTA--A-TA-TATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTT
123 AAA-TATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
7054 TATGATAAAACAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTT
1 TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
7119 GACCTTGTTCGCTAAATAGATTCATTTTTTAAAATTTGATGTTTATTAATTTTTTTAATGTTAAT
65 GAAC-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT--AA----ATCTTTATTAATTTTTTAAATATTAAT
** * * * * * *
7184 -AA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAGTAAGCATGCATGAACTGAAAAAATTATTT
123 AAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
7237 TATAACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAATTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
7302 AACTAGCTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTTTTACGTATTAA-TTTTTAGAATACT-ATC
66 AACT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC--TT---TATTAATTTTTTA-AATATTAATA
* * * * * * * *
7365 AAT-TTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGCTTGCATGAATATAAATAA-T-TAT
124 AATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * *
7416 TAT--------------T-ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTAG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * **
7466 AACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTCAAAATATTAAT-AA-AT
66 AACT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATAT
* ** ** *
7529 T-G----GTTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
129 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * * * * *
7573 TACGACAAAATATAATGTTATAACGATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGGAT-ATGATTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT
* * * * * *
7637 GAACTTGTTCAGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATAAAATGTTTAGAATATTAAT
65 GAAC-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT---TTATTAATTTTTTA-AATATTAAT
* ** * * * *
7702 -AA-ATTATTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAATAGAAACAATTGTTT
123 AAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * *
7755 TATGACAAAACAAAAGATCATAGTGATTTGGAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
7820 AACTAGCTT-AGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTATTTTTTGAAATTTTAAT-
66 AACT-G-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTA-TTA--ATTTTTT-AAATATTAATA
* * * *
7883 AA-ATTAGAATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTT
124 AATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * *
7936 TATGAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
8001 AATGTGTTCAG-AAACCATATTTATTTTTAAAAT-TTTATTAATTTCTCAAATATTAATAAAT-T
66 AA-CTGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATAT
* * * *
8063 TA-TATTACTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTATTT
129 TAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
8111 TATGATAGAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGTTAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * * ** *
8176 AATATGTTAAGTAAACAAATTGATTTTTGAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATAAAT-A
66 AA-CTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA--ATCTT--T-ATTAATTTTTTAAATATTAATAA
* * *
8240 A-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTT
125 ATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* ** * * * * **
8292 TATTACAAAACAAAAGGTCACGAGGATTTAAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTTAGGACTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*** * * ** *
8356 GAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTCCTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAACTATTAAT-
65 GAAC-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTA-TTA--ATTTTTTAAA-TATTAATA
* * * * *
8420 AA-ATTAATAATATTGTTATTT-GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTAT
124 AATATTAGTATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * *
8473 TATGACAAAACAAAAAGTCATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAA-GATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
8536 GAACTTGTTGGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTTT--ATATTAA
65 GAAC-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA---TCT--TTATTAATT-T-TTTAAATATTAA
* * **
8599 TAAAT-TT-GTATTA-TTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTT
122 TAAATATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * *** * * * * *
8652 TACGATAAAACAAAATGTTATAGCAATTTTAAAAAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * *
8717 AACTTGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGT-AATATTAAT-
66 AAC-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TT-A-T--TAATTTTT-TAAATATTAATA
* ** * * *
8779 AA-CTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAACTGAAATAATT-TTT
124 AATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * *
8831 TATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* ** * * * * ** *
8896 ATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTGTTAATTGGTAAAATATTAAT-A
66 AACT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTA----TTAATTTTTTAAATATTAATAA
* * * ** * *
8960 A-ATTAGTATTATTTTAATAT-GAATAGGCTTGTATGAATGGAAACAACTATTT
125 ATATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * *** * *
9012 TATAATTAAAAAAAAAAACCATAATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT
1 TATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
9077 GAACTCATTTGATAAATAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAGTTTTGAAATATTAAT--AT
65 GAACT-GTTCGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCT-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAAT
* * * * * * *
9140 ATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATATGAA-AAAAACATTTGTTT
127 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * *
9190 TATGACAAGACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTACTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
9255 AACTGATTAGGTAAATAGAATTA-TTTTT-AATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-T
66 AACTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATAT
* * * * ** * *
9317 CA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAACTTATTT
129 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAA-TTGTTT
* * * * *
9367 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
9432 AA-TGGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATT-AT-
66 AACT--GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAA--ATC-T--TTATTAATTTTTTAAATATTAATA
* * ** * * *
9494 TAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTATTT
124 AATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * ** * *
9548 TATGACAAAACAAAGGGTTATAATGATTTTAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
9611 AATTAGTTCAGTAAACATA-AT-TTTTTTACAATCTCTTACTT-ATTAATGTTTGAAAGATTAAT
66 AACT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTA-AATCT-TTA-TTAATT--T-TTT-AAATATTAAT
* * * * * *
9673 -AA-ATTAGCATTATTTTATTTCAAATAGGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTA
123 AAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * ** * * * * * * *
9726 TATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAACAAATAATTGTTCATATAGT-TTAAATTGTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATT
* * ** * * * * **
9790 TGGATTGCTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATT-AT
64 TGAACTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA--T-T-AATTTTTTAAATATTAAT
* * * * * * *
9854 TAA-ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTGAAACAATTATTT
123 AAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * * * *
9908 TATAAGAGAATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAATAG--A-AAC----T-
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
9965 AA-T-TT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA
66 AACTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAA-TC-T--TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAA
* * * *
10026 -ATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ACAAAAAACAATTGTTT
126 TATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
10077 TATGACAAAACAAAAGTTCGTAATGATTTGCAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
10142 TATTGATTCGATAAACT-GACTTATTTTTTAAATCTTTAACTTTTTAATTTTTTAAATATTAATA
66 AACTG-TTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTT-A----TTAATTTTTTAAATATTAATA
* * * *
10206 AATA--A-TATTATTTTATTTCAGATATGCTTTTATGAACTGAAACAATCAT-TTT
124 AATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT--TGTTT
* * ** * *
10258 TATGATAAAACAAAAGGTCATACTTCTTAT-AAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
10322 AAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGA-TAA
65 GAAC-TGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAA--TC---TTTATTAATTTTTTAAAT-ATTAA
** * * * * *
10386 T-AA-ATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCATGAATGAACTGAAAAAATTATTT
122 TAAATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
** * * ** * ** *
10439 TACAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATGATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTG
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
10504 AACTGGTTCGAG-AAACACATTT-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATT
66 AACT-GTTCG-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTA-TTA--ATTTTTTA-AATATTAATA
* * * * *
10566 AAT-TCA-CAATATTTTACTTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACGATTGTTT
124 AATATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * * *
10618 TATGATAAAAC-AAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTGAAATACTCGTAACTATTT
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
10681 GAACTAGTTTGATAAATAGATTTAGTTTTAAAATCTCTTATTAGTTTTTGAAATATTAAT-AA-A
65 GAACT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATA
** * * *
10744 TTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTGTTT
128 TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* ** * * * *
10794 TACGACAAAACAAAATATCGA-AACT-ATTTGAAATAGACAATAGCTT-AAATGGACATAACTAT
1 TATGACAAAACAAAAGGTC-ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
10856 TTGAACTTCTTTGGTGAACAGATTTATTTTTTAGATCTT
63 TTGAAC-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
10895 CAACTTATTA
Statistics
Matches: 3625, Mismatches: 817, Indels: 579
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
155 27 0.01
156 1 0.00
157 4 0.00
159 1 0.00
160 14 0.00
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169 238 0.07
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176 102 0.03
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187 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
AACTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATATTA
GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
Found at i:6788 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 6444--6913 Score: 459
Period size: 169 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
6434 TTTAAATCAT
* * * *
6444 TTATTAATTTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAA
1 TTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AA--ATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A
* * * * *
6509 TTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATCATTGTTCAT
61 -TGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCA-
* * * * *
6572 ATAGTCTTAACTATTTCATCTGCTTTGGCAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAG
124 A-A-----AA-GA----AACTGGTTTGGCAAATAAATTAATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
6629 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAG-TT-TAT-ATGTA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGATG-A
* * *
6690 CTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTT-ATAACAATTTGAAATTGATAATAGTTCAAA
64 --AAAACAATTATTTTATAACAAAAC-AAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAA
* * *
6754 AAGAAACTGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
126 AAGAAACTGGTTTGGCAAATAAATTAATTTTTTAAATCTCTTAC
* *
6798 TTATTAATTTTTGAGATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAGGCTTGTATGATGAAA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAA
*
6863 AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAA
66 AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAA
6914 CTGTTGAAAT
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 27, Indels: 40
0.79 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
168 7 0.03
169 117 0.48
170 5 0.02
171 4 0.02
172 3 0.01
173 1 0.00
174 2 0.01
176 2 0.01
177 1 0.00
179 4 0.02
180 6 0.02
181 65 0.26
182 6 0.02
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184 8 0.03
185 13 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (169 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAA
AACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAAAGAA
ACTGGTTTGGCAAATAAATTAATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:7330 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 6993--7333 Score: 402
Period size: 182 Copynumber: 1.9 Consensus size: 182
6983 TCAATTTTGA
* ** * *
6993 AATGTTAATAAAGTAATATATTTTATTTTAGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATG
1 AATGTTAATAAAGTAATATATTTTATTTTAGATAAGCATGCATGAACTGAAAAAATTATTTTATA
* * * * * *
7058 ATAAAACAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGACC
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* * * *
7123 TTGTTCGCTAAATAGATTCATTTTTTAAAATTTGATGTTTATTAATTTTTTT
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* *
7175 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAGTAAGCATGCATGAACTGAAAAAATTATTTTA
1 AATGTTAATAAAGTAATA-TATTTTATTTTAGA-TAAGCATGCATGAACTGAAAAAATTATTTTA
* * * * * *
7239 TAACT-AAAC-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAATTATTTG
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*
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Statistics
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* * * *
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128 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAG-AATTT-TAAAAAG
* * * ** * *
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* * * * *
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* *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * ** **
8327 ATTAATTATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTCCTAAATCT
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* * * ** *
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* * * * *
8456 AACAGAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGAATTTGAAATAA-
128 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AGAATTTTAAA-AAG
* * ** * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* *
8573 TTACTTATTAATTATCTT-TATATTAATAAATTTGTATTA-TTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
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* * * * *
8636 ATAGAAAAAATCATTTTACGATAAAACAAAATGTTATAGCAATTTTAAAAAG
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAG-AATTTTAAAAAG
* * * * * *
8688 ATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *** *
8752 TTAATTACTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATGAA
66 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA
* * *
8817 CT-GAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAA-GATCATA-ATGATTTGAAATAG
130 -TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAGA--ATTTTAAAAAG
* * * * * * *
8867 ATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * ** * * *
8932 TTACTTGTTAATTGGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-ATGAATAGGCTTGTATGA
66 TTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *** *
8996 ATGGAAACAACTATTTTATAATTAAAAAAAAAAACCATA-ATGATTTGAAATAA-
129 ATAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAA-AAG
* * * *
9049 ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCAT-TTGA-TAAATAGATTTTATTTTTTAAAT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAACATA-TTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
9112 C---T-CTTATTAAGTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTATAT
63 CTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
9173 GAA-AAAAACATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAG
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* * * * * *
9226 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTACTTGAAC-TGATT-AGGTAAATAGAATTA-TTTTT-AATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * *
9287 ---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTAT
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* * * * *
9347 GAATTGAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAG
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* * * * * * * * * *
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* * * * ***
9467 CTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA
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* * * ** * ****
9532 ACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTTATA-ATGATTTTAAGTTT
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAAAAG
* * *
9584 ACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTGAA-TTAGTTCAGTAAACATA-AT-TTTTTTACAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTA-AATC
* * * * * *
9644 TCTTACTTATTAATGTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-AAATAGGCTTGAAT
64 TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
9708 G-ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGCCATA-ATTTTTTATAAACAA
127 GAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA-ATTTTA-AAA-AG
* * * * * * * * *
9763 ATAATTGTTCATATAGT-TTAAATTGTTTGGA-TTGCTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTACATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * * * * * *
9826 TCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATA
64 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * *
9891 AACT-GAAACAATTATTTTATAAGAGAATAAAAGGTTATA-ACGATTTGAAATAG
128 AA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAAAAG
* * * * * *
9944 CTAATTGTTCAAATAG--A-AAC----T-AA--T-TT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAAACTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
9997 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATGAC
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* * * ** *
10062 A-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCGTA-ATGATTTGCAATAG
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAGA--ATTTTAAAAAG
* * * * * * *
10113 ATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGTA-TTGATTC-GATAAAC-TGACTTATTTTTTAAAT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
10175 CTTTAACTTTTTAATTTTTTAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTATTTC-AGATATGCTTTTA
63 CTTTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTA
* * * *
10238 TGAACT-GAAACAATCATTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT--ACTTCTTATAAATAG
126 TGAA-TAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGAATT-TTA-AAA-AG
* * * * ** *
10294 ATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAT-T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCT
** *** * *
10358 TCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGA-TAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAGCATGAAT
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* ** * * * * * *
10421 GAACT-GAAAAAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAG
127 GAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCA-TAGAATTTTAAAAAG
* ** * * *
10475 ATGATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAG-AAACACATTT-TTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * * * **
10538 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTCA-CAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTAT
65 TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
10600 GAACAGAAACGATTGTTTTATGATAAAAC-AAA-GATCAT--AATGATTTAAGATAG
127 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAGAAT--TTTAA-AAAG
* * * * * * * * *
10653 ATAATTGTTGAAATACTCGTAACTATTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTAGTTTTAAAATC-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * ** *
10716 --T-CTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATAA
65 TTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * ** * *
10778 ATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCGAAACTATTTGAAATAG
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC-ATAGAATTTTAAAAAG
* * * * * ** * * *
10830 ACAATAGCTT-AAATGGACATAACTATTTGAACTTCTTTGGTGAACAGATTTATTTTTTAGATCT
1 ATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
** * * * ** * *
10894 TCAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATT-GTATGA--ATA-GAAACAAT-TG-TTTTATG-
65 TTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAA-AATAAGCTTGTATGA
* * ** * * **** * * *
10952 ACA-AAACAA-AAGATCATAAC-ATTTGAAA--T-AAATAATTGTT-CAAAG
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGAATT-TTAAAAAG
* * * * ** * ** ** *
10997 ---A--G-TCATAACTA-T-TTGAAC---TCG--GTTAG-TAAACAGATTTATTT-TTTTAAATA
1 ATAATTGTTCA-AA-TAGTCAT-AACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
11047 TTTTATT-T--ATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTC-CAATAAGTTTT
62 TCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTG
* * * * ** * * *
11108 TATGAACAGAAACAA-CAGGTTTATGATAAAATGAAAT-TTATA-ATGATTTGAAATAG
124 TATGAATAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAAAAG
* * *
11164 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTAAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
** *
11227 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATG
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* * * * *
11291 AATAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTTGAAATAG
128 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA-ATTTT-AAAAAG
* * * * * * *
11344 ATAATTGCTT-AGAT-GATCATAACTATTTGGAA-ATGTT-TGACAAACAAATTAATTTTTTAAT
1 ATAATTG-TTCAAATAG-TCATAACTATTT-GAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * * * *
11405 TCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTCATGAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCATATA
62 TCTTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTA
* * * * * * *
11469 TGAACT-GAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACA-ACGATTTGAAATAG
126 TGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAAAAG
* ** * *
11524 ATAATTTTTCAAATAGTCAGGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTGTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * *
11589 TTACTTACTAGTTGTTGAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAAT-ATGAATAAGCTTGTATGA
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* * * * *
11653 ATGGAAACAATTTTTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAA-
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AGAATTTTAAA-AAG
* ** * *
11703 ATAATTGTTCAATTAGTCATAAGAATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * **
11768 TTACCTATTAATTTTCTTAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA
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* * * ** * * * *
11832 TGGAAAAAATCATTTGGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAACAG
130 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAG-AATTTTAAAAAG
* * * * * *
11883 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
11948 TTAATTATTAATTTTTAGATTATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-TTGAAATG
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* * * *
12011 AACTA-AAATAATT-TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAA-
128 AA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAA-AAG
* * * * * ** *
12063 ATACTTATTCAAATAGTTATGACT-TTTGATA-TAGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAA-AT
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* *** * * * *
12124 TTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGA
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** * * * * * ** * *
12189 ATAGAAATTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAA-
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AGAATTTTAAA-AAG
* * * * * *
12241 ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * * *
12304 --TA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGAATTATTTTATTCTGAACAAACTTATATGA
65 TTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * * *
12366 ATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAACAG
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAG-AATTTTAAAAAG
* * * * *
12418 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-CGAAT-AGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATC
* * * * *
12481 TCTTACATATTAATTTTTTATATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTC-AAATAAGCTAGTA
64 TTTTACTTATTAATTTTTGA-ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTA
* * *
12544 TGAAGT-GAAAAAAATTATTTTATGACAAAAC-AAA----A-ACAATTTTAAATAG
126 TGAA-TAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGAATTTTAAAAAG
* * * * * * *
12593 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT-TGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * *
12657 CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATG
65 TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * ** *
12721 AATAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGT--TATAATGCTTTGAAGTAT
128 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGAAT--TTT-AAAAAG
* * * * *
12774 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATC
* * * ** * * *
12838 TCTTACTTATTAATTTTTGAGAGGA-TAATAAATTACTATTATTTTATTTTAAATAAACATATAT
64 TTTTACTTATTAATTTTTGA-A-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT
* * * * * ** * *
12902 G-ATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAGGGTAATA-ATGATTTGAAAAAG
127 GAAT-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAAAAG
* * * * * * * * * *
12956 ATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTGGAA-TCGATTTAGTAAACATATTCACTTTTTAAATCA
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* ** * *
13020 CTTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTGTGA
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** * * *
13085 ATTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTTAAATAG
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* * * * *
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1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * **** *
13198 TTGCTTATTATTTTTTGAATTATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAA
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* * * * *
13263 TTGAAACAAAATGTTTTATGTCAAAACTAAATGGTCATA-ATGATTTTAAATAA-
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* * *
13316 ATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCA
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCT
* * * ** *
13381 TTTCCTTTTTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAG
65 TTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * ** *
13445 -ATACGAAACAAATATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTCGAAATAG
128 AATA-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCA-TAGAATTTTAAAAAG
* * ** *** ** * * *
13498 ATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAACTCAACAAACACATTTATTTTTTATATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * * *
13563 TCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATGA
66 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCAAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * **
13627 TTAGAAACAATT-TTTTATGACAAAACATAGATCTTA-ATG-ATTTGAGATTA-
129 ATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAATGTCATA-GAATTTTA-AAAAG
** * *
13677 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATATTTATTTTTTAAAGCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* *
13740 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAACAAGCTTGTATG-
66 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
13803 ATAAAAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAG
129 ATAGAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAAAAG
** * * * * ** *
13856 ATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAATAATTC-GATAAAC-TGATTTATTTTTTAAGT
1 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAAT
* * * * * **
13918 -TTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATCAATTAGTGTTATTTTAATCCATCTAAGCTTGT
63 CTT-TTACTTATTAATTTTTG-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
* * * * * * * **
13981 A-GTAACT-GAAAAAAATGTTTTCTGACAAATCAAAAGGTTATA-ATGATTTTAAATTG
125 ATG-AA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGA--ATTTTAAAAAG
* * ** * *
14037 ACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTCAAACTTGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTA-TTTTTTAAATC
* * * * * ** *
14101 TATTT-CCTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTCTTCTGAATAAGCTTGTGT
64 T-TTTACTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * * *
14165 GAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAG
127 GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCA-TAGAATTTTAAAAAG
* * * * * ** * * *
14219 ATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTAAACTAATTCGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
14283 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATT-AGAATAAGCTTGTAT-A
66 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
14346 A-ATAAACAATTATTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCAT-GAATGATTTGGAATAG
129 ATAGAAACAATTA-TTTTATGACAAAA-CAAAATGTCATAGAAT--TTT-AAAAAG
* ** * * * ** * **** ** *
14400 GTAATCATTCATA-AGTCTTTAACTATTTTGTAACATCGGTTTGGCAATTGGAGATATTGTTT-A
1 ATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA-TTTG-AAC-T-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAA
* ** ** * * **
14463 ATTTTCTTGGTTTATATAAGTTTAGGAATATTAATAAGTTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAA
61 ATCTT-TT-ACTTAT-TAA-TTTTTGAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCAAAATAAGC
** * * * * * *
14528 TAATATGAATAGGACCGAAGTTGTTTGATAT-A-AAAACAAAA-GTTATAAAGCGAGTTTAGAAA
121 TTGTATGAATAGAAAC-AA-TTATTT--TATGACAAAACAAAATGTCAT--AG-AATTTTA-AAA
14590 TAG
178 -AG
* * * *
14593 ATAATTAG-TCAAAATAGGATCAATTAAACTATTTGAAATGGTT-AGCAATA-A-ATTTACTTTT
1 ATAATT-GTTC-AAATA-G-TC-A-T-AACTATTTGAACTTGTTCAGTAA-ACATATTTATTTTT
* * * *
14654 TAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTC--AA-AA-C
58 TAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGC
* * * * * *
14715 TTATATTAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA-
121 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AGAATTTTAAA-AAG
* * * *
14773 ATAATTCATTCATA-AGT--TAA-TATTTGAACTAGTTCAG-CAA-ATGATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATC
* * * *
14832 TCTTAATTATT-ATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTC--AATAAGCTTATAT-
64 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
14893 -A-ACAAACAATTGTTTTATG---ATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
128 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AGAATTTTAAAAAG
* * *
14941 A-GATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATC--
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
*
15001 -T-CTTATTAA-TTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTA-TTTATTC--AAT-AGCTTCTAT--A
66 TTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * *
15056 TTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGT-A-A-AATTTGAAATAG
130 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAGAATTTTAAAAAG
* * * * * * * *
15103 ATAATTGTT-TAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTC-GAACAAAAAATTTATTTTTTAAATC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTA-AACATATTTATTTTTTAAATC
* * * *
15165 -TTTACTTATTAACTTTTAAATATT-ATAAATTTGCATTA--TT-TT---AATAAGCTT-TATGA
64 TTTTACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
* * * * *
15221 ACTA-AAACAATT-GTTT-TGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAACAG
129 A-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AGAATTTTAAAAAG
* * * * * *
15270 ATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT-TG-ACAATTAGATTTA-TTTTT-AAT-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AA-CATATTTATTTTTTAAATC
** * ** ** ** *
15330 TTTCTGGTTATTAA-TTTTAAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATG
64 TTT-TACTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
15394 AACAG-GACAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GT--TA-AATGATTAGAAATAG
128 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AATGTCATAGAAT-TTTA-AAA-AG
* * * * * * * * *
15445 ATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
15509 TTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAAA-T--TATT-TTTTATTTC-GAATAAACTTATATT
66 TTACTTATTAATTTT-T-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
15569 AAT-GAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA-
128 AATAGAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AGAATTTTAAA-AAG
** * * * * * *
15622 ATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTTG-ACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
15685 TCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTC-GAATATGCTTATATG
65 T-TTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
15749 AACA-AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
128 AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCAT-AGAATTTTAAAAAG
** *
15801 AT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGT-AAC-GATTTA-TTTTTAAATC-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * *
15860 --T-GTTATTAATTCTTGAAAATATTTATTAAATTAGTATTATTTTATT
65 TTTACTTATTAATTTTTG--AATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT
15906 TTGAATAGGC
Statistics
Matches: 6402, Mismatches: 1380, Indels: 1029
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
154 10 0.00
155 13 0.00
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157 8 0.00
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160 8 0.00
161 7 0.00
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Found at i:8912 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 7420--16517 Score: 5534
Period size: 359 Copynumber: 25.6 Consensus size: 358
7410 AATTATTATT
* * * * * * * * *
7420 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCAAAACTATTAGAACT-GGTTCGATAAATAG
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * ** *
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1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * *
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* * * * * * *
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128 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * *
7969 TAGATAATTATTCATATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AACCATATTTA-TTTTTAA
193 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA-ATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * ***
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256 ATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
8090 CATGAACAGAACCAATTATTTTATGATAGAACAAAATGTC
319 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
8130 ATAATGTTTTGAAATAGTTAATTGTTCAGATAGTCATAATTATTTGAA-TATGTTAAGTAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTTAGTAAACAA
* * * * * *
8194 ATTGATTTTTGAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATAAATAAATTAGTATTATTTTATTT
65 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* * * ** * *
8259 CAAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACGAGGATTTAA
127 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * ** * * **
8323 AATA-ATTAATTATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTCCTA
191 AATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTA
* * * * *
8387 AATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAACTATTAATAAATTAATAATATTGTTA-TTTGAATAAACT
255 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAA-TATTAAT-AATTAGTATTATT-TTATTTTGAATAAGCT
* * *
8450 TGTATGAACAGAAACAATTGTATTATGACAAAACAAAAAGTC
317 TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * **
8492 ATAA-GAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAA-GATTTGAACTTGTTGGGTAAACAA
1 ATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAA
* * *
8555 ATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAATTATCTTTATATTAATAAATTTGTATTA-TTTATTC
65 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * *
8619 AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTACGATAAAACAAAATGTTATAGCAATTTTAA
128 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
8684 AAAGATAATTGTTGAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACATATTCA-TTTTTAAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA
* * *
8748 TCTCTTAATTACTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTA
257 TCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* *
8813 TGAACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGATC
321 TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
8850 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * **
8915 TTTATTTTTAAAATTTTTTACTTGTTAATTGGTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATAT
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT--TTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT-T
* * * * * * * * * *** *
8980 -GAATAGGCTTGTATGAATGGAAACAACTATTTTATAATTAAAAAAAAAAACCATAATGATTTGA
127 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * ** ** * *
9044 AATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTTGATAAATAGATTTTATTTTTTA
191 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATA-TTTATTTTTTA
* * *** * * *
9109 AATCTC----TTATTAAGTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCCAAACAAACTTA
255 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
** * *
9170 TATGAA-AAAAACATTTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTC
319 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
9209 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTACTTGAACT-GATTAGGTAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GTAAACA-
*
9273 AA-TTA-TTTTT-AATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAT
64 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAT
* * * *
9330 TCCAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
126 T-CAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAAAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * *** *
9395 TGAAATAGGTAATTATTCATATAGTCTTAAATATTTGAA-TGGGTTCGGCAAACAAATTTATTTT
188 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACATATTTATTTT
* * *
9459 TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
252 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
** * * * *
9524 TTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGGGTT
316 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * *
9567 ATAATGATTTTAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTAT-A-TATTTGAATTAGTTCAGTAAACATA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACA-A
* * * *
9630 A--T-TTTTTTACAATCTCTTACTTATTAATGTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAAT-TTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * ***
9692 TCAAATAGGCTTGAATG-ATCA-AAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTT
126 TCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * * * ** *
9755 ATAAACAAATAATTGTTCATATAGT-TTAAATTGTTTGGA-TTGCTTTAGCAAACAAATTTATTT
189 -GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTT
* * * * * * ***
9818 TTTACATCTCTTAGTTATCAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAG
251 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * * * * * *
9883 CTTATATAAACTGAAACAATTATTTTATAAGAGAATAAAAGGTT
315 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
9927 ATAACGATTTGAAATAGCTAATTGTTCAAATAG--A-AAC----T--A--A-TTTGGTAAATAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * *
9980 TTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-C
* * * * *
10045 AAATAGGCTTGTATGACA-A-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCGTAATGATTTGC
128 AAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
10108 AATAGATAATTATTTAAATGGCCATAATTATTTGTA-TTGATTCGATAAAC-TGACTTATTTTTT
191 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAT-ATTTATTTTTT
* * * * * *
10171 AAATCT-TTAACTTTTTAATTTTTTAAATATTAATAAATAATATTATTTTA-TTTCAGATATGCT
254 AAATCTCTTAA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCT
* *
10234 TTTATGAACTGAAACAATCAT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTC
317 TGTATGAACTGAAACAAT--TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * *
10277 ATACTTCTTAT-AAATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTTA-TTTGGTAAACA
1 ATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACA
**
10340 AATTTATTTTTTTAAAT-TTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGA-TAATAAATTAGTATTA-TTT
64 AATTTA-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTT-AAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * ** * * *
10402 ATTTTGAATAAGCATGAATGAACT-GAAAAAATTATTTTACAACTAAACAAAAGGTCAGAACAAT
124 A-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* ** * * * * *
10466 TTGAAATAGATGATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGAGAAACACATTT-TTTT
187 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTT
* * * * *
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* * * *
10593 CTTGTATGAACAGAAACGATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGATC
315 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * *
10636 ATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTGAAATACTCGTAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAATA
1 ATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACA
* * * *
10699 GATTTAGTTTTAAAATC---T-CTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
64 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * ** *
10760 CTAAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCGA-AACTATTTG
127 C-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTG
* * * * * *** * *
10824 AAATAGACAATAGCTT-AAATGGACATAACTATTTGAACTTCTTTGGTGAACAGATTTATTTTTT
190 AAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT
* * * *
10888 AGATCT-TCAA--CTT-A---TT---A-A-T--T--TTAG-A--A---TA--TT-AATAA-ATTG
254 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
*
10927 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
319 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
10967 ATAA-CATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGAGTCATAACTATTTGAACTCGGTTAGTAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * *
11031 TTTATTTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTT
66 TTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * * * ** * * ** * * *
11096 CCAATAAGTTTTTATGAACAGAAACAACAGGTTTATGATAAAATGAAA-TTTATAATGATTTGAA
127 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* *
11160 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTT-AAGAAAACATATTTATTTTTAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAA-TAAACATATTTATTTTTTA
* * *
11223 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCT
255 AATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCT
* * *
11285 TGCATGAA-TAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
317 TGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
11327 ATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGCTT-AGAT-GATCATAACTATTTGGAAAT-GTTT-GACAA
1 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG-TCATAACTATTT-GAACTAGTTTAG-TAA
* * * * * * *
11387 ACAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTCATGAATTAGTATTATTTTA
61 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
11452 TTTCAAATAAGCATATATGAACT-GAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAACGATT
125 -TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* ** *
11516 TGAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCAGGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTG
188 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTT
* * * * * * * * *
11581 TAAATCTTTTACTTACTAGTTGTTGAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCT
253 TAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
* *
11646 TGTATGAA-TGGAAACAATTTTTTTATGATAAAA-AAAA-GTC
317 TGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * ** *
11686 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAATTAGTCATAAGAATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* *
11751 TTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTCTTAATATTAATAAATT-GTATTATTTTATTTG
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTT-TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* ** ** * * * * *
11815 AAATAAGCTTGTATGAATGGAAAAAATCATTTGGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAA
128 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * *
11880 CAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAAT
193 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAT
* ** *
11945 CTCTTAATTATTAATTTTT-AGATTATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-TTGAA
258 CTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG-T
* * *
12008 ATGAACTAAAATAATT-TTTTATAACAAAACAAAAGGTC
320 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
12046 ATAACGATTTGAAATAAATACTTATTCAAATAGTTATGACT-TTTGATA-TAGTTTGGTAAAC-A
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTTAGTAAACAA
* * ** * *
12108 ATTTATTTTTTAAA-ATTTTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATC
65 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** * * * * ** *
12172 TAAATAAGCTTTTATGAATAGAAATTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAA
128 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * ** * *
12237 ATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * * *
12302 --TC-T-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGAATTATTTTATTCTGAACAAACTTATA
257 TCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* *
12363 TGAA-TAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
321 TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * **
12401 ATAGTGATTTGAAACAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-CGAATAGGTAAACAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTA-GTAAACAA
* * * *
12465 AATTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTTATATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTA-ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-T
* * *
12529 TCAAATAAGCTAGTATGAAGT-GAAAAAAATTATTTTATGACAAAAC--AA----A-AACAATTT
126 TCAAATAAGCTTGTATGAA-TAG-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * ** * * *
12586 TAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAAAAAATTTATTTTTT
189 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT
* * ** *
12651 AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT
254 AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * *
12716 GTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTT
318 GTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
12757 ATAATGCTTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTCGATAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACAA
* * *
12821 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAGGA-TAATAAATTACTATTATTTTAT
65 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-A-A-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
* * * * * * * * * *
12885 TTTAAATAAACATATATG-ATCA-AAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAGGGTAATAATGATT
125 TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * * * * * * *
12948 TGAAAAAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTGGAA-TCGATTTAGTAAACATATTCACTTT
188 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTT
* * *
13012 TTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AACTAAG
252 TTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAG
* * *
13076 CTTGTGTGAATTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
315 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * **
13120 ATAATGATTTTAAATAG-CAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * * *
13184 TTTA--TTTTAAA-CTTTTGCTTATTATTTTTTGAATTATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTT
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
** * * * * * * *
13246 GGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAAAATGTTTTATGTCAAAACTAAATGGTCATAATGATTTTA
128 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * *
13311 AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCA
191 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-A
** * * *
13376 AATCAT-TTCCTTTTTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGC
255 AATC-TCTTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC
* * * * *
13438 TTGTAAGATAC-GAAACAAATATTATATGACTAAACAAAAGGTC
316 TTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * ** ** * ** *
13481 AGAACAATTCGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAACTCAACAAACACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * * * **
13546 TTTATTTTTTATATCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTAACC
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTC
* * * * * * * *
13611 AAATAAGTTTCTATGATTAGAAACAATT-TTTTATGACAAAAC-ATAGATCTTAATGATTTGAGA
128 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-A
* ***
13674 TTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATATTTATTTTTTAAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAA
* * * ** *
13736 GCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTGTA
257 TCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
* * *
13801 TG-A-TAAAAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC
321 TGAACT-GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * * * *
13839 ATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAATA-ATTCGATAAACT
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACA
* * * *
13902 GATTTATTTTTTAAGT-TTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGTATTAATCAATTAGTGTTATTTTA
64 AATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT--TAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-
* ** * * * * *
13965 ATCCATCTAAGCTTGTA-GTAACT-GAAAAAAATGTTTTCTGACAAATCAAAAGGTTATAATGAT
124 ATTCAAATAAGCTTGTATG-AA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * * * ** ** *
14028 TTTAAATTGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTCAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTT
187 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTA-TTT
* *** * * * * *
14093 TTTAAATCTATTTCCTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTCTTCTGAATAAG
251 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * *
14158 CTTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC
315 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * * * * * ** *
14202 AGAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTAAACTAATTCGGTAAA-TAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * *
14266 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATT-
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTC
* * * * * *
14330 AGAATAAGCTTGTAT-AA-ATAAACAATTATTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATGAATGATTT
128 A-AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATT-GTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAT-AACGATTT
* * ** * * * *** *
14393 GGAATAGGTAATCATTCATA-AGTCTTTAACTATTTTGTAACATCGGTTTGGCAAT-TGGAGA--
189 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA-TTTG-AAC-T-TG-TT--CAATAAACATATT
* * * ** * * * *
14454 TATTGTTTAATTTTCTTGGTTTATATAAGTTTAGGAATATTAATAAGTTACGTATTATTTTATTC
246 TATTTTTTAAATCTCTT-AATTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAA-TTA-GTATTATTTTATTT
* ** ** * * *
14519 TAAATAAAATAATATGAA-TAGGACCGAAGTTGTTTGATAT-A-AAAACAAAA-GTT
307 TGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC-AA-TTGTTT--TATGACAAAACAAAAGGTC
* * *
14572 ATAAAGCGAGTTTAGAAATAGATAATTAG-TCAAAATAGGATCAATTAAACTATTTGAAAT-GGT
1 AT-AA-TGA-TTT-GAAATAGATAATT-GTTC-AAATA-G-TC-A-T-AACTATTTGAACTAGTT
* * * * * *
14635 TAG-CAATAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTAT
55 TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATTAATAAATTAGTAT
* * *
14699 TATTTTATTTC-AA-AA-CTTATATTAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
118 TATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
14759 ACAATTTGAAATAAATAATTCATTCATA-AGT--TAA-TATTTGAACTAGTTC-AGCAA-ATGAT
182 ACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAT-AT
*
14818 TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATT-ATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA--TT
245 TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * *
14879 CAATAAGCTTATAT-AAC--AAACAATTGTTTTATG---ATAGAAAAGGTT
308 GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * *
14924 ATAACAATTTGAAATAGA-GATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTGGTAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
*
14986 TTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTA-TTTATTC-A
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAA
* * * * *
15044 AT-AGCTTCTAT--ATTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGT-A-AA--ATTTGAAATA
130 ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
15102 GATAATTGTT-TAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTCGAACAAA-AAATTTATTTTTTAAAT
195 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTC-AATAAACATATTTATTTTTTAAAT
* * ***
15164 CT-TTACTTATTAACTTTT-AAATATT-ATAA--A-T-TTGCATTATTTT-AATAAGCTT-TATG
258 CTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG
*
15220 AACTAAAACAATTG-TTT-TGACAAAA-AAAAGGTC
323 AACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * * * * *
15253 ATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT-G-ACAATTA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTA-AA-CA
* ** * **
15316 GATTTA-TTTTT-AAT-TTTCTGGTTATTAATTTTAAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTT
64 AATTTATTTTTTAAATCTTT-TACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT
* ** * * * * * * * * *
15378 TAAATAAAATAGTATGAACAG-GACAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTA-AATGATTAGA
127 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * *
15440 AATAGATAGTTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAA
191 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
15504 ATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAA--ATTATT-TTTTATTTCGAATAAACTTAT
256 ATCTCTTAATTATTAATTTT-TGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
* *
15566 ATTAA-TGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTC
320 ATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
** * ** * * * *
15605 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTTG-ACTAGTTTAGCAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTAGTTTAGTAAACAA
* * * *
15669 ATTTATTTTTTAAAT-TTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATT
65 ATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTT--TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * *
15733 CGAATATGCTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
127 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
*** *
15797 ATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGT-AAC-GATTTA-TTTTTAA
192 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAATAAACATATTTATTTTTTAA
* * * *
15857 A--TC-T-GTTATTAATTCTTGAAAATATTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTT
256 ATCTCTTAATTATTAATTTTTG-AAATA-TTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * * *
15918 CTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTA
318 GTATGAACTG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTC
* * * * * * *
15959 ATAATAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTGAA-T-GATT--T------A
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * *
16014 --T-TTTTTTAAA---TGT-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATCAA-TAGTATTAATTTTATTT
66 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTT-TAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTA-TT
** * * * * *
16071 TGAATAAGCTTTTACGAACTA-AAACAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTA
127 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * ** * *
16133 AATTGATAATTGTTC-AATCA-TCGTAACTATTCAAATTTGTT-AATAAACAAATTTATTTTTTC
191 AATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTT-
** * * **
16195 AAAT-TCTTGCTTTTTAATTTTTTG-AATGTTAATAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAGTAAGCT
254 AAATCTCTTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCT
* * * * *
16257 TGTATGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAATGTT
317 TGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
16299 AAAATGATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAGTCTTAAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACA
1 ATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACA
* * * * *
16363 CATTTTTTTTTTAAATCTCTTAC-TA--AGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT
64 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * * ** * * * *
16425 CTGAATAAGCTTGTAT-AATCCGAAATAATTACTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAATGATTT-
127 C-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* *
16487 AAGATTGATATTTAG-TCAAATAGTCATAACT
190 AA-ATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACT
16518 TGCTTTTTAA
Statistics
Matches: 6868, Mismatches: 1389, Indels: 971
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
326 8 0.00
327 15 0.00
328 7 0.00
329 37 0.01
330 133 0.02
331 41 0.01
332 38 0.01
333 43 0.01
334 128 0.02
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337 84 0.01
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345 10 0.00
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ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTC
TTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
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10760 CTAAATAATT
* * *
10770 TTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATATCGAAACTATTTGAAATAGACAAT
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* * * * *
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* * *
10924 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC-ATAAC-ATTTGAAATAAATAA
1 TTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCGA-AACTATTTGAAATAAACAA
* *
10987 TTG-TTCAAA-GAGTCATAACTATTTGAAC-TCGGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATT
65 TAGCTT-AAATG-GACATAACTATTTGAACTTC-GTTAGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATATT
** * * *
11049 TTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAA
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TTATTAATTTTAGAAATATTAATAAA
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10914 TATTAATAAA
* * *
10924 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-CATTTGAAATAAATAAT
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* * * * * *
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66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ACGATTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
11052 TTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-GTTTCCAATAAGTTTTTATGAACA
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* ** * * * * *
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193 GAAAAAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
11180 TCATAACTATTTGAA-TGTGTTAAGA-AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTT
257 TCATAACTATTTGAACT-TGTT-TGATAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTTACTTATTAATTTT
*
11243 TGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGC
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* * *
11284 TTGCATGAATAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAA
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAA
* * * ** * *
11348 TTGCTT-AGAT-GATCATAACTATTTGGAAATG-TTTGACAAACAAATTAATTTTTTAATTCTCT
65 TTG-TTCAAATAG-TCATAACTATTT-GAAACGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
11410 TACTCATTAA-TTTTAGAATATTCATGAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCATATATGAA
127 TACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAA
* * ** * * *
11473 CT-GAAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAA
191 -TAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** ** * * * *
11537 TAGTCAGGACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTTATTTTGTAAATCTTTTACTTACTAGTT
254 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTAATT
* * * *
11602 GTTGAAATATTTATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGC
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* * * ** *
11645 TTGTATGAATGGAAACAATTTTTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* ** * *
11708 TGTTCAATTAGTCATAAGAATTTG-AACTTGTTTA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC--GATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* *
11771 CCTATTAATTTTCT-TAATATTAATAAATT-GTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAAT
129 CTTATTAATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAAT
* ** ** * * *** * *
11833 GGAAAAAATCATTTGGTGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTCAAACAGATAATTGTTCAAATA
192 AGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
11898 GTCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
256 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTT
* * *
11963 T-AGATTATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAG-
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* * * * *
12003 TTGAAATGAACTA-AAATAATT-TTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATA
1 TTG-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
* * * * *
12066 CTTATTCAAATAGTTATGACT-TTTGATATA-G-TTTGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAAAT-T-
64 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-A-ACGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTC
* * * * * *
12125 TTGCTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTTTATGAA
126 TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAA
** * * * ** * *
12190 TAGAAATTATTGTTTTGTAATAGAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
191 TAGAAAAAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
12255 AGTCATAACTTTTTGAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TA-TTATTAATTTTT
255 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
* * * *
12318 GAAATATTAATATATTAGAATTATTTTATTCTGAACAAAC
320 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGC
* * * * *
12358 TTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAACAGATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
12423 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACCGAATAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACA
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* * * *
12488 TATTAATTTTTTATATATTAATAAATTTA-TTTTATTTT-ATTTCAAATAAGCTAGTATGAAGT-
131 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TA
* *
12550 GAAAAAAATTATTTTATGACAAA-ACAAAAA-C--AAT--TTT-AAATAGATAATTGTTCATATA
193 G-AAAAAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
12608 GTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
256 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTT
* ** *
12673 TGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC
319 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC
* * * * * * * * *
12714 TTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTTATAATGCTTTGAAGTATACAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
12779 TGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTA
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACGA-TTAGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA
* ** * * * * *
12843 CTTATTAATTTTTGAGAGGA-TAATAAATTACTATTATTTTATTTTAAATAAACATATATG-ATC
129 CTTATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAT-
* * *** * * *
12906 A-AAAACAATTGTTATATGACCAAATAAAGGGTAATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTGAAAT
192 AGAAAA-AATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
12970 GGCCATAATTATTGGAA-TCGATTT-AGTAAACATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAAT
255 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAAT--CTTACTTATTAAT
* *
13033 TTTTGAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGC
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* ** * *
13077 TTGTGTGAATTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG-CAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* ** * * *
13141 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTTG-TTCGGTAAACAAATTTA--TTTTAAA-CTTTTGC
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ACGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * ** * *
13202 TTATTATTTTTTGAATTATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGA
130 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *** * *
13267 AACAAAATGTTTTATGTCAAAACTAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
195 AA-AAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
13332 TCATCACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTTTTAATTT
257 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATC--TTACTTATTAA-TT
*
13396 TTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGC
317 TTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGC
* * * * * * ** *
13438 TTGTAAG-ATACGAAACAAATATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTCGAAATAGATAA
1 TTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * ** * * ** * * *
13502 TTATTCTAATAGTTTTAACTATTTG-AACTAACTCA-ACAAACACATTTATTTTTTATATCTCTC
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC-GA-TTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * ** * * *
13565 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTTAA-CCAAATAAGTTTCTATGATT
128 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
13629 AGAAACAATT-TTTTATGACAAA-ACATAGATCTTAATGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAAT
192 AGAAAAAATTGTTTTATGACAAACA-AAAAATCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAAT
* *
13691 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT-AA-ATATTTATTTTTTAAAGCTCTTACTTATTAATTT
255 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTT
* * *
13754 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGC
318 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC
* * *
13796 TTGTATG-ATAAAAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
1 TTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
** * * * ** * * ** * *
13860 TCATTCAAAT-GGCTATAATTATTTTAAATAATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAGTTTCTTA
65 TTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAACGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * ** **
13924 CTTATT-A-TTTTAGTAAGTATTAATCAATTAGTGTTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTA-GTAA
129 CTTATTAATTTTTA--AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATG-AA
* * ** * * * *
13986 CT-GAAAAAAATGTTTTCTGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGACAATTGTTCAAA
191 -TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAA-CAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * *
14050 TAGTAATAACTATTCAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTATTTCCTATTAAT
254 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC--TTACTTATTAAT
* * * *
14115 TTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTCTTCTGAATAAGC
316 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGC
* * * * ** *
14159 TTGTGTGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAGATAAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
14224 TGTTCTAATAATCTTAACCATTT-AAACTAATTCGGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAC-GATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
14287 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAA-TTAGAATAAGCTTGTAT-AA-AT
130 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTA-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * ** *
14349 AAACAATTATTTTTACGACAAA-AGAAAAAGGTCATGAATGATTTGGAATAGGTAATCATTCATA
194 AAAAAATT-GTTTTATGACAAACA-AAAAA--TCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** *** ** * * **
14413 -AGTCTTTAACTATTTTGTAACATCGGTTTGGCAATTGGAGATATTGTTTAATTTTCTTGGTTTA
254 TAGTC-ATAACTA-TTTG-AAC-T-TGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAA--ATCTT-ACTTA
* * * * * **
14477 TATAAGTTTAGGAATATTAATAAGTTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAA
311 T-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTATT-TGAATAAGC
** * * * *
14528 TAATATGAATAGGACCGAAGTTGTTTGATAT-A-AAAACAAAA-GTTATAAAGCGAGTTTAGAAA
1 TTGTATGAATAGAAAC-AA-TTGTTT--TATGACAAAACAAAAGGTCAT-AA-TGA-TTT-GAAA
* * * * *
14590 TAGATAATTAG-TCAAAATAGGATCAATTAAACTATTTGAAATGGTTA-G-CAATAAATTTACTT
58 TAGATAATT-GTTC-AAATA-G-TC-A-T-AACTATTTGAAACGATTAGGTAAACAAATTTATTT
* * *
14652 TTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTT-ATTTCAA-AA-
116 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAG
* * * ** ** *
14714 CTTATATTAA-A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
181 CTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
14777 TTCATTCATA-AGT--TAA-TATTTGAACTAG-TTCAGCAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTT
245 TT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTT
* * *
14836 AATTATT-ATTTTT-AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAATAAGC
306 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGC
* * * * * ** *
14887 TTATAT--A-ACAAACAATTGTTTTATG---ATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA-GAT
1 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * *
14945 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AAC-TTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CT
66 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * *
15004 TATTAA-TTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATTA-TTT-A-TTCAAT-AGCTTCTAT--ATTGAA
131 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * * *
15061 ACAATTGTTTTATGAGAAA-ACAAAAT-GTAA-AATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAATCTT
196 AAAATTGTTTTATGACAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
15122 AACCATTTCAA-TTGATTCGA-ACAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAACTTTT-AA
261 AACTATTTGAACTTG-TTTGATA-AACAGATTTATTTTTTAAATC-TTACTTATTAATTTTTGAA
* *
15184 ATATT-ATAAATTTGCATTA---T-TTT-AATAAGC
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** *
15214 TT-TATGAACTA-AAACAATTG-TTT-TGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAA
1 TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * ** ** * * * *
15274 TTGTTCATATAGTCTTAACTATTTG-AACTGGTTTGACAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTC-TG
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* ** * ** * *
15336 GTTATTAA-TTTT-AAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAACAG
129 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
15399 -GACAATTGTTTGATGACAAA-ATAAGAAGTTA-AATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAG
194 AAAAAATTGTTTTATGACAAACA-AA-AAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
15461 TCAAAACTATTTGAA-TGGTTT-AGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTT
257 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATTAATTTT
* *
15524 CTAAAATATTAATAAA-T--TATT-TTTTATTTCGAATAAAC
319 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC
* * * ** *
15562 TTATATTAAT-GAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
1 TTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
** * * * * * * *
15626 TTGTTCATGTAGTCTTAACTATTTTGACTA-GTTTA-GCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTT
65 TTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGA-AACGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * ** * * *
15689 AGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTT-ATTCGAATATGCTTATATGAACA
128 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAATA
* * ** * **
15753 -AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAG
193 GAAAAAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
15816 TCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGGT-AAC-GATTTA-TTTTTAAATC-T-GTTATTAATTCTTG
257 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTG
* *
15875 AAAATATTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGC
321 -AAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGC
* * * * * *
15916 TTCTAT--ATTGAAAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATAATAATTTGAAATAGAT
1 TTGTATGAATAG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
15978 AGTTGTTTAAATGGCCATAATTATTTG-AATGATT---T------A--T-TTTTTTAAA--T-GT
63 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAACGATTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * *
16027 -CTTATTAACTTTTGAAATATTAATCAA-TAGTATTAATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAAC
128 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTAATTTAAATAAGCTTGTATGAA-
* ** * *
16090 TA-AAACAATTG-TTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTC-AATC
191 TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAACAAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
* ** * * * * *
16152 A-TCGTAACTATTCAAATTTG-TTAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATTCTTGCTTTTTAATTT
255 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT-AAA-TCTTACTTATTAA-TT
* **
16215 TTTG-AATGTTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGC
317 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGC
* * * * * * *
16256 TTGTATGAACT-GAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAATTA-AAA
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* * * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** * *** * * * *
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* * * * *
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* *
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** ** * * * *
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* * * *** * *
11900 CATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTA
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *** *
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* * * ** * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
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* * *
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* * * * *** * * *
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1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
12790 TCATAACTATTTAAACTAGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
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* ** * * * * * *
12855 TGAGAGGATAATAAATTACTATTATTTTATTTTAAATAAACATATATGATCAA
123 T-AAAATATTATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAT-AGC-TTTAT-AT-GA
* * * * * ** * * * *
12908 AAACAATTGTTATATGACCAAATAAAGGGTAATAATGATTTGAAAAAGATAATTGTTGAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
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* * * * **
13037 GAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAACTAAGCTTGTGTGAATTC
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* ** * * *
13089 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAG-CAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
13153 CATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTA--TTTTAAACTTTTGCTTATTATTTTTTGA
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* * * **
13216 ATTATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-TATGAA
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* * * * ** * *
13263 TTGAAACAAAATGTTTTATGTCAAAACTAAATGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAA
1 ---AAAC-AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
13328 ATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCATTTCCTTTTTAA
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** * * *
13393 TTTTTTGAATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAGAT-A
119 TTTTTAAAATATT-ATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TCAAT-AGCTT-T-ATATGA
* * * * * * * * *
13448 CGAAACAAATATTATATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTCGAAATAGATAATTATTCTAATA
1 --AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** ** *** * * *
13513 GTTTTAACTATTTGAACTAACTCAACAAACACATTTATTTTTTATATCTCTCACTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTGAACT-GGTTTGCAAA-AGATTTATTTTTTA-A-ATCT--GTTATTAATTTT
* * ** * *
13578 TGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGTTTCTATGATTA
123 TAAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTAT-TTC-AAT-AGCTT-TAT-ATGA
* * ** *
13630 GAAACAATT-TTTTATGACAAAAC-ATAGATCT-TAATGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAAT
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAAT
* ** * *
13691 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATTTATTTTTTAAAGCTCTTACTTATTAATTTTT
63 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGCAAAAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTTTT
* * * *
13756 GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTGTATGATAA
124 AAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA-TAGCTT-TAT-ATGA
* * * ** **
13807 AAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCATTCAAAT-G
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * * * *
13871 GCTATAATTATTTTAAATAATTCG-ATAAACTGATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTATTTT
65 TC-ATAACTATTTGAACTGGTTTGCA-AAA--GATTTATTTTTTAAATCTGTTA-TTAAT-TTTT
* * * * * *
13935 AGTAAGTATTAATCAATTAGTGTTATTTTAATCCATCTAAGCTTGTAGTAACTGA
124 A--AAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AT-AGCTT-TA-T-A-TGA
* * * ** * * *
13990 AAA-AAATGTTTTCTGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * * *
14054 AATAACTATTCAAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTATTTCCTATTAATTTTT
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* * * * * *
14119 TAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTCTTCTGAATAAGCTTGTGTGAATTG-
124 AAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAT-AGCTT-TAT--A-TGA
* * * * * *
14171 AAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCTAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * * *
14236 CTTAACCATTTAAACTAATTCGGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
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* ** *
14300 AAATATTATTAAATTAGAATTATTTTAATTAGAATAAGCTTGTATA-AA
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* * * * ** * * ** *
14348 TAAACAATTATTTTTACGACAAAAGAAAAAGGTCATGAATGATTTGGAATAGGTAATCATTCATA
1 -AAACAATT-GTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTAT-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** ** * *
14413 -AGTCTTTAACTATTTTGTAACATCGGTTTGGCAATTGGAGATATTGTTTAATTTTCTTGGTTTA
62 TAGTC-ATAACTA-TTTG-AAC-T-GGTTT-GCAA-AAGATTTATTTTTTAA--ATC-T-G-TTA
* * * * *** *
14477 TATAA-GTTTAGGAATATTAATAAGTTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGA
115 T-TAATTTTTA-AAATATT-ATAAATTA-GTATTATTTTATT-TCAATAGCTTTATATGA
*
14536 ATAGGACCGAAGTTGTTTGATAT-A-AAAACAAAA-GTTATAAAGCGAGTTTAGAAATAGATAAT
1 A-A--A-C-AA-TTGTTT--TATGACAAAACAAAAGGTTAT-AA-C-AATTT-GAAATAGATAAT
* * *
14598 TAG-TCAAAATAGGATCAATTAAACTATTTGAAATGGTTAGCAATAA-ATTTACTTTTTAAATCT
54 T-GTTC-AAATA-G-TC-A-T-AACTATTTGAACTGGTTTGCAA-AAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
14661 CTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCAA-AAC-TTATATTAA
111 -GT--T-ATTAATTTTTAAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAGCTTTATA-T-G
14724 A
169 A
* * * *
14725 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCATTCATA-AG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG
* * * * *
14789 T--TAA-TATTTGAACTAGTTCAGCAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTATTTTTAG
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*
14851 AATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCAATAAGC-TTATATAA
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* * *
14895 CAAACAATTGTTTTATG---ATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA-GATTGTTCAAATAG
1 -AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
14956 TCATAACTATTTGAACT--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTTTGAAA
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTT-GCAAA-AGATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTTAAAA
*
15018 TATTAAAAATTAGTATTA-TTTA-TTCAATAGCTTCTATATTG-
128 TATTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAGCTT-TATA-TGA
* * * *
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* * * * * * * * *
15119 CTTAACCATTTCAATTGATTCGAACAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAACTTTT-A
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* * *
15183 AATATTATAAATTTGCATTATTTTA-AT--A-AGCTTTATGAACT-A
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* * *
15225 AAACAATTG-TTT-TGACAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGT
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* * *
15287 CTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAATTAGATTTA-TTTTTAATTTTCTGGTTATTAA-TTTT-A
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* * ***
15349 AATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA-AAATAGTATGA
126 AATATT-ATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAGCTTTA-TATGA
* * ** * * *
15395 ACAGGACAATTGTTTGATGACAAAATAAGAA-GTTA-AATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAA
1 A-A--ACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
15458 TAGTCAAAACTATTTGAA-TGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATT
62 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTT-GCAAA-AGATTTATTTTTTAAATCT-GT--T-ATTAATT
*
15522 TTCTAAAATATTAATAAA-T--TATT-TTTTATTTCGAATAAACTTATATTAATGA
121 TT-TAAAATATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAT-AGCTT-TA-T-ATGA
* * * * **
15574 AGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATGTAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
15639 CTTAACTATTTTG-ACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTC
66 CATAACTA-TTTGAACTGGTTT-GCAAA-AGATTTATTTTTTAAA--TC-T-GTTATTAATTTTT
* *
15703 AGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTA-TTCGAATATGC-TTATATGAACA
124 AAAATATTA-TAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATA-GCTTTATATG---A
* *
15753 AAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* ** * *
15817 CATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAACGATTTA-TTTTTAAATCTGTTATTAATTCTTGAAAATA
66 CATAACTATTTGAACTGGTTTGCAAAAGATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATT-TTTAAAATA
*
15881 TTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTATATTGA
130 -TTA-TAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATA-GCTT-TATA-TGA
* * * * * * *
15927 AAAGCAATTGTTTTAGGAGAAAACCAAAA-GTAATAATAATTTGAAATAGATAGTTGTTTAAATG
1 AAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
15991 GCCATAATTATTTGAA-TGATTT-------A--T-TTTTTTAAATGTCTTATTAACTTTTGAAAT
64 GTCATAACTATTTGAACTGGTTTGCAAAAGATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTTAAAAT
* * *
16045 ATTAATCAA-TAGTATTAATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TACGAACTA
129 ATT-ATAAATTAGTATT-ATTTTA-TTTCAAT-AGCTTTATATG----A
* ** * *
16092 AAACAATTG-TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTC-AATCA-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG
* ** * * *** * * *
16153 TCGTAACTATTCAAATTTGTTAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATTCTTGCTTTTTAATTTTTT
65 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGCAAA-AGATTTATTTTTT-AAA-TC-TG-TTATTAATTTTTA
* * *
16218 GAATGTTA-ATAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAACTG-
125 AAATATTATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAA-T-AGCTT-TAT--A-TGA
* * * * * ** * * *
16268 AAACAATTATTCTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAATTA-AAAATTATTCTAATAG
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* * * * * * * *
16332 TCTTAAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGA
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16421 TATTCTGAAT
Statistics
Matches: 4098, Mismatches: 816, Indels: 783
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CATAACTATTTGAACTGGTTTGCAAAAGATTTATTTTTTAAATCTGTTATTAATTTTTAAAATAT
TATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAGCTTTATATGA
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* * * * *
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* * * * **
13787 CAAACAAGCTTGTATGATAAAAAGCAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA
64 C-AA-AA-CTTATAT--TAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * *
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124 ATAAATAATTCATTCATAA--G-T-TAA-TATTTGAACTAGTTCAG-CAAA-TGATTTATTTTTT
* * * * * * * * *
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182 AAATCTCTTAATTATTATTTTCAG-AA-TATTACTAAATTAGTATTACTTT-ATTCA-ATAAGCT
* * * * * * ** * * *
13978 TGTAGTAACTGAAAAAAATGTTTTCTGACAAATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATTGACAATT
243 TATA-TAAC--AAACAATTGTTTTATG--ATA-GAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGA-GATT
* ** * *
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301 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T-TTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATC----TCT
* * * * *
14108 TATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTCTTCTGAATAAGCTTGTGTGAATTGAA
359 TATTAA-TTTTGAAATATTAA-AAATTAGTATT-ATTTATTC--AAT-AGCTTCTAT--ATTGAA
* ** * *
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416 ACAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAA--T-ATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAA--T
* * * * *
14238 TAACCATTTAAACTAATTCGGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
474 TAACCA-TTCAATTGATTC-G-AAAAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAACTTTTGAAA
* * *
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535 TATTA-TAAATTTGAATTA--TT--TT-GAATAAGCTT-TATGAACTAAAACAATT-GTTTT--G
* * **
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590 AC-AAA-AAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAAGTCTTTAACTATTTTGT
* *
14431 AACATCGGTTTGGCAATTGGAGATATTGTTTAATTTTCTTGGTTTATATAAGTTTAGGAATATTA
652 AACATCGGTTTGACAATTAGAGATATTGTTTAATTTTCTTGGTTTATATAAGTTTA-GAATATTA
* * *
14496 ATAAGTTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAATAGGACCGAAGTTGTTTGATATAA
716 ATAAATTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAACAGGACCGAAGTTGTTTGATACAA
14561 AAACAAAAGTTATAAAGCGAGTTTAGAAATAGATAATTAGTCAAAATAGGATCAATTAAACTATT
781 AAACAAAAGTTATAAAGCGAG-TTAGAAATAGATAATTAGTCAAAATAGGATCAA-TAAACTATT
*
14626 TGAAATGGTTAGCAATAA
844 TGAAATGGTTAGAAATAA
14644 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAA--TAGTATTATTTTATTT
14709 CAAAACTTATATTAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
64 CAAAACTTATATTAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
14774 TAATTCATTCATAAGTTAATATTTGAACTAGTTCAGCAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTAAT
129 TAATTCATTCATAAGTTAATATTTGAACTAGTTCAGCAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTAAT
* *
14839 TATTATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCAATAAGCTTATATAACAAACAATT
194 TATTATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTCAATAAGCTTATATAACAAACAATT
14904 GTTTTATGATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
259 GTTTTATGATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
14969 AACTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGAAATATTAAAAATTAGTAT
324 AACTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGAAATATTAAAAATTAGTAT
* *
15034 TATTTATTCAATAGCTTCTATATTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGTAAAATTTGAA
389 TATTTATTCAATAGCTTCTATATTGAAACAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAATATAAAATTTGAA
15099 ATAGATAATTGTTTAATAATCTTAACCATTTCAATTGATTCGAACAAAAAATTTATTTTTTAAAT
454 ATAGATAATTGTTTAATAA--TTAACCA-TTCAATTGATTCG---AAAAAATTTATTTTTTAAAT
*
15164 CTTTACTTATTAACTTTT-AAATATTATAAATTTGCATTATTTT-AATAAGCTTTATGAACTAAA
513 CTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTATAAATTTGAATTATTTTGAATAAGCTTTATGAACTAAA
** *
15227 ACAATTGTTTTGACAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTC-TTA
578 ACAATTGTTTTGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATA-AGTCTTTA
** *
15291 ACTA-TTTG-AAC-T-GGTTTGACAATTAGATTTATT-TTTAATTTTC-TGG-TTAT-TAATTTT
642 ACTATTTTGTAACATCGGTTTGACAATTAGAGATATTGTTTAATTTTCTTGGTTTATATAAGTTT
** * *
15348 A-AATATTCTTAAATTA-GTATTATTTTATTTTAAATAAAATAGTATGAACAGGA-C-AA-TTGT
707 AGAATATTAATAAATTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAACAGGACCGAAGTTGT
* * * *
15408 TTGATGACAAAATA-AGAAG-T-TAAA-TGA-TTAGAAATAGATAGTTATTC-AAATA-G-TC-A
772 TTGAT-ACAAAA-ACAAAAGTTATAAAGCGAGTTAGAAATAGATAATTAGTCAAAATAGGATCAA
*
15464 -AAACTATTTG-AATGGTTTAGTAAATAG
835 TAAACTATTTGAAATGG-TTAG-AAATAA
* *
15491 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCTAAAATATTAATAA-ATTATT-TTTTATTTC
1 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTT-TAAAATATTAATAATAGTATTATTTTATTTC
* *
15554 GAATAAACTTATATTAATGAAGACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
65 --A-AAACTTATATTAA--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * *
15619 TAAATAATT-GTTCATGTAGTCTTAACTATTTTG-ACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAA
125 TAAATAATTCATTCAT-AAG--TTAA-TA-TTTGAACTAGTTCAGCAAAT-GATTTATTTTTTAA
* * *
15682 ATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTCGAATATGCTTATA
184 ATCTCTTAATTATT-ATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTC-AATAAGCTTATA
*
15747 TGAACAAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATATTGTTCAA
247 T-AAC-AAACAATTGTTTTATGATAG---AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAGATTGTTCAA
* *
15812 ATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGT-AAC-GATTTA-TTTTTAAATCTGTTATTAATTCTT
307 ATAGTCATAACTATTTGAACT--TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT-TT
* *
15874 GAAAATATTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTCTATATTGAAAAGCAATTGTT
369 G-AAATA-TTA-AAAATTAGTATTA-TTTA--TTCAATA-GCTTCTATATTG-AAA-CAATTGTT
* **
15939 TTAGGAGAAAACCAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAGTTGTTT-A-AA-TGGCCA-T-AAT
425 TTAGGAGAAAA-CAAAA-T-ATAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAATTAACCATTCAAT
* ** *
15999 T-ATTTG-AATGATTTATTTTTTTAAA--TGT-CTTATTAACTTTTGAAATATTAATCAATAGTA
486 TGATTCGAAAAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTACTTATTAACTTTTGAAATATT-AT-AA-A-T-
* *
16059 TT-AATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAACAATTGTTTATGACAAACAAAAGGTCAT
545 TTGAA--TTATTTTGAATAAGC-TTTATGAACTAAAACAATTGTTT-TGACAAAAAAAAGGTCAT
* *
16123 AATGATTTTAAATTGATAATTGTTCA
606 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
16149 ATCATCGTAA
Statistics
Matches: 1325, Mismatches: 119, Indels: 176
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
844 9 0.01
845 10 0.01
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850 1 0.00
851 9 0.01
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863 18 0.01
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ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATAATAGTATTATTTTATTTCA
AAACTTATATTAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATA
ATTCATTCATAAGTTAATATTTGAACTAGTTCAGCAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTA
TTATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTCAATAAGCTTATATAACAAACAATTGT
TTTATGATAGAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGAGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTGAAATATTAAAAATTAGTATTA
TTTATTCAATAGCTTCTATATTGAAACAATTGTTTTAGGAGAAAACAAAATATAAAATTTGAAAT
AGATAATTGTTTAATAATTAACCATTCAATTGATTCGAAAAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTT
ATTAACTTTTGAAATATTATAAATTTGAATTATTTTGAATAAGCTTTATGAACTAAAACAATTGT
TTTGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAAGTCTTTAACTATTTTG
TAACATCGGTTTGACAATTAGAGATATTGTTTAATTTTCTTGGTTTATATAAGTTTAGAATATTA
ATAAATTACGTATTATTTTATTCTAAATAAAATAATATGAACAGGACCGAAGTTGTTTGATACAA
AAACAAAAGTTATAAAGCGAGTTAGAAATAGATAATTAGTCAAAATAGGATCAATAAACTATTTG
AAATGGTTAGAAATAA
Found at i:16412 original size:178 final size:171
Alignment explanation
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15999 TATTTGAATG
* *
16009 ATTTATTTTTTTAAATGTCTTATTAACTTTTGAAATATTAATCAA-TAGTATTAATTTTATTTTG
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTG-AATATTAAT-AATTAGTATT-ATTTTA-TTCG
* * * * * *
16073 AATAAGCTTTTACGAACTAAAACAATTGTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTG
62 AATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTATGACAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATTA
* * * * *
16138 ATAATTGTTCAATCATCGTAACTATTCAAATTTGTTAATAAACAA
127 AAAATTATTCAATCATCGTAACTATTCAAACTGGTTAACAAACAA
* * * * *
16183 ATTTATTTTTTCAAATTCTTGCTTTTTAATTTTTTGAATGTTAATAATTAGTATTATTTTATTCC
1 ATTTATTTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAA-CTTTTGAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTCG
* * *
16248 AAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAA
62 AA-TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATT-TATGAC-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAA
* ** * *
16313 TTAAAAATTATTCTAAT-AGTCTTAAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACAC
124 TTAAAAATTATTC-AATCA-TCGT-AACTATTCAAACTGGTT-AACAAACAA
* *
16364 ATTT-TTTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTG
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTT-GAATATTAAT-AATTAGTATTA-TTTTATTC-G
16428 AATAAGCTTGTAT
62 AATAAGCTTGTAT
16441 AATCCGAAAT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 32, Indels: 27
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
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175 5 0.02
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178 50 0.24
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Consensus pattern (171 bp):
ATTTATTTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTTGAATATTAATAATTAGTATTATTTTATTCGAATA
AGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTATGACAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATTAAAAA
TTATTCAATCATCGTAACTATTCAAACTGGTTAACAAACAA
Found at i:16825 original size:314 final size:314
Alignment explanation
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16190 TTTTCAAATT
* ** *
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1 CTTGCTTTTTAA-TTTTTAAAAATTAATAAGTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAA
* *
16265 CTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAATGTTAAAATGATTTGAAATTAAAAATTATTCTAAT
65 CTGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAAGGTT-AAATGATTTGAAATTAAAAATTATTCAAAT
* *
16330 AGTCTTAAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAACACATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTA
129 AGTCTAAAACTATTCGAACTGGTTCAGCAAACACATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTA
* * *
16395 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAATCCGAAATAATTACTTT
194 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATTCTAAATAAGCTTGTATAATCCAAAATAATTACTTT
* * * * * *
16460 ATGAGAAAATAAAGATCATAATGATTTAAGATTGATATTTAGTCAAATAGTCATAA
259 ATAACAAAACAAAGATCATAAAGATTTAAGATAGATAATTAGTCAAATAGTCATAA
** *
16516 CTTGCTTTTTAA-TTTTAAAAATTAATAAGTAGTATTATTTTATT-TTAGATAAG-TTTTATGAA
1 CTTGCTTTTTAATTTTTAAAAATTAATAAGTAGTATTATTTTATTCCAAG-TAAGCTTGTATGAA
* * *
16578 CTGAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCT-AATGACTTT-AAA-TAGATAATTGTTCA
65 CTGAAACAATTATTCTATGACT-AAACAAAAGGT-TAAATGA-TTTGAAATTA-AAAATTATTCA
* * * * *
16639 AATAGTC-AAAATCTATTCGAACTTGTTC-GATAAATAGA-TTTTTTTTTAAATCTCTTGCTCAT
126 AATAGTCTAAAA-CTATTCGAACTGGTTCAG-CAAACACATTTTTTTTTTAAATCTC-T--T-AC
* * * * *
16701 TAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTCATTCTAAATAGGCTTGTATGAAT-TAAAA
185 TAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATTCTAAATAAGCTTGTAT-AATCCAAAA
** * * *
16764 TAATTGTTTTATAACTAAACAACAGGTCA-AAAGATTT-GGAGTAGATAATT
249 TAATTACTTTATAACAAAACAA-AGATCATAAAGATTTAAGA-TAGATAATT
16814 GTTCTAATAG
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 38, Indels: 30
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
311 22 0.09
312 44 0.18
313 44 0.18
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316 12 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (314 bp):
CTTGCTTTTTAATTTTTAAAAATTAATAAGTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAAC
TGAAACAATTATTCTATGACTAAACAAAAGGTTAAATGATTTGAAATTAAAAATTATTCAAATAG
TCTAAAACTATTCGAACTGGTTCAGCAAACACATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTCATTCTAAATAAGCTTGTATAATCCAAAATAATTACTTTAT
AACAAAACAAAGATCATAAAGATTTAAGATAGATAATTAGTCAAATAGTCATAA
Found at i:16978 original size:490 final size:493
Alignment explanation
Indices: 16031--17007 Score: 1189
Period size: 490 Copynumber: 2.0 Consensus size: 493
16021 AAATGTCTTA
*
16031 TTAACTTTTGAAATATTAATCAATAGTATTAATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAAC
1 TTAACTTTTGAAAAATTAATCAATAGTATTAATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAAC
* * * **
16096 AATTGTTTATGACAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATTGATAATTGTTCAATCATCGTAACT
66 AATTGTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAATCATCAAAACT
* **
16161 ATTCAAATTTGTTAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATTCTTGCTTTTTAATTTTTTGAATGTTA
131 ATTCAAACTTGTTAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTA
* * * *
16226 ATAATTAGTATTATTTTATTCCAAGTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTCTATGACTAAAC
196 ATAATTAGTATTATTTCATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCTATAACTAAAC
* * * *
16291 AAAATGTTAAAATGATTTGAAATTAAAAATTATTCTAATAGTCTTAAACTATTTGAACTGGTTCA
261 AAAAGGTCAAAATGATTTGAAAGTAAAAATTATTCTAATAGTCCTAAACTATTTGAACTGGTTCA
*
16356 GCAAACACATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
326 GCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * ** *
16421 TATTCTGAATAAGCTTGTATAATCCGAAATAATTACTTTATGAGAAAATAAAGATCATAATGATT
391 TAATCCGAATAAGCTTATATAATAAGAAACAATTACTTTATGAGAAAATAAAGATCATAATGATT
* * *
16486 TAAGATTGATATTTAGTCAA-ATAGTCATAACTTGCTTT
456 TAAGATAGACAATT-GTCAATATAGTCATAACTTGCTTT
* *
16524 TTAA-TTTT-AAAAATTAAT-AAGTAGTATT-ATTTTATTTT-AGATAAG-TTTTATGAACTGAA
1 TTAACTTTTGAAAAATTAATCAA-TAGTATTAATTTTATTTTGA-ATAAGCTTTTACGAACTAAA
*
16583 ACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTC
64 ACAATT-GTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTC-AATCA-TC
* * * *
16646 AAAATCTATTCGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTT-AAATCTCTTGCTCATTAATTTTT
125 AAAA-CTATTCAAACTTGTT-AATAAACAAATTTATTTTTTCAAAT-TCTTGCTCATTAATTTTT
* * * * * *
16709 TGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAGGCTTGTATGAATTAAAATAATTGTTTT
187 TGAATGTTAAT-AATTAGTATTATTTCATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCT
* * * * *
16774 ATAACTAAACAACAGGTCAAAA-GATTTG-GAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCT-AGCTATTT
251 ATAACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAGTA-AAAATTATTCTAATAGTCCTAAACTATTT
* * * * * * *
16836 GAA-TCGGTTCGGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAAT
315 GAACT-GGTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAAT
** *
16900 TAGTATTA-TTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGTTG-AAATAA
379 TAGTATTATTTTTAATCCGAATAAGCTTATAT-AATAAGAAACAATTACTTTATG-AGAAAATAA
*
16962 AGATCATAATGATTTAAGATAGACAATTGTTAATATAGTCATAACT
442 AGATCATAATGATTTAAGATAGACAATTGTCAATATAGTCATAACT
17008 ATTTAAACTA
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 56, Indels: 33
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
489 23 0.06
490 127 0.31
491 114 0.28
492 73 0.18
493 76 0.18
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (493 bp):
TTAACTTTTGAAAAATTAATCAATAGTATTAATTTTATTTTGAATAAGCTTTTACGAACTAAAAC
AATTGTTTATGAAAAACAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAATCATCAAAACT
ATTCAAACTTGTTAATAAACAAATTTATTTTTTCAAATTCTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTA
ATAATTAGTATTATTTCATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTCTATAACTAAAC
AAAAGGTCAAAATGATTTGAAAGTAAAAATTATTCTAATAGTCCTAAACTATTTGAACTGGTTCA
GCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAAGTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
TAATCCGAATAAGCTTATATAATAAGAAACAATTACTTTATGAGAAAATAAAGATCATAATGATT
TAAGATAGACAATTGTCAATATAGTCATAACTTGCTTT
Found at i:17249 original size:356 final size:350
Alignment explanation
Indices: 16524--20365 Score: 1380
Period size: 356 Copynumber: 10.7 Consensus size: 350
16514 AACTTGCTTT
* * * ** * * **
16524 TTAA-TTTT-AAAAATTAAT-AAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAG-TTTTATGAACTGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
* * * * * * *
16585 AATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTC-TAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAA
66 AATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * **
16648 AATCTATTCGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGA
129 AA-CTATTTAAACTTTTTAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG----TTAA-TTTTAAA
* * * ** * *
16712 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTAAATAGGCTTGTATGAATTA-AAATAATTGTTTTA-
187 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
16775 TAACTAAACAACAGGTCA-AAAGATTTGGAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCT-AGCTATTTGA
251 TAA--AAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA-CTATTTGA
** ** * * * *
16838 ATCGGTTCGGTAAATACATTTATTTTTTAAATC--T-CTTA
312 ATTTGTTTAGT-AA-AGATTTAATTTTAAAATCTTTACCTA
* * *
16876 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
*** * *
16941 AATTGTTTTATGTTGAAATAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGACAATTGTT-AATATAGTCAT
66 AATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAAAAAATTGTTCAA-ATAGTCAT
* * *
17004 AACTATTTAAACTATTTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTAAAAATTTT
129 AACTATTTAAACT-TTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTT-AAAATTTT
* * * *
17069 AATAGATTAGTATTATTTTGTTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATTAAAAA
192 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATTAAAAA
* * * *
17134 ATAAAGGTCATAAAGATTTGAAAGTAAATAATTATTCAAATGGACATGA-TATTTGAATTTGGTT
257 A-AAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTT-GTT
* * *
17198 TGGTAATAGATTTACTTTT-AAATCTCCTACCTA
319 TAGTAA-AGATTTAATTTTAAAATCT-TTACCTA
* * * *
17231 TTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATG-ATAGAA
1 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAA
* *
17295 ACAATT-ATTTATGACAAAATAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGC
64 ACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATA-G-
* * ** * * * *
17358 ATAATAACTATTTTAACTGCTCAGTAAATATATTTATTTTTTTAAA--TCTTATTAATTTTTAAA
125 -TCATAACTATTTAAACTTTTTAGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTAAAA
* * * ** *
17421 TATTAATAAACTAGTATTATTTTATTC-AAAT-ATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTATG
188 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAT-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATT
* * * * * *
17484 ACAAAACAAAAGCTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAATG
252 A-AAAA-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATT
* *
17549 TGTTTCAG-AAAGGATTTATTTTTAAAAT-TTTACTTA
315 TGTTT-AGTAAA-GATTTAATTTTAAAATCTTTACCTA
* * *** *
17585 TTAATTTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGGAATAAGCTCTATATGAACAG
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA-ATCCAAATAAGCT-TATATGAAAAG
* ** *
17649 AAAACAATTATTTCGTGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATA
62 -AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA--TCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATA
* * * *
17713 GTCATAACTATTCAAACTTTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAA-TTTG
124 GTCATAACTATTTAAACTTTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTG----TTAATTTTA
* * * * * * * * *
17777 GAATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAATAGATATAATTGTTTT
185 AAATT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTT
* * * *
17842 TATGATGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTG
248 TAT--TAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* ** *
17907 AACTTGTACAGTAAACATATTTAATTTTAAAATCTTTTA-CTCA
311 AATTTGTTTAGT-AA-AGATTTAATTTTAAAATC-TTTACCT-A
* * *
17950 TTAATTGTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAA-AAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAA-AAGAAA
* * * * *
18013 AAATTGTTTTTTGAAAAAATGAAA-AGTCGTAATGATTTGAAATTAAATAA-TGTT-AAATAGTC
65 CAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGA-TCATAATGATTTGAAA-TAAAAAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
18075 ATAAACTATTTGAA-TTTATTCAGTAAATAGAGTTGA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
127 AT-AACTATTTAAACTTT-TT-AGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATC---T-CTTGTTAATT-T
* * * * * ** * * * * *
18138 CT-GAATATTAA-AAATTTGTACTGTTTTAATT-AAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTAT
183 -TAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* ** * * * * * *** *
18200 TTTATGGCAAAACCAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAA-CGCTCAAATAGTCATAACTTAT
246 TTTAT--TAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGAC-TAT
* * * * * * * * *
18264 TTGGACTTATTCAATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTA--T-
308 TTGAATTTGTTTAGT-AA-AGATTTAATTTTAAAATCT-TTACCTA
* * * * * * *
18307 TAAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCGAATAAGCTTATAGGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAA
* * * * * * *
18371 CAATTG--TTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAACAATCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTG-TTCAAATAGTCA
* ** * * ** * * * * *
18434 AAACTATTTGCAC-TGTCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGA
128 TAACTATTTAAACTTTTTA-GTAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTGTTAA-TTTTAAA
* * * * * ** * * * *
18498 ATATTAATTAATTAGCATTACTTTATT-TCGAATGAGATTGTATTAATAGAAAAAATT-ATTTAT
187 ATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * ** * *
18561 GATGAAACAAATGGTCATTAATTGATTTGCAATAAATAACTGT-TTCAAATTGAAATAACTAATT
251 --TAAAAAAAAAGGTCA-TAA-CGATTTGAAATAGATAA-T-TATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * *
18625 GAACTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT--C-A
310 GAATTTGTTTAGT-AA-AGATTTAATTTTAAAATCTTTACCTA
* * * * *
18665 TT-ATTTTTAAAATA-TAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAACA-AAACTTATATGAACAA-A
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATC-CAA-ATAAGCTTATATGAA-AAGA
* * * * * * *
18726 AA-ACTT-TTATATGACAAAGCA-AAAGGTCATAATTGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
63 AACAATTGTTTTATGACAAA--ATAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * *
18788 CCTTAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATACTAATTTCA
125 TCATAACTATTTAAACT-TTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-G-T--TAATTT--
* * * * *
18853 TAATATTTT--TAGA-TAGTATTA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTT
183 TAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* * * *
18914 TATGACAAAATAAAAGGTTTATAACGATTTGAAATATATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATT
248 TATTA-AAAA-AAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATGACTATT
* * * * * * * *
18978 TAAACTAG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAA
309 TGAATTTGTTTAG-T-AA-AGATTTAATTTTAAAATCT-TTAC-C--T-A
*
19027 TTTTTTGACAATATATATTGAGAATAATAATAAATTAGTATTTATGTTT--TCCCAAAT-AGCTT
1 ----TT---AAT-T-T-TTGA-AATATTAATAAATTAGTA-TTAT-TTTAAT-CCAAATAAGCTT
* * * * * *
19089 TTAT-AACCTCAA-AAACAATTGTTTCCTTATGGGCAGAATAAATGTTCATAACGAATTGAAATA
52 ATATGAA----AAGAAACAATTG-TT--TTAT-GACAAAATAAA-GATCATAATGATTTGAAATA
* * * * * * **
19152 AATAATTCGTTTAAATTGTCATAATTATTTGATCTGATTTT-GATAAATTGATTTATTTTTTAAA
108 AAAAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT--TTTTAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * *
19216 TCTCTAGCCTTCTCAATTTTTGAAATATTAATATAATTAATATTATGTTATTTTGGACTAAACTT
169 TCTCTTG---T-T-AA-TTTTAAAATTTTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAATCTT
* * * ** *
19281 TTTTAAAACTTAAACCAATTG-TTTATTATAAAAACAAAAGGTCATAACCGGATTTTAAATAGAT
226 GTAT-GAACAGAAA-CAATTGTTTTA-T-TAAAAA-AAAAGGTCATAA-C-GATTTGAAATAGAT
* * * *
19345 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTT
284 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTGTTTAGT-AA-AGATTTAATTTTAAAATCT-TT
* *
19410 GCTTA
346 ACCTA
* * * * * * *
19415 TTAGTTTTCT-AAATGTTAATAAA-TAGTATTCATTTTAGTTCAAATTAGC-TGTATGAACTA-A
1 TTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAA-AAGA
** ** * * * * * * * *
19476 AACAATACTTTTATGATTAAATAAAAGGTAAGAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGTC
63 AACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTC
* ** ** ** * * * *
19540 TTAACTATTTGGACGGGTTCGGCAAA-AACATTTAGTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTAG
127 ATAACTATTTAAAC-TTTTTAGTAAATAA-ATTTA-TTTTTTAA-ATC-T-CTTGTTAATTTTAA
* * ** * * * ** * * **
19604 AATATTATTAGTTTAGCAATA-TTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGATGGAAACCAATTGTTTCT
186 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACAGAAA-CAATTGTTT-T
* * * * * *
19668 ATGACAAAACAAAGATCATAA-GATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATAAACTATTTGA
249 ATTA-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-GACTATTTGA
* * * * * *
19732 ACTAGTTT-GATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTA
312 ATTTGTTTAG-T-AA-AGATTTAATTTTAAAATCT-TTACCTA
* * *** * **
19774 TTAATTTTTGAAATATTAGA-AAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTA-ATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAA
* * * * * * * * *
19837 C-ATTATTTT-TAACAAAAAAAAAGTTCGTAATG-TCTTTAAAGAGAAAATTATTCAAATAGTCA
65 CAATTGTTTTATGAC-AAAATAAAGATCATAATGAT-TTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCA
* *
19899 -AATCTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAAATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTC
128 TAA-CTATTTAAACTT-TTTAGTAAATAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTG----TTAA-TTTTA
* * * * * * * * *
19963 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTGAAATAATTGTTTTA
185 AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * ** * * *
20028 TGACTAAAAGAAGGTTAGAATGA-TTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAAC
250 TTA-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
** * ** * * * *
20092 TAATTCAACAAACACTTATTATTTT-TAATCTCTTACTTA
314 TTGTTTAGTAAAGA-TT-TAATTTTAAAATCT-TTACCTA
* *** *
20131 TTAATTTTTGGAAA-ATTATTAAATTAGTATTAATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAA
1 TTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAA
* * ***
20195 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCAT
64 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
20260 AACTATTTAAAC-TTTT-GTGAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTATGAGTTTCT-AAATATTA
129 AACTATTTAAACTTTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATTT-TAAAATTTTA
* * * * *
20322 ATAGATCAGTATTATTTTAGTCTAAATAAT-TTTTAATGAACAGA
193 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGT-ATGAACAGA
20366 TATGACCTTT
Statistics
Matches: 2673, Mismatches: 578, Indels: 479
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
350 3 0.00
351 61 0.02
352 95 0.04
353 43 0.02
354 99 0.04
355 241 0.09
356 350 0.13
357 261 0.10
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359 243 0.09
360 244 0.09
361 144 0.05
362 97 0.04
363 40 0.01
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367 11 0.00
368 29 0.01
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371 10 0.00
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380 2 0.00
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392 63 0.02
393 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAAC
AATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTAAACTTTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGTTAATTTTAAAATTTTAATA
AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATTAAAAAAAAA
GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTGTTTAGTAAA
GATTTAATTTTAAAATCTTTACCTA
Found at i:17937 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16536--20304 Score: 1884
Period size: 180 Copynumber: 20.9 Consensus size: 178
16526 AATTTTAAAA
* * * * *
16536 ATTAAT-AAGTAGTATTATTTTATTT-TAGATAAG-TTTTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
16598 TAAAACAAAAGGTC-TAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATCTATTCGAAC
65 TAAAACAAAA-GTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC
* *
16661 TTGTTC-GATAAATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTGAAT
127 TTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA--TTTGGAAT
* * * * * * * *
16714 GTTAATAAATTAGTATTATTTCA-TTCTAAATAGGCTTGTATGAATTA-AAATAATTGTTTTATA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
16777 ACT-AAACAACAGGTCA-AAAGATTTGGAGTAGATAATTGTTCTAATAGTCCTAGCTATTTGAA-
64 A-TAAAACAA-AAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
16839 TCGGTTCGGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT--TTTGGAAT
127 T-TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGGAAT
* * * * *
16890 ATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGTT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAT
* * * * *
16955 GAAA-TAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGACAATTGTT-AATATAGTCATAACTATTTAAACT
66 AAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * ** * ***
17017 AT-TTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTGTTAATT--TTAAAAAT
128 -TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGGAAT
* * * ** ** *
17066 TTTAATAGATTAGTATTATTTT-GTTCTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTGTTTTATTA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * * *
17130 AAAAATAAAGGTCATAAAGATTTGAAAGTAAATAATTATTCAAATGGACATGA-TATTTGAATTT
65 TAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * *
17194 GGTTTGGT-AATAGATTTA-CTTTTAAATCTCCTAC-CTATTAATTTTTAGAAAT
129 -GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAA--TTT-GGAAT
* * * *
17246 ATTAATAAATTAGTTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATG-ATAGAAACAATT-ATTTATGA
1 ATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
17309 CAAAATAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGGCATAATAACTATTTTAA
65 TAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--TCATAACTATTTGAA
* * * * *
17374 C-TGCTCAGTAAATATATTTATTTTTTTAAA--TCTTATTAATT--TTT-AAAT
126 CTTGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGGAAT
* * * * ** *
17422 ATTAATAAACTAGTATTATTTTA-TTCAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGCTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAT
* *
17486 AAAACAAAAGCTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA-TGT
66 AAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-T
* * *
17550 GTTTCAG-AAA-GGATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTTGGAAT
129 G-TTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA---TTTGGAAT
* * **
17600 ATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGGAATAAGCTCTATATGAACAGAAAACAATTATTTCG
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-CGAATAAGCT-TATATGAACAG-AAACAATTGTTTTA
* * * * **
17664 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAA
62 TGATAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
17729 CTT-TTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTGGAATT
126 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGGAA-T
* * * * * *
17782 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATTAATAGATATAATTGTTTTTATGA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTG-TTTTATGA
* * * *
17847 TGAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTT
65 TAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * *
17912 GTACAGTAAACATATTTAATTTTAAAATCTTTTACTCATTAATTGTTGAAAT
129 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-T-TTGGAAT
* * * * * * * * *
17964 ATTAATAAA-TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAAAAATTGTTTTTTGAA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAT
* * * * *
18028 AAAATGAAAAGTCGTAATGATTTGAAATTAAATAA-TGTT-AAATAGTCATAAACTATTTGAATT
66 AAAA-CAAAAGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACT
* * * * *
18091 TATTCAGTAAATAGAGTTGA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTGAAT
128 TGTTCAGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-T-GGAAT
* * * * ** * * * * * **
18144 ATTAA-AAATTTGTACTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGGC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAT
* * * * * * * * *
18208 AAAACCAAAGGTTATAGCAATTTAAAATAGGTAA-CGCTCAAATAGTCATAACTTATTTGGACTT
66 AAAA-CAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTT
* * * * * * * * *
18272 ATTCAATAAACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTATTAAATT--TTTAGAAT
129 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-CATTAATTTGGAAT
* * * * * * *
18321 ATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCCGAATAAGCTTATAGGAATAGAAACAATTG--TTGTGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAT
* * * * *
18384 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAACAATCAAAACTATTTGCAC-T
66 AAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * * * * *
18448 G-TCAGGCCAACAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAAT
129 GTTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA--TTTGGAAT
* * * * * * * * * *
18500 ATTAATTAATTAGCATTACTTTATTTCGAATGAGATTGTATTAATAGAAAAAATT-ATTTATGAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAT
* * * * * * * ** *
18564 GAAACAAATGGTCATTAATTGATTTGCAATAAATAACTGTTTCAAATTGAAATAACTAATTGAAC
66 AAAACAAA-AGTCA-TAA-CGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * **
18629 TGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTCA-TTATT--TTTAAAAT
127 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTGGAAT
* * * *
18678 A-TAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTGAACAAAACTTATATGAACA-AAA-AACTT-TTATAT
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAA-TAAGCTTATATGAACAGAAACAA-TTGTTTTAT
* * * * * * *
18738 GACAAAGCAAAAGGTCATAATTGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA
63 GATAAAACAAAA-GTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * **
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126 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTCATTAATTT-GGAAT
** * * * *
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1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
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65 TAAAACAAAA-G-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
18984 AGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTTGACAAT
128 TGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA---TTTG-GAAT
* * * * *
19039 ATATATTGAGAATAATAATAAATTAGTATTTATGTTTTCCCAA-ATAGCTTTTAT-AACCTCAAA
1 AT-TAAT-A-AAT--TAGT--ATTA-T-TTTA---TTT-CGAATA-AGCTTATATGAA---CAGA
** * * * * * *
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* * * ** *
19167 TTGTCATAATTATTTGATC-TGATTTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTC-TAGCCTTC-T
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* *
19229 CAATTTTTGAAAT
168 TAA--TTTGGAAT
* * * * * * * * **
19242 ATTAATATAATTAATATTATGTTATTTTGGACTAAACTTTTTTAAAACTTAAACCAATTG-TTTA
1 ATTAATA-AATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTATAT-GAACAGAAA-CAATTGTTTTA
* *
19306 TTATAAAAACAAAAGGTCATAACCGGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
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* * * * * * * **
19371 GAATTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAGTTTTCTAAAT
123 GAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA-ATTT-GGAAT
* * * * * **
19429 GTTAATAAA-TAGTATTCATTTTAGTTCAAATTAGC-TGTATGAACTA-AAACAATACTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * * *
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64 ATAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
19555 GGTTCGGCAAAAACATTTAGTTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAT
128 TGTTCAGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTGGAAT
* ** * * * * * * * **
19607 ATTATTAGTTTAGCAATA-TTTACTCCAAATAAGCTTGTATGGATGGAAACCAATTGTTTCTATG
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAA-CAATTGTTT-TATG
* * * *
19671 ACAAAAC-AAAGATCATAA-GATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATAAACTATTTGAAC
64 ATAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAAC
* * * * * * *
19734 TAGTT-TGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
127 TTGTTCAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA--TTTGGAAT
* * * * * *
19788 ATTAGA-AAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAACTGAAAC-ATTATTTT-TAA
1 ATTA-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
19849 CAAAAAAAAAGTTCGTAATG-TCTTTAAAGAGAAAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAAC
65 TAAAACAAAAG-TCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC
* * * **
19912 TTGTTTAGTAAATAAATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAAT
127 TTGTTCAGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTCATTAA--TTTGGAAT
* * ** ** * * *
19967 GTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTAAATAAGCTTGCATAAACTGAAATAATTGTTTTATGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-
* * * * * ** * **
20032 TAAAA-GAAGGTTAGAATGA-TTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAA
65 TAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
20095 TTCA--ACAA-ACACTTATTATTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAA
130 TTCAGTA-AATAGATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTCATTAA--TTTGGAAT
* * *
20145 ATTATTAAATTAGTATTAATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATG
1 ATTAATAAATTAGTATT-ATTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
20209 ACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
64 ATAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
20273 T-TT--GTGAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTA
128 TGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
20305 TGAGTTTCTA
Statistics
Matches: 2764, Mismatches: 625, Indels: 404
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
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AAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
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Found at i:20302 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 16545--20304 Score: 1707
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16535 AATTAATAAG
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
16672 ATAGATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAT
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * *
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* *** * * *** *
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* * * *
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* ** * * *
17028 CAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTAAAAATTTTAATAGAT
127 CAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * ** * *
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1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAA-AAA
* * * * * * *
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* * * * * *
17202 AATAGATTTA-CTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAAT
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* * * * *
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* * * * **
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64 GATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-G--TCATAACTATTTGAACTG-TTTGT
* * * * *
17383 AAATATATTTATTTTTTTAAA-----T-CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAC
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* * **
17432 TAGTATTATTTTA-TTCAAATATGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAAA
1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA
* * *
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64 GATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTGT-A-
* * *
17557 AA-AGGATTTA-TTTTTAAAAT-T-TTACTTATTAATTTTTTGGAATATTAATAAATT
125 AACA-AATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAA-T
** * * **
17611 TA-TATTATTTTATTTGGGAATAAGCTCTATATGAACA-GAAAACAATTATTTCGTGACAAAACA
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* * * ** *
17674 AAATG-TCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTTTTTAGT
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* * * * * * * * *
17738 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAA-TTTGGAATTATTAATAAAT
124 AAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * * * * *
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1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTG-TTTTATGA-CAAA-AAA
* * * * **
17856 ATG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTACAGTA
62 AAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGT-TTGTA
* * * * * * *
17920 AACATATTTAATTTTAAAATCTTTTACTCATTAATTGTTGAAATATTAATAAA-
125 AACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * ** * * * * *
17973 TAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACA-AAAAAAATTGTTTTTTGAAAAAATGAAA
1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA--AAA
* * * *
18037 AG-TCGTAATGATTTGAAATTAAATAA-TGTT-AAATAGTCATAAACTATTTGAA-TTTATTCAG
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* * * * * *
18098 TAAATAGAGTT-GATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTG-AATATTA-AAAAT
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* * * * * * * * * *
18153 TTGTACTGTTTTAATTAAAATAAGCTTGTATG-AATAAAAAAAATTATTTTATGGCAAAACCAAA
1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA
* * *** * * *** * *
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* *
18280 AACAAATTCAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTT-AGAATATTAATAAAT
125 AACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAAT
* * *** * * *
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1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA
* * * * * * ** **
18393 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAACAATCAAAACTATTTGCACTGTCAGGCCAA
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* * * *
18458 CAGATTAATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATT-AAT
127 CAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT-ATTAAAT
* * ** * * * * * * * *
18510 TAGCATTACTTTATTTCGAATGAGATTGTAT-TAATAGAAAAAATT-ATTTATGATGAAACAAAT
1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAA
* * * * ** *
18573 GGTCATTAATTGATTTGCAATAAATAACTGT-TTCAAATTGAAATAACTAATTGAACTGGTTTAG
64 GATCA-TAA-TGATTTGAAATAGATAA-T-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTT-G
* * * * *
18637 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-T-C--ATT-ATTTTTAAAATA-TAATAAAT
123 TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * * * *
18687 TAATATTATTTTATTCTGAACA-AAACTTATATGAACA--AAA-AACTT-TTATATGACAAAGCA
1 TAGTATTATTTTATT-TTAA-ATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAA-TTGTTTTATGACAAA-AA
* * * * *
18747 AAAGGTCATAATTGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTCGG
61 AAAGATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTT-TG
* * ** * * * *
18812 CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGATACTAA--TTTCATAATATTTTTAGA-
123 TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAAT
* * *
18866 TAGTATTA-TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAA
1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA
* * * * * *
18929 GGTTTATAACGATTTGAAATATATAA-TAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGATA
64 -GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTG-TA
* * *
18993 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTTGACAATATATATTGAGAAT
125 AACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGA-AATAT-TATT-A-AAT
* * * *
19052 AATAATAAATTAGTATTTATGTTTTCCCAAAT-AGCTTTTAT-AACCTCAAAAACAATTGTTTCC
1 --TAGT--ATTA-T-TTTA--TTTT---AAATAAGCTTGTATGAA-AT--GAAACAATTG-TT--
* * * * * * * * * * *
19115 TTATGGGCAGAATAAATGTTCATAACGAATTGAAATAAATAATTCGTTTAAATTGTCATAATTAT
49 TTAT-GACA-AAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTAT
* *** * * *
19180 TTGATCTGATTTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTC-TAGCCTTCTCAATTTTTGAAATAT
111 TTGAACTG--TTTG-TAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--CTTATTAATTTTTGAAATAT
*
19244 TAATATAAT
171 TATTA-AAT
* * * * * * * * *
19253 TAATATTATGTTATTTTGGACTAAACTTTTTTAAAACTTAAACCAATTGTTTATTAT-A-AAAAC
1 TAGTATTATTTTATTTT-AAATAAGCTTGTATGAAA-TGAAA-CAATTG-TT-TTATGACAAAA-
* * * * *
19316 AAAAGGTCATAACCGGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTT
60 AAAAGATCATAA--TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGTTT
* * * * * * *
19381 AGTAAATAGATTTA-TTTTTAAAATTTCTTGCTTATTAGTTTTCT-AAATGTTAATAAA-
122 -GTAAACAAATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAAT
* * * * * ** * *
19438 TAGTATTCATTTTAGTTCAAATTAGC-TGTATGAACTAAAACAATACTTTTATGATTAAATAAAA
1 TAGTATT-ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAA
* * * * * * * * * * * *
19502 GGTAAGAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGTCTTAACTATTTGGACGGGTTCGGCAAA
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* * **
19566 -AACATTTAGTTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATTATTAGTT
127 CAA-ATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * ** * *
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* *
19680 AGATCATAA-GATTTGAGATAGATAATTATTTAAATAGTCATAAACTATTTGAACTAGTTTGATA
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* * ** *
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125 AACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * * *
19798 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTTATGAACTGAAAC-ATTATTTT-TAACAAAAAAAAAG
1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAG
* * * * *
19860 TTCGTAATG-TCTTTAAAGAGAAAATTATTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTAGTAA
65 ATCATAATGAT-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGTTT-GTAA
* * * * * *
19923 ATAAATTTATGTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAAT
126 ACAAATTTA-GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
* * * * *
19977 TAGTATTATTATATTTTAAATAAGCTTGCAT-AAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAAGAAG
1 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAG
* * * * ** * ** *
20041 GTTAGAATGA-TTGAAATAGATAATTGTTTTAATAGTCTTAACTATTTGAACT-AAT-TCAACAA
65 ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGTAAAC-A
* * *
20103 ACACTTATTATTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAA-ATTATTAAAT
129 A-ATTTAGT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAAT
* * * *
20155 TAGTATTAATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAG
1 TAGTATT-ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAG
* * * * * *
20220 ATCATAACGATTTGAGATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-TTTGTGAACAA
65 ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGTAAACAA
*
20284 ATTTAATTTTTAAATCTCTTA
130 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
20305 TGAGTTTCTA
Statistics
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0.72 0.16 0.12
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Consensus pattern (178 bp):
TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGA
TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGTAAACAAA
TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAAT
Found at i:27592 original size:20 final size:20
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
27553 ATCAAACATC
27563 AAATTTCTTTTTC-AAATCA
1 AAATTTCTTTTTCTAAATCA
27582 AAATTTCCTTTTTCTAAAT
1 AAATTT-CTTTTTCTAAAT
27601 TTTATACCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
AAATTTCTTTTTCTAAATCA
Found at i:30322 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 29690--30662 Score: 929
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
29680 TAACATTAAG
* * * * *
29690 AGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * * *
29755 TATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTGATA-TAGTTTTA
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA
* * *
29818 TTTGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGT-AA
130 TTT-CAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAA
* * ** *** * *
29869 CGAATTTAAAAAATGAAT-CTATTGGCTTGACAA-TGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
1 AG-ATTTAAAAAATAAATAC-ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
* * *
29932 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAGACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
64 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* ** * *
29997 ATTTGGAATAGTATAATTCTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTTATAAG---A
129 ATTT-CAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCATAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * *
30047 AGATTTAAAAACTAAAT-CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTAC
1 AGATTTAAAAAATAAATAC-ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
30111 CTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA
65 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * *
30176 TTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATACAATTAATAAATAAA
130 TTTCAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAA
* * * * * * * *
30228 AGATTTAAAAAATAACTACATTTACCAAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTAAATAAATATT
1 AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * *
30293 TATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
30357 TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATT-TTGACAATTAATAAGT--A
131 TTC-AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAA
** ** * * *
30407 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
* * * ** * * *
30472 TATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTA
66 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * *
30536 -TTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCA-AAAATTAATGAGTAAG
130 TTTC--AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAA
** * *
30588 AGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATC
1 AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
*
30653 TATCTCAAAT
66 TATTTCAAAT
30663 AATATACATN
Statistics
Matches: 650, Mismatches: 123, Indels: 40
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
TTCAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAA
Found at i:30563 original size:360 final size:355
Alignment explanation
Indices: 29686--30662 Score: 1045
Period size: 360 Copynumber: 2.7 Consensus size: 355
29676 AGGCTAACAT
* * * *
29686 TAAG-AGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAA
1 TAAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA
* ** * * * **
29750 TTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTGATATAGTT
66 TTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATATAGGC
* * * * *
29815 TTATTTGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTC-TAAAAATTAATAAGT-AACGAATTTAA
131 TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAA
** *** * * * *
29878 AAAATGAATCTATTGGCTTGACAATGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
194 AAAAT-AATC-ATTTACCAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * *
29943 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAGACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAG
257 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAA
* * *
30008 TATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTA
322 AATAATTCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAA
* * * * *
30042 TAAGAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAA
1 TAAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA
* * * * *
30107 TTACCTATTTCAAATTGCTAT-AACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAA
66 TTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATATAG
* * * *
30171 GCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCATACAATTAATAAATAAAAGATTTA
129 GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * *
30235 AAAAATAACTACATTTACCAAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTAAATAAATATTTATTTCA
193 AAAAATAA-T-CATTTACCAAA-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * *
30300 AATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAT
255 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAA-
** *
30364 TAAAATAATAT-TAATTTATTAACATTTTGACAATTAA
319 TAAAATAAT-TCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAA
* * * * *
30401 TAAGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATA
1 TAAG-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATA
* * ** *
30466 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATA
65 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTA-TTCATATA
* * *
30530 GGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCA-AAAATTAATGAGTAAGAGATTT
128 GGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CATAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * *
30594 AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATCTC
192 AAAAAAT-AA-TCATTTACCAAA-AAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
30659 AAAT
254 AAAT
30663 AATATACATN
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 96, Indels: 30
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
356 6 0.01
357 86 0.17
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359 128 0.25
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361 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TAAGAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAA
TTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATATAGGC
TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
AATAATCATTTACCAAAAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATA
ATTCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAA
Found at i:30576 original size:538 final size:540
Alignment explanation
Indices: 29690--30662 Score: 1237
Period size: 538 Copynumber: 1.8 Consensus size: 540
29680 TAACATTAAG
* * * * *
29690 AGATTTAAAATATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACAATTTGAATAATTATT
1 AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATAACAATTTAAATAAATATT
* * *
29755 TATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTGATATAGTTTTATT
66 TATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAGTCTTATT
* * * * *
29820 TGGAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATGA
131 TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATAA
* * * * *
29885 ATCTATTGGCTTGACAATGCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
196 ATATATTGGATTAACAATGCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * * * ** *
29950 GACCTTTTGTTTTGTCACAAGACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAGTATAATT
261 GACCTTTTATTTCATCACAAAACAATTGTATCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
* * * *
30015 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-T-A-TAAGAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAAC
326 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATGAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * *
30077 AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTG
390 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTACCTATCTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTG
30142 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
455 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATA
30207 TTCATACAATTAATAAATAAA
520 TTCATACAATTAATAAATAAA
* * * *
30228 AGATTTAAAAAATAACTACATTTACCAAA-TAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTAAATAAATAT
1 AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACT-AATTCAAATAGTTATAACAATTTAAATAAATAT
* ** * *
30292 TTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTT
65 TTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATA-AAGTCTT
* * * *
30356 A-TTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAACATTTTGACAATTAATAAGTAA-G-ATTTAAAAA
128 ATTTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAA
* * ** *
30418 ATAAATATGTT-TATTAAACAAGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
192 ATAAATATATTGGATT-AACAA-TGCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * *
30482 TGTTATGATCTTTTATTTCATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAA
255 CGTTATGACCTTTTATTTCATCACAAAACAATTGTATCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* *
30546 AATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
319 AATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-ATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
*
30611 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCTATCTCAAAT
383 ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTACCTATCTCAAAT
30663 AATATACATN
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 62, Indels: 19
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
536 2 0.01
537 23 0.06
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539 54 0.15
540 3 0.01
541 68 0.19
542 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (540 bp):
AGATTTAAAAAATAAATACATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATAACAATTTAAATAAATATT
TATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATAAAGTCTTATT
TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATAA
ATATATTGGATTAACAATGCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
GACCTTTTATTTCATCACAAAACAATTGTATCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTACCTATCTCAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATAT
TCATACAATTAATAAATAAA
Found at i:32056 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 31906--32140 Score: 278
Period size: 118 Copynumber: 2.0 Consensus size: 118
31896 ATAAAAGGTT
* * *
31906 ATAATGATTTGAAACTAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAATA
1 ATAATAATTTGAAACTAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTT-AAATTGGTTCGATAAATA
* * * * *
31970 GATTTACTTTT-TAAATCTCTTATTGATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
65 GAATTA-TTTTCTAAATCCCTTACTCA-TAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * *
32025 ATAATAATTTGAAA-TTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAATTGGTTCGATAAATAT
1 ATAATAATTTGAAACTAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGGTTCGATAAATAG
*
32089 AATTATTTTCTAAATCCCTTACTCATAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGT
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32141 TTTATTCTAT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 16, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
117 32 0.33
118 53 0.54
119 13 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (118 bp):
ATAATAATTTGAAACTAGATAATTATACAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGGTTCGATAAATAG
AATTATTTTCTAAATCCCTTACTCATAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
Found at i:32542 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 32025--33182 Score: 906
Period size: 180 Copynumber: 6.5 Consensus size: 177
32015 TAAATTAGTA
* * * * * * * * * *
32025 ATAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAATTGGTTCGATAAATATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATA
* * * * *
32090 ATTATTTTCTAAATCCCTTACTCATAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTA-TTC
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--T-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * **
32153 TGAATAAGCGTGTATAAGCTG-AAATAATTATTTTATCATAAAAC-AAAAGCTT
127 -GAATAAGCCTGTATAA-TTGAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAG-TT
* * * * * * * * **** *
32205 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTATATGGTCTTAACTGTTTGAATTAGTTCAACAAACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATA
* * * *
32270 TTTATTTTTTAAAATTTCTTAGTT-ATTAACTTTTAGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATT
66 TTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTAATT--C-TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
32334 TTGAAGAAGCCTGTATGAATAG-AAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAATGTT
125 TCGAATAAGCCTGTAT-AATTGAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTT
*
32387 ATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACTAGTTTGGTAAACATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATA
* * *
32451 TTTACTTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAAT
66 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * * *
32516 AAGCTTGTAT-ATTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTA
131 AAGCCTGTATAATTG-AAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTT
* * * * *
32563 ATAAAAAATTGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGTCAT-ACTTATTTGAACTA-TTTCGGTAAA-T
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTT-GGTAAACA
* * *
32625 TAATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAACTT-TTGAAATATTAATAAAGTAATATT-TTTT-TTTG
64 T-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-
* * * * * * *
32687 GCG-ATAAGCTTATATGAGTTG-AAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTC
126 -CGAATAAGCCTGTAT-AATTGAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTT
* * * * * * * *
32739 ATAAAAATTTGAAATA-AAAATTTGTTCATATAATCATAATTGTTTAAACT-GATTTGGCAAACA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACA
* * * * * *
32802 AATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTGTT
64 TATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
32866 TTGAATTAGCCTGTATAAAT-AGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
125 TCGAATAAGCCTGTATAATTGA-AAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTT
* * *
32919 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTGGTAAATAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAACAT
32983 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTTATTTCG
65 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTA-TTTTATTTCG
* * *
33048 AATAAGCCTGTAT-GTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAG-T
128 AATAAGCCTGTATAATTG-AAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTT
* * * ** * * * * *
33097 ACTAACGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAAAAGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAA-TT
1 A-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAT
33161 GATTTATTTTTTAAATCTCTTA
65 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
33183 CTTATTAAAT
Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
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175 16 0.02
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183 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACATA
TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
AAGCCTGTATAATTGAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGTT
Found at i:32966 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 32091--33061 Score: 937
Period size: 356 Copynumber: 2.7 Consensus size: 355
32081 ATAAATATAA
* * * * *
32091 TTATTTTCTAAATCCCTTACTCA-TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCTG
1 TTATTTT-TAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTG
* * * *
32155 AATAAGCGTGTATAAGCT-GAAATAATTATTTTATCATAAAACAAAAGCTTATAACAATTTGAAA
64 AATAAGCCTGTATAA-ATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * * * * * * *** * *
32219 TAAATAATTATTTATATGGTCTTAACTGTTTGAATTAGTTCAACAAACAGATTTATTTTTTAAAA
128 TAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTATTTCGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAA
* * * * * * *
32284 TTTCTTAGTTATTAACTTTT-AGAATACTACTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAGAAGCCTGT
192 --TC--ACTTATTAACTTTTGA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGGAAGAAGCCTAT
* * * *
32348 ATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAATGTTATAACAATTTAAATAGATAATTGTTC
252 ATGAATAGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTCATAAAAATTTAAATAGAAAATTGTTC
* ** * *
32413 AAATAGTCATAACTATTTGGACTAGTTTGGTAAACATAT
317 AAATAATCATAACTATTTAAACTAGTTTGGCAAACAAAT
* * *
32452 TTACTTTTTAAATATC---TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCGA
1 TTA-TTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGA
* * * * * * * * * * *
32514 ATAAGCTTGTAT-ATTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAAAAAATTGAAAT
65 ATAAGCCTGTATAAAT-AGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAAT
* * *
32578 AGGTAATTGTTCAAATGGTCAT-ACTTATTTGAACTATTTCGGTAAATTAATTTATTTTTTAAAT
129 AGATAATTATTCAAATGGTCATAAC-TATTTGAACTATTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
32642 CCCTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATT-TTTT-TTTGGCGATAAGCTTATATGAG
193 CACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGG-AAGAAGCCTATATGAA
* * *
32705 TTGAAATAATTGTTTTATGATA-AAGCAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATA-AAAATTTGTTCAT
257 TAGAAATAATTGTTTTACGATAGAA-CAAAAGGTCATAAAAATTT-AAATAGAAAA-TTGTTCAA
* *
32768 ATAATCATAATTGTTTAAACT-GATTTGGCAAACAAAT
319 ATAATCATAACTATTTAAACTAG-TTTGGCAAACAAAT
* * * * *
32805 TTATTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTGTTTTGA
1 TTATTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGA
* *
32870 ATTAGCCTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
65 ATAAGCCTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
*
32935 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
130 GATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAACT-ATTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATC
* * * * * *
32999 TCTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCCTGTATG
194 ACTTATTAACTT-TTGAAATATTAAT-AAAGTAATATTA-TTTTATTTGGAAGAAGCCTATATG
33062 TTGAAAAACA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
351 6 0.01
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355 4 0.01
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362 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (355 bp):
TTATTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAA
TAAGCCTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAACTATTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCAC
TTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGGAAGAAGCCTATATGAATAGA
AATAATTGTTTTACGATAGAACAAAAGGTCATAAAAATTTAAATAGAAAATTGTTCAAATAATCA
TAACTATTTAAACTAGTTTGGCAAACAAAT
Found at i:33144 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 32025--33182 Score: 868
Period size: 176 Copynumber: 6.5 Consensus size: 176
32015 TAAATTAGTA
* * * * * * * *
32025 ATAATAATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAATTGGTTCGATAAATATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-ATTTGGTAAATA-A
* * * *
32090 A-TTATTTTCTAAATCCCTTACTCATAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTCTA-T
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--T-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT
* * * **
32151 TCTGAATAAGCGTGTATAAGCTG--AAATAATTATTTTATCATAAAAC-AAAAGCTT
125 TC-GAATAAGCCTGTAT--GTTGAAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAG--T
* * * * * * * * * **** * *
32205 ATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTATATGGTCTTAACTGTTTGAATTAGTTCAACAAACAGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA-TTTGGTAAATAAA
* * * *
32270 TTTATTTTTTAAAATTTCTTAGTT-ATTAACTTTTAGAATACTACTAAATTAGTATTA-TTTTAT
65 TTTATTTTTT-AAATCTCTTA-TTAATT--C-TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTAT
* * * * * * *
32333 TTTGAAGAAGCCTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTACGATAGAACAAAATGTT
124 TTCGAATAAGCCTGTATG-TTGAAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAG-T
* * * *
32387 ATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACTAGTTTGGTAAACATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA-TTTGGTAAATAAA
* * *
32451 TTTACTTTTTAAATATCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTTTATTTCGAA
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAA
* * * *
32515 TAAGCTTGTATATTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGT
130 TAAGCCTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGT
* * * * * *
32562 AATAAAAAATTGAAATAGGTAATTGTTCAAATGGTCATACTTATTTGAACTATTTCGGTAAATTA
1 -ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTT-GGTAAATAA
* * * *
32627 ATTTATTTTTTAAATCCCTTATTAACTT-TTGAAATATTAATAAAGTAATATT-TTTTT-TTGGC
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-TC
* * * * *
32689 G-ATAAGCTTATATGAGTTG--AAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGT
127 GAATAAGCCTGTAT--GTTGAAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGT
* * * * * * * *
32738 CATAAAAATTTGAAATA-AAAATTTGTTCATATAATCATAATTGTTTAAACTGATTTGGCAAACA
1 -ATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-ATTTGGTAAATA
* * * *
32802 AATTTA-TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTGT-
63 AATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TA
* ** * * * * *
32865 TTT-GAATTAGCCTGTATAAAT-AGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
123 TTTCGAATAAGCCTGTAT-GTTGAAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAG-T
* *
32919 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-ATTTGGTAAATAAA
32984 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTTATTTCGA
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTTATTTCGA
* *
33049 ATAAGCCTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGT
129 ATAAGCCTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGT
* * * ** * * **
33097 ACTAACGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCAAAAAGCCATAATTATTTGAACTATTTTGGTAAATTG
1 A-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA-TTTGGTAAATAA
33162 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA
33183 CTTATTAAAT
Statistics
Matches: 781, Mismatches: 153, Indels: 89
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 15 0.02
176 161 0.21
177 121 0.15
178 30 0.04
179 141 0.18
180 161 0.21
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182 65 0.08
183 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTATTTGGTAAATAAAT
TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAAT
AAGCCTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAAGT
Found at i:43571 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 43046--44599 Score: 1122
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 179
43036 TAATAATAAT
* * * * * * * *
43046 TTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATTATAACTAT
1 TTAATAAGT-AAA-AATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * *
43111 CTGAACAATTATCTATCTCAAAACATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGATTT-TGT
63 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTAT
** * **
43175 TCATGGAAGTTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAA
127 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAA
* *
43228 TTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATAT-TTTA--TGAACATGTTCAAAT-GATTATAACT
1 TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-T-TGTTTACCT-AACA-GTTCAAATAG-TTATGACT
* * *
43289 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA
61 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
*
43354 TTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
126 TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
*
43408 TTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 TTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
43473 T-ATATAATTATTTATTTCCAATCATTGTGATCGTTTATTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATT
64 TGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATT
* * * ** *
43537 TA-AGCAAGTTTATTCGAAATGAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAG
128 CATA-CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * *
43589 TTAATAAG------TTT-GAAAGTAAATCTATTTA-CTGAACAGTTCAAATAGTCATGTCCATTT
1 TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCT-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
** * * * *
43646 GAATTATTACCTATTTCAAATCATTATGA-CATTATGTTTTATCGTAAAACAATTATTTCTATTC
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATT-TATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
** * * * * * *
43710 ATACAAAATTATTC-AGAGTAAAATAATACCAATGTATCACTATTTCAAAAA
129 ATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * *
43761 TTAATAAG----GATTTAAGAAAATAAATATGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAATTAAGACTATT
1 TTAATAAGTAAAAATTTAA-AAAATAAATTTGTTTACCTAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
43822 AGAACCATTATCTATTTTAAATCATTCTGA-CATTT-TGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAG
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTAT-TTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-
* * * * *
43884 TTCATACATGCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATT-TAGAAAA
126 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAA
* * * * * *
43938 TTAATAAGTAAGAAA-TTAAAAAA-AAAATTGCTAACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTTTT
1 TTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* *
44001 TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGT
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-ATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-T
* * * * * * * * *
44065 GCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTATTTTAGTAATATTTCAAAAA
127 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * * *
44118 TTGATAAGTTAGACATTTCAAAAATAAATTAGTTTA-TTGAATCAGTTCAAATAATTAT-AGCCA
1 TTAATAAG-TAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCT-AA-CAGTTCAAATAGTTATGA-CTA
* * * * * *
44181 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
62 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-A
* * * * * *
44246 -TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTTACTAATATTTCAAAAA
126 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * *** * * *
44299 TTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAACAAATCCATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTAATGAATATT
1 TTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* ** * * * * * * * *
44364 TGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTATGTCATAAAACAATTATTTTTGTTT
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTC
* * * ** *
44429 ATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATGTAACAATATTCTAAAAA
129 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * ** * * ** *
44480 TTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAAACAGGTTCAAATAGTTAAGGTTATA
1 TTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * **
44545 TGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATT
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATT
44600 TTTGGATAAT
Statistics
Matches: 1101, Mismatches: 216, Indels: 111
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 4 0.00
172 113 0.10
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174 6 0.01
175 1 0.00
176 22 0.02
177 107 0.10
178 1 0.00
179 63 0.06
180 229 0.21
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182 73 0.07
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
Found at i:44921 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 44607--45173 Score: 614
Period size: 180 Copynumber: 3.1 Consensus size: 182
44597 ATTTTTGGAT
* * * ** *
44607 AATTAATAAGTAAAAGATTT--TAAAATAAATATG-TTTACCGAACAAGTT-AAATAGTCATAAC
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATACATCTGCTTT-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * *
44668 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTATCA
65 TATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
44733 GTTCATATAGGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAACATTCTAAC
130 GTTCATATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
** * * * *
44786 AATTAATAAACAAAAGATTTAAAAAAATGA-ATCTG-TTTGTTGAATAAGTTCAAATAGTTATCA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAT-ACATCTGCTTT-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATAA
* * * * *
44849 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
64 CTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** *
44914 TGTTCATAAAAGTTTATTTTGATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAA
129 TGTTCATATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAA
** *
44968 AATTAATAAGTAAAA-ATTT-AAAAAATACATCTGCTTTCTAAACACCTTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATACATCTGCTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
45031 ATTTGAACAATTATTTACTTTAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCACAAACCCATTGTTTCTA
66 ATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
* * *
45096 TTCATATAAGTTTATTTGAAAGAAAATAATACTAGTTTATTAATATT-TCAAA
131 TTCATATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
45148 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
45174 TAAATCTATT
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 53, Indels: 19
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 20 0.06
180 143 0.44
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182 128 0.40
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATACATCTGCTTTCTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
ATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
TTCATATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
Found at i:46324 original size:537 final size:537
Alignment explanation
Indices: 45328--46429 Score: 1314
Period size: 537 Copynumber: 2.1 Consensus size: 537
45318 AGTCATTTTC
* ** ** ** *
45328 ATTTGAACAATTATCTATTTCTAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAAAAGTTTTTA
**
45393 TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGA
66 TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGA
* * * * *
45458 TTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAGCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
131 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
45523 CTTAAATCGTTATGATATTTATTTTTTCATAGAACAATTGTTTTTTTCTATACTAGTGTATTCAT
196 CTTAAATCATTATAACATCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCTATACTAGTGTATTCAG
* * *
45588 ATTCAAATAATTGTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
261 AATCAAATAATTGTAATTTAATAATATTTTAAAAAATAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * * *
45653 TGTTTGCCTAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTGGA
326 TGTTGGCCTAACCAGTGCAAACAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTATTTGAA
* *
45718 CCTTTTGTTTAGTCAAAAAACAGTTATTTCGGTTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAACTA
391 CCATTTGTTTAGTCAAAAAACAGTTATTTCGATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAACTA
*
45783 ATTTATTAAC-ATT-CAAAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAT-AATTCTGTTTGCTGAA
456 ATTTATT-ACTATTCCAAAAA-TTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATGAA-TCTGTTTACTGAA
*
45845 CTAGCTCAAATAATTATGACT
517 CAAGCTCAAATAATTATGACT
* *
45866 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCAAAAAACAAAAGTTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAAAAGTTTTTA
** * * ** * * *
45931 TTCATATAAGTTTGTTTAGGATAAAATAATACCAATTTGTTTATATTTT-AAAATTAATAAGAGA
66 TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGA
* *
45995 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTAT
131 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* *
46060 -TTGAAGTCATTATAACCATCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGCTC-ATA-TAGTCTTAT
196 CTT-AAATCATTATAA-CATCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-CTCTATACTAGT-GTAT
* * *
46122 TCAGAAT-AATGTAA-TGCTAATTTATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTAACAG-TTTACAAAA
257 TCAGAATCAA-ATAATTG-TAATTTAATAATATTTTAAAAAATAATAAGTAACAGATTTAAAAAA
** * * * * * ** *
46184 TGTATTTGTTGGCTTGACCAGTGCAAACAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTA
320 TAAATATGTTGGCCTAACCAGTGCAAACAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * * *
46249 TTAT-AACCATTTGTTTTGTCACAAAA-TGATTGTTTCTATTTGTACAAGCTT-TTTGGAATAAC
385 TT-TGAACCATTTGTTTAGTCAAAAAACAG-TTATTTCGATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAA
46311 ATAATTA-TAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTT
448 ATAA--ACTAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTT
* *
46375 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
511 ACTGAACAAGCTCAAATAATTATGACT
*
46402 ATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT
46430 AATAGCCTTT
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 74, Indels: 28
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
536 83 0.17
537 218 0.46
538 174 0.36
539 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCAAAAAACAAAAGTTTTTA
TTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTTTGAAAATTAATAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
CTTAAATCATTATAACATCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCTCTATACTAGTGTATTCAG
AATCAAATAATTGTAATTTAATAATATTTTAAAAAATAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTGGCCTAACCAGTGCAAACAATTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTATTTGAA
CCATTTGTTTAGTCAAAAAACAGTTATTTCGATTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAACTA
ATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAG
CTCAAATAATTATGACT
Found at i:46427 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 45328--46427 Score: 747
Period size: 180 Copynumber: 6.1 Consensus size: 179
45318 AGTCATTTTC
* * * * *
45328 ATTTGAACAATTATCTATTTCTAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCA-TTTGTTTTGTC-AAAAACAATTGTTTCT
* * ** *** * * *
45392 GTTCATATAAAATTATTCAAAATAAAATAA-TACTGATTTATTAACATTTTGAAAATTAAT----
64 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGC
* * * *
45452 AAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTAC-CAAGCTAGTTCAAATAGTTATGACT
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * *
45505 ATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGA-TATTTATTTTTTCATAGAACAATTGTTT-T
1 ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCT
* * *** * * * *
45567 TTTCTATACTAG-TGTATTCATATTCAAATAATTGTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAG
64 ATTC-ATACAAGCT-TATTTGGAATAAAATAATTATAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG
* * * *
45631 TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCT-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACT
126 CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * * * *
45685 ATTAAAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-TGGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAACAGTTATTTCG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACCATTTGTTTTGTC-AAAAACAATTGTTTCT
* * * *
45749 GTTTATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAA--ACTAATTTATTAACATTCAAAAATTTAATAAGC
64 ATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATATTTAAAAA-TTAATAAGC
* * * * *
45812 AAGAGATTTAAAAAAATAATTCTGTTTGCTGAACTAGCTCAAATAATTATGACT
127 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** ** *
45866 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACTTTTTGTTTTGTCAAAAAACAAAAGTTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTC-AAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * *
45931 TTCATATAAGTTTGTTTAGG-ATAAAATAA-TACCAATTTGTTTATATTTTAAAATTAAT----A
65 TTCATACAAGCTTATTT-GGAATAAAATAATTA-TAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCA
* ** * * *
45990 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
46042 ATTTGAACAATTATTTATTTGAAGTCATTATAACCATCTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCTA
* * ** ** ** * *
46107 CTCATA-TAGTCTTATTCAGAATAATGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAAAAAATAATAAGTA
65 TTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATTATAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGCA
* * ** * ** * * *
46171 ACAG-TTTACAAAATGTATTTGTTGGCTTG-ACCAGTGCAAACAATTATGACT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-TGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
* * **
46222 GTTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCACAAAATGATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCA-AAAACAATTGTTTCTA
** * * *
46287 TTTGTACAAGCTT-TTTGGAATAACATAATTATAATTTATTACTATTCCAAAAATTAATAAGCAA
65 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTATAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGCAA
* *
46351 GAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
*
46402 ATTCGAACAATTATCTATTTCAAATT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
46428 GTAATAGCCT
Statistics
Matches: 714, Mismatches: 171, Indels: 73
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 9 0.01
176 173 0.24
177 50 0.07
178 4 0.01
179 52 0.07
180 245 0.34
181 157 0.22
182 24 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCATTTGTTTTGTCAAAAACAATTGTTTCTAT
TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTATAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGCAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:46867 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 46491--48237 Score: 1368
Period size: 181 Copynumber: 9.7 Consensus size: 181
46481 TTTCAAGTTC
* * * * * *
46491 GTTTACCGAATAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
1 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * ** * * * *
46556 TTTTTGTTTTGTTATAAGACAATTTTTTTTGCTT-ATACAAACTTATTCGAATTAAAATAATATT
66 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
*** * * * *
46620 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAATAT
130 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** * * *
46672 GCTTATTGAACAAGTTTAAATAGCAATAACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
1 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
46737 CTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATCAGTTCATATACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
66 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * *
46802 ACTTATTAATATTCCAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
131 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * **
46853 GCTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATCACAACTTGAGCAATTATCTATTTTGAATCATTATGAC
1 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * **
46918 CTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATA-T
66 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *
46981 AAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATT---AAATAAATCT
130 -AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * *
47029 ATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 GTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * *
47093 CCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTATTT-TGTTAATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGT
65 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
47157 AGTTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAA-ATTATTTAAAAAATAAATCT
130 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * **
47209 GTTTCCTGAGCAAGTTCAAATATTTTATGACTATTTAAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATG
1 GTTTACTGAACAAGTTCAAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
47274 ATCTTTT-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAC
64 ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
47338 TAATGTT-TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTTA-AGATTTAAAAAATAAATCT
129 TAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
47391 GTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGCTATTATTTACTTT-AAATCATTATGA
1 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA
* * * ** * * *
47455 CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTATTTAGAATAAACTAATAC
65 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
47519 TAATTTATTAATATTTCACAAA-T--TAA-TAAGAGATTTCAAAAAATAAATCT
129 TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
** * * ** * * *
47569 GTTTACCAAACTACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATATATCTCAAATCGA-TAAGA
1 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGA
* * * * * * * *
47633 TC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACATA-CTTATTTAGAGA-AAAATATTG
65 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA-AGCTTATTCA-AAATAAAATAATA
** * * ** * *
47695 CTAAACTAATAACATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGT
128 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
47749 GTTTGCCGAACCAGTTCAAATA-TTGAAGGCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA
1 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * ** *
47813 CCTTCT-ATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTCGTAC-ATTTATATTCGAAATAAAATAATA
65 CCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
47876 CTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTTAAAAAAATAAATTT
128 CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTT-AAAAAATAAATCT
* * * * * ** * *
47931 GTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACCATTTGAATAATTATCTACATAAAATCGTTATGAC
1 GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
47996 C-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTACTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTA
66 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * ** *
48060 ATTTATTAATATTTCAAAAGTCGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCA
131 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * **
48111 ATTTA-TCAA-ATTAGTTTAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
1 GTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
** * * * * *
48174 A-AGTTTG-CTTAGCCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACAAGCCTATTCAGAATAAACTAA
64 ACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
48235 TAC
126 TAC
48238 CAAGTTTTTT
Statistics
Matches: 1242, Mismatches: 273, Indels: 103
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 56 0.05
176 87 0.07
177 75 0.06
178 65 0.05
179 15 0.01
180 221 0.18
181 534 0.43
182 182 0.15
183 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
Found at i:47533 original size:538 final size:528
Alignment explanation
Indices: 46505--48078 Score: 1580
Period size: 538 Copynumber: 2.9 Consensus size: 528
46495 ACCGAATAAG
* * * * *
46505 TTCAAACAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
46570 TAAGACAATTTTTTTTGCTTATACAAACTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
66 TAA-ACAA-TTATTTTG-TTATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTT
* * * * ** * ** *
46635 TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAATAAATATGCTTATTGAACAAGTTTAAATAGCAATA
128 TAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTCCTGAACAAGTTCAAATATTAATG
* * * *
46700 ACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCA-TCATAAAATAATTGTA
192 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTT-AGTCATAAAATAATTGTT
* * * * * *
46764 TCAGTTCATATACGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATTA
255 TCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTTTAATATTCAAAAAATTAATAA
* * * * * * *
46829 GTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGCTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATCACAACTTGAGCAA
319 GTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAGCTA
* * * *
46894 TTATCTATTTTGAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
383 TTATCTACTTTAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA
* *
46959 CTTATTCT-GAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-A-AAATTAA
447 CTTATT-TAGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATAAA--AA
* **
47021 ATAAATCTATTTTCTGAAC-AC
507 ATAAATCTATTTACCAAACTAC
* * * *
47042 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATC
1 -TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
47107 ATAAACCAATTATTTTGTTAATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAGTTTATTAAAATT
65 ATAAA-CAATTATTTTGTT-ATACAAA-CTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATT
* * * * *
47171 CTAAAAATTAATAAGTAAATTATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCTGAGCAAGTTCAAATATTTTA
127 TTAAAAATTAATAAGTAAA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTCCTGAACAAGTTCAAATA-TTAA
* ** * *
47236 TGACTATTTAAACAATTATTTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTTTTTGTCATAAAATAATTGT
190 TGACTATTTAAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAATAATTGT
* * *
47301 TTCTGTTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATGTTTTAATATTCTAAAAATTAATA
254 TTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT-TTTTAATATTCAAAAAATTAATA
* * **
47366 AGTTTAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAGCT
318 AG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAGCT
* *
47431 ATTATTTACTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA
382 ATTATCTACTTTAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * *
47496 AATTATTTAGAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTCACAAATTAATAAGAGATTTCAAAAA
446 ACTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA--T-AAAAA
*
47561 ATAAATCTGTTTACCAAACTAC
507 ATAAATCTATTTACCAAACTAC
* * * * *
47583 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATGATTATATATCTCAAATCGA-TAAGATC-TTTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** * *
47646 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACATACTTATTTAGAGA-AAAAT-ATTGCTAAACTAATAACA
65 AT-AAACAATTATTT-TGTT-ATACAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATAG-TAATTTATTAAAA
* *
47709 TTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC-GAACCAGTTCAAATATT
125 TTTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-CCTGAACAAGTTCAAATATT
* * *
47773 GAA-GGCTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTCTATTTAGTCATAAAATAA
188 -AATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTTTTAGTCATAAAATAA
* * * * * *
47836 TTGTTTCAGCTCGTAC-ATTTATATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAAT
250 TTGTTTCAGTTCATACAAGTT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-TTAATATTCAAAAAAT
* * * * * *
47900 TAATAAGCAAGGAATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACCATT
313 TAATAAGTAAAG-ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACCATT
* * * * * *
47965 TGA-ATAATTATCTACATAAAATCGTTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TACTT
376 TGAGCT-ATTATCTACTTTAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* ** *
48028 TATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAA
439 CATACAAA-CTTATTTAGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAA
48079 GTCGAGAAGT
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 139, Indels: 71
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 5 0.01
537 96 0.11
538 338 0.39
539 202 0.23
540 204 0.24
541 13 0.02
542 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (528 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAACAATTATTTTGTTATACAAACTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTTTAA
AAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTCCTGAACAAGTTCAAATATTAATGACTA
TTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTT
CATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAAGA
TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAATAGTTATAACCATTTGAGCTATTATCTAC
TTTAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTAG
AATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATAAAAAATAAATCTATTTAC
CAAACTAC
Found at i:49993 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 49951--50027 Score: 100
Period size: 38 Copynumber: 2.0 Consensus size: 38
49941 TAAACAATAC
* * * *
49951 ATGGCAAAACTCCTCCTTAATTTGTGCATCCTGATCCA
1 ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
* *
49989 ATGGCAAGACTCCCCCTCAATTTATGCATCTTAATCCA
1 ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
50027 A
1 A
50028 CACAACTTAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 33 1.00
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ATGGCAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCCA
Found at i:56550 original size:181 final size:179
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55733 TCTCTCTACT
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* * * * * * *
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*** * * * **
55873 AATATTATGAAATTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTGCC
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* * * ** * * *
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1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * **
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** * * *
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129 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * * * * *
56101 TAAACCAGTTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGCTATGACC-TTT-
1 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
56164 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCCATTGATA-TAGTCTTATTTAAAATTAAGTAATGCTAATTTA
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* * * *
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128 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAATAAATATGT-TTA-TC
* * * * * * * * *
56281 TAACCAA-TGC-AATAATTATTATTGTTTGAACAATAATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
1 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * *
56344 TTTTATCACAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTAATCGAAATAACATAATTCTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATTCTAATTTAT
* * * *
56409 TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAATTGAATATGTTTATT
129 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATATGTTTATC
* * * * * * *
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1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
56526 TTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAATGCAAATTCATT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATTCTAATTTATT
* * *
56591 AATATT-CAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAACAATAAATTTGTTTACC
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* * * * *
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1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-G
* * * **
56705 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAGGTTAAAATAATAT-TAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT-TCTAATTTA
*** * *
56769 TTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATC
128 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATC
* * * *
56822 GAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * *
56887 TTTGTCCTAAAATAATTGTATC-AGTTCATATAGGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATTCTAATTTAT
* * * *
56951 TAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATC
129 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * *
57003 GAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAGATCATTTTGACGTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* ** * ** * *** * *
57068 TTTATCATAAAACAATAATTTCTGTTTTTAAAAGCTTATTTTGCATAAAATAATAT-AAATTTCT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-TCTAATTTAT
* * * * *
57132 TAATATTTCAAAAATGAATAAGTAA-AAATTTAAAAA-AGAGATAT-TTTTTT
129 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-A-ATATGTTTATC
* * * * *
57182 GAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * *
57247 TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATTCTAATTTATT
* * * *
57312 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C
130 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * * *
57362 TGAGCAAATTTAAATAGTTATGAC-AGTTTGAACAATTATTTATTACAAATAGTTATGATCTTTT
1 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * *
57426 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTA
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATTCTAATTTA
* * * * * *
57491 TTAATATGCTAAACATTAAT-AGATGAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA-C
128 TTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATC
* * ** * * * * * *
57543 TAAACAAGTTCAAATAGTCATCTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTCTG
1 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * ** * * *
57608 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGA-AAATTTATTCAAA-ATAAATTATTACTGATCT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCAAATA-AAATAATT-CTAATTT
*** * * * * ** *
57671 ATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGACTTGAAAATTAATAAG-AGATT
127 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * * *
57719 TAA-AAATT-AAATCTATTTACTGCAATAGTTCAA-ATAGTTATGATTATTTGAACAATTATC-T
1 GAACAAGTTCAAA--TAGTTA-TG-ACTATTTGAACA-A-TTAT--CTATTT---CAA--ATCGT
* * * *** * ****
57780 ATCTCACATTGCTATGATTTTGTCATAAAATGGTT-TTTGCTTTTCATACAAGCTTATTTGGGTT
53 -TATGACCTT--T-TG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAT
* * * * * *
57844 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAATAGTAATAAGTAAGATATTTAAAAA-ACAA-ATGT
111 AAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA-AATATGT
*
57907 GTT-GC
175 -TTATC
* * ** * * * *
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1 GAA--CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * *
57976 GTTTAGTCATAAAACAATT-ATTGTAGTTGATACAAGCTTATTCAGAA-AAAATAATACT-ATTT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATTCTAATTT
* * * * * * * *
58038 ATTAACA-TCTGAGAAATTAATGAGCAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
127 ATTAATATTC-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * * * * *
58093 CAAAAAGTTTAAATAAATT-TTACTATTTGGACAAGTATCTATTT-AAAGCATTATGACCTTTTG
1 GAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
** * * * * *
58156 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCGTTCATAAAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTACTTTAT
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** *
58221 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTAT-TTT-CC
129 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-T-AAA-TATGTTTATC
* * * * * * * * *
58273 TAACCAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATCATTGTGATC-TTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* *
58337 TTTCTCATAAAACAATTGTTT-TGGA-TCATACAAGCTTATTCGAATAAAA-AATTACTAATTT-
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATT-CTAATTTA
* * * * **
58398 TAAAATATTTCAAAAA-TAATAAG---G-GATTTAAAAAATAACTATATTTGCC
128 T-TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATC
* * ** * * * * * *
58447 AAAC-CGATTTGAATAGTTA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTCTAACCTTTTG
1 GAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
** * * ** **
58510 TTTAATCATAGAATAATTGTTTC-AGTTCATATGAGCTTATTTGGAAT-AAATAATAT-TAATTT
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* ** * * *
58572 ATTAACATTTGAAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAACTAAATTTGTTTA-C
127 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-TAAATATGTTTATC
* * * * * *
58626 TGAATAAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTG
1 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * *
58691 TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCAAAAATAAAATAGTACTACTTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC--AAATAAAATAATTCTAATTT
*
58754 ATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-C
127 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATAT-GTTTATC
* * * * * * ** *
58803 TGAATCAA-TTCATATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTT
1 -GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * **
58867 G--ATATCTTAAAACAATTATTT-T-TTAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATT
64 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT--CATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATTCTAATT
* ** * * * *
58928 TATTAACATGT-CACGAA-T--TAA-TAAGAGA-TTCAAAA-AAATTTATTTACC
126 TATTAATAT-TCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * * * *
58976 AAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTGATG
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTG
* * ** * * ** * *
59040 CTCTACCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAG
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* * * * *** **
59105 TAAAATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAGTCCATTTGCC
129 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * * * * ** *
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1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * **
59222 TTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACAAGCTTATTCGTAATAGAATAAAACTAATTT
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* * * * * *
59285 ATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTGAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATC
127 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATAAATATGTTTATC
* ** * ** * * * **
59339 GAATC-AGTTCAAATAATTAAAACTATTTCAATC-ATTATGACCT-TTTC-TCTTGTAATAAAAT
1 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTAT---CTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * * *
59400 AATCGTTTCAAGTCCTATAAGC--TTG------TT--T-GAAG--TA---AAATAATACTAATT-
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* * * * * * * * *
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* * * * * * **
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1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
59570 TTTTGTCATAAAATAATTGATTATGTTCATGCAAGTTTATTTAGAATAAAATAATAT-AAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAAT-TCTAATTTA
* * * *
59634 TTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TC
128 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAATATGTTTATC
* *
59685 TGAACACA-TTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 -GAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * *
59749 GTTTTGTCATAAACCAGTTGTTT-TAATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTT
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* * *
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* ** * * * * * *
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1 GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
** * *
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* * ** * *
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* * * * * *
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1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * ** * * * ** * * *
60109 TCTATCGCAAAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAAATTGTTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATT
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* *
60174 AATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAATCAAAATTTGTTTA-C
130 AATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAT--AAATATGTTTATC
* * * * *
60220 TGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATAAGCTATCTCAAATCGTTATGA--TCTTG
1 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * * **
60283 TTTTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCCTACAAGCTTATTCAGAGTAAAAT-ATTGCTAAACTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATT-CTAATTTA
* * *
60347 ATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAGAAATAAATATGTTTA-C
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* * * * * *
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1 -GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
60527 ATTAACATT-CATAAAATTGATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
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* * * *
60582 AAACAAGTTTAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGT
1 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
60646 TTT
66 TTT
60649 ATCAATATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
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Found at i:56623 original size:361 final size:360
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
55806 GTATTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATA
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * * ** **
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * *
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129 TTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCTAACAAAGTTC
* * * * *
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192 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAA
* * * *
56355 AATAATTGTTTCTATTCATACAAGCCTAATC-GAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATATTCC
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*
56418 AAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAATTGAATATGTTTAT
320 AAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAA-TGAATATGTTTAT
* * * * *
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1 TGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTG
* * * * * *
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* * * * *
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* *
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194 ATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAA
* * * ** *** *
56717 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAGGTTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAT
258 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAA
*
56782 AATTAATAAGTAAAAGAT-TTTAAAAATAAATATGTTTAT
323 AATTAATAAGT--AAGATATTTAAAAATGAATATGTTTAT
* * * * * *
56821 CGAACTAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTG
* * * * * *
56886 TTTTGTCCTAAAATAATTGTATC-AGTTCATATAGGTTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
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* * * * *
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193 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAA
** * ** * ** * * * *
57079 ACAATAATTTCTGTTTTTAAAAGCTTATTTTGCATAAAATAATATAAATTTCTTAATATTTCAAA
258 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * *
57144 AATGAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAGAGATAT-TTTTT
323 AATTAATAAGTAAGATATTTAAAAATGA-ATATGTTTAT
* * * * *
57181 TGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTTG
** * *
57246 TTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
57311 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGCAAA-TTTA
130 TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACAAAGTTCA
* * * *
57374 AATAGTTATGAC-AGTTTGAACAATTATTTATTACAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
193 AATAATTATGACTA-TTTGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATA
* * ** * *
57437 AAACAATTGTTTCTATTCATAGAAGTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATGCTA
256 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * * *
57502 AACATTAAT-AGATGAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTAC
321 AAAATTAATAAG-TAAGATATTT-AAAAATGAATATGTTTAT
* ** * * * * * *
57543 TAAACAAGTTCAAATAGTCATCTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTGTGACATTCT
1 TGAACAAGTTCAAATAGT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTT
* * ** * * * * *
57607 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATGA-AAATTTATTCAAAATAAATTATTACTGATCT
64 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTT
** *
57671 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGACTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATTAAATCTATT
128 ATTAATA-TTCAAAAATTAAT---A-A---G-----T-A-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * *
57736 TA-CT-GCAATAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTC--A-CA-T-TG--C
177 TACCTAACAA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* * *** * ** ** *
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241 TTTTG-TTTTATCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATT
* * * * ** *
57855 AATTTAATAATATTCTAAATAGTAATAAGTAAGATATTTAAAAAACAA-ATG--TGT
304 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAATGAATATGTTTAT
* ** * * * *
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1 TG--AA--CAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACC
* * * * * * *
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60 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
58034 ATTTATTAACATCTGAGAAATTAATGAGCAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAA-AA
124 ATTTATTAATAT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAA
* * * * * * *
58098 AGTTTAAATAAATT-TTACTATTTGGACAAGTATCTATTT-AAAGCATTATGACCTTTTGTTTTG
187 AGTTCAAAT-AATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
** * * * * *
58161 TCATAAAACAATTGTTTCCGTTCATAAAAACTTATT-TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
251 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAAT
** * * **
58225 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAACTAT-TTTCC
315 ATTCCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAA-T-GAA-TATGTTTAT
* * * * * * * *
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1 TGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTT
* * **
58335 GTTTTCTCATAAAACAATTGTTT-TGGA-TCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAA-AATTACTAAT
64 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT--ATTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAA-TACTAAT
* * * * * * **
58396 TT-TAAAATATTTCAAAAA-TAATAAG----GGATTTAAAAAATAACTATATTTGCCAAACCGA-
126 TTAT-TAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAAG
** * * * * * * * *
58454 TTTGAATAGTTA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCA
189 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCA
* * ** ** *
58518 TAGAATAATTGTTTC-AGTTCATATGAGCTTATTTGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAACATT
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** * * * * * *
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* * * * * *
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1 TGAACAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGCTATGACCTTTT
* ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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** * * * * * * *
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* * ** * * * **
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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318 CCAAAAATTAATAAGTAAGATA-TTTAAAAATGAATATGTTTAT
* *
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** * * * *
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* * * ** * * * ***
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* ** * * *
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** *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * ** * * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * ** ** * *
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** * *
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* * * * * * *
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1 TGAA-CAAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGCTATGACCTTTT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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** * * *
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* ** * * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * * *
59194 TTTTATTTCAAATTATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAG
126 -TCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-AG
* * * * * * *
59247 CTT-ATACAAGCTTATTCGTAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTG
1 -TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAAAGTAATAAGTA
* * * * * * * * ** *
59311 AGAGATTTAGAAAATAATTTTAT-TTATCGAATCAGTTCAAATAATTAAAACTATTT---CAATC
63 AGAGATTTAAAAAACAA--ATATGTT-GCCAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** *** * * **
59372 AT-TA--T--GA-CCTTTT---CTCTTGTAATAAAAT-AATC-GTT-TCAAG
125 ATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAG
* * * * * * * * * ** * *
59412 -TCCTATAAGCTTGTTTGAAGTAA-AATAATACTAAT-TTATTAAT-AT-TCCAAGAATTAATGA
1 TTCATACAAGCTT-ATT--TGGAATAA-AATAATACTAAT-TTATTAATATTTAA-AAGTAATAA
* * * * *
59472 GTAAGAGAATTTAAAAAAAAAGAATCTATTTATTG--AA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATCT
60 GTAAGAG-ATTT-AAAAAACA-AA--TA--TGTTGCCAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * ** * *
59534 AAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTATG
117 GAACAATTATCTATTTC-AAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTA-G
* * * * * *
59595 TTCATGCAAGTTTATTTAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT--TAAAAGTAATAAGTA
* * * * * *
59659 A-AAATTTTAAAAATAAATCTAT-TTTCTGAA-CACATTCAAAAAGTTATGACTATTTGAACAAT
63 AGAGATTTAAAAAACAAA--TATGTTGC-CAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
59721 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAGTTGTTTTAA
124 TATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAG
* ** * * *
59775 TTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT--TATTCCAAAATTAATATGTAAG
1 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAGTAATAAGTAAG
*** * * * ** * * * *
59838 AGATTTAAAATTTAAATTTGTTTACAAAGTGAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATTATT
65 AGATTTAAAAAACAAATATG-TTGCCAA-CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
** *
59903 TATTTCAAATTGTTATT-ATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-
128 TATTTCAAATCATT-TTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TAG
** * * * * * **
59953 TTCATACAAATTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATTGATGAGTTGG
1 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAGTAATAAGTAAG
* * * * * *
60018 AGATTTAAAAAATAAAGTTATTTATTG--AA-CAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTAAACTATT
65 AGATTTAAAAAACAAA--TA--TGTTGCCAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * ** *
60080 ATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTCTATCGCAAAACAATTGTTTTTG
125 ATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAG
* ** * *** * *
60133 TTCATAAAAAATTGTTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAG
1 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAGTAATAAGTAAG
* * * * * * *
60195 AGATTT-AAAATCAAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATAAG
65 AGATTTAAAAAAC-AAATATG-TTGC-CAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
60259 CTATCTCAAATCGTTATGA--TCTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTTG
127 CTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTAG
* ** * * * ** * *
60308 TTCCTACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-AAAAGTAATAAGTAA
* * * * * * * * *
60373 GAGGTTTAAGAAATAAATATGTTTACTAAATCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
64 GAGATTTAAAAAACAAATATG-TTGC-CAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * *
60438 CTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGCTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAG
127 CTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTAG
* * * * * * * *
60489 TTCATACATGCATATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCATAAAATTGATAAGCAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT--TAAAAGTAATAAGTAA
* * * * * * * *
60554 AAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTT
64 GAGA-TTTAAAAAACAAATATG-TTGCCAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
60618 TCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
126 TCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTT
60649 ATCAATATAT
Statistics
Matches: 1992, Mismatches: 500, Indels: 309
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
163 3 0.00
164 21 0.01
165 9 0.00
166 12 0.01
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168 3 0.00
169 10 0.01
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171 6 0.00
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAGTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAACAAATATGTTGCCAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAG
Found at i:58613 original size:354 final size:355
Alignment explanation
Indices: 58128--58792 Score: 842
Period size: 354 Copynumber: 1.9 Consensus size: 355
58118 TTTGGACAAG
* ** *
58128 TATCTATTTAAAGCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCGTTCATAAAAACT
1 TATCTATTTAAAGCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACT
* * * *
58193 TATTTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
66 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
58258 CTAAAACTAT-TTTCCT-AACCAGCTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAA
131 CT-AAA-TATGTTTACTGAACAAACTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTAAAA
* * * * *
58321 TCATTGTGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTGGATCATACAAGCTTATTCGAATAA-
194 TCATTATGAACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTA-TC-AAAAAT
* *
58384 AAAAT-TACTAATTT-TAAAATATTTCAAAAA-TAATAAGGGATTTAAAAAATAACTATATTTGC
257 AAAATATACTACTTTAT-AAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAACTATATTTGC
58446 CAAACCGATTTGAATAGTTAGACTATTAGAATAAT
321 CAAACCGATTTGAATAGTTAGACTATTAGAATAAT
* * * * ** *
58481 TATCTATTTGAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAGAATAATTGTTTCAGTTCATATGAGC
1 TATCTATTT-AAAGCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAC
* * *
58546 TTATTTGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAACATTTGAAAAGTTAATAAGCAAGAGATTTGAAA
65 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAA
* * * * * *
58610 AACTAAATTTGTTTACTGAATAAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
129 AACTAAATATGTTTACTGAACAAACTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTAAAA
* * *
58675 TCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCAAAAATAA
194 TCATTATGAACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATCAAAAATAA
*
58740 AATAGTACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
259 AATA-TACTACTTTATAAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
58793 ATTAGTTTAC
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 40, Indels: 16
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
352 2 0.01
353 64 0.24
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357 22 0.08
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (355 bp):
TATCTATTTAAAGCATTATAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA
CTAAATATGTTTACTGAACAAACTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTAAAATC
ATTATGAACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAA
TATACTACTTTATAAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAACTATATTTGCCAAAC
CGATTTGAATAGTTAGACTATTAGAATAAT
Found at i:60513 original size:356 final size:352
Alignment explanation
Indices: 59570--60550 Score: 894
Period size: 358 Copynumber: 2.7 Consensus size: 352
59560 TGACCTTTCA
* * * * ** *
59570 TTTTGTCATAAAATAATTGA-TTATGTTCATGCAAGTTTATTTAG-AATAAAATAATA-TAAATT
1 TTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCTATTCATACAAACTTA-TTAGAAATAAAATAATACTAAA-C
* * * * *
59632 TATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACATTC
63 TAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAATAAAT-TATTTACTGAACA-ATTC
* * * * * *
59696 AAAAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
125 AAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTAGTCATAA
* * * * * * *
59761 ACCAGTTGTTTTAATTCATACAATCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT--TATTCCAA
190 AACAATTGTTTTAGTTCATAC-ATCATATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA
** **
59824 AATTAATATGTAAGAGATTTAAAATTTAAATTTGTTTACAAAGTGAGTTCAAACAATTATGACTA
254 AATT-A-A--TAAGAGATTTAAAATCAAAATTTGTTTACAAAGCCAGTTCAAACAATTATGACTA
* ** * * *
59889 TTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTG
315 TTTGAACAATAAGCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTG
* * ** *
59928 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTAGAAATAAAATAATACTAATTTAT
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTAGAAATAAAATAATACTAAACTAA
* * * ** *
59993 TAATATTAT-AAAATTGATGAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAGTTATTTATTGAACAAGTTCAAA
66 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-TTATTTACTGAACAA-TTCAAA
* * * **
60057 TAGTCATGTCTATTTA-AACT-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTT-CTTCTA-TCGCA
128 TAGTTATGACTA-TTAGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGC-T-TAGTCATA
* * ** *
60118 AAACAATTGTTTTTGTTCATAAAAAAT-TGTTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTC
189 AAACAATTGTTTTAGTTCATACATCATAT-TT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC
* * *
60182 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAATCAAAATTTGTTTACTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTA
251 AAAAATTAATAAGAGATTTAAAATCAAAATTTGTTTAC-AAAGCCAGTTCAAACAATTATGACTA
60246 TTTGAACAATAAGCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTG
315 TTTGAACAATAAGCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTG
* * * * * * * *
60283 TTTTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCCTACAAGCTTATTCAG-AGTAAAATATTGCTAAACTA
1 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATT-AGAAATAAAATAATACTAAACTA
* * *
60347 ATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGGTTTAAGAAATAAATATGTTTACTAAATCAATTCAA
65 ATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAATAAAT-TATTTACTGAA-CAATTCAA
* * *
60412 ATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGCTTAGTCATAAAA
127 ATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTAGTCATAAAA
* * * *
60477 TAATTGTTTTAGTTCATACATGCATATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCATAAA
192 CAATTGTTTTAGTTCATACAT-CATATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAA
*
60542 ATTGATAAG
255 ATTAATAAG
60551 CAAAAAATTT
Statistics
Matches: 502, Mismatches: 92, Indels: 60
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 73 0.15
356 139 0.28
357 103 0.21
358 167 0.33
359 8 0.02
360 3 0.01
361 9 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAACTTATTAGAAATAAAATAATACTAAACTAA
TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTATTTACTGAACAATTCAAATAG
TTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGCTTAGTCATAAAACAAT
TGTTTTAGTTCATACATCATATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
AAGAGATTTAAAATCAAAATTTGTTTACAAAGCCAGTTCAAACAATTATGACTATTTGAACAATA
AGCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTG
Found at i:61614 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 61393--62621 Score: 495
Period size: 180 Copynumber: 6.9 Consensus size: 181
61383 AAGAAATCCT
* *
61393 AATTTATTAATATTCTAGCAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTATTGACCTAACCA
1 AATTTATTAATATTCCAGCAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTATTGACC-AAACA
* * * ** * *
61458 ATGT-AAATTGTTATGA-TCGTTTGAACAATTGTCTACTTT-AAATCGTTATGACCTTTTGTTCA
65 ATGTCAAATAGTAATGACT-ATTTGAACAATTACCTA-TTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCA
61520 GTCATAAAATAATTATTTT-T-TTCATACAGGCTTATATGGAATAGCATAATTCC
128 GTCATAAAATAATT-TTTTCTCTTCATACAGGCTTATATGGAATAGCATAATTCC
* * * * * * * *
61573 AATTTATTAATATTCCCA-TAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCAAACA
1 AATTTATTAATATT-CCAGCAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTATTGACCAAACA
* **
61637 ATTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGT
65 ATGTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCAGT
* * ** ** * **
61702 CATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAAGATTAT-TTCAATTAAAATTA-TAG
130 CATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAGGCTTATATGGAA-TAGCATAATTCC
* * * * * * **
61753 ATATTTATTAATATT-CAGACACTTAATAAGTAA-AATATTTCAAAAATAAATTTGTTTACTGAA
1 A-ATTTATTAATATTCCAG-CAATTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAAATGAATCTATTGACCAAA
* ** * * ** *
61816 TAA-GTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCA-CTTTTGTGT
63 CAATG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGT-T
* * ** * ** * * * ** *
61879 -TGTCATAAAAAAATTATTTT-GGTTCGTTTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTCT
126 CAGTCATAAAATAATT-TTTTCTCTTCATACAGGCTTATATGGAATAGCATAATTCC
* * * * * * * *
61934 AATTTATTAATATTCCTA-AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAATA
1 AATTTATTAATATTCC-AGCAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTATTGACCAAACA
* * * * * *
61998 A-GTTCAAATAGTTATTG-CTCTTTGAACAATTATCTATTTCCAATTGCTAGAACCTTTTGTTTC
65 ATG-TCAAATAG-TAATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTG-TTC
* * * * * ** * * * *
62061 A-TCCTAAAACAATTTTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTCAAACAAAACA-AAAT-A
127 AGTCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAGGCTTATAT-GGA-ATAGCATAATTCC
* * * *****
62115 AATTTATTAATATT-TAGACAATTAATAAGTAA-AAGATTAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAAC
1 AATTTATTAATATTCCAG-CAATTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAAATGAATCTATTGACCAAAC
* * * * * *
62178 AA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT-TT-T
64 AATG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCA
* * * * * * * * ** *
62239 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTTGAATAAAATAATAT-A
128 GTCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAGGCTTATATGGAATAGCATAAT-TCC
** * * * **
62293 AATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAGTAA-AAA-TTAAAAAA-AAAGTCTATTTATAAAAC-
1 AATTTATTAATATTCCAGCAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAA-TCTATTGACCAAACA
* * * ** * **
62354 ATGATC--AT--TTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAG-T-TAGACCTTTTGTTTT
65 ATG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATA-ACCTTTTGTTCA
** * ** * * * * ** * *
62413 GTCATAAACCAATTGTTTCTAGTCATACAAGCTTATTTGAAACAAAATAATACT
128 GTCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAGGCTTATATGGAATAGCATAATTCC
* * * * * ** *
62467 AATTTATTAATATTCCA-AAATTAATAAGTAA-AAGATTTAGAAAATAAACCTATTTACTGAGCA
1 AATTTATTAATATTCCAGCAATTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAAATGAATCTATTGACCAAACA
* * * ** * * * * * **
62530 A-GCTCAAATAGTTATGACTGTTCGAACAATTATTTAGTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTG
65 ATG-TCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCAG
** * *
62594 TCATAAAACGATTATTTCTATTCATACA
129 TCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACA
62622 AGCCTATTCA
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 160, Indels: 102
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 37 0.04
173 18 0.02
174 65 0.08
175 23 0.03
176 29 0.03
177 6 0.01
178 64 0.08
179 50 0.06
180 290 0.35
181 244 0.29
182 7 0.01
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTTATTAATATTCCAGCAATTAATAAGTAACAAATTTAAAAAATGAATCTATTGACCAAACAA
TGTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTCAGTC
ATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAGGCTTATATGGAATAGCATAATTCC
Found at i:61700 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 60743--71981 Score: 4171
Period size: 361 Copynumber: 31.3 Consensus size: 362
60733 GAATCAATTT
* * * * * * * * *
60743 AAATAATTATGGCCATTCGAACAATTATCCATTTCAAGTTGTTATGAACTTTT-TTTATCATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAA
* * ** * * *
60807 ACAATTATTT-TCA-TCATACATGCCTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTCA
66 ACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
* * * ** * * * * *
60869 AAACTTAATAAGTAGGAGATTTTTCAAAA-AAATATGTTTA-CTGAACTAGTTTAAATAAGT-AT
129 AAAATTAATAAGTAAGACA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAAT-AGTAAT
* ** * * *
60931 GACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCTTTATAGCCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
191 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
60996 TATGTTCATACATGCTTA-TTCAGAA-TAAACTAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAA
256 TCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAA
* * * *
61058 TAACTAAGAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACTGAACCAGTTC
319 TAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
* * * * * * *
61103 AAATTGTTAAGGCTGTATGAATATTTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT-AGTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCA-TA
* * * ** * * **
61167 AAACAAATGT-TTTCTGTTTATATAAATTTGTTTCAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT
64 AAAC-AAT-TATTTCTATTCATACAAGCTTATATGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATT
** * ** * * *
61230 TTAAATATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAATC-AGTTTAATTGGCT-
126 CCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-CAAGTTCAAATAG-TA
* * * * **
61289 ATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAT-GTTATAA-CTATTTGTTTTGTCATAAGGCAAT
189 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGCTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * *
61352 TGTTTCTATTGATACAATCTTTTTTGGAA-TAAAGA-AATCCTAATTTATTAATATTCTAG-CAA
252 TGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAA-ATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAA
* *
61414 TTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAAATGAATCTATTGACCT-AACCAA-TGT-
315 TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAA-CAAGT-TC
* * * *
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1 AAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TGTCAT
* * * ** *
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63 AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCC
* * * * * * *
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128 AAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATGA
* * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
61782 GTAAAATATTTCAAAAATAAATTTGTTTACTGAATAAGTTC
322 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
* * * *
61823 AAATAGTTGTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATCA-CTTTTGTGTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT-TTGTCATAA
* * * ** * * *
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* * * * * *
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129 AAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TAATGA
* * * * ** * *
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193 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
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258 TATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAA-ATAATCTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAATAA
* **
62143 GTAAAAGATTAAAAAAATAAATCTATTTTTTGAACAAGTTC
322 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
*
62184 AAATAGTTATGACTATTTGAACATTTATCTATTTCAAAT-GTTATGACCTTTT-TTTGTCATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAAA
* * * * * *
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66 ACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATATGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCCAA
* * * * * * *
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130 AAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAA-TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATGAC
* * * *
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194 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* *
62432 TAGTCATACAAGCTTATTTGAAAC-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-A-AATTAATAA
258 TATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAATAA
* * * *
62494 GTAAAAGATTTAGAAAATAAACCTATTTACTGAGCAAGCTC
322 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
* * * * * *
62535 AAATAGTTATGACTGTTCGAACAATTATTTAGTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * * * *
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65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-T-ATGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCC
* * * ** *
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128 AAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTAATG
* * * * * ** * *
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192 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * * *
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257 CTATTCATACAAGCTTATTTGA-AACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAAT
** * * *
62854 AAG----AGATTTAAAAGCTAAATTTGTTGTTTA-TCGAGCCAA-TTC
320 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA--T-CTATTTACT-GA-ACAAGTTC
* * * * * * * * *
62896 AAACAGTTATGACTATTTGAATAGTTATTTGTCTCAAATCATTATGATCTTTAT-TTTGTCATAG
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTGTCATAA
* * * * * * * * *
62960 AACAATTGTTTCTTTTCATATAGGCTTAT-TCGAATTAAAATAATACTAATTTAATAATAGTCAA
65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATATGGAA-TAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
* * * * *
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129 AAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TAATGA
* * * * * * * * * * * *
63083 CTAATAGAATAATTATCTATTTCAAGTTGTTTTGAGCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTATTTC
193 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * *
63148 AATTCACACAAACTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAAAATTC-AAAAAATTAATAA
258 TATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAATAA
* * * * *
63211 GGAAGCA-ATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATAAGTTC
322 GTAA-AAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTC
* * * * ** * *
63253 AAATAGATATGAATATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTATTTTAACCTTTTGTTTTGTCA-AA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * ** * * * **
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65 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCC
* * * * *
63380 AAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAA-CTATTT-TCTAAACCAA-TTCAAATAGTTAT
128 AAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTAAT
* * * * * * * *
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191 GACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
63505 TTTTGA-TCATACAAGCTTATTT-AGA-TAAAAATAGTACTAATTTAATAATATT-TAAAAAATG
255 TTCT-ATTCATACAAGCTTATTTGAAACT-AAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATT
* * * * ** ** *
63566 AATAAGCAAAA-AGTTTAAAAATATAAATGTGTTTGCCAAATTAGTTT
317 AATAAGTAAAAGA-TTTAAAAA-ATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
* * * ** * * * * *
63613 AAATAGTTAAGATTGTTAAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
** * ** * * *
63678 AGTAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAA
65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
* * ** * *
63742 AAAATTAATAAGT-AGAAGATTTGAAAAAATTAATCTATTTATTGAACAAGTTAAAATAGTTATG
129 AAAATTAATAAGTAAG-ACATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATG
* * * ** * * * * * *
63806 ATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTGTTGTTTTCTAATAAAATAATTGTTT
192 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
63871 -TAGTTAATAAAAGCTTA-TCGAAAATAAAAATAA-CACAACTTTATTAATATT-TCA-AAAATT
257 CTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAACT-AAAATAATC-TAA-TTTATTAATATTCT-AGACAATT
* * * * **
63931 AATAAGTAAGAGGTTT-AAAAATAAATCAATTTACCGAATTAGTTC
317 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
* * * * * *** * * * *
63976 AAATAATTATGGCCATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATCACAATTACTTTTATTTTTTTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTGTCATAA
* * * * * ** ** *
64041 AACAATTATTT-T-TTAGCATACAAGCTTCTTTGAAATAAAATCATTATTACCTT-TTGTTTTGT
65 AACAATTATTTCTATT--CATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATT-CTAATTTATTAATAT-T
* * * * *
64103 CATAAAATAATTATTTTTCAACATACAAACTTATTTGAAATAAA-ATAATACTAATTTAT-TAA-
126 C--CAAA-AATTA---AT-AA-GTA-AGAC--ATTT-AAA-AAATA-AAT-CT-ATTTATCAAAC
* * * * * * * * * ** *
64165 TATTTCAAGTAGCAA-GA-GATTTGAAAAATAAATCTATTTGCTAAACTAGTTCA-AATAGTTAT
175 AAGTTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT-C-AAA-TCGCT-ATAA-CCTTTT
** ** * * ** * * ** *** *
64227 GACTATTTG--A-GCAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CCT-TTTGTTA-TGCCATAAAGC-
234 G--T-TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTC-TATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAAT-AATCT
** * * ** * * * ** * * *
64285 AA-TTATTTTTGTTC-ATACAAGTTTTTTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATT-CT
293 AATTTATTAATATTCTAGACAA--TTAATAAGTAA-AAGAT-TTAAAAAATAAATCTAT-TTACT
64345 GAA-AA-TTC
353 GAACAAGTTC
** * * * * * * * * * ** ** *
64353 --ATAACTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTCCTAAACTAGTTCAAAT-A-GTTAAGACTA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT-C-AAA-TCGTT---ATGACCTTTTGTTTG
** * ** ** * * ** * *
64413 T-ATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAA
59 TCAT-AA-AACAAT-TATTTC-TATTCATACAAGC--TTA-TATGGAATAAAATAA-T-TCT-AA
* * * ** * * * **
64477 CTCATAAAAGTTTATT--TGAAA-TAA-AA-TAAAACTAATTTATTAATATTACAA-AAATTTAT
114 TTTAT-TAA---TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAC--ATTTA--AAAAATA-AATCTATTTAT
* * * * ** * ** * ** *
64536 --AA-GAGATTTAAAAAATAAT-TTTAATTACTGAACATGTTCAAATAATT-ATAA-CTATTTGA
170 CAAACAAG-TTCAAATAGTAATGACT-ATT--TGAACA-ATT-ATCTATTTCA-AATCGCTAT-A
* * ** **
64595 ACAATTATT-TATT-TCAAATAATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTC
227 AC-CTT-TTGTTTTGTC--ATAA--A--A-CAATTG--TT-TC-T-ATTC-A-TA---CAAGCT-
* * * * * *
64657 ATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTAC-A-AAAATTTATAAGTAAG
272 -T---A---T-TTGAAACTAAAAT-AATCTAATTTATTAATATT-CTAGACAATTAATAAGTAAA
*
64720 A-ATTTAAAAAATAATTCTATTTACTGAATC-AGTTC
327 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTC
* * * * * *
64755 AAATAATTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATTA-CTTTATGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TG-TTTGTCATA
* * * * * * * * *
64819 AAACAATTGGTTT-TGTTTATATAAGTTTGT-TCGAAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTT
64 AAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTC
* * * * * * * **
64881 AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTGATCAAACCATTTTAAATAGTTTTG
127 CAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATG
* ** *
64946 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTTGTCATCAAACAATTGGTT
192 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT
* * ** * * *
65010 T-TATTGATACTATTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA--T-TT-A-A---TA-AC------C
256 TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAAT
* * * *
65058 AAG--AAA-A-TTAAAAAATAAATCTAATT-GTCAATCCAGTTC
320 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTC
* * * * *
65097 AAATAATTAAGACTATAT-AAGCAATTATCAATTTCAAATCGTCATGACCTTTTTGTTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTG-TTTGTCAT
* * * * * *
65161 AAAACAATTAGTTTGT-TT-GTACAAGCTTAT-TCGGACTAAAATAATACAAATTTAATAATATT
63 AAAACAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATT
** * * * * * * * *
65223 TTAAAAATGAATAAGTAAGAGATTTTAAAAAACAAATTTGTTTATCGAACCAGTTCAAATGGTTA
126 CCAAAAATTAATAAGTAAGACA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TA
* * * * * * * * *
65288 A-AATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGCTTTGGCATAAAACATTTG
189 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * **
65352 TTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGGAA-TAAATTAATACTAATTTATTAACA-T-TA-A-AACA
254 TTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATT
* * *
65411 AATAAG-AAAGAGATTT-TAAAA-AAATCTATTTACTGAACAAATGC
317 AATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
* * * * * * *
65455 AAATAGTTATTACTATTTGAA-AATTGTCTATATAAAATTGTTTTGACATTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * *
65519 AAC-ATT-TTTTTAGTTAATACAAGCATATATGAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-T
65 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATATGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCC
* * * ** * * * * *
65580 ATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TGTTTA-CTGAATTAGGTGAAGTAATTA
128 A-AAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTAA
* * ** * * * *
65643 TGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACCATTGT
190 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
65708 TT-TTTATCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTGACAATTA
255 TTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTA
* * * * ** *
65770 ATAAGTAAGATATCTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACCGGTTT
318 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTC
* * * *
65815 GAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCATTATGATCCTTGT-TTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTGTCATA
* * * * * * * *
65877 TAACAATTGTTTCTGA-TCGTAGAAGCTTAT-T-CAGTTAAAAATAATGCTAATTTAATAATATT
64 AAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATATGGA-AT-AAAATAATTCTAATTTATTAATATT
** * * * *
65939 TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGA-TTGTCAAACCAA-TTCAAATATTT
126 CCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAA-CAAGTTCAAATA-GT
* * * * ** * * * *
66002 AA-AATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT--C-AT----TCTT-ACTAGTTATAAAATATTT
188 AATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * *
66058 GCTTC-ATATCATACAAAC-T-TTTCAAAATAAAATAATCCTAATATATTAACATTC-AGAAAAT
253 GTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAAT
** * * * * * * *
66119 TCGTAGGCAATAGATTTGAAAGAATAAA--TGTTTA-TCAAACAAGTTT
316 TAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTC
* * * * * * **
66165 AAATAGCTATAACTATTCGAACAATTA-CT-TATTAAAATCATTATGACCTTTTATTTAACATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTGTCATAA
* * * **** * *
66228 AACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAA
** * * * * ** * * * **
66293 AAATTAATAACCAATAGATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAATAAATTCAAATAGTTACAACT
130 AAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATGACT
* * * ** * * *
66358 ATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT-ATTAAAACAATTGTTTCA
195 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCT
* ** * *
66422 ATTCATACAAGCTTA-TTGAAAATGAAAA-AAAATAATTTATGAATATTCTA-AAAATTAATAAG
259 ATTCATACAAGCTTATTTGAAACT-AAAATAATCTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAATAAG
** * * * * * **
66484 TAAGTGAGTTAAAAAGTGAATATGTTTACTGAATTAGTTC
323 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTC
* * * * * * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * * **
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65 AACAA---TTATTTCTATTCATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATT
* * *
66652 TCAAAAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-C---C--G---AACTAGT--
126 CCAAAAATTAATAAGTAAG-ACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAA
* * * ** * * * * *
66705 T-CCTATCTGAATAATTA-CTTATTTCAAATCATTATAACCTTTCGTTCTATTATAAAATAATTG
190 TGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * *
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* * * *
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317 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTC
** * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTG-TTTGTCATA
* * * * * * *
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* * * ** * * *
67003 --AAA-TAATACA-T--G--ATTTAAAAAGTGAATCTACTTATCAAATGATTTCAAATAATTATG
128 AAAAATTAATA-AGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATG
* ** ** * * * * * *
67060 GCTATTACAATGATTATCTATTTTAAATTGTTATTAACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTT
192 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
67125 TTTGA-TCATTCAAGCTTA-TTCAGAA-TAAAATAATC-----------T-TTC-A-AAAATTAG
256 TCT-ATTCATACAAGCTTATTTGA-AACTAAAATAATCTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAA
* * *
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319 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTC
* * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT-TGTCATA
* * * * * *
67281 AAACAATTATTTCTATTCATATAAGCATAT-TCGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTC
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* * * * * * ** * *
67345 AAAAATTATTAACTAAGAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAGTTCAAATATTTAA-
128 AAAAATTAATAAGTAAGA-CATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATA-GTAAT
* * * * *
67409 GACTATATGAGCAATTATGTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-T
191 GACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * ** *
67472 ATTCAATTCATACTAGCTTATTT-AGAGTAAAATAAAGTGAATTTATTAATATT-TCA-AAAATT
255 -TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAATCT-AATTTATTAATATTCT-AGACAATT
* * * * *
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317 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTC
* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * * * * * * * * * * **
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* * * *
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* * * *
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194 TATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCT-TTTGTT-TTGTCATAAAACAATTGTT
*** * * *
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* * * * * ** * *
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* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
68189 TCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAACTAAT
256 TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAAT
* *
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320 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA-AGTTC
* * * * * *
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1 AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * * * **
68359 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGGTTTTTTGGATTAAAATAATAT-TATTTTATTAATATTTT
64 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATATGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCC
* ** * * * * * * * * *
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128 AAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATGA
** ** * * * * *
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193 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * ** * * * *
68552 TAGTTCAAATATGCTTATTTGAAAAAAAAAAAAACCAATTTATTAATATTCCTA-A-AATTAATG
258 TA-TTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAATCTAATTTATTAATATT-CTAGACAATTAATA
* * * * ** * * *
68615 AGTTAGAGAATTAAAAAATGAATCGGTTTA-TCAAACATGCTC
321 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTC
* * * *
68657 AAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACATTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * * * * *
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64 AAACAATT-ATTTCTATTCATACAAGCTTATATGGAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTC
* * * * * *
68784 TAAAAATTAATAAGTGAA-A-ATTTTAAAAATAAATGT-TTTCT-TAAC-A-TTCAAATAGTTAT
127 CAAAAATTAATAAGT-AAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAAT
* * *** * * * *
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191 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * ** * *
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256 TCTATTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTAAT
* * * * **
68970 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTTTTTGCCAAACCAA-TTC
320 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTC
** * * * * * *
69013 AAATAGTTAAAACTATTAGAAAAATTATCTATATCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAC
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-GTCATAA
* * * * * * * *
69078 AATAATTGTTTCAATACATACATGCTTAT-TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CA
65 AACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCA
** * * * * *
69141 AACAATTAATAAACAAGGA-ATTTTAAAAA-AAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATG
129 AA-AATTAATAAGTAA-GACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAATG
* * *** *
69204 ACTATTTGTACAATTATCTATTTAAAATAAATATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTTGT
192 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGT
** * * * *
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255 TTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCT-AGACAAT
* * * *
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* * * * * * *
69374 AAATAATT-TTAGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGAACATTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATA
* * * * *
69438 AAACAATTGTTTTTCA-TCATCCAAGGC-TAT-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
64 AAACAATTATTTCT-ATTCATACAA-GCTTATATGGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTC
* * * *
69500 CAAAAAATAATAAGT-AGAAGATTTAAAATAATAAATATATTTACCAAAC-----C--AT--T--
127 CAAAAATTAATAAGTAAG-ACATTTAAAA-AATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAA
* * *** * ** * *
69553 T-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTAATTATAACATTTCATTTTGTTATAAAATAATTGT
190 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * *
69617 TT-TACTTCATATAAGCTTATTTGGAA-TAAAACAATACTAATTTAATAATATTCCA-AAAATTA
255 TTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAACTAAAATAAT-CTAATTTATTAATATTCTAGACAATTA
* ** *
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* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * ** * * **
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65 AACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATAT-GGAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCC
* ** * * * * *
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128 AAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTAATG
* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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** * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
** * * * * *
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* * * * *
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126 CCAAAAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTAAT
* * * * * * * * * * **
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191 GACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * ** * *
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* * * * * ** * * ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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*
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * * * * * * *
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* * ** ** * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * **
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* * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTT-TGTTTGTCATA
* ** * * * ** * *
71560 AAATAATTGGTTCTATTCATGCGAGCTTATTTCAAAGAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTCC
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
* * * * ** * *
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71982 ATAAAATTAA
Statistics
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Consensus pattern (362 bp):
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* * * **
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* * ** * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
60981 CATAAAACAATTATTTATGTTCATACATGCTTA-TTCAGAATAAACTAATACTAA
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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126 CA-TAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
61218 TTTATTAATATTTTAAATATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAATC-AG
1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAG
* * * * * * *
61278 TTTAATTGGCTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAAAT-GTTATAA-CTATTTGTTTTGT
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** * * * * *
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** * * * *
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* * * * **
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* * * * * * ** * *
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* * * * * * * * *
61575 TTTATTAATATTCCCATAATTAATAAGTAAGACATTTAAAAATTGAATTTGTTTATCAAACAATT
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACAAG
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* * * *
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* * *
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* *
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*
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* * *
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* * ** ** * * *
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***
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* * * * * * * *
68047 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTTAGAGATTTAAAAAATGAACCTGTTTA-CAAAACAAA
1 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATC-GAACAAG
* * * * * * *
68111 TTTAAATAATCATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTAGTTTTGTCA
63 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
68176 TAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAA
128 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * *
68228 TTTATTAATATT-AAGACAACTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACACA
1 TTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAACA-A
* * * * ** *
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62 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
68355 CATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGGTTTTTTGGATTAAAATAATATTAT
126 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
** ** * * * *
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1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATAAATCTATTTATCGAACAAGT
* ** * * * * *
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64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * * *
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129 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** * * *
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1 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGT
* * *
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64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
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128 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AA
* * * * *
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1 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGT
* * ** * * *
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64 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
68895 AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTT-AGAGTAAAATATTGCTAA
129 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA
** * * * * ** *
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1 TTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAG
** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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1 TTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTA-AAAG-A-TTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACAA
* * *** *
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62 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTTTGTTTTGT
*** * *
69253 CATAAAA-AATTTGTTTC-AGTTCATA-ATAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTAC
126 CATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * *
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1 TTTATTAATA--TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-CA
* * * * * * *
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* * *
69432 GTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATCCAAGGC-TA-TTGGAATAAAATAATACTAA
124 GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * *
69487 TTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAGAAGATTTAAAATAATAAATATATTTA-C---C-A-
1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAA-AATAAATCTATTTATCGAACAAG
** * * ** * ** *
69546 ---AACCA-TT-T-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTAATTATAACATTTCATTTTGTTA
63 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
69605 TAAAATAATTGTTT-TACTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAACAATACTAA
128 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * ** *
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1 TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAAG
* * * * * * * *
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63 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA
* * **
69786 TAAAGCAATTGTTT-TAGTTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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* ** **
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1 TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATC-GAA-CAA
* * * * * *
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AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
Found at i:63660 original size:360 final size:364
Alignment explanation
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * *
63714 AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTGAAAAAATTAATCTA
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* * * * * *
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*
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* * * * *
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65 AAAATA
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (364 bp):
CTTATCGAAAATAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAGTTTAA
AAATATAAATGTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGATAAGAATATTAAAACAATTATCTATTTAA
AATCATTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATTCAAAAC
AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAGAAGATTTAAAAAACTAAACTAT
TTATTAAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAACTTAAAATCATTATGATCT
GTTGTTTTCTAATAAAATAATTGTTTTAGATAATAAAAG
Found at i:64817 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 64078--71981 Score: 4423
Period size: 181 Copynumber: 44.5 Consensus size: 180
64068 CTTTGAAATA
* * * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * * * * ** * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * ** * * *
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1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
64675 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATTACAAAAATTTATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATAATTCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * *
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131 TTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * *
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1 AAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
*
64853 AATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
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* * * * * ** *
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1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
**
65033 ATAAAATAATACTAA--T-TT-A-A--T-----A--ACCAAG-AA-A-A-TTAAAAAATAAATCT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
** * * * * * *
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130 GTTTACTGAA--CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC
* * ** *
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1 AAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * *
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64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAAT
* * ** * *
65260 TTGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATGGTTAAAATTATTAGAACAATTATCTATTTC
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* * * * * * * *
65314 AAATCGTTTTGACCTTTTGCTTTGGCATAAAACATTTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
65379 TAAATTAATACTAATTTATTAACA-TT-AAAACA--AATAAGAAAGAGATTT-TAAAA-AAATCT
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * *
65438 ATTTACTGAACAAATGCAAATAGTTATTACTATTTGAA-AATTGTCTATATA
130 GTTTACTGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
65489 AAATTGTTTTGACATTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTTTTTTAGTTAATACAAGCATATAT-GAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TCGAA
*
65552 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-ATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * * * * * *
65616 -TGTTTACTGAATTAGGTGAAGTAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTC
128 CTGTTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * *
65669 AAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACCATTGTTT-TTTATCATACAAGTTTATTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAA
** * * *
65733 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAGATATCTAAAAAATAAATCT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** *
65798 ATTTA-TCAAACCGGTTTGAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-
130 GTTTACT-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTC
* * * * * *
65849 AAATCATTATGATCC--TTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTCTGATCGTAGAAGCTTATTC-AG
1 AAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
* * * * *
65911 TTAAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATG
65 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * *
65976 TGATTGT-C-AAACCAATTCAAATATTTAAAATTATTAGAACAATTATCTATTTC
129 TG-TT-TACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
66029 AAATCATTCTTA-C--TAG---T-T-ATAAAATATTTGCTTCA-TATCATACAAACTT-TTCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAA
* * * ** * * * *
66084 ATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCAGAAAATTCGTAGGCAATAGATTTGAAAGAATAAA-
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * * * *
66147 -TGTTTA-TCAAACAAGTTTAAATAGCTATAACTATTCGAACAATTA-CT-TATTA
128 CTGTTTACT-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTC
* ** * * * *
66199 AAATCATTATGACCTTTT-ATTTAACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
** * * *
66263 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAATAGATTTAAAAAATAAATATA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
** * * ** * * *
66328 TTTTTTGAATAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTATATTTA
131 TTTACTGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
66379 AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT-ATTAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-GAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCG-A
* * * * * *
66442 AATGAAAA-AA-AATAATTTATGAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGTGAGTTAAAAAGTGAA
64 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * *
66504 TATGTTTACTGAATTAGTTCAGATAATTATGGCCATTTCAATAACTATCTATTTC
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** * * * * *** * *
66559 AAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTTTTTATTATACAAGCCTATTCGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGA
*
66624 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAAGATTTAAAAAATAAAT
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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** * * * ** ** *
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** * * * * ** * *
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* *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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*** * ** * * * * *
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** * * * * *
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*** * * * *
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* * * *
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* * **
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* *
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* *
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* * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * * *
69453 ATCATCCAAGGCTATTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAGA
66 ATCATACAAGGCTATTGGAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATAATAACTAGA
69518 AGATTTAAAATAATAAATATATTTACCAAACCATTTACT
131 AGATTTAAAA-AATAAATATATTTACCAAACCATTTACT
* * * *
69557 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAGTAATTAT-AACATTTCATTTTGTTATAAAATAATTGTTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAACATTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * *
69621 CTTCATATAA-GCTTATTTGGAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
65 CATCATACAAGGC-TA-TTGGAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATAATAACT
* *
69685 AGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
128 AGAAGATTTAAAAAATAAATATATTT
69711 GTCGAAGCAA
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169 69 0.52
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ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGAACATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAC
ATCATACAAGGCTATTGGAATAAAACAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATAATAACTAGA
AGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACCATTTACT
Found at i:70076 original size:168 final size:168
Alignment explanation
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Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
69767 ATGACCTTTT
* * * * *
69777 GTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAGTTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTG
1 GTTTGGTCATAAAGCAATTGTTTTAGATCAATCAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
** * * **
69842 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACTGAATCAATTCAA
66 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAATTCAA
69907 ATAATTATAGCCATGTCAATAGTTATCTATTTCAAATC
131 ATAATTATAGCCATGTCAATAGTTATCTATTTCAAATC
* *
69945 GTTTGGTCATATAA-CAATTGTTTTTGATCAATCAAGCATGTTCAAAATAAAATAATACTAATTT
1 GTTTGGTCATA-AAGCAATTGTTTTAGATCAATCAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
70009 ATTAGTCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGGTTTACCAAATTAGTTC
65 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAATCAATTC
*
70073 AAATAGTTAT
129 AAATAATTAT
70083 GACTATTTAA
Statistics
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GTTTGGTCATAAAGCAATTGTTTTAGATCAATCAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCAATTCAA
ATAATTATAGCCATGTCAATAGTTATCTATTTCAAATC
Found at i:71697 original size:18 final size:18
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Indices: 71671--71723 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 3.0 Consensus size: 18
71661 TTCTTAATAC
71671 ATTTAAATAGTTATGACT
1 ATTTAAATAGTTATGACT
* *
71689 ATTTCAATAATTAT--CT
1 ATTTAAATAGTTATGACT
*
71705 ATTTTAAATTGTTATGACT
1 A-TTTAAATAGTTATGACT
71724 TTTTGTTTTA
Statistics
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ATTTAAATAGTTATGACT
Found at i:71974 original size:360 final size:359
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Period size: 360 Copynumber: 2.5 Consensus size: 359
71090 ATATTAAGAT
*
71100 AATTAAAAAATAAATCTA-TTACTGAA-CAAGTTCAAA-ATCGTTATGACTATTTGAATAATTAT
1 AATTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAGCAAGTTCAAATA-C-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* ** *
71162 TTATTTCAACTTGTTATGA-CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
63 TTATTTCAAATCATTATGATC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * * *
71226 ATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGACAATTATTAAGTAAAAAATTTTAAAAG
127 ATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAA
* * *
71291 TAAGTATGTTTATCGAACAAGATCAAATAGTCATGAATATTTGAATAATTATCTATTTTGAATCA
189 TAAATATGTTTATCGAACAAGATCAAATAGTCATGAATATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCA
* * * *
71356 TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGGTTTAGCTCATATAAGCTTATTTGAAGTAACAT
254 TTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGGTTTAGCTCATACAAGCTTATTGGAAGTAAAAT
* * * * *
71421 AATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAACGAGTAAGAG
319 AATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAACAAGAAAAAG
* * * * * * * * * *
71462 AATTAAAAAA-AGAATTTGTTTACCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAGTTATCT
1 AATTAAAAAATA-AATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTT
* * * * *
71526 ATTTCAAAACATTATGATAC-TTTATTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTATTCATGCGAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGAT-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-
*
71590 TTCAAAGAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGT-AAAATTTAAAAAATA
128 TTCAAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATT-CAGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATA
* * * * * * **
71653 AATATGTTT-TCTTAATACA-TTTAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATCTATTTTAAATTG
191 AATATGTTTATC-GAACA-AGATCAAATAGTCATGAATATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCA
* * * * ** * *
71716 TTATGACTTTTTGTTTTATCATAAACCATTTCTTTTTA-TTCATACAAGTTTATTCGGAA-TAAA
254 TTATGACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATT-GGTTTAGCTCATACAAGCTTATT-GGAAGTAAA
** *
71779 ATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGAAAAAG
317 ATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAACAAGAAAAAG
** *
71822 GTTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTGAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
1 AATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
* * * * * *
71887 ATTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTATTTATAAAAGTTTATTC
66 TTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * *
71952 AAAATAAAATAGTGCTAATTTATTAATATT-ATAAAATTAAT
131 -AAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCAGAAAATTAAT
71993 GTGTTGGAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATTAAAAAATAAATCTATTTACCAAGCAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
TTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
AAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATAT
GTTTATCGAACAAGATCAAATAGTCATGAATATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAC
CTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGGTTTAGCTCATACAAGCTTATTGGAAGTAAAATAATACTA
ATTTATTAAAATTCCAAAAATTAACAAGAAAAAG
Found at i:72743 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 72505--73975 Score: 619
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 180
72495 ATTTTAAATT
* * * * * *
72505 GATAATTGTTCAAATATTCATATCTATGTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTCAAATC
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATTTTTT-AAATC
* * * * * *
72570 TCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGTTTGTATG
65 TCTTACCTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATG
* * * * * *
72635 AACTA-AAATACTTGTTTTATGACTAACAA-AA-GGTTAGAACGATTTGA-AGCA
130 AA-AAGAAATAATTGTTCTATGAC-AA-AATAACGATCAGAACAATTTGATA-CA
* * ** *
72686 GATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACACCTATATTTTTTAAATTT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATTTTTTAAATCT
* *
72751 TTTACCTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGA
66 CTTACCTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGA
** * *
72816 AAAGAAATAATTGTTCTATGACAAAATAACGATCATTATAATTTGATATA
131 AAAGAAATAATTGTTCTATGACAAAATAACGATCAGAACAATTTGATACA
* * * * *
72866 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGATAGACATATTTATTTTTTAAATCT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATTTTTTAAATCT
** * * * *
72931 C-T---TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATAATATTTTAATTCTAAATAA-TTCTTTAT
66 CTTACCTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA-TCTGAATAAGTT-TGTAT
* * * * * * * ** * *
72991 GAATAGAAACAATT-TTTTAATGCCAAAACGAATG-TCATAATGATTTGAAATA
129 GAAAAGAAATAATTGTTCT-ATGACAAAA-TAACGATCAGAACAATTTGATACA
* * * * * * * * ** * * *
73043 GATAACTATTCAAATGGACATGACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTCAAATCT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATTTTTTAAATCT
** * ** * * * * * **
73108 CTTACCTATTAATTTTCAGAATATTAATAAGTTAGCACTGTGTTATTCCGAATAAACTTGTATGA
66 CTTACCTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGA
* * * * * * * * * *
73173 ATAGAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATA
131 AAAGAAATAATTGTTCTATGACAAAA-TAACGATCAGAACAATTTGATACA
* * * * * * ** * *
73224 AATAATTGTTTAGATAGTCATAATTATTT-ATGCTTGCTT-GGTAAATAGAT-TATTTTTTAAAT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AC-TGGTTCGACAAACAAATATATTTTTTAAAT
* * * * * * * * * * **
73286 CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATATATTAGTTTTTTTTTTTATTTTCAATAAACTTGT
64 CTCTTACCTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTA--ATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGT
* * * * * * * ** * * *
73351 ATGAACAA-AAACAATTGGTT-AAAGACAAAATAAAAGGTCATAGCTTTTTAAAATA
127 ATGAA-AAGAAATAATT-GTTCTATGACAAAAT-AACGATCAGAACAATTTGATACA
* * *
73406 GATAATTTTTCAAATAGTCA-AACTA-TTGAA-TGTGTTCGTA-AAATAGAT-TAATTTTTTAAA
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTCG-ACAAACAAATAT-ATTTTTTAAA
* ** * * * ** *
73466 T-TTTTAGTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAAATAAGCTTGT
63 TCTCTTACCTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGT
* * * * * *** * *
73529 ATGAACAA-AAATAATTATTTTATGACAAAACAA-AATGTCATAATGTTTTGAAATA
127 ATGAA-AAGAAATAATTGTTCTATGACAAAATAACGA--TCAGAACAATTTGATACA
* ** **
73584 GATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAAT-TCATTTTTTAAATC
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATAT-ATTTTTTAAATC
* *** * * * * ** *
73648 TCTTA-CTCAATAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTTGAATAAGCCTATAT
65 TCTTACCT-ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTAT
** * * * ** * * * * * * *
73712 GAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAATAGGTCATAACGATTTGAAATA
129 GAAAAGAAATAATTGTTCTATGACAAAATAA-CGATCAGAACAATTTGATACA
* * * * * * * * * * *
73765 TATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTAGATAAACATATTTATTTTTAAAATCT
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATTTTTTAAATCT
* * * *** * * * ** *
73830 TTTACTTATTAATTGTCAAAATATGAAGAAACTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA
66 CTTACCTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGA
* * ** * *
73895 ACAA-AAACAATTGTT-TCATGACAAAACAAAAAATC--AACAATTTGAAATA
131 A-AAGAAATAATTGTTCT-ATGACAAAA-TAACGATCAGAACAATTTGATACA
* * *
73944 AATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTGAA
1 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
73976 TTTATTTCGT
Statistics
Matches: 1017, Mismatches: 227, Indels: 94
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 40 0.04
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179 58 0.06
180 290 0.29
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183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGACAAACAAATATATTTTTTAAATCT
CTTACCTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGA
AAAGAAATAATTGTTCTATGACAAAATAACGATCAGAACAATTTGATACA
Found at i:73531 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 72399--75481 Score: 1424
Period size: 360 Copynumber: 8.6 Consensus size: 356
72389 GATAGGCTAA
* ** * **
72399 TAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTATTATTATTTTATTTC-ATGTAAG-TTCTTATGAACTTAAA
1 TAATTTTT-AAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTT-GTATGAACAAAAA
* * ** * * *
72461 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAACG-TCA-AAAGAATTTTAAATTGATAATTGTTCAAATATTC
62 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
* * * * * * *
72524 ATATCTATGTGAACTTGTTCGATAAACAA-ATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
125 ATAACTATTTGATCTTATT-GGTAAA-AAGA-TTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTTT
* * * * * ** * * *
72588 TGAATGTTAATAAATTAG-TATTATTTTACTTTGAATAAGTTTGTATGAACTAAAATACTTGTTT
185 TAAATATTAATAAATTAGTTATTTTTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTG-TT
* * * * * ** * * * *
72652 TATGACT--AACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAGCAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTT
249 TATGA-TAAAATAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * *
72715 GAACTGGTTCG-ACAAACACCTATATTTTTTAAATTTTTTACCTAT
313 AAACTTGTTCGTA-AAATAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTAT
* * * ** * *
72760 TAATTTTTTGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGTTTGTATGAA-AAGAAAT
1 TAA-TTTTTAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAAC
* * * * * * * * *
72824 AATTGTTCTATGACAAAA-TAACGATCATTATAATTTGATATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
* * * * *
72888 ACTATTTGAACTGGT-TTGATAGACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAA
128 ACTATTTGATCT--TATTGGTAAAAAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAA
* * * * * * * * * *
72948 TATTAATAAATCAATAATATTTTAATTCTAAATAATTCTT-TATGAATAGAAACAATTTTTTAAT
189 TATTAATAAATTAGTTATTTTTTTATTTTAAATAA-ACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTT-AT
** ** * * * * * * * *
73012 GCCAAAA-CGAATGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGGACATGACTATTTGAA
252 GATAAAATAAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* * * * * *
73075 TTTGTTTGGT-AAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACCTAT
316 CTTG-TTCGTAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * * * * ** * * *
73117 TAATTTTCAGAATATTAATAAGTTAGCACTGTGTTATTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTTA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * *
73182 ATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAGATAGTCATA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
* * * *
73246 ATTATTT-ATGCTTGCTTGGTAAATAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
128 ACTATTTGAT-CTT-ATTGGTAAAAAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAAT
* * * * *
73310 ATTAATATATTAGTTTTTTTTTTTATTTTCAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAAAG
190 ATTAATAAATTAG-TTATTTTTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTTATG
* * * * * *
73375 ACAAAATAAAAGGTCATAGCTTTTTAAAATAGATAATTTTTCAAATAGTCA-AACTA-TTGAA-T
253 ATAAAATAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* *
73437 GTGTTCGTAAAATAGATTAATTTTTTAAATTTTTAGTTAT
318 -TGTTCGTAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* *
73477 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATA
1 TAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * *
73542 ATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
* * * * *
73606 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTCAAAA
128 ACTATTTGATCTTATT-GGTAAA-AAGATT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAA
** * * * * ** *
73670 TATTAATAAATTAG-TATTAGTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGTTTTATG
189 TATTAATAAATTAGTTATTTTTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTG-TTTATG
* * * * * * * *
73734 ATGAAACAATAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACT
253 ATAAAATAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
* *
73799 TGTTAGATAAACAT--ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
318 TGTTCG-TAAA-ATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
** * * * * *
73839 TAATTGTCAAAATATGAAGAAACTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
1 TAATT-TTTAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * **
73904 ATTGTTTCATGACAAAACAAAAAATCA-ACA--ATTTGAAATAAATAATTATCCAAATAGTCATA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
* * *
73966 ACTATTTGAAT-TTATTTCGTAAAAAGATT-TATTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCTAAA
128 ACTATTTG-ATCTTA-TTGGTAAAAAGATTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAA
* * ** * * * *
74029 TATTAATAAATTTG-CATTTTTGCATTTGAAATAAACTTGTATAAATAGAAAAAAATAT-TTTAT
189 TATTAATAAATTAGTTATTTTTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACA-AAAACAAT-TGTTTAT
* *
74092 GGTAAAATAAAA-G-CTTAG-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
252 GATAAAATAAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
* *
74154 CTTTTTCGGT-AAATAGATTTGTTTTTTAAA--TTT-CTTAT
316 CTTGTTC-GTAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* * *** * *
74192 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTTAATAAGTTTGTATGAATAAAAACA
1 TAATTTTTA-AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * *
74257 ATTTTTTTATGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTTATAA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAA
* * ** * *
74322 CTATTTG----TACTGGT--CAAG---------CCAA-C----AGTT-TTATTTTTTAAATCCA-
129 CTATTTGATCTTATTGGTAAAAAGATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAT--AT
* ** * * *
74365 TAATAAATTAG-CATTATTTTTATTCCAAATAAGA-TAGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATG
192 TAATAAATTAGTTATT-TTTTTATTTTAAATAA-ACTTGTATGAACA-AAAACAATT-GTTTATG
* * * * * * * * * * * *
74428 ACAAAACAAATGATCATA-ATGATTTGAAATAAATAATTGTTTACATAGTTATAAATAATTGAAC
253 ATAAAATAAAAGGTCATAGCT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC
* * *
74492 TAGTTTAGT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
317 TTG-TTCGTAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * * * *
74533 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATCTTATTTC-AAACAATCTTATATGAATAAAAAC
1 TAATTTT-TAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * ** * * *
74597 ATTTGTTTTATGACAAAA-AAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
63 AATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCAT
* * ** *
74661 AATTATTTGA----ATTGGTTCAACAAATAGAATTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTGATTTTT
127 AACTATTTGATCTTATTGG-T--A-AAA-AG-ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* *
74722 GAAATATTAAT--ATT--TT-TTTATTTTATTTTGAAT-AACTTAGTAAGAACTGAAAAA-AATT
186 -AAATATTAATAAATTAGTTATTT-TTTTATTTTAAATAAACTT-GTATGAAC--AAAAACAATT
* ** * *** * * * * * *
74780 ATTTTACAACAAAATAGAAA-GTCATAAAGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAACT
246 -GTTTATGATAAAATA-AAAGGTCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * * *
74844 ATTTGAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
309 ATTTAAACTTGTTCGTAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
** * * *** * *
74893 TAATTTCCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGGACAAAAATA
1 TAATTT-TTAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAA-A
* * * * * * ** *
74958 TAATTGTTTTATGATAAAACAAAATG-TTATAA-CAGTTTGAAATATATAATTGTGCAAATAGTA
62 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
* ** * * **
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125 ATAACTATTTGATCTTATT-GGTAAA-AAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-
* * ** ** *
75085 AAATATTAATAAATTAG-TA-TTATTTATTTTGAATAGCCTTGTATGATGAAAAACAATTATTTT
186 AAATATTAATAAATTAGTTATTTTTTTATTTTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATT-GTTT
* * * * * ** ** * * * *
75148 ATTACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATGGATAATTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGA
250 ATGATAAAATAAAAGGTCATAGCTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAA
** * * * *
75213 ACTAATTCAATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAT
315 ACTTGTTC-GTAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * **** * *** *
75256 CAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTATGAATTGAAATA
1 TAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* ** * * * * * *
75321 ATTATTTTATGATGAAATAACAAG-TTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
* * * ** * * *
75385 ACTATTTGAACTTGTTCGG-ATACTGATTTATTTTTTTAAT-TTCTTCCTTATTAATTTTTTGAA
128 ACTATTTGATCTTATT-GGTAAAAAGA-TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTTTTAAA
* * * *
75448 TGTTAATAAATTAG-TATTATCTTATTTCAAATAA
189 TATTAATAAATTAGTTATTTTTTTATTTTAAATAA
75482 GCATTTATGA
Statistics
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Found at i:73649 original size:541 final size:537
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72389 GATAGGCTAA
* ** * **
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* * * * * * *
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* * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* ** ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * *
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* * * *
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130 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATTTTCAGAAT
* * *
73671 ATTAATAAATTAGTATTA-GTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATACAATTGTTTTATG
194 ATTAATAAATTAGTATTATG-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * *
73734 ATGAAACAATAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACT
258 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-TAATAGTCATAACTATTT-AACT
* * * * * * * *
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* * * * * *
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385 ATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAATAAAAGAT
* * * * *
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73992 ATTTA-TTTTTAAATATTTTACTTAT
513 ATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* ** * * * *
74017 TAATTGTCT-AAATATTAATAAATTTGCA-TTT-TTGCATTTGAAATAAACTTGTATAAATAGAA
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
74202 AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTTAATAAGTTTGTATGAA-TAAAAACAATTTTTTTA
191 AATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
74266 TGATAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTTATAACTATTTGTA
256 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTT-AATAGTCATAACTATTT-AA
* ** * **
74331 C-TG---G-TCAAGC-CAACA-GTTTT--A--TTTT--TTA--AA----T---CCA-TAATAAAT
319 CTTGTTAGAT-AAACACATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
** * * * * * ** *
74373 TAGCATTATTTTTATTCCAAATAAGATAGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGACAA-AACAA
383 TAATATTA-TTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAAC-A--A--TT-GGTTAATGACAA
* * * * * * * * * *
74437 ATGATCATA-ATGA-----TTTGAAATAAATAATTGTTTACATAGTTATAAATAATTGAACTAGT
439 A--ATAAAAGATCATACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-T-GT
* *
74496 -TTAGT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
500 GTTCGTAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
** * * * * * * *
74533 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATCTTATTTCAAACAATCTTATATGAATAAAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * ** *
74598 TTTGTTTTATGACAAAA-AAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
65 ATTATTTTATGACAAAACAA-AATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* *** * * * * * *
74662 ATTATTTGAA-TTGGTTCAACAAATAGAA-TTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTGATTTT-TGA
129 ACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAG-
* * * * * *
74724 AATATTAAT--ATT-TTTTTATTTTATTTTGAATAA-CTTAGTAAGAACT-GAAAAAAATTATTT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTT-GTATGAACTAG-AAACAATTGTTT
** * * * * * * * *
74784 TACAACAAAATAGAAAG-TCATAAAGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAACTATTT
254 TATGACAAAACA-AAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTA-ATAGTCATAACTATTT
* * ** * * * ** * *
74848 GAACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCCAAAATATTATTA
317 -AACTTGTTAGATAAACACA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * * * * * * *
74913 CATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGGACAAAAATATAATTGTTTTATGATAAAAC
380 AATTAATATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAAC-AAAA-ACAATTGGTTAATGACAAAAT
* * * * *
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442 AAAA-GATCAT-ACTA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTT
* **
75040 CGATAAACA-A-ATTTATTTTTTAGATCTCCTACTTAT
503 CG-TAAA-ATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* ** **
75076 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTATTTTGAAT-AGCCTTGTATGATGAAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAG-CTTGTATGAACAAAAA
* * * * ** * *
75138 CAATTATTTTATTACAAAATAAAA-GTTCATAACGATTTGAAATGGATAATTGGTCAAATGGCCA
63 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** ** ** * * * *
75202 TAATTATTTGAACTAATTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTT-TGA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAG-
* * * * * * *
75266 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTG-ATAAGCTTTTATGAA-TTGAAATAATTATTTT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATGTTA-TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTT
** * * * * * * *
75329 ATGATGAAATAACAAG-TTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTG
255 ATGACAAAACAA-AAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTT-AATAGTCATAACTATTT-
* ** * * * *
75393 AACTTGTTCGGAT--ACTGATTTATTTTTTTAAT-TTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAAT
317 AACTTGTT-AGATAAACACA-TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * *** ** * *
75455 AAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATGGAAACAATTATTTTATGACTAAGC
379 AAATTAATATTATTTTATTTC-AATAAGC-TTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGAC-AA-A
* * * * * * *
75519 A-AAAAGGTCAAAATGATTTG--A-A-AT--TTGTTC-AGTA--AAT-A-GATTT--AT-T-TT-
440 ATAAAAGATCATACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTC
* *** * *
75567 TTAAAATCTCTTT-CTTATT-AA---TT--TTAT
504 GTAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* * * * * * **
75594 GAA-TGTT--AATA--AATTAGTATTAATTTA--TTCTT--AATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TTATTTTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * * * * *
75650 ATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAA
65 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** ** * * * *
75715 CCAATTGAACTAATTCAATAAAAAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAAT
130 CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAG-AAT
* * * ** * ** * *
75779 ATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATACAAAC--CAAACAATT-TCTTTACG
194 ATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGT-TTTATG
* * * * *** * * * *
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258 ACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTA-ATAGTCATAACTATTT-AACT
* * * ** * * ** * *
75906 GGTTTGACAATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATT-ATGTTTTGGAATATTATTAAAT
321 TGTTAGATAAACACA-TTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAAT-TTTTAGAATATTAATAAAT
* ** * * ** *
75969 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTAT-AA-ATAGAACAAATTATTTGATGACAAAATAAA
383 TAATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAAC-AATTGGTTAATGACAAAATAAA
** * * * * *
76032 ATTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTAAAACTATTTGAAATG-GTTCGATA
445 AGATCATACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATGTGTTCG-TA
* * *
76096 AACAT--ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAAT
507 AA-ATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * * * * *
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* ** * * * * *
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128 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAG
* * *** * * *
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* * * * * * * ** *
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* * ** * ** * * * * ** *
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* ** * * ** *
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** * * * * * * *** ***
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* *
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* * * * * *
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362 AT-TTTTA-GAATAT------TA--A-TAAATTAATATTATTTTAT-TTC-AATAAGCTTGTATG
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77157 AATCAGAAACAATTGTTTTATAAGAAAA-CAAATATCATAACAATTT-AAGATTGATATTTGTTT
414 AA-CAAAAACAATTGGTTAATGACAAAATAAAAGATCAT-ACTATTTGAA-ATAGATAATTATTC
* * * * *
77220 AAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTC-AAAAAGCAGCTTTAGTTTTTAAATCTTTTACTTAT
476 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCGTAAAA-TAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * * * *
77283 TAA-TTTTGAAATATTAATAAA-GTA--GTA---T-TTCGAAA-GAG-TTTTATGAACTAAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * * *
77338 ATTGTTTTATGTCAAAACGAAAA-GTCATAATGACTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-A
65 ATTATTTTATGACAAAAC-AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * * ** **
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* * * *
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191 AATATTAATAAATTAGTATT-ATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTT
* * *** * * * * *
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255 ATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-TAATAGTCATAACTATTT-A
** * * * * *
77588 A-TTGGTCCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTGATTAATTTTTGGAATATTATTA
318 ACTT-GTTAGATAAACACA-TTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * * * * *
77651 AATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAACTTATATGGAA-AGAAATAATTGTTTTATGACAAAAT-
380 AATTAATATTATTTT-ATTTCAATAAGCTTGTAT-GAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAATA
* * * * * *
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* * * * *
77776 ATAAACAGATATAGTATTTAAA--TCT-CTTAT
506 A-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
** * * ** ** * *
77806 TAATTTTCAAAATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAAT
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * ** * * * * *
77870 AATTTTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGACATG
64 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * * *
77934 ATTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAGTTTTTAGAAT
129 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAGAAT
* * * * *
77999 TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGA
194 ATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
78063 TAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTTAAACAATCATAAGTATTTGAACTT
259 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTT-AATAGTCATAACTATTT-AACTT
* * * *
78128 GCTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
322 G-TTAGATAAACACA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
78192 GTATTATTTTATTTTAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAATG-
385 ATATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAATAAAA-GA
* * * *
78256 TCATAACTATTTG-AA-CG-----TGTTCAAA-A--AAT-A-GATTT--AT-T-TT--T--AA-A
448 TCAT-ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCGTAAAATA
* **
78300 -ATTT-TTTCTTAGTAATTTTTGAAATAT
512 GATTTATTTTTTA--AATTTTT-ACTTAT
** **
78327 TAA----T-AAAT-TT-AT--A-TTATTTTA---T-TTGGAATAAGCTTGTATGAACAAAATTAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * *
78378 TTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAC
66 TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * *
78443 TATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTA-CTCAATAATTTTCAAAATA
131 TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCT-ATTAATTTTCAGAATA
* * * ** * *
78507 TTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAA-CCTACATGAA-TTGATACAATTGTTTTAT-AC
195 TTAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
78569 GAAACAAACAG-TCATAACGATTTAAAAT-AATAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTT
260 AAAACAAA-AGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-TAATAGTCATAACTATTT-AACTT
* * * * *
78632 GCTT-GGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATT
322 G-TTAGATAAACACA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT
* * * * * * ** * *
78695 AATAATATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCTAAACA-AAAA
384 AATATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGAC-AAA-ATAAAA
* * * * *
78759 G-TCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATATGAACT-TGTTC-AA
446 GATCAT-ACTA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA-TGTGTTCGTA
*
78819 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
507 -AAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * *
78852 TAATTATTT-TAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTATGAATAGAAAA
1 TAATT-TTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAA
** * * *** * * *
78916 -TTTTATTTTATAACAAAA-AAAAGGAT-ATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCA
63 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * **
78978 TAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAAA-TTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGA
127 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAGA
* * * * * * * * *
79042 ATATTAATAAATTGGTCTTATTTTA-TTTCAACAAACTTATATGAACT-GAAACAATTCTTTAAT
192 ATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTAT
* * * ** * * * * *
79105 GATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGATAATTATTCATATAGCCATGACTAATTGATC
257 GACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTA-ATAGTCATAACT-ATTTAAC
* * * * * * * *** *
79170 TAGTTTGGTAAATATATT-TATTTTAAAATTTTTTTACTTATTAATTGCAAAAATATTAATAAAT
320 TTGTTAGATAAACACATTAT-TTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * * ** * * * * * * *
79234 TAGTATTATTTGAATTGAATAAGCTTGTATGAATAGCATCAATTGTTTTATAATAAAACAAAAAA
383 TAATATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAATAAAAGA
* * * * * *
79299 TCATAACAATTTGAAATAAATAATT-TGTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTG-GTTTG-ATAA
448 TCAT-ACTATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCGTA-AA
*
79361 ATAGATTTATATTTTAAA-TTTT--TTAT
509 ATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* ** * * ** * * *
79387 TAGTTTTTGAAATATTAATTGA-TTAGTTTTATCTTATTTCGACCAAACTTATATAAACAAAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
79451 ATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATA
64 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
79516 ATTATTT--ACATTGGTTAGGTAAATAGAATTT-TTTTTTAAAATCTCTTA-ATCATTAATTTT-
129 ACTATTTGAAC-TT-GTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACCT-ATTAATTTTC
* * * *** * * ***
79576 TGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA-TTGAAATTTTTGT
189 AG-AATATTAATAAATT-AGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGT
* * * * * * * *
79639 TCTATGAC-AAACAAAAGATCATAATGTTTTAAAATAGATAACTATTATTATAGTC-TAAAATAT
252 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-TAATAGTCAT-AACTAT
* * * ** * ** * **
79702 TTGAA-TTGGTTCA-ACAAACA-A--ATTTATTAGAT-TAGTA-TTATTTTATTTTGGGTGAGCT
315 TT-AACTT-GTT-AGATAAACACATTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TTAATTTTTAG-AATAT
* * * * * * *
79760 TGTATGAA-TAGAAATAATTGT-TTT--AT--G---ATA-GAAC---AA-AA--GGTT-ATAAC-
375 T-AATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACA
* ** * * * * *
79807 AATTTGAAGTATGCA-ACTGTTT-AAATAGTCATAACTATTTGAATTGGT--TCAA-TA----AA
438 AAATAAAAG-AT-CATACTATTTGAAATAG--ATAATTA-TTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA
** * ** *
79863 ------C---AAATTTATTT-TTTTTAAATCTCTTACTTAT
497 TGTGTTCGTAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* * * * * * **
79894 TAATTTTTGATAA-ATTAA-AAAATTAGTATCATTTTATTCCGAGTAAGCTTGAATGATTAAAAA
1 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * * * *
79957 CATTTGTTATATGACCATACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCAT
63 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
80022 AATTATTTGAAAC--GATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTA-C---TAATTTT-TG
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* * **
80080 AAGTATTAATAAATTTGTATCAT-TT-TTTT-AATATA-CTTGTATGAACT-GAAATGATTGTTT
191 AA-TATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTT
* * ** * * * * * * * *
80140 TATGGA-AAAACAAAAGGTCGTAATAATATGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTTAAAACTGTTT
254 TAT-GACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTA-ATAGTCATAACTATTT
* * * * *
80204 GAAC-TGTTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAAAATTAT
317 -AACTTG-TT-AGATAAACACA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * *** ** * * * * *
80267 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTATTTTATAATAGAAC
378 TAAATTAATATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAAT
* * * * *
80332 AAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAATAAG--AT--C-----G---G-GTTCA
442 AAAAGATCAT-ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGTCATAACTATTTGAATGTGTTC-
**
80384 GT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAT
504 GTAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTAT
* * *
80418 TAATTTTTGACATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGA-AAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAA
* * *
80481 ACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGCC
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* * * * * * * * *
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126 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCA
* * ** * * ** *
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190 GAATATTAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * * *
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255 ATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-TAATAGTCATAACTATTT-A
* * * *
80733 ATTTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAATATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAAT
318 ACTTG-TTAGATAAACACA-TTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAAT
* ** * * * * *
80796 AAATTATTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATC-GAAACGATTGTTTTATGACAAAA-
379 AAATTAATATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGGTTAATGACAAAAT
* * * * * *
80859 CAAAGATCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTATACATATAGTCATAACTATTTGAGCT-TGTTC
442 AAAAGATCAT-ACTATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATGTGTTC
* * * *
80922 GAAAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAT
504 GTAAAATAGATTTATTTTTT-AAAT-TTTTACTTAT
* ** ** ** **
80958 TAATTTTTCAAATATTAATTTA-TTAGGATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAA
* * * * * ** * **
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* * * * * *
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128 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAGAA
* * *** *
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* * * * * *
81211 ATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGA
255 ATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-TAATAGTCATAACTATT-TA
* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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**
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506 AAA-ATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
* * * * * * * ***
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA-TGAACAAAAA
* * ** * ** * * * * *
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* * * * *** **
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* * * *
81687 ATGTTATTAAATTAGTATTAAT-TTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACT-TAAACAATTGTTTTA
192 ATATTAATAAATTAGTATT-ATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * ** *
81750 TGACTAAACAAAATG-TCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAATTTTAACCGTA-TA
256 TGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATT-TAATAGTCATAA-C-TATTT
* * * * * * * *
81813 AACTAGTTTGTTAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTA
317 AACTTGTTAGATAAACACA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATA
** * * * * * * * * *
81877 AATTTGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTAGTACGAACAAAAAAAATT-ATTGTATAACAAAACA
380 AATTAATATTATTTT-ATTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTT-AATGACAAAATA
* * * * * * * ** *
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443 AAAGATCAT-ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCGT
* ** **
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506 AA-AA-TAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTAT
* * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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316 T-AACTTGTTAGATA-A-ACACATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * * * * * * * * ** *
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* * * * * *
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* *
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* ** * * * * *
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1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * * *
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82705 AACTATTTGAACT
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Statistics
Matches: 7394, Mismatches: 1675, Indels: 1423
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570 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
TTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAATAGTCATAACTATTTAACTTGTTA
GATAAACACATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATTTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTAATGACAAAATAAAAGATCATACTA
TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTCGTAAAATAGATTTATTT
TTTAAATTTTTACTTAT
Found at i:74514 original size:160 final size:158
Alignment explanation
Indices: 74207--74522 Score: 407
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 158
74197 TTTAGAATAT
*** * * * *
74207 TAATAAATTAGAATTATGTTATTTTTAATAAGTTTGTATGAATAAAAACAATTTTTTTATGATAA
1 TAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGATAGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * *
74272 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTTATAACTATTTGTACTGGTC
66 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTTATAAATAATTGAACTAGTC
* *
74337 AAGCCAACAGTTTTATTTTTTAAATCCA
131 AAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCCA
* *
74365 TAATAAATTAGCATTATTTTTATTCCAAATAAGATAGTATGAATAGAAAACAATTATTTTATGAC
1 TAATAAATTAGAATTA-TGTTATTCCAAATAAGATAGTATGAATA-AAAACAATTATTTTATGAC
* * * *
74430 AAAACAAATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTACATAGTTATAAATAATTGAACTAG
64 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTTATAAATAATTGAACTAG
** * *
74495 TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
129 TCAAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATC
74523 TCTTACTTAT
Statistics
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0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
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159 22 0.17
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ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (158 bp):
TAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGATAGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAACAGTTATAAATAATTGAACTAGTC
AAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCCA
Found at i:75263 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 74365--75513 Score: 991
Period size: 181 Copynumber: 6.4 Consensus size: 182
74355 TTTAAATCCA
* *** *
74365 TAATAAATTAGCATTATTTTTATTCCAAATAAG-ATAGTATGAAT-AGAAAACAATTATTTTATG
1 TAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAATGA-AAAACAATTATTTTATG
* * * * * * * * * *
74428 ACAAAACAAATGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTACATAGTTATAAATAATTGAACT
63 ACAAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * **
74493 AGTTTAGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAT
128 AGTTCAATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** * * * *
74548 TAATAAATTAATATTATCTTATTTCAAACAATCTTATATGAAT-AAAAACATTTGTTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATGAAAAACAATTATTTTATGACA
* * * * *
74612 AAA-AAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGG
66 AAATAA-AAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * * *
74676 TTCAACAAA-TAGAATTAATTTTTAAATCTCCTACTTATTGATTTTTGAAATAT
130 TTCAATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * **
74729 TAAT--ATT-TTTTTATTTTATTTTGAATAA-CTTAGTAAGAACTGAAAAA-AATTATTTTACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAA-TGAAAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
74789 CAAAATAGAAAG-TCATAAAGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACT
64 CAAAATA-AAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*** ** * ***
74853 AGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTCCAAAATAT
128 AGTTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** * * *
74908 TATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGGACAAAAATATAATTGTTTTATGAT
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATGAAAA-ACAATTATTTTATGAC
* * * *
74973 AAAACAAAATGTT-ATAAC-AGTTTGAAATATATAATTGTGCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
65 AAAATAAAA-GTTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * ** * *
75036 GGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATAT
128 AGTTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* *
75091 TAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAAT-AGCCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATTAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTATATGAATGAAAAACAATTATTTTATGAC
* * * * * *
75153 AAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATGGATAATTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAA
65 AAAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* *
75218 TTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATAT
130 TTCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
75271 TAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTG-ATAAGCTTTTATGAATTG--AAATAATTATTTTATGA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTGAATAAGCTTATATGAA-TGAAAAACAATTATTTTATGA
** * * * *
75333 TGAAATAACAAGTT-ATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACT
64 CAAAATAA-AAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *
75397 TGTTCGGAT--ACTGATTTATTTTTTTAATTTCTTCCTTATTAATTTTTTG-AATGT
128 AGTTC-AATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATAT
* ** *
75451 TAATAAATTAGTATTATCTTATTTCAAATAAGCATT-TATGAATG-GAAACAATTATTTTATGAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TTATATGAATGAAAAACAATTATTTTATGAC
75514 TAAGCAAAAA
Statistics
Matches: 782, Mismatches: 153, Indels: 65
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 4 0.01
178 20 0.03
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181 217 0.28
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATGAAAAACAATTATTTTATGACA
AAATAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
TCAATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
Found at i:75562 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 75409--75690 Score: 421
Period size: 149 Copynumber: 1.9 Consensus size: 148
75399 TTCGGATACT
* * *
75409 GATTTATTTTTT-TAATTTCTTCCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATT-ATCTTA
1 GATTTATTTTTTAAAATCTCTTCCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAAT-TTA
*
75472 TT-TCAAATAAGCATT-TATGAA-TGGAAACAATTATTTTATGACTAAGCAAAAAGGTCAAAATG
65 TTCT-AAATAAGC-TTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCAAAATG
75534 ATTTGAAATTTGTTCAGTAAATA
126 ATTTGAAATTTGTTCAGTAAATA
*
75557 GATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 GATTTATTTTTTAAAATCTCTTCCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
* *
75622 TCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
66 TCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
75687 AAAT
131 AAAT
75691 AGATAATTGT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 7, Indels: 10
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
148 37 0.30
149 81 0.66
150 4 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (148 bp):
GATTTATTTTTTAAAATCTCTTCCTTATTAATTTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
TCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
AAATTTGTTCAGTAAATA
Found at i:75790 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 75558--76682 Score: 877
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 179
75548 CAGTAAATAG
* * * *
75558 ATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTATG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
75622 TCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTG
64 T-TAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * **
75687 AAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCAATTGAACTAATTCAATAAAAAA
128 AAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAAAAA
* * *
75740 ATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * * * *
75805 AGAATAAGCTTATACAAAC-CAAACAATT-TCTTTACGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGA
66 A-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGA
** * * ** * ** *
75868 AATAGATAACCGTTCATAGAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTTGACAATTAG
129 AATAGATAATTGTTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAAAAA
* * ** *
75920 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATT-ATGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
** * * * * * ** * *
75984 TCAAATAAAATAGTAT-AAAT-AGAACAAATTATTTGATGACAAAATAAAATTTTATAATGATTT
65 T-AAATAAGCTTGTATGAACTGA-AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTT
* * * * * * *
76047 GAAATAGATAATTATTTAAATAGT-TAAAACTATTTGAAATGGTTCGATAAACAT
127 GAAATAGATAATT-GTTCAATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAATAAAAAA
* * * *
76101 ATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
76165 TCAAACAAACTTATATTAAC-AAAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTG
65 T-AAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * *
76229 AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAACTGATTCAATAAATAGA
128 AAATAGATAATTGTTC-AATAGTCT-TAACTATTTGAACTGGTTCAATAAA-AAA
* * * *
76283 A-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATT-TATAAATTAGTTTTATTCTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT-TAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
76346 CCAAAT-AGCCTTGTATGAGCTTAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCACAACAATTTG
65 -TAAATAAG-CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * * * ** * *
76410 AAATAAATAATTGTTCATATAATTTTAACTGTTGGAACT-GTT-AGGCAAACAG
128 AAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCA-ATAAAAAA
* * * *
76462 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-TTTA-TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-T
* * *
76525 TTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTAATTTG
64 TTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
* * * * *
76589 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGACCTAGTACAGTAAACAAA
128 AAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAA-AAA
* * * *
76643 TTTTTTTTTTTAAAAT-TCTTA-TTAATAATGATTTGAAATA
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTGAAATA
76683 GATAGTTGTT
Statistics
Matches: 741, Mismatches: 161, Indels: 82
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 6 0.01
179 111 0.15
180 184 0.25
181 402 0.54
182 34 0.05
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
AAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAAAAA
Found at i:76069 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 76037--76069 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
76027 ATAAAATTTT
76037 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
76054 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
76070 TTAAAACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:76655 original size:542 final size:543
Alignment explanation
Indices: 75525--76656 Score: 1216
Period size: 542 Copynumber: 2.1 Consensus size: 543
75515 AAGCAAAAAG
* * * * * * * *
75525 GTCAAAA-TGATTTGAAATTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAAT
1 GTCAAAACT-ATTTGAAA-TAGTACAGTAAACAAATTTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAT
* * * * * *
75589 TTTATGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTG
64 TTTATGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAACAAACTTATATGAACTAAAACAATTG
* * ** *
75654 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCAA
129 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACCAA
* * *
75719 TTGAACTAATTCAATAAAAAAATTTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAT
194 TTGAACTAATTCAATAAAAAAATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAT
* *
75784 TAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTATACAAACCAAACAATTTCTTTACGACAAAAGA
259 TAAATTAGTATTATTCTAATCAGAATAAGCTTATACAAACCAAACAATTTCTTTACGACAAAACA
* ** * * * * *
75849 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACCGTTCATAGAGTCTTAAGTATTTGAACTGGTTTGAC
324 AAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAACCGTTCATAGAATCTTAACTATTGGAACTGGTTAGAC
** * * * ** *
75914 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTATGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATT
389 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATGTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATT
* ** *
75979 TTATTTCAAATAAAATAGTATAAATAGAACAAATTATTTGATGACAAAATAAAATTTTATAATGA
454 TTATTTCAAATAAAATAGTATAAATAGAACAAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATAA
*
76044 TTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
519 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * **
76069 GTTAAAACTATTTGAAATGGTTC-GATAAACATA-TTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATT
1 GTCAAAACTATTTGAAATAGTACAG-TAAACAAATTTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATT
* * *
76132 TTCT-AGATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAACAAACTTATATTAAC-AAAAGCAAT
65 TTATGA-ATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCT-AAACAAACTTATATGAACTAAAA-CAAT
76194 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAA
127 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAA
** * * *
76257 TTATTTGAACTGATTCAATAAATAGAA-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAAT
190 CCAATTGAACTAATTCAATAAA-AAAATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAAT
* * * ** * * *
76321 ATT-TATAAATTAGTTTTATTCTATTCCA-AAT-AGCCTTGTATGAGCTTAAATAATTGT-TTTA
254 ATTAT-TAAATTAGTATTATTCTAAT-CAGAATAAG-CTTATACAAAC-CAAACAATT-TCTTTA
* * ** * * *
76382 TGATAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAATTTTAACTGTTGGAA
314 CGACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAAATAACCGTTCATAGAATCTTAACTATTGGAA
* *
76447 CT-GTTAGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTTTTAT-TTTCAGAATATTACTAAAT
379 CTGGTTAGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATGTTTCAGAATATTACTAAAT
** ** * * * *
76510 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
444 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATAAATAGAACA-AATTATTTGATGACAAAACAAAA
* *
76574 GGTTATAGTAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
508 GGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* **
76610 GTCATAACTATTTGACCTAGTACAGTAAACAAATTTTTTTTTTTAAA
1 GTCAAAACTATTTGAAATAGTACAGTAAACAAATTTTTTTTTTTAAA
76657 ATTCTTATTA
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 91, Indels: 34
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
540 1 0.00
541 134 0.28
542 251 0.52
543 79 0.16
544 15 0.03
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (543 bp):
GTCAAAACTATTTGAAATAGTACAGTAAACAAATTTTTTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT
TATGAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAACAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAAGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACCAATT
GAACTAATTCAATAAAAAAATTTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTATTA
AATTAGTATTATTCTAATCAGAATAAGCTTATACAAACCAAACAATTTCTTTACGACAAAACAAA
AGGTCACAACAATTTGAAATAAATAACCGTTCATAGAATCTTAACTATTGGAACTGGTTAGACAA
ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATGTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTT
ATTTCAAATAAAATAGTATAAATAGAACAAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATAATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATA
Found at i:77661 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 76719--78270 Score: 1093
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 180
76709 TTTGAACTGC
* * *** * *
76719 TTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAACTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTT-TCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * *** * *
76784 GGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTTAAG
65 GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * *
76849 TTGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAA
130 TAGATAATTGTT-ATAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAACAGA
* * * ** **
76900 TTTATTTTTTCAAACCTCTTACTTATTATTTTTTCAAATGGTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
1 TTTATTTTTT-AAATCTCTTTC-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
76964 TCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGA
64 T-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * ** **
77029 AATAAATAATTATTCTAATAGTC-TCAACTATTTTAACTAGTTTGGCAAACACT
128 AATAGATAATTGTTATAATAGTCAT-AACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGA
* *
77082 TTTCTTTTTTAAATCTC--T-TATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCT
* * * * * *
77143 AAATGAGCTTATAT-AATCAGAAACAATTGTTTTATAAGAAAACAAATA--TCATAACAATTT-A
65 GAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGA
* * * * *
77204 AGATTGATATTTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-AAAAAGCAGC
128 A-ATAGATAATTGTTAT-AATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAA-CAGA
* * *
77258 TTTAGTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAAT-AA--AGTAGTA---T-TTC
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTT-C-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** * *
77314 -GAA-AGAG-TTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTCAAAACGAAAA-GTCATAATGACTTC
64 TGAATA-AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTG
* *
77375 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCA-AATCTATTT--A--AGTTCCATAAATAGA
127 AAATAGATAATTGTT-ATAATAGTCATAA-CTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGA
* * ** * * *
77425 TTTATTTTTTTAAATCACTTGCTCACGAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTC
1 TTTA-TTTTTTAAATCTCTTTCT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ***
77490 TGAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTGGAACAATTTGAA
64 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * *
77555 CTAGATAATTGTTATAATAGTC-TTACTATTTGAATTGGTCCGACAAACATA
129 ATAGATAATTGTTATAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGA
*
77606 TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTGATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTTCT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTC
* * * * * * * *
77670 TGAATAAACTTATATGGAA-AGAAATAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAATAATTT-A
64 TGAATAAGCTTGTAT-GAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * *
77732 TGATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAATAAACAGA
128 -AATAGATAATTGTT-ATAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGA
* * * *** * *
77785 TATAGTATTTAAATCTC--T-TATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
** * ** * * *
77847 AATAATTTTGCATGAACAAAAATAATTTTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
66 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * * *
77911 AGATAGTTATT-TAAATGGACATGATTATTTGAACTTATTTAG-TAAATAGA
131 AGATAATTGTTAT-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGTTCGATAAACAGA
* ** * * * *
77961 TTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAGTTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT
1 TTTATTTTTTAAATCT-CTTTCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * *
78026 GAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
65 GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * *
78090 ACAAATAATTGTT-TAAACAATCATAAGTATTTGAACTT-GCTT-GGTAAACAAA
129 ATAGATAATTGTTAT-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTAG-TTCGATAAACAGA
*
78142 TTTATTTTTTAAATCT-TTTACCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCTTT--CTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
78206 TAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGA
64 TGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
78270 A
128 A
78271 CGTGTTCAAA
Statistics
Matches: 1076, Mismatches: 221, Indels: 148
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
167 12 0.01
168 18 0.02
169 15 0.01
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171 46 0.04
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174 9 0.01
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179 70 0.07
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182 138 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCTTTCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG
AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTATAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTCGATAAACAGA
Found at i:77942 original size:355 final size:359
Alignment explanation
Indices: 76734--78270 Score: 870
Period size: 355 Copynumber: 4.3 Consensus size: 359
76724 TTTTTAAATC
* * * * * *
76734 TCTTACCTATTAACTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATA
1 TCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATG
* * * * *** * * *
76799 AACTA-AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTTAAGTTGATAATTGTTCA
66 AAC-AGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-A
* * ** * * * * *
76863 -AATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAAATTTATTTTTTCAAACCTCTTACTTAT
129 TAATAGAC-TGACTATTTGAACTTAGTCAG-CAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCCTACCTAT
* ** * *
76926 TATTTTTTCA-AATGGTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACT-GAA
191 TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAACTTATATGAA-TAGAA
* * * * * * * * * *
76988 ACAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTC-
253 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAATCA
* * * *** ** * ** *
77052 TCAACTATTTTAACTAGTTTGGCAAACACTTTTCTTTTTTAAA
318 T-AACTATTTGAACTTGCTTAATAAACAAATATAGTATTTAAA
* *** * ** * * *
77095 TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATTCAAATGAGCTTATAT
1 TCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAATAATCTTGTAT
* * * ** * *
77157 -AATCAGAAACAATTGTTTTATAAGAAAACAAATA--TCATAACAATTT-AAGATTGATATTTGT
65 GAA-CAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGT
* * * * * ** *
77218 T-TAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCA-AAAAGCAGCTTTAGTTTTTAAATCTTTTACT
127 TAT-AATAGAC-TGACTATTTGAACTTAG-TCAGCAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACC
* * * * * *
77280 TATTAATTTTGA-AATATTAAT-AA--AGTAGTA---T-TT-CGAA-AGAGTTTTATGAACTA-A
188 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTATATGAA-TAGA
* * * * * * * *
77334 AACAATTGTTTTATGTCAAAACGAAAAG-TCATAA-TGACTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
252 AACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACT-ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAA
* * * * * * *
77397 TCA-AATCTATTT-AAGTT-C--CATAAATAGATTTATTTTTTTAAA
315 TCATAA-CTATTTGAACTTGCTTAATAAACAAATATA-GTATTTAAA
* ** *** * * * *
77439 TCACTT-GCTCACGAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGT
1 T--CTTACCT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGT
* * * *** *
77503 ATAAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTGGAACAATTTGAACTAGATAATTGTT
63 ATGAACAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * **
77568 ATAATAGTCTTACTATTTGAA-TTGGTCCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTTTCTGAT
128 ATAATAGACTGACTATTTGAACTTAGTCAG-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT-AT
* *
77631 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAACTTATATGGAA-AGAAA
191 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTATGAATAAACTTATAT-GAATAGAAA
* * * * * * * * *
77694 TAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAA-TAATTT-ATGATAGATAATTGTTCAAATAGTC
254 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGA-AACAAATAATTGTTCAAACAATC
*
77756 ATAACTATTTGAAC-TG-TTCAATAAACAGATATAGTATTTAAA
317 ATAACTATTTGAACTTGCTT-AATAAACAAATATAGTATTTAAA
* * * *
77798 TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATG
1 TCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATG
* * * *
77861 AACAAAAATAATTTTTTTATGA-TAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTATT-TA
66 AACAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTAT-
* * * * * * * *
77924 AATGGACATGATTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAG
130 AATAGAC-TGACTATTTGAACTTAGTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA
* *
77989 TTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT
194 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATT
* * *
78054 ATTTTATGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTTAAACAATCATAAGTA
259 ATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTA
** * * *
78119 TTTGAACTTGCTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
324 TTTGAACTTGCTTAATAAACAAATATAGTATTTAAA
*** *
78155 TCTTTTACCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT-ATGCTTGT
1 TC--TTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT-CTTGT
* * * * *
78219 ATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAA
63 ATGAACAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
78271 CGTGTTCAAA
Statistics
Matches: 918, Mismatches: 191, Indels: 133
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
343 7 0.01
344 10 0.01
346 6 0.01
347 72 0.08
348 114 0.12
349 42 0.05
350 6 0.01
352 6 0.01
353 7 0.01
354 44 0.05
355 164 0.18
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362 23 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATG
AACAGAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTATA
ATAGACTGACTATTTGAACTTAGTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATT
TGAACTTGCTTAATAAACAAATATAGTATTTAAA
Found at i:78329 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 78141--78415 Score: 398
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
78131 TGGTAAACAA
* * *
78141 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
* *
78205 TTAAATATGCTTGTATGAACAGAAA-CAATTAG-TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACT-ATT
65 TGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAATCAATT-GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA-TGATT
78267 TGAACGTGTTCAAAAAATAG
127 TGAACGTGTTCAAAAAATAG
* *
78287 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTTCTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
* *
78351 GGAATAAGCTTGTATGAACAAAATTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
66 GAAATAAGCTTGTATGAACAAAATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
78416 ATAGAAAATT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 9, Indels: 9
0.87 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
144 5 0.04
145 94 0.81
146 17 0.15
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (146 bp):
ATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
GAAATAAGCTTGTATGAACAAAATCAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAA
CGTGTTCAAAAAATAG
Found at i:78756 original size:504 final size:502
Alignment explanation
Indices: 77748--78774 Score: 1210
Period size: 504 Copynumber: 2.0 Consensus size: 502
77738 ATAATTGTTC
* *
77748 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAATAAACAGATATAGTATTTAAATCTCTTATTAATTTT
1 AAAT-GTCATAACTATTTGAACTGTTCAAAAAACAGATATAGTATTTAAATCTCTTAGTAATTTT
* * ** *
77813 CAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAATAATTTTTT
65 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAATTGTTT
* * * * * * *
77878 TATGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGACATGATTATTTGA
130 TATGAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGA
* * * * * * * *
77943 ACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAGTTTTTAGAATTTTAATAAA
195 ACTTATTTAGTAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTTCAAAATATTAATAAA
* ** *
78008 TTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAA
260 TTAGTATTATTTTATTATGAATAAACCTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * *
78073 GATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTTAAACAATCATAAGTATTTGAACTTGCTTGGTAAA
325 GATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTCAAACAATCATAAGTATTTGAACTTGCTTGGTAAA
* * * * *
78138 CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
390 CAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTA
* ** * *
78203 TTTTAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACA
455 ATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACA
* * * *
78251 AAATGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTTAAAATTTTTTCTTAGTAA
1 AAATGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAAAAAACAGATATAGTATTT-AAA---TCTCTTAGTAA
** * *
78315 TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAAAATTAAT
61 TTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAAT
* ** * *
78379 TGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACT
125 TGTTTTATGA-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGACATAACT
* * *
78444 ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCTTA-CTCAATAATTTTCAAAATAT
189 ATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCCTACCT-AATAATTTTCAAAATAT
* * * *
78508 TAATAAATTAGTATTATTTTACTT-TGAAT-AACCTACATGAATTGATACAATTGTTTTAT-ACG
253 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTATGAATAAACCTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * *
78570 AAACAAACAG-TCATAACGATTT-AAA-ATAATAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTT
317 AAACAAA-AGATCATAACGATTTGAAACA-AATAATTATTCAAACAATCATAAGTATTTGAACTT
* **
78632 GCTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAA
380 GCTTGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAA
* * * * *
78697 TAATATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCTAAACA
445 TAATATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACA
*
78755 AAAAGTCATAAC-AGTTTGAA
1 AAATGTCATAACTA-TTTGAA
78775 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 439, Mismatches: 73, Indels: 23
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
502 21 0.05
503 25 0.06
504 153 0.35
505 19 0.04
506 98 0.22
507 121 0.28
508 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (502 bp):
AAATGTCATAACTATTTGAACTGTTCAAAAAACAGATATAGTATTTAAATCTCTTAGTAATTTTC
AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCATGAACAAAAATAATTGTTTT
ATGAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAA
CTTATTTAGTAAATAGATTCAGTTTTTAAATCTCCTACCTAATAATTTTCAAAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTATTATGAATAAACCTACATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
ATCATAACGATTTGAAACAAATAATTATTCAAACAATCATAAGTATTTGAACTTGCTTGGTAAAC
AAATTTATTTTTAAAATCTTTTACCTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAATATTTTAA
TCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACA
Found at i:78799 original size:685 final size:682
Alignment explanation
Indices: 77605--78914 Score: 1607
Period size: 685 Copynumber: 1.9 Consensus size: 682
77595 CGACAAACAT
* * * *
77605 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTGATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTAAAATCTCTTTCTGAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT
* * *
77670 TGAATAAACTTATATGGAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCTTAATAATTTATGA
66 TGAATAAACTTATATGGAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATAATTTATAA
*
77735 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAATAAACAGATATAGTATTTAAATC
131 TAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAATAAACAGATATAGTATTTAAATC
* * ** *
77800 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACA
196 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAATCCTACATGAACA
* * * * * * *
77865 AAAATAATTTTTTTATGATAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAGTTATTTAAATGGA
261 AAAACAATTGTTTTATGAGAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * * *
77930 CATGATTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAGTCTCCTACCTATTAGTTTTTA
326 CATGATTATTTGAACTTACTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACCTATTAATTTTGA
* * * * * *
77995 GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
391 GAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATACGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTA
* *
78060 TGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTTAAACAATCATAA-GTATTTGA
456 TGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAATCATAATG-ATATGA
**
78124 ACTTGCTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATT-TTTGGAATATTAATA
520 ACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATTT-GAATATTAATA
** *
78187 AA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACA
583 AATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACA
78251 AAATGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAG
647 AAATGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAG
* *
78287 ATTTATTTTTAAAAT-TTTTTCTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-AT
1 ATTTATTTTTAAAATCTCTTTCTGAGTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAAT
* * *
78349 TTGGAATAAGCTTGTAT-GAACA-AAATTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGAT
65 TT-GAATAAACTTATATGGAA-AGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAA-AAAA-GATCATAATAAT
*** *
78411 TTGA-AATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT-TCAGT
125 TT-ATAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAATAAACAGATAT-AGT
*
78474 TTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAA
187 ATTTAAATCTCTTA-T---TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAA
*** * *
78539 -CCTACATGAATTGATACAATTGTTTTAT-ACGAAACAAACA-GTCATAACGATTTAAAATA-AT
248 TCCTACATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-GAAACAAA-AGGTCATAACAATTTAAAATAGAT
** * * * * **
78600 AATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTTGCTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTT
311 AATTATTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTACTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCT
** * *
78665 ATTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATAATATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGAAT
376 ACCTATTAATT-TTGAGAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATACGAATAAACTTATATGAAT
* *
78729 AGAAACAATTATTTTATGGCT-AAACAAAA-AGTCATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTGTTCAA
440 AGAAACAATTATTTTAT-GATAAAACAAAAGA-TCATAACTA-TTTGAAACAAATAATTGTTCAA
* * *
78791 ATAATCATAATGATATGAACTTGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
502 ACAATCATAATGATATGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAAT
* * *
78856 TATTTTAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTATGAATAGAAA
567 TATTTGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTATGAACAGAAA
78915 ATTTTATTTT
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 74, Indels: 43
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
680 10 0.02
681 68 0.13
682 66 0.12
683 30 0.06
684 5 0.01
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686 55 0.10
687 45 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (682 bp):
ATTTATTTTTAAAATCTCTTTCTGAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT
TGAATAAACTTATATGGAAAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAATAATTTATAA
TAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCAATAAACAGATATAGTATTTAAATC
TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAATCCTACATGAACA
AAAACAATTGTTTTATGAGAAACAAAAGGTCATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGA
CATGATTATTTGAACTTACTTAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTCCTACCTATTAATTTTGA
GAATATTAATAAATTAATAATATTTTAATACGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTA
TGATAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAATCATAATGATATGAA
CTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACCTATTAATTATTTGAATATTAATAAAT
TTATATTATTTTATTCAAAATAGGCTTGTATGAACAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAT
GTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAATAG
Found at i:79083 original size:359 final size:353
Alignment explanation
Indices: 78281--79662 Score: 1088
Period size: 359 Copynumber: 3.9 Consensus size: 353
78271 CGTGTTCAAA
* * * * *
78281 AAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTCTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTATTATTAATTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* * * * * * * * * *
78345 TTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACA-AAATTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
63 TTATTTCGAACAAACTTATATGAATAGAAA-CAATTATTTTATGGCTAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
78409 ATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCAGT
127 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAA-TATATGAACTTG-TTAGTAAATAGATTTATT
* * * * * **
78474 TTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTACTTTGAATA
190 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCAAATA
* ** * * * * * *
78538 A-CCTACATGAATTGATACAA--TTGTTTTAT-ACGAAACAAACAGTCATAACGATTTAAAATAA
252 AGCTTGTATGAATAGA-A-AATTTTGTTTTATAACAAAAAAAAGAATCATAACAATTTAAAATAA
* * * *
78599 TAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTTGCTTGGT
315 TAATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGAT
* * * * *
78639 AAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAATAATAT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATC-TTTA-TTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
78703 TTTAATCCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAA-C
62 TTTATTTCGAACAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAGGTCATAATG
* ** * *
78767 AGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAATGATATGAACTTGTTCAATAAACAGATTTAT
127 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAT-ATATGAACTTGTT-AGTAAATAGATTTAT
*
78832 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTTTAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAAATA
189 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTC-AAATA
* * * * *
78897 GGCTTGTATGAATAGAAAATTTTATTTTATAACAAAAAAAAGGAT-ATAGCAATTTCAAATAGAT
252 AGCTTGTATGAATAGAAAATTTTGTTTTATAACAAAAAAAAGAATCATAACAATTTAAAATA-AT
* *
78961 AATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGAT
316 AATT-TTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGAT
* * *
79000 AAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTGGTCTTATT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TT-ATTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
79064 TTATTTC-AACAAACTTATATGAACT-GAAACAATTCTTTAAT-GATAAAACAAAAGGTCATAAT
63 TTATTTCGAACAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGGCT-AAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * *
79126 GATTTGAAATGGATAATTATTCATATAGCCATGACTA-ATTGATCTAGTTTGGTAAATATATTTA
126 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT-AATATA-TGAACTTG-TTAGTAAATAGATTTA
* * *** * * *
79190 -TTTTAAAATTTTTTTACTTATTAATTGCAAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTGAATT-GA
188 TTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTT-TATTCAA
* * *
79252 ATAAGCTTGTATGAATAGCATCAA--TTGTTTTATAATAAAACAAAA-AATCATAACAATTTGAA
249 ATAAGCTTGTATGAATAG-A-AAATTTTGTTTTATAACAAAA-AAAAGAATCATAACAATTTAAA
*
79314 ATAAATAATTTGTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGAT
311 AT-AATAATTT-TCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGAT
* * * ** * *
79359 AAATAGATTTATATTTTAAAT-TTT-TTATTAGTTTTTGAAATATTAATTGATTAGTTTTATCTT
1 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
79422 ATTTCGACCAAACTTATATAAACAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
65 ATTTCGAACAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAGGTCATAATGATT
**
79487 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAAT-TATTTACATTGGTTAGGTAAATAGAATTT-TTT
130 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATATATGAAC-TT-GTTA-GTAAATAG-ATTTATTT
* * * *
79550 TTTAAAATCTCTTAATCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAA
191 TTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATT-CAAATAA
* * * * * *
79615 GCTAGTATGAATTGAAATTTTTGTTCTATGACAAACAAAAG-ATCATAA
253 GCTTGTATGAATAGAAAATTTTGTTTTATAACAAAAAAAAGAATCATAA
79663 TGTTTTAAAA
Statistics
Matches: 817, Mismatches: 153, Indels: 108
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
355 3 0.00
356 41 0.05
357 85 0.10
358 135 0.17
359 389 0.48
360 115 0.14
361 49 0.06
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (353 bp):
AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTATTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTCGAACAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGGCTAAACAAAAGGTCATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATATATGAACTTGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAA
ATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCAAATAAGCTTGTAT
GAATAGAAAATTTTGTTTTATAACAAAAAAAAGAATCATAACAATTTAAAATAATAATTTTCAAA
TAGTTATAATTATTTAAACTTGTTTGAT
Found at i:79233 original size:180 final size:175
Alignment explanation
Indices: 78281--79606 Score: 596
Period size: 180 Copynumber: 7.4 Consensus size: 175
78271 CGTGTTCAAA
* * *
78281 AAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTCTTAGTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATT
1 AAATAGATTTATATTTAAAATTTTTTATTAG---TTATTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
* * * * * * * * *
78345 TTATTTGGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAATTAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
62 TTATTT-CAACAAACTTATATGAACTGAAA-CAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
78409 ATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
125 ATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGCCATAACTAATTAAACTAGTTTGAT
* * * * * *
78461 AAATAGATTCAGT-TTTTAAATCTCTTACTCAATAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAATAGATTTA-TATTTAAAAT-T-TT--TTATTAGTTATT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * **
78524 TTTTACTTTGAA-TAACCTACATGAATTGATACAATTGTTTTAT-ACGAAACAAACA-GTCATAA
60 TTTTA-TTTCAACAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAA
* * ** * * * * * * *
78586 CGATTTAAAATA-ATAATTATTCAAATAGTTATTATTATTTGAACTTGCTTGGT
123 TGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGCCATAACTAATTAAACTAGTTTGAT
* * * * * * *
78639 AAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTATTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAATATT
1 AAATAGATTTATATTTAAAA---TTT-TTTATTAGTTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
78704 TTAATCCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGGCT-AAACAAAAAGTCATAA-
62 TTATTTC-AACAAACTTATATGAACT-GAAACAATTCTTTTAT-GATAAAACAAAAGGTCATAAT
* * ** * * * **
78766 CAGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA-TGATATGAACTTGTTCAAT
124 GA-TTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGCCATAACTAAT-TAAACTAGTTTGAT
* * * * ** *
78820 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATTTTAATATTAATAAATTTA-TTTTAT
1 AAATAGATTTA-TATTTAAA-ATTTT--TTATTAGTTATTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * *
78884 TTTA-TTCAA-AATAGGCTTGTATGAA-TAGAAA-ATTTTATTTTATAACAAAA-AAAAGGAT-A
61 TTTATTTCAACAA-A--CTTATATGAACT-GAAACA-ATTCTTTTATGATAAAACAAAAGG-TCA
*** * * * * * *
78943 TAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGAT
120 TAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGCCATAACTAATTAAACTAGTTTGAT
* * * * * * *
79000 AAATA-AATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTCAGAATATTAATAAATTGGTCTTAT
1 AAATAGATTTATATTTAAAAT-T-TT--TTATTAGTTATTGA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
*
79063 TTTATTTCAACAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTAATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA
61 TTTATTTCAACAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * *
79128 TTTGAAATGGATAATTATTCATATAGCCATGACTAATTGATCTAGTTTGGT
126 TTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGCCATAACTAATTAAACTAGTTTGAT
*
79179 AAATATATTTAT-TTTAAAATTTTTTTACTTA-TTAATTGCAAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 AAATAGATTTATATTTAAAA-TTTTTTA-TTAGTT-ATTG---AAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * * ** *
79242 TTTGAATTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGCATCAATTGTTTTATAATAAAACAAAAAATCATAAC
60 TTTTATTTCAACAAACTTATATGAACT-GAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* * ** * * *
79306 AATTTGAAATAAATAATTTGTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGGTTTGAT
124 GATTTGAAATAGATAATTT-TCAAATAGCCATAACTAATTAAACTAGTTTGAT
* * ** * *
79359 AAATAGATTTATATTTTAAATTTTTTATTAGTTTTTGAAATATTAATTGATTAGTTTTATCTTAT
1 AAATAGATTTATATTTAAAATTTTTTATTAGTTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * ** * * *
79424 TTCGACCAAACTTATATAAACAAAAACATTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
66 TTC-AACAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
* * * * * * *
79489 AAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTACATTGGTTAGGT
130 AAATAGATAATT-TTCAAATAGCCATAACTAATTAAACTAGTTTGAT
* * * * * *
79536 AAATAGAATTTTTTTTTAAAATCTCTTAATCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTA
1 AAATAG-ATTTATATTTAAAAT-T-TT--TTATTAGTTATTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
79600 TTTTATT
60 TTTTATT
79607 CCAAATAAGC
Statistics
Matches: 889, Mismatches: 188, Indels: 136
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
176 29 0.03
177 93 0.10
178 141 0.16
179 165 0.19
180 264 0.30
181 142 0.16
182 51 0.06
183 1 0.00
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
AAATAGATTTATATTTAAAATTTTTTATTAGTTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
TTCAACAAACTTATATGAACTGAAACAATTCTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
AATAGATAATTTTCAAATAGCCATAACTAATTAAACTAGTTTGAT
Found at i:81203 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 80385--82722 Score: 1886
Period size: 181 Copynumber: 13.0 Consensus size: 180
80375 TCGGGTTCAG
*
80385 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTT-GACATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTA
* *
80449 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGTTCATAAT
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAT-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
80514 GATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAAGTATTTAAACT-GATTCA
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * *
80565 GTAAATAGATTCACTTTTTAAA----TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTA
1 -TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * *
80626 TTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGA-ATTGAAGTAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
80690 TGATTTTAGATATACAATTGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATTTGTTTAGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GA
*
80744 -AAATAGATTTATTTTTTAATATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTATTATT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
80807 ATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGA-ATCGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
80871 CAATTTTAAATA-AGTAATTATACATATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGA
128 TGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * ** *
80924 AAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCA-AATATTAATTTATTAGGATT
1 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
80988 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAAGAAAGGTCAAAAC
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAAT
* * **
81053 AATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGA
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * *
81105 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
81170 TTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATG
66 TTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATG
* * * *
81234 ATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCGAA-TTGATTTGA
130 ATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA
* *
81285 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
81349 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAA-AAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAGGTCATAAT
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAT-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * *
81413 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATGGCCATAATTATTTTAA-TTGATTAGA
129 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGA
* * * * * *
81465 TAAACAAATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTGA-TTTTGGAAATATCAATAAAATAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * **
81525 TTTTATTTC-ATATAAGCTTGTACTTAT-TGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATA
65 TTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTA-TGATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
81588 ACCATTTTAAATAGACAACTGTTCAAATAGTAATAACAATTTGAACTTGTTCGA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * ** * * *
81642 TAAATAAATTTTTTTTTTAAAATCTCTTTTTTATTAATTTTTTGAATGTTATTAAATTAGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * * *
81707 ATTTATTTTGATTAAGCTTGTATGA-ACTTAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAA
** * ** ** * * *
81771 CAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAATTTTAACCGTATAAACTAGTTTGT
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * *
81824 TAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTTGTATTA
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
81888 TTTTA-ATCTGAATAAGCTAGTACGA-ACAAAAAAAATTATTGTATAACAAAACAAATGGTCTTA
65 TTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATA
* * * * ** **
81951 ACGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAA
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * ** ** * *
82005 CAATTAGATTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTGCTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
82069 TTTATTAT-GAATAAAATAGTATGGAT-AGAACCAACTGTTTGATGACAAAACAAAA-GACTATA
66 TTTATT-TCGAATAAGCTTGTAT-GATAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTC-ATA
* * * * *
82131 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
127 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * *
82185 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCACTTACTGATTAATTTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTG
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
82249 TTTTATTTCAAACAAACTTATATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * *
82313 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGCACTAGTTTGG
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * * * *
82366 TAGATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AAATTTGAAAATATTAACAATTTAGTTTTAT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
82427 TTTATTTCGAATAAACTTGTTTGAGCTGA-AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA--TAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * * * *
82491 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTCGA
128 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGA
* * * * * *
82544 CAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA
1 TAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
82608 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAA-AAATAATTATTTTATTATAGAATAAAAGGTTATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAAAAAAGGTCATAA
*
82672 -CATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
128 TGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT
82723 AACATTTTGA
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* * * * *
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* * * *
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* *
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* * *
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* * *
80837 AAACGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTATACAT-ATA
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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** * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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81280 TTTGA
888 TTTGA
* *
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1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *
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* * * * *
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131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTGATTAG-TAAATAAATTTATTT
* * * *
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* ** *
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* * * * * **
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* * *
81675 TTAATTTTTTG-AATGTTATTAAATTAGTATTAATTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACTTAAA
384 TTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * **
81739 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAATTTT
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* * ** * *
81804 AACCGTATAAACTAGTTTGTTAAATAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
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* *
81869 TATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTAGTACGAACAAAAAAAATTATTGTATAA
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** * *
81934 CAAAACAAATGGTCTTAACGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTA
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** * * * ** *
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* ** * *
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* * *
82129 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGG
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* * * * *
82185 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCACTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTGT
1 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
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66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATG
** * ** * * *
82315 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATACTTATTTGCACTAGTTTGGTAGATAGAA-TTAT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACT-GATTAGTAAATA-AATTTAT
* * * * * *
82379 TTTTTAAATCTCTTATAAAATTTGAAAATATTAACAATTTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACT
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* * * * *
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256 TGTATT-A-TTG-AAATAATTATTTTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAA
* * *
82508 TTGTTCATATAGTCT-TAACTGTTTGAACTGGTTCGACAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCTCTT
317 TTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAA-TTGTTCGACAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** ** * *
82571 AGTTATCAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-T
379 ACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACT
* * * * * * * * * *
82635 AAAAATAATTATTTTATTATAGAATAAAAGGTTATAACATTTTGAAATAGATAATTATTCA-AAT
444 -GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTA-TCATAAT
* * * *
82699 AGTCATAACTATTTGAACTAGTT
506 AATCATAACCATATAAACTAGTT
82722 TAACATTTTG
Statistics
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TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTGATTAGTAAATAAATTTATTTT
TTAAACTCTTATTAATTTTGAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTAT
TATTGAAATAATTATTTTAAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAA
TAGTTATAACTATTTGAATTGTTCGACAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
TTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTT
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AACTAGTTCGAAAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTATTAA
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TGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAA
ACACATTTATTTTTTAATCTCTTACTTACTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
TAACAAATAAAATACTATGGATAGAAACAACTGTTTGATGACAAAACAAAAGACTATAATGATTT
GAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTCGAAATGATTTGA
Found at i:82568 original size:720 final size:714
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79711 TTCAACAAAC
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * * *
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* ** * *
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* * *
80228 TTTTTT-AAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAAAATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
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* * * * * * *
80292 TAAGCTTGTATAAATTG-AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
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* * * *
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*
80406 TCTCCTACTTATTAATTTTTG
694 TCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * *
80619 ATTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTGTATGAATTGAAGTAATTATTTTAAGACAAAACAAAAGG
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* * * * * *** * * *
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* *
80748 AGATTTATTTTTTAATATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
317 AGATTTACTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*** * * * *
80813 TTTTGGATAAGCTTTTATGAA-TCGAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACAATT
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* * * * * * *
80876 TTAAATA-AGTAATTATACATATAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGAAAAACAAATTTATTTT
445 TGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTT
* * * ** *
80940 TTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTCAAATATTAATTTATTAGGATTATTTTATTTTGAATAAG
509 TTAAAATC---T-CTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG
* * * *
81005 CTTGTATGATA-TG-AAACAAATATTTTATGACTAAA-GAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGAT
570 CTTGTATGA-ACTGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
* * *
81067 AATTATTC-TAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
634 AATTATTCATAATAGTTTTAACTGTTTGAACTAGTTCGATAAATACATTTATTTTTTAAATCTCT
81131 TACTTATTAATTTTT-
699 TACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
81146 AGAATATTATTAATTTAGTATTATTTTTAAC-CAAATAAGCTTCTATGATAAGAAACAATTGTTT
1 A-AATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGA-AAAAAAAAATTATTT
* * * * *
81210 TATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTC
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* * * * * *
81273 GAATTGATTTGATA-AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
127 GAACT-AGTTCA-ACAATAGATTTATTTTTT--A--TTTT-CTTTTTAATTTTAG-AATATTAAT
* * * *
81337 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT-GATCAAAAACAATTGTTTTATAATAAAAC
184 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGGAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * *
81401 -AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATGGCCATAATTATTTTAATTGATTAGA
248 AAAAGCT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAATGATTTGG
* * * * * * *
81465 TAAACAAATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTGATTTTGGAAATATCAATAAAATAGTATTAT
312 TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** *
81526 TTTATTTCATATAAGCTTGTACT-TATTGAAATAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAAC
377 TTTATTTCAAATAAACTTGTA-TGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
* * * * * * * *
81590 CATTTTAAATAGACAACTGTTCAAATAGTAATAACAATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTTT
441 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT
* ** * * * *
81655 TTTTTAAAATCTCTTTTTTATTAATTTTTTGAATGTTATTAAATTAGTATTAATTTATTTTGATT
506 TTTTTAAAATCTC----TTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * *
81720 AAGCTTGTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAG
567 AAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
* * * * * * * *
81784 ATAATTATT-ATAATAATTTTAACCGTATAAACTAGTTTGTTAAATAAATTTATTTTTCAAATCT
632 ATAATTATTCATAATAGTTTTAACTGTTTGAACTAGTTCGATAAATACATTTATTTTTTAAATCT
81848 CTTACTTATTAATTTTTG
697 CTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
81866 AAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTAGTACGAACAAAAAAAATTATTGT
1 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-ATCTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAAAAATTATTTT
* * * * * * **
81930 ATAACAAAACAAATGGTCTTAACGATTTGAAATTGATAATCATTCATATAGTTTTAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
81995 ACTAGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTATTTTCTTGGTTGCTAAGTTTTAGAATATTATTAAAT
129 ACTAGTTCAACAA-TAGATTTATTTTTTATTTTCTT--TT--TAA-TTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * *
82060 TAGTATTATTTTATTAT-GAATAAAATAGTATGGATAGAACCAACTGTTTGATGACAAAACAAAA
188 TAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGATTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *
82124 GACTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAA
252 G-CTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAATGATTTGGTAAA
* * * *
82189 TAGATTTACTTTTTAAATCACTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTGTTTTA
316 TAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * **
82254 TTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTT
381 TTTCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT
* * * * * *
82319 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGCACTAGTTTGGTAGATAGAA-TTATTTT
446 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAC-TATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTT
* * * * * * *
82382 TT-AAATCTCTTATAAAATTTGAAAATATTAACAATTTAGTTTTATTTTATTTCGAATAAACTTG
509 TTAAAATCTCTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * ** *
82446 TTTGAGCTGAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
574 TATGAACTGAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
82511 TTCAT-ATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTCGACAAATGA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT
639 TTCATAATAGTTTTAACTGTTTGAACTAGTTCGATAAAT-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* **
82574 TATCAATTTTCA
703 TATTAATTTTTG
* * *
82586 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTA
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* * * * *
82651 TTATAGAATAAAAGGTTATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
82715 ACTAGTTTAACA
129 ACTAGTTCAACA
82727 TTTTGAAATA
Statistics
Matches: 1826, Mismatches: 375, Indels: 184
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATCTCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAAAAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TAGTTCAACAATAGATTTATTTTTTATTTTCTTTTTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCGAATAAGATTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGCTATAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAAATGATTTGGTAAATAGATTTACT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
ACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTCTT
ATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATAATAGTT
TTAACTGTTTGAACTAGTTCGATAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
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*
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*
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* * * *
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*
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AAATAGTATAACTATTC
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1 TA
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TAACATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT
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83877 AATTTACTTT
* * *
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* * ** * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *** *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * **
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* ** *
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* * ** * * *
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65 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * *
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* * * * * **** * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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130 TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATT-TTTAAAA
* * * * *
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* ** *
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* * * * * * *
85085 TT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTTTTAATTGTTT-GAA
129 TTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAAA
* * ** * * *
85138 TATTAAGAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCCTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATA-AAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
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65 ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
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** * * * * *
85319 TATTAATAAATTAAAATTATGTTATTAT-AAATAAGCTTGTA-CAAGTAGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
85382 GATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCACAACTATTTGCA-
64 GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * *
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129 TT-GT-TTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * *
85500 TATTAATAAATTGGCATTACTTTATTTCGAATAAGATTGTATTAACAAAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
85565 CAAAACAAATTA-TCATAACGATTTGAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACT
66 CAAAACAAA-AAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * * *
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130 TGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * * * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
85746 CAAAACAAAAGGTCATAATAACTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTA
66 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * *
85811 GTTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA-TAGATTATTTTTTGAAA
131 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAAAA
** * * * *
85862 TATTAATAAATTTTTTTTATTCTA-TTCTGAATAAG-TTAGTAAGAACTAAAAA-AATTATTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTA-TATGAA-TAAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * *
85924 TGATAAAACAAAATGTCATAGCAATTTAAAATAAAAAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAA
63 TGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * **
85989 CTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTTGGAA
128 CTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * * ** * * * *
86043 TATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTTTATGAATAGAAATAATTGTTTCATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * * *
86108 TAGAACAAAAAGTTATAAGAAATTGAAATATATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTAAACTT
66 CAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
86173 GTTCAGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTGATTTTTGAAA
131 GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
* * *
86223 TATTAATAAATTAGTATTA--TTATTTTGGATAGGC-TAGTATG-ATGAAAAACAA--GTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATGAAT-AAAAACAATTGTTTTA-
* ** * * * * * **
86282 TG-TAAAAC-AAAAGTTCATAATGATTCGAAATAAATAATTATTCAAATGGCCATAGTTATTTGA
63 TGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
86345 A-TTGATTT-GATAAACTAATTTATTATTTTA
127 ACTTG-TTTAG-TAAACAAATTTATT-TTTTA
86375 TTACAAACAA
Statistics
Matches: 1839, Mismatches: 400, Indels: 143
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
171 1 0.00
172 21 0.01
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GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAA
Found at i:85792 original size:16 final size:17
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85761 TAATAACTTG
85771 AAATAG-ATAATTATTC
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85804 TGAACTAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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AAATAGCATAATTATTC
Found at i:87085 original size:181 final size:181
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86355 TAAACTAATT
* * * * * *
86365 TATTATTTTATTAC-AAACAAGCTTTTATAAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGG
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* * * * * * * **
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* * * *
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* * ** * * *
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1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
* * * ** * * * *
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65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACT-TATTCAGTAAAC
* * *
86671 ACATTTATTTTTTAAATC---T--TTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAG
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* * * * * *
86720 TAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTT-TGGACAAAAC-ACA-GA
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT-GACAAAACAAAATG-
* ** * * * * * *
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64 TCATAACGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-TAAA
* * *
86846 GAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT-GAAATAGTAATAAATTAG
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* * * * * ** *
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1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGT
* * * * * **
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65 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAG
* ** *
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* * * *
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1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC
* * * * * * *
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66 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAAC-AG
* * *
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* * * ** * *
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1 TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTG-TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-
* * * * * * *
87314 GTCACAATGATTTGCAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAA
63 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAA
* * * * *
87378 TAGCTTTATTTTCTAAA-ATTTTACGTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-
127 CAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAG
* ** * * *
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1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC
* * *** *
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66 ATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAG
* * *
87561 ATTCATTTTTTTTAAATTCTTTTACTCT-TTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAT
130 ATT--TATTTTTTAAA-TCTTTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
87616 TATTATTTTATT-TCAAATAAGGTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAG
1 TATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAT
* * * * * * * *
87679 GTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTTTTTAGAAAAT
63 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAAC
* * * * * * * *
87744 ATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAA
128 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* *
87798 TATTATTTTAATTC-GAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAA-G
1 TATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAATG
* * * * * * *
87861 TGATAACAATTTG-AATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGGCAAACA
64 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACA
* *
87925 AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTG
129 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
87978 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAGCAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC
* * * * * *
88043 ATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGA-T-AGGTAAACA
66 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCA-GTAAACA
* * * * *
88106 GATTCT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAG
129 GATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
* * * * * * *
88159 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGAGAAAAC
1 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
88216 TATTTTATTT
Statistics
Matches: 1328, Mismatches: 263, Indels: 155
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 61 0.05
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182 91 0.07
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC
ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAGA
TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
Found at i:87302 original size:174 final size:173
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 10.3 Consensus size: 173
86355 TAAACTAATT
* * * * * * *
86365 TATTATTTTATTACAAACAAGCTTTTATAAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GT
* * * * * * ** * * *
86429 TATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGATCTTGTTTGGTAAACAA
64 CATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAG
** * *
86494 ATTTATTTTTTTAAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
129 ATTTA--TTTTT-AAAA---C-T--TT-TTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAA
** ** * * * *
86549 TATTATTTTATTTTGAATAAGAATATATGAACT-GAAACAATTATTTTAT----AACCAAAGGTC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTC
* * * ** * * * * *
86609 AAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAAACTTAAC-ATTTTGAACTGGATT-GGCAAACA
65 ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACT-TATTCAGAAAATA
* * * * *
86672 CATTTATTTTTTAAATCTTTATTAATTTTTA-GAATATTATTAATTTAG
128 GATTTA-TTTTTAAAACTTT-TTAA-TTTTAGGAATATTAATAAATTAA
* * * * *
86720 TAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAATGTTTT-TGGACAAAAC-ACAGAT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAG-T
** *** * * * * * * *
86783 CATAACAATGAGAGATAGATAATTTGTTTAAATATTCATAACTATTTAAACTGATT-TGATAAAG
64 CATAATGATTTCAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGA-AAAT
* * * * *
86847 AGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAG
127 AGATTTA-TTTTTAAAACT-TT-TTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAA
* * * * * * ** *
86897 CATTATTTTA-TTCTAAATAA-TTTAGCATGAATAGTAACAGTTATTTTATGATGAAACAAAATA
1 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G
** * * * * * ** * *
86960 TCATAACAATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTATTTTGTAAACA
63 TCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATA
* * * *
87025 GATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTA-GAATAATAATAAATTAG
128 GATTTA-TTTTT-AA-----AACTTTTTAA-TTTTAGGAATATTAATAAATTAA
* * * * *
87078 TATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATATC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTC
* * * * * *
87143 ATAATGATTTCAAATAAATAATTGTACAAATAATCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACTA-
65 ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAG-AAAATAG
87207 ATTTATTCTTTAAAACTTTTTAA-TTTAGGAATATTAATAAATTAA
129 ATTTATT-TTTAAAACTTTTTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAA
* * * * * * *
87252 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGCT-TTAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAATAAATGGT
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGT
* * * *
87316 CACAATGATTTGC-AATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAAT
64 CATAATGATTT-CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGAAAAT
* * * * *
87379 AGCTTTATTTTCTAAAATTTTACGTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
127 AGATTTATTTT-TAAAA-CTT---T-TTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAA
** *
87432 TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTCCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GT
** * * * *
87496 CATAATCTTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTTTGCAT
64 CATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA----GAAA
** * ** *
87561 ATTCATTT-TTTTTAAATTCTTTTACTCTTTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAT
125 ATAGATTTATTTTTAAA-------ACTTTTTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAA
* * *
87616 TATTATTTTATTTCAAATAAGGTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGG
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAA-G
* * * * * *
87680 TCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTTTTTAGAAAATA
63 TCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATA
* * *
87745 TATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATAAATTGTCA-AAATATTAATAAATTAA
128 GATTTATTTTTAAAACTTTTTA---AT---TT-T-AGGAATATTAATAAATTAA
* * * * *
87798 TATTATTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAAGTG
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTC
** * * * * * * * *
87863 ATAACAATTT-GAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGGCAAACAAA
65 ATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAGA
* * * **
87927 TTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTG
130 TTTATTTTTAAAACT-TTTTAATT-TT-A--G---GAATATTAATAAATTAA
* ** * *
87978 TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAGCAAAAGGT
1 TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GT
* ** * * * * * *
88042 TATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGA-T-AGGTAAAC
64 CATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCA-GAAAAT
* * * * *
88105 AGATTCTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCA-AAATATTAATAACTTAG
127 AGATT-TATTTTTAAA--AC-T--TT-TTAATTTT-AGGAATATTAATAAATTAA
** * * * * *
88159 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTATGAGAAAAC
1 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
88216 TATTTTATTT
Statistics
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0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
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189 1 0.00
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TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCA
TAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAATAGAT
TTATTTTTAAAACTTTTTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAA
Found at i:87984 original size:546 final size:536
Alignment explanation
Indices: 86365--88207 Score: 1667
Period size: 546 Copynumber: 3.4 Consensus size: 536
86355 TAAACTAATT
* ** * * * *
86365 TATTATTTTATT-ACAAACAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGT
1 TATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * * * *
86429 TATAAT-GATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGATCTTGTTTGGTAAACA
64 CATAATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAACA
* * * * * *
86493 AATTTATTTTTTTAAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT
129 GATTCATTTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** ** *
86558 ATTTTGAATAAGAATATATGAACTGAAACAATTATTTTA-T----AAC-CAAAGGTCAAAATGAT
192 ATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGGTCAAAATGAT
* * * ** * * *
86617 TTGAAATAGATAATTGTTCTAATAAACTTAAC-ATTTTGAACTGGATTGGCAAACACATTTATTT
257 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA-TTTGAACTCAATTAGAAAATA-ATTTATTT
* * * * * * * * * *
86681 TTTAAATCTTTA-TTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTCCAAATAAGCTTG
320 TTAAAATTTTTATTTAA-TTGTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTG
* * **
86745 TATGAATAGAAACAAATGTTTT-TGGACAAAAC-ACAGATCATAACAATGAGAGATAGATAATTT
384 TATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGA-ATAGATAA-TT
* * * * *
86808 GTTTAAATATTCATAACTATTTAAAC-TGATT-TGATAAAGAGATTTAGTTTTTAAATC---T-C
445 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* *
86867 TTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAG
508 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTG
* * * * ** **
86897 CATTATTTTATTCTAAATAA-TTTAGCATGAATAGTAACAGTTATTTTATGATGAAACAAAATAT
1 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-GCATGAATAG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGT
* * * *
86961 CATAA-CAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACATGATTATTTGAACTTATTTTGTAAAC
64 CATAATCAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAAC
* * *
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128 AGATTCATTTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
87087 ATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAACTATTTTATGACAAAACAAAATA--TCATAATG
192 ATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAA-AGGTCAAAATG
* * * * * *
87149 ATTTCAAATAAATAATTGTACAAATAATCATAACTATTTGAACTCACTCAGTAAACTAATTTATT
255 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCAATTAG-AAAATAATTTATT
* *
87214 CTTTAAAA--CTT-TTTAATT-TAGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT
319 -TTTAAAATTTTTATTTAATTGTA-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCT
* * * * * * * **
87275 TGCT-TTAACAGAAACAATTGGTTTATGATAAAATAAATGGTCACAATGATTTGCAATAGATAAT
382 TG-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACAATTTG-AATAGATAAT
* * * * * *
87339 TGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAATAGCTTTATTTTCTAAA-ATTTTAC
444 TGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* *
87402 GTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA
508 TTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTG
* *
87432 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
1 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *** *
87497 ATAATC-TTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTTTGCAT
65 ATAATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG
* * *
87561 ATTCATTTTTTTTAAATTCTTTTACTCT-TTAATTTTTTGAATATTAATAAATTATTATTATTTT
130 ATTCA-TTTTTTTAAA-TCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
87625 ATTTCAAATAAGGTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGGTCACAATGAT
192 ATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGGTCAAAATGAT
* * * ***
87690 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTTTTTAGAAAATATATTTATTTT
257 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCAATTAGAAAATA-ATTTATTTT
* *
87755 TAAAATTTTTTACTTATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAAC
321 TAAAA-TTTTTA-TT-T-AATTGT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGC
* * *
87820 TTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACCAAAAGTGATAACAATTTGAATAAATAATT
381 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTGAATAGATAATT
* * * *
87885 GTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTTGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
445 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
87950 ATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTG
510 ATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTG
* * * * * *
87978 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAGCAAAAGGTT
1 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
88043 AT-AGCGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTG-ATAGGTAAACA
65 ATAATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACA
* * * *
88106 GATTC-TTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
129 GATTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * *
88170 TTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTTTTTAT
194 TTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTAT
88208 GAGAAAACTA
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 198, Indels: 115
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
528 2 0.00
529 71 0.07
531 15 0.01
532 199 0.19
533 29 0.03
534 60 0.06
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548 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
TTCATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTGA
AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTCAATTAGAAAATAATTTATTTTTAAAA
TTTTTATTTAATTGTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAAT
AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAATAGATAATTGTTTAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
AATATTAATAAATTTG
Found at i:88625 original size:134 final size:133
Alignment explanation
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Period size: 134 Copynumber: 2.0 Consensus size: 133
88436 TTCAAAAATT
* * **
88446 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAG
1 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAG
* * * * * * *
88511 AATAATTATTTACTTCAAATAGTTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA
66 AACAATTATTTACTTAAAATAGTTATAACCTTTTGATTT-GCCATAAAACAATTATTTCAGTTAA
88575 TACA
130 TACA
* * ** *
88579 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAACTAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATTGTTATTACTATTT
1 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAA-TAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTA
* * *
88644 GAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTCAGTTAA
65 GAACAATTATTTACTTAAAATAGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTCAGTTAA
88709 TACA
130 TACA
88713 A
1 A
88714 GCTTAGATAG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 19, Indels: 3
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 21 0.18
134 90 0.79
135 3 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (133 bp):
AATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAG
AACAATTATTTACTTAAAATAGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTCAGTTAAT
ACA
Found at i:89795 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 88579--96494 Score: 3902
Period size: 181 Copynumber: 44.0 Consensus size: 180
88569 AGTTCATACA
* * * * *
88579 AATAAGAAAGAGATTTAAAAAACTAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATTGTTATTACTATT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * * * *
88643 TGAACAATTGTTTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTCA-GTT
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTT
* * * **
88707 AATACAAGCTTAGAT-AGAATAAAAT-ATACCAATTTATTAATATTTCTTAAATT
128 CATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* ** * * * * * *
88760 AATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAATT-AAATAATTATGGCCATTTA
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * *
88824 AACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CATTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TTTTTGATCAT
66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCAT
* * * * *
88887 ATAAGTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATCTATTAGTATTTCAAAAATT
131 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * *
88938 AATAAGTAAGAAATTTAAGAAATAAATCTATTTA-TCGAACCAGATCAACTAGTTATGACTATTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * *
89002 GAACAATTATCAATCTT-AAATCATTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCT-TGGT
65 GAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TATGTT
* ** * *
89064 CATAGAAGCTTATTC-GGTTATAAATAGTACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T
128 CATACAAGCTTATTCAGAATA-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * *
89117 --TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTGT--TGAACTAGTTCAAATAGTTA-AACCTATT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATT
* * * * * * * * *
89176 AGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCA-AAAATATTTGTTTCAT-AT
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTT
* * * * *
89239 CTTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATTCAAATTTATTAACATTCAAAAAATT
128 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATT
* * * * * * *
89293 AATAAGAAAAAGACTTGAAAAAATAAATCTCTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTT
1 AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
89358 GAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTT-TTTTTTACATAAAAGAATTGTTT-TAGTA
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTAT-GT-
* * * * * * *
89421 T-ATAAAACCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTACGAAATT
127 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-AAAATT
* * * * *
89475 TATAAGCAAGAG-TTAAAAAAAT-AA---GTTTACT-TA-C---TGAACA-AGTTATGACTATTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAA-ATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
89529 GAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACGTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCA-GTTC
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTC
* *
89593 ATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTCAAAAAATT
129 ATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATT
* * * * * * * * *
89646 AAT-AGTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATCATGTCCATTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
89710 AACAATTATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGCTCAT
66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCAT
* ** * * ** *
89775 GCAAAATTATTCAGAATAAAATAAGATTGGTTTATTAACATTCTAAAAATT
131 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATT
* * * *
89826 AAAAAGCT-AGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATT
1 AATAAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** *
89890 TGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTT
64 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTT
* * * * * * * **
89954 TATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTATTTTATTATTATTTTTTTTAAAATT
128 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA--A--TATTCAAAAATT
* ** * * * * * *
90011 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACCAAATCAGATAAAATAATTATGGCCATTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * ***
90076 AACAATTATCTATTTTAAATCGTAATTACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACAT
66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCAT
*
90141 ACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T
131 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
**
90191 --T-AGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
1 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* ** * **
90253 GAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAACTT-TTTATGTTC
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTATGTTC
** ** * * *
90317 ATACAAATTTATTTGGAATAAACTAATACTAATTTAATAATATTCTGAAAATT
129 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATT
* * * ** * * * * * **
90370 CATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGAACTAGTTTAAACAGTTAAGATTAAGTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * ** * ** *
90435 AACAATTAACTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAGTAATTATTTCA-ACTCG
66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCA
* * * * *
90499 TACAAGTTTATT-TGAAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTT
130 TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * * * * * * * * *
90551 TATAAGGAAGAGATTT-AAAAAGAATTCTATGTATTGAATC-GATTTAAATAATTATAACTGTTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
90614 GAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCA
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCA
* * * * *
90678 TATAAGTTTGTT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATT
130 TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATT
* * * ** * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * ** *
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66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTT-TATGTTC
* ** * * **
90857 ATACTATTTTATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAGCTT
129 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
** * * * * * *
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1 AATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTT-TACTGAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTA
* * * * * * *
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* ** ** * * * *
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** * * ** * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATTT
** * * * * * *
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65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCA
*
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* * * * * * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * *
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66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCA
** * *
91386 TACAAGCTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAATT
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** * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** ** *
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* * * * *
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128 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * ** * * * *
91677 AAACAATTATATATTTCAAATTATTGTGACATTTTACTTTATTATAAAATAATT-TTT-TTTATC
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGT-TC
* * * * *
91740 ATACAAGCTTATT-TGAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTAAAATAATATAA-ATTTATTAAT
129 ATACAAGCTTATTCAGAATA---A--AATA-AT--ACTAATT----T-AT-TAATATTCA--AAA
91802 ATT
178 ATT
* * * ** * * * ** ** * *
91805 CAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAGAAATATGTTTACCAAATAAGCTCAAAT-GTCAT
1 -A-ATAAGTAA-GAG-ATT-----TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
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* * * ** ** ** *
91934 TTTATTCATACAAGCTTATTC-GAGTTAATTTAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATT
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* * * * * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
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66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTATGTTCA
* * * * *
92123 TATAGGCTTATTC-GAAATAAAATAATAGT-ATTTGGTTAATATTTCAAATATT
130 TACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * **
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
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65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCA
**
92302 TACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
130 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * ** *
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1 AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACT-AT
* * * * * * * *
92414 TTAAACAATTATTTATTTCAAAT-ACTCATGACTTTTTGTTCTCTCATAAACCAATTGTTTTTGT
63 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGT
* * *
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* * * * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
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* * *
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* ** * * * * *
92708 AAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTCAAATGGTCT-TGTCCATT
1 AATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGT-TATGACTATT
* * * * *
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* ** * * * **
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* * * * * *
92886 --TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGAAACAATTTAAATAGTTATTACTATTTA
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
92948 AACAATTATATATCTCAAATCAATATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCGT
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* ** * ** *
93012 ACAACCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAGAAAATTCCAAAAATT
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* * * *
93063 AGTAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
1 AATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * **
93127 AGAACATTTATTTATTT--AA--A--ATG---TTCTGATCTT-TCATAAAACAATAATTTCAT-T
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* ** * *
93181 TCATACAAGCTTATTTAGCGTAAAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATT
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* * * * * * *
93236 AATGAGCAAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACTA-CT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTT
* * * * * *
93298 GAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATAACCTTTGGTTTTATAAAAAAATAATTGCTTTA-GTT
65 GAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTATGTT
* * * *
93361 CATA-AAACTTA-TCTAAAATAAAATAATACTACTCTATTAATATTTCAAAAATT
128 CATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * ** * * * *
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66 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTATGTTC
* *
93541 ATACAAGCCTATTCA-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT
129 ATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATT
* * * * * *
93594 AAT--G--AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGAC-AAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATTA
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * ** * *
93654 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATATAATAATTGTTT-TAGTTC
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTTC
* *
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* * * * * ** * **
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1 AATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
93836 GAACAATTATCTATATAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTC
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* ** * * * *
93900 ATAAAAGCTTAACCAAAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTTAAAAAATT
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** * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * ***
94015 GAGCAACTACCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTTTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCAACA
65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCA
* * * *
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* *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * * *
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65 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTAT-GTT
* * *
94437 CATACAAGCTTAATT-GGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTT
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* * * * * * * * *
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1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* ** * * * * ** * ** ** *
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*
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** * * * * ** * ** *
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* * * * * * * ** *** ** * *
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* * * *
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* ** ** * * *
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* * ** * * * * **
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* * * * ** *
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* * * * * * * *
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*
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Statistics
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* * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * ** * * * **
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*** * *
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** ** * * * * *
89080 GTTATAAATAGTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATGTG
1 AATA-AAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TAAGGAAGAGATTTAAAAAA-ATATCT-
* ** * * * * ** *
89144 TTGT--TGAACTAGTTCAAATAGTTA-AACCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
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* * * * * * **
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* * * * * ** * *
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188 ACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGCTTGT--T
* * * * * * * ** * * * *
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* * * * * ***
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* * * * **
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1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-C-AAA--AATAAGGAAGAGATTTAAAAAAATATCT
** * * * * * * ** *
89501 -T-TA-CTTA-C---TGAACA-AGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGA
62 ATGTACCAAACCAGTTCAA-ATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
* * * **
89558 CGTTTTGTTTTGTTATAAAATAA-TTATTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
126 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTT-TTT-ATGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATA
** * * * * * * * **
89621 CTAATTTCTTAATATTCAAAAAATTAAT-AGTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTGAA-
189 CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGAAC
* * * * * * ** * * * * *
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254 T-AGTTTAAACAGTTAAGAT-TAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCCTTTGTTT
* * ** *
89748 TGTCATAAAACAATTGT-TTATGC-TCATGCAAAATTA-TTCA
317 TGTCATAAAACAATTGTATT-T-CAACATACAAGCTTATTTGA
* * ** * ** *
89788 GAATAAAATAAGATTGGTTTATTAACA-TTCTAAAAATTAAAAAGCTAGAGATTTGAAAAAATAA
1 -AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T---AAGGAAGAGATTT-AAAAAA-AT
* * * ** * * * * * *
89852 ATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTGTTA
58 ATCTATGTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * ***
89917 TGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCA-GTTTATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAA
123 T-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTT-TTT-ATGTTCATACAAA-TTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * * *
89978 TAACACTATTTTATTATTATTTTTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAG-T
184 TAATACTAATTTA--A-TAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCT
** * * * * * * *** ** * * *
90042 T-TACCAAATCAGATAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTAATTACC
246 TGT-TGAACT-AGTTTAAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACC
*
90106 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGA
309 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCAACATACAAGCTTATTTGA
* * * *
90155 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGT
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAGGAAGAGATTTAAAAAAAT--ATCTAT
* * * *
90220 TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATAACCT
64 GTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
** * *
90285 TTTGTTTTGTTGTAAAACAACTTTTTATGTTCATACAAATTTATTTGGAATAAACTAATACTAAT
129 TTTGTTTTGTCATAAAACAACTTTTTATGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* *
90350 TTAATAATATTCTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGAACTAGTT
194 TTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGAACTAGTT
* * * *
90415 TAAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATA
259 TAAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCCTTTGTTTTGTCATA
** * *
90480 AAGTAA-T-TATTTCAACTCGTACAAGTTTATTTGA
324 AAACAATTGTATTTCAA--CATACAAGCTTATTTGA
*
90514 AATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTTAAAAAGAAT-TC
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAA----ATAAGGAAGAGATTTAAAAA-AATATC
*** * * * *
90578 TATGTATTGAATC-GATTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TGTTATT
61 TATGTACCAAACCAG-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * *
90641 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATA
125 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTT-TTTATGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * ** ****
90705 CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAAC
189 CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGAAC
* * ** * ** * * * * * * ***
90769 CA-TTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATAATATTTTGTTTT
254 TAGTTT-AAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCCTTTGTTTT
* * ** * ** *
90833 GTCATCAAACAATTG--GTTCTATTTATACTATTTTA-TTCA
318 GTCATAAAACAATTGTATTTC-A-ACATACAAGCTTATTTGA
** * ** * *
90872 GAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAGCTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAA----AATAAGGAAGAGATTTAAAAAAAT--A
* * * * * * * * **
90937 TCTAATTGT--CGAACTAGTTCAAATAGTCA-ATATTATATGAATGAA-TATCAATTTCAAATCA
59 TCT-A-TGTACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTG
* * * * ** *
90998 TTATAACCTTTTTATTTTGTCATCAAAA-AA-TTGGTTCTATTCATATTATTTTATTT-AGAATA
120 TTATAACC-TTTTGTTTTGTCAT-AAAACAACTT-TTTATGTTCATACAAATTTATTTGA-AATA
* * * * * **
91060 AAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA-AAATCTAAT
181 AAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCT
* * * * * * ** * * * *
91124 TATTGAACTAGTTCAAATAGTCAATACTATA-TGAATGATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCT
246 TGTTGAACTAGTTTAAACAGTTAAGATTA-AGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCC
* * * * *** *
91188 TTTATTTTGTCATTAAACAAATAT-TTTGTTCATACAAGCTTA--TCA
310 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCAACATACAAGCTTATTTGA
* *
91233 AATTAAAAT--AA-T-ATTTCA--AA-AATT----AATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAA-AT-T
1 AA-TAAAATAAAACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATAAGGAAGAGATTT-AAAAA-AATATCT
* * * * * * * * *
91285 -TGTTAACCGAACCAATTCATATGGA-TA-AGACTACTAGAACAATTATCAATTTCATATTGTTC
62 ATG-T-ACCAAACCAGTTCAAAT-AATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * ** * *
91347 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAGACAA-TTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAATTA
123 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTT-TTT-ATGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATA
* * * * *** * *
91410 ATACTAATTTATTAACATTCCAAAAA-T--TAA-TGAGAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTATC
186 ATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGCTTGTT
* * * * *** * ** * * *
91471 AAACAAGTTCAAATAGTT--GTATTGTTTGAA-TATTGTCTATTTAAAATTGTTATGA-CCTTTC
250 GAACTAGTTTAAACAGTTAAG-ATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCCTTT-
* * * ** *
91532 ATTTTGTCATAAAACATTATTTTAGTT--A-ATACAAGCTTATACGG
313 GTTTTGTCATAAAACA--ATTGTATTTCAACATACAAGCTTATTTGA
* * *
91576 AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAT-
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC--AAA--AATAAGGAAGAGATTTAAAAAAAT-ATC
* * ** * * ** * * * * *
91639 TTTGTTTATCGGATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATATATTTCAAATTATTGT
61 TATG--TACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * ** * * * * * * *
91704 GACATTTTACTTTATTATAAAATAATTTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTA
124 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--CTTTTTAT-GTTC-A---TA---CAA-A--T-T---TA
* * * * *
91769 TTTGAACAATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTC-AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTGA
172 TTTG-A-AA-TAAAATAATACT-AATTTAATAATATTCTA-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAA
* * ** * * * * * * * ** * **
91832 AAAAGAAATATG-TT-TACCAAATAAGCTCAAA-TGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
232 AAAATAAATCTGCTTGT-TGAACT-AGTTTAAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTC
* ** * ** * * * * *
91894 AAATCATTTTGGCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGT-TTTTATTCATACAAGCTTATTCGA
295 AAATCGTAATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCA-ACATACAAGCTTATTTGA
** ** *** * * *
91957 GTTAATTTAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTACAAATAAATA
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTT--CAA-AAATAAGGAAGAGA-TTTA-AAA-AAATA
* * * * * * * * *
92022 TGT-T-TACCGAACAAGTTCCAATAGTCATAATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
59 TCTATGTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * *** *
92085 GATCTTTTATTTTGTCATAAAATAA--TTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAA
124 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTTTTTAT--GTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAA
* ** * * * * * * * * *
92148 TAGT-ATTTGGTTAATATT-TCAAATATTATTGAGTAAGAGATTTAAAACAT-GATCTGTTTATC
187 TACTAATTT-AATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTT
* * * * ** * * **
92210 GAA-TAAGTTCAAA-TGTTATGACTATTTGAATAATTATA-TATTTCAAATCGTTATGACTTTTT
250 GAACT-AGTTTAAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTA-ACTATTTCAAATCGTAATGACCCTTT
* ***
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313 GTTTTGTCATAAAACAATTGTATT-TCAACATACAAGCTTA-TTTGA
* * * * **
92317 AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TAAGCAAAATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-TAAGGAAG--AGATTTAAAAAAATATCT
* * * * * * * * * ** *
92380 TTGTTTCTAAA-TATGTTTAAATAGTTATGA-TGATTTAAACAATTATTTATTTCAAATACTCAT
62 ATG-TACCAAACCA-GTTCAAATAATTATAACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * * *** **
92443 GACTTTTTGTTCTCTCATAAACCAA-TTGTTTTTGTTTATACAAGCATATTCAAAATAAAATAAT
124 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTT-TTTATGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * * ** * *
92507 ACTAA-TTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTT-TAAAATAAAT-TTTTTATCGA
188 ACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGA
* * * * * * * *** ** * * * * *
92568 GCAACTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCACATAGTTATGA--TTTTTTTT
252 ACTAGTTTAAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCCTTTGTTT
* * * * *
92631 TATCATAAAACAATTGT-TTAT-ATTCATACAAGTTTA-CTCA
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* * *
92671 TAAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGATAGGAGATTTAAAAAATAAA
1 -AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAA-GGA-A-GAGATTTAAAAAA-ATA
* * * * ** ** *
92734 TCTGTTTACCAAACAAATTCAAATGGTCT-TGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--GTTA
59 TCTATGTACCAAACCAGTTCAAATAAT-TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
* * * * * * * ** *
92796 TGACCTTTTGTTTTCTCAT-AGACTAA-TTGTTTCTATT-AGTGCAAAATTA-TCCAGTATAAAA
123 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AACTT-TTTATGTTCA-TACAAATTTATTTGA-AATAAAA
* * * * * * **
92857 TAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAC
184 TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGT
* * ** * ** * * * *
92918 TGAAAC-AATTTAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATA-TATCTCAAATC-AATATGA-TCT
249 TG-AACTAGTTTAAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTA-ACTATTTCAAATCGTA-ATGACCCT
* *** * * *
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311 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATT-TCAACATACAAGCTTATTTGA
* * ** * * * * * **
93026 ATTAAAATAATACTAATTTAAGAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAA--A-TAAGGAAGAGATTTAAAAAAATATCT
* * * * * * *
93091 ATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAACATTTATTTATTT-AAAATG-T-T
62 ATG--TACCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * ** **
93152 ---C---TGATCTT-TCATAAAACAA-TAATTTCAT-TTCATACAAGCTTATTT-AGCGTAAAAT
124 AACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAACT--TTTTATGTTCATACAAATTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * * * ** **
93207 AATAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGC-AAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTAC
185 AATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGT
* * * * * * * * * * *
93270 TAAACAAGTTCAAATAGATT-TGACT-ACTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTAT-AACCTT
249 TGAACTAGTTTAAACAG-TTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAA-TCGTAATGACCCTT
* * * * * * * * *
93331 TGGTTTTATAAAAAAATAATTG-CTTT-AGTTCATA-AAACTTATCTAA
312 T-GTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCA--ACATACAAGCTTATTTGA
* * * * *
93377 AATAAAATAATACTACTCTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGCAAGAGATTTAAAAACTAA-AG
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T---AAGGAAGAGATTTAAAAA--AATAT
* * * * * * * * * ** **
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60 CTATGTACCAAACCAGTTCAAATAATTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * * ** *** *
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124 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACTTTTTATGTTCATACAAATTTATTTGAAAT-AAAATAAT
* * * ***
93568 ACTAATTTAATAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGACAA
188 ACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGA
* * * * * * * ** *
93628 ACCAATTCAAATAGTTAAGATT-ATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTT
252 ACTAGTTTAAACAGTTAAGATTAAGT-GAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCCTTTGTT
** * * * **
93692 TAATCATATAATAATTGT-TTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAA
316 TTGTCATAAAACAATTGTATTTCA--ACATACAAGCTTATTTGA
* * * *
93734 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAA-TAAGCATGAGTTTTTAAAAAATAA
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-TAAGGAAG-A-GA---TTTAAAAAA-AT
* * * * * * * **
93797 ATCTATTTACCGAAA-AAGTTTAAATAGTTAAAACTATTTGAACAATTATCTATATAAAATCATT
58 ATCTATGTACC-AAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * ****
93861 ATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATA-AAAGCTTAACCAAAATAAAAT
122 ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAACT-TTTTATGTTCATACAAA-TTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *** *
93924 AATAATACTTTATTAATATT-TAAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATCAATTTAT
185 AATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGT
* * * * * * * ** * * *
93986 TGAATCCA-TTTAAATATTTATGGCCATT--G-GAGCAACTACCTATTTCAAATTATTATTACCT
249 TGAA-CTAGTTTAAACAGTTA-AG--ATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCC
* * * * **
94047 TTTTTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTATTCAA
310 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATTTCAACATACAAGCTTATTTGA
* * * * * *
94095 AATAAAAT-AATCATAATTTATTAACATTTCAAGAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
1 AATAAAATAAAAC-TAATTTATTAATATTTCAA-AAATAAGGAAGAGATTTAAAAAA-ATATCTA
* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
94223 TTTTGTTCTATCATAAAATAA-TTGTT-TCTACTAAAAAAAGTTTA-TTCATAATTAAATAATAT
128 TTTTGTTTTGTCATAAAACAACTTTTTATGTTC-ATACAAA-TTTATTTGA-AATAAAATAATAC
* * * ** * * *
94285 TAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGATAAACC
190 TAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGAACT
* * * ** * * * * *
94350 AGTTCAAATAGTTAAGACTATA-TGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTTATTTT
255 AGTTTAAACAGTTAAGATTA-AGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACC-CTTTGTTTT
* * * * *
94414 GTTATAAAACAA-T-TATTTTAGCTCATACAAGCTTAATTGG
318 GTCATAAAACAATTGTATTTCA--ACATACAAGCTTATTTGA
* * *
94454 AATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTAAAAGTAAGAGACTTAGAAAATAAT-T
1 AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--T--AAGGAAGAGATTTA-AAAA-AATAT
* *** * * ** *
94518 CTATTTATTGAACCAATTCAAATAATTATAACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT
60 CTATGTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* *
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Statistics
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AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAGGAAGAGATTTAAAAAAATATCTATGT
ACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
TGTTTTGTCATAAAACAACTTTTTATGTTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
AATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGTTGAACTAGTTTA
AACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAAATCGTAATGACCCTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTATTTCAACATACAAGCTTATTTGA
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90683 GTTTGTTTGA
* * * ** * * *
90693 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATC
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* * * * * ** * * * **
90757 TATTTACCAAACCATTTCAAATAGT-TTTGACTATTTGAAT-AGTTATCTATTTCAAATTGTTAT
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** * * *
90820 AATATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTCAG
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* *
90873 AATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAGCTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATT-AAAAAA-AAAT
* *
90938 CTAATTGTCGAACTAGTTCAAATAGTCAATATTATATGAATGAATATCAATTTCAAATCATTATA
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* *
91003 ACCTTTTTATTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTATTCATATTATTTTATTTAG
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*
91056 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAATCT
1 AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAATCT
* * * *
91121 AATTATTGAACTAGTTCAAATAGTCAATACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCGTTATGAC
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*
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AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAAAATCT
AATTATCGAACTAGTTCAAATAGTCAATACTATATGAATGAATATCAATTTCAAATCATTATAAC
CTTTTATTTTGTCATCAAAAAATTGGTTCTATTCATACTATTTTATTCAG
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91568 TTATACGGAA
* * * *
91578 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATG
* ** * * * * *
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* **
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131 TTTTACTTTATCATAAAATAATAGTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTATTTG
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196 AACAAT
* *
91779 TAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTC-AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAGAAATA
1 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATA
* * * * * * * *
91842 TGTTTACCAAATAAGCTCAAAT-GTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTTTGG
64 TGTTTACCAAATAAGCTAAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTGTGA
* ** *
91906 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTTTATTCATACAAGCTTATT
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91954 CGAGTTAATT
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TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATG
TTTACCAAATAAGCTAAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATATATTTCAAATCATTGTGACA
TTTTACTTTATCATAAAATAATAGTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTATTTG
AACAAT
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88579 AATAAGAAAG
* * * * ** * * *
88589 AGATTTAAAAAACTAAATATGTTTATCG-AACAAGTTCAAATTGTTATTACTATTTGAACAATTG
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* * ** * ** * *
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* * * * **
88716 TTAGAT-AGAATAAAAT-ATACCAATTTATTAATATTTCTTAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
126 TTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAAATTTAAA
* * * * * * * * **
88779 AAATAAATCTGTTTACCAAATCAATT-AAATAATTATGGCCATTTAAACGATTATCTATTTCAAA
189 AAATAAATTTGTTTATC-AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * ** * * * * * **
88843 TTGTTATGA-CATTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTGA-TCATATAAGTTTATTTGAAATAA
253 TCGTTATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* ** * * * *
88906 AATAATACTAATCTATTAGTATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAGAAATAAATCTATT
317 AATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
** * * * * ** *
88970 TATCGAACCAGATCAACTAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATCATTAAAATC-
381 TA-CGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTAAAATCGTTATGACCT
* * * ** * *
89033 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTT-GGTCATAGAAGCTTAT-TCGGTTATAAATAGTACTA
444 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTAGTTCATAAAAGCTTATCTAGAATA-AAATAATAATA
* *
89096 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--
507 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
89124 ATATTTAAAAAATAAATGTG-TTGTTG-AACTAGTTCAAATAGTTA-AACCTA-TTAGAATAATT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCA-TTTAAATAATTATGA-CTATTTA-AACAATT
* * * * * * * * *
89185 ATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTATTTAGTCA-AAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCT
63 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTAACATACAAGCT
* * * * * * * *
89249 TATTTAGAATAAAATAATTCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAAAGACTTGAA
127 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT-ATAAGTAAGAA-A-TTTAA
* * * * * * * *
89312 AAAATAAATCTCTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATTTATTTAA
188 AAAATAAATTTGTTTATC-AACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* ** * * * *
89376 AATCATTATGACCTTTT-TTTTTTACATAAAAGAATTGTTTTAGTAT-ATAAAACCTTATCCAAA
251 AATCGTTATGACCTTTTGTTTAAT-CATAAAATAATTGTTTTA-T-TCATACAAGCTTATTCAAA
* * * ** * * * * *
89439 ATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTACGAAATTTATAAGCAAGAG-TTAAAAAAATAAGTTT
313 ATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * *
89503 ACTTACTG---AA---C--A-AGTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGAC
378 ATTTAC-GAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
89559 GTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATACT
442 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTAG-AATAAAATAATAAT
* *
89623 AATTTCTTAATATTCAAAAAATTAAT-AGTA
506 AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * *
89653 AGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACTG-AATCAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATT
1 A--GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCA-TTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATT
* * *** * **
89717 ATCTATTTCAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATGCTCATGCAAAAT
63 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTAACATACAAGCT
* * * ** * * * *
89782 TATTCAGAATAAAATAAGATTGGTTTATTAACA-TTCTAAAAATTAAAAAGCT-AGAGATTTGAA
127 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT-ATAAG-TAAGAAATTT-AA
* * * * * *
89845 AAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTGTCTATTTAA
188 AAAATAAATTTGTTTA-TCAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * ** * * * * *
89909 AATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAAT
251 AATCGTTATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * ** *** * *
89974 AAAATAACACTATTTTATTATTATTTTTTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
315 AAAATAATACTAATTTATTA--A-CATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
90039 -AGTTTACCAAATCAGATAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTAATT
377 TA-TTTACGAAA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG
* **** * *
90103 ACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAATAATA
440 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTAG-AATAAAATAATA
* * *
90167 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAG--
504 ATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
** * * *
90198 AGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
1 AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCA-TTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTA
* ** * * ** * **
90262 TCTATTTTAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAACTT-TTTATGT-TCATACAAAT
64 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-T-TAACATACAAGC
*** * * * *
90325 TTATTTGGAATAAACTAATACTAATTTAATAATA-TTCTGAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAA
126 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATT-ATAAGTAAGAAATTTAAA
* * * * * * * ** * *
90389 AAATAAATCTGCTTGT-TGAACTAGTTTAAACAGTTAAGATTAAGTGAACAATTAACTATTTCAA
189 AAATAAATTTG-TT-TATCAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* ** * * * * * * * **
90453 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAGTAATTATTTCAACTCGTACAAGTTTATTTGAAATA
252 ATCGTTATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * * * * *
90518 AAATAAAACTAATTTGTTAATATTTC-AAAATTTTATAAGGAAGAGATTT-AAAAAGAATTCTAT
316 AAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * ** * * * * * * *
90581 GTATTG-AATCGATTTAAATAATTATAACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-GTTATTACT
380 TTA-CGAAAAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
90644 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTGT-TTGAAATAAAATAATACTA
443 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTAG-AATAAAATAATAATA
*
90708 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATTAGTAA
507 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-A
* * ** * * * * *
90738 GAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTA-CCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAGTTA
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCATTT-AAATAATTATGACTATTTAAACAATTA
** * ** * * * * ** * **
90802 TCTATTTCAAATTGTTATAATATTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTT
64 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATACAAGCTT
* * ** ** *
90867 ATTCAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAGCTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA
128 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAG-AAATTTAAAAA
* ** * * * * * * * *
90932 ATAAATCTAATTGTCGAACTAGTTCAAATAGTCAATATTATATGAATGAA-TATCAATTTCAAAT
191 ATAAATTTGTTTATC-AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAT-AATTATCTATTTCAAAT
* * * ** * ** ** * *
90996 CATTATAACCTTTTTATTTTGTCATCAAAA-AATTGGTTCTATTCATATTATTTTATTTAGAATA
254 CGTTATGACC-TTTTGTTTAATCAT-AAAATAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * ** * * * * * *
91060 AAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA-AAATCTAAT
316 AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* ** * * ** * *
91124 TATTGAACTAGTTCAAATAGTCAAT-ACTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCGTTATGACCT
381 TA-CGAAAAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT
* * * * *
91188 TTTATTTTGTCATTAAACAAATATTTT-GTTCATACAAGCTTATC-------AAAT--T-A-AA-
444 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATAATAAT
*
91240 --A-TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
509 TTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT-A
* * * ** * * * * *
91266 GAGATTTGAAAAATAAATTTGTTAACCG-AACCAATTCATATGGA-TAAGACTA-CTAGAACAAT
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACC-ATTTAAAT-AATTATGACTATTTA-AACAAT
* * ** * * * * *
91328 TATCAATTTCATATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAGACAATTGTTTCAGTT--CATACAA
62 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT---TTAACATACAA
*** * * * * * *
91391 GCTTATTTGGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCCAAAAA-T-TAA-TGAGAGATTTAAA
124 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTATAAGTAAGAAATTT-AA
*** * * * * *
91453 AAAATAAATCAATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT--GTATTGTTTGAAT-ATTGTCTATTTAA
188 AAAATAAATTTGTTTATCAACCAA-TTCAAATAGTTAAG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* ** ** * * * * **
91515 AATTGTTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAA-CATTATTTTAGTTAATACAAGCTTATACGGAAT
251 AATCGTTATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * * * * * * *
91579 AAAATAATACAAATTTATTAATATTTC-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTG
315 AAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * * * * * * * ** * *
91643 TTTATCGGATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATATATTTCAAATTATTGTGACA
379 TTTA-CGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACC
** * * * *
91708 TTTTACTTTATTATAAAATAATTTTTTTTA-TCATACAAGCTTATTTGAATAG-TTATGACTATT
443 TTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTTAGT--T-C-A---TA----AA-AGCTTAT--CTA--
* * *
91771 TGAACAATTAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAA
491 -G---AA-TAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGT--A
* * * ** ** * * * * * *
91824 AGATTTGAAAAAGAAATATGTTTA-CCAAATAAGCTCAAAT-GTCATGACTATTTGAATAATTAT
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCA-TTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
* * * * * *
91887 TTATTTCAAATCATTTTG-GCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAGTTTTTATTCATACAAGCTT
65 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-ACATACAAGCTT
* ** ** ** * ** * * *
91951 ATTCGAGTTAATTTAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAGATTTTACAA
128 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-ATAAGTAAGAA-ATTTAAAAA
* * * * *
92015 ATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCCAATAGTCATA-ATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
191 ATAAATTTGTTTATC-AACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* * ** * * * * *
92078 TCGTTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCGAAATAA
253 TCGTTATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * * * * * * * * *
92143 AATAATAGT-ATTTGGTTAATATTTC-AAATATTATTGAGTAAGAGATTTAAAACAT-GATCTGT
317 AATAATACTAATTT-ATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * *
92205 TTATCGAATAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCGTTATGACTT
380 TTA-CGAAAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCT
* * * *
92269 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAAT-ATAA
444 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATAAT-A
* *
92332 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
507 ATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
92362 AAATTTTAAAAAATAAATTTGTTT-CT-AAA-TATGTTTAAATAGTTATGA-TGATTTAAACAAT
1 AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCA--TTTAAATAATTATGACT-ATTTAAACAAT
* * * * * ***
92423 TATTTATTTCAAAT-ACTCATGA-CTTTTTGTTCTCTCATAAACCAATTGTTTTTGTTTATACAA
62 TATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-AACATACAA
* * * *
92486 GCATATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTT-T
124 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-TAAGTAAGAAATTTAA
* * * * * * *
92549 AAAATAAATTT-TTTATCGAGCAACTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAC
188 AAAATAAATTTGTTTATCAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
92613 ATAGTTATGA--TTTTTTTTTATCATAAAACAATTGTTTATATTCATACAAGTTTACTCATAAT-
252 ATCGTTATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * *
92675 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AG-ATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTG
316 AAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAT--GAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
92738 TTTACCAAACAAATTCAAATGGTCT-TGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA--GTTATGAC
379 TTTACGAAA-AAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC
* * * *
92800 CTTTTGTTTTCTCAT-AGACTAATTGTTTCTA-TT-AGTGCAAAA--TTATCCAGTATAAAATAA
442 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TAGTTCA-T--AAAAGCTTATCTAGAATAAAATAA
* * **
92860 TACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--
502 TAATAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
92893 AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGAAACAATTTAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATA
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATC
* * * * ** * *
92958 TATCTCAAATCAATATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCGTACAACCTTAT
66 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTAACATACAAGCTTAT
*** * * * *
93022 TTGGATTAAAATAATACTAATTTAAGAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAAATTTTAAAAAAT
130 TCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA-TAAGTAAGAAA-TTTAAAAAAT
* * * * * * *
93087 AAATATGTTTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACATTTATTTATTTAAAAT-GT
193 AAATTTGTTTATC-AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** * ** * ***
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257 TATGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** *
93209 TAGTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAAAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACTAA
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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450 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATAATAATTTATTA
* * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * * * *
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63 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAA-CATACAAGCT
* *
93550 TATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-TAA-TGAGAGATTTAAAAA
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* *
93611 ATAAATTTGTTTGA-CAAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
191 ATAAATTTGTTT-ATC-AACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* *
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*
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318 ATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTT
* ** * *
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* * * * *
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511 ATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTA
** * * * * ** * * *
93961 AGATTTAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCCATTTAAATATTTATGGCCATTGGAGCAACTACC
1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATC
* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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257 TATGACCTTTTGTT-TAATCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
94280 AATATTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAA-CTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTT--
320 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-ATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * *
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* * * * * * *
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*
94470 TTTATTAATATTTCAAAAATTTAA-AAGTAA
508 TTTATTAATATTT-AAAAAATTAATAAGT-A
* * * * * * * *
94500 GAGACTTAGAAAATAATTCTATTTATTG-AACCAATTCAAATAATTATAACTATCTGAACAATTA
1 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACC-ATTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTA
* * * * *
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* * ** *** * *
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** *** * * * * * * * * * *
94686 TT-ATTAAT--ATTTAGAAAATTAATCAA-T-AAGAGATTTAAAAAGTAAATTTG-CTTATCAAA
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* * * * ** *
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* * * * *
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* *** * * * * * * ** *
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* *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * * * ** *
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1 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAACCA-TTTAAATAATTATGACTATTTA-AACA-ATT
* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * ** * * *
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* * * ** * * ** *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * **
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* * *
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* *** * * ** *
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* ** * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** ** * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* ** ** * * * * * *
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* ** * * * *
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** * * * * * * * *
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* * * ** * * *** *
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** * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * ** * ***
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124 CCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * ** * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * *
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1 A
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* * *
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* * * * * * * * *
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*
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* * ** * **
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*
98634 AACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAAT
130 AACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAA-G--ATAAG
* * * * *
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1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACAAATTTAT
* * * * *
98750 TTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
66 TTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAA
* * * * *
98815 AC-TAGTA-CAATCA-AAAGCAATTTTTTTATGACCA-AACAAAAGGTAATAAC
131 ACTTA-TATGAA-CAGAAA-TAATTGTTTTATGA-CAGAATAAAA-G--ATAAG
* * * * * * * * ** * *
98865 AATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATTATTTGAAA-TGATTTGGTAAACAAATTC
1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTT-AAACTAATTCAGCAAACAAATTT
* * * *
98928 ATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA
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* * * * * *
98992 ATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAAC
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* * * * * ** * *
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1 GATT-TAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGCA-AACAAATTT
* * * * * * * * *
99108 ATTTTTTTAA-CTTTTACTGATTCATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGA
64 ATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATT-ATAAATTATTATTATTTTATTTTGAA
** * * ** * * *
99172 TAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAAT
128 TAAACTTATATGAAC-AGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAA-G--ATAAG
* * * * * * * * ** * * *
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1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACAAATTTAT
* * * * * * * * *
99290 TTTTTAAATCTTTTGCTTATTCATTTTTTG-AATGTCAATAAATT-TGGACTATTTTATTTTGAA
66 TTTGTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAGAAATAT-TATAAATTAT-TATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * * * *
99353 T-AAGTATGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACTA-AACAAAAGATTAGAAT
128 TAAACT-TATATGA-ACAGAAATAATTGTTTTATGAC-AGAATAAAAGA-T--AAG
* * * * ** * ** ** *
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1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACAAATTTAT
* * * * ***
99471 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACGAAAT
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* * ** * *
99531 AAGCTTCTATGATTATAAATAATTTTTTTATGACA-AA-ACAAAGATCTTAACG
129 AAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATA-AAAGA---TAA-G
* * ** * * * * ** * *
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1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAG-CAAACAAATTTA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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129 AAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAA-G--ATAAG
* * ** * * * * * * * *
99762 GATTTGAAATAAATAATCATTCGAATGGCCATAATTGTTTTAATTGATTC-GACAAACAAATATA
1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAG-CAAACAAAT-T-
* * * **
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* * * * * ** * *
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126 A-ATAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAAT-AAAA-G--ATAAG
* * * * * * * * ** ** * *
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1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACAAATTT-A
* * ** ** * *
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65 --TTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATTATAAATTATTATTATTTTATTTTGAA
* * * * * * *
100072 TAAGCTTATATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTCAAAAC
128 TAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGAC-AGAATAAAA-G--ATAAG
* ** * * * * * * ** *
100125 GATTTCAAATGGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTA
1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACAAATTTA
* * * **
100189 TTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAGAA
65 TTTTGTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATT-ATAAATTATTATTATTTTATTTTGAA
* * ** * * * *
100249 TAAGCTTGTACAAACA-AAATAATTGTTTTACGACAAAAAAAAAGGTCATAAC
128 TAAACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAA-G--ATAAG
* * * * * * * ** * * ** * *
100301 GATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTCGGTAATTAGATTTAC
1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACAAATTTAT
** * ** * *
100366 TTT-TATTTTTCTTGGTTATCAAGTTTT-GGAATATTATTAAATTAGTT-TTATTTTATTTTGAA
66 TTTGTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAGAAATATTA-TAAATTA-TTATTATTTTATTTTGAA
* * ** * * *
100428 TAAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTATTTGT-TGACAAAATAAAATGTTAAACG
128 TAAACTTA-TATGAACAGAAATAATTGTTT-TATGACAGAATAAAA-GAT-AA-G
* * * * * * * * * ** * * *
100481 G-TTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCAAAACTATATAAAATGATTTGGTAAATAGATTTAC
1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGCAAACAAATTTA-
* * *** * *
100545 TTTT-TAACTCTCTTACTAATTAATTTTTTCAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAGT
65 TTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAAATATT-ATAAATTATTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * *
100609 AAACTTATCTTAATA-AAGACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAAT
129 AAACTTATATGAACAGAA-ATAATTGTTTTATGACAGAAT-AAAAG--ATAAG
* * *
100661 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 GATTTAAAATAAACAATTGTTCAAATAGT
100690 TATTATTTTC
Statistics
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185 5 0.00
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Consensus pattern (177 bp):
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ACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGATAAG
Found at i:98760 original size:181 final size:179
Alignment explanation
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98190 TAGTTACTAG
* * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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128 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * * * *
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1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG
* * *
98976 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTC
65 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTC
* * * *
99041 ATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTG-
128 ATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA
* * * * * * * *
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* ** *
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65 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATG--ACAAACAAAAGGT
* * * * * * * *
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127 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * *
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1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * ** * * *
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* * * * * * ** * * *
99399 TTAGAATGATTTGAAATAGACAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAATTGG
126 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * *
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1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
*** * * ** * * *
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* * * * * * *
99577 TTAACGGTTTGAGATTGATAATTGTTTAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGG
128 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * *
99629 TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAT-TTATTAATTTTTGAAGTATTAATAAATTAG
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * * * *
99693 TATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCA
65 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCA
* * ** * * * * * * *
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129 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* ** * * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * *
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125 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
** **
99991 TTTGGTAAACAGATTTAATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTCCAA-A-TGCTAAATT
1 TTTGGTAAACAGATTT-A--TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * **
100053 ATTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG
63 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGG
* * * * * *
100118 TCAAAACGATTTCAAATGGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACCATTTGAACTGA
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* *
100172 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-C-C--TCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** * * ** * * *
100233 ATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTACAAACAAAATAATTGTTTTACGACAAAAAAAAAGGTCAT
66 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
100298 AACGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAGCTGG
130 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* ** * ** * ** * * * *
100348 TTCGGTAATTAGATTTA-CTTTTATTTTTCTTGGTTATCAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
100412 TTTATTTTATTTTGAATAAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTATTTGT-TGACAAAATAAAATGT
66 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTA-TATGAACA-AAACAATTGTTT-TATGAC-AAACAAAAGGT
* * * * * * * *
100475 TA-AACGGTTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTCAAAACTATATAAAATGA
127 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * **
100527 TTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAACTCTCTTACTAATTAATTTTTTCAATATTAATAAATTAGT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * *
100592 ATTATTTTATTTTGAGTAAACTTATCTTAATAAAGACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAA
66 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAA-ACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCA
* * * * * *
100657 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATTA-TTTTCTAAATCTCTTA
129 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-TGAA---CTGA
** * * * *** * * * * *** *
100711 TAAATTTTTGAA-ATATTAATAAATT-AGT-TTTTTCCTATTCCAAATATGCTTGTTTTATGACA
1 T---TTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT---AAT-T-TTTGAAATATTA-A
* * * *** * * * ** * *
100773 -AAATAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAA--TAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
57 TAAAT--TAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATG--AACAAA--ACAATTGTTTTATGA
*** * * ** * ** ** * *
100833 TTGA-ATAAGCTTGT-ATGAACTGAAATA-ATTATTATATGACCAAACAAAAGGTCA-AAATGAT
115 CAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TA--AT-TGTTC--A-AATA-GTCATAACT-AT
*
100894 TTGAAATAGATAATTA
171 TTGAACT-G------A
* * * * * * * *
100910 TTCTAGTAGTCTTAAC-TATTTGAACTAGTTTAGTAAAAC-ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTA
1 TT-T-G--G--TAAACAGATTT--A-T--TTT-TTAAATCTCTTT-CTTATT-AAT-T-TT-TGA
* * * * * * ** *
100973 ATTTTTGGAATATTATTA-TATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGGATGATCAAAAGCAA
49 AATATT--AATA-AATTAGTATTA-TTTTATTTTGA-AT--A-AA-CTTATATGAACAAAA-CAA
* * * * * *
101037 TTATTTTATGAGAAA-ACAAAGATCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAA
104 TTGTTTTATGACAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
101100 CTATTTGAACTG-
167 CTATTTGAACTGA
* ** * * *
101112 GTTCATAAA-ACTATTTATTTTTTAAATCTCTTCCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG
1 TTTGGTAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * * * * * *
101176 TA-TATTTTA-TTTCAGATAAGTTTTTATGAGCTGAAACAATTGTTTTATAATAAAAAAAAAAGC
65 TATTATTTTATTTTGA-ATAAACTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTAT--GACAAACAAAAGG
* * * * * * **
101239 TCATAATGACTTT-AAATAGTTAGAATGATCATTCAAAAAGTGA-AATCTTTTTGAACTTT
126 TCATAACGA-TTTGAAATAG--ATAAT--T-GTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGA
* * *
101298 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTG-AATGA-TAATAAATT
1 TTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAA-TTTTTGAAAT-ATTAATAAATT
* * * * ** ** * *
101361 ATTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGGATGAATTGAAATAATTTTTTTATGACTAAACAAAAGG
63 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGG
* * ** * * *
101426 TTAGAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACT-A
126 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * * * *
101479 GTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAAATTA
1 -TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* ** * * * *
101543 GTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGGAACAATT-ATTTATGACAAA-ATAAAGA
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* * * * * *
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126 TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * ** *
101659 TTTGGAAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-TT-TTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATTAGT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** ** ** * * *
101720 ATTATTTTAATTTGAATAATTTTGCATGAACAGTTACAATTACTTTTATGTCAAAACAAAATGTC
66 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACA-AAACAATT-GTTTTATGAC-AAACAAAAGGTC
* * *
101785 ATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGGCA-AGACTATTTGAACTTG-
128 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAAC-TGA
* * ** *
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** * * *
101901 TATTATTTTATTTCAAATTAAA-TTGTAT-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
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* * * *
101964 CATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTCA
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1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATAAATTA
* * * * * * *
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*
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127 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
**** * * ** * *
102197 TTCAAAAAATATATTTATTTTAAAAAT-T-TTTATGTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTA
* ** * *
102260 -TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATAAACAGAACCAATT-TTCTTATGACAAAACAAAAG
64 GTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAACA-AAACAATTGTT-TTATGAC-AAACAAAAG
* * * * *
102322 GTCATAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATTACTATTTGAACAT-C
125 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * * *
102376 TTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
** ** * * ** * *
102441 ATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATAAATGGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAGGTC
66 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGGTC
* * * * * *
102506 ACAATGA-TT----T-GAT-A---TTCAAATAATCATGACTATTTTAATTTG-
128 ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGA
* * * * * *
102548 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTCAAATAT-TTTACTTACT-ATTTGTAGAAATATTAATAAAGT
1 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTT-CTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATT
* * *** ** * * *
102611 AATATTATTTTAATCCAAATAAGTTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
63 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGG
* * * * * ** *
102676 TCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAAAGATTTGAACTTA
126 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* *
102730 TTCGGTAAACATATTTATTTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAAT
1 TTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAA-
** * * **
102792 TTA-TATTATTTTA-TTTGAAATAAGGTTGTATGAACAAAAAAATCATTTTATGACAAAACGAAA
61 TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTATATGAACAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAA
* * * * * *
102855 A-GTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-
123 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGA
* * * ** * **
102911 TTTAGTAAAACAGATTCATTTTCTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTAG-AATATT-AT-AGCTA
1 TTTGGT-AAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * * *
102973 GTA-TATTTTATTTTGAATAATCTTATATTAATTTAAATAATTTTTTTATGACAAAATAAAAGGT
64 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGT
* * * * *
103037 CATAACAATTTGAAATAGATATTTAG-TCAAATAGTCATGATTATTTGATCT-A
127 CATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * *
103089 GTTTGGTAAGCATATTTA-TTTTTAAAT-T-TTTATTTATTAGTTATTGAAATTTTAATAAATTA
1 -TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * *** * * * * * * *
103151 AT-TTATTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGTTTTATAATAGAATAAAAAG
64 GTATTA-TTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGG
* * * *
103215 TCATAA-TAGTTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-A
126 TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * ** ** *
103268 GTTTGATAAATAGATTTAACTTTTAAA----AGTCATATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAG
1 -TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* *
103328 TATTTTTTTTATTTTGAA-AAATCTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
65 TA-TTATTTTATTTTGAATAAA-CTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGG
* * *
103392 TTATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-A
126 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
* * * * * *
103445 GTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATTTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA
1 -TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-A
* * * ** * *
103510 -TTTTATTTTATTTTGAAT-AATTTAATATAAATTGAAA-TATTGTTTTATGATAAA-AAAA---
64 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTT-ATATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGT
* ** * * *
103568 -AT---GATTTGAAATAGATAATTGTTTATGTAGTCTTAATTAATTGAACT-A
127 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
** * ** * *
103616 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTA
1 -TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTA
* * * * * * * *
103680 GTATTTTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACATAAAAAAAGCT
64 GTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGGT
*
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127 CATAACGATTTGAAATA
103762 TACTATTAAT
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ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA
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98547 CTAGTTCAGC
* * ** ** *
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* * * * *
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63 TTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTA-AACAAAAGGTTAAAATG
* * * * * ** * *
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127 ATTTGAAATAGACAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAAATTTAT
* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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*
98942 TTAATTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA
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* * * * * **
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* * *
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506 AGCCATAATTATTTGAATTTGTTCGACAAAAAAATTATTTTTTTAACTTTTACTGATTCATTTTA
***
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571 GAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCAGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTT
** ** * * *
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*
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701 ACTTATTTGGT
* * *** * *
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1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTCCAAATG-C--TAAATTAT-TATTA
* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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189 ATTTTTTAAACCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATCAG-AATA
* ** * * * * * * *
99532 AGCTTCTATGATTATAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGGTTTGAGATTGATA
252 AGCTTGTACAATCA-AAATAATTTTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA
* * *
99597 ATTGTTTAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
316 ATTGTTCAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * *
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380 ATTATTAATTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAA
** * * *
99727 AAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAAATAATCATTCGAATGG
444 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCT-AAATAAACAATCATTCAAATAG
* * * * *
99790 CCATAATTGTTTTAA-TTGATTCGACAAACAAATATATATTTTTTAATTTCTTACTTATT-ATTT
508 CCATAATTATTTGAATTTG-TTCGACAAAAAAAT-TAT-TTTTTTAACTT-TTACTGATTCATTT
* ** *
99853 TAAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTTGTTT-T-AACTTAAACAATT
569 T-AGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCAGATAAG-TT-TTTATGAACTAAAACAATT
* * * **
99916 GTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATT-TTTCAAATGGTAATAACT
631 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTT-AAACAGTAATAACT
*
99980 ACTTGAACTTGTTTGGT
695 ACTTGAACTTATTTGGT
*
99997 AAACAGATTTAATTTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCCAAATGCTAAATTATTATTAAT
1 AAACAGATTT-A--TTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCCAAATGCTAAATTATTATTATT
* * * *
100062 TTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGA
63 TTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGA
* * * * *
100127 TTTCAAATGGATAATTATTATAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTT
128 TTTGAAATAGACAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTT
*
100192 TTTAAACCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTG
193 TTTAAACCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTG
* * * * *
100257 TACAAACAAAATAATTGTTTTACGACAAAAAAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATT
258 TACAATCAAAATAATTTTTTTATGAC-AAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * ** * ** *
100322 CATATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTCGGTAATTAGATTTA-CTTTTATTTTTCTTGGTTATC
322 CA-ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATT
* * * * * * * *
100386 AAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAA
386 AA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAA
*
100451 TTATTTGT-TGACAAAATAAAA
450 TTATTT-TATGACAAAACAAAA
100472 TGTTAAACGG
Statistics
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0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (711 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTCCAAATGCTAAATTATTATTATTTTA
TTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTT
GAAATAGACAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
AAACCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTAC
AATCAAAATAATTTTTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAT
AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTATTT
TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCTAAATAAACAATCATTCAAATAGCCATAATTATTTG
AATTTGTTCGACAAAAAAATTATTTTTTTAACTTTTACTGATTCATTTTAGAAATATTAAGAAAT
TAGTATTATTTTATTCCAGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
GTCATAACAATTTTAAATAAACAATTATTTAAACAGTAATAACTACTTGAACTTATTTGGT
Found at i:100395 original size:898 final size:892
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Indices: 98504--100677 Score: 2197
Period size: 898 Copynumber: 2.4 Consensus size: 892
98494 AACAAAAAAG
* * *
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1 GATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTA-
* ** * * *
98569 TTTTTAAATCTCTTTGTTATTAATTTTAGGAATATTATTATATTATTATTATTTTATTTTGAATA
65 CTTTTATTTATC-TTGTTATTAATTTT-GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * *
98634 AACTTATATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAAC
128 AACTTATATGAATAGAAATAATTTTTTTATGACA-AA-AAAAGATT-TAACGGTTTGAA-TAGAT
* *
98699 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTC-AGTAAATAGATTTATTTTGTAAATCTCT
189 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
98763 TACTTATTAATTTTTGAAAG-ATT-ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTAGTACAAT
253 TACTTATTAATTTTTG-AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAAT
* * * ** **
98826 CAAAAGCAATTTTTTTATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
317 CAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATCATTGAAAT
* **
98891 GACCATAATTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTT
381 GACCATAATTATTTGAAATGATTCGACAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTT
* **
98956 TCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
446 TAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCCAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * *
99021 TTGTGACAAAACAAAATGTCATAACAATTCTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
511 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTACTT
* * ** *
99086 GAATTTGTTCGATAAAAAAATTATTTTTTTAACTTTTACTGATTCATTTTTGAAATATTAAGAAA
576 GAACTTGTTCGATAAAAAAATTATTTTTTTAACTTTTACTGATTAATTTTCCAAATACT-A-AAA
* * * * * *
99151 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAA
639 TTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGCTAAAACAAAA
* * * * * *
99216 GGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAA
704 GGTCAAAACGATTTCAAATAAATAATTATTTAAACAGTCATAACCATTTGAACTGATTTGGTAAA
* * * * ** * *
99281 TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTCATTTTTTGAATGTCAATAAATTTGGACTATTTTA
769 CAAATTTATTTTTTAAATC-TCTGCTTATTAATTTTTAAAATATCAATAAATTAGGACTATTTTA
* ** ** * * * * *
99346 TTTTGAATAAGTATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGATTAGAAT
833 ATCAGAATAAGTATGTAAGATACAAAACAAATATTTTACGACAAAAAAAAAGATCAGAAC
* * * * * *
99406 GATTTGAAATAGACAATTATTC-TAATAGTTTTAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAACAAATTT-
1 GATTTAAAATAGATAATTATTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTA
* * ***
99469 CTTTT-TTAAATC-TCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACGAAAT
65 CTTTTATT-TATCTTGTTATTAA-TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AAT
* * * * *
99531 AAGCTTCTATGATTATAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACGGTTTGAGATTGAT
127 AAACTTATATGAATAGAAATAATTTTTTTATGACAAAA-AAAGAT-TTAACGGTTTGA-ATAGAT
* * * * * *
99596 AATTGTTTAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTT
189 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * *
99661 ATTTATTAATTTTTGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTTGAATAAGCTTGTATGATCA
254 ACTTATTAATTTTTGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATAATCA
* * *
99726 AAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCG-AATGG
319 AAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATCATT-GAAATGA
* * * * ** *
99790 CCATAATTGTTTTAATTGATTCGACAAACAAATAT-ATATTTTTTAATTTCTTACTTATT-ATTT
383 CCATAATTATTTGAAATGATTCGACAAACAAAT-TCAT-TTTTTAAATCACTTAATTATTAATTT
* * * * * *
99853 TAAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATCTAAGCTTGTTTTAACTTAAACAATTG
446 TAAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCCA-ATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTG
* * * * *
99917 TTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGACAATTTTTCAAATGGTAATAACTAC
509 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTAC
* * * * * *
99982 TTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTAATTTTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTCCAAATG
574 TTGAACTTGTTCGATAAA-AAAATT-A-TTTTTTT-AA-CT-TTTACTGATTAATTTTCCAAATA
* **
100046 CT-AAATTATTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTGGAACAATTGTTTTATGACT-A
633 CTAAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATG-CTAA
** * *
100109 AACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATGGATAATTA-TTATAATAGTCTTAACCATTTGAACTGAT
697 AACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAAATAATTATTTA-AACAGTCATAACCATTTGAACTGAT
* * *
100173 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-C-CT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
761 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTGCTTATTAATTTTTAAAATATCAATAAATTAGGAC
* * * *
100235 TATTTTAATCAGAATAAGCT-TGTACA-A-ACAAAATAATTGTTTTACGACAAAAAAAAAGGTCA
826 TATTTTAATCAGAATAAG-TATGTA-AGATACAAAACAAATATTTTACGACAAAAAAAAAGATCA
*
100297 TAAC
889 GAAC
* * ** *
100301 GATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAGCTGGTTCGGTAATTAGATTTAC
1 GATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAAATTTAC
* * *
100366 TTTTATTTTTCTTGGTTATCAAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAA
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* ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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** * * * * *
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* ** ** * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * **** ** ** * ** * **
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* * * * * ** * *
100765 TTATGACA-AAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AAATAA--ATGT-T-AATA-
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** * ** ** * * *
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* * * * *
100879 AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTT-G--AACTAG-TT
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* *** * * * *
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* * * * * * **
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153 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAACA
* * * * *
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218 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGAAAACAGATTTAT
* ** * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * ** * * *
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192 TTATGATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
103610 GAACTAGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
257 GAACT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTA-TTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * * *
103675 TATTAGTATTTTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAG
320 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * * * *
103715 AAATAATTGTTTTATGACATAAA-AAAAGCTTATAACGATTTGAAATA
1 AAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
103762 TACTATTAAT
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Consensus pattern (359 bp):
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAATTATTTGAACTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTAT
GATAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAG
Found at i:104291 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 103827--104780 Score: 551
Period size: 180 Copynumber: 5.3 Consensus size: 182
103817 TGTATGATAA
* * * * * * *
103827 AAAACAATTGCTATATTACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAAT-G
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * * *
103891 GCTATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCA-CTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTT
66 TC-ATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCACTCAATTATTAATTT
* * *
103955 TTGAAATATTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
130 TTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACT
* * * * ** * *
104008 AAAATAATTTTTTTTTGAGAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTTCAATAAACAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
104072 TCATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAAAAAAATTATTTTTTTAAA-CTCTCACTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCACTCAATTATTAATTTT
* * *
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131 TGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACT
*
104187 AAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * **
104252 TCATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTTCAAATCTTGTGC--TTATTAA
66 TCATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAAAAGATTTA-TTTTTTT-AAATC-ACT-CAATTATTAA
* * * * ** *
104315 TTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTA-AGATA-T
127 -TTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATA-A-ACT
* * * * * * * * * *
104371 GAAACAAATATTTTATGACTAAAC-AAA--T-AT--T--TTATGACTAAACAA-TATTCTAATAG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * * * *
104427 TTTTAACTATTTCAA-TTAGTTGGGCAAACACATTTA-TTTTTTAAAT--CTC--TTATTAA-TT
66 TCATAACTATTTGAATTTA-TTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCACTCAATTATTAATTT
* * *** * ** * *
104485 TTCAAAAATTTTTTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAAT-AGCTTTCTATGAA-T
130 TTGAAATA-TTAAAAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGC-TTGTATAAACT
* * * * ** * *
104538 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAA-CAATTTAAGATTGATAATTATTTAAAT
1 A-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA-ATAAATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * * *
104601 GGTCATAACTATTTGAATTGATTCGATAAACATATATA-TATTTTAAAT-ATGTTACTTATTAAT
64 AGTCATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCA-CTCAATTATTAAT
* * * * *
104664 TTTTGCAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATT-TGAAATAAGCATGTATGATC-
128 TTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATAAACT
* * * * **
104717 AACATCAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AGTTTAAAATAGATAATCATTCAAAT
1 AA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
104781 GACCATAATT
Statistics
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0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
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AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAATTTATTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTTAAATCACTCAATTATTAATTTT
TGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACT
Found at i:104419 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 104372--104419 Score: 89
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104362 GTAAGATATG
104372 AAACAAATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
104391 AAACAAATATTTTATGACT
1 AAACAAATATTTTATGACT
104410 AAAC-AATATT
1 AAACAAATATT
104420 CTAATAGTTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
AAACAAATATTTTATGACT
Found at i:105345 original size:179 final size:182
Alignment explanation
Indices: 105000--105580 Score: 461
Period size: 179 Copynumber: 3.2 Consensus size: 182
104990 TTTTAAATCT
* * * * * * * *
105000 CTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTATTATTAATTT-ATTATGAATAAGTTTATATGAACT
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCATGAATAAGCTTATACGAACT
* * * * *
105064 AAAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAAATGTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAG
66 AAAACAATTGATTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAATCATTCTAATAG
*
105129 TCTTAATCATTTCAACTGATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
131 TCTTAATCATTTCAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
*
105181 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCAT-AATAAGCTTGTACGAAC-
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCATGAATAAGCTTATACGAACT
* * * *
105244 AAAATAATT-ATTTATGA-TAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTC-ATAT
66 AAAACAATTGATTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAATCATTCTA-AT
* ** * * *
105306 AGTCTTAA-CTATTTGAACT-AGTTTGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTA
129 AGTCTTAATC-ATTTCAACTGA-TTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * ** * ** ** * * *
105360 GTTATTAAGTTTCGAAATATTATGAAATTAGTATTATTTT-ATTTTGAATAAAATAATA-TAAAT
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCATGAATAAGCTTATACGAACT
* * * * * * * * * *
105423 AGAACCAATTG-TTTGATAACAAAACAATA-GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
66 A-AAACAATTGATTT-ATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAATCATTCTAAT
* * * ** * * * *
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129 AGTCTTAATC-ATTTCAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
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1 CTTATTAATTTT-TAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
105581 TTTCAAACAA
Statistics
Matches: 319, Mismatches: 65, Indels: 32
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCATGAATAAGCTTATACGAACT
AAAACAATTGATTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTCAAATAGATAATCATTCTAATAG
TCTTAATCATTTCAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTA
Found at i:106673 original size:356 final size:355
Alignment explanation
Indices: 105877--106789 Score: 973
Period size: 356 Copynumber: 2.6 Consensus size: 355
105867 ATAAAAAAAG
* * * * * * * *
105877 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACGATTATTATATAACTA
1 TAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGAATGAATTGAAACAATTGTTTTATAA-TA
* * * * * *
105942 AACAAAAGCTCAAAAGGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATT
65 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTT
* * *
106007 TGGCAAACGCATTTATTTTTTAAA--TCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTACATTAGTATTA
130 TGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
* * * * *
106070 TTTTTATCCAAATAAGCTTGGATGATCAAAAACAATTATTTTCTAAGAAAACAAAGATCATAATG
195 TTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGATAAAAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAGATCATAATG
* * ** * * ***
106135 ATTTGGGATTAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTGGTTCGAAACAGTTTTAGTTT
260 ATTTGGAAATAATAACTATTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTAGTTCGAAACAGAACTAGTTT
**
106200 TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATAT
325 TTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATAT
*** * * * * *
106232 TAATAAAGTTGCATTATTTTATTTTGAATAATCTTGAATGAATTGAAATAATTGTTTCATGACTA
1 TAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGAATGAATTGAAACAATTGTTTTAT-AATA
* * *
106297 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAATTGGTT
65 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTT
* *
106362 CGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
130 TGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
** * *
106427 TATTTTAATCCAAATAAGCTTTTAT-A-AAAGAAACAATTATTCTATGACAAAATAAAGATCATA
193 TATTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGATAAA-AAACAATTATTCTATAACAAAACAAAGATCATA
* * * * *
106490 ATGATTT-GAAATAGATAACTATTGAAATGGTCATAACTATTTAAACTATTTCGACAAATAGAAC
257 ATGATTTGGAAATA-ATAACTATTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTAGTTCG--AAACAGAAC
106554 TAGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAT
319 TAGTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATAT
* * * * *
106588 TAATAGA-TCAATATTATTTAATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATA
1 TAATAAAGT-AATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGAATGAATTGAAACAATTGTTTTATAAT-
* * * * * * * * *
106652 AAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTCAATTTG
64 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG-TCTTAACTATTTGAATTAG
* * * *
106716 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
128 TTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
106781 ATTATTTTA
191 ATTATTTTA
106790 TTTTGAACAA
Statistics
Matches: 461, Mismatches: 85, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
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360 16 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAAATAATCTTGAATGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAA
ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTT
GGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTCTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
TTTAATCCAAATAAGCTTGGATGATAAAAAACAATTATTCTATAACAAAACAAAGATCATAATGA
TTTGGAAATAATAACTATTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTAGTTCGAAACAGAACTAGTTTT
TAAACTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATAT
Found at i:106857 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 105877--106857 Score: 748
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
105867 ATAAAAAAAG
* * * * * * *
105877 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACGATTATTATATAACTA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TATGACAA
* * * * * * * * * **
105942 AACAAAAGCTCAAAAGGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATT
65 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTAAATTTGTT
* ** *
106007 TGGCAAACGCATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATAT
130 CGGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAG-AATAT
* * * * * * * * * *
106054 TATTACATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGGATG-ATCAAAAACAATTATTTTCTAAG
1 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAATCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-GTTTATGAC
* * * * * * * *
106117 AAAAC-AAAGATCATAATGATTTGGGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATAACTACTTAAACTG
63 AAAACAAAAGATCATAATGATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTAAATTT
**
106180 GTTC-G-AAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATAT
127 GTTCGGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAG-AATAT
* * * * * * *
106232 TAATAAAGTT-GCATTATTTTATTTTGAATAATCTTGAATGAATTGAAATAATTGTTTCATGACT
1 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-ATGACA
* * * * * * * *
106296 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAACAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAATTGGT
64 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTAAATTTGT
* * * * *
106361 TCGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
129 TCGGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * * *
106413 TATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTAT-AAAAGAAACAATTATTCTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TATGACAA
* * * *
106477 AA-TAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTGAAATGGTCATAACTATTTAAACTAT-T
65 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTAAA-TTTGT
* * * * *
106540 TCGACAAATAGAA-CTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATAT
129 TCGGCAAACA-AATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * * * *
106588 TAATAGATCAATATTATTTAATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAA
* * * * * *
106653 AACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTCAATTTGT
65 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG-TCATAACTATTTAAATTTGT
* * * *
106717 TTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTAGAATAT
129 TCGGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * *
106769 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAA
*
106834 AACAAAAGATTATAACT-ATTTGAA
65 AACAAAAGATCATAA-TGATTTGAA
106858 CTTGTTCGAT
Statistics
Matches: 626, Mismatches: 145, Indels: 62
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 16 0.03
175 46 0.07
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178 66 0.11
179 117 0.19
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181 156 0.25
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAA
ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTAAATTTGTTC
GGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATAT
Found at i:106968 original size:147 final size:146
Alignment explanation
Indices: 106728--107004 Score: 394
Period size: 147 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
106718 TGGTAAACAA
* * *
106728 ATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * *
106793 TGAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-GATTATAACTATTTGA
66 CAAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACTATTTGA
106857 ACTTGTTCGATAAATAG
130 ACTTGTTCGATAAATAG
** *
106874 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** *
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65 CCAAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGA
107004 A
130 A
107005 ATAGATAATT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 15, Indels: 3
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
146 5 0.04
147 108 0.95
148 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (146 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTCGATAAATAG
Found at i:107364 original size:507 final size:501
Alignment explanation
Indices: 106372--107337 Score: 1167
Period size: 507 Copynumber: 1.9 Consensus size: 501
106362 CGGCAAGCAC
* *
106372 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAATC
* *
106437 CAAATAAGCTTTTATAAAAGAAACAATTATTCTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAAT
66 CAAATAAGCTTGTATAAAAGAAACAATTATTCTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * ** **
106502 AGATAACTATTGAAATGGTCATAACTATTTAAACTATTTCGACAAATAGAACTAGTTTTTAAATC
131 AGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGAGCTCGACAAATAGAACTAGTTTTTAAATC
* * ** *
106567 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTAATTCTAAATAATTTTGCATGAATA
196 TCTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATCAATATTATTTAATTC-AAATAAGCTTGCATGAACA
* * ** * * *
106632 GAAACAATTGTTTTATAATAAAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGG
260 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGC
* * * * * *
106697 ATATGACTATTTCAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTT
325 ATATAACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCATACTCATTAATTTTT
* *
106762 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTT
390 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACCTATATGAATAGAAACAATTGGTTT
*
106827 ATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAG
455 ATGACAAAACAAAAGATGATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAG
* *
106874 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * *
106939 CCAAATATGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGGTT-TGTGACAAAACAAAATG-TCATAACT-AT
65 CCAAATAAGCTTGTAT-AA-AAGAAACAATT-ATTCTATGACAAAA-AAAA-GATCATAA-TGAT
* * * ** *
107000 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGCGCTCAGA-AAATAGATTTATTT
124 TTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGAGCTC-GACAAATAGAACTAGTT
* ** ** *
107064 TTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-AATAAGCT
188 TTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATCAATATTATTTAATTCAAATAAGCT
* * * * *
107128 TGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACCA-AAGGTCATAACAATTTTAAATAGATATT
250 TGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAA-CAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * *
107192 TATTCAAATAGTCATA-AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
314 TATTCAAAT-G-CATATAACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCATA
* * *
107256 CTCATTAATTTTT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATT
377 CTCATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACCTATATGAATA
* *
107320 GATACAATTGTTTTATGA
441 GAAACAATTGGTTTATGA
107338 TGAAAGAAAG
Statistics
Matches: 388, Mismatches: 61, Indels: 25
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
502 5 0.01
503 69 0.18
504 19 0.05
505 70 0.18
506 69 0.18
507 116 0.30
508 40 0.10
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (501 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAATC
CAAATAAGCTTGTATAAAAGAAACAATTATTCTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
AGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAAGAGCTCGACAAATAGAACTAGTTTTTAAATC
TCTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATCAATATTATTTAATTCAAATAAGCTTGCATGAACAA
AAACAATTGTTTTATAACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGCA
TATAACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCATACTCATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACCTATATGAATAGAAACAATTGGTTTA
TGACAAAACAAAAGATGATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAG
Found at i:107489 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 106847--107572 Score: 802
Period size: 181 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
106837 AAAAGATTAT
* * *
106847 AACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * *
106912 ATAATAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTGT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-C-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* * *
106976 GACAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-
128 GACAAAAC-AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATA
* *** * * * *
107029 AACTATTTAAAAGCGCTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* *
107093 GATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGA
66 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
** *
107156 CAAAACCAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATA
130 CAAAA-CAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
107208 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGTAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *** *
107273 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGA
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
** * * * *
107338 TGAAAGAAAGGGTGATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGT-TTT
130 CAAAACAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * * **
107389 GACTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
107454 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * *
107519 CAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-TA
130 CAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATA
107570 AAC
1 AAC
107573 AAATTTATTT
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 82, Indels: 25
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 75 0.17
179 39 0.09
180 80 0.18
181 161 0.36
182 95 0.21
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATA
Found at i:107863 original size:337 final size:338
Alignment explanation
Indices: 107239--107899 Score: 771
Period size: 337 Copynumber: 2.0 Consensus size: 338
107229 AAATAGATTC
* *
107239 ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
1 ATTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATATTGAA
* * * * ** * * ** *
107304 TAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAAGAAAGGGTGATAATGATTTGAAATAG
65 TAAGCATATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAATGAACTCAAATAG
* ** * * * ** *
107369 ATATTTATTCAAATAGTTTTGACTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTT
130 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAAATC-T
* * ** **
107434 TTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA
194 TTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTAATTCAAATAAGCTTAAACAAA
*
107499 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
259 CAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
107563 TAGTCTAAACAAATTT
323 TAGTCTAAACAAATTT
* *
107579 ATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTGTTTGT-ATATTAATAAATT-TATTATTTTA-ATTGAA
1 ATTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATT-TTTGTAATATTAATAAATTATATTATTTTATATTG-A
* * *
107641 ATAAGCATGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTTA-GCAACTCAAAT
64 ATAAGCATATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAATG-AACTCAAAT
* * *
107704 AGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGACAAACAAATTTAGTTTTTAGATA
128 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGACAAACAAATTTA-TTTTTA-AAA
* * * ** *
107769 TC-TTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTT-ATTCTGAATAAGCTTAAA
191 TCTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTAATTC-AAATAAGCTTAAA
* * *
107832 CAAACAGAAACAATTGTTTTGTGAAAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC
255 CAAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTC
107897 AAA
320 AAA
107900 CAATCATTGC
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 46, Indels: 17
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
336 5 0.02
337 160 0.60
338 57 0.21
339 4 0.01
340 37 0.14
341 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (338 bp):
ATTTTTTAAACCTCTTACTCATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTATATTATTTTATATTGAAT
AAGCATATATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTGATAATGAACTCAAATAGA
TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGACAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTT
ACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTAATTCAAATAAGCTTAAACAAACA
AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCTAAACAAATTT
Found at i:108066 original size:518 final size:519
Alignment explanation
Indices: 107056--108081 Score: 1167
Period size: 518 Copynumber: 2.0 Consensus size: 519
107046 CAGAAAATAG
* *
107056 ATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTATATTATTTTATTCA
1 ATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTATATTATTTTATTAA
* * * * *
107121 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTCATAACAATTTTAAATA
66 ATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATCTCAAATA
* * ** * * * *
107186 GATATTTATTCAAATAGTCATAAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATC
131 GATAATTATTCAAATAGTCATAAACTATTTCAACTTGTTCGACAAACAAATTCAGTTTTTAAATA
* * * * * **
107251 TCTTACTCATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATG
196 TCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCCTAAACA
** * ** * * * *
107316 AATTGATACAATTGTTTTATGATGAAAGAAAGGGTGATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAA
261 AACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * * * * * **
107381 ATAGTTTTGACTATTTGATCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAAC
326 ACAATATTGACTATTTGATCTTGGTCGGCAAACAGATTCATTTTTAAAATCCATTACTTATTAAC
* * *
107446 TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
391 TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATTCAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTA
** *
107511 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTAAACAA
456 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTAAACAA
* *
107575 ATTTATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTGTTTG-TATATTAATAAA-TT-TATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATT-TTTGAAAGATTAATAAATTTATATTATTTT-AT
* ** *
107637 TGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAGCAA-CTC
63 T-AAATAAGCATGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATCTC
* * * *
107700 AAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTCAACTTGTTTGACAAACAAATTTAGTTTTT
126 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAACTATTTCAACTTGTTCGACAAACAAATTCAGTTTTT
* * * *
107764 AGATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCTT
191 AAATATCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCCT
* *
107829 AAACAAACAGAAACAATTGTTTTGTGAAAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
256 AAACAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA
* * * *
107894 TTCAAACAATCATTG-CTATTTGCA-C-TGGTCGAGCCAACGGATTCATTTTCT-AGATCCATTG
321 TTCAAACAAT-ATTGACTATTTG-ATCTTGGTCG-GCAAACAGATTCATTTT-TAAAATCCATTA
* * * * * * *
107955 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTACTTT-ATTCCAAATAAGATTTTATTAATA
382 CTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATT-CAAATAAGATTGTATGAACA
* * * *
108019 GAAATAATTATTTTATGAGAAAAC-AAATGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTTCAAAT
446 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAT-GTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTCAAAT
108082 TGTTATAACT
Statistics
Matches: 418, Mismatches: 78, Indels: 23
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
517 11 0.03
518 281 0.67
519 48 0.11
520 70 0.17
521 8 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (519 bp):
ATTTATTTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTATATTATTTTATTAA
ATAAGCATGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATCTCAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAAACTATTTCAACTTGTTCGACAAACAAATTCAGTTTTTAAATA
TCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCCTAAACA
AACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ACAATATTGACTATTTGATCTTGGTCGGCAAACAGATTCATTTTTAAAATCCATTACTTATTAAC
TGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTAATTCAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTA
TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATATGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCTAAACAA
Found at i:108904 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 108557--109005 Score: 527
Period size: 179 Copynumber: 2.5 Consensus size: 180
108547 GTTTAAAATG
* * * **
108557 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAAT-TGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATAT-ATTTAT
* * * * *
108621 TTTTTAAATCTCTAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATA
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATA
* * * **
108686 AGCTTTTATAAAATGAAACAATTTTTTAAGATAAAATAAAAGGTCATAATT
130 AGCATGTATAAAATGAAACAATTTTTTAAGATAAAATAAAAGGTCAGAACA
* *
108737 ATTAT-AAAT-GATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTCGATAAATATATTTAA
1 ATT-TGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATATATTTAT
* *
108800 TTTTTAAAT-TCTTTCCTTATTAATCTTCTG-AATGTTAATAAAATAATATTA-TTTATTTTGAA
65 TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAAT-TTCTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAA
* * * *
108862 TAAGCATGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACT-AAATAAAAGGTCAGAACA
128 TAAGCATGTATAAAATGAAACAATT-TTTTAAGA-TAAAATAAAAGGTCAGAACA
* * * * *
108916 ATTTGAAATAAATAACTATTTTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAATTCGACAAATATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATATATTTAT
108980 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
65 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
109006 TTAGAATATT
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 30, Indels: 21
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 33 0.14
179 114 0.50
180 78 0.34
181 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTAATTCGATAAATATATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTCTGAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAA
GCATGTATAAAATGAAACAATTTTTTAAGATAAAATAAAAGGTCAGAACA
Found at i:109161 original size:133 final size:134
Alignment explanation
Indices: 108996--109266 Score: 436
Period size: 136 Copynumber: 2.0 Consensus size: 134
108986 AATCTCTTAC
*
108996 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAACAAGTTTGTATG-AGAAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGTTTGTATGAAGAAA
* * *
109060 TAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 CAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
109125 ACTA
131 ACTA
* *
109129 TTATTAATTTTTATAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGTTTGTATG-A-AGA
* **
109194 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATTTCAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
64 AACAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
109259 TAACTA
129 TAACTA
109265 TT
1 TT
109267 TGAATTGGTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 9, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 56 0.44
136 70 0.56
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (134 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGTTTGTATGAAGAAA
CAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTA
Found at i:109780 original size:167 final size:167
Alignment explanation
Indices: 109465--109781 Score: 431
Period size: 167 Copynumber: 1.9 Consensus size: 167
109455 GGTAAAAATT
109465 TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAGAATTATTTTATTTTG
1 TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAGAATTATTTTATTTTG
* *
109530 AATCAACTTATATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAAT
66 AATCAACTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAAT
*
109595 AAATAATTATTTAAATAGTCCTTGCTCAATAAATAGA
131 AAATAATTATTCAAATAGTCCTTGCTCAATAAATAGA
*** * * *
109632 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TAGAATTATTTTATTTT
* * * ** ** *
109696 GAAT-AAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTGTAATGATTTGAA
65 GAATCAA-CTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAA
* *
109760 ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
129 ATAAATAATTATTCAAATAGTC
109782 ATAACTATTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 19, Indels: 4
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 18 0.14
167 111 0.86
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATAGAATTATTTTATTTTG
AATCAACTTATATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTAAAAT
AAATAATTATTCAAATAGTCCTTGCTCAATAAATAGA
Found at i:111944 original size:349 final size:349
Alignment explanation
Indices: 111431--112305 Score: 892
Period size: 349 Copynumber: 2.5 Consensus size: 349
111421 GTGTCTAATC
* *
111431 ATACAAGC-TATTCAAATAAAAATAAT-ACTAATTTAATAATA-TTCAAAAATTAATGAGAGATT
1 ATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATCA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATT
* * * * *
111493 TAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT
64 TAAAAAAT-AATTTGTTTACC-TACCATTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * *
111558 CAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-A
126 CAAATCATTATAACCTTTTGTTT-ATCATAAAATAATTGTTTT-GCT-AAAAAAGCTTATTCATA
* * *
111622 AAAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTA-AAA-T-GAGTTTTTAAAAAATAAATCT
188 AAAAAAT-ATACTAATTTAGTAAAATTCAAAAAA-TACAAACTAGA-TATTTAAAAAATAAATCT
*
111684 ATTTACCGA-AAA-AGTTTAAATAG-TTATGG-CCAT-TGGAACAACTACTTATTTCAAATT-AT
250 ATTT---GATAAACAGTTCAAATAGTTTA-GGACCATAT-GAACAACTACTTATTTCAAATTGAT
* * *
111743 TATTACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TCAA
310 TATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCAA
* * *
111781 AGTATAAGCTTATTCAAATAAAATAATCATAATTTATTAACATTTCAAGAATTAATAAGAGATTT
1 A-TACAAGCTTATTCAAATAAAATAATCATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
111846 AAAAAATAATTTGTTTACCTACCATTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
65 AAAAAATAATTTGTTTACCTACCATTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
* **
111911 -CTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGCTAAAAAAGTTTATTCATAATTA
130 TC-ATTATAACCTTTTGTT-TATCATAAAATAATTGTTT-TGCTAAAAAAGCTTATTCATAAAAA
* *
111975 AATATATTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATACAAACTAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGAT
192 AATATACTAATTTAGTAAAATTCAAAAAATACAAACTAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGAT
* * * *
112040 AAACCAGTTCAAATAGTTTAGGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTATGACCTTTT
257 AAA-CAGTTCAAATAGTTTAGGACCATATGAACAACTACTTATTTCAAATTGATTATGACCTTTT
* **
112105 ATTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGCTC
321 ATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCAA
** * *
112134 ATACAAGCTTATTGGAATAGAATAAAC-TAATTTATT-ATATTTCAAAAATTTAAAAGTAAGAGA
1 ATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATCATAATTTATTAATATTTCAAAAA-TT--AA-TAAGAGA
* * * * * *
112197 TTTAGAAAATAATTCTATTTA-TTGAACTAATTT-AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCT
62 TTTAAAAAATAATT-TGTTTACCT--AC-CATTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * *
112260 ATTTCAAATCATTATTACTCTTTT-TTTGTCATAAAAAAATTGTTTT
122 ATTTCAAATCATTATAAC-CTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTT
112306 TTGTTAATAC
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 51, Indels: 57
0.80 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
346 2 0.00
347 5 0.01
348 38 0.09
349 103 0.23
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353 4 0.01
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355 6 0.01
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357 44 0.10
358 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (349 bp):
ATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATCATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTA
AAAAATAATTTGTTTACCTACCATTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
CATTATAACCTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTTGCTAAAAAAGCTTATTCATAAAAAAATA
TACTAATTTAGTAAAATTCAAAAAATACAAACTAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGATAAAC
AGTTCAAATAGTTTAGGACCATATGAACAACTACTTATTTCAAATTGATTATGACCTTTTATTTT
GTCATAAAACAATTATTTTAGCAA
Found at i:111988 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 110926--112305 Score: 729
Period size: 179 Copynumber: 7.9 Consensus size: 171
110916 TTATTTGGAT
** * *
110926 TAAAATAATACTAATTTAAGAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGATTTTAAAAAATAAA-TTGT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * * *
110990 TTATCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACATTTATCTATTT-AAATGTTCTAA---T
62 TTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTT
* * * * * *
111051 CT-TTCAT-AAAACAATAATT-TCATTT-C-ATACAAGCTTATTTAGAA
127 TTGTTTATCATAA-AATAATTGT--TTTGCTAAAAAAGCTTATTCA-AA
* * *
111095 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATGAGCAAAAGATTT-AAAAA-AAATCTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * *
111158 TTACTAAACAAGTTC-AATAGATT-TGACTATT-GAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGAC
62 TTACCAAACCATTTCAAATAG-TTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-T-ATTATAAC
* *
111219 C-TTTGTTTTATCA-AAAAAAATTGTTTTCGTTCATAAAAA-CTTATCTCAAA
124 CTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTT-GCT-A-AAAAAGCTTAT-TCAAA
* * * * *
111269 TAAAATAATACTACTCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * * * * *
111334 TTTTCTAAACTAGTTCAAATAATTATGAATATTTA-AACAAATATCAATCTCAAATCATTATGAT
61 TTTACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAAC
* * * *
111398 C-TTTGTTTTCTCATAAAACAACTG-TGT-CTAATCATACAAGC-TATTCAAA
124 CTTTTG-TTTATCATAAAATAATTGTTTTGCTAA--A-A-AAGCTTATTCAAA
* * * *
111447 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAATTAATGAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA
* * * *
111512 CCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT
65 CCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAACCTTTT
* * * *
111577 GTTTAATCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAA
129 GTTT-ATCATAAAATAATTGTTTT-GCT-AAAAAAGCTTATTCAAA
* * * *
111623 AAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAA-AATGAGTTTTTAAAAAATAAATCTATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTAATAA-GAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * *
111687 TACCGAAA-AAGTTT-AAATAGTTATGGCCATTGGAACAACTA-CTTATTTCAAATTATTATTAC
63 TACC-AAACCA-TTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATC-TATTTCAAA-TATTATAAC
* * * *
111749 CTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC-AAAGTATAAGCTTATTCAAA
124 CTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTTGCTAAA--A-AAGCTTATTCAAA
*
111799 TAAAATAAT-CATAATTTATTAACATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTT
1 TAAAATAATAC-TAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT
* *
111862 ACC-TACCATTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACTATTATAACCTTT
64 ACCAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-TATTATAACCTTT
*
111925 TGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGCTAAAAAAGTTTATTCATAA
128 TGTT-TATCATAAAATAATTGTTT-TGCTAAAAAAGCTTATTCA-AA
* * * * * * * *
111972 TTAAAT-ATATTAATTTAGTAAAATTCTAAAAA-TACAAACTAGATATTTAAAAAATAAATCTAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAACATTC-AAAAATTA-ATA--AGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* * * * * * *
112035 TTGA-TAAACCAGTTCAAATAGTTTAGGACTA-TATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTATG
62 TT-ACCAAACCATTTCAAATAG-TTATGACTATTA-GAATAATTATCTATTTCAAA-T-ATTATA
* * * * * * * **
112098 ACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTATTGGAA
122 ACCTTTT-GTTTATCATAAAATAATTGTTTT-GCT-AAAAAAGCTTATTCAAA
* * *
112151 TAGAATAA-ACTAATTTATTATA-TTTCAAAAATTTAAAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATTCT
1 TAAAATAATACTAATTTATTA-ACATTCAAAAA-TT--AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATT-T
* *** * * * * * *
112213 ATTTATTGAACTAATTT-AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA
60 GTTTACCAAAC-CATTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTATAA
* *
112277 CTCTTTT-TTTGTCATAAAAAAATTGTTTT
123 C-CTTTTGTTTATCATAAAATAATTGTTTT
112306 TTGTTAATAC
Statistics
Matches: 952, Mismatches: 169, Indels: 172
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
166 18 0.02
167 16 0.02
168 34 0.04
169 26 0.03
170 8 0.01
171 11 0.01
172 82 0.09
173 38 0.04
174 126 0.13
175 95 0.10
176 102 0.11
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179 146 0.15
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181 4 0.00
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
CAAACCATTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATATTATAACCTTTTGT
TTATCATAAAATAATTGTTTTGCTAAAAAAGCTTATTCAAA
Found at i:113745 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 111054--114187 Score: 1465
Period size: 182 Copynumber: 17.4 Consensus size: 180
111044 TTCTAATCTT
** * * * *
111054 TCATAAAACAATAATTTCATTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
111119 -TTCAAAAATTAATGAGCAAAAGATTT-AAAAA-AAATCTATTTACTAAACAAGTTC-AATAGAT
66 TTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG-T
* *
111180 T-TGACTA-TTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACC-TTTGTTTTA
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
111229 TCA-AAAAAAATTGTTTTC-GTTCATAAAAACTTATCTC-AAATAAAATAATACTACTCTATTAA
1 TCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
111291 TATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTTTCTAAACTAGTTCAAATA
64 TATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * * *
111355 ATTATGAATATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTC
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
111408 TCATAAAACAACTGTGTCTA-ATCATACAAGC-TATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAA
1 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
111470 TA-TTCAAAAATTAAT--G-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAA-TTCAAATAG
64 TATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAG
* * * * * **
111530 TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
111583 TCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAACA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
111647 -TTCAAAAAATTAA-AATG---AGTTTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAAAAAGTTTAAATAG
66 TTTC-AAAAATTAATAA-GAAAAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
111707 TTATGGCCATTGGAACAACTA-CTTATTTCAAATTATTATTACCTTTT-TTTTG
128 TTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
*
111759 TCATAAAACAATTGTTT---TTCAAAGTATAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT-CATAATTTATT
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTC--A-TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-TAATTTATT
* * * * *
111819 AACATTTCAAGAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACCT--ACCATTTCAAAT
62 AATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
111878 A-TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACTATTATAACCTTTTGTTCTA
126 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * * *
111932 TCATAAAATAATTGTTTCTGCT-AAAAAAGTTTATTCATAATTAAAT-ATATTAATTTAGTAA-A
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * * *
111994 ATTCTAAAAA-TACA-AACTAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTGA-TAAACCAGTTCAAATAG
66 TTTC-AAAAATTA-ATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
112056 TTTAGGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTATGACCTTTTATTTTG
128 -TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT-ATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** *
112111 TTATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTATT-GGAATAGAATAA-ACTAATTTATT-ATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
112173 TTTCAAAAATTTAA-AAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTGAACTAA-TTTAAATAA
66 TTTCAAAAA-TTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAAC-AAGTTCAAATAG
* * *
112236 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTA-CTCTTT-TTTTG
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCT-TTTGTTTTG
* ** * * * * **
112288 TCATAAAAAAATTGTTTTTTGTTAATACAAGTTTGTT----AT-AAATAATTGCTTTTGTTAATA
1 TCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAAT-TT-AT-
*** * * * * ** ** *
112348 TAAGT-TTGTTTGAAATAAATAACACTAATTTTATTAATATTAGAAATTAATCAATAAG-AGATT
61 TAA-TATT-TCAAAAATTAATAAGA--AA----A--GAT-TTA-AAA--AATAAATCTGTTTACT
* * * * * * * * *
112411 TAAAAAG-T-AAATTTGCTTATCAAACCATTTCAA-ATAGTTTTAACTATTT-GAATAATTA--A
112 GAACAAGTTCAAA-TAG-TTAT--GACTATTTGAACA-A---TTATCTATTTCAAATTATTATGA
* ****
112470 CTATTTTAAAATG
169 C-CTTTTGTTTTG
* * * * ** * **** * * *
112483 T--TATAAC-CTT-TTT-ATTTTAT-C-A--TTAAACAATTGATTTTGTTTATATTATTTTATTC
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA---AATAAAATAATACTAATTTATT-
* * * * * * * ** * *
112539 AA-A-ATAAAATAATACTAATTTA-ATAATATTCCAAAACTTAAT-AATCAAG-AAAATTAA-AA
62 AATATTTCAAA-AAT--TAA-TAAGAAAAGATT-TAAAA---AATAAATC-TGTTTACTGAACAA
** * * ** * * * * *
112598 AAT-AAATCTAATTACTGAACCAGTTCAAACAATAATCAATTTTAAATCATTATGACCTTTTCTT
118 GTTCAAA--TAGTTA-TG-ACTA-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTT
112662 TTG
178 TTG
* ** * * *
112665 TCATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCAAATTCAAATAATACTAATTTAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
112729 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAGT-TCGTTTA-TCGAATC-GGTTCAAATT
66 TTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATA
* * ** *
112791 GTTAAGACTATTAGAA-ATATTATCTATTTCAAA-TATTATGATATTTTGTTTAG
127 GTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
112844 TTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGGTTATT-AAGAATAAATTAATGCTAATTTATTAAC
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
112908 A-TTCAAAAAATTAATAAAAAAGAGATTTAAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT
65 ATTTC-AAAAATTAATAAGAAA-AGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * * * ** * *
112972 AGTTAAT-ATTATTTAAACAATTGTTTATTAAAAATTTGTTATAACCTTTT-TATTTG
126 AGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TTATTATGACCTTTTGT-TTTG
* * ** * * ** *
113028 TCATAAAACAATTGTTTCAGCTAATGTAAGTTTAGAT-GGAATAGAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * *
113092 ATTTCCTAAATTATTAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTGATTA-TCAACTCAA-TTAAAATA
65 ATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA--CAAGTTCAAATA
* * * * *
113155 ATTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTTG
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TTTTG
* * * * * **** *
113210 TTACAAAACAATTATTTCTA-ATCATAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAA
1 TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * ** * *
113273 TA-TTCTAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAATC-TGCTCAAAT
64 TATTTC-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
** * * * * * * *
113336 AGTTAAAACTATTAGAATAATTTTCCATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTAG
126 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
113391 TCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAATCTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTCAC
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
113455 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTTAAAAA
65 ATTTC-AAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * *
113519 GATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
113573 ACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATCTCTAAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
113638 TTTCAAAAATTAATAAGCAATAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAGCAAATTCAAATAGT
66 TTTCAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGT
* * * *
113702 TATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
113754 TCATAAAACAATTATTTCAGCTCATATAAGCGTA-TCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * ** *
113818 TTTCAAAAATTAATAAG---TGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTAGC-GAATTAGTTCAAATAATT
66 TTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * *
113879 ATTG-GTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGG
130 A-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * *
113930 TCATATAACAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTTTTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** **
113994 TTTTCAAAAATTAATAAG---ATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATC-AGTTTGAATAGT
65 ATTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * * *
114055 CATGACTATTTGAACAATTATATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTGTA
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * * * *
114107 TCATAAAAAAATTATTTTTGTTCATACAACCTCATTCAAAATAAAATAATACAAATCTAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
114172 TTTCAAAAATTAATAA
66 TTTCAAAAATTAATAA
114188 CTTCTTAATT
Statistics
Matches: 2244, Mismatches: 530, Indels: 368
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
171 8 0.00
172 65 0.03
173 41 0.02
174 137 0.06
175 113 0.05
176 200 0.09
177 297 0.13
178 94 0.04
179 184 0.08
180 189 0.08
181 235 0.10
182 393 0.18
183 34 0.02
184 85 0.04
185 20 0.01
186 16 0.01
187 22 0.01
188 12 0.01
189 11 0.00
190 22 0.01
191 13 0.01
192 13 0.01
193 17 0.01
194 3 0.00
195 11 0.00
196 9 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTG
Done.