Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168148.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_39, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 321909
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Warning! 2000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 4
Found at i:114550 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 114289--118485 Score: 1944
Period size: 181 Copynumber: 23.4 Consensus size: 180
114279 GATCATAACG
** *
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* ** * **
114350 AAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTATATGAATAGAAGCAATTGTTTTACAACAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * *
114415 ACAAAATG-TCATAACAATTTCAAATAGATGATAGTTCAAATTGACATGACT
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*** *
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1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * *
114531 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAAATTGTATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGA-TA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
114593 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATCA-ATAATTGTTTAAATAGTCATAACT
129 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAAT-AGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
** * * * *
114645 ATTT-AGACTCGCTTCG-T-AATAGATTT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATTT
1 ATTTGA-ACT-TATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * *
114706 TAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
114771 AACGAAAAGATCATAATGATTTGAATATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
129 AAC-AAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * *
114825 ATTTGAACGTGT-TTAGA-AATCATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTTAGAATC
1 ATTTGAAC-T-TATTCGATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * ** * * *
114887 TTAATAACTTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCACTTATTTTATGAC
63 TTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
114951 AAAACAAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATCGTTCAGATAGTCATGACT
127 AAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * * *
115006 ATTTGAACATCTTCGACAAACAGATTCATTTTTTAATTCTTTTA-TTCATTAATTTTTGAAATAT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTAAAATAT
* * * * *
115070 TAATAAATTAGTATTAGTTTATT-TCACATAAACTTATATAAACT-GAAACAATTGTTTTTTTAC
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
115133 AAAACAAAA-ATGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCTTGACT
127 AAAACAAAAGA--TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * *
115188 ATTTGAACTTATTCAAAAAACATATTCATTTTTTAAATGTTTTACTTATT-ATTTGTCAAAATAT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAAAATAT
* * * * * * * * * * *
115252 TAATAAATTATTATTATTTAAATCCAAATAAGCTTATATAAACAAAAACAATTATTTTTTGATAA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * * **
115317 AACAAAA-AGTCATAACAATTTAAAATAAAATATTA-TTCAAATAGTCATAAAG
129 AACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAAT-AGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * *
115369 ATTTGAACATGTTC-AGTAAACAACTTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAATTGTCTT--AA
1 ATTTGAACTTATTCGA-TAAACAAATTTA--TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAAA
* * * * * * * *
115431 TATTAATAAATTTA-TATTATTTAATTCAAAATAAGCTTGTATAAAATA-AAAAAAAT-ATTTAT
61 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATAT-GAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * *
115493 GACAAAACAAAAGGTTAT-ATGCATTTCAAATAGATAATGTGTTCGCAAATAAGTTATAATT
124 GACAAAACAAAAGATCATAATG-ATTTGAAATAGATAAT-AGTT--CAAAT-AGTCATGACT
* * ** * * ***
115554 ATTTAAACTTATTCGATAAACATACTCAATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTGGGAATAT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACA-AATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * *
115619 AAATAACTATAGTATTATTTTATT-TCAAACAATTACTT-TAATGACAAACAAA-AA-AG--TTA
64 TAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCT-AAATAA--ACTTAT-ATGA-ATAGAAACAATTGTTTTA
* * *** * ***
115678 TAAC-GATTTAAA-AT-AGAAT-ATTT---ATTCTTAATAG-T--AAT-G----GACCT
123 TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGA-CT
* * * * * * * *
115722 ATTTGATCTTATTCGGTAAACATATTTACTTTTTAAATTTTTTACTTAATAATTGGTTAGAATGT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAAATAT
* * * * * *
115787 TAATAAATTAGTTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATCAGAAACTATTATTTTAATA
64 TAATAAATTAG-TATTATTTT-ATTCTAAATAAACTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTT-ATG
* * ** * *** *
115851 ATAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAG-C-TTACT
125 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
* * *
115904 A---G----T-TT-GATAAA-ATAGATTTATCTTTTAAATC---T-CATATTGATTTTTGAAATA
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACA-A-ATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * * * * **
115955 TTAATAGATTAGTATTTTTTTTATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTCACAA
63 TTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * ** * * *
116019 CAAAACAAAAGGTCATCACAATTTGAAATATATAATTA-TTCAAATAGTCATAATT
126 CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * ** * ** *
116074 ATTTGAAC-TACTTAGGTAAACATAATTT-TTTTTCAATCCCTTACATATTAAAATTTGAAATAT
1 ATTTGAACTTA-TTCGATAAACA-AATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * *** ***
116137 TAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATTTTTGTTTTATGGTG
64 TAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
116201 AAAC--AA-A--A-AAGGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
128 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
* * ** *
116248 ATTTGAAC-TAGTTC-AGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTGTTATTAA-TTTTAGGAAT
1 ATTTGAACTTA-TTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AAAT
* * * * * *
116310 ATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGAC
62 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
116375 AGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACT
127 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * * *
116429 ATTTAAACTAATTC-AGTAAATAGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGAT
1 ATTTGAACTTATTCGA-TAAACAAATTTATTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * *
116493 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATG-ATCAAAAACAATTTTTTTATGAC
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTA-TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
116556 CAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-GACCATAATT
127 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAG-TCATGACT
* * * * * ** * *
116610 ATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * *
116675 AATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTGTGACAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * * * *
116739 AACAAAATG-TCATAACAATTCT-TAATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAATT
129 AACAAAA-GATCATAATGATT-TGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * ** * *
116791 ATTTGAATTTGTTCGATAAA-AAAATTATTTTTTAGGCTTTTACTAATTAATTTTTGAAATATTA
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * ** ** * **
116855 AGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGTTAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
116919 ACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTA-TTCAAACAGTCATAACT
130 ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * * * * ** * *
116970 ATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTCATTTTTTGAATGTC
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * * *
117035 AATAAATTTGGACTATTTTATT-TCGAAT-AA-GTATGTAAGATAAGAAACAAATATTTTATGAC
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAACTTATATGA-AT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** *
117097 TAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCTAATAGTTTTAACT
127 AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * ** * * **
117151 ATTT-AAATTGGTTTGGCAAACAAATTTCTTTTTTAAATC---T-CTTATTAACTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTT-ATTCGATAAACAAATTT-ATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * * *
117211 TATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATTAGAAATAATTTTTTTATGACA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
117275 AAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTTAAGTAGTCATAACT
128 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
** * * * *
117327 ATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTATTTATTAATTTTTGAAGTAT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * * * *
117391 TAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTATGGCA
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
117455 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCA-TTCAAATGGCCATAATT
128 AAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAAT-AGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * *
117508 GTTTTAA-TTGATTCGATAAGCAAATATATTTTTTAAAAATTTTTTACTTATT-ATTTTAAGAAA
1 ATTTGAACTT-ATTCGATAAACAAATTTA-TTTTT--AAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AAA
** * * * * * *
117571 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-ATCTAAGCTTGTTTTAACT-TAAACAATGGTTTTATG
61 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * * * * * *
117634 ACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTCAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAATAACT
125 ACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * ** *
117690 ACTTGAACTTATTAGGTAAACAGATTTAATTTTTAAGATCTCTTT-CTTATTAATTTTCCAAATG
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTT-ATTTTTAA-ATCT-TTTACTTATTAATTTTTAAAATA
* * * * * * * * *
117754 CTAATAAATTATTATTAATTTATTTTGAATGAGCTTGTATGAACT-GGAACAATTGTTTTATGAC
63 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
117818 TAAAAAAAAAGGTCAGAACGATTTCAAATGGATAATTA-TT-ATAATAGTCCTAACC
127 -AAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCA-AATAGTCATGACT
* * * * *
117873 ATTTGAACTGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * *
117937 AATAAATTAGTATTATTTTAATC-AGAAGAAGCTTGTA-CAA-AAAAACAATTATTTTACGACAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTA-AATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
117999 AA-GAACGATCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
129 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
** * ** * * * ** * * **
118050 ATTTGAACTGGTTCGGTAATTAGATTTACTTTT-AATTTTCTTGGTTATCAAGTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * *
118114 ATTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTATTTGT-TGACA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTA-TATGAATAGAAACAATTGTTT-TATGACA
* * ** * **
118177 AAATAAAAGGT--TAAACAGTTTGAAATAGATAATTA-TCCAAATAGTCAAAACT
128 AAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * * * * * * * **
118229 ATGTAAAATGATTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAACTCTCTTACTAATTAATTTTTTCAATATT
1 ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * * * * *
118294 AATAAATTAGTAGTATTTTATTTTGAGTAAACTTATCTTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
118359 ATAAAA-AGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTTATAATT
130 ACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGTCATGACT
* * * * * * *
118410 ATTTAAAC-TAGTTCAATAAATAGAA-TTATTTTCTAAATATCTTACTTATAAATTTTTGAAATA
1 ATTTGAACTTA-TTCGATAAACA-AATTTATTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATA
118473 TTAATAAATTAGT
63 TTAATAAATTAGT
118486 TTTTTCCTAT
Statistics
Matches: 3089, Mismatches: 719, Indels: 420
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 11 0.00
167 32 0.01
168 101 0.03
169 41 0.01
170 13 0.00
171 9 0.00
172 3 0.00
173 19 0.01
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175 81 0.03
176 146 0.05
177 215 0.07
178 36 0.01
179 318 0.10
180 300 0.10
181 884 0.29
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184 21 0.01
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186 27 0.01
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188 9 0.00
189 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATAGTCATGACT
Found at i:114905 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 114281--115647 Score: 956
Period size: 182 Copynumber: 7.6 Consensus size: 179
114271 AAAACAAAGA
* ** * * * *
114281 TCATAACGATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTT
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* * ** * * *
114342 AAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTATATGAATAGAAGCAATTGTTTT
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** ** * * * *
114407 ACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGATGATAGTTCAAATTG
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* * * * * *** *
114458 ACATGACTATTTGAACT-TATTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTAT
1 TCATAACTATTTGAACTGT-TTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * ** *
114522 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAAA-AATTGTTT
64 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATT
* *
114586 TATGA-TAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATCA-ATAATTGTTTAAATAG
129 TATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
114637 TCATAACTATTT-AGACTCGCTTCG-TAATAGA-TT-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGA-ACT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * *
114698 TTAAATTTTAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATT
64 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATT
*
114763 TATGACAAAACGAAAAGATCATAATGATTTGAATATAGATAATTGTTCAAATAA
129 TATGACAAAAC-AAAAG-TCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
114817 TCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAATCATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTGTT
1 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
* * * * * * *
114881 AGAATCTTAATAACTTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCACTT-ATT
65 AAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA-T
* * *
114944 TTATGACAAAACAAAAAGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATCGTTCAGATAG
128 TTATGACAAAAC-AAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
114998 TCATGACTATTTGAACAT-CTTCGACAAACAGATTCATTTTTTAATTCTTTTA-TTCATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTG
* * * * * * * *
115061 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTCACATAAACTTATATAAACT-GAAACAATTGT
63 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGA
* * * * * *
115125 TTTTTTACAAAACAAAAATGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAATAG
127 TTTATGACAAAAC-AAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
115180 TCTTGACTATTTGAACT-TATTCAAAAAACATATTCATTTTTTAAATGTTTTACTTATTATTTGT
1 TCATAACTATTTGAACTGT-TT-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * * * * *
115244 CAAAATATTAATAAATTATTATTATTTAAATCCAAATAAGCTTATATAAACAAAAACAATT-ATT
64 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGA-T
* * ** * * *
115308 TTTTGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATA-AAATATTATTCAAATAG
128 TTATGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAG
** * * *
115361 TCATAAAGATTTGAACATGTTCAGTAAACA-ACTTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTAGTAATTG
1 TCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAACAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * * * * *
115425 TCT-TAATATTAATAAATTTA-TATTATTTAATTCAAAATAAGCTTGTATAAAATA-AAAAAAAT
63 T-TAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATT
* *
115487 -ATTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-ATGCATTTCAAATAGATAATGTGTTCGCAAATAAG
125 GATTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATG-ATTTGAAATAGATAAT-TGTT--CAAAT-AG
* * * * * ** * * *
115546 TTATAATTATTTAAACT-TATTCGATAAACATACTCAATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATT-
1 TCATAACTATTTGAACTGT-TTAGA-AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
** * * *
115609 TTGGGAATATAAATAACTATAGTATTATTTTATTTCAAA
63 TT-AAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCCAAA
115648 CAATTACTTT
Statistics
Matches: 952, Mismatches: 181, Indels: 105
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 73 0.08
177 49 0.05
178 10 0.01
179 69 0.07
180 62 0.07
181 195 0.20
182 385 0.40
183 27 0.03
184 10 0.01
185 53 0.06
186 18 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TCATAACTATTTGAACTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTA
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGATTTA
TGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:115137 original size:364 final size:352
Alignment explanation
Indices: 114329--118485 Score: 1373
Period size: 360 Copynumber: 11.6 Consensus size: 352
114319 TTTTAAATCT
* **
114329 CTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTATATGAATA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAATA
* * ** * * *
114393 GAAGCAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAATAGATGATAGTTCAAATTG
65 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAA-TA
* * *** *
114458 A-CATGACTATTTGAACTTATTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTAT
128 ATCATGACTATTTGAACTT-TTAGA-AAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* ** * *
114522 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGTATGAATAGAAAAATTGTTTT
190 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAACAATTATTTT
* * *
114587 ATGATAAAC-AAAAGATCATAATGATTTGAAATCAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAG
254 ATGAAAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTAG
* *
114651 ACTCGCTTCGTAATAGATTTTTTTTAAATCTTTTA
319 ACTC-CTTCGAAACAGATTTTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
114686 CTTATTAATTTTTTAAATTTTAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
* *
114751 AAACAATTGATTTATGACAAAACGAAAA-GATCATAATGATTTGAATATAGATAATTGTTCAAAT
66 AAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAATG-TCATAATGATTT-AA-ATAGATAATTGTTCAAAT
* *
114815 AATCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAATCATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTG
127 AATCATGACTATTTGAAC-T-TTTAGAAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTG
* * * * *
114879 TTAGAATCTTAATAACTTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCACTTAT
189 TTAAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA-CAATTAT
* * *
114943 TTTATGACAAAACAAAAAGATCATAATGTTTTGAAAT-AGATAATCGTTCAGATAGTCATGACTA
251 TTTATGA-AAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCA-ATAATCGTTCAAATAGTCATAACTA
*
115007 TTT-GAACAT-CTTCGACAAACAGATTCATTTTTTAATTCTTTTA
314 TTTAG-AC-TCCTTCG--AAACAGATT--TTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
115050 -TTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAGTTTATTTCACATAAACTTATATAAACT
1 CTT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-T
* * * * *
115114 -GAAACAATTGTTTTTTTACAAAACAAAAATGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTAAAT
64 AGAAACAATTGTTTTATAACAAAAC-AAAATGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
115178 AGTCTTGACTATTTGAACTTATTCAAAAAACATATTCATTTTTTAAATGTTTTACTTATTATTTG
127 AATCATGACTATTTGAACTT-TT-AGAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * * * * * * *
115243 TCAAAATATTAATAAATTATTATTATTTAAATCCAAATAAGCTTATATAAACAAAAACAATTATT
189 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAACAATTATT
* ** * * ** **
115308 TTTTGATAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTAAAAT-AAAATATTATTCAAATAGTCATAAAGAT
252 TTATGA-AAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCAATA-ATCGTTCAAATAGTCATAACTAT
*
115371 TT-GAACAT-GTTCAGTAAACA-ACTTTATTTTTTTAAATCTTTTA
315 TTAG-AC-TCCTTC-G-AAACAGA---T-TTTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
115414 CTTAGTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTA-TTTAATTCAAAATAAGCTTGTATAA
1 CTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATAT-G
* * * * * *
115475 AATA-AAAAAAAT-ATTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-ATGCATTTCAAATAGATAATGTGTTC
61 AATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATG-ATTT-AAATAGATAAT-TGTT-
* * * * * ** * *
115537 GCAAATAAGTTATAATTATTTAAACTTATTCGATAAACATACTCAATTTTTAAAATCTCTTAATT
122 -CAAATAA-TCATGACTATTTGAACTT-TTAGA-AAACATA-TTTATTTTT-AAATCTTTTACTT
** * *
115602 ATTAATT-TTGGGAATATAAATAACTATAGTATTATTTTATT----T---C----------A-AA
181 ATTAATTGTT-AAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * * ** *
115648 CAATTACTTTAATGACAAACAAAAA-AGTTATAACGATTTAAAATAGAATATTTATTCTTAATAG
244 CAATTA-TTTTATGAAAAACAAAAAGA-TCATAATGATTTGAAAT-CAATAATCGTTC-AAATAG
* * ** * *
115712 TAATGGACCTATTT-GATCTTATTCGGTAAACATATTTACTTTTTAAATTTTTTA
305 TCAT--AACTATTTAGA-CTCCTTC-G-AAACAGATTT--TTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
115766 CTTAATAATTGGTTAGAATGTTAATAAATTAGTTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAA
1 CTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTATATGAA
* * * * ** * **
115830 TCAGAAACTATTATTTTAATAATAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAA
63 T-AGAAACAATTGTTTT-ATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * *
115894 AT-AGC-TTACTAGTTTG-A----T--AAAATAGATTTATCTTTTAAATC---T-CATATTGATT
125 ATAATCATGACTA-TTTGAACTTTTAGAAAACATATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * * * * *
115946 TTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTA
188 GTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAACAATTA
* ** * * ** ** *
116011 TTTCACAACAAAAC-AAAAGGTCATCACAATTTGAAAT-ATATAATTATTCAAATAGTCATAATT
250 TTTTATGA-AAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCA-ATAATCGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * **
116074 ATTT-GAACTACTTAGGTAAACATAATTTTTTTTCAATCCCTTA
313 ATTTAG-ACTCCTT-CG-AAACA-GATTTTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * ** * * *
116117 CATATTAAAATTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATA
*** **** * * *
116181 GAAATTTTTGTTTTATGGTGAAAC-AAA----A-AAGGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAG
65 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * * **
116240 TCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTGTTATTAATT-TT
129 TCATGACTATTTGAACT--TTTAGAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
* * * ** ** * * *
116304 AGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTATATGAATAGAAATAATTGTTT
191 A-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AACAATTATTT
* * * * * * * *
116369 TATGACAGAA-TAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
253 TATGA-AAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * *
116433 AAACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTGTAAATCTCTTA
317 AGACTCCTTC-G-AAACAGATTT-TTTT-TAAATCTTTTA
* * *
116473 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAC-TAGTATG-ATC
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTA-TATGAAT-
* * * * * * *
116536 AAAAACAATTTTTTTATGACCAAACAAAA-GCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
64 AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * * * ** * *
116600 GACCATAATTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTT
127 AATCATGACTATTTGAACT--TTTAGAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
* * ** * * *
116665 TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
189 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAACAATTATT
* * ** * ** * * *
116730 TTGTGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTCT-TAATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
252 TTATGA-AAAACAAAAAGATCATAATGATT-TGAAATCAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * **
116793 TT-GAATTTGTTCGATAAAAAAATTATTTTTT-AGGCTTTTA
315 TTAG-ACTCCTTCG--AAACAGATT-TTTTTTAAATCTTTTA
* * * *** ** *
116833 CTAATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-TA
*** * * * * *
116898 -AAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAACAG
65 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGA-TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAA
* * * * * * * * *
116962 TCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTCATTTTT
129 TCATGACTATTTGAA-CT-TTTAGAAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTGTT
** * * * * * * * *
117027 TGAATGTCAATAAATTTGGACTATTTTATTTCGAATAAG-TATGTAAG-ATAAGAAACAAATATT
191 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCT-TGTATGAAT-AG-AACAATTATT
* * * * ** * **
117090 TTATGACTAAAC-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAAT-AGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTAT
252 TTATGA-AAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCA-ATAATCGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * *
117153 TTAAATTGGTTTGGCAAACAAATTTCTTTTTTAAATC---T-
315 TTAGACT-CCTTCG-AAACAGA-TT-TTTTTTAAATCTTTTA
* ** * ** * * *
117191 CTTATTAACTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATGATTA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAACTTATATGAATA
* * * * * * * *
117255 GAAATAATTTTTTTATGACAAAAC-AAA-GATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTGTTTAAGTA
65 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
117318 GTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTATTTATTAATTT
128 ATCATGACTATTTGAACT-TTTAGA-AAACATATTTA-TTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTG
* * * ** *
117382 TTGAAGTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTAT
189 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT--AGAACAATTAT
* * * * * * * *
117446 TTTATGGCAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAATTGT
251 TTTAT-GAAAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCAATAATCGTTCAAATAGTCATAACT-A
* ** * *
117510 TTTA-ATTGATTCGATAAGCAAATATATTTTTTAAAAATTTTTTA
314 TTTAGACTCCTTCGA-AA-CAGAT-T-TTTTTT--AAATCTTTTA
* ** * * * *
117554 CTTATT-ATTTTAAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCATCTAAGCTTGTTTTAACT
1 CTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAA-T
* * * * * * ** * *
117617 -TAAACAATGGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTTCAAATAGACAATTGTTCAAATG
64 AGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
117681 GTAATAACTACTTGAACTTATTAGGTAAACAGATTTAATTTTTAAGATCTCTTT-CTTATTAATT
128 ATCATGACTATTTGAACTT-TTA-GAAAACATATTT-ATTTTTAA-ATCT-TTTACTTATTAATT
* ** * * ** * * *
117745 -TTCCAAATGCTAATAAATTATTATTAATTTATTTTGAATGAGCTTGTATGAACTGGAACAATTG
188 GTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAACAATTA
* * * * ** ** *
117809 TTTTATGACTAAAA-AAAAAGGTCAGAACGATTTCAAATGGATAATTATT-ATAATAGTCCTAAC
250 TTTTATGA--AAAACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCAATAATCGTTCA-AATAGTCATAAC
* ** * * * *
117872 CATTT-GAACTGATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
312 TATTTAG-ACT-CCTTCG-AAACAGA-TT-TTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
117917 CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATCAGAAGAAGCTTGTA-CAA-A
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA-AATAAACTTATATGAATA
* * ** * * * *
117978 AAAACAATTATTTTACGAC-AAA-AGAACGATCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCATATA
65 GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATG-TCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * ** * * * ** *
118041 GTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGTAATTAGATTTACTTTT-AATTTTCTTGGTTATCAAGTT-
128 ATCATGACTATTTGAACT--TTTAGAAAACATATTTATTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTG
** * * ** ** *
118104 TTGGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTATT
189 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-CAATTATT
* * ** ** * *
118169 TGT-TGACAAAA-TAAAAGGT--TAAACAGTTTGAAAT-AGATAATTATCCAAATAGTCAAAACT
252 T-TATGA-AAAACAAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATCA-ATAATCGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * * *
118229 ATGTAAAATGATTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAACTCTCTTA
313 ATTTAGACT-CCTTCG-AAACAGATTT--TTTTTAAATCTTTTA
* ** * ** * * * * *
118273 CTAATTAATTTTTTCAATATTAATAAATTAGTAGTATTTTATTTTGAGTAAACTTATCTTAACAA
1 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
* * * * * *
118338 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* * * * * * * * * * * *
118403 TATAATTATTTAAACTAGTTCA-ATAAATAGAATTATTTTCTAAATATCTTACTTATAAATTTTT
130 CATGACTATTTGAACT--TTTAGA-AAACATATTTATTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTGTT
*
118467 GAAATATTAATAAATTAGT
191 AAAATATTAATAAATTAGT
118486 TTTTTCCTAT
Statistics
Matches: 2919, Mismatches: 644, Indels: 470
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
336 5 0.00
337 25 0.01
338 5 0.00
341 8 0.00
342 31 0.01
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344 6 0.00
345 2 0.00
347 10 0.00
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368 10 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (352 bp):
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
AAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
ATGACTATTTGAACTTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTAAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAACAATTATTTTATGAAAA
ACAAAAAGATCATAATGATTTGAAATCAATAATCGTTCAAATAGTCATAACTATTTAGACTCCTT
CGAAACAGATTTTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:118264 original size:902 final size:894
Alignment explanation
Indices: 116212--118483 Score: 2243
Period size: 902 Copynumber: 2.5 Consensus size: 894
116202 AACAAAAAAG
* *
116212 GATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAATAAATTTAT
1 GATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAATTTA-
* *
116277 TTTTTAAATCTTT-TTGTTATTAATTTTAGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 CTTTT-AAT-TTTCTTGTTATTAATTTT-GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
116341 AAAATTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAAA
127 AAAA-TATATGAATAGAAATAATT-TTTTATGACAAAATAAAAGGTTA-AAAG-TTTGAAATAGA
* * *
116406 CAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTCAGTAAATAGATTTATTTTGTAAATCTCT
188 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAATAGATTTATTTT-TAAATCTCT
* *** *
116471 TACTTATTAATTTTTGAAAG-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTAGTATGAT
252 TACTTATTAATTTTTG-AAGTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAT
* * * * * *
116535 CAAAAACAATTTTTTTATGACCAAACAAAAGCTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT
316 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* *
116600 GACCATAATTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTT
381 GACCATAATTATTTGAAATGATTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTT
* * *
116665 TTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
446 TAAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-AATAAACTTGTATGAACTAAAACAATGGTT
* * * * * * *
116730 TTGTGACAAAACAAAATGTCATAACAATTCTTAATTGACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
510 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTACTT
* * * * ** *
116795 GAATTTGTTCGATAAAAAAATTATTTTTTAGGCTTTTACTAATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA
575 GAACTTATTAGATAAAAAAATTATTTTTAAGGCTTTTACTAATTAATTTTCCAAATACTAAGAAA
* * * * * *
116860 TTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGTTAAAACAAAA
640 TTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGCTAAAAAAAAA
* * * * *
116925 GGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTGGTAAA
705 GGTCAGAACGATTTCAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACCATTTGAATCTGTTTGGTAAA
* * * * * ** * *
116990 TAGATTTATTTTTCAAATCTTTTGCTTATTCATTTTTTGAATGTCAATAAATTTGGACTATTTTA
770 AAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTCAATTTTAAAATATCAATAAATTAGGACTATTTTA
* * * * * *
117055 TTTCGAATAAGTATGTAAGATAAGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAAT
835 TATCGAAGAAGTATGTAAGATAAGAAACAAATATTTTACGACTAAACAAAAGATCAGAAC
* * * * * * *
117115 GATTTGAAATAGATAATTATTC-TAATAGTTTTAACTATTTAAATTGGTTTGGCAAACAAATTT-
1 GATTTAAAATAGATAATTGTTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAAATTTA
* * ****
117178 CTTTT--TTAAATC-TCTTATTAACTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAA
65 CTTTTAATT--TTCTTGTTATTAA-TTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT-TTTGAA
** * * * * * * * *
117239 TAAGCTTCTATGATTAGAAATAATTTTTTTATGACAAAA-CAAAGATCTTAATGATTTGAGATTG
126 TAA-AATATATGAATAGAAATAA-TTTTTTATGACAAAATAAAAGGT-TAAAAG-TTTGAAATAG
* * * * * * * *
117303 ATAATTGTTTAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATTTC
187 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTAAATCTC
* *
117368 TTATTTATTAATTTTTGAAGTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAT
251 TTACTTATTAATTTTTGAAGTATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAT
* * * *
117433 CAAAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATCATTCAAAT
316 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *** *
117498 GGCCATAATTGTTTTAATTGATTCGATAAGCAAATAT-ATTTTTTAAAAATTTTTTACTTATT-A
381 GACCATAATTATTTGAAATGATTCGATAAACAAAT-TCATTTTTT--AAATCACTTAATTATTAA
* * * * * *
117561 TTTTAAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAT-CTAAGCTTGTTTTAACTTAAACAAT
443 TTTTAAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-ATAATAAACTTGTATGAACTAAAACAAT
* * *
117625 GGTTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATT-TCAAATAGACAATTGTTCAAATGGTAATAAC
506 GGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAAC
* * * * *
117689 TACTTGAACTTATTAGGTAAACAGATTTAATTTTTAAGATCTCTTT-CTTATTAATTTTCCAAAT
570 TACTTGAACTTATTAGATAAA-AAAATT-ATTTTTAAG-GCT-TTTACTAATTAATTTTCCAAAT
* * * * **
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** * *
117818 TAAAAAAAAAGGTCAGAACGATTTCAAATGGATAATTATT-ATAATAGTCCTAACCATTTGAA-C
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* *
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759 TG-TTTGGTAAAAAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTCAATTTTAAAATATCAATAAATT
* * *
117945 AGTATTATTTTA-ATCAGAAGAAGCT-TGTACA-A-AA-AAACAATTATTTTACGAC-AAA-AGA
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* *
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* * *
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* *
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**
118144 AATAGTATGAATAGAACCAATTATTTGT-TGACAAAATAAAAGGTTAAACAGTTTGAAATAGATA
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* * * * * * *
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* * * * * * *
118273 CTAATTAATTTTTTCAA-TATTAATAAATTAGTAG-TATTTTATTTTGAGTAAACTTATCTTAAC
254 CTTATTAA-TTTTTGAAGTATTAATAAATTAGT-GTTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGATC
* * * *
118336 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAAT-
317 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATG
** * * * * *
118400 AGTTATAATTATTT-AAACT-AGTTCAATAAATAGAATT-ATTTTCTAAAT-ATCTTACTTATAA
382 A-CCATAATTATTTGAAA-TGA-TTCGATAAACA-AATTCATTTTTTAAATCA-CTTAATTATTA
*
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TATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGACCATAATT
ATTTGAAATGATTCGATAAACAAATTCATTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTAAGAATATT
AATAAATTAATATTATTTTATTATAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACAATTCTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTAATAACTACTTGAACTTATTAG
ATAAAAAAATTATTTTTAAGGCTTTTACTAATTAATTTTCCAAATACTAAGAAATTAGTATTAAT
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AAATAGTATAATTATTC
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* *
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* * * * *
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* **** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * **
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* ** * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATG
* * * * * *
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* *
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* * *
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* * * **
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* ** *
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* * * * * *
119946 TTTAGAAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTA-TGTATTAATTTTTGGAATA
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* * * *
119997 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAATCTTGCATAAATAGAACCAATT-TTCTTATG
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* * * *
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* * * *
120123 TCTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATA
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * ** *
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66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * *
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* * * * **
120530 TTAGTAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGGTTGT-TGAACA-AAAAAATCATTTTATGA
1 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
** * *** * * *
120591 CAAAATGAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTT
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* * * * *
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** * * * * ** * *
120709 TTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTG-AATAATCTTATATTAATTTAAATAATTTTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * * * *
120773 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATATTTAG-TCAAATAGTCATGATTATTTGATCTA
66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * * *
120837 GTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAGTTATTGAAATT
130 GTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * * * * * * * *
120890 TTAATAAATTAATCTTATTTTA-ATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGTTTTATAAT
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* * * * *
120954 AGAATAAAAAGACATAAT-AGTTTGAAATA-AGTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
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* * * ** **
121017 AGTTTGATAAATAGATTTAACTTTTAAAAGTC--A--TATTAA-TTTTGAAATA
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* * * * * *
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1 TTAATAAATTAGTA--TTATTTTA-TTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* *
121129 GACAAAACAAAAACATTTGTTGTTATTCAAATGATTTTAAATAGATAATTTGTTCAAATAGTCAT
63 GACAAAAC--AAA-A---G--GTCA-T--AATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
121194 AATTATTTGAACTAGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAAATCTCTTTACATATTAATTTTTGA
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178 AATA
* ** * * *
121263 TT-ATAAATTCA-T-TTATTTTATTT-TAAATAA-CGTAATATAAATTGAAA-TATTGTTTTATG
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** * * * * *
121322 --ATTA-AATA---CA-GATGATTTGAAATAGAT-ATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTTGAAC
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* ** * *
121379 TAG-TCAGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATA
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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66 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
*** * *
121555 TTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGACTGA
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* ** * * * *
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1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAT-AAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
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64 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAAC
** * * * *
121733 TAATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAATTATTAATTTTTGAAATA
128 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * * * *
121788 TTAAAAAATTTGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTGTGA
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* * * ** * * *
121851 CAAAACAAATGGTCATATTAATTTTCAATAAACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
121916 ATTTGGTAAAAAAATTTATTTTTTTAAA-CTCTCACTTATTAAATTTTGAAATA
130 GTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATA
* * *
121969 TTAAGAAATTAGTATTA-TTTA-TTCTG-GATAAGCTTTTATGAAT-GAAAACAATTGTTTTATG
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATG
* * * *
122030 TCAAAACAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
64 ACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
122095 TTATTCGATAAATAGATTTTTTTTTTCAAATCT-TGTGCTTATTAATTTTTTGAATG
128 TTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCT-TACTTATTAA-TTTTTGAATA
* * * * * *
122151 TTAATAAATTTGGATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACAAATATTTTATGA
1 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * ** * *
122214 CTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTCAACTA
65 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * ** *
122279 G-TTGAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAAAA
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**
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Statistics
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TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATA
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118546 TAAATAAATG
* * * *
118556 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAATAATTATTATATGAC
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* * ** * * *
118620 CAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAG
65 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG
* * * *
118685 TTTAGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
130 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGT
* * * * * *
118746 ATTATTTTTATTTG-AATAAGCTTGGATGATCAAAAGCAATTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGATC
194 ATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTT-GATGAACAAAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTT
** * * * * *
118809 ATAATGATTTAAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAAC-TA
256 ATAACAATTTAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGAAAACATA
** *
118873 TTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA
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* * * *
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* * * * * * * * *
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** * * * *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * *
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* ** * *
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* ** * * *
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* * ** *
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* *
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* *
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* * *
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*** * *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * **
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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** ** *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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*** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** ** *
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1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATGACA
* * * * * * * *
124442 AAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTCAATTTG
66 AAACA-AAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTAAACTAG
* * *
124506 TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTT-AGAATAT
129 TTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-CTTATTAATTTTTGA-AATAT
*
124559 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACA-AA-CTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTT-ATGA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTCATGA
*
124621 CAAAACAAAAGATTATAACT-ATTTGAA
64 CAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAA
124648 CTTGTTCGAT
Statistics
Matches: 627, Mismatches: 146, Indels: 62
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 43 0.07
176 84 0.13
177 121 0.19
178 5 0.01
179 74 0.12
180 93 0.15
181 196 0.31
182 10 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTCATGACA
AAACAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT
CGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTCTTATTAATTTTTGAAATAT
Found at i:124524 original size:356 final size:358
Alignment explanation
Indices: 123697--124579 Score: 914
Period size: 356 Copynumber: 2.5 Consensus size: 358
123687 TCCAAATAAG
* * * * * * * *
123697 CTTGTATGAATTGAAACAATTATTAT-AT-AACTAAACAAAAGCTCAAAAGGATTTAAAATAGAT
1 CTTGAATGAATAGAAACAATTGTT-TCATGAA-TAAACAAATGGTCAGAATGATTTGAAATAGAT
* * * **
123760 AATTATTCCAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TCTC
64 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTC
* * * *
123823 TTATTAATTTTTGAAATATTATTACATTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTTGGATGATCAAA
129 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGATAAAA
* * * * * ** *
123888 AACAATTATTTTCTGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGGGATTAATATTTGTTCAAATAGTCA
194 AACAATTATTCTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGGAAATAATAACTATTCAAATAGTCA
* *** **
123953 TAACTACTTAAACTGGTTCGAAAAACAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAA
259 TAACTACTTAAACTAGTTCGAAAAACAGAACTAGTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTCAAA
** * *
124018 ATATTAATAAAGTTGCATTATTTTATTTTGAAAAAT
323 ATATTAATAAAGTAACATTATTTAATTCTGAAAAAT
* * *
124054 CTTGAATGAATTGAAATAATTGTTTCATGACTAAACAAATGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAA
1 CTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTCATGAATAAACAAATGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
124119 TTATTCTAATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCGGCAAGCACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
66 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-T-C
**
124184 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTTTAT-A-AAAG
129 TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGATAAA-
* * *
124247 AAACAATTATTCTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTT-GAAATAGATAACTATTGAAATGGT
193 AAACAATTATTCTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGGAAATA-ATAACTATTCAAATAGT
* * * *
124311 CATAACTATTTAAACTATTTCGACAAATAGAACTAGTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAA
257 CATAACTACTTAAACTAGTTCGAAAAACAGAACTAGTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTCAA
* *
124373 AATATTAATAGA-TCAATATTATTTAATTCT-AAATAAT
322 AATATTAATAAAGT-AACATTATTTAATTCTGAAA-AAT
* * * * *
124410 TTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-AATAAAACAGAA-GGTCATAATGATTTGAAATTGAT
1 CTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTCATGAAT-AAACA-AATGGTCAGAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
124473 AATTGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTCAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCA
64 AATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-
* *
124537 TGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
127 T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
124580 TTTTGAACAA
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 73, Indels: 27
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
355 6 0.01
356 176 0.40
357 107 0.24
358 3 0.01
359 8 0.02
360 86 0.20
361 54 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
CTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTCATGAATAAACAAATGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAA
TTATTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTCTT
ATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGGATGATAAAAAA
CAATTATTCTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGGAAATAATAACTATTCAAATAGTCATA
ACTACTTAAACTAGTTCGAAAAACAGAACTAGTTTTTAAACTCTTGCTTATTAATTTTCAAAATA
TTAATAAAGTAACATTATTTAATTCTGAAAAAT
Found at i:124756 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 124518--124793 Score: 394
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
124508 TGGTAAACAA
* * *
124518 ATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * *
124583 TGAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAA-GATTATAACTATTTGA
66 CAAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACTATTTGA
124647 ACTTGTTCGATAAATAG
130 ACTTGTTCGATAAATAG
* *
124664 ATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCATACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** *
124728 CCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTGTGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGA
65 CCAAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGA
124793 A
130 A
124794 ATAGATAATT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 14, Indels: 4
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
146 112 0.98
147 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (146 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTC
CAAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAA
CTTGTTCGATAAATAG
Found at i:125083 original size:504 final size:500
Alignment explanation
Indices: 124162--125124 Score: 1176
Period size: 504 Copynumber: 1.9 Consensus size: 500
124152 CGGCAAGCAC
* *
124162 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAATC
* *
124227 CAAATAAGCTTTTATAAAAGAAACAATTATTCTATGACAAAATAAAGATCATAATGATTTGAAAT
66 CAAATAAGCTTGTATAAAAGAAACAATTATTCTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
* * * *
124292 AGATAACTATTGAAATGGTCATAACTATTTAAACTATTTCGACAAATAGAACTAGTTTTTAAATC
131 AGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-ATCTCGACAAATAGAACTAGTTTTAAAATC
* * ** *
124357 TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTATTTAATTCTAAATAATTTTGCATGAATA
195 TCTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATCAATATTATTTAATTC-AAATAAGCTTGCATGAACA
* * * ** * * *
124422 GAAACAATTGTTTTATAATAAAACAGAAGGTCATAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCAAATGG
259 AAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
124487 ATATGACTATTTCAATTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCATGCTTATTAATTTTT
324 ATATAACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCATACTCATTAATTTTT
* *
124552 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTT
389 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACCTATATGAATAGAAACAATTGGTTT
124617 ATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAG
454 ATGACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAG
*
124664 ATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * *
124728 CCAAATATGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGGTT-TGTGACAAAACAAAATG-TCATAACT-AT
65 CCAAATAAGCTTGTAT-AA-AAGAAACAATT-ATTCTATGACAAAA-AAAA-GATCATAA-TGAT
* * **
124789 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAA-AGTGCTCAGA-AAATAGATTTA-T
124 TTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACA-T-CTC-GACAAATAGAACTAGT
* ** **
124851 TTTGAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTATATTATTT-ATTC-AATAAG
186 TTT-AAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATCAATATTATTTAATTCAAATAAG
* * * * *
124914 CTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAT
247 CTTGCATGAACAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *
124979 TTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA
312 TTATTCAAATAGAT-ATAACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCATA
* * *
125043 CTCATTAATTTTT-GTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATT
376 CTCATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACCTATATGAATA
* *
125107 GATACAATTGTTTTATGA
440 GAAACAATTGGTTTATGA
125125 TGAAAGAAAG
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 56, Indels: 30
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
502 74 0.19
503 27 0.07
504 245 0.63
505 4 0.01
506 6 0.02
507 33 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (500 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTAATC
CAAATAAGCTTGTATAAAAGAAACAATTATTCTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAAT
AGATAACTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATCTCGACAAATAGAACTAGTTTTAAAATCT
CTTATTAATTTTCAAAAGATTAATAAATCAATATTATTTAATTCAAATAAGCTTGCATGAACAAA
AACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT
ATAACTATTTCAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCATACTCATTAATTTTTAG
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACCTATATGAATAGAAACAATTGGTTTAT
GACAAAACAAAAGATTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAG
Found at i:125277 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 124635--125355 Score: 808
Period size: 182 Copynumber: 4.0 Consensus size: 180
124625 ACAAAAGATT
* * * * *
124635 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
124700 AATAATAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTG
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-C-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * *
124764 TGACAAAACAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTC
* ** * * * * *
124816 ATAACTATTTAAAAGTGCTCAGAAAATAGATTTATTTTGAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* *
124880 AAGATTAATAAATTTA-TATTA-TTT-ATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTAT
66 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
** *
124942 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATATTTATTCAAATAGTC
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTC
* * * * * *
124993 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *** *
125058 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTAT
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
** * * * *
125123 GATGAAAGAAAGGGTGATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAAATAGTT
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTC-AAATAGTC
* * * * * * **
125175 TTGACTATTT-AATCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTCA
1 ATAACTATTTGAA-CTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
125239 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
125304 TGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTC
125356 TAAACAAATT
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 85, Indels: 20
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
177 113 0.25
178 34 0.08
179 9 0.02
180 33 0.07
181 113 0.25
182 143 0.32
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTC
Found at i:125490 original size:154 final size:155
Alignment explanation
Indices: 125197--125509 Score: 396
Period size: 154 Copynumber: 2.0 Consensus size: 155
125187 TCTTGTTTGG
* *
125197 TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTAAAACCTTTTACTTATTAACTGT----ATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * **
125262 TTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
62 TTTAATTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* *
125327 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
127 ACTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
125356 TAAACAAATTTATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTGT-TATTAATAAATT-TTATTATTTTA
1 TAAACAAATTTATTTTTAAAACCTTTTACTTATTAACTGTATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** *
125419 ATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAGCAACT
66 ATTCAAATAAGCATGTATGAACA-AAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACT
**
125484 TCAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTC
130 TCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
125510 ATAACTATTT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 19, Indels: 7
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
153 30 0.22
154 68 0.51
159 36 0.27
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (155 bp):
TAAACAAATTTATTTTTAAAACCTTTTACTTATTAACTGTATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
ATTCAAATAAGCATGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTT
CAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
Found at i:125680 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 125357--126948 Score: 858
Period size: 181 Copynumber: 8.9 Consensus size: 178
125347 CAAATAGTCT
* * * **
125357 AAACAAATTTATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAA---TTG--TTATTAATAAATT-TTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATT
* * * * * * ** ***
125416 TTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAGCA
65 TTATTTG-AATAAGCTTGTATAAACAG-AAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGGTCATAATG
* * * * *
125481 ACTTCAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTTGTTTGAC
127 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGAC
* * * *
125533 AAACAAATTTAGTTTTTAGATATCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATG
1 AAACAAATTTATTTTTTA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATT
** * *
125598 TTATTCTGAATAAGCTTAAACAAACAGAAACAATTGTTTTGTGAAAAAACAAAGAGTCATAATGA
65 TTATT-TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAG-GTCATAATGA
* * ** * *
125663 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATTGCTATTTGCAC-TGGTCGAGC
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGA-C
* ** * * * *
125714 CAACGGATTCATTTTCTAGATC-CATTGCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTA
1 AAACAAATTTATTTTTTA-ATCTC-TTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTA
* ** * * * * * * * *
125777 CTTTATTCCAAATAAGATTGTATTAATAGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAATGGTTATAAC
63 TTTTATT-TGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAA-GGTCATAAT
* * * * * * **
125842 AATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAAC-TGGTTTGGT
126 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGG-TTGAC
* **
125895 AAACAAATTTATTTTTTAA-ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTATT
* * * * * * * * * * * *
125956 TTATTTCAAACAAACTTATATTAAGAAAAACATTTGTTTTGTGACAAAACAAAATGACATAATGA
65 TTATTT-GAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGGTCATAATGA
* * * * * *
126021 TTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAGT
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGA-C
* * * * * * * *
126072 AAACAAATTTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATT-AGTTTTCATAATATTATTAGATCAGTATTA
1 AAACAAA-TTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGAATTA
* * * * * *
126136 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAAT
63 TTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAAC-AAAGGTCATAAT
* * *
126201 GACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTT--C
126 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGAC
* * ** * *
126251 -GATAAA--TA---GATAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTT
* * ** * * * * *
126310 TAATTTGAATAGGCTTGTATGATGA-AAACCAATTGTTTTTTGACAGAACCAAAGTTCAAAATGA
66 T-ATTTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAA-CAATTGTTTTATGA-AAAAACAAAGGTCATAATGA
* * * ** *
126374 TTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAAC-TAATTCGAT
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-GAC
** * * *
126425 AAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTA-ATATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTAT
* * *
126489 TTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAA-ATGAAACAATT-TTTTAAGATAAAATA-AAAGGTCATAA
64 TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATAAACA-GAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-ACAAAGGTCATAA
* * * * * *
126551 TTATTAT-AAATTGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-ATTCGAT
125 TGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-GAC
* * * * * *
126605 AAATATATTTAATTTTTTAAAT-TCTTTCCTTATTAATCTTCTG-AATGTTAATAAAATA-ATAT
1 AAACAAATTT-ATTTTTT-AATCTC-TTACTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATAAATTAGA-AT
* * ** * * * *
126667 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAATA-AAAGGTCAG
61 TATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGA--AAAAACAAAGGTCAT
** * * * ** * **
126731 AACAATTTGAAATAAATAACTATTTTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TAATTCGAC
123 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTT-GAC
* * * * **
126787 AAATATATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAA-TAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAG-AATTAT
* * * * * * * * * * * **
126850 TTTACTCTAAACAAGTTTGTAT---GAGAAATAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCGA
64 TTTA-TTTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGGTCATAATGA
*
126912 TTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
128 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
126949 ATTAATTTTT
Statistics
Matches: 1088, Mismatches: 263, Indels: 130
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 115 0.11
172 11 0.01
175 8 0.01
176 70 0.06
177 137 0.13
178 19 0.02
179 8 0.01
180 131 0.12
181 367 0.34
182 210 0.19
183 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTT
TATTTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAGGTCATAATGATTT
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGGTTGAC
Found at i:125680 original size:875 final size:875
Alignment explanation
Indices: 124635--126230 Score: 1949
Period size: 875 Copynumber: 1.8 Consensus size: 875
124625 ACAAAAGATT
* * * * * *
124635 ATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGG
1 ATAACTATTTCAACTTGTTCGACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** **
124700 AATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTGT
66 AATAATAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTAAACAAACAAAAACAATTGGTTTGT
* * *
124765 GACAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAA
131 GAAAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTT-AAA
* * * * **
124830 GTGCTC-AGAAAATAGATTTATTTTGAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAA
195 CTGCTCGAGAAAACAGATTCATTTTCAAAATCCATTACTTATTAATTTTTAG-AAGATTAATAAA
* * * *
124892 TTTA-TATTA-TTTATT-C-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAA
259 -TTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
124953 AGGTCATAACAATTTTAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAA
323 AGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTCGGTAA
* * *** *
125018 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
388 ACAAATTCATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
** * * *** * ** * * **
125083 ATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTGTTTTATGATGAAAGAAAGGGTGATAATGATT
449 ATTTCAAACAAACCTATATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATT
* ** * * ** *
125148 TGAAATAGATATTTATTCAAAATAGTTTTGACTATTT-AATCTTGTTTGGTAAACATA-TTTATT
514 TGAAATAGATAATTATTC-AAATAGCCTTAACTATTTGAAT-TGGTTCAGTAAACAAATTTTATT
*
125211 TTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAA
577 TTTAAAATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTAATTCAAATAA
*
125276 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAAAT
642 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGACTTGAAATAAAT
125340 AATTGTTCAAATAGTCTAAACAAATTTATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTGTTATTAATAA
706 AATTGTTCAAATAGTCTAAACAAATTTATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTGTTATTAATAA
125405 ATTTTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
771 ATTTTATTATTTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA
125470 AGGTTTTAGCAACTTCAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTC
836 AGGTTTTAGCAACTTCAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTC
* * *
125510 ATAACTATTTCAACTTGTTTGACAAACAAATTTAGTTTTTAGAT-ATCTTATTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTCAACTTGTTCGACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTTTTG
* ** * *
125574 AAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAATAAGCTTAAACAAACAGAAACAATTGTTTTG
65 AAATAATAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTAAACAAACAAAAACAATTGGTTTG
** *
125639 TGAAAAAACAAAGA-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATTGCTATTTG
130 TGAAAAAACAAA-ATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTA
* * ** * * * * *
125702 CACTGGTCGAGCCAACGGATTCATTTTCTAGATCCATTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
193 AACTGCTCGAGAAAACAGATTCATTTTCAAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAAGATTAATAA
* * * * *
125767 ATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATTAATAGAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAA
258 ATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
* * * * * *
125832 TGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGGTAA
323 AGGTCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTCGGTAA
*
125897 ACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
388 ACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * *
125962 CAAACAAACTTATATTAAGAAAAACATTTGTTTTGTGACAAAACAAAATGACATAATGATTTGAA
453 CAAACAAACCTATATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAA
* *
126027 ATAGATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTTATTTTTTAA
518 ATAGATAATTATTCAAATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTTATTTTTAAA
* ** * * * * * **
126092 ATCTTTTAGTTATTAGTTTTCATAATATTATTAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT
583 ATCTTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGT
* * * *
126157 ATGAACACAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGACTTGAAATATATAATTGTT
648 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAAATAATTGTT
126222 CAAATAGTC
713 CAAATAGTC
126231 ATAATTATTT
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 115, Indels: 26
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
874 35 0.06
875 408 0.69
876 32 0.05
877 7 0.01
878 2 0.00
879 109 0.18
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (875 bp):
ATAACTATTTCAACTTGTTCGACAAACAAATTTAGTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGA
AATAATAATAAATTAGAATTATGTTATTCCAAATAAGCTTAAACAAACAAAAACAATTGGTTTGT
GAAAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTAAAC
TGCTCGAGAAAACAGATTCATTTTCAAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAAGATTAATAAATT
AGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAACAATATGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTGGTTCGGTAAACA
AATTCATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAA
ACAAACCTATATGAAGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGCCTTAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTTATTTTTAAAATC
TTTTACTTATTAACTGTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATG
AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAAATAATTGTTCAA
ATAGTCTAAACAAATTTATTTTTTAAACCTTTTACTTATTAATTGTTATTAATAAATTTTATTAT
TTTAATTGAAATAAGCATGTATGAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAGC
AACTTCAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTC
Found at i:126387 original size:353 final size:351
Alignment explanation
Indices: 125918--126609 Score: 761
Period size: 353 Copynumber: 2.0 Consensus size: 351
125908 TTTTAAATCT
*
125918 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATTAAGAA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAAGAA
* * * *
125983 AAACATTTGTTTTGTGACAAAACAAAATGACATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGC
66 AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGACAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * ** * * *
126048 CTTAACTATTTGAATTGGTTC-AGTAAACAAATTTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATT-AGTTT
131 CATAACTATTTGAACTAATTCGA-TAAACAAA-TTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAGTTT
* * * * *
126111 TCATAATATTATTAGA-TCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-CAAATAATTG
194 TCA-AATATTAATAAAGT-AATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAAATCAAACAATT-
* * *
126174 TTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGACTT-GAAATAT-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
255 TTTTAAGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTAGAAAT-TGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
*
126237 ATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATAATCTCCTA
318 ATTTGAACTGATTCGATAAATAGATAATCTCCTA
** * * * ** * *
126271 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAGGCTTGTATGATGA
1 CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCAAACAAACTTATATGAAGA
* * * * * * *
126335 AAACCAATTGTTTTTTGACAGAACCAAA-GTTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATG
65 AAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATG-ACAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATA
** * *
126399 GCCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTCTTAATTTT
129 GCCATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAGTTT
* * * *
126464 TGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAAATGAAACAATTTTTT
194 TCAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAATCAAACAATTTTTT
* * * * * * *
126529 AAGATAAAATAAAAGGTCATAATTATTATAAATTGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTGA
259 AAGACAAAACAAAAGATCATAATGATTAGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
*
126594 ACTTATTCGATAAATA
324 ACTGATTCGATAAATA
126610 TATTTAATTT
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 53, Indels: 18
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
350 3 0.01
351 71 0.26
352 67 0.24
353 132 0.47
354 5 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (351 bp):
CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAAGAA
AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGACAAAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTGAACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAAGTTTTC
AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAAAATCAAACAATTTTTTAA
GACAAAACAAAAGATCATAATGATTAGAAATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TGATTCGATAAATAGATAATCTCCTA
Found at i:126413 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 126115--126609 Score: 428
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 171
126105 TAGTTTTCAT
* * * *
126115 AATATTATTAGATCAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATCAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
126180 GACAAAACAAAAGATTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAGATTAAAATGACTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC
**
126245 TGGTTCGATAAATAGATAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA
131 TAATTCGATAAATAGATAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA
* * ** *
126286 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAGGCTTGTATGATGA-AAACCAATTGTTTTT
1 AATATTAATAAATCAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAA-CAATTGTTTTA
* * * *
126350 TGACAGAACCAAAG-TTCAAAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGA
65 TGACAAAACAAAAGATT-AAAATGACTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGA
* *
126414 ACTAATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATCT-CTAACTTCTTAATTTTTGA
129 ACTAATTCGATAAA-T-A--GA-----T-AATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
126467 AATATTAATAAAGT-AATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAAATGAAACAATT-TTTT
1 AATATTAATAAA-TCAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACA-CAAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * * **
126529 AAGATAAAATAAAAGGTCATAATTA-TTATAAATTGATAATTGTTTAAATAGTTATAACTATTTG
64 ATGACAAAACAAAAGATTAAAATGACTT-CAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTG
*
126593 AACTTATTCGATAAATA
128 AACTAATTCGATAAATA
126610 TATTTAATTT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 45, Indels: 29
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 115 0.44
172 1 0.00
173 1 0.00
175 1 0.00
178 1 0.00
179 3 0.01
180 67 0.26
181 63 0.24
182 4 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (171 bp):
AATATTAATAAATCAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACACAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGATTAAAATGACTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAAC
TAATTCGATAAATAGATAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA
Found at i:126979 original size:133 final size:134
Alignment explanation
Indices: 126814--127084 Score: 436
Period size: 136 Copynumber: 2.0 Consensus size: 134
126804 AATCTCTTAC
*
126814 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTAAACAAGTTTGTATG-AGAAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGTTTGTATGAAGAAA
* * *
126878 TAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 CAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
126943 ACTA
131 ACTA
* *
126947 TTATTAATTTTTATAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGTTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGTTTGTATG-A-AGA
* **
127012 AACAATTATTTTATGACAAAATAAAGATCATTTCAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
64 AACAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
127077 TAACTA
129 TAACTA
127083 TT
1 TT
127085 TGAATTGGTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 9, Indels: 3
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
133 56 0.44
136 70 0.56
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (134 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAACAAGTTTGTATGAAGAAA
CAATTATTTAATGACAAAATAAAGATCATACCAATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTA
Found at i:127365 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 126992--127993 Score: 999
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
126982 TTTTACTCCA
* * * * **
126992 AATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGA-TCATTTCAATTT-AAGA
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA-A
* * *
127055 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACAGATTTAGTTTTTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAAA
* * *
127119 TC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-
129 TCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTG
** * * * * *
127167 ATATAATTTTGTATGAATAGAAACAAGTGTTTTACGACAAAACCAAATGTCATAACTATTTGAAA
1 A-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * *
127232 TTGATAATAGTTCAAATTGACATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAATTTTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAAAT
*** *
127297 CTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTACAATTATTTTATTTTG
130 CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTG
* * *
127349 AATCAA-CTTATATGAATAGAAACTATTGTTTTATAACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAA
1 AAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTGAA
* * * * *
127412 ATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAA
64 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAA
* * * *
127476 ATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTG
128 ATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTG
* * * * *
127530 AATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGATTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* * *
127595 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAG-AAAACATATTTATTTGTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAA-ATATTTATTTTTTAAAT
* * * * *
127659 -TTTTACTTATTAATATTTGGAATATTAGTAAATTTATATTATTTTCTTTGG
130 CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTTG
* ** *
127710 AATAAGCTTG--T--AT-G-----ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * *
127765 GGATAATTGTTCAAATATTTATTACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATATATTTTAATTTTTAAAT
66 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAATA-TTTATTTTTTAAAT
* * **
127830 CTTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTAGTTTAATCCG
130 CTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTTTG
* * * * * * *
127882 ATTAAACTTGTATGAACAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATGATAACAATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * *
127947 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAA
65 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
127994 CAAATTTGAA
Statistics
Matches: 681, Mismatches: 113, Indels: 58
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 76 0.11
171 18 0.03
172 47 0.07
174 1 0.00
175 2 0.00
176 41 0.06
177 64 0.09
178 5 0.01
180 61 0.09
181 283 0.42
182 9 0.01
183 74 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAAATATTTATTTTTTAAATC
TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTTG
Found at i:128654 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 128274--132342 Score: 2572
Period size: 181 Copynumber: 22.5 Consensus size: 178
128264 GGTCATGTCC
* ** *
128274 ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAAGAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
* ** * * * *
128339 -TTCATTCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTACTATTTTGAAAATTAAT-A--A
64 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA--ATATTCAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
128400 AG--ATTT---AAA-AAATGTGCTTGTTGAACCT-A-TTTAAATAGTAAAGACT
127 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA--TAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
128446 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACTTGTTGTTTAGTCAAAAAAGAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * * *
128511 TTCATACATGGTTATTTGAAATATAATAATGCTAATTTATTAACATTCACGAAATTAATAAGTAA
65 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAATTAATAAGTAA
* * *
128576 GAAAATAAAAAAATAAATTTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
128 GAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
128627 ATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACAATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* ** * *
128692 -TTACATAAAAG-TTGATCCAAAATAAAATAATA-TAACTTTATGAATATTTCAATAATTGATAA
64 GTT-CATACAAGCTT-ATTTAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATA-TTCAA-AATTAATAA
* * *** ** * * * *
128754 GTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCC
124 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * **
128809 ATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-GACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * *
128874 ATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAATAACACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
65 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAATTAATAAGTAA
* * * * ** *
128939 GAGATTTAAAAAATTAATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACT
128 GAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * * * * * *
128990 ATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTATCTTATAAAAAAATTATTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * *** * * **
129055 CTCACACAAG-TCTATTTGGGATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATATCTA
65 TTCATACAAGCT-TATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAGTA
* ** * * * **
129119 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCGTCGAACTAA-TTCAAATAATTAAGGTT
127 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
129171 ATATGAACAATTCTTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGCTTTT-TCATAAAACAATT-TTTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC-TTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * ** * *
129233 CAGTTCTTAGTAA-TTTATTCGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
63 -AGTTCATA-CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAATTAATAA
* * * * ** *
129297 GTAAAAAATTCAAAAAAT-AATTATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACT
124 GTAAGAAATTTAAAAAATAAATT-TGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
129352 ATTTGAACAATTATCTATGTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAACAC-A-TGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * * * * * * *
129414 -GTTCGTATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAATTAAGAAGTA
63 AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
129478 AGAAATTTAACAAATAAATTTG-TTACTAAATTAGTTCAATTAGTTATAACT
127 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
129529 ATTTCAACAATTCTTTATTTCAAATCATTAAGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * *
129594 TTCATAC-AGTTTTATTCAAAATAAAGTAACACTAATTTATTAATATTTTAAAATGTAATAAGTA
65 TTCATACAAG-CTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAT-TAATAAGTA
* * *** * * *
129658 ACG-AATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCTGACT-AGTGCAAATAGTTATGATT
127 A-GAAATTTAAAAAATAAATTTGTT-TATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * *
129710 CTTTGAACAATTATCTATTCCCAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
* * * * * *
129775 -TTAATACAAGCTTTTTTGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTA
64 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAGTA
* * ** * * *
129839 AGAGATTTAAAAAATGAATTTGTACATTGAATTAGTACAAATAGTTTTGACT
127 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** * * *
129891 ATTTGAATAATTATATTTTTCAAATCGCTCTAATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT-TCTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TT-T
* * * *
129955 A-TTTATACAAGCTTATTTCAAAA-AAAGTTATACAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATAAG
63 AGTTCATACAAGCTTATTT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA-A-AATTAATAAG
* *** *
130018 TAA-AAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCCAATAAGTTCAAAT-GTTATAACT
125 TAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
130070 ATTT-AACCAATTAGT-TATTTCGAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTT
1 ATTTGAA-CAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * *
130133 TGTTCATACAAGCTTATTTAAATTCAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGT
63 AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAA-TTAATAAGT
* * * * * *
130198 AA-AAGATTT-TAAGATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACT
126 AAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
130250 ATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTATCAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * * * * *
130314 TTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT-ATCACTAGTTTATTAATATTTTGAATATTAATTAGCA
65 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATA--TTCAAAATTAATAAGTA
* * * *
130378 AGAGATTTAAAAAAATGAATTTGTTTATTGTAGAAGTTCAAATAGTTATGA-T
127 AGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
130430 AATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTCGGCTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * *
130495 A-CTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAATTTAATAAGT
63 AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAATTAATAAGT
* * * * * *
130558 GA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACATGTTCAAATAATTATGATT
126 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT-TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * *
130610 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTCTATTTTGTGATAAACCAATTATTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* * *
130674 A-TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGT
63 AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C-AAAATTAATAAGT
** * * * *
130738 AA-AAGATTTTGAAAATAAATTTGTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGTTATGCCT
126 AAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
130791 GTTTGAGCAATTTTTCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTCTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
1 ATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * *
130855 TA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGCAAATT-ATAGG
62 TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAG
* * * * * *** * *
130918 TAGGAGATTT-AAAAATAAATCTGGTTATTGAACAAGTTCAAATAACCATGTCC
125 TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * ** *
130971 ATTTGAGTAATTATCTATTTCACATCATTATAACCTTTTGTTTTATTGTAAAACAATTATTTCT-
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
* * * * *
131035 GTTCATATAAGATTATTTAAAATAAAATAATTCTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT-
64 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAATTAATAAGTA
** ** ** *
131099 -G--ATTTAAAACCTAAATTTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGATT
127 AGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * * ** *
131148 ATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTAT-AATCTTTATTTCATCATACAACAATTGCTTCTT
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT-TT
* * *** * * *
131212 --TTTATACATGCTTATTGGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGC
63 AGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAATTAATAAGT
* * * *
131275 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAGAGATTTAAAAAAAATGTTTTCCAAACTAGTTCAAAT
126 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-----A-TT--GAATAA-G--TT-CAAA-TAGTT---AT
* *
131340 AATT
175 GACT
* * * ** * * *
131344 AAGACCATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA
1 ------ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * *
131409 TTTCAGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAAT
59 TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-CAAAATTAAT
* * * * * * * * *
131474 AAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTTAATTAGATATGACT
122 AAGTAAGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
131532 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTGATCTTTTTTTTTTGTCATAAGACAATTATTTTA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * ** * * *
131597 GTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAACAATACTACTTTATTAATATTTCAAATATTATTAA-TC
64 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAA-ATTAATAAGT-
* * * * * * *
131661 AAGAGATTTTAAAACTAAAGTTATTT-TTGAACCAA-TTCAAATAGTTAGGACT
126 AAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
131713 ATTTGAACAAATATCAATCTT-AAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCT
1 ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
* ** * ** * *
131776 -GATCATTGAAGCTAATTT-GGATAAAAATAATACCAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
63 AGTTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTC-AAAATTAATAAG
* * **** * * *
131839 --AG--ATTTTAAAAA-AAATGTGTTTGCCAAATTAGTTCAAATCGTTAAGACT
125 TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
131888 GTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* *
131953 TTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGTG
65 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTC--AAAATTAATAAGT-
* * ** * *
132017 AA-AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAAT
126 AAGAAATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * ** *
132070 ATCTGAACAATCATCTAGTGAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * * ** * *
132135 TACACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
65 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTCAAAATTAATAAGTAA
** * *** * *
132200 GGGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAACAAATCAA-TTCAAATAATTATG-GT
128 GAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * *
132250 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTTTT
1 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
*** * *
132315 CAACATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
64 GTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
132343 CATTAATACC
Statistics
Matches: 3064, Mismatches: 656, Indels: 345
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 4 0.00
171 4 0.00
172 93 0.03
173 1 0.00
174 10 0.00
175 59 0.02
176 143 0.05
177 124 0.04
178 52 0.02
179 556 0.18
180 256 0.08
181 1014 0.33
182 486 0.16
183 95 0.03
184 2 0.00
185 1 0.00
188 7 0.00
189 1 0.00
191 6 0.00
192 6 0.00
193 7 0.00
195 1 0.00
196 9 0.00
198 1 0.00
199 1 0.00
201 1 0.00
202 28 0.01
203 80 0.03
204 16 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAGAA
ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
Found at i:129658 original size:720 final size:716
Alignment explanation
Indices: 128445--132312 Score: 2781
Period size: 720 Copynumber: 5.3 Consensus size: 716
128435 TAGTAAAGAC
* * * * * * * * *
128445 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACTTGTTGTTTAGTCAAAAAAGAATTGTTT-
1 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* * * * * * * * * *
128508 TAGTTCATACATGGTTATTTGAAATATAATAATGCTAATTTATTAACATTCACGAAATTAATAAG
65 TA-TTCTTATAAGTTTA-TTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCACAAAATTAATAAG
* * *
128573 TAAGAAAATAAAAAAATAAATTTATTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
128 TAA-AAAATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * *
128638 TATCTATTTTAAATCATTATGACAATTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCAT-TACATAAAA
192 TATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAA
* * * * * * *
128702 GTTGATCCAAAATAAAATAATATAACTTTATGAATATTTCAATAATTGATAAGTTAGAGATTTAA
255 GTTTATTCAAAATAAAATAATATAA-TTTATTAATATTTCAA-AATTAAGAAGTAAGAAATTT-A
* ** * ** *
128767 AAAATAAATCAAT-TTATCAAATTAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTGA
317 AAAATAAATC-ATGTTATTAAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** * * *
128831 AATCATTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAAT
381 AATCATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC-AGCTTATTCAAAAT
* ** *
128896 AAAATAACACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTGT
444 AAAATAACACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
* * *
128961 TTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCT
509 TTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT
* * * * * **
129026 TT-TGTTATCTTATAAAAAAATTATTTTTGCTCACACAAG-TCTATTTGGGATAAAATAATACTA
574 TTATGTTATC--ATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
129089 ATGTAATAATATTCTAAAAATTAATATCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCGTCGAACTAA
636 ATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTCATCGAACTAG
* *
129154 TTCAAATAATTAAGGT
701 TTCAAATAATTATGAT
* * *
129170 TATATGAACAATTCTTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGCTTTT-TCATAAAACAATTTTTTC
1 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
*
129234 -AGTTCTTAGTAA-TTTATTCGAAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATA
65 TA-TTCTTA-TAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCACAAAATTAATA
* ** *
129296 AGTAAAAAATTCAAAAAAT-AATTATGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
126 AGTAAAAAATT-AAAAAATAAATT-TGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
129360 AATTATCTATGTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAACAC-A-TGTTTCTGTTCGTAT
189 AATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAC
* ** *
129422 AAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTA
253 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTA
* * ** * * * * * * *
129487 ACAAATAAAT-TTGTTACTAAATTAGTTCAATTAGTTATAACTATTTCAACAATTCTTTATTTCA
317 A-AAATAAATCATGTTATTAAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * *
129551 AATCATTA-AGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAGTTTTATTCAAAA
381 AATCATTATA-A-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAG-CTTATTCAAAA
*
129615 TAAAGTAACACTAATTTATTAATATTTT-AAAATGTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAAATGAATC
443 TAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT-TAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATGAATC
** * * * * * *
129678 TGTTGGCCTG-ACTAGTGCAAATAGTTATGATTCTTTGAACAATTATCTATTCCCAATTGTTATG
506 TGTT-TACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* * * * * *
129742 ACCTTT-TGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTAATACAAGCTTTTTTGAAATAACATAATT
570 ACCTTTATG--TTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * *
129806 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTACATTGAAT
633 CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTCATCGAAC
* * * *
129871 TAGTACAAATAGTTTTGAC
698 TAGTTCAAATAATTATGAT
* * * * * *
129890 TATTTGAATAATTATATT-TTTCAAATCGCTCT-AATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTCTT
1 TATTTGAATAATTAT-TTATTTCAAATAGTTATGACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTT
* * * * *
129953 CTATT-TATACAAGCTTATTTCAAA-AAAAGTTATACAAATTTATTAATATTCAGATAATTAATA
64 CTATTCT-TATAAGTTTA-TTCAAATAAAA-TAATACAAATTTATTAATATTCACAAAATTAATA
* * * * * *
130016 AGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCCAATAAGTTCAAAT-GTTATAACTATTT-AACCA
126 AGTAAAAAATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CA
* * * *
130079 ATTAGT-TATTTCGAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTGTTCATACA
190 ATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* * * * *
130143 AGCTTATTTAAATTCAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAA-AAGATTT
254 AGTTTATTCAAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAAGAAGTAAGAA-ATTT
* * * * * * *
130207 TAAGATAAAT-ATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATTTATTTC
316 AAAAATAAATCATG-TTATTAAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
130271 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC-ATTGTATCAGTTCATATAGGCTTATTCAAAA
380 AAATCATTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-GCTTATTCAAAA
* * * * * *
130335 TAAAATATCACTAGTTTATTAATATTTTGAATATTAATTAGCAAGAGATTTAAAAAAATGAATTT
443 TAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATGAATCT
* * ** * * *
130400 GTTTATTGTAGAAGTTCAAATAGTTATGATAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-
507 GTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
** *
130464 CTTTCGGCTTTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-T
572 CTTTATG--TTATCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * *
130528 AAATTTATTAATATTC-CAAATTTAATAAGTGAA-A-ATTTAAAAAATAAATATGTT-TTCTGAA
635 -AATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTCATC-GAA
130589 C-ATGTTCAAATAATTATGAT
697 CTA-GTTCAAATAATTATGAT
* * * * * * *
130609 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTCTATTTTGTGATAAACCAATTATTTCT
1 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
* *
130674 ATTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTGCA-AAAATTAATAAGT
66 ATTCTTATAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-CACAAAATTAATAAGT
* ** * * * * *
130738 AAAAGATTTTGAAAATAAATTTGTTTATCGAGTAAGCTCAAATAGTTATGCCTGTTTGAGCAATT
129 AAAA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T
* * * * * * *
130803 TTTCTATTTCAAATAGTTATGATCTCTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGT
192 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGT
* *
130868 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGC-AAATTATAG--GTAGGAGATTTAA
257 TTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT-T-CAAAATTA-AGAAGTAAGAAATTTAA
* * ** ** *
130930 AAATAAATC-TGGTTATTGAACAAGTTCAAATAACCATGTCCATTTGAGTAATTATCTATTTCAC
318 AAATAAATCAT-GTTATTAAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** * * * *
130994 ATCATTATAACCTTTTGTTTTATTGTAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGATTATTTAAAATA
382 ATCATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAGCTTATTCAAAATA
** * ** * *
131059 AAATAATTCTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGT----GATTTAAAACCTAAATTTGTT
445 AAATAACACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTT
* * *
131120 TACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTATAATCTT
510 TACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * ** * * * * *
131185 TAT-TTCATCATACAACAATTGCTTCTTTTTATACATGCTTATTGGGATTAAAATAATACTAATT
575 TATGTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
131249 TAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAAGAGATTTAA
639 TAATAATATTCT-AAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATA----T----G--TT--
* * * *
131312 AAAAAATGTTTTCCAAACTAGTTCAAATAATTAAGAC
690 ----CA-----T-CGAACTAGTTCAAATAATTATGAT
* * * * * * * * *
131349 CATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC-
1 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
* * ** * * *
131413 AGTTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGA-AAAATTAATAAG
66 A-TTCTTATAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCACAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
131477 CAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTTAATTAGATATGACTATTTGAACA
128 TAA-AAAATT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
131541 ATTATCTATTTAAAATCATTTTGATCTTTTTTTTTTGTCATAAGACAATTATTT-TAGTTCATAA
190 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAC
** * * * ** *
131605 AAACTTATCCAAAATAAAACAATACTACTTTATTAATATTTCAAATATTATTAA-TCAAGAGATT
253 AAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAA-ATTAAGAAGT-AAGA-AAT
* * * * * ** * * *
131669 TTAAAACTAAAGTTAT-TT-TTGAACCAA-TTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAAATATCAAT
314 TTAAAAATAAA-TCATGTTATT-AAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
131731 CTT-AAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTGATCATTGA-AGCTAATT
377 -TTCAAATCATTATAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA-T-ACAGCTTATT
*** * * * ** *
131793 -TGGATAAAAATAATACCAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAAA--
438 CAAAAT-AAAATAACACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATG
* * ** ** * * * * * * **
131852 AATGTGTTTGCCAAATTAGTTCAAATCGTTAAGACTGTTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
502 AATCTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT
* * * * *
131917 CTAACCTTT-TGTTTAGTTATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAAT
567 ATAACCTTTATG-TTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-CTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
* * * * *
131980 AATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGTGAA-AGATTTGAAAAAATAAATCTGTTT
629 AATACTAATTTAATAA-TATTCTAAAAATTAATAACT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTC
* * * *
132043 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAA
691 ATCGAACTAGTTCAAATAATTATGAT
* * * * * ** * *
132069 TATCTGAACAATCATCTAGTGAAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
1 TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATG-ACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC
* ** * * * * ***
132132 TAGTACACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG
65 TA-TTCTTATAAGTTTATTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCACAAAATTAATAAG
** * * * * * *
132197 TAAGGGATTTAAAAAATAAATTAGTTTAACAAATCAA-TTCAAATAATTATG-GTCATTTGAACA
128 TAA-AAAATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA
* * * * *
132260 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTT
190 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
132313 TTCAACATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (716 bp):
TATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCT
ATTCTTATAAGTTTATTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCACAAAATTAATAAGTAA
AAAATTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT
TCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAATAAAT
CATGTTATTAAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA
ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTA
ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACCAG
TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTATGTTATCAT
AAAACAATTGTTTCTACTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT
AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTCATCGAACTAGTTCAAATAATTATGA
T
Found at i:132394 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 132282--132409 Score: 184
Period size: 67 Copynumber: 1.9 Consensus size: 67
132272 AAATTGTTAT
** * *
132282 TACCTTTTGTTTTGTCATAGAAGAATTGTTTTTCAACATATAAGCTTATTTGAAATAAAATCATT
1 TACCTTTCATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATCATT
132347 AA
66 AA
* * * *
132349 TACCTTTCATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGAACATGCAAGCTTATTTGAAATCAAAT
1 TACCTTTCATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
132410 AACACTAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (67 bp):
TACCTTTCATTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATCATT
AA
Found at i:132693 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 132444--132949 Score: 468
Period size: 181 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
132434 TGATTAGTAC
* ** * * * *
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1 GAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATTGAACCAATTCAAATATTTA-GACTATATGAACAATTAT
** * * * *
132509 CTATTTCAAATTATTATAACTTTTTGTTCTATCAGAAAATAATTATTTCTATTCATATAAGTTTA
64 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTT-TATTCATACAAGTTTA
* *
132574 TACAGAATAAAATAATACCAAATTAATAATATTAT-GAAAATTCATAACTGAA
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* * *
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1 GAGATTTAAAAAAT-AATCTATTTATTGAACCAATTCAAATA-TTTAGACTATATGAACAATTAT
* * * * * * *
132690 CTATTTCCAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTTAACTCAT-CCAGTTTA
64 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTT-ATTCATACAAGTTTA
* * * * * * ** *
132754 TTCATAATAAAGTAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTGTAAGTAA
128 TTCAGAATAAAATAATACCAAATTAATAATATTTCAAAAATTCATAACTAA
* * * *
132805 GAGATTT-AAAAATAATTCTATTTATCGAACTAGTTCAAATAATTATA-ACTATGTGAACAA-TA
1 GAGATTTAAAAAATAA-TCTATTTATTGAACCAATTCAAAT-ATT-TAGACTATATGAACAATTA
* * * *
132867 TATATTTCAAATGGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCTTACAAGCTT
63 TCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTA-TTTTATTCATACAAGTTT
132932 ATTC-GAAATAAAATAATA
127 ATTCAG-AATAAAATAATA
132950 TTAATCTAAT
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 55, Indels: 23
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
GAGATTTAAAAAATAATCTATTTATTGAACCAATTCAAATATTTAGACTATATGAACAATTATCT
ATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTATTCATACAAGTTTATTC
AGAATAAAATAATACCAAATTAATAATATTTCAAAAATTCATAACTAA
Found at i:133471 original size:179 final size:182
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 3.3 Consensus size: 182
133069 ATTTATTCAA
* * *
133079 AATAAAATAA-ATCAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAATT
1 AATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAGT
** * * *
133143 ATGTTTGCCAAATTGGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATT
64 ATGTTTGCCAAACCGATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATT
* * * *
133208 ACCTTCTGTTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGG
129 ACCATCTG-----TGTTTTATCATAAAACAAATATTTATGGTCATATAAGTTTATTTGG
* * * *
133267 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATCAATAAGTAAGA-ATTTGAAAAA-TAAGTC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATTAAGTA
* * * ** *
133330 TGTTTGCCAAACCGATTTAATTAGTTATAACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAATCATTATTA
65 TGTTTGCCAAACCGATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTA
* * *
133395 CCAT-TG-GTTTTATCATAAAATAATTATTTATGGTCATA-CAGTCTTATTTGG
130 CCATCTGTGTTTTATCATAAAACAAATATTTATGGTCATATAAGT-TTATTTGG
* *
133446 AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGT-A
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTA-AAAAT-TAA
* * * * * * * *
133509 -TCTGTTGGGCCTAACC-AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-
62 GTATGTT-TGCCAAACCGA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAA-TCA
* * * * * * * * * ** **
133571 TTATGACC--CTTTG-TTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCGTGCAAACTTATTTGG
124 TTATTACCATCTGTGTTTTATCATAAAACAAATATTTATGGTCATATAAGTTTATTTGG
* * ** *
133627 AATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
133684 ATGAATCTGT
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 58, Indels: 41
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATTAAGTAT
GTTTGCCAAACCGATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTAC
CATCTGTGTTTTATCATAAAACAAATATTTATGGTCATATAAGTTTATTTGG
Found at i:133649 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 133083--133748 Score: 510
Period size: 179 Copynumber: 3.7 Consensus size: 179
133073 ATTCAAAATA
* * * * *
133083 AAATAAATCAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAATTAATTATG
1 AAATAATTCTAATTTATTAATATTCT-TAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAGAAAATGAA-TCTG
* *** * * * *
133146 TTTGCCAAATTGGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAACTATCTATTTCAAA-TCATTATTAC
63 -TTGCCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCATTATGAC
* * * * * * * **
133210 CTTCTGTTTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAAT
127 CAT-TG------GTTTTATCACAAAACAATTATTTATGGTCATACAAACTTATTTGGAAT
* * *
133270 AAAATAATAT-TAATTTATTAATATT-TTGAAATCAATAAGTAAGAATTT-GAAAAAT-AAGTCT
1 -AAATAAT-TCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAAGGATTTAG-AAAATGAA-TCT
* * * * * * *
133331 GTTTGCCAAACC-GATTTAATTAGTTATAACTATTTGAACATTTATTTATTTCAAA-TCATTATT
62 G-TTGCCTAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCATTATG
* * **
133394 ACCATTGGTTTTATCATAAAATAATTATTTATGGTCATACAGTCTTATTTGGAAT
125 ACCATTGGTTTTATCACAAAACAATTATTTATGGTCATACAAACTTATTTGGAAT
* *
133449 AAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAATGGATTTAGAAAATGTATCTGT
1 AAA-TAATTCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAA-GGATTTAGAAAATGAATCTGT
* *
133514 TGGGCCTAACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGAC
64 T--GCCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCATTATGAC
* * * * * * * *
133578 CCTTTG-TTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCGTGCAAACTTATTTGGAAT
127 CATTGGTTTTATCACAAAACAATTATTTATGGTCATACAAACTTATTTGGAAT
** * *
133630 AACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTGT
1 AA-ATAATTCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGT-AAGGATTTAGAAAATGAATCTGT
** * * * *
133694 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATT
64 TGCCT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
133749 GCTATAATCT
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 68, Indels: 43
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Matches are distributed among these distances:
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189 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAATAATTCTAATTTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAAGGATTTAGAAAATGAATCTGTTG
CCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCATTATGACCATT
GGTTTTATCACAAAACAATTATTTATGGTCATACAAACTTATTTGGAAT
Found at i:133893 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 133687--133902 Score: 310
Period size: 117 Copynumber: 1.8 Consensus size: 118
133677 TTAAAAAATG
* * * * *
133687 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGCT
1 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGGCT
133752 ATAATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATT-TTTTCTATTACAAGCTTATCTCA
66 ATAATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTCTATTACAAGCTTATCTCA
* * *
133804 AATCTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATGGTT
1 AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGGCT
* * *
133869 ATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
66 ATAATC-TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTT
133903 TGTTCATACA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 11, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (118 bp):
AATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGGCT
ATAATCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTCTATTACAAGCTTATCTCA
Found at i:135275 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 134918--135457 Score: 674
Period size: 181 Copynumber: 3.0 Consensus size: 179
134908 TTTGTATCAG
*
134918 TTCATA-AAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATTAGTA
1 TTCATACAA-GCTTATTC-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTA
* * *
134982 AGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
63 AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
* * *
135046 TTTATTTGAAACCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTCTA
128 TTTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA
** *
135099 TTCATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGCAA
1 TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
135164 AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTTACATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTAT
* *
135229 TTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTA
129 TTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA
* * * *
135280 TTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAG
1 TTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
135345 GAGATTCAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAGTAATGT-CCATTTGAACAATTG
64 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTAT-TACTATTTGAACAATTA
* * * *
135409 TTTATTTCAAATCATTATGCCCTTTTGTTTTATCCTCAAACAATTGTTT
128 TTTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
135458 ATTTCAAATA
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 42, Indels: 17
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
181 216 0.70
182 90 0.29
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Consensus pattern (179 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATTT
ATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA
Found at i:135549 original size:24 final size:25
Alignment explanation
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Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
135478 TTTGAACAAT
* *
135488 TGTTTTATCCTAAAACAATTGTTTC
1 TGTTCTATCCAAAAACAATTGTTTC
*
135513 TGTTCTATCCAAAAATAATTGTTTC
1 TGTTCTATCCAAAAACAATTGTTTC
*
135538 TGTTC-ATGCAAAA
1 TGTTCTATCCAAAA
135551 TTATTGAGGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
24 7 0.21
25 27 0.79
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TGTTCTATCCAAAAACAATTGTTTC
Found at i:137808 original size:176 final size:174
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Period size: 176 Copynumber: 2.6 Consensus size: 174
137423 CTATCTAAAT
* * * * * * *
137433 AATTATATATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATAAG-TTCTAATCATTC
1 AATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCTATTCATAC
* * *
137497 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCATAAATTCAAAAGTAAAAATTTA
65 AAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATT-ATATTCCAAAAATTCAAAAGTAAAAAATTA
** * * *
137562 AAAAATAAATCTATTTTCTGAATATGTTTAAATATTATATTTGAAT
129 AAAAATAAATCTATTTAATGAAGATGTTCAAATATTATATTTGAAC
* * ** *
137608 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACA
1 AATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
*
137673 ATCTTA-TTCGAA-AAAA-AATACT-AATTTATT-TATTCCAAAAATT-AATAAGTAAAAGAATT
66 AGCTTATTTCGAATAAAATAATA-TAAATTTATTATATTCCAAAAATTCAA-AAGTAAAA-AATT
*
137732 AAAAAATAAATCTATTTAATGAGCGA-GTTCAAATAATTATGACTGTTTGAAC
128 AAAAAATAAATCTATTTAATGA-AGATGTTCAAAT-ATTAT-A---TTTGAAC
* *
137784 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
137849 AGTTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTCTTAATATT
66 AGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATT-ATATT
137888 ATAAAATTAA
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 32, Indels: 26
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 20 0.09
171 30 0.13
172 18 0.08
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174 6 0.03
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178 5 0.02
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181 4 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.07, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
AATTATATATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTATATTCCAAAAATTCAAAAGTAAAAAATTAAA
AAATAAATCTATTTAATGAAGATGTTCAAATATTATATTTGAAC
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Indices: 138094--138379 Score: 373
Period size: 158 Copynumber: 1.8 Consensus size: 155
138084 GTTTATCGAT
* * ** *
138094 CCAGTTTAAATAGTTATGATTATATGAATAATTATTT-ATT-TCATTATGACCTTTTTCTTTTGT
1 CCAGTTCAAATAGTTATAACAATATGAATAATTATTTCATTATCATTATGA-CTATTTCTTTTGT
* * * *
138157 CATAAAACAAATGTTT-TGTTCATATAAGT-TTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
65 CATAAAACAAATGTTTCTATTCATAT-AGTCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
138220 TTTTGAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
129 TTTTGAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
* * * *
138247 CCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTTCTTTCAAATCATTATGACTATTTGTTTT
1 CCAGTTCAAATAGTTATAACAATATGAATAATTATTTCATT---ATCATTATGACTATTTCTTTT
*
138312 GTCATAAAACAAATGTTTCTATTGATATAGTCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
63 GTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAGTCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
138377 ATT
128 ATT
138380 CTAAAAGTTA
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 14, Indels: 9
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
153 31 0.28
154 2 0.02
157 30 0.27
158 49 0.44
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (155 bp):
CCAGTTCAAATAGTTATAACAATATGAATAATTATTTCATTATCATTATGACTATTTCTTTTGTC
ATAAAACAAATGTTTCTATTCATATAGTCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TTGAAAAATAAATCTGTTTACTAAA
Found at i:138760 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 138219--140659 Score: 1607
Period size: 181 Copynumber: 13.5 Consensus size: 180
138209 ATTTATTAAT
* * * * * * *
138219 ATTTTGAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTT
1 ATTTT-AAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
138284 CTTTCAAATCATTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTGATA-TAGTCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTAT
* * * ** * *
138348 TT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATGTGTAACAA
128 TTCA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * * * * * * *
138401 ATTTAAAAAATGAATCAGTTGGCTTGACCGA-TGCAAATA-TTATGACTGTTCGAATGATTATCT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTT-TATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CA--AT-T
* * * * * * **
138464 ATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAATAATTATTTTTATTCGGACAAGCT
61 ATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* *** * ** *
138529 TACTAGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG
125 TATTTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * *
138585 A-TTTAAAACCAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTACCTA
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
138649 TATCAAATCACTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATATAAGCTTATTT
66 TTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
138713 CAATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAAAACAATTGATAAGTAAAAAA
130 CAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAA-AATTAATAAGT-AAGAG
* * * * ** * * *
138766 ATTTTTAAAATAACTTTGGTTACCAAATAAGTTCGAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
** * *
138830 ATTTCAAATTGTTATAACTTTT-TTTTGGTC--AAAACAATTGTTT-TCGTTCATACAAGCTTAT
65 ATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
* * * *** * * *
138891 TT-AGATTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAG
128 TTCA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* ** * * * *
138944 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * *
139009 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTT
66 TTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
139074 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TAAAATTAATGAGTAAGAG
130 CAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * ** * * *
139125 ATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTTTCTA
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
139190 GTTCAAATCATTATGAATTTTATTTTGTTATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCC
66 TTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
* * *
139255 AAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATTTTTAAAAAATTAATAAGTAA-AA
131 AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
139303 ATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTGAATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTAT-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
139367 ATTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGATTCTGTTCATTCAA-C-TAT
65 ATTTCAAATCA-TTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * * *
139429 ATTCGAAATAAAATTATATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTATTAAGTAAAAT
128 -TTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * ** *
139484 ATTACAAAAATAAATCTGTTTATT-GAGTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCT
* * *
139548 ATTTTAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-
65 ATTTCAAATCA-TTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * **
139611 TTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGATAAGAG
128 TTCAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-TAAGAG
* * * ** * * *
139664 ATTTTAAAAACAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAAC-ATTAATTT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCT
* * **
139728 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTA-
65 ATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * ***
139791 TTCATAATAAAATAATAATGATATATCAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAG
128 TTCA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
139841 A-TTTAAAAACTAAATCTATTTTTTGAAA-TAGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATC
1 ATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTATT-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
139904 TATCTCAAATCATTATGA-TCTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTTTTTCATTCAATCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * *
139968 -TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAA-TATTAAGCAAGA-
127 TTTCAAA-TAAAATAATAATAATTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *** * * * *
140021 AATTTAAAATATAAATGTGTTTGCCGAAACAA-TTCAAATAGTAAAGACTATTAGAACAATTATT
1 ATTTTAAAA-ATAAATCTGTTT-ATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * * *
140085 TATTTCAAATCGTTCTGACACTCTGTTTAGTCCTAAAACAATTATTT-GAGTTTATACAA--TTT
64 TATTTCAAATCATTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
* * * *
140147 TTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAG
127 TT-T-C-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* *
140204 A-TTTAAAAA-AAATCTGTTTATCGAAA-AAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATCTTT
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTAT-TAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TAT
* ** * *
140265 CTAACTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC-AGTTCATA-AA
63 CT-A-T-TTCAAA-TCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
* * * * * *
140328 GATT-TATACAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC--AAAACTAATAAGCAAGAG
122 GCTTAT-TTC-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
140387 A-TTTAAAAACTAAAACTATTT-TCTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATT-T
1 ATTTTAAAAA-TAAATCTGTTTAT-TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTAT
* * * ** * *
140449 CAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTCTCATAAAACAATCATTTTTA-TCATCCAAGCTTA
63 CTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * ** * *
140512 -TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAAAAATATTCCAAAAA-T--TAA-CAAGAG
127 TTTCAAAT-AAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * * * * *
140562 ATTTAAAAAACAAATATGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
1 ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
140627 TTTTAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATA
66 TTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
140660 TAATAGTTGC
Statistics
Matches: 1780, Mismatches: 377, Indels: 210
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.00
175 60 0.03
176 50 0.03
177 108 0.06
178 184 0.10
179 177 0.10
180 386 0.22
181 387 0.22
182 140 0.08
183 57 0.03
184 146 0.08
185 74 0.04
186 7 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC
AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAG
Found at i:139103 original size:181 final size:181
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Indices: 138219--140659 Score: 1647
Period size: 180 Copynumber: 13.5 Consensus size: 181
138209 ATTTATTAAT
* ** * * * *
138219 ATTTTGAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATTT
1 ATTTT-AAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * *
138284 CTTTCAAATCATTATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTGATA-TAGTCTTA
65 ATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTA
* **
138347 TTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAGTTAATGTGTAACAA-
128 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAG
* * ** ** ** * * *
138401 ATTTAAAAAATGAATCA-GTTGGCTTGA-CCGATGCAAATA-TTATGACTGTTCGAATGATTATC
1 ATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTACTAAATAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT-A--AT-
* * * * * * **
138463 TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAATAATTATTTTTATTCGGACAAGC
60 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * * * * *
138528 TTACTAGGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG
125 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
** * * * * * *
138585 A-TTTAAAACCAAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTACCTA
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * *
138649 TATCAAATCACTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATATAAGCTTATTT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * ** * * *
138713 CAATTAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAAAACAATTGATAAGTAAAAAA
131 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGT-AAAAG
* * * * * * * *
138766 ATTTTTAAAATAACTTTGGTTACCAAATAAGTTCGAATCA-TTATGACTATTTGAACAATTATTT
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
** * *
138830 ATTTCAAATTGTTAT-AACTTTT-TTTTGGTC--AAAACAATTGTTT-TCGTTCATACAAGCTTA
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
138890 TTT-AGATTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAG
128 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * *
138944 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* ** * * * *
139009 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTT
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* *
139074 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATGAGTAAGAG
131 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * * * *
139125 ATTTAAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTTTCTA
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * *
139190 GTTCAAATCATTATGA-ATTTTATTTTGTTATTAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* *
139254 CAAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-TTTTAAAAAATTAATAAGTAAAA-
131 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * *
139303 ATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAATACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * *
139368 TTTCAAAT-AGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAACCAATTGATTCTGTTCATTCAA-CTATAT
66 TTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TAT
* * * * * * * *
139431 TCGAAATAAAATTATATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTATTAAGTAAAAT
129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
** * * * * * *
139484 ATTACAAAAATAAATCTGTTTATTGAGT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTT
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTA-TCT
* ** *
139548 ATTTTAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTA-
65 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
139611 TTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGATAAGAG
129 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TAAAAG
* * * * ** * * * *
139664 ATTTTAAAAACAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGCCATGTCCATTTGAA-CATTAATTT
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT-ATCT
* * * **
139728 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGT-AGTAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAAATTA-
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
139791 TTCATAATAAAATAATAATGATATATCAATATTTTGAAAATTAATAAG----AG
129 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * ** * * *
139841 A-TTTAAAAACTAAATCTATTTTTTGAAAT-AGTTTAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATC
1 ATTTTAAAAA-TAAATATGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * *
139904 TATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTTTTTTTCATTCAATCTTA
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
139968 -TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAAATATTAAGCAAGAA-
128 TTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAG
* * * * * * * * *
140022 A-TTTAAAATATAAATGTGTTTGCCGAAACAA-TTCAAATAGTAAAGACTATTAGAACAATTATT
1 ATTTTAAAA-ATAAATATGTTT-ACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * * * * **
140085 TATTTCAAATCGTTCTGACAC-TCTGTTTAGTCCTAAAACAATTATTT-GAGTTTATACAATTTT
64 TATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCT
*** * * * * *
140148 TATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATGAGCAAGAG
126 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * *
140204 A-TTTAAAAA-AAATCTGTTTATCGAAA-AAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATCTTT
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTAAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAAT-TAT
* ** * *
140265 CTAACTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTC-AGTTCATA-AA
63 CT-A-T-TTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA
* *** * * * * *
140328 GATTTATACAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT-TCAAAACTAATAAGCAAGAG
123 G-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* ** * *
140387 A-TTTAAAAACTAAAACTAT-TTT-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATT-
1 ATTTTAAAAA-T-AAA-TATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTA
* * * * ** * *
140448 TCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATCATTTTTA-TCATCCAAGCTT
62 TCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * ** * *
140511 A-TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAAAAATATTCCAAAAATTAACAAG----AG
127 ATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
* * * * ** * *
140562 ATTTAAAAAACAAATATGTTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTA
1 ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
* * * *
140627 TTTTAAATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATA
66 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
140660 TAATAGTTGC
Statistics
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ATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAG
Found at i:139381 original size:17 final size:18
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139324 TCTGAATACG
139334 TTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTCAAATAGTTAT-ACTAT
* *
139353 TT-GAATAATTAT-CTAT
1 TTCAAATAGTTATACTAT
139369 TTCAAATAGTTAT
1 TTCAAATAGTTAT
139382 GACATTTTGT
Statistics
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TTCAAATAGTTATACTAT
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140737 ACCTTTGTTT
* * * *
140747 AAATAGTTAAGACTATATGAACAATTAT-TATTTCAATTTGTTACGACCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *** ** * *
140811 AACAATTATTTCAACTT-ATACAAGCATATTCAGAATAAAA-AAAACTAATTTATTAATATTTTA
66 AACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTA
* * * *
140874 AAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTAAACCAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC
* * * * * *** * *
140926 AAGTAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAACCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * **
140991 AATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTATTTTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-A
* * *
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* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-A
* * * * * * * * *
141172 AACCAATAGGTTTTGTTCATACTATTTTACT-AGGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTT
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTT
* * * ** * * * * * *
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128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC
* * * ** * * * * *
141289 AAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATATTCTTTTATAAT-A
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** ** * * *
141353 AACAATT-ATTTTGTTCATACAAACTTATTCTGATTAGAATAATACTAATTTAATAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA
* * * * *
141417 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAATAAAGT-TGTTTACCAAATTCAGTTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTATTTACTAAA-CCAGTTC
* * * * * * * * *
141469 AAAT-GATTAAGACCATTAGAACAATTATTTATTTGAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATA
1 AAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* ** * * *
141533 AAACAATTGCTTCAGTTCATACAAGTTTATTTAAAATAAATTAATACAAATTTATTAATATTTAA
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* ** * * * *
141598 AAAATTAATAAGAAAGATTTTTAAAAAATAAA-CTTGTTTATTGAACAAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACTAAACCAGTTC
* ** * * * * * *
141650 AAAACAGTTACCACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATTATTATAACCTTTTGATTTATCATA
1 -AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
*** * * * **
141715 AAACAATTGTTTCAATTAATAAAAGCTTAGATGGAATAA-AAAAT-ATACTAATTTATTAATATT
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-TT-TATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * *
141778 TCCTAAAA-TAATAAGTAACAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTA-TCAAATCAGTTA
127 T--AAAAATTAATAAGT---AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTC
* * * * * *
141836 AAATAATTATTGTC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGGCCATTTGTTTCGTCATA
1 AAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
** *
141900 AAACAATTGTTTTTAATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
* * *
141965 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACTAGTTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC
* * ** *
142016 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATTGTTA--AAATGCTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
142079 AAACAATTGTTTCTT-ATCATAGAAGATTATT-GAGTTAAAAATAATACTAACTTAATAATATTT
65 AAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
142142 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACTAGTTT
128 -AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC
** * * * * ** * ** *
142196 AAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTCTCCATTTCAAACCGTTCTGATTTTTTGTTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * *
142261 AATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAA
66 AACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA
* * * * * *
142325 AAAATTAATAAGTAAAAAATTTGACAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTT
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC
* * ** *
142378 AAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGAT-ATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATA
* * * * * *
142441 AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGATTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTGATATTTCA
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
** * * * * *
142506 AAAATTAATAAACAAGAG-TTTAAAAAAATAAATATTTTTACTGAACAAATTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC
* * * ** * * *
142558 AAATAGTTATAACTACTTGAACAATTGTCTATTGGAAATTGTTATGACCTTTTGCTTAGTCACAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *** * * *
142623 AAGAATTGTTTCAATTCATACAAGCTAATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTCAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AA
* * * **
142688 AAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATGAATTTGTTTAGC-AAATTAGTTC
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACCAGTTC
* * * * ** * * * * *
142735 AAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATCATTACCTTTTGGTTGGTCATAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
142800 AACAATTGTTTTTGATT-ATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAA-AATAAATTTTTTAATATTTC
66 AACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-
* * * * *
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128 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACCAGTTC
* ** *
142916 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTT-TCTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT-TTTGTCATA
* * * * * *
142980 AAACAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAA-AATGCTAATATATTAATATTTCA
65 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-A
* *
143044 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTA-TCAAACTAGTTC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTC
* * * * * *
143092 AAATAGTTATGACCATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * **
143156 AAACAATAT-TTTATGTTCATACATGTTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCG
65 AAACAAT-TGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA
* * * * * ** * *
143220 ACAACTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATC
129 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC
* * **
143271 AAATAGTCATGACTTTTTGAA-AAAAATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * * ** * *
143334 AAAAATTATTTCAGGTCATAAAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCTAA
66 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAA
* * * * *
143399 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-TCGAACAAGTTT
130 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTC
* * ** * *
143450 AAATAATTATGACTATTTTAATGATTATCTATTTGAAATT-TCTATAACCTTTTGTTTTGT--TA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGT-TATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * *
143512 AAAAAATGATTTTTTCTATTCATAGAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
65 AAACAAT--TGTTTT-TGTTCATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
143575 TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAACAAGTTC
126 TTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAGTTC
**
143632 AAATCTTTATGACTATTTGAACAATTAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
143660 GTTAGTTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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175 2 0.00
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AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAGTTC
Found at i:146219 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 145411--146867 Score: 1239
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145401 AAGGCTAACA
* ** * * *
145411 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
* * * * * * *
145476 AGTTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAA-TAATAAGTAAAAGATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * ** * * ** * *
145540 AAGAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGTTAAAATTGTCGTAACTATTTGAATAAT
130 AAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG---AAC
* * * * *
145595 AATTATCTATTTCAAATTATTGTGACCTTTTGCTTTGTAATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAC
* * * * * *
145659 AAGCTTATTCGAAATAACATAATACTAATTTCTTAATA-TTAAGAAAATTAATGAG-AAAGAGAA
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAA-AGAT
* * * * * * * * *
145722 CTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACATA-TTCAAATAGTTATGACTATCTAAAC
128 TTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * ** *
145776 AATTATTTATTTCAAAACATTATGACTTTTTGTTTTGTC-TTAAACAATTGGTTCTATTCATGCA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
* * *
145840 AGCATATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * *
145903 AAAAAATAAATATGTTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
130 AAAAAATAAATATGTTTAT-TGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
145955 AACTACCTATCTCAAATCATTATGACCTTTTTGTCTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATA
* * *
146019 AAAACTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
64 CAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * *
146083 TTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
128 TTAAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
146137 AATTATTTATTTCATATCATTATGATCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
** **
146202 ATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
146266 AAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACAAGTTCAAACAGTTATGTCCATTTGAAC
130 AAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
146318 TATTATCTATTTTAAATCATTATCACATTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
** *
146383 AAATTA-TTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT
66 AGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
146443 AAGAACTAAATCTATTTATCGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTTTTTAAAC
130 AAAAAATAAATATGTTTATTGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * * * ** *
146495 AATTTTCCATCTCAAATTGTTGTGATC-TTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTACTATTTTTATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
* * * * * * * * *
146559 TGCTTGTTAGAAATCAAATATTGCTAAATTAATAATGTTAT-AAAAATTAATAAG----AGATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
146619 AAAAAATAAATGTGTTT-GTGAA-ACCTGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAAT
130 AAAAAATAAATATGTTTATTGAATA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
146671 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAC
* * * * *
146735 AAGCTCATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAACATTT-AGAAAATTAATAAATGAAA-ATT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATT
146798 TAGAAAAATAAATATGTTTA--GCAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
129 TA-AAAAATAAATATGTTTATTG-AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
146851 AATTATCTATTTCAAAT
1 AATTATCTATTTCAAAT
146868 AGTTATTCAA
Statistics
Matches: 1020, Mismatches: 213, Indels: 84
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACA
AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
AAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
Found at i:147318 original size:164 final size:166
Alignment explanation
Indices: 146976--147450 Score: 530
Period size: 164 Copynumber: 2.9 Consensus size: 166
146966 AATTAAGGCC
* * * * * * * *
146976 ATTTGAACAATTATCCATATCAAATCATTAGAAACTTTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTCA
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTCA
* *
147041 TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTCAAAGATTAATAAATAGGA
66 TCATACAAGCCTATTCAAAATAAAAGAATACTAATTCATTAATATTCAAAGA-TAATAAATAAGA
* * *
147106 GATTTAAAAGATAAATCTATTTACCGAACTAGTTTCT
130 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCCT
* *
147143 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTATTCTATTATAAAATAATTGTTTT-A
1 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTCA
* * * * *
147207 GTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATT-AAA-A-AATTAATAAG
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*
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* *
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* * * * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* ****
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * *
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* * *
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* * * * ** * * * *
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* **
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* * * * * ** * * * * * * **
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* * *
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* * * *
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** * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * * * * * *
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** * *
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* **** *
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* * * *
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* * *
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*** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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** * ** * * * *
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* * * * *
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* * *
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1 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATAT
* * ** *
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* * * * * *
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** ** * ** *
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1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * ** * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * *
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* ** * * ** *
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* * * * * * * **
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** * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* ** * * * * *
156324 TAACATAATTTTAATTTATTAAAATTTTGAAAGTTAATAAGTAATA-GATTTAAAAACTAAATTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAATAAATAT
*
156388 GTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCGAAATCATTATA
64 GTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATG
*
156451 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AA
127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AGAA
** * * * * *
156505 TAATGTAATACAAATTTGTTAATATTAAAAGAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAA-AATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATG
* ** * *
156570 CTTA-TCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATGTT-AAATCATTGTGA
65 TTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA
* * * * *
156633 CTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTGATACAAGCTTATT
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
156681 CGGATTGAAA
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAA
Found at i:154606 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 153247--157694 Score: 2607
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153237 AATCATTATG
* * * * *
153247 AGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTAA
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATT-T
* * * ** * *
153312 AAAAAATAAATATATTTGCTGAACTACATCAAATAGTCATGACTATTTGAACAATTATATATTTC
64 AAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * * *
153377 AAGTCACTATGACCTTTTGTTTTGT--TAAAAA-AA-AATTTCAATTGATATAAGCTTATTTGA-
129 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTA-TTCAT
* * * *
153437 AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCT-AAAATAAATAA-TTAAAAGATTTTAAAAATGAA
193 AATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTT-AAAGA-TTTAAAAATAAA
* * * * * *
153500 TATGTTTA-TCGAACAGGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCACTA
255 TTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
153564 TAACCCTTTTGTTTTGGACATAAAATAATTTTGTTCTGTAT-ATACA
319 TGA-CCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAA-TTTGTTCTAT-TCATATA
* * **
153610 AGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAGGATTT
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAAATTT
* ** * * *
153674 AAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
64 AAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * *
153739 AAATTGTTATGA-CTTTGTGTTTTGTCAT-AAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-T-AT
129 AAATCATTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAT
* * *
153800 AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAGAAATAA
193 A-A-TAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAA-AAATAA
* * * **
153864 ATATGTTTA-TCAGACAAGTTCAAATAATCGTGAC---TT----AATTATCCT-TTTCAAATCAT
254 ATTTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCAT
* * *
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317 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTG-TTCTATTCATATA
* * *
153965 AGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAAAA-TT
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAAATTT
* * * * ** * * *
154029 AGAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTACAACTATATAAAAAATTATCTATTT
64 A-AAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT
* * * ** *
154094 TAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAA-AATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATT-T
127 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA
* *
154156 TGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-TAAAAATTTTAAAAATAA
192 T-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAAGA-TTTAAAAATAA
* * * ** *
154219 ATCTATTTTCCAAACACA-ATCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
254 ATTTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * *
154283 ATGACCATTTGTTTTGTCATAAATCAATTTGTTCTATTCAAATA
318 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCTATTCATATA
* ** * *
154327 TGCTTATTTGGAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAACTAATAAGTAAAAAATTTAA
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAA
* * * *
154392 AAAATAAATATATTTACCGAGCGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAT
66 AAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
154457 GTCATTATGATCGTTTGTTTTATCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTCATAAT
131 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCATAAT
* * *
154522 AAAATAATAATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAATTTAATTTGT
196 AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAA-TAAATTTGT
** * * * * *
154587 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATCTCCATTTGAACTATTATCTATTTTAAATCGTTATGACAT
260 TTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * *
154652 TTTGTTTTATCATAAGACAATTAT-CTCTATTCATACA
325 TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TGTTCTATTCATATA
** * * * ** * *
154689 AAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATATATTACTATTTTGAAAA-T--T-AGTAAGACATTTA
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTA
* * * * * * *
154750 AAAACTAAATCTCTTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTC
65 AAAAATAAATATATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ***
154814 AAATCATTATGACC-TTTATTTTGTCCT-AAAACATTTATTTCTATTCATACAAGGCTTATTTGG
129 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTCAT
* * ** * ** *
154877 AGTAAAATATTGCTAAATTAAAAATATTCTAAAAATTAATAAGTGT--GGATTTAAAAAATAAAT
193 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TAAAGATTT-AAAAATAAAT
* * * * * *
154940 GTGTTTGCTGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCGAATCATTTT
256 TTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
155004 GGCCTTTTGTTTAGTCAT-ACATAATTAT-TTC-AGTTCATATA
320 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TGTTCTA-TTCATATA
* *** * *
155045 TGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTCAAAAATTTT
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT-AAAAA-ATT
* * * * * * *
155110 TTAAAAATAAAAATGTTTACCGAGCATGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
63 TAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
155175 AAAATCGTTCTGACCTTTTATTTTATCAT-AAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCA
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCA
* * * *
155237 AAATAAAATAATATTACTTT-TGTAATATT-TAAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAA
192 TAATAAAATAATATTAATTTAT-TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAA-ATAA
** * * * * *
155300 ATCAGTTTA-TCGAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTTTCTATTTCTAATCG
254 ATTTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
** *
155362 TTATGAAATTTTGTATTGTCATAAAACAA-TTGTT-T-TTCATCATACA
316 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCTATTCAT-AT--A
* ** * * * ** *
155408 AGCCTATCAGGAGTAAAACTAATACTAATTTATTAATATTTCAATAATTAACAAGTAGGAGATTT
1 AGCTTATTTGGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * *
155473 AAAAAATAAATATATTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATATATTT
64 AAAAAATAAATATATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * * * * * * **
155537 CAAATTGTTATAACATTTTGTTCTGTTAT-AAAACAACTATTTTTCTTCAT-CAAGCTTATTCGG
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAT
* ** * * * *
155600 AATAAAATAATACTAATGAAATAATATTCTAAAAATTAGTAA-CTAAGAGATTTAAAAAATATAT
193 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTT-AAAAATAAAT
* * * * * * * * * * *
155664 TTGTTTGGC-GAACCAGTTTAAATAGTTAAGATTATATGAATAATTCTTTGTTTCAAGTCATTAT
256 TTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * *
155728 AACCTTTTGTTTTGCCGTAAAACAGTTTTTTCAATTCTTACTA
320 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCTATTCATA-TA
* * * * *
155771 A-CTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAACTTATAAATATTTCAAAAATTAATCAGTAAGAAATTT
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* ** * * * *
155834 AAAAAAT-AATCCTATTTGTCGAACAAATTAAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTT
64 AAAAAATAAAT-ATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * ** * ** *
155898 CAAATTATTATAACTTTTTACTTTGTCATAAAAA-AA-TGTTTTTATTCA-AATAATTTTGTTCG
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAA-AAGCTTATTC-
* * * *
155960 A-AGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-TAAGAGAATTAAAAATAAA
191 ATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAATAAA
* * * * * * * * * **
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255 TTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * *
156088 GACCATTTATTTTATCATAAAA-AAATTGTTTCTATTCATAT-
320 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTG-TTCTATTCATATA
* * * * *
156129 AGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATAAGTAACAAATTT
1 AG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * ** * * * *
156194 AAAAAATGAATCTATTGGCTTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTT
64 AAAAAATAAATATATTTAC-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** *
156258 CAAATCATTATAACCTTTTATTTTAT--TACAAAACAATTTTTTCTGTTTGTACAAA-CTTATTT
128 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGCTTATTC
* * * * * * *
156320 AAAATAACATAATTTTAATTTATTAAAATTTTGAAAGTTAATAAG-TAATAGATTTAAAAACTAA
191 ATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAAA-TAA
156384 ATTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTCGAAATCAT
254 ATTTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCAT
* * *
156447 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACA
317 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCTATTCATATA
** ** * * * **
156492 AGCTTATTTCAAATAATGTAATACAAATTTGTTAATATTAAAAGAATTAATAAGTAAATGATTTA
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAAAATTTA
* ** * ** *
156557 AAAAATAAATTTGCTTATCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATGTT-
65 AAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTC
* * * * * * * **
156621 AAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTTAT-AAAACAATTGTTTTTGTTGATACAAGCTTATTCGGA
129 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCATA
* * ** * * **** * * * ** *
156685 TTGAAATAATATTATATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTCTAACT--
194 ATAAAATAATATTA-A-TTTATTAAT-ATTCTAAAAATT-AATAAGTT-AAAGATTTAAAAATAA
** * * * * * * ** * * *
156748 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCT-TTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCA
254 ATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTG-AACA--AT-TATCTA-T-T-TCA
* * * * ** * * **
156812 ATTCA-TAT-AGGC--TT-ATTCGAAATAAAATAA--T-ATAAAGTT-AT-TA
311 AATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCTA-TTCATATA
* * ** * * * ** * * *
156855 A---TATTTTGAA-AATTAATGAGTAAGAGATTTA--AAAAATGAATCAGTTTACCGTAACTAAG
1 AGCTTATTTGGAATAA--AAT-AATACTA-ATTTATTAATATTCAA--AAATTA--ATAAGTAAA
* * * ** ** * * **
156914 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAGTAGTTCAAATAATTAGGACTACATGAACAATTATC
58 AAATTTAAAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** *
156979 CATTTCAAATCATTAAGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATCATTT-TAGTTCATACAAGCTT
123 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTT
* ** * *
157042 ATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG-TAAATGACTTAAAAA
187 ATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAA-GATTTAAAAA
* * * * * *
157106 GTGAAA-TTGTTTAC-GAA-ATCATTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAA
251 -T-AAATTTGTTTACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * **
157168 ATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTT-TT-TAATCATCCA
312 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTGTTCTATTCATATA
* * ** * * * *
157218 AGATTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTA
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTA
* * * * *
157283 AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATATGAATAATAGAACAATTGT
65 AAAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGA--CTAT---T--T-GAACAATTAT
* * ** * * * * *
157348 ATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCAT-AAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
122 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTT
*** * ** * * *
157412 ATTTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATT-TCAAAAATTAATAA-CTAAGAGA-ATAAAA
187 ATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAA-AGATTTAAAA
* * * * *
157474 ATTAAATTTGTTTGCCT-AACCAA-TTCAAATATTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAA
250 A-TAAATTTGTTT-ACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
157537 AACGTTATGACATTTTGTTTTGTCATACAACAAGTTTTTTCAATTCATACT-
312 ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTTGTTCTATTCATA-TA
*** * ***
157588 AGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACCGATTT
1 AGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * * *
157652 AAAGAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTT-AAATCA-TTATGAC
64 AAA-AAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGAC
157695 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 3147, Mismatches: 731, Indels: 409
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
354 4 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
AGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAA
AAAATAAATATATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCATAAT
AAAATAATATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAAAGATTTAAAAATAAATTTGTT
TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTTGTTCTATTCATATA
Found at i:156826 original size:148 final size:148
Alignment explanation
Indices: 156552--156844 Score: 320
Period size: 148 Copynumber: 2.0 Consensus size: 148
156542 TAAGTAAATG
* ** * *
156552 ATTTAAAAAATAAATTTGCTTATCGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * *** *
156617 TGTTAAATCATTGTGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTGTTGATACAAGCTTATTC
66 TGTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTATTC
* * *
156682 GGATTGAAATAATATTAT
131 GAAATAAAATAATATTAT
* * * * *
156700 ATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
** * *
156765 T-TTCAAATTGTTATGA-TCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTAT
66 TGTT-AAATCATTATGACT-TTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTAT
156828 TCGAAATAAAATAATAT
129 TCGAAATAAAATAATAT
156845 AAAGTTATTA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 26, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (148 bp):
ATTTAAAAAATAAATATGCTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA
TGTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATACAAGCTTATTC
GAAATAAAATAATATTAT
Found at i:157085 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 156700--157110 Score: 484
Period size: 216 Copynumber: 1.9 Consensus size: 216
156690 ATAATATTAT
* * ** ** * *
156700 ATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATTAGAACTACATGAACAATTATCCA
** * ** * *
156765 TTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTC
66 TTTCAAATCATTAAGATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATCATATCAATTCATACAAGCTTATTC
* * *** * *
156830 GAAATAAAATAATATAAAGTTATTAATATTTTGAAAATTAATGAGTAAGA-GATTTAAAAAATGA
131 AAAATAAAATAATACAAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-ATGACTTAAAAAATGA
156894 ATCAGTTTACCGTAACTAAGAG
195 ATCAGTTTACCGTAACTAAGAG
* ** *
156916 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAGTAGTTCAAATAATTAGGACTACATGAACAATTATCCA
1 ATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATTAGAACTACATGAACAATTATCCA
** * * * *
156981 TTTCAAATCATTAAGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATCATTTTAGTTCATACAAGCTTATT
66 TTTCAAATCATTAAGATC-TTTTGTTTCATCATAAAACAATCATATCAATTCATACAAGCTTATT
* *
157045 CAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGA
130 CAAAATAAAATAATACAAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAATGA
157110 A
195 A
157111 ATTGTTTACG
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 34, Indels: 4
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
215 2 0.01
216 157 0.99
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (216 bp):
ATTTAAAAAATAAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATTAGAACTACATGAACAATTATCCA
TTTCAAATCATTAAGATCTTTTGTTTCATCATAAAACAATCATATCAATTCATACAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATACAAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAATGAA
TCAGTTTACCGTAACTAAGAG
Found at i:157286 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 156910--157694 Score: 623
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 178
156900 TTACCGTAAC
*** ** * * ** *
156910 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAGTAGTTCAAATAATTAGGACTACATGAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAT
* ** * * * *
156975 TATCCATTTCAAATCATTA-AGACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATCATTTTAGTTCATACAA
66 TATCTATTTCAAATTGTTATA-ACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAAAT-TTTTTA-ATCATACAA
* *
157038 GCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
127 GCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * * *
157091 TAA-ATGACTTAAAAAGTGAAA-TTGTTTACGAAATCATTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACA
1 TAAGA-GATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACA
* * *
157154 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTAATCATCCAA
64 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAACAAAT-TTTTTAATCATACAA
* * *
157219 GATTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATATG
127 GCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
157272 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGATTATATGAATAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGA--CTAT---T--T
* * * * *
157337 AGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAC-AATTATTTCTATT
59 A-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAAATT-TTT-TAAT
** ** * *
157401 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAAC
120 CATACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
157461 TAAGAGA-ATAAAAATTAAATTTGTTTGCCTAACCAATTCAAATATTTAAGACTATATAAACAAT
1 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAT
** * * * * *
157525 TATCTATTTCAAAACGTTATGACATTTTGTTTTGTCATACAACAAGTTTTTTCAATTCATACTAG
66 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAAATTTTTT-AA-TCATACAAG
*
157590 CTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
128 CTTATT-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
** * * * *
157642 TAACCGATTTAAAGAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTT-AAATCATTATGAC
1 TAAGAGATTTAAA-AAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGAC
157695 CTTTTGTTTT
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 101, Indels: 55
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 52 0.11
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186 4 0.01
187 1 0.00
188 42 0.09
189 99 0.21
190 2 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (178 bp):
TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAT
TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAAATTTTTTAATCATACAAGCTT
ATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
Found at i:157653 original size:370 final size:370
Alignment explanation
Indices: 156999--157693 Score: 834
Period size: 370 Copynumber: 1.9 Consensus size: 370
156989 CATTAAGACT
* * *
156999 TTTTGTTTTGTCATAAAATAATCATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAA
1 TTTTGTTCTATCATAAAACAATCATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAA
* * * * * * *
157064 TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGAAATTGTTTACGAAATCATT
66 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAATGACATAAAAAGTGAAATTGTTTACCAAACCAAT
* * * * * ** * *
157129 TTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCAT
131 TCAAATAATTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACATTTTGTTTGGTCAT
* * * *
157194 ATAACAAATGTTTTTAATCATCCAAGATTATATAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTC
196 ACAACAAATGTTTTTAATCATACAAGATTATATAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
* *
157259 AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTAT
261 AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAGAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTT-AAATCA-TTAT
157322 GATTATATGAATAATAGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACC
324 GATTATATGAATAATAGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACC
* ***
157369 TTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTA
1 TTTTGTTCTATCATAAAACAATCATTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC-A
* * * *
157433 AA-CTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGA-GA-ATAAAAA-TTAAATTTGTTTGCCTAAC
64 AATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAA-ATGACATAAAAAGTGAAA-TTGTTTACCAAAC
* * *
157494 CAATTCAAATATTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACATTTTGTTTTG
127 CAATTCAAATAATTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACATTTTGTTTGG
* * *
157559 TCATACAACAAGT-TTTTTCAATTCATACTAGCTTAT-TCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATT
192 TCATACAACAAATGTTTTT-AA-TCATACAAGATTATAT-AAAATAAAATAATAAT-AATTTATT
* * * * *
157621 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAACCGATTTAAAGAAATAAATTTGTTTACCTAACTAGTTAAAT
253 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAGAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAAT
157686 CATTATGA
318 CATTATGA
157694 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 44, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
368 9 0.03
369 83 0.31
370 150 0.55
371 29 0.11
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (370 bp):
TTTTGTTCTATCATAAAACAATCATTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAA
TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAATGACATAAAAAGTGAAATTGTTTACCAAACCAAT
TCAAATAATTAAGACCATATAAACAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACATTTTGTTTGGTCAT
ACAACAAATGTTTTTAATCATACAAGATTATATAAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAGAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTAAATCATTATGA
TTATATGAATAATAGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACC
Found at i:157779 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 157757--157798 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
157747 TAAAGTAACT
*
157757 AATTTATTA-ATATTTCAAA
1 AATTAATTACATATTTCAAA
*
157776 AATTAATTACATATTTGAAA
1 AATTAATTACATATTTCAAA
157796 AAT
1 AAT
157799 AAATCTATTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.40
20 12 0.60
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (20 bp):
AATTAATTACATATTTCAAA
Found at i:158067 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 157682--158694 Score: 783
Period size: 182 Copynumber: 5.7 Consensus size: 182
157672 CTAACTAGTT
* * * * * *
157682 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTGGAA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGGAA
* * * *
157747 TAAAGT-A-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---T-ACATATTTGAAAAATAAATCTA
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
157806 TTTACAAAAATCAATTCAAATAGTTATGACTAATTGAAAAATTATTTATCTT-
131 TTTACCAAACTAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTAT-TTG
* * * *
157858 AAATCATTATTACATTTTGTTATGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGGAT
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGGAA
* * * * * *
157923 TAAAATAATACTAATTTATTAGTATTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
** **
157988 TTTACCAAACTTGA-TCAAATAGCCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTG
131 TTTACCAAACTAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTG
* * * * *
158039 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTTATAAAAGAATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTCGAA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTCGGA
* * * * * * * * *
158103 ATAAAAAAAATGCCAAATTATTAAAATTTTAAAAATTAATAATTAACAGATTTAAAAAATGAATC
65 AT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC
** * * * * *
158168 TATTTACTGAAC-AAGTTTAAACAATTATGACTATTTGGATAATTATCTATTTG
129 TATTTACCAAACTAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTG
** * * * * * * **
158221 AAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTTGA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGGA
* * *
158285 ATAAAATAA-AATAA---AATAAT-TATT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAA
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* * *
158344 TCTATTTATCGAAC-AAATTCAAATCA-TTATGAC-ATTTGAACT-ATTATCTATTTC
127 TCTATTTACCAAACTAAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTG
** * * ** **
158398 AAATCATTATGGTATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAA
1 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGGAA
* * * *
158463 TAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACTAACTTTG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * * *
158523 TTTATTAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTC
131 TTTACCAAACTAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTG
** * * * * *
158574 AAAT-AGTTATG--ATCTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG
1 AAATCA-TTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGG
* * * * * * *
158636 ACTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
64 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
158695 ATGTGTTTGT
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 131, Indels: 66
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 89 0.13
176 120 0.18
177 81 0.12
178 80 0.12
179 11 0.02
180 24 0.04
181 96 0.14
182 163 0.24
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTCGGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA
TTTACCAAACTAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTG
Found at i:158606 original size:175 final size:177
Alignment explanation
Indices: 158361--158758 Score: 422
Period size: 175 Copynumber: 2.3 Consensus size: 177
158351 ATCGAACAAA
* * * * **
158361 TTCAAATCA-TTATGAC-ATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGGTATTTTGTTTTGTC
1 TTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCATTATGGTATTTTGTTTAATC
* *
158424 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAA-AATACTAATTTATTAATATT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATT
*
158488 -TCAAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAACTTTGTTTATTAAACCAG
130 CT-AAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAA--AA-TGTGTTTATTAAACCAG
158536 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAAT-AGTTAT-G-ATCTTTGTTTAAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCA-TTATGGTAT-TTTGTTTAAT
* * ** * * * *
158598 CATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATATTGCTAAATTAATAATAT
64 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATAT
* *
158663 TCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAATGTGTTTGTTAAACTAG
129 TCTAAAAATT-ATAACTAAGAGATTTAAAAAAATGTGTTTATTAAACCAG
* * * * *
158713 TTCAAGTAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAGATCATT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCCATCTCAAATCATT
158759 CTATTCATAC
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 24, Indels: 22
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.02
175 63 0.34
176 49 0.26
177 51 0.27
178 3 0.02
179 3 0.02
180 15 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCATTATGGTATTTTGTTTAATCA
TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTAAGAATAAAATAATACTAAATTAATAATATTC
TAAAAATTATAACTAAGAGATTTAAAAAAATGTGTTTATTAAACCAG
Found at i:158816 original size:145 final size:148
Alignment explanation
Indices: 158617--158898 Score: 347
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 148
158607 ATTGTTTTTG
* * * * * *
158617 TTCATACAAGCTTATTCAGACTAAAATATTGCTAAATTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAAATAA
* * * * * *
158682 GAGA-TTT-AAAA-AAATGTGTTTGTTAAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
66 GAAATTTTAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
158744 CTATTTCAGATCATTCTA
131 CTATTTCAGATCATTCTA
* * *
158762 TTCATACATGCTTATTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAATA
1 TTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAAATA
* * * *
158826 AGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
65 AGAAATTTT-AAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATT
158891 ATCTATTT
129 ATCTATTT
158899 ACAATAAATA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 19, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
145 57 0.50
146 4 0.04
148 4 0.04
149 48 0.42
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (148 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAAATAA
GAAATTTTAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
CTATTTCAGATCATTCTA
Found at i:159364 original size:169 final size:174
Alignment explanation
Indices: 159140--160114 Score: 549
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 174
159130 AGCCTATTTG
* *
159140 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGGGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
159205 CTGTTTACCAAACCAG-TT-C-T-AGT-T-TGAATAATTATCTCTTTCAAACTGCTATAACCTTT
66 CTGTTTACCAAACCAGTTTACATAACTATATAAATAATTATATATTTCAAACTGCTACAACCTTT
* * *
159264 AGTTCTGTTATAAAATAATTGTTTCAA-TTCACATAAGTTTATTCA
131 AGTTCTGTCATAAAATAATTGTTT-AAGTTCACACAAGCTTATT-A
* * *
159309 AAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
159374 CTATTTGCCAAAGCAGTTTAAACAGTTAAAACTATATAAATAATTATATATTTCAAATTGTTACA
66 CTGTTTACCAAACCAGTTT--ACA--T--AACTATATAAATAATTATATATTTCAAACTGCTACA
* * * *
159439 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCATACAAGCTTATTG
125 ACCTTTAGTTCTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCACACAAGCTTATTA
* * *
159489 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * **
159554 CTGTTTACTGAATCAGTTTAAATAATTATAGCAATGTCAATAATTATCTATTTCAAACTGTTATT
66 CTGTTTACCAAACCAGTTTACATAACTAT----A--TAAATAATTATATATTTCAAACTGCTACA
* * * ** ** * *
159619 ACCTCTT-GTT-TGGCCATATAACAATTGTTTTTGAACA-ATCAAGCCTATTTG
125 ACCT-TTAGTTCT-GTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCACA-CAAGCTTA-TTA
* * * ** *
159670 GAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCCTTCAAAAATTAAT-A--AA-TGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * * *
159731 TTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTCACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAAC
66 CTGTTTACCAAACCAGTTTACATA----ACTATATAAATAATTATATATTTCAAACTGCTACAAC
* * * * ** *
159796 ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
127 CTTTAGTTCTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCACACAAGCTTATT-A
* * * * * * * *
159845 GAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTAT-GAAAACTAATAATTAAGATAATTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * *
159909 TTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
65 TCTGTTTACCAAACCAGTT----TACAT-A-ACTATATAAATAATTATATATTTCAAACTGCTAC
* * * * ** * * * *
159974 GACCTTTTGTTTTATTGTAAAATAAGTTTTTCCTTTTAAGTTCATACTAGCTTATTTG
124 AACCTTTAGTTCTGTCATAAAATAA----TT--GTTTAAGTTCACACAAGCTTA-TTA
* * * * * * *
160032 GAATAAAATAAAATGAATTTATCAATATTTCAAAAACTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
160097 TTGTTTACCTAACCAGTT
66 CTGTTTACCAAACCAGTT
160115 CAAATAGTTA
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 123, Indels: 80
0.76 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
169 73 0.12
170 2 0.00
173 1 0.00
174 9 0.01
175 84 0.13
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178 7 0.01
179 33 0.05
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183 3 0.00
184 1 0.00
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186 1 0.00
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AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
CTGTTTACCAAACCAGTTTACATAACTATATAAATAATTATATATTTCAAACTGCTACAACCTTT
AGTTCTGTCATAAAATAATTGTTTAAGTTCACACAAGCTTATTA
Found at i:159544 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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159217 CCAGTTCTAG
* * * * * * * * * *
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1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * * *
159292 TCACATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAG
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* * * * **
159357 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGCAGTTTAAACAGTTAAAACTA
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* * * ** * *
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1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* *
159473 TCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGT
66 TCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * *
159538 GATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATCAGTTTAAATAATTAT-AGCAA
131 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGA-CTA
* * * * * * * * * *
159588 TGTCAATAATTATCTATTTCAAACTGTTATTACCTCTTGTTTGGCCATATAACAATTGTTTTTGA
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * **
159653 ACA-ATCAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCCTTCAAAAATTAAT-A--AA
66 TCATA-CAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
159714 -TGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAG-T-TCACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * * * * *
159763 TTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGT
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * * * * *
159828 TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTAT-GAAAACTAATAATTAA
66 TCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
159892 GATAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * ** * *
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1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA----TT-GTT
* * * * * *
160009 TTAAGTTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTCAAAAACTAGT
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* * *
160073 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTA
123 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
160131 TTTAAATAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTC-TAAAACAAATGCTTTT-
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG-TTTTA
* * * * * *
160194 GTTCATATCAA-TTTGTTTAGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AC
64 GTTCATA-CAAGCTT-ATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * *
160254 TAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTACTA
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * *
160309 TTTCAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-C------TAT-T-ATAAAACAATTATTTCTA-
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
*** * * * * *
160364 TTCATACAAGCTTATTTTGATGAAACTAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTCATAAATAA
65 TTCATACAAGCTTATTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-A
* * * * * ** * * * *
160429 AAAAATTTTAAAAATAAATATGTATATTGAAATAGATCAAATAATCATGACTA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** * * *
160482 TTTGATTAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGT
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* * * ** *
160547 TCATAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCTATTCATACAAGCTTATTAGGA-TTAAAGAAATAC
66 TCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAA--TA--C-T--AA-TTTATTAATATTTCAA-AAAT--
* * * * * *** *
160611 TAATTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAA-AAATTTA--AAA-A-AT-AAATATGTTTAC
119 TAA--TA--AGTA-A--GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATA-G-TTA-
*
160670 CGAACTAGATCACATAATCATGA
174 TG----A-----------C-T-A
* * * *
160693 TTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTT
1 ---TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
160758 TAGTTCAAATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTATTAATA-ATCTAAAAATTAATAA
62 TAGTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * ** * * * *
160822 -TAAAGAGATTTAAAAGATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGATTG
125 GT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
160878 TTTGAACAATTATCTATTTGACATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
*
160942 TTCATACAAGCTTATTTTG-AA-AAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAG
65 TTCATACAAGCTTA--TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG
* ** * *
161003 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATA-AGTTCTAATCA-TTATAACTA
126 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAA-ACAGTTCAAAT-AGTTATGACTA
** * * * *
161058 TTTGAGCAATTATTTACTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-G
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
* * * *
161122 TTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT------TTAATAAGTAA
65 TTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
161180 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAGCAACTTCAAATGGTCATGACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * * *
161231 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTGTGACATTTTCTTATGTAATAAAAGAATTATTTCAGT
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
** * * * * *
161296 TCATGTATGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAA-CAA
66 TCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAA
* * *
161360 GA-A-TTAAAAAA-AGAATCTATTTATCAAGTA-AGTTCAAATAGTTATGATTA
129 GAGATTTAAAAAATA-AATCTGTTTACCAA--ACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** *** * *
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1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAG
* * * * *
161474 TTCATGCAAGTTTATTTTG-AATAAAATAAT-TTAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
65 TTCATACAAGCTTA--TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
161537 AA-AAATTTCAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTA
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* ** * * *
161590 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC-TTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCT-G
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
* * * * * *
161653 TACATAAAAACTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAA
65 TTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
161718 AAGATTTACAAAATAAATTTGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTTATAACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * ** *
161770 TTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTA
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTT-TA
** * *** * * *
161833 -TTTGTACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAACAAACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTT
64 GTTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
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* * * * *
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1 TTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * * * *
162011 ATTCAAACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTCAATAATTAATAAGT
64 GTTCATACAAGCTTA-TT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * ** *
162075 AA-AAATTTAAGAAATAAAT-TGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTC
127 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
162127 TTTAAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAACCCATTCTTTCTA-
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
* * *
162191 TTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
65 TTCATACAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * ** *
162256 AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAGCTAGTTCAAACCGTTATGACTG
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
162308 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTACGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATAT-TTTCTA
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTT-TA
* * * * * *
162372 -TTCATACAAGTTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTGATTAATACTTT-AAAAATTAGTAGGT
64 GTTCATACAAGCTTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
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127 AAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * *
162489 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGACATTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTTTCT-G
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG
* ** * * * * **
162553 TTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAA
65 TTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * **
162614 GAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGGAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
129 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
162666 ATTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATG--CTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-
1 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TA
* * * * * * *
162728 TTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTA
64 GTTCATACAAGCTTATTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* *
162793 AGAGATTAAAAAAATAAATGTGTTTA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
162819 TTGAACCAAT
Statistics
Matches: 2675, Mismatches: 552, Indels: 369
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
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168 36 0.01
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TCATACAAGCTTATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
Found at i:160739 original size:215 final size:215
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160350 AACAATTATT
** * *
160360 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGATGAAACTAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTCATAA
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* ** *
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* * *
160490 ATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATAGAA
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196 GCTTATTCAAAATAAAATAA
* * *
160575 TCTATTCATACAAGCTTATTAGGATTAAAGAAATACTAATTTATTAATATATCGACAATTAATAA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTAGGATGAAACAAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAA
* * * * * *
160640 GT-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGATCACATAATCATGATTGTTTGAATA
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* * *
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131 ATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACATTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCAAAGA
*
160769 AGCTTATTCGAAATAAAATAA
195 AGCTTATTCAAAATAAAATAA
160790 T
1 T
160791 ACTAATCTAT
Statistics
Matches: 191, Mismatches: 24, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TCTATTCATACAAGCTTATTAGGATGAAACAAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTAATAA
ATAAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTATACCGAAATAGATCAAATAATCATGACTATTTGAATA
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCAAAGAA
GCTTATTCAAAATAAAATAA
Found at i:161501 original size:179 final size:176
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 12.3 Consensus size: 176
160565 AATAAAATAA
** * * *
160575 TCTATTCATACAAGCTTATTAGGATTAAAGA-AATACTAATTTATTAATATAT-CGACAATTAAT
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* * * * * * * * * *
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* * *
160703 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTT
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
160820 AATAAAGAGATTTAAAAGATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATGATTGTTTGAAC
64 --GAAA-AGATTTAAAA-AAAAATCTGTTTA-TCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * *
160885 AATTATCTATTTGACATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTT
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*
160938 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA-AAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAAT
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* * * * *
161000 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATAAGTTCTAATCA-TTATAACTATTTGAG
64 --G-AAAAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTA-TCAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
161064 CAATTATTTACTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
123 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * **
161118 TCTGTTCATACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT---TTAA-TAA-GT
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATG-
* * * *
161178 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAGCAACTTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATT
65 AAAAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTATCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
** * * * * * * *
161242 ATCTATTTCAAATTATTGTGACATTTTCTTATGTAATAAAAGAATTATT
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * *
161291 TC-AGTTCATGTATGCTTA-TTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
1 TCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
* * * * *
161354 GAACAAGAATTAAAAAAAGAATCTATTTATCAAGTAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAA
64 GAA-AAGATTTAAAAAAA-AATCTGTTTATCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
** * * * *
161419 TTATCTATCACAAAACATTATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATTGATT
126 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * *
161471 T-TATTCATGCAAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAATA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-
*
161534 AGTAAAA-ATTTCAAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
64 -G-AAAAGATTT-AAAAAAAAATCTGTTTATC--AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
161596 CAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC-TTTGTTTTATCATAAACCAATTGTT
123 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * **
161649 TCTGTACATAAAAACTTA-TTTGAAATAAGATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-
* * * * * * *
161713 AGTAAAAGATTTACAAAATAAATTTGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATA
64 -G-AAAAGATTTA-AAAAAAAATCTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * *
161778 ATTATTTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTT
125 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT
** * * *** * **
161829 TCTATTTGTACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAACAAACTAATATTTTAAAAATTAAT-
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATG
* * * * * * * *
161892 AAGTTGGAGATTTAAAAAAAAATTTGTTTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTAAACT
65 AA----AAGATTTAAAAAAAAATCTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-T
* * *
161957 -ATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACATTTTGGTTTT-TCGTAAAACAATTGTT
124 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * *
162008 TCAATTCAAACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTCAATAATTAATAA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--
* * * * *
162073 GTAAAA-ATTTAAGAAATAAAT-TGTTT-TCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACA
64 G-AAAAGATTTAA-AAAAAAATCTGTTTATC--AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * *
162135 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCATTTATTTTGTCATAAACCCATTCTT
125 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* ***
162187 TCTATTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT--
* * * * * ** *
162252 GTAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTATCGAGCTAGTTCAAACCGTTATGACTGTTTGAATAA
64 G-AAAAGA-TTTAAAAAAAAATCTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * *
162317 TTATTTATTTCAAATAGTTACGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATAT-TT
126 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT
* * * * *
162368 TCTATTCATACAAGTTTATTTGGAACAAAATAATACTAATTGATTAATACTT-TAAAAATTAGTA
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTA--A
* ** * * * * *
162432 GGTAGTAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATA
63 TG-AAAAGATTTAAAAAA-AAATCTGTTTATC-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * *
162497 ATTATCTATTTCAAATCGTTGTGACATTTTATTTTCTCATAAAACAATTGTT
125 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** ** * * * ***
162549 TCTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A
1 TCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGA
* * * * * *
162613 AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAATT
66 AAAGATTTAAAAA-AAAATCTGTTTA-T-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
* * *
162677 ATCTATATCAAATTGTTATG--CTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTT
128 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
162725 TCTTTTCATACAAGCTTATTCAT-ATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA
1 TCTATTCATACAAGCTTATT-TTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
162786 GTAAGTAAGA
Statistics
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175 1 0.00
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Consensus pattern (176 bp):
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AAAGATTTAAAAAAAAATCTGTTTATCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC
TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
Found at i:161979 original size:538 final size:537
Alignment explanation
Indices: 158757--162836 Score: 2374
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158747 TTTCAGATCA
* * * * *
158757 TTCTATTCATACATGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAAT
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT
* * *
158821 AAATAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGA
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* * * * **
158885 ACAATTATCTATTT-ACAATAAATATGAC-CTTT-TGTTATCATAAAACAATTGTTTTCAATTCA
125 ACAATTATCTATTTCA-AATTATTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCA
** * * * * * **
158947 TA-ATAGCTTA-TCAAAATAAAATAACATTACTTTAATAATATTTCAAAAATTGATAAGT-TGAG
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** * * ***** * * * ** *
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252 ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTCATGA-CTATTTGAATAATTATC
** * * * * * * *
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315 TATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-AGTTCATACAAGCTT
* * * *
159135 ATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGGGATTTAAAAA
379 ATTCGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA-TAGGAGATTTAAAAA
* * * *
159199 ATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTC------T-A-G----TTTGAATAATTATCTCTTTCAAACT
442 A-AAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGATCATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-T
** * * * *
159252 GCTATAACCTTTAGTTCTGTT-ATAAAATAATTGT
505 ATTATGACATTTTGTT-T-TTCATAAAACAATTGT
* * * * *** * *
159286 TTCAATTCACATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * ** * * * ** * * *
159351 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAAGCAGTTTAAACAGTTAAAACTATATAAATA
66 AGTAA-AAATTT-AAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * **
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128 ATTATCTATTTCAAATTATTATGACTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* **
159480 AGCTTA-TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTA
192 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * * * * * *
159544 AAAAGTGAATCTGTTTACTGAATC-AGTTTAAATAATTAT-AGCAATGTCAATAATTATCTATTT
257 AAAAATAAATATGTTTACCG-AGCAAATTCAAATAGTCATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTT
* * * * * * * ** *
159607 CAAA-CTGTTATTA-CCTCTTGTTTGGCCATATAACAATTGTTT-TTGAACA-ATCAAGCCTATT
320 CAAATC-ATTATGATCAT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATA-CAAGCTTATT
* * * * * *
159668 TGGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCCTTC-AAAAATTAATAA-A--TGATTTAAAAAATAA
382 CGAAATAAAATAATACTAACTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAATAGGAGATTTAAAAAA-AA
* * * * * * * * ** * *
159729 ATTTGTTTACCGAACTAGTTTAAATAGT--TCA-CTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATTGTT
445 ATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGATC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TATT
* * *
159791 ATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTAT
508 ATGACATTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGT
* * ** * * * *
159822 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTAT-GAAAACTAAT
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAAT
* * * * ** * * * *
159886 AATTAAGATAATTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATATGAAC
65 AAGTAA-A-AATTTAAAAATAAATCTGTTTTCTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** *
159951 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTATTGTAAAATAAGTT-TTTCCTTTTAAG
127 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACTC-TTTATTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT-C---T--G
* * * * * *
160014 TTCATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATCAATATTTCAAAAACTAGTAAGTA
184 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * *
160078 AGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTT
248 AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
* * * *
160143 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTC-TAAAACAAATGCTTT-T-GTTCATATCAA
313 TCTATTTCAAATCATTATGATCATTTGTTTTG-TCATAAAACAATTG-TTTCTAGTTCATA-CAA
* * * * * *
160205 -TTTGTTTAGGAATAAAGTAATACTAA-TCTATTAATATT-TCAAAAATTACT-A-A-GAGATTT
375 GCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAACT-TATTAATATTCT-AAAAATTAATAATAGGAGATTT
* * * * * * * * ** *
160264 AAAAGATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATTA-CTATTTCAGCAATTATTTATTT
437 AAAA-AAAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGATC-ATTTGAATAATTATCTATTT
* * *
160328 CAAATTGTTATGAC-------TATT-ATAAAACAATTAT
500 CAAA-TATTATGACATTTTGTTTTTCATAAAACAATTGT
* * * * *
160359 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTG-ATGAAACTAATACTAATTTATTAATATATCAACAATTCAT
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
160423 AAATAAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTATAT-TGAA-ATAGATCAAATAATCATGACTATTTG
65 AAGT--AAAAA-TTTAAAAATAAATCTGT-TTTCTGAACA-A-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * * * *
160486 ATTAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCA
124 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* ** * ** *
160550 TAGAAGCTTATTCAAAATAAAATAATCTATTCATACAAGCTTATTAGGA-TTAAAGAAATACTAA
188 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA--TA--C-T--AA-TTTATTAATATTTCAA-AAAT--TAA
* * * *
160614 TTTATTAATATATCGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAGA
242 -TAAGTAA-A-A--G---A-T--T---TAAAAAA--T---AAAT--A--TGTTTACCGAGC-AAA
* * * * * * *
160679 -TCACATAATCATGATTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACATTTTGTTTTATC
283 TTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCA-TTTGTTTTGTC
* * *
160743 ATAAAAGAATTGTTT-TAGTTCAAATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TCTATTAATA
347 ATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAACT-TATTAATA
* * ** * * *
160806 ATCTAAAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAGATGAATCTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATT
411 TTCTAAAAATTAATAAT-AGGAGATTTAAAA-AAAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATC
** * * * * * *
160871 ATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTGACAT-TGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
474 ATGATCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAT--TATGACATTTTGTTTT-TCATAAAACAATT
*
160935 TT
536 GT
**
160937 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAA-AAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * *
160999 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAATAAGTTCTAATCA-TTATAACTATTTG
64 TAAGTAAAA-ATTT-AAAAATAAATCTGTTT-TCTGAACAA-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
161062 AGCAATTATTTACTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
124 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT
* * * *
161127 ACAAGTTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA-TT------TTAATAAGTAAAAGAT
189 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
* * *
161185 TTAAAAAATAAATATGTTTA-CAAGCAACTTCAAATGGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
254 TTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * * * ** *
161249 TCAAATTATTGTGA-CATTT-TCTTATGTAATAAAAGAATTATTTC-AGTTCATGTATGCTTATT
319 TCAAATCATTATGATCATTTGT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * *
161311 TGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAACA--AGAATTAAAAAAAGA
382 CGAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AATAGGAGATTTAAAAAAA-A
* * * * * * ** *
161374 ATCTATTTATC-AAGTAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATCACAAAACATT
445 ATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATCATGATCATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATATT
* *
161438 ATGACCTTATGTTTTATCATAAAACAATTGAT
508 ATGACATTTTGTTTT-TCATAAAACAATTG-T
* * * *
161470 TT-TATTCATGCAAGTTTATTTTGAATAAAATAAT-TTAAATTTACTAATATTCCAAAAATTAAT
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
161533 AAGTAAAAATTTCAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACACATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
65 AAGTAAAAATTT-AAAAATAAATCTGTTTTCTGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
161598 ATTATCTATTTCAAATCATTATTAC-CTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTACATAAAA
128 ATTATCTATTTCAAATTATTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * * *
161662 ACTTATTTGAAATAAGATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAC
193 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * *
161727 AAAATAAATTTGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATTTATTTCAA
258 AAAATAAATATGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAA
** *
161792 ATCATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAC-ATATGTTTCTA-TTTGTACAAGTTTATTCGAAA
323 ATCATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
** * * * * *
161854 TAAAATAATACTAACAAACTAATATTTTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAAAATTTGT
387 TAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAGGAGATTTAAAAAAAAATCTAT
* * *
161919 TTACCGAACAAGTTTAAATAGTCATG-TCCATTTAAACT-ATTATCTATTTCAAATATTATGACA
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*
161982 TTTTGGTTTTTCGTAAAACAATTGT
514 TTTT-GTTTTTCATAAAACAATTGT
* * * * *
162007 TTCAATTCAAACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTCAATAATTAATA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
162072 AGTAAAAATTTAAGAAATAAAT-TGTTTTCTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTCTTTAAACAA
66 AGTAAAAATTTAA-AAATAAATCTGTTTTCTGAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * *
162136 TTATCTATTTCAAA-TAGTTATGAC-CATTTATTTTGTCATAAACCCATTCTTTCTATTCATACA
129 TTATCTATTTCAAATTA-TTATGACTC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
* ** * * *
162199 AGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTT
192 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * ** * * *
162264 AAAAATAAATCTATTTATCGAGCTAGTTCAAACCGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCA
257 AAAAATAAATATGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * *
162329 AAT-AGTTACGATCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAATAT-TTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTGG
322 AATCA-TTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGA
* * * *
162391 AACAAAATAATACTAA-TTGATTAATACTT-TAAAAATTAGTAGGTAGTAGATTTAAAAAATAAA
385 AATAAAATAATACTAACTT-ATTAATA-TTCTAAAAATTAATA-ATAGGAGATTTAAAAAA-AAA
* * * *
162454 TCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAATCATG-TCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTG
446 TCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGAT-CATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-ATTA
*
162518 TGACATTTTATTTTCTCATAAAACAATTGT
509 TGACATTTTGTTTT-TCATAAAACAATTGT
* * ** ** * * **
162548 TTCTGTTCATGCAAAATTATTCAGAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATA
1 TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
162613 AG---AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGGAACAGTTCAAATAGTTATGACTAATTGAACAA
66 AGTAAAAATTTAAAAA-TAAATCTGTTTTCT-GAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * *
162675 TTATCTATATCAAATTGTTATG-CTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAG
129 TTATCTATTTCAAATTATTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG
* * * * * * * *
162739 CTTA-TTCATATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTAAA
194 CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* ** * *
162803 AAAATAAATGTGTTTATTGAACCAATTCAAATAG
258 AAAATAAATATGTTTACCGAGCAAATTCAAATAG
162837 CTAAGTTTTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (537 bp):
TTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
AGTAAAAATTTAAAAATAAATCTGTTTTCTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATTATTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
ATAAATATGTTTACCGAGCAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
ATTATGATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
ATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAGGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTACC
GAACAAGTTCAAATAATCATGATCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTATGACATTTTGTT
TTTCATAAAACAATTGT
Found at i:163356 original size:328 final size:322
Alignment explanation
Indices: 162968--163566 Score: 738
Period size: 328 Copynumber: 1.8 Consensus size: 322
162958 GAATAAATTT
* *
162968 AAATAGTCAGGTCCATTTGAATTATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTATTTTGTCATAA
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* ** * *
163033 AACATTTGTTTCT-ATTCAAACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC
66 AACAATTGTTT-TGATTCAAACAAAATTA-TTCAAAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTTC
* * * * *
163096 AAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAGTAAATCTATTTAC-CAAGCTAGTTTCAAATCGTTAT
129 AAAAATTAATAAG----AAATTTAAAAACTAAATCCATTTACTCAA-ATAG-TTCAAATAGTTAT
* * * * *
163160 GACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATATTT-TGTTGTGTCCTAAAACAATTGT
188 GACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATAATTATGATATTTAT-TT-TGTCATAAAACAATTGT
* *
163224 TTCTATTCATAGAAGTTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTGATTAATAAACCTGTTTACTAAA
251 TTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTGATTAATAAACCTGTTTACTAAA
163289 CAAGTTC
316 CAAGTTC
* * * *
163296 AAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAA
1 AAATAGTCAGGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAA
* ** ** **
163361 AACAATTGTTTTGGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTTTGA
66 AACAATTGTTTTGATTCAAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTTCAA
* * * *
163426 AAGTTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCCGTTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
131 AAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCCATTTACTCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
163491 GAACACTTATCTATATCAAATTATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAT
196 GAACAATTATCTATATCAAATAATTATGATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
163556 ACAAGCTTATT
261 ACAAGCTTATT
163567 CATATTAAAA
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Consensus pattern (322 bp):
AAATAGTCAGGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTGATTCAAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATAAATCTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGAAATTTAAAAACTAAATCCATTTACTCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATATCAAATAATTATGATATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTGATTAATAAACCTGTTTACTAAACAAGTTC
Found at i:164723 original size:537 final size:530
Alignment explanation
Indices: 163270--166012 Score: 1688
Period size: 537 Copynumber: 5.1 Consensus size: 530
163260 TTAATTGATT
* ** * * * *
163270 AATAAACCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
1 AATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT
* * *
163335 CATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGGTTCATGCAAAA-TTATTCAAAATAA
66 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT--AAAACTTA-TCCAAATAA
* ** *
163399 AATAATATTGA-TCTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCCGTTTAC
128 AATAATACT-ACTCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAACTAAAT-CGTTTAC
* * *
163462 TGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-ACTTATCTATATCAAATTATTATGATCTTT
191 CG-AATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAC-TATCTATATCAAATTGTTATTATCTTT
* * * * *
163525 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAACT-CTTAATT
254 ATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA-TAC-TAATT
* * *
163589 TAATAATATTCCAAAAAAGAGTAACTAAGAGATTT-AAAAA-AAA-TATGTTTGCCAAACTTA-T
316 TAATAATATTCC--AAAA-ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTA-GTTTGTCGAAC-TAGT
* * * * *
163650 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTACCTATTTCAGATCGTTTTGACCTTTTGC-TTAGTCA
375 TTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-CTTTAGTCA
* * * * *
163714 TAAAATAATTATTTTAGTCTATACAATCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATAAACATTT
439 TAAAATAATTGTTCTACTC-ATACAAACTTATTCAAAATAAA-TAATACTAATTTATTAACATTT
* * *
163779 GAAAAATTAATGAGCATGAGATTTAAAAG
502 AAAAAATTAATAAGCATGAGATTGAAAAG
* * * ** * *
163808 AGTAAGTTTGTTTATTGAACAA-TATAAAATAGATT-TGAATATTTGAA-AATTAAT-GATTTAA
1 AATAAATCTGTTTACCGAACAAGT-TAAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATT-ATCTATTTAA
* * *
163869 AGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATAAAAACTTATCCGAAAT
63 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-AAAACTTATCC-AAAT
*
163934 AAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGATTTTTAAAAACTAACACTC-
126 AAAATAATACTACTCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGA--TTTAAAAACTAA-A-TCG
* * * * * * * * *
163998 TTTTCCAAACCAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTT-TTGAT
186 TTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATATCAAATTGTTATT-AT
* * * *
164062 CTTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTTTTATCATA-AAAGCTTATTC-ACATAAAAATAATACT
250 CTTTATTTTGTCATAAAATAATTG-TTTTTATCATACAAA-CTTATTCAAAAT-AAAATAATACT
* *
164125 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAAGATTCAAAAAATAAATATA-TTTGTCGAACTAGTT
312 AATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTGTCGAACTAGTT
* * * *
164189 TAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCGATGTAACCTTTTCTTTAGTCATA
376 TAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTCTTTAGTCATA
* * * * * *
164254 TAATAATTGTTCAATTCATACAAACTTATTCAGAAGAAA-AAAACTAATTTATTAACATTTAAAA
441 AAATAATTGTTCTACTCATACAAACTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAA
164318 AATTAATAAGCATGAGATTCGAAAA-
506 AATTAATAAGCATGAGATT-GAAAAG
** *
164343 AATAAATCTGTTTACCGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT
1 AATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT
* * * *
164408 TATTTTGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAACATAAG
66 CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAA-CTTATCCAA-ATAAA
* * *
164473 AT-ATACTACTCTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAATAAATCAGTTT
129 ATAATACTACTCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A-AGATTT-AAAAACTAAATC-GTTT
* * * * * *
164537 ACCGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTATCTTT
189 ACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATATCAAATTGTTATTATC-TT
* *
164602 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAACATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
253 TATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-ATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
164667 ATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAACTAGTTTAAATG
317 AATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTGTCGAACTAGTTTAAATA
* * * * *
164732 GTTATGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTA-TCATAAAACA
382 GTTAAGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTCTT-TAGTCATAAAATA
* * * *
164796 ATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTAGTAATATTCT-AAAAAT
446 ATTG-TTCTACTCATACAAACTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAAAT
* * *
164860 GAATAA-CTAAGAGATT-TAAAG
509 TAATAAGC-ATGAGATTGAAAAG
** *** * * * * * * * * *
164881 AATAAATCCATTTGTTGAACCAA-TTCAAACATTTAAGTCTATATGAA-ATTTATTTATTTCAAA
1 AATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAA
** * * * * * * **
164944 TTGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTATTTTAGCTT-ATACAAGCTTGTTCGGAATA
65 TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATA-AAACTT-ATCCAAATA
* * * * * * **
165008 GAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAA-TAATTTTA
127 AAAT-AATACTACTCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A-AGATTTA-AAAACTAA-ATCG
**** * * * * * * **
165071 TTTATTTTA-CTAGTTCAAATAATTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTA-
186 TTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATATCAAATTGTTATTAT
* * * * ** * * * *
165134 CTTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTGCGAAATAAAAGAATACT
250 C-TTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-ATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
165199 AATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTATCAAACT
312 AATTTAATAATATTCCA-AAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTGTCGAACT
* ** * *
165263 A-TTTCAAATAGTTTTA-ACTATGT-GAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
372 AGTTT-AAATAG-TTAAGACTAT-TAGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTCTTT
* * * ** * ** ** ** *
165325 TGTCA-ACAAACAATTGGTTTTGTTTATATTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATA
434 AGTCATA-AAATAATT-GTTCTACTCATACAAACTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
165389 ATATTCT-AAAACTTAATAACCAAGAAATT-ACAA-
496 ACATT-TAAAAAATTAATAAGCATGAGATTGAAAAG
* * *** * * * * * * * * *
165422 AATTAATTTAACTATCG-ACGTAGTTCAAATAATTAAGACTATATAAATGATTATCTATTTCAAA
1 AATAAATCTGTTTACCGAAC-AAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAA
* ** * * ** *
165486 TCATTATGA--TTGTTCCTTTTGTTGTAAAACAATTATTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGGATT
65 TCATTATGACCTT-TT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA-AAACTTA-TCCAAAT
* * * * *
165548 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAATA-TAAATTTG
126 AAAATAATACTACTCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAA-ACTAAA-TCG
* * * * * * * * * *
165612 TTTACCAAATCAGTTCAATTGGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTGAC
186 TTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATATCAAATTGTTATT-AT
* * ** * * * *
165676 CTTTGATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTA
250 CTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTA-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** *
165741 ATTTAGTAACATTTAAAAAATTAATAGAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT-GTTT-ACTGAAC
313 ATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTGTC-GAAC
* ** ** * * *** * * *
165804 AAGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGATTT-
371 TAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-CTTTA
* * * * * * * * *
165868 GTTATAAAACAATTGTTTCAATTGATACAAGCTTAGAT-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAA
435 GTCATAAAATAATTG-TTCTACTCATACAAACTTA-TTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAA
* *** * * * * *
165932 TATTTCCTAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAA-
497 CATTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTGAAAAG
* * * * *
165965 AATAAATATGTTTACCAAATC-ATTTAAAATAATTATGACCATTTGAAT
1 AATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAAT
166013 GGTTCAAGTT
Statistics
Matches: 1757, Mismatches: 343, Indels: 205
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
534 4 0.00
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544 1 0.00
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
AATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT
CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAACTTATCCAAATAAAAT
AATACTACTCTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAACTAAATCGTTTACCGAAT
CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATATCAAATTGTTATTATCTTTATTTTGT
CATAAAATAATTGTTTTTATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
CCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTGTCGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACT
ATTAGAATAATTAACTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTCTTTAGTCATAAAATAATTGTTCTAC
TCATACAAACTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGA
GATTGAAAAG
Found at i:165209 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 163312--165965 Score: 1299
Period size: 181 Copynumber: 14.8 Consensus size: 179
163302 TCATGTCTAT
* * *
163312 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGGTT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* ** * * * * ** *
163377 CATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTT-TGAAAGT--TAA-TAAGA
66 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
*** * * * * * *
163438 GATTTAAAAACTAAATCCGTTTACTGAAATAGTTCAAATAGTTATGACTAT
131 GATTTAAAAA-T-AATTTATTTATTCAACTAGTTCAAATAATTATAACTAA
* * * * *
163489 TTGAACACTTATCTATATCAAATTATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-T
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGT
* * * ** * *
163552 TCATACAAGCTTATTC-ATATTAAAATAACT-CTTAATTTAATAATATTCCAAAAAAGAGTAACT
65 TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA-TAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * ** *
163615 AAGAGATTTAAAAAAAATATGTTT-GCCAAACTTA-TTCAAATAGTTA-AGACT-A
127 AAGAGATTTAAAAATAATTTATTTATTC-AAC-TAGTTCAAATAATTATA-ACTAA
* * ** ** * * * *
163667 TTAGAATAATTACCTATTTCAGATCGTT-TTGACCTTTTGCTTAGTCATAAAATAATTATTTTAG
1 TT-GAATAATTATCTATTTCAAATTATTATT-ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * * * *
163731 -TCTATACAATCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTTATAAACATTTGAAAAATTAATGAGCA
64 TTC-ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
163795 TGAGATTTAAAAGAGTAAGTTTGTTTATTGAAC-AATATAAAATAGATT-TGAA-TAT
128 AGAGATTTAAAA-A-TAA-TTTATTTATTCAACTAGT-TCAAATA-ATTAT-AACTAA
* * * * *
163850 TTGAA-AATTAAT-GATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTA
1 TTGAATAATT-ATCTATTTCAAA-TTATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-
* * * * * *
163911 GTTCATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCA
63 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
** ** * * * * ** * *
163976 AGATTTTTAAAAACTAACACTCTTT-TCCAAACCAATTCAAATTGTTATGACTAT
128 AGAGATTTAAAAA-TAA-TTTATTTATTC-AACTAGTTCAAATAATTATAACTAA
* * * * * * * * *
164030 TTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTT-TTGATC-TTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTTT-T
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATT-ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * *
164092 ATCATAAAAGCTTATTC-ACATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A--A
65 -TCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
164153 A-AGATTCAAAAAATAAATATATTT-GTCGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACT-A
128 AGAGATT-TAAAAAT-AATTTATTTATTC-AACTAGTTCAAATAATTATA-ACTAA
* * * * * * **
164205 TTAGAATAATTATCAATTTCAAATCGATGTA--ACCTTTTCTTTAGTCATATAATAATTG-TTCA
1 TT-GAATAATTATCTATTTCAAAT-TAT-TATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * *
164267 ATTCATACAAACTTATTC-AGAAGAAAA-AA-ACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGC
63 GTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * * * * *
164329 ATGAGATTCGAAAAAATAAATCTGTTTA-CCGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTAT
127 AAGAGATT--TAAAAAT-AATTTATTTATTCAACT-AGTTCAAATAATTATAACTAA
* * * *
164385 TTGAATAATTATCTATTTAAAATTATT-TTGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATT-ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * *
164449 TCATAAAAGCTTA-TCCAACATAAGAT-ATACTACTCTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
65 TCATACAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * ** * *
164512 TAGATTTAAAAAAATAAATCAGTTTA-CCGAA-TCGGTTCAAATAATTATGGCCAT
129 GAGATTT--AAAAATAATTTA-TTTATTC-AACT-AGTTCAAATAATTATAACTAA
* * * * * * ***
164566 TTAAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAA
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
** * *
164631 CATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGA
66 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * ** * *
164692 GATTTAAAAAATAAATTAGTTTATTGAACTAGTTTAAATGGTTATGACTAT
131 GATTT-AAAAATAATTTA-TTTATTCAACTAGTTCAAATAATTATAACTAA
* * * * * * *
164743 TTGAATAATTAACTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGCT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * * *
164808 CATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATGAATAACTAAG
66 CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAG
** * * * * *
164871 AGATTTAAAGAATAAATCCATTTGTTGAACCAATTCAAA-CATT-TAAGTCT-A
130 AGATTTAAA-AAT-AATTTATTTATTCAACTAGTTCAAATAATTATAA--CTAA
* * * * * * * * * *
164922 TATGAA-ATTTATTTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTATTTTAGC
1 T-TGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-
* * * *
164986 TT-ATACAAGCTTGTTCGGAATAGAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTA
64 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
**
165049 AGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTATTTTACTAGTTCAAATAATTATAACTAA
128 AGAGATTTA-AAAATAA-TTTATTTATTCAACTAGTTCAAATAATTATAACTAA
* * * * *
165103 TTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTA-CTTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * *
165167 TAATATAAGTTTGTGCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAA-TA
65 TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-AAGTA
** * * *
165230 AGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTA-TCAAACTATTTCAAATAGTTTTAACT-A
128 AGAGATTTAAAAA-T-AATTTATTTATTC-AACTAGTTCAAATAATTATAACTAA
* * * *
165283 TGTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCA-ACAAACAATTGGTTTTG
1 T-TGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTTATTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTTG
* ** ** * * * **
165347 TTTATATTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAACCA
64 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* ** *
165411 AGA-AATTACAAAATTAATTTAACTA-TCGACGTAGTTCAAATAATTA-AGACT-A
128 AGAGATTTA-AAAA-TAATTTATTTATTCAAC-TAGTTCAAATAATTATA-ACTAA
* * * * * ** *
165463 TATAAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGA--TTGTTCCTTTTGTTGTAAAACAATT-ATTTT
1 T-TGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTT-TT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * *
165525 GTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
63 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * **
165590 ATAGATTTAAAATATAAATTTGTTTA-CCAAATCAGTTCAATTGGTTA-AGACT-A
128 AGAGATTTAAAA-AT-AATTTATTTATTCAACT-AGTTCAAATAATTATA-ACTAA
** * * * * ***
165643 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-TTGACCTTTGATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAA
1 TT-GAATAATTATCTATTTCAAATTATTATT-ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
* * * * * *
165707 TTCATACAAGCTTATT-TAGAATAAATTAATACTAATTTAGTAACATTTAAAAAATTAAT-AGAA
64 TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-T
* * * * * * * * *
165770 AAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTACAAATAGTTATTACTAT
127 AAGAGATTT--AAAAAT-AATTTATTTATTCAACTAGTTCAAATAATTATAACTAA
* * * * * * * ***
165826 TTGAACAATTGTTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGA-TTTGTTATAAAACAATTGTTTCAAT
1 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATTACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * ** *
165890 TGATACAAGCTTAGATAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATCAATAAGTAA
65 TCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
*
165954 GAAATTTAAAAA
129 GAGATTTAAAAA
165966 ATAAATATGT
Statistics
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CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAATAATTTATTTATTCAACTAGTTCAAATAATTATAACTAA
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* * * *
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** ** * * * * ** *
163384 AATTATTCAAAATAAAAT-AATATTGATCTATTAATATTT-TGAAAGT--TAA-TAAGAGATTTA
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*** * * * * * *
163444 AAA-ACTAAATCCGTTTACTGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACACTTATCTATAT
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** * * * *
163507 CAAATTATTATGA-TCTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTC-A
191 CAAATCGTTATTACT-TTTGATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTTTAATACAAG-TTTTTCGA
* * * ** *
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253 -AATAAAATAA-TAC-TAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * ** * ** * *
163631 ATATGTTTGCCAAACT-TATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTACCTATTTCAGATCGTT
313 ATTTGTTTATCGAACTAT-TTCAAATAGTT-TTACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATT
* * ** * * *
163695 TTGACCTTTT-GCTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAG-TCTATACAATCTTATTCAAAATAAAT
376 ATAACCTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCT-GCTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAA-
* * * * * * * * *****
163757 TAATACTAATTT-ATAAACATT-TGAAAAATTAATGAGCATGAGATTTAAAAGAGTAAGTTTGTT
437 TAATACTAATTTAAT-AATATTCT-AAAAATGAATAACCAAGAGAATT-AAAGAATAAATCCAAC
* * * * * *
163820 TATTGAA-CAATATAAAATAGATT-TGAATATTTGAAAAT
499 TATCGAACCAAT-TCAAACA-ATTAAGACTATATG-AAAT
* * * * * *
163858 TAAT-GATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAG-TTCATAAA
1 TTATCTATTTCAAA-TCATTATGA-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTT-ATACA
* * * * * * * **
163920 AACTTATCCGAAATAAAAT-AATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGATTTTT
63 AGCTTATTCGGAATAAAATGAA-ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** * * * * *
163984 AAAA-ACTAACACTCT-TTT-CCAAACCAATTCAAATTGTTATGACTATTTGAATAAATATCAAT
127 AAAATA-TAA-A-TTTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTAATTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
164046 CTCAAATTGTT-TTGA-TCTTTG-TTTTCTTATAAAATAATTGTTTTTTATCATAAAAGCTTATT
189 TTCAAATCGTTATT-ACT-TTTGATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTT-TAATACAAG-TTTTT
* * * *
164108 C-ACATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-AA-AGATTCAAAAAATAA
250 CGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * ** * **
164169 ATATATTTGTCGAACTAGTTT-AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCAATTTCAAATCGA-
313 ATTTGTTTATCGAACTA-TTTCAAATAGTT-TTACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC-AT
* * * * *** * * *
164232 TGTAACCTTTT-CTTTAGTCATATAATAATTG-TTCAATTCATACAAACTTATTCAGAAGAAA-A
375 TATAACCTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATA
* * * * * * * ****
164294 AAACTAATTTATTAACATT-TAAAAAATTAATAAGCATGAG-ATTCGAAAAAATAAATCTGTTTA
439 ATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATGAATAACCAAGAGAATT--AAAGAATAAATCCAACTA
* ** * * * * * *
164357 CCG-AGTAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
501 TCGAACCAA-TTCAAACAATTAAGACTATATGAA-AT
* * * * * * *
164393 TTATCTATTTAAAATTATTTTGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTT-ATACAA
** * * * * * *
164457 GCTTA-TCCAACATAAGAT-ATACTACTCTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTA
64 GCTTATTCGGA-ATAAAATGAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* * * * ** * * * *
164520 AAAAAATAAA-TCAGTTTACCGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTT
127 AAAATATAAATTTA-TTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTAATTGAACAATTATCTATTT
* ** * *
164584 CAAATTGTTATTATCTTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAACATACAAATTTATTCAA
191 CAAATCGTTATTA-CTTTTGATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTA-ATACAAGTTT-TTCGA
* *
164648 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTA
253 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * ** **
164710 GTTTATTGAACTAGTTT-AAATGGTTATGACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATTGTTATAA
317 GTTTATCGAACTA-TTTCAAATAGTT-TTACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAA
*
164774 CCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTA
380 CCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTA
* * * ** * *
164839 ATTTAGTAATATTCTAAAAATGAATAACTAAGAGATTTAAAGAATAAATCCATTTGTTGAACCAA
445 ATTTAATAATATTCTAAAAATGAATAACCAAGAGAATTAAAGAATAAATCCAACTATCGAACCAA
* *
164904 TTCAAACATTTAAGTCTATATGAAAT
510 TTCAAACAATTAAGACTATATGAAAT
* ** * * * *
164930 TTATTTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTATTTTAGCTTATACAAG
1 TTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTTATACAAG
* * * *
164995 CTTGTTCGGAATAGAATGAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGA
65 CTTATTCGGAATAAAATGAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-A
* **** *
165060 AA-ATAATTTTATTTATTTTA-CTAGTTCAAATAATTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTTA
129 AATATAAATTTATTTACCAAATC-AGTTCAAATAATTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
165123 AATCATTATTACTTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTGCGAAAT
193 AATCGTTATTACTTTTGATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTT-TTAATACAAGTTT-TTCGAAAT
* * *
165188 AAAAGAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGC
256 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
* *
165253 TTATCAAACTATTTCAAATAGTTTTAACTATGTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCT
319 TTATCGAACTATTTCAAATAGTTTT-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCT
* * * ** ** **
165318 TTTATTTTGTCA-ACAAACAATTGGTTT-TGTTTATATTATTTTATTTGAAATAAAATAATACTA
383 TTTATTTTATCATA-AAACAATT-GTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTA
* * * ** *
165381 ATTTAATAATATTCTAAAACTTAATAACCAAGA-AATTACAA-AATTAATTTAACTATCG-ACGT
445 ATTTAATAATATTCTAAAAATGAATAACCAAGAGAATTA-AAGAATAAATCCAACTATCGAAC-C
* *
165443 AGTTCAAATAATTAAGACTATAT-AAAT
508 AATTCAAACAATTAAGACTATATGAAAT
**
165470 GATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TTGTTCCTTTTGTTGTAAAACAATTATTTT-G-TTCATA
1 --TTATCTATTTCAAATCATTATGACTT-TT-CTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTT-ATA
* *
165532 CAAGCTTATTCGGATTAAAAT-AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGAT
61 CAAGCTTATTCGGAATAAAATGAA-ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** *
165596 TTAAAATATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAATTGGTTA-AGACT-ATTAGAATAATTATCTA
125 TTAAAATATAAATTTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATA-ACTAATT-GAACAATTATCTA
* * * ** *
165659 TTTCAAATCGTT-TTGACCTTTGATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
188 TTTCAAATCGTTATT-ACTTTTGATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TTTTAATACAAG-TT-TT
* * * * *
165723 TAG-AATAAATTAATACTAATTTAGTAACATTTAAAAAATTAATAGAAAAGAGATTTAAAAAAAT
249 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATA-ATAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * * * * *
165787 AAATCTGTTTA-CTGAACAAGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTTAAATCA
311 AAATTTGTTTATC-GAACTATTTCAAATAGTT-TTACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA
*** * * *
165851 TTATAACCTTTTGATTTGT-T-ATAAAACAATTGTTTCAATTGATACAAGCTTAGAT-AGAATAA
374 TTATAACCTTTT-ATTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTA-TTCAAAAT-A
* *
165913 AATAATATTAATTTATTAATATT
435 AATAATACTAATTTAATAATATT
165936 TCCTAAATCA
Statistics
Matches: 1661, Mismatches: 320, Indels: 190
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
534 8 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (535 bp):
TTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTTATACAAGC
TTATTCGGAATAAAATGAAACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
TATAAATTTATTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAACTAATTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATTACTTTTGATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTAATACAAGTTTTTCGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGA
ACTATTTCAAATAGTTTTACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTT
ATCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTAATAATA
TTCTAAAAATGAATAACCAAGAGAATTAAAGAATAAATCCAACTATCGAACCAATTCAAACAATT
AAGACTATATGAAAT
Found at i:165743 original size:360 final size:355
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Period size: 360 Copynumber: 7.5 Consensus size: 355
163298 ATAGTCATGT
* *
163308 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * ** *
163373 GGTTCATGCAAAA--TTATTCAAAATAAAATAATATTGATCTATTAATATTT-TGAAAGT--TAA
65 -GTTCAT--AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * * * *
163433 TAAGAGATTTAAAAACTAAATCCGTTTACTGAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAC
127 TAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTAC-CAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAA
* ** * * * * ** *
163497 TTATCTATATCAAATTATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAG
190 TTATCTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAA
* * * * ** * *
163561 CTTATTCATATTAAAATAACT-CTTAATTTAATAATATTCCAAAAAAGAGTAA-CTAAGAGATTT
255 CTTATTCAGAATAAAATAA-TAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGA-AATT
* * * ** * *
163624 AAAAA-AAATATGTTTGCCAAACTTA-TTCAAATAGTTAAGA
316 AAAAATTAATTTATTTATC-GAC-TAGTTCAAATAATTAAGA
* * * * * * * *
163664 CTAT-TAGAATAATTACCTATTTCAGATCGTTTTGACCTTTTGCTTAGTCATAAAATAATTATTT
1 CTATAT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
163728 TAG-TCTATACAATCTTATTCAAAATAAATTAATACTAATTT-ATAAACATTTGAAAAATTAATG
64 T-GTTC-ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATATTTCAAAAATTAAT-
** * * *** * * * * *
163791 AGCATGAGATTTAAAAGAGTAAGTTTGTTTATTGAA-CAATATAAAATAGATT-TGAATATTTGA
125 AATAAGAGATTTAAAA-A-TAAATTTGTTTACCAAATCAGT-TCAAATAG-TTAAGACTATTAGA
* * * * * * * *
163854 A-AATTAAT-GATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCA
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* * * *
163916 TAAAAACTTA-TCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAT
249 TACAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA-
** * ** * * * * ** *
163980 TTTTAAAAACTAACACTCTTT-TCCAAACCAATTCAAATTGTTATGA
312 AATTAAAAATTAA-TTTATTTAT-C-GACTAGTTCAAATAATTAAGA
* * * * ** * * * *
164026 CTATTTGAATAAATATCAATCTCAAATTGTTTTGA-TCTTTGTTTTCTTATAAAATAATTGTTTT
1 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * *
164090 TTATCATAAAAGCTTATTC-ACATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT-A-
65 GT-TCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAT
* * * ** * *
164152 AA-AGATTCAAAAAATAAATATATTTGTCGAA-CTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
128 AAGAGATT-TAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAAT
* * * * *
164215 TATCAATTTCAAATCGATGTAACCTTTTCTTTAGTCATATAATAATTG-TTCAATTCATACAAAC
191 TATCTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAAC
* * * * *
164279 TTATTCAGAAGAAAA-AA-ACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCATGAGATTCGAAA
256 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATT---AA
* * * * * * * *
164342 AAATAAATCTGTTTACCGAGTAAGTTTAAATAGTTATGA
318 AAATTAATTTATTTATCGACT-AGTTCAAATAATTAAGA
* * * * *
164381 CTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTATTTTGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
164446 AGTTCATAAAAGCTTATCCAACATAAGAT-ATACTACTCTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
65 -GTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-T
* ** * * * * * * *
164510 AATAGATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACCGAATCGGTTCAAATAATTATGGCCATTTA-AACAA
128 AAGAGATTT--AAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAA
* * * * *
164574 CTATCTATTTCAAATTGTTATTATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCAA--CATACA
190 TTATCTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTG--TTTCAATTCATACA
* * * *
164637 AATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAG--AG-ATTTAA
253 AACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAA
* * * * ** *
164699 AAAATAAATTAGTTTATTGAACTAGTTTAAATGGTTATGA
318 AAATTAATTTA-TTTATCG-ACTAGTTCAAATAATTAAGA
* * ** * * * *
164739 CTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * * *
164804 TGCTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATGAATAAC
64 TGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAA-
*** **** * * * * * *
164867 TAAGAGATTTAAAGAATAAATCCATTTGTTGAACCAATTCAAACATTTAAGTCTA-TATGAA-AT
127 TAAGAGATTTAAA-AATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA-GAATAA
* * * * * * * *
164930 TTATTTATTTCAAATTGTTGTGACCTTTTGTTTTGTCATAGAATAATTATTTTAGCTT-ATACAA
190 TTATCTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-ATTCATACAA
* * * * * * *
164994 GCTTGTTCGGAATAGAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTA
254 ACTTATTCAGAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA-AATTA
**
165058 GAAAA-TAATTTTATTTATTTTACTAGTTCAAATAATTATA-A
317 -AAAATTAA-TTTATTTA-TCGACTAGTTCAAATAATTA-AGA
* * * *
165099 CTA-ATTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATTACTTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 CTATA-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
* * * * * * * *
165163 TTGTTAATATAAGTTTGTGCGAAATAAAAGAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCA
63 TTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCA-AAAATTAAT-A
* * * *
165227 ATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGCTTATCAAA-CTATTTCAAATAGTTTTA-ACTATGT-GAA
126 ATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTACCAAATC-AGTTCAAATAG-TTAAGACTAT-TAGAA
* * * * ** *
165289 TAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCA-ACAAACAATTGGTTT-TGTTTAT
187 TAATTATCTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTATTTTGTCATA-AAATAATT-GTTTCAATTCAT
** ** * * * *
165352 ATTATTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAACTTAATAACCAAGAA
250 ACAAACTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAA
**
165415 ATTACAAAATTAATTTAACTATCGACGTAGTTCAAATAATTAAGA
313 ATTA-AAAATTAATTTATTTATCGAC-TAGTTCAAATAATTAAGA
* * * ** *
165460 CTATATAAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TTGTTCCTTTTGTTGTAAAACAATTATTT
1 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTT-TT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** *
165524 TGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT
64 TGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-T
* * *
165589 AATAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAATTGGTTAAGACTATTAGAATAATT
128 AAGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT
* * * * * *
165654 ATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTGATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
192 ATCTATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAACT
* * * * * * *
165719 TATTTAGAATAAATTAATACTAATTTAGTAACATTTAAAAAATTAAT-AGAAAAGAGATTTAAAA
257 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-CAAGA-AATT--AA
* * * * * * **
165783 AAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTACAAATAGTTATTA
318 AAATTAATTTATTTATC-G-ACTAGTTCAAATAATTAAGA
* * * * * * * *
165822 CTATTTGAACAATTGTTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGATTTGTTATAAAACAATTGTTTC
1 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
** * * * * * * ** *
165887 AATTGATACAAGCTTAGAT-AGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATCAATAAG
64 TGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-
* * * *
165951 TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCATTTAAAATA
127 TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATA
165996 ATTATGACCA
Statistics
Matches: 1814, Mismatches: 395, Indels: 239
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
353 2 0.00
354 42 0.02
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360 431 0.24
361 341 0.19
362 222 0.12
363 128 0.07
364 7 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG
TTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAATAAG
AGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCT
ATTTCAAATCGTTGTAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAACTTATT
CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAATTAAT
TTATTTATCGACTAGTTCAAATAATTAAGA
Found at i:166330 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 166062--168960 Score: 1828
Period size: 181 Copynumber: 16.3 Consensus size: 178
166052 AATATGTCCA
* * * **
166062 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAACAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAAAA-ATTT-AAAAAATAAAT-TATTTACCAAACA
* * * * * *
166127 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAA
62 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-G
* * * * *
166192 T-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACT
126 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * *
166244 AATTTCTTAATATTTGAAGAATTAATAAGCAAAATTCTAAAAAAATTAAATTGTTTACCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATT-T-AAAAAA-TAAATTATTTACCAAACAA
* ** * * *
166309 ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGCTTAAAATCATTATGACCTTTGGTTTAGTC
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
166374 ATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATAGT
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
** * ** * *
166425 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--TGATTT-AAAAATAATTTTATTTATTGAATC-AG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAA-ATTATTTA-CCAAACAAA
* * * * * * * *
166486 TTCAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTATCAATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTTGTCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
166551 TATAATAATTATTT-TTTATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT
129 TAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * **
166601 AATTTATTAATCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACAA
* * * * *
166666 ATT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTATAGTTT-AAATCAGTTGTTTAAAAAATATACA
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCA-----TT-----AT-GACC
* * *
166729 TTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-ATTCATGTAT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
116 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GT-TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
166792 --TATAATAATACTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-AAGAAAA-ATTTAAAAAATAAA-TTATTTACCAAACAA
* * * * * *
166855 ATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTTTGTC
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** *
166920 ATAAAACAATTTTTTCAATTCATTCTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AAT
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * *
166970 GAATTTATTAATA-TT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-T-TCTACCTAACCA
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AA-AAATTTAAAAAATAAATTATTTACCAAACAA
* * *
167030 ATTCAAATAATTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * ** * * * *
167095 ATAAAACAAATGTTTTTGTCCATTTAAGTTTGTTCGGAATAAATTAATACT
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * ** * * * * * * * *
167146 ACTCTATTAATATTTTGAAAATTAAT-A-ATAGATCTAAAAAATAAATCTTTTTATCAGACGAGT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACAAAT
* * * * ** *
167209 TGAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTCTT-TTA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT-TTGTCA
* * * * * *
167272 TAAAATAATAGTTTTTA-TTCATACAAGTTTATT-AGGATTAAATAATACT
129 TAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * *
167321 AATTTATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAAATTAAAAAA-AGATATGTTTACCAAACTAG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAAC-AA
* * * * * * *
167385 A-TCAAATAGTCATGACTATTTCAATAATTATCCATTTCAAATTATTATGA-CTTTTCTTTTATC
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
167448 ATAAAAAAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACT
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * * * * *
167499 AAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAACTTATTTGCTAAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAA-AAATTTAAAAAAT-AAATTATTTACCAAACAA
* ** * * *** * *
167564 ATTTAAATAACTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATGGCTATAACCTTTTCTTTTGTC
63 ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * **
167629 ATAAAATGATT-TCCTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-T
128 ATAAAACAATTGT-TTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* *
167679 AAATTTATTAATA-TT-AAGGCAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
1 -AATTTATTAATATTTCAA--AAATTAAT-AAGAAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAA
* * * * *
167742 CAAGTTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGACTTTTTGCTT
60 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * *
167806 TGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TCCGGATAAAAATAATA-T
124 TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACT
* * * * * * * *
167860 TATTTAATTAAGATTTTAATAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAACTAAATATGTTTATCGAACA
1 AATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAA-ATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACA
** * * * * *
167925 TGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGT
62 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
167990 AATAAAATAATTGTTTCAATTAATATAAG-TGTATT-TGCAATAAAAT-A-A-T
127 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT-TATTCAG-AATAAAATAATACT
* * * * ** * *
168039 -A---A-T-A-ATTT----AATGAGTAA-AAGAATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAGCAAGT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACAAAT
* * *
168092 TCAAATAGTTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
168156 TAAAATAGTTGATTCTA-TTTATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA-AAT
129 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACT
* * * ** *
168205 AAAATAATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAATAAATATATTTTA-TAAACA
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAATTTAAAAAATAAAT-TA-TTTACCAAACA
** * * * *
168269 TGTTCAAATAGTTATCACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGT
62 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *
168334 CATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAACATT
127 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* *
168385 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAATATTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAGCA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-AAAA-ATTTAAAAAATAAA-TTATTTACCAAACA
* * * * *
168449 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTAT
62 AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *
168514 CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCA-AGCAAGTTTATTAAGAATACAATAATACT
127 CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA-CAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
* * * * * * *
168566 AATTTATTAGTA-TTCTAAAATTAATAAG-----TTT-GAAAGTAAATCTATTTATCGAACAAGT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAAT-TATTTACCAAACAAAT
* ** * * * ** * ** * * *
168624 TCAAAAAGACAT-ATCAATTTGAACTATAATCTATTTCAAATTGTTACGATATTATGTTTTATCG
65 TCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** *
168688 TAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAAATTATTCA-AAGTAAAATAATACC
129 TAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
* * * * * ***
168738 AATTTATCACTATTTCAAAAATTAATAAG---GATTT-AAAAATAAA-TGTGTACACTAAACTGG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAATTATTTAC-C-AAACAAA
** * * * *
168798 TTCAAATAGTTAAAATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTTGACC-TTTG-TTAGTC
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
168861 ATAAAATAATTGTTTTAGCTCATACATGCTTATTC-GAAGTATAATAACACT
128 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACT
* * *
168912 AATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAG--AAATTAAAAAAATAAGTTAT
1 AATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAATTAT
168961 GACTATTTGA
Statistics
Matches: 2142, Mismatches: 440, Indels: 275
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 106 0.05
165 13 0.01
166 1 0.00
167 7 0.00
168 1 0.00
170 1 0.00
171 9 0.00
172 115 0.05
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175 201 0.09
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189 50 0.02
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192 3 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAAATTTAAAAAATAAATTATTTACCAAACAAATT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
Found at i:166333 original size:322 final size:322
Alignment explanation
Indices: 165740--166333 Score: 797
Period size: 322 Copynumber: 1.8 Consensus size: 322
165730 AATTAATACT
* *
165740 AATTTAGTAACATTTAAAAAATTAATAGAAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA
1 AATTTAGTAACATTTAAAAAATTAATAGAAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * **
165805 AGTACAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGATTTGT
66 AGTACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTAA
* * * * * *
165870 TATAAAACAATTGTTTCAATTGATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
131 TATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
165935 TTCCTAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCATTTAAAATAATTA
196 TTCCAAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCATTTAAAATAATTA
166000 TGACCATTTGAATGGTTCAAGTTGTTATGACCTTCAAATTGTTTTTTATCATAATATGTCCA
261 TGACCATTTGAATGGTTCAAGTTGTTATGACCTTCAAATTGTTTTTTATCATAATATGTCCA
* * *
166062 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATA-AACAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
1 AATTTAGTAACATTTAAAAAATTAATAGAA-AAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * *
166126 AAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
65 AAGTACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTA
* * ** *
166191 ATATAAAACAATTGTTTCAGTTCTTAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATA
130 ATATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
166256 TTT-GAAGAATTAATAAG-CA-AAATTCTAAAAAAATTAAAT-TGTTTACCAAA-CAAATTT-AA
195 TTTCCAA-AATCAATAAGTAAGAAATT-T-AAAAAA-TAAATATGTTTACCAAATC--ATTTAAA
* *
166315 ATAGTTATGACTATTTGAA
254 ATAATTATGACCATTTGAA
166334 CAATTATCTG
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 31, Indels: 14
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 5 0.02
321 6 0.03
322 214 0.91
323 9 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (322 bp):
AATTTAGTAACATTTAAAAAATTAATAGAAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
AGTACAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTGATTTAA
TATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTAGACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCCAAAATCAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCATTTAAAATAATTA
TGACCATTTGAATGGTTCAAGTTGTTATGACCTTCAAATTGTTTTTTATCATAATATGTCCA
Found at i:168432 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 168045--168955 Score: 640
Period size: 180 Copynumber: 5.1 Consensus size: 180
168035 TAATAATAAT
* * * * ** *
168045 TTAATGAGTAAAAGAATTTAAAAAATGAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTAATAAGT-AAA-AATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
168110 GTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGATTCTAT
64 CTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTAT
* * * * * * *
168174 TTATGCAAGCTTATTTCA-AATAAAATAAAATAAAATAATTAATATTCCAAAAA
128 TCATACAAGCTTA-TTAAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAA
*** * * *
168227 TTAATAAGTAAAAATTTTTAAAATAAATATATTTTA-TAAACATGTTCAAATAGTTATCACTATC
1 TTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATC
* * * **
168291 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTC
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
*
168356 ATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTCTAAAAA
130 ATACAAGCTTATTAAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * *
168406 TTAATAAGTAAAATATTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 TTAATAAGTAAAA-ATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATC
* * *
168471 TGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTC
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
* * * * *
168536 A-AGCAAGTTTATTAAGAATACAATAATACTAATTTATTAGTATTCT-AAAA
130 ATA-CAAGCTTATTAAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAA
* * * * * * ** * *
168586 TTAATAAGT-----TT--GAAAGTAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAAAAGACAT-ATCAATT
1 TTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATC
* * ** * * * * * * * *
168643 TGAACTATAATCTATTTCAAATTGTTACGATATTATGTTTTATCGTAAAACAATTATTTATATTC
65 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
** * * ** * *
168708 ATACAAAATTATTCAA-AGTAAAATAATACCAATTTATCACTATT-TCAAAAA
130 ATACAAGCTTATT-AAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCT-AAAAA
* * * * ** * ** ** *
168759 TTAATAAG----GATT-TAAAAATAAATGTGTACACTAAACTGGTTCAAATAGTTAAAATTAT-T
1 TTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCT
* * * *
168818 AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTTGA-CCTTTG-TTAGTCATAAAATAATTGTTT-TAGC
66 -GAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-T
* * * * * *
168880 TCATACATGCTTATT-CGAAGTATAATAACACTAATTTATTAACATT-TAGAAAA
128 TCATACAAGCTTATTAAGAA-TAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTA-AAAA
168933 TTAATAAG---AAATTAAAAAAATAA
1 TTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAA
168956 GTTATGACTA
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 122, Indels: 54
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 118 0.20
173 19 0.03
174 66 0.11
175 51 0.09
176 13 0.02
178 1 0.00
179 54 0.09
180 216 0.37
181 35 0.06
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCT
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
TACAAGCTTATTAAGAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTCTAAAAA
Found at i:168519 original size:886 final size:877
Alignment explanation
Indices: 166313--168592 Score: 2082
Period size: 886 Copynumber: 2.6 Consensus size: 877
166303 AAACAAATTT
* ** * *
166313 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGCTT-AAAATCATTATGACCTTTGGTTTAGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
* *
166377 AAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCA
64 AAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCA
* * * * * * * *
166442 AAAATTAATAAGT---GATTTAAAAATAATTTTA-TTTATTGAATCA-GTTCAAATAATTATGGC
127 AAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAATAAATATATTTTACT-AAACATGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * *
166502 CATTTCAACAATTATCAATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTTTGTCATATAATAATTATTT-T
191 TATTTCAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAATTATTTCT
* * *
166566 TTATCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAGTTAATAAG
255 AT-TCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * *
166630 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACCTATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAAT
317 TAA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTACC-AACCAATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
166695 GTATAGTTTAAATCAGTTGTTTAAAAAATATACATTTTGTTCTGTCATAAAACAATTATTCATGT
380 ATATA-TTTAAATCA-----TT-----ATAT-C-TTTTATTTTGTCATAAAATAA-T-TTCATCT
* * *
166760 A-T-ATACAAGCTTATTCAA-AATAAAATAATACT--TATAATAATACTCCAAAAATTAATAAAT
430 ATTCATACAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAAAATTAATAAAT
* * *
166820 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAACT
492 AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAACT
* * *
166885 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTGTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATTCTAGCT
557 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTGTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCT
** * * *
166950 TATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
622 TATCCGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAAGATTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAA
* * * * * *
167015 AATTCTACCTAACCAATTCAAATAATTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
687 AATTCTACCGAACCAATTCAAATAATCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATCATG
* *** * * * * * *
167080 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTCCATTTAAGTTTGTTCGGAATAAATTAATAC
752 ACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGTTTCAATCAATATAAGTGTATTCGCAATAAAATAATAC
* * * * * *
167145 TACTCTATTAATATTTTGAAAATTAATAATAGATCTAAAAAATAAATCTTTTTATCAGACGAGTT
817 -ACTCAATT-ATA-TATG--AAGTAATAAGAGATCTAAAAAATAAATCTATTTATCAGACAAGTT
*
167210 G
877 C
* * * * * *
167211 AAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTCTT-TTATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACTTTTGTT-TTGTCATAA
* * * * *
167275 AATAATAGTTTTTATTCATACAAGTTTA-TTAGGATTAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
65 AATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTTA-AATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
167339 TAATTAATAAGTAAAAA-ATTAAAA-AAAGATATGTTTACCAAAC-TAGATCAAATAGTCATGAC
128 AAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAATAAATATAT-TTTACTAAACAT-GTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
167401 TATTTCAATAATTATCCATTTCAAATTATTATGA-CTTTTCTTTTATCATAAAAAAATTATTTC-
191 TATTTCAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAAAATTATTTCT
* * * * *
167464 AGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATT
255 A-TTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * ** *
167529 AAGAGATTTAAAAAATGAACTTATTTGCTAAACCAATTTAAATAACTATGACTATTTGAATAATT
318 AA-AAATTTAAAAAATAAATTTATTTAC-CAACCAA-TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* *** * * * *
167594 ATCTATTTGAAATGGCTATAACCTTTTCTTTTGTCATAAAATGATTTCCTCTATTCATACAAGCT
380 ATATATTT-AAATCATTAT-ATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTCATCTATTCATACAAGCT
** *
167659 TATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTAAGGCAATTAATAAATAAAAGATTTAAAA
443 TATTAAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAA--AAATTAATAAATAAAAGATTTAAAA
* ** * * *
167723 AATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTTAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
505 AATAAATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTAAGACTATATGAACAACTATCTATTTC-AA
* * * **
167787 AT-ATTATGACTTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATCCGG-ATA
568 ATCATTATAACCTTGTGCTTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATCCGGAAT-
* * * *
167850 AAAATAATAT-TATTTAATTAAGATTTTAATAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAACTAAATATG
632 AAAATAAAATGAATTT-ATTAAGA-TTGAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA--AAA-AT-
* * * * * *
167914 TTTATCGAA-CATGTTTAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATCATGAC
690 TCTACCGAACCA-ATTCAAATAATCATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATCATGAC
* * * *
167978 CTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAATTAATATAAGTGTATTTGCAATAAAATAATA-A-
754 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGTTTCAATCAATATAAGTGTATTCGCAATAAAATAATACAC
* * *
168041 T-AATT-TA-ATG-AGTAA-AAGA-ATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CTGAGCAAGTTC
819 TCAATTATATATGAAGTAATAAGAGATCTAAAAAATAAATCTATTTATCAGA-CAAGTTC
*
168094 AAATAGTTATGACTATGTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
168159 AATAGTTGATTCTATTTATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAA-AATAAAATAATTAATATTCCA
65 AATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTT-AAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCA
*
168223 AAAATTAATAAGTAAAAATTTTTAAAATAAATATATTTTA-TAAACATGTTCAAATAGTTATCAC
127 AAAATTAATAAGTAAAAA-TTTTAAAATAAATATATTTTACTAAACATGTTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
168287 TATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCT
191 TATTTCAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AAATTATTTCT
* *
168352 ATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
255 ATTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* *
168417 AATATTAAAAAAATAAATTTATTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
320 AA-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAACCAA-TT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
168482 TTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGT-TTCTATTCA-AGCAAGTT
382 ATATTT-AAATCATTAT-ATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TCATCTATTCATA-CAAGCT
* * *
168545 TATTAAGAATACAATAATACTAATTTATTAGTATTCTAAAATTAATAA
443 TATTAAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-AAAAATTAATAA
168593 GTTTGAAAGT
Statistics
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TTAATAAGTAAAAATTTTAAAATAAATATATTTTACTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTT
CAACAATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTCTATTCAT
ACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
AAAAAATAAATTTATTTACCAACCAATTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTAAA
TCATTATATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTCATCTATTCATACAAGCTTATTAAGAATAAA
ATAATACTAATTTATTAATATTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
AAACCAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTGTGC
TTTGTCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACAAGCTTATCCGGAATAAAATAAAATGAATTTATT
AAGATTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAAATTCTACCGAACCAATTCAAATAATCAT
GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAAATGTT
TCAATCAATATAAGTGTATTCGCAATAAAATAATACACTCAATTATATATGAAGTAATAAGAGAT
CTAAAAAATAAATCTATTTATCAGACAAGTTC
Found at i:169316 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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168940 GAAATTAAAA
* * * *
168950 AAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AGAATCATTATGACCTTTTATTTTATCAT
1 AAATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-ATTCGTTATGAACTTTTATTTTGTCAT
* * * * * *
169014 AAAACAATTGTTTAATT-G-CATAAAACCTTATACAAAATAAAATAATATC-ACTTTATTAATAT
64 AAAACAATTGTTT--TTCGTCATTAAGCC-TATTCGAAATAAAATAAT-TCTAATTTAATAATAT
* * * * * * *
169076 TACAAAAATTGATAAGTTAA-ACATTTCAAAAATAAATCAGTTTATAGAATCAATTC
125 TTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATCAGTTC
* * * *
169132 AAATAATTATGGCAATTTGAACAGTTATCTATTTCAATTCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAA
* *
169197 AACAATTGTTTTTCGTCATTCAAGCCTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTACTAATATTTCAT
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* * * *
169262 AAATTAATAAGTGAGAGATTTGAAAAACAAATCTGCTTATTGAA-CTAGTTC
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* * *
169313 AAATAGTTATGACTATTTG-ACTAATTATATATTTCAAATT-GTTAT-AACCTTTTATTATGTCA
1 AAATAATTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTC-AATTCGTTATGAA-CTTTTATTTTGTCA
* * ** * * * * *
169375 TAAAACAATTATTTTTCTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TT
63 TAAAACAATTGTTTTTCGTCAT-TAAGCCTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTAATAATATTT
* *
169439 CTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAATCAGTTC
127 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATCAGTTC
* * **** ** * * * ** * *
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1 AAATAATTATGA-CTATTTGA-ACAATT-ATCTATTTCAATTCGTT--ATGAACT---TTTATTT
* * ***** * *
169555 TGATGATATTCTAAA-AATTAATAAAAGGTCA-TAA--CAATTTGAAATAAATAATTGAAAAACC
58 TG-TCATA----AAACAATT-GTTTTTCGTCATTAAGCCTATTCGAAAT-AA-AA-T----AA--
* * * * * * *
169616 TTTTATTTTGTCGTAAAACAAATTTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAA-CATG
108 TTCTA--AT-T--TAATA-ATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-TG
**
169679 TTTACCGAA-CAAGTT-
165 TTTATTGAATC-AGTTC
* * * * * * * * **
169694 AAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAGTTCATTAT-AACCTTTGTTTCATCATAA
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAA
* * ** * * ** *
169758 AAGAATTG--TATCAGTTCA-TATAGTTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTC
66 AACAATTGTTTTTC-G-TCATTA-AG-CCTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTAATAATATTT
*
169820 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ACGAATCTGTTTATTGCA-CAAGTTC
127 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA--AATCTGTTTATTGAATC-AGTTC
* * * * *
169875 AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT-GTTATG-ACAGTTTGTTTTATCAT
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AATTCGTTATGAAC-TTTTATTTTGTCAT
** * * * *
169938 AAAACAATTGTTTTT-GTTCATATAAGTTTATTTTG-ATTAAAATAATAT-AAATTTATTAATAT
64 AAAACAATTGTTTTTCG-TCAT-TAAGCCTA-TTCGAAATAAAATAAT-TCTAATTTAATAATAT
* * * * *
170000 TTCCAAAAATTAATATGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAA-CATCTTC
125 TT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATCA-GTTC
* * * * * * * *
170056 AAATAGTTATCACTATTTAAACAATTATCTACTTT-AAATAGTCATGACCTTTTTTTTTTGTCAT
1 AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAATTCGTTATGAAC-TTTTATTTTGTCAT
* * * * * * *
170120 AAACCAATTGTTTCT-GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATA-TT
64 AAAACAATTGTTTTTCG-TCAT-TAAGCCTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTAATAATATTT
* *
170183 CTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAATAAATCTGTTTA
127 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTA
170227 CTAAGTAAAT
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 173, Indels: 167
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTCGTTATGAACTTTTATTTTGTCATAA
AACAATTGTTTTTCGTCATTAAGCCTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAATCAGTTC
Found at i:169960 original size:182 final size:180
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Indices: 169646--170226 Score: 626
Period size: 182 Copynumber: 3.2 Consensus size: 180
169636 AATTTTCAAT
** *
169646 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATAAAC-A--TGTTTACCGAACAAGTT-AAATAGTCATAAC
1 AATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAA-AAACAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAAC
* * * * * * *
169707 TATTTGAATAATTATCTATTTC-AGTTCATTATAACCTTTGTTTCATCATAAAAGAATTGTATCA
64 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATT-GTTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
*
169771 GTTCATAT-AGTTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAA
128 GTTCATATAAG-TTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * *
169824 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAACGAATCTGTTTATTGCACAAGTTCAAATAGTTATGACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAC-AATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* *
169889 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACAGTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTG
65 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTG
*** *
169954 TTCATATAAGTTTATTTTGATTAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCCAAA
129 TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TTCCAAA
* * * ** *
170007 AATTAATATGTAAAA-ATTTAAAAAATA-AATATGTTTTTTGAACATCTTCAAATAGTTATCACT
1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-ACAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACT
* * * * * * *
170070 ATTTAAACAATTATCTACTTT-AAATAGTCATGACCTTTTTTTTTTGTCATAAACCAATTGTTTC
65 ATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACC--TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * *
170134 TGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCTAAA
127 TGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
*
170188 AATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAATA-AATCTGTTTA
1 AATTAATAAGTAAAAGA--TTTAAAAAAACAATCTGTTTA
170227 CTAAGTAAAT
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 48, Indels: 31
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
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AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAACAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTA
TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTT
CATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
Found at i:170258 original size:124 final size:119
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Indices: 170112--170347 Score: 285
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
170102 ACCTTTTTTT
* * * *
170112 TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATT
1 TTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAT----TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * *
170177 AATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAGTAAA
62 AATATTATACAAAA-TAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGTAAA
***
170236 TTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** *
170301 TTATACAAAATAATAGGTAGTATATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
66 TTATACAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
170348 GAACAAGTTA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 14, Indels: 7
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
119 21 0.22
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Consensus pattern (119 bp):
TTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTATACAAAATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAGTAAA
Found at i:170484 original size:483 final size:477
Alignment explanation
Indices: 169791--170677 Score: 1002
Period size: 483 Copynumber: 1.8 Consensus size: 477
169781 TTTTATTCAA
* *
169791 AATAAAATAATACTAATTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAACGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAAC-AAT
* * * * * * * * **
169856 CTGTTTATTGCACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
65 CTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTCATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * ** *** *
169921 ACAGTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTTGATTAAAATAATAT
130 ACAGTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAT
* *****
169986 AAATTTATTAATATTTCCAAAAATTAATATGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAAC-
195 AAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATA---AAAAATTTAAAAAATAAATATATTAACAAAACT
* * *
170050 ATCTTCAAATAGTTATCACTATTTAAACAATTATCTA-CTTTAAATAGTCATGACCTTTTTTTTT
256 A-CTTCAAATAGTTATCACTATTTAAACAATTATCTATC-TCAAATAGTCATGA--TATTTATTT
* *
170114 TGTCATAA-ACCAATTGTTTCTGTTCATA-TAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTAT
317 TGTCATAAGA-CAATTGTTTCTGTTCATACT-AG-TGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
170176 TAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAGTAAATTTG
379 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAGTAAATTTG
170240 CCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATTTATTTTG
443 CCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATTTATTTTG
* * *
170275 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATACAAAA-TAATAGGT-AGTATATTTAAAAAATA-A
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAA-ACA
* * *
170337 ATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTCATGTCCATTTCAACAATTATTTATTTCTAATCATTA
63 ATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTCATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** * ** *
170402 TGACTTTTTGTTTTGTTGTAAACCAATTATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
128 TGACAGTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
* ** * * * *
170467 ACT-GATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTAACAAAACTA
193 A-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTAACAAAACTA
* * * * *
170531 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATATTTATTTTGTCA
257 CTTCAAATAGTTATCACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATAGTCATGATATTTATTTTGTCA
* * * * *
170596 TAAGACAATTGTTTCTTTTCATACTAGTGTATTTAGATTAAAATAATTCTAATTTAATAATATTT
322 TAAGACAATTGTTTCTGTTCATACTAGTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT
170661 CAAAAATTAATAAGTAA
387 CAAAAATTAATAAGTAA
170678 GAATTTACAA
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 61, Indels: 27
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
476 1 0.00
477 77 0.23
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480 2 0.01
482 10 0.03
483 120 0.36
484 47 0.14
485 5 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (477 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAACAATC
TATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTCATGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
CAGTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATATA
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATATTAACAAAACTACTTC
AAATAGTTATCACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATAGTCATGATATTTATTTTGTCATAAG
ACAATTGTTTCTGTTCATACTAGTGTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAATAAATCTGTTTACTAAGTAAATTTGCCATAAAACAATT
GTTTCTATTCATATTTATTTTG
Found at i:170928 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 170896--170928 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
170886 AATTATCTCA
170896 AATAATTATGACTATTTG
1 AATAATTAT-ACTATTTG
170914 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
170929 CAAATCGTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATACTATTTG
Found at i:171125 original size:355 final size:350
Alignment explanation
Indices: 170274--171523 Score: 953
Period size: 356 Copynumber: 3.5 Consensus size: 350
170264 TATTTATTTT
* *
170274 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT-ACAAAA-TAATAGGTAGTATATTTAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATT-TCA-AAAATTAATA---AG-AGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * ** * **
170337 ATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTCATGTCCATTTCAACAATTATTTATTTCTAATCATTA
60 ATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTA
* ** * * ** ***
170402 TGACTTTTTGTTTTGTTGTAAACCAATTATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
124 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT-TATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAAT
* * * * * * * **
170467 ACTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--AGAT-TTAAAAACTAAATCTA-TTAACA-AA
187 ACTAATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAACATGTT-TAAA--AAATGTATTTGTCAGAA
* * * *
170527 --ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATA-TTTAT
249 TGA-TA-ATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT--TACTTTTT
* * * *
170589 TTTGTCATAAGACAATTGTTTCTTTTCATACT-AGTGTATTTA
310 TTTGTCACAAAACAATTGTTT-TTTTCATA-TAAGTTTATTCA
* * *
170631 GATTAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTACAAAATAAATA
1 GAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATA
* * * * ** *
170696 TATTTGCCTAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTG
63 TGTTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTT-ATACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* **
170760 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAACTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATAC
* * * * *
170825 TAATTCT-TTAACATT-TGAAATTTAATAAGCAAGA-GATTTAAAAACATAATTCCATTTGT-TG
189 TAATT-TATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAACATG-TTTAAAAA-AT--GT--ATTTGTCAG
* * *
170886 AATTAT-CTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTTT
247 AATGATAATCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTTT
* * *
170950 TGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCCTATAAGTTTGTTCA
312 TGTCACAAAACAATTGTTTTT-TTCATATAAGTTTATTCA
* * *
170990 AAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
1 GAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * *
171053 TTTACCAAATC-AGTTCAATTAGTTATATCTATTCGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGAC
65 TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATA-CTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * ** * *
171117 CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-TAGTCTTATACGGAATAAAGTAATGCT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTTTATTCATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACT
* * * *
171181 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACATGTTTAGAAAATGTATTTGTCAGCATGATGA
190 AATTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAACATGTTTAAAAAATGTATTTGTCAGAATGAT-A
* * * * *
171246 ATGCAAACAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTTTTTGTCA
254 AT-CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAC-TTTTTTTTGTCA
* * * *
171311 CAAAATAATTGTTTCTATTT-GTACAAGCTTATTCA
317 CAAAACAATTGTTT-T-TTTCATATAAGTTTATTCA
* *
171346 GAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 GAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
171411 CTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAA-AAGTTATCTATTTCAAATTGCAAT
62 ATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTAGAACAA-TTATTTATTTCAAATTGTTAT
* * *
171475 AACCTTTTCTTTTGTCATAAAATAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
125 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTT
171524 CAAATGTGTT
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 124, Indels: 98
0.76 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 6 0.01
352 5 0.01
353 1 0.00
354 9 0.01
355 185 0.26
356 211 0.29
357 55 0.08
358 23 0.03
359 75 0.10
360 53 0.07
361 93 0.13
362 2 0.00
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
GAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGT
TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTA
TTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAACATGTTTAAAAAATGTATTTGTCAGAATGATAATCAAAT
AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACTTTTTTTTGTCACAAAACAAT
TGTTTTTTTCATATAAGTTTATTCA
Found at i:171460 original size:535 final size:534
Alignment explanation
Indices: 170274--171468 Score: 1225
Period size: 535 Copynumber: 2.2 Consensus size: 534
170264 TATTTATTTT
*
170274 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATACAAAA-TAATAGGT-AGTATATTTAAAAAATAA
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TA-AAAATTAATA-GTAAG-AGATTTAAAAAAT-A
* * * * * * *
170337 ATCTATTTACTGAACAAGTTAAAATAGTCATGTCCATTTCAACAATTATTTATTTCTAATCATTA
61 ATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
*** * *
170402 TGACTTTTTGTTTTGTTGTAAACCAATTATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
126 TGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
* *
170467 ACTGATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTAACAAAACTAG
191 ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAACAAAACTAG
* *
170532 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATATTTATTTTGTCAT
256 TTCAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACATTTATTTTGTCAT
* * * * *
170597 AAGACAATTGTTTCTTTTCATACTAGTGTATTTAGATTAAAATAATTCTAATTTAATAATATTTC
321 AAAACAATTGTTTCTTTTCATACTAGTCTATATAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTC
* ** * * * *
170662 AAAAATTAATAAGTAAGAATTTACAAAATAAATATATTTGCCTAACTAATTCAAATAGTTAAGAC
386 AAAAATTAATAAGTAACAATTTACAAAATAAATATATCAGCATAACTAATGCAAACAATTAAGAC
* * * * *
170727 TATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAACTATTTCA
451 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCACAAAACAACTATTTCA
**
170792 ATTCATACAAGCTTATTTG
516 ATTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
170811 GAATAAAATAATACTAATTCT-TTAACATTTGAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACATAAT
1 GAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAA-ATAA-
* ** ** * * *
170875 TCCATTTGTTGAATTA-TCTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
62 TCTATTTACTGAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * ** *
170939 TTAC-TTTT-TTTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCCTATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAT
126 TGACTTTTTGTTTTGTCACAAAACAAATATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * *
171002 ATTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-TCA
191 ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAACAAAACT-A
* * * * * *
171065 GTTCAATTAGTTAT-ATCTATTCGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGACCATTTGTTTTGT
255 GTTCAAATAGTTATGA-CTATTCGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-CATTTATTTTGT
* *
171129 CATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATA-TAGTCT-TATACGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAA
318 CATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACTAGTCTATATA--GAATAAAATAATGCTAATTTAATAA
* * ** * * *
171191 TA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACATGTTTAGAAAATGTATTTGTCAGCATGA-TGAATGCAAAC
380 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAACA-ATTTACAAAATAAATATATCAGCATAACT-AATGCAAAC
* * * * ** * *
171254 AATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTT-TTTTGTCACAAAATA
442 AATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCACAAAACA
* * * **
171318 ATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTCA
507 ACTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* *
171346 GAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAT
* * *
171411 CTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAA-AAGTTATCTATTTCAAAT
63 CTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAAT
171469 TGCAATAACC
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 105, Indels: 44
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
533 5 0.01
534 93 0.17
535 240 0.45
536 112 0.21
537 81 0.15
538 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAATCTA
TTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
TTTTGTTTTGTCACAAAACAAATATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTAACAAAACTAGTTCAA
ATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGACATTTATTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTCTTTTCATACTAGTCTATATAGAATAAAATAATGCTAATTTAATAATATTTCAAAAA
TTAATAAGTAACAATTTACAAAATAAATATATCAGCATAACTAATGCAAACAATTAAGACTATTA
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTAGTCACAAAACAACTATTTCAATTCA
TACAAGCTTATTCA
Found at i:171461 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 170236--171522 Score: 937
Period size: 180 Copynumber: 7.2 Consensus size: 179
170226 ACTAAGTAAA
* * ** *
170236 TTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT---A-TTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATT
* * * *
170297 AATATTAT-ACAAAA-TAATAGGT-AGTATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTAA
66 AATATT-TCA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA-TTCA
* * * * * * * * *
170359 AATAGTCATGTCCATTTCAACAATTATTTATTTCTAATCATTATGACTTTTTGT
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTT-T
** * * * ** * * *
170413 TTTGTTGTAAACCAATTATTTCTGTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATT
** * * * *
170478 AATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTAACAAAACTAGTTCAAAT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-AATTCAAAT
* * * *
170539 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATATTTAT
130 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTT
* * * * * *
170589 TTTGTCATAAGACAATTGTTTCTTTTCATACTAG-TGTATTTAGATTAAAATAATTCTAATTTAA
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTAT
* * *
170653 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTACAAAATAAATATATTTGCCT-AACTAATTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAAAC-AATTCAA
* * * * * * *
170716 ATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGT
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTT-T
* * * * ** *
170769 TTAGTCATAAAACAACTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTCT-T
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATT-TAT
* * * * * * ** * **
170833 TAACATTT-GAAATTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACATAATTCCATTTGTTGAATTATCTCAA
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTACTAAACAAT-TCAA
* * *
170897 ATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAC-TTTTT
128 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTT
* * * * * * * * *
170948 TTTGTCACAAAACAAATGTTTTTGTTCCTATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAT-TAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTAT
* * * * * *
171012 TAATATTT-TAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCAGTTCAAT
65 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CAATTCAAA
* * * * * *
171072 TAGTTAT-ATCTATTCGAACAATTATTTATTTCAAGTTGTTATGACCATTTGT
129 TAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTTT
* * * * * * *
171124 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATA-TAGTCTTATACGGAATAAAGTAATGCTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTAT
* * ** * * ** *
171188 TAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACATG-TTTAGAAAATGTAT-T-TGTCAGCATGATGAATG
65 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA-C-TAAACAATT
* * * * *
171249 CAAACAATTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATTTTT
125 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTT
* * ** *
171304 TTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATT
* * *
171369 AATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT
66 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAA-TTCAAAT
* * ** *
171434 AGTTGTGACTATTTGAA-AAGTTATCTATTTCAAATTGCAATAACCTTTTCT
130 AGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTT-T
*
171485 TTTGTCATAAAATAATT-TTT-TATTCATACAAGCTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
171523 TCAAATGTGT
Statistics
Matches: 864, Mismatches: 199, Indels: 92
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
174 48 0.06
175 21 0.02
176 122 0.14
177 98 0.11
178 8 0.01
179 168 0.19
180 228 0.26
181 166 0.19
182 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATT
AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAATTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTT
Found at i:171620 original size:118 final size:120
Alignment explanation
Indices: 171412--171642 Score: 315
Period size: 118 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
171402 AAAATGAATC
* * *
171412 TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTGTGACTATTTGAAAAGTTATCTATTTCAAATTGCAATAA
1 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAGTTATCTATTTCAAATCGCAATAA
* *
171477 CCTTTTCTTTTGTCATAAAATAA-TTTTTTAT-TCATACAAGCTTATTTCAAATG
66 CCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATCTCATACAAACTTATTTCAAATG
* * ** *
171530 TGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAG-TATTTATTTCAAATCGTTATG
1 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-AAGTTATCTATTTCAAATCGCAATA
* * *
171594 ACCTTTTGTTTTGTCATAAGACAATTTTTTTTTCTCATACAAACTTATT
65 ACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATCTCATACAAACTTATT
171643 CATATTAAAA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 13, Indels: 4
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
118 73 0.75
119 10 0.10
120 14 0.14
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (120 bp):
TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAGTTATCTATTTCAAATCGCAATAA
CCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATCTCATACAAACTTATTTCAAATG
Found at i:171835 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 171525--173196 Score: 1359
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 180
171515 AGCTTATTTC
* * * * * * *
171525 AAATGTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTATTTATTTCAAATCGT
1 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * * *
171590 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGACAATT-TTTTTTTCTCATACAAACTTATTCATATTAAAAT
66 TATGACATTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATATAAACTTATTTAAAATAAAAT
* ** *
171654 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
171706 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATAATCTATTTCAAATCAT
1 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* ** * * *
171771 TATGACATTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCGGTTTATATACACTTATTTGAAATAAAATA
66 TATGACATTTTGTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTAAAATAAAATA
* * * * * *
171836 ATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAGAATAT
130 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
171887 GAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATATTTATCACTATTAACTATTTGAAGCAATTATCTATTT
1 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATA---GT---TA-TAACTATTTGAA-CAATTATCTATTT
* * * * * *
171952 CAAATCATTATGACCTTTT-TTTTTCCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCT-G
58 CAAATCATTATGACATTTTGTTTAT-CATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATT-TAA
* * *
172015 AATAAAACAATA-TAAATTTACTAATA-TTCCAAAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAT
121 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** *
172073 AAATCT-TTTTTTAAAACACA-TTCAAATAGTTATGAA-TATTTGATCAATTATCTATTTCAAAT
1 AAATATGTTTACT-AAACA-AGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * *
172135 CATTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTAATA-AAAGCTTATTCAAAATAA
63 CATTATGACATTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAA-CTTATTTAAAATAA
* * *
172199 AATAATACTACTTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAAT
126 AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * ***
172253 AAATATGTTTTCTAAGCAAGTTCAAATAGTTAGGACTCTTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGC
1 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * ** * *
172318 TATGATC-TTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAAT
66 TATGA-CATTTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTAAAATAAAAT
**
172382 AATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTTAAGATTTAAAAAAT
129 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
172434 AAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGTCCATTTGAACTATTATCTACTTT-AAATC
1 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATC
* * * * *
172497 ATTATGACATTTT-TTTGTCATAAAAAAATTATTTCTATTCAT-TCAAAATTATTTAGAATAAAA
64 ATTATGACATTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAT-AAACTTATTTAAAATAAAA
* *
172560 TAATACTAATTTATTAATATTTCATAAATTAATAAG----AGATTTAAAAACT
128 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
** * *
172609 AAATATGTTTACCGGACCAA-TTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-AGATTATCTATGTCAAATC
1 AAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
172672 --GATGAGATCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA-AAACTTATTCAGAGA-AA
64 ATTATGACAT-TTTG-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTA-AAATAA
* * * * *
172733 AATATTGCTAA-ATAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
126 AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
172787 AAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAACAGTGA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * ** *
172851 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATT-AGTACATTCTTATTCAAAATAAAA
65 TTATGACATTTTGTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TATAAACTTATTTAAAATAAAA
* * * * * *
172915 TAATACTATTTTATTAACATTT-AGAAAATTAGTAAG-CAAGGAATTTAAAAAAA
128 TAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAAT
* ** * * **
172968 AAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGT
1 AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * **
173033 TATGACCTTTTATTGTATCATAAAATAATGGTTTC-AGTTTA-AAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
66 TATGACATTTTGTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAA-CTTATTTAAAATAAAA
* * * **
173096 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGAAGATTTAAAAAA-
128 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** *
173148 AATTA-GTTTA-TCAAATTAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACAATTA
1 AAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA
173197 AAACAATTGT
Statistics
Matches: 1199, Mismatches: 222, Indels: 142
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 9 0.01
174 24 0.02
175 74 0.06
176 33 0.03
177 5 0.00
178 95 0.08
179 214 0.18
180 168 0.14
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184 1 0.00
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188 63 0.05
189 30 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACATTTTGTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAACTTATTTAAAATAAAATAA
TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
Found at i:172865 original size:534 final size:535
Alignment explanation
Indices: 171679--173048 Score: 1368
Period size: 534 Copynumber: 2.5 Consensus size: 535
171669 ATATTTTGAC
*
171679 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
1 AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAA-GACTA
* * * * * * * * *
171744 TTTGAATAATAATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTCA-TCATAAAACAATTGTATCGG
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTT-AGTCATAAAATAATTGTTTC-A
* * * * * *
171808 TTTATATACACTTATTT-GAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTA
127 ATTATACA-ACTT-TTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
171872 AGAGATTTAGAATATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAATATTTATCACTATTAACTATTTGA
190 A-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATA-GT-T-AC-AGT-ACCATTTGA
* * * *
171937 AGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTTTCCACAAAACAATTGTTTCTATTCATA
249 AGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTGTCCACAAAAAAATTATTTCTATTCATA
**
172002 CAAGCTTATTCTGAATAAAACAATATAAATTTACTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAAGTTTA
314 CAAAATTATTCTGAATAAAACAATATAAATTTACTAATATTCCAAAATTAATAAG-AAAAGTTTA
* *** * *
172067 AAAAATAAATCTTTTTTTAAAACACATTCAAATAGTTATGAATATTTGATCAATTATCTATTTCA
378 AAAAATAAATATTTTACCAAAACACATTCAAATAGTTATGAATATTTGATAAATTATCTATGTCA
* * *
172132 AATCATTATGACATTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTCTGTTAATAAAAGCTTATTCAAAAT
443 AATCA-GATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAAAAGCTTATTCAAAAT
** *
172197 AAAATAATACTACTTTATTAAAATTCAAA
507 AAAATAATACTACAATAATAAAATTCAAA
* * *
172226 AATTAATAAGTAAATGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTAAGCAAGTTCAAATAGTTAGGACTC
1 AATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TAAGACT-
* * * * * *
172291 TTTA-AACAATTATTTATTTCAAAT--TGCTATGATCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTC
63 ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTA--ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
* *
172353 TATTCATACAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
126 AATT-ATACAACTTT-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-
* * * *
172418 TTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTA-AGT-CCATTTGAA-CT
188 TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTACAGTACCATTTGAAGCA
* *
172480 ATTATCTACTTT-AAATCATTATGACATTTTTTTGT-CATAAAAAAATTATTTCTATTCATTCAA
253 ATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACATTTTTTTGTCCACAAAAAAATTATTTCTATTCATACAA
* * * *
172543 AATTATT-TAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCATAAATTAATAAG-AGA-TTTAA
317 AATTATTCT-GAATAAAACAATA-TAAATTTACTAATATTCCA-AAATTAATAAGAAAAGTTTAA
* ** *
172604 AAACTAAATATGTTTACCGGACCA-ATTCAAATAGTTAT-AACTATTTGA-AAGATTATCTATGT
379 AAAATAAATAT-TTTACCAAAACACATTCAAATAGTTATGAA-TATTTGATAA-ATTATCTATGT
* * *
172666 CAAATC-GATGAGATCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAA-CTTATTCAGA
441 CAAATCAGATGACAT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAAAAGCTTATTCA-A
* * * *
172729 GA-AAAATATTGCTA-AATAATAATATTCTAAA
504 AATAAAATAATACTACAATAATAAAATTC-AAA
* * * *
172760 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAACAGTGAAGACTA
1 AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT-AAGACTA
172825 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT
64 TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAAT
* * * * * *
172890 TAGTACATTCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATT-TAGAAAATTAGTAAGCAA
129 TA-TACA-ACTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
172954 GGAATTTAAAAAAAAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATA--ACTATTTGAA-TAAT
191 AG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTACAGTACCATTTGAAGCAAT
* ** * *
173016 TATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTATTGT
255 TATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTTGT
173049 ATCATAAAAT
Statistics
Matches: 685, Mismatches: 106, Indels: 77
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
533 21 0.03
534 250 0.36
535 43 0.06
536 55 0.08
537 9 0.01
538 56 0.08
539 42 0.06
540 11 0.02
542 2 0.00
544 1 0.00
545 4 0.01
546 11 0.02
547 174 0.25
548 6 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (535 bp):
AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTAAGACTATT
AGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTA
TACAACTTTTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTACAGTACCATTTGAAGCAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACATTTTTTTGTCCACAAAAAAATTATTTCTATTCATACAAAATTATTCT
GAATAAAACAATATAAATTTACTAATATTCCAAAATTAATAAGAAAAGTTTAAAAAATAAATATT
TTACCAAAACACATTCAAATAGTTATGAATATTTGATAAATTATCTATGTCAAATCAGATGACAT
TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTAATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACA
ATAATAAAATTCAAA
Found at i:174057 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 173295--175816 Score: 1947
Period size: 181 Copynumber: 14.1 Consensus size: 182
173285 CTGTTTATTG
* * * * ** * *
173295 AACAA-TTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATCATATATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * **
173359 TTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATAAAA
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTA
* * * *
173424 ATATTTTGAAAATTAAATAACT-AAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGCCA
131 ATATTCTAAAAATT-AATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * * * *
173475 AACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
173540 TTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTT-GGAATAAAATAATAT-TAATTTAT
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTAT
*
173603 TAATATTTTAAAAATT-AT---T-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
129 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * * * *
173652 AACTAGTTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGACCATTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGT
* * * *
173716 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATT--GACATGTCTTATTTC-GAATAAAATAATGCTAATTTA
65 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTA-TTCAGAATAAAATAATTCTAATTTA
* * *
173778 TTAATGTTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAAAAAATTAATTTG-TTAGCCTA
128 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CC-A
* * * * * * * ** * *
173833 ACCAA-TGCAAATAGTTATTATTGTTTGAACAATAATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
173897 TTGTCACAAAATAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTAATCAGAATAACATAATTCTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTA
* * * ** * ***
173962 ATATTCCAAAAATTAATAA-CAAAGATATTTAAAAACCAAATATGTTTATTG
131 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * *
174013 AACAAGTTCCAATAGTTATGATTATTTGTACAATTACCTATTTCAAATCACTA-GAACCTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACCTTTTGT
* * * * *
174077 TTTGTCATAAAATAATAT-TTTCTATTCATATAAGCTTATTTCA-ATTAAAATAATGCAAATTTA
65 TTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATTCTAATTTA
* * * *
174140 TCAATATT-TAGACAATTAATAAGTAAA-AGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCG
128 TTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
** * * * * *
174195 AATTAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATAATTGTGA-CTTTT-TT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
174257 TTTTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAA-ATGTATTC-GAGTTAAAATAATAT-TAATTTA
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTCAGA-ATAAAATAAT-TCTAATTTA
* * * * * * **
174319 TTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAA-AGATTTTAAAAATAAATATATTTACTG
128 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * *
174373 AACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
174438 TTGTCATAAAACAATTGTATT-AGTTCATATAGGCTTATT-AAAAGTAAAATAATACTAATTTAT
66 TTGTCATAAAATAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATTCTAATTTAT
* * * * * *
174501 TAATATTCCAAAAATTAATGAG-GAAGAGATTT-AAAAATGAATCTATTTACCA
129 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
**
174553 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * * ** * *
174618 TTATCATAAAACAATCATTTCTATGCATACAAGCTTATTTTGCATAAAATAATAT-AAATTTATT
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT-TCTAATTTATT
* * * * * * * * *
174682 AATATTTCAAAAAATGAATAAGTAAA-A-TTTTAAAAATTAGATCTATTTTCTA
130 AATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * *
174734 AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAAT-AGTTATGACCCTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGT
* * * *
174798 TTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATT-TGAAATAAAATAATACT-ATATT
65 TTTGTCATAAAAT-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATTCTAAT-TT
* * * *
174860 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCG
127 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
** * * * *
174915 AGTAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-ACTTATGATCTTTTGT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGT
* * * * * *
174979 TTTTTCATAAAATAATTCTTTCTACTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTAT
65 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTAT
*
175043 TAATATTCTAAAAATTAATAGGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
129 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * *
175096 AACAAGTTCAAATAGTTAT-ATCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTCTAT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
175160 TTTGTCATAAAATAATTATTTCTTTTCATGCAA-ATTATTCAAAATAAAAT-ATTACTGATCTAT
65 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATT-CTAATTTAT
* * * * *
175223 TAATATTTTGAAAATTAATAAG---A-TG-TTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGC-
129 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC--CA
* * * * * * * *
175273 AAC-AGTTCATATGGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCATATCACTATGA---TTAG--
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** ** * *
175332 --GTCATAAAATGATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGTTTAAAATAATACTAATTTAATA
66 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTA
* * *
175395 ATATTCAAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAAATAAATGTG-TTGCCA
131 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * ** * * *
175445 AGCCAGTTC-AATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATAT-TTTCAAATCATTCTGA-CTTTCTAT
1 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGT
* * * * * *
175507 TTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGCTCA-ACAAGCTTATTTAGAA-AAAATAATACTTATTTAT
65 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTAT
* * * *
175569 TAACATTCGAGAAAA-TAATGAG-CAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCA
129 TAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCA
* * * * * * ** * *
175623 AACAAGTTTAAATAGATT-TTACTATTTGTATAATTATTTATTTAAAATTGTTAAGACCTTTTAT
1 AACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * ** * *
175687 TTTGTCATAAAA-AATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATCCA-AAGTAAAATAAAACTACTTTGT
65 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATTCTAATTTAT
* * * * * *
175750 TAATATTTTAAAAATTAATAA-TCAAGAGATTTAAAAACTAAAATTGTTTTCCT
129 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
* *
175803 AACCAGCTCAAATA
1 AACAAGTTCAAATA
175817 TCAATCTTAA
Statistics
Matches: 1871, Mismatches: 372, Indels: 198
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 27 0.01
170 36 0.02
171 15 0.01
172 23 0.01
173 13 0.01
174 15 0.01
175 5 0.00
176 147 0.08
177 127 0.07
178 73 0.04
179 143 0.08
180 389 0.21
181 795 0.42
182 63 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATTCTAATTTATTA
ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
Found at i:174597 original size:721 final size:718
Alignment explanation
Indices: 173286--176609 Score: 2112
Period size: 721 Copynumber: 4.7 Consensus size: 718
173276 GGAAATTATC
* * * * * *
173286 TGTTTATTGAACAA-TTCAAACAGTTATGACTATTTGAATAATCATATATTTCAAATTGTTATAA
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTAGAA
* * * *
173350 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAC
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATAC
* * * * * * * * *
173414 TAATATAAAAATATTTTGAAAATTAAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
129 -AATTTATAAATATTTAGAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAAT
* * * * * * * *
173478 CAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTG
192 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTT
* * * *
173543 TCGTAAAACAAA-TGTTTTTGTTCATATAAGTTTGCTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
257 TCATAAAA-AAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTT-ATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * * * *
173607 ATTTTAAA--AATTATTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACTAGTTTAATTAGTTA
320 ATTTTAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * *
173670 TAACAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
385 TAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * ** * * *
173735 TTCTATTGACATGTCTTATTTCGAATAAAATAATGCTAATTTATTAATGTTCTAAAAATTAATAA
450 ATCTATTCACATGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
173800 GTAACGAATTTAAAAAATTAATTTGTTAGCCTAACCAATGCAAATAGTTATTATTGTTTGAACAA
515 GGAACGAATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCCTAAACAATGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* ** * * * ** * * *
173865 TAATTTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTGTTCGTACAAG
580 TAATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTATTTTATCACAAAACAATCATTTCTATGCATACAAG
* * * *
173930 CTTAATCAGAATAACATAAT-TCTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAA-CAAAGATATTT
645 CTTAATCAGAATAAAATAATAT-AAATTTATTAATATTTCAAAAAATGAATAAGCAAA-AT-TTT
173992 AAAAACCAAATA
707 AAAAACCAAATA
* * * * *
174004 TGTTTATTGAACAAGTTCCAATAGTTATGATTATTTGTACAATTACCTATTTCAAATCACTAGAA
1 TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTAGAA
* * *
174069 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TATTTTCTATTCATATAAGCTTATTTCAATTAAAATAATGC
65 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTA-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATAC
* *
174133 AAATTTATCAATATTTAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAAT
129 -AATTTATAAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAAT
* * *
174198 TAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAATAGTTATTTATTTCAAATAATTGTGA-CTTTT-TTTTT
192 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTT
* * *
174260 TCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAATGTATTCGAGTTAAAATAATATTAATTTATTAATA
257 TCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * ** *
174325 TTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTC
321 TTTT-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
174390 ATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
384 ATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
*
174455 TAT-TAGTTCATATAGGCTTA-TTAAAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
449 TATCTA-TTCACAT-GGCTTATTTAAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
* *
174518 ATGAGGAA-GAGATTT-AAAAATGAATCTAT-TTA-CC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
511 ATAAGGAACGA-ATTTAAAAAATGAAT-T-TGTTAGCCTAAACAA-TGCAAATAGTTATGACTAT
* * *
174578 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTATCATAAAACAATCATTTCTATG
572 TTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTATTTTATCACAAAACAATCATTTCTATG
* ** * *
174643 CATACAAGCTTATTTTGCATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAAATGAATAAGTAAA
637 CATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAAATGAATAAGCAAA
** * *
174708 ATTTTAAAAATTAGATC
702 ATTTTAAAAACCAAATA
* * * * *
174725 TATTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATAGTTATG
1 TGTTTAT-TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-TTA-G
* * * *
174789 -ACCCTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAAT
63 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
* * * *
174852 ACTATATTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
127 ACAAT-TTATAAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGA
* * * * *
174916 GTAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATACTTATGATCTTTTGTTT
190 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTT
* * ** * **
174981 TTTCATAAAATAATTCTTTCTACTT-ATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTA
255 TTTCATAAAAAAATTGTTT-TTGTTCATACAAGTTTATTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTA
* *
175045 ATATTCTAAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
318 ATATT-T-TAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
175110 GTTATATCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTCTATTTTGTCATAAAATAA
381 GTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
* * * * * * * ***
175175 TTATTTCT-TT-TCAT-GCAAATTATTCAAAATAAAATATTACTGATCTATTAATATTTTGAAAA
446 TTGTATCTATTCACATGGC---TTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
* * * * * * * * * * *
175237 TTAATAA-G-ATG--TTTAAAAACTAAATCTGTTTA--CTGCAACAGTTCATATGGTTATAATTA
508 TTAATAAGGAACGAATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCT-AAACAATGCAAATAGTTATGACTA
* * * * ** * ** ** *
175296 TTTGAACAATTATCTATCTCATATCACTATG--A--TTA---GGTCATAAAATGATTGTTTCTTT
571 TTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTATTTTATCACAAAACAATCATTTCTAT
* * ** ** * * *
175354 TCATACAAGCTTATTTGGTTTAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTA
636 GCATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAAATGAATAAGCA
* ** *
175417 AAAGATTTAAAAAATAAATG
700 AAA-TTTTAAAAACCAAATA
*** * * ** * *
175437 TG-TT-GCCAAGCCAGTTC-AATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATAT-TTTCAAATCATTCTG
1 TGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATT-AG
* * *
175498 -A-CTTTCTATTTAGTCATAAAATAATTATTT-TAGCTCA-ACAAGCTTATTT-AGAA-AAAATA
63 AACCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATA
* * * * * * * *
175557 ATACTTATTTATTAACATTCGAGAAAA-TAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC
125 ATAC-AATTTATAAATATT-TAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTAC
* * * * * * ** * *
175621 CAAACAAGTTTAAATAGATT-TTACTATTTGTATAATTATTTATTTAAAATTGTTAAGACCTTTT
187 CGAATAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTT
* * * ** * * * * * *
175685 ATTTTGTCAT-AAAAAATTGTTTTTGTTCATAAAAACTTATCCAAAGTAAAATAAAACTACTTTG
251 GTTTTTTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAA-TAAAATAATATTAATTTA
* * * * * *
175749 TTAATATTTTAAAAATTAATAA-TCAAGAGATTTAAAAACTAAAATTGTTTTCCTAACCAGCTC-
315 TTAATATTTT--AAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCA
* * * *
175812 -A-A---AT----A--T---C-A--ATC---TT-AAATTGTTATGATC-TTTATTTTCTCATAAA
377 AATAGTTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
175855 ATAATTGT-TTTGGA-TCATACA-AGCTTATTT-AGATAAAAATAATACT-ATTT-TTAAAATAT
442 ATAATTGTATCT--ATTC--ACATGGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATT--AATAT
* * * * * * *
175914 TTCAAAAA-TAATAA-G-A-G-ATTTAAAAAATAAATATGTTTGCC-GAACTAGTTCAAATAGTT
500 TCCAAAAATTAATAAGGAACGAATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCCTAAAC-AATGCAAATAGTT
* * * * * * * * * * * * **
175973 AAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTTTGACATTTTGTTTAATCATAGAATAATTG
564 ATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTATTTTATCACAAAACAATCA
* * * * ** * *
176038 TTT-TAGTTCATATAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAACA-TTCAAAAAATT
629 TTTCTA-TGCATACAAGCTTAATCAGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAAATG
* **
176100 AATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA-A
692 AATAAGCAA-A-ATTTTAAAAACCAAATA
** * * * **
176128 TTGTTTACCGAATTAA-TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT-AAAT-TCATT
1 -TGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTAGA
* * * * *
176189 A---TTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTGATAAAAGCTTA-TCCAAAATAAAATAAT
64 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT
* * ** *
176249 ACTATTGTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAA-TTAGTGAACTG
127 ACAATT-TATAAATATTT-AGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTACCG
* * * * * * * * * ** * *
176308 AATTAGTTCATATAATTATGGCCATTTAAACAACTATCTATTTCAAATTCTTATTACCTTTTG--
189 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTT
* * * * *** * *
176371 ATATCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGTTTATTTGAGATAAAATAATACTAATTTATTA
254 TTTTCATAAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGA-ATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * * *
176436 ATA-TTT-CATGAATTAA-TAAGAGATTCAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAG
318 ATATTTTAAATTAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAG
** * * * * * * * *
176498 CCATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCGTAAAACAAT
382 TTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * * *
176563 TATTTTTGTTCATACA-AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
447 TGTATCTATTC--ACATGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTA
176610 GTAAATTTTT
Statistics
Matches: 2072, Mismatches: 399, Indels: 283
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
680 34 0.02
681 4 0.00
682 1 0.00
683 19 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (718 bp):
TGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATATTAGAAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAA
TTTATAAATATTTAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTTTCAT
AAAAAAATTGTTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAA
TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCTAT
TCACATGGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGGAACG
AATTTAAAAAATGAATTTGTTAGCCTAAACAATGCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATAATCT
ATTTCAAATCATTATGAAATTTTATTTTATCACAAAACAATCATTTCTATGCATACAAGCTTAAT
CAGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAAATGAATAAGCAAAATTTTAAAAACCAA
ATA
Found at i:176250 original size:175 final size:178
Alignment explanation
Indices: 175848--176651 Score: 452
Period size: 175 Copynumber: 4.6 Consensus size: 178
175838 CTTTATTTTC
* * * ** *
175848 TCATAAAATAATTGTTTTGGATCATACAAGCTTAT-TTAGATAAAAATAATACTATT-T-TTAAA
1 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAAATAATACTATTGTATT--A
* * * *
175910 ATATTTCAAAAA-TAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACTAGTTCAAATA
63 ACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAATTAAAATA
*
175970 GTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAATCATTTTGACATTTTGTTTAA
128 GTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCA-TTT-A-ATTTTGTTTAA
* * * ****
176024 TCATAGAATAATTGTTTTAGTTCATATAGGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATT-TATTAAC
1 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTGTATTAAC
*
176088 A-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA-ATTGTTTACCGAATTAATTAAAAT
65 ATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATA-TGTTTACCGAACTAATTAAAAT
* * *
176151 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT-AAATTCA-TT-ATTTAT-TTT-G
127 AGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAA-TCATTTAATTT-TGTTTAA
* *
176199 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTGATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTGTATTAATA
1 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTGTATTAACA
** * * * * * *
176264 TTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTGAACTGAATTAGTTCATATAAT
66 TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCGAACTAATTAAAATAGT
* * * * * * * *
176324 TATGGCCATTTA-AACAACTATCTATTTCAAATTCTTATTACCTTTTG-AT-A
130 TAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTGAAA-TCAT-TTA-ATTTTGTTTAA
* * **** * * *** * *
176374 TCATAAAACAATTATTTTTCAACATACAAGTTTATTTGAGATAAAATAATACTAATT-TATTAAT
1 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTGTATTAAC
** * * * * * *
176438 ATTTCATGAATTAAT----AAGAGATTCAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGC
65 ATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAATTAAAATAGT
* * * **
176499 CATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCT-A
130 TA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATT-TAA--TTTTGTT-TAA
* * * * * * * *
176551 TCGTAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT-TAGTAA-
1 TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-ATTGTATTAAC
** *
176614 ATTTTTTAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATAA
65 A-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAA
176652 GTCCATTTAT
Statistics
Matches: 498, Mismatches: 91, Indels: 73
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 44 0.09
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172 6 0.01
173 1 0.00
174 11 0.02
175 187 0.38
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178 2 0.00
179 2 0.00
180 3 0.01
181 32 0.06
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTATTGTATTAACA
TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACTAATTAAAATAGTT
AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTGAAATCATTTAATTTTGTTTAA
Found at i:176849 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 176336--176849 Score: 393
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 181
176326 TGGCCATTTA
* * * * *****
176336 AACAACTATCTATTTCAAATTCTTATTACCTTTTG--ATATCATAAAACAATTATTTTTCAACAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCGGTTCAT
** * * * * **
176399 ACAAGTTTATT-TGAGATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCATGAATTAAT----AAGAG
66 ACAAACTTATTCAGA-ATAAAATAAAACCAATTTAGTAAAT-TTTCAAAAATTAATAACCAAGAG
* * * * * * *** * *
176458 ATTCAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAGTTCAAATAGCCATA-ACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAGTACATTTACCAAACCAGTTGAAACAATTA-AGATTATATG
* * * **
176511 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCGTAAAACAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCGGTTCAT
* * * **
176576 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAAATTTTTTAAAATTAATAACCAAGAGAT
66 ACAAACTTATTCAGAATAAAATAAAACCAATTTAGTAAATTTTCAAAAATTAATAACCAAGAGAT
* *
176641 TTAAAAAATAAGTCCATTTATCAAACCAGTTGAAACAATTAAGATTATATG
131 TTAAAAAATAAGTACATTTACCAAACCAGTTGAAACAATTAAGATTATATG
* * * * * *
176692 AATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCGGCTT-A
1 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCGG-TTCA
* * * * * * ** *
176756 TACAAATTTATTCGGAATAGAATAAAACCAATTTA-TTACTATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAT
65 TACAAACTTATTCAGAATAAAATAAAACCAATTTAGTAAAT-TTTCAAAAATTAATAACCAAGAG
* *
176820 ATTTAAAAAATAATTATATTTACCAAACCA
129 ATTTAAAAAATAAGTACATTTACCAAACCA
176850 TTTCAAATCA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 58, Indels: 16
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 31 0.11
177 62 0.23
178 6 0.02
180 4 0.01
181 165 0.61
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCGGTTCAT
ACAAACTTATTCAGAATAAAATAAAACCAATTTAGTAAATTTTCAAAAATTAATAACCAAGAGAT
TTAAAAAATAAGTACATTTACCAAACCAGTTGAAACAATTAAGATTATATG
Found at i:177215 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 176849--179044 Score: 1040
Period size: 181 Copynumber: 12.3 Consensus size: 177
176839 TTACCAAACC
* * * * * *
176849 ATTTCAAATCATTATGA-CTTTTCTTTTGTAATAAAATAATCGTTTCAATTCCTATAAGCTTATT
1 ATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
** * * * * * *
176913 TGAAGTAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAGAATTAATAAGTAAGAGAATTAATAAAA-G
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA-AAAATA
* * * *
176977 AATATGTTTATTGAATA-AGTTCAAATAGTTATAACTATTT-AAATAATTATCT
127 AATCTATTTACT-AA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCT
** * * *
177029 ATTTCAAAATATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTT-TGTTCATGCAAGTTTTA
1 ATTTC-AAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAG-CTTA
* *
177093 TTTC-GAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAA
63 -TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAA
* *
177156 TAAATCTATTTTCTAAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTT
125 TAAATCTATTTACTAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* ** *
177210 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATT
1 ATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * ** *
177275 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTTA-TTCCAAAAATTAATAAATGAAAGATTTAAAATTTGAA
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAA
*** * * * *
177339 TCTATTTACTGAGTGAGTTTAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATTT
129 TCTATTTACT-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* * * * * * * *
177389 ATTTCAAATAGTTATTATCTTTTGGTTTGTTATAAAATAATTATTTCTATTCACACAAGTTTAAT
1 ATTTCAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * ** *
177454 CAGAATAAAATAATCCTAATTTATT-ATTATT-ATAAAATTGATGAGTTGGAGATTTAAAAAGTA
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATT-TTCA-AAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATA
* * * * **
177517 AAGT-TCTTTACTGAATA-AGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCT
127 AA-TCTATTTACT-AA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* * * * * ** *
177569 ATTTCAAATCATTATGATAC-TTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTATTCATATAAAATTGT
1 ATTTCAAAT-ATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
177633 TCAGAATAAAGTAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAA
64 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
177695 ATCTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATAATTATTT-AAATAATAAGCT
128 ATCTATTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAA-AATTATCT
* * *
177746 ATCTCAAATCGTTATGA--TCTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * ** * * * *
177809 CAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAGAAATAA
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
177874 ATTTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCT
128 ATCTATTTA-CTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* * * * * * *
177925 ATTTTAAATCATTCTAAACTTTTGTTTAGTCATTAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTAT
1 ATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* ** * *
177989 TCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCATAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATA
64 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCA-AAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA
* * * * *
178054 AATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAGTTTTTT
127 AATCTATTTACTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* * * * * * * * * * * **
178106 ATTTAAAATTGTTATGACCTTGTGTTTTATCA-ATATATAATTGTTCCAAAATAAAATAATATTA
1 ATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTA
* ** * * * ** *** * **
178170 CTTTATAAAT-ATTTCAA-A--AATTGA-GAA-GTTGGAGGTTTAA-AAGATAAATCAGTTTATC
63 -TTCA-AAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAG-TAAA-GA-TTTAAA
* * * *** * *
178228 GAATCAATTTAAATAATTA-TGGCCA-TTCAAACA---AT---TATCT-----ATT-T-T
122 AAATAAATCT--AT--TTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* * * * * * *
178273 A----AATTGTTATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCA-TCATACAAGCCTATT
1 ATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT
* * *
178331 CAAACTAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAA
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
178396 ATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAAG-TATGACTATTTGAACAATTATAT
128 ATCTATTTACTAAAC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* * * * *
178447 ATTTCAAATCTT-TAGAGCCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA
1 ATTTCAAATATTAT-GA-CC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
*** * ** * *
178511 TTTGGAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAAAGATTTTAAAAA
63 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TT-TCAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTTAAAAA
* * * * * * * *
178575 ATAAAAT-TGTTTACTGAACTAGTTTAAGTAGTTAAGACTATATGAATAATTATAT
124 AT-AAATCTATTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* * * * ** * * * ** ** *
178630 ATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTTATTGTAAAACAAATGCTTT-TGTTCATGTAAATTTGC
1 ATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTT-A
** * ** * *
178694 TT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAACATTAATAAG---ACATTT-AAAAATA
63 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * *
178754 AATCTATTTACCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTT
127 AATCTATTTACTAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* *** * * **
178806 ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAGGCAATTGATTCTATTGATACAATTTTATT
1 ATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
** * * * * * * * *
178871 TGATATAAAGTAATCCTAATTTATTAATATTCTGACAATTAATAAGTAACA-AGTTTAGAAAATG
65 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGA-TTTAAAAAATA
** ** * * * * * *
178935 AATCTATTGGCTTGACTAGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTT
127 AATCTATTTACTAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
* * * *
178987 ATTTGAAATTATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAA
1 ATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
179045 CTTTCTATTC
Statistics
Matches: 1533, Mismatches: 364, Indels: 237
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
157 5 0.00
158 9 0.01
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168 1 0.00
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173 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTACTAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATCT
Found at i:177865 original size:536 final size:537
Alignment explanation
Indices: 176983--178029 Score: 1174
Period size: 536 Copynumber: 1.9 Consensus size: 537
176973 AAAGAATATG
* * * *
176983 TTTATTGAATAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAATATTATGACC
1 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAAATATTATGAAC
* * * ** *
177048 TTTCATTTTGTCATAAAATAATTGATTTTGTTCATGCAAGTTTTATTTCGAATAAAATAATATAA
66 TTTCATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAGAATTAGTTCGAATAAAATAATATAA
* *
177113 ATTTATTAATGTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACAGGT
131 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAGGT
* * ** * * *
177178 TCAAATAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
194 TCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATAAGCTATCTCAAATCGTTATGA-CTCTTGTTTTGTCAT
* * * * *
177243 AAACCAATTGTTTCTATTCATACAATCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTATTCCAA
258 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTAATATATTCCAA
* * * *** * *
177308 AAATTAATAAATGAAAGATTTAA-AATTTGAATCTATTTACTGAGTGAGTTTAAATAGTTATGAC
323 AAATTAAT-AATGAAAGATTTAAGAA-ATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * *
177372 TATCT-GAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATTATCTTTTGGTTT-GTTATAAAATAATTATT
386 TAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATAAACTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTATT
* * * **
177434 TCTA-TTCACACAAGTTTAATCAGAATAAAATAATCCTAATTTATTATTATT-ATAAAATTGATG
448 T-TAGTTCACACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCATAAAATTGATG
177497 AGTTGGAGATTTAAAAAGTAAAGTTC
512 AGTTGGAGATTTAAAAAGTAAAGTTC
** *
177523 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTC-AAATCATTATGA
1 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATAACCATTT-AAATAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATGA
* * * * *
177586 TACTTT-GTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTTTATTCATATAA-AATT-GTTCAGAATAAAGTAAT
64 -ACTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAGAATTAGTTC-GAATAAAATAAT
* * * * *
177648 ACT-AGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATCTGTTTACTGAACT
127 A-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC-
*
177711 A-GTTCAAATAGTTATAATTATTT-AAATAATAAGCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTGTTTTG
190 AGGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAAA-AATAAGCTATCTCAAATCGTTATGACTCTTGTTTTG
* * * *
177773 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA
254 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AACTAAT-ATA
* *
177838 TTCTAAAAATTAAT-ATGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGT
317 TTCCAAAAATTAATAATG-AA-AGATTTAAGAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGT
* * *
177902 TAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTAAACTTTTGTTTAGTCATTAAATAATT
380 TAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT
* * * * *
177967 GTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCATAAAATT
445 ATTTTAGTTCACACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCATAAAATT
178030 AATAAGCAAG
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 69, Indels: 37
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
534 59 0.14
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTCATAACCATTTAAATAATTATCTATTTCAAAATATTATGAAC
TTTCATTTTGTCATAAAACAATTGATTTTATTCATACAAGAATTAGTTCGAATAAAATAATATAA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAGGTTC
AAATAGTTATAACTATTTGAAAAATAAGCTATCTCAAATCGTTATGACTCTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTAATATATTCCAAAAA
TTAATAATGAAAGATTTAAGAAATAAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTA
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAGTTCA
CACAAGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCATAAAATTGATGAGTTGGAGA
TTTAAAAAGTAAAGTTC
Found at i:178524 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 178257--178726 Score: 450
Period size: 182 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
178247 TGGCCATTCA
* * * * * *
178257 AACAATTATCTATTTTAAATTG-TTATGAAC-TTT-TTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTTCATC
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTTA-GACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTGT--TC
* ** * *
178318 ATACAAGCCTATTCAAACTAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAGAAG
63 ATACAAGCTTATTGGAA-TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAACTAAAAG
* * * *
178383 A-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAAG-TATGACTATTTG
126 ATTTTAAAAAATAAAATTGTTTACTGAACTAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATATG
*
178436 AACAATTATATATTTCAAATC-TTTAGAGCCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTC
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTTAGA-CC-TTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTT-TGTTC
* * ** *
178500 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAACAATATTATGAAAATTAATAACTAAAAG
63 ATACAAGCTTA-TTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAACTAAAAG
* *
178565 ATTTTAAAAAATAAAATTGTTTACTGAACTAGTTTAAGTAGTTAAGACTATATG
126 ATTTTAAAAAATAAAATTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
* * * ** **
178619 AATAATTATATATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTATTTTATTGTAAAACAAATGCTTTTGTTCAT
1 AACAATTATATATTTCAAATCGTTTAGACCTTTTATTTTGTCATAAAA-AAATTATTTTGTTCAT
** ** * *
178684 GTAAATTTGCTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
65 ACAAGCTT-ATTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTT
178727 TGAACATTAA
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 39, Indels: 26
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 22 0.09
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182 120 0.50
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184 7 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AACAATTATATATTTCAAATCGTTTAGACCTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTTGTTCATA
CAAGCTTATTGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAACTAAAAGATTTT
AAAAAATAAAATTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATG
Found at i:178738 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 178336--178739 Score: 458
Period size: 182 Copynumber: 2.2 Consensus size: 182
178326 CTATTCAAAC
* * * *
178336 TAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTTCAAAATTTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATTT
1 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAATT
* * *
178400 GTTTATTGAACTAGTTCAAATAAGTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCTTTAGAGC
65 GTTTACTGAACTAGTTCAAATAAGTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCTTTAGAGC
* * * * *
178465 CTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGGAA
130 CTTTTTATTTTATCATAAAAAAATGATTTATGTTCATACAAACTTACTTGGAA
* * ** *
178518 TAAAATAATACTAATCTAACAATATTATGAAAATTAATAACTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATT
1 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGA-TTTAAAAAATAAAATT
* * * *
178583 GTTTACTGAACTAGTTTAAGT-AGTTAAGACTATATGAATAATTATATATTTCAAATCGTTTTGA
65 GTTTACTGAACTAGTTCAAATAAG-TAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATC-TTTAGA
** * ** * *
178647 -CC-TTTTATTTTATTGTAAAACAAATGCTTT-TGTTCATGTAAATTTGCTTGGAA
128 GCCTTTTTATTTTATCATAAAA-AAATGATTTATGTTCATACAAACTTACTTGGAA
* *
178700 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAACATTAATAA
1 TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA
178740 GACATTTAAA
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 34, Indels: 10
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
182 101 0.55
183 77 0.42
184 5 0.03
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TAAAATAATAATAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAAATTG
TTTACTGAACTAGTTCAAATAAGTAAGACTATATGAACAATTATATATTTCAAATCTTTAGAGCC
TTTTTATTTTATCATAAAAAAATGATTTATGTTCATACAAACTTACTTGGAA
Found at i:180069 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 179819--181453 Score: 1094
Period size: 180 Copynumber: 9.1 Consensus size: 180
179809 ATTTGGCCGT
* * ** *
179819 TTATCTATTTCAAATAGTTA-GACATTTTGTTTCATCATAAACCAATTGTTTCTGGTT-ATAC-A
1 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAA
* * * * *
179881 GACTTATTCGAAACAAAATAATACTACTATATTAATATTCCAAAATTAATAAGTAAAATATTTAA
65 G-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * * *
179946 AAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGCTCAAAGAGTTATGACTGTTTGAACAA
129 AAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * *
179998 CTATTTAGTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
1 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * ** *
180063 CTTATTCGTAATAAAATAGTACTAATTTGTTAATATTCTGAAAATTAATAGGTATGAGATTTAGA
66 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * *
180128 AAATAAATATGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAATAA
130 AAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * **** * * *
180179 TTAACTATTTTAAGTCA-TTATGACCTTTTGTAACGTCGTAAAATAATTCTTTCTGTTCATACAA
1 TTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
** * * * * * * ** *
180243 ATTTATTTAGAATTAGAATAATACTGATTTATTGATGTTTTGAAAA-T--T-AGTAAGAGATTT-
65 GCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * *
180303 AAAACTAAAT-TAGTTTACTGAGCCAA-TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAA
128 AAAAATAAATCT-GTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * * *
180356 TTATTTATCTCAAATTGTTATGAGC-TTTATTTTGTCATAGAATAATTGTTTTCT-TTCATAAAA
1 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAA
* * * * * *
180419 TCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATACA-TAAGAGATTTA
65 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATA-AGTAAAAGATTTA
* * ** * * * *
180483 AAAAATAAATATGTTTGCCCAATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTAATAGAACAA
128 AAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * *
180536 TTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
1 TTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC-
* * * * ** * * **
180599 AAG-TTATTCAAAATAAAA-AGATACCATTTTATTAACAATAAAAAAACTAATAAGGAGGCA-AT
63 AAGCTTATTCGAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGAT
* ** *
180661 TTGAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGACATGAATATTTGAATAA
125 TT-AAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * * *
180718 TTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTT-TTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAA
1 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * * * * * * *
180782 CTTA-ACTGAAGTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATCATTAAGCAAGAGATTTCA
66 CTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * ** *
180846 AAAGT-AATGTTGTTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
129 AAAATAAAT-CTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * ** * * * *
180898 ATATCAAGCTCAAATTGTTATAATC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAA
1 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAA
* * * * *
180961 ACTTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTCAATAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAAG-TTT
65 GCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTT
* * ** * *
181024 AAAAAATAAATATGTTTGCTGAATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAA
127 AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * *
181078 TTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTATTG-TTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAA
1 TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
181142 GCTTATT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATGAATAA-TCAGAAGATTT
65 GCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGT-AAAAGATTT
* * * * * * * * *
181205 CAAAAAATTAATCTATTTACAGAAAAAGTTAAAATAGTTACGATTATTTAAACAA
127 -AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
* * * * * *
181260 TTATCTATTTAAAATCA-TTAGGAACTTTT-TTTTTTGATAAAATAATTGTTT-TAGTTAATA-A
1 TTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACA
* * * * * * * *
181321 AGCTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTGATATTTTAAAAATTAATAGGTAAAAGGTTTA
64 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
** * * * *
181386 AAAAATAAATCAATTTATTGAATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAA
128 AAAAATAAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAA
181439 TTATCTATTTCAAAT
1 TTATCTATTTCAAAT
181454 CGTAATTACC
Statistics
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAG
CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
AATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
Found at i:180223 original size:181 final size:176
Alignment explanation
Indices: 179087--181454 Score: 742
Period size: 180 Copynumber: 13.3 Consensus size: 176
179077 TTGTTTATCA
* * * * * * * * * *
179087 AACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAAT-TTTATAATCTTTTGTT
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGA-CCTTTATT
** * * ** * ** *
179151 TTGTCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATTATAGAAATTTAGTA
65 ACGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAACTTATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
179216 ATATTCAGACACTTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
128 ATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTG
* * * * * ** *
179267 AATAACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTATG
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGAC-CTTTAT-
* * * ** * * *
179332 T-TGTCATAAAA-AGTTATTT-TAGTTCATTTAAGCTTATTCGAAATAAAATAATTCTAATTTAT
64 TACGTCATAAAATAATTGTTTCT--TTCATACAAACTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
179394 TAATATT-TCAAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
126 TAATATTCT-GAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTG
* * * * * * * * *** *
179447 AATAAGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTA-GAACCTTTTGT
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATG-ACC-TTTAT
** * * * * * *
179511 TTTGTCCTAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAACTAATACAAATTTAT
64 TACGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAACTTA-TT-AGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * *
179575 TAACATTCAGACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAGAAATGAATCTGTTTA-TCA
126 TAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAA-AAATAAATATGTTTACT-G
* * * *
179628 AACAAGGA-T-AAATAGTTTATGACTATTTGAATATTTATCTATTTCAAATCATTATGA--TTT-
1 AACAA--ATTCAAATAG-TTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACCTTTA
** * * * *
179688 TT-TTTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATACAATAATA-TAAATTTG
63 TTACGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAACTTA-TTAGAATAAAATAATACT-AATTTA
* * *
179751 TTAATATTC--CAAA--AAT--T---A-A---AAAAATAAATCTATTTA-TAG
125 TTAATATTCTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACT-G
* * ***** * * * *
179790 AAC--A-T--GATCAGTTATGACTATTTGGCCGTTTATCTATTTCAAAT-AGTTA-GACATTTTG
1 AACAAATTCAAAT-AGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCA-TTATGAC-CTTTA
* * ** * * * * *
179848 TTTCATCATAAACCAATTGTTTCTGGTT-ATACAGACTTATTCGAAACAAAATAATACTACTATA
63 TTACGTCATAAAATAATTGTTTCT--TTCATACAAACTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
179912 TTAATATTC-CAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
125 TTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTG
* ** * ** * * ** * *
179965 AGCAAGCTCAAAGAGTTATGACTGTTTGAACAACTATTTAGT-TCAAAT-AGTTATGATCTTTTG
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTA-TCTCAAATCA-TTATGA-CCTTTA
*** * * * *
180028 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGTAATAAAATAGTACTAATTTGT
63 TTACGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAACTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
*
180093 TAATATTCTGAAAATTAATAGGTATGAGATTTAGAAAATAAATATGTTTACTG
126 TAATATTCTGAAAATTAATA-GTAAGAGATTTA-AAAATAAATATGTTTACTG
* * * *
180146 AACAAATTCAAATAGTTATGTCCATTTGAATAATTAACTATTTTAAGTCATTATGACCTTT-TGT
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACCTTTAT-T
* * * * *
180210 AACGTCGTAAAATAATTCTTTCTGTTCATACAAATTTATTTAGAATTAGAATAATACTGATTTAT
65 -ACGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAACTTA-TTAGAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
180275 TGATGTTTTGAAAA-T--TAGTAAGAGATTTAAAACTAAAT-TAGTTTACTG
126 TAATATTCTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAATAAATAT-GTTTACTG
* * ** ** ** * *
180323 AGCCAATTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATCTCAAATTGTTATGAGCTTTATTT
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACCTTTATTA
* * * * *
180388 TGTCATAGAATAATTGTTTTCTTTCATA-AAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATA
66 CGTCATAAAATAATTG-TTTCTTTCATACAAA-CTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * **
180452 ATATTCTAAAAATTAATACATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCC
128 ATATTCTGAAAATTAATA-GTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACTG
* * * * * * * * * *
180503 AATC-AGTTCAAATAGTTAAGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGT
1 AA-CAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACC-TTT-A
* * * * * * *
180567 TTA-GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAAGTTATTCAAAATAAAA-AGATACCATTTTA
63 TTACGTCATAAAATAATTGTTTC-TTTCATACAAACTTATT-AGAATAAAATA-ATACTAATTTA
* * *** * * * *
180630 TTAACAATAAAAAAACTAATAAGGAGGCA-ATTTGAAAAAATAAATCTGTTTA-TCG
125 TTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAG-AGATTT--AAAAATAAATATGTTTACT-G
* * ** ** * * * ** * * *
180685 AATAAGTTCAAATAGACATGAATATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTTTT
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACCTTTATTA
* * * * * *
180750 TGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTAACT-GAAGTAAAATAATACTATTTTATTA
66 CGTCATAAAATAATTGTTTC-TTTCATACAAACTT-ATTAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * **
180814 ATATT-TAAAAAATCATTAAGCAAGAGATTTCAAAAGT-AATGTTGTTTTTTG
128 ATATTCT-GAAAATTAAT-AGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTACTG
* * * * * * * ** * * * *
180865 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAAGCTCAAATTGTTATAATCTTTGTTT
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACCTTTATTA
** * * * * * *
180930 TATCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAACTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTCAATAA
66 CGTCATAAAATAATTGTTTCT-TTCATACAAACTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA
* *
180995 TATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGA-AGTTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
129 TATTCT-GAAAATTAAT-AGTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATATGTTTACTG
** * * * * * * ** * *
181045 AATTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTATTGTT
1 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACCT-TT-AT
* *
181110 TA-GTTATAAAATAATTGTTTCAATTT-ATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
64 TACGTCATAAAATAATTGTTTC--TTTCATACAAACTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * * * * * * *
181173 TAACATTCAAAAAATGAATAATCAGAAGATTTCAAAAAATTAATCTATTTACAG
126 TAATATTCTGAAAATTAATAGTAAG-AGATTT--AAAAATAAATATGTTTACTG
* * ** * * * * * * * *
181227 AA-AAAGTTAAAATAGTTACGATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTT
1 AACAAA-TTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACCTTTATT
*** * * * * * * *
181291 TTTTGATAAAATAATTGTTT-TAGTTAATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATT
65 ACGTCATAAAATAATTGTTTCT--TTCATACAAACTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
181354 GATATTTTAAAAATTAATAGGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATCA-ATTTATTG
127 AATATTCTGAAAATTAATA-GTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-ATGTTTACTG
* * * * *
181406 AATC-AGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AA-CAAATTCAAATAGTTATGA-CCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATC
181455 GTAATTACCT
Statistics
Matches: 1696, Mismatches: 372, Indels: 241
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
156 3 0.00
157 34 0.02
158 4 0.00
159 3 0.00
160 5 0.00
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164 3 0.00
166 1 0.00
167 2 0.00
170 2 0.00
171 1 0.00
173 3 0.00
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183 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTAACTATCTCAAATCATTATGACCTTTATTA
CGTCATAAAATAATTGTTTCTTTCATACAAACTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACTG
Found at i:180957 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 180924--180962 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
180914 GTTATAATCT
180924 TTGTTTTATCATA-AAACAA
1 TTGTTTTATCATACAAACAA
180943 TTGTTTCTGATCATACAAAC
1 TTGTTT-T-ATCATACAAAC
180963 TTATTCGGAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 3
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (20 bp):
TTGTTTTATCATACAAACAA
Found at i:181007 original size:542 final size:542
Alignment explanation
Indices: 180329--181310 Score: 1309
Period size: 542 Copynumber: 1.8 Consensus size: 542
180319 ACTGAGCCAA
* * ** * * *
180329 TTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATCTCAAATTGTTATGAGCTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAAGCTCAAATTGTTATAAGCTTTATTTTATCAT
* * * * * *
180394 AGAATAATTGTTTTCTTTCATAAAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT
66 AAAACAATTGTTTTCTATCATAAAATCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTCAATAATATTCT
180459 AAAAATTAATACA-TAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAATCAGTTCAAATAGTTAA
131 AAAAATTAATA-AGTAAGAAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAATCAGTTCAAATAGTTAA
*
180522 GACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
194 GACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTATTGTTTAGTCATAAAACAATTATT
*
180587 TCAATTCATACAAAG-TTATTCAAAATAAAA-AGATACCATTTTATTAACAATAAAAAAACT-AA
259 TCAATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATA-ATACCAATTTATTAACAATAAAAAAA-TGAA
* * * * * * *
180649 TAAGGAGGCA-ATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATAAGTTCAAATAGACATGAATATTT
321 TAAGCA-GAAGATTTCAAAAAATAAATCTATTTA-CAGAAAAAGTTAAAATAGACACGAATATTT
* * ** ** *
180712 GAATAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCAT
384 AAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCAT
180777 AAAAACTTAACTGAAGTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATCATTAAGCAAGAGAT
449 AAAAACTTAACTGAAGTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATCATTAAGCAAGAGAT
180842 TTCAAAAGTAATGTTGTTTTTTGAACCAG
514 TTCAAAAGTAATGTTGTTTTTTGAACCAG
* *
180871 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAAGCTCAAATTGTTATAATCTTTGTTTTATCAT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAAGCTCAAATTGTTATAAGCTTTATTTTATCAT
180936 AAAACAATTG-TTTCTGATCATACAAA-CTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTCAATAATATT
66 AAAACAATTGTTTTCT-ATCATA-AAATCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTCAATAATATT
** *
180999 -TAAAAAATTAATAAGTAAGAAGTTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATTAGTTCAAATAGTTA
129 CT-AAAAATTAATAAGTAAGAAGTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAATCAGTTCAAATAGTTA
* * ** * * *
181063 AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTATTGTTTAGTTATAAAATAATTGT
193 AGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTATTGTTTAGTCATAAAACAATTAT
* * * * * *
181128 TTCAATTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATGAATA
258 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACAATAAAAAAATGAATA
* * ** *
181193 ATCAGAAGATTTCAAAAAATTAATCTATTTACAGAAAAAGTTAAAATAGTTACGATTATTTAAAC
323 AGCAGAAGATTTCAAAAAATAAATCTATTTACAGAAAAAGTTAAAATAGACACGAATATTTAAAC
* * *
181258 AATTATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTTTTTTGATAAAATAATTGTTT
388 AATTATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTT
181311 TAGTTAATAA
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 55, Indels: 20
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
541 14 0.04
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (542 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAAGCTCAAATTGTTATAAGCTTTATTTTATCAT
AAAACAATTGTTTTCTATCATAAAATCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTCAATAATATTCT
AAAAATTAATAAGTAAGAAGTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAATCAGTTCAAATAGTTAAGA
CTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTATTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTC
AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACAATAAAAAAATGAATAAGC
AGAAGATTTCAAAAAATAAATCTATTTACAGAAAAAGTTAAAATAGACACGAATATTTAAACAAT
TATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTCATAAAAACT
TAACTGAAGTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATCATTAAGCAAGAGATTTCAAAA
GTAATGTTGTTTTTTGAACCAG
Found at i:181486 original size:542 final size:542
Alignment explanation
Indices: 180385--181491 Score: 1234
Period size: 542 Copynumber: 2.0 Consensus size: 542
180375 ATGAGCTTTA
* * * * *
180385 TTTTGTCATAGAATAATTGTTTTCTTTCATAAAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAA
1 TTTTGTCATAGAACAATTGTTTTCTATCATAAAATCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTCAA
180450 TAATATTCTAAAAATTAATACATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAATCAGTTCAAA
66 TAATATTCTAAAAATTAATACATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAATCAGTTCAAA
*
180515 TAGTTAAGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAAC
131 TAGTTAAGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTATTGTTTAGTCATAAAAC
*
180580 AATTATTTCAATTCATACAAAGTTATTCAAAATAAAAAGATACCATTTTATTAACAATAAAAAAA
196 AATTATTTCAATTCATACAAAGTTATTCAAAATAAAAAGATACCAATTTATTAACAATAAAAAAA
* * * * * * *
180645 CTAATAAGGAGGCAATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGACATGAATAT
261 CTAATAAGCAGGAAATTTCAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTAAAATAGACACGAATAT
* * ** ** * *
180710 TTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTC
326 TTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTA
** * * * * *
180775 ATAAAAACTTAACTGAAGTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTAAAAAATCATTAAGCAAGAG
391 ATAAAAACTTAACCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTAAAAAATCAATAAGCAAAAG
* * *** * * * *
180840 ATTTCAAAAGTAATGTTGTTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAATATCAA
456 ATTTAAAAAATAATGCAATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCAA
* * *
180905 GCTCAAATTGTTATAATCTTTG
521 GCTCAAATCGTAATAATCTATG
* *
180927 TTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTGATCATACAAA-CTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTC
1 TTTTGTCATAGAACAATTGTTTTCT-ATCATA-AAATCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTC
** *
180990 AATAATATT-TAAAAAATTAATA-AGTAAGA-AGTTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATTAGT
64 AATAATATTCT-AAAAATTAATACA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAATCAGT
* * ** *
181052 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTATTGTTTAGTTAT
126 TCAAATAGTTAAGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTATTGTTTAGTCAT
* * * * * * *
181117 AAAATAATTGTTTCAATTTATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATA-ATACTAATTTATTAACATT
191 AAAACAATTATTTCAATTCATACAAAG-TTATTCAAAATAAAA-AGATACCAATTTATTAACAAT
* * *
181180 CAAAAAA-TGAATAATCA-GAAGATTTCAAAAAATTAATCTATTTA-CAGAAAAAGTTAAAATAG
254 AAAAAAACT-AATAAGCAGGAA-ATTTCAAAAAATAAATCTATTTATC-GAAAAAGTTAAAATAG
** * * * *
181242 TTACGATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTTTTTTGATAAAATAATT
316 ACACGAATATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTTTTGTCAAAAAATAATT
* * * * * * *
181307 GTTTTAGTTAAT-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAACACTACTTTATTGATATTTTAAAAATTAA
381 GTTTCAATTAATAAAAACTTAACCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTAAAAAATCAA
* * * *
181371 TAGGTAAAAGGTTTAAAAAATAAAT-CAATTTATTGAATCAGTTCAAATAATTAT-AGCCATTTG
446 TAAGCAAAAGATTTAAAAAAT-AATGCAATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATGA-CCATTTG
* * ** *
181434 AACAATTATCTATTTCAAATCGTAATTACCTCTAT-
509 AACAAATATCAAGCTCAAATCGTAA-TA-ATCTATG
*
181469 TTTTGTCATAGAACAATTATTTT
1 TTTTGTCATAGAACAATTGTTTT
181492 TTAGCATGCA
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 86, Indels: 29
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
540 1 0.00
541 118 0.25
542 334 0.72
543 11 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (542 bp):
TTTTGTCATAGAACAATTGTTTTCTATCATAAAATCTTATTCGGATAAAAATAATACTAATTCAA
TAATATTCTAAAAATTAATACATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCCAATCAGTTCAAA
TAGTTAAGACTAATAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTATTGTTTAGTCATAAAAC
AATTATTTCAATTCATACAAAGTTATTCAAAATAAAAAGATACCAATTTATTAACAATAAAAAAA
CTAATAAGCAGGAAATTTCAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTAAAATAGACACGAATAT
TTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTAGGAACTTTTTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAATTA
ATAAAAACTTAACCAAAATAAAATAACACTACTTTATTAATATTTAAAAAATCAATAAGCAAAAG
ATTTAAAAAATAATGCAATTTATTGAACCAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACAAATATCAA
GCTCAAATCGTAATAATCTATG
Found at i:181940 original size:187 final size:178
Alignment explanation
Indices: 181523--184316 Score: 662
Period size: 182 Copynumber: 15.7 Consensus size: 178
181513 AATAAAATCA
* * * * **
181523 TTATTACCTTTTGTTTTGATCATAAAATAATTATTTTTCAACATACAAACTTATTTGAAATCAAA
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* * * ** **
181588 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAGAA-TTAAC-AAGAGATTT-TAAAATAAATCTGTTTACTG
64 TAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACCA
* * *
181650 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATGG
129 AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * *
181700 TTATAACCTTCTGTTCTGTCATAAAGCAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATCAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAAT
* * *
181765 AATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTGCC
65 AATACTAATTTATTAATATTATAAAAATT--TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACC
* * *
181830 AAATTGGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTACAATTTTCTATTTCAAATTG
128 AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATT---A---TCTATTTCAAATGG
* * *
181887 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-GCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAAT
* ** *
181952 AAAACTAATTTATTAATATTATAAAAATTT-A-TAAGAGATTTAAAAAA-AAATTTATTTATCAA
65 AATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTA-CCA
* ** * * * * **
182014 AAC-AGTTCAAATAATTATA-AAAATTTGAAACAATCATTTATTTCAACTCA
129 AACTAGTTCAAATAGTTA-AGACTATAT-AAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * * * * * ** *
182064 TTATTA-TTTTCTGTTTTGTCAAAAAACAATTGTTTTTGTTCGTATAAGTTTGTTCAAAAATAAA
1 TTATAACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGCTCATACAAGTTTATT-TGAAATCAA
* * * * * ** *
182128 ATAATAATAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATCAATAAGGGATTTAAACAGTAAATTTATTA
63 ATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTTAA-C--TAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT
** * * * * ** * ** * *
182192 ATAAAACCATTTTAAATATTTTTGACTATTTGGATAATTATCTATTTCAAATTG
125 ACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * ** * * *
182246 TTATAACC-TTTGTTTTGTCATTAAACAATTAGTTCTATTCATACTATTTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAAT
** ** * * * *** *
182310 AATACTAA--T-TTAATAGCCA-AGAAAA-TTAAAAAATAAATCT-AATTGTCAAA-CCAGTT--
65 AATACTAATTTATTAATA-TTATA-AAAATTTAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCCATTTAC
** * *
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* * * * * *
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1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGCT-CATACAAGTTTATTTGAAA-TCAAA
* **
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64 TAATACT-AATTTATTAATATTAT-AAAAATTTAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCCATTTA
* * * * * * * *
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126 CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * * * * *
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1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGCTCATACAAGTTTATTTGA-AATCAAA
** ** * *** * *
182647 TTAATACTAATTTATTAGCATTCA-AAAAATTAATAAGAAATAGATTTTTTAAA-AACTCTATTT
64 -TAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATT--TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTT
* * * ** * * * * **
182710 ACTAAACAAATGT-AAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCA
125 ACCAAACTAGT-TCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * * * ** ** *
182764 TTTTGA-CTTCTTGTTTTGTCATAAAATAATTTATTTAGTTGATACAAGCATATAAGAAATAAAA
1 TTATAACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAA-TTATTTTGCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAA
* * * ** * ***
182828 TATTACTAATTTATTAATATT-TCTAAAATTAATAAGTGGGAGATTTACAAAATAAATTTGTTTA
64 TAATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATT--TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTA
** * * * * * * * * *
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126 -CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * ** *
182945 TCATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGTTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAAT
* * * * * * ** *
183010 AATACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAACATCTAAAAAATAAATCTGTTTGCC
65 AATACTAATTTATTAATATTATAAAAATT--TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTACC
* * * * * * * * * **
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128 -AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATAAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * ** * * *
183126 TTATGATC-TTTGTTTTGTCATATAACAATTGTTTCTAATCATAAAAGCTTATTTGCTTAA--AA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGCTCATACAAGTTTATTTG--AAATCAA
* * * * * * * ** *
183188 ATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAAT-CATTTATTTG
63 ATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATT--TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTA
*** * * * *
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126 CCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATA-AACAATTATCTATTTCAAATGG
* ** * * * * * * ** *
183301 --AT--CATTTTGACTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT--TGCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAA
* * * * ***
183361 TAATATTAATATATTAACATT-TGAAAAATTCATAGGC-AAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTT
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* * * * * * * * **
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* ** * * * *** * * *** *
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1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAAT
* * * **
183544 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAACCAATATATTTTAAAAAATAAATATATGTT
65 AATACTAATTTATTAATATTAT-AAAAATT--TAACTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCCAT-TT
* * * * * * * **
183608 -CTAAA-TAAATTCAAATAGTTACA-ACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAATCA
125 ACCAAACT-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * * *** * ** *
183661 TTATCATCTTTTGTTTTGT-ACTAAGATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATGAAA
1 TTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTATTT-TGCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAA
* * ** * * * * * *** **
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* * * * * *
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* * ** ** * * *
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* * * *
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* * * * * **
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124 TACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * * * * * * * *
184008 CTATAACCTTTTGTGCTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCACATAAGCTTATTTGAAATAAA
1 TTATAACCTTTTGT--TTTGTCATAAAACAATTATTTT-GCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAA
* ** * ** *
184073 ATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTG
63 ATAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATT--TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTA
** * * * * * * **
184138 CTGAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTACCAACTTCAAATCA
126 CCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATGG
* * * * ** * * * *
184191 TTATGACATTTTTTTTTTGTTATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAA
1 TTATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGCTCATACAAGTTTATTTGAAATCAAA
* * * ** * * * *
184256 TAATGCAAACTTATTAATATTCCAAAAA-CTAA-TAAGTGATTTAAAAAGTAAATCTATTTAC
64 TAATACTAATTTATTAATATTATAAAAATTTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCCATTTAC
184317 TGAATCATTT
Statistics
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Found at i:182607 original size:176 final size:178
Alignment explanation
Indices: 182337--182684 Score: 409
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* *
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* * * * *
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*
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* * * * * * * **
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* * * * *
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* * *
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131 TAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGA
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TAAAATAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTA
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* ** * * * * *** ** *
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* * ** * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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1 TT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
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65 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
* * ** * *
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*** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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1 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * ** * *
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65 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTC
* * * * *
183000 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAACAT
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* * ** * * * * * *
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1 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
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65 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTA-TT
** * ** * *
183180 GC-TTA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAATAT
128 -CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * ** * * *
183233 TTAAAAAAT-CATTTATTTGTTGAATC-AGCTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAGTTATCTAT
1 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
183296 TTCAAATCATTTTGA-C-------TAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTC
65 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTC
* * * * * * *
183352 AAAATAAAATAATATTAATATATTAACATTTGAAAAATTCATAGGCAAGAGAT
129 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
*
183405 TTGAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTA
1 TT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TA
* ** * * * *
183469 TTTAAAATCATTATGACCTTTTAATTTGACATAAAAGAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCC
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** * *
183534 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACCAATATATT
129 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
* * ** * *
183588 TTAAAAAATAAATATATGTTCTA---AATAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATTGTAT
1 TTAAAAAATAAAT-T-TGTT-TATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
183650 ATTTAAAATCATTATCATCTTTTGTTTTGT-ACTAAGATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
63 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT
* *
183714 TCAAAATGAAAA-AA-AATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT--GAG--
127 TCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
183764 TTAAAAAGTGATTTTGTTTA-CTGAATC-AGTTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCT
1 TTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCT
* * *** *
183826 ATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTTTTATCATACAAGCCTA
63 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAAT-TCATACAAGCTTA
* * * *
183891 GTCGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGAT
126 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
183947 TTAAAAAATAAATCTATTTATCG---AA---C---TAG-T-T-CCTATTTGAATAATTATGTATT
1 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * *
184000 TCAAATCACTATAACCTTTTGTGCTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCACATAAGCTTATTT
66 TCAAATCATTATGACCTTTTGT--TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
184065 GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAT
129 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * * * * * *
184118 TTAAAAAATAAATCTGTTT-GCTGAAGTAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTACCAAC
1 TTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
184182 TTCAAATCATTATGACATTTTTTTTTTGTTATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
65 TTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
184247 GAAATAAAATAATGCAAACTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGT
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184293 GATTTAAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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185 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
Found at i:183612 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 183580--183617 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
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1 AATATAT-TT-TAAATAAAT
183618 TCAAATAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
AATATATTTTAAATAAATA
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Alignment explanation
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184389 TAGAATAAAA
* * * * *
184399 TAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTATCGAACTAG-TCAAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAAATAGTTCAAA
* * * * * * * *
184463 TAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAT-TCTTAAAATTGTAATAACCTTTTGTTCTATCATAAAA
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * *
184527 CAATTATTTCTATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATACTACTAATCTAA
129 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
184579 TAATATTTCAAAAAGTAATAACTAAGAGAATTAAAATATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCAAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAAATAGTTCAAA
* * * *
184644 TATTTAAGACTATATTAGCAATTATCTATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTAG-TTTGT
65 TAGTTATGACTAT-TT-G--A--A-CAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-
* * * * * *
184707 TCAGAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAGTGAC---TTTAT
121 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA-T-ACTAATTTAT
* * * * ** *
184766 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTTAAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA-ATTGTTTATCGAAATAGTTCAAA
* * *
184831 TAATTAT-ACCTATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--G-T-TG--C-TATGTTTTGTCATTAAA
65 TAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * * * *
184887 GAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTAT
129 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
184939 TAATATTTCAAAAATTAATAAG----GGATTTACAAAATAAATCTGTTTAT-TAAACCAGTTTAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAAA-TAGTTCAA
* * * * * *
184999 ATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
185063 ACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAT
128 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * *
185116 TAATATTTCAATAACTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATGAATACGTTTATCGAAATAGATCACA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAAATAGTTCAAA
* * * * * *
185181 TAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAAG
65 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * *
185246 AATTGTTTC-AGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTAT
130 AATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * * *
185297 TAATATTCCAAAAATTAATAATTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-CAAAACAACTTTAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAAA-TAGTTCAA
* * * * * *
185361 ATTA-TTATGACTATTTGAACAATTATGTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAA
64 A-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
185425 ATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAATTAATACAAATTTAT
128 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
185478 TAATA-TT-AAGATAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTATCGAACACA-TTA
1 TAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAA-ATAGTTC
* * * * **
185539 AAATCA-TTATGGCTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATA
62 AAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
* * * * * * * * * *
185603 AAAACAATTCTTTTTGTTCGTACAAGGTTTTTTAGATTAAAATGATATTAGTTTAT
125 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * *
185659 TAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATATGTGTATCGAACA-AGTTCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAA-ATAGTTCAA
* * * * * * *
185723 ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTCTTATAATAAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * *
185788 AAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTT-GAA-ATAA-AATACTAATTTAT
129 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * * * *
185837 TAATATTCCTAAAATTAATGAGTGAGATAATTAAAAAATGAATCTGTTTA-CCAAACATGTTCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAAATA-GTTCAA
* * * * *
185901 ATAGTTATCATTATCTGAACAATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACATTTTG
64 ATAG------TTA--TG-AC---TATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * *
185965 TTTTGTCATAAAACAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTTATTTTGAAGAAAATAATA-TAAATTTA
116 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTA
186029 T
180 T
* * * *
186030 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATCTAAAAAA-ATATATGTTT-TCTTAACAT-GTTCA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATC-GAA-ATAGTTCA
* * * * *
186091 AATAGTTATGACTATTTGAATAATAATCTATCTCAAATCGTTATCACC-TTTGTTTTGTCATAAC
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * * * *
186155 ATAATTGTTTTTATTTATACTAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAAGTGA-
128 ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * * * *
186208 TAATA-TTCTAAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TGTTTTTCCCAAACCAATTTA
1 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTGTTTAT-CGAAA-TAGTTCA
* * * * * *
186271 AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAA
63 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
186336 ATAATTGTTTC-AGTTCATACATA-CTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
128 ACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAT
* ** *
186389 TAACA-TTCAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGCACA-AGT
1 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA-TTT-AAAAAATAAAT-TGTTTATCG-AAATAGT
* * * * * * *
186451 TCAAATAGGTATGACTATTTGAGCAATTATATATTTAAAATAGATATGACC-TTTGTTTTATCAT
60 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * ** * * *
186515 AAAACAATTGTTT-TAGTTCGTAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
125 AAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
186571 TAATATTTCCAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAATCAGTTTATCG-AATCAGTTCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTATCGAAAT-AGTTCAA
* * * * * *
186635 ATAATTAT-AGCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTATGTCATAAA
64 ATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
186699 ACAATTGTTTGTTTTTTGTCATACAAGCCTA-TTGGAGTAAAATAATACTAATTTCT
128 ACAATTG--T-TTCTAT-TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
186755 TAATATTTCAAAAA--ACATAAGTAGAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-C-CAA-A---C-
1 TAATATTTCAAAAATTA-ATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAAT-TGTTTATCGAAATAGTTCA
* * ** * * * * *
186811 --CA--T-TCACTATTTGAACTAA-TATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTGCTCTATTATAA
63 AATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * *
186870 AATAATTGTTTC-AGTTCATGTAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAA
127 AACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * * * *
186924 TAATATTCCAAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTGTC-AAAGCAATTCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA-AATTGTTTATCGAAA-TAGTTCAA
* ** * * * *
186988 ATAGTTAAGACTATAAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAA
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * *
187053 CAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
129 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * **
187105 TAATATTCCAAAAATTAATAAGT----GATTTCAAAAGTAAATTTGTTTAAGGAAATTAGTTCAA
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTATCGAAA-TAGTTCAA
* ** * * *
187166 ATAATTATGGTTGTGTCAACAATTATCTATTTCAAATC
64 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
187204 ATTTGGTCAT
Statistics
Matches: 2040, Mismatches: 448, Indels: 276
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.01
169 102 0.05
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174 2 0.00
175 4 0.00
176 3 0.00
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179 48 0.02
180 263 0.13
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Consensus pattern (180 bp):
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ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
Found at i:185660 original size:362 final size:356
Alignment explanation
Indices: 184408--189371 Score: 3108
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184398 ATAATCTTTC
* * * * * *
184408 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAATATAAATCTATTTATCGAACTAGTCAAATAGTTATGAC
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* * * * ** * * * * *
184473 TATTTGAACAATTGTAT-TCTTAAAATTGTAATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTC
65 TATTTAAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * * * * * *
184537 TATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATACTACTAATCTAATAATATTTCAAAAAGTAATAACT
129 TGTTCATACAAG-TTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-T
* * * **** * * *
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* * * * * *
184667 ATCTATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTAGTTTGT-TCAGAAAACAATTTTTTCAATTCA
251 A-CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT-TATCATAAAACAATTTTTTCTATTCA
* *
184731 TACTAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAGTGAC---TTTATTAATATTTT
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* * * * * *
184775 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTTAAATAATTAT-A
1 AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
184839 CCTATTTGAACAATTATCTATTTC--A--AGT-TG--C-TATGTTTTGTCATTAAAGAAATATTT
64 -CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
184896 TTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAAT
128 CTGTTCATACAAGTTT-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAT
* * ** * *
184958 AAGGGATTTACAAAATAAATCTGTTTATTAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAAT
192 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AAT
* * * * * * *
185022 TATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGC
256 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGC
* *
185087 TTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
321 TTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * * * ** * * *
185124 CAATAACTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATGAATACGTTTATCGAAATAGA-TCACATAGTCAT
1 -AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACA-ATTCAAATAGTTAT
* * * ** * *
185188 GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCTTAAAAGAATTGTT
62 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
185253 TCAGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
127 TCTGTTCATACAAGTTT-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * *
185318 TTTAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACAAAACAACTTTAAATTA-TTATGACTATTTGAACA
191 -TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
185382 ATTATGTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAA
254 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAA
* *
185447 GCTTATTTCGAATAAATTAATACAAATTTATTAATATT
319 GCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
185485 AAGATAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAGATAAATCTGTTTATCGAACACATTAAAATCA-TTAT
1 AA-A-AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACA-ATTCAAAT-AGTTAT
* * ** ** *
185549 GGCTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAAACAATTCT
62 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGT
* * * * * * *** *
185614 TTTTGTTCGTACAAGGTTTTTTAGATTAAAATGATATTAGTTTATTAATATTTTGACAATTAATA
126 TTCTGTTCATACAA-GTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
185679 AGTAAAAGATTTAAAAGATAAATATGTGTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATA
190 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
** * * * * * * *
185744 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTCTTATAATAAAAAAATTGTTT-TAGTTCATATA
254 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATACA
* *
185808 TGCTTATTT-GAA-ATAA-AATACTAATTTATTAATATT
318 AGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
185844 CCTAAAATTAATGAGT-GAGATAATTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACATGTTCAAATAGTTA
1 --AAAAATTAATAAGTAAAGAT--TTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACA-ATTCAAATAG---
* * *
185908 TCATTATCTGAACAATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTATAACATTTTGTTTTGTC
58 ---TTA--TG-AC---TATTTAAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
185972 ATAAAACAATTGGTTATGTTCATGCAAGCTTATTTT-GAAGAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
113 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-TT-TTTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * ** *
186035 TTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATCTAAAAAA-ATATATGTTTTCTTAACATGTTCAAATAGTT
175 TTCCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
186098 ATGACTATTTGAATAATAATCTATCTCAAATCGTTATCACC-TTTGTTTTGTCATAACATAATTG
239 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-
* * * * * * *
186162 TTTT-TATTTATACTAGCTTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAAAGTGA-TAATATTCT
303 TTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-T-T
* ** * *
186217 AAAATTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTT-TTTCCCAAACCAATTTAAATAGTTAAG
1 AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTATCAAA-CAATTCAAATAGTTATG
* * * *
186281 ACTA-TTAGAACAATTATATATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTT
63 ACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
186345 TCAGTTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
127 TCTGTTCATACA-AGTTTTTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-
* * * ** * *
186409 AACAAGAAATTTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGCACAAGTTCAAATAGGTATGACTATTTGAG
189 AATAAGAGA-TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
186474 CAATTATATATTTAAAATAGATATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCGTA
252 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTA-TTCATA
* * * * * *
186537 AAAACTTA-TCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTT
316 CAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * * ** * * *
186579 CCAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAAAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTAT-
1 -AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATG
* * * * *
186643 AGCCATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTATGTCATAAAACAATTGTT
63 A-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--
* * ** * * * * *
186708 TGTTTTTTGTCATACAAGCCTATTGGAGTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAA--AC
125 T-TTCTGT-TCATACAAGTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA-
*
186771 ATAAGT-AGAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-----C----A--T-TCACTATTT
187 ATAA-TAAG-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
** * * * * *
186823 GAACTAA-TATCTATTTCAAATAATTATAACCTTTTGCTCTATTATAAAATAATTGTTTC-AGTT
249 GAAC-AATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTA-TT
** *
186886 CATGTAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT
312 CATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
186931 CCAAAAATTAATAACTAGGAGATTTAAAAAATATATTTGTTTGTCAAAGCAATTCAAATAGTTAA
1 --AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-CAATTCAAATAGTTAT
* * * *
186996 GACTA-TAAGAACAGTTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT
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** * * *
187060 TTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TA
126 TTCTGTTCATACAAG-TTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
* * * * ** ** * ** * * *
187122 ATAAGTGATTTCAAAAGTAAATTTGTTTAAGGAAATTAGTTCAAATAATTATGGTTGTGTCAACA
190 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * *
187187 ATTATCTATTTC-AA-----AT---CATTTG----GTCATATAACAATCGTTTTT-TGATT-AGT
254 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT--TTTTTCT-ATTCA-T
** * * *
187237 -CAAG-TATATTAAGATTAAAATAACACTAATTTATTAATCTTT
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* * * ** * *
187279 CAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTGGTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTAT
1 -AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAATTCAAATAGTTAT
* * * * * * * *
187344 GACTATTTGATCAATTGTGTACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
62 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
187409 TTTGTTCAAACAAGCTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
127 TCTGTTCATACAAGTTTTTTA-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
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187539 CTATCTATGTCAAATCT-TTATGACCTTTTATTTTCTCATAAAATAACTTTTTCAATTCATACTA
255 TTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAA
* * *
187603 GCTTATTTGGAGTAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTT
319 GCTTATTTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TT
* * * * * * *
187642 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTATTTAGCTAACCACTTTAAATAATTATG
1 -AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATG
* * *
187707 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAATATTT
63 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
187771 TTGCTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAACT-TTTCAAAAATTAAT-A
128 CTGTTCATACAAGTTT-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCCAAAAATTAATAA
* * * * *
187834 T--GAGATTT-AAAAATAAATCTATTT-CTCAAACTAGTTAAAATAGCTATGACTATTTGAGCAA
191 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * * * *
187895 TTATTTATTTTAAATTGGTAT-GCTTTTTATTCTATTATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAG
255 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAG
* * * *
187959 CTTA-TTCAGATTAATATAATGCTAATTTATGAATATTTT
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** * * * * *
187998 AACTATTAATAAGTGAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGA-TCAAATAATCATG
1 AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC-A-ATTCAAATAGTTATG
* * * ** * *
188062 ACTATTTCAATAATTATCTATTTTAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT
63 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
188127 -TAGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA
128 CT-GTTCATACAAGTTTTTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * *** * * * * *
188191 TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATTGAATAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAATAA
191 T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * *
188256 TTATGTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAA
255 TTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTTTTTCTATTCATACAA
* *
188321 GCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
319 GCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
188359 AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATATAAATTTG-TTACCAAACAAGTTCAAATTGTTAT
1 AA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTAT
** * * * ** *
188423 GACTATTTGTATAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
62 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * ** * *
188488 TCTATTCATACAACCTTATTTGGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATT-TAGATAATTAATA
127 TCTGTTCATACAA-GTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATA
* * * * * * * * * *
188552 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACAACTTTAAATAATCATGACTATTTGAATA
190 A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *** * * *
188617 ATTACCTATTTCAAATCT-TTATGACCTTTTTTTTTATAACAAAACAATCGGTTCAACTCATATA
254 ATTATCTATTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACA
*
188681 AGCTTATTT-GAAGTAACATAATACTAATTTATTAATATT
318 AGCTTATTTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
188720 CCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATTTGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTA
1 --AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AATTTGTTTATCAAACAA-TTCAAATAGTTA
* * * * ** * *
188784 TGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAATATTTTGTTTT-TCATAAAATAATTGG
61 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* *
188848 TTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTA-AAGAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
126 TTCTGTTCATACAAG-TT-TTTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * * * ** * *
188911 TAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATGTTTTCTTAACATGTTCAAATAGATATGACTATTTGAA
188 TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
188975 CAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACCATTTATTTCTGTTCATA
252 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTT-TTTCTATTCATA
* * *
189039 CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTT
316 CAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* *** * *
189081 CAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGTGAGTTGAAATAGTTATG
1 -AAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAATTCAAATAGTTATG
* * * * * *
189146 ACTATTTAAAAAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTT
63 ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * *
189211 CTATTCATACACGTTTATTCATAATAAACTAGTACTAATTTATTAATA-T-AATAAAATTAATGA
128 CTGTTCATACAAGTTT-TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAAT-A
* * * * * * * *
189274 GTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATG-TTCATTTGAACT
190 ATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACA
* **
189338 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAATATTTTGTTT
254 ATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
189372 AAATTGTCCA
Statistics
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ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
TTCATACAAGTTTTTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT
TCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
Found at i:185927 original size:12 final size:12
Alignment explanation
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*
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1 ATTATCTA
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ATTATCTAAACA
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185926 TCTAAACAAT
** * * * * *
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*** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
186422 AAAAAAATAAATCTGTTTATCGCA-CAAGTTCAAATAGGTATGACTATTTGAGCAAT
127 AAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGAC-A--T-AAC-AG
* * * * * * * * *
186478 TATATATTTAAAATAGA-TATGACCTTTGT--TTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCGTAAAA
1 TATCTATTTCAAATA-ATTATAACATTT-TACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * ***
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1 TATCTATTTCAAATAATTAT-AACATTTTACTCTATCATAAAACAATTG--T-TTCAAT-TCATA
* ** * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
* * *
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* * **
186959 AAATATATTTGTTTGTCAAAGCAATTCAAATAGTTAAGACTATAAGAACAG
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* * * * *
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1 -TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG
* *
187075 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A--AG-TGATTT-CA
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* * ** ** * * * *** *
187135 AAAGTAAATTTGTTTAAGGAAATTAGTTCAAATAATTATGGTTGTGTCAACAAT
130 AAAATAAATCTGTTT-ACCAAAGCAATTCAAATAGTTA-AG--ACAT-AAC-AG
** * * *
187189 TATCTATTTC----AA--AT--CA-TTTGGTC-AT-AT--AACAATCGTTT--TTTGATTAGTCA
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-TA--CA
* * * * *
187239 AG-TATATT-AAGATTAAAATAACACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGAT
63 AGCT-TATTCAA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-CTAGAAGAT
* ** * * * * *
187301 TTAAAAAAATAAAT-TGGTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATCAAT
125 TTAAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAAGCAATTCAAATAGTTAAGAC-A--T-AAC-AG
* * * ** * ** * * * *** *
187359 TGTGTACTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGC
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
* * *
187424 TTATT-AGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTA-AGAGAATT-A
66 TTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAGA-AGATTTAA
* * * * * * *
187486 AAAAATATATTTGTTTGCCTAA-CTAGTTCAAATATTTAAGACTATGTGAACAAC
129 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAGC-AATTCAAATAGTTAAGAC-A--T-AAC-AG
* ** * * * * * * *
187540 TATCTATGTCAAATCTTTATGACCTTTTATTTTCTCATAAAATAACTT-TTTCAATTCATACTAG
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAG
*** * * * *
187604 CTTATTTGGAGTAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTT-
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* * * * * * * * * * *
187666 AAAAAATAATTTTATTTAGCTAACCACTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAAT
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAGCAATTCAAATAGTTAAGAC-A--T-AAC-AG
* * * ** * * * * **** * *
187721 TATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTTTTTTTTGTCATAAAACAAATATTTTTGCTCATATAAGT
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
* *** * *
187785 TTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAACT-TTTCAAAAATTAAT-A-T-G-AGATTT--A
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* * * * * * *
187843 AAAATAAATCTATTT-CTCAAA-CTAGTTAAAATAGCTATGACTATTTGAGCAAT
130 AAAATAAATCTGTTTAC-CAAAGC-AATTCAAATAGTTAAGAC-A--T-AAC-AG
* * *** * * * * * *
187896 TATTTATTTTAAATTGGTAT-GCTTTTTATTCTATTATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAG
* * * * * ** ** * *
187959 CTTATTCAGATTAATATAATGCTAATTTATGAATATTTTAACTATTAATAAGT-GAA-ATATTTA
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* * * * * *
188022 AAAAATAAATATGTTTACCAAA-CTAGA-TCAAATAATCATGACTATTTCAATAAT
129 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAGC-A-ATTCAAATAGTTAAGAC-A--T-AA-CAG
* ** ** * * * * * *
188076 TATCTATTTTAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTAGTTCATATAAG
1 TATCTATTTCAAATAATTAT-AACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG
* * *
188140 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTT-A
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* * *** * * * * * * *
188203 AAAAATGAATCTATTTATTGAA-TAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAATAAT
129 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGAC---AT-AA-CAG
* * *** * * * * * * *
188257 TATGTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTCTATTCATACAAG
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAG
* * *
188322 CTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
65 CTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAACTAGAAGATTT
* * * * *
188384 -AAAATATAAATTTG-TTACCAAA-CAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGTATA-AT
127 AAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGAC-A----TA-ACAG
* * ** * * ** * * * *
188438 TATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAACC
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
*** * ** * * * * * *
188503 TTATTTGGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATT-TAGATAATTAATAAGTAAAAAATTT-TA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAACTAGAAGATTTAAA
* * * * * * * *
188566 AAAATAAATATGTTTACCGAA-CAACTTTAAATAATCATGACTATTTGAATAAT
130 AAAATAAATCTGTTTACCAAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGAC-A--T-AA-CAG
* ** * * ** * * * * * * *
188619 TACCTATTTCAAATCTTTATGACCTTTTTTTTTATAACAAAACAATCGGTTCAACTCATATAAGC
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
** * * * * *
188684 TTATTTGAAGTAACATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTA-AGAGAATTAAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAGA-AGATTTAAA
* * * * * * *
188748 AAAA-GAATTTGTTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAAT
130 AAAATAAATCTGTTTACCAAAGCAA-TTCAAATAGTTAAGA-CA--T-AAC-AG
* * * * * * ** *
188800 TATCTATTTCAAA-ACATTATAATATTTT-GTTTTTCATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAG
1 TATCTATTTCAAATA-ATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAG
** * * *
188863 CTTATTTTAAAGAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTA-AA-AATTAA
65 CTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAA
* * ** * * * *
188925 AAAAATAAATATGTTTTCTTAA-CATGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAAT
129 AAAAATAAATCTGTTTACCAAAGCA-ATTCAAATAGTTAAGAC-A--T-AAC-AG
* ** * ** * * * * * **
188979 TATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCATTTATTTCTGTTCATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATAATTATAACATTTTACTCTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGC
* * * * * *
189044 TTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTT-AAA
66 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACTAGAAGATTTAAAA
*
189108 AAATAAATTTGTTTA
131 AAATAAATCTGTTTA
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Statistics
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Indices: 187252--189359 Score: 1602
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187242 ATATTAAGAT
* * * *
187252 TAAAATAACACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTG
1 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTT
* * * * * * * * *
187317 GTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGATCAATTGTGTACTTCAAATCGTTATAAC
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* * * * *
187382 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCAAACAAGCTTATTAGGAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * *
187434 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATATATTTG
1 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * *
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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130 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * *
187795 TAAAATAATACTAATCTATTAACT-TTTCAAAAATTAAT-A-T--GAGATTT-AAAAATAAATCT
1 TAAAATAA-AATAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * * ** * *
187970 TAATATAATGCTAATTTATGAATATTTTAACTATTAATAAGTGAA-ATATTTAAAAAATAAATAT
1 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
188151 TAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCT
1 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * * ** *
188215 ATTTA-TTGAA-TAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAATAATTATGTATTTGAAATCGCTATA
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* * * * *
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127 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* *
188333 TAAAATAATACA-AATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATATAAAT
1 TAAAATAA-A-ATAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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1 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
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64 GTTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGAC
* * * * * * *** * *
188642 CTTTTTTTTTATAACAAAACAATCGGTTCAACTCATATAAGCTTATTTGAAG
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
188694 TAACATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAATTT
1 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTT
* * * * * * * *
188758 GTTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAA
64 GTTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA
** * * * *
188822 TATTTTGTTTT-TCATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTAAA
128 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * * *
188874 GAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATATG
1 TAAAATAAAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * *
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* * * **
189002 CTTTTGTTTTGTCATAAACCATTTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * *
189054 TAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGGTTTAAAAAATAAATTTG
1 TAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * * * *
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65 TTTACCTAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGAC
* * * * * *
189183 CTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACACGTTTA-TTCATAA
129 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AA
* * * * * * *
189235 TAAACTAGTACTAATTTATTAATA--TAATAAAATTAATGAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 TAAAATA-AAATAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
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64 GTTTACCTAACTAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCTTTAT
189360 AATATTTTGT
Statistics
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Alignment explanation
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190035 CTATGAACTT
* * * *
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* ** ** *
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* * * * * * * **
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* * * *
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* *
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* * *
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*** *
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* * *
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*
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** * * * * *
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* * * * **
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* ** *
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * *
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* *
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** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * * * * * * *
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315 ATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAACA
* * * * * * * **
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* *
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* * *
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508 TTATTTT-ATTCAAAATAAGCT-TTTATGAATAG
* * * * *
191668 AAACAATTGTTTAACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * *
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* * *
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* *
191862 ATGACAAAACAAAAAATTATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTTATAACTATTT-A
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* *
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* * * * * * *
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* * * *
192055 ACAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAAC-GTGTTTAG
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* * **
192119 AAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-AGTTAT
448 TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATA-TTAT
* * *
192183 TTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAA
512 TTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* *
192211 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * ** * *
192276 GATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTTTTACTTAATAATTTTTA
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
* * * * * *
192341 GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAATCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTT
131 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT-GACTAGAAACAATTGTTTT
** * * *
192405 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AGTTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGT-TATGACTATTT
195 ATGACAAAACAAAAAATCATAACTA-TTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTCTA--ACTATTT
* * * * *** *
192468 AAACTT-G-TT-CAATAAACAAATTTATTTTTAAAATC-TGTACTTATTAATTGTCAAAATATGA
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* ** * * * * *
192529 AGAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGGTTGTATGAACAAAAACAATTATT-TCATGACAAA
319 ATAAATTAGCATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTAT-ATAACAAA
* * * *
192593 ACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TGTTCAAATAGTCCATAACTATTTGAA-TTTGT
382 ATAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAACTGTGT
* ** * **
192656 TTGT-AATAGA-TTA-TTTTTAAATCCTTACTTA-TAATTGTTT-GAATATTAATAAATTTGCAT
445 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTTATAT
* ** *
192716 TGTTTTATTTGAAATAAG-TTTGTATAAATAG
509 TATTTTATTCAAAATAAGCTTT-TATGAATAG
* * * * * * *
192747 AAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGTGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA-A
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * * *
192811 TCATAAATATTTAAACTTGTTTG-GAAACAGATTCATTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTT
66 -CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
* * * ** ** * *
192871 GGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAATAGAAACGATTGTTTT
130 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTGTTTT
* * * *
192936 ATGATAAAA-ATAAAAGATCATAA-TGATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAACAATTATAACTATT
195 ATGACAAAACA-AAAA-ATCATAACT-ATTTGAAAAA-ATAATTATTCAAAC-AGTCTAACTATT
* * * * * **
192999 TGCAC-T-G-GTG--AAGCCAACAGTTTCATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTCTAAAATA
255 TGAACTTAGCTTGCTAA-ACAA-A-TTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * * * *
193059 TTAATAAATTAGCATTATTTTTATTCCAAATAAG--AGTGTGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
316 TTAATAAATTAGCATTA-TTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAAC
* * * * * * *
193122 AAAACGAATGATCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAGTAATTGAACTAG
379 AAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G
* * *
193187 T-TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA
442 TGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
* * *
193251 TATTATTTTATT-ACGAACAA--TCTTAT--AT-G
506 TATTATTTTATTCA-AAATAAGCTTTTATGAATAG
** * *
193280 -AAC------------A-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA-TTAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * ** * *
193330 CATAATTATTTGAACTGGTTTGGCAAACATAA-TTAATTTTTAAATCTCTTA-C--TT-A---TT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
* * * * *
193387 -GAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAAT-AACTTAGTAAGAACT-GAAAAAATTATT
130 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-GTATG-ACTAGAAACAATTGTT
* * ** * * *
193449 TTACGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCA-T-TAACTAT
193 TTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATTCA-A-A-CAGTCTAACTAT
* * * * * * * * *
193512 TTCAA-TT-GGTTCACCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTGATTTTTAGAATATT
254 TTGAACTTAGCTT-GCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * * * * * *
193575 ATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTATATGGAGAGAAATAATTGTTTTATGATAGA
318 AATAAATTAGCATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATAT-A-ACA
* * * * * * * *
193640 ACA-AAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATGCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-AGT
380 AAATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGT
* * * * ** * *
193703 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAGATCTCCTACTTATTAGTTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGT
445 TAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-T
*** *
193767 ATT-TTTTATTTTCAATAGGCTTGTGTGATGAA-A-
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* * * *
193800 AAA-AATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGTTCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTTAAAT-GA
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* ** * * ** * *
193862 CCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCT-ATAATTGATCAAATTT
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* * *** * * * * * * *
193926 T-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTAAGAATTGGAATAATTGTT
129 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTGTT
* * * * * * * * * * *
193990 TTATGATAAAATAAAAAGTCAAAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATAAATATTT
193 TTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTATTT
* * * * * * * ** *
194055 GAACTT-G-TT-C--GATATATTGAATTTTTTTAATTTTTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAA
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* * * * * ** * * *
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* ** * * * *
194180 A-AAATG-TCAAAATGATTTGAAAT---T--TT-TTCAGTAAATAG--ATTTA-TTTTTCAAAAT
382 ATAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC---AAATAGTCA-TAACTATTT-GAACT
* * ** * * ** * * *
194234 CTCTTTCTTATTA-ATTT-TCTAAATGTTAATAAATTAGTA-TTAATTTATTCTGAATAAGT-TT
441 GTGTTAGTAAATAGATTTAT-T---T-TT--TAAATTTTTACTT-ATTAATTTTTAA-AA-TATT
* * * * * * * ** * *
194295 ATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAAAATGATTTG
496 A-ATAAATT--TA-TATTATTTTAT-TC-AAA-ATAAGCTT-TTATGAATAG
* **** * * * * * * * *
194347 AAATCGATAATTGTTATAATAGTTTTAAC-CAA-TTGA-ACTGATTTCGTAAACAAATTTATTTT
1 AAA-C---AATTGTT-TTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT-G-AAATAGA-TAATTAT
* ** * * ** * *
194409 TTAAAT-CTC-TTACT-TATT-AA-TT-TTTGAAATAGTATTAAATTAGTATTATTTGAA--T-C
57 TCAAATAGACATAACTAT-TTGAACTTGTTCG--ATA--AACAAATT--TATTTTTTAAATCTCC
* * * * * * * ** *** *
194465 -A--AAATAAGCTTTTACAA-A-CAAAACAATT-GTTTTATGATA-AGAAAAGGTCAAACAAT-T
115 TACCTATTAA-TTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTCAAA--T-AAAC-TTGT
* * * * ** * ** * ** *
194522 -TGAAATAG--ATAATCG-TTTAT-A-GAGTCTTAACTAT-TTGAACTACTTTG-GCAATTAGAT
174 ATG-ACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAAATCAT-AACTA-TTTGAAAAAATA-A-
* * * * * * * **
194579 TTATTTATTA-A-T-T--TTCTTTG---TTAG-TATG-T-TACAAA-ATA-TTATTAAAT-TAGT
233 TTATTCA-AACAGTCTAACTATTTGAACTTAGCT-TGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* ** * * * * *
194630 A-TTATT--TTATTCT-GAATAAAATAGTATAAACAAAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAGAG
296 ACTTATTAATT-TT-TGGAAT--ATTA--AT-AA-ATTAGC-ATTATTTTAT-TC-GAAT-A-AG
* * *** * ** * * *
194691 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-T--C-AAAT--AG-TCAAAACTATTTGAAAT-GGT-
348 CTTGT-ATGAACAGAAACA-ATTGTTATATAACAAAATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * * * * *
194747 -TTGGT-AAACAG--ATTTACT-TTTTAA----ATCACTTACT-GATTAATTTTCTAAA-TATTA
411 ATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGTGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTA
* * * * * * *
194801 ATAAATTAGTATTATTT--TATTTTGAACAAACTTATATTA----A--CAAAAGCAATTG-TTTT
475 CT-TATTA--ATT-TTTAAAATATT-AATAAATTTATATTATTTTATTCAAAA-TAA--GCTTTT
*
194857 ATG-ACA-
532 ATGAATAG
** * * **** * *
194863 AAACAAAAAGTAATAAT-A-ATTTGAAATA-G--ATAAT--TGTTCAAATAGTTATAATTAATTG
1 AAAC-AATTGT-TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGAT-TTGAAATAG--ATAATT-ATTC
* * * ** * * * * * *
194921 AACTGGTTCAATAA--A-GAGAATTATTTTC--TAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATAT-
59 AAATAG-AC-ATAACTATTTGAACT-TGTTCGATAAA---C-AAATT-T--ATTTTTTAAATCTC
* *** * ** * * * * ** * *
194980 TTATAGATTAGTTTATT-CTAT-TTCAGATAACCTT-GTATGAGTTGAAAT--AAT-TA-TTTTA
114 CTACCTATTAATTT-TTAGAATATT-A-ATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTA
* ** * * ** ** * * * * * **** *
195038 TGAC-AAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTAT-TC-ATAT--AGTTTTAACTA
175 TGACTAGAA-ACAATTGT-TTTATGA--CAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAAAAATAATTA
* ** * ** ** * * * ** * * *
195097 GTGGAACTGT-TCGGC-AAATGGATTTA-TTTTTTAAATC--TTTTAGTTTTT-AA--TTTT-CA
236 TTCAAACAGTCT-AACTATTTGAACTTAGCTTGCTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
* * ** * * * * *
195153 AAAT-ATTACT--AA-ATTAGT--ATTA-CTTTATTTTGAAT--AA---GCTTGTATCAATAGAA
299 TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAA
* * * * * *
195206 ACAATTGTTTTATGATAAAACAAA-ATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
363 ACAATTGTTATATAACAAAATAAAGA--TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
195270 ATAACTATTTAAACT-AG-AACGGTAAATATATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAGTTCTTG
426 ATAACTATTTGAACTGTGTTA--GTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
195330 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAGGCTTGTATG-TTGAA
489 AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATGAAT-AG
* * * * * *
195381 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * * *
195446 CATAATTATTTGAAC-TGATTC-AGTGAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
* * * *** * * * *
195509 CAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTA-AAACAATTTTT
129 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT-GACTAGAAACAATTGTT
** * ** ** ** * * * * * *
195573 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG--AACTTGTTTGGT-AAAGAAAT-TTATTTTTTC
193 TTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAAAAATAATTATTCAAA-CAGTCTAACTATTTG
* * ** * * * * * * * *
195634 AA---ATC-T-CT-TACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGT-ATTATTT--TATTTTG
257 AACTTAGCTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT--TTACTTATTAATT-TTTGGAATATT-
* * * * * * ** * * * ** * ** *
195690 AATAAGTTTGTATGAATTGAAAC-AATTA---TATATG-AC-TAAACATAAGGTCA-A-AATGAT
318 AATAAATTAGCATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTATATAACAAA
* * * ** * ** * * * **
195747 TTGAA-ATAGATAATTATTCT--AATAG-T-CTT-AAC-TAT-TTGA--ACTGGTT----TG-G-
382 ATAAAGAT-CATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGT
* ** * * ** * ** * * * *
195796 CAAAAACT---TTTCTTTTTTAAATCTCCTA-TTGACT--TTTGGAATATTATTAAATTAGTAT-
445 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT-ATTAATTTTTAA-AATATT-AATAAATTTA
** * * * **
195854 TA-T-TTTTA-TCCGAATGAGCTTGTATAATCAG
506 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * ** * * * * *
195885 AAAGAATTGTTTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * * ** * * *
195949 CATAACTATTTAAACTGGTTTGAAAAATAGCTTT-TGTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTG
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
* *** * * *
196013 A-AATATTAAT-AA--AG---TA--GTATTTCAAA-AGTGTTTTTATGAACT-GCAACAATCGTT
130 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AACTTGTATG-ACTAGAAACAATTGTT
* * ** * * * *** * * *
196067 TTATAAAAAAACCAAAAGGTTATAA-TGACTTCAAATAGCCAATT-TTCAAATAGCCAAATCTAT
193 TTATGACAAAA-CAAAAAATCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTCTAA-CTAT
* * * * * * * * * * *
196130 TTG-AGTT--C--GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATGTCTTGCTCACTAATTTTTTGAATGTT
254 TTGAACTTAGCTTGCTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * *
196190 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAACTGAAATAATTATT-TGATGACTA
318 AATAAATTAGCATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTAT-ATAAC-A
* * * *
196254 AACA-AAAGGTCAAAACAGTTTGAACTAGATAATT-TT----TAG-C--AA--A----AAC----
380 AA-ATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG
* * ** *
196300 --A-T---T---TAT-TTTTTTAAATCTCTTT-CTGATTAATTTTTTGAATATTATTAAA-TTAG
444 TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-
** * * *
196353 TATTATTTTAATT-TGAATATGCTTATATGGAA-AT
506 TATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTTTAT-GAATAG
* * * ** * * *
196387 AAACAATTTTTTTATGATAAAACAAATA--TCTTAATGATTTGTGATAAATAATTGTTTAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * *
196450 TCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGGT-AACAAATTTAGTTTTTACATCT-CT---TATTAATTTT
65 ACATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
* * * * ** * *
196509 CAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGAATGAAC-AGAAACAATTTT
129 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATG-ACTAGAAACAATTGT
** * ** * ** * * *
196572 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATT
192 TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTATT
* * ** * * * *
196637 TGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAGTTTTTAGAATTTTAA
255 TGAACTTAGCTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * * * * *
196701 TAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
320 TAAATTAGCATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAACAAAA-
* * * * * *
196766 AAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACT-TGTTCG
383 TAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTT-A
* * **
196830 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATT
447 GTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TATT
* * * *
196894 ATTTTATTTC-GAATATGCTTGTATGAACAG
510 ATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * *
196924 AAACAATTGGTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAACAT-G-T--TTA--GAAGGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAA-AT
*
196982 AG--AT--TTATTT----TT-TT-G-------AA---A-TTTTT--AT-T--TA-C---TAATTT
63 AGACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT
* * * * * *
197017 TT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATACGAAC-AAAAATAATT
128 TTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-ACTAGAAACAATT
* ** * * * *
197079 ATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAA-TGATTTGAAATAGAA-AATTGTTTAAATAGTCTTAAC
190 GTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTGAAA-A-AATAATTATTCAAACAGTC-TAAC
* * * * * * * *
197142 TATTTAAACTT-GTTTGATAAA-TAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAAT
251 TATTTGAACTTAGCTTGCTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT
* * * * *** * * * * * **
197205 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-CCTATATGAATTTATATAGTTGTTTTTTATG
315 ATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAAC
* * * * *
197269 AAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACT-T
379 AAA-ATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * * * *
197331 GTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATGTTAATAAATTAA
443 GTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
* * *
197396 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
506 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * *
197430 AAATAATTGTTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAAT-AGTTTGAAATA-A-AA-TAAT--AAT-G
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * ** *
197488 TCATAACGATGTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTAT
65 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCCTACCTATTAATT-T
* * * ** * * * *
197553 TT-TAATAAGT-ATAAAGTTA-TATTATTTTATTTGAAATAGGCTTGTATAAATAGAAAAAATTA
128 TTAGAAT-ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTG
** * * * * * * **
197615 TTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTAT
191 TTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTAT
* * * * *
197680 TTAAACTT-G-TT-CAGTAAACAAA-TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATAT
254 TTGAACTTAGCTTGC--TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
* ** * * *
197741 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAATAAACTTATATGAA-AGAAACAATTCTT-TAATAACAA
317 TAATAAATTAGCATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTAT-ATAACAA
* * ** * * * * ** *
197804 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGCA-AATTATTCATATAGTCATGACTAATTGGTCTAT
381 AA-TAAAGATCATAACAATTTGAAATA-G-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * *
197868 -TTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAA---ATATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAA-TTAG
443 GTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-
* *
197927 TATTA----A-TCCAAATAAGCTTTTATGAACAG
506 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * * *
197956 AAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGCCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TATCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAG
* * * * * *
198020 TCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATTTATTTTTTAAATCT-CT---TATTAGTTTT
65 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
* * ** * * * * *
198081 T-GAAATGTTAATAAATTTGTATTACCTTA-TTCTGAACAAACTTATATGAAC-AAAAAC-ATTT
129 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATG-ACTAGAAACAATTG
* * * * *
198142 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
191 TTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTA
* * * * * *
198206 TTT-AAATT-GGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTTAATC---T-CTTATTAATTTTTGCAATA
253 TTTGAACTTAGCTT-GCTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* ** * ** * * *
198264 TTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TCATGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGA
316 TTAATAAATTAGCATTATTTTATTC--GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTGTTATATAA
* ** * * * *
198327 CAAAACAAA-ATGTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTT-ATTATAGTCTTAAATATTTTGAG
378 CAAAATAAAGA--TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA-TTTGAA
** * * * * * *
198390 CTG-GTTTAACAAACAAATTTA-TTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAG
439 CTGTG-TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * *
198452 A-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTGTGAACAG
501 ATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * * ** * * * * *
198491 AAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * *
198556 CATAACTATTTAAAC-TGATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
* * * * * * *
198619 T-GAAAAATTAATAAATTGGTATCATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGAATGA-TA-AAA-AATGTT
129 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGACTAGAAACAAT-TG
* ** * * * * * *
198679 TATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAA-TGGCAATAA
191 T-TT-TATGACAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC--TAA
* * * * * * * **
198742 TTATTTGAAAC-GA-TTTGTTTAACATATTCACATTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAA
250 CTATTTG-AACTTAGCTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
* ** * * ** ** * *
198801 TATTAATAAATTTGTGTCATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AAGTTGAAATGATTGTTTTATG
314 TATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTATATA
* * ** * * * *
198865 ACAAAACAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTAGTCTTAATTGTTTGAATT
377 ACAAAA-TAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
198929 GT-TTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAA-T
441 GTGTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * *
198992 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACT-G
504 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAA-TAG
* * ** *
199029 AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTTGTAATGATTTGAAATAGGTAATTATTC----A-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
199089 A-ATAA-GAGTTG-----GTTC-AGTAAACAGATTTATTTTCTAAATCTCCTA-CTCATTAATTT
65 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT-ATTAATTT
* * * *
199145 TT-GACATATTAATAAATTAGTATGATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGA-TGAAAAACAATT
128 TTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGACT-AGAAACAATT
** * * * * * * * * *
199207 GTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTGACATAGCCATAAGTA
190 GTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTA
* * * * * * * * *
199272 TTTGAGC-TA-ATTCGGTAAATAGATTCA--CTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTTTTAGAATA
253 TTTGAACTTAGCTT-GCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* ** * ** * * * **
199332 TTAACAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAGCAATTATTTTATGTCA
316 TTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAACA
* * * * * * * *
199397 AAACGAAAGGTCATAATAGTTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTG
380 AAA-TAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG
* * * *
199461 TTTAGAAAATATGATTTATTTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TT
444 -TTAGTAAATA-GATTTA-TTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTT
****
199525 AGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-G
505 A-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAA-TAG
** ** * *
199561 AAATGATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAG
* * * * ** * *
199624 TCATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAACAAATGTATCTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAAGTTT
65 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTT
** * * * * * *
199689 TT-GAA-AGTTAATTTATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-TATTAAACAAATA
128 TTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGACTA-GAAACAATTG
* * ** * * * ** * *
199751 TTTTATAACTAAA-AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTGTAATAGTTTTAACTAT
191 TTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAG-TCTAACTAT
* * * * * *
199815 TTAAAC-TAGTTTGTTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCT-AAATATT
254 TTGAACTTAGCTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATT
* * * * * * * **
199878 ATTAAATTAGTATTATTTTTAATCGATTAAGCTTCTATGATA-AGAAACAATTCTTTTATGGCAA
318 AATAAATTAGCATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTATATAACAA
* * * * ** * * *
199942 AACAAAGATCATAACAAATTGAGATTGATAATCATTTAAATTGTCATAACTATTTAAACTG-GTT
381 AATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTGTT
* * * *
200006 TGATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTA
446 AG-TAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-TA
* * * *
200070 TTATTTTACTTC-GACTAAGCTTGTATG-ATAAA
508 TTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATGAAT-AG
* * * *
200102 AAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * * * * *
200166 CATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTATTAAATCTCTTACTTATTGA-TTTT
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
* ** * * * *
200229 AGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCCTTATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTT
130 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTGTTT
* ** * * * * ** * * * *
200293 TATGACAAAAGAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGACAGTTGGTCATATAGTAATAAGTATTT
194 TATGACAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGT-CTAACTATTT
* * * * *
200357 GAACTT-G-TT-CAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTT-CTTTTTAATTTTTTGAATGT
256 GAACTTAGCTTGC--TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
* * * * * *** * *
200418 TATTAAATTAGTATTAATTTATTTTGATTAAGCTTGTATGAAGTTAAACAATTGTTTTATGACTA
317 TAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAAC-A
* * ** ** * *
200483 AACA-AAAGATGAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATAATAGTGTTAACCATATGAACTG-
380 AA-ATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * * *
200545 GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTTG
443 GTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA
** * *
200610 TATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATATGAACA-
506 TATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* * ** * * * * *
200643 AAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACGATTAGAAATTGATAATCATTCATATA-A
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * ** ** * * * *** * *
200707 TCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCAACAATTAGGTTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTCTTAAGTTT
66 -CATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
* * * * * * * *
200770 CAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATGGTATGGA-TAGAACCAACTGT
129 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTAT-GACTAGAAACAATTGT
* ** * * * * * * * *
200833 TTGATGACATGATAGAAGATTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAACTAT
192 TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTAT
* * * * * * * * * * * *
200897 TTGAA-ATGGTTTGGTAAATAGATTTACTTTTTAAATGTCTCACTGATTAATTTTCT-AAATATT
254 TTGAACTTAGCTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGGAATATT
** * * * * *** * *
200960 AATAAATTATTATTATTTTATTTCAAAT-AGACTTTATATGCACAAAAACAACCATTTTATGACA
318 AATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAAG-C-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAAC-
* * * * * * * *
201024 AAAACAAAAAGTAATAATAATTTAAAATACATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAACCG
379 AAAATAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTG
* * * * * *
201088 -GTTTAGTAGAA-AGAATTATTTTTTAAATCTCTTAC--A--AAATTTTGAAATGTTAACAAA-T
442 TG-TTAGTA-AATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* *** * * *
201146 TAGTTTTATTTTATTTTGAATAAACTTATATGAGCT-G
504 TA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGA-ATAG
* * * * * ** * * * *
201183 AAATAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTTATACCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCACATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * * * ** * *
201248 CTTAACTATATGAAC-TGCTTCAACAAACAAACTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATCAATTTTC
66 CATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
* * ** * * *
201312 AAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACGTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTT
130 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-ACTAGAAACAATTGTTT
* * ** * * *
201376 TATGATAGAACAAAAGGTTATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
194 TATGACAAAACAAAAAATCATAACTA-TTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTATTT
* * * * *
201440 GAAC-TAGTTTAG-TAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTACTAATTCTT-GAAAATTAA
256 GAACTTAGCTT-GCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * *
201498 TAAATTAGCATT-TTGTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAA-A-AAA-ATTTGTTTTATGACAA
320 TAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTA---TGAACAGAAACAATTGTTATATAACAA
* ** * * * * **
201559 AA-AAAGGA-AATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA-CGACCA-AAGTATTTGAACCAAT
381 AATAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTGT
** * ** *
201620 -TCGGTAAA-ATGATTTATTTTTTAAA--TTT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAACGTAAT
443 GTTAGTAAATA-GATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAT
** ****
201680 CCTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-
507 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAA-TAG
* * * ** * * * *
201713 AAAAAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGTTCATACCGATTTTATATAGATAATTGTTGAAATA-A
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * ** * * *
201777 TCATAACTATTTGAACATGTT-TAGTAAACAGGTTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
66 -CATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTT
* * * * * *
201841 TTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTAT
128 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-ACTAGAAACAATTGT
* * ** * * * * * *
201905 TTTAAGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCCAATC-GTCTTAACCAT
192 TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATT-CAAACAGTC-TAACTAT
* * * ** ***
201969 TTAAAC-T-GATT-CAACAAACACGTTTATTTTTTTAAA-CTTTTACTTATTAATTTTCAAAATA
254 TTGAACTTAGCTTGC--TAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
* * * ** * * *
202030 TTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTTTTTTATGAC
316 TTAATAAATTAGCATTATTTTAT-TC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAAC
* * * * * *
202094 AAAACAAAGATCATAACAATTTAAAATTGATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTG-G
379 AAAATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG
** * * * * * * * * *
202158 TTCAAAAAATAGCTCTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTAATAATCTTTGAAATATTAATAAAGTAAT
444 TT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAT
* *
202223 ATTATTTTATTTC-AGATAAGTTTTTATGAACT-G
507 ATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATGAA-TAG
* * * *
202256 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * *
202321 CATATCTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTT
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT
* * * * * * *
202382 -GTAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTA-TTC-TATAGAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAT
130 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AA-CTTGTATGACTAGAAACAATTGT
* ** * * * *
202444 TTTATGACCAAACAAAAGGTTC-GAAC-ACTTTGAAATAAATAATGATTCTAATAGTCTTAACTA
192 TTTATGACAAAACAAAA-AATCATAACTA-TTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTA
* * * * * * * *
202507 TTTGAAC-T-GGTTAGACAAAACACATTTATTTTTT-TAT-TATAAATTAGT-ATTATCTT---A
253 TTTGAACTTAGCTT-G-CTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGGAA
* * * * *
202564 -A-T-CTAAA-TA--AGT-TTTTA-T-GAA-AA------A--AA-A-AAACAACTGTTCTATGAC
314 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAAC
* * * *
202609 AAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG-
379 -AAAATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
* * * * * * *
202673 GTTTGATAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTCATTGATTTTTAAAATATTAATAAA-TCAG
443 GTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTA-
* ***
202734 TATCATTTTATTTTGAATAA--TTATGTATGAATAG
506 TATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-T-TATGAATAG
** * * * *
202768 AAACAATTGTTTTACAACAAAAAGAAAAGATCTTAATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-G
1 AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * *
202832 AACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTGTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
65 -ACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
* * *
202897 CAAAATATTAATAAATTAGTATTA---T-TTT---AT----TTG---GA-AAGAAACAATTGTTT
129 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * *
202947 TATGGCAATATAAAAGATCCATAACTATTTGAAATAA-AATTGTTCAAGCAATCATAACTATTTG
194 TATGACAAAACAAAAAAT-CATAACTATTTGAAAAAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTATTTG
* * * * * *
203011 AGCTT-GCTAGATAAATAAA-TTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTGATTTTTGAAATATTAAT
257 AACTTAGCTTGCTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
** * * * *
203074 AAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTCTATGAACAGAAACAATTGGTT-TATGACAAAAA
321 AAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT-GTTATAT-A-ACAAA
* * * * * * *
203138 AAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTACTTGAAC-GTGCTC
382 ATAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTG-TT
* * * * *
203202 AGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTA
446 AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATATTA
* ** * *
203267 TTTTTTTTGGAAA-AATCTTATATGAA-AG
511 -TTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* ** *
203295 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * * * * * *
203359 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTA-CTCCTTAACTTT
65 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCT-ATTAATTTT
* * * * * * ** *
203423 TAGAATATTAATAGATATA-TATTATTTTATTCCGAATAAGCCTATAAAACTAG-TACAATTGTT
129 TAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTGTT
* ** ** * * *
203486 TTATAATGAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGT-TATGACTATT
193 TTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTCTA--ACTATT
* * * * * * *
203550 TGGACTT-G-TTCGATAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCT-AAATATT
255 TGAACTTAGCTT-GCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGGAATATT
** * * * *
203612 AATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAACAATT-TTTTATGACAA
318 AATAAATTAGCATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTATATAACAA
* * * * * * *
203676 AACAAAAAGTCATAA-AATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-TAT
381 AATAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-G
* * * * *
203739 TTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTTT-GAATATTAACAAATTTGT
444 TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTTAT
*
203803 ATTATTTTATAT-AAAATAAGCTTGTATGAATAG
507 ATTATTTTAT-TCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* * *
203836 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
* * * *** * * *
203901 A-ATAAACTATTTGAACTTGTTTGGTGAACCGGTTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 ACAT-AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
* * * * **
203965 T-GAAATAATAATAAATTAGAATTATGTTT-TTAT-GAATAAGCTTGTACAAAC-AGAAACAATT
129 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATT-TCAAATAAACTTGTA-TGACTAGAAACAATT
* * ** * * *
204026 GTTTTGTGATAAAACAAAATGTTATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCACAACT
190 GTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACT
* * * * * * ** *
204090 ATTTGTA-TTGGTCATAC-CAACAAATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATA
252 ATTTGAACTTAG-CTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
** * * * *
204153 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGAC-TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC
316 TTAATAAATTAGCATTATTTTATTC-GAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAAC
* * * * * * *
204217 AAAAAAAATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGGT-ATAAATAATTGACCTA
379 AAAATAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACT-
** * * *
204281 GT-TTAGTAAGCAGATCTAGTTTTT-AATTCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
441 GTGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * *** * * * *
204344 AATATTACTTTATTTTGAATAAACTTATT-TAAACAA
504 TATATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-TTATGAATAG
* * * * *
204380 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * ** * ** * * **
204445 CATAATTATTTCAACTAATTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACAAATTAATTTTT-
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
* * * * *
204509 GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTTGAATAAGGTAGAATTATGTTTTTATGAATAAGC
131 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT-CA-AA--TA-AACT-TG----TATG----A-C
* * ** *
204574 TTGTACGAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGGT-ATAA-TGATTTGAAATAGATA
179 ---T------AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AATCATAACT-ATTTGAAA-AAATA
* * * * * * * * **
204637 ATTGTTCAAACAGTCACAACTATTTGCA-TTGGTCATAC-CAACAAATTCATTTTTTAAATCCAT
232 ATTATTCAAACAGTC-TAACTATTTGAACTTAG-CTTGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * * *
204700 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAAAC-TATATGAA
295 TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTC-GAAT-AAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
204764 AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
358 CAGAAACAATTGTTATATAACAAAATAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * **
204829 AGTTATAAATAATTGACCTAGT-TTAGTAAGCAGATTTATTTTTT-AATTCTCTTACTTATTAAT
422 AGTCATAACTATTTGAACT-GTGTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATT-T-TTACTTATTAAT
* * *** * * * *
204892 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTGAATAAACTTATT-TAAACAA
484 TTTTAAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTT-TTATGAATAG
* * * * * *
204948 AAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * ** * ** * * **
205013 CATAATTATTTCAACTAATTTGGCAAACAAAATT-TTTTTTAAATCTCTTACAAATTAATTTTT-
66 CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTA
* * * ** ** * * * *
205076 GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTTGAATAAGGTAGTAAGAACT-GAAAAAATTATTT
131 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-ACTAGAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
205140 TATGACAAAA-AAAAATATCAAAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTTATATAGCCTTAACTATTT
194 TATGACAAAACAAAAA-ATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTATTT
* * ** * * * ** * *
205204 GAAC-TGGATCAAC-AAAAAAATTTATTTTTTAATTCTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATATTAT
256 GAACTTAGCT-TGCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * * * *
205267 TACATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAAACTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAA-AAA
320 TAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATAT-AACAAA
* * * * * * * *
205330 ACAAAAAGTTATAAGAAATTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGT-T
382 ATAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGT
* ** ** * **
205394 TGGTAAATA-AACT-TTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTAT
445 TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTATAT
*** * * ** *
205457 TATTTTATTTTGAGTAGGCTAGTATG-ATGAA
509 TATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAAT-AG
* * * *
205488 AAATAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATGG
1 AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * ** * ** *
205551 CCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTGATTTATGTTTTAAATCT-CTAATTTATCAATTT
65 ACATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACCTATTAATTT
* * * * * *
205614 TTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTAT
128 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATG-ACTAGAAACAATTGT
* * * * * * *
205678 TTTATGATAAAATAAAAAGGTTATAA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
192 TTTATGACAAAACAAAAA-ATCATAACT-ATTTGAAA-AAATAATTATTCAAACAGTC-TAACTA
* * *
205742 TTTGAACTT-GTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTTAAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTGAA
253 TTTGAACTTAGCTT-GCTAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGGAA
* * * * * * * * * *
205804 TGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATTAG-TATATGTGAACTGAAACAATTATTTTATG
314 TATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAACAATTGTTATATA
* * * * * * *
205868 ACTAAACA-AAAGGTTGA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTTTTTGAA
377 AC-AAA-ATAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * ** * *
205931 CTG-GATTGGTAGATACATTTATTTTTTAAGTCCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAAT
439 CTGTG-TTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * *
205994 TTAACAATATTGTACTCCAAATAGGCTTTTATGAATAG
503 TT-ATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTTTATGAATAG
* * * * * *
206032 AAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATA-AGTAATTGTTTAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAG
* * * * *
206095 TCATAACTATTTGAACTAGTTC-AGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTT
65 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTT
* * ** * *
206155 T-GAAATAGTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGT
129 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGACTAGAAACAATTGT
** ** * * ** * *
206218 TTTACAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTAT
192 TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACTATTTGAAA-AAATAATTA-TTCAAACAGTC-TAACTAT
* * * ** *
206282 TTGAACTT-G-TTAGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATT-A------GAGTATT
254 TTGAACTTAGCTT-GCTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATT
* * * * * * * * *
206338 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAGAAACTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
318 AATAAATTAGCATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTATATAACAAA
* * ** * * * *
206403 ACAAAAGAACATAATGATTTGAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-CT
382 A-TAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTGT
* * * * **
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** *
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* * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* ** * * * ***
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * * *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * *
193383 T-A---TT-GAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTCAAATAA-CTTAGTAAGAACT-GAAA
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* * * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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126 TATAACTATTTGAACTTGTTAG-TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-AT
* * * * *** * * * * *
193919 CAAATTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTTGATAAGCTTTTAAGAATTGGAAT
1 TAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * * * * * * *
193983 AATTGTTTTATGATAAAATAAAAAGTCAAAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCGAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATA
* * * * * * * * *
194048 AATATTTGAACTTGTTCG---ATATATTGAATTTTTTTAATTTTTTGCTTAT
130 ACTATTTGAACTTGTTAGTAAACAGATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * *
194097 TAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACATGTACGAATTGAAAC
1 TAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
194161 AATTATTTTATGACTAAACAAAATGTCA-AAATGATTTGAAAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAAT
194203 TTTTTCAGTA
Statistics
Matches: 3200, Mismatches: 644, Indels: 388
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
152 3 0.00
153 40 0.01
154 2 0.00
157 1 0.00
158 2 0.00
159 6 0.00
161 53 0.02
162 3 0.00
163 2 0.00
164 3 0.00
165 1 0.00
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168 3 0.00
170 3 0.00
171 2 0.00
172 8 0.00
173 43 0.01
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179 176 0.05
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187 10 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAA
CTATTTGAACTTGTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
Found at i:192274 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 192253--192285 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
192243 TAACGATTTG
192253 AAATA-GATAATTATTC
1 AAATAGGATAATTATTC
192269 AAATAGTGATAATTATT
1 AAATAG-GATAATTATT
192286 TGAACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.33
18 10 0.67
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGGATAATTATTC
Found at i:194762 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 194243--195605 Score: 548
Period size: 181 Copynumber: 7.6 Consensus size: 180
194233 TCTCTTTCTT
* * * * * *** ***
194243 ATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGTTTATATGAATTGAAA
1 ATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACATATAT-AAACAAAA
* * * * * *
194308 -CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAA-AATGATTTGAAATCGATAATTGTT-ATAATAGT
65 CCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAG-TAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGT
*** * * * * * * * * *
194370 TTTAACCAATTGAACTGATTTCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
128 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTA-TG
*** * * * * ** * * * * *
194424 ATTAATTTTTGAAATAGTATTAAATTAGTATTATTTGAATCAAAATAAGCTTTTACAAACAAAA-
1 ATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACATATATAAACAAAAC
* * * * * * ** * * * **
194488 CAATTGTTTTATG--ATAAGAAAAGGTCA-AACAATTTGAAATAGATAATCGTTTATAGAGTCTT
66 CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA
* ** * ** * **
194550 AACTATTTGAACTACTTTGGCAATTAGATTTA-TTTATTAATTTTCTT-TG
131 AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTT-TTAAATCACTTATG
* *
194599 -TTAGTATGTTACAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA-ATAGTATAAACA
1 ATTA--AT-TTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACATA-TATAAACA
* * * * *
194662 AAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAGAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
62 AAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
194727 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTACTG
127 TCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTA-TG
* * * * * *
194782 ATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAG
1 ATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACATATATAAACAAAAC
* * * *
194847 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
66 CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA
* * * *** * * * *
194912 AATTAATTGAACTGGTTCAATAAAGAGAATTA-TTTTCTAAATCTCTTACTT
131 AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTT-TAAATCACTTA-TG
* *** * * * * * * * * ****
194963 ATAAATTTTTGAAATATTTATAGATTAGT-TTATTCTATT-TCAGATAACCTTGTATGAGTTGAA
1 ATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ACAAACATATAT-AAACAAA
* * * * * * * * *
195026 A-TAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTT
64 ACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
** * * * * * ** * ** *
195090 TTAACTAGTGGAACT-GTTCGGCAAATGGATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTT
129 AAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTA-TG
* * * * * * * * * * *
195142 TTTAATTTTCAAAATATTACTAAATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAATAGAAA
1 ATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACATATATAAACA-AAA
* * * * *
195207 -CAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
65 CCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *** * * * *
195271 TAACTATTT-AAACTAGAACGGTAAATATATTTATTTTTTAAATCTC-T-T-
130 AAACTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTATG
* ** * * * * ****
195319 ATTAGTTCT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAGGCTTGTATGTTGAA
1 ATTAATT-TACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACA-A-ACATATATAAACAA
** * * ** * * *
195381 AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGC
63 AACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * ** * * * *
195446 CATAATTATTTGAACTGATTCAGTGAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
128 CAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAAC-AGATTTACTTTTTAAATCACTTA-TG
* * * * * * *
195500 ATTAACTTT-CAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAA
1 ATTAA-TTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACATATATAAAC-AAA
* * * * *
195564 A-CAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
64 ACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAA
195606 CTTGTTTGGT
Statistics
Matches: 932, Mismatches: 212, Indels: 76
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 2 0.00
176 13 0.01
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178 27 0.03
179 51 0.05
180 207 0.22
181 374 0.40
182 16 0.02
183 3 0.00
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAACATATATAAACAAAAC
CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAAGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAA
AACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTTACTTTTTAAATCACTTATG
Found at i:195631 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 195475--195739 Score: 383
Period size: 147 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
195465 TCAGTGAACT
195475 AATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-CTTTCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
1 AATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATCTTTC-AAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA
* * *
195538 TTTTGGATAAGCTTT-TATAAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
65 TTTTGAATAAG-TTTGTATAAACTAAAACAA-TTATATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
195602 TGAACTTGTTTGGTAAAGA
128 TGAACTTGTTTGGTAAAGA
* * *
195621 AATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATCTTTCAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
* * * * *
195686 TTTGAATAAGTTTGTATGAATTGAAACAATTATATATGACTAAACATAAGGTCA
66 TTTGAATAAGTTTGTATAAACTAAAACAATTATATATGACAAAACAAAAGGTCA
195740 AAATGATTTG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 11, Indels: 6
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
146 36 0.34
147 65 0.62
148 4 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (146 bp):
AATTTATTTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATCTTTCAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT
TTTGAATAAGTTTGTATAAACTAAAACAATTATATATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
ACTTGTTTGGTAAAGA
Found at i:196747 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 196300--196967 Score: 778
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 179
196290 TAGCAAAAAC
** * *
196300 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTGATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTACCT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
* * * * *
196365 TTGAATATGCTTATATGGAA-ATAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAATA--TCTTAA-TGATT
63 TTGAATAAGCTTGTAT-GAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACT-ATT
** *
196426 TGTGATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTTGGT-AACAA
125 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAA
* * * * *
196480 ATTTAGTTTTTACATCTCT---TATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
** * *
196542 GAATAATTTTGAATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
65 GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA
** * * * *
196607 TGGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
130 TAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* *
196657 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAGTTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-
* * * * * *
196722 TAAATAAACTTGTACGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAA
64 TGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
*
196787 ATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAA
129 ATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * *
196838 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATC-TCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** *
196903 CGAATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
65 -GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
196968 CATGTTTAGA
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 62, Indels: 25
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.02
175 68 0.16
176 45 0.11
177 23 0.06
178 2 0.00
179 12 0.03
180 6 0.01
181 249 0.60
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG
AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAAT
AAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
Found at i:196967 original size:146 final size:147
Alignment explanation
Indices: 196806--197102 Score: 352
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 147
196796 TGTTTAAATA
* * * *
196806 GTCATAATTATTTGAACTTGTTCGGTAA-ACAAATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACATGTTCAG-AAGACAAATTTATTTTTTTGAAAT-TTTTACTTACTAAT
* * * * *
196868 TTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATATGCTTGTATGAACAGAAACAAT
64 TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTATACGAACAAAAACAAT
* *
196931 TGGTTTGTGACAAAACAAAAG
127 TAGTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * *
196952 GTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAGGTAGATTTATTTTTTTGAAATTTTTATTTACTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAGACAAATTTATTTTTTTGAAATTTTTACTTACTAATTT
* *
197017 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATACGAACAAAAATAATTATT
66 TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATACGAACAAAAACAATTAGT
*
197082 TTATGACAAAACAAAAT
131 TTATGACAAAACAAAAG
197099 GTCA
1 GTCA
197103 CAATGATTTG
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 19, Indels: 9
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
145 2 0.02
146 28 0.22
147 90 0.71
148 7 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (147 bp):
GTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAGACAAATTTATTTTTTTGAAATTTTTACTTACTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATACGAACAAAAACAATTAGT
TTATGACAAAACAAAAG
Found at i:196967 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 196300--207262 Score: 2516
Period size: 362 Copynumber: 30.7 Consensus size: 357
196290 TAGCAAAAAC
** * *
196300 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTGATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAAT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* ** * * * * * * **
196365 TTGAATATGCTTATATGGAAATAAACAATTTTTTTATGATAAAACAAATATCTTAATGATTTGTG
66 TTAAATAAACTTATATCGAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAA
* *
196430 ATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTTGGTAACAAATTTAGTTTTTACAT
131 ATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGGTAACAAATTTAGTTTTTAAAT
* *
196495 CTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGAATGAAC
196 CTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGAATGAAC
**
196560 AGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATG
261 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATG
196625 GACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
326 GACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* *
196657 ATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCT-ATTAGTTTTTAGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-A
1 ATTTATTTTTTTAAATCT-CTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
*
196719 TTCTAAATAAACTTGTA-CGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-AT
65 TT-TAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA-TGAT
* *
196782 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTTATTT
126 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGT-AACAAATTTAGTT
***
196846 TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAAT-A
189 TTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAA
* * * **
196909 TGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAACATGTT
249 T-CTTGAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATGGA
* * * ** * * * ** *
196974 TAGA-AGGT-AGAT--TTAT--TTTTTTGAAATT-TTT-ATTTACTA
312 TA-ATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * * **
197013 ATTT-TTGAAATATTAATAAAT-T-TA--T-ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATACGAACAAA
1 ATTTATT----T-TT-TTAAATCTCTACCTGATTAATTT-TTAG-AAT-A--TTA-A-TAA-ATT
* * * * ** * * * * **
197072 AATAATTATTTT-A-TGACA-AAAC--A-A---AATGTCACAATGATTTGA-AATAGAAA-ATTG
52 AGT-ATTATTTTAATTTAAATAAACTTATATCGAAAGAAACAATTATTTTATGACA-AAACAAAG
* * * ** * * * * * * *
197126 TTTA-AAT-AGTCTT-AACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGT-TTCATTTTTTAAATCTCTTA
115 ATCATAATGA-T-TTGAAATAAAT-AA-TTG-TT--TAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTT
* * * * ** **
197187 C--TCAATAATTTTTGGAATATTAATAAAT-TAGTATT-ATTTT----AT-TTCAAATAACCTA-
172 CGGT-AACAA-ATTT--AGT-TT-TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATT--AATAAATTAG
* * * * ** * ** * ** * *
197242 TATGAATTTA-TAT-AGTTGTTTTTTATGAAACAAAAAGTC-ATAACGATT-TGA-AATAGATAA
229 TATTATTTTATTCTGAATAATCTTGAATG-AACAGAAA--CAAT-TGGTTTATGACAA-A-ACAA
* * * * * * * **
197302 TTA-TTCA-AATAGTTTGACTATTTGA-ACTTGTTC----GGTA-AACA-TATTT--A--T-TTT
288 -AAGGTCATAACAATTTGA--AATGGATAATTGTTCAAATGG-ACATGATTATTTGAACTTGTTT
*
197353 --TAAA-AT
349 GGTAAACAA
* * * * * *
197359 CTTT-TACTTATT-AAT-TGT---TGA--AA-TGTT--AATA--AATTAA-TA---TTATTTTAA
1 ATTTAT-TTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
** * * * * * * *
197407 TCCAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAATAATTGTTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAAT-AGTT
65 TTTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGA-TT
* * * *
197470 TGAAATAAAATAA-----T-AAT-GTCATAACGATGTGAACTTGTTT-GATAAACAAATTTATTT
127 TGAAAT-AAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGT-AACAAATTTAGTT
** *
197527 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATT-TTAATAAGT-ATAAAGTTA-TATTATTTTATT-TGAA
189 TTT-AAATC---T-CTTATTAATT-TTCAAAAT-ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-A
** * * * * ** * * * * *
197588 ATAGGCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTTAAATA
245 ATAATCTTGAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATG
* * * * * **
197653 GATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAA
310 GATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * *
197701 A-TCA-TTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-A
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * *
197762 TTTTAATAAACTTATAT-GAAAGAAACAATTCTTTAATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
65 TTTAAATAAACTTATATCGAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTG
* * * * * * * * **
197826 AAATAGGCA-AATTATTCATATAGTCATGACTAATTG-GTCTATTTCAATAA-ATATATTTA-TT
129 AAATA--AATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTTCGGTAACA-A-ATTTAGTT
* * ** *
197887 TTTAAAATAT-TTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA----A-TCCAAATAAGCTT
189 TTT-AAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTT
** * * * * * * ** **
197946 TTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGCCATAATGATTTGAAATAAATAATT-
253 GAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTG
* * * * * *
198010 TATCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGA
318 T-TCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-A
* * * **
198052 ATTTA-TTTTTTAAATCTCT---T-ATTAGTTTTT-GAAATGTTAATAAATTTGTATTACCTT-A
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * *
198110 TTCTGAACAAACTTATAT-GAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATT
65 TT-TAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATGATT
* * * * * * * *
198173 TGAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTAGGTAA-ATAGAATTATTTT
127 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGGTAACA-A-ATTTAGTTT
* *** * * * *
198237 TTTAATCTCTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TCATGAATAAGCTAG
190 TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-TGAATAATCTTG
* ** * * * ** *
198301 TATGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTG
254 AATGAACAGAAACA-ATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTG
* * * * * * * * ***
198365 TT-ATTATAGTCTTAAATATTTTGAGCTGGTTTAACAAACAA
318 TTCA-AATGGACATGATTA-TTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * * *
198406 ATTTA--TTTTTAATTCTCTTA-GTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTT-A
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * * * * * **
198467 TTTCAAATAAGCTTGTGT-GAACAGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATT
65 TTT-AAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATT
* * * * * * * * *
198531 TGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTT
127 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGGT-AACAAATTTAGTTTT
* * * *
198596 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAA-ATTAATAAATTGGTATCATTTTATTCTGAATAAGC
191 TAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATC
* ** * * ** *
198660 TTGAATGATA-A-AAA-ATGTTTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
251 TTGAATGA-ACAGAAACA-ATTGGTT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGAT
* * * * *
198722 AATTGTTGAAATGG-CAATAATTATTTGAAAC--GATTTGTTTAACAT
313 AATTGTTCAAATGGAC-ATGATTATTTG-AACTTG-TTTGGTAAACAA
* ** * * * * * *
198767 ATTCA-CATTTTAAA--TC-A-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTGTCATTTTATT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * * * ** * * **
198827 TTGAATAAGCTTGTAT--AAGTTGAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACAATTT
66 TTAAATAAACTTATATCGAA--AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT
* * ** * * * ** *
198889 GAAATAGATAATTGTTCATGTAGTCTTAATTGTTTGAATTGTTTCAGCAAACAAATTTATTTTTT
128 GAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTC-GGTAACAAATTTAGTTTTT
* * * * *
198954 AAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT
192 AAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTT
* * * ** * ** **
199019 GTATAAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTTGTAATGATTTGAAATAGG-TAAT
253 GAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-GGATAAT
* * ** *
199083 TATTCAAAT--A-A-G---AGTTG-----GTTCAGTAAACAG
316 TGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * *
199113 ATTTA-TTTTCTAAATCTCCTA-CTCATTAATTTTT-GACATATTAATAAATTAGTATGATTTT-
1 ATTTATTTTTTTAAATCT-CTACCTGATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
199174 ATTCTGAATAAGCTTGTAT-GATGAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGA
64 ATT-TAAATAAACTTATATCGA--AAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGA
* * * * * * ** ** *
199237 TTTGAAATAGATAGTTGTTGACATAGCCATAAGTATTTGAGCTAATTCGGTAA-ATAGATTCA--
125 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGGTAACA-A-ATTTAGT
* * * * * *
199299 CTTTAAATTACTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTATTATTATTTTATT-TCAAATA
188 TTTTAAA-T-C-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* * ** * ** * * * * * ** *
199363 AGCTTGTATGAATTGAAGCAATTATTTTATGTCAAAACGAAAGGTCATAATAGTTTTAAATATAC
248 ATCTTGAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGAT
* * * * * * * * *
199428 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGAAAATATG
313 AATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-A
* ** * *
199474 ATTTATTTTTTTAAATCTATTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
** * * * ** * * ** *
199538 TTTGGATAAGCTTTTAT-GAACTGAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAACAATTTT
65 TTTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTG
* * * * *
199602 AAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTG-TTCGATAAACAAATGTA-TCTTT
129 AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGTTTCGGT-AACAAATTTAGT-TTT
** * ** * ** *
199665 TCAAATCTTTTGCTTATTAAGTTTTTGAAA-GTTAATTTATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAG
191 T-AAATC---T-CTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAT
* ** * ** * * * * *
199729 CTTGTATGATA-TTAAACAAATATTTTATAACTAAA-AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATA
250 CTTGAATGA-ACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATA
* ** * *** * * * * * *
199792 ATTATTGTAATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTTGTTAAACAC
314 ATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* *
199836 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTCTA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTT
** * * * * * ** *
199898 AA-TCGATTAAGCTTCTAT-GATAAGAAACAATTCTTTTATGGCAAAACAAAGATCATAACAAAT
63 AATTTAAATAAACTTATATCGA-AAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATT
* ** ** * * * *
199961 TGAGATTGATAATCATTTAAATTGTCATAACTATTTAAACTGGTTT-GATAA-ATAGATTTA-TT
127 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGTAACA-A-ATTTAGTT
* ** *
200023 TTTCAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTC-GACTA
189 TTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATA
* * * * * * ** *
200087 AGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGTTTTATAACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
248 ATCTTGAATGA-ACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGA
* * * *
200150 TAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAA
312 TAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAA
* * *
200196 ATTTA-TTTATTAAATCTCTTA-CTTATTGA-TTTTAGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTT-
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * *
200256 ATTCCT-TATAAGCTTGTAT-TAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGA
64 ATT--TAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAAGATCATAATGA
* * * * * * * * * ** *
200319 TTTTAAATAGACAGTTGGTCATATAGTAATAAGTATTTGAACTTG-TTCAATAA-ATAGATTTAT
125 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGTAACA-A-ATTTAG
* *** * * * * *
200382 TTTTTAAAATCTCTTTCTTTTTAATTTTTTGAATGTTATTAAATTAGTATTAATTTATTTTGATT
187 TTTTT-AAA--TC--TCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * *** * * * * * ** *
200447 AAGCTTGTATGAAGTTAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGATGAAAATGATTTGAAATAGA
247 AATCTTGAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGA
* *** * ** * * **
200512 TAATTGTT-ATAATAGTGTTAACCATATGAACTGGTTCAGTAAACAA
312 TAATTGTTCA-AATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * *
200558 ATTTA-TTTTTCAAATCTCTTA-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTA
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
200620 ATTTGAATAAGCTTATAT-GAACA-AAAAAATTGTTTTATAACAAAACAAAATATCATAACGATT
64 ATTTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATT
* ** ** * * * * * *
200683 AGAAATTGATAATCATTCATATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTC---AACAATTAGGTTTATT
127 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGGTAACAA--A--TTTAGT
** * * * * *
200745 TTTTATTTTCTTGGTTCTTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAA
188 TTTTA-AATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAT
* * * * * * * ** * * * * ** *
200810 ATGGTATGGATAGAACCAACT-GTTTGATGACATGATAGAAGATTATAATGATTTGAAATAGATA
250 CTTGAATGAACAGAAACAATTGGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATA
* * * ** * * * * *
200874 ATTATTCAAATAGCCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAG
314 ATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * *
200918 ATTTA-CTTTTTAAATGTCT-CACTGATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTATTATTATTTT-
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTAC-CTGATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * *
200979 ATTTCAAATAGACTTTATAT-GCACAA-AAACAACCATTTTATGACAAAAACAAAAAGTAATAAT
64 ATTT-AAATAAAC-TTATATCG-A-AAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAACAAAGA-TCATAAT
* * * * * ** * *
201042 AATTTAAAATACATAATTGTTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAACCGGTTT-AGTAGA-AAGAAT
123 GATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAAC-TATTTGAA-TTGTTTCGGTA-ACAA-ATT
* ** * * * * *
201104 TATTTTTTAAATCTCTTACAAAATTTT-GAAATGTTAACAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATA
184 TAGTTTTTAAATCTCTTA-TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * * ** * * * * *
201168 AACTT-ATATGAGCTGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAATGGTTATACCGATTTGAAATAGG
248 ATCTTGA-ATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-GG
* * * * * * * ****
201232 -TAATTGTTCACATAGTCTTAACTATATGAAC-TGCTTCAACAAACAA
311 ATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAA
* * * * * * * *
201278 ACTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-GTTATCAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * * * * * * *
201341 TTTGAATAAACGTGTAT-GAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAA-CATTT
65 TTTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGA-TT
* * * * * * *
201404 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGTAAATAAATTTATTTT
127 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGT-AACAAATTTAGTTT
* * * * * *
201468 TTAAATCTCTTACTAATTCTT-GAAA-ATTAATAAATTAGCATT-TTGTATT-TCAAATAAGCTT
190 TTAAATCTCTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAATCTT
* * * ** ** * *
201529 GTAGGTTGAA-A-AAA-ATTTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGGAAATAATGATTTAAAATAGATAA
253 G-A--ATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAA
* * * *** * *
201589 TTGTTCAAA-CGACCA-AAGTATTTGAACCAATTCGGTAAA-ATG
315 TTGTTCAAATGGA-CATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-A
* * * ** * ** *
201631 ATTTA-TTTTTTAAAT-T-T--CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAACGTAATCCTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
** * * * * * * **
201691 TTGGATAAGCTTTTAT-GAACTA-AAAAAATTGTTTTATGACAAATCAAAAGTTCATACCGATTT
66 TTAAATAAACTTATATCGAA--AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT
* * * * * * * ** *
201754 TATATAGATAATTGTTGAAATAATCATAACTATTTGAACATGTTT-AGTAAACAGGTTTATTTTT
128 GAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGT-AACAAATTTA-GTTT
*** * * ** *
201818 TTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAGTTTATTCCAAATAAGC
190 TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATC
* ** * * * * *
201883 TTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTAAGACTAAACAAAAGGTTAAAACAATTTGAAATAGATAA
251 TTGAATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAA
* * * * * * ** * **** *
201947 TTATTCCAATCGTCTTAACCATTTAAAC-TGATTCAACAAACAC
315 TTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAA
* * * * * * *
201990 GTTTATTTTTTTAAA-CTTTTA-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA
1 ATTTATTTTTTTAAATC-TCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * ** *
202053 TCTAAATAAGCTTGTAT-GATTAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACAATTTA
65 TTTAAATAAACTTATATCGA-AAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTG
** * * * * *
202117 AAATTGATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTGGTTC---AAAAAATAGCTCTAGTTT
129 AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGGTAACAAAT---T-TAGTTT
* * * * *
202179 TTAAATCTTTTGCTTAATAATCTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCAGATAA
190 TTAAATC---T-CTTATTAAT-TTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAA
** * * * ** * *
202242 GT-TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
249 -TCTTGAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGAT
* * * * * *
202306 AATTGTTCAAATAGTCAT-ATCTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAG
313 AATTGTTCAAATGGACATGAT-TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* *
202351 ATTTATTTTTTTAAATCTCT---T-ATTAATTTTT-GTAATGTTAATAAATAAGTATTATTTT-A
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * * * * * * * *
202410 TTCTATAGAAGCTTGTAT-GAATTGAAATAATTATTTTATGACCAAACAAAAGGTTC-GAA-CAC
65 TT-TAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAA-GATCATAATGA-
* * * *
202472 TTTGAAATAAATAA-TGATTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT-AG--ACAAA---A--
125 TTTGAAATAAATAATTG-TT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGGTAACAAATTTAGT
* * * * *
202527 ---CACA--T-TTATT--TTTT-----TATT-ATAAATTAGTATTATCTTAATCTAAATAAGTTT
188 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA---T
* * * * * * * * *
202578 TTATGAA-AAAAAAAAACAACT-GTTCTATGACAAAA-ATAAAGATCATAACGATTTGAGATTGA
250 CT-TGAATGAACAGAAACAATTGGTT-TATGACAAAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATGGA
* * * * * * * *
202640 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAACAG
312 TAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * * * *
202686 ATTTA-GTTTTTAAATCTCT--C--ATTGATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATCATTTTATT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * ** * * *
202746 TTGAAT-AA-TTATGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAAAGAAAAGATCTTAATTAT
66 TTAAATAAACTTA--TATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGAC-AAAA-CAAAGATCATAATGAT
* * * * *
202808 TTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTT-GGTAA-ATAGATTT-G
126 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGTAACA-A-ATTTAG
202869 TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG---TA--TTATT-T---T
187 -TTTTTAAATCT-CT---TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * * *
202925 -AT-TTG---GAA-AGAAACAATTGTTTTATGGCAATATAAAAGATCCATAACTATTTGAAAT--
247 AATCTTGAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACAATTTGAAATGG
* * * * * * * * *
202982 AAAATTGTTC-AA-GCAATCATAACTATTTGAGCTTGCTAGATAAATAA
311 ATAATTGTTCAAATG-GA-CATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * *
203029 A-TTATTTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTGATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
1 ATTTATTTTTTTAAATC-TCTACCTGATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * ** * ** * *
203091 TTTTGAATAAGTTTCTAT-GAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAGGTCATAACT-A
64 ATTTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGAC--AAAACAAAGATCATAA-TGA
* * * * * * * ** *
203154 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACTACTTGAA-CGTGCTCAGAAAACAAATTTATT
125 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGT-TTC-GGTAACAAATTTAGT
** * *
203218 TTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-TTTTGGAAAA
188 TTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATA
* * *
203281 ATCTT-ATATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGA
248 ATCTTGA-ATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGA
** * * *** * *
203344 TAATTGTTCAAATGTTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAG
312 TAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* ** * *
203390 ATTCA-TTTTTTAAATCTCTTA-CTCCTTAACTTTTAGAATATTAATAGATATA-TATTATTTT-
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTA
** * * * * * * ** *
203451 ATTCCGAATAAGCCTATA---AAACTAGTACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAGTTCATAACT-
64 ATT-TAAATAAACTTATATCGAAA-GA-AACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA-TG
* * * * * * * * *
203512 ATTTGAAATAGATAAGTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTG-TTCGATAAACATATTTA-
124 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-GAATTGTTTCGGT-AACAAATTTAG
* * * * * *
203575 TTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAAT
187 TTTTT--AA-A-TCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
* * * * * **
203640 AAGCTTGTATGAACAGAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AATTTAAAATAA
247 AATCTTGAATGAACAG-AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGG
* * * * * * *
203703 ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTATTTTGTAAACAG
311 ATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * * *
203750 ATTTA-TTTTTTAAATTTTTTA-CTTATTAATTGTTT-GAATATTAACAAATTTGTATTATTTT-
1 ATTTATTTTTTTAAA-TCTCTACCTGATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
203811 ATATAAAATAAGCTTGTAT-GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGAT
64 AT-TTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGAT
* * * *** * *
203875 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAAACTATTTGAACTTGTTT-GGTGAACCGGTTCATT
126 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCAT-AACTATTTGAA-TTGTTTCGGT-AACAAATTTAGT
** * * *
203939 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTAGAATTATGTTT-TTATGAATA
188 TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCTGAATA
* * ** * * * * * ** **
204003 AGCTTGTACAAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGTTATAATGATTTGAAATAAAT
248 ATCTTGAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGAT
** * ** * * * **
204068 AATTGTTCAAACAGTCACAACTATTTGTA-TTG-GTCATACCAACAA
313 AATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTA--AACAA
* * *
204113 ATTCA-TTTTTTAAATC-CATTA-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTT-
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC--TACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * **
204174 ATTCTGAATAAGAC-TATAT-GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGATCATAACAA
64 ATT-TAAATAA-ACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATGA
* * * * * * * * * *
204237 TTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAGGT-ATAAATAATTGACCTAGTTT-AGTAAGCAGATCTAG
125 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA-GTCATAACTATTTGA-ATTGTTTCGGTAA-CAAATTTAG
* * * * *
204300 TTTTTAATTCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTGAATA
187 TTTTTAA--ATC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA
* * * * * ** ** * *
204365 AACTT-ATTTAAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGA
248 ATCTTGA-ATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGA
* * * * ** *
204429 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAATTTGGCAAACAA
312 TAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* ** * * *
204475 AATTA-TTTTTTAAATCTCTTA-CAAATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTG
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
204537 TTTTGAATAAGGTAGAATTATGTTTTTATGAATAAGCTTGTACGAACAGAAACAATTGTTTTGTG
64 ATTT--A-AA--T--AA--A-----CT-T--AT-A-----T-CGAA-AGAAACAATTATTTTATG
* * * * * * *
204602 ATAAAACAAA-ATGGTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCACAACTATTTGCAT
104 ACAAAACAAAGAT--CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAAT
* * * * * *
204666 TGGTCATAC--CAACAAATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
167 T-GT--TTCGGTAACAAATTTAGTTTTTAAAT-C--T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
** * * * * **
204729 TTAACATTACTTTATTCTGAATAAAAC-T-ATATGAAAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA
225 TTAGTATTATTTTATTCTGAAT-AATCTTGA-ATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAA
* ** * * ** * * * * * *
204792 ATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAATAATTGACCTAGTTTAGTA
288 AAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTA
* *
204857 AGCAG
353 AACAA
* * * * * *
204862 ATTTA-TTTTTTAATTCTCTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTAT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* ** * * *
204925 TTTGAATAAACTTAT-TTAAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGACTT
65 TTTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT
* * * * ** *
204989 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAACTAATTT-GGCAAACAAAATTT--TTT
128 GAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGG-TAAC-AAATTTAGTTT
** * * * * **
205051 TTAAATCTCTTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTTGAATAAGG
190 TTAAATCTCTT----ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATC
* * * ** * ** * * ** *
205116 TAGTAA-GAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAAAAAAATATCAAAACAATTTAAAATAAAGAA
251 TTG-AATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAA
* * * * * * * * * **** *
205180 TTGTTTATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGATCAACAAAAAA
315 TTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* *** * * *
205223 ATTTA-TTTTTTAATTCTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTATTTT-AT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * * * * * * * *
205286 TTCAATAAAACTTCTAT-GAACAAAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTTATAA-GAAAT
66 TTAAAT-AAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAATG-ATT
* * * * *
205349 TGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTAGTTT-GGTAAATAAACTT--TTT
127 TGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTCGGT-AACAAATTTAGTTT
* * * * **
205411 TTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAGTAGGC
190 TTAAATCT-C---TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATC
* * ** * * * * * *
205476 TAGTATGATGAAAAATAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAA
251 TTGAATGAACAGAAACAATTGGTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAA
* * * * **
205540 TT-TTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACTG
315 TTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAA
* ** * * * * *
205582 ATTTA-TGTTTTAAATCTCTAATTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-AT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * * * * *
205645 TTCAAATAAGCTTTTAT-GAACTA-AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGGTTATAATGAT
66 TT-AAATAAACTTATATCGAA--AGAAACAATTATTTTATGA-CAAA-ACAAAGATCATAATGAT
* * * * * *
205708 TTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAAATTTATTT
126 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGT-AACAAATTTA-GT
*** * *
205772 TTTTAAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATT
188 TTTT-AAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-T
* * * ** * * * *
205837 AGTATATG--TGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTGA-AACGATTTGAAATA
247 AATCT-TGAATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATG
* * * * * * * * * * *
205899 GATAATTATTCTAATAGTCTTAACTT-TTTGAACTGGATTGGTAGATAC
310 GATAATTGTTCAAATGGACATGA-TTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * * ** * * *
205947 ATTTA-TTTTTTAAGTC-CTTA-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATATTGTAC
1 ATTTATTTTTTTAAATCTC-TACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
** ** * * * *
206009 TCCAAATAGGCTTTTAT-GAATAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAACAAAGATCATAATGATTTG
65 TTTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTG
* * * *
206073 AGATAAGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGTAA-AGAGATTTAGTTTT
129 AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGTAACA-A-ATTTAGTTTT
** * * * * *
206136 TAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCA
191 TAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGAA
* * ** * * * *
206201 TGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTC
256 TGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTC
* * *
206266 AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTAGGTAAACAG
321 AAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * *
206303 A-TTAATTTTTTAAATCT-T--C--A--ACTTATTAGAGTATTAATAAATTAGTATTATTTT-AT
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
* * * *
206359 TCCAAAGAAACTTTTAT-GAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAACATAATGATTT
66 T-TAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTT
* ** * * *
206423 GAAATAAATAATTATACAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-GATAAACAAATTTA-TTCT
128 GAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGT-AACAAATTTAGTT-T
* ** *
206486 TTAAATAT-TT-TTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG-
190 TTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGA
* * * * * * ** * *
206547 TTGGAATAGAAATATTTAGTTTATGACAAAACAAATA-GTCACAATGATTTGAAATAGAT-ATAG
255 AT-GAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTG
* ** * * *
206610 TT---AT----A--ACTATTTGAA-TATGTTCAGAAAATAG
318 TTCAAATGGACATGATTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAA
* * * * *
206641 TTTTATTTTCTAAAAT-TTTA-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-
1 ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * ** * * * * *
206701 ATTCAATATAAGCTTGCAT-GAATAGAACCAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGTT
64 ATTTAA-ATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGAT
* * * * ** * * * *
206765 TTGAAATAGATAATTATTCAGATTCTCATAACTATTGGAACTTG-TTCGATAAGCAAATTCATTT
126 TTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGTAA-CAAATTTA-GT
* * * *
206829 TTTTAATTCTTTTACTCTTTAATTTGT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAAT
188 TTTTAAATCTCTTA----TTAATTT-TCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAAT
** * * * * ** * *
206892 AAGGTT-ATATGAACTA-AAACAATTGTTTTGTTACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTCAAATA
247 AATCTTGA-ATGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATG
* * * * * * * *
206955 GATAATTATTCAAATAGTCATGACTAGTTGAACTTGTTCGATAAACAT
310 GATAATTGTTCAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
* * * * * * *
207003 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA-CTTATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAA
1 ATTTATTTTTTTAAATC-TCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAA
* * * **
207066 TTTGAATAAACTTATAT-GAATAGAAATAATTATTTTATG---GAA-AAA-ATCATAACAATTTG
65 TTTAAATAAACTTATATCGAA-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTG
* * * *
207125 AAATAAATAATTGTTTAAATAATCATAGCAATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTA-TGTTT
129 AAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCGGT-AACAAATTTAGT-TTT
* ** * **
207188 TAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAATCT
191 TAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCT
*
207253 TGTATGAACA
252 TGAATGAACA
207263 AAAAAAAATC
Statistics
Matches: 8111, Mismatches: 1794, Indels: 1404
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 6 0.00
321 9 0.00
322 3 0.00
323 17 0.00
324 11 0.00
325 5 0.00
326 4 0.00
327 4 0.00
328 6 0.00
329 21 0.00
330 37 0.00
331 10 0.00
332 36 0.00
333 22 0.00
334 86 0.01
335 121 0.01
336 11 0.00
337 7 0.00
338 26 0.00
339 16 0.00
340 15 0.00
341 11 0.00
342 10 0.00
343 53 0.01
344 148 0.02
345 34 0.00
346 49 0.01
347 147 0.02
348 207 0.03
349 328 0.04
350 267 0.03
351 150 0.02
352 143 0.02
353 87 0.01
354 176 0.02
355 119 0.01
356 358 0.04
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359 384 0.05
360 1009 0.12
361 982 0.12
362 1044 0.13
363 489 0.06
364 243 0.03
365 60 0.01
366 19 0.00
367 4 0.00
369 2 0.00
370 3 0.00
372 1 0.00
373 1 0.00
377 1 0.00
378 1 0.00
379 2 0.00
380 3 0.00
382 1 0.00
384 2 0.00
385 4 0.00
386 4 0.00
387 266 0.03
388 6 0.00
389 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
ATTTATTTTTTTAAATCTCTACCTGATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT
TTAAATAAACTTATATCGAAAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAA
ATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCGGTAACAAATTTAGTTTTTAAAT
CTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATCTTGAATGAAC
AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTTCAAATG
GACATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA
Found at i:197027 original size:147 final size:146
Alignment explanation
Indices: 196838--197102 Score: 365
Period size: 147 Copynumber: 1.8 Consensus size: 146
196828 CGGTAAACAA
* *
196838 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATT
* * * * * *
196902 TCG-AATATGCTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
65 T-GAAATAAGCTTATACGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTG
196966 AACATGTTTAGAAGGTAG
129 AACATGTTTAGAAGGTAG
*
196984 ATTTATTTTTTTGAAAT-TTTTATTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
1 ATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTAT
* * *
197048 TTGAAATAAGCTTATACGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCA
64 TTGAAATAAGCTTATACGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
197103 CAATGATTTG
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 12, Indels: 7
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
146 6 0.06
147 90 0.87
148 7 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (146 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTT
GAAATAAGCTTATACGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
CATGTTTAGAAGGTAG
Found at i:197224 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 196952--202514 Score: 3328
Period size: 180 Copynumber: 31.1 Consensus size: 180
196942 AAAACAAAAG
* ** * * *
196952 GTCATAACTATTTGAACATGTTTAGA-AGGTAGATTTATTTTTTTGAAAT-TTTTATTTACTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAG-TTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
* * * *
197015 TTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTATACGAACAAAAATAATT
62 TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * *
197079 ATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAATGATTTGAAATAGAAAATTGTTTAAATA
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
197134 GTCTTAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGTTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *** * * *
197199 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-CCTATATGAATTTATATAGTTGTTT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTT
* ** * * *
197263 T-TTATGAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
197313 GT-TTGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-TTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTG
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGAT-AA-ATAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** * *
197376 TTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * **
197441 TTATGGCTAAACAAAAAGTCATAAT-AGTTTGAAATA-A-AA-TAAT--AAT-
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
197487 GTCATAACGATGTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTA
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-TAGTTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-
* * * * * *
197552 TTT-TAATAAGT-ATAAAGTTA-TATTATTTTATTTGAAATAGGCTTGTATAAATAGAAAAAATT
63 TTTGAAAT-ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * *** * *
197614 ATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATT
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * *
197669 GTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAACAAATCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAATAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
197733 T-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAACTTATATGAA-AGAAACAATTCTT
65 TGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * *
197795 TAATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGGCA-AATTATTCATATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-G-ATAATTGTTCAAATA
* * ** ** * * * *
197848 GTCATGACTAATTGGTCTAT-TTCAATAAATATATTTA-TTTTTAAA----ATATTTATTAATTG
1 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGATAAATA-GTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** ** *
197907 TCAAAATATTAATAAATTAGTATTA----A-TCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * * *
197967 TTATAATAGAACAAAAAGCCATAATGATTTGAAATAAATAATT-TATCAAATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATA
* * *
198019 GTCATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATAGAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAGTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAG--TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * *
198080 TTGAAATGTTAATAAATTTGTATTACCTTATTCTGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAAC-ATTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * *
198142 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
198196 GTCATAATTATTT-AAATTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAATAG-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** *
198256 TTGCAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATCATG-AATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTTG
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA-ATTG
* * * *
198319 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGTTTTGAAATAGATAATTGTT-ATTATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATA
* * * * * * * * * *
198373 GTCTTAAATATTTTGAGCTGGTTTAACAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTT
1 GTCATAACTA-TTTGAACTTGTTTGATAAA-TAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
198437 TT-AGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTGTGAACAGAAATAATTTT
64 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * ** * * *
198501 TTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATA
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
198554 GTCATAACTATTTAAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAA-TAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *
198618 TTGAAAAATTAATAAATTGGTATCATTTTATTCTG-AATAAGCTTGAATG-ATA-AAA-AATGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT-TG
* * *
198679 TATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-
127 T-TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * **
198734 GGCAATAATTATTTGAAACGATTTGTTT-A-ACATA-TTCACATTTTAAA--TC--ACTTATTAA
1 GTC-ATAACTATTTG-AAC---TTGTTTGATAAATAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * * ** **
198792 TTTTTGGAATATTAATAAATTTGTGTCATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTAT-AAGTTGAAATGA
61 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAA
** **
198855 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCATGTA
124 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
198911 GTCTTAATTGTTTGAA-TTGTTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAA-TAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * *
198975 TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTAT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* ** * *
199039 TTTATAACAAAACAAAAAGGTTGTAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAA
128 TTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-A
*** *** * * * ** * *** * *
199094 GAGTTGGTTCA-GTAAAC-AGATTT-AT---T--TTCTAAATCTCCTA-CTCATTAATTTTTGAC
1 GTCATAACT-ATTTGAACTTG-TTTGATAAATAGTT-TATTTTTTAAATCTC-TTACTTATT-A-
* * ** *
199150 A-TATT---A-A----TAAATTAGTATGATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGATGAAAAACAA
60 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA
* * * * *
199205 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAGTTGTTGACATA
124 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * * *
199262 GCCATAAGTATTTGAGCTAATTCGGTAAATAGATTCA--CTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAG-TTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTT
* * * ** * *
199324 TT-AGAATATTAACAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAGCAATTAT
64 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* * * * *
199388 TTTATGTCAAAACGAAAGGTCATAAT-AGTTTTAAATATACAATTGTTCAAATA
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
199441 GTCATAACTATTTGAATTTGTTTAGA-AAATATGATTTATTTTTTTAAATCTATTGCTTATTAAT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAATA-G-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * **
199505 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-GATAAGCTTTTATGAACTGAAATGATT
62 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
** *
199569 GTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAACAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATA
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
199623 GTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAACAAATGTATCTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAAGTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAA-TAGTTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TT
* ** * ** ** * *
199688 TTTGAAA-GTTAATTTATTAGGATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGATA-TTAAACAAATA
63 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTG
* * * * * **
199751 TTTTATAACTAAA-AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTGTAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** * * * * *
199804 GTTTTAACTATTTAAACTAGTTTGTTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATA-GTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
199869 CT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAATCG-ATTAAGCTTCTATGATA-AGAAACAATTC
65 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTG
* * ** * * * ** * *
199931 TTTTATGGCAAAAC-AAAGATCATAACAAATTGAGATTGATAATCATTTAAATT
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * *
199984 GTCATAACTATTTAAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTTTCAAATCTTTTATTTATTAATTTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAG-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * *
200049 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCG-ACTAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTGT
65 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGT
* *
200112 TTTATAACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
200164 GCCATAATTATTTTAAC-TGATTTGGTAAACAAATTTATTTATTAAATCTCTTACTTATTGATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAA-TAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* **** * **
200228 TAGAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCCTTATAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTT
* * * * * *
200292 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAGTTGGTCATATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
200344 GTAATAAGTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTTTTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAG-TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TT
* * * * ***
200409 TTTG-AATGTTATTAAATTAGTATTAATTTATTTTG-ATTAAGCTTGTATGAAGTTAAACAATTG
63 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
* * * *
200472 TTTTATGACTAAACAAAAGATGAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATA
** * * * * * * *
200526 GTGTTAACCATATGAAC-TGGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAA-TAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
200590 TTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTATATGAACA-AAAAAATTGT
64 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGT
* ** * * * ** *
200653 TTTATAACAAAACAAAATATCATAACGATTAGAAATTGATAATCATTCATATA
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * ** * *
200706 ATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCA-ACAATTAGGTTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTCTTAAGT
1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATA-AA-TA-GTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * ** * * * * *
200768 TTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAAATGGTATGGATAGAACCAACTG
63 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG
* ** * * * * *
200832 TTTGATGACATGATAGAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAG-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * ***
200951 CT-AAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAAT-AGACTTTATATGCACAAAAACAACCA
65 -TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAG-C-TTGTATGAACAGAAACAATTG
* * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * ** * *
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126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * * ** * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGATAAA-TAGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * *
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* * * * *
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128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
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1 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAAT-AGTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * *
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** * *
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126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *** * *
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1 G-TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAATA-G-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** ** * ** * * *
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* * ** * * *
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126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
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* * **
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* * * * * ** * * *
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126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * ** * * *
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** * * ** *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
202267 TTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATA
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
202319 GTCATATCTATTTGAGCTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
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* * * * * ** * *
202380 TTGTAATGTTAATAAATAAGTATTATTTTATTCT-ATAGAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTAT
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* * * * *
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128 TTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATA
*
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1 GTCATAACTATTTGAACT
202515 GGTTAGACAA
Statistics
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0.74 0.17 0.09
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198213 TGGTTAGGTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 5
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.19
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Done.