Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168148.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_39, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 2000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 4
Found at i:199016 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 196984--199092 Score: 1435
Period size: 181 Copynumber: 11.8 Consensus size: 181
196974 TAGAAGGTAG
* * *
196984 ATTTATTTTTTTGAAAT-TTTTATTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA
1 ATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
* * *** * * * * *
197047 TT-TGAAATAAGCTTATACGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAATGATT
63 TTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * * * *
197111 TGAAATAGAAAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAA-TA
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* * * *
197165 GTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * ** *
197230 -TCAAATAA-CCTATATGAATTTATATAGTTGTTTT-TTATGAAACAAAAAGTCATAACGATTTG
65 CT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * *
197292 AAATAGATAATTATTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAT
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAACAA
* * * * * *
197344 ATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
197409 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGGCTAAACAAAAAGTCATAA-TAGTTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGA
** * * *
197473 AATA-A-AA-TAAT--AAT-GTCATAACGATGTGAACTTGTTTGA-TAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAACAA
* * *
197519 ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTATTT-TAATAAGT-ATAAAGTTA-TATTATTTT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAAT-ATTAATAAA-TTAGTATTATTTT
* * * * * * * * *
197581 ATT-TGAAATAGGCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCAAT
62 ATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT
* * *
197645 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAACAA
126 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAACAA
* *
197701 A-TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
197764 -TTAATAAACTTATATGAA-AGAAACAATTCTTTAATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA
65 CTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * * * *
197827 AATAGGCA-AATTATTCATATAGTCATGACTAATTG-GTCTATTTCAATAAATAT
130 AATA-G-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTTCAGTAAACAA
* * * **
197880 ATTTA-TTTTTAAA----ATATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA----A-TC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * ** * * * * * *
197935 CAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGCCATAATGATTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
198000 ATAAATAATT-TATCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAGA
131 ATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAGTAAACA-A
* * * **
198052 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAGTTTTTGAAATGTTAATAAATTTGTATTACCTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *** * * **
198113 TGAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAA
66 TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
198177 ATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTT-AGGTAAATAGA
131 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCA-GTAAACA-A
* * * *
198229 A-TTATTTTTTTAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTA-TC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
198288 ATGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGTTTTG
66 -TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * **
198352 AAATAGATAATTGTT-ATTATAGTCTTAAATATTTTGAGCTGGTTT-AACAAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA-TTTGA-ATTGTTTCAGTAAACAA
* * * *
198406 ATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * *
198469 -TCAAATAAGCTTGTGTGAACAGAAATAATTTTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTG
65 CT-AAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
198533 AAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGATTCAGTAAACAA
129 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAGTAAACAA
* * *
198586 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAAATTAATAAATTGGTATCATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * *
198651 TGAATAAGCTTGAATG-A-T-AAAAAATGTTTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTT
66 TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAAT-TGT-TT-TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * ** * *
198713 GAAATAGATAATTGTTGAAAT-GGCAATAATTATTTGAAACGATTT--GTTTAACAT
128 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAATTG-TTTCAG-TAAACAA
* ** * * * * *
198767 ATTCACATTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTGTCATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** *
198828 TGAATAAGCTTGTAT-AAGTTGAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAACAATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
** * * * *
198891 AATAGATAATTGTTCATGTAGTCTTAATTGTTTGAATTGTTTCAGCAAACAA
130 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAGTAAACAA
* * * *
198943 ATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * ** *
199008 TAAATAAGCTTGTATAAACTGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGGTTGTAATGATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGA
* *
199073 AATAGGTAATTATTCAAATA
130 AATAGATAATTGTTCAAATA
199093 AGAGTTGGTT
Statistics
Matches: 1528, Mismatches: 309, Indels: 181
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.00
171 42 0.03
172 52 0.03
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174 3 0.00
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182 58 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
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TAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTCAGTAAACAA
Found at i:199163 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 198931--199246 Score: 420
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198921 TTTGAATTGT
* ** * * *
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*
198996 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACTG-AAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGGT
66 ATGATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-AA-TGAAAACAATTATTTTATAACAAAAC-AAAA-GT
* *
199060 T-GTAATGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAAGAGTTGG
127 TCATAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAAGAGTTGG
* * * *
199101 TTCAGTAAACAGATTTATTTTCTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGACATATTAATAAATTAGT
1 TTCAGCAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
199166 ATGATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCA
66 ATGATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAATG-AAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCA
199231 TAACGATTTGAAATAG
130 TAACGATTTGAAATAG
199247 ATAGTTGTTG
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 17, Indels: 7
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.04
169 20 0.16
170 101 0.80
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
TTCAGCAAACAAATTTATTTTCTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT
ATGATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAATGAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCAT
AACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAAGAGTTGG
Found at i:203257 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 202933--207488 Score: 2848
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202923 TTATTTGGAA
* * * * * **
202933 AGAAACAATTGTTTTATGGCAATATAAAAGATCCATAACTATTTGAAATA-A-AATTGTTCAAGC
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
202996 AATCATAACTATTTGAGCTTGCT-AGATAAATAAA-TTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTGAT
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* *
203059 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTCTATGAAC
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* *
203113 AGAAACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * *
203178 AGCCATAACTACTTGAACGTGCTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTT
* * *
203243 TGAAATATTAATAAATTTATATTATTTT-TTTTGGAAAAATCTTATATGAA-
130 TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTATATGAAC
* * *
203293 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * ** *
203357 GTTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-ATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCCTTAACT
66 G-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATT
* ** * *
203421 TTT-AGAATATTAATAGA-TATATATTATTTTATTCCGAATAAGCCTATA-AAAC
128 TTTGA-AATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * ** * *
203473 TAG-TACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAGTTCATAACTATTTGAAATAGATAAGTATTCAAAT
1 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * *
203537 AGTTATGACTATTTGGACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATT
* * * * *
203601 GTCT-AAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAC
128 -TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * *
203654 AGAAAACAATT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA-AATTTAAAATAAATAATTATTCAAAT
1 AG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * ** * * *
203717 AGTCATAATTATTTGAACTTATTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTG
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAA-TTTCTACTTATTAATT-
* ** * ** * *
203782 TTTG-AATATTAACAAATTTGTATTATTTTATATAAAATAAGCTTGTATGAAT
128 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * *
203834 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* ** ** *** * *
203898 AGTAATAAACTATTTGAACTTGTTTGGTGAACCGGTTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
65 AGTCAT-AACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATT
* * * **
203963 TTTGAAATAATAATAAATTAGA-ATTATGTTT-TTATGAATAAGCTTGTACAAAC
128 TTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * *
204016 AGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGTTATAA-TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAC
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * *
204080 AGTCACAACTATTTGTA-TTGGTCATACCAACAAATTCATTTTTTAAA-TCCATTACTTATTAAT
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*
204143 TTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGAC-TATATGAAC
127 TTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTATATGAAC
* * * * *
204197 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAG
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * * * *
204261 AGGT-ATAAATAATTGACCTAGTTTAGTAAGCAGATCTAGTTTTT-AATTCTCTTGCTTATTAAT
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* * * * *
204324 TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTGAATAAACTTATTTAAAC
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * *
204378 AAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * ** ** * * * **
204442 AGTCATAATTATTTCAACTAATTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACAAATTAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTT
** * * *
204507 TTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTTGAATAAGGTAGAATTATGTTTTTATGAATAA
129 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT-A---AG-CTTA------TATG---AA
204572 GC
180 -C
* *** * **
204574 TTGTACGAACAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAATGGT-ATAA-TGATTTGAAATAGATA
1 -AG-A--AAC---AATTGTT-TTATGACA-AA-ACAAAA-GGTCATAACT-ATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * *
204637 ATTGTTCAAACAGTCACAACTATTTGCA-TTGGTCATACCAACAAATTCATTTTTTAAA-TCCAT
54 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATTTC--
* * * *
204700 TACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAAAC-TATATGA
116 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTATATGA
*
204763 AA
179 AC
* * * * *
204765 AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * * *
204830 GTTATAAATAATTGACCTAGTTTAGTAAGCAGATTTATTTTTT-AATTCTCTTACTTATTAATTT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TC-TACTTATTAATTT
* * * * *
204894 TTAAAATATTAATAAATTAATATTACTTTATTTTGAATAAACTTATTTAAAC
129 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * *
204946 AAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGACTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * ** ** * * * **
205010 AGTCATAATTATTTCAACTAATTTGGCAAACAAAATT-TTTTTTAAATCTCTTACAAATTAATTT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTT
** * * * *
205074 TTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTGTTTTGAATAAG-GTAGTAAGAAC
129 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAAC
* * * * ** * * * * * * * *
205126 TGAAAAAATTATTTTATGACAAAAAAAAATATCAAAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTTATATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * **
205191 GCCTTAACTATTTGAACTGGATCA-ACAAAAAAATTTATTTTTT-AATTCTCTTGGTTATTAATT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATT-TC-TACTTATTAATT
* * * * * *
205254 TTT-AGAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAAACTTCTATGAAC
128 TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT-AAGCTTATATGAAC
* * * * * ** * * *
205307 AAAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTTATAAGAAATTGAAATATATAATTGTTCAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* ** * * * * *
205372 GTCATAACTATTT-AAATTAGTTTGGTAAATAAA-CT-TTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTT
66 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATTT
* ** * * **
205434 TTAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAGTAGGC-TAGTATGATG
129 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAAC
* * * *
205486 AAAAATAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** * * * *
205549 GGCCATAATTATTTGAA-TTGATTC-GATAAACTGATTTATGTTTTAAATCTCTAATTTATCAAT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCT-ACTTATTAAT
* * ** *
205612 TTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAC
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * *
205666 TA-AAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGGTTATAA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAA
1 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
205729 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTATTA
63 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTA-TTTTTT-AAATTTC-TACTTATTA
* * * *
205794 ATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATTAG-TATATGTGAAC
125 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TATATGAAC
* * * * * *
205850 TGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTTGA-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * * * *
205914 AGTCTTAACTTTTTGAACTGGATT-GGTAGATACATTTATTTTTT-AAGTCCTTACTTATTAATT
65 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATT
* * * * * * *** * * *
205977 TTT-AGAATATTATTAATTTAACAATATTGTACTCCAAATAGGCTTTTATGAAT
128 TTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * *
206030 AGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAA-TGATTTGAGATA-AGTAATTGTTTAAA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAA
* * * * *
206092 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAATTT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTT
* ** * * ** ** *
206154 TTGAAATAGTAATAAATTAGCATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAAT
129 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
** * *
206206 AGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAAT
* * * * * * *
206270 GGACATGACTATTTGAACTTGTT-AGGTAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATT-A--
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATT
* * *** * * * *
206331 ---G-AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAGAAACTTTTATGAAT
128 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* ** * *
206380 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGAACATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATACAAAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * *
206444 AGTCATAACTATTTGAACTCGCTT--GATAAACAAATTTATTCTTTAAA----TA-TTTTTAA-T
65 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATT
* * * * *
206501 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT-TGGAAT
128 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATAT-GAAC
* * *
206554 AGAAATATTTAG-TTTATGACAAAACAAATA-GTCACAA-TGATTTGAAATAG------A-T---
1 AGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * ** *
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* ** ** *
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* * * *
206724 AGAACCAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAA-TGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGAT
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
** * * * * *
206788 TCTCATAACTATTGGAACTTGTTC-GATAAGCAAATTCATTTTTTTAATTCTTTTACTCT-TTAA
65 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-TTCTACT-TATTAA
* ** *
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126 TTT-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * *
206906 TA-AAACAATTGTTTTGTTACAAAACAAAAGGTCA-AAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAA
1 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * *
206969 TAGTCATGACTAGTTGAACTTGTTC-GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAAT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAAT
* ** * * *
207033 TGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAACTTATATGAAT
127 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * *
207087 AGAAATAATTATTTTATG---GAA-AAAA--TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATA
1 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * * *
207146 ATCATAGCAATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
66 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATT-T
** *** * *
207211 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAATCTTGTATGAAC
129 -TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * ** * * * * * *
207262 AAAAAAAAATCATTTTTTGACAAAGCAAAAGGTTAT-AGTGATTTCAAATAGATAATTTTTCAAA
1 -AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * * * * *
207326 AAGTTATAATTATTTAAACTCGATCA-ATAACATATTCATTTTTTAAATCTCTAAATTATCAATT
64 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCT-ACTTATTAATT
** * * * * *
207390 TTCAAAATATTAATAACTTACTGTTATTTTATTTTGAATAAGCTTATCTGAAT
128 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
* * * * *
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1 AGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGA
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AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAC
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Alignment explanation
Indices: 204375--204752 Score: 444
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204365 AACTTATTTA
*
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* * *
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**** * * *
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194 AAGCTTGTACG
* * * * *
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* * **
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ACAGTCACAACTATTTAACAATTTGGCAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACAAATTAATTT
TTGAAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGGTAGAATTATGTTTTTATGAATAA
GCTTGTACG
Found at i:207725 original size:181 final size:179
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* * * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
207756 C-TTTATTTTGTCATCAAACAACTGGTTTT-GTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACT
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* * *
207819 AATTTAATAAAATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGT
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* * * * ** * *
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1 TTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCT
** * * * ** *
207937 TTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATACAAGCCTATTCAGAATAAATTAATACTAAT
66 TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* * * *
208002 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAA-AAATGAGATTTAAAAACTAAATATGT
131 TTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAAT-TGT
* * * * * * *
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1 TTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC
* * **
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* ** *
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129 ATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
208229 ATATGGCCAT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 91, Indels: 36
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCT
TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGT
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Indices: 208237--211759 Score: 1703
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208227 AAATATGGCC
* * * **
208237 ATTTAAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTT
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * *
208302 ATCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-A-AA-TAA
66 ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGCAA
* * * * *
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* * ** * * * *
208414 ATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTCTT
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* **** * *
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* * * * * * **
208541 AGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAACCTAGTTCAAATAGTTAAAACT
129 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * ** * * * *
208593 ATTAGAATAATTATGTATTTCAAATTGTCCTAACCTTTTGTTTAGTCA-AAAATATTTGTTTCAT
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * * * * * *
208657 ATCTTACAAGCTTATTTATAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATCCAAAAAACTAATAAGCAA
66 ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCC-AAAAATTAATAAGCAA
* * * *
208722 AAGATTTGAAAAAACAAATCTCTTTGTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
130 GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * *
208774 ATTTGAACAA-T-T-TATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGACATCAAAA-AATTGTTTCA
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTGTTTCA
* * * ** *
208835 -ATTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTACAAAATTATTAAGC
65 TA-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCA-AAAATTAATAAGC
* * * ** *
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128 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * * *
208952 ATTCGAATAATTGTTTTTTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTAG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-
* *
209017 T-TCATACAAGCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT----A
65 TATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * * * *
209077 AGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTACCAAATC-AGTTTAAATAGTCATGTCC
129 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** *
209129 ATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTC-T
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
** * * * **
209192 ATTCATGAAAA-AATATTCAGAAT-AAATAATACTGATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAAGC
66 A-TCAT-AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGC
* * * *
209255 TAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTTTGATT
128 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
209309 ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * ***
209374 GTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTTAAAATTAAT----AA
66 ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGCAA
* * * *
209435 GAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CTAAATCAA-ATCAAATAATTATGGCC
130 GAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT
* ** * ** *
209486 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC-TTTCATTTGTCATAAAATAATTGTTTTTC
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTC
* * * * * *
209550 A-A-CATACAAGCTTATTGAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGT
64 ATATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGC
* * ** * *
209609 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTAAAATGGTTATGACT
128 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * * ** *
209662 ATTTGAGCAATTATCCATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTC-T
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * ** * * * *
209726 GTTTATACAATTTTATTCGAAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAA-CT
66 -ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGC-
* * * * * * ** * * *
209789 AGGAGATTTAAAAATTAAAATATGCTTGT-GAATTAGTTCAAACAATTAAGACT
128 AAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * *
209842 ATGTGAA-CATTAACTATTTCAAA-TGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTATTTCAG
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * * * *** * * * * * * * * *
209905 CTCGTACAAGTTTTTTTGGAACAAAATAAAACTAATTTGTCAATATTTCAAAATTTTATATGGAA
66 ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGCAA
* * * * * *
209970 GAGATTTAAAAAA-AATTCTATTTA-CAAAACTAGTTTAAATAATT-TAACT
130 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
210019 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAA-TGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TT
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * * ** ** * *
210082 GTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTA
66 -ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCA-AAAATTAATAAGCA
* * ** *
210147 AGAGATTTAAAAAGT-AATCTGTTTACCAAACATTTTCAAATAGTTTTGACT
129 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
210198 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATTG-ATC-
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCA
* ** ** * * * * * * *
210260 TGTTCATACTATTTTATTTAGAATAATATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACC
65 T-ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGC
* ** ** * * *
210325 AAGAAAATTTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAATCCA-TTCAAATAGTCAAT-ACT
128 AAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGT-TATGACT
* * * * * *
210379 A-TTGAATGATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAGCAATTGGTTTTA
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCA
* * * ** *
210443 GAAT-ATAATAATGCTAATT--TAAT--AAT-ATTTTGAA---ACTTAATAACCAGGAAAATT-A
65 -TATCATAA-AA-GCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTA-TTAATATCCA--AAAATTAA
* * * *
210498 TAA--AA-A-ATCT----AAT---TGCTG-------AACTAGTTCAAATAGTCAAT-ATT
123 TAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACT
* * * ** * * *
210539 ATATGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATAT-TTT-G
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCA
* * * * * ***
210602 T-TCATACAAGCTTATTCAAACTAAAATAATACAAATTTAATATTATTTTGAAAATTAAT----A
65 TATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGCA
* * * * * *
210662 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAA-TT-ATATGGTTAAGACT
129 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * * * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-
* *** * *
210778 T-TCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAG-
65 TATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGC
* ** * * *
210841 -AGA-TTTTAAAAAATAAATCAATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA-GTCCT
128 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATG-ACT
* * * * *
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1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCA
* * * * * * * * *
210956 GT-TAACACAAGCTTATACAAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATGTCTAAAATTAATAAGT
65 -TATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-CCAAAAATTAATAAGC
* * * * * * * *
211020 AAGAGATTTAAAAATATATATTTGTTTACCGAATCAA-TTAAAATAATTATGGCC
128 AAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * * ** * * * * *
211074 ATTCAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTATTTTATTATAAAACAATTGTTT-TT
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * * * * * *
211138 ATCATACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTATTTGAAC-AA-TTA-TAATAATACAAATTTATT
66 ATCATAAAAGCTTA-TTCAA-A-ATA-AAATA-AT--ACTAATTTATTAAT-ATCCAAA--AATT
* * * * * * *
211200 AATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAAT
121 -A-A-T-AAGC----AA-GAG--AT----TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
211265 AGTTATGACT
171 AGTTATGACT
* * * * * * *
211275 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-TT
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * **** * ** *** * *
211339 GTTTATACAAGCTTATTCGGGTTTAAATAATTTTAATTTATTAATATTGTGACAATTAATAAGTA
66 -ATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * *
211404 AAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTCATAACT
129 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
** * * *
211456 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCA-
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT
* * * * * * * * *
211520 ATTTATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTAATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTA
66 A-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TCCAAAAATTAATAAGCA
* * * * * * * *
211585 AGAGATTTAAAATAT-GATCTATTTACCGAATAAGTTGAAATTGTTATGACT
129 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
211636 ATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TGTTT-A
1 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* *
211698 TATTCA-AACTAAGCTTTATTC-AAATAAAATAATAGTAAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
65 TA-TCATAA--AAGC-TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATCCAAAAATTAAT
211760 TTTTTTTGAC
Statistics
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* * *
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1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATACA
* * * *
208310 AGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAGAA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
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* ***
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* * *
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* * * ** * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * *
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65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCC-AAAAATTAATAAG----AGATTT
* * ** * *
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125 -AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATC-AGATCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
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188 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCA
* * * *
208854 AAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTACAAAATTATTAAGCA-AGAGTTTAAAAAAATAAG
252 AAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAGAGA-TTT-AAAAAATAAA
* * * *
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* * * * * * *
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1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAA
* * *
209026 GCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAG
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
209091 TTAATTTGTTTACCAAATCAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCA
131 TAAATCTGTTTACCAAATCAGATCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** *
209156 TTATGACATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGAAAA-AATATTCAGAATAAAT
196 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT-AAAAGCTTATTCAAAATAAAT
* * * * *
209219 AATACTGATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAAGCTAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTAT
260 AATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAG-TAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTAT
* *
209284 CGAACAAGTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAACA
322 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * *
209318 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGGTCATAAAA
1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAA
* * ***
209383 GCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTTAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
* * * *
209448 TAAAT-TAGTTTACTAAATCAAATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
131 TAAATCT-GTTTACCAAATCAGATCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * ** * * * *
209512 ATTATTAC-CTTTCATTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTGAAAATAAA
195 ATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAA
* *
209575 CTAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAGT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
259 -TAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAT
** * * *
209637 CGAATTAGTTAAAATGGTTATGACTATTTGAGCA
322 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * ** *
209671 ATTATCCATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTCT-GTTTATACA
1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATACA
** * * * *
209735 ATTTTATTCGAAAT-AAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAGGAGATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
* * * *** * * * * * * * *
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126 AAAAAT-AAATCTGTTTACCAAATCAGATCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * * * * * *
209862 AAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTATTTC-AGCTCGTACAAGTTTTTTTGGA
190 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATAAAAG-CTTATT-CA
* * * * * * *
209925 ACA-AAATAAAACTAATTTGTCAATATTTCAAAATTTTATATGGAAGAGATTT-AAAAA-AAATT
252 AAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATA-AGTAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
209987 CTATTTA-CAAAACTAGTTTAAATAATT-TAACTATTTGAACA
315 -TATTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
210028 ATTATCCATTTCAAA-TGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAA
1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAA
* * ** *
210092 GTTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATT-A--A-TAAGAGATTTA
* ** * * *
210156 AAAAGT-AATCTGTTTACCAAA-CATTTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
126 AAAAATAAATCTGTTTACCAAATCA-GATCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * ** ** * *
210219 AAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATTG-ATCTGTTCATACTATTTTATTTAGA
190 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAA
* ** * *
210282 ATAATATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTTAAAAAATAAATC
254 ATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-TTAATAA-GTAG-AGATTTAAAAAATAAATT
* ** * * **
210347 TAATTGCCGAATCCA-TTCAAATAGTCAAT-ACTA-TTGAATG
315 TATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
210387 ATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAGCAATTGGTTTTAG--AATATA
1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATACA
* * * ** * * * *
210450 A--TAATGC-TAATTTAATAATA-T--TTTGAAACTTAATA-ACCAGGAAAATT-ATAAAAAATC
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT---A-TTAATATTCCA--AAAATTAATAAGAGATT
**** * ** *
210507 TAATTGCTGAA-CTAG-TT--CAAAT-AG-TC-AATA-TTAT----A--TGAATGATTATCAATT
124 TAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAATCAGATCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATT
* * * * *
210558 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-TATTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAA
188 TCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * * *
210621 ACTAAAATAATACAAATTTAATATTATTTTGAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATTT
253 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
210683 GTTTA-CTGAACCAA-TT-ATATGGTTAAGACTATTAGAACA
316 ATTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * *
210722 ATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTAGTCATCAGATAATTATTTGAGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAA
*** * *
210787 GCTTATTTGGAATAAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAA
66 GCTTATTCAAAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGA-TTTAAAA
** * * * * * *
210852 AATAAATCAATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-GTCCTATTTGAACAGTTGTCTATTTAAA
129 AATAAATCTGTTTACCAAATC-AGATCAAATAGTTATGACC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * *
210915 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-ACATTGTTT-TAGTTAACACAAGCTTATACAAAA
192 ATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATA-ATTGTTTCTA-TTCATAAAAGCTTATTCAAAA
* * * *
210978 TAAAATAATACAAAATTATTAATATGTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATATATTT
255 T-AAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAA-ATAAATTT
* * * * * * **
211043 GTTTACCGAATCAA-TTAAAATAATTATGGCCATTCAAACA
316 ATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * ** * * * * *
211083 ATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTATTTTATTATAAAACAATTGTTTT--TATCATACA
1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATACA
* *
211146 AGCTTATTTGAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAATAATACAAATTTATTAATATT-CAAA
65 AGC-----T---TA--T-T--C------AA-AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAA
* * * * *
211210 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
109 -AATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGATCAAATAGTTATGACC
* * * * * * * *
211275 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTG
169 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
* * **** ** * *
211340 TTTATACAAGCTTATTCGGGTTTAAATAATTTTAATTTATTAATATTGTGACAATTAATAAGTAA
234 TTCATAAAAGCTTATTC-AAAATAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAATTAATAAGT-A
* * * * * * * * * *
211405 AAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACCAAAAAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATA
296 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * * * * * * * * *
211465 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTTATATAG
1 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAA
* * * *
211530 GCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTAATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAA
* * * * * * * * * *
211595 AATAT-GATCTATTTACCGAATAAGTTGAAATTGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAA
127 AAAATAAATCTGTTTACCAAATCAGATCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** *
211659 ATTGTTATGAC-TCTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TGTTTATATTCA-AACTAAGCTTTATTC-A
192 ATCATTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAA--AAGC-TTATTCAA
*
211720 AATAAAATAATAGTAAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAAT
253 AAT-AAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAAT
211760 TTTTTTTGAC
Statistics
Matches: 2452, Mismatches: 522, Indels: 363
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 15 0.01
335 72 0.03
336 7 0.00
338 9 0.00
339 17 0.01
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344 2 0.00
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364 4 0.00
365 6 0.00
366 4 0.00
368 2 0.00
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372 1 0.00
373 1 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
ATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA
TAAATCTGTTTACCAAATCAGATCAAATAGTTATGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAA
CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
Found at i:209708 original size:715 final size:706
Alignment explanation
Indices: 208258--209786 Score: 1529
Period size: 715 Copynumber: 2.1 Consensus size: 706
208248 TATCTATTTC
* * * * *
208258 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATATAAGTTTATTCAAAA
1 AAATCGTTATAACATTTTGTTTTG-CATAAAACAATTATTTTGT-TCATACAAGTTTATTCAAAA
* *
208323 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATAAATAAGAGATTTAAGAAATAAATCTGTTTA
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAGAAATAAATCTGTTTA
* * * * *
208388 TCGAACCAGATCAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATCTTTG
129 CCAAACCAGATCAAATAGTCATGACCATTTGAAGAATTATCAATCTCAAATCATTAACATCTTTG
* ** **
208453 TTTTGTCATAAAATAATTGTTCTTGGTCATAAAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATACTAATTTAA
194 TTTTGTCATAAAACAATTGTTCTT-GTCATAAAAGAATATTCAG-TAAAAATAATACTAATTTAA
* * * * *
208518 TAATATCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTAACCTAGTTCAAAT
257 TAACATCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAACCAAGTTCAAAT
* * * * * *
208583 AGTTAAAACTATTAGAATAATTATGTATTTCAAATTGTCCTAACCTTTTGTTTAGTCAAAAATAT
322 AGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTCATAACCTTTTGTTTAGTCAAAAACAA
* * * ** * *
208648 TTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTTATAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATCCAAAAAACT
387 TTGTTTCAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATCCAAAAAACT
* * * *
208713 AATAAGCAAAAGATTTGAAAAAACAAATCTCTTTGTCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
452 AATAAG---AAGATTTGAAAAAACAAATCTCTTTCTCAAACAAGATCAAATAATTATGACCATTT
* ** *
208778 GAACAATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGACATCAAAAAATTGTTTCAATTTATAA
514 GAACAATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCATTTGACATCAAAAAATTGTTTCAA-TCATAA
* *
208843 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTACAAAATTATTAAGCAAGAGTTTA
578 AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTACAAAATTAGTAAG-AAGAGTTTA
* * * * * **
208908 AAAAAATAAGTTTATTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTCGAATAATTGTTTTTTTA
642 AAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAATTAAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCATTTTA
* * * *
208973 AAATCGTTATGACATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTGTTCAAAA
1 AAATCGTTATAACATTTTGTTTTG-CATAAAACAATTATTTT-GTTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * *
209038 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAA-AAAGTTAATTTGTTT
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAGAAA-TAAATCTGTTT
* * * * * *
209102 ACCAAATCAGTTTAAATAGTCATGTCCATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-T
128 ACCAAACCAGATCAAATAGTCATGACCATTTGAAGAATTATCAATCTCAAATCATTA--ACATCT
*
209166 TTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATGAAAA-AATATTCAG-AATAAATAATACTGA
191 TTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCT-TGTCAT-AAAAGAATATTCAGTAA-AAATAATACTAA
* ** *
209227 TTTATTAACATTCTGAAAATTAATAAGCT-AGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CA
252 TTTAATAACA-TCCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAT-GAACCA
*** * * * *
209290 AGTTCAAATAGTTTTGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTG
313 AGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTCAT-AACCTTTTGTTTAG
* * * * *
209354 TCATAAAACAATTGTTTTAGGTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
377 TCA-AAAACAATTGTTTCAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACA
**** * * *
209419 TTTTTAAAATTAATAAG-AGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTACT-AAATCAA-ATCAAATAAT
441 TCCAAAAAACTAATAAGAAGATTTGAAAAAACAAATCT-CTTT-CTCAAA-CAAGATCAAATAAT
* * * *
209479 TATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC-TTTCATTTGTCAT-AAAATAAT
503 TATGACCATTTGAACAA-T-T-TATTTAAAATCATTATGACCTTTTCATTTGACATCAAAA-AAT
* ** *
209542 TGTTTTTCAA-CATACAAGCTTATTGAAAATAAACTAATACTAATTTATTAATATTT-CAAGAAT
564 TG--TTTCAATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTACAA-AAT
* ** * * *
209605 TAGTAAG-AGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTAAAATGGTTATGACTATTTG
626 TAGTAAGAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTATTTATCGAACAAATTAAAATAGTTATGACTATTCG
*
209667 AGCAATTATCCATTTT-
691 AACAATTAT-CATTTTA
* * * ** * * *
209683 AAATTGTTCTAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTCTGTTTATACAATTTTATTCGAAA
1 AAATCGTTATAACATTTTGTTTTG-CATAAAACAATTATTT-TGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
* * *
209748 T-AAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAA
64 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
209787 CTAGGAGATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (706 bp):
AAATCGTTATAACATTTTGTTTTGCATAAAACAATTATTTTGTTCATACAAGTTTATTCAAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAGAAATAAATCTGTTTACC
AAACCAGATCAAATAGTCATGACCATTTGAAGAATTATCAATCTCAAATCATTAACATCTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTCTTGTCATAAAAGAATATTCAGTAAAAATAATACTAATTTAATAAC
ATCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATGAACCAAGTTCAAATAGTT
AAAACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTGTCATAACCTTTTGTTTAGTCAAAAACAATTGT
TTCAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATCCAAAAAACTAATA
AGAAGATTTGAAAAAACAAATCTCTTTCTCAAACAAGATCAAATAATTATGACCATTTGAACAAT
TTATTTAAAATCATTATGACCTTTTCATTTGACATCAAAAAATTGTTTCAATCATAAAAGCTTAT
CCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTACAAAATTAGTAAGAAGAGTTTAAAAAAATAA
ATTTATTTATCGAACAAATTAAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCATTTTA
Found at i:210047 original size:178 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 178 Copynumber: 11.3 Consensus size: 179
208236 CATTTAAATG
* **** *
208246 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCATATAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAA
* ** * * * *
208311 GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAA-TAA--A-TAAGAGATTTA
65 GTTTGTTTGAAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTT-AGAAAATTAATTAGGAAGAGATTTA
* * * * * * * *
208371 AGAAATAAATCTGTTTATCGAACCAG-ATCAAATAG-TTATGACCATTTGAATA
129 A-AAAGAAATCTATTTA-CAAAACAGTTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
208423 ATTATCAATCTCAAATCATTA-AGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTCTTGGTCATAA
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATA-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATAC
* * ** * ** * *
208485 AAGCTTATTTGGTTA-AAAATAATACTAATTTAAT-AATATCCA-AAAATTAATAAGTAAGAGAT
63 AAGTTTGTTT-GAAACAAAATAAAACTAATTT-ATCAATATTTAGAAAATTAATTAGGAAGAGAT
* * *** * * * *
208547 TTAAAAAATAAATGTATTTGTTAACCTAG-TTCAAATAG-TTAAAACTATTAGAATA
126 TT-AAAAAGAAATCTATTTACAAAAC-AGTTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACA
* ** * * * * ** *
208602 ATTATGTATTTCAAATTGTCCTAACCTTTTGTTTAGTCA-AAAATATTTGTTTCATATCTTACAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAA
* * * ** * * * ** * * * * *
208666 GCTTATTT-ATAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATCCAAAAAACTAATAAGCAAAAGATTTG
65 GTTTGTTTGA-AACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTAGAAAATTAATTAGGAAGAGATTT-
* * * *
208730 AAAAAACAAATCTCTTTGTC-AAACAAG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACA
128 -AAAAAGAAATCTATTT-ACAAAAC-AGTTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACA
* * * * * ** * *
208783 A-T-T-TATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGACATCAAAA-AATTGTTTCAATTTATAAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTCAGCTCATACA
* * *** * * * * * *
208844 AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTACAAAATT-ATTAAGCAAGAG-TTT
64 AGTTTGTTTGAAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTAGAAAATTAATT-AGGAAGAGATTT
* * *** ** * * *
208907 AAAAAAATAAGTTTATTTATTGAACAAATTCAAATAG-TTATGACTATTCGAATA
128 AAAAAGA-AA-TCTATTTACAAAACAGTTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
208961 ATTGTTTTTTTAAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGCCATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAA
* ** * * * * *
209026 GCTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAA-T---AAGTGATTTA
65 GTTTGTTTGAAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATT-TAGAAAATTAATTAGGAAGAGATTTA
* * * * * * *
209086 AAAAGTTAATTTGTTTACCAAATCAGTTT-AAATAGTCATGT--CCATTTGAAGA
129 AAAAG-AAATCTATTTA-CAAAACAGTTTCAAATAG--ATTTAACTATTTGAACA
* * * * *
209138 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGA-
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTCAT-AC
*** * * * * * * * * **
209200 AAAAAT-ATTCAGAA-TAAATAATACTGATTTATTAACATTCT-GAAAATTAATAAGCTAGAGAT
63 AAGTTTGTTTGA-AACAAAATAAAACTAATTTATCAATATT-TAGAAAATTAATTAGGAAGAGAT
* * * * * *
209262 TTGAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAG-TTCAAATAGTTTTGATTATTTGAACA
126 TT--AAAAAGAAATCTATTTA-CAAAAC-AGTTTCAAATAGATTTAACTATTTGAACA
* * * * *
209318 ATTATCTATTTAAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGGTCATAAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACA
* * *** * * * * **
209382 AGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTTAAAATTAA-T---AAGAGATTTA
64 AGTTTGTTTGAAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTAGAAAATTAATTAGGAAGAGATTT-
* * ** ** *
209443 AAAAATAAAT-TAGTTTACTAAATCA-AATCAAATA-ATTATGGCCATTTGAACA
128 AAAAAGAAATCTA-TTTAC-AAAACAGTTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACA
* * ** * * *
209495 ATTATCTATTTCAAATCATTATTACC-TTTCATTTGTCATAAAATAATTGTTTTTCA--ACATAC
1 ATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAGCTCATAC
* * * * * * *
209557 AAGCTT-ATTGAAA-ATAAACTAATACTAATTTATTAATATTT---CAA-GAATTAGTAAGAGAT
63 AAGTTTGTTTGAAACA-AAA-TAAAACTAATTTATCAATATTTAGAAAATTAATTAGGAAGAGAT
* * * * ** * * * *
209616 TTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAG-TTAAAAT-GGTTATGACTATTTGAGCA
126 TT-AAAAAGAAATCTATTTA-CAAAACAGTTTCAAATAGATT-TAACTATTTGAACA
* * * ** * * *
209671 ATTATCCATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTATTTCTGTTTATACAA
1 ATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAA
* * * * * * * ** *
209736 TTTTATTCGAAA-TAAATAATACTAATTTAAT-AATATTCTA-AAAATTCATAACTAGGAGATTT
65 GTTTGTTTGAAACAAAATAAAACTAATTT-ATCAATATT-TAGAAAATTAATTAGGAAGAGATTT
* * *** ** * * *
209798 AAAAATTAAA-ATATGCTTGTGAATTAG-TTCAAACA-ATTAAGACTATGTGAAC-
128 AAAAA-GAAATCTAT--TTACAAAACAGTTTCAAATAGATTTA-ACTATTTGAACA
* * * * *
209850 ATTAACTATTTCAAATGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTATTTCAGCTCGTACAAG
1 ATTATCTATTTCAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAG
* * * * *
209915 TTTTTTTGGAACAAAATAAAACTAATTTGTCAATATTT-CAAAATT-TTATATGGAAGAGATTTA
66 TTTGTTTGAAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTAGAAAATTAAT-TA-GGAAGAGATTTA
209978 AAAA-AAATTCTATTTACAAAACTAGTTT-AAATA-ATTTAACTATTTGAACA
129 AAAAGAAA-TCTATTTACAAAAC-AGTTTCAAATAGATTTAACTATTTGAACA
* * * * ** * *
210028 ATTATCCATTTCAAATGTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAG
1 ATTATCTATTTCAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAG
* * * *
210093 TTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAA
66 TTTGTTTGAAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTAGAAAATTAATTAGGAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
210158 AAGTAATCTGTTTACCAAACATTTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATA
131 AAGAAATCTATTTACAAAACAGTTTCAAATAGATTTAACTATTTGAACA
*
210207 ATTATCTATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAA-AATT
1 ATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATT
210256 GATCTGTTCA
Statistics
Matches: 1406, Mismatches: 312, Indels: 227
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 3 0.00
174 1 0.00
175 51 0.04
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180 165 0.12
181 172 0.12
182 32 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTATCTATTTCAAATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAG
TTTGTTTGAAACAAAATAAAACTAATTTATCAATATTTAGAAAATTAATTAGGAAGAGATTTAAA
AAGAAATCTATTTACAAAACAGTTTCAAATAGATTTAACTATTTGAACA
Found at i:210632 original size:163 final size:162
Alignment explanation
Indices: 210300--210591 Score: 376
Period size: 161 Copynumber: 1.8 Consensus size: 162
210290 ATACTAATTT
210300 AATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAATCCATTC
1 AATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAATCCATTC
** * *
210365 AAATAGTCAATACTATTGAATGATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAA
66 AAATAGTCAATACTATTGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAA
* * * **
210430 GCAATTGGTTTTAGAATATAATAATGCTAATTT
131 ACAATT-GTTTTAGAATACAATAATGCAAATAA
** * * * *
210463 AATAATATTTTGAAACTTAATAACCAGGAAAA-TT-ATAAA-AAATCTAATTGCTGAA-CTAGTT
1 AATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAATCCA-TT
* *
210524 CAAATAGTCAATATTATATGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA
65 CAAATAGTCAATACTAT-TGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATA
210589 AAA
129 AAA
210592 TAATATTTTG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 13, Indels: 6
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
159 2 0.02
160 33 0.29
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162 2 0.02
163 29 0.25
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (162 bp):
AATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTAATTGCCGAATCCATTC
AAATAGTCAATACTATTGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAA
ACAATTGTTTTAGAATACAATAATGCAAATAA
Found at i:211329 original size:201 final size:203
Alignment explanation
Indices: 210981--211355 Score: 506
Period size: 201 Copynumber: 1.9 Consensus size: 203
210971 TACAAAATAA
* * * * *
210981 AATAATACAAAATTATTAATATGTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATATATATTTGTT
1 AATAATACAAAATTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAGAAATATGTT
* * *
211046 TACCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTCAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCAT
66 TACCAAATCAATTAAAATAATTATGACCATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCAT
* *
211111 TTATTTTATTATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTATTTGA
131 TTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTATTTGA
211175 ACAATTAT
196 ACAATTAT
*
211183 AATAATACAAATTTATTAATAT-TCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-AGAAATATGT
1 AATAATACAAAATTATTAATATGTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAGAAATATGT
* * * ** * *
211246 TTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACT
65 TTACCAAATCAA-TTAAAATAATTATGACCATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
211310 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATT
129 ATTTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATT
211356 CGGGTTTAAA
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 22, Indels: 6
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
200 2 0.01
201 87 0.59
202 59 0.40
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (203 bp):
AATAATACAAAATTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAGAAATATGTT
TACCAAATCAATTAAAATAATTATGACCATTCAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCAT
TTATTTTATCATAAAACAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATTAT
Found at i:211680 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 211183--211759 Score: 636
Period size: 181 Copynumber: 3.2 Consensus size: 176
211173 GAACAATTAT
** *
211183 AATAATACAAATTTATTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAGAAATATGTTT
1 AATAATAGTAATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATG--ATATGTTT
*
211248 ACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTT
63 ACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTT
* * * ** * *** *
211313 TGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGGTTTA
127 TGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTAATTTATATAAGCTTATTCGAAATAA
** ** * *
211364 AATAATTTTAATTTATTAATATTGTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTT
1 AATAATAGTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAT-GATATGTTT
* * * * *
211429 ACCAAAAAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT
63 ACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTT
* *
211494 TGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTTATATAGGCTTATTCGAAATAA
127 TGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TTAATTTATATAAGCTTATTCGAAATAA
* * * * *
211545 AATAATAGTAATTAATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAATATGATCTATTTA
1 AATAATAGTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-ATGATATGTTTA
* * * * *
211610 CCGAATAAGTTGAAATTGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTCTTT
64 CCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACT-TTT
* *
211675 GTTTTGTCATAAAATAA-TGTTTATATTCAAACTAAGCTTTATTC-AAATAA
128 GTTTTGTCATAAAATAATTGTTTA-ATTTATA-TAAGC-TTATTCGAAATAA
211725 AATAATAGTAAATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
1 AATAATAGT-AATTTATTAATATTCAAAAATTAAT
211760 TTTTTTTGAC
Statistics
Matches: 331, Mismatches: 54, Indels: 23
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.01
179 9 0.03
180 116 0.35
181 193 0.58
182 11 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AATAATAGTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATGATATGTTTACC
AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTT
TTGTCATAAAATAATTGTTTAATTTATATAAGCTTATTCGAAATAA
Found at i:212627 original size:182 final size:174
Alignment explanation
Indices: 211931--213964 Score: 563
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 174
211921 GTTTATTAAT
* * * * * *
211931 AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCACAT-AGTATGATCTTTTGTTTCA
1 AGTTCAAATGGATTA-GACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTT-G
* * * * **
211994 TCATAAAATAATTGTTT-ATATTCACACAAGTTTATTTGGAAT-AAATAATACTAATTTATTAAT
63 TCATAAAACAA-TGTTTCAT-TTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-
** ** * * *
212057 ATTCTAAAAATCAATAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACA
125 ATTC-AAAAATTTA-AGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * * * ** *
212109 AATTCAAATAG-TCATGTCCATTTGAATAATTTTCTATTTTTGAATCATTAT-AACATTTTGTTT
1 AGTTCAAATGGATTA-GACTA-TTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGATC-TTTTG-TT
* * * * * *
212172 TATCAT-AAACTAACTGTTT-TTATTCATGCAAAA--TTATCCAAAATAAAATAATCCTAATATA
61 TGTCATAAAAC-AA-TGTTTCAT-TTCAT--AAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * ** * * * * *
212233 TTATTATTTTAAAAA-TTAA-TAAGATTTTTAAAAACTAAATTTGTTTAC-CAAAA
121 TTA--AATTCAAAAATTTAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * * *
212286 CAGTTTAAATAG-TTATTACTATTTGAACAGTTATCTATCTCAAATTATTATGATCTTTAT-TTT
1 -AGTTCAAATGGATTA-GACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTT-TGTTT
* * * ** * **
212349 GTCATAAAACGACTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAAGATA
62 GTCATAAAAC-AATGTTTCATTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA-A
* * * * * *
212414 ATTCCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAAATGTGTTTATTGATTC-
125 ATT-CAAAAA-T-TTAAGTAAAAAATTT-AAAAAAT-AAATCTATTTACTGA-ACA
* *
212469 AGTTCAAATGG-TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATCATTCTGATCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATGGATT-AGACTATT-GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTT-G
* *
212533 TCATAAAACAATATTTCATTTCATATAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAACAT
63 TCATAAAACAATGTTTCATTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AT
212598 TCAAAAATTTAATGATAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
127 TCAAAAATTTAA-G-TAAAAAA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
** * * *
212649 AGTTTGAATGGATTTGACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGGTTTTGT
1 AGTTCAAATGGATTAGACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTT-G-TTTGT
* * * * * * *
212714 TAGAAAACAATTGTTTCAATTT-ATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTCTATT-AA-
64 CATAAAACAA-TGTTTC-ATTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAT
* * ** *** * * *
212776 T-----A-TT---TCAAAAA-TTAATAACCAGGGCTGTTTTCTGAACT
127 TCAAAAATTTAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * * ** *
212814 AGTTCAAATAG-TTATGAATATTTCAACAA-TATCAATCTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTC
1 AGTTCAAATGGATTA-GACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTG-TTTG
* * * * * * *
212876 TCATAAAACAACTGTCT-A-ATCATACAAGCCTATTCA-AGTAAAAATAATATTAATTTAATAAT
63 TCATAAAACAA-TGTTTCATTTCATAAAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAA-
* * * * * * * *
212938 ATTCCAAAAA-TTAA-TGAGAGACTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACCA
125 ATT-CAAAAATTTAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CA
* * * * * *
212988 A-TTCAAATAG-TTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTCGTTTAG
1 AGTTCAAATGGATT-AGACTATT-GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTT-G
* * * * *
213051 TCATATAATAATGGTTTCAGTTT-ATACAGGCTTATTC-GAAATTAAATAATACTAATTTATTAA
63 TCATAAAACAAT-GTTTCA-TTTCATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
213114 TATTCAAAAAATTAA-TAAGAATGAGATTTGAAAAAAAAAATCTATTTA-TCAAAAA
125 -ATTCAAAAATTTAAGTAA-AA--A-ATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACA
* * * * * * * * *
213169 AGTTTAAATAG-TAATGACTATTTAAACAATTATCTATATAAAATCGTTATTACCTTTTATTTGG
1 AGTTCAAATGGATTA-GACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTT-G
* * * * * * *
213233 CCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATAAAAGCTTA---A-CA-AAAA-AATGCTACTTTATTAATA
63 TCATAAAACAA-TGTTTCATTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-A
* * * * * * *
213292 TTTAAAAAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-GAGTTTATTAAATCC
126 -TTCAAAAATT--TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTGAA-CA
* * * * * * * * *
213345 A-TTTAAAT-AATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATGGATTA-GACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTG-TTTG
** * *
213408 TCATAAATTAATTGTTT--TTCAACATACAAGCTTATTC-GTAATAAAATAATTA-TAATTTATT
63 TCATAAAACAA-TGTTTCATT--TCATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA-TACTAATTTATT
* * * * * *
213469 AACATTTCAAGAA-TTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTTAACT
123 AA-A-TTCAAAAATTTAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * ** *
213521 ATTTCAAGTAG-TTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACTTTTTGTTC
1 AGTTCAAATGGATTA-GACT-A-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATC-TTTTGTT-
* * * * * *
213583 TATCATAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCTTATCCATAATAAAATAACACTAATTTAGTA
61 TGTCATAAAACAA-TGTTTCAT-TTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA-TT
* * * **
213647 AAATTCTAAAAGTTAA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCA
123 AAATTCAAAAATTTAAGTAA--AA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CA
* * * * * ** * *
213703 A-TTTAAAT-AATTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTG
1 AGTTCAAATGGATT-AGACTAT-TGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTT-GTTTG
* * * ** * * * *
213766 TTATAAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTAATT-GGAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT
63 TCATAAAACAA-TGTTTCATTTCATAAAAGCTT-ATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-
** * * * * *
213830 ATTTCAAAAATTTATAAGTGGAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTGAACC
125 A-TTCAAAAA-TT-TAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
* * * * * *
213883 ATTTCAAAT-AATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTTAAATCATTATTA-CTTTTCATTT
1 AGTTCAAATGGATTA-GACTA-TTGAACAATTATCTA-TTTAAAATCATTATGATCTTTT--GTT
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61 TGTCATAAAACAA-TGTTT
213965 GTATTAATAT
Statistics
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AAATTTAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
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212885 AACTGTCTAA
* * * * * * *
212895 TCATACAAGCCTATTCAAGTAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--TAATGAGA
1 TCATACAAGCTTATCCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAATAAGA
* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * *
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1 TCATACAAGCTTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAATAA-G
* * *
213137 AGATTTGAAAAAAAAAATCTATTTA-TCAAA-AAAGTTTAAAT-AGTAATGACTATTTAAACAAT
63 AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-AAACCAA-TTTAAATAATTAA-GACTATTTAAACAAT
* * * *
213199 TATCTATATAAAATCGTTATTACCTTTTATTTGGCCATAAAACAATTGTTTTAGT
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* * * * * * *
213254 TAATAAAAGCTTA---ACA-AAAA-AATGCTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAAAA
1 TCATACAAGCTTATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-AATAAGA
* * * * * * *
213314 GATTTAAAAAATAAAT-GAGTTTATTAAATCC-ATTTAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTAT
64 GATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAA-CCAATTTAAATAATTAAGACTATTTAAACAATTAT
* ** ***
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127 CTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
* ** * *
213429 ACATACAAGCTTATTCGTAATAAAATAATTA-TAATTTATTAACATTTCAAGAA-T--TAATAAG
1 TCATACAAGCTTA-TCCAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAATAAG
* * * * * * * *
213490 AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTTAA-CTATTTCAAGTAGTTATGA-TAATTTGAATAATTA
63 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTT-AAATAATTAAGACT-ATTTAAACAATTA
* * * * * *
213553 TCTATTTCAAATTGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTGTTTCTA-T
126 TCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGT
* * * *
213606 TCATACAAGCTTATCCATAATAAAATAACACTAATTTAGTAAAATTCTAAAAGTTAATAACTAAG
1 TCATACAAGCTTATCCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-TAAG
* * * *
213671 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACCAATTTAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATT
63 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTTAAATAATTAAGACTATTTAAACAATTATC
* * * * *
213736 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTATTTTAGC
128 TATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
*** * * * *
213787 TCATACAAGCTTAATTGGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGT-GG
1 TCATACAAGCTT-ATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAA-TAAG
* * * * *
213851 AAGATTTAGAAAATAATTCTATTTATTGAACC-ATTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATT
63 -AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTT-AAATAATTA-AGACTATTTAAACAATT
* *
213914 ATCTATTTTTAAATCATTATTA-CTTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
125 ATCTA-TTTCAAATCGTTATTACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
213965 GTATTAATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (178 bp):
TCATACAAGCTTATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAATAAGAGA
TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTTAAATAATTAAGACTATTTAAACAATTATCTAT
TTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT
Found at i:213987 original size:34 final size:34
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Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 34
213934 TACTTTTCAT
* *
213944 TTTGTCATAAAACAATTGTTTGTATTAATATAAG
1 TTTGCCATAAAACAATTATTTGTATTAATATAAG
* *
213978 TTTGCCATAAAACAATTATTTTTGTTAATATAAG
1 TTTGCCATAAAACAATTATTTGTATTAATATAAG
214012 TT
1 TT
214014 GGTTCGAAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (34 bp):
TTTGCCATAAAACAATTATTTGTATTAATATAAG
Found at i:214570 original size:156 final size:156
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214278 TTACCGAACC
* * *
214288 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAACGATAATCAATTTCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAAC-ATAATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTC
* * *
214353 ATAAAACAATTGTTTTGTCTGTACAAGCTTATTTGAATTCAAATAATACTAATTTAATAATATTT
65 ATAAAACAATTGTTTTGTCTATACAAGCTTATTTAAAATCAAATAATACTAATTTAATAATA-TT
214418 CAAAAAATATAAATTCATTTATTGAATT
129 CAAAAAATATAAATTCATTTATTGAATT
* * * * * *
214446 AGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGA-ATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTTA
1 AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAACATAATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCA
* * *
214510 TAAAATAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAGTAATGCTAA-TTATTAATAT
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*
214572 TGAAAAAAT
128 TCAAAAAAT
214581 TAATAAGAGA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 16, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAAACATAATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTCA
TAAAACAATTGTTTTGTCTATACAAGCTTATTTAAAATCAAATAATACTAATTTAATAATATTCA
AAAAATATAAATTCATTTATTGAATT
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Period size: 182 Copynumber: 8.2 Consensus size: 178
214460 AGACTATTAG
* * * * * * * *
214470 AATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAG-TAATACA
** * * * ** * *
214535 AGCTT--ATTTAAAATAAAGTAATGCTAA-TTATTAATATTGAAAAAATTAATAAG--AGAGATT
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** * * * * * * *
214595 TAAAAAA-AAATTTATTTACCAAACAATTTTAAATAGTTAATATTAGTT-GAAC
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* *
214647 AATTGTCTATTTAAAATCGTTATAAACTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTAATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG-TAATACA
*
214712 AGCTTAGATGGA-ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCT-AAATTATTAAGTAAAAAATT
64 AGCTTAGATGGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TT-CTAAAATTAATAAGTAAAAAA-T
* * *
214775 TTAAAAAAT-AAGTCTATTTACC-GACTCAGTTAAAAT-GATTATAA-TCATTTGAAT
125 TTAAAAAATAAAG-CTATTTACCAAAC-CAGTTAAAATAG-TTAAAACTC-TTAGAAT
* **** * * *
214829 GATTATCTATTTCAAATCGTTAGGGCCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAGTCATAG
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTG--TTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTAATAC
** * * *
214894 AAGCTTATTTGGTTAAAAATAATTCTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
63 AAGCTTAGATGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * *
214959 AAAAAATAAAGGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTCTTAGAAT
127 AAAAAATAAAGCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAGTTAAAACTCTTAGAAT
* * * * * *
215011 AATTTTCTATTTCAAATCATTATAAACTTATGTTTAGTCGTAAAATATTTGTTTCA-TATCTTAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAGTA--ATAC
* * * * * * * * *
215075 AAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATCCAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAAA
63 AAGCTTAGATGGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTC-TAAAATTAATAAG---TAAAAA
** ** * *** * * ** *
215139 AAATAAATAAATAAATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACT-ATATGAAT
123 ATTTAAA-AAATAAAGCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAGTTAAAACTCTTA-GAAT
* * * * * * * * *
215196 AATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG-TAATACA
* ** * ** * * *
215261 AGC--ATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTCTAAAAATTAATAAG-CAATAGTT
64 AGCTTAGAT-GGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAAAAATT
** * * * * * ** * * *
215323 TAAAAAAATAAATTTGTTTA-TAGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTGGAAC
126 T-AAAAAATAAAGCTATTTACCA-AACCAGTTAAAATAGTTAAAACTCTTAGAAT
* * * * * * * * * *
215377 AATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTTAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG-TAATACA
* * * * ** * ***
215442 AGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTGATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTT
64 AGCTTAGATGGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAAAATTT
* * **** * * * *** * ** *
215506 AAAAAAGTGAATCTATTTTGTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAC
127 AAAAAA-TAAAGCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAGTTAAAACTCTTAGAAT
* * * * * * * *
215559 AACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATAATAATTGGTTTTTTA-TCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTT-GTCATAAAATAATT-G--TTTCAGTAATA
* ** * * * * *
215623 CAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG----ATAT
62 CAAGCTTAGATGGATA-AAAATAATACTAATTTAATAA-TATTCTAAAATTAATAAGTAAAAAAT
* * * * * ** * * * *
215683 TTAAAAAATAAATCTTTTTACCGAACTAATTTGAATAGTTATAACTATTTGAAC
125 TTAAAAAATAAAGCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAGTTAAAACTCTTAGAAT
* * * * * * * * * *
215737 AATTGTATACTTCAAATTGTTATAATA-TTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTCTATTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-ACTTTTGTT-TGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTAATAC
** * * * * * *
215801 AAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATT
63 AAGCTTAGATG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAAAAATT
** * **** * * * *
215866 TAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACT-ATATGAAC
126 TAAAAAATAAAGCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAGTTAAAACTCTTA-GAAT
* * * * *
215919 AATTATCTATTTTAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTG-TTTGTCATAAAA
215964 CAAAATTTTC
Statistics
Matches: 1020, Mismatches: 229, Indels: 131
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 1 0.00
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180 12 0.01
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185 123 0.12
186 3 0.00
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTAATACAAG
CTTAGATGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAA
AATAAAGCTATTTACCAAACCAGTTAAAATAGTTAAAACTCTTAGAAT
Found at i:215333 original size:366 final size:356
Alignment explanation
Indices: 214470--218005 Score: 1809
Period size: 361 Copynumber: 9.8 Consensus size: 356
214460 AGACTATTAG
* * * * * * * *
214470 AATTATCTATTTGAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
* * * ** *
214535 AGCTTATTTAAAATAAAGTAATGCTAA-TTATTAATATTGAAAAAATTAATAAG-AGAGATTTAA
66 AGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGAATAG-TTTAA
* * * * *
214598 AAAA-AAATTTATTTACCAAACAATTTTAAATAGTTA-ATATTAGTT-GAACAATTGTCTATTTA
129 AAAATAAATCTATTT-CCAAACAAATTCAAATAGTTATA-ACTA-TTAGAACAATTGTCTATTTC
* * * * ** * ** *
214660 AAATCGTTATAAACTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTAATACAAGCTTAGATGGAA
191 AAATCGTTATAAACTTTTG-TTTATCGTAAAAAAATTATTTCATATCATACAAGCTTATTTGAAA
* ** * * * * *
214725 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCCTAAATTATTAAG-TAAAAAATTTTAAAAAATAAGTC
255 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATT
* ** * * * * *
214789 TATTTACCGACTCAGTTAAAAT-GATTAT-AATCATTTGAAT
319 TGTTT-TTGA-ACAGTTTAAATAG-TTATGACT-ATATGAAC
* * *
214829 GATTATCTATTTCAAATCGTTAGGGCCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAG-TCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
* ***** * * *
214893 GAAGCTTATTTGGTTAAAAATAATTCTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
64 AAAGCTTATCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AATAG-TT
** * * * * * *
214958 TAAAAAATAAAGGTATTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTCTTAGAATAATTTTCTATTT
126 TAAAAAATAAATCTATTT-CCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTGTCTATTT
* * * * * *
215023 CAAATCATTATAAACTTATGTTTAGTCGTAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATTTGAA
190 CAAATCGTTATAAACTTTTGTTTA-TCGTAAAAAAATTATTTCATATCATACAAGCTTATTTGAA
* * * * * * **
215088 ATAAAATAATCCAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAAAAAATAAATAAATA
254 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGC--TAAGAGATTTAAA-AAATA
*
215152 AATTTGTTTATTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAAT
315 AATTTGTTT-TTGAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATATGAAC
* * * *
215196 AATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
* *
215261 AGCATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTCTAAAAATTAATAAGCAATAGTTTAA
66 AGCTTAT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AATAGTTT-A
* * ** * * *
215326 AAAAATAAATTTGTTTATAGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTGGAACAATTGTCTATTTAA
128 AAAAATAAATCTATTTCCA-AACAAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTGTCTATTTCA
* * * *
215391 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTATTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAA
192 AATCGTTATAAACTTTTG-TTTATCGTAAAAAAATTATTTCA-TATCATACAAGCTTATTTGAAA
* * * * *
215455 TAAAATAATACTGATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGTGATTTAAAAAAGTGAATC
255 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATT
* * * * * *
215519 TATTTTGTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAC
319 TGTTTT-TGAA-CAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAAC
* * * * * * * **
215559 AACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTTATATAATAATTGGTTT-TTTATCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGT-TCATA
* *
215623 CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAG-ATA-TTT
64 AAAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAATAGTTT
* * * ** * * *
215685 AAAAAATAAATCTTTTTACCGAACTAATTTGAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTATACTTC
127 AAAAAATAAATCTATTT-CCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTGTCTATTTC
* * *
215750 AAATTGTTATAATA-TTTTGTTCTATCATAAAAAAATTATTTC-TATTCATATAAGCTTATTTGA
191 AAATCGTTATAA-ACTTTTGTT-TATCGTAAAAAAATTATTTCATA-TCATACAAGCTTATTTGA
* *
215813 AATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAA
253 AAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*
215877 TTTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAAC
317 TTTGTTT-TTGAA-CAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAAC
* * * * * *
215919 AATTATCTATTTTAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTTCAATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCATAA
* * * * * * * * *
215983 TATCTTATTAGGAATAACATAA-AATGAATCTATTAATGTT-TGAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
65 AAGCTTATCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG-AATAG-T
* * * * * * * * * ** *
216046 TTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATTATTATCTATT
125 TTAAAAAATAAATCTATTT-CCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTGTCTATT
** * * * * ** * * * * *
216111 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGT-TTTTGT-TTATATAAGTTTGTTC
189 TCAAATCGTTATAAACTTTTG-TTTATCGTAAAA-AAAT-TATTTCATATCATACAAGCTTATTT
* * * * *
216174 AAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTAAAAA-T--TAA--TAAGAGATTTTAAAAATAA
251 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * *
216234 ATTTATTTATCAAACAAGTTCT-AATAGTTATAACTATTTGAGC
316 ATTTGTTT-TTGAAC-AGTT-TAAATAGTTATGACTATATGAAC
* * * * * * ** *
216277 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
* * * * * *
216342 AGCATATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TGACAATTAATAAGTGAA-AGATTT
66 AGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA--GAATAG-TTT
* * * * * * * * * ** *
216405 AAAAAAATAACTATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGAGTAATTTTCTATTT
127 -AAAAAATAAATCTATTT-CCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTGTCTATTT
* * * * * * * **
216470 -AAATTGTTTTGACCTTTTCTATTATAGTAAAACAATTGGTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTGA
190 CAAATCGTTATAAACTTTTGT-TTATCGTAAAAAAATTATTTCATA-TCATACAAGCTTATTTGA
** * * * * * *
216533 TGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAACATG-TAAGAGAATTAATAAAA-GAA
253 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAA-AAAATAAA
* * * * * *
216596 -TCGATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCT-AGAC
317 TTTG-TTT-TTGAA-CAGTTTAAATAGTTATGACTATATGA-AC
* * * * * * **
216638 AATTATCCATTTCAAAACATAATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGGTTCTA-TTCATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAA
* * *
216702 AAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
65 AAGCTTA--TCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AATAG-T
* * * *** * * * * *
216765 TTAAAAAAATAAATTTACTACCAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
125 TT-AAAAAATAAATCTATTTCCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTGTCTATT
* * * * * * * * * ** *
216830 CCAAATCATAAT-GACATTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TTATTTATACAAAATTA-TC
189 TCAAATCGTTATAAAC-TTTTG-TTTATCGTAAAAAAATTATTTCATA-TCATACAAGCTTATTT
* * *
216892 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A---AA-AGATTTACAAACTA
251 GA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * *
216952 AATCTATTTACTTGACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
315 AATTTGTTT--TTGAACAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAAC
* ** * * * * *
216996 AATTATCTATCTCAAATCAATATGACC-TTTGTCTTATTATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
* * * * ** ** *
217060 AGTTTATTCAGAGTAAAATATTGTTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGTAATAGATTTA
66 AGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-AATAG-TTTA
* * * * * *
217124 AAAGAT-AATC--TGT-CAAACCAATTCATATAGTTA-AGATTATTAGAACAATTATCTATTTCA
128 AAAAATAAATCTATTTCCAAACAAATTCAAATAGTTATA-ACTATTAGAACAATTGTCTATTTCA
* * * * * * * * *
217184 AATCATTTTGACCTTTTGTTTACTCATAAAATAATTGTTTCA-ATCTTACATGCTTATTTGAAAT
192 AATCGTTATAAACTTTTGTTTA-TCGTAAAAAAATTATTTCATATCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
217248 AAAATAATACT-ATTTCATGAACA-TTCAAAAAATTAATAAGC-AAGA-AATTAAAAAA-AAA--
256 AAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * *
217306 TGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTCAAGACTATTTGAACATTTGAAC
319 TGTTT-TTGAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTA--T----A--TGAAC
* * * * * * *
217354 AATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTATATAATAAAACAATTTTTTCAATTCATAAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
* * * * * * *
217419 AACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAGTTGAGAAG-TTGGAGATT
66 AGCTTAT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGAAT--AG-TT
* ** * * * * * ** * * *
217482 TAAAAAAATAAATCAATTTATTGAATC-AGTACAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTAT
126 T-AAAAAATAAATCTA-TT-TCCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTGTCTAT
* * * * * * * * *
217546 TCCAAATCATTATGAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTA--TCATTCATCGTATAAGCCTATT
188 TTCAAATCGTTATAAACTTTTGTTT-ATCGTAAAAAAATTATTTCA-T-ATCATACAAGCTTATT
* * * *
217609 TGGAATAAAATAATACTAA-TT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAG-TAGGAAATTTAAAAAATA
250 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATA
* ** ** * * *
217671 AAATCATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
315 AATTTGTTT-TTGAAC-AGTTTAAATAGTTATGACTATATGAAC
* * * * **
217715 AATTATATATTTCAAATGGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATTC
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAA
* * * * *
217779 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-AAGAAAATTAATAACTAAGAGATT
65 AAGCTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAA-GAATAG-TT
* * * * * * *
217843 TAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTCA-AGGCTA-TATGAATAATTATCTAT
126 TAAAAAATAAATCTATTT-CCAAACAAATTCAAATAGTTATA-ACTATTA-GAACAATTGTCTA-
* * * * * * *
217906 TTTC-AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCGTCAAAAAATGT-TTT-GT-TCATATAAG-TT-TG
187 TTTCAAATCGTTATAAACTTTTG-TTTATCGTAAAAAAAT-TATTTCATATCATACAAGCTTAT-
* * *
217965 TTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
249 TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
218006 AAATCTATTT
Statistics
Matches: 2461, Mismatches: 560, Indels: 311
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Matches are distributed among these distances:
349 10 0.00
350 63 0.03
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352 5 0.00
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355 7 0.00
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Consensus pattern (356 bp):
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AATAAATCTATTTCCAAACAAATTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTGTCTATTTCAAATC
GTTATAAACTTTTGTTTATCGTAAAAAAATTATTTCATATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTT
GAACAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAAC
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Alignment explanation
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214899 TATTTGGTTA
* * * **
214909 AAAATAATTCTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAGGTA
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* ** * ** * * * * * *
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* * * * * ** * *
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** * ** * ***
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194 TTTATTAATTTTTC-AAAAATTAATAAG-------AGATTTAAA-AAATAAATTTATTTACCAAA
* * * * * * * *
215167 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATATGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTT
250 CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCT
* * * *
215232 GA-CATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTA
315 -ATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
215295 ATA-TTCTAAAAATTAATAAGC-AATAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATAGAACAAATTCAA
377 ATATTTC-AAAAATTAATAA-CTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAA
* * * * *
215357 ATAGTTATGACTATTGGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCGTAAAA
438 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
*
215422 CAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
503 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * **
215456 AAAATAATACTGATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAAGTGAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TGAATCTA
* * * * * *
215521 TTTTGTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACC
65 TTTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
215586 TTTTGTTTGGTTATATAATAATTGGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
130 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTAT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* *
215651 ATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCGAACTAA-TT
193 ATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATTTACCAAAC-AAGTT
* * * * * *
215714 TGAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAATATTTTGTTCTATCATA
256 TAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCATA
* * * * * *
215779 AAAAAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTTC
321 AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
215844 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGA
384 AAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
215909 CTATATGAACAATTATCTATTTTAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-TTT
448 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTT
* * * * * *
215973 CAATTCATACTATCTTATTAGGAAT
512 TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * *
215998 AACATAA-AATGAATCTATTAATGTTTGAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAT-TT
1 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
** *
216060 TGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATTATTATCTATTTCAAATTATTATG
65 T-TTT--CTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * *
216124 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATAC
127 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
216189 TAATCTACTAATATTTT-AAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGT
191 TAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGT
* * * *
216253 TCT-AATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTA
255 T-TAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCA
* * * * * *
216317 TAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
319 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * * * * *
216382 -GACAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAAATAACTATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATCAT
383 CAAAAATTAATAACT-AAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * *
216446 GACTATTTGAGTAATTTTCTATTT-AAATTGTTTTGACCTTTTCTATTAT-AGTAAAACAATTGG
446 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA-TAAAACAATTGT
* * **
216509 TTCAATTCATACAAGCTTATTTGATGT
510 TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * * *
216536 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAACATGTAAGAGAATTAATAAAA-GAATCGA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAATGAATCTA
* ** * * * * * *
216600 TTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCT-AGACAATTATCCATTTCAAAACATAATGAC
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* * * * *
216664 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-T
129 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * **
216727 AAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTA-CTACCAAGT
192 -AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * * * * * * *
216791 GAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCCAAATCATAATGACATTTTGTTTTA
251 AAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTA
* * * ** *
216856 TCATAAAATAATTGTTTTTATTTATACAAAATTATCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
316 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
216921 TTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTACAAACTAAATCTATTTACTTG-ACCAATTCAAATAGTT
380 TTTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TTGAACCAGTTCAAATAGTT
* ** * *
216982 ATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAATATGACC-TTTGTCTTATTATAAAACAATTG
444 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * *
217046 TTTCT-GTTCATACAAGTTTA-TTCAGAGT
509 TTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AAT
* ** ** * * * *
217074 AAAATATTGTTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAGAT-AATC---
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * * * * * * * *
217134 TGTC-AAACCAATTCATATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCT
66 TTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * **
217198 TTTGTTTACTCATAAAATAATTGTTTCAATCTTACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATT
131 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * * *
217262 TCATGAA-CATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAA-AAA--TGTTTACCGAACAAATT
196 T-ATTAATTTTTC-AAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTT
* * * * * *
217323 CAAATAGTCAAGACTATTTGAAC-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGT
256 TAAATAGT------TA--T-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGT
* * * * * * * * *
217387 TATATAATAAAACAATTTTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATT
312 TCTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** ** * *
217452 AATATTTCAAAAGTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTATTGAATCAGTACAAA
376 AATATTTCAAAAATTAATAA-CTAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAA
* * * * * * * * **
217517 TAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGAACTTTTGTTTGGTCATAAAAC
439 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * * *
217582 AATTATCATTCA--TCGTATAAGCCTATTTGGAAT
504 AATTGT--TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
217615 AAAATAATACTAA-TT-TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAA-ATTTAAAAAATAAAATC-
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAAT-GAATCT
* * * * * * ** *
217676 ATTTACCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATGGTTATAAC
64 ATTTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
217741 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
217806 ATCTAATAA-TATTAAGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCA
193 ATTTATTAATTTTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CA
* * * * * * * * * *
217870 A-TTCAAATAGTCA-AGGCTATATGAATAATTATCTATTTTC-AATCATTATGACCTTTTGTTTT
252 AGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCT
* * * * * *
217932 GTCGTCAAAA-AA-TGTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTCAGAAT---A-AA-A-TAA--TATT-A
315 ATCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
217985 -ATTT-----ATTAAT-A-T-----TTT-AAAAATAAATCTATTTACTAAACCAATTCAACTAGT
378 TATTTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
218036 TATAACAATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTT-TTTTGTCATAAAACAATT
443 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
** **
218100 -TTTTCTTTTCAT-GTAGTCTTATTT-AGAAT
508 GTTTT-AGTTCATACAAG-CTTATTTGA-AAT
* * * * ** *
218129 AAAGTGATGCTAATTTATTAATATTAT-TAAAATTAATAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATCTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * * ** * * **
218193 TTGGTT-TG-ACCAATGCAAATAGTTATGGTTGTTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
65 TT--TTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * *
218256 CCTTTGGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTCT
128 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
218321 AATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
192 AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTT
* * ** ** * * * *
218386 AAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAA
257 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCATAA
* * * * * *
218451 AATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTCAATTAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TTCAA
322 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * ** ** *
218515 ACAATTAATATA-TAAAAGA-TTGAAAAA-AAATTTGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGA
386 A-AATTAATA-ACT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * ** * *
218577 TTATTTGAAAAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
448 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTT
* * *
218642 TA-TTCATACAAGCTTA-ATCAGATT
512 TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AAT
* ** * * * * *
218666 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTCT-AAAAATAAATATG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAATGAATCTA
* ** * * * *
218730 TTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTGATGAC
65 TTTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGAC
* ** ** * *
218794 ATTTTGTTTCA-TCATAAAGCAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
129 CTTTTGTTT-AGTCATAAAATAATTGT-TTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * **
218858 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTTTAAAAATGAATCTATTTACTGAACAA
192 AATTTATTAATTTTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * * * * * * * ** *
218923 GTTCATATAGTTATGATTGTTTGAATAATT-TTATATTTCAAATTGTTGTGGCATTTTGTTTTAT
253 GTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTAT
* * *
218987 TATAAAATAATTGTTTCT-GT--TACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
317 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * *
219048 TTCCAAAAATTAATAAGT-AATATTTAAAAAATAAATCT-TTTTTTTAA-CATGTTCAAATAGTT
380 TTTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCA-GTTCAAATAGTT
* * * * **
219110 ATGACAATTTGAACAATTATCTAATTAAAAGAGTTATGACCTTTTGGTTTGGTTTATTCTTTTGG
444 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-G--T--TTTA---------
* ** *
219175 TTTGTCATAAACCAATTGTTTCT-GTTCATACACCCATATTTGAAAT
495 ----TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * *
219221 AAAATAATACTAGTTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * * * * * *
219286 TTATC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGAT
66 TT-TCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * * * * *
219349 ATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAGATAATACTA
129 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * ** *
219414 ATTTATTAATATTGT-GAAAATTAATAGGTAGGAGTTTAAAAAATAAATCAATTCACCAAACAAG
193 ATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAG-A-GA-TTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAG
* * * * ** * * * * * * * **
219478 TTCATATAATCATTTCCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTG
254 TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCA
* *** * * * ** * ** *
219543 TAAAATAACAATTTATGTTCATGCAAAATTATTCAAAAAAAATAATA-TTGTTCTATCAATATTT
319 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTT
** * * * * *** **
219607 TGAAAACTAAT-A--AGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAAATAGTTTCAAAT-GATTAT
383 CAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAG-TTCAAATAG-TTAT
* * * * * *
219668 GACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTATTTTATCATAAAACAATTGTT
446 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * *
219732 TCTA-TTCATACAAGTTTA-TTCATATT
511 T-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AAT
* * * ** * * *
219758 ACAATAATACTAA--T-TTAATA-GT-----ATTAATAGGTAAGCGATTTAAAAAATAAATGTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * ** * * * * *
219814 TTGTC-AAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATAATTCTAACC
66 TT-TCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * * * * * * **
219878 TTCTCTTTAGTCACAAGACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTGTTTAGAATAACTTAATA-T--
130 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
** ** * * * * * ** * **
219940 TTTCAAAAAAATTT-AATTATTTAATGAGCCA-AATGAAGATTTATTAATTTA-TTAGTAAACAA
194 TTT-ATTAATTTTTCAA-AAATTAATAAG--AGATTTAA-A-AAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * * * * *
220002 GTTCATAA-AGATT-TGAA-TATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTTGTTT
253 GTTTA-AATAG-TTAT-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTATAACATTTTGTTC
* * * * *
220063 TATCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTACTA
314 TATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
220127 ATATTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAACTAAAGT-TATTT-CTAAACCAATTC-AA
377 ATATTTCAAAAATTAATAA-CTAA-AGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATTGAACCAGTTCAAA
* * * * * * * * *
220188 TGGTTATTATTATTTGAACAAATATC-AATCCGAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAA
439 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA
* * *
220251 CAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTTG-GAT
503 CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
220284 AAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTGAAAAATGAATGT
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCT
** * * * * ** *
220344 -TTTTGCCCAACCAATTCAAATAGTTA-GACTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA
64 ATTTT-CTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * ***
220407 CCTTTTGTTTACTCATATAATAATTGTTTTAGTTCATATATGCTTATTTGGAATAAAATAATACT
128 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* ** * * * * * *
220472 AATTTAATAA-CATTCAAAAAATTAAT-A-AGCTTTGAAAAGATAAATATGTTTGCCAAACAAAT
192 AATTTATTAATTTTTC-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGT
* * * * * * *
220534 TTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATT-TTTAAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGTCA
255 TTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCA
* * *
220597 TAACACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTT-TTCAAA-AAACATAATAC-ACCTTTATTAATAT
319 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAAA-ATAATACTA-ATTTATTAATAT
** * * * * * *
220658 TTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATCAGTTCAAATAATTA
381 TTCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTA
* * * * * *
220723 TGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
445 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
**** *
220788 TTTTCAACATACATGCTTATTTGAAAT
510 TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * * *
220815 AAAACAATACTAATTTACTAATATTGCAAGAATTGATAAG----AGATTTAAAAATTAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * * * ** *
220876 TTATC-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACC
66 TT-TCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * ** *
220940 TTTTGCTCTA-TCATAAAACAATTATTTCTAGTCATACAATTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
130 TTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * ** **** *
221004 ATTTAGTAA-TATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATTAATCCATTTGTTGAACTA
193 ATTTATTAATTTTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * * * * * *
221068 GTTCAAACAGTTA-AGACTATATAAAC-A--A-TTATTTC-AA-C-TTA-GACATGCTTATTCAG
253 GTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACAT-TTTGTTC--
** * * ** * * ** *
221124 AATAGAAAAAAACTAATT-TATTATTATTTCA-A-AAATTTA-T-AAGTAAGAGAT-TTAGAAAA
314 --TATCATAAAAC-AATTGT-TT-CTA-TTCATACAAGCTTATTCAAATAA-A-ATAATACTAAT
* * * * * * *
221183 TAATT-TTATTT-ATCAAACT-AGAAC-AAATAATTATAACTACTTAAA-AAAT-TGTCTATT--
371 TTATTAATATTTCA-AAAATTAATAACTAAA-GATT-TAA--A---AAATAAATCTGTTTATTGA
** * * * * * *** * * * *
221240 --C----CAAATCTTTGTTACTTTTTG--T-TTTGTC-ATGAAACAATTGTTTTTGTTA-ATATA
428 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA-AATCG-TTATG--ACCT-TT
* * ** * * *
221294 AGTTTGT-TCA-AAATA-AATTAATGCTAATTTAT-TAA---TATTTAGAAA-
488 TGTTT-TATCATAAA-ACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAAT
* * ** ** **** *** ** * ** *
221339 ATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTAT
1 A-AAAT-AATACTA-ATTTATTAA-T--ATTTCAAAAATTAAT-AAGT-AAA-AGATTT-AAAAA
* * * * * * * * * *
221404 TTGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TT-ATAACCTTTTATTTTGTC-A-TCGAACAATTGGT-T
56 ATGAAT--CTATTT-TCT-GAACCAGTTCA-AA----TAATTATGACTATTTGAACAATT-ATCT
* ** **** ** * * ** ** *
221464 ATGTTCATACTAT-TTTATTCGAAATAAAATAAACTAATTTAATAATAT-TTCGAAACTTAATAA
111 AT-TTCA-A--ATCATTA-T-GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAAT-TGTT--TTA-TTCAT-A
*** * *** *** * * ** *
221527 CTAAGAAAATT-AAAA-AAAATAAATGC-AATTGCCTAACCAATTCAAATAGT--TAAGCTATAT
165 C-AAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAA-TTTTTCAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * * * * * * * *
221587 GAACAAT-TATCTA-TT-GCAAATC-ATTTTGACT--TT-T-TCTTTTGTTGTAAGGCAATTGTT
227 AAAAAATAAATTTATTTACCAAA-CAAGTTTAAATAGTTATAAC-TAT-TTG-AA--CAATT-AT
* * * * * * ** * ** * *
221644 TTGTTTGTAAA-AGCT-T---ATTCTGAT-TAAAATAATACCAATT-TAATAATATTTCAAAAAA
285 TTATTT-CAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCATAA-AACAATTGT--TTCTA-TTCATACAA
** * * * * * ** * * *** *
221702 TAATAAGTAAGAGATCAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTCAATTGGTTAA-AACTATT
345 -GCTTATTCA-A-AT-AAAATAAT--ACTAATTTAT-TAA-TATTTCAA-AAATTAATAACTA-A
* * * ** *** **
221766 AGAATAATTATCTATTACAAATCATTATGACTTT-TTG-ATTA-TTCATAA-AACAATTGTTTCA
400 AG-AT--TTA---A--A-AAATAAATCTG--TTTATTGAACCAGTTCA-AATAGTTA-TGACT-A
* ** * * *
221827 GTTT-ATATAAGCTTATTTAGAAT-AAAT--TAAT-A-CTATTT-TATTAACATTTAAAA-AATT
451 -TTTGA-ATAA--TTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTATCA--TAAAACAA-T
**** * * * * *
221884 AATAAGAAAGAGATTTA-AAAAGATAAATCTATTTACTAAAC
507 --T--GTTTTAG-TTCATACAAG----CT-TATTT--GAAAT
* * * * * * ** ** *** * ** *
221925 AAATTAA-AAT-AGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCT---TTTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCT-
* * * ** * ** * *
221985 ATTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAA-TACGAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTT-
64 ATTT-TC-T-GAACCA--G-TTCAAATAATTATGA-C-TATTTG--A-ACAATTAT-CT-ATTTC
*** * * *** *
222048 ATTAAT-ATT-T--CC--TAAATTAATAAGTAAAA-AA---TTTTAAAAATA-AATCTGT-TTAC
116 A--AATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCA-TAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCT-TATT--
** * * *
222101 CGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGGATTATCTATTTTC-AAATTGTTATGACCAT
175 C-AA--AA-TAAAATAA-TA----C---T-AATTTATTA-AT-TTTTCAAAAAT-TAAT-A--A-
** * * * * * * * **
222165 TTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTTTTTATCATACAAGCTTATTTGAA-AGAAAATAA-TA-TT
220 GAG-ATT-T-AAAAAATAA--ATTTATTTACCAAACAAG----TTTAAATAG-TTATAACTATTT
* ** ** * ** *** * * *
222227 --A-ATTTATTAATATTTCAAA-AATTA-ATGAGTAAGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACT
275 GAACAATTATT--TATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCATAAAA-CAAT-TGTTT-CT
* * * ** **
222286 A---A-ACCAG--T-TT-AAAT--AGTTATGACT-ATTTGAACAACTATCAATCTCAAATCGTTA
335 ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAAT-ACTAATTT-ATTAA-TAT---T-TCAAA-AATTA
* * ** ** * * ** * * *
222340 AGAGCTTTATTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT-TTG-TTCA--T-AGA-AGCTTAT-TCGA-TT
392 ATAACTAAAGATT-T-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTT
* * * * ** * * * ** * *
222395 -AAAAATAATACTAATTTTATAAT-ATTATGAAATTTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATG
454 GAATAATTAT-CT-ATTTCA-AATCGTTATGACCTTTTGT--TTTA-TCA--T-AAAA-CAATTG
* *
222458 TGTTT-G--C---CGAA-C-TAATTCAAA-
509 T-TTTAGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAAT
* * * * *** ** * *
222479 AGAATAGTTATCT-A-TTGTCAAT-TGTTCAGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCAT
1 AAAATA-ATA-CTAATTTATTAATAT-TTCA-A-AAATTAATAAG---TAAAAGA----TTT-A-
* * * * * * * * *
222541 ATCTTAGATGTTTATTCGGAGTAAAATTTATTAA-CA-TTCAAAAAATTAATAAACAAAAGATTT
52 A---AAAATG---AATC----T--ATTTTCTGAACCAGTTCAAATAATT-AT-GAC----TATTT
* * * * *
222604 GAAGAAATAGTAATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGAC
99 GAA-CAAT--T-AT--CTA----------------TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTC
* * * * * *
222669 ATAAAGTAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCTAAATAAATTAATACTAATTTCTTAATATT
142 ATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TT
* * * ** * * * *
222734 TT-AAAAATTAATAAGCAAGAATTAAAAGAAATAAATTTGTTTGCTGAATAAATTCAAAAAGTTA
205 TTCAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAA-AAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTA
** * * * * * * * * * *
222798 CGACTATTTTAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
266 TAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACAATTGT
* * * * **
222863 TTC-AGTTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAAT
331 TTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * * * ** * * *
222927 AAGT-AAGTAATTTAAAAAGTAAATTTATTTATCGAATCATTTCAAATAACTATGGCCATTTCAA
394 AACTAAAG--ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * ** * ** * * * * *
222991 CAATTATCTATTTTAAATCACTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAGCAATTGTTTTTGATCATTC
457 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAC
* *
223056 AAGTTTATAATG-AAT
522 AAGCTTAT-TTGAAAT
* * *
223071 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * ** * * * * ** *
223136 TTACCGAATTAATTCAAATAGTTATGACTATGTGAACAATTTTAAACTTT-AAATCATTATAACC
66 TTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACC
* * * * *
223200 TTTTGTTCTA-TGATAAAACAATTATTTTTTATT-GTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
130 TTTTGTT-TAGTCATAAAATAA-T-TGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * ** * *
223263 AATATAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGA-AATTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACCA
192 AATTTATTAATTTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * ** * *
223327 GTTCAAATATTTA-AGACTATAAGAACAATTATTTATTTC-AA--G---T--CATTTT-TTTTGT
253 GTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTAT
*** * * * *
223382 CATAAAACAAAAATTTCAATTCACACTAGCTTAATT-AGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT
317 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
** * * *** *
223445 ATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCCAACCAGTTCAAATAAT
379 ATTTCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGT
* ** * * * *
223510 TATGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT
443 TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * **
223575 ATTTCAGTTCAT-CTAAGTTTATTCAAAAT
508 GTTTTAGTTCATAC-AAGCTTATTTGAAAT
* ** * * * *
223604 AAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTGAAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* ** * * * * * *** *
223669 TTACCAAACAATTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCT
66 TTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * * * *
223734 TTTATTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTC-GATTAAAATAATGCAAA
131 TTTGTTTAGTCATAAAAT-AATTGTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ***
223798 TTTAGTAA-TATT-AAGGTAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAA
194 TTTATTAATTTTTCAA---AA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC-A
* ** * * * * *
223861 AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TATTTGTTTTG
252 AGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACAT-TTTGTTCTA
* * * * *
223925 TCATTAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAA-AGTTAATTTATTAAT
316 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA-CTAATTTATTAAT
* ** * **
223989 GTTTTGACAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAA------TA-T----C--TT----TA-T
379 ATTTCAAAAATTAATAACT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
224036 CATGACTATTT-AACTATTTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAATAAT
443 TATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* **
224100 TGTTTTAGTT-ATATAAATTTATTTGAAAT
507 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * ** *
224129 AAAATAATAGTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAGGAGAATTAAAAAATGAA--TA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * * * ** *
224191 TGTTCATAGAA-CATATTTAAATAGTTATGACT-TTCCAAACAATTATCTATTTCAAAACATTAT
65 TTTTC-T-GAACCA-GTTCAAATAATTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * ** *
224254 AACCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATTAGTTCTATTCATGGAAGCTTATTTC-AAACAAAATAAT
126 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
224318 A-TAAATTTACTAATTTTTCAAAAATTAATAAATAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTAAA
189 ACT-AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAAT--A-AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAA
* * * * * * * * *
224382 CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTTGTTTT
250 CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCT
* * * ** * *
224447 GTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATTA-AAGCTTATTCAGAGCAAAGTAATTCTAATTTATTAA
315 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCA-TACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * **
224511 AATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAAGATCTTAAAAAA-ACTAATCTCATTTACTCGAGAAAAGTT
378 TATTTCAAAAATTAATAA-CT-AAAGAT-TTAAAAAATA--AATCT-GTTTA-TTGA-ACCAGTT
* * * * * * * *
224575 TAGATAGTTATAAACTATTTGAATAA-AAT-TATTTCAAATCAATTATTAATCTTTTGTTTTGTC
435 CAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTA-TGACCTTTTGTTTTAT-
* *
224638 CAT-AAACAATTGTTTCCTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAAT
496 CATAAAACAATTG-TT--T-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * **
224681 -AAATAATACTAA-TTATTAATCTTTTAAAACATTAGTAAAGGTTGAAGATTTAAAAAA--AATC
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAAT-AA-GTAAAAGATTTAAAAAATGAATC
* * * * * *
224742 TATTTAT-TGAACAAGTTCAAAAAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTAT
63 TATTT-TCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
** * * * ** ** *
224805 GATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTCTATTCATACAAAAATTATTCAGGATAAAATAAA
126 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGT-TTTATTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * ** * *
224870 ACTGATCTATTAATATTTT-GAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTAGACCA
189 ACTAATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * * * * *
224934 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGAAC-TTTT-TTTTT
253 GTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTAT-TTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTCTA
** * * * * * * *
224996 TCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACTAGCATATTCGAAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATA
316 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * **
225061 -TTCTAAAAATTAACATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTCTTTGCT-AAGCCAGTTCAAATAG
380 TTTC-AAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CCAGTTCAAATAG
* * * * **
225124 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA----T-T-A--TTCTG----A-C------CTTT
442 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
225170 TG-TTTAG-TCAT----GCTTATTTGAAAT
507 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * ** *
225194 AAAATAACACTAATTAATTAAGA-CTCAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTAAAAAAAAT-AAT-
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATT-TAAAAAATGAATC
* * * * *
225255 TTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTAAATA
63 TAT-TTT-CTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * *
225319 TGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAA
125 TGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * *
225383 TATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTT-AAAAATAAATTAATTTATCGA
188 TACTAATTTATTAATTTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
*** * * * ** * * * *
225447 ATTTGTTCAAACAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTT
249 ACAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTT
* ** * * *
225511 ATGCCACAAAACAATTGCTTT-TCA-TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATA-TAAACTTA
313 CTATCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT-AATTTA
* * * * * *
225573 TTAATATTTCAGAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAAAAAAT-TG---CTT--A-CAGATC-CA
374 TTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAA
* * * * * * * * *
225627 -A--T-T-CCTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTCTATTATAAAAT
439 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * * *
225687 AATTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTCAGAAT
504 AATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AAT
* * * * * * *
225720 ---ATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * * * *
225782 TTGCTGAAGCAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTCAAATCATTATGACC
66 TTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACC
* * * *
225847 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
130 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * ** * *
225912 TTTATTAATATTTCTAAAATTAAAAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATCAGG
194 TTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATTTATTTA-CCAAACAAG
** * * * * * * ** *
225977 TCAAAATAATTATAGCCATGTCAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATTATTACCTTTTGTT-TG
254 TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTA-TA--ACATTTTGTTCT-
* * * * * *
226041 GTCATATAATAATTGTTTTTGA-ACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
315 ATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
226105 TCTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAGATAG
378 TATTTCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAG
* * * * * * * * *
226169 TTAT-AGCTATTTGGACAATT-GCAAATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACA
442 TTATGA-CTATTTGAATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
* *
226232 ATTATTTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAA-
505 ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * * *
226262 AAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAT-AAT-TTT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * * * * * *
226325 CTTTGCCGAACTAGTTTAAATATTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
66 -TTT-CTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * ***
226390 CTTCTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTAAATTCATACTAGCTAATTTGGAATAAAATAA-A-
129 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-TTGTTTT--ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
226453 TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAAT-AATTCTATTTACCTAA
191 T-AATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATT-TATTTACCAAA
* * * * * * * * * *
226517 CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTACTTT-AAATCATTATAGCCTTTTGTTT
250 CAAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTC
* * * * * * * * *
226581 TGTCATAAAAAAAATGCTTT-TGTTCATATAAGTTTGTTCAAA-AAAAGGTAAAACTAATCTATT
314 TATCATAAAACAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAA--TAATACTAATTTATT
* * * * *
226644 AATATTTTAAAAATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTA-TCAATCTAGTTCAAAT
376 AATATTTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAA-CCAGTTCAAAT
** * * * **
226705 AGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTAATGA--TTTT-TTTCCTATTTTAAAA
440 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT--TATCATAAAA
* * *
226767 CAATTGTTTCTA-TTTATACAAGCATATTTG-GAT
503 CAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * *
226800 GAAAATAATATTAATTT-TTAATATTTCGACAATTAATAAGTAGAAA-ATTTAAAACATAAATAT
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATGAATCT
* * * * * * * * * *
226863 GTTTACCGAACTAGATCAAATAATCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGAT
64 ATTTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * *
226928 CTTTT-TTT-TTTATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
226991 ATTTACTAATAATTTT-AAAATTAATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAATAA
193 ATTTATTAAT--TTTTCAAAA--ATTAAT-AAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * * * * * * * *
227055 GTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTC
253 GTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATC
* * * * * * *
227120 ATAAAATATTTCTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-
318 ATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *** * * *
227184 TT-AAGACAGTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAATTTAAATCA
381 TTCAA-A-AATTAATAACT-AAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAAT-A
* ** * * * * **
227248 -TTATAACTATTTGAGCAATTATTTTATTTCAATTTGTGATGATTTTTTTGTTTTGA-CATAAAA
441 GTTATGACTATTTGAATAATTA-TCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTT-ATCATAAAA
* * * *
227311 AAATTGTTTCT-GTTCATACAAGGTTATTTGGATT
503 CAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* ** * * * ** * *
227345 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTT-AAAATTTCATATGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * * * * * * *
227409 TTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCT
66 TTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * ** ** * * *
227474 TTTCTTTTGTAATTGAAAACAATTGTTTTAGTTTATATAATATTATTTGAAGTAAAATATTATTA
131 TTTGTTTAGTCA-T-AAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * ** * * * * *
227539 GTTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTA-ATAGAATTAAAA-AAATATGTTCA-TAGAATAAG
193 ATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAG-AGATTTAA--AAAATAAATTTATTTACCA-AACAAG
* * ** * * * ** ** * * *
227601 TTAAAATAGTTATGACTACCTGAATAATTATTTATTTCAAAACATTAGGACCCTTCGTTTTGTCA
254 TTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCA
* * * ** * *
227666 TAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGTTTAATTTGAATAAATTAAT-TTAAATTTATTAATATT
319 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * *
227730 TCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCT-AATCATGTTTAAATAGTTA
382 TCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACCA-GTTCAAATAGTTA
* * * *
227793 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGT
445 TGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* *
227858 TTCT-GTTCATAAAAGCTTATTTGGAAT
510 TT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
227885 AAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
* *** * * * * * *
227949 TTTACTGAGTGAGTTCAGATAGTTATGACAATTTGAATAATTTTTTATTTCAAA-CTATTATGAC
65 TTTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGAC
* * * * *
228013 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTAAAAATAGAATAATACTA
129 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * ** *
228078 ACTTATTAATATTTT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTGTCAAACCA
193 ATTTATTAAT-TTTTCAAAAATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAA
* * * * * *
228142 GTTGAAATAGTTAAAACTATTAGAAC-A--A-TTGTTT----T-G-----ACCTTTCGTT-TAGT
253 GTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTA-T
* * * * *
228192 CATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATAGATGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACA
317 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * ** * * *
228256 TTAAAAAAATTAATAAAC-AAGAAATTTTAAAAAATAATTTTGTTTATCAAACAATTTCAAATGG
380 TTTCAAAAATTAAT-AACTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAG
* * ***
228320 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
442 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * **
228385 TGTTTCAGTTCATAAAAGCTTACCTGAAAT
507 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* ** *
228415 AAAATAAT-CATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAA-AAATCTA
1 AAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * ** * *
228478 TTTATC-GAACTAGTTC---------T---TATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTGTTATAAT
65 TTT-TCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * **
228530 CTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * *
228595 ATTTAATAA-TATTCAAAAAATTAATAACTAAGAGA-TTAGAGAAATAAATCTGTTTGTCGAAGC
193 ATTTATTAATTTTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA-AAAAATAAATTTATTT-ACCAAAC
* * * ** * * *
228658 AA-TTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATTACTTTTTGTT-T
251 AAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCT
* * * * * ** *
228720 GGTCATATAACAATTGTTTTTGA-ACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAAAAAATACTAATTTATT
315 -ATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
228784 AATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTT-TAAT
376 AATATTTCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAAT
* * * * * ** *
228848 AATTATGACCT-TGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAAC
440 AGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
** * * *
228912 AATTGTTTTTAAAT-ATTCAAACTTATTTGGAAT
504 AATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * *
228945 AAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAAA--AATCTA
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATGAATCTA
** ** * * * ** * * *
229008 TTGACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATGATC
65 TTTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * * * ** *
229073 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAG
130 TTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * * *** *
229138 TCTAATAATACTTT-AAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA-AAATTTGTTTGTTGAACCAA
194 TTTATTAAT-TTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ACCAAACAA
* * * * * * * * **
229201 -TTCAAATATTTA-AGACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TTATTTGAACAA
253 GTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACAT-TTTGTTC--
* * * * * *
229263 TTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTTTCTAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGT
314 -TAT-CA--T-AAAACAAT-TG---TTTC---TATTC--ATACAA--GCTTA--TTC--A-AA--
* * ** * *
229328 TATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAAATTTTAAAAA
356 TA-----AA-ATAATACT---AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * *
229393 TAAATCTGCTTT-CT-AAACACGTTTAAATAG--CTGACTATTTGAACAATTAACAATTTCAAAT
412 TAAATCTG-TTTATTGAACCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * *
229454 AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCGTATTTGAAAT
475 CGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * ** *
229517 AAAATAATGCTGATTTATTAAGATTT-AAAAATTAATATGTAAAA-ATTTTCAAAAT-AA-ATAT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * ** * * *
229578 GTTTATAAAAAAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGA
66 -TTTCT-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA
* * * * *
229642 TCTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTTATTCATAATAAAATAATAC
128 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT-TATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * ** *
229707 TAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAT
191 TAATTTATTAATTTTTC-AAAAATTAATA---A-GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAAC
* * * ** * * * * * * *
229771 AAGTTCAACTAG-CATGTCCATTTAAACAATTATCTT-TTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTT
251 AAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCT
* * * * ** *
229834 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAA-ATAAATAATACTAATCTATTAAT
315 ATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATA-AAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *** **
229898 ATCTT-GAAATTTAATAA--AAAAATTTTAAAAATAAATCTATTCACCAAAATAGTTCAAATAGT
379 AT-TTCAAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGT
* * * * * ** *
229960 TATGAC-ATTTAGGCA-AA-TATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTTTTTTGCCATGAAACAA
443 TATGACTATTT--GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * *
230021 TTGTTTCT-TTTCATACAAACTTATTCGGATT
506 TTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * * * * *
230052 AAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTAT
* * ** * * ** * *
230117 TTGCTAAAATAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCT
66 TTTCTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
* * * * * * *
230182 TATGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCATTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAGT
131 TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
*** * * * *
230247 TTATT-AGCATTCAAAAAATTAAAGAGTAAAAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTACTACACAAG
195 TTATTAATTTTTC-AAAAATT--A-A-TAAGAGATTTAAAA-AATAAATTTATTTACCAAACAAG
* * * * * * * *
230311 CTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAGTCGTTATGACCTTTTTGTTTTA
254 TTTAAATAG-TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTAT-AACATTTTGTTCTA
* * * *
230375 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
316 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
230439 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTT-TTGGAACCAATGCCAATAG
379 ATTTCAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATT-GAACCAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
230503 TTATGACTATTTCAACAAATATCAATGTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAAT
442 TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * *
230567 TGTTTT-TTATCATAAAAGCTTAATT-AGAT
507 TGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTGAAAT
* * * * *
230596 AAAAATAATACTAATTTAATATTATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTG
1 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATGAATCTA
* * * ** * * * * *
230657 TTTGCCGAAGCAGTTTGAATATTTGA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAAC
65 TTTTCTGAACCAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * ***
230721 CTTTTGTTTAGTCATATAATAATCGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTA
129 CTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** *
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230814 CATGAGATTT
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TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTTAAAT
AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTCTATCATAAAACA
ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATA
CAAGCTTATTTGAAAT
Found at i:215981 original size:182 final size:181
Alignment explanation
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * ** * *
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65 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
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* * ** * *
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1 AGTTCAAATAG-TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG-TTT
* * * ** * *
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* ** * * *
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** * * * * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
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* * * ** ** *
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * *** *
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* * ** *
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* * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
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66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *** *
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131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** **
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* * *
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129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCGAACC
* ** * * * * * * ** * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
215775 CATAAAAAAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* ***
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130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * *
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* * * * *
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129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* ** **
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* *** * * * * ** * *
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66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
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131 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * * *
216250 AGTTCTAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * *** * * * *
216315 TATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCATA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * ** *
216379 TTT-GACAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAAATAACTATGTTTACTAAACA
130 TTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * ** * * * * * *
216431 AGTTCAAATAATCATGACTATTTGAGTAATTTTCTATTT-AAATTGTTTTGACCTTTTCTATTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* **
216495 -AGTAAAACAATTGGTTCAATTCATACAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CA-TAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * **
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130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATTTG-TTTACCGAACC
* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
216675 TCATAAAACAGTTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
65 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* ** **
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* * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * ** **
216857 CATAAAATAATTGTTTTTATTTATACAAAATTA-TCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
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130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CGAACC
* * * ** * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * * ** ** *
217033 TATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTCAGAGTAAAATATTGTTAAACTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
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130 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * * * **
217143 AATTCATATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTACT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
217208 CATAAAATAATTGTTTCAA-TCTTACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATTTCATGAACA
66 CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATA
* * *
217271 -TTCAAAAAATTAATAAGCAAGA-AATTAAAAAA-AAA--TGTTTACCGAACA
130 TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * *
217319 AATTCAAATAGTCAAGACTATTTGAAC-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTT
1 AGTTCAAATAGT------TA--TG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * * * * * *** * *
217383 TTGTTATATAATAAAACAATTTTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTT
57 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * ** *** ** *
217448 TATTAATATTTCAAAAGTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTATTGAATC
122 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * * * * *
217509 AGTACAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGAACTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * *
217574 CATAAAACAATTATCATTC-A-TCGTATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TT-TTAAT
66 CATAAAACAATTGT--TTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** *
217635 ATTTCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAAAATCATTTACCGAACT
129 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * *
217688 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATGGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * *
217753 CATAAAACAATTATTT-ATGTTCATTCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
66 CATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
217817 -TTAAGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACC
130 TTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * * * * *
217869 AATTCAAATAGTCAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTTC-AATCATTATGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * *
217933 TCGTCAAAA-AA-TGTTT-TGTTCATATAAG-TT-TGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
65 TCAT-AAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
*
217993 ATATTTTAAAAAT
127 ATATTTCAAAAAT
218006 AAATCTATTT
Statistics
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AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
Found at i:216119 original size:17 final size:18
Alignment explanation
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216065 ACCTAACCAG
*
216075 TTCAAATAATTATGACTAT
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*
216094 TT-GAATTATTAT-CTAT
1 TTCAAATTATTATACTAT
216110 TTCAAATTATTAT
1 TTCAAATTATTAT
216123 GACCTTTTGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCAAATTATTATACTAT
Found at i:216768 original size:719 final size:714
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Indices: 214420--230659 Score: 3503
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214410 TAATATTTCA
* * ** * * *
214420 AAAAATATAAATTCATTTATTGAATTAGTTCAAATGGTTAAGACTAT-T--AGAATTATCTATTT
1 AAAAA-ATAAATTCGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTT
* * * * * * *
214482 GAAATCATTATGACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTA-A
65 CAAAT-ACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCA-TTCATACAAGCTTA-TTACA
* * * ** *
214546 AATAAAGTAATGCTAA-TTATTAATATTGAAAAAATTAATAAG--AGAGATTT-AAAAAA-AAAT
126 AATAAAATAAT-ATAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
214606 TTATTTACCAAACAATTTTAAATAGTTAAT-ATTAGTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTTAT
190 TTGTTTACC-AACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * ** * * * * **
214670 AAACTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGCTAATACAAGCTTAGAT-GGAATAAAATAAT
253 GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGATTA-TTCAAAATAAAATAAT
* * * * * **
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* *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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** * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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317 ACTAA-TTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTA-AAAATAAATCTATTTA-TCAAACA
* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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* * *
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310 AAATAATACTAATTACTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTTAAAAAT-AAATCTATT
* * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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123 ACAAATAAAATAAT-ATAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATA
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187 AATTTGTT--TACCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
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250 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGATTATTCAAAATAAAATA
* * * * *
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315 ATACTAA-TTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAA-TAAATCTATTTATCAAAC
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218567 ATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAA
565 ATAATCATAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTCTTCTATCATAAAA
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695 AACTAACAA-CTAAGAGAATT
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* *
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124 C-AAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-TTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAAT
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186 AAATTTGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * * * *
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250 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGATTATTCAAAATAAAATA
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315 ATACT-AA-TTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AGAT-TTT-AAAAATAAATCTATTTATCA
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* * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * *** * * ** * *
219411 CTAATTTATTAATATTGTGAAAATTAATAGGTAGGAG-TTT
674 CTAATCTAATAATATTCCAAAAACTAACAACTAAGAGAATT
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219451 AAAAAATAAA-TCAATTCACCAAACAAGTTCATATAATCATTTCCAT-TAGAACAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATTC-GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCCATT
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64 TCAAAT-ACTATGACCTTTTG--TT-TTGTCATAA-AACAATTGT-TCATTCATACAAGCTTATT
* ** * ** * *
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* *
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186 AAATTTGTTTACCAACA-AG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
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219698 ATTATGATC-ATTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCATATTACAA
248 ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGATTATTCAAAATAAAA
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377 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTCT
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441 A-TTATAAAACAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * ** * *** * **
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504 ATATTTAA--AATTAATAAGTGAAA-GATTTAAAAAAATAAATATGT-TTACCAAACTAA-TTCA
* * * * ** * * * *
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564 -AATA-ATCAT-AACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAA-TTGTTATAACATTTTCTTCTATCA
* * * * * * * * * *
220068 TAAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAACTTATTCGAAAT-AAAATAATACTACTTTACTAATATT
625 TAAAAAAATTAGTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATATT
* * * *
220132 TCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTT
690 CCAAAAACTAACAA-CTAAGAGAATT
* * * * ** * * * *
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* * **
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64 TC-AAATAC--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCAT--TCATACAAGCTTATTA
*** * * * * *
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124 CAAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATA
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187 AAT-TTGTTT-ACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * ***
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* * * * * * **
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313 TAATACTAA-TTACTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGATTTTAAAA-ATAAATCTATTTATCA
* * * * * * *
220527 AACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATTTTTAAAATCATTATGACCTTTGTTT
375 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTC
* * * * * * * *
220592 TGTCATAACACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-TTCA-AA-AAACATAATA-CACCTTTATT
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* * * * * *
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* ** *
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63 TTCAAA-TACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTC-ATTCATACAAGCTTATTAC
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* * * * * *
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* * *
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187 AATTTGTTTA-CCAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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437 -TTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * *
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* * ** * ** * * * * *
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* * * *** * * * *
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623 CATAAAAAAATTAGTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAAT
* * ** * *
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687 ATTCCAAAAACTAACAACTAAGAGAATT
* * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * **
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188 ATTTGTTTACC-AAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCAT
* * * * * * * * ** *
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* * * *
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* * * * * * *
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377 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTCT
* ** * * * * * * *
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441 -ATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * **
222729 ATATTTTAAAAATTAATAA--GCAAGAATTAAAAGAAATAAATTTGTTTGCTGAA-TAAATTCAA
504 ATA-TTT-AAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAA-AAATAAATATGTTTACCAAACT-AATTCAA
* ** * * * * * * * * * * * *
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565 ATAA-TCATAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTCTTCTATCATAAA
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629 AAAATTAG-TTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCA
* * * *
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693 AAAACTAACAACTAAG-AGAATT
* ** * ** * * * * * *
222940 AAAAAGTAAATTTATTTA-TCGAATC-ATTTCAAATAACTATGGCCATTTCAACAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATTCGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATT
* * * * * ** * * * **
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*
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189 TTTGTTTACC-AA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATT
* * * * * * *
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315 ATACTAAT-TACTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATCA
* * * ** * * *
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375 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTC
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* * * * * *
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504 ATATTT--AAAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAA
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566 TAATCATAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTCTTCTATCATAAAAA
* * * ** * ***
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631 AATTAGTTCAATTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAA-TCTAATAATATTCCAA
** * * *
223633 AATTTAATAATTAAGAGATTT
694 AAACTAACAACTAAGAGAATT
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223654 AAAAAATGAA-TCTGTTTACCAAACAATTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAATTC-GTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTT
* * * * * * * ** * *
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* * * * *
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* ** ** * **
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188 ATTTGTTTA-CCAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * * * * * *
223909 ATGA-CTATTTGTTTTGTCATTAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATA
251 ATGACCT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGATTATTCAAAATAAAATA
* * * ** * * *
223973 A-AGTTAATTTATTAATGTTTTGACAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAAT-AA---A--TAT-
315 ATA-CTAA-TTACTAATATTTCAAAAATT-A-A--TAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTATC
* * * *
224030 ---C---TT----TA-TCATGACTATTT-AACTATTTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA
374 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTG
* * * * * * * ** * *
224083 TTTTGTAATAAAATAATTGTTTTAGTT-ATATAAATTTATT-TGAAATAAAATAATAGTAATTTA
437 TTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTA
* * * * * * *
224146 ATAATATTCTAAAAATTAATGAGT-AGGAGAATT-AAAAAATGAATATGTTCA-TAGAAC-ATAT
501 TTAATATT-T-AAAATTAATAAGTGA-AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCA-AACTA-AT
* * * * ** * * * *** * * * *
224207 TTAAATAGTTATGACT-TTCCAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCA
561 TCAAATAATCATAACTATT-TGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTCTTCTATCA
** * ** * * * * *
224271 TAAAGTAATTAGTTCTATTCATGGAAGCTTATTTCAAA-CAAAATAATA-TAAATTTACTAATTT
625 TAAAAAAATTAGTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACT-AATCTAATAATAT
* * * *
224334 TTCAAAAATTAATAAATAA-A-AATTT
689 TCCAAAAACTAACAACTAAGAGAA-TT
* * * * * * *
224359 TAAAAATAAATAT-GTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
1 AAAAAATAAAT-TCGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCATTT
* * * * *
224423 CAAATCATTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTATTA-AAGCTTATT-CA
65 CAAAT-ACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTC-ATTCA-TACAAGCTTATTACA
** * * **
224486 GAGCAAAGTAATTCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTTAAAAGATCTTAAAAAAACT
126 -AATAAAATAA-TATAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAG-TAAAAGAT-TTAAAAAAA-T
** * * * * * *
224551 -AATCTCATTTACTCGAGAAAAGTTTAGATAGTTATAAACTATTTGAATAA-AAT-TATTTCAAA
186 AAAT-TTGTTTAC-C-A-ACAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
224613 TCAATTATTAATCTTTTGTTTTGTCCAT-AAACAATTGTTTCCTCTATTCATACAAGTTTATTCG
246 TC-ATTA-TGACCTTTTGTTTTAT-CATAAAACAATTGTTT--T-TGTTTATACAAGATTATTCA
* * * *
224677 AAAT-AAATAATACTAATTATTAATCTTTTAAAACATTAGTAAAGGTTGAAGA-TTTAAAAA-AA
305 AAATAAAATAATACTAATTACTAATATTTCAAAA-ATTAAT-AA----G-AGATTTTAAAAATAA
** * * * * * *
224739 ATCTATTTATTGAACAAGTTCAAAAAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTT
363 ATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TT
* * * * * * * * ** *
224803 ATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTCTATTCATACAAAAATTATTCAGGATAAAATA
427 ATGA-CTTTTGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * * * **
224868 AAACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAA--G--AGATTT-AAAAACTAAATCTATTTATT
490 ATATTAATTTATTAATA-TTT-AAAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * * * * * *
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553 AAACTAATTCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTGTATA-CTTCAAATTGTTAT-AACATTTT
* * * *** * * * * * *
224991 -TTTTTTCATAAAACAATT-GTTTCTGCTCATACTAGCATATTCGAAGT-AAAATATTCCTAAAT
616 CTTCTATCATAAAAAAATTAG-TTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACT-AAT
* * ** *
225053 -TAATAATATTCTAAAAATTAACATGTAAGAGATTT
679 CTAATAATATTCCAAAAACTAACAACTAAGAGAATT
* * *
225088 AAAAAATAAATGTC-TTTGCT-AAGCCAGTTCAAATAGTTAAGACTAT-TAGAACAATTATCTAT
1 AAAAAATAAAT-TCGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-GAACAATTATCCAT
* * * * *
225150 TTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT---GC-----TT-ATT--T-GAA----A-TA-AA
63 TTCAAA-TACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCATTCATACAAGCTTATTACAA
* * * ** * *
225197 ATAACACTAAT-TAA-TTA--AGA--CTCAAAAAATTAATAAACAAGAA-ATTAAAAAAAATAAT
127 ATAA-AATAATATAATTTATTA-ATTTTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAATAAA
* * *
225255 TTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTAAATA
189 TTTGTTTAC-CAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTA
* * * * * *
225319 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCGAAATAAAATAAT
252 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGATTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * * *
225384 ATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAATAAAT-TAATTTATCGAA
317 ACTA-ATTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAATAAATCT-ATTTATCAAA
*** * * * * * * *
225448 TTTGTTCAAACAATTATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTAT
377 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTGTTCT
*** * * * ** * * *
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441 ATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * *
225577 TATTTCAGAAATTAATAA--G--AGATTTAAAAAAA-AAAT-TGCTTA-C--A--GA-TCCAAT-
505 TATTT-A-AAATTAATAAGTGAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAATTCAAATA
** * * * ** * * *
225629 -TC----CTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTCTATTATAAAATAA
568 ATCATAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTCTTCTATCATAAAAAAA
* * * * *
225689 TTATTTCAATTCATATAAGCTTA-TTCAGAAT----ATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAA
633 TTAGTTCAATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAA
* * *
225749 TTAATAACTAAGAGATTT
697 CTAACAACTAAGAGAATT
* * * *
225767 AAAAAATAAA-TCTGTTTGCTGAAGC-AGTTCAAACAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATT
1 AAAAAATAAATTC-GTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCA-T
* * *
225830 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATT-C
63 TTCAAAT-ACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCA-TTCATACAAGCTTATTAC
* * * ** * *
225894 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CTAAAATTAAAAAGCAAGTGATTT-AAAAAGTG
125 -AAATAAAATAATA-TAATTTATTAAT-TTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATA
* * ** * * * * * * *
225957 AATCTATTTATTGAATC-AGGTCAAAATAATTAT-AGCCATGTCAATAATTATCCATTTCAAATC
187 AATTTGTTTA-CCAA-CAAGTTC-AAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * *** * * *
226020 GTTATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTGTTTTTGAACATTCAAGCTTATTCAGAATA
248 ---ATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAGATTATTCAAAATA
* * * *
226085 AAATAATACTAATTTATTAATCTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTT
310 AAATAATACTAA-TTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTTAAAAATAAATCTATTT
* * * * * * *
226150 ATTAAACTAGTTCAGATAGTTAT-AGCTATTTGGACAATT-GCAAATTTCAAATCATTATAACAT
371 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGAC-T
* * * * * *
226213 TTTATTTTGTCATAAAACAAT--TATTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAAAAAAATAATACTAA
433 TTTGTTCTATTATAAAACAATAGT-TTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAA
* * * * * * * * * *
226275 TCTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT-AAGAGAATT-AAAAAATAATTTTCTTTGCCGAACTA
497 TTTATTAATATT--TAAAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTA
* * * * * * * * * ** * * * * * *
226338 GTTTAAATATTTA-AGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTGT
559 ATTCAAATAATCATA-ACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTCTTCTAT
* ** * * * * * *
226402 CATAAAATAAGTTTTTTTAAATTCATACTAGCTAATTTGGAAT-AAAATAA-A-TGAATTTATTA
623 CATAAAA-AA-ATTAGTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACT-AATCTAATA
* * * * * *
226464 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAGATTT
685 ATATTCCAAAAACTAACAACTAAGAGAATT
* * * * * * *
226494 AAAAAAT-AATTCTATTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTACT
1 AAAAAATAAATTC-GTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCCA-T
* * * ** * * *
226557 TT-AAATCATTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGCTTTTGTTCATATAAGTTTGTT-
63 TTCAAAT-ACTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTCATTCATACAAGCTTATTA
* * *
226619 CAAA-AAAAGGTAAAACTAATCTATTAATATTT-TAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAA
124 CAAATAAAA--TAATA-TAATTTATTAAT-TTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAA
* * * * * * **
226677 TAAATCTCTTTATCAATCTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTG
185 TAAATTTGTTTACCAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * ***
226742 TAATGA--TTTT-TTTCCTATTTTAAAACAATTGTTTCTATTTATACAAGCA-TATT-TGGATGA
249 TTATGACCTTTTGTTT--TATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTATACAAG-ATTATTCAAAAT-A
* ** * * * * *
226802 AAATAATATTAATTTTTAATATTTCGACAATTAATAAGTAGAAAATTTAAAACATAAATATGTTT
310 AAATAATACTAATTACTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AG--ATTTTAAAA-ATAAATCTATTT
* * * * * * * * *
226867 ACCGAACTAGATCAAATAATCATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGATCTTT
371 ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTT
* * * ** * * * *
226932 T-TT-TTTTATAAAAAAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTT
435 TGTTCTATTATAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATATTAATTT
* * * * * * *
226995 ACTAATAATTTTAAAATTAATAA-TAAAGAGATTT-AAAAAATGAATCTATTTATCGAA-TAAGT
500 ATTAAT-A-TTTAAAATTAATAAGTGAA-AGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAA-T
* * * * * * * * * * * *
227057 TTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
561 TCAAATAATCATAACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACATTTTCTTCTATCAT
* * ** *** * * * * *
227122 AAAATATTTCTTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACAAATTTATTAATATT
626 AAAAAAATT-AGTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAATAATACTAATCTAATAATATT
** * * * *
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*** * ** * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** * * * * *
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** ** * * * * *
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* * * * *
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* *** * * * * * * **
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* * *
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* * * *** *
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* * * * * * ** * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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*** * *
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122 TACAAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAAT-TTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
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* * * * *
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* * * * * **
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* *
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* * * *
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** * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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Statistics
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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** * * *
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* * * * * **
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442 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTA-GAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTCCAAAAATTA
* * *
216033 ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTTTG
505 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAAGAA--TCG
* * *
216062 -TTTACCT-AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA-ATTATTATCTATTTCAAATTATTATG
1 ATTTA-CTGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTAGACA--ATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * *
216124 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTTATATAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAAT
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTATTCATACAAGCTTAT-TTCAAAATAAAATAAT
* * * * * *
216187 ACTAATCTACTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTTAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAG
127 ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTACCAAA-TAG
* * * *
216252 TTCTAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTCTATTA
189 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTCTATCA
* * * * * *
216317 TAAAACAATAGTTTTTGTTCATACAAGCATATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
254 TAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-AATATCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * * *
216382 GACAATTAA-TAAGTGAAAGATTTAAAAAAATAACTATGTTTAC-T-AAACAAGTTCAAATAATC
318 --CAA-AAATTAA-TAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCAA-TTCAAATAGTT
** * * * * *
216444 ATGACTATTTGAGTAATTTTCTA-TTTAAATTGTTTTGACCTTTTCTATTAT-AGTAAAACAATT
378 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTATCA-TAAAACAATT
* * * * *
216507 GGTTCAATTCATACAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAA
442 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTAGA-ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAA
* * *
216572 CATGTAAGAGAATTAATAAAAGAATCG
506 TAAGTAAGAGATTTAA-AAAAGAATCG
* * * * * *
216599 ATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTAGACAATTATCCATTTCAAAACATAATGAC
1 ATTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGACTAT-TAGACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * *
216664 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-T
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATACT
* *
216727 AAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTACTACCAAGTG
130 -AATTTATTAATTTT-CAAAAATTAATAAG----AGATTT-AAAAAATAAATTTATTACCAAAT-
* * * * *
216792 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTCCAAATCATAATGACATTTTGTTTTAT
187 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTCTAT
* *
216857 CATAAAATAATTGTTTTTATTTATACAAAATTATCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
252 CATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAA-TATCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
216922 TTCAAAAATTAATAAAAGATTT-ACAAACTAAATCTATTTACTTG-ACCAATTCAAATAGTTATG
316 TTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCAATTCAAATAGTTATG
* * * ** *
216985 ACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAATATGACC-TTTGTCTTATTATAAAACAATTGTTT
381 ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAATTGTTT
** * * * ** * * *
217049 CTGTTCATACAAGTTTATTCAGAGTAAAATATTGTTAAACTAATAATATT-CTAAAATTAATAAG
446 CAATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
* * *
217113 TAATAGATTTAAAAGATAATC-
510 TAAGAGATTTAAAAAAGAATCG
* * * * * * * * *
217134 -TGT-C-AAACCAATTCATATAGTTAAGATTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
1 ATTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTAG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * * * * * *
217196 CTTTTGTTTACTCATAAAATAATT-GTTTCAATCTTACATGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATACT
* ** * *
217259 -ATTTCATGAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAA-AAATGT-TTACCGAACA-A
130 AATTT-ATTAATTTTC-AAAAATTAATAAG--AG-ATTTAAAAAATAAATTTATTACC-AA-ATA
* * * * *
217320 ATTCAAATAGTCAAGACTATTTGAAC-ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTT
188 GTTCAAATAGT------TA--T-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTT
* * * * * *
217384 TGTTATATAATAAAACAATT-TTTTCAATTCATA-AAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACT
244 TGTTCTATCATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAAAA--TATCCAGAATAAAATAATACTAAT
* *** *** * *
217447 TTATTAATATTTCAAAAGTTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAATCAATTTA-TTGAATCAG
306 TTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCAA
* * * * * ** * * *
217511 TACAAATAATTTTGGCCATTTGAACAATTATCTATTCCAAATCATTATGAACTTTTGT-TTGGTC
367 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTCTT-ATC
* * * * *
217575 ATAAAACAATTATCATTC-A-TCGTATAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACTAAT-T-TTAATA
431 ATAAAACAATTGT--TTCAATTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
* * * * *
217636 TTTCAAAAATTAATGAGTAGGAAATTTAAAAAATAAAATC-
493 TTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AGAATCG
* * * * * ** *
217676 ATTTACCGAA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATGGTTATAA
1 ATTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTAG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
217740 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATGTTCATTCAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATA
* * * * * *
217803 CTAATCTAATAATATTAAGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAAC
128 CTAATTTATTAATTTTCA-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTT-ATTACCAAA-
* * * * * * * * * *
217868 CAATTCAAATAGTCA-AGGCTATATGAATAATTATCTATTTTC-AATCATTATGACCTTTTGTTT
186 TAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTC
* * * * ** * *
217931 TGTCGTCAAAA-AA-TG-TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAAT---A-AA-A-TAA--TATT-
249 TATCAT-AAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-AATATCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *
217984 A-ATTT-----ATTAAT-----ATTT-TAAAAATAAATCTATTTAC-TAAACCAATTCAACTAGT
312 ATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCAATTCAAATAGT
* * * * * * *
218036 TATAACAATTTGAACAATTTTTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTT-T-TTGTCATAAAACAAT
377 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC-TTTTGTCTTATCATAAAACAAT
* ** ** * * * * ***
218099 TTTTTCTTTTCAT-GTAGTCTTATTTAGAATAAAGTGATGCTAATTTATTAATATTATTAAAATT
441 TGTTTCAATTCATACAAG-CTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATT
218163 AATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATCTG
504 AATAAGTAA-GAGATTTAAAAAA-GAATC-G
* * * * * ** * **
218193 -TTGGT-TTG-ACCAATGCAAATAGTTATGGTTGTTTCA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
1 ATT--TACTGAATCAGTTCAAATAATTATGACT-ATT-AGACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * *
218254 GACCTTTGGTTTTGTCAAAAAATAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAACATAA
62 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAA
* * * * * *
218317 TTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAACTAAATCTGT-TTATCAAACA
126 TACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T-TATTACCAAA-T
* * ** ** * * * *
218381 AGTTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGT
187 AGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTCTAT
* * ** * * * *
218446 TATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAACCTTATTTCA-ATTAAAATAAAACAAATTTATTAAT
252 CATAAAACAATTGTTTT-TATTCATACAA-AATA-TCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
218509 A-TTCAAACAATTAATATATAAAAGA-TT-GAAAAA-AAATTTGTTTAC-CGAA-TAAGTTTAAA
314 ATTTCAAA-AA-T--TA-ATAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCAA-TTCAAA
* * * * ** * *
218568 TAGTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
373 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAAC
* ** * * * * *** *
218633 AATTATTTTTATTCATACAAGCTTAATCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAA
438 AATTGTTTCAATTCATACAAGCTT-ATTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAA
* * *
218698 TTAATAAGCAAAAGATTCTAAAAATA-AATATG
502 TTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAA-AGAAT-CG
* * * * * * *
218730 -TTTGC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-TTGATG
1 ATTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTAG-ACAATTATCTATTTCAAATCATT-ATG
* ** * ** * *
218792 ACATTTTGTTTCATCATAAAGCAATT-GTATCAATTCATATAGGCTTA-TTCAAAATAAAATAAT
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGT-TTTATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAAT
* * * * *
218855 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGATTTTAAAAATGAATCTATTTACTGAA
127 ACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTAC-CAA
* * * * * * * *
218920 CA-AGTTCATATAGTTATGATTGTTTGAATAATT-TTATATTTCAAATTGTTGTGGCATTTTGTT
185 -ATAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTT
* * * * * **
218983 TTATTATAAAATAATTGTTTCT-GT--TACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATA-TAAATTTAT
248 CTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA-AATA-TCCAGAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * *
219043 TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAATATTT-AAAAAATAAATCTT-TTT--TTTAA-CATGTTCA
310 TAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGATTTAAAAAAATAAAT-TTGTTTACTTGAACCA-ATTCA
* * * **
219103 AATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTAATTAAAAGAGTTATGACCTTTTGGTTTGGTTTATT
371 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC---T--TTT-G-----T
* * ** ** * *
219168 CTTTTGGTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGTTCATACACCCATATTTGAAATAAAATAATACTA
425 C-------TTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTA
* * * * * *
219233 GTTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTG
482 ATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-GAATC-G
* * * * * *
219285 -TTTA-TCG-AGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTAT
1 ATTTACT-GAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTAG-ACAATTATCTATTTCAAATCA-TTAT
** * * * * *
219346 GATATTTTATTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAGATAA
62 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAA
* * **
219409 TACTAATTTATTAATATTGT-GAAAATTAATAGGTAGGAGTTTAAAAAATAAATCAATTCACCAA
126 TACTAATTTATTAAT-TT-TCAAAAATTAATAAG-A-GA-TTTAAAAAATAAATTTATT-ACCAA
* * * * ** * * * * * *
219473 ACAAGTTCATATAATCATTTCCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
185 A-TAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTC
** * *** * * * * * ** *
219538 TATTGTAAAATAACAATTTATGTTCATGCAAAATTATTCA-AAAAAAATAATA-TTGTTCTATCA
249 TATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAA-TATCCAGAATAAAATAATACTAATT-TATTA
** * * * ** ** *
219601 ATATTTTGAAAACTAATAAGAGATTT-AAAAACTAAATTTGTTTAC-CAAAATAGTTTCAAAT-G
312 ATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCA-ATTCAAATAG
* * * * *
219663 ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCATTAT-T-TTATCATAAAACA
376 -TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGA-CCTTTTGTCTTATCATAAAACA
* * * * * *
219726 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCATATTACAATAATACTAA--T-TTAATAGT------AT
439 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAAT
* * *
219782 TAATAGGTAAGCGATTTAAAAAATAAAT-G
503 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-GAATCG
** * * ** * * * *
219811 -TGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATAATTCTA
1 AT-TTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGACTATTAG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * * * * * **
219875 ACCTTCTCTTTAGTCACAAGACAATT-ATTTCTGTTCATACAAGCTTGTTT-AGAATAACTTAAT
63 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAAT
** * * * * * * ** * **
219938 A-T--TTTCAAAAAAATTT-AATTATTTAATGAGCCA-AATGAAGATTTATTAATTTATTAGTAA
127 ACTAATTT--ATTAATTTTCAA-AAATTAATAAG--AGATTTAA-A-AAATAAATTTATTACCAA
* * * *
219998 ACAAGTTCATAA-AGATT-TGAA-TATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTATGACCTTTT
185 A-TAGTTCA-AATAG-TTAT-AACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TCGTTATGACATTTT
* * * *
220059 GTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTAGTTCATA-AAAACTTATTC-GAAATAAAATAATACTACT
245 GTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAAA--TATCCAG-AATAAAATAATACTAAT
* * * * *
220121 TTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAACTAAAGTTATTT-C-TAAACCAA
306 TTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCAA
* * * * * *** * * *
220183 TTC-AATGGTTATTATTATTTGAACAAATATCAATCCGAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCA
367 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTATCA
** * * * *
220246 TAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
432 TAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAATACTAATCTATTAATATT
* *
220310 CTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTGAAAAATGAAT-G
495 CCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAGAATCG
* * ** * * * * ** *
220343 TTTTTGCCCAACCAATTCAAATAGTTA-GACTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA
1 -ATTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTAG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * **
220407 CCTTTTGTTTACTCATATAATAATT-GTTTTAGTTCATATATGCTTATTT-GGAATAAAATAATA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATA
* ** * * * *
220470 CTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAAT-A-AGCTTTGAAAAGATAAATATGT-TTGCCAAACAA
128 CTAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGAGATTT-AAAAAATAAAT-T-TATTACCAAA-TA
* * * * * * * *
220532 ATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATT-TTTAAAATCATTATGAC-CTTTGTTTTGT
188 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTCTAT
* * * * *
220595 CATAACACAATTG-TTTTAGTTCATA-AAAGCTTTTCA-AA-AAACATAATAC-ACCTTTATTAA
252 CATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACAAA-ATATCCAGAATAAA-ATAATACTA-ATTTATTAA
** * * * * *
220655 TATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC-TGAATCAGTTCAAAT
313 TATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCAATTCAAAT
* * * * * * * *
220718 AATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
374 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACA
* * * * * * *
220783 ATTGTTTTTCAA--CATACATGCTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATTGCAAGA
439 ATTG--TTTCAATTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAA
* *
220846 A-T--TGA-TAAGAGATTTAAAAATTA-AATCT
501 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA--AGAATCG
* * * * * * ** *
220874 ATTTA-TCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATAA
1 ATTTACT-GAATCAGTTCAAATAATTATGACTATTAG-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * ** *
220938 CCTTTTGCTCTATCATAAAACAATT-ATTTCTAGTCATACAATTTTA-TTCGAAATAAAATAATA
64 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTT-TATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATA
* *
221001 CTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
128 CTAATTTATTAATTTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
221049 TAATCCATTT
Statistics
Matches: 4686, Mismatches: 1015, Indels: 754
0.73 0.16 0.12
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (531 bp):
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TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTTTATTCATACAAGCTTATTTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTACCAAATAGTTCAAAT
AGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTCTATCATAAAACA
ATTGTTTTTATTCATACAAAATATCCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
CAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
AAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
AAAAAGAATCG
Found at i:218420 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 217997--221030 Score: 1672
Period size: 177 Copynumber: 17.0 Consensus size: 176
217987 TTATTAATAT
* * * * * *
217997 TTTAAAAATAAATCTATTTA-CTAAACCAA-TTCAACTAGTTATAACAATTTGAACAATTTTTTA
1 TTTAAAAATAAATCTGTTTATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * **
218060 TTTCAAATTGTTATGACCATTT-TTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTTTTCAT-GTAGTCTTATT
64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATT
* * * * * *
218123 TAGAATAAAGTGATGCTAATTTATTAATATTAT-TAAAATTAATAAGTAATGGA
128 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG--A--GA
* ** * * ** * *
218176 TTTAAAAAATGAATCTGTTGGT-TTGACCAA-TGCAAATAGTTATGGTTGTTTCAACAATTATCT
1 TTT-AAAAATAAATCTGTT--TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
218239 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
63 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
218304 CAAAATAACATAATTCTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAGATA
128 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
* *
218353 TTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT-AGCTATTTGAATAATTACCTA
1 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTA
** * * * * * *
218417 TTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTT
64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TT
* * * *
218482 C-AATTAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATATATAAAAGA
128 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AA-T--TA-ATAAGAGA
* * * * * * * * *
218534 TTGAAAAA-AAATTTGTTTACCGAATAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATT
1 TTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * * * *
218598 TTAAATTGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTAATCAG
66 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * ** *
218663 ATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGA
131 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA
* ** * *
218713 TTCTAAAAATAAATATGTTTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
1 TT-TAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * ** * *
218778 TTCAAATC-TTGATGACATTTTGTTTCATCATAAAGCAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTC
65 TTCAAATCGTT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
*
218842 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGA
129 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGA
* * * * * * * * *
218894 TTTTAAAAATGAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCATATAGTTATGATTGTTTGAATAATTTTATA
1 -TTTAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
218958 TTTCAAATTGTTGTGGCATTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCTG-T--TACAAGCTTATTC
64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * *
219020 CAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAATA
129 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA
* ** * * *
219070 TTTAAAAAATAAATCT-TTTTTTTAACATGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTAA
1 TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * ** ** * *
219134 TTAAAAGAGTTATGACCTTTTGGTTTGGT--TTATTCTTTTGGTT-TG-TCATAAACCAATTGTT
65 TTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCAT--A-CAA--G-C
* * * *
219195 TCTGTTCATACACCCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATCAATATTCCAAAAATTAATAA
123 T-TATTCA-A-A---ATA----AAAT-----AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
219260 GTAAAAGA
173 G----AGA
* * * * * *
219268 CTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTAT
1 -TTTAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * *
219333 TTCAAATAGTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCA
65 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * * *
219398 GAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTGT-GAAAATTAATAGGTAGGA
130 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-A-GA
** * * * * * ** * *
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1 -TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * *** * * **
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** * ** *
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129 AAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
* *
219624 TTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAA-ATAGTTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATC
1 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTATCAAACA-AG-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
219687 TATCTCAAATCATTATGATC-ATTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTAT
62 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * * *
219751 TCATATTACAATAATACTAATTTAATAGTA-TT----AA-TAGGTAAGCGA
127 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGAGA
* * * * * *
219796 TTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGCTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TTT-AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * * * * *
219861 TTCAAATAATTCTAACCTTCTCTTTAGTCACAAGACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTGTTTA
65 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA
* ** ** * * * *
219926 GAATAACTTAATA-T--TTTCAAAAAAATTT-AATTATTTAATGAGCCA-A
130 AAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAA-AAATTAATAAG--AGA
* * * * *
219972 ATGAAGATTTATTAAT-T-TATTAGT-AAACAAGTTCATAA-AGATT-TGAATATTTGAACAATT
1 TTTAA-A--AATAAATCTGT-TTA-TCAAACAAGTTCA-AATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
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59 ATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAG
* * *
220095 CTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
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* * * * * *
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1 TTTAAAAA-TAAA-TCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * *
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*** * *
220278 T-TGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAAAGA
127 TCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGA
* * * ** * * *
220328 TTTGAAAAATGAATGTTTTTGCCCAACCAA-TTCAAATAGTTA-GACTATTAGAAGAATTATCTA
1 TTT-AAAAATAAATCTGTTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** * * * *
220391 TTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTACTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATT
64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATT
*** * * *
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128 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGAGA
* ** * * * *
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1 TTT-AAAA-ATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
220567 TTTAAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTT-TT
64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATT
* * *
220629 CAAAA-AACATAATAC-ACCTTTATTAATATTTTGAAAGTTAA-TAAGTAAGAGA
128 CAAAATAAAATAATACTA-ATTTATTAATA-TTTCAAA---AATTAA-TAAGAGA
* * * * * * *
220681 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTA
1 TTT-AAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *** * *
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64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
220810 GAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATTGCAAGAATTGATAAGAGA
129 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
* * * *
220858 TTTAAAAATTAAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
1 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * **
220922 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTAG-TCATACAATTTTATT
64 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATT
* *
220986 CGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAA
128 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
221031 CTAAGAGATT
Statistics
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AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGA
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* * * * * * * *
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* * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * * * * *
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** *
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325 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AAG
* * * *
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* * * * * * * **
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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256 GTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
219029 TAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAT
321 TAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAG
**** * *
219069 ATTTAAAAAATAAATCT-TTTTTTTAACATGTTCAAATAGTTAT-GACAATTTGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAACAATTATCT
* ** *
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65 ATTTCAAATCA-TTATGACCTTTT-G--T--TTTA-----------T-T-ATAAAACAATTGTTT
* * * * * *
219196 CTGTTCATACACCCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATCAATATTCCAAAAATTAATA-A
111 CTATTCATACAACCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATATA
* * *
219260 GTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAA
175 GTAAAAGACTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAA
* * *
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* * * * * * *
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** * * * * ** * *
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1 A-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTGAACAATTATCT
* * *** * * * **
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65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAACCTTATT
* ** * ** * * *
219575 TCAAAAAAAATAATA-TTGTTCTATCAATATTTTGAAAACTAATA-AG----AGATTTAAAAACT
130 TCAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATA-TTCAAAAATTAATATAGTAAAAGACTTAAAAAAT
* * * * * * *
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193 AAATCTGTTTACCGAACA-AG-TTCAAATAG-TTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAAT
** * * * * * * *
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255 TGTTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAA
* * * * *
219760 AATAATACTAATTTAATAGTA-TT----AA-TAGGTAAG-CG
319 AATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA-ATAAGAAG
* ** * * *
219795 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGCTA-AGACTATTAGAACAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * * * * *
219859 ATTTCAAATAATTCTAACCTTCT-CTTTAGTCACAAGACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTGT
65 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAACCTTAT
** ** * * * * * * * *
219923 TT-AGAATAACTTAATA-T--TTTCAAAAAAATTTAATTATTTAAT-GAGCCAAATGA---AGAT
129 TTCA-AATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCAA-AAATTAATATAG-TAAAAGACTTA-AA
** * *** * * * *
219980 TTATTAAT-T-TATTAGTAAACAAGTTCATAA-AGATT-TGAATATTTGAACAATTATCTATTT-
189 AAATAAATCTGT-TTACCGAACAAGTTCA-AATAG-TTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTC
** * * * * * * *
220040 AAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTT-TAGTTCATAAAAACTTATTCGA
251 AAA-TTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
220104 AATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAG
314 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--A-AG
* * * * * *
220153 ATTTAAAAACTAAAGT-TATTT-CTAAACCAA-TTC-AATGGTTATTA-TTATTTGAACAAATAT
1 ATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTA-TAGCTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
220213 C-AATCCGAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCT
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** * * *
220275 TATTT-GGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TA-A-TAAAAGATTTGAA
126 TATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATATAGTAAAAGACTTAAA
* * * * * * * * * *
220334 AAATGAATGTTTTTGCCCAACCAA-TTCAAATAGTTA-GACTATTAGAAGAATTATCTATTTCAA
189 AAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAA
* * ** * * * ***
220397 ATTGTTTTGACCTTTTGTTTACTCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATATATGCTTATTTGGAAT
253 ATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT
* * *
220461 AAAATAATACTAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAAT---AAG
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* * * * * * *
220501 CTTTGAAAAGATAAATATGTTTGCCAAACAAATTTAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATA
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
220565 TTTTTAAAATCATTATGACC-TTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGC-T-
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAACCTTA
* ** * * *
220626 TTTCAAA-AAACATAATAC-ACCTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATA-AGTAAGAGATTTAAAA
128 TTTCAAATAAA-ATAATACTA-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATATAGTAAAAGACTTAAAA
* * * **** * * *
220688 AATAAATCTATTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTCAAA
190 AATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAA
** * * * * * * * **
220752 TCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACATGCTTATTTGAAATA
254 TTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * *
220816 AAACAATACTAATTTACTAATATTGCAAGAATTGATAAG-AG
318 AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAG
* * * * * *
220857 ATTTAAAAATTAAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAG-CTATTTGAACAATTATC
** * * * * * * **
220920 TATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTAGTCATACAATTTTA-
64 TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAACCTTAT
* * * *
220984 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATA-ACTAAGAGATTTAAAAAA
129 TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATATAGTAAAAGACTTAAAAAA
*
221048 TTAATC
192 TAAATC
221054 CATTTGTTGA
Statistics
Matches: 2099, Mismatches: 452, Indels: 301
0.74 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
346 5 0.00
347 21 0.01
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350 25 0.01
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354 222 0.11
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TCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
GACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
TTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAG
Found at i:218852 original size:181 final size:180
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* * * * * * *
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* * * * **
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* * * * ** * **
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* *** * * *** * * *
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* * * * * * *
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* * *
218303 TCAAAATAACATAAT-TCTAATTTATTAGTATTTCAAAAATTAATAAG----ATA
127 TCAAAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * *
218353 TTTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAGCTATTTGAATAATTACCTAT
1 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * * * *
218418 TTCAAATCACT-ATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTT
65 TTCAAATC-TTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT
* * **
218482 C-AATTAAAATAAAACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATATA-TAAAAGA
128 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATA-AGTAAAAGA
* * * * * * * * *
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1 TTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
* * ** * * * *
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* * ** * *
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130 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* *
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* * * * * *
218778 TTCAAATCTTGATGACATTTTGTTTCATCATAAAGCAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCA
65 TTCAAATCTTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* *
218843 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATTAGTAAAAGA
130 AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * ** * * * * * *
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1 -TTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * *
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65 TTCAAA-TCTTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * *
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129 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
**** * * * *
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1 TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT-A
** * * * *
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* ** * ** * * * *
219198 GTTCATACACCCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATCAATATTCCAAAAATTAATAAGTA
111 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
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176 AAAGA
* * * * * * *
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1 -TTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* * * * * *
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65 TTCAAAT-CTTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * * * * **
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129 AAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
** * * * * ** * * *
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1 TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTAT
* ** * *** * * * **
219513 TTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTATTGTAAAATAACAATTTATGTTCATGCAAAATTATTC
65 TTCAAATC-TTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * ** *
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129 AAAATAAAATAATATTAATT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * *
219624 TTTAAAAACTAAATTTGTTTACCAAA-ATAGTTTCAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATC
1 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACA-AG-TTCAAATAG-TTATAACTATTTGAATAATTATC
* * *
219687 TATCTCAAATCATT-ATGATCA--TTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
62 TATTTCAAATC-TTGATGA-CATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * * **
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125 ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* ** * * * *
219796 TTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGCTA-AGACTATTAGAACAATTATCTA
1 TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * * * * *
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64 TTTCAAAT-CTTGATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * ** * ** * * * * *
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127 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAG--TAA--AAGA
* ** *
219979 TTT----ATTAAT-T-TATTAGTAAACAAGTTCATAA-AGATT-TGAA-TATTTGAACAATTATC
1 TTTAAAAATAAATCTGT-TTACCAAACAAGTTCA-AATAG-TTAT-AACTATTTGAATAATTATC
* * * *
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62 TATTTCAAA-TC-TTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT
* * * * * *
220097 TATTCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
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* * * * * * *
220154 TTTAAAAACTAAAGT-TATTT-CTAAACCAA-TTC-AATGGTTATTATTATTTGAACAAATATC-
1 TTTAAAAA-TAAA-TCTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCT
* * * *
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*** * *
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124 TATTCAAAAT-AAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * *
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1 TTT-AAAAATAAATCTGTTT-ACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
** * * * * *
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64 TTTCAAATCT-TGATGACATTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA
*** * * * * *
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126 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * * * * *
220502 TTTGAAAAGATAAATATGTTTGCCAAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATT
1 TTT-AAAA-ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
220567 TTTAAAATCATT-ATGAC-CTTTGTTTTGTCATAACACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTT-T
64 TTTCAAATC-TTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* * * ** * *
220628 TCAAAA-AACATAATA-CACCTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGA
127 TCAAAATAAAATAATATTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * ** * * *
220681 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTA
1 TTT-AAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * *
220745 TTTCAAATCATT-ATTACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACATGCTTAT
64 TTTCAAATC-TTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTAT
** * * * * * *
220808 TTGAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATTGCAAGAATTGATAAG----AGA
127 TCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
220858 TTTAAAAATTAAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTA
1 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
* * * * * * * **
220922 TTTCAAAT-TGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTAGTCATACAATTTTATT
64 TTTCAAATCT-TGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * *
220986 CGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGA
128 CAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA
221039 TTTAAAAA
1 TTTAAAAA
221047 ATTAATCCAT
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TCAAATCTTGATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAA
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
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219313 CTGTTTGAAT
* * *
219323 AATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAC
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* * *
219387 AAGTTTATTCAGAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTGTGAAAATTAATAGGTAGGAGTTTA
65 AAGTTTATTCA-AATAA-ATAATACTAATTTATCAATATTGTGAAAACTAATAAG-A-GA-TTTA
* **
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* * ** *** * * *
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** * ** *
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* *** * * * * *
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* * *
219680 AATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-ATTATTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
*
219744 AGTTTATTCATATTACAATAATACTAATTTA
66 AGTTTATTCA-AATA-AATAATACTAATTTA
219775 ATAGTATTAA
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Matches are distributed among these distances:
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AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACA
AGTTTATTCAAATAAATAATACTAATTTATCAATATTGTGAAAACTAATAAGAGATTTAAAAAAT
AAATCAATTCACCAAAATAGTTTCAAATAATCATGACCATTAGAAC
Found at i:221104 original size:177 final size:176
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220664 AGTTAATAAG
* * * * * * * * * * *
220674 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAA
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 TAAGAGATTTAAAAATTAAATCCATTTATCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAA-
** *
220916 TATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCT-AGTCATACAAT
65 TATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTCA-ACATAC-AT
* * *
220980 -TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATT-CTAAAAATTAATAA
128 GCTTATTCGAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATTGC-AAAAA-T--TAA
* * * *
221031 CTAAGAGATTTAAAAAATT-AATCCATTTGTTGAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATAT
1 -TAAGAGATTT-AAAAATTAAATCCATTTATCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATAT
221090 AAACAATTAT
Statistics
Matches: 199, Mismatches: 31, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (176 bp):
TAAGAGATTTAAAAATTAAATCCATTTATCGAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATATGAATAAT
ATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGCTCTATCATAAAACAATTATTTCTCAACATACATGCT
TATTCGAAATAAAACAATACTAATTTACTAATATTGCAAAAATTAA
Found at i:222440 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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221104 ACTTAGACAT
* *
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* * * * * * * * * * *
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* * *** * * * *
221238 TTCCAAATCTTTGTTACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTGTTAATATAA
125 TTTCAAATCATTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* * * *
221295 GTTTGTTC-AAAATAAATTAATGCTAA-TTTATTAATATTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATT
1 GCTTATTCGAAAA-AAA-TAATACTAATTTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * *
221357 TAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAATCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTT
63 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * *
221422 CAAATCATTATA-ACCTTTTATTTTGTCATCGAACAATTGGTTATGTTCATACTA
128 CAAATCATTA-AGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
** * * * * *
221476 TTTTATTCGAAATAAAATAA-ACTAA-TTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACTAAGAAAATTA
1 GCTTATTCGAAA-AAAATAATACTAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATT-
* ** ** * * *
221539 AAAAAAATAAATGCAATTGCCT-AACCAATTCAAATAGTTAAG-CTATATGAACAATTATCTATT
63 TAAAAAATAAAT-CTGTTTACTAAACCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * ** ** ** *
221602 GCAAATCATTTTGACTTTTTCTTTTGTTGTAAGGCAATTG-TTTTGTTTGTAAAA
127 TCAAATCATTAAGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
** * * * **
221656 GCTTATTCTGATTAAAATAATACCAA-TTTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATCAA
1 GCTTATTC-GAAAAAAATAATACTAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** * * * * ** * * *
221720 AAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATTAGTTCAATTGGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTAC
65 AAAAATAAATCTGTTTACT-AAACCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * *
221784 AAATCATTATGA-CTTTTTGATTAT-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATATAA
129 AAATCATTAAGACCTTTTT--TT-TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* * * * * *
221837 GCTTATTTAGAATAAATTAATACT-ATTTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTA
1 GCTTA-TTCGAAAAAAATAATACTAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
221901 AAAAGATAAATCTATTTACTAAACAAATTAAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTA
65 AAAA-ATAAATCTGTTTACTAAACCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
221966 AAATCGTTATA-ACCTTTTGATTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACGA
129 AAATCATTA-AGACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAA
* ** * *
222019 GCTTAGAT-GAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTT
1 GCTTA-TTCGAAA-AAAATAATACTAATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * * * **
222082 TAAAAATAAATCTGTTTACCGAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGGATTATCTATTT
64 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTA-TT
** * * * * *
222147 TCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAACTATTTTTTTATCATACAA
127 TCAAATCATTAAGACC-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT-TCATACAA
* * *
222203 GCTTATTTGAAAGAAAATAATATTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTA
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * ** * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *** * * ** *
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** ** * * * * *
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* * * * **
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* ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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** * * **
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** * * *
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* * * * * * ** *
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* * *
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* ** * * *
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* * * * *
224584 ATAAACTATTTGAATAA-AAT-TATTTCAAATCAATTATTAATCTTTTGTTTTGTCCAT-AAACA
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* ** *
224646 ATTGTTTCCTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAATAATACTAA-TTATTAATCTTTTAA
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* * * * * * *
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224768 ATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * ** * * * *
224832 GTGTCTA-TTCATACAAAAATTATTCAGGATAAAATAAAACTGATCTATTAATATTTTGAAAA-T
64 GTTTC-AGTTCATAC-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * * * *
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* * * *
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* * * * ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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** * ** * * * * * ** * **
225190 AAATAAAATAACACTAA--TTAATTAAGACTCAAAA-AAT--TAA-TAAACAAGAAATTAAAAA-
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* * ** ** * * ** * * * * *
225248 AAATAATTTTGTTTACTGAACAAGTTCAAA-TAG-TTA-TG-ACTATTTGAACAATT
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* *
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* * *** * * * *
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66 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* ** ****
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* * * * * * * *
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* ** * * *
225528 CTTTTCA--TCATACAAGCCTATTCGAAATAAAATAATA-TAAACTTATTAATATTTCAGAAA-T
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* * * *
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127 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAAAATT
* ** * * * * * * * *
225629 -T-CCTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTCTATTATAAAATAATTA
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * **
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* * * *
225754 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGC-AGTTCAAACAATT
130 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAATTCAAA-AATT
* *
225805 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * **
225870 GTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTA
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* * * * * * * * **
225934 AAAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATC-AGGTCAAAATAATT
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* * * * * * * * *
225988 AT-AGCCATGTCAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATA
1 ATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATC---ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
** ** * * * * *
226052 ATTGTTTTTGAACATTCAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTGAAAAAT
61 ATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * * * *
226117 TAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATTAAACTAGTTCAGATAGTT
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* * * * * *
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* * ** * * **
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* * * * * * * * * *
226297 ATAACTAAGAGAATTAAAAAATAATTTTCTTTGCCGAACTAGTTTAAATATTT
128 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAA-AATT
* * * * *
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* * * * * ** *
226415 TTTTTAAATTCATACTAGCTAATTTGGAATAAAATAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATT
63 TGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * *
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* * *
226532 ATGACTATTTAAACAATTATCTACTTTAAATCATTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAAT
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * **
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* * ** * ** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
227015 TAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-TCGAATAAGTTTAAATAATT
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*** * * *
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* ** * * * *
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* * ** * *
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* * * * * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * ** * * * * *
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127 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAA-AATT
* * * * *
227432 ATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATTGAAAACAAT
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* * * ** * * * * * *
227497 TGTTTTAGTTTATATAATATTATTTGAAGTAAAATATTATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTA
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* * * * * * *
227562 ATGAGTAATAGAATT--AAAA-AAATATGTTCA-TAGAATAAGTT-AAAATAGTT
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** * * * * * *
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* * * * * * *
227677 GTTCTA-TTCATGCAAGTTTAATTT-GAATAAATTAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
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* * * * * ** * *
227739 AATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCT-AATCATGTTTAAATAGTT
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*
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* * * * *** * * *
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* * * *
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* * * *
228037 GTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTAAAAATAGAATAATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTA
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** * * * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * * **
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** * * * * **
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* * * *
228451 TAAGTAGGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTA-TCGAAC----T----AGTT
129 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAATTCAAAAATT
* * ** * * * *
228493 CT---TATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTG
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * **
228555 TTTCAATTCATATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAAT
65 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * * * *
228620 AACTAAGAGA-TTAGAGAAATAAATCTGTTT-GTCGAAGC-AATTCAAATAGTT
130 AAGTAAGAGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTACT-GAA-CAAATTCAAA-AATT
* * * * * * * *
228671 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTG
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** ** * ** * * *
228736 TTTTTGAACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAA
65 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * *
228801 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTTTAATAATT
129 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAAAATT
* * * * * *
228852 ATGACCT-TGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAACAATT
1 ATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * * ** * *
228916 GTTTTTAAAT-ATTCAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTA
64 G-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * ** * * * ** * *
228980 ATAAGTAAAAAATTTTTAAAA-AAATCTATTGACTGAATTAGTTCAAATAGTT
128 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAA-AATT
* * ** * * * *
229032 ATGACTATTTCAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * *** * * * *
229097 TTTTTGTTTATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAGTCTAATAATACTTTAAAAATTAAT
65 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT
* * ** * *
229162 AACTAAGAGAATTAAAAAA-AAATTTGTTTGTTGAACCAATTCAAATATTT
130 AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAA-AATT
* * *
229212 AAGACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGA
229251 TTATTTGAAC
Statistics
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ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
TTCAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAAAATT
Found at i:223624 original size:533 final size:533
Alignment explanation
Indices: 222843--223902 Score: 1181
Period size: 533 Copynumber: 2.0 Consensus size: 533
222833 TGACCTTCTG
*** * * * * *
222843 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATAGTAATTTAA
1 TTTTGTCATAAAACAAAAATTTCAATTCACACAAGCTTAATTAAAATAAAATAAAAGTAATTTAA
** * * * * *
222908 TAATATTTTTAAAATTAATAAGTAAGTAATTTAAAAAGTAAATTTATTTATCGAATCATTTCAAA
66 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCCAACCAGTTCAAA
* * * * **
222973 TAACTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTTAAATCACTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAGC
131 TAACTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCCTTTGTTTGGTCATAAAAA
* ** * *
223038 AATTGTTTTTGATCATTCAAGTTTATAATGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA
196 AATTATTTCAGATCATTCAAGTTTATAA-GAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAA
** *
223103 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAATTAA-TTCAAATAGTTATGACTAT
260 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC-AAACAATTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * *
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324 GTAAACAATTATAAA-TTTGAAATCACTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATT-TTTTTTA
* *
223231 TT-GTACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAA-AAACTAATAACT
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* * *
223293 AAGAA-A-TTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAAC-CAGTTCAAATATTTAAGACTATAAGAACAA
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223355 TTATTTATTTCAAGTCATTTT
513 TTATTTATTTCAAGTCATTTT
* *
223376 TTTTGTCATAAAACAAAAATTTCAATTCACACTAGCTTAATTAGAATAAAATAAAA-TGAATTTA
1 TTTTGTCATAAAACAAAAATTTCAATTCACACAAGCTTAATTAAAATAAAATAAAAGT-AATTTA
* * * *
223440 TTAATATTTCAAAAATTAATATGTAAG-AGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCCAACCAGTTCA
65 ATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTA-ATTTAAAAAATAAATTTATTTACCCAACCAGTTCA
* * * * * *
223504 AATAATTATGGCTATTTGAGCAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAA
129 AATAACTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCCTTTGTTTGGTCATAAA
* **
223569 AAAATTATTTCAGTTCA-TCTAAGTTTATTCAA-AATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTTG
194 AAAATTATTTCAGATCATTC-AAGTTTA-T-AAGAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCA
* * * * *
223632 AAATTTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAACAATTTTAAATAATTATGAC
256 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTTCAAATAATTATGAC
* ** ** * * **
223697 TATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGCTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATGATTTTTTTT
321 TATGTAAACAATTATAAATTTGAAATCACTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTTTTTTT
* * * * * * * *
223762 GTTCATACAAGCTTATTTCGATTAAAATAATGCAAATTTAGTAATATTAAGGTAATTAATAATTA
386 ATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATATAATAATATTAA-GAAACTAATAACTA
* * * **
223827 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAACAATT
450 AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAAGTTCAAATATTTAAGACTATAAGAACAATT
223892 ATTTATTTCAA
515 ATTTATTTCAA
223903 ATTGTTATGA
Statistics
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Consensus pattern (533 bp):
TTTTGTCATAAAACAAAAATTTCAATTCACACAAGCTTAATTAAAATAAAATAAAAGTAATTTAA
TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCCAACCAGTTCAAA
TAACTATGGCCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCCTTTGTTTGGTCATAAAAA
AATTATTTCAGATCATTCAAGTTTATAAGAATAAAATAATACTAAGTTATTAATATTTCAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAATTTCAAATAATTATGACTATGT
AAACAATTATAAATTTGAAATCACTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTTTTTTTATTCA
TACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATATAATAATATTAAGAAACTAATAACTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAAGTTCAAATATTTAAGACTATAAGAACAATTATTTAT
TTCAAGTCATTTT
Found at i:224210 original size:162 final size:163
Alignment explanation
Indices: 223874--224197 Score: 363
Period size: 162 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
223864 TCAAATCTTT
* ** * * *
223874 ATGACTATTTGAAC-AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTATTTGTTTTGTCATTAAATAATT
1 ATGACTATTT-AACTATTTATTTATTTCAAATCATTATGACTATTTATTTTGTAATAAAATAATT
* * * * * * *
223938 GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAAAGTTAATTTATTAATGTTTTGACAATTAA
65 GTTTCTGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAAAGTTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
* *
224003 TATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTATC
130 TATGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATCTTCATC
224037 ATGACTATTTAACTATTTATTTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTATTTTGTAATAAAATAATT
1 ATGACTATTTAACTATTTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTATTTATTTTGTAATAAAATAATT
* * *
224101 GTTT-TAGTT-ATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATAG-TAATTTAATAATATTCTAAAAATT
65 GTTTCT-GTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAA-AGTTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
** * *
224163 AATGA-GTAGGAGAATTAAAAAATGAATATGTTCAT
128 AAT-ATGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATCTTCAT
224198 AGAACATATT
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 22, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (163 bp):
ATGACTATTTAACTATTTATTTATTTCAAATCATTATGACTATTTATTTTGTAATAAAATAATTG
TTTCTGTTCATACAAACTTATTCGAAATAAAATAAAGTTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
ATGTAAAAGAATTAAAAAATAAATATCTTCATC
Found at i:224419 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 224037--229250 Score: 741
Period size: 180 Copynumber: 29.2 Consensus size: 178
224027 TATCTTTATC
* * * *
224037 ATGACTATTTAACTATTTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAATAATTG
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* * * * * *
224102 TTTTAGTTATATAAATTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATG
65 TTCTAGTTATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATA
* * * *
224167 AGTAGGAGAATTAAAAAATGAATATGTTCATAGAACATATTTAAATAGTT
130 AATA-GAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAACATATTCAAATAGTT
* * * *
224217 ATGACT-TTCCAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAGTAATT
1 ATGACTATT--TAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * *
224281 AGTTCTA-TTCATGGAAGCTTATTTCAAACAAAATAATA-TAAATTTACTAAT-TTTTCAAAAAT
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* *
224343 TAATAAATA-AAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTC-TA-AACATGTTCAAATAGTT
125 TAATAAATAGAAAA-TTAAAAAATAAATATG--TTCATAGAACATATTCAAATAGTT
* * **
224397 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACTTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTG
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * ** * * *
224462 TTTCTATTTATTA-AAGCTTA-TTCAGAGCAAAGTAATTCTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTA
65 -TTCTAGTTA-TAGAAACTTATTTCA-AACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTA
* * * *
224525 ATAAGTTA-AAAGATCTTAAAAAAACTAATCTCAT-TT-ACTCGAGAA-A-AGTTTAGATAGTT
127 ATAA-ATAGAAA-A--TT-AAAAAA-TAA-AT-ATGTTCA-T--AGAACATA-TTCAAATAGTT
* * * * * *
224584 ATAAACTATTTGAATAA-AAT-TATTTCAAATCAATTATTAATCTTTTGTTTTGTCCAT-AAACA
1 AT-GACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATC-ATTA-TGACCTTTTGTTTTGT-CATAAAATA
* ** * * * * *
224646 ATTGTTTCCTCTA-TTCATACAAGTTTA-TTCGAAA-TAAATAATACTAA-TTATTAATCTTTTA
61 ATTG--T--TCTAGTT-ATAGAAACTTATTTC-AAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTA
* * * * * * * * * * *
224707 AAACATTAGTAAAGGTTGAAGATTTAAAAA-AAATCTATTTATTGAACA-AGTTCAAAAAATC
120 AAA-ATTAATAAA--TAGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAACATA-TTCAAATAGTT
* * * ** *
224768 ATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * * * * * * * * * *
224832 GTGTCTA-TTCATACAAAAATTA-TTCAGGATAAAATAAAACTGATCTATTAATATTTTGAAAAT
64 GT-TCTAGTT-ATA-GAAACTTATTTCA-AACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAAT
* * * * * * * *
224895 TAAT--A-AGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTAGACCA-GTTCAAATAGTT
125 TAATAAATAGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCA-TAGAACATATTCAAATAGTT
* * * * *
224946 ATGACTATTTGAGCAATTATCTATCTT-AAATCGTTATGAACTTTT-TTTTTTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* ** * * ** * ** *
225009 GTTTCT-GCTCATACTAGCATA-TTCGAAGTAAAATATTCCTAAATTAATAATATTCTAAAAATT
64 G-TTCTAG-TTATAGAAACTTATTTC-AAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
* ** * * * * * *
225072 AACATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTCTTTGC-TA-AGCCA-GTTCAAATAGTT
126 AATAAAT-AGAAAATTAAAAAATAAATAT-GTT-CATAGA-ACATATTCAAATAGTT
* * * * * *** *
225126 AAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTTGTTTAGTCAT-GCTTATTTG
1 ATGACTATT-TAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
*** ** * * ** * *
225190 AAATA-AAATA-ACAC-TAATT-AATTAAGACTCAA-A--AAATTAATAA-A--C-AAGAAATTA
65 TTCTAGTTATAGAAACTTATTTCAAACAA-AAT-AATAGTAATTTAATAATATTCTAA-AAATTA
* * * ** **** * * * * ** * *
225244 AAAAAAATAATTTTGTTTACTGAACAAGTTCA-A-ATAGTTA-T-GACTA-TT
127 ATAAATAGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGA-ACATATTCAAATAGTT
* * * *
225292 -TG-------AACAATTATCTATTT-AAAGTAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
1 ATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * * *
225348 TTTTAGTTCATA-AAAGCTTA-TCCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATT
65 TTCTAGTT-ATAGAAA-CTTATTTC-AAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCT-AAAAATT
* * * * * ** * * *
225410 GATAAGTTAG-AGATTTAAAAATAAATTAAT-TT-ATCGAATTTGTTCAAACAATT
126 AATAA-ATAGAAAATTAAAAAATAAA-T-ATGTTCATAGAACATATTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
225463 ATGGCCATTTGAGCAATTATGTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTATGCCACAAAACAATTG
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * * * * * *
225528 CTTTTCA-TCATACAAGCCTA-TTCGAAATAAAATAATA-TAAACTTATTAATATT-TCAGAAAT
65 -TTCT-AGTTATAGAAACTTATTTC-AAACAAAATAATAGT-AATTTAATAATATTCT-AAAAAT
* * * * * *
225589 TAAT--A-AGAGATTTAAAAAAAAAAT-TGCTT-ACAGATCCA-ATTC--CTA-TT
125 TAATAAATAGAAAATTAAAAAATAAATATG-TTCATAGA-ACATATTCAAATAGTT
* * * * * * * *
225636 -TGA--A--T---GATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTCTATTATAAAATAATTAT
1 ATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * * * * * *
225693 T-TCAATTCATATAAGCTTA-TTC--AGAATATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAAT
66 TCT-AGTT-ATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAAT
* * * * * * *
225754 AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGC-T-GAAGCA-GTTCAAACAATT
129 AAAT-AGAAAATTAAAAAATAAATATG-TT-CATAGAA-CATATTCAAATAGTT
* * *
225805 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 ATGACTAT-TTAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* * ** * * *
225870 GTTTTAGTTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCT-AAAATT
64 GTTCTAGTT-ATAGAAACTTATTTC-AAACAAAATAATAGTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATT
* ** * * * * * * * ** *
225933 AA-AAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATCA-GGTCAAAATAATT
126 AATAAA--TAGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAA-CATATTC-AAATAGTT
* * * * * * *
225988 AT-AGCCATGTCAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATA
1 ATGA-CTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATC---ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATA
* * ** ** * * * * *
226052 ATTGTTTTTGAACATTCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TGAAAA
61 ATTGTTCTAG-TTATAGAAACTTATTTCA-AACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCT-AAAA
* * * * * * *
226115 ATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAATAAATCTATTTATTA-AAC-TAGTTCAGATAGTT
123 ATTAATAAATAGA-AAATTAAAAAATAAATATGTTCA-TAGAACATA-TTCAAATAGTT
* * * * * * *
226171 AT-AGCTATTTGGACAATT-GCAAATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAAT
1 ATGA-CTATTT-AACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * * *
226234 TATT-TTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATT
63 TGTTCTAGTT-ATAGAAACTTATTTC-AAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
* * * * * **** * *
226296 AATAACTAAGAGAATTAAAAAATAATTTTCTTTGCCGAAC-TAGTTTAAATATTT
126 AATAAAT-AGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAACATA-TTCAAATAGTT
* * * *
226350 AAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAATAAGTT
1 ATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TT
* * * ** * * ** * *
226415 TTTTTAAATTCATACTAGCTAATTTGGAATAAAATAA-A-TGAATTTATTAATATT-TCAAAAAT
64 GTTCT-AGTT-ATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGT-AATTTAATAATATTCT-AAAAAT
* * * * * * *** *
226477 TAATAAGTA-ATAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAAC-TAGTTCAAATAATT
125 TAATAAATAGA-A-AATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAACATA-TTCAAATAGTT
* *
226532 ATGACTATTTAAACAATTATCTACTTT-AAATCATTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAA
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* * * * * * * *
226595 TGCTT-TTGTTCATA-TAAGTT-TGTTCAAA-AAAAGGTAAAACTAATCTATTAATATTTTAAAA
63 TG-TTCTAGTT-ATAGAAACTTAT-TTCAAACAAAA--TAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAA
* * * * * *
226656 ATTAAT--A-AGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTATCA-ATC-TAGTTCAAATAGTT
123 ATTAATAAATAGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCAT-AGAACATA-TTCAAATAGTT
* * ** * * ** *
226709 ATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTAATGA--TTTT-TTTCCTATTTTAAAACAAT
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT--TGTCATAAAATAAT
* * * * ** ** * * * *
226771 TGTTTCTATTTATACAAGCATATTTGGATGAAAATAATATTAATTT-TTAATATT-TCGACAATT
63 TG-TTCTAGTTATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCT-AAAAATT
* * * ** * * *
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* * * * * *
226888 ATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGATCTTTT-TTTT-TTATAAAAAAATTG
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * ** * * * *
226951 TT-TCAGTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAATT-TTAAAATTA
65 TTCT-AGTT-ATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAAT-ATTCTAAAAATTA
* * * * * * * * * * *
227014 ATAATAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAATA-AGTTTAAATAATT
127 ATAA-ATAGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAACATA-TTCAAATAGTT
* *** * *
227067 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTC
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-
* * * * ** * *
227132 TTTTTTGTTCATA-AAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAGT
64 GTTCTAGTT-ATAGAAA-CTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAA-A-AAT
* * * * * *
227194 TAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACAAATTTAAATCA-TT
125 TAATAAATAGAAA-A-TT-AAAAAATAAATATGTTCA-TAGAACATATTCAAAT-AGTT
* * * * ** * ** * *
227250 ATAACTATTTGAGCAATTATTTTATTTCAATTTGTGATGATTTTTTTGTTTTGACATAAAAAAAT
1 ATGACTATTT-AACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
* ** ** ** * * * * *
227315 TGTTTCT-GTTCATACAAGGTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATT
63 TG-TTCTAGTT-ATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
** * * ** * *
227379 AATAAGCA-AAAGATTTAAAATTTCATATGTTTACTA-AACA-AGTTCAAATAGTC
126 AATAAATAGAAA-ATTAAAAAATAAATATGTTCA-TAGAACATA-TTCAAATAGTT
* * * * * *
227432 ATGATTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATTGAAAACAAT
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-T-AAAATAAT
* * * ** * * * *
227497 TGTTTTAGTTTATATAATA-TTATTTGAAGTAAAATATTATTAGTTTATTAATATT-TCAAAAAT
63 TGTTCTAG-TTATAGAA-ACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCT-AAAAAT
* *
227560 TAATGAGTAATAG--AATT--AAAA-AAATATGTTCATAGAATA-AGTTAAAATAGTT
125 TAAT-A--AATAGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAACATA-TTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
227612 ATGACTACCTGAATAATTATTTATTTCAAAACATTAGGACCCTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG
1 ATGACTA-TTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-
** * * * * *
227677 GTTCTA-TTCAT-GCAAGTTTAATTT-GAATAAATTAAT-TTAAATTTATTAATATT-TCAAAAA
64 GTTCTAGTT-ATAG-AAACTT-ATTTCAAACAAAATAATAGT-AATTTAATAATATTCT-AAAAA
* * * * * *
227737 TTAATAAGTA-AAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTC-TA-ATCATGTTTAAATAGTT
124 TTAATAAATAGAAAA-TTAAAAAATAAA--TATGTTCATAGAACATATTCAAATAGTT
**
227792 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTG
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
** * * * *
227857 TTTCT-GTTCATA-AAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTA
65 -TTCTAGTT-ATAGAAA-CTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTA
* * * * * *
227920 ATAAGTA-AAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACT-G-A-GTGAGTTCAGATAGTT
127 ATAAATAGAAA-AT-TAAAAAATAAATATGTTCA-TAGAACAT-A-TTCAAATAGTT
* * * * *
227973 ATGACAATTTGAATAATTTTTTATTTCAAA-CTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* ** ** * * * * * *
228037 GTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTAAAAATAGAATAATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTA
64 G-TTCTAGTT-ATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTA
* * * * * * * * *
228101 ATAAGTTGGAGATTTAAAAAATATATCTATTTGTCA-A-ACCA-GTTGAAATAGTT
127 ATAA-ATAGAAAATTAAAAAATA-A-ATATGT-TCATAGAACATATTCAAATAGTT
** * * * * *
228154 AAAACTA-TT-A-GA--A-C-AATT---GT--TT-TGACCTTTCGTTTAGTCATAAAATAATTGT
1 ATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
** * ** * * **
228206 T-TCAGTTCATAGATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTAAAAAAATTAA
66 TCT-AGTT-ATAGAAACTTATTTC-AAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
* * * * * *
228269 TAAACAAGAAATTTTAAAAAATAATTTTGTTTATCA-AACA-ATTTCAAATGGTT
128 TAAA-TAGAAA-ATTAAAAAATAAATATGTTCAT-AGAACATA-TTCAAATAGTT
* * * * *
228322 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
** * * * *
228387 TT-TCAGTTCATA-AAAGCTTACCTGAAATAAAATAATCA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATT
65 TTCT-AGTT-ATAGAAA-CTTATTTCAAACAAAATAAT-AGTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
* * * * * * *
228449 AATAAGTAGGAGATTTAAAAAA-AAATCTATTTATCGAAC-TAGTTC-------T
126 AATAAATA-GAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAACATA-TTCAAATAGTT
* * ** * * *
228495 -T-A-T-TTGAACAATTATCTCTTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGT
1 ATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
* * * * * *
228556 T-TCAATTCATATAAGA-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAA
66 TCT-AGTT-ATAGAA-ACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAA
* * * * ** *
228619 TAACTA-AGAGATTAGAGAAATAAATCTGTTTGTCGAAGCA-ATTCAAATAGTT
128 TAAATAGA-AAATTA-AAAAATAAATATGTTCATAGAA-CATATTCAAATAGTT
* * * * * * * * *
228671 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTG
1 ATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * ** ** * * * * * *
228736 TTTTTGAACATTCAAGCTTATTTGGAATA-AAAAAAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATT
65 TTCTAG-TTATAGAAACTTATTT-CAA-ACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCT-AAAAATT
* * * * * * *
228799 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAAC-TAGTT-TAATAATT
126 AATAAAT-AGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCA-TAGAACATA-TTCAAATAGTT
* * * * * *
228852 ATGACCT-TGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAACAATT
1 ATGA-CTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT
* ** ** ** * * * *
228916 GTTTTTAAATATTCAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTA
64 G-TTCTAGTTATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTA
* * ** * * * *
228980 ATAAGTAAAAAATTTTTAAAA-AAATCTATTGACT-GAA-TTAGTTCAAATAGTT
127 ATAAATAGAAAA-TTAAAAAATAAATATGTTCA-TAGAACATA-TTCAAATAGTT
* ** * * * * *
229032 ATGACTATTTCAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
1 ATGACTATTT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG
* * * * * * * * *
229097 TTTTTGTTTATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAGTCTAATAATACTT-TAAAAATTA
65 TTCTAG-TTATAGAAACTTATTTC-AAACAAAATAATAGTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTA
* * * ** * *
229160 ATAACTAAGAGAATTAAAAAA-AAATTTGTTTGTTGAACCA-ATTCAAATATTT
127 ATAAAT-AGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAA-CATATTCAAATAGTT
* * *
229212 AAGACCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
1 ATGACTAT-TTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
229251 TTATTTGAAC
Statistics
Matches: 3802, Mismatches: 858, Indels: 748
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
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157 35 0.01
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Consensus pattern (178 bp):
ATGACTATTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT
TCTAGTTATAGAAACTTATTTCAAACAAAATAATAGTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA
ATAGAAAATTAAAAAATAAATATGTTCATAGAACATATTCAAATAGTT
Found at i:224830 original size:183 final size:180
Alignment explanation
Indices: 224625--225013 Score: 399
Period size: 178 Copynumber: 2.2 Consensus size: 180
224615 AATTATTAAT
**
224625 CTTTTGTTTTGTCCAT-AAACAATTGTTTCCTCTATTCATAC-AAGTTTATTC-GAA-ATAAATA
1 CTTTTGTTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCCTCTATTCATACAAAAATTATTCAGAATA-AAATA
* * *
224686 ATACTAAT-TATTAATCTTTTAAAACATTAGTAAAGGTTGAAGATTTAAAAA-AAATCTATTTAT
64 AAACTAATCTATTAATATTTTAAAA-ATTAAT-AA----G-AGATTTAAAAACAAATCTATTTAT
* *
224749 T-GAACAAGTTCAAAAAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGATA
122 TAG-ACAAGTTCAAAAAATCATGACCATTTGAACAATTATCTATCTT-AAATAGTTATGA-A
* *
224809 -TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--T-GTCTATTCATACAAAAATTATTCAGGATAAAATAAA
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTCTATTCATACAAAAATTATTCAGAATAAAATAAA
* * *
224870 ACTGATCTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATTAGACCAG
66 ACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAC-AAATCTATTTATTAGACAAG
* * * * * *
224935 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATCTATCTTAAATCGTTATGAA
130 TTCAAAAAATCATGACCATTTGAACAATTATCTATCTTAAATAGTTATGAA
*
224986 CTTTT-TTTTTTCATAAAACAATTGTTTC
1 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
225014 TGCTCATACT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 19, Indels: 30
0.78 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
176 11 0.06
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179 4 0.02
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183 35 0.20
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTCTATTCATACAAAAATTATTCAGAATAAAATAAA
ACTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACAAATCTATTTATTAGACAAGT
TCAAAAAATCATGACCATTTGAACAATTATCTATCTTAAATAGTTATGAA
Found at i:226017 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 225631--230838 Score: 2474
Period size: 182 Copynumber: 28.8 Consensus size: 182
225621 GATCCAATTC
** * * * * * * * * *
225631 CTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTATTCTATTATAAAATAATTATTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
225696 AATTCATATAAGCTTA-TTCAGAAT---ATAATACTAATTTAATAACATTCCAAAAATTAATAAC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * * * * *
225757 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAAGC-AGTTCAAACAATTAAGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
*
225809 CTATATGAACAATTATCTATTTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
225874 TAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAAAAAG
65 TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
225939 CAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATC-AGGTCAAAATAATTAT-A
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTC-AAATAGTTATGA
* * * * * * * * *
225991 GCCATGTCAATAATTATCCATTTCAAATCGTTATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAATAATTG
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC---ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * * * *
226056 TTTTTGAACATTCAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTGAAAAATTAA
62 TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
226120 TAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATT-AAACTAGTTCAGATAGTTAT-A
126 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
226174 GCTATTTGGACAATT-GCAAATTTCAAATCATTATAACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATT
1 -CTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
226238 TT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAA-AAAATAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
64 TTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *** * * * *
226301 CTAAGAGAATTAAAAAATAATTTTCTTTGCCGAA-CTAGTTTAAATATTTAAGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * *
226354 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTT
* * * *
226419 TAAATTCATACTAGCTAATTTGGAATAAAATAA-A-TGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 T-AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
226482 AGTAATAGATTTAAAAAATAATTCTATTTACCT-AA-CTAGTTCAAATAATTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * *
226536 CTATTTAAACAATTATCTACTTT-AAATCATTAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAAATGCT
1 CTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
* * * * *
226599 TTT-GTTCATATAAG-TT-TGTTCAAA-AAAAGGTAAAACTAATCTATTAATATTTTAAAAA-T-
63 TTTAGTTCATACAAGCTTAT-TTGAAATAAAA--TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * *
226658 -TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTA-TCAATCTAGTTCAAATAGTTATGA
125 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * ** * * **
226713 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTAATGA--TTTT-TTTCCTATTTTAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT--TGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
226775 TCTA-TTTATACAAGCATATTTG-GATGAAAATAATATTAATTT-TTAATATTTCGACAATTAAT
64 T-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** * * * *
226837 AAGT-AGAAAATTTAAAACATAAATATGTTTACCGAA-CTAGATCAAATAATCATGG
127 AAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
226892 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATGATCTTTT-TTTT-TTATAAAAAAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* ** * *
226955 AGTTCATATAAGCTTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTACTAATAATTT-TAAAATTAATAA-
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * *
227018 TAAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAAT-AAGTTTAAATAATTATGA
130 T-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* *** * * * *
227071 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATATTTCTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* * * * *
227136 TTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAGTTAATA
65 TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATA
* * ** * * ** * *
227199 AGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAATTTAAATCA-TTATAA
128 AGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAAT-AGTTATGA
* * * ** * ** * *
227254 CTATTTGAGCAATTATTTTATTTCAATTTGTGATGATTTTTTTGTTTTGACATAAAAAAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** *
227319 TCT-GTTCATACAAGGTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATA
64 T-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * ** * * * * * * *
227383 AGCAAAAGATTT-AAAATTTCATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTCATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * *
227436 TTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATTGAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-T-AAAACAATTGTT
* * ** * * * * *
227501 TTAGTTTATATAATATTATTTGAAGTAAAATATTATTAGTTTATTAATATTTCAAAAATTAATGA
64 TTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
227566 GTAATAGAATT--AAAA-AAATATGTTCATAGAAT-AAGTTAAAATAGTTATGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
** * * * * * * *
227616 CTACCTGAATAATTATTTATTTCAAAACATTAGGACCCTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTT
* * * *
227681 TA-TTCATGCAAGTTTAATTTG-AATAAATTAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TAGTTCATACAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
227743 AGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCT-AATC-ATGTTTAAATAGTTATGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-TGAATCTA-GGTCAAATAGTTATGA
*
227796 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-
* * *
227861 T-GTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAA
65 TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * * *
227924 GTAAAAGATATAAAAAATAAATCTATTTACTGAGT-GAGTTCAGATAGTTATGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * *
227977 CAATTTGAATAATTTTTTATTTCAAA-CTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * *
228041 CTA-TTCATACAAGTTTATTAAAAATAGAATAATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
65 -TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * * * * * * **
228105 GTTGGAGATTTAAAAAATATATCTATTT-GTCAAACCAGTTGAAATAGTTAAAA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
228158 CTATTAGAAC----A---A-TT---GT--TT-TGACCTTTCGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * ** * * ** **
228209 AGTTCATAGATGCTTATTCAAAATAAAATAATACCAATTTATTAACATTAAAAAAATTAATAAAC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * * * ** *
228274 AAGAAATTTTAAAAAATAATTTTGTTTA-TCAAACAATTTCAAATGGTTATGA
131 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * *
228326 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* ** *
228391 AGTTCATAAAAGCTTACCTGAAATAAAATAAT-CATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * *
228455 TAGGAGATTTAAAAAA-AAATCTA--T-TT--ATC---G--AACTAGTTCT--
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* ** * * * * *
228495 -TATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * *
228559 AATTCATATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCAAAAAATTAATAAC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * ** *
228623 TAAGAGA-TTAGAGAAATAAATCTGTTTGTCGAAGC-AATTCAAATAGTTAAGA
130 TAAGAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
228675 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* ** * * * *
228740 TGAACATTCAAGCTTATTTGGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAG
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * ** *
228805 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CTA-GTTTAATAATTATGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
228856 CCT-TGTCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAACAATTGTTT
1 -CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TT
** * * * *
228920 TTAAAT-ATTCAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAA
64 TTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** * * *
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* * ** * * * *
229036 CTATTTCAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
229101 TGTTTATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAGTCTAATAATACTTT-AAAAATTAATAAC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * ** * *
229165 TAAGAGAATTAAAAAA-AAATTTGTTTGTTGAA-CCAATTCAAATATTTAAGA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * ** **
229216 CCATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA----TT-ATTTG--A-ACAATTATCCATTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTT
* ** ** * **** ** * * *
229273 CAAATCATTATGACCTTTCATTTTTTCTAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGTTATTTTGAAT
65 TAGTTCA-TACAAGC-TT-ATTTGAAATAAAATAA-TACTAAT-TT-AT-TAA--TA-TTTCAA-
* ** * * ** ** ** * *
229338 AAAATAAT-A-TAA-ATTTATTAATATTTCAA-AAAT-TA-ATAAGGAA-AAATTTTAAAAATAA
119 AAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAA-A---AAATAAATCTATTTATTGAATCTA-GGT-CAAATAG
* *
229396 ATCTG-
177 TTATGA
* * ** * **** * * *
229401 CT-TTCTAAACACGTTTAAATAGCTGACTATTTGAA-CAATTA--ACAATTTCAAATAGTTAT-G
1 CTATT-TGAACA--ATT--AT--CT-A-T-TTCAAATC-ATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * * * ** * * * * *
229461 ACCTTTTGTTTT-G-TCATAAAACCAATTGTTTCTATTCATACAA-GCGT-ATTTGA--AATA--
54 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGC--TTATTTGAAATAAAATAATAC-TAATTT-ATTAATATT
* * * * * ** *
229518 --AAATAATGCTGATTTA-TTA-AGATTTAAAAATTAATATGTAAAAATTT-TCAAAATAAATAT
115 TCAAA-AAT--T-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-ATCT----ATTTAT-TGAAT--CTA-
* * *
229578 GTTTATAAAAAAAGTTCAAAT-A
167 G---GT-CAAATAGTT---ATGA
* * * * * *
229600 CT-TATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAAT
1 CTATTTGA--A------CAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* *
229663 AATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTA
57 AATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * * * * * * *
229725 AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAT-AAGTTCAACTAG-CATGT
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* * * *
229788 CCATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * ** ** * * *
229853 TGTTCATGCAAAATTATTCAAAAT-AAATAATACTAATCTATTAATATCTT-GAAATTTAATAA-
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAG
* * * ** ** *
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130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
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1 CTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
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65 -TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** ** * * *
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* ** * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * ** * **
230209 ATTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAGCA-TTCAAAAAATTAA-AGA
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA-A
* * * *
230272 GTAAAAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTACT-ACA-CAAGCTCAAATAGATT-TGA
129 GTAAGAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTATTGA-ATCTAGGTCAAATAG-TTATGA
* * *
230326 CTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAGTCGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *** *
230391 TTAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
64 TTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * *
230456 GTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTT-TTGGAACCAATG-CCAATAGTTATGA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATT-GAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
* * * * ** * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
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* * *** * * ** *
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129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTT-ATGA
* * * * * * * * *
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1 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
230750 AGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATGAACATTTGAAAAATTAATAAGC
66 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * *
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Statistics
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AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAATCTAGGTCAAATAGTTATGA
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228317 TGGTTATGAC
*
228327 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA
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* * * * *
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*
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* * *** * * * *
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* **
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Statistics
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ATTCATAAAAGATTACCTGAAATAAAATAATCATAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTA
AGAGATTTAAAAAAAAATCTATTTATCGAACTAGTTCT
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228489 AGTTCTTATT
* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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** * * * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAA
* * * *
228744 CATTCAAGCTTATTTGGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAG
65 CATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAG
* * * * * * * * * *
228809 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACTAGTT-TAATAATTATGACCTTG
129 AGAATTAAAAAA-AAATCTGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACCATA
* * * * * *
228861 TCAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAACAATTGTTTTTAAAT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAC
* * * * *
228926 ATTCAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAA-AA
66 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGAG
** * ** * * * *
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* * ** * * ****
229041 TCAACAATTGTAAACTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAC
* * *
229106 ATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAGTCTAATAATACTTT-AAAAATTAATAACTAAGA
66 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-CTTTCAAAAATTAATAACTAAGA
* * *
229170 GAATTAAAAAAAAATTTGTTTGTTGAACCAATTCAAATATTTAAGACCATA
130 GAATTAAAAAAAAATCTGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACCATA
* ** * * *
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1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCT-TTTG---TTTTGT-CA--T-AAAACAAT-TG
*** * ** * **** * * * ** * ** ***
229285 ACCTTTCATTTTTTC-TAAAATAATTGTTTATGTTCATACAA-GTTATTTTGAATAAAATAATAT
57 ----TT--TTTAAACATACAA-GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT-AATAATCTTTCA-
** * * * *
229348 AAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGGAAAAATTTTAAAAATAAATCTGCTTTCTAAAC
113 AAA---ATTAATAACT-AAGAGAATTAA-AA--AAAAA-TCT----GT---T-TGC--T-GAACC
* * * * *
229411 ACGTTTAAATAGCT--GACTATT
159 A-ATTCAAATAGTTAAGACCATA
* * * * * **
229432 TGAACAATTAACAATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTGTTTCTATT
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTTTAAA
* * * * * ** **
229497 CATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATGCTGATTTATTAAGATTT-AAAAATTAATATGTAA-A
65 CATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGA
* * * * * ** * * * *
229560 -AATTTTCAAAATAAATATGTTT-ATAAAAAAAGTTCAAATACTTATGACTATT
130 GAA--TTAAAAAAAAATCTGTTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACCATA
* * * * * * **
229612 TGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAC
* *** * * ** *
229677 ATACAAGTTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAGGTAGG
66 ATACAAG-CTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATCTTTC-AAAAATTAATAACTAAG
* * * * * * * * *
229741 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAACTAG-CATGTCCATT
129 AGAATTAAAAAA-AAATCTGTTTGCTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACCATA
* * * * * ***
229793 TAAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAC
* ** *** * * * * *
229858 ATGCAAAATTATTCAAAAT-AAATAATACTAATCTATTAATATCTT-GAAATTTAATAA--AA-A
66 ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATCT-TTCAAAAATTAATAACTAAGA
* * ** ** ** * *
229918 -AATTTTAAAAATAAATCTATTCACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGA-CAT-
130 GAA--TTAAAAAAAAATCTGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACCATA
* * * * * * * * *
229968 TTAGGCAAATATCTATCTCAAATCATTATGAT-TTTTTTTTTGCCATGAAACAATTGTTTCTT-T
1 TGA-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTAA
* * * * * * * * *
230031 TCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAG
64 ACATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAG
* * * ** * * *
230096 AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAATAGTTCAAATAATTAAGACTAT-
129 AGAATTAAAAAA-AAATCTGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACCATA
* * * * * * *
230148 TAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTATGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCATT-
1 T-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTA
** * *** * * * * *
230212 -TTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTT-ATTAGCATTCAAAAAATTAA-AGAGT
63 AACATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATCTTTC-AAAAATTAATA-ACT
* * * * * * * *
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126 AAGAGAATTAAAA-AA-AAATCTGTTTGCTGAAC-CAA-TTCAAATAG-TTAAGACCATA
* * *
230331 TGAACAATTATCTATTTTAAAGTCGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAG
1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-
** * * **** * * * *
230395 TTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
63 AACATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATCTTTCAAAAATTAATAACTAA
* * * * * * * * *
230460 GAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTT-TTGGAACCAATGCCAATAGTTATGACTATT
128 GAGAATTAAAAA-AAAATCTGTTTGCT-GAACCAATTCAAATAGTTAAGACCATA
* * * * * * * *
230514 TCAACAAATATCAATGTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTTATC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAC
* * * * *
230578 ATAAAAGCTTAATTAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGA
66 ATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGA
* * * * * ** * * *
230638 GATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAAGCAGTTTGAATATTTGAGACTAT-
130 GAATTAAAAAA-AAATCTGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACCATA
* * * * * * * * * * *
230689 TAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATCG-TTTCAGT
1 T-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-A
* * * *
230753 TCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTT-ATGAA-CATTTGAAAAATTAATAA
64 ACATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAAT-AATC-TTTCAAAAATTAATAA
230813 GCATGAGATT
Statistics
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213 8 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAAAC
ATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATCTTTCAAAAATTAATAACTAAGAG
AATTAAAAAAAAATCTGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACCATA
Found at i:229681 original size:179 final size:178
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Period size: 180 Copynumber: 8.8 Consensus size: 178
229226 AATTATCTAT
* * ** *
229236 TTCAAAT-CATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCA-TTATGACCTTTCATTTTTT
1 TTCAAATAC-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ***
229299 C-TAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAG-TTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * *
229361 TTTCAAAAATTAATAAGGAAAAATTTTAAAAATAAATCTGCTTTCTAAACACG
128 TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATAAAAAAG
* * *
229414 TTTAAATAGC---TGACTATTTGAACAATTAACAATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATA-CTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** * * *
229476 ATAAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATGCTGATTTATTAAGAT
65 ATAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * *
229541 TTAAAAATTAATATGTAAAAATTTTCAAAATAAATATGTTTATAAAAAAAG
129 TTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTAT-AAAAAAG
* * * *
229592 TTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTGGTTTTGTCA
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
229657 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
229722 CTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAG
130 -TAAAAATTAATAAGTA-AAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TAAAAAAG
* * * * * *
229774 TTCAACTAGC--ATGTCCATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGT
1 TTCAAATA-CTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
229836 CATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAAT-AAATAATACTAATCTATTAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
229900 CTTGAAATTTAATAA--AAAAATTTTAAAAATAAATCTATTCACCAAAATAG
129 -TTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TAAAAAAG
* * * * * * *
229950 TTCAAATAGTTATGAC-ATTT-AGGCAAATATCTATCTCAAATCA-TTATGA-TTTTTTTTTTGC
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGA-ACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** * * *
230011 CATGAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATAT
64 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
230076 TCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAATAG
129 T-TAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATAAAAAAG
* * * * * * * *
230129 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTATGTTTAGTCA
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * **
230194 TAAAACAATTATTTC-ATTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAGCATT
66 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
230258 CAAAAAATTAA-AGAGTAAAAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTACTACACAAG
130 -TAAAAATTAATA-AGTAAAA-ATTTAAAA-AATAAATCTATTTA-TAAAAAAG
* * * * *
230311 CTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAGTCGTTATGACCTTTTTGTTTTA
1 TTCAAATA-CTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * *
230375 TCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAAT
63 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * **
230439 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTGGAACCAA-
127 ATTT-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTAT--AAAAAAG
* * * * * * * * * *
230494 TGCCAATAGTTATGACTATTTCAACAAATATCAATGTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCA
1 TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
230558 TAAAACAATTGTTT-TTTATCATAAAAGCTTAATT--AGATAAAAATAATACTAATTTAATATTA
66 TAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTT-ATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *** **
230620 TTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAAGCAG
128 TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-ATAAAAAAG
** * * * * * *
230670 TTTGAATATTTGA-GACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTAACCTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATACTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *** * *
230733 CATATAATAATCGTTTC-AGTTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATGAACA
64 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
230797 TTTGAAAAATTAATAAG
128 TTT-AAAAATTAATAAG
230814 CATGAGATTT
Statistics
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0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
TTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATAAAAAAG
Found at i:229732 original size:932 final size:929
Alignment explanation
Indices: 228495--230170 Score: 2037
Period size: 932 Copynumber: 1.8 Consensus size: 929
228485 AACTAGTTCT
* ** * * * *
228495 TATTTGAACAATTATCTCTTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCA
1 TATTTGAACAATTAACAATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * *
228560 ATTCATATAAGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCAAAAAATTAATAACTA
66 ATTCATACAAGAGTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAGATTCAAAAAATTAATAACTA
* * * * * ** *
228625 AGAGATTAGAGAAATAAATCTGTTTGTCGAAGCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTA
131 AGAAATTACAGAAATAAATATGTTTATCAAAAAAATTCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTA
* * * * *
228690 TCTATTTCAAATTATCATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTTTGAACATTCAAGCTT
196 TCTATTTCAAATTATCATGACTTTTGGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTGAACATACAAGCTT
** *
228755 ATTTGGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
261 ATTCAGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * ** *
228820 ATAAATTTGTTTACTGAACT-AGTTTAA-TAATTATGACC-TTGTCAACAATTATCTATTTCAAA
326 ATAAATCTATTTACTGAA-TAAGTTCAACT-AGCATGACCATT-TAAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * ***
228882 TCGTTATTACCTTTTGTTTCGTCATATAACAATTGTTTTTAAAT-ATTCAAACTTATTTGGAATA
388 TCATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTTTTT-AATCATGCAAAATTATTCAAAAT-
* * *
228946 AAATAATACTAATTTATTAATCT-TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTTAAAA-AAATCTAT
451 AAATAATACTAATCTATTAATATCTT-AAAAATTAAT-A--AAAAAATTTTAAAAATAAATCTAT
* ** * * *
229009 TGACTGAATTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCA-AC-AAT-TGTAAACTTCAAATCGTTATGA
512 TCACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGAC-ATTT-AGACAAATATCT-AAC-TCAAATCATTATGA
* * *
229071 TCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTGTTTATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
573 T-TTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTCTT-TTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATAC
* * * * * *
229135 TAGTCTAATAATACTT-TAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAA-AAATTTGTTTGTTGAAC
636 TAATCTAATAATA-TTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAA
*
229198 CAATTCAAATATTTAAGACCA-TATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTATTTGAACA
700 CAATTCAAATAATTAAGACCATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTATTTGAACA
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764 ATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTTTCTAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAG
229327 TTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAAATTTTAAAA
829 TTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAAATTTTAAAA
229392 ATAAATCTGCTTTCTAAACACGTTTAAATAGCTGAC
894 ATAAATCTGCTTTCTAAACACGTTTAAATAGCTGAC
*
229428 TATTTGAACAATTAACAATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTGTTTC
1 TATTTGAACAATTAACAATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTC
* * * * * * **
229493 TATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATGCTGATTTATTAAGATT-TAAAAATTAATATGT
65 AATTCATACAAGAGTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAGATTCAAAAAATTAATAACT
* * * *
229557 AA-AAATTTTCA-AAATAAATATGTTTAT-AAAAAAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAA
130 AAGAAA-TTACAGAAATAAATATGTTTATCAAAAAAA-TTCAAATACTTAAGACTATATGAACAA
* * * * *
229619 TTATTTATTTCAAA-TAGTTATGA-TCTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATAC
193 TTATCTATTTCAAATTA-TCATGACT-TTTGGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-ACATAC
* * * * *
229681 AAGTTTTATTCATAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGA
255 AAG-CTTATTCAGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *
229744 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAACTAGCATGTCCATTTAAACAATTATCTTTT
318 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAACTAGCATGACCATTTAAACAATTATCTATT
* **
229809 TCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAA
383 TCAAATCATTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATGCAAAATTATTCAA
* *
229874 AATAAATAATACTAATCTATTAATATCTTGAAATTTAATAAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATT
448 AATAAATAATACTAATCTATTAATATCTTAAAAATTAATAAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATT
* *
229939 CACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACATTTAGGCAAATATCTATCTCAAATCATTATGATTTTT
513 CACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACATTTAGACAAATATCTAACTCAAATCATTATGATTTTT
* * * * * *
230004 TTTTTGCCATGAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTA
578 GTTTTGCCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTA
* * * * *
230069 ATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAATAGTTCAA
643 ATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAACAATTCAA
*
230134 ATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
708 ATAATTAAGACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
230171 TGTTCTAACC
Statistics
Matches: 618, Mismatches: 104, Indels: 47
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
926 2 0.00
927 89 0.14
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (929 bp):
TATTTGAACAATTAACAATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
ATTCATACAAGAGTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAGATTCAAAAAATTAATAACTA
AGAAATTACAGAAATAAATATGTTTATCAAAAAAATTCAAATACTTAAGACTATATGAACAATTA
TCTATTTCAAATTATCATGACTTTTGGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTCTGAACATACAAGCTT
ATTCAGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTTACTGAATAAGTTCAACTAGCATGACCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCA
TTATGACCTTTTATTTCGTCATAAAACAATTGTTTTTAATCATGCAAAATTATTCAAAATAAATA
ATACTAATCTATTAATATCTTAAAAATTAATAAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTCACCAAAA
TAGTTCAAATAGTTATGACATTTAGACAAATATCTAACTCAAATCATTATGATTTTTGTTTTGCC
ATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
CCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAACAATTCAAATAATTAA
GACCATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATC
ATTATGACCTTTCATTTTTTCTAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGTTATTTTGAATAAAATA
ATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAAAATTTTAAAAATAAATCTGCTTTCTAA
ACACGTTTAAATAGCTGAC
Found at i:229991 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 229236--230811 Score: 872
Period size: 176 Copynumber: 8.8 Consensus size: 176
229226 AATTATCTAT
* * * * * *
229236 TTCAAATCATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTTTC-
1 TTCAAAT-AGTATGACTATTTG-ACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * * * ***
229300 TAAAATAATTGTTTATGTTCATAC-AAGTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * *
229363 TCAAAAATTAATAAGGAAAAATTTTAAAAATAAATCTGCTTT-CTAAACA-CG
128 T-AAAAATTAAT-AGAAAAAATTTTAAAAATAAATCT-ATTTACCAAA-ATAG
* * * * * *
229414 TTTAAATAG-CTGACTATTTGAACAATTAACAATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTATGACTATTTG-ACAAATATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * ** * * *
229477 TAAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAATGCTGATTTATTAAGATT
64 TAAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * ** *
229542 TAAAAATTAATATGTAAAAATTTTCAAAATAAATATGTTTATAAAAAAAG
128 TAAAAATTAATA-GAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAG
* * * **
229592 TTCAAATACTTATGACTATTTGA-ATAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTGGTTTTGT
1 TTCAAATA-GTATGACTATTTGACA-AA-TATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGT
* ** *
229655 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTTATTCATAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
62 CATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-ACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * **
229720 TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATAAG
126 TT-TAAAAATTAATA-G-AAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAAT-AG
* * * * * * *
229774 TTCAACTAGCATGTCCATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT
1 TTCAAATAGTATGACTATTT-GACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCAT
* * * * *
229839 AAAACAATTGTTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAAT-AAATAATACTAATCTATTAATATCTT
65 AAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TT
* * *
229903 GAAATTTAATA-AAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTCACCAAAATAG
129 AAAAATTAATAGAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAG
* * * * *
229950 TTCAAATAGTTATGAC-ATTTAGGCAAATATCTATCTCAAATCATTATGA-TTTTTTTTTTGCCA
1 TTCAAATAG-TATGACTATTT-GACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * ** * * *
230013 TGAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTC
64 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-
* * * * * * * * *
230078 CAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAAATAG
128 TAAAAATTAAT-AG-AAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAG
* * * * ** * * * * *
230129 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTATGTTTAGTCA
1 TTCAAAT-AGTATGACTATTTG-ACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * ** * **
230194 TAAAACAATTATTTC-ATTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAGCATT
64 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
230258 CAAAAAATTAA-AGAGTAAAAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTACTACACA-AG
128 -TAAAAATTAATAGA--AAAA-ATTTTAAA-AATAAATCTATTTACCA-AAATAG
* * * * * * *
230311 CTCAAATAGATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAAGTCGTTATGACCTTTTTGTTTTAT
1 TTCAAATAG-TATGACTATTTG-ACAAATATCTATTTCAAA-TCATTATGACC-TTTTATTTTGT
* * *
230376 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA
62 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * **** ** *
230440 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTGGAACCAA
126 TTT-AAAAATTAAT-AG-AAAAAATTTTAAAAA-TAAATCTATTTACCAAAATAG
* * * * * ** * * *
230494 TGCCAATAGTTATGACTATTTCAACAAATATCAATGTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTCTCA
1 TTCAAATAG-TATGACTATTT-GACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA
* * * *
230558 TAAAACAATTGTTT-TTTATCATA-AAAGCTTAATT--AGATAAAAATAATACTAATTTAATATT
64 TAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAA-CTT-ATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * **
230619 ATTTCAAAAATTAAT--AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAAGCAG
125 ATTT-AAAAATTAATAGAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAG
** * * * * * *
230670 TTTGAATA-TTTGAGACTATTAGA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGT
1 TTCAAATAGTAT--GACTATTTGACA-AA-TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
* * * * *** * *
230733 CATATAATAATCGTTTC-AGTTCATA-AAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATGAAC
62 CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
230796 ATTTGAAAAATTAATA
125 ATTT-AAAAATTAATA
230812 AGCATGAGAT
Statistics
Matches: 1087, Mismatches: 248, Indels: 126
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 3 0.00
175 47 0.04
176 183 0.17
177 91 0.08
178 68 0.06
179 134 0.12
180 182 0.17
181 153 0.14
182 92 0.08
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185 2 0.00
186 2 0.00
187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
TTCAAATAGTATGACTATTTGACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
AAATTAATAGAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTACCAAAATAG
Found at i:230688 original size:541 final size:534
Alignment explanation
Indices: 229253--230811 Score: 1389
Period size: 537 Copynumber: 2.9 Consensus size: 534
229243 CATTATGATT
* ** * * *
229253 ATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTTTC-TAAAATAATTG-TTTAT
1 ATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-
* * **** *
229316 GTTCAT-ACAAGTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATAAG
65 GTTCATGAAAAATTATCCAAAAT-AAATAATACT-AATCTATTAATATCTT-AAAAATTAATAA-
* * * * * ** *
229378 GAAAAATTTTAAAAATAAATCTGCTT--TCTAAACACGTTTAAATAG--CTGACTATTT-GAACA
126 -AAAAATTTTAAAAATAAAGCT-ATTCACCAAAACA-ATGCAAATAGTTATGAC-ATTTAG-ACA
* * * * * *
229438 ATTAACAATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACCAATTGTTTCTATTCATAC
186 AATATCAATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTGCCATAAAA-CAATTGTTTCTTTTCATAC
* * * * * * * * * * *
229502 AAGCGTATT-TGAAATAAAATAATGCTGATTTATTAAGATT-TAAAAATTAATATGTAA-AAATT
248 AAACTTATTCAGATA-AAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATT-ATAAGTAAGAGATT
** * *** * * * * *
229564 TTCAAAATAAATATGTTTATAAAAAAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
311 TAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTT
* * * *
229629 CAAATAGTTATGATCTTTGGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TATTCATACAAGTTTTATTCA
376 CAAATAGTTCTAACCTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATACAAG-TTTATTCA
* * * **
229693 TAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
438 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
229758 CTATTTACTGAATAAGTTCAACTAGCATGTCC
503 CTATTTACTGAACAAGCTCAAATAGCATGACC
* *
229790 ATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG
1 ATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
* * * *
229855 TTCATGCAAAATTATTCAAAATAAATAATACTAATCTATTAATATCTTGAAATTTAATAAAAAAA
66 TTCATGAAAAATTATCCAAAATAAATAATACTAATCTATTAATATCTTAAAAATTAATAAAAAAA
* * * * * *
229920 TTTTAAAAATAAATCTATTCACCAAAATAGTTCAAATAGTTATGACATTTAGGCAAATATCTATC
131 TTTTAAAAATAAAGCTATTCACCAAAACAATGCAAATAGTTATGACATTTAGACAAATATCAATC
* * * *
229985 TCAAATCATTATGATTTTTTTTTTGCCATGAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCGGA
196 TCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCAGA
* *
230050 TTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
261 TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT
* * * *
230115 GTTTGCTAAAATAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAAC
325 GTTTGCCAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTCTAAC
* * *
230180 CTTATGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCATTTTATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
390 CTT-TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* *
230245 GTTTATTAGCATTCAAAAAATTAA-AGAGTAAAAGATTTAAAAGAATAAATCTATTTACT-ACAC
454 ATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAG-GTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTATTTACTGA-AC
*
230308 AAGCTCAAATAG-ATTTGACT
516 AAGCTCAAATAGCA--TGACC
* * *
230328 ATTTGAACAATTATCTATTTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 ATTTAAACAATTATCT-TTTTCAAA-TCATTATGACC-TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
* *
230392 TAGTTCAT-AAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAT-TTCAAAAATTAATA
63 TAGTTCATGAAAAA-TTATCCAAAAT-AAATAATACTAATCTATTAATATCTT-AAAAATTAATA
* * ***** * *
230455 AGTAAGAGA-TTTAAAAACTAAAGCTGTTTTTGGAACCAATGCCAATAGTTATGACTATTTCA-A
125 A--AA-AAATTTTAAAAA-TAAAGCTATTCACCAAAACAATGCAAATAGTTATGAC-ATTT-AGA
* **
230518 CAAATATCAATGTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTT-CTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATA
184 CAAATATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGC-CATAAAACAATTGTTTCTTT-TCATA
* *
230581 -AAAGCTTAATT-AGATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTCAAAAA-T-TAA-TAAGAGAT
247 CAAA-CTT-ATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGAGAT
* * ** * *
230641 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAAGCAGTTTGAATATTTGAGACTATTAGAATAATTATCTATT
310 TTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATT
* * * * **
230706 TCAAATCA-TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATCGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTTG
375 TCAAAT-AGTTCTAACC-TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGTTTATTCA
* * **
230770 GAATAAAATAATACTAATTTATGAACATTTGAAAAATTAATA
438 AAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATA
230812 AGCATGAGAT
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 140, Indels: 77
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 50 0.06
536 117 0.14
537 198 0.24
538 75 0.09
539 34 0.04
540 44 0.05
541 179 0.21
542 6 0.01
543 10 0.01
544 35 0.04
545 89 0.11
546 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (534 bp):
ATTTAAACAATTATCTTTTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAG
TTCATGAAAAATTATCCAAAATAAATAATACTAATCTATTAATATCTTAAAAATTAATAAAAAAA
TTTTAAAAATAAAGCTATTCACCAAAACAATGCAAATAGTTATGACATTTAGACAAATATCAATC
TCAAATCATTATGATCTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTCAGA
TAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTG
TTTGCCAAAACAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTCTAACC
TTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCATTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TTATTAACATTCAAAAAATTAATAGGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGCT
CAAATAGCATGACC
Found at i:231641 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 231225--234444 Score: 2358
Period size: 181 Copynumber: 17.9 Consensus size: 180
231215 TTGGTTTAGC
* * * * * *
231225 AAACACATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAGTATTAAATTAGTATTGT
1 AAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * *
231290 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAGCAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAAT
65 TTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
231353 GATTT-AAGATAGAAAATTATTCAAATAGTTAATAGTCATAACTATTTGAACTCTTTTAG-T
128 GATTTGAA-ATAGATAATTGTTC----A---AATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGAT
* * * * * * **
231413 AAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAGTAAAATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * *
231474 TTACTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
66 TTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * * *
231539 TTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGT
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * *
231590 AAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * *
231655 TTATTCTAAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACATAACAAAAGATCATAACT-
66 TTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * * * * *
231719 ATTTGAAAT-GAATAATTATTCAAACAGTTATAATTATTTGAACTTACTCAAT
129 ATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * * *
231771 GAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTT-GAAATATTAATAAAATAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * **
231835 TTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGGATTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTA-TTTAAATA-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
* *
231899 T-ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTATTCAGA-
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-GAT
* * * * * *
231952 AAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
* * * * *
232015 TTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAA-ATCATAAC
65 TTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAAT
* * * * * *
232079 GATTTGAAATGGATGATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAATTACTCGAT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * *
232132 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAG-ATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * ** **
232196 TTATTTTGAATATGCCTTTTATGAACTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACA
66 TTA-TTTAAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
232261 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * *** * *
232313 AAACATATTTATTTTTAAAATCT-TCTACTTATTAACCATT-GAAATATTAATAAAACTAATATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAAT-AAATTAGTATT
* * ** * * * *
232376 ATTTTAATCTAAATAAGCTTCTATGAGTAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAA
63 ATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * *
232441 CAATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTATTTGAT
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * *
232495 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTATGAATGA-TAATAAATTTGTATTA
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAAT-ATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * ***
232558 TTTTAATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATGGC
64 TTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * *
232623 GATTTGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGTCATAACTATATAAACTTATTCAAT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * * * * *
232676 AAACAAATTCAATTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATG
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* *
232741 TTATTTCAAATAAGCTTCTATGAAC-GTAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATG
66 TTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * ** * *
232805 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTTTAC-TA-GCCAT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * * * * *
232855 GCCAATC-TATTCAATTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGCATT
1 ---AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * * * * *
232919 ACTTTATTTCGAATAAGAC-TATACCAATAGAAATAATTGTTTGATCACAAAACAAATGATCATA
63 ATTTTATTT-AAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
232983 ACT--TTATGAAATAAATAATTATTTAAATTGTTATAACTAATTGAAC-TAGTTTGGT
126 A-TGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCGAT
* * * *
233038 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC--A--TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTCTT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * ** *
233099 TTATTCCAAACAAACTTATATGAACA-AAAAAATTTATTTTACGACAAAAGAAAATGAAATATTG
66 TTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
233163 ATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAATTCAAC
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * * * *
233215 AAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTATTTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * ** *
233280 TTATTTCAAATAAGCTCATATGAACATAAA-TATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTTTAACGA
66 TTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * *
233344 CTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGGT
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCGAT
** * * *
233395 ----AAA--TA---GAT-AATCTCCTAGTTATTAATTTTT-GAAATAATAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * *
233449 TTTATTATGAAT-AGGTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-CTTAAAATG
65 TTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
233512 GTTTGAAATAAATAATTG-TCTGAATGGCCATAAATATTTGAACTAATTCGAT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * ** * * *
233564 AAACTAATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * *
233628 TTTATTTTGATAATCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAACG
65 TTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
233692 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGT
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * * * * *
233744 AAA-TAGTTTTTTTTTTCAAT-TCTTTACTTATT-GTTTTCT-GAATGTTAATAAAATAGTATTA
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
233805 TTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAAT
64 TTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * **
233870 GATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTC-TGAACTATTTGAA-TTGGTTTAAT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT-ATTCGAT
* * * ** *
233923 AAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAATATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * ***
233984 TTACTTTGAATAAGTTTGTATGGACAGAAACAACTATTTTATGACAAAAC-AAAGATTATACCAA
66 TTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * **
234048 TTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTGATAACTATTTAAACTGGTTCGAT
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* * * *
234099 AAACAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * ** *
234160 TTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTCTGACAAAACAAAAAAT-GTAATGA
66 TTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * *
234224 TTTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGAT
130 -TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
* ** * * *
234276 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACGTTTTGGAATTTTAATAATTTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * *
234341 TTATTTTGAATAAGCTTTTATG-A-TTAAA-AATGCTGGTTTATGACAAAACCAAAA-GTTATAA
66 TTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT--TGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAA
* *
234402 CGATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACGATTTGAA
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
234445 ATAATTAATT
Statistics
Matches: 2400, Mismatches: 520, Indels: 233
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 53 0.02
170 70 0.03
171 1 0.00
173 2 0.00
174 8 0.00
175 4 0.00
176 149 0.06
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178 51 0.02
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187 8 0.00
188 9 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGAT
Found at i:231883 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 231194--234444 Score: 2608
Period size: 362 Copynumber: 9.1 Consensus size: 361
231184 TTTTATGACA
* ** * * *
231194 AAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTCTACTTAT
* * * * * *
231258 TAATTTTTGGAATAGTATTAAATTAGTATTGTTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAGC
64 TAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAAC
* *
231322 AATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCTTAATGATTT-AAGATAGAA-AATTATTCAAATAGTTA
127 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-ATA-AATAATTATTCAAATAG---
* * * *
231384 ATAGTCATAACTATTTGAACTCT-TTTAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA
187 -T--T-ATAACTATTTGAACT-TATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
* * * ** * ** *
231444 TTTTTAAAATATTAATAGATCAGTAAAATTTTACTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAACAATT
247 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* *
231509 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTT
312 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * *
231559 AAATGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
* *
231624 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTGTGAATAGAAACAAT
66 ATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * *
231689 TGCTTTATGACATAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATGAATAATTATTCAAACAGTTATAAT
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAC
* * * *
231753 TATTTGAACTTACTCAATGAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTTTTGAAATAT
194 TATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ***
231818 TAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATACA-CTTGTATGAACAAAAACAATTGGATTATGACA
259 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACA
* *
231882 AAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTC
323 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * * *
231921 AAATAGTCATAACTATTTGAACGTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTTATTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
* *
231985 ATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
66 ATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* ** *
232049 TTGTTTTATGACAAAACCAAAA-ATCATAACGATTTGAAATGGATGATTATTCAAATAGTTATAA
129 TTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAA
* * * * * * *
232113 CTATTTGAAATTACTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-AGATA
193 CTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
232177 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCCTTTTATGAACTGATACAATTGTTTTATGAT
258 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * *
232242 GAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTT
322 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * *
232282 AAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTCTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
*** * * * * * * *
232347 ACCATTGAAATATTAATAAAACTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTCTATGAGTAAAAATAA
66 ATTTTTG-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA
* ** * *
232412 TTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTTATAA
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAA
** * * *
232476 CTATTTGAACTTATTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTATG-AAT
193 CTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAAT
* * * * *
232540 GA-TAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAAAAATTATTTTATG
257 -ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATG
* * ** * *
232603 ACAAAACAAAAAGTTATGGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTT
320 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * ** * * * *
232645 AAATAGTCATAACTATATAAACTTATTCAATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTTTTATTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
* * * *
232710 ATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATT-TCAAATAAGCTTCTATGAA-CGTAAACA
66 ATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACA
* * * * * * *
232773 ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAATCATAA
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAA
** * * * * * * *
232838 CTATTTTTAC-TA-GCCATGCCAATC-TATTCAATTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTT-AG
193 CTATTTGAACTTATTCAAT---AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * * ** * * * *
232899 AATATTAATAAACTAGCATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TATACCAATAGAAATAATTGTTTGA
254 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * *
232963 TCACAAAACAAATGATCATAAC-TTTATGAAATAAATAATTATTT
318 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
233007 AAATTGTTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TC-A--TATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
** * * * * * * * *
233068 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTCTTTTATTCCAAACAAACTTATATGAACA-AAAAAAT
66 ATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-
* * * * * * *
233132 TTATTTTACGACAAAAGAAAATGA-AATATTGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGCCT-TA
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TTATA
* * * * * *
233195 ACTATTTGAACTAATTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTATTTATTAA-TTTTCATAA
192 ACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * ** ** * * *
233259 TATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAACATAAA-TATTGTTTTATGA
256 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGA
** * *
233323 CAAAACAAAAGGTTTTAACGACTTGAAATATATAATTGTTC
321 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * ** * *
233364 AAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGGT----AAA--TA---GAT-AATCTCCTAGTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATT
* * * * *
233418 AATTTTTGAAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAAT-AGGTTGTATG-ATGAAAAACA
65 AATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACA
* * * * * * * **
233481 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-CTTAAAATGGTTTGAAATAAATAATT-GTCTGAATGGCCATA
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC-AAATAGTTATA
* * * * ** *
233544 AATATTTGAACTAATTCGATAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAA
192 ACTATTTGAACTTATTCAATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * * * *
233608 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-ATAATCTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATA
256 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTATTTTATG
* * *
233671 ATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAAATAATTGTTC
320 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * *
233713 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TAGTTTTTTTTTTCAATTCTT-TACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTCTACTTATT
* * * *
233776 -GTTTTCTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATGAACT-GAAAC
65 AATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * * * ** *
233838 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCT-G
127 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT-TAT
* * * *
233902 AACTATTTGAA-TTGGTTTAATAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTT-AG
191 AACTATTTGAACTT-ATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* ** * * * * *
233961 AATATTATTAGTTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGTTTGTATGGACAGAAACAACTATTTTAT
254 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTAT
* * * * *
234026 GACAAAAC-AAAGATTATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTC
319 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
234068 AAATAGTGATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC-T-T--TTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
** ** *
234129 ATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAAAAAT
66 ATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * * * * * *
234194 TATTTTCTGACAAAACAAAAAAT-GTAATGATTTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAAC
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAAC
* * * * * ** * *
234258 TATTTGAACTCACTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTACGTTTTGGAATTT
194 TATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** **
234323 TAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATG-A-TTAAA-AATGCTGGTTTATGAC
259 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAAT--TATTTTATGAC
*
234385 AAAACCAAAA-GTTATAACGATTTGAAATAGAT-ATTGTTC
322 AAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
*
234424 AAATAGTCATAACGATTTGAA
1 AAATAGTCATAACTATTTGAA
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Statistics
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AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTA
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GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
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ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
Found at i:232904 original size:22 final size:23
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TATTCAATTTTTAAACTATTACT
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233403 AATCTCCTAG
* * *
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* * *** * * *
233474 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACTTAAAATGGTTTGAAATAAATAATTG-TCTGAATG
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* * ** * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
233718 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TAGTTTTTTTTTTCAAT-TC
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* * * ** * ** *
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1 -TTA-TTAAT-TTTT-AGAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGTTTGTATGGA
* * * * ** *
233831 CT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTGCTCAAA
61 -TAGAAA-AACTATTTTATGACAAAACAAAA--TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* ** * *
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122 TAGTCAT-AACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
233947 TTATAAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGTAATATTTTACTTTGAATAAGTTTGTATGGACAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGTTTGTATGGATAGA
* * *
234012 AACAACTATTTTATGACAAAACAAAGATTATACCAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTGA
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* * * *
234077 TAACTATTTAAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTT
128 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * *
234123 TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGTTTGTATGGATAG-
* * * * * * * * * *
234188 AAAAATTATTTTCTGACAAAACAAAAAATGTAATGATTTTAAAATAAATAATTATTTAAATAGTC
64 AAAAACTATTTTATGACAAAAC-AAAATTATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
***
234253 ATAACTATTTGAACTCACTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
127 ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-C
** * *
234304 TTATTACGTTTTGGAATTTTAATAATTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TAT-GATTA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAG-TTTGTATGGA-TA
* ** *
234367 -AAAATGCTGGTTTATGACAAAACCAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAG
63 GAAAA-ACTATTTTATGACAAAA-CAAAA-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
*
234430 TCATAACGATTTGAA
125 TCATAACTATTTGAA
234445 ATAATTAATT
Statistics
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TTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATTTGAATAAGTTTGTATGGATAGAA
AAACTATTTTATGACAAAACAAAATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
Found at i:234441 original size:34 final size:35
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234380 ATGACAAAAC
* *
234390 CAAA-AGTTATAACGATTTGAAATAGA-T-ATTGTT
1 CAAATAGTCATAACGATTTGAAATA-ATTAATTATT
234423 CAAATAGTCATAACGATTTGAAATAATTAATTATT
1 CAAATAGTCATAACGATTTGAAATAATTAATTATT
234458 CAAATAGTCATAACGATTTGAA
1 CAAATAGTCATAACGATTTGAA
234480 TGTGTTCAAA
Statistics
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CAAATAGTCATAACGATTTGAAATAATTAATTATT
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Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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AAATAGCATAATTGTTC
Found at i:235032 original size:181 final size:181
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Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 181
234522 TAATCTTTGG
* * * * * * *
234532 AATATTAGTAAATTGATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACTATTTTTTTTA
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* * * * * * *
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** * *
234661 CTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGA
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* * * * * * *** * *
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1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAG-CTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTA
* * * * ***
234777 TGATGAAA-TAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATTGCTATTTGAA
65 TGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
* * * * * *
234841 CTTGTTTGGTACATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGA
130 CTTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCGA
* *
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* *
234958 GATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAA
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*
235023 TTATTTGGTAAACAGATT
131 TTGTTTGGTAAACAGATT
235041 TGAAATAAGC
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 67, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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TTGTTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTGTCGA
Found at i:235385 original size:180 final size:181
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235160 TCAATTTTTA
**
235170 AATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TGTTATTTCAAATAAG-CT
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* * * * **
235233 TGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTGGGGCAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGAT-AT
64 TGTATGAAGAAAAACAATTGTTCTAGGACAAAACAAAA-GAAAATAACGATTTGAAATAGATAAT
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128 T-ATTCAAACAGTCATAATTGTTCGCACTAGTCAGGCCAATAGATACATTTTCTG
* * * * *
235350 AATCTGTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCGAGTAAGACTG
1 AATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTTCAAATAAGACTG
* * *
235415 TATGAAGAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGAAAATAATGATTTGAAATCGATAATTAT
66 TATGAAGAAAAACAATTGTTCTAGGACAAAACAAAAGAAAATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
*
235480 TCAAATAGTCATAATT
131 TCAAACAGTCATAATT
235496 ATTTGAAATA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 17, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (181 bp):
AATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTACTTTATTTCAAATAAGACTG
TATGAAGAAAAACAATTGTTCTAGGACAAAACAAAAGAAAATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAACAGTCATAATTGTTCGCACTAGTCAGGCCAATAGATACATTTTCTG
Found at i:235467 original size:481 final size:481
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Indices: 234603--235504 Score: 1060
Period size: 481 Copynumber: 1.9 Consensus size: 481
234593 TTTATGCAAA
* * * * * * * *
234603 ACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTCACCTTGTTC
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTCTTC
* * * *
234668 AGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAAAGTAATAAGTTAGTATT
66 AATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAAAGTAATAAATTAGAATT
* * * * * ** *
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131 ATGTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAAAAAAGGTCATAAC
* ** * * ** * * **
234798 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATTGCTATTTGAACTTGTTTGGTACATATATTTAT
196 AATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTAATAACTATTCGAACTAGTCAGGCACATAGATACAT
* * *
234863 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATCCAAATA
261 TTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAACATTATTGTAATCCAAATA
* * * ***
234928 AGCTAGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
326 AGCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGAAAATAACAATTTGAAATAAAT
*
234993 AATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTATTTGGTAAACAGATTTGAAATAAGCTTGTATG
391 AATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTATTTGGTAAACAGATTTGAAATAAGCTTGTATG
235058 AATAGAAAAAGCTATTTTATGATAGT
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* * * * *
235084 ACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGCTAATTGTTTAAGTAGCCATAACTATTTAAACTTCTTC
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTCTTC
* * *
235149 AATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATT
66 AATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAAAGTAATAAATTAGAATT
* * * * *
235214 ATGTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTGGGGCAAAACAAAATGTCATAA
131 ATGTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAA-AAAAGGTCATAA
* * * * *
235278 CGATTTGAAATAGAT-ATTGATTCAAACAGTCATAATTGTTCGCACTAGTCAGGC-CAATAGATA
195 CAATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAACAGTAATAACTATTCGAACTAGTCAGGCAC-ATAGATA
* * * * *
235341 CATTTTCTGAATCTGTTACTTATTAATTTTC-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTT-TATTTC
258 CATTTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCGA-AATATTAATAAATTAACATTA-TTGTAATCC
* * * **
235404 GAGTAAGACT-GTATGAAGAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGAAAATAATGATTTGAA
321 AAATAAG-CTAGTATGAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGAAAATAACAATTTGAA
** *
235468 ATCGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAAT
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ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTCTTC
AATAAACAGATTCAATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAAAAGTAATAAATTAGAATT
ATGTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAAAAAAGGTCATAAC
AATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTAATAACTATTCGAACTAGTCAGGCACATAGATACAT
TTTCTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAACATTATTGTAATCCAAATA
AGCTAGTATGAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGAAAATAACAATTTGAAATAAAT
AATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAAATTATTTGGTAAACAGATTTGAAATAAGCTTGTATG
AATAGAAAAAGCTATTTTATGATAGT
Found at i:235506 original size:19 final size:18
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* *
235455 ATAATGATTTGAAATCG-
1 ATAATTATTTGAAATAGT
*
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1 ATAATTATTTGAAATAGT
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1 -ATAATTATTTGAAATAGT
235508 TTTGCAAACA
Statistics
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Consensus pattern (18 bp):
ATAATTATTTGAAATAGT
Found at i:235968 original size:183 final size:179
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235514 AACAGAATTG
* * * * * *
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1 TTATGAC-ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * **
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* * * **
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1 TTATGAC-ATTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * *
235951 TAATACTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTGTTTAC
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* *
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* * * **
236067 TCATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAG-T-ATACAAGTTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * *
236130 TAATATGAGTTTATTATTATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
64 TAATAT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * *
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128 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * **
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1 TTATGACATTTGT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* *** *
236311 AATATCAATTTATTAGTATTTTGAAAA-T--TAA-TAAG-GATTTAAAAAATAAA-ATGTATTTT
65 AATAT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG--TTTA
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGC-TTATTCAGAATAAAA
* * * *
236487 TAATAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAG-GAATTTTAAAAAAATAAATCTATT
64 TAAT-ATAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-A-TTT-AAAAAATAAATATGTT
* * *
236551 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTTAAGTCA
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* * * * * * *
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1 TTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAA
* * * * * *
236669 ATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTT
63 ATAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTT
* * * *
236733 A-TCAA-ATTAGTTCAAATAATTAAG-GTCATTTGAAC-A--AT-TA---C----CA
126 ACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * ** * *
236776 TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAAT
1 TTATG-ACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* ** * * * * *
236841 AATACTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAGTTAATTTGTTTACA
65 AATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * **
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129 GAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
236957 TTATAACCTTTTGTTATCTCATAAAATAGTTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAGAGTAAAAT
1 TTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * * **
237022 AATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTT
65 AATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT
* * * * * * **
237087 GAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTG
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * *
237138 TTATGACCTTTTGTTTTGTCGTACAATAATT-TTT-TAATTCTTAGAAACATATTTAGAATAAAA
1 TTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * *
237201 TAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-ACAATTATGTTT
64 TAATA-TAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AA-TATGTTT
* * ** * *
237265 GCTGGACCTGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATC
126 ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
237307 ACTTATACTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
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185 1 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
TTATGACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
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ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:236543 original size:359 final size:357
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235514 AACAGAATTG
* * * * * * *
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1 TTATGACATTTTATTTGC-CATAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * * * *
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65 AATATCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAATGTTTTACT
* * * * * * *
235653 GAACAAGTTGAAATAGTCATGACTATTTCAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTCTGT
126 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGT
* * *
235718 TTTGT-AATAAAATAATTGTTTTAGTTAATATATGC-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
191 TTTGTCAA-AAAATAATTGTTTCAGTT-ATACAT-CTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTA
* * * * * *
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253 TTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAG-GAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTC
* *
235845 AAATGGTTATGAT-TATTTGAACTTTTATCTATTTCAAATCA
317 AAATAGTTATG-TCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * **
235886 TTATGACAATTTGTTTTTGTCACAAACCAATTCTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGAC-ATTT-TATTTGCCATAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* *
235951 TAATA-CTAATTTATTAATATTTCT-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAAT-AAATTTGTT
64 TAATATC-AATTTATTAATATTT-TGAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAATGT-TT
* * *
236013 TACCGAACAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATCATGATCTT
122 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTT
* * ** * *
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* * * *
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* *
236203 TTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCA
314 TTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCA
* * **
236247 TTATGACATTTTATTTGCCGTAAAACAATTTTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAATA
1 TTATGACATTTTATTTGCCATAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * *
236312 ATATCAATTTATTAGTATTTTGAAAATTAATAAG-GATTTAAAAAATAAAATGTATTTTCTGAGC
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* * * * * * *
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** * *
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195 TCAAAAAATAATTGTTTCAGTT-ATACATCTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATA
* *
236506 TTCAAAAAATTAATAAGTAAGGAATTTTAAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAG
259 TTCAAAAAATTAATAAGTAAGGAA-TTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAG
* * * * *
236571 TTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTTAAGTCA
323 TTATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCA
* ** * * * * *
236606 TTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAACTGTTT-TAGTACATAAAAGTTTATTC-GTAATAAA
1 TTATGACATTTTA-TTTGCCATAAAACAATTCTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAA
* * * * **
236669 ATAATATTATTTTATTAATA-TTTCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAAT-AAATCAATT
63 ATAATATCAATTTATTAATATTTTGAAAA--T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-GTTT
* * * * *
236732 TA-TCAA-ATTAGTTCAAATAATTAAG-GTCATTTGAAC-A--AT-TA---C----CATTATGAA
122 TACTGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAT
* * * * **
236783 CTTTTGTTTTGTCATAAAAA-AATTATTTTTCA-TCATACAAGC-CTATTCAAAATAAAATAATA
184 CTTTTGTTTTGTCA-AAAAATAA-T-TGTTTCAGTTATAC-ATCTTTATTTGAAATAAAATAATA
* * * * * * *
236845 CTAATTTACTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TT-AAAAAGTTAATTTGTTTACAGA
245 ATAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGTAAG-GAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGA
* * * * * * **
236908 AC-TGATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTGAAATTG
309 ACAAG-TTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * * * * * *
236957 TTATAACCTTTTGTTAT-CTCATAAAATAGTTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTCAGAGTAAAA
1 TTATGACATTTTATT-TGC-CATAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAA
* * * * *
237021 TAATA-CTAATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTG
64 TAATATC-AATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA-ATGTTT-
* * * * * * ** *
237085 T--TGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATTGTTATGACCTT
122 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTT
** * * * * * * * *
237148 TTGTTTTGTCGTACAATAATT-TTTTAATTCTTAGAAAC-ATATTT-AGAATAAAATAA-AACAA
187 TTGTTTTGTCAAAAAATAATTGTTTCAGTT-ATA-CATCTTTATTTGA-AATAAAATAATAA-TA
* * * * *
237209 ATTTATTAATATTTC-AAAACTTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAACAATTATGTTTGCTGGAC
248 ATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGTAAGGA-ATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAAC
** * * *
237272 CTGTTCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATC
311 AAGTTCAAATAGTTATGTCTATTTGAACTATTATC
237307 ACTTATACTT
Statistics
Matches: 1134, Mismatches: 212, Indels: 150
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 3 0.00
351 158 0.14
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365 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TTATGACATTTTATTTGCCATAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
ATATCAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAATGTTTTACTGAACA
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
CAAAAAATAATTGTTTCAGTTATACATCTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTATTAATATT
CAAAAAATTAATAAGTAAGGAATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTA
TGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCA
Found at i:238004 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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1 AAATAATTAT-ACTATTT
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1 AAATAATTATACTA-TTT
238002 AAAT
1 AAAT
238006 CGTTATGACC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 3
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.15
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Consensus pattern (17 bp):
AAATAATTATACTATTT
Found at i:238033 original size:180 final size:181
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Indices: 237638--239031 Score: 1341
Period size: 179 Copynumber: 7.7 Consensus size: 181
237628 GAACTATACC
* * * * * ** *
237638 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCATATAAATTTGT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
237702 TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTTAAGAAGTAAGAA-A-TTAAAAAA-
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
237764 AAAGTTTTTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTA-AACTATTTGAGCAATTGTTT
129 AAA-TCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
237817 ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC-AGTCTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTAT
* * * * * *
237881 TTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACTA-ATTTATAACAT
65 TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * *
237945 GAATC-GTTAACCTGGCCAA-TGCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCT
129 AAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** *
237997 ATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTTTT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * ** * * * * *
238062 TAAAATGACATAATTTTATTTTATTAATATTATAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGA
66 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
* * *
238127 ATCTGTTTATTGAACAAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATCT
131 ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** * *
238178 TTTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAA-ATATT-TTTCTATTCATACAAGCTAAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * *
238241 TTCAAATAAAATTATA-TAAATTTATTAATATTC-AGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
65 TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
238304 TAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
128 TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
238358 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
238423 TGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAACTTAATAAGTAAAATATTT--TAAATA
66 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * *
238485 AATATGTTTACTAAAAAATTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCT
130 AATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
238537 ATTTCAAACCATTATGACCTGTTGTTTTATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTAT
* *
238601 TTGAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAA
65 TTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAA
* *
238665 TGAATCTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
128 TAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * *
238719 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-T
* *
238784 TTG-AATAAAATAAT--TAAATTTA-TAAGTATTCCAAAATTTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAA
65 TTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * *
238844 TAAATTTGTTTTCTGAACACA-TTAAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCT
128 TAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
238898 ATTTCATATAGCTATGACCTTTTG-TTTAGTGAT-AAACAGATTGTTTCTATCCATATAAGTTTA
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACA-ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
*
238961 TTTGAAATAAATTAATACTAATTTATTAATA-T-TACAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAA
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAA
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
Found at i:238345 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 237638--239032 Score: 1297
Period size: 361 Copynumber: 3.9 Consensus size: 355
237628 GAACTATACC
* * * * *
237638 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCATATAA-ATTTG
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTT-
* * * *
237701 TTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTTAAGAAGTAAGAAA-TTAAAAAA-
64 TTTG-AATAAAATAATTTTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * *
237764 AAAGTTTTTTTACTAAACCAGTTCAATTAGTTA-AACTATTTGAGCAATTGTTTATTTCAAATCA
126 AAA-TATGTTTATTGAA-CAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * * * * *
237828 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-CAGTCTTATTTGGAATAAAG
189 CTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTATTCATATAAG-CTTATTTGAAATAAAA
* * * * * * * *
237892 TAATGCT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACTA-ATTTATAACATGAATC-GTTA
252 TTAT-ATAAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
** * * * *
237954 ACCT-GGCCAATGCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCT
313 A-CTAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * **
237997 ATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTTTT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTT
* * * * * * *
238062 TAAAATGACATAATTTTATTTTATTAATATTATAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGA
66 T-GAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAA
* * * *
238127 ATCTGTTTATTGAACAAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATCTTTTTCAAATCACTA
128 ATATGTTTATTGAACAATTA-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTA
* * * *
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192 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAAA-ATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATTAT
*
238256 ATAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
256 ATAAATTTATTAATATTCA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAA
* * *
238321 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTT
319 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* * * * *
238358 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATGACACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTTT
* * * * *
238423 TGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAAAATATTT--TAAATAA
65 TTGAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
238486 ATATGTTTACTAAAAAATTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACCATTA
128 ATATGTTTATTGAACAA-TTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTA
* * *
238551 TGACCTGTTGTTTTATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAA-TA
192 TGACCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATTA
* * * *
238614 TCACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTAAAAAATGAATCTGTTTAC
255 T-A-TAAATTTATTAATATTC--AAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* *
238678 TGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
315 TAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
* *
238719 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-TT
* * *
238784 TTGAATAAAATAA-TTAAATTTA-TAAGTATTCCAAAATTTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
65 TTGAATAAAATAATTTTAATTTATTAA-TATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAA
* * *
238847 ATTTGTTT-TCTGAACACATTAAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCATAT-AGC
128 ATATGTTTAT-TGAACA-ATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-C
* * * *
238910 TATGACCTTTTG-TTTAGTGATAAACAGATTGTTTCTATCCATATAAGTTTATTTGAAAT-AAAT
190 TATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAA-AAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
238973 TA-ATACTAATTTATTAATATTACAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTA
253 TATATA--AATTTATTAATATT-CAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA-AAAAATAAATCTA
239033 CTATCGAATA
Statistics
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0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
358 6 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (355 bp):
ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTT
TGAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATA
TGTTTATTGAACAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGAC
CTTTTGTTTTATCATAAAAAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATTATATAAA
TTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTC
AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
Found at i:239016 original size:720 final size:721
Alignment explanation
Indices: 237638--239032 Score: 1716
Period size: 720 Copynumber: 1.9 Consensus size: 721
237628 GAACTATACC
* * * ** *
237638 ATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGTTTTTCTTCATACAAACCTATT
** *
237703 TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAATTTAAGAAGTAAGAAATTAAAAAAAAAG
66 TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAACTTAAGAAGTAAGAAATTAAAAAAAAAG
* * ** * * * * * *
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131 TATGTTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATG
* * * * * *
237833 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATGC
196 ACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATATCTATTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
* * * * *
237898 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACTAATTTATAACATGAATCGTTAACCTGGCCA
261 TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATGAATCGTTAACCTGACAA
* *
237963 ATGCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
326 ATGCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
** * * * *
238028 ATAAAACAATTGTTTCTATTTGTACAAGCTTTTTTAAAATGACATAATTTTATTTTATTAATATT
391 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTAAAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATT
* * *
238093 ATAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTACAAATAGTTAT
456 ACAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTACAAATAGTTAT
* *
238158 GACTATTTGAACAATCATCTTTTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAATATTTTT
521 GACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAAGATTTTT
*
238223 CTATTCATACAAGCTAATTTCAAATAAAATTATATAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAG
586 CTATCCATACAAGCTAATTTCAAATAAAATTATATAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAG
238288 TAAAAGATTTA-AAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
651 TAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
238352 TTATTT
716 TTATTT
* * *
238358 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATGACAC-AATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTAT
1 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTCTTCATACAAACCTAT
* * * ** *
238422 TTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAACTTAATAAGTAA-AATATTTTAAATAA
65 TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAACTTAAGAAGTAAGAA-ATTAAAAAAAA
* * *
238486 A-TATGTTTACTAAAAAATTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAACCATT
129 AGTATGTTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACCATT
* *
238550 ATGACC-TGTTGTTTTATCATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCTTATTTGAAATAAAAT
193 ATGACCAT-TTGTTTTATCATAAAACAATTATATCTA-TTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAAT
* *
238613 -ATCACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAA-GAGATTTTAAAAAATGAATCTGTTT
256 AAT-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGA-A-TTTAAAAAATGAATC-GTTA
* * * *
238676 A-CTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTT
317 ACCTG-ACAAATGCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTT
* * *
238740 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTT-GAATAAAATAA-TTAAAT
381 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-TTTTAAAATAAAATAATTTAAAT
* * * *
238803 TTA-TAAGTATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTT-TCTGAACACA
445 TTATTAA-TATTACAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAACA-A
* * * * *
238865 TTA-AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCATAT-AGCTATGACCTTTTG-TTTAG
507 GTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCA-CTATAACCTTTTGTTTTA-
* * * * * *
238927 TGATAAACAGATTGTTTCTATCCATATAAGTTTATTTGAAAT-AAATTA-ATACTAATTTATTAA
570 TCATAAAAAGATT-TTTCTATCCATACAAGCTAATTTCAAATAAAATTATATA--AATTTATTAA
*
238990 TATTACA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTA
632 TATT-CAGACAACTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTA
239033 CTATCGAATA
Statistics
Matches: 571, Mismatches: 83, Indels: 41
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
719 39 0.07
720 331 0.58
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (721 bp):
ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGTTTTTCTTCATACAAACCTATT
TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAACTTAAGAAGTAAGAAATTAAAAAAAAAG
TATGTTTACTAAAAAAGTTCAAATAGTCAAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAACCATTATG
ACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATATCTATTCATACAGGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACGAATTTAAAAAATGAATCGTTAACCTGACAA
ATGCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTTTTTAAAATAAAATAATTTAAATTTATTAATATT
ACAAAAATTAATAAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACAAGTACAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATCATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAAAGATTTTT
CTATCCATACAAGCTAATTTCAAATAAAATTATATAAATTTATTAATATTCAGACAACTAATAAG
TAAAAGATTTAGAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
TTATTT
Found at i:239490 original size:154 final size:156
Alignment explanation
Indices: 239208--239496 Score: 348
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 156
239198 ACATCCATTT
* * *
239208 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
1 GAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGACCTTTTGATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* * * * ***
239273 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAAGCAATAAGAGATTT
66 AAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAAGCAATAAGAGATTT
239338 AAAAACCAAATCTATTTACCAAACTA
131 AAAAACCAAATCTATTTACCAAACTA
** * * *
239364 GAACAATTATCTATCTCAAATTGTAATGATC-TTT-ATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTC
1 GAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGACCTTTTGATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
** *** * * **
239427 AAACAAGCTTATTTGGATTAAAATGATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTT
66 AAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAAGCAATAAGAGATTT
239492 AAAAA
131 AAAAA
239497 ATAAATATGT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 24, Indels: 2
0.81 0.18 0.01
Matches are distributed among these distances:
154 80 0.73
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ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (156 bp):
GAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGACCTTTTGATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
AAACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAAGCAATAAGAGATTT
AAAAACCAAATCTATTTACCAAACTA
Found at i:240096 original size:527 final size:527
Alignment explanation
Indices: 239364--240366 Score: 1476
Period size: 527 Copynumber: 1.9 Consensus size: 527
239354 TACCAAACTA
* * * *
239364 GAACAATTATCTATCTCAAATTGTAATGATCTTTATTTTGTCATACAACAATTGTTTCTTTTCAA
1 GAACAAATATCAATCTCAAATTGTAATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCAA
*** * *
239429 ACAAGCTTATTTGGATTAAAATGATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
66 ACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
*
239494 AAAATAAATATGTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
131 AAAATAAATATGTTTGCTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
239559 ATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATTAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAAAA
196 ATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TT-CAAAA
239624 AAAAATAATACTAA-TTATTAACATTT-GAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
259 AAAAATAATACTAATTTATTAAC-TTTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
* * * *
239687 CATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGA
323 CATTTACTAAACAAGTTCAAATACATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGA
* * ** *
239752 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTCAGTTAATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACT
388 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTCAGTTAACAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATAAT
239817 ACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAACCAAACTAAAACTATTTTTTGAAGCAATTCTAATAGT
453 ACTTTATTAATATTTTAAAAATTATTAACCAAACTAAAACTATTTTTTGAAGCAATTCTAATAGT
239882 TAGACTAATT
518 TAGACTAATT
* * *
239892 GAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATG-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCAT
1 GAACAAATATCAATCTCAAATTGTAATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCAA
* ***
239956 ACAAG-TTGATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTTAAAATTAATAAGAGATTTA
66 ACAAGCTT-ATTCAAATAAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * *
240020 AAAAATAAATGTGTTTGTTGAA-TCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
130 AAAAATAAATATGTTTGCTGAACT-AATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
* * * *
240084 AAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA
194 AAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAA
* * * **
240149 GAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTT
259 AAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCC
* * *
240214 GTTTACTAAACAAGTTCAAATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGAA
324 ATTTACTAAACAAGTTCAAATACATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAA
* * * * **
240279 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAACAGTTTATCAAAAATAAAATAATAATA
389 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTCAGTTAACAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATAATA
240344 CTTTATTAATATTTTAAAAATTA
454 CTTTATTAATATTTTAAAAATTA
240367 ATAAGTAAGA
Statistics
Matches: 421, Mismatches: 50, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (527 bp):
GAACAAATATCAATCTCAAATTGTAATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTATCAA
ACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
AAAATAAATATGTTTGCTGAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
ATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAAA
AAATAATACTAATTTATTAACTTTCGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCAT
TTACTAAACAAGTTCAAATACATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGAACT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTCAGTTAACAAAAACTTATCAAAAATAAAATAATAATACT
TTATTAATATTTTAAAAATTATTAACCAAACTAAAACTATTTTTTGAAGCAATTCTAATAGTTAG
ACTAATT
Found at i:240105 original size:344 final size:350
Alignment explanation
Indices: 239523--240184 Score: 790
Period size: 344 Copynumber: 1.9 Consensus size: 350
239513 AACTAGTTCA
* * * * *
239523 AATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATTAA
1 AATAGTTAAGACTATTAGAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
* *
239588 ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAAAAAAAAATAATACTAATTATTAACATTTGAA
66 ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTACAAAAAAAAATAATACTAATTAATAACATTTGAA
*
239653 AAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATATGAC
131 AAATTAAT-A--AAGAGATTTAAAAAAATAAATCCATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATAAGAC
* * * * *
239718 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTCA
193 TATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTCTCA
* * * *
239783 GTTAATAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAA-TATTTTAAAAATTATTAACC
258 GTTAATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCTAAAAATTATTAACC
239847 AAACTAAAACTATTTTTTGAAGCAATTCT
322 AAACTAAAACTATTTTTTGAAGCAATTCT
** *
239876 AATAGTT-AGACTAATT-GAACAAATATCAATCTCAAATTGTTAT-GTC-TTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTAAGACT-ATTAGAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAA
* * * *
239937 AACAATTGTTTC-TTATCATACAAG-TTGA-TT-CAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
65 AACAATTATTTCAAT-TCATACAAGCTT-ATTTACAAAAAAAAATAATACTAA-TTAATAACATT
** *** ** *
239998 TTTAAAATTAAT-AAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATCAA-TTCAAATAGTTAAG
127 TGAAAAATTAATAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGATAAG
* * * *
240060 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTT
191 ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTCT
* * * * *
240125 TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCTAAAAATTA
256 CAGTTAATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCTAAAAATTA
240185 ATAAGCAAGA
Statistics
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0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (350 bp):
AATAGTTAAGACTATTAGAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTACAAAAAAAAATAATACTAATTAATAACATTTGAA
AAATTAATAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCCATTTACTGAACAAGTTCAAATAGATAAGACTAT
TAGAACAATTATCTATTTAAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTCTCAGTT
AATAAAAACTTATCCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCTAAAAATTATTAACCAAAC
TAAAACTATTTTTTGAAGCAATTCT
Found at i:240305 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 239876--240506 Score: 590
Period size: 182 Copynumber: 3.5 Consensus size: 178
239866 AAGCAATTCT
* * * * * * **
239876 AATAGTTA-GACTAATTGAACAAATATCAATCTCAAATTGTTATGTC-TTTGTTTTGTCATAAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
* *
239939 CAATTGTTTCT--TATCATACAAG-TTGATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTT
66 CAATTGTTT-TAGT-TCATACAAGCTT-ATTCAAA-AAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
* ** *
240001 AAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTGAATCAA-TTCA
127 AAAATTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACAAGTTCA
* * * * * *
240050 AATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* *
240115 ATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCTAA
65 ACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTTAA
*
240179 AAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
128 AAATTAATAAG-AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * *
240232 AATACTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * *
240297 ACAATTGTTTTAGTTCACA-ACAGTTTA-TCAAAAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTTTA
65 ACAATTGTTTTAGTTCATACA-AGCTTATTC-AAAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA
**
240360 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACTAAATC-AGTTTC-
127 AAAATTAATAAG-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-CAAG-TTCA
* * ** * ** *
240413 AATAATTAT-ATCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTCATTTTGTGATAA
1 AATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA-TAACTTTTGTTTTGTCATAA
****
240477 AACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATT
64 AACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
240507 TGAAATAAAA
Statistics
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0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
TTAATAAGAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACAAGTTCA
Found at i:241020 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 240990--241042 Score: 72
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
240980 GAGATTTAAG
* *
240990 AAATAATTTTATTTA-TTGAACCAATTC
1 AAATAATTATAATTATTTGAA-CAATTC
241017 AAATAATTATAATTATTTGAACAATT
1 AAATAATTATAATTATTTGAACAATT
241043 ATATATTTCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
27 18 0.78
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ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (27 bp):
AAATAATTATAATTATTTGAACAATTC
Found at i:241522 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 240536--241537 Score: 677
Period size: 181 Copynumber: 5.6 Consensus size: 180
240526 CCTTTCATTT
* ** * ** * *
240536 TGTCATAAAAC-AATTATTTTTGAACATACAAGTTTATTTGAAATAAAACAATACTAATTTGTTA
1 TGTCATAAAACTAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
240600 ATATTTCAAGAA-T--T-AGTACGAGA-TTAAAAACATAAATCTATTTA-CTGAA-TAAGTTTAC
66 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-AT-AATTTA-TTAGTTGAACCAA-TTCAA
* * * * ** *
240658 ATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTTGTTC
127 ATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CATTTT-TTA
* * * * * * * *
240713 TGTCACAAAAC-AATTATTTCTATTTAAATAAGTTTATT-AGGAATAAAATGATACTAAATTAAT
1 TGTCATAAAACTAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
240776 AATAATCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTGTTGAACCAATCCAAA
65 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTT-ATTAGTTGAACCAATTCAAA
* * * ** * *
240841 CAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTT
128 TAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT-TTA
* * * * ** *
240895 TGTTAT-AAAGTAATTATTTCAGCTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAA-ACTAATTTATTA
1 TGTCATAAAACTAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * *
240958 ATA-TTTCAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAATTTTATTTA-TTGAACCAATTCAAAT
66 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA-TTTA-TTAGTTGAACCAATTCAAAT
* * ** * *
241021 AATTATA-ATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AAATATTTTTGC
129 AATTA-AGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACAT-TTTTT-A
* * * * * * **
241074 TATCATAAAA-TAATTATTTCTGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATCTAACA
1 TGTCATAAAACTAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * *** **
241138 ATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAGATTTATTTGCAAAACCTCTTCAAATA
66 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-ATTTATTAGTTGAACCAATTCAAATA
* * *
241203 ATTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTATTA
130 ATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTT-TTA
** * * * *
241255 TGTTGTAAAAC-AATT-TTTTTAGCTT-TTACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-ATTGAATTT
1 TGTCATAAAACTAATTATTTCT-G-TTCATA-TAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTT
* *
241315 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTATTAGTTGAACAAATTCA
62 ATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TATTAGTTGAACCAATTCA
* * * * * *
241380 AATAATTATGACTATTTGTATAATTATCTATTTTAAATCATTATCACCTTTGTTT-
126 AATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTT-TTTA
* ** * * * * *
241435 TGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCTTATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
1 TGTCATAAAACTAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
241499 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAA
66 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
241538 ATCTATTTGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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182 107 0.16
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TGTCATAAAACTAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTATTAGTTGAACCAATTCAAATAA
TTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTTTA
Found at i:241594 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 240576--241597 Score: 814
Period size: 361 Copynumber: 2.8 Consensus size: 359
240566 AGTTTATTTG
* * * *
240576 AAATAAAACAATACTAATTTGTTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTACGAGA-TTAAAAACATAAA
1 AAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAT
* * * * * * * * * **
240636 TCTATTTACTGAATAAGTTTACATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
63 TCTATTTATTGAACAAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * * * * * *
240701 -GATCTTTTGTTCTGTCACAAAACAATTATTTCTATTTAAATAAGTTTATT-AGGAATAAAATGA
128 AAAT-ATTT-TTCTATCATAAAAAAATGATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAA
* * * * * * * * **
240764 TACTAAAT-TAATAATAATCTAAAAATTCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTTGTT
190 TAGT-AATCTAACAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTGCA
* ** * * * * * * ** * * *
240828 GAACCAATCCAAACAGTTAAGACTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGT
253 AAACCTCTTCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTAT
* * ** * * ** * *
240893 TTTGTTATAAAGTAATTATTTCAGCTCAT-CCAAGTTTATTCA
318 TATGTTGTAAAACAATTTTTTTAGCTTTTACTAA-CTTATTCA
* * * *
240935 TAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAATTTT
1 AAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCT
* * **
241000 ATTTATTGAACCAATTCAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAA
66 ATTTATTGAACAAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAA
* * *
241065 TATTTTTGCTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTA
131 TATTTTT-CTATCATAAAAAAATGATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTA
* * *
241130 ATCTAACAATATTTTGACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAGATTTATTTGCAAAACCTC
195 ATCTAACAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCAAAACCTC
* *
241195 TTCAAATAATTAAGGCTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTATTATGTTG
260 TTCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTATTATGTTG
241260 TAAAACAATTTTTTTAGCTTTTACTAACTTATTCA
325 TAAAACAATTTTTTTAGCTTTTACTAACTTATTCA
*
241295 AAATAAAATAAATTGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
1 AAATAAAATAAACT-AATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
* * * * *
241360 CTA-TTAGTTGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTGTATAATTATCTATTTTAAATCATTAT
64 CTATTTA-TTGAACAAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTAT
** * * * * * * * *
241424 CACCT-TTGTTT-TGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCTTATAAGTTTGTTTAGAATAAAATAA
128 -AAATATT-TTTCTATCATAAAA-AAATGATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** * * *
241486 TATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAATAAATCTATTTGCCAA
190 TAGTAATCTAACAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCAAA
* * * * * *
241551 A-CTAGTTCAATTAGTTATA-ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAAT
255 ACCT-CTTCAAATAATTA-AGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAAT
241598 TGTTATGACC
Statistics
Matches: 534, Mismatches: 111, Indels: 34
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.00
358 21 0.04
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360 103 0.19
361 295 0.55
362 99 0.19
363 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCT
ATTTATTGAACAAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAA
TATTTTTCTATCATAAAAAAATGATTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAA
TCTAACAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTGCAAAACCTCT
TCAAATAATTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACATTTTATTATGTTGT
AAAACAATTTTTTTAGCTTTTACTAACTTATTCA
Found at i:242242 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 242221--242253 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
242211 ATAGCAATAA
242221 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
242237 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
242254 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:242392 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 242206--242679 Score: 445
Period size: 154 Copynumber: 3.0 Consensus size: 154
242196 ATCAAACAAG
** * *
242206 TTCAAATAGCAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
242271 TAAAAAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAACTTATTAATATTCC
66 TAAAAAATTGT-TCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCC
* * *
242336 AAAAATTAATGAGTAAGAGATTT-T-
130 AAAAATTAATAAATAA-AAATTTATA
* * *
242360 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
242425 TAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTGATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTACTAATATT
66 TAAAA-AATTGTTCA-GTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATT
* *
242489 CCAAAGATCAATAAATAAAAATTTAAAAAATAAA
128 CCAAAAATTAATAAATAAAAATTT-----AT--A
* * *
242523 TACGTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTT-TTTTG
1 T---TCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
242587 TCATAAACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AGAGTAAAATAATACTAATTTATTAAA
63 TCATAAA-AAATTG-TTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACAAATTTATTAAT
* *
242651 ATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTA
125 ATTCCAAAAATTAATAAATAAAA-ATTTA
242680 AAAAATAAAT
Statistics
Matches: 257, Mismatches: 43, Indels: 33
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
154 70 0.27
155 55 0.21
156 3 0.01
160 1 0.00
161 1 0.00
163 1 0.00
164 2 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAAAATTGTTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAATAAATAAAAATTTATA
Found at i:242838 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 242529--242881 Score: 503
Period size: 181 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
242519 TAAATACGTT
* *
242529 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCTTTTTTTTGTCATAAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTGTCATAAA
* * *
242594 CTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAA
66 CTAATAGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAA
*
242659 AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGTGAGTTC
131 AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGTGAGTTC
* *
242709 AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTT-TTTTGTCAT-A
** * * *
242774 AAC-AATAGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCTA-AATAAGATAATACTAATTTATTAATATTCT
64 AACTAATAGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCT
* ****
242837 AAAAATTAATAAGTTTGGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
128 AAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGA
242882 CTATTAATAT
Statistics
Matches: 152, Mismatches: 18, Indels: 5
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 49 0.32
181 98 0.64
182 5 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTTTTGTCATAAA
CTAATAGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCTAAA
AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGTGAGTTC
Found at i:242896 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 242719--243009 Score: 372
Period size: 161 Copynumber: 1.8 Consensus size: 160
242709 AAATAGTTAT
* * *
242719 GACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAGTT
1 GACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATAGTT
* * * * * *
242784 TCTA-TTCATGCAAGTTTATTCT-AAATAAGATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT
66 TC-AGTTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAA-TTAATAACATTCAAAAAATTAAT
242847 AAGTTTGGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
128 AAGTTTGGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * * * *
242880 GACTA-TTAATATAATTATCTATTTGAAATCATTCTGATATTTTGTTTAGTCATATAATAATTGT
1 GACTATTTAA-ATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATAGT
* *
242944 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAA
65 TTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAA
243009 G
130 G
243010 AGATTTGAAT
Statistics
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161 81 0.74
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Consensus pattern (160 bp):
GACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATATTTTGTTTAGTCATAAAACAATAGTT
TCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTAATAACATTCAAAAAATTAATAAG
TTTGGGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
Found at i:243346 original size:519 final size:510
Alignment explanation
Indices: 242005--244443 Score: 1413
Period size: 519 Copynumber: 4.7 Consensus size: 510
241995 AACTTATTTC
* * * * *
242005 AAATCTATTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTAT
1 AAATCT-TTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCAT
* * * * *
242070 TATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAA-ATATT-TTTTTGTTTATAAAAGCCTATTTAGATTAAAAT
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTATTTTT-TTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * *
242133 AATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAAT-ATGTTTA
128 AATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCA-GTTTC
* * ** * * *
242197 TCAAACAAGTTCAAATAGCAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
190 TGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTT
** * * * *
242262 GTTTTGTCATAAAA-AATTG--TATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAATACCAACT
254 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCAA--CATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TAATT
* * ** * *
242324 TATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTTTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
316 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATT
* * *
242389 ATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCT
381 ATCTATTTGAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCT
* * *
242454 GATTTTGAATAAAATAATATAAATTTACTAATATTCCAAAGATCAATAAATAAAAATTTAAAAAA
446 GATTTGGAATAAAATAATATAAATTTAATAACATTCCAAAGA-CAATAAATAAAAATTTAAAAAA
242519 T
510 T
* * *
242520 -AA------A--T-AC--G-TTAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTTAAATCATT
1 AAATCTTTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATT
* * *
242572 ATGACCTTTT-TTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAGAGTAAAATA
66 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTT-TTTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * *
242635 ATACTAATTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
129 ATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-CTG
* * * *
242700 AGTGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTT
192 AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTT
* * * * *
242765 TTGTCATAAAACAATAGTTTCT-ATTCATGCAAGTTTATTCT-AAATAAGATAATACTAATTTAT
257 TTGTCATAAAACAATTGTTTATCA-ACATGCAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATA-TAATTTAT
** *
242828 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTTTGGGATTTAAAAAAT-AAATATGTTTACCGACTA-TTAATA
319 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT----AATCAAATA-G-TTA-CGACTATTTAA-A
* * * *
242891 TAATTATCTATTTGAAATCATTCTGATATTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCA-GTTCATA
376 TAATTATCTATTTGAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-ATGTTCATA
* * * *
242955 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAA-TTAATAACATT-CAAA-A-AATTAATAAGAGATTT
440 CAAGCTGATTTGGAATAAAATAATATAAATTTAATAACATTCCAAAGACAATAAATAA-AAATTT
*
243016 GAATAAAT
504 -AAAAAAT
* *
243024 AAATCTGTTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTACTTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
1 AAATCT-TTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCAT
* * * *
243089 TATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTATTTCATAAAAGTTTATCCAAAATAAAATA
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATA
** * * * *
243154 ATACTGCTTTATTAATATATTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTCAAAGACAAATCAGTTTGCTG
129 ATACTAATTTATTAATAT-TTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-CTG
* * * * ** *
243219 AATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACAATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTT
192 AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTT
* * *
243284 TTATCATAAAACATTTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATGAATTTATTA
257 TTGTCATAAAACAATTGTTTATCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-AATTTATTA
* * * *
243349 AAATT-TCAAGAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTT
321 ATATTCT-AAAAATTAAT--AAG---T-----A-AGA--GA--T-TT--A--A--TCAAATAGTT
* * * * * ** * * *
243413 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATT
363 ACGACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCATTATGACATTTTG-TTTAGTCATAAAACAATT
* * * * * * * *
243477 GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACT-AATTTAGTAA-ATTTCTAAAAATT
427 GTTTATGTTCATACAAGCTGATTTGGAATAAAATAATA-TAAATTTAATAACA-TTCCAAAGA-C
* *
243540 AATAACTAAGAGATTTAAAAAAT
489 AATAAATAA-AAATTTAAAAAAT
** * * * *** * * * * **
243563 AAATCTATTTGTCAAACCAGTTCAAATGGCTAAGACTATATGAATAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCT-TTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCAT
*** * * *
243628 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTTAGAATAGAATA
65 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TTTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * * * *
243693 AAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAGTAATTCTA-TTTACC
129 ATACTAATTTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTT-CT
* * * * * * *
243757 AAACCAGTTC--A-A---AT-A--A-TT--AT-A--A-CTATTTCAAATCATTATGACCATTTCT
191 GAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGT
* * * * *
243806 TTTGTAATAAAACAA-TGCTTTATTTAATAT--AAGGTTATTTGAAGT-AAATAAATACTAATTT
256 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTA-TCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAAT-AATA-TAATTT
* * * * ** * *
243867 ATTAATATTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAAGAATATGTTTACTAAATAAGTTTA
317 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT-TAATCA-AATA-G-TTAC-GACT-A-TTTA
* * * *
243932 AATAATTATGACTATCTGAATAATTATTTATTTAAAAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
374 AATAATTAT--CTAT-T---TGA--A---A--T----CATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAA
* * * * * * * ** *
243997 TAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAGTATTCAAAAT
422 CAATTGTTTATGTTCATACAAGCTGATTTGGAATAAAATAATATAAATTTAATAACATTCCAAA-
*** **
244062 TTTAATAAGCAAAAATTTAAAAAAT
486 GACAATAAATAAAAATTTAAAAAAT
*** * * * * * *
244087 AAAT-TTGTTTTTTGAACATGTTCAAA-AAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-
1 AAATCTT-TTACCT-AACAAGTTTAAATAA-TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATC
* * * *
244149 AGTTATGACCTTTTTTTTTGTCAT-AAACAAATTGTTTTTGTTCACACAAA-CATATTCTA-AAT
63 A-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTTT-TTCATA-AAAGCTTATTC-AGAAT
* * * * ** * * *
244211 AAAATACTATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAACAAATCTGT
123 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGT
* * * * * * * *
244276 TTACCGAATGAGTTAAAATAAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATC
187 TT-CTGAATCAATTCAAAT-AGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATC
* * * * * * * *
244341 TTTTATTTTGTCAAAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGGTTATTCGAAATAAAATAATACTA
250 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCA-ACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TA
* * * **
244405 ATTTAGTAATATTAT-AAAATTAATGAGTTGGAGATTTAA
313 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
244444 AAAATAAAAC
Statistics
Matches: 1491, Mismatches: 288, Indels: 266
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
499 3 0.00
500 92 0.06
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (510 bp):
AAATCTTTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATT
ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTCTGAATC
AATTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTATCAACATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAATTTATTAATATT
CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAATCAAATAGTTACGACTATTTAAATAATTATCTATTTGA
AATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTATGTTCATACAAGCTGATTTGGAAT
AAAATAATATAAATTTAATAACATTCCAAAGACAATAAATAAAAATTTAAAAAAT
Found at i:243496 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 242892--247544 Score: 1772
Period size: 180 Copynumber: 26.2 Consensus size: 177
242882 CTATTAATAT
* * ** * *
242892 AATTATCTATTTGAAATCATTCTGATATTTTG-TTTAGTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * * *
242955 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAA-TTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAGATTTGA
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* * * * *
243018 ATAAATAAATCTGTTTACCT-AACAAGTTTAAATAATTATGACTACTTGAAC
127 AAAAATAAATCTGTTTA-CTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
243069 AATTATCTATTTAAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TATTTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* *** ** *
243133 AAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTGCTTTATTAATATATT-GAAAATTAATAAGTAAGAGATT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATT
* * * * * * * * * * *
243197 TCAAAGACAAATCAGTTTGCTGAA-TCAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAAC
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * * * * * *
243250 AACAATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTTGTTTTATCATAAAACATTTGTTTTTCA-ACATGC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
* *
243314 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TGAATTTATTAAAATTTCAAGAATTAATAAAAGATTTAAA
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAA
* * *
243378 AAATAAATCTATTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
129 AAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * *
243427 AATTATTTATTTTAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
*
243492 AGCTTATTTTG-AATAAAATAATACTAATTTAGTAA-ATTTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATT
66 AGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT-A--AA-AGATT
* * * * * * * *
243555 TAAAAAATAAATCTATTT-GTCAAACCAGTTCAAATGGCTAAGACTATATGAAT
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
243608 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGCTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * *
243672 AAGCTTATTT-AGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATT
65 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA--T-TAA-TAAAAGATT
* * * * * * * * *
243736 TAGAAAGTAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTCAA-
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** ** * * * ** * * * * * **
243788 ATCATTATGACCATTTC-TTTTGTAATAAAAC-AATGCTTTAT-TTAATATAAGGTTATTTGAAG
1 A--ATTAT--CTATTTCAAATCATTAT-GACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA--TTGTTTCTA-
** * * * * * ** * *
243850 TAAATA-AATACTAATTT---AT-TAAT-ATTCCAA-GAATTAATGA-GT-AAGAGAATTAAAAA
58 TTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAA-A-AATTAATAA
* **** * ** * * * * * *
243906 AAGAATATGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTA-TGACTATCTGAATAATTAT--TTATTTAAA
119 AAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACTAA--ACT-AGT-TC-AAATAGTTATGACTATTTGAA
*
243968 A
177 C
* **** ** *** * * * *
243969 AATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGGTTCTGT-TCATGCAAGC--TTATTT-TGA
1 AATTAT---CTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTT-T-TATCAT-AAAACAATTGTTTCT-A
* * * ** * * * * **
244029 ---ATA-AA-ATAATAT-AAATTTATTAGTATTCAAAATT-TTAATA-AGCAAAAATT--T----
58 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATA--ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAA
* ** * * * *
244080 -----AAAAAATAAATTTGTTTTTTGAAC-ATGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAAT
121 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
244132 AATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTGTCAT-AAACAAATTGTTTTTGTTCACA
1 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATA
* * * * * * *
244195 CAAACATATTCT-AAATAAAATACTATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGAT
64 CAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAAAGAT
* ** * *
244259 TTAAAAAACAAATCTGTTTACCGAA-TGAGTTAAAATAAGTTATGACTATTTTAAC
124 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
244314 AATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * **
244379 AGGTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGATTT
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAAT-A---AAAGATTT
* * * *
244442 AAAAAATAAAACTGTTTACTAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAC
126 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
244494 TATTACCTATTTCAAATTATTAT-A----TT-TTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
** ** *
244553 AAATTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACAA-ATTTAAAA
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-AAGATTTAAAA
* * * * *
244617 ACTAAATATGTTTA-TCGAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC
130 AATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * ** * * * * *
244665 AATTATCTATCCCAAATCATTATGATCTTTAT-TTTATAAAAAAAAATAATTATTTCTTTTCTTA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTT-TATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * *
244729 CAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTTAATAAGTAAGAGGT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA--AAGA--T
* * * * *
244793 TT--AAAA-AAATGTGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAAC
124 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
244844 ACTTATCTATTTCACATCATTCTAACCTTTTG-GTTAGTTATAAAACAATTATTTC-AGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* * * *
244907 CAAGCTTCTTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGTCAT
64 CAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AAAG--AT
* * * *
244971 TTAAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGATT-TTACTATTTGAAC
124 TT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAAC
* * ** * *
245026 AATTGTTCTGACTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTT
1 AATT-ATCT-A-T-TTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TT
* * * * *
245090 CATAAAATCTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGA
60 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-A
* * * * * * *
245155 GATTTTAACACTAAAAT-TGTTTATTTTTCAAACTAATT-AAATAGCTATGAATATTTGAAC
121 GATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTA---CT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
245215 AAATATCAATCTT-AAATCATTATGATC-TTTATTTTCTCATAAAGCAATTGTTTCTGA-TCATC
1 AATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA
* * * * * *
245277 CAAGTTTATTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAACTAATAAGAGATTTAA
64 CAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAA
* * * * * *
245341 AAAATAAATGTGTTT-GTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAAT
128 AAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * ** * *
245391 AATTTTCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-ATATAGTCATTTAATAATTGTTTCAATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
** * * *** * * ***
245455 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTT-ATTTATT--TCAAA-TTGTTGTG
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGAT-TTAAA
** * *
245516 ACCT---TTTG-TT-C-AAAC-AG-T----TAG----GACTATATGAAC
129 AAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
245549 AATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* ** * * * *
245613 AAGCATATTCAAAATAGAATAAAACTAATTTATCAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAAATTT
65 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAG--ATTT
* * * * ** * *
245678 AGAAAATAATTTTATTTACCGAATTAGTTTAAATA---AT---TA--T--A-
126 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * ** * * * *
245719 AATTATCTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAATGATTGTTTTTGTTAATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
245784 AGTTTGTTTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTA
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTA
* * * * * * * *
245849 AAAAGTAAATCGGGTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAAT
127 AAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * ** *
245900 AATTATTTATTTTAAATAATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTAATTCTATTCATACT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
*** * ** * *
245965 TTTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTTAACTTAATAACTAAGAAAATTA
66 AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAG--ATTTA
** * * * * * *
246029 AAAAATAAATCTAATT-CTCGAACCAATTCTAAA-AGTTAAGACTATATGAAT
127 AAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTC-AAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * **
246080 AATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAATATTTGTTT-TTTTTGTACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
246144 A-CTTATGCTT--ATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
66 AGCTTAT--TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-T-A-A-A--
* ** * * *
246206 GAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAAC
120 -AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * *
246265 AATTA-CTATTTGAAATTGTT-TGACCTTTTG-TTTAGTCATATAACAATTGTTTCAATTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* *
246327 AAGCTTATTT-AGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGAT
65 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT---AAA-AGAT
* * * * *
246390 TTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAACAGTTATTAAC-ATTTGAA-
124 TTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
246443 AATTACCTATTTAAAAT-AGTTATAACCTTTTGATTTGTCATAACATAATTGTTT-TAGTTAATA
1 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
** * * * *
246506 CAAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTAATTTGTTAA-ATTTCCTAAAATAATAATTAAAAAATT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-C-AAAA-ATTAA-TAAAAGATT
* * * * * * * * *
246570 TTAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-TCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAAAT
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
246623 GATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTTTTATCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTAT-TCATA
* * *
246688 CAAGTTTATTCT-AAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
64 CAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAA
* * * *
246752 AAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGATC
128 AAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * *
246802 -A--ATC----TCAAATCATTAAGATCTTTAT-TTTTGTCATAAAA-AATTGTTTCTGA-TCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA
* * * * * **
246857 GAAGCTTATTTG-ATTAAAAATAATCCTAATTTAATAACATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAT
64 CAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AA-AGAT
* * * * * * ** *
246921 TTAAAAAATAAATGTGTTT-GTCAAACCAATTAAAATAATTAAAACTATTAGAA-
124 TTAAAAAATAAATCTGTTTACT-AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
246974 TATTATCTATTTCAAATCATTTTAACCTTTTG-TGTAGTCAT-AAATATTTGTTTC-ATATCTTA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATA
* * *
247036 CAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT-CTAAATTTATGAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGA
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAT----AAAAGA
* ** * * * * *
247098 TTTGAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATAATTATCACTATTTGAAT
123 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
247154 AATAATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA-CAAAAAATAATTGTTTC-AGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* *** * * * *
247217 AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAAGTAATAAGCAAAAGTTA
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AAGA-TTT
* * * * * * * * * * *
247282 AAAAAAAAAATTTTTTTATTGAACAAATTTAAATAATTACGACTAGTTGAAC
126 AAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
** * * * * *
247334 AATTATCTATTAAAAATCTTTACGACCTTTTATTTT-TCCACAAAACAATTGTTT-GAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAT-CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA
* ** * * * ***
247397 AAAGCTTATTCAAAATAAAATAACATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATTAGTGGGTGATT
64 CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-TA---AAAGATT
* * * * * * *
247462 T-AAAAATGAATCTGTTTACCAAA-TCAATTCAAATAATTATGACCATTTCAAT
125 TAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
247545 TTTAGTCATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAA
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Alignment explanation
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242882 CTATTAATAT
* * ** * *
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* * * * *
242955 CAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAA-TTAATAACA-TTCAAAAA--ATTAATAAGAGATTT
65 CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTT
* * * * * *
243016 GAATAAATAAATCTGTTTACCTAACAAGTTTAAATAATTATGACTACTTGAAC
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* * * * * *
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* ** * ** *
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* * * * ** * * * * *
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** * * * * * *
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* *
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*** * *
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128 TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* * ** * *
243427 AATTATTTATTTTAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* *
243491 AAGCTTATTTTGAATAAAATAATACTAATTTAGTAA-ATTTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATT
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** *** * * *
243555 TAAAAAATAAATCTATTTGTCAAACCAGTTCAAATGGCTAAGACTATATGAAT
129 TAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
* ** * * *
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1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
* * *
243672 AAGCTTATTTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAGAGATTT
66 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTT
* * * *
243737 AGAAAGTAATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTT
130 AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTT
243785 CAAATCATTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATAC
AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATAAGAGATTTA
AAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
Found at i:243803 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 243758--243804 Score: 58
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243748 CTATTTACCA
*
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* *
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*
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1 AACCATTTC
243805 TTTTGTAATA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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AACCATTTCAAATAATTAT
Found at i:243937 original size:164 final size:165
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Indices: 243615--243946 Score: 368
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 165
243605 AATAATTATT
** * * * * *
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1 TATTTCAAATCATTATGACCATTTCTTTTGTAATAAAACAATGATTTCAGCTAATACAAGCTTAT
* * * *
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* *
243745 ATTCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAAC
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* ** * *
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* *
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66 TTAGAA-TAGAATAAA-ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATT-AAAAA
* * * * *
243907 AG-AA-TATGTTTACTAAATAAGTTTAAATAATTATGAC
127 AGTAATTATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAAC
243944 TAT
1 TAT
243947 CTGAATAATT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 25, Indels: 9
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 9 0.07
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Consensus pattern (165 bp):
TATTTCAAATCATTATGACCATTTCTTTTGTAATAAAACAATGATTTCAGCTAATACAAGCTTAT
TTAGAATAGAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAAGTA
ATTATATTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATAAC
Found at i:244444 original size:362 final size:350
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Indices: 243850--244800 Score: 892
Period size: 362 Copynumber: 2.7 Consensus size: 350
243840 TTATTTGAAG
* * * *
243850 TAAAT-AAATACTA-ATTTATTAATATTCCAAGAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-AGAAT
1 TAAATAAAATACTATATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAAAGATTTAAAAAACA-AAT
** * * **
243912 ATGTTTACTAAATAAGTTTAAATAA-TTATGACTATCTGAATAATTATTTATTT-AAAAAATTAT
64 ATGTTTACCGAAT-AGTTTAAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT
* * * ** * *
243975 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA
128 GATCTTTTATTTTGTCAAAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATA
* * * * * ** ** *
244040 TAAATTTATTAGTATTCA-AAATTTTAATAAGCAA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTGAA
192 T-AATTTAATAATATT-ATAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAA
* * * *
244103 CATGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTTTT
254 CAAGTTCAAAAAGTCATAACCATTTGAACT-ATTACCTATTTCAAATTA-TTAT-A-----TTTT
* * *
244166 TTGTCAT-AAACAAATTGTTTTTGTTCACACAAACA-TATTC
311 TTATCATAAAAC-AATTGTTTTTATTCACACAAA-ATTATTA
*
244206 TAAATAAAATACTATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAACAAA
1 TAAATAAAATACTA-TA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AATAAAAGATTTAAAAAACAAA
* * *
244271 TCTGTTTACCGAATGAGTTAAAATAAGTTATGACTATTTTAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
63 TATGTTTACCGAAT-AGTTTAAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * *
244336 TGATCTTTTATTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGGTTATTCGAAATAAAATAAT
127 TGATCTTTTATTTTGTCAAAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTG-AATAAAATAAT
* * ** *
244401 ACTAATTTAGTAATATTATAAAATTAATGAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAT
191 A-TAATTTAATAATATTATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAAC
* **
244466 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTACCTATTTCAAATTATTATATTTTTTATCATAA
255 AAGTTCAAAAAGTCATAACCATTTGAACTATTACCTATTTCAAATTATTATATTTTTTATCATAA
*
244531 AACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATTA
320 AACAATTGTTTTTATTCACACAAAATTATTA
* * ** *
244562 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A-ACAA-ATTT-AAAAACTAAA
1 TAAATAAAATACTA-T-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAAAC-AAA
* * * **
244623 TATGTTTATCGAACTAATTTAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCCCAAATCATTA
63 TATGTTTACCGAA-TAGTTTAAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
* * * * *
244687 TGATC-TTTATTTTATAAAAAAAAATAATTATTTCTTTTCTTACAAGCTTATTTGGATTAAAATA
127 TGATCTTTTATTTTGT--CAAAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTT-GAATAAAATA
* *
244751 ATATTAATTTAATAATATTCTAAAATTTAATAAGTAAGAGGTTTAAAAAA
189 ATA-TAATTTAATAATATTATAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
244801 ATGTGTTTGC
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 81, Indels: 47
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
350 9 0.02
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360 60 0.12
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ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
TAAATAAAATACTATATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAAAAGATTTAAAAAACAAATAT
GTTTACCGAATAGTTTAAATAAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAT
CTTTTATTTTGTCAAAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAATAAAATAATATAAT
TTAATAATATTATAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTGTTTACTAAACAAGTTC
AAAAAGTCATAACCATTTGAACTATTACCTATTTCAAATTATTATATTTTTTATCATAAAACAAT
TGTTTTTATTCACACAAAATTATTA
Found at i:244769 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 243779--245495 Score: 1013
Period size: 179 Copynumber: 9.6 Consensus size: 176
243769 ATAATTATAA
* * ** * * * *
243779 CTATTTCAAATCATTATGACCATTTCTTTTGTAATAAAACAATGCTTTAT-TTAATATAAGGTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
* ** * *
243843 TTTGAAGT-AAATAAATACTAATTTATTAATATTCCAAGAATTAATGAGTA-AGAGAATTAAAAA
64 TTTGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--ACA-AGATTTAAAAA
* * * *
243906 A-AGAATATGTTTA-CTAAA-TAAGTTTAAATAATTATGACTATCTGAATAATTAT
124 ATA-AATATGTTTATC-AAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * ** *
243959 TTATTT-AAAAAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * *
244023 TTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAGTA-TTCAAAATTTTAATAAGCAAAAATTTAAAAA
64 -TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAATAA-C-AAGATTTAAAAA
* * ** * * * *
244085 ATAAATTTGTTTTTTGAAC-ATGTTCAAAAAGTTATAACTATTTGAATAATTAT
124 ATAAATATGTTTATCAAACTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
244138 CTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTTTTTTGTCAT-AAACAAATTGTTTTTGTTCACACAAACA
1 CTATTTCAAATCA-TTATGACC--TTTTTTTATCATAAAAC-AATTATTTCTGTTCATACAAGCT
* * * * ** *
244201 TATTCT-AAATAAAATACTATTAGTTTATTCATATTCCAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAA
62 TATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT--A-ACAAGATTTAAAA
* * * * * * *
244265 AACAAATCTGTTTACCGAA-TGAGTTAAAATAAGTTATGACTATTTTAACAATTAT
123 AATAAATATGTTTATCAAACT-AATTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
244320 TTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCAAAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGGTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGA-CCTTT-TTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * ***
244385 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTAT-AAAATTAATGAGTTGGAGATTTAAAAAAT
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--ACAAGATTTAAAAAAT
* * * * *
244449 AAA-ACTGTTTA-CTAAA-TAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTAC
126 AAATA-TGTTTATC-AAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * **
244500 CTATTTCAAATTATTAT-A---TTTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAAAATTATT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATT
** *
244561 AAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACAA-ATTTAAAAACTAAATA
66 TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACAAGATTTAAAAAATAAATA
* *
244625 TGTTTATCGAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
131 TGTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * *
244671 CTATCCCAAATCATTATGATCTTTATTTTATAAAAAAAAATAATTATTTCTTTTCTTACAAGCTT
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTAT--CATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTT
* * * * * * *
244736 ATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTCTAAAATTTAATAAGTAAGAGGTTT--AAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-CAAGA--TTTAAAAAA
* * * * * * *
244799 -AAATGTGTTT-GCTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACACTTAT
125 TAAATATGTTTATC-AAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
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1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTA-TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * *
244915 TTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGTCATTTAAAAAA
64 TTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-AACAAG--ATTT-AAAAA
* * * * *
244979 ATAAATCTATTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGATT-TTACTATTTGAACAATTGTT
124 ATAAATATGTTTATCAAACTAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT-AT
* ** * * * * * *
245033 CTGACTATTTAAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAT
1 CT-A-T-TTCAAA-TCATTATGACC-TTT-TTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAG
* * *
245098 CTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTTAA
60 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA-C-A-AGATTTAAA
* * * * *
245163 CACTAAA-ATTGTTTATTTTTCAAACTAATT-AAATAGCTATGAATATTTGAACAAATAT
122 AAATAAATA-TGTTTA----TCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
245221 CAATCTT-AAATCATTATGATCTTTATTTTCTCATAAAGCAATTGTTTCTGATCATCCAAGTTTA
1 CTAT-TTCAAATCATTATGACCTTT-TTTTATCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
* * * *
245285 TTTG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAACTAATAA-GAGATTTAAAAAATAA
64 TTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACAAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
245348 ATGTGTTTGTCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTTT
128 ATATGTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * **
245397 CTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTATATAGTCATTTAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTA-TCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
** * *
245462 TTCAAAATAAAATAATAGTAATTTATTAACATTT
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
245496 ATTTATTTCA
Statistics
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TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAACAAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTATCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
Found at i:250185 original size:361 final size:360
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 1.8 Consensus size: 360
249706 TATTAAAAAA
* *
249716 ATATTTATTTTTTAAATATTTATAATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTC
1 ATATTTATTTTTAAAATATTTATAATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTATTC
* *
249781 AAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
66 AAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * **
249846 ATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAA
131 ATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAA
* * * *
249911 TCTCTTACTCATTAATTTT-TGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAT
196 TCTCTTACTCATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTAT
* * *
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324 TTAAATAGTTATGTTTATTTGAAATTGTTTGGTAAGC
* * * *
250076 ATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAATAATAAATTTATATTATTTTAA
1 ATATTTATTTTTAAAAT-ATTTA-TAATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTT-A
* * ** * * * *
250140 TTGAAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAATGTTATAGCAATTT
63 TTCAAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
** * * * *
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128 GAAATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTT
* * *
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193 AAATCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCT
* *
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250371 GGTTATGACG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
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ATATTTATTTTTAAAATATTTATAATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTATTC
AAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAA
TCTCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATA
CGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGTTTTGAAATAGATAATTATTT
AAATAGTTATGTTTATTTGAAATTGTTTGGTAAGC
Found at i:250442 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 249716--250487 Score: 880
Period size: 361 Copynumber: 2.1 Consensus size: 362
249706 TATTAAAAAA
* * *
249716 ATATTTATTTTTTAAAT-ATTTA-TAATTAATTTTTCA-AATATTAATAAAGTTATATTATTTTA
1 ATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTTATATTATTTTA
* *
249778 TTCAAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
65 TTCAAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * **
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130 GAAATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTT
* * * *
249908 AAATCTCTTACTCATTAATTTTTGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCT
195 AAATCTCTTACTCATTAATTTTAGTAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCT
* * * * * *
249973 ATATGCACTGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGTTTTGAAATAGATAATTA
260 ATACGCAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTAAAATAAATAATTA
* * * *** * * ** *
250038 TTTAAATAGTTATGTTTATTTGAAATTGTTTGGTAAGC
325 TTCAAAAAATTATAACTAGTTGAAACTGTCAGGCAAGC
* *
250076 ATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAATAATAAATTTATATTATTTTAA
1 ATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTTATATTATTTT-A
* * ** * * * *
250140 TTGAAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAATGTTATAGCAATTT
65 TTCAAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
** * * * *
250204 GAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTT
130 GAAATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTT
* * *
250269 AAATCTCTTATTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCT
195 AAATCTCTTACTCATTAATTTT-AGTAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCC
* * * *
250333 TGTACG-AATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATGA-CGATTTAAAATAAATAA
259 TATACGCAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTAAAATAAATAA
* *
250396 TTGTTCAAAAAATTATAACTAGTTG-CACTGATCAGGCCAA-C
322 TTATTCAAAAAATTATAACTAGTTGAAACTG-TCAGG-CAAGC
** * *
250437 ATATTTATTTTTTAAATCCGTTACATATTAATTTTTAGAATACTAATAAAT
1 ATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAAT
250488 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 342, Mismatches: 60, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (362 bp):
ATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTTATATTATTTTAT
TCAAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
AAATACATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTA
AATCTCTTACTCATTAATTTTAGTAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTA
TACGCAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTAAAATAAATAATTAT
TCAAAAAATTATAACTAGTTGAAACTGTCAGGCAAGC
Found at i:250452 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 249518--250509 Score: 783
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 179
249508 TTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
249518 ATTTGAAATTG-CTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTTGTCT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAGAATAT
* * * * * * ** *
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64 TAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* *** *
249646 AATAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACT
128 AACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* *** * * *
249697 ATTTGAAC--GTATTAAAAAAATATTTATTTTTTAAATAT-TTA-TAATTAATTTTTCA-AATAT
1 ATTTGAACTTGTCTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT-AGAATAT
* * **
249757 TAATAAAGTTATATTATTTTA-TTCAAAGTAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACA
64 TAATAAA-TTATATTATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* *
249821 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATCATAACT
127 AAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * *
249874 ATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGTAATATT
1 ATTTGAACTTGTCTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATATT
* * * * *
249939 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGCACT-GATACAATTGTTTTATGACAA
65 AATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * ** * * * * ***
250003 AACAAAAAGTCATATCGTTTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGTTT
128 AACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * *
250055 ATTTGAAATTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATAATA
1 ATTTGAACTTGTCTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTA
* * *
250120 ATAAATTTATATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAA
66 ATAAA-TTATATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
250184 ACAGAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATT
129 ACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * ** *
250235 ATTTGAACTTGT-TCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAGAATAT
1 ATTTGAACTTGTCT-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AGAATAT
* * * *
250299 TAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAA
64 TAATAAATTA-TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
250364 AACAAAAGGTTAT-GACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAAAATTATAACT
128 AACAAAAGGTCATAG-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * ** *
250416 AGTTGCAC-TGATCAGGCCAACATATTTATTTTTTAAATC-CGTTACATATTAATTTTTAGAATA
1 ATTTGAACTTG-TCTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTAGAATA
* * *
250479 CTAATAAA-TATGCATTACTTTATTTCTAATA
63 TTAATAAATTAT--ATTATTTTATTTCGAATA
250510 TCAATTTCAA
Statistics
Matches: 651, Mismatches: 132, Indels: 58
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 29 0.04
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177 50 0.08
178 1 0.00
179 33 0.05
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181 307 0.47
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACTTGTCTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTA
ATAAATTATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
Found at i:251114 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 250758--251493 Score: 546
Period size: 181 Copynumber: 4.1 Consensus size: 177
250748 TAATTTTTCA
*** * **
250758 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTA-CGAATAGAAACAATTACTTT
1 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATC-AATAG-AACAATTTTTTT
* * * * * * *
250821 A-CAGCAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTA
63 ATGA-CAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGT-ATAATTATTTG
* * * * * * *
250885 AACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAT
125 AACCTGCTCGATAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-AT
* *
250939 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATCAACT-GATACAATTTTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAA-TAGA-ACAATTTTTTTA
* * * *
251003 TGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGT-TAAGTTTATTTGA
64 TGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTATAA--TTATTTGA
* * * * * *
251067 ACCTGTTTGGTAAGCATATTT-CTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-T
126 ACCTGCTCGATAAACACATTTACTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTAT
* * *
251118 GAATAATAATAAATTTA-TATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-AATATTATT
1 -AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATCAATAGAACAAT-TT-TT
* * * *
251180 TTATGACAAAACAGAATGTTATAGCAATTTGAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
61 TTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAA-TAATTGTTCAAATAGT-ATAATTATTT
* * ** * *
251245 GAACTTGCTCGATAAATACATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAG
124 GAACCTGCTCGATAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAT
* * * * *
251300 AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTA-CGAATAGAAACAATTATTTTG
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATC-AATAG-AACAATTTTTTTA
* * * * *
251364 TGACAAAACAAAATG-CTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGC
64 TGACAAAACAAAATGTC-ATAACGATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGT-ATAATTATTTGA
* * ** * * *
251428 ACCATTCACG-CCAACATATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAG
126 ACC-TGCTCGATAAACACATTTACTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTAT
*
251481 AATACTAATAAAT
1 AATATTAATAAAT
251494 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 79, Indels: 58
0.77 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 12 0.03
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181 278 0.62
182 17 0.04
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATCAATAGAACAATTTTTTTATG
ACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGTATAATTATTTGAACCTG
CTCGATAAACACATTTACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAT
Found at i:251184 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 250747--251409 Score: 632
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
250737 TATTTATCTT
* *
250747 TTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTCTACGAATAGA
1 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTACGAATAGA
* * * *
250809 AACAATTACTTTA-CAGCAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAAT
63 AACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGT
* * * * *
250873 CATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCA
126 -ATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
250928 TTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATC-AACT-GAT
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTA-CGAA-TAGAA
* * * * *
250991 ACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGT-T
64 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-TAGTAT
* * * ** * * *
251055 AAGTTTATTTGAACCTGTTTGGTAAGCATATTTCTTTTTAAAATCTTTTACTTA
128 AA--TTATTTGAACTTGTTCGATAAATACATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTA
* *
251109 TTAATTTTT-GAATAATAATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTCG-AATAAGCTTGTACGAATAGAA
* * *
251171 A-ATATTATTTTATGACAAAACAGAATGTTATAGCAATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGT
64 ACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTC-AATAGT
* * *
251234 CATAATTATTTGAACTTGCTCGATAAATACATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTA
126 -ATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
251289 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAAC
* * * *
251354 AATTATTTTGTGACAAAACAAAATG-CTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
66 AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
251410 ACAATCATAA
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TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAAC
AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTATAAT
TATTTGAACTTGTTCGATAAATACATTTATTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:251370 original size:361 final size:362
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Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 362
250729 AAAAAACATA
*
250739 TTTATCTTTTAATTTTTCAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTACGA
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*
250804 ATAGAAACAATTACTTTACAGCAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCGAA
66 ATAGAAACAATTACTTTACAGCAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 TTTATCTT-TTAATTTTTCAAATAATAATAAATTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTCTAC
* * * * * *
251163 GAATAGAAA-ATATTATTTTA-TGACAAAACAGAATGTTATAGCAATTTGAAATA-AGTAATTGT
64 GAATAGAAACA-ATTACTTTACAG-CAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGT
* * * * * *
251225 TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTCGATAAATACATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTAT
126 TCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAATACATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCAT
* * *
251290 TAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTA-CGAA-TAGAAA
191 TAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATC-AACT-GAAA
* * *
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251410 ACAATCATAA
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TAATCATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAATACATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
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TGAACCTGTTTGGTAAGCATATTTCTTTTTAAAATCT
Found at i:251448 original size:361 final size:361
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Period size: 361 Copynumber: 2.1 Consensus size: 361
250729 AAAAAACATA
*
250739 TTTATCTT-TTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTCTAC
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*
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64 GAATAGAAACAATTACTTTACAGCAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * **
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129 AATAATCATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAATACATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAA
* * * * *
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194 TTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATCAACTGAAACAATT
* * * * ** * *
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259 ATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATTAAG-CTA
** ** * *
251062 TTTGAACCTGTTTGGTAAGCATATTTCTTTTTAAAATCT
323 TTTGAACCTGTACGCCAAGCATATTTATTTTTAAAATCC
* * *
251101 TTTACTTATTAATTTTT-GAATAATAATAAATTTATATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATG
1 TTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTCTACG
* * * * * *
251164 AATAGAAA-ATATTATTTTA-TGACAAAACAGAATGTTATAGCAATTTGAAATA-AGTAATTGTT
65 AATAGAAACA-ATTACTTTACAG-CAAAACAAAACGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTT
* * * * * *
251226 CAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGCTCGATAAATACATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATT
127 CAAATAATCATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAATACATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATT
* * *
251291 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTA-CGAA-TAGAAAC
192 AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATC-AACT-GAAAC
* * *
251354 AATTATTTTGTGACAAAACAAAATG-CTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCAT
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* *
251418 AA-CTATTTGCACCAT-TCACGCCAA-CATATTTATTTTTTAAATCC
317 AAGCTATTTGAACC-TGT-ACGCCAAGCATATTTATTTTTAAAATCC
* *
251462 GTTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAAT
1 TTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAAT
251494 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 329, Mismatches: 50, Indels: 28
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
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TAATCATAACTATTTAAACTTGCTCGATAAATACATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
TTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATATCAACTGAAACAATTAT
TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATTAAGCTATTT
GAACCTGTACGCCAAGCATATTTATTTTTAAAATCC
Found at i:252481 original size:180 final size:180
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Period size: 181 Copynumber: 4.1 Consensus size: 180
251745 TTTATCTTTC
* ** *
251755 AATTTCTCA-AATATTATTAAAGTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTCGTACGAACAGAAAC
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* * * *
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* * *
251882 AACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATT
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* * * * * *
251936 AATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACCGATACAA
1 AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTACGAACAGAAACAA
* * * * * * * ***
252001 TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGTT
65 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAAC
* * * * * *
252066 TATTTGAAA-TTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT
130 TATTT-AAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * ** *
252117 AATTTT-TGAATAATAATAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAAAAA
1 AATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTACGAACAGAAACA
* * * * * * *
252180 ATTATTTTATGACAAAACAGAATGTTATAGCGATCTGAAATAAGTAATTTTTCAAATAGTCATAA
64 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA
* * ** *
252245 TTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATT
129 CTATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *
252297 AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAA
1 AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTACGAACAGAAACAA
* * * * * *
252362 TTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTAT-GACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAAAATTATAA
65 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAG-CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAA
** * *** *
252426 CTA-TTGCAC-TGATCAGGCCAACATATTTATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATT
129 CTATTTAAACTTGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATT
* **
252477 AATTTTTAGAATACAAATAAAT
1 AATTTTCAGAATATTAATAAAT
252499 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 99, Indels: 29
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 12 0.03
180 192 0.43
181 239 0.53
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
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AATTTTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTACGAACAGAAACAAT
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ATTTAAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
Found at i:253469 original size:180 final size:180
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Indices: 252759--253504 Score: 702
Period size: 180 Copynumber: 4.1 Consensus size: 180
252749 TATTTATCTT
** ** *
252759 TTAATTTT-ACAAATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTATTCAAAATAATATTGTACGAACAAAA
1 TTAATTTTCA-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTACGAACAGAA
*
252822 ACAATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
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* * * * *
252886 ACAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCA
127 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
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* * * * *
253004 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
* * * * * * *
253069 GATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTA
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** * * * *
253121 TTAATTTT-TGAATAATAATAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTACGAACAGAAA
* * * * * *
253184 -ATATTATTTTATGACAAAACAGAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCA
64 CA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
* * * ** *
253248 TAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTA
128 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
253301 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTGTTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAAC
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTACGAACAGAAAC
* * ** * * *
253366 AATT-CTTTATGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
* ** ** *
253430 ACTATTTGCAC-TAATCAGGCCAACAAATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTA
130 ACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
* * * *
253481 TTCATTTTTAGAATACTAATAAAT
1 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
253505 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 459, Mismatches: 92, Indels: 29
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 10 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTACGAACAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAA
CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:253503 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 252770--253504 Score: 827
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252760 TAATTTTACA
* * * *
252770 AATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAATATTGTACGAACAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATAATAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGATTGTACGAACAAAAACAATTATTTTAT
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66 AGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCACAACTATTTAAAC
* **
252900 TTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAAAATTAATAAATT
131 TTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAAAATTAATAAATT
* * * * * * * *
252965 AGTATTATTTTATTTTGAATATGCCTATATGAACCGATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
196 AGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * * ** ** *
253030 TCATATCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
261 TCATATCAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTAATCAGGCAAGCA
* * **
253095 TATTTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
326 AATTTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTG
* * * * *
253131 AATAATAATAAATTTATATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-TATTATTTT
1 AATAATAATAAATTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAGATTGTACGAACA-AAAACAATTATTTT
* * * * * * * * *
253194 AT-GACAAAACAGAATGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
64 ATAG-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCACAACTATTTA
* * *
253258 AACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCA-AAATATTAATA
128 AACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAAA-ATTAATA
* * * *
253322 AATTAGAATTATGTTGTTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATT-CTTTATGACAAAACAA
192 AATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAA
* * * * *
253386 AATGTTATAAT-GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCACTAATCAGGC
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*
253450 CAA-CAAATTTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTCATTTTTAG
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*
253492 AATACTAATAAAT
1 AATAATAATAAAT
253505 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 59, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGATTGTACGAACAAAAACAATTATTTTAT
AGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCACAACTATTTAAAC
TTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAAAATTAATAAATT
AGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTATACGAACAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAAG
TCATATCAATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTAATCAGGCAAGCA
AATTTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTG
Found at i:254113 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 253764--254330 Score: 510
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253754 TATTTATCTT
* *** * *
253764 TTAATTTTTTAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAAG-CTCGTACGAACAGAAA
1 TTAA-TTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTTGAATAAGCCT-ATATGAACAG-AA
* * * * *
253828 CAATTGTTTTA-CAGCAAAACAAAAGGTCATA-ACAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATAATC
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* * * * *
253891 ATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCA
127 ATAATTATTTGAACTTGTTCGGT-AATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
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* * *
254009 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATACGATTTGAAATAGATAATTATTCAACTAGTTA
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
254074 TGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTA-TTTTTAAAAATCTTTTACTTA
128 TAATTATTTGAACTTGTTCGGTAA-TAGATTTAGTTTTT--AAATCTCTTACTTA
* * * * * * * *
254128 TTAATTTTCAATTAATAA-AAATTTATATTA-TTTA-ATTGAAAAAAGCTTCTATGAATAGAA-A
1 TTAATTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATATGAACAGAACA
* * *
254189 ATAT-TATTTATGACAAAACAAGAATGTTAT-TAGCGATTTGAAATAGAAATATTGTTCAAATAG
65 AT-TGT-TTTATGACAAAACAA-AAAGTCATATA-CGATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAG
* * *
254252 TCATAATTATTTGACACTTGTTCGATAATAGATTTAGGTTTTAAAATCTCTTATTTA
125 TCATAATTATTTGA-ACTTGTTCGGTAATAGATTTA-GTTTTTAAATCTCTTACTTA
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1 TTAATTTTCA-AATATTAATAAA
254331 TTAGAAATTA
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 49, Indels: 41
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178 4 0.01
179 22 0.07
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Consensus pattern (179 bp):
TTAATTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACAGAACAA
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TTATTTGAACTTGTTCGGTAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:255143 original size:180 final size:176
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254768 TATTTATCTT
* ***
254778 TTAATTTTTCA-AATATGAATAAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTACGAATAGAAA
1 TTAA-TTTTCATAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAATAGAAA
* *** *
254842 CAATTGTTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGTAATTATTCAAATAATCAT
65 CAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTGAAATAGTAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
254906 AACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCA
129 AATTATTTAAACTTGTTTGAT-AAGAGA-T--TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * ** *
254958 TTAATTTTCATAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACCGATA
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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** * * *
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* * *
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** * * * *
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*
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* * *
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* * *
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*** *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * * * *
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* * ** ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
261997 ATGACAAAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTC
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* * ** * *
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* * * * * *
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** * * * * * * *
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** ** * * *
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* *
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* *
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**
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* * * * *
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194 AAATATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAACAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCT
* * * * * *
261794 ATATGAACTGATACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTA
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* * * * * *
261859 TTCAAATAGTTATGATTATTTAAACTTGTTTGGTAAGC
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*
261897 ATATTTATTTTTAAAATCTTTTGCTTATTAATTTTT-GAATAATAATAAATTTATATTATTTTAA
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* * * * ** * * * * *
261961 TT-GAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAATGTTATAGCGATTT
64 TTCAAAATAACCTTGTATAAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
** * * * *
262025 GAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTAGGTTT
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* * * *
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* ** * * *
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* **
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* * * *
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AATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAAGGTTTTAA
ATATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAACAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTAT
ACGAACTGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAAGTCATATCAATTTCAAAAAAATAATTATT
CAAACAATTATAACTATTTAAACTTGTTAGGCAAGC
Found at i:262832 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 262357--263329 Score: 728
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 180
262347 TTGTTTTGTC
* * * * * * * * ** *
262357 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTA-TTA-CACATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTCAGAACAT
* * * * * * * **
262420 TAACAAATTAGTATCA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGGCTTATGACAA
65 TAATAAATTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** * *
262484 AATAAAAGGTCAAAATTATTTTAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACT
129 AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * * * *
262535 ATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTCAAAT-TTTTACTTATTAATTTTGCA-AATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-CAGAACAT
* ** * * * * **
262598 TAATGAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTCACAACAA
65 TAAT-AAATTATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
*
262663 AACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
129 AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * *
262715 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAACATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAACATT
* * * *
262780 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATACGAACT-GATACAATTGTTTTATGACAA
66 AATAAATTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
262844 AACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-AGCTATGATT
129 AACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC-ATAACT
* * * * * * *
262896 ATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTT--GAACAA
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAACAT
* * * * * *
262959 TAATAAATTTATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATATTTTATGACA
65 TAATAAA-TTATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * ** * * *
263024 AAATAGAATGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATT
128 AAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * ** * * * *
263077 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGGTTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTATTTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAACATT
* * * *
263142 AATAAATTAGAATTATGTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
66 AATAAATTA-TATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
263207 ACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAACAATCAAAACT
130 ACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * * * * *
263258 ATTTGCA-TTGATCAGGA-CAACATATTTATTTTTTCATTCTGTTGCTTATTAATTTTTAGAATA
1 ATTTGAACTTGTTC--GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAACA
*
263321 CTAATAAAT
64 TTAATAAAT
263330 ATGCAATACT
Statistics
Matches: 626, Mismatches: 148, Indels: 39
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
177 5 0.01
178 48 0.08
179 65 0.10
180 107 0.17
181 354 0.57
182 47 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAACATT
AATAAATTATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
Found at i:263284 original size:362 final size:357
Alignment explanation
Indices: 262407--263290 Score: 886
Period size: 362 Copynumber: 2.4 Consensus size: 357
262397 TTTATTACAC
* * * * * * * *
262407 ATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATT
1 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATT
** * * * * *
262472 GGCTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAATTATTTTAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTA
66 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA-AATCATAACTA
** ** * *
262536 TTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTCAAATTTTTACTTATTAATTTTGCAAATATTAA
130 TTTGATTG-A-TCAGGAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTGCAAATATTAA
* * * * *
262601 TGAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTCACAACAAAAC
193 TAAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAATATTTCACAACAAAAC
*
262666 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGG
258 AAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGA
**
262731 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTA
323 TAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTA
* * * * * * *
262766 ATTTTCATAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAGCCTATACGAACT-GATACA
1 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAG-ATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACA
* * * * * *
262829 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCTATG
63 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAAATC-ATA
* ** *
262893 ATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTTG-AA
126 ACTATTTG-A-TTGATCAGG-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTGCAA
* * *
262956 CA-A-TAATAAATTTATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATATTTT
186 -ATATTAATAAAGTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAAAATATTTC
** * * * *** * * * *
263018 ATGACAAAATAGAATGTTATAGTGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
248 ACAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAA
* * * *
263083 ACTTGTTCGATAAATAGGTTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTA
313 ACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTA
* *
263128 TTTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAAT
1 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAAT
* * * *
263193 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAACAATCAAAACT
65 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA-AATCATAACT
263258 ATTTGCATTGATCAGGACAACATATTTATTTTT
129 ATTTG-ATTGATCAGGA-AACATATTTATTTTT
263291 TCATTCTGTT
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 88, Indels: 39
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
359 25 0.06
360 55 0.13
361 82 0.20
362 242 0.58
363 12 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAAATCATAACTAT
TTGATTGATCAGGAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTGCAAATATTAATAA
AGTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAAATATTTCACAACAAAACAAA
AGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAA
ATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTA
Found at i:263674 original size:146 final size:145
Alignment explanation
Indices: 263409--263676 Score: 340
Period size: 146 Copynumber: 1.8 Consensus size: 145
263399 CAAAATTATA
* * * *
263409 TTTTAAATTTTTTAATTATTCAATTTTGGAATATTAACAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAG
1 TTTTAAATCTCTTAATTATTCAATTTTAGAATATTAACAAATTAGAATTATTTATTTCAAATAAG
* * * **
263474 CATGTAAGAATAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAATGTCATAATTATTTAAACTTGTTCG
66 CATGTAAGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAACTTGTTCG
263539 ATAAATAGATTTAGG
131 ATAAATAGATTTAGG
* * **
263554 TTTTAAATCTCTTATTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATA
1 TTTTAAATCTCTTAATTATTCAA-TTTTAGAATATTAACAAATTAGAATTAT-TTATTTCAAATA
* * ** * *
263618 AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAA
64 AGCATGTAAGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAA
263677 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 19, Indels: 3
0.82 0.15 0.02
Matches are distributed among these distances:
144 2 0.02
145 42 0.41
146 58 0.57
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (145 bp):
TTTTAAATCTCTTAATTATTCAATTTTAGAATATTAACAAATTAGAATTATTTATTTCAAATAAG
CATGTAAGAATAGAAACAATTGGCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAACTTGTTCG
ATAAATAGATTTAGG
Found at i:263902 original size:447 final size:447
Alignment explanation
Indices: 263063--263974 Score: 1468
Period size: 447 Copynumber: 2.0 Consensus size: 447
263053 GTAATTGTTC
* *
263063 AAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGGTTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTA
1 AAAT-GTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTA
*
263128 TTTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAAT
65 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAAT
*
263193 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAACAATCAAAACT
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAACAATCAAAACT
* * * * * * *
263258 ATTTGCATTGATCAGGACAACATATTTATTTTTTCATTCTGTTGCTTATTAATTTTTAGAATACT
195 ATTTGCACTGATCAGGACAACATATTTAGTTTTTAAATCCGTTACTTACTAATTTTTAGAATACT
*
263323 AATAAATATGCAATACTTTATTTCTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATCTGAACT
260 AATAAATATGCAATACTTTATTTCTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGCCATCTGAACT
*
263388 TGCTCGAAAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCAATTTTGGAATATTAACAAATTA
325 TGCTCGAAAAACAAAATTATATTTTAAAATTTTTAATTATTCAATTTTGGAATATTAACAAATTA
* *
263453 GTATTATTTATTTCAAATAAGCATGTAAGAATAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATA
390 GTATCATTTATTTCAAATAAGCATGTAAGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATA
263511 AAATGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
1 AAATGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
* *
263576 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
66 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAG-ATAAGCTTGTACGAATAGAAACAAT
* * *
263640 TGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACT
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAACAATCAAAACT
*
263705 ATTTGCACTGATCAGGCCAACATATTTAGTTTTTAAATCCGTTACTTACTAATTTTTAGAATACT
195 ATTTGCACTGATCAGGACAACATATTTAGTTTTTAAATCCGTTACTTACTAATTTTTAGAATACT
* * *
263770 AATAAATATGCATTACTTTATTTCTAATATCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGCCATTTGAACT
260 AATAAATATGCAATACTTTATTTCTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGCCATCTGAACT
** * *
263835 TGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAAATTTTTCATTATTCATTTTTGGAATATTAA-ACAATT
325 TGCTCGAAAAACAAAATTATATTTTAAAATTTTTAATTATTCAATTTTGGAATATTAACA-AATT
* * * * * *
263899 AGTATCATTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAACATAAATAATTGGCTTATGACAGACTA
389 AGTATCATTTATTTCAAATAAGCATGTAAGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATA
*
263958 AAAGGTCATAATTATTT
1 AAATGTCATAATTATTT
263975 GAAAAGATAA
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 35, Indels: 5
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
446 2 0.00
447 421 0.99
448 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (447 bp):
AAATGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAA
TTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAGATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAACAATTGTTCAAACAATCAAAACTA
TTTGCACTGATCAGGACAACATATTTAGTTTTTAAATCCGTTACTTACTAATTTTTAGAATACTA
ATAAATATGCAATACTTTATTTCTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGCCATCTGAACTT
GCTCGAAAAACAAAATTATATTTTAAAATTTTTAATTATTCAATTTTGGAATATTAACAAATTAG
TATCATTTATTTCAAATAAGCATGTAAGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATA
Done.