Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168148.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_39, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 321909
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Warning! 2000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 4 of 4
Found at i:264304 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 263957--264781 Score: 663
Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 181
263947 ATGACAGACT
* * * * *
263957 AAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * *
264021 AAAACATATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAAGTTATATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAAGTTATATTA
* * *
264084 TTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAATAAAAC
130 TTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTACAACAAAAC
* * *
264136 AAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * *
264201 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAACATTAATAAA-TGAGTGTTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTA-TATTA
** * * **
264265 TTTTATTTTGAATAAG-TCTATATGAACTGATAA-AATTGTTTCATGACAAAAC
130 TTTTATTTAAAATAAGCT-TGTATGAACTGA-AACAATTGTTTTACAACAAAAC
* * * * * * * *
264317 AAAAAGTCAT-ATCTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTG
1 AAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * * * * * * * *
264381 GTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTACTTTT--TGAATAATAATAAATTTATATT
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAT-AATATTAATAAAGTTATATT
* * * *
264444 ATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATT-TTTTATAACAAAAC
129 ATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTACAACAAAAC
* ** * *** * * * * * * *
264496 AGAATATTATTGCGATTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGCTCGA
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
** ** * * *
264561 TAAATTGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TTAGAATTA
66 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTA-TATTA
* ** * *
264625 TGTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT-CTGACAAAAC
130 TTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAC-AACAAAAC
* * * * * * * *
264677 AACAGGTTATAAGGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGATCAG
1 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTC-G
*** * *
264741 GCCAACATATTTAGTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTT
65 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT
264782 TAGAATGCTA
Statistics
Matches: 508, Mismatches: 118, Indels: 38
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 118 0.23
180 153 0.30
181 235 0.46
182 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTATATTAT
TTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTACAACAAAAC
Found at i:264613 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 264025--264678 Score: 829
Period size: 360 Copynumber: 1.8 Consensus size: 361
264015 ATTCAAAAAA
*
264025 CATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTAT
1 CATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTAT
* * * *
264090 TCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTG
66 TCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
* * * **
264155 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTA
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTAAGGTTTTA
* ** * *
264220 AATCTCTTACTCATTAATTTTCATAACATTAATAAATGAGTGTTATTTTATTTTGAATAAG-TCT
196 AATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAACATTAATAAATGAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCT-T
264284 ATATGAACT-GATAA-AATTG-TTTCATGACAAAACAAAAAGTCATATCTATTTGAAATAGATAA
260 ATATGAA-TAGA-AACAATTGTTTTC-TGACAAAACAAAAAGTCATATCTATTTGAAATAGATAA
264346 TTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAG
322 TTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAG
* * *
264386 CATATTTAT-TTTTAAAATTTTTTACTTATTACTTTTT-GAATAATAATAAATTTATATTATTTT
1 CATATTTATCTTTT-AAA-TTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTT
** * * * * ** *
264449 AATT-AAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATT-TTTTATAACAAAACAGAATATTATTGCGAT
64 -ATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAAT
* * * * * * * *
264512 TTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGCTCGATAAATTGATTTAGGTT
128 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTAAGGTT
* * * *
264577 TTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGC
193 TTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAACATTAATAAATGAGAATTATGTTATTTCGAATAAGC
*
264642 TTCTATGAATAGAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAA
258 TTATATGAATAGAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAA
264679 CAGGTTATAA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 40, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
359 3 0.01
360 156 0.63
361 66 0.27
362 21 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (361 bp):
CATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTAT
TCAAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTAAGGTTTTA
AATCTCTTACTCATTAATTTTCAAAACATTAATAAATGAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTA
TATGAATAGAAACAATTGTTTTCTGACAAAACAAAAAGTCATATCTATTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAG
Found at i:264752 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 263981--264797 Score: 819
Period size: 360 Copynumber: 2.3 Consensus size: 360
263971 ATTTGAAAAG
* * * ***
263981 ATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTAT-TCAAAAAACATATTTATCTTTTAAA-TT
1 ATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAAC-T-TGTCAGGCAACATATTTAT-TTTTAAATTT
* *
264044 TTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
63 TTTACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATG
* * * *
264108 AACAGAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
127 AACAGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * **
264173 ATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
192 ATAATCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAAT
* ** * *
264238 TTTCATAACATTAATAAATGAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGTCTATATGAACTGATAAAATTG
257 TTTCAAAACATTAATAAATGAGAATTATGTTATTTCGAATAAGTCTATATGAACTGATAAAATTG
* * * *
264303 TTTCATGACAAAACAAAAAGTCATATCTATTTGAAATAG
322 TTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAA
* * * * * ** *
264342 ATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTT
1 ATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCAA-CATATTTATTTTT-AAATTTT
*
264407 TTACTTATTACTTTTT-GAATAATAATAAATTTATATTATTTTAATT-AAAATAAGCTTGTATGA
64 TTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTGTATGA
** * * * * ** * * *
264470 ATTGAAAAAATT-TTTTATAACAAAACAGAATATTATTGCGATTTGAAATAGGTTATTGTTCAAA
128 ACAGAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * * *
264534 TAGTTATAATTATTTGAACTGGCTCGATAAATTGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATT
193 TAATCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
* * *
264599 TTCAAAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAG-CTTCTATGAA-TAGA-AACAAT
258 TTCAAAACATTAATAAATGAGAATTATGTTATTTCGAATAAGTC-TATATGAACT-GATAA-AAT
* * * *
264661 TGTTTTC-TGACAAAACAACAGGTTATAAGGATTTAAAATAA
320 TG-TTTCATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAA
* * **
264702 ATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGATCAGGCCAACATATTTAGTTTTTAAATCC
1 ATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTG-TCAGG-CAACATATTTA-TTTTTAAATTT
* **
264766 GTTACTTATTAATTTTTAGAATGCTAATAAAT
63 TTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAAT
264798 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 74, Indels: 28
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 7 0.02
360 230 0.62
361 110 0.30
362 21 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCAACATATTTATTTTTAAATTTTTT
ACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACA
GAAAAAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAA
TCATAACTATTTAAACTGGCTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTC
AAAACATTAATAAATGAGAATTATGTTATTTCGAATAAGTCTATATGAACTGATAAAATTGTTTC
ATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAA
Found at i:266693 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 266507--266849 Score: 393
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
266497 TTTTAATTGA
* * * * * * * *
266507 AATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGA-GAAGCAGAATGTTATAGCGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAAT
* * * * * * * *
266571 AAGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGTTC-GATAAATAGATTTAGGTTTTAAAT
66 AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-CTGATCAGACAAACAGATTTAGGTTTTAAAT
* * *
266635 CTCTTATTTATTAATTTTTAGAAAATTAATAAATTAGAATTATATTGTTTCG
130 CTATTACTTATTAATTTTTAGAAAACTAATAAATTAGAATTATATTGTTTCG
* * * * *
266687 AATAAGCTTGTGCGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAAT
* * * * *
266752 AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGCACTGATCAGGCCAACATATTTAGTTTTTAAATC
66 AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATCAGACAAACAGATTTAGGTTTTAAATC
*
266817 TATTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAAT
131 TATTACTTATTAATTTTTAGAAAACTAATAAAT
266850 ATGCATTACC
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 30, Indels: 3
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
180 34 0.26
181 97 0.74
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATAAGCTTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAAT
AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATCAGACAAACAGATTTAGGTTTTAAATC
TATTACTTATTAATTTTTAGAAAACTAATAAATTAGAATTATATTGTTTCG
Found at i:267377 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 266961--267838 Score: 695
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 179
266951 TTTTTGGAAC
* * * * ** *
266961 ATTAACAAATTAGTATCA-TTTA-TTTCAGATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATCA
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
267024 CAAAATAAAAGGTCATAATTATTTG-AAAAGAAAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGT
65 CAAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT
* ** * * *
267088 ATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAAT
129 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAT
*** * **
267139 ATTAATAAAGTTA-TATTATTTTATTCAAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAA
1 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
*
267203 CAAAACAAAAGGTCATAACATTTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTT
65 CAAAACAAAAGGTCATAACA-TTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT
* * *
267268 GTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCATAT
129 GTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AT
* * * * * *
267319 CTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACCGATATAATTGTTTTATGA
1 -ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * ** * * *
267384 TAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAATTAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGATTATTTGAACT
65 CAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTATTTGAACT
** ** * * * * *
267448 TGTTTGGTACGCATATTTATTTTTAAAAACTTTTACTTATTAATTTTTGAAT
128 TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAT
* * * * *
267500 AATAATAAATGTA-TATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATG
1 ATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * *
267563 ACAAAACAGAATGTTACAGCGATTTGAAATAAG-TTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
64 ACAAAACAAAAGGTCATAAC-ATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* ** * ** *
267627 TTGTTC-GATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTCTTAGAAC
127 TTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTCAAT
* * * * * * *
267681 ATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAC
1 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
267746 AAAACAAAATGTTATAATGATTT-AAAATAAATAATTATTCAAACAATCATAACTATTTGCAC-T
66 AAAACAAAAGGTCATAA-CATTTGAAAA-AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT
* * *
267809 GATCAGGCT-AACATATTTAGTTTTTAAATC
129 GTTCA-G-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC
267839 CACTAATTTT
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 121, Indels: 47
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 13 0.02
179 64 0.12
180 205 0.37
181 260 0.47
182 12 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGT
TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAT
Found at i:267642 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 267098--267788 Score: 851
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
267088 ATTCAAAAAA
* *
267098 CATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTAT
1 CATATTTATCTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTAT
* * *
267163 TCAAAACAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACATTTTG
66 TCAAAACAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCACAACATTTTG
**
267228 AAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTA
131 AAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAAGGTTTTA
* * * * * *
267293 AATCTCTTACTCATTAATT-TTCATATCTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCT
196 AATCTCTTACTCATTAATTCTT-AGAACATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCT
* * * * * * * *
267357 ATATGAACCGATATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAATTAGATAATT
260 ATACGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-GATTTAAAATAAATAATT
267421 ATTCAAATAGATATGATTATTTGAACTTGTTTGGTACG
324 ATTCAAATAGATATGATTATTTGAACTTGTTTGGTACG
*
267459 CATATTTAT-TTTTAAAAACTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAATAATAAA-TGTATATTATTT
1 CATATTTATCTTTT--AAACTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGT-TATATTATTT
* * * ** * * * *
267521 TAATT-GAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAATGTTACAGCGA
63 T-ATTCAAAACAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCACAAC-A
* * * * *
267585 -TTTGAAATAAG-TTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTA
126 TTTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-TAAATAGATTAA
* *
267647 GGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTCTTAGAACATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAAT
189 GGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTCTTAGAACATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAAT
* * * * *
267712 AAGCCTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAATGTTATAATGATTTAAAATAAA
254 AAGCCTATACGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAA
267777 TAATTATTCAAA
319 TAATTATTCAAA
267789 CAATCATAAC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 43, Indels: 18
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 6 0.02
361 240 0.86
362 32 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
CATATTTATCTTTTAAACTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTAT
TCAAAACAAGCTTGTATGAACAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCACAACATTTTG
AAAAAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAAGGTTTTA
AATCTCTTACTCATTAATTCTTAGAACATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCCTA
TACGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTAT
TCAAATAGATATGATTATTTGAACTTGTTTGGTACG
Found at i:268399 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 268011--268892 Score: 754
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
268001 TTTACTTCAG
* * ** * **
268011 ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-A
1 ATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
268075 GAAAATTTTTTAAATAATCTTAACTATTTGAACGTATTC--AAAAAACGTATTTATCTTTTAAAT
65 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATA-G-ATTTATTTTTTAAAT
*
268138 -TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAA
128 CTCTTACTTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAA
* *
268190 ATAAGCGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-GAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * *
268254 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATC
64 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * *
268319 TCTTACTGATTAATTTTCATAACT-TTAATAAA-TTAGTGTTATTTTATTTTG-A
129 TCTTACTTATTAATTTTCATAA-TATTAATAAAGTTA-TATTATTTTA-TTCGAA
* * * * * *
268371 CTAAGCCTATATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * **
268436 GATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAATTATATTTATTTTAAAAATCT
65 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
268501 TTTACTTATTAATTTT--TGAATAATAATAAATTTATATTATTTTAATT-GAA
130 CTTACTTATTAATTTTCAT-AATATTAATAAAGTTATATTATTTT-ATTCGAA
* * * * * *
268551 ATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAAGGTTATAGCGGTTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * **
268616 GGTTATTGTTCCAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCT
65 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
268681 CTTATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TCAGAATTATGTTATGTC-CA
130 CTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTAT-TCGAA
* * *
268732 ATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGG-CTATAACGATTTAAAAT
1 ATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAAT
* * * * ** * * *
268796 AAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGATCAGGCCAACATATTTAATTTTTAAAT
64 AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT
* * * *
268860 C-CGTTACTTATTACTTTTTAGAATACTAATAAA
128 CTC-TTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAA
268893 TATGCATTAC
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 110, Indels: 50
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 55 0.10
180 203 0.36
181 298 0.53
182 10 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
ATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
TTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAA
Found at i:268613 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 268134--268810 Score: 862
Period size: 361 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
268124 TTTATCTTTT
*
268134 AAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCGTG
1 AAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCGTG
* *
268199 TATGAATAGAAACAATTGTTTTAGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
66 TATGAATAGAAAAAATTATTTTAGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
* * **
268264 TCAAATAATCATAACTATTTAAATTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTGAT
131 TCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTGAT
* * ** * * ** * *
268329 TAATTTTCATAACT-TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGACTAAGCCTATATGAACT-GAAA
196 TAATTTTCAGAA-TATTAATAAATCAGAATTATGTTATGTCCAATAAGCCTATACGAA-TAGAAA
* * * * *
268392 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
259 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCT-ATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTA
268456 TGATTATTTGAACTTGTTTGGTAATTATATTTATTTTAA
323 TGATTATTTGAACTTGTTTGGTAATTATATTTATTTTAA
* * *
268495 AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAATAATAAATTTATATTATTTTAATT-GAAATAAGCT
1 AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCG
* * * * ** * *
268558 TGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATG-ACAAAACAGAAGGTTATAGCGGTTTGAAATAGGTTAT
64 TGTATGAATAGAAAAAATTATTTTA-GAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * * * *
268622 TGTTCCAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATT
128 TGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACT
* * *
268687 TATTAATTTTCAGAATATTAATAAATCAGAATTATGTTATGTCCAATAAGCTTGTACGAATAGAA
193 GATTAATTTTCAGAATATTAATAAATCAGAATTATGTTATGTCCAATAAGCCTATACGAATAGAA
* *
268752 ACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGCTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
258 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAA
268811 CAATCATAAC
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 44, Indels: 12
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
360 2 0.01
361 241 0.91
362 23 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
AAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCGTG
TATGAATAGAAAAAATTATTTTAGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTGAT
TAATTTTCAGAATATTAATAAATCAGAATTATGTTATGTCCAATAAGCCTATACGAATAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCTATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATGA
TTATTTGAACTTGTTTGGTAATTATATTTATTTTAA
Found at i:268849 original size:361 final size:362
Alignment explanation
Indices: 268130--268893 Score: 841
Period size: 361 Copynumber: 2.1 Consensus size: 362
268120 CGTATTTATC
* *
268130 TTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAAAT
1 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAAT
* *
268192 AAGCGTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
65 AAGCGTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTAGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * **
268257 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAATTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCT
130 TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCT
* * ** * * ** * *
268322 TACTGATTAATTTTCATAACTTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGACTAAGCCTATATGAAC
195 TACTGATTAATTTTCAGAACTTTAATAAATCAGAATTATGTTATGTCCAATAAGCCTATACGAAC
* * * * *
268387 TGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
260 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAACA
* * * * ** * *
268452 GTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAATTATATTT-A
325 ATCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCAATCATATTTAA
268489 TTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAATAATAAATTTATATTATTTTAATT-GAAA
1 TTTT-AAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTTATATTATTTT-ATTCGAAA
* * * * * **
268552 TAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATG-ACAAAACAGAAGGTTATAGCGGTTTGAAATA
64 TAAGCGTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTA-GAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * *
268616 GGTTATTGTTCCAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCT
128 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCT
* * * *
268681 CTTATTTATTAATTTTCAGAA-TATTAATAAATCAGAATTATGTTATGTCCAATAAGCTTGTACG
193 CTTACTGATTAATTTTCAGAACT-TTAATAAATCAGAATTATGTTATGTCCAATAAGCCTATACG
* * *
268745 AA-TAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAAC-AAAAGGCTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTC
257 AACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTC-ATAACGATTTAAAATAAATAATTATTC
*
268808 AAACAATCATAACTATTTGCAC-TGATCAGGCCAA-CATATTTAA
320 AAACAATCATAACTATTTGAACTTG-TCAGG-CAATCATATTTAA
* ** * *
268851 TTTTTAAATCCGTTACTTATTACTTTTTAGAATACTAATAAAT
1 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAAT
268894 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 58, Indels: 23
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 4 0.01
360 10 0.03
361 278 0.83
362 42 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (362 bp):
TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATA
AGCGTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTAGAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTT
ACTGATTAATTTTCAGAACTTTAATAAATCAGAATTATGTTATGTCCAATAAGCCTATACGAACT
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTATTCAAACAA
TCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCAATCATATTTAA
Found at i:269354 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 268944--269937 Score: 810
Period size: 181 Copynumber: 5.5 Consensus size: 180
268934 TGTTTTGTCG
* * * * * * * * ** *
268944 TTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATTTTA
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTA
* * ** **
269009 ACAAATTAGTATCA-TTTATTTC-AGATAAGCTTGTATGAACAGAAATGATTGGCTTATGACAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
269072 ATAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTA
130 ACAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
*** * * * * * *
269123 TTTGAACGCATTCAGAAAACATATTTATCTTTTAAGT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATT
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATT
* * **
269186 AACAAAGCTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACA
65 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
*
269249 AAACAAAAGGGCATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
128 AAACAAAAGGTCATAAG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
* * * * * *
269303 TTT-AACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTCCATAACATTA
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTA
* * * * *** *
269367 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATTGAATTGTTTTATGATAAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
269432 CAAAAAGTAATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTA
131 CAAAAGGTCATA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
* * * * * *
269483 TTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTT--GAATAAT
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAGAATATT
* * * * * *
269546 AATAAATTTA-TATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATATTTTATGACA
65 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * * *
269610 AAACAGAAGGTTATAGCGATTTGAAAAAGGTTATTATGCAAATAGTCATAATTA
128 AAACAAAAGGTCATA-AGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
* * ** * *
269664 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTTTTAATTTTCAGAATATTA
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTA
* * * * * *
269729 ATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAG
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
269794 CAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTA
131 CAAAAGGTCATAA-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
* * ** * * * *
269845 TTTGCAC-TGATCAGGCCAACATATTTAGTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATAC
1 TTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTCAGAATAT
* * *
269908 TAATAAA-TATGCATTACTTTATTTCTAATA
64 TAATAAATTA-GTATTATTTTATTTCGAATA
269938 TGTATTTCAA
Statistics
Matches: 645, Mismatches: 147, Indels: 44
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 29 0.04
179 120 0.19
180 184 0.29
181 268 0.42
182 44 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAAGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTA
Found at i:269870 original size:362 final size:358
Alignment explanation
Indices: 269001--269915 Score: 914
Period size: 362 Copynumber: 2.5 Consensus size: 358
268991 TTCATTTTTG
* * * * ** **
269001 GAATTTTAACAAATTAGTATCATTTATTTC-AGATAAGCTTGTATGAACAGAAATGATTGGCTTA
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * ** *
269065 TGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * * *
269129 C-GCATTCAGAAAACATATTTATCTTTTAAGT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAACAA
130 CTG-A-TCAGGAAACATATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAA
* * * *
269191 AGCTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAA
191 ATCTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAATATTTTACAACAAAACAAA
* * * *
269256 AGGGCATAAGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAACTTGTTCGGTAAA
256 AGGGCATAAGAATTTGAAAAAGATAATTATGCAAATAATCATAACTATTTAACTTGTTCGATAAA
**
269321 TAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTCCA
321 TAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTCCA
* * * * * ***
269359 TAACATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATTGAATTGTTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
269423 ATGATAAAACAAAAAGTAATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
** * *
269488 ACTTG-TTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-GAATAATAATAA
129 AC-TGATCAGG-AAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAA
* * **
269551 ATTTATATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAATATTTTATGACAAAACA
191 ATCTATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAG-AAAAAAATATTTTACAACAAAACA
* ** * * * * *
269615 GAAGGTTAT-AGCGATTTGAAAAAGGTTATTATGCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGA
254 AAAGGGCATAAG-AATTTGAAAAAGATAATTATGCAAATAATCATAACTATTT-AACTTGTTCGA
* * ** *
269679 TAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTTTTAATTTTCA
317 TAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTCCA
* * *
269721 GAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTG
1 GAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
269786 TGACAAAGCAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCA
65 TGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* ** *
269851 CTGATCAGGCCAACATATTTAGTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAAT
130 CTGATCAGG-AAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAAT
269916 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 441, Mismatches: 97, Indels: 33
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 17 0.04
359 59 0.13
360 85 0.19
361 82 0.19
362 180 0.41
363 18 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (358 bp):
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
TGATCAGGAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATAATAATAAATCTA
TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAAATATTTTACAACAAAACAAAAGGGC
ATAAGAATTTGAAAAAGATAATTATGCAAATAATCATAACTATTTAACTTGTTCGATAAATAGAT
TAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTCCA
Found at i:270281 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 269965--270954 Score: 679
Period size: 179 Copynumber: 5.5 Consensus size: 181
269955 TTGTTTTGTC
* * * * * **
269965 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAAAT-TTTTAATTATTCATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAT
* * * * * **
270029 TAACAAATTAGTATCA-TTTATTTC-AGATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACA
*
270092 AAATAAAAGGTCATAATTGTTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACT
130 AAA-AAAAGGTCATAATTGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * ** *
270144 ATTTGAACGTATTCGAAAAACATATTTCTCTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAT
* **
270207 TAATAAAGTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTACAAC
65 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGAC
* *
270270 AAAACAAAAGGTCACAACAT-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
129 AAAA-AAAAGGTCATAA-TTGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * *
270324 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCATAACT-
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AA-TA
* * * * *
270387 TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATATGAAC-TGATATAATTGTTTTATGA
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGA
* * * *
270450 CAAAAAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGACT
128 CAAAAAAAAGGTCATAATTG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACT
* ** * * *
270504 ATTTGAACTTGTTTGGTACGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTTTTAATTTTT-GAATAAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATT
* * * * *
270568 AATAAATGTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAAAAATTATTTT-GGAC
66 AATAAAT-TAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTTTATGAC
* * * *** * * * * *
270629 AAAACAGAATGTTAT-CGGGATTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTCAGAATT
129 AAAA-AAAAGGTCATAATTG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * * * *
270683 ATTTAAACTTATTCGATAAAGAGATTTAGGTTTT-AAATCTCTTATTTTTTAA-TTTTCAGAATA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AATA
* * * * * * * *
270746 TTAATCAATTAGAATTATGTTATTTCG-AATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAG
64 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT--G
* * * * * *
270810 ACAAAACAGAAGGTTATAA-CGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACT
127 ACAAAA-AAAAGGTCATAATTG-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * ** * * *
270866 ATTTGCAC-TGATCAAGCCAACATATTTAGTTTTT-AAATCTGTTACCTATTAAATTTT-AGAAT
1 ATTTGAACTTGTTC-GGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AAT
* * *
270928 ACTAATAAA-TATGCATTACTTTATTTC
63 ATTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTC
270955 TAATATCTAT
Statistics
Matches: 636, Mismatches: 140, Indels: 66
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 52 0.08
179 208 0.33
180 191 0.30
181 70 0.11
182 9 0.01
183 102 0.16
184 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAA
AAAAAAGGTCATAATTGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
Found at i:270360 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 269981--270869 Score: 684
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 181
269971 ACTTGCTCGG
* * * * * ** * *
269981 TAAACAAAATTATATTTTAAAAT-TTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCA
1 TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * *
270045 -TTTATTTC-AGATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * *
270108 TTGTTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCGA
130 -CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCGA
* * * *
270160 AAAACATATTTCTCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTA-TATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTA
** *
270223 TTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCACAA
65 TTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
270287 CATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGG
130 CA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCGA
* * * * *
270340 TAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCATAACT-TTAATAAATTAGTGTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AA-TATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
270403 ATTTTATTTTG-AATAAGCCTATATGAAC-TGATATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCAT
64 ATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * *
270465 ATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTTGG
128 AAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTATTTAAACTTATTCGA
** * * * * *
270520 TACGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTTTTAATTTTT-GAATAATAATAAATGTA-TATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAT-TAGTATTA
* * * * * * *
270583 TTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAAAAATTATTTT-GGACAAAACAGAATGTTATC
65 TTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCAT-
*** * * * * *
270645 GGGATTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTCAGAATTATTTAAACTTATTCGA
128 AACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCGA
* ** * * * * *
270699 TAAAGAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTTTTAA-TTTTCAGAATATTAATCAATTAGAATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
270763 TGTTATTTCG-AATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAGACAAAACAGAAGGTTAT
65 TTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTT-AG-GACAAAACAAAAGGTCAT
* * *
270827 AACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTT
128 AAC-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
270870 GCACTGATCA
Statistics
Matches: 560, Mismatches: 120, Indels: 56
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 55 0.10
179 189 0.34
180 192 0.34
181 71 0.13
182 5 0.01
183 48 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAAC
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTATTCGA
Found at i:270802 original size:359 final size:360
Alignment explanation
Indices: 270023--270870 Score: 871
Period size: 359 Copynumber: 2.4 Consensus size: 360
270013 TTCATTTTTG
* * * **
270023 GAATATTAA-CAAATTAGTATCATTTATTTC-AGATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTT
1 GAATATTAATC-AATTAGTATTATTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTT
* * *
270086 ATGACAAAATAAAAGGTCATAATTG-TTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTG
64 ATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
* *
270149 AACGTATTCGAAAAACATATTTCTCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA
128 AACGTATTCGAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAA
* *
270214 GTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAA
193 GTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAA
* * *
270279 GGTCACAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAA
258 GGTCACAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAGAACTATTTAAACTTATTCGATAAA
* **
270344 TAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
323 GAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
* * * * * * *
270382 TAACT-TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGTTT
1 GAA-TATTAATCAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTT
* * *
270445 TATGACAAAA-AAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGAT-ATGACTATTT
63 TATGACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTATTT
* * * ** ** * *
270508 GAACTTGTTTGGTACGCATATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTTTTAATTTTT-GAATAATAAT
127 GAACGTATTCGAAAAACATATTTATCTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAAT
* **
270571 AAA-TGTATATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAA-TTGAAAAAATTATTTT-GGACAAA
190 AAAGT-TATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAAAAATTATTTTACAACAAA
* * * *** * * * *
270632 ACAGAATGTTATCGGGA-TTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTCAGAATTATTTAAACTTATT
252 ACAAAAGGTCA-CAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAGAACTATTTAAACTTATT
* * **
270696 CGATAAAGAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTTTTAATTTTCA
316 CGATAAAGAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
* * * *
270741 GAATATTAATCAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTG
1 GAATATTAATCAATTAGTATTAT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTA
* * * * * *
270806 TGAGACAAAACAGAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTG
65 T--GACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
270871 CACTGATCAA
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 73, Indels: 39
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
358 6 0.02
359 177 0.45
360 138 0.35
361 32 0.08
362 42 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (360 bp):
GAATATTAATCAATTAGTATTATTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
GTATTCGAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTT
ATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGT
CACAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAGAACTATTTAAACTTATTCGATAAAGAG
ATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
Found at i:271305 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 271012--271350 Score: 427
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
271002 GTAAACAAAA
* *
271012 TTATATTTTAAAATTTTTAATTATTCATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAG
1 TTATATTTTAAAATTTTTAATTATTAATTTTTCAAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAG
* * * ** **
271077 ATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-
66 ATAAGCTTGTACGAACAGAAACAATTGGCTTACAACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* *
271141 AGAAAATTTTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACTTAT
131 AGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACTTAT
* * * *
271192 TTATCTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTA-TATTATTT-TATTC
1 TTATATTTTAAAATTTTTAATTATTAATTTTTCAAATATTAACAAA-TTAGTATCATTTAT-TTC
* * ** *
271254 GGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGA
64 AG-ATAAGCTTGTACGAACAGAAACAATTGGCTTACAACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGA
*
271318 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
128 AATAGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
271351 AAACTTGTTC
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 21, Indels: 8
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.01
179 63 0.47
180 70 0.52
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTATATTTTAAAATTTTTAATTATTAATTTTTCAAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAG
ATAAGCTTGTACGAACAGAAACAATTGGCTTACAACAAAATAAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGAAAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACTTAT
Found at i:271344 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 271012--271893 Score: 716
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 181
271002 GTAAACAAAA
* * * * * *
271012 TTATATTTTAAAAT-TTTTAATTATTCATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATCA-TTTATTTC
1 TTATGTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * * ** * **
271075 AG-ATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATTATTTGA
64 GGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * *
271139 AA-AGAAAATTTTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACT-TAT
128 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGAT
*
271192 TTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTATTCG
1 TTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCG
* **
271255 GAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
65 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* *
271320 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAT
130 TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT
* * * * *
271372 TAATGTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTCATAACT-TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTT
1 TTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * *
271435 TGAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATGGTTTTATGACAAATCAAAAAGTCATATCGATTTGA
64 GGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * *** *
271499 AATAGATCATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTACGCATAT
128 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT
* * *
271553 TTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-TAATAATAATAAATTTA-TGTTATTTTAATT
1 TTATGTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTT-ATT
* * * * * ** * * *
271615 -GAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAATTTTACAGCAATTTGA
63 CGGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * *
271679 AATAGGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT
128 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT
* * * * *
271733 TT-TGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTT
1 TTAT-GTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* ** ** ** * ** *
271796 TGAATAAGCTTGTGCGAATAGAAACAATTGTTTGGTGACAAAATGAAAGGTTATAATGATTTAAA
64 GGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* *
271861 ATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTG
129 ATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
271894 TACTGATCAG
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 123, Indels: 43
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 68 0.12
180 241 0.43
181 242 0.43
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TTATGTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGG
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGAT
Found at i:271915 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 271189--271959 Score: 824
Period size: 361 Copynumber: 2.1 Consensus size: 360
271179 TCAAAAAACT
* *
271189 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATT
1 TATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATAATAATAAATTTATATTATTTTATT
* * * *
271253 CGGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
64 CGAAATAAGCTTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGA
*
271318 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATGTTTTAA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAATGTTTTAA
* ** *
271383 ATCTCTTACTGATTAATTTTCATAACTTTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCCTAT
194 ATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAACTTTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCCTAT
* * * * * * *
271448 ATGAACTGATATAATGGTTTTATGACAAATCAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATCATTATT
259 ACGAACTGAAACAATGGTTTGATGACAAATCAAAAAGTCATATCGATTTAAAATAAATAATTATT
* * * * * ** * *
271513 CAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTACGCA
324 CAAACAATCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCACACA
* *
271550 TATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAATAATAATAAATTTATGTTATTTTAATT
1 TATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATAATAATAAATTTATATTATTTT-ATT
* * ** * ** * *
271615 -GAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAATTTTACAGCAATTTGA
64 CGAAATAAGCTTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGA
* * * * * *
271679 AATAGGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATT-TTGGTTTTA
129 AATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAT-GTTTTA
* * *
271743 AATCTCTTATTTATTAATTTTCAGAA-TATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTT
193 AATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAACT-TTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCCT
* * * * * * *
271807 GTGCGAA-TAGAAACAATTGTTTGGTGACAAAAT-GAAAGGTTATAAT-GATTTAAAATAAATAA
257 ATACGAACT-GAAACAATGGTTTGATGAC-AAATCAAAAAGTCAT-ATCGATTTAAAATAAATAA
* *
271869 TTGTTCAAACAATCATAACTATTTGTAC-TGATCAGGC-CAACA
319 TTATTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTG-TCAGGCAC-ACA
** *
271911 TATTTAGTTTTTAAATCCGTTACTTATTAA-TTTTAGAATACTAATAAAT
1 TATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AATAATAATAAAT
271960 ATGCATTACT
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 60, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 14 0.04
361 292 0.86
362 32 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
TATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTCG
AAATAAGCTTGTACGAATAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAATGTTTTAAAT
CTCTTACTGATTAATTTTCAGAACTTTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCCTATAC
GAACTGAAACAATGGTTTGATGACAAATCAAAAAGTCATATCGATTTAAAATAAATAATTATTCA
AACAATCATAACTATTTGAACTTGTCAGGCACACA
Found at i:272673 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 272009--272895 Score: 685
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 176
271999 TTGTTTTGTC
* * * * * * *
272009 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAAATTTTCAATTATTCATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-ATATT-TATTTTTAAATTTTTACTTATT-AATTTT-GAATAAT
* * * * **
272074 AACAAATTAGTA-TAATTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGCTTATGACAAA
62 AATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* ** * * * *
272138 ATAAAAGGTCATAATTATTTG-AA-AAA-AATTGTTTAAATAATCATAACT
126 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATT
* * *** * * *
272186 ATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTAACTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAATTATTA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTT-ATTTTTAAATTTTTACTTATTAA-TTTTGAA-TAATA
**
272251 ATAAAGTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTACAACAAA
63 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* * *
272315 ACAAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACT
126 ACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATT
* * * * * * *
272366 ATTTAAACTTGTTCAGTAAATAAATTAATTTTTTAAATTTCTTACTGATTAATTTT-CATAACTT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTGAATAA---
* * ** * * * *
272430 TAATAGATCAGGGTTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGACAA
61 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
272495 GACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATGATT
125 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATT
* * *
272547 ATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACATATTAATTTTGAATAATAA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTGAATAATAA
* ** * * *
272612 TAAATTTA-TATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAGA
64 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* * * ** *
272676 CAGAATG-CTATAGCGATTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTTATAATT
127 CAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATT
* * * * * * *
272726 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT--GAATAAT
* * ** * * **
272791 AATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTGCGAATAGAAACAATTGTTTGGTGACAAA
62 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAA
* *
272856 ACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
126 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
272896 CAATCGTAAC
Statistics
Matches: 566, Mismatches: 114, Indels: 56
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 37 0.07
177 78 0.14
178 9 0.02
179 136 0.24
180 70 0.12
181 220 0.39
182 12 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTGAATAATAATA
AATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
AGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATT
Found at i:273697 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 273417--273766 Score: 429
Period size: 180 Copynumber: 1.9 Consensus size: 180
273407 GGTAAATAGA
* * *
273417 TTATTTTTAAAATCTCTTACTGATTAATTTTCCATAACTTTAACAAATTACTGTTATTTTATTTT
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAATAA--TTAACAAATTACTATTATTTTATATT
* * *
273482 GAATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGACAAAACACAAAGTCATA-TCGATTTGAA
64 GAATAAGCCTATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACACAAAGTCATAGT-GATTTGAA
* *
273546 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGCAAGCATAT
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGCAAGCATAT
* * * *
273599 TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATAA-TAATAAATTTA-TATTATTTTA-ATT
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTCAATAATTAACAAA-TTACTATTATTTTATATT
* * * * * *
273661 GAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAATAGAATGTTATAGTGATTTGAA
64 G-AATAAGCCTATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACACAAAGTCATAGTGATTTGAA
* * *
273726 ATAGGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTT
128 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTT
273767 CGATAAATTA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 21, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.02
180 103 0.72
181 4 0.03
182 25 0.17
183 8 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTTTAAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAATAATTAACAAATTACTATTATTTTATATTGA
ATAAGCCTATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACAAAACACAAAGTCATAGTGATTTGAAATA
GATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTGGCAAGCATAT
Found at i:273921 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 273085--273940 Score: 589
Period size: 182 Copynumber: 4.7 Consensus size: 179
273075 TTCATTTTTG
* * * * * * **
273085 GAATATTAACAAATTAGTATCA-TTTA-TTTAAGATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTT
1 GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTT
* * ** * *
273148 ATGACAAAATA-AAAGGTCATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAAATATTTG
64 ATGACAAAACACAAA-GTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
* * ** * * * *
273211 AACGTATTCAAAAACATATTTCTCTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTCA
128 AACTTGTTCGTAAATAGATTTAT-TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * * *
273263 -AATATTAAATAAAGTT-TATTGTTTTATAATTGACAAATAAGGATTGATATGAA-AGAAACAAT
1 GAATATT-AATAAA-TTATATTATTTTAT-TTTG---AATAA-GCTTG-TATGAACTGAAAAAAT
* * * *
273325 TGTTTTCCA-AACACAACA-AAAGGTCATAAAC-ATTTTGAAAAAGATTAATTGTTCAAAATAAT
58 TGTTTT--ATGACAAAACACAAA-GTTAT-AACGA-TTTGAAATAGA-TAATTGTTC-AAATAAT
* *
273387 CATAACTA-TTAAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTATTTTTAAAATCTCTTACTGATTAATTTTCC
116 CATAACTATTTGAACTTGTTC-GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTT-C
273450 A
179 A
* * * * * * *
273451 TAACT-TTAACAAATTACTGTTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTT
1 GAA-TATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTT
* * * * * * *
273515 ATGACAAAACACAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGA
64 ATGACAAAACACAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
* * ** * * *
273580 ACTTGTTTGGCAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-T
129 ACTTG-TTCGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * *
273631 GAATAATAATAAATTTATATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTATTTT
1 GAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTT
* * * ** * * * *
273695 ATGACAAAATAGAATGTTATAGTGATTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
64 ATGACAAAACACAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
* *
273760 ACTTGTTCGATAAATTAGATTTAGGTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTCA
129 ACTTGTTCG-TAAA-TAGATTTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
* * * * *
273813 GAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTTGAATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAACTGTTTT
1 GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATTGTTTT
* * * * *
273877 GTGACAAAACA-AACGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTG
64 ATGACAAAACACAA-AGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
273941 CACTGATCAG
Statistics
Matches: 532, Mismatches: 104, Indels: 80
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
177 9 0.02
178 9 0.02
179 9 0.02
180 118 0.22
181 56 0.11
182 147 0.28
183 38 0.07
184 39 0.07
185 15 0.03
186 12 0.02
187 37 0.07
188 29 0.05
189 13 0.02
190 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
GAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTGTTTTAT
GACAAAACACAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
TTGTTCGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTCA
Found at i:274994 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 274176--274995 Score: 814
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 359
274166 AATGATTGGC
* * * *
274176 TTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTG
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
* **
274241 AACGCATTCAAAAAACATATTTATCTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAACATTAATAA
66 AATG-A-TCAGGAAACATATTTAT-TTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAACATTAATAA
* * * * *
274305 AGTTATCTTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAGACAATTGTTTTACAACAAAATAAA
128 AGTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAA
*
274370 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAA
193 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAA
** * * * ** *
274435 ATAGATTAATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAATATTAATATATTAGTTTTATTT
258 ATAGATTAATGGTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATAT
* **
274500 TATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATGCAATTGTT
323 TATTTCGAATAAGCCTATATGAACTGAAACAATTGTT
* * * * * * * *
274537 TTATGAGAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAAGATATAATTATTCAAATAGTTATGATTATT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
** * * * *
274601 TGAACCTG-TTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTTCTTTTTAATTTTTTAATA-A-TA
64 TGAA--TGATCAGG-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAA-ACATTA
** * *
274663 ATAATTTTATATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGAA-AA
124 ATAAAGTTATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTA-CAACAA
** * * * * * * * * * *
274726 GGTAGAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCGTAATTATTTGAACTTGTT
187 AATAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTT
* * ** *
274791 CGATAAATAGATTTA-GGTTTTAAATATTTTTTTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAA
252 CGATAAATAGATTAATGGTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAA
* * *
274855 TTATATTATTTCGAATAAGCTTATGTGAA-TAGAAACAATTTTT
317 TTATATTATTTCGAATAAGCCTATATGAACT-GAAACAATTGTT
* * *
274898 TTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
1 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
*
274963 -ACATTGATCAGGCCAACATATTTAGTTTTTAAA
65 GA-A-TGATCAGG-AAACATATTTA-TTTTTAAA
274996 TCCGTTACTT
Statistics
Matches: 365, Mismatches: 79, Indels: 29
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 6 0.02
361 167 0.46
362 166 0.45
363 24 0.07
364 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
AATGATCAGGAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAACATTAATAAAGT
TATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTACAACAAAATAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATA
GATTAATGGTTTTAAATATCTTACTCATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATATTAT
TTCGAATAAGCCTATATGAACTGAAACAATTGTT
Found at i:275555 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 275204--275609 Score: 446
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
275194 TTGGCTTATG
* ** * *
275204 ACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACCATTTGAACA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACA
* * * * *
275268 TATTAGGAAAACATATTTATTTTTTAATTTGTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAACAAAGTTA
66 TATTAGGAAAACAGATTTATTTTTTAATCTCTTACTAATTAATTTTTCAAACATTAACAAAGTTA
* * *
275333 TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACA
131 TATTATTTTATTCGAAATAAGCCTATATCAACAGAAACAATTGTTTTACA
* * *
275383 ACAAAACAAACGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACA
* * * * *
275448 TGTTCGGTAAATAGA-TTATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAA-TTTTCATAACATTAATAAA-
66 TATTAGGAAAACAGATTTA-TTTTTT-AATCTCTTACTAATTAATTTTTCA-AACATTAACAAAG
* * * **
275510 TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATA-CAACTGATACAATTGTTTTATG
128 TTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCCTATATCAACAGAAACAATTGTTTTACA
* *** *
275563 ACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
275610 GTTATGATTA
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 32, Indels: 11
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 28 0.15
180 114 0.60
181 44 0.23
182 3 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACCATTTAAACA
TATTAGGAAAACAGATTTATTTTTTAATCTCTTACTAATTAATTTTTCAAACATTAACAAAGTTA
TATTATTTTATTCGAAATAAGCCTATATCAACAGAAACAATTGTTTTACA
Found at i:275630 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 275080--276036 Score: 644
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 181
275070 TTGTTTTGTC
* * * * * * * * * * ** *
275080 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTCAAACATT
* * * * **
275145 AACAAATTAGTATCA-TTTATTTC-AGATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAA
66 AACAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * **
275208 AATAAAAGGTCATAAT-TATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACC
130 AACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
* * * * * * * * * *
275259 ATTTGAACATATTAGGAAAACATATTTATTTTTT-AATTTGTTACTTATTAATTTTTCAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTCAAACATT
* **
275323 AACAAAGTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAA
66 AACAAA-TTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* *** * * *
275387 AACAAACGGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
130 AACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
* *
275439 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTATTTTTTTAAATCTCTTACTAATTAA-TTTTCATAACA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTCA-AACA
* * * * * *
275502 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTATA-CAACTGATACAATTGTTTTATGAC
64 TTAACAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
275565 AAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATT
128 AAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
* * * * * * *
275619 ATTTGAACTTGTTTGG-AAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTGTTAACTTTTGAATA-A
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTCAA-ACA
** * * * * * * *
275682 -TATTAAATTAATATTTTTTTAATT-GAAATAAGCTTTTATGAATAGAAAAAAATTATTTTATGA
64 TTAACAAATTAGTATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTGTATCAACAG-AAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
275745 CAAAGCAGAATGTTATAGCGATTTGAAAAAGGTTATTATGT-AAATAGTCATAATT
127 CAAAACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTAT-TCAAATAGTCATAATT
* ** * *
275800 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-TTTTTAGAACAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTCA-AACAT
* * * * * *
275864 TACCAAATTAGAATTATGTTATTTC-AAATAAGCTTGTA-CGAAAAGAAACAACTGTTTTGTGAC
65 TAACAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATC-AACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
275927 AAAATAAAAGGTTATAAT-GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACT
128 AAAACAAAAGGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
* * ** * * *
275981 ATTTGCAC-TGATCAGGCCAACATATTTATTTTTT-AATC-CGTTACTTATTAATTTTT
1 ATTTGAACTTGTTC-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAACTTTT
276037 AGAATACTAA
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 134, Indels: 60
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 40 0.07
179 122 0.20
180 186 0.30
181 225 0.37
182 40 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTCAAACATT
AACAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATCAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATT
Found at i:276612 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 276223--277005 Score: 644
Period size: 181 Copynumber: 4.3 Consensus size: 180
276213 ATTGGCTTAC
* ** *
276223 GACAAAATAAAAGGTCATAATTCTTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAAC
1 GACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
276287 GTATTCAAAAAACATATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAAG
65 TTGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTCATAATATTAATAAAG
* * *
276350 TTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTGTTTTAC
129 TTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
* * ** *
276402 AAAAAAACAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAAC
1 GACAAAACAAAAGGTCATATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* * * * *
276467 TTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCATAACATTAATAAA-T
65 TTGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCATAATATTAATAAAGT
* * * * * *
276531 TAGTGTTATTTCATTTTG-AATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTAT
130 TA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
276583 GACAAAACACAAA-GTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAA
1 GACAAAACA-AAAGGTCATAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
276647 CTTGTTTGGTAAGCACATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TGAATAATAATAA
64 CTTGTTCGATAAACAGATTTATGTTTT-AAATCTCTTACTGATTAATTTTCAT-AATATTAATAA
* * * * *
276709 ATTTATATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTAT
127 AGTTATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
276763 GACAAAATAGAATGTTATAGTGATTTGAAATA-AGTTATTGTTCGAATAGTCATAATTATTTGAA
1 GACAAAACAAAAGGTCATA-TGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
* * * * * *
276827 CTTGGTCTATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTA-TGTTTTAATTTTCAGAATATTAATAAA
64 CTTGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTG-ATTAATTTTCATAATATTAATAAA
* ** * * *
276891 -TTAGAATTATGATATTTCG-AATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTGT
128 GTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
276944 GGCAAAATAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTG
1 GACAAAACAAAAGGTCAT-ATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
277006 TACTGATCAG
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 92, Indels: 52
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 28 0.06
180 201 0.41
181 245 0.51
182 10 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
GACAAAACAAAAGGTCATATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACT
TGTTCGATAAACAGATTTATGTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTT
ATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
Found at i:276790 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 276101--277072 Score: 597
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 176
276091 TTGTTTTGTC
* * *
276101 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAACA-TTATATTTTAAATTTTTTA-TTATTCATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-ACATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATAT
* * * * * * * * ** *
276164 TAACAAATTAGTATCA-TTTATTTCAGATAAGC-TAGTATAAACAGAAATAATTGGCTTACGACA
62 TAATAAATTA-TATTATTTTAATTGAAATAAGCTTA-TATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACA
* * ** * * *
276227 AAATAAAAGGTCATAATTCTTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACT
125 AAACAAAAAGTCAT-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* * *** *
276279 ATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATATT
* * * ** *
276343 AATAAAGTTATATTATTTT-ATTCGAAATAAGCTTATATAAACAGAAACAATTGTTTTACAAAAA
63 AATAAA-TTATATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAA
* ** * *
276407 AACAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
126 AACAAAAAGTCATATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* * * * * * *
276459 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCATAACATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT--TAATATT
* * * * * *
276524 AATAAATTAGTGTTATTTCATTTTG-AATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGACAA
63 AATAAATTA-TATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAA
* * * *
276588 AACACAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATT
126 AACAAAAAGTCATAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* * *
276640 ATTTGAACTTGTTTGGTAAGCACATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATAATA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AATATTA
* * *
276705 ATAAATTTATATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACAAAA
64 ATAAA-TTATATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * *
276770 TAGAATGTTATAGTGATTTGAAATA-AGTTATTGTTCGAATAGTCATAATT
128 CAAAAAGTCATA-TGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* ** * * * * * *
276820 ATTTGAACTTGGTCTATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTA-TGTTTTAATTTTCAGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTT--TAATAT
* ** * * * * * *
276884 TAATAAATTAGAATTATGATATTTCG-AATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTGTGGC
62 TAATAAATTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
276947 AAAATAAAAGGTTATAATGATTT-AAAGTAAATAATTGTTCAAACAATCATAACT
124 AAAACAAAAAGTCAT-ATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* * * ** **
277001 ATTTGTAC-TGATCAG-ACCAACATTTTTAGTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTTAGAATA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTA--AACACATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--AATA
*
277064 CTAATAAAT
61 TTAATAAAT
277073 ATCCATTACT
Statistics
Matches: 630, Mismatches: 127, Indels: 71
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 7 0.01
178 56 0.09
179 63 0.10
180 202 0.32
181 293 0.47
182 6 0.01
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAACACATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAATATTAAT
AAATTATATTATTTTAATTGAAATAAGCTTATATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAAGTCATATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
Found at i:277587 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 277212--278092 Score: 706
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 181
277202 ATTAATTCAG
* * ** * **
277212 ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-A
1 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** * *
277276 GATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAT-T
66 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
277340 TTTACTTAGTTATTTTTCA-AATATTAATAAAGCTATATTATTTTA-TTCGAA
131 CTTACTTA-TTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTCG-A
** *
277391 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
277456 GATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAATAGATTAATTTTTTAAGTCT
66 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
277521 CTTACTCATTAATTTTCATAATATTAAGAAA-TTAGTTTTATTTTATTTTGA
131 CTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTATTTCGA
* * ** ** * * * *
277572 ATAAGCCTATATGAACTGATGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATATCGACTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * ** * * *
277637 GATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACCTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCT
66 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * **
277702 TTTTCTTATTAATTTT-TTAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTTAAA
131 CTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTCGA
* * * * * * *
277752 ATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAAGGTTATAGCGGTTTGAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * **
277817 GGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTAGGTTTTAAATC
66 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* * * * **
277881 TCATATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGATATTTCGA
130 TCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTATTTCGA
* * * * * * * * **
277933 ATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAAC-GAAGGTTATAATGATTAAAAATA
1 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
277997 AATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTGCAC-TGATCAG-ACCAATATATTTAGTTTTCAAAT
66 GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA--AACAGATTTATTTTTTAAAT
* * *
278060 C-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAA
129 CTC-TTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAA
278093 TATGCATTAC
Statistics
Matches: 556, Mismatches: 133, Indels: 25
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 60 0.11
180 291 0.52
181 201 0.36
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTTCGA
Found at i:277960 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 277321--277973 Score: 821
Period size: 361 Copynumber: 1.8 Consensus size: 361
277311 ATTCAAAAAA
*
277321 CATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTAGTTATTTTTCAAATATTAATAAAGCTATATTATTTTAT
1 CATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTAGTTATTTTTCAAATAATAATAAAGCTATATTATTTTAT
* * *
277386 TCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
66 TCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
**
277451 AAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAATAGATTAATTTTTTA
131 AAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAATAGATTAAGGTTTTA
* * * ** ** *
277516 AGTCTCTTACTCATTAATTTTCATAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
196 AATCTCATACTCATTAATTTTCAGAATATTAAGAAATTAGAATTATGATATTTCGAATAAGCCTA
* **
277581 TATGAACTGATGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATATCGACTTGAAATAGATAATTAT
261 TACGAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATATCGACTTGAAATAGATAATTAT
277646 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACCTGTTTGGTAAG
326 TCAAATAGTTATGATTATTTGAACCTGTTTGGTAAG
* * **
277682 CATATTTAT-TTTTAAAATCTTTTTCTTA-TTAATTTTT-TAATAATAATAAATTTATATTATTT
1 CATATTTATCTTTT-AAAT-TTTTACTTAGTT-ATTTTTCAAATAATAATAAAGCTATATTATTT
* * ** * * * **
277744 TATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAAGGTTATAGCGGT
63 TATTCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * * * *
277809 TTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTC-GATAAATAGATTTAGGT
128 TTGAAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-CAAATAGATTAAGGT
* * *
277873 TTTAAATCTCATATTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGATATTTCGAATAAG
192 TTTAAATCTCATACTCATTAATTTTCAGAATATTAAGAAATTAGAATTATGATATTTCGAATAAG
* * * *
277938 CTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAAC
257 CCTATACGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC
277974 GAAGGTTATA
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 45, Indels: 10
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
360 6 0.02
361 222 0.92
362 14 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
CATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTAGTTATTTTTCAAATAATAATAAAGCTATATTATTTTAT
TCAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG
AAATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAATAGATTAAGGTTTTA
AATCTCATACTCATTAATTTTCAGAATATTAAGAAATTAGAATTATGATATTTCGAATAAGCCTA
TACGAACTGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATATCGACTTGAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTTATGATTATTTGAACCTGTTTGGTAAG
Found at i:278584 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 278143--279032 Score: 795
Period size: 180 Copynumber: 4.9 Consensus size: 182
278133 TTGATTTGTC
* * * * * * * * **
278143 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAATCTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* * * * * * **
278208 AACAAATTAGTATCATTTTATTTC-AGATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGGGTTATGACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
278272 AATAAAAGGTCATAATTG-TTTGGAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAATT
131 AACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATT
* * * * * *
278323 ATTTGAACGTATTCAAAAAACT-TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATA
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTCAGAATA
* **
278385 TTAATAAAGTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTTTGAACAGAAACAATTGTTTTACAA
64 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
278448 CAAAACAAAACGTCATAACAATTTCAAGTAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
128 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATT
* * * * *
278503 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCACAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* * * * * * * *
278568 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AACCCTATATGAACTGATATAACTGTTTTATGACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
278632 AAGAAAAAGTCATATC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATT
131 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATT
* ** * * * **
278683 ATTTGAACTTGTTTGATAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATAAC
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
** * * *
278747 AATAAATTTA-TATTATTTTAACT-GAAATAAGCTTGTATGAATTA-AAAAAATTATTTTATGAC
66 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
278809 AAAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATA-AGTTATTGTTCAAATAGTCATAATT
129 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAATCATAATT
** * * *
278863 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
** * * * * *
278928 ACCAAATTAGAATTATGTTATTTCG-AATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
278992 AACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
131 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
279033 CAACAATAGC
Statistics
Matches: 565, Mismatches: 124, Indels: 41
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 7 0.01
179 140 0.25
180 253 0.45
181 157 0.28
182 8 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATT
Found at i:278655 original size:841 final size:842
Alignment explanation
Indices: 277326--278925 Score: 1748
Period size: 841 Copynumber: 1.9 Consensus size: 842
277316 AAAAACATAT
* * * *
277326 TTATCTTTTAAATTTTTACTTAGTTATTTTTCAAATATTAATAAAGCTATATTATTTTATTCGAA
1 TTATATTTTAAATTTTTAATTAGTTATTTTTCAAATATTAACAAAGCTATATCATTTTATTCGAA
**
277391 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
66 ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGGTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * ** * *
277456 GATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAATAGATTAATTTTTTAAGTCT
131 GATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACGTATTCAAAAAATAGATTAATCTTTTAAATCT
* *
277521 CTTACTCATTAATTTTCATAATATTAAGAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGA
196 CTTACTCATTAATTTTCATAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGA
* ** ** * * * *
277586 ACTGATGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATATCGACTTGAAATAGATAATTATTCAAA
261 ACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTCAAATAGATAATTATTCAAA
* * * * * * * * * * *
277651 TAGTTATGATTATTTGAACCTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTTCTTATTAATT
326 TAATCATAACTATTTAAACCTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * *
277716 TTTTAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAATAAAAAAAATTATT
391 TTACAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAACCCTATATGAATAAAAAAAACTATT
* * * * * * *
277781 TTATGACAAAACAGAAGGTTATAGCGGTTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
456 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
* * **
277846 GAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTT-AAATCTCATATTTATTAATTTTCAGAATATTAAT
521 GAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-GTTTTAAAATCTCATACTTATTAATTTT-AGAATAACAAT
** * * * *
277910 AAA-TTAGAATTATGATATTTCG-AATAAGCTTGTACGAA-TAGAAACAATTGTTTTGTGATAAA
584 AAATTTA-AATTATGATAACT-GAAATAAGCTTGTACGAATTA-AAAAAATTATTTTATGACAAA
* *
277972 AC-GAAGGTTATAATGATTAAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTGCAC-TGATC
646 ACAGAAGGTTATAACGATTAAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTGAACTTGATC
* *
278035 AGACCAATATATTTA-GTTTTCAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGC
711 -GACAAATAGATTTAGGTTTT-AAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGC
278098 ATTACTTTATTTCTAATATCTATTTCAAATCATTTTTGATTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAA
773 ATTACTTTATTTCTAATATCTATTTCAAATCATTTTTGATTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAA
278163 CAAAA
838 CAAAA
** *
278168 TTATATTTTAAATCTTTTAATTA-TTCATTTTTGGAATATTAACAAA-TTAGTATCATTTTATTT
1 TTATATTTTAAAT-TTTTAATTAGTT-ATTTTTCAAATATTAACAAAGCTA-TATCATTTTA-TT
* * * ** * *** *
278231 C-AGATAAGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGGGTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTGTTTGG
62 CGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGGTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * *
278295 AA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACGTATTCAAAAAACT-TATTTATCTTTTA
127 AATAGATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACGTATTCAAAAAA-TAGATTAATCTTTTA
* * *
278358 AAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAAGTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGC
191 AATCTCTTACTCATTAA-TTTTCATAATATTAAGAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGC
* * * * * *
278419 TTGTTTGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAACGTCATAACAATTTCAAGTAGATAAT
253 CTATATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTCAAATAGATAAT
* * * *
278484 TGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACT
318 TATTCAAATAATCATAACTATTTAAACCTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTTAAAATCTCTTACT
* *
278549 TATTAATTTTCACAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AACCCTATATGAACT-
383 TATTAATTTT-ACAATAATAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTAAAATAACCCTATATGAA-TA
* * * * * *
278611 GATATAACTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATATC-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
444 AAAAAAACTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * ** *
278675 TTATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
509 TCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTAAAATCTCATACTTATTAATTTTA
* ** *
278740 GAATAACAATAAATTTATATTATTTTAACTGAAATAAGCTTGTATGAATTAAAAAAATTATTTTA
574 GAATAACAATAAATTTAAATTATGATAACTGAAATAAGCTTGTACGAATTAAAAAAATTATTTTA
* * ** * * * *
278805 TGACAAAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATAAGTTATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
639 TGACAAAACAGAAGGTTATAACGATTAAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTGAA
* * *
278870 CTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATA
704 CTTGATCGACAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
278926 TTACCAAATT
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 125, Indels: 41
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
839 1 0.00
840 60 0.10
841 311 0.51
842 143 0.23
843 95 0.15
844 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (842 bp):
TTATATTTTAAATTTTTAATTAGTTATTTTTCAAATATTAACAAAGCTATATCATTTTATTCGAA
ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGGTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
GATAATTGCTCAAATAATCATAACTATTTAAACGTATTCAAAAAATAGATTAATCTTTTAAATCT
CTTACTCATTAATTTTCATAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGA
ACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAACAACTTCAAATAGATAATTATTCAAA
TAATCATAACTATTTAAACCTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT
TTACAATAATAATAAATTTATATTATTTTATTTAAAATAACCCTATATGAATAAAAAAAACTATT
TTATGACAAAACAAAAAGTCATAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTT
GAACTTGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTAAAATCTCATACTTATTAATTTTAGAATAACAATAA
ATTTAAATTATGATAACTGAAATAAGCTTGTACGAATTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAGA
AGGTTATAACGATTAAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAATTATTTGAACTTGATCGACAA
ATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGCATTACTTT
ATTTCTAATATCTATTTCAAATCATTTTTGATTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAA
Found at i:278992 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 278173--279032 Score: 908
Period size: 360 Copynumber: 2.4 Consensus size: 360
278163 CAAAATTATA
* * * *
278173 TTTTAAATCTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTTATTTC-AGATA
1 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATA
* * * ** * ** *
278237 AGCTTGTGTGAACAAAAATAATTGGGTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTGTTTGGAA-AGAT
65 AGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-ATCATTTGAAATAGAT
* *
278301 AATTGTTTAAATAATCATAATTATTTGAACGTATTCAAAAAACTTATTTATCTTTTAAATTTTTA
129 AATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTA
** * *
278366 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTTTGAACAG
194 CTTATTAATTTTTCAAATAACAATAAAGTTATATTATTTTACTCGAAATAAGCTTGTATGAACAG
* * *
278431 AAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAACGTCATAACAATTTCAAGTAGATAATTGTTCAAATAAT
259 AAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAACGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
* **
278496 CATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATT
324 CATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGG
* * * * * *
278533 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCACAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAAAA
1 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * *
278598 CCCTATATGAACT-GATATAACTGTTTTATGACAAAAGAAAAAGTCATATCATTTGAAATAGATA
66 GCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCATTTGAAATAGATA
* * * * * * ** * *
278662 ATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGATAAGCATATTTAT-TTTTAAAATCTTTT
130 ATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTT-AAAT-TTTT
* *
278726 ACTTATTAATTTTT-GAATAACAATAAATTTATATTATTTTAACT-GAAATAAGCTTGTATGAAT
193 ACTTATTAATTTTTCAAATAACAATAAAGTTATATTATTTT-ACTCGAAATAAGCTTGTATGAA-
* ** * * * * * * *
278789 TA-AAAAAATTATTTTATGACAAAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATA-AGTTATTGTTCAAA
256 CAGAAAAAATTATTTTACAACAAAACAAAACGTCATAACAATTTCAAATAGA-TAATTGTTCAAA
* * * *
278852 TAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGG
320 TAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGG
* * * *
278893 TTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTACCAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
* * * * * * *
278958 GCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATA
66 GCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATC-ATTTGAAATAGATA
279023 ATTGTTCAAA
130 ATTGTTCAAA
279033 CAACAATAGC
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 87, Indels: 19
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
359 14 0.03
360 346 0.86
361 43 0.11
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
TTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
GCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATATCATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACT
TATTAATTTTTCAAATAACAATAAAGTTATATTATTTTACTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA
AAAATTATTTTACAACAAAACAAAACGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA
TAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGG
Found at i:280092 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 279195--280122 Score: 934
Period size: 361 Copynumber: 2.6 Consensus size: 358
279185 CAAAATTATA
* * * * * * * *
279195 TTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAAATAAG
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCGAATAAG
* * ** * * *
279260 CTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATAAT
66 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAAAGATAAT
* * ** * *
279325 TGTTTAAATAATCATAACTATTTGAAC-GTATTAAAAAAACGTAGTTATCTTTTAAAT-TTTTAC
131 TGTTCAAATAATCATAACTATTTGCACTG-ATT-AGGAAACATATTTA-CTTTTAAATCTTTTAC
*
279388 TTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTGTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGA
193 TTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTGTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGA
* * * *
279453 AACAATTGTTTTACAACAAAACAAAGGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
258 AAAAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATAATC
* * * * *
279518 GTAACTATTTAAACTTTTTTGGTAAATAGATGAATT
323 ATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATGAAGT
* * *
279554 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCGAATAA
* * * * * * *
279619 GCCTATATGAATTGATAGAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCAT-ATCGATTTGAAAAAGAT
65 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTT-AAAAAGAT
* * * * * ** * *
279683 AATTATTCAAATAGTTATGATTATTT-CAACTTCTTTGGTAAGCATATTTACTTTTAAAATCTTT
128 AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGC-ACTGATTAGG-AAACATATTTACTTTT-AAATCTTT
* * *
279747 TACTTACTAATTTTT-TAATAATAATAAATTTATATTATTTTAGTT-GAAATAAGCTTGTATGAA
190 TACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTT-GTTCGAAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * * *
279810 TA-AAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCGATTGGAAATAGTTAGTTGTTCAAA
254 CAGAAAAAA-TTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTGGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * **
279874 TAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATTAATAGATTTAGT
318 TAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATGAAGT
* * * *
279915 TTTTAAGTCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGAATTATGTTATTTCGAATAA
1 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTTCGAATAA
* * * * *
279980 GCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAAATA
65 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAA-AGATA
* * ** **
280045 ATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGCACTGATCAGGCCAACATATTTTTTTTTTAAATCCGTTA
129 ATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGCACTGATTAGG-AAACATA-TTTACTTTTAAATCTTTTA
280110 CTTATTAATTTTT
192 CTTATTAATTTTT
280123 AGAATACTAG
Statistics
Matches: 453, Mismatches: 101, Indels: 28
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
359 43 0.09
360 67 0.15
361 313 0.69
362 30 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCGAATAAG
CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAAAGATAAT
TGTTCAAATAATCATAACTATTTGCACTGATTAGGAAACATATTTACTTTTAAATCTTTTACTTA
TTAATTTTTCAAATAATAATAAAGTTATATTATTTTGTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA
AATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTGGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
ACTATTTAAACTTGTTCGATAAATAGATGAAGT
Found at i:280101 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 279180--280137 Score: 772
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 180
279170 AACTTGCTCA
* * * * * * * * * *
279180 GTAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCA
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * *
279245 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATT
66 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
279310 ATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAAC-GTATTAA
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTG-ATTAG
** * * * *
279359 AAAAACGTAGTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAAGTTA-TAT
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* ** *
279421 TATTT-TGTTCGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAGGGTCAT
64 TATTTAT-TTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
*** * * ** *
279485 AGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCGTAACTATTTAAACTTTTTTG
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTAG
* * ** * *
279539 GTAAATAGATGAATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATTAATAAATTAGTATTA
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
279604 TTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATAGAATTGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCAT-AT
66 -TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * * ** *
279668 CGATTTGAAAAAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTCAACTTCTTTG
130 -GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTAG
* * * * * * *
279720 GTAAGCATATTTACTTTTAAAATCTTTTACTTACTAATTTTT-TAATAATAATAAATTTA-TATT
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * *
279783 ATTTTAGTT-GAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTTATTTTATGACAAAACAAAATGTTAT
65 A-TTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * * *
279846 AGCGATTGGAAATAGTTAGTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG-TTCG
127 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-TGATTAG
* * * * * * * * *
279900 ATTAATAGATTTAGTTTTTAAGTCTCTTATTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGAATTA
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
279965 TGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAAT
66 T-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * *
280030 GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGCACTGATCAG
130 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTAG
** * * *
280081 GCCAACATATTTTTTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATACTAGTAAAT
1 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
280138 ATGCATCACT
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 142, Indels: 46
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 37 0.06
179 79 0.13
180 190 0.31
181 293 0.48
182 12 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTGATTAG
Found at i:281175 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 280187--281158 Score: 854
Period size: 180 Copynumber: 5.4 Consensus size: 181
280177 TTGTTTTGTC
* * * * * * * * * **
280187 ATTTGAAATTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* * * * * ***
280252 AACAAATTAGTATCA-TTTATTTC-AGATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGGCTTATGACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAA
* ** *
280315 AATAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACT
130 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * *** * * * * *
280366 ATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTCAAAT-TTTTACTTATATATTTTTCA-AATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTCAGAATAT
* * * **
280429 TAATAAGGTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTACAAC
65 TAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
*
280492 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
128 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * *
280546 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* * * * * * *
280611 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAT-TGAACT-GATATAATTGTTTTATTACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAA
* * * * * * *
280674 AACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATT
130 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * * *
280726 ATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTGTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TGAATAAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
* * *
280790 AATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACA
66 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * * * *
280853 AAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTCATAATT
129 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * ** * * *
280906 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTCAAAATTTT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
** * * * * *
280971 ACCAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
* * *
281036 ACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATGATAACT
131 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * ** * * * * *
281087 ATTTG-CCTTGATCAGGCCAACATATTTATTTTTTAAATCTGTCACTTATTAATTTTTAGAATAC
1 ATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATAT
281151 TAATAAAT
65 TAATAAAT
281159 ATGCATCACT
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 143, Indels: 36
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 27 0.04
179 126 0.20
180 294 0.47
181 180 0.29
182 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
Found at i:281651 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 281208--282163 Score: 777
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 181
281198 TTGTTTTGTC
* * * * * * * * *
281208 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTT-GGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCGTAATAT
* * * * * * **
281272 TAACAAATTAGTATCA-TTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGGCTTATGACAA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * *
281336 AATAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AGATGATTGTTTAAATAATCATAACT
130 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAACT
* * * * * *
281387 ATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTC-TAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCGTAATAT
**
281450 TAATAAAGTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAAC
65 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* *
281513 AAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAAGT
128 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAACT
* * * * * *
281567 ATTTAAACTTGTTCGGTGAATAGATTAATTTTTCAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCGTAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCGTAATAT
* * * ** *
281631 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCCTATATGAACT-GATGCAATTGTTTTATGAG
65 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
281694 AAAACAAAAAGTCATATCAATTTGGAAA-AGATAATTATTCAAA-TAGTTATGATT
128 AAAACAAAAGGTCATAACAATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TCATAACT
* * * * * * * * *
281748 ATTTGAATTTCTTTGCTGAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT--TAATAA
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCGTAATAT
* * * *
281811 TAATAAATTTA-TATTATTTTAATTAAAATAAGCTTATATGAATA-AAA-AATTATTTTATGACA
65 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
281873 AAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAA-TAGTCATAATT
129 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TCATAACT
* ** * *
281926 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTGGTTTTAAGTCTCTTATTTATTAATTTTTCAG-AATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-GTAATAT
* * * ** *
281990 TAGTAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
282055 AACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACT
130 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAACT
* * * * *
282107 ATTTGCA-TTGATTAGGA-CAATATATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTT
1 ATTTGAACTTG-TT-CGATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTT
282164 AGAATACTAG
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 126, Indels: 57
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 24 0.04
178 112 0.18
179 136 0.22
180 95 0.15
181 214 0.34
182 38 0.06
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCGTAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAACT
Found at i:281654 original size:480 final size:480
Alignment explanation
Indices: 280982--284686 Score: 1869
Period size: 480 Copynumber: 7.3 Consensus size: 480
280972 CCAAATTAGA
* * *** *
280982 ATTATGTTATTTCG-AATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTT
1 ATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * * *
281046 ATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATGATAACTATTT-GCCTTGATCAGGCCAACAT
65 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTC-GGTCAATAG
* * * * *
281110 ATTTATTTTTTAAATCTGTCACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGCATCACTTTATTT
129 ATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGCATTACTTTATTT
281175 CTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATT
194 CTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATT
281240 TTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAGATAAGCT
259 TTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAGATAAGCT
* *
281305 TGTATGAACATAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATGATTG
324 TGTATGAAAATAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATAATTG
281370 TTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTAT
389 TTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTAT
281435 TAATTTTTCTAATATTAATAAAGTTAT
454 TAATTTTTCTAATATTAATAAAGTTAT
281462 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
281527 AAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTGTTCGGTGAATAGAT
66 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTCAATAGAT
* * * * *
281592 TAATTTTTCAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCGTAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTT
131 TAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAG-AATACTAATAAATAT-GCATTACTTTATTT
* * * * * ** **** *** *
281655 -TGAAAAAGCCTATATGAACTGATGCAATTGTT-TTATGAGAAAACAAAAAG-TC-ATATCAATT
194 CT--AATAG-CTATTTCAA---AT-C-ATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTA--AA--
* * * * * * * ***
281716 TGGAAAA-GATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAATTTCTTTGCTGAGCATATTTA-TTT
247 --CAAAATTAT-ATT-TT-AAAT-TTTTTAATTA-TT-CA-TT-TTTG--GA--ATATTAACAAA
** * * * ** * *** * *
281779 TTAAAATCTTTTACTT-A-TTAATTTTTTAAT-AATAATAAATTTATATTATTTTAATTAAAATA
298 TTAGTATCATTTATTTCAGATAAGCTTGT-ATGAA-AATAAA--TA-ATTGGCTT-ATGACAA-A
* * * * * * * *
281841 AGCTTATATGAATAAAAAATTATTTTATGACAAA-ACAGAATGTTATAGCGATTTGAAAT-AGGT
356 A---TAAAAG-GT-CATAATTA--TT-TGA-AAAGATA-ATTGTT-TA---A-AT--AATCA--T
* * ** * * * ** * *
281904 AATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTT-GGTTTTAAGTCTCTT
402 AACTATT----T-G--A-ACGTA-TTCAA--------A-AAACATATTTATCTTTTAAAT-TTTT
* * * *
281968 ATTTATTAATTTTTCAGAATATTAGTAAA-TTAGA
448 ACTTATTAATTTTTC-TAATATTAATAAAGTTA-T
* ** *** *
282002 ATTATGTTATTTC-AAATAAGCTTGTACAAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTT
1 ATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTC
* * ** * * *
282066 ATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGCA-TTGATTAGGACAATAT
65 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTG-TTCGGTCAATAG
* * * *
282130 ATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATACTAGTAAATATGCATTACTCTATT
129 ATTAATTTTTTAAATCTC-TTACTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGCATTACTTTATT
* * *
282194 TCTAATAGCTAATTCAGATAATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATAT
193 TCTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATAT
* * *
282259 TTTAAAATTTTTAATTATTCATTTTTGAAATATTAACAGATTAGTATCATTTATTTCAGATAAGC
258 TTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAGATAAGC
* * * *
282324 TTGTATGAATAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCTTAATTATTTGGAAAGATAATT
323 TTGTATGAAAATAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATAATT
282389 GTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTA
388 GTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTA
*
282454 TTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTAT
453 TTAATTTTTCTAATATTAATAAAGTTAT
* *
282482 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
*
282547 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAT
66 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTCAATAGAT
* * * * *
282612 TAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTT-
131 TAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATAT-GCATTACTTTATTTC
* * * * * **** *** *** ****
282675 TGAATAAGCCTA-TTGAACTGATATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCATATCTATTTGAA
195 T-AAT-AG-CTATTTCAAATCAT-T-TTTGTTTT-GT-CATTTGAACTTG-C-TCGGTAAACAAA
* * * * * * * * *
282739 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGG--TA--AGCATATTTGTTTTT
251 AT-TAT-ATT-TT-AAAT-TTTTTAATTA-TT-CA-TT-TTTGGAATATTAACAAATTAG--TAT
* ** ** * ***
282800 AAATTCT-TTTACTTATTAATTTTTGAAT-AATAATAAATTTATATTATTTTAATTG---AAAT-
305 -CATT-TATTT-CAGA-TAA-GCTTGTATGAA-AATAAA--TA-ATTGGCTT-A-TGACAAAATA
* ** * * * * * * * *
282859 -AAGCTTGT-ATGAATTGAAAAAATTATT-TTATGACAAAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAAT
359 AAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATAATTGTT-T-----AA-ATAA--TCATAACTATTTG--A-
* * * *
282921 AGGTTATTGTTCAAATAGTCATA-ATTATTTGAACTTGTTCGATAAAATAGATTTAGGTT-TTAA
412 ACG-TA---TTCAAA-A---A-ACA-TATTT-ATC-T-TT---T-AAAT--TTTTA-CTTATT-A
* * * * * *
282984 ATCTCTTATTTATTAATT-TTCAGAATTTT
456 AT-T-TT-TCTAAT-ATTAAT-AAAGTTAT
* ** * * **
283013 ATCAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
1 ATTATTTT---ATT-CG--A-----AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAA
* * * ** *
283078 ACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATGATAACTATTT-GCCTTGATC
55 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTC
* * * * * *
283142 AGGCCAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGCAT
120 -GGTCAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGCAT
283207 TACTTTATTTCTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACA
184 TACTTTATTTCTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACA
283272 AAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTT
249 AAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTT
* * * * *
283337 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAATGTTATAATTATTTGAA
314 CAGATAAGCTTGTATGAAAATAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAA
283402 AAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAT
379 AAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAT
* *
283467 TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAATTAT
444 TTTTACTTATTAATTTTTCTAATATTAATAAAGTTAT
* * * *
283504 AATATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAGCAAAACAAAAGGTGA
1 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
283569 TAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGAT
66 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTCAATAGAT
* * * * *
283634 TAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTT-
131 TAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATAT-GCATTACTTTATTTC
* * * * * * **** *** *
283697 TGAATAAGCCTGTATGAAGTGATACAATTGTT-TTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGTTTTGA
195 T-AAT-AG-CTATTTCAA---AT-C-ATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTG-C---TCG--GT-A
* * * * * * * ***
283761 AATAGATAA-T-TA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTA-TTTT
245 AACA-A-AATTATATTTTAAAT-TTTTTAATTA-TT-CA-TT-TTTGG--A--ATATTAACAAAT
** * * * ** * ***
283822 TAAAATCTTTTACTT-A-TTAATTTTTTAAT-AATAATAAATTTATATTATTTTAATTGA-AATA
299 TAGTATCATTTATTTCAGATAAGCTTGT-ATGAA-AATAAA--TA-ATTGGCTT-A-TGACAA-A
** ** * * * *
283883 AGTTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTGTGACAAA-ACAGAATGTTATAGCGATTTGAGAT-AG
356 A-----TA--AAAGGTCATAATTA--TT-TGA-AAAGATA-ATTGTT-TA---A-AT-A-ATCA-
* * * ** * * * ** *
283946 GTTATTGTTCAAATAGGCATAATTATTTGAACTTGTTCGACAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTC
401 -TAACTATT----T--G-A-ACGTA-TTCAA--------A-AAACATATTTATCTTTTAAAT-TT
* * * *
284011 TTATTTGTTAA-TTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGA
446 TTACTTATTAATTTTTC-TAATATTAATAAAGTTA-T
* * * * *** *
284046 ATTATGTTATTTC-AAATAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTT
1 ATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTC
* * * ** * * * * *
284110 ATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGATCAAGCCAACAT
65 ATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTC-GGTCAATAG
* * * *
284174 ATTTAGTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAA-TTTTAGAATACTATTAAATATGCATTACTTTATT
129 ATTAATTTTTTAAATCTC-TTACTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGCATTACTTTATT
* *
284237 TCTAATATCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATTTAAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATAT
193 TCTAATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATAT
* * * * *
284302 TTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAAGTGGTATCATTTATTTGAAATAAGT
258 TTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAGATAAGC
*
284367 TTGTATGAACAGAT-AATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTAGTTGAAAAGATAA
323 TTGTATGAA-A-ATAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATAA
*
284431 TTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACTTATTTATCTTTTAAATTTTTACT
386 TTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACT
*
284496 TATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTAT
451 TATTAATTTTTCTAATATTAATAAAGTTAT
* *
284526 ATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
1 ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
* * * * *
284591 TAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGAT
66 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTCAATAGAT
* *
284656 TAATTTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTT
131 TAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTT
284687 CGTAACTTTA
Statistics
Matches: 2345, Mismatches: 580, Indels: 599
0.67 0.16 0.17
Matches are distributed among these distances:
479 21 0.01
480 601 0.26
481 90 0.04
482 26 0.01
483 7 0.00
484 3 0.00
485 12 0.01
486 22 0.01
487 19 0.01
488 5 0.00
489 5 0.00
490 20 0.01
491 24 0.01
492 31 0.01
493 25 0.01
494 13 0.01
495 19 0.01
496 19 0.01
497 29 0.01
498 34 0.01
499 30 0.01
500 35 0.01
501 24 0.01
502 17 0.01
503 16 0.01
504 9 0.00
505 16 0.01
506 6 0.00
507 21 0.01
508 12 0.01
509 14 0.01
510 6 0.00
511 26 0.01
512 11 0.00
513 19 0.01
514 9 0.00
515 9 0.00
516 6 0.00
517 22 0.01
518 13 0.01
519 19 0.01
520 32 0.01
521 33 0.01
522 20 0.01
523 22 0.01
524 27 0.01
525 25 0.01
526 22 0.01
527 25 0.01
528 23 0.01
529 17 0.01
530 30 0.01
531 25 0.01
532 6 0.00
533 8 0.00
534 21 0.01
535 22 0.01
536 5 0.00
537 6 0.00
538 14 0.01
539 49 0.02
540 164 0.07
541 85 0.04
542 294 0.13
543 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (480 bp):
ATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCA
TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTCAATAGAT
TAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATACTAATAAATATGCATTACTTTATTTCT
AATAGCTATTTCAAATCATTTTTGTTTTGTCATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTT
AAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAGATAAGCTTG
TATGAAAATAAATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATAATTGTT
TAAATAATCATAACTATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTA
ATTTTTCTAATATTAATAAAGTTAT
Found at i:281847 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 281802--281849 Score: 62
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
281792 CTTATTAATT
*
281802 TTTTAATAATAATAAATTTATATTA
1 TTTTAATAATAATAAACTTATATTA
*
281827 TTTTAATTAA-AATAAGCTTATAT
1 TTTTAA-TAATAATAAACTTATAT
281850 GAATAAAAAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 17 0.85
26 3 0.15
ACGTcount: A:0.46, C:0.02, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (25 bp):
TTTTAATAATAATAAACTTATATTA
Found at i:282134 original size:359 final size:358
Alignment explanation
Indices: 281253--282163 Score: 899
Period size: 359 Copynumber: 2.5 Consensus size: 358
281243 AATTTTTTAA
* * * * * ** * *
281253 TTATTCATTTTTGGAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAGATAAGCTTGTATGAACATAA
1 TTATTAATTTTTCGAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAGCTTGTACAAATAGAA
* ** * ** * *
281318 ATAATTGGCTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAGATGATTGTTTAAATAATCAT
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAGATAATTGTTCAAATAATCAT
**
281383 AACTATTTGAACGTATTCA-AAAAACATATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCTA
131 AACTATTTGATTG-ATT-AGAAAAACATATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCTA
* * * *
281446 ATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACA
193 ATAATAATAAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTACA
281511 ACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACT
258 ACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACT
* * *
281576 TGTTCGGTGAATAGATTAATTTTTCAAATCTCTTAC
323 TGTTCGATAAATAGATTAAGTTTTCAAATCTCTTAC
* * * * * *
281612 TCATTAA-TTTTCGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAA-AAGCCTATATGAACT
1 TTATTAATTTTTCG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTA-TTTCAAATAAGCTTGTA-CAAAT
** * * * *
281675 -GATGCAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATATCAATTTGGAAAAGATAATTATTCAAATA
62 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT-GAAAAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * *** *
281739 GTTATGATTATTTGAATTTCTTTGCTGAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT
126 ATCATAACTATTTG-ATTGATTAGAAAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT
*
281804 T-TAATAATAATAAATTTATATTATTTTAATT-AAAATAAGCTTATATGAATA-AAA-AATTATT
189 TCTAATAATAATAAAGTTATATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATT
** * * * * * * * *
281865 TTATGACAAAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAA-TAGTCATAATTATT
253 TTACAACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATT
* ** * *
281929 TGAACTTGTTCGATAAATAGATTTGGTTTT-AAGTCTCTTAT
317 TAAACTTGTTCGATAAATAGATTAAGTTTTCAAATCTCTTAC
* *
281970 TTATTAATTTTTCAGAATATTAGTAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGTACAAATAG
1 TTATTAATTTTTC-GAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTTCAAATAAGCTTGTACAAATAG
* * * * *
282035 AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAAT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA-AGATAATTGTTCAAATAAT
* * * **
282100 CATAACTATTTGCATTGATTAGGACAATATATTTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTT
128 CATAACTATTTG-ATTGATTAGAAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
282164 AGAATACTAG
Statistics
Matches: 436, Mismatches: 98, Indels: 36
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 35 0.08
359 233 0.53
360 54 0.12
361 92 0.21
362 22 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
TTATTAATTTTTCGAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAGCTTGTACAAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAAGATAATTGTTCAAATAATCAT
AACTATTTGATTGATTAGAAAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCTAATA
ATAATAAAGTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATTTTACAACA
AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTGT
TCGATAAATAGATTAAGTTTTCAAATCTCTTAC
Found at i:282623 original size:180 final size:183
Alignment explanation
Indices: 282228--283217 Score: 914
Period size: 180 Copynumber: 5.5 Consensus size: 183
282218 TTGTTTTGTC
* * * * * * *
282228 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAAAT-TTTTAATTATTCATTTTTGA-AATA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAGAATA
* * * * * **
282291 TTAACAGATTAGTATCA-TTTATTTC-AGATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGGCTTATGAC
65 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
282354 AAAATAAAAGGTCTTAATTATTTGGAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACT
130 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * *** *
282407 ATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAGAATAT
* * **
282470 TAATAAAGTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTACAAC
66 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* *
282533 AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACT
130 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * * * * *
282587 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTCATAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAGAATAT
* * * * * *
282651 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCCTAT-TGAACT-GATATAATTGTTTTATTAC
66 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
282713 AAAACAAAAAGTCATATCTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATT
130 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * *
282767 ATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTT-GTTTTTAAATTCTTTTACTTATTAATTTTT--GAATA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTCAGAATA
* * * * *
282829 ATAATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTATGA
65 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
282892 CAAAACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTTATTGTTCAAATAGTCATAATT
129 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* ** * *
282947 ATTTGAACTTGTTCGATAAA-ATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTATTAA-TTTTCAGAAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAT--ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAGAAT
* * * *
283010 -TTTATCAAATTAGAATTATGTTATTTCG-AATAAGCTTGTACGAATAGAAACAATTGTTTTATG
64 ATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * *
283073 ACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATGATAACT
128 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * ** *
283129 ATTTG-CCTTGATCAGGCCAACATATTTATTTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATA
1 ATTTGAACTTGTTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAGAATA
* * *
283192 CTAATAAA-TATGCATTACTTTATTTC
65 TTAATAAATTA-GTATTATTTTATTTC
283218 TAATAGCTAT
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 127, Indels: 54
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 42 0.06
179 123 0.19
180 247 0.38
181 120 0.18
182 121 0.18
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (183 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
Found at i:283713 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 283250--284206 Score: 828
Period size: 181 Copynumber: 5.3 Consensus size: 181
283240 TTGTTTTGTC
* * * * * * * * * ***
283250 ATTTGAACTTGCTCGGTAAACAAAATTATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATT
* * * * * **
283315 AACAAATTAGTATCA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTATGACAAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
283379 ATAAAATGTTATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACT
131 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * ** * * *
283429 ATTTGAACGTATTCAAAAAACATATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATAT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCATAATAT
* * *
283492 TAATAAAATTA-TAATATTTTA-TTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA-CAG
65 TAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-
* *
283554 CAAAACAAAAGGTGATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
127 CAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * * *
283609 ATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATT
* * *
283674 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTGTATGAAGT-GATACAATTGTTTTATGACAA
66 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
283738 AACAAAAAGTCAT-ATCGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATT
130 AACAAAAGGTTATAAT-GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
** * * * * * *
283790 ATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TTAATAAT
1 ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATT
* * * * * *
283854 AATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGTTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTTGTGACA
66 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * * * ** *
283917 AAACAGAATGTTATAGCGATTTGAGATAGGTTATTGTTCAAATAGGCATAATT
129 AAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * ** * * *
283970 ATTTGAACTTGTTC-GACAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTGTTAATTTTCAGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATAT
* * * * * * *
284034 TAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTATTTTGTGACAA
65 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
284099 AACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACT
130 AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
* * ** * *
284151 ATTTGCAC-TGATCAAGCCAACATATTTAGTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTT
1 ATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT
284207 AGAATACTAT
Statistics
Matches: 625, Mismatches: 129, Indels: 46
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 26 0.04
179 98 0.16
180 212 0.34
181 283 0.45
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCATAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACT
Found at i:284177 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 283308--284206 Score: 954
Period size: 361 Copynumber: 2.5 Consensus size: 360
283298 TTCATTTTTG
* * * * **
283308 GAATATTAACAAATTAGTATCATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGGCTTAT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * ** *
283373 GACAAAATAAAATGTTATAATTATTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
*
283437 -GTATTCAA-AAAACATATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAA
131 TG-A-TCAAGAAAACATATTTAT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAA
* *
283499 ATTATAATATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACAGCAAAACAAAA
193 ATTATAATATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACAGCAAAACAAAA
* * *
283564 GGTGATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAA
258 GGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAGCATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAA
**
283629 TAGATTAATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
323 TAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
* ** * *
283667 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTGTATGAAGT-GATACAATTGTTTT
1 GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
283731 ATGACAAAACAAAAAGTCATATCGTTTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
*** * * *
283796 ACTTG-TTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-TAATAATAATAA
129 AC-TGATCAAGAAAACATATTTATTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAA
* * ** * **
283859 ATTTATATTATTTTAATT-GAAATAAGTTTGTATGAATTGAAAAAATTATTTT-GTGACAAAACA
192 AATTATAATATTTT-ATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACAG-CAAAACA
* * * * * * * * * * *
283922 GAATGTTATAGCGATTTGAGATAGGTTATTGTTCAAATAGGCATAATTATTTGAACTTGTTC-GA
255 AAAGGTGATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAGCATAACTATTTAAACTTGTTCAG-
* * **
283986 CAAATAGATTTAGGTTTTAAATCTCTTATTTGTTAATTTTCA
319 CAAATAGATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
* * * * *
284028 GAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTATTTTG
1 GAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
284093 TGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCA
65 TGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
** **
284158 CTGATCAAGCCAACATATTTAGTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTT
130 CTGATCAAGAAAACATATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
284207 AGAATACTAT
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 91, Indels: 28
0.78 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
359 19 0.04
360 68 0.16
361 320 0.74
362 26 0.06
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
TGATCAAGAAAACATATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAATAATAAAATT
ATAATATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACAGCAAAACAAAAGGT
GATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAAGCATAACTATTTAAACTTGTTCAGCAAATAG
ATTAAGGTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCA
Found at i:284714 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 284271--293896 Score: 5258
Period size: 181 Copynumber: 53.7 Consensus size: 179
284261 TTGTTTTGTC
* * * * * * * *
284271 ATTTAAACTTGCTCGGTAAACAAAATT-ATATTTTAAATTTTTTAATTATTCATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTAAT-TTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTCGAATAT
* * * * * * * **
284335 TAACAAAGTGGTATCA-TTTATT-TGAAATAAGTTTGTATGAACAGATAATAATTGGCTTATGAC
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGA-AACAATTGTTTTATGAC
* ** * * *
284398 AAAATAAAAGGTCATAATTAGTTGAAA-AGATAATTGTTTAAATAATCATAACT
126 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *** ** * * *
284451 ATTTGAACGTATTCAAAAAACTTATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
* * **
284515 AATAAAGTTA-TATTATTTTATTCGGAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTGTTTTACAACAA
64 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
284579 AACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACT
* * *
284631 ATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCGTAACT-T
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AA-TAT
* * * * * *
284695 TAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGTTTTATGACA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
284759 AAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
284812 ATTTGAACTTGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAATAGTA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAATATTA
* * * * *
284877 ATAATTTA-TATTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTTTATGAATAGAAA-ATTTTATTTTATGACAA
65 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
284939 AACAGAATGTTATAGCGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTTATAATT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * ** * *
284991 ATTTGAACTTGTTTGATTAAGAGATTTAGGTTTTAAGTCTCTTATTTATTAATTTTCAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATATT
* * * * *
285056 ACTAAATTAGAATTATGTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAC-A
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * * *
285119 AA-AAAAGGTTGTAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * *
285170 ATTTGCAC-TGATCAGGCCAACATATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTCTAGAATA
1 ATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT-TCGAATA
* * * * * * **
285233 TTAATAAA-TATGCATTACTTTATT-TCAAATAAGGTTGTATCAATAGAAACCATTGTTTTAAAA
62 TTAATAAATTA-GTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
285296 CGAAAA-AAATGGTCATAACGATTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACT
125 C-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * *
285351 AGTTGAA-TTGGTTTAGTAAATAAATTTATTTTT-AAT-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATT
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATATT
** * * * * * * *
285411 AATAAATTAAAAATATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * ** * *
285476 ATAAAGGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTCGGATAGCCTTAACT
129 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
*** * * * * *
285527 ATTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATT
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATATT
* * * * * * *
285591 ATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTATATTAACATAAATAATTGTTTTATGACAAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * ** * * * *
285656 ACCAAAGGTTATAACGATTTGAAATATACGATTGTTTAAACAATCATAATT
129 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * *
285707 ATTTGAA-TTGGTTCATTAAAC--A--AA----T-AATCTCCTGCTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATATT
* * * *
285762 AATTAATTAATTACTATTATTTTATTC-CATATAGGCTTGTATGATGTA-AAACAATTGTTTTAT
64 AA-T-A--AATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
285825 GACAAAACAAAAGTTTA-AATCAATCTGAAATAGATAATTATTTAAATGGCCATAACT
123 GACAAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * ** *
285882 ATTT-AAATTGACCTGATAAACTGATTTAATTTTTAAATCT-TCAACTTCTCGATTTTTGAAATA
1 ATTTGAACTTGTTC-GGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTCG-AATA
* * * * * * * *
285945 TTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTAGGATA
62 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* ** * *
286010 ATACAAAAGGTCATATTGATTTTAAATAGATCATTGTTCAAATAGTCATAACT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * * * *
286063 A-TTGAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTTAAAT-TCCATGCATATTAAGTTTCTGAAT
1 ATTTG-AACTTGTTCGGTAAACAGA-TTA-ATTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTC-GAAT
* * * * * * *
286126 GTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCGTGAATAAACT-GAAACAATTATTTTATGA
61 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * *
286190 CTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTCAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACT
125 CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
286245 ATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTACTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAGGATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATATT
* * ** * * * * *
286310 ATTAAATGT-GTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTTTGAA-AAAAGACAACTATTTTATAACA
64 AATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACA
* * * *
286373 AAAC-AAAGATCATATA--ATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
127 AAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
286424 ATTTGAA-TTGGTCCGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTC--A--TATTAATTTTTGAAATAT
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATAT
* ** * * * *
286484 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAAGAGAAACCATTGTTTTACGACAA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
286549 AATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * ** * **
286601 ATTTGAAGTTATTTGGT-AACATATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTTTTAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
* * * * * *
286665 ATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAACAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTTTGATAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * **
286729 AACAGAAGATCATAATGATTTGAAGTAGTAGTTAAACAATTTTCTGTTGCAAACCG-CTATAATC
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAA--A-TAG----ATAA---T-TGTT-CAAATAGTC-ATAA-C
286793 T
179 T
** * * *
286794 -TTTG---TT-TTCTCATGAAACA-ATT--TTTTCT--AT-TCATAC-AAGCTT-A-TTTCAAAT
1 ATTTGAACTTGTTC-GGT-AAACAGATTAATTTT-TAAATCTCTTACTTA--TTAATTTTCGAAT
* * * * ** * ** * * * *
286845 AAAATAATATAAATTTGT-TAATATTCAAACAATTAATAAG--TAAAAGATTAAAAAATAAATT-
61 ---ATTA-ATAAATTAGTATTAT-TTTATTC--TGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA-CAATTG
* * * **
286906 TGTTTACTGA-ATAAGTTCAAATAGGT-ATGAAC-ATTTG-AATA-ATTATTTATTTTAA-A-TC
117 T-TTTA-TGACA-AA--ACAAA-AGGTCAT-AACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTC
*
286964 ATTAGGCCT
174 A-TA--ACT
* ** * * ** * * *
286973 -TTTTATTTTG-TC-ATAAAACAATAGTTTTTTCTTTCAAATAAGCTTACATGAACTGAATAACT
1 ATTTGAACTTGTTCGGT-AAAC-AGA-TTAATT-TTT-AAAT---C-T-C-T-TACTTATTAA-T
* * * * ** * * * * * *
287035 TTTTGAA-A--GA-AATTTA-AAAAATATT-TCCTAAAATAA--TAAGTAAGAA-A-TAACAA--
53 TTTCGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATT
** * *
287088 -----A--AC--AA-A-AAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACT
116 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
287141 ATTTGAACTGGTTTGATAAGCAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATATT
* * * * * * * * * *
287202 AATAGATTAGTATTAATTTATTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * *
287267 ACGAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
129 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * **
287318 ATTTAAACTGGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTTAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAA-CAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
* * * *
287383 AATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACA
64 AATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* *
287446 AAACAAAA----AT---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
287492 ATTTGAA-TTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATAT
* * * * * * * * * * *
287556 TATTATATTAGTATTA--TT-TTC-GAATAAACTTATATGAACACAAATAATTGTGTTGTGATAG
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * *
287617 AATGAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCA-AACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * ** *
287668 ATTT-AAATTGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTAAAAGAT
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATTTTCGAATAT
* * * * *
287732 TAATAAATTAGTATTATTTCATTAC-GAATAAACTTTTATG-ATAAAAAACAATTGTTATATGAC
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * ** *
287795 CAAACAAAAGGTAATAACGATTTCAACTAGATAATTCTTGAAATAACCATAATT
126 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
287849 ATTTGAAC-TGTTTCGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCACTTAC-TA--ATTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGATT-AATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAATATT
* * * * * *
287910 AATAAATTAATAATATTTAATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-CAAATAATTGTTTTATGACAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
287974 AACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
288026 ATTTGAATTTGTTCGATCAACAAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATATT
* * * * *
288091 AAGAAATT-GATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCA
64 AATAAATTAG-TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * **
288154 AAATAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATAGTTTAAATAGTCATAGTT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * *** *
288207 GTTTCAACTTGTTTGGTAAACTGATTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAGTTTTTTTATGTTA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAATATTA
* * * * * * ***
288272 ATAAATTTGAATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTAAGATATA-AAACAAATATTTTATGGTTA
65 ATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * **
288335 AATAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATCGTTTTAACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACT
* * *** * * *
288387 ATCTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TCGAATATT
* * ** *
288452 ATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTATG-ATAAGAAACAATTGTTTTTATGAC
64 AATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG-TTTTATGAC
* * * * * * *
288515 AAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATAATTCTTTAAATAGTCATAACT
126 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
288568 ATTT-AAATCAGTTTC-ATAAACTGATT-TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATAT
1 ATTTGAACT-TG-TTCGGTAAACAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATAT
* * * *
288630 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT-AATAAAAAAGAATTGTTTTATAACA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* *** * * *
288694 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACCATTCAAATGGGCATAATT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * *
288747 ATTTTAA-TTGATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATT-ATTTTACCAAAAT
1 ATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT--C-GAAT
** * * * *
288810 ATTAATAAATTAGCGTTATTTTA-T-TGCATCTATGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTAG
61 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-A-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * ** * * *
288872 GATAAATCAAAAGGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTACTAAAATAGTAAAAACT
123 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
288929 ATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAAT-C
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTA-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATAT
* *
288993 T--T-AATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACT
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * ** * * *
289054 AAATAAAAGGTCAGAATGATTTCAAATAGATAATTGTTTTAATGGTCTTAACA
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
289107 ATTTGAAC-TGCTTCAGCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAACAT
1 ATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATAT
* * * * *
289171 TATTAAATTAGTATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTACGAACA-AAACAATTGTTTTATG----
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
289231 -AC--AA--T--T---GTTTTGAAATAGATAATTTTTCATACAGTCTTAACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * ** * * * * ** *
289273 ATTTAAACTAGTTTGGCAATTAAATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATATT
* * ** * * *
289338 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * *
289403 GTAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACT
129 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** ** * * *
289454 ATTTGAA-AAGTTTAGTAAACAGATGTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTGGT-AAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT-TAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT--TCGAATAT
* * * ** * * * * *
289517 TAATAAATTAGTATTATTAT-TTC-AAACAAATTTATATTAA-AAAAATAATTATTTTATGACAA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
289579 AATAAAAAGTAATAACGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
289631 ATTTGAA-TTGCTTTGGTAAATAGAATT-ATTTTCTAAATCTTTTACTTATAAACTTTT-GAAAT
1 ATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAG-ATTAATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCG-AAT
* * * * * *
289693 ATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTTAAATAAGCTTGTAT-AAGCT-GAAATAATTATTTTATG
61 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
289756 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACT
124 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * * *
289812 ATTTGAAATGGTTCGGGAAATGGATTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATATT
** * ** * * * ** *
289877 TCTAAATTAGTATTACTTTATTCCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGTAGA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
289942 ACAAAAGGTTATAGCAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
129 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * **
289993 ATTTCAACTGGTTCAGTAAGCAGATTTATCTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTTAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
* * * * *
290054 AGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTCTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
290118 AACAAAAGG---T-----TTTGAAATAGATAGA-TGTTAAAATGGCCATAATT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * **
290162 ATTTGAGC-TGATTTAGTAAACTGATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTT-GAAATA
1 ATTTGAACTTG-TTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCG-AATA
* * * * * * *
290225 TTAATAAAATAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGAT
62 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
290289 AGAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
126 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
290343 ATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTGTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTGAAATG
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTT-T-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCG-AATA
* * *
290408 TTAATAAATTATTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTATATGAC
62 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * ** * *
290472 TAAACAAAAGGTTAATATA--ATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACT
126 AAAACAAAAGG-TCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
290526 ATTTAAACTGGTTTGGCAAACATATTTATTTTCTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATATT
* ** * *
290587 ATTAAATTA-TATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGAGA
64 AATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
290649 AAA-GAAAGATCATAATGATTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * * * * *
290701 ATTTGAAGTAGTTTGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAG-ATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATATT
* * * *
290766 AATAAAGTAGTATTATTTTATT-TTAGATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-AGC
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-C
* ** * * *
290828 AAAATAAAAATTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCA-ATCT
126 AAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
290881 ATTTTAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTA-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATAT
* * * * * *
290946 TAATAATTTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGGTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATAACT
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * **
291010 AAACAAAAAGACAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
291063 ATTTGAAATGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
* * * * * *
291128 ATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAACTGTTTTATGAC-AA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * * *
291192 AGTAAAGATCGTAACAATTTGAGATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACT
129 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * * *
291243 ATTTGAACTAT-TTTAGTAAACATATTTAGTTTTT-AA-GTC-T-CTTATTAACTTTCAAAATAT
1 ATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATAT
* * ** * *
291303 TAATAGATTTGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAGAA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* ** * * *
291368 AACAAAAAGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGAT-ATGACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT
* * * * * * * *
291420 ATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
* * *
291485 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGCATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
** ** * * *
291550 ACAAAACATCATAAATATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAATT
129 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * ** * * *
291601 ATTTGAATTTGCTCGATAAATAGATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAGT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
** * * * * *
291666 AATAAACGAGTAATATTTTATT-TCAAATACA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGGCC
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT-GAC
* * * * * *
291729 AAAA-AAAAGG--A-AACTATTTGAAATAGATAATTGATAAAATAGTTAGAACA
126 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * * **
291779 ATTTGAACCTGTTTAGAAAAAATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
** * * *
291843 AGCAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTTTTTTATGACA
64 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * *
291906 AAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * * * * * *
291959 ATTTGAACTT-TTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATT-AATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
* * * * * * *
292023 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCCTATATGAATCGATACAATTGTTATATGATAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
292087 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAAAAATTATGACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * *
292139 ATTTGAACATATTCGGTAAATATATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAATTGTCAAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATATT
** * *
292204 AATAAATTAACATTATTTTAAGT-TGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
64 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
292268 AACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
292320 ATTTGAACTTATTTGGTAAACATAGTT-ATTTTTAAAATTTTTTACTTACTAATTGTCTGACTAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATAT
* * * * *
292384 TAATAAATTTGTATTATTTT-TT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGGCAA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
292447 AACAAAAAGTTATAGCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
292499 A-TTGAACTTGTTAC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTTGTT-CGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATAT
* * * * * * * * *
292562 TGATAAATTAGAATTATGTTATT-TCAAATAAGCTTGTACGGATAGAAATAATTATTTT-TGATA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * * * * *
292625 AAACAAAAAATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * ** * * *
292678 ATTTGCACTGGTTAGGCCAATAGTTTAATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAA-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTCGAATAT
* ** ** * *
292742 TAATAAATTAGCATTATTTTATTCCAAATAAGAC-AATATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * * *
292806 AAATAAATGATTATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTTAAATAGTTATAAGT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * * *
292859 AATTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC-GAATATT
* * * * * * *
292924 AATAAATTAATATTATTTTATTC-CAACCAATCTTATATGAACAAAAAC-ATATGTTTTATGACA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACA
* * *
292987 AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
127 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
293040 ATTTGAACTAGTTCGATAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-GATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATATT
* * * * * *
293105 AATAAATTTGT-TTAATTTTATTTTGAATAA-CATAGTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGAT
64 AATAAATTAGTATT-ATTTTATTCTGAATAAGC-TTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *** *
293167 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTT-TGTTAG-CTTTAACT
126 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACT
** * * * * *
293220 ATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATAT
1 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTAAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATAT
* * * * * ** * * *
293284 TATTACATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTATATGGACGGAAATAATTGTTTTATGATAG
63 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * *
293349 AAC-AAATGTTATGACAATTTGAAATATATAATTCTTTAAATAGTAATAACT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
293400 ATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATATT
* * * *
293465 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
293529 AACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATT
128 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * ** * * * * *
293581 ATTTGAACTAATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAGTTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCG-AATATT
* * ** * * * * *
293646 AATAAAGTAATATTATTTTATT-TTTATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * **
293710 ATAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTGAATAGTCATAACT
129 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * ** * * * * *
293761 ATTTGAACTTGTTCAATATATTGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGA-TTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCGAATATT
* * * * * * * *
293826 AATGAATTAGAATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGCCTAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
293891 ACAAAA
129 ACAAAA
293897 TGTCTGAATG
Statistics
Matches: 7340, Mismatches: 1660, Indels: 891
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
155 6 0.00
156 8 0.00
157 1 0.00
159 1 0.00
160 5 0.00
161 9 0.00
162 7 0.00
163 2 0.00
164 4 0.00
166 109 0.01
167 25 0.00
168 14 0.00
169 75 0.01
170 45 0.01
171 39 0.01
172 5 0.00
173 88 0.01
174 113 0.02
175 222 0.03
176 357 0.05
177 610 0.08
178 353 0.05
179 798 0.11
180 1472 0.20
181 2227 0.30
182 384 0.05
183 165 0.02
184 11 0.00
185 39 0.01
186 14 0.00
187 29 0.00
188 17 0.00
189 19 0.00
190 15 0.00
191 10 0.00
192 22 0.00
193 8 0.00
194 2 0.00
195 1 0.00
196 3 0.00
197 1 0.00
198 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCGAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
Found at i:285034 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 284473--293883 Score: 1121
Period size: 360 Copynumber: 26.3 Consensus size: 361
284463 TCAAAAAACT
*
284473 TATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAGTTATATTATTTTATTC
1 TATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTATATTATTTTATTC
* *
284538 GGAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
66 GAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
* * *
284603 ATAGAGAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTAATTTTTGAAA
131 ATAGAGAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAGTTTTGAAA
** * * *
284668 TCTCTTACTGATTAATTTTC-GTAACT-TTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAATAAGCCTA
196 TCTCTTACTGATTAATTTTCAG-AA-TATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAACCTA
* *
284731 TATGAACT-GATATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTA
259 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTA
284795 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
323 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* *
284834 TATTTAT-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATAGTAAT-AATTTATATTATTTTAA
1 TATTTATCTTTT-AAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTATATTATTTT-A
* ** * * * * *
284896 TT-GAAATAAGCTTTTATGAATAGA-A-AATTTTATTTTATGACAAAACAGAATGTTATAGCGAT
63 TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAA--TTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * *
284958 TTGAAATAG-GTAATTGTTCAAA-TAGTTATAATTATTTGAACTTGTTTGATTAAGAGATTTAGG
126 TTGAAATAGAG-AATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGA-TTAAG
* * * *
285021 TTTT-AAGTCTCTTATTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATA
188 TTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATA
* * * * ** * *
285085 AACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGAC-AAA-AAAAGGTTGTAAT-GATTTAAAATAAA
253 AACCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAATAGA
* * * * * * * ** *
285147 TAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGATCAGGCCAA-CA
317 TAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTG-TTTGG-TAAGCA
* ** * * *
285192 TATTTATTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAA--TATGCATTACTTT
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATAGTAATAAAGTTAT--ATTATTTT
* * * * * * * *
285254 ATTTC-AAATAAGGTTGTATCAATAGAAACCATTGTTTTAAAACGAAAA-AAATGGTCATAACGA
62 A-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAAC-AAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * * * * * * * *
285317 TTTGAAGTAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAGTTGAA-TTGGTT-TAGTAAATAAATTTA-
125 TTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTT-GTTCGA-TAAAGAGATTAAG
* * * * * * *
285379 TTTT-TAAT-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAAATATTTTA-TTCTGAAC
188 TTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTC-GAAT
* * * * * ** **
285439 AAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAGGGTCATAAAGATTTGAAATAGA
252 AAACCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGA
* ** * **** *
285504 TAATTTTTCGGATAGCCTTA--ACTATTTGAA-TTGGTTCAACAAACA
317 TAATTATTCAAATAG--TTATGATTATTTGAACTT-GTTTGGTAAGCA
* * * *
285549 AATTTAT-TTTT-AATTCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTT
1 TATTTATCTTTTAAATT-T-TTACTTATTAATTTTTCA-AATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTT
* * * * * * * * ** * * *
285610 ATTCTG-AATAAGTTTATATTAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAACGAT
62 ATTC-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * ** * * * *
285674 TTGAAATATACG-ATTGTTTAAACAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTC-ATTAA-ACA--AA--
126 TTGAAATAGA-GAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTT-GTTCGATAAAGAGATTAAGT
* * * * ** * *
285731 --T--AATCTCCTGCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATTAATTAATTACTATTATTTTA-TTCC
189 TTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAG-AATATTAA-T-A--AATTAGAATTATGTTATTTCG
** * * * * * * *
285790 ATATAGGCTTGTATGATGTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTTAAATCAATCTGA
249 A-ATAAACCTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATATCGATTTGA
* * ** * * * ** * *
285853 AATAGATAATTATTTAAATGGCCATAACTATTT-AAATTGACCTGATAAAC-
311 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAGCA
** * ** * *
285903 TGATTTAAT-TTTTAAATCTTCAACTTCTCGATTTTTGAAATATTAATAAAG-TAGTATTATTTT
1 T-ATTT-ATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTT
* * * * * ** * * ***
285966 ATTTTG-GATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTATTTTAGGATAATACAAAAGGTCATATTGAT
62 A-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* ** * * * * **
286030 TTTAAATAGATCATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTGAAACTTGTTCAATAAATAGATTTATTT
126 TTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGA-TTAAGT
* * * * * * * * * *
286094 TTTTAAAT-TCCATGCAT-ATTAAGTTTCTGAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAAT
189 TTTGAAATCT-CTTAC-TGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAAT
* * * * * * * * * *
286157 AAGCGTGA-ATAAACT-GAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTCAAATA
252 AAACCT-ATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATA
* * * * * * *
286220 GATAATTATTCTAATAGTCT-TAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACA
315 GATAATTATTCAAATAGT-TATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * *
286267 CATTTA-CTTTTTAAATATCTTACTTATTAA-TTTTCAGGATATTATTAAA-TGTGTATTATTTT
1 TATTTATC-TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATAGTAATAAAGT-TATATTATTTT
* * * * * * * * *
286329 AATCCAAATAAGCTTGTTTGAAAAAAGACAACTATTTTATAACAAAAC-AAAGATCAT-ATAATT
62 ATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * * *
286392 TGAGATAAATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTCCGGTAAACAGATTTAA-T
127 TGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTT-GTTCGATAAAGAGA-TTAAGT
* * * * *
286454 TTTTAAATCTC--A-T-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAAT
189 TTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTC-GAAT
*** ** * * * * * *
286513 AATTTTGCATGAAGAGAAACCATTGTTTTACGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGA
252 AAACCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGA
* ** * * *
286578 TAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAAGTTATTTGGTAA-CA
317 TAATTA-TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* *** * ** * *
286622 TATTTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTTTTAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAT
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTTA-
* * * *** * * * **
286686 TTCGAACA-AA-CTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTTTGATAAAACAGAAGATCATAATGATT
63 TTCGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* ** * * *** * *
286749 TGAAGTAGTAGTTAAACAATT-TTC-TGTT-GCA-AACCGCTA--TAATCTTTTGTTTTCTCATG
127 TGAA--A-TAG----AGAATTGTTCAAATTATCATAA--G-TATTTAAAC--TTGTTCGATAAAG
** * *** * * * *
286808 A-AACAATTTTTTCTAT-TCATACAAGCTT-A-TTTCA-AATA-AAAT-AATATA-AATT-TGTT
180 AGATTAAGTTTTGAAATCTCTTAC-TGATTAATTTTCAGAATATTAATAAAT-TAGAATTATGTT
* ** * * * * * *
286864 AATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGA-ATAAGTTCAAA
243 -AT-TTC---GAA-TAA-ACCTATATGAAT-AGAAA-CAATTGT-TTTA-TGACA-AA--ACAAA
* * * * * *
286927 TAGGT-ATGAAC-ATTTG-AATA-ATTATTTATTTTAAATCA-TTAGGCCTT-TTT--A-TT-TT
294 -AAGTCAT-ATCGATTTGAAATAGA-TAATTA-TTCAAAT-AGTTATG-ATTATTTGAACTTGTT
** *
286982 GTCATAAAACAA
353 -TGGT-AAGC-A
* * * * * * *
286994 TAGTTTTTTCTTTCAAATAAGCTTACATGAACTGAATAACTTTTT-GAA-AGAAATTTAAA---A
1 TA--TTTATCTTTTAAAT----TT---T-TACTTATTAA-TTTTTCAAATAGTAA--TAAAGTTA
* ** * * *
287054 -AATA-TTTCCT-AAAATAA-----TA--AGTA-AGA-AA-TA----ACAA-AACA-AAAAGGTC
53 TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
287100 ATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGAT-AAGCA
118 ATAACAATTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAG-A
* * * * * *
287163 GATTTATTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAGATTAGTATTAAT-TTA
181 GATTAAGTTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATT-ATGTTA
* * * * * * * * * * *
287222 TTTTGAAAAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACAATTT
244 TTTCGAATAAACCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTT
* * * * * * **
287287 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTGGTTAGGTAAATA
309 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * * *
287340 AAATTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-TTCATTTTATTTTAT
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTT-ATATTATTTTA-
* * * * * ** *
287404 TTTG-AATAAG-TTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA----AT---GATT
63 TTCGAAATAAGCTT-GTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * * * *
287460 TGAAATAGATAATTGTTCATA-TAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTC-AGCAAACAAATTTATT
127 TGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTT-GTTCGA-TAAAGAGATTAAGT
* * * ** * * *
287522 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTA---T-TTTCGAATAA
189 TTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAA
* * * * * * * * ** * * * * * *
287583 ACTTATATGAACACAAATAATTGTGTTGTGATAGAATGAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACA
254 ACCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATA
* * * * * * *
287648 ATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTT-AAATTGGTTTAGTAAACA
319 ATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTT-GTTTGGTAAGCA
* * * * * * * *
287690 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTAAAAGATTAATAAA-TTAGTATTATTTCAT
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTTAT
* * * * * * ** * * *
287754 TACG-AATAAACTTTTATG-ATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACGATT
64 T-CGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * * * * * * *
287817 TCAACTAGATAATTCTTGAAATAACCATAATTATTTGAAC-TGTTTCGGTAAATAGATTCATTTT
127 TGAAATAGAGAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTG-TTCGATAAAGAGATTAAGTTT
* * * * *
287881 TTAAATCACTTAC----TAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-ATAATAT-TTAATTTTGAATAA
191 TGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTT-ATTTCGAATAA
* * * * * * *
287940 GCTTGTATGAACT-CAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTTAAATAGA
254 ACCTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAATAGA
* * ** * * * * *
288003 CAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCGATCAA-CA
317 TAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGT-AAGCA
* * * * * * *
288048 AATTTATTTTTTAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAA-TTGATATTATTTTAT
1 TATTTATCTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTT-ATATTATTTTA-
* * * * * *** * * **
288112 TTTG-GATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTTATAATGATT
63 TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * * * ** **
288175 TTAAATAAATAATAGTTTAAA-TAGTCAT-AGTTGTTTCAACTTGTTTGGTAAACTGATTATTTT
127 TGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAG-TATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAGTT
* * * * * *** * * * * *
288238 TTCAAATCTTTTGCTTATTAGTTTT-TTTATGTTAATAAATTTGAATTATTTTATTTCAAATAAG
190 TTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAA
* * * * * *** * * * * *
288302 CTTGTAAGATATA-AAACAAATATTTTATGGTTAAATAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATA
255 CCTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATA
* * * * * * **** *
288366 ATTATT-ATAATCGTTTTAACTATCTGAACTAGTTCAACAAACA
319 ATTATTCA-AATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * *
288409 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTAT-AGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTT-
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTTA
* * * * * ** * * **
288471 TAACCAAATAAGCTTCTATG-ATAAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGA
63 T-TCGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAGACAATT-ATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * * * **
288534 TTTGAGATTGATAATTCTTTAAA-TAGTCATAACTATTTAAA-TCAGTTTC-ATAAACTGATT--
125 TTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACT-TG-TTCGATAAAGAGATTAA
* * * * * *
288594 TTTTTTAAATCTCTTACAT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTA
187 GTTTTGAAATCTCTTAC-TGATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTC-G
* * * * * * *
288656 AATAAGCTTGTAT-AATAAAAAAGAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTGAA
249 AATAAACCTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAA
** * ** * * *** *
288719 ATAGATAACCATTCAAATGGGCATAATTATTTTAA-TTGATTCAATAAACA
312 ATAGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAGCA
* * * * **
288769 TATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATT-ATTTTACCAAAATATTAATAAA-TTAGCGTTATTTT
1 TATTTATCTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTT-TC-AAATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTT
** * * * * ** * * * *
288832 ATT-GCATCTATGCTTGTATTAACT-GAAACAATTGTTTTAGGATAAATCAAAAGGTTATAACGA
62 ATTCG-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * ** * * * * * * ** * * **
288895 TTTCAAATAGATAATTACT-AAAATAGTAAAAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATTTATT
125 TTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGA-TTAAG
* * * ** * *
288959 TTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAAT-CT--T-AATTAGTATTAAT-TTA-TTCTGAA
188 TTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATT-ATGTTATTTC-GAA
* * * * * * * *
289018 TAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAAT-GATTTCAAAT
251 TAAACCTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA-TATCGATTTGAAAT
* ** * * ** * **
289081 AGATAATTGTTTTAATGGTCT-TAACAATTTGAAC-TGCTTCAGCAAAG-A
314 AGATAATTATTCAAATAGT-TATGATTATTTGAACTTG-TT-TGGTAAGCA
* * * * * * * *
289129 AATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAACATTATTAAA-TTAGTATTATTTTAA
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTTAT
* * * * ** **
289193 TC-AGAATAAGCTTGTACGAACA-AAACAATTGTTTT-----ATGAC--AA--T--T---GTTTT
64 TCGA-AATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * * ** ** * * *
289242 GAAATAGATAATTTTTCATA-CAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTGGCAATTAAATTTATTTTT
128 GAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAGTTTT
* * * ** * * * * * * *
289306 TAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAA-A
192 GAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAACC
* * ** * * * *
289370 TAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAGTAAAAGGTTATAACTATTTGAAATAGATAAT
257 TA-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAAT
* ** * ** * *
289435 TATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-AAGTTTAGTAAACA
321 TATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * * *
289475 GATGTA-CTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTGGT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTAT
1 TATTTATC-TTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTT-TTCAAATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTT
* ** * * * * * ** * * * *
289537 -TTC-AAACAAATTTATATTAA-AAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACGATT
62 ATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * * * * *
289599 TTAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTTATAATTATTTGAA-TTGCTTTGGTAAATAGAATT-A-T
127 TGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTG-TTCGATAAAGAG-ATTAAGT
* * * * * ** **
289660 TTTCTAAATCTTTTACTTATAAACTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTTTTAT-TCTATTTTAAA
189 TTT-GAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGT-TATTTCGAA
* * * * * * * *
289723 TAAGCTTGTAT-AAGCT-GAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAA
251 TAAACCTATATGAA--TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAAT
* * * * * * * * *
289786 AAATAATTGTTCATATAGTCT-TAACTATTTGAAATGGTTCGGGAA--A
314 AGATAATTATTCAAATAGT-TATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * ** *
289832 TGGATTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTTCTAAA-TTAGTATTACTT
1 T--ATTTATCTTTTAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTCA-AATAGTAATAAAGTTA-TATTATTT
* * * * * * **** * * * *
289895 TATTCCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGTAGAACAAAAGGTTATAGCAAA
61 TATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * *
289960 TTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTCAACTGGTTC-AGT-AAGCAGATTTA-
126 TTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGA-TAAAG-AGATTAAG
* * * * * *
290021 TCTTTTAAATCT-TT--T-ATTAATTTTTTA-AATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
188 T-TTTGAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAA
* * * * * *
290081 TAAGCTTCTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG-------GTTTTGAAATA
251 TAAACCTATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATA
* * * ** * * * *
290137 GATAGA-TGTTAAAATGGCCATAATTATTTGAGC-TGATTTAGTAAAC-
315 GATA-ATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTG-TTTGGTAAGCA
* * * * * * * *
290183 TGATTTTTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAA-ATAGTGTTATTTTA
1 T-ATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTTA
* * * * ** * * * **
290247 TTTTG-GATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGCCATAATGAT
63 -TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * * * * *
290310 TTTAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTATTC-AGTAAACAAATTTA-T
126 TTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGA-TAAAGAGATTAAGT
* * * ** * *** *
290372 TTTGTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTGAAATGTTAATAAATTATTTTTATTTTA-TTCTGA
189 TTTG--AAATCTCTTACTGATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTC-GA
* * * * * * * *
290436 ATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTTAATAT-AATTTGAAA
250 ATAAACCTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATATCGATTTGAAA
** * * * * * * *
290499 TAGATAATTATTTTAGTAGTCT-TAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACA
313 TAGATAATTATTCAAATAGT-TATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * *
290548 TATTTAT-TTTCTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAA-TTATATTATTTT-TA
1 TATTTATCTTT-TAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTATATTATTTTAT-
* * ** * * * **
290607 TCCAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGAGAAAA-GAAAGATCATAATGATTT
64 TCGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * * * * * *
290670 -AAGATTGATATTTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTTGAAAAATAGTTTTAGTTT
128 GAA-ATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAGTTT
* * * * * * * * *
290733 TTAAATCTTTTGCTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-TAGATAA
191 TGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGA-ATAA
*** * * *
290796 GTTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT-AGCAAAATAAAAATTCATAAT-GACTTT-AAATA
254 ACCTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCAT-ATCGA-TTTGAAATA
* * * * * *
290857 GATAATTGTTCAAATAATCA--ATCTATTTTAACTTGTTCGGTAAACA
315 GATAATTATTCAAATAGTTATGAT-TATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * *
290903 GATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAAT-GTTAAT-AATTTAGTATTATTTT
1 TATTTA-TCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAG-TAATAAAGTTA-TATTATTTT
* * * * * * * * **
290966 ATTCTG-AATAAGGTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGACAAAATGA
62 ATTC-GAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * ** * * ** * * * *
291029 TTTGAAATAGATAATTATTCTAA-TAGTTTTAACTATTTGAAA-TGGTTCGGCAAACACATTTAT
125 TTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTT-AAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAG
* * * ** * * *
291092 TTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTA-ATATTATTTTA-ATCTGAA
188 TTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTC-GAA
* * * * * * ** * * * * *
291155 TAAGCTTGTATGAAAAGAAATAACTGTTTTATGACAAAGTAAAGA-TCGTAACAATTTGAGATAG
251 TAAACCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAG
* * * * * *
291219 ATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTTAGTAAACA
316 ATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACT-TGTTTGGTAAGCA
* * * * * * *
291265 TATTTAGT-TTTT-AA-GTCT-CTTATTAA-CTTTCAAAATATTAATAGATTTGTATTATTTTAT
1 TATTTA-TCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTC-AAATAGTAATAAAGTTATATTATTTTAT
** * * * ** * * **
291325 TCTG-AATAATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAAGTCATAATTATTT
64 TC-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * * * *
291389 AAAATAGATAATTGTTCAGATAGAT-ATGACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTT
128 GAAATAGAGAATTGTTCAAAT-TATCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAGTTTT
* * * * * *
291453 TAAATCTCCTACCT-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAA
192 GAAATCTCTTA-CTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTC-GAATAAA
* * * *** *
291516 CTTGTATGCATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACA-TCATAAATATTTGAAATAAATA
255 CCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATATCGATTTGAAATAGATA
* * * * * * * * **
291580 TTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTGCTCGATAAATA
319 ATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * ** *
291623 GATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAGTAATAAACG--AGTAATATTTTA
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAA-GTTA-TATTATTTTA
* * ** *** *
291686 TTTC-AAATACA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGGCCAAAA-AAAAGG--A-AACTA
63 -TTCGAAATA-AGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTA-CAACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * ** * * * * * * *
291745 TTTGAAATAGATAATTGAT-AAAATAGTTAGAACAATTTGAACCTGTTTAGA-AAAAATATTTAT
125 TTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTG-TTCGATAAAGAGATTAAG
* * * * * ** * *
291808 TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAGCAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAA
188 TTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAA-TTAGAATTATGTTATTTCG-AA
* * ** * * * *
291870 TAAGCTTGCACGAATAGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAATA-TCATAACAATTTGAAATA
251 TAAACCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATATCGATTTGAAATA
* * * * * * **
291934 GAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-TTTAGTAAATA
315 GATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * *
291980 GATTCATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTTA
* * * * * * ** * **
292043 TTTC-AAATAAGCCTATATGAATCGATACAATTGTTATATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
63 -TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * ** * * * * * * * * * * *
292107 TGAAATAGATAAGTATTCAAAAAATTATGACTATTTGAACATATTCGGTAAATATATTTATTTTT
127 TGAAATAGAGAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAGTTTT
* * * * * * * * *
292172 AAAATCTTTTAATTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTA-ACATTATTTTAAGTT-GAATAAG
192 GAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTT-ATTTCGAATAAA
* * * * *
292235 CTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT-GATTTCAAATAAATA
255 CCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATA
* * ** * * *
292299 ATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACA
319 ATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * * * *
292342 TAGTTAT-TTTTAAAATTTTTTACTTACTAA-TTGTCTGACTATTAATAAATTTGTATTATTTT-
1 TATTTATCTTTT-AAA-TTTTTACTTATTAATTTTTC-AAATAGTAATAAAGTTATATTATTTTA
* * * *** * * *
292404 TT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGGCAAAACAAAAAGTTATAGCAATTT
63 TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
* * * * * * * *
292468 GAAATAAATAATTTTTCAAA-TAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTACG-TAAATAGATTTATTTT
128 GAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTT-CGATAAAGAGATTAAGTTT
* * ** * * *
292530 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTAGAATTATGTTATTTCAAATAAGC
191 TGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAAC
* * * * * * * * * * * *
292595 TTGTACGGATAGAAATAATTATTTT-TGATAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAACAAATAAT
256 CTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * **
292659 TGTTCAAACAGTTATAACTATTTGCACTGGTTAGGCCA--A
321 TATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* ** * *
292698 TAGTTTAATTTTTTAAATCCATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGCATTATTT
1 TA-TTT-ATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCA-AATAGTAATAAAGTTA-TATTATTT
* ** * * * * ** * * * *
292761 TATTCCAAATAAGAC-AATATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATTATAACAA
61 TATTCGAAATAAG-CTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * * * * * * * * *
292825 TTTGAAACAAATAATTGTTTAAA-TAGTTATAAGTAATTGAACTAGTT-TAGCAAATAGATTTAT
125 TTTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTA-TCATAAGTATTTAAACTTGTTCGA-TAAAGAGATTAAG
* * * * *
292888 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTA-TTCCAAC
188 TTTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTCGAA-
* * * * * * *
292951 CAATCTTATATGAACAAAAAC-ATATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-GATTTAAAAT
251 TAAACCTATATGAATAGAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAAT
* * * * * * *
293014 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGATAAACA
314 AGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * * * * * *
293062 TAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTAATTTTAT
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTATATT-ATTTTA-
* * * * * * ** * **
293126 TTTG-AATAA-CATAGTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGAT
63 TTCGAAATAAGC-TTGTATGAA-TAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * ** * * * * * * * * *
293188 TTGAAATAAAAAATTGTT--TGTTAGCTTTAACTATTTGAA-TTGGTT-TAGCAAACAAATTTA-
126 TTGAAATAGAGAATTGTTCAAATTATC-ATAAGTATTTAAACTT-GTTCGA-TAAAGAGATTAAG
* * * * * * *
293248 TCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTAAT-TTA-TTCTGA
188 T-TTTGAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATT-ATGTTATTTC-GA
* * * ** * * * * * *
293311 ATAAGCTTATATGGACGGAAATAATTGTTTTATGATAGAAC-AAATGTTATGA-CAATTTGAAAT
250 ATAAACCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAAT
* * * * * * * **
293374 ATATAATTCTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATA
314 AGATAATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
* * ** * *
293422 AATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAT
1 TATTTATCTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTA-TATTATTTTAT
* * * * * ** * *
293486 TCCG-AATAGGCTTGTATG-ATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAACAATT
64 T-CGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * *** * * ** ** * *
293549 TGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAATTGATTTATTTTT
127 TGAAATAGAGAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAGTTTT
* * * * * * * * ** *
293614 TAAATCTCTAACTTATCAGTTTT-TGAAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTT-TTATAAG
192 GAAATCTCTTACTGATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTCGAATAAA
* * * * * * * *
293676 CTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAAT-GATTTTAAATAGATA
255 CCTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-ATCGATTTGAAATAGATA
* ** * * * *** *
293740 ATTGTTTGAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATATA--T
319 ATTATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTA-AGCA
* * ** * *
293782 TGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAAT-GTTAATGAA-TTAGAATTATTTT
1 T-ATTTATCTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTCAAATAG-TAATAAAGTTA-TATTATTTT
* * * *
293845 ATTTTG-AATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTA
62 A-TTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTA
293884 TGCCTAAACA
Statistics
Matches: 6889, Mismatches: 1581, Indels: 1160
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
336 9 0.00
337 8 0.00
338 4 0.00
339 1 0.00
340 2 0.00
341 6 0.00
342 6 0.00
343 30 0.00
344 86 0.01
345 28 0.00
346 69 0.01
347 101 0.01
348 15 0.00
349 28 0.00
350 293 0.04
351 184 0.03
352 12 0.00
353 40 0.01
354 42 0.01
355 335 0.05
356 544 0.08
357 581 0.08
358 855 0.12
359 401 0.06
360 1063 0.15
361 1046 0.15
362 610 0.09
363 223 0.03
364 99 0.01
365 9 0.00
366 8 0.00
367 28 0.00
368 12 0.00
369 15 0.00
370 8 0.00
371 9 0.00
372 26 0.00
373 7 0.00
374 12 0.00
375 4 0.00
376 1 0.00
377 5 0.00
378 3 0.00
380 3 0.00
381 9 0.00
382 9 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TATTTATCTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTCAAATAGTAATAAAGTTATATTATTTTATTC
GAAATAAGCTTGTATGAATAGAGACAATTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
ATAGAGAATTGTTCAAATTATCATAAGTATTTAAACTTGTTCGATAAAGAGATTAAGTTTTGAAA
TCTCTTACTGATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAACCTATA
TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATATCGATTTGAAATAGATAATTATTC
AAATAGTTATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAGCA
Found at i:285488 original size:176 final size:175
Alignment explanation
Indices: 285035--285681 Score: 448
Period size: 176 Copynumber: 3.6 Consensus size: 175
285025 AAGTCTCTTA
* * * * * * * *
285035 TTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGAATTATGTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATA
1 TTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAAATATTTTATTCT-GAACAAACTTATATGAACA
* * ** * * * **
285099 GAAACAATTGTTTTGTGACAAAAAAAGGTTGTAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAATC
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCC
* * * * * * * * *
285164 ATAACTATTTGCACT-GATCAGGCCAACATATTTATTTTTTAAATC-C
130 TTAACTAGTTGAATTGGTTCA-ACAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTC
* ** * * * * *
285210 GTTACTTATTAA-TTTCTAGAATATTAATAAA-TATGCATTACTTTATT-TCAA-ATAAGGTTGT
1 --T--TTATTAATTTTC-AAAATATTAATAAATTA-AAAATATTTTATTCTGAACA-AA-CTTAT
* * * * ** *
285271 ATCAATAGAAACCATTGTTTTAAAACGAAAAAAATGGTCATAACGATTTGAAGTAAATAATTGTT
58 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTT
* * * ** *
285336 CAAATTG-TTATAACTAGTTGAATTGGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTAATTCTC
121 CAAATAGCCT-TAACTAGTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAATTCTC
285391 -TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAAATATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAA
1 TTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAAATATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAA
* * * * **
285455 AAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAGGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTTTTCGGATAGC
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAA-GGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGC
*
285520 CTTAACTATTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAATTCTC
129 CTTAACTAGTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAATTCTC
* * ** * * ** *
285567 TTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTATATTAA
1 -T--TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAAATATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAA
* * *
285632 CATAAATAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGGTTATAACGATTTGAAATA
63 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA--AAAGGTCATAACGATTTGAAATA
285682 TACGATTGTT
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 75, Indels: 41
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.01
176 124 0.33
177 14 0.04
178 11 0.03
179 56 0.15
180 108 0.29
181 53 0.14
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (175 bp):
TTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAAAAATATTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCT
TAACTAGTTGAATTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTAATTCTC
Found at i:289622 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 289601--289633 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
289591 TAACGATTTT
289601 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGTATAATTATTC
289617 AAATAGTTATAATTATT
1 AAATAG-TATAATTATT
289634 TGAATTGCTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGTATAATTATTC
Found at i:289952 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 287084--293767 Score: 4353
Period size: 539 Copynumber: 12.5 Consensus size: 536
287074 GTAAGAAATA
** * *
287084 ACAAAACAAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
1 ACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * ** * * *
287149 TGGTTTGATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGA-AATATTAATAGATT
65 TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATT
* * * * * * * * *
287210 AGTATTAATTTATTTTGAAA-AAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACGAAAG
130 AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
** * * *
287274 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAACTGG-TTAGGTAA
194 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA--GGTTTA-GCAA
* * * * * * *
287337 ATAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTT
256 ACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTGTAAATATTAATAAATT-AGTATTA--T
** * *
287401 TATTTTGAATAAG-TTAGTATGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAA---AT---GA
316 TATTTCAAATAAGCTTA-TATGAA--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACGA
* * * * * *
287458 TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCAGCAAACAAATTTATT
378 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAATAGATTTATT
* * * * * * **
287522 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTA---T-TTTCGAATAA
442 TTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * ** * * *
287583 ACTTATATGAACACAAATAATTGTGTTGTG
507 GCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * * *
287613 ATAGAATGAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTT-AAAT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * * *
287676 TGGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTAAAAGATTAATAAATT
66 T-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATT
* * * * * * **
287741 AGTATTATTTCATTAC-GAATAAACTTTTATGATA-AAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAA
130 AGTATTATTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
* * * * * * ** * ** * *
287804 GGTAATAACGATTTCAACTAGATAATTCTTGAAATAACCATAATTATTTGAACTGTTTCGGTAAA
193 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGGTTT-AGCAAA
* * * * * *
287869 TAGATTCATTTTTTAAA--TC--ACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATAATATTTAA
257 CAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGTA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TT-A
** * ** * * *
287930 TTTTGAATAAGCTTGTATGAACTCAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
318 TTTCAAATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTT
* * * * * * * *
287995 TAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTG-TTCGATCAACAAATTTATTTTT
381 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTATTTTT
* * * * **
288059 TAAAACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATT-GATATTATTTTATTTTGGATAAGC
445 TAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTAAATAAGC
*
288123 TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
509 TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * ** * *
288151 TCAAAATAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATAATAGTTTAAATAGTCATAGTTGTTTCAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *** *
288216 TGTTTGGTAAACT-GA-TTATTTTTTCAAATCT-TTTGCTTATTAGTTTT-TTTATGTTAATAAA
66 TGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCAGAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
288277 TTTGAATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTAAGATATA-AAACAAATATTTTATGGTTAAATAA
128 TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
* * ** * ** * * *
288340 AATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATCGTTTTAACTATCTGAACTA-GTTCAA
191 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAA--AGGTTTAG
* * *
288403 CAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTATAGAATATTATTAAATTAGTATTAT
253 CAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGTA-AATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
288468 T-TTTAACCAAATAAGCTTCTATGATAAGAAACAATTGTTTTTATGAC-AAAACAAAGATCTTAA
316 TATTT---CAAATAAGCTTATATGA-AAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAA
* * * * * * *
288531 TGATTTGAGATTGATAATTCTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATCAGTTTCA-TAAACT-GA-
375 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTT-AGTAAA-TAGAT
* * * *
288592 TT-TTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
437 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA
* * *
288656 AATAAGCTTGTAT-AA-TAAAAAAGAATTGTTTTATA
502 AATAAGCTTGTATGAACT--GAAACAATTGTTTTATG
* *** * * * *
288691 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACCATTCAAATGGGCATAATTATTTTAA-T
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * *
288755 TGATTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTATTTATT-ATTTTACCAAAATATTAATAAA
66 TG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT--CAGAATATTAATAAA
** ** * * * * *
288819 TTAGCGTTATTTTATTGC-ATCTATGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTAGGATAAATCAAA
128 TTAGTATTATTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * * * * * ** *
288883 AGGTTATAACGATTTCAAATAGATAATTACTAAAATAGTAAAAACTATTTGAACTTGTTTGGCAA
192 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-AGGTTTAGCAA
* * * * *
288948 ACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTTGAAT-CT--T-AATTAGTATTAATT
256 ACAGATTTA--TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTGTAAATATTAATAAATTAGTATT-ATT
* * ** * * * *
289009 -TATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAATGA
317 AT-TTC-AAATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAAAGTCATAACGA
* ** * * * * * * *
289073 TTTCAAATAGATAATTGTTTTAATGGTCTTAACAATTTGAAC-TGCTTCAGCAAAGAAATTTATT
378 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTTATT
* * * * * *
289137 TTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAACATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ATCAGAATA
442 TTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTA-AATA
* *
289201 AGCTTGTACGAAC-AAAACAATTGTTTTATG
506 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * *
289231 -----AC--AA--T--T---GTTTTGAAATAGATAATTTTTCATACAGTCTTAACTATTTAAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * * * * *
289282 AGTTTGGCAATTAAATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTA
66 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA
* * ** * * * * * **
289347 GTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAGTAAAAGGT
131 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
* * * *
289412 TATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAAAGTTTAGTAAACAG
196 CATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGGTTTAGCAAACAG
* *
289476 ATGTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTGGTAAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTCA
260 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-GTAAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTCA
* ** * * * * *
289541 AACAAATTTATATTAAAAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAACGATTTTAAATA
323 AATAAGCTTATATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
289606 GATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGCTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATC
387 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
* * *
289670 TTTTACTTATAAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTTAAATAAGCTTGTAT-
451 TTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATG
* *
289734 AAGCTGAAATAATTATTTTATG
516 AA-CTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
289756 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAAT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * **
289821 GGTTCGGGAAATGGATTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTTCTAAATTA
66 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA
* * * * * *
289886 GTATTACTTTATTCCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGTAGAACAAAAGGT
131 GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
* *** * * * * * * *
289951 TATAGCAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTCAGTAAGCAG
196 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-AGGTTTAGCAAACAG
* *
290016 ATTTATCTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTTAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTT
260 ATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTGTAAATATTAATAAATTAGTATTA--TTATTT
** * ** * *
290077 TGAATAAGCTTCTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-------GTTTTGAAA
321 CAAATAAGCTTATATG-AAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
290135 TAGATAGA-TGTTAAAATGGCCATAATTATTTGAGC-TGATTTAGTAAACT-GATTTTTTTTTTA
385 TAGATA-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAA-TAGATTTATTTTTTA
* * * ** *
290197 AATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTGTTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
447 AATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
* *
290262 TATGAACTAAAACAATTATTTTATG
512 TATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
290287 ATAGAACAAAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * ** *
290352 TATTCAGTAAACAAATTTATTTTGTCAAATATCTT-GCTTATTAATTTTTTGAAATGTTAATAAA
66 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAA
* * * * *
290416 TTATTTTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTATATGACT-AAACAAA
128 TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAA
* * ** * * *
290480 AGGTTA-ATATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACTATTT-AAACTGGTTTGGC
192 AGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA--GGTTTAGC
* *
290543 AAACATATTTATTTTCTAAATCTCTTA-TTAATT--TTTG-AAATATTATTAAATTA-TATTATT
254 AAACAGATTTATTTT-TAAATCTCTTACTT-ATTAATTTGTAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * *
290603 TTTATCCAAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATGA-GAAAAGAAAGATCATAATGA
317 ATT-T-CAAATAAGCTTATATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAACGA
* * * * * * *
290667 TTT-AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTT-GAAAAATAGTTTTAG
378 TTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAATAGATTTAT
* * * *
290730 TTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATA
441 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
* *
290795 AGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT-
506 AGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATG
* ** * * * *
290825 AGCAAAATAAAAATTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCA-ATCTATTTTAA
1 A-CAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
290888 CTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTT-GCTCATTAATTTTTCA-AATGTTAATA
64 CTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAA-TTTTCAGAATATTAATA
* * * * * *
290951 ATTTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGGTTGTATGAACTA-AAATAATTATTTTATAACT-AAAC
126 AATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAAC
* * * * ** **
291014 AAAAAGACAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAATGGTTCGG
189 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-GGTTTAG
* * * * * *
291079 CAAACACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATATTATTAAATTAATATTAT
253 CAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTGTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** *
291144 T-TTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAACTGTTTTATGAC-AAAGTAAAGATCGTAAC
316 TATT--TC-AAATAAGCTTATATGAAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAAC
* * * * *
291207 AATTTGAGATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTTAGTAAACATATTTA
376 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAATAGATTTA
* * ** * * * *
291271 GTTTTTAAGTC---T-CTTATTAACTTTCAAAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTCTGAAT
440 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAT
** *
291332 AATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
505 AAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * *
291364 AGAAAACAAAAAGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGAT-ATGACTATTTAAAC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC
* * * ** *
291428 TTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
65 TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATT
* * * * **
291493 AGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGCATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACA
130 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
* * * * * * *
291558 TCATAAAT-ATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG-AA-TTTGCTCGATAA
195 TCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGGTT--TAG-CAA
* * * * * * ** *
291620 ATAGATTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAGTAATAAACGAGTAATATTTT
256 ACAGATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGT-AAATATTAATAAATTAGT-AT-TATT
* * * * * * *
291685 ATTTCAAATACA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGGCCAAAAAAAAG-GA-AACTATT
317 ATTTCAAATA-AGCTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACGATT
* * * * * * * * *
291747 TGAAATAGATAATTGATAAAATAGTTAGAACAATTTGAACCTGTTTAGAAAAAATATTTATTTTT
380 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTT
* * ** *
291812 TAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAGCAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGC
445 TAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC
* * *
291875 TTGCACGAA-TAGAAACAATTTTTTTATG
509 TTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG
** * *
291903 ACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * *
291968 T-TTTAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCT-TTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
66 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATT
* * * *
292031 AGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCCTATATGAATC-GATACAATTGTTATATGATAAAACAAAA
130 AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAA
* * * * * ** ** *
292094 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAAGTATTCAAAAAATTATGACTATTTGAACATATTCGGTAAA
193 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-AGGTTTAGCAAA
* * * * **
292159 TATATTTATTTTTAAAATCTTTTAATTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTATT-T
257 CAGATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTGT--AAATATTAATAAATTAGTATTATTAT
** * *
292222 TAAGTTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
319 T---TCAAATAAGCTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAAGTCATAACGAT
* * * * * * * *
292287 TTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACATAGTTATTTT
379 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTT
* * * * *
292352 TAAAATTTTTTACTTACTAA-TTGTCTG-ACTATTAATAAATTTGTATTA-TTT-TTTTAAATAA
444 TTAAATCTTTTACTTATTAACTT-T-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* *
292413 GCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTATTTTATG
507 GCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
292443 GCAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** *
292507 TGTTAC-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAATT
66 TGTT-CGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATT
* * * * * * * *
292571 AGAATTATGTTATT-TCAAATAAGCTTGTACGGATAGAAATAATTATTTT-TGATAAAACAAAAA
130 AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
* ** * * * * * ** *
292634 ATCATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGCACTGG-TTAGGCCAA
194 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AAAGGTTTA-GCAAA
* * *
292698 TAG-TTTAATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTT
257 CAGATTT-A-TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTGTA-AATATTAATAAATTAGTATTA--T
* * * * * * *
292761 TATTCCAAATAAGAC-AATATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATTATAACAA
316 TATTTCAAATAAG-CTTATATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAG-TCATAACGA
* * * * * * * *
292825 TTTGAAACAAATAATTGTTTAAATAGTTATAAGTAATTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTT
378 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTT
* * * ** **
292890 TTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAACCAA
443 TTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAA
* * **
292954 TCTTATATGAACAAAAAC-ATATGTTTTATG
507 GCTTGTATGAACTGAAACAAT-TGTTTTATG
* * *
292984 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * * *
293049 AGTTCGATAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
66 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATT
* * * * * *
293113 TGT-TTAATTTTATTTTGAATAA-CATAGTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAA
130 AGTATT-ATTTTATTCTAAATAAGC-TTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
* * * *** * *
293175 AGGTCATAATGATTTGAAATAAAAAATTGTT-TGTTAG-CTTTAACTATTTGAATTGGTTTAGCA
192 AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-AGGTTTAGCA
* * * * *
293238 AACAAATTTATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTACATTAGTATTAATT
255 AACAGATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGTA-AATATTAATAAATTAGTATT-ATT
* *** * * * * * * * *
293303 -TATTCTGAATAAGCTTATATGGACGGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAATGTTATGACAAT
317 AT-TTC-AAATAAGCTTATAT-GAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACGAT
* * * * * * *
293367 TTGAAATATATAATTCTTTAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTT
379 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTT
** * *** *
293432 TTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAGGC
444 TTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGC
*
293497 TTGTATG-A-TGAAAAAAAATTGTTTTATG
509 TTGTATGAACTG--AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
293525 ACAAAACAAAAGTTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * * * * *
293590 AATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAGTTTT-TGAAATATTAATAAAGT
66 TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAG-AATATTAATAAATT
* ** * ** * * * *
293654 AATATTATTTTATT-TTTATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAAG
130 AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
* * **
293718 TCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTTGAATAGTCATAACTATTTGAA
195 TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
293768 CTTGTTCAAT
Statistics
Matches: 4871, Mismatches: 1010, Indels: 536
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
522 3 0.00
523 30 0.01
524 150 0.03
525 131 0.03
526 84 0.02
527 115 0.02
528 44 0.01
529 6 0.00
530 15 0.00
531 334 0.07
532 69 0.01
533 139 0.03
534 99 0.02
535 13 0.00
536 96 0.02
537 181 0.04
538 804 0.17
539 904 0.19
540 469 0.10
541 543 0.11
542 547 0.11
543 91 0.02
544 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGGTTTAGCAAACAGA
TTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTGTAAATATTAATAAATTAGTATTATTATTTCAAAT
AAGCTTATATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
CTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
AAACAATTGTTTTATG
Found at i:293934 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 293769--294062 Score: 399
Period size: 147 Copynumber: 2.0 Consensus size: 147
293759 CTATTTGAAC
* * * * *
293769 TTGTTCAATATATTGATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATGAATT
1 TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
* * * * *
293834 AGAATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGCCTAAACAAAATG
66 AGAATTAATTTATTCTGAATAAGCATATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGG
**
293899 TCTGAATGATTTCAAAT
131 TCAAAATGATTTCAAAT
* ** *
293916 TTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTATTATTTTTTTGAATGTTAATAAATT
1 TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
* * * *
293981 AGTATTAATTTATTCTGAATAATCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGG
66 AGAATTAATTTATTCTGAATAAGCATATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGG
*
294046 TCAAAATGATTTGAAAT
131 TCAAAATGATTTCAAAT
294063 AGATAATTGT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 21, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
147 126 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.06, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (147 bp):
TTGTTCAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATT
AGAATTAATTTATTCTGAATAAGCATATATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGG
TCAAAATGATTTCAAAT
Found at i:294611 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 293931--296754 Score: 1899
Period size: 180 Copynumber: 15.7 Consensus size: 179
293921 CAGTAAATAG
** * ** * *
293931 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTATTATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * **
293995 CTGAATAATCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGA
65 C-GAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * *
294060 AATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCGA-TTGAATTAATTCAGTAAACAA
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAATGATTCGGTAAACAA
** * * * * *
294112 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAAATGTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA-AT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * ** * * * * * **
294176 CAAAATAGGCTCGTATGAACAAAACAATTATTTTACAT-A-AAAAGAAAAGGCCATAATGATTTG
65 C-GAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTGTTTT--ATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
* * * * ** * * ** *
294239 AAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTAATTGAACCGGTTCAGCT-ATTAG
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTC-GGTAAACAA
* * * * *
294292 ATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATT-ATGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * * **
294356 TTGAATAA-AATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTG
64 TCGAATAAGCTTA-TATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
* * * *
294420 AAATAGATAATTATTCAGATAATCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACAA
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAA
* * * * *
294473 ATTTACTTTTTAAATCTCATACTAGTTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTGTTCTTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTA-TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * **
294538 CAAATAAACTTATTTTAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAA
65 CGAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
294603 TAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTTTAAACT-AGTTCAGTAAATAGA
130 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGA-TTCGGTAAACA-A
* * ** * * *
294655 A-TTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGGAAATATTTATAAATTAGTTTTATTCTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
294719 TGAATAA-CTTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
65 CGAATAAGC-TTATATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * * * * **** *
294783 AATAAATAATTGTTGATATAGTCTTAACTGTTTGAAATGATTAAACAAACGA
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAA
* * * *
294835 ATTTATTTTTTAAA-CTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
294899 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
65 CGAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * **
294964 ATAGATAATTATTCAAATAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTACTATAAACAA
129 ATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAAATGA-TTCGGTAAACAA
* ** *
295018 ATTTCTTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTCTTT-AAATATTGTTAAATTTGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
295079 TGAATAAGCTTGTATG-TTGAAATCAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAACAATTTTA
65 CGAATAAGCTTATATGAAT-AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * * * * **
295142 AATATATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTCAACTAATTCAGTAAATTGA
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAA-CAA
* * * * *
295195 TTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATATTATTAAAGTCA-TATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
295259 TTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTTA
64 TCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * *
295324 AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAA
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGATTCGGTAAACAA
* * * *
295376 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * *
295441 TTGAATAAGGTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAAC-AAAAGATCAAAACGATTTG
64 TCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTG
* * * * * * *
295505 AAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGAAAACAC
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAA
* * * *
295558 TTTTCTTTTTTAAATCTC-T--TATTGATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TT
* * * * * *
295619 CGAATAAGCTTGTAT-AATAAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAATAAAGA-TCATAACGATTTGA
65 CGAATAAGCTTATATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * * * ** *
295682 GATTA-ATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT-AGTTCGAAAAACAT
128 -AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGA-TTCGGTAAACAA
* * *
295734 CTTTAGTTTTTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTAAAATATTAAT-AA--AG---TA--GTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * ** ** *
295790 TCAAAAAAGATTTTATGAATTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAACAATTTTA
64 TCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
* * * *
295855 AATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAA
128 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGATTCGGTAAACAA
* ** *
295907 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTAC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * **
295972 CCAAATAAGCTTGTATAAACTAAAATAA-TGATTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAATGATTTG
64 TCGAATAAGCTTATATGAA-TAAAACAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
* * * * * *
296036 AAATAGGTAATT-TTTATAATAATCTTAACTATTTGAACTAGA-TCGGTAAACAC
127 AAATAGATAATTATTCA-AATAGTCATAACTATTTGAAAT-GATTCGGTAAACAA
* ** * * *
296089 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTGACTAATTTTTTGAATAATAGTAAATTAGTATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
296153 CGAATAAGCTTATATTAAAAGAAACAATTTTTTTATGACACAATAAAGA-TCTTAATAATTTGCA
65 CGAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * *
296217 ATAGTTAATTATACAAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGTTTCGATAAACAA
129 ATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTCGGTAAACAA
* * *
296269 ATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* ** ** * *
296331 -AAATAATTTTGCATGAATAGAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
65 CGAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
* * * * * * * ** *
296395 ATACATAATTGTTCAAATGGACATCATTGTTT-AAACTCTTTTGGTAAACAA
129 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGATTCGGTAAACAA
* *
296446 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACATATT-ATTTTTCAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTTTT-AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * *
296510 TCAAATAAAC-TA-ATGAATAGAAACAATTCTTTTATAACAAAAC-AAAAGATCATAACTATTTG
64 TCGAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTTG
* * * * * *
296572 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAGCTTACTCGGTAAGCAT
127 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGATTCGGTAAACAA
* * * * *
296625 ATCTATTTTTTAAATATTTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * **
296690 CGAATATGCTTGCATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATTATTTGAA
65 CGAATAAGCTTATATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAA
296755 CAAGTTCAAA
Statistics
Matches: 2086, Mismatches: 450, Indels: 214
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 47 0.02
173 53 0.03
174 32 0.02
175 4 0.00
176 85 0.04
177 211 0.10
178 34 0.02
179 216 0.10
180 507 0.24
181 457 0.22
182 396 0.19
183 41 0.02
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
GAATAAGCTTATATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTCGGTAAACAA
Found at i:295304 original size:723 final size:712
Alignment explanation
Indices: 293918--297388 Score: 2305
Period size: 723 Copynumber: 4.9 Consensus size: 712
293908 TTTCAAATTT
* * ** * ** *
293918 GTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTTATTATTTTTTTGAATGTTAATAAATTAG
1 GTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
293983 TATTAATTTATTCTGAATAA-TCTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT
66 TATTATTTTATTTTGAATAACT-TTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
** * * * * * * *
294047 CAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCGA-TTGAATTAATTCAGTAAACA
130 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAA-CTATTTGAAATGATTCAATAAACA
* *
294111 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAAAATGT-GAAATATTATTAAATTAATATTATTTTA
194 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT----T-TCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * * **
294174 ATCAAAATAGGCTCGTATGAACA-AAACAATTATTTTA-CATAAAAAGAAAAGGCCATAATGATT
253 TTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAT-AAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * ** * *
294237 TGAAATAGATAATCATTCAT-ATAGTCTTAACTAATTGAACCGGTTCAGCTAT---TAGATTTAT
317 TGAAATAGATAATTATTCATAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-T-A-CTATAAACAAATTTAT
* * *
294298 TTTTTAATTTTCTTAGTTATTATGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
379 TTTTTAAATCTCTTA-TTA--AT-TTTTAAAATATTATTAAATT-GTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * * * ** *
294363 AAATAGTATG-AACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAGA
439 AGATTGTATGTTA-A-AA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGA
* * * * * * *
294427 TAATTATTCAGATAATCAAAACTATTTGAAATGATTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCA
501 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *
294492 TAC-TAGTTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTGTTCTTTTATTTCAAATAAACTTATT-TTA
566 TACTTA-TTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TTATAA
* * *
294555 A-GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
628 ACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTAAA
* * *
294619 TGGTTATAATTATTTTAAACTA
692 TAGTTATAACTA-TTTGAACTA
* * * *
294641 GTTCAGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTGGAAATATTTATAAATTA
1 GTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTTTG-AATATTAATAAATTA
* * * * * *
294705 GTTTTATTCTATTTTGAATAACTTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
65 GTATTATTTTATTTTGAATAACTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
* * * * * * *
294770 CATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTGAT-ATAGTCTTAACTGTTTGAAATGATTAAACAAACG
130 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCAATAAACA
*
294834 AATTTATTTTTTAAACTCTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
194 AATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTC
* *
294899 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
256 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
*
294964 ATAGATAATTATTCAAATAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTACTATAAACAAATTTCTTTTTT
321 ATAGATAATTATTC--ATAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTACTATAAACAAATTTATTTTTT
* *
295029 AAATCTCTTATTAATTCTTT-AAATATTGTTAAATTTGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTA
384 AAATCTCTTATTAATT-TTTAAAATATTATTAAA-TTGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTA
* * * * *
295093 TGTTGAAATCAATTGTTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAACAATTTTAAATATATAGTTATTT
447 TGTT-AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTATTC
* * * * ** ** *
295157 AAATGGCCATAATTATTTCAACTAATTCAGTAAATTGATTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
510 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAA-CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ***
295222 AACTTTCAAAATATTATTAAAGTCA-TATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACA
574 AATTTTC-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAACTAAAACA
* * ** * *
295286 ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAACAATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA
637 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATT-TTTAAATAGTTATAA
*
295351 CTATTTGAACTT
701 CTATTTGAACTA
* * * *
295363 GTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTT-GTTAATTTTTCAAATGTTAATAAAT
1 GTTCAGTAAACAGAA-TTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTTT-GAATATTAATAAAT
* ** * * * * *
295426 TAATATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGACTAAACAAAAG
63 TAGTATTATTTTATTTTGAATAACTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * **
295491 ATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGA-AAA
128 ATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAAT-GATTCAATAAA
** * * *
295555 CACTTTTCTTTTTTAAATCTCTTATTGATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATT-
192 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTC
* * * * * * *
295619 CGAATAAGCTTGTAT-AATAAAAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGA
256 CAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * * **
295682 GATTA-ATAGTTGTTCA-AATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCGAAAAACATCTTTAGTTTTT
320 -AATAGATAATTATTCATAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTACTATAAACAAATTTA-TTTTT
* * * *
295745 T-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAA--GTAGTATTTCA-----AAAAAGATT
383 TAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTGTATTATTTTATTTTGAATAAGATT
* * * * *
295802 TTATGAATTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAACAATTTTAAATAGATAATTG
444 GTATG--TTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTA
* ** *
295867 TTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTT
507 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
* * * *
295932 ATTAATTTTTCCAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTAAAA
571 ATTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAACTAAAA
* * * * * *
295997 TAA-TGATTTTATGACTAAACAAAATGTCAGAATGATTTGAAATAGGTAATTTTTATAATAATCT
635 CAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTTTTA-AATAGT-T
296061 -TAACTATTTGAACTA
697 ATAACTATTTGAACTA
* * * * * * * *
296076 GATCGGTAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTGACTAATTTTTTGAATAATAGTAAATTAG
1 GTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * ** * * *
296140 TATTATTTTAATTCGAATAAGC-TTATATTAAAAGAAACAATTTTTTTATGACACAA-TAAAGAT
66 TATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGAT
** * * * * * * * *
296203 CTTAATAATTTGCAATAGTTAATTATACAAAATAGTCATAACTATTT-AAACTGTTTCGATAAAC
130 CAAAACAATTTGAAATAGATAATTAT-TATAATAGTCTTAACTATTTGAAA-TGATTCAATAAAC
* * * **
296267 AAATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTATA
193 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCA
** * * *
296332 AATAATTTTGCATGAATAGAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
258 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * * * ** *
296397 ACATAATTGTTCA-AATGGACATCATTGTTTAAACT-CTTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA
323 AGATAATTATTCATAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTACT-ATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * ** * *
296460 TCTCCTACATATT-ATTTTTCAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACT-A
387 TCT-CT---TATTAATTTTT-AAAATATTATTAAATT-GTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGT
* * * * * * * *
296522 ATGAATAGAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATT
446 ATG-TTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTATT
* * * * * * * * *
296587 CAAATAGTCATAACTATTT-AAGCTTACTCGGTAAGCATATCTATTTTTTAAATATTTTACTAAT
509 CAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * ** *
296651 TAATTTTTTAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATATGCTTGCATGAA-TAGAAAC
573 TAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAACTA-AAAC
* * * *
296715 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATTATTTGAACA-AG-------TTCAA-A---A-A
636 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAA-ATAGATAATTTTTAAATAGTTATA
296767 ACATATTT--A-T-
700 AC-TATTTGAACTA
* * *
296777 -TT---T---TA-AA--ATTTTTT--A---CTTA--T--T-AATTTTTAAAATATTAATATATTT
1 GTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTTT-GAATATTAATA-AATT
* * * *
296822 A-TATTATTTTATTTGGAATAAGC-TTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT
64 AGTATTATTTTATTTTGAATAA-CTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-
* ** * * * * *
296885 G-TCATAAGGATTTGAAATAGAAAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAATTTG-TTCAGTA
127 GATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAA-ATGATTCAATA
* * * * * *
296947 AATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TT
190 AACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T---TAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
*** * * * * * * *
297011 TATTTTGAATAAACCTATATGAGCTA-ATACAATTATTTTAT-ATGAAACAAAAGGTCATAACAA
251 TATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * *
297074 TTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTTATGACTATTT-AGACTTGTTCGATAAACATATTTAT
315 TTTGAAATAGATAATTATTCATAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTACTATAAACAAATTTAT
** * * * * * ***
297137 TTTAAAAATCTTGTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATACAAAT
379 TTTTTAAATC----T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATT-GTATTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * * * *
297202 AAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAAGTCATAACAGTTTGAAATAAA
438 AAGATTGTATG--TTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGA
* * * * * ** * * *
297267 AAATTGTTCAAACAGTCATAA-TGATGTGAACT-TTTTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATTT
501 TAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAATTT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
297330 TTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATTGATTTA-TATTATTTTATTTGAAATATGCTT
564 CTTACTTATTAATTTTC-AAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT
297389 GTATGAATAG
Statistics
Matches: 2193, Mismatches: 445, Indels: 255
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
682 6 0.00
683 101 0.05
684 34 0.02
685 74 0.03
686 68 0.03
687 45 0.02
688 129 0.06
689 11 0.01
690 1 0.00
691 1 0.00
692 5 0.00
693 1 0.00
694 1 0.00
697 1 0.00
700 1 0.00
702 1 0.00
703 1 0.00
704 3 0.00
705 5 0.00
708 1 0.00
709 2 0.00
710 43 0.02
711 187 0.09
712 116 0.05
713 205 0.09
714 7 0.00
715 9 0.00
716 42 0.02
717 118 0.05
718 91 0.04
719 33 0.02
720 92 0.04
721 81 0.04
722 177 0.08
723 435 0.20
724 12 0.01
725 9 0.00
726 44 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (712 bp):
GTTCAGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAAATTTTTGAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTTGAATAACTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATC
AAAACAATTTGAAATAGATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCAATAAACAAA
TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
TAATTATTCATAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTACTATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
TTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGTTAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAATA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTTTTAAATAGTTATAACTATTTGAACTA
Found at i:295917 original size:531 final size:526
Alignment explanation
Indices: 287093--297261 Score: 3356
Period size: 539 Copynumber: 19.0 Consensus size: 526
287083 AACAAAACAA
* * * * ** * * * * *
287093 AAAGGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGAT
1 AAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGAA
* * **
287158 AAGCAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-T-TATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTAATT
65 AAACA-TTTTAGTTTTTT-AATCTCTTCTATTAATTTTCAAAATATTAATA-A--AGTATT-A-T
* * * * * *
287220 TATTTTGAAAAA-ACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACAA
123 T-TTAT-AAAAAGA-TTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA
* * * * * *
287284 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC-TGGTTAGGTAAATAAAATTATT
184 TTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAAATTTATT
* * * * * ***
287348 TTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTT-TAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAAT
248 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * *
287411 AAG-TTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-A--AT---GATTTGAAATAG
312 AAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAG
* * * ** * * *
287468 ATAATTGTTC-ATATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
376 ATAATTATTCTA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAATCT
* * * *
287532 CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTA---TT-TTCGAATAAACTTATATGA
440 C----TTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTAT-A
* * * * * *
287593 A-CACAAATAATTGTGTTGTGATAGAAT
499 ATAAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAAT
* * * * * * * * * * *
287620 GAAAGGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTAAATTGGTTTAG
1 -AAAGATCATAACAATTTGAA-TAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAG-TTCG
* * *
287684 TAAACAA-A-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAGTTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTAT
63 -AAA-AACATTTTAGTTTTTT-AATCTCTT-C-TATTAATTTTCAAAATATTAAT-AA--AGTAT
* * * * *
287746 TATTTCATTACGAATAA-ACTTTTATGATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAAT
120 TATTTTA-TA--AA-AAGA-TTTTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * ** * * * *
287810 AACGATTTCAACTAGATAATTCTTGAAATAACCATAATTATTTGAAC-TGTTTCGGTAAATAGAT
179 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-AGTAAACAAAT
* * * * * * * **
287874 TCATTTTTTAAA--TC--ACTTACTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATAATATTTAATTTT
243 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * * *
287934 GAATAAGCTTGTATGAACT-CAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA
308 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * * *
287998 ATAGACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTG-TTCGATCAACAAATTTATTTTTTAA
372 ATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAACACATTTCTTTTTT-A
** * *
288062 AACTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATT-GATATTA-TTTTATTTTGGATAAGCTT
435 AA-TC-T-CTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAG-TATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTT
* * **
288125 TTATGAACT--GAAACAATTGTTTTATGTCAAAAT
494 GTAT-AA-TAAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAAT
* * * * * * * * ** * * * *
288158 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAAATA-ATAGTTTAAATAGTCATAGTTGTTTCAACTTGTTTG
1 -AAAGATCATAA-CAATTTGAATAGATAGTTA-TTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCG
** * * * *** * *
288222 GTAAAC-TGATTA-TTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAGTTTT-TTTATGTTAATAAATTTGAAT
63 AAAAACAT-TTTAGTTTTTT--AATCTCTT-C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAA---GTAT
* * * * * *** * * *
288284 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGATATAAAACAAATATTTTATGGTTAAATAAAATGTCAAA
120 TATTTTA--T-AAA-AAGATTTTATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * ** * * * ** *
288349 ACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATCGTTTTAACTATCTGAACTAGTTCAACAAACACATT
180 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTGA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATT
* * * * *
288413 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTAT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACC
244 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCC
* * * * *
288476 AAATAAGCTTCTATG-ATAAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCTTAATGATTTGA
308 AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATT-ATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * * * **
288539 GATTGATAATTCTT-TAAATAGTCATAACTATTT-AAATCAGTTT-CATAAACTGA-TT-TTTTT
371 AATAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTTGGA-AAACACATTTCTTTTT
* *
288599 TAAATCTCTTACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGC
433 TAAATCTC-T---TATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGC
* * * * *
288663 TTGTATAATAAAAAAGAATTGTTTTATAACAAAACA
492 TTGTATAATAAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-T
* ** *** * * * * *
288699 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACCATTCAAATGGGCATAATTATTTTAA-TTGATTC-A
1 AAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAG-TTCGA
* * *
288762 ATAAACATATTTA-TTTTTTAAATTTCTTAT-TTATTATTTTACCAAAATATTAATAAATTAGCG
64 A-AAACAT-TTTAGTTTTTT-AATCTCTTCTATTA--ATTTT--CAAAATATTAATAAAGTA---
** * * * * * * * * *
288825 TTATTTTATTGCATCTATGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTAGGATAAATCAAAAGGTTAT
119 TTATTTTA-T--A-AAAAGATTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * ** * * * * *
288890 AACGATTTCAAATAGATAATTACTAAAATAGTAAAAACTATTTGAACTTGTTTGGCAAACAAATT
179 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATT
* ** * * *
288955 TATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-TGAAT-CT--T-AATTAGTATTAATTTATTCT
244 TA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * *
289015 GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTCAGAATGATTTCAA
308 AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* * * * * ** * * * *
289079 ATAGATAATTGTTTTAATGGTCTTAACAATTTGAACT-GCTTCAGCAAAGAAATTTATTTTTTAA
372 ATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAA
* *
289143 ATCTATTACTTATTAATTTTTGAAACATTATTAAATTAGTATTA-TTTTAATCAGAATAAGCTTG
436 ATC---T-CTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTG
* * * *
289207 TACGAA-CA-AAACAATTGTTTTAT--GACAAT
495 TA-TAATAAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAAT
* * * * * * * *
289236 -----T-GT-----TTTGAAATAGATAATTTTTCATACAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTTGGC
1 AAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAG-TTCG-
* * * * * *
289290 AATTAA-A-TTTA-TTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAGAATATTATTAAATTAGTATT
63 AA-AAACATTTTAGTTTTTTAA-TCTCTT--CTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AA--AGTATT
** * * ** *
289352 ATTTTATTTTGAATAAA-ATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAGTAAAAGGTTATA
121 ATTTTA---T-AA-AAAGATTTTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * ** * *
289416 ACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-AAGTTTAGTAAACAGATGT
180 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTT
* * * * *
289480 ACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTGGT--AAATATTAATAAATTAGTATTA--TTATTTCA
245 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* ** * * * * * * * *
289541 AACAAATTTATATTAA-AAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAAA-AGTAATAACGATTTTAAA
309 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
289604 TAGATAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTGCTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAA
373 TAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAA
* * * * *
289668 TCTTTTACTTATAAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATT-TT-AAATAAGCTTG
437 TC---T-CTTATTAA-TTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATT-T-TTATTCGAATAAGCTTG
*** * * *
289731 TATAAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAACA
495 TATAATAAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-T
* * * * * * * * * *
289764 AAAGGTCATAACGATTTGAAAAAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAAA-TGGTTCGG
1 AAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTT-AAACTAGTTC--
*** * * * **
289828 GAAATGGA-TTTA-TTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTTCTAAATTAGTATT
62 GAAAAACATTTTAGTTTTTT-AATCTCTT--CTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AA--AGTATT
* * * * * ** * * *
289891 ACTTTATTCCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGTAGAACAAAAGGTTATAG
121 ATTTTA-T--AAA-AAGATTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
289956 CAAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTGGTTCAGTAAGCAGATTTA
181 CAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA
* * * * ***
290021 TCTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTT-TAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
246 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * * *
290081 TAAGCTTCTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG--------GTTTTGAAATA
311 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* ** * * * * * * ** *
290137 GATAGA-TGTTAAAATGGCCATAATTATTTGAGCT-GATTTAGTAAACTGATTTTTTTTTTAAAT
375 GATA-ATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAA-
* * * * * * *
290200 CTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAATAGTGTTA-TTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
437 -TC-T-CTTATTAA-TTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGTA
* * *
290264 TGAACT-A-AAACAATTATTTTATGATAGAACA-
497 T-AA-TAAGAAATAATTGTTTTATG--AGAAAAT
** * * * * * * *
290295 AAAGGCCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAG
1 AAAGATCATAA-CAATTTGAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAAC-TAGTTC-G
* * ** * *
290359 TAAACAA-A-TTTA-TTTTGTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTTGAAATGTTAATAAATTATT
63 -AAA-AACATTTTAGTTTT-T-TAATCTCTT-C-TATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAAGTA--
* * * * * * *
290421 TTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTATATGACTAAACAAAAGGTTA
119 -TTATTTTA---T-AAAAAGATTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * ** * * * * * * *
290486 -ATATAATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAACATA
178 TA-ACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAA
* * * *
290550 TTTATTTTCTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTA-TATTATTTT-TAT
242 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* *
290608 CCAAATAAGCTTGTATG-ATCAGAAACAATTATTTTATGA-GAAA-AGAAAGATCATAATGATTT
306 CCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGACTAAACA-AAAGATCATAACGATTT
* * * * * * * ** **
290670 -AAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAGTAGTTTGAAAAATAGTTTTAGTTTT
369 GAA-ATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTT
* * ** *
290734 TAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTA-TTTTATTTTAGATAAGT
433 TAAATC---T-CTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGA-ATAAGC
* *
290798 TTTTATGAACT--GAAACAATTGTTTTAT-AGCAAAAT
492 TTGTAT-AA-TAAGAAATAATTGTTTTATGAG-AAAAT
* * * * * * * ** * * *
290833 AAAAATTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCA-ATCTATTTTAACTTGTTCGG
1 AAAGA-TCATAA-CAATTTGAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGA
* * * *
290897 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTC-AAATGTTAATAATTTAGTATT
64 AAAACA-TTTTAGTTTTTT-AATCTCTT-CT-ATTAA-TTTTCAAAATATTAATAA---AGTATT
* * * * * * * * * *
290961 ATTTTATTCTGAATAAGGTTGTATGAACTAAAATAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGACAAAA
121 ATTTTA---T-AAAAAGATTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * ** ** * * ** * *
291026 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAAATGGTTCGGCAAACACATTTA
181 CAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA
* ** * * * * **
291091 TTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT-TGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCTGAA
246 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * * * ** * * *
291155 TAAGCTTGTATGAAAAGAAATAACTGTTTTATGAC-AAAGTAAAGATCGTAACAATTTGAGATAG
311 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * ** *
291219 ATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTAGTAAACATATTTAGTTTTTAAGTCTC
376 ATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAATCTC
** * * * ** *
291284 TTATTAACTTTCAAAATATTAATAGATTTGTATTA-TTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAAT-A
441 TTATTAA-TTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTGTAT-AATAA
* *
291347 GAAACAATTGTTTTATGAGAAAAC
503 GAAATAATTGTTTTATGAGAAAAT
* ** * * * * * * * *
291371 AAAAAGTCATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGAT-ATGACTATTTAAACTTGTTTG
1 AAAGA-TCATAACAATTT-GAATAGATAGTTATTCAAATAG-TCATAAATATTTAAACTAGTTCG
* * * *
291435 ATAAATAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTAT
63 A-AAA-ACATTTTAGTTTTTT-AATCT-CT-TCTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AA--AGTAT
* * **
291498 TATTTTATTCTAAATAA-ACTTGTATGCATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACATCAT
120 TATTTTA---TAAA-AAGA-TTTTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * * * *
291562 AA-ATATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTTG-CTCGATAAATAGA
179 AACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAA
* * ** ** *
291625 TTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GGAATAG-TAATAAACGAGTAATATTTTATT
242 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAAT-GTTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * ** * * ** *
291688 TCAAATACA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGGCCAAA-AAAA-AGGA-AACTATTTG
306 CCAAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTG
** * * * * * * *
291749 AAATAGATAATTGA-TAAAATAGTTAGAACAATTTGAACCT-GTTTAGAAAAAATATTTATTTTT
370 AAATAGATAATT-ATTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTT
* ** *
291812 TAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAGCAAATTTA-TATTA-TTTTATTTGAAATAAGC
433 TAAA--TCT-CTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTTATTCG-AATAAGC
* * * * * *
291875 TTGCACGAAT-AGAAACAATTTTTTTATGACAAAACA
492 TTGTA-TAATAAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-T
* * * * * * ** *
291911 AAATATCATAACAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTTTTAGTA
1 AAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCG-A
* * * * * *
291976 AATAGA-TTCA-TTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
64 AAAACATTTTAGTTTTTT-AATCTCTT-CT-ATTAATTTTCAAAATATTAAT-AA--AGTATTAT
** * * * * * **
292039 TTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATCGATACAATTGTTATATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
123 TTTA--T-AAA-AAGATTTTATGAAT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * * ** * *
292104 ATTTGAAATAGATAAGTATTCAAAAAATTATGACTATTTGAACATATTCGGTAAATATATTTATT
183 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATT
* * * * * ** *
292169 TTTAAAATCTTTTAATTATTAA-TTGTCAAAATATTAATAAATTAACATTATTTTAAGTT--GAA
248 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTT-A-TTCCAAA
* * * * *
292231 TAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTCAAATA
311 TAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * * *
292295 AATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTA-TTTGGTAAACATAGTTATTTTTAAAATT
375 GATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAA--
* * * * * * * *
292359 TTTTACTTACTAATTGTCTGACTATTAATAAATTTGTATTATTTTT-TT-AAATAAGCTTGTATG
437 -TCT-CTTATTAATT-TTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTAT-
* * *
292422 AAT-AGAAAAAATTATTTTATG-GCAAAAC
498 AATAAGAAATAATTGTTTTATGAG-AAAAT
* * * * * * * * *
292450 AAAAAGTTATAGCAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTACG
1 AAAGA-TCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTT-CG
* * *** * *
292514 TAAATAGA-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTGATAAATTAGAATT
63 -AAAAACATTTTAGTTTTTT-AATCTCTT-C-TATTAATTTTCAAAATATTAAT-AA--AGTATT
* * * * * * * * **
292577 ATGTTATTTCAAATAAGCTTGTACGGATAGAAATAATTATTTT-TGATAAAACAAAAAATCATAA
121 AT-TT-TAT-AAA-AAGATTTTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * **
292641 CAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTTAG--GCCAATAGTT
181 CAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAA-A-TT
* * *
292703 TAATTTTTTAAATC-CATTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTC
244 T-ATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * * *
292766 CAAATAAGAC-AATATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAATGATTATAACAATTTGA
307 CAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGA
* * * * * * * * * * *
292830 AACAAATAATTGTT-TAAATAGTTATAAGTAATTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTA
371 AATAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTA
* * * * * *
292894 AATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCCAACCAATCTT
435 AA--TC-T-CTTATTAATTTT-TAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAA-TAAGCTT
* * * * *
292958 ATATGAACAA-AAA-CATATGTTTTATGACAAAACA
494 GTAT-AATAAGAAATAAT-TGTTTTATGAGAAAA-T
* ** * * * * * *
292992 AAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTCGAT
1 AAAGATCATAACAATTT-GAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGAA
* **
293057 AAACATAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTAA
65 AAACAT-TTTAGTTTTTT-AATCTCTT-C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAA---GTATT-A
* * ** * * * *
293120 TTTTATTTTGAATAACATAGTAAGAACTAAAAAAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
122 TTTTA---T-AAAAAGATTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
293185 GATTTGAAATAAAAAATTGTTTG--TTAG-CTTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAGCAAACAAATT
182 AATTTGAAATAGATAATTG-TTGAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTT-GTTTAGTAAACAAATT
* * * * * * * **
293246 TATCTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTATTAATTTATTCTG
244 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * ** * * * * * *
293310 AATAAGCTTATATGGACGGAAATAATTGTTTTATGA-TAGAACAAATG-TTATGACAATTTGAAA
309 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGATCATAACGATTTGAAA
* * * * * * *
293373 TATATAATTCTT-TAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
373 TAGATAATTATTCT-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAA
* *
293437 TCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAGGCTTGT
437 --T-CT-CTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATT-CGAATAAGCTTGT
* * * *
293501 ATGATGAA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
496 ATAAT-AAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAA-T
* * * * * * * * *
293533 AAAGTTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGAT
1 AAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGAA
* * * * **
293598 AAA-TTGATTTA-TTTTTTAAATCTCTAACTTATCAGTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA
65 AAACAT--TTTAGTTTTTT-AATCTCT-TC-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAAG---TATTA
* * * * * * * * * **
293661 TTTTATTTTTATAAGCTTTTATGAATTGAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAAGTCATAATG
122 TTTTA---TAAAAAGATTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * ***
293726 ATTTTAAATAGATAATTGTTTG-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATATATTGATTTAT
183 ATTTGAAATAGATAATTG-TTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTAT
* * ** * * ***
293790 TTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTT-TGAATGTTAATGAATTAGAATTATTTTATTTTGAAT
247 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * *
293854 AAGCATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGCCTAAACAAAATG-TC-TGAATGATTT--CA-A
312 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GATCAT-AACGATTTGAAATA
* ** *** *
293914 -AT--TTGTTC----AGT-A-AA-TA---GATTTA-TTT--TTTA-A-ATCTCTTTTTT--A---
375 GATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAATCT
* * * * * * *
293956 -TTATT--TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-ATTTATTCTGAATAATCTTATATGAAT-T
440 CTTATTAATTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTGTAT-AATAA
* *
294016 GAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-
503 GAAATAATTGTTTTATGA-GAAA-AT
* * ** * * * * * ** * * *
294041 AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCGA-TTGAATTAATTCAG
1 AAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAA-ATATTTAAACTAGTTC-G
* * * *
294105 TAAACAA-A-TTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAAATGTGAAATATTATTAAATTAA-TA
63 -AAA-AACATTTTAGTTTTTT-AATCTCTT-C-TATT-AATTTTCAAA-A-TATT-AATAAAGTA
* ** * * * *
294166 TTATTTTAATCAAAATAGGCTCGTATGAACAAAACAATTATTTTACAT-A-AAAAGAAAAGGCCA
119 TTATTTT-AT-AAAA-A-GATTTTATGAATAAAACAATTGTTTT--ATGACAAAACAAAAGGTCA
** ** * * * * ** * ** *
294229 TAATGATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTAATTGAACCGGTTCAGCT-ATTAGA
178 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAAA
* * * * * * *
294293 TTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATT-ATGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
242 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** ** * * * * * * * * *
294357 TGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAATG-TTATAATGATTTGA
307 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GATCATAACGATTTGA
* * * * *
294421 AATAGATAATTATTC-AGATAATCAAAACTATTTGAAAT-GATTTGGTAAACAAATTTAC-TTTT
371 AATAGATAATTATTCTA-ATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGAAAACACATTT-CTTTTT
* * * * *
294483 TAAATCTCATACTAGTTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTGTT-CTTTTATTTCAAATAAAC
433 TAAATCTC-T--TA-TTAA-TTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGC
** * * *
294547 -T-TATTTTAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
492 TTGTATAATAAG-AAATAATTGTTTTATGAGAAAAT
* * * ** * * * * *
294581 AAAAAGTAAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTTATAATTATTTTAAACTAGTTCA
1 AAAGA-TCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATA-TTTAAACTAGTTC-
* * * * * ** * *
294646 GTAAATAGA-ATTA-TTTTCTAAATCTCTTACTTATAAATTTTGGAAATATTTATAAATTAGTTT
62 G-AAAAACATTTTAGTTTT-TTAATCTCTT-C-TATTAATTTTCAAAATATTAAT-AA--AGTAT
* * * * * *
294709 TATTCTATTTTGAATAA-CTTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
120 TA-T-T-TTAT-AAAAAGATTT-TATGA-ATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * * ** *
294773 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTGATATAGTCTTAACTGTTTGAA-ATGATTAAACAAACGAAT
179 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAAAT
* * *
294837 TTATTTTTTAAA-CTCTTAGTTATTAA-TTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCC
243 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * *
294900 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
308 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAGATCATAACGATTTGAA
* *
294964 ATAGATAATTATTCAAATAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTACT--ATAAACAAATTTCTTTT
372 ATAGATAATTATTC---TAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TTGGA-AAACACATTTCTTTT
* * *
295027 TTAAATCTCTTATTAATTCTTTAAATATTGTTAAATTTGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTG
432 TTAAATCTCTTATTAATT-TTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTG
* * *
295091 TAT-GT-TGAAATCAATTGTTTTATG-GAAAAACA
495 TATAATAAGAAAT-AATTGTTTTATGAG-AAAA-T
* * * * * * * * * *
295123 AAAGGTAATAACAATTTTAAATATATAGTTATTTAAATGGCCATAATTATTTCAACTAATTCAGT
1 AAAGATCATAACAA-TTTGAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTC-G-
*** * *
295188 AAATTGATTTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATATTATTAAAGTCATATTA
63 AAAAACATTTTAGTTTTTT-AATCTCTT-C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAAG---TATTA
* * * * * *
295252 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCAAAAC
122 TTTTA---T-AAAAAGATTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * *
295317 AATTTTAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTAT
182 AATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTA-
* * ***
295382 TTTTTTAAATCTCTTACTTGTTAATTTTTC-AAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAA
246 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * *
295446 TAAGGTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGACTAAACAAAAGATCAAAACGATTTGAAATA
311 TAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATA
* * * *
295510 GATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGAAAACACTTTTCTTTTTTAAATCT
375 GATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAATCT
* *
295575 CTTATTGATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTATAATAAA
440 CTTATTAATTTTT-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTATAATAAG
295640 AAATAATTGTTTTATGAGAAAAT
504 AAATAATTGTTTTATGAGAAAAT
* * *
295663 AAAGATCATAACGATTTGAGATTA-ATAGTTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTCGA
1 AAAGATCATAACAATTTGA-A-TAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGA
* * *
295727 AAAACATCTTTAGTTTTTTAATCTCTTGCTCATTAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTTC
64 AAAACAT-TTTAGTTTTTTAATCTCTT-CT-ATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTATTATTTT
* * ** *
295792 A-AAAAAGATTTTATGAATTAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTTGTAACAATTTTAA
126 ATAAAAAGATTTTATGAA-TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
*
295856 ATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTCAA
190 ATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTT-AA
* *
295921 ATCTCTTGCTTATTAATTTTTC-CAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
254 ATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTG
* * * * * *
295985 TATAAACTA-AAATAATGATTTTATGACTAAACAAAATG-TCAGAATGATTTGAAATAGGTAATT
319 TATGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
296048 TTTATAATAATCTTAACTATTTGAACTAGATCGGTAAACACATTT-ATTTTTAAATCTCTTACTG
382 ATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAATCTCTTA-T-
* * * * *
296112 ACTAATTTTTTGAATAATAGTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTATATTAA-AAGAA
445 --TAA-TTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTA-TAATAAGAA
* * * *
296176 ACAATTTTTTTATGACACAAT
506 ATAATTGTTTTATGAGAAAAT
* * * * * *
296197 AAAGATCTTAATAATTTGCAATAGTTAATTATACAAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GTTTCG
1 AAAGATCATAACAATTTG-AATAGATAGTTATTC-AAATAGTCATAAATATTTAAACTAG-TTCG
* * *
296261 ATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC-T-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCAGTATTATT
63 AAAAAC-ATTTTAGTTTTTTAATCTCTTCTATTAATTTTCAAAATATTAAT-AA--AGTATTATT
*
296324 TTATTATAAATA-ATTTTGCATGAATAGAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
124 TTA-TA-AAA-AGATTTT--ATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * * * * * *
296388 ATTTGAAATACATAATTGTTCAAATGGACATCATTGTTTAAACTCT-TTTGGTAAACAAATTTAT
183 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAAATTTAT
* * * *
296452 TTTTTAAATCTCCTACATATT-ATTTTTCAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
247 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * *
296516 AAAC-T-AATGAATAGAAACAATTCTTTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAA
312 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
296579 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAGCTTA-CTCGGTAAGCATATCTATTTTTTAAATAT
377 TAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTT-AA-A-
* * * * * *
296642 TTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATAAACTAGTATTA-TTTTATTTCGAATATGCTTGCATG
437 TCT-CTTATTAA-TTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTGTAT-
* * * *
296706 AAT-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAAC
498 AATAAGAAATAATTGTTTTATGAGAAAAT
* ** * * **
296734 AAAAAGTCATAATTATTTG-A-ACA-AG---TTCAAA-A---A-ACATATTT--A-T--TT-TTA
1 AAAGA-TCATAACAATTTGAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGAA
** * * * * * * * * **
296782 AAATTTTTTA-CTTATTAAT-T-TT-TA-AAATATT-AATATATT--TATATTATTTTATTTGGA
65 AAACATTTTAGTTTTTTAATCTCTTCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTATTAT-TTTATA
* * * * * * **
296839 ATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAGGATTTGAAATA
129 AAAAGATTTTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * * *
296904 GAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCT
193 GATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *** * * *
296969 CTTACTCAATAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTTGAATAAACCTATATG
258 CTTACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG
* * * *
297032 AGCTA-ATACAATTATTTTAT-A-TGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
323 A-ATAGAAACAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * **
297094 AAATAGTTATGACTATTT-AGACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTAAAAATCTTGTTACTTA
386 TAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTTGGA-AAACACATTTCTTTTTTAAATC----T-CTTA
* * * * * * *
297157 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATACAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAA
444 TTAATT-TTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTAT-AATAAGAAA
* * *
297221 CAATTATTTTATG-GCAAAAC
507 TAATTGTTTTATGAG-AAAAT
* *
297241 AAAAAGTCATAACAGTTTGAA
1 AAAGA-TCATAACAATTTGAA
297262 ATAAAAAATT
Statistics
Matches: 7575, Mismatches: 1520, Indels: 1112
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
503 1 0.00
504 1 0.00
505 20 0.00
506 197 0.03
507 119 0.02
508 310 0.04
509 37 0.00
510 10 0.00
511 13 0.00
512 8 0.00
514 12 0.00
515 5 0.00
516 4 0.00
517 6 0.00
518 6 0.00
519 5 0.00
520 4 0.00
521 11 0.00
522 2 0.00
523 33 0.00
524 148 0.02
525 141 0.02
526 60 0.01
527 133 0.02
528 54 0.01
529 27 0.00
530 41 0.01
531 589 0.08
532 76 0.01
533 157 0.02
534 186 0.02
535 70 0.01
536 199 0.03
537 273 0.04
538 894 0.12
539 1038 0.14
540 613 0.08
541 929 0.12
542 776 0.10
543 296 0.04
544 21 0.00
545 47 0.01
546 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (526 bp):
AAAGATCATAACAATTTGAATAGATAGTTATTCAAATAGTCATAAATATTTAAACTAGTTCGAAA
AACATTTTAGTTTTTTAATCTCTTCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAGTATTATTTTATAAA
AAGATTTTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
AATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT
AGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACACATTTCTTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAA
TATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTATAATAAGAAATAATTGTTTTATGA
GAAAAT
Found at i:296799 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 296622--296900 Score: 398
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
296612 ACTCGGTAAG
* *
296622 CATATCTATTTTTTAAATATTTTACTAATTAATTTTTTAAATATTAATA-AACTAGTATTATTTT
1 CATATCTATTTTTAAAATATTTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATATAACTA-TATTATTTT
* * **
296686 ATTTCGAATATGCTTGCATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATTATT
65 ATTTCGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGGATT
296751 TGAACAAGTTCAAAAAA
130 TGAACAAGTTCAAAAAA
* * * **
296768 CATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTTATATTATTTTA
1 CATATCTATTTTTAAAATATTTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATATAACTATATTATTTTA
* * * * *
296833 TTTGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAGGATTT
66 TTTCGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGGATTT
296898 GAA
131 GAA
296901 ATAGAAAATT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 16, Indels: 2
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
146 113 0.97
147 3 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (146 bp):
CATATCTATTTTTAAAATATTTTACTAATTAATTTTTAAAATATTAATATAACTATATTATTTTA
TTTCGAATAAGCTTGCATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAGGATTT
GAACAAGTTCAAAAAA
Found at i:297357 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 296759--297425 Score: 639
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
296749 TTTGAACAAG
* * *
296759 TTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATATATTTAT
1 TTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAAT
* * * *
296824 ATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCA
65 ATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
*
296889 TAA-GGATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTT
130 TAACAG-TTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAA-TA-TTGAACTTT
* * * * * * * * * *
296939 GTTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAATAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
1 -TTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAA
* * * * * ** *
297004 TATTA-TTTATTTTG-AATAAACCTATATGAGCTA-ATACAATTATTTTAT-ATGAAACAAAAGG
64 TATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
* * * * * * *
297065 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAGACTTG
127 TCATAACAGTTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCAT-AATATTGA-ACTTT
* * * *
297119 TTCGATAAACATATTTATTTTAAAAATCTTGTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAA
1 TTCAATAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAA
* ** ** *
297184 TATTATTTTAATACAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGGCAAAACAAAAAGTC
64 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC
* *
297249 ATAACAGTTTGAAATAAAAAATTGTTCAAACAGTCATAATGATGTGAACTTT
129 ATAACAGTTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAAT-AT-TGAACTTT
* * ** *
297301 TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATTGATTTA
1 TTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAA
* * * *
297365 TATTATTTTATTTGAAATATGCTTGTATGAATAGAAA-AAGTAATTTTATTACAAAACAAAA
64 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAA-TTATTTTATGACAAAACAAAA
297426 GGTTATAGTG
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 84, Indels: 34
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 66 0.17
180 68 0.18
181 174 0.45
182 72 0.19
183 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
AACAGTTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAATATTGAACTTT
Found at i:297988 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 297484--298584 Score: 796
Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 180
297474 GCTCATACAG
* *
297484 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTTATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TGAAGAGATTTA
1 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTA
* * * * * * * **
297548 AAAAATAAATATGTTTGCTGAAGCAGTTCAAACAGCTAAGACTACATGAAACAATTATCTATTTC
65 AAAAATAAATTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAG-TATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTC
* * * ** * *
297613 AAATCGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATCGTTTCAGTTTATGCAA
128 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTTGATTATTCAA
*** ** * * *
297666 GCTTATTCAAAAT-AAATAATAGAAATGTATTAATATTCCAAAAATT-A-AA--AAGTGATTTAA
1 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * * *
297726 AAAGTGAATCTGTTTACTAAATCATTTCAAATAATTATGGCTATTTTAACAATTATCTATTTCAA
66 AAAATAAATTTATTTACTAAACCAGTTCAAAT-AGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
297791 ATCGTTATTAA-CTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATTATTCAA
130 ATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATTATTCAA
* * *
297842 GCTTATTTGGAATAAAAATAATGCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTA
1 GCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* *
297907 AAAAATAAATTTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGT-TGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
65 AAAAATAAATTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * *
297971 ATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAAC-AATAATTTCT-ATCCATACAA
130 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-GTTTTTGAT-TATTCAA
* * * * **
298022 GTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTATTAACCAAGAGATTTA
1 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * * * * *
298086 AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTCTTTATTTCA
65 AAAAATAAATTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
298151 AATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTATCGTAGAACAACT-TTTTTAATTCTT-AGTA
129 AATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATTATTCA--A
* * * * *
298203 ACATATCTGGAATAAAATAAAAC-AATTTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGCAAGAGA-TTA
1 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* ** * * * *
298265 GAAAAAT-AATTCAATTTGTTAAACCAGTTTAAAAAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTT
65 -AAAAATAAATT-TATTTACTAAACCAG-TTCAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *
298329 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAT-ATTTTG-TTCATAT-AA
127 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAATGTTTTTGATT-AT-TCAA
** * *** * * ** *
298383 TTTTGTTCAAAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAA
1 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
298448 AAAATAAAATCTA-TTACTAAACCAATTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAACTATTTATTTCA
66 AAAAT-AAATTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAG-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * ** * * *
298512 AATTATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTT-ATTCATAC-A
129 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATT-ATTCAA
298563 GTCTTATTTGGAA-AAAATAATA
1 G-CTTATTTGGAATAAAATAATA
298585 AGTAACAGAT
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 167, Indels: 80
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
176 63 0.09
177 47 0.07
178 31 0.04
179 89 0.12
180 205 0.29
181 217 0.30
182 58 0.08
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTATTTACTAAACCAGTTCAAATAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGATTATTCAA
Found at i:298169 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 297484--298584 Score: 1064
Period size: 361 Copynumber: 3.1 Consensus size: 356
297474 GCTCATACAG
* *
297484 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTTATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAA-TGAAGAGATTTA
1 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTA
* * * * * * * **
297548 AAAAATAAATATGTTTGCTGAAGCAGTTCAAACAGCTAAGACTACATGAAACAATTATCTATTTC
65 AAAAATAAATTTATTTGTTAAACCAGTTCAAAAAG-TATGACTATTTG-AACAATTATCTATTTC
* * * ** * * *
297613 AAATCGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATCGTTTC-AGTTTATGCAAGCTTATTCAAA
128 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAA
** * * * *
297677 AT-AAATAATAGAAATGTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTT
192 ATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
* * * * * * * *
297741 ACTAAATCATTTCAAATAATTATGGCTATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAACTTT
257 ACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTT
* * *
297806 TGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTGATTATTCAA
322 TGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTT-ATTATTCAA
* * *
297842 GCTTATTTGGAATAAAAATAATGCTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTA
1 GCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * *
297907 AAAAATAAATTTATTTATTAAACCAGTTCAAATAGT-TGACTATTTGAACAATTATATATTTCAA
65 AAAAATAAATTTATTTGTTAAACCAGTTCAAAAAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * ***
297971 ATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATAATTTCTATCCATACAAGTTTATTTGGAATA
130 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATA
* *
298036 AAATAATACTAATGTAATAATATTCTAAAAATTATTAACCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
195 AAATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATTA--AA--AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * *
298101 TGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGAACTT
256 TACTAAACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTT
* * * *
298166 TTGTTTTATCGTAGAACAACT-TTTTTAATTCTT-AGTA
321 TTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTT-ATTATTCA--A
* * * * *
298203 ACATATCTGGAATAAAATAAAAC-AATTTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGCAAGAGA-TTA
1 GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
298265 GAAAAAT-AATTCAATTTGTTAAACCAGTTTAAAAAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTT
65 -AAAAATAAATT-TATTTGTTAAACCAG-TTCAAAAAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
298329 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-AATATTTTGTTCATATAATTTTGTTCAA
127 CAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAAT-TTCTATTCATACAAGTTTATTCAA
* * * * *
298393 AATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT
191 AATAAAATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
* * * * **
298458 CT-ATTACTAAACCAATTCAATTAGTTATA-ACTATTTGAATAACTATTTATTTCAAATTATTAT
251 CTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTA-AGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * *
298521 G-ACAATTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTTATTCATAC-A
315 GAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTATT-ATTCAA
298563 GTCTTATTTGGAA-AAAATAATA
1 G-CTTATTTGGAATAAAATAATA
298585 AGTAACAGAT
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 115, Indels: 46
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
356 65 0.11
357 38 0.06
358 21 0.03
359 113 0.19
360 53 0.09
361 301 0.50
362 13 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (356 bp):
GCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTATTTGTTAAACCAGTTCAAAAAGTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATAATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAA
AATAATACTAATGTATTAATATTCTAAAAATTAAAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTA
AACCAATTCAAATAGTTAAGGCTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTT
TTGTCATAAAACAACTGTTTTTATTATTCAA
Found at i:298613 original size:152 final size:151
Alignment explanation
Indices: 298424--298722 Score: 345
Period size: 152 Copynumber: 2.0 Consensus size: 151
298414 TAATATTTTG
* * * *
298424 AAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAATCTATT-ACTAAACCAATTCAATTAGTTATA-
1 AAAAATAAGAAGTAACAGATTTAAAAAATAAAATCTATTGACT-AACCAATGCAAATAGTTA-AG
* * * * * * *
298487 ACTATTTGAATAACTATTTATTTCAAATTATTATGACAATTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTT
64 ACAATTCGAATAACTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTATCACAAAACAACTGTTT
*
298552 TTATTCATAC-AGTCTTATTTGGA
129 CTATTCATACAAG-CTTATTTGGA
* * * * *
298575 AAAAATAATAAGTAACAGATTTAAAAAA-AATGAATCTATTGCCTGACTAGTGCAAATAGTTAAG
1 AAAAATAAGAAGTAACAGATTTAAAAAATAA--AATCTATTGACTAACCAATGCAAATAGTTAAG
* **
298639 ACAATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAACTGTTT
64 ACAATTCGAATAACTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTATCACAAAACAACTGTTT
298704 CTATTCATACAAGCTTATT
129 CTATTCATACAAGCTTATT
298723 CAAAATAACA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 20, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.02
151 26 0.21
152 91 0.74
153 4 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (151 bp):
AAAAATAAGAAGTAACAGATTTAAAAAATAAAATCTATTGACTAACCAATGCAAATAGTTAAGAC
AATTCGAATAACTATCTATTTCAAATCATTATGACAATTTGTTTTATCACAAAACAACTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTTGGA
Found at i:299052 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 298650--299536 Score: 765
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 180
298640 CAATTCGAAT
* *
298650 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAACTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * * *
298715 AGCTTATTCAAAATAACATAATTCTAATTTGTTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTA
66 AGCTTATTCTAAATAAAATTATACAAATTTATTAATA-TTC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTT
* * *
298776 AAAAAAT-AATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC
129 AAAAAATAAATCTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
* * * * * * * *
298827 AATTATTTATTTCATATCACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACTATTTTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
*
298892 AGCTTATT-TCAAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAATATTT
66 AGCTTATTCT-AAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTCA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTT
* * *
298956 TAAAAAATAAATCTATTTACGAAATAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAG
128 TAAAAAATAAATCTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
* * * * * *
299009 AATTATTTATCTT-AAGTCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTTTATAC
1 AATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
299073 AAGCTTATTC-AGATTAAAA-TATTATAAATTTATTAATATTTTGC-CAATTAATAGGTAAAAGA
65 AAGCTTATTCTA-AATAAAATTA-TACAAATTTATTAATA--TT-CAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
299135 TTTT--AAAATAGATATGTTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAT
125 TTTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
* * * * * *
299189 AATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTCATCATAGAATAATTGTAT-TAGTTCATAT
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC
* * * * ** *
299253 AGGCTTGTTCTAAATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTCTAAAATTTAACGAGTAAGAGA-TT
65 AAGCTTATTCTAAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTC-AAAA-TTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * **
299316 TAAGAAAATGAATTTGTTTACCG-ACCAAATTCAATTAGTTAGGATTATTTGAAC
128 TAA-AAAATAAATCTGTTTA-CGAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
* * * * * * *
299370 AATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
299435 AGCTTATTCTGAATAAAA-TAGT-TAAATTTATTAATATTCCAAAACTTAATAAG-AAAA-AATT
66 AGCTTATTCTAAATAAAATTA-TACAAATTTATTAATATT-CAAAA-TTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * *
299496 AAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACCTA-TTCAAATAGTTAT
128 TAAAAAATAAATCTGTTTACGAAA-CAAGTTCAAATAGTTAT
299537 GACTTTTTAT
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 113, Indels: 66
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 5 0.01
177 97 0.17
178 6 0.01
179 50 0.09
180 115 0.20
181 145 0.26
182 139 0.25
183 2 0.00
184 2 0.00
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTCTAAATAAAATTATACAAATTTATTAATATTCAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAA
AAAATAAATCTGTTTACGAAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
Found at i:299436 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 298650--299486 Score: 874
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 358
298640 CAATTCGAAT
* * * *
298650 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAACTGTTTCTATTCATACA
1 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
298715 AGCTTATTCAAAATAACATAATTCT-AATTTGTTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
66 AGCTTATTCAGAATAAAAT-ATT-TAAATTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAAAAGATTT-AA
* * * * * *
298778 AAAATAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCATA
128 AAAATAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * *
298843 TCACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACTATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
193 TCACTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACTATTGTATCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAA
* * *
298908 AATTATACAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATCTATT
258 AATAATACAAATTTATTAATATTCAGACAATTAACAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATT
* *
298973 TACGAAATAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAG
323 TACGAAATAAGTTCAAATAGTTAGAATTATTTGAAC
* * * * * *
299009 AATTATTTATCTTAAGTCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTTTATACA
1 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * *
299074 AGCTTATTCAGATTAAAATATTATAAATTTATTAATATTTTGCCAATTAA-TAGGTAAAAGATTT
66 AGCTTATTCAGAATAAAATATT-TAAATTTATTAATATTTT--CAA-AAATTA-ATAAAAGATTT
* * *
299138 -TAAAATAGATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATAATTATCTATTTC
126 AAAAAATA-ATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
299202 AAATCATTTTGACCTTTTGTTTCATCATAGAA-TAATTGTAT-TAGTTCATATAGGCTT-GTTCT
190 AAATCACTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACT-ATTGTATCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-
* * *
299264 AAATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTCTA-A-AATTTAACGAGTAAGAGA-TTTAAGAAAAT
252 AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTC-AGACAA-TTAACAAGTAAAAGATTTTAA-AAAAT
* * * * * *
299325 GAATTTGTTTACCGACCA-AA-TTCAATTAGTTAGGATTATTTGAAC
314 AAATCTATTTA-CGA-AATAAGTTCAAATAGTTAGAATTATTTGAAC
* * * * *
299370 AATTATCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAAAAATTGTTTCTGTTCATACA
1 AATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
299435 AGCTTATTCTGAATAAAATAGTTAAATTTATTAATA-TTCCAAAACTTAATAA
66 AGCTTATTCAGAATAAAATATTTAAATTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAA
299487 GAAAAAATTA
Statistics
Matches: 392, Mismatches: 70, Indels: 35
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 4 0.01
357 5 0.01
358 4 0.01
359 84 0.21
360 24 0.06
361 146 0.37
362 113 0.29
363 12 0.03
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
AATTATCTATTTTAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
AGCTTATTCAGAATAAAATATTTAAATTTATTAATATTTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAA
ATAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
CTATAACCTTTTATTTCATCATAAAACTATTGTATCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
AATACAAATTTATTAATATTCAGACAATTAACAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTAC
GAAATAAGTTCAAATAGTTAGAATTATTTGAAC
Found at i:300856 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 299521--303551 Score: 1557
Period size: 358 Copynumber: 11.2 Consensus size: 355
299511 TTTTCTAAAC
* * * * * * * * *
299521 CTAT-TCAAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATGCGAGCTTA
1 CTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTAA
* * * *
299585 TTCGAAG-TAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAA
65 TT--AAGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAA
* * * * * * * *
299649 A-ATAA-CTATTTA-TGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
126 ATA-AATGTGTTTACT-AACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * *
299711 -AGT-TATGCTCTTTTGTTTTGTTAT-AAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCTG-AAT
189 CATTCTA-AC-CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-GAAAT
* *
299772 AAAATCATACTAATTTATTAATATTATGC--AAATTAAT-AGTCAAGAGATTTAAATAATAAATC
251 AAAATAATACTAATTTATTAAT-TT-T-CAAAAATTAATAAG-CAAGAGATTTAAA-AATAAATA
**** * * * *
299834 TATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATG-TTCACTTGAACAATTAT
311 TATTTTTTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* * * * ** * ** ** *
299880 CTATTTCAAATTGGTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAAAATTGTTT-TGTTCATACAAAATTT
1 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAATCATAC-AAGCTA
* * * **
299944 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT
64 ATTAAGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-T
* * * * * *
300005 AAATCTATTT-CTCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC----TCAAATC
128 AAATGTGTTTACT--AA-CAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * *** * * * *
300064 GTTATGATC-TTT-ATTATGCCATAAAACAATTGTTTTTTTTTCGTACACA-CATGTTC-AGATT
190 ATTCTAACCTTTTGTTTA-GTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACA-AGCTTATTCGA-AAT
** * * * * * *
300125 AAAATAAGGCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
251 AAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATATAT
** * * * ** *
300190 TTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAGGACTATCAGAATAATTAT
314 TTTTTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** * * * * *
300233 TTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGTTT
1 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTA
* * * *
300297 ATTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTAAAAAA
64 ATTAAG-ATAAAATAATACTAATTTAATAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT--TAAA
* * * * * * *
300357 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTTAAAAAGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAAT
125 AATAAATGTGTTTACT-AACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * *
300422 CATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAGCAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAATAAA
189 CATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * **
300487 ATAATACTACTATATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTATTTT
254 ATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-TAAATATATTTT
* *
300552 TTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAATAT
317 TTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
300592 CAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTTATAAAATAATCGTTTCTAATCATACAAGCTAAT
1 CTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTAAT
**
300657 TTGGATAAAGATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATA
66 TAAGATAAA-ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATA
* * *
300722 AATGTGTTTACCGAATC-AGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
129 AATGTGTTTA-CTAA-CAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * * *
300786 TCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATA
192 TCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
* * * * ***
300851 ATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAGAATAAATTTGTTTAAC
257 ATACTAATTTATTAA-TTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAA-AATAAATATATTTTTT
* * * *
300916 GAACAGGATCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTAT
319 GAACA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** *
300954 CTA-CTCAAATCATTATGATCTTTATTTTATTATAGAACAATTATTTCTTTTCATTCAAGC-ATA
1 CTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTA-A
*
301017 TTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATA
65 TTAAGA-TAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATA
* * * * * *
301078 AATGTGTTTGTCTAACTAGTTCAAATAGTTAGGATTACTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
129 AATGTGTTT-ACTAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATT
* * * *
301143 CTAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAA
193 CTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * *
301208 TACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTAACAAGCAAGAAATTTAAAAAAAAATAAATTTGCTTAC
258 TACTAATTTATTAATTTTCAAAAA-TTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATATATTT--TT--
* *
301273 TAAATAAGTTCAAATAGA-TATGACTATTTGAACAATTAT
318 TGAA-CAGTTCAAATA-ATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
301312 CTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATAAAAACTT
1 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATACAAGCTA
* * * * * * *
301376 ATCCAAAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAAC
64 AT-TAAGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-
* * * * * * * * * *
301441 TAAA-GCTACTTT-TTGAACTAGTTCAAATAGCTATGACTATTTA-AATAACTATCAATCTCAAA
127 TAAATG-T-GTTTACT-AACAAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
301503 TAATTATAATC-TTTGCTTT-GTCATAAAATAATTG-TTCTAA-TCATACAAGCTGATTC-AGAT
188 TCATTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
301563 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATACGTAAGATATTTAAAAAATAATGTGT
251 -AAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT---AAA-AA-----
* * * * ** *
301628 GTAAGAGATTTAAAAAAAATGTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTCA-GACTATTAAAATAAT
305 -T-A-A-A--T-----ATAT-T-TTT--TGAA-CAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAAT
*
301692 GAT
353 TAT
* * * * * * * *** * * *
301695 CTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATTTTTGTTT-TAGTTCGTACAAGCTT
1 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTA
** * * * *
301759 ATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTA-TTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAA
64 ATTAAG-ATAAAATAATACTAATTTAATAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAA
* ** * ** *
301823 AATAAATTTGTTTGTTAA-ATAGGTTCAAATAGTTTTGACTATTTA-AACAATTATCTATTTTAA
125 AATAAATGTGTTTACTAACA-A-GTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * ** * * * *
301886 ATTA-TCATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTT-GGTTCATAAAAGTTTATCCTAAA
187 ATCATTC-TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT-TTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * ** * * *
301949 TAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAAATCAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAAATCA-
250 TAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGAT-TTAAAAATAAAT-AT
* * * * *
302013 ATTTATTAAATCACTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTGT
312 ATTTTTTGAA-CAGTTCAAATAATTA-TGACTATTTGAACAATTAT
* * * * ** * *
302058 CTATTTTAAATCGTTATTG-CCTTTCATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGAA-CATAAAAGCT
1 CTATCTCAAATCGTTA-TGATCTTT-GTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCT-AATCATACAAGC-
* * * * * *
302121 TATTTTAA-ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAATT-AGAA-T--GAGATTAAAAA
62 TA-ATTAAGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAA
* * * ** *
302181 AATAAATCTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
125 AATAAATGTGTTTACT-AACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAT
** * * ** * *
302246 TGTTATAACCTTTTG-TTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTC-AGAATA
189 CATTCTAACCTTTTGTTTA-GTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATA
* * * * * * * * * *
302309 TAATAACACAAAATTAATAATATTCTAAAAATTTATAA-CAAAGAGACTTAAAAAATAAATCTGT
252 AAATAATACTAATTTATTAATTTTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGA-TTTAAAAATAAATATAT
*** ** * * *
302373 TTGCCGAGTTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAAGAATTAT
314 TTTTTGA-ACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *** * * * * * *
302416 CTATTTAAAATCATTATTCCCTTTTGTTTAGTCATAAAGA-AATTATTT-TAGCTCATCCAAGTT
1 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAA-ACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCT
* * * **
302479 TATTCATA-ATAAAATAAAACTTATTTCTTAATATTTCAAAAATTTAA-AAGTAAGAGATTTAAA
63 AATT-A-AGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * * * * * * * *
302542 AAATAATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTATAG-CTATTTGAATAATTATATATTTCAA
124 AAATAAATGTGTTTA-CTAACAAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * ** *
302606 GT-TTATATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAATAATTATTTTTATTTATACAAGCTTATTC-AGA
187 ATCAT-TCTAACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-A
* * * * * *
302668 ATAAAATAATACTGATCTAATGAGATTCT-AACAATTAATAA-CTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
249 ATAAAATAATACTAAT-TTATTA-ATTTTCAAAAATTAATAAGC-AAGAGATTT-AAAAATAAAT
* * **** * ** * * * * *
302731 TTGTTTACCAAACCACTTCAAATGGTTAAAGA-TGTATAAAGAATTAT
310 ATATTTTTTGAA-CAGTTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
302778 CTATTTGAAATCATTATGGCAT-TTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTC-AGTTCTTACTATCT
1 CTATCTCAAATCGTTAT-G-ATCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCT
* ** * * * *
302840 TATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAGGAGATTCAAAA
63 AATTAAG-ATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAA
* * * * ** * *
302900 AATGATTTTGTTTATCAAACCGGTTTAAATAATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAA
125 AATAAATGTGTTTA-CTAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * *** * * * * *
302964 TTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAA
188 TCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA
* * *
303029 AATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
253 AATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATATATTT
** * * * * * * *
303090 ACTAAACCAATTTAATTAGTTATAACTATTAGAACAATTAT
316 TTTGAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
303131 TTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTT
1 CTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAG-CTA
** * * * * *
303195 ATTCGGAAAAAAGTAATGCTAA-TTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAA
64 ATTAAGATAAAA-TAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAA
** * ** * ** ** * *
303258 TGTATCTGTTGGCCTGACCAA-TGCAAGCAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
127 TAAATGTGTT-TACT-AACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** ** * * * *
303322 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCGCAAAACAATTGTTTTTATTCGTACAAGCCTATT-AAGAATAAT
190 ATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAA
* * * * * * * *
303386 ATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAATGAATCTCTTTA
254 ATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATATATTTT
* * *
303451 TTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
317 TTGAAC-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
303491 TTATTTCAAAAT-GCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAAACAAG
1 CTATCTC-AAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAG
303552 TTTATTTCAA
Statistics
Matches: 2837, Mismatches: 619, Indels: 430
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
350 2 0.00
351 8 0.00
352 23 0.01
353 250 0.09
354 84 0.03
355 75 0.03
356 327 0.12
357 166 0.06
358 351 0.12
359 199 0.07
360 225 0.08
361 283 0.10
362 272 0.10
363 160 0.06
364 53 0.02
365 57 0.02
366 9 0.00
367 4 0.00
368 1 0.00
372 1 0.00
374 2 0.00
375 2 0.00
376 2 0.00
377 1 0.00
378 1 0.00
383 140 0.05
384 57 0.02
385 24 0.01
386 52 0.02
387 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (355 bp):
CTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCTAAT
TAAGATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAA
TGTGTTTACTAACAAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTA
ACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
TAATTTATTAATTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATATATTTTTTGAACAGT
TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAT
Found at i:300964 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 299524--303558 Score: 1972
Period size: 181 Copynumber: 22.4 Consensus size: 179
299514 TCTAAACCTA
* * * * * *
299524 TTCAAAT-AGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATGCGAGCTTA-T
1 TTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
* * * *
299586 TCGAAGTAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAAAA
64 TGGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAA
* * * * * *
299651 T-AA-CTATTTATGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTAT
126 TAAATTTGTTTACGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
299704 TTCAAAT-AGTTATG-CTCTTTTGTTTTGTTAT-AAACAATTGTTTCTA-TTTATACAAGTTTAT
1 TTCAAATCA-TTATGAC-CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
* *
299765 TCT-GAATAAAATCATACTAATTTATTAATATTATGC--AAATTAAT-AGTCAAGAGATTTAAAT
63 T-TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-CAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAA
* * * * * *
299826 AATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATG-TTCACTTGAACAATTATCTAT
124 AATAAATTTGTTTA-CGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
*** * * * * ** * *
299884 TTCAAATTGGTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAAAAATTGTTT-TGTTCATACAAAATTTTTTA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* ** *
299948 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
300009 CTATTTCTCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATC---
131 TTGTTT-ACGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *** * * *
300057 -TCAAATCGTTATGATC-TTT-ATTATGCCATAAAACAATTGTTTTTTTTTCGTACACA-CATGT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-GTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACA-AGCTTAT
** * ** * * * *
300118 TCAGATTAAAATAAGGCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
63 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * ** * *
300183 AATATGTTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAGGACTATCAGAATAATTATTTAT
128 AATTTGTTTAC-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * *
300237 TTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTAG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
300302 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTAAAAAAAATAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAA
* * * * * *
300362 ATATGTTTACTAAACAAGTTTAAAAAGATATGACTATTTGAACAATTATTTAT
129 ATTTGTTTAC-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * **
300415 TTAAAATCATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAGCAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
300480 AAATAAAATAATACTACTATATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAG
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* * * * *
300545 CTATT-TTT-TGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATCAAT
130 -T-TTGTTTACGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
300596 CTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATCGTTTCTA-ATCATACAAGCTAATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTT
* *
300659 GG-ATAAAGATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAA
65 GGAATAAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * * *
300723 ATGTGTTTACCGAATCAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
129 ATTTGTTTA-CGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
300776 TTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
300841 GAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAGAATAA
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * *
300905 ATTTGTTTAACGAACAGGATCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTA-
129 ATTTGTTT-ACGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** * *
300957 CTCAAATCATTATGATCTTTAT-TTTA-TTATAGAACAATTATTTCTTTTCATTCAAGCATATTT
1 TTCAAATCATTATGACCTTT-TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * *
301020 AGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
301080 TGTGTTTGTCTAACTAGTTCAAATAGTTAGGATTACTAGAACAATTATCTAT
130 TTTGTTT-ACGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * **
301132 TTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAGTCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
301197 AAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAAGTTAACAAGCAAGAAATTTAAAAAAAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT---AAAAAAT
* * * *
301261 AAATTTGCTTACTAAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTAT
127 AAATTTGTTTAC-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * ***
301316 TTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
301381 AAATAAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAG
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-
* ** ** * * * * *
301446 CTACTTTTTGAACTAGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAATAACTATCAAT
130 TTTGTTTACGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
301497 CTCAAATAATTATAATC-TTTGCTTT-GTCATAAAATAATTG-TTCTA-ATCATACAAGCTGATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT
** * * *
301558 CAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATACGTAAGATATTTAAAAAAT-
64 TGGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * ** * ** ** ** *
301621 AATGTGTGTAAG-AGATTTAAAAAAAATGTGTTTA-CCGAATCAATTCAAATAG
128 AATTTGTTTACGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATT-ATCTAT
* * * * ** * * * **
301673 TTCAGACTATTAAAATAATGATCTATT-TCAAATCATTCTAACCTTTTGTTT-AG-TCATA-AA-
1 TTCA-A--A-T--CATTATGACCTTTTGTTTAGTCA-T-AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG
* ** * ** ** * * ** * * *
301733 ATT-TTT-GTTTTAGTTCGTAC-AAGCTTATTTGGAAGAAAAT-AATACTAATTTATTAACTATT
58 CTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TTTA-TT--AA-TATTTCAA-A--AA-TTAATAAGTA-A
* * * * ** * *
301794 GAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTGTTAAATAGGTTCAAATAGTTTT
113 G-AGATTTAA-AA--AATAAATTTG-----------TT-TACG---AACA-GTTCAAATAGTTAT
*
301859 GACTATTTAAACAATTATCTAT
158 GACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
301881 TTTAAATTATCATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTT-GGTTCATAAAAGTTTATCC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATACAAGCTTAT-T
* * * ** * *
301945 T-AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAAATCAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAA
64 TGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
*** ** * * * *
302009 ATCAATTTATTAAATCACTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTGTCTAT
129 ATTTGTTTA-CGAA-CAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * ** ** *
302062 TTTAAATCGTTATTG-CCTTTCATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGAACATAAAAGCTTATTT
1 TTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
** * * * *
302126 TAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAATT-AGAA-T--GAGATTAAAAAAATAAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
302187 TCTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTAT
130 TTTGTTTAC-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * *
302239 TTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTA-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * * * * ** *
302303 AGAATATAATAACACAAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTTATAACAAAGAGACTTAAAAAATAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * * * *
302367 ATCTGTTTGCCGAGTTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAAGAATTATCTAT
129 ATTTGTTT-ACGA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * * *
302420 TTAAAATCATTATTCCCTTTTGTTTAGTCATAAAGA-AATTATTTTAGCTCATCCAAGTTTATTC
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
** * * *
302484 ATAATAAAATAAAACTTATTTCTTAATATTTCAAAAATTTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAAT-A
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
302547 ATTCTATTTACCTAACTAGTTCAAATAATTAT-AGCTATTTGAATAATTATATAT
129 ATT-TGTTTA-CGAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
302601 TTCAAGT-TTATATAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAATAATTATTTTTA-TTTATACAAGCTTAT
1 TTCAAATCAT-TATGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTAT
** * * * * * * * *
302663 TCAGAATAAAATAATACTGATCTAATGAGA-TTCTAACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
63 TTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * *
302727 AAATTTGTTTACCAAACCACTTCAAATGGTTAAAGA-TGTATAAAGAATTATCTAT
127 AAATTTGTTTA-CGAA-CAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
302782 TTGAAATCATTATGGCATTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTCAGTTCTTACTATCTTATTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
302846 GAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AGTAGGAGATTCAAAAAATGAT
66 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
302906 TTTGTTTATCAAACCGGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTAT
130 TTTGTTTA-CGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * ** * * *
302958 TTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGGTTCATATAAGTTTGTTTG
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
* *
303023 GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
66 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
303084 CTATTTACTAAACCAATTTAATTAGTTATAACTATTAGAACAATTATTTAT
131 TTGTTTAC-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * *
303135 TTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AGTCTTATT
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAG-CTTATT
* * * * * *
303198 CGGAA-AAAAGTAATGCTAA-TTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATG
64 TGGAATAAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
* * ** * * * **
303260 TATCTGTTGGCCTGACCAATGCAAGCAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 AATTTGTT-TAC-GAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * *
303314 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGCAAAACAATTGTTTTTA-TTCGTACAAGCCTATTA
1 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * * * * *
303378 AGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAATGAA
65 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
303443 TCTCTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
130 TTTGTTTA-CGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
303495 TTCAAA--ATGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCAAACAAGTTTAT
1 TTCAAATCAT--TATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
303557 TT
63 TT
303559 CAAATCTGTT
Statistics
Matches: 2941, Mismatches: 710, Indels: 407
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.00
171 15 0.01
172 16 0.01
173 40 0.01
174 51 0.02
175 51 0.02
176 242 0.08
177 374 0.13
178 162 0.06
179 278 0.09
180 433 0.15
181 839 0.29
182 123 0.04
183 23 0.01
184 150 0.05
185 13 0.00
186 7 0.00
187 1 0.00
188 6 0.00
189 2 0.00
191 2 0.00
192 4 0.00
195 5 0.00
197 2 0.00
198 5 0.00
199 1 0.00
200 7 0.00
201 9 0.00
202 14 0.00
203 13 0.00
204 8 0.00
205 3 0.00
206 3 0.00
207 10 0.00
208 9 0.00
209 16 0.01
210 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTG
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:301371 original size:901 final size:894
Alignment explanation
Indices: 299527--303534 Score: 2634
Period size: 923 Copynumber: 4.4 Consensus size: 894
299517 AAACCTATTC
* * * * * *** * * *
299527 AAATAGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATGCGAGCTTATTCGAAG
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAA
* * * * * *
299592 TAAAATAACACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTTAAAAAAT-AA-C
66 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGA--TTTAAAAAATAAAGC
* * * * * ** * *
299655 TATTTATGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGCT
129 TATTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGAT
* * * * * * *
299720 CTTTTGTTTTGTTAT-AAACAATTGTTTCTATTTATACAAGTTTATTCTGAATAAAATCATACTA
194 C-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTAATT-TGGATAAAATAATACTA
* * * * *
299784 ATTTATTAATATTATGC--AAATTAAT-AGTCAAGAGATTTAAATA-ATAAATCTATTTACCAAA
257 ATTTAATAATATT-T-CAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAGAGATAAATGTGTTTACCGAA
* * * * *** * *
299845 TAAGTTCAAATAGTTATG-TTCACTT-GAACAATTATCTATTTCAAATTGGTATGACCTTTTGTT
319 TCAGTTCAAATAGTTAAGACT-A-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTT
* * * * ** * ** *
299908 TTGTCGTAAAAAAATTGTTTTGTTCATACAAAATTTTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
382 TAGTCATAAAATAATTGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * **
299973 TATTTTG-AAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAACTAAATCTATTTCTCAAACCAATTCAAAT
447 -CTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAA-TAAATTTGTTTAACAAACCAATTCAAAT
* * * *
300032 AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTATGCCATAAAACAATTGT
510 AGTTATGACAATTTGAATAATTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTATACCATAAAACAATTGA
* * * *
300097 TTTTTTTTCGTACACACATGTTCAGATTAAAATAAGGCTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAGT
575 TTTCTTTTCATACACACATATTCAGATTAAAATAAGACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTA-T
*
300162 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAGGACTATCAGAAT
639 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAGGACTATCAGAAC
* ** * *
300227 AATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA
704 AATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACA
* * * *
300292 AGTTTATTAGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCCAAAAATTAATAAGAAATTAAAAAA
769 AGCTTATCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCCAAAAATTAACAAGAAATTAAAAAA
* * *
300357 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTTAAAAAGATATGACTATTTGAACAATTATTTATTTA
834 AATAAATATGCTTACTAAACAAGTTCAAAAAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * *
300418 AAATCATTATGACCTATTGTTTTGTAATAAAGCAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAA
* *
300483 TAAAATAATACTACTATATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAATTAAAGCTA
66 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTA
* * *
300548 TTTTTTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATCGTTATGATC
131 -TTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGATC
*
300613 TTTGTTTTGTTATAAAATAATCGTTTCTAATCATACAAGCTAATTTGGATAAAGATAATACTAAT
195 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTAATTTGGATAAA-ATAATACTAAT
300678 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AGATAAATGTGTTTACCGAATCAGT
259 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAGAGATAAATGTGTTTACCGAATCAGT
**
300742 TTGAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCAT
324 TCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCAT
*
300807 AAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTG
389 AAAATAATTGTTT-AGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTG
*
300872 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAGAATAAATTTGTTTAACGAA-CAGGA-TCAAATAGTTA
453 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAA-AATAAATTTGTTTAACAAACCA--ATTCAAATAGTTA
* ** *
300935 TGACAATTTGAATAATTATCTACTCAAATCATTATGATCTTTATTTTATTATAGAACAATT-ATT
515 TGACAATTTGAATAATTA--T-CTCAAATCATTATGATCTTTATTATACCATAAAACAATTGATT
* * * *
300999 TCTTTTCATTCA-AGCATATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T-TAA
577 TCTTTTCATACACA-CATATTCAGATTAAAATAAGACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAA
* * * *
301061 -TAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGTCT-AA-CTAGTTCAAATAGTTAGGATTA-CTAGAA
641 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTG-CTGAATC-AATTCAAATAGTTAGGACTATC-AGAA
**
301121 CAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAC
703 CAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAC
301186 AAGCTTAGTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTT-CAAAAAGTTAACAAGCAAGAAAT
768 AAGCTTA-TCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCCAAAAA-TT---AA-CAAGAAA-
* * *
301249 TTAAAAAAAAATAAATTTGCTTACTAAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCT
826 TT-AAAAAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGTTCAAAAAGATATGACTATTTGAACAATTATCT
301314 ATTTA
890 ATTTA
*
301319 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAA
* *
301384 TAAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTA
66 TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTA
* * * * * *
301449 CTTTTTGAACTAGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAATAACTATCAATCTCAAATAATTATAATC
131 -TTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGATC
* * * **
301514 TTTGCTTTGTCATAAAATAATTG-TTCTAATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAAT
195 TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTAATTTGGAT-AAAATAATACTAAT
* *
301578 TTAATAATATTTCAAAAATTAATACGTAAGATATTTAAAAAATAATGTGTGTAAGAGATTTAAAA
259 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT------T-A-------AAGAGA--T----
* * * *
301643 AAAATGTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTCAGACTATTAAAATAATGATCTATTTCAAATCA
303 -AAATGTGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
** *
301708 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATTTTTGTTTTAGTTCGTACAAGCTTATTTGGAAGAAAAT
367 TTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAAT
* * **
301773 AATACTAATTTATTAACTATTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTGT
431 AATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTG-AAAAATAAATTTGTTTAA
* * * * * * * * * * *
301838 TAAA-TAGGTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTATCATGAGCTTTT
495 CAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATC----TCAAATCATTATGATC-TTT
* * ** ** * ** * * * * *
301902 GTTTTGTCATAAAACAATTG-TGTT-GGTTCATA-AAAGTTTATCCTA-AATAAAATAATATTAC
554 ATTATACCATAAAACAATTGAT-TTCTTTTCATACACA-CATATTC-AGATTAAAATAAGACTAA
* *** * * * * ** * *
301963 TTTATTAATATTTTGAAAATCAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAAATCA-ATTTATTAAATCAC
616 TTTAATAATATTCCAAAAAT-TATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTGCTGAATCAA
* * * ** * * * * ** ** ***
302027 TTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTATTGCCTTTCATTTTGCC
679 TTCAAATAGTTA-GGACTATCAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATC
* * * *** *
302091 ATAAAACAATTGTTTTTGAA--CATAAAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-T
743 ATAAAACAA-T-TATTTCAATTCATACAAGCTTATCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACT
* * * * * ** * * * * * *
302153 ATTTCAAGAATTAGA-ATGAGATT-AAAAAAATAAATCTATTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTT
806 -TTCCAAAAATTA-ACAAGAAATTAAAAAAAATAAATATGCTTACTAAACAAGTTCAAAAAGATA
*
302216 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
869 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
* * * * ** * ** *
302242 AAATTGTTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTC-AGA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGA-A
* * * ** * *
302306 ATATAATAACACAAAATTAATAATA-TTCTAAAAATT-TATAA-CAAAGAGACTTAAAAAATAAA
65 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAT-TAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** *** * * * * * * * * *
302368 TCTGTTTGCCGAGTTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAAGAATTATCTATTTAAAATCA-TTA
127 GCTATTT-TTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAAT-AGTTA
*** * * * * * * * *
302432 TTCCCTTTTGTTTAGTCATAAAGA-AATTATTT-TAGCTCATCCAAGTTTATTCAT-AATAAAAT
190 TGATC-TTTGTTTTGTTATAAA-ATAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTAATT--TGGATAAAAT
* * ** * * * *
302494 AAAACTTATTTCTTAATATTTCAAAAATTTAA-AAGTAAGAGATTTAAA-AAATAATTCTATTTA
250 AATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAGAGATAAATGTGTTTA
* * * * * * *
302557 CCTAA-CTAGTTCAAATAATTATAG-CTATTTGAATAATTATATATTTCAAGT-TTATATAACCT
314 CCGAATC-AGTTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT-TCTAACCT
* * ** * *
302619 TTTGTTCTA-TCATAAAATAATTATTTTTA-TTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTG
376 TTTGTT-TAGTCATAAAATAA-T-TGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTA
* * * * * * * *
302682 ATCTAATGAGA-TTCT-AACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACC
438 AT-TTATTA-ACTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTAACAAACC
* * * ** ** * * * * *
302745 ACTTCAAATGGTTAAAGATGTATAAAGAATTATCTATTTGAAATCATTATGGCAT-TTTATTTTG
501 AATTCAAATAGTT-ATGA-CAAT-TTGAATAAT-TATCTCAAATCATTAT-G-ATCTTTATTATA
* ** * * * ** * * *
302809 TCATAAAACAATT--TTTCAGTTCTTACTA-TCTTATTTGGAATAAAATAA-AATAAATTTATTA
560 CCATAAAACAATTGATTTCTTTTCATAC-ACACATATTCAGATTAAAATAAGACT-AATTTAATA
* ** * * * * * * * ** *
302870 ATATTTCAAAAA-T-T-AGTAGGAGATTCAAAAAATGATTTTGTTT-ATCAAACCGGTTTAAATA
623 ATATTCCAAAAATTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCT-GAATCAATTCAAATA
* * * ** * * **
302931 ATTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
687 GTTAGGACTA-TCAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAACA
* * *** * * * ** * * **
302995 AATGTTTTGGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAA-TATTTTAAAAA
751 ATTATTTCAATTCATACAAGCTTATCAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCCAAAAA
* * * * ** * ** * * *
303059 TTAATAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTATTTACTAAACCAA-TTTAATTAGTTATAACTATTAG
815 TTAACAAGAAATTAAAAAAAATAAATATGCTTACTAAA-CAAGTTCAAAAAGATATGACTATTTG
* *
303122 AACAATTATTTATTTC
879 AACAATTATCTATTTA
* * * * ** *
303138 AAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAGTCTTATTCGGAA
1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTA-TCCGAA
* * * * * * * * ** *
303203 A-AAAGTAATGCTA-ATTATTAATATTT-GAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATCT
65 ATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCT
* ** * * ** * * * * *
303265 GTTGGCCTGACCAA-TGCAAGCAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
130 ATT--TTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGA
* *** * * * * * * * *
303329 CCTTTTGTTTTGTCGCAAAACAATTGTTTTTATTCGTACAAGCCT-ATTAAGAATAATATAATTC
193 TC-TTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAG-CTAATT-TGGATAAAATAATAC
* * * * * * * **
303393 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTAAA-AAATGAATCTCTTTATTGAA-
255 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAGAGATAAATGTGTTTACCGAAT
* * * * * *
303456 CAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAA--ATGCTATAACTTTTTGTT
320 C-AGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCAT--TCTAACCTTTTGTT
*
303519 TTGTCATAAAATAATT
382 TAGTCATAAAATAATT
303535 TTTTCTATTC
Statistics
Matches: 2517, Mismatches: 455, Indels: 289
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
889 9 0.00
890 3 0.00
891 119 0.05
892 202 0.08
893 55 0.02
894 232 0.09
895 153 0.06
896 266 0.11
897 23 0.01
898 46 0.02
899 15 0.01
900 157 0.06
901 358 0.14
902 121 0.05
903 19 0.01
904 6 0.00
905 3 0.00
907 2 0.00
908 1 0.00
909 2 0.00
910 2 0.00
915 2 0.00
916 3 0.00
917 1 0.00
918 2 0.00
920 1 0.00
921 1 0.00
922 10 0.00
923 397 0.16
924 42 0.02
925 111 0.04
926 13 0.01
927 1 0.00
928 4 0.00
929 12 0.00
930 109 0.04
931 8 0.00
932 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (894 bp):
AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCGAAA
TAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCTA
TTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTCAAATAGTTATGATCT
TTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTAATCATACAAGCTAATTTGGATAAAATAATACTAATTT
AATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAGAGATAAATGTGTTTACCGAATCAGTTC
AAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAA
AATAATTGTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAA
AATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTGTTTAACAAACCAATTCAAATAGTTATGACAA
TTTGAATAATTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTATACCATAAAACAATTGATTTCTTTTCAT
ACACACATATTCAGATTAAAATAAGACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATATGTTTGCTGAATCAATTCAAATAGTTAGGACTATCAGAACAATTATCTATTT
CAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATCAGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCCAAAAATTAACAAGAAATTAAAAAAAATAAATATGCT
TACTAAACAAGTTCAAAAAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
Found at i:301391 original size:540 final size:543
Alignment explanation
Indices: 300661--303539 Score: 1361
Period size: 539 Copynumber: 5.3 Consensus size: 543
300651 GCTAATTTGG
* * * * *
300661 ATAAAGATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATG
1 ATAAA-ATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * ** * * * * * *
300726 TGTTTACCGAATCAGTTTGAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAA
64 TGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * * **** * *
300791 CCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACT
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAAT
* **
300856 AATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAGAATAAATTTGTTTAACGAAC-
194 ACTTTATTAA-TTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA-AATAAATTACTTT-ACGAACT
* * * * * * *
300920 AGGATCAAATAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTA-CTCAAATCATTATGATCTTTATTTTAT
255 A-GATCAAATAGCTATGACAATTTAAATAACTATCAATCTCAAATAATTATAATCTTTACTTTAT
* * * ** * * *
300984 TATAGAACAATTATTTCTTTTCATTCAAGCAT-ATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA
319 CATAAAACAATT-GTTCTAATCATACAAGC-TGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATA
* *
301048 TTTCAAAAATT-A-A-TAAGAGATTT-AAAAATAA-ATGT-G-T-T-TGTCTA-ACT-AGTTCAA
382 TTTCAAAAATTAATACTAAGAGATTTAAAAAATAATATGTAGTTATGTGTCTACAATCAATTCAA
* * * *
301102 ATAGTT-AGGATTACTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTCATAAA
447 ATAGTTCA-GACTACTAAAACAATGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
301166 ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAGTCAAA
511 ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAGTCAAA
* *
301199 ATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTAACAAGCAAGAAATTTAAAAAAAAATAAA
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAA-TTAATAAGCAAGAGATTT---AAAAAATAAA
* * *
301264 TTTGCTTACTAAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
62 TTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* *
301329 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATA
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
* * * * **
301394 ATACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTACTTTTTGAAC
192 ATACTTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA-TTACTTTACGAAC
* * * *
301459 TAGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAATAACTATCAATCTCAAATAATTATAATCTTTGCTTTGT
254 TAGATCAAATAGCTATGACAATTTAAATAACTATCAATCTCAAATAATTATAATCTTTACTTTAT
*
301524 CATAAAATAATTGTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
319 CATAAAACAATTGTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
* * *
301589 TCAAAAATTAATACGTAAGATATTTAAAAAATAATGTGTGTAAGAGATTTAAAAAAAATGTGTTT
384 TCAAAAATTAATAC-TAAGAGATTTAAAAAATAA--TATGT---AG--TT-------ATGTGTCT
* *
301654 ACCGAATCAATTCAAATAGTTCAGACTATTAAAATAATGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTT
434 A-C-AATCAATTCAAATAGTTCAGACTACTAAAACAATGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTT
*** * * * * * ***
301719 TGTTTAGTCATAAAATTTTTGTTTTAGTTCGTACAAGCTTATTTGGA
497 TGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAGTCAAA
* *
301766 AGAAAATAATACTAATTTATTAACTATTGAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATT
** * * * * * *
301831 TGTTTGTTAAATAGGTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAATTATCATGA
64 TGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * * *
301896 GCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTT-GGTTCATAAAAGTTTATCCTAAATAAAATAATAT
129 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAA
* * * * ** *
301960 TACTTTATTAATATTTTG-AAAATCAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAAATCAATTTATTAAAT
193 TACTTTATT-A-ATTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAATAAATTACTTTACGAACT
** ** * * * * * * * * ** *** *
302024 CACTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTATTGCCTTTCATTTT
255 -AGATCAAATAGCTA-TGACAATTTAAATAACTATCAATCTCAAATAATTATAATCTTT-ACTTT
** * * * * * * *
302088 GCCATAAAACAATTGTTTTTGAA-CATAAAAGCTTATTTTAAAT-AAAATAATATTAATTTATTA
317 ATCATAAAACAATTG-TTCT-AATCATACAAGCTGA-TTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATA
* * * * * * *
302151 ATATTTCAAGAATTAGA-A-T--GAGATTAAAAAAATAA-ATCTA--T-T-T-ACT-GAACCAGT
379 ATATTTCAAAAATTA-ATACTAAGAGATTTAAAAAATAATATGTAGTTATGTGTCTACAATCAAT
* ** * ** * ** *
302205 TTAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TTATGTCA
443 TCAAATAGTTCAGACTACTAAAACAATGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTA-GTCA
** * * * *
302269 TAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAGA
507 TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAGTCAAA
* * * * * * *
302306 ATATAATAACACAAAATTAATAA-TATTCTAAAAATTTATAA-CAAAGAGACTTAAAAAATAAAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * * *
302369 CTGTTTGCCGAGTTAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAAGAATTATCTATTTAAAATCATTATT
63 TTGTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
* * * * * ** * * *
302434 CCCTTTTGTTTAGTCATAAAGA-AATTATTTTAGCTCATCCAAGTTTATTCATAATAAAATAA-A
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA
* * *
302497 ACTTA-TTTCTTAATATTTCAAAAATTTAA-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTCTA-TTTACC
192 A--TACTTTATTAAT-TTTGAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TACTTTA-C
* * ** * * * * * * *
302559 TAACTAGTTCAAATAATTAT-AGCTATTTGAATAATTAT-ATATTTCAAGT-TTATATAACCTTT
250 GAACTAGATCAAATAGCTATGA-CAATTTAAATAACTATCA-ATCTCAAATAAT-TATAATCTTT
** * * * * * * * *
302621 TGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTATTTATACAAGCTTATTCAGA-ATAAAATAATACTGATC
312 ACTT-TATCATAAAACAATT-GTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGATA-AAAATAATACTAATT
* * * * * * *
302685 TAATGAGA-TTCTAACAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAA-AT-TTG-T-T-T-ACCA-A
374 TAATAATATTTC-AAAAATTAAT-ACTAAGAGATTTAAAAAATAATATGTAGTTATGTGTCTACA
* * * * * * * * * ** * *
302742 ACCACTTCAAATGGTTAAAGA-T-GTATAAAGAATTATCTATTTGAAATCATTATGGCATTTTAT
437 ATCAATTCAAATAGTT-CAGACTACTA-AAACAATGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGT
* * * * * * ***
302805 TTTGTCATAAAACAATT-TTTCAGTTCTTACTATCTTATTTGGA
500 TTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAGTCAAA
* * * * * *
302848 ATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGT-AG---GAGATTCAAAAAATGATTT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT
*** * * * * ** *
302908 TGTTTA-TCAAACCGGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATT
64 TGTTTACT-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATG
* ** * * * **** *
302972 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTGGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATAT
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAA
* * *
303037 TAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACTAAAC
193 TACTTTATTAAT-TTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAAT-TACTTTAC-GAAC
* * * * * * * * ** * ** * * **
303097 CA-ATTTAATTAGTTATAACTA-TTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTT
254 TAGA-TCAAATAGCTATGACAATTTA-AATAACTATCAATCTCAAATAATTATAATC-TTTACTT
* * * * * *
303160 TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCGGA-AAAAAGTAATGCTAA-TTATT
316 TATCATAAAACAATTG-TTCTAATCATACAAG-CTGATTCAGATAAAAA-TAATACTAATTTAAT
* * * * * * *
303222 AATATTT-GAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAAT-GTATCT-G-T-TG-GCCTGAC---CA
378 AATATTTCAAAAATTAAT-ACTAAGAGATTTAAAAAATAATATGTAGTTATGTGTCT-ACAATCA
* ** * ** * * * * *
303278 ATGCAAGCAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
441 ATTCAAATAGTTCA-GACTACTAAAACAATGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGT
** * ** * * *
303342 CGCAAAACAATTGTTTTTATTCGTACAAGCCTA-TTAAGA
505 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTAGTCAA-A
* * * * * * * *
303381 ATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTAAAAAATGAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * * * * *
303446 CTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAATGC--TATA
65 GTTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAAT-CATTATG
* * *
303509 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC
128 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
303540 TATTCAAACA
Statistics
Matches: 1810, Mismatches: 408, Indels: 247
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
530 1 0.00
531 2 0.00
532 87 0.05
533 64 0.04
534 111 0.06
535 9 0.00
536 10 0.01
537 120 0.07
538 161 0.09
539 333 0.18
540 313 0.17
541 4 0.00
542 44 0.02
543 90 0.05
544 14 0.01
545 1 0.00
547 3 0.00
551 1 0.00
553 1 0.00
554 1 0.00
557 1 0.00
560 2 0.00
562 1 0.00
563 19 0.01
564 8 0.00
565 189 0.10
566 32 0.02
567 172 0.10
568 16 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (543 bp):
ATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTACTAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAC
TTTATTAATTTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTACTTTACGAACTAGATCA
AATAGCTATGACAATTTAAATAACTATCAATCTCAAATAATTATAATCTTTACTTTATCATAAAA
CAATTGTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
TTAATACTAAGAGATTTAAAAAATAATATGTAGTTATGTGTCTACAATCAATTCAAATAGTTCAG
ACTACTAAAACAATGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
CAATTCATACAAGCTTAGTCAAA
Found at i:301631 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 301603--301651 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
301593 AAATTAATAC
*
301603 GTAAGATATTTAAAAAATAATGTGT
1 GTAAGAGATTTAAAAAA-AATGTGT
301628 GTAAGAGATTTAAAAAAAATGTGT
1 GTAAGAGATTTAAAAAAAATGTGT
301652 TTACCGAATC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 1
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.30
25 16 0.70
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (24 bp):
GTAAGAGATTTAAAAAAAATGTGT
Found at i:301642 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 301603--301651 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
301593 AAATTAATAC
* *
301603 GTAAGATATTTAAAAAATAATGTGT
1 GTAAGAGATTTAAAAAAAAATGTGT
301628 GTAAGAGATTT-AAAAAAAATGTGT
1 GTAAGAGATTTAAAAAAAAATGTGT
301652 TTACCGAATC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 12 0.55
25 10 0.45
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (25 bp):
GTAAGAGATTTAAAAAAAAATGTGT
Found at i:302157 original size:567 final size:567
Alignment explanation
Indices: 301061--302165 Score: 1289
Period size: 565 Copynumber: 1.9 Consensus size: 567
301051 CAAAAATTAA
** * * * * *
301061 TAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTGTCTAACTAGTTCAAATAGTTAGGATTACTAGAACAATT
1 TAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAGGACTACTAAAACAATG
*
301126 ATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCT
66 ATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCT
*
301191 TAGTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTAACAAGCAAGAAATTTAAAAA
131 TAGTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTAACAAGCAAGAAATTT-AAAA
*
301256 AAAATAAATTTGCTTACTAAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
195 AAAATAAATTTGCTTACTAAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAA
* *
301321 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATA
260 ATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATA
* * * * *
301386 AAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTACT
325 AAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAGAGATGTAAAAAATAAAGCTAAT
* * * * * *
301451 TTTTGAACTAGTTCAAATAGCTATGACTATTTAAATAACTATCAATCTCAAATAATTATAATCTT
390 TTTTAAACTACTTCAAATAACTATGACCATTTAAACAACTATCAATCTCAAATAATTATAACCTT
* * * *
301516 TGCTTTGTCATAAAATAATTGTTCTAATCATACAAGCTGATTCAGATAAAAATAATACTAATTTA
455 TGCTTTGCCATAAAACAATTGTTCTAATCATAAAAGCTGATTCAAATAAAAATAATACTAATTTA
301581 ATAATATTTCAAAAATTAATACGTAAGATATTTAAAAAATAATGTGTG
520 ATAATATTTCAAAAATTAATACGTAAGATATTTAAAAAATAATGTGTG
* *
301629 TAAGAGATTTAAAAA-AAATGTGTTTACCGAA-TCAATTCAAATAGTTCA-GACTATTAAAATAA
1 TAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTACCGAACT-AATTCAAATAGTT-AGGACTACTAAAACAA
*** * * * *
301691 TGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATTTTTGTTTTAGTTCGTACAAG
64 TGATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAG
* *** * * * *
301756 CTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTATTGAAAAA-TTAATAAGCAAGAGATTT-G
129 CTTAGTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCAAAAAGTTAACAAGCAAGAAATTTAA
* ** * * * *
301819 AAAAAATAAATTTGTTTGTTAAATAGGTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTATCTATTTT
193 AAAAAATAAATTTGCTTACTAAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTATTTA
* * ** ** *
301884 AAATTATCATGAGCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTGTT-GGTTCATAAAAGTTTATCCTAA
258 AAATCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAATTCATAAAAACTTATCCAAA
* ** * *
301948 ATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTGAAAATCAATAAGTAAGAGATGTAAAAAATAAATC-
322 ATAAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAGAGATGTAAAAAATAAAGCT
* * * * * * * **
302012 AATTTATTAAA-TCACTTCAAATAATTATTG-CCATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTAT
387 AATTT-TTAAACT-ACTTCAAATAACTA-TGACCATTTAAACAACTATCAATCTCAAATAATTAT
** * * *
302075 TGCCTTT-CATTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGAA-CATAAAAGCTTATTTTAAAT-AAAATA
449 AACCTTTGC--TTTGCCATAAAACAATTG-TTCT-AATCATAAAAGCTGA-TTCAAATAAAAATA
* * *
302137 ATATTAATTTATTAATATTTCAAGAATTA
509 ATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
302166 GAATGAGATT
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 80, Indels: 25
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
564 6 0.01
565 206 0.46
566 21 0.05
567 182 0.41
568 30 0.07
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (567 bp):
TAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTAGGACTACTAAAACAATG
ATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCT
TAGTCAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCAAAAAGTTAACAAGCAAGAAATTTAAAAA
AAATAAATTTGCTTACTAAATAAGTTCAAATAGATATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAA
TCATCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTATCCAAAATAA
AATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAGAGATGTAAAAAATAAAGCTAATT
TTTAAACTACTTCAAATAACTATGACCATTTAAACAACTATCAATCTCAAATAATTATAACCTTT
GCTTTGCCATAAAACAATTGTTCTAATCATAAAAGCTGATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAA
TAATATTTCAAAAATTAATACGTAAGATATTTAAAAAATAATGTGTG
Found at i:303610 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 303460--303677 Score: 314
Period size: 120 Copynumber: 1.8 Consensus size: 120
303450 ATTGAACAAA
* *
303460 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAAAT-GCTATAACTTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTC
* *
303524 ATAAAATAATT-TTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAG
65 ATAAAACAATTGTTTT-TATTCAAACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAG
* * * *
303580 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCA
* *
303645 TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
66 TAAAACAATTGTTTTTATTCAAACAAGCTTATT
303678 CAGATTCAAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 10, Indels: 4
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
119 4 0.05
120 78 0.91
121 4 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (120 bp):
TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTTATTCAAACAAGCTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAG
Found at i:303819 original size:301 final size:301
Alignment explanation
Indices: 303288--303835 Score: 796
Period size: 301 Copynumber: 1.8 Consensus size: 301
303278 ATGCAAGCAG
*
303288 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGCAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAT
*
303353 TGTTTTTATTCGTACAAGCCTATTAAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
66 TGTTTTTATTCATACAAGCCTATTAAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * * *
303418 ATAAGTAATAAATTTAAAAAATGAATCTCTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
131 ATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAATATCTTGACTGAACAAATTCAAATAGTAATAACTATTTGA
* * *
303483 ATAATTATTTATTTCAAAATGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAAA
196 ATAATTATCTATTTCAAAATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCAAA
303548 CAAGTTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAA
261 CAAGTTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAA
* * * * *
303589 TTATGACTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAAT
1 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAT
* * * * ** *
303654 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTCAA-ATAATAT-TAATTTATTAATATTTTGACAAT
66 TGTTTTTATTCATACAAGCCTATTAAGAAT-AATATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* *
303717 TAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTGACTGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATT
129 TAATAAGTAATAA-ATTTAAAAAATAAATATCTTGACTGAACAAATTCAAATAGTAATAACTATT
* * *
303781 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
193 TGAATAATTATCTATTTCAAAATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
303836 GCATAAGTTC
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 28, Indels: 6
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
300 2 0.01
301 211 0.98
302 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (301 bp):
TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAAT
TGTTTTTATTCATACAAGCCTATTAAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
ATAAGTAATAAATTTAAAAAATAAATATCTTGACTGAACAAATTCAAATAGTAATAACTATTTGA
ATAATTATCTATTTCAAAATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCAAA
CAAGTTTATTTCAAATCTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAA
Found at i:303966 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 303936--303987 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
303926 ACGAAATAAG
303936 TTCAAAT-AATTATGACTAT
1 TTCAAATCAATTATGACTAT
303955 TT-AAA-CAATTAT--CTAT
1 TTCAAATCAATTATGACTAT
303971 TTCAAATC-ATTATGACT
1 TTCAAATCAATTATGACT
303988 TTTTGTTTAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 10
0.74 0.00 0.26
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
17 8 0.29
18 10 0.36
19 4 0.14
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
TTCAAATCAATTATGACTAT
Found at i:304018 original size:476 final size:477
Alignment explanation
Indices: 303109--304018 Score: 1126
Period size: 482 Copynumber: 1.9 Consensus size: 477
303099 ATTTAATTAG
*
303109 TTATAACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
1 TTATAACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* *
303174 TGTTTCTATTCATACAGTCTTATTCGGAAAAAAGTAATGCTAATTATTAATATTTGAAAATTAAT
66 TGTTTCTATTCATACAGTCTTATTCAGAAAAAAGTAATACTAATTATTAATATTTGAAAATTAAT
* * ** * * * * * *
303239 AAGTAACAGATTTAGAAAATGTATCTGTTGGCCTGACCAATGCAAGCAGTTATGACTATTTGAAC
131 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTGGACTGAACAATGCAAACAGTAATAACTATTTGAAC
* ** * *
303304 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGCAAAACAATTGTTTTTATTCGTACA
196 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTCATAATTCATACA
* *
303369 AGCCTATTAAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAATAAATTTA
261 AGCCTATTAAGAATAATATAA-T-TAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTA
* * * * *
303434 AAAAATGAATCTCTTTATTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCA
324 AAAAATGAATCTCTTTATCGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCA
* * *
303499 AAATGCTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTCAAAT
389 AAAT-CTATAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTCAAAT
303564 CTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAA
453 CTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAA
* * * ** *
303589 TTATGACTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAAT
1 TTATAACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * ** * *
303654 TGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCAGATTCAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTTGACAAT
66 TGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAGA-AAAAAGTAATACTAA-TTATTAATA-TTTGAAAAT
* *
303717 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT-GACTGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATT
127 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTGGACTGAACAA-TGCAAACAGTAATAACTATT
* * *
303781 TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-CATAAGTT
191 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTCATAA-TT
* * * *
303845 CATATAGGCTTATTCAA-AAT-A-A-AA-TAACTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATGAGTAAGA
255 CATACAAGCCTATT-AAGAATAATATAATTAACTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* *
303904 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTA-CGAA-ATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
318 AATTTAAAAAATGAATCTCTTTATCGAACA-AA-TTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT
*
303967 CTATTTC-AAATCATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
381 CTATTTCAAAATC--TATAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
304019 ACATGCAAGC
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 52, Indels: 28
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
474 2 0.01
475 12 0.03
476 117 0.32
479 2 0.01
480 88 0.24
481 25 0.07
482 118 0.32
483 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (477 bp):
TTATAACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAAT
TGTTTCTATTCATACAGTCTTATTCAGAAAAAAGTAATACTAATTATTAATATTTGAAAATTAAT
AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTGGACTGAACAATGCAAACAGTAATAACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTCATAATTCATACA
AGCCTATTAAGAATAATATAATTAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAA
AAATGAATCTCTTTATCGAACAAATTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
ATCTATAACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAAACAAGTTTATTTCAAATCTG
TTTACCAAATAAGTTCAAATAA
Found at i:304354 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 303577--305848 Score: 1577
Period size: 181 Copynumber: 12.8 Consensus size: 180
303567 TTTACCAAAT
* * * *
303577 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCGTTATG-ACTTTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTT
* * * * * *
303641 GTTATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTCAAATAATATTAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *
303706 ATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTGACTGAAC
130 ATTTAAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * ** *
303758 AAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
** ** * *
303823 TCATAAAACAATTGCATAAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAAT-A-AC----TTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
303882 TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTAC-GAAAT
131 TTTAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AAC
* * *
303933 AAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG-ACTTTTTGTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTT
* * * * ***
303997 GTCATAAAACAATTGTTTCTATACATGCAAGCTTATT-ATGAATAAAATAATA-TAAATTGGCTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * * *
304060 GTATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAATTT-AAAAATAAATATATTT-TTGGAC
128 ATATTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * ** * *
304111 ACGTTTAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCCTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * *
304176 TTATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
304241 TTTAAAAAATTAATAAGTAAACGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGC
131 TTTAAAAAATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * *
304292 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATAACGAACTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * **
304357 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TCTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
304421 A-TTATAAAAATTAGT--GGAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
130 ATTTA-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * *
304469 AAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCGAATCATTATG-TCATTTTGTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTT
* * ** * * * *
304533 GTCATAAAACAGTTGTTTCTATTCATACAAAATTGTTTAGAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * *
304598 ATTTCTAAAGTTAATAAG---AGATTTGAAAACTAAATCTGTTTACT-AGAC
130 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA-AC
** * * * * *
304646 TGGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCAGTATGAAC-TTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * * * *** * * * ** *
304710 TCATAAACCAGTTGTCTCTATTCATATAAACTTATTTTGGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAAT
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* **
304774 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-CGTGTTTACCAAACC
130 ATT-TAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATC-TATTTACTGAA-C
* ** * * *
304826 AA-TTCAAATAGTTAAGACTATTACAACAATTATCTATTTCAAATCATTCT-AAGTTTTTGTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-CTTTTGTTTT
* * * * * * * *
304889 GGCATAAAATAATTTTTTCAGTTCATACATGCTTATTCAAAAT-AAACAATACTATTTTATTAAC
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * *
304953 A-TT-AAAAA--AATAAG--GA-ATTTTTAAAA-AAA-CTACTTACCT-AAT
130 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAAC
* * * * ** * *
304995 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGGCCTTTTG-CTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
305059 TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATTATATTACTTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** *
305124 TTTCAAAAATTGAGA-AATTTGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TCAAATC
131 TTTAAAAAATT-A-ATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACT-GAA-C
* * * * * * * *
305176 AA-CTCAAATAGTTATGGCCATTTGAATAGTTATCTAATTCTAATCATTATGAA-TTTGTCTTTT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTT-TGTTTT
* * * * * * ***
305239 GTCATCAAGCAATTGTTT-T-TTAACAAATAATCCTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
65 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTT--CATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
305302 ATATTTCAAAACTTAATAAGTAGAAGA--T------T--A-CTGTTTA-TCAAAC
128 ATATTTAAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAAC
* * * * * *
305345 CAGTTCAAATATTTATAACAATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
305410 TTATAAAATAATTATTTATGTTCATTCAAGCTTATTCATAATAAAATGATACTAATGTACTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
305475 -TTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCGAAC
131 TTTA-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
* * * * * * ** *
305526 CATTTCAAATAGTTAAGGCTATTTTAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * * * ** *
305591 TCATAAAACAAAAT-TTT-TGTTCATATAAGTTTGTCCGAAATAAAATAATTTTAATTTACTAAT
66 TCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * **
305654 ATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATTTATTTACCAAACC
130 ATTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-C
* * * * * * * *
305703 AA-TTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTATTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
305767 TCGTAAAACAATTGTTTCTATTGATGCAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA
66 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*
305832 TTCT-CAAAATTAATAAG
131 TT-TAAAAAATTAATAAG
305849 ACTTGACTTG
Statistics
Matches: 1623, Mismatches: 377, Indels: 186
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 43 0.03
170 183 0.11
171 17 0.01
172 13 0.01
173 1 0.00
174 5 0.00
175 147 0.09
176 157 0.10
177 274 0.17
178 140 0.09
179 113 0.07
180 160 0.10
181 366 0.23
182 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC
Found at i:304785 original size:534 final size:531
Alignment explanation
Indices: 303579--304872 Score: 1224
Period size: 534 Copynumber: 2.4 Consensus size: 531
303569 TACCAAATAA
* * * * * ** * *
303579 GTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTCTTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTT
1 GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTC
* * * * * * * * * ** * *
303644 ATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTCAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 ATAAACCAATTGTCTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAAAATT
** * * * *
303709 TTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTGACTGAACAAGTTCAAATAGTAAT
131 TAAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * ** * * * * *
303774 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCA
195 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATAACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTACA
*
303839 TAAGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGA
260 TAAGTTCATAAAGGCTTATTCAAAATAAAATAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGA
* * * * *
303904 GATTTAAAAAATGAATCTGTTTACGAAATAAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCT
325 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATCT
* * **
303969 ATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATGCAAGCTTATT
390 ATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAAAATTATT
* *
304034 ATGAATAAAATAATATAAATTGGCTAGTATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAATAAAT
455 ATGAATAAAATAATATAAATTGACTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AAAATTTAAAAATAAAT
* *
304099 ATATTTTTGGACAC
518 ATATTTCTAGACAC
* * * * * * * * *
304113 GTTTAAATAGTTCTGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCCTTTGTTTTGTT
1 GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTC
* * * * ** *
304178 ATAAAGCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT
66 ATAAACCAATTGTCTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAAAATT
* *
304243 TAAAAAATTAATAAGTAAACGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTAT
131 TAAAAAATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTAT
* **
304308 GACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATAACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATT
195 GACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATAACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTACA
* * ** *
304373 TCTA-TTCATACAAGTC-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-ATAAAAATTAG
260 T-AAGTTCATA-AAGGCTTATTCAAAATAAAAT-A-AC----TTATTAATATTCA-AAAAATTAA
* * *
304435 TG-G-AA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGA
316 TGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAA
* * * * * *
304495 ACTATTATCTATTTCGAATCATTATGTCATTTTGTTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTATTCATA
380 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATA
* * * * * * *
304560 CAAAATTGTT-TAGAGTAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCTAAAGTTAATAAG-AGATTT
445 CAAAATTATTAT-GAATAAAATAATA-TAAATTGACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTT
* * * **
304622 GAAAACTAAATCTGTTTACTAGACTG
508 -AAAAATAAATATATTT-CTAGACAC
304648 GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCAG-TATGA-ACTTTATTTTGT
1 GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAAT-AGTTATGACACTTTATTTTGT
* *** * * * *
304711 CATAAACCAGTTGTCTCTATTCATATAAA-CTTATTTTGGAGT-AAATATTGCTAAACTAATAAT
65 CATAAACCAATTGTCTCTATTCATA-AAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAAA
**
304774 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA-CGTGTTTACCAAACCAA-TTCAAAT
128 ATT-TAAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATC-TGTTTACTGAA-CAAGTTCAAAT
*
304835 AGTTAAGACTA-TTACAACAATTATCTATTTCAAATCAT
189 AGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCAT
304873 TCTAAGTTTT
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 106, Indels: 47
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
532 4 0.01
533 63 0.10
534 328 0.52
535 62 0.10
536 146 0.23
537 3 0.00
538 2 0.00
539 2 0.00
540 21 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (531 bp):
GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATAGTTATGACACTTTATTTTGTC
ATAAACCAATTGTCTCTATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAACTAATAAAATT
TAAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATAACGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTACAT
AAGTTCATAAAGGCTTATTCAAAATAAAATAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAG
ATTTAAAAAATAAATCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAATTATCTA
TTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCTATACATACAAAATTATTA
TGAATAAAATAATATAAATTGACTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAATAAATATA
TTTCTAGACAC
Found at i:305995 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 305711--306001 Score: 386
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 154
305701 CCAATTCAAT
* * * * *
305711 TAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCATTTATTTTGTCGTAAAAC
1 TAGTTACAACAATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGCCATAAAAC
* * * **
305776 AATTGTTTCTATTGATGCAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCTCAAAA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCAAAAAA
305841 TTAATAAGACTTGACTTGTGAAAA
131 TTAATAAGACTTGACTTGTGAAAA
* * * * *
305865 TAGTTACAACTATTTGAACAATCATTTGTTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAAC
1 TAGTTACAACAATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGCCATAAAAC
** * **
305930 AATTGTTTCTATTCATATTAGCTTATTCGGAATAACA-TAATTTTAATTTATTAATATTCAAAAA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAA-AGTAATGCTAATTTATTAATATTCAAAAA
305994 ATTAATAA
130 ATTAATAA
306002 ACAAGAGATT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 20, Indels: 2
0.84 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
154 115 0.99
155 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (154 bp):
TAGTTACAACAATTTGAACAATCATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTTTGCCATAAAAC
AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTCAAAAAA
TTAATAAGACTTGACTTGTGAAAA
Found at i:306161 original size:335 final size:330
Alignment explanation
Indices: 305563--306183 Score: 737
Period size: 335 Copynumber: 1.9 Consensus size: 330
305553 TAATTATCTA
** * * * *
305563 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAATTTTTGTTCATATAAGTTTGTCCG
1 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAAATTTTTATTCATATAAGCTTATCCG
*** *
305628 AAATAAAATAATTTTAATTTACTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTAT
66 AAATAAAATAATTTTAATTTACTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTAT
* * * * * *
305693 TTACCAAACCAATTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATGACCA
131 TTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCA
* * * * * *
305758 TTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTGATGCAATCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAAT
196 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAAT
*
305823 TTATTAATATTCTCAAAATTAATAAGACTTGACTTGTGAAAATAGTTACAACTATTTGAACAATC
261 TTATTAATATTCACAAAATTAATAAGACTTGACTTGTGAAAATAGTTACAACTATTTGAACAATC
305888 ATTTG
326 ATTTG
* * * *
305893 TTTCAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGCCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATATTAGCTTATT
1 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAAAT-TTT-TATTCATATAAGCTTATC
* * *
305957 CGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAACTAA
64 CGAAATAAAATAATTTTAATTTACTAATATTCAAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAACTAA
* * * * *
306022 ATCTATTTATCGAA-CAAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-TCCTATTTCAAATCAC
125 ATCTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCAC
* * ** * * *
306085 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATTTTTTCTATTCATGCTAGCTTATTTC-AATTAAAAT
188 TATAACCATTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTA-TTCGAAATAAAAT
* *
306149 AATACAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAG
252 AATACAAATTTATTAATATTCACAAAATTAATAAG
306184 TAAAAGATTT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 44, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
329 3 0.01
330 36 0.15
331 50 0.21
334 4 0.02
335 142 0.60
336 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (330 bp):
TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAAAATTTTTATTCATATAAGCTTATCCG
AAATAAAATAATTTTAATTTACTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTAT
TTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCA
TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACAAAT
TTATTAATATTCACAAAATTAATAAGACTTGACTTGTGAAAATAGTTACAACTATTTGAACAATC
ATTTG
Found at i:306318 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 305862--306384 Score: 577
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 179
305852 TGACTTGTGA
* * * *
305862 AAATAGTTACAACTATTTGAACAATCATTTGTTTCAAATCATTATGA-TCTTTTGTTTTGCCATA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTGTCATA
* * * *
305926 AAACAATTGTTTCTATTCATATTAGCTTA-TTCGGAA-TAACATAATTTTAATTTATTAATATTC
65 AAACAATT-TTTTTATTCATACTAGCTTATTTC--AATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTC
* * ** * *
305989 AAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTG
127 AGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTATCAAACAAGTTG
* * * * * *
306043 AAATAATTATGACTATTTGAACAATT-TCCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATA
** * **
306107 AAATTATTTTTTCTATTCATGCTAGCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAG
65 AAACAATTTTTT-TATTCATACTAGCTTATTTCAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAG
* * *
306172 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAATACGTTT
129 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTG
* ** * *
306223 AAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTTATAA
1 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** **
306288 AACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGA
66 AACAATT-TTTTTATTCATACTAGCTTATTTCAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAGA
*
306353 CAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT
130 CAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAAT
306385 ATGTTTACTA
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 51, Indels: 16
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 144 0.51
181 136 0.48
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTTTTTTATTCATACTAGCTTATTTCAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAGAC
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTG
Found at i:306741 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 306419--306949 Score: 699
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 180
306409 GGCTTATTCA
* * * * *
306419 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGATT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT
* * * * * *
306484 CTATTTTTTGAACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGGATAATTATCTATTTTAAATTGTTATG
65 ATATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATATATTTCAAATAGTTATG
* * * * *
306549 ACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATTATTGTTTTTGTTCATGCGAGCTTTATTTTG
130 ACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGC-GTA-TTTG
*
306603 -AATAAAATAACA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAAT
*
306666 ATATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTTTGACTATTTGGACAATTATATATTTCAAATAGTTAT
65 ATATTTTTTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATATATTTCAAATAGTTAT
**
306730 GACCTTTTGTTTTGTCATAATCTAATTGTTTCTATTCATGCAAGCGTATTTG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCGTATTTG
*
306782 AAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTTAAAAATAAAT
* *** * ** * *
306847 TTATTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATT
65 ATATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATATATTTCAAATAGTTATG
*
306912 ATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
306950 AAAAGTTTAT
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 35, Indels: 15
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 43 0.14
181 138 0.45
182 78 0.25
183 43 0.14
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATA
TATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATATATTTCAAATAGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCGTATTTG
Found at i:306825 original size:462 final size:460
Alignment explanation
Indices: 305950--306846 Score: 1131
Period size: 462 Copynumber: 1.9 Consensus size: 460
305940 ATTCATATTA
** * **
305950 GCTTATTCGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAA
1 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAA
* *
306015 AAACTAAATCTATTTATCGAACAAGTTGAAATAATTATGACTATTTGAACAATTTCCTATTTCAA
66 AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTTCCTATTTCAA
*
306080 ATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATTTTTTCTATTCATGCTAGCTTATTTCAATTA
131 ATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATTTTTTCTATTCATGCGAGCTTATTTCAATTA
* * *
306145 AAATAATACAAATTTATTAATATTCAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATCTATTT
196 AAATAACACAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATATTT
* * * * * *
306210 ATCAAATACGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTT
261 ATCAAACACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTT
* * * * * ** *
306275 TATTTTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTT
326 TATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTT
*** * *
306340 ATTAATATTTTGACAACTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAAAAAGTTCA
391 ATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAAAAAGTTCA
306405 AATAG
456 AATAG
* **
306410 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
1 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAA
* * * * ** * * *
306475 AAAATGATTCTATTTTTTGAACAAGTTCAAATGGTTATGACTATTTGGATAATTAT-CTATTTTA
66 AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATT-TCCTATTTCA
*** * * *
306539 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTTGTCATAAAATTATTGTTTT-TGTTCATGCGAGCTTTATTTTG
130 AATCACTATAACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATTATT-TTTTCTATTCATGCGAGC-TTA-TTTC
*
306603 AA-TAAAATAACATAAATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAA
191 AATTAAAATAACACAAATTTATTAATATT-CAGAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAATAAA
* ** * * * *
306665 TATATTTTTTGAACACATTCAAATAGTTTTGACTATTTGGACAATTATATATTTCAAATAGTTAT
254 TATATTTATCAAACACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATAGTTAT
* * * *
306730 GACCTTTTGTTTTGTCAT-AATCTAATTGTTTCTATTCATGCAAGCGTATTTGAAAGAAAATAAT
319 GACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAAGAAAATAAT
*
306794 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
383 ACTAATTTATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT
306847 TTATTTACCG
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 61, Indels: 14
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
460 122 0.33
461 34 0.09
462 205 0.56
463 7 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (460 bp):
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTTCCTATTTCAA
ATCACTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATTATTTTTTCTATTCATGCGAGCTTATTTCAATTA
AAATAACACAAATTTATTAATATTCAGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAAATATATTT
ATCAAACACATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAAAATTATATATTTCAAATAGTTATGACCTTT
TATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCGTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTCCAAAAACTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAAAAAGTTCA
AATAG
Found at i:306970 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 306934--306996 Score: 108
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
306924 GTCATAAAAT
306934 AATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTAG
1 AATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTAG
* *
306964 AATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTTAG
1 AATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTAG
306994 AAT
1 AAT
306997 CAAATAATAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 31 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.10, T:0.51
Consensus pattern (30 bp):
AATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTTAG
Found at i:307553 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 307520--307574 Score: 101
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 24
307510 AATAAATTTA
*
307520 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGAT
1 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGAT
307544 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGAT
1 TTTACTAAACAAGTTCAAATAGAT
307568 TTTACTA
1 TTTACTA
307575 TTTGAACAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 30 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.15, G:0.07, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
TTTACTAAACAAGTTCAAATAGAT
Found at i:307865 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 307542--308734 Score: 983
Period size: 180 Copynumber: 6.6 Consensus size: 178
307532 GTTCAAATAG
* *
307542 ATTTTACTAAACAAGTTCAAATAGATT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATAAGGTCATTATG
1 ATTTT-CTAAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATATAA-ATCATTATG
* * * *
307606 CCCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TAGTTCATTA-AAACTTA-TAAGAAATAAAATAA
62 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCA-TACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAA
* *
307668 TACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCT
123 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCT
* ** *
307724 ATTTTCTAAACTAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTATGAT
1 ATTTTCTAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATAT-AAATCATTATGAC
* * * *
307789 CTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAGTACTAA
64 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAA
* *
307854 TTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATG-T
129 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-GCT
* * * * * * * * * * * *
307904 -GTTGCTGAACCACTTGAAATACTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTATTTCAAATCATTTTGAC
1 ATTTTCT-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATAT-AAATCATTATGAC
* * * *
307968 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
64 C-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTA
* * * * *
308033 ATTTATTAACA-CTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCT
128 ATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAGCT
* * *
308085 GTTTATC-AAACAAGTTCTAATAGATT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATAAAGTCATTATG
1 ATTT-TCTAAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATATAAA-TCATTATG
* * * *
308148 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAACTTATAT-GAAATAAAATAAT
62 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAAT
* * * *
308211 ACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCA
124 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCT
* * * ** * * * * * *
308266 ATTTTTTGAACCAGTTCAAATCTTTATGACTATTTTAACAAATATCAATCTTAAATCGTTATGAT
1 ATTTTCT-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-ATAAATCATTATGAC
* * ** * * * *
308331 CTTTGTTTTCTCATAAAACAATGGTTTCTAATCATACCAA-CATA-TTGGGATGAAAATAATACA
64 CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-CAAGCTTATTTAGAAT-AAAATAATACT
*
308394 AATTT-TATAATATTTTAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATG-T
127 AATTTAT-TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAA-GCT
* * * * * * * *
308442 GTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTA-ATTGAAATCATTCA-A
1 ATTTTCTAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATA-T-AAATCATT-ATG
* * * * * ** * *
308505 ACTTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACAC
62 AC-CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAC
* * * *
308570 TAATTTATTAACA-CTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCT
126 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAAATAAAGCT
* * * *
308624 ATTTACTTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAC
1 ATTTTCTAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATAT-AAATCATTATGAC
* * *
308689 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTAT
64 -CTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTAT
308735 CCAAATAAAT
Statistics
Matches: 797, Mismatches: 165, Indels: 98
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 60 0.08
177 60 0.08
178 7 0.01
179 52 0.07
180 249 0.31
181 132 0.17
182 230 0.29
183 4 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
ATTTTCTAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATATAAATCATTATGACCT
TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAAGCT
Found at i:308329 original size:542 final size:541
Alignment explanation
Indices: 307271--308734 Score: 1847
Period size: 542 Copynumber: 2.7 Consensus size: 541
307261 ATGATCATTT
* *
307271 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
1 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGAG
* * * *
307336 ATTTGAAAAATAAATGTATTTGCTGAACTAGTTGAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTA
65 ATTTAAAAAATAAATGT-GTTGCTGAACCAATTGAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTA
* * * * * * * *
307401 TTTCAAATCGTTTTTACCATTTGCTTAGATATAAAACAATTATTTTATTTTATAGAAGCTTATTC
129 TTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAG-TATAAAACAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTT
* * * * * * * * *
307466 ATAATAAAATTATACTAA-TTATTAATGA-GCAAGAGATTTAAAAAAATAA-ATTTATTT-ACCA
193 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CACTCAA-AAAATT-AATAAGTAAGA--GATTTGA--A
*
307527 AACAAGTTCAAAT-AGATTT-TACTAAACAAGTTCAAATAGATTTTACTATTTGAACAATTATCT
251 AA-AA--T-AAATCTG-TTTAT-CTAAACAAGTTCAAATAGATTTTACTATTTGAACAATTATCT
* * *
307590 ATATAAGGTCATTATGCCCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATTAAAACTTATA
310 ATATAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATA
*
307655 AGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAA
375 AGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAA
* * * * * *
307720 AGCTATTTTCTAAACTAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTGTTA
440 AGCAATTTTCTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCGTTA
* * **
307785 TGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTC
505 TGATCTTTATTTTCTCATAAAACAATGGTTTCTAATC
* *
307822 ATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAGTACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAG
1 ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAG-AAGAG
* *
307887 ATTTAAAAAATAAATGTGTTGCTGAACCACTTGAAATACTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTAT
65 ATTTAAAAAATAAATGTGTTGCTGAACCAATTGAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTAT
* *
307952 TTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTTATACAAGCTTATTTA
130 TTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGT-ATAAAACAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTTA
*
308017 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAA
194 GAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAA
*
308082 TCTGTTTATC-AAACAAGTTCTAATAGATTTTACTATTTGAACAATTATCTATATAAAGTCATTA
259 TCTGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGATTTTACTATTTGAACAATTATCTATATAAAGTCATTA
*
308146 TGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATATGAAATAAAATAAT
324 TGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATAAGAAATAAAATAAT
* *
308211 ACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCAATTTTTTGAA
389 ACTACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCAATTTTCTAAA
* ** * * * *
308276 CCAGTTCAAATCTTTATGACTATTTTAACAAATATCAATCTTAAATCGTTATGATCTTTGTTTTC
454 CCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCGTTATGATCTTTATTTTC
308341 TCATAAAACAATGGTTTCTAATC
519 TCATAAAACAATGGTTTCTAATC
* * * * * *
308364 ATACCAA-CATATTGGGATGAAAATAATACAAATTTTATAATATTTTAAAAATTAAT---AAGAG
1 ATA-CAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGAG
** * * *
308425 ATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTA
65 ATTTAAAAAATAAATGTG-TTGCTGAACCAATTGAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTA
* * ** * * * * *
308490 ATTGAAATCATTCAAACTTTTTGTTTAGTTATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
129 TTTCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAG-TATAAAACAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTT
* *
308555 GGAATAAAATAACACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAA
193 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAA
* * * * * *
308620 ATCTATTTA-CTTAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAATCAT
258 ATCTGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGATT-TTACTATTTGAACAATTATCTATATAAAGTCAT
* * * *
308683 TATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTTAGTTCATAAAAGCTTAT
322 TATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTAT
308735 CCAAATAAAT
Statistics
Matches: 807, Mismatches: 94, Indels: 36
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
538 26 0.03
539 252 0.31
540 1 0.00
542 291 0.36
543 11 0.01
544 3 0.00
546 2 0.00
547 3 0.00
548 4 0.00
549 8 0.01
550 120 0.15
551 86 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (541 bp):
ATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAAATTAATAAGAAGAGA
TTTAAAAAATAAATGTGTTGCTGAACCAATTGAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTCTATT
TCAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTATAAAACAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTTAGA
ATAAAATAATACTAATTTATTAACACTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATC
TGTTTATCTAAACAAGTTCAAATAGATTTTACTATTTGAACAATTATCTATATAAAGTCATTATG
ACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATAAGAAATAAAATAATAC
TACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCAATTTTCTAAACC
AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATATCAAATCGTTATGATCTTTATTTTCTC
ATAAAACAATGGTTTCTAATC
Found at i:309001 original size:305 final size:305
Alignment explanation
Indices: 308448--309036 Score: 772
Period size: 305 Copynumber: 1.9 Consensus size: 305
308438 ATGTGTTTGC
* * *
308448 CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAGTTATCTAATTGAAATCATTCAAACTTTTTG
1 CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAATTCAAATCATTCAAACTTTTTG
* * * *
308513 TTTAGTTATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAACACTAATTTAT
66 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTAG
* *
308578 TAACACTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTTAACAAGTTCAA
131 TAAAACTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCCATTTACTTAACAAGTTCAA
* * * *
308643 ATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAA
196 ATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCCATAAAA
* *
308708 CAATCGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAATAAATCTATTTAT
261 CAATCATTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAATAAATCTATTTAT
* * * ** *
308753 CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAATTATT-ATAACCTTTT
1 CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAATTCAAATCATTCA-AA-CTTTT
** * * *
308817 TGTTCTA-TCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTGATT
64 TGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATT
* * * *
308881 TAGTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-TAAAAATAAATCCATTTA-TTGAACTAGT
128 TAGTAAAACTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCCATTTACTT-AACAAGT
* * * ** *
308944 TTAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGCCAT
192 TCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCCAT
* *
309009 AAAACAATTATTTTAGCTCATACAAGCT
257 AAAACAATCATTTTAGCTCATAAAAGCT
309037 AATTTGGAAT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 38, Indels: 8
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
304 3 0.01
305 148 0.61
306 89 0.37
307 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (305 bp):
CAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAATTCAAATCATTCAAACTTTTTG
TTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAACACTAATTTAG
TAAAACTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTGAAAAAATAAATCCATTTACTTAACAAGTTCAA
ATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTGCCATAAAA
CAATCATTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAATAAATCTATTTAT
Found at i:309088 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 308737--309131 Score: 449
Period size: 181 Copynumber: 2.2 Consensus size: 182
308727 AAGCTTATCC
** * * *
308737 AAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTTTTTCAAA
1 AAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTTTTTCAAA
* * * * *
308802 TTATTATAACCTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATA
66 TTATTATAACCTTTTTGTTCTACCATAAAACAATTATTTCTGCTCATACAAGCTAATTTGAAATA
* * *
308867 AAATAATATTGATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTA-A
131 AAATAAAACTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAGA
* * * *
308919 AAATAAATCCATTTATTGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTAT-TTATTTTAA
1 AAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTT-TTTCAA
* * * * *
308983 ATTGTTATGA-CTTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTT-TAGCTCATACAAGCTAATTTGGAA
65 ATTATTATAACCTTTTTGTTCTACCATAAAACAATTATTTCT-GCTCATACAAGCTAATTTGAAA
* * * * *
309046 TAGAATAAAACTAATTTATTAACACTTC-AAAATTTTATAAGTAAGAGATTTAGA
129 TAAAATAAAACTAATTTAGTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGA
* * *
309100 AAATAATTCTATTTATTGAATCATTTCAAATA
1 AAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATA
309132 ATCATAACTA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 33, Indels: 9
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 5 0.03
181 107 0.61
182 64 0.36
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
AAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTTTTTCAAA
TTATTATAACCTTTTTGTTCTACCATAAAACAATTATTTCTGCTCATACAAGCTAATTTGAAATA
AAATAAAACTAATTTAGTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGA
Found at i:309430 original size:22 final size:20
Alignment explanation
Indices: 309405--309450 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
309395 ATATAAATTT
* *
309405 ATTAATATTCTAAAAATTAATA
1 ATTAATAAT-TAAAAAATAA-A
309427 ATTAATAATTAAAAAATAAA
1 ATTAATAATTAAAAAATAAA
309447 ATTA
1 ATTA
309451 TTTTCTGAAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.23
21 9 0.41
22 8 0.36
ACGTcount: A:0.61, C:0.02, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATTAATAATTAAAAAATAAA
Found at i:310105 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 309139--316946 Score: 2960
Period size: 181 Copynumber: 43.8 Consensus size: 173
309129 ATAATCATAA
** * * * * * * * *
309139 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAACAATCGTTT-TAGATCATTCAGGCCT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * *
309203 ATTT-AAAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCGAGAATTAATGAGTAAAAGAATGAAAAA
63 ATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--A-AA--AATTAATAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
309267 A-AAATCTATTTACCG-AATAAGT-AAA-AGTTATAATTATTTGAACAATTAT
122 ATAAATCTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * * * * *
309316 TTATTTTAGAA-CATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGTTT
1 CTATTTCA-AATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
*
309380 ATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTA-ATAATTAAAAA
63 A-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAA-GAGAT--TTAAAAA
* * * ** * * *
309442 ATAAAAT-TATTTTCTGAACCTGTTAAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTAT
122 AT-AAATCTGTTTAC-GAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
309495 AC-ATATCAAATTGTTATGATCTTTTATTTTGTTAT-AAACTAATTGTTTCTGTTCATACAACCT
1 -CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCT
* *
309558 TATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATT--TATTTAAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAA
62 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT---AA-TAAGAGATTTAAAAA
* * *
309621 ATAAATCTATTTATC-AAATGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
122 ATAAATCTGTTTA-CGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
309674 TTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTATTTTTGTTCATACAAGTTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
** * * **
309739 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATAATGAGTTGGAGATTTAAAAAATAA
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-AAA-AATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* ** * *
309804 AGCAATTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTAA-TAT
126 ATCTGTTTAC-GAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTAT
* * * * **
309853 CTATTTCAAATTGCTATGAAAT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAAATT
1 CTATTTCAAATTGTTATG--ATCTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
** * * *
309917 ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAACTAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
309982 TTTGTTCATCGAAACAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTAC
127 TCTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * *
310030 CTATCCCAAATCGTTATGATCTTTG-TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
310094 TGAAGTAAAATATTCCTGAA-CTAATAATATTGTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATG
66 TGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *
310158 TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
129 TGTTTACGAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
310204 CTATTTCAAATTGTCATGATCTTTAGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACATA-CTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATCTTT-GTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGCTT
* * * *
310268 ATTTG-AATAAAGTAATACTATTTTATTAACACTTAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAT
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAA-
* * * *
310332 ATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTAT
122 ATAAATCTGTTTACGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
310385 CTATTTAAAATTATTTTGACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAAAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
*** * * *
310449 ATACAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA-TT-----TT-A-AA-A-A-TTAAGAAAT---T
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * **
310500 -AGTTTATGGAATCAATTCAAATAATTATG-GTCATTCAAACAATTAT
128 CTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
310546 CTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGCCATAAAAGAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT
* *
310610 A-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAGAA
63 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAA
* * * * * * *
310674 ACAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTTT
122 ATAAATCTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
310727 ATATTTTAAATCGTCAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCGTACAAGTTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGA-TC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * * * *
310791 ATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATGTTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAGAAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
310856 TAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTAT
123 TAAATCTGTTT-ACGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** ** * * * * * *
310908 CTATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGTTTTTGTTTATATAAG-TT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC--TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *
310971 AGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
63 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * ** * *
311036 ATCTCTTTACCAAACTAGGTCAACTAGTTAT-AATAATTTGAACAATTAT
126 ATCTGTTTACGAAAC-AATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
311085 TTATTTCAAATTATTATGA-CAATTTATTTTTTCATAGAA-AATTGTTTCTACTGATACAATCTG
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC--TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *
311148 ATTTGAAATAAAGTAATACTAAATTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAATGAAATTAAAAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG--A-G-ATTTAAAAAA
* * ** * * *
311213 TGAATCTATTGGCCTG-ACCAATGCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTAT
123 TAAATCTGTT-TAC-GAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
311265 CTATTTCAAATCATTGTGA-CATTTTGTTT-TAACACAAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGC
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC--TTTGTTTGT--CA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
* * * *
311328 TTCTTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAA
61 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAA
* * *
311393 ACTAAATCTGTTTATCG-AACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTAC
121 AATAAATCTGTTTA-CGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * *
311447 CTATTTCAAATTACTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTCTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
311512 -TTGCAATTAAAATAATACAAATTTATCAATATTCAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
64 TTTG-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAA
* * * *
311576 T--A---G-TTACCAAATAAGTTCAAATAGTTA--A-TCATTATG-AC-TTTTT
123 TAAATCTGTTTACGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATT-TGAACAATTAT
* *** *** * * * * * * * **
311619 GT-TTTGTTA-TAAAATAAT-TGTT-TTTGTTCATACAAGC--TT-ATTCGAATTAAAATAATAT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATCT-TTGTTTG-TCATA-AAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGCT
* * ** * * * * *
311677 TAATTT--ATTAAGATTTTGAC-AATTACTAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAAT-A-TG-TTTAC
62 T-ATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATT--T-A-T-TAATA-TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAA
** * *** * * *
311736 CGAA-CAA---G-TT-C-AAATTGTT-ATAACTA-TT-TGAATAATT-ATC---TA-
119 AAAATAAATCTGTTTACGAAACAATTCA-AA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** *
311778 -T-TTTC-AATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTATC-AGTTTGTATAAGCT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTA-TTCATACAAGCT
** * *
311838 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATGAGTTAAAAAATTT-AAA
62 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATT-A--A--TAAGAGATTTAAAA
* * * *
311902 AGTGAATCTATTTACCG-AACAAGTTCAAATAGTTATG-CTTATTTGAATAATTAT
121 AATAAATCTGTTTA-CGAAACAA-TTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTAT
* * * * *
311956 CTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* **
312021 TTTCAAATAAAAATAATA-TAAATTTATT-A-ATTCCAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAAT
64 TTTGAAAT-AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAAT
* * * * *
312083 AAATATATTTTCTG-AACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAC
124 AAATCTGTTTAC-GAAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
312134 CTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
312199 TTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAAAATTAAAAAAATA
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATA
* * ** * * *
312264 ATTTTGTTTACTGAAGGAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTAT
125 AATCTGTTTAC-GAAACAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * ** *
312314 CTATTT-AAAGTCATTCT-AACTTGTTTCTCTATCATAAAATGATTGTTT-TAGTTCATA-AATA
1 CTATTTCAAA-TTGTTATGATCTT-TGT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-G
** * *
312375 CTTATCCGAAATAAAATAATAATACTTTCA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGCATAAGATTTAA
60 CTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATA-TTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAA
* * * * * * * * *
312439 AAACTAAAGCTATTTTCCAAACTAGTTCAAATATTTATGATTATTTGAACAAATAT
119 AAAATAAATCTGTTTACGAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * *
312495 GAATCTT-AAACTGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTCT-TATCATAGAAGCTT
1 CTAT-TTCAAATTGTTATGATCTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTT
* * * * * * *
312558 ATTCG-GATACATATGATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATGAGAGATTTAAAAAATAA
63 ATTTGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * ** *
312622 ATTTATTTACCAAATCATTTTAAATGGTTAAGACTATTACAATAATTAT
126 ATCTGTTTACGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * *
312671 CTATTTCAAATCATT-TGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
** * *
312734 A-TCAAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTGAAAA
63 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG--A--GATTT-AAAA
* * * * * * *
312798 AATAAATCTATTTACTAAAAAAGTTCAAATAATTTTGACTATTTAAATAATTAT
121 AATAAATCTGTTTACGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* *** * * * *
312852 CTATTTAAAATCACTATTACCTTTTGTTTTTCCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAGAAAGCT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTGT-CATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGCT
**** ** *
312916 TACAAAAAATAAAATAATACTACCTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAA
62 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
312981 ATAAATCAGTTTACGGAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTAT
122 ATAAATCTGTTTAC-GAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * *
313034 CAATTTCAAATTATTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTGA-ACATACAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTT
* * *
313098 ATTTG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * *
313162 TCTATTTACGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTAT
127 TCTGTTTAC-GAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
313210 CTGTTTCAAATTGTTAT-ACCTTGTTGTTCTATCATTAAACAATTGTTTCCATTTATACAAACTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-T-TTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
** * * *
313274 ATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-T-AAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAA
* * * * ** **
313338 TAAATATGTTTATCG-ATCTAGTTCAAACAGTTAAAACTATAGGAACAATTAT
123 TAAATCTGTTTA-CGAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * *
313390 TTATTTCAAACCGTTATAACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATCT-TTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
** ** * * * * * * *
313455 TTCAAAATGGAATAAAACAAATTTTTTACTATTTCTAAAATTTATAAGTAGAAAATTTAGAAAAT
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG-AG---ATTTAAAAAAT
* * * * * * *
313520 AATTCTATTTATCGAACCAATTCAAATAATTATAACGATTTAAACAATTAT
124 AAATCTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * *** * * * * * * * *
313571 CTTTTTGAAATCACTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTG
1 CTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
313636 TTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAACTAATCAGCAAGGGATTTTAAAAGT
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
313701 AAATCTATTTACCAAACCATTTGAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTAT
124 AAATCTGTTTACGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * * **
313752 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TCATACTATTTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
313816 TTAGGAATAAAATAA-ACTAATTTAATTAA-ATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATT-TAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAA
** * * * ** * * *
313879 TAAATCTAATTGCTGTACCAATTCAAATAGTTAAAACCATATGAACAATTAA
123 TAAATCTGTTTAC-GAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * *
313931 CTATTTCAAATCATTAT-ACCGAATTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTAT-TTTATACAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC--TTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * * *
313994 ATTCT-AATTAAAATAACACTAA--T-TTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAA
63 ATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAA---ATTAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * *
314055 ATAAATTTGTTTACCGAAGCAATTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTAT
122 ATAAATCTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
314108 CTATTTCAAACTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAGGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * *
314172 ATTT-AGGATAAATTAATACTAATTTATTGACATTAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAA
63 ATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAA
* * *
314236 ATAAATCTGTTTA-GCAAACAAGTTCAAATACTTATTACTATTTGAACAATTGT
122 ATAAATCTGTTTACG-AAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * *
314289 CTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGATTTGTCATGAAA-TATTAGTTTC-ATATC-TGACAAAC
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTAT-TCAT-ACAAGC
* * * * *
314351 TTATTCGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGCAAAAGATTTGAA
61 TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAG----AGATTT-AA
* * * *
314415 AAAATAAATCTCTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
119 AAAATAAATCTGTTTACGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * ** * * * *
314471 ATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAA-AGATTTGTTTC-AGTTTATATAAGC
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACA-A-TTGTTTCTA-TTCATACAAGC
** * *
314534 TTA-TCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAC
61 TTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAA-
* * *
314598 AAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGT
120 AAATAAATCTGTTTACGAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * *
314653 C----T-AAATTATT-TGAACAATTGTCTAT-TTAAAATCATTATGACCTTT-TATTTTGTCATA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTGTCATAAAA-CAAT-TG---TTTCTA---T-TCATA
* ** * * * ** * * *
314710 -AAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATT--TA
56 CAAGC--TTATTT--G-AAATA-AA--ATAAT---ACTAATTTATTAAT-ATTTAAAAATTAATA
** *** * * *
314772 TTA-ATTTAATAAGTAAGTGGTTTAAAGAGTTAATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTCATG
109 AGAGATTTAA-AA--AA-T--AAA----------TCTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTTATG
* * *
314836 TCCATTTGAAAAATTAT
157 ACTATTTGAACAATTAT
** * * **
314853 CTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
** * * * * *
314918 TTCAAAATAAAATAATATTGACTTATTAACATTCTTAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAAAA
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT----AAGAGATTT-AAAAAA
* * * *
314983 TAATTCTATTTACTG-AACAATTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTAT
123 TAAATCTGTTTAC-GAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* *** * * * * * * * *
315035 CTATTTAAAATCACTATGAACTTTTATTTTATAATAAGATAATTGTTTC-AGTTCCTAAAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
*** *
315099 ATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * *
315164 T-TAATTTACCAAATCAGA-TAAAATAATTATGGCAATTCGAAC-A-TAT
127 TCT-GTTTACGAAA-CA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
315210 CTATTTCAAATTGTTATTA-CATTTCGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTCA-ACATACAAGA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-G-TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCT-ATTCATACAAGC
* * * *
315272 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATT
61 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * *
315337 AATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTAT
125 AATCTGTTTACGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * * *
315387 CTATTTGAAATTGTTACAGCTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTA
1 CTATTTCAAATTGTTA-TGATCTTTGTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
** * *
315452 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * *
315517 AAAT-TCGTTTTCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTAT
124 AAATCT-GTTTAC-GAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
315568 CTATTTCAAATCT-TTATTATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTT
1 CTATTTCAAAT-TGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* * **
315632 ATTTGAAATAAAATGAA-AGTAATTTGTTAATATTTCCAAATTGTATAAGTAAGAGATTTAAAAA
63 ATTTGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTT--AAA-AAT-TAA-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * *
315696 AT-AGTTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAACTATTTGAACAACTAT
122 ATAAATCTGTTTACGAAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
315748 CTATTTCAAAACTTATTACT-TTTTTTTTTTGT-TTAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTT
1 CTATTTC-AAA-TTGTTA-TGATCTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT
* ** * *
315811 GTTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAG
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
315876 TAAATTTATTTA-GCAAATCATTTAAAAAAATTTTGACTATTTGAATAATTAT
123 TAAATCTGTTTACG-AAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * ** *
315928 CTATTTCAAATCATTATAATCTTTTCTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATATTA-TTTC
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTT-
** * * * * *
315992 ATTAAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *** **
316057 TAAATCTAATTGT-TGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAAAAGAATGATTAT
123 TAAATCT-GTT-TACGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * * * *
316109 CAATTTCAAATCATTATGAGCTTTTATTTTGTTATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTA
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTT-GTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * *
316173 TTTGAATTAGAAGAATACAAATTAAATAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
64 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** * * * * *
316238 TTGTTTATTG-AACTAGTTCATACGGTTAAGACTACTAGAATAATTAC
128 CTGTTTA-CGAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * *
316285 CTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTTGTTTAGTCATAAGACAATTATTTC-AGTTCTTACAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
* * * * *
316348 ATTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAAATATATTTAAATAAAT
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAAT--AAGAGATTTAAA-AAAT
* * * * *
316413 AAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAATAATTGT
124 AAATCTGTTTACGAAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * *
316464 CTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATATAAGCTT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTT
*** * *
316528 ATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-----CTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
63 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * * * *
316588 TTTGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTGTTG-CTATTTGAACAACTAT
127 TCTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTAT
* * *
316636 CTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTT-TGATT-ATACAAACT
1 CTATTTCAAATTGTTATGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCT
* * * *
316699 TATTCT-AAATAAAATAATA-AAATTTATTAACAATTCAAAAATTAATAAGGGATTTAAAAAATA
62 TATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * * *
316762 AGTCTATTCACCGAACCGATTCGAATAGTTATAACTATTTGAGCAGTTAT
125 AATCTGTTTA-CGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * * * * *
316812 CAATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGA-TCATAGAGGCTTG
1 CTATTTCAAATTGTTATGATCTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA
** * ** * * *
316876 TTTG-GTTAAAAATAATACTAATTCAAGAATATTCCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAATTAAA
64 TTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAA
*
316940 TGTGTTT
127 TCTGTTT
316947 GATAAATAGA
Statistics
Matches: 5817, Mismatches: 1304, Indels: 1021
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
157 11 0.00
158 10 0.00
159 6 0.00
160 16 0.00
161 119 0.02
162 30 0.01
163 11 0.00
164 9 0.00
165 12 0.00
166 21 0.00
167 17 0.00
168 10 0.00
169 10 0.00
170 9 0.00
171 30 0.01
172 114 0.02
173 50 0.01
174 168 0.03
175 264 0.05
176 576 0.10
177 548 0.09
178 256 0.04
179 630 0.11
180 713 0.12
181 1269 0.22
182 595 0.10
183 112 0.02
184 18 0.00
185 14 0.00
186 14 0.00
187 7 0.00
188 4 0.00
189 5 0.00
190 13 0.00
191 13 0.00
192 6 0.00
193 3 0.00
194 1 0.00
195 4 0.00
196 5 0.00
197 6 0.00
198 2 0.00
199 5 0.00
200 41 0.01
201 8 0.00
203 3 0.00
204 3 0.00
205 7 0.00
206 8 0.00
207 6 0.00
208 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
CTATTTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
Found at i:310544 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 310357--310654 Score: 375
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
310347 AAACAAGTTT
* * * * * * *
310357 AAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTATTTTG-ACTTTTTGTTTTATCATA
1 AAATAATTATGATCATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAAC-TTTTATTTTACCATA
* * * * *
310421 AAATAATTA-TTTCAGTTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTT
65 AAAGAATTATTTTCA--TCATAAAAGCCTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
310485 AAAAATTAAGAAATTAGTTTATGGAATCAATTC
128 AAAAATTAAGAAATTAGTTTATGGAATCAATTC
* * * *
310518 AAATAATTATGGTCATTCAAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGCCATAA
1 AAATAATTATGATCATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTACCATAA
* * *
310583 AAGAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
66 AAGAATTA-TTTTCATCATAAAAGCCTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
310648 AAATTAA
130 AAATTAA
310655 TAAGTAGGAG
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 19, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
161 108 0.94
162 2 0.02
163 5 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (160 bp):
AAATAATTATGATCATTCAAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTATTTTACCATAA
AAGAATTATTTTCATCATAAAAGCCTATACAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAAGAAATTAGTTTATGGAATCAATTC
Found at i:311191 original size:881 final size:871
Alignment explanation
Indices: 309665--311379 Score: 1908
Period size: 881 Copynumber: 2.0 Consensus size: 871
309655 TGACTATTTG
* * * * **
309665 AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGCAATAAAAGAATTATTTTTCATCAT
** * *
309730 ACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATAATGAGTTGGAGATTT
66 ACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATAATAAGTAGGAGATTT
* * * *
309795 AAAAAATAAAGCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGAACTAATATCTATTTC
131 AAAAAACAAAGCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACTAATATATATTTC
* * * *
309860 AAATTGCTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAAATTATTCAAAA
196 AAATCGCTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAAATTATTCAAAA
* * * * *
309925 TAAAATAATACTAATTTATTATTATTTCAAAAATTAATAAGATATTTAAAAACTAAATTTGTTCA
261 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTCA
* * * *
309990 TCGAAACAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTACCTATCCCAAATCGTTATGATCTTTG
326 TCGAAACAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTACCTATCCCAAATCATTATGATCTTTG
* * * * *
310055 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACATGCTTATTTGAAGTAAAATATTCCTGAACTAATA
391 TTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAGTAAAATAATCATGAACTAATA
* * * *
310120 ATATTGTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTA
456 ATATTGTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCAAACTAGGTCAAATAGTTA
*
310185 AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTCATGATCTTTAGTTTAATCATAAAATAATTGT
521 AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATGATCTTTAGTTTAATCATAAAATAATTGT
* * **
310250 TTCAATTCAAACATACTTATTTGAATAAAGTAATACTATTTTATTAACACTTAGAAAATTAATAA
586 TTCAACTCAAACATACTGATTTGAATAAAGTAATACTAAATTATTAACACTTA-AAAATTAATAA
* * ** * *
310315 GTAA-GAAATTTAAAAATATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTAAA
650 GTAATGAAA-TTAAAAA-ATAAATCTATTGACCTAAACAA-TGCAAATAGCTATGACTATTTAAA
* * * * * *
310378 CAATTATCTATTTAAAATTATTTTGACTTTTTGTTTTATCA-TAAAATAATTATTTC-AGTTCAT
712 CAATTATCTATTTAAAATCATTGTGACATTTTGTTTTAACACAAAAACAATTATTTCTA-TTCAT
* *
310441 AAAAGCTTATACAAAATAAAATAATAT-TACTTTATTAATATTTTAAAAATTAAGAAATTAGTTT
776 AAAAGCTTATACAAAATAAAATAAT-TCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATTAGTTT
310505 ATGGAATCAATTCAAATAATTATGGTCATTCA
840 ATGGAATCAATTCAAATAATTATGGTCATTCA
*
310537 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGCCATAAAAGAATTATTTTTCATCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGCAATAAAAGAATTATTTTTCATCAT
*
310602 ACAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA
66 ACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT--AAAA-TAATAAGTAGGAGA
* * * * * *
310666 TTTAAGAAACAAATCTATTTA-TCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-TAATTTTAT
128 TTTAAAAAACAAAGCAATTTACT-GAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACTAA-TATAT
* ** * **
310729 ATTTTAAATCG-TCAT-AGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCGTACAAGTTTA
191 ATTTCAAATCGCT-ATGA-AATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAAATTA
* * *
310792 TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATGTTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAGAAAA-
254 TTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT-TCAAAA--AATAA-TAAGAGATTTA-AAAAC
** * * * * * * **
310856 TAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCA
314 TAAATTTGTTCATCGAAACAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTACCTATCCCAAATCA
** * * * * *
310921 TTATGA-CATTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGTTTTTGTTTATATAAG-TTAGTTCAGAA-TAA
379 TTATGATC--TTTG--TTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TT-AGAAGTAA
* * * * *
310983 AATAAT-ATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACC
438 AATAATCATGAA-CTAATAATATTGTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACC
* * * *
311047 AAACTAGGTCAACTAGTTATA-A-TAATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATTATGA-CAATT
502 AAACTAGGTCAAATAGTTA-AGACT-ATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATGATC--TT
** * * * *
311109 TA-TTTTTTCATAGAA-AATTGTTTCTACTGATACA-ATCTGATTTGAAATAAAGTAATACTAAA
563 TAGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAACTCAAACATA-CTGATTTG-AATAAAGTAATACTAAA
* * * * *
311171 TTATTAATATTCTT-AAAATTAATAAGTAATGAAATTAAAAAATGAATCTATTGGCCTGACCAAT
626 TTATTAACA--CTTAAAAATTAATAAGTAATGAAATTAAAAAATAAATCTATTGACCTAAACAAT
* *
311235 GCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTAACAC
689 GCAAATAGCTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCATTGTGACATTTTGTTTTAACAC
* * * * * * *
311300 AAAAACAATTGTTTCTATTCGTACAAGCTTCTTCGAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTT
754 AAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATACAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTT
*
311365 CAAAAATTAATAAAT
819 CAAAAATTAAGAAAT
311380 AAGAGATTTA
Statistics
Matches: 692, Mismatches: 119, Indels: 55
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
871 1 0.00
872 97 0.14
873 10 0.01
874 136 0.20
875 5 0.01
877 5 0.01
878 67 0.10
879 9 0.01
880 97 0.14
881 249 0.36
882 13 0.02
883 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (871 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGCAATAAAAGAATTATTTTTCATCAT
ACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTATAAAATAATAAGTAGGAGATTT
AAAAAACAAAGCAATTTACTGAACAAGTTCAAATAATTATGACCATTTGAACTAATATATATTTC
AAATCGCTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAAATTATTCAAAA
TAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAAATAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTCA
TCGAAACAATTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTACCTATCCCAAATCATTATGATCTTTG
TTGTCATAAAACAAATGTTTCTATTCATACAAGCTTATTAGAAGTAAAATAATCATGAACTAATA
ATATTGTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCAAACTAGGTCAAATAGTTA
AGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTATCATGATCTTTAGTTTAATCATAAAATAATTGT
TTCAACTCAAACATACTGATTTGAATAAAGTAATACTAAATTATTAACACTTAAAAATTAATAAG
TAATGAAATTAAAAAATAAATCTATTGACCTAAACAATGCAAATAGCTATGACTATTTAAACAAT
TATCTATTTAAAATCATTGTGACATTTTGTTTTAACACAAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAG
CTTATACAAAATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAATTAGTTTATGGAA
TCAATTCAAATAATTATGGTCATTCA
Found at i:311487 original size:539 final size:536
Alignment explanation
Indices: 310537--316940 Score: 3982
Period size: 539 Copynumber: 11.9 Consensus size: 536
310527 TGGTCATTCA
* * * * * * *
310537 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTATTTTGCCATAAAAGAATTATTTTTCA-TCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCT-ATTCA
* * *
310601 TACAAGCCTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGA
64 TACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * * * * *
310664 GATTTAAGAAACAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATAATTTTA
127 -AATTAAAAAATAAATCTATTTACCTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
310728 TATTTTAAATCGTCATAGCCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-GTTCGTACAAGTTTA
190 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTA
* * * * *
310792 TTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAATGTTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAGAAAA
255 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA-AAAA
* * * * * * * *
310856 TAAATTTGTTTGTCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCA
318 TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* ** * * * *
310921 TTATGACATTTTGTTTTGTTGTAAAATAAATGTTTTTGTTTATATAAG-TTAGTTCAGAATAAAA
383 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAA
* * *
310985 TAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTCTTTACCAAA
447 TAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * *
311050 CTAGGTCAACTAGTTATAATAATTTG
512 CTAGTTCAAATAGTTATACT-ATTTG
* * ** * * * *
311076 AACAATTATTTATTTCAAATTATTATGACAATTTATTTTTTCATAGAA-AATTGTTTCTACTGAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * *
311140 ACAATCTGATTTGAAATAAAGTAATACTAAATTATTAATATTCTTAAAATTAATAAGTAATGAAA
65 ACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAAA
* ** * * *
311205 TTAAAAAATGAATCTATTGGCCTGACCAATGCAAATAGCTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
129 TTAAAAAATAAATCTATTTACCTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
311270 TCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTAACACAAAAACAATTGTTTCTA-TTCGTACAAGCTTCTTC
194 TCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCA-TAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTC
* * *
311334 GAAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAACTAAA
258 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAA
* * *
311399 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTACTAT
322 TCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * *
311464 AACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTCTTCATACAAGCTTATTGCA-ATTAAAATAA
387 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAA
* * * * * * *
311527 TACAAATTTATCAATATTCAGACATTTAAT-A-AG---TAAAAGAT---T-TA---A--AAAATA
450 TACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTA
* *
311578 GTT-ACCA-A---ATA--AGTT-
515 GTTCA-AATAGTTATACTATTTG
* * * * * *
311593 --CAA--A--TAGTT--AATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * * *
311650 ACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAAGATTTTGACAATTACTAAGTAA-AAGA
65 ACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAA-A
* * * * * *
311714 TTTTAAAAATAAATATGTTTACC-GAACAAGTTCAAATTGTTATAACTATTTGAATAATTATCTA
129 -TTAAAAAATAAATCTATTTACCTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * ** *
311778 TTTTC-AATTGTTATCACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTATC-AGTTTGTATAAGCTTA
192 -TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT-TCTAGTTCATACAAGCTTA
* * * * * *
311840 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-CTCAAAAAATTAATGAGTTAAAAAATTTAAAAG
255 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAA
* * * * * *
311904 TGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATG-CTTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATC
318 TAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * *
311968 GTTATGACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAA
382 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT-AA
** *
312032 AATAATA-TAAATTTATT-A-A-TTCCAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATATTT
445 AATAATACT-AATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAG-AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTT
* **
312093 TCTGAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
506 ACCAAACTA-GTTCAAATAGTTAT-ACTATTTG
* * * *
312125 AACAATTACCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAACCAATTGTTTTTGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTATTCA
* ** * *
312189 TACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTATTAAGTAA-AA
64 TACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAA
* * * * * * *
312252 ATTAAAAAAATAATTTTGTTTA-CTGAAGGAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATC
128 ATT-AAAAAATAAATCTATTTACCTGAA-CAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATC
* * ** *
312315 TATTT-AAAGTCATTCTAA-CTTGTT-TCTCTATCATAAAATGATTGTTT-TAGTTCATA-AATA
190 TATTTCAAA-TCATTATAACCTT-TTGT-TTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAA-G
* * * * *
312375 CTTATCCGAAATAAAATAATAATACTTTCA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGCATA-AGATTTA
251 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTA
* * * * * * * **
312438 AAAACTAAAGCTATTT-TCCAAACTAGTTCAAATATTTATGATTATTTGAACAAATATGAATCTT
314 AAAA-TAAATCTGTTTAT-CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TT
* * * * * *
312502 -AAACTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTT-ATCATAGAAGCTTATTC-G
376 CAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAG
* * * * * * *
312563 GATACATATGATACTAATTTAATAATATTCCA-AAAATTAATGAGAGATTTAAAAAATAAATTTA
440 AATA-AAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * **
312627 TTTACCAAA-TCATTTTAAATGGTTAAGACTATTAC
503 TTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTT-ATACTATTTG
* * *
312662 AATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * *
312725 TACAAACTTA-TCAAGAAGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGTG
64 TACAAACTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-A
* * * * * * *
312789 ATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-CTAAAAAAGTTCAAATAATTTTGACTATTTAAATAATTATC
127 AATT-AAAAAATAAATCTATTTACCTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
312853 TATTTAAAATCACTATTACCTTTTGTTTT-TCCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAGAAAGCT
190 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTAT-CATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATA-CAAGCT
**** ** *
312916 TACAAAAAATAAAATAATACTACCTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAA
253 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
* * * * * *
312981 ATAAATCAGTTTA-CGGAATCAA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCAATTTCAAA
317 ATAAATCTGTTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * ** *
313044 TTATTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTGAACATACAAGCTTATT-TGAATAA
380 TTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
* * * *
313108 AATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AGAATTAATAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACG
445 AATAATACTAATTTATTAATATTT-AGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACC
* *
313172 GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
509 AAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTG
* * ** * * * *
313201 GACAATTATCTGTTTCAAATTGTTAT-ACCTTGTTGTTCTATCATTAAACAATTGTTTCCATTTA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-TTGTTTTGTCA-TAAACAATTGTTTCTATTCA
* * * *
313265 TACAAACTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGATA
64 TACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-A
* * * * * * * ** ** *
313329 TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GATCTAGTTCAAACAGTTAAAACTATAGGAACAATTATTTA
128 ATTAAAAAATAAATCTATTTACCTGAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * **
313393 TTTCAAACCGTTATAACCTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AACTCATACAAGCTTATT
192 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATT
* ** * * * * * * *
313457 CAAAATGGAATAAAACAAATTTTTTACTATTTCTAAAATTTATAAGT-AGAAAATTTAGAAAATA
257 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTA-AAAATA
* * * * * * * * * *
313521 ATTCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAATTATAACGATTTAAACAATTATCTTTTTGAAATCAC
320 AATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * * * * * *
313585 TATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATA
384 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * *
313650 ATACTAATTTATTAATATTTAGAAAACTAATCAGCAAGGGATTTTAAAAGTAAATCTATTTACCA
449 ATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* * * *
313715 AACCATTTGAAATAGTTTTGACTATTTG
510 AACTAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTG
* * * *
313743 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCAT
* ** * * * * **
313807 ACTATTTTATTAGGAATAAAATAA-ACTAATTTAATTAA-ATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAA
65 ACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AA
* * * ** * * *
313870 ATTAAAAAATAAATCTAATT-GCTGTACCAATTCAAATAGTTAAAACCATATGAACAATTAACTA
128 ATTAAAAAATAAATCTATTTACCTG-AACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * * *
313934 TTTCAAATCATTAT-ACCGAATTGTTCTATCATAAAATAATTG-TT-TATTTTATACAAGCTTAT
192 TTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTAT
* * * * *
313996 TCTAATTAAAATAACACTAA--T-TTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATA
256 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAATA
* * * * * * *
314058 AATTTGTTTACCGAAGCAA-TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACTGT
320 AATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTAT
* * * ** * * * *
314122 TCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAGGCTTATTTAGGATAAATTA
384 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
* * * * * *
314187 ATACTAATTTATTGACATTAAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCA
449 ATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCA
* *
314252 AACAAGTTCAAATACTTATTACTATTTG
510 AACTAGTTCAAATAGTTA-TACTATTTG
* * * * *
314280 AACAATTGTCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGATTTGTCATGAAA-TATTAGTTTC-ATATC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATT-GTTTCTAT-TC
* * * * *
314343 -TGACAAACTTATTCGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGCAA-
63 AT-ACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
314405 AAGATTTGAAAAAATAAATCTCTTTACC-AAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
126 AA-A-TT-AAAAAATAAATCTATTTACCTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
314469 ATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAA-AGATTTGTTTC-AGTTTATATA
187 ATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTT-ATCATAAAACA-A-TTGTTTCTAGTTCATACA
* * *
314531 AGCTTA-TCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAG-TTT
249 AGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
314594 AAACAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTAAAT
313 -AA-AAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-----
* * **
314659 TATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
371 TATTT---CAA------A--T----T-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * *
314724 GTTCATACAAGTTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAATAATTTATTA-ATTTAA-TAAGT
420 GTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTAGA--AAATTAA-T
* * * * * * * * * * * *
314786 AAGTGGTTTAAAGAGTTAATTTGTTTACCGAA-TCAATTCAAATAGTCATGTCCATTTG
480 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTG
* * *
314844 AAAAATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCAT
* * * * * * * * ** *
314909 GCAAAATTATTCAAAATAAAATAATATTGACTTATTAACATTCTTAAAATTAATAAACAAGAGAT
65 ACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-AA
* * *
314974 TTGAAAAAATAATTCTATTTA-CTGAACAATTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTA
129 TT-AAAAAATAAATCTATTTACCTGAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
315038 TTTAAAATCACTATGAA-CTTTTATTTTATAATAAGATAATTGTTTC-AGTTCCTAAAAGCTTAT
192 TTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTAT
* * *
315101 CCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATA
256 TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATA
* * * * * * * * * *
315162 AAT-TAATTTACCAAATC-AGATAAAATAATTATGGCAATTCGAAC-A-TATCTATTTCAAATTG
320 AATCT-GTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA
* * * *** * *
315223 TTATTACATTTCGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTTTCAACATACAAGATTATT-TGAAATAAA
383 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAA
** * * * *
315286 ATAATACTAATTTATTAATATTTCTAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTACCAA
446 ATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAA
*
315351 ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
511 ACTAGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTG
* * ** * * * * * * * *
315378 AATAATTATCTATTTGAAATTGTTA-CAGCTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATGTTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCA
** * * * *
315442 TACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA-AAG
64 TACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAA-
* * * * *
315506 ATTTAAAAAATAAATTCGT-TTT--CTGAACCAATTCAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTAT
128 A-TTAAAAAATAAA-TC-TATTTACCTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * ** *
315568 CTATTTCAAATCTTTATTATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-AACTCATACAAGTTT
189 CTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTT
* * * * *
315632 ATTTGAAATAAAATGAA-AGTAATTTGTTAATATTTC-CAAATTGTATAAGTAAGAGATTTAAAA
254 ATTCGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * * *
315695 A-ATAGTTTATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATAACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAA
317 ATA-AATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * *
315758 --ACTTATTACTTTTTTTTTTTGT-TTAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAAT
380 TTA-TTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT
* * *
315820 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTAT
443 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAA-T--T-AATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * *
315885 TTAGCAAA-TCATTTAAAAAAATTTTGACTATTTG
504 TTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAT-ACTATTTG
* * * * *
315919 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTCTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTATTCAT
** * ** * * * **
315984 A-TTATTTCATTAAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAA
65 ACAAACTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AA
* ** * * *** ** *
316048 ATTAAAAAATAAATCTAATT-GTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAAAAGAATGATTATCAA
128 ATTAAAAAATAAATCTATTTACCTGAA-CAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
316112 TTTCAAATCATTATGAGCTTTTATTTTGTTATAAAATAATT-TTT-TTGTTCATACAAGCTTATT
192 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATT
* * * * * * * *
316175 TGAATTAGAAGAATACAAATTAAATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
257 CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAA
* * * * ** * * * * * ** *
316236 ATTTGTTTATTGAACTAGTTCATACGGTTAAGACTACTAGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTT
321 ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * ** * *
316301 TGA-CTTTTGTTTAGTCATAAGACAATTATTTCAGTTCTTACAAGCTTATTC-GAAATAAATTAA
386 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * *
316364 TACTAATTTATTAACATTT-GAAAAATTAATAAAATATATTTAAATAAATAAATCTATTTACCAA
450 TACTAATTTATTAATATTTAG-AAAATTAAT--AAGAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTACCAA
*
316428 ACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTG
511 ACTAGTTCAAATAGTTA-TACTATTTG
* * * *
316455 AATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCA
* * * * * *
316519 TATAAGCTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA---T-----TT-CTAAGTAAGAGA
64 TACAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-A
* * * * * * * * * *
316575 TTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAATTAGTTAAAATAATTGTTG-CTATTTGAACAACTATCT
128 ATTAAAAAATAAATCTATTTACCTGAA-CAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCT
** * * * *
316638 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTT-T-GATT-ATACAAACTT
191 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCTAG-TTCATACAAGCTT
* * * *
316700 ATTCTAAATAAAATAATA-AAATTTATTAACAATTCAAAAATTAATAAG---G-GATTTAAAAAA
254 ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA
* * * * * * * * * * * *
316760 TAAGTCTATTCACCGAAC-CGATTCGAATAGTTATAACTATTTGAGCAGTTATCAATCTCAAATC
318 TAAATCTGTTTATCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * * * **
316824 GTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATCATAGAGGCTTGTT-TGGTTAAAA
382 ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAA
* ** * * *
316887 ATAATACTAATTCAAGAATATTCCA-AAAGTTAATAAGAGATTTAAAAATTAAAT
446 ATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT
316941 GTGTTTGATA
Statistics
Matches: 4583, Mismatches: 988, Indels: 603
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
507 8 0.00
508 10 0.00
509 190 0.04
510 160 0.03
511 8 0.00
513 1 0.00
515 10 0.00
518 4 0.00
519 2 0.00
521 3 0.00
523 1 0.00
524 15 0.00
525 19 0.00
526 3 0.00
527 225 0.05
528 31 0.01
529 7 0.00
530 4 0.00
531 4 0.00
532 5 0.00
533 120 0.03
534 168 0.04
535 25 0.01
536 334 0.07
537 659 0.14
538 488 0.11
539 691 0.15
540 354 0.08
541 373 0.08
542 130 0.03
543 10 0.00
544 6 0.00
545 74 0.02
549 3 0.00
550 5 0.00
552 5 0.00
553 3 0.00
557 3 0.00
558 2 0.00
559 44 0.01
560 10 0.00
562 1 0.00
563 53 0.01
564 222 0.05
565 12 0.00
566 70 0.02
567 5 0.00
568 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (536 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGTTTCTATTCATA
CAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAAATT
AAAAAATAAATCTATTTACCTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAGTTCATACAAGCTTATTCGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTG
TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGTTCAA
ATAGTTATACTATTTG
Found at i:314059 original size:718 final size:707
Alignment explanation
Indices: 311602--316858 Score: 3247
Period size: 718 Copynumber: 7.3 Consensus size: 707
311592 TCAAATAGTT
* * * * * * ** * * *
311602 AATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATT
1 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTCATCATACTAGCTTATTAGAAAT
* * * * * * * * *
311667 AAAATAATATTAATTTATTAAGATTTTGACAATTACTAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATATG
65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAA--AAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * **
311731 TTTACCGAACAAGTTCAAATTGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTTC-AATTGTTATCA
127 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTAT-A
* * * * * * **
311794 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTATCAGTTTGTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
189 CCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATT-T-ATTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * ** * * * * * * *
311858 TAATTTATTAATACTCAAAAAATTAATGAGTTAAAAAATTT-AAAAGTGAATCTATTTACCGAAC
252 TAATTTAAT-AT-TTC--AAAATTAAT-AACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC
* * * * * * *
311922 AAGTTCAAATAGTTATG-CTTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTAT
312 AA-TTCAAACAGTTAAGAC-TA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTT
** * *
311986 GTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAATAATA-TAAATTTATT-
374 GTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAA-ATAAATAAAACT-AATTT-TTA
* * * * * *
312049 A-A-TTCCAAAATTAATAAGTAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTTCTG-AACATGTTCAAATA
435 ACATTTCAAAAATTAATAAG-AAAAATTTAAAAAATAATTCTATTTAC-GAAACAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
312111 GTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAACCA
498 ATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCA-CTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
312175 ATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
562 ATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAAT
* * * * * * * ** **
312240 TATTAAGTAA-AAATTAAAAAAATAATTTTGTTTACTGAAGGAGTTT-AAATAGATT-TGACTAT
626 TAATAA-CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCA-TTTAAAATA-ATTATGACTAT
* *
312302 TTAAACAATTATCTATTT-A
688 TTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * *
312321 AAGTCATTCTAA-CTTGTT-TCTCTATCATAAA-ATGATT-GTT-TTAGTTCATAAATA-CTTAT
1 AA-TCATTATAACCTT-TTGT-TTTGTCATAAACA--ATTGGTTCTCA--TCAT-ACTAGCTTAT
** * * * * * * *
312380 CCGAAATAAAATAATAATACTTTCA-TAATATTTTAAAAATTAATAAGCATAAGATTTAAAAACT
58 TAGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCTCAAAATTAATAA-AAGAA-ATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * **
312444 AAAGCTATTTTCCAAACTAGTTCAAATATTTATGATTATTTGAACAAATATGAATCTT-AAA-CT
120 AAATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAT-TTCAAATC-
* * * * * * * * * * ** *
312507 GTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTATCATAGAAGCTTATTC-GGATACAT
183 ATTAT-ACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATT-TTATACAAGCTTATTCAAAATA-AA
* * * * *
312570 ATGATACTAATTTAATAATATTCCAAAA--ATTAA-TGAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
245 ATAATACTAATTTAAT-AT-TT-CAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
* * * ** * * * *
312632 CAAATCATTTTAAATGGTTAAGACTATTACAATAATTATCTATTTCAAATCATT-TGACCTTTTG
307 CGAA-CAATTCAAACAGTTAAGACTA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * * * * * *
312696 TTTAGTCATATAATAATTGTTTCAGTTCATACAAACTTA-TCAAGAAGAAAATAATACTAATTTA
370 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAA-AA-TAAATAAAACTAATTT-
* ** * * *
312760 TTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAAAAAAGTTC
432 TTAACATTTC-AAAAATTAATAAG-AA-AAATTT-AAAAAATAATTCTATTTACGAAACAAGTTC
* * * *
312824 AAATAATTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCACTATTACCTTTTGTTTT-TCCATA
493 AAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATTACTTTTTGTTTTGT-CATA
* *** **
312888 AAACAATTGTTTTAGTTCATAGAAAGCTTACAAAAAATAAAATAATACTACCTTATTAATATTTC
557 AAACAATTGTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-
* ** * *
312953 AAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATC-AGTTTACGGAATCAATTCAAATAATTATG
620 AAAAATTAATAAC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCAAATCATTTAAAATAATTATG
* * *
313017 GCCATTTGAATAATTATCAATTTCA
683 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * * * * *
313042 AATTATTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATTGTTTTTGAACATACAAGCTTATTTG-AAT
1 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTCATCATACTAGCTTATTAGAAAT
* *
313106 AAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAAT--AAGATATTTAAAAAATAAATCTATT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAA-AATTAATAAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * **
313168 TACGGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGGACAATTATCTGTTTCAAATTGTTATACCTTG
129 TACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATACCTT-
* * * *
313233 TTGTTCTATCATTAAACAATTGTTTCCA-TTTATACAAACTTATTCAAAATAAAAT-ATACTAAT
193 TTGTTCTATCATAAAATAATTATTT--ATTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-
* * * * *
313296 TTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGATCTAGTT
255 TT--TAATATT-TCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC-AATT
* * * *
313361 CAAACAGTTAAAACTATAGGAACAATTATTTATTTCAAACCGTTATAACCTCTTGTTTTGTCATA
316 CAAACAGTTAAGACTATA-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * *
313426 AAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCAAAATGGAATAAAACAAATTTTTTACTATTTCT
380 AAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAAAACTAATTTTTAAC-ATTTCA
* * *
313491 AAAATTTATAAGTAGAAAATTTAGAAAATAATTCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAATTATAA
443 AAAATTAATAAG-A-AAAATTTAAAAAATAATTCTATTTA-CGAAACAAGTTCAAATAATTATAA
* * *
313555 CGATTTAAACAATTATCTTTTTGAAATCACTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
505 CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
313620 TGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAACTAATCAGC
570 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-AAC
* * * * * * *
313685 AAGGGATTTTAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTGAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATT
633 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCATTTAAAATAATTATGACTATTTGAATAATT
313750 ATCTATTTCA
698 ATCTATTTCA
* ** *
313760 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCT-ATCATACTATTTTATTAGGAAT
1 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTCATCATACTAGCTTATTAGAAAT
* * *
313824 AAAATAA-ACTAATTTAATTAA-ATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTA
65 AAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCTCAAAATTAATAA--AAGAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
313887 ATTGCTGTACCAATTCAAATAGTTAAAACCATATGAACAATTAACTATTTCAAATCATTATACCG
127 TTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATACC-
** * * * *
313952 AATTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTATTTTATACAAGCTTATTCTAATTAAAATAACACTAAT
191 TTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * *
314017 TTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAGCAATTCAA
256 TTAATATTTCAAAA-TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-CAATTCAA
** * *
314082 ATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA-CTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAA
319 ACAGTTAAGACTA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * * **
314146 ACAATTGTTTCAGTTCATACAGGCTTATTTAGGATAAATTAATACTAATTTATTGACATTAAAAA
382 ACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-TAAAACTAATTT-TTAACATTTCAAA
* * * *
314211 AATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-GCAAACAAGTTCAAATACTTATTACT
445 AATTAATAAGAAA-A-ATTTAAAAAATAATTCTATTTACG-AAACAAGTTCAAATAATTATAACT
* * * * * * * * *
314275 ATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATCATTA-TAATCTTTTGATTTGTCATGAAA-TATTAGTTTC
507 ATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATTACT-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTT
* * ** * * *
314338 A-TATC-TGACAAACTTATTCGGAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTA
570 AGT-TCAT-ATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-TAAAAATTAATA
* * *
314400 AGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTCTTTACCAAA-CAAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGA
631 A-CAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAATC-A-TTTAAAATAATTATGACTATTTGA
* *
314463 ATAATTATATATTTAA
692 ATAATTATCTATTTCA
* * * * * *
314479 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAGATTTGTT-TCAGTTTATA-TAAGCTTATCCA-
1 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACA-ATTGGTTCTCA--TCATACT-AGCTTAT-TAG
* * *
314541 AATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATT-TCCAAAATTAATAAGTAAG-AGTTTAAACAAATAA
61 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-CAAAATTAATAA--AAGAAATTTAAA-AAATAA
* * * * *
314604 ATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTAAATTATTTGAACA
122 ATCTATTTACCGAACCAGTTCAAATAG-T-T-A--A---G----A----CT--A-TA--TGAACA
* * * * * * * *
314669 ATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAA
166 ATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTT-ATTTTATACAA
* * * * * *
314734 GTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATTT-ATTAATTTAATAAGTAAGTGGTTTAAA
229 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT-ATTTCA--AAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
* * * * * * * * * * *
314798 GAGTTAATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAAATTATCTATTTCAAA
291 AAATAAATTTGTTTATCGAA-CAATTCAAACAGTTAAGACTA-TAGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * **
314863 TCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAA
354 TCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-A
* * * * *
314928 AATAATATTGACTTATTAACA-TTCTTAAAATTAATAA-ACAAGAGATTTGAAAAAATAATTCTA
418 AATAAAACT-AATTTTTAACATTTC-AAAAATTAATAAGA-AA-A-ATTT-AAAAAATAATTCTA
* * * * *
314991 TTTACTG-AACAATTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAA
477 TTTAC-GAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTAT-TA
* * * * * * * * *
315055 C-TTTTATTTTATAATAAGATAATTGTTTCAGTTCCTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
540 CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
*
315119 ACTTTATTAATATTTCAAAAATTAAT---AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACCAAATCA
605 AATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAATCA
** * * * *
315180 GATAAAATAATTATGGCAATTCGAA-CA-TATCTATTTCA
668 TTTAAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * * * * *
315218 AATTGTTATTACATTTCGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTCAACATACAAGATTATTTGAAAT
1 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAC-AATTGGTTCTCATCATACTAGCTTATTAGAAAT
* * * * *
315283 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCTAGAATTAGT--AAGAGATTTAAAAAATTAATATATT
65 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTC-AAAATTAATAAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * ** * *
315345 TACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGTTACAGCTTT
129 TACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATA-CCTT
* *
315410 TTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
193 TTGTTCTATCATAAAATAATTATTTAT-TTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
* * *
315475 TAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTT-TCTGAACCAATT
257 TAAT-AT-TTC--AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAA-CAATT
* * * * * * *
315539 CAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATTATCATTTGTTTTATCATA
316 CAAACAGTTAAGACTATA-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
315604 AAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATGAAAGTAATTTGTTAATATTTC-
380 AAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAAAACTAATTT-TTAACATTTCA
* * * * *
315668 CAAATTGTATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAGTT-TATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATA
443 AAAATT-AATAAG-AA-AAATTTAAAAAATAATTCTATTTACGAAA-CAAGTTCAAATAATTATA
* * * * *
315731 ACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAAA-C-TTATTACTTTTTTTTTTTGT-TTAAAACAATTGT
504 ACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAATCACTATTAC-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * *
315793 TTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATC
567 TTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAAT-
* * * * * *
315858 AATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTAGCAAATCATTTAAAAAAATTTTGACTATTTGAATA
630 AACAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCATTTAAAATAATTATGACTATTTGAATA
315923 ATTATCTATTTCA
695 ATTATCTATTTCA
* * * * *
315936 AATCATTATAATCTTTTCTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCT-ATTCATATTA-TTTCATTAAAA
1 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTCA-TCATACTAGCTT-ATTAGAA
* *
315999 ATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTC-CAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATC
63 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAA-TTAATAA--AAGAAATTTAAAAAATAAATC
* *** * * ** *
316063 TAATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAAAAGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGA
125 TATTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-A
* * * * * ** * * *
316128 GCTTTTATTTTGTTATAAAATAATT-TTT-TTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAGAAGAATAC
189 CCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATT-TT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* * * *
316191 AAATTAAATAATATTTTAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTA
252 TAATT---TAATATTTCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAAC-A
* * * * * * * *
316253 GTTCATACGGTTAAGACTACTAGAATAATTACCTATTTCAAATCGTTTTGA-CTTTTGTTTAGTC
313 ATTCAAACAGTTAAGACTA-TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
316317 ATAAGACAATTATTTCAGTTCTTACAAGCTTATTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATT
377 ATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA-TAAAACTAATTT-TTAACATT
* * * * *
316382 TGAAAAATTAATAA-AATATATTTAAATAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
440 TCAAAAATTAATAAGAA-AAATTTAAA-AAATAATTCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAATTAT
* * * * * * *
316446 TACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
503 AACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
316511 TTAGTTAATATAAGCTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-----CTAAGT--
568 TTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAA-TAA
* * * * * * * *
316569 -AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTGTTG-CTATTTGAACAA
632 CAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAATCATTTAAAATAATT-ATGACTATTTGAATAA
*
316632 CTATCTATTTCA
696 TTATCTATTTCA
** * * * * * * * * **
316644 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTGATTATACAAACTTATTCTAAAT
1 AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGGTTCTCATCATACTAGCTTATTAGAAAT
* * * ** *
316709 AAAATAATA-AAATTTATTAACAATTC-AAAAATTAAT--AAGGGATTTAAAAAATAAGTCTATT
65 AAAATAATACTAATTTATTAA-TATTCTCAAAATTAATAAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * * * * *
316770 CACCGAACC-GATTCGAATAGTTATA-ACTATTTGAGCAGTTATCAATCTCAAATCGTTATGATC
129 TACCGAACCAG-TTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-ACC
* *
316833 -TTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT
191 TTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTT
316859 TTGATCATAG
Statistics
Matches: 3571, Mismatches: 741, Indels: 468
0.75 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
702 21 0.01
703 67 0.02
704 1 0.00
707 14 0.00
708 124 0.03
709 6 0.00
711 6 0.00
712 74 0.02
713 158 0.04
714 94 0.03
715 282 0.08
716 241 0.07
717 217 0.06
718 644 0.18
719 413 0.12
720 312 0.09
721 182 0.05
722 140 0.04
723 4 0.00
724 5 0.00
725 1 0.00
726 1 0.00
727 1 0.00
731 1 0.00
732 1 0.00
733 1 0.00
734 32 0.01
735 6 0.00
737 1 0.00
738 45 0.01
739 38 0.01
740 8 0.00
741 40 0.01
742 9 0.00
743 45 0.01
744 43 0.01
745 153 0.04
746 131 0.04
747 7 0.00
748 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (707 bp):
AATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACAATTGGTTCTCATCATACTAGCTTATTAGAAATA
AAATAATACTAATTTATTAATATTCTCAAAATTAATAAAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CCGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATACCTTTTG
TTCTATCATAAAATAATTATTTATTTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAAT
ATTTCAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAATTCAAACAGTTA
AGACTATAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAAAACTAATTTTTAACATTTCAAAAATTAATAAGA
AAAATTTAAAAAATAATTCTATTTACGAAACAAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTAT
CTATTTAAAATCACTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAAGCTTA
TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAACAAGAGATTTAAAAAATAA
ATCTATTTACCAAATCATTTAAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
Found at i:314243 original size:537 final size:540
Alignment explanation
Indices: 311602--316566 Score: 3182
Period size: 537 Copynumber: 9.2 Consensus size: 540
311592 TCAAATAGTT
* * * * * * * ** * *
311602 AATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATT
1 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCAAAAT
* * * * * * ** * * *
311667 AAAATAATATTAATTTATTAAGATTTTGACAATTACTAAGTAA-AAGATTTTAAAAATAAATATG
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAA-ATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * ** *
311731 TTTACCGAA-CAAGTTCAAATTGTTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTTC-AATTGTTATC
130 ATTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATG
* * * ** * **
311793 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTATCAGTTTGTATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
192 ACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTT-TCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * * * *
311857 CTAATTTATTAATA-CTCAAAAAATTAATGAGTTAAAAAATTT-AAAAGTGAATCTATTTACCGA
256 CTAA-TTATTAATATTTC--AAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* * * * * * *
311920 A-CAAGTTCAAATAGTTATG-CTTATTTGAATAATTATCTATTTTAAA-TCGTTATGACCTTTTG
317 ACCAA-TTCAAATAATTAAGAC-TATTAGAACAATTATCTATTTCAAACT-GTTCTAACCTTTTG
* * *
311982 TTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAAATAATA-TAAATT
379 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT-AGAAT-AAAATAATACT-AATT
** * * * **
312045 TATT-A-A-TTCCAAAATTAATAAGT-AGAAATTTAAAAAATAAATATATTTTCTGAA-CATGTT
441 TATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-GTT
* * *
312105 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTACCTATTTCA
504 CAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * * ** *
312142 AAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAACCAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAAAA
1 AATCA-TTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCAAAA
* * ** * * *
312206 TAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTATTAAGTAA-AAATTAAAAAAATAATTTT
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
** ** * * * * * *
312269 GTTTACTGAAGGAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTCT-
129 AATTACTGAACCAATTCAAATAG-TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATG
* * * * * * * *
312331 AACTTGTT-TCTCTATCATAAAATGATTGTTTTAGTTCATA-AATACTTATCCGAAATAAAATAA
192 ACCTT-TTGT-TTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAA-GCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * ** * *
312394 TAATACTT-TCATAATATTTTAAAAATTAATAAGCATA-AGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTCC
254 TACTAATTAT--TAATA-TTTCAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * * * ** * * *
312457 AAACTAGTTCAAATATTTATGATTATTTGAACAAATATGAATCTT-AAACTGTTATGATC-TTTG
315 GAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT-TTCAAACTGTTCTAACCTTTTG
* * * * * * *
312520 TTTTGTCATAGAACAATTGTTTC-TTATCATAGAAGCTTA-TTCGGATACATATGATACTAATTT
379 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTTAGAATA-AAATAATACTAATTT
* ** * * * *
312583 AATAATATTCCAAAAATTAAT-G--AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAATCATTTTAA
442 ATTAATATTTAAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAA
* ** **
312645 ATGGTTAAGACTATTACAATAATTATCTATTTCA
507 ATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * * *
312679 AATCATT-TGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAACTTA-TCAAGA
1 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAATTTATTCAA-A
* * * **
312741 AGAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGTGATTTGAAAAAATAAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTT-AAAAAATAAATC
* ** * ** * * * * * *
312806 TATTTACT-AAAAAAGTTCAAATAATTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCACTATT
128 TAATTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * ***
312870 ACCTTTTGTTTT-TCCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAGAAAGCTTACAAAAAATAAAATAAT
192 ACCTTTTGTTTTAT-CATAAAATAATTGTTTCAATTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * ** *
312934 ACTACCTTATTAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTGAAAAATAAATCAGTTTACGGAA
255 ACTA-ATTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * * * * * * *
312999 TCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCAATTTCAAATTATTATTACCTTTTGTTTT
318 CCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACTGTTCTAACCTTTTGTTTT
* * ** ** *
313064 GTCGTAAAATAATTGTTTTTGAACATACAAGCTTATTT-GAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
383 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * **
313128 ATTTCAAGAATT-A-A-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTACGGAACCAGTTCAAATAGTT
448 ATTTAAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT
* * * *
313190 ATGACTATTTGGACAATTATCTGTTTCA
513 TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * * *
313218 AATTGTTAT-ACCTTGTTGTTCTATCATTAAACAATTGTTTCCATTTATACAAACTTATTCAAAA
1 AATCATTATAACCTT-TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCAAAA
* * * * * *
313282 TAAAAT-ATACTAATTTAGTAATATTCTGAAAATTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATATG
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * * *
313346 TTTA-TCGATCTAGTTCAAACAGTTAAAACTATAGGAACAATTATTTATTTCAAACCGTTATAAC
130 ATTACT-GAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * ** * *
313410 CTCTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCAAAATGGAATAAAACAA
194 CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * *
313475 ATTTTTTACTATTTCTAAAATTTATAAGT-AGAAAATTTAGAAAAT-AATTCTATTTATCGAACC
259 A-TTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAACC
* * * ** *
313538 AATTCAAATAATTATA-ACGATTTA-AACAATTATCTTTTTGAAA-T-CACTATTACTTTTTGTT
320 AATTCAAATAATTA-AGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAACTGTTCTA--ACCTTTTGTT
** * * * * *
313599 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
381 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * *
313664 ATATTTAGAAAACTAATCAGCAAGGGATTTTAAAAGTAAATCTATTTACCAAACCATTTGAAATA
446 ATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATA
313729 GTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
510 GTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * *
313760 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TCATACTATTTTATT-AGGAA
1 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCA-AAA
* * *
313823 TAAAATAA-ACTAATTTAATTAA-ATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCT
65 TAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
313886 AATTGCTGTACCAATTCAAATAGTTAAAACCATATGAACAATTAACTATTTCAAATCATTAT-AC
129 AATTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
** * * * * * *
313950 CGAATTGTTCTATCATAAAATAATTGTTT-ATTTTATACAAGCTTATTCTAATTAAAATAACACT
194 C-TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* *
314014 AA-T-TTAATATTTCAAAATTTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAGCAA
258 AATTATTAATATTTCAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAA
** *
314077 TTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACTGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCA
322 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACTGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
314142 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAGGCTTATTTAGGATAAATTAATACTAATTTATTGACATTA
387 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
314207 AAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAGCAAACAAGTTCAAATACTTATT
452 AAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT-TT
* *
314272 -ACTATTTGAACAATTGTCTATTTCA
515 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * *
314297 AATCATTATAATCTTTTGA-TTTGTCATGAAA-TATTAGTTTC-ATATC-TGACAAACTTATTCG
1 AATCATTATAACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTAT-TCAT-ACAAATTTATTCA
* * * * *
314358 GAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTAAGCAA-AAGATTTGAAAAAATA
62 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAA-ATTT-AAAAAATA
** * * * * * * * *
314421 AATCTCTTTAC-CAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCAT
124 AATCTAATTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
314485 TATGACCTTTTGTTTTGA-CATAAAA-AGATTTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATCCAAATTAAA
188 TATGACCTTTTGTTTT-ATCATAAAATA-A-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
*
314548 ATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGTAAGAG-TTTAAACAAATAAATTTGTTT
250 ATAATACTAA-TTATTAATATTT-CAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATTTGTTT
* * * * * * *
314612 ACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCTAAATTATTTGAACAATTGTCTA
312 ACCGAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATC-----TATTT---CAA---AC--
* * * *
314677 TTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTA-TT
364 TGT----TC--TA--ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTT
* * ** * * * * * *
314741 CGAAATAAAATAATACTAATTTAAT-A-ATTTATTAATTTAATAAGTAAGTGGTTTAAAGAGTTA
421 AG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * ** * * *
314804 ATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAAATTATCTATTTCA
484 ATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * *
314861 AATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAAT
1 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCAAAAT
* * * * * * * *
314926 AAAATAATATTGACTTATTAACATTCTTAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAAAAATAATTCTA
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTT-AAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
314991 TTTACTGAA-CAATTTCAAATAGTTATGATTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGAA
130 ATTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * * * *
315055 CTTTTATTTTATAATAAGATAATTGTTTCAGTTCCTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
194 CTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * ** * *
315120 CTTTATTAATATTTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAGA
259 -ATTATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA-A
* * * * * * * * * *
315182 -TAAAATAATTATGGCAATTCGAAC-A-TATCTATTTCAAATTGTTATTACATTTCGTTTTGTCA
322 TTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACTGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCA
* *
315244 T-AAACTAATTGTTTTTCA--ACATACAAGATTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
387 TAAAAC-AATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * *
315305 ATTTCTAGAA-T--TAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT
448 ATTTAAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT
* *
315367 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTGA
513 TTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
** * * * * * * * * * * *
315395 AATTGTTACAGCTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCAAAAT
1 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCAAAAT
* * *
315460 AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTCG
66 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAA-ATTTAAAAAATAAA-TC-
* * * * * *
315524 T--TTTCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCTTTATTA
128 TAATTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * ** *
315587 TCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATGAA-AG
193 CCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATAC
* * * * * *
315651 TAATTTGTTAATATTTCCAAATTGTATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AGTTTATTTACCAAACC
257 TAA-TTATTAATATTTCAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACC
* * * *
315715 AATTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAACTATCTATTTCAAAACT-TAT-T-ACTTTTTTTTT
320 AATTCAAATAATTA-AGACTATTAGAACAATTATCTATTTC-AAACTGT-TCTAAC-CTTTTGTT
* ** * * * * * *
315776 TTGT-TTAAAACAATTGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTA
381 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * * * *
315840 ATATTTAGAAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTAGCAAATCATTTAAAAAA
446 ATATTTAAAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATA
*
315905 ATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
510 GTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * ** *
315936 AATCATTATAATCTTTTCTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATA-TTATTTCATTAAAAA
1 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTT-ATTCAAAA
* * * *
316000 TAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATCTA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * ** * *
316065 ATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTAAAAGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGAGC
130 ATTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *** ** * * * *
316130 TTTTATTTTGTTATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAGAAGAATACAAA
195 TTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * *
316194 TTAAATAATATTTTAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAACTAGTT
260 TT-ATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATT
* *** * * * * * *
316256 CATACGGTTAAGACTACTAGAATAATTACCTATTTCAAA-TCGTTTTGA-CTTTTGTTTAGTCAT
324 CAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACT-GTTCTAACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
316319 AAGACAATTATTTCAGTTCTTACAAGCTTA-TTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTT
388 AAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
316383 GAAAAATTAATA-AAATATATTTAAATAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATT
452 AAAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTT-TT
* *
316447 -ACTATTTGAATAATTGTCTATTTAA
515 GACTATTTGAATAATTATCTATTTCA
* * * * ** *
316472 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATATAAGCTTATACAAAA
1 AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAATTTATTCAAAA
*
316536 TAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCTAA
65 TAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAA
316567 GTAAGAGATT
Statistics
Matches: 3480, Mismatches: 751, Indels: 391
0.75 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
533 120 0.03
534 157 0.05
535 27 0.01
536 337 0.10
537 646 0.19
538 345 0.10
539 454 0.13
540 343 0.10
541 379 0.11
542 132 0.04
543 5 0.00
544 8 0.00
545 72 0.02
546 5 0.00
549 3 0.00
550 5 0.00
552 5 0.00
553 3 0.00
556 1 0.00
557 3 0.00
558 3 0.00
559 44 0.01
560 11 0.00
562 7 0.00
563 53 0.02
564 236 0.07
565 15 0.00
566 61 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (540 bp):
AATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTCAAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAACCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTAA
TTACTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT
TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
TATTAATATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCA
AATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACTGTTCTAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
AATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTTTGACTAT
TTGAATAATTATCTATTTCA
Found at i:314845 original size:200 final size:202
Alignment explanation
Indices: 314456--314855 Score: 481
Period size: 200 Copynumber: 2.0 Consensus size: 202
314446 TAGTTATGAC
* * *
314456 TATTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAAAGATTTGTTTC
1 TATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAAAGATTTATTTC
* * *
314521 AGTTTATATAAGCTTATCCAAATTAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCCAAAATTAATAAGT
66 AGTTCATACAAGCTTATCCAAATTAAAATAATACTAA-TTCTTAATATTTACAAAATTAATAAGT
* * *
314586 AAGAGTTTAAACAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
130 AAGAGTTTAAACAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTTGAAAAATT
*
314651 GTCTAAAT
195 ATCTAAAT
* * *
314659 TATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACA-A-TTATTT
1 TATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAA-AGATTTATTT
* * ** *
314722 CAGTTCATACAAGTTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAA-T-TTAATAATTTATTAATTTAATAA
65 CAGTTCATACAAGCTTA-TCCAAATTAAAATAATACTAATTCTTAAT-ATTTACAAAATTAATAA
* * * * * *
314784 GTAAGTGGTTTAAA-GAGTTAATTTGTTTACCGAATC-AATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAA
128 GTAAG-AGTTTAAACAAATAAATTTGTTTACC-AAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTTGAAA
314847 AATTATCTA
191 AATTATCTA
314856 TTTCAAATCA
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 24, Indels: 13
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
199 5 0.03
200 64 0.38
201 10 0.06
202 33 0.20
203 55 0.33
204 1 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (202 bp):
TATTTGAACAATTATATATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGACATAAAAAGATTTATTTC
AGTTCATACAAGCTTATCCAAATTAAAATAATACTAATTCTTAATATTTACAAAATTAATAAGTA
AGAGTTTAAACAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTCATGACCATTTGAAAAATTA
TCTAAAT
Found at i:315923 original size:360 final size:351
Alignment explanation
Indices: 314659--316803 Score: 1072
Period size: 361 Copynumber: 6.0 Consensus size: 351
314649 TTGTCTAAAT
* * * * * * * *
314659 TATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
1 TATTTGAACAACTATCTATTTAAAATTATTA-CACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT-A
* * * *
314724 -GTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAAT-A-ATTTATTAATTTAATAAGT
64 TGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATT-ATAA-T
* * * * * ** * * * * * * * *
314786 AAGTGGTTTAAAGAGTTAATTTGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTCATGTCCATTTGAAAAATT
126 AAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAATTAAAAAAATTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * *
314851 ATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAAT
191 ATCTATTTCAAATCTTTATTATCATTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTC-A-ACATACAAGAT
** * * * * * * *
314916 TATTCAAAATAAAATAATATTGACTTATTAACA-TTCTTAAAATTAATAAACAAGAGATTTGAAA
253 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-CAGAATTAGT----AAGAGATTT-AAA
* ** * * *
314980 AAA-TAATTCTATTTACTGAA-CAATTTCAAATAGTTATGAT
312 AAATTAA-TATATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATAAC
* * * * * * *
315020 TATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGA-ACTTTTAT-TT-TATAATAAGATAATTGTT
1 TATTTGAACAACTATCTATTTAAAAT---TATTACACTTTT-TGTTCTATCATAAAACAATTATT
* * * * *
315082 TCA-GTTCCTAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAA-T-TAA
62 T-ATGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTATAA
* * * * *
315144 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAGA-TAAAATAATTATGGCAATTCGAA-CA
125 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCA-ATTAAAAAAATTATGACTATTTGAATAA
*
315207 -TATCTATTTCAAAT-TGTTATTA-CATTTCGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTCAACATACA
189 TTATCTATTTCAAATCT-TTATTATCATTT-GTTTTGTCATAAAC-AA-T-TATTTCAACATACA
*
315269 AGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAA
249 AGATTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAA
* * *
315334 ATTAATATATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
314 ATTAATATATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAAC
* * * * *
315372 TATTTGAATAATTATCTATTTGAAATTGTTACAGCTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTAT
1 TATTTGAACAACTATCTATTTAAAATTATTACA-CTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTAT
*
315437 GTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTCATAACTA
65 GTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATT-ATAA-TA
* ** * ** * * * * * * *
315502 AAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTTCTGAACCAATTCAAACAGTTAAGATTATATGAATAATTA
127 AGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAATTAAAAAAATTATGACTATTTGAATAATTA
* *
315567 TCTATTTCAAATCTTTATTATCATTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTT
192 TCTATTTCAAATCTTTATTATCATTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTCAA--CATACAAGATT
* *
315632 ATTTGAAATAAAATGAA-AGTAATTTGTTAATATTTCCA-AATTGTATAAGTAAGAGATTTAAAA
254 ATTTGAAATAAAAT-AATACTAATTTATTAATATTTCCAGAA---T-T-AGTAAGAGATTTAAAA
* *
315695 AA-TAGTTTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAAC
313 AATTAATATATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAAC
* * * * * * *
315733 TATTTGAACAACTATCTATTTCAAAACTTATTAC-TTTTTTTTTTTGT-TTAAAACAATTGTTTT
1 TATTTGAACAACTATCTATTT-AAAA-TTATTACACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTA
* * *
315796 TGTTCATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAAT
64 TGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATT-AT-AAT
* * * * *
315861 AAGAGATTTAAAAAGTAAATTTATTTAGCAAATCATTTAAAAAAATTTTGACTATTTGAATAATT
126 AAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAATTAAAAAAATTATGACTATTTGAATAATT
* * * * ** * ** *
315926 ATCTATTTCAAATCATTATAATCTTTTCTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTCATATTA-TT
191 ATCTATTTCAAATCTTTATTATCATTTGTTTTGTCAT-AAACAATTATTTC-A-ACATACAAGAT
** * * * * *
315990 TCATTAAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAA
253 T-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAGAA-TTAGT----AAGAGATTTAAA
* * * **** * *
316054 AAATAAATCTAATTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AGAC
312 AAATTAATATATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATA-AC
*** ** * * * * * * * *
316094 TAAAAGAATGATTATCAATTTCAAATCATTATGAGCTTTTAT-TT-TGTTATAAAATAATT-TTT
1 TATTTGAACAACTATCTATTTAAAATTATTA-CA-CTTTT-TGTTCTATCATAAAACAATTATTT
* * ** * * * * * *
316156 TTGTTCATACAAGCTTATTTGAATTAGAAGAATACAAATTAAATAATATTTTAAAAA-T-TAATA
63 ATGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTATAATA
** *** * * * *** * * *
316219 AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAA-CTAGTTCATACGGTTAAGACTACTAGAATAATT
127 AGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATC-AATTAAAAAAATTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * *
316283 ACCTATTTCAAATCGTTT-TGA-CTTTTGTTTAGTCATAAGACAATTATTTCAGTTCTTACAAGC
191 ATCTATTTCAAATC-TTTATTATCATTTGTTTTGTCATAA-ACAATTATTTCA--ACATACAAGA
* * * ** * * * *
316346 TTATTCGAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAAATATATTTAAATAA
252 TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAGAATTAGT--AAGAGATTTAAA-AA
* * * *
316411 ATAAATCTATTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATTAC
314 ATTAATATATTTACCAAACCAA-TTCAAATAATTATAAC
* * * * * * * * *
316449 TATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T
1 TATTTGAACAACTATCTATTTAAAATTATTA-CACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTAT
* * * * * * *
316513 AGTTAATATAAGCTTATACAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-----CTA-AGTAAG
65 -GTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTATAATAAG
** * * * * * * * *
316572 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTGTTG-CTATTTGAACAACTAT
129 AGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAATTAAAAAAATT-ATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * **
316636 CTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTGATTATACAA-ACT
193 CTATTTCAAATCT-TTATTATCATTTGTTTTGTCAT-AAACAATT--ATTTCAACATACAAGA-T
* * * * * * *
316699 TATTCT-AAATAAAATAATA-AAATTTATTAACAATTCAAAAATTAATAAGGGATTTAAAAAA-T
253 TATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATT
* * * * * *
316761 AAGTCTATTCACCGAACCGATTCGAATAGTTATAAC
317 AA-TATATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAAC
316797 TATTTGA
1 TATTTGA
316804 GCAGTTATCA
Statistics
Matches: 1409, Mismatches: 287, Indels: 189
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
347 2 0.00
348 35 0.02
349 15 0.01
350 4 0.00
351 99 0.07
352 160 0.11
353 19 0.01
354 21 0.01
355 80 0.06
356 160 0.11
357 152 0.11
358 83 0.06
359 79 0.06
360 211 0.15
361 222 0.16
362 49 0.03
363 14 0.01
364 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (351 bp):
TATTTGAACAACTATCTATTTAAAATTATTACACTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTATG
TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTATAATAAGAG
ATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAATTAAAAAAATTATGACTATTTGAATAATTATCTA
TTTCAAATCTTTATTATCATTTGTTTTGTCATAAACAATTATTTCAACATACAAGATTATTTGAA
ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAGAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATATATTT
ACCAAACCAATTCAAATAATTATAAC
Found at i:317030 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 317015--317088 Score: 53
Period size: 7 Copynumber: 10.6 Consensus size: 7
317005 TGAAGGTTCA
*
317015 GGGTTCG
1 GGGTCCG
317022 GGGTCCG
1 GGGTCCG
317029 GGGTCCG
1 GGGTCCG
317036 GGGTCCG
1 GGGTCCG
* *
317043 GGCT-CA
1 GGGTCCG
*
317049 GGGTCTG
1 GGGTCCG
*
317056 GGGTCTG
1 GGGTCCG
*
317063 AGGGTCTG
1 -GGGTCCG
317071 GGGT-CG
1 GGGTCCG
*
317077 AGGGTCTG
1 -GGGTCCG
317085 GGGT
1 GGGT
317089 TTCGGGGTTT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 8, Indels: 8
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
6 5 0.09
7 42 0.76
8 8 0.15
ACGTcount: A:0.04, C:0.19, G:0.55, T:0.22
Consensus pattern (7 bp):
GGGTCCG
Found at i:317032 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 317015--317139 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 8.8 Consensus size: 14
317005 TGAAGGTTCA
317015 GGGTTCGGGGTCCG
1 GGGTTCGGGGTCCG
*
317029 GGGTCCGGGGTCC-
1 GGGTTCGGGGTCCG
* * *
317042 GGGCTCAGGGTCTG
1 GGGTTCGGGGTCCG
*
317056 GGG-TCTGAGGGTCTG
1 GGGTTC-G-GGGTCCG
*
317071 GGG-TCGAGGGTCTG
1 GGGTTCG-GGGTCCG
**
317085 GGGTTTCGGGGTTTAG
1 GGG-TTCGGGG-TCCG
* * * **
317101 GGTTTAGGGTTTAG
1 GGGTTCGGGGTCCG
*
317115 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTCGGGGTCCG
317129 GGGTTCGGGGT
1 GGGTTCGGGGT
317140 TTAGGGTTTA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 15, Indels: 12
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.12
14 52 0.58
15 20 0.22
16 7 0.08
ACGTcount: A:0.05, C:0.14, G:0.54, T:0.27
Consensus pattern (14 bp):
GGGTTCGGGGTCCG
Found at i:317068 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 317022--317088 Score: 75
Period size: 14 Copynumber: 4.8 Consensus size: 14
317012 TCAGGGTTCG
*
317022 GGGTCCGGGGTCCG-
1 GGGTCTGGGGT-CGA
* *
317036 GGGTCCGGGCTC-A
1 GGGTCTGGGGTCGA
317049 GGGTCTGGGGTCTGA
1 GGGTCTGGGGTC-GA
317064 GGGTCTGGGGTCGA
1 GGGTCTGGGGTCGA
317078 GGGTCTGGGGT
1 GGGTCTGGGGT
317089 TTCGGGGTTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 3, Indels: 6
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.23
14 23 0.49
15 13 0.28
ACGTcount: A:0.04, C:0.19, G:0.55, T:0.21
Consensus pattern (14 bp):
GGGTCTGGGGTCGA
Found at i:317095 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 317056--317139 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 3.9 Consensus size: 22
317046 TCAGGGTCTG
*
317056 GGGTCTGAGGGTCT-GGGGTCGA
1 GGGTCTG-GGGTTTCGGGGTCGA
**
317078 GGGTCTGGGGTTTCGGGGTTTA
1 GGGTCTGGGGTTTCGGGGTCGA
* * *
317100 GGGTTTAGGGTTTAGGGGTTCG-
1 GGGTCTGGGGTTTCGGGG-TCGA
317122 GGGT-TCGGGG-TTCGGGGT
1 GGGTCT-GGGGTTTCGGGGT
317140 TTAGGGTTTA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 10, Indels: 8
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.02
21 12 0.24
22 35 0.71
23 1 0.02
ACGTcount: A:0.06, C:0.10, G:0.54, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
GGGTCTGGGGTTTCGGGGTCGA
Found at i:317103 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 317093--321909 Score: 9334
Period size: 7 Copynumber: 688.3 Consensus size: 7
317083 TGGGGTTTCG
317093 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317100 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317107 GGGTTTA
1 GGGTTTA
**
317114 GGGGTTCG
1 -GGGTTTA
**
317122 GGGTTCG
1 GGGTTTA
**
317129 GGGTTCG
1 GGGTTTA
317136 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317143 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317150 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317157 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317164 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317171 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
317179 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317186 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
317193 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317200 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317207 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317214 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317221 GGGTTTG
1 GGGTTTA
317228 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
317234 GGG-TTG
1 GGGTTTA
*
317240 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317247 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317254 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317261 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317268 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317275 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317282 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317289 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317296 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317303 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317310 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317317 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317324 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317331 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317338 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317345 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
317352 GGGTTTG
1 GGGTTTA
317359 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317366 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317373 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317380 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317387 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317394 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317401 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317408 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317415 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317422 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317429 GGG-TTA
1 GGGTTTA
317435 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317442 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317449 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317456 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317463 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317470 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317477 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317484 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317491 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317498 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317505 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317512 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317519 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317526 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317533 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317540 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317547 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317554 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317561 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317568 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317575 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317582 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317589 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317596 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317603 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317610 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317617 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317624 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317631 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317638 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317645 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317652 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317659 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317666 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317673 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317680 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317687 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317694 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317701 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317708 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317715 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317722 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317729 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317736 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317743 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317750 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317757 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317764 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317771 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317778 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317785 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317792 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317799 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317806 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317813 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317820 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317827 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317834 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317841 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317848 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317855 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317862 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317869 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317876 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317883 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317890 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317897 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317904 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317911 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317918 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317925 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317932 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317939 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317946 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317953 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317960 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317967 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317974 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317981 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317988 GGGTTTA
1 GGGTTTA
317995 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318002 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318009 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318016 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318023 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318030 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318037 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318044 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318051 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318058 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318065 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318072 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318079 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318086 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318093 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318100 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318107 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318114 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318121 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318128 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318135 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318142 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318149 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318156 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318163 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318170 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318177 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318184 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318191 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318198 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318205 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318212 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318219 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318226 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318233 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318240 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318247 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318254 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318261 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318268 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318275 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318282 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318289 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318296 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318303 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318310 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318317 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318324 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318331 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318338 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318345 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318352 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318359 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318366 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318373 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318380 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318387 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318394 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318401 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318408 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318415 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318422 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318429 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318436 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318443 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318450 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318457 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318464 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318471 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318478 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318485 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318492 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318499 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318506 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318513 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318520 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318527 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318534 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318541 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318548 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318555 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318562 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318569 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318576 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318583 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318590 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318597 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318604 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318611 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318618 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318625 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318632 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318639 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318646 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318653 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318660 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318667 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318674 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318681 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318688 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318695 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318702 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318709 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318716 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318723 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318730 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318737 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318744 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318751 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318758 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318765 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318772 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318779 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318786 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318793 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318800 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318807 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318814 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318821 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318828 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318835 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318842 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318849 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318856 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318863 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318870 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318877 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318884 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318891 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318898 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318905 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318912 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318919 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318926 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318933 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318940 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318947 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318954 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318961 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318968 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318975 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318982 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318989 GGGTTTA
1 GGGTTTA
318996 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319003 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319010 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319017 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319024 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319031 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319038 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319045 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319052 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319059 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319066 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319073 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319080 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319087 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319094 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319101 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319108 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319115 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319122 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319129 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319136 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319143 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319150 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319157 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319164 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319171 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319178 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319185 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319192 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319199 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319206 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319213 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319220 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319227 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319234 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319241 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319248 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319255 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319262 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319269 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319276 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319283 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319290 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319297 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319304 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319311 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319318 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319325 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319332 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319339 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319346 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319353 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319360 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319367 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319374 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319381 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319388 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319395 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319402 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319409 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319416 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319423 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319430 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319437 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319444 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319451 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319458 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319465 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319472 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319479 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319486 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319493 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319500 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319507 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319514 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319521 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319528 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319535 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319542 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319549 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319556 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319563 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319570 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319577 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319584 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319591 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319598 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319605 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319612 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319619 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319626 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319633 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319640 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319647 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319654 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319661 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319668 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319675 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319682 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319689 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319696 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319703 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319710 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319717 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319724 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319731 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319738 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319745 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319752 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319759 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319766 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319773 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319780 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319787 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319794 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319801 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319808 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319815 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319822 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319829 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319836 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319843 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319850 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319857 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319864 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319871 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319878 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319885 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319892 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319899 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319906 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319913 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319920 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319927 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319934 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319941 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319948 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319955 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319962 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319969 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319976 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319983 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319990 GGGTTTA
1 GGGTTTA
319997 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320004 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320011 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320018 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320025 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320032 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320039 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320046 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320053 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320060 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320067 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320074 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320081 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320088 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320095 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320102 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320109 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320116 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320123 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320130 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320137 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320158 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320165 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320172 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320179 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320186 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320193 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320200 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320207 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320214 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320221 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320228 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320235 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320242 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320249 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320256 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320263 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320270 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320277 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320284 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320291 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320298 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320305 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320312 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320319 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320326 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320333 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320340 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320347 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320354 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320361 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320368 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320375 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320382 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320389 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320396 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320403 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320410 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320417 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320424 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320431 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320438 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320445 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320452 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320459 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320466 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320473 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320480 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320487 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320494 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320501 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320508 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320515 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320522 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320529 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320536 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320543 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320550 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320557 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320564 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320571 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320578 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320585 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320592 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320599 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320606 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320613 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320620 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320627 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320634 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320641 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320648 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320655 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320662 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320669 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320676 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320683 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320690 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320697 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320704 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320711 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320718 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320725 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320732 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320739 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320746 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320753 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320760 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320767 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320774 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320781 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320788 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320795 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320802 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320809 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320816 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320823 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320830 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320837 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320844 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320851 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320858 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320865 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320872 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320879 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320886 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320893 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320900 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320907 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320914 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320921 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320928 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320935 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320942 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320949 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320956 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320963 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320970 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320977 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320984 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320991 GGGTTTA
1 GGGTTTA
320998 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321005 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321012 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321019 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321026 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321033 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321040 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321047 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321054 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321061 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321068 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321075 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321082 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321089 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321096 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321103 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321110 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321117 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321124 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321131 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321138 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321145 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321152 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321159 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321166 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321173 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321180 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321187 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321194 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321201 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321208 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321215 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321222 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321229 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321236 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321243 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321250 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321257 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321264 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321271 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321278 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321285 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321292 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321299 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321306 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321313 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321320 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321327 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321334 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321341 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321348 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321355 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321362 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321369 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321376 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321383 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321390 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321397 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321404 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321411 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321418 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321425 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321432 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321439 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321446 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321453 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321460 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321467 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321474 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321481 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321488 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321495 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321502 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321509 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321516 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321523 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321530 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321537 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321544 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321551 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321558 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321565 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321572 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321579 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321586 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321593 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321600 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321607 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321614 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321621 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321628 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321635 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321642 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321649 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321656 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321663 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321670 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321677 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321684 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321691 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321698 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321705 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321712 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321719 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321726 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321733 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321740 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321747 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321754 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321761 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321768 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321775 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321782 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321789 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321796 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321803 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321810 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321817 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321824 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321831 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321838 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321845 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321852 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321859 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321866 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321873 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321880 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321887 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321894 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321901 GGGTTTA
1 GGGTTTA
321908 GG
1 GG
Statistics
Matches: 4799, Mismatches: 6, Indels: 10
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 2 0.00
6 12 0.00
7 4773 0.99
8 12 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.00, G:0.43, T:0.43
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Done.