genome.fa.s325.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168150.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_391, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  29294

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151--197	19	2.4	19	77	22	53	46	0	2	51	1.13
282--349	23	2.8	24	80	17	86	44	4	2	48	1.38
468--513	20	2.3	20	85	7	58	47	2	2	47	1.26
570--623	27	1.9	29	81	7	67	46	3	3	46	1.38
726--802	26	3.0	25	76	12	75	50	0	2	46	1.15
751--804	22	2.5	22	77	17	58	50	0	1	48	1.11
1174--1222	21	2.3	20	82	6	53	57	4	2	36	1.30
1316--1378	18	3.3	20	70	17	62	46	0	0	53	1.00
1281--1369	29	2.9	28	72	20	72	42	1	1	55	1.14
1834--1903	21	3.2	21	72	21	63	45	7	5	41	1.55
3132--3175	18	2.4	18	84	0	61	54	2	0	43	1.12
5095--5145	18	2.8	19	77	11	54	45	0	0	54	0.99
5427--5536	7	14.6	8	65	25	53	51	0	0	47	1.06
5426--5473	24	2.0	24	84	8	62	52	2	0	45	1.12
5461--5524	25	2.6	25	85	9	78	51	0	0	48	1.00
5433--5542	18	6.0	18	70	21	77	52	0	0	47	1.00
5440--5657	6	35.7	6	64	23	64	51	1	1	45	1.18
5586--5625	9	4.2	10	79	20	50	52	0	0	47	1.00
5461--5654	24	8.0	24	68	20	73	51	1	1	45	1.20
5734--5823	3	29.7	3	80	6	101	36	0	2	61	1.09
5849--5892	4	10.0	4	81	18	52	52	2	0	45	1.13
5855--5892	14	2.7	14	84	11	51	52	2	0	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5878--5958	21	3.9	21	71	21	64	46	2	1	49	1.23
5928--5994	13	5.6	12	76	13	50	47	0	0	52	1.00
5902--5992	36	2.5	35	77	12	94	47	1	1	50	1.15
5922--5974	20	2.8	18	81	15	63	45	0	0	54	0.99
5924--5987	19	3.4	19	73	18	62	46	0	0	53	1.00
6131--6164	16	2.1	17	88	5	52	50	0	2	47	1.16
6223--6271	24	2.0	24	85	14	66	46	0	2	51	1.12
6501--6556	19	3.0	18	84	12	69	66	1	0	32	1.03
6501--6553	9	5.7	9	77	6	52	66	1	0	32	1.03
7199--7238	15	2.7	16	85	14	59	55	0	0	45	0.99
7213--7282	24	3.1	24	78	8	69	48	1	0	50	1.09
7423--7523	24	4.0	23	70	20	60	48	0	3	47	1.20
7996--8044	6	8.2	6	84	8	64	63	0	0	36	0.95
8206--8247	19	2.2	20	86	4	59	50	2	2	45	1.27
8313--8355	12	3.5	12	78	6	50	48	0	0	51	1.00
8306--8388	23	3.7	23	73	12	73	51	0	1	46	1.08
8496--8611	11	9.6	13	69	16	56	48	0	0	50	1.13
8522--8630	33	3.1	34	78	12	98	48	0	0	50	1.07
8578--8618	8	5.2	8	80	14	50	51	0	0	48	1.00
8548--8607	15	3.9	15	75	14	59	48	0	0	51	1.00
8578--8630	23	2.3	23	84	15	65	49	0	1	49	1.12
8668--8710	17	2.4	18	85	14	54	58	2	0	39	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8872--8925	21	2.5	21	76	14	56	50	3	1	44	1.30
9042--9074	15	2.2	15	89	10	50	48	0	9	42	1.35
9100--9168	32	2.0	33	83	10	86	43	4	2	49	1.37
9473--9502	6	5.0	6	91	0	51	80	0	3	16	0.85
9716--9756	11	3.8	11	81	15	50	12	12	0	75	1.05
9732--9763	9	3.7	9	95	4	57	9	6	0	84	0.78
10028--10168	43	3.2	43	75	15	160	31	17	12	38	1.87
10212--10299	46	1.9	46	88	4	133	32	13	9	44	1.75
10216--10391	71	2.5	70	82	5	216	34	10	9	46	1.71
10312--10391	21	3.6	21	76	12	79	36	10	10	43	1.72
10290--10393	46	2.3	46	87	0	154	33	9	9	47	1.69
10219--10374	25	6.6	25	70	14	116	32	10	10	46	1.71
10791--11351	63	8.9	62	79	9	263	28	26	10	34	1.90
10783--11350	126	4.5	125	79	7	533	28	25	10	35	1.89
10851--11351	250	2.0	252	85	3	688	28	26	10	34	1.89
12522--12567	16	2.6	17	83	10	58	4	17	2	76	1.06
12522--12557	17	2.2	17	90	5	56	2	16	0	80	0.83
15619--15671	6	9.0	6	79	4	63	15	5	1	77	1.04
15619--15671	12	4.5	11	86	6	70	15	5	1	77	1.04
16411--16825	63	6.6	63	81	7	412	34	10	26	27	1.90
16411--16894	125	3.8	124	76	8	340	34	11	26	27	1.90
16388--16893	190	2.7	187	84	4	642	35	10	26	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17235--17311	21	3.5	21	80	13	91	42	6	16	33	1.74
17860--17916	5	10.3	6	75	21	54	50	1	0	47	1.11
17847--17943	31	3.3	28	77	16	83	50	1	2	46	1.20
17833--18011	9	20.0	9	69	19	76	47	0	2	49	1.20
17973--18029	4	14.5	4	77	15	57	52	1	0	45	1.11
19527--19579	12	4.3	13	75	20	51	47	0	1	50	1.12
19621--19708	20	4.5	19	74	16	72	53	1	1	44	1.15
19649--19706	14	4.5	13	77	16	59	55	1	0	43	1.10
19643--19697	17	3.2	17	80	14	69	56	1	0	41	1.10
19643--19706	17	3.8	15	79	20	65	56	1	0	42	1.09
19649--19728	25	3.2	25	80	8	83	53	1	0	45	1.08
19750--19787	17	2.2	18	85	4	51	36	0	0	63	0.95
19851--19884	16	2.2	15	94	5	59	55	0	0	44	0.99
20251--21157	356	2.5	358	81	7	932	39	8	9	42	1.66
20215--21146	181	5.2	180	77	7	804	40	8	9	42	1.67
20933--21342	214	1.9	214	92	3	684	40	8	8	41	1.66
21869--21913	21	2.2	20	84	11	56	48	0	2	48	1.13
21875--21934	21	3.0	20	77	17	54	48	0	0	51	1.00
22551--22587	18	2.1	18	90	5	58	43	0	2	54	1.14
22950--23052	32	3.2	32	71	17	88	46	3	1	47	1.32
23376--23452	6	13.0	6	71	17	54	45	2	1	50	1.23
24028--24079	20	2.9	17	74	17	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24388--27292	712	4.1	711	78	8	2655	39	8	9	41	1.68
24388--27292	181	16.2	179	76	7	2112	39	8	9	41	1.68
24384--27291	539	5.4	535	77	8	1975	39	8	9	41	1.68
28191--28249	21	2.7	22	78	17	61	54	3	0	42	1.17
28205--28275	36	2.0	36	83	10	92	49	2	0	47	1.16
28388--28439	18	2.9	18	72	13	54	50	1	1	46	1.23
28419--28469	23	2.3	22	82	3	66	47	0	0	52	1.00
28611--28692	37	2.3	36	81	10	89	46	2	1	50	1.22
28674--28731	17	3.4	17	75	15	57	56	0	0	43	0.99
28753--28811	19	3.2	18	77	15	66	47	1	6	44	1.39
29163--29210	17	2.6	19	78	18	57	43	2	6	47	1.40

Tables:   1

The End!