Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168157.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_398, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:374 original size:182 final size:181
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Indices: 131--717 Score: 671
Period size: 182 Copynumber: 3.2 Consensus size: 181
121 GATTAGGTAA
* * *
131 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
* * *
196 AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTC
66 AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-
* * * * * *
261 A-TTTTATTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATG
130 AGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAAA-TTGTTTTATG
* * * **
314 ACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
* * * * * * * * * * *
378 AGCTCGGCAAACA-AATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATATTATTAGATT
66 AGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * *
442 AGTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAAAAAAAATAATTGTTTTATG
130 AGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-AATTGTTTTATG
* * * * * * *
495 ACAAACCAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
* * *
560 AGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
66 AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
*
625 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC--ATTGTTTTATG
131 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAAATTGTTTTATG
* *
676 ATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTC
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTC
718 TAAACCACTT
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 67, Indels: 16
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
181 71 0.22
182 244 0.74
183 12 0.04
184 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACT
AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAACAAATTGTTTTATG
Found at i:968 original size:170 final size:165
Alignment explanation
Indices: 555--1232 Score: 483
Period size: 164 Copynumber: 4.0 Consensus size: 165
545 ATAACTATTT
* * * *
555 GAATTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
620 AATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAATCATTGTTTTATGATAAAACAA
66 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATTATTTTATAATAAAACAA
* *
685 AAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCTA
131 AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
** * **** * * *
720 -AACCACTTCAACAAACAA-TTTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAT
1 GAATTAGTTTGGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTTGAAATATTAA
* *
782 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAA-CAATTATTTTATAATAAAG
64 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATC-ATTATTTTATAATAAAA
* *
846 CGAAAGGTTATAA-AATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAATA
128 CAAAAGGTCATAATAA-TTTGAAATAGATAATTGTTC----TA
* * * * *
888 GGAATTGGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAACATTAAC
1 -GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * * * *
953 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-A-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
65 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TATATGAACTGAAATC-ATTATTTTATAATAAAA
** * * *
1015 CAAAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAATGCCCA
128 CAAAA-GGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC---T----A
* * * * * * *
1061 TAATTA-TTTGAACCAATTTGACAAACTGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGA
1 GAATTAGTTTG-------GT-A-AAA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGA
* * * * * * * **
1125 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTAT
56 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATTATTTTAT
* * * *
1190 GATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTC
121 AATAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC
1233 AAACAGTCAT
Statistics
Matches: 396, Mismatches: 84, Indels: 50
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.01
164 123 0.31
165 9 0.02
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169 37 0.09
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171 6 0.02
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179 1 0.00
180 3 0.01
181 88 0.22
182 24 0.06
183 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (165 bp):
GAATTAGTTTGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAATCATTATTTTATAATAAAACAA
AAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCTA
Found at i:1229 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 910--1235 Score: 388
Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
900 GTAAAAAGAT
* * * *
910 TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAACATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTGTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAACATTAACAAAGTAATATTATTTTATATCA
* * ** *
975 AATAGGTGTGTATGATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTCATAACAATTTGAACT
66 AATAGCTGTGTATGATAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAATGGTCATAACAATTTGAAAT
1040 AAATAATTGTTCAAATGCCCATAATTATTTGAACCAATTTGACAAACTGAC
131 AAATAATTGTTCAAATGCCCATAATTATTTGAACCAATTTGACAAACTGAC
* * * *
1091 TTATTTTGTAAATCT-CTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATC
1 TTATTTTGTAAATCTCCT-ACTTATAAATGTTTGAAACATTAACAAAGTAATATTATTTTATATC
* *** * * *** *
1155 AAATAAGCT-TTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAACAAAA-GGTCATATTTATTTTA
65 AAAT-AGCTGTGTATG-ATAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAATGGTCATAACAATTTGA
*
1218 AATAGATAATTGTTCAAA
128 AATAAATAATTGTTCAAA
1236 CAGTCATAAC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 24, Indels: 6
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.02
181 88 0.75
182 28 0.24
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTATTTTGTAAATCTCCTACTTATAAATGTTTGAAACATTAACAAAGTAATATTATTTTATATCA
AATAGCTGTGTATGATAAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAATGGTCATAACAATTTGAAAT
AAATAATTGTTCAAATGCCCATAATTATTTGAACCAATTTGACAAACTGAC
Found at i:1647 original size:140 final size:138
Alignment explanation
Indices: 1459--1714 Score: 300
Period size: 140 Copynumber: 1.8 Consensus size: 138
1449 CACATTTATA
* ** *
1459 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTAC-TCCGAATAAGCT
1 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACCAATATTTT-CTTCCGAATAAGCT
* *
1523 TGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAA-GATCATAATAATTTGAATTGGTTCAAT
65 TGTATGAAT--AAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAATG-TCATAACAATTTGAATTGGTTCAAT
1587 AAACAGATTAGT
127 AAACAGATTAGT
* * ** * ** **
1599 TTTTGAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTT
1 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACCAATATTTTCTTCCGAATAAGCTT
* * *
1664 GTATGAATCAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAA
66 GTATGAATAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAA
1715 ACAAATGATA
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 18, Indels: 6
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
138 36 0.38
139 2 0.02
140 58 0.60
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (138 bp):
TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTAAAATATTAAAAAATTACCAATATTTTCTTCCGAATAAGCTT
GTATGAATAAACAATTGCTTTATGACAAAAAAAATGTCATAACAATTTGAATTGGTTCAATAAAC
AGATTAGT
Found at i:2210 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 1609--4909 Score: 2182
Period size: 181 Copynumber: 18.5 Consensus size: 180
1599 TTTTGAATCT
* * * * * **
1609 CTTATTAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * ** * * * * *
1673 --AATAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTCATAACAATTTGAAACAAATGATAGTTCAAATGG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ***
1735 AT-ATGACTATTTGATCTTATTC-AATTAACAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
130 -TCATAACTATTTGAACTTGTTCGAA--AACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * *
1786 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAAATTGTATAAAT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * *
1849 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
1914 GTCACAACTATTTAAACTCTTTTAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACT-TGTTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * ** *
1967 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
2032 AAAAAATTGATTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
2097 CATAATTATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
2147 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
2211 TAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
65 AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
2275 GTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
2328 CTCATTAATTTTTGGAAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAACATATATGAAC
1 CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
2392 TAAAACAATTGTTTTATTATAAAA-AAAGAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAAT
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
2456 AGTCATGACTATTTGAATTTGTTTGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
2510 CTTATTAATTGTTGAAATACTAATAAATTAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * *
2574 AAAACAATTCTTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * * *
2638 ATCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
*
2691 CTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTCTATGAA
1 CTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA
* ** * * * * *
2753 TAGAAAA-AATCATTTTATGACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGA
63 CA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTGTTCA
* * *
2816 AATAG-----AC-A----AACTTGTTCAGTAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTA
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * **
2862 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * ** *
2927 AAATAATATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATA
66 AAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATA
** ** * * * * ** *
2991 ACCACGACTGTTTGATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAATTTTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
3044 GTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATAAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * ** * * * ** *
3109 AAACTATTATTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGGAAGAAATAATTGCTGAAAATTG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAG
* * * * *
3173 TCATAACTTTTTGAAGTGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-AAACAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
3222 CTTATTAA-TTTTG-AATATTAGTATATTAGTATT-TTTT-TTCCAAAAAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * ** *
3283 AAACATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATATT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
3348 CATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTGTTTTTTAAATCCTTTA
131 CATAACTATTTGAACTTGTT-CGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * * **
3399 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAACTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *
3463 GAAA-AATTATTTTATGGCAAAATAAAA-G------TGATTCGAAATAGATAATTGTTCATATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
3520 TCTTAACTATTGGAA-TTAGTTCGGCAAAGAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTT-GTTC-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
3572 GTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAACTTGTATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * * * *
3635 AAAATAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTAGAAGTATACAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
3700 TTATAATTATTT-AAATTGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATA
130 TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
3752 CTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTTGTATGATA-
1 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-AC
* ** * * ** *
3814 AAAAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAATGTAATAACAATTTTTGAAATAGATAATTGTTGAAA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * * ** **
3878 TGGCCATAATTATTTGAA-ATGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTTAAATCACTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCGAAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA
* * *
3934 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATT-T---TGAA--TTGTGTGAAT
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTATGAAC
** * * * **
3991 TGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCGTATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * *
4056 GTCTTAATTGTTTAAAC-TGCTTTGACAAACAGATTTTATTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-AAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * **
4110 GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGTACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * *
4175 AAA-AATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA-AGTAA-TGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAG
* * * * **
4237 ---GAACTA-AT--A-TAG-T---AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
130 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * * * * * **
4277 CCAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGATTAGGCTTATATG-ATGA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** * * **
4340 AAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAA-AG
66 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * *
4403 GCAATAATTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGACTTATTTTTTAAAT-TTCTAA
130 TC-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
* * * * * * * **
4456 CTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAACTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * *
4521 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
4585 CATAACTATTTAAACTTACTCCGTAAACAGATTTATTTTCTTAAAT-TTTTT
131 CATAACTATTTGAACTT-GTTCGAAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTTTTA
** *
4636 GGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAC
1 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
4699 TAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAAT
64 -AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
4764 AATCTTAACTATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
4818 CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAACA
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACA
4882 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
4910 ATCTTAACAA
Statistics
Matches: 2454, Mismatches: 529, Indels: 278
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 4 0.00
166 70 0.03
167 46 0.02
168 6 0.00
169 2 0.00
170 10 0.00
171 82 0.03
172 71 0.03
173 123 0.05
174 70 0.03
175 37 0.02
176 100 0.04
177 109 0.04
178 28 0.01
179 96 0.04
180 519 0.21
181 690 0.28
182 388 0.16
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:2820 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2798--2831 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
2788 TAGTAGTTTC
*
2798 AAATAGATAAA-TTGTTG
1 AAATAGACAAACTTGTTG
2815 AAATAGACAAACTTGTT
1 AAATAGACAAACTTGTT
2832 CAGTAAACAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.67
18 5 0.33
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGACAAACTTGTTG
Found at i:3651 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 3324--3651 Score: 383
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
3314 ATAACAATTT
* * * * *
3324 GAAATAGATAATTGTTCAAATATTCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTGTTTTTT
1 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTAGTTAAGCAAACAAAATTATTTTTT
* *
3389 AAATCCTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTATGAATAAACTA
66 AAATCCTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTACGAATAAACTA
***
3454 GTATGAATTGAAAAATTATTTTATGGCAAAATAAAAGTGATTC
131 GTATGAACAAAAAAATTATTTTATGGCAAAATAAAAGTGATTC
* * * ** * *
3497 GAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTGGAATTAGTTCGGCAAAGAAATTTATTTTTT
1 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTAGTTAAGCAAACAAAATTATTTTTT
** * * * *
3562 AAAT-CTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATT-AGTATTATTTTATT-CGAATAAAC
66 AAATCCT-TTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTATTACGAATAAAC
* *
3624 TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
129 TAGTATGAACAAAAA-AATTATTTTATG
3652 ACAGAACACA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 25, Indels: 6
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
172 22 0.17
173 105 0.83
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (173 bp):
GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGGAACTAGTTAAGCAAACAAAATTATTTTTT
AAATCCTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTACGAATAAACTA
GTATGAACAAAAAAATTATTTTATGGCAAAATAAAAGTGATTC
Found at i:4378 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 4090--4392 Score: 407
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
4080 ACAAACAGAT
* *** *
4090 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCT
1 TTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * *
4155 GAATATGCTTATATGTACTGAAAAATTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
66 GAATAGGCTTATATGTACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
*
4220 AAGTAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAATAGA
131 AAATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAATAGA
* *
4257 TTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * *
4321 GATTAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGTTTGTAATGATTTGA
66 GAATAGGCTTATATGTACTG-AAA--AATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
4383 AATAAATAAT
128 AATAAATAAT
4393 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 16, Indels: 7
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.02
165 4 0.03
166 70 0.60
167 41 0.35
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (167 bp):
TTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
GAATAGGCTTATATGTACTGAAAAATTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT
AAATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAATAGA
Found at i:4397 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4372--4418 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
4362 CAAAAGTTTG
* *
4372 TAATGATTTGAAA-TAAA
1 TAATTATTTGAAAGGAAA
*
4389 TAATTATTTGAAAGGCAA
1 TAATTATTTGAAAGGAAA
4407 TAATTATTTGAA
1 TAATTATTTGAA
4419 TCGATTTGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.46
18 14 0.54
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
TAATTATTTGAAAGGAAA
Found at i:5242 original size:322 final size:323
Alignment explanation
Indices: 4638--5243 Score: 722
Period size: 322 Copynumber: 1.9 Consensus size: 323
4628 AATTTTTTGG
* *
4638 TATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
1 TATTAATTTTTTGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
* * * * *
4703 AAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATC
66 AAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAATAATC
* * * * **
4768 TTAACTATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG
131 ATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAG
* * ** *
4833 AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAACAAAAACAATTGTTTTAT
196 AATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
**
4898 GACAAAACAAAAATCTTAACAATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
261 GACAAAACAAAAATAATAACAATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
* **
4961 TATTAA-TTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAA-TA
1 TATTAATTTTTTG-AATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA
**** * * * * * *
5023 AGGGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGA
64 AAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAAT-A
* **
5088 A-CATGACTATTTGAACTTGTTCGATTAACAAATTTATTCTTTT-AATCTCCAACTTATTAATTT
128 ATCATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTTATT-TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTT
* * ** * * *
5151 TTAGAATATTAAT-ATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAACAATTGT
192 TTAGAATATTAATAAT-TTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAACAATTGT
5214 TTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATT
256 TTTATGACAAAACAAAA-ATAATAACAATT
5244 AGAAATAAAT
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 43, Indels: 13
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
321 29 0.12
322 155 0.66
323 50 0.21
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (323 bp):
TATTAATTTTTTGAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAA
AAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAATAATC
ATAACTATTTGAACTTGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAG
AATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAAATTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAATAATAACAATTTGAACTGGTTCGATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCT
Found at i:5304 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 4959--8309 Score: 1956
Period size: 181 Copynumber: 18.7 Consensus size: 177
4949 TTTTAAATCT
* * **
4959 CTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT-
** * * * * *
5023 AGGGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAATG-TCATAACGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAAT-
63 AGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * **
5086 GAACATGACTATTTGAACTTGTTCGATTAACAAATTTATTCTTTTAATCTCCAA
127 G-TCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATAAATTTATT-TTTTAATCTCTTA
* * **
5140 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * *
5205 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
5270 ATAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 ATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AATCTCTTA
* * * * * * * *
5320 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTATTATTATTTTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * ** * *
5385 GAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATA
64 G-AACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
5450 GTTACAACTA-TTCAAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
127 GTCATAACTATTTGAACT-TG-TTGGTAAATAAATTTATTTTT-TAATCTCTTA
* *
5502 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
5566 AAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 GAA-CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
5631 TCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCA-TTTTTAATTCTCTTA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAA-TCTCTTA
* ** * * *
5682 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACT-
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * ** * * **
5746 GAAACAATCATTTTATTG-CAAAACAAAA-AGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAAT
64 G-AACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
5809 AGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
126 AGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATAAATTTATTTTTT-AATCTCTTA
* * * *
5863 CTTATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTATATAAGCTTATAT-AAT
1 CTTATTAATTT-TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * *
5925 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATAATTTAAAATAAAAAAATT-TTCAA
63 --AGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAA
** * * * * *
5988 ATAGTCATAAAGATTTGAATTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA
124 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATAAATTTATTTTTT-AATCTCTTA
* * *
6044 CTTATTAA---TTG--TA--AAT---TT-GTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATAAATATA
1 CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA-G
* * * * * * * * * * * *
6098 AAAAATCATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGTT
65 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * *
6163 ATAATTATTT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTA
130 ATAACTATTTGA-ACTTGTT-GGTAAATAAATTTATTTTTT-AATCTCTTA
* ** * * ** * *
6213 ATTATTAATTTTCAAAACATTAATAACA-TAGTATTAATTTATTTCAAATAATTTTATATGAATT
1 CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * *
6277 GAAATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACAGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATA
64 G-AACA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** * ** * *
6342 GTCATGACTATTTGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAATTTTTTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAAATTTATTTTTTAATCTCTTA
*** * *
6394 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * **
6459 AAACTATTATTTTATGATAGATA-AAAAG-CCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAG
65 -AACAATTATTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
6522 TTATAACTATTTGAACTGGTTTGATAAATAAATTTATTTTTTAA-ATCTT-
128 TCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAAATTTATTTTTTAATCTCTTA
* * ** * * * * *
6571 -TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACA-
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * ** * **
6634 AAAATATTTATTTCACAACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AACA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
6699 TCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAA-TTACTTTTTAAATCTCTTA
128 TCATAACTATTTGAACTTGTT-GGTAAATA-AATTTA-TTTTTTAATCTCTTA
* * *
6751 CCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAT-TATGAA
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT-TGTATGAA
* * * * * * *
6813 TTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAAC---A-A--A-AACAATTTAAAATAGATAATTGCTCATAT
62 TAG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
6871 AGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
126 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AATCTCTTA
* * * * * *
6925 GTTATTAAGTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAA-ATAGCTTGGATGAACA
1 CTTATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAA-T
* * * * * * * ** * * *
6989 AAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG
63 AGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
7054 TCATAACTATTTTAACTAAT-TTGGTAAATGGATTTATTTTGTAAATCTCTTA
128 TCATAACTATTTGAACT--TGTTGGTAAATAAATTTATTTT-TTAATCTCTTA
* ** * * *
7106 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * * * * ** * * * *
7170 AAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGC
64 GAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
7235 CATAATTATTTGAAC-TGACTTGGTAAACAGATTGACTTTTTAAATCACTTA
129 CATAACTATTTGAACTTG--TTGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAATCTCTTA
* * ** ** *
7286 ATTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTA
1 CTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * ** *** * * *
7351 AAACAATTATTTTGTGACAAAACGAAAGGTCAGAATGATTTTCGATAGACAACTGTTTAAATAGT
64 GAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * *
7416 CATAACTATTTGTATTTGTTTGGTAAAAAAAATTATTTTTTTAAACTCTTG
129 CATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAATCTCTTA
* * * * ****
7467 TTTATTAATTTTCGAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGTTAAGCTAT-TATGAACT
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAA-T
* * * ** * *
7531 -GAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-ATTAATTTTTCAAAT
63 AG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAAT
* *** ** * * * *
7594 AGTCATAACTATTTGAATTTGTCCAATAAATGGATTTCTTTTTTCAAATATTTTG
126 AGTCATAACTATTTGAACTTGT-TGGTAAATAAATTTATTTTTT--AATCTCTTA
* * ** * *
7649 CTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATACCAAATAAGCATGTAAG-ATA
1 CTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * ** * *
7712 TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAATTATT-ATAAT
64 -G-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AAT
** * * ** *
7776 AGTTTTAACTATTTAAACTGGTTTGACAAATAAATTTCTTTTTTAA--TC-T-
126 AGTCATAACTATTTGAACTTG-TTGGTAAATAAATTTATTTTTTAATCTCTTA
* * ** * *
7825 CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATC
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * * * * * * * *
7888 AGAAATAATTGTTTTCTAACAAAGC-AATGACCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTTAAAT
63 AG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
7951 AGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
126 AGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AATCTCTTA
** **
8005 CTTCCTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGGTCAA
1 CTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-G--AA
* * * * * *
8070 -A-AACAATTATTTTATGA-TAAA-AAAAGGTTATAACGATTTGAAACAGATAATCGTTCAAAT-
62 TAGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
8130 GACAATAATTACTTT-AA-TTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATTTTTTT
127 GTC-ATAACTA-TTTGAACTTG-TT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAATCTCTTA
* * * *
8183 CTTATT-ATTTTAGGAGATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAACTAAGCTTGTATTAACT
1 CTTATTAATTTT-TGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA--
* * * *
8247 TA-AACAATTATTTTATAACAAATTA-AAAAG-TTATAACAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAA
62 TAGAACAATTATTTTATGACAAA--ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
8309 T
125 T
8310 GGTAAACAGA
Statistics
Matches: 2477, Mismatches: 541, Indels: 305
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 8 0.00
169 112 0.05
170 6 0.00
172 1 0.00
173 13 0.01
174 123 0.05
175 72 0.03
176 135 0.05
177 68 0.03
178 94 0.04
179 141 0.06
180 588 0.24
181 750 0.30
182 290 0.12
183 75 0.03
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
CTTATTAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAATCTCTTA
Found at i:5888 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 4935--15626 Score: 2574
Period size: 361 Copynumber: 29.6 Consensus size: 357
4925 ACTGGTTCGA
* * *
4935 TAAACAGATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * *
4996 TTTATTCTT-AATAATTTTGTATGAAT-AAGGGCAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAA
66 TTTATT-TTGAATAAGCTTATATGAATGAA--ACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * *
5059 CGATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTTC-GATTAACAAAT
127 TGATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAAAT
** * *
5121 TTATTCTTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATATATTAGTATTATTTTGTTT
189 TTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * *
5184 CAAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTAGAAA
252 CAAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAA
* * *
5249 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTGG
316 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTGG
* * * * * * * *
5292 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTATTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-
** * * *
5357 TTTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAA-GTCATAA
* * * * * * * * * * *
5422 TGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTACAACTA-TTCAAATGTGTTTAGAAAACATATTT
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAAATTT
* *
5486 ATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAA
191 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
* *
5549 ATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATA
255 ATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA-TTTGAAATA
*
5614 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAG
318 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT-GG
* * * *
5655 TAAACATATTCA-TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
5719 TTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTGAAACAATCATTTTATTGCAAAACAAAAAGTCACAATG
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTA-TGCAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * *
5784 ATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTATATTTATT
129 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATT
* * * *
5849 TTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-ATCTATAT
194 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT
* *
5912 AAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATAATTTAAAATA
257 AAGCTTGTATGAA-C-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAAT-ATTTGAAAT-
* * ** ** *
5975 AAAAAATT-TTCAAATAGTCATAAAGATTTGAATTTGTTCGA
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT-GG
* *
6016 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA---TTG---TA--AAT---TT-GTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
6069 TTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAATCATTTTATG-ATAGAACAAAAGGTTATAG
66 TTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATGCA-A-AACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * *
6132 CGATTTCAAATAGATAATTATTGAAATAGTTATAATTATTT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTC
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAATAAATTT
* ** * *
6196 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAACATTAATAACA-TAGTATTAATTTATTTCAA
191 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * ** * * * *
6260 ATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACAGTTTGAAAT
255 ATAAGCTTGTATGAA-CAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATA-TTTGAAAT
* * * * *
6325 AGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCAAGTTTGG
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTGG
* * * * * **
6367 TAAATATATTTA-TTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* *** * * * * * **
6431 TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTATTTTATG-ATAGATAAAAAGCCATAACA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATGCA-AAACAAAAAGTCATAATG
* ** * * * *
6495 ATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT-TGATAAATAAATTTAT
129 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAAATTTAT
* * ** *
6559 TTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACA
193 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * ** * *
6620 AACTTATATAAACAAAA-ATATT-TATTTCACAACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAG
258 AGCTTGTATGAACAAAACA-ATTGT-TTT-ATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAG
*
6683 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTAGG
319 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTT-GG
* * * * *
6723 TAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTCA-TTTTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * *
6787 TTTTATTCTAAATAAGC-TATTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAA--C---A
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAA-TGAAACAATTATTTTAT-GCAAAACAAAAAGTCATAA
* ** * * * * ** * *
6846 --ATTTAAAATAGATAATTGCTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAGATAAATTTA
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTA
* * * * *
6909 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAGTTTTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAA-
192 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * *
6973 ATAGCTTGGATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTAT
257 A-AGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAG
* *
7038 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTAAT-TTGG
319 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--ATGTTGG
*** * *
7078 TAAATGGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
7143 TTTATTTTGAATAAACTTATA-CAATCAAAACAATTATTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATG
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * * * *
7207 ATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTGAAC-TGACTT-GGTAAACAGATTGA
129 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCAGTAAATAAATTTA
* * * * ** **
7270 CTTTTTAAATCACTTAATTATTAGTTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
192 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * ***
7335 AAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTGTGACAAAACGAAAGGTCAGAATGATTTTCGATAGA
257 AAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGA
* * * * **
7400 CAACTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGTATTTGTTTGG
320 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTGG
* * * ** * * *
7439 TAAAAAAAATTATTTTTTTAAA-CTCTTGTTTATTAATTTTCGAAATATTAAGAAATTAATATTA
1 TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * *
7503 TTTTATTTTGGTTAAGC-TATTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAA-TGAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * **
7567 TGATTTTAAATA-ATTAATT-TTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTCCAATAAATGGATT
127 TGATTTGAAATAGA-TAATTATTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATT
* * * * * * **
7630 TCTTTTTTCAAATATTTTGCTTATTAATTTTTCAAATTTTAATAAATTGAG-ATTATTTTATACC
190 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC
* * ** * * * * * * *
7694 AAATAAGCATGTAAGATATGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATTTAAAA
253 AAATAAGCTTGTATGA-ACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAA
* ** * *
7759 TAGATAATTATT-ATAATAGTTTTAACTATTTAAAC-TGGTTTGA
316 TAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACAT-G-TTGG
* * * * * *
7802 CAAATAAATTTCTTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * * * * * ** * *
7862 TTT-TAACCGAATAAGCTTCTATG-ATCAGAAATAATTGTTTTCTAACAAAGCAATGA-CCTTAA
66 TTTAT-TTTGAATAAGCTTATATGAAT--GAAACAATTATTTTAT-GCAAAACAAAAAGTCATAA
** * * * * *
7924 CAATTTGAGACTA-ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAACATAT
127 TGATTTGA-AATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAATAAAT
** **
7986 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTCCTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
189 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * * * * *
8051 AATAAGCTTGTATGGTCAAAAACAATTATTTTATGA-TAAA-AAAAGGTTATAACGATTTGAAAC
254 AATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAAT
* * * *
8114 AGATAATCGTTCAAAT-GACAATAATTACTTT-AA-TTGATTCGG
317 AGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA-TTTGAACATG-TT-GG
* * * * * * *
8156 TAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTTTCTTATT-ATTTTAGGAGATATTAATAAATTAATATTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** *
8219 TTTTA-TTTCAACTAAGCTTGTATTAACTTAAACAATTATTTTATAACAAATTAAAAAGTTATAA
65 TTTTATTTTGAA-TAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTAT-GCAAAACAAAAAGTCATAA
** * * * * *
8283 CAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATGGT-A-AAC-A---G-A------C--T---T--A--T-
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTA
* * * ** * * *
8325 TTTTTTAAATATCTTTCTCATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAATTATTATTAATTTA-TTCTGA
192 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * *** * * * * *
8388 ATAAGCTTGTTTGAATAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AAATAAATGTTAATAA-ATTAATAT
255 ATAAGCTTGTATGAACAAAA---C--AATTGTTT--TATGACA-AAA---CAA-AAGA-TCATAA
* ** * * * ** * * * * *
8451 TATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAACTAAAACAATTATTATATGAATAAACA-ATAGG
307 TATTTGAAATAG-AT-AA-TTGT-TCAAAT-AGTC-ATAACTAT-T---TGAACATGTTGG
* **
8511 TCAAA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAAC-TATTTGAACTGGTTCAGCAAA
1 T-AAACAT-ATTT---AT---T--TT-TT-AAAT-CTCTT-ACTTA-TT-AA-T--TTTTG--AA
* * *** * * * * **
8574 CACATTTATTTTTTAAATATCCTA-TTAATTTTTGTAAT-A--TTAT-TAAAT--TAGTATTATT
45 -ATATTAATAAATT-AGTAT--TATTTTA-TTTTG-AATAAGCTTATATGAATGAAACAATTA-T
** * * * *** * *
8632 TTTAT-C--TGC-ATAAG-CTTGGATGATCAAAAATA-ATTATT-TTATGAGAAAACAAAGATCA
103 TTTATGCAAAACAAAAAGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATT-T-----AA-ATAG-TCA
* ** * * * * *
8690 TAA-TGATTTGAGA-TCGATATTTGTTCAAAT-AGTTGTAACTATTTGAATCGGTTCGAAAAATA
159 TAACT-ATTTGA-ACTTG-T-TCAG-T-AAATAAATT-T-ATTTTTTAAATC---TC-----TTA
* * * * ** * * *** ** * *
8752 GTT-TTAGTTTTT-AAATCTCTTACT-TCTTAATTTTCAAAATATTAAT-AAAGTAATATTATTT
208 CTTATTAATTTTTGAAA--TATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT--TCAAA-TAAGCTTGTAT
* * * *
8813 TATTTCAGATA-AGTT-TTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAGCTCATAATGA
267 GA--ACA-AAACAATTGTTT-T--A-TG--ACAA-------A--ACAAAA-G-A--TCATAAT-A
* * * * * * * * * **
8876 CTTTAAGTAATTAGAATGATTATTTAAAAAGTCA-AATCTTTTTTAACTTTTTCAA
309 -TTT--G-AAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACATGTT-GG
* * * * *
8931 TAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATGTTTCAAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
8996 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATATCTAAACAAAAGGTTAGAAC
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTAT-GCAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * * * * * *
9061 AATTTGAAATAAATAATTGTTCT-AACAGTCTTAACTATTTGAACTAGCTTGA-CAAACAAA-TT
128 GATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATAAATTT
* * * * * *
9123 -TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATAT-GA
191 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAA
* *** * *
9186 ATAAGCCTGTATGAA-AAGGAACAATTGTTTTATGATGGAA-TAAAGATCATAACGT-TTTGAGA
255 ATAAGCTTGTATGAACAA--AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA--TATTTGAAA
* * * **
9248 TAGATAATTATTCAAATGGTTATAACTATTTGAACTAT-TTCAA
316 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-ATGTT-GG
* * * * ** * * *
9291 AAAACAGATTTAGTTTTTAAA--T-GT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGATCAATATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** ** * *
9352 TTTAATATGAATAATTTTGCATCAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAATG
* * * * * ** *
9417 ATTTGAAATAGCTAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTAT
129 ATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTAT
* ** ** ** **
9481 ATTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTTTTAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATA
193 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
** * * * * *
9545 AAATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGA-ACAAACAAAAGATCATAACGATTTGACATAAA
258 AGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAGA
* * *
9609 TAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TCGCTTAG
320 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-G-TTGG
* * * * * * *
9648 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTACTATTCT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
*** * * ** * *
9713 TTTATTCCAAATAAG-TTGTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
66 TTTATTTTGAATAAGCTT-ATATGAA-TGAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * * * ** * *
9777 GATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTAT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTAT
* * * **
9842 TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATCGTTTTA-TTCGAAA
193 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAA
* * * * * * *
9904 TAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAG
256 TAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAG
* *
9969 ATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTTGG
319 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTGG
* * * * * *
10009 TAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCACAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
10073 TTTTA-TTTAAATAAGCTTATATGAATGAAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCACAAT
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATG-AAACAATTATTTTA-TGCAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * *
10137 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTAT
128 GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTAT
* * * * * * * * *
10202 TTTTCAAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTAGAAATATTAATCAAGTAATATTATTTTA-ATCTGA
193 TTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
* * * * * *
10265 ATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAA-AGTCATAACAATTTAAAAT
255 ATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-TATTTGAAAT
* * ** * * *
10329 AAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACGTATTCGA
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT-GG
* *
10371 TAAAAATATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATATATTTA-TAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATA-AATTAGTAT
* * * ** * * * *
10432 TATTTTA-ATCGAAGTAAGCTTGTATGAACAAAAAAAATCA-TTTATTGACAAAACAAAAGGTTA
63 TATTTTATTTTGAA-TAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTATTTTA-TG-CAAAACAAAAAGTCA
*** * * * * * * * *
10495 TAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGAT
124 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAAT
* * * ** *
10560 TCATTTTTTAAATCTCGTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTT
189 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * * * * *
10624 GAATAATTTTATATTAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
253 AAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAA
* * * *
10689 TAGATATTTATTCAAAAAGTCATAACTA-TTGATC-TAGTTTGG
316 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-G-TTGG
* * * * * * * * *
10731 TAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAAATTTTAATACATTAGTATAAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *** ** * * * *
10796 TTCAATCCAAATGGGCTTATATGAACAT-AAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAAT
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATG-A-ATGAAACAATTATTTTAT-GCAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * * * ** * * * * *
10860 AATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACTATTTAAACCGGTTTAATAAACATATTTAA
128 GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTAT
* **** ****
10925 TTTTTAAATCTC--A--TATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTA-TGA-CAAAACAAAAGAACA
193 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAA-A
* * * * ** * *** * ** *
10983 TAA---TGATTTGAA-ATAAATAATTATTTATATAGCCTTAGCTATTTGAAC-T--GGTTCGACA
256 TAAGCTTG-TATGAACA-AAACAATTGTTT-TAT-GACAAAAC-AAAAGATCATAATATTTG--A
* * * * * * *
11041 AACAAATTTATTTTTTAAAT-CTC-TAAGT-TATTG---AT-TT--
314 AATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAACATGTTGG
* ** ** * * * * * * *
11078 TCATGATA-TTATTAGATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-AATATAAAT-AATT
1 TAAACATATTTATT-TTTTA--AATCTCTTACTT--ATTAA--TT-TTTGAAATATTAATAAATT
* *** **** * ** * * * *
11140 -GTTTTATGACA-AAACAA-AAGGTTATAACAACTTGAAATATATAATTGT-T------CAAATA
58 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA--TGAAACA-ATTATTTTATGCAAAACAAAAA
* * * * *** * * * *
11195 GTCATAATTATTT-AAATTGGTTCGA-TAAACAAATAATC-T-TCTACTTATTAA-TT-TT-TG-
120 GTCATAATGATTTGAAA-TAGAT-AATTATTTAAATAGTCATAACTA-TT-TGAACTTGTTCAGT
* * ** * * * *
11252 AAATATTAA-TAAATTACTATAAT-T-TTA-TT-TTAAATTGGCTTG-TATGATGAA-AAA-CA-
181 AAATA--AATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATT-AATT--TTTGAAAT-ATTAATAAATTAG
* ** * * * * * * *
11308 -ATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATGGCCAT
239 TATTATTTTAT--TTCAA-ATAAG--C-T--TG-TATGAACA-AAACAATTGTTT-TAT-GACAA
*** * * * * * * * * * * *
11371 AACTATTTGAAC-TAAT-TCAAT-AAACTGGTTTTATTTTTTAAAT-CTC-CAACT-TCT-CA-A
292 AAC-AAAAGATCATAATAT--TTGAAA-TAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACA
*
11428 T-TT-T
352 TGTTGG
* * **** * *
11432 TGAA-ATATTAATAAAGTAATAT-TATT--TT-TT--TTTATAT-AAACTATGAA-ACAATT-GT
1 TAAACATATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTT-T-TGAAA-TATTAATA-AATTAGT
* ** **** * * * * * * *
11487 TTTATGATA-AAACAA-AAGGTCATAATGATTTTAAATAGA-TA-ATTATTCAAATAGTCATAAT
61 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTAT-ATGA-ATGAAACA-ATTATTTTATGCAAA-A--CA-AA-
* * * * * * * * * ** * * *
11548 TA-T-TTGAACTTATTCGATAAACAAATTTATTTTTGTAAAT--TCCTTGCT-TATTAAATTTCT
118 AAGTCAT-AA-TGATTTG--AAATAGA-TAATTATT-TAAATAGTCATAACTAT-TTGAACTTGT
** * * * * * * * *
11608 AAATGTTAACA-AAATGTTATTATTTT--ATTTC-AAATAAAT-ATGTATGAACTA--AA-ACAA
176 TCA-G-TAA-ATAAAT-TTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AA
* ** ** * ** * * * * * * **
11665 TTA-TTTTATAACTA-AACAAAAGATTAGAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
235 TTAGTATTAT-TTTATTTC--AA-ATAAGCTTG-TATGAACA-AAACAATTGTT-TTAT-GACAA
*** ** * * ** * * *
11727 AACTATTTGAT--TGGT-TTAGCAAATACATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAAAACAATTT
292 AAC-AAAAGATCATAATATTTG-AAATAGATAATTGT-T--C-AAAT---A-GTCATAACTA-TT
* * * **
11789 TATATAGATAATTAT
346 T-GA-ACAT-GTTGG
* * ** ** * * *
11804 TCAAATAGTCATATCTAATTGAAATTGTTCAATAAACAGATTTATT--TTTTTTAAATCTGT--T
1 T--AA-A--CATAT-TTATT----TT-TTAAAT-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT-TAAT
*** * * * * * * * ** **
11865 GCTTTATTAATT-TTTCGAATGTT-AATATAGTATTAT-TTATTTCAAGTAA-GCTTTTATG-AA
53 AAATTAGT-ATTATTT--TATTTTGAATA-AG-CTTATATGA-ATGAAACAATTATTTTATGCAA
*** * * ** * * ** * *
11925 CTGAAATAA-TTATTTTATGATTAAAAAAAGGTTAAAACGATTTGAAATAG--ATAATTGTTCT-
112 AACAAA-AAGTCA--TAATGATTTGAAATA-G--ATAATTATTT-AAATAGTCATAACTATT-TG
* * * ** *** * ** * *
11986 AA-TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
169 AACT--TGTTCAGTAAAT-AA--A-TTT----ATTTTTTAAATCTCTT--A---CTTA-TTA--A
* * * * * * * * * *
12050 ATTTTCAAAAATTATTAAATTAGTATCATTTTA-ATCGAATAAGCTTATGTGAAAAGAAACAATT
216 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT
* * * *
12114 GTTGTATGACAAAA-TAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATT-TTCAAATAGTCATAACTA
280 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
12177 TATGAA-TTGGTTCAG
344 TTTGAACAT-GTT-GG
* * * * *
12192 TAAACAGATTTAGTTTTTACA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAATTATTAATAAATCAGTATTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
12252 TTTTATTTTGAATAA--TTATGTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTA--TATGAA-TGAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * ** ** * *
12315 ATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATGGACA-AGACTATTTGAGGTTGTTTGGTAAACAGATT
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATT
* * *** * *
12379 TATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTG
190 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* ** * * **
12443 AATAAACTTGTACAAATAGAAATAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAAT
254 AATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
12508 AAAAAATTGTTTAAAAAGTAATACCTATTTGAGCTTACTCGA
317 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTGG
* * * * * * *
12550 TAAATAGATTTATTTTTTAACA-CTTTTACTTAGTAATATTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * **
12614 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGGATAGAAACAATTGGTTTAT-CACAAACAAAAAGTCATAAC
65 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATGCA-AAACAAAAAGTCATAA-
* * * * *
12678 T-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAGAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAAATTT
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAATAAATTT
* * * * *
12741 ATTTTTTAAAT-TTTTACCTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATT--TAATTATTTTATTTGAA
191 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTCAA
* * *
12803 ATAAGCTTGTATGAAC-AAACAATTATCTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGCA-ATTTGAAATA
255 ATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATA--ATATTTGAAATA
* * **
12866 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
318 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT-GG
* ** **
12907 TAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTGA-T
1 TAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * * * *
12971 ATTTTATTTCGAATAAGCCTATATGATTGATACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATGAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * *
13036 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-
128 GATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTAT
* * * * * * *
13100 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATA
193 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
13165 GGCTTGTATGAAGAAAAACAATTGTTTCATGACAAAACAAAA-AGTCATAACTATTTGAAATAAA
258 AGCTTGTATGAA-CAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA-TATTTGAAATAGA
*
13229 TAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTTAT-TTGA
320 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--ATGTTGG
* * * * *
13267 T-AACAAGATTTATTTGTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTCT-ACATATTAATAAATT--TAT
1 TAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-T-TTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
13327 GTAATTATATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-ATTTTGTTTTATGACAAAACTAAAGGTT
63 -T-ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAAT-GAAACA-ATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTC
*** * * * * * *
13391 ATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCATAATTATTT-ATACTTGTTCGGTAAACAA
123 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAATAA
* * * *
13455 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAAATAGAATTATGTTA-T
187 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
13518 TCAAATAAGCTTGTACGAATATAATCAATTGTTTTGTGATAAAACAGAATG-TTATAATGATTTG
251 TCAAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAAT-ATTTG
*
13582 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT--ACA--CTGG
313 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTGG
* * * * * ** ** *
13623 TCAAGCCAACAGTTTCATTCTTCAAATCTGTTACTTATTAGCTTTCAAAATATTAATAAATTAGC
1 T-AA-AC-ATA-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * **
13688 ATTACTTTATTTCT-AATAAGAC-TATATAAATAGAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAATGGT
61 ATTATTTTATTT-TGAATAAG-CTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTAT-GCAAAACAAAAAGT
* * * * * * *
13751 CATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTATAACTAATT-AAATTGGTTTAGTAAATA
122 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAATA
* * * *** *
13815 GATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTCTTAATTTACAAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATT
186 AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
13879 CCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGA
251 TCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT-AATATTTGA
* * *
13944 AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTAAG
314 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTT-GG
* * * * ** *
13989 CAAACATAATTGTTTTTTAAATCTCTTACTTATTGAGATTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* ** * * * *
14053 TTTATTTTGAATAA-ATTACTAAAAATTGCAAA-AA-AATTTTACGACAAAATAAAAGGTCATAA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAA-TG-AAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * * * * * *
14115 TGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTA
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTA
* * * * *
14180 TTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTT-GAA
192 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * ** * * * * * *
14243 TAAACTTGTGTGAACAGAAATAATCATTTTATGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAT
256 TAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA-TATTTGAAATAG
* *
14308 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGGTTCGG
319 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTT-GG
* * * *
14348 TAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTATTAT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * *
14413 TTTATTCCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCTTAA
66 TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATG--AAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAG-TCATAA
* * * * * * * **
14476 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAAT-TTGA-TAAATTGATT
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT--TGTTCAGTAAATAAATT
* * * * *
14539 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATATCAA
190 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * * * * * * *
14604 ATAAACTTTTGTGTACTGAAATAGTTATTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAACGATTTTAAAT
255 ATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAA-TATTTGAAAT
* * * * *
14668 AGATAATTATGT-AAATAGTCTTAACTATTTGAACTTATTCG
317 AGATAATTGT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTGG
* * *
14709 -ATAA-ATA--AATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTCT-TAATGTTAATAAATTAGTATT
1 TA-AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
14765 ATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAATTGAAACAATTATGTTT-TGACTAAAC-AAAAGATCAA
64 ATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTAT-TTTATG-CAAAACAAAAAG-TCAT
** * * * * * * * * * *
14828 AACAATTTGGAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTATCTATTTGAAATGGTT-TGGAAAGCACA
125 AATGATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TAAA
* * ** * *
14891 TTTA-TTTTTAAATC-C---C-CATTGATTTTCAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTA-TTC
188 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* ** * * * * * *
14949 TGAATAATTTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTACGATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGA
253 -AAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAA-TATTTGA
* * * * * * *
15013 AATAGATAATAGTTCAAATAGACGTGACTATTTAAACTTGTTCGA
314 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT-GG
* * * * *
15058 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATAATAATAAATTAATATTA
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
15122 TTTTA-TTCCACAAAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGAACATA
65 TTTTATTTTGA-ATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAG-TCATA
* * * * * *
15185 ATGATTTGAAATATATAACTATTCAAAAAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC-GATAAATAGATT
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATAAATT
* * * * * *
15249 TATTATTTAAATATTTTATTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTA-TTCTA
190 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * * * ** *
15313 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATAACTAAATAAATTG-TTTTAACAATTTGAAA
254 AATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGATCATAA-TATTTGAAA
* ** *
15377 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATGTGTTTAG
316 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATG-TTGG
* ** * * *
15420 CAAATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-AGAATTTTAATAAATTTA-TATT
1 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAA-TTAGTATT
* ** ** **
15482 GTTTTA-TTTGAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATA
64 ATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGAATGAAA-CAATTATTTTATG-CAAAACAAAAAGTCATA
* * ** * * ** *
15546 TTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCATAACTAATTGAACTTTTTTGGTAAATAAATTC
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTT
*
15611 ATTCTTTTAATTCTCT
191 ATT-TTTTAAATCTCT
15627 GACTCATTCT
Statistics
Matches: 7647, Mismatches: 1926, Indels: 1519
0.69 0.17 0.14
Matches are distributed among these distances:
335 6 0.00
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Consensus pattern (357 bp):
TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATGAAACAATTATTTTATGCAAAACAAAAAGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC
TTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATATTTGAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTGG
Found at i:5971 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 4914--15593 Score: 3628
Period size: 180 Copynumber: 59.1 Consensus size: 182
4904 ACAAAAATCT
* * * *
4914 TAACAATTTGAACTGGTTC-GATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** ***
4974 AATATTAAAAAATTAGTATTATTTT-ATTCTTAATAATTTTGTATGAAT-AAGGGCAATTGTTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * * * *
5037 ACGACAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATGA-TAGTTCAAAT-GAACA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCA
* * * ***
5091 TGACTATTTGAACTTGTTC-GATTAACAAATTTATTCTTTT-AATCTCCAACTTATTAATTTTT-
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATT-TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** *
5153 AGAATATTAATATATTAGTATTATTTT-GTTTCAAATAAAATTGTATGAAT--AGAACAATTGTT
64 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTT
* ** * * *
5215 TTATGACAAAAC-AAAAGATAATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
127 TTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
5271 TAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * **
5335 AATTTTAATAAATTATTATTATTTTTATTCCGAATAGGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTAATTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * *
5399 ATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTA
129 ATGACAAAACAAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
5454 CAACTA-TTCAAATGTGTTTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
5517 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGCATGAA-CAAAACCAATTGTTT
65 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTT
*
5579 TATGACAAAAC-AAAAGTTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
128 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
5634 TAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATATTCA-TTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * ** **
5698 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATAT-AAACTGAAACAATCATTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTA-
* * **
5762 TG-CAAAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCA
130 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* **
5814 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGTATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTATTGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGA
* * *
5878 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-ATATAAGCTTATAT-AATCAAAAACAATTGTTTT
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1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
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* * * * * * * *
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* ** ** *** * *
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66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTAT
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* * * * * ** * * **
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1 TAACTATTTGAACTTG--TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
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129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTG
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7481 AAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGTTAAGCTAT-TATGAA-CTGAAACAATTGTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCT-TGTATGAATCAAAAACAATTGTTT
* * * *
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128 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCA
* * * *** * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* *** * * * * *
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65 AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAAT-TTGAATAAGCTTGTATGAATCA-AAAACAATTGTT
* * * * * **
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127 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA-AATAGTCA
* * * * * * *
7781 TAACTATTTAAACTGGTT-TGACAAATAAATTTCTTTTTT-AATC---T-CTTATTAATTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * * *
7840 AATATTATTAAATTAATATTATTTTTAA-CCGAATAAGCTTCTATG-ATCAGAAATAATTGTTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * * ** * * ** * * *
7903 CTAACAAAGCAATGA-CCTTAACAATTTGAGACTA-ATAATTGTTTAAATAGTCA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * **
7956 TAACTATTTGAA-TTGGTT-TGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCCTAATTTTTG
1 TAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * *
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64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * * * * ** *
8083 ATGA-TAAA-AAAAGGTTATAACGATTTGAAACAGATAATCGTTCAAAT-GACAA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-A
* * * * * *
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1 TAACTA-TTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-T
* * * * ** *
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* ** * ** * * * *
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127 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * * *
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1 TAAC-TATTTGAACTTGTTCAGTAAAC---AT-ATTTATTTTTTAAAT-CT--T---TTACTTAT
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8436 T-T-AAT-AAATTAATATTATT-TTATTTTGA-ATAAACTTGTATGAACT-AAAACAATTATTAT
106 TATGAATCAAA--AACA--ATTGTT-TTATGACA-AAAC----AAAAAGTCATAATGATT-TGAA
8495 AT-GAATAA--A--C-AATAGGTCA
160 ATAG-ATAATTATTCAAATA-GTCA
* * * * * * ** * * * * **
8514 -AAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATACTCTTAACTATTTGAA-CTGGTTCAGCAAACAC
1 TAACT-ATTTGAACTTGTTCAGTAAAC--ATA-T-TT-ATTTTTTAAATCT--TT-----TACTT
* * * * *
8577 ATTTATTTTTTAAATATCCTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCTGCA
53 A-TTAATTTTTGAA-A---TATTAA------T-A-A--A-T----TAGTATTATTTTAATTTGAA
* * * * * * *
8642 TAAGCTTGGATG-ATCAAAAATAATTATTTTATGAGAAAACAAAGA-TCATAATGATTTGAGATC
98 TAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATA
* * **
8705 GATATTTGTTCAAATAGTTG
163 GATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
8725 TAACTATTTGAA-TCGGTTC-G-AAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTC
1 TAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * **
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63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGA-ATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTT
** * * * *
8850 TTATGAC-AAA-ATGAAGCTCATAATGACTTTAAGTAATTAGAATGATTATTTAAAAAGTCA
127 TTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGA-TTT--G-AAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
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1 TAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * ** * *
8974 AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAATAATTATTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * * * ** * * * * *
9038 AT-ATCTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAACAGTCT
129 ATGA-CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
9154 AATATTATTAAATTGGTATTATTTTAATATGAATAAGCCTGTATGAA--AAGGAACAATTGTTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAA-AAACAATTGTTTT
*** * * * * * * *
9217 ATGATGGAATAAAGA-TCATAACGTTTTGAGATAGATAATTATTCAAATGGTTA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
** * * * **
9270 TAACTATTTGAACTAT-TTCAAAAAACAGATTTAGTTTTTAAA---TGT-CTTATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * ** * * * *
9330 AATATTAATAGATCAATATTATTTTAATATGAATAATTTTGCATCAA-CAGAAACAATTATTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTA
* * *
9394 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGCTAA-TAGTTCAAATGGACA
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* ** * * * *** **
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1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
** * ** * *
9511 ATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATTGTATTAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTAT
* * * *
9575 GA-ACAAAC-AAAAGATCATAACGATTTGACATAAATAATTATTCAAATAGTTA
131 GACA-AAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * *
9627 TAACTATTTGAACTCGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGG
1 TAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** * *
9691 AATTTTAATAAATTACTATTCTTTT-ATTCCAAATAAG-TTGTTATGAA-CAGAAACAATTGGTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTG-TATGAATCAAAAACAATTGTTT
* * * * * *
9753 TATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATCTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
128 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * *
9808 TAACTATTTGAACGTGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
** * * * *
9872 ATATTAATAAATTTA-TATCGTTTT-ATTCGAAATAAGCTTGCATGAAT-AGAACCAATTGTTTT
66 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
9934 ATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * * *
9988 TAACTATTTGAACATATTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAA-TTTTCAC
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-
* * *
10052 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTATATGAAT-GAAAACAATTGTTTTA
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* * * *
10115 TTACAAAATAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
130 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
10168 TGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTTCAAAATCTTTTACTCATT-ATTTGTAG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTG
* * * * * * *
10232 AAATATTAATCAAGTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTTTGAAT-AGAAACAATTGCTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* ** * *
10296 ATGACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
** * * *
10350 TAAAGATTTGAACGTATTC-GATAAAAATATTTATTTTTTAAATC-TTTACTTATTAATTGTCTT
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TT
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10413 --AATATTAATATATTTA-TATTATTTTAA-TCGAAGTAAGCTTGTATGAA-CAAAAA-AAATCA
63 GAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTAATTTGAA-TAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGT
* * *** * *
10472 TTTATTGACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
126 TTTA-TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * ** *
10530 TAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCGTAATTATTAATTTTT-AG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-
** * ** * * ** * *
10594 AATATTAATAGCTTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTATATTAA-CTGAAATAATTTTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTA
* * *
10658 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTATTCAAAAAGTCA
130 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * * *
10711 TAACTA-TTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTAACTATTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *** ** * * *
10775 ATTTTAATACATTAGTATAATTTCAATCCAAATGGGCTTATATGAA-CATAAACTATTGTTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
10839 AACAGAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAATAATTACTCAAATAGTCA
131 GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * * *
10891 TAACTATTTAAACCGGTTTAATAAACATATTTAATTTTTAAATC---T-CATATTAA-TTTTGAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* **** ** * * * *
10951 ATATTAATAAATTA-TGA-CAAAACAA-AAGAACATAA---TGATTTGAA--ATAAATAATTATT
66 ATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAATTTG-A-ATAAGCTTG-TATGAATCAAAAACAATTGTT
* ** * * ** * * * * * * * * * *
11008 TATATAGCCTTAGC--TATTTGA-ACTGGTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTC-
127 T-TAT-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG--AAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
11064 TAAGT-TATTG-A-TT-TTCA-T---GATA-TTATTAGATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGC
1 TAACTAT-TTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATT-TTTTA--AATCTTTTACTT--ATTAA--
* * * *** *** *
11120 TTGTATG-AATATAAAT-AATT-GTTTTATGACAA-AACAA-AAG---GT-T--AT-AACAAC--
58 TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAA
*** * ** * * * * * ** *
11171 TTGAAATAT-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTCGA-TAAACAAATAATC
122 TTGTTTTATGACAA---AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA-TAGAT-AATTATTCAAATAGTC
11233 -
182 A
* * * * *** * *
11233 T-TCTACTTATTAA-TT-TT---TGAA-ATATTAATAAATTACTATAATTTTA-TT-TTAAATTG
1 TAACTA-TT-TGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTA-AAT-CTTTTACTTATT-AATT-
* * * * * * * * * *
11289 GCTTG-TATGATGAA-AAA-CA--ATTGTTTT-ATGATAGAACAAAAG-TTCATAATGATTTGAA
60 -TTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT--TTG-A-ATAAGCTT-GT-ATGA-ATCAA
* * * * * * * * ***
11347 ATAGATAATTGTTTAAATGGCCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTGGTTT-TATTTTTTA
116 A-A-ACAATTGTTT-TAT-GACAAAAC-A----AA--AAGTC-AT-AA-TGATTTGAAATAGATA
* * * *
11411 AATCTCCAACT--TC-
167 ATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * ** *
11424 TCAA-TTTTTGAAATAT-TAATAAAGTAATA-TTATTTTTTTTTATATAAACTATGAAAC-AATT
1 T-AACTATTTGAACT-TGT--T-CAGTAA-ACATATTTATTTTT-TA-AATCT-T-TTACTTATT
* ** * * * * * ** ** *
11485 -GTTTTATGATAA-AACAA-AAGGTCA-TAATGATTTTAAATAG-ATAATTATTCAAAT-AGTCA
56 AATTTT-TGA-AATATTAATAA-ATTAGT-ATTATTTTAATTTGAATAA-GCTT-GTATGAATCA
* ** * ** * * * *** **
11544 TAATTATTTGAACTTATTCGA-TAAAC--AAA-T--TTAT-TTTTGTAAATTCCTTGCTTATT-A
115 AAAACAATTG-TTTTA-T-GACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AAA-TAGATAATTATTCA
*
11601 AAT-TTC-
175 AATAGTCA
**** * ** ** * * * **
11607 TAA--ATGTT-AACAAAAT--GTTATTAT-TTTATTTCAAATAAATATGTATGAACTAAAACAAT
1 TAACTAT-TTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTT--TTTAAATCT-T-T-TACT-TATTAAT
* * * * * * * * ** * * **
11666 TATTTTATAACTA-AACAAAAGATTAGAATGATTTGAAATAG-ATAATTATTCTAAT-AGTC-TT
59 T-TTTGA-AA-TATTA-ATAA-ATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA-GCTTGT-ATGAATCAAA
* ** **** * * * * *
11727 AACTATT-TGAT-TGGTTTAGCAAATA--CAT--TGTTTTATGACAA-A-ATAA-AAGGTCAAA-
117 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG-ATT-TGA-AATAGATAATTA-TTCAAAT
11782 A--CA
178 AGTCA
** * * * * ** * * * **
11785 -ATTTTATATAGATAATTATTCAAATAGTCATATCTA--ATTGAAAT-TGTTCAATAAACAGATT
1 TA-ACTAT-TTGA-ACTTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TT---T--ACTTA-T
* * * *** * * **
11846 TATTTTTTTTAAATCTGT--TGCTTTATTAATT-TTTCGAATGTT-AATATAG-TAT-TATTTAT
55 TA-ATTTTTGAAATAT-TAATAAATTAGT-ATTATTT-TAAT-TTGAATA-AGCT-TGTATGAAT
*** ** * * * * * * * **
11905 TTCAAGTAA--GCTTTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGATTAAAAAAAGGTTAAAACGATTT
113 CAAAAACAATTG-TTTTATG-AC-AAAACAA--A----A--AGT-CATAATGATTTGAA--A--T
* * * *
11968 GAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
162 ---AG--ATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
11994 TAACTATTTGAACTAGTT-TGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * * * *
12057 AAAATTATTAAATTAGTATCATTTTAA-TCGAATAAGCTTATGTGAA--AAGAAACAATTGTTGT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAA-AAACAATTGTTTT
* * * *
12119 ATGACAAAATAAAGA-TCATTATGATTTGAGATAGATAATT-TTCAAATAGTCA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
12171 TAACTATATGAA-TTGGTTCAGTAAACAGATTTAGTTTTTACATC---T-CTTATTAA-TTTTCA
1 TAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
12230 AATTATTAATAAATCAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTATGTATGAA-CAGAAATAATTGTTT
65 AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCT-TGTATGAATCAAAAACAATTGTTT
* * * * *
12293 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATGGACA
128 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
** ** * ** * ***
12348 -AGACTATTTGAGGTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTGCAA
1 TA-ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * * **
12412 AATATTAATAAAGTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAACTTGTACAAAT-AGAAATAATCATTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
12475 ATGACAAAAC-AAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAAAAATTGTTTAAAAAGTAA
129 ATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
12529 TACCTATTTGAGCTTACTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAACA-CTTTTACTTAGTAATATTTG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAA-ATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
12592 GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGGAT-AGAAACAATTGGTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTT
* *
12655 TATCAC-AAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
128 TATGACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
12709 GAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACCTATTAAATTTTGG
1 TAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* *
12772 AATATTAATAAATT--TAATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-C--AAACAATTATCT
65 AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTT
* ***
12831 TATGACAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
128 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * ** **
12886 TAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACATATTCATTTTTTTAAATCTCTTACCAATTAATTTTCAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * *
12951 AATATTAATAAATTAGTGA-TATTTT-ATTTCGAATAAGCCTATATG-AT-TGATACAATTATTT
65 AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTT
* * *
13012 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
128 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
13067 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* ** * * *
13131 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAGGCTTGTATGAA-GAAAAACAATTGTTTCAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTAT
* *
13195 GACAAAACAAAAAGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
131 GACAAAACAAAAAGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
13247 -AACTATTTGAACTTATT-TG-ATAACAAGATTTATTTGTTAAATCTTTTACTTATT-ATGTGTC
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AAC-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-T-TT
* * * * **
13308 T-ACATATTAATAAATT--TATGTAATTATATTTTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAAA-TTTT
62 TGAAATATTAATAAATTAGTAT-T-ATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCA-AAAACAATT
* * * *** * *
13368 GTTTTATGACAAAACTAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGTCA
124 GTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
13427 TAATTATTT-ATACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
1 TAACTATTTGA-ACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * ** * * *
13490 GAATATTAATAAAATAGAATTATGTT-ATTCAAATAAGCTTGTACGAAT-ATAATCAATTGTTTT
65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * * * * *
13553 GTGATAAAACAGAATGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * * * ** *
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1 TAACTATTTGA-ACTTGTTC-AGTAAACA-TATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * *
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63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAG-CTTGTATGAATCAAAAACAATTGT
* ** * * * *
13731 TTTATCACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTGAAATAGTTA
126 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * ***
13788 TAACTAATT-AAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTCTTAATTTACA
1 TAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG
* ** * * * *
13851 AAATATTAATAAATTAATATTA-TTT-ATTCCAAACAAACTTATATGAA-CAAAAACATTTGTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTT
* * * *
13913 TATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
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* * * * * * * * **
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* * * * **
14033 ATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTTGAATAA-ATTACTAAAAATTGCAAAAA-AA---TTT
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* * * * * * * * * *
14092 TACGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAAATGTTCATATAGCCT
128 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
14147 TAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAGTCTCTTAGTTATTAATTTTT-AG
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * * * **
14211 AATATTATTACATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAACTTGTGTGAA-CAGAAATAATCATTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTA
* * * * ** *
14274 TGAGATAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTATTCAAATAGTCA
130 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
14327 TAACTATTTAAACTGGTTCGGTAAACAGATTAACTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
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* * *
14392 ATATTAGTAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTA
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
14455 TGACAAAAC-AAAAGTTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCA
130 TGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
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* * ** * * * * ** * * *
14570 GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT-ATATCAAATAAACTTTTGTGTA-CTGAAATAGTTATT
63 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TTGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTT
* * * * *
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* *
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1 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TG
* * * * * ** *
14744 TAATGTTAATAAATTAGTATTATTATATTTTGAATAAGCATGTATGAAT-TGAAACAATTATGTT
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* * ** * * * *
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* * * * * * ** * **
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* * * ** * *
14982 TACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGACG
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* * * * * *
15037 TGACTATTTAAACTTGTTC-GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-A
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * ** * * *
15100 GAATAATAATAAATTAATATTATTTT-ATTCCACAAAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
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* * * * *
15163 TATGATAAAAC-AAAAGAACATAATGATTTGAAATATATAACTATTCAAAAAGTCA
128 TATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
15218 TAACTATTTGAACTTGCTC-GATAAATAGATTTATTATTTAAATATTTTATTTATTAATTTTAGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *
15282 AATATTAATAAATTAGCATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGGTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTTTT
* * * ** ** **
15345 ATAACTAAATAAATTGTTTTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
129 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** *
15399 TAACTATTTGAA-TGTGTTTAGCAAATGTATTTATGTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-A
1 TAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* * * * *
15461 GAATTTTAATAAATTTA-TATTGTTTT-ATTTGAAATAAGCTTGCATGAA-CAAAACCAATTATT
65 -AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAATCAAAAACAATTGTT
** * * ***
15523 TTATGACAAAACAAATGGTCATATTGTTTTGAAATAGATAATTATTTTGATAGTCA
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11509 TAATGATTTT
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11292 TGTATGATGA
* * * * *
11302 AAAACAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGG
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* *** * *
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* * * * *
11432 TGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTTTTTATAT-AA-A-CTATG
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* *
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* * * ** *
11541 TCATAATTATTTGAACTTATTCGATAAAC-AAATTTATTTTTGTAAAT-TCCTTGCTTATTAAAT
66 TCATAACTATTTGAACTAATTCAATAAACTAAATTTATTTTT-TAAATCTCC-AACTT-CTAAAT
* ** *
11604 TTCT-AAATGTTAACAAAATGTTATTATTTTATTTCAAATAAATATGTATG
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* * * * *
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*
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Found at i:15904 original size:19 final size:18
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15870 TGTTTGCAAA
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* *
15898 GACTATTT-GAACAATTAT
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ACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:16219 original size:180 final size:177
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15875 GCAAAACTAT
* * *
15885 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCCTTTGTTTTGTCA
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* * * * * * * * *
15950 TAGAACAAATGTTTTTGTTCCTATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
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* *
16015 CAAAAATTAATACA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTGCCAAACCAG
129 -AAAAATTAATA-AGTAA-AGATTTAAAAAATGAATCTGATTGCCAAACCAG
* * * * * * * *
16066 TTCAATTAGTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCATTTATTTTATCA
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* * *
16131 TAAAGCAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTCAAATAAAGTAATGCTAAGTTATTAATATTT
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* * * **
16195 GGAAAATTAATAAGTAACAGATTTAGAAAATGTATCT-ATTGGCCTGACCAG
129 -AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATGAATCTGATT-GCCAAACCAG
* * ** * * *
16246 TT-AAATAATTATGATTGTTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCA
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* * * ** * * *
16310 CAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTCGAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATT-
* *** *
16375 TAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTAAACAAG
128 TAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATGAATCTGATTGCCAAACCAG
* * * * * * *
16422 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
* *
16487 TAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAAT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAAT
16526 CTATTTACTG
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 83, Indels: 26
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TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTAA
AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATGAATCTGATTGCCAAACCAG
Found at i:16567 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 16422--16644 Score: 313
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
16412 ATTAAACAAG
* *
16422 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTATCA
* *
16487 TAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAATCTATTTACTGAATAAT
66 TAAAACAATTACTTT-TATTCATACAAGCTTAT-TCAAATCTATTTACTGAATAAT
* * * * * *
16542 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTATCA
* *
16607 TAAAACAATTACTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAT
66 TAAAACAATTACTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAT
16645 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 12, Indels: 3
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 6 0.07
120 81 0.90
121 3 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (119 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTATCA
TAAAACAATTACTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAATCTATTTACTGAATAAT
Found at i:16811 original size:302 final size:295
Alignment explanation
Indices: 16248--16825 Score: 667
Period size: 297 Copynumber: 1.9 Consensus size: 295
16238 CTGACCAGTT
* **
16248 AAATAATTATGATTGTTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
1 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
* * ** *
16313 AATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTCGAATTTATTAATATTCTAA
66 AACAATTCTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATTC-AATTTATTAATATTCTAA
* * * ** * **
16378 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTT
130 AAATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTT
* ** * * *
16443 GAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTATCATAAAATAATTTTTTCTATTCA
195 GAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTATCATAAAATAATTGTATCAATTCA
16508 TACAAGCTTATCTCAAATCTATTTACTGAATAATTTC
260 TACAAGCTTAT-TCAAATCTATTTACTGAATAATTTC
* * ** * * *
16545 AAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAA
1 AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
* * *
16610 AACAATTACTTT-TGTTCATACTAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATT-AATTTGTTAATATTT
66 AACAATT-CTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAAT--TATTCAATTTATTAATATTC
* *
16672 TGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAAT
127 TAAAAATTAATAAG----AGAT-TAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAAT
* * * * *
16737 AACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTA
187 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTATCATAAAATAATTGTA
* *
16802 TCAATTCATATAGGCTTATTCAAA
252 TCAATTCATACAAGCTTATTCAAA
16826 ATAAAATAAT
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 41, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
296 4 0.02
297 107 0.46
298 3 0.01
299 4 0.02
301 9 0.04
302 104 0.45
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (295 bp):
AAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATAATGACCTTTTGTTTTGTCACAA
AACAATTCTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTATTCAATTTATTAATATTCTAAA
AATTAATAAGAGATTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATCACTATAACCTTTTGTATTATCATAAAATAATTGTATCAATTCAT
ACAAGCTTATTCAAATCTATTTACTGAATAATTTC
Found at i:16973 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16522--17016 Score: 600
Period size: 182 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
16512 AGCTTATCTC
* * * * **
16522 AAATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * * *
16587 TATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAATTAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTCTGTTCATA-TAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * ** *
16652 ATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAAT
129 ATAATAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATATAAAAAAAT
* * * * * *
16704 AAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
**
16769 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGT-TCTGTTCATATA-GCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
16834 ATAATAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGAT-TTAAAAAAT
129 ATAATAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATATAAAAAAAT
* * *
16885 GAATCTATTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCCT
1 AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* *
16949 TATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTCTGTTCATA-TAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
17013 AATA
128 AATA
17017 TGAATTTACC
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 42, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 93 0.35
181 34 0.13
182 139 0.52
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTCTGTTCATATAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
AATAACTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATATAAAAAAAT
Found at i:17111 original size:101 final size:100
Alignment explanation
Indices: 16930--17125 Score: 261
Period size: 101 Copynumber: 1.9 Consensus size: 100
16920 TATTTGAACA
* * * *
16930 ATTATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTGTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
**
16995 GCTTATTTCAAATAAAATAATA-TGAATTTACCAAT
66 AATTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTTACCAAT
* * * *
17030 ATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTTGTGTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTGTTGCCAT-AAAACAATTGTTTCTATTCATACA
17095 AAATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
65 AAATTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
17126 TTAATAGTTT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 10, Indels: 5
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 38 0.46
101 44 0.53
102 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (100 bp):
ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTGTTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
AATTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTACCAAT
Found at i:17468 original size:457 final size:459
Alignment explanation
Indices: 16263--17475 Score: 1059
Period size: 457 Copynumber: 2.6 Consensus size: 459
16253 ATTATGATTG
* * * * * *
16263 TTTGAGTAATTATCTATTTCAAATCA-TAATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAATAATTGTTTCTG
1 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAGT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-A
* *** * * *** * *
16327 TTCATACAAGCTTATTTGGAATAACATTATTCGAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAAT----A
64 TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAACTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGCA
* * * ** * *
16387 AGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTA
128 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTAGAACAATTA
* * * * * *
16452 TCTATTTCAATTTGC-TATAACCTTTTGTATTA-TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGC
192 TCTATTTCAA-ATCCTTATGACCTTTTGT-TTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGC
* *
16515 TTATCTCAAATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAC-A-ATTATTTATT
255 TTAT-T----TC-----A---AATAA----AAATA-ATATGA--ATTT-ACCAATATTATTTATT
** * * * * **
16578 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTACTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAA
299 TCAAATCATTATGACCTTTTGTGTTGTCATAAAACAATTACTTTTATTCATACAAAATTATTCAA
* * *
16643 ATTAAAATAATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAATAAAT
364 ATTAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTTGAAAATTAATAAG---AAGATATAAAAAAATAAAT
*
16708 ATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
426 ATGTTTACAGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTA
* * *
16742 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTATCAAT
1 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATC-AT
* ** * * *
16807 TCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATAATAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGCAAG
65 TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAG
* * * *
16872 AGATTTAAAAAATGAATCTATTTACTAAACAAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
130 AGATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTCAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCT
* **
16937 ATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATT
195 ATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATT
* *
17002 TCAAAT-AAAATAATATGAATTTACCAATATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTTGTGTTG
260 TCAAATAAAAATAATATGAATTTACCAATATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTGTTG
*
17066 TCATAAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTA
325 TCAT-AAAACAATTACTTT-TATTCATACAAAATTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
17129 ATAGTTTGAAAATTAATAAG-AGAT-TTAAAAACTAAATCTGTTTACTAG-ACAA-TTTAAATAG
387 ATAGTTTGAAAATTAATAAGAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTAC-AGAACAAGTTCAAATAG
* * *
17190 TTATGAGTA
451 TAATAACTA
** * * *
17199 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTC-TG
1 TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCAT-
* * * ** * * *
17262 TCTATACAAACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAAC-TAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTA
65 TC-ATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAAT-AACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCA
* * * *
17326 AGAGATTTACAAAATAAATATATTTATCGAATC-TGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATT
128 AGAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CGAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTAGAACAATT
* * ** *
17390 ATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCGTACATA-C
191 ATCTATTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACA-AGC
17454 TTA-TTCTAAATAAAAATAATAT
255 TTATTTC-AAATAAAAATAATAT
17476 TATTTTATTA
Statistics
Matches: 623, Mismatches: 89, Indels: 65
0.80 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
454 1 0.00
455 2 0.00
456 97 0.16
457 134 0.22
458 33 0.05
459 5 0.01
460 2 0.00
461 5 0.01
462 37 0.06
463 68 0.11
464 7 0.01
468 1 0.00
469 3 0.00
472 1 0.00
477 2 0.00
479 100 0.16
480 4 0.01
481 5 0.01
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483 37 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (459 bp):
TTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTATCATT
CATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATAATAACTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGA
GATTTAAAAAATAAATATATTTACGAAACAAGTTCAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTA
TTTCAAATCCTTATGACCTTTTGTTTAGCCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
CAAATAAAAATAATATGAATTTACCAATATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTGTTGT
CATAAAACAATTACTTTTATTCATACAAAATTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTATTAATAG
TTTGAAAATTAATAAGAAGATATAAAAAAATAAATATGTTTACAGAACAAGTTCAAATAGTAATA
ACTA
Found at i:18116 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 17030--20041 Score: 2393
Period size: 181 Copynumber: 16.8 Consensus size: 179
17020 ATTTACCAAT
* * * * * * *
17030 ATTATTTATTTTAAATCATTATGATCTTTTGTGTTGTCATAAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTTTTTCTGTTCATACA
** * *
17095 AAATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAGTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *
17156 AAAACTAAATCTGTTTACT-AGA-CAATTTAAATAGTTATGAGTATTTGAATA
129 AAAA-TAAATTTGTTTACTGA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * *
17207 ATTATCTATCTCAAATTGGTATGATC-TTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTG-TCTATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTC-ATACA
* * * * * ** * *
17270 AACTTATTCAGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATTTATAAGTAAGAGATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
17335 CAAAATAAATATATTTA-TCGAATCTGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAATA
129 -AAAATAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * ** *
17387 ATTATCTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCGTACAT
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACA-
* * * * *
17452 A-CTTATTCTAAATAAAAATAATATTATTTTATTAACATTTAGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATT
65 AGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATT
* ** * * * * *
17515 TAAAAACATAAATTTGTTAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATCTGAACA
127 T-AAAA-ATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * *
17570 ATTATC-ATTTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA-TGTTTCAT-TTCATAA
1 ATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-TGTTCATAC
* * * * * ** *
17632 AACCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AATTTGGAAATT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT-AATAAGTAAGAGATT
*** * * * * * * *
17696 TAAAACATAAATCAATTTATTCAATCAATTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACA
127 TAAAA-ATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * **
17750 ATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TCATCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATACA
* * * * *
17814 AGCCTATTTAGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T
65 AGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
*
17877 -----T--ATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAATA
128 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * *
17922 ATTATATATTTCAAGTCGTTATAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACA
* ** * * * * *
17987 AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAACTAATAATATTATGAAAATTAATAATTATGAGATTTG
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
** * *
18052 AAAATAAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATA
129 AAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATA
* ** * * *
18103 ATTATCCATTTCAAATAATTATGTA-CTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTT-TGTTCATAT
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTCTGTTCATAC
* * * * *
18166 AAGTTTGTTTAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
18227 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAATA
128 -AAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * * * *
18280 ATTATTTATTTCATATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTGATAC-A
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
*** * * *
18344 GTCTTATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATAGTTTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTA
66 G-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * *
18409 AATAATGAATCTGTTCACCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATA
129 AA-AATAAATTTGTTTA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * *
18461 ATTATCTAGTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCA-CAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
* * * * * *
18525 ACTTATTCAGAATAACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
18590 AAACTAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACA
130 AAA-TAAATTTGTTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* ** * * * * * * * *
18641 ATTATCTATTTCAAATTGCCATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATTTTTGCTATTCTTATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
* * * ** * * * *
18706 GCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAAGTTATT-ATCCCTTAGATAATTAATAAGCAAAACATTT
66 GCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* **
18769 GAAAAATAAATCTGTTTA-TGAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTA
128 -AAAAATAAATTTGTTTACTG-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TA
* * * * *
18823 A-TATTTATTTCAAATC-AT-TGACCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTT-TGTTTATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATACA
** * * * * * *
18884 AGCTTATTCGGATTAAAATAATATTAGTTTATTAATATTTTGACAGTTAATAAGTATA-AGATTT
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTA-AGAGA-TT
* * * * *
18948 TAAAAATAAATATGTTTGCTGAACAAGTT-AAATAGTTATAATTATTTGAATA
127 TAAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * ** * * *
19000 ATAATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTCATCAT-AAACAATTGTATCAT-TTCATATA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTC-TGTTCATACA
* * * * *
19063 GGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTCTAAAAATTAATGAGAAAGAGATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* * *
19128 AAAAATGAATTTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-A
128 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* *
19179 ATTTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTT-TGTTCATAC
1 A-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATAC
** * * *
19243 AAGCTTATAT-TGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATT
64 AAGCTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * **
19306 TAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACC
127 T-AAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * *
19360 ATTATCTATTGCAAATTGTCATGACCTTTTG-TTTATCATAAACCAATTCTTTT-TGTTCATACA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATACA
* ** * * * *
19423 AGCGTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTA
65 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-
* **** * *
19488 AAAAATAAATTTGTTTACCGCGTAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACA
128 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * ** * * * * * *
19540 ATCATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCACATAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
* * *
19605 GTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-A
* ** * * * * *
19670 AAAATAAATTTGCTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAATA
129 AAAATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * *
19721 ATTACCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAA
1 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
** * * *
19786 AATTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTACTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAA
66 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * *
19847 AAACTAAATCTATTTACTGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
130 AAA-TAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
* * * * * *
19898 ATTATCTATCTT-AGACCGTTATG--CTTTTCATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTTTTCATAC
1 ATTATCTAT-TTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAC
* * * * *
19960 CAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
64 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
*
20025 AAAAAATAAATGTGTTT
128 -AAAAATAAATTTGTTT
20042 GTCAAACTAG
Statistics
Matches: 2270, Mismatches: 458, Indels: 211
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 94 0.04
173 43 0.02
174 4 0.00
175 64 0.03
176 99 0.04
177 205 0.09
178 53 0.02
179 285 0.13
180 597 0.26
181 626 0.28
182 124 0.05
183 76 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATACAA
GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AATAAATTTGTTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
Found at i:20489 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 20080--21473 Score: 995
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 180
20070 TTTTGTCATA
* * * * *
20080 AAACACATTCAAATAGTTATTATTAGTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
1 AAACA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
20145 TTTGTCATAAACCAA-TGTTTCTATTCAAACATG-TGTATTCGAAATAAAATAATGCTAGTTTAT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
20208 TCATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATCTAAAAAAAATAAATCTATTTA-C
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-T-TAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * *** * * *
20261 TGAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGGATGAACAAGTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTG
1 -AAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
* * * * *
20326 TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATTTAT
64 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
20391 TAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * *
20443 AAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGT
1 AAACAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
* ** * * ** * * *
20508 TTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATATTTATCTAT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
20572 TAATAATTT--GAAA--AATAA-TAAGAGATTT-AAAACTAAATCTATTTTTTG
129 TAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATC
* * * * *
20620 AAACAATTAAAATAGTTATGACTATTTGAACTATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTAT-T
1 AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT-TGT
* * * * * * *
20684 TTT-TTATAAAATAATTGTTTCTTTTAATACAACCTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTAA
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
20747 TAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATC
* ** * * *
20800 AACCAATTCAAATAGTTAACACTATTAT-ATCAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGT
1 AAACAATTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
* * * * * *
20864 TTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
20928 TAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTGTTTATT
129 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATC
* * * * *
20981 GAACAAGTTTAAATAGATT-GGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTTAAAGTCA-TTATGAC
1 AAACAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT-TATCT-A-T-TTCAAA-T-AGTTATGAC
* ** * * * * * **
21044 CTTTTCTTCCATTATAAAATAA-TGTTTC-AGCTCATAGAAACTTATCCGAAATAAAATAATACT
58 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
* * * * * * *
21107 ACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTC
122 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * *
21166 GAATCAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCA-TTATGATC-TTT
1 -AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * * * *
21228 GTTTTCTCTTAAAATAATTGTTTC---TCAT-CATGCTTATTTG-GATAAAATAATAATAATTTA
63 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
21288 ATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTG
128 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATC
* * * * * * * * * *
21338 AACCAATTCGAATAATTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTAATCATTTGT
1 AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGT
* * * *
21402 TTAATCATATAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAACTTATTCT-AAATAAAATAATACTAATTTA
65 TTTATCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTA
*
21465 TTAACATTT
128 TTAATATTT
21474 ATTTATTTCA
Statistics
Matches: 962, Mismatches: 201, Indels: 103
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
171 65 0.07
172 29 0.03
174 8 0.01
175 81 0.08
176 78 0.08
177 50 0.05
178 9 0.01
179 27 0.03
180 86 0.09
181 213 0.22
182 107 0.11
183 68 0.07
184 7 0.01
185 34 0.04
186 73 0.08
187 27 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
Found at i:21403 original size:538 final size:530
Alignment explanation
Indices: 20322--21472 Score: 1270
Period size: 538 Copynumber: 2.1 Consensus size: 530
20312 GTTATGATCT
** * ** *
20322 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAAT
1 TTTGTTTAATCAT-AAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
* ** * * * *
20387 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTT
65 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTT
* * * ** * *** *
20452 CAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTTGTA
130 CAAATAGT-ATGACCATTTGAACAATTAACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTCCATTATA
* * ** * * *
20517 AAACAATTGTTTCTATTTATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATATTTATCTATTAATAATTTG
194 AAACAATTGTTTCTACTCATGCAAAATTATCGAGAATAAAATAATATCTATCTACTAATAATTTC
* *
20582 AAAAATAATAAGAGATTTAAAACTAAATCTATTTTTTGAAACAATTAAAATAGTTATGACTATTT
259 AAAAATAATAAGAGATTTAAAACTAAAACTATTTTTCGAAACAATTAAAATAGTTATGACTATTT
* * * * *
20647 GAACTATTATCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTATTTTTTTATAAAATAATTGTTTCTTTTAAT
324 AAACAAATATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTTCTATAAAATAATTGTTTC--TTAAT
*
20712 ACAACCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGTAAAAGAT
387 ACAACCTTATTCAAATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAAG---AAGAT
* *
20777 TTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAACACTATTATATCAATTATCTATT
449 TTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAATAATTAACACTATTAAATCAATTATCTATT
** * *
20842 TCAAATTGTTCTGACCT
514 TCAAATCATTCTAACCA
20859 TTTGTTTAATCATAAAGCAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
1 TTTGTTTAATCATAAA-CAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAAT
**
20924 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAGATAAATCTGTTTATTGAACAAGT
65 TTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTGTTTATCAAACAAGT
* *
20989 TTAAATAG-ATTGGACTATTTGAACAATCAATCTAACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTC
129 TCAAATAGTA-T-GACCATTTG---AA-CAAT-TAACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTC
* * *
21053 CATTATAAAATAA-TGTTTC-AGCTCATAG-AAACTTATCCGA-AATAAAATAATA-CTACTTTA
187 CATTATAAAACAATTGTTTCTA-CTCAT-GCAAAATTAT-CGAGAATAAAATAATATCTA-TCTA
* *
21113 CTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTTAAAAACTAAAACTATTTTTCGAATCAATTTA
248 CTAATAATTTCAAAAA-TAATAAG--A--GATTT-AAAACTAAAACTATTTTTCGAAACAATTAA
*
21177 AATAGTTATGACTATTTAAACAAATATC-ATTCTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTCTCT-TAA
307 AATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCTA-TCTCAAATCATTATGATCTTTATTTT-TCTATAA
* ** *** **
21240 AATAATTGTTTC-TCAT-CATGCTTATTTGGA-TAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTAAAA
370 AATAATTGTTTCTTAATACAACCTTATTCAAATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTACAAAA
* *
21302 ATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCGAATAATTAAGACTATTAG
435 ATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAATAATTAACACTATTA-
* *
21366 AAT-AATTATCTATTTCAAATCATTTTAATCA
499 AATCAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCA
* * * * **
21397 TTTGTTTAATCATATAATAATTGTTTTAGTTCATACAAACTTATTCTA-AATAAAATAATACTAA
1 TTTGTTTAATCATA-AACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACTAA
21461 TTTATTAACATT
64 TTTATTAACATT
21473 TATTTATTTC
Statistics
Matches: 518, Mismatches: 72, Indels: 47
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 4 0.01
537 91 0.18
538 172 0.33
539 5 0.01
541 14 0.03
542 84 0.16
543 46 0.09
544 4 0.01
546 6 0.01
547 90 0.17
548 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (530 bp):
TTTGTTTAATCATAAACAATTATTTCAATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
TATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTC
AAATAGTATGACCATTTGAACAATTAACTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTCTTCCATTATAAA
ACAATTGTTTCTACTCATGCAAAATTATCGAGAATAAAATAATATCTATCTACTAATAATTTCAA
AAATAATAAGAGATTTAAAACTAAAACTATTTTTCGAAACAATTAAAATAGTTATGACTATTTAA
ACAAATATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTTCTATAAAATAATTGTTTCTTAATACAA
CCTTATTCAAATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTACAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAA
ATAAATATGTTTGCTGAACCAATTCAAATAATTAACACTATTAAATCAATTATCTATTTCAAATC
ATTCTAACCA
Found at i:22559 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 22233--22647 Score: 468
Period size: 179 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
22223 CACATCTTAC
* * * * *
22233 AAGCTTATTCAAAATAAAAAT-ATTCCAAATTTATTGACATTCAAAAAATTAATAAGCTAAAGGT
1 AAGCTTATTCAAAAT-AAAATGA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCTAAAGGT
* * *
22297 TTGAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTTAAAACAGTTATGACTATTTGACAATTATTTTT
64 TTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGATTAAAACAGTTATGACTATTTGACAATTATTATT
* * * *
22362 TAAAATCATTACGACCTTTGGTTTTAATATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA
129 GAAAATCATTACGACCTTTGATTTTAATACAAAACAATTGTTTCAATTCATAA
* * *
22415 AAGCTTA-TCCAAATAAAAT-AGTACTAATTTCTTAATATT-TCAAAATTAATAAG-T-AAGAGT
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATGA-TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCTAAAG-GT
* * * * *
22475 TTAAAAAAAATAAATTTTTTTAC-AAACAA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTCT
64 TT-AAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGATTAAAACAGTTATGACTATTTG-ACAATTAT-T
* * * ** * *
22538 ATTGAAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTTACAAAATAATTGTTTCAATTCATAC
126 ATTGAAAATCATTACGACCTTTGATTTTAATACAAAACAATTGTTTCAATTCATAA
22594 AAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
1 AAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
22648 AGATTTAAAA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 31, Indels: 15
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 23 0.12
178 18 0.09
179 81 0.42
180 47 0.24
181 19 0.10
182 7 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.07, T:0.38
Consensus pattern (181 bp):
AAGCTTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGCTAAAGGTTT
AAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGATTAAAACAGTTATGACTATTTGACAATTATTATTGA
AAATCATTACGACCTTTGATTTTAATACAAAACAATTGTTTCAATTCATAA
Found at i:23207 original size:174 final size:174
Alignment explanation
Indices: 22905--24806 Score: 405
Period size: 180 Copynumber: 10.6 Consensus size: 174
22895 TTTATTCTGT
** * *
22905 CATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATATAGTAATAT
1 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATATAGTAATAT
* * ** *
22970 TTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACTAGTTCTAATAATTA
66 CTTCAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCCTGAACTAATTCTAATAATTA
23035 AGACCATATT-AACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTTGTTTTGC
131 AGACCAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTTGTTTTGC
* * * * *
23079 CATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATA
1 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAAT-AATATAGTAATA
** * *
23143 -CTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCT-AA-TCAATT-TAAAT
65 TCTTCAAAA-TTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CCTGAACT-AATTCT-AAT
* * * * *
23204 AATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGT
126 AATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTC-AA--A-T-TG--TTTTTGTTTTGC
* * * *** * * * * * * * *
23260 CACAAAATAAATATTTTTGTTCATATAGGTTTGTTC-AGAATAAAAAAAATACTAATTTATTAAT
1 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AAT-AAAATAATAATAATATAGTAAT
* * * * * ** * *
23324 AT-TTCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAGAAAATAAATCTATTTACCAAAAC-AATTCAAATAG
64 ATCTTCAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CCTGAACTAATTCTAATAA
* * * * * *
23384 TTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGATT-TTTTTC
128 TTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-T--TTGTTTTGC
* * * * * * * *
23433 TATTATAAA-ATAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTC-AGATTAAAATAATACTAATTTATT
1 CA-TA-AAACA-ATTA-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAATAATATAGT
** * * ** *
23496 AATAT-TTCAACAATTAATAA-TAAAA-ATTTTCAAAGTAAATATGTTTATTG-ACTAGA-TCAA
61 AATATCTTCAA-AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCCTGAACTA-ATTCTA
* * * * * * * * *
23556 ATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTGAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGT
124 ATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG-T-T----TTT-GTTTTGC
* * * * *
23614 CATAAAA-AATTTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGT-TATTAAT
1 CATAAAACAA-TTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAA-TATAGTAAT
* * * * * * *
23677 AT-TTCAAAAATTAATTATTAAGAGATTT-AAAAATGAATATATTTACTTTGAAC-AAGTT-TAA
64 ATCTTC-AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-C-CTGAACTAA-TTCT-A
** * * * * * *
23738 ATAATTGTGACTATTTTAAAAATTATCTACTT-GAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGT
124 ATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTG---T----TTTTGTTTTGC
** * * * *
23795 CATAAAATGATT-TTTCCTATTCATACAAGCCTTTTTC-TAATAAAATAATACA-AAT-T--TAT
1 CATAAAACAATTATTT-CAATTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATA-ATAATATAGTAA
* * * * **
23854 TATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATATG-TTCACCAAAC-AATGT-TC
63 TATCTTCA-A-AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTC-CTGAACTAAT-TCT-
** * * *
23915 AATCTTTATA-ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTC
123 AATAATTA-AGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA----T-TG--TTTTTGTTTTG-C
* ** * * * * * * *
23975 AATAAAACCAAATGGTTTCTTATTTATACAAGCTTTATT-GGATTAAAATAATATTAATTTATTA
1 CATAAAA-C-AATTATTTC-AATTCATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAATAATAATATAGTA
* * *
24039 ATAT-TTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-TAAATT-TAA
62 ATATCTTCAA-AATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCCTGAACT-AATTCT-A
* * * * * * * *
24101 ATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATTATTGTGACCTTTTGTTTTG-
124 ATAATTAAGACCATTTGAACAATTATCTA-TTTCAA--ATTGT----TTTTGTTTTGC
* * * * * * * *
24158 TAGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTA-TCTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 CA-TAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATAATAATATAGTAAT
* * * * * * * * *
24222 AT-TCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACC-AAAC--ATGTTTAAAT
64 ATCTTCAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CCTGAACTAAT-TCT-AAT
* * * * * *
24283 AGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTTTGT
126 AATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTC--AA-A-T-T-G-TTTTTGTTTTGC
* ** ** * * *
24339 TATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAAT
1 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATAAT-AATATAGTAAT
* * * * ** * *
24402 AT-TTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAGTATATTTTTTGAAC-ACGTTCAAATA
64 ATCTTC-AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTCCTGAACTA-ATTCTAATA
* * * * **
24464 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATGTCCTTTTGTTTTAT
127 ATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA----T-TGT--TTTTGTTTTGC
* * *** * * * * ** *
24519 CATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAGAAAAAATAACT-TCTTAAA
1 CATAAAACAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA-TAATAATAA-TATAGTAAT
* * ** * *
24583 AGAC--CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCT--AGGAGTTCAAAT
64 A-TCTTC-AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-CCTGAACTAATTCTAAT
* * * * * *
24644 AGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGT
126 AATTAAGACCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA----T-TG-T-TTTTGTTTTGC
* * * * ** * * *
24700 CATAAAATAGTTGTTTCCAA-TAATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 CATAAAACAATTATTT-CAATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATATAGTAATA
* * * *
24764 T-TCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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502 TAAAAATTTAAAAAATAAATATATTCACCAAACAC-GTTC
* * * *
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* * *
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** * * *
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* * * * *
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* * * *
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** * **
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324 AAGAGATTTAAAAATGAATATATTTAC--CAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTAGAAAAAT
* ** ** *
23761 TATCTACTTGAATTGC-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTCCTATTCATACAAG
387 TATCTACTTCAA-AACATATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTT-CTATTCATACAAG
*
23824 CCTT-TTTCTAATAAAATAATACAAATTTATT-ATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT
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* *
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** * * *
23915 -AATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATC-ATA
* * * *
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*
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* * * * *
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*
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255 TGTTTCAA-TCATATAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTA
* * * * * *
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* * ** * * *
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*
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* *****
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511 AAAAAATAAATATATTCACCAAACACGTTC
* * * *
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1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * * * * * * ***
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* * * ** * *
24588 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCT--AGGAGTTCAAATAGTTATG
130 AACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTGAATAAATTCAAATAGTCATG
** *
24651 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTT
195 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAGTTGTTT
* * **
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260 -CAATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAA-
* * * * * * ** * * * **
24781 TT-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTCACAAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ACCCATTTGAACT
322 TTAAGAGATTT-AAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGA-CTATTAGAAAA
* ** * * * *
24844 ATTATCTATTTCAAATAGTTATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAAATTGTTTCTATTCATAC
385 ATTATCTACTTCAAA-ACATATAAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGGTTCTATTCATAC
** * *
24908 AAAATTA-TTCAGAA-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTT
447 AAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTT
* * * * *
24968 AAAAACA-AAATCTATTTATCGAAC-CAATTC
511 AAAAA-ATAAATATATTCACCAAACAC-GTTC
* * * ** * ** **
24998 AAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTCATTTGGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * * ** * *
25062 AATAATTGTTT-TTATTCACACTAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATA-TTCT
66 AACAATAGTTTCTTATTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-
* * * ** * * *
25125 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATATGCTTAT-AGAACCAGTTCAAATAGTTAAG
130 AACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTGAATAAATTCAAATAGTCATG
* * * *** * * * *
25185 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-TTCTT
195 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGTTGTT
* * * * * * * * * *
25249 TTAGCTCATACATGATTATTTGAAATAAAATGATACTAATTTATTAACATGT-AGAACATCAA-A
259 TCA-ATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TCA-AAAATTAATA
** * * * * * * * *
25312 ACACAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAAAAGTTTAAATAGTTATAACGATTTA-A
321 A-TTAAGAGA-TTT-AAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTA-TTAGA
* * * * * * * * *
25376 ACAATTATCAATTTAAAATAAATATAACCTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTG
382 AAAATTATCTACTTCAAA-ACATATAACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA--TTC
* * * ** * * * * * *
25440 A-AAAAGCTTATTTGAGATAAAATAATATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGAT
443 ATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAA
* * * **
25504 ATTTAAAAATTAAGTCAGT-TT-ATCAAA-TTGATTC
507 ATTTAAAAAATAAAT-A-TATTCACCAAACACG-TTC
* * * * * * * *
25538 AAATAACTGTA-G-CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAAC-TTTTCTTTTGTCA
1 AAAT-AGT-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT-GACTTTTTGTTTTATCA
* * * ** *
25600 TAAAACAATTGTTT-TTCA-TCATATAAGCCTATTTGGGA-TAAAATAATACTAATTTATTAATA
63 TAAAACAATAGTTTCTT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATAATAATTTATTAATA
* * ** *
25662 TTT-AAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTA-C----TAAA-T----TGG
126 TTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCTGAATAAATTCAAATAG
* * * ** * * * ** *
25715 T--T-TCTATTTGAA-CATTATCTATTTC-AATTACTATAACCTATTATTAAGTTATAAAATAA-
190 TCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAG
* * * * * *
25774 -TGTTTTACTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT
254 TTGTTTCA-ATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATT
* * * * ** ** * * *
25838 AATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTGCTGAAGTAGTTCT-AACAGTTAAGACTA-TA
317 AATAATTAAGAGATTT-AAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTT-TAAATAATTATGACTATTA
* ** * * * * * *
25899 TGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTC-AGTT
380 -GAAAAATTATCTACTTCAAAAC-ATATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTA-TT
* * * **
25963 CGTACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAATTTTAATAAGTAAG
442 CATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-
** * * * * ** * *
26027 TGGATTTAAAAAGTGAATTTGTTGTCGAATCTA--TTC
505 -AAATTTAAAAAATAAATATATTCACCAAAC-ACGTTC
* * * * * * * * ** * * * *
26063 AAATAATTATGGCCATATCAATAATTATCTATTTCAAGTCAATTATTACCTTTTGCTTCATCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-TGTTATGACTTTTTGTTTTATCATA
* * ** * * * * * * *
26128 TAACAAT--TTTATT-TGAAAGTTCAATCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATCTT
65 AAACAATAGTTTCTTAT-TCA-TACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAATAATTTATTAATATT
* * * * * *
26190 TC-ACAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGACTTAGTTCAAAGAGTT
128 TCAAC-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTGAATAAATTCAAATAGTC
* * * * * * * *
26249 TTGACTATTTGAACAATTATTAAACTTGAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T
192 ATGACTATTTGAATAATTATT-TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGT
* * * * * * * * * *
26313 TATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAACAATAACACTGATTTAATAATATTCCAAAAATT
255 T-GTTTCAATCATATAAGCTTATTCGAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATT
* * ** * * *** * * * * *
26378 AATAACT-AGAGAATTAAAAAAAAATTTCTTCGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAGACTA-TAG
317 AATAATTAAGAGATTTAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAATT-ATGACTATTAG
* * * * ** *
26441 AATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTAAT
381 AAAAATTATCTACTTCAAAACA-TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA---TTGGTTCT-AT
* * ** * **
26506 TCATACTAGATTATTTGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAC
441 TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-
* * * * * * *
26571 AGATTTAAAAAATAATTCTATTTACGTAACCAAGTTC
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* * * * * * * ** *
26608 AAATAATTATGA-TAATTGAATACTTATCTATTTCAAATCGTTATTAAATTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAA
* * * * * * * *
26672 AATAA-ATGTTT-TTATTCATATAAGTTTGTTC-GAAATAAAGTAATACTAATATATTAAATATT
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*
26734 T-AAAAATTTAATAAGT
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Statistics
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ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCTGAATAAATTCAAATAGTCATGA
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AATCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAATTAA
GAGATTTAAAAATGAATATATTTACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTAGAAAAATTATC
TACTTCAAAACATATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATT
TCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAA
TATATTCACCAAACACGTTC
Found at i:24283 original size:180 final size:178
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Indices: 22825--26749 Score: 2147
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22815 TTAATAAAAG
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22825 ATGTTTACTAAACCAATTAAAATAATTATGACTATTTAAACAATTGTATACTTCAAATCATTATA
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22890 ACCATTTTATTCTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATA
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* * ** * * *
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* **** * * * * *
23007 TTGTTTGTTGAACTAGTTCTAATAATTAAGACCATATT-AACAATTATCTATTTC-AA--A-T-T
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* * * * * *
23066 G--TTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-A
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* * * * *
23128 ATGAATTTATTAATACTTCAAAATTTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATT
128 CT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
23181 TTGTTTACCTAATCAATTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
1 ATGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * * * * * *
23246 ACCTTTTATTTTGTCACAAAATAAATATTTTTGTTCATATAGGTTTGTTCAGAATAAAAAAAATA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AAT-AAAATAATA
* *
23311 CTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAGAAAATAAAT
128 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * ** *
23359 CTATTTACCAAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATG
1 ATGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * *
23424 A--TTTT-TTTCTATTATAAAATAATAGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGATTAAAATAATA
65 ACCTTTTGTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATA
* ** *
23486 CTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA-TAA-A-AATTTTCAAAGTAAAT
128 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAAT
*** * * * * * *
23536 ATGTTTA-TTGACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAAATATTTATTTGAAATTGTTATG
1 ATGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * *
23600 ACCTTTGGTTTTGTCATAAAA-AATTTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAAT
* * * * *
23663 ACTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATTATTAAGAG-ATTTAAAAATGAAT
127 ACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * **
23715 ATATTTACTTTGAACAAGTTTAAATAATTGTGACTATTTTAAAAATTATCTACTT-GAATTGCTA
1 ATGTTTAC--CAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTA
* ** * *
23779 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATGATT-TTTCCTATTCATACAAGCCTTTTTCTAATAAAATAA
63 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTATTCATACAAG-CTTATTCAAATAAAATAA
* * *
23843 TACAAATTTATT-ATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAATAAAT
126 TACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* ** * * *
23895 ATGTTCACCAAACAATGTTC-AATCTTTATAACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
1 ATGTTTACCAAAC-A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * ** *
23959 GACTTTTTGTTTTGTCAATAAAACCAAATGGTTTCTTATTTATACAAGCTTTATTGGATTAAAAT
64 GACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAA-C-AATTGTTTC-TATTCATACAAGC-TTATTCAAATAAAAT
* * * *
24024 AATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
124 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
24080 ATGTTTTCTGAATA-AATTTAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATTATTGT
1 ATGTTTAC-CAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * *
24144 GACCTTTTGTTTTGT-AGTAAAACGATTGTTTCAACTCATATAAGCTTATCTGAAATAAAATAAT
64 GACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATAAAATAAT
* * *
24208 ACTAATTTATTAATATTCCAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAAT
127 ACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * **
24260 ATGTTTACCAAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATG
1 ATGTTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * *
24325 GCCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATAC
*
24389 TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAGT
129 T-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAAT
* **** * * *
24440 ATATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTACTTCAAATTGTTATG
1 ATGTTTACCAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * * * *
24505 TCCTTTTGTTTTATCATAAATCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAAGAAAAA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAA-TAATA
* * * * ** * *
24570 ATAACTTCTTAAAAGACCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
128 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * ** * *
24622 TTGTTTACCTAGGAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
1 ATGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
** * * * * * **
24687 TATTTTGTTTTGTCATAAAATAGTTGTTTCCAATAATACAAATTTATTCGAAATAAAATAATACT
66 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT
* *
24752 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
130 AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * *
24802 TTGTTCACAAAACAAGTTCAAATGGTCAT-ACCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCAAA-TAGTT
1 ATGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATTA-TT
* * **
24864 ATGACAC-TTTGTTTTATCATCAAACAAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAA-AAAAT
62 ATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAT
*
24927 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACA-AAAT
124 AATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAA-ATAAAT
* * * * * * * * *
24979 CTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGAGTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG
1 ATGTTTA-CCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* ** * * * * * * * * *
25044 ATC-TTCATTTGGTCATAAAATAATTGTTTTTATTCACACTAGCTTATTCGGAGTAAAATATTGC
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATAC
* * *
25108 TAAATTAATAATATTCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
129 TAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * ** *
25155 ATGCTTATA-GAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAACCATTCT
1 ATG-TT-TACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* * * * * * * * *
25219 AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTCTTT-TAGCTCATACATGATTATTTGAAATAAAATGAT
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAAT
* * * **
25283 ACTAATTTATTAACATGT-AGAACATCAA-AACACAAGA-AATTTTAAAAAATAAAT
127 ACTAATTTATTAATAT-TCA-AAAATTAATAA-GTAAGAGAA--TTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * *
25337 TTGTTTACCAAAAAAGTTTAAATAGTTATAACGATTTAAACAATTATCAATTTAAAATAAATATA
1 ATGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * * * *
25402 ACCTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTTGA-AAAAGCTTATTTGAGATAAAATAA
65 ACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA--TTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAA
* * * * * * * * * *
25465 TATTATTTTATTAAAATTTCAAAAATTGATGAGTTAGATATTTAAAAATTAAGT
126 TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* ** * * **
25519 CA-GTTTATCAAATTGATTCAAATAACTGTA-G-CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
1 -ATGTTTACCAAACAG-TTCAAAT-AGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATT
* * * * * * ***
25581 ATAAACTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCCTATTTGGGATAAAATA
62 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATA
* * * *
25645 ATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAAT
125 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * *
25699 -TCGTTTA-CTAA-A--T----TGGTT-T--CTATTTGAA-CATTATCTATTTC-AATTACTATA
1 AT-GTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * ** * * * * *
25750 ACCTATTATTAAGTTATAAAATAA-TGTTT-TACTTTATATAAGCATATTCAAAATAAAATAATA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* * *
25813 CTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAAT
128 CTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * ** * * * * * * **
25864 -TGTTTGCTGAAGTAGTTCTAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTGTTTCAAATCGTTATG
1 ATGTTTAC-CAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATG
* * * *
25928 ACCTTTTGTTTTGTCATAGAACAATCGTTTC-AGTTCGTACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAA
65 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
** * * * *
25992 CTAATTTATTAATATTTCAAATTTTAATAAGTAAGTGGATTTAAAAAGTGAAT
128 CTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * *
26045 TTGTTGT-CGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCATATCAATAATTATCTATTTCAAGTCAATTA
1 ATGTT-TACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-TATTA
* * ** * ** * * *
26108 TTACCTTTTGCTTCATCATATAACAATT-TTAT-T-TGAAAGTTCAATCTTATTTAGAATAAAAT
63 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TCTAT-TCA-TACAAGCTTATTCA-AATAAAAT
* * * *
26170 AATACTAATTTACTAATCTTTCACAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
124 AATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * **
26222 CTGTTTA-CTGACTTAGTTCAAAGAGTTTTGACTATTTGAACAATTAT-TAAACTTGAAATCGTT
1 ATGTTTACCAAAC--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT--ATTTCAAATTATT
* * * * * * **
26285 ATAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAACAATA
62 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAA-AATA
* * * *
26350 ACACTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT-AGAGAATTAAAAAA-AAAT
125 ATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
26403 TTCTTCGT-CGAACCAGTTCAAATATTTAAAGACTA-TAGAATAATTATCTACTTCAAATCATTA
1 ATGTT--TACCAAACAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTA
* * * * * **
26466 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACTAGATTATTTGGAATAAAA
63 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA---TTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAA
* * * *
26531 TAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAATAATT
123 TAATACT-AATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * * **
26588 CTATTTACGTAACCAAGTTCAAATAATTATGA-TAATTGAATACTTATCTATTTCAAATCGTTAT
1 ATGTTTAC-CAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTAT
* ** * * * * * * *
26652 TAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAGTAATA
64 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATA
* *
26717 CTAATATATTAAATATTTAAAAATTTAATAAGT
128 CTAATTTATT-AATATTCAAAAA-TTAATAAGT
26750 GATTTAAAAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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164 7 0.00
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170 1 0.00
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187 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
ATGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
Found at i:26669 original size:185 final size:179
Alignment explanation
Indices: 26272--26691 Score: 474
Period size: 185 Copynumber: 2.3 Consensus size: 179
26262 CAATTATTAA
* *
26272 ACTTGAAATCGTTA-TAACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGTTTAT
1 ACTTCAAATCGTTATTAA-ATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGATTAT
* *
26336 TTGGAATAACAATAACACTGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAGAGAATTAAAAAAAA
65 TTGGAATAACAATAACAATGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTACAGAATTAAAAAAAA
*
26401 ATTTCTTCGTCGAACCAGTTCAAATATTTAAAGACTATAGAATAATTATCT
130 ATTTCTTCGTC-AACCAGTTCAAATAATTAAAGACTATAGAATAATTATCT
* * ** * *
26452 ACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTTTAATTCATACTAGAT
1 ACTTCAAATCGTTATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAA---TTATTTTT-ATTCATACAAGAT
* * * *
26517 TATTTGGAATAA-AATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAA
62 TATTTGGAATAACAATAACAATG-ATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT-ACAGAATTAAA
* * * * *
26580 AAATAATTCTATTTACGT-AACCAAGTTCAAATAATT-ATGA-TAATTGAATACTTATCT
125 AAAAAATT-T-CTT-CGTCAACC-AGTTCAAATAATTAAAGACT-ATAGAATAATTATCT
* * *
26637 ATTTCAAATCGTTATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTATTCATA
1 ACTTCAAATCGTTATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATA
26692 TAAGTTTGTT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 27, Indels: 23
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
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187 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
ACTTCAAATCGTTATTAAATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTATTCATACAAGATTATT
TGGAATAACAATAACAATGATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACTACAGAATTAAAAAAAAA
TTTCTTCGTCAACCAGTTCAAATAATTAAAGACTATAGAATAATTATCT
Found at i:26891 original size:136 final size:134
Alignment explanation
Indices: 26703--26954 Score: 323
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
26693 AAGTTTGTTC
* ** **
26703 GAAATAAAGTAATACTAATATATTAAATATTTAAAAATTTAATAAGTGATTTAAAACTTAAAATC
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAAATATTTAAAAATTTAATAAGCAATTTAAAAAAT-AAAT-
* * *
26768 TAT-TTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATGCAA
64 T-TGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATGCAA
26831 GCTTTTTT
127 GCTTTTTT
* *
26839 GAAATAAAATAATACTAATTTATT-AATATTTCAAGAA-TTAATAAGACAATTTAAAAAATAAAT
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAAATATTT-AAAAATTTAATAAG-CAATTTAAAAAATAAAT
*
26902 TTGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
64 TTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
26955 AAATTGTTAT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 11, Indels: 10
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
133 1 0.01
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ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (134 bp):
GAAATAAAATAATACTAATATATTAAATATTTAAAAATTTAATAAGCAATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAACATGCAAGCTT
TTTT
Found at i:27190 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 26840--27280 Score: 459
Period size: 178 Copynumber: 2.5 Consensus size: 178
26830 AGCTTTTTTG
* *
26840 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGACAATTTAAAAAATAAATTTG
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACAATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
26905 TTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATAACTC
66 TTTGCTAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATAACTC
* ***
26970 TTTTTTTCTATTATAAAATTTGTTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCA
131 TTTTTTTCTATCATAAAATTTGTTTTCAACTCATAAAAGCTTATTTCA
* * * *
27017 GAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTGT-AAAAATTAATAACTA-AGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAA-GACA-ATTTAAAAAATAAAT
27080 ATGTTTG-TCAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTAT-TATTTCAAATTGTTAT
63 ATGTTTGCT-AAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT-AAATTGTTAT
* * * *
27143 GAC-CTTTTGTTT-TGTCATAAAATAATTG-TTTCAACTCATACAAGCTTATTTGA
126 AACTCTTTT-TTTCTATCATAAAAT--TTGTTTTCAACTCATAAAAGCTTATTTCA
* * * * * * * * * * * *
27196 AAATAGAATAAAAATAATTTATTAATATTTCTATAATTTATAAGA-GATTTAGAAATTAATTCTA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACAATTTAAAAAATAAATATG
* *
27260 TTTACTAAACTAGTTCAAATA
66 TTTGCTAAACCAGTTCAAATA
27281 ATTATAACTA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 36, Indels: 22
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
177 88 0.41
178 90 0.41
179 39 0.18
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACAATTTAAAAAATAAATATG
TTTGCTAAACCAGTTCAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTAAATTGTTATAACTC
TTTTTTTCTATCATAAAATTTGTTTTCAACTCATAAAAGCTTATTTCA
Found at i:28200 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 27447--28319 Score: 592
Period size: 179 Copynumber: 4.9 Consensus size: 176
27437 AAATAGTTTT
* * ** *
27447 GACTATTTTGAATAATTATCTA-TTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCAGCAAACAATTGG
1 GACTA-TTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTA-TTTGTCATAAAACAATTGT
* **** * * *
27511 TTCTATTTATACTCTTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATA
64 TTC-AATTATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATA
* * * * * *
27576 ACCAAGAAA-TTAAAAAATAAATCTAATTACCCAACTAGTTCAAATAGTTTTAA
126 AGCAAGAAATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAATTAGTT-AAATA--ATTAA
* * * *
27629 GACTATATGAATGATTATCTA-TTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTCGTAAAAGAATTGTT
1 GACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTT
*** * * *
27693 TTGCTTGTACAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTTAAAAATTATTAA
65 TCAATTATACAAGCTTATT-AGAA-TAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAA
* * * * * * * *
27757 GTACGAGATTT-AACAATAAACTTGTTTATCGAATTAGTTTAAATGATTAA
127 GCAAGAAATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAATTAG-TTAAATAATTAA
** * * * *
27807 GACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTT-T----TCTTATTGAGTC--AAAACAATTGTT
1 GACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATT-TGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
27865 TCAGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAA
65 TCAATT-ATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAA
* ** * * * * * *
27930 GAAAGTGATTAAAAAAATAAATCTATTTGCTGAATAAGTTAAATAATTAT
127 GCAAGAAATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAATTAGTTAAATAATTAA
* * * * * * *
27980 TATTATTTTAA-GAATATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTTGTCATAAAATAATTGTT
1 GACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * **
28044 TCAATTAATTCAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAA
65 TCAATT-ATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-AAAAATTAATAA
** *
28109 GCAAGAAATTTAAAAAATAAACCGGTTTACCGAATTAGTTAAAATAATTAT
127 GCAAGAAATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAATTAGTT-AAATAATTAA
* * * *
28160 GGCCA-CTGAATGATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTT-TCATAAAACAATTGTTT
1 GACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTGTCATAAAACAATTG-TT
** * * * * * *
28222 TTGATCATATAAGCTTATTCAAAAT-AAATATATACTAATTGATTAATATTTTCAAAATTAATAA
65 TCAATTATACAAGCTTATT-AGAATAAAATA-ATACTAATTTAATAATA-TTTAAAAATTAATAA
* * * * * *
28286 GTAACATATTTAAACAATAAATCTATTTATCGAA
127 GCAAGAAATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAA
28320 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 126, Indels: 57
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 34 0.06
173 69 0.13
174 28 0.05
176 6 0.01
177 85 0.16
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179 123 0.23
180 96 0.18
181 57 0.11
182 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
GACTATTTGAATGATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTGTCATAAAACAATTGTTT
CAATTATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAAAAATTAATAAGCAA
GAAATTTAAAAAATAAACCTATTTACCGAATTAGTTAAATAATTAA
Found at i:28835 original size:178 final size:175
Alignment explanation
Indices: 28419--28964 Score: 501
Period size: 177 Copynumber: 3.1 Consensus size: 175
28409 CTAAGCAAAA
** ** * * * *
28419 GATTTGAAAAAATAAATCTGCTTACCGAATAAATTCAAATAGTTATGACTACTT-AGACAATTAT
1 GATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCA-ACAATTAT
* * * **
28483 TTATTTAAAATTGGTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTCCAGTTCAT-TAAAGCTT
64 CTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATAT-AAGCTT
** * * *
28547 ATCCAAATTAA-AATACTAATTTCTTATTATTTCAAAAATTAATAAGT
128 ATTGAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
28594 AAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
1 --GA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTA
* * *
28659 TCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATATAGGCT
63 TCTATTTAAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCT
** *
28724 TACTTGAAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
127 TA-TTGAAATAAA-TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * *
28775 GATTTAAAAAGTGAATCTATTTA-TAAA-ATCAATTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATTAT
1 GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACA--AATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTAT
* * * * * ** * *
28838 CCATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTTTATCATACAAACTT
64 CTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATATAAGCTT
* * *
28903 ATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAATTTAATAAGA
128 ATT-GAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
*
28952 GGTTTAAAAAATA
1 GATTTAAAAAATA
Statistics
Matches: 305, Mismatches: 52, Indels: 24
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 146 0.48
178 117 0.38
179 10 0.03
181 31 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAATTCAAATAATTATGACCATTTCAACAATTATCT
ATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATT
GAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
Done.