Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168159.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_4, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 33012953
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Warning! 65000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 1 of 160
Found at i:172 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 133--684 Score: 167
Period size: 35 Copynumber: 15.1 Consensus size: 35
123 TACGGTTCAG
*
133 TCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
1 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
* * * ** *
168 TCCCAGTCATTTCATTAATTTTTTGACTTATGGTTCAA
1 TCCCAGTCA--TCTTTAA-TCTTTGGCTCGTGGTTTAA
*
206 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGATTTAA
1 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
** * * * * ** * ** * *
241 TCTTAATTATTTCATTAATTTTTTAACTTGCAGTTCAG
1 TCCCAGTCA--TCTTTAA-TCTTTGGCTCGTGGTTTAA
* * * *
279 TCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCCCTTTGTTTAA
1 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
* * * * ** * *
314 TCCCAATCAT-TTCAATAATTTTTTTGACTTGCAGTTCAG
1 TCCCAGTCATCTT---TAA--TCTTTGGCTCGTGGTTTAA
* * *
353 TCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCATAGTTTAA
1 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
* * ** *** * *
388 TCCCAGTCATTTCATTAATTTTTTTACTTACGATTTAG
1 TCCCAGTCA--TCTTTAA-TCTTTGGCTCGTGGTTTAA
426 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
1 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
** * * * * * * * *
461 TCCTGGTCATTTCATTAAATTTTTGACTTGCGATTCAG
1 TCCCAGTCA--TC-TTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
*
499 TCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
1 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
* * * * * * *
534 T-CCAGGTCATTTCATTAAT-TTCCTGACTTGCGATTCAG
1 TCCCA-GTCA--TCTTTAATCTT--TGGCTCGTGGTTTAA
* *
572 TCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTTGTGGTTTAA
1 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
* * * *** *
607 TCCC-GATCATTTCATTAATTTTTTTGACTTACGGTTTAG
1 TCCCAG-TCA--TCTTTAA--TCTTTGGCTCGTGGTTTAA
* *
646 TCTCAGTCATCTTTAATCTTTGACTCGTGGTTTAA
1 TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
681 TCCC
1 TCCC
685 GATCATTTCT
Statistics
Matches: 354, Mismatches: 132, Indels: 62
0.65 0.24 0.11
Matches are distributed among these distances:
34 5 0.01
35 135 0.38
36 29 0.08
37 47 0.13
38 95 0.27
39 40 0.11
40 3 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (35 bp):
TCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAA
Found at i:197 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 120--693 Score: 722
Period size: 73 Copynumber: 7.8 Consensus size: 73
110 TAATTCCCTA
*
120 ACTTACGGTTCAGTCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
1 ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
185 ATTTTTTG
66 ATTTTTTG
* * * ** * *
193 ACTTATGGTTCAATCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGATTTAATCTTAATTATTTCATTA
1 ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
*
258 ATTTTTTA
66 ATTTTTTG
* * * * * * * *
266 ACTTGCAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCCCTTTGTTTAATCCCAATCATTTCAATA
1 ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
331 ATTTTTTTG
66 A-TTTTTTG
* * * * *
340 ACTTGCAGTTCAGTCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCATAGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
1 ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
*
405 ATTTTTTT
66 ATTTTTTG
* * **
413 ACTTACGATTTAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCTGGTCATTTCATTA
1 ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
*
478 AATTTTTG
66 ATTTTTTG
* * *
486 ACTTGCGATTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAAT-CCAGGTCATTTCATT
1 ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCA-GTCATTTCATT
**
550 AATTTCCTG
65 AATTTTTTG
* * * *
559 ACTTGCGATTCAGTCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTTGTGGTTTAATCCC-GATCATTTCATT
1 ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAG-TCATTTCATT
623 AATTTTTTTG
65 AA-TTTTTTG
* * *
633 ACTTACGGTTTAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCC-GATCATTTC
1 ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAG-TCATTTC
694 TATAGTTCTC
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 62, Indels: 9
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.00
73 306 0.71
74 126 0.29
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.13, T:0.45
Consensus pattern (73 bp):
ACTTACGGTTCAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
ATTTTTTG
Found at i:509 original size:220 final size:218
Alignment explanation
Indices: 127--693 Score: 807
Period size: 220 Copynumber: 2.6 Consensus size: 218
117 CTAACTTACG
* *
127 GTTCAGTCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTAATTTTTT
1 GTTCAGTCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTAATTTTTT
* * * * * * * *
192 GACTTATGGTTCAATCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGATTTAATCTTAATTATTTCATT
66 TACTTACGGTTTAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCTGATCATTTCATT
* * *
257 AATTTTTTAACTTGCAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCCCTTTGTTTAATCCCA-AT
131 AAATTTTTAACTTGCAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCCCGTGGTTTAAT-CCAGAT
**
321 CATTTCAATAATTTTTTTGACTTGC
195 CATTTCAATAA-TTTCCTGACTTGC
* *
346 AGTTCAGTCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCATAGTTTAATCCCAGTCATTTCATTAATTTTT
1 -GTTCAGTCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTAATTTTT
* *
411 TTACTTACGATTTAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCTGGTCATTTCAT
65 TTACTTACGGTTTAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCTGATCATTTCAT
* * *
476 TAAATTTTTGACTTGC-GATTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCAGG
130 TAAATTTTTAACTTGCAG-TTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCCCGTGGTTTAATCCAGA
*
540 TCATTTCATTAATTTCCTGACTTGC
194 TCATTTCAATAATTTCCTGACTTGC
*
565 GATTCAGTCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTTGTGGTTTAATCCC-GATCATTTCATTAATTTT
1 G-TTCAGTCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAG-TCATTTCATTAATTTT
* * *
629 TTTGACTTACGGTTTAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGATCATTTC
64 TTT-ACTTACGGTTTAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCTGATCATTTC
694 TATAGTTCTC
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 31, Indels: 10
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
218 2 0.01
219 75 0.24
220 234 0.75
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.13, T:0.46
Consensus pattern (218 bp):
GTTCAGTCCTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTAATTTTTT
TACTTACGGTTTAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCTGATCATTTCATT
AAATTTTTAACTTGCAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCCCGTGGTTTAATCCAGATC
ATTTCAATAATTTCCTGACTTGC
Found at i:633 original size:293 final size:292
Alignment explanation
Indices: 120--693 Score: 800
Period size: 293 Copynumber: 2.0 Consensus size: 292
110 TAATTCCCTA
*
120 ACTTACGGTTCAGTCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
1 ACTTACGATTCAGTCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
* * * * *
185 ATTTTTTGACTTATGGTTCAATCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGATTTAATCTTAATTA
66 AATTTTTGACTTACGATTCAATCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGATTTAATCTCAATCA
**
250 TTTCATTAATTTTTTAACTTGCAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCCCTTTGTTTAAT
131 TTTCATTAATTTCCTAACTTGCAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGG-CCTTTGTTTAAT
* *
315 CCCAATCATTTCAATAATTTTTTTGACTTGCAGTTCAGTC-CTAGTCATCTTTAATCTTTGGCTC
195 CCCAATCATTTCAATAATTTTTTTGACTTACAGTTCAGTCTC-AGTCATCTTTAATCTTTGACTC
379 ATAGTTTAATCCC-AGTCATTTCATTAATTTTTTT
259 ATAGTTTAATCCCGA-TCATTTCATTAATTTTTTT
* * **
413 ACTTACGATTTAGTCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCTGGTCATTTCATTA
1 ACTTACGATTCAGTCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
* * * * *
478 AATTTTTGACTTGCGATTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATC-CAGGTC
66 AATTTTTGACTTACGATTCAATCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGATTTAATCTCA-ATC
*
542 ATTTCATTAATTTCCTGACTTGC-GATTCAGTC-CTAGTCATCTTTAATCTTTGG-CTTGTGGTT
130 ATTTCATTAATTTCCTAACTTGCAG-TTCAGTCTC-AGTCATCTTTAATCTTTGGCCTT-T-GTT
* * * *
604 TAATCCCGATCATTTCATTAATTTTTTTGACTTACGGTTTAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGA
191 TAATCCCAATCATTTCAATAATTTTTTTGACTTACAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGA
* *
669 CTCGTGGTTTAATCCCGATCATTTC
256 CTCATAGTTTAATCCCGATCATTTC
694 TATAGTTCTC
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 26, Indels: 14
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
291 3 0.01
292 4 0.02
293 239 0.96
294 2 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.13, T:0.45
Consensus pattern (292 bp):
ACTTACGATTCAGTCCCAATCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGGTTTAATCCCAGTCATTTCATTA
AATTTTTGACTTACGATTCAATCCCAGTCATCTTTAATCTTTGGCTCGTGATTTAATCTCAATCA
TTTCATTAATTTCCTAACTTGCAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGGCCTTTGTTTAATC
CCAATCATTTCAATAATTTTTTTGACTTACAGTTCAGTCTCAGTCATCTTTAATCTTTGACTCAT
AGTTTAATCCCGATCATTTCATTAATTTTTTT
Found at i:1185 original size:105 final size:103
Alignment explanation
Indices: 961--1298 Score: 363
Period size: 105 Copynumber: 3.3 Consensus size: 103
951 TGACTCACGA
* * * *
961 TTTAATCTCGATC-TTTTATCTCTCCGATTCGTGGTTCAATCCCGATCTCTTTAATTCAAAGT-C
1 TTTAATCTCGATCTTTTTAT-TTTCTGATTCGTGGTTCAATCCTGATCTCTTTAATTCAAAATCC
* **
1024 ATGATTT-ATCTCGA---TTGTTATTATCCTTTGACTCACGG
65 A-G-TTTAATCTCGATTGTTGTTTTTAT-CTTTGACTCGTGG
* *
1062 TTTAATCTCGATCTTTTTATTTTTTGATTCGTGGTTCAATCCTGATCTCTTTAATTCAAATTCGC
1 TTTAATCTCGATCTTTTTATTTTCTGATTCGTGGTTCAATCCTGATCTCTTTAATTCAAAATC-C
*
1127 AGTTTAATCTTGATTGTTGTTTTTATCTTCTGACTCGTGG
65 AGTTTAATCTCGATTGTTGTTTTTATCTT-TGACTCGTGG
* * ** *
1167 TTTAATCCCAATCTTTTTATTTTCTGATTCACGGTTCAAT-CTCGATCTCTTTAATTTAAAATCA
1 TTTAATCTCGATCTTTTTATTTTCTGATTCGTGGTTCAATCCT-GATCTCTTTAATTCAAAATC-
*
1231 CAGTTTAATCTCGATTGTTGTTATTT-T-TTT-ATTCGTGG
64 CAGTTTAATCTCGATTGTTGTT-TTTATCTTTGACTCGTGG
* *
1269 TTTAATCTCGATCTCTTTATTCTCTGATTC
1 TTTAATCTCGATCTTTTTATTTTCTGATTC
1299 ACGGTTTAAT
Statistics
Matches: 204, Mismatches: 23, Indels: 19
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
101 53 0.26
102 46 0.23
103 3 0.01
104 7 0.03
105 92 0.45
106 3 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.12, T:0.49
Consensus pattern (103 bp):
TTTAATCTCGATCTTTTTATTTTCTGATTCGTGGTTCAATCCTGATCTCTTTAATTCAAAATCCA
GTTTAATCTCGATTGTTGTTTTTATCTTTGACTCGTGG
Found at i:1305 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 955--1315 Score: 110
Period size: 34 Copynumber: 10.6 Consensus size: 34
945 ATTTTTTGAC
* *
955 TCACGATTTAATCTCGATCT-TTTATCTCTCCGAT
1 TCACGGTTTAATCTCGATCTCTTTAT-TCTCTGAT
** * * * ** *
989 TCGTGGTTCAATCCCGATCTCTTTAAT-TCAAAG
1 TCACGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTCTCTGAT
* * * * * *
1022 TCATGATTT-ATCTCGAT-TGTTATTATCCTTTGAC
1 TCACGGTTTAATCTCGATCT-CT-TTATTCTCTGAT
* * *
1056 TCACGGTTTAATCTCGATCTTTTTATTTTTTGAT
1 TCACGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTCTCTGAT
** * * **
1090 TCGTGGTTCAATC-CTGATCTCTTTAAT-TCAAAT
1 TCACGGTTTAATCTC-GATCTCTTTATTCTCTGAT
* * * * * * *
1123 TCGCAGTTTAATCTTGATTGTTGTTTTTATCTTCTGAC
1 TCACGGTTTAATCTCGA-T-CTCTTTAT-TC-TCTGAT
** * * * *
1161 TCGTGGTTTAATCCCAATCTTTTTATTTTCTGAT
1 TCACGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTCTCTGAT
* ** *
1195 TCACGGTTCAATCTCGATCTCTTTAATT-T-AAAA
1 TCACGGTTTAATCTCGATCTCTTT-ATTCTCTGAT
* * * * *
1228 TCACAGTTTAATCTCGAT-TGTTGTTATTTTTTTAT
1 TCACGGTTTAATCTCGATCT-CT-TTATTCTCTGAT
**
1263 TCGTGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTCTCTGAT
1 TCACGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTCTCTGAT
*
1297 TCACGGTTTAATCTTGATC
1 TCACGGTTTAATCTCGATC
1316 CTTGGTATTT
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 79, Indels: 38
0.66 0.23 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.00
32 9 0.04
33 49 0.21
34 107 0.47
35 39 0.17
36 8 0.03
37 1 0.00
38 15 0.07
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.12, T:0.48
Consensus pattern (34 bp):
TCACGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTCTCTGAT
Found at i:1341 original size:36 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1155--1345 Score: 93
Period size: 34 Copynumber: 5.6 Consensus size: 34
1145 GTTTTTATCT
* * * * *
1155 TCTGACTCGTGGTTTAATCCCAATCTTTTTATTT
1 TCTGACTCATGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTC
* * *
1189 TCTGATTCACGGTTCAATCTCGATCTCTTTAATT-
1 TCTGACTCATGGTTTAATCTCGATCTCTTT-ATTC
** * ** * *
1223 T-AAAATCACAGTTTAATCTCGAT-TGTTGTTATTT
1 TCTGACTCATGGTTTAATCTCGATCT-CT-TTATTC
* * * *
1257 TTTTATTCGTGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTC
1 TCTGACTCATGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTC
* * *
1291 TCTGATTCACGGTTTAATCTTGATC-CTTGGTATTTC
1 TCTGACTCATGGTTTAATCTCGATCTCTT--TA-TTC
*
1327 TCTTACTCATGGTTTAATC
1 TCTGACTCATGGTTTAATC
1346 CCGGTATCCT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 29, Indels: 16
0.73 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
32 1 0.01
33 24 0.20
34 52 0.44
35 22 0.18
36 20 0.17
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.13, T:0.49
Consensus pattern (34 bp):
TCTGACTCATGGTTTAATCTCGATCTCTTTATTC
Found at i:1690 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1654--1711 Score: 71
Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
1644 TGTTTCTATT
1654 TTTAATAATAATAATAATAAATA
1 TTTAA-AATAATAATAATAAATA
*
1677 TTTAAAATATATAATAATTAATAA
1 TTTAAAATA-ATAATAATAAAT-A
*
1701 TTAAAAATAAT
1 TTTAAAATAAT
1712 TAAAAACAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
22 4 0.13
23 18 0.58
24 9 0.29
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAAATAATAATAATAAATA
Found at i:1815 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1781--1832 Score: 54
Period size: 12 Copynumber: 4.5 Consensus size: 12
1771 CACTGTCTAA
1781 CCCCC-GACCAG
1 CCCCCTGACCAG
*
1792 CCCCCTG-TCAG
1 CCCCCTGACCAG
* *
1803 CCTCTTGACCAG
1 CCCCCTGACCAG
1815 CCCCCTGACCAG
1 CCCCCTGACCAG
*
1827 CTCCCT
1 CCCCCT
1833 ATTCAGCCCA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 7, Indels: 3
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
11 13 0.41
12 19 0.59
ACGTcount: A:0.13, C:0.56, G:0.15, T:0.15
Consensus pattern (12 bp):
CCCCCTGACCAG
Found at i:2567 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 2529--2580 Score: 77
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
2519 AGGATCCACG
*
2529 CGTGAACCGAACCTGACCCAAGATC
1 CGTGAACCCAACCTGACCCAAGATC
*
2554 CGTGCAACCCAACCTGACCCGAGATC
1 CGTG-AACCCAACCTGACCCAAGATC
2580 C
1 C
2581 TTCATCAAAC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
25 4 0.17
26 20 0.83
ACGTcount: A:0.29, C:0.40, G:0.19, T:0.12
Consensus pattern (25 bp):
CGTGAACCCAACCTGACCCAAGATC
Found at i:2809 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 2783--2827 Score: 56
Period size: 24 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
2773 AAAAAATTAT
*
2783 TTAAT-CTAATAATATTTAAAAAA
1 TTAATACTAA-AAGATTTAAAAAA
2806 TTAATAACTAAAAGATTTAAAA
1 TTAAT-ACTAAAAGATTTAAAA
2828 CATAAATTTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.26
24 10 0.53
25 4 0.21
ACGTcount: A:0.58, C:0.04, G:0.02, T:0.36
Consensus pattern (23 bp):
TTAATACTAAAAGATTTAAAAAA
Found at i:3506 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 2731--9217 Score: 3009
Period size: 181 Copynumber: 36.1 Consensus size: 180
2721 TTTTGTTCCG
* * * * * *
2731 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAA-AATTATTTAATCTAATA
1 TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA-TA-CTAATTTATTA
* * * * * *
2794 ATATTTAAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAACATAAATTTGTTTGCTAAACTAG-TTCAAAT
63 ATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACTAGATTCAAAT
* * * * *
2858 AGTTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTATTG
126 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * ** *
2906 TCATAAAACAATTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * * *
2970 ATTTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAG-TTCAAATAA
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGATTCAAATAG
* * * *
3034 TTATAACTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** * ** * * * *
3087 TCAAAAAAATAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATCTAGTAAT
1 TC-ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
3152 ATTTCAAAAA-TAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCA-ATTCAAATAGT
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGATTCAAATAGT
* ** * * *
3212 TATGACTACTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTCTA
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* ** * * * *
3263 TTATAAAACAA-TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
3327 ATTTCAACAATTACTAAGTAAAGATTTTAAAAAGTAAATATATTTACCTAACTAGATT-AAATAA
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGATTCAAATAG
* * * * * * *
3391 TCATGATTATTTGAATAATTATCGATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * *
3444 TCATTAAAA-AATTATTTCAGTTCATATAAATTTATTCAAAATAAAATAATACTAAGTTATTAAT
1 TCA-TAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *** * *
3508 A-ATCCAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-AGAATCGGTTTACTGAACAAG-TTTAAATA
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA-AATATATTTACT-AACTAGATTCAAATA
* * * * * * * *
3570 ATTATGA-TATTTTAACAATTATATATTTGAAATCACTAT-AACTTTTAATTTTG
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTA
** * ** * * *
3623 TCATAAAATGATTTTTTCTCTTCATAGAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATAC-AATTTTATTAA
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAA
** * * * *
3686 TA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGCTTATTAAACAAG-CTCAAC
64 TATTTCAA-A-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACTAGATTCAAA
** * * * *
3748 TCTTTATGACTATTCGAACAA-TATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTA
125 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * ** * *** * * *
3803 TCATAAAATAATTGTTTCTCTTCATACATGA-TTATTTGGATTAAAATTATATTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACA-AACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
3867 ATTTTGATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTATATTTATCGAAC-AAATTCATATA
65 A-TTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGATTCAAATA
* * * * **
3930 GTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGAGATTTTGTTTTA
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *
3984 TAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
4049 TTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCAAAC-ATG-TTCTAATAG
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTA-GATTCAAATAG
* * * *
4112 TTATGACTATCTAAACAATTATCTACTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
** * * *
4165 TCATAAAACAATTGGTT-ATGTTTATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTA
1 TCATAAAACAATTATTTCA-GTTCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * *
4227 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTTAGAAAATAAATATGTATT-CTGAAC-ATG-TTCAA
63 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA-TTTAAAAAATAAATATAT-TTACT-AACTA-GATTCAA
* * * *
4288 ACAGTTATAACTATTTAAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACC-TTTGTTTTA
124 ATAGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* ***
4345 TTAT-AAACGAATTATTTCTA-TTCATA-AAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TCATAAAAC-AATTATTTC-AGTTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
4407 AAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATTTATTTACTAAGT-GAGTTCAAA
63 ATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGA-TTTAAAAAATAAATATATTTACTAACTAGA-TTCAAA
* * * *
4471 TAGTTATGACTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTT-
125 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
4526 GCTATAAAAAAATTATTTCTA-TTCATA-AAAGTTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTA
1 TC-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* ** * *
4589 ATA-TTCTGAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAA-TA-AGTTCAA
63 ATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGA-TTCAA
* * * * * *
4651 ATAGTTATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTT-TTTT-
124 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * *
4706 GCTGTAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TC-ATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
4770 TATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACTAG-TTTAAATAA
64 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGATTCAAATAG
* * * * * *
4831 TAATGACTATTTGAACAATTATCTATATCAAATTATTATGATC-ATTGTTTTG
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** *** ** * * * *
4883 CCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAGCAAAATATTGCTAAATTAATAATA
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
4948 -TTCTAAAAATTAATAAGCACAAGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAATTAG-TTGAAATAG
66 TTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACTAACTAGATTCAAATAG
* * * ** * *
5011 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTG-TTTA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * ** **
5063 GTCATAAAATAATTGTTTCAATTCACATATGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAA
1 -TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
** * * * * * *
5127 TA-TTCAAAAAATTAATAAACAACAAATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-AAG-TTTAA
64 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTT--AAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGATTCAA
* * * * * *
5189 ATAGTTGTCACTATTTG-ATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTTGTTTTA
124 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTA
* * * * *
5246 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** ** * * * * *
5310 ATTTCAAAAATTGATAAGT-TAGA--TAATTAA-AAAT-TAAGT-C-AGCTTGGTTTAAATAATT
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACTAACTAGATTCAAATAGTT
* * * * ** * *
5368 ATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTACAAACTTTTGTTTTG
130 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
5419 TTATAAAACAATTGTTTTTCA--TAATAAAAACCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
1 TCATAAAACAA-T-TATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
5482 TATTTCAAAAATTAATAAGTAGGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCTAA-T-GAGTTC--CT
64 TATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGA-TTCAAAT
*** * * * **** * * ** * *
5543 A-TT-TGAAC-A-AAAAAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTCAA
126 AGTTATG-ACTATTTGAACAATT-ATCT-A--TTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTT-TA
* * * * * ** * **
5601 TTCATATAAGC--TTA-TTCCG---A-ATAAA-TTAAT-ACTAATTTAATAGTATTCTAA-AAAT
1 -TCATA-AAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCA-AAATAAAATA--ATACTAATTTAT
** * * * *
5656 TAATAACT-AAAAA--AATTAA------------AAAATAAATCTGTTTATTGAAGTAG-TTCAA
61 TAATATTTCAAAAATTAA-TAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACTAGATTCAA
* ** * * * * * * * *
5705 ACAGTTAAAACTATATCAATAATTATTTATTTCAATTTATTATGACCTTTTATTTTG
124 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
** * * * * * *
5762 TCATAAAACAATGGTCTCAGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATA
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* ** * * * * *
5827 TTCCATGAATTAATAAGT---GATTTAAAAAGTATATATTTTTATCATATC-AG-TTCAAATAAT
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-C-TAACTAGATTCAAATAGT
* * * * * *
5887 TATGGCCATGTCAACAATTATCTATTTC-AA--GTTATTACCTTTTGCTTGTTA
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TT-TTA
* * ** * ** *
5938 T-AT--AATAATTGTTT-TTTATCATTCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** * * *
5999 A----AAATAATACTATTTTA-TTAATCTTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
65 ATTTCAAA-AAT--TA-ATAAGTAAAGATTT--AAAA--AAT-A--AATATATTT----ACT-AA
* * * * ** * **
6059 TTTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTAAACTTCAAATTGTTAT
114 CTAGATT--C-AA--A-------TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * *
6124 AACTTTTTGTTCTA
167 GACCTTTTGTTTTA
* * * * *
6138 TCATAAAACAATTACTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATCTAATAAT
1 TCATAAAACAATTA-TTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
6202 ATTTCAAAAACTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAGC-AG-TTGAAATA
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AA-CTAGATTCAAATA
** * * ** *
6265 GTTAAAACTATATAAACAATTATCTATACCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTG
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
** *
6317 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATA
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
6382 TTTCAAAAACTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGATTCTGTTTATCGAA-TCAG-TTTAAATAA
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACT-AGATTCAAATAG
* * * * ** * * * *
6445 TTAT-AGCCATATCAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTCTA
128 TTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *** * * * *
6498 TTACAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAACAATGCTTATTTAATAAT
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
6563 ATTTTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-TTGT-CGAAGTAG-TTGAAATAA
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATT-TACTAACTAGATTCAAATAG
** * * * * * * *
6625 TTAAAATTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTT
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
** ** * *
6678 TCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGGTTATAT-AAAATAAAATAATACAAAATTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTAT-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * * *
6742 A-TTCTGAAAACTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TCA-TTTCAAAT
65 ATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACT-AGATTCAAAT
* * * * * *
6804 AATTATCG-CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTT-ATTTA
126 AGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *** * * * * *
6858 GTCATATAACAAATGTTTTTTTATCA-ATCAAGCCTATTCGAAATAGAATGATACTAATTTATTA
1 -TCATAAAACAATTATTTCAGT-TCATA-CAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
6922 ATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTA-ATTGAAAT
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* * * * ** * *
6986 ACTTATGACTATTTGAACAATTGTATAATTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
126 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* ** ** * * *
7041 TCATACAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACAAATATAATAAT
1 TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** *
7105 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGTTGAA-TCAG-TTTAAATA
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACT-AGATTCAAATA
* * * * * *
7167 TTTAAGACTATAAT-AACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCCTTTGTTTTG
127 GTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * ** *
7221 TCATAAAATAATTTTTTCAATTCACACTAGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * *
7285 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAACAATAATTTTGTTTACTTAACTAG-TTCAAATA
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAA-AATAAATATATTTAC-TAACTAGATTCAAATA
* * * * * *
7349 ATTATGA-TATTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATGGCTTTTTGTTTTG
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** * * * *
7402 TCATAAAATAAATGT-TTTTA-TTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAACAATATTAATTTATTAA
1 TCATAAAA-CAAT-TATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
7465 TATTTCAAAAATCAATAAG--AA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAG-TACAAATAG
64 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGATTCAAATAG
* * * *
7526 TTATGACTATTT-AACAAATTATTTATTTCAAATCATTTTATGACTTTTTGTTCTG
128 TTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATCA--TTATGACCTTTTGTTTTA
* ** * ** ** * *
7581 TTATAAATGAATTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCGGATTAAGATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * ** * * *
7646 TTTTGACAATTAATAAGTAAA-ATTTTTTTAAAATAACTATGTTTACAAAACTAGA-TCAAAT-G
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA--TTTAAAAAATAAATATATTTAC-TAACTAGATTCAAATAG
** * * * * *
7708 GCATTACTATGTGAATAATTATCTATTTCAAATAACTATGACCTTTTGTTTTA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
** * * * ** ** * *
7761 TTTTAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATAAATA
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
7826 TTTTAAAAATT-ATTA--AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-GTGGAACAAG-TTTAAATAAT
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT--AACTAGATTCAAATAGT
* * * * ** * * *
7886 TATAACAATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTG
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
7938 CCATAAAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAGAATAATA-TAAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * ** *
8001 TA-TT-AAGACAATTAATAAGTAACAGAATTAAAAAATAAATTTGGTTA-TCAAATA-AGTTCAA
64 TATTTCAA-A-AATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-AACTAGA-TTCAA
* * * * *
8062 ATCA-TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTC
124 AT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* ** *** * * *
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1 TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * *
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* * * * *
8247 TAATGACTATTTGAATAATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTA
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* * * * * * * *
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1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATA-CAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** *
8364 TATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAACGTGTTTACTGAAC-ATG-TTCAAA
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*
8427 TAGTTATGACTATCTT-AATAATTA-CATATTTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTA
125 TAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATC-TATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** * ***
8483 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGGTCATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * * *
8547 A-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATTTATTTTCTTAAC-ACG-TTTAAATA
65 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTAC-TAACTA-GATTCAAATA
* * **
8609 ATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * **** *
8663 TCAT-AAACTAATTGTTCCTA-TTCATA-AAAGCTTTTTTGGCATAAAATAATATTAATTTATTT
1 TCATAAAAC-AATTATTTC-AGTTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA-TT
* * * * * *
8725 AA-ATTCCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGC-AAATTCAAA
62 AATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT-ACTAACTAGATTCAAA
* * * * * * *
8788 TAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATTATTATGATCTTTTGTTTTG
125 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA
* ** * * * *
8844 TCATAAAATAGA-T-TTTCTA-TTCATACAAGTTTGTTCATAATAAAATAATACTAATGTACTAA
1 TCATAAAACA-ATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * *
8906 TATTAT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTCATCGAACAAG-TTCAAA
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* * * * *
8969 TAGTCAT-ATTCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATG-CCATTTTGTTTTA
125 TAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGTTTTA
* * * * * * *
9025 TCGTAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTGATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * **
9089 ATTTCAAAAATTAATCA--AAA-ATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACTAG-TTCAAGCAGT
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTA-CTAACTAGATTCAAATAGT
* * *
9150 TATGACTATTTAAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGA--TACTTGTTTTC
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTA
*
9201 TCATAAAATAATTATTT
1 TCATAAAACAATTATTT
9218 ATATTCATAT
Statistics
Matches: 4914, Mismatches: 1049, Indels: 697
0.74 0.16 0.10
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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1 TC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
*
3151 TATTTC--AAA--AATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACCAA-TTCAAATA
64 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATA
* ** * * *
3210 GTTATGACTACTTGAGTAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTCTATTATAAAACAA
127 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * *
3274 TAGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAAT
192 TTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * *
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256 TAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAG-TTCAAATAATTATGACTAT
* * * ** *
3401 TTGAATAATTATCGATTTTAAATCGTTATGACCTTTTATTTTA
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* * * * * *
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1 TCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *** * *
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* * * ** * * * **
3571 TTATGA-TATTTTAACAATTATATATTTGAAATCACTAT-AACTTTTAATTTTGTCATAAAATGA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTT-GTTTTATCATAAAACAA
* * *
3634 TTTTTTCTCTTCATAGAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATAC-AATTTTATTAATA-TT-AAGAT
192 TTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTTCAA-A-
* * * * **
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253 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * *
3760 TTCGAACAA-TATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTA
318 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * * *
3803 TCATAAAATAATTGTTTCTCTTCATACATGATTATTTGGATTAAAATTATATTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
3868 TTTTGATAAA-TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTATATTTATCGAACAAATTCATATAGT
66 -TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * ** *
3932 CATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGAGATTTTGTTTTATAATAAAACAATT
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * *
3997 GTTTCAATTCATATAAGCTTATTTAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA
194 GTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * * * * *
4062 TGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATATGTTTACCAAACATGTTCTAATAGTTATGACTATCTAAA
259 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* **
4127 CAATTATCTACTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTA
324 CAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
4165 TCATAAAACAATTGGTTATGTTTATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * *
4228 TATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAGAAAATAA-ATATGTATTCTGAACATGTTCAAAC
64 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAATTTATTTA-TC-GAACAAGTTCAAAT
* * * * *
4290 AGTTATAACTATTTAAAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATTAT-AAAC
126 AGTTATGACTATTT-GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC
* * * *
4353 GAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAA
190 -AATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * *** *
4418 ATTAATAAGTAAAATATTTTAAAAAATAAATTTATTTA-CTAAGTGAGTTCAAATAGTTATGACT
254 ATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACT
* * * * *
4482 ATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTT-
317 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *
4526 GCTATAAAAAAATTATTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAGATAATACTAATTTATTAAT
1 TC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * *
4591 A-TTCTGAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCGAATAAGTTCAAATAG
65 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * ** * * * *
4655 TTATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTATTATAACATTTT-TTTT-GCTGTAAAACAA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC-ATAAAACAA
* * ** **
4718 TTATTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
192 TTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
4783 AATAAG----AGATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACTAGTTTAAATAATAATGACTATTTG
257 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * *
4844 AACAATTATCTATATCAAATTATTATGATC-ATTGTTTTG
322 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * ** * * * *
4883 CCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGGAGCAAAATATTGCTAAATTAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * ** * ** *
4948 -TTCTAAAAATTAATAAGCACA-AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAATTAGTTGAAATAG
66 TTTC-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
5011 TTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAA
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAA
* * *
5075 TTGTTTCAATTCACATATGCTTATTTGAAATAAAATAATA-TCAATTTATTAATA-TTCAAAAAA
192 TTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAA
** * * * * * *
5138 TTAATAAACAACAA-ATTTAAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAA-AAGTTTAAATAGTTGTCACT
255 TTAATAAGTAA-AAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACT
* * * *
5201 ATTTG-ATAATTATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTTTGTTTTA
317 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACC-TTTTGTTTTA
** * * * *
5246 TCATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * ** * *
5311 TTTCAAAAATTGATAAGTTAGATAATTAAAAATTAAGTCAGCT-T-G-----GTTTAAATAATTA
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * ** * * *
5369 TGGCTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTACAAACTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGT
131 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
* * * * * **
5434 TTTTCA-TAATAAAAACCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
196 TTCT-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
** * * * * *
5498 AAGTAGGATATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-C---C----T--AATGAGT-T-CCTATTTGAAC
260 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAAC
** * *
5551 AA--A---A--AAAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA
325 AATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * ** * * * * *
5581 TTATAAAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTCCG-AATAAATTAATACTAATTTAATAGT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * ** *
5645 A-TTCTAAAAATTAATAACTAAAAAAATTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAGTAGTTCAAACAG
65 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAG
** * * * * * ** * *
5709 TTAAAACTATATCAATAATTATTTATTTCAATTTATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT
128 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * * * * **
5774 GGTCTC-AGTTTATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATCAATATTCCATGAATT
193 TGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
5838 AATAAGT----GATTTAAAAAGTATATATTTTTATCATATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATGT
257 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCA-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* *
5898 CAACAATTATCTATTTCAAGTTA-T-T-ACCTTTTGCTTGTTA
321 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTG-TT-TTA
* * * * *
5938 T-AT--AATAATTGTTT-TTTATCATTCAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT-A---A-T--T
* *
5999 AAAATAATACTATTTTATTAATCTTTCAAAAACTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
58 ----T-AT--TA----A-T-A--TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTAT
* * * * ** * * * *
6064 TTACCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTCTAAACTTCAAATTGTTATAACTT
107 TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
6129 TTTGTTCTATCATAAAACAATTACTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
172 TTTGTTTTATCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
* * * * * * * * *
6193 TCTAATAATATTTCAAAAACTAATAACTAAGATATTTAAAAAATAAATATGTTTGCTGAAGC-AG
236 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ATCAAACAAG
* * ** * * ** * *
6257 TTGAAATAGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATACCAAATCATTATGACC-TTT-TTTTG
300 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
6317 TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
6382 TTTCAAAAACTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGATTCTGTTTATCGAATC-AGTTTAAATAAT
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATT-TATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * * * * *
6446 TAT-AGCCATATCAACAACTATCTATTTCAAATTGTTATAATCTTTTATTCTATTACAAAATAAT
129 TATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * * *
6510 TATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAAACAATGCTTATTTAATAATATTTTAAAAAT
193 TGTTTCTA-TTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * ** * ** * *
6574 TAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AA-ATGTTTGTCGAAGTAGTTGAAATAATTAAAATTATAT
256 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* ** * * *
6637 GAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTT
321 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
6678 TCATAAAACAATCGTTTCAGTTCATACAAGGTTATAT-AAAATAAAATAATACAAAATTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTAT-TCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
6742 A-TTCTGAAAACTAATAAGTAGGTGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATC-ATTTCAAATA
65 ATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATA
* * * * * * * *
6805 ATTATCG-CCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTATCTTTT-ATTTAGTCATATAAC
127 GTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAAC
* * * * * * * *
6868 AAATGTTTTTTTATCA-ATCAAGCCTATTCGAAATAGAATGATACTAATTTATTAATCTTTCAAA
190 AATTGTTTCTAT-TCATAT-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * *
6932 AATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACTAA-TTGAAATACTTATGAC
253 AATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAC-AAGTTCAAATAATTATGAC
* * * * * *
6995 TATTTGAACAATTGTATAATTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTA
316 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * *
7041 TCATACAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAATACAAATATAATAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
7106 TTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGTTGAATC-AGTTTAAATATT
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * *
7169 TAAGACTATAAT-AACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCCTTTGTTTTGTCATAAAATAA
129 TATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * *
7232 TTTTTTCAATTCACACT-AGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA
192 TTGTTTCTATTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
7295 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAACAATAATTTTGTTTA-CTTAACTAGTTCAAATAATTATGA-TA
255 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* ** * * *
7358 TTTGAACAATTATGTATTTCAAATCGTTATGGCTTTTTGTTTTG
318 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * * * *
7402 TCATAAAATAAATGTTTTTATTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAACAATATTAATTTATTAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
7467 TTTCAAAAATCAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTACAAATAGTT
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * **
7528 ATGACTATTT-AACAAATTATTTATTTCAAATCATTTTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAATGAA
130 ATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATC--GTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA
* * * * * * * * ** *
7592 TTGTTTTTGTTCATACAAACTTATTCGGATTAAGATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATT
192 TTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
** ** * * * *** * *
7657 AATAAGTAAAATTTTTTTAAAATAACTATGTTTA-CAAAACTAGATCAAAT-GGCATTACTATGT
257 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * *
7720 GAATAATTATCTATTTCAAATAACTATGACCTTTTGTTTTA
321 GAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
** * * * * * *
7761 TTTTAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACCAATTTATAAATA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
7826 TTTTAAAAATT-AT---TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTGGAACAAGTTTAAATAATT
66 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * ** * *
7887 ATAACAATTTGAACAATTATTTATTTGAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTT
130 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * *
7952 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTCAAATAGAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATT
195 TTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATT
* * * * * *
8014 AATAAGTAACAGAATTAAAAAATAAATTTGGTTATCAAATAAGTTCAAATCATTATGACTATTTG
257 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
* * * *
8079 AATAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTTTTTGTTTTC
322 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * * *
8119 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-TGTTATTTGGACTAAAATAATATTAATTCATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * *
8183 ATTTTGACAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTGAAATAGT
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
8248 AATGACTATTTGAATAATTAACTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTATTTTATAATAAAACAAC
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTATCATAAAACAAT
* * * * * *
8313 TGTTTCAATTAAAATCAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTTCAAAAATTA
193 TGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * * ** * * *
8378 ATGAGTAAGAGAATTAAAAAAATGAACGTGTTTA-CTGAACATGTTCAAATAGTTATGACTATCT
258 ATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT-T
* *
8442 T-AATAATTA-CATATTTCAAAATATTATGACCTTTTGTTTTA
320 TGAACAATTATC-TATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * *
8483 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGCAAGGTCATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAA
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * *
8546 TA-TTCTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATTTATTT-TCTTAACACGTTTAAAT
64 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTATTTATC-GAACAAGTTCAAAT
* * *
8608 AATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCAT-AAACT
126 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-
* * * ** * *
8672 AATTGTTCCTATTCATAAAAGCTTTTTTGGCATAAAATAATATTAATTTATTTAA-ATTCCAAAA
190 AATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAA
* * * * * * * *
8736 ATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAACGAGCAAATTCAAATAGTTATGACTAT
254 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * * *
8801 TTAAATAATTATTTATTTTAAATTATTATGATCTTTTGTTTTG
319 TTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
* * * * *
8844 TCATAAAATAGA-T-TTTCTATTCATACAAGTTTGTTC-ATAATAAAATAATACTAATGTACTAA
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** * * *
8906 TATTAT-AAAAATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTCATCGAACAAGTTCAAAT
64 TATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AATTTATTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * * *
8970 AGTCAT-ATTCATTTAAACTATTATCTATTTCAAATCGTTATG-CCATTTTGTTTTATCGTAAAA
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* * ** *
9033 TAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTCAAA
189 CAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * ** *
9097 AATTAAT---CAAAA-ATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACTAGTTCAAGCAGTTATGACTA
253 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * *
9158 TTTAAACAATTATCTATCTT-AAATCATTATGA--TACTTGTTTTC
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* * * * * * * *
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1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
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* * ** * * * ** ** *
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* * * * *
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** * * * *
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* * * * * * **
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* * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * *
9673 TTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAAT
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* * * **
9738 TATTTTTTTATCATATAAGCCCATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
193 TGTTTCTAT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* ** * * ** ** * * *
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* *
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322 AACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
** *
9906 --ATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA-TCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGT-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * ** *
9968 ATTTGAAAAA-T--TAA-T-A-AG--------CA-AATCTATTTACCGAATTAGTTCAAATAATT
65 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * ** * *
10018 ATG-GTCATATCAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACATTT
130 ATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * * *
10082 GTTTTTGA-ACAT-TCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATCTTTCAAAAATT
194 GTTTCT-ATTCATAT-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * ** *
10145 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTAGCTT-AAATAGTTATGACTATTT
257 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAG-TTCAAATAATTATGACTATTT
** * * * * ** *
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* * * *
10250 TCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATATGA-TAAT
1 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAAT
* * * * *
10314 ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGT
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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256 TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTT
* * * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * *
10677 TTTCAAAGA-T--T-AGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATT-TTTATCAAACTAA-TTTAAATAC
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* * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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** * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* ** ** *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * ** * *
12744 TAATAAAATAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATA
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* * ** * *
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* * * * * * * * * *
12873 TATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTCTCTCAT-AAATAATT
129 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
* * * ** *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* * **
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127 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * * * * * * * * * *
10542 CTAACCAGTTCAAACAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTCCAAATTGTAACGACCTTTTG
1 CAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
* * * * * * * * * **
10607 TTTTGTCATAAAACAAATATTTGT-GTTTATATAAGTTTGTTCGGAATAAAATAATACTAATCCA
66 TTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
10671 TTAATATTTCAAAGA-T--T-AGTAAGAGACTTAAAAAATAAAT-ATTTTTAT
130 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAC
* * * * *
10719 CAAA-CTAATTTAAATACTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTT
1 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTT
* * * * * * *
10782 TGTTTTATTATAAAACAATAGTTTCT-GCTCATAAAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATT
64 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
10846 TATTAATATTTCTATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-ATGTTTAC
128 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAC
** * * * * * * * * ** **
10900 TGAA-CTAGATCAAATAATCATGACAATTTAAATAATTTTTTATTTTGAA-CAGTTATGGCCTTT
1 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGAACTTT
* * * * ** *
10963 TGTTTTATCATAAAA-AATTATTTTAGTCCATATAAGTTTATGGGAAATAAAATAATACTAAGTT
64 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * *
11027 ATGAATA-TTCAAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT-ATGTTTAC
129 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAC
** * * * * *
11080 CAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTAT-AACTATTT
1 CAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT-TTT
* * *
11144 GTTTTGTAATAAAA-AGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAAT
65 GTTTTATCATAAAACA-ATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AAT
* *
11205 TTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
127 TTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * * * *
11260 CAAA-CAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATG-ACTTT
1 CAAATC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TT
* * * * * * * *
11322 TTGTTTTGTCATAAGATAATTTTTTCTA-CTCATACAAGCTTA-TTCATATTAAAATAATATTAA
63 TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAA
* ** * *
11385 TTTTTTAATATTTCAATGATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAC
126 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAC
* ** * * * * * * * *
11441 CGAA-CAAGTTTGAATAGTCATTATTATTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTT
1 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTT
* * * * * * ** *
11505 CTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATACCAATTTA
65 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
11570 TTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTTAAAAAA-GAATCTGTCTAC
130 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * * * *
11622 CAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTCTCTATTTCAAAAT-ATTATGAAATTT
1 CAAAT-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGAACTTT
* * * * *
11685 TG-TTTAGTCATAAAACATTTGGTTCTA-TTCATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATATTA-TAAA
64 TGTTTTA-TCATAAAACAATT-GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AA
* * * * * *
11747 TTTATTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT-ATATTTTC
126 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAC
** * *
11802 TTAA-CACGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-AACCTTT
1 CAAATCA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTT
* *
11864 TGTTTTGTCATAAACCAATTG-TTTATGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAAT
64 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * **
11927 TTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTT-GAAGATAAATTTGTTTA-
127 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * ** * ** * * * * *
11980 CTAAGCGAACTCAAGTAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCATATTGTTGT-AATCCTT
1 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTT
* * * * ** *
12044 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTT
64 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * * *
12108 ATTAGTA-TT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCTGTTTGA-
129 ATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTT-AC
** * * * * *
12160 TGAA-CAAGTTCAAATAGTAATGTCTATTTGAA-ATATTATCTATTTCAAATCATTATCACAATT
1 CAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTT
* * ** ** *
12223 TT-TTTTGTCACAAAACAATTGCTTTTA-TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTTAT
63 TTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* *
12286 TTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTAC
127 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
* * * * *
12337 CGAA-CTA-TCTCAAATAGTTATGA-TATTTGAAAAATTATATATCTCAAATCGTTATGATC-TT
1 CAAATC-AGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTT
* * ** *
12398 TGTTTTGTCACAAAACAATCATTTTTGTTCATACAAGCTTATT
64 TGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATT
12441 CATAGTAAAA
Statistics
Matches: 2353, Mismatches: 487, Indels: 262
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 59 0.03
165 60 0.03
166 4 0.00
168 3 0.00
169 1 0.00
170 1 0.00
171 4 0.00
173 2 0.00
174 9 0.00
175 31 0.01
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183 4 0.00
184 18 0.01
185 98 0.04
186 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CAAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTG
TTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAC
Found at i:10678 original size:362 final size:359
Alignment explanation
Indices: 10032--12989 Score: 2030
Period size: 362 Copynumber: 8.3 Consensus size: 359
10022 TCATATCAAC
* * * * * * * * ** *
10032 AATTATTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACATTTGTTTTTGAACATTCA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATA-AACAATT-TTTTAGTTCATACA
* * * * *
10097 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
64 AGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * ** ** * *
10162 AAAAATAAATCTATTTATCAAATTAGCTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAACTCC
129 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * ** * * * *
10226 AAATCATTATAAGTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAA
193 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAA
* *
10291 TAAAATAATACTAA-TATGATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
258 TAAAATAATACTAATTAT--TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
10355 GTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATT-AAT
321 GTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTAT-TTGAAT
* * * * * *
10394 AATTATCTATTTCAAATCATTAGGACTTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTTTTTCAATTCGTACT
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATTTTTT-AGTTCATACA
*
10459 AGCTTATTCGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
64 AGCTTATTCGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * * * *
10523 AAAAAATAATTCTGGTTATCTAACCAGTTCAAACAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTCC
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
10588 AAATTGTAACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATATTTGTGTTTATATAAGTTTGTTCGGAA
193 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAA
* * * *
10653 TAAAATAATACTAATCCATTAATATTTCAAAGA-T--T-AGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATT
258 TAAAATAATACTAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
* * **
10714 TTTATCAAACTAA-TTTAAATACTTATGACTATTTGAGC
322 TTTACCAAAC-AAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *
10752 AATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATAGTTTCT-GCTCATAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTAAT-AAACAAT--TTTTTAGTTCATAC
* * * * *
10816 AAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTATAATTAATAAGTAAAAAATTT
63 AAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * ** * * * * * * * * * *
10881 TAAAAATAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAATAATCATGACAATTTAAATAATTTTTTATTTT
128 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* ** * * * * **
10946 GAACAGTTATGGCCTTTTGTTTTATCATAAAA-AATTATTT-TAGTCCATATAAGTTTATGGGAA
193 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-GTTCATATAAGCTTATTCGAA
* * *
11009 ATAAAATAATACTAAGTTATGAATA-TTCAAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATA
257 ATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
* * * *
11073 TGTTTACCAAAAAAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAAC
320 TGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *
11113 AATTATCTATTTGAAATTGTTATAACTATTTGTTTTGTAATAAAAAGATTTTTTTGTTCATACAA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAACA-ATTTTTTAGTTCATACAA
11178 GCTTATTTC-GAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAGAT
65 GCTTA-TTCGGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGAT
* * * *
11239 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCA-TTATAACTATTTGAGCAATTATTTAT
126 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * ** *
11303 TTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTTTTTCTACTCATACAAGCTTATTC-
190 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCG
* * * ** * *
11367 ATATTAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCAATGATTAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
255 A-AATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
11432 TATGTTTACCGAACAAGTTTGAATAGTCATTATTATTTTAAT
318 TATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* ** * * *
11474 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTCTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAATTCATATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATT-TTTTAGTTCATACA
* * ** *
11539 AGCTTATT-TGATGTAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAAAGAATT
64 AGCTTATTCGGA-ATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATT
* * * * * *
11603 TAAAAAA-GAATCTGTCTACCAAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTCTCTATT
127 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * ** * ** **
11666 TCAAAATATTATGAAATTTTGTTTAGTCATAAAACATTTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTTA
191 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGA
* * * * *
11731 AATAAAATATTA-TAAATTTATTAATATTCCCAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAAT
256 AATAAAATAATACT-AA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * ** *
11794 ATATTTTCTTAACACG-TTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
319 ATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * *
11834 AATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTATGTTCATACA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAA-CAATTTTTTA-GTTCATACA
** * * * *
11899 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAATATTT-
64 AGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * ** * ** *
11963 GAAGATAAATTTGTTTACTAAGCGAACTCAAGTAGTTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCA
129 AAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * *
12028 TATTGTTGTAATCC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAA
194 AATTGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAA
* * * ** * * *
12091 TAAAATAATATTAATTTATTAGTA-TT-ATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATCT
258 TAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
** * * *
12154 GTTTGA-TGAACAAGTTCAAATAGTAATGTCTATTTGAA-
321 GTTT-ACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
12192 ATATTATCTATTTCAAATCATTATCACAATTTT-TTTTGTCACA-AAACAATTGCTTTTA-TTCA
1 A-ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTTGTTTTGT-A-ATAAACAATT--TTTTAGTTCA
** ** * *
12254 TACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGA
60 TACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA
* * * * *
12315 TTTAAAAACTAAATCTGTTTACCGAACTA-TCTCAAATAGTTATGA-TATTTGAAAAATTATATA
125 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * *
12378 TCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCACAAAACAATCATTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
189 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTC
* *
12442 -----------ATAGT-A--A--AATA-TTCTAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAAT
254 GAAATAAAATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
12486 GTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTAAGACTATTAGAAC
319 ATGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * * * *
12527 AATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTGATGA-
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTAAT-AAACAATT-TTTTAGTTCAT-AC
* * * * * *
12591 ATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAATAA-A
63 A-AGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGA
* * * * ** * *
12653 TTTAAAAAATAAATCTATATACTAAACAAACTCAAATAGTT-TGACTATTTAAATAATTATCTAT
125 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * ** * * * * * ** * **
12717 ATAAAATCATTTTGACTTTTTGTTTTATAATAAAATAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTTA
190 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCG
* * * * **
12782 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT
255 AAATAAAATAATACTA-ATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
12847 -TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTAAAT
319 AT-GTTTA-CCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * * * * *
12888 AATTATCTATTTCAAATCATTATAAAC-TTTTGTTCTCTCATAAATAATTATTTTTCA-TT-ATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTAT-GACTTTTTGTTTTGTAATAAACAA-T-TTTTT-AGTTCATA
* * ** * *
12950 TAAGCCTATTCAAAATAAAATGATACTAATTTATTAATAT
62 CAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
12990 GTTTACTGAA
Statistics
Matches: 2045, Mismatches: 440, Indels: 223
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
332 1 0.00
333 12 0.01
334 126 0.06
335 3 0.00
337 4 0.00
338 75 0.04
339 37 0.02
340 1 0.00
343 1 0.00
344 4 0.00
350 4 0.00
354 23 0.01
355 50 0.02
356 38 0.02
357 72 0.04
358 293 0.14
359 201 0.10
360 302 0.15
361 358 0.18
362 420 0.21
363 16 0.01
364 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (359 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTAATAAACAATTTTTTAGTTCATACAAG
CTTATTCGGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAA
AATAATACTAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
CCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAT
Found at i:11375 original size:541 final size:537
Alignment explanation
Indices: 9352--12989 Score: 2185
Period size: 541 Copynumber: 6.8 Consensus size: 537
9342 CTCCGACCAC
* * * * * ** * *
9352 TTGTTTAGTCATAAAATAATT-TGTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAAGAAAATAATATTAAT
1 TTGTTTTGTCATAAAA-AATTAT-TTTAATTCATATAAGCTTATCGGAAATAAAATAATACTAAT
* ** * * ** *
9416 TTATTAACA-TTCAAAAAAATTAATAAACAAGAAATTTAAAAAAAAATAAATCAATTTATCGAAT
64 TTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT---AAAAAATGAATCTGTTTA-CCAA-
* * * * * *** *
9480 AA-A-TTCAAAAAGTTATGACAATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAAATA-TAATTTTTTGTT
122 AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACTAA-CTTTTGTT
* * * * * *
9542 TTATCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGTTTATTT-GAAATAAAATAATATTATTTTATT
186 TTGTCATAAAA-AATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * *
9606 AATATTTCAA-AAATTGATAAGTTAGAGTTTTAAAAAAGAAGTCA-ACTTATCAAATC-AGTTTA
248 AATA-TT-AACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATATTTACCAAA-CAAG-TTA
* * * * *
9668 AATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAA
308 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTTGTTTTATCATAA
* * * ** *
9732 AACAATTATTTTTTTA-TCATATAAGCCCATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
372 AACAA-T-TGTTTCTACTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * ** ** * *
9795 CAAAAATTAATATGTAGTAGA-TTAAAAAA-AAATCTATTTGCCAAAGTAGTTCAAATAGTTAAG
434 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATG
* * *
9858 ACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
499 ACTAT-TTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGGCCTT
* * * * * **
9898 TTG--TTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAATCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
1 TTGTTTTGTCATAAAA-AATTATTTTAATTCATATAAGCTTATCGGAAATAAAATAATACTAATT
* * * * **
9961 TATTAATATTTGAAAAA-T--TAA-T-A-AG--------CA--AATCTATTTACCGAATTAGTTC
65 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAACAGTTC
* * * * * * * *
10010 AAATAATTATG-GTCATATCAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATA
130 AAATAGTTATGACT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACTAACTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
10074 TAACATTTGTTTTTGAACATTCAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTTATCTTTC
194 -AAAAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATT-
* * * **
10138 AA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATTAGCTTAAATAGTTATG
254 AACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAG-TTAAATAGTTATG
** * * * * * *
10202 ACTATTTGAACAATTATAAACTCCAAATCATTATAAGTTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT
318 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* *
10267 CTATTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATATGA-TAATATTTCAAAAATTAATA
383 CTACTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
10330 ACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATTAAT
446 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT-TTAAT
*
10394 AATTATCTATTTCAAATCATTA-GGACTTT
509 AATTATCTATTTCAAATCATTATGG-CCTT
* * *
10423 TTGTTTTGTCATCAAACAATT-TTTTCAATTCGTACT-AGCTTATTCGG-AATAAAATAA-AATG
1 TTGTTTTGTCAT-AAAAAATTATTTT-AATTCATA-TAAGCTTA-TCGGAAATAAAATAATACT-
* * * *
10484 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTCTGGTTATCTAACC
61 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TCTGTTTACCAAAAC
* * * * * * * * *
10548 AGTTCAAACAGTTATGATTGTTTGAATAATTATCTATTCCAAATTGTAACGACCTTTTGTTTTGT
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* * * * **
10613 CATAAAACAAATATTTGTGTTTATATAAG-TT-TGTTCGGAATAAAATAATACTAATCCATTAAT
190 CAT-AAA-AAATTTTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * *
10676 ATT-TCAAA--GATTAGTAAGAGACTTAAAAAATAAATATTTTTATCAAACTAATTTAAATACTT
251 ATTAACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAAC-AAGTTAAATAGTT
* * * *
10738 ATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATTATAAAACAATAG
315 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* * * * * *
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380 TTTCTACTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
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445 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAT
* * **
10933 AATTTTTTATTTTGAA-CAGTTATGGCCTT
509 AATTATCTATTTCAAATCA-TTATGGCCTT
* * * * * *
10962 TTGTTTTATCATAAAAAATTATTTTAGTCCATATAAGTTTATGGGAAATAAAATAATACTAAGTT
1 TTGTTTTGTCATAAAAAATTATTTTAATTCATATAAGCTTATCGGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
11027 ATGAATA-TTCAAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATGTTTACCAAAAAAGTTT
66 ATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAAACAGTTC
* * *
11091 AAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGAAATTGTTA-TAACTATTTGTTTTGTAATA
130 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACTAACT-TTTGTTTTGTCATA
*
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194 AAAA-ATTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTAAC
* * *
11219 ATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATCA-TTATAA
257 A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTT-AAAT-AGTTATGA
* * * * * * * *
11283 CTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTTTTTC
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* * * * ** *
11348 TACTCATACAAGCTTATTCATATTAAAATAATATTAATTTTTTAATATTTCAATGATTAATTAGT
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* ** * *
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* *
11478 ATCTATTTCAAATCATTATGACCAT
513 ATCTATTTCAAATCATTATGGCCTT
* * ** ** *
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* * *
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65 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCAAA-ACAGT
* * * * * *
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128 TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTACT-AACTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *
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** * * ** *
11759 CCCAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATATTTTCTTAACACGTTAAATAGTTATG
254 AAC-AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTAAATAGTTATG
* * * *
11823 ACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
318 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* ** * * *
11888 ATGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTTAAAAATTAATAAG
383 CTACTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
11953 TAAAATATTT-GAAGATAAATTTGTTTACT-AAGCGAA-CTCAAGTAGTTATGACTATTTGAGTA
448 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-C-AAGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AATA
* * ** * **
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* * * * *
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* * ** * * ** *
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* * * ** *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * ** * *
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* ** * * * * *
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* * *
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* * * * * ** *
12556 TTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTGATGA-ATA-CTTATTTGAAATAAAATAATACTAT
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* * * * * * * *
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** * * * ** * * *
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* *** * ** * *
12745 AATAAAATAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATTTAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATAT
190 CATAAAA-AATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-
* * *** * * *
12810 TTCAA-AATTTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAA
252 TT-AACAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATA-TTTA-CCAAACAAGTT-AAATAG
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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Statistics
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*
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1 TCTATTTCAAATCATTA
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1 TC
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Statistics
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* * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * * ***
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* * * *
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** * * * * *
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* *
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12990 GTTTACTGAA
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* * * * * *
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* * * **
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* * * * * **** *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * ** *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* ** ** *
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* * ** * * *
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* ** * ** * * *
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* * * *
14500 CAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCGAGCAAG
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* * * * * * * * *
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** * * * *
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* *
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* * * * ** * * **
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* * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* * * * **
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* * * * * ** *
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* * * ** *
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** ** * * * *
15397 TTTTTAAAATTAATAAACAAGATATTTAAAAACTCAAA-CTGTTTTCTGAATCAA-
128 -TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACTGAA-CAAG
* * * * * * * *
15451 TTCATATAGTTATGAA-TATTTGAACAAATATCAATATCAAATTGTTATGATC-TTTGCTTTCTC
1 TTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
15514 ATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTC-ACATAAAAATAATATTAATTTAATAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATAT
* ** * *
15578 TCTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACCAG
129 TC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAG
* * * * *
15627 TTCAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTT
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
15691 ATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAATTAATACTAAACCTTAAACCC
65 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AA--TT-TA--T
* * * * * * * *
15755 TAAAACTCTAACATTTATTAATAAGCAAGAGATTTGAATAGATAAATTTGTTTGCCGAACAAG
123 TAATATTC-AA-A--AATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAG
* * * * ** *
15818 TTTAAATAGTTATAATTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
15883 TAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTTATATT
66 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T
** * ** * **
15946 TTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACAGAATTAG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAG
* * ** * * * * * * *
15998 TACAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTTCTAATCGGTATTACCTTCTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
16063 ATAAAACAATTGTTTATCA-ACATACAAGCTTATT-AGAAATAAAATACTACTAATTTACTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
16126 TTTTAAGAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGTATCAA-
128 -TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG-AACAAG
* * * *
16176 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAAT-GTTAT-ACCTTTTGTTCTATC
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
16239 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTAGTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * *
16304 CTAAAAATTAATAACTAAGAGCTTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAAAAAG
130 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAG
* * * * * * * * * *
16356 TTCAAATAGTTA-AGACAATATAAACTATTATTTATTTTAAATTGTTATGACATTATGTTTTGTA
1 TTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
16420 ATAAAACAATTATAT-TAGCTCATACACA-TTTATTCATAATAGAATAAAACTAATTTATTAATA
65 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * **
16483 TTTCAAAATTTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACCAAATC-AG
128 -TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTGAA-CAAG
* * * * *
16537 TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATTACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
16602 TAAAACAATTATTTTTGTTAATATAA-ATATGTTCAAAATAAAATAATACTAAGTTT-TTAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATAT
* * * * * ** * * *
16665 TTAAAAAATAATCAGTAAAAGATTTACAAAATAAATGGGTTTA-TCAAACCAT
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAG
* * * * * ** * ** **
16717 TTTAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTAATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
16782 TCAAACAATTGGTTT-TGTTCATACCATTTTATTCAAAA-AAAATAATACTAATTTACTAATATT
66 TAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** * * * * ** *
16845 CTGAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTA-TAGAACCAG
130 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-GAACAAG
* * * ** * *
16897 TTC-AATAATTATGATTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC--TT-TTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *** * * * *
16958 TAAAATAATTATTT-TGTTCATACAACCTTATTTTGATTAAGATAATATTAATTTAATAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
* * * *
17022 CAAAAATTAATAA--CATA-A-TTAAAAAATAAGTTTGTTTACGGAATCAA-
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAA-CAAG
* * * * *
17069 TCCAAAT-G--ACTAAGTCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAG
1 TTCAAATAGTTA-TAA--CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
17131 TCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTATTCATAATAAATTAATACTAATTTATTAACA
63 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * *
17196 TTTGAAAAATTAATAA-AAAGGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAAT
128 -TTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTGAAC-AAG
17252 TTCAAAT
1 TTCAAAT
17259 CGTTTTGACC
Statistics
Matches: 2698, Mismatches: 570, Indels: 296
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 13 0.00
168 120 0.04
169 3 0.00
170 1 0.00
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Consensus pattern (180 bp):
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TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAG
Found at i:14497 original size:180 final size:178
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 64.6 Consensus size: 178
14172 ATTTAAAAAA
* *
14182 TGAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTT
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * ** * * * * *
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* *
14492 TAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
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* * * * * *
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1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT
* ** * *
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64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
14671 ATTAATACTCTAAAAATTAAT-AGATAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAA
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TA--AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * *
14724 CGAACAAGTTCAAATAATCAT-ATTCATTTGAAAAATTA-CTTATTTCAAATTA-TTCTAATATT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATC-TATTTCAAA-TAGTTATGATCTT
* * * ** * *
14786 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTA-TTCAGAATAAAATAATAATGAT
62 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * *
14850 CTACTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAACTAAATTTATTTACC
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** * * *
14902 AAAATAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTA
1 TGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTA
* * *
14965 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGTTTA-TTCAAATTAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTTA
* * * * * **
15029 ATAATATT-TCAAAATCAATAAGTAACAGATTTAAAAATTAAATATATTTGC
129 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * ** * * * * *
15080 TAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATTTATTTCAAATCGTTCTGACCTTTT-
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * * *
15144 TTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTT
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** * * * * * *
15208 ATTAACGTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAGAACAAATATATTTAC
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TA-AGATTTAAAA-AATAAATATGTTTAT
** * * * *
15262 CAAATAAGTTTAAATAGATT-TGACTATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCA-CTATGATCTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGATCTT
* * * * * * * * *
15324 TTGTTTTGTTATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTT
62 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
* * ** * *
15389 TATTAATATTTTTAAAATTAATAAACAAGATATTTAAAAACTCAAA-CTGTTT-T
127 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAAT-AAATATGTTTAT
* * * * * * *
15442 CTGAATCAATTCATATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATATCAAATTGTTATGATC-TTT
1 -TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT
** * * * * *
15506 GCTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTA-TTCACATAAAAATAATATTAATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTT
* * *
15570 AATAATATTCTAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGT
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * *
15619 TAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTG
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * * * * *
15684 TTTAGTTATATAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAATTAATACTAAACC
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AA--
* * * * * * * * * **
15747 TTAAACCCTAAAACTCTAACATTTATTAATAAGCAAGAGATTTGAATAGATAAATTTGTTTGC
125 TT-TA--TTAATATTCTAA-A--AATTAATAAG-TA-AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * *
15810 CGAACAAGTTTAAATAGTTATAATTATTCGAACAATTATCTATTTAAAATTA-TTATGACCTTTT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTT
* * * * *
15874 GTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA-AAGCTTA-TCCAAAATAAAATAATACTACTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
15936 TATTTATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTAC
127 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAT
* * * * * * * * * * * * *
15990 AGAATTAGTACAAATAATTATGGCCATTTGAACAACTATCTATTTTCTAATCGGTATTACCTTCT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGATCTTTT
* * ** *
16055 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTATCA-ACATACAAGCTTATTAGAAATAAAATACTACTAATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
16119 ACTAATATTTTAAGAATTAATAA--AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * *
16168 CGTATCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-ATGTTAT-ACCTTTT
1 TG-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGATCTTTT
* * * * * * *
16231 GTTCTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTA
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
16296 GTAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGCTTTAAAAAATAAATCTATTTGCT
129 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA--TTTAAAAAATAAATATGTTT-AT
** * * * * * * * * * * *
16349 AAAAAAGTTCAAATAGTTAAGACAATATAAACTATTATTTATTTTAAATTGTTATGA-CATTATG
1 TGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTTA
* * * * * * *
16413 TTTTGTAATAAAACAATTATAT-TAGCTCATACACA-TTTA-TTCATAATAGAATAAAACTAATT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACA-AGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
16475 TATTAATATT-TCAAAATTTTATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTCTATTTAC
127 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * ** *
16529 CAAATCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATTA-CTTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTT
* * * * * * *
16593 GTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTAATATAA--ATATGTTCAAAATAAAATAATACTAAGT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAA-T
* * * **
16656 TT-TTAATATT-TAAAAAATAATCAGTAAAAGATTTACAAAATAAATGGGTTTAT
126 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * * * * * *
16709 CAAACCATTTTAAATAATTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTAA
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * * ** *
16774 TTTTGTCATCAAACAATTGGTTT-TGTTCATACCATTTTA-TTCAAAAAAAATAATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * * **
16837 CTAATATTCTGAAACTTAATAACCAATAA-AATTAAAAAATAAATCTAATTAT
129 TTAATATTCTAAAAATTAAT-A--AGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * ** * *
16889 AGAACCAGTTC-AATAATTATGATTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGA-C-CTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
* * * * ** * * *
16950 -TTTTGTCATAAAATAATTATTT-TGTTCATACAACCTTATTTTGATTAAGATAATATTAATTTA
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
17013 ATAATATT-TCAAAAATTAATAA-CATA-A-TTAAAAAATAAGTTTGTTTAC
129 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * * *
17061 GGAATCAATCCAAAT-GACTAAGTCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTTTGACCTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTT
* * * * *
17124 TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAGCTTA-TTCATAATAAATTAATACTAATT
63 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATT
* ** *
17188 TATTAACATT-TGAAAAATTAATAAAAAGGAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTAC
127 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA--AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTAT
* * * ** * ** * *
17243 TGAACAAATTTCAAATCGTTTTGACCT-TTTGTTCAATTAT-AAAAT--AATTGTT-TCAGTTCA
1 TGAAC--AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTAT--GATC-
* * ** * * * ** * * * *
17303 TATGAGCTTATTA-AAAATAAATTAATACTAATTTAT-TAA-C--A-TTCAAA-AAATTAATA--
60 TTTTATTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT
** * * ** *** * *
17359 AGA---A-GGAGATT-TAAAAA--AATAAAT-CTATTT-ACCGA-ACA-AT-TTCA-
123 A-ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * ** * * *
17403 --AATAGTT--ATTACTAT-TCAAA-------CAATTGTCTATTT-AAAGTTGTAATGA-CTTTT
1 TGAACAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATC-TTT
* * * **
17454 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATATGGAATAAAATAATACTAATT
63 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
* * * *
17518 TATTAATATT-TCAAAAATTAGTACGTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAA
127 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * * *
17572 TGAATTAGTTAAAATAATTGTGTCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTTTGACCTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTT
* * * * * *
17636 GTTTTGTTATAAAATAATTATTTTTGA-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
17700 AATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * *
17753 TAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTCAAGTCGTTATGGTC-TTT
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* ** * * *** *
17816 GTTTCATCATAAAACAATTCTTTCTGA-TCATAGAAGCTTA-TTCGGTTAAAAATAAAACTAATT
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* * * *
17879 TCA-TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATTTATTT-G
127 T-ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * *
17932 TCAGACTAGTTCAAATAATTATAACTATTAGAAGAATTATCTATTTCAAAT-GATTTTAACCTTT
1 TGA-AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAG-TTATGATCTTT
* * * * *
17996 TGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATTCTAAT
63 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAAT
** * * ** * * *
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* *
18242 ATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTTT
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18296 TGAATAAATTTAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTGTATATTTAAAATCGCTATGACCTTTTA
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * * * * * * *
18361 TCTTGTCATAGAATAGTTATTTC-AGTTTATACAAGCTTATTTGAAATAAAA-AATAATAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
18424 TTAATATTCTAAATATTAATAA--ATGTTTTTAAAAAA-GAATCTGTTTAC
129 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** ** * ** * * * *
18472 CAAATCAACTCGAATAACTAT-AGCAATTTCAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT
* * ** * * *
18536 GTTTTGTCATATATTAATTTTTTC-AATCATACAAGCCTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* *
18599 ATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTA-
128 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA--AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * * *
18650 T---CA----AACCAGTTCT---TATTTGAATAATTACCTATTTCAAATAGTTATAAGCTTTTGT
1 TGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTAT
* * * *
18705 TTTG-CTATAAAATAATTGTTTCCATTCATACAAGC-TGTTTCAAAATAAAATAATATTAATTTA
66 TTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * **
18768 ATAATATT-TCAAAAACTAGTAACTAAGATATTTAAAAAATAAA-ATCGGTTTGC
129 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATAAATAT--GTTTAT
* * ** * * *
18821 TGAAGCAGTTCAAATAGTAAAGACTACATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTG
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * * * *
18886 TTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACAAAGTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
18950 TTAATATTCTAAAAATCAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTAC
129 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA--GATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * * * * * * *
19002 CCAATCATTTCCAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTACTTCAAATCGTTATTACCTTTTG
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
** * * * * * *
19067 TTCGGTCATATAATA-AATTTTTTTTA-TCATTCAAACTTATTTAAAATAAAATAATATTAATTT
65 TTTTGTCATA-AA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
19130 GTTAATCTT-TCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
128 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * *
19182 TGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAACTGTA-C-ACTTCAAATTGTTAT-AACATT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-T-TATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TT
** * * *
19244 TTATTTTGTCATAAAGTAATTATTTCTGTTCAAACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATACTAAT
62 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAAT
* * * * * * * * **
19308 CTAATAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGATTGC
126 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * ** * * * *
19362 CAAACCAGTTTAAATATTTAAGGTTGTAAT-AATAATTATCTATTTTAAAATA-TTATGA-CATT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGATC-TT
* * * * * *
19424 TTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTAGCATA-TTCGAAATAAAATAA-AGTAAA
62 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACT-AA
* * * * *
19487 TTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAA-AATTCTATTTACC
125 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-T
** * * * * * * *
19543 T-AACCAACTCAAATAATTATAACTATTTAAATAATTATCTATTTGAAATCA-TTATTACCTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
* * * * * * * ** * *
19606 CTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTA
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
19671 TTAATATT-TCAAAAATTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTCT
129 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * *
19719 CAAATCAATTCAAATAGTTATGATTATTTG-ACAAATTATTTATTTCAAATGGTTATGA-CTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT
* * * * * ** * *
19782 -TGTTCTATTATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTTGTATTAAAGTAATACTAATT
64 AT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
** * *
19846 TATTAATATT-TCAATGATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-
127 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * *
19899 CGTAACTAGAT-AAGATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTT
1 TG-AAC-AGTTCAA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTT
* * * * * *
19963 TGTTTTATCATAAAAGAATTG-TTC-ACTTCATATAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT
63 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
* ** * * *
20026 TATTAATATTTTAAAAATTAATGATTTAAAATTTTAAAAAAATGAATTTGTTTAT
127 TATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * * *
20081 CGAACAAATTTAAATAATTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTAAAATCA-CTATAAACTTTT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
* * * * * * * ** *
20144 GTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTTATACAAACCTATTTTGAATAAAATAATA-TATAATT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA-ATTT
*
20207 ATTAATA-T-TAAGTCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
128 ATTAATATTCTAA--AAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * *
20260 GGAATAAGTTCAAATCGTTATAACCATTTGAACACTTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTT
* * * * *** * ** *
20324 GTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCTGCACATACAAGGTTATTT-GGAT----TAATATTAATTTA
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
20384 TTAATATTTTGACAATTAATAAGAAAAAGCTTT-AAAAATAAATATGTTTAC
129 TTAATATTCTAAAAATTAATAAG--TAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * *
20435 CGAACAAGTTGAAATAGTCATCATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCA-TTGTGA-CATTT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTT
* * * * * * * *
20498 TGTTTTGTAATAAAACAATTATTTC-AGTTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTGATT
63 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
* * * * *
20562 TATTAATATTCCAAAAA-TATATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATATGTTTAC
127 TATTAATATTCTAAAAATTA-ATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * * *
20616 CAAACATTTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAGTTATCTATTTCAAAATA-TTATGA-C----
1 TGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATAGTTATGATCTTTT
* ** * *
20675 -------CATAAAACAATTGGTTCTATTCATGTAAACTTATTCCAAATAAAATAATA-TAAATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACT-AATTT
* * *
20732 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-GAAAATAAATATGTTT-T
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* *
20783 CTGAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTA-TTATTACCTT
1 -TG-A-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTT
* * * * * *
20846 TTGTTTTAAT-ATAAACCAATTGTTTCTATTTATAAAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACTAA
62 TTATTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAA
* * * *
20909 TTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGTAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
125 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * *
20964 TAAGAGAGTTCAAATAGTTAT-ATATATTTAAACAA-TATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTTT
1 TGA-ACAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT
* * * * ** *
21027 ATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCCTACCAA-TTTATTAGAAAATAAAATAATACTACTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATT-TCAAATAAAATAATACTAATT
* *
21091 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTAC
127 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TA-AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * * *
21146 CGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCATATCGTTATG-TAATTTT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAT-CTTTT
* * ** * ** * *
21210 GTTTTATTGTAAAACAATTGATTCTATTCATACAAAATTA-TTCAAAACAAAATAATATTAATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * **
21274 ATTAATATTTTGAAAATTAATAA--AAAATTTAAAAACTAAATCTACTTAT
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * *
21323 TAAACCAATTCAAGTAGTTATGACTATTTGAATAATTA-CGTATCTCAAATTGTTATAATC-TTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATAGTTATGATCTTTT
* * * * * * * *
21386 GTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TCCAAAGTAAAATATTGCTAAATT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA-TAAAATAATACTAATTT
* * * * *
21450 AATAATATTCAAAAAAGTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGT
128 ATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * **
21503 TAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAA-TATTAATAACACTAATT-ATTTCAGTT-T-AT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-AT----CTATTTCAAAT-AGTTATGAT
* * * * * *
21564 AC--ATATTTAT-TCAGAATA-AA--GTTATACTAATTTATA-AA-C--A-CTCAAA-AAATTAA
59 -CTTTTATTT-TGTCATAAAACAATTGTT-T-CT-ATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * * ** *
21617 TGAGC--A---A--GAGATT-TAAAAA--AATAAATTTG-TTTACCAAACAAGTTTAAATAT-AT
119 T-A-CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTA--AAA-AA---TAAATATGTT
21670 T-T
176 TAT
** * * * * *
21672 T--ACTA-TTTGAATAATTAT--CTATTT-----A--A---A-GTC-----GTTATAACCTTTTG
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * * * ** *
21716 TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTT-TTTCAAACCCCAAATAATACTATTTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAA--TAAAATAATACTAATTT
*
21780 ATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAAATTAT-TTT-T
128 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAAT-AAA-TATGTTTAT
* * * * * * * *
21833 TGAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATCAATATCAAATTGTTATGCTC-TTTG
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * ** * *
21897 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCATAAAAATTTA-TTCGAATAAAAATAATATTAATTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATTT
* * * *
21960 AGTAATATT-TCAAAAATTAATAA--AAAATTTAAAAAAATAAGTATGTTTGT
128 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * * * * * * *
22010 CAAACTAATTCAAATAGCTAAGAGTATTAGAATAATCATCTATTTCAAATTGTTCT-AACTTTT-
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * * *
22073 TGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATT
65 T-TTT-GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATT
** * * * *
22137 TATTAGCATTC-AAAAA-TAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTGTTAAC
127 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TA-AGATTT-AAAAAATAAATATGTTTAT
* * *
22190 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCA-TTATGACCTTTT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
* * *** *
22254 GTTTTGTCATAAAACAA-TGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAAATAATACTATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAAT-AAAATAATACTAATT
* * * * *
22317 TATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTAC
127 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAT
* * * * * * * * *
22371 TAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAAAAATTATCTATTTCTAATCA-TTATTACCTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGA--TCTT
* * *
22435 TTATTTTGTTATAAAACAATTGCTTT-TCA-ACATACAAGTTTA-TTCAAAATAAAATAATAC-A
62 TTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTA
* * * *
22496 ATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAA--AAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTAT
124 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * *
22549 CAAACCTATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACGTTT
1 TGAA-C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTT
* * * * * * * *
22613 TGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTTAAATAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATA
63 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * *** *
22677 TAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAATATAAATCCATTTGT
127 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * * * *
22731 CAAATTAGTTCAAACAGTTAAGATTATATGAACAATTATTTATTTCCAATCA-TTATGA-CATTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTT
* ** * * * * * * *
22794 TGTTTCATCATAAAATAATTATTTC-AGCTCATACAAGCTTCTTTGAAATAAAGTAAAACTAATT
63 TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * * *
22858 TATTAATATT-TCAAAAATTTATAAATAAGAGTTTTAGAACATAATTCTATTTAC
127 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA--TTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * *
22912 TGAGCTAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAATAAATATATATTTCAAATCA-TTATTA-CTTTT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATC-TTT
* * * * *
22975 TGTTTTGTCATAAAACAATTATTATTATTATTAATATAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATACT
63 TATTTTGTCATAAAACAATT-GT-TT-CTATTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACT
* * * * *
23038 AATTTATTAGTATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTAT
123 AATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * * *
23096 CAAACTATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAACTATTTGAATAACGTCTATTACAAATCGTT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTT---GAAC------AATTA--TCTATTTCAAATAGTT
* * * * * * * * **
23161 ATCACCTTTTCTTTTGTTATCAAACAATT-TGTTATGTTCATACTATTTTA-TTCGAAATAAAAT
54 ATGATCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAAT
* * * ** * * * ** *
23224 AATACTAATTTAATAATATTCTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTAACAAATAAATGTAATTGT
117 AATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * ** * * *
23288 CGAACCAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATAAATGATTATTTATTTTAAATTA-TTATGACCTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTT
* * * * *
23352 GTTTTATCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTA-TTCGAATTAAAATAATATTAATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
23415 AATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATTTATTTAC
128 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAA--GATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * * *
23468 TAAATCAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAATTTTCT-TTTTAAATCA-TTTTGATCTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
* * * * * * * *
23531 GTTTAGTTATAAAACAATTATTT-TAGTTCAAACAAGCTT-TTTTAGAATAAACTAATACTGATT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATT
* * * * *
23594 TATTTACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT----AAT---TATCG---AA
127 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TA-AGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTAT
** * * * * * * *
23639 T--A-AGTTCAAATAGTTATTTCTATTTGAATAATTGTTTATTTAAAATTAG-CATAACCTTTTA
1 TGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATCTTTTA
* * * * * * * * ** * *
23700 ATTTGTGATAAAATAATTTTTTCAAATAATACAGGCTTA-GACGGAATAAAATCATACTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
23764 ATAATATTTTAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
129 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAG--ATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * * ** * ** * *
23817 CAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCA-TTGAATGATTATCTATTTAAAATCCTTATGACCTTTTG
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * * * *
23881 TTTTGTTATATAACAATTGTTTCT-TATCGTACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACAAATTT
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * *
23944 ATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTAC
128 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * ** * * * **
23997 CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACATTTATCAATATTT--TTTTGTTATAAAACAA
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC--TATTTCAAATAGTTAT-GATCTT
* * ** * * * * **
24060 TTATTTCTTATCATAGAAAC--TT-ATTCGGTT-A-A-AA--ATAATACCAATTTAATAATAC--
62 TTA-TT-TTGTCATA-AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTA
* * * * * *
24115 -TTTA--AA-AAT-TAATA---AGTAAG--ACATTTAAAAAAAATAAATGTGTTTAC
124 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTT--AAAAAATAAATATGTTTAT
* ** * * * ** * *
24162 GGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTGAAACCGTTCTGACCTTTTA
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTA
* * *
24227 TTTAG---TAAAACATATTTGCTTCCTA-T-ATTACAAGCTTA-CTCAGAATAAAATAAT-CTAA
65 TTTTGTCATAAAACA-A-TTG-TTTCTATTCA-TACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACT-A
* * * * * * * *
24285 ATTTA-AAAAATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTGAAAAAATAAATCTCTTTAC
124 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG--TAAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTTTAT
* * ** * * * *
24343 CGAATAAACTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCA-TTCTGATCTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
* * * * * * * * *
24407 GTTTCGACATAAAAGAATTGTTTCAATTTATAAAAGCCTA-TCCAAAATAAAATAATACTAATTT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATTT
* * * * *
24471 CTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTTAAAAAATAAATTTATTTACC
128 ATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA--TTTAAAAAATAAATATGTTTA-T
* * * * * * * * *
24525 T-AATAAATTCAAATAATTAGGACTATTTAAACAATTGTCT-TTGTAAAATGGTTATGACCTTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATAGTTATGATCTTTT
* * * * * *
24588 GTTTTGTAATAAAAAAATTATCT-TAGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATT
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAATT
** ** ** * ** *
24651 TATTAATATT-TCAAAAATTAATCTGT-TCATCGAATTAGTTCAAATA--ATTA-
127 TATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGATTTAA-AAAAT-AAATATGTTTAT
** * * * * *
24701 TGGCCATTTC-AATAATTAT--CTATTT---TAA--ATC-A-TT---AT-G--A--CT-TTTTGT
1 TGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTAT
* * * * * *
24747 TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCATAATAAAA-AAAATTAATTTA
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TTCA-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
24809 TTAATATTTTAAAAATTAATTA--AAGAATTTTAAAAATAAATTTGTTTAT
129 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-ATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * *
24858 TAAATCAATTCAAATAGTTATGA-TAATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGA-CTTT
1 TGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTT
* * * * * * * *
24920 T-TGTTCTACTATAACACAATAGTTTCTATTTATATAAGTTTA-TTCATATTAAAATAATACTAA
63 TATTTTGT-C-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAA
* * * * * *
24983 TTTATTAATATT-TCGACAATTAATAAGTAGAAAATTTTAAAAATAAACATGTTTAC
125 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * *
25039 AGAACTAGATT--AATAGTCATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATTTTTT
1 TGAAC-AG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTT
* * * * *
25102 GTTTTGTCATAAAA-ATTTTATTTC-AGTTCATATAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAAG
64 ATTTTGTCATAAAACA-ATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAAT
* * * *
25164 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAC
126 TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
** * * * ** * * * * * *
25219 CAAACAAATTTAAATAATTAAAACTATTTGAAAAATTATTTATTTGAAATTGTTAT-AACATTTC
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATC-TTTT
* * * * * * * ** **
25283 GTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGTTTATACAAACTTATTTTGAATAAAATAATAAAAATTTA
64 ATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
25348 TTAATATT-AAAAGAATTAATGAGTAAAGGATTCAAAAAATAAATCTGTTTAC
129 TTAATATTCTAAA-AATTAATAAGT-AA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * *
25400 CGAACAAGTTCATATCA-TTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATTA-TTATG-GCATT
1 TGAAC-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGATC-TT
* * * * * * **
25462 TTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAG-TT-TATCGAATTAAAATAATTTTAAT
62 TTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATACTAAT
* * * *
25525 TTATTAATATT-TCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATACGTTTAA
126 TTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT--AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
* * * * * * * *
25580 CGAACAAATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCA-TTGTGA-CCTTT
1 TGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTT
* * *
25643 AGTTTTGTAATAAAAAAATTGTTTC-ATTTCATATAAGCTTATTT
64 A-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTT
25687 TGACTATCTG
Statistics
Matches: 8611, Mismatches: 1993, Indels: 1440
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
144 3 0.00
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146 3 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
TGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTAT
TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAT
Found at i:15528 original size:718 final size:718
Alignment explanation
Indices: 13775--17167 Score: 1698
Period size: 718 Copynumber: 4.7 Consensus size: 718
13765 AAATAATATA
* ** * * * * * ** *
13775 AATTTATTAATA-TTCAGACAATTAATAATTAAAAAATTTAGAAAATAAATTTGTTTACTGAATA
1 AATTTATTAATAGTTCA-AAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACAAATATATTTACCAAACA
* * * * * * * *
13839 AGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAATAATTATTTATATCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTGATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATAGCTATGATCTTTTATTTTA
* * * *** ** * * *** *
13903 TCATATAATAATTGTTTTTGTCCATACAAGCTTATTCGGCTTAAAATAATATTAATTTATTAATA
129 TCATAAAACAATTATTTCAATTAATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * ** * *
13968 -TTTCAACAATTAATAAATAAAATATTTTTAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGT
194 CTCT-AAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTA-CGAACAAGTTCAAATAAT
* * * * * * * *
14032 CATAA-CTACTTGAATAATTA-TATATTTCAAATCATTATGACT-TTTTGTTTTATCATAGAAA-
257 CATAATC-ATTTGAAAAATTACTA-ATATCAAATTATTAT-AATACTTTGCTTTCTCATA-AAAC
* * * ** ** * *
14093 AGTTGTATC-AGTTCATATGAGCTTATTCAAA-ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTCTAAA
318 AATTGTTTCTA-ATCATACAAAATTATTCAAATA-AAAATAATAATAATCTAATAATATTCTAAA
14156 AATTATTGAGTAAGAGATTT---AAA-AAATG-A---A-C---AC-GTTCAAATAGTTATGACTA
381 AATTA---A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
14208 TTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTATTTTTTCATAAAACAATTATTTCTAT
442 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAT
* *
14273 TCATACAAGTTTATTCCAAAAAAATAAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA
507 TCATACAAGTTTATTCCAAAAAAATAAATATAAATTTAATAATATTCTAAAAATCAATAAGTAAA
** * ** * * * * **
14338 ATTTTTAAAAATAAACATGTTTTTTGAACATGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
572 AGATTTAAAAATAAACATATTTGCTAAACATATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCT
* * * * * * **
14403 ATTTCAAAAAGTTATGATCTTTTATTTTGTTATAAACCAATTGTTTCTATTTTTACAAGCATATT
637 ATTTCAAAAAGTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCATATT
**
14468 TGAAATAAAATAACACT
702 CAAAATAAAATAACACT
* * * * * * * * * * *
14485 AGTTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAGCAA
1 AATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACAAATATATTTACCAAACAA
* * * *
14550 GTTCAAATAGTTATGATTGTTTTGATAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTATTTTATC
66 GTTCAAATAGTTATGACTGATTTGATAATTATCTATTTCAAATAGCTATGATCTTTTATTTTATC
** * * * **
14615 ATAAATTAATTGTTTCTATTAATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACT
131 ATAAAACAATTATTTCAATTAATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACT
* * * *
14680 CTAAAAATTAATAGATAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAACGAACAAGTTCAAATAATCAT
196 CTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTT-ACGAACAAGTTCAAATAATCAT
* * * * * * * *
14745 ATTCATTTGAAAAATTACTTATTTCAAATTATTCTAATATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
260 AATCATTTGAAAAATTACTAATATCAAATTATTATAATACTTTGCTTTCTCATAAAACAATTGTT
* * * * *
14810 TCTATTCATGCAAAATTATTCAGAAT-AAAATAATAATGATCTACTAATATTTTAAAAATTAATA
325 TCTAATCATACAAAATTATTCA-AATAAAAATAATAATAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATA
* * * *
14874 AGAGATTTAAAAACTAAATTTATTTACCAAAATAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTA
389 AGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
14939 TCTATCTCAAATCATTATGA-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATATAAGTTT
454 TCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTT
* *
15003 ATT-CAAATTAAAAT-AATACT-AATTTAATAATATT-TCAAAATCAATAAGTAACAGATTTAAA
519 ATTCCAAA--AAAATAAATA-TAAATTTAATAATATTCTAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * *
15064 AATTAAATATATTTGCTAAACCA-ATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAATAATTATTTATTTCAA
581 AA-TAAACATATTTGCTAAA-CATATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAA
** * *
15128 ATCGTTCTGACCTTTT-TTTTAGTAATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCTTATTCAAAAT
644 AAAGTTATGACCTTTTATTTT-GTAATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCATATTCAAAAT
*
15192 AAAATAATACT
708 AAAATAACACT
* * * *
15203 AATTTATTAA-CGTTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAGAACAAATATATTTACCAAAT
1 AATTTATTAATAGTTC-AAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAA-AACAAATATATTTACCAAAC
* *
15267 AAGTTTAAATAGATT-TGACT-ATTTGAATAATTATCTATTT-AAAGTCA-CTATGATCTTTTGT
64 AAGTTCAAATAG-TTATGACTGATTTG-ATAATTATCTATTTCAAA-T-AGCTATGATCTTTTAT
* * * *
15328 TTTGTTATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAACTTA-TCTGAAATAAAATAATACTACTTTAT
125 TTTATCATAAAACAATTATTTCAATTAATAAAAACTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
15392 TAATATTTTTAAAATTAATAAACAAGATATTTAAAAACTCAAACTGT-TTT-CTGAATCAA-TTC
189 TAATACTCTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAAT-AAA-TGTATTTAC-GAA-CAAGTTC
* * * * *
15454 ATATAGTTATGAAT-ATTTGAACAAA-TA-TCAATATCAAATTGTTATGAT-CTTTGCTTTCTCA
250 AAATAATCAT-AATCATTTGAA-AAATTACT-AATATCAAATTATTATAATACTTTGCTTTCTCA
* * * *
15515 TAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAACTTATTCACATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTC
312 TAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAAATTATTCAAATAAAAATAATAATAATCTAATAATATTC
* *** * *
15580 TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTTAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
377 TAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * * *
15645 TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGAC-CTTT-TGTTTAGTTATATAATAATTGTTTC-
442 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTATTTCT
* ** * * * * * *
15707 AGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAATTAATACTAAACCTTAAACCCTAAAACTCTAACATTTA
505 A-TTCATACAAGTTTATTCCAAAAAAATAAATA-TAAA--TTTAA---TAATATTCTAA-A--AA
* * * * ** * ** * *
15772 TTAATAAGCAAGAGATTTGAATAGATAAATTTGTTTGCCGAACA-AGTTTAAATAGTTATA-ATT
560 TCAATAAGTAAAAGATTT-AA-AAATAAACATATTTGCTAAACATA-TTCAAATAGTTA-AGACT
** * * * * * *
15835 ATTCGAACAATTATCTATTT-AAAATTA-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTT
621 ATTAAAACAATTATCTATTTCAAAA--AGTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTC
** * * *
15898 AGTTCATA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
684 AACTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAACACT
* * * ** * * * * * *
15932 ACTTTATTTATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTA-CAGAAT
1 AATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACAAAT-ATATTTACCA-AAC
* * * * * * * * * * * * *
15995 TAGTACAAATAATTATGGC-CATTTGAACAACTATCTATTTTCTAATCGGTATTACCTTCTATTT
64 AAGTTCAAATAGTTATGACTGATTTG-ATAATTATCTA-TTTCAAATAGCTATGATCTTTTATTT
* * * * * * * *
16059 TGTCATAAAACAATTGTTTATCAA--CATACAAGCTTATTAGAAATAAAATACTACTAATTTACT
127 TATCATAAAACAATT-ATT-TCAATTAATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
16122 AATATTTTAAGAATTAAT--A-AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGTATCAA-TTCAAA
190 AATACTCTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTA-CG-AACAAGTTCAAA
* * * * * * * *
16182 TAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAAATGTTAT-A-CCTTTTG-TTCTATCATA
253 TAATCATAATC-ATTTGAAAAATTA-CTAATATCAAATTATTATAATAC-TTTGCTT-TCTCATA
* * * ** * * * *
16242 AAATAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATTTGAAAT-AAAATAATATTAATTTAGTAATATTCT
314 AAACAATTGTTTCTAATCATACAAAATTA-TTCAAATAAAAATAATAATAATCTAATAATATTCT
* * * * * *
16306 AAAAATTAATAACTAAGAGCTTTAAAAAATAAATCTATTTGCTAAAAAAGTTCAAATAGTTAAGA
378 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * ** * * * *
16371 CAATATAAACTATTATTTATTTTAAATTGTTATGACAT-TATGTTTTGTAATAAAACAATTATAT
439 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-TCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * * * *
16435 -TAGCTCATACACA-TTTATT-CATAATAGAATAAA-ACT-AATTTATTAATATT-TCAAAATTT
503 CTA-TTCATACA-AGTTTATTCCA-AA-AAAATAAATA-TAAATTTAATAATATTCT-AAAAATC
* * * * * *
16494 TATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAATTC-TATTTACCAAATCA-GTTCAAATAATTATA-ACTAT
562 AATAAGTAAAAGATTTA-AAAATAA-ACATATTTGCTAAA-CATATTCAAATAGTTA-AGACTAT
* *** * * * * ****
16556 TTAAACAATTATCTATTTCAAATCCTTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTT
623 TAAAACAATTATCTATTTCAAAAAGTTATGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCAACT
* * ** * *
16621 AATATAAATATGTTCAAAATAAAATAATACT
688 CATACAAGCATATTCAAAATAAAATAACACT
* * * * * * *** * *
16652 AAGTTT-TTAATA-TTTAAAAAATAATCAGTAAAAGATTTACAAAATAAATGGGTTTATCAAACC
1 AA-TTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACAAATATATTTACCAAACA
* * * * ** * * * *
16715 ATTTTAAATAATTTTGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTATAATATTTAATTTTG
65 AGTTCAAATAGTTATGACTGATTTG-ATAATTATCTATTTCAAATAGCTATGATCTTTTATTTTA
* * ** * ** ** * *
16779 TCATCAAACAATTGGTTT-TGTTCATACCATTTTATTC-AAAAAAAATAATACTAATTTACTAAT
129 TCATAAAACAATT-ATTTCAATTAATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * *
16842 ATTCTGAAACTTAATAACCAATAAAATTAAAAAATAAATCTAATTATA-GAACCAGTTC-AATAA
193 ACTCTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-ATT-TACGAACAAGTTCAAATAA
* * * ** * * * * * * *
16905 TTATGATTATAAGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGA-CCTTT--TTTGTCATAAAATAA
256 TCATAATCATTTGAAAAATTA-CTAATATCAAATTATTATAATACTTTGCTTTCTCATAAAACAA
* ** ** *** * * * *
16966 TTATTT-TGTTCATACAACCTTATTTTGATTAAGATAATATTAATTTAATAATATT-TCAAAAAT
320 TTGTTTCTAATCATACAAAATTATTCAAATAAAAATAATAATAATCTAATAATATTCT-AAAAAT
* * * * * * ** * * * * * * *
17029 TAATAACATAATTAAAAAATAAGTTTGTTTACGGAATCAATCCAAAT-GACTAAGTCTATTAGAA
384 TAATAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAAACAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAA
* * *
17093 CAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC-CTTT-TGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAT
448 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTCTTTAT-TTT-GTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* *
17156 GCAAGCTTATTC
511 ACAAGTTTATTC
17168 ATAATAAATT
Statistics
Matches: 2112, Mismatches: 437, Indels: 264
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
706 10 0.00
707 1 0.00
709 7 0.00
710 299 0.14
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715 1 0.00
716 6 0.00
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723 11 0.01
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725 119 0.06
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728 44 0.02
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730 93 0.04
731 12 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (718 bp):
AATTTATTAATAGTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAACAAATATATTTACCAAACAA
GTTCAAATAGTTATGACTGATTTGATAATTATCTATTTCAAATAGCTATGATCTTTTATTTTATC
ATAAAACAATTATTTCAATTAATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACT
CTAAAAATTAATAAACAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACGAACAAGTTCAAATAATCATA
ATCATTTGAAAAATTACTAATATCAAATTATTATAATACTTTGCTTTCTCATAAAACAATTGTTT
CTAATCATACAAAATTATTCAAATAAAAATAATAATAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAG
AGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
TATTTCAAATCATTATGACTCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTAT
TCCAAAAAAATAAATATAAATTTAATAATATTCTAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAA
ACATATTTGCTAAACATATTCAAATAGTTAAGACTATTAAAACAATTATCTATTTCAAAAAGTTA
TGACCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGCATATTCAAAATAAAATAAC
ACT
Found at i:17293 original size:148 final size:147
Alignment explanation
Indices: 17102--17405 Score: 448
Period size: 148 Copynumber: 2.1 Consensus size: 147
17092 ACAATTATCT
* * *
17102 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATGCAAGCTTAT
1 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTCAATCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTAT
* * **
17166 TCATAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATAAAAAGGAGATTTAAAAAAAT
65 TAAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAGGAGATTTAAAAAAAT
* *
17231 AAATATGTTTACTGAACAA
130 AAATATATTTACCGAAC-A
* * **
17250 ATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTCAATTATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATGAGCTTATT
1 ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTCAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
*
17315 AAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAGGAGATTTAAAAAAATA
66 AAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAGGAGATTTAAAAAAATA
*
17380 AATCTATTTACCGAACA
131 AATATATTTACCGAACA
17397 ATTTCAAAT
1 ATTTCAAAT
17406 AGTTATTACT
Statistics
Matches: 140, Mismatches: 15, Indels: 3
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
147 11 0.08
148 129 0.92
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (147 bp):
ATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTCAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT
AAAAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAAAAGGAGATTTAAAAAAATA
AATATATTTACCGAACA
Found at i:18749 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 18505--18810 Score: 422
Period size: 168 Copynumber: 1.8 Consensus size: 168
18495 CAATTTCAAC
* * * * *
18505 AATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATATATTAATTTTTTCAATCATACAA
1 AATTACCTATTTCAAATAGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTCCAATCATACAA
* * * *
18570 GCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTAA
66 GCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAA
18634 AAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCTTATTTGAAT
131 AAAATAAATCTATTTATCAAACCAGTTCTTATTTGAAT
*
18672 AATTACCTATTTCAAATAGTTAT-AAGCTTTTGTTTTG-CTATAAAATAATTGTTTCCATTCATA
1 AATTACCTATTTCAAATAGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATT-TTTCCAATCATA
* * * *
18735 CAAG-CTGTTTCAAAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAGTAACTAAGATAT
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*
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AAATAATTATCTATTTG
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*
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CTATTTCAAATAGTTATA
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17297 AGTTCATATG
* * * * * *** * *
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** * ** * * *
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* ** * * * * *
17436 AAAGTTGTAATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTA-TATGG
127 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTA-GA
* * * *
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189 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * ** * * * *
17565 TGTTTAATGAATTAGTTAAAATAATTGTGTCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTATT-TTG
254 TATTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAATATATATTTCAAATCATTATT-
* * * * * * * * * **
17629 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATTATTTTTGATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
318 ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTAACATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
17694 TAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTAAAC
383 -AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--AAG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAAC
* * * * * ***
17758 CAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TAATTTCAAGTCGTTATGGTC-TTTGTTT
442 TA-TTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTT
* * *
17820 CATCATAAAACAATTCTTTCTGA-TCATAGA
505 -ATCATAAAACAATT-TTTCT-ATTTAAATA
** * * * * * *
17850 AGCTTATTC-GGTTAAAAATAAAACTAATTTCATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTC
1 AGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CAAGAAATT-
* * * * * *
17914 AAAAAATAAATTTATTTGTC-AGACTAGTTCAAATAATTATA-ACTAT-TAGAAGAATTATCTAT
63 TAAAAATAAATCTATTTGTCGA-ACAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATAT-GAACAATTATTTAT
* * * * * *
17976 TTCAAATGATTTTAACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATT
125 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATT-TTT-AGT-TCATACAAGCTTA-T
* ** * * ** * *
18039 TAG-AATAAAATAATTCTAATACAATAACATTAAAAAAAGTAATAACTAAGAGATTTGAAAAAAT
185 TAGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT
* * * ** * * * * * *
18103 AAATTTGTTTA-TCAAA-CAAGCTCAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTACT-TATTTAAAAT
249 AAATCTATTTACT-AAATC-AGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAATA-TATATTTCAAAT
** * * * * * * * * *
18165 TGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGCTTTAGTT--CATATAAGCTTA-TCCAAATG
311 CATTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG-TTT-TTTAACATAAAAGTTTATTCAAAATA
* *
18227 CAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATTTGT
374 AAATAATAC-AATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTG-
* * * * * * * * *
18292 TTTTTGAATA-AATTT-AAATAGTTATGACTATTTAAATAATTGTATATTTAAAATCGCTATGAC
432 TTTATCAA-ACTATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC
* * * * * * *
18355 CTTTTATCTTGTCATAGAATAGTTATTTC-AGTTTATACA
496 CTTTTGT-TTATCATAAAACAATT-TTTCTA-TTTAAATA
* * * * * **
18394 AGCTTATT-TGAAATAAAA-AATAATAATTTATTAATATTCT-AAATATTAATAA-ATG-TTTTT
1 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAA-ATTAATAACAAGAAATTT
* ** * * * ** * * * *
18454 AAAAA-AGAATCTGTTTACCAAATCAA-CTCGAATAACTATAG-CAATTTCAACAATTATCTATT
64 AAAAATA-AATCTATTTGTCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATTTATT
* ** * * * ** * *
18516 TCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATATATTAATTTTTTCA-ATCATACAAGCCTATTCA-
126 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTTTT-AGTTCATACAAGCTTATT-AG
*
18579 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA-TTAAAAAATAAAT
188 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * **
18643 CTATTTA-TCAAACCAGTTC-------T-T----ATTTGAATAATTACCTATTTCAAAT-AGTTA
253 CTATTTACT-AAATCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAATATATATTTCAAATCA-TTA
* * * * * *
18694 TAAGC-TTTTGTTTTG-CTATAAAATAATTGTTTCCATT--CATACAAGCTGT-TTCAAAATAAA
316 TTA-CTTTTTATTTTGTC-ATAAAACAATTGTTT--TTTAACATAAAAG-TTTATTCAAAATAAA
* * * * * **
18754 ATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAACTAGTAACTAAGATATTTAAAAAATAAAATCGGTTT
376 ATAATA-CAATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTT
* * * * * * ** * * * * *
18819 GCTGAAGC-AGTTCAAATAGTAAAGACTACATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTT
435 -ATCAAACTATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTT
* * * * *
18883 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACA
499 TTG-TTTATCATAAAACAATT-TTTCTA-TTTAAATA
* * * * * * * * * **
18919 AGTTTATT-TGAAATAAAATAATACAAAGTTATTAATATTCTAAAAATCAATAAGTAAGTGATTT
1 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CAAGAAATTT
* * * ** * * * * * * * * * *
18983 AAAAAGTGAATATGTTTACCCAATC-ATTTCCAATAATTATGGCTATTTCAACAATTATCTACTT
64 AAAAA-TAAATCTATTTGTCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTT
* * * *** ** * *
19047 CAAATCGTTATTACCTTTTGTTCGGTCATATAATA-AATTTTTTTTATCATTCAAACTTATTTA-
127 AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATA-AA-ACAATTTTTAGT-TCATACAAGCTTA-TTAG
* * *
19110 AAATAAAATAATATTAATTTGTTAATCTTTCAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
188 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * ** *
19174 TTATTTACTGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGAATAACTGTACACTTCAAATTGTTATA
253 CTATTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAATATATATTTCAAATCATTATT
* ** * * * *
19239 ACATTTTATTTTGTCATAAAGTAATTATTTCTGTT--CA-AACAAGCTTATTTAGAATAAAATAA
318 ACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TTAACATAA-AAGTTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * **
19301 TACTAATCTAATAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGATTGCCAA
380 TAC-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAA
* * * * * * * * * *
19365 ACCAGTTT-AAATATTTAAG-GT-TGTAATAATAATTATCTATTTTAAAATATTATGACATTTTA
440 ACTA-TTTCAAATAGTTATGACTAT-TTA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTT-
* * * * * *
19427 TTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACT-
501 GTTTATCATAAAACAA-TTTTTCTATTTA-AATA
* * * ** * *
19460 AGCATATTC-GAAATAAAATAA-AGTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
1 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACT-AATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CAAGA-AAT
* ** * * * * * * *
19523 TTAAAAA-AATTCTATTTACCTAACCAA-CTCAAATAATTATA-ACTATTTAAATAATTATCTAT
62 TTAAAAATAAATCTATTTGTCGAA-CAAGTTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATTTAT
* * * * * * * * *
19585 TTGAAATCATTATTACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTG
125 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAC-AAT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTAG
* * *
19650 GAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT
188 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * **
19711 CTATTT-CTCAAATCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGACA-AATTATTTATTTCAAATGGTTA
253 CTATTTACT-AAATCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGA-ATAAATATATATTTCAAATCATTA
* * * * * * * *** * *
19774 TGACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTATTTCTGTT--CATACAAGTTTATTTGTATTAAAGTA
316 TTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TTAACATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
19837 ATACTAATTTATTAATATTTCAATGATTAATAAATAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-CG
379 ATAC-AATTTATTAATATTTTAA--A--AATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-
* ** * * * * * **
19901 TAACTAGAT-AAGATAGTCATTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTG
438 AAACTATTTCAA-ATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
* * * *
19965 TTTTATCATAAAAGAATTGTTC-ACTTCATATA
502 -TTTATCATAAAACAATTTTTCTA-TTTAAATA
* * * * ** *
19997 AGTTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGATTTAA-AATTT
1 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAAT-A-ACAAGAAATT
* * * * * * * * * *
20060 TAAAAAAATGAATTTGTTTATCGAACAAATTTAAATAATTATGACTAT-TGAATAATTATCTATT
63 T--AAAAATAAATCTATTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATT
* * * * * * * * * *
20124 TAAAATCACTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTTGTTTATACAAACCTATTTTG-
126 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAA-TTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTAGA
* * *
20188 AATAAAATAATA-TATAATTATTAATA-TT-AAGTCAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
189 AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAA--AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * ** * **
20250 ATATGTTTA-TGGAATAAGTTCAAATCGTTATAACCATTTGAACACTTATTTATTTCAAATTGTT
251 ATCTATTTACT-AAATCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAATATATATTTCAAATCATT
* * * * ** * * *** *
20314 ATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TTTTCTGCACATACAAGGTTATT-TGGAT-TAAT-
315 ATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TTAACATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * *
20375 AT-TAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGAAAAAGCTTT-AAAAATAAATATGTTTACCGA
379 ATACAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT----AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAA
* * * * * * * * ** * * *
20438 ACAAGTTGAAATAGTCATCATTATTTGAATAATTAACTATTTCAAATCATTGTGACATTTTGTTT
440 ACTATTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG-TT
* * *
20503 TGTAATAAAACAATTATTTC-AGTTCAAATA
504 TATCATAAAACAATT-TTTCTA-TTTAAATA
* * * * ***
20533 AGCTTATT-TGAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTCCAAAAATATATGAGTAA-AAG-AA
1 AGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAAT-TA--A-TAACAAGAAA
* * * * ** * ** * * * * * * *
20595 TTAAAAAATGAATATGTTTACCAAACATTTTTAAATAGTTATGACTATCTAAATAGTTATCTATT
61 TTTAAAAATAAATCTATTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATT
** * *
20660 TCAAAAT-ATTATGA-C-----------CATAAAACAATTGGTTCTA-TTCATGTAAACTTATTC
126 T-AAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT--TT-TAGTTCATACAAGCTTATTA
* * * * *
20711 CAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTT-GAAAATAA
187 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * *
20774 ATATGTTTTCTGAATACA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATT
251 ATCTATTTACTAAAT-CAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAATATATATTTCAAATCATT
* * * * * * **
20838 ATTACCTTTTGTTTTAAT-ATAAACCAATTGTTTCTATT--TATAAAAGCTTATTCGGAATAAAA
315 ATTACTTTTTATTTT-GTCATAAAACAATTGTTT-T-TTAACATAAAAGTTTATTCAAAATAAAA
* * *
20900 TAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
377 TAATAC-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
* * * * * *
20964 TAAGA-GAGTTCAAATAGTTAT-ATATATTTAAACAA-TATTTATTTCAAATTGTTATAATCTTT
438 -AA-ACTATTTCAAATAGTTATGA-CTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT
* * **
21026 TATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCCT-ACCA
500 T-GTTTATCATAAAACAATT-TTTCTATT--TAAATA
* * * * * ** *
21062 A-TTTATT-AGAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATT
1 AGCTTATTCAG--AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CAAGAAATT
* ** * * * * * * * *
21125 TAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTATCTATT
63 T--AAAAATAAATCTATTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATT
* * * * ** **
21190 TCATATCGTTATGTA-ATTTTGTTTTATTGTAAAACAATTGATTCTA-TTCATACAAAATTATTC
126 TAAAATCATTATG-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT--TT-TAGTTCATACAAGCTTATT-
* * ** *
21253 A-AAACAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAA--AA-A-ATTTAAAAACTAA
186 AGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * ** * **
21313 ATCTACTTATTAAACCAATTCAAGTAGTTATGACTATTTGAATAATTACGTATCTCAAATTGTTA
251 ATCTATTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAATATATATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * * *
21378 -TAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAACTGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATCCAAAGTAAAATAT
316 TTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TAACATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
* * * ** * * * *
21441 TGCTAAATTAATAATATTCAAAAAAGTAATAAGTAAAAGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGTTAA
380 TAC-AATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAA
* * ** * ** **
21506 ACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAAT-ATTA---ATAAC-ACTAATTAT----TTCAG-T
440 ACTATTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* *
21560 T-T-AT---AC-A-TATT-TATTCAGAATAA
504 TATCATAAAACAATTTTTCTATTTA-AAT-A
* * ** * ** * * ** * *
21583 AG-TTATAC-TAAT-TTATAA-AC-ACTCAAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAA-AAAAATAAA
1 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAA-TATTTTG-AA-A-A-TTAATAACAAGAAA
*** ** * * ** * * *
21642 TTTGTTTACCAAA-CAAGTT-T---A-AA--T---ATA-TT-TTACTATTTGAATAATTATCTAT
61 TTT-AAAAATAAATCTATTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTAT
* * * * * * * * *
21694 TTAAAGTCGTTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAACTTTTTCA
125 TTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-TTT-AGTTCATACAAGCTTATT-A
*** * * *
21759 -AACCCCAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTAA
187 GAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-A
** * * * * * * **
21823 AAT-TATTTTTTGAA-CTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAAATATCA-ATATCAAATTG
250 AATCTATTTACTAAATC-AGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAATAT-ATATTTCAAATCA
* * * * * *
21885 TTA-TGCTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCATAAAAATTTATTC-GAATAAAAA
313 TTATTACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTAACATAAAAGTTTATTCAAAAT-AAAA
* * * * * * *
21948 TAATATTAATTTAGTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAAATAAGTATGTTTGTCAA
377 TAATA-CAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCAA
* * * * * * *
22013 ACTAATTCAAATAGCTAAGAGTA-TTAGAATAATCATCTATTTCAAATTGTTCTAACTTTTTGTT
440 ACTATTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT
* * * * *
22077 TAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATATA
504 TA-TCATAAAACAATT-TTTCTATTTAAATA
* * ** * * *
22108 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAGCA--TTCAAAAATAATAAGCAAGAGATTTG
1 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAA-CAAGAAATTT-
* *** * * *
22171 AAAAAATAAATCTGTTAACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTA
64 -AAAAATAAATCTATTTGTCGAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTA
* * * *
22236 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCAAAAAT
128 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTAGAAAT
* ** * *
22301 AAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAA
192 -AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * *
22366 TTTACTAAATCAATTCAAATAATTATGGCCATTTGAA-AAATTATCTATTTCTAATCATTATTAC
256 TTTACTAAATCAGTTCAAATAATTATAACCATTTGAATAAA-TATATATTTCAAATCATTATTA-
* * * *
22430 CTTTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGCTTTTCAACATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
319 C-TTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTAACATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC
* *
22495 AATTTATTAATATTTTAAGAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTATCAAACCTATTT
383 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-CTATTT
*
22560 CAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACGTTTTGTTCTATCATA
447 CAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TATCATA
22625 AAACAATTATTTCTATTTAAATA
511 AAACAATT-TTTCTATTTAAATA
* *
22648 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATATAGTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAAATTTA
1 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAC-AAGAAATTTA
* * ** * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * *
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** ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * ** *
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* ** * * * * * *
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* * * **
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** * * *
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1 -A-GCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTT-GAAAATTAATAA-CAAGAAAT
* ** * * * * * * ** *
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* * * * ** * * *
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* *
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* * ** * * * *
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* * * * * ***
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* * *
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* * ** * ** * *
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* * *
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* * *** *
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* ** * ** *
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* ** ** * ** *
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* * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * ** * ***
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* * * * * ** *
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* ** * * ** **
27320 ATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGGTTATAAG
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* * * * * * * *
27373 AACAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCGTAAAATAATTTTTTCAATTCTT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * *
27438 ACTAA-CTTATTCGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAA
66 A-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * *
27501 ATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGCCGAACCAATTCAAATTGTTATAACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
27554 AATAATGATCTATTTAAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAAATATTTTTATTTAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * * * * * ** *
27619 ATAAGTTTGTTCAGATTAAAATAATATTAGTCCATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* *** * * * * * *
27684 TTAAAAAAT-AAGTATGTTTATTAAACCAGTTCAATTACTTATAACTATTTA
131 TTAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *** * * * * *
27735 AATAATTATTTATTTTAAATTGCTATGATCATTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* *** * * * *
27800 -ACAGTCTTATTTGGAATAAAGTAATACTAATTTATTAATA-TTCTGAAAATTATTAAGTAACAG
66 AAAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
27863 ATTTAAAAAATGAATCTA--TAAGCCTAACCAATGCAAATAGTTATGATTAATTG
129 ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * *
27916 AATAATTATCTATTTTAAATCATTATGATCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTTTATTCGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * * *
27981 ACAAGCTTATTCAAAATGACATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
28046 TTAAATAATGAATCT-GTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTG
131 TTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * *
28097 AACCATTATCTATTTCAAATCGCTATAACTTTTTGTTTTGTCGTAAAATAAATT-TTTCTATACA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCTATTCA
* * * * *
28161 TACAAA-CTCATTTC-AAATGAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATTAGTAAA
65 TA-AAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAG
* * * *
28223 AGATTTAAAAAATATA-T-GTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGATTATTTG
127 AGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * **
28276 AACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGATTT-TGCTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCTATTCA
* * *
28340 TACAAA-CTTATTC------AAAT--TA--AA---A-TAATATTTCTATAATTAATAAGTAAAAG
65 TA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * *
28390 ATTT-TAAAATGAATATA-TTTACTGAAT-AAGTTCAAATAGTTATAAATATCTG
129 ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * ** * * *
28442 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTCATCATAAAAAAAATTGTAT-TAGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTATTTCTA-TTC
* * * * *
28506 TTATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAG
64 ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *
28567 ATTTAAAAAATGAATCTA-TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTA
129 ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
28620 AACAATTATCTATTTTAAA--ATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCAT--TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTC
* ** *
28683 ATACAAGCTTATT-----TTGAAT-AT--TAATTTATTAATTTTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-
64 ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* **** **
28738 AATTAAAAAAT-AATTATGTTTTTTTAAT-ACATTCAAATAGTTATGTTTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAATCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
28791 AATAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTATTTTTGTTCC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCTATTCA
* * * * *** * *
28855 TACAAGCTTATTCGAAACAAAATTATACTAATTTATTAATACACCAAAAATTAATAAGCAAAAGA
65 TAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
28920 TTTAAAAAAATAAATCTA-TTTATC-AAGCAAGCTCAAACAGTGATGACTGTTTG
130 TTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
28973 AACAATCATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCA
* * * * *
29038 TACAAGTTTATTCATAAAT-AAATAGTACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGA
65 TAAAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * **
29101 GATTCAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAA-CAAGTACAAATAGTCAT-TTTCATTTG
128 GATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
* * * * *
29155 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTGGTCATAATATAATTATTTTTATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
* * * * **
29220 ACAAA-ATTATTCAAAATTAAAATAATATTGATTTATTGATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAG
66 A-AAAGCTTATTCAAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
*** *
29280 ATTTAAAACCCAAATCT-GTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATAACTATTTG
129 ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *** * * ** * * *
29333 AACAATTATTTATCTT-AAATTGCTATAATC-TTTATTTTGTTGTAGAACAATTGTTTCT-TTCC
1 AACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATT-C
* * ** * * *
29395 ATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTCCAAAAATTAATATGTAAAAG
64 ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * **
29460 ATTTAAAAAATAAATGT-GTATATCGAACCAGTTCAAATAATTCA-AACTATAAG
129 ATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTG
* * * * ** * *
29513 AACGATTAT-TGATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGCTTAATCATAAAACAATTATTTCAATTCA
1 AACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCA
* * *
29577 TACAAA-CTTATTCAGAAA-AGAATAATAGTAATTTATTAACA-TTCAAAAAAATTAATAAG-AA
65 TA-AAAGCTTATTCA-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC--AAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
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126 -GAGATTT-AAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA-TTC
* * * **
29759 ATAAAAACTTA-TC-CAA-AAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG--A-A-
64 ATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
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129 ATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * *
29870 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTCATTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTCAAT-A
1 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-ATTCA
* *
29934 TACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
65 TAAAAGCTTATTCAAAATAAAAT
29957 CGTTATTATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT
AAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:28470 original size:166 final size:164
Alignment explanation
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* * * * *
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* * * *
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*
28338 CATACAAACTTATTCAAATTAAAATAATATTTCTAT
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* * *
28374 AATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAATGAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATAAATAT
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* * * ** * *
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* * * *
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* * * *
28544 AATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
1 -A-A--TTAATAAGT-A-AA-AGATTT-AAAAAT-AATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTT
* * * * *
28609 ATAACTATTTAAACAATTATCTATTTTAAA--ATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
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* * * * *
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* * **** **
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1 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAA-TATATTTACCGAATA-AGTTCAAATAGTTATAATTA
* * * * *
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* * *
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128 TCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAA-TA-A-T-ATTT-CT-AT
* * * * * *
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1 --------AATTAATAAGTAAAAGATTT--AAAAAT-AATATATTTACCGAA-TAAGTTCAAATA
* * * * * * * * * * *
28959 GTGATGACTGTTTGAACAATCATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTTATTTTATCATAAAATA
54 GTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
* * * *
29024 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCATAAATAAATAGTACTAATTTATTAATATTCTAAA
118 ATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC--AAAT---TA--A--AA--TAAT-AT-TTCT-AT
* ** * * * * * *
29086 AATTAATAGGTAGGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTACAAATAGTCAT-TTTC
1 AATTAATAAGTAAAAGATT-TAAAAAT-AATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATAATT-
* * * * * * * *
29150 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTGGTCATAATATAATTATTTTTA
63 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTG
** *
29215 TTCATACAAAATTATTCAAAATTAAAATAATATTGATTTATT
127 TTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAAATAATATT--TCTA-T
* * *
29257 GATATTTTGAAAATTAA-TAAGAGATTTAAAACCCA-AATCTGTTTACCGAATCAA-TTCAAATA
1 -A-A--TT---AA-TAAGTAAAAGATTTAAAA---ATAATATATTTACCGAAT-AAGTTCAAATA
* * *** * * * ** *
29319 GTTATAACTATTTGAACAATTATTTATCTT-AAATTGCTATAATC-TTTATTTTGTTGTAGAACA
54 GTTATAATTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA
29382 ATTGTTTCT-TTCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATA
118 ATTGTTT-TGTT-CATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATA
29423 CTAATTTAAA
Statistics
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0.71 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (164 bp):
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATAATATATTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATAATTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGTTCA
TACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATATTTCTAT
Found at i:28813 original size:17 final size:17
Alignment explanation
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28759 TTTTAATACA
*
28769 TTCAAATAGTTATGTTTAT
1 TTCAAATAATTA--TTTAT
*
28788 TT-GAATAATTATTTAT
1 TTCAAATAATTATTTAT
28804 TTCAAATAATTAT
1 TTCAAATAATTAT
28817 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.06, T:0.52
Consensus pattern (17 bp):
TTCAAATAATTATTTAT
Found at i:29171 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 28374--29954 Score: 976
Period size: 182 Copynumber: 8.9 Consensus size: 178
28364 ATATTTCTAT
* * * * * * *
28374 AATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATGAATATATTTACTGAATAAGTTCAAATAGTTATAAAT-
1 AATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT--TTC
* * * ** * * *
28437 ATCTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTCATCATAAAAAAAATTGTAT-T
63 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTATTTCT
* * * * *
28501 AGTTCTTATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTAAA
127 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* **
28555 AATTAAT-A--AGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAT
1 AATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTTC-AT
* * * * *
28617 TTAAACAATTATCTATTTTAAA--ATGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTG
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* * *
28680 TTCATACAAGCTTATT----TTGAAT-AT--TAATTTATTAAT-TTTTCAAA
128 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAA
* * * * * **** * *
28724 AATTAATAAGTA-AAAATTAAAAAATAATTATGTTTTTTTAATACA-TTCAAATAGTTATGTTTA
1 AATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTAT-TTCA
* * * * *
28787 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAATCAATTATTTTTG
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT-AATTATTTCTA
* * ** *
28851 TTCCTACAAGCTTATTCGAAACA-AAATTATACTAATTTATTAATACACCAAA
128 TTCATACAAGCTTATTC-AAA-ATAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * * **
28903 AATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATC-AAGCAAGCTCAAACAGTGATGAC
1 AATTAATAAG-TAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTTC
* * * * * * * *
28967 TGTTTGAACAATCATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTTATTTTATCATAAAATAATTGTTTC
63 -ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC
* *
29032 TATTCATACAAGTTTATTCATAAATAAATAGTACTAATTTATTAATATTCTAAA
126 TATTCATACAAGCTTATTCA-AAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * *
29086 AATTAATAGGTAGGAGATTCAAAAAATAAATTTATTTACCGAACAAGTACAAATAGTCATTTTCA
1 AATTAATAAGTA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA-TTTCA
* * * * * *
29151 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTGGTCATAATATAATTATTTTTAT
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTAT
** * * * * *
29216 TCATACAAAATTATTCAAAATTAAAATAATATTGATTTATTGATATTTTGAA
129 TCATACAAGCTTATTCAAAA-T-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
*** * **
29268 AATTAAT-A--AGAGATTTAAAACCCAAATCTGTTTACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATAACTA
1 AATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATTTC-A
* *** * * * ** * * *
29329 TTTGAACAATTATTTATCTT-AAATTGCTATAATC-TTTATTTTGTTGTAGAACAATTGTTTCT-
64 TTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTA
* ** *
29391 TTCCATACAAGCTTATTCAAATTAAAATAATACTAATTTAAAAATATTCCAAA
128 TT-CATACAAGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * * * * **
29444 AATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATGTGTATATCGAACCAGTTCAAATAATTCA-AACT
1 AATTAATAAGT-AGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT-ATTTC-
** * * * ** * *
29508 ATAAGAACGATTAT-TGATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGCTTAATCATAAAACAATTATTTCA
63 ATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * *
29572 ATTCATACAAACTTATTCAGAAA-AGAATAATAGTAATTTATTAACATTCAAAAA
127 ATTCATACAAGCTTATTCA-AAATA-AATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAA
* * * * *
29626 AATTAATAAGAATGAGATTTGAGAAAATAAATCTATTAACCGAACAAGTTCAAGTAATTATGATT
1 AATTAATAAGTA-GAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTAT--TT
* * * * *
29691 -ATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATTAACTTTTGTTTTGCCCTAAAATAATTATTT-T
62 CATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT
* * * * * *
29754 AGTTCATAAAAACTTA-TCCAAA-AAATAATACTACTTTATTAATATTTTGAA
127 A-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * **
29805 AATTAATAAG-A-A-ATTTGAAAATTTAATC-AGTTTACCGAATCAA-TTTAAATAATTATGACC
1 AATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-TTC
* * ** * * *
29865 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACATTTCATTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTC
63 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCT-
* *
29930 AAT-ATACAAGCTTATTTAAAATAAA
127 ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAA
29955 ATCGTTATTA
Statistics
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AATTAATAAGTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATTTCATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTC
ATACAAGCTTATTCAAAATAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
Found at i:29963 original size:67 final size:67
Alignment explanation
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29876 TATCTATTTC
* * * * *
29886 AAATCATTATTA-CATTTCATTTAGTCATAAAATAATTGTTTTTCAATATACAAGCTTATTTAAA
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29950 ATA
65 ATA
* * * *
29953 AAATCGTTATTATCTTTCTTTTTGTCATATAACAACTATTTTTCAACATACAAACTTATTTAAAA
1 AAATCATTATTATCTTTCATTTAGTCATAAAACAACTATTTTTCAACATACAAACTTATTTAAAA
30018 TA
66 TA
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1 AAAT
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Statistics
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AAATCATTATTATCTTTCATTTAGTCATAAAACAACTATTTTTCAACATACAAACTTATTTAAAA
TA
Found at i:30344 original size:181 final size:180
Alignment explanation
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29943 ATTTAAAATA
* * * * * * * ** **
29953 AAATCGTTATTATCTTTCTTTTTGTCATATAACAACTATTTTTCA-ACATACAAACTTATTTAAA
1 AAATCGTTATAACCTTT-TGTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-ATTCATACAAGTTTATTCGAA
* * *
30017 ATAAAATAATAGTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAA--AAG--ATTTAAAAAATAAA-T
64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
* * * * *
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128 C-GATTTCT-AAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* * * * *
30130 AAGTTGTTATAACCTTTTGTTCTATCCTAAAACAATTATTTATATTCAT-CAAAATTTATTCGAA
1 AAATCGTTATAACCTTTTGTT-TGTCATAAAACAATTATTTATATTCATAC-AAGTTTATTCGAA
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64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATT-AATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATT
* * * *
30258 CGCTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTTC
128 CGATTTCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
** * * *
30311 AAATCGTTATGGCCATTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTCA-ACTCATACAAGTTTATTTGAA
1 AAATCGTTATAACC-TTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAGTTTATTCGAA
* * * *
30375 ATAAAATAATACTAACTTATTAATATTTTAAAAATT--T-A-TAA-AATATTTTAAAAAT-AATT
64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
30434 CTATTTATCAAATCAGTTTAAGTAATTATA-ACTATTTGAATAATTATCTATTTC
128 CGATTTCT-AAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * *
30488 AAATTC-TTATTACTTTTTATTTTGTTATAAAATAATTATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAA
1 AAA-TCGTTATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAA
* * * * *
30552 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATA
64 ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA-AAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-
* * * ** * *
30616 T-GTTTTCTAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCTATTTT
127 TCGATTTCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
* * * ** * * * * *
30669 AAATCCTAATAACCTTTTGTCTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTCAAAA
1 AAATCGTTATAACCTTTTGT-TTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAAA
* * * * *
30734 TAAAATAATACTAATTTAATAATATCCCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAT
65 TAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAAT
30796 CTTGTTATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCGTTATAACCTTTTGTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAGTTTATTCGAAAT
AAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATTCGA
TTTCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTTAAACAATTATCTATTTC
Found at i:30481 original size:358 final size:356
Alignment explanation
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Period size: 358 Copynumber: 2.2 Consensus size: 356
29963 TATCTTTCTT
* * * *
29973 TTTGTCATATAACAACTATTTTTCAA-CATACAAACTTATTTAAAATAAAATAATAGTAATTTAT
1 TTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAATCATACAAATTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
30037 TAATATTTCAAAAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACTAGTTCAAATAGT
64 TAATATTTCAAAAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAAT
* * * * *
30102 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAGTTGTTATAACCTTTTGTTCTATCCTAAAACAATT
129 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATT
30167 ATTTATATTCATCA-AAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTA-AAAATT
194 ATTTATATTCAT-ATAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TAGAAAATT
30230 CAA-AACTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TCGCTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATA
257 -AATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATAT-GCTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATA
* * * **
30293 TAAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGGCCATTTGG
320 TAAACAATTATCTATTTCAAATCCTAATAACC-TTTGG
* * *
30331 TTTGTCATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAACTTATT
1 TTTGTCATAAAACAATTATTTCAA-TCATACAAATTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
30396 AATATTTTAAAAATTTA-TAAAATATTTTAAAAATAATTCTATTTATCAAA-TCAGTTTAAGTAA
65 AATATTTCAAAAA-TTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAA
* * * * * * *
30459 TTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTCTTATTACTTTTTATTTTGTTATAAAATAAT
128 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAAT
* * * *
30524 TATTTTTGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTA
193 TATTTATATTCATATAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTA
* * * * * * * * ** *
30589 ATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATATGTTTTCTAAACCATTTTAAATAGTTTTGACTATTTAA
258 ATAACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAA
* * *
30654 ATAATTATCTATTTTAAATCCTAATAACCTTTTG
323 ACAATTATCTATTTCAAATCCTAATAACCTTTGG
* ** ** * * * *
30688 TCTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAA
1 T-TTGTCATAAAACAATTATTTC-AATCATACAAATTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTAT
30753 TAATAT
64 TAATAT
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Statistics
Matches: 357, Mismatches: 61, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
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TTTGTCATAAAACAATTATTTCAATCATACAAATTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAATTA
TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATAACCTTTTATTCTATCATAAAACAATTAT
TTATATTCATATAAATTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTAGAAAATTAATA
ACTAAGAAATTTAAAAAATAAATATGCTTGCTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATAAACA
ATTATCTATTTCAAATCCTAATAACCTTTGG
Found at i:31358 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 31265--31721 Score: 548
Period size: 58 Copynumber: 7.8 Consensus size: 58
31255 TGCTTTTGTA
* * *
31265 CAAGAGAAAATTGATACTTTTAACTTTTCC-CCAAAATGTTTTTTTGGAAACTTTAATTT
1 CAAG-GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTT-GAAACTTTAATTT
* * * * *
31324 CGAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAACTTTTTTTTGAAAATTTATTTT
1 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATA--TTTTTTTGAAACTTTAATTT
* * *
31384 TAAAGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTT
1 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTT
* * * *
31442 CGAGGAAAACTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAAAACTTTTTTTGAAAATTT-ATCTT
1 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTC--AAAAATA-TTTTTTTGAAACTTTAAT-TT
* *
31503 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTACC-AAAAAATATTTTTTT--AACTTTAATTT
1 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTT-CCTCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTT
* * * *
31559 CGAGAAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTTTGAAAATTTATTTT
1 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATA--TTTTTTTGAAACTTTAATTT
* *
31619 TAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCC-CAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTT
1 CAAGGAAAATTGATACTTTCAAC-TTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTT
*
31677 CAAGGAAAATTGATACATTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTT
1 CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTT
31722 TTGAATTTTA
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 44, Indels: 33
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (58 bp):
CAAGGAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTT
Found at i:31653 original size:235 final size:235
Alignment explanation
Indices: 31270--31712 Score: 744
Period size: 235 Copynumber: 1.9 Consensus size: 235
31260 TTGTACAAGA
* ** *
31270 GAAAATTGATACTTTTAACTTTTCCCCAAAATGTTTTTTTGGAAACTTTAATTTCGAGAAAAATT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCAAAAAATATTTTTTT-G-AACTTTAATTTCGAGAAAAATT
31335 GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAACTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAAGAAAATTGATAC
64 GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAACTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAAGAAAATTGATAC
* * *
31400 TTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCGAGGAAAACTGATACTTTCAAC
129 TTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCAAGGAAAACTGATACATTCAAC
31465 TTTTCCTCAAAAAAAAACTTTTTTTGAAAATTTATCTTTAAG
194 TTTTCCTCAAAAAAAAACTTTTTTTGAAAATTTATCTTTAAG
31507 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTACCAAAAAATATTTTTTT-AACTTTAATTTCGAGAAAAATTG
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTT-CCAAAAAATATTTTTTTGAACTTTAATTTCGAGAAAAATTG
* * *
31571 ATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAGGAAAATTGATACT
65 ATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAACTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAAGAAAATTGATACT
* *
31636 TTCAACTTTTTCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCAAGGAAAATTGATACATTCAACT
130 TTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCAAGGAAAACTGATACATTCAACT
31701 TTTCCTCAAAAA
195 TTTCCTCAAAAA
31713 TATTTTTTTT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 12, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.07, T:0.42
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GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCAAAAAATATTTTTTTGAACTTTAATTTCGAGAAAAATTGA
TACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAACTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAAGAAAATTGATACTT
TCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCAAGGAAAACTGATACATTCAACTT
TTCCTCAAAAAAAAACTTTTTTTGAAAATTTATCTTTAAG
Found at i:31713 original size:118 final size:118
Alignment explanation
Indices: 31270--31734 Score: 695
Period size: 118 Copynumber: 4.0 Consensus size: 118
31260 TTGTACAAGA
* * *
31270 GAAAATTGATACTTTTAAC-TTTTCCCCAAAATGTTTTTTTGGAAACTTTAATTTCGAGAAAAAT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCCCAAAAAT-ATTTTTTGGAAACTTTAATTTCGAGAAAAAT
* *
31334 TGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAACTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAA
65 TGATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAATTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAG
* * * *
31388 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTCCCCAAAAATATTTTTTTGAAACTTTAATTTCGAGGAAAACT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCGAGAAAAATT
** *
31453 GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAAAACTTTTTTTGAAAATTTATCTTTAAG
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* * *
31507 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTACCAAAAAATATTTTTT--TAACTTTAATTTCGAGAAAAATT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCGAGAAAAATT
*
31570 GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAATATTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAG
66 GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAATTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAG
* *
31623 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCAAGGAAAATT
1 GAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCGAGAAAAATT
* * *
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66 GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAATTTTTTTTTGAAAATTTATTT
31735 AAAGAAAAAA
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 27, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
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GAAAATTGATACTTTCAACTTTTTCCCAAAAATATTTTTTGGAAACTTTAATTTCGAGAAAAATT
GATACTTTCAACTTTTCCTCAAAAAAATTTTTTTTTGAAAATTTATTTTTAAG
Found at i:32639 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 32614--32667 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
32604 ACTTTAAAAG
32614 ATAAATAAATAAT-AGATAAAT
1 ATAAATAAATAATCAGATAAAT
*
32635 -TATAATATATAATCAGATAAAT
1 ATA-AATAAATAATCAGATAAAT
*
32657 ATATATAAATA
1 ATAAATAAATA
32668 TTAACAAAAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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ATAAATAAATAATCAGATAAAT
Found at i:32796 original size:17 final size:16
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Period size: 14 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
32764 TAAGATAATC
32774 ATAAAAGAAATATATAT
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*
32791 ATAAAACAATA-ATA-
1 ATAAAAAAATATATAT
* *
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1 ATAAAA
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Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 5
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ATAAAAAAATATATAT
Found at i:32848 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 32774--32848 Score: 75
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32764 TAAGATAATC
* *
32774 ATAAAAGAAAT-ATATATATAAAACAATA
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1 ATAAAAAAAATAAAAT
32849 GGGTTTACCC
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 10
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ATAAAAAAAATAAAATATATAAAACAATA
Found at i:33203 original size:85 final size:82
Alignment explanation
Indices: 33030--33455 Score: 437
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33020 ATCAAAACTT
* * * *
33030 CTCTAAGCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAACATAAACAATGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAATA
1 CTCTAAACAGAGGCTCAACGACTTTG-AAAA-ATAAA-TA-GCTCCTCTAAACAGAGGCTCAACA
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* *
33117 CTCTAATCAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAATAAATAAAGCTCCTCTAAACAGAGGCTCAACGAC
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* * *
33182 TTTTGAAGAGTAAATGGCTC
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** * **
33202 CTCTAATTAGAGGCTCAACAACTTTGAAAAATAAATAGCTCCTCTAATA-AGAGGCTCAACGGCT
1 CTCTAAACAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAATAAATAGCTCCTCTAA-ACAGAGGCTCAACAACT
33266 TTGAAAAATAAATAAAGCTC
65 TTGAAAAATAAAT--AGCTC
* * * *
33286 CTCTAAACAGAGGCTCAACGACTTTTGAAGAGTAAATGGCTCCTCTAATCAGAGGCTCAACAACT
1 CTCTAAACAGAGGCTCAACGAC-TTTGAAAAATAAATAGCTCCTCTAAACAGAGGCTCAACAACT
33351 TTGAAAAATAAATAAAGCTC
65 TTGAAAAATAAAT--AGCTC
* * * * * *
33371 CTCTAAACAGAGGCTTAACAACTTTTGAAAAGTAAATGGCTCCTCTAATCCA-AAGCTCAACAAC
1 CTCTAAACAGAGGCTCAACGAC-TTTGAAAAATAAATAGCTCCTCTAA-ACAGAGGCTCAACAAC
*
33435 TTTGAAAAATAAATGGCTC
64 TTTGAAAAATAAATAGCTC
33454 CT
1 CT
33456 TGACAATCAT
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 29, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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CTCTAAACAGAGGCTCAACGACTTTGAAAAATAAATAGCTCCTCTAAACAGAGGCTCAACAACTT
TGAAAAATAAATAGCTC
Found at i:33273 original size:126 final size:126
Alignment explanation
Indices: 33071--33455 Score: 532
Period size: 126 Copynumber: 3.0 Consensus size: 126
33061 CATAAACAAT
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* *
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** * ** *
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* * ** * * * *
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* * *
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* ** * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * * *
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64 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * ** * * **
46216 AAAAATAAATATATTTGCCAAAGCAATTCAAATAGTTAAAACTATATAAACA
129 AAAAATAAATTTATTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAAACA
* * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTA-TTCATACAA
* * * *
46333 GTTTATTCAAAATAAAA-AA-ACATAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TGA-TAAGCGATTT
65 GCTTATTCGAAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
46392 AAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCATTTCAAATAATTATGACCATTTCAATA
128 AAAAAATAAATTTATTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACA
* * * * * * * * * *
46445 ATTATCTATTACAAATCGTTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTATCATTCAA
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAT-TCATACAA
* * *
46510 GTTTATTCGTAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAA
65 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * *
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130 AAAATAAATTTATTTACT-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTAAACA
* * * ** * * * *
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1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATT-GTTTTATTCATACA
* * * ** * *
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64 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATT
* * * * * * *
46749 TAAAAAATAAATTTATTTAC-CAAACTTGTTTAAATATTTAAGACTATATGAACA
127 TAAAAAATAAATTTATTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAAACA
* * * * * *
46803 ATTATCTATTTCAAAATGTTA-AACCTTTTGTTTTGTTAGAAAATAATT-TTTTCAGTTTATA-A
1 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTT-A-TTCATACA
*
46865 TAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTT
64 -AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTT
46906 AAGACTATAT
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ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTTATTCATACAAG
CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATTTATTTACTGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTAAACA
Found at i:45573 original size:364 final size:359
Alignment explanation
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* * *
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1 ATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT-TAATCATACA
* * * *
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* * * * * *
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130 AAAAATAAATCTT-TTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTA
* * * *
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* * * * * *
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** * * * *
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* * * * *
45196 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAATAATTGTTTTTAATCATACAA
1 ATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACAA
* * *
45261 GCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
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* * *
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* * * *
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194 AATCGTTATGACCTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATA-CAAGCTTATTC-G--
*
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* ** * *
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* * * * * *
45560 ATTATCAATTTCAAGTTGTTCTAATCTTTTG-TTTAGTCATAAAATATTTG-TTTCATATCATAC
1 ATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTTA-ATCATAC
* * * * * * * *
45623 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATCCTAATATATTAACA-TTCGAAAAATTCATAAGCAAGATATT
64 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * ** ** *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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255 AAA-AAAATAATACTAATTTAATA-ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
45876 TCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATAGCTATTTTAATA
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* * * * *
45919 ATTATCTATTTGACATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-ATCATACA
1 ATTATCAATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACA
* * * * *
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65 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * *** * *
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130 AAAAATAAATCTTTTTACCAAACCAGTT-TAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATCTAA
** * * * * * *
46100 AATCGTTAAAACCTTT-TGTTCTATTATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATTCGGAA
194 AATCGTTATGACCTTTGT-TTC-GTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * * *
46164 CAAAATAATACTAATTTAATAATAATCCAAAAATTACTAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATATA
257 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * *
46229 TTTGC-CAAAGCAATTCAAATAGTTAAAACTATATAAACA
322 TTTACTGAAA-CAGTTCAAATAGTTAAAACTAT-TAAATA
* * * * * *
46268 ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATCG-TTTTAGTTCATACA
1 ATTATCAATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTA-ATCATACA
* * *
46332 AGTTTATTCAAAATAAAA-AA-ACATAAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TGA-TAAGCGATT
65 AGTTTATTCGAAATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * * * *
46391 TAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCA-TTTCAAATAATTATGACCATTTCAATAATTATCTAT-
128 TAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACCAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATC
* * * * * * * * *
46454 TACAAATCGTTATTACTTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTT-TTATCATTCAAGTTTATTC
191 TA-AAATCGTTATGAC-CTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTC
* * * *
46518 GTAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
253 GAAAAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * *
46579 TCTGTTTA-TAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
318 TCTATTTACT-GAAACAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TTAAATA
* * ** * * ** *
46622 ATTGT-ATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCACACA
1 ATTATCA-ATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTAATCATACA
* * ** * *
46686 AGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATCCAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-TGAAGAGAAT
65 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT-AAGAGATT
** * * * *
46749 TAAAAAATAAAT-TTATTTACCAAACTTGTTTAAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATT
128 TAAAAAATAAATCTT-TTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TATC
* * * * *
46813 TCAAAAT-GTTA-AACCTTTTGTTTTGTTAGAAAATAATT-TTTTCAGTTTATA-ATAGCTTATT
191 T-AAAATCGTTATGACC-TTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTT-AGTTCATACA-AGCTTATT
* * *
46874 CGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTT
252 CGAAAAAAAATAATACT-AATTTAATAATATTT
46906 AAGACTATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (359 bp):
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GTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
AAAATAAATCTTTTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTATCTAAAA
TCGTTATGACCTTTGTTTCGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGAAAAAAA
ATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
CTGAAACAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAAATA
Found at i:45929 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 45897--45929 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
45887 AATCAGTTCA
45897 AATAATTATAGCTATTTT
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45915 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATACTATTT
45930 GACATTGTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTT
Found at i:46477 original size:526 final size:529
Alignment explanation
Indices: 44851--46905 Score: 1485
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44841 TATCAATTTT
* * * * * *
44851 AAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGT-TCATACAAGTTTATTC-GA
1 AAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATACAAGTGTATTCGGA
* * * * * *
44913 ATTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATTTGTT
65 A-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTA
* * * * * * * * * ***
44978 TACCA-AATCAGTTTAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCT
129 TA-TAGAACCAG-TTCAATAGTTATGAC-ATT-GAACAACTGTATA-TTCAAATCATTAAAACCT
* * * * * * *
45042 TTTGTT-TAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATACGAAATAAAATAATACTAA
189 TTTGTTCTA-TCATAAAATAATTATTTTAGTTCACACAAGTTTATTCGAAACAAAATAATAATAA
** * * * * * * * * ** *
45106 T-TTATCAACATTTCTAAAATTAATAA-GTAAGAGATTTAGAAATTAAATTTATTTACTGAATTA
253 TCCAAT-AATAATCCAAAAATTAATAATG-AAGAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTA
* * * * * * * *
45169 GTTAAAATAATTATGATCGT-T-TAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTA
316 ATTCAAATAGTTA-AAAC-TATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
45232 TTATAAAATAATTGTTTTTA-ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTCATTAA
379 TCATAAAATAA-T-ATTTTAGTTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAA
* * * ** * **
45295 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTTTTTACCAAACCAGTTTGAATA
440 TATTTCAAAAATTAATAAG----CGATTT-AAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATA
* ** * *
45360 GTTATGATTC-TTTGAACAATTAT-TAATCTA-
500 ATTAT-AGCCATTTCAATAATTATCT-AT-TAC
* * * * * * * *
45390 AAATCATTATG-ACCTTTGTTTCGTCAT-GAACAATTGTTTCTAATCATAGCAACT-TATTCGGT
1 AAATCGTTATGAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATA-CAAGTGTATTCGG-
* * *
45452 TAAAAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
64 --AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * ** * * **
45517 TGTATTTGTTGAAACAATTCAAAGAGTTAAAACTATTAGAATAA-T-TATCAATTTCAAGTTGTT
123 TATGTATATAGAACCAGTTC-AATAGTTATGAC-ATT-GAACAACTGTAT--A-TTCAAATCATT
** * * * * * * * *
45580 CTAATCTTTTGTT-TAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
182 AAAACCTTTTGTTCTA-TCATAAAATAATTATTTTAGT-TCACACAAGTTTATTCGAAACAAAAT
** ** * * * * * * * * *
45643 AATCCTAATATATTAACATTCGAAAAATTCATAA-GCAAGATATTTGAAAAAGTAAATCTATTTA
245 AATAATAATCCAATAATAATCCAAAAATTAATAATG-AAGAGAATT-AAAAAATAAATATATTTA
** ** * * *
45707 CTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TCAAACAACT-CCTTATTTAAAATTGTTATGACCT
308 CCAAACTAA-TTCAAATAGTTAAAACTATAT-AAACAATTATC-TATTTCAAATTGTTATGACCT
* * * *
45769 TTTATTTTGACATAAAATAATTATTTGAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAAT-AA
370 TTTGTTTTGTCATAAAATAA-TATTTTAGTTCAT-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATAAA
* * * *
45833 TTTATTAGA-ATTCCACAAATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAATCAGTTCA
432 TTTATTA-ATATTTCAAAAATTAATAAGCGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCAGTTCA
* * **
45897 AATAATTATAGCTATTTTAATAATTATCTATTTG
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* * * *
45931 ACATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTTATCATACAAGTGTATTTGGAA
1 AAATCGTTATGAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATACAAGTGTATTCGGAA
*
45995 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATG
66 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
46060 TATATTGAACCAGTTC-TTA-TT-TGA-A-T-AATAACT-TAT-TTCAAATCGTTAAAACCTTTT
127 TATATAGAACCAGTTCAATAGTTATGACATTGAACAACTGTATATTCAAATCATTAAAACCTTTT
* * * * * **
46117 GTTCTATTATAAAATAATTATTTTAGTTCATATAAGTTTATTCGGAACAAAATAATACTAATTTA
192 GTTCTATCATAAAATAATTATTTTAGTTCACACAAGTTTATTCGAAACAAAATAATAATAATCCA
* * *
46182 ATAATAATCCAAAAATTACTAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCCAAAGC-AATTC
257 ATAATAATCCAAAAATTAATAA-TGAAGAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAA-CTAATTC
*
46245 AAATAGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTGGTTTTGTCATAA
320 AAATAGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * *
46310 AACAATCGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAA-AAACATAAATTTATTAATATTTCA
385 AATAAT-ATTTTAGTTCATA-AAGCTTATTCAAAATAAAATAAA-ATAAATTTATTAATATTTCA
* *
46374 AAAATTGATAAGCGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCATTTCAAATAATTAT-GACCAT
447 AAAATTAATAAGCGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATAG-CCAT
46438 TTCAATAATTATCTATTAC
511 TTCAATAATTATCTATTAC
* * * * *
46457 AAATCGTTAT-TACTTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTTTTTATCATTCAAGTTTATTCGTA
1 AAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATACAAGTGTATTCGGA
* * *
46521 ATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT
65 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTAT
* *
46586 ATAGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTT
130 ATAGAACCAGTTC-AATAGTTATGAC-A-TTGAACAACTGTATA-TTCAAATCATTAAAACCTTT
* * * *
46651 TGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATAATAATCC
191 TGTTCTATCATAAAATAATTATTTTAGTTCACACAAGTTTATTCGAAACAAAATAATAATAATCC
* * * ** *
46716 AATAATATTCTAAAAATTAATAATGAAGAGAATTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACTTGTTTA
256 AATAATAATCCAAAAATTAATAATGAAGAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAATTCA
* * * * * * *
46781 AATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTA-AACCTTTTGTTTTGTTAGAAA
321 AATAGTTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
46845 ATAATTTTTTCAGTTTATAATAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTT
386 ATAATATTTT-AGTTCATAA-AGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTT
46906 AAGACTATAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (529 bp):
AAATCGTTATGAACTTTTGTTTGGTCATAAAACAAATGTTTTTTATCATACAAGTGTATTCGGAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTATA
TAGAACCAGTTCAATAGTTATGACATTGAACAACTGTATATTCAAATCATTAAAACCTTTTGTTC
TATCATAAAATAATTATTTTAGTTCACACAAGTTTATTCGAAACAAAATAATAATAATCCAATAA
TAATCCAAAAATTAATAATGAAGAGAATTAAAAAATAAATATATTTACCAAACTAATTCAAATAG
TTAAAACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT
ATTTTAGTTCATAAAGCTTATTCAAAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
AAGCGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTGAATCAGTTCAAATAATTATAGCCATTTCAATAATT
ATCTATTAC
Found at i:46950 original size:45 final size:47
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Indices: 46878--46982 Score: 151
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46868 CTTATTCGAA
*
46878 ATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTAAGACTATATGAATAA-TT
1 ATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTAAGACTATATGAACAATTT
* *
46924 ATAAAATAAAAT-ATTTTATTAATATTTAAGATTATATGAACAATTTT
1 ATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTAAGACTATATGAACAA-TTT
*
46971 ATTAAATAAAAT
1 ATAAAATAAAAT
46983 TTATTTACCA
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ATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTAAGACTATATGAACAATTT
Found at i:47218 original size:181 final size:180
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47021 AATAATTAAT
47031 TATCTATTTCAAAAT-GTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTAG
1 TATCTATTTC-AAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC-ATTCATACTAG
*
47095 CCTATTCGAACTAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
64 CTTATTCGAACTAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * *
47160 AAATAATTATGTTTACCTAA-CTAGTTTAAATAATTA-TACCTATTTGA-ACAAC
129 AAATAAATATGTTTACC-AAGCCAGTTCAAATAATTATTA-CTATTTGACA-AAC
* * * *
47212 TATCTATTTCGAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCAT-TAATCAAATGTTTTT-GTTCATA-TA
1 TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT--AAT-TTTTTCATTCATACT-
* ** * * *
47274 AGTTTGCTCAGAAC-AAAGTAATAAT-AATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
62 AGCTTATTC-GAACTAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** *
47333 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAGCCAGTTCAAATGGTTATTACTATTTGACAAAT
125 TAAAAAATAAATATGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAATTATTACTATTTGACAAAC
* * * * *
47389 TATTTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTT-TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
1 TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTC-ATTCATACTAGC
* * * * * * *
47452 TTATTTGGATTAAAAT--AATGCTAATTTATTAATATTTTG-ACAATTAATACGTAAAAAAATTT
65 TTATTCGAACTAAAATAAAATG--AATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTT
*
47514 -TAAAATAAATATGTTTA
126 AAAAAATAAATATGTTTA
47531 TCGAACTAGA
Statistics
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TATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCATTCATACTAGCT
TATTCGAACTAAAATAAAATGAATTTATTAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATATGTTTACCAAGCCAGTTCAAATAATTATTACTATTTGACAAAC
Found at i:48420 original size:21 final size:21
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48371 GTCATGCAAA
*
48381 ATAATATTATGCAAATAATAAT
1 ATAATATCATGC-AATAATAAT
48403 ATAATATCATGCAATAATAAT
1 ATAATATCATGCAATAATAAT
* *
48424 GTGATATCATGCAAT--TAAT
1 ATAATATCATGCAATAATAAT
48443 ATAA
1 ATAA
48447 ACTATTATGT
Statistics
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ATAATATCATGCAATAATAAT
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48629 AGAGAAACAA
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1 AAAATCAAATC
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1 AAAATCAAA
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Consensus pattern (11 bp):
AAAATCAAATC
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Indices: 48981--49083 Score: 190
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48971 ATTCCTCCCC
48981 AAAATTAAAAAGA-TAGAAAACTAAGATCCCTAGAATTTTATTTTTTTCTCCAA
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1 AAAATTAAAAAACTAGAAAACTAAGATCCCTAGAATTTTATTTTTTTCTC
49084 TCCCCTTTGT
Statistics
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AAAATTAAAAAACTAGAAAACTAAGATCCCTAGAATTTTATTTTTTTCTCCAA
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Period size: 541 Copynumber: 27.1 Consensus size: 536
49467 ATTTTTTCAG
* * ** * ** *
49477 TTCATATAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTTATATTCCCAAAATTAATAATTCA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-A
* * ** * *
49542 AACATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAAGTTTAAATAATTAT-ACTATTTGAACAATTAT
65 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * * * *
49606 CTATTTGATATTGCTATAACCTATTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCTGTTCATACAAGATTA
129 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTA
*** ** * *
49671 TTTTCAATTGAATAA-AAAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
194 TTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * *
49734 TAAA-ACTTTTTACTGAACACA-TTGAAATCATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT
258 TAAATA-TGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
** ** * * * * * **
49797 TGTTATGCCTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGCTT-ATACAAGGTTATTCGAGCTAA
321 CATTATAACTTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTTTTTCTG-TTCATAAAAGCTTATTC-AAATAA
** * * * *
49861 AATAATATTAATTTATCAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
383 AATAATACAAAATTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * *
49926 AACTAA-CAAGTTTAAATAGTCATGGCTCTTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-TAT
447 ACCAAATCAA-TTCAAATAGTTAT-G-ACTATTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT-T
* * *
49989 TTTGTTTTG-TAGAAAAATAATTGTTTCAA
508 TTTGTTATGTTA-TAAAATAATTGTTTCTA
* * *
50018 TTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATCACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
50082 AAAGAATTAAAAAATGAATCAT-TTTACCAAATATA-TTCAAATAGTTATGACGATCTAAATAAT
65 AAA-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAACA-AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAAT
* * * * *
50145 TATCTATTTCAAAACATTATGATCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATGA-AA
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCAGTTCAT-ATAA
* *** * * * **
50208 GTTTATTTTGAGTAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTCAAAACTTCATAAGTAAAA-ATTTTT
189 GCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * * *
50271 AAAATAAATATGTTTTCTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAA
254 AAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * *
50336 ATCGTTATAA-TCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTT-TGTTCATAAAAGCTTATTCGGAA
319 ATCATTATAACT-TTTTGTTTT-TCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAA
* *
50399 TAAATTAATACAAAATTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
380 TAAAATAATACAAAATTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
50464 TTTACCGAGTGAATTCGAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-T
444 TTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * *
50528 TATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTA
507 T-TTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * ** *
50559 CTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAACTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG-TA
* * * *
50624 AAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTATGTCCATTTGAACT-ATTA
65 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAA-TAATTA
* * * * * ** * **
50687 TCTCTTTCAAATTGTTATAACATTTTGTTTAGT-AGTAAAGCAATTGTTTCTA-TTCATACAAAA
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGC
* * *
50750 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTCAAA
191 TTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * *
50811 ATTAAATCGAT-TTGT-C-GAACCAGTTCAAATAGTTATG-TTCATTTGAACAATAATCTATCTT
256 AATAAAT--ATGTT-TACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT-TT
* * * * * * * *
50872 -AAATCATTATCA-TTTTCG-TTTTCTTAAATAACAATTGTTTCTGTTTACAAAAGTTTATTTGA
316 CAAATCATTATAACTTTTTGTTTTTCAT-AA-AACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCA
* * * * * * * **
50934 AATAAAATATTGCTAAATTACTAATATTCTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAACATCT
378 AATAAAATAATACAAAATTATTAATATT-T-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
50999 ATGTTTACCAAACCAATTCAAACAGTTAAGACTATTATAATAGTTATCTATTTCAAATTATTCTA
441 ATGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-T-TAATAATTATCTATTTCAAATCATTATG
* *
51064 ACCTTTTGTT-TAGTGATAAAATAATTGTTT-TA
504 ACTTTTTGTTAT-GTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * *
51096 GTGCATACATGCCTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAACTA
1 -TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-
* *
51161 AAAAATTTTTAAAAATAAAT-TCGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
64 AAAAA-TTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAAT
* *** *** * * * * *
51225 TATCTATTTAAAATAAATATGACCTTTCAATTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGC
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGC
* * * * * *
51290 TTA-TCTGAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAA
191 TTATTC-AAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAA
* * * * *
51354 AAATAAAT-TAGTTTATCGAATCGA-TTTAAATAATTAT-AGCTATTTAAACAATTATCT-TTTC
255 AAATAAATAT-GTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * ** * * * **
51415 TAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTGTCATCGTACAAGCCTATTGGA
317 -AAATCATTAT-AACTTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * *
51479 ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATC
379 ATAAAATAATACAAAATTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATA
* * *
51544 TGTTTACCAAATCAATT----T--TT-T---T-TTAACAATCATCTATTTCAAATCATTATAACT
442 TGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * *
51598 TTTTATTCTGTTATAAAATAATTGCTTCAA
507 TTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * *
51628 TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAGTAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAATTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
51693 AAATTTTAAAAATTAAATCTATTTGTCGAAGC-AGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTA
66 AAA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * *
51757 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACT-AGTT
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATA-TAAGCT
* * * *
51821 TATTTC-AAATAAAATAAAATAAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--ATAAGATATTACG
192 TA-TTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTA-A
* * * * * * * ** *
51883 AAAATAATTTTGCTTACCT-AACTAGTTCAAATAATTTTGACTATTTAAATAACCATTTATTTCA
254 AAAATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* ** * * ** *
51947 AATCATTATGACCTTTTACTTTGTCAT-----AATGTTTTC-GCGCATATAAGCTTATTCATAAT
318 AATCATTAT-AACTTTTTGTTTTTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCA-AAT
* * * *
52006 AAACTAATAC-TAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTA
381 AAAATAATACAAAAT-TATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * **
52066 TTTATCAAATCAGTTCAAATAATTATCACTATTTAAGTAATTATTTATTTCAACTTGTTATGACT
444 TTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TTAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * * *
52131 ATTTG-TACTATTATAAAATAATTCTTTCCA
507 TTTTGTTA-TGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * * * * * *
52161 TTTATACAAGCTTTTTTGGACTAAGATAATATTACTCTATTAATA-TCTCGATAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA
* * * *
52225 AAATATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTA
65 AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * *
52290 TCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTA
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTT
* * * * ** *
52355 ATTCAAAATAAAATAGTATTAATTTATTAATAATACAAAAATTAATAACAAAAAGATTTGAAAAA
193 ATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* *
52420 TAAATATGTTTACTAAACAAG-TCTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATC
258 TAAATATGTTTACTAAACAAGTTC-AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
** * * *
52484 GCTATAACTTTTTG-CTTGCTATAAAATAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAA
322 ATTATAACTTTTTGTTTTTC-ATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAAA
* * *
52548 TAATACAAAATTATTAATA-TTAAGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTA
385 TAATACAAAATTATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * ** * **
52612 CCGAA-CAAGTTTAAATCA-TTATGATTACTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTTTTATGACTTT
448 CCAAATCAA-TTCAAAT-AGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTT
* * *
52675 TT-TTATGTCATAAAACAATTGTTTCTG
509 TTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * * * *
52702 CTCATACAAACTTATTTGGATTAAAACAATATTAATTTATTAATATT-TCGATAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA
* * *
52766 AAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTATTGAACAAGTTCAAATATTCTTGACTATTTGAATAATTA
65 AAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATATT-ATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * *
52831 TCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTATTTTAGTTCATATAAGCTT
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTT
* * * * * *
52895 ATTTGAAGTAA-AATAATAATAATAATAATTTATTAATATTTTACAAATTAATGAGTAAGAGAAT
193 A-TTCAA--AATAA-AATAAT-AT-A-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * * * *
52959 TAAAAAA-GAATCTGTTTA-TCAAATAAGTTGAAATAGTTATGA-TCATCTAAACAATTATCTAT
251 TAAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT
* * * * ** * *
53021 CTCAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGGTTCTATTCATGCAAA-CTTATT
314 TTC-AAATCATTATAACTTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTTTTTCTGTTCAT-AAAAGCTTA-T
** * * * * * *
53084 TTGAATACAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAATTAAAAAATAAAAAACTTTAAAAAAA
375 TCAAATAAAATAATACAAAATT-ATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAAA
* * * * * * *
53148 TTAAT-TTTGTTAAC-AAT---TTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAGTC
436 TAAATATGT-TTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATC
* * * * *
53208 ATTATTAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTA
498 ATTA-TGACTTTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* ** ** * * *
53247 TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * * * * * *
53312 TGGATTTTAAAAAATGAATCTGTTGGCTTG-ACCAGTGCAAATGGTTATTAC-CTTT---T-ATT
66 --AAATTTAAAAAATAAATATGTT-TATCGAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATT
* * ** * * * * *** *
53371 -T-TATTGCAAAAC-AAAT-A---TTT-TTGT-TCATATGAGT--TTGTTT-GGAAAAAAATAA-
127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAATAATTGTTTCAG-TTCATATAAG
** * * * * * * * ** **
53423 --TATT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGCTTTAAAAAAAATTGTTAACCAAACCA
190 CTTATTCAAAATA-AAATAATAT-AAATTTATTAATA--TTT--CAAAAATTAATAAGTAAA--A
* * * * * ** * * *
53485 G-TTCAATTAATTATAATAAT-TTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-TCATTTG-TC-
247 GATTTAA-AAAATA-AAT-ATGTTTACTAA--A-CAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACA
* * ** * ** ** * * *
53545 -TTGTC-A--T-AAA--ATAAT-TGTTTTTATTGGT-AT-AGTC---TTATTCAG--AAT-AAAG
305 ATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAG
* * * * *
53594 -TAATGT----T-AATTTAT-C---A--A-T-AT-TTTACAAATTAATAAGTAACGA-ATTTAAA
370 CTTAT-TCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAA
* * * ** ** * * * *
53643 AAATGAATCTACTGGA-CTGACCAGTGT-AAATAATTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCA
433 AAATAAATAT-GTTTACCAAATCAAT-TCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCA
* * * * * * * *
53706 AATCATTATAACATTTTGTTTTGTTACAAAACAATTATTTTTG
494 AATCATTATGACTTTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * * *
53749 TTCGTACAATCTCATTCGAAATAATATAATACTAATTTAGTAATATTTTAAAAAATTAAT-A--A
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
53811 AAGATTTAAAAACTAAATTTATTTATCGAACAAATTCAAATAGTTATGATTTTTTGAACAATTAC
65 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * *
53876 CTATTTTAAATGGTTATAACATTTTGCTTTGTCAAAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAACTT
129 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAAGCTT
* * * *
53940 ATTTC-AAATAAAATAATATAGATTTACTATTA-TTCTAACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAA
193 A-TTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
54002 AATAAATCTGTTTACTGAATAAGTTTAAATAGTTACGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT
256 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* ** *
54067 CATTATGACTTTTTGTTTCAACATAAAACAACTATTTT-TGTTCATAAAA----A-T--AAT---
321 CATTATAACTTTTTGTTT-TTCATAAAACAA-TTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAATAAA
* * * * *
54121 AT--T---AATTTATTAATATTCCAACAATTAATAAGTAAAA-AATAAAAAAATAAATATGTTTA
384 ATAATACAAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
** * * * * *
54180 CCAAA-CAAGTTCAAATAGTCCTAACTATTGAGTAATTATTTATTTAAAATCGTTATGATCTTTT
448 CCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTTTT
* * *
54244 AT-TTCA--TCATAAAACAATAAG-TTC--
510 -TGTT-ATGTTATAAAATAAT-TGTTTCTA
* * ** *
54268 --C-TATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATACTTC-AAAAATTAATGAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
54329 AGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAGCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTA
65 A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * * * * * *
54394 TTTCTCTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTGTGTTATAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAAGGTT
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTT
* * * * *
54459 ATTCCAACTAAAATAATATAAATTTATTAATA-ATCAAAAAATTAATAACT-AAA-TTTTAAAAA
193 ATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * *
54521 ATAAATAAGTTTTCTAAATACA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
257 ATAAATATGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
54585 -AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCCTAAACCAATTGATTT-TGTTCATACAAA-CGTATTCAAAAT
321 CA-TTATAACTTTTTGTTTT-TCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTC-AAAT
* * ** * * * *
54647 AAAATAAAACTAGTTTATTAAAATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAGAAAATAAATCTAT
381 AAAATAATACAAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * *
54712 TTA-CTAAGCAAATTTAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTTAAAT-AGTTATGAT
445 TTACCAAATC-AATTCAAATAGTTATGACT-ATT-AATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * * *
54775 TTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTCTA
506 TTTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * * *
54806 TTCATACAAGTTTAATCGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAG
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA---A-
* * * * * * * * ** *
54871 GTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATACTCATGTCAATTCAAACAA
62 GTA-AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAA
* * * * * * **
54936 TTATTTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATGCAA
125 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATAA
** * * * *
55000 AATTATTCAAAACAAAACAATACT-AATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTA
189 GCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * *
55060 AAAACTAAATCTATTTTCTAAA-ATAGTTC--A-AA-TA-G--T-TTT-----A--AT-TATTT-
253 AAAAATAAATATGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
55107 AAA-CAATTAT--C------TATCTCATAAAACAATTATTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGGAT
317 AAATC-ATTATAACTTTTTGTTTTTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAA
* * * * * *
55163 TAAAATAACACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATG
380 TAAAATAATACAAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
** * * * * * * * * *
55228 TTTGTCAAACCAGTTCGAATGGTTAATGA-TGTTAAAACAATTATCTATTTCAAATTATTCTAAC
444 TTTACCAAATCAATTCAAATAGTT-ATGACTATT--AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
* * * * *
55292 ATTTTGTT-TACTAATAAAATAAGTATTT-TA
506 TTTTTGTTAT-GTTATAAAATAATTGTTTCTA
* ** * * *
55322 GTTCATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATTAGT
1 -TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * * *
55386 AAGAGATTTAAAAACATAAATTTGTTTACCGCACAAGTTTAAATATATTTGATTATTTGAACAAT
64 AA-AAATTTAAAAA-ATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAT-TATGACTATTTGAATAAT
** * *
55451 TATCTATTT-AAAGTCGTTATGACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATAAAAA
126 TATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAG
* * * * ** * **
55514 CTTATTCGAAATAAAGTAATACT-ACTTCATTAATATTT-TGAAATTAATAAGCATGAGATTTAA
190 CTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
** * * * * *
55577 AAACCAAAGTTAT-TTT-TTAAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCT
254 AAAATAAA--TATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * ** * * ***
55639 CAAATTGTTA-AGATCTTTTT-TTTCTCATAAAACAATTCTTTCTAATAATACAAGCTTATTTGG
316 CAAATCATTATA-A-CTTTTTGTTTTTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * * *
55702 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAACAAGT----GATTTAAAAAATAAATG
379 AT-AAAATAATACAAAATTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * *
55763 TGTTTGCCAAA-CTAGTTCAAATAGTTAAGCCTATTAGAATAATTATCTAATTT-AAATCATTCT
442 TGTTTACCAAATC-AATTCAAATAGTTATGACTATT--AATAATTATCT-ATTTCAAATCATTAT
* *
55826 GACCTTTTGTT-TAGTTATACAATAATTGTTTC-A
503 GACTTTTTGTTAT-GTTATAAAATAATTGTTTCTA
* ** ** * *
55859 GGTCATTTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCA
1 -TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * ** *
55924 AGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATAAAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
65 A-AAATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * * * * *
55989 ATTTATTTAAAATTGTTAAGACCTTTTTTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCATAAAAGGT
127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCT
* * *** *
56053 TATCCAAAATAAAATAATACT-ATTTTATTAATATTTCAAATGCTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
192 TATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * *
56117 AATAAAT-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAGCAACTA-CTTATTTC
256 AATAAATAT-GTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATC-TATTTC
* * * *** *
56178 AAAT-AGTTATTACTTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAA
317 AAATCA-TTATAACTTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AA
* * ** * * * *
56242 ATGAAATGATATTAATTTGTTAATATTTCAAGAATTAATAAG----AGATTTAAAAAAATAAATC
379 ATAAAATAATACAAAATTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATA
* * * * * * * * *
56303 TATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTTATCTATTTCAATTTATTATA
442 TGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAA-TTATCTATTTCAAATCATTATG
* * * * * *
56368 ACCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTATG
504 ACTTTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * ** * * * *
56401 TTCATGCAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTTGAAAATTAAAAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
56465 GAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GCTAAACCAGTT--GAGATTAT-AC-----GAACAATTAT
66 -AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * * * * *
56521 TTATTTCAAATTGCTATCACATTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAA-CTT
129 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAG-TTCATATAAGCTT
*** * * * * * *
56584 ATTTGGAATAGAATAA-AAATAATTTATTAATAGTT-AAATAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAA
193 ATTCAAAATAAAATAATATA-AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * * * *
56647 AAT-AATCTTTTTACCGAAGCAA-TTCAAATAATTCTAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
256 AATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
56710 TCATTATTACTTTTTGTTTTGCCACAAAACAATTATTTT-TGTTAAT-AAAGTTTGTTCAAAATA
320 TCATTATAACTTTTTGTTTT-TCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATA
* * * * * * *
56773 AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATT
382 AAATAATACAAAATTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * ** * *
56838 TACCAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTACTTT-AAATTGTAATAGCCT
446 TACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTA-TTTCAAATCATTAT-GACT
* * * * * *
56902 TTTAT-TT-TGTTTTCAAACAATTGGTTATG
507 TTT-TGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * * * **
56931 TTCAAACTATG-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAACCA
1 TTCATAC-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
** * ** * * * * * *
56995 AGAAAAATAAAAAATAAATCTAATTA-C-AAAATCAGTTCAAATAATTAAGACTGTATAAATGAT
65 A-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA--AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAAT
* * * * *
57058 TATCT-TTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGC
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGC
* * * * * *
57121 TTATTCAGATTAAAATAATACT-AATTTAATAACATTTTTAAATATTAATAAG----AGATTTAA
191 TTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA
* * * ** * * * * *
57181 AAAATAAATTTGTTTACCAAATCGA-TTCAAATTGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTTTTTCA
254 AAAATAAATATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * * * * ** * *
57245 AATCGTTATGACCTTTTATTTATTCATAAGACAATTATTTT-AGTTCATATGAGTTTATTAAGAA
318 AATCATTATAACTTTTTGTTT-TTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCA-AA
* * * * ** * ** * *
57309 TAAATTAATACCAATTTATTAACATTCGGATAATTAATAACAAAAATATTTAAGAAAATAAATCT
380 TAAAATAATACAAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAATAAATAT
* * * * * * * * *
57374 ATTTACCAAA-CAAGTTTAAACAATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTAA
443 GTTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
57438 CCTTTTGATT-TATCATAAAACAATTATTTC-A
505 CTTTTTG-TTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* ** * * * *
57469 GTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCCT--AAATTAATTAG
1 -TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-CTAAAAATTAATAAG
* * ** * * * *
57532 TAAGAAATTTAAAAAATCAATATGTTTACCGAATTAGTTAAAATCATTACGA-TCATTTAAATGA
63 TAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-ATTATGACT-ATTTGAATAA
* * * * * *
57596 TTAT-TAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTA-ATCATACA
125 TTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCAGTTCATATA
* *
57659 AGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGTAAAAAAGAT
188 AGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--AAAAGAT
* * * ** * * **
57723 TTAAAAAATAAATTTATTTACGCATCCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTAAAT
250 TTAAAAAATAAATATGTTTAC-TAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * ** ** * * *
57787 CTCAAATCGTTA-AAATCATTG-TTGTCATAAAATAATTACTTCAATT-ATAGAAGCTTAATCAG
314 TTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAA
* * * * * * *
57849 TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAAATTT-AAAAATAAATG
379 AT-AAAATAATACAAAATTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
* * * * ** * * * *
57913 TGTTTGCCGAACCAATTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTTTCTATTTTAAATCATTCTAA
442 TGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATT--AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* *
57978 CCTTTTAT-TTA-GTCATAAAATATTTGTTT-TA
505 -CTTTT-TGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * *
58009 TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGC
1 T-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * * *
58073 AAAAGATTTGGAAAAATAAATCTATTTATCGATCAAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAAT
64 AAAA-ATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAA-TATTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * * * *
58138 TATTTATTTAAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGACATAAAACAATTGCTTCAATTCATAAAAGA
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGC
* * * * * ** **
58203 TTCTCCAAATTAAAGTAATACT-AATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAACCAAAAG-TTTAAA
191 TTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AA
* * * * * * * * * * *
58266 AAAATCAATTTGATTACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTCGAATAATTATCTATTTAAA
254 AAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
** * * * * * ** * *
58331 ATTGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGGAATA
319 ATCATTATAACTTTTTGT-TTTTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATA
* * * * * * * *
58396 AAATAATATAAATTTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGGAAAAATAAATCTAT
382 AAATAATACAAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGT
*** ** * * * * * *
58461 TTA-TTGATCAAGTTCAAATTCTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGGCA
445 TTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACT
* * ** * * *
58525 TTTTCTTTTGACATAAAACAATTGCTTCAA
507 TTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * *** * * * * **
58555 TTCATAAAAGATTATCCAAAATAAAGTAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAACCAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * *
58620 AAGTTTAAAAAAATCAATTTGATTACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTCGAATAATTAT
66 AAATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * *
58685 CTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTT
129 CTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTT
* * * **
58750 ATTCAAAATAAAATGATGCT-AATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAA
193 ATTCAAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
* * * * ** * * *
58814 AGTGAATCTGTTTACTGAATTAGTTCATATAATTATCA-TCATTTCAACAATTATCTATTTCAAA
256 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* ** * * * *
58878 TCATTATTACCCTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTT-TATT-ATACAAGCTTATTCAAAATA
320 TCATTATAACTTTTTGTTT-TTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATA
* * * * *
58941 AAATAATAC-TAATTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTTTT
382 AAATAATACAAAATTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * * * * * * * *
59005 TACCGAATCAGTTTAAATAATTATGACTATTTAAAGAACTGTATACTTCAAATCGTTATAATCTT
446 TACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CTT
* * * * *
59070 TTT-TT-TATCATAAAATAATTATTTTTG
508 TTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * * * *
59097 TTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATATTTCAAATCTAATAA-ATTTCAAAAAATGAATAAG--
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
59159 -AGACTTAAAAAATAAATTTCTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTAT
65 AAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAATTAT
* * * * * *
59223 CTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTTTAATTTATATTAGCTTA
129 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTA
* * * * * *
59287 TTCGAAATAAAACAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
194 TTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
* * * * * *
59352 AATTATGTTTACCTAATCAA-TTCAAATAATTTTGACTAATTAAACAATTATATA-TTCAAATCA
259 AAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* * * ** * * * *
59415 TTGTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATACAAGTTTATACGGAATAAAA
323 TTATAACTTTTTGTTTT-TCATAAAAC-AATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAATAAAA
*
59479 TAATAC-TAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT
385 TAATACAAAAT-TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTT
* * * * ** * *
59538 ATCAAATTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTT
447 ACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT
* * * * *
59603 TCTTTTATTATAAAACAATAGTTTCTA
510 TGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * * *
59630 TTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATAGTAATTTATTAATATT-TCGACAATTAAAAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT-
* * * * * * * * *
59694 AAAAAATTACAAAATAAATATTTTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTA
64 AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTA
* * * * * * * *
59759 TTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAAAAATTATTTTAGTCCATATAAGCTT
128 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTT
* * * * *
59824 AATT-GAAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAA-ATTTTAAA
193 -ATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAA
* * * * * * *
59887 AACAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAATAATTAAGCCTATTTGAACAATTATTTATTTGAAAT
256 AATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*** ** * * * * ** * *
59952 TGCTATAACCATTTGCTTTGTCA-CAAACTAATTTTTACTATTTGTACAAGCTTATTTCGAATAA
321 CATTATAACTTTTTG-TTTTTCATAAAAC-AATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAA
* * * * *
60016 AATAATAC-AAATGTATTAATA-TAAAGACAACTAACAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGT
383 AATAATACAAAAT-TATTAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
** * ** * * *
60079 TTACTGAAT-AAGTTCATATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTGAACT-AGTTATGAC
445 TTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGAC
* * * * * *
60142 TTTTTTTTTTTGTCAAAAAACAA-T-TCTCTA
506 -TTTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * * *
60172 TTCATACAAGGTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTGTTAAAATTAATGAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
60236 AAAGATTTTTAAAAA-AAA-CTGTTTA-CTGAGCAAGTTCAACTTGTTATGACTATTTGAACAAT
65 AAA-A-TTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAA-ATATTATGACTATTTGAATAAT
* * * * ** * * *
60298 TA-CTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTCGTTTTGTCTTAAACCACTTATTT-ATGTTCATACAA
126 TATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATATAA
* * *
60361 GCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTATTTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAAAGGATTT
189 GCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT
* * * * * * *
60424 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTC
252 AAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*** * * * * * *
60489 AAATTGCTATAA-TATTTTCTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTAGA
317 AAATCATTATAACT-TTTTGTTTT-TCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCA-A
* * * * ** * * *
60553 ATAAAATAGTACTAATTTATTAATA-TTATAAAATTAATGAGTTGAAGATATAAAAAAAAAATCT
379 ATAAAATAATACAAAATTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * * * ** * * * * **
60617 ATTTATCGAATGAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGCAATTATTTTTTTGAACTTGTTATGA
443 GTTTACCAAATCAATTCAAAT-AGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
60681 CTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG
505 CTTTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * **
60713 TTCATACAATG-TTACTTGGATTAAGATAATACTAATTTATTAATATT-TCAATCATTAATAAGT
1 TTCATACAA-GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * *
60776 --ATATTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACTA-TATCAAATAATCATGACTATTTGAATAAT
64 AAAAATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGT-TCAAAT-ATTATGACTATTTGAATAAT
* * * * *
60838 TATCTATTTTC-ACTAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTAAGTTCATATAAG
126 TATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAG
* * * * *
60902 CCTT-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTAATAATAATCCAAAAATTAATAA-TGAAGAGATTT
190 -CTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAGATTT
* * * * *
60964 -AAAAATAAATTTATTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
252 AAAAAATAAATATGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
61027 CAAATCATTATAACTTTTT-TTTTGTAATAAAACAAGTGTTTT-AGTTCATATAAGCGTATTTGA
316 CAAATCATTATAACTTTTTGTTTT-TCATAAAACAA-TTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCA
* ** *
61090 AGTAAAATAATA-TTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGAATT-AAAAA-AAAT
378 AATAAAATAATACAAAAT-TATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
61148 CTATTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTAT-ACTATATAAACAATTATCTATTTTAAAACATTAT
441 ATGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTAT-T-AATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * * *
61211 GACATTTTATTTTATCATAACACAATGGATTCTG
503 GACTTTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* *
61245 TTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * *
61308 -AAAATTTAAAAAAT-AA-A--TTTA-CTTAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
64 AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * *
61367 ATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTCTGTTTTGTCTTAAACTAATTGTTCCTGTTCATACAAGC
127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGC
* * * * *
61431 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAATGATTTTAAA
191 TTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAA
* * ** * * *
61496 AAATAAATCTATTTACCGAACGAA-TTCAAATAATTATGACTATTGGAATAATTATTTATTTCAA
255 AAATAAATATGTTTACTAAAC-AAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * * * *
61560 ATCATTATAA-TCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTGTTCGAAAT
319 ATCATTATAACT-TTTTGTTTT-TCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-AAAT
* * * * * * * *
61624 AAAATAGTTA-TAATTTATTAATA-TTATAAAATTAATGAGTTAGAGATCTAAAAAATAATTATG
381 AAAATA-ATACAAAATTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * * * *
61687 CTTACCAAA-CACGTTCAAATACTCAT-ATCCATTTGAATTATTACCTCTTTCAAATCATT-GGA
444 TTTACCAAATCA-ATTCAAATAGTTATGA-CTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATG-
* *
61749 ACTTTTT-TT-T-TTGTAAAATAATTGTTTTTA
504 ACTTTTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* ** *
61779 TTCGTA-AAAATTATTTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG-
1 TTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * * * *
61840 --AAATTTAAAAACTAAATATATTTA-CTGAACTAA-TTCAAATAGTTTTAAATATTTGAACAAT
64 AAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAAC-AAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * ** * *
61901 TATCTATCTCAAGTCGTTGTGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAACTGTTCATACAAGC
126 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGC
* ** * * * ** * * *
61965 ATTTTTGGAGA-AAAATATTGCTAAA-CCAATAATA-TCCTAAAAATCAATAA-T---AGATTTA
191 -TTATTCAAAATAAAATAAT-ATAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * *
62023 AAAATTAAATGTATTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAT-AATAATTATCTATTT
253 AAAAATAAATATGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * * *
62086 TAAATTATTCTAA-TCTTTTGTTTAATCATAAAAAAATTATATCAGTTCATAGATGCTTATTCAA
316 CAAATCATTATAACT-TTTTGTTT-TTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTC-A
* ** ** * * * * *
62150 AATAAAATAACATTATTTTATTAACATTGAAAAAATTAAAAAGTAAAAAAATTTTTAAAAATAAA
378 AATAAAATAATACAAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGT-AAAAGA-TTTAAAAAATAAA
* * * * * *
62215 TCTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTCGAATAATTATTTATATAAAATCGTTAT
440 TATGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATT--AATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* *
62280 GATCTATTATT-TTA--TAATAAAATAATTATTTC-A
503 GA-CT-TT-TTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * *** * *
62313 GTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TGAAAAATTGAA-AAG
1 -TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATT-AATAAG
** * * * * * *
62376 TTGGACATTTAAAAAATAAATCA-ATTTATCGAATCTA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAACA
63 -TAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGAA-CAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAATA
* * * * * * **
62439 ATTACCTATTTCAAATTGTTTTGAACTTTTGTTTTGTTATAAAAACAATT-TTT-TTTTACCATA
124 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTGTTTCAGTT--CATA
* * * * *
62502 TAAGCCTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAATAAGAGATT
186 TAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
* * * * *
62567 TAAAAAATAAACATGTTTACCAAACCAGCTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTT
251 TAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * **
62632 CAAATCATTATAACATTTTGTTTTATCATAAAAGAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGGA
316 CAAATCATTATAACTTTTTGTTTT-TCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAA
* * * * * * * *
62697 ATAAAATAATAC-TAATCTAATAATAGTATGAAAAGTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
379 ATAAAATAATACAAAAT-TATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA
** **** * * * * * * *
62761 TACTTGTTGAACCAGTTCAAATTGTTAAGCCTACATGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
442 TGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACT--ATTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
62826 CCTTTTTTTTACTG-TA-AAACA-AA-TGTTTTTG
505 -CTTTTTGTTA-TGTTATAAA-ATAATTGTTTCTA
* * * * *
62857 TTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAT-A--AA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * *
62919 AATTTTAAAAAATAAGTCTGTTAACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAATAATTATA
66 AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATTATC
* * * * * *** * *
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130 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG-TTTCAGTTCATATAAGCTTA
* * *
63048 TTCGAAATAAAATAATACT-AATTCATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAACTA-ATTT-AAA
194 TTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAA
* * * * * * * * * *
63109 AATAAATCTATTAACCT-AACCAGTGCATATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAA
256 AATAAATATGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * *
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* * * * * * ** * * * *
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383 AATAATACAAAATTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT
* * * * * * *
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447 ACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATC-TATTTCAAATCATTATGA-CTT
* * *
63362 TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA
508 TTTGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* * * * *
63391 TTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAAT-GTAAATTTATTAATA-TCCAGACAATTAATAAGT
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGT
* ** * * ** *
63454 AAATAATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATTAGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACAATT
64 AAA-AATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAATAATT
* * * * * ** ** *
63519 ATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTGTTTGTACAAGCT
127 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCT
*** * * ** * **
63584 TATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAA
192 TATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA
* * * * * * * ** *
63649 ATAAATATATTTACCAAATAAATTCAAATAGTAATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATC
257 ATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
63714 GTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATT-AGTTCATACAGGCTAATTTGAAATAAA
322 ATTATAACTTTTTGTTT-TTCATAAAACAATT-TTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCAAATAAA
** * * * * * *
63778 ATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTA
384 ATAATACAAAATTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA
* * * * * * *
63843 TCAAA-CAAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTATAACTTTT
448 CCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTA-TT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTT
* * * *
63906 TGTTTTATCATAAAATAATTGTTTATA
510 TGTTATGTTATAAAATAATTGTTTCTA
* ** * * *
63933 TTCATACATGCTTATTCCAAACAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAACT-
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
*
63996 AAAATTTAATAAAT
65 AAAATTTAAAAAAT
64010 TTGTTTTATG
Statistics
Matches: 10812, Mismatches: 2439, Indels: 1483
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
497 2 0.00
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CAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
ATATGTTTACTAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
TAACTTTTTGTTTTTCATAAAACAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCAAATAAAATAATAC
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ATTCAAATAGTTATGACTATTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTATGTTAT
AAAATAATTGTTTCTA
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49437 AGTTATAACC
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* * * * * * * **
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* * * *** *
49577 TTAAATAATTAT-ACTATTTGAACAATTATCTATTTGATATTGCTATAA
131 TCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * ** ** **
49625 CCTATTGTTTTGTCATAAAATAGTTTTTTCTGTTCATACAAGATTATTTTCAATTGAATAA-AAA
1 -CT-TTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* *
49689 AATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA-ACTTTTTA-CTGAA
64 AATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTATC-GAA
* * ** *
49751 CACA-TTGAAATCATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGC
126 CA-AGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * **
49805 CTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTGCTT-ATACAAGGTTATTCGAGCTAAAATAATAT
1 C-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* ** * * *
49869 TAATTTATCAATATTTTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAACTAACA
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACA
* * * * * *
49934 AGTTTAAATAGTCATGGCTCTTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
128 AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * *
49986 TATTTTGTTTTGT-AGAAAAATAATTGTTTCAATTCAAATAAGCTTATTTGAAATAAAAT-ATCA
1 -CTTTT-TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT-A
* * * * * *
50049 CTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAATGAATCAT-TTTACCAA
62 TTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTATCGA
* * * * * *
50112 ATATA-TTCAAATAGTTATGACGATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTATGA
125 ACA-AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
50167 TCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGGTTT-TGTTCATGA-AAGTTTATTTTG-AGTAAAATAAT
1 -CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCAT-ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAT
* * * ** *
50229 ATAAATTTATTAATA-TTCAAAACTTCATAAGTAAAA-ATTTTTAAAATAAATATGTTT-TCTAA
61 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GA
* * * * *
50291 ACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTTAAATCGTTATAA
125 ACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * * * **
50346 TCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAATTAATACA
1 -CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * **
50411 AAATTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAGTGA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA-ACA
* * * * * *
50476 A-TTCGAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA
128 AGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * ** *
50527 TTATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTCTCTACTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACT
1 CT-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* *
50592 AACTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAA
64 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAA
* * * * * ** *
50654 CAAGTTCAAATAGTATGTCCATTTGAACTATTATCTCTTTCAAATTGTTATAA
126 CAAGTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** **
50707 CATTTTGTTTAGT-AGTAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATAT
1 C-TTTT-TTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * * *
50771 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG----AGATTTCAAAATTAAAT-CGATTTGTCGAAC
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* * * *
50831 CAGTTCAAATAGTTATG-TTCATTTGAACAATAATCTATCTT-AAATCATTATCA
127 AAGTTCAAATA-TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTATGA
* * * * * * * **
50884 -TTTTCGTTT-TCTTAAATAACAATTGTTTCTGTTTACAAAAGTTTATTTGAAATAAAATATTGC
1 CTTTT-TTTTGTCAT-AA-AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAT
* * * * * * ** * *
50947 TAAATTACTAATATTCTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTTAAAAACATCTATGTTTACCAAAC
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
51065 CCTTTTGTTTAGTGATAAAATAATTGTTT-TAGTGCATACATGCCTATTTAAAATAAAATAATAC
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* * *
51129 TAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAACTAAAAAATTTTTAAAAATAAAT-TCGTTTATCGA
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* * *
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** * * ** * *
51247 CCTTTCAATTTATCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCTGAAATAAAATAATATT
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* * * *
51312 ATTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATC
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTATCGAA-C
* * *
51376 GA-TTTAAATAATTAT-AGCTATTTAAACAATTATCT-TTTCTAAATCATTATGAA
127 AAGTTCAAAT-ATTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATG-A
* * ** * * * *
51429 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTGTCATCGTACAAGCCTA-TTGGAATAAAATAATATAA
1 CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA
* *
51493 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-C---CAA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA
* * * *
51554 -ATC-AAT-TT-T---T-TTTTAACAATCATCTATTTCAAATCATTATAA
129 GTTCAAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * * * *
51596 CTTTTTATTCTGTTATAAAATAATTGCTTCAATTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAGTAATACT
1 CTTTTT-TT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * *
51661 AATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAATTAAAA-ATTTTAAAAATTAAATCTATTTGTCGAAG
64 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAA-
** * **
51724 C-AGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
126 CAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * ** * * * * *
51777 CCTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTTTTTCAATTCATACTAGTTTATTTCAAATAAAATAAAATA
1 -CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * * * *
51842 AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAA--ATAAGATATTACGAAAATAATTTTGCTTACCTAAC
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTA-AAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * ** *
51905 TAGTTCAAATAATTTTGACTATTTAAATAACCATTTATTTCAAATCATTATGA
127 AAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* ** * * *
51958 CCTTTTACTTTGTCAT-----AA-TGTTT-TCGCGCATATAAGCTTA-TTCATAATAAACTAATA
1 -CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATA
* * * * * *
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* * * * **
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126 CAAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
** * * * * ** * * * * *
52129 CTATTTGTACTATTATAAAATAATTCTTTCCATTTATACAAGCTTTTTTGGACTAAGATAATATT
1 CT-TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * * * *
52194 ACTCTATTAATATCTCGATAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAA
* * * * * *
52259 GATCAAATAATCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGA
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* * * * * ** *
52310 CTTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTAATTCAAAATAAAATAGTATT
1 C-TTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * ** * *
52375 AATTTATTAATAATACAAAAATTAATAACAAAAAGATTTGAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACA
64 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACA
* * ** *
52439 AG-TCTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAA
128 AGTTC-AAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * * **
52491 CTTTTTGCTTG-CTATAAAATAATTTTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACA
1 CTTTTT-TTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATT
* * * * *
52555 AAATTATTAATA-TT-AAGATAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAAC
64 AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAAC
* * * * * **
52618 AAGTTTAAATCATTATGATTACTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTTTTATGA
127 AAGTTCAAAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * * * *
52671 CTTTTTTTATGTCATAAAACAATTGTTTCTGCTCATACAAACTTATTTGGATTAAAACAATATTA
1 CTTTTTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA
* * * *
52736 ATTTATTAATATTTCGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATCTTTATTGAACAAG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAG
* *
52801 TTCAAATATTCTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
130 TTCAAATATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA
* * *
52851 CTTTTTTTTTGTAATAAAACAATTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATAAT
1 C-TTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTT---G--AAATAA-AAT
* * * * * * * *
52915 AATAATAATTTATTAATATTTTACAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAA-GAATCTGTTTATC
58 AATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC
* * * * * *
52979 AAATAAGTTGAAATAGTTATGA-TCATCTAAACAATTATCTATCTCAAAAT-ATTATGA
123 GAACAAGTTCAAATA-TTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGA
* * * * * *
53036 CCTTTTGTTTTGTCATAACACAATTGGTTCTATTCATGCAAACTTATTTTG-AATACAATAATAT
1 -CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATAT
* * * * * * *
53100 AAATTAATTAATATTCCAAAAATTAAAAAATAAAAAACTTTAAAAAAATTAAT-T-TTGT-T--A
63 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTT-AAAAAATAAATATGTT-TATCGA
* * * * *
53160 ACAATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAGTCATTATTAA
125 ACAAGTTCAAATA-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA-TGA
* * * ** *
53216 CTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATTTTA
1 CTTTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTA
** * ** * *
53281 ATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAATAATGGATTTTAAAAAATGAATCTGTT
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATATGTT
53336 GGCTTGACCA
Statistics
Matches: 2899, Mismatches: 640, Indels: 341
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 8 0.00
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174 9 0.00
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Alignment explanation
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54103 TTTGTTCATA
* * * * * * *
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** * ** * *
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* ** * * * *
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* *
54287 AAAATAATACTAATTTATTAATACTTC-AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA
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* * * * *
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* * * * * * *
54416 TTTTGTTGTGTTATAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAAGGTTATTCCAACT
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* * * * *
54468 AAAATAATATAAATTTATTAATAATCAAAAAATTAATAACTAA-A-TTTTAAAAAATAAAT-AAG
1 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA-
* * * * * * *
54530 TTTTCTAAATACA-TTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATAGTTATGAC
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* * * * *
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* * * * *
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1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * **
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* * * * * * *
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130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
54828 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA---A-GTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * ** * *
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* * * * ** * *
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126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
55013 AAAACAATACTAATCTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTAT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
55136 ---TTT-CTTT-TCATACAAGC--TT-ATTCGGATTAAAATAACACTAATT--TAAT
127 CCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTCTG-TTCATACAA-GCTTATTCGAAAT
* * ** ** * * * * ** ** **
55183 --AATATTCTAA-AAATTAATA-AATAAGAGATTTAAAAAATAA-ATATGTTTGTCAAACCAGTT
1 AAAATAATATAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA--TTT-AAAAAATAAAT
* * **** ** * * * *
55243 CGAATGGTTAATGATGTTAAAACAATTAT--CTATTT---CAA--A-TTATTCT--AA-C-----
61 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT-TCAAATCGTTAT
** * * * * * * *
55292 -A--TTTTGTTTACTAATAAAATAAGTATTT-TAGTTCATATAAGCTTATTCAAAAC
125 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
55345 AAAATAATACTAATTTATTAACATT-TGAAAAATTAATTAGTAAGAGATTTAAAAACATAAATTT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCT
* ** * * * *
55409 GTTTACCGCACAAGTTTAAATA-TATTTGATTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATG
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* *** * *
55472 ACC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATAAAAACTTATTCGAAAT
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * ** * * **
55526 AAAGTAATACTACTTCATTAATATT-TTGAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAACCAAAGT-TA
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTA
*** * ** * * * *
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64 TTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * ** * * *
55653 CTTTT-TTTTCTCATAAAACAATTCTTTCTAATAATACAAGCTTATTTG-GAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
55704 AAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAACAAGT----GATTTAAAAAATAAATGT
1 -AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * * * *
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63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-TTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * ** *
55828 CCTTTTGTTTAGTTATACAATAATTGTTTCAGGTCATTTAAGCTTATTCAAAAT
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* *
55882 AAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTA
** * * * * *
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* * * * *
56012 TTTTTTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAAT
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* *
56063 AAAATAATACTATTTTATTAATATT-T-CAAATGCTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-T
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAAT--TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
56125 AGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATTATG-GTCATTTGAGCAACTACTTATTTCAAATAGTTAT
63 A-TTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTAT
* * * *** *
56188 TA-CTTGTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTTCAACATACAAGCTTATTCAAAAT
125 GACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
56244 GAAATGATATTAATTTGTTAATATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAATAAATCT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* ** * * * ** *
56304 ATTTACTAAATTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTTATCTATTTCAATTTATTATAA
63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATTTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * *
56369 CCTTTTGTTCTATCATAAAATAATTGTTTATGTTCATGCAAGCTTATTCG-AAT
127 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
** * * * * *
56422 AAAATAATACTAATTTAAAAATATTTTGAAAATTAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * *
56487 TTGCTAAACCAGTT--GAGA-TTAT-AC-----GAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATCACAT
65 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * *
56543 TTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGCTT-ATACAA-CTTATTTGGAAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * *
56593 AGAATAAAAATAATTTATTAATAGT-TAAATAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATCTT
1 AAAAT-AATATAATTTATTAATATTCTAAA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * *
56656 TTTACCGAAGCAA-TTCAAATAATTCTAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTAC
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* * * * * * * * *
56720 TTTTTGTTTTGCCACAAAACAATTATTTTTGTTAATA-AAGTTTGTTCAAAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* *
56772 AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTA
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * ** * ** *
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1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * ** * *
57018 TTACAAAATC-AGTTCAAATAATTAAGACTGTATAAATGATTATCT-TTTCAAATCGTTATTACC
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* *
57081 TTTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTC-AGATT
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* * ** * * *
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* * * * * *
57194 TTACCAAATCGA-TTCAAATTGTTAAGACTATTAGAATAATTATTTTTTTCAAATCGTTATGACC
65 TTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * ** * *
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* * * ** * ** * *
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1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTA
* * * * * * * * *
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57440 TTTTGATTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTAATACAAGCTTAGAT-GGAAT
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* * * * *
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* * * * **
57618 ACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTTTAATCATACAAGCTTATTCGAAAT
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57800 AATC-ATTG--TTGTCATAAAATAATTACTTCAATT-ATAGAAGCTTAATC-AGTT
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57851 AAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAATAAAAAATTT-AAAAATAAATGTG
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57978 CCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTT-TATATCATACAAGCTTATTCGAAAT
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* * * ** * * * *
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129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAA-T
* * * * ** * * *
58214 AAAGTAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAACCAAAAG-TTTAAAAAAATCAATTTG
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-
* * * * * * * *
58278 A-TTACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTCGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGAC
63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * ** *
58342 CTTTTGTCTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGGAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * *
58395 AAAATAATATAAATTTATTAACATTCGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGGAAAAATAAATCTA
1 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTA
*** * ** * * *
58460 TTTATTGATCAAGTTCAAATTCTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGGCA
64 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * ** * * * *
58525 TTTTCTTTTGACATAAAACAATTGCTTCAATTCATAAAAGATTATCCAAAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * ** * * *
58577 AAAGTAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAACCAAAAG-TTTAAAAAAATCAATTTG
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT-
* * * * * * *
58641 A-TTACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTCGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAC
63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * ** *
58705 CTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
128 C-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * * *
58759 AAAATGATGCTAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTG
1 AAAATAAT-ATAATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** ** * * * * * * *
58824 TTTACTGAATTAGTTCATATAATTATCA-TCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTAC
64 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * *
58888 CCTTTGTTTGGTCATATAACAATTATTTTTATT-ATACAAGCTTATTCAAAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* *
58940 AAAATAATACTAA-TTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * * * * * * *
59003 TTTACCGAATC-AGTTTAAATAATTATGACTATTTAAAGAACTGTATACTTCAAATCGTTATAAT
64 TTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
59067 CTTTT-TTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * *
59119 AAAAT-ATTTCAAATCTAATAA-ATT-TCAAAA--AATGAA-TAAGAGACTTAAAAAATAAATTT
1 AAAATAATAT--AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
59178 CTTTACCGAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC
63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * **
59243 CTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-TTT-TAATTTATATTAGCTTATTCGAAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * * * *
59295 AAAACAAAATGAATTTATTAATATTTTAAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAATTATGT
1 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * *
59360 TTACCTAATCAA-TTCAAATAATTTTGACTAATTAAACAATTATATA-TTCAAATCATTGTGACA
65 TTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * *
59423 TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATACAAGTTTATACGGAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
*
59475 AAAATAATACTAATATATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TA
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* ** * *
59534 GTTTATCAAATTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
64 -TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
59599 TTTTTCTTTTATTATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAATT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * * * * *
59652 AAAATAATAGTAATTTATTAATATT-TCGACAATTAAAAAGTAAAAAAATTACAAAATAAATATT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
59716 TTTACCGAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC
64 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * *
59781 TTTTGTTTTATTATAAAAAAATTATTT-TAGTCCATATAAGCTTAATT-GAAAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTT-ATTCGAAAT
* * * * * * *
59833 AAAATAATATTAAGTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAATAAGAAATTTTAAAAACAAATATG
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * * * *
59897 TTTACTGAACAAGTTTAAATAATTAAGCCTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATTGCTATAACC
64 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * **
59962 ATTTGCTTTGTCA-CAAACTAATT-TTTACTATTTGTACAAGCTTATTTCG-AAT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT
* * * * * * * * *
60014 AAAATAATACAAATGTATTAATA-T-AAAGACAACTAACAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATAT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * *
60077 GTTTACTGAATAAGTTCATATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTGAACTAGTTATGAC
63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * * *
60142 TTTTTTTTTTTGTCAAAAAACAA-T-TCTCTATTCATACAAGGTTATTTGGATT
128 -CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * *
60194 AAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTGTTAAAATTAATGAGTAAAAGATTTTTAAAAA-AAA-CT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCT
* ** * * * * * *
60256 GTTTACTGAGCAAGTTCAACTTGTTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAATTGTTATAAC
63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
60321 CTTTCGTTTTGTCTTAAACCACTTATTTATGTTCATACAAGCTTATTC-AGAAT
128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
* *
60374 AAAATAATACTAATTTATTTAA-ATTTTAAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAAAAAATAAATTT
1 AAAATAATA-TAATTTA-TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
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63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * *
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128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
* * * * * *
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1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * * * * *
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* * * *
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128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-GCTTA-TTCGAAAT
* ** * *
60735 AAGATAATACTAATTTATTAATATT-TCAATCATTAATAAGT---ATATTTAAAAAAATAAATAT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCT
* * * * * * *
60796 ATTTACCAAACTA-TATCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTC-ACTAGTTATG
63 ATTTACCAAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATG
* * ** *
60859 ACCTTTTGTTTTATCATAAAAGAATTGTTTAAGTTCATATAAGCCTT-TTCGAAAT
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCGAAAT
* * * *
60914 AAAATAATACTAATTTAATAATAATCCAAAAATTAATAA-TGAAGAGATTT-AAAAATAAATTTA
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
* * * * * *
60977 TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AAC
64 TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * * *
61041 TTTTTTTTTGTAATAAAACAAGTGTTT-TAGTTCATATAAGCGTATTTGAAGT
129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* *
61093 AAAATAATATTAATCTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG--AGA-A-TT-AAAAA-AAATCTAT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * *
61152 TTACCAAATAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATATAAACAATTATCTATTTTAAAACATTATGACAT
65 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * *
61216 TTTATTTTATCATAACACAATGGATTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT
*
61267 AAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAAAT-AA---AT
1 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
** * * *
61326 TTACTTAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACT
65 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * *
61390 TTCTGTTTTGTC-TTAAACTAATTGTTCCTGTTCATACAAGCTTATT-TAGAAT
130 TT-TGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AAT
*
61442 AAAATAATATTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTTAAAAAATAAATC
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGA-GA-TTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
61505 TATTTACCGAACGAA-TTCAAATAATTATGACTATTGGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATA
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* * * * * *
61569 ATCTTTTGTTTTGCCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTGTTCGAAAT
126 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * *
61624 AAAATAGTTATAATTTATTAATATTAT-AAAATTAATGAGTTAGAGATCTAAAAAAT-AAT-TAT
1 AAAATA-ATATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * ** ** * * *
61686 GCTTACCAAACACGTTCAAATACTCAT-ATCCATTTGAATTATTACCTCTTTCAAATCATT-GGA
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* ** * * * * **
61749 ACTTTT-TTTT-TTGTAAAATAATTGTTTTTATTCGTA-AAAATTATTTCG-AAT
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* *
61800 AAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAACTAAATATA
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTA
** * * * * * * *
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64 TTTACCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* ** * * *
61923 TTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTAACTGTTCATACAAGCATTTTTGGAGA-
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* * *** * * * * *
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1 AAAATAAT-ATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * ** * * *
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** * * * * * * *
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128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * ** * * * *
62153 AAAATAACATTATTTTATTAACATTGAAAAAATTAAAAAGTAAAAAAATTTTTAAAAATAAATCT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
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128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* ** * *
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* * * * * * ** * *
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* * * * *
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*
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1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC-T
* * * * * * *
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63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
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128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * * * * * *
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1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
**** * * * * ** ** * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * * *
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65 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* ** * * *** *
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130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* *
63056 AAAATAATACTAATTCATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAACTA-ATTT-AAAAATAAATCTA
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* * * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * ** * *
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1 AAAATAA-TATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * * ** *
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* * * *
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129 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAAT
* * * *
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1 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** * * ** *
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63 ATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * ** * * *
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128 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * * ** *
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1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * ** * * *
63659 TTACCAAATAAATTCAAATAGTAATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCT
65 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
** * * * *
63724 TTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATT-AGTTCATACAGGCTAATTTGAAAT
130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * * *
63775 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTAT
1 AAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTAT
* * * * * * *
63840 TTATCAAACAAGTTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTATAACTT
65 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCT
* * * * * * *
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130 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT
* * *
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1 AAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
64010 TTGTTTTATG
Statistics
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* * * * * *
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* * * * * * *
55315 TATTTTAGTTCATATAAGCTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTA
192 TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * ** * * * * *
55380 ATTAGTAAGAGATTTAAAAACATAAATTTGTTTACCGCACAAGTTTAAATA-TATTTGATTATTT
256 ATAAGTAAAAG-TTTAAAAA-ATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGT-TATGACTATTT
*
55444 GAACAATTATCTATTT-AAAGTCGTTATGACC-TTTGTTTTG
318 GAATAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * *
55484 TCATAAAATAATTGTTTCAACTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAGTAATACTACTTCATTAATA
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** ** ** *
55549 TT-TTGAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAACCAAAGT-TATTTTTTA-AATC-AGTTCAAATA
66 TTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAA-TCTA---TTTACGATCAAGTTCAAATA
* ** * * * *
55610 GTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAATTGTTAAGATC-TTTT-TTTTCTCATAAAACA
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTCTTTTGTCATAAAACA
* * *** * *
55673 ATTCTTTCTAA-TAATACAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAA
190 ATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
* * * * * * *
55737 TTAACAAGT--GA-TTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAGCCTATT
253 TTAATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
55798 AGAATAATTATCTAATTT-AAATCATTCTGACCTTTTGTTTAG
317 TGAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * ** *
55840 TTATACAATAATTGTTTC-AGGTCATTTAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * *
55904 ATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATAAAACAGGTTCAAATAG
65 ATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CGATCAAGTTCAAATAG
* * * * * *
55969 TTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTAAGACCTTTTTTTTTGTCAT-AAACAAT
127 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * ***
56033 TGTTTTAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAATGCTA
192 TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * * * * *
56098 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATTATG-GTCATTTG
256 ATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTG
** * * *
56162 AGCAACTA-CTTATTTCAAATAGTTATTA-CTTGTTGTTTTG
319 AATAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGACCTT-TTGTTTTG
* * * * * * * * *
56202 TCATAAAACAATTTTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCAAAATGAAATGATATTAATTTGTTAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * *
56266 ATTTC-AAGAATTAATAAG---AGATTTAAAAAAATAAATCTATTTACTAAAT-TAGTTCAAATA
65 A-TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTAC--GATCAAGTTCAAATA
* * * ** * * * * * *
56326 GTTATAACTATTTGAACAATTTATCTATTTCAATTTATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAATA
126 GTTATGACTATTTGAACAA-TTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACA
* * * ** *
56391 ATTGTTT-ATGTTCATGCAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAAAAATATTTTGAAAAT
190 ATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * * * *
56455 TAAAAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GC---TAAA--C---CAGTTGA-GATTATA
254 TAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTT-ATGACTATT
* * * * * * * *
56510 CGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATCACATTTTATTTTG
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
56552 TCATAAAACAATTATTTC-AGCTT-ATACAA-CTTATTTGGAATAGAATAAAAATAATTTATTAA
1 TCATAAAATAATTATTTCTA--TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
56614 TAGTT-AAATAATTTATAAGTAAGAGATTTAGAAAAT-AATCTTTTTACCGAAGCAA-TTCAAAT
64 TA-TTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CG-ATCAAGTTCAAAT
* * * * * * * * * *
56676 AATTCTAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGCCACAAAACA
125 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACA
* *** * * * *
56741 ATTATTTTTGTTAATA-AAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT
190 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * ** * * *
56805 TAATCAGTAAGAGATTTAAAAAACAAATCTATTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTAACTATTT
254 TAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * *
56870 GAATAATTATCTACTTT-AAATTGTAAT-AGCCTTTTATTTTG
318 GAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTG
** * * ** * * * * * * *
56911 TTTTCAAACAATTGGTTATGTTCAAACTATG-TTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATAC-AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
*** * * ** * *
56975 ATTTTGAAACTTAATAACCAAGAA-AAATAAAAAATAAATCTAATTACAAAATC-AGTTCAAATA
65 ATTCAAAAAATTAATAA-GAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC--GATCAAGTTCAAATA
* * * * * ** * * * * *
57038 ATTAAGACTGTATAAATGATTATCT-TTTCAAATCGTTATTACCTTTTGTTTGGTCATAAAACAA
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAA
** * * * *
57102 TTGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAATAACATTTTTAAATAT
191 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTTAAAAAT
* ** * * *
57166 TAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATCGATTCAAATTGTTAAGACTATTAG
254 TAATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
57228 AATAATTATTTTTTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTAT-
319 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT-TG
* * ** * * * *
57268 TCATAAGACAATTATTT-TAGTTCATATGAGTTTATT-AAGAATAAATTAATACCAATTTATTAA
1 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAA
* ** * * * * * * *
57331 CATTCGGATAATTAATAACAAAAATATTTAAGAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTTAAACA
64 TATTCAAAAAATTAATAA-GAAAAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTA-CGATCAAGTTCAAATA
* * * * * * * * ** *
57396 ATTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTTTAACCTTTTGATTTATCATAAAACAA
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAA
* * * * ** * * ***
57461 TTATTTCAGTTAATACAAGCTTAGATGGAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTCCTAAATT
191 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * * * * * *
57526 AATTAGTAAGAAATTTAAAAAATCAATATGTTTACCGAATTAGTTAAAATCA-TTACGA-TCATT
255 AATAAGTAA-AAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAAT-AGTTATGACT-ATT
* * * *
57589 TAAATGATTAT-TAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG
317 TGAATAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* *
57631 TCATAAAATAATTATTTTTAATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
57696 TTTC-AAAAATCAATAAGTAAAAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACGCATCCAA-TTCAAAT
66 -TTCAAAAAATTAATAAG---AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACG-AT-CAAGTTCAAAT
* * * ** * *
57759 AGTTATGACTATTTGAACAATT-TTAAATCTCAAATCGTTA--AAATCAT-TGTTGTCATAAAAT
125 AGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAAC
** * * ** *
57820 AATTACTTCAATT-ATAGAAGCTTAATCAGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAA
189 AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
* * * * * ** * **
57884 TTAATAAATAAAAAATTT-AAAAATAAATGTGTTTGCCGAACCAATTTAAATAGTTAAAACTATT
253 TTAATAAGT-AAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
57948 AGAATAATTTTCTATTTTAAATCATTCTAACCTTTTATTTAG
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* *
57990 TCATAAAATATTTGTTT-TATATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-CTAAATTTATTAA
1 TCATAAAATAATTATTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * *
58053 CATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGGAAAAATAAATCTATTTATCGATCAAGTTCAAATT
64 TATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CGATCAAGTTCAAATA
* *
58118 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGACATAAAACAA
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
58183 TTGCTTCAATTCATAAAAGATTCTCCAAATTAAAGTAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATT
191 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
** * * * * *
58248 AATAACCAAAAGTTTAAAAAAATCAATTTGATTACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTCG
255 AATAAGTAAAAGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
58313 AATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTCTTG
319 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * *
58353 TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAC
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT
* * * **
58417 ATTCGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGGAAAAATAAATCTATTTATTGATCAAGTTCAAATTC
65 ATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTA-CGATCAAGTTCAAATAG
* * *
58482 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGGCATTTTCTTTTGACATAAAACAAT
127 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
58547 TGCTTCAATTCATAAAAGATTATCCAAAATAAAGTAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTA
192 TGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
** * * * * *
58612 ATAACCAAAAGTTTAAAAAAATCAATTTGATTACCAAAAAAATTCAAATAGTTACGACTATTCGA
256 ATAAGTAAAAGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
*
58677 ATAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTG
320 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTG
* * * *
58717 TCATAAAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATGATGCTAATTTATTAATA
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
58782 TTCCAAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACTGAAT-TAGTTCATATAA
66 TT-CAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-G-ATCAAGTTCAAATAG
* * * * * ** * * *
58846 TTATCA-TCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCCTTTGTTTGGTCATATAACAA
127 TTATGACT-ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAA
* ** * *
58910 TTATTTTTATT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTATTAATCTTTCAAAAATT
191 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * * *
58973 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCGAATCAGTTTAAATAATTATGACTATTT
255 AATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * *
59037 AAAGAACTGTATACTTCAAATCGTTATAATCTTTT-TTTTA
318 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
59077 TCATAAAATAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGAAATAAAATATTTCAAATCTAATAA-A
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * *
59141 TTTCAAAAAATGAATAAG---AGACTTAAAAAATAAATTTCTTTACCGAACCAGTTCAAATAATT
66 -TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGATCAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
59203 AAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAATAATT-
129 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTG
* * ** * * *
59267 TTTTAATTTATATTAGCTTATTCGAAATAAAACAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATCAA
194 TTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
* * * * * *
59331 TAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTACCTAATCAATTCAAATAATTTTGACTAATTAA
257 TAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * *
59395 ACAATTATATA-TTCAAATCATTGTGACATTTTGTTTTG
320 ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * * * *
59433 TCATAAAACAAATGCTTT-TGTTCATACAAGTTTATACGGAATAAAATAATACTAATATATTAAT
1 TCATAAAA-TAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* *
59497 ATTTC-AAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCAAAT-TAGTTCAAATA
65 A-TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-C-GATCAAGTTCAAATA
* * * * *
59556 GTTATAACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTCTTTTATTATAAAACAA
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * ** *
59621 TAGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCGACAATT
191 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* ** * * * *
59686 AAAAAGTAAAAAAATTACAAAATAAATATT-TTTACCGAACTAGA-TCAAATAGTCATGACTATT
255 AATAAGT-AAAAGTTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACC-AAATAAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
59749 TAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
59791 TTATAAAAAAATTATTT-TAGTCCATATAAGCTTAATT-GAAATAAAATAATATTAAGTTATTAA
1 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * * *
59854 TATTTC-AAAAATTAATAA-ATAAGAAATTTTAAAAACAAATATGTTTACTGAACAAGTTTAAAT
64 TA-TTCAAAAAATTAATAAGA-AA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GATCAAGTTCAAAT
* * * * * * * * *
59917 AATTAAGCCTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATTGCTATAACCATTTGC-TTTGTCA-CAAAC
125 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTCTTTTGTCATAAAAC
* ** * * * *
59980 TAATT-TTTACTATTTGTACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACAAATGTATTAATA--TAAAG
189 -AATTGTTT-CAATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAA-
* * * * * ** * *
60042 ACAACTAACAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTGAATAAGTTCATATAGTTATGAC
250 A-AATTAATAAGT-AAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGAC
** * * * * * *
60107 TATTTGAGCAATTATTTATTTGAACTAGTTATGACTTTTTTTTTTTG
313 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGTTTTG
* * * * * * *
60154 TCAAAAAACAA-T-TCTCTATTCATACAAGGTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAA-A
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
*** * * * * * *
60216 TTTGTTAAAATTAATGAGTAAAAGATTTTTAAAAA-AAA-CTGTTTACTGAGCAAGTTCAACTTG
66 -TTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTAC-GATCAAGTTCAAATAG
* * * * * * *
60279 TTATGACTATTTGAACAATTACTTATTTCAAATTGTTATAAC-CTTTCGTTTTGTCTTAAACCAC
127 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTC-TTTTGTCATAAAACAA
* *
60343 TTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTTAA-ATTTTAAAAA
191 TTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTTAAAAA
* ** * *
60406 TTAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACGAGTTTAAATAGTTATGACTATT
253 TTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * ** * *
60471 TGAATAATTATTTATTTCAAATTGCTATAATATTTTCTTTTA
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
60513 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATT-TAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * *
60577 ATT-ATAAAATTAATGAGTTGAAGATATAAAAAAAAAATCTATTTATCGAAT-GAGTTCAAATCA
65 ATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CG-ATCAAGTTCAAAT-A
* * * * * * *
60640 -TTATGACTATTTGAGCAATTATTTTTTTGAACTTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAACAA
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAA
** ** * * * **
60704 TTGTTTCTGTTCATACAATG-TTACTTGGATTAAGATAATACTAATTTATTAATATTTCAATCAT
191 TTGTTTCAATTCATACAA-GCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
* * * * * *
60768 TAATAAGT-ATA-TTTAAAAAAATAAATATATTTACCAAACTATA-TCAAATAATCATGACTATT
254 TAATAAGTAAAAGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
60830 TGAATAATTATCTATTTTC-ACTAGTTATGACCTTTTGTTTTA
317 TGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
60872 TCATAAAAGAATTGTTT-AAGTTCATATAAGCCTT-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTAATAA
1 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
60935 TAATCCAAAAATTAATAATGAAGAGATTT-AAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAG
64 TATTCAAAAAATTAATAA-GAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGATCAAGTTCAAATAG
* * * * * * * *
60999 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-TTTTTTTTTGTAATAAAACAAG
127 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * * *
61063 TGTTTTAGTTCATATAAGCGTATTTGAAGTAAAATAATATTAATCTATTAATATTTTAAAAATTA
192 TGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTA
* * * * * *
61128 ATAAG-AGAA--TT-AAAAA-AAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTAT-ACTATATAAA
256 ATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * *
61187 CAATTATCTATTTTAAAACATTATGACATTTTATTTTA
321 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
61225 TCATAACACAATGGA-TTCTGTTCATGCAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTA
1 TCATAAAATAAT-TATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * *
61287 ATATTCCAAAAATTAATAAGTAAA-ATTTAAAAAATAAATTTACTTA--A-CACGTTCAAATAGT
63 ATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGATCAAGTTCAAATAGT
* * * *
61348 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTCTGTTTTGTC-TTAAACTAA
128 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTT-TCTTTTGTCATAAAAC-AA
* ** * * * *
61411 TTGTTCCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATT
191 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * ** * *
61476 AATAAGTAAATGATTTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACGAATTCAAATAATTATGACTATTG
255 AATAAGTAAA--AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
61541 GAATAATTATTTATTTCAAATCATTATAATCTTTTGTTTTG
318 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *
61582 CCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTGTTCGAAATAAAATAGTTA-TAATTTATTAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA-ATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
61646 ATT-ATAAAATTAATGAGTTAGAGATCTAAAAAAT-AAT-TATGCTTACCAAACACGTTCAAATA
65 ATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT--TTA-CGATCAAGTTCAAATA
* * * ** ** * * * ** *
61708 CTCAT-ATCCATTTGAATTATTACCTCTTTCAAATCATT-GGA-ACTTTT-TTTT-TTGTAAAAT
126 GTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACA-TTTTCTTTTGTCATAAAAC
** * ** * * *
61768 AATTGTTTTTATTCGTA-AAAATTATTTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAA
189 AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAA
* * * * * * * *
61832 TTAATAAG--AAA-TTTAAAAACTAAATATATTTACTGAACT-AATTCAAATAGTTTTAAATATT
253 TTAATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTAC-CAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
61893 TGAACAATTATCTATCTCAAGTCGTTGTGA-TTTTTGTTTTG
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * ** * * * * * * *** *
61934 TCATAAAACAATTGTAACTGTTCATACAAGCATTTTTGGAGA-AAAATATTGCTAAACCAATAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * *
61998 ATCCTAAAAATCAAT---AATAGATTTAAAAATTAAATGTATTTGCCAAACCAA-TTCAAATAGT
65 ATTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-AC-GATCAAGTTCAAATAGT
* * * * ** * * * ** *
62059 TAAGACTATTAT-AATAATTATCTATTTTAAATTATTCTAATC-TTTTGTTTAATCATAAAAAAA
128 TATGACTATT-TGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTCTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * * **
62122 TTATATCAGTTCATAGATGCTTATTCAAAATAAAATAACATTATTTTATTAACATTGAAAAAATT
191 TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * *
62187 AAAAAGTAAAAAAATTTTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATT
255 AATAAGT---AAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
62252 CGAATAATTATTTATATAAAATCGTTATGATCTATTATTTTA
317 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
62294 TAATAAAATAATTATTTC-AGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** *** * * *
62358 ATTTGAAAAATTGAA-AAGTTGGACATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGAATCTA-TTCAAATA
65 ATTCAAAAAATT-AATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CG-ATCAAGTTCAAATA
* * * ** * * * *
62421 ATTATGGCCATTTGAACAATTACCTATTTCAAATTGTTTTGA-ACTTTTGTTTTGTTATAAAAAC
126 GTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACA-TTTTCTTTTGTCAT-AAAAC
** * * * *
62485 AATT-TTT-TTTTACCATATAAGCCTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAA
189 AATTGTTTCAATT--CATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAA
* * ** ** ** *
62548 AATTAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAACATGTTTACCAAACCAGCTCAAATAATTATGACTA
251 AATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * *
62613 TTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTA
315 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
62657 TCATAAAAGAATTATTTATATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTAATAATA
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * * *
62722 GT-ATGAAAAGTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTACTTGT-TGAACCAGTTCAAATTG
66 TTCA-AAAAATTAATAA-GAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TT-TACGATCAAGTTCAAATAG
* * ** ** * * * * *
62785 TTAAGCCTACATGAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-TTTT-ACTGTAAAACAA
127 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTC-ATAAAACAA
* *** * * * * *
62848 ATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
191 TTGTTTCAATTCATACAAGCTT-ATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT
* * * * * * * *
62913 AAT-A--AAAATTTTAAAAAATAAGTCTGTTAACCAAACT-AGTTCAATTAGTTATAACAATTTG
255 AATAAGTAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
62974 AATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTG
319 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * *** * *
63014 TTATAAAATTATTGTTTTTATAGGTACAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTCATTAATA
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
63079 TTCTAAAAATTAATAAGTAACTA-ATTT-AAAAATAAATCTATTAACCTAACCAGTGCATATAGT
66 TTCAAAAAATTAATAAG-AA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGATCAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
63142 TATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAATAATT
128 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * * * * * *
63207 ATTTCTATACATAGAAGTTTATTCAAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAA
193 GTTTCAATTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA
** * * * * * * * *
63272 TAAG----AGCTTCGAAAACTGAATCTATTTATCGAATAAATTTAAATAGTTATAACTATTTGAA
257 TAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* ** *
63333 CAATTA-CTTATTTCAAATCACTAT-AGCTTTTTGTTTTG
321 TAATTATC-TATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTG
* * *
63371 TCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAAT-GTAAATTTATTAA
1 TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAA
* * * * * *
63434 TATCCAGACAATTAATAAGTAAATA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAT-TAGTTTAAAT
64 TATTCAAAAAATTAATAAG-AAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CG-ATCAAGTTCAAAT
* ** * * * *
63497 AGTCAAAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACA
125 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACA
*** ** ** * * * *
63562 ATTGTTTTTGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGATAAT
190 ATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT
** * * * *
63627 TAATAAGTAAAAGATTTTTAAAATAAATATATTTACCAAATAAATTCAAATAGTAATAACTATTT
254 TAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * **
63692 GAGTAATTATCTATTTAAAATCGTTATAACCTTTTGTTTCA
318 GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * *
63733 TCATAAAACAATTGTAT-TAGTTCATACAGGCTAATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
1 TCATAAAATAATTATTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
** * * * * * * *
63797 ATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATCAAACAAGTTTAAATAGT
65 ATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CGATCAAGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
63862 T-TGACTATTTGAACAATTGTCTATTTTAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATT
128 TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATT
* * **
63926 GTTT-ATATTCATACATGCTTATTCCAAACAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATT
193 GTTTCA-ATTCATACAAGCTTATT-CAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATT
* *
63989 AATAACTAAAA-TTTAATAAAT
255 AATAAGTAAAAGTTTAAAAAAT
64010 TTGTTTTATG
Statistics
Matches: 6694, Mismatches: 1483, Indels: 701
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TCATAAAATAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTCAAAAAATTAATAAGAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACGATCAAGTTCAAATAGTTAT
GACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTT
TCAATTCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG
TAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATT
ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
Found at i:58875 original size:16 final size:18
Alignment explanation
Indices: 58844--58876 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
58834 TAGTTCATAT
58844 AATTATCATCATTTCAAC
1 AATTATCATCATTTCAAC
58862 AATTATC-T-ATTTCAA
1 AATTATCATCATTTCAA
58877 ATCATTATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
AATTATCATCATTTCAAC
Found at i:62260 original size:183 final size:184
Alignment explanation
Indices: 62019--62376 Score: 432
Period size: 183 Copynumber: 2.0 Consensus size: 184
62009 CAATAATAGA
* * * *
62019 TTTAAAAATTAAATGTATTTGCCAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTATAATAATTATCTAT
1 TTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
* * * * * * * * ** *
62084 TTTAAATTATTCTAATCTTTTGTTTAATCATAAAAAAATTATATCAGTTCATAGATGCTTATTCA
66 ATAAAATCATTATAATCTATTATTTAATAATAAAAAAATTATATCAGTTCATAAAAACTTATCCA
*
62149 AAATAAAATAACATTATTTTATTAACA-TTGAAAAAATTAAAAAGTAAAAAAATT
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* * * * *
62203 TTTAAAAA-TAAATCTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTCGAATAATTATTTAT
1 TTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
* * * * *
62267 ATAAAATCGTTATGATCTATTATTTTATAATAAAATAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCA
66 ATAAAATCATTATAATCTATTATTTAATAATAAAAAAATTATATCAGTTCATAAAAACTTATCCA
* * *
62332 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTGAAAAATTGAAAAGT
131 AAATAAAATAACATTACTTTATTAACATTTGAAAAATTAAAAAGT
62377 TGGACATTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAAAAATTAAATCTATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTAT
ATAAAATCATTATAATCTATTATTTAATAATAAAAAAATTATATCAGTTCATAAAAACTTATCCA
AAATAAAATAACATTACTTTATTAACATTTGAAAAATTAAAAAGTAAAAAAATT
Found at i:64692 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 64114--65445 Score: 1016
Period size: 181 Copynumber: 7.4 Consensus size: 178
64104 TTCGATAAAC
* * * * *
64114 TTCGATAAACAAATTTATCTTTTAAATTTTTTATTTATTAATTTATGT-G-ATACT-ATAAATTA
1 TTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-T-TAGAATATTAATAAATTA
* * ** * * * * * * *
64176 ATATAATTTTATTATGAATAAGCTCATACGAACAGAAATAATTATTCTATGATAAAACAAAAGGT
64 ATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT-TTTTTTGACAAAATAAAAAGT
* * * * * * *
64241 AATAATTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTAAAAATTATTTGAACTCA
127 CATAATTA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * *
64294 TTTGGTAAATAAATTTATCTTTTAAACCTTTTCCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAA
1 TTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAA
* * * * *** * * *
64358 TATTATTTT-GTCTTGAATAAGCATGTTTGAATAGAAACAAAAGCTTTCTAAC-AAA-ACAAAG-
65 TATTATTTTATTC-TGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAC-AATTTTTTTTGACAAAATAAAAAGT
* * *
64419 ---AATTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAGTATTTGAACTTA
127 CATAATTA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * *
64469 TTCGGTAAATAGACTTGA-CTTTTATAA-CTTTTACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTG
1 TTCGGTAAATA-AATTTATCTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA
* * * *
64532 ATATAATTTTGTTCTAAATAAGCTTCTATGAACAAAAGCAAGTGTTTTTTTG-CAAAATAAAAAG
64 ATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAA-T-TTTTTTTGACAAAATAAAAAG
* * * * *
64596 TTATAATTA-TGAAATAGATAATTGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAACTTG
126 TCATAATTATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
** * * *
64648 TTCAATAAATAAATTTGTCTTTTAAATCGTTTACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
1 TTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
64713 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATAAAAGCAATTATTCTATGACAAAACAAAAAATCA
66 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA-CAATT-TTTTTTGACAAAATAAAAAGTCA
* *
64778 TAATTATTTGAAATA-ATTAATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTA
129 TAATTA-TTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* * * * * *
64829 TTTGGTAAATCAATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAAATTTTAGAACATTAATAAATTAAT
1 TTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * * * * *
64894 ATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATCAACAAAAATAATTGTTCTATGACAAAA-AAAGA-TAA
66 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATT-TTTTTTGACAAAATAAAAAGTCA
* * * *
64957 TAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTGTTTGAATTTA
129 TAATTA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* ** ** * * * * * *
65008 TTCGGCAAATTGATAAATCTTTTAAATATTTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAAC
1 TTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * * *
65073 ACTATTTTGTT-TCGAACAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTTTTTGATAAAATAAAATGTC
66 ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATT-TTTTTTGACAAAATAAAAAGTC
* * *
65137 ATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTG
128 ATAATTA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
*** * * * * *
65189 TTTAATAAATAGATTTATATTTTAAACCTTTAACTTATTAATTATTAGAATATTAATAAATTAAT
1 TTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
* * * * *
65254 ATTATTTTATT-TCAAATAAACCTT-TATGAACAGAAACAACTATTTTTTGATAAAATAAAAGGT
66 ATTATTTTATTCT-GAAT-AAGCTTGTATGAACA-AAACAA-TTTTTTTTGACAAAATAAAAAGT
* * * * *
65317 CATAATTATTTAAAATGGATAATTATCCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
127 CATAATTA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
** * * * * * * * * *
65370 TTCTATAAACAAACTTGTCTTTT-AATCCTTTTTCTTATTTATTTTCAGGATATTAGTAAACTAA
1 TTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
*
65434 CATTATTTTATT
65 TATTATTTTATT
65446 TCAAATAAAC
Statistics
Matches: 924, Mismatches: 194, Indels: 67
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 116 0.13
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177 6 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTCGGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTTTTTTTGACAAAATAAAAAGTCATA
ATTATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
Found at i:65031 original size:360 final size:356
Alignment explanation
Indices: 64168--65442 Score: 1051
Period size: 360 Copynumber: 3.6 Consensus size: 356
64158 ATGTGATACT
* * * * * * *
64168 ATAAATTAATATAATTTTATTATGAATAAGCTCATA-CGAACAGAAATAATTATTCTATGATAAA
1 ATAAATTAATATAATTTTATTTTAAATAAACTTATATC-AACAAAAATAATTGTTCTATGA-CAA
* * *
64232 ACAAAAGGTAATAATTATTTGAAA-AAGATAATTGTTCAAATAGTAAAAATTATTTGAACTCATT
64 A-AAAAGATAATAATTATTTGAAATAA-ATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTATT
* * *
64296 TGGTAAATAAATTTATCTTTTAAACCTTTTCCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATA
127 CGGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAATA
* * * * ** * * *
64360 TTATTTTGTCTTGAATAAGCATGTTTGAATAGAAACAA--AAGCTT-TC-TAACAAAACAA--AG
191 TTATTTTTTC-TGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTCTTGACAAAACAAAA-AATCAT
* * * *
64419 AATTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAAGTATTTGAACTTATTCGGTAAATAGACT
254 AATTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGA-T
* * * * *
64484 TGACTTTTATAACTTTTACTTATTAATTTTTGGAATACTA
318 TTA-TTTTTTAACTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTA
* * * * * * ** * * *
64524 ATAAATTGATATAATTTTGTTCTAAATAAGCTTCTATGAACAAAAGCAAGTGTTTTTTTG-CAAA
1 ATAAATTAATATAATTTTATTTTAAATAAACTTATATCAACAAAAATAATTG-TTCTATGACAAA
* * * * * *
64588 ATAAAAAGTTATAATTA--TGAAATAGATAATTGTTCAACTAGTCATAATTATTTGAACTTGTTC
65 A-AAAGA-TAATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTATTC
** * * *
64651 AATAAATAAATTTGTCTTTTAAATCGTTTACTTACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
128 GGTAAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT
64716 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATA-AAAGCAATTATTCTATGACAAAACAAAAAATCATA
193 ATTTT-TTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAA-CAATTATTCT-TGACAAAACAAAAAATCATA
* *
64780 ATTATTTGAAATA-ATTAATTTTTCAAATAGTCATAACCATTTGAACTTATTTGGTAAATCA-AT
255 ATTATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAAT-AGAT
*
64843 TTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAAATTTTAGAACATTA
318 TTATTTTTTAA--CTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTA
* * *
64884 ATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATCAACAAAAATAATTGTTCTATGACAAAA
1 ATAAATTAATATAATTTTATTTTAAATAAACTTATATCAACAAAAATAATTGTTCTATGACAAAA
* * * * *
64949 AAAGATAATAATTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTGTTTGAATTTATTCGGC
66 AAAGATAATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTATTCGGT
** ** * * * * * * *
65014 AAATTGATAAATCTTTTAAATATTTTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAACACTATT
131 AAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * **
65079 TTGTT-TCGAACAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTATTTTTTGATAAAATAAAATGTCATAAT
196 TT-TTCT-GAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATTA-TTCTTGACAAAACAAAAAATCATAAT
* * * **
65142 TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTAT
257 TATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTAT
* *
65207 ATTTTAAACCTTTAACTTATT-AATTATTAGAATATTA
322 -TTTTTAA-CTTTTACTTATTAAATT-TTAGAATATTA
* * * * * * * * * *
65244 ATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACCTT-TATGAACAGAAACAACTATTTTTTGATAAA
1 ATAAATTAATATAATTTTATTTTAAATAAA-CTTATATCAACAAAAATAATTGTTCTATGA-CAA
* * * ** * * * * * *
65308 ATAAAAGGTCATAATTATTTAAAATGGATAATTATCCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC
64 A-AAAAGATAATAATTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGAACTTATTC
** * * * * * * * * * *
65373 TATAAACAAACTTGTCTTTT-AATCCTTTTTCTTATTTATTTTCAGGATATTAGTAAACTAACAT
128 GGTAAATAAATTTATCTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATAT
65437 TATTTT
192 TATTTT
65443 ATTTCAAATA
Statistics
Matches: 735, Mismatches: 150, Indels: 62
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
353 3 0.00
354 119 0.16
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356 50 0.07
357 6 0.01
358 18 0.02
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AAATAAATTTATCTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
TTTTCTGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTCTTGACAAAACAAAAAATCATAATTATT
TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTT
TAACTTTTACTTATTAAATTTTAGAATATTA
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* *
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ATTTGAGTTTGAATGGATTGA
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* *
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*
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TAAAATATATAATTATT
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*
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* **
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AATAAATATTATTTTTAAAATATT
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TAATAATTATTTAAA
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* * * *
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** * * * ** **
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* *
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* *
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* ** *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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AATATTATTTTGTTTCGAACAAGCCTGTATGAATAGAAAACAATTATTTTC
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*
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*
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* *
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1 AAA
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AAAATATAATAATTATTT
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*
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*
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* * * *
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* * ** ** *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * ** * *
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* *
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * ** * * *
70305 AACAGAAACAAATGCTTTCTGACAAAACAAAAGATCATAATTA-TTAAAAATAGATAATTGTTCA
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* * * * ** * * * *
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129 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATCTTTTA-AATC
* *
70421 TTTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTGTATG
1 TTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
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65 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AAGATAATTGTTCA
* * * * ** ** *
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129 AATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATCTTTTAAATC
* * * * *
70600 GTTTACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAATCTTGTATG
1 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
70665 AATAGAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTGATCAA
65 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAA
* ** *
70730 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAATC-GATTTATCTTTTAAGTC
130 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAA-CAGATTTATCTTTTAAATC
* ** * * *
70781 TTTAACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATG
1 TTTTACTTATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
70846 AACAAAAACAATTGTTCTAAGAC--AA-AAAA----A-AATTATTTGAAATAGTTAATTATTCAA
65 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAAGATAATTGTTCAA
* * * * * ** * * *
70903 ATAGTCAAAATTGTTTGAATTTATTAGGTAAATTGATTAATCTTTTTAGTC
130 ATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATCTTTTAAATC
* ** ** * * ** * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * * * *
71019 AACAAAAATAATTATCTTT-TGATAAAATAAAAGATCATAATTATTTGAAATAGATAATTATTGA
65 AACAAAAACAATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAAGATAATTGTTCA
* * * * **
71083 AATAATTATAA-TCATTTGAACTTATTTGATAAATAGATTTATCTTTTAAGCC
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* ** * *
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1 TTTTACTTATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTA-TTCTAA-ATAAGCTTGT
* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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1 -TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTA-ATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA
* * * * * * **
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* * * * * * * *
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128 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATCTTTTAAATC
* * * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
71562 AACAAAAATAATTCTTTTATGCCAAAATAAAATGTCATAATTATTTGAAAATAGATAATTGTTTA
65 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAA-AGATAATTGTTCA
* * * *
71627 AATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATCTTTTAAATA
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* * * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTTGAA-TATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * *
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* *** * * * * * *
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* * * * **
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* * * * *
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64 GAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAA-AGATAATTGTTC
* * * *
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*
72041 TTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCTAAATAAG-TT-TCAT
1 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGT-AT
* * * * ** * *
72104 GAATAGAAATAATTATTTTATTG-TATGACAAAAGGTTATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTC
64 GAACAAAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAAAAGATAATTGTTC
* * * * * *
72168 AAATAGTTATAACTATTCGAACTTATTTTTAGTAAATAGAATTA-CTTTTTAAATT
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* * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * *
72288 AACAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAATAA-ATAATTGGTCA
65 AACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATTTGAAA-AAGATAATTGTTCA
* * * * * *
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* * * *
72401 TTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTGTTCTGAATAAGTTTATAT
1 -TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTAT
* * * * * * *
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* * * * *
72529 AATAGTTACAACTATTTGAACTTGTTTGATAAGCAGATTTATCTTTTAAATC
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* * * * *
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1 TTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG
* * * * *
72646 AACAGAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGGCATAATTATTTGAGATAA-ATAATTATTC
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * ** *
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* * * * ** **
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* * * * * * *
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*
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*
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*
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TAAAATAGTCATAATTATT
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*
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*
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* *
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*
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*
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AAAATTCTAAAAAAAATT
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77092 TTTTTTTTTT
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * *** * ** *
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* * *
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1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATT
* * * **
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* * ** * *
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* * * * * * * *
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1 AATAAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTAT
* * * * * *
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* * ** *
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* * *
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1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTT-AT
* * * * * *
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* * * **
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* * * * * * *
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1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATT
** * ** * * * * *
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66 TTGTCAAAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
** * * * *
78316 ATATTCCCAAGATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTT-GCG
131 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATC-AGTTTACCA
* * * * * * * *
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1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATT
* * * * * * *
78426 TTGTCATAAAACACTTATTTCTTTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTA
66 TTGTCAAAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * **
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* * * * *
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1 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATT
* * * * * **
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ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATCAGTTTACCA
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77301 TGACTATTTG
*
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1 AATAATTATTAATTTT
77344 TGTTTTGTTA
Statistics
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AATAATTATTAATTTTA
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77095 TTTTTTTAAT
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* * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATAATTATGACTTT-TATTTTAT
* * *
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* *** *
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* * * *
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* * *
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257 TCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
* * *
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* * * * *
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1 AAGTTCA-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA-TAATTATGA-CTTTTATTTT
* *
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* * *
77955 TTTTAAAAATTAATAAGTAAATA-ATTTAAAATATAAATTTGCTTACCGAAAATAAGTTCAAATA
126 TTCTAAAAATTAATAAGTAAA-AGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCG--AATAAGTTCAAATA
* * * *
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188 G-TATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAATTATGAACTTTTGATTTGTTAGAAAATAA
* * ** * * * *
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252 TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * *
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* * * * * *
78189 AATTTAAAATAGTTATGATTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATAATTATAACTTTTTGTTTTA
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC-AATAATTATGAC-TTTTATTTTA
* * * * *** * *
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64 -TAAAAAATAATT--ATTTATGTTCATACAAGTTTATTTG-AACAAAATAATATTAATTTA-TAA
** * * * * * * *
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124 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAG
* * * * ** * * * *
78380 TCATCACTATTT-AAC---TATTTATTTAAAAAAAGTATGCCCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAC
189 T-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAATTATGAACTTTTGA-TTTGTTAGAAAATAA
* * ** * * *
78440 TTATTTCTTTTCATGCAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATAATCCAAAAATT
252 TTGTTTCTGTTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATT
* * * * * * *
78505 AATAAGTAGAATTTTTAAAAGATAAATCTATTTACCAAAT
317 AATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * *
78545 AAGTTCAAGTAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTC-ATAGTTATGACTTTTTATTTTGT
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAATAATTATGAC-TTTTATTTT-A
* * * ** *
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64 TAAAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATT--TGAACAAAATAATATTAATTTA-TAATA
78673 TT-TCAAAAATTAAT-AGATAAAAG
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78696 GCATAAAAAT
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AAAAATAATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTTGAACAAAATAATATTAATTTATAATATTCTA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAGATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTATGACT
ATTTGAACAATTATTTATTTTAAATAATTATGAACTTTTGATTTGTTAGAAAATAATTGTTTCTG
TTCATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA
AATATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
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78197 ATAGTTATGA
*
78207 TTATTTGAAA-AATTAT
1 TTATTTCAAATAATTAT
78223 TTATTTCAAATAATTAT
1 TTATTTCAAATAATTAT
78240 AACTTTTTGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTTCAAATAATTAT
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77092 TTTTTTTTTT
* *
77102 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTATT
1 AATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTAT-AACTTTT-TT
* * * * *
77167 TTATAAAAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAGGCTTGTTTGAAACAAAATAATATTAATTTAATA
64 TTATAAAAAAATAATTGTTTCTGTTCATGCAAGCTTATTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * * * * *
77232 ATATTCTACAAATTAAGATGTAAAAGATTTAAAAGATTAATC-AGTTTACCAAACAAGTTCAAAC
129 ATATTC-CCAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAACAAGTT-GAAT
* * * * * * *
77296 AATTTTGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATAATTATTAATTTTTGTTTTGTTATAAACTA
191 AGTTATGACTACTT--ATAATTATTTATTTAAAATAA-TATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAC--
* * *
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* * * * * *
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* *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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** * *
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* * *
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* ** * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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Found at i:92173 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 92161--92195 Score: 54
Period size: 7 Copynumber: 5.1 Consensus size: 7
92151 TTTTTGAAAT
92161 ATAAAAA
1 ATAAAAA
92168 ATAAAAA
1 ATAAAAA
*
92175 A-AAAAG
1 ATAAAAA
92181 ATAAAAA
1 ATAAAAA
92188 ATAAAAA
1 ATAAAAA
92195 A
1 A
92196 ATTTAAAAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
6 5 0.20
7 20 0.80
ACGTcount: A:0.86, C:0.00, G:0.03, T:0.11
Consensus pattern (7 bp):
ATAAAAA
Found at i:92195 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 92173--92206 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
92163 AAAAAATAAA
92173 AAAAAAAGATAAAAAAT
1 AAAAAAAGATAAAAAAT
**
92190 AAAAAAATTTAAAAAAT
1 AAAAAAAGATAAAAAAT
92207 GACATAAACC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.03, T:0.18
Consensus pattern (17 bp):
AAAAAAAGATAAAAAAT
Found at i:92581 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 92538--92562 Score: 50
Period size: 7 Copynumber: 3.6 Consensus size: 7
92528 ATAAAAGTAC
92538 AAAATTG
1 AAAATTG
92545 AAAATTG
1 AAAATTG
92552 AAAATTG
1 AAAATTG
92559 AAAA
1 AAAA
92563 ATAAGGAAAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 18 1.00
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Consensus pattern (7 bp):
AAAATTG
Found at i:93122 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 93090--93127 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
93080 AAATATTATT
93090 TTTTATTTTTTATTTTAG
1 TTTTATTTTTTATTTTAG
93108 TTTTATTTTACTTATTTTAG
1 TTTTATTTT--TTATTTTAG
93128 GTAAAATATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.50
20 9 0.50
ACGTcount: A:0.18, C:0.03, G:0.05, T:0.74
Consensus pattern (18 bp):
TTTTATTTTTTATTTTAG
Found at i:101637 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 101630--101670 Score: 82
Period size: 2 Copynumber: 20.5 Consensus size: 2
101620 AATTATATTA
101630 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
101671 ACGTAAAGTA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 39 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:109696 original size:32 final size:30
Alignment explanation
Indices: 109655--109715 Score: 95
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
109645 AATACAATAC
109655 AAAGTTAATAAACAAAACAAATCAAATAAAAA
1 AAAGTTAATAAACAAAACAAA-C-AATAAAAA
*
109687 AAAGTTAATAAACAAAAGAAACAATAAAA
1 AAAGTTAATAAACAAAACAAACAATAAAA
109716 CCCCAAGGAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 7 0.25
31 1 0.04
32 20 0.71
ACGTcount: A:0.72, C:0.08, G:0.05, T:0.15
Consensus pattern (30 bp):
AAAGTTAATAAACAAAACAAACAATAAAAA
Done.