Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168160.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_40, whole genome shotgun sequence
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591 GCTTGTTCAA
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* * ** * ** * *
729 -CATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACA--T-
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* * * * *
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* * * * * **
853 CTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTTTAACAATTTGAGATTTATAAT
255 CTTGTATGATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAAT
* *
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* * * *
953 TAAACAAATTTATTGTTTAAATCTGTTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATTTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTT
** *
1018 ATTTTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGA
66 ATTTTTTGAATAAGCTTGTATGAT-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
* * * * * *
1083 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTATTT
130 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTT
* * *
1148 TTTTAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCC-ATTTAAGCTT
195 TTTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCGA-ATAAGCTT
* ** * * *
1212 GTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTA-AAATG-TTATAACGCTTTTAAATAGATAAT
258 GTA-TGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAA--ACAAA-GATTATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
1275 TGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTT-AG
319 TGTTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGG
* * * * * *
1313 CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-TCTAATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTA-TT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCT-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTT
* * * * * *
1376 AATTCATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAA
65 TATT--TTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * ** * *
1441 CGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGAATTCAGTAAACAAATTT
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-ATTTGGCAAACAGATTT
* * * * *
1506 ATTTTTTAAATCTCTTATTTA-TTAGTTAAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTAATCCAAATA
191 ATTTTTTAAATTTCTTATTAATTTAG--GAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATCCGAATA
** * * ** *
1569 AGCTTGTACAAACAAAATAATTGTTTTACAACAAAA-GAAGATGTCATAACGATTTGAAATAGAT
253 AGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGAT-T-ATAACGATTTGAAATAGAT
*** * *
1633 AATCACTCATATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGG
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
** * * * ** * * * *
1671 TAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGCA--TT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTT
* * * * * * * *
1734 ATTTTATTCGAATGAA-ATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAA
66 ATTTT-TT-GAAT-AAGCTTGTAT-GATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * **
1798 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATAAAAACTATTTGAAATTATTTGGCAAGTAGATTTA
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTA
* * ** * * * *
1863 CTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCAAACA
192 TTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCGAATA
* * * * * * * * *
1927 AACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATAATAACTATTTGAAATACAT
253 AGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * **
1992 AATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTG
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
* * * *
2030 TAAATAGAA-TTATTTTTTAAATC-C---CTTATAAAATTTTGAAATATTAATAAATTA--ATTT
1 TAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTT
* * * *
2088 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATA
65 TA-TTT-TT-TGAATAAGCTTGTATGA-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * *
2153 ACAATTTGAAATA-AGTAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGA-TCGACAAA-TGAA
126 ATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTGGCAAACAG-A
* * * *
2215 TTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTTA-G-AATATTACTAAATTATTATTGTTTTATT
188 TTTATTTTTTAAA--TT-T-CTTATTAA--TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
* * * * * * * * **
2278 CTGAATAAGCTTGTATGAGCAAAAAAAATGTTTTATGATAGAATAAAGGTTATAAAAATTTGAAA
246 CCGAATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAACGATTTGAAA
* ***
2343 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAA
311 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
* *** * * *
2386 CAAATTGATTTGTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-T
* * *
2447 T-TTATTTAGAA-AAGCTTGTATG-TTGAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATG
65 TATT-TTTTGAATAAGCTTGTATGATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * * ** *
2508 AATTTAAAATAAATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAATTGATTCGATAAACTGATTTA-
129 -ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTAT
** * ** *
2572 TTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATA
193 TTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCGAATA
* * * * * * *
2637 AGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGTGGTCATAACGATTTTAAATAGAT
253 AGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AGATTATAACGATTTGAAATAGAT
* *
2702 AATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
316 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGG
* ** * *
2740 TAAACATATTTATTTTCTCCAATCTCATGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTGCCTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** *
2804 ATT-TTATTTTGAATAAACTTGTATGAATTGAAATAATTATTATAT-A-ACTA-AAAAGGTCAAA
64 -TTATT-TTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * *
2865 ATGATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTT
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTT
* * **
2930 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTA-G-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAA
191 ATTTTTTAAATTTCTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATCCGAATAA
* * * * * * * *
2993 GCTTATATGATCAAAAACAATTATTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTGAT
254 GCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTAT--GACAAAACAAAGATTATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * **
3058 ATTTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCAA
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* ** * * * * * *
3096 AAAACAGCTTCAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATT-ACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-T
* * * *
3160 T-TTATTTCAGATAAGGTTTTATGTACTT-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TATTTTTTGA-ATAAGCTTGTATG-A-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
3223 CGACTTT-AAACATATAATTATTCAAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTG-TTTGGCAAATAGAT
127 TGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTTGGCAAACAGAT
* * ** * * *
3285 TTATTTTTTTAAAATGTATTGCTCATTACTTTTTCG-AATGTTAAAAAATTAATATTATTTTATT
189 TTA-TTTTTT-AAA--T-TT-CTTATTA-ATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-T
** * * * * * *
3349 TTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACGATTTGA
246 CCGAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAACGATTTGA
* * * * * * * * *
3414 AATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGA
309 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
* * * * * * * * * * *
3459 CAAATACATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTA--TT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTT
** ** * * *
3522 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTTTGACAAAA-TAAAGATCATAA
66 ATTTT--T-TGAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
3586 AGATTTGAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTAAATAGATTT-
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTA
* * * * * **
3650 TGTTTTTAAATCTCTTTTTAATTATCA--AAATCTTAATATATAAGTATTATTTTATTTTGAATA
192 T-TTTTTAAATTTCTTATTAATT-T-AGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCGAATA
** * * * * * * * *
3713 ATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAACAATG-TCATTATGATTTGAAATAGATA
253 AGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATA
* * * * *
3777 ATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTT-GTTTGG
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGG
* *** * *
3814 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAG--TTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTT
* ** * * *
3876 TATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATA
65 TA-TTT-TTT-GAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * * *
3941 ACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-CTTGGTAAATAAATT
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGCAAACAGATT
* * * *
4005 TATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGG-AATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATGTCA
190 TATTTTTTAAA---TTT-CTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--TCC
* * * * ** * * * * * * *
4069 AAAAAAGGTTTTACAAAT-AGAAATAATTGGTTTATGACCAAAAAAAAGGTCATAACAAATTGAA
248 GAATAAGCTTGTA-TGATCA-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAGATTATAACGATTTGAA
* * **
4133 ATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAA
310 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGG
* * * * * ** * * ** *
4177 AAAATATATTTATTTTTTAAAAT-T-TTACTTATTGGTTTTTGGACTATTAATAAAGTTAAAATA
1 TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * ** * *
4240 TT-TTATTTGAAATAAGCTTGCATAAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATA
64 TTATTTTTTG-AATAAGCTTGTAT-GATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATA
* * * * * * * * * *
4304 ATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAGCTATTTGAACTTATTCGGTAAAC--ATAT
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTT
* * * *
4367 ATTTTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGG-AATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTC
191 ATTTT-TTAAATT-TC-T--T-ATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCC
* * * * * * * * *
4431 AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAA
248 GAATAAGCTTGTATGATC-AAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA-CAAAGATTATAACGATTTGAA
* * * *
4495 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATT-ATTCAG
310 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGGTTCGG
* * * * * * ** * * *
4539 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAATTA--ATATT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTT
* * * * * * **
4602 ATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATA
66 ATTTT--T-TGAATAAGCTTGTATG-A-TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
4666 ACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTT
126 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTT
*** * **
4731 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-CTTAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTTGA
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* * * * * * * * * * *
4794 AATAAGCTTGGATGAACAGAA-ATTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTCAAATA
249 AATAAGCTTGTATGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAACGATTTGAAATA
* * * **
4857 GATAATTATTCAAAT--T-ATAATTATTTAAATAT-GTTTAG
313 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGGTTCGG
* * *** * *
4895 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-T
* * * * *
4960 T-TTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
65 TATT-TTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * ** **** * *
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128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGCAAACAGATTTA
** * *
5088 TTTTAAAAATTTTTGACTTATTAATTGT-CGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
192 TTTTTTAAA--TTT--CTTATTAATT-TAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATCCGAA
* * * * *
5152 TAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAATA
251 TAAGCTTGTATG-ATCA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAACGATTTGAAATA
* * * * * * *
5215 AATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGA
313 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
* * * * *
5256 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCAC-T---TATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTATTATTAC
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATA-A--ATTAGTAT
* * * *** * *
5317 TTTA--TTCTGAACAAAC-CAAATGATT------A--G--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAAT
63 TTTATTTTTTGAATAAGCTTGTATGATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * *
5368 GATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-AGTTAGGTAAATAGAATTA
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGCAAACAGATTTA
* ** * * *
5432 TTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAA
192 TTTTTTAAATTTCTTA-TTA--A-TTTAGGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTA-TCCGAA
* * * * *
5496 TAGGCTAGTATGAATTC-AAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAACGATTTGAAA
251 TAAGCTTGTATG-A-TCAAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAACGATTTGAAA
* * ** * * *
5559 TAAATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGCTCGG
311 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
* * * * *
5602 CAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAG-TTATTAACTTTTGGAATA-T--T--ATTAG-ATTT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTT
* *** * * * *
5660 TCA-------AATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAAC
65 T-ATTTTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-
** ** * * * * * * *
5718 T-ATTTGATGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAATAAATTT
127 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGCAAACAGATTT
** * * **
5781 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAA
191 ATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCGAA
* * * * *
5846 TAAGCTTGTATGAACTAAAATC-ATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATA
251 TAAGCTTGTATGATC-AAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAACGATTTGAAATA
* * * * *
5910 TATAATTGTT----T--T--GAACCACTT-CA---G--C--
313 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
* * * **** * *
5935 -AAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-T
* * * * * * * * * *
5999 T-TTATTCTGAATAAGCTTATATGAAGTGAAATAATTATTTTATAATAGAGCAAAAGTTTC-TAA
65 TATT-TTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAA
** * * * * * * *
6062 CAATTTGAATTAGAT-A--ATT---GT--TCA-AAC-A--GGAACTGGTTCGGTAAATAGATTTA
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* * * *
6115 TTTTTTAAATTTCCTACTTATAAATATT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
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* * * * * *
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* * * **** * *
6243 ATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTAGA
314 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
*** * * ** * * * *
6283 TAAATTGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
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** * * * * * * *
6348 T-TTATTTCAAATAAGCTTTTATTAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATT
65 TATT-TTTTGAATAAGCTTGTA-TGATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * * * * ** *
6412 TATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTG-TTCGATAAACAAATTT-
128 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGCAAACAGATTTA
*** * * *
6475 TTTTTT-AATTTCTTATGTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
192 TTTTTTAAATTTC---T-TATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCCGAAT
* * * * * * * *
6539 AAGCATATATGAACTGAAAA-AATTATTTTATGACTAAATA-AAAGGTTAGAACAATTTGGAATA
252 AAGCTTGTATG-A-TCAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAGATTATAACGATTTGAAATA
** * *
6602 GATAATTGTTCTTATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTT-TG
313 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
* * * * * *
6642 TCAAACACATTTATATTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATA
1 T-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCCTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT---AGTA
* ** * * *
6703 TTTTA--CTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAGATCATA
62 TTTTATTTTTTGAATAAGCTTGTATG-ATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
*
6765 ATAATTTGAA
126 ATGATTTGAA
6775 TTGGTTCAAT
Statistics
Matches: 4475, Mismatches: 1021, Indels: 649
0.73 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
331 3 0.00
332 86 0.02
333 81 0.02
334 3 0.00
335 3 0.00
336 4 0.00
337 15 0.00
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Consensus pattern (353 bp):
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ATTTTTTGAATAAGCTTGTATGATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACAGATTTATTTT
TTAAATTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCGAATAAGCTTGTA
TGATCAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGG
Found at i:2181 original size:536 final size:535
Alignment explanation
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Period size: 536 Copynumber: 15.8 Consensus size: 535
591 GCTTGTTCAA
* * * ** * * * *
601 TAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTCCAAATGTTCATAAATTTGGATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
666 TTTATTTCGAATAAGCTTCTAAGACAT-GAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGT-TTGAA
66 TTTATTTCGAATAAGATTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT-AA
* ** * ** * *
729 C-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTGGTTCAGCAAATACA--T-
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGCAAATAGATTTA
* * ** *
790 TTTTTT-AA--TC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCGAAT
194 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAAT
* * * * ** * **
850 AAACTTCTATGATTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGAGATTTA
257 AAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAA
* * * ** * *
914 TAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACA-AATTTATTGTTTAAATCTG
321 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATC--
* * * * * *
978 TTACCTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATTAGTATT-TTATTTTTTGAATAAGCTTGTATGAT
383 -T-CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT-TTATTTGAATAAGCTTGTATGAA
* *
1042 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
445 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * **
1107 GGCCATAATTATTTTAACTAATTTGG
510 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* ** *
1133 TAAACAGATTTATTTTTTTAA--T-TT-CTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * *
1194 TTTA-TTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAATTAAAATGTTATAAC
66 TTTATTTCGA-ATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
* * * * * **
1258 GCTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTT-AAACTTGCTTAGCAAATAGAT
130 GATTTGAAATAGATAATTATTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAAA-TTATTTAGCAAATAGAT
* * * * * *
1322 TTATTTTTTAAATCTCTTTCTAATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTCATTCTG
191 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-A
* * * * *
1387 AATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTCAAAACGATTTGAAGT
254 AATAAGCTTGTATGAAA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * * *
1452 ATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGAATTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAA
318 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTTTAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAA
* * * * *** **
1516 TCTCTTATT-TATTAGTTAAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTAATCCAAATAAGCTTGTACA
381 TCTCTTATTAAATT--TTGAAATATTAAT-AAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATG
* ** * * * * * *
1579 AAC-AAAATAATTGTTTTACAACAAAAGAAGATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCACTCAT
443 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* *
1643 ATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGG
508 ATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG
** * * ** * * * *
1671 TAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTTGCATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
1736 TTTA-TTCGAATGAA-ATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAAT
66 TTTATTTCGAAT-AAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
1799 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATAAAAACTATTTGAAATTATTTGGCAAGTAGATTTAC
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGCAAATAGATTTAT
* * * *
1864 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCAAACAAA
195 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAG
* * * * * * *
1929 CTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATAATAACTATTTGAAATACATAA
260 CTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAA
* * * * *
1994 TTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCCCTTAT
324 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTAT
* * * ** *
2059 AAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATA
389 TAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * * * *
2124 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATA-AGTAATTGTTCATATAGTCTTA
453 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
2188 ACTGTTTGAACTGGATCGA
517 ACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
2207 CAAA-TGAATTTATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTAAATTATTAT
1 TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTAT
* * ** * * * * *
2269 TGTTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGCA-AAAAAAATGTTTTATGATAGAAT-AAAGGTTAT
63 TATTTTATTTC-GAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
** * * * *
2331 AAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAACAAATTGAT
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTAGCAAATAGAT
* * *
2395 TTGTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAG
191 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCA-
** * ** * * *
2456 AA-AAGCTTGTATG-TTGAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGAATTTAAAAT
254 AATAAGCTTGTATGAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAA-CAATTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
2518 AAATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACT-GATTTA-TTTTTAAA
318 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAA-TAGAATTATTTTTTAAA
* * * * *
2580 TTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTA
381 --TC-T-CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTA
* * ** * * *
2645 TGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGTGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGTTG
441 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
2710 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
506 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* ** * * * *
2740 TAAACATATTTATTTTCTCCAATCTCATGCCTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * ** *
2804 ATTTTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAATTGAAATAATTATTATAT-A-ACTA-AAAAGGTCAAA
64 ATTTTATTTCGAATAAGA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
* * * * * * * * *
2865 ATGATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGCAAATAGATTT
* **
2930 ATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAA
193 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAAA
* * * ** *
2990 TAAGCTTATATGATCAA-AAACAATTATTTTATGAGAAAA-AAGAAAGATCATAATGATTTGAGA
256 TAAGCTTGTATGA--AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAA-ATCATAACAATTTGAAA
** * * * * * ** * * *
3053 TTGATATTTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAG-CTTCAGTTTTTAAA
317 TAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAA
* * * * * * * *
3117 TCTCTTGCTTATTACTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCAGATAAGGTTTTAT
381 TCTCTT-ATTA--AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTAT
* ** * *
3182 GTACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-AAACATATAATTATTC
442 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTC
* *
3246 AAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTGTTTGG
506 AAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * * * * *
3276 CAAATAGATTTATTTTTTTAAAATGTATTGCTCATTACTTTTTCG-AATGTTAAAAAATTAATAT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * *
3340 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAGTTAA
63 TATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
* * * * * *
3404 AACGATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTG-AACTAGTTT-GACAAATACA
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTAG-CAAATAGA
* * ** * * *
3467 TTTATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCC
190 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTC
* * * *
3532 AAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTTTTTGACAAAA-TAAAGATCATAA-AGATTTGAG
253 AAATAAGCTTGTATGAAA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACA-ATTTGAA
* * * * * * *
3595 ATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAATTGTTTTGGTAAATAG-ATTTTGTTTTTAA
316 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAATTAT-TTTTTAA
* ** * * ** *
3659 ATCTCTT-TTTAATTATCAAAATCTTAATATA-TAAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAT
380 ATCTCTTATTAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTAT
* * * * *
3722 GAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAAC--AATGTCATTATGATTTGAAATAGATAA-TAGTTC
442 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTC
* * *
3784 AAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGG
506 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
** * *
3814 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTAGTTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
3878 TTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
* * * * ** * * *
3943 GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTAT
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGCAAATAGATTTAT
* * * * * *
4008 TTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATGTCAAAAA
195 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TC-AAAT
* * ** * * ** * *
4073 AAGGTTTTACAAATAGAAATAATTGGTTTATGACCAAAA-AAAAGGTCATAACAAATTGAAATAG
257 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAA
* * ** * *
4137 ATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAT-GTTCAAAAAATATATTTATTTTTTAAAATT
320 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTTT-AAA-T
* *** * * * * *
4201 TTACTTATTGGTTTTTGGACTATTAATAAAGTTAA-AATATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATAA
382 CT-CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA-TTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGA
* * * * * * * *
4265 ACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAG
444 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * *
4330 ATAATCATAGCTATTTGAACTTATTCGG
508 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
4358 TAAACATATATT-TTATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
4422 TCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATA
65 TTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAATAAAAGGTCATA
* * * * *
4485 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAGTAAATATATTT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGCAAATAGATTT
* ** * * * * *
4550 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
193 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAAA
* * * * * *
4615 TAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAGTTGAAATAA
256 TAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAA
** * ** *
4680 ATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCT
320 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCT
* * * * *
4744 TTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAACAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGGATG
384 CTTA-TTA--AATT-T-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATG
* * * * * * * * *
4808 AAC-AGAA-ATTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTCAAATAGATAATTATTCAA
443 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *
4870 AT--T-ATAATTATTT-AAATATGTTTAG
508 ATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGG
* * *
4895 TAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
4959 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
* * * * ** *
5024 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTG--GTCTAGTTCAATAAATATATTT
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TA-TTTAGCAAATAGATTT
** * ** *
5087 ATTTTAAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAA
193 ATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAA
* * * * *
5151 ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACGATTT-AAATA
255 ATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATA
* * * *
5215 AATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATC
319 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGAATTATTTTTTAAATC
* * * * * *
5279 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTATTATTACTTTATTCTG---AA-C----A--AAC-
383 TCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * * * * *
5333 CAAATGATTAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATA
447 AAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * *
5395 GTCATAATTATTTGAACTAGTTAGG
511 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
5420 TAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * * * ** * * *
5484 TTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATA
65 TTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAATAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
* * * ** * * *** ** * *
5548 ACGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGCTCGGCAAACAAATTT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGCAAATAGATTT
* * **
5613 ATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAACTTTTGGAATA-T--T--ATTAG----A--TT-TTCAAAT
193 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAT
* * * * * ** * * ** **
5666 AAACTTGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACTATTTGATGTTTA
257 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAA
* * * * *
5731 CAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAATTAGTTTGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTC
321 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTC
* * *
5795 TTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
385 TTA-TTA--AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * *
5860 CTAAAATC-ATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACGATTTG--A-A-AT-A-TA-T---A
445 C-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* *** **
5914 -A-T--T--GT-TTTGAACCACTTCAG
509 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
5934 CAAATAGATTTATTTCTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * ** *
5999 TTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAAGT-GAAATAATTATTTTATAATAGAGCAAAAGTTTC-TA
66 TTTATTTC-GAATAAGATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG-GTCATA
* * * * * * ** *
6061 ACAATTTGAATTAGATAATTGTTCAAACAG---GAAC----TG-----GTTCGGTAAATAGATTT
128 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAGCAAATAGATTT
* * * *
6114 ATTTTTTAAATTTCCTACTTATAAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
193 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT-TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAA
* * * **
6179 TAGGCATGTATGATAA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAA
256 TAAGCTTGTATGA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAA
* * * *** * * *
6243 ATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-CAATTAGATAAATTGACTTATTTTGTAAATCT
320 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGAATTATTTTTTAAATCT
* * * * *
6307 CTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATTA
384 CTTA-TTA--AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA
**** * * * *** * *
6372 ATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAA
444 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * *
6437 CAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGA
509 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * *
6464 TAAACAAATTT-TTTTTT-AATTTCTTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * *
6525 ATTTTATTTCAAATAAGCA-TATATGAACT-GAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAG
64 ATTTTATTTCGAATAAG-ATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCAT
* * * ** * * * *
6588 AACAATTTGGAATAGATAATTGTTCTTATAGTCTTAACTATTTG-AATTGGTTT-GTCAAACACA
127 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATT-ATTTAG-CAAATAGA
* * * ** * *
6651 TTTATATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTCC
190 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * *
6712 GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATAATTTG---
253 AAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAA
* ** * * * * * * * ***
6773 --AAT--TGGTTC-AATAAACAGATTAGTTTTTGAATCT--CTTATTAAATTTTGAAATA-TGAA
317 TAAATAATTGTTCAAATAGTC--ATAACTATTTGAA-CTGGTTTAGTAAA--TAGAATTATTTTT
* * * ** * * * * * * *
6830 AAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATCAACAATTGTTTTA--TGACA-AAA
377 TAAA-T-CTCTTATTAAATTTTG-A-AATATT-AATAAATTAA-TATTATTTTATTTGA-ATAAG
*** * * * * ** * * * * * *
6892 C-AAAATG-TCATAAA-AA---TTTGA-AAC-AAATGATAGTTCA-AATGGATATGACTATTTGA
435 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CGATTTGA--AATAGA
* * * * **
6948 -ACTTATT-AGAT--TAAT-A-GATTT--A-TT-TTTCAA
497 TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GG
*** * * * * *
6978 TCTCCA-ACTTATTAATTTTTAGAA--TATTAATAAATTAGTATTATTT--TAT-TTCAAATAAA
1 TAAACAGA--T-TTATTTTTTA-AATCTCTTACT-TATTA--ATT-TTTGAAATATT--AAT-AA
* * ** ** * * * ** * * ** *
7037 ATT-GTATGAGTAGA-AAC-AAT-TG-TTTTATG-ACA-AAACAAAAG-ATTATAACAATTTGAA
55 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* ** * * * * * * ***
7094 A--TAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-CTC-TCAGTA-AACAAATTTATTT
120 AGGT-CATAACGATTTGAAATAG--ATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAAA-TTATTT
*** ** ** ** *
7153 TTTAAAT-CTTTTATTTAAT-AA--T-TT--TT-GGAA-TTTT--A-A-T---AAATTAGTATAA
180 AGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** *
7202 TTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAT
245 TTTTATT-CAAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAC
* * * * * *
7267 GATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACCT-GTTTAG-AAA-A-CATAT
308 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTTTAGTAAATAGAAT-T
* * * **
7328 ATATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAA
371 AT-TTTTTAAA--TCT-CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TGAA
* * * * * * *
7393 TAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATA
431 TAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * *
7457 GATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGA
495 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * * * **
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * * *
7563 TTTATTTCAAATAA-ACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAAT
66 TTTATTTCGAATAAGA-TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
7627 GATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTT-GAAAAATATATTTA
130 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTTAG-CAAATAGATTTA
* * *
7691 TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAAT
194 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAAT
* * * * * *
7756 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTAACAACAATTTGAAATAAA
257 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAA
** * * * * *
7821 TAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
321 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC---
* * *
7886 TGCTTATT-AATTGTCT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGA
383 T-CTTATTAAATT-T-TGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGA
* ** * * * *
7949 ATAGAAAA-AATCATTTTACGACAAAACAAATA-GTTAT-A-GTAGTTTCAAATAGATAAATTGT
444 ACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACG-A-TTTGAAATAGAT-AATTAT
* * * **
8010 TGAAATAGGT-ATAATTATTTAAACTTGTTCAG
504 TCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *
8042 TAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATTTTTTG-AATATTAGTAACTTAATATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * *
8104 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTTCGAATAAGATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
* * * ** * * * *
8168 TGATTTGAAAGAGAT-ATGTATTCAAATAATCACGACTATTTG--ATCTAGTTCGATAAATATAT
129 CGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-TATTTAG-CAAATAGAT
* * * * * * * *
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191 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-A
* * ** * * * *
8295 AACAAGCTTGTATGAATAAAAACTGTTATTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAAG
254 AATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAAT
* * * * * * *
8359 AAATAATTGCTCAAATTGTCATTACTATTTGAAGTGG-TTCGATAAACAGATTTATTTCTTTAAA
318 AAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGAATTATTT-TTTAAA
* * * ** * * * * * *
8423 CCTCTTATTAATTTTTG-AATCTTCGTAGATTAGTATT-TTTT-TTTCAAACAAACTTATATGAA
381 TCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * *
8485 TAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAAC
445 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * **
8550 ATTCATAATTATTTGAACTAT-TTAAG
510 AGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGG
* * * * * * *
8576 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTA
* * * *
8640 TTTTA-TTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGAAAAAATAAAA-G---T--
65 TTTTATTTC-GAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAA
* * * * ** * * *
8697 -GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA-TTGGAATTAGTTCGGGAAAAAAATTT
129 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTTAGCAAATAGATTT
* * * * **
8760 ATTTTTTAAATCTCTTAGTTCTTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTGAAT
193 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAT
* * * * * * * ** * * ** * *
8825 AAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATCATAGAACACAATGTTAGAATGATTTGAAGTATA
257 AAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAA
* * * * * ** * *
8890 CAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTT-GATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTT
321 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG-TAAATAGAATTATTTTTTAAATC--
* * *
8954 ATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
383 -T-CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
9000 CTGATGGCCA
Statistics
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GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTATTA
AATTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT
GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTGTTTGG
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Alignment explanation
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720 AGGTTTGAAC
* * ** * ** * *
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* ** * **
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* ** * * * * *
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* * * ** * * **
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* * * * *
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* * * * * ** *
1082 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * * * **
1147 TTTTTAAT-TTCTTATTAATT-T-AGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAG
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* * ** * * * *
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* * * * * * * *
1259 CTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTAAACTTGCTTAGCAAATAGATTT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTT
* ** ** * * * * *
1324 ATTTTTTAAATCT-CTTTCTAATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTCATTCTGA
62 ATTTTTTAAATCTAC--T-T-ATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAATC-AA
*
1388 ATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAG-TCA-AAACG
122 ATAA-ATTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGATCATAAA-G
* * * * * * ** * *
1443 ATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-ATGAATTCAGTAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTTGGTAAATAGATTTA
* * * *
1507 TTTTTTAAATCT-CTTATTTATTAGTTAAAAT-ATTATGAAATTAGTATTA-TTTAATCCAAATA
63 TTTTTTAAATCTACTTATTAATTA-TCAAAATAATAAT-AAATTAGTTTTATTTTAAT-CAAATA
* ** * ** * *
1569 AGCTTGTACAAACA-AAATAATTGTTTTACAAC-AAAAGAAGATGTCATAACG
125 A-ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGA--TCATAAAG
** * * * *
1620 ATTTGAAATAGATAATCACTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAATTAGATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAAT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTAT
* ** ** * * * ** * *
1684 TTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTT-TTGAAATATTATTAAATTTGCATTATTTTATTCGAATG
64 TTTTTAA--ATC-TACTTATTAA-TTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAATCAAAT-
* * * * * * * *
1748 AAATAGTATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATG
124 AAATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * * * * * * *
1800 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATAAAAACTATTTGAAATTATTTGGCAAGTAGATTTACT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* ** * * * * *
1865 TTTTAAATCT-CTTACTAATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAATTTATTCAAACAAA
65 TTTTAAATCTACTTATTAATT-A--TCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAATCAAATAAA
* * * * * **
1929 CTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAATAATAACT
127 -TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * * * * *
1979 ATTTGAAATACATAATTGTGCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTTGTAAATAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * ** * * * * *
2044 TTTTAAATC-CCTTATAAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTTTATTCTGAATAAGC
65 TTTTAAATCTACTTAT-TAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAATC-AAATAA-A
* * * * *
2107 TTGTATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACA-
127 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAA-AG
* * * * * * **
2156 ATTTGAAATA-AGTAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGATCGACAAAT-GAATTTA
1 ATTTGAAATAGA-TAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAG-ATTTA
* * * * * * * * *
2219 TTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTA-TTATTGTTTTATTCTGAA
63 TTTTTTAAATC---TACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTT-TTATTTTAATC-AAA
* * * * * * * * * *
2283 TAAGCTTGTATGAGCA-AAAAAAATGTTTTATGATAGAATAAAGGTTATAAAA
123 TAA-ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAAG
* *** * *
2335 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAATTGGTTTAACAAATTGATTTGT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTAT
* * ** * * * * *
2399 TTTTTAAAT-TTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAGAA-AAGC
64 TTTTTAAATCTACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAATCA-AATAA-A
** * * * *
2462 TTGTATG--TTGAAACAATT-TTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATG
127 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * * * * * * * * *
2508 AATTTAAAATAAATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAA-TTGATTCGATAAACT-GATTT
1 -ATTTGAAATAGATA-ATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAA-TAGATTT
* * ** * * * * ***
2571 A-TTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGA
62 ATTTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTA-ATCAAA
* * * ** * *
2635 TAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAGTGGTCATAACG
123 TAA-ATTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * *
2689 ATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
** * * *** ** * * **
2754 TTCTCCAATCTCATGCCTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TT-TTAAATCT-A--CTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTA-ATCAAATA
** * * * ** *
2819 AACTTGTATGAATTGAAATAATTATTATAT-A-ACTAAAAAGGTCA-AAATG
125 AA-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAA-G
* * * * * *
2868 ATTTGAAATAGATAACTATTCTACTAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTAT
* * * * * * ** *
2932 TTTTTAAATCT-CTTATTAATT-TTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGC
64 TTTTTAAATCTACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTA-TTTTAATCAAATAA-A
* * * * * *
2995 TTATATGATCAAAAACAATTATTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATG
127 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAA-AAAGATCATAAAG
* * * * * * * **** * * * *
3045 ATTTGAGATTGATATTTATTCAAATAGTCACAACTATTTGAAGTGGTTCAAAAAACAGCTTCAGT
1 ATTTGAAATAGATA-ATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * ** * * * * *
3110 TTTTAAATCTCTTGCTTATTACTT-TTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCAGATAA
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* * * ** * *
3174 GGTTTTATGTACTTAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACG
126 -ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * * * *
3225 ACTTT-AAACATATAATTATTCAAATAGTCA-AATCCATTTCAACTTGTTTGGCAAATAGATTTA
1 A-TTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTA
* * * * * ** * * * * **
3288 TTTTTTTAAAATGTATTGCTCATTACTTTTTC-GAATGTTAAAAAATTAATATTATTTTATTTTG
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* * * *
3352 AATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAAG-TTA-AAACG
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* * * * * * ** *
3408 ATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTTTGACAAATACATTTATT
1 ATTTGAAATAGAT-AATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* *** * * * *
3473 TTTTAAATTTCTTACTTACTAACTT-TTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
65 TTTTAAA--TC-TACTTATTAA-TTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAAT-CAAATA
* * *
3537 AGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTGTTTTTTGACAAAATAAAGATCATAAAG
125 A-ATTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAAG
* *
3588 ATTTGAGATAGATAAGTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-TTGTTTTGGTAAATAGATTT-T
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTAT
* ** * * * * **
3651 GTTTTTAAATCT-CTTTTTAATTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTATTTTATTTTGAATAAT
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* * * * * * * * *
3715 TTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAACAATG-TCATTATG
126 ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAAG
* * * *
3763 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAAT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * *
3828 TTTTAAATCTCAAACTTATTAATTTTTAGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAA
65 TTTTAAATCT---ACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTA-ATCAAAT-A
* * *
3893 AATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACG
125 AATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * *
3944 ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * *** ** * * * *
4009 TTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATGTCAAAAAA
65 TTTTAAATC---TACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTA-ATCAAATAA
* ** * * * *
4074 AGGTTTTACAAATAGAAATAATTGGTTTATGACCAAAAAAAAGGTCATAACA-
126 A--TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAAGATCATAA-AG
* * * **** *
4126 AATTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* ** * *** * * *** * *
4191 TTTTAAAATTTTACTTATTGGTTTTTGGACTATTAATAAAGTTA-AAATATTTTATTTGAAATAA
65 TTTT-AAA-TCTACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAA-TTAGTTTTATTTTA-ATCAAATAA
* * * * * * *
4255 GCTTGCATAAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTTATAATG
126 -ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAAGATCATAAAG
* * * * * * * * *
4307 TTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAGCTATTTGAACTTATTCGGTAAACATATATT-T
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGAT-TTAT
* * * * *** * * * *
4371 TATTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATA
64 TTTTTAA--ATC-TACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTA-ATCAAATA
* * * * * *
4436 AGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTTTTATTG-CAAAAGAAAAGGTCATAATG
125 A-ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTA-TGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * * ** *
4488 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAGTAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * * * * *
4553 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTACAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
65 TTTTAAATC---TACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAAT-CAAATAA
* * * * *
4618 ACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACA-
126 A-TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAA-AG
* * * * * * *
4669 AGTTGAAATAAATAAT-TACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATGT--TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTAT
* ** * * * * *
4733 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAAT
64 TTTTTAAATC---TACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAA-TTAGTTTTATTTTA-ATCAAAT
* * * * * * * * ***
4797 AAGCTTGGATGAACAG-AA-ATTTTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCT
124 AA-ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * * * * *
4847 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT--T-ATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCAT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAGATTTAT
* *** * * * * **
4908 TTTTTAAATCT-CTTTATTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
64 TTTTTAAATCTAC----TTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTA-ATCAAAT
* * ** * * *
4972 AAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACG
124 AA-ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGA-TCATAAAG
* * * ** * *** *
5025 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATAAATATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
** * * * * *
5090 TTAAAAATTTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAA
65 TTTTAAA--TCT-ACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAAT-CAAATAA
* * * * *
5155 GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAGAACAAAAAG-TCATAACG
126 -ATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-AAAAAGATCATAAAG
* * * * *
5206 ATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* ** * * * * * *
5270 TTTTAAATC-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTA-TTATTACTTTATTC---TGAA--
65 TTTTAAATCTACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTT-TTATTTTAATCAAATAAATT
* * ** * * * *
5328 -CA--AAC-CAAATGATTAG--GTA-AACAAAACAAAAGGTCATAATG
129 GTATGAACAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * * * * *
5369 ATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* * * ** * * *
5434 TTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATA
65 TTTT-AA-ATC-TACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATT-AGTTTTATTTTAAT-CAAATA
** * *** * * *
5498 GGCTAGTATGAATTCAAACAAACCTCTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACG
125 -AATTGTATGAACAGAAAC-AA-TTGTTTTATGACAAAA-AAAAGATCATAAAG
* * ** * * * * * * *
5551 ATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTGAACTGGCTCGGCAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATT
* *** *** **
5616 TTTTAATTCT-CTTAGTT-ATTA--ACTTTTGGAAT--ATTA-TTAGA-TTT--TCAAATAAACT
65 TTTTAAATCTACTTA-TTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAATCAAATAAA-T
* * * * * * **
5671 TGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAACT
128 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAA-AAAAAGATCATAAAG
** ** * * *
5719 ATTTGATGTTTACAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAATAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAATAGATTTAT
* ** * * * **
5783 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATA
64 TTTTTAAA--TC-TACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTA-ATCAAATA
* * * *
5848 AGCTTGTATGAACTA-AAATC-ATTTTTTTATGATAAAACAAAA-AGTCATAACG
125 A-ATTGTATGAAC-AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-AAAAGA-TCATAAAG
*
5900 ATTTGAAATATATAAT
1 ATTTGAAATAGATAAT
5916 TGTTTTGAAC
Statistics
Matches: 3857, Mismatches: 878, Indels: 550
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 7 0.00
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165 8 0.00
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167 19 0.00
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185 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
ATTTGAAATAGATAATGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTT
TTTAAATCTACTTATTAATTATCAAAATAATAATAAATTAGTTTTATTTTAATCAAATAAATTGT
ATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAAGATCATAAAG
Found at i:4870 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 4849--4887 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
4839 GTTATGCTAT
4849 TTCAAATAGATAATTA
1 TTCAAATAGATAATTA
*
4865 TTCAAAT-TATAATTA
1 TTCAAATAGATAATTA
*
4880 TTTAAATA
1 TTCAAATA
4888 TGTTTAGTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (16 bp):
TTCAAATAGATAATTA
Found at i:6162 original size:169 final size:164
Alignment explanation
Indices: 5768--6255 Score: 470
Period size: 164 Copynumber: 3.0 Consensus size: 164
5758 GAATTAGTTT
* * * *
5768 GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTTTT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
5833 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAATCATTTTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAA
66 ATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAA
* * ** *
5898 CGATTTGAAATATATAATTGTTTTGAACCACTTC
131 CAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAACAACTTC
* * * * * *
5932 AGCAAATAGATTTATTTCTTAAATCT-CTCAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
5996 TATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAAGTGAAATAATTATTTTATAATAGAGC-AAAAGTTTC-
65 TATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAG--TCA
*
6059 TAACAATTTGAATTAGATAATTG-TTCAAACAGGAACTGGTTC
128 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAAC---AAC---TTC
* * *
6101 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCTACTTATAAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * **
6166 ATTTTATT-TCAAATAGGCATGTATG-A-TAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCAT
66 ATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAACT-AAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCAT
*
6228 AACAATTTGAAATAAATAATTG-TTCAAA
129 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAA
6256 TGGCCATAAT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 49, Indels: 24
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 11 0.04
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170 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (164 bp):
GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTATTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAA
CAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAAACAACTTC
Found at i:6630 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6112--6633 Score: 484
Period size: 179 Copynumber: 2.9 Consensus size: 180
6102 GTAAATAGAT
* * * *
6112 TTATTTTTTAAATTTCCT-ACTTATAAATATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTATTTTGTAAATCT-CTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * *
6176 AAATAGGCATGTATG-ATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TTTCATAACAATTTGAA
65 AAATAAGCATATATGAAT-GAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAA
* * * * ** *
6239 ATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACCAATTAGATAAATTGAC
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTAGATAAATCAAA
* *
6292 TTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCA
1 TTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * * * * *** *
6357 AATAAGCTTTTATTAATTGGAATAATGGTTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAA
66 AATAAGCATATATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAA
* * *** *
6421 TAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTGTTCGATAAA-CAAA
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTAGATAAATCAAA
* * * * * *
6472 TT-TTTTTTTAATTTCTTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 TTATTTTGTAAATCTCTAACT-TATCAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
6534 CAAATAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACAATTTGGA
64 CAAATAAGCATATATGAA-TGAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
** *
6599 ATAGATAATTGTTCTTATAGTCTTAACTATTTGAA
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
6634 TTGGTTTGTC
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 63, Indels: 17
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 127 0.47
180 71 0.26
181 70 0.26
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCATATATGAATGAAAAAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAATTAGATAAATCAAA
Found at i:8239 original size:541 final size:537
Alignment explanation
Indices: 6760--8999 Score: 1874
Period size: 541 Copynumber: 4.2 Consensus size: 537
6750 AAAACAAAGA
* ** * * *
6760 TCATAATAATTTGAA-TTGGTTCAATAAACAGA-TTAGTTTTTGAATCTCTTA-TTA--AATTTT
1 TCATAATTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * ** ** * * * *
6820 GAAATATGAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAAT-CAACAATTGTTTTA
65 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTCTATGAATAAAAAAATTATTTTA
* * * ** * * * * * * *
6884 TGACAAAACAAAATGTCATAAAAATTTGAAACAAAT-GATAGTTCAAATGGAT-ATGACTATTTG
130 CGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAAATTGTTCAAATAG-TCATAATTATTTG
* * * * *
6947 AACTTATT-AGATTAATAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
194 AACTT-TTCAG-TAAACA-ATTCATTTTTTAAATCTCTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * *
7010 AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
255 AATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * *
7075 AAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-CTCTC-AG
320 AAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCGA-
* * * * * *
7138 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAAT
383 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
7203 TTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAACAAAAACAATTGA-TTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAT
447 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAAC
* * *
7267 GATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAG
510 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * *
7295 TTATAATTATTTGAACCTGTTTAGA-AAACATATATA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
1 TCATAATTATTTGAACTTGTTT-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * **
7357 TGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGC-ATGAACATAACCAATTAT
65 T-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTT-CTATGAATA-AAAAAATTAT
* * * *
7420 TTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGAT-AATTGTTCAGATAGTCATAACTA
126 TTTA-CGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * * * * * *
7483 TTTGAACATATTC-GATAAATAAATTCATTTTTTAATTTTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATT
190 TTTGAAC-TTTTCAG-TAAA-CAATTCATTTTTTAAATCTC-TAATTATTAATTTTTAGAATATT
* *** * * *
7547 TATAAATCGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTATAAA
251 AATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
7612 ACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTT
316 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC
* * * *
7677 GAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT
381 GATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* *
7742 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTAACAA
445 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAA
7807 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
509 CAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
** * * *
7836 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTC
1 TCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-
* *
7901 TT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAATAGAAAAAATCATTT
64 TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTCTATGAATA-AAAAAATTATTT
* * * *
7965 TACGACAAAACAAATA-GTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATAGGT-ATAATTA
128 TACGACAAAACAAA-AGGTAATAATGA-TTTGAAATAGATAAATTGTTCAAATA-GTCATAATTA
* * *
8027 TTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTCATTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTTTGAATATTAGT
190 TTTGAACTT-TTCAGTAAACAATTCATTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* ** * * * *
8092 AACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTTATGACAAAACA
254 AAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * ** *
8157 AAAGGTCATAATGATTTGAAAGAGAT-ATGTATTCAAATAATCACGACTATTTGATCTAGTTCGA
319 AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA
* * * *
8221 TAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTGATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
383 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * ** * *
8286 TTTA-ATCTGAACAAGCTTGTATGAATAAAAACTGTTATTTTATAACAAAAAAAAAGTCATAACA
447 TTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACA
* * *
8350 ATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATTG
511 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
8377 TCATTACTATTTGAAGTGGTTCGATAAACAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-CTTATTAATTTT
1 TCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * ** * * * * * * *
8438 TGAATCTTCGTAGATTAGTATT-TTTT-TTTCAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTT
65 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTCTATGAATAAAAA-AATTATTTT
* ** * * *
8501 ATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGA-AAATTATTCAAACATTCATAATTATTTG
129 ACGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* * * *
8565 AACTATTTAAGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTTTTACA-TATTAATTTCTAAAATATTAAT
194 AACT-TTTCAGTAAAC--AATTCATTTTTTAAATC-TCTA-ATTATTAATTTTTAGAATATTAAT
* * * *
8628 AAATTCATTTTATTTTA-TTCTGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGA-AAAA
254 AAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTA-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
8689 -ATAA----A-AGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTGGAATTAGTTCG
317 CAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG
** * * * * * *
8748 GGAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTCTTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTA
382 ATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * * *
8813 TTTTATTT-GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATCATAGAACACAATGTTAGAAT
446 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAAGTCATAAC
* * * * *
8877 GATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAG
510 AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
8905 TTATAATTATTTAAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATACTTATTAAATTTT
1 TCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTT
*
8970 TAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
65 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
9000 CTGATGGCCA
Statistics
Matches: 1376, Mismatches: 266, Indels: 127
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
527 41 0.03
528 152 0.11
529 4 0.00
530 1 0.00
531 6 0.00
532 22 0.02
533 8 0.01
534 49 0.04
535 114 0.08
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545 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
TCATAATTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTCTATGAATAAAAAAATTATTTTAC
GACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
CTTTTCAGTAAACAATTCATTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA
TATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT
ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAATAAA
TTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAATAG
Found at i:8391 original size:722 final size:715
Alignment explanation
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6804 TCTCTTATTA
* * * ** *
6814 AATTTTGAAATATGAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATCAACAA-TT
1 AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAAT-AAAAACTT
* * * * * *
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65 ATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAG-TCATGACT
* * * * *
6942 ATTTGAACTTATTAGATTAATAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATT
129 ATTTGAACTTGTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTGA-AATATT
* * *
7006 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAGTAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
192 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * *
7071 ACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTCTC
257 ACAAAAG-TAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTATTTA
* * *
7136 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTT-TTGGAATTTTAATAAATTAGTAT
321 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTT--AATATTAATAAATTAGTAT
* ** * * * * * *
7200 AATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAACA-AAAACAATTGATTTATGACAAAGCAAAAGGTCAT
384 TATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAATAGAAAA-AATTCATTTACGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
7264 AATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACCTGTTTAGAAAACATATA
448 AATGATTTCAAATAGATAATTCTTCAAATAGGTATAATTATTTAAACCTGTTCAGAAAACATATA
* * * *
7329 TATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAAT
513 TATTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAAT
* * * *
7394 AAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGGAAAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGA
578 AAGCTTACATGAACATAAACAATTATTTTATGGAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAGAGA
* * * * *
7459 TAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTTTCT
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7524 TACTCATT
708 TACTCATT
* * ** * *
7532 AATTTTTGGAATATTTATAAATCGGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACTTATATGAATTGAAACA
1 AA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAACTTGTATGAA-T-AAA-A
* * * * * ** * * *
7596 A-TTATTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATG
61 ACTTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATG
* * * * *
7660 ACCATTTGAACTTGTTTGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAAT
126 ACTATTTGAACTTGTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATT-TTGAAAT
* * * *
7725 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
189 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
7790 AAAACAAAGAGTAACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACT-T
254 AAAACAAA-AGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAT
** * *
7854 GTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTAG
318 -TTAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TCTTAATATTAATAAATTAG
7919 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAATAGAAAAAA-TCATTTTACGACAAAACAAATA-G
381 TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAATAGAAAAAATTCA-TTTACGACAAAACAAA-AGG
* * * * * *
7982 TTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATAGGTATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAA
444 TCATAATGA-TTTCAAATAGAT-AATTCTTCAAATAGGTATAATTATTTAAACCTGTTCAGAAAA
* *
8046 CA-AT-TCATTTTTTAAATCTCTAATTATTAATTTTTTG-AATATTAGTAACTTAATATTATTTT
507 CATATAT-A-TTTTTAAATCTCTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
*** * * * *
8108 ATTTTGAATAAGCTTATATGAAC-TGAAATAATTTTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGA
569 ATTCAAAATAAGCTTACATGAACAT-AAACAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGA
* * * *
8171 TTTGAAAGAGAT-ATGTATTCAAATAATCACGACTATTTGATC-TAGTTCGATAAATATATTTAT
632 TTTGAAAGAGATAAT-TATTCAAATAATCACAACTATTTGAACATA-TTCGATAAATAAATTCAT
* *
8234 TTTTAAAATTTT-TTAGTGATT
695 TTTT-AAATTTTCTTACTCATT
* * *
8255 AATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATGAATAAAAACTG
1 AATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAAC--
* * * * *
8320 TTATTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATTGTCATTAC
63 TTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATGAC
* * * * *
8384 TATTTGAAGTGGTTCGATAAACAGATTTATTTCTTTAAA-C-CT-CTTATTAATTTTTG-AATCT
128 TATTTGAACTTGTTAGATAAATAGATTTATTT-TTTAAATCTCTACTTATTAA-TTTTGAAATAT
** * * * *
8445 TCGTAGATTAGTATT-TTTT-TTTCAAACAAACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGACAA
191 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
** ** * * *
8508 AACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGAA-AATTATTCAAACATTCATAATTATTTGAACTATT
256 AACAAAA-GTAATAACAATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTATT
* * *
8572 TAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-T
319 TAAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCT-TAATATTAATAAATT-AGT
* ** *
8636 TTTATTTTATTCTG-AATAAGCTAGTATGAATTGAAAAA
382 ATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTCTATGAATAGAAAAA
8674 TTGTTTTATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (715 bp):
AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAACTTGTATGAATAAAAACTTA
TTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATGACTAT
TTGAACTTGTTAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTATTTAAGTAA
ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTCTTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTTGAAATAAGCTTCTATGAATAGAAAAAATTCATTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
CAAATAGATAATTCTTCAAATAGGTATAATTATTTAAACCTGTTCAGAAAACATATATATTTTTA
AATCTCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTAC
ATGAACATAAACAATTATTTTATGGAAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAAGAGATAATTATT
CAAATAATCACAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTAAATTTTCTTACTCATT
Found at i:8989 original size:180 final size:179
Alignment explanation
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6797 TTTTGAATCT
* * * * **
6807 CTTATTAAATTTTGAAATATGAAAAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATC-
1 CTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAA-CA
* * ** * * * *
6871 --AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAAAATTTGAAACAAATGA-TAGTTCAAATG
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATA
* * * * * * ***
6933 GAT-ATGACTATTTGAACTTATTAGATTAATAGATTTA-TTTTTCAATCTCCAA
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** ** *
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1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAA
** *
7050 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
7114 TCATAACTATTTAAAC-TCTCTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
128 TCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
7166 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
7231 AAACAATTGATTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
7296 TATAATTATTTGAACCTGTTTAGA-AAACATATATA-TTTTTAAAT-TTTTA
129 CATAACTATTTGAACTTATTT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
7345 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * *
7409 TAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATA
63 AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * *
7473 GTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTT-AATTTTCTTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
* * * ** * * ***
7526 CTCATTAATTTTTGGAATATTTATAAATCGGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATTG
1 CTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * *
7591 AAACAATTATTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * *
7656 CATGACCATTTGAACTTGTTTGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
7707 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * ** * *
7772 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTAACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * * * *
7837 CATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *
7888 CTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTCTATGAATA
1 CTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACA
** * * * * * *
7952 GAAAA-AATCATTTTACGACAAAACAAATAGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAA
63 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGA-TTTGAAATAGAT-AATTATTCAAA
* * * * * *
8015 TAGGT-ATAATTATTTAAACTT-GTTCAGTAAAC-AATTCATTTTTTAAATC-TCTA
125 TA-GTCATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * **
8068 ATTATTAATTTTTTGAATATTAGTAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * *
8133 AAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAGAGAT-ATGTATTCAAATAA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAG
** * * * * * *
8197 TCACGACTATTTGATC-TAGTTCGATAAATATATTTATTTTTAAAATTTTTTA
128 TCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
8249 GTGATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAACAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAACAA
** * * * ** * * ** *
8314 AAACTGTTATTTTATAACAAAA-AAAAAGTCATAACAATTTGAAAGAAATAATTGCTCAAATTGT
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * *
8378 CATTACTATTTGAAGTGGTTCGATAAACAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-
129 CATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTA
* * ** * * * * *
8426 CTTATTAATTTTTGAATCTTCGTAGATTAGTATT-TTTT-TTTCAAACAAACTTATATGAATAAA
1 CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * ** * * *
8489 AACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCGTAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAACATTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * *
8554 ATAATTATTTGAAC-TATTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTTTTA
130 ATAACTATTTGAACTTATTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * **
8604 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACA
* * *
8668 GAAA-AATTGTTTTATGA-AAAA-ATAAAAG------TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
63 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * ** * *
8724 GTCTTAACTATTGGAA-TTAGTTCGGGAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
127 GTCATAACTATTTGAACTTA-TTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * *
8777 GTTCTTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTGAATAAACTTGTATGAACAAA
1 CTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * * * * * * * *
8842 AATAATTGTTTTATCATAGAACACAATGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
8907 ATAATTATTTAAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATA
130 ATAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
*
8957 CTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 CTTATT-AATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
9000 CTGATGGCCA
Statistics
Matches: 1594, Mismatches: 345, Indels: 150
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 22 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
CTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:9013 original size:102 final size:101
Alignment explanation
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Period size: 102 Copynumber: 1.9 Consensus size: 101
8897 TCAAATAGTT
* * * *
8907 ATAATTATTTAAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATC-TTATACTTATTAAATTTTT
1 ATAATTATTTAAACTAATTTGATAAACAGATTTATTTGTTAAATCACT-TACTTATT-AATTTTC
8971 A-AAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCC
64 AGAAGATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCC
* * * *
9009 ATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAG
1 ATAATTATTTAAACTAATTTGATAAACAGATTTATTTGTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAG
*
9074 AATATTAATAATTAGTATTATTT
66 AAGATTAATAATTAGTATTATTT
9097 AATTTTGAAC
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 9, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (101 bp):
ATAATTATTTAAACTAATTTGATAAACAGATTTATTTGTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAG
AAGATTAATAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCC
Found at i:9260 original size:180 final size:181
Alignment explanation
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9022 CTAATTTGGT
* * *
9032 AAACGGATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
9096 TAATTTTGAACAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGA
66 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
* * * *
9161 TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGCTTCGAC
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* * *
9212 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * * * * *
9277 TTATTCTGAATATGCTTATATGAACTGAAA-AATTATTTTATAATAAAATAACAGGTTACAAAGA
66 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
* * *
9341 TTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG---GAACTA---ATACAG--T----
131 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGCTTCGAC
* ** *
9379 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * **
9443 TTATTCTGAATAGGCTTATATG--ATGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAAC-AAAAGTTTGTAA
66 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATG-AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA
* ** * ** * * * * *
9504 TGATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-AGGCAATAGTTATTTGAATTGATTTGAT
128 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTAAACTGCTTCGAC
** * * * * *
9558 AAATTGACTTATTTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * *
9622 TTTATT-TCAGATAAACTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATT
65 TTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
* * * * * *
9685 TATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTAC-TCTG-T
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGCTTC-GAC
* * * *
9738 AAACAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 AAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * *
9802 TTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATA
64 TTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * *
9866 ACGATTTAAAATAGATAATTGCTT-TAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTC-AGC
127 ATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGCTTCGA-C
* * * * * *
9921 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGGATATTATTAATTTAGCAATATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* ** * * *
9986 TTACTCCAAATGAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCTTAATG
66 TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATG
10049 ATTT
130 ATTT
10053 AAACTGGTTC
Statistics
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0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
164 2 0.00
165 6 0.01
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170 3 0.00
171 1 0.00
173 6 0.01
175 1 0.00
176 3 0.00
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182 94 0.14
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184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGCTTCGAC
Found at i:9268 original size:282 final size:282
Alignment explanation
Indices: 8756--9285 Score: 683
Period size: 282 Copynumber: 1.9 Consensus size: 282
8746 CGGGAAAAAA
* * * * * *
8756 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTCTTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATATATTAGTATTATTTAATTT
* * * * * * * *
8821 GAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATCATAGAACACAATGTTAGAATGATTTGAAG
66 GAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAA
* * * * *
8886 TATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTTATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAAT
131 TAGACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTCGACAAACAGATTTATTTGTTAAAT
8951 CTTATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCCATAATTA
196 CTTATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCCATAATTA
9016 TTTGAACTAATTTGGTAAACGG
261 TTTGAACTAATTTGGTAAACGG
9038 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATA-ATTAGTATTATTTAATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATATATTAGTATTATTTAA-TT
* * * * *
9102 TGAACAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGA
65 TGAACAAACTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGA
* * * * * *
9166 AATAGATAATTGTTCATATAGTCT-TAATTGTTTAAACTGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTTA
129 AATAGACAATTATTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTCGACAAACAGATTTATTTGTTA
* * *
9230 AATCTCT-TAGTTATT-AATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
193 AATCT-TATACTTATTAAATTTTT-AAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
9286 ATATGCTTAT
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 33, Indels: 10
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
281 22 0.10
282 186 0.89
283 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (282 bp):
ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATATATTAGTATTATTTAATTT
GAACAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTCAGAATGATTTGAAA
TAGACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTCGACAAACAGATTTATTTGTTAAAT
CTTATACTTATTAAATTTTTAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGATGGCCATAATTA
TTTGAACTAATTTGGTAAACGG
Found at i:9701 original size:346 final size:345
Alignment explanation
Indices: 9037--9679 Score: 767
Period size: 346 Copynumber: 1.9 Consensus size: 345
9027 TTGGTAAACG
** *
9037 GATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAATTAGTATTATTTAATTT
1 GATTTATTTTTTAAATCACTTACAAATTAATTTTCAGAATATTAATAATTAGTATTATTTAATTC
*
9102 TGAACAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAA
66 TGAACAAGCTTATATG-AATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
9167 ATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTAAACTGCTTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAA
130 ATAGATAATTATT-ATAAAGGCATAATTATTTAAACTGATTCGACAAACAGACTTATTTTTTAAA
* * * * * * **
9232 TCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATA
194 TCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCAGAATAAACTTATA
* *
9297 TGAACTGAAAAATTATTTTATAATAAAATAACAGGTTACAAAGATTTGAAATAGATAATGTTCAA
259 TGAACTGAAAAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTACAAAGATTTGAAATAGATAATGTTCAA
9362 ATAGGAACTAATACAGTAAATA
324 ATAGGAACTAATACAGTAAATA
* * * *
9384 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACAAATTACTTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 GATTTATTTTTTAAATCACTTACAAATTAATTTTCAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATT
* * * **
9448 CTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAA-CAAAAGTTTGTAATGATTT
65 CTGAACAAGCTTATATGAATG-AAAC-AATTGTTTTATGACAAAATAAAAAG-TCATAATGATTT
* * * * * **
9510 GAAATAGATAATTATT-TGAAAGGCAATAGTTATTTGAATTGATTTGATAAATTGACTTATTTTT
127 GAAATAGATAATTATTAT-AAAGGC-ATAATTATTTAAACTGATTCGACAAACAGACTTATTTTT
* * *
9574 TAAATTTCTAACTTATCAATTTTTGAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAG-ATAAAC
190 TAAATCTCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCAGAATAAAC
* * *
9638 TTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT
254 TTATATGAACTGAAA-AATTATTTTATAATAAAACAAAAGGT
9680 ATATTTATTT
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 43, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
344 1 0.00
345 12 0.05
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347 100 0.41
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (345 bp):
GATTTATTTTTTAAATCACTTACAAATTAATTTTCAGAATATTAATAATTAGTATTATTTAATTC
TGAACAAGCTTATATGAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
TAGATAATTATTATAAAGGCATAATTATTTAAACTGATTCGACAAACAGACTTATTTTTTAAATC
TCTAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCAGAATAAACTTATATG
AACTGAAAAATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTTACAAAGATTTGAAATAGATAATGTTCAAAT
AGGAACTAATACAGTAAATA
Found at i:10433 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 10049--12316 Score: 1078
Period size: 181 Copynumber: 12.8 Consensus size: 178
10039 AATCTTAATG
* * * *
10049 ATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * **
10110 AAAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
64 AATAAATTAGTATTATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
10175 ACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGGTGATAGTTCAAAT-GAACATGACT
129 ACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT
** **
10226 ATTTGAACTTGTTTAATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* **
10291 AATATATTAGTATTATTTTGTTTC-AAATAAAATTGTATGAATAG-AACAATTGTTTTATGACAA
64 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* *
10354 AACAAAAGATAATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
128 AACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * *
10406 ATTTAAACTTACTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTAAATAATTTTTGGAATTT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTT-GAATAT
* * * **
10470 TAATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTT-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * * *
10535 AAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAACT
127 AAAC-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
10589 ATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
1 ATTTGAACTTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* * *
10652 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTATCA
63 TAATAAA-TTAGTATTATTTT-TTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGA
* * * *
10714 CAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAGCT
125 CAAAACAAAAG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
10769 ATTTGAACATGTTCGGTAAACATATTCATCTTTTAATTTTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTAT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * * * * ** * * *
10834 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-TGAATAAACTTATATAAATTGAAACAAAGGGTCATAATGAT
64 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTGT-TTTATGAC
** * ** * * * * *
10898 TTAA-AATAG--ATAATTATTTG-AATAG-TCATGATGATTTGAACTTGTTTAGTAAGCAT
126 AAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT--TG--TTCAAATAG-TCA-TAA-C-T
* * * * * * *
10954 ATTT--A-TT-TT---T---TAAA--T-CTTTT-ACT-TATTATTTATTGAAATATT-AATAAAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAT--AT
** * * * *
11003 TAAT--ATTA-T-----TTTAATCTATATAAGCTTATAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATGAAA
63 TAATAAATTAGTATTATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * **
11059 AAACAAAAAGTCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAG
127 AAAC-AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
11112 ATTTGAATTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTATTAA-TTGTGAAT-TT-
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTA
* * * * * * ** *
11173 GT---TT--TA-T-TTTATTT-GAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAAATCATTTTATGACAG
65 ATAAATTAGTATTATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTAT-GA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
11230 AACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATT
128 AACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * * *
11282 ATTT-AGACTTATTTGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTCAATTATT-ATTTTTCAAAATA
1 ATTTGA-ACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT--GAATA
* * ** * * * *
11345 TTAATAACA-TAGTATTACTTTATTTC-GAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATG
62 TTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATG
* * ** * *
11408 ACAAAAGAAAAAATCATAACGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATAACT
124 ACAAAA-CAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * * * * * * ***
11464 ATTAGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATGTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAATATT
** * * * * *
11529 AATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACTATTATTTCATGATAG
64 AATAAATTAGTATTATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACA-
* * * ** *
11594 ATA-AAAAGTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACT
127 AAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
11645 ATTTGAACTGGTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * * * * * * * * * * * * **
11706 AATAGATTAATATTTTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACAACA
64 AATAAATTAGTA-TTATTTTT-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
** * *
11771 AAACAAAAGGTCATAAGGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATT
127 AAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
11824 ATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAA-TTACTTTTTAAATCTCTTGCATATTAATTTTTGAAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACA-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAT
* * * * *
11888 TAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAT-TATGAATTGAAAAAAATTGTTTTTATG
63 TAATAAAT-TAGTATTATTTTTTTCTAAATAAGCT-TGTATGAATAG-AAACAATTG-TTTTATG
* * * *
11951 GCAAAAC--AA---A-AACAATTTAAAATAGATAATTGTT-AATATAGTCTTAACC
124 ACAAAACAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACT
* * ** * * *
12000 ATTTGAACTAGTTTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAATATT
* * * * * * * * *
12065 ATTATATTAGTATTATTCTATTTC-AAA-ACAGCTTGAATGAACAAAAATAATTGTTTTATTATA
64 AATAAATTAGTATTATT-TTTTTCTAAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * ** * * *
12128 GAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACT
127 AAACAAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * ** *
12181 ATTTTAACTAATTTGGTAAACGGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
1 ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATATT
* * * * * *
12246 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTATATG-ATCA-AAACAATTATTATATGACC
64 AATAAATTAGTATTATTTT-TTTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
12308 AAACAAAAG
127 AAACAAAAG
12317 GTAATAATGA
Statistics
Matches: 1584, Mismatches: 369, Indels: 274
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
158 4 0.00
160 11 0.01
161 12 0.01
162 31 0.02
164 11 0.01
165 5 0.00
166 3 0.00
167 3 0.00
168 23 0.01
169 18 0.01
170 104 0.07
171 16 0.01
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173 10 0.01
174 16 0.01
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179 101 0.06
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182 229 0.14
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184 7 0.00
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
ATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTTTTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
Found at i:10765 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 10049--12328 Score: 1607
Period size: 363 Copynumber: 6.4 Consensus size: 360
10039 AATCTTAATG
* * * * *
10049 ATTTAAACTGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTA--AA-TTTTGAAATATTA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * **
10111 AAAAATTAGTATTATTTTATTCTTAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAA
* * * * * ** *
10175 ACAAAATGTCATAACGATTTAAAATAGGTGATAGTTCAAAT-GAACATGACTATTTGAACTTGTT
130 ACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAACTTGTT
* ** *
10239 TA-ATAAACAAATTTATTTCTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATATATTAGT
194 TAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT
* ** * * * *
10302 ATTATTTTGTTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAA
257 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* *
10366 TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
322 TAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * *
10406 ATTTAAACTTACTCGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTAAATAATTTTTGGAATTTT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATT-ATTAATTTTTGAAATATT
*
10471 AATAAATTAGTATTATTTTTATTCTGAATAGGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAA
65 AATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAA
* * * *
10536 AACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGT
129 AAC-AAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGT
* * *
10601 TTAGAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-T
193 TTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGT
** * * *
10664 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTCA
257 ATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* *
10729 TAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAGCT
322 TAATA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * *
10769 ATTTGAACATGTTCGGTAAACATATTCATCTTTT-AATTTTCTTACTCATTAATTTTTGGAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTA-TTATTAATTTTTGAAATAT
* *
10833 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAC--TTAT--AT-------A--AA--T-TG---A
64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAA
* * ** * *
10879 AACAAAGGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATGA-TGATTTGAACTTGT
129 AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACT-ATTTGAACTTGT
* * * * *
10943 TTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATTAAT
193 TTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
11007 ATTATTTTA-ATCTATATAAGCTTATAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAA-AG
257 ATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-
* * * **
11069 TCATAATAATTTAAAATAAAAAATTGTTCAAATAGTCATAAAG
319 TCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * *
11112 ATTTGAATTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTATTAA---TTG-----TGA
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
11169 AT---TT-GTTTTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATAAATATAAAAAAAATCATTTTATGACA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTTTAT-GA-ATAGAAACAATTAATTTATGACA
* * ** * * * *
11229 GAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATAGTTATAATTATTT-AGACTTA
128 AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA-ACTTG
* * * * * * * *
11293 TTTGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTCAATTATT-ATTTTTCAAAATATTAATAACA-TA
192 TTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAA-ATTA
* * ** *** * * * *
11356 GTATTACTTTATTTCGAATAATTTTATATGAATTGAAATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAAAA
255 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
** * *
11421 TCATAACGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATAGTCATAACT
319 TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * ** * * **
11464 ATTAGATCAAGTTTGGTAAATATATTTATTTTAAAAATGTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTATTAATTTTTGAAATATT
* ** * * *
11529 AATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACTATT-ATTTCATGATA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG-AAACAATTAATTT-ATGACA
* *** * * **
11593 GATA-AAAA-GTCATAGCAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC-TG
128 -AAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTG
* * * *
11655 GTTAGATAAATAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAA
192 TTTAGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* ** * * * * * * ** *
11716 TATTTTTTTTTATTTTGAACAAACTTATATAAACAAAAATATTTATTTTACAACAAAACAAAAGG
256 TA--TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* * *
11781 TCATAAGGATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAGTCATAATT
319 TCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
11824 ATTTGAACTGGTTAGGTAAACATAATTACTTTTTAAATCTCTTGCA-TATTAATTTTTGAAATAT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TT-TATTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * ** *
11888 TAATAAATGCA-TTTTATTTTATTCTAAATAAGCTATTATGAATTGAAAAAAATTGTTTTTATGG
64 TAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAG-AAACAATT-AATTTATGA
* *
11952 CAAAACAAAA----A-CA--ATTTAAAATAGATAATTGTT-AATATAGTCT-TAACCATTTGAAC
126 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGT-TATAACTATTTGAAC
* * * * * * * * *
12008 TAGTTTGGCAGATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTATATT
189 TTGTTTAGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * *
12073 AGTATTATTCTATTTCAAA-ACAGCTTGA-ATGAACAAAAATAATTGTTTTATTATAGAACAAAA
254 AGTATTATTTTATTTCAAATA-AGCTT-ATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * *
12136 GGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAACT
317 GATCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * ** * * *
12181 ATTTTAACTAATTTGGTAAACGGATTTATTTTGTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATT
1 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-TTATTAATTTTTGAAATATT
* *
12246 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAACTTATATG-ATCA-AAACAATT-ATTATATGAC
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAATTAATT-TATGAC
* *
12307 CAAACAAAAGGTAATAATGATT
127 AAAACAAAAGGTCATAATGATT
12329 ATTGAAATGG
Statistics
Matches: 1511, Mismatches: 305, Indels: 210
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
329 2 0.00
330 18 0.01
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341 1 0.00
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345 1 0.00
346 2 0.00
347 2 0.00
348 2 0.00
349 2 0.00
350 3 0.00
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365 25 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (360 bp):
ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTAATTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTTA
GAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
TTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
Found at i:10909 original size:162 final size:162
Alignment explanation
Indices: 10716--11015 Score: 376
Period size: 162 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
10706 TTTTATCACA
* * * *
10716 AAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAG-ATAGTCATAGCT-ATTTGAACAT
1 AAACAAAAGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTATT-AGAATAGTCAT-GATGATTTGAACAT
* * *
10779 GTTCGGTAAACATATTCATCTTTT-AATTTTCTTACTCATTAATTT-TTGGAATATTAATAAATT
64 GTTCAGTAAACATATTCATCTTTTAAATCTT-TTACTCATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATT
*
10842 AGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAATTG
127 AATATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAATTG
* * *
10878 AAACAAAGGGTCATAATGA-TTTAAAATAGATAATTATTTGAATAGTCATGATGATTTGAACTTG
1 AAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTATTAGAATAGTCATGATGATTTGAACATG
* * * * *
10942 TTTAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAAT
65 TTCAGTAAACATATTCATCTTTTAAATCTTTTACTCATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAAT
11007 ATTATTTTA
130 ATTATTTTA
11016 ATCTATATAA
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 16, Indels: 10
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
161 7 0.06
162 104 0.89
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ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (162 bp):
AAACAAAAGGTCATAATATTTTAAAATAGATAATTATTAGAATAGTCATGATGATTTGAACATGT
TCAGTAAACATATTCATCTTTTAAATCTTTTACTCATTATTTATTGAAATATTAATAAATTAATA
TTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAATTG
Found at i:23754 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 23718--23756 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
23708 AAATACTACT
*
23718 AAATTAATAGTATTCTAA
1 AAATTAATAGGATTCTAA
23736 AAATTAATAAGGATT-TAA
1 AAATTAAT-AGGATTCTAA
23754 AAA
1 AAA
23757 ATAGATGTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.74
19 5 0.26
ACGTcount: A:0.56, C:0.03, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (18 bp):
AAATTAATAGGATTCTAA
Found at i:24100 original size:186 final size:178
Alignment explanation
Indices: 23244--24839 Score: 712
Period size: 181 Copynumber: 8.9 Consensus size: 178
23234 TTACCGAGTG
* * * * * *
23244 AGTTTAAATTGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTAT-ACTCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGAC-CTTTTGTTTTG
* *** * *
23308 TCATAAAACAATTG-TTT-CTATTCATACAAGTTTA-TTCAGAATATAATAATACTAATTTATTA
63 TCATAAAACAATTGTTTTGC-A-TCATAAAAACCTATTTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTA
* * * * * *
23370 ATGTTCT-AAAAATTAGTAAGTTGAAGA-TTTAAAAAATTAATTTATTTA-CTGAA-C
125 ATATT-TAAAAAATTAATAAG-T-AAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATC
* ** * * ** *
23424 AAGTTCAAATAGTCATGTTTATTTGAACTATTATCTATTTGAAATTGTTATGATATTTTATTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
23489 TCGTAAAACAATTATTTT-TATTCATACAAAA-TTA-TTCATAAA-AAAATAATACTAATTTATT
63 TCATAAAACAATTGTTTTGCA-TCATA-AAAACCTATTTCA-AAATAAAATAATACT-ATTTATT
* * * * * * * *
23550 ACTATTTCAAAAGTTAATAAG--AGA-TTTAAAAACTAAATCTCTTTACCAAATT
124 AATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * * * * * *
23602 AGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACAATTATTTATCTGAAATTGATATGATC-TTTGTTTTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTAT-TTAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
23666 CCTAAAAC-ATT-TATTT-CTATTCAT-AGAAGCT-TGTTCAAAGTAAAATACTACTAAATTAAT
64 CATAAAACAATTGT-TTTGC-A-TCATAAAAACCTAT-TTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATT
* * * * * * * *
23726 AGTATTCT-AAAAATTAATAAG---GA-TTTAAAAAATAGATGTGTCTGT-GAA-C
124 AATATT-TAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * * * * *
23775 AGTTCAAATAGATAAGACTATTAGAATAGTTATCTGTTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATT-GAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * ** *
23840 TATAAAATAATT-ATTT-CAGTTCATATATGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTATCTTATTAA
64 CATAAAACAATTGTTTTGCA--TCATAAAAACCTATTTCAAAATAAAATAATACTAT-TTATTAA
* * *
23902 CATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAAATTAAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-C
126 TATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* *
23955 AAGTTCAAATAGTTATGACTATATGAACAATTATCTATTTAAAACTGTTATGACCTTTTATTTTA
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATCTATTTAAAA-TGTTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
24020 TCATAAAACAATTGTTTTAGCTTTATAAAAATGCT-TTAATCCAAAATAAAATAATATTACTTTA
63 TCATAAAACAATTGTTTT-GCATCATAAAAA-CCTATT--T-CAAAATAAAATAATACTA-TTTA
* * ** *
24084 TTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCAAATC
122 TTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * * * *
24142 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATGTCATGAACTTTTGTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
24207 ATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAACCTATTT-GAAATAAAATAATAGCAATTTATTAATAT
65 ATAAAACAATTGTTTTGCATCATAAAAACCTATTTCAAAATAAAATAATA-CTATTTATTAATAT
* * * * *
24271 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC
129 TTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * * * *
24321 AGTTCAAAAAGTTATGACTATTTAAGCAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTGTGTTCTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTGAA-CAATTATCTATTT-AAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
24386 CATAAAACAATTATTTCTG-TTCGTACAAGA-TTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATGTAATAC
64 CATAAAACAATTGTTT-TGCATCATA-AAAACCTATTTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAA
* * ** * *
24448 TA-TTATGAAAATTAATAACTAAGAGATT--TCAATAAATTTA-TT-T-AAACC
126 TATTTA-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * * *
24496 AGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTTGTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTAT-TGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACC-TTTTGTTTTG
** * ** * * * * *
24561 TTGTAAAACAATT-TTTT-CAGTTCTTAGTAACTTA-TTC-AAACAAAATAAAACAATCTATTAA
63 TCATAAAACAATTGTTTTGCA--TCATAAAAACCTATTTCAAAATAAAATAATACTATTTATTAA
* * * * * * *
24622 TATTT-CAAAA-TAATCAA-CAAGAGATT-TAAAA-AAATTTGTTTGTCGAA-C
126 TATTTAAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
* * * * * * *
24670 TAGTTCAAAAAATTATGACTATTTAAATAATTATCGATTTCATATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTG
* *** * * *
24735 TCATAAAACAAATATATTTTTTTTCA-AATAA-CTTTGCTTCAAAATAAAATAATATTAATTTAT
63 TCATAAAAC-AAT-TGTTTTGCATCATAAAAACCTAT--TTCAAAATAAAATAATACT-ATTTAT
**
24798 T-ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGAGTTAAAAAATAAAT
123 TAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAATAAAT
24840 TTGTTTATTA
Statistics
Matches: 1079, Mismatches: 251, Indels: 168
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
172 24 0.02
173 43 0.04
174 97 0.09
175 139 0.13
176 93 0.09
177 77 0.07
178 34 0.03
179 80 0.07
180 136 0.13
181 170 0.16
182 26 0.02
183 8 0.01
184 11 0.01
185 35 0.03
186 101 0.09
187 5 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTTGCATCATAAAAACCTATTTCAAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTT
AAAAAATTAATAAGTAAGAGATTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATC
Found at i:26532 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 25879--27560 Score: 1137
Period size: 181 Copynumber: 9.3 Consensus size: 181
25869 NNNNNNNNNN
* * *
25879 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAATAATT-TTTCAGTTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* ** * *
25942 ATACATGCTTATTCAAAAT-AAATAATACTCTTTTATTAACA-TTCAAAAAATT-ATAAGCAAGA
65 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA
* * * *
26004 -AGTTTTAAAAATAAATTTG-TTACTGAACAAGTTCAAAATAGTTATGACTAATT
129 GA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTC-AAATAGTTATGACTATTT
* * *
26057 GAACCAATATATCTATTTAAAATCTGTTATGGACC-TTTGTTTTTATCATAAAACAATT-TTTTT
1 GAA-CAAT-TATCTATTTCAAATC-ATTAT-GACCTTTTG-TTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
* * * *
26120 AGTTCGATAAAAGCTTATCCCAAAAATAAAATAATATTAGTTTATTTAATATTCCTCAAAAATTG
61 -GTTC-ATACAAGCTTAT-TC-AAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATT--TCAAAAATT-
* * ** ** * * *
26185 CAGAA-TTTGAAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTA-TTAA-ATCGTTCAAATAATT-TCG-CCA
118 AATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTAT-GACTA
26244 -TT
179 TTT
* * * * * *
26246 GAATAATTATCTATTTCAAATATATTATGATC-TTT-TTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TCTT-
1 GAACAATTATCTATTTCAAAT-CATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* ** * *
26307 ATACCAGCTTATTTC-AAATAAAATAATTACTAATGCATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAGG
65 ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * *
26371 AGATTTAAAAAAGAAATATGCTTACCAAACGAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
128 AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
26425 GAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
** * * * **
26490 TACAAGCTTATTCGGAATACAATATTACTAATTTAATAATATTAT-AAAAATTAATAACCAAGAG
66 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * * *
26554 ATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCTGAACCAA-TACAAATAGTTAAGGCTATAT
130 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * *
26606 GAATATTTATCTATTTCAAACCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTT-TCGTTC
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT-GTTC
* * * * * **
26670 ATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAG
65 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * *** * * * *
26731 ATTTAAAAGGTAAGTCCATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTAT-AATAATTT
130 ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTT
* * * * * * * *
26783 GAACAATTATTTATTTCAAATTATTATAATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * *
26848 TAC-AGTCTTATTCAAAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAA-ATATCCTAAAAATTAATAAGTAAC
66 TACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTC-AAAAATTAATAAGTAA-
* * * * * * * * * *
26911 G-GATTTAAAAAATGAATCTATTGGGACTGACCAA-TACAAATGGTTATAACTGTTT
127 GAGATTTAAAAAATAAATATGTT--TACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * *
26966 GAACAA-TATCTATTTTAAAGT-GTTATAACCTTTTGTTTTATTAGAAAATAATTGTTTCTATTT
1 GAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTC
* * * *
27029 GTACAAGCTGACTT-GAAATAATA-AAT-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
65 ATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * * *
27091 GATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGATCAAGTTAAAATAGTTACT-ACTCTTT
129 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTT
* ** * * * * *
27144 GAATAATTATCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * * * * *
27209 TACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTT-AGACAACTAATTATTAAAA
66 TACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
27272 GATTTAAAAGATAAATTTGTTTATCGAATAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTT
129 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * * *
27325 GAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTTT-TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
* * * * ** * * *
27389 TACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTGACAATTAATGAGTAAAAGA
66 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
27454 TTTTAAATATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAACTACTTT
131 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTT
** * **
27506 -AGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTGCATCATAAAACAATTGT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
27561 ATCAATTCAT
Statistics
Matches: 1175, Mismatches: 254, Indels: 147
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 30 0.03
177 145 0.12
178 43 0.04
179 151 0.13
180 199 0.17
181 310 0.26
182 117 0.10
183 35 0.03
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185 4 0.00
186 11 0.01
187 30 0.03
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190 10 0.01
191 12 0.01
192 25 0.02
193 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
Found at i:27429 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 25879--27558 Score: 1120
Period size: 361 Copynumber: 4.7 Consensus size: 359
25869 NNNNNNNNNN
** * * *
25879 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAA-TAAT-TTTTCAGTT
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAAATGTTTT-TGTT
* * * ** * *
25941 CATACATGCTTA-TTC-AAAATAAATAATACTCTTTTATTAACA-TTCAAAAAATT-ATAAGCAA
64 CATACAAGCTTACTTCGAATA-AAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA
* * ** *
26002 GAAGTTTTAAAAATAAATTTG-TTACTGAACAAGTTCAAAATAGTTATGACTAA-TTGAACCAAT
127 G-AGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTC-AAATAGTTATAACTAATTTGAA-CAAT
* * * * *
26065 ATATCTATTTAAAATCTGTTATGGACC-TTTGTTTTTATCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCGAT
189 -TATCTATTTCAAATC-ATTAT-AACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTC-AT
* * * * * * * * *
26128 AAAAGCTTATCCCAAAAATAAAATAATATTAGTTTATTTAATATTCCTCAAAAATTGCAGAATTT
248 ACAAGCTTAT-TC--GAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATT--T-AAAAATT-AATAACTA
* ** * * * * *
26193 GAAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTAT-TAAATC-GTTCAAATAATT-TCG-CCA-TT
305 AAAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTATCTGAA-CAATACAAATAGTTAT-GACTATTT
* * * * *
26246 GAATAATTATCTATTTCAAATATATTATGATC-TTT-TTTTGTCATAAAACAAATG-TTTTCTT-
1 GAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTC
* * * * ** * *
26307 ATACCAGCTTATTTCAAATAAAATAATTACTAATGCATTAATATTTCAAAAAGTAATAAGTAGGA
65 ATACAAGCTTACTTCGAATAAAATAA-TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA
* * * * *
26372 GATTTAAAAAAGAAATATGCTTACCAAACGAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATA
129 GATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTTGAACAATTATC
* * *
26436 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTAT
193 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * * * *
26501 TCGGAATACAATATTACTAATTTAATAATATTATAAAAATTAATAACCAAGAGATTTAAAAAATA
258 TC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATA
* * *
26566 AATTTTTT-TGCTGAACCAATACAAATAGTTAAGGCTATAT
321 AATTTTTTAT-CTGAA-CAATACAAATAGTTATGACTATTT
* * ** * * *
26606 GAATATTTATCTATTTCAAACCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTCGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
* ** **
26671 TATAAG-TTTGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAG
66 TACAAGCTTACTTCG-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * *** * * *
26731 ATTTAAAAGGTAAGTCCATTTACCAAACCAGTTTAAATAGTTATAA-TAATTTGAACAATTATTT
130 ATTTAAAA-ATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTTGAACAATTATCT
* * * * *
26795 ATTTCAAATTATTATAATCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTGATAC-AGTCTTAT
194 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-CTTAT
* * * * * * **
26859 TCAAAATAAAGTAATGCTAATTTGTTAAATATCCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAAT
258 TC-GAATAAAATAATACTAATTTATT-AATAT-TTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
* ** * * * *
26924 GAATCTATTGGGA-CTGACCAATACAAATGGTTATAACTGTTT
320 AAAT-T-TT-TTATCTGAACAATACAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * * * * **
26966 GAACAA-TATCTATTTTAAAGTGTTATAACCTTTTGTTTTATTAGAAAATAATTGTTTCTATTTG
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
* *
27030 TACAAGCTGACTT-GAA-ATAATAA-ATCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
66 TACAAGCTTACTTCGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * *
27092 ATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGATCAAGTTAAAATAGTTACT-ACT-CTTTGAATAATTATC
130 ATTTAAAAA-TAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA-TAACTAATTTGAACAATTATC
** * *
27155 TATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT
193 TATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTA-
* * * * * *
27220 TTC-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTAGACAACTAATTATTAAAAGATTTAAAAGAT
257 TTCGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAAT
* * *
27284 AAATTTGTTTATC-GAATAAGTTCAAGTAGTTATGACTATTT
320 AAATTT-TTTATCTGAACAA-TACAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
27325 GAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTTT-TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCA
1 GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
* * ** * * *
27389 TACAAGCTTA-TTCAGATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTGACAATTAATGAGTAAAAG
66 TACAAGCTTACTTC-GAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * * * **
27453 ATTTTAAATATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAACTACTTT-AGTAATTATCT
130 A-TTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTTGAACAATTATCT
* * ***
27517 ATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTGCATCATAAAACAATT
194 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
27559 GTATCAATTC
Statistics
Matches: 1031, Mismatches: 224, Indels: 122
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 5 0.00
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369 12 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (359 bp):
GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
TACAAGCTTACTTCGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
TTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACTAATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCG
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTT
TTTATCTGAACAATACAAATAGTTATGACTATTT
Found at i:27821 original size:286 final size:285
Alignment explanation
Indices: 27305--27857 Score: 688
Period size: 286 Copynumber: 1.9 Consensus size: 285
27295 TCGAATAAGT
* * * *
27305 TCAAGTAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTTTTCATA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTCTTTATCATA
* * * *
27370 AAATAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATATTAATTAATTAATATTTTG
66 AAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTAG
* * * * *
27435 ACAATTAATGAGTAAAAGATTTTAAATATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCTAATTGTCATAAC
131 ACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
* *
27500 TACTTTAGTAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTGCATCA-TAAAACAATTGTATC
196 TACTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTGCAT-AGTAAAACAATTGTATC
27564 AATTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
260 AATTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
*
27590 TCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTAT-TTTATCA
1 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTT-TCTTTATCA
** * * * *
27654 T-AAATTTTTTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAACTAATACTAATTTATTAATATT
64 TAAAATAATTGTTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTAATTAATATT
** * *
27718 CTAGA-AATTAAT-AGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAATAGTC
128 -TAGACAATTAATGA-GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTC
* * * **
27781 AT--GTTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATAGTAAAACAAT
191 ATAACTAC-TTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTGCATAGTAAAACAAT
* *
27844 TGTTTCTATTCATA
254 TGTATCAATTCATA
27858 CATAATTATT
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 33, Indels: 15
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
284 2 0.01
285 60 0.26
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287 4 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (285 bp):
TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGACTTTTTCTTTATCATA
AAATAATTGTTTTTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTAATTAATATTTAG
ACAATTAATGAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATAAC
TACTTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTATTGCATAGTAAAACAATTGTATCA
ATTCATATAGGCTTACTGAACAAGC
Found at i:27996 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 27586--28067 Score: 471
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 178
27576 CTTACTGAAC
* * *
27586 AAGCTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTATTTT
1 AAGCTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATATATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTATTTT
**** * * * * *
27650 ATCATAAATTTTTTTTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAGAATAAACTAATACTAATTTATTAAT
65 AT-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTAAG
*
27715 ATTCTAGAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAAT
129 ATTCTAGAAATTAATA-G-AGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT
* * * *
27767 AAGTTCAAATAGTCATG--TTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTT
1 AAGCTCAAATAGTTATGACTT--TTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTT
* * *
27830 TATAGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACATA-ATTATTTAGAATAAAATAATATTGATTCATTA
64 TATA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATACA-AGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTA
* * *
27894 AGATT-TTGAAAATTAATA-A-GAG-TATTAAAAACTAAATCTGTTTATCAAACT
127 AGATTCTAG-AAATTAATAGAGGAGAT-TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-T
*
27945 -AGCTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATATATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTG
1 AAGCTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTT-
* * * * * * * *
28008 CTATAGAACAATTGTTTTTTTTTTTCATATAAGCTTATTCAGATTAAGATAATACTAATT
65 ATATAAAACAATTG---TTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATT
28068 TAATAATAAA
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 38, Indels: 32
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 19 0.08
177 72 0.29
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180 3 0.01
181 114 0.46
182 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (178 bp):
AAGCTCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGATCTTTTATTTTA
TATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTCAGAATAAAATAATACTAATTCATTAAGAT
TCTAGAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT
Found at i:28421 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 28117--28934 Score: 445
Period size: 178 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
28107 AATAGTTAAA
* ** *
28117 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTT
* * * *
28182 CAGTTCATACAACCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTACTAAAACTCAAAAAATTAATAAG
66 CAGTTCATAAAAACTTATCCAGAATAAAATAAAACTAATTTACTAAAACTCAAAAAATTAATAAG
*
28247 TGAGAGATTTAAAAAAAAAAATGTTTATTGAACAAGCTCAAATAGATATG
131 TAAGAGATTTAAAAAAAAAAATGTTTATTGAACAAGCTCAAATAGATATG
* * * * *
28297 ACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CATTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATT
* * * * * ** *
28362 TTAGTTTATAAAAACTTGTCCA-AACTAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTATT
65 TCAGTTCATAAAAACTTATCCAGAA-TAAAATAAAACTAATTTACTAA-AACTCAAAAAATTAAT
** ** * * * * * **
28425 AAGTAAGAGATTT-AAAAACTAAACCTATATTCCGAACCAGTTCAAGTAGTTACA
128 AAGTAAGAGATTTAAAAAAAAAAATGTTTATT--GAACAAGCTCAAATAGATATG
* * * * * * * *
28479 ACCATTTGAACAAATATCAATCTCAAAT-TTTATGATATTTGT-TTT-GTCA-AAAA-AATT-TG
1 ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTT-TCTTTAGTCATAAAACAATTAT-
* * * * * * * * **
28538 GTTCTGATCATATAAGCTTATTCA-AATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTA
64 -TTCAGTTCATAAAAACTTATCCAGAAT-AAAATAAAACTAATTTACTAA-AACTCAAAAAATTA
* * **** * * ** * *
28601 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCAAATC-AGTTGAAACGGTTAAG
126 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAAAATGTTTATTGAA-CAAGCTCAAATAGATATG
* * * * ** * * * * * * *
28657 GCTATTAGAATAATTATCTATTTCAAGTTGTTTTAACTTTTTGTTTAGTCATGAAACTATTGTTT
1 ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTT
* * * * * * * *
28722 TAGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAACAT-----TAATTTATTAACATTCAAACAATTAATAA
66 CAGTTCATAAAAACTTATCCAGAATAAA-ATAAAACTAATTTACTAAAACTCAAAAAATTAATAA
* * ** * * * *
28782 GCAAAAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTACG
130 GTAAGAGATTT-AAAAAA-AAAAATGTTTATTGAACAAGCTCAAATAGATATG
* * * * *
28835 ATTATTTGAACAATT-T-TATTTGAAATTATTATGA-ACTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTAT
1 ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACA-TTTT-CTTTAGTCATAAAACAATTAT
* *
28896 TTCAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTA
64 TTCAGTTCATAAAAACTTATCCAGAATAAAATAAAACTA
28935 CTTTTTTTAA
Statistics
Matches: 484, Mismatches: 124, Indels: 60
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.00
176 58 0.12
177 42 0.09
178 140 0.29
179 20 0.04
180 62 0.13
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182 48 0.10
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
ACTATTAGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTT
CAGTTCATAAAAACTTATCCAGAATAAAATAAAACTAATTTACTAAAACTCAAAAAATTAATAAG
TAAGAGATTTAAAAAAAAAAATGTTTATTGAACAAGCTCAAATAGATATG
Found at i:29025 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 28074--34514 Score: 1211
Period size: 181 Copynumber: 35.6 Consensus size: 177
28064 AATTTAATAA
* * * * *
28074 TAAAAAATAAATTTGTTTTGCTGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTAG-TTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTT-AAGCTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
28139 TCAAATTGTTATG-ACATTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAACCTTATTC
63 TCAAATTATTATGAAC-TTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTC
* * * * *
28202 AGAATAAAATAATACTAATTTACTAAAACTCAAAAAATTAATAAGTGAGAGATT
126 AAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * * *
28256 TAAAAAAAAAAAT-GTTTATTGAACAAGCTCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
1 TAAAAAATAAATTAGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * * *
28320 AAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAACTTGTCCAA
64 CAAATTATTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAA
* * *
28385 ACTAAAATAAAACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATT
128 AATAAAATAATACTA-TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
28437 TAAAAACTAAACCTA-TATT-CCGAACCAGTTCAAGTAGTTACAACCATTTGAACAAATATCAAT
1 TAAAAAATAAA-TTAGT-TTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTA-AGCTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
28500 CTCAAATT-TTATG-A-TATTTGTTTTGTCA-AAAA-AATT-TGGTTCTGATCATATAAGCTTAT
62 TTCAAATTATTATGAACT-TTTGTTTTATCATAAAACAATTAT--TTCAGTTCATAAAAACTTAT
* * *
28559 TC-AAATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
124 TCAAAAT-AAAATAATACT-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * ** * *
28615 TAAAAAATAAA-TATGTTTGCCAAATCAGTTGAAACGGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTAA-GCTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * *
28679 TCAAGTTGTT-TTAACTTTT-TGTTTAGTCATGAAACTATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTC
63 TCAAATTATTATGAACTTTTGT-TTTA-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTC
** * * *
28742 GGAATAAACAT--TA--ATTTATTAACATTCAAACAATTAATAAGCAAAAGATT
126 AAAATAAA-ATAATACTATTTATTAATATTCAAA-AATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
28792 TGAAAAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTACGATTATTTGAACAATT-T-TATT
1 T-AAAAAATAAATTAGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTATT
* *
28855 TGAAATTATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATCCAA
63 TCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTCAA
* *
28920 AATAAAATAATACTACTTTTTTTAATATTACAAAAATTAGTAAGTAAGTA-ATT
128 AATAAAATAATACTA--TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAG-AGATT
* * *
28973 TAACAAAATAAATTAGTTTACCAAATCAGTTCAAATAATTATAGCCATTTGAACAA--A---A-T
1 TAA-AAAATAAATTAGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTA-AGCTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
29032 T---GTTA--AT--ACTTTTCG-TTTGTCTTAAAACAATTGTTT--GTCAACATACAAACTTATT
63 TCAAATTATTATGAACTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGT--TCATAAAAACTTATT
* * * * **
29087 TAAAACAAAATAATACCAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTAATTGATT
125 CAAAATAAAATAATA-CTATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
29138 TAAAAATTAAATCTA-TTTACCGAACTAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * **
29202 TCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTT-GCATAAAACAATTATTTCTGTTCACACAAGTTTATTCA
63 TCAAATTATTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTCA
* * ** * *
29265 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTCATAACTAAGAGATT
127 AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * * * * * *
29318 TAAAAAAAAAATCT-GTTTGTCAAACCAGTTCAAACAGTTAAAACTATATAAACAATCATCTATT
1 TAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTT-AAGCTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * ** * * * ** *
29382 TCATATCATTATGACCTTTTATTTTGTTTTAAGACAATTATTTCAGCTCATATAAGTTTACTT-G
63 TCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTA-TTCA
* * * * * *
29446 GAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTTCAAAATTTTATAACTAAGAGATT
127 AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
29499 TAAAAAATAATTCTA-TTTACCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTACCTATT
1 TAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTA-AGCTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * * ** * *
29563 TCAAATCGTTAT-TACTTTTTGTTTTGTCCTAAAATAAATTTTTTTA-TTCATATAAGTTTCTTT
63 TCAAATTATTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAA-CAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTC
* * *
29626 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATT
126 AAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
29680 TAAAAAGTAAA-TATGTTT--TG-ACTA-TT----T--TTAA--TAATT-ATC---TA--T-TTT
1 TAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTAAGCTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * ** ** **
29725 -AAATCGTTAT-AACCTTTCGTTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTA-TTCATACTATTTTATTCA
64 CAAATTATTATGAA-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATAAAAACTTATTCA
* * * * * ** *
29787 TAATGAAATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATT
127 AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATT
* * * * * * * *
29841 T-AAAAATTAATCTA-ATTACTGAGCCAGTTCAAATAATTAAGTCTATATGAACGATTATCAATT
1 TAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGA-ACAGTTCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTATT
* * ** * * *
29904 TCAAATCT-TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAAATT-TTT--TTTTGTACAAGCTTATTT
63 TCAAAT-TATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAAC-AATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTC
**** * * *
29965 GGTTTAAAATAATACAAATTTAATAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
126 AAAATAAAATAATAC-TATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
30015 TAAAAAATATATTTA-TTTACCAAACCATTTC--ATAGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTAT
1 TAAAAAATA-AATTAGTTTACCGAA-CAGTTCAAATA-GTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * * * * ** *
30077 TTCAAATCGTTTTGACCTTTTG-TTTAGTTATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTT
62 TTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTC
** * * * * *
30141 GGAATACATTAATACTAATTTATTAAAATTGAAAAATTAATAAGAAAGATG-TT
126 AAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATT
** * * *
30194 TAAAAAAATAAATCTA-TTTATTGAATAAGTTCAAATAATCATTA-CTATTTGAACAATTATCTA
1 T-AAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGT--TAAGCTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * ** **
30257 TTTAAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACATGCTTAAAC
61 TTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTC
** * * ** ** * **
30322 -GGATAAAATAATATTAATTTTAGTTCATA--C-AAGCTT-ATTTGGAAGA-AAA
126 AAAATAAAATAATACT-A-TTTA-TTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * ** * * *
30371 T-AATACTAATTTA-TTAACTTTTGAAAAATTCATAA-A--CAAGAAATTTGAAAAAATAAATTT
1 TAAAAAATAAATTAGTTTAC---CGAACAGTTCA-AATAGTTAAGCTATTTG-AACAAT-TATCT
* * *
30431 GTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTAT-AACTATTTGAACAATTATCTATC-TCAAATCATTATG
60 ATTT--C-AA-A---T----TA-TTATGAACT-TTTG-----TT-T-TATCAT-AAAACA--ATT
* * * * *** * ** * *
30494 ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATA-T-TTGGATTAA-AAT-AA
102 AT-TTCA--GT-TCATAAAA-ACTT-ATTC--AAAATAAAATAATACTATT-TATTAATATTCAA
* *
30555 TATTAATTTAATAA-TATTCCA-AAAAT
158 -A--AA-TTAATAAGTA----AGAGATT
* * * * * *
30581 TAATAAGTAAGAGATTTAGAATTA---AATATGTTTGTCGAACTAGTTCAA-ATAGTTAGGACTA
1 TAA-AA--AATA-AATTAG-TTTACCGAACA-G--T-TC-AAATAGTT-AAGCTA-TT-----T-
* * * * * * ** *
30642 TAAGAATAAT-TATCTATTTCAAATCATTTTGATC-TTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTCA
48 GAACAATTATCT----ATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTATTTCA
* * *** * *
30705 GTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAACTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGC
108 GTTCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAA-TATTC-AAAAATTAATAAGT
* *
30769 AAAAAATTT
170 AAGAGA-TT
* * * *
30778 TAAAAATTAAA-TATGTTTACTGAACAGGTTCAAATAAATATAA-CTATTTAAACAATTATCTAT
1 TAAAAAATAAATTA-GTTTACCGAACA-GTTCAAAT-AGT-TAAGCTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * *
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* * * *
30905 GAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGAGATT
126 AAAATAAAATAATACTA-TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *** * * * * * *
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1 TAAAAAATAAA-TTAGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * * * * * * *
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* * * **
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* * * *
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1 TAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTAA-GCTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * *
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*** * * * * *
31261 TGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATT
125 CAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAA-TATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* *
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1 T-AAAAAATAAATTAG-TTTACCGAACA-GTTCAAATAGTTAAG-CTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * *
31380 TTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCA
62 TTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAACTTATTCA
* ** * *
31445 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTTAAGATCAATAAGTAA-AGGATT
127 AAATAAAATAATACTA-TTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATT
** ** * * * *
31498 TAAAAAATAAAACAGTTTATTGAATTACTTCAAAT-GATTATAACTATTTGAATAATTATCTATT
1 TAAAAAATAAATTAGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAG-TTA-AGCTATTTGAACAATTATCTATT
** * * * * * * * * * *
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63 TCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAA-T-TATTTCAGTTCATAAAAACTTATTC
* * * ** * ** **
31625 TAAATAAAATCAT--TATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACAAAGAAGCTTA
126 AAAATAAAATAATACTATTT--ATT-AATAT-TC---AAA-AA-T-TAAT-AAGTAAG-AG---A
31688 TTT
176 -TT
* * ** * * * * *
31691 TATATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAGAATTAGTATGAG--A-TTGAAAAAATAAA
1 TA-A-AAAATAA-ATTAGTTTACCGAACAGTTC-A-AA-TAGT-TAAGCTATTTG-AACAAT-TA
* * ** * * * * * *** * * *
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* * * * *** * * *
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112 ATAAAAAC--TTATTC-AAAATAAAATAA-TACTAT--TT-AT-TAA---TATTC-AA--AAA-T
* * * *
31879 AATACAAAATTAAAAATATT
162 --TA-ATAAGT-AAGAGATT
** * * *
31899 CTAAAAATCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCCGAACCAGTTAAAACAATTAAA
1 -TAAAAA--ATAA--ATTAG--TT----------T-A-----CCGAA-CAGTTCAAATAGTT-AA
* * * * * * * * * *
31964 ACTATATGAAGAATTATGTATTTTAAATTGTTCTTAGCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATT
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** ** * ** * * *
32028 TCA-TCTCATCCAAGTTTTTTCGTAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAA-
105 TCAGT-TCATAAAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATA-TTCAAAA-ATTAAT
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* * * *
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* * * * *
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* * **
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* **
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* *
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30200 AATAAATCTA
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
514 41 0.10
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517 6 0.01
518 1 0.00
520 46 0.11
521 43 0.10
522 142 0.34
523 12 0.03
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (512 bp):
TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTCGTTTTGCATAAAACAATTAGT
TCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTAAAACTTAATAA
CCAAGAAAATTTAAAAAAAAATCTAATTACTAAACCAGTTCAAACAATTAAAACTATATAAACAA
TCATCAATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAAATTTTTGCTCATACAAGCT
TACTTGGAATAAAATAAAACAAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAT
ATTTATTTACCAAACCAGTTCATAGATTAAGACTATTAGAACAATTACCTATTTCAAATCGTTTT
GACCTTTTGTTTAGTCATAAAAAAATTGTTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAAAATTGAAAAATTAATAAGAAAGATGTTTAAAAAGTAAATATGTTT
Found at i:30508 original size:221 final size:221
Alignment explanation
Indices: 30118--30523 Score: 564
Period size: 222 Copynumber: 1.8 Consensus size: 221
30108 AAAACAATTG
* * * *
30118 TTTTAGTTCATACAAGTTTATTTGGAATACATTAATACTAATTTATTAAAATTGAAAAATTAATA
1 TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAAAATTGAAAAATTAATA
** ** * *
30183 AGAAAGATGTTTAAAAAAATAAATCTATTTATTGAATAAGTTCAAATAATCATTACTATTTGAAC
66 AGAAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* *
30248 AATTATCTATTTAAAATCACTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA
131 AATTATCTATCTAAAATCACTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA
30313 TGCTTAAACGGATAAAATAATATTAA
196 TGCTTAAACGGATAAAATAATATTAA
** *
30339 TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTCAT
1 TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTGAAAAATTAAT
* * * * * *
30404 AA-ACAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
65 AAGA-AAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGA
* * *
30468 ACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
129 ACAATTATCTATCTAAAATCACTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
30524 TTTTCATACA
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 24, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
221 72 0.45
222 87 0.55
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (221 bp):
TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAAAATTGAAAAATTAATA
AGAAAGAAATTTAAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAAGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
AATTATCTATCTAAAATCACTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA
TGCTTAAACGGATAAAATAATATTAA
Found at i:30874 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 30343--31604 Score: 1036
Period size: 182 Copynumber: 7.0 Consensus size: 179
30333 TATTAATTTT
* * * *
30343 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTCATAAAC
1 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCGAAAAATTAATAAGC
* * *
30408 AAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAAT
66 AAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCGAACA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAT
* * * *
30473 TATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
129 TATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
** * * * * *
30524 TTTTCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAA-TATTCCAAAAATTAATAAG
1 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCGAAAAATTAATAAG
* * * ** ** * *
30588 TAAGAGATTT-AGAATTAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTA-TAAGAATAA
65 CAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC-AGTTCAAATAGTTATAACTATTTA-AACAA
* ** *
30651 TTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTC
128 TTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTC
* *
30704 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGC
1 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCGAAAAATTAATAAGC
* * * * **
30769 AAAAAATTTTAAAAATTAAATATGTTTACTGAACAGGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAAT
66 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAAT
* * * * ** *
30834 TATCTATTTAAAATTACTATGACTTTTTGTTTTATCATAAACCAATTTTTTC
129 TATCTATTTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * * * *
30886 AGCTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTATTAAG
1 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTCGAAAAATTAATAAG
* ** * *
30950 CAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTAT-TTT-TTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATA
65 CAAGAGATTTAAAAAATAAA--TATGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACA
* * * * * *
31013 AATATCAATCTCAGATGATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
127 ATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * *
31066 TGATCATACAAGCTGATTCGG-ATAAAAATAATACTAATTTAATATTA-TTTTG-AAAATTAAT-
1 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAAT-AAAATAATACTAATTT-AT-TAACTTTCGAAAAATTAATA
* *
31127 ---AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTA-ACACTA-TTAGAA
63 AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTA-AA
* * * * *
31187 TAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCATTTG-TTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
125 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTA-TCATAAAATAATTGTTTC
* * * * *
31243 AATTCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATATGC
1 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCGAAAAATTAATAAGC
* * *
31308 AAGAGATTTGAAAAAATAAAT-CGATTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
66 AAGAGATTT-AAAAAATAAATATG-TTTACCGAACA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAA
* * * *
31372 TTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
128 TTATCTATTTCAAATCATTATGATC-TTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
* ** **** * * *** * *
31425 AGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAA-TATTTTTAAGATCAATAAG
1 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTCGAAAAATTAATAAG
* * ** * * * *
31489 TAA-AGGATTTAAAAAATAAA-ACAGTTTATTGAATTACTTCAAAT-GATTATAACTATTTGAAT
65 CAAGA-GATTTAAAAAATAAATA-TGTTTACCGAA-CAGTTCAAATAG-TTATAACTATTTAAAC
* * * * *
31551 AATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
126 AATTATCTATTTCAAATCATTATGATCTTT-GTTTTATCATAAAATAATTGTTT
31605 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 167, Indels: 88
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 8 0.01
176 70 0.08
177 62 0.07
178 2 0.00
179 70 0.08
180 144 0.17
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183 23 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACTTTCGAAAAATTAATAAGC
AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATGATCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTC
Found at i:31465 original size:539 final size:540
Alignment explanation
Indices: 30444--31619 Score: 1456
Period size: 539 Copynumber: 2.2 Consensus size: 540
30434 TACCGAACAG
* * *
30444 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATCTTTATTTTGTCA
1 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATGATTATGATCTTTGTTTTGTCA
** * * *
30509 TAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTGGATTAAAATAATATTAATTTAATAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTCATCATACAAGC-TATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
* * ** * **
30574 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAGAATTAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGA
130 CAAAAATT-ATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAACA
* * *
30639 CTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTC
194 CTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTC
* * *
30704 AGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGC
259 AATTCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGC
* * * *
30769 AAAAAATTTTAAAAATTAAATATGTTTACTGAACAGGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAAT
324 AAAAAATTTGAAAAAATAAATACGTTTACCGAACAGGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAAT
* * *
30834 TATCTATTTAAAATTACTATGACTTTTTGTTTTATCATAAACCAATTTTTTCAGCTCATAAAAAC
389 TATCTATTTAAAATCACTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAAC
* * * *
30899 TTATTCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGC-AAGAGATTTAAA
454 TTATCCAAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAAG-GATTTAAA
* * *
30963 AACTAAAGCTA-TTTTTTGAACCA
518 AAATAAAAC-AGTTTATTGAACCA
* * * * *
30986 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAAATATCAATCTCAGATGATTATGATCTTTGTTTTGTCA
1 GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATGATTATGATCTTTGTTTTGTCA
* * * *
31051 TAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTT
66 TAAAACAATTGTTTCTCATCATACAAGCT-ATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTC
** *
31116 TGAAAA-T-TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACCAAA-TCAGTTCAAATAGTTAAC
130 CAAAAATTATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAGTTAAC
* * * *
31177 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCATTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTT
193 ACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACC-TTTCATTTAGTCATAAAATAATTATT
* ** *
31241 TCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATAT
257 TCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAA
* * ** * *
31306 GCAAGAGATTTGAAAAAATAAAT-CGATTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
322 GCAAAAAATTTGAAAAAATAAATACG-TTTACCGAACAGGTTCAAATAAATATAACTATTTAAAC
** *
31370 AATTATCTATTTAAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAA
386 AATTATCTATTTAAAATCACTATG-ACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAA
* * ** * *
31434 AAATTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTTAAGATCAATAAGTAAAGGATTT
450 AAACTTATCCAAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAAGGATTT
**
31499 AAAAAATAAAACAGTTTATTGAATTA
515 AAAAAATAAAACAGTTTATTGAACCA
* * * *
31525 CTTCAAAT-GATTATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG-TTATTACCTTTCGTTTTG
1 GTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAAT-GATTATGATCTTT-GTTTTG
* *
31588 TCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCT
63 TCATAAAACAATTGTTTCTCATCATACAAGCT
31620 TGTTTTAAAT
Statistics
Matches: 539, Mismatches: 84, Indels: 24
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
538 14 0.03
539 364 0.68
540 43 0.08
541 2 0.00
542 116 0.22
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (540 bp):
GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATGATTATGATCTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTCATCATACAAGCTATTCGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
AAAAATTATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAACACT
ATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTAACCTTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAA
TTCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAATTAATAAGCAA
AAAATTTGAAAAAATAAATACGTTTACCGAACAGGTTCAAATAAATATAACTATTTAAACAATTA
TCTATTTAAAATCACTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGCTCATAAAAACTT
ATCCAAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATCAATAAGCAAAGGATTTAAAAAA
TAAAACAGTTTATTGAACCA
Found at i:31672 original size:67 final size:66
Alignment explanation
Indices: 31564--31700 Score: 202
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
31554 TATCTATTTC
* * *
31564 AAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTGTTTTAAA
1 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCAACAAACAAGCTTATTTTAAA
31629 TA
65 TA
* * * *
31631 AAATCATTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACAAAGAAGCTTATTTTATAT
1 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACAAACAAGCTTATTTTAAAT
31696 A
66 A
31697 AAAT
1 AAAT
31701 AATACTAATT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
66 27 0.43
67 36 0.57
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (66 bp):
AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACAAACAAGCTTATTTTAAAT
A
Found at i:32058 original size:424 final size:426
Alignment explanation
Indices: 31219--32028 Score: 888
Period size: 424 Copynumber: 1.9 Consensus size: 426
31209 CTAACCATTT
*
31219 GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTA
1 GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAA-TCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTA
* *
31284 TTAACTTTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATCGATTTACCGAACAGGTTCA
65 TTAACTTTTCAAAAATTAATAT---AGAGATTTGAAAAAATAAATCGATTTACCAAACAGGTTCA
*
31349 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAA
127 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTCTATCATAAA
** ** ** * *
31414 ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTTAA
192 ACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAAATATTCTAAA
* * ** ** * ** *
31479 GATCAATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAAAACAGTTTATTGAATTACTTCAAATGATTATAACTA
257 AATCAATAACTAAAGGATTTAAAAAATAAAACAGTTTACCGAACCACTTAAAACAATTAAAACTA
* * * *
31544 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA
322 TATGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCA
31609 ACATACAAGCTTGTTTTAAATAAAATCATTATTTCCTTTC
387 ACATACAAGCTTGTTTTAAATAAAATCATTATTTCCTTTC
* * * * *
31649 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAA-CAAAGAAGCTTATTT-TATATAAAATAATACTAATTT
1 GTTTAGTCATAAAACAATTG-TTTCAATCAAACAAGCTTATTTGGA-AGAAAATAATACTAATTT
* * * *
31712 ATTAA-TATTTCAAGAATTAGTAT-GAGA-TTGAAAAAATAAATTTG-TTTACTAAACCA-GTTC
64 ATTAACT-TTTCAAAAATTAATATAGAGATTTGAAAAAATAAA-TCGATTTACCAAA-CAGGTTC
* * * * *
31772 AAATAGTTATGACTATTTTGAACAATTTTCTGTTTCAAATTGTTAT-AATCTTTTGTTCTGTCAT
126 AAATAGTTATGACTA-TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTCTATCAT
* * * * * * * * *
31836 AAAATAATTATTTTC-GTTCATATAAGTTTGTTCGAATTAAAGTAATACAAAATTAAAAATATTC
189 AAAACAATT-GTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAAATATTC
* * *
31900 TAAAAATC-ATAACT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTGCCGAACCAGTTAAAACAATTAA
253 TAAAAATCAATAACTAAAG-GATTTAAAAAATAAAACAGTTTACCGAACCACTTAAAACAATTAA
* * * * * *
31963 AACTATATGAAGAATTATGTATTTTAAATTGTTCTTAGCTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTAT
317 AACTATATGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAA-ACAATTAT
32027 TT
381 TT
32029 CATCTCATCC
Statistics
Matches: 313, Mismatches: 57, Indels: 26
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
423 3 0.01
424 135 0.43
425 97 0.31
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428 2 0.01
429 49 0.16
430 18 0.06
431 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (426 bp):
GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAATCAAACAAGCTTATTTGGAAGAAAATAATACTAATTTAT
TAACTTTTCAAAAATTAATATAGAGATTTGAAAAAATAAATCGATTTACCAAACAGGTTCAAATA
GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTCTATCATAAAACAA
TTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATACAAAATTAAAAATATTCTAAAAATC
AATAACTAAAGGATTTAAAAAATAAAACAGTTTACCGAACCACTTAAAACAATTAAAACTATATG
AAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCAACAT
ACAAGCTTGTTTTAAATAAAATCATTATTTCCTTTC
Found at i:32561 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 31631--34546 Score: 1658
Period size: 181 Copynumber: 16.4 Consensus size: 180
31621 GTTTTAAATA
** * * ** ** *
31631 AAATCATTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACA-AAGAAGCTTATTT-TAT
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTGTTCATACTAAGCTTATTTGGA-
* * *
31694 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--T-AGTATGAGATTGAAAAAATAAATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * * *
31755 GTTT-ACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTGAACAATTTTCTGTTTC
129 GTTTGTC-AAACCAGTTCAAATAATTATAACTA-TTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * *
31808 AAATTGTTATAATCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTCGTTCATA-TAAG-TT-TGTTCG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTGTTCATACTAAGCTTAT-TTGG
* * * ** * *
31870 AATTAAAGTAATACAAAATTAAAAATA-TTCTAAAAA-TCATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAA
63 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** * * * * * * * * *
31933 TCAGTTTGCCGAACCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATGTATTTT
126 TTTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * *
31988 AAATTGTTCTTAGCTTTTGTTTTGTCAT-AAAGAAATTATTTCATCTCAT-CCAAG-TTTTTTCG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-GT-TCATACTAAGCTTATTT-G
* * * *
32050 TAATAAAATAAAACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAA-AAGTTAA-AGATTT-AAAAA-AA
62 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
32111 A-TTATTT-ACTGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
125 ATTTGTTTGTC-AAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
32166 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTT-TTCATAC-AAGCTTATTTGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTTGGA
* * * * *
32229 ATAAAATAATACTAATCTAATAAGA-TTCTAACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
32293 TTTTTGCCAAACCACTTTAAATAGTTA-AGGA-TGTATGAATAATTATCTATTGC
128 TGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATA--ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
32346 AAATTGTTATGGCCTTTTAG-TTTGTCGTAAAACAAATTTTTAGTGCTTACTAA-CCTATTTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAAATTTTT-GTTCATACTAAGCTTATTTGGA
* * * * * *
32409 ATAAAAGAAAACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATTA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-
* * * *
32473 TGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAAGAATTATCCATTTC
128 TGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
32526 AAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATA-TAAGTTTGTTTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAA--TTTTTGTTCATACTAAGCTTATTTGGA
** * *
32590 ACCAAATAATATTAATTTA-TAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * *
32650 GTTTATCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTC
129 GTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
32702 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-T-AGTCTTATTCGG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-TGTTCATACTAAG-CTTATTTGG
* * ** ** **
32765 AATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAGGAAATGTAT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAAT
* * ** * * * *
32829 TTGTTGGCCTGACCAATGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTC
127 TTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * **
32883 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAAC-AATTGTTGCTGTTCGTAC-AAGCTTATTCAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TT--TGTTCATACTAAGCTTATTTGG
* * * * *
32946 AATAATATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATC
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * *
33011 TATTTATCGAA-CAGGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
128 TGTTTGTCAAACCA-GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * *
33064 AAATTGTTAT-AGCCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTTCG
1 AAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-TGTTCATACTAAGCTTATTTGG
* * * * * * *
33127 AATAAAATAATA-TAAACTGACTAATAATCCAACAATTAA-CA--AA-A-ATTT-AAAAATAAAT
63 AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * ** * * * *
33185 CTATTTTTTGAA-CACGTTCAAATATTTCTGACTA-TTGAATAATTATCTATTTC
127 TTGTTTGTCAAACCA-GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** ***
33238 AAATCGTTATGACCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATA-AAAGCTTCCTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTTGG
* * * * * *
33301 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATC
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* ** * ** * * * * *
33366 TATTTACCGAATGAGTCCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTC
128 TGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * *
33419 AAATTGTTATGATCGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATAC-AAGTTTATTCGAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTTGGA
* ** *
33483 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAA--AATTAGTTGGA-AGTTTAAAAAATAAATC
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATT
* * * * ** * * * * *
33543 TGTTTATCGAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTT
128 TGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * ** *
33596 AAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAAATTATTTAGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-TGTTCATACTAAGCTTATTTGGA
* ** *
33660 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-T-A-AG-CTTAAAAACCAAATCT
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * ** * * * *
33718 ATTT-ACTGGACCGGTTTAAATAATTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTC
129 GTTTGTC-AAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*** * * * * * *
33770 AAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAACTTATTTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTT-TGTTCATACTAAGCTTATTTGGA
* * * ** * *
33833 GT-AAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATG
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * *
33895 TGTTTGACGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTC
128 TGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * * * *
33948 AAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAA-TAATTATTTCAGTTCATAC-ATGCTTATTTGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT--GTTCATACTAAGCTTATTTGG
* * * * *
34011 AATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TCCAAGAAATTAATAAGCAAG-GAATTAAAAAA-AAAT
63 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *** * * * * * *
34073 CT-ACAGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTA
127 TTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * ****
34126 AAATTGTTATG-CCTTTTG-CTTATCATAAAAC-AATTATTCAGTTCATA-AAAGCTTATCCAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TT-TGTTCATACTAAGCTTATTTGGA
* * * * * ** *
34187 ATTAAATAATAATACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTA
64 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* * * ** * *** * *
34252 GTTTATCGAATCAACTCAAATAGTTATGGTTGTTTGAACAATTATCTAATTC
129 GTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
34304 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATCAAAC-AATTGTTT-TTCATCAAAC-AAGCCTATTTG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTGTTCAT---ACTAAGCTTATTTG
* * * * **
34366 GAATAAAATAATACCAATTCATTAATATTTCAAAAATTACTAAGTAGGAGA-TT-----ATCTAT
62 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
** * * *
34425 TT-ACTG---AACCAGTTTAAATATTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
127 TTGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * *
34475 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTGATGTCCATACT-AGCTTATTTAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TT--TGTTCATACTAAGCTTATTTGG
34538 AATAAAATA
63 AATAAAATA
34547 TTGTTGAACC
Statistics
Matches: 2134, Mismatches: 478, Indels: 260
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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182 18 0.01
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTGTTCATACTAAGCTTATTTGGAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
TTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
Found at i:32728 original size:536 final size:537
Alignment explanation
Indices: 31631--34418 Score: 1960
Period size: 536 Copynumber: 5.2 Consensus size: 537
31621 GTTTTAAATA
** * *** * * ** *
31631 AAATCATTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGAACAAAGAAGCTTATTTTATA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * * *
31695 TAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-T--T-AGTATGAGATTGAAAAAATAAATTT
66 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
* ** * * * * * * *
31755 GTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTGAACAATTTTCTGTTTCAAATTGTTATAA
130 GTTTGCCGAACCAGTTCAAATAATTATGACT-GTATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * * * * * *
31820 TCTTTTGTTCTGTCATAAAATAATTATTTTCGTTCATATAAGTTTGTTC-GAATTAAAGTAATAC
194 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAT-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATAC
* * ** * * * * **
31884 AAAATTAAAAATA-TTCTAAAAATCA-TAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-GTTTGCCGAA
257 TAATTTATTAATATTTC-AAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AATTATGTTTATCGAA
* * ** * * * ** * ** * *
31946 CCAGTTAAAACAATTAAAACTATATGAAGAATTATGTATTTTAAATTGTTCTTAGCTTTTGTTTT
320 CCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTT
* * * * * * **
32011 GTCATAAAGA-AATTATTTC-ATCTCATCCAAG-TTTTTTCGTAATAAAATAAAACTAATTTTTT
385 GTCATAAA-ACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGATTATTTAG-AATAAAATAATATTAATTTACT
*
32073 AATATTTCAAAATTTTAAAAGTTAAAGATTT-AAAAA-AAAT-TATTTA-CTGAACCAGTTCAAA
447 AATATTTCAAAA-ATT--AA--TAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAA
*
32134 TAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTC
506 TAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
32166 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTTGAAA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
32230 TAAAATAATACTAATCTAATAAGATTCTAACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTT
66 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
32295 TTTGCCAAACCACTTTAAATAGTTAAGGA-TGTATGAATAATTATCTATTGCAAATTGTTATGGC
131 TTTGCCGAACCAGTTCAAATAATT-ATGACTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * *
32359 CTTTTAG-TTTGTCGTAAAACAAATTTTTAGTGCTTACTAA-CCTATTTGGAATAAAAGAAAACA
195 CTTTT-GTTTTGTCATAAAACAAATTTTTAGTTCATAC-AAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * *
32422 AATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCAAACCA
258 AATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTATGTTTATCGAACCA
*
32487 GTTCAAATAATTATGATTATTTGAAGAATTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTC
323 GTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * **
32552 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAACCAAATAATATTAATTTA-TAATATT
388 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTACTAATATT
* * * * * *
32616 TTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACT
453 TCAAAAATTAATAA-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATAACT
*
32681 ATTTGAACAATTATTTATTTC
517 ATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
32702 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGTCTTATTCGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAG-CTTATTCGAA
* * * * * * ** **
32766 ATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-AGGATTTAGGAAATGTATT
65 ATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATT
* * * * * **
32830 TGTTGGCCTG-ACCAATGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATG
129 TGTTTGCC-GAACCAGTTCAAATAATTATGACTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
32894 ACCTTTTGTTTTGTCACAAAAC-AATTGTTGCT-GTTCGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAAT
193 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TT--TAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAAT
* * * *
32957 TCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTA--TTTATCG
255 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAAT-AAT-TATGTTTATCG
* * * * **
33020 AA-CAGGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TAGCCTTTTG
318 AACCA-GTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATTA-CCTTTTG
* * * * * *
33083 TTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAACTGAC
381 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAC
* * * * * * * *
33148 TAATAATCCAACAATTAACAAAAATTT-AAAAATAAATCTATTTTTTGAA-CACGTTCAAATATT
446 TAATATTTCAAAAATTAATAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCA-GTTCAAATAAT
* * *
33211 TCTGACTA-TTGAATAATTATCTATTTC
510 TATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * ** *
33238 AAATCGTTATGACCTTTTAG-TTTGTCATAAACCAATTGTTT-TTGTTCATAAAAGCTTCCTCAA
1 AAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCGA
* * * * * * * *
33301 AATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATC
64 AATAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * ** * * * * *
33366 TATTTACCGAATGAGTCCAAATAATTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA
129 TGTTTGCCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
* * * * *
33431 TCGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATAC
194 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--ATTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAC
* ** * * * *
33495 TAATTTATTAATA-TT-AAAAA-AATT-AGTTGGAAGTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
257 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTATGTTTATCGAACC
* * * * * *
33556 AGTTCAAATAATCATG-TCCATTTGAACTATTA-CCAATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTT
322 AGTTCAAATAATTATGAT-TATTTGAACAATTATCC-ATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTT
* * * *
33619 GTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
385 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTACTAAT
* ** * * *
33684 ATTTCAAAAATTAAT-AAG-CTTAAAAACCAAATCTATTTA-CTGGACCGGTTTAAATAATTATA
450 ATTTCAAAAATTAATAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAACCAGTTCAAATAATTATA
* *
33746 ATTATTTGAACAATTATCTATCTC
514 ACTATTTGAACAATTATCTATTTC
*** * * * * * * * *
33770 AAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAG
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAA
* * * *
33834 T-AAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTG
66 TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * *
33897 TTTGACGAACTAGTTTAAATAGTTAAGACTAT-TAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGAC
131 TTTGCCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTGTAT-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * *
33961 TTTTTGTTTAGTTATAAAA-TAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACT
195 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTT-AGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * * * * * * ** * *
34025 ATTTTATTAACA-TCCAAGAAATTAATAAGCAAGGAA-TTAAAAAA-AA--ATCTACAGCCAAAC
258 AATTTATTAATATTTCAA-AAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTATGTTTA-TCGAAC
* * * * * * ** * * *
34085 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA-TGCCTTTTG-CTTA
321 CAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTG
* * * ** * * * * *
34148 TCATAAAACAATT-ATTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTATTAAT
386 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTACTAAT
** * ** *
34211 ATTTCAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAACTCAAATAG
450 ATTTCAAAAATT---AA--TAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTATCGAACCAGTTCAAATAA
*** * *
34275 TTATGGTTGTTTGAACAATTATCTAATTC
509 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * *
34304 AAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGTTT-TTCATCAAACAAGCCTATTTGGA
1 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTCGAA
* * * *
34368 ATAAAATAATACCAAT-TCATTAATATT-TCAAAAATTACTAAGTAGGAGATT
65 ATAAAATAATACTAATCT-AATAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
34419 ATCTATTTAC
Statistics
Matches: 1768, Mismatches: 402, Indels: 165
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
526 4 0.00
527 52 0.03
528 17 0.01
529 126 0.07
530 88 0.05
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532 179 0.10
533 18 0.01
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537 227 0.13
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540 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (537 bp):
AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCGAAA
TAAAATAATACTAATCTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
TTTGCCGAACCAGTTCAAATAATTATGACTGTATGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAAATTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAATTATGTTTATCGAACCAGTT
CAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTATTCATACAAGATTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCA
AAAATTAATAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTT
GAACAATTATCTATTTC
Found at i:33358 original size:355 final size:353
Alignment explanation
Indices: 31643--34546 Score: 1717
Period size: 358 Copynumber: 8.2 Consensus size: 353
31633 ATCATTATTT
* * * * *
31643 CCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGA-ACAAAGAAGCTTATTT-TATATAAAATAAT-
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTCGA-ATAAAATAATG
* * * * * * *
31704 ACTAATTTATTAATATTTC-AAGAATTAGTATG--AGATTGAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAA
64 A-TAACTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGATT-TAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA
* * * * ** * * *
31765 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTTGAACAATTTTCTGTTTCAAATTGTTATAATCTTTTGTTC
125 -CAGTTCAAATAATTATGACTA--TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * ** * *
31830 TGTCATAAAATAATTATTT-TCGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAATTAAAGTAATACAAAATTAA
187 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATAAAAGCTTAT-TTAGAA-TAAAATAATATTAATTTAT
* * * * *
31892 AAATATTCTAAAAATCATAACTAAG-AGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTGCCGAACCA-GTTAA
249 TAATATTCCAAAAAT--TAA-TAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAA-CAGGTTCA
* * * * * * * *
31954 AACAATTAAAACTATATGAAGAATTATGTATTTTAAATTGTTCTTAG
309 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTT-AT-G
* * *
32001 -CTTTTGTTTTGTCATAAAGA-AATTATTTC-ATCTCATCCAAG-TTTTTTCGTAATAAAATAA-
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAAT
* * * ** *
32061 AACTAATTTTTTAATATTTCAAAATTTTAA-AAGTTAAAGATTTAAAAA-AAAT-TATTTA-CTG
63 GA-TAACTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--AAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATC-G
* * * *
32122 AACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
123 AA-CAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
32187 TTGTCATAAAATAATTATTT-TTTTCATACAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATCTAAT
186 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTAATTTATT
* * * * * * * * * *
32250 AAGATTCTAACAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTTTTTGCCAAACCA-CTTTAAA
250 AATATTCCAAAAATTAATAA-GAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGGTTCAAA
* * * *
32314 TAGTTA-AGGA-TGTATGAATAATTATCTATTGCAAATTGTTATGG
311 TAGTTATA--ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-G
* * * * * * *
32358 CCTTTTAG-TTTGTCGTAAAACAAAT-TTT-TAGTGCTTACTAA-CCTATTTGGAATAAAAGAA-
1 CCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTTCGAATAAAATAAT
* * * * * * *
32418 AACAAATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAG-AA-ATTTAAAAAATAATTATGTTTGTC
63 GA-TAACTTATTAATA-TTCAAAAA--ATTAA-TAAGAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATC
* * * * *
32481 AAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAAGAATTATCCATTTCAAATCATTATTACCTTTTGT
122 GAA-CAGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * **
32546 TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAACCAAATAATATTAATTTA-T
185 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATT
** * * * * * *
32610 AATATTTTAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCA-GTTCAATTAG
250 AATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGGTTCAAATAG
* **
32673 TTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATG
314 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
32713 ACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGTCTTA-TTCGGAATAAAGTAAT
1 -CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTC-GAATAAAATAAT
* * *** * ** * ***
32776 GCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTGA
63 GATAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAA-GATTTA-AAAATAAATCTGTTTATC-GA
* * * * *
32841 CCAATGCAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
124 ACAGTTCAAATAATTATGACT-ATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * * * * *
32906 GTCACAAAACAATTGTTGCTGTTCGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAAT-TCTAATTTATTAA
188 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATAT-TAATTTATTAA
* *
32970 TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAGGTTCAAATAG
252 TATTCCAAAAATTAATAAG-AA-A-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAGGTTCAAATAG
33035 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAG
314 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-G
*
33076 CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT-AT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATGAT
* * * * * * * * *
33140 AAACTGACTAATAATCCAACAATTAA-CA-AAA-ATTTAAAAATAAATCTATTTTTTGAACACGT
66 -AACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA-GT
* * *
33202 TCAAATATTTCTGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTAG-TTTGTCAT
129 TCAAATAATTATGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCAT
* * ** * * *
33266 AAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTCCTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCC
193 AAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCC
* * * *
33331 AAAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-TGAGTCCAAATAATTATG
258 AAAAATTAATAAG--AAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAG-GTTCAAATAGTTATA
* * *
33395 ACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
319 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * *
33430 ATCGTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAAT-
1 -CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCG-AATAAAATAATG
* * * * *
33493 ACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAGT-TGGAAG-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACA
64 A-TAACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-
* * * * * * *
33556 AGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACT-ATTACCAATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTG
126 AGTTCAAATAATTATGACTA-TTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * *
33620 TCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
189 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * ** * * * * *
33684 ATTTCAAAAATTAATAAG----CTTAAAAACCAAATCTATTTACTGGACCGGTTTAAATAATTAT
253 ATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTAT
* * *
33745 AATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATG
318 AACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * *
33781 AGC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGT-AAATATTGC
1 -CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATGA
* * *
33844 TAAAC-TAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTGA-CGAAC
65 T-AACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AA-AGATTTAAAAATAAATCTGTTT-ATCGAAC
* * * ** * * *
33907 TAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGACTTTTTGTTTAG
126 -AGTTCAAATAATTATGACTATT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTG
* * * * * * * * *
33972 TTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTATTTTATTAAC
189 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * *
34036 A-TCCAAGAAATTAATAAGCAAGGAA-TTAAAAAA-AAATCTA--CAGCCAAACAAGTTCAAATA
253 ATTCCAA-AAATTAATAAG-AA--AATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CCGAACAGGTTCAAATA
* * *
34096 GTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
313 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * * * *
34137 CCTTTTG-CTTATCATAAAACAATT-ATTC-AGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAAATTAAATAATA
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATG
* * **
34198 AT-ACTTTATTAATATTTC-AAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCG
64 ATAAC-TTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--AAAGATTT-AAAAATAAATCT-GTTTATCG
** * ** * * * *
34260 AATCAACTCAAATAGTTATGGTTGTTTGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTT
123 AA-CAGTTCAAATAATTATGACT-ATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * * ** *
34325 TTGTCATCAAACAATTGTTTTTCATCA-AACAAGCCTATTTGGAATAAAATAATACCAATTCATT
186 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAA-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATT
* * ** * * * * *
34389 AATATTTCAAAAATTACTAAG------TAGGAGAT-TATCTATTTACTGAACCA-GTTTAAATAT
250 AATATTCCAAAAATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAA-CAGGTTCAAATAG
* ** *
34446 TTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAA
314 TTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-G
* ** * * * *
34487 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTGATGTCCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATA
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATA
34547 TTGTTGAACC
Statistics
Matches: 2005, Mismatches: 410, Indels: 268
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Matches are distributed among these distances:
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363 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATGAT
AACTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAGTTC
AAATAATTATGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAA
AATTAATAAGAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATAACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
Found at i:34351 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
34310 TTATGAACTT
34320 TTGTTTTGTCATCAAACAA
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1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
34357 GCCTATTTGG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TTGTTTTGTCATCAAACAA
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34555 CCAGTTTAAG
* * ** ** **
34565 TAGTTAAGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CAATTTGTTTTGTTGTAAAA
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* * * * * * * *
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* * * * ** * ** *
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* * * * *
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1 TAGTTATGACTATTTGAATAAT--TATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAA
** * * *
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* ** * * * * **
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** ** * * *
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** * * *
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** * * *
35052 GATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAA
128 -AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
* * * * *
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1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * * * * * * * *
35172 TAATTTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTGACA
66 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
* * * *
35237 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAACAATAAATATGTTTATC-AAACAAGTTCAAA
131 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAA-AAGTTCAAA
** * * * * ** *
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1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA
** * * ** *
35353 CAATTGAGTC-AGTTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAA
66 CAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAA
* * * * * **
35417 AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAA
130 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
* * *
35470 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTTATCATAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTG-TTTTGTCATAAA
* * * * *
35534 ATAATTATTTCTATTCATAAAAAGCTTAGTCTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTA
65 ACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTA
* * * * *
35598 GAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACA-TTCAAA
128 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-AAAGTTCAAA
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1 TAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * *
35714 TCCAATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAA
64 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* **
35779 AAATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGCAAGTTCAAA
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAAAAAGTTCAAA
* * * * * *
35833 TAGTTATCACT-GTTGAACAATTATTTATTTCAAA-TAGTTATTA--TATTTTGTTTTGTTATAA
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGACCT-TTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
35894 AATAATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTGATTTATAAATATTTTGA
64 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA
* ** * * * ** *
35959 AAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGCCGAACAAGTTCAAA
129 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
* * * * * * * ** *
36013 TAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTAGTTCAAATCATTATGACC-TCCTATTTTGTCATAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * ** ** *
36077 AAATTATTTATATTCATGCAAAATTATTTAGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
66 CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
36136 TTGAAGATTT
Statistics
Matches: 1102, Mismatches: 246, Indels: 84
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 21 0.02
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Consensus pattern (182 bp):
TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAA
ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
Found at i:35693 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 35646--35695 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
35636 TTTGAACACA
35646 TTCAAATAGTTATGATAAT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
* * *
35665 TT-GAATAATTAT-CT-AT
1 TTCAAATAGTTATGATAAT
35681 TTCAAATAGTTATGA
1 TTCAAATAGTTATGA
35696 CCTTTTGTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 5
0.68 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 9 0.39
18 8 0.35
19 2 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
TTCAAATAGTTATGATAAT
Found at i:36014 original size:543 final size:539
Alignment explanation
Indices: 34574--36135 Score: 1545
Period size: 543 Copynumber: 2.9 Consensus size: 539
34564 GTAGTTAAGG
* * **
34574 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * *
34639 TATTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTGATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
66 TATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * *
34704 AACAA-ATTTAAAAATTGAATTTGTTGGCTTGACCAA-TACAAATTGTTATGACTGTTTG-AAAT
131 AA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTG-TTGAAAAT
* * * **
34766 GCTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCT-TTTGTATA
193 --TATTTATTTCAAA-TATTATGA--TTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATATA
* * ** ** * *
34830 AGCTTATTCGGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTT
253 AGCTTATTCAGAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTT
* * ** * **
34894 AAAAATTGAATCTGTTTATCGAAAAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTC
317 AAAAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * * *
34959 AAATTGCTATAACATTTTG-TTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATTACAAGCCTATTTCAA
382 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAAGCTTATTTGAA
* * *
35023 TTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
447 -TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
*
35088 ATTTATCGAATAAGTTCAAATAGCTATGA
511 ATTTATCGAACAAGTTCAAATAGCTATGA
* * ** ** * *
35117 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * * *
35182 TGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTGACAATTAATAAGT
66 TATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * ** *
35247 AAAAGATTTTAACAATAAATATGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAAT
131 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACT-GTTGAA-AAT
** * * ** ** *
35311 TATCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGAGTC-AGTTCATATAGG
193 TATTTATTTCAAAT-ATTATGA-TTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATATAAG
*
35375 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-GAGTAAGAGATTTAA
255 CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAG-GTAAGAGATTTAA
* * * *
35439 AAAATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
319 AAAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* *
35504 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTTATCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAAGCTTAGTCTGAA
384 ATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAAGCTTA-TTTGAA
* *
35569 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAGA-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATAT
447 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTC-AGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATAT
* * *
35632 ATTTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA
511 ATTTATCGAACA-AGTTCAAATAGCTATGA
* ***
35661 -TAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTTT
1 CT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTT
* * * *
35725 CTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATAAATAAG
65 CTATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
* * * *
35790 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTGAACAATT
130 TAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTGAA-AATT
* * * *
35855 ATTTATTTCAAATAGTTATTATATTTTGTTTTGTTATAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAGTT
194 ATTTATTTCAAATA-TTATGAT-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCT
* * * *
35920 TATTCAGAATAAAATAATACTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAA
257 TATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAA
* * * ** * * * * * *
35985 CTAAATATGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTAGTTCAAATC
322 ATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* ** * * * *
36050 ATTATGACCTCCTATTTTGTCATAAAAAAATTATTTATATTCATGCAAAA--TTATTTAGAATAA
387 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCAT-AAAAAGCTTATTT-GAATAA
*
36113 AATAATACT-AATCTATTAATATT
450 AATAATA-TAAATTTATTAATATT
36136 TTGAAGATTT
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 170, Indels: 52
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
540 2 0.00
541 30 0.04
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543 462 0.56
544 189 0.23
545 75 0.09
546 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (539 bp):
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
TATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTGAAAATTAT
TTATTTCAAATATTATGATTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTATTCATATAAGCTTATT
CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGGTAAGAGATTTAAAAAATGA
ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTCATAAAAAGCTTATTTGAATAAAATAAT
ATAAATTTATTAATATTCAGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAA
CAAGTTCAAATAGCTATGA
Found at i:37092 original size:173 final size:173
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Indices: 36774--37099 Score: 431
Period size: 173 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
36764 ATAAACTAAT
36774 TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTA
1 TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTA
* * * * * *
36839 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAA
66 ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGACTAACAAGTTAAAATAATGATGACCATTGAA
*
36904 ACAATTATTTATTTCAAATCGTTCTTGTTTGTCATAAAGCCTA
131 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTGTTTGTCATAAAGCCTA
* * * * * *
36947 TGTTTTTATTCATACAAGTTTATTTGAACTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATT
1 TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAATT
* * * * * *
37011 AGTAAGTTAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTGAATAAGTTCAAATAATGATGTCCATTG
65 AATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGACT-AACAAGTTAAAATAATGATGACCATTG
* *
37075 GAACTATTATCTATTTCAAATCGTT
129 AAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
37100 ATGACATTTT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 4
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
172 5 0.04
173 125 0.96
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (173 bp):
TGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTA
ATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTGACTAACAAGTTAAAATAATGATGACCATTGAA
ACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTTGTTTGTCATAAAGCCTA
Found at i:37681 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 37456--37681 Score: 291
Period size: 124 Copynumber: 1.8 Consensus size: 124
37446 TGACCTTTTG
* *
37456 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTATATATACTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATT
1 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTATATATACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATT
*
37521 AACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTTAAAAAAATCTATTTATCGAACATTGGT
66 AACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACATTGGT
**
37580 TTTA-TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATA-ATAGCTTATCT-AACATAAAATAATGTTACTTT
1 TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTT-ATATATA-CTTATCTGAA-ATAAAATAATACTACTTT
* ** *
37642 ATTAATATTTCA-AAAATTGAA-AAGTTAGAGATTTAAAAAA
63 ATTAACA-TTCAGAAAATT-AATAAGCAAGAAATTTAAAAAA
37682 TAAATTAGTT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 9, Indels: 10
0.82 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
123 27 0.31
124 55 0.62
125 6 0.07
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (124 bp):
TTTAGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTATATATACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATT
AACATTCAGAAAATTAATAAGCAAGAAATTTAAAAAAAATCTATTTATCGAACATTGGT
Found at i:40160 original size:180 final size:177
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 4.2 Consensus size: 177
39627 AATGGCTATG
* * * * *
39637 TGAACAATTCTCTATTTTAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTATTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTC
* * * * ** *
39702 ATATAAGTTTGTTTA-TAATAAAATAATATGAATTTATTAATATTTTGATAATT--AATAAGAGA
65 ATATAA-TCTGATTAGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGA
* * * *
39764 TTTAAAAAATAAAT-T-TGTATAAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATT
128 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATT
* * * * *
39812 TAAACAATTATTTATTTCAAACTATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAAAT-TTTTTGTTG
1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTC
* ** *
39876 ATATAATCCT-ATTTGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATGAATAAATAAT
65 ATATAAT-CTGATTAGGAATAAA-TAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT-TA-AAATAA-
* ** * ** * ***
39939 G-GATTTAAAAAATGAATCTA-TTGGCATGACCGGTACAAATAGTTATAATTGTT
124 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATAACAATT
* *
39992 TGAACAATTATCTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTTTGTTC
1 TGAACAATTATCTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTC
* *
40057 ATACAA-CTGATTAGGAATAACATAATTTTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTAAGAG
65 ATATAATCTGATTAGGAATAA-ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA-AA-TAAGAG
* * *
40121 ATTTAAAAACTAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
127 ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATT
*** * * * * * *
40172 TGAATTGTT-TCCCATTTTAAAT-TGCTATAACCTTTTGTTTTGTTATAAAATATAT-TTTTTGT
1 TGAACAATTAT-CTATTTCAAATAT--TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTG-
* * * ** * * *
40234 ATTCATA-AAGCTTGTTTCA--ATTAAAATAATACAAATTTATTAATA-TTCTGACAACTAATAA
62 -TTCATATAATC-TGATT-AGGAAT-AAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-AA
* * * * * * * * *
40295 GTAA-ATAATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCAAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATT
121 -TAAGA-GATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATT
* * *
40353 TGAACAATTATATAATTCAAATTGTTATG-CCTTTTGTTTTGTCA
1 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
40397 AACAGTCATA
Statistics
Matches: 455, Mismatches: 94, Indels: 67
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 8 0.02
174 37 0.08
175 45 0.10
176 1 0.00
178 22 0.05
179 18 0.04
180 196 0.43
181 118 0.26
182 8 0.02
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
TGAACAATTATCTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCA
TATAATCTGATTAGGAATAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAATAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATAACAATT
Found at i:41075 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 40404--41037 Score: 901
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 181
40394 TCAAACAGTC
* * * * * * * * * *
40404 ATAACTATTTGAGCTTGCT-CAATAAATAAATTTAGTTTTTGAATTTTTTATTTATTAAGTTTT-
1 ATAACTATTTGAACTTG-TACGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTG
* * * *
40467 GGAATATTAGTAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-TTTATATGAACAGAAACAATTGA
64 GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAAACAATTGT
* * *
40529 TTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAGCT-ATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAGTT
126 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATTAGTT
* * * * * *
40584 ATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTAGTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACT-TGTAC-GATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTG
*
40646 GAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTT
64 GGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTT
*
40711 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTT
129 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATTAGTT
40764 ATAACTATTTGAACTTGTACGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTGGG
1 ATAACTATTTGAACTTGTACGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTGGG
40829 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
66 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
40894 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATTAGTT
131 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATTAGTT
40945 ATAACTATTTGAACTTGTACGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTGGG
1 ATAACTATTTGAACTTGTACGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTGGG
41010 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
66 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATT
41038 TTGAATAAGT
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 25, Indels: 23
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 7 0.02
179 66 0.16
180 121 0.29
181 223 0.53
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATAACTATTTGAACTTGTACGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTGGG
AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGAATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAATTAGTT
Found at i:44635 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 44586--44628 Score: 86
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
44576 TATGGTGGTC
44586 GAAGCATGTCTTGAGAT
1 GAAGCATGTCTTGAGAT
44603 GAAGCATGTCTTGAGAT
1 GAAGCATGTCTTGAGAT
44620 GAAGCATGT
1 GAAGCATGT
44629 GTCGAGACCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 26 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.30, T:0.28
Consensus pattern (17 bp):
GAAGCATGTCTTGAGAT
Found at i:55021 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 54074--56191 Score: 1355
Period size: 180 Copynumber: 12.0 Consensus size: 181
54064 ATTCAAATAA
* * * * * * *
54074 GAACTGCTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATCTTTGAAATCTTAATA
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * *
54139 AATTAGTATTATTTTATTCCAAACAGGCTTGTAT-AATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
66 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
54202 AATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTT
130 AATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
54254 GAATTGATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** *
54315 AATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-TAATGAATTGAAACAATT-TTTTAATGATAAAAC
66 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT-ATGAACAGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAAC
* * * * * *
54378 AAAAT-ATCATAATGATTTTAAATATACAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTT
129 -AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
54431 GAATTTATTCAGA-AAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
1 GAACTGATTC-GATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
54495 AAAATTGGTATTATTTTACTTT-GGATAACCTTTTATGAACTGAAGCAATTGCTTTATGACAAAA
64 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * *
54559 CAAA-AGTCATAATGATTTTAAATA-TTAATCT-TTCAAATAGTCATAACTACTT
128 CAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * ** * *
54611 -AAGCTTATT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTCAAATGTTA
1 GAA-CTGATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * ** * * *
54674 ATATATTAGGATTATTTTGTTCTAAATAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTATGAC
63 ATAAATTAGTATTATTTTATT-T--CGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * ** **
54738 -TAA-AAATAGGTTAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTTATAGTTTTAACTATTT
124 AAAACAAAT-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
54795 GAACTGGTTTGACAAACACATTTAGTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * * *
54860 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACA
66 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
54925 AATGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTT
130 AATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
*
54977 -AACTAATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC---TT-A---TT--AATA--AAT-
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* ** * * * * *
55029 --TT-GTATTATTTTATTCCGTGTAAACTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGAAAAAACAA
66 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * *
55091 AAGGTCATAGCAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
131 ATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * * *
55142 GAACTTTTTCGGTAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTTCTTCTTAATTTTTG-AATGTTAAT
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
55206 AAATTAGTATTAATTTATTTCGAGTAAGC---T-T-----GAAACAAGTGCTTTTATGACAAAAT
65 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTTTATGACAAAAC
* * * * * * *
55262 AAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAAT-ATTAA-TCATAT
129 AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACT-ATTT
* * *
55315 AAACTGGTTCGATAAAC-AATTT-TTTTTT--ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTATTA
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * *
55375 AATTTA-TATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACGAACA-AAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
66 AA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * ** * *
55438 AATGGTGATAACTATTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTT
130 AATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * * * ** * ** * *
55490 GAACTCATTCAACAATTAGATTTATCTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAACATTATTA
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * ** * * * *
55555 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAA
66 AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * *
55620 AAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTCA-AA--A--T
131 ATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
** *
55666 ----T--TTC--T--ACTGA-TTA---ATTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTCT-AAATATTAA
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTT-TGAAATATTAA
* * * * * ** *
55715 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTACAATAAAAC
64 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
** * * * *
55780 AAAAAGTAATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT
129 AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
55833 TAACT-ATTCGGTAAA-TAGTATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAAC
1 GAACTGATTCGATAAACAAAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
55896 AAATTAGT-TTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTAT-AAGCTGAAATAATTATTTTATGACAAAA
65 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * * * *
55958 CAAAAT-ATCATAATGATTTGAAATAAACAATTATTTTATATAGTCTTAATTGTTT
128 C-AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTT
* ** * ** * * *
56013 GAA-TGGTTTAACAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTT-AGAATATTATT
1 GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAAT
* * * *
56076 AAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-AAAC
65 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
56139 AAATGGTTATAACAATTTGAAATACATAGTTGTTCAAATAGTTATAACTATTT
129 AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
56192 ATTTTTAGAT
Statistics
Matches: 1520, Mismatches: 312, Indels: 213
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 115 0.08
163 2 0.00
165 70 0.05
166 49 0.03
167 20 0.01
168 43 0.03
169 3 0.00
170 10 0.01
171 7 0.00
172 22 0.01
173 65 0.04
174 5 0.00
175 70 0.05
176 82 0.05
177 73 0.05
178 23 0.02
179 108 0.07
180 299 0.20
181 196 0.13
182 114 0.08
183 99 0.07
184 40 0.03
185 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
GAACTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
ATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
Found at i:55037 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 54852--55191 Score: 409
Period size: 165 Copynumber: 2.0 Consensus size: 167
54842 ATTTTTGAAA
** * *
54852 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATAA-AAAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTAT--TAACAAAAACAATTATTTTAT
* * * * *
54916 -AACAAAACAAATGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTT-AA
64 GAA-AAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAA
54979 CTAATTCGATAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTCTTACT
128 CTAATTCGATAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTTACT
* ** **
55018 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCCGTGTAAACTTGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATTAACAAAAACAATTATTTTATGA
* ** *
55083 AAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT
66 AAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTA
* * * * *
55148 TTTCGGTAAATAGATTTATTTTCTTAAATCTCTTTCT
131 ATTCGATAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTTACT
*
55185 TCTTAAT
1 TATTAAT
55192 TTTTGAATGT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 24, Indels: 7
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.02
165 64 0.44
166 60 0.41
167 19 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGTATTAACAAAAACAATTATTTTATGA
AAAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTA
ATTCGATAAACAAATTTATTTTCTTAAATCTCTTACT
Found at i:56293 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 55879--56524 Score: 721
Period size: 333 Copynumber: 1.9 Consensus size: 330
55869 TTACTTATAA
55879 AATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATAAGCTGAAATAATT
1 AATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAT-AGCTGAAATAATT
* * ** * * * * *
55944 ATTTTATGACAAAACAAAATATCATAATGATTTGA-AATAAACAATTATTTTATATAGTCTTAAT
65 ATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTT-ATAATAAACAATT-GTTCAAATAGCCATAAT
* * * * * * *
56008 TGTTTGAA-TGGTTTAACAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTTAGAATAT
128 TATTTGAACTGATTCAACAAACGAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATGAATTTTGA-AATAT
* * * *
56072 TATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGAC-A
192 TAATAAAGTAGAATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * *
56136 AACAAATGGTT-ATAACAATTTGAAATACATAGTTGTTCAAAT-AGTTATAACTATTTATTTTTA
257 AACAAA-AGTTCATAACAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATGA-TAATAACTATTTATTTTTA
56199 GATCTCTTAGT
320 GATCTCTTAGT
* * *
56210 AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTAT-GTTGAAAAAT
1 AATT-TTGAAATATTAACAAATTAGT-TTATTTTATTCT-AAATAAACTTGTATAGCTG--AAAT
* * * ** * *
56273 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTTATAATTTATAATTGTTCAAATGGCCATA
61 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTATAATAAACAATTGTTCAAATAGCCATA
* * *
56338 ATTATTTGAACTGATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATTAATTTTGAAATA
126 ATTATTTGAACTGATTCAACAAACGAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATGAATTTTGAAATA
* ** * * **
56403 TTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA
191 TTAATAAAGTAGAATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
56468 AAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATGATAATAACTATTT
256 AAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATGATAATAACTATTT
56525 GAGCTTGTTT
Statistics
Matches: 258, Mismatches: 47, Indels: 18
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
331 7 0.03
332 100 0.39
333 150 0.58
334 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (330 bp):
AATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATAGCTGAAATAATTA
TTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTATAATAAACAATTGTTCAAATAGCCATAATTAT
TTGAACTGATTCAACAAACGAATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATGAATTTTGAAATATTAAT
AAAGTAGAATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGTTCATAACAATTTGAAATACATAATTGTTCAAATGATAATAACTATTTATTTTTAGATCTC
TTAGT
Found at i:56646 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 56204--57281 Score: 955
Period size: 182 Copynumber: 6.0 Consensus size: 180
56194 TTTTAGATCT
* * * *
56204 CTTAGTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTG
1 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * **
56267 AAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAA-TTTATAATTTATAATTGTTCAAAT
65 --AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTA-AATAGATAATTGTTCAAAT
** * *** * *
56331 GGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCAATAAAC-TAATTTATTTTTTAAACCTCTTA
127 GATCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * ** *
56385 CTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * *
56449 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATGAT
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGAT
* *
56514 AATAACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATCTCTTG
130 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTG
* * *
56566 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACTG
1 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * * * ** * * *
56631 AAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAAT-AG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGA-
** * * ** * * * *
56695 TTTTAA-TCACTTGAA-ATGATTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTA
129 TCATAACT-ATTTGAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * *** * *
56747 CTTATTAAATTTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGATA-A
1 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGA-ACT
* * * * * * * * * *
56811 GAAATAGTTTTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAGCGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGA
64 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGA
* *
56875 TCATAACTATTTGAACTGGTTTGG-AAA-ATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA--TTTATTTTTTAAATCTCTTG
* * * * ** ** *
56927 CTTAATAATTTTTTAAATATTAATGAAGTAATATTATTTTATTTCGGATAAATTTTTATGAACT-
1 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAACTG
* *
56991 AGAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGG
65 A-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGA
* * * *
57056 TTATATCTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTG
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTG
* *
57109 CTTATTAATTTTTTTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTAAATAAGCTTGTATGAACTG
* * * ** * *
57174 AGATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-AG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGA-
* * **
57238 TCCTAACTATTTGAA-TTAGATCAGTAAAACATATTTATTTTTTA
129 TCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGT-AAACATATTTATTTTTTA
57282 TTATTAAATT
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 148, Indels: 61
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 2 0.00
179 7 0.01
180 244 0.34
181 174 0.24
182 274 0.38
183 17 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAACTGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGATC
ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTG
Found at i:56888 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 56204--57252 Score: 992
Period size: 362 Copynumber: 2.9 Consensus size: 360
56194 TTTTAGATCT
* * * * * * *****
56204 CTTAGTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAA
1 CTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACTA
* * * * * * ** * *
56269 AAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAATTT-ATAATTTATAATTGTTCAAATGG
66 GAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAG
** * * *
56333 CCATAAT-TATTTGAAC-TGATTCA-ATAAACTA-ATTTATTTTTTAAACCTCTTACTTATT-AA
130 TTAT-ATCTACTTGAACATG-TT-AGACAAAC-ACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAA
* * * * * *
56393 TTTTGAAATATTAATAAAGTAGAATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTG
191 TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTG
* * * *
56458 TTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATAATTTTAAGTAGATAATTGTTCAAATGATAATAACTAT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA-TAGATAATTGTTCAAATGATCATAACTAT
* * *
56523 TTGAGCTTGTTTGGTAAACATA-TTTATTTTTTCAAATCTCTTG
320 TTGAACTGGTTTGG-AAA-ATACTTTAGTTTTT-AAATCTCTTG
* * * * * *
56566 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATAAACT
1 CTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATAAACT
* * * ** *
56630 -GAAACAATTATTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATA
65 AG-AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * *
56694 GTTTTAATC-ACTTGAA-ATGATTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAAAT
129 GTTAT-ATCTACTTGAACATG-TTAGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAAT
* * ** * * *
56757 TTTTAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTATATGATA-AGAAATAGTTT
192 TTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA-ACTGAAATAATTG
** * *
56821 TTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAGCGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGATCATAACTAT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA-ATAGATAATTGTTCAAATGATCATAACTAT
56885 TTGAACTGGTTTGGAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
320 TTGAACTGGTTTGGAAAATA-CTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
* ** * * *
56927 CTTAATAATTTTTTAAATATTAATGAAGTAATATTATTTTATTTCGGATAAATTTTTATGAACTA
1 CTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACTA
* * * *
56992 GAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATGGT
66 GAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * * *
57057 TATATCTATTTGAACTTGTTAGGTAAACATATTAATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT
131 TATATCTACTTGAACATGTTAGACAAACACATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT
* * * * *
57122 TTAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTGAGATAATTGTTTT
195 TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTT
* * * *
57187 ATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAAT-AGTCCTAACTATTTG
260 ATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATGA-TCATAACTATTTG
57251 AA
323 AA
57253 TTAGATCAGT
Statistics
Matches: 554, Mismatches: 112, Indels: 41
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
360 6 0.01
361 140 0.25
362 294 0.53
363 112 0.20
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (360 bp):
CTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAACTA
GAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
TATATCTACTTGAACATGTTAGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTT
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGAAATAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATGATCATAACTATTTGAAC
TGGTTTGGAAAATACTTTAGTTTTTAAATCTCTTG
Found at i:57678 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 57280--59871 Score: 1807
Period size: 181 Copynumber: 14.4 Consensus size: 181
57270 ATTTATTTTT
* * * * * * * *
57280 TATTATTAAATTAGTATTA-CTTA-ATCAGAATAAGCTTATACGAAAAGAAACAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
57343 ACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGTCATAACTATTTGAA-T
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
57406 TGATTT-AGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTTTAAAA
130 TG-TTTGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** *
57455 CATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** *
57519 ACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAGAGGGACATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** *
57584 TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAA
130 TGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
57636 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
** * * **
57701 CAAAACAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATAACTATTTGAGTT
66 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** ** * * *
57765 TACTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
130 TGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
57817 TACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
* * *
57882 CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG
66 CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*
57946 TGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTTT-GAAA
130 TGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * *
57997 TATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAACCGTGTTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTG-TATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* ** * * * * *
58061 GACAAAACAAAAGGTCAAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAAGAACTATTTAAA
64 GACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
58126 CTTGTTCGATAAACTA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA--TTTAGGAA
128 CTTGTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAA
* * * ** * **
58179 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAGCCTATATGAACTGATGCAATT-ATTTAAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA-CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
** * * ** *
58243 ATC-AAACAAAAGGTCATAACAATTGGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGCTATTTGGAC
65 A-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
58307 TT-TTTAGGTAAACATATTTA-TTTTAAAATCTTTTACTTATT-A-TTTGAGGAA
129 TTGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAA
* ** * * *
58358 -ATATAATAAATTAATATTATTTTAAATCTAAGTAAGCTTGTATGAACA-AAATAATT-TTTTAT
1 TAT-TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
58420 ----AAA-AAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAACTATTTAAA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAA
* * * * *
58479 CTTATTCGATAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTATTTTTTTAATTTGTTTA-AA
128 CTTGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTA-CTTATTAA-TT-TTTAGAA
* * * * *
58536 TATTAACAAATTTGTGTTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGCAAA-AATTG-TTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTGTATGAACAG-AAACAATTGTTTTAT
* ** *
58598 GACAAAACAAAAGGTCTTAGCGA-TTGAAATAGATAATTGA-T-AAATAGTCATAACTATTTTAA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * *
58660 CTTGTTCAACAAATAGATTCATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGGAA
128 CTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
** * * * ** *
58713 TATTAATAAGCTAGAATATATGTTATTTCAAATAAACTTGTATGAGTAGAAATAATTGATTTGT-
1 TATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTG-TTT-TA
* * * * * * * *
58777 TGATAACACAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATAAATATTTGCA
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* *** * * * *
58842 CTGGGCAAGCTAACA-A-ATTCATTTTTGAAAT-TCATTAGTTTATTAATTTTTATAGAA
128 CT-TGTTTGATAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTA-CTTATTAA-TTTT-TAGAA
* *
58899 TATTAATATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGAC-TGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTT
1 TATT-A-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ACTTGTATGAAC-AGAAACAATTG-TTT
** * * * * * * *
58962 TATGAGTAACCAAATGGTCGTAATAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT--TAACTAATTG
61 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
59025 AA-TAGTTTAATAACA-A-ATTTATTTTTTTAACTCTTCTTACTTATTAATTTTCAAAA
126 AACTTGTTTGATAA-ATAGATTTA-TTTTTTAAATC-TCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * *
59081 TATTAATAAATTAATA-TATTTTATTTTGAA-CAAGTTATTTGAA-A-AAAAAATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAA-TTGTTTTATG
* * * * * *
59142 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATATGAAATCGATAATTATTTAAATAGTCATAATTTTTTGAAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AAC
* * * * * * *
59207 TAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTTCTT-GTTGATT-ATTTTT-GAAA
129 TTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTT-ATTAATTTTTAG-AA
* * * * * * * * *
59259 TATTAATTAGATTTGTTTTATTTTATTTTGAAT-AAGTTACTAAGAACTGAAAAAAATTGTTTTA
1 TATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTT-GTATGAACAG-AAACAATTGTTTTA
** * * * * * * * *
59323 CAATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATT-GTCATATAGCCTTAACTATTTGAA
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
59387 CTTGGTT--TAAATAAATTTA---TTGAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAA
128 CTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
59436 TAGTATTACATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATCTTGTACGAACAGAAATAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * *
59500 ACAGAACACAAGGTCTATAACAATTTGAAATATATAATTGCTT-AAATTAGTCATAACTTTTTGA
65 ACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAA-TAGTCATAACTATTTGA
* * * *
59564 AC-TGATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AA
127 ACTTG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* *** * ** *
59617 TATTAATAAATT-GCTATTATTTTATTTCAAATAGGTTTGTATTATGAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * *
59681 ACAAAACAAAAGTTCATGA-CATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC-
65 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * ** * *
59744 TGATTCGAAAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAA
130 TG-TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * *
59797 TATTAAT-AA--AGTAATATTTTATTTTGGATAAGCTTTTAT-AAGCTGCAAAACAATTGTTTTA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-CAG--AAACAATTGTTTTA
* *
59858 TGATAAAATAAAAG
63 TGACAAAACAAAAG
59872 CTAAAACAAT
Statistics
Matches: 1920, Mismatches: 381, Indels: 228
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 34 0.02
173 25 0.01
174 5 0.00
175 58 0.03
176 150 0.08
177 159 0.08
178 161 0.08
179 193 0.10
180 196 0.10
181 488 0.25
182 208 0.11
183 95 0.05
184 38 0.02
185 16 0.01
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188 11 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
Found at i:59679 original size:18 final size:19
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Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
59643 TCAAATAGGT
59653 TTGTATTATGA-AAAACAA
1 TTGTATTATGACAAAACAA
*
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1 TTGTATTATGACAAAACAA
59690 AAGTTCATGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTGTATTATGACAAAACAA
Found at i:59878 original size:31 final size:32
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59833 TATAAGCTGC
59843 AAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAAAAGCT
1 AAAACAATTGTTTTATGATTAAAATAAAAGCT
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1 AAAACAATTGTTTTATGATTAAAATAAAAG
59904 GTCATAACAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAAACAATTGTTTTATGATTAAAATAAAAGCT
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61709 ACTTCATATG
* * * * *
61719 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATGTATTTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTATGTGATT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
61783 TAAAAAATGAATCTGTTTATCAAATCATTTCAAATAATTAGGGGC-A-TTCAACAATTATCTATT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
61846 TCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTT-TGA-TCATTC
128 TCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATAC
* ** *
61898 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATGTGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
61963 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACATTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAACAATTATATATTGCA
66 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
* * * *
62027 AATTATTATAACCTTTTCGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTCACAC
131 AATTATTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * *
62078 AAGTTTA-TC-AGAATAAAATAATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGATA
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * ** * *
62139 TTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCT-TAT
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
62203 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCGGTAGAACAATT-TTTC-AGTTCTTAGT
127 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-C
*
62258 AA-CTTATTC-AGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGAT
1 AAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * *
62319 TTAAAAAATAATTCTGTTTGCCAAGCTAGTTCAAATAATTAT-ATCTATTTAAACAATTATTTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * *
62383 TTCAGATCGTTATGACATAAAGCAAATGTTT-TTTCAT-TCATAAAACAAATT-TTTTTTTTCAT
127 TTCAAATTATTATGAC------C---T-TTTGTTT--TGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCAT
*
62445 AT
179 AC
* * * * * * ** * *
62447 AAGTTTGTTTGAAATAAAACAAGATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAAGTAAAAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
62512 AAAAAATAAATCT-ATTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * *
62576 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATGCATA-
130 AAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * *
62626 TAGTCTTATTCGGAATAAAATAATGCTAATTTATGAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGTAACG-GA
1 AAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGA
* * ** * * * * * *
62689 TTTAAAAAACAAATCTATTGGCCTGACCAGTGCATATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTAT
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * * * **
62754 TTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTCTGTTTGTAC
127 TTCAAATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * *
62809 AAGCATATTCGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
1 AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * **
62874 AAAAAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * *
62939 AAATTGCTATCACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATGC
130 AAATTATTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
62991 AAGCTTATTTC-AAATAAAATTAATA
1 AAGCTTA-TTCGAAATAAAA-TAATA
63016 AGTAAAATAT
Statistics
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0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 4 0.00
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184 1 0.00
186 1 0.00
189 12 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.40
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AAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATTATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
Found at i:62875 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 61724--64021 Score: 751
Period size: 182 Copynumber: 12.8 Consensus size: 178
61714 ATATGAAGCT
* * * * * *
61724 TATTTGAAATAAAATAATACAAATGTATTTAATATTTCAAAAA-TAATAAGTATGTGATTTAAAA
1 TATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTA-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * * *
61788 AATGAATCTGTTTATCAAATCATTTCAAATAATTAGGGGC-A-TTCAACAATTATCTATTTCAAA
65 AATAAATCT-ATTA-CTGACCAGTTC-AATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * ** * * * * *
61851 TCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAATGTTT-TGAT-CATTCA-AG-CT
126 TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCT-ATGCA--CATAGTCA
* * ** *
61903 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATGTGTAAAAGATTTAAAAA
1 TATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* ** * * * * **
61968 ATAAATCTGTTTACCAAACATTTCAA-ATGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTGCAAATTA
66 ATAAATCT-ATTACTGACCAGTTCAATA-GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * *
62032 TTATAACCTTTTCGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGT-T
129 TTATGACCTTTT-GTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTATGCACA-TAGTCA
* * * *
62083 TA-TC-AGAATAAAATAATACT-ATTGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGATATTTAA
1 TATTCGA-AATAAAATAATGCTAATT-TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * ** * ** * *
62144 AAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGGTTATATGAACAATTCT-TATTTCAA
63 AAAATAAATCT-ATT-ACTGACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* ** ** * * ** * *
62208 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCGGTAGAACAATT-TTTC-A-GTTCTTAGTAACT
125 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTATC-AAAAAATAATTGTTTCTATGCACATAGT--CA
**
62262 TATTC-AGAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTTC-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
1 TATTCGA-AATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * ** * * * * *
62324 AAATAATTCTGTTTGCCAAGCTAGTTCAAATAATTAT-ATCTATTTAAACAATTATTTATTTCAG
64 AAATAAATCT-ATTACTGA-CCAGTTC-AATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* * * * *
62388 ATCGTTATGACATAAAGCAAATGTTT-TTTCATTCATAAAACA-AATT-TTTTTTTTCATATAAG
125 ATCGTTATGAC------C---T-TTTGTTTTA-TCA-AAAA-ATAATTGTTTCTATGCACAT-AG
*
62450 T-T
176 TCA
* * * * ** * *
62452 TGTTTGAAATAAAACAA-GATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TATTCGAAATAAAATAATG-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
62516 AATAAATCTATTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATC
65 AATAAATCTATTACT-GACCAGTTCAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * *
62581 ATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATGCATATAGTCT
128 GTTATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTATGCACATAGTCA
* * *
62632 TATTCGGAATAAAATAATGCTAATTTATGAATA-TTCTAAAAGTTAATAAGTAACG-GATTTAAA
1 TATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAA
* * * * * *
62695 AAACAAATCTATTGGCCTGACCAGTGCATATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAA
64 AAATAAATCTATT--ACTGACCAGTTCA-ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* *
62760 TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTCTGTTTGTACA-AG-CA
126 TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCA-AAAAATAATTGTTTC--TATGCACATAGTCA
* *
62814 TATTCGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
1 TATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * *
62879 ATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
66 ATAAATCTA-TTACTG-ACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * * * * * *
62944 GCTATCACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATGCA-AG-CT
128 GTTATGACC-TTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTATGCA--CATAGTCA
* * * ** **** **
62996 TATTTC-AAATAAAATTAA---TAA-GTA-AAATATTT-AAAAAATAA-ATCT-TTTTACCTAAT
1 TA-TTCGAAATAAAA-TAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-
** * * * *
63052 AAGTTCAAA--TAGTTA-TGACTATTTGAA-A---A--ATTA-TT-----------TATTTCAAA
63 AAAAT-AAATCTA-TTACTGACCAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * * ** *
63096 TTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTTCACACAAACT
126 TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTATGCACATAGTCA
* * * * **** * *
63149 TATTTGGATTAAAATAAT-ATGAATTTATTAATATTTTGCCAATTAATAAG-AAAAGATTT-TAA
1 TATTCGAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
63211 AATAAATTTGTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT
65 AATAAATCTATTACT-G-ACCAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * * * * * *
63275 C-TTTTGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATC-AGTTCATATAGGCT
127 CGTTATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTA-TGCACATAGTCA
* * * **
63326 TATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTTAACGAGTAAGAGATTTAAGA
1 TATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-A
* * * * *
63390 AAATGAATCTACTTAATGAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
64 AAATAAATCTA-TTACTG-ACCAGTTCAA-TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * ** * *
63455 TCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACA-AG-CT
126 TCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTATGC--ACATAGTCA
* * * *
63508 TATTCCG-AATAAAATAAT--TAAATTTGTCAATATTCCAAAAATTAATAAGTCAA-A-A-TAAA
1 TATT-CGAAATAAAATAATGCT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAA
** *
63567 AAAATAAATCTATTTTTGAACCTA-TTCAAATAATTATGACTATTTATCTATTTGAACAATTATC
63 AAAATAAATCTATTACTG-ACC-AGTTC-AATAGTTATG-------A-CTATTTGAACAATTATC
* * * ** * *
63631 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACA-AG-CT
117 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTATGC--ACATAGTCA
* * * *
63692 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTTAA-ATATTTAAAA
1 TATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAA
* * * * * *
63756 AATAAATATGTTTACTGAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAAT
65 AATAAATCT-ATTACTGA-CCAGTT-CAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* * * * * *
63821 AGTTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCAAACA-AGT-T
127 CGTTATGAC-CTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTATGC--ACATAGTCA
* * *** * * *
63873 TATTCTG-AATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAA
1 TATTC-GAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * * * * *
63937 AAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCACATG-C-ACTTGAACAGTTATCTATTTC
64 AAATAAATCT-ATTACT-G-ACCAGTTC-AATAGT--TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* *
63999 AAATTGTTATGAACTTTTGTTTT
123 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
64022 GTCGTAGAAA
Statistics
Matches: 1649, Mismatches: 313, Indels: 311
0.73 0.14 0.14
Matches are distributed among these distances:
151 2 0.00
152 6 0.00
153 39 0.02
154 18 0.01
155 2 0.00
156 5 0.00
157 14 0.01
158 7 0.00
159 8 0.00
160 2 0.00
161 1 0.00
164 1 0.00
165 2 0.00
166 6 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
171 1 0.00
172 2 0.00
173 5 0.00
174 2 0.00
175 9 0.01
176 13 0.01
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179 224 0.14
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181 238 0.14
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183 32 0.02
184 62 0.04
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187 15 0.01
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193 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
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TATTCGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
ATAAATCTATTACTGACCAGTTCAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
ATGACCTTTTGTTTTATCAAAAAATAATTGTTTCTATGCACATAGTCA
Found at i:63028 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 62852--63134 Score: 435
Period size: 154 Copynumber: 1.8 Consensus size: 154
62842 TAATATTTCA
* *
62852 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCT-AACAAGTTCAAATAGTTATGA
* *
62916 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTT
65 CTATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCA-CTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT
62980 TCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
129 TCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
* * *
63006 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATAAGTTCAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * *
63071 TATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
66 TATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTT
63135 TCTTCACACA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 11, Indels: 4
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
153 23 0.20
154 91 0.78
155 2 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAAAAATTATCTATTTCAAATTGCTATCACTTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTC
TATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
Found at i:63197 original size:517 final size:510
Alignment explanation
Indices: 62490--63522 Score: 1205
Period size: 512 Copynumber: 2.0 Consensus size: 510
62480 TAATATTTTG
*
62490 AAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTACTAAACCAGTTCAATTAGTTATAACT
1 AAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTACTAAA-CAGTTCAAATAGTTATAACT
* * *
62555 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA
65 ATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* * ** *
62620 TGCATATAGTCTTATTCGGAATAAAATAATGCTAATTTATGAATATTCTAAAAGTTAATAAGTAA
130 TGCACACAAACTTATTCGGAATAAAATAATGATAATTTATGAATATTCTAAAAGTTAATAAG-AA
** * * * * * * * *
62685 CGGATTTAAAAAACAAATCTATTGGCCTG-ACCAGTGCATATAGTTATGATTGTTTGAACAATTA
194 AAGATTT-AAAAACAAATCTATT-ACC-GAACAAGTGCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTA
* * * * * **
62749 TCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAAATAATTGTTTCTGTTTGTACAAGCA
256 TCTATTTCAAATC-TTATGACCTTTTGTTTCATCA-AAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCA
* * *
62814 TATTCGAAATAATATAATTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA-A
319 TATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAGA
* * * *
62877 AAATTAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
383 AAATGAATCTACTTAATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
** * * *
62942 TTGCTATCACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATGCAAGCTTATTTCAAAT
448 TCACTATCACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
* * * *
63006 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCTAATA-AGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATC-TATTA-CTAA-ACAGTTCAAATAGTTATAA
** ** *
63070 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
63 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * * **
63135 TCTTCACACAAACTTATTTGGATTAAAATAAT-ATGAATTTATTAATATTTTGCCAA-TTAATAA
128 TATGCACACAAACTTATTCGGAATAAAATAATGAT-AATTTATGAATATTCT-AAAAGTTAATAA
* * * * * * *
63198 GAAAAGATTTTAAAATAAATTTGTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATAATTA
191 GAAAAGATTTAAAAACAAATCTATTACCGAACAAGTGCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTA
* * * * * *
63263 TCTATTTCAAATCTTTTGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTATCAGTTCATATAGGCTTA
256 TCTATTTCAAATCTTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCATA
* * *
63328 TTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTTAACGAGTAAGAGATTTAAGAAAA
321 TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAGAAAA
* *
63393 TGAATCTACTTAATGAACAAGTTCAATTAGTTATGATTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
386 TGAATCTACTTAATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA
* * * *
63458 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCGAAT
451 CTATCACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
63518 AAAAT
1 AAAAT
63523 AATTAAATTT
Statistics
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0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
512 126 0.29
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515 11 0.03
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518 6 0.01
519 1 0.00
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Consensus pattern (510 bp):
AAAATTAAAAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTACTAAACAGTTCAAATAGTTATAACTA
TTTGAAAAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTAT
GCACACAAACTTATTCGGAATAAAATAATGATAATTTATGAATATTCTAAAAGTTAATAAGAAAA
GATTTAAAAACAAATCTATTACCGAACAAGTGCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATCTAT
TTCAAATCTTATGACCTTTTGTTTCATCAAAAAACAATTGTATCAGTTCATACAAGCATATTCGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGATTTAAGAAAATGAAT
CTACTTAATGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCACTATC
ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCCAAAT
Found at i:63903 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 63006--64050 Score: 930
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 181
62996 TATTTCAAAT
* * *
63006 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATCTTTTTACCT-AATAAGTTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
63070 CTATTTGAAAAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * * ***
63135 TCTTCACACAAACTTATT-TGGATTAAAATAATA-TGAATTTATTAATATTTTG
130 TATTCATACAAGCTTATTCT-GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
** * * *
63187 CCAATTAATAAG-AAAAGATTT-TAAAATAAAT-T-TGTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCATA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT-TTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
63247 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAAT-CTTTTGACCTTTTGTTTCATTATAAAACAATTGTAT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * *
63311 C-AGTTCATATAGGCTTATTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTA
129 CTA-TTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* ** * * * * *
63364 AAATTTAACGAGTAAGAGATTTAAGAAAATGAATCTACTTAATGAACAAGTTCAATTAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * *
63429 TTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * *
63493 CTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAAT--TAAATTTGTCAATATTCCA
129 CTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCA
* * * * *
63545 AAAATTAATAAGTCAAA-A-TAAAAAAATAAATCTATTT-TTGAACCTA-TTCAAATAATTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATG-
* *
63606 CTATTTATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAACCA
64 ------A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACA
**
63670 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
122 ATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * * * *
63730 AAAATTAATAAGTTAAATATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAGCAAGTTAAAATAGTTATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * *
63795 TATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATAGTTATG-CTCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTC
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGAC-CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTC
* * * ***
63859 TATTCAAACAAGTTTATTCTGAATAAAATTATACTAATTTATTAATATTTTG
130 TATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
* * * ** * * *
63911 CAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTCACA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACT-GAACAAGTTCAAATAGT--TA
* * * * * * * *
63975 TG-C-ACTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCGTAGAAA-AAGTA
62 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATA-AAACAATTG
64037 TTTCTATTCATACA
126 TTTCTATTCATACA
64051 TATTCTGCAA
Statistics
Matches: 705, Mismatches: 119, Indels: 79
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Matches are distributed among these distances:
176 1 0.00
177 92 0.13
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
ATTCATACAAGCTTATTCTGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCA
Found at i:64168 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 63903--64180 Score: 432
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
63893 TAATTTATTA
* *
63903 ATATTTTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
1 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
63968 AGTCACATGCACTTGAACAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCGTAGAAAA
66 AGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATA-AAAA
64033 AGTATTTCTATTCATAC
130 AGTATTTCTATTCATAC
* * *
64050 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAGCAAGTTGACAT
1 ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
** *
64114 AGTCATGTCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAA
66 AGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAA
64179 GT
131 GT
64181 TGTTTATGTT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 12, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
145 7 0.06
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (146 bp):
ATATTCTGCAATTTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAAT
AGTCACATCCACTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAAAA
GTATTTCTATTCATAC
Found at i:65125 original size:542 final size:539
Alignment explanation
Indices: 64129--66348 Score: 1405
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64119 TGTCCACTTA
64129 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAGTTGTTT-ATGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCA-GTTC
* **
64192 ATACAGAA-TTATTGAAAATAAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T-TT-A-TAAGA
64 ATA-AAAACTTATTG-AAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGA
* * * * * * *
64252 GATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCTAACTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCT
126 GATTTAAAAACTAAAGCTATTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCA
* * * * **
64317 ATCTCAAATTGTTGTGAACTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATTTGG
191 ATCTCAAATCGTTATGAACATTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCATTCAG
* * *
64382 ATTAAAATAATACTGATTTAATAATATTCCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
256 ATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
*
64447 GATTTGCTAAGCCAATTCAAATCATTAGGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTTTGA
321 GATTTGCTAAGCCAATTCAAATCATTAGGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTGA
* * * * * * *
64512 AATTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGTTTATATAAGTTTATTCAGAATAAAATATTACT
386 AATTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAGAAGAAAATAATACA
* *
64577 AATTTATTAACTTTCGAAAAGTT-AGTAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAAT
451 AATTTATTAACTTTCGAAAAGTTCA-TAACCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAAAC
64641 AAGTTCAAATAGATAAGACTATTTG
515 AAGTTCAAATAGATAAGACTATTTG
* ** *
64666 AACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
*
64731 AAAAACTTACTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAAAT
66 AAAAACTTA-TTGAAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGAT
*
64796 TTAAAAACTAAAGCTATTT-TTTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATC
129 TTAAAAACTAAAGCTATTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATC
* * * *
64860 TTAAATCGTTATGATA-ATTGTTTTGTCATA-AAGTAATTGTTT-TTGATCATATAAGCTGATTC
194 TCAAATCGTTATGA-ACATTATTTTGTCATAGAA-CAATTGTTTCTT-ATCATACAAGC--ATTC
* *
64922 AGATAAAAATAGTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
254 AGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * ** * *
64987 T-GTGTTTGCTGAA-TTAGTTTGAAT-AGTTAAGG-CTATTAGAATAATTATCTATTTCAACTCA
319 TAG-ATTTGCT-AAGCCAATTCAAATCA-TT-AGGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCA
* * * **
65048 TTCT-AACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTTGGAAGAAAA
380 TTCTGAA-ATTTTATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAGAAGAAAA
* * * * *
65112 TAATACAAATTTATTAACTTTTGAAAATTTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTA
444 TAATACAAATTTATTAACTTTCGAAAAGTTCATAACCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * *
65177 TTGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
509 CTAAACAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTG
* * * ** * * * **
65208 AATAATTATGTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTTTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* * * * * * * * *
65272 ACAAGCATATTTGGATTAAATTAATATTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 AAAAACTTA-TTGAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGAT
* * ** * * * * * * * * *
65337 TT-AGAATTAAATATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAGGACTA-TAAGAATAATTATCTAT
129 TTAAAAACTAAAGCTATTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAAATATCAAT
* * * * * * * * * * *
65400 TTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAGT-TCATACAAGCTTATTT
193 CTCAAATCGTTATGAACATT-ATTTTGTCATAGAACAATTGTTTC-TTATCATACAAGC--ATTC
* * * * * * * *
65464 GGA-ATAAAATAATACTAACTTATTAACT-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATT
254 AGATA-AAAATAATACTAATTTAATAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT
* * * * ** * * *
65527 AAATCTG-TTTACTGAA--CAAGTTCAAATAAATATAACTATTTA-AACAATTATCTATTTAAAA
316 AAAT-AGATTTGCT-AAGCCAA-TTCAAATCATTAGGACTA-TTAGAATAATTATATATTTCAAA
*** * ** * * * * * * * *
65588 TTGCTATGACTTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATTC-GAAAT
377 TCATTCTGAAATTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAG-AAG
** * * * * * * *
65651 AAAATAATAGTACTTTATTAATATTTC-AAAAATT-ATTAAGCAAGAGATTT-AAAAACTAAAGC
440 AAAATAATACAAATTTATTAA-CTTTCGAAAAGTTCA-TAACCAAGAAATTTGAAAAAATAAATC
** * * * * *
65713 TATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA
503 TATTTACTAAACAAGTTCAAATAGATAAGACTATTTG
* * * * * * * * *
65750 AATAAATATCAATCTCACA-TGATTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATTG-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
* * * * * * ** *
65813 TACAAGCTGATTCGATA-AAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGA
65 TAAAAACTTATT-GAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGA
* * * * * ** * * *
65877 TTTAAAAAATAAATG-TGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAACACTA-TTAGAATAATTATCT
128 TTTAAAAACTAAA-GCTATTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAAATATCA
* * * * * * * *
65940 ATTTCAAATCGTTCT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC-AATTCAAACAAGCTTA
191 ATCTCAAATCGTTATGAACATTAT-TTT-GTCATAGAACAATTGTTTCTTA-TCATACAAGC--A
** * ** * *
66003 TTTGGA-AGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAA
251 TTCAGATA-AAAATAATACTAATTTAATAA-TATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
* * * * * * * * *
66066 AATAAATCGATTTACCGAA--CAGGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
313 AATAAATAGATTT-GCTAAGCCA-ATTCAAATCA-TTAGGACTATTAGAATAATTATATATTTCA
* * * * * * * * * ** * *
66128 AATCGTTATGAACTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAATTTATCCAAAA
375 AATCATTCTGAAATTTT-ATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAGAA
* ** * ** * **
66192 TAAAATAATATTACTTTATTAA-TATT-TTAAAGATCAATAAGTAA-AAGATTT-AAAAAATAAA
439 GAAAATAATACAAATTTATTAACT-TTCGAAAAGTTC-ATAACCAAGAA-ATTTGAAAAAATAAA
* * * *
66253 AC-AGTTTATCGAATC-ACTTCAAATA-ATTATA-ACTATTTG
501 TCTA-TTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGA-TA-AGACTATTTG
* * * *
66292 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
66349 TTCAACATAC
Statistics
Matches: 1360, Mismatches: 255, Indels: 130
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
536 4 0.00
537 92 0.07
538 7 0.01
539 6 0.00
540 95 0.07
541 227 0.17
542 755 0.56
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544 13 0.01
545 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (539 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
AAAAACTTATTGAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGAGATTT
AAAAACTAAAGCTATTTATCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAATCTC
AAATCGTTATGAACATTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTATCATACAAGCATTCAGATAAA
AATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAGATTT
GCTAAGCCAATTCAAATCATTAGGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTGAAATTT
TATTTAGTCATAAAATAATTATTTCAATTTATACAAGCTTATTCAGAAGAAAATAATACAAATTT
ATTAACTTTCGAAAAGTTCATAACCAAGAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTC
AAATAGATAAGACTATTTG
Found at i:65493 original size:903 final size:900
Alignment explanation
Indices: 64211--66168 Score: 2812
Period size: 903 Copynumber: 2.2 Consensus size: 900
64201 TATTGAAAAT
* * * *
64211 AAAATAATACTGATTTATTAATATTTTGAAAATTTATAAG--AG-ATTT-AAAAACTAAATCTGT
1 AAAATAATACTAATTTATTAA-CTTTTGAAAATTTATAAGCAAGAATTTGAAAAAATAAATTTGT
* * *
64272 TTATCT-AACTA-GTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGTTGTGAA
65 TTAT-TGAAC-AGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAA
* *
64335 CTTTATTTTGTCATAGAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATTTGGATTAAAATAATACTGATT
128 CTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATTTGGATTAAAATAATACTAATT
* *
64400 TAATAATATTCCAAAACTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAGATTTGCTAAGCCAATTC
193 TAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAGATTTGCGAAGCCAATTC
* **
64465 AAATCATTAGGACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCATTTTGAAATTTTGTTTAGTCATAA
258 AAATCATTAGGACTATAAGAATAATTATATATTTCAAATCATTTTGAAATTTCATTTAGTCATAA
* * * * * *
64530 AATAATTATTTCAGTTTATATAAGTTTATTCAGAATAAAATATTACTAATTTATTAACTTTCGAA
323 AATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAA
* * * * *
64595 AAGTTAGTAACCAAGAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAATAAGTTCAAATAGATA-AGA
388 AAATTAATAACCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAAATATA-A
* * *
64659 CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAAAACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTC
452 CTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTAAAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTC
*
64724 AGTTCATAAAAACTTACTT-GAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAG
517 AGTTCATAAAAACTTA-TTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAG
*
64788 TAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAA
581 CAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAA
* * * *
64852 TATCAATCTTAAATCG-TTATGATAATTGTTTTGTCATAAAGTAATTGTTTTTGATCATATAAGC
646 TATCAATCTCAAAT-GATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGC
*
64916 TGATTCAGATAAAAATAGTACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
710 TGATTC-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** * ** ** *
64981 AATAAATGTGTTTGCTGAATTAGTTTGAATAGTTAAGGCTATTAGAATAATTATCTATTTCAACT
774 AATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
* * *
65046 CATTCTAACCTTTTATTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTTATACAAGCTTATTTGGAAG
839 CATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAAG
*
65108 AAAATAATACAAATTTATTAACTTTTGAAAATTTCATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAATTT-ATAAGCAAG-AATTTGAAAAAATAAATTTG
* * * *
65173 TTTATTGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATGTATCTCAAATCATTATGATC
64 TTTATTGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAAC
* * *
65238 TTTATTTTGTCATAAAACAGTTGTTTCTTTTCATACAAGCATATTTGGATTAAATTAATATTAAT
129 TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGC--ATTTGGATTAAAATAATACTAAT
* * * * *
65303 TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AGAATTAAATATG-TTTGTCGAA-CTAG
192 TTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA-GATTTG-CGAAGCCAA
* **
65365 TTCAAAT-AGTTAGGACTATAAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTCATTTAGTC
255 TTCAAATCA-TTAGGACTATAAGAATAATTATATATTTCAAATCATTTTGAAATTTCATTTAGTC
**
65429 ATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTT
319 ATAAAATAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTT
* * * *
65494 CAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAATTAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAAATA
384 CAAAAAATTAATAACCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAAATA
** * *
65559 TAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
449 TAACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTAAAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGT
*
65624 TTCAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTA
514 TTCAGTTCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTA
* *
65689 AGCAAGAGATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATA
579 AGCAAGAAATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACA
* **
65754 AATATCAATCTCACATGATTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAG
644 AATATCAATCTCAAATGATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAG
* **
65819 CTGATTCGATAAAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
709 CTGATTCGATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
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774 AATAAATGTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAT
* *
65949 CGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAAG
839 CATTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAAG
* * *
66011 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAAATTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAA-TCG
1 AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTG-AAAATTTATAAGCAAGA-ATTTGAAAAAATAAATTTG
** * *
66075 ATTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAA
64 -TTTATTGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAA
* *
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128 C-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
66169 AGTTCATAAA
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AAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAATTTATAAGCAAGAATTTGAAAAAATAAATTTGTT
TATTGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGAACTT
TATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAA
TAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAGATTTGCGAAGCCAATTCAAA
TCATTAGGACTATAAGAATAATTATATATTTCAAATCATTTTGAAATTTCATTTAGTCATAAAAT
AATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAACTTATTAACTTTCAAAAAA
TTAATAACCAAAAAATTTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAAATATAACTAT
TTAAACAATTATCTATTTAAAATTGCTAAAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAGTT
CATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTATTAAGCAAGA
AATTTAAAAACTAAAGCTATTTTTTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCA
ATCTCAAATGATTATGATAATTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGATCATACAAGCTGATTC
GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
GTGTTTACCAAATCAGTTCAAATAGTTAACACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTA
ACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCAAACAAGCTTATTTGGAAG
Found at i:66306 original size:16 final size:17
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Statistics
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AATAATTATACTATTTG
Found at i:66376 original size:181 final size:178
Alignment explanation
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* * * * * * * * *
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* * *
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* * **
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* * *
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* * * * * * * *
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65 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--ATC
* * * * * *
64368 ATACAAGC--ATTTGGATTAAAATAATACTGATTTAATAATATTCCAAAAC
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *
64727 TCATAAAAACTTACTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAA
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* * * * * **
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * ** * *
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1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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64 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC--AT
* * * * * *
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* * * * * *
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1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * ** * * *
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* * *
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128 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA
* * * * ** *
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1 TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTA
* * * * * * *
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63 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--
* * * * *
65630 TCATAAAAACTTATTCGAAATAAAATAATAGTACTTTATTAATATTTCAAAAA
126 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
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1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * *
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* * * * * **
65811 CATACAAGCTGATTCGATA-AAAATAATACTAATTTAATATTATTTTGAAAA
127 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * **
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1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
65927 AGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTC
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* * * *
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128 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-TATTTCAAAAA
* * *
66043 TTAATATGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATC-GATTTACCGAACAGGTTCAAATAGTTATGACTA
1 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTG-TTTATCGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTA
* * * *
66107 TTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGT
63 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA--
* ** *** * * * *
66172 TCATAAAAATTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTTAAAGA
126 TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
66225 TCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAACAGTTTATCGAATCACTTCAAATAATTATAACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
66290 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAAC
65 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCATC
*
66355 ATACAAGCTTATTTTAAATAAAAT
128 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
66379 CATTATTTCC
Statistics
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TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATCATA
CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
Found at i:66416 original size:67 final size:66
Alignment explanation
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66298 TATCTATTTC
*
66308 AAATCGTTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
1 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAA
66373 TA
65 TA
* * *
66375 AAATCATTATTTCCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTGAACATACAAGCTTATTTTATAT
1 AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAT
66440 A
66 A
66441 AAAT
1 AAAT
66445 AATACTAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAATCATTATTACCTTTCGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCAACATACAAGCTTATTTTAAAT
A
Found at i:66937 original size:179 final size:176
Alignment explanation
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66377 ATCATTATTT
* * * * * * ** *
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* * *
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* *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* **
66871 GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAA
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** * *
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1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * * **
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* * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * ** *
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** ** *
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* ** * * * * * *
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* * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * *
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* * ** ** *
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* * ** * ** *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* ** * ** * * * * *
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* * * * ***
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* * * * * * *
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* *
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* * ** *
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* ** * * * * * ** *
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* * * * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * ** * * * * *
68506 GC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGT-AAATATTGCT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTC-ATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
** * * * * *
68569 AAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATGTGTTTGAC-GAACT
65 AATTTATTAATATT-TCAAAATT-A-AAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTT-ACTGAACC
* * * * * *
68632 AGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA
125 AGTTCAAATAATTATA-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
* * * * *
68684 CTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * ** * * *
68749 ATTTTATTAACA-TCCAAAAAATTAATAAGCAAG-GAATTAAAAAA-AAA--ATCTGCTGCCAAA
65 AATTTATTAATATTTC--AAAATT-A-AAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTG---AA
* * * * **
68809 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGG
123 CCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
* * * * * * * * *
68863 CCTTTTG-CTTATCATAAAACAATTA-TTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAAT
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * *
68926 ACTTTATTAACATTTAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-TCGAATC
65 AATTTATTAATATTT-CAAAATT-A-AAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTA-TTTACT-GAA-C
* ** * *** * * * * **
68990 AACAT-AAATAGTTATTGGTTGTTTGAATAATTATCCAATTCAAATCATTATGAA
124 CAGTTCAAATAATTA-TAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AA
* * * * **
69044 -CTTTTGTTTTGTCATCAAACAATTGTTTTTCA-TCAAACAAGCCTATTTCG-AATAAAATAATA
1 CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-T-TATTTCATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATA
* ** * *
69106 CTAATTCATTAATATTTCAAAAATT-AA--TA-AG---TAGGAGAT-TATCTATTTACTGAACCA
63 CTAATTTATTAATATTTC-AAAATTAAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATTTACTGAACCA
* * * * **
69163 GTTTAAATATTTATAACTATTTGAATAATTATATA-TTCAAATCATTATAA
126 GTTCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
*
69213 CCTTTTGTTTTTTGTCATAAAACAATTATT
1 CCTTTTG--TTTTGTCATAAAATAATTATT
69243 GATGTCCATA
Statistics
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0.71 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
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153 2 0.00
154 5 0.00
155 7 0.00
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162 3 0.00
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170 25 0.01
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183 16 0.01
184 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTTCAAAATTAAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTATTTACTGAACCAGTTCA
AATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA
Found at i:67615 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 67144--69274 Score: 1610
Period size: 181 Copynumber: 12.0 Consensus size: 178
67134 CTTACTAACA
* * * * * * * *
67144 AATTTACTAATATTTCAAAAATTATTAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCAAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAA-CA
* * *
67209 GTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
67274 ATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATCAAATAATATT
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
** * * *
67325 AATTTA-TAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGT
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAA-CAGT
* * * *
67386 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
* * *
67451 AAAACAATTGTTTCTGTTCATA-TAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCT
130 AAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCGGAATAAAATAATACT
** * ** * * *** *
67500 AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTGACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-GATTTA-AAAATAAATCTATTTATC-GAACA
* * * * *
67565 ATGCAAATAATTATGGCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
67630 ACAAAACAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTATTCAGAATAATATAATTCT
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * *
67681 AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAAC-A
* * * *
67746 GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTT
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * *
67811 ATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATA-T
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
67861 AAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAATAAATCTATTT-TCTGAACAC
1 -AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATC-GAACA-
* * *
67925 GTTCAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTAG-TTTGT
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGT
* * * * ** *
67988 CATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAAAATAAAATAATATT
127 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * **
68040 AATTTATTAA-AATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGAGTGA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGA-ACA
* * * * ** *
68104 GTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
68169 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACT
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * * * * * *
68220 AATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAGT-TG-GAAG-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTATCGAAC-A
* * * * * * * * *
68281 GTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** ** *
68346 GTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * * *
68397 AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-T-AAG-CTTAAAAACTAAATCTATTTACTGGACCGG
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAA-TAAATCTATTTA-TCGAACAG
* * * *** * *
68456 TTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCA
64 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * *
68520 TGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGT-AAATATTGCT
129 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
** * * *
68569 AAACTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTGA-CGAACT
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAATAAATCTATTT-ATCGAAC-
* * * * ** * * *
68632 AGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTAGT
62 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * * * *
68697 TATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
127 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * * * * * * ** ** *
68749 ATTTTATTAACA-TCCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTAAAAAAAAAATCT-GCTGCCAAACAA
1 AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAG-ATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAAC-A
* ** * * *
68812 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGGCCTTTTG-CTTATC
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * ** * *
68876 ATAAAACAATT-ATTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAAT
128 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
* * * * * **
68926 ACTTTATTAACATTTAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATC
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAATAAATCTA-TTTATCGAA-C
** ** * * * * *
68990 AACAT-AAATAGTTATTGGTTGTTTGAATAATTATCCAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTT
62 -AGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTT
* * ** * *
69054 GTCATCAAACAATTGTTTTTCATCAAACAAGCCTATTTC-GAATAAAATAATACT
125 GTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGGAATAAAATAATACT
* *
69108 AATTCATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--T-----T--ATCTATTTA-CTGAACCA
1 AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAATAAATCTATTTATC-GAA-CA
* * * * * *
69163 GTTTAAATATTTATAACTATTTGAATAATTATATA-TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTTTG
63 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG--TTTTG
* ** * * **
69227 TCATAAAACAATTATTGATGTCCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATA
126 TCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATA
69275 TTGTTGAACC
Statistics
Matches: 1552, Mismatches: 336, Indels: 133
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 20 0.01
171 24 0.02
172 78 0.05
173 53 0.03
174 56 0.04
175 129 0.08
176 29 0.02
177 210 0.14
178 181 0.12
179 190 0.12
180 214 0.14
181 310 0.20
182 56 0.04
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTATTTATCGAACAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATACT
Found at i:68880 original size:887 final size:890
Alignment explanation
Indices: 67212--69136 Score: 2066
Period size: 887 Copynumber: 2.2 Consensus size: 890
67202 CAAACCAGTT
* * * *
67212 CAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * ***
67277 AAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATCAAATAATATTAATTTA-TAATATTTTG
66 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTT-ATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
* * * * * * *
67341 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTT
130 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTT
*** *
67406 GAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCA
195 GAACAATTACCAATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCA
* *** * * ** **
67471 TATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGA
260 TACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-GA
* * ** ** *
67536 TTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTGACCAATGCAAATAATTATGGCTGTTTGAACAATTATCTAT
324 --TACGAAATCTATTTACTGG-C-GACCAATGCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
67601 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTATTCA
385 CTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCA
** * * *
67666 GAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
450 GAATAATATAATTCTAAACTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* *
67731 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
515 CTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* *
67796 ACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATAT
580 ACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTCCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATAT
* * * ** * ** *
67861 AAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACG
645 AAACTGACTAATAATCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTAAAAAAAAAATCTAGCTGCCAAACAAG
* * * *
67926 TTCAAATAGTTCTGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTAGTTTGTCAT
710 TTCAAATAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAGCTTTTAGCTTATCAT
* * ** *
67991 AAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTA-CTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAA-AATT
775 AAAACAATT-ATTCAGTTCATAAAAGCTTATC-CAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACAATT
* * * * *
68054 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTA-TTTACCGAGTGAGTC-
838 AAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACCGAATCA-ACA
* * * ** *
68107 CAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
1 CAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
* *
68172 AAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
66 AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA
* ** **
68237 AAAATTAGTTGGA-AGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCAT
130 AAAATTAATAAGAGA-TTT-AAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATAACCAT
* * *
68301 TTGAACTATTACCAATTTTAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTAT
193 TTGAACAATTACCAATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
*
68365 TCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTTA
257 TCATACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--TA
* ** * * *
68430 AA-A-ACTAAATCTATTTACT-G-GACCGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTAT
320 AAGATACGAAATCTATTTACTGGCGACCAATGCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTAT
** * ** **
68491 CTCAAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTG
385 CTCAAATCAGTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCA
* *
68555 GAGTAA-AT-ATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAA
450 GAATAATATAATT-CTAAACTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
68617 TGTGTTTGA-CGAACTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTT
514 TCTATTT-ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * *
68680 TTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACATGCTTATT-CGAAATAAAAT
577 ATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTCCTA-TTCATACAAGCTTATTCCG-AATAAAAT
** * * * *
68743 AATACT-ATTTTATTAA-CATCCAAAAAATTAATAAGCAAGGAATTAAAAAAAAAATCT-GCTGC
640 AATA-TAAACTGACTAATAATCC-AAAAATTAATAAGCAA-AAATTAAAAAAAAAATCTAGCTGC
*
68805 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG-GCCTTTT
702 CAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAG-CTTTT
* *
68869 -GCTTATCATAAAACAATTATTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAATAATAATACTTTAT
765 AGCTTATCATAAAACAATTATTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTAT
* * *** *
68933 TAACATTTAAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCGAATCAACA
830 TAACAATTAAAAAATTAAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAACA
* * * * *
68994 TAAATAGTTATTGGTTGTTTGAATAATTATCCAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAGTTA-TGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * ** *
69059 CAAACAATTGTTTTTCA-TCAAACAAGCCTATTTCGAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTT
65 AAAACAATTGTTTTT-ATTCATACAAGTTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT
69123 C-AAAAATTAATAAG
127 CAAAAAATTAATAAG
69137 TAGGAGATTA
Statistics
Matches: 847, Mismatches: 158, Indels: 57
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
886 52 0.06
887 229 0.27
888 189 0.22
889 52 0.06
890 45 0.05
893 1 0.00
894 14 0.02
895 98 0.12
896 22 0.03
897 141 0.17
899 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (890 bp):
CAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTGTTTTTATTCATACAAGTTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATAACCATTTG
AACAATTACCAATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT
ACAAAATTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATA
CGAAATCTATTTACTGGCGACCAATGCAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAA
TCAGTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTCAGAATAA
TATAATTCTAAACTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
ATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTT
TGTTTAGTTATAAAACAATTATTCCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATATAAACTG
ACTAATAATCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTAAAAAAAAAATCTAGCTGCCAAACAAGTTCAAA
TAGTTATGACTATTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGAGCTTTTAGCTTATCATAAAACA
ATTATTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTAACAATTAAAAAATT
AAGAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATCAACA
Found at i:68922 original size:529 final size:522
Alignment explanation
Indices: 67179--68948 Score: 1632
Period size: 529 Copynumber: 3.3 Consensus size: 522
67169 TAAGTAAGAT
* * ** * *
67179 ATTTAAAAAATAATTATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTG-TTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * **
67244 TTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTT
65 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TTTCTATTCATAAAAGCTTATCC
* * * ** * * *
67309 GGAATCAAATAATATTAATTTA-TAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGT
128 AGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-AG-CTTAAAAATAAATCTAT
* * * * *
67373 TTA-TCAAACCAGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACC
190 TTACT-GAACC-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGC
**
67437 ATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAGTCTTATTCGGAATAAAGTAATGCTAA
253 -TTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAACTTATTCGGAATAAA-TAATGCTAA
* * * ** * * * * *
67502 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAGGATTTAGGAAATGTATTTGTTGGCCTGACCAAT
314 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAA-GATTTA-AAAATAAATCTGTTTGAC-GACTAGT
* * * * * * ** * *
67567 GCAAATAATTATGGCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCAC
376 CCAAATAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
67632 AAAACAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTATTC-AGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTC
441 AAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TC
*
67696 C-AAAAATTAATGAGTAAGAG
504 CAAAAAATTAAT-AGCAAG-G
* * * * * * *
67716 ATTTAAAAAATGAATCTATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCT-GTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * *
67781 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAGCTTATTC
65 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT-CTATTCATAAAAGCTTA-TC
* * * * * *
67846 C-GAATAAAATAAT-ATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAAGCAAAAATTTAAAAATAAA
127 CAGAATAAAATAATAAT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGC------TTAAAAATAAA
* * *
67909 TCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTCTGACTA-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
185 TCTATTTACTGAAC-CGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * **
67973 GAGCTTT-TAGTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTACTCAAAATAAAATAAT
249 GAGCTTTGT--TTTGTCATAAA-CAATTGTTTCTGTTCATAAAA-CTTATTCGGAAT-AAATAAT
** * *
68037 ATTAATTTATTAAAATTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCGA
309 GCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTGA-CGA
* *
68100 GTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-TCTTTTGT
371 CT-AGTCCAAATAGTTATGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTTGT
*
68163 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
433 TTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
68227 TAATATTCAAAAAATTAGTTGGAA-G
497 TAATATCCAAAAAATTAATAGCAAGG
* * * * * * *
68252 -TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACTATTACCAA
1 ATTTAAAAAATAAATCTG-TTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
68316 TTTTAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAA-ATTATT
65 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTCTATTCATA-AAAGCTTATC
*
68380 TAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTTAAAAACTAAATCTATT
127 CAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTTAAAAA-TAAATCTATT
* * * * *
68445 TACTGGACCGGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGCTT
191 TACTGAACC-GTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTT
* * * * * **
68510 TGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATTCATACAAACTTATTTGGAGTAAATATTGCTAAACTA
255 TGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTGTTCATA-AAACTTATTCGGAATAAATAATGCTAATTTA
* * **
68575 ATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATGTGTTTGACGAACTAGTTTAAA
318 TTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAATAAATCTGTTTGACG-ACTAGTCCAAA
* * * * *
68640 TAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACTTTTTGTTTAGTTATAAAAT
381 TAGTTATGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *
68705 AATTATTTCAGTTCATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATCCAAAAAA
446 AATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCAAAAAA
68770 TTAATAAGCAAGG
511 TTAAT-AGCAAGG
* * * * *
68783 AATTAAAAAAAAAATCTGCTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** * * *
68848 TTAAAATTGTTATGGCCTTTTG-CTTATCATAAAACAATTATTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCA
66 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTCTA-TTCATAAAAGCTTATCCA
* * * * *
68911 AAATTAAATAATAATACTTTATTAACATTTAAAAAATT
129 GAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATT
68949 GAGAAGTTGG
Statistics
Matches: 1000, Mismatches: 180, Indels: 114
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
528 9 0.01
529 213 0.21
530 101 0.10
531 95 0.09
532 15 0.01
534 1 0.00
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541 38 0.04
542 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (522 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTGTTACCAAACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAGA
ATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCTTAAAAATAAATCTATTTACTG
AACCGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTGTTTT
GTCATAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAACTTATTCGGAATAAATAATGCTAATTTATTAATATT
CTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAATAAATCTGTTTGACGACTAGTCCAAATAGTTATGAC
TATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCA
GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATCCAAAAAATTAATAGCAA
GG
Found at i:69078 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 69047--69083 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
69037 TTATGAACTT
69047 TTGTTTTGTCATCAAACAA
1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
69066 TTGTTTT-TCATCAAACAA
1 TTGTTTTGTCATCAAACAA
69084 GCCTATTTCG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTTGTCATCAAACAA
Found at i:69155 original size:708 final size:705
Alignment explanation
Indices: 67568--69239 Score: 1743
Period size: 708 Copynumber: 2.3 Consensus size: 705
67558 CTGACCAATG
* * * * *
67568 CAAATAATTATGGCTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA-C
1 CAAATAATTATGGTTGTTTGAATAATTATCCAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATC
* * * * *
67632 AAAACAATTGTTTCTGTTCGTACAAGCTTA-TTCAGAATAATATAATTCTAATTTATTAATATTC
66 -AAACAATTGTTTCT-ATCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *
67696 CAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTTAT
128 CAAAAATTAATAAGT-AGAGA-TT-----AT--ATCTATTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * *
67760 AATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTT
183 AATTATTTGAACAATTATCTA-TTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * *
67825 CCTATTCATACAAGCTTATTCCGAATAAAATAATATAAACTGACTAATAATCCAACAATTAATAA
247 CCTATTCATACAAACTTATTCCGAATAAAATAATATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAATAA
* **
67890 GCAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTCTGACTATTGAACAATTA
312 GCAAAAATTTAAAAATAAATCTATTTACTGAACACGTTCAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTA
* * **
67955 TCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTAGTTTGTCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTT
377 TCTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTT
* * * *
68020 ACTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAAAATTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
442 ACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAA
** * *** * * *
68085 AAATCTATTTACCGAGTGAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATTTATTTCAAATTGT
507 AAATCTAGCTACCAAACAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGT
* * * * * * *
68150 TATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATA
572 TATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATA
* *
68215 ATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAGTTGGAAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
637 ATAATAATTTATTAACATTCAAAAAATTAGTTGGAAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACA
**
68280 AGTT
702 ACAT
* ** *
68284 CAAATAATCAT-GTCCATTTGAACT-ATTA-CCAATTTTAAATCATTATG-ACATTTTGTTTTGT
1 CAAATAATTATGGT-TGTTTGAA-TAATTATCCAA-TTCAAATCATTATGAAC-TTTTGTTTTGT
* * ** * *
68345 CGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTTAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATAT
62 CATCAAACAATTGTTTCTA-TCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * *
68410 TTCAAAAATTAATAAGCTTAAAAACTAAATCTATTTACTGGACCGGTTCAAATAGTTATAATTAT
126 TTCAAAAATTAATAAG--TAGAGATTATATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAATTAT
* * * *
68475 TTGAACAATTATCTATCTCAAATTGGTATGAGC-TTTGTTTTATCATGAAACAATTGTTTCTATT
189 TTGAACAATTATCTAT-TCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCTATT
** * * * * * *
68539 CATACAAACTTATTTGGAGT-AAATATTGCTAAACT-AATAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG
253 CATACAAACTTATTCCGAATAAAATAAT-ATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAATAAGCAA-
* * * * *
68602 AGATTTAAAAATAAATGTGTTTGAC-GAACTA-GTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTAT
316 AAATTTAAAAATAAATCTATTT-ACTGAAC-ACGTTCAAATAGTTAAGACTATT-GAACAATTAT
* * * * * * *
68665 CTATTTCAAATTGTTTTGA-CTTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTATTTCAGTTCATACATGCTT
378 CTATTTCAAATCGTTATGAGCTTTTAGTTT-GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTT
* * * * * *
68729 ATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATCCAAAAAATTAATAAG-CAAGGAATTAAAAAA
442 ACTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATCC-AAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAA
* * *
68793 AAAATCT-GCTGCCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTG
506 AAAATCTAGCTACCAAACAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTG
* *
68857 TTATGGCCTTTTG-CTTATCATAAAACAATTA-TTC-AGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATTAAA
571 TTATGACCTTTTGTCTTATCATAAAACAATTATTTCTA-TTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAA
* *
68919 TAATAATACTTTATTAACATTTAAAAAATTGAGAAGTTGG-AGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTT
635 TAATAATAATTTATTAACATTCAAAAAATT----AGTTGGAAG-TTTAAAAAATAAATAT-GTTT
* *
68982 ATCGAATCAACAT
694 A-CCAAACAACAT
*
68995 -AAATAGTTATTGGTTGTTTGAATAATTATCCAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
1 CAAATAATTA-TGGTTGTTTGAATAATTATCCAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCAT
* * * *
69059 CAAACAATTGTTTTTCATCAAACAAGCCTATTTCGAATAAAATAATACTAATTCATTAATATTTC
65 CAAACAATTGTTTCT-ATCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * *
69124 AAAAATTAATAAGTAGGAGA-T-TATCTATTTACTGAACCAGTTTAAATATTTATAACTATTTGA
129 AAAAATTAATAAGTA-GAGATTATATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGA
* * ** * *
69187 ATAATTATATATTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTTTGTCATAAAACAATT
193 ACAATTATCTATTCAAATCGGTATGACCTTTTG--TTTTATCATAAAACAATT
69240 ATTGATGTCC
Statistics
Matches: 784, Mismatches: 136, Indels: 78
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
705 1 0.00
706 50 0.06
707 55 0.07
708 206 0.26
709 167 0.21
710 65 0.08
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712 9 0.01
715 4 0.01
716 109 0.14
717 5 0.01
718 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (705 bp):
CAAATAATTATGGTTGTTTGAATAATTATCCAATTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATC
AAACAATTGTTTCTATCATACAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATAAGTAGAGATTATATCTATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACA
ATTATCTATTCAAATCGGTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTCCTATTCATACAAA
CTTATTCCGAATAAAATAATATAAACTGAATAATAATCCAAAAATTAATAAGCAAAAATTTAAAA
ATAAATCTATTTACTGAACACGTTCAAATAGTTAAGACTATTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
TTATGAGCTTTTAGTTTGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTACTCAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAAAATCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAAAAATCTAGCTACCA
AACAAGTCCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTC
TTATCATAAAACAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAATAATTTATTA
ACATTCAAAAAATTAGTTGGAAGTTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAACAT
Found at i:69805 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 69293--70861 Score: 1228
Period size: 181 Copynumber: 8.7 Consensus size: 180
69283 CCAGTTTAAG
* * * ** * **
69293 TAGTTAAGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATTGTAAAAT
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * * *
69358 AATTGTTTCTATTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTGATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AGAAA
* * * * ** * ** *
69423 TTAATAAGTAACAA-ATTTAAAAACTGAATTTGTTGGCTTGACCAA-TACAAA
130 TTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TATCGAAAAAGTTCAAA
* * ** * * * *
69474 TTGTTATGACTGTTTGAA-ACGCTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTT-ATTTGTCACAAAA
1 TAGTTATGACTATTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* ** * * * * *
69537 CAATTGTTTCT-TTTGTATAAGCTTATTCGGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAA
65 TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTC-AGA
* ** * * * * **
69600 AATTAATAAATAAGTGAGTTAAAAATTGAATCTGTTTATCGAAAAAGTTGTAA
128 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
** * * *
69653 TAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAAT
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * *
69718 TATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAGATGA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGA-AA
* * *
69783 CTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATAAGTTCAAA
130 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
* * * * *
69834 TAGCTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAAT
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * * * * *
69898 AATTTTTTTTGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTA-ACA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAGA-A
* * * *
69962 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAACAATAAATATGTTTATC-AAATAAGTTCAAA
129 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAA-AAGTTCAAA
** * * ** * ** * *
70014 TAGGCATAACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAAC
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
***** * * ** *
70079 AATTGAGAAAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAG-AAA
* * * * * **
70144 TTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAA
130 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
* * *
70195 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTTATCATAAGA
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA
* * *
70260 TAATTATTTCTATTCATAAAAAGCTTAGTCTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTCTA
65 TAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-A
* * * *
70323 GAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACACA-TTCAAA
126 GAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAA-AAAGTTCAAA
* *
70377 TAGTTATGA-TAATTTGAATAATTATCTATTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAT
1 TAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
** * * * *
70441 CCAATTGTTTCTATTCACACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTCCAAA
64 ATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAGA
* **
70506 AATAAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAGCAAGTTCAAA
128 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-GAAAAAGTTCAAA
* * * * * ** **
70559 TAGTTATCACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAGTTATTATATTTTGTTTTGTTGTAAAAT
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * * * **
70624 AATTGTTTCTATTCATATAAGTTTATTTAAAATAAAATAATACTGATTTATAAATATTTTGAAAA
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAG-AAA
* ** * * * ** *
70689 TTAATAGGTAGGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTGCCGAACAAGTTCAAA
130 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
* * * * * * ** ** * *
70740 TAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTAGTTCAAATCATTATGACCTCCTATTTTGTCAT-AAAC
1 TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
* * * ** *
70804 AATTATTTATATTCATGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATT
66 AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
70862 TTGAAGATTT
Statistics
Matches: 1093, Mismatches: 262, Indels: 67
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 5 0.00
179 113 0.10
180 239 0.22
181 508 0.46
182 154 0.14
183 72 0.07
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAGAAAT
TAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAAAAAGTTCAAA
Found at i:70592 original size:545 final size:537
Alignment explanation
Indices: 69302--70861 Score: 1499
Period size: 545 Copynumber: 2.9 Consensus size: 537
69292 GTAGTTAAGG
* * * **
69302 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACAATTTGTTTTATTGTAAAATAATTGTTTC
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * *
69367 TATTGAAACAATCTTATTTGGAATAAAGTGATGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
66 TATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * *
69432 AACAA-ATTTAAAAACTGAATTTGTTGGCTTGACCAA-TACAAATTGTTATGACTGTTTGAA-AC
131 AA-AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC-TGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATA-
** * * * *** **
69494 GCTATTTATTTCAAATTATTATGACCTTTTATTTGTCACAAAACAATTGTTTCTTTTGTATAAGC
193 ATTATTTATTTCAAA-TATTATGACCTTTTGTTTGTAATAAAACAATTGTTAAATTCATATAAGC
** * ** * * *
69559 TTATTCGGAATAACATAACT-CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAATAAGTGAGTTAAA
257 TTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAA
* * ** * **
69623 AATTGAATCTGTTTATCGAAAAAGTTGTAATAGTTATGACTATTTGAATAATTCCCTATTTCAAA
320 AAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * *
69688 TTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATTAAATTATTTTTTCTATTCATACAAGCCTATTTCAATTAA
385 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA-TAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAA-TAA
* * *
69753 AATAATACAAATTTATTAATATTCAGATGACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
448 AATAATATAAATTTATTAATATTCAGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTT
*
69818 ATCGAATAAGTTCAAATAGCTATGA
513 ATCGAACAAGTTCAAATAGCTATGA
* * ** * * *
69843 CTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTCTTATGA-TTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTT
1 CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
* * * * * * * *
69907 TGTTTATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAAAATTTTAACAATTAATAAGT
66 TATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * * ** *
69972 AAAAGATTTTAACAATAAATATGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGGCATAACTATTTGAATAAT
131 AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATAAT
** * * ** *
70036 TATCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTCATAATAAAACAATTGAGAAAATTCATATAGGC
195 TATTTATTTCAAAT-ATTATGACCTTTTGTTT-GTAATAAAACAATTG-TTAAATTCATATAAGC
70101 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAA
257 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAAT-AGTAAGAGATTTAAAA
* * * *
70166 AATGATTCTATTTTTCGATCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
321 AATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
* *
70231 TGTTATGACCTTTTGTTTTTATCATAAGATAATTATTTCTATTCATAAAAAGCTTAGTCTGAATA
386 TGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAA-ATAATTATTTCTATTCAT-AAAAGCTTA-TTTGAATA
* *
70296 AAATAATATAAATTTATTAATATTCTAGA-AATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATAT
447 AAATAATATAAATTTATTAATATTC-AGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATAT
* * *
70359 TTTTTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA
511 TTATCGAACA-AGTTCAAATAGCTATGA
* ***
70386 -TAATTTGAATAATTATCTATTTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAATCCAATTGTT
1 CT-ATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTT
* * * * * *
70450 TCTATTCACACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATCAATATTCCAAAAATAAATAA
64 TCTATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAA
* * * *
70515 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATCACTGTTTGAATAA
129 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATAA
* ** ** * **
70580 TTATTTATTTCAAATAGTTATTATATTTTGTTTTGTTGTAAAATAATTGTTTCTATTCATATAAG
194 TTATTTATTTCAAATA-TTATGACCTTTTG-TTTGTAATAAAACAATTG-TTAAATTCATATAAG
* * * * * *
70645 TTTATTTAAAATAAAATAATACTGATTTATAAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAA
256 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATA-GTAAGAGATTTAAA
* * * ** * * * * *
70710 AACTAAATATGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATTTAGTTCAAA
320 AAATGAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** ** * * *
70775 TCATTATGACCTCCTATTTTGTCATAAACAATTATTTATATTCATGCAAAA--TTATTTAGAATA
385 TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTATTTCTATTCAT--AAAAGCTTATTT-GAATA
*
70838 AAATAATACT-AATCTATTAATATT
447 AAATAATA-TAAATTTATTAATATT
70862 TTGAAGATTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC
TATTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
AAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTGTTTGAATAATT
ATTTATTTCAAATATTATGACCTTTTGTTTGTAATAAAACAATTGTTAAATTCATATAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAAATGA
ATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
TGACCTTTTGTTTTGTCATAAATAATTATTTCTATTCATAAAAGCTTATTTGAATAAAATAATAT
AAATTTATTAATATTCAGATAACTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACA
AGTTCAAATAGCTATGA
Found at i:71826 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 71454--71830 Score: 460
Period size: 180 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
71444 TATAATGATT
* **
71454 TTATCTATTTCAAATCGTTATTATCCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAG
1 TTATCTATTTCAAATCATTACGATCCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAG
71519 TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAA
66 TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAA
* * * * * *
71584 AAATAAATCTATTTGCCTAGCAAGTTAAAATAGTTATGACTATTTAAACAA
131 AAATAAATCTATTTGACTAACAAGTTAAAATAATGATGACCATTGAAACAA
* * *
71635 TTATTTATTTCAAATCATTACGAT-CTCTTG-TTTGTCATAAAGCAT-A-TGTTTCTATTCATAC
1 TTATCTATTTCAAATCATTACGATCCT-TTGTTTTATCATAAA--ATAATTGTTTCTATTCATAA
* * * * * *
71696 AAGTTTATTTGAACTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAGTAAGTTAGAAATT
63 AAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAAATT
* * * * *
71760 TAAAAAATAAATCTATTT-ACTGAATAAGTTCAAATAATGATGTCCATTGGAACTA
127 TAAAAAATAAATCTATTTGACT-AACAAGTTAAAATAATGATGACCATTGAAACAA
71815 TTATCTATTTCAAATC
1 TTATCTATTTCAAATC
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Statistics
Matches: 167, Mismatches: 24, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTATCTATTTCAAATCATTACGATCCTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCATAAAAG
TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTAAA
AAATAAATCTATTTGACTAACAAGTTAAAATAATGATGACCATTGAAACAA
Found at i:75602 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 75109--75607 Score: 593
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 179
75099 TTTTGTTTTG
* * * * * *
75109 TCAAACAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCA-ATAAATAAATTTATTTTTTGAATTTTTTATTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGCTCAGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATTTTTACTTA
* *
75173 TTAAGTTTTGGAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACAGAAAC
65 TTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGTTTATATGAACAGAAAC
* *
75238 AATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCTATTTAAGATAGATAATTTT
129 AATTG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAGATATTTAAGATAGATAATTGT
*
75290 TCAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTA
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACT-TGCTCAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTA
* * * * *
75353 GTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGA-ATGAACAAAA
65 TTAA-TTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTAAAATAAG-TTTATATGAACAGAA
75416 ACAATTGTTTATGACAAAACAAAAG-TCATA-ATGATTTGAA-ATAGATAATTGT
127 ACAATTGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGAT-ATTT-AAGATAGATAATTGT
* * * * *
75468 TCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGGT-ATGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTC
1 TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGCTCA-GATAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
** ** *
75532 ATTAATTTTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATATGAATTGATA
64 ATTAATTTT-GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGTTTATATGAACAGAAA
75597 CAATTGTTTAT
128 CAATTGTTTAT
75608 TGGTTTGAAA
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 32, Indels: 27
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Matches are distributed among these distances:
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182 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
TCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGCTCAGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTACTTAT
TAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGTTTATATGAACAGAAACAA
TTGTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGATATTTAAGATAGATAATTGT
Found at i:75648 original size:161 final size:159
Alignment explanation
Indices: 75450--75749 Score: 359
Period size: 159 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
75440 GTCATAATGA
* ** * * *
75450 TTTGAAATAGATAATTGTTCAATTAGTTATAACTATTTGAACTTGGTATGATAAATAGATTCATT
1 TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-GTATGATAAACAGATT--TA
* ** * * *
75515 TTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-TTGGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
63 TTTAAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATA
*
75579 AGTTTATATGAATTGATACAATTGTTTATTGG
128 AGCTTATATGAATTGATACAATTGTTTATTGG
* * * * *
75611 TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTT
1 TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTATGATAAACAGATTTATTT
* * * *
75676 AAAATTTTTTTCTTATTAATTGTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGC
66 AAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGC
*
75741 TTGTATGAA
131 TTATATGAA
75750 CAAAAACAAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 23, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (159 bp):
TTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTATGATAAACAGATTTATTT
AAAATCTCTTACTCATTAATTGTTGAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGC
TTATATGAATTGATACAATTGTTTATTGG
Found at i:79145 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 79123--79156 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
79113 TTATGGTGGT
79123 TGAAGCATGTCTCAAGA
1 TGAAGCATGTCTCAAGA
*
79140 TGAAGCATGTGTCAAGA
1 TGAAGCATGTCTCAAGA
79157 CCAAGGGGTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
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Consensus pattern (17 bp):
TGAAGCATGTCTCAAGA
Found at i:96531 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 96505--96567 Score: 108
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96495 TACTGATACT
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**
96528 AAAGCCCAGCATGTGCCGACACC
1 AAAGCCCAGCATGTGCTAACACC
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1 AAAGCCCAGCATGTGCT
96568 GATGGTGTTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 0
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AAAGCCCAGCATGTGCTAACACC
Found at i:124931 original size:181 final size:181
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Indices: 124442--127164 Score: 1968
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124432 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
124442 AAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAATTAAATATATTTGTCGAACTAATTCAAATAGTTAAGACT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
** * * *
124507 ATTACAACAATTATCTATTTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTC
66 ATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * **
124571 AATTCATACATA-CTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTAAAA
129 AGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * ** *
124624 AAATTAATAAGGAAAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTAGGAC
1 AAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * * *
124689 TATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATG-GCATTATGTTTTATAATAACATAATTGTTTC
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * *
124753 AGTTCATAAAAGCGTATCCAAAATGAAATAACATTAATTTATTAATATTTCAA
129 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * *
124806 AAATTAAAAAGTTAGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTATCAAACCAATTTAAATAATTATGGCA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * *
124871 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTC
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTC
* ** *
124936 A--TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
129 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * ** * *
124987 AAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * *
125052 ATTTCAATAATTATATATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-A
66 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* * * *
125115 TGTTCATACCAAACTTATTCAGAAT-AAATAATACTAA-TTA-TAATA-TT-ATG
130 -GTTCATA-CAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-A
* * * * ** * *
125165 AAATTAATAACTAAGA-ATTTAAAAAGTTAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAATTAGTTGAAG-
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTT-ATGA
* * * * *
125228 CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAAATGTT
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-ACTTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTT
** * * * * *
125292 TTTGTTCATATAAG-TCTGTTCATAATAAAATAATATT--TTT-TTAATTTTTTAA
127 TCAGTTCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
125344 AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACCAAATCAGTTCAATTAGTT-TAAC
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGAC
* * * * * *
125403 AATTTTAACAATTATTTATTTCTAATCGTTATG-ACTATTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTC
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * * * * *
125467 TA-TTGACACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATA-TTCTAA
129 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AA
* ** ** * *
125520 AAATTAATAAGTAATG-GATTTAAAAAATGAATCTA-TTGGCTTGACCAATGCAAATAGTTTTGA
1 AAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
125583 CTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAGCAATTGTTCC
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
* ** *** ** * *
125648 TGTTCCGACAAGCTTATTTGGAATAACTTAATTTTAATTTATTAATATTCCAA
129 AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * **
125701 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTGAATCTGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTATGACT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
* * * * * * * *
125766 ATTT-AAGCGATTACCTATTTCAAAAT-GCTA-AAACCTTTTGTTTGGTCATGAAATAATTTTTT
66 ATTTGAA-CAATTATCTATTTC-AAATCGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** *
125828 CTA-TTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATGATACAAATTTTTTAATA-TTCAA
128 C-AGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * **
125881 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACT-ACTCTAGTTACCCAATAAATTCAAATAGTTATGA
1 A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGA
* * *
125945 CTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATG-ACTCTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTT
64 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *** * * *
126008 --GTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAGAGTAATATTAATTTATTAATATTTCAA
128 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * * * *
126060 CAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAACAAATATGTTTA-CGTAA-TAAGTTCAAATA-TTCATA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCAA-TTCAAATAGTT-ATG
* * ** *
126122 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTAT
63 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
126187 CAATTCATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTT-ATTTATTAATATTCCAA
128 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TTAATTTATTAATATTTCAA
** * * * ** * * *
126241 AAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTGAA-CAAGTTCGAATTGTTATGAT
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGAC
* * * *
126305 TATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATG-ACATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT
65 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA
* *
126369 GTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAA
130 GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * * *
126422 AAATTAATAAG-AAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTT-TCTAAA-CATGTTCAAATAGTTACGA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACCA-ATTCAAATAGTTATGA
* * * * *
126484 CTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTC
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* * * *
126549 TA-TTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAA
129 -AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * ** ** *
126602 AAA-T--GAA-T-A-AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTAT-TGAGTAAGTTTAAATAGTTATTA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTA-T-
* * * * * *
126660 TACCTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGT
62 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * **
126725 TTCTA-TTCATACAAGTTTATTCATAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGA
126 TTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
126781 AAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATAAAATCTGTTTA-CAAAACAAGTTCAAAAAGTCATG-
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTATCAAACCAA-TTCAAATAGTTATGA
* * * * * *
126843 TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTATTT
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** * ** * * * **
126908 TTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATATATTAATATTTTGA
128 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * *
126962 AAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTAT-AGAAACAGTTTAAATAGTGT-TGA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCA-AACCAATTCAAATAGT-TATGA
* * * * * **
127021 CTATGTGAAGAATTATCTATCTT-AAATCATTATGATC-TTTATTTCATCATAAAACAATTGTTT
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** * * * * * * *
127084 CTTTTCATACAAACTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAA
128 CAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
* *
127138 AAATTAAAAAGTAAGAGATTAAAAAAA
1 AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
127165 AAGTGTTTGC
Statistics
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Consensus pattern (181 bp):
AAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAG
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
Found at i:125057 original size:19 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 17 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
125020 TGTTTATTGA
*
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*
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*
125066 A-TATTTCAAATTGTTAT
1 ACTATTTCAAATAGTTAT
125083 A
1 A
125084 ACCTTTTGTT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
ACTATTTCAAATAGTTAT
Found at i:126616 original size:895 final size:888
Alignment explanation
Indices: 124512--126971 Score: 2214
Period size: 895 Copynumber: 2.7 Consensus size: 888
124502 AGACTATTAC
* * * * * *
124512 AACAATTATCTATTTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCA
1 AACAATTTTCTA-TTTCAAATCGTTATGA-CATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* * * *
124577 TACATACTTATTCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGGAAAAAA
64 TACA-ACTTATTCCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-GAAAAAA
* * * * *
124642 GTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATA-A-ATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATTATC
127 -TTTAAAAAATAAATCTATTT-TCTAA-ACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * *
124705 TATTTAAAATCGTTATGGCATTATGTTTTATAATAACA-TAATTGTTTC-AGTTCATAAAAGCGT
189 TATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAA-AGCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCGT
* * * * *
124768 ATCCAAAATGAAATAACATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAAAAGTTAGAGATTGAAAAAA
252 ATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATT-AAAAG-TA-AGATTTAAAAAA
* * * * * *
124833 TAAATCAATTTATCAAACCAATTTAAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTG
314 TAAATCAATTTATCAAACAAATTCAAATAATTATGACAATTTGAACAATTACCTATTTCAAAATG
* * * * *
124898 TTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCTTATTTGAAATAAAAT
379 CTATAAACATTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTCAAATAAAAT
* * * ** **
124963 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATT
444 AATACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * *
125028 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGT
509 CAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGT
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574 TTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACCAAACTTATTCAGAATAAATAATACTAATTATAA
* * * * * *
125158 TATTATGAAATTAATAACTAAGAATTTAAAAAGTTAAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAATTAGT
639 TATTATAAAATTAATAACTAAAAATTTAAAAAG-CAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGT
* * * * **
125223 TGAAGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACATTTTTGTTTTGTAGTAAAACAAA
703 TCAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACACTTTTGTTTCATAGTAAAACAAA
* *** * * * **
125288 TGTTTTTGTTCATATAAGTCTGTTCATAATAAAATAATATTTTTTTAATTTTTTAAAAATTAATA
768 TGTATCAATTCATATAAGTCTATTCAAAATAAAATAATATTTTTTTAATATTCCAAAAATTAATA
*
125353 AGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAGTTCAATTAGTTTAACAATTTT
833 AGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATCAGTTCAATTAGTTTAACAATTTG
* * * * *
125409 AACAATTATT-TATTTCTAATCGTTATGACTATTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTCTATTGA
1 AACAATT-TTCTATTTCAAATCGTTATGAC-ATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCA
* * * * ***
125473 CACAATCTTATT-CAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGG
64 TACAA-CTTATTCCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG-AAAAA
* ** * * ** *
125537 ATTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTGACCAATG--CAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATC
126 ATTTAAAAAATAAATCTATTTTC-TAAAC-ATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATC
* * * * ** *
125600 TATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAGCAATTGTTCCTGTTCCGACAAGCTTA
189 TATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTA
*** ** * *
125664 TTTGGAATAACTTAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATT
253 TTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAA-AAGT--AAGATTTAAAAAAT
* ** * * * *
125729 GAATCTGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCGATTACCTATTTCAAAATG
315 AAATCAATTTATCAAACAAATTCAAATAATTATGACAATTTGAA-CAATTACCTATTTCAAAATG
* * * *
125793 CTA-AAACCTTTTGTTTGGTCATGAAATAA-T-TTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAA
379 CTATAAA-CATTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTTCAAATAA
* * *
125855 AATGATACAAATTTTTTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACT-ACTCTAG
441 AATAATACAAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA-TAAATCT-G
* * * *
125918 -TTACCCAA-TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGA-
503 TTTACCCAACT-AATTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATATATTTCAAATCGTTATAAC
* * ** * * *
125980 CTCTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTT-TGTTCATA-GAAGCTTATTTGGATTAGAGTAATAT
567 CT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACCAAACTTATTCAGAATA-AATAATAC
* **
126041 TAATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAA-CAAATATGTTTACGTAA
630 TAA-TTA-TAATATTAT-AA-AATTAATAACTAAAA-ATTT-AAAAAGCAAATATGTTTACCAAA
* *
126104 -TAAGTTCAAATA-TTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTTGT
689 CCAA-TTCAAATAGTTCA-AACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACACTTTTGT
* *
126166 TTCATCA-TAAAACAATTGTATCAATTCATAT-AGGCTTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTA
752 TTCAT-AGTAAAACAAATGTATCAATTCATATAAGTC-TATTCAAAATAAAATAATA-TT-TTT-
* * ***
126229 TTAATATTCCAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTATTGAA-CAAGTTCG
812 TTAATATTCCAAAAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTAATTTACCAAATC-AGTTC-
* **
126293 AATT-GTTATGATTATTTG
871 AATTAGTT-TAACAATTTG
*
126311 AACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATA
1 AACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA
126376 CAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGAAAAAATT
66 CAA-CTTATTCCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAGAAAAAATT
* *
126441 TTAAAAATAAATCTATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATGTATTT
129 TAAAAAATAAATCTATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTT
126506 CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAA
194 CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAA
* * * ***
126571 ATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-T-GAA-TAAGATTTAAAAAAATAAATTTGT
259 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAGTAAGATTT-AAAAAATAAATCAAT
** ** * * * ** * *
126633 TTATTGAGTAAGTTTAAATAGTTATTAT-ACCTATTTGAACAATTATTTTTTTC-AAATAGTTAT
323 TTATCAAACAAATTCAAATA---ATTATGA-CAATTTGAACAATTACCTATTTCAAAAT-GCTAT
* * * * * * *
126696 GATCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTTTA-TTCATAATAAAATAA
383 AAACATTTGTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
* * ** * ** **
126759 TACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATAAAATCTGTTTACAA
446 TACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCC
* * * * * * * *
126823 AAC-AAGTTCAAAAAGTCATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTA
510 AACTAA-TTCAAATAGTTATGACT-ATTTCAATAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTG
* * * * * * *
126886 TTTTTTAATAAAACAATTATTTTTGTTCAT-GCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTGATATA
573 TTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACCAAACTTATTCAGAAT-AAATAATACTAAT-TA
*
126950 TTAATATTTTGAAAATTAATAA
636 -TAATATTAT-AAAATTAATAA
126972 GAGATTTAAA
Statistics
Matches: 1247, Mismatches: 239, Indels: 149
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
891 12 0.01
892 17 0.01
893 16 0.01
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ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (888 bp):
AACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGACATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATA
CAACTTATTCCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAAAATTTA
AAAAATAAATCTATTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAAT
AAAATAATATTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAGTAAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA
TCAAACAAATTCAAATAATTATGACAATTTGAACAATTACCTATTTCAAAATGCTATAAACATTT
GTTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTA
TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCCAACTAATTCAA
ATAGTTATGACTATTTCAATAATTATATATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTATTTATGTTCATACCAAACTTATTCAGAATAAATAATACTAATTATAATATTATAAAATT
AATAACTAAAAATTTAAAAAGCAAATATGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTCAAACTATATGA
ATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACACTTTTGTTTCATAGTAAAACAAATGTATCAATTCAT
ATAAGTCTATTCAAAATAAAATAATATTTTTTTAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA
ATAAATTAATTTACCAAATCAGTTCAATTAGTTTAACAATTTG
Found at i:126669 original size:540 final size:530
Alignment explanation
Indices: 124460--127141 Score: 2090
Period size: 540 Copynumber: 5.0 Consensus size: 530
124450 AAGTAAGAGT
* * * * * * **
124460 TTTAAAAATTAAATATATTTGTCGAACTAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTACAACAATTATCTA
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
124524 TTTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACATA-CTTAT
66 -TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCAATTCATACA-AGCTTAT
* ** * *
124588 TCGAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGG-AAAAAAGTTTAAAAAA
128 TCAAAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-AGGCAAGAGA-TTTAAAAAA
* * * *
124652 TAAATTTGTTTATCGAATAAATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCG
190 TAAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
124717 TTATGGCATTATGTTTTATAATAACATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCGTA-TCCAAAATGAAA
255 TTATGACATT-TGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCC-AAATAAAA
* * * *
124781 TAACATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAAAAAGTTAGAGATTGAAAAAATAAATCAATTTA
318 TAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAG--A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTT-
* * * * * * * *
124845 T-CAAACCAATTTAAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATT
378 TCCAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATG-ACTTT
* *
124909 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAAT
441 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATACTAAT
* *
124972 TTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGA
504 TTATTAATA-TTCCAAAA--A-TGAATA--AGA
* * *
125005 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAATAATTATATA
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
125069 TTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACCAAACTTATT
66 TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCA-ATTCATA-CAAGCTTATT
* * * * *
125134 CAGAAT-AAATAATACTAATTA-TAATATT--ATGAAATTAATA-ACTAAGA-ATTTAAAAAGTT
129 CAAAATAAAATAATACTATTTATTAATATTCCA-AAAATTAATAGGC-AAGAGATTTAAAAA-AT
** * * * * * *
125193 AAATTTGTTTGCCAAACCAATTCAATTAGTTGAAG-CTATATGAATAATTATCTATTTCAAATGG
191 AAATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * *
125257 TTATGACATTTTTGTTTTGTAGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TCTGTT-CATAATAA
255 TTATGACA--TTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTCCA-AATAA
* ** *
125320 AATAATATT--TTT-TTAATTTTTTAAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAAATAAAT-TAATTTAC
316 AATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTTC
* * * * * * *
125380 CAAATCAGTTCAATTAGTT-TAACAATTTTAACAATTATTTATTTCTAATCGTTATGACTATTTG
380 CAAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACT-TTTG
* * * * * * * **
125444 TTTTGTTATAAAACAATTTTTTCTATTGACACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTAT
443 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* *
125509 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATGGA
508 TAATATTCCAAAAA-T--GAA-TAA--GA
* * ** * * * *
125538 TTTAAAAAATGAATCTATTGGCTTG-ACCAA-TGCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCT
1 TTTAAAAAATAAATCTGTT-TATTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * ** **
125601 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAGCAATTGTTCCTGTTCCGACAAGCTTATT
65 ATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-CAATTCATACAAGCTTATT
*** ** ** * * * * *
125666 TGGAATAACTTAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAATTGA
129 CAAAATAAAATAATACT-ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * *
125731 ATCTGTTTATCAAATAAATTCAAATAGTTATGACTATTT-AAGCGATTACCTATTTCAAAAT-GC
193 ATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC-AAATCGT
** * * * * * * * * *
125794 TAAAACCTTTTGTTTGGTCATGAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATG
256 TATGA-CATTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATA
** * * * **
125859 ATACAAATTTTTTAATATTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACT-ACTCTAGTTACC
320 ATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG---AAGATTTAAAAAA-TAAATCTA-TTTTC
* * * * *
125923 CAATA-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACTCTTTG
380 CAA-ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACT-TTTG
* * * * * * *
125987 TTTTGTCATAAAACAA-T-TTT-TGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAGAGTAATATTAATTTAT
443 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAT
*
126049 TAATATTTCAACAATTAAT-AAGTAAAAGA
508 TAATA-TTC--CAA-AAATGAA-T--AAGA
* * * * * *
126078 TTTCAAAAACAAATATGTTTA-CGTAA-TAAGTTCAAATA-TTCATAACTATTTGAATAATTATC
1 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTG-AACTAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATC
** * *
126140 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTAT
64 TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TCAATTCATACAAGCTTAT
* *
126205 TCAAAATAAAATAATACTTATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAATG
128 TCAAAATAAAATAATAC-TATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAATA
* ** * * * * *
126270 AATTTATTTATTGAACAAGTTCGAATTGTTATGATTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTT
192 AATTTGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
*
126335 ATGACATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAAT
257 ATGACATTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAAT
* * *
126400 ATTAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGAAAAAATTTTAAAAATAAATCTATTTTCTAAA
322 ATTAATTTATTAATATT-CAAAAAATTAATAAG--AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAA
* *
126465 CATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTT
384 CA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-CTTTTGTTTT
* * * * * *
126530 ATCATAAAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAATACTAGTTTATTAAT
447 GTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
126595 ATTCCAAAAATGAATAAGA
512 ATTCCAAAAATGAATAAGA
* * * *
126614 TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATTG-AGTAAGTTTAAATAGTTATTATACCTATTTGAACAATTA
1 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAGTTA-T-GA-CTATTTGAACAATTA
* * * * * * *
126678 TTTTTTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTT
62 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCAATTCATACAAGCTT
* *** * *
126743 ATTCATAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAA
126 ATTCAAAATAAAATAATACTA-TTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAA
* * * * *
126807 TAAAATCTGTTTA-CAAAACAAGTTCAAAAAGTCATG-TTCATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
190 T-AAATTTGTTTATC-AAACAAATTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * * * * ** *
126870 TCGTTATGACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTATTTTTGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAA
252 TCGTTATGA-CATTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAA
* * * *** * * * *
126935 AATAATACTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATA
316 AATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-TC
* * * *
126999 GAAACAGTTTAAATAGTGT-TGACTATGTGAAGAATTATCTATCTT-AAATCA-TTATGA-TCTT
380 CAAACAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAAT-AGTTATGACT-TT
* ** * * *
127060 TATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTT
441 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
*
127125 AATAATATTCCAAAAAT
506 ATTAATATTCCAAAAAT
127142 TAAAAAGTAA
Statistics
Matches: 1705, Mismatches: 338, Indels: 197
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Matches are distributed among these distances:
530 3 0.00
531 1 0.00
532 24 0.01
533 189 0.11
534 43 0.03
535 54 0.03
536 142 0.08
537 105 0.06
538 62 0.04
539 183 0.11
540 493 0.29
541 137 0.08
542 75 0.04
543 70 0.04
544 59 0.03
545 65 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
TTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCAATTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAGGCAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTATCAAACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
CATTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCAAATAAAATAATATTA
ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTCCAAACAGTTCA
AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAA
CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA
ATGAATAAGA
Found at i:128098 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 127998--128165 Score: 293
Period size: 79 Copynumber: 2.1 Consensus size: 79
127988 AAGGGATAAC
127998 AGTTCACCACCAAGACTAGACACTAAGGGATACAAAAACAAC-ACCGTAAGAATTCTAATCAAGG
1 AGTTCACCACCAAGACTAGACACTAAGGGATACAAAAAC-ACTACCGTAAGAATTCTAATCAAGG
128062 ATACAGAACAATAGA
65 ATACAGAACAATAGA
* **
128077 AGTTCACCACCAAGACTAGACACTAAGGGATGCAAAAACACTACCGTAAGAATTCTAATTTAGGA
1 AGTTCACCACCAAGACTAGACACTAAGGGATACAAAAACACTACCGTAAGAATTCTAATCAAGGA
128142 TACAGAACAATAGA
66 TACAGAACAATAGA
128156 AGTTCACCAC
1 AGTTCACCAC
128166 TCTAAGAAAT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 3, Indels: 2
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
78 2 0.02
79 83 0.98
ACGTcount: A:0.45, C:0.22, G:0.15, T:0.17
Consensus pattern (79 bp):
AGTTCACCACCAAGACTAGACACTAAGGGATACAAAAACACTACCGTAAGAATTCTAATCAAGGA
TACAGAACAATAGA
Found at i:129492 original size:541 final size:540
Alignment explanation
Indices: 128588--131598 Score: 2476
Period size: 541 Copynumber: 5.6 Consensus size: 540
128578 TGTCATAATG
* * * * * * * *
128588 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA-TAAAATTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGAAAACTAGATTTA
* * * * * * *
128651 TTTTCTAAA-TCTT--TTATAAAATTTT-AAAATATTAATAAATTA-TTTCTACTCTATTTTGAA
65 TTTTTTAAATTCTTACTTAT-TAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTAT-TATTTTATTTTGAA
* * ** ** * * *
128711 TAAGCTTGTATTAGCTA-AAGTAATTG-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAA-AAATTTAAGAT
128 TAAGCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAA-AT
* * * * * * * * **
128773 AAATAATTGTTCATATATTCATAATTGTTTGAA-TTGGTTCGACAAATGGATTTATTTTTTAAAT
192 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTT-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * *
128837 CTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTAT
256 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * * ** * *
128902 GAA-TAGAAATAATTGTTTTATTATAGAAT-AAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
321 GAACT-GAAACAATTGTTTTATGATA-AATCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* * * *
128965 CAAATAGTCAAAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CCTCTTATTAAA
384 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCCTCTTATTAAT
* ***
129029 TTTTGAAATATTTGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTG
449 TTTTGAAATATTT-TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
* * *
129094 TTTTATTACAAAACAAAAAGGTAATAACA
513 TTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACA
* * * * * * * *
129123 ATATGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTATTTAGTAAACTA-ATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAACTAGATTTAT
* * * * *
129187 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTCTTTTGAATA
66 TTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATA
* * * * *
129252 AGCTTTTGTGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATCGA
130 AGCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGA
* * * *
129316 TAATTGTTCAAACAGTAATAACTCTTTGAACTTGTTT-AGTAAACAAATTTATATTTTCAAATCT
195 TAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCT
* *
129380 CTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA
258 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * * * * *
129445 ACTGAAACAATTATTATAGGACT-AATCAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTA
323 ACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAATCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * ** * * * *
129509 ATAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGACAAATACATTTATTTTTAAAAT-CT-TTCACTAATTG
387 ATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCCTCTT-ATTAATTT
* ** * *
129572 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTGAATAAGCTTGTATGATTAGAAACAATTAT
451 TTGAAATATT-TTAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* **
129636 TTTATGAGAAAAC-AAAGATCATAATG
514 TTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * *
129662 ATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAGAAAAC-A-ACTTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGAAAACTAGA-TTT
* * * *
129724 A-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAA
64 ATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAA
* *
129788 TAAGATTTTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
128 TAAGCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
* * *
129852 GATAATTGTTCAAATAGCAA-ATA-TATTTGATCTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAA
193 GATAATTGTTCAAATAGTAATA-ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTA-TTT-TTTAAA
* * * * ** *
129915 TCTCTTGCTCATTAATTTTTTA-AA-GTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGT
255 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT
* * * *
129978 ATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAT-AAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGT
319 ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA-TAAATCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTAT
* * *
130042 TCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACTCATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTAT
383 TCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC-C--TCTTAT
* * * *
130107 T-ATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAG
445 TAATTTTTGA-AATATT-TTAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* **
130170 CAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATG
507 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * * *
130203 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTC-GATAAA-TAGATTT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-ATTCAGA-AAACTAGATTT
* * * * * *
130265 AATTCTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
64 ATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * ** * * * * * *
130327 AA-TTTTGTAT-TAATAGAAATAATCATTTTACGATAAAACAAAATGTAATAATGATTTGAAATT
129 AAGCTTT-TATGAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA
** * * * * *
130390 GATAATAATTCAAATAG-ACATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAGACAGATTTATTTTTTCAAAA
193 GATAATTGTTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTT--AAA
** * **
130454 TCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTA
255 TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * *
130519 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATT
320 TGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATT
** ** * * * * * * *
130583 TGAAGGGTCATAACTATTCGAACTCGCTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
384 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATC--CT-CTTATT
* * * ** * *
130648 AGTTTTTGGAAT-TTTAATAAATTAGTATCATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACA
446 AATTTTTGAAATATTT--TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* ** *
130712 ATTGGTTTATGATGAAACAAAAGCTCATAACA
509 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* * ** ** *
130744 ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGCATTCA-AAAAAAATATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAACTAGATTTAT
* * * *
130808 ATTTTT-AATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAA
66 -TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTG-AA
** * * * *
130870 TAAGCTTGCATG-AATATAACCAATTG-TTTATGACAAAATAAACA-ATCATAATG-TTTTGAAA
128 TAAGCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTT-AAA
* * * * * * * *
130931 TAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCGATAAATAGATTAATTTTTTAATT
191 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT
*
130996 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATAT
256 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
* * * * *
131061 GAACTAAAACAATTGTTTTATTAGAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
321 GAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCA
* * * * **
131126 AATACTCATGACCATTTGAACTT-GTTCGATAAACATGTTTATTTTTTAAATCCT-TTACTTATT
386 AATAGTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCCTCTTA-TTA--
* * * * * *
131189 ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATATGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAA
447 ATTT-TTGAAATATT-TTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* *
131253 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACA
510 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACA
* ** * * * * *
131284 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TCATAAAGATTTGAACTTCTTCGGTAAA-TAAATTTC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAACTAGATTTA
* * * * * ** * *
131347 TTTGTTAGATCTTTTACTCATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAA
65 TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAA-GTAGTATTATTTTATTTTG-A
* * * ** * * *** *
131410 ATAAACTTCTATG-AATAGAAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTCAAA
127 ATAAGCTTTTATGAAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
* * * * * * * * * * *
131474 TAGATAATTGCTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTG-TTCATTACATAGATTCATTTTTTGAA
191 TAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * *
131538 TCTCTTAATTATTAAATTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT
255 TCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
131599 CATTTGAACC
Statistics
Matches: 2001, Mismatches: 383, Indels: 176
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 54 0.03
536 4 0.00
537 177 0.09
538 279 0.14
539 169 0.08
540 368 0.18
541 661 0.33
542 33 0.02
543 197 0.10
544 54 0.03
545 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (540 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGAAAACTAGATTTAT
TTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAA
GCTTTTATGAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT
GAAACAATTGTTTTATGATAAATCAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCCTCTTATTAATTTTTGAA
ATATTTTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGATCATAACA
Found at i:129970 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 128579--131651 Score: 2427
Period size: 181 Copynumber: 17.1 Consensus size: 181
128569 ACACTCTAGT
* * * *
128579 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATTATAATTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAA
* * * * * * * * *
128643 TAAAATTATTTTCTAAA--TCTT--TTATAAAATTTTAAAATATTAATAAATTA-TTTCTACTCT
65 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTT
* ** * *
128703 ATTTTGAATAAGCTTGTATTAGCT-AAAGTAATTG-TTTATGATAAAACAAAAG
129 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * * * * *
128755 GTCATAAAAATTT-AAGATAAATAATTGTTCATATATTCATAATTGTTTGAA-TTGGTTCGACAA
1 GTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAA
* * * *
128818 ATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTT
64 ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * *
128882 TATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAAT
128 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * *
128936 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTG-ATTTGGTTCGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAA
* * * **
129000 CAAATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAAATTTTGAAATATTTGTAAATTAGTATTATTTTA
65 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* *
129061 TTTTGAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAG
130 TTTTGAATAAGCTTGTATGAAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
* ** * * * * * * * *
129114 GTAATAACAATATGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTATT-TAGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA
* * * * * *
129178 CTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTT
65 -TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * *
129242 CTTTTGAATAAGCTTTTGTGAACTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
129 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
129295 GTCATAACGATTTTAAATCGATAATTGTTCAAACAGTAATAACTCTTTGAACTTGTT-TAGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAA
* * * *
129359 CAAATTTATATTTTCAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGTATTATTT
65 TAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
*** * * * * * *
129423 TATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTATAGGACTAATCAAAAG
128 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
129477 GTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAGCTATTTGAACTGGTTCGACAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
* * * * * *
129542 ACATTTATTTTTAAAATCT-TT-C--ACTAATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-T
66 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * *
129602 ATCTGAATAAGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTATTTTATGAGAAAAC-AAAG
131 -TTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
129653 ATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA-AAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GATAAA
* * * * *
129717 CA-ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTT
65 TAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * *
129780 ATTTTGAATAAGATTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
129 ATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
129833 GTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CA-AATATATTTGATCTTGTTTGATAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAA
* * * * *
129896 TAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTTAAA-GTTAATAAATTACTATTATTT
65 TAGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * *
129960 TATTTTGAATAATCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAG
128 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
130014 GTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGTAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAA
* * * * * *
130078 CT-CATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATT-ATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTAATATTT
65 -TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* *
130141 TACTTTGAATAAGCTTGTATGAACA--AAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAG
128 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * *
130194 ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTCGATAAA
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGATAAA
* * ***
130258 TAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
65 TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * ** * * *
130319 TTCTGAATAATTTTGTAT-TAATAGAAATAATCATTTTACGATAAAACAAAAT
130 TTTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * * * *
130371 GTAATAATGATTTGAAATTGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAGAC
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
** *
130436 AGATTTATTTTTTCAAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTCATAAATTAGTATTATTT
66 AGATTTATTTTTT--AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
** ** *
130500 TATTTCAAATAAAATTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
128 TATTTTGAATAAGCTTGTATGAAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * ** ** * * * *
130554 ATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGGGTCATAACTATTCGAACTCGCTCGGTAAAT
1 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAAT
* * * * *
130619 AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATCATTTTAT
66 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * **
130684 TCCAAATAAGCTTTTATGAACA-GAAACAATTGGTTTATGATGAAACAAAAG
131 TTTGAATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * *** * * *
130735 CTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGCATTCAAAAAAA
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* *
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* * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * *
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* ** * ** * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * *
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** * * * * * *
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** * * * * ** * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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*** ** * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT-AG
* * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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** ** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * *
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* * ** * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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** ** * * ** * * **
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* * * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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1 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * *
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*
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* * *
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* * * *
140214 GCATGAACAAAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACGAAATGTCATAATATTTTAAAATAGATAATT
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*
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GCATGAACAAAAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAATATCATAATAATTTAAAATAGATAATTG
TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTCAGA
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140139 CGTGTTCAGA
* * **
140149 AAATTTTTTTCTTATTAATTTCT-AGAATATTAATAAATCTAA-ATTATTTTATTCAAAATAAGC
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** ** * * * * * *
140212 TTGCATGAACAAAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAACGAAATGTCATAA-TATTTTAAAATAGATA
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* * * * * *
140276 ATTGTTCATATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACAGATTCT-TTTTTT
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* * * * * *
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1 AAATT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTGAAATA-AGC
* * * *
140394 TTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAAT
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* * *
140459 TATTCAAATAGTCATGATTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT
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* ** * *
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* * * * *
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* * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * * * **
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*
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*
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* *
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*
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* *
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1 A
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*
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*
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*
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*
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* ***
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* *
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*
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* *
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*
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Done.