Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168160.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_40, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 4000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 3
Found at i:153491 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 153047--155157 Score: 1519
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153037 TTATAAACAA
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153047 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
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** * * * *
153284 TGAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAACGATTTCAA
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* * * * * **
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* * * * *
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* ** ** * * * * *
153464 CAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * *
153529 ATAGATAATTA-TCTAAATAG-GA-ATC-AATTCAA-----T-A-AACA-A-
130 ATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAA-ATAG
* * *
153568 ATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * ** *
153632 CCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGCTTGTAATGATTTG
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* * * * ** *
153696 AAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAA-CGAAT--TCAAT-G
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGATAAATAG
* * ** * *
153744 ---TATTTTTTAAATCTC-TAATATATCAAAATTT-GAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * *** *
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64 TCCAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTG
* ** * * *
153869 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAAAACAA
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAAATAG
* * ** * **
153922 ATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCT-AAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * * *
153986 TTTGAATAAGCATGTATGAATTAAA-AATAATATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAAAACAATTT
64 TCCAAATAAGCTTGTATGAATGAAACAAT--TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * *
154049 GAAATAAATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGACAAATAC
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAATAG
* * * * *
154103 ATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATT
* * *
154163 CCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAGCAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTG
65 CCAAATAAGCTTGTATGAATGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTG
* * * * * *
154226 AGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAATTGGTTTGATATATAG
128 AAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGATAAATAG
* * * * **
154280 ATTAAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAAAATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** ** * * * *
154341 TGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AAAATGTCATAACAATTTGAT
66 CAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * *
154405 AGAGATAA-TAGTTCAAATGGAT-ATTACTATTTGAGCTTGTTTGGTAAACAA
130 ATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCATAACTATTTGA-ATTGTTTGATAAATAG
** * *
154456 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
154521 CAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAAGATTATAACGATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * **** *
154586 ATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACTCGCCCAATAAACAG
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-GAATTGTTTGATAAATAG
* * * *
154637 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * *
154702 TAAATAAGCTT-TATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* ** * *
154766 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATAT
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AATTGTTTGATAAATAG
* * * * **
154817 ATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTCATTTATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * * *
154880 GAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAA
66 CAAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
154945 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGGTAACA-AG
130 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGATAA-ATAG
* * * * * * *
154996 ATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * *
155061 CAAATAATCTTATATGAACT-AAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGA
66 CAAATAAGCTTGTATGAA-TGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* *
155125 AATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTT
129 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
155158 AAACATGTTC
Statistics
Matches: 1523, Mismatches: 334, Indels: 150
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
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183 5 0.00
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Found at i:153702 original size:169 final size:168
Alignment explanation
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153390 TGGCAAATAG
* * * * *
153400 ATTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATATTAAATGAGTATTATTTTATTCC
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* *
153465 AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAA
66 AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAAAACAAAAGCTTATAACAATTTAAAA
153530 TAGATAATTATCTAAATAGGAATCAATTCAATAAACAA
131 TAGATAATTATCTAAATAGGAATCAATTCAATAAACAA
* * *
153568 ATTTATTTTTTAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAACCT-CTTACTTATTAATTTTTGAAA-TATAATAAATGAATATTATTTTATT
* ** * * * **
153632 CCAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAATAAAAGCTTGTAATGATT
64 CCAAATAAGCTTATATGAACTG--AAACAATAATTTTA-CAATAAAACAAAAGCTTATAACAATT
*
153694 TGAAATAGATAATTAT
126 TAAAATAGATAATTAT
153710 TCAAATGGCC
Statistics
Matches: 118, Mismatches: 19, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.02
168 31 0.26
169 83 0.70
170 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (168 bp):
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AAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATAATTTTACAATAAAACAAAAGCTTATAACAATTTAAAA
TAGATAATTATCTAAATAGGAATCAATTCAATAAACAA
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152993 TGACGTTTAC
* * ** *
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1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
* * * ** * *
153063 T-CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATTGAATG-TT
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * **
153126 CA-AACACAATTGTTATATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACG
130 -AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
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* * *
153251 TTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTCTATGAACT-GAAACAATT
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* * * * * * * *
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319 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
153378 TTTTAA-TTACTTTGGCAA-ATAGATTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATA-
384 TTTGAACTT-GTTCGGTAACA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * * * *
153440 TATTAAATGAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATAATTTTACAATA
447 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATAACA
* * * *
153504 GAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGAT
512 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * *
153535 AATTA-TC------T-A-AA-TA--GGAA-TCAATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCC
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-T
* *
153587 TT-CTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-A
64 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * ** ** *
153650 TGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAAGCTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
129 T-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * **** * * * * * **
153715 TGGCCATAATTATTTGAACGAATTC----AAT-G-TAT-TTTTTAAATCTCTAATATATCAAAAT
193 TAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTACT-TATTAATTT
* * * * * *
153773 TTGAAGTATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTT
257 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * *
153838 TTATGATAAAACAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
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*** * * ** **
153903 GAACTTGTTCAAAAAACAA-ATTTATTTTTTAAAATTTGTTGTTTATTAATTTTCTA-AATGCTA
387 GAACTTGTTC-GGTAACAAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAGAATATTA
** * * * * * *
153966 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTAAAAATAA-TATTTTATGAC-AA
449 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATAACAAA
* * * *
154029 GCAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAAT
514 ACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * ** * * *
154058 AATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAATC---T
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * *
154120 -CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTA-TCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAA
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* ** *
154182 TA-AAAGCAATTGCTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAA
129 TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-A
* * * * * * *
154244 AAAAATCATAATTATTTG-AATTGGTTTGATATATAGATTAAGTTTTTAAA-TCTT--TTATTAA
191 AATAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAA
* * **
154305 TTTTTGAAATACTAATAAATTAAAATTATTTTATTCTG-AATAATTTTGTATGAATAGAAACAAT
254 TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
* * ** * * * * *
154369 TGTTTTACGACAAAA-AAAATGTCATAACAATTTGATAGAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATTAC
318 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAAC
* * **
154432 TATTTGAGCTTGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATA
382 TATTTGAACTTGTTCGGT-AACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * * *
154496 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATAAT
446 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATAAC
* * *
154560 AAAACAAAAGATTATAACGATTTGAAATAAAT
511 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** *
154592 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACTCGCCCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * **
154657 ACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAATA
66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
154721 GAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
131 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
154786 TCATAACTATTTGAAAGTGTTCAAAAAATATATTTATTTTTAAATTTTTACTCATTTATTTTTGA
196 TCATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA
** * * * *
154851 AATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAAATGTTTTAT
261 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
154916 GAGAAAACAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
326 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
154981 ATATTCGGTAACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTCTAGAATATTAATAAATT
391 TTGTTCGGTAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * * *
155046 AGTATTATTTTATTTCAAATAATCTTATATGAACTA-AAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
456 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
* *
155110 GTCACAATGATTTGAAATAGAT
521 GTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * ** ** *
155132 AATAATTCATATAGTCATAACTATTTAAAC-ATGTTCGGT-AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-GTTCAATAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTT
* ** *
155195 TTTC-TAGTTGAACTTGTTTGGAAAACATATTTGTTTTTTAAATGTTCTACTATTAATTGTTGAA
64 TTACTTA-TT-AA-TT-TTT-G--AA-ATA-----TTAATAAA---T-TAGTATT-A-T-TT---
** ** * * * * * *** * ** *
155259 ATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATCGGAATAA-ACATGTATGACAAAA-ATAATTATTTTAT
106 -TATT-CCAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AA--AGGTCAT
* *** * * * * *
155322 GACAA-AACAAA-AGGTCATACCAAT-TTCAAATA--AATAA-TTTTTCAAATAG-TC-ATAAAG
165 AACAATTTGAAATA-G--ATA--ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGAT-AA-
* * *
155379 ATTTGAAATTGTTTGATAACTAGATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATA
223 A-TAG-ATTTATTT--T---TA-A---A--TTTT---T-----ACTTATTAATT-T-TTGAAATA
* * * * ** *
155442 TTAATAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-AATCATTTTATGATA
265 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
155506 AAACAAAAGGTTATAATAATTTCG-AATAGATAATTGTTGAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTG
330 AAACAAAAGGTCATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
** * * * * * *
155570 TTCGACAA-ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAA
394 TTCGGTAACA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAG
** * * * *
155634 TATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAACT-GAAATAATT-TTTTA-AGACAAAACAAAATG
458 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATA-ACAAAACAAAAGG
155696 TCATAACGATTT-AAATAGAT
522 TCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
155716 AATTATTCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATCTACTTTTTAAAT-TAA
1 AATTATT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-T
* * * * *
155780 TTACTTATCAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-ACTCGAATAAGCTTGTATGA
64 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTGTATGA
* * ** * *
155844 ATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAA
128 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
155908 TAGTCAAAACTATTTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTTAA-
193 TAGTCATAACTA-TTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTA-TTAAT
* * * * * * * * *
155969 TTTTGATATATTAATAGATTAATATTACTTTATTCCAAACACA-CTTATATGAACAAAAACATTT
255 TTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATT
* * * *
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319 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * *
156098 TTTGAACCGGTTAGGTAAACAAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATAT
384 TTTGAACTTGTTCGGT-AACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATAT
* * *
156161 TAATAAATTCA-T-TT-TTTTAATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATTCACAAA-ACTTATTTTTA
447 TAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACT-AGAAACAATTA-TTTTA
* * * *
156221 TGACAAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGAT
507 TAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * ** * *
156257 AATTATTCATGTAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCAAATAAATTTATTTTTT-AATTTTC
1 AATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-
* * ** *
156321 TTAGTTATTAATTTTTG------T--TAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAA
64 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * *
156378 CAAAAATAAATT-TTTTATGATAGAACAAAAGG-CTATAACAATTTGAAGT-TACAATTGTTCAA
129 TAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* *
156440 ATAGTC---A-TA--T---A----T---T---T--A--T-TTTTTAAA--TCT-CTTGTTAATTT
192 ATAGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTT
* * *
156478 TTGAAAGATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTG-AATAAGCTGGAATG-AT-GAAAAGCAATT
257 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAA-CAATT
* * * * * * * * * *
156540 GTTATATGACTAAACAAAAGGCCATAAT-TTTTAATAAACAAATAATTGTTCATATAGTCTTAAT
319 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTT--GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * * *
156604 TGTTTGAA-TTGTT--TTAGCACATAGGTTTATTTTTTTGAATCTCCTT-GTAATCAATTTTCAA
382 TATTTGAACTTGTTCGGTA--ACA-AGATTTA-TTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTAG
* * *
156665 AATAATATTAAATTAGTATTATTTTA-TCCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTA
442 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTA
*
156728 TAACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGAT
507 TAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** ** * * **
156764 AATTGCTCAAATAG--------A----AACTAGTTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * *** * *
156817 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTTTTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-ATG
66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT-
* * * * ** * *
156881 AAAAAAAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGTTTGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAGT-
130 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
156945 GACCATAA-TGATTTAAACCAAT-TT-GATAAACT-GACTTATTTTTTAAACCTTTAACTTATTG
195 G-TCATAACT-ATTTGAA--ATTGTTCGATAAA-TAGATTTA-TTTTTAAA-TTTTTACTTATTA
* * * * *
157006 GTTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAGCTTTTATGAACTA-AGACA
253 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACA
* * * * *
157069 ATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT-ATTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATG
316 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * * ** *
157132 ACAATTTGAAATTGTTCAATAA-ACATATTTATTTTTTTAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGA
380 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAACA-AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA
* ** * *
157196 ATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTAT
443 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTAT
* * * * *
157260 GACTAAACAAAAGATAAGAACGATTTGAAATAGAT
508 AACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * ** * *
157295 AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGTTCGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * * ** * * *
157360 --TT-TT--TTTCT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGACTAAGTTTGTATGAAC
66 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT
** * * *
157419 AGAAGTAGTTGTTTTATTACAAAATAAATA--TCATAACAATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAA
130 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAA
* * * * *
157481 TAGCCGTAAGTATTTG-AATTGGTTCGATAAATAGATTTAATTCTTAAA--TCT-CTTATTAATT
193 TAGTCATAACTATTTGAAATT-GTTCGATAAATAGATTT-ATTTTTAAATTTTTACTTATTAATT
* * * ** **
157542 TTTGAAATACTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCAT
256 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* ** * *
157607 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATT
321 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** *
157672 TAAACTTGTTCGGTAAACAA-AATTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAA
386 TGAACTTGTTCGGT-AACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* ** * * * *
157736 TAAATTAGTATTGTTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
450 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATAACAAAA
*
157800 C---A----A-AACGATTTGAAATAAAT
515 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* ** * * * * * *
157820 AATTGTTCAAAGGGTCAT-ACTATTTGAACTTGCTCGATAAATAGATATATTTTTTAAATCTTTT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * *
157884 ACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTATATAAGCTTTTATGAATA
66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * *
157949 GAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG
131 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * * * *
158014 TTATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAACTATT
196 TCATAACTATTTGAAATTG-TTCGATAAATAGATTTATTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
158078 -AGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAACTTGCATGAATA-AAATCAATTTTT
259 GA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAA-TTGT
* * * *
158141 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATT
321 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * *
158206 TGAACATGTTCCATAA-ATAGATTAATTTATTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTAA
386 TGAACTTGTTCGGTAACA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAA
* * *
158270 TAAATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT--TAAAA
450 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATAACAAAA
* *
158332 -AAAAGGTCAAAATGATTTGAAATA-ATT
515 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-T
* * * * * ** * *
158359 AATTATTCAGATACTCATGACTATTTGAATTTGTTTGATAAACATATTTATTTTTTTAAATATTT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTT
* ** * *
158424 TAATTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT-TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA
65 TACTTATTAATTT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA
* * *
158487 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAAT
129 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * ** * * * * *
158552 AATCGTAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTG
194 AGTCATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-
* * * * * * *
158617 TCTT--AATATTAATAAATTTATATTATTTCATTCAAAATAAGTTTATATGAATAGAAAAAAATC
256 T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATT
* * *** * * *
158680 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTA
319 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * ** * *
158745 TTTAAACTTATTCATTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTAGAATATT
384 TTTGAACTTGTTCGGTAACA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT
* ** ** * *
158809 AATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGACAA
448 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATAACAA
158873 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
513 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* ** * * * * *
158903 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTAGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * * *
158968 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAAATGGTATTATTTTAAT-CGAATAAGCATGTATGAACA
66 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * *
159032 AAAACTATTATTTTATAATAGAAA-ATAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
131 GAAACAATTGTTTTATGACA-AAACA-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
159096 AGTCATAACTATTT-AAACTGATTTGATGAACAGATTTATTTTTTAAA--TCT-CTTATTAA-TT
194 AGTCATAACTATTTGAAATTG-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
159156 TTAAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTGAACA-AA-CTTATATGAACA-AAA-ATATT
257 TTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCGAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATT
* * * *
159217 TTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAGCT-ATTTGCAAA-A-ATAATTGTTCAAATAGTTATAAT
319 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * *
159278 TATTTGAA-TTGGTTAGGTAA-ATAGAATTATTTTTT-AACCTATTACATATTAATCTTTTTAG-
382 TATTTGAACTT-GTTCGGTAACA-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTTAGA
* * ** * **
159339 -TATGAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAA-T-TTAA-AATT-TTTT
443 ATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACTAGAAACAATTATTTT
* ** *
159397 TTATGAAAA-AAAA----AT---GATTTGAAATAAAT
506 ATAACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * * * ** *
159426 AATGGTTCATATAGTCTTAACTATTTAAATTAGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCT
1 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTT
* * * ** * *** *
159491 CAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAAC
65 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAT
* * * * * * * * * *
159555 AGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTAT-ACTATTTGAAGTATACAACTATTCAAATA
130 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
159619 GTCATAATTATTT-AAATTGGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
195 GTCATAACTATTTGAAATT-GTTCGA-TAAATAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
159682 TTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTAT-AATAAAAAACAATTG
256 TTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTG
* * *
159746 TTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACGATTTGAAATAGA
320 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGA
159786 CAAACATATT
Statistics
Matches: 4866, Mismatches: 1016, Indels: 740
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
494 40 0.01
495 3 0.00
498 1 0.00
500 1 0.00
501 6 0.00
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505 1 0.00
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509 52 0.01
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514 1 0.00
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520 6 0.00
521 62 0.01
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537 200 0.04
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542 4 0.00
543 121 0.02
544 146 0.03
545 1 0.00
546 2 0.00
547 2 0.00
550 1 0.00
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558 7 0.00
559 16 0.00
560 24 0.00
561 18 0.00
562 5 0.00
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564 6 0.00
565 21 0.00
566 25 0.01
567 13 0.00
568 10 0.00
569 14 0.00
570 4 0.00
573 8 0.00
574 1 0.00
577 1 0.00
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589 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (542 bp):
AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAAATTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGA
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TTGTTCGGTAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
GTCATAACGATTTGAAATAGAT
Found at i:155108 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 153563--156336 Score: 1350
Period size: 181 Copynumber: 15.2 Consensus size: 181
153553 CAATTCAATA
* * * *
153563 AACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCCTTCTTATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAATTAATATTAT
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* * * * **
153626 TTTATTCCAAATAAGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAATAAAA-GCTTGTAA
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* * * * * *
153689 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAAC--G---AAT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * * * * ** * *
153738 -TC-A-ATGTATTTTTTAAATCTCTAAT-ATATCAAAATTT-GAAGTATTAATAAAGTAATATTA
1 AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCT-TTCTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
153798 TTTTA-TTCTAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAT
64 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
** * * *
153862 TTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAAAA
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-GAT
* **
153917 AACAA-ATTTATTTTTTAAAATT-TGTTGT-TTATTAATTTTCTA-AATGCTAATAAATTAGTAT
1 AACAAGATTTATTTTTT--AATTCTCTT-TCTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTAT
** * * * * * * *
153978 TATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAATTAAAAATAA-TATTTTATGAC-AAGCAAAAGGTCAA
62 TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCAT
* * * * * * *
154041 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCTAATATTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTGAC
126 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGAT
* * * * *
154097 AA-ATACATTTATTTTTTAA--ATC--TCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTA-TCAATA
1 AACA-AGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTA
* * * *
154156 TTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAGCAATTGCTTTATGACAAAAC-AAATATCATAA
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * * * * *
154219 TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAAAAAATCATAATTATTTGAA-TTGGTTTGAT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCGAT
* * * * * **
154274 ATA-TAGATTAAGTTTTTAA--ATC-TT-TTATTAATTTTT-GAAATACTAATAAATTAAAATTA
1 A-ACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** *
154333 TTTTA-TTCTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AAAATGTCATAA
64 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * * * * * * * *
154396 CAATTTGATAGAGATAATAGTTCAAATGGAT-ATTACTATTTGAGCTTGTTTGGT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* ***
154450 AAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 -AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
154514 TTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAATAAAACAAAA-GATTATAAC
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAAC
* * * ** *
154578 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGGACTCGCCCAAT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * *
154631 AA-ACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAGTTAGTATTA
1 AACA-AGATTTATTTTTTAATTCTCTTT-CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
154694 TTTTATTTTAAATAAGCTT-TATGAATAGAAACGATTGGTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAC
64 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* ** *
154758 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAGTGTTC-AA
129 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * * * * **
154810 AAAATATATTTATTTTTAAATT-T-TTACTCATTTATTTTT-GAAATATTAATAAATTTTTATTA
1 AACA-AGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
154872 TTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAGTAGAACCAAATGTTTTATGAGAAAACAAAATGTCATAA
64 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * * * * *
154936 TGTTTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATATTCGGT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * *
154990 AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTCTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
1 AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
155055 TTATTTCAAATAATCTTATATGAACTA-AAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATG
66 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACG
** * * * *
155119 ATTTGAAATAGATAATAATTCATATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCGGT
130 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
** * * *
155171 AACAAGATTCCTTTTTTAATTCTTTTTC-TAGTTGAACTTGTTTGGAA-A--ACAT--ATTTGT-
1 AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTA-TT-AA-TT-TTTAGAATATTA-ATAAATTAGTA
* * * * * * **
155229 TT-TTTAAATGTTCTACTATTAA--TTGT-TGAAATATTAAAAAATAAATATTTTGTGAATCGGA
61 TTATTT-TAT-TTC-A--AATAAGCTTGTATG-AATA-GAAACAAT---TGTTTTATG-A-CAAA
* * * * * * * *
155290 ATAAACATGT-ATGAC-A---AAAATA-ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATACCAATTTC
114 ACAAA-ATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT-T--C---A-AATA-GTCATAACTA-TT-
* * * *
155349 AAATAAATAATTTTTCAAAT
168 ---T-GA-ACTTGTTC-GAT
* * *
155369 AGTCATAAAGATTTGAAATTGTTTGATAACTAGATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG
1 A---A-CAAGATTT---ATT-TTT--TAA-T---TCTCTTTCTT--A----TTA---ATT--TT-
** * * **
155434 TCTTAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGTATGAACAGAAA-AATCA
40 T-AGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* * * ** * * *
155496 TTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAATAATTTCG-AATAGATAATTGTTGAAATAGTCAAAATTA
102 TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *
155560 TTTAAACTTGTTCGAC
166 TTTGAACTTGTTCGAT
* * ** * * * *
155576 AA-ACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACTTAATATTAT
1 AACA-AGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * ** * *
155640 TTTATTTTGAATAAACTTACATGAACT-GAAATAATT-TTTTAAGACAAAACAAAATGTCATAAC
65 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAC
* * * *
155703 GATTT-AAATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTC-AGT
129 GATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA-T
* * * ** * * * *
155756 AA-ACATATCTACTTTTTAAATT-AATTACTTATCAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 AACA-AGATTTA-TTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * *
155818 ATTTTAACTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAA
63 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * * * *
155883 TGATTTG-AATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATTTTGAACTTGTTTGAT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTTGTTCGAT
* * * *
155937 AA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TT-AT-TTAA-TTTT-GATATATTAATAGATTAATATTA
1 AACA-AGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * *
155996 CTTTATTCCAAACACA-CTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 TTTTATTTCAAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
* * * * ** * *
156060 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAATTATTTGAACCGGTTAGGT
128 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * *
156114 AAACAAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-T-TT
1 -AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATT
* * * *
156175 -TTTTAATTTCAAATAAGCTAGTATGAATTCACAAA-ACTTATTTTTATGACAAAACAAAA-GCT
63 ATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAATG-T
* * * ** * * * *
156237 TATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATGTAGTCTTTAAATATTTAAACTAGTTCAGCA-
123 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTC-G-AT
* * **
156298 AATAA-ATTTATTTTTTAATTTTCTTAGTTATTAATTTTT
1 AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTT
156337 GTTAGATTAG
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AACAAGATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGA
TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
Found at i:156059 original size:177 final size:179
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 179
155192 CTTTTTCTAG
* * * * *
155202 TTGAACTTGTTTGGA-AAACATATTTGTTTTTTAAATGT-TCTACTATTAATTGTTGAAATATTA
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* * * * ** * * *
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*** * * * *
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* * *
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* * * * *
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63 AATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * *
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* * * * *
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1 TTGAACTTGTTTGATAAACAGATCT-ATTTTTTAAATCTCTT-ACTATTAATTGTTGAT-ATATT
* *** * ** * *
155624 AATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAACTTACATGAACTGAAATAATT-TTTTAAGACAAA
63 AATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * * **
155688 ACAAAATGTCATAACGATTTAAATAGATAATTATTCCAAATAGTCATGACTAT
128 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCAAAACTAT
* * * * * * * * *
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1 TTGAACTTGTTTGA-TAAACAGATCTATTTTTTAAATCT-CTTAC-TATTAATTGTTGATATATT
* * * * * * * * *
155804 AATAAATTAGTATTATTTTAACTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATAACAA
63 AATAAATTAATATTATTTT-ATTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAA
* * *
155868 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAATAAATAATTGCTCAAATAGTCAAAACTATT
127 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTA-T
* *
155922 TTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T-TTAATT-TTGATATATTAAT
1 TTGAACTTGTTTGATAAACAGATCTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTGTTGATATATTAAT
* * * * * *
155984 AGATTAATATTACTTTATTCCAAACACACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGACAAAACA
66 AAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
* ** *
156049 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTAATTAT
131 AAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTAT
** * * * * * * *
156099 TTGAACCGGTTAGGTAAACAAAAT-TTTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
1 TTGAACTTGTTTGATAAAC-AGATCTATTTTTTAAATCTCTTAC-TATTAATTGTTGATATATTA
* *
156163 ATAAATTCAT-TT-TTTTAATTTC-AAATAAGC-TAGTATGAATTCACAAAAC--TTATTTTTAT
64 ATAAATTAATATTATTTT-A-TTCAAAATAAACTTA-TATGAA--CA-AAAACAATTA-TTTTAT
* * *
156222 GACAAAACAAAAGCTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
122 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTGTTCA
156266 TGTAGTCTTT
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Consensus pattern (179 bp):
TTGAACTTGTTTGATAAACAGATCTATTTTTTAAATCTCTTACTATTAATTGTTGATATATTAAT
AAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAATGATTTGAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTAT
Found at i:158809 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 156790--165928 Score: 2898
Period size: 181 Copynumber: 50.2 Consensus size: 180
156780 ACTAGTTCGG
* * * * * * *
156790 TAAACAAAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAATTTTT
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* * * * * * * * **
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* * * * * *
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129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACT-ATTTGAA-C-TTGTTCA
* * * ** * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
157034 ATTTTATT-TCAGATAAGCTTTTATGAACTA-AGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCAT
64 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
** * * * * *
157097 -ATTATTCT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATGACAATTTGAAATTGTTCAA
127 AACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * ** * *
157151 TAAACATATTTATTTTTTTAAATTTCTTGTTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
157216 TTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGATAAGAA
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
157280 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGTTCGG
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-A
* * * * * * *
157333 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTT--TT-TT--TTTCTAGAATATTATTAATTTAGCAATAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * ** * * *
157393 TTTACTCTGACTAAGTTTGTATGAACAGAAGTAGTTGTTTTATTACAAAATAAATA--TCATAAC
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAAC
* * *
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130 AATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTC-A
* * * *
157508 TAAATAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATACTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** ** * *
157568 TTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* ** * * * *
157633 GATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTTGTTCGG
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * ** * *
157685 TAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTGT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** *
157750 TTTATT-TCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAAC---A----A-AAC
66 TTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** *
157806 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAGGGTCAT-ACTATTTGAACTTGCTCGA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * * * *
157857 TAAATAGATATATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
157922 TTTATTCTATATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAAAA
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * *
157987 ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACGTGTTTA
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * *
158037 GAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAACTATTAGAATATTAATAAATTTA-TATT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * *
158100 ATTTTATT-TGAAATAAACTTGCATGAATA-AAATCAATTTTTTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
64 ATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** * * *
158163 TAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCCA
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-CA
* * * * * * *
158219 TAAATAGATTAATTTATTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTATAATATTAATAAATTAGTGTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
158284 TTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTAT--TAAAA-AAAAGGTCAAAA
66 TTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * * *
158344 TGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAGATACTCATGACTATTTGAATTTGTTTGA
129 CAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * * * *
158397 TAAACATATTTATTTTTTTAAATATTTTAATTATT-ATTTGTCAAAATATTAATAAATTAATATT
1 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* *
158461 -TTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * ** **
158525 AAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAATCGTAAAGATTTGAACTTGTTTGG
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* *
158578 TAAACAGATTTATTTTTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * * ** *
158640 TATTTCATTCAAAATAAGTTTATATGAATAGAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTAAT
63 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
158705 AGCAATTTCAAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTATTCA
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * *
158759 TTAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** *
158824 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
158888 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-ATTTAGTTCA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * * * * * *
158940 GTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAAATGGTATT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * * * *
159004 ATTTTAATC-GAATAAGCATGTATGAACAAAAACTATTATTTTATAATAGAAA-ATAAAAGTCAT
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACA-AAAGGTCAT
* * * *
159067 AACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGATTTGA
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG--TTCA
* * * *
159122 TGAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAGATTAGTATTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * *
159182 TTTATTTTGAACAAACTTATATGAACA-AAA-ATATTTTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAGC
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * *
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130 AATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * * * *
159293 GGTAAATAGAATTATTTTTT-AACCTATTACATATTAATCTTTTTAG--TATGAATAAATTCA-T
1 --TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA--TTTTTAGAATATTAATAAATT-AGT
* * * * ** * *
159354 TTTATTTTATTTTGAATAAG-TTAGTGTGAATTTAAA-ATTTTTTTTATG--AAAA-AAAA----
61 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * *
159410 AT---GATTTGAAATAAATAATGGTTCATATAGTCTTAACTATTT-AAATTAGTTTA
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* * * * * ** *
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* * * * * * *
159528 ATTTTATTTTGAATAAGCTT-TATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTAT-A
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * * * *
159591 CTATTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGGTTTA
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* * * *
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* * * *
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64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-T
* * * * * *
159770 AACGATTTGAAATAGACAAACATATTTATTTTTTAAAT-CTC-TTACT-TATT-AATTTTTGGAA
127 AACAATTTGAAATAG------ATA---ATTGTTCAAATAGTCATAACTAT-TTGAA--CTT-G--
*
159831 TATTA
177 T-TCA
* * * ** **
159836 TTAAATTAG-TAGTATTTTTAACCAAATAAGCTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACA-A-
1 -TAAA-CAGAT-TTATTTTT---TAAAT---CTCT-T-A-C-TTATTAA-T-TTTTA-GA-ATAT
* * ** * * * * ** * * * *
159898 -AACAAAGATCTTAATGATTTGAGAT-T-GATAA-CTACTCA--AATAGTAATAATTATTTGAAT
49 TAATAAA-TTAGT-ATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTTT-TA-
* * * * ** * ** * * * * *
159957 TGGTCCGGTAAACATATTTA-TTTTTAA-AATCTTTTACTTA-TTAATTTTTGAAATATTAATAA
108 T-G-AC--AAAACA-A--AAGGTCATAACAA--TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-A
* ** * *
160019 ATTGATATT-ATTTTATT-T
163 ACT-AT-TTGAACTTGTTCA
* * * * * *
160037 TGAATA-ACCATGTA-TGTTTAAA-----AAC-AATT-A-TTTTATGACA-A--AACAAA--AGG
1 T-AA-ACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GA-ATATTAATAAATTA-G
* * * ** ** * * **** *
160087 TCA-TA-ATGATT-TGAAATAA----G-AT-AATCG-TTC-A-TGTAGTCTTACTATTTGAAATG
60 T-ATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAG
* * * *** * * * * * * * *
160140 GTTCGATAATTAAATTT-TATTTTTTAGTT-TTC--TTAGTTATTAAGTGTTGGAATATTATTAC
122 G-TC-ATAA--CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAA-CTTGTT-C
160201 A
180 A
* ** * * * * * ** *
160202 TTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATA-GAACTAATTGTTTGATGACA-A--AAT
1 TAAACA-GA-TTTATT-T--TTTAAAT-CT-C--TTACTTATTAATT-TTT-A-GA-ATATTAAT
* **** * *** * *
160263 AAAAT-GT-TATAACAAATT-GAAATAGAAAAT-TATTCAGATAGTCAAAACTATTTGAATTGGT
53 AAATTAGTAT-TATTTTATTCTAAATA-AGCTTGTA-TGA-ATAG---AAAC-AATTG--TT--T
** **** * * * * * * * * *
160324 T-TG-GTAAAC-AGTTTTCTTTTTTA-AATCTCATACT-GATTAATT-TTCTAATATTAATAA-A
106 TATGACAAAACAAAAGGTC---ATAACAATTTGA-AATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* **
160382 AGGTT-AAAATGATT--
166 A-TTTGAACTTG-TTCA
* * * * * *
160396 TGAAATAGA-TAATTGTTCTAATAGTC-ATAAC-TATTTGAACTCGTTTAGCAAATACATTTATT
1 T-AAACAGATTTATT-TTTTAA-A-TCTCTTACTTA-TT-AA-T-TTTTAG--AAT--A-TTA--
* * * * * ** * * *
160458 TTTTAAATCT-TTCACTATTTT-TT-GAAAT--G--T-TATTAA-ATTAA-TATTATTTTTAT-T
51 --ATAAAT-TAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGA
** * * * *** * ** * * * * *
160512 CAAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAGATCATATTGAT-TTGA-
111 C-AA-AA-C--AAAAGGTCA-TAACAATT-TGAAAT-AG-ATA-ATTGTTCAAATAG-TCATAAC
* *
160575 GA-TTGATATTTGTTCA
165 TATTTGA-ACTTGTTCA
* ** * * *
160591 -AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACAACTTTAGTT-TTAAATCTCTTGCTTATTA
1 TAA-A--CAGATTTATTT----T--TT---AAATC-TC-TTACTTATT-AA--T-TT--TTA---
* * * * *
160654 ATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAA
43 ------G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAA
* *
160718 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCA-AA
100 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
*
160781 TCTATTTGAACTTGTTTGA
164 -CTATTTGAACTTG-TTCA
* * *
160800 TAAATAGATTTATTTTATTTAAATCT-TTAGCTCATTAATCTTTT-GAA-AGTTAATAAATTACT
1 TAAACAGATTTA-TTT-TTTAAATCTCTTA-CTTATTAAT-TTTTAGAATA-TTAATAAATTAGT
* * *
160862 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGT-
61 ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
160925 AGGAACAAATTGAAATTGATAATTGTTCTAATAATCTTAATTATTTGAACTGGTTCAA
125 A-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * * * * * * *
160983 TTAAC-GCATTTATTTTTCAAA---GTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATA
1 TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
161043 TTTTACTTC-AAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAA
65 TTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * *
161106 TGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTTGA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G-TTCA
* *
161159 TAAACAGATTTAATTCTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * ** ** ** *
161219 TTTTATTCTTAATAATTTTATATGAATAGAAACAATCATTTTACAAC-AAACAAAATATCATAAT
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* *** * *
161283 GATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
** *
161334 GTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * *
161398 TTTTATTGC-AAATAAAATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAA
65 TTTTATT-CTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * ** ** *
161462 TGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCAAACTTGCTCA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * *
161514 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTTTTGAAAATTTAATAAATTAATATT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATT
* * * *
161578 ATTTTATTATAAATAAGCTTCTGTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* *
161643 CAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCA
* * * *
161695 GAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATAAATAAATTTA-TAT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * *
161757 TATTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTCATA
63 TATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
*** * * * * **
161822 ATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG-CATAAGTATTTGAACATGTTTGG
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * * *
161875 TAAATAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTACTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * *
161940 TTTATT-TCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGGGTCACA
66 TTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATA
*** * * *
162002 TTGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTCGA
128 ACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * * * * *
162056 TAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCGAAATATTAATAAATTA--ATTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** *
162118 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * ** **
162183 AATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGG
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * *
162235 TAAATAGATTTATTTGTTAGATCTGTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * *
162298 ATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTA
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAG---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
*** * * * * * *
162363 TAGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAA-TAATTTAAATTTATTCA
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTCA
* * * * * *
162418 TTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * ** * * * *
162483 TTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATCGAAATGATTTTTTTATAATAAAATAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
162548 GATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * * *
162599 TAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * * * *
162663 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAGACTATTGCTTTATAATAGACCAAAAAGTCATAA
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
162727 CAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTT--
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
** ** * * * * **
162777 TAATA-A-A--TA-TTAATAAAT-TAGTGC-TATTTTATTTTGA-ACAAACTTATATTAACAAAC
1 TAA-ACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTTAGA-ATA-TTA-A-T-A-AATT
* * * * ** * * * * **
162834 AATATTGTTTTATTACAAAATAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATAATTGTT-T-A-AATAG
58 AGTATTATTTTATT-CTAAAT--AAGCTTGT-ATGAATAGAAACA-ATTGTT-TTATGACAA-A-
* * * * * * * * * *
162896 ATATAA--TTATTTGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTATT-TTCTAAAT-CTCTTATAAATTTTT
115 ACAAAAGGTCA--T-AAC-AATT-TG-AAAT-AGATAATTGTTC-AAATAGTC--ATAACTATTT
* * ** *
162957 CAA-ATACTAA
170 GAACTTGTTCA
* * * * * * * **
162967 TAAATTAGTTTTACTTTATTTTGGATGAGTTTCTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC
1 TAAA-CAGATTTA--TT-TTTT--A--AATCTCT-T-A-CT-TATTAA-T-TTTTA-GA-ATATT
* * ** * *** * **** * * *
163032 AA-AAGGTCAG-AACAATTTAAGATAAATAA--TTGT-TCATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGG
50 AATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTT-TA-TGA
****** * * **** * ** * * * *
163092 TTCGGTAAATGGATTTATTTTTTATATCTATTAGTTATTAATT-TTTAGAATA-TTACTAAATTA
111 CAAAACAAAAGG--TCA-TAACAATTTGAAATAG--A-TAATTGTTCA-AATAGTCA-T-AACTA
** *
163155 GTATT-ATTTTATTC-
167 -T-TTGAACTTGTTCA
* * *** * ** ** *** * * *
163169 TAAATAAGCTTGTA-TGGATAGAAACAATTGTTTTATT-ATAAAATAAAATGTT-ATAACAATTT
1 TAAA-CAGATT-TATTTTTTA-AATCTCTT-ACTTATTAAT-TTTTAGAATATTAAT-A-AATTA
* * * * * * *
163231 GAAATAGATAATTGTTC-AAAT-AGTCATGACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAATTTTTTTTT
59 G-TAT-TAT-TTTATTCTAAATAAG-CTTG--TA--TGAA-----T-AG-AAACAA--TTGTTTT
* * * * * * * * *
163294 TTGA-AAAATAATTGCTTTATGATAGATAA-AAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGGTCA
107 ATGACAAAACAA-------AAGGT-CATAACAA--T-TTGA-AA--T-AGAT--A-A-TTGTTCA
* * * *
163357 AATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAA
153 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * * * *
163386 TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-CTTTCGAAATAATAATAAAATAGTATT
1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** * *
163449 ATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTCGGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTA
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* *
163513 ACAAATTT-AAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCAA
128 AC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * * * * *
163567 TAAACACATTTATCTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * * * *
163632 TTTTATT-TCGAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTATAAGACTAAAGAAAATGTCAGAA
65 TTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * *
163696 CTATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCAA
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * * * * *
163749 TAAATACATTTATTTTTTAAATCT-TT-C--ATTGAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * * ** *
163810 TTTTGTTC-AAATAAGCTTGTATG-ATA-AAAAATGATTGCTTTATGAGGAAAC-AAAGATCATA
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * * * * *
163871 ATGATTTGATATTGATATTTGTTCCAATAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTTA
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * ** * *
163924 GAAAACA-ACTTTA-GTTATAAATCTCTTGTTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAGTGT
1 -TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
163986 TATTTTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCA
63 TATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * *
164049 TAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCA-AATCTATTTGAACATAT-TTGA
126 TAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-T-TGTTCA
* * * * * * *
164105 TAAATAGATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATT
1 TAAACAGA-TT-TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
164170 ATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
164234 ACAATTTGAAGTACATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTA
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * * *
164287 GCAAACACATTTATTTTTCAAA--GC-T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * *
164348 TTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAAATAAATA--TGATAA
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA
* * * * * * *
164411 CGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTT-AAGC-TGTTTCGG
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTG-TTC-A
* * * * *
164464 TAAACATATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * ** * * * **
164525 TTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * *
164590 ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCA
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * * * *
164640 GTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
164705 TTTTATTCTAAATAAACTTGCATGAATAGAGACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAGGATCATAA
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAA
* * * * * **
164769 CTATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCTTGG
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * * *
164822 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATA-
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * * * **
164886 TTTATTTTGAATATGTTTGTATGAA-CGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATT
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
* * * * **
164950 ATTTGAGATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGG
131 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * * * *
165001 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * * ** * * *
165066 TTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACT-GATATAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCACAAC
66 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
165130 AATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * * * * * *
165182 TAAACATATTTA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
165246 TTTAATTC-GAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
66 TTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * * **
165310 AATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAG-CACAACTATTTGAATTTATTTGG
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCA
* * * * * *
165361 TAAA-TGTAGTTA-TTTTTAAATCTTTTATTTATTAA-TTGTATGAATATTAATAAATTTGTATT
1 TAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
165423 ATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTA-A
64 ATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * *
165486 AGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
128 A-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-A
* * * *
165541 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGAATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * *
165605 TGCTATTCGAAATAAGCTAGTACGAATAGAAACAATTGTCTTGTGAC-AAACAAAAGGTCATAAC
65 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * * *
165669 GATTTAAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTCA
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
* * *
165719 -AGCCAACAGATTCATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGCA
1 TA---AACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
165781 TTATTTTATTCTAAATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGCTCA
62 TTATTTTATTCTAAAT-AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
* * * * * * * **
165845 TAAAAATGTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGG
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCA
* * *
165901 TAAATATATTTATATTTTAAATCTCTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
165929 ATGTTAGCCT
Statistics
Matches: 6681, Mismatches: 1637, Indels: 1281
0.70 0.17 0.13
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161 1 0.00
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218 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
Found at i:160062 original size:321 final size:322
Alignment explanation
Indices: 159464--160104 Score: 785
Period size: 321 Copynumber: 2.0 Consensus size: 322
159454 ATTAGTTTAG
* * *
159464 CAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTTTTATATTAGTATTA
1 CAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTA
**** * * * * *
159529 TTTTATTTTGAATAAGCTTTATGAACAGAAATAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTTATACTA
66 TTTTATACCAAATAAGCTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATTATAATA
* * ** *
159594 TTTGAAGTATACAACTATTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTTAGTAAATAGATTTATTT
131 TTTGAAGTATACAACTACTCAAATAGTAATAATTATTTAAATTGGTCCAGTAAACAGATTTATTT
* *
159659 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAGAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTCTAAATAAA
196 TTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTCTAAATAAA
* * *
159724 CTTGTATAATAAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGT-AGTAACGATTTGAAATAGA
261 CATGTATAATAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGA
* * *
159786 CAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTA
1 CAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTA
* *
159850 TTTT-TAACCAAATAAGCTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAGATCT-TAA
66 TTTTAT-ACCAAATAAGCTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGAT-TATAA
* * * *
159912 TGATTTG-AG-ATTGATAACTACTCAAATAGTAATAATTATTTGAATTGGTCCGGTAAACATATT
129 T-ATTTGAAGTA-T-ACAACTACTCAAATAGTAATAATTATTTAAATTGGTCCAGTAAACAGATT
* * * * *
159975 TATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGA-TATTATTTTATTTTG
191 TATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAAT-ACTATTATTTTATTCTA
* ** * * *
160039 AATAACCATGTATGTTTAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
255 AATAAACATGTATAATAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
160104 A
320 A
160105 AGATAATCGT
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 42, Indels: 15
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 12 0.04
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322 13 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (322 bp):
CAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTCAATTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTA
TTTTATACCAAATAAGCTCTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATTATAATA
TTTGAAGTATACAACTACTCAAATAGTAATAATTATTTAAATTGGTCCAGTAAACAGATTTATTT
TTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAAATACTATTATTTTATTCTAAATAAA
CATGTATAATAAAAAACAATTATTATATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
Found at i:161033 original size:655 final size:655
Alignment explanation
Indices: 159793--161003 Score: 1378
Period size: 655 Copynumber: 1.8 Consensus size: 655
159783 AGACAAACAT
* *
159793 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTAGTATTTTTAAC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTTGAAATATTATTAAATTAATAGTATTTTTAAC
* * *
159858 CAAATAAGCTCTATGATCAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGAT
65 CAAATAAGCTCTATGATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGAT
* * * *** *
159923 TGATAACTACTCAAATAGTAATAATTATTTGAATTGGTCCGGTAAACATATTTATTTTTAAAATC
130 TGATAACTACTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTCCAAAAAACATATTTAGTTTTAAAATC
* *
159988 TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGATATTATTTTATTTTGAATAACCATGTATG
195 TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAGATATTATTTTATTTTGAATAACCATGTATG
* **
160053 TTTAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAGATAATCGTTCA
260 -TAAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAGATAATCGTTCA
*** ** * ** * *
160118 TGTAGTCTTACTATTTGAAATGGTTCGATAATTAAATTTTATTTTTTAGTTTTCTTAGTTATTAA
324 AAAAGTCAAACTATTTGAAATGGTTCGATAAATAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAA
* * * * *
160183 GTGTTGGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAAATAGTACGAATAGAACTAATT
389 GTGTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTACGAATAGAAATAATT
* * *
160248 GTTTGATGACAAAATAAAATGTTATAACAAATTGAAATAGAAAATTATTCAGATAGTCAAAACTA
454 GTTTGATGACAAAATAAAATGGTAGAACAAATTGAAATAGAAAATTATTCAGATAATCAAAACTA
* *** * * *
160313 TTTGAATTGGTTTGGTAAACAGTTTTCTTTTTTAAATCTCATACTGATTAATTTTCTAATATTAA
519 TTTGAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCATA-TGATTAATTTTCTAATATTAA
160378 TAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTA
583 TAAAAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTA
160443 GCAAATAC
648 GCAAATAC
* * **
160451 ATTTATTTTTTAAATCT-TTCAC-TA-T-TTTTTGAAATGTTATTAAATTAATATTATTTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTATTTTTGAAATATTATTAAATTAATAGTATTTTTAAC
* * *
160512 CAAATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAACAAAGATCATATTGATTTGAGA
65 CAAATAAGC-TCTATGATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGA
** ** * *
160577 TTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACA-ACTTTAGTTTT-AAA
129 TTGATAACTACTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTCCAAAAAACATA-TTTAGTTTTAAAA
* *** *
160640 TCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTT
193 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAGATATTATTTTATTTTGAATAACCATGT
* * *
160704 ATG-AAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAACTTT-AAAT-AGATAATT
257 ATGTAAA--AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAAGATAATC
* * * *
160766 GTTCAAAAAGTCAAATCTATTTGAACTTGTTTGATAAATAGA-TTTATTTTATTTAAATCT-TTA
319 GTTCAAAAAGTCAAA-CTATTTGAAATGGTTCGATAAATAAATTTTA-TTT-TTTAAATCTCTTA
* * ** * *
160829 GCTCATTAA-TCTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA
381 G-TCATTAAGT-GTTGGAATA-TTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTACGAA
* * * * *
160892 CTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAA-GGTAGGAACAAATTGAAATTGATAATTGTTCTA
443 -TAGAAATAATTGTTTGATGACAAAATAAAATGGTA-GAACAAATTGAAATAGAAAATTATTC-A
** * *
160955 -ATAATCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTAAC-GCATTTATTTTTCAAA
505 GATAATCAAAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACAG-ATTTATTTTTCAAA
161004 GTTCTTATTA
Statistics
Matches: 454, Mismatches: 82, Indels: 37
0.79 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
652 2 0.00
653 21 0.05
654 172 0.38
655 232 0.51
656 4 0.01
657 4 0.01
658 19 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (655 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTTGAAATATTATTAAATTAATAGTATTTTTAACC
AAATAAGCTCTATGATCAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATT
GATAACTACTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTCCAAAAAACATATTTAGTTTTAAAATCT
CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAGATATTATTTTATTTTGAATAACCATGTATGT
AAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAGATAATCGTTCAAA
AAGTCAAACTATTTGAAATGGTTCGATAAATAAATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTCATTAAGT
GTTGGAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTACGAATAGAAATAATTGT
TTGATGACAAAATAAAATGGTAGAACAAATTGAAATAGAAAATTATTCAGATAATCAAAACTATT
TGAACTGGTTCAATAAACAGATTTATTTTTCAAATCTCATATGATTAATTTTCTAATATTAATAA
AAGGTTAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTAGCA
AATAC
Found at i:161498 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 160389--165924 Score: 2647
Period size: 180 Copynumber: 30.4 Consensus size: 179
160379 AAAAGGTTAA
* * * * *
160389 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTTAGCAAATACATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* * * *
160454 TATTTTTTAAATCTTTCAC-TATT--TTTT-GAAATGTTATTAAATTAATATTATTTTTATTCAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCAA
* * * *
160515 ATAAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATAAGAAAAC-AAAGATCAT
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * **
160565 ATTGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAACA-ACT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA-T
* * * * * **
160629 TTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCA
* * *
160693 AATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
128 AATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* ** * *
160745 GACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTT-GATAAATAG
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAG
* * *
160807 ATTTATTTTATTTAAATC-TTTAGCTCATTAATCTTTTGAA-AGTTAATAAATTACTATTATTTT
63 ATTTA-TTT-TTTAAATCTTTTA-CTTATTAAT-TTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
160870 ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGT-AGG
123 ATTC-AAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA-T
** * * * * * * * * * *
160928 AACAAATTGAAATTGATAATTGTTCTAATAATCTTAATTATTTGAACTGGTTCAATTAAC-GCAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG-AT
* * * * * * *
160992 TTATTTTTCAAA---GTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTTCA
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCA
* * *
161053 AATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGATCAT
128 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* *
161104 AATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTATTTGAA-TTGGTTT-GATAAACAGA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTAG-TAAACAGA
* * *
161167 TTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-
* ** * * ** ** *
161228 TAATAATTTTATATGAATAGAAACAATCATTTTACAAC-AAACAAAATATCAT
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
*** * **
161280 AATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAGTAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* *
161345 TATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAAA
** *
161410 TAAAATTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAA
130 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * ** ** * * *
161460 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCAAACTTGCTCAGTAAACAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* * * * *
161525 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAAATTTAATAAATTAATATTATTTTATTATAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CAA
* * * * *
161590 ATAAGCTTCTGTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * *
161641 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGAAAACATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAGAT
*
161705 TTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTA-AATATAAATAAATTTA-TATTATTTTATTC
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTC
* * * *
161767 GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAA-AGTCAT
127 -AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * * * * * *
161821 AATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAG-CATAAGTATTTGAACATGTTTGGTAAATAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* * * * *
161885 AATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAA
* * * *
161950 ATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAA-AAAAGGGTCAC
129 ATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * * * * * *
162001 ATTGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTG-TTCGATAAATATA
1 AATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGA
* * *
162064 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTCGAAATATTAATAAATTA--ATTTTTTTAATC
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATT
* * * *
162126 CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
126 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * ** * *
162180 AACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* * * * *
162245 TATTTGTTAGATCTGTTACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-A
* * ** *
162309 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAA-AGTTAT
128 AATAAGCTTGTATGAACAG---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * * * * * * * *
162364 AGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAA-TAATTTAAATTTATTCATTAAACATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGAT
* * * * * **
162428 TCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTGATAACTTAGTATTATTTTATTTTG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCA
* ** * * * * *
162493 AATAAGCTTATATGAATC-GAAATGATTTTTTTATAATAAAATAAAAGGTCAT
128 AATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * *
162545 AACGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTT-GATAAGCATAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGAT
* * *
162608 TTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCC
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTC
* * * * * * *
162672 GAATAAGCTTGTATGAACA-AAGACTATTGCTTTATAATAGACCAAAA-AGTCAT
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
** * * * * * *
162725 AACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAAT-AA-ATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* *** * *** ** * * * *
162788 AATAAATT-AGTGCTATTTTA-TT-TTGAA-CAAACTTATATTAACAAA-CAATATTGTTTTATT
66 TATTTTTTAAAT-C--TTTTACTTATT-AATTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * ** *** *
162848 ACAAAATAAAAACTAATAATTATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGATATAATTATTTGAAC
126 -C-AAAT--AAGCT--T--GTA--TGAACAGAAACAATTGTTT-TAT-GACA-AAACAAAAGATC
162912 -T
178 AT
* * * * * * * * ** *
162913 -A-G-TTCAGTAAATAAAATTATT-TTCTAAAT-CTCTTATAAATTTTTCAA-AT-ACTAATAAA
1 AATGATT-TG-AAAT-AGATAATTGTTC-AAATAGTC--ATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAA
* * * * * * **
162971 TTAGTTTTACTTTATTTTGGATGAGT-TTCTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAA-
60 -CAGATTTA--TT-TTTT--A--AATCTT-T-T-A-CT-TATTAA---TTTTA-GA-ATATTAAT
* * * ** * * * * **** * * *
163034 AAGGTCAGAACAATTTAAGAT-AAATAA--TTGT-TCATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTC
107 AA-ATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTT-TA-T-G-AC
*** ** *
163095 GGTA-AATGGATTTATT
165 AAAACAAAAGA-TCA-T
** * * ** * * * * * * *
163111 TTTTATATCTATTAGTTATTAATT-TTTAGAATA-TTACTAA--ATTAGTA-TTATTTTATTCTA
1 AATGATTTGAAATAG--A-TAATTGTTCA-AATAGTCA-TAACTATTTGAACTT-GTTTA--GTA
* * *** * *** * * *
163171 AATAAGCTTGTA-TGGATAGAAACAATTGTT--TTATTATAAAATAAAATGTT-ATAACAATTTG
58 AA-CAGATT-TATTTTTTA-AATC--TT-TTACTTATTA-ATTTTAGAATATTAAT-A-AATTAG
* * * * * * * *
163232 AAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATGACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAATTTTTTTTTTT
114 -TAT-TAT-TTTATTCAAATAAG-CTTG--TA--TGAA------CAG-AAACAA--TTGTTTTAT
* * *
163296 GA-AAAATAATTGCTTTATGATAGAT
162 GACAAAACAA-------AAGAT-CAT
* * * * * * * * * * * *
163321 AAAAGGTAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAA
1 -AATGAT-TTGA-AA--T-AGAT--A-A-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG
* * * * * *
163386 TAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAATAGTATTA
56 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * ** * * *
163450 TTTTCTTTTGAATAAGCTTTTCGGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTT
119 TTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * *
163512 AACAAATTT-AAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCAATAAACACAT
1 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGAT
* * * * * *
163576 TTATCTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
65 TTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * ** * * * * * *
163641 GAATAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTATAAGACTAAAGAAAATG-TCAG
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * * * * * * *
163694 AACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATACAT
1 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGAT
* * * *
163758 TTATTTTTTAAATC-TTT-C--ATTGAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTGTTCA
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCA
* ** * **
163819 AATAAGCTTGTATGATA-AAAAATGATTGCTTTATGAGGAAAC-AAAGATCAT
128 AATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * *
163870 AATGATTTGATATTGATATTTGTTCCAATAGTCCTAACTATTTAAACTAGTTTAGAAAACA-ACT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA-T
* * * ** * * * *
163934 TTA-GTTATAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATTTTATTTCT
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCA
* * * *
163998 AATAAGTTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCAT
128 AATAAGCTTGTATGAACA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * *
164050 AATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCA-AATCTATTTGAACATATTT-GATAAATAG
1 AATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAG
* * * * *
164112 ATTTATATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTAT
63 A-TT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-
** * * * * *
164177 TTTGAATAAGATTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAT
124 TTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * * * * *
164233 AACAATTTGAAGTACATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAGCAAACACAT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGAT
* * * * * *
164297 TTATTTTTCAAAGC---T-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCG
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCA
* * * * * *
164358 AATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTGTTTTATAACAAAA-TAAATATGAT
128 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * *
164409 AACGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATAATAACTATTT-AAGC-TGTTTCGGTAAACATA
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTT-AGTAAACAGA
* * * *
164472 TTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTT
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* ** * * * * *
164533 GAATAATTTTGCATGAATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * *
164586 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* * *
164651 TATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AA
* * * * * *
164716 ATAAACTTGCATGAATAGAGACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGATCAT
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * *
164767 AACT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGA
1 AA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * * * *
164830 TTTATTTTTTAAATTTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATA-TTTATTTT
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTC
* * * * *
164894 GAATATGTTTGTATGAAC-GAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATG-TCAT
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * * * * * * * *
164946 AATTATTTGAGATAGATAATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGGTAAATAAATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
** * * * * **
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66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAA
* * * * * ** * *
165076 ATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCAC
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * * * *
165127 AACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAACATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* * * * * *
165192 TA-TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGA
66 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCAA
* *
165256 ATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCAT
129 ATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCAT
* * * * * * * * * * *
165307 AATAATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAG-CACAACTATTTGAATTTATTTGGTAAA-TGTAG
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAG-AT
* * * *
165370 TTA-TTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTATGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGA
65 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTA-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCA
* * *
165434 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAATG-T--T
128 AATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * * * * * *
165484 AAAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGA
1 AATG--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA
* * * * * **
165549 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATGCTATTCG
64 TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-
* * * * * *
165614 AAATAAGCTAGTACGAATAGAAACAATTGTCTTGTGAC-AAACAAAAGGTCAT
127 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * * * * * * ** **
165666 AACGATTTAAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCACTGGTCAAGCCAACAGATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
* * * *
165731 CATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGCATTATTTTATTCTA
66 TATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-A
* * * * * *
165794 AATAAAAC-TATATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGCTCAT
128 AAT-AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
** * * * * * * * * *
165846 AAAAATGTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATT
1 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
*
165911 TATATTTTAAATCT
66 TATTTTTTAAATCT
165925 CTTAATGTTA
Statistics
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0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
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220 2 0.00
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Consensus pattern (179 bp):
AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATT
TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAAT
AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:162831 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 162641--162912 Score: 310
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
162631 TTAATTGTTG
* * * * * *
162641 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAGACTATTGCTTTA
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* * * * * *
162706 TAATAGACCAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
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131 CTGGTTTAAT
* * ** * *
162781 AAATATTAATAAATTAGTGCTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAACAATATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAACAATATTGCTTTA
* * ** * * * *
162846 TTACAAAATAAAAACTAATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGATATAATTATTTGAA
66 TAACAAAACAAAAACTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGATATAACTATTTGAA
162911 CT
131 CT
162913 AGTTCAGTAA
Statistics
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140 106 1.00
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AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTAATCCGAACAAACTTATATGAACAAACAATATTGCTTTA
TAACAAAACAAAAACTAATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGATATAACTATTTGAA
CTGGTTTAAT
Found at i:162855 original size:543 final size:542
Alignment explanation
Indices: 160721--162856 Score: 1475
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160711 GAAACAATTG
* * ** * * *
160721 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCA-AATCT
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* * * * * *
160784 ATTTGAACTTGTTT-GATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCT-TTAGCTCATTAATCTTT-TGA
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* * * *
160846 A-AGTTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTA
123 ATA-TTAATAAATTAGTACTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * * * **
160909 TGACTAAATAAAA-GGT-AGGAACAAATTGAAATTGA-TAATTGTTCTAATAATCTTAATTATTT
186 TAAC-AAAAAAAAGGGTCA-CAACGATTTGAAA-TAATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTT
* * * ** * * * * * *
160971 GAACTGGTTCAATTAACGCATTTAT-TTTTCAA-A-GTT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTA
248 GAACTAGTTCGATAAACATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATA
* * * * * * * * *
161032 ATTTAGCAATATTTTACTTCAAATAAGTTTGTATGAACAGAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAA
313 AATTA--ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAA
* ** * * * * * *
161097 AGA-TCATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AAGTATTTGAATTGGTTTGAT
376 AAAGTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAG-ATTTGAACTGGTTTAAT
* ** * *** * * *
161160 AAACAGATTTAAT-TCTTAAATC---T-CTTATT-A-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
440 AAATA-A-TTAATAAATTAGATCTGTTACTTATTAACAAACTT--AATATTAACAAATCAATATT
** ** * *
161218 ATTTTATTCTTAATAATTTTATATGAATAG---AAACAATCA
501 ATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAATCA
** * ** *
161257 TTTTACAAC-AAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAATAGATAACAATTCAAATAGACATAACTA
1 TTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAG-CATAAGTA
* ** * * *
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* * ** * *
161383 AATAAATTAGTATTATTTTATTGCAAATAAAATTGTATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAA
128 AATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATAACAA
* * * * * ** * * ** * *
161447 AACAAAA-GATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTCGAAGGGTCATAACTATTCAAACTTGC
192 AA-AAAAGGGTCACAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTAGT
* * * * * *
161511 TC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTTTTGAAA-ATTTAATAAATTAA
256 TCGA-TAAACATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCGAAATA-TTAATAAATT-A
* *** * * * * * *
161574 TATTATTTTATTATAAATAAGCTTCTGTGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTC
318 -ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTC
* * * * ** *
161639 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-AAACA
382 ATAACAATTAGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTG-GTTTA-ATAAATA
* *** * * **** * * **
161702 TATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAA-TTTTTTAAATATAAATAAATTTATATTATTTTAT
445 -ATTAATAAATTAGATCTGTTACTTATTAACAAACTT-AATATTAACAAATCAATATTATTTTAT
* * ** **
161765 TCGAAATAAGCTTGCATGAATAG---AACCAATTG
508 TCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAAAAATCA
* * * *
161797 TTTTATGACAAAATAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTCAGATAGCATAAGTATT
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCATAAGTATT
* * * * *
161862 TGAACATGTTTGGTAAATAAATTAATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAAT
66 TGAACATGTTTAGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTCAGAATATTAAT
*
161927 AAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACAAAAAA
131 AAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAA
** *
161992 AAGGGTCACATTGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTTGTTCGAT
196 AAGGGTCACAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTAGTTCGAT
* * * * *
162057 AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTGTCGAAATATTAATAAATTAATTTTTTT
261 AAACATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATTATTTT
* * *
162122 AATCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
326 AATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
* * ** * ***
162187 AGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGT
391 AGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTGGTTTAATAAATA-ATTAATAAAT
**** * ***
162252 TAGATCTGTTACTTATTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCAAAATAAGCT
455 TAGATCTGTTACTTATTAACAAACTTAATATTAACAAATCAATATTATTTTATTCAAAATAAGCT
162317 TGTATGAATAGAAAAAAAAATCA
520 TGTATGAATAGAAAAAAAAATCA
* *
162340 TTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAA-TAA
1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAG-CATAAGT-A
* * * * *
162404 TTT-AA-ATTTATTCATTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATAT
64 TTTGAACATGT-TT-AGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTCAGAATAT
* * * ** * ** * *
162467 TGATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAA-TCGAAATGATTTTTTTATAATA
127 TAATAAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATAACA
* * *
162531 AAATAAAA-GGTCATAACGATTTG-AATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTA
191 AAA-AAAAGGGTCACAACGATTTGAAATA-ATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTA
* * *
162593 GTTTGATAAGCATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAG
254 GTTCGATAAACATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTA-
* * * *
162658 TATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAGACTATTGCTTTATAATAGACCAAAAAGT
318 -ATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAA-ACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGT
* * **
162722 CATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGGTTTAATAAAT-A
381 CATAACAATTAGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTGGTTTAATAAATAA
* *
162786 TTAATAAATTAG-TGCTATT--TTATTTTGAACAAACTT-ATATTAACAAA-CAATATTGTTTTA
446 TTAATAAATTAGAT-CTGTTACTTA--TT-AACAAACTTAATATTAACAAATCAATATTATTTTA
162846 TTACAAAATAA
507 TT-CAAAATAA
162857 AAACTAATAA
Statistics
Matches: 1313, Mismatches: 228, Indels: 111
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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534 8 0.01
535 58 0.04
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (542 bp):
TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGCATAAGTATT
TGAACATGTTTAGTAAACAAATTAATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAATTTTCAGAATATTAAT
AAATTAGTACTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATAACAAAAAA
AAGGGTCACAACGATTTGAAATAATTAATTATTCAAATAGTCATGACCATTTGAACTAGTTCGAT
AAACATATTTATGTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAATTATTTT
AATCCGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
AGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTGGTTTAATAAATAATTAATAAATT
AGATCTGTTACTTATTAACAAACTTAATATTAACAAATCAATATTATTTTATTCAAAATAAGCTT
GTATGAATAGAAAAAAAAATCA
Found at i:162885 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 162862--162910 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
162852 AATAAAAACT
162862 AATAATTATTTGAAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
*
162880 -ATAATTGTTT-AAATAG
1 AATAATTATTTGAAATAG
162896 ATATAATTATTTGAA
1 A-ATAATTATTTGAA
162911 CTAGTTCAGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 5
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 9 0.35
18 9 0.35
19 2 0.08
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTATTTGAAATAG
Found at i:163738 original size:471 final size:466
Alignment explanation
Indices: 162861--163746 Score: 1052
Period size: 471 Copynumber: 1.9 Consensus size: 466
162851 AAATAAAAAC
* * * * * *
162861 TAATAATTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGATATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAATA
1 TAATAATAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATAGACATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAATA
* * * * *
162926 AAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTCAAATACTAATAAATTAGTTTTACTTTATTTTGG
66 AAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATCTTTCAAATAATAATAAAATAGTATTACTTTATTTTGA
* * * * *
162991 ATGAGTTTCTATGAGCTAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAGATA
131 ATAAGTTTCTAGGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAGATA
* * * ** *** * * *
163056 AATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGTAAATGGATTTATTTTTTATATCT
196 AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAATTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTCAAATAT
* * *
163121 ATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGG
261 ATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCGTGTATGA
* * ** * * * *
163186 ATAGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
326 ATAGAAACAATTATTATAAGATAAAAGAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
*
163251 TAGTCATGACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAATTTTTTTTTTTGAAAAATAATTGCTTTATGA
391 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAATTTTTTTTTTTGAAAAATAATTGCTTTATGA
163316 TAGATAAAAGG
456 TAGATAAAAGG
* * *
163327 TAATAATAATTTGAAATAAATAGTTGGTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTA-TTCAATAAAC
1 TAATAATAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATAGACATAATTATTTGAAC-TAGTTCAATAAA-
* * *
163391 T-AATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAA-CTTTCGAAATAATAATAAAATAGTATTATTTT
64 TAAAATTATTTTCTAAATCTCTT-A-TA--AATCTTTC-AAATAATAATAAAATAGTATTACTTT
* * **
163454 CTTTTGAATAAGCTTT-TCGGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCTTAACAAA
124 ATTTTGAATAAG-TTTCTAGGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAAC-AA
**
163518 TTTAA-ATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTT-GTTCAATAAACACATTTATC
187 TTTAAGATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAA-TTGGTTCAATAAACACATTTAT-
* * * *
163581 TTTTCAAATATCTT-GCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAA
250 TTTTCAAATATATTAG-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAA
* *
163644 TAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTATAAGACT-AAAGAAAATGTCAGAACTATTTGAAATA
313 TAAGCGTGTATGAATAGAAACAATTATTATAAGA-TAAAAGAAAATGTCAGAACAATTTGAAATA
* *
163708 GATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTC
377 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
163747 AATAAATACA
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 59, Indels: 23
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
466 70 0.20
467 4 0.01
468 2 0.01
469 4 0.01
470 117 0.34
471 149 0.43
472 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (466 bp):
TAATAATAATTTGAAATAAATAATTGGTCAAATAGACATAATTATTTGAACTAGTTCAATAAATA
AAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATCTTTCAAATAATAATAAAATAGTATTACTTTATTTTGA
ATAAGTTTCTAGGAACTAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTAAGATA
AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAATTGGTTCAATAAACACATTTATTTTTCAAATAT
ATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCGTGTATGA
ATAGAAACAATTATTATAAGATAAAAGAAAATGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAATTTTTTTTTTTGAAAAATAATTGCTTTATGA
TAGATAAAAGG
Found at i:164327 original size:539 final size:532
Alignment explanation
Indices: 163386--165928 Score: 2000
Period size: 539 Copynumber: 4.7 Consensus size: 532
163376 ACTTATTCAA
* * *
163386 TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAACTTTCGAAATAATAATAAAATAGTATTAT
1 TAAAC-AATTTA-GTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAATAGTATTAT
* ** * * * * * *
163451 TTTCTTTTGAATAAGCTTTTCGGAACTAAAACAATTGTTTTATGAA-AAAACAAAAGGTCTTAAC
63 TTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTAT-AACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * *
163515 AAATTT-AAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTCTTTGAACTTGTTCAATAAACACA-TTT
127 GAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACA-ATTTT
* * * ***
163578 ATCTTTTCAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
191 AT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
** * * * * * * * *
163643 ATAAGCGTGTATGAATTGAAACAATTATTATAAGACTAAAGAAAATGTCAGAACTATTTGAAATA
255 ATAAGATTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
163708 GATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATACATTTATTTTTTAAATCT
320 AATAATTATTATAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * *
163773 -TTCATTGAGTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTGTTCAAATAAGCTTGTATGATAA
385 CTT-ATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-AA
* ** * * * * *
163837 AAAATGATTGCTTTATGAGGAAACAAAGATCATAATGATTTGATATTGATATTTGTTCCAATAGT
447 AAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
* *
163902 CCTAACTATTTAAACTAGTTTAG
511 CATAACTATTTAAACT-GTTTGG
* * * * * *
163925 AAAACAACTTTAGTTATAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTGTTATT
1 TAAACAA-TTTAGTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAATAGTATTATT
*
163990 TTATTTCT-AATAAGTTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATG
64 TTATTT-TGAATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * * *
164054 ACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAGTAGTCA-AATCTATTTGAACATATTTGATAAATAGATTTA
128 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTAATAAACA-ATTT-
* * * *** * *
164117 TATTTTTTAAATCTTTTGCTCATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTGA
190 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA
* *
164182 ATAAGATTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAGTA
255 ATAAGATTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * * * *
164247 CATAATTATTATAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAAGCT
320 AATAATTATTATAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* *
164312 CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAG
385 CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TTTCGAATAAGCTTGTATGAAAA-
* * * * * * * *
164377 AAATAATTGTTTTATAACAAAATAAATATGATAACGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAATA
448 AAATAATTGCTTTATGACAAAACAAA-ATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTC
*
164442 ATAACTATTTAAGCTGTTTCGG
512 ATAACTATTTAAACTGTTT-GG
* * *
164464 TAAACATATTTAGTTTTTAAATCTC---TTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATT
1 TAAACA-ATTTAG-TTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAATAGTATTATT
* * *
164526 TTATTTTGAATAA--TTTTGCATG-AATAGAAGCAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
64 TTATTTTGAATAAGCTTTT--ATGAAAT-GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * *
164588 TG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAAATTT
126 TGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAATTTT
* * *
164652 ATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAA
191 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GA
* * *
164716 ATAA-ACTTGCATGAA-TAGAGACAATTGTTTTATGA-TAAA-ACAAAGGATCATAACTATTTGA
255 ATAAGA-TTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGG-TCATAACAATTTGA
* * * * * *
164777 AATAAATAATTATTCA-AACAAG-CATAATTATTTGAACTTGCTTGGTAAACAGATTTATTTTTT
316 AATAAATAATTATT-ATAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTT
* * * * * * *
164840 AAATTTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTAATATTTATTTT-GAATATGTTT
379 AAA---TCT-CTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTT-TTTTCGAATAAGCTT
** * * * *
164904 GTATGAACGAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATTATTTGAGATAGATAATTAT
439 GTATGAAAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAA--TCATAATGATTTGAGATAGATAATTAT
* * * *
164969 TTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTTGG
502 TCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTGG
* * * * * * *
165001 TAAATAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATAATATTAT
1 TAAA-CAATTTA-GTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAATAGTATTAT
* * * * * * * ** * * *
165066 TTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATATAATTGTTTTATGATGAAATAAAAGATCACAA-C
63 TTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * *
165130 AATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGTTTAATAAAC-ATATTTA
128 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAAT-TTTA
* * * *
165194 -TTTTTAAATCTGTTACTTATTAATTGTCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAAT
192 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT
* * ** * * *
165258 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAA
257 AAGATTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAA
* * * ** * *** * *
165323 TATTTATT-TAAATAG-CACAACTATTTGAATTTATTTGGTAAATGTAGTTA-TTTTTAAATCTT
322 TAATTATTAT-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * *
165385 TTATTTATTAATTGTATGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGA
386 TTATTAATT--TT-T-GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TTTCG-AATAAGCTTGTATGA
** ** * * *
165449 ATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAATGTTAAAGCAATTTGAAATAGGTAATTATTCAA
445 A-A-AAAATAATTGCTTTATGACAAAACAAAATCATAATG--ATTTGAGATAGATAATTATTCAA
* * ***
165513 ATAATCATAACTATTTGAACTTGTTCAA
506 ATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTTGG
* * * * *
165541 TAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTAT
1 TAAACA-ATTTAG-TTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAATAGTATTAT
** * ** * * * * * *
165606 GCTA-TTCGAAATAAGCTAGTACG-AATAGAAACAATTGTCTTGTGAC-AAACAAAAGGTCATAA
63 TTTATTTTG-AATAAGCTTTTATGAAAT-GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * * * **
165668 CG-ATTTAAAATAAATAGTTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGCAC-TGGTCAAGCCAACAGA-T
126 TGAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAA-TAAACA-ATT
* * * *
165730 TCATTTTTTAAAT-TCATTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA-TAGCATTATTTTA-TTC
189 TTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * * * *
165792 TAAATAAAACTATATCAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGCTCATAAAAATGTGA
253 -GAATAAGATTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA
* * * * * * *
165856 AATAAATAATTATTCA-AATTGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATATATTTATATTTTA
316 AATAAATAATTATT-ATAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTA
165920 AATCTCTTA
380 AATCTCTTA
165929 ATGTTAGCCT
Statistics
Matches: 1609, Mismatches: 318, Indels: 152
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
532 1 0.00
533 13 0.01
534 152 0.09
535 16 0.01
536 145 0.09
537 85 0.05
538 233 0.14
539 480 0.30
540 328 0.20
541 151 0.09
542 3 0.00
543 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
TAAACAATTTAGTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTCGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTT
ATTTTGAATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATGAAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAATAAACAATTTTATTTT
TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGA
TTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAAT
TATTATAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATT
AATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTTTCGAATAAGCTTGTATGAAAAAAATAATT
GCTTTATGACAAAACAAAATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
TAAACTGTTTGG
Found at i:164966 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 164943--164990 Score: 64
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
164933 AACAAAATGT
164943 CATAATTATTTGAGATAG
1 CATAATTATTTGAGATAG
164961 -ATAATTATTT-AGATAG
1 CATAATTATTTGAGATAG
*
164977 TCATAACTATTTGA
1 -CATAATTATTTGA
164991 ACTTGCTTGG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 10 0.38
18 9 0.35
19 1 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (18 bp):
CATAATTATTTGAGATAG
Found at i:171428 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 171409--171451 Score: 77
Period size: 16 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
171399 ATTGTGTGTG
171409 CCTTATATTGATTAAT
1 CCTTATATTGATTAAT
171425 CCTTATATTGATTAAT
1 CCTTATATTGATTAAT
*
171441 CCTTATTTTGA
1 CCTTATATTGA
171452 AAATGAGGAG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 26 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (16 bp):
CCTTATATTGATTAAT
Found at i:175319 original size:361 final size:360
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Indices: 173785--180374 Score: 2892
Period size: 361 Copynumber: 18.0 Consensus size: 360
173775 TAACATTTAA
** * * * ** * * *
173785 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTCCGAGCAAACTTATATGAA-CGAAAGC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-C
* * * * * * * * *
173849 ATTTCTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCATACAGCCTTT
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATA
** * * * * * *
173914 ACTATTTGAACAAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCATAAT
129 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTATAAT
* * * * * * * * * *
173979 ATTATTAGATCAGTCTTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAAATGTTTTATAA
193 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* ** *
174043 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
257 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
174107 AGTTTGCTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTCAT
322 A-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
174146 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-AT-GAAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAC
* * *
174209 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GAC--A
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATA
* *** ** * * * *
174271 ATTATTTGAAC-TGATTCAATAAATTGA-TTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTAAAA
129 ACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTTATAA
* * * * * * * *
174334 TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACATTTGTTTTATT
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATG
* * *
174398 ATAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
256 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * *
174462 TGTTC-GTAAGCATATTTATTTTTTTAAT-TTCTTGCTTAT
321 TATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTAT
* * * * * *
174501 TAGTTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TACGAACT-GAA
1 TA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGC-TTGTATGAA-TAGAA
* * * * ** * ** *
174563 ACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCA-AAATATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCT
62 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACA
** * * * * * *
174627 TAACTATTTGAAC-TGATTTGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTACTAATTTTAGA
127 TAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTATA
* ** * * * *
174691 ATATTATTAGTTTAGCAATATTTTTCTTC-CAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
191 ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTAT
* * *
174755 GACAAAACAAATA--TCATAATCATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAA
255 GACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * *
174818 C-TAGTTTAGTCAACAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CCTAT
319 CTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
**
174856 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATA-AAA-A
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * * * *
174919 TATTTTTTTAAGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATGGATAATAATTCAAATGGACGTG
65 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATA
* * * * * * *
174984 ACTATTTTAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTATTATA
129 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTATAATA
* *
175049 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAACTATTTTATGACA
194 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC-
* * * * * * * * * *
175114 AAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAAAAACTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTCA
258 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA
* *
175179 CTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
323 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
175217 TAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * *
175282 ATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATAA
* *** ** * * * *
175346 -AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-TTTAACTTATTAATTTT-TGAAA
130 CTA-TTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAT--AA
* * * * ** * *
175408 TATTGAGAATTTTA-TATTATTTTTATTCGAAATAAGCTTACATGAACA-AAACAAATTGTTTTA
192 TATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC-AATTATTTTA
* * * * * *
175471 AGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAA
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
** * * * * * *
175536 CTTATTCAATAAATAGATTCA-TTTTTCAGTTTTCTTACTCAT
319 CTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTAT
* * *** **
175578 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAATAAGCTCATATGAACT-GAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
* * *
175642 AATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA-ATCA
64 AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA-CA
* * * * * *
175706 TGACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGA-
127 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATT-TT-AT
* * * *
175770 AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAACGATTATTTTA
190 AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* ** ** * * * * *
175834 TAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATTGTAATAACTATTTGA
254 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* *
175898 ACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTT-CTTAT
318 ACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCT-TTTACTTAT
* * * *
175942 TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTGATTCTGAGT-AGTATTGTATGAACTA-AA
1 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAG-CTTGTATGAA-TAGAA
* * * * * * *
176004 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT
62 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACA
* ** * * *
176069 TAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGA
127 TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAT-A
* * * *
176133 ACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTA-CAA-ACAAATCAATTATTTT
191 A-TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTATTTT
* * * * * * * *
176195 ACGAGAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCATATAGTCTTAACTATTTGA
253 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** * **
176260 ACTTGTTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTAT
318 ACTTATTCGG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTAT
* ** * * *
176303 TAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTAGTATCAATAG-AAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTT-GTATGAATAGAAAC
* * * * *
176366 TAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTCAA
64 -AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG----
* * * * * * **
176431 AACTATTTGAAATGATTTGGTAAATGGTTTGGTAAATATATTTACTTTTTAAATCTCT-TGTTGA
124 -AC-A--T-AACT-ATTT-G-AACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTT-A
* * * * * * *
176495 TTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTAATA-ATAATT-TGAAATTGATA-ATAGT-TCAAATA
180 TTAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAA-T-A-AGCTTGTAT-GAATA
** * * * ** *** ** *
176556 GTTATAATTATTTGAACTGGTTTGATAAATA-AAATTATTTTC-TAAATCCCTT-ATTTATA-AA
239 GAAACAATTA-TT----T--TATGACAAA-ACAAA--A-GGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * * * *** *
176617 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTT-TATTCTATTCCG-AATA-AGCATGTATAAGCTGAAATA
292 TTGTTCAAATAGTCAT-AACTA-TTTGAACT-TATTCGGTAA-ACAG-ATTTAT-TTTTTAAAT-
*
176679 ATTGTT--TTAT
350 CTT-TTACTTAT
**** * * * * * * *
176689 GATAA--AACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTATTAA-C-TGTTT
1 --TAATTTTTGAAATAT--TAATAAATT--AGT--ATTATT-TT-AT-TTG-AATAAGCTTGTAT
* * * ** * *
176750 GAACTAGTTCAACAAACAAATT-TATTTTTTA-AAATGTC-TTA-GTTATTAAC-TTTTAGAATA
54 GAA-TAG------AAAC-AATTGT-TTTATGACAAA--ACAAAAGGTCA-TAACGATTT-G-A-A
* * ** * * * *
176810 CTACTAAATTAGCATTATTTTATTTTGA-AGAAGCCTATATTAATAGAAATAATTGTTTTATGAT
104 --A-TAGA-TA--ATTA-TTCAAATAGACATAA--C--TATT--T-G--A-ACTTG--TT-TGGT
*** *** * * * *
176874 AGAACAAAAGATTATAACAATTTAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCA-AACTATTAGAACTAG
149 A-AAC---AGATT-T-ATTTTTTAAATCTCTAACTTATT--AAT-TTTATAA-TATT--AA-TAA
* * * * * * ***
176937 TTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATATCTTATTAATTCTTAAAATATTAATA-AATTAGTTTT
201 ATTAGT------A-TTA--TTTT--AT-TCTAAATAA-GCTT---GTATGAATAGAA--ACAATT
** * ** * *
177001 ATTTTATTTC--AA-AAAAGCTTGT-ATG--TTGAAA-A-ACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA
248 ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG--TT---------CAAAT
* ** * * *
177058 AGTAATAAAAATTTGAAATAGGTAGTT-GTTCAAATGGCCATACTTATTTGAACTATTTCGGTAA
302 AGTCATAACTATTTGAACT---TA-TTCGGT-AAA----C--A--GATTT--A-T-TTT---T--
*
177122 ACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
345 --TAA---ATCTTTT--A---CTTAT
* * * * * * * *
177148 TAACTTTAGAAATATTAATAAAGTAATACTATTTTTTTTTTTGGGATAAGCTTATATGAGCT-GA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-T--TAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGA
* * * * * * * * *
177212 AATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCACAA-AATTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGT
61 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * * *
177276 CATAACTATTTAAAC-TGATTTAGCAAACATATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT-
125 CATAACTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTA
* * * * * *
177338 TGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATTAGCCTGTATAAATAGAAATAATTATTT
189 T--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * * ** * *
177403 TATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTG
252 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * *
177468 AA-TTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTAT
317 AACTT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * *
177508 TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCGTGTATG-TTGAAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAA
* * * * * ** * * *
177572 CAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAGATAGGTAGCTATTCGAATGGCCAT
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACAT
* * ** *
177637 AATTATTTGAACTAT-TTTAGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA-
128 AACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAA-TTTT-AT
* ** * **
177700 AATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATGGTTTT
190 AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
*
177763 ATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-GAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
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* * * * *
177826 AACTTATTCAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTTGCTTAT
317 AACTTATTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * **
177871 TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATTAAGCTTGTATGAACTA-AAA
1 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAA-TAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * * * ** * * *
177934 TAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTT
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACAT
* * * * *
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* * * *
178057 ATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCTAAA-AAGGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTTTA
191 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * * * **
178120 T-A-AGAAA-ATAAGGATCATAACT-ATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAAAAGTCATTATTAAG
254 TGACA-AAACAAAAGG-TCATAA-TGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * *
178180 TGAAC-TAGTTCGAAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAT
315 TGAACTTA-TTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * * *
178226 TAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT-GAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
* * * * * * *
178290 CAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACA
** ** *
178354 -AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA-A--T-TTTTTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTT-TC
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* * * * * * * *
178412 AAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTT
190 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
** *** * * * * *
178476 ATGACTTAACAAAAGGTTGGAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGA
253 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
178541 A-TTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
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* * * * *
178584 TAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA-TATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
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* * * * * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * ** * ** * *
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* * * *
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* * *
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* ** * *
178941 TAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACCTGTATGAATAGAAAC
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* * * * * * *
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64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATA
* * * * * * * *
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* * * * **
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* * *
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* * *
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319 CT-TATTCGGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * ** * *
179297 TAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATCGGCTTGTATGAATGGAAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAC
* * * * * * * *
179362 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACATA
* * * * *
179427 ACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGGAA
129 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTAT--AA
* * * * ** * * **
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192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * *
179556 TAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTAAAACAATCATAACTATTTGCAC-T
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** * ** *
179620 GGTCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAAATCCGTTATTTAT
322 ATTC-GG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
179660 TAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAA
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* * * ** * * **
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** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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255 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * *
179979 -TAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTACTTAC
320 TTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * * * *
180019 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTTTATTTTATTTTAAATAAG-TTACTAAGAACT-GA
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* * * * * * * * *
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61 -AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA
* * * * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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189 TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * * ** * *
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* ** * *
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180375 GTTGGATTAT
Statistics
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GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
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* * * * * * * * * *
173849 ATTTCTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCATACAGCCTTT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * *
173914 ACTATTTGAAC-AAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTAT
130 ACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
173966 TAA-GTTTCATAATATTATTAGATCAGTCTTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AA
1 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAC-TGAA
* * * * ** * *
174028 AAAAATGTTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *
174093 TAACTATTTGAAC-TAGTTTGCTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTCAT
128 TAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
174146 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTG-AAAC
* ** * *
174209 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G--ACA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** ** ** *
174271 ATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGA-TTATTTTTTAAATCTCCAACTTCT
130 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * *
174322 CAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * * *
174387 TTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATG-TTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * * * *
174451 CTATTTGAATTTGTTC-GTAAGCATATTTATTTTTTTAATTTCTTGCTTAT
131 CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
174501 TAGTTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATT-TCAAATAAGCATT-TACGAACTGAA
1 TA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGC-TTGTATGAACTGAA
* * * * * * * *
174563 ACAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAAT-ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCT
63 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** * * * *
174627 TAACTATTTGAACTGATTTGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTAC
128 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * * * *
174681 TAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTTCTTC-CAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAA
* * * *
174743 CAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATCATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * *
174806 TAACAATTTGAAC-TAGTTTAGTCAACAGATTTAGTTTTTAAATCTC---C-TAT
128 TAACTATTTGAACTTA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** *
174856 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAA-T-AAAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * * * * * * * * *
174919 TATTTTTTTAAGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATGGATAATAATTCAAATGGACGTG
66 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * ** *
174984 ACTATTTTAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAGTCTCCAACTCAT
130 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
175036 TAA-TTTT-ATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAA
1 TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAA
* * * * * * * *
175098 CAACTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAAAAACTATTCAAATAGTTA
64 CAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * *
175163 TAATTATTTAAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
128 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
175217 TAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAC
* ** *
175281 AATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** ** * * *
175345 A-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-T-TTAACTTAT
130 ACTA-TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTAT
* * * * ** *
175396 TAATTTTTGAAATATTGAGAATTTTA-TATTATTTTTATTCGAAATAAGCTTACATGAAC-AAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAA-ATTAGTATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA
* * * * * *
175459 CAAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCA
64 C-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* ** * * * ** * *
175524 TAACTATTTAAACTTATTCAATAAATAGATTCATTTTTCAGTTTTCTTACTCAT
128 TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * **
175578 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTCCAAATAAGCTCATATGAACTGAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA
* * * *
175643 ATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATG
66 ATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
175708 ACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
130 ACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
175760 TAATTGTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATTAATTGAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
* * * ** ** * * * * * *
175824 GATTATTTTATAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATTGTAAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
175888 AACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTAT
129 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
175942 TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTGATTCTGAGT-AGTATTGTATGAACTAAAA
1 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAACTGAAA
* * * * * * *
176005 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGATTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
176070 AACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTAT
129 AACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * **
176123 TAATTTTTGAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAGCTTGTACAAAC--AAAT
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-
* * * * * * * *
176185 CAATTATTTTACGAGAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCATATAGTCTT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * **
176250 AACTATTTGAACTTGTTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTAT
129 AACTATTTGAACTTATTCGG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * *
176303 TAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAA-ATTAGTATCAA-T-AGA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTT-GTATGAACTGA-A
* * * * * *
176364 ACTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTC
63 AC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
*
176429 AAAACTATTTGAA
127 ATAACTATTTGAA
176442 ATGATTTGGT
Statistics
Matches: 1961, Mismatches: 440, Indels: 150
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.00
175 37 0.02
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Consensus pattern (181 bp):
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CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
Found at i:177803 original size:538 final size:536
Alignment explanation
Indices: 176530--180373 Score: 2732
Period size: 538 Copynumber: 7.1 Consensus size: 536
176520 AGTAATAATA
* * * * *
176530 ATTTGAAATTGATAA-TAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTT-GATAAATAAAATTA
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* * * * * * **
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* * * * * * *
176658 AAGCATGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAATGTCATAATAATTTGAAATAA
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* * * **
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * *
176914 AATAGTCA-AACTATTAGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-AT-CTTATTAATT
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* * * * *
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* *
177041 TTTAAGACAAAACAAAAAGTAATAAAA
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* * * * * * * * **
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1 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTTAGTAAA-TAAATTTAT
* * * *
177132 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTAGAAATATTAATAAAGTAATACTATT-TTTTTTTTTGG
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* * * * * * * *
177192 GATAAGCTTATATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCACAAAATTTTGAAAT
125 AATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAAA-TTTGAAAT
* * * * * *
177257 AAATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGCAAACATATTTATTTTTAAATCT
188 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCT
* * * *
177322 CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTAAATTAGCCTGTATAA
253 CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTGTATAA
* * *
177387 ATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA
318 ATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
177452 AAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC-T-CTTATTAATTCT
383 TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTT
*
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* **
177580 TTAAGACAAAACAAAAAGTAATAACG
511 TTAAGACAAAACAAAAAGTCATAAAT
* ** * * * * **
177606 ATTTGAGATAGGTAGCTATTCGAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTAGTAAATTGATTTATT
1 ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTTAGTAAATAAATTTATT
* *
177671 TTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTATTTTATTTTGGATAA
66 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAT-TAGTATTATTTTATTTTGAATAA
* *
177736 GCTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGAATTTTAAATAGATAA
130 GCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-AATTTGAAATAGATAA
* * *
177801 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTAATTTTTCAAATCTCTT-
194 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGTAAACAAATTT-ATTTTT-AAATCTCTTA
* * * ** * * *
177865 GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAATTAAGCTTGTATGAACT
257 G-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTGTAT-AAAT
* * * * * ** *
177930 A-AAATAATTATTATATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGT
320 AGAAATAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
177993 AGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGATAAAC--ATATATTTTTTAAATCTT--TTATTAATTTTT
384 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * *
178054 GGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCTAAAAAGGCTTGTATGATTAGAAACAATTGTTT
449 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATG-TTAAAAACAATTGTTT
* * ** *
178118 TATA-AGAAAATAAGGA-TCATAACT
512 TA-AGACAAAACAAAAAGTCATAAAT
* * * * ** ** * * *
178142 ATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAAAAGTCATTATTAAGTGAACTAGTTCGA-AAAACAACTTTA
1 ATTTGAGA-TAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT-GTTTTAGTAAATAAATTTA
* * * * *
178205 GTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTATTTTGGA
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTA-TTATTTTATTTTGAA
* * * * *
178270 TAAGTTTTTATGAACTGAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGACTTT-ACATA
127 TAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA--A-TTTGAAATA
*
178334 GATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAC-AA-TT-TTTTT-AATC
189 GATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATC
* ** * * * * * * *
178393 TCTT-GCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTTGAATAAACTTGTAT
252 TCTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTGTAT
* * *** * * *
178457 GAACT-GAAATAATTATTTTATGACT-TAACAAAAGGTTGGAATGATTTCAAATAAATAATTGTT
316 -AAATAGAAATAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
178520 CTAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
379 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATT
* * * * **
178585 AATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA-TATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAC
442 AA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGTTAA-AAAC
* * * *
178648 AATTTTTTTATGACAAAATAAAGA-TCAT-AAT
504 AATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTCATAAAT
* * * * * * *
178679 GATTTGAGATAGACAATTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAAATGTTTCCA-TAAATAAATTTA
1 -ATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTT-TAGTAAATAAATTTA
* * * * * * * *
178743 GTTTTTAAA--TC-T-CTTATTCATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTAGTTTATTCTAAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-ATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
178804 AA--TTTTGCA-CAAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAAT
128 AAGCTTTT--ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA--ATTTGAAAT
* * * *
178866 AGATGATTGTTCAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAA
188 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAA
* * *** *
178929 TCT-TCTA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACCTG
250 TCTCT-TAGT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTG
* * * * * * * *
178992 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAAACAATTGT
313 TATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGT
* * * * * **
179057 GCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTCGATAAACGGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTAT
378 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC--TTACTTAT
* * * * * * **
179121 CAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTTTAT-AAACTAAAAC
441 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGTTA--AAAAC
* * *
179185 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT
504 AATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTCATAAAT
* * * * * * *
179218 ATTTAAAATAGATAATTGA-TCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTT--CAAA-AAACTTAT
1 ATTTGAGATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTTAGTAAATAAATTTAT
* * * * **
179278 ATTTTTAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAAT
65 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA-TAATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
** * * * * *
179341 CGGCTTGTATGAA-TGGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATA
128 AAGCTTTTATGAACT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--AATTTGAAATA
* * * * * *
179405 GATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTG-TTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATC
189 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATC
* * * * * *
179469 TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTACA
252 TCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTGTATA
* * * ** * * *
179534 AATAGAGACAATTGTTTTGCGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTAAA
317 AATAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAA
* * * *
179599 ACAATCATAACTATTTGCACTGG-TCAGGCT-AACAAATTTATTTTTTAAATCCGTTATTTATTA
382 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-C-TTACTTATTA
* * * * *
179662 ATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAAC
443 ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATG-TTAAAAAC
* * ** * *
179724 AATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATCATT
504 AATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTCATAAAT
* * * ** ** *
179757 ATTTGA-AGTAAATAA-TAGTTCAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGCTTAGTAAACAAATTTA
1 ATTTGAGA-TAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGTTTTAGTAAATAAATTTA
* ** * * ***
179820 TTTTTTAAA--TCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTATTTTGAAT
* * * *
179883 AAACTTATATGAA-TAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAG
128 AAGCTTTTATGAACTAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA--ATTTGAAATAG
* * * * *
179947 ATAATTGTTCAAATAGTGATGATTATTTGAACT-AGTTC-GACAAACAAAATTATTTTTAAATCT
190 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTAAATCT
* * * * *
180010 CTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTTTATTTTATTTTAAATAAG--T-TAC
253 CTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTA-GTATTATTTTATTTTAAATAAGCCTGTA-
* * * * * *
180072 TAAGA-ACTGATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATAAAAAATT
315 TAA-ATA--GA-AATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATT
* * * * * * * * * * *
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376 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCTTACTT
* * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* **
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* **** * * *
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* * *
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1 -AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTT-
* * * * **
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* ** * * *
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* * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * *
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* *
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** * *
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* * * * * ** **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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* * *
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* * * * * ** **
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1 -AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAACAAATTT
* ** * * **
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* * * *
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* * * * *
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1 A--ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAG-TAAACAAAT
* * *
179996 TTA-TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTTTATTTTATTT
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* * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATA
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* * * * * * ** * *
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** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
177304 ATATTTATTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATT
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* * * * * * * * * * * *
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* *
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* * * *
177498 AA--TC-T-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-TCGAATAAGCG
250 AATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA-TTTTATTCT-GAATAAGCT
** * * *
177558 TGTATGTTGAA-AAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAAAGTA
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* * * ** ** * * * * *
177600 ATAACGATTTGAGATAGGTAGCTATTCGAATGGCCATAATTATTTGAACTAT-TTTAGTAAATTG
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAA-TC
* * *
177664 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATT
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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313 TGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * *
177962 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTC-GATAAA-CA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATCA
* *
178025 TATATTTTTTAAATCT-TTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTT-TTATCT-A
65 TAT-TTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTATT-T-TGA
* * * *
178087 A-AAAGGCTTGTATG-ATTAGAAACAATTGTTTTAT-A-AGAAA-ATAAGGATCATAACTATTTG
127 ATAAA--CTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGG-TTATAA-TATTTC
* * * * * ** * ** *
178147 AGATTA-ATATTTGTTCAAAAAGTCATTATTAAGTGAACTAGTTCGAAAAACAACTTTAGTTTTT
187 A-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACAA-TTTATTTTTT
* * * * * * * *
178211 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTATTTTGGATAAGTT
249 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATA-TTATTTTATTCTGAATAAGCT
* ** * *
178276 TTTATGAACTGAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTC
313 TGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* *
178318 ATAATGACTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-C
1 ATAATGA-TTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAATC
* * * *
178380 A-ATTTTTTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATTACTATTATTGTCTTTT
64 ATATTTTTTTAAATCTCTT--T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT-TATTTT
* * ** **
178443 GAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAGGTTGGAATGATTTCAA
125 GAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT-ATTTCAA
* * * * *
178507 ATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA
189 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAA
* *
178572 TCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA-TATTTTAATCTGAATAAGCTTGT
252 TCTCTTACTTATTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGT
* * *
178636 ATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATC
316 ATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * *
178674 ATAATGATTTGAGATAGACAATTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAA-ATGTTTCCA-TAAAT-
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-CAGTAAATC
* * * * * *
178736 AAATTTAGTTTTTAAATCTC-TTATTCATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTAGTTTATTCT
64 ATA-TT--TTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTTT
* ** * * * * * *
178800 AAATAATTTTGCA-CAAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAA
125 GAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TATTTCAA
* *
178864 ATAGATGATTGTTCAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAA
189 ATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAA
* * * ** * *
178928 ATCT-TCTA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACCT
251 ATCTCT-TACT-TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTT
*
178991 GTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
314 GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * ** * *
179032 ATAACT-ATTTTAAATAAACAATTGTGCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTGCTC-GATAAA-C
1 ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAATC
* * *
179094 GGAT-TTATTTTTAAATCT-TTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTA
64 --ATATT-TTTTTAAATCTCTTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA-TTTA
** ** * * * *
179157 TTTCAAATATGCTTTTATAAACTA-AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAATATT
121 TTTTGAATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT-AATATT
* * * * *
179221 TAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAATGTGTTC---AAAAAACTTATATTTT
185 TCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-TGTTCGGTAAACAATTTAT-TTTT
* * ** * **
179283 TAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATT-TAAAATCGGC
248 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGC
** * * *
179345 TTGTATGAATGGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTT
312 TTGTATGAAAAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
*** * * * * * * *
179389 ATAGCAATTTGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAA-CAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATCAT
*
179453 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATT
66 A-T--TTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTAT-TTATT
* * * * ** * *
179517 TT-AGATAAGCTTGTA-CAAATAGAGACAATTGTTTTGCGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTT
123 TTGA-ATAAACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT-ATTT
* * * * * * * *
179580 AAAATAGATAATTATTAAAACAATCATAACTATTTGCACTGGTCAGGCT-AACAAATTTATTTTT
186 CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTC-GG-TAAAC-AATTTATTTTT
* * * ** *
179644 TAAATC-CGTTATTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGA
248 TAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAG-
* * *
179708 C-TGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTC
311 CTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * ** *
179751 ATCATTATTTGAAGTAAATAA-TAGTTCAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGCTT-AGTAAA-C
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTA-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAATC
* * ** *
179813 AAATTTATTTTTTAAATCT-TACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATT
64 --ATAT-TTTTTTAAATCTCT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA-TTATTTATT
*** * * *
179877 CCAAATAAACTTATATGAA-TA-AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTT
123 TTGAATAAACTTGTATGAACTAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT-ATTT
* * * * * ** *
179940 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTT
186 CAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTT
* * * * * *
180004 AAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTTTATTTTATTTTAAATAAG-
249 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTA-ATATTATTTTATTCTGAATAAGC
* * ** * *
180068 TTACTAAGAACTGATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTC
312 TT-GTATGAAAAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * * * * * *
180112 CTAATGATTTAAAATAAAAAATTATTCATATAGTCTTAATTATATGAACTAGTTCAGTAGATACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT-CA
* * * * *
180177 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTT
65 TAT-TTTTTTAAATCTC-T--TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA-TTTATTT
** * * * * * *
180241 CAAATAAACGTT-TATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAACGTTATAACAATTTG
124 TGAATAAAC-TTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-TATTTC
* *
180304 ATATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
187 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
180341 CTAGCTCAAT
Statistics
Matches: 2712, Mismatches: 555, Indels: 374
0.74 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
352 24 0.01
353 7 0.00
354 32 0.01
355 120 0.04
356 360 0.13
357 549 0.20
358 404 0.15
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362 221 0.08
363 207 0.08
364 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (354 bp):
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ATTTTTTTAAATCTCTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTATTTTGAATAA
ACTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATATTTCAAATAGATA
ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
TATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
Found at i:181876 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 181563--185784 Score: 2683
Period size: 181 Copynumber: 23.4 Consensus size: 180
181553 CACTATCAAA
* * * * * * * *
181563 TTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGTATTGAAACAGTTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTG
** * * * * * *
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65 TTTTATGA-CAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
181692 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT-TTTTTTTAATTTCTTTCTTATTAAGT
128 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * * * *
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1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * ** * *
181809 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
181874 TTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTA-TTTTTAAA--TC-T--TTATTAAT
130 TTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * **
181919 TTTTAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTC
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA--AA--A---
** * * * *
181984 TGCATAATTGGTATTATTTTATGATGAAACAAAATGTCATGATA-G-TTCGAAATAGATGATAGT
59 --C--AATT-G-----TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-ACGATTTGAAATAGATAATTGT
* *** * * *
182047 TTAAATAAAAATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAT
112 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
182112 TAAT
177 TAAT
* * *
182116 TTTT-AGAATATTAATAAATT-GATATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAA
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAA
* * * * *
182178 TTATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
62 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * * * * * *
182243 TATTTAAACTCGCTCGATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAAC
127 TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
182297 TTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATT-
* *
182362 G-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * *
182426 TTTGAA-TGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGC-TATTAAC
129 TTTGAACT-TGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
182476 TTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGGATGAATCAAACCATT
1 TTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAAT
* * * * * * *
182539 TGTTTTCTGATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAAACT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** * * * ** * *
182604 CTTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTAATCATTAAT
128 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
182658 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAACTTATGTTAATTGAAACAGTTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * *
182723 TTTTATTACAAAATAAAAGATCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * *
182787 TTGAAATTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
130 TTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * *
182838 TGTCAAAATATTAATAAATTAAG-ATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAAT
* **
182901 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-A--A--T--AAT---TTGTTGCTT-AAATAGTCATAA-
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
182954 TGATTTAAACTTATGTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAAT
127 T-ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * **
183009 TGTCTT--AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TCCGAAATAGGCTTTTATGAATAGATGAA
1 T-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAAAACAA
* * * * *
183070 CTCT-TTTTATGACAAACCAAAAGGTTATAGC-ATTTCTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
62 -T-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
183133 AATTATTTAAACTTGTTTTGTAAA-TAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
124 AACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
183190 TTTTGGAATATTAACAACTTGGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * * *
183255 TTTTATGA-AAAA-AAAAAGTCGTAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * *
183318 TTGATCTCGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAAT
130 TTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT
* * * *
183369 TGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATT
* * * * * * **
183433 GTTTTATAATAGAATAAAA-GTCAGAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCACAAATAGTCATAACT
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT
***
183496 ATTTGAA-TTAGTTTAACAAA-AAGATTTA-TTTTTAAATCTC-TA---ATTAAT
128 ATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
183544 TTCTGAAATACTAATAAATT--T-TT-TTTTATTACG-ATCAAACTTATATGAACAAAAACATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAA-TAAAACAATT
* * * *
183604 GTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TC
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-
* * * * *
183668 ATTAGAACTAGTTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTT-AATCCCTTACTTATTAAT
128 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
183720 TTTTCAAATATCT-ATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTTTGAATTGAAAA-AA
1 TTTTGAAATAT-TAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAA
* * * * * * *
183782 TTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAAC
62 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * * ** ** *
183847 AAATTGAACTAGTTTGACAAACAAATTTAAATTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
127 TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
183901 TTTTGAAATGTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACATGTATGAACATGAATAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * * * * *
183966 TTTTATAATAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTGAAGTATAGAATTCTTCAAATA
65 TTTTATGACAAAACAAAA-GGTCA-----T-AAC----GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
** *
184031 GTCATAACTATTTGAA-TTGGTTCAGTAAAC-AATTT-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAT
119 GTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
184091 TTTTGAAAGATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACATGCTTGTATG-ATATAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATT
* * * * * * * * *
184154 ATTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATAAT
64 GTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAC
** * *
184217 TATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAT
127 TATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
184267 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCGATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTG
* * * * ** *
184332 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTGTAAATAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
184397 TTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAAT
130 TTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
184448 TTTTAAAATATTAAGAAATTATTATTA-TTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATCGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTG
* * * * * *
184512 TTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
184577 TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAAT
130 TTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAT
** * * * * * * * * * * * * *
184628 TTTCCAAATGTTACTAAATTTGGATTATTTTGTTCCAAATGAGCTTGTAAGATATGAAATAAATA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTG
* * ** * * * * * ** *
184693 TTTTTTGACTAAACAAAATATCAAAATGATCTGAAATAGATAATTATTCTAAT-GATTTTAATTA
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
* * * * * *
184757 TTTGAAC-TGATTTTGCAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAA-
129 TTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
184808 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAATCGAATAAGCTTCTATGATAAAAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATT
* * * * * * *
184872 GTTTAATGACAAAACAAAA-ATCTTAACGATTTGAGATTG-TAAATTGTTCAAATATTCATACCT
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACT
*
184935 ATTTGAA-TTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
128 ATTTGAACTT-GTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
184988 TTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACA
1 TTTTGAAATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACA
* * * * * * ** * * *
185052 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTCAAATTGAAAATCATTTAAATGGCCATAA
61 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** ** * * * * *
185117 TTATTTTTAC-TGATTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAAT
126 CTATTTGAACTTG-TTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * ** * * *
185172 TTTAGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTA-TTCTGTCTAAGCTTGTACTAAACTGAAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTA-TGAA-TAAAACAAT
* * * * * * * *
185236 TATTTTATGACAAATCAAATGGTTTATAA-TATTTTAAATAG-CAATTGCTCAAATAG-CAATAA
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAA
* **
185298 CTATTTGAACTT-CTT--T------A---ATTTTTTAAATCTCTTTTTGTAATTAATT
126 CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-T-ATTAA-T
* * * * *
185344 TTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTG
* * * * * * *
185408 TTTTATAACCAAA-AAAAGGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACCAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-
* * * * *
185472 TTTGAACTTATTAGATAAACAAAATTATTTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAAT
129 TTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * *
185525 TTTTAAAATATTATTGAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAACTTGTATGAACAAAACAATTGT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTGT
* * * * * *
185590 TTTACGACAAAGCAAAAGGTTATAAC-AGTTTGAAATAAATAATTGTTCATATTAGTCTTAACTA
66 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA
* * * * ** *
185654 TTTGAACTAG-TT--CAAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAG
129 TTTGAACTTGTTTGGTAAAC-A--A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** ** * * * ** *
185707 TTTCAAAATATTTTTAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAGTATGAATAAAACCAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTG
*
185772 TTTGATGACAAAA
65 TTTTATGACAAAA
185785 ATAATTGTTC
Statistics
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TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
Found at i:182752 original size:360 final size:361
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182050 AATAAAAATG
* * * *
182060 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTTAGAAT
1 ACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAGAAT
* **
182125 ATTAATAAATTGATATTATTTTATTCTAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
65 ATTAATAAATTGATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGGATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
*
182190 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCG
130 AAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTCG
* * ** * *
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195 CTCGATAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * *
182320 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAATGGTCA
260 ATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCA
*
182385 TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
325 TAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * *
182422 ACTATTTGAATGTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGC-TATTAACTTTTGGAAT
1 ACTATTTGAAT-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAGAAT
* * * * * * *
182485 ATTAATTAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGGATGAATCA-AACCATTTGTTTTCTGA
65 ATTAATAAATTGATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGGATGAAT-AGAAACAATTATTTTATGA
* * * *** * * * * * * *
182549 TAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCAAAACTCTTTGAATTT
129 CAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTC
* * ** * *
182614 GTTC-AGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTAATCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
194 GCTCGA-TAAAAAGATTCATTTTT-TAAATCTCTTAATCATTAACTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * * *
182678 AGTATTATTTTACTT-CAAATAAACTTATGTTAATTGAAACAGTT-GTTTTATTACAAAATAAAA
257 AGTATTATTTTA-TTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAA
*
182741 GATCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATG
320 GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
182782 ACTATTTGAAATTATTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCAAAA
1 ACTATTTG-AATTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTT-TTAGAA
* * ** * ** * * *
182846 TATTAATAAATTAAGATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTGTTTTATG
64 TATTAATAAATTGATATTATTTT-ATTCAAAATAAACTTGGATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* ** *
182910 ACAAAACAAAA-AGTCATAATAATTTG-------T--TGCTT-AAATAGTCATAA-TGATTTAAA
128 ACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACT-ATTTAAA
* * * * * * *
182963 CTTATG-T-GGTGAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAA-TTGTCT-TAATATTAA
191 C-T-CGCTCGAT-AAAAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTT-T-TGAAATATTAA
** * **
183023 TAAATTTA-TATTATTTTA-TCCGAAATAGGCTTTTATGAATAGATGAACTCTT--TTTATGACA
251 TAAA-TTAGTATTATTTTATTCC-AAATAAACTTATATGAATAGA--AACAATTAGTTTATGACA
* * * * * *
183084 AACCAAAAGGTTAT-A-GCATTTCTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATA
312 AAACAAAAGATCATAATG-ATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * * * * *
183134 ATTATTTAAACTTGTTTTGTAAA-TAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAA
1 ACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAGAA
* * ** * * ** * *
183198 TATTAACAACTTGGCATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAATTTTTTTAT
64 TATTAATAAATTGATATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGGATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT
* * * * * ** * *
183261 GA-AAAAAAAAAG-TCGTAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGATC
127 GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAC
* * * * * * * *
183324 TCGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAA-TTGTTGAAATAATAATAA
192 TCGCTCGA-TAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TCATTAACTT-TTGAAATATTAATAA
* ** * * * * * * *
183386 ATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATT-GTTTTATAATAGAATA
254 ATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACA
* ***
183449 AAAG-TCAGAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCACAAATAGTCATA
317 AAAGATCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGTCATA
* ** *
183493 ACTATTTGAATTAGTTTAACAAA-AAGATTTA-TTTTTAAATC---T-CTAATTAA-TTTCT-GA
1 ACTATTTGAATT-GTTCAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTT-TAG-
* ** ** * * * *
183550 AATACTAATAAATT--T-TT-TTTTATT-ACGATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTA
62 AATATTAATAAATTGATATTATTTTATTCAAAAT-AAACTTGGATGAATAGAAACAATTATTTTA
* * * * *
183610 TGAAAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-TCA-TTAG
126 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACT-ATTTA-
* * * * * * * * * *
183673 AACTAGTTAGGTAAATAGAATT-ATTTTTT-AATCCCTTACTTATTAATTTTTCAAATATCT-AT
189 AACTCGCTCGATAAAAAG-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTTTTGAAATAT-TAAT
* * * * * * *
183735 AAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTTTGAATTGAAAAAATT-GTTTTATGACAAG
252 AAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTA-TATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAA
* * ** * * *
183797 ACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTA
314 ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * ** * * *
183845 ACAAATTGAACTAGTT-TGACAAACAAATTTAAATTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TTTTTGAA
1 ACTATTTGAA-TTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAG-A
* * * * * * * *
183908 ATGTTATTAGATT-AGTATTATTTTATTTC-GAATAAACATGTATGAACATG-AATAATTATTTT
63 ATATTAATAAATTGA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGGATGAATA-GAAACAATTATTTT
* * ** * * * *
183970 ATAATAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTGAAGTATAGAATTCTTCAAATAGTCA
125 ATGACAAAACAAAA-G---A--TCAT-AAC-A---ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
184035 TAACTATTTGAATTGGTTC-AGTAAACA-ATT--TTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
179 AAACTATTTAAACTCGCTCGA-TAAAAAGATTCATTTTTT-AAATCTCTTAATCATTAACTTTTG
* * ** * *
184096 AAAGATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACATGCTTGTATG-ATATAAACAATTA-TTA
242 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAGTT-
* * * * *
184158 TATGATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATA
305 TATGA-CAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATA
* ** ** * * *
184215 ATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAA-TTTTTGAAA
1 ACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAG-AA
* * * * *
184275 TATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGCGATTGTTTTA
64 TATTAATAAATTGA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGGATGAATAGAAA-CAATTATTTTA
* ** * * * ** *
184337 TGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTGTAAA-TATTTGA
126 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCAAAACTATTTAA
* * * * * * ** * * * *
184401 ATTTGTTTGGTAAACAA-ATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAGA
190 ACTCGCTCGATAAA-AAGATTCA-TTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTTTTGAAATATTAATA
* **** ** * * *
184464 AATTATTATTA-TTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATCGAAACAATT-GTTTTATGTCAAAACA
253 AATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAACA
* * * *
184527 AAATG-TCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATA
317 AAA-GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * *
184572 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAA-TTTTCCA-
1 ACTATTTGAA-TTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAACTTTT--AG
* * * * * * * * * * *
184634 AATGTTACTAAATTTG-GATTATTTTGTTCCAAATGAGCTTGTAAG-ATATGAAATAAATATTTT
62 AATATTAATAAA-TTGATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGGATGAATA-GAAACAATTATTTT
* * * * ** * * * *** * *
184697 TTGACTAAACAAAATATCAAAATGATCTGAAATAGATAATTATTCTAAT-GATTTTAATTATTTG
125 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-TCAAAACTATTTA
* * * ** * * * * * * *
184761 AACT-GATTTTG-CAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTAGTAA-TTTTGAAATATTATT
189 AACTCG--CTCGATAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
184823 AAATTAGTATTATTTTTAAT-CGAATAAGCTTCTATG-ATAAAAAATAATT-GTTTAATGACAAA
252 AAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAACTTATATGAAT-AGAAACAATTAGTTT-ATGACAAA
* * * * * *
184885 ACAAAA-ATCTTAACGATTTGAGATTG-TAAATTGTTCAAATATTCATA
314 ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
184932 CCTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AA
1 ACTATTTGAATT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTT-AGAA
* *** * * *
184996 TATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTT
64 TATTAATAAA-T-TGA-TATTATTTTATTCAAAATAAACTTGGATGAAT-AGAAACAATTATTTT
*
185060 ATGACAAAACAAAAGCTCATAA
125 ATGACAAAACAAAAGATCATAA
185082 TGATTTCAAA
Statistics
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0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
349 6 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
ACTATTTGAATTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTAGAATA
TTAATAAATTGATATTATTTTATTCAAAATAAACTTGGATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTCGC
TCGATAAAAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
Found at i:183127 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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183096 ATAGCATTTC
*
183106 TAAATAG-ATAATTGTT
1 TAAATAGCATAATTATT
183122 TAAATAGTCATAATTATT
1 TAAATAG-CATAATTATT
183140 TAAA
1 TAAA
183144 CTTGTTTTGT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TAAATAGCATAATTATT
Found at i:184206 original size:16 final size:18
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Indices: 184185--184220 Score: 58
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184175 TAACAATGAT
184185 TTGAAAT-A-GATAATTA
1 TTGAAATGACGATAATTA
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1 TTGAAATGACGATAATTA
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1 TT
184221 TGAACTAATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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TTGAAATGACGATAATTA
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184013 TATAGAATTC
* *
184023 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-GTTCAGTAAACA-ATTT-TTTTTAAAATCTCTTACTT
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* * * *
184085 ATTAATTTTTGAAAGATT-ATGAAATTAGTATTA--TTTTATTCCAA-ACATGCTTGTATGAT-A
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* * * * * * * * *
184145 TAAACAATTA-TTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTA
126 AAAACAATTATTTA-ATGA-CAAAACAAAA-ATCATAACGATTTCAAATTGAAAATCA
* * * * ** * * *
184201 TTGAAAT-GACGATAATTATTTGAACT-AATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACT
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* *
184260 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT--TCAAATAAGCTTGTATGA-ACA
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* * * * * * * * **
184322 AAAGCGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAA-TAAATAATTG
126 AAAACAATTATTTAATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTCAAATTGAA-AATCA
* *** * ** ** * *
184378 TTTAAATAGTTGTAAATATTTGAATTTGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTT
1 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAATGAGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * **
184442 ATTAATTTTTAAAATATTAAGAAATTATTATTATTTATTT--T-GGATATGCTTTTATGA-ATCG
65 ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TTTAATCGAATAAGCTTCTATGATA-AA
* * * * * * * **
184503 AAACAATTGTTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAA-TAAATAATTG
127 AAACAATTATTTAATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTCAAATTGAA-AATCA
** * ** * * * *
184558 TTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTCAAAT-TTTTGCT
1 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAA-TGAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT
* * * * * * * * * * **
184621 TATTAATTTTCCAAATGTTACTAAATTTGGATTATTTTGTT--CCAAATGAGCTTGTAAGATATG
64 TATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TTAATCGAATAAGCTTCTATGATAAA
* * ** * * * * * * * *
184684 AAATAAATATTTTTTGACTAAACAAAATATCAAAATGATCTGAAATAGATAATTA
127 AAACAATTATTTAATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTCAAATTGAAAATCA
* *** * ** * * *
184739 TTCTAAT-GATTTTAATTATTTGAACTGA-TTTTGCAAGCATATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
1 TTCAAATAG-CCATAACTATTTGAA-TGAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* *
184802 TAGTAATTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTTAATCGAATAAGCTTCTATGATAAAAA
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* * * * * * **
184866 ATAATTGTTTAATGACAAAACAAAAATCTTAACGATTTGAGATTGTAAATTG
129 ACAATTATTTAATGACAAAACAAAAATCATAACGATTTCAAATTGAAAATCA
** * * * *
184918 TTCAAATATTCATACCTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
1 TTCAAATAGCCATAACTATTTGAATGAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
184983 TTAATTTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGATCAAA
66 TTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTTTA-ATCGAATAAGCTTCTATGATAAAA
* * *
185048 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAATGATTTCAAATTGAAAATCA
128 AACAATTATTTAATGACAAAACAAAA-ATCATAACGATTTCAAATTGAAAATCA
* * * * * * * * *
185102 TTTAAATGGCCATAATTATTTTTACTGA-TTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTT
1 TTCAAATAGCCATAACTA-TTTGAATGAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
*
185166 ATTAATTTTAGAAATATTAATACATTAGTATTATTTT
65 ATTAATTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
185203 ATTCTGTCTA
Statistics
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
TTCAAATAGCCATAACTATTTGAATGAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
TTAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTAATCGAATAAGCTTCTATGATAAAAAAC
AATTATTTAATGACAAAACAAAAATCATAACGATTTCAAATTGAAAATCA
Found at i:185926 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 185626--185926 Score: 365
Period size: 156 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
185616 AGTTTGAAAT
* ** * *
185626 AAATAATTGTTCATATTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAACAATTAGATTTATTTTTTAAT
1 AAATAATTGTTCATACTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAACAAACACATTTATTTTTTAAA
* ** * * * * *
185691 TTTCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTTTTAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAGTA
66 TCTCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGTA
185756 TGAATAAAACCAATTGTTTGATGACAA
131 TGAATAAAACCAATTGTTTGATGACAA
*
185783 AAATAATTGTTC-TACTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTC-AGCAAACACATTTATGTTTTTAA
1 AAATAATTGTTCATACTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAACAAACACATTTAT-TTTTTAA
* * * ** * * *
185846 ATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAACTTGT
65 ATCTCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGT
185911 ATGAATAGAAA-CAATT
130 ATGAATA-AAACCAATT
185927 ACTTTATGAG
Statistics
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AAATAATTGTTCATACTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAAACAAACACATTTATTTTTTAAA
TCTCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGTA
TGAATAAAACCAATTGTTTGATGACAA
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Alignment explanation
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191092 CTTGATGACA
*
191102 TATCTTTAACAATTGG
1 TATCCTTAACAATTGG
191118 TATCCTTAACAATTGG
1 TATCCTTAACAATTGG
191134 TAT
1 TAT
191137 GAGCTTGTAT
Statistics
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TATCCTTAACAATTGG
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194397 ATTGGTTAGG
** *
194407 TAAACAGAAATATTTTTTAAATAT-CTTTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTCA-TTTTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TGC--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-AGTATTAT
* * *** ** * *
194469 TTTATTCTGAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-TTTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAC-
62 TTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAA-CAAAAGGTTATAACG
* * * * **
194532 ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAACT-AATTCA
126 A-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTCA
* * * * *
194583 TCAAACAAATTTA-TTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATT
1 T-AAACAGATTTATTTTTTAAATT-GC----TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
194646 ATTTTATTCCAAATAAGC-TGTATGAACAGAAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAA
60 ATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGAC-AAACAAAAGGTTATAA
** * * * * * *
194710 TAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGA
124 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTCA
* * *
194763 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTGCTTATTAATTTTTAAAAGATTAATCAATTAGTATTATTGTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *
194828 TTCTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACATACAAAAGGTAATAACGATTTG
66 TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
* * * * *
194893 AAATAGATAAATGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAAT-GATTCA
131 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTCA
* * ** ** *
194938 GTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTT
1 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * *
195003 ATT-TCAAATAAGCTTTTATGAACTAAAACGATTGTTTTATAATAAAACAAAA-TTTCATAACAA
65 ATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGA-CAAACAAAAGGTT-ATAACGA
* * * * *
195066 TTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT-AAATTGCTTCA
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTCA
* * *
195115 -ACA-AGATTTATTTTTTAAATCTTAG-TTATTAA-TTTT-CAA-ATTATTAAA-T--TATTA--
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TT-GCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * ** * * * * * *
195169 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACATTTATT-TATAATAGAAGAAAAGGTTATAATGA
63 TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGACA-AACAAAAGGTTATAACGA
* * * * *
195233 TTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAG---GAACTACTT----T-G----A
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTCA
* *
195271 TAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TGC-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * ** * * *
195335 TTTTATTCCAAACAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAA-ACAATGTTCATAAC
61 TTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAACAAAAGGTT-ATAAC
* * * * **
195399 GATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTTGG
125 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTCA
* * * ** * *
195451 TAAACAAATTCACTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * ** * *
195516 TT-TCAAATAAGCTT-TAATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGA
66 TTCT-AAATAAGCTTGT-ATGAACA-AAAACAATTGTTATATGA-CAAACAAAAGGTTATAACGA
* * * * * * *
195578 TTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTG-TTCA
127 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTCA
* *
195627 -AAAAATGCATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAGTAT
1 TAAACA-G-ATTTA-TTTTTTAAA----TTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTAT
195691 TATTTTATT
59 TATTTTATT
195700 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 872, Mismatches: 177, Indels: 130
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.00
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TAAACAGATTTATTTTTTAAATTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
TTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTATATGACAAACAAAAGGTTATAACGATTTG
AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTTCA
Found at i:197342 original size:180 final size:180
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 25.4 Consensus size: 180
196776 ATAGACTAAC
* * * *
196786 TTATTTTT-AAATCTCTAACTTATCAATTTTT-GAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * * * *
196849 AAATAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAATGTCATATTTATTTTAA
65 AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-CAAATATCATAATGATTTGAA
* * *
196913 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTTC--TAAACAGAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TA-GTTCAATAAACAGAT
* * * * * * * **
196966 TTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTATTTTTCTA-AATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATTTG
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * * ** *
197030 GAGTAAGCATGTATGAATTAAAA-AATTATTTTATGAGCTAAACAAA-AGGTTAGAACAATTTAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAATA--TCATAATGATTTGA
* * * * * *
197093 AATAGATAATAGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCAACAAACACAT
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
** * * * * * **
197147 TTATTGTTT-AAATCTCTTACTTATCAATTTTTATTATATTATTAATTTTGCAATATTTTGCTCC
1 TTATT-TTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * *
197211 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAATATCATAATGATTTGAGAT
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATTTGAAAT
* * * *
197276 AGATAGTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGAT
130 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * *
197327 TTAATTTTAAAATCTCTTA--T-T-AATTTTT-GAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * *
197387 GAATAA-TTTAATATGAATAAAAACAATTATTTTA-CACAAAACAAAATGTCATAATGGTTTAAA
65 AAATAAGCTT-GTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAATATCATAATGATTTGAA
* * * * * ** * *
197450 ATAGATAATAGTTCAAATGGACATAACTATTTAAACTTGTTCGGTGAACAAAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* ** * *
197503 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTA-CTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATC-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * *
197567 AATTAAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAGAATATCATAACGATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AATATCATAATGATTTGAAA
* * * ***
197632 TAAATAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTCGTTTGGTAAACAGAT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * * * *
197683 TTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTA
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * ** * **
197748 AATAAGCTTTTATGAACAAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAAAAATTTGAAAT
66 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-TATCATAATGATTTGAAAT
* *
197813 AGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTGAA--AGTGTCAAGAAAACATAT
130 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT-TCAA-TAAACAGAT
* * * * *
197863 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTTA-TATTATTTTATTCA
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * *
197926 AAATAAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAA-AGGTCACAATGATTTAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAA
* * * * *
197990 ATAGATAATTGTTCAAAGAGTCATAATTATTTGAATTAG-T-AAGGTAAACAAAA
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAA--TAAACAGAT
* *
198043 TTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTCA-T-TT-TTTTATT
1 TTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT
* * * ** * * *
198104 CCAAATATGCTAGTATGAATTGAAAA-TTTTGTTTTATGATAAAACAAA-AGGTCATAATGTTTT
63 CCAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTT
* * * * * *** *
198167 GAAATAGATAATTGTT-ATTATAGTCTTAAATATTTGAACTGGTTTAGCGAACAAAT
125 GAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * * * **
198223 TTATATTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * * * * * ** *
198286 GAATAAGCTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAGATGTTAGAACAATTTGAAG
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-ATATCATAATGATTTGAAA
* * * * ***
198351 TATACAATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGAT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * * *
198402 TTATTGTTT-AAATTTCTTA-TTA--AGTTTTGA-AAGATTAGTAAATTAGTATAATTTTATTCC
1 TTATT-TTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * *
198462 AAATAAGCTTGAATG-ATAAAAA-ACATTGTTATATGACCAAACAAAATGTAATAATGTTTTGAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACA-ATTATTTTATGACAAAAC-AAATATCATAATGATTTGAA
* * * * * *** *
198525 ATAGATAATTATTGAAATGGCCATAATTATTTG-AC-ATGATTTGGTAAATAGAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-G-TTCAATAAACAGAT
* * **
198578 TCACTTTTT-AAA--TC--ACTTATTAATTTTT-GAAATATTGGTAAATTTA-TATTATTTTATT
1 TTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
*** * * * ** * * **
198636 TTGAATAAGTTTGCATGGACT-AAAATGATTGTTTAATGACAAAACAAA-AGGTCATAACAATTT
63 CCAAATAAGCTTGTAT-GAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTT
* * ** * * * *** *
198699 GAAACAGATAATTATTCATGTAGTC-TAATTGTTTGAA-TTGCTTCGGCAAATAGAT
125 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACAGAT
* * * * * ***
198754 TTATTTTTTATATCTCTTAGTTAT---TTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTG
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * *
198816 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACTATTATTTTATAATAGAACAAA-AGGTTATAATGATTTGAA
66 AATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAA
* * * * **
198879 ATAG------G-T-AATTACTCA-AA-TA--GGAACGAGTTCGGTAAACAGAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * *
198920 TTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AGTTTTT-GAAAATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCA
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * *
198979 AATAAGCTTGTATG-ATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGTTCATAACGCTTTAAA
66 AATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAA
* * * *** *
199042 ATAGATAATTGTT-AAATTA-CCATTATTATTTGAACT-GATTTGGTAAATAGAT
128 ATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACAGAT
* * * * * * *
199094 TCACTTTTT-AAATCACTTACTTATAAATTTTTAGAATAGTCATAAATTATTATTATTTTATTTC
1 TTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * ** * * ** *
199158 AAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCTTAACAATTTTAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAA
* * * * * * *
199222 ATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTCAGA-AAATAAAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCA-ATAAACAGAT
* * * * * **
199275 TTATTTTTTAAATCTATTGCTTGTTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * ** * * ** *
199339 AGATAATCTTTTTTGAACT--AAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAATATAATAAAAATTTTAA
65 AAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAATATCATAATGATTTGAA
* * * * *
199402 ATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAGCTGTTTGAGCTTA-TTTAGTAAACA-ATT
128 ATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCAATAAACAGA-T
* * * * ** * * * *
199455 TTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTA-CTAATTTTTTGAATGTTAATATGTTTGAATTACTTTATTT
1 TTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATC-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * ** * ** * ** **
199519 TGAATAAGCTTGTACG-ATATGAAACAAAAATTTTATGATTAAAA-AAAGGTCAAAACAATTCAA
64 CAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAATATCATAATGATTTGA
* * * ** * * * *
199582 AATAGATAGTTATTCTAATAGTTTTAGCTATTTGAACTAGTTTAACAAACACAT
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * ** * * *
199636 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTTTTCAATTAGTATTATTTTA-ACCG
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
* * * * * * ** * *
199700 AATAAGCTTCTATGATTAGAAATAATTATTTTA-CACAAAACAAAGATCATAACAATTTGAGATT
66 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATTTGAAATA
** * * ** *
199764 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTGGTTTGATAAACA-AA
131 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * * *
199813 TT-TTTTT-ATATCTTTTAGTTTTTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTTC
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * **
199874 GAATAAGCTTGTATG-ATAAAAAACAATT-GTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGA
65 AAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGA
* * * * * *
199937 AATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACT-GATTCAATAAACAAAT
127 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAATAAACAGAT
* *
199991 TTATTTTTTAAGTCTCTTA--T-T-AA-TTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
** ** * * * * * *
200051 GTATAAAATTGTATTAGCT-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAT
65 AAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAT-ATCATAATGATTTGAA
* * ** * * * * *
200115 ATAGACAATTATTCAAATAGGAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * * *
200168 TTATTTTTTAAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTGATAAATTAGTATTAATTTATTT
1 TTA-TTTTTAAAATCT-CTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * * * * * * ** *
200232 CTAATAAGCTTGTATAAACT-TAAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAA-AGGTTAGAACAATTTA
64 CAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTG
* * * * *** * *
200295 AAATAGATAATTGTT-ATAAT-GTCTTAACCATATGAACTGGTTTGGTAAAGAAAT
126 AAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * *
200349 TTACTTTTCAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTTA-AATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCC
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* ** * *
200412 AAATAAGCTTATACAAAT-AAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGGA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAA
* * * * ** *
200474 ATTGATAATTGTT-ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTC-ATAATTAAAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCAATAAACAGAT
* * * ** * * * * *
200526 TTATTTTT-TATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCG
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
** * * * ** * *
200590 AATAAAATAGTATGAACAGAGTCAATTATTTGATGACAAAACAAA-AGGTTATAATGATTTGAAA
66 AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATGATTTGAAA
* * * * * * *** * *
200654 TAGATAATTATTCAAATAGCCAAAATTATTTGAAATGGTTTGGTAAAAATAT
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * *
200706 TTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTT-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * * * * * **
200770 GAACAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATA-TCATAATGATTTGAAA
* * * * * *
200835 TAGATAATTGCTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAACGA-TTCGATAAATAGAA
129 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * * * * *
200886 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTT-GAAATATTAACAAATTTGTTTTATTTCATTCT
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
* * * * * * * * *
200950 AAATAAACATT-TATGAGCT-GAAATAATTGTCTTATGACAAAACAAATGTCATAACGGTTTGAA
65 AAATAAGC-TTGTATGA-ATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATTTGAA
* * * * * ** * *
201013 ATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAATTGAATTGGTTTGACAAACATAT
128 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * * * * * * **
201066 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATTAAATTAGAATTATTTTTATTTT
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCC
* * * * * * * * * *
201131 GAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATTATTTGAAA
65 AAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAATATCATAATGATTTGAAA
* * *
201196 TAGATGAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCATTAAACAGAT
129 TAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
* * *
201248 TTATTTTTTAAATCTCTTAC---T-AATTCTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
1 TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCC
*
201308 AACTAAGCTTGTA
65 AAATAAGCTTGTA
201321 GGTTGAAAAA
Statistics
Matches: 3379, Mismatches: 787, Indels: 381
0.74 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATCAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATATCATAATGATTTGAAATA
GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAATAAACAGAT
Found at i:198023 original size:360 final size:361
Alignment explanation
Indices: 196789--201368 Score: 2963
Period size: 361 Copynumber: 12.8 Consensus size: 361
196779 GACTAACTTA
* * * * *
196789 TTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* ** * * * * *** *
196854 AGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAATGTCATATTTATTTTAAATAGAT
66 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * ** ** *
196919 AATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTTCTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTT
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
196984 GCTTATT-ATTTTTCTAAATGTTAATAAATTAGAATTATTTTATT-TGGAGTAAGCATGTATGAA
196 ACTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA
** * * * * * *
197047 TTAAAA-AATTATTTTATGAGCTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTAAAATAGATAATAGTTCTAA
259 CAAAAATAATT-TTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** *
197111 TAGTCTTAACTATTTG-AACTAAT-TCAACAAACACATTTAT
322 TAGTCTAAACTATTTGAAACT-GTCT-AGTAAACAAATTTAT
* * * * * * * * **
197151 TGTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTT-ATTATATTATTAATTTTGCAATATTTTGCTCCAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * *
197215 AAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAATA--TCATAATGATTTGAGATAG
65 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAG
* * *** * * *
197278 ATAGTTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAATAGATTTA-ATTTTAAA-ATC
129 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * *
197341 -T-CTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-TTTAATATGA
194 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGA
* * * * *** * *
197403 ATAAAAACAATTATTTTA-CACAAAACAAAATGTCATAATGGTTTAAAATAGATAATAGTTCAAA
258 ACAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
197467 TGGAC-ATAACTATTT-AAACTTGT-TCGGTGAACAAATTTAT
322 TAGTCTA-AACTATTTGAAAC-TGTCT-AGTAAACAAATTTAT
** * * * *
197507 TTTTTAAATCTCCAACTTACTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * ** * ** *
197571 AAGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAGAATATCATAACGATTTGAAATAAA
65 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * *
197636 TAATTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAACTCGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * *
197700 TACTTATTAATTTTTGGAATTTTCATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTTTATGAAC
195 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* ** *
197765 AAAAATAATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
260 AAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
197830 GTC-AAACTATTTGAAAGTGTCAAGAAAACATATTTAT
324 GTCTAAACTATTTGAAACTGTCTAGTAAACAAATTTAT
* * * * *
197867 TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAGATTTA-TATTATTTTATTCAAAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * *
197930 AAGCTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGA
65 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * ** * *
197995 TAATTGTTCAAAGAGTCATAATTATTTGAATTAGTAAGGTAAACAAAATTATTTTTTTAAATCTC
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC
** * *
198060 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T-TT-TTTTATTCCAAATATGCTAGTATGA
194 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
** * * ***
198122 ATTGAAAAT-TTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTT-AT
258 A-CAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-
* * **
198185 TATAGTCTTAAA-TATTTG-AACTGGTTTAGCGAACAAATTTA-
320 AATAGTC-TAAACTATTTGAAACT-GTCTAGTAAACAAATTTAT
* * * * * ***
198226 TATTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * * * * * *
198291 AGCTTCTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAGATGTTAGAACAATTTGAAGTATAC
66 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* *
198356 AATTGTTC-AATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTGTTTAAA--T-TT
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** *
198417 -CTTATTAAGTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATAATTTTATTCCAAATAAGCTTGAATGATA-
196 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-AC
* * * * * *** * *
198480 AAAAA-CATTGTTATATGACCAAACAAAATGTAATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-
260 AAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
198543 GGCCATAATTATTTGACA-TGATTTGGTAAATAGATTCAC
324 GTCTA-AACTATTTGAAACTG-TCTAGTAAACAAATTTAT
** ***
198582 TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTGGTAAATTTA-TATTATTTTATTTTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * *
198642 AAGTTTGCATGGACTAAAATGATTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAACAGA
65 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* ** * * * * * * * *
198707 TAATTATTCATGTAGTC-TAATTGTTTGAATTGCTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTATATCTCT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
198771 TAGTTA-T--TTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
195 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * ** * **
198833 TGAAACT-ATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAAT
260 -AAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * *
198897 AG---GAAC-----G--AGT-TC-GGTAAACAGATTTAT
323 AGTCTAAACTATTTGAAACTGTCTAGTAAACAAATTTAT
* *
198924 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAGTTTTTGAAA-ATTAATAAATTAGT-TTATTTTATTTCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
** * * * *
198983 AGCTTGTATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGCTTTAAAATAGAT
66 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
199048 AATTGTT-AAATTA-CCATTATTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACT
131 AATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
199111 TACTTATAAATTTTT-AGAATAGTCATAAATTATTATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTATATGA
195 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA
*** * * * * *
199174 ATTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAACAATTTTAAATATACAATTGTTCAAA
258 ACAAAAATAA-TTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
** * *
199239 TAGTCGT-AACTATTTGAATTTGT-TCAGAAAATAAATTTAT
322 TAGTC-TAAACTATTTGAAACTGTCT-AGTAAACAAATTTAT
* * * ** *
199279 TTTTTAAATCTATTGCTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAGATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * ** * ** *
199344 ATCTTTTTTGAAC-TAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAATATAATAAAAATTTTAAATA-AG
66 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-
* * * ** *
199407 TAATTGTTCAAATAGTCATAGCTGTTTGAGCTTATTTAGTAAACA-ATTTTATTTTTTCAAATCT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTT-AAATCT
* * * ** * * * * *
199471 CTTGCTTACTAATTTTTTG-AATGTTAATATGTTTGAATTACTTTATTTTGAATAAGCTTGTACG
193 CTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * ** * ** * *
199535 ATATGAAACAA-AA-ATTTTATGATTAAA-AAAAGGTCAAAACAATTCAAAATAGATAGTTATTC
257 A-A-CAAA-AATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * ** *
199597 TAATAGTTTTAGCTATTTG-AACTAGTTTAACAAACACATTTAT
319 AAATAGTCTAAACTATTTGAAACT-GTCTAGTAAACAAATTTAT
* * ** * * *
199640 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTTTTCAATTAGTATTATTTTA-ACCGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* ** * * * * * * *
199704 AGCTTCTATGATTAGAAATAATTATTTTA-CACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATTGAT
66 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
** * * * * *
199767 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTGGTTTGATAAACA-A-AT-TTTTTTATATCTTTT
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
199829 AGTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGATA
196 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA-A
* * * *
199892 -AAAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
259 CAAAAATAATTTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
199956 -GGCCATAATTATTT-TAACTGAT-TCAATAAACAAATTTAT
323 AGTCTA-AACTATTTGAAACTG-TCT-AGTAAACAAATTTAT
* * **
199995 TTTTT-AA-GTC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGTATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
** * * * * * * * * *
200056 AAATTGTATTAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTTATATAGAC
66 AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
* ** * * ** * *
200121 AATTATTCAAATAGGAATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATATATTTATTTTTTAAAATCTCC
131 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCT-C
* * * *
200186 TT-CTTATTAATTTTTTG-AATGTTGATAAATTAGTATTAATTTATTTCT-AATAAGCTTGTATA
194 TTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATG
** ** * * * *
200248 AACTTAAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTAAAATAGATAATTGTT-AT
257 AACAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-
* * * * * * *
200312 AAT-GTCTTAACCATATG-AACTGGTTTGGTAAAGAAATTTAC
320 AATAGTCTAAACTATTTGAAACT-GTCTAGTAAACAAATTTAT
* * * *
200353 TTTTCAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * *
200417 AGCTTATA-CAA-ATAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGGAATTGA
66 AGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * ** ** ** * * *
200479 TAATTGTT-ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTTCATAATTAAATTTATTTTTT-ATTTTCT
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT
** * * ** *
200542 TGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAAATAGTATGA
195 TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA
* * * * ** *
200605 AC-AGAGTCAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
258 ACAAAAAT-AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
200669 ATAGCCAAAATTATTTGAAA-TGGTTTGGTAAA-AATATTTAT
321 ATAGTCTAAACTATTTGAAACT-GTCTAGTAAACAA-ATTTAT
* * * *
200710 TTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAC
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * *
200774 AAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGA
65 AAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA
* * * * * * *
200839 TAATTGCTCAAATAGTTAT-ACTTATTTGAAC-GATTCGATAAATAGAATTATTTTTTAAATCTC
130 TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * * *
200902 TTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTTGTTTTATTTCATTCTAAATAAACATT-TATGA
194 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC-TTGTATGA
* ** * * ** *
200966 GCTGAAATAATTGTCTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGGTTTGAAATAGATAATTGTTCATA
258 ACAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
201030 TAGTCTTAACTAATTG-AATTGGT-TTGACAAACATATTTAT
322 TAGTCTAAACTATTTGAAACT-GTCTAG-TAAACAAATTTAT
* * * * * ***
201070 TTTTTAAATCTCTTAGTTATGAA-TTTTCATAATATTATTAAATTAGAATTATTTTTATTTTGAA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAA
* * * * * * * **
201134 TAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATTATAATTATTTGAAATAG
64 TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
* ***
201199 ATGAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCATTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
129 AT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * *
201263 CTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAACTAAGCTTGTAGG
193 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATG
*** * ** *
201323 TTGAAAAAAAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATAACAATTT
257 AACAAAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT
201369 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 3293, Mismatches: 759, Indels: 335
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 119 0.04
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345 1 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
AGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA
AAAATAATTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CTAAACTATTTGAAACTGTCTAGTAAACAAATTTAT
Found at i:199024 original size:163 final size:166
Alignment explanation
Indices: 198740--199051 Score: 393
Period size: 163 Copynumber: 1.9 Consensus size: 166
198730 TTTGAATTGC
* * * * *
198740 TTCGGCAAATAGATTTATTTTTTATATCTCTTAGTTATTTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATT
1 TTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAGTTTTTGGAAAATTAATAAATTAGTATT
** ** * *
198805 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACTATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTT-ATA
66 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GTTCATA
* * *
198869 ATGATTTGAAATAGGTAATTACTCAAATAGGAACGAG
130 ACGATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGGAACGAG
*
198906 TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGTTTTT-GAAAATTAATAAATTAGT-TT
1 TTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAGTTTTTGGAAAATTAATAAATTAGTATT
* *
198968 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A-TGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAT
66 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCAT
*
199031 AACGCTTTAAAATAGATAATT
129 AACGATTTAAAATAGATAATT
199052 GTTAAATTAC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
161 2 0.02
162 4 0.03
163 65 0.52
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165 8 0.06
166 30 0.24
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (166 bp):
TTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAGTTTTTGGAAAATTAATAAATTAGTATT
ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAA
CGATTTAAAATAGATAATTACTCAAATAGGAACGAG
Found at i:200866 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 198909--201368 Score: 1641
Period size: 181 Copynumber: 13.8 Consensus size: 178
198899 GAACGAGTTC
* * *
198909 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAGT--TTTTGAAA-ATTAATAAATTAGT-TTA
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
198969 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATGAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAAC
65 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
** * * * *
199034 GCTTTAAAATAGATAATTGTT-AAATTA-CCATTATTATTTGAACTGATTT
130 AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCA-TACTATTTGAACTGGTTT
* * * * * * * *
199083 GGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATAAATTTTTAGAATAGTCATAAATTATTATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * *** * * *
199148 ATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCTTAA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * * *
199213 CAATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTGAATTTGTTC
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTGGTTT
* * * * *
199264 AGAAAATAAATTTATTTTTTAAATCTATTGCTTGTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * ** *
199329 ATTTTATTT-TAGATAATCTTTTTTGAAC-TAAATGATTGTTTTATGACAAAACAAAATATAATA
64 ATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * **
199392 AAAATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAGCTGTTTGAGCTTATTT
128 ACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATA-CTATTTGAACTGGTTT
* * * * * * ** * *
199444 AGTAAACAATTTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTACTAATTTTTTGAATGTTAATATGTTTGAAT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * **
199509 TACTTTATTTTGAATAAGCTTGTACGATATGAAACAA-AA--ATTTTATGATTAAA-AAAAGGTC
63 TATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-A-CAAA-AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* ** * * * ** *
199570 AAAACAATTCAAAATAGATAGTTATTCTAATAGTTTTAGCTATTTGAACTAGTTT
125 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-CTATTTGAACTGGTTT
*** * ** ** *
199625 AACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTTTTCAATTAGTATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
** * ** * * * *
199690 ATTTTA-ACCGAATAAGCTTCTATGATTAGAAATAATTATTTTA-CACAAAAC-AAAGATCATAA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * ** *
199752 CAATTTGAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAATTGGTTT
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTGGTTT
* * * * *
199803 GATAAACAAA--T-TTTTTTATATCTTTTAGTTTTTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATT
* *
199865 A-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-AAAAACAATTG-TTTATAACAAAACAAAAAGGTCAT
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
* * * * * * *
199927 AACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTC
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTGGTTT
** * *
199980 AATAAACAAATTTATTTTTT-AA-GTC-T-CTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATT
* * ** * * * * *
200041 ATTTTATTCCGTATAAAATTGTATTAGCTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
** * * * * ** * * *
200106 TGATTTTATATAGACAATTATTCAAATAGGAATAACTATTTAAACTTGTTC
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTGGTTT
* * * * *
200157 AGTAAATATATTTATTTTTTAAAATCTCCTT-CTTATTAATTTTTTGAATGTTGATAAATTAGTA
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTT-AAATCT-CTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTA
* * * ** ** * * *
200221 TTAATTTATTTCTAATAAGCTTGTATAAACTTAAGCAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAG
62 TTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * *
200286 AACAATTTAAAATAGATAATTGTT-ATAAT-GTCTTAACCATATGAACTGGTTT
127 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCAT-ACTATTTGAACTGGTTT
* * * *
200338 GGTAAAGAAATTTACTTTTCAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * *
200402 ATTTTATTCCAAATAAGCTTATA-CAA-ATAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * **
200464 ACGATTTGGAATTGATAATTGTT-ATATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTT
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTGGTTT
** * * * ** * *
200515 CATAATTAAATTTATTTTTT-ATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATT
1 GGTAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * * *
200579 ATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAAC-AGAGTCAATTATTTGATGACAAAACAAAAGGTTATA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAT-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * * * * *
200643 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCAAAATTATTTGAAATGGTTT
128 ACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATACTATTTGAACTGGTTT
*
200695 GGTAAAAATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAAAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
200760 ATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATCACAAAACAAAAAGTAATAA
64 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * * *
200825 CAATTTGAAATAGATAATTGCTCAAATAGTTATACTTATTTGAAC-GATTC
129 CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAC-TATTTGAACTGGTTT
* * * * * *
200875 GATAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTTGTTT
1 GGTAAA-A-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT-TAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * ** * *
200939 TATTTCA-TTCTAAATAAACATT-TATGAGCTGAAATAATTGTCTTATGACAAAAC-AAATGTCA
63 TATTTTATTTC-GAATAAGC-TTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
** * * * *
201001 TAACGGTTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAATTGAATTGGTTT
126 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTGGTTT
** * * * * * *
201055 GACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCATAATATTATTAAATTAGAATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
201120 ATTTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAGAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGATTATA
64 A-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
** * *
201185 ATTATTTGAAATAGATGAA-TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTC
128 ACAATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTGGTTT
** * *
201237 ATTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
1 GGTAAA-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATT
* *** * ** *
201298 ATTTTATTTC-AACTAAGCTTGTAGGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTAATA
64 ATTTTATTTCGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
201362 ACAATTT
128 ACAATTT
201369 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 1782, Mismatches: 425, Indels: 155
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 38 0.02
175 72 0.04
176 45 0.03
177 343 0.19
178 103 0.06
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180 384 0.22
181 392 0.22
182 200 0.11
183 6 0.00
184 2 0.00
185 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
GGTAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATACTATTTGAACTGGTTT
Found at i:201386 original size:67 final size:65
Alignment explanation
Indices: 201298--201435 Score: 197
Period size: 67 Copynumber: 2.1 Consensus size: 65
201288 AATTAGTATT
* *
201298 ATTTTATTTCAACTAAGCTTGTAGGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGATGAAACA-AAAGGTAATA
1 ATTTTATTTCAAATAACCTTGTAGGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGA-GAAA-AGAAAGGTAATA
201362 AC
64 AC
* *
201364 AATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAATGAAAGGTAATA
1 -ATTTTATTTCAAATAACCTTGTAGGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAA-GAAAGGTAATA
201429 AC
64 AC
201431 ATTTT
1 ATTTT
201436 GAAATAGATA
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 4, Indels: 5
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
65 1 0.02
66 9 0.14
67 55 0.85
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (65 bp):
ATTTTATTTCAAATAACCTTGTAGGTTGAAAAAAAATTGTTTTATGAGAAAAGAAAGGTAATAAC
Found at i:201951 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 201489--202093 Score: 488
Period size: 182 Copynumber: 3.4 Consensus size: 178
201479 CGATAAACTG
* * *
201489 ATTTATTTTTTTAAATC-C--A-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATT
* * * * * * *** * * * * * * *
201550 TTGGATAAGCTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATCACAAATCAAAAGTTCATAATGATTTT
65 TCGAATAAAC-CTGTATGGACAAAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCAGAATGACTTG
* * ** * * * * **
201615 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAAGG
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAACCATCTGAAC-TGATTCA-AAAACA
* * * *
201668 ATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAATAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTAT
** ** * * *
201732 TTCGAATAAATTTGTATGGACTGAGACAATTATTTTATGA-ATAAACAAAAGGTTAGAATGACTT
64 TTCGAATAAACCTGTATGGACAAAAACAATTATTTTATGACA-AAAC-AAAGATCAGAATGACTT
* *
201796 GAAATAGATAATTATTCTAATAGTGTTAACCATTTGAACTGATTCAACAAACA
127 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAACCATCTGAACTGATTCAA-AAACA
*
201849 CATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTTA-
1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTTAT
* * * *
201913 TTCGAATAAGCCTGTAT-GATCAAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTG
64 TTCGAATAAACCTGTATGGA-CAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCAGAATGACTTG
* * * * * * *
201977 AGATTGATATTTGTTCAAATAGTTTTAACCATCTGAATTGGTTCAAAAACA
128 AAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAACCATCTGAACTGATTCAAAAACA
* * * * * *
202028 ACTTTAGTTTTTAAATCTTTTCCTTAATAATTGTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT
1 A-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATT
202093 T
65 T
202094 TAGATAAGTT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 61, Indels: 30
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 12 0.03
179 66 0.19
180 61 0.17
181 77 0.22
182 89 0.25
183 39 0.11
184 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (178 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTT
CGAATAAACCTGTATGGACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCAGAATGACTTGAAA
TAGATAATTATTCAAATAGTGTTAACCATCTGAACTGATTCAAAAACA
Found at i:202075 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 201434--202226 Score: 780
Period size: 360 Copynumber: 2.2 Consensus size: 360
201424 TAATAACATT
* * *** ** * * **
201434 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTGTTCGATAAACTGATTTATTTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAACCATTTGAACTGTTCAACAAACACATTTATTTTT
* * * * *
201499 TTAAATCCATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTT
66 TTAAATCCATTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTCTG
** * * *
201564 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATCACAAATCAAAAGTTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGT
131 TATGAATAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * *
201629 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAAAGGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTA
196 TCAAATAATCATAACCATCTGAACTTGGTTCATAAAACAATTTAGTTTTTCAAATCTCTTCCTTA
* * * * * *
201694 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAATTTGTATGGACTGAGA
261 ATAATTTGTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTT-GAGATAAATTTGTATGAACTGAAA
* *
201758 CAATTATTTTATGAATAAA-CAAAAGGTTAGAATGAC
325 CAATTATTTTAT-AATAAATCAAAAGGTCAGAATAAC
*
201794 TTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTGTTAACCATTTGAACTGATTCAACAAACACATTTA-TTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAACCATTTGAACTG-TTCAACAAACACATTTATTTT
* * *
201858 TTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTT-TATTCGAATAA
65 TTTAAATC-C--A-TTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAA
* * * *
201922 GC-CTGTATG-ATCAAAAACAATTTTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATTGA
125 GCTCTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGA
* * **
201984 TATTTGTTCAAATAGTTTTAACCATCTGAA-TTGGTTCA-AAAACAACTTTAGTTTTT-AAATCT
189 TAATTGTTCAAATAATCATAACCATCTGAACTTGGTTCATAAAACAA-TTTAGTTTTTCAAATCT
* * * * *
202046 TTTCCTTAATAA-TTGTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTTTG
253 CTTCCTTAATAATTTGTTG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGAGATAAATTTGTATG
* * * *
202110 AATTGAAACAATTGTTTTATAATAAATCAAAAGGTCATAATAAT
317 AACTGAAACAATTATTTTATAATAAATCAAAAGGTCAGAATAAC
* * ** * * * * * * *
202154 TTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTCGATAAATAGATTTATTTT
1 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAACCATTTGAAC-TGTTCAACAAACACATTTATTTT
202219 TTTAAATC
65 TTTAAATC
202227 TCCAATTAAT
Statistics
Matches: 350, Mismatches: 70, Indels: 25
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
359 12 0.03
360 178 0.51
361 42 0.12
362 47 0.13
363 27 0.08
364 44 0.13
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (360 bp):
TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGTTAACCATTTGAACTGTTCAACAAACACATTTATTTTT
TTAAATCCATTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTCTG
TATGAATAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAATCATAACCATCTGAACTTGGTTCATAAAACAATTTAGTTTTTCAAATCTCTTCCTTA
ATAATTTGTTGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTGAGATAAATTTGTATGAACTGAAAC
AATTATTTTATAATAAATCAAAAGGTCAGAATAAC
Found at i:202845 original size:509 final size:507
Alignment explanation
Indices: 201888--202854 Score: 1130
Period size: 509 Copynumber: 1.9 Consensus size: 507
201878 ATTTTTGAAA
* ** * * ** *
201888 TATTATTAAATTAGTATTGTTTTTATTCGAATAAGCCTGTATGATCAAAAACAATTTTTTTATGA
1 TATTATTAAATTAGTATTATCCTAATTCGAATAAGCCTATATGAAAAAAAACAATTTTTCTATGA
* * * * **
201953 CAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTTTTAACCATCTGAATTGG
66 CAAAACAAAGATCAGAATGACTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATCTGAATTGG
* *
202018 TTCAAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTTTTCCTTAATAATTGTTGAAATATTAATAAAGTAGTA
131 TTCAAAAACAACTTTAGTTTGTAAATC--TTCCTTAATAATTGTTCAAATATTAATAAAGTAGTA
* * * ** * * *
202083 TTATTTTATTTTAGATAAGTTTTTTTGAATTGAAACAATTGTTTTATAATAAATCAAAAGGTCAT
194 TTATTTTATTTGAGATAAGTTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
202148 AATAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATATCTATTTGAGCTTGTTCGATAAATAGATT
259 AACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATATCTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATT
* * *
202213 TATTTTTTTAAATCTCCAATTAATTTTTCTAATGTTAATAAATTAACTTTTTTTATTCCAAACAA
324 TATTTTTTTAAATCTCCAATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAACTTATTTTATTCCAAACAA
* * * * * * * * *
202278 CCTAGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATA
389 ACTAGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCAGAACAATTTGAAATAAATA
202343 ATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAGACACATTTATTTT
454 ATTATTCTAGTAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGCAAGACACATTTATTTT
* **
202397 TATTATTAAATTATTATTATCCTAATTCGAATAAGTTTATATGAAAAAAAACAATTTTTCTATGA
1 TATTATTAAATTAGTATTATCCTAATTCGAATAAGCCTATATGAAAAAAAACAATTTTTCTATGA
* * *
202462 CAAAATAAAGATCAGAATGACTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TGG
66 CAAAACAAAGATCAGAATGACTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACCATCTGAATTGG
*** * *
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131 -TTCAAAAACA-ACTTTAGTTTGTAAATCTTCCTTAATAATTGTTCAAATATTAATAAAGT-AGT
* *
202586 ATTATTTTATCTTGA-ATAA-TTATGTATGAACAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGG
193 ATTATTTTAT-TTGAGATAAGTT-TGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAAC-AAAAGG
* * * *
202649 TCATAACGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC
255 TCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACAT-ATCTATTTGAACTTGTTCGATAAAC
202713 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTT
319 AGATTTATTTTTTTAAATCTCC-A---ATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTA--ACTTATTT
* * * * * *
202775 TATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAGTTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTAT
377 TATTCCAAACAAACTAGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCAGAACAAT
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442 TTGAAATAAATAATT
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TTCAAAAACAACTTTAGTTTGTAAATCTTCCTTAATAATTGTTCAAATATTAATAAAGTAGTATT
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CAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGACATATCTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA
TTTTTTTAAATCTCCAATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAACTTATTTTATTCCAAACAAAC
TAGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCAGAACAATTTGAAATAAATAAT
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Found at i:202893 original size:181 final size:180
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202387 CATTTATTTT
* * ** * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
202753 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAGTTGCTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
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66 CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * * * ** *
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* * * *
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* * *
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66 CAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
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130 GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTT-ATTAATTTTCAGAA
* *
203113 TATTAACAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGTAGGAATAGAAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * *
203176 GATAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TCTAAATAGTCATAACTATTTAAA
64 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
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* * * ** *
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** * * * * * * * *
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65 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-AC
* ** * * * * *
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* * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* *
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66 CAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTT
* * * * * **
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* ** * * *
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* *
203712 ACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
203777 TGTTTGGTGAATAGATTTATTTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTCATAA
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* * * * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
203890 TAAAACAAATGGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTT--ACAT
66 CAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-T
* * * * * * *
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* * * * * * *
204006 TAGTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTAAATAAGAC-AGTATGAACAAAAACATTTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * * *
204069 GATAAAACAAAAGGTTATAACGATTGGAAATAGGTAATTGTTTAAATAGGCATAATTATTTTAA-
64 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** * * * * * * * *
204133 TTGGTTCAGCAAACAAAATTATTTATTAAATATTTTA-TTGATTAATTTT-TGAAA
128 TT-GTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTT-ATTAATTTTCAG-AA
* * * * * * *
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1 TATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA---T-TTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * * * * * * * *
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** * * * * **
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* * ** * * *
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1 TATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
204436 ACAAAACAAAAGGT--T-ATA--AGAAATTCG--AA---TACAAATAGTCATATCTATTTGAA-T
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* * *
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129 TG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-CTACTTATTAATTTTCAGAA
* * * * ** * *
204542 TATTAATGAATTAATATTATTTTATTAT-GAATAGGCTACTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTAA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
204605 GACAAAA-AAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTTAAATGGCCATAATTATTTTAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
204669 -TGATTCGATAAATTGATTTTTTTTTTAAATCTT-TAACTTAT
128 TTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCT-ACTTAT
204710 CAATGGCAAA
Statistics
Matches: 1694, Mismatches: 344, Indels: 197
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Matches are distributed among these distances:
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CAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTCAGAA
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*
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203642 TTT
1 TTT
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Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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TTTACTTTTTAATTT
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204597 TGTTTTAAGA
* * *
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* * * *
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66 TTCGATAAACTAATTTATGTTTTAAATCTTTAACTTATCAATGG
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66 TTCGATAAACTAATTTATGTTTTAAATCTTTAACTTATCAAT
204823 TTTTAAAATA
Statistics
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* *
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205341 T
1 T
205342 TCAATAAAGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* *
205785 AACAATTAG-TTTATGGCAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
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* * * * * *
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* * * ** * *
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* * * *
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* ** * *
206028 GTCATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
127 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * *
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* * * ** * *
206147 AACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTA
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* *
206212 ATAA-TGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
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* * * *
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1 TTATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* ** * * * * * *
206326 AAATAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
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* * * * *
206391 TATAATTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * *
206443 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGA
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* * * * *
206508 AATAATTTTTTTATGACAAAAGAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
206863 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTAAAATA
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* * * *
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* * * * *
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* * * ** * * **
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * *
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* * *
207404 -GAAACAATTGTTGTATGACTAAACACAAAA--TC-TGAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCTA
62 AGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * * *
207465 ATAATCTTAACCATTTGAA-TTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAC
124 ATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * ** * *
207522 TTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTACGAACA-A
1 TTATTAATTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGA
** * * * * * *
207586 AACAATTGTTTTACAATAAAAAGAAAATGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATCATTCATAGAG
65 AACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * * * * ** * * **
207650 TCTTAA-TATTT-AACTGGTTCGGCAAATAGATTTATTTTTTAGTTTTCATGG
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** *
207701 TTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTGT-GAGTAAAATAGTATGAATA
1 TTATTAA-TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * ** * * *
207764 GAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTTTATTGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATAG
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * ** * * ** *
207829 TCAAAACTATTTGAAGTGGTTGGGTAAGCAAAATTACCTTTTAAATCTATTA-
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * ** * * * * *
207881 TGGATTTATTATCTA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA
1 T-TATTAATT-T-TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATA
* * * * * * * *
207945 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* *
208010 TTATAATTATTTGA
128 TCATAACTATTTGA
208024 CTAAACAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TTATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
Found at i:206786 original size:361 final size:356
Alignment explanation
Indices: 205361--208023 Score: 1651
Period size: 360 Copynumber: 7.4 Consensus size: 356
205351 AGATTTAGTT
** * * * * * *
205361 TTATTAATTTTGGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAATAA-TTTTTATGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGA
* * * * *
205425 AACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAATGGA
66 AACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGT
* * * * ** * * *** *
205488 CTTGAGTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-TTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TGTT
130 CATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAT-AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
* * * * * * * *
205551 TAGAATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTGCAAATAAACTTGTATGAATATAAACAATTGCT
194 GA-AATATTAATAAATTTA-T-TTTTTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTT
* * * * *
205615 TTATGACAAAAC-AAAAGATCATAGTGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATT
255 TTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TTA--ATT
* ** * *
205679 TGAACTCGCTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTTC
316 TGAAC-CGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * ** * *
205721 TTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGA
** * * ** *
205785 AACAATTAGTTTATGGCAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTG
66 AACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
205850 ATAACTATTTGAACGT-GTTCAG-AAA-ATAACATTATTTTCTAAA-ATTTTATTTATTAATTTT
131 ATAATTATTTGAAC-TAGTTCAGTAAACAT-A-ATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * * ** * * * *
205911 TGGAATATTAATCAATTAATATTTATTTATTTCAAATTGGGTTATATGAACT-GAAACAATTATT
193 CGAAATATTAATAAATTTAT-TTTTTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTATTGTT
* * * * * *
205975 TTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
255 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TTA--ATT
* * *
206040 TGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
316 TGAAC-CGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * *
206082 TTATAAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGA
* * * * * *
206147 AACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTA
66 AACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
206212 ATAATGATTTGAACTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT
131 ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATAA-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCG
* * * * **
206276 TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-TAATCATTTT
195 AAATATTAATAAATTTAT-TTTTTTTATTT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACT-ATTGTTTT
* * * * * * *
206339 ATGACAAAGCAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAAT-TATAATTATTTA
257 ATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCT-TAA-T-TTGA
* * * * *
206403 AACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAA
319 ACCGT-TTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * *
206443 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGA
* * * * **
206508 AATAATTTTTTTATGACAAAAGAAATGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
66 AACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
206573 ATGATTGTTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTACAGT-TTTTACTAATTAATTGTC
131 ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATAATTA-TTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTGTC
* * *
206637 AAAATATTAATAAATATGTATTTTTTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTT
194 GAAATATTAATAAAT-T-TATTTTTTTT-ATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTT
* * * *
206702 TATAACAGAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGGTT-AGATAGTCTTAATTTGAA
256 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCTTAATTTGAA
*
206766 CCAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA---TTT-C
320 CC-GTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * ** * *
206800 TTATTAATTTTTAAAATTTTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAATTTATATGAACAAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGA
* * *
206865 AAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGGTAATTATTAAAATAA
66 AACAATTT-TTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
206929 TCATAATTATTTGAACTAGTT-AGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
129 TCATAATTATTTGAACTAGTTCA-GTAAACATAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * *
206993 TGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTCTTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAATATTGTTT
193 CGAAATATTAATAAATTTATTTT-TTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTT
* * *
207058 TATGACAAAAATAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGCTT-ATATAGTCTTAACTATT
256 TATGAC-AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCTT-A--ATT
* * ** **
207122 TTAACTAGTTTGGCAAACA-ATTTTACCTTTTAAATC---T-C
316 TGAAC-CGTTTGATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * * *
207160 TTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTATATT-TCGAAGAAGCTTGTATGAACAA
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAATAG
* * * * * * * * **
207224 AAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGCTCAAATAGT
65 AAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * ** * * * * * *
207289 CATAACTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAACCTCTTT-CATATTAATTTT
130 CATAATTATTTGAACTAG-TTCAGTAAACATAATTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGT
* * * *
207352 CCAAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTTTT-CTT-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTG
193 CGAAATATTAATAAATT--TATT--TTTTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACTATTG
* * * * * *
207414 TTGTATGACTAAACACAAAA-TC-TGAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCTAATAATCTTAACC
253 TTTTATGACAAAACA-AAAAGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTT-A--
** * * * * * *
207477 ATTTGAATTGATTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATATCTTAC
313 ATTTGAACCGTTTGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * ** ** * * *
207522 TTATTAATTTTGAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAAATTGTACGAACA-A
1 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGA
* ** * * * * * * *
207586 AACAATTGTTTTACAATAAAAAGAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATCATTCATAGAGT
66 AACAATTTTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * * **
207651 CTTAA-TATTT-AACTGGTTCGGCAAATAGATTTATTTTTT-AGT-TTTCATGGTTATTAAGTT-
130 CATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTTT--TACTTATTAA-TTG
* * * * * ** * * *
207711 TTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTGTGAGTAAAATAGTATGAATAGAACCAATTGT
192 TCGAAATATTAATAAATTTA-T-TTTTTTTATT-TAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGT
* * * ** * * * * **
207775 TTGATGACAAAATAAAAGGTTTTATTGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATAGTCAAAACTATT
254 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-TTA--ATT
** * * * * * ** *
207840 TGAAGTGGTTGGGTAAGCAAAATTACCTTTTAAATCTATTA-
316 TGAA-CCGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
* * * * * * * *
207881 TGGATTTATTATCT-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA
1 T-TATTAATT-TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATA
* * * * * * * * *
207945 AAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAAGAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
64 GAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
*
208010 TTATAATTATTTGA
129 TCATAATTATTTGA
208024 CTAAACAAAA
Statistics
Matches: 1811, Mismatches: 401, Indels: 180
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
355 7 0.00
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365 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (356 bp):
TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGAATAGA
AACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGA
AATATTAATAAATTTATTTTTTTTATTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAATTTGAACCGTTT
GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTAC
Found at i:209001 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 208051--213306 Score: 3022
Period size: 179 Copynumber: 29.2 Consensus size: 179
208041 TATAACTTTT
* * * * * * *
208051 TGAACTAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTTAAAATCGTTATTACTTTTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTT
* ** * * * * *
208116 GTTTTATTGTAAAATAATTGCTT-TATCCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
208180 ATAATATTTCAAACATTAACAAGTAAGAGATTT-AAAAATGAATTTGTTTAT
129 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * *
208231 TGAATC-AGTTTAAATGGTTA-AACCTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
208294 TGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAA-T
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATT
* *
208357 TAATAATATTTGAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-
127 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * * *
208411 TCAAACAAGTTTCAAATAGTTATTACTATTTTAAAAATTGTCTATTTAAAACCTTTATAACCTTT
1 T-GAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * *
208476 TGATTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTAATACAAG-TGTAGAT-GAAATAAAATAATACTAA
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCT-TA-TTCG-AATAAAATAATACTAA
* * * **
208538 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTGT
125 TTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * ** * **
208594 TGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACGATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
208659 TTTTGTCATAAAAAAATTGTTTTTGA-TCACACAAGTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTA
* *
208723 TTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAGAAATAAACCTGTTTA-
129 TTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
208770 TGGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATCTCAAATCATTAAGATC-TT
1 T-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * *
208833 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAACTTATTCGATTAAAAGTAATACTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAA-TAATACTAATTT
* * * * *
208898 AATAATATTTTAAAATTAATAAGTAAGAGATTCAAAAAATAAATGTGTTAAC
128 ATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * ** * * *
208950 TGAACAAATTCAAATAGCTAAAAATATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTT-
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
209014 TTTT-AC-TCAAA-ATTTGTTTC-ATATCTTACAAGATTATTCAGAACAAAATAAT-TTAAATTT
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACT-AATTT
** * * * *
209074 ATTAACCGTTGAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTTTTTA-
128 ATTAA-TATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * **
209127 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * *
209192 ATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAGGCTTACCTAGAATAAAATAATACTAATTT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA-GCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAA--T
* * * * *
209256 TTATTAATATTTCCAAAATTGATAAGCAAAAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTAC
126 TTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * * * *
209311 TGAACAAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTTTCTAGTTAAAATCATTCTGACATTTTA
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
209376 TTTTGTTATAAAACAACTATTT-TAGTTCACATAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
209440 TTAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTA-
129 TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * *
209491 TCGAATTAGTCCAAATAGTCATGTCTATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * ** * * * *
209556 GTTTTGTCTTAAAACAATTATTTTTGTTTATGCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATATTGATTTA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
209621 TTAACATTCTAAAAATTAATAAGCAGGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTAC
129 TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
209674 TAAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTTTTA
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
209739 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGT-AT-CAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATAGTACTTTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC-AAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
*
209801 TTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-
129 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
209852 TCAAATCAA-ATCAAATAATTATGGCCATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTT
1 T-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
** * * *
209916 CATTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-TTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATGCCAA
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT---CATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAA
* * * * * *
209979 TTTTTTAATGTTGCAAGAA-T--T-AGTAAGAGACTTAAAAAATAAATCTATTTAC
125 TTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * *
210031 CAAACTAGTTTAAAATAGTTATGACCAGTTTAAATAGTTAT-TACTATT-AGAATAATTAT---C
1 TGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAATAATTATCTA-T-TTCA-AATCATTATGACC
*** * * ** * * * * * ** * * *
210091 TATTTCAAATTATTATAACCTTCTATTCTGTCT-TGTCATA-AA-ATAATT-GTTTATATTCATA
61 T-TTT-GTTTTGTCATAA--AACAATTGTTTCTAT-TCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATA
** * * * * * **
210152 C-AAGTTTATTCGAA-ATAAAAAAATACTAATTTA-TTA-ATATTTTAAAAATTAATAAGTTAAA
121 CTAA-TTTATT--AATATTTAAAAAT--TAA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT---
* *
210213 AATT
177 TA-C
* * * * ** * * * *
210217 TTAA-AAATT-AATATATTTACTGAATAAATTCAAATACTCATATCCATTTGAACT-ATTAT---
1 TGAACAAGTTCAA-ATAGTTA-TGACT--ATTTGAATAAT--TATCTATTTCAAATCATTATGAC
*** ** * * * * *
210276 CTATTTCAAATTGT--TATCACAATGTTGTTT-TGTCGTAAAACAATTGTTTCTATTC-ATACAA
60 CT-TTT-GTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTTCTAT--TCATACAA--G-CT-TATTCGA-ATAA
* * ** * ** * * *
210337 AATTATTTTGAATAAAATAATAATAATTATTACTATTTCAAAAATTAA-TAAGAGATTTGAAAAC
114 AA-TA--AT-ACTAATTTATTAAT-A-T-TTAAAAATT----AA-TAAGTAAGAGATTTAAAAAA
*
210401 TAAATCTCTTTAC
167 TAAATCTGTTTAC
* * **
210414 CGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA--A--T----AATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * * * * * * *
210478 -ATC-TTTATTCTATCCTAAAA-TATTTTTTCTATTTATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTG
57 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATA
* * * * *
210540 CTAAATTAATAATATTCTAAACATTAATAAATAAG-GATTTAAAAAATAAATGC-GTTTGC
121 CTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-CTGTTTAC
** * * * * *
210599 CAAATC-ACTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTCTGACCTTTT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * *
210663 GTTTAGTAATAACATAGTTGCTTC-AGCTCATA-AATGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-GCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATT
* * * * * **
210726 TATTAACATTCAAAAAATTAACAAGTAA-AAAATTAAAAAA-AAATCAATTTAC
127 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * *** *
210778 CAAACAAGTTCAAATAGTTTTGATTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTGCTATGACCTTTTA
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * *
210843 TTTTATTATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTACTTTA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
210907 TTAATATTATAAAAATTGATAAGTTAGAAATTTAAAACATAAAT-TAGTTTA-
129 TTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTAC
* * * * *
210958 TCAA-ATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTA-TT----TC--TA--A-CTTT
1 TGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
211012 TGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTAGAAT-AAATAATACTAATT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATT
* *
211075 TATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
127 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * ** *
211129 TGAACTAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATCATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * * * *
211194 TTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATGTAA
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
211259 TAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGC
130 TAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * * * *
211310 CAAACCAA-TTCAAATAGCTA-AAGCTATATGAACAATTCTTTA-TTCAAATCTTTATGACCTTT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * *
211372 TGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAAACAAA
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAC-AAGCTTATTCG-AATAAAAT-AATACTAA
* * * **
211435 TTTATTAATATTTTAAAAGTTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGT
125 TTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
*
211491 TGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * * * * * * **
211555 GTTTTGTTATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATAATAAGATA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * *
211620 TTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTA-
129 TTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * * *
211667 TCAAACCAGTTCAAATAG-TATTGAATATTT-AAGTCATTATTTATTTCAAATCATTATAACTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * * * *
211730 TTGTTCTATCATAAAACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATT
63 TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATT
* * *
211795 TATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AGAATTT-AAAAATAAATATGTTTA-
127 TATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
** * * * * *
211847 TCGAATTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTATT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * *
211912 GTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGTTACTT-GAAATAAAATAATACT-ATGT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCG-AATAAAATAATACTAAT-T
* * * * * * *
211975 TATTAATATTCTCAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATTTATATAC
127 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * ** * *
212029 CGAATAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCGATTTGGAATCACTATAACCTTTTA
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-
** * * * *
212093 G-TTTGTCATAAAATGATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAAAAAATAATACAAATTTAT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
212157 TAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAT
130 TAATATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * * *
212208 TAAACATGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGGAT--TT-TTTATTTCAAATTC-TTATAACTTTT
1 TGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTT
* * * * * * * * *
212268 TCATGTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTCCATACGAGCTTATTTGAATTAAAATAATATTAATC
64 T-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATACTAATT
* *
212333 TATTAATATTTCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT--A--TGTTTA-
127 TATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * **
212383 TCGAACAAGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGGTCTTTT
1 T-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * * * ** * *
212447 GTTTTGTAATAAAATAATAGTTTCAATTCATGTAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * *
212512 TTAATATTCAAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAACCTGTTT-C
129 TTAATATT-TAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * ** * * *
212564 TTGAATAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCCGAACAATTTTCTATTTCAAAACATTATGACCTTTT
1 -TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* *
212629 GTTTTGTCATAAAACAATTGATTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAGTAAAATAATA-TAAATT
65 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAA-TAAAATAATACT-AATT
* * * * *
212692 TATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAGAAAATAAATCTATTT-T
127 TATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * *
212744 TAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCATTTG
1 TGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* ** * ** * * * * *
212809 TTTTGTAATAAGCCAATTGTTTTTGCTCAGAAAACCTTATTTGGAATAAAATAATAATAATTTAT
66 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCGAATAAAATAATACTAATTTAT
** * * * * *
212874 TAATATTCCAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTAC
130 TAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * **
212924 T-AAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCC-TT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTT
* * * * * *
212987 TG-TTTGTCATAAAACAATTTTTTCTATTCATAAAAGTTTTTTTGGAATAAAATAATATTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATTCGAATAAAATAATACTAATTT
* * * *
213051 CTTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAACAATTAATCTGTTTAC
128 ATTAATATT-TAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* * * * *
213104 TGAACAAGTTCAAATA-TTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTATTTCCAATCGTTATGACATTT
1 TGAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
* * * * **
213167 TATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTATATTCATAAAATATTATTC-AA-AATAATAATACTAATTT
64 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAA-AATAATACTAATTT
** * * *
213230 ATTGTTGTTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTAC
128 ATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
*
213279 TAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATT
1 TGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
213307 GAAATATTAA
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
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TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
Found at i:211358 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 211008--213306 Score: 1448
Period size: 180 Copynumber: 12.8 Consensus size: 181
210998 CTATTTCTAA
* * * * *
211008 CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTAGAAT-AAATAATACT
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * *** *
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65 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
* ** * * *
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129 AATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* *
211188 CTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * *
211253 ATGTAATAATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGCCAAACCAA
66 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA
* * * *
211318 TTCAAATAGCTAAAG-CTATATGAACAATTCTTTA-TTCAAATCT-TTATGAC
131 TTCAAATAG-TAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-TGTTATGAC
* * ** *
211368 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTTGAAATAAAATAAAAA
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTA-TTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAAT-AATA
* * * * * * ****
211431 CAAATTTATTAATATTTTAAAAGTTAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAAC
63 CTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* **
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128 CAATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * * *
211550 CTTTTGTTTTGTTATAAAACAAATATTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATAATA
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
** * * * * *
211615 AGATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGATATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCAG
66 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA
* * * ** *
211676 TTCAAATAGTATTGAATATTT-AAGTC-ATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
131 TTCAAATAGTAATGACTATTTGAA--CAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * *
211727 TTTTTGTTCTATCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * **
211791 AATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AGAATTT-AAAAATAAATATGTTTATCGAATT
65 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
* * * *
211854 AGA-TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAT
129 A-ATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * ** * * *
211907 CTATTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAATTCATATAAGGTTACTT-GAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
211971 -ATGTTATTAATATTCTCAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATGAATTTATATACCGAA-T
65 AAT-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
* * * ** *** *
212034 AAGTTTAAATAGTTATGACTATTT-AACAATTATCGATTTGGAATCACTATAAC
129 AA-TTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* ** * * * ** *
212087 CTTTTAG-TTTGTCATAAAATGATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAA-AAAATAATACA
1 CTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* **
212150 AATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTAAA-
65 AATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * * * *
212212 CATGTTCAAATCA-TTATGACTATTTG---GATTTTTTATTTCAAATTCTTATAAC
128 CA-ATTCAAAT-AGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * * ** * *
212264 TTTTTCATGTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTCCATACGAGCTTATTTGAATTAAAATAATATT
1 CTTTT-GTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * *
212329 AATCTATTAATATT-TCAATAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT--A--TGTTTATCGAA-
65 AATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC
* * * * ** * **
212388 CAAGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGTGGT
128 CAA-TTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * ** ** * **
212442 CTTTTGTTTTGTAATAAAATAA-TAGTTTCAATTCATGTAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACT
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTA-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * **
212506 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAACCTGTTT-CTTGAA
65 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATCTATTTAC-CAAA
* * * ** * ***
212569 -TAAGTTCAAATAGTTATGAGTATCCGAACAATTTTCTATTTCAAAACATTATGAC
127 CCAA-TTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * *
212624 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGA-TTCTATTCATGCAAGCTTATTTC-AAGTAAAATAATA-
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATT-ATTTTTATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAC
* * * **
212686 TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAGAAAATAAATCTATTT-TTAAA
64 T-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA
* * * *
212748 -CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
127 CCA-ATTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * ** * ** * * * *** *
212803 CATTTGTTTTGTAATAAGCCAATTGTTTTTGCTCAGAAAACCTTATTTGGAATAAAATAATAATA
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* * * * * * * * *
212868 ATTTATTAATATTC-CAAAATTAATAAATAAAAAATTTTAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAGCAA
66 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA
* * *
212931 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATC
131 -TTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-C
* * * * *** *
212984 C-TTTG-TTTGTCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATAAAAGTTTTTTTGGAATAAAATAATATT
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * * * **
213046 AATTTCTTAATATTCTAAAAATTAATAAGT-TGAAGATTTAAACAATTAATCTGTTTACTGAA-C
65 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACC
* * * * * * *
213109 AAGTTCAAATATTCATGTCCATTTGAACTATTATCTATTTCCAATCGTTATGAC
129 AA-TTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
* * * * * * * **
213163 ATTTTATTTTGTCGTAAAACAATTGTTTATATTCATAAAATATTATTCAAAAT--AATAATACTA
1 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
** * * * *
213226 ATTTATTGTTGTT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACTAAACCA
66 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA
*
213286 ATTCAAATAGTTATGACTATT
130 ATTCAAATAGTAATGACTATT
213307 GAAATATTAA
Statistics
Matches: 1691, Mismatches: 343, Indels: 175
0.77 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 47 0.03
176 36 0.02
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178 88 0.05
179 329 0.19
180 469 0.28
181 311 0.18
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184 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTTTTATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAA
TTCAAATAGTAATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
Found at i:213885 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 213305--219921 Score: 4344
Period size: 181 Copynumber: 37.0 Consensus size: 179
213295 GTTATGACTA
* * * *
213305 TTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTATATGAACAGAAATAATTAT
1 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * ** * *
213369 TTTATGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTGTTC--A-AGTCATAACTATT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
213431 TAAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTA-TTCAATAATTT
129 TGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTT
* * * ** *
213483 TTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAAGTAATACAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
** * ** *
213548 TT-TCGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATCTTTC-TGACTAT
65 TTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AGTCATAACTAT
* * * *
213611 TTGAACTTATTTGATAAACATATTTA-TTTTTATCATCT-TTACTTATTAATTG
128 TTGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * *
213663 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTATGAATAAGCTTGTATAAACAAAAACAATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * *
213728 TTATAACAAAACAAAAAGTTATTACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
213793 AAACTCACTCGATAAATAGATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTG
130 GAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
213844 TCGTAATATTAATATATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTTTATGAACAAAAAAAAAATTC
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAAC--AAAAACAATTG
* * ***
213909 TTTTATGACAAAATAAAAGGT-TTAGCAATTTGAAATATG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
63 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * ** *
213972 TTTGAACTTGTTTGACAAATAGCTTCA-AATTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTT
127 TTTGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * ** * * *** * *
214021 TCAAAATATTAACAAATTAAAATTATATTATTTCAAATAAGCTTGTGCAAATAGAAACAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* ** *
214086 TTGTGACAAAA-AAAAAATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCA-AACTATTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
214149 GTATTGGTTAGGCT-AACTGATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTT
130 GAACT-ATT-CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT
** * * * * * * *
214200 TCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TATATCAATAGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * * *
214264 TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATTGTTATAAGTAAT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
214329 TAAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA---A-TAATTT
129 TGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * * * ** *
214377 TCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATTTAAATGAAAACATTTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
** * * * *
214442 TTACAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTA-ATAATTATTCATATAG-CCTTACTATT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** * *
214505 TCAACCAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-TT
129 TGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * ** ** *
214556 TTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAATTTGTATGAACTTAAATAATTGTT
1 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
214621 TTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGGTTTGAAATATATAGTTGTTCAAATAATCATAATTGTTA
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-
* * * *
214686 AATAGTCATAAATATTTGAATTGATTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCATACTCATTAA
129 --T-G----AACTA--T---TCGA--T---AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
214751 TTT
177 TTT
* ** * ** *
214754 TTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTCCAAATAGGC-TGATATGATGAAAAACAAATGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTG-TATGAACAAAAACAATTGT
* * *
214818 TTTATGATAGAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
214883 TAAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
129 TGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ***
214935 TTGAAAGATAAATAAATTAGTATTATGTTATTCTGAATAAGCTTGAATGTTTAAAAACAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * *** * * *
215000 ATATGACCAAATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTGGCATGGCCATAATTATTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
215065 CAACTGATTC-----AC------A--TTTTAAATCACTTACTTATTAATTT
130 GAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * **
215103 TTGAAATATTAATTAATCAGTATTATTTTATTTTTGAATAGGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA--TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
215168 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGA--T----TAGCTAATTATTTATAA-AGTCTTAACTGT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTAT
* * * * * ** *
215226 TTGAATTGCTTCGACAAATAGATTTATTTTTAAAATCTCTTGGTTATTCATTT
128 TTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
215279 TTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
215344 TTATAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG-------GAGTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* *
215402 G----ATTCGATAAACAGATTTATTTATTAAATTTGC-TACTTATTAATTT
130 GAACTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTT
* * **
215448 TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * *
215513 TTATGATAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAAT-GGTAATTGTCCAAAT-GACCATAATTATT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATT
* * * * * *
215576 CGAACTTATTCGATAAACTA-ACTTA-TTTTTAAATTTCTAACTTCTCAATTT
129 TGAAC-TATTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
215627 TTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAAATCAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
215692 TTATGATAAAACAAAAGGTAATATTTATTTTAAATAGACAATTATTCAAATAGTTATAACTATTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * *
215757 AAACTTGTTCG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTT
130 GAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * * * *
215808 TTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGGAAAAAGCATGTATGAATCGAAAA-AATTAT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGT
* * * * ** *
215871 TTTATGACTAAACAAAAGGTCGA-AACGATTTGAAATAAATAATAGTTTTAATAGTCTTAACTAT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
215935 TTGAACTAGTTC-AGCAAACACATTTATTGTTTAAATCTCTTACTCATCAATTT
128 TTGAACTA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * *** *
215988 TT-ATTATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGT
1 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * *
216052 TTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
216116 T-AAATAGGTTCGATAAATAGTTTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
129 TGAACTA--TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** * * * *
216164 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAAATTTATATGAATAGAAACAATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* ** * * * * * * * *
216229 TTACGACAAAACCAAAATATTATAATGATTTTAAATAGATCATAGTTCATATGGACATGACTATT
65 TTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** * *
216294 TGAACT-TGCTCGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTAATAACTT
129 TGAACTAT--TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * **
216346 TT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGTAATTGT
1 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
216410 TTTACGACAAAAAAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
216475 TGAACTCGCTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
129 TGAACT--ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
216527 TTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTCTATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * *
216592 TTATGACAAAACAAATGGTAATAAT-ATTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
216656 TAAAC-ATGGTTGGTAAACAAATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTT
129 TGAACTAT--TCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * **
216708 TTGGAATA-TAAGTAATTTAGTATTATATTATTTCAAATAAACTTATTTGAGCTGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
216772 TTTATTATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATAGTCA-AGACTAT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTAT
* * * * * * *
216836 TTCAACTTGTTTGGT-AACATATTTCTTTTTTTAAATCT-TCTATTTATTAA-TT
128 TTGAAC-TATTCGATAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTT
* * * * * * ** * *
216888 ATCAAA-ATAAATAAATAAATATTTTTTTAATCCGAAT-AGCCTTGTATGATCAGAAACAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * ** * * *
216951 TTTGTGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACGATT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
217016 TAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TATACTTATTAATTGT
129 TGAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATT-T
* *
217069 TT-AAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAA-AACTA
1 TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTG
* * * * * * *
217131 TTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAATTAT
63 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
217196 TTAAACT-TGTCTAGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
128 TTGAACTAT-TCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * ** *
217249 TCAAAATATTTATAAATTGGTATTATTTTATTTAGAATAAACATATATGAACTTAAACAATTCTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * * *
217314 TTATAACAAAACAAAAAGTCATAAGGATTTGAAAAAAATAACTATTCAAATAATCA-AGACTAAT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATT
* * * * * * * *
217378 TGATCTAGTTCGATACACATAATTATTTTTTGAATTTTTTACTTATTAATTA
129 TGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * *
217430 TCAAAACATTAATAAATTAGTATTATCTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* *
217495 TTAT-AGCAAAACAAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTTGTT-AAATAGTCATAACTA
65 TTATGA-CAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
217558 TTT-AACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTGTTAGA--TC-T-CTTATTAGTTT
127 TTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * * * * * *
217607 TCAAAATATTAATAGATTAGTATTACTTAATTCCGACA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
217670 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAAATGTTCAAATAGTTATAATTATT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
217735 TGAATTGGTTAGGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
129 TGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** *
217787 TTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-TATTG
1 TTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTG
* * * * * * * *
217850 TTTTATGATAAAATAAAATGTCATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTT-ATTATAGTCTTAAATA
63 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA
* * * * * * *
217914 TTTGAACTGGTTCAATAAACA-AATTAATTTGTAATTCTCTTAGTTATTAA-TT
127 TTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
217966 TTCAGAATATTATTAGATTAGTATTATTTTGTTTTGAATATGCTTCTATGAATAAAAATAATTGT
1 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * ** * * * * * *
218031 TTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATATAATTGTTCAAATAATTATAACAACT
64 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
218096 TGAACTAGTTC-AGTAAACTGATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTATTAATTT
129 TGAACTA-TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * ** * * *
218144 TTGAAAGAATAATAAATTAGTATCATTTTATTCTAAATAAATTTGAATGATCAAAAACATTTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * *
218209 ATATGAGC-AAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATGATTATT
65 TTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
218273 TG-ACATGATTAGGTAAATAGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAATT
129 TGAAC-T-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * **
218321 TTGAAATATTAATAAATTTGTATTATTTGATTTTGAATAAGCTTGTATGGACTAAAATGATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* ** * ** * * *
218386 TGATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATGTAGTCTTAATTGTTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * *
218451 GATCTACTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTT
130 GAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
218502 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTGTGAACTAAAACTATTATT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* ** * * ** * * * *
218567 TTATAACAGGACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTACTT-AAATAG---GAACTAGT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAACTATT
218628 T---C-A---G-TAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTT
129 TGAACTATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** *
218667 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATGAAAAGCAATTGT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * *
218732 TTTTTGACAAAACAAAA-GTACATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTAAAATTA-CCATAATTA
64 TTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTA
* * * * *
218795 TTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTCACTTTTTAAAT-TACTTACTTATTAATTT
127 TTTGAACT-ATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTT
* * * ****
218849 TAG-AATTTTAATAAATTATTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATTGTAACAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
** * * * * *
218913 TTATGACAAAGTAACAGGTCATAACGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
218978 GAATTTGTTCAGA-AAAC--ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTT
130 GAA-CTATTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * * ** *
219027 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTTTGAACAAAAATGATTCTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
** * *
219092 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTT----TAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
219153 GAGCTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT
130 GAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT
* * * ** * *
219205 TTG-AATGTTAATATATATAG-ATTATTTTATTCTGATTAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATA
1 TTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTG
** * * * * * **
219267 TTTTATGACTGAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTAT
63 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * *
219331 TTGAACTAGTTTAACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA-TAATTT
128 TTGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * *** * * * * *
219379 TT-AGAATATTATTCAATTAGTATTATTTTTAACCGAATAAGCCTCTAT-AATTAGAAA-AATTA
1 TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTG
* * * * *
219441 TTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAATGATTTGAGATTGATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTAT
63 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * * *
219505 TCAAACTAGCTCGATAAACAAATTTACTTTTTAAATTTCTTAGTTATCAATTT
128 TTGAACTA-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* * ** *
219558 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCATTAACAATTGCT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* ** * * * *
219623 TTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATT
* *
219687 TTAACTGATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
129 TGAACT-ATTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
* ** * * * *
219739 TAGAAATATTAATAAATTAG-ATTATTTTATTACATATAAGCTTGTATTAGCTAAACCAATTGTT
1 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * **
219803 TTATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAAAAGACAATTGTTTAAATAGGAATAACTATTT
65 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
219868 AAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTT
130 GAAC-TATTCGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTT
219920 TT
1 TT
219922 TTAATGTTGA
Statistics
Matches: 5008, Mismatches: 1140, Indels: 579
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 26 0.01
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213298 ATGACTATTG
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* * ** * *
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* * * * **
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* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * **
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*
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* * * *
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* * *
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** * * * * **
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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444 T-ATTTAAAATAAATAATTGTTTATATAGTCATAACTATTT-AAACTGCTTGGCAAACAAATTTA
* *
214530 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTAGA-TTAGTATTATTTTATTTCAAA
507 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTATTA-ATTTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
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571 TAAACTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTG--A-A-
* * *
214658 ATAGTTGTTCAAATAATCATAATTGTTAAATAGTCATAAATATTTGAATTGATTTTG-TAAACAG
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* *
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* * *
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* *
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* * * * *
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126 AAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA
* * ** * * * *
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* * * *** * * * *
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* * ** ** * * *
215073 TC--A--CA--TTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATTAATCAGTATTATTTT
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* * * * *
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385 A-TTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAAT-AT
** * * * * * * * * *
215196 -T----TAGCTAATTATTTATAAAGTCTTAACTGTTTGAATTGCTTCGACAAATAGATTTATTTT
447 TTAAAATAAATAATTGTTTATATAGTCATAACTATTTAAACTGCTT-GGCAAACAAATTTATTTT
* ** * * *
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* * * **
215320 CTTATATGAACTAAAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAAATAA
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* * * * * * *
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*
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* * *** *
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1 AAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATA-GCTTGTATGAT-AGAAACAATTGTTTTA
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * *** * *
215770 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATT
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* * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * * *
215961 TTGTTTAAATCTCTTACTCATCAATTTTTATTATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAAT
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* * * * * ** *
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572 AAACTTATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * * * *
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636 TTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAT-TGTTTGATAACATA--TTTATTTTTTAAATCT
*
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* * * * ** * *
216167 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAAATTTATATGAATAGAAACAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAAT-AGCTTGTATG-ATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * * * * * * *
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* * * * * ** * *
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127 AACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA
** * *
216360 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAGTAATTGTTTTACGACAAAAAAA
191 AATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
216425 AAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTTAGTA
255 AAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTG-TTAGTA
** * *
216490 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTAATATTATTC
319 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * *
216555 TATTTCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGGTAATAATATT
384 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATA-T
* * * * *
216620 TTAAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTAAACATGGTTGGTAAACAAATTCATTTT
447 TTAAAATAAATAATTGTTTATATAGTCATAACTATTTAAAC-TGCTTGGCAAACAAATTTATTTT
* * ** * * *
216685 TTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATAAGTAATTTAGTATTATATTATTTCAAATAAAC
511 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAC
* * * * * *
216750 TTATTTGAGCTGAAACAATTGTTTTATTATAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGTTAAT
576 TTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGTTAAT
* *
216815 TATTCAAATAGTCA-AGACTATTTCAACTTGTTTGGTAACATATTTCTTTTTTTAAATCTTCTAT
641 TATTCAAATAGTCATA-ACTATTT-AA-TTGTTTGATAACATATTT-ATTTTTTAAATC-TCTA-
*
216879 TTATTAA-TTATC
700 TTATTAATTTTTC
* * * * *
216891 AAA-ATAAATAAATAAATATTTTTTTAATCCGAATAGCCTTGTATGATCAGAAACAATTGTTTTG
1 AAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAG-CTTGTATGAT-AGAAACAATTGTTTTA
* ** * * *
216955 TGGCAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAACGATTTAAA
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* * * * *
217083 ATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAAAAAACTATTTTATGATAAAACAA
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* * * * *
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* * * * **
217212 AACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATATTTATAAATTGGTATTATTT
319 AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * *
217402 ATTTTTTGAATTTTTTACTTATTAATTATCAAAACATTAATAAATTAGTATTATCTTAATTCGAA
506 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * *
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** * * * *
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*
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * ** *
218180 ATAAATTTGA-ATGATCAAAAACATTTGTTATATGAGCAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAAT
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* * * * * * * * * * *
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* * *
218307 TCAC--TTATTAAATTTTG
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*** * *** ** *
218324 AAATATTAATAAATTTGTATTATTTGATTTTGAATAAGCTTGTATGGACTA-AAATGATTGTTTG
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* ** * ** * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * * **
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* * ** ** ** *
218582 AAGTTATAACAATTTGAAATAGGTAATTA--C----T-T-A-AA-TA--GGAACTAGTTCAGTAA
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* ** * *
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* *
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* * * * * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** * ** * * *
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* * ** * * * *
219155 GCTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAT
128 ACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA
* * * **
219219 ATATAG-ATTATTTTATTCTGATTAAGCTTGTATG-ATATGAAACAAATATTTTATGACTGAA-A
192 AT-TAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * ** ** * * **
219281 AAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAACTATTTGAACTAGTTTAAC
254 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTG-TTAGT
* * * * * *
219346 AAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTA-TAATTTTTAGAATATTATTCAATTAGTATTATT
318 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
** * * * * * * *
219406 TT-TAACCGAATAAGCCTCTAT-AATTAGAAA-AATTATTTTATGATAAAACAAAA-ATCATAAT
383 TTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-T-GAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAAT
* * ** * * * * * ** *
219467 GATTTGAGATTGATAGTTGTTCAAATAGTCATAACTATTCAAACTAGCTCGATAAACAAATTTAC
445 -ATTTAAAATAAATAATTGTTTATATAGTCATAACTATTTAAACT-GCTTGGCAAACAAATTTAT
* * * * *
219532 TTTTTAAATTTCTTAGTTATCAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
508 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-ATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * * * * *
219596 AAGCTTGTATGATC-ATTAACAATTGCTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAA
572 AAACTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAG
* * * * * * *
219660 ATAATTATTCAAAT-GACCATAATTATTTTAACTGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
636 TTAATTATTCAAATAG-TCATAACTA-TTTAATTGTTTGA-T-AACATATTTATTTTTTAAATCT
**
219724 CTTACTTATTAATTTTAG
697 C-TA-TTATTAATTTTTC
* * * *
219742 AAATATTAATAAAT-TAGATTATTTTATTACATATAAGCTTGTAT--TAGCTAAACCAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAAT-AGCTTGTATGATAG--AAA-CAATTGTTT
* * * * * * **
219804 TATGATAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAAAAGACAATTGTTTAAATAGGAATAACTATTTA
62 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTA
* * *
219869 AACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT
127 AACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT
219922 TTAATGTTGA
Statistics
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (712 bp):
AAATATTAATAAATAAATATTATTTTATTCCAAATAGCTTGTATGATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT
TGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
GTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
ATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTTAGTAAACAAAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
AATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTAATAATATTTAAAATAA
ATAATTGTTTATATAGTCATAACTATTTAAACTGCTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTATAATATTATTAATTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAC
TAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGTTAATTATTCAAATA
GTCATAACTATTTAATTGTTTGATAACATATTTATTTTTTAAATCTCTATTATTAATTTTTC
Found at i:221498 original size:18 final size:18
Alignment explanation
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221460 AATTTTGTTC
*
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1 ATATCATTAAGATCATCA
*
221488 ATCTCATTAAGATCATCA
1 ATATCATTAAGATCATCA
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1 ATATCATTAAGATCATCA
* * *
221524 ATACCATCAAGATAATCA
1 ATATCATTAAGATCATCA
221542 A
1 A
221543 AGCAATTTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATATCATTAAGATCATCA
Found at i:230668 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 6.3 Consensus size: 181
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* * * ** * * *
230071 AGTATTAATTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATG-ACTTAAGCAATTGTTTTATTACTAAACAAAAG
1 AGTATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * *
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* **
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130 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
* * * * * * *
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1 AGTATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * ** * **
230313 GTTATAATGATTTGAAATTGATAATCCTTCATATATTCTTAACTATTTGAACTAGTTTTGCAATT
66 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
* * ** * *
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131 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATT
* * * * *
230429 AGTATTATTTTA-TTCTGAATAAAATTGTATGAACAAGACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAG
1 AGTATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * *
230493 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAAT
66 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
* * *
230558 AGATTTATTTTTTAAAACTCTTACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATT
131 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TAAATATTAATAAATT
* * * * *
230610 AGTATTATTTAATTTC-AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATCACAAAACAAAAA
1 AGTATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** ** * *
230674 GTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATTCTTATTTGAACTGGTTCGATAAA
66 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAAAC-TATTTGAACTAGTTCGGTAAA
* * * * * * *
230738 CAAAATTATTTTTTAAATTTCTTATTTATAAAGTTTTGAAATATTAACAGATT
130 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAAATATTAATAAATT
* * * **** * *
230791 AGTTTTATTTT-GTTCAAAATAAACTTGTATGAGTTGAAATAATTGTCTTATGACAAAACAAAA-
1 AGTATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * * * * * *
230854 GTCATAACT-ATTTGAAATAGATACCTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGGCAAA
66 GTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA
** * * * * *
230918 TGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCATTATATTATTAAATT
130 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATT
* * * * * * *
230971 AGTATTATTTTA-TTCTGAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG--AGAACAAAAA
1 AGTATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
** * * **
231033 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTC-AATAGTCAAAACTATTTGAACTAATTCAATAAA
66 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCTAAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAA
*
231097 CAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC----TAATTTTTGAAATATTAATAAATT
130 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATT
* * * ***
231146 AGTATTATTGTATTTC-AAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
1 AGTATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
231208 TGACAACAAT
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 180, Indels: 46
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
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176 4 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
AGTATTATTTTATTTCTAAATAAACTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTAAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC
AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATT
Found at i:230869 original size:361 final size:354
Alignment explanation
Indices: 230468--231207 Score: 825
Period size: 361 Copynumber: 2.1 Consensus size: 354
230458 TGAACAAGAC
* *
230468 CAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGACAA
1 CAATTGTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGACAA
* *
230533 AACTATTTAAAATGGTTTGGTAAAT-AGATTTATTTTTTAAAACTCTTACTGATTAATTTTC-TA
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*
230596 AATATTAATAAATTAGTATTATTTAATT-TCAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCT-AAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTA
* **
230660 TCACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGT-TATTCTTATTTG
192 T--CAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTC-AATAGTCAAAAC-TATTTG
** * * *
230723 AACTGGTTCGATAAACAAAATTATTTTTTAAATTTCTTATTTATAAAGTTTTGAAATATTAACAG
253 AACTAATTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA---AT-AAGTTTTGAAATATTAACAA
*
230788 ATTAGTTTTATT-T-TGTTCAAAATAAACTTGTATGAGTTG-AAA
314 ATTAGTATTATTGTAT-TTC-AAATAAACTTGTA-G-GTTGAAAA
* * * * * *
230830 TAATTGTCTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACT-ATTTGAAATAGATACCTGTTCATATAGTCT
1 CAATTGT-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGACA
* * * * * * * *
230893 TAACTGTTTGAACTGGTTTGGCAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCATT
64 AAACTATTTAAAATGGTTTGGCAAATGAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTGATGAATTTTCATA
* * * * * * * * *
230958 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAATTTGTATGAACAGAAATAATTATTTTATG
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATC
* *
231023 AGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAATAGTCAAAACTATTTGAACTAA
194 AAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAATAGTCAAAACTATTTGAACTAA
* * * * *
231088 TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
259 TTCAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAAGTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTA
*
231153 TTGTATTTCAAATAAGCTTGTAGGTTGAAAAA
324 TTGTATTTCAAATAAACTTGTAGGTTG-AAAA
231185 CAATTGTTTTATGACAAAACAAA
1 CAATTG-TTTATGACAAAACAAA
231208 TGACAACAAT
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 46, Indels: 31
0.81 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 4 0.01
354 1 0.00
355 63 0.20
356 6 0.02
357 1 0.00
359 80 0.25
360 5 0.02
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362 24 0.08
363 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (354 bp):
CAATTGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGACAAA
ACTATTTAAAATGGTTTGGCAAATGAATTTATTTTTTAAAACTCTTACTGATGAATTTTCATAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTAATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTATTTTATCAA
AACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTCAATAGTCAAAACTATTTGAACTAATT
CAATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATAAGTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATT
GTATTTCAAATAAACTTGTAGGTTGAAAA
Found at i:231586 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 231334--231770 Score: 526
Period size: 182 Copynumber: 2.4 Consensus size: 182
231324 TGAATTGTTC
* * *
231334 AGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * *
231399 ATTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACA-AATCAAAA-GTTCA
66 ATTTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGA-ATAAACAAAAGGTT-A
* ** * * * *
231462 TAATGATTTTAAATAGATAATTATT-TAAATAATCATAACTATTTAAACT-TTTT
129 GAACAATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAATCATAACCATTTAAACTAATTA
* * * *
231515 TGATAAACGGATTTATTTTTTCAAATCTATTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGT
1 AG-TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTATTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
*
231579 ATTA-TTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAGACAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTT
63 ATTATTTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTT
* *
231643 AGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCTTAACCATTTGAACTAATTA
128 AGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCATAACCATTTAAACTAATTA
* * * *
231698 AGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATT
1 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
231763 ATTTTTAT
66 ATTTTTAT
231771 CCGAACAAGC
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 31, Indels: 17
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 6 0.03
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (182 bp):
AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
ATTTTTATTCTAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTATTTTATGAATAAACAAAAGGTTAGA
ACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCATAACCATTTAAACTAATTA
Found at i:232060 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 231819--232719 Score: 882
Period size: 180 Copynumber: 5.0 Consensus size: 179
231809 ACAAAACAAA
* * * * * * *
231819 CTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
1 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
** * * * *
231884 TGGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAAATTATTTTATGATAAAAGTAAAGA
66 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATAATAAAA-CAAAGA
* * *
231949 TCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAG
130 TCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
* * * *
231999 CTTGCTCGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACATATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
1 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * ** *
232064 TAATATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATAAATAAAA-ACATTGGTTTATAATAAAACGAAGG
66 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAACA-ATTATTTTATAATAAAAC-AAAG
* * * *
232128 GTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
129 ATCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
* *** * * * * * *
232179 CGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTAATAAATTTTGGAATATTAACAAAT
1 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * * *
232243 TTATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
66 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATAATAAAACAAAGA
* * *
232308 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TCTAAATAGTCATAATTATTTGAG
130 -TCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAG
* * ** * * *
232359 CTTGTTCGGTAAATAGATACATTTTTTAAATCTGTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
1 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * *** * *
232424 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGTACAATTGTTTTATAATGAAACAAA-A
66 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAGA
* * * * * *
232488 TGTCATAA-TGATTTTAAGTAGATAATTATTCAATTAGTTATCACTATTTG-G
130 --TCATAACT-ATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
* * * * *
232539 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAA
1 -CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAA
* * *
232603 ATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
64 ATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTATTTTATAATAAAACAA
* * * *
232667 AAAGTCATAACAATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
127 AGA-TCATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
232720 ACTTTGTTGG
Statistics
Matches: 580, Mismatches: 123, Indels: 34
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
179 65 0.11
180 259 0.45
181 249 0.43
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAGAT
CATAACTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
Found at i:232370 original size:360 final size:358
Alignment explanation
Indices: 231829--232719 Score: 1013
Period size: 360 Copynumber: 2.5 Consensus size: 358
231819 CTTGTTTGGC
* * * **
231829 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATTTC-TACTTATTAATTTT--AAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * ** *
231894 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGATAAAA-GTAAAGATCATAACT
63 TTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACA
* **
231957 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAGCTTGCTCGGTAAACAAATTTATT
126 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAACAAATACATT
* * **
232022 TCTTAAATCTTTTACAT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATA
191 TCTTAAATCTGTTAC-TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATA
** * * *
232086 AGGTTGTAT-AAATAAAA-ACATTGGTTTATAATAAAACGAAGGGTCATAAAT-ATTTAAAATAG
255 AGCCTATATGAAATAAAACA-ATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTAAAATAG
*
232148 ATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACGTGTTCAAA
318 ATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACGTGTTCAAA
* * * * *
232189 AAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTAATAAATTTTGGAATATTAACAAATTTATATTATTT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTT-ATTAATTTT-AAATATTAATAAATTAATATTATTT
*
232254 TATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
64 TATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAAT
* * * * *
232319 TTGAAATAGATAATTG-TCTAAATAGTCATAATTATTTGAGCTTGTTCGGTAAATAGATACATTT
128 TTGAAATAAATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAACAAATACATTT
* *
232383 TTTAAATCTGTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
192 CTTAAATCTGTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG
* *** * * * * *
232448 CCTATATGAACTGGTACAATTGTTTTATAATGAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAGTAGATAA
257 CCTATATGAAATAAAACAATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA
* * ** * * ****
232513 TTATTCAATTAGTTATCACTATTTGGACTTGTTTGGT
322 TTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACGTGTTCAAA
* * *
232550 AAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCTAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTATTAATT-T-TAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * *
232615 TTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAA
63 TT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAA
* *
232680 TCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
127 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
232720 ACTTTGTTGG
Statistics
Matches: 446, Mismatches: 72, Indels: 24
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
359 51 0.11
360 175 0.39
361 94 0.21
362 120 0.27
363 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (358 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTACTTATTAATTTTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA
TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTG
AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTGCTCGGTAAACAAATACATTTCTTA
AATCTGTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTA
TATGAAATAAAACAATTGGTTTATAATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTAT
TCAAATAGTCAAAACTATTTGAACGTGTTCAAA
Found at i:232495 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 231819--232719 Score: 884
Period size: 181 Copynumber: 5.0 Consensus size: 180
231809 ACAAAACAAA
* * * * * *
231819 CTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-CTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA
1 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTC-ATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
** * * * * **
231883 TTGGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAAAAAAATTATTTTATGATAAAA-GTAAA
65 TTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAA
* * * *
231947 GATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGAG
130 G-TCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
* * *
231999 CTTGCTCGGTAAACAAATTTATTTCTTAAATCTTTTACAT-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
1 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAC-TCATTAATTTTTAGAATATTAATAAA
* * * * ** * *
232063 TTAATATTATTTTATTTTGAATAAGGTTGTATAAAT-AAAAACATTGGTTTATAATAAAACGAAG
65 TTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAACA-ATTATTTTATAATAAAACAAAA
* ** * *
232127 GGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
129 AGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
* *** * * * * * * *
232179 CGTGTTCAAAAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTACTTAATAAATTTTGGAATATTAACAAAT
1 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * *
232243 TTATATTATTTTATTTAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
66 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-GAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAA
* *
232308 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TCTAAATAGTCATAATTATTTGAG
130 GTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAG
* * ** * *
232359 CTTGTTCGGTAAATAGATACATTTTTTAAATCTGTTGCTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
1 CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
* * * ** * * *
232424 TAATATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAACTGGTACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAT
66 TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAA
* * * * * * *
232489 GTCATAATGATTTTAAGTAGATAATTATTCAATTAGTTATCACTATTTG-G
130 GTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
* * * * * *
232539 ACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTGTCTA-AATATTAATAA
1 -CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATT-TTTAGAATATTAATAA
* * *
232603 ATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAA
64 ATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-TGAAACAATTATTTTATAATAAAACAA
* * *
232667 AAAGTCATAACAATCTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
127 AAAGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
232720 ACTTTGTTGG
Statistics
Matches: 583, Mismatches: 123, Indels: 28
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 65 0.11
180 250 0.43
181 261 0.45
182 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
CTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAAT
TAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAACAATTATTTTATAATAAAACAAAAAG
TCATAACGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAG
Found at i:236517 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 236201--238863 Score: 878
Period size: 181 Copynumber: 14.9 Consensus size: 178
236191 CGATAAATAT
* * *
236201 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTA
1 ATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTATTTTTA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
236266 CAAATAGGCTAGTATGAT-AAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAA
63 CGAATAAGCTTGTATGATCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAA
* * * **
236330 ATAGATAAATGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGACAAACTA-
128 ATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGACAAAC-AG
* * * *
236381 ATTTATGTTTTAAATCTTAACTTATCAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTG
1 ATTTATTTTTTAAATCTT-ACTTATTA-TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * * * *
236446 GGATAAGCTTTTATGATCTAAAACAATTCTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAGGATTTTAGA
64 GAATAAGCTTGTATGATCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAA
* * ** **
236511 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAACAG
129 TAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGACAAACAG
* ** * *
236561 ATTTATTTTTTAAAATTTTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTT-AAA---TCTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * *
236626 TTCGAATAAG-TATGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTT
61 TTCGAATAAGCT-TGTATGATCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * * * *
236690 AAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGGAA--TGGCAAACAT
125 AAAATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACT--AATTTGACAAACAG
* * * * ** * * * *
236744 ATTTATTCTTTAAATC---CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAACTTAGCAATATTTTACTCCA
1 ATTTATTTTTTAAATCTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * * * * ** * *
236806 AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATGTTTTA-GAACAAAAC-AAAGATCATAATAATTTCAGA
65 AATAAGCTTGTATGATCTAAAACAATTATTTTATG-ATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAA
* * * * * * * *
236869 TAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTA-AACTAGTTT-AGTAAAGAG
129 TAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTA-TTAGAACTAATTTGA-CAAACAG
* * * *
236919 ATTTAGTTTTTAAATC-T-CTTACTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTAT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTTACTTA-TTATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT-TC
* ** * * * * * * * * *
236981 AAATAATTTTGTATGA-ATAGAAGCAATTGTTTTACGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAA
64 GAATAAGCTTGTATGATCTA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAA
* * * * * * * * *
237045 ATAAAT-AATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCGATAAACTG
128 ATAGATAAATA-TTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGACAAACAG
* * *** * *
237096 ATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATGCCAATAAATTATTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTT--ACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * * * *
237161 CAAATAAACTTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATGATAACGATTTGA
63 CGAATAAGCTTGTATGATCTA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
* * * * *** * * * ** *
237225 CATAAATAATTGTTCAAATATTTATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACA-
127 AATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGACAAACAG
* * ** * * *
237276 ATTT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCC
1 ATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATTATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * ** * * * * *
237340 AAATAAGCTTGTTTGA-ATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAA
64 GAATAAGCTTGTATGATCTA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAA
* * * ** *
237404 ATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTA-AACGT--TTTCAGA-AAATAG
128 ATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTA-TTAGAAC-TAATTT--GACAAACAG
* * * * * ** * * *
237455 CTTTATTTTCTAAAATTTTACTTACTAATTTT----T-GGAATAGA-T-A-ATCA----AGTT-G
1 ATTTATTTT-TTAAATCTTACTTATTATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * * * * *
237507 AATAACCTTCTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAA
65 AATAAGCTTGTATGATCTA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAA
* * * * * ** *
237571 TAAATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTA-AACTTGTTCTG-TAAACAG
129 TAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTA-TTAGAACTAATT-TGACAAACAG
* * **
237621 ATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATAGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-
1 ATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATT-AT--TTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAT
* * * * * * * * *
237683 TTCGAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGTTTATAGCAATT
61 TTCG-AATAAGCTTGTATGATCTA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATT
* * * ** * ** ** *
237747 TCAAATGGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTA-AACTTGTTCAATAAACAG
124 TAAAATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTA-TTAGAACTAATTTGACAAACAG
* * * *
237802 ACTCT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATT
1 A-TTTATTTTTTAAA--TCTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * *
237866 TTGAATAAGCTTATATGAAT-TGAAATAATT-TATTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACGATTT
62 TCGAATAAGCTTGTATG-ATCTAAAACAATTAT-TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * ** * * * * * * *
237929 GAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATGACCGTTTG-ATTTAGTTCAGTAAACAT
125 AAAATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGA-CAAACAG
* * * * * ** * *
237983 ATTTATTTTTTTACATTTTTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATATTA-A
1 ATTTA-TTTTTTA-A-ATCTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * **
238047 TCTAAATAAGCTTATATGA-ATAAAA-ATTATTATTTTATAAAAAAACCAAAA-GTCATAATTAT
62 TC-GAATAAGCTTGTATGATCTAAAACA--ATTATTTTATGATAAAA-CAAAAGGTCATAACGAT
* * * * ** * * * * *
238109 TTAAAATAAATAATTGTTTAAATAAACTTAA-T-TT-GAACCAGTTTGATAAATAG
123 TTAAAATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGACAAACAG
* * * * *
238162 ATTTATTTTTTAAAT-TT-TTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCA
1 ATTTATTTTTTAAATCTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG
* * * * * * * * * * * * *
238225 AACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAAT
65 AATAAGCTTGTATGATCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAAT
* * * * * ** * **
238290 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA-AATTGGTTAGGTAAACAG
130 AGATAAATATTCAAATAGCCATAACTA-TTAGAACTAATTTGACAAACAG
* ** * * *
238339 AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTATTTTATTTTA-TT
1 ATTTATTTTTTAAATC--TTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
* * * * * * *
238403 CTAAATAAGCTAGTATGAAT-TGAAAA-TATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTT
63 C-GAATAAGCTTGTATG-ATCT-AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
* * * * * * *** * *
238466 GAAATCGAT-AAT-TGTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAACA-
125 AAAATAGATAAATAT-TCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGACAAACAG
* * * * * *
238518 ATCTTATATTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATT
1 AT-TTATTTTTTAAATC--TTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
* * * * * * * *
238583 TTGAATAAGCTTGTAT-A---GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGA
62 TCGAATAAGCTTGTATGATCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
* * * * * * * ** ** *
238644 AGTATACAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAG
127 AATAGATAAAT-ATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGACAAACAG
* * **
238696 ATTTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTATT
1 A-TTTATTTTTT-AA-ATCTTACTTATT-ATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATT
** * * ** *** ** * * *
238761 TAAAATAAGCTTGTGTGGTAAAAAACAATTATCAGATGACCAAACAAAAGGTAATAACAATTTGA
62 TCGAATAAGCTTGTATGATCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAA
* * * * * *
238826 AATAGATAATTATTGAAATGGCTATAATTATTTGAACT
127 AATAGATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACT
238864 GATCAGTAAA
Statistics
Matches: 1919, Mismatches: 443, Indels: 240
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 6 0.00
166 94 0.05
167 12 0.01
168 2 0.00
170 3 0.00
171 3 0.00
172 1 0.00
173 12 0.01
174 98 0.05
175 75 0.04
176 181 0.09
177 123 0.06
178 194 0.10
179 111 0.06
180 232 0.12
181 437 0.23
182 184 0.10
183 146 0.08
184 5 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTACTTATTATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGA
ATAAGCTTGTATGATCTAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATA
GATAAATATTCAAATAGCCATAACTATTAGAACTAATTTGACAAACAG
Found at i:236678 original size:533 final size:530
Alignment explanation
Indices: 235515--238768 Score: 2005
Period size: 535 Copynumber: 6.1 Consensus size: 530
235505 AAATGCATTA
* * * * *
235515 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGAATAAGA-ATATATGAAC
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-ACTTATATGAAT
* * *
235578 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAT
64 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA-AGGTTATAATGAATTG--A-AAATAA----TCAAAT
* * * *
235642 AGTAATAACTAATTGAACTGGTTGGTAAACAA---ATTTTTTAAATTCTGTTACTTATTAATTTT
121 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTGATAAACAATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTT
*** * * * * * *
235704 CA-AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTTAACAAACTTA-TTTGGACAAAAACATTTGT
185 -AGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTAT-GATAAAAAAAATTGT
* * *
235767 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
247 TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
* * * * *
235832 TCAATTGGTTTAGCAAATAGAATTAT-TTATTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTA
312 TAAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATGTT-TTAAA--TCTTACTT-ATCAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
235895 ATAAATTTATTTTATTTTATTCTAAATAAG---TAAGAACTTGAAA-AATTATTTTACGATAAAA
373 ATAAATTAATATTATTTTATTATAAATAAGTTTTATG-AC-TAAAACAATTATTTTACGATAAAA
* * * * * * *
235956 -ACAAACTATCATCACAATTTAAAATAAATAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTT
436 TA-AAA-TGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
236020 TAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTAT-TAG
499 TGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTCTAG
* * *
236052 -TTATTAATTTTTAGAATATTACTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
* * *
236116 AAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTATAA-GAAATTG-AAAT-A-CAAATAGTCATAAC
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATG-AATTGAAAATAATCAAATAGTCATAAC
* *
236177 TATTTGAATTGGTTCGATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
130 TATTTGAACTGGTT-GATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATAT
* * *
236242 TAATAAATTAATATTGTTTTATTACAAATAGGCTAGTATGATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAA
193 TAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
236307 ACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTT
258 ACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTT
* * *
236372 -GACAAACTA-ATTTATGTTTTAAATCTTAACTTATCAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAATAT
323 AG-CAAA-TAGATTTATGTTTTAAATCTT-ACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATAT
** * * *
236435 TATTTTATT-TGGGATAAGCTTTTATGATCTAAAACAATTCTTTTATGATAAAATAAAAGGTCAT
385 TATTTTATTAT-AAATAAG-TTTTATGA-CTAAAACAATTATTTTACGATAAAATAAAATGTCAT
** * * * * *
236499 AAGGATTTTAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
447 AACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATT
*
236564 TATTTTTTAAAATTTTCTTG
512 TATTTTTT-AAATTTTCTAG
* * * * *
236584 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGTATGTATGAACT
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACT-TATATGAA-T
** * * *
236648 A-AAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATG-ATTTAAAATAGATCATTATTCTAAT
64 AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAATTGAAAATA-ATC---A----AAT
* * * ** *
236711 AGTCTTAACTATTTGAAATGGAATGGCAAACATATTTATTCTTTAAATC-----CTTATTAATTT
121 AGTCATAACTATTTGAACTGG-TTGATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TT
* * ** * * * *
236771 TTAG-AATATTATTAACTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAAATG
183 TTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATA-AAAAA-AATTG
* ** * * *
236834 TTTTA-GAACAAAAC-AAAGATCATAATAATTTCAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTA
246 TTTTATG-ACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
* * *
236897 TTTAAACTAGTTTAGTAAAGAGATTTA-GTTTTTAAATC-T-CTTA-CTAATTTTTGAAATAGTA
310 TTTAAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATG-TTTTAAATCTTACTTATC-AATTTTTGAAATATTA
* * * * *
236958 ATAAATTAATATTATTTTATTATAAATAATTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTACGACAAAA
373 ATAAATTAATATTATTTTATTATAAATAAGTTT-TATGACTA-AAACAATTATTTTACGATAAAA
* * * * *
237023 TAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTC
436 TAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTA-TTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
237087 GATAAACTGATTAATTTTTTAAATCTTC-AA
500 GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTCTAG
*** * *
237117 CTTATTAATTTTTAGAATGCCAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
* * * * * *
237182 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATGATAACGATTTGACATAAATAATTGTTCAAATATT
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAATTG--A-AAATAA----TCAAATAGT
* ** ** * *
237247 TATAACTATTTGAACTCACTCAATAAACAATTT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GG
124 CATAACTATTTGAACT-GGTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGA
* * * * * * *
237310 AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGTTTAT
188 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG-ATAAAAAAAATTGTTTTAT
* * * * *
237375 GACAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTAAAC
252 GACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAAC
* * * * *
237440 --GTTTTCAGAAAATAGCTTTAT-TTTCTAAAATTTTACTTA-CTAATTTTTGGAATA--GAT-A
317 TAG-TTT-AGCAAATAGATTTATGTTT-T-AAATCTTACTTATC-AATTTTTGAAATATTAATAA
* * * ** * * * *
237498 A-T--CA--AGTTGA--AT--A-ACCTTCTATGAAC-AGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAA
377 ATTAATATTATTTTATTATAAATAAGTTTTATG-ACTA-AAACAATTATTTTACGATAAAATAAA
* * * * * *
237552 AAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTAAACTTGTTCT-GTA
440 ATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTA
*
237616 AACAGATCTATTTTTTAAATCTTT-TA-
504 AACAGATTTATTTTTTAAAT-TTTCTAG
* * * *
237642 CTTATTAATAGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGTATGAA
1 CTTATTAAT--TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTATATGAA
* * * * * * * *
237704 TAGAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGTTTATAGCAATTTCAAATGGATAATTATTCAAAT
63 TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTAT---AA--T-GAATTGA-AAATAATCAAAT
* * * * * * * *
237769 AATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGACTCT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT
121 AGTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACA-A-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T
* *** ** *
237833 TTTAG-AATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA-TATGAATTGAAATAATT
182 TTTAGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATG-ATAAAAAAAATT
* * * * * * **
237896 -TATTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAATAGTCATGACC
245 GT-TTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATT
* * ** * * * * * * * * * * **
237960 GTTTGATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTACATTTTTTACTCATTAATTGTCAAAATAT
309 ATTTAAACTAGTTTAGCAAATAGATTTA-TGTTTTA-A-ATCTTACTTATCAATTTTTGAAATAT
** * * * * * ** *
238025 TAATAAATTTGTATTATATTAATCTAAATAAGCTTATATGAATAAAA-ATTATTATTTTATAAAA
371 TAATAAATTAATATTATTTTATTATAAATAAG-TTTTATGACTAAAACA--ATTATTTTACGATA
* ** * * * * **
238089 AAACCAAAA-GTCATAATTATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAAAC-TTA--ATTTGAACCAG
433 AAA-TAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTG
* *
238150 TTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA-TTT-T--
497 TTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTTCTAG
* * *
238180 -TTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACA
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATA
* * * * * *
238243 AAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAATGTTATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAA-TTG-AA-A-ATAA----TCAAATA
* * * * *
238307 GTCATAATTATTTAAATTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
122 GTCATAACTATTTGAACTGGTT-GATAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * ** *
238372 CGAAATGTTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAATATTGTTT
185 AGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATG-ATAAAAAAAATTGTTT
* * * * * * * *
238437 TATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTG
249 TATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTA
** ** * * * * *
238501 AACCGGTTCGGCAAACA-ATCTTATATTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTA
314 AACTAGTTTAGCAAATAGAT-TTATGTTTTAAATC--TTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATA
* * * * * * * * * * *
238565 GATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-A--GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA
376 AATTAATATTATTTTATTATAAATAAG-TTTTATGACTAAAACAATTATTTTACGATAAAATAAA
* * * * * * * * *
238627 AGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTA
440 ATGTCATAACAATTTAAAATAAATAATT-ATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTA
* *
238691 AATAGATTTTATTTTTTAAA-TATCTTA-
504 AACAGA-TTTATTTTTTAAATTTTC-TAG
* * *
238718 CTTATTAATTTTT-GAAAGATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTAAAATAA
1 CTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
238769 GCTTGTGTGG
Statistics
Matches: 2138, Mismatches: 421, Indels: 314
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
524 3 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTATATGAATAG
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGAATTGAAAATAATCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTGGTTGATAAACAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAA
TAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTAGC
AAATAGATTTATGTTTTAAATCTTACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTT
ATTATAAATAAGTTTTATGACTAAAACAATTATTTTACGATAAAATAAAATGTCATAACAATTTA
AAATAAATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTA
AATTTTCTAG
Found at i:236895 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 236872--236907 Score: 56
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
236862 TTTCAGATAG
*
236872 ATAATTGTTTAAA-TAGTC
1 ATAATTATTTAAACTAGTC
236890 ATAATTATTTAAACTAGT
1 ATAATTATTTAAACTAGT
236908 TTAGTAAAGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (19 bp):
ATAATTATTTAAACTAGTC
Found at i:237669 original size:525 final size:527
Alignment explanation
Indices: 236992--237941 Score: 1200
Period size: 525 Copynumber: 1.8 Consensus size: 527
236982 AATAATTTTG
* * * * *
236992 TATGAATAGAAGCAATTGTTTTACGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGT
1 TATGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGT
* * * * *
237057 TCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCGATAAACTGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAT
66 TCAAATAGACATAACGATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAT
* *
237122 TAATTTTTAGAATGCCAATAAATTAT-TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAC
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** * * * * * *
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194 AATCATTTTATGACAAAACAAAAGATGATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAATCATA
* * * *
237251 ACTATTTGAACTCACTCAATAAACA-A-T-TTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAA
259 ACTATTTAAACTCACTCAATAAACAGACTCTTTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAA
* * * *
237312 TATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGTTTATGA
323 TATTAATAAAATAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGATTTATGA
* * * *
237377 CAAAACAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTAAACGT
388 CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTAAACGT
237442 TTTCAGAAAATAGCTTTATTTTCTAAAATTTTACTTACTAATTTTTGGAATAGATAATCAAGTTG
453 TTTCAGAAAATAGCTTTATTTTCTAAAATTTTACTTACTAATTTTTGGAATAGATAATCAAGTTG
237507 AATAACCTTC
518 AATAACCTTC
*
237517 TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA-
1 TATGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA-TAG
* * * **
237581 TTTAAATAGTCATAACGATTTAAACTTGTTCTG-TAAACAGATCT-ATTTTTTAAATCTTTTACT
65 TTCAAATAGACATAACGATTTAAACTTATTC-GATAAACAGAT-TAATTTTTTAAATCTTCAACT
* * * *
237644 TATTAATAGTCTTA-ATAT-TAATAAATTTGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTGTATGAATAG
128 TATTAAT--TCTTAGA-ATCCAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAG
* * * * **
237707 AAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGTTTATAGCAATTTCAAATGGATAATTATTCAAATAAT
190 AAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGATGATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAAT
* ***
237772 CATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGACTCTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTA
255 CATAACTATTTAAACTCACTCAATAAACAGACTCTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTA
** *** * * *
237837 GAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTTATTTA
320 GAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGATTTA
*
237902 TGACAAAAGAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATT
385 TGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATT
237942 ATTAAAATAG
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 61, Indels: 19
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
524 1 0.00
525 224 0.63
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527 23 0.07
528 99 0.28
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (527 bp):
TATGAACAGAAACAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAGT
TCAAATAGACATAACGATTTAAACTTATTCGATAAACAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTAT
TAATTCTTAGAATCCAATAAATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAGAAAAAA
TCATTTTATGACAAAACAAAAGATGATAACAATTTCAAATAAATAATTATTCAAATAATCATAAC
TATTTAAACTCACTCAATAAACAGACTCTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAAATAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGATTTATGACAA
AACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCGAATAATCATAACTATTTAAACGTTTT
CAGAAAATAGCTTTATTTTCTAAAATTTTACTTACTAATTTTTGGAATAGATAATCAAGTTGAAT
AACCTTC
Found at i:237839 original size:706 final size:702
Alignment explanation
Indices: 236203--238459 Score: 1688
Period size: 706 Copynumber: 3.2 Consensus size: 702
236193 ATAAATATAT
* * *
236203 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTAC-
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCT--AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATT-CT
* * * * *
236267 AAATAGGCTAGTATG-ATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAACGATTTGAA
63 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTCAA
* ** * * * ** * * * *
236330 ATAGATAA-ATGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGACAAACTA-ATTTATGTTTTA
127 ATAAATAATA-GTTCAAATGAACATAACTATTTAAACTTATTCAATAAAC-AGACTAATTTTTTA
* * * ** * **** * *
236393 AATCTT-AACTTATCAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGGGATAAGCTTT
190 AATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATACCAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTA
* * * * * * * *
236457 TATGATCTA-AAACAATTCT-TTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAGGATTTTAGATAGATAATT
255 TATGA-ATAGAAACAATT-TATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATT
* * * * * *** * * *
236520 ATTCAAATAGTCATAACTATTAGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTCTTG
318 ATTAAAATAGTCATAACCATTTG-ACTCAGCTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTT-TTA
* * *** * * * * * * *
236584 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-TATGTATGAACT
381 CTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATATTAATCCAAATAAGCT-TATATGAA-T
* * ** * * * * *
236648 -AAAACAATTATTTTATGATTAAA-CAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATCATTATTCTAAT
444 AAAAACAATTAGTTTATAAAAAAACCAAAA-GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
** * ** ** ** * * ** *
236711 AGTCTTAACTATTTGAAATGGAATGGCAAACATATTTATTCTTT-AAA-TCCTTATTAATTTTTA
508 AAACAT-A--ATTTGAAACAGTTTGATAAATAGATTTATT-TTTAAAATTTTTTACTAATTTTT-
** * * * *
236774 GAATATTATTAACTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATGTTTTA
568 GAA-A-TA-TAA--TAG--ATA-AGTA-T--GAATAACCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
236839 -GAACAAAACAAAGA-TCATAATAATTTCAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAA
622 TG-ACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAA
* *
236902 ACTAGTTTAGTAAAGAGA
686 ACTTGTTT-GTAAACAGA
* * * * * *
236920 TTTAGTTTTTAAATCTCTTACTAATT--TT-TGAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTATTATA
1 -TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCT-AAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTA
** ** * * *
236982 AATAATTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTACGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAAT
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAAT
* * * * * *
237047 AAATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCGATAAACTGATTAATTTTTTAAATC
129 AAATAATAGTTCAAATGAACATAACTATTTAAACTTATTCAATAAACAGACTAATTTTTTAAATC
* *
237112 TTCAACTTATTAATTTTTAGAATGCCAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATG
194 TTCAACTTATTAATTTTTAGAATACCAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATG
* * * *
237177 AATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGATGATAACGATTTGACATAAATAATTGTTCA
259 AATAGAAACAATT-TATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAA
* * * *
237241 AATATTTATAACTATTTGAACTCA-CTCAATAAACA-A-TT-TTTTTTAAAATCTTTTACTTATT
323 AATAGTCATAACCATTTG-ACTCAGCTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTCATT
*** * * * * *
237302 AATT-TTGGAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAA
387 AATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATATTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAA
* * * * * * * *
237366 TTGGTTTATGACAAAA-CAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCGAATAATCATAA
452 TTAGTTTATAAAAAAACCAAAAG-TCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAAACATAA
* * *
237430 CTATTTAAAC-GTTTTCAGA-AAATAGCTTTATTTTCTAAAATTTTACTTACTAATTTTTGGAAT
516 -T-TTGAAACAG-TTT--GATAAATAGATTTATTTT-TAAAATTTT--TTACTAATTTTTGAAAT
* * * *
237493 A-GATA-ATCAAGT-TGAATAACCTTCTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAG
573 ATAATAGAT-AAGTATGAATAACCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG
* * **
237555 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTAAACTTGTTCTGTAAACA
637 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTT-TGTAAACA
237620 GA
701 GA
* * *
237622 TCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATAGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCG
1 T-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT--TCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCT
** * * *
237687 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAA-GTTTATAGCAATTTCAA
63 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATG-TCATAACAATTTCAA
** * * **
237751 ATGGATAATTA-TTCAAAT-AATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGACTCTTTTTTTA
127 ATAAATAA-TAGTTCAAATGAA-CATAACTATTTAAACTTATTCAATAAACAGACTAATTTTTTA
* ** * *** *
237814 AATCTCTTAA-TTATTAATTTTTAGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
190 AATCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATACCAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTT
* * *
237878 ATATGAATTGAAATAATTTATTTATGACAAAAGAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
254 ATATGAATAGAAACAATTTATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
* * * * * * * * *
237943 TTAAAATAGTCATGACCGTTTGATTTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTACATTTTTTACTC
319 TTAAAATAGTCATAACCATTTGACTCAGCTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTC
* * *
238008 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATATTAATCTAAATAAGCTTATATGAATAAAAA
384 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATATTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAA
** * * * *
238073 TTATTATTTTATAAAAAAACCAAAAGTCATAATTATTTAAAATAAATAATTGTTTAAATAAACTT
449 CAATTAGTTTATAAAAAAACCAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAAACAT
* * *
238138 AATTTGAACCAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
514 AATTTGAAACAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTAATTTTTGAAATA-TAAT
* * * *
238203 AGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACA
578 AGATAAGTATGA----A--T--AAC---CTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
238268 AAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAA-TTGGTTAGG
632 AAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTT-GTT-TG
238332 TAAACAGAA
695 TAAACAG-A
* * *
238341 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTA
1 TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA--TTCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTA
* * * * *
238406 AATAAGCTAGTATGAATTGAAAATATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAA
64 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAA
238460 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 1237, Mismatches: 238, Indels: 128
0.77 0.15 0.08
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701 40 0.03
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TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTCTAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCTAAA
TAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTCAAATAA
ATAATAGTTCAAATGAACATAACTATTTAAACTTATTCAATAAACAGACTAATTTTTTAAATCTT
CAACTTATTAATTTTTAGAATACCAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA
TAGAAACAATTTATTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTAAAAT
AGTCATAACCATTTGACTCAGCTCAATAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTCATTAATT
GTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATATTAATCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACAATTAG
TTTATAAAAAAACCAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAAACATAATTTGA
AACAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTAAAATTTTTTACTAATTTTTGAAATATAATAGATAAGT
ATGAATAACCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGA
AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTTGTAAACAGA
Found at i:238133 original size:16 final size:17
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238091 ACCAAAAGTC
238101 ATAATTATTTAAAATAA
1 ATAATTATTTAAAATAA
*
238118 ATAATTGTTT-AAATAA
1 ATAATTATTTAAAATAA
238134 A
1 A
238135 CTTAATTTGA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.44
17 9 0.56
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Consensus pattern (17 bp):
ATAATTATTTAAAATAA
Found at i:238812 original size:358 final size:360
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235484 CGAAATAGAT
* * * * *
235494 AATTTTTTTTTAAAT-GCATTACTTATTAATTTT-TAGAATATTAATAAA-TTAGCATTACTTTA
1 AATTATTTTTTAAATATC-TTACTTATTAATTTTCGA-AATGTTAATAAATTTA-CATTATTTTA
* * * * * *** * * **
235556 TTCTGAATAAGAATA-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTTATAATGAT
63 TTCTAAATAAG-CTAGTATGAATAAAAAAAATTATCAGATGACAAAA-AAAAAGGTAATAACAAT
* * ** * * * *
235619 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTAATTGAACTGGTT-GGTAAACAA----ATTTT
126 TTGAAATAGATAATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAACAATCTTATATT
* * ** * * **
235679 TTAAATTCTGTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTTAACAAA
190 TTAAA-TCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAA
* * * * * * * *
235744 CTTATTTGGACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAAATAA
254 CTTATAT-AACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAA
* * * * *
235809 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTCAATTGGTTTA-GCAAATAG
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGG-TTAGGTAAACAG
* * * * **
235852 AATTATTTATTAAATCTCTTA-TTGATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATT
1 AATTATTTTTTAAATATCTTACTT-ATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTACATTATTTTATT
** *** * * * * *
235916 CTAAATAAG-TA--A-GAACT-TGAAAAATTATTTTACGATAAAAACAAA-CTATCATCACAATT
65 CTAAATAAGCTAGTATGAA-TAAAAAAAATTATCAGATGACAAAAAAAAAGGTA--ATAACAATT
* * * ** ** *
235975 TAAAATAAATAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACAAAT-TTATTTT
127 TGAAATAGATAATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAAC-AATCTTATATT
* * * *
236039 TTAAATCTATTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTACTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAA
190 TTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAA
* * * * ** * * * *
236103 CTTGTATGAATAGAAATAACTATTTTATGACAAAATAAAAGGTTAT---AA---GAAATTGA-AA
254 CTTATAT-AACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAA
* * * * * * *
236161 ---TACAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAT
318 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAACAG
* * * * * * * *
236201 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTA
1 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTACATTATTTTATT-
* * *** * * * *
236266 C-AAATAGGCTAGTATG-ATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGA
65 CTAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAATTATCAGATGACAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGA
* * * * * * * *** * * *
236329 AATAGATAAATGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTTGACAAACTAAT-TTATGTTTTA
130 AATAGATAATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAAC-AATCTTATATTTTA
* * * * * * * * *** * * *
236393 AATC-TTAACTTATCAGTTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTGGGATAAGCTTT
193 AATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTA
* * * * * * * * ** * * * *
236457 TATGATCTAAAACAATTCTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAGGATTTTAGATAGATAATTAT
258 TAT-AACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTGT
* *
236522 TCAAATAGTCATAACTA-TTAGAACTTGTTTGGTAAACAG
322 TCAAATAGTCATAACTATTTA-AACTGGTTAGGTAAACAG
* * * * *
236561 ATTTATTTTTTAAAATTTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAA-TTAGTATTATTTT
1 AATTATTTTTT-AAA-TATCTTACTTATTAA-TTTTCGAAATGTTAATAAATTTA-CATTATTTT
* * *** ** * * * **
236624 ATT-TCGAATAAG-TATGTATGAACT-AAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATG
62 ATTCT-AAATAAGCTA-GTATGAA-TAAAAAAAATTATCAGATGACAAAAAAAAAGGTAATAACA
* * * ** *
236686 ATTTAAAATAGATCATTATTC-TAATAGTCTTAACTATTTGAAATGGAAT-GGCAAACATAT-TT
124 ATTTGAAATAGATAATT-GTCAT-ATAGTCTTAACTATTTGAACCGG-TTCGGCAAACA-ATCTT
* * * * * *
236748 AT-TCTTTAAATC-----CTTATTAATTTTT-AGAATATTATTA-ACTTAGCAATATTTTACTCC
185 ATAT-TTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTC
* * * ** * * * * * *
236805 AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATGTTTTA-GAACAAAAC-AAAGATCATAATAATTTCAG
247 AAACAAACTTATAT-AACAAAAACATTTGTTTAATG-ACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAA
* * * * *
236868 ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTTA-GTAAAGAG
310 ATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GGTTAGGTAAACAG
* * * * * *
236919 ATTTAGTTTTT-AA-ATC-T-CTTACTAATTTTTGAAATAG-TAATAAATTAATATTATTTTATT
1 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCGAAAT-GTTAATAAATTTACATTATTTTATT
* ** * * ** * *** * * * *
236979 ATAAATAATTTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTACGACAAAATAAAATGTCATAACAATTTGA
65 CTAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAATTATCAGATGACAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGA
* * * * * * * *** ** * * *
237044 AATAAATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTATTCGATAAACTGAT-TAATTTTTTA
130 AATAGATAATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAAC-AATCTTATATTTTA
** * *** * * * *
237108 AATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATGCCAATAAATTATTATTATTTTATTCCAAATAAACTT
193 AATCTTTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTT
* * * * * * * * * *
237172 ATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATGATAACGATTTGACATAAATAATTG
257 ATAT-AACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTG
* * * ** * *
237237 TTCAAATATTTATAACTATTTGAACTCACTCA-ATAAAC--
321 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACT-GGTTAGGTAAACAG
* * * *
237275 AATT-TTTTTTAAA-ATCTTTTACTTATTAATTTT-GGAATATTAATAAA-ATAGTATTATTTTA
1 AATTATTTTTTAAATATC--TTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTA-CATTATTTTA
* * * * * * ** * * * * **
237336 TTCCAAATAAGCTTGTTTGAATAGAAACAATTGGT-TTATGACAAAACAAATGTTCATAATGATT
63 TTCTAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAATT-ATCAGATGACAAAAAAAAAGGTAATAACAATT
* * * * * *
237400 TGAAATAGATAATTGTTCGA-ATAATCATAACTATTT-AAACGTTTTCAG-AAA-ATAGCTT-TA
127 TGAAATAGATAATTG-TC-ATATAGTCTTAACTATTTGAACCG-GTTCGGCAAACA-ATCTTATA
* * * * * * *
237460 TTTTCTAAA-ATTTTACTTACTAATTTTTGGAATA--GATA-ATCAAGT-TGA----A--T--AA
188 -TTT-TAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGAT-TAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * *
237512 C---CTTCTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAA
250 CAAACTTATAT-AACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAG
* * * * * **
237574 ATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTAAACTTGTTCTGTAAACAG
314 ACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAACAG
* * ** ** * **
237621 -ATCTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATAGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT
1 AAT-TATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTACATTATTTTATT
* * * * *** ** * * * *
237685 CGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATCATTTTATGACAAAGCAAAAGTTTATAGCAATTTCA
65 CTAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAATTATCAGATGACAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGA
* * * * * * * ** ***
237750 AATGGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTAAACTTGTTCAATAAACAGACTCTT-T-TTTT
130 AATAGATAATT-GTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAACA-A-TCTTATATTTT
* * * ** * *
237813 AAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATA-ACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC
192 AAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAGA-TTAGTATTATTTTATTTCAAACAAAC
* * * * * * * * *
237876 TTATATGAATTGAAATA-ATTTATTT-ATGACAAAAGAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATA
255 TTATAT-AA--CAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACA
* * * ** * ** * *
237939 ATTATTAAAATAGTCATGACCGTTTGATTTAGTTCA-GTAAACAT
317 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTT-AGGTAAACAG
* * * * * * * * ** * *
237983 ATTTATTTTTTTACATTTTTTACTCATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTTGTATTATATTAAT
1 AATTA-TTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTACATTATTTTATT
** *** * * **
238048 CTAAATAAGCTTA-TATGAATAAAAATTATTATTTTAT-A-AAAAAACCAAAAGTCATAATTATT
65 CTAAATAAGC-TAGTATGAATAAAAAAAATTATCAGATGACAAAAAA--AAAGGTAATAACAATT
* * * * ** * * ** * *
238110 TAAAATAAATAATTGTTTAAATAAACTT-A--ATTTGAACCAGTTTGATAAATAGAT-TTATTTT
127 TGAAATAGATAATTG-TCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAACA-ATCTTATATT
238171 TTAAA--TTTT--TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAAC
190 TTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAAC
* *
238232 TTATATGAACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAAT
255 TTATAT-AACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAAT
* *
238297 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTAGGTAAACAG
319 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAACAG
* * **
238339 AATTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTATTTTATTTTATTC
1 AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTACATTATTTTATTC
** * * *** * **
238404 TAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAATATTGTTTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAA
66 TAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAATTATCAGATGACAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAA
*
238469 ATCGATAATTGTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAACAATCTTATATTTTAAAT
131 ATAGATAATTGTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAACAATCTTATATTTTAAAT
* ** * * *
238534 CTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT
196 CTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATAT
* * * * *
238599 -AGAAATA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGCTT-A
261 AACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTG-TTCA
* * *
238660 AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAG
325 AATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAACAG
* *
238696 ATTTTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGAAA-GATTAATAAA-TTAGCATTATTTTA
1 A-ATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCGAAATG-TTAATAAATTTA-CATTATTTTA
* * * * *
238759 TT-TAAAATAAGCTTGTGTG-GTAAAAAACAATTATCAGATGACCAAACAAAAGGTAATAACAAT
63 TTCT-AAATAAGCTAGTATGAATAAAAAA-AATTATCAGATGACAAAAAAAAAGGTAATAACAAT
238822 TTGAAATAGATAATT
126 TTGAAATAGATAATT
238837 ATTGAAATGG
Statistics
Matches: 2319, Mismatches: 513, Indels: 306
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
343 1 0.00
344 85 0.04
345 2 0.00
346 16 0.01
347 121 0.05
348 31 0.01
349 92 0.04
350 92 0.04
351 79 0.03
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353 19 0.01
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355 169 0.07
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364 6 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AATTATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCGAAATGTTAATAAATTTACATTATTTTATTC
TAAATAAGCTAGTATGAATAAAAAAAATTATCAGATGACAAAAAAAAAGGTAATAACAATTTGAA
ATAGATAATTGTCATATAGTCTTAACTATTTGAACCGGTTCGGCAAACAATCTTATATTTTAAAT
CTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACAAACTTATAT
AACAAAAACATTTGTTTAATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAA
ATAGTCATAACTATTTAAACTGGTTAGGTAAACAG
Found at i:239205 original size:181 final size:179
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Period size: 181 Copynumber: 1.8 Consensus size: 179
238905 GAATTTGTTT
* * * * * * *
238915 AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCATATTAATTTTCCAATTTTTAATAAATTAGTATT
1 AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATAGTAATTTTCAAAATATTAATAAATTACTATT
* * * * * *
238980 AATTTATTTAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGGCTAAACAAAATATCAAAAC
66 AATTTATCTAAATAAACTTGCACGAACTAAAACAATTGTTTTAT-GATAAAAAAAATATCAAAAC
*
239045 AATTTTGAAATTAATAATTATTCTAATAATATTAACCATTTGAACTAATTC
130 AA-TTTGAAATTAATAATCATTCTAATAATATTAACCATTTGAACTAATTC
* *
239096 AATAAACA-ACTTTATTTTTTAAATCTCTTACATAGTAATTTTTAAAATATTATTAAATTACTAT
1 AATAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACATAGTAATTTTCAAAATATTAATAAATTACTAT
* * * * *
239160 TATTTTAATCTGAATAAGCTTGCACGAAC-AAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAATGTCATAA
65 TAATTT-ATCTAAATAAACTTGCACGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAATATCAAAA
* *
239224 CGATTTGAAATTGATAATCATTC
129 CAATTTGAAATTAATAATCATTC
239247 ATAAAGTCCT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 23, Indels: 6
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
179 18 0.14
180 18 0.14
181 73 0.58
182 17 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATAGTAATTTTCAAAATATTAATAAATTACTATT
AATTTATCTAAATAAACTTGCACGAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAATATCAAAACA
ATTTGAAATTAATAATCATTCTAATAATATTAACCATTTGAACTAATTC
Found at i:239802 original size:23 final size:22
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Indices: 239776--239828 Score: 52
Period size: 24 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
239766 AAAATAATAC
* *
239776 TAATTTAAGAATATTTCAAAAAT
1 TAATTTAAG-AGATTTAAAAAAT
239799 TAATATGTAAGAGATTTAAAAAAT
1 TAAT-T-TAAGAGATTTAAAAAAT
*
239823 AAATTT
1 TAATTT
239829 GTTTACCACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 5
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.04
23 5 0.20
24 15 0.60
25 4 0.16
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (22 bp):
TAATTTAAGAGATTTAAAAAAT
Found at i:240880 original size:543 final size:544
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Indices: 239664--241534 Score: 1565
Period size: 542 Copynumber: 3.5 Consensus size: 544
239654 TCCGAACCAA
* * * ** * * * *
239664 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTACTTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * **
239729 TAAAATATTTGTTT--ATCCATACAAA-CTTAT-TCGAATTAAAATAATACTAATTTAAGAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * *
239790 TTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC--ACATCAGTTAAAAT-GT
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA--AATTCAAATACT
* * * * * * * **
239852 TAAGACTA-TTATAACAATTATCTATTTCAAATCATTCCA-ACATTTTATTTAGTTGTAAAACAA
192 TATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATT-AAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * **
239915 TTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACT-AA-TTAATAATATTTGAAAAAT
255 TTATTTCAGATCATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTAATAATATTCCAAAAAT
** * * * * * * ** *
239978 TAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATT
318 TAATAACTAAGAGATTT-AAAAAATAAATGTGTCTACCAAACCAGTTCAAATAATCAAAACCATT
** * * * * *
240043 TTAACAATTGTCTACTTAAAATCATTATAA-CTTTT-TAATTTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAG
382 AGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT-A-TTGCCATAAAACAATTGTTTCTA-
* ** ** ** * * * ** *
240104 TTAATACAAGCTTAAACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-TTAAACTAATAAG--
444 TTCATACAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACAAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCA
* * **
240166 -AA-ATTT--AACAAATAAATCTATTTGCTAAATTAG
508 AAAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
* * * * * *
240199 TTAAAATAATTATGGCCATTTGGACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
240264 TAAAACAATTGTTT---TTTATCATACAAGTTTAT-TCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TAAAACAATTGTTTCAATTTAT-A-A-AAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * ** * * *
240325 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTATGGAACTAGTTCAAATAGT
127 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATACT
* * * *
240390 TATTACTATTTAAATAATTATC-ATTCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACTAT
192 TATGACTATTTAAATAATTATCTATT-TAAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * **
240453 TGTTTCTA-ATCATAGAAACTTATTC-GATTAAAA-AAAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAA
256 TATTTC-AGATCATA-AAACTTATTCAAAATAAAATAAAAT--GAATTTAATAATATTCCAAAAA
* * * * *
240515 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTGCCAAACCAGTTCAATTAATTAAAACTATT
317 TTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTACCAAACCAGTTCAAATAATCAAAACCATT
* * * * *
240580 AGAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAATCTTTTGT-TTAGCCA-AAAATATTTGTTT-TCAT
382 AGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTATT-GCCATAAAACAATTGTTTCT-AT
* ** * * * *
240642 ATCTTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATTA-AAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAGCA
445 -TCATACAAAATTATTCAAAATAAAA-AAATACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCA
* * *
240706 AAAGATTTG-AAAAAATAAATCTCTTTATTGAACAAG
508 AAAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
* *
240742 TTCAAATAGTTATGACAATTT-AATCAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAC
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAA-CAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
240806 ATAAAAGAATTGTTTCAATTTGTAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
240871 TCCAAAATTAATAAGCAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTTAAATACTTAT
130 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATACTTAT
* * * *
240935 GACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
195 GACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* *
241000 TCAGATCATACAACTTATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAC
260 TCAGATCATAAAACTTATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAC
* * * * * * * *** *
241065 TAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAAT
325 TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTACCAAACCAGTTCAAATAATCAAAACCATTAGAACAAT
* * * * *
241130 TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAA
390 TATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAA
** ** *
241195 TTATTCAAAATAAAAAAATACTGATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAA
455 TTATTCAAAATAAAAAAATACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAA
241260 AAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
520 AAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
*** * ** *
241285 TTCAAATAGTTATGATTTTTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
241350 TAAAACAATTGATTCAA--TATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *** * ** *
241413 CAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCGGA-TCAAATAATTAT
131 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAATTCAAATACTTAT
* * * * * ** **
241477 GGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
195 GACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
241535 GATTGTTTTC
Statistics
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ACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTAAGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT
CAGATCATAAAACTTATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTACCAAACCAGTTCAAATAATCAAAACCATTAGAACAATT
ATATATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTATTGCCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAAT
TATTCAAAATAAAAAAATACAAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAA
AAATAAATCTATTTACTAAACAAG
Found at i:241224 original size:181 final size:180
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* * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * **
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* * *
239793 AAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCACATC-AG
131 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA-AACAAG
* * * *** * * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
239906 GTAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAA-TTAATAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * *
239970 TGAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * * **
240023 TTCAAATAGTTATTACTATTTTAACAATTGTCTACTTAAAATCATTATAACTTTTTAATTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** **
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66 TAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * * * * **
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130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * **
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* ** *
240264 TAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTTAT-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *** *
240329 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTATGGAACTAG
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
240443 ATAAAACTATTGTTTCTAATCATAGAAACTTATTCGATTAA-AAAA-AATACTAATTTAATAATA
65 ATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTC-A-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
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* ** * * * * * * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * * * * *
240625 -AAAATATTTGTTTTCATATCTTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATTA-AAATTTGTTAACA-
66 TAAAACAATTGTTTT-AT-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA-TACTAATTTATTAATAT
* * * ***
240687 TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTCTTTATTGAACAAG
128 TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * ** *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * ** * *
240806 ATAAAAGAATTGTTTCAATTTGTA-AAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATA
65 ATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAA-CTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * *
240869 TTTCCAAAATTAATAAGCAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAA
127 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
240922 TTTAAATACTTATGACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *
240987 TAAAACAATTATTTCAGATCATAC-AACTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* * * * * * *
241050 CCAAAAATTAATAACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCAAATC-AG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAG
* * * * *
241102 TTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * *
241167 TAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTGATTTATTAACA-TT
66 TAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *
241231 CTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
130 C-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * *
241285 TTCAAATAGTTATGATTTTTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * *
241349 ATAAAACAATTGATTCAAT-ATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTATTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* ** *
241412 TCAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATC-GG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAG
* * * ** *
241464 ATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** *
241529 TAAAACGATTGTTTTCCA-ACATCCAAGCTTATT--AAATAAAAGCTTTATTACCTTTTGTTTTG
66 TAAAACAATTGTTTT--ATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAA----TAATA-CTAAT-TTAT-
* *** ** ** * ***
241591 TCATAAACCAATTATTTTTCAACATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TGGTTT-TTTA
122 TAATATTTCAAAAATTAAT-AA-GTA-AGAG---ATTT--AA-AAAATAA-ATCT-GTTTACCAA
* *
241653 ATAAT
176 ACAAG
* * * * * * * * * * * * *
241658 TTAAGAATTAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTTAAATAACCTTATA
1 TTCA-AATAATTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATCA--TT--ATGACCTTTTG
* * * * * * ** *
241722 TTCTGTCATAGAATAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTTGAAA-AAAATAATACTAATTTAA
58 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
241786 TAATAGTAT-GAAAATTCATAACTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAA-
122 TAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAG
* * * * * *
241845 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** ** * *
241910 TAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * *** * * * *
241975 CAAAATTTTATAAGGAAGAGATTTTTTTAAA-AATTCTATTTACTGAATC-AG
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAG
* ** * * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** * * * * *
242091 TGAAACAATTGTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAGTTCTAATTTATTTATATTT
66 TAAAACAATTG-TTTTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * *
242156 -AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTACCAAATC-AT
130 CA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAG
** * * * ** * *
242207 TTCAAATTGTTTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** * * *
242272 TAAAAAAATTGGGTCTATTCATACTATTTTATTGAAAATAAAATAATTATGGCCATTAGAGTAAT
66 TAAAACAATT-GTTTTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA-TA----C--TA-ATTTAT
* * * ** *** * * **
242337 TATCTATTTC-AAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTATTATAAAA-AAAT-TGTTTTTGATCATTC
122 TA-ATATTTCAAAAAT-TAAT-AAGTAAGAGATTTA--A-AAAATAAATCTG--TTT-ACCAAAC
242398 AAG
178 AAG
* * ** * * * **
242401 CTTATTCGAAATAA-AAT-AATA-TT-AATTTATTA-ATATTTCAAAAAGT-AATAAGAGATTTA
1 ----TTC-AAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTC--AAA-TCATTATGACCTTT-
** * * * * **** * *
242460 AAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTT-AT---GA-TTATTTGAACAATTAAAAT
56 -----T-GTTTTG-TCA-TAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAACTTA-TTCAA-AA-TAAAAT
* * * * * *
242520 AATACAAATTTGTTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAGAAATCTATTTAC
109 AATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
* *
242583 TAAATAAG
173 CAAACAAG
* * ** *
242591 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** ** * * * * *
242656 TAAAATAATTGTTTTTTTCATGTAAGTTTATTCAAATTAAAATAACATTAAGTTATTAATATTTT
66 TAAAACAATTGTTTTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * * * * * **
242721 GACAATTAGTCAGTAAAATATTTTAACAATAAATATGTTTACTGAACAAG
131 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * * * * * *
242771 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAA-TATTTATTTCAAATCGTTATAACATTTTTTTTTTGTA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTC
* * * * * ** * * * *
242835 AAAAAATAATTGTATCAGTTCATATAGCCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
242900 CCATAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAATATGAATCTGTTTACAAAAAAAG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* * * * * *
242952 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATCTATGTCAAAT-GTTATGACATTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * ** *
243016 TAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCCCAAGAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT
66 TAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT
* *** *
243080 TCAAAAATTAATAA--AA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTAAACACG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* *
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* * * * *
243192 AT-AAACTAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-T
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* * * **
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* * * * * ** **
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** *** * *
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* * * * ***
243434 TCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATTGAACAAG
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* * * *
243487 TTCAAATAATCATG-TTCATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
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* ** * * ** *
243551 ATAAAACAATTGTTTCTGTTCATGTAAAATTATTCTAAATAAAATAATACCGATATATTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
** * * * *
243616 TTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAAA-TAG
129 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACAAG
** * * *
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1 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * *** * * * *
243728 CAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTC
66 TAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* * * * * *
243793 CAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCAT
130 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
* ** * ** * * *
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1 TTCAAATAATT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * *
243903 ATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTTC--GATAATATAATACTAATTTATTAACAT
65 ATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * * * * *
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TAAAACAATTGTTTTATTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAG
Found at i:241240 original size:542 final size:537
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Period size: 537 Copynumber: 8.0 Consensus size: 537
239654 TCCGAACCAA
* * * ** * * * *
239664 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTGTTACTTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * ** * * **
239729 TAAAATATTTGTTT--ATCCATACAAA-CTTAT-TCGAATTAAAATAATACTAATTTAAGAATAT
66 TAAAACAATTGTTTCAATTTATA-AAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * *
239790 TTCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACC--ACATCAGTTAAAAT-GT
129 TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA--AATTCAAATAGT
* *** * * * **
239852 TAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCATTCCAACATTTTATTTAGTTGTAAAACAAT
192 TATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
239916 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAA-TTAATAATATTTGAAAAATTA
256 TGTTTCAGATCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
* * * *
239980 ATAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTT
319 ATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AGTTCAAATAATTATT-CTATTTG
* * *
240045 AACAATTGTCTACTTAAAATCATTATAACTTTT-TAATTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTAA
381 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACTTTTGT-A-TTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCA
** * * * * *
240108 TACAAGCTTAAACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCTTAAACTAATAAG---AA-A
443 TACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACA-TTCTAAAATTAATAAGCAAAAGA
* * **
240169 TTT-AACAAATAAATCTATTTGCTAAATTAG
507 TTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
* * * * * *
240199 TTAAAATAATTATGGCCATTTGGACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* *
240264 TAAAACAATTGTTT---TTTATCATACAAGTTTAT-TCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAAT
66 TAAAACAATTGTTTCAATTTAT-A-A-AAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** * *
240325 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTATGGAACTAGTTCAAATAGT
127 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGT
* * * * * *
240390 TATTACTATTTAAATAATTATC-ATTCTCAAATCATTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACTAT
192 TATGACTATTTGAACAATTATCTATT-TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
240453 TGTTTCTA-ATCATAGAAACTTATTC-GATTAAAAAAAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAAT
256 TGTTTC-AGATCATA-CAACTTATTCAAAATAAAATAAA-A-TAATTTAATAATATTTCAAAAAT
* * * * ** *
240516 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTGCCAAACCAGTTCAATTAATTAAAACTATTA
317 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAATT-ATTCTATTT
* * * * * * *
240581 GAATAATTATATATTTCAAATCATTCTAATCTTTTGT-TTAGCCA-AAAATATTTGTTTTCATAT
380 GAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA-CTTTTGTATT-GTCATAAAACAATTGTTTT-AT-T
* * * * * *
240644 CTTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATTA-AAATTTGTTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAA
441 CATACAAGCTTATTCAGAATAAAA-AAATACTAATTTATTAACATTC-TAAAATTAATAAGCAAA
* * *
240708 AGATTTGAAAAAATAAATCTCTTTATTGAACAAG
504 AGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
* *
240742 TTCAAATAGTTATGACAATTT-AATCAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAC
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAA-CAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
240806 ATAAAAGAATTGTTTCAATTTGTAAAAGCTTATCTAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT
65 ATAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
240871 TCCAAAATTAATAAGCAAAAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTTAAATACTTAT
130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTAT
* * * * *
240935 GACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
195 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
241000 TCAGATCATACAACTTATTCAAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAC
260 TCAGATCATACAACTTATTCAAAATAAAATAAAAT-AATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
241065 TAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATCAAATCAGTTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAAT
324 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAATTAT-TCTATTTGAACAAT
* * * **
241130 TATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAA
387 TATCTATTTAAAATCATTAT-AACTTTTGTATTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGC
* * *
241195 TTATTCAAAATAAAAAAATACTGATTTATTAACATTCTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAA
450 TTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCT-AAAATTAATAAGCAAAAGATTTG-AA
241260 AAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
513 AAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
*** * ** *
241285 TTCAAATAGTTATGATTTTTTGAACAATTATCTATTCAAAATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * *
241350 TAAAACAATTGATTCAA--TATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTT
66 TAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* *** * ** *
241413 CAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAATCGGA-TCAAATAATTAT
131 CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTTAT
* * ** * *
241477 GGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACGATTGTT
195 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
* ** * * * *
241542 TTCCA-A-CATCCAAGCTTATT--AAATAAAAGCTTTATTACCTTT--T-GTTTTGTCATAAACC
259 TT-CAGATCATACAA-CTTATTCAAAATAAAA--TAAAATA-ATTTAATAATATT-TC--AAA--
* * *** * *
241600 AATTATTTTTCAACATACA-AGCTTATTTGAAATAAAATAATAT-TGGTTTTTTAATA-ATTTAA
314 AATTA---AT-AA-GTA-AGAG---ATTT--AA-AAAATAA-ATCT-GTTTACCAA-ACAGTTCA
* * **** * * * * * * *
241662 GAATTAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTTAAATAAC-CTTATATTCT
364 -AATAATTATTCTATTTGAACAAT-TATCTATTTA--AAATCA--TT--ATAACTTTTGTA-T-T
* * * * ** * *
241726 GTCATAGAATAATTATTTCTATTCATATAAATTTATT-TGAA-AAAAATAATACTAATTTAATAA
419 GTCATAAAACAATTGTTT-TATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAAA-AATACTAATTTATTAA
* * * * * * * * *
241789 TAGTATGAAAATTCATAA-CTAAGAGA-TTAAAAAAATAAATTTGTTTGCTAAACCAA-
482 CATTCT-AAAATTAATAAGC-AAAAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAAA-CAAG
* * * * * ** * *
241845 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTTTCTATTTCAAATCATTATGAGCTTTTATTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * ** * *
241910 TAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTAT-TCGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATATT
66 TAAAACAATTGTTTCAATTTATAAAAGCTTATCT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * **** * * * *
241974 TCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTTTTTTAA-AAATTCTATTTACTGAATC-AGTTCAAATAATT
130 TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTT
* ** * * * * *
242037 ATAAAAATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTG
193 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
**** * * * * *** * *
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* * * ** *
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* * ** * * * * *
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382 ACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA-CTTTTGTATTGTCATAAAACAATT-GTTTTATTCATA
* ** * * * * * * * * *
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* **** * * * * *
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** * * ** ** **
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1 TTCAAATAG-TTA-T-GACAATTTGAACAATTATCT-ATTTA--AA-ATTGTTATGACCT--TTT
** * * * * *
242452 GAGATT-T-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCA-AATAGTTATGATTATTTGAACAAT
57 G-TTTTGTCATAAAA-CAAT-TG-TT--T----CAATTTATAA-A---A-GCTTATCT-AA-AA-
* * * * * *
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* ** * * * **
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* * *** ** * * *
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* * ** * * * * * * * * **
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
242835 AAAAAATAATTGTATCAGTTCATA-TAGCCTTGTTC-GAAATAAAATAATACTAATTGAATAATA
422 ATAAAACAATTGTTTTA-TTCATACAAG-CTTATTCAG-AATAAAAAAATACTAATTTATTAACA
* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
243016 TAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTAT-TCCCAAGAAAATAATA-TAAATTTATTAATAT
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**** **
243079 TTCAAAAATTAATAA--AA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTA
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*
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* ** * * * * *
243203 ATTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAA
257 GTTTCAGATCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
* * * * * * *
243267 TAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-TGTTTACCAAGTA-AGTTTAAATAGTTATAACTGTTTGA
320 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAA--ACAGTTCAAATAATTAT-TCTATTTGA
* * * ** *
243330 ACAATTATTTATTTCAAAT-AGTTATGATA-TTTTGTTTTGGGATAAAATAATTGTTTCTATTCA
382 ACAATTATCTATTTAAAATCA-TTAT-A-ACTTTTGTATTGTCATAAAACAATTGTTT-TATTCA
* ** * * * **
243393 TACAAGTTTATTTGGAAT-AAAAATTACTAATTTATT-ACTATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAG
443 TACAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAAC-ATTCT-AAAATTAATAAGCAAAAG
* * * *
243456 ATTT-AAAAAATAAATATTTTTATTGAACAAG
506 ATTTGAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAG
* * * * * *
243487 TTCAAATAATCATGTTC-ATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATG-ACAATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
** * ** *
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** * * * *
243613 ATTTTGAAAATTAAT-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTACTGAA-ATAGTTCAAATTG
127 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA-AATTCAAATAG
* * * *
243673 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATGATC-TTTATTTTGTCACAAAACAAT
191 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*** *** * * * *
243737 TGTTTCTTTTCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATTCCAAAAATTA
256 TGTTTCAGATCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATAATTTAATAATATTTCAAAAATTA
* * * * * * * **
243802 GTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCATTTCAAATACTTAATACTATTAAA
319 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAGTTCAAATAATT-ATTCTATTTGA
* * ** * * * *
243867 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTGAGC--TT-TA--GTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATA
382 ACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-AACTTTTGTATTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATA
* * * * *
243927 CAAGCTTATTTC-G-ATAATATAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAAATCAATGAGCAAAATA
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*
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507 TTTGAAAAAATAAAT
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CAGATCATACAACTTATTCAAAATAAAATAAAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAGTTCAAATAATTATTCTATTTGAACAATTATC
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AGAATAAAAAAATACTAATTTATTAACATTCTAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAA
TCTATTTACTAAACAAG
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* * *
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* *
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* * *
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*
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* * * **
239729 TAAAATATTTG-TT-TATCCATACAAACTTATTC-GAATTAAAATAATACTAATTTAAGAATATT
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* * * *
239791 TCAAAAATTAATATGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCACATC-AGTTAAAAT-GTTA
129 TCAAAAATTAATA---AA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTTA
* *** * * * **
239854 AGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCCAACATTTTATTTAGTTGTAAAACAATT
189 TGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * * *
239917 GTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAATTAATACTAA-TTAATAATATTTGAAAAATTAA
253 GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
239981 TAAGAAAAAGATTTAAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAACAAG
318 TAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * * * * * **
240023 TTCAAATAGTTATTACTATTTTAACAATTGTCTACTTAAAATCATTATAACTTTTTAATTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * **
240088 T-AAACAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTAAACGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
** * * * * * * ** * * * *
240151 TCTTAAACTAATAAGAAATTTAACAAATAAATCTATTTGCTAAATTAGTTAAAATAATTATGGCC
129 TCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *
240216 ATTTGGACAATTATCTATTTTAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
194 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * *
240280 -TATCATACAAGTTTATTCAAAACAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
259 GT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
** **
240344 AAGAGATTTAAGAAATAAATTTGTTTAT-GGAACTAG
323 AAGAGATTTAA-AAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * *
240380 TTCAAATAGTTATTACTATTTAAATAATTA-TCATTCTCAAATCATTA--AGATCTTTGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT-TCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGT
* * * * * *
240442 CATAAAACT-ATTGTTTCTAATCATAGAAACTTATTC-GATTAAAAAAAATACTAATTTAATAAT
64 CATAAAA-TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAAT-AAAATAATA-TAATTTATTAAT
* * * * * * * *
240505 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTCTGCCAAACCAGTTCAATTAAT
126 ATTTCAAAAATTAATAA--AA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGT
** * * * * * * * * * *
240570 TAAAACTATTAGAATAATTATATATTTCAAATCA-TTCTAATCTTTTGTTTAGCCA-AAAATATT
187 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
** * * * * *
240633 TGTTTTCATATCTTACAAGCTTATT-TAGAATAAAATAATTA-AAATTTGTTAACA-TTCAAAAA
252 TGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTC-AAAA
* * * * ** *
240695 ATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAATAAATCTCTTTAT-TGAACAAG
313 ATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * *
240742 TTCAAATAGTTATGACAATTT-AATCAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGAC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTC
* * ** * * *
240806 ATAAAAGAATTGTTTCAATTTGTAAAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTC-GGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* ** * * *
240870 TTCCAAAATTAATAAGCAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTTAAATACTTAT
128 TTCAAAAATTAATAA--AAAA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * *
240935 GACTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
** * * * *
240999 TTCAGATCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAT
255 TTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * **
241062 AACTAAGTGATTTAAAAAGTTAATTTGTTTATC-AAATCAG
319 AAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * * * * *
241102 TTCAAATAATCATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTGTATTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * ** ** * * *
241167 TAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAAAAATACTGATTTATTAACA-TT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT
* * *
241231 CTGAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
130 C-AAAAATTAATAA--AA-A-ATTT--AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * *
241296 ATGATTTTTTGAACAATTATCTA-TTCAAAATCA-TTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC-AAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* *** * * * *
241359 TG-ATTCAAT-ATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTA
252 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* *** * ***
241422 ATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCAATTTA-CCAAATCGG
317 ATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * * * *
241464 ATCAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
** * * * * * ** * *
241529 TAAAACGATTGTTTTCCA-ACATCCAAGCTTATT--AAATAAAAGCT-TTATTACCTT-TT-GTT
66 TAAAATAATTG-TTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAA--TAATA-TAATTTATTAATA
* * * *
241588 TTGTCATAAACCAATTATTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTGGTTT-TTT
127 TT-TC--AAA--AATTA---AT--A-A-A-AA----ATTT--AA-AAAATAA-ATTTGTTTACTA
* * * * * * * * * * *
241652 AATAATTTAAGAATTAG-TAAGA-GATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTTAAATAA
171 AACAAGTTCA-AA-TAGTTATGACTATTTGAACAAT-TATCTATTT--CAAATCAG-TT--ATGA
* * * * * * * * * ** *
241715 CCTTATATTCTGTCATAGAATAATTATTTCTATTCATATAAATTTATTTGAAA-AAAATAATACT
228 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT
* * * * * * * *
241779 AATTTAATAATAGTAT-GAAAATTCATAACTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAAC
293 AATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAATAAATTTGTTTATC-AAAA
*
241842 CAA-
355 AAAG
* * * *
241845 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATT-TTCTATTTCAAATCATTATGAGC-TTTTATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATT-TATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGT
* * * * * * *
241908 CATAAAACAATTATTTCAACTCATACAAGTTTATTCGGAATAAAATAAAACTAATTTGTTAATAT
64 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* * **** * * *
241973 TTCAAAATTTTATAAGGAAGAGATTTTTTTAA-AAATTCTATTTACTGAATC-AGTTCAAATAAT
128 TTCAAAAATTAATAA--AA-A-ATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGT
* ** * * * * *
242036 TATAAAAATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATTACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAAT
187 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * * * *
242100 TGTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAGTTCTAATTTATTTATATTT-AGAAAATT
252 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATT
* * * ** *
242164 AATCAGTAAGAGATTTAAAAATTAAATCTGTTTA-CCAAATCAT
316 AATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * * * * *
242207 TTCAAATTGTTTTGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTTTAACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* ** * ** * *
242272 TAAAAAAATTGGGTCTATTCATACTATTTTATT-GAAAATAAAATAATTATGGCCATTAGAGTAA
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCG-GAATAAAATAA-TAT---AATT----T-A
* * * ***** * **
242336 TTATCTATTTC-AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTATTATAAAA-AAATTGTTTTTGA-TCATTC
121 TTA-ATATTTCAAAAAT-TAAT-A---AAAAATTTA--A-AAAATAAATT-TGTTT-ACT-AAAC
** * ** * * * **
242398 AAGCTTATTCGAAATA-AAAT-AATA-TT-AATTTATTA-ATATTTCAAA-AAGTAAT-A---AG
174 AAG----TTC-AAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTT
* * * * * * * * *
242453 AG-ATT-T-AAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
233 TGTTTTGTCATAAAA-CAAT-TGTTT-TTG------TTC--ATA--CAAGCTTATTCG-A-AA-T
* * * * * * *
242515 AAAATAATACAAATTTGTTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAG-TTTAAAAAAGAAATCTA
282 AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTG
* *
242578 TTTA-CTAAATAAG
345 TTTATCAAAAAAAG
* *
242591 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* ** * * * *
242656 TAAAATAATTGTTT-TTTTCATGTAAGTTTATTC-AAATTAAAATAACATTAAGTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAA-TAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
** * * * * * * *
242719 TTGACAATTAGTCAGTAAAATATTTTAACAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTCAT
129 TCAAAAATTA---A-TAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * * * * *
242784 AACTATTTGAATAA-TATTTATTTCAAATC-GTTATAACATTTTTTTTTTGTAAAAAAATAATTG
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* ** * * * * * * *
242847 TATCAGTTCATA-TAGCCTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTCCATAAATTAT
254 TTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * *
242911 TAAGTAAAAGATTTAAAATATGAATCTGTTTA-CAAAAAAAG
318 TAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * *
242952 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATCATCTATGTCAAAT-GTTATGACATTTTGTTTTATCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* ** *
243016 TAAAATAATTGTTTCTATTTATACAAGCTTATTCCCAAGAAAATAATATAAATTTATTAATATTT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTT
** *
243081 CAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTTTAAACACGTTCAAATAGTTATGACTA
130 CAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTA
* *
243146 TTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTCATGACCTTTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTATTTTT
195 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTT
*
243209 GTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTA
259 GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * **
243273 AAAAATTTTAAAAATAAA-TTGTTTA-CCAAGTAAG
324 AGAGA-TTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * **
243307 TTTAAATAGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATATTTTGTTTTGGGA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * * *
243372 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAA-ATTACTAATTTATTACTA-TT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTT
* * * * * *
243435 CTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATT-TTTATTGAACAAGTTCAAATAATCA
130 C-AAAAATTAATA---A-AAAATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
243499 TG-TTCATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
189 TGACT-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** ** * ** * **
243562 GTTTCTGTTCATGTAAAATTATTCTAAATAAAATAATACCGATATATTAATATTTTGAAAATTAA
253 GTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
** *
243627 T-A--AA-AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTA-CTGAAATAG
318 TAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * *
243664 TTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTATG--ATCTTTATTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTC
* * * * * * * *
243727 ACAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTAATAAAATT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * * * * *
243792 CCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCATTTCAAATACTTAA
129 TCAAAAATTAATAA--AA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT-A
** * * * * * *
243857 T-ACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAAT-TGTTCTGAGC-----TTTAGTCATAAAACAATTA
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
** * * * *
243915 TTTCAGTTCATACAAGCTTATTTCG--ATAATATAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATCAA
254 TTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * **
243978 TGAGCAAAATATTTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAATCAAA-
318 TAAGTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* ** * * * * *
244020 TTGAAATAGATT-TGTTTAGTCAT-AA-AA-TATTTGTTTCATATC-TTACGAGC---TT-ATTT
1 TTCAAATAG-TTATGACTA-T-TTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTT
** * * *
244076 GGAATAAAATAA-----TC----C--A-AA-TTTATT----A-ACATTCAA-A-AA---ATTAAT
62 GTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAAT-AATATAATTTATTAAT
** * * * * *
244118 A-AGCAAAAGATT--TGAAAAAA---AATAAA----TCTATTTA-TAGAATAAGTTTAAATAGTT
126 ATTTCAAAA-ATTAAT-AAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * * *
244172 ATGATTATTTGAATAACTATTTATTTAAAATCA-TCATGACTTTTTGTTTT-ACTATAAAACAAT
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAAT
* * * * * *
244235 TGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA-TTCTTAATATTTCAAAAATTA
252 TGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * * **
244299 ATAAGCATGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAACCAAA-
317 ATAAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * * * * *
244340 TTCAAATAGTTACT-ACTGTTAGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATTACCTTTTCGTTTTGT
1 TTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTT-GTTTTGT
* * * * ** *
244404 TATAAAATAATTATTAC-AGTTCATACAGGCTTATTCAAAATAATATAATATTAATTTATTAATA
64 CATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * * * *
244468 TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATGAATCTGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAAT
127 TTTCAAAAATTAAT-A--AA-AAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
244532 TACGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAT
187 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
*
244596 TGTTTTT-TATCATACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCA-TACAAAAA
252 TGTTTTTGT-TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAAAAA
* * **
244658 TTAAT-AGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACCAA-
314 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * *
244702 TGT-AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA--TATATCAAATCGTTATAACATTTT-TTCTATC
1 T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTC
* ** * * * * *
244763 ATAAAAAAATCATTTCTGTTCATATAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATT
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* * * * * *
244827 TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTT-GTCAAACCAA-TTCAAATGGTTAAGA
129 TCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * *
244890 CTGTATT-AACCATTATATATTTCAAAT-TGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TT
192 CTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
244952 TTTAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATGTTTCAAAAA-T--T
256 TTT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * **
245013 AA-TAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAAA-
319 AAGTAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATC-AAAAAAAG
* * ** *
245053 -TCAAATAATTATGACTATTTGAA-AATTTATTTATTTCAAATCATTACT-ATTTTTTATTTTGT
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATTTATTTCAAATCGTTA-TGACATTTTGTTTTGT
* ** * * * ** * * * * * * *
245115 CATAAAACAAAAGTTTTTGTTTATATGAGTTTGTTTGGAATAAAATACTACTAATCTACTAATAA
64 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATAT
* * * *
245180 TTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA-TAAAAATAGTTCAAATAGTTATGA
128 TTCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATGA
* * * * ** **
245244 TTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCA-TTACGATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAAAGTTT
192 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * * * * *
245308 TTGTTCATATGAGTTTGTTTGGAATAAAAGACTACTAATCTACTAATAATTCAAAAATTAAT-AG
257 TTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
245372 ---GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTAT-AAAAATAG
322 TAAGAGATTT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * *
245406 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTAATTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTATGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * * * *
245471 TAAAACAATAGTTTCTATTCATACAA-ATATATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATT
66 TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCT-TATTCGGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
** * * * *
245535 TTGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCAT
129 TCAAAAATTAAT-A--AAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTAT
** * * * *
245600 GACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCA-TTCTGACTTTTTCTTTTG-CA-ATAAACAATTG
190 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTG
* * **
245662 TTTTAGTTCATATAAGCTTA-TCTGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
254 TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * *
245726 TGAGTAAGAGAATTAAAAA-AAA-TTGTTTATC-GAATAAG
318 TAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * ** * * * *
245764 TTCAAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCGATTTTAAAAT-ATAATGATC-TTTTGTTTTGC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA-TTTCAAATCGTTATGA-CATTTTGTTTTGT
* * * * ** * *
245827 CATAAAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTATTAATGTT
64 CATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATAATTTATTAATATT
* * * * *
245892 GCAAAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTA-TCGAACGAGTTCAAATAATTA
129 TCAAAAATTAAT-A--AAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTA
* *
245956 TGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGACAC-TTTG-TTTGTCATAAAA-AATT
189 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* * * ** *
246017 ATTTTTATTTATACAAAATTACTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T-
253 GTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTA
* * ** **
246079 -TAA-TAAGAGATTTAAAAGCTAAATCTGTTTATC-GGACCAG
317 ATAAGTAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * *
246119 TTCAAACATTTATGAATATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTATG--ATCTTTGTTTTATC
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACAT-TTTGTTTTGTC
* * ** *
246182 ATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-GAGTAAAAT-ATAGCTAAAATAATAATA-
65 ATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATA--TAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
246244 TTCTAAAATTAACAATTAAGAGATTTTAAAAATAAATGTATATGCCAAACCAA-TTCAAATAGTT
128 TTCAAAAATTAATAA--AA-A-ATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGTT
** * * * * *
246308 AAAACTATTAGAAC-A--AT-TA--TCAAATCA-TTTTGACCCTTT-TTTAGTCATAAAATAATT
188 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
* ** * * * * *
246365 GTCTCAGTTCATAC-ATCTT-TTCCAAAATAAAATAATACT-TTTCTATTAACATTT-AGAAATT
253 GTTTTTGTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATT-TATTAATATTTCAAAAATT
** * * *
246426 AATAAACAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAG
316 AATAAGTAAGAGA-TTT-AAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
* * * * * * * * * * *
246470 TTCAAATAGTCAAGTCTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTATAA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
246535 TAAAATAA
66 TAAAATAA
246543 AAAATAATAT
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Consensus pattern (358 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
TAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTC
AAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
TTGAACAATTATCTATTTCAAATCAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
AGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCAAAAAAAG
Found at i:243639 original size:536 final size:535
Alignment explanation
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Period size: 536 Copynumber: 2.5 Consensus size: 535
242505 TTGAACAATT
* * * * * * *
242515 AAAATAATACAAATTTGTTAATA-TTCAGACAATTAATAAGTAAAAGTTTAAAAAAGAAATCTAT
1 AAAATAATACAAATATATTAATATTTCA-AAAATTAATAA--AAGA-TTTAAAAAATAAATTTGT
* * * *
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* ** * * * *
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126 TTTGTTTTGTCATAAACTAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTCGAAA-TAAAATAATACTAAT
** * * * * *
242708 TTATTAATATTTTGACAATTAGTCAGTAAAATATTTTAACAATAAATATGTTTACTGAACAAGTT
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* * * *
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* *
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319 AAATAATTGTATCAGTTCATAAAGCCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTCCA
* * * * * * *
242903 TAAATTATTAAGTAAAAGATTTAAAATATGAATCTGTTTACAAAAAAAGTTCAAATAGTTATGAC
384 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAAAAAGTTCAAATAATCATGAC
*
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449 TATTTGAACAATCATCTATGTCAAATGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTA
* ** *
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514 TTCATACAAAATTATTCCAAAG
* * * *
243055 AAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTT
1 AAAATAATACAAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
* *
243120 TAAACACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTCATGACCTTTTG
66 TAAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTG
* *
243185 TTTTGTCATAAACTAATTATTTTTGTTCATACAAGCATATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
130 TTTTGTCATAAACTAATTGTTTTT-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
243250 TAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAAT-TGTTTAC-CAAGTAAGTTTAAA
194 TAATTTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTCAA-CAAGTTCAAA
* * * * * *
243313 TAGTTATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGATA-TTTTGTTTTGGGATAAAA
258 TAGTCATAACTATTTGAACAA-TATTTATTTCAAATAGTTATAACATTTTTGTTTTGGAAAAAAA
* * * * * * * * *
243377 TAATTGTTTCTA-TTCATACAAG-TTTATTTGGAATAAAA-ATTACTAATTTATTACTATTCTAA
322 TAATTGTATC-AGTTCATA-AAGCCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTCCAA
* ** * *** * *
243439 AAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATATTTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATG-TT
385 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAAAAAGTTCAAATAATCATGACT
** * * *
243503 CATTTGAACAATTGTCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
450 -ATTTGAACAATCATCTATGTCAAAT-GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCT
* ** * *
243568 GTTCATGTAAAATTATTCTAAAT
513 ATTCATACAAAATTATTCCAAAG
** ** *
243591 AAAATAATACCGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAAAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTAC
1 AAAATAATACAAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-
* * * *
243656 TGAAATAGTTCAAATTGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCA-TTATGATC-TTT
65 TTAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTT
* * * * * *
243719 ATTTTGTCACAAAAC-AATTGTTTCTTTTCATACAATCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTT
129 GTTTTGTCA-TAAACTAATTGTTT-TTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * * * * *
243783 AATAAAATTCCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCTAAACCATTTCA
192 -ATTAATTTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTCAACAAGTTCA
243848 AATA
256 AATA
243852 CTTAATACTA
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 120, Indels: 37
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (535 bp):
AAAATAATACAAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT
TAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGT
TTTGTCATAAACTAATTGTTTTTTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATTTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTCAACAAGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACAATATTTATTTCAAATAGTTATAACATTTTTGTTTTGGAAAAAAATAAT
TGTATCAGTTCATAAAGCCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTGAATAATATTCCAAAAATTA
ATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAAAAAGTTCAAATAATCATGACTATTTGA
ACAATCATCTATGTCAAATGTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
AAAATTATTCCAAAG
Found at i:244047 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 243996--244047 Score: 70
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
243986 ATATTTTAAA
*
243996 AAATAAATTTGTTTATCAATCAAATTG
1 AAATAAATTTGTTTATCAATAAAATTG
*
244023 AAATAGATTTGTTTAGTC-ATAAAAT
1 AAATAAATTTGTTTA-TCAATAAAAT
244048 ATTTGTTTCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 20 0.91
28 2 0.09
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (27 bp):
AAATAAATTTGTTTATCAATAAAATTG
Found at i:245022 original size:177 final size:174
Alignment explanation
Indices: 244164--246539 Score: 1432
Period size: 177 Copynumber: 13.4 Consensus size: 174
244154 GAATAAGTTT
* * * * * * * *
244164 AAATAGTTATGATTATTTGAATAACTATTTATTTAAAATCATCATGACTTTTTGTTTT-ACTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATA
* * ** * * *
244228 AAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA-TTCTTAATATTTCA
65 AAACAATTTTTTTA-TTCATACTAGCTTAT-TAGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCA
*
244292 AAAATTAATAAGCATGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAACCAAATTC
127 AAAATTAATAAG-A-GA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACC-AATTC
* * * * * ** * *
244343 AAATAGTTACT-ACTGTTAGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATTACCTTTTCGTTTTGTTAT
1 AAATAGTTA-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-GTTTTGTCAT
* * ** * * *
244407 AAAATAATTATTACAGTTCATAC-AGGCTTATTCAAAATAATATAATATTAATTTATTAATATTT
64 AAAACAATTTTTTTA-TTCATACTA-GCTTATT-AGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTT
* * * * *
244471 CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAATGAATCTGTTTACCAAATCAATTC
125 CAAAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTC
* * * * * * *
244525 AAATAATTACGACCATTTCAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* *
244590 AACAATTGTTTTT-TATCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCA-TAC
66 AACAATT-TTTTTAT-TCATACTAGCTTATT-AGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAAT-ATTTC
* * *
244653 AAAAATTAATAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATCGAACCAATGT-
126 AAAAATT-A-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAAT-TC
* * * * * * *
244705 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTA--TATATCAAATCGTTATAACATTTT-TTCTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
244767 AAAAATCATTTCTGTTCATA-TAAGCTTATT-GAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCA
66 AACAAT-TTTTTTATTCATACT-AGCTTATTAG-AATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCA
* *
244830 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTCTTTGTCAAACCAATTC
127 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTC
* * * * * **
244878 AAATGGTTAAGACTGTATT-AACCATTATATATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTAT-TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* *
244942 AAACAATTTTTTTAATTCATACTAGCTTATTAGGAATAAAATAAAATGAATTTATTAATGTTTCA
65 AAACAATTTTTTT-ATTCATACTAGCTTATTA-GAATAAAATAAACT-AATTTATTAATATTTCA
* * * *
245007 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAAATC
127 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTC
* * ** *
245055 AAATAATTATGACTATTTGAA-AATTTATTTATTTCAAATCATTACT-ATTTTTTATTTTGTCAT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCAAATCATTA-TGACCTTTTGTTTTGTCAT
** * * * * * * * * *
245118 AAAACAAAAGTTTTTGTTTATA-TGAGTTTGTTTGGAATAAAATACTACTAATCTACTAATAATT
64 AAAAC-AATTTTTTTATTCATACT-AGCTT-ATTAGAATAAAATA-AACTAATTTATTAATATTT
* * ** *
245182 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATAAAAATAGTTC
125 CAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTC
* * * * **
245232 AAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTACGATTTTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
** * * * * * * * * *
245297 AACAAAAGTTTTTGTTCATA-TGAGTTTGTTTGGAATAAAAGACTACTAATCTACTAATAATTCA
66 AAC-AATTTTTTTATTCATACT-AGCTT-ATTAGAATAAAATA-AACTAATTTATTAATATTTCA
* * * ** *
245361 AAAATTAATAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATAAAAATAGTTC
127 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTC
* * * * * *
245409 AAATAGTTATGATTATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTATGTTATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * *
245473 AAACAATAGTTTCTATTCATAC-AAATATATTCAGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTT
65 AAACAAT-TTTTTTATTCATACTAGCT-TATT-AGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
245537 GATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTC
126 AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAA-TTC
* ** * * * *
245590 AAATAGTCATGACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCATTCTGACTTTTTCTTTTG-CA-AT
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-
* *
245653 AAACAATTGTTTTAGTTCATA-TAAGCTTATCT-GATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
65 AAACAATTTTTTTA-TTCATACT-AGCTTAT-TAGA-ATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTT
* * *
245716 CAAAAATTAATGAGTAAGAGAATT-AAAAA-AAA-TTGTTTATCGAA-TAAGTTC
125 CAAAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAA-TTC
* * * * * * * *
245767 AAATAGTTATAACTATCTAAACAATTATCGATTTTAAAAT-ATAATGATCTTTTGTTTTGCCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
* * * * * * * * *
245831 AAACAATTGGTTCTATTGATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTATTAATGTTGCA
65 AAACAATT-TTTTTATTCATACTAGCTTA-TTAGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
245895 AAAATTAATAATTAAAAGATTTAAAAAATAAATTCGTTTATCGAACGAGTTC
127 AAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTC
* * *
245947 AAATAATTATGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTG-TTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATA
* * **
246010 AAA-AATTATTTTTATTTATACAAAATTACTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
65 AAACAATT-TTTTTATTCATACTAGCTTA-TTAGAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCA
** * ** *
246074 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAGCTAAATCTGTTTATCGGACCAGTTC
127 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTC
* * * * * * * * *
246122 AAACATTTATGAATATTTGAATAATTATTTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTATCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * ** * *
246186 AATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAGTAAAATATAGCTAAAATAATAATA-TTCTAA
66 AACAATT-TTTTTATTCATACTAGCTTATTAGAATAAAATA-AACTAATTTATTAATATTTCAAA
* *
246250 AATTAACAATTAAGAGATTTTAAAAATAAA--TGTATATGCCAAACCAATTC
129 AATT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAT--CAAACCAATTC
** * * * *
246300 AAATAGTTAAAACTATTAGAAC-A--AT-TA--TCAAATCATTTTGACCCTTT-TTTAGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * *
246358 AATAATTGTCTCAGTTCATAC-ATCTT-TTCCAAAATAAAATAATACT-TTTCTATTAACATTT-
66 AACAATTTTTTTA-TTCATACTAGCTTATT--AGAATAAAATAA-ACTAATT-TATTAATATTTC
* * *
246419 AGAAATTAATAAACAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAA-CAAGTTC
126 AAAAATTAAT----AAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAA-TTC
* * * * * * * * *
246473 AAATAGTCAAGTCTATTTGAATAATTATATATTTAAAATCATTATGGCCTTTTGTTTTATAATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
246538 AA
66 AA
246540 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 1754, Mismatches: 330, Indels: 225
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 2 0.00
170 2 0.00
171 6 0.00
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184 8 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTTTTTTATTCATACTAGCTTATTAGAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAATTC
Found at i:247099 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 246594--248000 Score: 758
Period size: 181 Copynumber: 7.8 Consensus size: 180
246584 TGGAGATTGT
* * * ** * * ** *
246594 AAAAATAAATTAGTTTATTGAATTAGTTCAAATAACTATGGTTATTTGAACAATTATATATTTCA
1 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATATATTTTA
* * * * * ** * * *
246659 AATCATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACTATTGTTTTCCTTTGTATAAGCCTATTTGGAAT
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGGAAT
* * * * * *
246724 -AAATAATACTAAT-TTTTAATATTTCAAAAATTAAAGAGTCAGAGATTTA
131 AAAATAATACTAATCTATTAATATTT-GAAAATAAAAAAGTAAAAGATTTA
* * * * * *
246773 AAAAATGAATTTGTTTACTGAACCAGTTTAAATAGTTATA-ATTATTTGATCAATTATATA-TTT
1 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTA-AGACTATTTGAACAATTATATATTTT
* * * * * * **
246836 AAATTATTATAACCCTTTGTTTTGTTATGAAACAATCA-TTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAAT-AGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGGA
* * *
246900 ATAAAATAATATTAATCTAATAATATTATGAAAATAAAAAACTAAAAGATTTA
129 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATT-TGAAAATAAAAAAGTAAAAGATTTA
* * * * * *
246953 AAAAATAAATTTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTTA
1 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATATATTTTA
* * * * * *
247018 AATCATTATGACCATTTGTTTTGTTCTAAAA-AAAATGTTTTTCTTCATATAAGTTTGTTCGGAA
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATA-GTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGGAA
* * * ** *
247082 TAAAATAATACTAATCTACTAATATGT-CAAA-AATTAA-TAAGAGATTTA
130 TAAAATAATACTAATCTATTAATATTTGAAAATAAAAAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * * *
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1 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATATATTTTA
** * * * * * * *
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66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGGAAT
* * * * *
247260 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTA
131 AAAATAATACTAATCTATTAATA-TTTGAAAATAAAAAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * *
247311 AAAAATAAATATGGTTA-TCGAA-CATGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAGCAATTATCTATT
1 AAAAATAAATTTGTTTACT-AAACCA-GTTCAAATAATTAAGACTATTTGAA-CAATTATATATT
* * * * * * *
247373 TCAAATTATTTTGACCTTTTCTTTT-CTA-ATAA-AATAGTTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATT
63 TTAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTT-TTTC--TTCATACAAGCTTATT
* * * ** ** *
247435 -TGATGTAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAA-AGTAATGAGTAAAAGAATTAAA
125 CGGA-ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTGAAAATA--AAAAAGTAAAAG-ATT-TA
* * * * ** * * * * * *
247494 AAAAAAAGAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTC
1 AAAAATA-AATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATATATTTT
* * * * * * * * * *
247559 AAAACATAATGACCTTTT-CTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTGATTCAAGCTTATTTC-GA
65 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTCTTCATACAAGCTTA-TTCGGA
* * * * *
247622 ATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAACTAAAAGATTTA
129 ATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTGAAAATAAAAAAGTAAAAGATTTA
* * * ** * * * * * * *
247674 AAAAATAAATCTATTTACCAAATGAATTCAAATAGTTATGAATGTTTGAACAATTATTTATTTCA
1 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATATATTTTA
* * * ** * * ** **
247739 AATCGTTAT-AGCATTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTTTAATTCATACAAAATTATTAAGA
66 AATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTT-CTTCATACAAGCTTATTCGGA
* * * * ** *
247803 ATTAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-CAAA-AATTAA-TAAGAGATTTA
129 ATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTGAAAATAAAAAAGTAAAAGATTTA
* * * * * * * * * ***
247852 AAAACTAAATATGTTTACCAGACCAGTTCATATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCCCA
1 AAAAATAAATTTGTTTACTAAACCAGTTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATATATTTTA
** * * * * * * *
247917 AATTGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGT
66 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGGAAT
* * *
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131 AAAATAATACTAATCTATTA
248001 GCTTTATAGG
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AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATAGTTTTTCTTCATACAAGCTTATTCGGAAT
AAAATAATACTAATCTATTAATATTTGAAAATAAAAAAGTAAAAGATTTA
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* ** * * ***
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** ** * ** * *
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* * ** * * ** *
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* * * ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
246902 AAAATAATATTAATCTAATAATATTATGAAAATAAAAAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * *
246967 TTGCCAAACCAGTTCAAATAATTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCA
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* *
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130 TTTGTTTT-TTCATAAAAAAAATGTTTTTCTTCATATAAGCTTATT-GGAATAAAATAATACTAA
* * * * ** *
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193 TTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCA
* * * * * * * ** * *
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* * *
247225 ACAATAGTTTCTATTCATACAAGCATATTCGGATT
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* * *
247260 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGG
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * *
247325 TTATCGAACATGTTCAAATAGTCATGACTATTT-AAGCAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACC
66 TTACCAAACA-GTTCAAATAATTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* * * *
247389 -TTT-TCTTTTC-T-AATAAAATAGTTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGATGTAAAATAATA
129 ATTTGTTTTTTCATAAAAAAAAT-GTT-TTTC--TTCATATAAGCTTATTGGA-ATAAAATAATA
* * * * * *
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189 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA--A-TAAGAG-ATT-TAAAAAATA-AATCTGTTTACCA
* * * ** *
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* * * * *
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312 TTTGTCATAAAACAA-TAGTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT
* * *
247624 AAAATAATATAAATTTATTAATATTTT-AAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 AAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGT
* * * * * * * *
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66 TTACCAAA-CAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCA
* * * * * * ** * * *
247752 TTTTGTTTTATCGTAAAACAATTGTTTTTAATTCATACAAAATTATTAAGAATTAAATAAAACTA
130 -TTTGTTTTTTCATAAAAAAAATGTTTTT-CTTCATATAAGCTTATT-GGAATAAAATAATACTA
* * * *
247817 ATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGAGATTTAAAAACTAAATATGTTTACCAGACCAGTTC
192 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * ** * *
247881 ATATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCCCAAATTGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAA
257 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTATTATGACCCTTTGTTTTGTCATAA
* *
247945 AACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGT
322 AACAATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT
247981 AAAATA
1 AAAATA
247987 CTGCTAAACT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTACCAAACAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCAT
TTGTTTTTTCATAAAAAAAATGTTTTTCTTCATATAAGCTTATTGGAATAAAATAATACTAATTT
ATTAATATTTCAAAAATTAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
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ATAGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAAT
Found at i:247574 original size:184 final size:180
Alignment explanation
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247249 ATATTCGGAT
* ** * * * * * * *
247259 TAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
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* * * * * * * ** **
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65 TTTACCAAATGAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGAC
* *
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130 CTTTTCTTTGTC--ATAAAATAATTGGTTT-AGTTCAT-TCAAGCTTATTTCGA-A
* *
247440 TAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCCAAAAAGTAATGAGTAAAAGAATTAAAAAAAAAAGAA
1 TAAAATAATA-TAAATTTATTAATATT-CAAAAAGTAATAACTAAAAG-ATT-AAAAAAAAA-AA
*
247504 TCTATTTACCAAAT-AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAA
61 TCTATTTACCAAATGAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAA
* *
247568 TGACCTTTTCTTTGTCATAAAATAATTGGTTTTGTTGATTCAAGCTTATTTCGAA
126 TGACCTTTTCTTTGTCATAAAATAATTGGTTTAGTTCATTCAAGCTTATTTCGAA
** * * *
247623 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAACTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTAT
1 TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAAGTAATAACTAAAAGATTAAAAAAAAAAATCTAT
* * * *
247688 TTACCAAATGAA-TTCAAATAGTTATGAATGTTTGAACAATTATTTATTTCAAA
66 TTACCAAATGAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA
247741 TCGTTATAGC
Statistics
Matches: 253, Mismatches: 36, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAATAATATAAATTTATTAATATTCAAAAAGTAATAACTAAAAGATTAAAAAAAAAAATCTAT
TTACCAAATGAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAACATAATGACC
TTTTCTTTGTCATAAAATAATTGGTTTAGTTCATTCAAGCTTATTTCGAA
Found at i:252501 original size:19 final size:20
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252507 T
1 T
252508 TCTAAGAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAATCACAAATTTCCTTT
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254837 CTTTTGTTTA
* *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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1 GTCATAAAATAATTATTT-CAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA-TTTATT-A
* *
255094 TATTTC-AAAATTTGAA-AAG-TTGGAGAGATTTAAAAAAT-AAC-----CA-AACCAATTCAAA
63 -ATTTCAAAAAATT-AATAAGCAT---GAGATTTAAAAAATAAACTTTTACAGAA-CAATTCAAA
* * * * *
255149 TAGTTAAGAG-TACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTATTTA
122 TAGTTAAG-GCTATTTGAACAATTATCTATTT-AAATCATTATGACC-TTTATTTT
* * * **** *
255204 GTCATATAATAATTATTTCAATTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAGTTTATTGAC
1 GTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA-TTTATT-AA
*
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64 TTTCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAA-CT-TTTACAGAACAA-TTCAAATAGT
* * * *
255334 TATGGCTATTTCAACAATTATCGATTTAGAATCATTATGGCCATTTATTTT
126 TAAGGCTATTTGAACAATTATCTATTTA-AATCATTATGACC-TTTATTTT
* * * *
255385 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
1 GTCATAAAATAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTA
255440 AATTAGTAAG
Statistics
Matches: 326, Mismatches: 58, Indels: 55
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Matches are distributed among these distances:
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TCAAAAAATTAATAAGCATGAGATTTAAAAAATAAACTTTTACAGAACAATTCAAATAGTTAAGG
CTATTTGAACAATTATCTATTTAAATCATTATGACCTTTATTTT
Found at i:255779 original size:176 final size:176
Alignment explanation
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Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 176
255429 AAATAATACT
* * * * * *
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1 AAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAACCTATTTACTAAACCAATTCAAATAATCACGACCATTT
* * * * *
255504 ACATAACTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACA
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* * ** *
255569 TACAAGCTTTTTTTAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATT-TG
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* * *
255614 AAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAACCTATTTACTAAACCAATTCAAA-AAGTTATGACTA
1 -A-AATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAACCTATTTACTAAACCAATTCAAATAA-TCACGACCA
* *
255678 TTTGA-ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTAG-TTCTATCATAAAACAATTGTTTTT
63 TTT-ACACAACTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTAGCTT-TATCATAAAACAATTGTTTTT
*
255740 -ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTG
126 CA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTG
255791 AAATTAATAA
1 AAATTAATAA
255801 CTATGATATC
Statistics
Matches: 158, Mismatches: 22, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
175 12 0.08
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178 1 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (176 bp):
AAATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAACCTATTTACTAAACCAATTCAAATAATCACGACCATTT
ACACAACTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTAGCTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACA
TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTG
Found at i:255927 original size:179 final size:175
Alignment explanation
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Period size: 179 Copynumber: 2.9 Consensus size: 175
255430 AATAATACTA
* * * * * * * * *
255440 AATTAGTAAGAGATTTAAAAGATAAATCTATTTACTAAATCAATTCAAATAA-TCACGGCCAT-T
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* * * * *
255503 TACATAACTATCTATTTTAAATCGTTATTACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAA-
65 GA-ATAACTATCTATTTCAAATTGTTA-TACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TATTTCAAT
* * ** *
255567 CATACAAGCTTTTTTTAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTTGAAG
126 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTGAAG
*
255617 AATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAACCTATTTACTAAACCAATTCAAAAAGTTATGACTATTTG
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* * * * * * * *
255682 AACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTAGTTCTATCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
66 AATAACTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTCAATCAT
255746 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTG-A-
129 ACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATT-TGAAG
* * ** * * * * * *
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* * *
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* * * *
255920 CTCATACAAGCCTGTTCGAAATAGAATAA
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Statistics
Matches: 268, Mismatches: 50, Indels: 26
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (175 bp):
AATTAATAAGAGATTTAAAAAAGAAACCTATTTACTAAACCAATTCAAAAAGTTATGACTATATG
AATAACTATCTATTTCAAATTGTTATACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCAATCATAC
AAGCTTATTTGAAATAAAATAATAATAATTTAGTAATATTTGAAG
Found at i:256765 original size:181 final size:181
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* ** * * * * * * * *
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1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
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65 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTT-GTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAA
** * ** ** * * **
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128 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * ** * * * ***
256316 AGGAAAATT-AAACA-AAATCTAATTATCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-CTAAATGGT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * **
256377 TATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTTGTACAAGC
65 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
* * *
256442 TT-TTTGGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAAAAACTAATAAGCA
130 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * * ** * *
256494 AA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATC-ATTTCAAATGGTTAAG-CTTATTAAAATAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAA
* * * * * * * * **
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* *
256620 GCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGA
128 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * *
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1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * ** * * * * *
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** **
256803 TTAGAT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAG-
130 TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * ** * * * * **
256854 -A-A-ATTTAAAAAATACATCTATTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATGATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * *
256916 ATCTATTTCAAATCA-T-TGA-CTTTT-TATTTGTCATAAAATAATTATTT-T-TATCATATAAA
66 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT-TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGT-TCATACAAG
*** * *
256975 CTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATCGGTTAATATTTAAAAAATTAATAAGT
129 CTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * *
257028 AATAGATTTAAACAATAAATC--TATA-CTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * ** * * * ** * *
257090 TATCAACTT-AAATCATTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCACAGAAGC
65 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
** *
257153 TTATTT-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAG-
130 TTATTTAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGA
* * * * * * ** * *
257204 --G-GATTCAAAAAATAAATATGTTT-GCTAAACCAGTTCAACTAGTTAAAACTATTAGAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * *
257265 TATCTATTTCAAATCATTCA-GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATG-TCTTACAA
65 TATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-TGTTCATACAA
* * * **
257328 GCTTA-TTAGAAATAAAATAAT-CCACATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCA
128 GCTTATTTAG-AATAAAATAATACTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * *
257383 AA-A-ATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAAT
1 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * *
257446 TATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTT-TGGTTCATAAAAG
65 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATACAAG
** * * ** *
257510 CTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAATTAATAAGC
129 CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * **
257563 AAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAAAAATTCAAATAGTTACAACTATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
257627 GTTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACAAGC
66 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-GTTCATACAAGC
** * *
257691 TTATTT-GAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATA
130 TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * * * * * * *
257743 GAGTGATTTAAAAATTGAATCTATTTGTTGAATC-AGTTCAAATAATTATGGCCATTTTG-ACAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTA-TTTGAACAA
* * * * * *
257806 TTATCTATTTCAAATTATTATCACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTT-TTTATCATACAA
64 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGT-TCATACAA
* * * *
257870 GCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGT
128 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * *
257924 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * ** * * * * *
257989 GTATACTTCAAATTGTTATAATATTCTTTTGTTATGTGATAAAACAATAT-TTT-TGTTCATACA
66 ATCTATTTCAAATCATTAT--GA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-TGTTTCTGTTCATACA
** * * * * **
258052 AGCTTATACAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACT
127 AGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * * * *
258107 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACCAGTTCATATAGTTAAGACTATATGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** * * *
258172 ATCTAATTCAAATCATTATGACCTTTCATTTTGTCATAAAATAAATGTTT-TGTTCATAGAAGTT
66 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
* * *
258236 TGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-A
131 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
* * * * * *
258283 ATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAA-TTTAAATAATTATGAATATTT-AAGCAA
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAA
* ** * * * * *
258346 TTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTCTCTTATAAAATAATAGTTTGTGTTCATACAA
64 TTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * ** *
258410 GCTTATTTAGATTAAAGTAATACTAATTTATGAATATTTTGACAATTAATAAGTA
128 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * * * * * * *
258465 AA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTAGATCAAATGGTCATGACTATTTGAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * * *
258528 TATTTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTCCATATAAGG
65 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
* **
258593 TTATTT-GAAATAAAATAATACT-ATGTGATTAATA-TTCTAAAAATTAATAATT
130 TTATTTAG-AATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGA
* * * * * * * *
258645 AAGAGATTTATAAAATGAATTTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* ** *** * * * * * *
258710 ATCGATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATATAAGTT
66 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
* *
258775 TATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTA
131 TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-A
* * * * * *
258827 AA-AAATTTTAAAAATAAATATGTTTAACGAACAAGTTCAAATTGTTATGATTATTTGAACAATT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * **
258891 ATTTATTT-AAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTGTCATAAAAATAATTGTTTTTGTCCATATGA
66 ATCTATTTCAAA-TCATTATGAC-CTTTTGTTTTGTCAT-AAAATAATTGTTTCTGTTCATACAA
* * * * * *
258954 GCTTATTTGGATTAACATAATATTAATTTATTAATACTTT-GACAATTAATAAGTA
128 GCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAG-A
* * * *
259009 AA-AGATTTTAAAAAAT--ATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
1 AAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * ** **
259071 TATATATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGTAAGC
65 TATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGC
* * *
259136 TTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAATTAA-AGAGT
130 TTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGA
* * * * *
259188 AAGAGAATTAAAAAA-AAAT-TGTTTA-CTTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAAT
1 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
259250 TATCTATTTCA
65 TATCTATTTCA
259261 GATAATAATA
Statistics
Matches: 2465, Mismatches: 547, Indels: 232
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 64 0.03
174 31 0.01
175 84 0.03
176 127 0.05
177 274 0.11
178 39 0.02
179 131 0.05
180 397 0.16
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCT
TATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGA
Found at i:258541 original size:902 final size:889
Alignment explanation
Indices: 255957--259183 Score: 2639
Period size: 902 Copynumber: 3.6 Consensus size: 889
255947 AAAATTAAGA
** * * ** *
255957 GATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACAAAACCAGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATC
1 GATTTA-AAAATGAA-TCTATTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTG-ACAATTATC
* * * * * * * * *
256021 TATATCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTAATATAAGTTTGT
63 TATTTCAAATTA-TATAACCTTTTG-TTTGTCATAAAATAATTTTTTTTA-TCATATAAGCTTAT
* * * * *
256086 TTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTA
125 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTTA-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* *** * * * * * * * *
256151 AATCTACTT-GCCAATCCATTTCAAGTAGTTTTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCAT
188 AATCTATTTAATGAA-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTT-AAATTAT
** * * * ** * * * * ** *
256215 TATAACCT-TTTTATTTGGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTTAGAATAAAA
251 TATAAATTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAAA
* * * * * * * * * * * ** *
256279 TAATACAAATTTAAAAATATTTTGAAACTTAGTAACTAGGAAAATT-AAACA-AAATCTAATTAT
315 TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * * * ** * * * *
256342 CGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTACTAAATGGTTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCT
379 CAAACCAGTTC-AATAGTTAAGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * ** * * *
256407 TTTGTTACAAAACAATTGTTTTTGTTTGTACAAGCTT-TTTGGATTAAAATAATACTAATTTCA-
443 TTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-AT
* * * * * * *
256470 TAATATTTCAAAAACTAATAAGCAAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCGAATCATTTCAA
507 TAATATTTCAAAAATTAA-AAG--AAA-ATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAA
** * ** ** * * * ** * * * * *
256534 ATGGTTAAGCTTATTAAAATATTTATATTCT-TCCAGTCATTCTGACCTTTTG-TGT-AGTTATA
568 ATAATTATGAATATTTGAACAATTAT-TTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTCTCA--CATA
* *** * * **
256596 AAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTCA
630 AAACAATAGTTTTGGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTG
* * * * * * *
256661 AAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCATATAGTTATTAT
695 AAAATTAATAAGAAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAAT-AGATCAAATAGTTATAAC
* * * * *
256726 TATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATTGTTATAACCTTTTGA-TTTATCAAAAAATAATTGTTTT
758 TATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATCGTTATAACCTTTT-ATTTTGTCATAAAATAATTGTTTT
* ** *
256790 AGTTAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCC-TAAATTAAT-A-
822 AGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCCAAAAATTAATAAT
256852 AGA-
886 AGAG
* * *
256855 AATTTAAAAAAT-ACATCTATTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGA-ATGATTAT
1 GATTT-AAAAATGA-ATCTATTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGACA--ATTAT
* * * * * *
256918 CTATTTCAAATCAT-TGACTTTTTATTTGTCATAAAATAATTATTTTTATCATATAAACTTATTT
62 CTATTTCAAATTATATAACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATCATATAAGCTTATTT
* *** * *
256982 GAAATAAAATAATACTAATCGGTTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAATAGATTTAAACAATAAA
127 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
* *
257047 TCTA--TACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCA-ACTTAAATCATTA-
190 TCTATTTAATGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATACTTAAATTATTAT
* ** * * * *
257108 AAA-TC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCACAGAAGCTTATTTGGTTAAAAATAA
254 AAATTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGATT-AAAATAA
* * * *
257171 TACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAATAAGGGATTCAAAAAATAAATATGTTTGCTAAA
318 TACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
*
257233 CCAGTTCAACTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA-GACCTTTTGTTT
383 CCAGTTCAA-TAGTTAAGACTATT-GAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATGACCTTTTGTTT
* * * * * * *
257297 AGTCATAAAATATTTGTTTCATG-TCTTACAAGCTTATTAGAAATAAAATAAT-CCACATTTATG
445 TGTCATAAAATAATTGTTTC-TGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA-ATTTATT
* ** * * *
257360 AACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAAT
508 AATATTTCAAAAATTAA-AAG--AAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAAT
* * * *
257425 AGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGACATAAAACA
570 AATTATGAATATTTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTCTCACATAAAACA
* * ** * *
257490 ATTGTTTTGGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTTGAAAAT
635 ATAGTTTTGGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAAT
* * * * * * *
257555 TAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAA-AAATTCAAATAGTTACAACTATTT
700 TAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCAAATAGA-TCAAATAGTTATAACTATTT
* *
257619 GAACAATTGTTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
763 GAATAATTGTTTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCA
**
257684 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAGAG
828 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAGAG
*** *
257746 TGATTTAAAAATTGAATCTATTTGTTGAATCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTGACAATTATC
1 -GATTTAAAAA-TGAATCTATTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCA-TTTGACAATTATC
* * * *
257811 TATTTCAAATTATTATCACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTAT
63 TATTTCAAATTA-TATAACCTTTTGTTT-GTCATAAAATAATT-TTTTTTATCATATAAGCTTAT
* *
257876 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
125 TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-TTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATA
* * * *
257941 AATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTATACTTCAAATTGTT
188 AATCTATTTAATGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTT-AAATTATT
* * * * *
258006 ATAATATTCTTTTGTTATGTGATAAAACAA-TATTTTTGTTCATACAAGCTTATACAAAATAAAA
252 ATAA-ATTCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTAT-TAGATTAAAA
* * *
258070 TAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
315 TAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
* * **
258135 CAAACCAGTTCATATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAATTCAAATCATTATGACCTTTCA
379 CAAACCAGTTCA-ATAGTTAAGACTAT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
258200 TTTTGTCATAAAATAAATGTTT-TGTTCATAGAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTAT
442 TTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
258264 TAATATTTCAAAAATTAAAATG-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAA-TTTAAAT
507 TAATATTTCAAAAATTAAAA-GAAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAAT-AAGTTCAAAT
* * ** * **
258326 AATTATGAATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTCTCTTATAAAA
570 AATTATGAATATTTGAA-CAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCT-TTTGTTCTCACATAAAA
* * * * *
258389 TAATAG-TTTGTGTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAGTAATACTAATTTATGAATATTTTGAC
633 CAATAGTTTTG-GTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA
* * * *
258453 AATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTA-CTAAACTAGATCAAATGGTCATGACT
697 AATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAA-TAGATCAAATAGTTATAACT
* * * * *
258517 ATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAG
759 ATTTGAATAATTGTTTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAG
* * * * *
258582 TCCATATAAGGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTGATTAATATTCTAAAAATTAATAATTA
824 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCCAAAAATTAATAA-TA
258646 -AG
887 GAG
* * *
258648 AGATTTATAAAATGAATTTATTTACCGAA-CAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTAT
1 -GATTTA-AAAATGAATCTATTTACCGAATC-AGTTAAAATAATTATGGCCATTTG-ACAATTAT
* ** * * *
258712 CGATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGT-TCATATAAGTTT
62 CTATTTCAAATT-ATATAACCTTTT-GTTTGTCATAAAATAATTTTTT-T-TATCATATAAGCTT
** * * * *
258776 ATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAA
123 ATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAA
* * * * * * * * *
258841 TAAATATGTTTAACGAACAAGTTCAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAATTCT
186 TAAATCTATTTAATGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTAAATTAT
* * * * * ** * *
258906 TATGACTT-TTTTGTTTTGTCATAAAAATAATTGTTTTTGTCCATATGAGCTTATTTGGATTAAC
251 TATAAATTCTTTTGTTTTGTCAT-AAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTAGATTAAA
* * * * *
258970 ATAATATTAATTTATTAATACTT-TGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT--ATATGTT
314 ATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTT
* * * * *
259032 TACCTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTGTGACCTT
376 TACCAAACCAGTTC-AATAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT
* * **
259097 TTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCAT-GTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
439 TTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATAG-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT
* *
259161 TTATTATTATTCCAAAAATTAAA
503 TTATTAATATTTCAAAAATTAAA
259184 GAGTAAGAGA
Statistics
Matches: 1890, Mismatches: 354, Indels: 167
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
885 5 0.00
886 9 0.00
887 33 0.02
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (889 bp):
GATTTAAAAATGAATCTATTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGACAATTATCTAT
TTCAAATTATATAACCTTTTGTTTGTCATAAAATAATTTTTTTTATCATATAAGCTTATTTAAAA
TAAAATAATACTAATTTATTAATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TAATGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATACTTAAATTATTATAAATTCT
TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGCTTATTAGATTAAAATAATACTAATT
TAATAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACCAGTTCA
ATAGTTAAGACTATTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
AATTGTTTCTGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAAAAGAAAATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCAAATAAGTTCAAATAATTATGAATATTTGA
ACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTCTCACATAAAACAATAGTTTTGGTTCATA
CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAAAAAATTT
AAAAAATAAATATGTTTATCAAATAGATCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTGTTTATTTTA
AATCGTTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATAGAG
Found at i:258988 original size:721 final size:710
Alignment explanation
Indices: 255987--259258 Score: 2163
Period size: 721 Copynumber: 4.6 Consensus size: 710
255977 TTACAAAACC
* * * * * * * *
255987 AGTTCAAATAATTATAACTATTTGCACAATTATCTATATCAAA-TCATTATTACTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTAT-TTAAATTCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * * *
256051 TCATAAAACAATTGTTTTTATTAATATAAGTTTGTTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
256116 TTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTT-GCCAATCCATTTCAAGTAG
129 TTTCA-AAAATT-A--A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAT-AAATTAAAATAA
* * * * * * * *
256179 TT-TTAACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTTATTTGGTCATCAAAC
188 TTATGAA-TATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGA-CTCTTTATTT-GTCATAAAAT
* * * * * ** * ** **
256242 AATTGGTTCTATTTATACTATTTTATTT-AGAATAAAATAATACAAATTTAAAAATATTTTGAAA
250 AA-TAGTTTTGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAA
* * * * * * * *
256306 CTTAGTAACTAGGAAA-A-TTAAACAA-AATCTAATTA-TCGAACCAATTCAAATAGTTAAGACT
313 ATTAATAAGTA--AAAGATTTAAA-AATAATATATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACT
* * *** * * * * * * * *
256367 A-CTAAATGGTTATTTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTCTTTTGTTACAAAACAATTGTTTTTG
374 ATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AAAT-TATTTC
* ** * * * *
256431 TTTGTACAAGCTT-TTTGGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATT-TCAAAAACTAATAAGC
437 ATCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTCT-AAAAATTAATAA-T
* * * * * * * ** * *
256493 AAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAATCATTTCAAATGGTTAAG-CTTATTAAAATAT
499 AAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTACT-GAACCAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAA
* ** * ** * * * * **
256556 TTATAT-TCTTCCAGT-C-ATTCTGACCTTTTGTGTAGTTATAAAACAATTGTTTCAATTCATAC
562 TTATCTAT-TTAAATTGCTA-TAAGACCTTTTGT-TTGTCATAAAA-TATTTTTTCTGTTCATAC
* * *
256618 AAGCTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT
623 AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAAA-AAATTT
* * *
256683 AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATA
686 AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * * *
256708 AGTTCATATAGTTATTATTATTTGAATAATTGTCTATTTAAAATT-GTTATAACCTTTTGATTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTT-AAATTCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * **
256772 TCAAAAAATAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAGATGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
** * * * * * *
256837 TTTCCTAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATACATCTATTTACCAAATTAGTTAAAATAATTATGG
129 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAATTAAAATAATTATGA
** * * *
256902 CCATTTGAATG--ATTATCTATTTCAAATCA-T-TGACTTTTTATTTGTCATAAAATAATTA-TT
194 ATATTTGAA-GCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTCTTTATTTGTCATAAAATAA-TAGTT
* * ***
256962 TT-TATCATATAAACTTATTTGAAATAAAATAATACTAATCGGTTAATATTTAAAAAATTAATAA
257 TTGT-TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAA
* * * *
257026 GTAATAGATTTAAACAATAA-ATCTATACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
321 GTAAAAGATTTAAA-AATAATATATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* ** * * * * *
257090 TA-TCAACTTAAATCATTAAAATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTAATCACAGAAGC
385 TATTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC--ATCATACAAGC
** * * *
257153 TTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAA-T--TAATAAGGGATTCAAAA
448 TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAA
* * * * ** * *
257214 AATAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAACTAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA-
512 AATAAATATATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAT
* *
257278 T-C-ATTCAGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATG-TCTTACAAGCTTA-TTAGAA
576 TGCTA-TAAGACCTTTTGTTT-GTCATAAAATATTT-TTTC-TGTTCATACAAGCTTATTTAG-A
* * * ** *
257339 ATAAAATAATCCACATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAATTTGAAAAAATAAATTT
636 ATAAAATAATACAAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAAAAAATTT-AAAAAATAAATTT
*
257404 GTTTACCGAATA
699 GTTTACCGAACA
* * *
257416 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATGTAAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGA
1 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAATTCATTATAACCTTTTGTTTTGT
* * *** *
257481 CATAAAACAATTGTTTTGGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTTTGTTCAT-AAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
** * * * * *
257546 TTTGAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTATTGAAA-AAATTCAAATAGTTA
130 TTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCAAATAAATTAAAATAATTA
* * * * *
257610 -CAACTATTTGAA-CAATTGTTTATTTTAAATCATTATAAC-CTTTTATTTTGTCATAAAATAAT
191 TGAA-TATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTC-TTTA-TTTGTCATAAAATAAT
* ** **
257672 TGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTA
253 AGTTTT-GTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTA
** * ** * * *
257737 ATAA-TAGAGTGATTTAAAAATTGAATCTATTTGTTGAA-TCAGTTCAAATAATTATGGCCATTT
317 ATAAGTA-AAAGATTTAAAAA-T-AATATATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTA-TT
* * * * * * * * *
257800 TG-ACAATTATCTATTTCAAATTATTATCACCTTTTGTTTAGTCATATAACAATTGTTTTTTATC
377 TGAACAATTATTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAAAT-TATTTCATC
** *
257864 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TCAAAAATTAATAAGTAAGA
440 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAA-TAAGA
* * * * *
257928 GATTTAAAAAATAAATCTATTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTAT
503 GATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
257993 ACTTCAAATTGTTATAATATTCTTTTGTTATGTGATAAAACAATATTTT-TGTTCATACAAGCTT
568 A-TTTAAATTGCTATAAGA-CCTTTTGTT-TGTCATAAAA-TATTTTTTCTGTTCATACAAGCTT
** * * * * * * * *
258057 ATACAAAATAAAATAATACTAATATAATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAA
629 ATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAA-GAAAAAATTTAAAAAA
* *
258122 TAAATTTGTTTACCAAACC
692 TAAATTTGTTTACCGAACA
* * * * * * * **
258141 AGTTCATATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTAATTCAAA-TCATTATGACCTTTCATTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTAT-TTATTTAAATTCATTATAACCTTTTGTTTTG
* * * * *
258205 TCATAAAATAAATG-TTTTGTTCATAGAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATA
65 TCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* *
258269 TTTCAAAAATTAA-AATGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATCAATTTAAATAATTATG
129 TTTCAAAAATTAATAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAATTAAAATAATTATG
* * * *
258333 AATATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTCTTTGTTCTCTTATAAAATAATAGTT
193 AATATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTCTTTATT-TGTCATAAAATAATAGTT
* * * ** *
258397 TGTGTTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAGTAATACTAATTTATGAATATTTTGACAATTAATA
257 T-TGTTCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATA
* * * * * * *
258461 AGTAAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTACTAAACTAGATCAAATGGTCATGACTATTTGAATA
320 AGTAAAAGA-TTTAAAAAT-AATATATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
258526 ATTATTTATTTTAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGTCCATATAA
383 ATTATTTATTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCA-T-CATACAA
* *
258591 GGTTATTTGAAATAAAATAATACT-ATGTGATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTA
446 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAAT-TTATTAATATTCTAAAAATTAATAA-TAAGAGATTTA
* * * * * * * * * *
258655 TAAAATGAATTTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACCATTTGAACAATTATCGATTTGG
509 AAAAATAAATATATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-A
* * *
258720 AATTGCTAT-A-ACCTTTTGGTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCATATAAGTTTATTTTGA
573 AATTGCTATAAGACCTTTT-GTTTGTCATAAAAT-ATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGA
* * *
258783 ATAAAATAATACAAATTTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAATAAATA
636 ATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCAA-A-AATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATT
*
258847 TGTTTAACGAACA
698 TGTTTACCGAACA
* * *
258860 AGTTCAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAATTC-TTATGACTTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAATTCATTATAAC-CTTTTGTTTTG
* * * * * *
258924 TCATAAAAATAATTGTTTTTGTCCATATGAGCTTATTTGGATTAACATAATATTAATTTATTAAT
65 TCAT-AAAATAATTGTTTTTGTTCATA-AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * *
258989 ACTTTGACAATTAA-TAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT--ATATGTTTACCTAACAAGTTCAAATA
128 A-TTT--CAA-AAATTAA-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAATTAAAATA
* * * * * * * * *
259051 GTTATGACTATTTGAA-TAATTATATATTTCAAATCATTGTGAC-CTTTTGTTTTGTAATAAAAC
187 ATTATGAATATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTC-TTT-ATTTGTCATAAAAT
* ** ** * **
259114 AATTGTTTCAATTCATGTAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTATTATTCCAAAAA
250 AATAGTTT-TGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAA
* * * * * * *
259179 TTAA-AGAGTAAGAGAATTAAAAA-AAAATTGTTTACTTAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATC
314 TTAATA-AGTAAAAGATTTAAAAATAATA-TATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * *
259242 TAAATAATTATCTATTT
377 TGAACAATTATTTATTT
259259 CAGATAATAA
Statistics
Matches: 1993, Mismatches: 444, Indels: 227
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
707 17 0.01
708 270 0.14
709 12 0.01
710 6 0.00
711 79 0.04
712 132 0.07
713 31 0.02
714 33 0.02
715 63 0.03
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717 90 0.05
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724 186 0.09
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727 4 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (710 bp):
AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTAAATTCATTATAACCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
TCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAATTAAAATAATTATGAAT
ATTTGAAGCAATTATTTATTTCAAATTATTATGACTCTTTATTTGTCATAAAATAATAGTTTTGT
TCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAATAATATATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTA
TTTTAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTCATCATACAAGCTTATTTGA
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
ATTTACTGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAATTGCTATAAGA
CCTTTTGTTTGTCATAAAATATTTTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAA
TTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
Found at i:259598 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 259268--260931 Score: 1028
Period size: 181 Copynumber: 9.2 Consensus size: 180
259258 TCAGATAATA
* * * *
259268 ATAACTATTTGAACTCA-TTCT-GTAAACATATTCT-TTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATT-T
1 ATAATTATTTGAACT-AGTT-TAGTAAACATATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT
** * * * * * * *
259329 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATCTT-ACTTCAATTAAGCTTATATGAACTA-AAACAAGTA
63 CGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAA-AAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTC
* * * *
259392 TTTTATTACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
125 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
259449 ATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATCTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA
1 ATAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGA
* * * * * * *
259514 AATATTTATAAATTAATATTATTTTAATCTGAAAAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAC
66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAAAAACTTATATGAATAGAAACAATTCTTTTAT
* ** * **
259579 AACAAAACATAAAGTCATAACAAATTGAAAT-GAATAATTGCCCAAATAG--
131 GACAAAACA-AAAGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
259628 ACAATGATTTGAACTTA-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGCCT
1 ATAATTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCG
* * ** * *
259692 TAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTTCAAATAAGA-TTGGATGAACAGAAAAAAAATTC
65 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTTGAAA-AA-ACTTATATGAATAG--AAACAATTC
* * * * * * *
259754 TTTTTTGATAAAACAAAAGCTTATAACT-ATTTCAAATAGATACTCGTTCAAATAGTA
125 TTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
259811 ATAATTATTTAAATTTA-TTCAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTT
1 ATAATTATTTGAA-CTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTC
* * * * *
259874 GGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTTGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTCTTT
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAAAAACTTATATGAA-TAGAAACAATTCTTT
* * * * * *
259938 TATGACAGAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAATC
128 TATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
259992 ATGATTATTTGATCTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTCACTTATTAATTATCG
1 ATAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTGTCG
* * * ** *
260056 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTATATGAATAGAAATTATTATTTTA
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAAAAACTTATATGAATAGAAACAATTCTTTTA
* * * ** *
260121 TGATAGAACAAAAAATCATAATGATTTGAAAT--A-AA-CCTT-AAATATTC
130 TGACAAAAC-AAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
260168 ATAACTATTTGAACTAGTTT-GATAAACAAAATTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTG
1 ATAATTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCG
* * * * * * *
260228 AAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTCTTTTA
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAAAAACTTATATGAATAGAAACAATTCTTTTA
* * *
260293 TGACAAAACAAAGGGTCATAATGATTTAAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
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* * *
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1 ATAATTATTTGAACTAGTTTA-GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-AATTGT
* * * * ** * ** * *
260407 TGAAATATTAACAAATT--TAATTTTTTTTATTCCAAAAAAGC-TAGCATGAATTCAACAAAACC
63 CGAAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAATTTGAAAAAA-CTTA-TATGAATAGAA-ACAA-T
* * * * * * *
260469 TATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTAAAATATATAATTGTTTATATAGTT
123 TCTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
260528 TTAAATATATGAACTAGTTTAGCAAATGA-ATTTACTTTTTAATAATC--TTAGTTATTAATTTT
1 ATAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAA-CATATTTA-TTTTTTA-AATCTTTTACTTATTAATTGT
* * * * * * * * * * *
260590 TGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTATT
63 CGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAAAAAACTTATATGAATAGAAACAATTCTT
* * * ** * *
260654 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTTAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTT
127 TTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
260709 ATAACTATTTAAACTAGTTT-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATGTCTTACTTATTAACTT-TT
1 ATAATTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTC
* * * *
260772 GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGA-ATG-TTCA-AACACAATTC
64 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAAAAAACTT-ATATGAAT-AGAA-ACAATTC
* ** * * * * * *
260833 TTATATG--TGAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGACATGGCC
125 TTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
260888 ATAATTATTTGAACT-GATTTAGTAAACAGATTTACTTTTTAAAT
1 ATAATTATTTGAACTAG-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAAT
260932 TTTAGAATAT
Statistics
Matches: 1166, Mismatches: 242, Indels: 152
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Matches are distributed among these distances:
171 3 0.00
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185 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATAATTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGA
AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAAAAAACTTATATGAATAGAAACAATTCTTTTAT
GACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
Found at i:261412 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 260995--264197 Score: 1509
Period size: 181 Copynumber: 18.1 Consensus size: 176
260985 TAAAATAAAA
* * * * * * * *
260995 AATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAACATATTTAATTTTAAAACTTTTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAA---TCT
* ** * * * * ** *
261060 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTA-ATCTAAATATGTTTGCATGAGC
62 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * * *
261124 AGAAACTATTGTTTTATAAGAGAAA-AAAA-GTCGTAATGATTTGAAATAAAT
125 AAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* ** * * * *
261175 AATTGCTCAAGCAATCATAACTATTT-AACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* *
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* * *
261303 ACATTTCTTTTATGACAAAACAAAGGGACATAATGATTTGAAATAGAT
129 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * *
261351 AATTG-CCTAAATAGTCAGAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCT
1 AATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTC-
* * * *
261415 TACATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTCCGAAA-AAGCTAATGTGA
63 T---TATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGA
** * * * *
261478 ATTGAAAA-TATTGTTTTTTG--ATAA-AATA--A-A-AATGATTTGAAATAGAT
123 A-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * ** * *
261525 AATTATTCATACACTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* ** * *
261590 AGTTATTCATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
65 A-TTA---ATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * ** * * *
261653 AGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATAC
125 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * *
261705 AATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTGGTTTGGTAAAAAGAATTATTTTTGAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAA-AATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * ** *
261770 ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAACTTGCATGATCAAAAA
65 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* * *
261835 CAATTGTTATATGACCAAACAAAAGG-C--AATGCGATTTAAAATAGAT
130 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAAT--GATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
261881 AATTATTTGAAATGGTCATAATTATTTGAACTAATTTGGTAAACAGATTCATTTTTTAAAACACT
1 AATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAATT-ATTTTTT-AAA-TCT
** * * * * *
261946 AACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTGTATAAAT
62 --CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
** * * *
262011 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGAC
125 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * ** * *
262063 AACTGTTCAAATAGTCCTAACTA-TTGAATTTA-TTTAATAAACAAATTGATTTTTTTAACTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAGTTTGGTAAAAAAATT-A-TTTTTTAAATC-T
** * *** * * *
262126 GCTTATTAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACT
62 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
* * * *
262191 GAAACAATTGTTTTAT-ATCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAAAT
126 AAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * ** *** * *
262242 AACTAT-TTGAACTTGTTCGGTAA--A-TGGATTTA-TTT--T--TTCAA--A-TCTTT---T-G
1 AA-T-TGTTCAAATAG-TC-ATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAATTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
262291 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTAAGATA-
62 CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-AC
** * * * ** * **
262354 TGAAACAAATATTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAATGATCGGAAATAGAT
125 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * ** * ** * * * * *
262406 AATTATTCTAATAGTTTTACCTATTTGATTTGGTTTGGCAAACACATTTATTTTCTAAATCTATT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATC---T
* * ***
262471 ACTTATTAATTTTTTAAATATT-ATAAAATTTGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTTTATAAT-
62 -CTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGC--TTAT-ATG
* * * * * * *
262534 AAAAAAAATAGTTGTTTTATGACAAAGC-AAA-GATCTTAATGATTTGAGATTGAT
122 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA-CATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * *
262588 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTCAACTAGTTCGATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAA-AAAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * * ** * *
262653 ATTAATTTTTGAAATAATAATAAATTACTATTATCTTATTTTGAATAAGCTTAAATGACCAAAAA
65 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
* *
262718 CAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAATGTCATAATGATTTGAAATAGAT
130 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
262763 AATTGTTCAAATGGGCATAATTA-TT-AA-TTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTATATTTTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTA-A--ATC
** ** * ** * **
262825 TACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAAAATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTCAC
61 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
** * * * * ** * * *
262890 TGAAACAATTGTCTTCTGACAAATCAAATGGTTATAATAATTTTAAATAGAA
125 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
262942 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAA--ATC--
* * *
263007 TCTTATTAATTTTTCG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAA
61 TCTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAA
*** * * * * * *
263070 TTGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGAT
124 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
263123 AATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACT-GATTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCT
* * * * **
263187 TACTTATTAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTA-T-TTTAAAATCAAAATAAGC-TAGTATGAA
64 TA-TTA--ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTA-TATGAA
* * ** * * * ** *
263249 C-AAAATAATTATCGTATGACAAAAGAAAA-AATTCTTAACAATTTCAAATAGAT
124 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA--CATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * * * *
263302 AATTGTTCATATAGTC-TCAGCTATTTGAATTGGCTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCC
1 AATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTGGTAA-AAAAATTATTTTTTAA--AT-C
* * * * * **
263366 TAGTTATTAAGTTTCGAAACATTATTAAA-T--TATTATTTTA-TTCTAAATAA-AATAGTATGA
61 T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTA-TATGA
* * * * * * * ** * *
263426 ATAGAATCAATTATTTGATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGAG
123 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
263480 AATTATTCAAATAGGCAAAACTATTTGAAATGGTTT-GTAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTC-T
* * ** * *
263544 ACTGATTAATTTTTTAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACA
64 --T-ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACA
* * * * *
263609 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTA-AAAATGATTTGGAATAAAC
126 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
263660 AATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTCTAAATCACTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAAT--C-T
* * * * *
263725 ACTTATAAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTAT-AAG
62 -CTTAT-TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-
* * * * * * ** *
263789 CTAAAATAATTATTTCATGA-AAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAT
124 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
* ** * * ** * ** *
263841 AATTGTACCTATAGTCTTAATTGGTTAAACTAGTTTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTC--
* * *
263906 AGTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATGA-TTT-TTTCAAATAAGTTTGTATGAAC
63 --TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * * *
263968 AAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAA-GATTATAATAATTTGAAATAGAT
125 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGA-CATAATGATTTGAAATAGAT
* * * ** * *
264020 AATTGTTCAAATAGTCATAAGTGTTTGAACTAGTTTGATAAATGGATTTAATTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* * ** ***
264085 ATTAATTCTTGAAGTATTAGCAAATTAG---TA--TTA--T----TAAGCTTATATGTTGAAAAA
65 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAA
*
264139 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTA-ATAAAGATTTGAAATAGAT
130 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-ACATAATGATTTGAAATAGAT
*
264186 AGTTGTTCAAAT
1 AATTGTTCAAAT
264198 GGCTATAATT
Statistics
Matches: 2318, Mismatches: 549, Indels: 326
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
161 2 0.00
162 2 0.00
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165 9 0.00
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167 2 0.00
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170 9 0.00
171 5 0.00
172 12 0.01
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Consensus pattern (176 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAAAAATTATTTTTTAAATCTCTTA
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGAT
Found at i:261814 original size:350 final size:348
Alignment explanation
Indices: 261158--261814 Score: 801
Period size: 354 Copynumber: 1.9 Consensus size: 348
261148 AAAAAGTCGT
* * * *
261158 AATGATTTGAAATAAATAATTGCTCAAGCAATCATAACTATTTAACTAGTTTGATAAATAGATTT
1 AATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAGCAATCATAACTATTTAACTAGTTTGACAAACAAATTT
*
261223 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATCAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACTAA
66 ATTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATCAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACTAA
* * *
261288 CTTATATGAACAAAAACATTTCTTTTATGACAAAACAAAGGGACATAATGATTTGAAATAGATAA
131 CTTATATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGACAA
* * *
261353 TTGCCTAAATAGTCAGAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTTAAATCTCTTAC
196 TTGCCTAAATAGTCAGAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTGAAATCTCTT--
* *
261418 ATATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCCGAAAAAGCTAATGTGAATTGA
259 ATATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCGAAAAAGCTAATGTGAATTGA
261483 AAATATTGTTTTTTGATAAAATAAA
324 AAATATTGTTTTTTGATAAAATAAA
* * * * *
261508 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATA-CACTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGACAAACAAAT
1 AATGATTTGAAATAAATAATTACTCA-AGCAATCATAACTATTT-AACTAGTTTGACAAACAAAT
* * *
261572 TTATTTTTCAAATCTCTTAGTTATTCATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGTA-TATTTTATTTC
64 TTATTTTTCAAATCTCTTA-TTA---ATTTTTGA-AATATCAATAGATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * **
261635 AAA-TAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAA
124 AAACTAA-CTTATATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAA
* * * * * * *
261699 GTATACAATTG-TTCAAATAGTCATAGCTATTTAAACTGGTTTGGTAAA-AAGAATTATTTTTGA
188 ATAGACAATTGCCT-AAATAGTCAGAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAATAA-AATTATTTTTGA
261762 AATCTC-T-TATTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAA
251 AATCTCTTATATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCCGAA
261815 TAAACTTGCA
Statistics
Matches: 259, Mismatches: 37, Indels: 22
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
349 3 0.01
350 76 0.29
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352 3 0.01
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355 21 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (348 bp):
AATGATTTGAAATAAATAATTACTCAAGCAATCATAACTATTTAACTAGTTTGACAAACAAATTT
ATTTTTCAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATCAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAACTAA
CTTATATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGACATAATGATTTGAAATAGACAA
TTGCCTAAATAGTCAGAACTATTTAAACTAGTTAGGTAAATAAAATTATTTTTGAAATCTCTTAT
ATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTATATTATTTTATTCCGAAAAAGCTAATGTGAATTGAAA
ATATTGTTTTTTGATAAAATAAA
Found at i:264091 original size:537 final size:534
Alignment explanation
Indices: 262906--264119 Score: 1183
Period size: 537 Copynumber: 2.3 Consensus size: 534
262896 AATTGTCTTC
* ** * *
262906 TGACAAATCAAATGGTTATAATAATTTTAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
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* * * * * * * * * *
262971 TTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTTCTTATTAATTTTTCGAATGTTAATAAAT
66 ATAGTTTGATAAATAGATTTAATTTTTAA--ATC--TCTTATTAATTTTTCAAATATTAGTAAAT
* * * *** * *
263036 TAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACCAAAGAAAAA
127 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * *
263101 GTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAAAC
192 GTAAAAACGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAAAC
* * * *
263166 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTTTAAAATC
257 AAATTTATTTTCTAAATCACTTACTTATAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTTTAAAATC
* *
263231 AAAATAAGCTAGTATGAACAAAATAATTATCGTATGACAAAAGAAAAAATTCTTAACAATTTCAA
322 AAAATAAGCTAGTATGAACAAAATAATTATCGTATGACAAAAGAAAAAAGTCATAACAATTTCAA
* * * * * * * ** *
263296 ATAGATAATTGTTCATATAGTCTCAGCTATTTGAATTGGCTAGGCAATTAGATTTATTTTTTAAT
387 ATAAATAATTGTACATATAGTCTCAACTAGTTAAACTAGCTAGGCAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * *
263361 TTTCCTAGTTATTAAGTTTCGAAACATTATTAAATTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGA
452 TCTCCTAGTTATTAAGTTTAGAAACATTAATAAATTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGA
* *
263426 ATAGAATCAATTATTTGA
517 AAAAAATCAATTATTTGA
* ** * * * *
263444 TGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGAGAATTATTCAAATAGGCAAAACTATTTGAA
1 TGACAAAACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
263509 ATGGTTTG-TAAATAGATTTACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAGTAAAT
66 ATAGTTTGATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTCAAATATTAGTAAAT
* * *
263573 TAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
127 TAGTATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * ** * * *
263638 GTAAAAATGATTTGGAATAAACAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTGAATTGGTTTGGTAAA
192 GTAAAAACGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCT-TAACCATTTGAACTGATTTGATAAA
* * * *
263702 TAGAA-TTATTTTCTAAATCACTTACTTATAAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTT
256 CA-AATTTATTTTCTAAATCACTTACTTAT-AAA-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-TTA
* * ** * * *
263766 TATTCCGAATAAGCTTGTAT-AAGCTAAAATAATTAT-TTCATGA-AAAA-AAAAAGGTCATAAC
317 AAATCAAAATAAGCTAGTATGAA-C-AAAATAATTATCGT-ATGACAAAAGAAAAAAGTCATAAC
* * * * * * * * *
263827 AATTTGAAATAAATAATTGTACCTATAGTCTTAATTGGTTAAACTAGTTTGGTAAACGGATTTAT
379 AATTTCAAATAAATAATTGTACATATAGTCTCAACTAGTTAAACTAGCTAGGCAAACAGATTTAT
* * *
263892 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATGATTTT-TTC-AAAT
444 TTTTTAAATCTCCTAGTTATTAA-GTTTAGAAACATTAATAAATTA-T-T-ATTTTATTCTAAAT
** * *
263954 AAGTTTGTATGAACAAAAAT-AATTATTTTA
505 AAAATAGTATGAA-AAAAATCAATTATTTGA
* * * * *
263984 TGATAGAAC-AAAAGATTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTGTTTGA
1 TGACAAAACAAAAAG-TTATAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
264048 ACTAGTTTGATAAATGGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTCTTGAAGTATTAGCAAATTAG
65 AATAGTTTGATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAGTAAATTAG
264113 TATTATT
130 TATTATT
264120 AAGCTTATAT
Statistics
Matches: 544, Mismatches: 113, Indels: 39
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
533 2 0.00
534 1 0.00
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542 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (534 bp):
TGACAAAACAAAAAGTTATAATAATTTGAAATAGAAAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
ATAGTTTGATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTCAAATATTAGTAAATTAGT
ATTATTTTATTCTAAATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTAA
AAACGATTTGAAATAAACAATTATTCAAATAGTCTTAACCATTTGAACTGATTTGATAAACAAAT
TTATTTTCTAAATCACTTACTTATAAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTTTAAAATCAAAA
TAAGCTAGTATGAACAAAATAATTATCGTATGACAAAAGAAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAA
ATAATTGTACATATAGTCTCAACTAGTTAAACTAGCTAGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
CTAGTTATTAAGTTTAGAAACATTAATAAATTATTATTTTATTCTAAATAAAATAGTATGAAAAA
AATCAATTATTTGA
Found at i:264353 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
264308 AAATACATTT
*
264318 ATTTTTTAAATCTCTTATTA
1 ATTTTTTAAA-CTATTATTA
264338 ATTTTTTAAA-TATTATTA
1 ATTTTTTAAACTATTATTA
264356 A
1 A
264357 ATTAGTATTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.44
20 10 0.56
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (19 bp):
ATTTTTTAAACTATTATTA
Found at i:264866 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 264286--266191 Score: 1489
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 181
264276 AGGTCAAACT
* * * *
264286 TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* ** * *
264347 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATG-ATA-AAAAATAGTTGTTTT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-A-TTATTTT
* ** * * *
264409 ATGACAAAAC-AAAGATCATAACGGTTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATAATCA
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
264462 TAACTATTTGAACTGGTTCTGA-AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * * *
264526 AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-TTCTTATGAACT-GAAATAATTATTTT
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
* * * *
264589 ATGACAAAACAAAAGGTCAAAACTACTTT-AAATGGAAAATTGTTCAAATAGTCA
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** *
264643 -AATCTATTTAAACTTGTTCTATAAATAGATTTATATTTTTAAATCTCTTGCTCCTTAATTTTTT
1 TAA-CTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
264707 GAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGT-TGAACTA-AAATAATTATTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTT
* * * * * *
264770 ATGACTAAAGAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
264824 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
1 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
264889 GAATA-TATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTT
64 AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTT
* * * * * ** *
264952 ATAATAAAA-TAAAGATTATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
265005 TGACTATGTGAATTGTTTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCGCTTAC----TAATTTTCAAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * ** * * *
265066 GTATTAATAGATTAGTA-T-CTTT-TT-TGAATAATTTTGCATGAACAGAAAAAATTATTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * ** * * *
265127 AGAAAAACAAAAGGACATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACA
131 A-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * ** *
265179 TGATTATATGACCTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTAATTTTTAGA
1 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * *
265244 ATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTATGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTGTA
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * * * *
265309 ACAAAACAAAAGATCATAACTAGTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCA
131 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
265360 TAGCTATTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * *
265425 ATATTATTCAACTAGTATTATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAATAGAAATAATTAGTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * *
265490 ACAAAATAAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA
131 ACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
265542 TAACTATTTGAA-TGTGTTTAGA-GAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTT
1 TAACTATTTGAACTG-G-TTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
265604 GAATAATAATAAATTTA-TATTATTTT-TTTTGGAATAAGCTCGTATGAATAGAAACAATTATTT
64 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTT
* * * * *
265667 TATGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTGAAATATAAAATAGTTCAAATAGTCA
127 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
265722 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAA
1 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * **
265787 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAT-TGAACT-TATACAATTGCTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAT
** * * * * *
265850 GATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTA
130 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * * * *
265902 TGACTACTTGAACTTGGTT-GGTAAAAATCTTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA
1 TAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAA
* * * ** * * * *
265966 AATATTAATAAAATAATATTATTTTAATTC-AAATAAATTTGTATGAACAAAAAAAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTA
** * * *
266030 TGACGGAACAAAAAGTCGTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
266083 TGACTACTTGAACT-TTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTTATTGTTT-
1 TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATT-TTTA
* * * * * *
266146 GAATATTGAT-AATTTGTTTTATTTTAAT-TGAAATAAGCTTTTATGA
64 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGA
266192 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 1389, Mismatches: 284, Indels: 110
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
172 32 0.02
173 7 0.01
174 76 0.05
175 11 0.01
176 46 0.03
177 1 0.00
178 26 0.02
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183 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
TAACTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
Found at i:264994 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 264286--269110 Score: 3009
Period size: 362 Copynumber: 13.5 Consensus size: 360
264276 AGGTCAAACT
* * * * *
264286 TAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTTAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCTATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGA
* ** * *
264347 ATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAAATAAGCTTGTATG-A-TAAAAAATAGTTGTTTT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA-A-TTATTTT
* * * * * *
264409 ATGACAAAAC-AAAGATCATAACGGTTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATAATCATAACTATTTG
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * *
264472 AACTGGTTCTGA-AAACAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
192 AACTGGTTC-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * ** * *
264536 AAATAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-TTCTTATGAACTGAAATAATTATTTTATGACAAAACA
256 AATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTT-GTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-
* * * * *
264600 AAAGGTCAAAACT-ACTTT-AAATGGAAAATTGTTCAAATAGTCA
318 AAAGATTATAA-TGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * **
264643 -AATCTATTTAAACTTGTTCTATAAATAGATTTATATTTTTAAATCTCTTGCTCCTTAATTTTTT
1 TAA-CTATTTGAACTTGTTCTATAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * *
264707 GAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGT-TGAACTAAAATAATTATTTTA
64 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTA
* * * ** * * *
264771 TGACTAAAGAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
264836 CTGGTTCGATAAACACATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA-TATTAA
194 CTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * *
264900 ATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATAATAAAATAAA
257 ATTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
*
264965 GATTATAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
321 GATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * **
265005 TGACTATGTGAA-TTGTTTTGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCGCTTAC----TAA-TTTTCA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCT-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * ** * *
265064 AAGTATTAATAGATTAGTA-T-CTTT-TT-TGAATAATTTTGCATGAAC-AGAAAAAATTATTTT
65 AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTT
* * * * * * * *
265124 ATGAGAAAAACAAAAGGACATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGATTATATG
128 ATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * **
265189 ACCTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCAATTAATTTTTAGAATATTAATAA
192 AACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * * * *
265254 ATTAGTATAATTTTATTATGAATAAACTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTGTAACAAAACAAA
257 ATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
* * * * *
265319 AGATCATAACT-AGTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCA
320 AGATTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
265360 TAGCTATTTGAACTTGCTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCTATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGA
* * * * * * *
265425 ATATTATTCAACTAGTATTATTTTATTTTGAATACGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTAGTTTAT
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTAT
* *
265489 GACAAAATAAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGA
130 GACAAAA-CAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * * * *
265553 A-TGTGTTTAGA-GAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTTGAATAATAATA
193 ACTG-G-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * * *
265615 AATTTA-TATTATTTTTTTTGGAATAAGCTCGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA
256 AA-TTAGTATTA-TTTTATTCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** * * *
265679 AA-ATGTTATAACAATTTGAAATATAAAATAGTTCAAATAGTCA
319 AAGA--TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * ***
265722 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCAAA
1 TAACTATTTGAACTTGTTCTATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGA
* * * * * * **
265787 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCCTAT-TGAACTTATACAATTGCTTTATG
66 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATG
** * * * * * * *
265851 ATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTTATGACTACTTGAACT
131 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
* * ** * * * * * *
265916 TGGTT-GGTAAAAATCTTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAAAT
195 TGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* * ** * ** *
265980 AATATTATTTTAATTCAAATAAATTTGTATGAACAA-AAAAAATTGTTTTATGACGGAACAAAAA
260 AGTATTATTTT-ATTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA
** ** *
266044 GTCGTAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
323 -TTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
266083 TGACTACTTGAACTT-TT-TGGTAAACAAATTTATTTTTTAAAATCTTTTGCTTATTTATTGTTT
1 TAACTATTTGAACTTGTTCT-ATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * *
266146 GAATATTGAT--A--A-T-TTGTTTTATT-T---TAA--TTG-A--AA-T-AAGC-----TTTTA
64 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTA
* * *
266189 TGACAAAACAAAAGG-CTATAGTGATTAG-AATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
129 TGACAAAACAAAAGGTC-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
266252 ACTTGTTCGATAAACAAATTCA-GTTTTAAATAT-TTGCCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
193 ACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAA
* * * * * * * ** *
266315 ATTAGAATTATGTTGTTCTGAAAAAGTTTGTA-CAAACGGAAACAATTACTTTATGATAAAACAA
257 ATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-A
* *** * *
266379 AAGGTCGGAATGATTTGAAATAGATAATTTTTCAAATTGTCA
319 AAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * * * ** *
266421 TAATTATAT--ACATTGGTCAAGCCAATAGCTTCATTTTTTAAACCAGTTACTTATTAATTTTTA
1 TAACTATTTGAAC-TTGTTCTA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * ** * * *
266484 GAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGGC-TATATCAA-TGGAAACAATTA-TT
64 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-GCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTT
* * * ** * * * *
266546 TGTGAAAAAACAAATGGGAATAATGATTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTG
127 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
266610 AATTGGTT-TAGTAAAGAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATA
192 AACTGGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATA
* * * ** * **
266670 AATTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTAAATGAACAA-AAACATTTGTTTTACAACAAAACA
256 AATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * *
266734 AA-ATGTCATAAGGATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
319 AAGAT-T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
266777 TAACTATTTGAA-TTGGTTTGGCTA-ACA-A-ATTTATTTTCTAAATCTCTAAGTTATTAATTTT
1 TAACTATTTGAACTT-G-TT--CTATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
266838 CAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTCTTAAC-ATAAGCGATTGT
62 -TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTAT
* * * * *
266901 TTTATGACAAAACAAAAGATTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
125 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
266966 TGAACAAGTTTTG-TAAACAAATTTATTTTTCAAATCT-TCTACTCATTAATTTTT-GAAATATT
190 TGAAC-TGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTAG-AATATT
* * * *
267028 AA-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGC-T-TAT-ACAATGAAAACAATTATTTTAATGA-
252 AATAAATTAGTATTATTTTATT-CGAATAAGCTTGTATGA-AAAG-AAACAATTGTTTT-ATGAC
* * ** *
267088 AAAATCAAAAATTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGCAGCCA
313 AAAA-CAAAGATT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
267138 TAATTATTTGAA-TTAATT-TGATAAACT-GATTTATATTTTAAATCTC-TAATTTTTCAA-ATT
1 TAACTATTTGAACTT-GTTCT-ATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTT
* * ** * * * * *
267198 TTGAAATATTAATAAAGTAATATTGCTTTGTTTTGCATAAGCTTCTATGAACTGAAAACAATTGT
62 TTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTAT
* * * * * *
267263 TTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGACTTAACCATT
125 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * * *
267328 TGAATTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATTTCTTGCTTTTTAATTTTTTGAATGTTA
190 TGAACTGGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTA
* ** * *
267393 ATAGAA-TAGTATTATTTAATTTCG-ATAAGCATT-TATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTA
253 ATA-AATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGC-TTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * ** * *
267455 AACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCT
315 AAC-AAAGATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTGTTCTA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* ** * * * * * * *
267564 AATATTATTAGTTTAGCAATATGTT-CTCCGAATAAGCTTGTATCAAC-AGAAACAATTGTTTTA
65 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTA
* ** * *
267627 TGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * ** * * *
267691 CTGGTTTGGTAGGCATATTTAGTTTTT-AA-GTC-T-CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAAA
194 CTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA
* * ** * * *
267751 TTAGTATTA-GTTATTCTAAATAATTTTATATGAATAA-AAATAATTGTTTTACGACAAAACAAA
258 TTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
*
267814 -ATGTTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA
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* * *
267855 TAACTATTTGAA-TTCGTT-TAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTT
1 TAACTATTTGAACTT-GTTCTA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTT
* * * * * *
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64 G-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTAT
* * * * *
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125 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * * * *
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* * * * ** * * *
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* * * ** *
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317 CAAAGAT-T-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * *
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1 TAACTATTTGAACTTGTTCT-ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG
* * * * *
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65 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTATTTT
* * * * ** * *
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128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
268408 AATTGGTTGGATATACAGATTT-TTTTTAAAATCTCTTA---A-TAATTTTT-GACATATTAGTA
192 AACTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGA-ATATTAATA
* * * * * *
268467 GATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAAGAA-AAACATTTGTTTTACGACAAAACA
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* * * * * * *
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319 AA-GATTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
** * * * * **
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1 TAACTATTTGAACT-TGTTCTATAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-
* * * *
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* * * * *
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125 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
268766 TGAACTAGCTC-AGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCCTAC-TATTTAATTTTT-GAAATATT
190 TGAACTGGTTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TTAATTTTTAG-AATATT
* * *
268828 AA-AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGC-T-TAT-ACAATGAAACACAATTGTTTTATGAC
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* * * * *
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* * * * * * ** *
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1 TAACTATTTGAACTTGTTCTATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TTATTAATTTTTT
* * * * * * *
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* * * * *
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127 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
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Statistics
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TAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
Found at i:267148 original size:180 final size:182
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * **
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* * * * * * ** *
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** * * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
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* * *** * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * ** * *
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* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * *
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66 TTGAACTAGTTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATT
* ** * * * * * * * *
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* ** * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * *
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* * ** * *
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* * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
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66 TTGAACTAGTTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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129 TAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAAACAATTG
* * * * * * ** * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * * **
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** *
268581 TTGAACTA-TTTCGACAAACAAATTTATTTTTTTTAAATC-TCTTTTTTATTAA-TTTTCATAAT
66 TTGAACTAGTTTTGATAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTTC-TACTTATTAATTTTTGA-AAT
* * * * * *
268643 ATTATTATATTAGTATTTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAACTAATTA
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* * * * *
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1 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * * *
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66 TTGAACTAGTTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTACTTA-TTAATTTTTGAAATATT
* *
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130 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATGAAA-ACAATTG
* * * * * *
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* ** * * * *
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65 TTTGAACTAGTT-TT-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTCTAC-TTATTAATTTTTGAAAT
* * **** * * *
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* * * * * *
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269111 GTAGACACCC
Statistics
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Found at i:269224 original size:23 final size:22
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* *
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*
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATTTTTTTATTTATCA
Found at i:271990 original size:57 final size:57
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* * *
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* *
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* * *
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** * * *
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* * *
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*** * * * * *
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* **
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* ***
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*
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*
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** * * * ** *
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* * *
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*
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* * * ** *
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* *
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* * *
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** **
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* *
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*
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* * *
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** * ** *
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* * ** *
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** * * * ***
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* * * *
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* * * * *
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* **
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * ** *
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* * * * **
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* * ** * * * **
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1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * * ** * *
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* * * * * **
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* * * * ** * *
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1 AATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * ** * * * *
283452 TAGACAATTA-TCCTAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTTTAGTAAATAAATTTATTTTTTAAA
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* * * *
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* * * * ** * *
283568 GATAAGCTTTTATGGACT-AAAAAAGTTGTTTTATGGTAAAACAAAAAGTCATGATGATTTTAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * *
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65 TAGATAATTAG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT-TGGTAAACAGATTTATTTTTT-A
* * * * ** * * * * *
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* * * * * *
283750 AATAAGCTTGTAAGATA-TGAAACAAATATTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * ** ** * * *
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65 TAGATAATTAGTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* **
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* * * * *
283932 ATTAAGCTTCTAT-AATTAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* ** * * * * * * * * *
283996 TATATAACCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAAG-TCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAA
65 TAGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * ** * *
284060 TTTTTTTCTTAATAATTTAGGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTA-TTCTG
129 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
** * * * * * * * *
284113 TCTAAGCATGTATTAACTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * ** * *
284178 AGACAATT-GTTCAAATAAT-ATTAACTATTTAAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTTAA
66 AGATAATTAG-TCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * * * *
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128 ATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCA
* * * * * * **
284295 AATAAGTTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
** * * * ** ** * *
284360 AGATAATTTTTCTAATTGTCTTAACCGTTTGAACTAATTTGGTAAACAAAGTTT-TATTTTAAA-
66 AGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAAT
* * * *
284423 -TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTA-ATCTA
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * * * **
284472 AATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGATAAGGTTATAACAATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * ***
284536 AGTTTATCATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAACTGGTTTGG----CA-A-TTA-GACTT--AT
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* * * *
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130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCA
** ** ** * * * *
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1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAA
* * * * * * * * * *
284698 TGGTTAATTATTCAAATAGTTAAAACTGTTTGAAATGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAAT
65 TAGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * **
284763 CTCTTACTAATTAA-ATTTCAATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTT
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * ** * * * *
284815 AACAAACTTATATTAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACGAAAATTAATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
284880 AGACAATT-GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA-TTAGTTCGGTAAATAGAATTATTTTCTAAA
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* * * * * *
284943 CCTCTTAGTTATAAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-TGTATTATATTCCA
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* * * * * * * * * **
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1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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*** * * * * *
285178 AATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTACAATTGTTTTTTG-CTAGAACAAAATGTTATAATAAT
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* * * * *
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* * *
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**** * *
285361 AATAAGCTTGTATGTTGAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAACA-TAATAATGATTTAAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAA
* * * * * ** **
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** **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** *
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* *
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* * * ** ** *
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***
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
286266 AA-AAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAAGTCAGAACGATTTAAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * ** *
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* * * * * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * * **
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* * ** * * * **
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * *
286749 TCCTACCTACTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTCCG
131 TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * *
286799 AATAA-ATATGTATGAA-TAGAAACAATTATTTTATCACAAAA-ACAAAAGATCATAACT-ATTT
1 AATAAGCT-TGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAAG-TCATAA-TGATTT
* * * * *
286860 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTTGGTAAA-TGATTTATTTTTA
61 GAAATAGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTT-
* * * * * *
286924 AAAAT-TTTTACTTATTAATTTTAGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCT
125 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* ** * * *
286980 AATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATAAAACAAAATGTCATAAAT-ATTTGAAA
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-AATGATTTGAAA
* * * * * **** * * *
287044 TAAATAATT-GTTCATATAGTAATAACTATTTGAGCATGTTCAAAAAACAAAATTTTTTTTTTGA
65 TAGATAATTAG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAA
* * * *
287108 AT-TTTTTCTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTT-CTTCAA
128 ATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * * *
287161 AATAAGCTTGAAGGAA-TAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGACA
1 AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAA
* * * **
287225 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTCATAATTTAAAT
65 TAGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * *
287290 CTCTTACTCAATAATTTGTGGAATATTATTCAATTAGTATTATTTTATTTCA
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * **
287342 AATAAGGC-TATATGAACT-AATACAATTGTTTTTTGACGAAACAAAAAGTCGTAACAATTTGAA
1 AATAA-GCTTGTATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA
* * * * * * * ** *
287405 ATAAATAATTATTCAAGTAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTGCTTTTAAAA
64 ATAGATAATTAGTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * *
287470 TATTTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAACAAATTAATATTATTTTAATCCG
129 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * * * *
287523 AATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTCTATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAAT
1 AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * *
287588 AAATGATT-GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTGGTGAATAGTTTTCTTTTTTAAAT
66 AGATAATTAG-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT
* *
287652 CTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA
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287699 ATTGTTAAAA
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TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
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284435 TTTTAAAATA
* ** * *
284445 TTATTAGATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTTATATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACA
1 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAAATAATATGAACACAAACAATTGTTTGATGACA
* * * * * *
284509 AAAGATAAGGTTATAACAATTTGAAATAGTTTATCATTCATATAGCTT-TAACTATTTGAACTGG
66 AAAGAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGTTAATCATTCAAATAG-TTAAAACTATTTGAAATGG
284573 TTTGGCAATTAGACTTATTTTTTAATGTTTTTGG
130 TTTGGCAATTAGACTTATTTTTTAATGTTTTTGG
* * * *
284607 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAAATAATATGAACACAACCAATTGTTTGATGACA
1 TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAAATAATATGAACACAAACAATTGTTTGATGACA
* ** * * *
284672 AAATAAAAGCTTATAATGATTTGAAATGGTTAATTATTCAAATAGTTAAAACTGTTTGAAATGGT
66 AAAGAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGTTAATCATTCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGT
284737 TTGG
131 TTGG
284741 TAAGCAAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAAATAATATGAACACAAACAATTGTTTGATGACA
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TTGGCAATTAGACTTATTTTTTAATGTTTTTGG
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Indices: 284447--284779 Score: 346
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284437 TTAAAATATT
* ** * *
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1 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAAATAATATGAACAAAACAATTGTTTGATGACAAAA
* * * * * *
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** * * * ** *
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* * * *
284609 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAAATAATATGAACACAACCAATTGTTTGATGACAAA
1 ATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAAATAATATGAACA-AAACAATTGTTTGATGACAAA
* ** * * *
284674 ATAAAAGCTTATAATGATTTGAAATGGTTAATTATTCAAATAG-TTAAAACTGTTTGAAATGGTT
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* *
284738 TGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAAT-CTCTTACTA
129 TGGCAAGCAAACTTATTTTTT-AATGCTCTTACTA
284772 ATTAAATT
1 ATTAAATT
284780 TCAATATATT
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 31, Indels: 5
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
162 38 0.28
163 96 0.70
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ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (162 bp):
ATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAAATAATATGAACAAAACAATTGTTTGATGACAAAA
GAAAAGCTTATAACAATTTGAAATAGTTAATCATTCAAATAGCTTAAACTATTTGAAATGGTTTG
GCAAGCAAACTTATTTTTTAATGCTCTTACTA
Found at i:285982 original size:541 final size:534
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Indices: 281904--287698 Score: 2273
Period size: 541 Copynumber: 10.7 Consensus size: 534
281894 TTTTAAATCT
** * **
281904 CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTGTATGAA-T
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* * ** * * * *
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* * * * *
282032 GTCATAACTATTTGAATTCGTTCG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
128 GTCTTAACTATTTGAA-TGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTT
* * * * * * *
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188 TGAAAT-TTTATAAAT-TAGTA-TTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATTA
* * * * * * * * * *
282159 TTTTATGACAAAACAAATGGTCATTATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTAT
249 TTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA-TAT
** * * *
282224 TTGAACTT-ATTTGGTAAACAGATTT--TTTTTCAATTCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
312 TTGAA-TTGATTTGAAAAATAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
** ** * * * * *
282286 AATAAATTAGTATTATTTTACATCAAATAAGCTTATATGAACTGAAGCAATTATTTTATTACAAA
375 AATAAGGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAA
* * * *
282351 AGAAAAA-GTCAGAATGA-TTTGAAATAGATAATTAG-TCAAATAGTCATGACTATTTGAGCTTG
440 A-AAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA-AACTATTTCAACTTG
* * ** * ** *
282413 TTTGGTAAACGTATTTA-TTTTTTAAATCTTTTA
501 TTCGATAAACACATTTATTTTTTTCAATCTCATG
* * * * * * * *
282446 CTTATTAA-TTATCGAAATATTAATATAA-TAATATTATTTTAATCTGAATATA-CTTGTTTGAA
1 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCTCAA-AAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
282508 C-AGAACTATTGTTTTATAAC-ATAACAAAAAGTA-ATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
63 CTAAAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAAG-ACAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-A
* * * * * *
282570 ATAGTCATAACTATTT-AACTGTTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTAATTTTT
125 ATAGTCTTAACTATTTGAA-TGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * ** *
282634 GAAATATTAGTAGATTAGTATTGTTTT-TTTCCAAACAAACTTATATGAACAAG-AACTTTTGTT
189 GAAATTTTA-TAAATTAGTATTATTTTATAT-CAAATAAGCTTGTATG-ATAAGAAACAATTATT
* * * * * * * *
282697 TTATGACAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATTATTAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT
251 TTATGACAAAA-CAAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA-TATTT
* * ** * * * * *
282762 G-ATCTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
314 GAAT-TGATTTGAAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
** * * * * * ** * * * * *
282826 AAATTCA-TTTTATTTTGTTCCTAATAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATTGTTTTATGATAAGAA
378 AAGGT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAA
* * * * * * *
282889 AAAAGGTCATAACGA-TTTGCAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTGAACTAGTTCG
442 AAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTCAACTTGTTCG
* * * *
282953 ATAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG
505 ATAAACACATTTATTTTTTTCAATCTCAT-G
*** * *
282983 -TTATTAATTTTCAAAATGTTATTATATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAC-
1 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAA-AAGCTTGTATGAACT
* * * *** * * * *
283045 AGAAATAATTTTTTTATTA-TAGAAC-AAAAGGTTGTAACGATTTGATATACAAAACT-TTCAAA
65 A-AAACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAAGACAG-AACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AA
* * * ** *** *
283107 TTGTCATAATTA-TTGAAATTGGTTTGGTAAATGGATTTATCTTTTAAAGCTCTTAC-TATTAAT
126 TAGTCTTAACTATTTG-AA-TGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAT
* * * * * ** *
283170 TTTTGAAAGATTAAAAAATTAGTATTATTTAATTTTGAAGAAGCTTGTATGATCAA-AAACAATT
185 TTTTGAAA-TTTTATAAATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGAT-AAGAAACAATT
* * * * * * * * * *
283234 GTTATATGA-ACAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGTCATAATA
248 ATTTTATGACA-AAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAAT-
* * * * * * * * *
283298 ATTTGAACTGA-TTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATTTCCTACTTATTAATTTTTTAAATAT
310 ATTTGAATTGATTTGA-AAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
** * * ** * * * * *
283362 TAATAAATTGGTATTATTTGATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTATAACAATTGTTTTATAACAA
374 TAATAAGGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAA
* * * ** * * * * * * ** * *
283427 AACAATAGGTAATAACAATTTTATATAGACAATTATCCTAATAGTTGTAACTATTTGAATTTGTT
439 AAAAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAAACTATTTCAACTTGTT
* * * * *
283492 -TAGTAAATAAATTTA-TTTTTT-AAACTCAAG
503 CGA-TAAACACATTTATTTTTTTCAATCTCATG
* * * * * * * * *
283522 CTTATTAATTTTTTAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTCATTTTCGATAAGCTTTTATGGACTA
1 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * * *
283587 AAA-AAGTTGTTTTATG-GTAAAACAAAAAGTCATG-ATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAAT
66 AAACAA-TTATTTTATGACT-AAACAAAAAGACA-GAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAT
* * * * * *
283649 AGTCATAACTATTTAAACTTGTTCTG-TAAACATATTTATTTTTTCAAAT-ATTTTGCTTTTTAA
127 AGTCTTAACTATTTGAA-TGGTT-TGACAAACACATTTATTTTTT-AAATCA-----CTTATTAA
** ** * * * * *
283712 TTTTTTTAATGTCAATAAATTTGGATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAAA
184 TTTTTGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTATAT-CAAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAAT
* * * * ***
283776 TATTTTATGACCAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGAA-AATTATTCTAAATAGTTTTAA
247 TATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATA-AATAATTATTC-AAATAGCCATAA
** * * ** * * *
283840 CTATTTGAACCGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAAT
309 -TATTTGAATTGATTTGAAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AAT
* ** ** * * * * **
283904 ATTATTAAATTAGTATTATTTTCA-ACCAATTAAGCTTCTAT-AATTAGAAACAATTGCTTTATG
372 ATTAATAAGGTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTATG
* * *** * * * *
283967 ACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATATATAACCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAAC
435 ACAAAAAAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTCAAC
* * * ** * ** *
284031 TAAG-TCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAATTTTTTT
498 T-TGTTCGATAAACACATTTATTTTTTTCAATCTCATG
* ** * * **** * *
284067 CTTAATAA-TTTAGGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTCTGTCTAAGCATGTATTAACT
1 CTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAAAGCTTGTATGAACT
* * ** * * * *
284131 GAAACAATTATTTTATGAC-AAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATA
65 AAAACAATTATTTTATGACTAAA-CAAAAAGACAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AATA
* * * * * * * * *
284195 ATATTAACTATTTAAACTTGTTTAATAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTT
128 GTCTTAACTATTTGAA-TGGTTTGACAAACACATTTA-TTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTT
* * * * * * *
284260 TCTG-AATGTTAATAAATTAATATTAATTTATTAT-GAATAAGTTTGTATGA-ACTGAAATAATT
187 T-TGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTA-TATCAAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATT
* * * * * * * * * * * * * **
284322 GTTTTATAACTAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTTTTCTAATTGTCTTAACCG
248 ATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA-TA
* * * *
284387 TTTGAACTAATTTGGTAAACAA-AGTTTTA--TTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATA
311 TTTGAATTGATTT-G-AAA-AATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATA
* * * * * *
284445 TT-ATTAGATTAGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGA
373 TTAATAAG-GTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * ** * ** *
284507 CAAAAGATAAGGTTATAA-CAATTTGAAATAGTTTATCATTCATATAGCTTTAACTATTTGAACT
436 CAAAAAAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCAAACTATTTCAACT
* ** * *
284571 GGTT---T-GGCA-A-TTA--------GA-CTTAT-
499 TGTTCGATAAACACATTTATTTTTTTCAATCTCATG
* * * * **
284591 -TTTTTAATGTTTTTG---GTTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTCAATAAA-ATAATATGAAC
1 CTTATTAAT-TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAA-AAAGCTTGTATGAAC
* * * * * * *
284651 -ACAACCAATTGTTTGATGAC-AAA-ATAAAAG-CTTATAATGATTTGAAATGGTTAATTATTCA
64 TA-AAACAATTATTTTATGACTAAACA-AAAAGAC--AGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
* * ** * * * *
284712 AATAGT-TAAAACTGTTTGAAATGGTTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTA
124 AATAGTCT-TAACTATTTG-AATGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATT-
* * * ** * * * * * *
284776 AATTTCAATATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTTAACAAACTTATATTA-ACAAAAATAA
186 --TTTGAA-AT-TTTATAAATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAA
* * * * * * * **
284840 TTGTTTTATGACAAAACGAAA-ATTAATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAA
246 TTATTTTATGACAAAAC-AAAGA-TCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA
* ** * * * * *
284904 TTATTTGAATT-AGTTCGGTAAATAGAATTA-TTTTCTAAACCTCTTAGTTATAAATTTTTAAAA
309 -TATTTGAATTGA-TTTGAAAAATAGATTTAGTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * * * * * * *
284967 TATTAATAAATTAGT-TGTATTATATTCCAAAGAA-TCTTGTAGGAGCTGAAATAATTATTTTAT
371 TATTAATAAGGTAGTAT-TATTTTATTTCAAATAAGT-TTTTATGAACTAAAACAATTATTTTAT
* * * * * * * * * * * * *
285030 GATAAAACAAAAGGTTATAA-CAATTTGAAATAAAATAATTATTCATATAATCTTAATTGTTTAA
434 GACAAAAAAAAAGGTCATAATGACTTT-AAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTCA
* * * * * * * *
285094 ACTGGTTTGGTGAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG
496 ACTTGTTCGATAAACACATTTATTTTTTTCAATCTCAT-G
* * * * * *
285133 -TTATTAATTTTTAGAATTTTACTAAAGTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGTTGAA
1 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAAAGCTTGTA---TGAA
** * * * ** * **
285197 AAACAATTACAATTGTTTTTTG-CTAGAACAAAATGTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTC
63 CTA-AA--ACAATTATTTTATGACTA-AACAAAAAGACAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
285261 AAATAGTCATAACTATTTGTAATGGCTT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT
124 -AATAGTCTTAACTATTTG-AATGGTTTGA-CAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATT
* * * * * *
285325 ATTGAAATATTAATAAATTAGGATTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGTTGAGAAACAATTGT
186 TTTGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTAT
* * * * * *
285390 TTTATGACAAAACAAAACATAATAATGATTTAAAATAAATAATTATTCAAATGGCCATAATTATT
250 TTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA-TATT
* *
285455 TGAATTGATTT-AATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
313 TGAATTGATTTGAA-AAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
*** * *
285519 TAAGGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTAT-AACTAAAACGATTGTTTTATGACAAAAT
377 TAAGGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAA-
* * * *
285583 AAAAAGGTCATAATGATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TATTTGAACTTGTTTG
441 AAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTCAACTTGTTCG
* *
285647 GTAGACACATTTA-TTTTTTCAAATCTCATG
505 ATAAACACATTTATTTTTTTC-AATCTCATG
* * *
285677 CTTATTAACTTTTTTTGAATGTTAGTAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAGTAAGCTTGTATTAA
1 CTTATTAA--TTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAA-AAAGCTTGTATGAA
*
285741 CTAAAACAATTATTATT-TGACTAAAC-AAAAGAACAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA
63 CTAAAACAATTATT-TTATGACTAAACAAAAAG-ACAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-A
*
285804 ATATTCTTAACTATTTGAACTGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTT
125 ATAGTCTTAACTATTTGAA-TGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTT
* * * *
285869 GAAATTTTATGAAATTAGTATTATTTTTTATCTTAATAAGCTTGTATGATCATAAACAATTATTT
189 GAAATTTTAT-AAATTAGTATTATTTTATATC-AAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTATTT
* * * ** * * ***
285934 TATGAGAAAACAATGATCATAACAATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATATTTATAACTATTTGA
252 TATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA-TATTTGA
* * * * * *
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* * * *
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381 GTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAA
*
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446 GGTCATAATGACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAA-CTATTTCAACTTGTTCGATAAA
* * **
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510 CACATTTATTTTTTTCAATCTCATG
* *
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1 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAAAAGCTTGTATGAACTA
* * * * * *
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66 AAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGACAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATAGTC
* * * * *
286349 TTAAGTATTTGAAATGGTTCGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGG
131 TTAACTATTTG-AATGGTTTGACAAACACATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA
* * * * * *
286414 AATTTTATTAAACTATTATTATTTAAT-TCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTATTTTA
191 AATTTTA-TAAATTAGTATTATTTTATAT-CAAATAAGCTTGTATGATAAGAAACAATTATTTTA
*
286478 TGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAATATTTGAATT
254 TGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAATATTTGAATT
** * * * * **
286543 -ATTTTGGTAAACAGATTTGGTTTTTAAA--AC--ACTTATTCATTTTCAAAATATTAATATA--
319 GA-TTTGAAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AGG
* ** * * * *
286601 TCAATATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGCATGAAC-AGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACTA
382 T-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTT-TATGAACTA-AAACAATTATTTTATGACAAAA-AA
* * * * * * * * * *
286664 AAA-GTTATAAGGA-TTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACATGACTGTTTGAACTTGTTCGC
443 AAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTCAACTTGTTCGA
* * ** * *
286727 TAAA-AAAATTA-TTTTTTGGATCTCCTA
506 TAAACACATTTATTTTTTTCAATCTCATG
* * * * *
286754 CCTACTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAATATT-TTTTATTC-CGAATAAA--TATGTATGAA
1 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTC-AA-AAAGCT-TGTATGAA
* * * * *
286815 -TAGAAACAATTATTTTATCAC-AAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCA
63 CTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACA-AAAAGA-CAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-
* * * * ** ** * *
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124 AATAGTCTTAACTATTTGAA-TGGTTTGACAAACACATTTATTTTT-TAAA---TCACTTATTAA
* * * * * * * *
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184 TTTTTGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTATATCAAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAAT
** * ** * * * **
287006 TGGTTTATGATAAAACAAA-ATGTCATAAATATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTAATAAC
247 TATTTTATGACAAAACAAAGA--TCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA-
** * * ** * * * *
287070 TATTTGAGCA-TG-TTCAAAAAACAAAATTTTTTTTTTGAAT-TTTTTCTTATTAATTATTGAAA
309 TATTTGA--ATTGATTTGAAAAA-TAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAA
** * * ** *
287132 TATTAATAAATTTA-TATTATTTT-CTTCAAAATAAGCTTGAAGGAA-TAGAAACAATTATTTTA
371 TATTAAT-AAGGTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGTTTTTATGAACTA-AAACAATTATTTTA
* * * * *
287194 TGACAAAACAAAATGTCATAATGA-TTTGACATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA
433 TGACAAAAAAAAAGGTCATAATGACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTCA
* * * ** * * *
287258 ACTTGTTCGGTAAACAGATTCA-TAATTTAAATCTCTTA
496 ACTTGTTCGATAAACACATTTATTTTTTTCAATCTCATG
* * * * * * * *
287296 CTCAATAATTTGTGGAATATTATTCAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGGC-TATATGAAC
1 CTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTCAAA-AA-GCTTGTATGAAC
* * * * * * *
287359 TAATACAATTGTTTTTTGACGAAACAAAAAGTC-GTAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAGT
64 TAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGACAG-AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-T
* * * ** * * ** * *
287423 AGT-TATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTGCTTTTAAAATATTTTACTTAATAATT
127 AGTCT-TAACTATTTGAA-TGGTTTGACAAACACATTT-ATTTTTTAA-A--TCACTTATTAATT
* * * * * *
287487 TTTGAAATATTAACAAATTAATATTATTTTA-ATCCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATT
186 TTTGAAAT-TTTATAAATTAGTATTATTTTATAT-CAAATAAGCTTGTATGATA-AGAAACAATT
* * * * * * * * *
287550 GTTCTATGACAAAATAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTCATAACTA
248 ATTTTATGACAAAACAAAGA-TCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA-TA
*** * ** *
287615 TTTGAACTT-ATTTGGTGAATAGTTTTCTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTTG-AATAT
311 TTTGAA-TTGATTTGAAAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATAT
** *
287678 TAATAAATTTGTATTATTTTA
374 TAATAAGGTAGTATTATTTTA
287699 ATTGTTAAAA
Statistics
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AAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAGGTAGTATTAT
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ACTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAACTATTTCAACTTGTTCGATAAACACATTTATTT
TTTTCAATCTCATG
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* * * *** * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
285231 GTTATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGTAA-TGGCTTAG-TAA
252 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGG-TTCGATAA
* * *
285294 ATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTATTGAAATATTAA
315 ACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* **** *
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* * * * * *
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65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT
** * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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322 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA---TTTTTGAAATATTAA
* * * *
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* * * * * * *
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65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
** * * *
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130 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATA-TTAAT-AAATTAGTAT
* * * * * * **
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193 TATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * * * * * * *
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257 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATA--
* *
286017 TTTAGTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
320 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
*** * * ** * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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193 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * *
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* * * *
286382 ATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGGAATTTTAT
323 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * ** *
286422 TAAACTATTATTATTTAATTCCAAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAATTATTTTATGACAAAA-
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * *
286486 TAAAGATCATAACGATTTGAGATAAATAATTATTCAAATAGCCATAA-TATTTGAA-TTATTTTG
66 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTG
* ** * * *** * * *
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130 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * * * * * *
286610 TTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACTAAAAGTTATAAG
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* * * * * * * * * *
286675 GATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGACATGACTGTTTGAACTTGTTCGCTAAA-AAAATTAT
260 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTAT
** * * *
286739 TTTTTGGATCTCCTACCTACTAATTTTT-AGAATATTAA
325 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * *
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* *
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63 AACAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* ** *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * ** * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * *
287565 AAAA-AGTTATAACGATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTTG
66 AAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * *
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130 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
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* ** * *** ** * * * * * ** *
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247 AAAAAGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGT--TCAAA-TAGTCATAACTATTT--GAACT-
* * ** ** * ** ** * *
287814 AGCTTATATGAATAGAAACA-ATTGGTTTATGACAAAACAATTGGTCA-TACCA-ATTTGAAATA
305 -G-GT-T-CG-AT--AAACATATTTATTT-T-TTAAATCTCTTACTTATTA--ATTTTTGAAATA
*
287876 --GA
359 TTAA
* ** * * * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTTATTC-CAA--A--TAAGCTTGTATGAACTG-AAACAA--TTATTTTAT
**** * * **
287934 --C-AAACTTTTGCAT-ATTAAT--TTTGAAATATTAATAA--ATT--TATA-TGAT-TTTA-TT
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* * * * * ** *** * * *
287986 GAAAATAAGCTTGGATAAATAGAACCAATTGTTTTTTGACAAAATAAAAGGTCA-TAATGTTTTG
119 G-AACT-TGTTTGG-TAAATAG----ATTTATTTTTT-A-AATCTTTTA-CTTATTAATTTTTTG
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174 AATATTA-ATAA--ATT--AGT-AT-TATTTTATTCTGAA-TAAGCTT-GTATGAACAAAAACAA
** * ** * ** * **
288109 -TGTTTTA-G--TTATC--TTACTCACTAA-TTTTTGGAATATTA-ATAAATTTAGTGTTATTTT
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* * * ** * * * * * *
288243 TTATTCAAATAGTCATGA--CTATTTGAAAT-TGC-T-CAT-TA-T-ACATATTTATTTT-T-A-
1 -TA---AATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC
**** * * * ** * ** *
288297 AAAATTTTTA-CTTATTAAT--TGTTGAAATATTAATAA--ATT--AATATTTTTAATTCAAATA
61 AAAA-CAAAAGATCA-TAATGAT-TTGAAATA--AATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTG
* * ** * **** * * **
288355 AGCTTGTATGAACAG-AAATA-A-TTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATTACAATTTGTTCAA
120 AACTTGTTTG----GTAAATAGATTTA-TTT-T-TTAAATCTTTTACTTATT--AATTT-TTTGA
*** * * ** * ****** *
288417 ATAGCCATAACAATT-TTA-AACTTATT-TGGTGAAT-AGATT-TATTTTTTTTAATC--TT-TT
175 ATATTAAT-A-AATTAGTATTA-TT-TTATTCTGAATAAGCTTGTA-TGAACAAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * * * *
288474 ACTTAT-A-ATTATCTTAATATTAATAA--ATTTGTATTAGTTTA-T-TTGAAATAAGCTTGTAT
235 --TTATGACA-AAAC-AAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-AG--T-CAT
** ** * * * ** * * ** *
288533 GAAC-AGATGAAATCTTTTTATGAGAAAACA-A--AAGGTTATAACGAT-TC-CAAATAGATAAT
292 -AACTATTTG-AA-CTGGTT-CGA-TAAACATATTTATTTTTTAA--ATCTCTTACTTA-TTAAT
* * *
288592 TATTCAAATA-GACA
349 TTTTGAAATATTA-A
* * * * * * * ** * *
288606 T-ACTTA-T-TTAAATTTGTT-CAGTAA-ACAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTT
1 TAAATTAGTATT-ATTTTATTCCA--AATA-AG---C-TTGTATGAA---CTGAAACAATTATTT
** ** * * ** * * * **
288666 T-TGA-AATATTAATAACTTAAT-ATTACTTT-ATTTCGAATAAGCTTATATGAACTA-AAATAT
55 TATGACAA-AACAA-AAGATCATAATGA-TTTGAAAT-AAATAA--TTAT-TCAAATAGTCATA-
** * **** *
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112 ACTATT-TG----AACTTGTTTGGTAAATAGA-TTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * *
288784 TTTGAAATATTAATAGATTTGTATTATTTTATTTTGGACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGT
170 TTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * *
288849 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATACCGATTTG--A-AG-T-A--G-----ATA---AT---TATT
234 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
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299 TGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* *** * * * *
288959 TAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAACTAGTATGAATTGAAA-ACATTGTTTTATGACAAA
1 TAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTATTTTATGACAAA
* * ** * * * * * * * *
289022 A-AAAAAATGTAGTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAACAATTTGAACTCGT
64 ACAAAAGAT-CA-TAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* ** * * * * * * * *
289086 TCGACAAACAAATTTAATTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTATAGAATATTATTAGATTAGTA
127 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
289151 TTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAA-AATTATTTTATAATAAAACAAAAGGTT
192 TTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA----
* * * * * * * *
289214 TGTTTTGTAAATAATTGA-TTCAAAGTATACAATTCTTCAAATTGTCATAACTATTTGAACTGGT
251 -----AGT-CATAA-CGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGT
* * ** * * *
289278 TTGGTAAACGGATTTATTTTTTAAAACCCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
308 TCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * * *
289333 TAAATCAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTATATG-A-TAAAAAAAATTTATTATATGACCAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAA-TTATTTTATGACAAA
* * * * * **
289396 ACAAAATG-T-AGCAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GGCAATAATTATTTGAACTAA
64 ACAAAA-GATCA-TAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG
* * * *
289458 TTTGATAAACAGATTCACTTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
126 TTTGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG
* * * **
289519 TATTATTTTATT-TCAAATAAGTTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTATTTGAATTGT
190 TATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-A----AA----
** * ** * * * * * * *
289583 TTATATGGTCAAAACGATTTTAAATAGACAATTG-TCTAACTAGTTATAACTATTTGAATTTGTT
245 ACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTT
* * * * * **
289647 CGGTAAACAAATTTAATTTTTTAAA-ATCTT-GTTATAAATTTTCAAAATATTAA
309 CGATAAACATATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * **** * * * * *
289700 GAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATGTCAAAAT
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* ** * * * * ***
289765 AAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTTGTACAG
66 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *** * *
289830 TAAACAAATCTATTTTTCCAAATCTTTTATTTATTAAATTTCCAAATGTTAATAAATT-TTGATT
131 TAAATAGATTTATTTTT-TAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGT-ATT
* * * ** * * * *
289894 ATTTCATT-TCGAATAAGCTTTTAAGATA-TGAAACAAATATGTTATGACTAAACAAAATA-TCA
194 ATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCA
* * * * * * ** * * * *
289956 AAACAATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAACTATTTGAATTGGTTTCG-CAAGCACA
256 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TTCGATAAACATA
* *
290020 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAT
320 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * ** * ** *
290063 TAAATTTGTATTATTTTTAATCC-AATAAGCTTAAATGATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* ** * * * * *
290127 C-AAAGATCTTAACAATTTGAGATTGAA-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC
65 CAAAAGATCATAATGATTTGA-AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
290190 GGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAA-ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
129 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * *
290254 TATTTTATT-TCAAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAAC-AAAAGATCA
193 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCA
* * * ** * * * * ** * * *
290317 TAACAATTTCAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTTATTTGTTAAACAAAT
256 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATAT
*
290382 TTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAA-TTTTGAAAATATTAA
321 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAATATTAA
* **** * *
290424 -AAATTAGCATTATTTTATTCTGTCTAAGCTTGTACT-AACTAAAACAATTA-TTTATGACAAAG
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTA-TGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * *
290486 CAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAATTGTTTG
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* ** *
290551 TTAAATAGA--T-TTTTTTAAATCTCTTTTTGTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTAT
130 GTAAATAGATTTATTTTTTAAA--TCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * * * * * * *
290613 TAATTTATTTTGAATAAGGTTGTATAAACTAAAATAATTGTTTTATAAC-TACCCAAAAGCTTAA
193 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAT
* * * * * * * * * * *
290677 AACGATTTGAAATGGAAAATTATTCCAATAGTCTTAACCATTTAAATTGATTCGGTAAACAAATT
257 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATT
* * *
290742 TATTTTTTAGATCTC-T-C--ATTATTTTTTGAAATATTAT
322 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
** * * * * **
290779 TAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAACAAGCTTGTACGAAC-AAAACAATTGTTTTACAACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * *
290842 CAAAA-AGTCATAAT-AGTTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
65 CAAAAGA-TCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
**** * * **
290905 CAACAATTAGATTTATTTTTT-AAT-TTTCTAGGTTATTAA-GATTTGAAATATT-ATCAAATTA
128 TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTT-TA-CTTATTAATTTTTTG-AATATTAAT-AAATTA
* ** * * * * * * *
290966 GTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGAAGACAAAATAAAATGT
189 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * * * * * *
291031 TATAATGATTTGAAATAAACAACTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAGCAT
254 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAT
* *
291096 ATTTACTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT-ATTTTTTAAATATTAA
319 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** * * * * ** * * *
291139 TAAATTAGTATTATTTTCTTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAATATTTTTTTTATGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * ** * * * *
291204 ATAAAG-TAAT-ATCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTGAAC-AGGTC
66 A-AAAGATCATAAT-GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
** * * * * * *
291266 AATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAGTTA-TAAATTTTTGAAATATT-A-AAATTAGTTT
129 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * * * * *
291328 TATCCTTT-TTC-GAATAAAC-TGTATGAGCTAAAATAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA
193 TAT--TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* * * * * * ** * * * ***
291390 TAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGCTTGGACTGATTCGACAAATGGAT
256 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATAT
* ** *
291455 TTATTTTTCAAATCTCTTGGTTATTAATTTTT-AGAATATTAC
321 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* *** * * *
291497 TAAATTAGTATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGA-AA
1 TAAATTAGTA-TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGACAA
* * ** * * * *
291559 AACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAAC-TGAT
63 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-T
* * * * *
291623 TTGGCAAACATATTTATTTTTTCAATC---T-CTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGT
127 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGT
* *** * *
291683 ATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTTTTATGACAATAC-AAAAGAT
191 ATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-T
* * ** * * ** * * *
291746 AATAATGATTTGAAATAGATTGTTGTTCAGAT-GTCTATAATTATTTGAACTTATTTGGTAAA-T
254 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACA
* * *
291809 TGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-CTTTGAAAAATTAA
318 T-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* *** * * * * *
291854 TAAAGTAGTATTATTTTATT-TGGATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTACGACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
*** * * * *
291918 AAATTCTCATAAAT-ATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCG
66 AAAAGATCAT-AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * ** * * * * *
291982 GTAAATAAATTTAATTTTTCAAATCTCATGCCTATTACTTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATT
130 GTAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
** ** * * * *
292047 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGGTCA-AA
194 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * *
292111 GTGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAAACATTT
259 -CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTT
* *
292176 ATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TTTTAAAATATTAT
323 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * ** * * *
292212 TAAATTAGTATTATTTTTATT-CGAGTAAGCTTATATGGTCAGAAACAATTCTTTTATGAGAAAA
1 TAAATTAGTATTA-TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * ** * * * *
292276 C-AAATATCATAATGATTTCAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGTACTAGTTTG
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * **
292340 GAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAA-TTTTTGAA-ATTTAAAAAAAAAAGTA
130 GTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATA-TT-AATAAATTAGTA
* * * * * * *
292402 TTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
192 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * * * **
292467 AACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGG
257 AACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTTCGATAAACATA
* * ** *
292530 TTTATTTTTTAAAATCTCTTAATCATTAATTTTTTTAATGTTAA
320 TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** * * * * *
292574 TAAATTAGTATTAATTTAATT-TTAATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAA
1 TAAATTAGTATT-ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
292638 CAAAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TTAGCTC
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTT
*** * * * * * * * * * *
292702 AACAAAGACATGTATTTTTTTAATC---T-CCTAATAATTCTTAGAATATTATTGAATTAGTATT
129 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
292763 ATTTTAATCTAAATAAG-TGTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TCAT
194 ATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
** * * *
292825 AACGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTC-CAACTATTTGAA-TGTTTCAGA-AAACAGAT
257 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAACATAT
* * ** *
292887 TTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATATTCAAAATATTGA
321 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** ** * * *
292925 TAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAA-TAGACACAATTGTTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
292989 CAAAATG-TCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTC
65 CAAAA-GATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * ** *
293053 AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGTATT
129 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
293118 ATTTTATTCTGACTAAACTTGTATAAAGAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATA
194 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATA
* * * * * * ** * *
293182 GCTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACGATATGAACTTACTT-AATAAACAAATT
258 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGATAAACATA-T
* * *
293246 TTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
321 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *** * * * **
293287 TAAAATATTGTTATTTTATTTTGAATATGCTTGTAT-AAATAGAAAAAATTGGTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * *
293351 CAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA-AGCATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTC
65 CAAAAGATCATAA-TGATTTGAAATA-AATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * * *
293414 TAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTA-TTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGTA
128 TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
293478 TTTTTTTTATT-TCGAATAAG-TCTATATG-ACCAATACAATTGTTTTACGACGAAAA-AAAAGG
192 -TTATTTTATTCT-GAATAAGCT-TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAAG
* * * * * * * *
293539 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTATGA-GATTTGAAATAGATAATTATTCA
253 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-G------GTTC-
* * * *
293603 AATAGTTATGAC-TATTTGAACTTGTTCGATAAA-CATATTTATTTTGAAAATCTATTACTTATT
310 GATA---A--ACATATTT--A-TT-TT--TTAAATC-T-CTTA-CTT----AT-TA--A--T-TT
*
293666 AATTGTCAAAATAGTAA
351 --TTG---AAATATTAA
* * * * * * *
293683 TAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATCACAAGAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * *
293747 AAAA-AGTCATTATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTG
66 AAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * ** *
293811 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGTCTAAATATTAATAAATTTCTAGTA
130 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
** * * * * * *
293876 TTTTAATT-AAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAGAAGGTTATA
195 TTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
** * *
293939 GTGATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATT
258 ACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATT
* *
294003 TAGTTTTTAAATCTCATACTTATTAATTTTTTG-AATATTAA
322 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAA
* * *** * * * *
294044 TAAATTAGAATTATGTTATTTGGAATTAGCTTGTATGAA-TAGAAAGAATTGTTTTGTGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * * * ** ***
294108 TAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTACTAATCAA
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
** * ** ** * * * *
294173 GCCATTAGA-TTCCTTTTTAAAGTCCATTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATGAATT-GACAT
130 GTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAG-TAT
* * * * * * **
294236 TACTTTATTCTGAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATA
193 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * * * * * *
294301 ATGACTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATT
258 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATT
** * *
294364 TATTTACTAAA--TC-T-CTTATTAACTTTTGAAACATTAA
322 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * * ** * * * * *
294401 TAAATTAATACTATTTTTTTTCAAACAAACTTATATGGACAAAAATATTTGTTTTACGGCAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * ** ** * * * * * * * *
294466 AAAAGGTTAGAGCGATTTGAAATAGGTAATTCTTCTAACAATCTTAATTATTTGAAATGGTTT-G
66 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * * * *
294530 TCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTCTTGGAATATTATTAAATTAGTATTA
131 T-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* *
294595 TTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TCATA
195 TTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATA
* * * * ** * * * *
294657 GCAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAATAAATTT
258 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTT
* *
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323 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * ** ** * * ***
294758 TAGATCAATGTTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATTTTAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * ** ** * * ** * * *
294822 -TAAA-CTTGT-ATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAA-
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAAT-AATTAT---TC-A-AATA-GTCATAACTATTTGAAC
** * *
294883 TTAGATAATTATTCTAATAG-TCTTAACCATTTGAGCTAATTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAA
123 TT-G-T--TTGGT-AAATAGAT-TT----A-TT----T--TT---T----AAA--T--CTTTT--
* * * *
294947 ATCTCTTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAATCTTGTAC
158 A---CTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTGTAT
* * * *
295010 G-A-ATAAACAATTGTTTTACGACAAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTC
218 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * ** ** * * * **
295072 ATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTA
282 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* ** *
295137 AGTTTCAAAATATTAT
347 ATTTTTGAAATATTAA
* * * *
295153 TAAATTAGTA--A---TA----AAAT-A----GTATTAACAGAACCAATTATTTGATGACAAAAT
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA-
* * * * * * * *
295204 AAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTG
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
** * ** * * * *
295269 GTAAGCA-ATTTTACTTTTTAAATCTCATACTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTT
130 GTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * * * *
295333 ATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAA
194 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * * * *
295398 CGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTAGAACTAGTTC-AGTAAATAAAATT
259 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACATATTT
*
295462 ATTTTCTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTGAAATATTAA
323 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * * *
295498 TAAATTAATTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAGCTAAAAAAATTGTTTTATAACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * ** * * * * *
295562 CGAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTG
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * *
295627 GTAAATGGATTCATTTTTTAAATC--TTAGTTATTAATTTTTTGAATATTACTAAATTAGTATTA
130 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * * * *
295690 TTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAA
195 TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAA
* * * * * * * *
295755 CAATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGGATTGGTT-TAGCAAACAAATTT
259 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACATATTT
* * *
295819 ATTTTTTAAA--TGTT--TTATTAATTATTAAAATATTAA
323 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * *
295855 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATAACAGA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTATTTTATGACAAA
** ** * **
295918 ACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATT
64 ACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * *
295982 TGATAAATTGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATATATTAATG
128 TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * * *
296042 TTACTTTATTCTGAGCAAACTTATATGAACAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
192 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
** * * * * * *
296107 AGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTAG-TAAATAGAAT
257 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATT
* * **
296171 TATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAA
322 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
296212 TAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-CATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAA
1 TAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCT-TGTATGAACTGAAACAA-TTATTTTATGACAA
* * * * * * *
296275 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACGT-ATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGT
63 AACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* ** * * * * * * * * * * *
296339 TCGACAAAGAAATTTATTTTCTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTG
127 TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
* ** * * * * * *
296404 TTATTATATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTAT
192 TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT
* * * ** ** * * * * **
296469 AACAATTTCAAGTTTATAGCTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACGGATT
257 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATT
*
296534 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
322 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * ** * * * ** *
296575 TAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGAATGTTC-AAATACAATTGTTATATGATGAAG
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAA-ACAATTATTTTATGACAAAA
* * * *** * * * ** * * *
296639 CATAAGGTAATAATGATTTGAAATTGGTAATTGTTGACATAACCATAATTATTTG-AGTTGATTC
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTT
** * * * * * * *
296703 AATAAACAAATTCACTTTTTAAATC---T-CTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTT
129 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * **
296764 ATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAATGAGTCATAA
194 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* ** * * * ** * ** *
296829 CAATTTGAAATAGATAATTTGTTCATTTAGTCTTAATTGTTTGAACTACTT-TAGCCAACAAATT
259 CGATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACATATT
* *
296893 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTAC
322 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * * * * *
296934 TAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAAGAGAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* ** * * * *
296999 AACAAG-TTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTC------T-A-AA--A--GGAA-TTGGTTT
66 AA-AAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTT
** * * ** *
297050 AATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
129 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTAT
* * * ** *
297114 TACTTTATTCCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGAC--AAGAAAAAGTTCAT
193 TATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCAT
* * * * * * * *
297177 AATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTT-AAATCGATTCAATAAAC-TGA
257 AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTTCGATAAACAT-A
* * *
297240 ATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAA
320 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * ** *
297283 TAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGCTTTATGAGAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * ** *
297348 AAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTGTTTAAGCCA-TCATAACTATTTGAACTTG-TTC
66 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA-ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * * * *
297411 GAAAATCAGATTTATTTTTTAAAAT-TTCTAGTATATTACTTTTTTGAATGTTAATAAATTAATA
130 GTAAAT-AGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT-TATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * *
297475 TTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATGAATTGAAAAA-AATT-ATTTATGACTAAACAAAATGT
192 TTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * ** *
297537 CAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACAC
254 CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACAT
*
297602 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTAT
319 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* ** * ** * * *
297646 TAATTTAACAATATTTTACTT-TGAATAAGCTTGTATAAACAG-AATAATTATTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * *
297709 C-AAAGATCATAACGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAA-TTGGTT
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTT
* * *
297771 TGATAATAGATTTTGTATAAATTTGTATTGTTTTATTAATAGTTTTGTATTAAATCACTTATTAA
128 TG---GTA-A------ATAGA-TT-TA---TTTT-TTAA-A----TCT-TT---T-ACTTATTAA
** * * * * *
297836 TTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTTTGAATAGAAACAAT
167 TTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAACAAAAACAAT
** * * * * * * *
297900 TGTTTTACAATAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACT
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* * * *
297965 ATTT-AAGCTTGTTC-AGTGAACATATTTATTTTTTAAGTCT-TCAACTTATTAATTTTT-AGAA
296 ATTTGAA-CTGGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGA-AA
298026 TATTAA
357 TATTAA
* *** * * *
298032 TAAATTAGTATTATTTAATTTTGAATAAACTT-TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATTACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAA
** * * ** *
298095 CAAATTATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTAG
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* ** *
298160 GTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
130 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
298225 TTTTATT-TCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGATCATA
195 TTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATA
* * * *
298288 ACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTC-AGTAAATGA-AT
258 ACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAA-CATAT
* * * * *
298351 TTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAA
321 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
298393 TAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAGTTAGTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * ** * * * * * * *
298457 CAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATAATTATTTAAACGTGTTTA
65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTG
* * * *
298522 G-AAAGGATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TAT
130 GTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTAT
* * * * *
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193 TATTTTATTCT-GAATAAGCTTG-TATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* *
298647 TAATG-TTATGAAATAGATAATTGTTCAGATA-TCATAACTATTTGAACAT-GTTC-AGTAAACA
256 TAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTTCGA-TAAACA
* ** * * *
298708 AATTCCTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAA
318 TATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * *
298753 TAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACGATT-GTTTATTACAAAAC
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
* * * * * * * * ***
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66 AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
* * * * *** *
298882 AAAACATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTAT
131 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * * *
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* * * ** * * * *
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*
299075 TTTTTT--A-CT-TT--TTAATT-A-TCTT--AATATTAA
324 TTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAATTTTTGAAATATTAA
* ** * * * *
299105 TAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATATGCTTGTATG-AGTAGAAAAAATCATTTTATGACAAAA
1 TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTTATGAC-AAA
* * * *** * * ** * * * * **
299169 AAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATTTAAAGTTGTCC
64 ACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
** ** * * * ** *** *
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129 GGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * ** * * *
299299 ATTTTATTTTGATTAAGCTTATATGAACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAA
194 ATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
* * * * * * *
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259 CGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTA
* * * * * * **
299428 TTTTTGATATTTTTTACTTATTAAATGTCAAAATATTAA
324 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
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1 TAAATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACA-ATTATTTTATGACAA
** * * *
299529 AACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTT-AAATTGG
63 AACAAAAGA-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-G
* * *
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126 TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAG
* * ** * * * *
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190 TATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGT
* * * * * * *
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* * * * ** *
299780 AATTA-TTTTTAAATCTCTTGCATATTCATTTTCAAAATATCAA
319 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * *
299823 TAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATG-----A
1 TAAATT-AGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAA
* * * * * * *
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65 CAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAA-ATAGTCAT-AACTATTTGAACTTGTT
* * * * ** * * *
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128 TGGTA-AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * * * * * *
300004 TTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTA
192 TTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCA
* * * * * * * *
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256 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGA-TAAACATA
*
300132 TCTTATTTATTAA
320 T-TTATTTTTTAA
300145 TTTTTAAAAG
Statistics
Matches: 11463, Mismatches: 2816, Indels: 1795
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
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341 3 0.00
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Consensus pattern (362 bp):
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAAC
AAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGG
TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAACATATTTATT
TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
Found at i:288055 original size:179 final size:174
Alignment explanation
Indices: 287697--288745 Score: 579
Period size: 179 Copynumber: 5.9 Consensus size: 174
287687 TGTATTATTT
* * * * *
287697 TAATTGTTAAAATAGTCATAACTATTCAAACTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTTTATTTTTAAAT-T-TT
* * * * * * *
287762 ATTTATTACTTTTGAAAATTTTAATAAAATTAGTAATATTTCT-TTCCGAATAAGCTTATATGAA
64 A-CTATTAATTTTG-AAATATTAATAAATTTA-T-ATATTT-TATT-CAAATAAGCTTGTATAAA
* * ** ***
287826 TAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAATTGGTCATACCAATTTGAAATAGA
123 TAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * *
287878 TAATTGTTCAAATAGTCGTAACTATTTAAACGTGTTCAGAAAACAATTTTATTTTTCAAACTTTT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTTTATTTTT-AAA-TTTT
* * *
287943 GCATATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTATATGATTTTATTGAAAATAAGCTTGGATAAATAG
64 AC-TATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTATAT-ATTTTATT-CAAATAAGCTTGTATAAATAG
* * *
288008 AACCAATTGTTTTTTGACAAAATAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGA
126 AAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * ** *
288057 TAATTGTTCAAATAATCAAAATTATTTGAACTTGATT-GGTAAACAGATTCAATGTTTTAGTTAT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG-TTCAGTAAACA-ATTTTAT-TTTTA--AAT
* * * * *
288121 CTTACTCACTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATT
61 TTTACT-ATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTA-T-ATATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTA-T
* *
288186 AACTA-AAACAATTGTTTTATT-ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATGGA
120 AAATAGAAACAATTGTTTT-TTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
288240 TAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAA-TTGCTCATTATAC-ATATTTATTTTTAAAAATT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTGTTCAGTAAACAAT-TTTATTTTT--AAA-T
* *
288303 TTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATAT-TTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA
61 TTTAC-TATTAATT-TTGAAATATTAATAAATTTATATATTTT-ATTCAAATAAGCTTGTATAAA
* * * * * *
288367 CAGAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTC------A-TT---ACA-A
123 TAGAAACAATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * ** * * * *
288408 T--TTGTTCAAATAGCCATAACAATTTTAAACTTATTTGGTGAATAGATTTATTTTTTTTAATCT
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTAAACTTGTTCAGT-AA-ACAATT-TTATTTTTAA-AT
* * * * *
288471 TTTACT-TATAATTATCT-TAATATTAATAAATTTGTATTAGTTTATTTGAAATAAGCTTGTATG
61 TTTACTAT-TAATT-T-TGAAATATTAATAAATTTATA-TATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTATA
* * * * * * **
288534 AACAGATGA-AATCT-TTTTATGAGAAAACAAAAGGTTATAACGATTCCAAATAGA
121 AATAGA-AACAAT-TGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
* * * * *
288588 TAATTATTCAAATAGACAT-ACTTATTTAAATTTGTTCAGTAAACAGTTTCATTTTTTAAATCTC
1 TAATTGTTCAAATAGTCATAAC-TATTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTTTA-TTTTTAAAT-T-
* * * * * * *
288652 TTAATTACTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAATATTACTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA
62 TT-ACTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAATTTATA-TATTTTA-TTCAAATAAGCTTGTAT-AA
* *
288717 CTA-AAA-TATT-TTTTTATGACAAAACAAAA
122 ATAGAAACAATTGTTTTT-TGACAAAACAAAA
288746 TTGAAAAAGA
Statistics
Matches: 667, Mismatches: 136, Indels: 131
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
166 21 0.03
167 30 0.04
168 14 0.02
169 51 0.08
170 10 0.01
172 2 0.00
173 1 0.00
175 1 0.00
176 1 0.00
178 9 0.01
179 159 0.24
180 48 0.07
181 140 0.21
182 76 0.11
183 92 0.14
184 12 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (174 bp):
TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAATTTTATTTTTAAATTTTAC
TATTAATTTTGAAATATTAATAAATTTATATATTTTATTCAAATAAGCTTGTATAAATAGAAACA
ATTGTTTTTTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA
Found at i:288815 original size:119 final size:123
Alignment explanation
Indices: 288632--288865 Score: 325
Period size: 119 Copynumber: 1.9 Consensus size: 123
288622 TTCAGTAAAC
*
288632 AGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTACTAATTTTTGAAATATTAATAACTTAATATTACTTTAT
1 AGTTTAATTTTTTAAATCTCTTAATTA-TAATTTTTGAAATATTAATAACTTAATATTACTTTAT
* * * *
288697 TTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAATATTT-TTTTATGACAAAACAAAATTGAAAAAG
65 TTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATTGAAAAAG
** *
288755 AGTTTAATTTTTTAAATCTCTT-A-T-TAATTTTTGAAATATTAATAGA-TTTGTATTATTTTAT
1 AGTTTAATTTTTTAAATCTCTTAATTATAATTTTTGAAATATTAATA-ACTTAATATTACTTTAT
* *
288816 TTTGGACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
65 TTCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAA
288866 GGTTATACCG
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 10, Indels: 7
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
119 57 0.58
120 19 0.19
121 1 0.01
122 1 0.01
123 21 0.21
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.07, T:0.44
Consensus pattern (123 bp):
AGTTTAATTTTTTAAATCTCTTAATTATAATTTTTGAAATATTAATAACTTAATATTACTTTATT
TCGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATTGAAAAAG
Done.