Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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171 TCAAATAGTC
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*
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1 ATAACTAT-TTGA-ACTGGTTCGGTAAACAGATTT--ATT--TT-TTAAATCT---CTTACTTAT
* ** ** * ** * *
295119 TAATTTTCTTG-GTTATTAAGTTTCAAA--A-TATTATTAAATTAGTAATAAAATAGTATTAACA
56 TAA-ATT-TTGAAATATTAA---T-AAATTAGTATTATTTTATTCG-AATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * * * ** *
295180 GAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
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178 GTC
* * * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-
* * ** * * * * *
295311 TAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATTTT
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* * * * *
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128 ATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGA
* * *
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* * * * *
295553 ATAACAAAACGAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTC
128 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * *
295606 TTAACTGTTTGAACTGGTTTGGTAAATGGATTCATTTTTTAAA--TCTTAGTTATTAATTTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-ATTTTG
* * * * *
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* * * * * *
295733 TGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTC
129 TGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * *
295786 ATAACTATTTGGATTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--TGTT--TTATT-AATTATTA
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATT-TTG
* * ***
295846 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTA
65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * * *
295911 TAACAGAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTC
129 TGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * ** *
295963 ATAACTATTTAAACTAATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGA
* * * * ** * * * *
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66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
* *** *
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130 GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTT-G
* * * * *
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* ** *
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* * * ** * * * * * ** *
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGA
* * * * * * *
296386 AATATTATTAGATTAGTGTTATTATATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTAT
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130 GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGA
* * * ** * *
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66 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTAT
** * * * * ** * * * * **
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130 GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * ** * * * *
296683 ATAATTATTTGAGTTGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAATTTTGG
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* * *
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* * **
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* * * * *
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGA
* * **
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* * ** * * *
297160 GACAAGA-AAAAGTTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATGGCC
130 GACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * * * *
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1 ATAACTATTTGAACT-GGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTG
* * * ** *
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65 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* * *** * * * **
297339 TGAGAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTGTTTAAGCCA-TC
129 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTC
* * * * **
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAA-CAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACT-TATTA-AATT
* * * * *
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* * * ** *
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* * *
297573 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTTGA
* * ** * * * * * *
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66 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTA
* *
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129 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
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1 ATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TCTCTT-ACTTATTAA-A-T
* * * ** * **** **
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* * * ** * * *
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* *
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* * * * * * *
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1 ATAACTATTTGAA-CTGGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAAATTTT
* * * * * *
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* ** * ** *
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* * *
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* * * * *
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** ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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** * * * *
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* * * ** **
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* *
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* * * * **
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* ** *
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* * * **
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*
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Statistics
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* * * * *
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* *
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64 AAAAACAATTGTTTTATGAC-A----AA----ACA-AAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * * * *
289616 G-TCTAACTAGTTATAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTTAAAATC--TTG
119 GTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTT-A-TTTTT-AAATCTTTTC
* ** * * * * *
289678 TTATAAATTTTCAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGA
180 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAA
* * * * *
289743 AACAATTGTTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATACTTGTTCAAATAGTC
245 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * * * * **
289808 ATAACTAATTGAACTTGTACAGTAAACAAATCTATTTTTCCAAATCTTTTATTTATTAAATTTCC
310 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTT-TAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTA
* * * * * * *
289873 AAATGTTAATAAATT-TTGATTATTTCATTTCGAATAAGCTTTTAAGATA-TGAAACAAATATGT
374 AAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTAT-T
** * ** * * * **
289936 TATGACTAAACAAAATATCAAAACAATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAACTATTTG
435 TATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* *
290001 AATTGGTTTCG-CAAGCACATTTATTTTTTAAATCT
500 AAATGG-TTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
290036 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTTAATCCAATAAGCTTAAATGA
1 CTTA-TTA--AA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTATATGA
* * * * * *
290101 TCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACAATTTGAGATTGAAAATTGTTCAAAT
62 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * *
290166 AGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAATT
127 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTT-AAATCT-TTTCTTATTAATTT
** * * *
290231 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCAAAAACAATTGTT
190 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * ** * * *
290296 TTATGGCAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTT
255 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * * * *
290361 TAACTTATTTGTTAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTGAAAATATTAA-A
320 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATA
* * *
290425 AATTAGCATTATTTTATTCTGT-CTAAGCTTGTACT-AACTAAAACAATTATTTATGAC-AAAGC
385 AATTAGTATTATTTTATT-T-TAATAAGCTTGTA-TGAACTGAAACAATTATTTATGACTAAA-C
* * * * * *
290487 AAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAATTGTTTGT
446 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGA
* * *
290552 TAAATAGA--T-TTTTTTAAATCT
511 CAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * *
290573 CTTTTTGTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATT-TT-GAATAAGGTTGT
1 C------TTATTAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTT-TTATTCAAATAAGCTTAT
* * * * * ** * * * * * *
290636 ATAAACTAAAATAATTGTTTTATAACTACCCAAAAGCTTAAAACGATTTGAAATGGAAAATTATT
58 ATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * * * *
290701 CCAATAGTCTTAACCATTT-AAATTGATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAGATC---TCTCATT
122 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTCTTATT
* * * * * *
290762 ATTTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAACAAGCTTGTACGAAC-AAAACAA
185 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAA
** * * * * ** * *
290826 TTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATAGTTTGAAATAGATAATCATTCATATAGTCTTAAC
250 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* *** * * * ** *
290891 TATTTGAACTGGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTC-TAGGTTATTAAGATTTGAAATA
315 TATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-GTTATTAATTTTTAAAATA
** * * * * *
290955 TT-ATCAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGAAGAC
379 TTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTT-ATGAC
* * * * * * * *
291019 AAAATAAAATGTTATAATGATTTGAAATAAACAACTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGG
441 TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGG
* ** * * *
291084 TTTGGTAAGCATATTTACTTTTTAAATCT
506 TTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * *
291113 CTTATTAATTATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTCT-TTTAAACAAACTTATATTA
1 CTTATTAA--A-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-TATTCAAATAAGCTTATATGA
* * * * * *
291177 ACAAAAATATTTTTTTTATGACAAAACATAA-AGTAATATCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
62 ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
** * * ** * * ** *
291241 ATAGTTGTAATTATTTGAAC-AG-GTCAATAAATAGAATTATTTTCTAAATCTCTTAGTTATAAA
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAACAGATTTATTTT-TAAATCT-TTTCTTATTAA
* * * * * * *
291304 TTTTTGAAATATT-A-AAATTAGTTTTATCCTT-TTTCGAATAAAC-TGTATGAGCTAAAATAAT
187 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAAT
* * * * * *
291365 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACT
251 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
** * ** * * * *
291430 GCTTGGAC-TGATTCGACAAATGGATTTATTTTTCAAATCTCTTGGTTATTAATTTTTAGAATAT
316 ATTTGAACTTG-TTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * *
291494 TACTAAATTAGTATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGA
380 TAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATT-ATTTATGA
* * ** * * * *
291557 -AAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAATTGAACTG
440 CTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATG
* * * * *
291621 ATTTGGCAAACATATTTATTTTTTCAATCT
505 GTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * ***
291651 CTTATT-AATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTG
1 CTTATTAAATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * * ** *
291714 AAAAATAATTGTTTTATGACAATACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATTGTTGTTCAGAT-
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * ** *
291778 GTCTATAATTATTTGAACTTA-TTTGGTAAATTGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-C
128 GTC-ATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATT
* * * *
291841 TTTGAAAAATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTTGGATAAGATTTTATGAACTAAAACAATTGT
189 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGT
* *** * *
291905 TTTACGACAAAACAAATTCTCATAA-ATATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
254 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACA-ATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * ** *
291969 TTAAACTTGTTCGGTAAATAAATTTAATTTTTCAAATCTCAT-GCCTATTACTTTTTCGAATGTT
318 TTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTAAAATATT
**
292033 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTGTATGACTAA
381 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATT-TATGACTAA
* * *
292098 ACAAAAGGTCA-AAGTGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTT
444 ACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTT
* *
292162 CGATAAAAACATTTATTTTTTAAATCT
508 CGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * ** *
292189 CTTATTAAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAGTAAGCTTATATGGTCAG
1 CTTATTAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * * * *
292254 AAACAATTCTTTTATGAGAAAACAAATATCATAATGATTTCAGATTGATATTTGTTCAAATAGTC
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
*
292319 ATAACTATTTGTACTAGTTTGGAAAACA-ACTTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTG
131 ATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGA-TTTA-TTTTTAAATCTTTT-CTTATTAATTTTTG
* ** * * *
292383 AAAT-TTAAAAAAAAAAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTT
193 AAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTT
292447 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTT
257 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTT
* * * ** *
292510 GAACTTGTTCGGTAAATAGGTTTATTTTTTAAAATCTCTTAATCATTAATTTTTTTAATGTTAAT
320 GAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAAT
* * * * *
292575 AAATTAGTATTAATTTAATTTTAATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACA
384 AAATTAGTATT-ATTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACTAAACA
* * * * * * * *
292640 AAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGCTCAAC
447 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGAC
* * *
292705 AAAGACATGTATTTTTTTAATCT
512 AAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * *
292728 CCTAAT-AATTCTTAGAATATTATTGAATTAGTATTA-TTTTAATCTAAATAAG-TGTGTATGAA
1 CTTATTAAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCT-TATATGAA
* **
292790 -AAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAAT
63 CAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * *
292854 AGTC-CAACTATTTGAA-T-GTTTCAGAAAACAGATTTAGTTTTTAAATC---TCTTATTAATAT
127 AGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GGAAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTT
** * * * *
292913 TCAAAATATTGATAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA--TTTTGCATGAA-TAGACACAATT
190 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTT--ATGAACTA-AAACAATT
* ** * * *
292975 GTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTA
252 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * **
293040 TTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAAAATATTA
317 TTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTA
* * * * * ** * * *
293105 ATAAAATAGTATTATTTTATTCTGACTAAACTTGTATAAAGAGAAATAATTGTTTTATGACAAAA
382 ATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACTAAA
* * * * * * * * **
293170 CAAAAGATCATAGCT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACGATATGAACTTACTT
445 CAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGGTT
* * * *
293234 -AATAAACAAATTTTATTTTTAAAAT-T
508 CGACAAACACA-TTTATTTTTTAAATCT
* * * * * ** * * *
293260 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAATATTGTTA-TTTTATTTTGAATATGCTTGTATA
1 CTTA-TTA--AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTATATG
* * * *
293324 AATAGAAAA-AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA-AGCATAATTGTTC
61 AACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAG-ATAATTGTTC
* * * * * * * * *
293387 AAATAGTCATAACTATTTGAATTTGTCTAGTAAACAAATTCATATTTTAAATCTCTTATTCATTA
123 AAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTAT-TTTTAAATCTTTTCTT-ATTA
* * * * * * *
293452 ATTTTTGGAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTTATTTCGAATAAG-TCTATATG-ACCAATACA
186 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTGAATAAGCT-TTTATGAACTAAAACA
* *
293515 ATTGTTTTACGACGAAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTATG
249 ATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAG------A---T-A-A--T-T-
* * * *
293579 AGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA
298 -G--TTCAAATAG--------TC----A--TA--ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA
** * * * * * * ***
293644 TTTTGAAAATCTATTACTTATTAATTGTCAAAATAGTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAAT
344 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTTAAT
* * * * * * *
293709 AAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTATCAC-AAGACAAAAAGTCATTATGATTTGAAATAA
408 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACTAA-ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
* ** * ** * *
293772 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
471 ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** * * * *
293836 TTTACTTATTAGTTGTCTAAATATTAATAAATTTCTAGTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGA
1 CTTA-TTA--AATT-TTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTATATGA
* * * * * **
293901 ATAGAAAA-AATTATTTTATGACAAAATAGAAGGTTATAGTGATTTGAAATA-AGTAATTGTTCA
62 ACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGATCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCA
* * * *
293964 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT-GATAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCATACTTATTA
124 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAATCT-TTTCTTATTA
* * * * * *
294028 ATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTGGAATTAGCTTGTATGAA-TAGAAAGA
186 A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACA
* * ** * * *
294091 ATTGTTTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAA
249 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * ** * ** * * *
294156 CTATTTGTAC-TAATCAAGCCATTAGA-TTCCTTTTTAAAGTC-CATTACTTATTAAATTTTAGA
314 CTATTTGAACTTGTTC-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAA-TCTC-TTAGTTATTAATTTTTAAA
* * * * * * *
294218 ATATTAATGAATT-GACATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATTAA-TAGAAACAATTGTTTTA
376 ATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-ATTTA
* * * * * *
294281 TGA-TAAAACAAATGGTCATAATGACTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAATTG
437 TGACT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACTATTTG
* * * ** * **
294343 AACTAGTTTGGTAAACAGATTTATTTACTAAATCT
500 AAATGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * * * * *
294378 CTTATTAACTTTTGAAACATTAATAAATTAATACTATTTTTTTTCAAACAAACTTATATGGACAA
1 CTTATTAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACAA
* * * * * * * * * * * * *
294443 AAATATTTGTTTTACGGCAAAACAAAAGGTTAGAGCGATTTGAAATAGGTAATTCTTCTAACAAT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * ** * * * *
294508 CTTAATTATTTGAAATGGTTTGTCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTCTTG
130 CATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTTTG
* * * * *
294573 GAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTGTTTT
193 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTTT
* * * * * *
294637 ATGACAAAA-TAAAGATCATAGCAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGA
257 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
294701 ACTAT-TTTGGTAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTAAAATATTAATAG
322 ACT-TGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA
* * * * ** * * **
294761 ATCAATGTTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT-TTTAAA-AT
386 ATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-ATTTATGACTAAACA-
* ** ** * ** * * * *
294823 AAA-CTTGT-ATGAACTGAAACA-ATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAATT
447 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-T-AATTAT---TC-A-AATA-GTCATAACTATTTGAAAT
* * ** *
294885 AGATAAT-TATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAGCTAATTCAGTAAACAAATTT
504 -GGT--TCGA--C-AA-A--C---A-CATTT-A--T--TT---T--TTAAATCT
* * * * * * * * * * * *
294938 AGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTA-AATTAGTATTATTTTAATTCAA-ATA
1 -CTTATTAAA--T-TT-TTAAATATT--AATA-AATTAGTATTATTTTTA-TTCAAAT-AAGCTT
* * * * * * *
295001 ATCTTGTACGAATAAACAATTGTTTTACGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAA
56 AT-ATGAAC-AA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * ** * * *
295066 TTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGG
117 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTAAATCTT-TT-C
* ** * * *
295131 TTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTA--A---TA----AAAT-AG----TATTAAC-AG
180 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-
* * * * * ** * *
295181 AACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
244 AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * ** * * * *
295246 TCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAGCA-ATTTTACTTTTTAAATCTCATACTGATTAATTTT
308 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTT
* * * * * **
295310 CT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAAACAATTATT
372 -TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA-T
* * * * * * * * * *
295374 TTATGACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTA
434 TTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * * *
295439 GAACTAGTTC-AGTAAATAAAATTATTTTCTAAATCT
499 GAAATGGTTCGA-CAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
295475 CTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTA-TTCTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAG
1 CTTATTAAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAA-
* * * *
295537 CTAAAAA-AATTGTTTTATAACAAAACGAAATATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAA
63 C-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * ** * **
295601 TGGTCTTAACTGTTTGAACTGGTTTGGTAAATGGATTCATTTTTTAAATC-TTAGTTATTAATTT
126 TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTCTTATTAA-TT
* * *
295665 TTTG-AATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
189 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTG
* * * * * * *
295728 CTTTATGATAGAACAAAAGGGTTATAACAATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTCATAACTA
253 TTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * *
295793 TTTGGA-TTGGTTTAGCAAACAAATTTATTTTTTAAA--TGTT--TTATTAATTATTAAAATATT
317 TTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * *
295853 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATAAC-
381 AATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATT-ATTTATGACT
* ** * ** *
295915 AGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTA
442 A-AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TG
* * * *** *
295979 ATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCA
505 GTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * ** *
296009 CTTATT-AATTTTTGAAATATTAATATATTAATGTTA-CTTTATTCTGAGCAAACTTATATGAAC
1 CTTATTAAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAAC
* * * **
296072 AAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * * * *
296137 GTTATAATTATTTGAACT-GGTTAGTAAATAGAATTATTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTAAATCT-TTTCTTATTAATTTT
** * *** * * * *
296201 CAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTATCATGAATTCAAAA-AACTTA
191 TGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACT-AAAACAA-TTG
** * * * *
296264 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACG-T-ATATAGTCTTAAAT
253 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATT--GTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * * * * **
296327 ATTTGAACTAGTTCGACAAAGAAATTTATTTTCTAATTCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATT
316 ATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATT
* * * * ** * ** * *
296392 ATTAGATTAGTGTTATTATATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA-TAG
381 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACTA-
* ** * * ** ** * * * *
296456 AACAAAAGGTTATAACAATTTCAAGTTTATAGCTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTT
443 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTT
* ** **
296521 TGGTAAACGGATTTATTTTTTAAATCT
508 CGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * *
296548 CTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGA-AT
1 CTTA-TTA--AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTT-ATAT
** * * ** * * * * * * *
296611 GTTCAAATACAATTGTTATATGATGAAGCATAAGGTAATAATGATTTGAAATTGGTAATTGTTGA
60 GAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* ** * * * * ** * *
296676 CATAACCATAATTATTTG-AGTTGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAATC---TCTTATTAA
124 AATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTCTTATTAA
* * * * * *
296737 ATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACAAAAACAATT
187 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT
* * * ** * *
296802 GTTTTATGACAAAA-TAATGAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTGTTCATTTAGTCTTAAT
252 GTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTCAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAAC
* ** ** ** * * *
296866 TGTTTGAACTACTTTAGCCAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATAT
315 TATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * * * **
296931 TACTAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTAT-AAGA
380 TAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA-TTTATGACTA
* ** * * * *
296995 GAACAACAA-GTTATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTC------T-A-AA--A--GGAATTGG
443 -AACAA-AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGG
** * *
297047 TTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCT
506 TTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
297076 CCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-CTTTATTCCGAATAGGCTTGTATG
1 -CTTATTA--AATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT-CAAATAAGCTTATATG
** * * *
297140 ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAGAA-AAAGTTCATAATGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAA
61 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAA-AACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * ** * * ** *
297204 ATGGCCATAATTATTT-AAATCGATTCAATAAACTGAATTATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAA
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAATCT-TTTCTTATTAA
* * * *
297268 TTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATT
187 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATT
* * *** * * * **
297333 GCTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTGTTTAAGCCA-TCATAACT
252 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCATAACT
* * * **
297397 ATTTGAACTTGTTC-GAAAATCAGATTTATTTTTTAAAATTTC-TAGTATATTACTTTTTTGAAT
316 ATTTGAACTTGTTCGGTAAAT-AGATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGT-TATTAATTTTTAAAAT
* * * * * *
297460 GTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAAAAAATTATTTATGAC
378 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTATTTATGAC
* * * * *
297525 TAAACAAAATGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGG
441 TAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGG
*
297590 TTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCT
506 TTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * ** * ** * *
297619 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATA-TTTTACTTTGAATAAGCTTGTATA
1 CTTA-TTA--AATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTATATG
* * *
297683 AAC-AGAATAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAA
61 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
297746 ATACTCATAATTATTTGAATTGGTTT-GATAATAGATTTTGTATAAATTTGTATTGTTTTATTAA
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AA-ACA----G-----A-TT-TA----TTT-TTAA
* * * *
297810 TAGTTTTGTATTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTGA
172 -A----TCT-TT---T--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA
* * ** * * * *
297875 AT-AGTTTTGTTTGAA-TAGAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAA
226 ATAAGCTTT-TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAA
* * * * * * * * *
297938 TAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTT-AAGCTTGTTCAGTGAACATATTTATTTTTTAAG
289 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
298002 TCT-TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTTGAATAAACTT-T
353 TCTCT-TAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-AATAAGCTTGT
* * * *** * * *
298065 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATTATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGT
416 ATGAACT-GAAACAATT-ATTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTAT
* ** * ** * * *
298129 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTAGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTT
479 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATC-T
* * *
298186 CAACTTATT-AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAACTTGTATG
1 ---CTTATTAAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTATATG
* * * *
298249 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAA
61 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* ** * * * *
298314 ATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAGTAAA-TGAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTAT
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAG-ATTTA-TTTTTAAATCTTTT-CTTATTAA
* * ** *
298378 TTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAGT
187 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAAT
* * ** * *
298442 TAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATAAT
251 T-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
* * ** * * * * * **
298506 TATTTAAACGTGTTTAG-AAAGGATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATA
315 TATTTGAACTTGTTCGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATA
* * *
298569 TTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCT-TGAA-TAGAACCAATTGTTTTATG
379 TTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTG-TATGAACT-GAAACAATT-ATTTATG
* * * *
298631 ACAAAACAAAAGGCCATAATG-TTATGAAATAGATAATTGTTCAGATA-TCATAACTATTTGAAC
439 ACTAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * ** *
298694 AT-GTTC-AGTAAACAAATTCCTTTTTTAATTCT
502 ATGGTTCGA-CAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* * *
298726 CTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
1 CTTA-T--TAAATTTTT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTATATG
** * * * * ** * *
298790 AACTGAAACGATTG-TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAAATATTCAA
61 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * ** *** * *
298854 ATAGTCATGACTATTTGACCTTCTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAAT
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTA-TTTTTAAATC-TTTTCTTATTAAT
** * * * *
298919 TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTAT-AAATAGAAACAATT
188 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATT
* * * * * * * **
298983 ATTTTATAACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGA
252 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
299048 TTTGAACATGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTT--A-CT-TT--TTAATT-A-TCTT--AATATT
317 TTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATTAATTTTTAAAATATT
* ** * * * * *
299103 AATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATATGCTTGTATG-AGTAGAAAAAATCATTTTATGACAA
381 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TTAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTA-TTTATGAC-T
* * *** * ** * * *
299167 AAAAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATTT-AAAGTTG
442 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAA-TGG
* * * * * *
299231 TCCAATAAGCAGATTGATTTTTTAAATCT
506 TTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
* ** * ** *
299260 CTTAATTATTAGCTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTA-TTTTATTTTGATTAAGCTTATATG
1 CTT-ATTA--A-ATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTATATG
** * * * * *
299324 AACTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACGATTTGAAATTGATATTTATTCAA
61 AACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
299388 ATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTT-GATAAACATATTTATTTTTGATATTTTTTACTTATTAA
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAACAGATTTATTTTT-AAATCTTTT-CTTATTAA
* * ** * ** * *
299452 ATGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAA-TAT
187 TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAAC-TAAAACAAT
* * * * * * ** *
299516 TGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAATT
251 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* ** * * *
299581 ATTT-AAATTGGTTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATAT
316 ATTTGAACTT-GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATAT
* * * ** * ** * * * *
299641 TAATAGATTAGTATT-TTTTATTTCAAACAAATTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTATGACAA
380 TAATAAATTAGTATTATTTTATTT-TAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTATGACTA
* * *
299705 AACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACA-GGT
443 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATGGT
* ** * *
299769 TAGGTAAACAAAATTA-TTTTTAAATCT
507 TCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCT
** * * * *
299796 CTTGCATATTCATTTTCAAAATATCAATAAATTCA-TTTTA-TTTTATTTCGAATAAGC-TAGTA
1 CTT--AT-TAAATTTT-TAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTTA-TTCAAATAAGCTTA-TA
**
299858 TGAATTGAAAA-AATTGTTTTATGAC-AAA-AAA-A--AT---GATTTGAAATAGATAATTGTT-
59 TGAA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * * * **
299913 AATATAG-CTTCAATTGTTAGAACTAGTTT-TACAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTTGGTTA
123 AA-ATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTGGA-AAACAGATTTA-TTTTTAAATCT-TTTCTTA
* * ** * *
299975 TTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAA
183 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA-AA
* * * * * ** * * * * *
300038 ATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCA
246 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
300103 TAAGTATTTAAACTGGTTCAGTAAA
311 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAA
300128 CATCTCTTAT
Statistics
Matches: 8289, Mismatches: 1809, Indels: 1109
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
524 25 0.00
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Consensus pattern (534 bp):
CTTATTAAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTCAAATAAGCTTATATGAACAA
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ATAACTATTTGAACTAGTTTGGAAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTCTTATTAATTTTTGAAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
GTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTTTAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTATGACTAAACAAAAGGTCAT
AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGACAAACACATT
TATTTTTTAAATCT
Found at i:293163 original size:714 final size:712
Alignment explanation
Indices: 289310--299890 Score: 2999
Period size: 714 Copynumber: 14.6 Consensus size: 712
289300 AAAACCCTTA
* ** * * * * *
289310 CTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATCAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGTTTATATGAT-A
1 CTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTACATGATCA
* * * * * * *
289373 AAAAAAATT-TATTATATGACCAAACAAAATGT-AGCAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAA
65 GAAACAATTGT-TT-TATGA-AAAACAAAATGTCA-TAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
* * ** * *
289436 T-GGCAATAATTATTTGAACTAATTT-GATAAACAGATTCACTTTTTTAAATCAC-T-TATTAAT
126 TAGTC-ATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAACA-ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTCTATTAAT
* * * * * * *
289497 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTATATGAACTG-AAACAATT
187 TTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GATAAGCTTGTAT-AA-AGAAAATAATT
** * * * * * * * *
289561 GTTTTATGACTATTTGAATTGTTTATATGGTCAAAACGATTTTAAATAGACAATTG-TCTAACTA
249 GTTTTATGAC-A----AA----ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATA
* * * * *
289625 GTTATAA-CTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTAATTTTTTAAAATCTTGTTA--TA--AA
304 GTCATAATCTATTTGAACTTATT-GGTAAATAGATTT-ATTTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAA
** * * * * * * *
289685 TTTTCAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAACAATT
366 TTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTT-AATAAGATTTTATGAACTGAAAAAATT
* * * * * *
289750 GTTTTATGTCAAAATAAAAGGTCATAACA-ATTTTAAATAAATACTTGTTCAAATAGTCATAACT
430 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-AA-ATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* ** * * ** *** * *
289814 AATTGAACTTG-TACAGTAAACAAATCT-ATTTTTCCAAATCTTTTATTTATTAAATT-TCCA-A
493 ATTTGAA-TTGCT-CAACAAAGAAATGTAATTTTT-CAAA-CTCATGCCTAAT-AATTCT-TAGA
* * * * * * * * * * *
289875 ATGTTAATAAATT-TTGATTATTTCATTTCGAATAAGCTTTTAAGATATGAAACAAATA-TGTTA
552 ATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTG-TA
* * * * * * * *
289938 TGACTAAACAAAATATCAAAACAATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAACTATTTGAA
615 TGACTAAACAAAAGATCAAAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTCAACTATTTGAA
* * ** *
290003 TTGGTTTCG-CAAGCACATTTATTTTTTAAATCT
680 CTGG-TTCGATAAAAACATTTAGTTTTTAAATCT
** * * * *
290036 CTTACTTATTAATTTTTTAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTTAATCCAATAAGCTTAAATGA
1 CTTA-TTA--AA-TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTACATGA
* * ** * * * *
290101 TCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAA-GATCTTAACAATTTGAGATTGAAAATTGTTCAA
62 TCAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATG-TCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * *
290164 ATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGTAAACATATTTATTTTTCAAATCTCTTACTTATTAAA
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-C-TATTAAT
* * * * *
290229 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGATCA-AAAACAATT
187 TTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GATAAGCTTGTAT-A-AAGAAAATAATT
* * * ** * *
290293 GTTTTATGGCAAAACAAAAGATCATAACAATTTCAAATAAATAATCATTCAAATGGCCATAAT-T
249 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCT
* * * *
290357 ATTTTAACTTATTTGTTAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-TTCTTACTTATTAA-TTTTGAAAAT
314 ATTTGAACTTA-TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTG-AAAT
* * * * * *
290419 ATTAA-AAATTAGCATTATTTTATTCTGT-CTAAGCTTGTACT-AACT-AAAACAATT-ATTTAT
376 ATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-T-TAATAAGATTTTA-TGAACTGAAAA-AATTGTTTTAT
* * * * *
290479 GACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAA
437 GACAAAACAAAAGGTCAAAAT-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AA
* **** * * * * * * * *
290544 TTGTTTGTTAAATAGAT-T--TTTTT-AAATCTCTTTTTG-TTATTAATTTTTTGAATGTTAATA
500 TTGCTCAACAAAGAAATGTAATTTTTCAAA-CTC---ATGCCTAATAATTCTTAGAATATTAATA
* * *** * * * * * **
290604 AATTAGTATTAATTTATTTTGAATAAGGTTGTAT-AAACTA-AAATAATTGTTTTATAACTACCC
561 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAA--AGAAACAATTATTGTATGACTAAAC
* * * * * * * * * * * *
290667 AAAAGCTTAAAACGATTTGAAATGGAAAATTATTCCAATAGTCTTAACCATTTAAATTGATTCGG
624 AAAAGATCAAAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTCAACTATTTGAACTGGTTCGA
* *
290732 TAAACAA-ATTTATTTTTTAGATCT
689 TAAA-AACATTTAGTTTTTAAATCT
* ** ** * * * ** * *
290756 CTCATTATTTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAACAAGCTTGTACGAACA-
1 CTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTACATGATCAG
** * * ** *
290820 AAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAAT-AGTTTGAAATAGATAATCATTCATATAG
66 AAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATGTCATAATGA-TTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
290884 TCTTAACTATTTGAAC-TGGTT-CAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTAGGT-TATTAAGA
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAA-AA-CA-ATTTATTTTTTAAATCTCT---TCTATTAATT
* * ** * **
290946 TTTGAAATATT-ATCAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGAACAG-AACCAATT
188 TTTGAAATATTAAT-AAAATAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTAT-AA-AGAAAATAATT
* * * * ** * * * * *
291009 GTTTGAAGACAAAATAAAATG-TTATAATGATTTGAAATAAACAACTATTCAAATAGTCA-AAAC
249 GTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATC
* ** * * * *
291072 TATTTGAAATGGT-TTGGTAAGCATATTTACTTTTT-AAATCTCTTA-TTAATT-ATTTTTTAAA
313 TATTTGAACT--TATTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGAAA
* * * * * *
291133 TATTAATAAATTAGTATTATTTTCTTTTAA-ACAAACTTATATTAAC--AAAAATATTTTTTTTA
375 TATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTAATA-AGA-TTTTATGAACTGAAAAA-A-TTGTTTTA
* * * ** *
291195 TGACAAAACATAAA-GT-AATATCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTGTAATTATTTG
436 TGACAAAACA-AAAGGTCAAAAT--ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * *
291258 AACAGGTCAATAAATAGAAT-T-A-TTTTCTAAATCTCTTAG--TTATAAATT-TTTGAAATATT
498 AATTGCTCAACAAAGA-AATGTAATTTTTC-AAA-CTCAT-GCCTAAT-AATTCTTAG-AATATT
* * * * ** * *
291317 -A-AAATTAGTTTTATCCTTT--TTCGAATAAAC-TGTATGAGCTA-AAATAATTATTTTATGA-
557 AATAAATTAGTATTAT--TTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTATTGTATGAC
* * * * * * * * ** *
291375 TAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTCAAATAAATAATTGTTCATATAATCTTAACTGCTTGGACT
619 T-AAACAAAAGATCA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTCAACTATTTGAACT
* * ***
291439 GATTCGACAAATGGATTTA-TTTTTCAAATCT
682 GGTTCGATAAAAACATTTAGTTTTT-AAATCT
* * * * * * ***
291470 CTTGGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTGTGTG
1 C----TTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTACATG
* * * * * ** *
291535 TTGAAAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAA
61 ATCAGAAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * *
291600 TAGTCATAACTAATTGAAC-TGATTTGGCAAACATATTTATTTTTTCAATCTC-T-TATTAATTC
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTGGAAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTT
* * ***
291662 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAATAATTGTT
189 TTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GATAAGCTTGTATAAAG-AAAATAATTGTT
* * ** ** *
291727 TTATGACAATACAAAAGATAATAATGATTTGAAATAGATTGTTGTTCAGAT-GTCTATAAT-TAT
252 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATCTAT
* * *
291790 TTGAACTTATTTGGTAAATTGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-CTTTGAAAAATTA
316 TTGAACTTA-TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* ** *
291853 ATAAAGTAGTATTATTTTATTTGGATAAGATTTTATGAACT-AAAACAATTGTTTTACGACAAAA
380 ATAAAATAGTATTATTTTATTTTAATAAGATTTTATGAACTGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAA
*** * * * *
291917 CAAATTCTCATAAATATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTCG
444 CAAAAGGTCA-AAATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTCA
** * * * * * * *
291982 GTAAATAAATTTAATTTTTCAAATCTCATGCCTATTACTTTTTCGAATGTTAATAAATTAGTATT
507 ACAAAGAAATGTAATTTTTCAAA-CTCATGCCTAATAATTCTTAGAATATTAATAAATTAGTATT
* ** *
292047 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGGTCAAAG
571 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGATCAAAG
* * *
292112 TGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAAACATTTA
636 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTCAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAAACATTTA
*
292177 TTTTTTAAATCT
701 GTTTTTAAATCT
* * * *
292189 CTTATTAAATTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAGTAAGCTTATATGGTCAG
1 CTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTACATGATCAG
* * * * *
292254 AAACAATTCTTTTATGAGAAAAC-AAATATCATAATGATTTCAGATTGATATTTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
292318 CATAACTATTTGTACTAGTTTGGAAAACAACTTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTG
130 CATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACAA-TTTATTTTTTAAATCTCTT-C-TATTAATTTTTG
* * * * * ** * *
292383 AAAT-TTAAAAAAAAAAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTAAAACAATTTTTTT
192 AAATATT-AATAAAATAGTATTATTTTA-TTTCGATAAGCTTGTAT-AAAGAAAATAATTGTTTT
*
292447 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTT
254 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCTATTT
* * * * * ** *
292510 GAACTTGTTCGGTAAATAGGTTTATTTTTTAAAATCTCTTAATCATTAATTTTTTTAATGTTAAT
318 GAACTTATT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * *
292575 AAATTAGTATTAATTTAATTTTAATAAGTTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACA
382 AAAATAGTATT-ATTTTATTTTAATAAGATTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
* * *
292640 AAAGGTCAGAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTAGCTCAAC
446 AAAGGTCAAAAT-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GCTCAAC
* ** * *
292705 AAAGACATGT-ATTTTTTTAA-TC-T-CCTAATAATTCTTAGAATATTATTGAATTAGTATTATT
509 AAAGAAATGTAATTTTTCAAACTCATGCCTAATAATTCTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * *
292766 TTAATCTAAATAAG-TGTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAA-
574 TTAATCCAAATAAGCT-TGTATGAAAAGAAACAATTATTGTATGACTAAACA-AAAGATCA-AAG
** * * * *
292827 CGATTTGTGATAGATAATTGTTCAAATAGTC-CAACTATTTGAA-TGTTTCAGA-AAACAGATTT
636 CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTCAACTATTTGAACTGGTTC-GATAAAAACATTT
292889 AGTTTTTAAATCT
700 AGTTTTTAAATCT
* ** *
292902 CTTATT-AATATTCAAAATATTGA-TAGATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAA
1 CTTATTAAAT-TTCAAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTTATTC-GAATAAGCTTACATG-A
*
292964 T-AGACACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
62 TCAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ** *
293028 TGGACATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATT
126 TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT--CTATTAATT
* *
293093 TTTAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTCTGACTAAACTTGTATAAAGAGAAATAATTG
188 TTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GA-TAAGCTTGTATAAAGA-AAATAATTG
* * * * *
293157 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGCTATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCATAA-CGA
250 TTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCTA
* ** * * *
293221 TATGAACTTACTTAATAAACAAATTT-TATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
315 TTTGAACTTA-TTGGTAAATAGATTTAT-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
293284 TAATAAAATATTGTTATTTTATTTTGAATATGCTTGTAT-AAATAGAAAAAATTGGTTTATGACA
378 TAATAAAATAGTATTATTTTATTTT-AATAAGATTTTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATGACA
* * *
293348 AAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAA-AGCATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTG
441 AAACAAAAGGTCA-AAATATTTAAAATAG-ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
** * * * * * *
293412 -TCTAGTAAACAAAT-TCATATTTT-AAATCTCTTAT-TC-ATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
503 CTC-AACAAAGAAATGTAAT-TTTTCAAA-CTC--ATGCCTAATAATTCTTAGAATATTAATAAA
* * * * * * ** * * * *
293472 GTAGTATTTTTTTTATTTCGAATAAG-TCTATATGACCA-ATACAATTGTTTTACGACGAAAAAA
563 TTAGTA-TTATTTTAATCCAAATAAGCT-TGTATGAAAAGAAACAATTATTGTATGAC-------
*
293535 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTATGAGATTTGAAATAGATAATTAT
619 ----T-A-AAC------AAA-AG------A-TC--A-A---A-GCGATTTGAAATAGATAATTAT
* * * *
293600 TCAAATAGT-T-ATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTGAAAATCT
657 TCAAATAGTCTCA--ACTATTTGAACTGGTTCGATAAAAACATTTAGTTTT-TAAATCT
* *** * * * * ** * *
293656 ATTACTTATTAATTGTCAAA-A-TAGT-AA-TA-AATTAATATTATTTTAATCCAA-ATAAGCTT
1 CTTA-TTA--AATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAAT--AAGCTTA-C--
* * * * * *
293715 AT-ATGAACA-AAACAATTGTTTTATCACAAGACAAAAAGTCATTATGATTTGAAATAAATAATT
58 ATGAT---CAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATT
* * * * *
293778 GTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
119 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-C-T
* * * ** * ***
293843 ATTAGTTGTCT-AAATATTAATAAATTTCTAGTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
181 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTT-ATTTCGATAAGCTTGTAT-AA-AGAA
* * * * * ***
293907 AA-AATTATTTTATGACAAAATAGAAGGTTATAGTGATTTGAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGT
242 AATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGT
* * * * * **
293970 CATAA-CTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTTAGTTTTT-AAATCTCATACTTATTAATTTT
306 CATAATCTATTTGAACTT-ATTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTT
* * * * * * * *
294033 TTG-AATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTGGAATTAGCTTGTATGAA-TAGAAAGAATTGT
369 TTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTT-TAATAAGATTTTATGAACT-GAAAAAATTGT
* * * * * *
294096 TTTGTGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATT
432 TTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAT-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * ** * ** * * * *
294161 TGTACTAATCAAGCCATTAGAT-TCCTTTTT-AAAGTCCATTACTTATTAAATT-TTAGAATATT
496 TGAATTGCTCAA-CAAAGAAATGTAATTTTTCAAACT-CA-TGCCTAAT-AATTCTTAGAATATT
* * * * ** * * * * *
294223 AATGAATT-GACATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATTAATAGAAACAATTGTTTTATGA-TA
557 AATAAATTAG-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTGTATGACT-
* * * * * * * * * *
294286 AAACAAATGGTCATAA-TGACTTGAAA-AAATAATTGTTCAAATTATTAT-AACTAATTGAACTA
620 AAACAAAAGATCA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCTCAACTATTTGAACTG
* * * * *
294348 GTTTGGTAAACAGATTTA-TTTACTAAATCT
683 GTTCGATAAAAACATTTAGTTT-TTAAATCT
* ** * * * * * * * * *
294378 CTTATTAACTTTTGAAACATTAATAAATTAATACTATTTTTTTTCAAACAAACTTATATGGA-CA
1 CTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTACAT-GATCA
* * * * * * * * ** * * * * * *
294442 AAAATATTTGTTTTACGGCAAAACAAAAGGTTAGAGCGATTTGAAATAGGTAATTCTTCTAACAA
65 GAAACAATTGTTTTA-TGAAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * *
294507 TCTTAATTATTTGAAATGGTTTGTCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTCTT
129 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTT-C-TATTAATTTTT
* * * *
294572 GGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAAA-AGAAACAATTGTT
191 GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTT-ATTTCG-ATAAGCTTGTAT-AAAGA-AAATAATTGTT
* * * *
294635 TTATGACAAAA-TAAAGATCATAGCAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAA-CTATT
252 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCTATT
* * * *
294698 TGAACTATTTTGGTAAATAAATTTAGTTTTT-AAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAA
317 TGAACT-TATTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
294758 T-AGATCAATGTTATTTTATTCTGAAT-A-ATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATTTTA
381 TAAAAT-AGTATTATTTTATT-TTAATAAGATTTT--ATGAACT-GAAAAAATTG-----TTTT-
* * * *
294819 AAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTCAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAT
435 --AT-GAC----A-AAAC---AA-AA--G------G--T---CAAAA--T-------ATTTAAAA
* * * * *** ** * * *
294884 TAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTTGAGCTAATTCAGTAAACAAATTTAGTTTTT-AAA
466 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ATTGCTCAACAAAGAAATGTAATTTTTCAAA
* * * * * *
294948 -TC-T-CTTATTAATT-TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAATCTTGTA
530 CTCATGCCTAATAATTCTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA
* * * * * * * * * * *
295009 CG--AATAAACAATTGTTTTACGACAAAAAAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTGTT
594 TGAAAAGAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGATCA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * * * ** ** * * *
295071 CATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTGGGCAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTT
658 CAAATAGTCTCAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAAACATTTAGTTTTTAA--ATC-T
* * * * *
295129 GGTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTA--A----TA---AAAT-AG--T--ATTAACA
1 -CTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTACATGATCA
* * * * * * * *
295180 GAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
65 GAAACAATTGTTTTATGA-AAAA-CAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * * *
295245 GTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAGCAATTTTACTTTTTAAATCTCATACTGATTAATTTT
128 GTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACAA-TTTATTTTTTAAATCTC-TTCT-ATTAATTTT
* * ** * * * * *
295310 CT-AAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACA-AAAACAATTAT
190 -TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTTCGATAAGCTTGTA-TAA-AGAAAATAATTGT
* * * * *
295373 TTTATGACAAAACAAAA-AGTAATAACGATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTTATAAT-TA
251 TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCTA
* * * * * *
295436 TTAGAAC-TAGTTCAGTAAATAAAATTATTTTCT-AAATC---T-CTTATAAATTTTTGAAATAT
315 TTTGAACTTA-TT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * * *
295495 TAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTAT-AAGCTAAAAAAATTGTTTTATAACA
378 TAATAAAATAGTATTATTTTATTT-TAATAAGATTTTATGAA-CTGAAAAAATTGTTTTATGACA
* ** * * * * * * *
295559 AAACGAAATATCATAACA-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCTTAACTGTTTGAACTGG
441 AAACAAAAGGTCA-AA-ATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* **** * * * * * * * * *
295623 TTTGGTAAATG-GAT-TCATTTTTTAAA-TCTTAG-TTATTAATTTTTTGAATATTACTAAATTA
503 CTCAACAAA-GAAATGTAATTTTTCAAACTCAT-GCCTAATAATTCTTAGAATATTAATAAATTA
* *** * *
295684 GTATTATTTTATTATGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTT-TATGA-TAGAACAAAAG
566 GTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATT-ATTGTATGACTA-AACAAAA-
* * * * * * *
295747 GGTTATAA-CAATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTGGATTGGTTTAGCA
628 GATCA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TCAACTATTTGAACTGG-TTCG-A
* * *
295810 -AACAA-ATTTATTTTTTAAATGT
689 TAAAAACATTTAGTTTTTAAATCT
* * * * * ** * *
295832 TTTATT-AATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTG
1 CTTATTAAATT-TCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTACATGATC
* * ** * * *
295895 AAAAACAATTGTTTTAT-AACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGCTCAAAT
64 AGAAACAATTGTTTTATGAA-A-AACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
* ** ** *
295959 AGTCATAACTATTTAAACTAATTT-GATAAATTGATTTATTTTTTAAATCAC-T-TATTAATTTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAA-CAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTT
* * * * * * * * * * * *
296021 TGAAATATTAATATATTAATGTTACTTTA-TTCTGAGCAAACTTATATGAACAAAAGCATTTGTT
190 TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GA-TAAGCTTGTATAAAGAAAA-TAATTGTT
* *** *
296085 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAGTGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAT-TATT
252 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCTATT
** * * * ** **
296149 TGAACTGGTTAGTAAATAGAATTATTTTTT-AAACCTCCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAAT
317 TGAACTTATTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * ** * * * * * *
296213 AAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTATCATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAA
382 AAAAT-AGTATTATTTTATT-TTAATAAGATTTTATGAACTGAAAAAA-TTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
296277 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTACGT-ATATAGTCTTAAATATTTGAACTAGTTC
444 CAAAAGGTCAAAAT-ATTTAAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGCTC
* * * * * * * * * * *
296341 GACAAAGAAAT-TTA-TTTTCTAATTCTCTTAG-TTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGT
506 AACAAAGAAATGTAATTTTTC-AA-ACTCAT-GCCTAATAATTCTTAGAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
296403 GTTATTATATTCCAAATAAACTTGTATGAACAA-AAATAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGGT
568 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAACAATTATTGTATGACTA-AACAAAAGAT
* * * * ** ** * * * * * *
296466 TATAA-CAATTTCAAGTTTATAGCTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC
631 CA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCT-CAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAA
** *
296529 GGATTTATTTTTTAAATCT
694 ACATTTAGTTTTTAAATCT
** * * *
296548 CTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGA-AT
1 CTTA-TTA--AA-TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTT-ACAT
* * * * * * * * * * *
296611 GTTCA-AATACAATTGTTATATGATGAAGCATAAGGTAATAATGATTTGAAATTGGTAATTGTTG
60 GATCAGAA-ACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTC
* ** * * * ** * *
296675 ACATAACCATAATTATTTG-AGTTGATTCAATAAACAAATTCACTTTTTAAATCTC-T-TATTAA
123 AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGA-AAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAA
* * * * * * *
296737 ATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAACA-AAAACAAT
186 TTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTAT-AA-AGAAAATAAT
* * ** *
296801 TGTTTTATGACAAAA-TAATGAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTGTTCATTTAGTCTTAA
248 TGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAATAGTCATAA
* * ** * * * *
296865 T-TGTTTGAAC-TACTTTAGCCAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AG
311 TCTATTTGAACTTA--TTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * * * * * *
296926 AATATTACTAAATTAGTACTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTAT
373 AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTT-TAATAAGATTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTTAT
* * * * * *
296991 AAGAGAACAACAA-GTTATAACA-ATTTAAAATAGATAATTGTTCTAAA-AG----GA--A-TTG
437 GACAAAACAA-AAGGTCA-AA-ATATTTAAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * * *** * *
297046 -GTT--T-AATAAACATAT-TTATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATT-TTTGAAATATTAATA
498 AATTGCTCAACAAAGAAATGTAATTTTTCAAA-CTCATGCCTAATAATTCTTAG-AATATTAATA
* * * * * * *
297105 AATTAGTATTACTTTATTCCGAATAGGCTTGTATGATGAA-AAACAATTGTTTTATGAC-AAGA-
561 AATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-AAAGAAACAATTATTGTATGACTAA-AC
* * * * * * * * *
297167 AAAAGTTCATAA-TGATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATGGCCAT-AATTATTT-AAATCGATT
624 AAAAGATCA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TCAACTATTTGAACT-GGTT
* *** * *
297229 CAATAAACTGAATTATTTTTTAAATCT
686 CGATAAAAACATTTAGTTTTTAAATCT
* ** * * * **
297256 CTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTTTATG
1 CTTA-TTA--AA-TTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTACATG
* * * * * * * * *
297320 AACTGAAACAATTGCTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAAATAATTGTTTAA
61 ATCAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
** * * *
297385 GCCA-TCATAACTATTTGAACTTG-TTCGAAAATCAGATTTATTTTTTAAAATTTCTAGTATATT
125 -ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAA-CA-ATTTATTTTTT-AAATCTCT--TCTATT
* * * * * * * *
297448 ACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAAAA
184 A-ATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GATAAGCTTGTAT-AA-AGAAAAT
* * * ** *
297512 AATT-ATTTATGACTAAACAAAATG-TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCAT
245 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * *
297575 AA-CTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTT-A
309 AATCTATTTGAACTTATT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** ** * * * * * * * *
297637 GAATATTATTAATTTAACAATATTTTACTTTGAATAAGCTTGTATAAACAG-AATAATTATTTTA
373 -AATATTAATAAAATAGTATTATTTTA-TTTTAATAAGATTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTTA
* ** * * * *
297701 TGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTAAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAA
436 TGACAAAACAAAAGGTCA-AAATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
297765 TTGGTTTGATA-ATAGATTTTGTATAAATTTGTATTGTTTTATTAATAGTTTTGTATTAAATCAC
500 TT-G-CTCA-ACA-A-A----G---AAA--TGTA--ATTTT-TCAA-A---CT-CA-T---GC-C
* * * * * ** * * *
297829 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTCTGAAT-AGTTTTGTTTGAATAG
538 -TAATAATTCTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAG-CTTGTATGAAAAG
* * * * *
297893 AAACAATTGTTTTA-CAATAAAACAAAATG-TCATAA-CTATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAA
601 AAACAATTATTGTATGACT-AAACAAAA-GATCA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA
* * * * * * * * *
297954 TGGACAT-GACTATTT-AAGCTTGTTC-AGTGAACATATTTATTTTTTAAGTCTT
662 TAGTC-TCAACTATTTGAA-CTGGTTCGA-TAAAAACATTTAGTTTTTAAATC-T
* * * * * *
298006 CAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATT-TT-GAATAAACTT-TATG
1 ---CTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTT--TTATTCGAATAAGCTTACATG
* * * * * *
298068 AAT-AGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATTATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA
61 -ATCAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCA
** * * * * **
298132 AATAGTCATAACTATTTGAACTCATTAGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTCAACTTATTAA
124 AATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTATTTTTTAAATC-TCTTC-TATTAA
* * *
298197 TTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAG-AAACAA
186 TTTTTGA-AATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCG-ATAAGCTTGTAT-AA-AGAAAATAA
* * * *
298260 TTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-
247 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
** * * * *
298324 CTATTTGAACTCGTTCAGTAAAT-GAATTTATTTTTT-AAATGTTTTACTTATTATTTTTTGGAA
312 CTATTTGAACTTATT-GGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * *
298387 TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAA-TAGAAACAGTTAG-TTTAT
375 TATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TTAATAAGATTTTATGAACT-GAAAAAATT-GTTTTAT
* * * * * *
298450 GACAAAACAAAAGGT-AATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATAATTATTTAAA
437 GACAAAACAAAAGGTCAA-AA-TATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * * ** * * * * *
298514 CGTGTTTAGA-AAGGATAT-TTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA
500 -TTGCTCA-ACAAAGAAATGTAATTTTTCAAACTCATGCCTAATAATTCTTAGAATATTAATAAA
* *** * * * * *
298577 TTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCT-TGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAA
563 -TTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTG-TATGAAAAGAAACAATTATTGTATGACTAAACAA
** * * *
298640 AAGGCCATAA-TG-TTATGAAATAGATAATTGTTCAGATA-TCAT-AACTATTTGAACAT-GTTC
626 AAGATCA-AAGCGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TCAACTATTTGAAC-TGGTTC
*** *
298700 -AGTAAACAA-ATTCCTTTTTTAATTCT
687 GA-TAAA-AACATTTAGTTTTTAAATCT
* *** * * * *
298726 CTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTATATG
1 C-T--T-ATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTA-TTCGAATAAGCTTACATG
* * * * * * * * * *
298790 AACTGAAACGATTG-TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAAATATTCAA
61 ATCAGAAACAATTGTTTTATGA-AAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAA
* * * ***
298854 ATAGTCATGACTATTTGACCTTCTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAA
125 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACA-ATTTATTTTTTAAATC-TCTT-C-TATTAA
** * * * *
298918 TTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAAT
186 TTTTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTT-ATTTCG-ATAAGCTTGTATAAAGA-AAATAAT
* * * * *
298982 TATTTTATAACAAAATAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA-
248 TGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT
** * * * * *
299045 AGATTTGAACATGT-TTGGTGAACAAATTTATTTTTT---A-CTTTT--TAATT-A-TCTT--AA
312 CTATTTGAAC-T-TATTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
* * ** * * * * **
299099 TATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATATGCTTGTATG-AGTAGAAAAAATCATTTTATG
375 TATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TTAATAAGATTTTATGAACT-GAAAAAATTGTTTTATG
* * * * ** * * *
299163 ACAAAAAAAAAAGGTTATAGCA-ATTTCAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATTTAAA
438 AC-AAAACAAAAGGTCA-A-AATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * *
299227 GTTG-TCCAA-TAAGCAGAT-TGATTTTTTAAA-TC-T-CTTAATTATTAGCTTTCAAAATATTA
500 -TTGCT-CAACAAAG-AAATGTAATTTTTCAAACTCATGCCTAATAATT--C-TT-AGAATATTA
* * *** * * ** * * *
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558 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTGTATGACTAAA
* * * * * * *
299350 CAGAAGGTCATAA-CGATTTGAAATTGATATTTATTCAAATAGTCAT-GACTATTTGATCTAGTT
623 CAAAAGATCA-AAGCGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-TCAACTATTTGAACTGGTT
* * * * *
299413 TGATAAACATATTTA-TTTTTGATATTTTTT
686 CGATAAAAACATTTAGTTTTT-A-A--ATCT
* * * * ** *
299443 ACTTATTAAATGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA
1 -CTTATTAAATTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTCGAATAAGCTTACATGATCA
* * ** * * **
299508 TAAA-ATATTGTTTTAT-AATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAAT
65 GAAACA-ATTGTTTTATGAA-A-AACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * *
299571 AGTCATAATTATTT-AAATTGGTTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTC-T-TATTAATTTT
127 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGAAAACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTT
* * * * ** * *
299633 TGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTCAAACAAATTTATATGAACA-AAAATATTTGTT
190 TGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTC-GATAAGCTTGTAT-AA-AGAAAATAATTGTT
* ** *
299696 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAT-TATT
252 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCTATT
*** * * * * * * * ** *
299760 TGAACAGGTTAGGTAAACAAAATTA-TTTTT-AAATCTCTTGCATATTCATTTTCAAAATATCAA
317 TGAACTTATT-GGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * ** *
299823 TAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
381 TAAAAT-AGTATTATTTTATTT-TAATAAGATTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
299887 -AAAA
444 CAAAA
299891 TGATTTGAAA
Statistics
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AAACAATTGTTTTATGAAAAACAAAATGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTTGTTTGGAAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTCTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCGATAAGCTTGTATAAAGAAAATAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATCTATTTGAACTTAT
TGGTAAATAGATTTATTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAATAGTA
TTATTTTATTTTAATAAGATTTTATGAACTGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAA
ATATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGCTCAACAAAGAAATGTAA
TTTTTCAAACTCATGCCTAATAATTCTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
AGCTTGTATGAAAAGAAACAATTATTGTATGACTAAACAAAAGATCAAAGCGATTTGAAATAGAT
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*
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACG
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Alignment explanation
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293570 ATAGTTATGA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* * * * * ** * * **
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187 GATAATTCTTCAAACAATTATAACTATTTGTAC-TA-AT--CAAA-CCATTTATTTTTTAAATCT
* * * * * **
293836 TTTACTTATTAGTTGTCTAAATATTAATAAATTTCTAGTATTTTAATTAAAATAAGCTTGTATGA
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* * *
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* *
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** * *
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* * * ** * * *
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123 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAG
* * * *
294134 ATAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGTACTAATCAAGCCATTAGATTCCTTTTTAAAGTC-C
188 ATAATTCTTCAAACAATTATAACTATTTGTACTAATCAAACCATT-TA-T--TTTTTAAA-TCTC
* * * * *
294198 ATTACTTATTAAATTTTAGAATATTAATGAATTGACATTACTTT-ATTCTGAATAAGATTGTATT
248 -TTACTTATT-AATTTT-GAATATTAATAAATTG-TATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATG
* * *
294262 AATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAAT
308 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA-GGTCATAGT
* * * * * *
294303 GACTTGAAAAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACAGATTTA-
1 GATTTG-AATAATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTAG
* * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
294431 TTATATGGACAAAAATATTTGTTTTACGGCAAAACAAAAGGTTAGAGCGATTTGAAATAGGTAAT
128 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGATAAT
* * ** **
294496 TCTTCTAACAATCT-TAATTATTTGAAATGGTTTGTCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
193 TCTTCAAACAAT-TATAACTATTTG---T-ACTAATCAAAC-CATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
294560 TTACTAATTCTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAAAGA
252 TTATTAATT-TT-GAATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* *
294625 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAGC
314 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGGTCATAGT
* * *
294659 AATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAATAAATTTAG
1 GATTTGA-ATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTAG
* * * **
294724 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAGATCAATGTTATTTTA-TTCTGAATAATT
64 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAAC
* **** * **
294788 TTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTATTTTAAAATAAACTTGT-ATGAACTGAAACAATTGTTTT
128 TTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAA-AGGTCA-GAAC-G-----A----TTT
* * * **** * * * * *
294852 ATGACTCA-ACAAAAGGTCAAAACGATTTGAATTAGA-TAATTATTCTAATAGTCTTAACCATTT
181 A-AAAT-AGATAATTCTTC-AAAC-AATT--A-TA-ACT-A-T-TTGTACTAATC-AAACCATTT
** * * * * ** *
294915 GAGCTAATTCAGTAAA-CAAAT-TTAGTTTTTAAATCT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
234 -A--T--TT-TTTAAATC---TCTTACTTATTAATTTTGAATATTAA---T---AA-ATT-GT--
** * * * *
294977 ATTAGTATTATTTTAATTCAAATAATCTTGTACGAAT--AAACAATTGTTTTACGACAAAAAAAA
280 A-T--TA---TTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAAATAA
*
295040 AGGTCATAAT
338 AGGTCATAGT
* * * * * ** * * ** *
295050 GATTTAAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAAATATTTGAATTGGTTGGGCAATTAGATTTA-
1 GATTT-GAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTAG
* * ** * * * * ** * *
295114 TTTTTTAAT-T-TTCTTGGTTATT-AAGT-TTCA-AAA-TATTATTAAATTA-GT--AATAAAAT
64 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACT
* * * * * * * * * * * *
295170 AGTATTAACAGAACCAATTATTTGATGACAAAATAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAAT
129 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAA-CAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGATAAT
* * * * * ** * ** * * * * *
295235 TATTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAATGGTTTGGTAAGCAATTTTACTTTTTAAATCTCATACT
193 TCTTCAAACAATTATAACTATTTGTACT--AAT--CAAACCA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * * * * * * *
295300 GATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAA
253 TATTAA-TTT-TGAATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * **
295365 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAAC
315 ACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAGT
* * * * * * ** * *
295399 GATTTAAAATAGATAACTGTTCAAATAGTTATAATTATTAGAACTAGTTCAGTAAATAAAATTA-
1 GATTT-GAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTAG
* * * * *
295463 TTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAATAAGC
64 TTTT-TAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAAC
* ** * ** * * * *
295528 TTGTAT-AAGCTA-AAAAAATTGTTTTATAACAAAACGAAATATCATAACAATTTGAAATAAATA
128 TTGTATGAA--TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGATA
* *** * * ** * ** *
295591 ATTGTTCAAATGGTCT-TAACTGTTTGAACTGGTTTGGTAAATGGATTCATTTTTTAAA--TCTT
191 ATTCTTCAAACAAT-TATAACTATTTGTACT--AAT--CAAA-CCATTTATTTTTTAAATCTCTT
* *
295653 AGTTATTAATTTTTTGAATATTACTAAATTAGTATTATTTT-ATTATGAATAAGCTTGTATGAAT
250 ACTTATTAA--TTTTGAATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * **
295717 AGAAACAATTGCTTTATGATAGAACA-AAAGGGTTATAAC
311 AGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ATAAA-GGTCATAGT
* * * * * ** * * *
295756 AATTTGAAATAGATGATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGGATTGGTTTAGCAAACAAATTTAT
1 GATTTG-AATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTAG
* * * * *
295821 TTTTTAAATGTTTTATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGC
64 TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAA-C
* * ** * * * * * *
295885 TTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
128 TTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGATAA
* * * ** * **
295949 TTGC-TCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAATTTGATAAATTGATTTATTTTTTAAA--TC--A
192 TT-CTTCAAACAATTATAACTATTTGTACTAA--T--CAAA-CCATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * ** * * *
296009 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAATGTTACTTT-ATTCTGAGCAAACTTATATGAACA
251 CTTATTAA-TTTTG-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAATA
* *
296073 -AAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAGT
312 GAAA-CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAGT
* * ** * *
296110 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-GGTTAGTAAATAGAA-TTA
1 GATTTG-AATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACA-AATTTA
* * * * * *
296173 TTTTTTAAACCTCCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAAT
63 GTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * ** * * * * * *
296238 AAGCTAT-CATGAATTCAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
124 AAACT-TGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATA
* * * * * * * ** * *
296302 GATAATTACGT-ATATAGTCT-TAAATATTTGAACTAGTTCGACAAAGAAATTTATTTTCTAATT
187 GATAATT-CTTCAAACAAT-TATAACTATTTGTACTA-AT---CAAA-CCATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * ** *
296365 CTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAGTGTTATTAT-ATTCCAAATAAACTTGTA
245 CTCTTACTTATTA-ATTTT-GAATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTA
* * * * * **
296429 TGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACA-AAAGGTTATAAC
306 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA-AA-ATAAAGGTCATAGT
* * * ** * * ** *
296472 AATTTCAAGTTTATAGCTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACGGATTTAT
1 GATTTGAA--TAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTAG
* * **
296537 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCGAATA
64 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * ** * * * * * * *
296602 AGCTTGAATG-TTCA-AATACAATTGTTATATGATGAAGCATAAGGTAATAATGATTTGAAATTG
125 AACTTGTATGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAG
* * * * * ** * * * * *
296665 GTAATTGTTGACATAACCATAATTATTTGAGTTGATTCAAT-AAACAAATTCACTTTTTAAATCT
188 ATAATTCTTCAAACAATTATAACTATTT--G-T-ACT-AATCAAAC-CATTTATTTTTTAAATCT
* * *
296729 CTTA-TTA--AATTTTGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGAA
247 CTTACTTATTAATTTT-GAATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAA
* * * **
296791 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAATGAGTCATAAC
310 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAG-GTCATAGT
* ** * * * * * **
296830 AATTTGAAATAGATAATTTGTTCATTTAGTCTTAATTGTTTGAACTACTTTAGCCAACAAATTTA
1 GATTTG-AATA-ATAA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTA
* * * * *
296895 TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTACTATTTTATTTCGAAT
63 GTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * * ** * * * * *
296960 AAGCTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATAAGAGAACAACAA-GTTATAACAATTTAAAATAG
124 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAA-AAGGTCAGAACGATTTAAAATAG
* * ** * * * * *
297024 ATAATTGTTC-TA-AA--AGGA--ATTGGT-TTAAT-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTAA
188 ATAATTCTTCAAACAATTATAACTATTTGTACTAATCAAAC-CATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
297081 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTT-ATTCCGAATAGGCTTGTATG-ATGA
252 TTATTAA-TTTTG-AATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATT-TGAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * *
297144 AAAACAATTGTTTTATGACAAGAA-AAAGTTCATAAT
312 GAAACAATTGTTTTATGACAA-AATAAAGGTCATAGT
* * * * * *** *
297180 GATTTGAAGTAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAATCGA-TTCAATAAACTGAA-TT
1 GATTTGAA-TA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATTTTGGTAAAC-AAATTT
* * * *
297243 ATTTTTTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAA
62 AGTTTTTAAA--TCT--CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * *** *
297308 TAAGCTTTTATGAACT-GAAACAATTGCTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATA
123 TAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATA
* * * * * * * ** * *
297372 AATAATTGTTTAAGCCATCATAACTATTTGAACTTGTTCGAAAATCAGATTTATTTTTTAAAATT
187 GATAATTCTTCAAACAATTATAACTATTTGTAC-TAATC--AAA-C-CATTTATTTTTT-AAATC
* * * * * *
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246 TCTTACT-TATTA--ATTTTGAATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTA
* * * * * *
297500 TGAATTGAAAAAAATT-ATTTATGACTAAACA-AAATGTCAAAAT
306 TGAATAG-AAACAATTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGGTCATAGT
* ** * * * *
297543 GATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACACATTTAT
1 GATTTG-AATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTAG
* * * * *
297608 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAACAATATTTTACTTT-GAAT
64 TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTTCGAAT
* * * * * * * * *
297672 AAGCTTGTATAAACAG-AATAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAACGATTTAAGATAGA
124 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGA
* * * * *
297735 TAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAATTGGTTTGATAATAGATTTTGTATAA--ATTTGTA
189 TAATTCTTC-AA-A--C--AATTA--T-AACT-ATTTG-TACTA-A---T-CA-AACCA-TT-TA
* * *
297798 TTGTTTTATTAATAGT-TT--TGTATTAAATCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGT
235 TT-TTTTA--AAT-CTCTTACT-TATT-AAT---TT-TGAA-TATT---A-A-T-A-A-A-TTGT
* * ** * * *
297860 ATTATTTT-ATTCTGAAT-AGTTTTGTTTGAATAGAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGT
280 ATTATTTTAATT-TGAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGT
*
297923 CATAACT
342 CAT-AGT
* * * * ** * *
297930 -ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTT-AAGCT-TGTTCAGTGAACATATTT
1 GATTTG-AATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTAT-TTTGGTAAACAAATTT
* * * * * *
297992 ATTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTTGAA
62 AGTTTTTAAATC-T---CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAA
** *** * * * * *
298057 TAAACTT-TATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATTATTATAATGATTTGAAATAA
123 TAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAG
* * * * * ** *
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188 ATAATTCTTCAAACAATTATAACTATTTGTACT-A--A--TCAAA-CCATTTATTTTTTAAATCT
* *
298185 -TCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTAT
247 CT-TACTTATTAA-TTTT-GAATATTAATAAATT-GTATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTAT
* * **
298248 GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAC
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* ** ** ** *
298290 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAGTAAATGAATTTAT
1 GATTTG-AAT-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTTGGTAAACAAATTTAG
* * ** * * *
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64 TTTTTAAA---TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * * *
298420 AGCTTTTATGAATAGAAACAGTTAG-TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGA
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* * * ** ** * ** * *
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*
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* * * *
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* ** *
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** * ** *
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62 AGTTTTTAAATCTC-T--T-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGA
* * * ** * ** *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * **
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* * ** *
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* ** *
299075 -TTTTT-TA-CT-TT-TTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTAGAAATA
63 GTTTTTAAATCTCTTATTAATT-T-TTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCG-AATA
** * * ** * * * * * * *
299132 TGCTTGTATGAGTAGAAAAAATCATTTTATGACAAAAAAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGA
125 AACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGAC-AAAACAAAAGGTCAGAACGATTTAAAATAGA
* * * * * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * **
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * ** * * * * * * *
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* * * * * ** ** * *
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* * * ** *
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* * * * * *
299680 AACAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
308 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAGT
* * * * *
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1 GATTT-GAATA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTTGGTAAACAAATTTA
* * * * *
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* * * * * * ** ** * *
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124 AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAA-GGTCAGAACGATTTAAAATAG
* *** * *
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** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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Statistics
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TCAAACAATTATAACTATTTGTACTAATCAAACCATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTGAATATTAATAAATTGTATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAATAAAGGTCATAGT
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Alignment explanation
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* * *
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* * * ** *
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* * * * *
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** * * *
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1 AATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGA--CAAAATAAAGATCAAAACAATTTGAGA
* *
294883 TTAGATAATTATTCT-AATAGTCTTAACCATTTGAGCTAATTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAA
64 -TAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACCATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAA
* * * * *
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127 ATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATTCAAATAATCTTGCACGA
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192 ATAAACAATTGTTTTA
295028 CGACAAAAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (213 bp):
AATAAACTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCAAAACAATTTGAGATA
GATAATTATTTAAATAGTCATAACCATTTGAACTAATTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT
CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATTTTAATTCAAATAATCTTGCACGAATAA
ACAATTGTTTTATTTTAA
Found at i:297586 original size:182 final size:179
Alignment explanation
Indices: 297053--300121 Score: 1689
Period size: 180 Copynumber: 17.0 Consensus size: 179
297043 TTGGTTTAAT
* * * *
297053 AAACATATTTATTTTTTAAATCTCCTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * * *
297118 TTATTCCGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAGA-AAAAGTTCATAATG
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
297297 TTTATTTCGAATAAGCTTTTATGAACTG-AAACAATTGCTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATATT
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* * * * ** *
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* * * *
297413 AAATCAGATTTATTTTTTAAAATTTCTAGTATATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAATTAATATT
1 AAA-CAGATTTATTTTTT-AAATCTCTACT-TATTA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
* * * *
297477 ATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAATTGAAAAAAATT-ATTTATGACTAAACAAAATG-TCAA
62 ATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAA-GATCAT
* * *
297540 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGC
125 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTC-GA
* * * * *
297596 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATTATTAATTTAACAATAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
** * *
297660 TTTACTTT-GAATAAGCTTGTAT-AAACAGAATAATT-ATTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAA
64 TTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAAAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * *
297721 CGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAATTATTTGAATTGGTTTGA
127 TGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGA
* * * * * * * *
297774 TAATAGA-TT-TTGTATAAATTTGTATTGTTTTATTAATAGTTTTGTATTAAATCACTTATTAAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTA----CTTATTAAT--TTTTG----AAAT-A-TTAATAA-
* * ** * * **
297837 TTTTAAAATATTAATAAATTT-GTATTATTTTA-TTCTGAATAGTTTTGTTTGAATAGAAACAAT
53 -ATT--AATATTATTTTATTTCG-A--A--TAAGCT-TG--TA----TGAATG-A-A-AAA-AAT
* ** * * * * *
297900 TGTTTTACAATAAAACAAAATG-TCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGA
99 TGATTTATGACAAAACAAAA-GATCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* *
297963 CTATTT-AAGCTTGTTCAGT
162 CTATTTGAA-CTCGTTC-GA
* * * * *
297982 GAACATATTTATTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * ** *
298046 TTAATTTTGAATAAACTT-TATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAATTATTATAAT
64 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA-AAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * *
298109 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCATTAGGT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTT-CGA
* * * *
298162 AAATAGATTTATTTTTAAAATCTTCAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * *
298226 TTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAAC
64 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA-AAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * *
298290 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCAGT
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTC-GA
* * * * * * *
298343 AAA-TGAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTAT
1 AAACAG-ATTTATTTTTTAAAT-CTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * *
298407 TTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAAT-AGAAACAGTT-AGTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAA
64 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA-AAAAAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
** ** * * * *
298470 CAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATAATTATTTAAACGT-GTTTAGA
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCG-TTCGA
** * * * * * *
298524 AAGGATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* ** * **
298589 TATTTGGAATAAGCTTGCT-TGAAT-AGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATG
66 TATTTCGAATAAGCTTG-TATGAATGA-AAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* *
298652 -TTATGAAATAGATAATTGTTCAGATA-TCATAACTATTTGAACAT-GTTCAGT
129 ATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCGTTC-GA
* ** * * *
298703 AAACAAATTCCTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTAT
* * ** * * *
298767 TTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTG-AAACGATTG-TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAAT
64 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAAT
* * * * * *
298830 AATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATGACTATTTGACCTTC-TTCAAA
128 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCGTTC-GA
* * **
298883 AAACATATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* * * *
298948 TTAATTT-GAATAAGCTTGTATAAAT-AGAAACAATT-ATTTTATAACAAAATAAAA-AGTCATA
65 TT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA-AAAAAATTGA-TTTATGACAAAACAAAAGA-TCATA
** * * ** * *
299009 ACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACAT-GTTTGGT
126 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TCG-TTCGA
* * **
299064 GAACAAATTTATTTTTT--A---CT--TT-TTAATTATCTT--AATATTAATAAATTTGTATTAT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * *
299119 TTTA-TTAGAAATATGCTTGTATGAGT-AGAAAAAA-TCATTTTATGACAAAAAAAAAAGGTTAT
64 TTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATGA-AAAAAATTGA-TTTATGAC-AAAACAAAAGATCAT
*** * * * * * * * *
299181 AGCAATTTCAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATTTAAAGTTG-TCCA
125 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGA
* * ** ** * *
299235 ATAAGCAGATTGATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAGCTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTA
1 A-AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * *
299300 TTTTATTTTGATTAAGCTTATATGAACTG-AAATAATT-TTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAA
63 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
* * * * * * * *
299363 CGATTTGAAATTGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGA
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGA
* * * * * * * ** *
299416 TAAACATATTTATTTTTGATATTTTTTACTTATTAAATGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 -AAACAGATTTATTTTTTA-AATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
* * * * * * * *
299481 TTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAA-CATAAAATATTGTTTTATAATAGAACAAAA-AGTCATAA
64 TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA-AAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAA
** * ** * * * * * *
299544 CAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAATTGGTTTTGT
127 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-TTCGA
* *
299598 AAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATT-TTT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
* * ** * * * * *
299659 TATTTCAAACAAATTTATATGAA-CAAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
66 TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAA-AATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA
* * ** * *
299723 TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACAGGTTAGGT
130 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTT-CGA
* * * * * ** * * *
299774 AAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTGCATATTCATTTTCAAAATATCAATAAATTCATTTTATT
1 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATT
* *
299838 TTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTG-AAAAAATTGTTTTATG-----ACAAAA-A--A-AATG
65 TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TGAAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATG
* * * * * **
299893 ATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAG-CTTCAATTGTTAGAACTAGTTTTA
129 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ATAGTCAT-AACTATTTGAACTCGTTCGA
* * ** * * *
299944 CAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTTGGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTATATTAGTATTA
1 -AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTA
* * * * * * *
300007 TTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATG-TTATA
63 TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA-AAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAA-GATCATA
* * * * * * *
300070 ATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAAGTATTTAAACTGGTTC
126 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTC
300122 AGTAAACATC
Statistics
Matches: 2271, Mismatches: 453, Indels: 330
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
170 15 0.01
171 124 0.05
172 63 0.03
173 64 0.03
174 1 0.00
175 25 0.01
176 113 0.05
177 32 0.01
178 13 0.01
179 178 0.08
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181 549 0.24
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184 3 0.00
185 3 0.00
186 2 0.00
187 7 0.00
188 2 0.00
189 3 0.00
190 4 0.00
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192 1 0.00
193 2 0.00
194 1 0.00
195 17 0.01
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199 6 0.00
200 2 0.00
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203 1 0.00
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210 7 0.00
211 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTT
TATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGAAAAAAATTGATTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGAT
TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGTTCGA
Found at i:298555 original size:361 final size:359
Alignment explanation
Indices: 297827--300129 Score: 1942
Period size: 361 Copynumber: 6.4 Consensus size: 359
297817 GTATTAAATC
* * *** *
297827 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTCTGAATAGTTTTGTTTGAAT
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAAT
** * *
297891 AGAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAAT-GTCATAACTATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAA
* * * * * * **
297954 TGGACATGACTATTT-AAGCTTGTTCAGTGAACATATTTATTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAAT
128 TAGTCATAACTATTTGAA-C-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT
* * *
298018 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTAATTTTGAATAAACTT-TATGAATAGAAACAATTG
191 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG
* *** * ** * ** *
298082 TTTTATTACAAAACAAATTATTATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTAT
* ** * * **
298147 TTGAACTCATTAGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCTTCA
321 TTAAACTGTTTA-G-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
298188 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA
* *
298253 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
66 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * *
298318 TCATAACTATTTGAACTCGTTCAGTAAATGAATTTATTTTTTAAATGTTTTACTTATTATTTTTT
131 TCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
298383 GGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAGTTAG-TT
195 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTT
*
298447 TATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTTATAATTATTTA
259 TATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTA
* * *
298512 AACGTGTTTAGAAAGGATATTTATTTTTAAAAT-TTTT
324 AAC-TGTTTAGAAA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * *
298549 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCT-TGAA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTG-TATGAA
* * * * * *
298612 TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGCCATAATG-TTATGAAATAGATAATTGTTCAGA
64 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAA
** * * *
298676 TA-TCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACAAATTCCTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATT
128 TAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * *
298740 TTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACGATTG
192 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTG
* * * * * * * *
298804 -TTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATAATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATGACTAT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTAT
* * * * *
298868 TTGACCT-TCTTCAAAAAACATATTTATTTTTTAAATCATTT
321 TTAAACTGT-TT--AGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * *
298909 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATAAAT
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGAAT
* * * ** * *
298973 AGAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** ** * * *
299038 GTCATAAAGATTTGAACATGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTT--A-CTTTT--TAATT-A-TCT
130 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * **
299096 T--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TTAGAAATATGCTTGTATGAGTAGAAAAAATCATT
194 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * * *
299158 TTATGACAAAAAAAAAAGGTTATAGCAATTTCAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATT
258 TTATGAC-AAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATT
* ** * *
299223 TAAAGTTGTCCA-ATAAGCAGATTGATTTTTTAAATCTCTT
322 TAAA-CTGTTTAGA-AA-CAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* ** * * * * * * *
299263 AATTATTAGCTTTCAAAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTATATGAACT
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-T
* * *
299328 -GAAATAATT-TTTTATGACAAAACAGAA-GGTCATAACGATTTGAAATTGATATTTATTCAAAT
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * * * * * *
299390 AGTCATGACTATTTGATCTAGTT-TGATAAACATATTTATTTTTGATATTTTTTACTTATTAAAT
129 AGTCATAACTATTTGAACT-GTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT
* * * * * * *
299454 GTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAA-ATATTG
192 TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-ATTG
* * * * * *
299518 TTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAATTAT
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTAT
* *
299583 TTAAATTGGTTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAA---TTT
321 TTAAACT-GTTTAG-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * *
299621 -CTTATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTAGTATT-TTTTATTTCAAACAAATTTATATGAAC
1 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT
* * * * * * *
299683 AAAAATATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATA
65 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * * * * * *
299748 GTCATAATTATTTGAACAGGTT-AGGTAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTTGCATATTCATTT
130 GTCATAACTATTTGAAC-TGTTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT
* * * * * * *
299811 TCAAAATATCAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTGAAAAAATTGT
193 TTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * *
299875 TTTATGAC--AA-AAAA---AAT---GATTTGAAATAGATAATT-GTTAATATAG-CTTCAATT-
257 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAA-ATAGTCAT-AATTA
* * * * *
299928 GTTAGAACTAGTTTTACAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTT
320 TTTA-AACT-G-TTTAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * * *
299970 GGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA
* * * * * * * *
300035 GAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAT-GTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATA
66 GAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* *
300099 GTCATAAGTATTTAAACTGGTTCAGTAAACA
130 GTCATAACTATTTGAACT-GTTCAGTAAACA
300130 TCTCTTATTT
Statistics
Matches: 1585, Mismatches: 286, Indels: 152
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
346 22 0.01
347 31 0.02
348 3 0.00
349 2 0.00
350 32 0.02
351 102 0.06
352 50 0.03
353 93 0.06
354 131 0.08
355 4 0.00
356 113 0.07
357 103 0.06
358 14 0.01
359 81 0.05
360 223 0.14
361 418 0.26
362 155 0.10
363 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (359 bp):
ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATA
GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTA
GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTAAA
CTGTTTAGAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT
Found at i:299423 original size:534 final size:536
Alignment explanation
Indices: 297827--300115 Score: 1653
Period size: 534 Copynumber: 4.3 Consensus size: 536
297817 GTATTAAATC
* * * * *
297827 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ATTCTGAAT-AGTTTTGTTTGAA
1 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-GAATAAG-CTTGTATAAA
* * * * * * *
297890 TAGAAACAATTGTTTTACAATAAAACAAAATGTCATAACTATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAA
64 TAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTA-CTCAAA
* * * ** * * * * * * * **
297954 TGGACATGACTATTTAAGCTTGTTCAGTGAA-CATATTTATTTTTTAAGTCTTCAACTTATTAAT
128 TAGTCATAAAGATTTAAACATGTTTAG-AAAGCAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTA--TATTAAT
* * * * *
298018 TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTAATTTTG-AATAAACTT--TATGAATAGAAACAA
189 TCTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTAGAAATAAGCTTGCT-TGAATAGAAAAAA
** * * ***** * * * *
298079 TTGTTTTATTACAAAACAAATTATTATAATGATT-TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA
250 TCATTTTATGACAAAAAAAAAGGCCATAAT-ATTATCAAATAGATAATTGCTAAAATA-TCATAA
* * * * * * * * * * *
298143 CTATTTGAACTCAT-T--AGGTAAATAGATTTATTTTTAAAATCT-TCAACTTATTAATTTTTAG
313 CTATTT-AA-ACATGTCCA-ATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAA-TCATTAACTTTCAA
* *
298204 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
374 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATT-TTTTA
* * *
298268 TGACAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
437 TGACAAAACAAA-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
* * * * *
298333 CTCGTTCAGTAAATGA-ATTTATTTTTTAAATGTTTT
501 CTAGTTTAATAAA-CATATTTATTTTTTAAATCTTTT
* *** * * *
298369 ACTTATTATTTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCCGAATAAGCTTTTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-CGAATAAGCTTGTATAAAT
* * * * * *
298433 AGAAACAGTTAGTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTACTCAAATA
65 AGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATA
* ** * * * *
298498 GTTATAATTATTTAAACGTGTTTAGAAAGGATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT
130 GTCATAAAGATTTAAACATGTTTAGAAAGCAAATTTATTTTTAAAATTTTTA--TATTAATTCTT
* * ** **
298563 GGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGCTTGAATAGAACCAATTGTTTT
193 -GAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGCTTGAATAGAAAAAATCATTTT
* * * * * * *
298628 ATGACAAAACAAAAGGCCATAATGTTATGAAATAGATAATTGTTCAGATATCATAACTATTTGAA
257 ATGACAAAAAAAAAGGCCATAATATTATCAAATAGATAATTGCTAAAATATCATAACTATTTAAA
* * * * * * ***
298693 CATGTTCAGTAAACAAATTCCTTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
322 CATGTCCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTTTCAAAATATTAATAAAT
* * * * *
298758 TAGAATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACGATTGTTTATTACAAAACAAAAGG
387 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTTTTTATGACAAAAC-AAAGG
* ** * * ** * *
298823 TCACAATAATTTGAAATAGATAAATATTCAAATAGTCATGACTATTTGACCTTCTTCAAAAAACA
451 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTAATAAACA
*
298888 TATTTATTTTTTAAATCATTT
516 TATTTATTTTTTAAATCTTTT
* *
298909 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATAAATA
1 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAAATA
* *
298974 GAAACAATTATTTTATAACAAAATAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
66 GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG
* * * * *
299039 TCATAAAGATTTGAACATGTTTGGTGAA-CAAATTTATTTTT-TACTTTTTA-ATT-A-TCTT-A
131 TCATAAAGATTTAAACATGTTTAG-AAAGCAAATTTATTTTTAAAATTTTTATATTAATTCTTGA
* * *
299098 ATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTAGAAATATGCTTG-TATGAGTAGAAAAAATCATTTTAT
195 ATATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGCT-TGAATAGAAAAAATCATTTTAT
** *
299162 GACAAAAAAAAAAGGTTATAGCA-ATT-TCAAATAGATAATTGCTAAAATAGTCATAATTATTTA
259 GAC-AAAAAAAAAGGCCATA--ATATTATCAAATAGATAATTGCTAAAATA-TCATAACTATTTA
** * * * * *
299225 AAGTTGTCCAATAAGCAGATTGATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAGCTTTCAAAATATTAATAA
320 AACATGTCCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTTTCAAAATATTAATAA
* * * *
299290 CTTAGTATTATTTTATTTTGATTAAGCTTATATGAACTGAAATAATTTTTTATGACAAAACAGAA
385 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTTTTTATGACAAAACA-AA
* * * *
299355 GGTCATAACGATTTGAAATTGATATTTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATCTAGTTTGATAAA
449 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTAATAAA
* * *
299420 CATATTTATTTTTGATATTTTTT
514 CATATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * *
299443 ACTTATTAAATGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTAT-AA-A
* * * *
299508 TA-AAA-TATTGTTTTATAATAGAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAAT
64 TAGAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAAT
** * * * * * *
299571 AGTCATAATTATTTAAA-TTGGTTTTGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATTTCT-TATTAATTTT
129 AGTCATAAAGATTTAAACAT-GTTTAG-AAAGCAAATTTATTTTTAAAATTTTTATATTAATTCT
* ** * * ** * * **
299633 TGAAATATTAATAGA-TTAGTATT-TTTTATTTCAAACAA-ATTTATATGAACA-AAAATATTTG
192 TG-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGCT-TGAATAGAAAA-AATCA
* * * * * *
299694 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTA
253 TTTTATGACAAAAAAAAAGGCCATAAT-ATTATCAAATAGATAATTGCTAAAATA-TCATAACTA
* * * * * * *
299758 TTTGAACAGGT-TAGGTAAACAAAATT-A-TTTTTAAATCTCTTGCAT-ATTCATTTTCAAAATA
316 TTTAAACATGTCCA-ATAAAC-AAATTCATTTTTTAAATCTCTT-AATCATTAACTTTCAAAATA
* * * *
299819 TCAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAAAAATTGTTTTATGA
378 TTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TATGAACTGAAACAATT-TTTTATGA
* * * *
299882 CAAAA-AAA----AT---GATTTGAAATAGATAATTGTT-AATATAGCTTCA--ATTGTTAGAAC
440 CAAAACAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA-ATAG--TCATGACTATTTGAAC
* * * * *
299936 TAGTTTTACAAA-AAAATTATTTTTTAAATCTCTT
502 TAGTTTAATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * * * * * * * *
299970 GGTTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
1 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAAATA
* * * * * * * ** * * * *
300035 GAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAATGTTATAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAG
66 GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG
300100 TCAT-AAGTATTTAAAC
131 TCATAAAG-ATTTAAAC
300116 TGGTTCAGTA
Statistics
Matches: 1431, Mismatches: 265, Indels: 116
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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526 5 0.00
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530 3 0.00
531 3 0.00
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543 6 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (536 bp):
ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTATAAATA
GAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTACTCAAATAG
TCATAAAGATTTAAACATGTTTAGAAAGCAAATTTATTTTTAAAATTTTTATATTAATTCTTGAA
TATTAATAAATTTATATTATTTTATTAGAAATAAGCTTGCTTGAATAGAAAAAATCATTTTATGA
CAAAAAAAAAGGCCATAATATTATCAAATAGATAATTGCTAAAATATCATAACTATTTAAACATG
TCCAATAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATCATTAACTTTCAAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTTTTTATGACAAAACAAAGGTCATA
ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAGTTTAATAAACATATTT
ATTTTTTAAATCTTTT
Found at i:300587 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 300186--303094 Score: 1750
Period size: 180 Copynumber: 16.2 Consensus size: 180
300176 TATTTCAAAT
* * * * * * * * *
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1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
*** * * * * * * *
300251 TTTGGTAAAAAGATTAACTTTTTAAA--TC-ACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTA
66 TTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
* * * *
300313 TCATTTTATT-TCAAATAAACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAAC
131 TTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * ** *
300363 AAAACAATAGGTCATAACGATTTTCAATAGACAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTTA
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
* ** *
300428 TTCAATAAA-AAATTTTATCTTTTTTGA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTA
66 TTCAATAAACACA-TTTAT-TTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* *
300491 GTATTATTTTATTTTGGATAAGCTT-TATGAACTGAAACAATTGTTTTATGGA-
128 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT-GAC
* * * *
300543 AAAAAAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTCTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * * *
300607 ATTCAATAAATAGATTTCTCTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAAAT
65 ATTCAATAAACACATTTAT-TTTTTAAATCTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAAT
* * * *
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126 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACTGAAACAATTGTTTTATGAC
** * * ** * * ** *
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1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
* * * * * *
300790 TTCAACAAACACATTTATATTTTAAACCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGT
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* * * * * * *
300855 ATTATTTT-TATCCGAATAACCTTTTATGATCAGAAACAATTATATTATGAC
130 ATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
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1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
** * * *
300970 TTTGATAAACATATTTATTTTTTAAA--TC-TCTTATTCATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
66 TTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
*** * *
301032 TTATTTTATTC-CCTTGAAGCTTGTATTAACTAAAACAATTGTTTTATGAC
131 TTATTTTATTCTGAAT-AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
** * ** * * *
301082 AAATCAAAATGTTGTAATGATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTG
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * *
301147 -TTCAGTAAACACATTTATTTTTTAAA-ATC-TCTTATAAATTTTTTTG-AATGTTAATAAATTA
65 ATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAA--TTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
301208 GTATTAATTTATTCTAAATATGCTTGTA-CAAATTAAGGCAATTGTTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA-ACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * *
301261 TAAATAAAAGGTCAAAATGATTTCATATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAATTGA
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
* * * * ** *
301326 TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGT
66 TTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
* * * * * * * *
301391 GTTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTA-CAAAT-AAAAAATTCTTTTACGAC
130 ATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
301440 AAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATCGATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTG
1 AAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * ** * * * * * *
301505 GTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGC-TATTAAGTTTTCAAATATTATTAAATTA
65 ATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT--CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* ** ** * * *
301569 GTATTATTTTACTCCAAATAAAATAGTATGAAC-AAAAGCAATTGTTTGATGAC
128 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGTTTTATGAC
* * * * *
301622 AAAATAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAG-C----C--TTTGAAAATT
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG--AATT
* *** * * * *
301680 GGTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTCT-AAAT-TTAATAAATT
64 GATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATT
* * *
301743 AGTATTATTTTATT-TCAA-ACA-CTTATATTAA--GAAAAGCAATTG-TTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAACTG-AAA-CAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
301794 AAAACAAAAA-GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGTACT-
1 AAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * * * ** * *
301857 AGTAT-GATAAATAGAATTATTTTCCAAATCTCTTAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATT
65 A-T-TCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * ** ** *
301921 AGTTTTATTCTATT-TCAAATACCCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTTTATG--
127 AGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * **
301973 AAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CCA
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
* * * ** * *
302037 GTTTAAAAAACA-ATTT-TGGTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGT
66 -TTCAATAAACACATTTAT--TTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
* * * * *
302100 AGTATGATTTTATT-TCAAATAAG-TTCTTATGAATTGAAACAATTTTTTTATGAC
127 AGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTT-GTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
** * *
302154 AAAGTAAAAGGTCATAATGACTTTAAAATAGTCAGATTAATTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTT
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGA-TTT-TAA-A-T-AGA-TAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTT
*** * * * * ** *
302218 GAACTTG-TTTGGTAAATATATTTATTTTTATAAATCTCATGCTCATTAATTTTTCTAATGTTAA
59 GAA-TTGATTCAATAAACACATTTATTTTT-TAAATCTC-TTCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
302282 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTGTTTTATTAC
121 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
302342 TAAACAAAAGGTCCA-AACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTG
1 AAAAAAAAAGGT-CATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* ** * *
302406 GTTCAGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTATTAAATTAG
65 ATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * ** * * *
302471 TATTACTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATAAC
129 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
302523 -AAAATAAAGATCATAACGA-TTTAAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGAACT-
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * ** * * *
302585 ATTTCAGA-AAACATATTTAGTTTTTAAA--TC-TCTTATTAATTTTCAAAATATTAACATATAA
65 A-TTCA-ATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * ** * * *
302646 ATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCT-TGAA-TAGAAACAATTGTTTTGTAAT
128 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG-TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * * * *
302699 AAAACAAAAGGTCATAACAATATGAAATAGATATTTGTTCAAATGGACATGACTATTTAAACTTG
1 AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTG
* * * * * **
302764 -TTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTAC-CATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAG
65 ATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCT-CTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
302827 TATTATTTTACTCCGAATAAACTTGTATGAA-T-AGAACAATTGTTTTATGAC
129 TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGA-AACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
302878 AAAACAAAAGATTATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAGTCATAACTATTTGAACTT
1 AAAAAAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
*** * * * * * * * *
302942 GA-TGGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTA
64 GATTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * *
303006 GTATTATTTTATTTTGAATATGCATGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGAC
128 GTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
303059 TAAACAGAAGGCCATAACT-ATTTCAAATAAATAATT
1 AAAAAAAAAGGTCATAA-TGATTTTAAATAGATAATT
303095 GTTTGAGTAG
Statistics
Matches: 2146, Mismatches: 472, Indels: 224
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 43 0.02
173 21 0.01
174 7 0.00
175 24 0.01
176 169 0.08
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178 69 0.03
179 370 0.17
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187 40 0.02
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189 7 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AAAAAAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGA
TTCAATAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGAC
Found at i:302962 original size:536 final size:533
Alignment explanation
Indices: 300205--303120 Score: 2089
Period size: 536 Copynumber: 5.4 Consensus size: 533
300195 GTTCATAATG
** * * * * ** * * *
300205 ATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTTTTTGAAC-TGATTTGGTAAAAAGATTAAC
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAATAGATTTAT
* * * * *
300269 TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATA
* * * * * * *
300330 AACTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATAACAAAACAATAGGTCATAACGATTTTCAATAGAC
131 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAA-AGATCATAACGA-TTTAAATAGAT
* * * * * *
300395 AATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTTATTCAATAAAAAAT-TTTATCTTTTTTGACTC
194 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTC-AGAAAACATATTTA--TTTTTTAAATC
** * * ** * *
300458 TTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT-ATGAA
255 -T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTTGAA
* * * * *
300522 CT-GAAACAATTGTTTTATGGA-AAAAAAAAAGGTCATAATAATTTTAAATAAATAATTCTTCAA
316 -TAGAAACAATTGTTTTGT-GACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * ** * *
300585 ATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAATAGATTT-CTCTTTTCAAATCTTTTGCTTATTA
379 ATGA-CATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTACT-TTTT-AAATCTCCTACTCATTA
* * * *
300649 ATTTTTTGAATATTAATAAAATT-GGATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAAG-ATATGAAACA
441 ATTTTCTAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-G-AACA
* * * * *
300712 AATATTTTATGACTGAATAAAAGGTCAAAACA
503 ATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTC-AAACT
* ** * ** * *
300744 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAA-ATGATTCAACAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAATAGATTTAT
* * * * *
300808 ATTTTAAACCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATCCGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATA
* * * * * * * *
300873 ACCTTTTATGATCAGAAACAATTATATTATGACAAAACAAAGATCTTAATGATTTGAGATTGATA
131 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTT-AAATAGATA
* * *
300938 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTT--GATAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
195 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCTCT
* * *** ** *
301001 TATTCATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CCTTGAAGCTTGTATTAACTA-
258 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAAT-AATTTTGT-TGAA-TAG
* * * ** * * *
301064 AAACAATTGTTTTATGACAAATCAAAATGTTGTAATGATTTTAAATAGAGAATTGTTCAAATAGT
319 AAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-G-
* * *
301129 A-ATAACTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACACATTTATTTTTTAAAATCT-CT--T-ATAAATTT
382 ACATAACTATTTGAACTTGTTCGA-TAAACAGATTTACTTTTT-AAATCTCCTACTCATTAA-TT
* * * * * * ** *
301188 TTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATATGCTTGTACAAATTA-AGGCAATTG
444 TTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA-ACAATTG
* *
301252 TTTTATGACTAAATAAAAGGTCAAAAT
507 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAACT
* * * * *
301279 GATTTCATATAGATAATTGTTCTAACAGTCTTAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAATAAATTTA
1 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAATAGATTTA
* *** * * *
301343 TTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTGTTATTTTAATCAGAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAAT
* * * * * * * * *
301408 AAGCTTGTA-CAA-ATAAAAAATTCTTTTACGACAAAATAAAAAGGTTATAACGATTTGAAATCG
130 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ACAAAGATCATAACGATTT-AAATAG
** * * ** ** * * *
301471 ATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCA-ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTT
192 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAGA-AAACATATTTATTTTTTAAATCT
* * * ** *
301535 CTTGGCTATTAAGTTTTC-AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAAATAGTATG
256 C-T---TATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGT-TG
* * * * * * *
301599 AACA-AAAGCAATTG-TTTGATGACAAAATAAAAGATTATAATGATTTGAAATAGAAAATTATTC
314 AATAGAAA-CAATTGTTTTG-TGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * * * * *
301662 AAAT-AGC----C--TTTGAAAATTGGTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTGAT
377 AAATGA-CATAACTATTTG-AACTT-GTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACTCAT
* * * * *
301720 TAATTTTCTAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAA-ACA-CTTATATTAAGAAAAGC
439 TAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATA-AGCTTGTATGAATAGAA-C
* * *
301781 AATTG-TTTATGACAAAACAAAAAGT-AATAAT
502 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAA-ACT
* * * * * * * *
301812 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTACAATTATTTGTACTAG-TATGA-TAAATAGAATT
1 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGAT-TCAGTAAATAGATTT
** * * * * * * * *
301875 ATTTTCCAAATCTCTTAGTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTATTTCAAA
64 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAA
** *** * * *
301940 TACCCTTGTATGAGTTGAAACAATTATTTTATGA-AAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATTGA
129 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTT-AAATAGA
* * *
302004 TATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCAGTTT-AAAAAACA-ATTT-TGGTTTTTAAATA
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTCAGAAAACATATTTAT--TTTTT-AA-A
* * *
302066 TCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAGTAAAGTAGTATGATTTTATT-TCAAATAAGTTCTT-A
253 TC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTCT-AAATAA-TT-TTGT
* * * ** * *
302129 TGAATTGAAACAATTTTTTTATGACAAAGTAAAAGGTCATAATGACTTTAAAATAGTCAGATTAA
312 TGAATAGAAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAAT-AATTT-GAA-A-T-AGA-TAA
* * * * * * *
302194 TTGTTCAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTTGGTAAATATATTTATTTTTATAAATCTCAT
371 TTGTTCAAAT-GACATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTACTTTT-TAAATCTCCT
* *
302258 GCTCATTAATTTTTCT-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
433 ACTCATTAA-TTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
302322 TGAAATAATTGTTTTATTACTAAACAAAAGGTCCAAACG
497 AG-AACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGT-CAAACT
* * * * *
302361 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGGTTCAGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAATAGATTTAT
* * *
302425 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTATTAAATTAGTATTACTTTAATCCGAATA
66 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATA
* * * *
302490 AGCTTGTATGAAAAGAAATAATTATTTTATAACAAAATAAAGATCATAACGATTTAAGATAGATA
131 AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAA-ATAGATA
* * *
302555 ATTGTTTAAATAGTCATATCTATTTGAACTATTTCAGAAAACATATTTAGTTTTTAAATCTCTTA
195 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
302620 TTAATTTTCAAAATATTAACATATAAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCTTGAATAGAAAC
260 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAT-AGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTG-TTGAATAGAAAC
* * * * * *
302685 AATTGTTTTGTAATAAAACAAAAGGTCATAACAATATGAAATAGATATTTGTTCAAATGGACATG
323 AATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACATA
* * * *
302750 ACTATTTAAACTTGTTCGATAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCCTAC-CATTAATTTTCAAAAT
387 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTCTAAAT
* * * *
302814 ATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCGAATAAACTTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACA
452 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACT
* *
302879 AAACAAAAGATTATAACT
517 AAACAAAAGGTCA-AACT
* **
302897 ATTTGAAATAAATAATTGTT-TAACTAGTCATAACTATTTGAACTTGA-TGGGTAAATAGATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAATAGATTTA
* * * * * * **
302960 TTTTTTAAATATTTTATTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAAT
65 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAAT
* * ** * ** * *
303025 ATGCATGTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACTAAACAGAAGGCCATAACTATTTCAAATAAA
130 AAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACA-AAGATCATAACGATTT-AAATAGA
** * * *
303090 TAATTGTTTGAGTAGTAATAGCTATTTGAAC
193 TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
303121 ATGTTTTATG
Statistics
Matches: 1876, Mismatches: 391, Indels: 222
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
530 1 0.00
531 9 0.00
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550 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (533 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTTGATTCAGTAAATAGATTTAT
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATA
AGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGATCATAACGATTTAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAGAAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAT
TAATTTTCAAAATATTAATAAATAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTTGAATAGAAACAAT
TGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACATAACTA
TTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTACTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTCTAAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACTAAAC
AAAAGGTCAAACT
Found at i:303631 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 303171--303632 Score: 450
Period size: 176 Copynumber: 2.6 Consensus size: 179
303161 CGACAAAAAT
* * * * *
303171 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTAC-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** * *
303236 TAAATAAGCTTGTATGAAGAGAAACAATAGTTTTGCGACAAAATAAAGATTATAACAACTTGAGA
65 TGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAACTTGAAA
* * *
303301 TAGATAGTTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTTAGTAAATAA
130 TAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGTTTTAGTAAACAA
* * * * * * * * *
303351 ATTTAGTTTTTAAATC-GCT--TATTAATTTTCAAAATATTAATAAGTCAGTACTATATTATTTG
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* ** * * * ** * *
303413 GTATAATTTTGCATGAACAGAAATAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTCATAATGATTTTAAA
66 GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAGATCATAACAACTTGAAA
* * * *
303478 TAGATAATTGTT-AAATGGACATGACTATTTGAA-T-TTATTCAGTAAGCAA
130 TAGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGTT-TT-AGTAAACAA
303527 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTA-CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
303592 TGAACAAACTTGTGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAA
65 TGAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAA
303633 TTATAACTAT
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 56, Indels: 14
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.01
175 3 0.01
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179 1 0.00
180 82 0.37
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
GAATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACAACTTGAAAT
AGATAATTATTCAAATAGACATAACTATTTGAACTGTTTTAGTAAACAA
Found at i:303977 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 303635--306692 Score: 2238
Period size: 181 Copynumber: 17.2 Consensus size: 180
303625 TATGACAATT
* * * * *
303635 ATAACTATTTGAACTTACTT-GGTAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * *
303699 GAATATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTA-AATATGCTTGCATGAACAAAAACAATTGGTTT
65 GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
303762 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * *
303815 CTAACTATTTGAACATGTTCAAAAAATATATTTATCTTTTTAGAT-TCTTACTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
303879 GAATATTAATAAATTTATATTGTTTTGTTCAGAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTA
65 GAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
*
303944 TGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
** * * * * * *
303996 ATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCACTTACTCATCAA-------
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * *
304054 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTT-TGAATAAGCCTATATAAACT-GATACAATTGTTTT
66 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* ** ** * * * *
304117 ATAAGGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGGAATAGATAATTATTTAAATAGTT
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * *
304170 ATGACTATTT-AACTTATT-TGATAAACATATTTATTTTAAAAATCT-TCTACTTATTAACTATC
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTT
** * * * *
304232 AAAATAATAATAAACTAATATTATTTTAATTC-GAATTAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTT
64 GGAATATTAATAAA-TTATATTATTTT-ATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
304296 TATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATATTTGTTCAAATAGTC
127 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
304350 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTGTCGG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * * *
304415 AATGA-TAATAAATT-T-GTAGTATT-TT---AATTA---TGTAAGAATAGAAAAAATTATTTTA
66 AAT-ATTAATAAATTATATTA-TTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* ** * *
304470 TGACAAAACAAAAGGTTATGGCT-ATTTGAAATAGGTAATTTTTCAAATAGTC
129 TGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * *
304522 ATAACTATTTGAACTTGTT-TGATAAACAAATTCAGTTTTCGAATCCCTTATTTATTAATTTTTG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * *
304586 GAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTCCA-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTT
65 GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-CAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * ** * *
304650 GTTACAAAATGAAAGGTCATAACGA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * *
304702 ATAAATATTT-ATAC-TGCTCAAGCCAATAGATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTCATTTT
1 ATAACTATTTGA-ACTTGTTC-AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
304764 TAGAATATTAATAAATTATCATTACTTTATTCTA-AATATGGC-TGCATCAATAAAAATAATTAT
63 TGGAATATTAATAAATTAT-ATTATTTTATTC-AGAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT
* * * * * * *
304827 TTTATGATAAAACAAATGGTCATAAAGATATGAAATAAATAATTGTTTAAATTA-TT
125 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTC
* **
304883 ATAACTAATTGAA-TTGGTTTGGTAAACA-AGTTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * *
304942 AAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTA-AACAAAC-TGATATGAATAGAAACATTTATT
64 GGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTG-TATGAATAGAAACAATTGTT
* * * * ** * * * *
305005 TTACGACAACACAAATGGACATAACAATTTAAAATAGATAATTATTCATATAGCC
126 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * ** **
305060 TTAACCATTTGAA-TTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTCAAATCTCTTAGATATTAATTTTCA
1 ATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * * * * * * *
305124 TAATATTATTATATTAGTATTGTTTTATTTC-GAATAAGCTTGCATAAATATAAATAATTCTTTT
65 GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *
305188 ATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTC
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
305241 ATAATTATTTGGACTGGTTC-GATAAACATA--TA---ATT---TC-C-TACATATTAATTTTTA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* ** * * *
305295 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTTTTTT
65 GAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTT
* * * * *
305359 ATGAC-AAACAAAAGTTCAAAATGATTTGATATAGATAATTGTTCAAATGGCC
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * *
305411 ATGACTATTTGAA-TTGATT-TGATAAAC-TGATATATGTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTT
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
305473 T-GAGATATTAATAAAGTAATATTTTTTTATT-ATGGATAAGCTTTTATGAA-ATTAAACAATTG
63 TGGA-ATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCA-GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTG
* ** *
305535 TTTTATGATAAAATGAAAGGTCATAA-GCATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
124 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** * * * * *
305592 ATAAGTATTTTAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTTTTTTTTAAGT-TCTTTGCTTATTAATTTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAA-TTTTT
* * * ** * * * * * *
305656 TGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAACCATGTTTGGATTGAAACAATTATTTT
64 GGAATATTAAT-AAATTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
** * * * * * *
305721 ATGATTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAATT
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * ** * * *
305774 TTAACTATTTGAGCTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA-TAATTTTTAG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
* *** * * * *
305838 AATATTACTGGTTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTA
66 AATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
305902 TGACAAAAC-AAAGATCATATTGATTT-AAGATAAATAATTGCTCAAATAGTC
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
305953 ATAACTATTTGAACTCGCTT-AGTAAACGT-TTTATGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
1 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
306016 GGAATTTTAATAAATTAGTAATATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTGGTTT
64 GGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * *
306081 ATGACAAAATAAATGGTCATAACGATTTG-AATAGACAATTGTTCAAATAGTC
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * * *
306133 ATAA--A----AACATGTTCAGAAAATAGATTTATTGTTTAAAT-TTTTACTTGTTAATCTTTGG
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
* *
306191 AATATTAGTAAACTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
66 AATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* *
306256 GGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTC
130 GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* *
306307 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * *
306372 AATAGTAATAAGTTAGTATTATCTTT-TT-TG---AA-----TATGAATTGATACAATTGTTTTA
66 AATATTAATAAATTA-TATTAT-TTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** * * * * *
306427 TGATGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTT
129 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** *
306479 ATTACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTCATGA
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
* * * * *
306544 AATATTAATAAATTAATATTTTTTTGA-TCCGAATAAG-TTGGTATGAACAAAAATAATTGTTTT
66 AATATTAATAAATT-ATATTATTTT-ATTCAGAATAAGCTT-GTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * *
306607 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATC
128 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
306660 ATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACAAATTT
1 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTT
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ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGG
AATATTAATAAATTATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
Found at i:305796 original size:182 final size:183
Alignment explanation
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Period size: 180 Copynumber: 6.7 Consensus size: 183
305459 AACTTCTCAA
* * * * *
305469 TTTTTGAGATATTAATAAAGTAATATTTTTTTATTATGGATAAGCTTTTATGAAATTAAACAATT
1 TTTTTGAGATATTAATAAAATAATATTATTTTATTATGAATAACCTGTTATGAAATTAAACAATT
* ** * * * * *
305534 GTTTTATGATAAAATGAAAGGTCATAAGCATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAGTA
66 ATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAAGCATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTA
* * * *
305599 TTTTAACTTGTTTGGTAAAAAGATTTTTTTTTTAAGTTCTTTGCTTATTAATT
131 TTTGAACTGGTTTGGTAAAAACATTTATTTTTTAAGTTCTTTGCTTATTAATT
* * *
305652 TTTTTGA-ATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTTGAATAACCATGTT-TG-GATTGAAACAA
1 TTTTTGAGATATTAATAAAATAATATTATTTTATTATGAATAACC-TGTTATGAAATT-AAACAA
* * **
305714 TTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAAAATG-ATTTAAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAA
64 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAA-GCATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAA
* * * *
305778 CTATTTGAGCTGGTTTGGTAAATACATTTATTTTTTAA-ATCTCTTACTTA-TAA-T
128 CTATTTGAACTGGTTTGGTAAAAACATTTATTTTTTAAGTTCT-TTGCTTATTAATT
* * **** ** * * * * * *
305832 TTTTAGA-ATATTACTGGTTTAGCAATATTTTACTT-CGAATAA-GTTTGTATG-GATAGAAACA
1 TTTTTGAGATATTAATAAAATAATATTATTTTA-TTATGAATAACCTGT-TATGAAAT-TAAACA
* * * ** * * ** *
305893 ATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATATTG-ATTTAAGATAAATAATTGCTCAAATAGTCATA
63 ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA-AAAGCATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* * * * * *
305956 ACTATTTGAACTCGCTTAGT--AAACGTTTTATGTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAA-T
127 ACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAAAC-ATTTAT-TTTTTAAGTTCT-TTGCTTATTAATT
* * * * * * * * * *
306012 TTTTGGA-ATTTTAATAAATTAGTAATATTTTATTCTGAATAAGCTTTTATG-AATAGAAATAAT
1 TTTTTGAGATATTAATAAAATAATATTATTTTATTATGAATAACCTGTTATGAAAT-TAAACAAT
** * * * * * * * *
306075 TGGTTTATGACAAAATAAATGGTCATAA-CGATTT-GAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAA-
65 TATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAAGC-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAAC
** * * * * *
306137 -A----AACAT-GTTCAG-AAAATAGATTTATTGTTTAAATT-TTTACTTGTTAA-T
129 TATTTGAAC-TGGTTTGGTAAAA-ACATTTATTTTTTAAGTTCTTTGCTTATTAATT
* * * * * * * *
306185 CTTTGGA-ATATTAGTAAACTTATATTATTTTATTCA-AAATAAGCT-TGTATG-AATAGAAACA
1 TTTTTGAGATATTAATAAAATAATATTATTTTATT-ATGAATAACCTGT-TATGAAAT-TAAACA
* ** * * * * *
306246 ATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATG-ATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATA
63 ATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCA-AAAGCATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATA
* ** * * * * *
306310 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAA-ATCTCTTACTTATTAA--
127 ACTATTTGAACTGGTTTGGTAAAAACATTTATTTTTTAAGTTCT-TTGCTTATTAATT
* * ** * *
306365 TTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATCTTT-TT-TG---AA-----TATG-AATTGATACAA
1 TTTTTGAGATATTAATAAAATAATATTAT-TTTATTATGAATAACCTGTTATGAAATT-AAACAA
* * * * * * * *
306419 TTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAA-CGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTATTA
64 TTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAAGC-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAA
* * * * * * *
306483 CTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTCTAA-ATCTTTTACTTATTAA--
128 CTATTTGAACTGGTTTGGTAAAAACATTTATTTTTTAAGTTC-TTTGCTTATTAATT
** * * * ** * * *
306537 TTCATGAAATATTAATAAATTAATATT-TTTT-TGATCCGAATAAGTTGGTATGAACA-AAAATA
1 TTTTTGAGATATTAATAAAATAATATTATTTTATTAT--GAATAACCTGTTATGAA-ATTAAACA
* * * * * *
306599 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGC-TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATA
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TTTTTGAGATATTAATAAAATAATATTATTTTATTATGAATAACCTGTTATGAAATTAAACAATT
ATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAAGCATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTA
TTTGAACTGGTTTGGTAAAAACATTTATTTTTTAAGTTCTTTGCTTATTAATT
Found at i:306438 original size:172 final size:172
Alignment explanation
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Period size: 172 Copynumber: 4.5 Consensus size: 172
305880 ATGGATAGAA
* * * *
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* * * * * **
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* ** * *** * *
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* * * * * *
306070 ATAATTGGTTTATGACAAAATAAATGGTCATAACGATTTG-AATAGACAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * *
306134 TAA--A----AACATGTTCAGAAAATAGATTTATTGTT-TAAAT-TTTTACTTGTTAA-TCTTTG
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* * * * ** * *
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129 AAATAGTAATAAA-TTAATATTTTTTTA-TC---CGAA-----TATGAATTGAT
* *
306243 ACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCA
1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * **
306308 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
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* * *
306373 ATAGTAATAAGTTAGTATTATCTTTT-T-TGAATATGAATTGAT
131 ATAGTAATAAATTAATATT-T-TTTTATCCGAATATGAATTGAT
** * * * * *
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1 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * *
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66 TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTCATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTCATGAA
* *
306545 ATATTAATAAATTAATATTTTTTTGATCCGAATA--AGTTGGTAT
131 ATAGTAATAAATTAATATTTTTTT-ATCCGAATATGAATT-G-AT
* *
306588 GAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAAATAATTGTTCA
1 --AC------AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * *
306653 AATAATCATAACTATTTGAAATTATTTAGTAAACA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTCATTTTCTAAATCTCTTACTTATTAATTCATGAA
ATAGTAATAAATTAATATTTTTTTATCCGAATATGAATTGAT
Found at i:307120 original size:478 final size:472
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Indices: 306221--307144 Score: 1026
Period size: 478 Copynumber: 1.9 Consensus size: 472
306211 ATTTTATTCA
* * * **
306221 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
1 AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* *
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66 TAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAA-
* * * *** *
306351 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAGTTAGTATTATCTTTTTTGAATATGAATTGATA
130 CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATCTTTTTCGAATATGAACAAAAA
* * * * *
306416 CAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTTAT
195 CAATTGTTTCATGATGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCAT
* * * * * **
306481 TACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACATATTTATTTTCTAAATCTTTTACTTATTAATTCATGAAA
260 AACTATTTGAACTTGTCTAGCAAACAGATATATTTTCTAAATCCATTACTTATTAATTCATGAAA
* * ** * *
306546 TATTAATAAATTAATATTTTTTTGATCCGAATAAGTTGGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGA
325 TATTAACAAATTAACATTACTTTGATCCGAATAAGTTGGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGA
* * * *
306611 CAAAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATT
390 CAAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTGCAAATAATCATAACTATTTGAAATT
306676 ATTTAGTAAACAAATTTG
455 ATTTAGTAAACAAATTTG
*
306694 AAATAAGCTTGTATAAATAGTAAA-AATTATTTTATGACAATACAAAAGG-CTATAACAATTTGA
1 AAATAAGCTTGTATAAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACAATTTGA
* ** * *
306757 AATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAATAGATTCTTTTTTTAA
64 AATAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAA
* *
306822 A-TC-T-CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTTCGAATAAGCTTAT
129 ACTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATAGTAATAAATTAGAATTATCTT-TTTCG---AA---TAT
* * * *
306883 ACGAACAAAAACAATTGTTTCGTGATGAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
186 --GAACAAAAACAATTGTTTCATGATGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTATT
* * * *
306948 CAAACAATCATAATTGTTTGCA-TTGGTCTAGCCAACAGATATATTTTCTAAATCCATTACTTAT
249 CAAACAATCATAACTATTTGAACTT-GTCTAGCAAACAGATATATTTTCTAAATCCATTACTTAT
* * ** * *
307012 TATTTTTCA-G-AATATTAACAAATTAGCATTACTTT-ATTTTGAATAAGATT-GTATGAATAGA
313 TA--ATTCATGAAATATTAACAAATTAACATTACTTTGA-TCCGAATAAG-TTGGTATGAACAAA
* * * *
307073 AACATTTATTTTATGATAAGAA-AAATGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTGCAAATAGT
374 AACAATTATTTTATGACAA-AACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTGCAAATAAT
*
307137 TATAACTA
438 CATAACTA
307145 ATTCAACTAG
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 63, Indels: 31
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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469 34 0.09
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (472 bp):
AAATAAGCTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
TAGACAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAAAC
TCTTACTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGAATTATCTTTTTCGAATATGAACAAAAAC
AATTGTTTCATGATGAAACAAAAGGTCACAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATA
ACTATTTGAACTTGTCTAGCAAACAGATATATTTTCTAAATCCATTACTTATTAATTCATGAAAT
ATTAACAAATTAACATTACTTTGATCCGAATAAGTTGGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
AAAACAAAAGATCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTGCAAATAATCATAACTATTTGAAATTA
TTTAGTAAACAAATTTG
Found at i:307268 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 306751--308479 Score: 987
Period size: 181 Copynumber: 9.7 Consensus size: 177
306741 GGCTATAACA
* * * * * *
306751 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTTTGTAAATAGATTCT-T
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGATT-TAT
* *
306815 TTTTTAAATCTCTTATTA--ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGA-ATTATGTTATTTCGAATAA
65 TTTTTAAATCTCTTATTATTATTTTCAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCGAATAA
* * **
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* * * * * * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTT-CAACTGGTTTGGCAAATAGATTTAT
* * ** * *
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65 TTTTTAAATCTC-TTA-TTATTA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* * * * * *
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127 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAA-AAAAA-GGTCATAATG
* * * * * * *
307109 ATTTAAAATAAATAATTGTGCAAATAGTTATAACTAATTCAACTAGTTTGGCAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATT
* * *
307174 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTCATAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCGAATAA
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* * * * **
307239 GCTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTATGACAAAAAAAGGTTATAACA
129 GCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * *
307288 AATTGAAATATATATTTGATCAAACAGTCATAACTATTTAAACTGGTTTGGTAAATATATTTATG
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATT
* * * * * * *
307353 TTTTAAAT-TACCTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATA
66 TTTTAAATCT--CTTATTATT-ATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
* ** * * * **
307417 GGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAACA
128 AGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAAGGTCATAATG
** * * * * * ****
307469 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACTA-ATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAA-TAGATTTAT
** * * * * *
307533 TTTTTAAATCTCCAACTTTTTAATTTT-TGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGAT
65 TTTTTAAATCTCTTA-TTATT-ATTTTCAG-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAAT
* *** * * *
307597 CAGCATT-TATGAATTGAAACAGTTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATG
127 AAGC-TTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAT-AAA-AAAAGGTCATAATG
* * ** * * * *
307650 ATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATT
* * ** * * * *
307715 TTTAAAAATTTC-T-TGCTTA-TTT--GAATGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAATAAG
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* ** * * * **
307775 CATGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGCCAAAACA
130 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAAGGTCATAATG
* ** * * * * ** * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGA-TTTAT
** ** * *
307890 TTTTT-AATCTC-T-TGCTTA--TT-AG--T-TT--T--A-GCA-A-TATTTTACTCCGAATAAG
65 TTTTTAAATCTCTTATTATTATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * *
307939 CTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATTATAATG
130 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGATAAAA-AAAGGTCATAATG
* * * * * ** * * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATT
* * * * *
308053 TTTTAAATCTCTTATTA--ACTTTTGA-AATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAAT
66 TTTTAAATCTCTTATTATTA-TTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * *
308115 TTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATG
130 CTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGA-TAAA-AAAAGGTCATAATG
* * * ** * * * * **** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTC-AACTGGTTTGGCAAATAGATTTAT
* * * *
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65 TTTTTAAATCTCTTA-TTATT-ATTTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * * *
308294 AACTTGTACGAATAGAAAC-GTATGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-
128 AGCTTGTATGAACAAAAACAAT-TGTTTTATGA-TAAA-AAAAGGTCATAA-TG
* * * * * * * * *
308346 ATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACCA-ATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAA-TAGATTTAT
* * * * * *
308410 TTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATA
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128 AGCTT
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ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTCAACTGGTTTGGCAAATAGATTTATT
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* * * *
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* * * ***
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64 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAA-ATGTTCAATAAACTA-ATT-TAT
* *
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126 TTTTTAAATCTCCACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTTCGAATA
* * * * * ** ** *
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189 AGCTTGTATGAATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * * ** *
306941 AATTGTTCAAACAATCATAATTGTTTGCA-TTGGTCTAGCCAACAGATATATTTTCTAAATCCAT
254 AATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAACA-ATTTATTTT-TAAAT-C--
** * * * * *
307005 TACTTATTATTTTTCAGAATATTAACAAATTAGCATTACTTT
313 T-CTTATTAACTTTGA-AATATTAATAAAATAGTATTATTTT
** * * * * * * **
307047 ATTTTGAATAAGATTGTATGAATAGAAACATTTATTTTATGATAAGAA-AAATGATCATAATGAT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAA-AACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * ** * * * ****
307111 TTAAAATAAATAATTGTGCAAATAGTTATAACTAATTCAACTAGTTTGGCAAA-TAGATTTATTT
65 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAAAT-GTTCAATAAACTA-ATTTATTT
* * * * * * *
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128 TTTAAATCTC-CACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAG
* * * * * * ** * * *
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* * * * * * *
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256 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTAT-TTTTAAA-T--CT-C
* *
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315 TTATTAA-CTTTGAAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTT
* * * * *
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1 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* *
307471 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTCAATAAACTAATTTATTTT
65 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAAATG-TTCAATAAACTAATTTATTTT
* * * *
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129 TTAAATCTCC-ACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC
* * * *
307601 ATT-TATGAATTGAAACAGTTGTTTTATAATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTTAAATAGATAA
192 -TTGTATGAATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAA
* * *
307665 TTGTTTAAATTGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTAAAAATTTCTTG
256 TTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACA-ATTTATTTTT--AAATCTCTT-
* *
307730 CTT-A-TTTG-AATGTTAATAAAATAGTATTATTTT
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* * * * *
307763 ATTTCAAATAAGCATGTATGAATTAAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGCCAAAACAATT
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* ** * * * * ** *
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66 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAAAT-GTTCAATAAAC-TAATTTATTTT
* * * * *
307893 TT-AATCT---CTTGCTT-A---TT-AGT-TT--T--AG-CA-A-TATTTTACTCCGAATAAGCT
129 TTAAATCTCCACTT-ATTAATTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCT
* * * * * *
307941 TGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGA-TTATAATGATTTGAGATAGATAATT
193 TGTATGAATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
* * **
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258 GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAAC-AATTTA-TTTTTAAATCTCTTATT
*
308069 AACTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTT
320 AAC-TTTGAAATATTAATAAAATAGTATTATTTT
** ** * ** *
308103 ATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATA
1 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * * * *
308168 TGAGATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACT-TGTCAAACTTGTTCAATAAA-TGGATTTATTT
66 TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAAA--TGTTCAATAAACT-AATTTATTT
* * * *
308231 TTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTTCGAATAAA
128 TTTAAATCTCC-ACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAG
* *
308296 CTTGTACGAATAGAAAC-GTATGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAA
191 CTTGTATGAATAGAAACAGT-TGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAA-TGATTTGAAATAGA
* * *
308358 TAATTGTTTAAATAGTCCTAACTATTTGAACTCGCTTGGTAAACCAATTTATTTTTTAAATCTTT
253 TAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAA-CAATTTA-TTTTTAAATC---
* * * *
308423 TACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTT
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* *
308465 ATTCCGAATAAGCTT
1 ATTTCAAATAAGCTT
308480 TTAAAAAATA
Statistics
Matches: 1119, Mismatches: 240, Indels: 144
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
336 2 0.00
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Consensus pattern (352 bp):
ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATAACTATTTGAAATGTTCAATAAACTAATTTATTTTTT
AAATCTCCACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGT
ATGAATAGAAACAGTTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
TAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAATTTATTTTTAAATCTCTTATTAACTTT
GAAATATTAATAAAATAGTATTATTTT
Found at i:307947 original size:164 final size:163
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307759 TTTTATTTCA
* *
307769 AATAAGCATGTATGAATTA-AAACAATTATTTTATGACTAAACA-AAAGGCCAAAACAATTTGAA
1 AATAAGCATGTATGAA-CAGAAACAATTATTTTATGAC-AAA-ATAAAGACCAAAACAATTTGAA
** * * * *
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127 ATCTCTTGCTTATTAGTTTTAGCAATATTTTACTCCG
* * ** * ** *
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1 AATAAGCATGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGACCAAAACAATTTGAAATA
* *
307998 GATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT
66 AATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT
308063 CTT
131 CTT
308066 ATTAACTTTT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 18, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
162 6 0.05
163 74 0.66
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AATAAGCATGTATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAATAAAGACCAAAACAATTTGAAATA
AATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTGAATTGGTTCAGCAAACAAATTTAGTTTTTAAATCT
CTTGCTTATTAGTTTTAGCAATATTTTACTCCG
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308763 TTCATATCTC
* *
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* * * *
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* * ** * * * ** *
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1 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAG--AG-ATT
* * * ** * * *
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62 T-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT
* * * *
309084 TATAA-TCATTATGACCTTTTCTTCT-ATCATAAAACAATTATTTCAG-TTCAT
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* * * * *
309135 ACAAGCTTATTTGAAATATAATAATACTAATATATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATTTAA
1 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATT-CAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * * * *
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65 AAAATAAATCTGTTTATCGAAT-AAGTTCAAATAGTTA-TGACTATTTGAATAATTATCTATTTA
** * * * *
309263 AATTTGTTGTTACCTTTTG-TTTGGTATATAACAATTGTTTT--TTATCAT
128 AATTCATTATGACCTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTTAGTT-TCAT
* * * * *
309311 ACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATGCTGATTTATTAATCTTTCAAAAATTAGTAAGAGATTTAA
1 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* *
309376 AAAAGTAAATCTATTTAGT-GAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTGTATGCTTC
65 AAAA-TAAATCTGTTTA-TCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA-T-TAT-C-T-
* * * * * * *
309440 AAATCAATTATTTACAATT-TAAACCTTTTTATTTTGTTATAAAATAATT-ATTTA-TGTTCAT
123 -ATTTAA--A-TT-C-ATTAT-GACC-TTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTTAGT-TTCAT
* * * * ** * * *
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1 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA--TTCAAAA--ATTAA--TAAGAGA
* * * * * * *
309566 TTTAAAAATTAAA-CTTGTTTGTCAAACCAA-TTCAAATTGTTAAGACTATATGAATAATTATCT
60 TTTAAAAAATAAATC-TGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT
** * * **
309629 ATTTTAAATTGTTTTTG-CCTTTGGTTTTG-TCATAAAACAATT-TTTTCA-AATCAT
123 A-TTTAAATTCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTGTTTT-AGTTTCAT
* ** * * *
309683 ACTAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATGTTAAAAATTAATAAGAGATTTA
1 ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAACAT-TCAAAAATTAATAAGAGATTTA
* * * * * *
309747 AAAAATAATTCTATTTACCTAACT-AGTTCTAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC
64 AAAAATAAATCTGTTTATCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-
*
309811 AAATT-ATTATGACCTTTTGTTTTG-TCATAAAACAAATGTTTTTA-TTT-AT
127 AAATTCATTATGACCTTTTGTTTTGAT-ATAAAACAATTG-TTTTAGTTTCAT
* * * * * * * *
309860 ATAAGTTTACTCAGAAA-AGAATAATA-TAAGTCTATTAATATTTCACAAATTAATTAA-AGATT
1 ACAAGCTTATTTA-AAATAAAATAATACTAA-TTTATTAACA-TTCAAAAATTAA-TAAGAGATT
309922 TAAAAAAT
62 TAAAAAAT
309930 TAAACTATTT
Statistics
Matches: 754, Mismatches: 161, Indels: 126
0.72 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.00
176 89 0.12
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ACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTATCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAT
TCATTATGACCTTTTGTTTTGATATAAAACAATTGTTTTAGTTTCAT
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Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
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1 AATAATTATACTATTTG
310110 GAATCGCTAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AATAATTATACTATTTG
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1 ATTTGAGTAATTATTTATTA
311796 ATT
1 ATT
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Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
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*
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*
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Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 7
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Matches are distributed among these distances:
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TATTTAGTAAT
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310694 ATAATTGGTA
** * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
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66 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCAAACCAGTTCAAA-AATTTAGACTATTTA-AACAATTA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * *
311182 TATTTATTTCAAATTGTTGTGAATTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTAT-TTTTC
126 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTTG
* * * * *** * *
311236 ATCATATAACCCTATTTGGTATAAAATAATACTAATTTACTAGTATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
311301 GAGATGTAAAAAATAAATATATTTACTGAA-CTGTTCAAATAA-TTATTACTATTTGAACAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTC-AAACCAGTTCAAA-AATTTA-GACTATTTAAACAATTA
* * * * * *
311364 TATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATATCAT-AAACAATTCTTTATG
128 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TG
* ** * * * *
311415 TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
311479 AGAGATTTGAAAAATAAATTTATTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTC
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCAAACCAGTTCAAA-AATTTAGACTATTTAAACAATTA
* ** * * * ***
311544 TTTATTTTTAATTGTTATGGCCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTCCTTCAA
128 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTG
* * * ** *
311596 TTCTTAGTAA-CTTAATTAAAATAAAATAA-AAAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATA-CAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * ** *
311659 AGAGATTTAAAAAATAAACTAATCTATT--AA-TATTTCAAAAATTGATAAAAGATTTAAAAATA
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTAT-T-TTCAAACCAGTTCAAAAATT--TAGACTATTT--AAA-C
* * * ** ** * *****
311721 AATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAGTAATTATTTGTTAATTTAGTA
123 AA-----TTAT----CTATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TT-GT-
* *
311785 ATTA
175 TTTG
* * * * * * *
311789 TTTAT-TAA--TTATTTAGAATAAAAAAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAATATTAATAACTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* *
311850 AGAGTTTTAAAAAATAAATTTATTTTGGCAAACCAGTTCAAACAATTTAGACTATATAAACAATT
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTT--CAAACCAGTTCAAA-AATTTAGACTATTTAAACAATT
* * *
311915 ATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAG
127 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-G
* ** * * * *
311968 CTCATACAAGCTTATCCAAAAT-GAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAG
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * *
312032 GAGATTTAAAAAATAAA-TTAGTTTATCGAAA-CAGTTCAAATAATTAAGGCCATTTAAACAACT
66 GAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTT-TC-AAACCAGTTCAAA-AATTTAGACTATTTAAACAATT
* * * * * *
312095 ACCTATTTCAAATTGTTGTTA-CTTTT-TGTTGTCTTAAAATAATTGTTTT-
127 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTG
* * * * *
312144 TCAACATGCAAGCTTATTCAAAATATAATAATAATAATTTATTAATATTT-AAAGAA-T--TAA-
1 T--TCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAG
* * * * * * * * *
312204 TAAGAGATTTCAAAAGTAAATTTGTTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAAT
63 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCAAACCAGTTCAAAAATTTA-GACTATTTAAACAAT
* * *** * * *
312269 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCAATTATAAAATAATTATTTTTG
126 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTG
* * * * * * *
312323 TTCATACAGGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-ATCTAAAAATAAATAACTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--CAAAAATTAATAAGT
* * * ** *
312566 AAGAGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACTAAACCAGTTCAAATGATTATA-ACTATTTCCATAA
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* ** * * * **
312629 TTATCAATTTCAAATCATTATTA-CTTTTATTTTTTTCATAAAATGATTGTTTTTG
125 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTG
* * * * * * * * *
312684 TTTATATAAGTTTGTTTGAAATGAAATAATACTAATCTATTGATATTT-AGAAAATTAATCAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
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65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCAAACCAG-TTCAAA-AATTTAGACTATTTAAACAATT
* * * *
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* ** ** * * * * **
312866 TTCATACTATTTTATTCGAAATAAACTAATACTAATTTAATAATATTTCGAAACTTAATAACCAA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * *
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66 GAGATTTAAAAAATAAATTT-ATT-TTCAAACCAGTTCAAA-AATTTAGACTAT-TTAAACAATT
* * **
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** ** * * * *
313046 TTTGTACAAAGCTTATGCAAATTAAAATAATACTAATTGAATAATAGTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATAC-AAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * *
313111 AGAGATTTAAGAAATAAATTTATTTACCGAATCAGTTCAAATGGTTAAAACTA-TTAGAACAATT
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* *
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127 ATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTTTT-G
* * * * ** * *
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1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * * *
313293 GAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTTAAATAGTTATTATTATTTGAATAATTG
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* * * * * *
313358 TTTATTT-AGAATCGTTATAACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTGTTTCAG
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1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGT
* * * *** *
313473 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGATTACTT--AACAAGTCCAAATCGTTATGAGTATTTGAAA-A
64 AAGAGATTTAAAAAATAAAT-TTATT--TTCAAACCAGTTCAAAAATTTA-GACTATTT-AAACA
* * ** * *
313535 ATTATTTATTTCAACTTGTTACAACTTTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTG
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* * * ** * ** ** * *
313591 TTCATGCAAACTTATCTGGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATCAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * *
313656 AAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTAT
66 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCAAACCAGTTCAAAAATTTA-GACTATTTAAACAATTAT
** * * * *
313721 CTATTTCAAATCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAA-AATTGTTTCAG
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* * * * *
313771 TACATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * * * * * *
313836 GATAATTAAAAAA-AGAATTTGCTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTA
66 GAGATTTAAAAAATA-AATTTATTTTC-AAACCAGTTCAAAAATTTA-GACTATTTAAACAATTA
*** * *
313900 TCTATTTCAAAACATTATGACCTTCTGTTTTGTCTTAAAACAATTGGTTTTG
128 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTG
* **
313952 TTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * *
314016 A-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
65 AGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTC-AAAC-CAGTTCAAAAATTTA-GACTATTTAAACAATT
* * * * *
314079 ATCTATTTCAAATCGTTATAACTATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTATTTCTG
127 ATCTATTTCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TG
* * * *** * * * *
314133 TTCATACATGTTTACTCGTAATAAAATAGTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATTAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *
314198 AAGATTTAAATAATAAATCTATTT
66 GAGATTTAAAAAATAAATTTATTT
314222 ACTGAGCAAG
Statistics
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* * * * *
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1 TTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* ** * * * *** *
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* * * * * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
311374 ATTATTATAACCTTTTGTTATATCAT-AAACAATTCTTTATG
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* * * * * *
311415 TTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * ** * ** * * *
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65 AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCCAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA
* ** * ** * * ** * ** *
311544 TTTATTTTTAATTGTTATGGCCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTCCTTCAATTCTTAGTAA-CT
130 TCTA-TTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATA-CAAGCT
* ** *
311608 TAATTAAAATAAAATAA-AAAAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
193 T-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
* * * * ** * * *
311672 ATAAACTAATCTATTAATATTTC-AA-AAATTGATAAAAGATTTAAAAATAAATTTGTTTATCAA
254 ATAAA-T--T-TATT--TA--CCGAACAAGTTCA-AATAG--TTATGACT--ATTAG---AACAA
* * * * ** ** * ***** * *
311735 --A-CCAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAGTAATTATTTGTTAATTTAGTAATTA
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* * * * * *
311789 TTTAT-TAA--TTATTTAGAATAAAAAAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAATATTAATAACTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * * * *
311850 AGAGTTTTAAAAAATAAATTTATTT-TGGCAAACCAGTTCAAACAATT-TAGACTATATAAACAA
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* * * * * * * * *
311913 TTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGCTCATACAAG
127 TTATCTA-TTCAAATCGTTATGAACTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAG
** * * * *
311978 CTTATCCAAA-ATGAATAATACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTTAAA
191 CTTATTGAAATA-AAATAATACTAATTTATTAATA-TT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AA
* * * * * * *
312042 AAATAAA-TTAGTTTATCGAA-ACAGTTCAAATAATTAAGGCCATTTA-AACAACTACCTATTTC
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* * * * *
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* * * * * *
312144 TCAACATGCAAGCTTATTCAAAATATAATAATAATAATTTATTAATATTT-AAAGAATTAATAAG
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* * * * * * * *
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* * *** * * * ** * *
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** * * * *
312332 GCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAATCTAAAAATAAATAACTAAGAGATTT-T
190 GCTT-ATTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-AT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * **
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64 AAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTGTCCAAA-AAGTTCAAATAG-TTATGATTATTTGAATA
* * * * * * ** ** * *
312628 ATTATCAATTTCAAATCATTAT-TACTTTTATTTTTTTCATAAAATGATTGTTTTTGTTTATATA
126 ATTATCTA-TTCAAATCGTTATGAACTTTT-GTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTAATACA
* * * * * *
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* * * * * * *
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251 AAAA-TAAATTTATTTACCGAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTC
* *
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* * ** * * * * *
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65 A-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCCAAAAAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATA-AT
* ** * **
312993 TATCTATTCCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAAG
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* *
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* **
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* * *
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*
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* * * * * ** ** * *
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* *
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66 AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCCAAA-AAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAATAATTA
* * *
313720 TCTATTTCAAATCATTATG-ACATTTTCTTTTGTAATAAAA-AATTGTTTCAG-TACATATAAGC
130 TCTA-TTCAAATCGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTA-ATACAAGC
* * *
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192 TTA-TTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** *
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254 ATA-AATTTATTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT-TAGAACAATTATCTATTTCAAA
*** * * *
313911 ACATTATGACCTTCTGTTTTGTCTTAAAACAATTGGTTTTG
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* *
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1 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * *** * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
314143 TTTACTCGTAATAAAATAGTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATTAGTAAAAGATTTAAA
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * ** * * *
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** * * * ** ** * * **
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* * * * * * *
311074 AATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAAATTTGATCAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAAT
379 AAT-AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAAT
** * * ** * * * *
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* * ** * * ** * *
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64 GAGATTTAAAAAATAAATTTAATTGT-CCAAACAAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAAAAATT
* * * * * * *
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*** * * * * *
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** * ** * * **
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** ** * * ** * * * * * *
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** * * * **
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381 T-AAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTG
* * * * * * ** * * * * *
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** * * ** * *
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* * * *
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1 T--TCA--TA-CAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-T-TAAAAATTAATA
* * * * *
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* *
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* * * *
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* ** * * *
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250 TAAAAAATAAATTTA-TTTACCGAAACAGTTCAAATAATTAAAACTA-TTAGAACAATTATCTAT
** * * * *** ** **
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* * * *
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*
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** * * **
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* * * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-AT-TAAAAATTAATAACTAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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192 TA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--CAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * *** * *
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254 AAATAAATT-TATTTACCGAAA-CAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCA
* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * **
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* * * * *
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* ** *
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTAA-A-AATTAATAACTAA
* * * ** * * * * *
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64 GAGATTTAAAAAATAAATTTAATTGTCCAAACAAGTTCAAA-CAATTAAGACTATATGAAAAATT
* * * * * * *
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128 ATTTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTTGCTCATACAAGC
** * ** ** * * *
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191 TTATC-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * ** * * *
313667 AATAAATATGTTTGTC-AAACAAGTTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA
255 AATAAATTTATTTACCGAAAC-AGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
313731 TCATTATGACATTTTCTTTTGTAATAAAA-AATTGTTTCAGTACATATAAGCTTATTTGAAATAA
319 TCATTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTACATATAAGCTTATTTGAAAT-A
* * * * *
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383 AATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATTTGTT
* * * * * *
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447 TATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT
* * *
313923 TCTGTTTTGTCTTAAAACAATTGGTTTTG
511 TTTGATTTGTCATAAAACAATTGGTTTTG
* * * *
313952 TTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
1 TTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACT-AATTTAATAATA-TT-AAAAATTAATAACTA
* * * ** ** * * * * *
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63 AGAGATTTAAAAAATAAATTTAATTGTCCAAACAAGTTCAAACAATTAAGACTATATGAAAAATT
* * * * *
314079 ATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTATTTTGTTTTGTCATAAATCAATTATTTCTGTTCATACATG
128 ATTTATTTCAAATTGTTATGAAC--TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-TGCTCATACAAG
* ** * * * * *
314143 TTTACTCGTAATAAAATAGTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAATTAGTAAAAGATTTAAA
190 CTTA-TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* *
314208 TAATAAATCTATTTAC
254 AAATAAATTTATTTAC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (539 bp):
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TATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTGCTCATACAAGCTTATC
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTTATTTACCGAAACAGTTCAAATAATTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT
TACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTACATATAAGCTTATTTGAAATAAATAATAC
TAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACA
AGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGATTTGT
CATAAAACAATTGGTTTTG
Found at i:314205 original size:905 final size:896
Alignment explanation
Indices: 310894--314223 Score: 2205
Period size: 905 Copynumber: 3.7 Consensus size: 896
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* * * * * * *
310894 AAATAAAATAGTTCTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGTAAGAA-A-TT-AAAAA-AAA
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* * * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * ** *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
311338 AATAATTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATA-TCATAA
440 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTT-TAGTCATAA
* * * * * * * * * *
311402 A-CAATTCTTTATGTTCATACAAGTTTATTTGGAATAAAAGAATACTAATGTAATAATATTCTAA
504 ATCAATTATTTTTGTTCATACATGCTTA-ATCGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT-TAA
* * * * * ** * * * * **
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* * * * * * ** * **
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** * * *
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* * * * * * **
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* ** *
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* ** * * * * * * * *
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64 ATATA-TTTACCAAA-CAGTTTCAAATAGTCAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
311930 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTAGCTCATACAAGCTTATCCAAAAT-GAAT
126 TTATGACATTTTATTTTGTCATAAAA-AATT-GTTTAG-TCATATAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * * * * *
311994 AATACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATC
188 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAA-AAATTTGATTATC
* * * * * * * *
312059 GAAACAGTTCAAATAATTAAGGCCATTTAAACAACTACCTATTTCAAATTGTTGTTACTTT-TTG
252 GAAA-AGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTGTT-
* * *** *
312123 TTGTCTTAAAATAATTGTTTTTCAACATGCAAGCTTATTCAAAATATAATAATA-ATAATTTATT
315 TTGTCTTAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATA-AATTTATT
* * * *
312187 AATATTT-AAAGAATTAATAAG---AGATTTCAAAAGTAAATTTGTTTATCGAAC-CAATTCAAA
379 AATATTTCAAA-AATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCGAACTCAGTTCAAA
* * * * *
312247 TAGTTATTACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTCAATTATAAAAT
442 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCAT-AAAT
* * * *
312312 -AATTATTTTTGTTCATACAGGCTTAATCAAAATAAAATAATACTAATTTAGTAATAATCTAAAA
506 CAATTATTTTTGTTCATACATGCTTAATC-GAATAAAATAATACTAATTTATTAA-AATTTAAAA
* * * * * *
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569 GTTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAATTAAGATTA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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** ** * * ** *
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*
312698 TTTG
893 TCTG
* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * ** *
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* * * ** * * * *
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* * * *
312961 AAAATTGAAATAGTTAAGACTATATGAAA-GATTATCTATTCCAAATTGTTATGAACTTTTGTTT
254 AAAGTTCAAATAGTTAAGACTATAT-AAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-AC-TTTGTTT
** * * * * *
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316 TGTCT-TAAAACAATTGGTTTTGTTCATGC-AAGCTTATTCAAAATAAAATAATA-TAAATTTAT
* * *
313087 TAATAGTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAGAAATAAATTTATTTACCGAA-TCAGTTCAA
378 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCGAACTCAGTTCAA
* * * * * *
313151 ATGGTTAAAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAA
441 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTAGTCATAAAT
* * * * *
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506 CAATTATTTTT-GTTCATACAT-GCTTA-ATCGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATT--TA
* * * * * * * **
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566 AAAGTTAATAAGTAAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAATTAAG
** * * *
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*** * * *
313405 TTCAGATAATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAATTAA
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* * * *
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** * **
313531 AAAAATTATTTATTTCAACTTGTTACAACTTTT-TGTTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
819 AAAAATTATCAATTTCAAATCATTACAACTTTTAT-TTTTTTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCA
*
313595 TGCAAACTTATCTG
883 TACAAACTTATCTG
* * ** * * *
313609 GATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTGACAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTAGAAAATCAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * *
313674 ATGTTTGTCAAACAAG-TTCAAATAGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
66 ATATTTACCAAAC-AGTTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * *
313738 GACATTTTCTTTTGTAATAAAAAATTGTTTCAGTACATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATAC
130 GACATTTTATTTTGTCATAAAAAATTGTTT-AGT-CATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC
* * * *
313803 TAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGATAATTAAAAAAAGAATTTGCTTA-CTGAAC
193 TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAA-AATTTGATTATC-GAA-
* * ***
313867 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTCTGTTTTG
255 AAGTTCAAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTT-TGTTTTG
***
313932 TCTTAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
318 TCTTAAAACAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
* * *
313997 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTTAACTC-GTTCAAATAGTT
383 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTC-GAACTCAGTTCAAATAGTT
* * * *
314061 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTATTTTGTTTTGTCATAAATCAATT
447 ATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-CTTTTGTTTAGTCATAAATCAATT
* * * *
314126 ATTTCTGTTCATACATGTTTACTCGTAATAAAATAGTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAGTTAA
511 ATTTTTGTTCATACATGCTTAATCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTT-AAAAGTTAA
* *
314191 TTAGTAAAAGATTTAAATAATAAATCTATTTAC
574 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
314224 TGAGCAAGTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAAAATTAAAAAAAAATTTGATTATCGAAAAGTTC
AAATAGTTAAGACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTGTTTTGTCTTAAAA
CAATTGGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTTCGAACTCAGTTCAAATAGTTATAACTATT
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ATACATGCTTAATCGAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTAAAAGTTAATAAGTAAAAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAACAATTAAGATTAGATGAACAATTATTTATT
TTAAATCGTTAAGACCTTTTGATTTGCCATAAAACAATTATTTCAGATAATACAAGCTTATTCAA
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314252 AGTTTATACA
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * *
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* *** ** * * * * * ** * *
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* * ** *
314745 AC-CTTTTGTTTATTCATAAAATAATGTTTTTTAGTCCATGCATGCTTATTC
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* * * * *
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*
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* * * *
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* * * * * **
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** * * * * * ** * *
315042 T-TAAATTATCGAATCAATTTAAATAATTGTGGCCCTTTGAACAACTATCTATTTCAAATTATTG
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* * * *
315106 TGATCTTTTTT-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAAGCGTATTC
126 TGA-CTTTTTTGTTTTTCATAAAACAA-TGTTTTTTAGTCATAAAAGCTTATTC
* * *
315158 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATGAGTAGGAGATTTAAAAAATATA
1 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
315223 TATGTTTAGTGAACTAGTTCAAATAGCTATGA
64 TATGTTTATTGAAC-AATTCAAATAGTTATGA
315255 T
Statistics
Matches: 615, Mismatches: 152, Indels: 92
0.72 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 62 0.10
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180 20 0.03
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182 125 0.20
183 13 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATA
TGTTTATTGAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAACTATCTATTTAAAATATTATGACT
TTTTTGTTTTTCATAAAACAATGTTTTTTAGTCATAAAAGCTTATTC
Done.