Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168171.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_41, whole genome shotgun sequence
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177899 CGAATCGTTC
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*
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*
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1 A
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AATAATAAATTATTA
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179021 GTATAATATA
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1 TTAAATAAATAATAAT-ATTTATT-TAAATTAAT
* *
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1 T
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TTAAATAAATAATAATATTTATTTAAATTAAT
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179281 TTTGATTTAC
* *
179291 TAATATTTTAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAAACCAATTTAAATAGT
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAA-CTATTTACCAAACCAATTTAAATAGT
* ** *
179356 TATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGAACTTTATTTTGTCATACAACAATTA
65 TAAGACTATTACAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGAACTTTATTTTGTCATAAAACAATTA
** * *
179421 TTTCCTTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAATGATACTAATT
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* *
179464 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAA-TATGTTAGCCAAACTAGTTTAAATAG
1 TAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAACTAT-TTA-CCAAACCAATTTAAATAG
* * ** * *
179527 TTAAGACTATTACAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-ATCCTTT-TGTTTAGTCATAAAATA
64 TTAAGACTATTACAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGA-ACTTTAT-TTT-GTCATAAAACA
*
179590 ATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATTTGGAATAAAAT
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179627 TAGTATTATT
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AAGACTATTACAACAATTATCTATCTCAAATCATAATGAACTTTATTTTGTCATAAAACAATTAT
TTCAGTTCATAAAAGCTTATTCGGAATAAAATGATACTAATT
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179709 TTTTATGAAT
*
179719 AATAATAATATATAATCTATTA
1 AATAATAATAAATAATCTATTA
*
179741 AATAATAATTAAATAATTTATTA
1 AATAATAA-TAAATAATCTATTA
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1 AAT
179767 TTAATACTAC
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AATAATAATAAATAATCTATTA
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180275 TAAGCAATTG
*
180285 TTATAATTTATATTAATTAA
1 TTATAATATATATTAATTAA
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1 TTATAATATAT-ATT-AATTAA
180327 T
1 T
180328 GAAGTTAAAT
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TTATAATATATATTAATTAA
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182296 GAAATGATAA
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1 TTATTTATAAAT-TATTAAAT
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1 TTATTT-ATAAATTATTAA
182345 TAATTCTTTT
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TTATTTATAAATTATTAAAT
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182661 ATTATTTAAC
*
182671 TAATATCTAATTAACTAT
1 TAATATATAATTAAC-AT
**
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1 TAATATATAATTAACAT
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1 TAATAT
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TAATATATAATTAACAT
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*
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1 ATATTATTATTAA
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ATATTATTATTAACATTA
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182859 ATTTCATATT
*
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*
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TATAAATTAAGTTATAATATTATAAC
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*
184406 ATTACATATATAGTAACTAACATTATAAT
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* * * *
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184463 ATT
1 ATT
184466 TGAATTACTC
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ATTACATATATAATAACTAACATATAAT
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1 TAAGATAAATTAAATATAATGTTATAA
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TAAGATAAATTAAATATAATGTTATAAAT
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186039 AATACAATTA
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1 TAAGATAAATTATAATTAATTTATAAAT
*
186077 TAAGA-AAATTA-AATATAATGTTATAACT
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* *
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TAAGATAAATTATAATTAATTTATAAAT
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*
186259 AATATATAAGTTATTAAATAATATATT
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* *
186286 AATATATTATTTACTAATAATTATT
1 AATATATAAGTTACTAATAATTATT
186311 AAT
1 AAT
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AATATATAAGTTACTAATAATTATT
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*
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186500 TTCATAATAT
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*
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1 ATTTCAAATAATTATTT
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1 TTATTAATAATTATAATAAATGATTAACAAATTCTTATTAAT
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*
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1 ATAAT-ATTAATTA
*
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1 ATAATATTAATTA
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1 ATAATATTAA
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* *
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* *
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*
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*
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1 TTAATTAA
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* * *
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*
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1 ATTTAATAATAAATTA
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Statistics
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1 TTATAATAATTAAATAAT
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TTATAATAATTAAATAATAACTAAAATAATTTATTAATATGG
Found at i:187905 original size:22 final size:22
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** *
187899 AATAA-TTA--AATA--ACTAA
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1 AATAATTTATTAATATGGTTAT
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1 AATAATT
187945 AAATAATTTA
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AATAATTTATTAATATGGTTAT
Found at i:187914 original size:39 final size:39
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0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.44
23 13 0.48
24 2 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (23 bp):
TAATTATTATTAATTAATATTAT
Found at i:194071 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 194045--194087 Score: 59
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
194035 AAAAATAATT
* *
194045 TAATATTTTTAATTTATTTAA
1 TAATATTTATAATATA-TTAA
194066 TAATATTTATAATATATTAA
1 TAATATTTATAATATATTAA
194086 TA
1 TA
194088 TTTATACTAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.30
21 14 0.70
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (20 bp):
TAATATTTATAATATATTAA
Found at i:194436 original size:17 final size:17
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Indices: 194416--194460 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
194406 TGTTATAAAT
*
194416 TATTAAAATTATATTAA-
1 TATTAATATTAT-TTAAG
*
194433 TATTAATATAATTTAAG
1 TATTAATATTATTTAAG
194450 TATTAATATTA
1 TATTAATATTA
194461 ATGATTAAAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
16 4 0.17
17 20 0.83
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
TATTAATATTATTTAAG
Found at i:194459 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 194418--194508 Score: 86
Period size: 29 Copynumber: 3.4 Consensus size: 28
194408 TTATAAATTA
*
194418 TTAAAATT-ATATTAATATTAATATAAT
1 TTAATATTAATATTAATATTAATATAAT
*
194445 TTAAGTATTAATATTAATGATTAA-ATAAC
1 TTAA-TATTAATATTAAT-ATTAATATAAT
*
194474 TTGATATTAA-ATT-A-ATTAATATAAT
1 TTAATATTAATATTAATATTAATATAAT
194499 CTT-ATATTAA
1 -TTAATATTAA
194509 ATTGATAATA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 4, Indels: 12
0.77 0.06 0.17
Matches are distributed among these distances:
24 5 0.09
25 11 0.20
26 3 0.05
27 7 0.13
28 9 0.16
29 15 0.27
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Consensus pattern (28 bp):
TTAATATTAATATTAATATTAATATAAT
Found at i:194467 original size:7 final size:6
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Indices: 194416--194468 Score: 58
Period size: 6 Copynumber: 9.0 Consensus size: 6
194406 TGTTATAAAT
*
194416 TATTAA AATT-A TATTAA TATTAA TA-TAA T-TTAA GTATTAA TATTAA
1 TATTAA TATTAA TATTAA TATTAA TATTAA TATTAA -TATTAA TATTAA
194462 TGATTAA
1 T-ATTAA
194469 ATAACTTGAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 9
0.78 0.04 0.18
Matches are distributed among these distances:
5 11 0.28
6 20 0.50
7 9 0.22
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (6 bp):
TATTAA
Found at i:194529 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 194424--194511 Score: 76
Period size: 25 Copynumber: 3.5 Consensus size: 25
194414 ATTATTAAAA
* *
194424 TTATATTAATATTAATATAATTTAAGTA
1 TTATATTAA-ATTAAT-TAATATAA-TC
*
194452 TTAATATT-AA-TGATTAA-ATAA-C
1 TT-ATATTAAATTAATTAATATAATC
194474 TTGATATTAAATTAATTAATATAATC
1 TT-ATATTAAATTAATTAATATAATC
194500 TTATATTAAATT
1 TTATATTAAATT
194512 GATAATACTA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 5, Indels: 13
0.74 0.07 0.19
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.14
23 2 0.04
24 9 0.18
25 17 0.34
26 6 0.12
27 1 0.02
28 3 0.06
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ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.03, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
TTATATTAAATTAATTAATATAATC
Found at i:196295 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 195850--197926 Score: 1449
Period size: 181 Copynumber: 11.7 Consensus size: 179
195840 AACAAATTCA
* * * * * ** * * * * *
195850 AATAAGCAAGTGATTTAAAAAGTGAATATGTTTACCAAATTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTC
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * * ** *
195915 AATAATTATCTATTTCAAATTGTTCTTACCTTTTGTTTGGTTATATGACAATTATTTTTGA-TCA
65 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-ATTCA
* *
195979 TACAAGCTTATTT-AGAAT-AAATAATACTAATTTATTAATCTTTCAAAAATT
129 TACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
** * *
196030 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTA
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * *
196094 GAGCAATTGTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
64 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* *
196159 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCTAAAAATT
129 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TAAAAATT
* * * * ** *
196211 AATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAATTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
196276 AATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TATTT-TCACTTC
65 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCT-A-TTC
* * *
196339 ATACTAGCTTATTT-AGAATAAAATAAAA-TAAATTTATTAAAATTTCAAAAAAT
128 ATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * *
196392 AATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCAGTTC-AA-A--TA--ACTATTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** *
196451 AACAA-TATCTATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGT-TTT-TGTTC
65 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTCTATTC
* * * * *
196513 ATATAAGTTTGTTTGAAATAAAAT-AATCTAATCTATTAATATTTCAAAAATT
128 ATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * *** *
196565 AATAA--AA-A-TTTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAATTGGTTC-AA-A-TTAAGACTATTT-
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
196622 AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAGATAA-TAGTTTCTATTT
65 AA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA-TTTCTATTC
* * * * * *
196686 ATTCAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTTGACAATT
128 ATACAAGCTTATTTGAAA-TAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATT
* * * * * * * * *
196739 AATAAGTAAAAAATGTAAAAAAATTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAACAATCATGACTATT
1 AATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAA-TAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * ** * * *
196804 TGAATAGTTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTCTGTCATAACAA-AATTATTTCAATT
63 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTATTTCTATT
* * * * * *
196868 CATATAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAATTAAGTGATTAATATTTTGAAAATT
127 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTAAAAATT
* * * ** * * * *
196922 AATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTTGAATAATTATAATTATTTA
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** ** * * ** * *
196987 AACAATTATTTATTGGAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGTTCAT
65 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCAT
* * * *
197052 ACAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATACAAATTTATTAA-ATTATGATAATT
130 ACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATT-TAAAAATT
* * *
197102 AATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCTAATCA-TTATGACTATTT
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTT
* * * ** * * * * *
197165 GAATAATTATTTATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCA
64 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCA
* * * * * *
197230 TACTAGCTTATTCGAAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTTCGATAATT
129 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * * * * *
197282 TATATGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCGGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTGTTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * ** * * * **
197347 AATAATAATCTATTTCAAATCATCGTGAGCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGCTT-TAGTTCA
65 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTA-TTCA
* * * **
197411 TATAAGCCTATTTG-----AGATAAAA-T-A---A-T-AT-TCCAAAAATT
129 TACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAATT
* * * * * * *
197449 AA-AGAGTAACAGAATTAAAAAAATAAATTTTCTTATC-ATTCAAGTTGAAATACTTATGACTAT
1 AATA-AGTAAGAG-ATTTAAAAAATAAATTGT-TTACCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * **
197512 TTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATT
62 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATT
** * * *
197577 TGTGCAAGCGTATTTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATT
127 CATACAAGCTTA-TTTGAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTT-AAAAATT
* * * * * * *
197631 AATAAGTATA-A-TTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATC
1 AATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * *
197693 TGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTGTT
63 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTATT
* * ** * **
197757 CAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAAT-TTCCAAAATT
127 CATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAATT
* *** * *
197809 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTG
1 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
197874 AACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT
65 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
197927 GAGTGAGTTC
Statistics
Matches: 1501, Mismatches: 311, Indels: 171
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 15 0.01
168 94 0.06
169 36 0.02
170 5 0.00
171 5 0.00
172 20 0.01
173 86 0.06
174 86 0.06
175 19 0.01
176 12 0.01
177 5 0.00
178 24 0.02
179 221 0.15
180 316 0.21
181 409 0.27
182 33 0.02
183 105 0.07
184 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA
CAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTAAAAATT
Found at i:197240 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 195976--197926 Score: 1440
Period size: 360 Copynumber: 5.5 Consensus size: 357
195966 TTATTTTTGA
*
195976 TCATACAAGCTTATTTAGAAT-AAATAATACTAATTTATT-AATCTTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAAAT-TTTCAAAAATTAATAAGTAA
* ** * * * *
196039 GAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACAAAACCAA-TTCAAATAGTTATGATTATTAGAGCAATTG
65 AAGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAA-CAAGTTC-AATA-TTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
196103 TATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCTT
126 TCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTT
* * * *
196168 ATTTGAAATAAAATAAAACTAATCTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
191 ATTCGAAATAAAATAAAATTAATCTATTAATATTTC-AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * * * *
196232 ATAAAATTATTTGCCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTATATGAATAATTATCTATTTCAAATC
255 ATAAATTTGTTTACTGAACAAGTT-TAATAATT-AAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATC
*
196297 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATATTTTC-ACT
318 ATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTTCTA-T
* * * * * *
196337 TCATACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAAATTTCAAAAAATAATAAGTAAG
1 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* *
196402 AGAATTAAAAAATAATTATGTTTACCT-AACCAGTTCAA-A-TA--ACTATTTGAACAA-TATCT
66 AG-ATTAAAAAATAAATATGTTTA-CTGAACAAGTTCAATATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
196461 ATTTCAAATTTTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAATGT-TTT-TGTTCATATAAGTTTG
129 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AAT-TATTTCTATTCATATAAGCTTA
* *
196524 TTTGAAATAAAAT--AATCTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA--AA-A-TTTTAAAAAA
192 TTCGAAATAAAATAAAAT-TAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
196583 TAAATCTGTTTA-TCAA-ATTGGTTCA-AATTAAGACTATTTAAGCAATTATTTATTTCAAATCA
256 TAAATTTGTTTACTGAACA-AGTTTAATAATTAA-ACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCA
* * * * *
196645 TTATGACTTTTTGTTTTGTTATAAGATAATAGTTTCTAT
319 TTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTTCTAT
* * * * *
196684 TTATTCAAGCTTATTCA-AATTAAAATAATACAAATTTATTAATATTTT-GACAATTAATAAGTA
1 TCATACAAGCTTATTTAGAA-TAAAATAATACAAATTTATTAA-ATTTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * *
196747 AAAAATGTAAAAAAATTAAATATGTTTACTGAACTAGATCAAACAATCATGACTATTTGAATAGT
64 AAAGAT-T-AAAAAA-TAAATATGTTTACTGAACAAGTTC-AA-TATTATGACTATTTGAACAAT
* * *
196812 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTCTTCTGTCATAACAA-AATTATTTCAATTCATATAAG
124 TATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTATTTCTATTCATATAAG
* **
196876 CTTATTCGAAATAAAATAAAATTAAGT-GATTAATATTTTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAA
188 CTTATTCGAAATAAAATAAAATTAA-TCTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAA
* * **
196940 AAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTTGAATAATTATAATTATTTAAACAATTATTTATTGGAA
252 AAAATAAATTTGTTTACTGAACAAGTTT-AATAATTA-AACTATTTAAACAATTATTTATTTCAA
** * * * *
197005 ATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTCATAAAATGATTTTTTCTGT
315 ATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTTCTAT
* * * *
197048 TCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAAATTAT-GATAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * * *
197112 AGATTTAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCTAATCATTATGACTATTTGAATAATTATTT
66 AGATTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTC-AAT-ATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
197177 ATTTTAAATTGTTATGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTTTTTCATACT-AGCTTAT
129 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-TAAGCTTAT
* * * * * *
197241 TCGAAATAAAATAAGATTAATTTATTAATATTTCGATAATTTAT-ATGTAAAAGATTTAAAAAAT
193 TCGAAATAAAATAAAATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAT-TAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * * *
197305 AAATATGTTTGCGGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTGTTTGAATAATAATCTATTTCAAATCAT
257 AAATTTGTTTACTGAACAAGTT-TAATAATTA-AACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCAT
** * * * *
197370 CGTGAGCTTTTGTTTTGTAATAAAATAAT-TGCTT-TAGT
320 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAT-TTTCTA-T
* * *
197408 TCATATAAGCCTATTT-GAGAT--AA-AAT----A---A-T--A-TTCCAAAAATTAA-AGAGTA
1 TCATACAAGCTTATTTAGA-ATAAAATAATACAAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATA-AGTA
* * * * * *
197457 ACAGAATTAAAAAAATAAAT-TTTCTTA-TCATTCAAGTTGAAATACTTATGACTATTTAAACAA
64 AAAG-ATT-AAAAAATAAATATGT-TTACTGA-ACAAGTT-CAATA-TTATGACTATTTGAACAA
*** * ** ** **
197520 TTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTTGTGCAAG
123 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAG
* * * * * * *
197585 CGTATTTTG-AATAAAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTATA-A-TTTTA
188 CTTA-TTCGAAATAAAATAAAATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTA-AGAGATTTA
* ** * * * * * * * *
197647 GAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATATATTTC
251 AAAAATAAATTTGTTTACTGAACA-AGTT-TAATAATTA-AACTATTTAAACAATTATTTATTTC
* * * *
197711 AAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACTAAT-TGTTTCTGT
313 AAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATAT-TTTCTAT
* * * * * *
197756 TCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATT-AA-TTTCCAAAATTAATAAGTAAA
1 TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAA
* * *** * * *
197819 AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATT
66 AGA-TTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTC-AATA-TTATGACTATTTGAACAATTATC
* * *
197884 TATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATT
128 TATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
197927 GAGTGAGTTC
Statistics
Matches: 1272, Mismatches: 236, Indels: 166
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
346 8 0.01
347 122 0.10
348 126 0.10
349 156 0.12
350 27 0.02
351 4 0.00
352 3 0.00
353 4 0.00
354 25 0.02
355 84 0.07
356 77 0.06
357 30 0.02
358 9 0.01
359 92 0.07
360 261 0.21
361 50 0.04
362 68 0.05
363 29 0.02
364 94 0.07
365 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (357 bp):
TCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATACAAATTTATTAAATTTTCAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTAAAAAATAAATATGTTTACTGAACAAGTTCAATATTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATATAAGCTTATTCG
AAATAAAATAAAATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACTGAACAAGTTTAATAATTAAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATAAC
CTTTTGTTTTGTCATAAAATAATATTTTCTAT
Found at i:197941 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 197845--198009 Score: 312
Period size: 82 Copynumber: 2.0 Consensus size: 82
197835 TTTGTTTACC
*
197845 GAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGT
1 GAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGT
197910 TTTGTTATAAAACAATT
66 TTTGTTATAAAACAATT
*
197927 GAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATATTTTGT
1 GAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGT
197992 TTTGTTATAAAACAATT
66 TTTGTTATAAAACAATT
198009 G
1 G
198010 TTTCTAATCA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 2, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
82 81 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.06, G:0.15, T:0.47
Consensus pattern (82 bp):
GAGTGAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATATTTTGT
TTTGTTATAAAACAATT
Found at i:198350 original size:273 final size:260
Alignment explanation
Indices: 197673--198461 Score: 738
Period size: 273 Copynumber: 3.0 Consensus size: 260
197663 TCTGAACACA
197673 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTC
1 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGA-CATTTTGTTTTGTC
* * * *
197737 AT-AAACTAATTGTTTCTGTTCAAACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATTCTAATTAATTAAT-T
65 ATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAG-TTATTTTGAATAAAATAA-TATAATTTATTAATAT
* * *
197800 TCC-AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAGTGAGTTCAAATAGTTA
127 TCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGACTGAGTTCAAATAGTCA
* * *
197864 TGATTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTGA
192 T-ATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGA
* *
197929 GTGAG
256 ATAAG
* * * * * * * *
197934 TTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATTTATTTTAAATCGTTATGATATTTTGTTTTGTTA
1 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
** * *
197999 TAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGTT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATATATTAACATT
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTAT-TTTG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATT
* ** *
198063 CTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTACCGAACT-AGTTCAAATAGTCA
128 CCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCG-ACTGAGTTCAAATAGTCA
* * * *
198127 T-TTCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTTTGA-CATTTTATTTTGTTGTAAAACAATT
192 TATT--ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATC-TTTTATTTTGTTATAAAACAATT
198190 GTTTCTTATCAATCAAG
254 G---------AAT-AAG
* * * *
198207 TTGAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
* * ** *
198272 TAAAACAATTGGTTCTGTTCGTGTATGTGTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTC
66 TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGT-TATTTTGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTC
* * * * * ** *
198337 CAAAAATTAATAAGT-AAA-TTTTAGAAAATAAAACTA-TTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTA
129 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATTAGTTTACCG-ACTGAGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * *
198398 TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAGCAATTG
192 T-ATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTG
198462 TTTCTATTCA
Statistics
Matches: 426, Mismatches: 73, Indels: 48
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
259 1 0.00
260 7 0.02
261 95 0.22
262 8 0.02
263 103 0.24
264 2 0.00
271 76 0.18
272 11 0.03
273 117 0.27
274 5 0.01
275 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (260 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGTTATTTTGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCCA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGACTGAGTTCAAATAGTCATATT
ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGATCTTTTATTTTGTTATAAAACAATTGAATAAG
Found at i:198536 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 198210--198536 Score: 401
Period size: 179 Copynumber: 1.8 Consensus size: 178
198200 AATCAAGTTG
198210 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
* **** * * * *
198275 AACAATTGGTTCTGTTCGTGTATGTGTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCCAA
66 AACAATTGGTTCTATTCAAACAAGTGTATTTGGAATAAAATAATATAAATTAATTAATAGT-CAA
* *
198340 AAATTAATAAGTAAATTTTAGAAAATAAAACTATTTTCTGAACACATTC
130 AAATTAAAAAATAAATTTTAGAAAATAAAACTATTTTCTGAACACATTC
* * * *
198389 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCA-TTTGTTTTGTCATA
1 AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGA-CATTTTGTTTTGTCATA
* * * *
198453 AAGCAATTGTTTCTATTCAAACAAGCT-TATTTGGCATAAAATAAT-TCTAATTAATTAATAAGT
65 AAACAATTGGTTCTATTCAAACAAG-TGTATTTGGAATAAAATAATAT-AAATTAATTAAT-AGT
198516 -AAAAATTAAAAAAATAAATTT
127 CAAAAATT-AAAAAATAAATTT
198537 GTTTACCGAG
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 19, Indels: 10
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
178 8 0.06
179 111 0.90
180 5 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (178 bp):
AAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAA
AACAATTGGTTCTATTCAAACAAGTGTATTTGGAATAAAATAATATAAATTAATTAATAGTCAAA
AATTAAAAAATAAATTTTAGAAAATAAAACTATTTTCTGAACACATTC
Found at i:199145 original size:175 final size:179
Alignment explanation
Indices: 198762--199870 Score: 426
Period size: 181 Copynumber: 6.2 Consensus size: 179
198752 TATTTTGTTG
* * * * * *
198762 TAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACACA-ATTATTTATAATAAAATAATACTAA-TTTATTACTA
1 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACA-AGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAAGTTAATAAC-A
* * * * * **
198824 TTTCA-AAAATTAATAAGAG-A-TTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAACTAGTTTGAATAGTTA
63 -TTCAGAAAATTAATAAGAGAATTTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * * * *
198886 TA-A-TTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTT-GTTT-TGTA
127 -AGACTGA-TTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAGTTTAT-CA
* * * * * *** *
198937 CTAAAACATTTGATTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAGAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATAT
1 -TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAAGTTAATAACAT
* * * ** *
199001 TCTA-AAAATTAATAAG-G-A-TTTAAAAAATAAATGTGTTTTCTAGTCCAGTTCAAATAGTTAA
64 TC-AGAAAATTAATAAGAGAATTTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAA
* * *
199062 GACT-ATTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAACCTTTT-GTTTAGTCA
128 GACTGATTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAGTTTA-TCA
* * * * *
199113 TAAAATAATTGTTTCAGTTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTC
1 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAAGTTAATAACATTC
* *
199178 AGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
66 AGAAAATTAATAAG--AG-AATTTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAA
* * *
199243 GACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCA
128 GACTGATTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAGTTTATCA
* * * * * * * * ** * *
199295 TAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTT
1 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAAGTTAATAACA-TT
* * * * * * * ** * *
199360 TA-AAAATTGATAAGTTA-AAGATTTAAAACATAAAT-CAGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATT
65 CAGAAAATTAATAAG--AGAA-TTTTAAAAAATAAATGTA-TTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * *
199422 ATGGC-CATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTATTATGAA-CTTTT-GTTT-TGACA
126 AAGACTGA-TTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTAT-AACCTTTTAGTTTAT--CA
* * * * * * *
199476 TAAAACAATTGTTTTTCA--TCATACTAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATAT
1 TAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAAGTTAATAACA-
* * *
199539 TTCA-AAAATTAATAAGTAGGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAACCAA-TTCAAATAG
63 TTCAGAAAATTAATAAG-A-GA-ATTTTAAAAAATAAATGTATTTA-CCAAACAAGTTCAAATAG
* * * *
199601 TTATGACT-ATTTG--T-ATT-TC-AATT----TC-TTATAA-CTTTTTGTTATTTCA
124 TTAAGACTGA-TTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAGTT-TATCA
* * * *
199647 TAAAACAATTATTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TGTAATAATAT
1 TAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAAGT-TAATAACAT
* * * * * ** *
199710 TCTGAAAATTAATAACTA-ATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTT
64 TCAGAAAATTAATAA-GAGA-A-TTTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * ** * * *
199774 AA-AGCT-ATAGGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACATTTT-GTTTTATCG
126 AAGA-CTGAT-TGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAG-TTTATCA
* * * *
199828 TAAAATAATTTTTTTAGTTCTTACTAA-CTTATTCAAAATAAAA
1 TAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTCAAAATAAAA
199871 AAAAAATTTA
Statistics
Matches: 727, Mismatches: 146, Indels: 115
0.74 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 18 0.02
171 103 0.14
172 2 0.00
173 1 0.00
174 31 0.04
175 108 0.15
176 65 0.09
177 8 0.01
178 3 0.00
179 1 0.00
180 11 0.02
181 246 0.34
182 112 0.15
183 12 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAAGTTAATAACATTC
AGAAAATTAATAAGAGAATTTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGAC
TGATTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAGTTTATCA
Found at i:199481 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 198617--199587 Score: 589
Period size: 181 Copynumber: 5.4 Consensus size: 181
198607 GTTTATTTGG
* * * * *
198617 AATAAAATAATACTAATATATTAACA-TTCTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAT
** * * * * * * * ** *
198681 -TAGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTCATGTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTTT
65 CTA-TTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* ** * **
198745 G-ACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACACAA--TTATTTAT
129 GAAC-TTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTT-TACATCATA-A-AAGCTTATCCAT
* * *
198798 AATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAAT-A--AG-AGATTTAAAAACTAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATC
* * * ** * **** * * * *
198859 TCTTTACCGAACTAGTTTGAATAGTTATAATTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA
66 TATTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
* * * * * ** *
198924 TCTTTGT-TTTGTA-C-TAAAACATTTGATTCTA-TTCATACAAGCTTATTTAG
131 ACTTT-TATTT-TATCATAAAACAATTG-TTTTACATCATAAAAGCTTATCCAT
* * ** * *
198974 AGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATA-TTCTAAAAATTAAT-A--AG--GATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * * * *
199033 GTGTTT-TCTAGTCCAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCT
65 CTATTTATCGAAT-TAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * * ** * * * *
199096 -AACCTTTT-GTTTAGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATATATGCTTATTCAA
129 GAA-CTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTTACATCATAAAAGCTTATCCAT
* * *
199149 AATAAAATAACACTAATTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTTAAAAAATAA
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGT-AGAAGA-TTTAAAAAATAA
* * * ** * * * ** *
199212 ATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTA
63 ATCTATTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTA
* * *
199277 TGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGATCATAAAAGCTTGTCCCA-
128 TGAACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTACATCATAAAAGCTTAT-CCAT
* * * *
199331 AATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTAAAAATTGATAAGTTA-AAGATTTAAAACATAAAT
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAAGATTTAAAAAATAAAT
* * *
199395 C-AGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACATTTATCTATTTCAAATTATTAT
65 CTA-TTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT
* * ** *
199459 GAACTTTTGTTTTGA-CATAAAACAATTGTTTTTCATCATACTAGCTTATTCAT
129 GAACTTTTATTTT-ATCATAAAACAATTGTTTTACATCATAAAAGCTTATCCAT
*
199512 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATC
199577 TATTTATCGAA
66 TATTTATCGAA
199588 CCAATTCAAA
Statistics
Matches: 631, Mismatches: 123, Indels: 72
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
172 2 0.00
173 4 0.01
174 36 0.06
175 92 0.15
176 59 0.09
177 73 0.12
178 5 0.01
179 2 0.00
180 7 0.01
181 238 0.38
182 102 0.16
183 11 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTTAAAAAATAAATC
TATTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA
ACTTTTATTTTATCATAAAACAATTGTTTTACATCATAAAAGCTTATCCAT
Found at i:199736 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 199443--199774 Score: 420
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
199433 AACATTTATC
* * *
199443 TATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTTTCATCATACTAGCTTAT
1 TATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTCATCATACAAGCTTAT
* * * * * *
199508 TCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATA
66 TCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
*
199573 AATCTATTTATCGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
131 AATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
199614 TATTTCAATTTCTTAT-AACTTTTTGTTATT-TCATAAAACAATTATTTCT-ATTCATACAAGTT
1 TATTTCAAATTATTATGAAC-TTTTGTT-TTGACATAAAACAATTATTTCTCA-TCATACAAGCT
* *
199676 TATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAA
63 TATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTC-AAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAA
* * * *
199740 AATAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTA
127 AATAAATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTA
199775 AAGCTATAGG
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 20, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.05
171 128 0.93
172 2 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.06, T:0.42
Consensus pattern (171 bp):
TATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTGACATAAAACAATTATTTCTCATCATACAAGCTTAT
TCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATA
AATCTATTTATCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTG
Found at i:199869 original size:533 final size:525
Alignment explanation
Indices: 198580--199900 Score: 1272
Period size: 533 Copynumber: 2.5 Consensus size: 525
198570 TTATGTTGTT
* ***
198580 ATAAAACAATTGTTCCTATTCATAAAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATATATTAACATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATT
* * * * * * * *
198645 CTAAAAATTAATAAGTTGAAGATTTAAAAAATTAATTAGTTTATCGAACCAGTTTAAATAGTCAT
66 CTGAAAATTAATAA-CTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* * * * * *
198710 GTCTATTTGAACTATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACATTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTT
130 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTATTTTATCGTAAAACAATT-TT
* * * * *
198775 TCTA-TTCATACACAATTATTTATAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATA
194 TTTAGTTCATACA-ACTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* ** * **
198839 AGAGATTTAAAAACTAAATCTCTTTACCGAACTAGTTTGAATAGTTATAATTATTTAAACAATTA
257 AGAGATTTAAAAACTAAATCACTTTACCGAACTAGTTAAAATAATTATAACCATTTAAACAATTA
* * *
198904 TCTATCTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTACTAAAACATTTGATTCTATTCATACAAGCTTA
322 TCTATCTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTACTAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * *
198969 TTTAGAGTAAAATATTGCTAAGTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAATAAATG
387 TTCAGAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * *
199034 TGTTTTCTAGTCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTCTAAC
452 TATTTTCGAGACCAATTCAAATAGTT---A-TATTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTATAAC
199099 CTTTTGTTTAGTC
513 CTTTTGTTTAGTC
* * * * * *
199112 ATAAAATAATTGTTTC-AGTTCATATATGCTTATTCAAAATAAAATAACACTAATTTATTAACAT
1 ATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACAT
* * * * * *
199176 TCAGAAAATTAATAAGTAAGAAATTTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTT
65 TCTGAAAATTAATAACTAA-AGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTT
* * ** * * *
199241 ATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAAAACAATTG
128 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTATTTTATCGTAAAACAATTT
* * * * * * * *
199306 TTTTAGATCATAAAAGCTTGTCCCAAATAAAATAATATTATTTTATTAATATTTTAAAAATTGAT
193 TTTTAGTTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * ** *
199371 AAGTTAAAGATTT-AAAACATAAATCAGTTTATCGAATTAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAA
256 AAG----AGATTTAAAAAC-TAAATCACTTTACCGAACTAGTTAAAATAATTATAACCATTTAAA
* * * * *
199435 CATTTATCTATTTCAAATTATTATGAACTTTTGTTTTG-ACATAAAACAATTGTTTTTCA-TCAT
316 CAATTATCTATCTCAAATCATTATGAAC-TTTGTTTTGTAC-TAAAACAATTGATTCT-ATTCAT
* * * * *
199498 ACTAGCTTATTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGA
378 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCT-AAAAATTAAT-A--A-G-GA
*
199562 TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGA-ACCAATTCAAATAG-T-TA-TGACT-ATT-TGTATTTCA
437 TTTAAAAAATAAATCTATTT-TCGAGACCAATTCAAATAGTTATATTGAATAATTATGTATTTCA
* * *
199621 ATTTC-TTATAACTTTTTG-TTATTTC
501 A-ATCATTATAACCTTTTGTTTA-GTC
* * * * *
199646 ATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATT
1 ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATT
*
199711 CTGAAAATTAATAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATTAAACCAGTTCAAATAGTTA-
66 CTGAAAATTAATAACTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTAT
* ** * * * * *
199775 AAGCTATAGGAACAATTCTTTATTTTAAATTGTTATGACATTTTGTTTTATCGTAAAATAATTTT
130 GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTATTTTATCGTAAAACAATTTT
* *
199840 TTTAGTTCTTACTAACTTATTCAAAATAAAA-AA-AAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
194 TTTAGTTCATAC-AACTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
199901 CAATAAGAGA
Statistics
Matches: 632, Mismatches: 132, Indels: 52
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
530 23 0.04
531 4 0.01
532 75 0.12
533 243 0.38
534 96 0.15
535 6 0.01
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541 1 0.00
542 2 0.00
543 32 0.05
544 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (525 bp):
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATATATTAACATT
CTGAAAATTAATAACTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACATTTTATTTTATCGTAAAACAATTTTTT
TAGTTCATACAACTTATTCAAAATAAAATAATATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAG
ATTTAAAAACTAAATCACTTTACCGAACTAGTTAAAATAATTATAACCATTTAAACAATTATCTA
TCTCAAATCATTATGAACTTTGTTTTGTACTAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATTCA
GAATAAAATAATACTAAGTTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGGATTTAAAAAATAAATCTATT
TTCGAGACCAATTCAAATAGTTATATTGAATAATTATGTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
TAGTC
Found at i:208778 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 208408--209807 Score: 1168
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 181
208398 AATTATTTTA
* * ** * **
208408 TTGTCATAAAATAATT-TTTTTCAGTTCTTACTAA-CTTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTTT--GTTCATAC-AAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTA
** * * * * * * *
208471 TTAATATTTAAAAAATTAATAAGTATGGGATTTAAAAAATAATTTTGTTT-GTCAAACCAA-TT-
63 TTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-GAA-CAAGTTC
* * * * * * * * *
208533 AAATAATTATGATTATTTGAACAGTTACCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTTCTT
126 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** * * * *
208589 TTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAATTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATCTACTC
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * ***
208654 ATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAGTTCGGTTA
66 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA
* * * * *
208719 GTTATAACTATTTAAATAATTCTTTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTT
131 GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * ** *
208770 TTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATAC-AGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTAATGTATT
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATT
* * * * ** * *
208834 AATATTTTGAAAATTCATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAATGTGTTGGCCTGACCAA-TGCAA
65 AATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTATT-TACTGAACAAGTTCAA
* * *
208897 ATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTT
128 ATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
208951 TTATCATAAAGCAATTGTTTTTGTTCGTAAAAGTTTATTT-GAAATAACATAA-ATCTAATTTAT
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAG-AATAAAATAATAT-TAATTTAT
* * * *
209014 TAATATTCTT-AAAA-CAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTT-TTCGAACAAGTTT
64 TAATATT-TTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACT-GAACAAGTTC
* *
209075 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTC-AATCATTATGACCTTTTATT
126 AAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * *
209131 TTGTCATAAAACAATT-TTTTCTACTCATACAAGCATATTTCA-AATAAAATTATGTGAATTTAT
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAATATTAATTTAT
* * * * * * ** *
209194 TAATATTTAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGTTCAAA
64 TAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA
* * * * *
209259 TAGTCATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAACCATTATGACATTTTGTT
129 TAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
209312 TTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCGTACAAGCTTATTTGGATTAGAATAATATTAATTGT-TT
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATT-TATT
* * * * * *
209376 AATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATATGTACCGAACAAGTTCAAAT
65 AATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT
* ** * *
209441 AGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACCTTTTGTT
130 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * *** * * * *
209493 TCATCCTAAAACAATTGTATCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
** * * * *
209558 ATATTTCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAA-CTATTTTCTGAACAAGTTTAAAT
66 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAAT
* * *
209622 AGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
130 AGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* ** * * * *
209674 TTGTCATAAAACAATCGTTCCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTA
1 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
** * * * ** *
209739 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTAAAAAAATAAATTTATTTTTTGAACATGTTCAAATA
66 ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA
209803 GTTAT
131 GTTAT
209808 GACCTTTTGT
Statistics
Matches: 972, Mismatches: 213, Indels: 69
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 18 0.02
180 240 0.25
181 690 0.71
182 23 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTA
ATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAATA
GTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
Found at i:209804 original size:542 final size:538
Alignment explanation
Indices: 208442--209804 Score: 1469
Period size: 542 Copynumber: 2.5 Consensus size: 538
208432 TTCTTACTAA
* * * * *
208442 CTTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTT-AAAAAATTAATAAGTATGGGATTTAA
1 CTTATTCGAAATAAAAT-AAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAA-TAATGAGTAAGAGATTTAA
* * * * * * *
208506 AAAAT--AATTTTGTTTGTCAAACCAA--TTAAATAATTATGATTATTTGAACAGTTACCTATTT
64 AAAATGAAACTAT-TTT-TCGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * * *
208567 CAAATCGTTATAACTTTTTCTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAATTTTGTTTAGA
126 CAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAAC-AATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCGA
* * * * * * * *
208632 ATAAAATAATATTAATCTACTCATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
190 ATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TTTAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATTT
*** * * * *
208697 GTTTACTAAACCAGTTCGGTTAGTTATAACTATTTAAATAATTCTTTATTTCAAATCATTATGAC
253 GTTTACTAAA-CAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAACCATTATGAC
* * * * *
208762 CATTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTTCATACAGTCTTATTTAGAATAAAGTAATGCTA
317 CATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAGTCTTATTTAGAATAAAGTAATACTA
* ** * * * * *
208827 ATGTATTAATATTTTGAAAATTCATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAATGTGTTGGCCTGACCAA
382 ATGTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTGACCTGAACAA
* * * * *
208892 TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTATCA
447 TGCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATCA
* * *** *
208957 TAAAGCAATTGTTTTTGTTCGTAAAAG
512 TAAAACAATTGTATCAATTCATAAAAG
* * * ** *
208984 TTTATTTGAAATAACATAAATCTAATTTATTAATA-TTCTTAAAACAATGAGTAAGAGATTTAAA
1 CTTATTCGAAATAAAATAAA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAA
209048 AAATGAAACTATTTTTCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTC-A
65 AAATGAAACTATTTTTCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAA
* * * ** *
209112 ATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTTTTTCTACTCATACAAGCATATTTCAAATA
129 ATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA-TGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATA
* * * * *
209177 AAATTATGTGAATTTATTAATATTTAGACATTTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT
193 AAATAATATAAATTTATTAATATTTA-AAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTGTT
* * * *
209242 TACCAAATAAGTTCAAATAGTCATAACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAACCATTATGA-CAT
256 TACTAAA-CAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAACCATTATGACCA-
* * * *
209306 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCGTACAAG-CTTATTTGGATTAGAA-TAATATTA
319 TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATAC-AGTCTTATTTAGAATA-AAGTAATACTA
* *
209369 ATTGT-TTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAATAAATATA-TGTACC-GAAC
382 A-TGTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTG-ACCTGAAC
* * *
209431 AAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGTAATTATCTATTTAAAATCA-TTTTGACCTTTTGTTTC
445 AA-TGCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTC
* *
209495 ATCCTAAAACAATTGTATCAATTCATATAAG
508 ATCATAAAACAATTGTATCAATTCATAAAAG
*
209526 CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAA
1 CTTATTCGAAATAAAATAA-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAA
*
209591 AAATGAAACTA-TTTTCTGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAA
65 AAATGAAACTATTTTTC-GAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
* *
209655 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTCCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATA
129 ATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT-GTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATA
* *
209720 AAATAATATAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATTTATTT
193 AAATAATATAAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTT
** *
209785 TTTGAACATGTTCAAATAGT
257 ACTAAACA-GTTCAAATAGT
209805 TATGACCTTT
Statistics
Matches: 677, Mismatches: 120, Indels: 48
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
540 3 0.00
541 45 0.07
542 441 0.65
543 187 0.28
544 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (538 bp):
CTTATTCGAAATAAAATAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAA
AATGAAACTATTTTTCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTTTCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATAAAA
TAATATAAATTTATTAATATTTAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA
AACAGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAACCATTATGACCATTTGTTT
TATCATAAAACAATTGTTTTTCTCCATACAGTCTTATTTAGAATAAAGTAATACTAATGTATTAA
TATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTGACCTGAACAATGCAAATAG
TCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAT
TGTATCAATTCATAAAAG
Found at i:209846 original size:145 final size:146
Alignment explanation
Indices: 209650--209924 Score: 337
Period size: 145 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
209640 AATTATTTAT
* ** * **
209650 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTCCTATTCATACAAGTTTATTTC
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATCGTTCATATTCATACAAGCGTATTT-
209715 G-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATATTT-CAAAAATTAATAAGTAAAA-A-TTAAAAAAAT
65 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAAT-TTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTT-AAAAAAT
209775 AAATTTATTTTTTGAACATG
127 AAATTTATTTTTTGAACATG
* * * *
209795 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAACCAAAT-GTTTATGTTCATACAAGCGTATTT
1 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAAC-AATCGTTCATATTCATACAAGCGTATTT
* * * *
209859 GAAATAAAATAGTACTAGTTTTTTAATTTTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAA
65 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAA
209924 T
130 T
209925 CTGTTTACCA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 14, Indels: 11
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
144 4 0.04
145 88 0.80
146 16 0.15
147 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (146 bp):
TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATCGTTCATATTCATACAAGCGTATTTG
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATTTTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAAAT
TTATTTTTTGAACATG
Found at i:210081 original size:326 final size:325
Alignment explanation
Indices: 209481--210069 Score: 803
Period size: 326 Copynumber: 1.8 Consensus size: 325
209471 AAAATCATTT
* * * *
209481 TGACCTTTTGTTTCATCCTAAAACAATTGTATCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTATCAATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
209546 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAACTATTTTCTGAA
66 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATGAAACTATTTCCTG-A
* **
209611 CAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
130 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTT
* *
209676 GTCATAAAACAATCGTTCCTATTCATACAAGTTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
195 ATCATAAAACAATCGTTCCAATTCATACAAGTTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAAT
209741 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATTTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTT
260 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATTTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTT
209806 A
325 A
* * * * ** *
209807 TGACCTTTTGTTTCATTATAAACCAAATGT-TTATGTTCATACAAGCGTATTTGAAATAAAATAG
1 TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTATCA-ATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAA
* * * * *
209871 TACTAGTTTTTTAAT-TTTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGAGTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACC
65 TACTAATTTATTAATATTT-CAAAAAATAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATGAAA-CTATTT-CC
* *
209934 ATG-CAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGATCTTTTG
127 -TGACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTG
* *
209998 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTT
191 TTTTATCATAAAACAATCGTTCCAATTCATACAAGTTTATTTCG-AATAAAATAATA-TAAATTT
210061 ATTAATATT
254 ATTAATATT
210070 CTGAAAATTA
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 29, Indels: 14
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
325 12 0.05
326 211 0.93
327 2 0.01
328 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (325 bp):
TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTATCAATTCATACAAGCGTATTCAAAATAAAATAAT
ACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATAATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATGAAACTATTTCCTGAC
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTA
TCATAAAACAATCGTTCCAATTCATACAAGTTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA
TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTAAAAAAATAAATTTATTTTTTGAACATGTTCAAATAGTTA
Found at i:210099 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 209795--210553 Score: 659
Period size: 181 Copynumber: 4.2 Consensus size: 179
209785 TTTGAACATG
* * * * * * * *
209795 TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTCATTATAAACCAAATGTTT-ATGTTCATACAAGCGTATTT
1 TTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTC
* * * * * * * *
209859 GAAATAAAATAGTACTAGTTTTTTAAT-TTTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGAGTTAAAAAATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT--AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *
209923 ATCTGTTTACCATGCAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTAT
128 AT-TGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
209976 TTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGTTTATTCG
1 TTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
* *
210041 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTGAAAATTAATTGA-TAGGAGATTTAAAAAATAAA
66 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TAAAAATTAA-TGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
210105 TATGTTTGTCAAACCAA-TTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTAT
129 T-TGTTT-ACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
210157 TTTAAATCATTCT-AACCTTTG-CTTAGTCATAAAACAATTATTTCAGTTCATATAAGCTTATTC
1 TTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
*
210220 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAATATAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAA-ATAA
* * * * *
210285 ATTTATTTACTGAA-CAATTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTTTTTAT
128 A-TTGTTTAC-CAAGCAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
210338 TT-AAAGTCATTATGATCTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAACTTATAC
1 TTCAAA-TAATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC
* * * * *
210402 AAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGATATTTAGAAACTAAA
65 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-AAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * *
210463 GTTGTTT-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAATATCAAT
129 -TTGTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * *
210514 CTCAAATAGTTTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAACAATT
1 TTCAAATA-ATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATT
210554 ATTAATAATT
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TTCAAATAATTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCA
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
GTTTACCAAGCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
Found at i:210781 original size:11 final size:12
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210755 ATTAATAATC
210765 ATTA-TTAATTG
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1 ATTATTT-A-ATTG
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1 ATTATTTAATTG
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1 ATTATT
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ATTATTTAATTG
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210746 AATTTTAGTA
210756 TTAATAATCATTA-TTAATTGATTAT
1 TTAATAATCATTATTTAATT-ATTAT
* *
210781 TTAATATTGATTATTTAATTATTAT
1 TTAATAATCATTATTTAATTATTAT
210806 T
1 T
210807 AAGCTCAAAT
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TTAATAATCATTATTTAATTATTAT
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210750 TTAGTATTAA
*
210760 TAATCATT-ATTAATTGATTATT
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*
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TAATATTGATTAATTAATTATT
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210772 ATTGATTATTTAAT
1 ATTGATTATTTAAT
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1 ATTGATTATTTAAT
210800 TATTATTAAG
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ATTGATTATTTAAT
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210844 TTTCTAATAG
* * *
210854 TTATGATC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAA
1 TTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAA
* ** * *
210917 ATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
64 ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAA-A-GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
* * * * * *
210982 CTGAACAAGTTTAAATAGTCATGTCCA-TTAGAACAATTATCTATTTTCAAATTG
127 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTA-TTTCAAATTA
* ** *
211036 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAAATTATTCAAAATAAAA
1 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
** * * * * *
211100 TAATTTTGATTTATTAATATTTTGAAAATT-AA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTA
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTG
* * * *
211163 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT-TATCTCAAATCA
130 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * *** ** *
211212 TAATG--ATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTATGTCCTTTCATACAAGCTTATTTGGACTAAAA
1 TTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * * *
211275 TGATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATT-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTAGCT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CT
* * ** *
211337 GAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATCCAAATAATTATCTATTTCAAATCA
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * **
211388 TTCT-ATCCTTTTCTTTAGTCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAA
1 TTATGA-CATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ** *
211452 CAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATCTGTTTACT
65 TAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * *
211517 GAACAATTTCAAATAGATATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTA
129 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * * * * *
211568 TTTTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTAAAATAAAAT
1 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * *
211633 AATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATCATTAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAAGT-TGTTT-T
66 AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAAT--TAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTAC
* * * * * *
211696 TCAA-AGCAGTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAAATAT-TAATCTCAAATTG
128 TGAACA--AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCT-ATTTCAAATTA
* * * * *
211749 TTATG--ATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT--TATCATATAAGC-TAATTCAGATAAA
1 TTATGACAT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTTAAAAT-AA
* * *
211809 AATAATACTAATTTAATAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATGT-TCT
63 AATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATT-A-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT-T
* * * * * *
211873 TGCCGATCAA-TTCAAATAGTTAAGATTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
125 TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AATAATTATCTATTTCAAATTA
* * ** * * * *
211927 TTTTGACCTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAAT
1 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
* * * * * * *
211992 AATACTAATTTATTAACT-TTTGAAAGATTAATAAGCAGGATATTTGAAAAACTAAATTTGTTTA
66 AATACTAATTTATTAA-TATTTTAAAAATT-A-AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA
* * *
212056 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTTG
127 CTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAA-TTA
* * * * **
212109 TTTTGA-ATTATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAA
1 TTATGACATT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAA
* * ** *
212173 TAATACTACTTTTCTTAATATTTTGCAAA-T----TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACT
65 TAATACTA-ATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT
* * * * * * * *
212233 G-ACTTAGTTTAAATAATTATG-GTCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCA
129 GAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA
* * ** **** *
212284 TTATTACCTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
212349 TGTTAGTACT
Statistics
Matches: 1054, Mismatches: 209, Indels: 107
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 8 0.01
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TTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAAT
AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA
Found at i:211912 original size:359 final size:362
Alignment explanation
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Period size: 359 Copynumber: 2.1 Consensus size: 362
211395 CTTTTCTTTA
* ** *
211405 GTCATAAAACAATTA-TTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAACAATACTAATTTATTAA
1 GTCATAAAACAATTATTTTTAG-TCATACAAGCTAATTCAGAATAAAACAATACTAATTTAATAA
*
211469 CATTCAAAAAATTAAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAATTTCAAATAGA
65 CATTCAAAAAATTAAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAATTTCAAATAGA
* * **
211534 TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTATTTTGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATT
130 TAAGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACATTTTGTTTAATCATAAAACAATT
* *
211599 GTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTACTTTATTAA-TATTTCAAAAATCA
195 GTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACT-TTTCAAAAATCA
* * ** *
211663 TTAAGTAAAAGATTT-AAAAACTAAAGTTGTTTTTCAAAGC-AGTTCTAATAGTTATGACTATTT
259 ATAAGCAAAAGATTTGAAAAACTAAAGTTGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* *
211726 GAATAAATAT-TAATCTCAAA-TTGTTATG-ATCT-TTGTTTT
323 AAACAAATATCT-AT-TCAAAGTTGTTATGAAT-TATTGTTTT
* *
211765 GTCATAAAACAATTATTTTTA-TCATATAAGCTAATTCAG-ATAAAAATAATACTAATTTAATAA
1 GTCATAAAACAATTATTTTTAGTCATACAAGCTAATTCAGAAT-AAAACAATACTAATTTAATAA
* *** * * * *
211828 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATGT-TCTTGCCGATCAA-TTCAAAT
65 CATTCAAAAAATT-A-AAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATCTGT-TTACCGAACAATTTCAAAT
* * * * *
211890 AGTTAAGATTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAATCATAAAAT
127 AGATAAGACTATTTA-AATAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACATTTTGTTTAATCATAAAAC
* * * * * * *
211954 AATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTGAAAGA
191 AATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTCAAAAA
* ** * * *
212019 TTAATAAGCAGGATATTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
256 TCAATAAGCAAAAGATTTGAAAAACTAAAGTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
212084 TTAAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTTTGAATTATTGTTTT
321 TTAAACAAATATCTATTCAAAGTTGTTATGAATTATTGTTTT
*
212126 GTCATAAAACAATTGTTTT
1 GTCATAAAACAATTATTTT
212145 AGTTCACAAA
Statistics
Matches: 317, Mismatches: 50, Indels: 25
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 5 0.02
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361 43 0.14
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (362 bp):
GTCATAAAACAATTATTTTTAGTCATACAAGCTAATTCAGAATAAAACAATACTAATTTAATAAC
ATTCAAAAAATTAAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAATTTCAAATAGAT
AAGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATCATTTTGACATTTTGTTTAATCATAAAACAATTG
TTTCAGTTAATAAAAACTTATCTAAAAGAAAATAATACTAATTTATTAACTTTTCAAAAATCAAT
AAGCAAAAGATTTGAAAAACTAAAGTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAA
CAAATATCTATTCAAAGTTGTTATGAATTATTGTTTT
Found at i:212317 original size:357 final size:353
Alignment explanation
Indices: 210861--212348 Score: 1229
Period size: 357 Copynumber: 4.2 Consensus size: 353
210851 TAGTTATGAT
* **
210861 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* *** * * * *
210926 CTTTATTAATATTTTGCAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAG
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAG
* * * * *
210991 TTTAAATAGTCATGTCCA-TTAGAACAATTATCTATTTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGT
130 TTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTA-TTTCAAATTGTTATGATC-TTTGTTTTGT
* ** *
211055 CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAAA--TTATTCAAAATAAAATAATTTTGA-TTTATTAA
192 CATAAAACAATTATTT-TGTTC--ACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTATTAA
* * * *
211117 TATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTA-TTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTA
254 TATTTTGAAAA-T-ATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AGTTTACT-GACCAATTCAAATAATTA
* ** *
211181 TGACTATTTAAACAATTAT-TATCTCAAATCATAATGAT
315 TGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
* * * * * *
211219 C-TTTATTTTGTCATAAAACAATTATGTCCTTTCATACAAGCTTATTTGGACTAAAATGATACTA
1 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * *
211283 ATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATAT-TTTAGCTGAACTA
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCGAACAA
* ** * ** *
211343 GTTCAAATAGTTAAGACTATCCAAATAATTATCTATTTCAAATCATTCT-ATCCTTT-TCTTTAG
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAT-CTTTGT-TTT-G
* * *** * *
211406 TCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAACAATACTAA-TTTATTAAC
191 TCATAAAACAATTATTTT-GTTCACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTATTAAT
*** * * *
211470 ATTCAAAAAATTAAAGTAAGAGAGTTAAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAATTTCAAATAGA-
255 ATTTTGAAAA-T--A-TAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGACCAA-TTCAAATA-AT
* * *
211534 TATGACTATTTAAATAATTATCTATTTAAAATTATTTTGAC
313 TATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
* * * * * * *
211575 ATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATAAAAACTTATCTAAAATAAAATAATACTA
1 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * ** * * ** *
211640 CTTTATTAATATTTCAAAAATCATTAAGTAAAAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTTCAAAGC-A
65 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAA
* * * * *
211704 GTTCTAATAGTTATGACTATTTGAATAAATAT-TAATCTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCT-ATTTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTC
* * * * *
211768 ATAAAACAATTATTTT-TATCATATAAGCTAATTC-AGATAAAAATAATACTAA-TTTAATAATA
193 ATAAAACAATTATTTTGT-TCACAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTTATTAATA
* * * *
211830 TTTTGAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT--GTTCTTGCCGATCAATTCAAATAGT
256 TTTTG--AA--AAT-A-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAG-T-TTACTGACCAATTCAAATAAT
* * *
211893 TAAGATTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
313 TATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
* ** * *
211934 CTTTTGTTTAATCATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTA
1 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTA
* * * * *
211999 ATTTATTAACT-TTTGAAAGATTAATAAGCAGGATATTTGAAAAACTAAATTTGTTTACCGAACA
65 ATTTATTAA-TATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAACA
*
212063 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTTTGAAT-TATTGTTTT
128 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAA-TTGTTATG-ATCT-TTGTTTT
* * * * *
212126 GTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAGTTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTTCTTAA
190 GTCATAAAACAATTATTTT-GTTCACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTATTAA
* * * *
212191 TATTTTGCAAAT-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGACTTAGTTTAAATAATTATG-
254 TATTTTGAAAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGAC-CAATTCAAATAATTATGA
* * *
212254 GTCATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATT-AC
318 CT-ATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATT-TTGAC
* *
212291 CTTTCATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
1 CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAAT
212349 TGTTAGTACT
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 171, Indels: 113
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
350 5 0.01
351 8 0.01
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353 53 0.06
354 12 0.01
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362 31 0.03
363 19 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (353 bp):
CTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
TCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGATCTTTGTTTTGTCATA
AAACAATTATTTTGTTCACAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTATTAATATTTTG
AAAATATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTTACTGACCAATTCAAATAATTATGACTATTTAA
ACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
Found at i:212779 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 212743--212817 Score: 80
Period size: 32 Copynumber: 2.3 Consensus size: 31
212733 TAAAATTAAT
*
212743 ATATATTATAGTATTA-AATATAACTAGTAAAA
1 ATATATTAAAGTATTATAATATAA-TA-TAAAA
* *
212775 ATATATTTAAATTATTATAATATAATATATAA
1 ATATA-TTAAAGTATTATAATATAATATAAAA
212807 ATACTATTAAA
1 ATA-TATTAAA
212818 CTTTTTATTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 6
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
32 17 0.46
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ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (31 bp):
ATATATTAAAGTATTATAATATAATATAAAA
Found at i:214087 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 213809--214316 Score: 481
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 180
213799 TAATCCTTAG
* * * * * *
213809 AATATTAGTAAATTTATATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTATGAACATAAA-CAATTATTTTA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCCTATATGAACA-AAATCAATTATTTTA
* * ** **
213873 TGACAAAATAAAAGGTCTTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTAGAA
65 TGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-GAA
* * *
213938 CTTGTTCAG-TAAACGGATTCATTTTTGAAATCTCTTACTCATTAATTTTTTG-
129 CTTATT-AGATAAACAGATTCATTTTTGAAATCTCTTACTCATTAA-TTATTGA
* * * * * **
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1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCT-AAATAAGCCTATATGAACA-AAAT-CAATTATTT
* * * * *
214051 TATGACGAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATTACTATTGA
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* * * * * * * *
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* * * * *
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1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCCTATATGAACAAAATCAATTATTTTAT
* * ** *
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*
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AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCCTATATGAACAAAATCAATTATTTTAT
GACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTGAACT
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214034 AAATTGATAC
* * ** *
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1 AATTTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAA
* ** * * * * *
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66 CTATTGAACTTATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTATTGAAATAT
* * ** *
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* *
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* * * * *
214343 AATTGTTTTATGACAAAACATAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATA
1 AATT-TTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATA
* * * * *
214408 ACTATTTGAACTTGTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTGTAAATTTTTGGAAT
65 ACTA-TTGAACTTATTCAATAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTATTGAAAT
* *
214473 ATTAATAAATTAGA-ATTATGTT-ATTTCGAATAAGCTTGTACGAACAGAAA-CAATTGTTTTAT
129 ATTAATAAATTA-ATATTATGTTAATCT-GAATAAGCTTGTACGAACA-AAATCAATTATTTTAT
* * * *
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AATTTTTTATGACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAA
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CGATAAACAGATTTGAAATAAGTTTGTATAAATAGAAAA
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215298 TGGATTATTA
*
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1 AATATTATTAACAATATTAATA
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Statistics
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AATATTATTAACAATATTAATAT
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*
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ATTAATTATTA
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*
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*
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*
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*
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* *
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* *
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* *
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* *
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TAATATATAATAA
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*
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* *
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*
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* *
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*
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*
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Statistics
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TAATAATAT
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* *
216356 AATAATATTAGTAATTATA
1 AATATTATTATTAATTATA
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1 AATATTA
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Statistics
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AATATTATTATTAATTATA
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216834 ATTTTATTTG
* * ** *
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* * * *
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* *
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* * * * * * *
217026 TCCAAACGAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTGATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * *
217091 AAGATTT-AAAAA-AAA-TAAGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTA
65 AAGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTA
* * * *
217153 TCTACTTCAAATCATTGTAACATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAA
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*** * *
217205 TTCATGTTAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * *
217270 GAGAATTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTTAATAATTA
65 AAG-ATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTA
* * * * *
217335 TCTATTTCAAAACATTACAACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGGTTCTA
129 TCTATTTCAAATCATTATAA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA
* * * * *
217388 TTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATTAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAA
*
217453 AA-ATTTTAAAAATAAATTTATTTA
65 AAGATTTAAAAAATAAATTTATTTA
217477 AAAATTAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAA
AGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATC
TATTTCAAATCATTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAA
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Period size: 182 Copynumber: 4.0 Consensus size: 183
216736 AAAATTAGTA
* * * ** ***
216746 TTATTTATCAAACAAGTTTAAATAATTATGGCTAT-TTGAATAATTAT-TAATTTGGAATTGCTA
1 TTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AATAATTATCT-ATTTCAAATCATTA
* * ** * * * * *
216809 TAACCTTTTAG-TTTGTCATATAATGATT-TTATTTGTTCATAT-AAGCTTACTTCGAATAAAAT
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* * *
216871 AATACAAATTTATTAATATT--AAGACAATTGATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAAT
127 AATACTAATTTATTAATATTCCAA-A-AATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAATAAAT
* * * * * *
216927 CTATTTATTAAACAAATTCAAATCGTTATGACTATCTAAATAATTATTTATTTCAAATTC-TTAT
1 TTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTAT
* * * * ** * ** *
216991 GACTTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCATCCAAACGAGCTTATTTGGATTAAAATAA
65 AACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCT-ATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* * * * *
217055 TATTGATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAA-ATAA-
129 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAATA-AAT
* * * * *
217109 --GTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTAT-TTGAATAATTATCTACTTCAAATCATTGT
1 TTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTAT
* * * * * *
217171 AA-CATTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAATTCATGT-TAGCTTATTTGAAATAAAATAA
65 AACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCAT-TCAAGCTTATTTCAAATAAAATAA
* *
217234 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAAAAAGTAAGAGAATTAAAAAAATAAAT
129 TACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAATAAAT
* * * * *
217289 TTGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATAACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAAACATTACA
1 TTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
*
217354 ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
66 ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
* * **
217419 -TAAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATTAGT-AAA-AATTTTAAAAATAAAT
131 CT-AATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAATAAAT
217470 TTATTTA
1 TTATTTA
217477 AAAATTAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (183 bp):
TTATTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTTAATAATTATCTATTTCAAATCATTATA
ACCTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATTCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA
CTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGAATTAAAAAAATAAAT
Found at i:217889 original size:180 final size:180
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217481 TTAATGTTCC
* * ** * *
217491 AAAACCAATTGTTTCTATTCATACAA-AATATTT-AGAATAAAATAATACTATTTTATTACTATT
1 AAAA-CAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * * * * *
217554 TTGAAAATTAATAAG--A-GATTTAAAAACTAAATTTCTTTACTAAACCAGTTCAAATAGTTATG
64 ATAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATG
* * * ** * * *
217616 -CTATTTGAACAATTATCTATCTCCAATTGTTATGA-TTTTTGTTTTGTCCT
129 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * ** * * * * * *
217666 AAAACATTTAATTTTTATTCA-ACAAGCTTA-TTCAGAGTAAAATATTGCTAAATTAATAATATT
1 AAAACAATT-GTTTCAACTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * *
217729 CTAAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTAAG
64 ATAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATG
* ** *
217794 ACTATTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
129 ACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * * * * *
217846 AAAATAATTGCTTCAACTCATACACGCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTCA
1 AAAACAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-A
* * * * * * * *
217911 -AAAAATTATTAAGTAAGAAATTAGAAAAA-AAATCTATTGACCGAA-CAAGTTCAAATATTTTT
65 TAAAAATTAATAAGTAAGGATTTA-AAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAA-TTCAAATAGTTAT
* * *
217973 GACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGACCTTATAT-TTTA-TCAT
128 GACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTT-T-TGTTTAGTCAT
* * * * *
218026 AAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTAT
1 AAAACAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
* * * * * * *
218091 AAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTA-TCGAATCAGTTTAAATAATTATG
66 AAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATCAATTCAAATAGTTATG
* * * ** *
218155 GCCATTTA-AACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGAATTTTTGTTT-TTCCAT
129 ACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGT-CAT
*
218207 AAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
1 AAAACAATTG--TTTCAACTCATACAAGCTTATTTCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * *
218269 TAAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-TCGAATCAGTTCAAATAGTT
63 TATAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAATCAATTCAAATAGTT
* * * * *
218333 ATGACTATTTA-AACAATTATATATTTCCAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
126 ATGACTA-TTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* * * * * * *
218388 AAAACAATTATTT-ATCTTCATACAAACTTATTCCAAATAAAATAATACTTATATAGTAATATTA
1 AAAACAATTGTTTCAAC-TCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTA
* * * * * * * * *
218452 TGAAATTTAGTAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAG
65 TAAAAATTAATAAGTAA-GGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATG
* * * * *
218517 GCTA-TATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACATTTTGTTTTGTCAT
129 ACTATTA-GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
* **** * *
218569 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATT
1 AAAACAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTAT-TTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* *
218632 -TCAAAAATTAATAAG--A-GATTTAATAAATAAATCTATTTAC
64 AT-AAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC
218672 CATACTAGTT
Statistics
Matches: 799, Mismatches: 167, Indels: 78
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAT
AAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAATCAATTCAAATAGTTATGAC
TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTAGTCAT
Found at i:218478 original size:362 final size:352
Alignment explanation
Indices: 217526--218716 Score: 1073
Period size: 362 Copynumber: 3.3 Consensus size: 352
217516 AAATATTTAG
* * ** * * *
217526 AATAAAATAATACTATTTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATTTCTT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * *
217591 TACTAAACCAGTTCAAATAGTTATG-CTATTTGAACAATTATCTATCTCCAATTGTTATGA-TTT
66 TAC-GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCGTTATGACCTT
* * * * * * * *
217654 TTGTTTTGTCCTAAAACATTTAATTTTTATTCA-ACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGC-TAA
129 TTGTTTTGTCATAAAACAATT-ATTTATATTCATACAAACTTATTCA-AATAAAATAATACTTAT
* * * *
217717 ATTAATAATATTCTAAACATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAATCAATT
192 A-TAATAATATTATAAA-ATTAGTAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-GAATCAATT
* * ** * ** *
217782 CAAATAGTTAAGACTA-TTAGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTAGTCAT
254 CAAATAGTTAAGGCTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTT-TTCAT
* * * *
217846 AAAATAATTG--CTTCAACTCATACACGCTTATT-TGA
317 AAAACAATTGTTTTTC-A-TCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * *
217881 AATAAAATAAAACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTATTAAGTAAGAAATTAGAAAAA-AAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAG--AG-ATTTA-AAAAATAAATC
* * * ** **
217945 TATTGACCGAACAAGTTCAAATATTTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCACTATGA
62 TATTTA-CGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCGTTATGA
* * * * *
218010 CCTTATATTTTATCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATA-AAAGCTTATTTTAAATAAAATAATA
125 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATATTCATACAAA-CTTA-TTCAAATAAAATAATA
* * * * *
218073 -TTACTTTATTAATATTATAAAAATT-GATAAGTTAGAGATTTAAAACATAAATCAGTTTATCGA
187 CTTA-TATAATAATATTAT-AAAATTAG-TAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGA
* * * * * * *
218136 ATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTAAACAATTATCTATTTCAAAGCATTATGAATTTTTGTTT
247 ATCAATTCAAATAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTT
*
218201 TTCCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCAG-
312 TT-CATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGA
*
218242 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATC
* * *
218307 TATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATATATTTCCAATCGTTATAA
62 TATTTA-CGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCGTTATGA
*
218372 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATCTTCATACAAACTTATTCCAAATAAAATAATACT
125 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAACTTATT-CAAATAAAATAATACT
* * * * *
218437 TATATAGTAATATTATGAAATTTAGTAACTAATAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACCA
189 TATATAATAATATTAT-AAAATTAGTAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CGAATCA
* * *
218502 ATTCAAATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACATTTTGTTTTGT
251 ATTCAAATAGTTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAA-ATTTTGTTTT-T
* ** * * *
218566 CATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTC-GA
314 CATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGA
* * *
218604 AATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAATAAATAAATCTATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
* * * * * *
218669 TACCATACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACATTTATTTATTT
66 TACGA-AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
218717 GAAATCGTAC
Statistics
Matches: 671, Mismatches: 125, Indels: 77
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 35 0.05
357 6 0.01
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359 45 0.07
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362 278 0.41
363 14 0.02
364 1 0.00
365 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (352 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATT
TACGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAATCGTTATGACCTTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCATACAAACTTATTCAAATAAAATAATACTTATATAA
TAATATTATAAAATTAGTAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACGAATCAATTCAAATAG
TTAAGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAAATTTTGTTTTTCATAAAACAATT
GTTTTTCATCATACAAGCTTATTCAGA
Found at i:218984 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 218958--219005 Score: 78
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
218948 TACCTAATAA
* *
218958 TAATATTAATATTATTTATTAT
1 TAATATCAATATTAATTATTAT
218980 TAATATCAATATTAATTATTAT
1 TAATATCAATATTAATTATTAT
219002 TAAT
1 TAAT
219006 TAATTCTATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 24 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.02, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (22 bp):
TAATATCAATATTAATTATTAT
Found at i:219004 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 218962--219040 Score: 54
Period size: 10 Copynumber: 7.5 Consensus size: 10
218952 TAATAATAAT
218962 ATTAATATTA
1 ATTAATATTA
* *
218972 TTTATTATTA
1 ATTAATATTA
218982 ATATCAATATTA
1 AT-T-AATATTA
*
218994 ATTATTATTA
1 ATTAATATTA
219004 ATTAAT-TCTA
1 ATTAATAT-TA
219014 TATTAATAATTTA
1 -ATTAAT-A-TTA
*
219027 ATTAAAATT-
1 ATTAATATTA
219036 ATTAA
1 ATTAA
219041 CTGTTTAGTT
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 7, Indels: 15
0.71 0.09 0.19
Matches are distributed among these distances:
9 6 0.11
10 24 0.44
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12 13 0.24
13 2 0.04
14 1 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (10 bp):
ATTAATATTA
Found at i:219703 original size:180 final size:180
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Indices: 219055--219707 Score: 503
Period size: 182 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
219045 TTAGTTGTCT
* * * * ** * * *
219055 AAATAGTCATAACTATTTAAATTTG-TTTAATAAATGAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAT
1 AAATAGCCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACCTAT
* * * * *
219119 TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGATATA-AA
64 TAA-TTTTGGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATGATA-AGAA
* * *** * *
219181 ACAAATATTTTATGACTAAACATAAGATTGGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
126 ACAAATATTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
* *** * * ** * *
219237 TAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTT---T-GGCAAAATTTTTTTTTTAAATCTCTTA--T-TA
1 AAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATT
* * ** * *
219295 AATTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTAATTTTA-ACTGTATAAGCTTCTATGATAAGAAATA
65 AATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCCATATAAGCTTGTATGATAAGAAACA
* * * * * * * * * **
219358 ATTGTTTTGTGAGAAAACAAAATTCTTAATGATTTGAGACTGATAATTGTTC
129 AATATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
* * *
219410 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACCTATT
1 AAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACCTATT
* * *
219475 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTACTT-CAAATAAGCTTGTATGATCAA-AAAC
65 AATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTATGAT-AAGAAAC
219538 AAATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
128 AAATATTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
* * * * * * *
219592 AAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTTACCTATT-
1 AAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTA
* *
219655 ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCTCTAAGCTTGTAT
66 ATTTT-GGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTAT
219708 TAAATTAAAT
Statistics
Matches: 370, Mismatches: 80, Indels: 44
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 50 0.14
174 51 0.14
175 9 0.02
176 7 0.02
177 17 0.05
178 8 0.02
179 20 0.05
180 71 0.19
181 59 0.16
182 78 0.21
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (180 bp):
AAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTA
ATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATGATAAGAAACAAA
TATTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
Found at i:219729 original size:180 final size:178
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Indices: 219055--219733 Score: 461
Period size: 180 Copynumber: 3.8 Consensus size: 178
219045 TTAGTTGTCT
* * * * ** * * *
219055 AAATAGTCATAACTATTTAAATTTG-TTTAATAAATGAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTAT
1 AAATAGCCATAACTATTTGAA-CTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACCTAT
* * * * * *
219119 TAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTCCAAATAAGCATGTAAGATATAAAA
64 TAA-TTTTGGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGT-A-TTAAAAAA
* * * * * *** * *
219182 CAAATATTTTATGACTAAACATAAGATTGGAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
125 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
* *** * * ** * *
219237 TAATAGTTTTAACTATTTGAATTGGTT---T-GGCAAAATTTTTTTTTTAAATCTCTTA--T-TA
1 AAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATT
* * ** * *
219295 AATTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTAATTTTA-ACTGTATAAGCTTCTATGATAAGAAATA
65 AATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTCCATATAAGCTTGTAT--TAAAAAATA
* * * * * * * **
219358 ATTGTTTTGTGAGAAAACAAAATTCTTAATGATTTGAGACTGATAATTGTTC
127 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
* * *
219410 AAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAATAAACATATTTATTTTTTTAAATCTCTTACCTATT
1 AAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACCTATT
* * * * *
219475 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTACTT-CAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACA
65 AATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCATATAAGCTTGTAT--TAAAAAATA
* *
219539 AATATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
127 ATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
* * * * * * *
219592 AAATGGCCATAATTATTTTAATTGATTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATTTTTTACCTATT-
1 AAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTA
* *
219655 ATTTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCTCTAAGCTTGTATTAAATTAAATAA
66 ATTTT-GGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATTAAA--AAATAA
219720 TTGTTTTATGACAA
128 TTGTTTTATGACAA
219734 TAAAAATGTT
Statistics
Matches: 386, Mismatches: 88, Indels: 48
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 50 0.13
174 48 0.12
175 9 0.02
176 7 0.02
177 17 0.04
178 11 0.03
179 20 0.05
180 88 0.23
181 60 0.16
182 76 0.20
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
AAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTA
ATTTTGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATATAAGCTTGTATTAAAAAATAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGTCATAACGATTTGAAACAGATAATCATTC
Found at i:220328 original size:181 final size:180
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Indices: 220171--220543 Score: 414
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 180
220161 TAAGTTTTGC
* * * *
220171 AATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCTAAATAAA-ATAGCATGAACAGAACCAATTGTTTAA
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACATAGC-TGAACAAAAACAATTGTTTAA
** * * *
220235 TGACAAAATTAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA
220300 ATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCTA
130 ATGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTC-A
* * * * * * *
220352 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATCTTAACAAAAACAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACATAGCTGAACAAAAACAATTGTTTAAT
** * * * * *
220417 GACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC
66 GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA
* * * * * *
220482 TGATTCGATAAATAAAATTA-TTTTCTAAATCTCTTA-TAATT--TTTTGA
131 TGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTT-TAAATCTCTTACTAATTAATTTTCA
*
220529 AGTATTAATAAATTA
1 AATATTAATAAATTA
220544 GTTTTAATAG
Statistics
Matches: 160, Mismatches: 30, Indels: 8
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
177 15 0.09
178 4 0.03
180 9 0.06
181 129 0.81
182 3 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAACATAGCTGAACAAAAACAATTGTTTAAT
GACAAAACAAAAAGTAATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAAA
TGGTTTGGTAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCA
Found at i:221036 original size:32 final size:32
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Indices: 221000--221070 Score: 83
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
220990 ATTGTTATTC
*
221000 ATATATTATTAATTCATAAAA-TATTATATAT-A
1 ATATATTATAAATT-A-AAAATTATTATATATAA
*
221032 ATATAATTATAAATTAAAAATTATTATATTTAA
1 ATAT-ATTATAAATTAAAAATTATTATATATAA
221065 ATATAT
1 ATATAT
221071 AAATATAAGT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 6
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 4 0.12
32 16 0.47
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ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (32 bp):
ATATATTATAAATTAAAAATTATTATATATAA
Found at i:221043 original size:25 final size:26
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Indices: 220995--221044 Score: 68
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220985 CTGATATTGT
*
220995 TATTCATATATTATTAATTCATAAAA
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1 TATTCATATATAAT-TAATTCATAAA
221045 TTAAAAATTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
25 13 0.59
26 9 0.41
ACGTcount: A:0.50, C:0.04, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (26 bp):
TATTCATATATAATTAATTCATAAAA
Found at i:221074 original size:29 final size:31
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Indices: 221000--221069 Score: 79
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220990 ATTGTTATTC
*
221000 ATAT-ATTATTAATTCATAAAATATTATATATA
1 ATATAATTATAAATT-A-AAAATATTATATATA
*
221032 ATATAATTATAAATTAAAAATTATTATATTTAA
1 ATATAATTATAAATTAAAAA-TATTATATAT-A
221065 ATATA
1 ATATA
221070 TAAATATAAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 5
0.82 0.05 0.12
Matches are distributed among these distances:
31 4 0.12
32 14 0.42
33 15 0.45
ACGTcount: A:0.53, C:0.01, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (31 bp):
ATATAATTATAAATTAAAAATATTATATATA
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Indices: 221297--221338 Score: 75
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221287 AATAACATTA
221297 AATATTATTATTAAATAAT
1 AATATTATTATT-AATAAT
221316 AATATTATTATTAATAAT
1 AATATTATTATTAATAAT
221334 AATAT
1 AATAT
221339 AACTATAATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.48
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AATATTATTATTAATAAT
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Indices: 221285--221367 Score: 71
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221275 AGTGACTATT
* * *
221285 ATAATAACATTAAATATTATTATTAA
1 ATAATAATATT-AATATTAATAATAA
*
221311 ATAATAATATTATTATTAATAATAA
1 ATAATAATATTAATATTAATAATAA
221336 TATAACT-ATAATTAAT-TTAATAAATAA
1 -ATAA-TAAT-ATTAATATTAAT-AATAA
221363 ATAAT
1 ATAAT
221368 TATTTATTAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 9
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
25 12 0.25
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ATAATAATATTAATATTAATAATAA
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Indices: 221305--221344 Score: 53
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* *
221305 TATTAAATAATAATATTAT
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221324 TATTAATAATAATATAAC
1 TATTAATAATAATATAAC
221342 TAT
1 TAT
221345 AATTAATTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
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221293 ATTAAATATT
* *
221303 ATTATTAAAT-AATAATATT
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ATTATTTAATAAATAAATA
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ATTTATTAATATTATTT
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*
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* *
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TATAATTTATTAACTATTAATAATAA
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* *
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*
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TATAATAATTAATATATTAT
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*
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* *
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* **
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* *
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*
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ATAATTAATATATTATTATAATA
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*
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*
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* * *
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1 TT
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225779 TAAATATTTG
* *
225789 TATTATATTTTAATTA-ATTAT
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TATTATAATTAAATTAGATTAT
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ATTAATTAGAATT
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227225 TGTATATTTA
**
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*
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TATTTGTATCCCTAGAATTAAG
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227550 TCTCATACTA
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* *
227586 TGTG-AAAAATTAAGAGTAAAACT
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TGTGAAAAAACTAAGAATAAAACTG
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*
227864 TGTGTGAAAAACTAAGAGTAAAAC
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1 T
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TGTGTGAAAAACTAAGAATAAAAC
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Indices: 227381--227923 Score: 897
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227371 CCTAAGGTGC
227381 TTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAATTTTTAAATATAATA
1 TTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAATTTTTAAATATAATA
* * *
227446 TTAGTTATTTAAACTTTTAACAAGCCTCCATCACATGGAGGTGAAGAGGAAAGAAGCCTTCCATG
66 TTAGTTATTCAAACTTCTAACAAGCCCCCATCACATGGAGGTGAAGAGGAAAGAAGCCTTCCATG
* * *
227511 TGGCAAATTAAGAAAGGGCAACGGAAAGAAAGTCCTAGCTCTCATACTATGTGAAAAAACTAAGA
131 TGACAAATTAAGAAAGGGCAACGGAAAAAAAGTCCTAGCTCTCATACCATGTGAAAAAACTAAGA
* *
227576 AATAAAACTGTGTGAAAAATTAAGAGTAAAACTAAAGGTATATTGAAAAACTACTCATAAAGAAT
196 AATAAAACTGTGTGAAAAACTAAGAGTAAAACTAAAGGTATATTGAAAAACTACTCATAAAAAAT
227641 TATACAAGCAATTATGTGG
261 TATACAAGCAATTATGTGG
* * *
227660 TTGTATAATACACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATCATTTTTAGATATAATA
1 TTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAATTTTTAAATATAATA
* * * *
227725 TTAGTTATTCAAACTTCTAACAAGCCCCTCATCACGTGTAGGTGAATAGGAAAGAAGCCTTCTAT
66 TTAGTTATTCAAACTTCTAACAAGCCCC-CATCACATGGAGGTGAAGAGGAAAGAAGCCTTCCAT
* * * *
227790 GTGACAAATTAAGAAAGGGCAATGGAAAAAAAGTCTTGGCTCTCATACCATGTGGAAAAACTAAG
130 GTGACAAATTAAGAAAGGGCAACGGAAAAAAAGTCCTAGCTCTCATACCATGTGAAAAAACTAAG
*
227855 AAATAAAACTGTGTGAAAAACTAAGAGTAAAACTAAATGTATATTGAAAAACTACTCATAAAAAA
195 AAATAAAACTGTGTGAAAAACTAAGAGTAAAACTAAAGGTATATTGAAAAACTACTCATAAAAAA
227920 TTAT
260 TTAT
227924 CAATATTATC
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TTGTATAATAAACTTATTAAATTATTAATATTAAAATAAAAATTAAATAATTTTTAAATATAATA
TTAGTTATTCAAACTTCTAACAAGCCCCCATCACATGGAGGTGAAGAGGAAAGAAGCCTTCCATG
TGACAAATTAAGAAAGGGCAACGGAAAAAAAGTCCTAGCTCTCATACCATGTGAAAAAACTAAGA
AATAAAACTGTGTGAAAAACTAAGAGTAAAACTAAAGGTATATTGAAAAACTACTCATAAAAAAT
TATACAAGCAATTATGTGG
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229104 ATAAGATGGT
*
229114 TAATAATATTAATTA-ATGAAATATTATTATATA
1 TAATTATATTAATTATAT-AAATATTATTAT-TA
* *
229147 TAATTATATTAATTATATATATATTATTCTTA
1 TAATTATATTAATTATATAAATATTATTATTA
229179 TCAATTATA
1 T-AATTATA
229188 AAAAATTATT
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TAATTATATTAATTATATAAATATTATTATTA
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Indices: 229246--229314 Score: 59
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229236 AACAATAAGA
*
229246 ATATAAATTATTAATATT
1 ATATTAATTATTAATATT
* *
229264 ATTGTTTAATTGAATAA-ATT
1 A-T-ATTAATT-ATTAATATT
229284 ATATTAATTATTAATATT
1 ATATTAATTATTAATATT
**
229302 ATAAGAATTATTA
1 ATATTAATTATTA
229315 TAAAGATTAT
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ATATTAATTATTAATATT
Found at i:229456 original size:22 final size:25
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Indices: 229404--229467 Score: 75
Period size: 24 Copynumber: 2.7 Consensus size: 25
229394 TAATTGGTTT
229404 TTAAT-TAATTATTAA-TATTATAAA
1 TTAATATAA-TATTAATTATTATAAA
229428 TTAATATAATATTAATTA-TATAAA
1 TTAATATAATATTAATTATTATAAA
*
229452 -T-ATATAATAATAATTA
1 TTAATATAATATTAATTA
229468 AGTAAAAATC
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TTAATATAATATTAATTATTATAAA
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Indices: 229422--229467 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
229412 TTATTAATAT
*
229422 TATAAATTAATATAATATTAATTA
1 TATAAA-T-ATATAATAATAATTA
229446 TATAAATATATAATAATAATTA
1 TATAAATATATAATAATAATTA
229468 AGTAAAAATC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
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TATAAATATATAATAATAATTA
Found at i:229612 original size:11 final size:10
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Indices: 229596--229645 Score: 57
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229586 ATTATTAGTT
229596 TATTTAATTAA
1 TATTTAATT-A
229607 TATTTAATTA
1 TATTTAATTA
* *
229617 TAATTAAATA
1 TATTTAATTA
229627 TATTCTAATT-
1 TATT-TAATTA
229637 TATTTAATT
1 TATTTAATT
229646 TTTTAAATCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 4
0.81 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
9 5 0.15
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TATTTAATTA
Found at i:229948 original size:180 final size:181
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Indices: 229638--230716 Score: 815
Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 181
229628 ATTCTAATTT
* * *
229638 ATTTAATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACAA-TAGTATTATTTTA
1 ATTT-ATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATA-AATTAGTATTATTTTA
** * * * * *
229701 TTTTTAATAAACTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTT-ATAATAAT
63 TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGAT
* *
229764 TTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACAGTTCGGTAAATAG
127 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAATAG
* * * *
229819 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
229884 CGAATAGGCTTGTATG-ATAAAAAACAACTGGTTTT-TGACGAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
66 CGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
* * * * * *
229947 AAATAAATAATTATTTAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTAG
130 AAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAA-TAG
* * *
230001 -TTTATTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * * *
230063 TCAAATAAGCTTTTATGCACT--GAAACAATTGTTTTATGATAAAATAAAAAAGGTCATAATGAT
65 TCGAATAAGCTTGTATG-AATAAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-ACAAAAGTTCATAATGAT
* * * * * *
230126 TTTAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTTAACTTGTTCAGTAAATTG
127 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAATAG
** * * * * * * *
230182 ATTTTATGTTTTTTTATTTCTTGCTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAATTAGTATTATTATGT
1 A-TTTAT-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* ** * * * * * *
230247 TTCAAATTGGCATGTATGAGCT--AAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAAG-TCATAACGAG
64 TTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTTCATAATGAT
* * * * *** *
230309 TTGAAACAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTCAACAAATAC
127 TTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAATAG
* *
230365 ATTTA-TTTTTAAA--T-C--CTTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTATTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* ** * **
230424 TGAATAATTTTGTATGAATTCCAATTATTCTAAATCATTGGTATTATTTTACAACAAAACAAAA-
66 CGAATAAGCTTGTATGAA-T--AA--A----AAA-CA-----ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * *
230488 TGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGCG--A
116 T-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTCG-GTAA
230551 ATAG
178 ATAG
* * *
230555 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
* * * * * *
230619 TCGAATAAACTTTTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACCAAAGAAAAGATCATAATGATTTG
65 TCGAATAAGCTTGTATGAATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTG
*
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * *
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* ** *
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* * *
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1 ATTTATTTTTTAAATCTCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAATATTATTTTATTTC
* * * *
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* * * *
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** * * * * * ** * *
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188 TTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATAGGC
** * * *
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* *
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* *
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1 -ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TAATATTATTTTATTT
** **
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Statistics
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ATTTATTTTTTAAATCTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATAATATTATTTTATTTCA
AATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAAATAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAAT
ATATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT
CCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTATAATCCAAATAGGCATGTATGA
GAAAAAACAACTGATTTTTGACGAAACAAAAGTTCATAACGAGTTGAAACAAATAATTATTTAAA
TGGCTATAACTATTTGAACTGATTCAACAAACTA
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*
230870 TAATTATAATTAATTATTAATATTTATTA
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* ** *
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1 TAATTATAATTAATTATTAATATATATTA
* *
230928 -AATTTTAATTGGATTATTAA-ATATATTAA
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1 TAAT
230961 ATTAATATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTATAATTAATTATTAATATATATTA
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*
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*
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231002 A
1 A
231003 GCCATTAATA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 5, Indels: 8
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Consensus pattern (9 bp):
ATTATTAAT
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*
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** *
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* *
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Statistics
Matches: 42, Mismatches: 8, Indels: 5
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Indices: 230940--231042 Score: 74
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* *
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*
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*
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*
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231043 AAATGATTAT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 7, Indels: 15
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 231204--231258 Score: 57
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Statistics
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Done.