Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167860.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_13, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Warning! 82000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 33 of 109
Found at i:5207811 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 5207517--5208003 Score: 450
Period size: 176 Copynumber: 2.8 Consensus size: 173
5207507 TTGACTTATG
* **
5207517 ATTTTCATTTCTGACTCGTGGTTTTTTCTCAGTCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCCT
1 ATTTTCATTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCAGTCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCCT
* * * * ** *
5207582 AATCGTTTTTCTTTTTTTGACTGGTGGTTTGAT-CTTGGTTGCTTTCATTTTTTGACTTGTGGTT
66 -GTCGTTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTTCATT--TTTCTTTTTTTGACTTGTGGTT
* * * * *
5207646 TAATCTGGCTTATTTTCATTTTTCGACTCATGGCTT-A-ATCGGGATT
128 TAATCTCGATCATTTTCATTTTTCGACTAATGGCTTAATATC-GG-TC
* * *
5207692 ATTTTCAATTTTTGACTCATGGTTTAATCAT-AGTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTCTAATC
1 ATTTTC-ATTTTTGACTCGTGGTTTAATC-TCAGTCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATC
* * *
5207756 ATGGTCGTTTTTCATTTTTT-ACTCGTGGTTTAATCCCTATCATTTTTCTTTTTTTGA-TGGGTA
64 CT-GTCGTTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAAT-CCT-TCATTTTTCTTTTTTTGACT-TGTG
* * *
5207819 GTTTAATCCCGATCATTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATATCGGTC
125 GTTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTCGACTAATGGCTTAATATCGGTC
* * ** ** **
5207868 GTTTTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAATCTGGGTTGTTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATCC
1 ATTTTCATTTT-TGACTCGTGGTTTAATCTCAGTCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAAT-C
** *
5207933 CTGTCG-TTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCACGGTCA-TTTTCATTTTTTTGACTTGTGG
64 CTGTCGTTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC-C-TTCATTTTTC-TTTTTTTGACTTGTGG
*
5207996 TTCAATCT
126 TTTAATCT
5208004 ATGTCGTTCT
Statistics
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0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 43 0.17
176 195 0.77
177 9 0.04
178 6 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.16, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (173 bp):
ATTTTCATTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCAGTCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCCT
GTCGTTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTTCATTTTTCTTTTTTTGACTTGTGGTTTAA
TCTCGATCATTTTCATTTTTCGACTAATGGCTTAATATCGGTC
Found at i:5207914 original size:106 final size:106
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Indices: 5207700--5208026 Score: 305
Period size: 106 Copynumber: 3.1 Consensus size: 106
5207690 TTATTTTCAA
* * * * * *
5207700 TTTTTGACTCATGGTTTAAT-CATAGTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTCTAATCAT-GGTCG
1 TTTTTGACTAATAGTTTAATCCCT-GTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATCGGTCG
* * **
5207763 TTTTTCATTTTTTACTCGTGGTTTAATCCCTATCAT-TTTTC-TT
65 -TTTTCATTTTTGACTTGTGGTTTAAT--CTATGTTGTTTTCATT
** *
5207806 TTTTTGA-TGGGTAGTTTAATCCC-GATCATTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAAT-ATCGGTC
1 TTTTTGACT-AATAGTTTAATCCCTG-TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATCGGTC
**
5207868 GTTTTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAATCTGGGTTGTTTTCA-T
64 GTTTTCATTTT-TGACTTGTGGTTTAATCTATGTTGTTTTCATT
* * * *
5207911 TTTTTGACTAATGGTTTAATCCCTGTCGTTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCA-CGGTCAT
1 TTTTTGACTAATAGTTTAATCCCTGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATCGGTCGT
* *
5207975 TTTCATTTTTTTGACTTGTGGTTCAATCTATGTCGTTCTTCA-T
66 TTTCA--TTTTTGACTTGTGGTTTAATCTATGTTGTT-TTCATT
5208018 TTTTTGACT
1 TTTTTGACT
5208027 CATGTTTTAA
Statistics
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0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
104 3 0.02
105 76 0.42
106 85 0.46
107 19 0.10
ACGTcount: A:0.17, C:0.16, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (106 bp):
TTTTTGACTAATAGTTTAATCCCTGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATCGGTCGT
TTTCATTTTTGACTTGTGGTTTAATCTATGTTGTTTTCATT
Found at i:5207942 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5207552--5208109 Score: 318
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5207542 TTCTCAGTCA
* *
5207552 TTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCCTAATCG
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCT-GTCG
* ** * * *
5207587 TTTTTCTTTTTTTGACTGGTGGTTTGATCTTGGTTG
1 -TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCT-GTCG
* ** **
5207623 CTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAAT-CTGGCTTA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCT-G-TCG
* * ** **
5207658 TTTTCATTTTTCGACTCATGGCTTAATCGGGATTA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCTG-TCG
* * *
5207693 TTTTCAATTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCT-GTCG
* * * *
5207728 TTTTCATTTTTTGACCCGTGGTCTAATCATGGTCG
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCT-GTCG
* * *
5207763 TTTTTCATTTTTT-ACTCGTGGTTTAATCCCTATCAT
1 -TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CCTGTC-G
* ** * * *
5207799 TTTTCTTTTTTTGA-TGGGTAGTTTAATCCCGATCA
1 TTTTCATTTTTTGACT-CATGGTTTAATCCTG-TCG
* * *
5207834 TTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATATCGGTCG
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CCTGTCG
* ** *
5207869 TTTTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAAT-CTGGGTTG
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCT--GTCG
*
5207904 TTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATCCCTGTCG
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CCTGTCG
* * *
5207939 TTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCACGGTCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-CTGTCG
** * *
5207974 TTTTCATTTTTTTGACTTGTGGTTCAATCTATGTCG
1 TTTTCA-TTTTTTGACTCATGGTTTAATC-CTGTCG
* * *
5208010 TTCTTCATTTTTTGACTCATGTTTTAATCATGATTG
1 TT-TTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCTG-TCG
* * *
5208046 TTTTCATTTCTTGACTCGTGATTTGAA--CTCGATCG
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTT-AATCCT-G-TCG
** *
5208081 CATTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCC
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCC
5208110 CAATCATTTT
Statistics
Matches: 409, Mismatches: 90, Indels: 46
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.00
34 7 0.02
35 291 0.71
36 104 0.25
37 6 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.16, G:0.16, T:0.51
Consensus pattern (34 bp):
TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCTGTCG
Found at i:5208087 original size:107 final size:106
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Indices: 5207871--5208096 Score: 235
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5207861 ATCGGTCGTT
* * * *
5207871 TTCA-TTTTCTGACTTGTGGTTTAATCTGGGTTGTTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATCCCT
1 TTCATTTTTCTGACTTGTGGTTCAATCTAGGTCGTTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATCCAT
* * * **
5207935 GTCGTTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCACGGTCATT
66 GTCGTTTTCATTTCTTGACTCACGATTTAATCACGATCACA
* * * *
5207976 TTCATTTTTTTGACTTGTGGTTCAATCTATGTCGTTCTTCATTTTTTGACTCATGTTTTAAT-CA
1 TTCATTTTTCTGACTTGTGGTTCAATCTAGGTCGTT-TTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATCCA
* ** * *
5208040 TGATTGTTTTCATTTCTTGACTCGTGATTTGAA-CTCGATCGCA
65 TG-TCGTTTTCATTTCTTGACTCACGATTT-AATCACGATCACA
5208083 TTCA-TTTTCTGACT
1 TTCATTTTTCTGACT
5208097 CATGGTTTAA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 19, Indels: 7
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
105 4 0.04
106 38 0.39
107 54 0.55
108 2 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.15, T:0.51
Consensus pattern (106 bp):
TTCATTTTTCTGACTTGTGGTTCAATCTAGGTCGTTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATCCAT
GTCGTTTTCATTTCTTGACTCACGATTTAATCACGATCACA
Found at i:5208126 original size:142 final size:140
Alignment explanation
Indices: 5207819--5208126 Score: 325
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5207809 TTGATGGGTA
* * *
5207819 GTTTAATCCCGATCATTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATATCGGTCGTTTTCATTTTCTGAC
1 GTTTAATCCCGATCATTTTCTTTTTTTGACTAATGGTTCAATATAGGTCGTTTTCATTTTCTGAC
** * * * **
5207884 TTGTGGTTTAATCTGGGTTGTTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTAATCCCTGTCGTTTTCATTTT
66 TCATGGTTTAATCTGGATTGTTTTCATTTCTTGACTAATGATTTAATCCCTGTCGCATTCATTTT
*
5207949 TTGACTCACG
131 CTGACTCACG
* * ** * * *
5207959 GTTTAATCACGGTCATTTTCATTTTTTTGACTTGTGGTTCAATCTATGTCGTTCTTCATTTTTTG
1 GTTTAATCCCGATCATTTTC-TTTTTTTGACTAATGGTTCAATATAGGTCGTT-TTCATTTTCTG
* ** *
5208024 ACTCATGTTTTAATCAT-GATTGTTTTCATTTCTTGACTCGTGATTTGAA-CTC-GATCGCATTC
64 ACTCATGGTTTAATC-TGGATTGTTTTCATTTCTTGACTAATGATTT-AATCCCTG-TCGCATTC
*
5208086 ATTTTCTGACTCATG
126 ATTTTCTGACTCACG
*
5208101 GTTTAATCCCAATCATTTTTCTTTTT
1 GTTTAATCCCGATCA-TTTTCTTTTT
5208127 CATTTTTTGA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 26, Indels: 10
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
140 18 0.13
141 26 0.19
142 84 0.62
143 8 0.06
ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.15, T:0.51
Consensus pattern (140 bp):
GTTTAATCCCGATCATTTTCTTTTTTTGACTAATGGTTCAATATAGGTCGTTTTCATTTTCTGAC
TCATGGTTTAATCTGGATTGTTTTCATTTCTTGACTAATGATTTAATCCCTGTCGCATTCATTTT
CTGACTCACG
Found at i:5208201 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5208162--5208440 Score: 161
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5208152 AACTCGTAGC
*
5208162 TTAATTCCAGTCATTTTCATTTTTTCACTCATGGT
1 TTAA-TCCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGT
* *
5208197 TTAATCCTGTTCATTTTTC-TTTTTCTGAC-CGGTGGT
1 TTAATCCAG-TCA-TTTTCATTTTT-TGACTC-ATGGT
* * * *
5208233 TTAATCCCGGCCATTTCCATTTTTTAACTCATGGT
1 TTAAT-CCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGT
* * * * * *
5208268 TTAATCTTAGTCATTTCCATTTTCTGGCTCGTGCT
1 TTAATC-CAGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGT
*
5208303 TTAATCTAGGTCATTTTC-TTTTTTGACTCAAT-GT
1 TTAATCCA-GTCATTTTCATTTTTTGACTC-ATGGT
* ** * * *
5208337 TTAATCCCACTTGTTTTCGTTTTCTGACTCGTGGT
1 TTAAT-CCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGT
** * * * **
5208372 TTAATCCAGATTTTTTTTCATTTTTTAACCCGTACT
1 TTAATCCAG--TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGT
*
5208408 TTAATCCCAGTCATTTTCATTTCTTGACTCATG
1 TTAAT-CCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCATG
5208441 ATTCAAACTG
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 42, Indels: 32
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 32 0.17
35 99 0.53
36 48 0.26
37 7 0.04
ACGTcount: A:0.18, C:0.21, G:0.12, T:0.49
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TTAATCCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGT
Found at i:5208318 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 5208162--5208343 Score: 187
Period size: 71 Copynumber: 2.6 Consensus size: 71
5208152 AACTCGTAGC
* * *
5208162 TTAATTCCA-GTCATTTTCATTTTTTCACTCATGGTTTAATCCTGTTCATTTTTCTTTTTCTGAC
1 TTAA-TCCAGGTCATTTTCATTTTTTAACTCATGGTTTAATCCTGTTCATTTTCCATTTTCTGAC
*
5208226 CGGTGGT
65 CGGTGCT
* * * * *
5208233 TTAATCCCGGCCATTTCCATTTTTTAACTCATGGTTTAATCTTAG-TCA-TTTCCATTTTCTGGC
1 TTAATCCAGGTCATTTTCATTTTTTAACTCATGGTTTAATCCT-GTTCATTTTCCATTTTCTGAC
5208296 TC-GTGCT
65 -CGGTGCT
* *
5208303 TTAATCTAGGTCATTTTC-TTTTTTGACTCAAT-GTTTAATCC
1 TTAATCCAGGTCATTTTCATTTTTTAACTC-ATGGTTTAATCC
5208344 CACTTGTTTT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 15, Indels: 10
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
69 18 0.20
70 35 0.38
71 38 0.41
72 1 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.21, G:0.12, T:0.49
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TTAATCCAGGTCATTTTCATTTTTTAACTCATGGTTTAATCCTGTTCATTTTCCATTTTCTGACC
GGTGCT
Found at i:5208530 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5208495--5208530 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
5208485 GATCATTTTT
*
5208495 TTTTCATTTTTTGATCG
1 TTTTCATTTTCTGATCG
5208512 TTTTCATTTTCTGACTCG
1 TTTTCATTTTCTGA-TCG
5208530 T
1 T
5208531 GGTTTAATCC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.76
18 4 0.24
ACGTcount: A:0.11, C:0.17, G:0.11, T:0.61
Consensus pattern (17 bp):
TTTTCATTTTCTGATCG
Found at i:5208554 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5208507--5209207 Score: 278
Period size: 35 Copynumber: 19.9 Consensus size: 35
5208497 TTCATTTTTT
5208507 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * *
5208542 AATCGTTTTCATTTTCTGACTCAAT-GTTTAATCTC
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTC-GTGGTTTAATCCC
* *
5208577 GATCGTTTTCCTTTTTCT-AGCTAGTGGTTTAATCTCC
1 GATCGTTTT-CATTTTCTGA-CTCGTGGTTTAATC-CC
* *
5208614 G-TCATTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * * *
5208648 TATCGTTTTCATTTTTTGACTAGTGATTTAATCCT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * * *
5208683 GGTCATTTTTTATTTT-TGACTCGTGATTTAATCTC
1 GATC-GTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * *
5208718 -AGTCGTTGTCA-TTTCTTGACTCATGATTTAATCCC
1 GA-TCGTTTTCATTTTC-TGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * * * *
5208753 GATTGTTTTCA-TTTCTTAACTCGCGATTTAAACCT
1 GATCGTTTTCATTTTC-TGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * * * *
5208788 GATTGTATTCATTTTTTTAACTCGGGGTTTAATCCT
1 GATCGTTTTCA-TTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * * * *
5208824 GGTTGTTTTCATTTTTTAACTCATGGTTTAATCTC
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * * * *
5208859 GGTC-TTTT--TTTCTCTAACTCATAGTTTAATACA
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * *** *
5208892 GGTCATTTTCATTTTTTGACTCACAGTTTAATCTC
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * * **
5208927 GATCATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAATTTC
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * ** * * * **
5208962 GATCATTTTTTATTCCCTGGCAT-GTGATTTAGTTTC
1 GATC-GTTTTCATTTTCTGAC-TCGTGGTTTAATCCC
* * * * * * **
5208998 GGTGGTTTTGATTTTCTGACTCATGATTTATTCTAT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATC-CC
* * * **
5209034 G-TAGTTTTCATTTTTTGACAT-G-GGATTTCATATC
1 GATCGTTTTCATTTTCTGAC-TCGTGG-TTTAATCCC
* * * * **
5209068 GATCATTTTCCTTTCTCTGACTCATGATTTAATGAC
1 GATCGTTTTCATTT-TCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* * * * *
5209104 GGTTGTTTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATCTC
1 GATCG-TTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* ** * *
5209140 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATTCT
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
* *
5209175 GATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC
1 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATC
5209208 TCGGTTGTTT
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 128, Indels: 58
0.73 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
32 3 0.01
33 23 0.05
34 16 0.03
35 331 0.65
36 121 0.24
37 15 0.03
ACGTcount: A:0.19, C:0.17, G:0.14, T:0.50
Consensus pattern (35 bp):
GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCC
Found at i:5208622 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 5208506--5208681 Score: 202
Period size: 71 Copynumber: 2.5 Consensus size: 71
5208496 TTTCATTTTT
* * *
5208506 TGATCGTTTT-CATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCCAATCGTTTTCATTTTCTGACTCAAT-GT
1 TGATCGTTTTCCTTTTTCTGACTAGTGGTTTAATCCCAATCATTTTCATTTTCTGACTC-ATGGT
5208569 TTAAT-C
65 TTAATCC
* *
5208575 TCGATCGTTTTCCTTTTTCT-AGCTAGTGGTTTAATCTCC-GTCATTTTCATTTTCTGACTCGTG
1 T-GATCGTTTTCCTTTTTCTGA-CTAGTGGTTTAATC-CCAATCATTTTCATTTTCTGACTCATG
5208638 GTTTAATCC
63 GTTTAATCC
* * *
5208647 TTATCGTTTTCATTTTT-TGACTAGTGATTTAATCC
1 TGATCGTTTTCCTTTTTCTGACTAGTGGTTTAATCC
5208682 TGGTCATTTT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 8, Indels: 14
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
69 2 0.02
70 25 0.27
71 61 0.66
72 4 0.04
ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.14, T:0.49
Consensus pattern (71 bp):
TGATCGTTTTCCTTTTTCTGACTAGTGGTTTAATCCCAATCATTTTCATTTTCTGACTCATGGTT
TAATCC
Found at i:5209205 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5208507--5209265 Score: 359
Period size: 70 Copynumber: 10.8 Consensus size: 70
5208497 TTCATTTTTT
* * * ** * * *
5208507 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCCAATCGTTTTCATTTTCTGACTCAAT-GTTT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATTCTGATCATTTTCATTTTTTGACTC-GTGGTTT
5208571 AATCTC
65 AATCTC
* * *
5208577 GATCGTTTTCCTTTTTCT-AGCT-AGTGGTTTAATCTCCG-TCATTTTCATTTTCTGACTCGTGG
1 GATCGTTTTCATTTTT-TGA-CTCA-TGGTTTAAT-TCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGG
5208639 TTTAATC-C
62 TTTAATCTC
* * * * * *
5208647 TTATCGTTTTCATTTTTTGACT-AGTGATTTAATCCTGGTCATTTT-TTATTTTTGACTCGTGAT
1 -GATCGTTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATTCTGATCATTTTCAT-TTTTTGACTCGTGGT
5208710 TTAATCTC
63 TTAATCTC
* * * * * ** * * * *
5208718 -AGTCGTTGTCATTTCTTGACTCATGATTTAATCCCGATTGTTTTCATTTCTTAACTCGCGATTT
1 GA-TCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATTCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTT
*
5208782 AAAC-C
65 AATCTC
* * * ** * * ** * *
5208787 TGATTGTATTCATTTTTTTAACTCGGGGTTTAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTCATGGTT
1 -GATCGTTTTCA-TTTTTTGACTCATGGTTTAATTCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTT
5208852 TAATCTC
64 TAATCTC
* * * * * * * ***
5208859 GGTC-TTTT--TTTCTCTAACTCATAGTTTAATACAGGTCATTTTCATTTTTTGACTCACAGTTT
1 GATCGTTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAATTCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTT
5208921 AATCTC
65 AATCTC
* * * * * *** * *
5208927 GATCATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAATT-TCGATCATTTTTTATTCCCTGGCAT-GTGAT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATTCT-GATCA-TTTTCATTTTTTGAC-TCGTGGT
* *
5208990 TTAGTTTC
63 TTAATCTC
* * * * * *
5208998 GGTGGTTTTGATTTTCTGACTCATGATTT-ATTCT-ATGTAGTTTTCATTTTTTGACAT-G-GGA
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATTCTGAT-CA-TTTTCATTTTTTGAC-TCGTGG-
* *
5209059 TTTCATATC
62 TTTAATCTC
* * * * * * * ** * * *
5209068 GATCATTTTCCTTTCTCTGACTCATGATTTAATGACGGTTGTTTTTCATTTTCTGACTTGTGATT
1 GATCGTTTTCATTT-TTTGACTCATGGTTTAAT-TCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTT
5209133 TAATCTC
64 TAATCTC
*
5209140 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATTCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTA
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATTCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTA
5209205 ATCTC
66 ATCTC
* * ** * * * * *
5209210 GGTTGTTTTTGTTTTCTAACTCATGATTTAATT-TCGGTCTTTTTCATTTTTTGACT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATTCT-GATCATTTTCATTTTTTGACT
5209266 TACGATTTAA
Statistics
Matches: 526, Mismatches: 129, Indels: 68
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
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73 2 0.00
74 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.14, T:0.51
Consensus pattern (70 bp):
GATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATTCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTA
ATCTC
Found at i:5209261 original size:105 final size:107
Alignment explanation
Indices: 5208507--5209383 Score: 341
Period size: 106 Copynumber: 8.3 Consensus size: 107
5208497 TTCATTTTTT
* ** * * ** *
5208507 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCCAATCGTTTTCATTT-TCTGACTCAATG-TT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATTCTGATCATTTTCATTTCTCTGACTC-ATGATT
* * * * * * *
5208570 TAATCTCGATCGTTTTCCTTTTTCTAGCT-AGTGGTTTAATCTCC
65 TAATCACGGTTGTTTTTCATTTTCTAACTCA-TGATTTAATCT-C
* * ** * * * * *
5208614 G-TCATTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCTTATCGTTTTCATTT-TTTGACT-AGTGATT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATTCTGATCATTTTCATTTCTCTGACTCA-TGATT
** * * *
5208676 TAATC-CTGGTCATTTTTTATTTT-TGACTCGTGATTTAATCTC
65 TAATCAC-GGTTGTTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCTC
* * * * * ** * **
5208718 -AGTCGTTGTCATTTCTTGACTCATGATTTAATCCCGATTGTTTTCATTTCT-TAACTCGCGATT
1 GA-TCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATTCTGATCATTTTCATTTCTCTGACTCATGATT
* * * * ** *
5208781 TAAAC-CTGATTG-TATTCATTTTTTTAACTCGGGGTTTAATC-C
65 TAATCAC-GGTTGTTTTTCA-TTTTCTAACTCATGATTTAATCTC
* * * * * * *
5208823 TGGTTGTTTTCATTTTTTAACTCATGGTTTAA-TCTCGGTC-TTTT--TTTCTCTAACTCAT-AG
1 -GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATTCT-GATCATTTTCATTTCTCTGACTCATGA-
** * * *
5208883 TTTAAT-ACAGG-TCATTTTCATTTTTTGACTCA-CAGTTTAATCTC
63 TTTAATCAC-GGTTGTTTTTCATTTTCTAACTCATGA-TTTAATCTC
* * ** * * * *
5208927 GATCATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAATT-TCGATCATTTT-TTATTCCCTGGCAT-GTGA
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATTCT-GATCATTTTCAT-TTCTCTGAC-TCATGA
* ** * * * * *
5208989 TTTAGTTTCGG-TGGTTTTGATTTTCTGACTCATGATTTATTCTAT
63 TTTAATCACGGTTGTTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCT-C
* ** * *
5209034 G-TAGTTTTCATTTTTTGACAT-GGGATTTCATATC-GATCATTTTCCTTTCTCTGACTCATGAT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGAC-TCACGATTTAAT-TCTGATCATTTTCATTTCTCTGACTCATGAT
* * **
5209096 TTAATGACGGTTGTTTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATCTC
64 TTAATCACGGTTGTTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCTC
* * * *
5209140 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATTCTGATCATTTTCATTT-TTTGACTCGTGGTTT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATTCTGATCATTTTCATTTCTCTGACTCATGATTT
* * *
5209204 AATCTCGGTTGTTTTT-GTTTTCTAACTCATGATTTAATTTC
66 AATCACGGTTGTTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCTC
* * * ** * *
5209245 GGTCTTTTTCATTTTTTGACTTACGATTTAATTCCCATCGCTTTT-A-TTCCCTGACTCATGATT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATTCTGATC-ATTTTCATTTCTCTGACTCATGATT
* * * *
5209308 TAATC-C--TAGTCATTTTCATTTTACTTATTCATGATTTAATCCTT
65 TAATCACGGTTGT--TTTTCATTTT-CTAACTCATGATTTAAT-CTC
** * *
5209352 G-TTATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT
1 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATT
5209384 TTGGTTGTTT
Statistics
Matches: 596, Mismatches: 130, Indels: 89
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
102 3 0.01
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Consensus pattern (107 bp):
GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGATTTAATTCTGATCATTTTCATTTCTCTGACTCATGATTT
AATCACGGTTGTTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATCTC
Found at i:5209275 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5208507--5209398 Score: 317
Period size: 70 Copynumber: 12.7 Consensus size: 70
5208497 TTCATTTTTT
* * * ** ** * * **
5208507 GATCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCCAATCGTTTTCATTTTCTGACTCAATG-TTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATTTCGGTCTTTTTCATTTTTTGACT-TGTGATTT
5208571 AATCTC
65 AATCTC
* * * * * * * * *
5208577 GATCGTTTTCCTTTTTCTAGCT-AGTGGTTTAATCTCCGTCATTTTCATTTTCTGACTCGTGGTT
1 GATCGTTTT-CATTTTCTAACTCA-TGATTTAATTTCGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTGTGATT
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64 TAATCTC
* * * * * *
5208647 TTATCGTTTTCATTTTTTGACT-AGTGATTTAA-TCCTGGTCATTTTTTA-TTTTTGACTCGTGA
1 -GATCGTTTTCATTTTCTAACTCA-TGATTTAATTTC-GGTC-TTTTTCATTTTTTGACTTGTGA
5208709 TTTAATCTC
62 TTTAATCTC
* * ** * * * * *
5208718 -AGTCGTTGTCA-TTTCTTGACTCATGATTTAATCCCGAT-TGTTTTCATTTCTTAACTCGCGAT
1 GA-TCGTTTTCATTTTC-TAACTCATGATTTAATTTCGGTCT-TTTTCATTTTTTGACTTGTGAT
*
5208780 TTAAAC-C
63 TTAATCTC
* * * ** * * * ** *
5208787 TGATTGTATTCATTTTTTTAACTCGGGGTTTAA-TCCTGGT-TGTTTTCATTTTTTAACTCATGG
1 -GATCGTTTTCA-TTTTCTAACTCATGATTTAATTTC-GGTCT-TTTTCATTTTTTGACTTGTGA
5208850 TTTAATCTC
62 TTTAATCTC
* * * ***
5208859 GGTC-TTTT--TTTCTCTAACTCAT-AGTTTAA-TACAGGTCATTTTCATTTTTTGAC-TCACAG
1 GATCGTTTTCATTT-TCTAACTCATGA-TTTAATTTC-GGTCTTTTTCATTTTTTGACTTGTGA-
5208918 TTTAATCTC
62 TTTAATCTC
* * * * * *** * *
5208927 GATCATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAATTTCGATCATTTTTTATTCCCTGGCATGTGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATTTCGGTC-TTTTTCATTTTTTGACTTGTGATTT
* *
5208992 AGTTTC
65 AATCTC
* * * * ** ** * *
5208998 GGTGGTTTTGATTTTCTGACTCATGATTT-ATTCTATGTAGTTTTCATTTTTTGACATGGGATTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATT-TCGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTGTGATTT
* *
5209062 CATATC
65 AATCTC
* * * ** * *
5209068 GATCATTTTCCTTTCTCTGACTCATGATTTAATGACGGTTGTTTTTCATTTTCTGACTTGTGATT
1 GATCGTTTTCATTT-TCTAACTCATGATTTAATTTCGG-TCTTTTTCATTTTTTGACTTGTGATT
5209133 TAATCTC
64 TAATCTC
* * * * * * * *
5209140 GATCGTTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAA-TTCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTT
1 GATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATTTC-GGTCTTTTTCATTTTTTGACTTGTGATTT
5209204 AATCTC
65 AATCTC
* * ** **
5209210 GGTTGTTTTTGTTTTCTAACTCATGATTTAATTTCGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTACGATTTA
1 GATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATTTCGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTGTGATTTA
5209275 AT-TCC
66 ATCT-C
* ** * * * * *
5209280 CATCGCTTTT-ATTCCCTGACTCATGATTTAA-TCCTAGTCATTTTCATTTTACTT-A-TTCATG
1 GATCG-TTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATTTC-GGTCTTTTTCATTTT--TTGACTT-GTG
*
5209341 ATTTAATCCTT
61 ATTTAAT-CTC
** * *
5209352 G-TTATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGT-TGTTTTCATT
1 GATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATTTCGGTCT-TTTTCATT
5209399 ATCTAAGACA
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 164, Indels: 93
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
67 3 0.00
68 44 0.07
69 18 0.03
70 268 0.44
71 228 0.37
72 49 0.08
73 1 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.17, G:0.13, T:0.51
Consensus pattern (70 bp):
GATCGTTTTCATTTTCTAACTCATGATTTAATTTCGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTGTGATTTA
ATCTC
Found at i:5209381 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5209295--5209449 Score: 175
Period size: 70 Copynumber: 2.2 Consensus size: 70
5209285 CTTTTATTCC
* * ** * * *
5209295 CTGACTCATGATTTAATCCTAGTCATTTTCATTTTACTTATTCATGATTTAATCCTTGTTATTTT
1 CTGACTCATGATTTAATCCTAGTCATTTTCATTAT-CTAAGACACGATCTAATCCTTCTTATTTT
5209360 CATTTT
65 CATTTT
** * ** *
5209366 CTGACTCATGATTTAATTTTGGTTGTTTTCATTATCTAAGACACGGTCTAATCCTTCTTATTTTC
1 CTGACTCATGATTTAATCCTAGTCATTTTCATTATCTAAGACACGATCTAATCCTTCTTATTTTC
5209431 ATTTT
66 ATTTT
*
5209436 CTGACTTATGATTT
1 CTGACTCATGATTT
5209450 TCATTTTCTG
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 14, Indels: 1
0.82 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
70 41 0.59
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ACGTcount: A:0.22, C:0.17, G:0.10, T:0.52
Consensus pattern (70 bp):
CTGACTCATGATTTAATCCTAGTCATTTTCATTATCTAAGACACGATCTAATCCTTCTTATTTTC
ATTTT
Found at i:5209395 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5208509--5209398 Score: 277
Period size: 35 Copynumber: 25.3 Consensus size: 35
5208499 CATTTTTTGA
* * ** **
5208509 TCGTTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCCAA
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
* *
5208544 TCGTTTTCATTTTCTGACTCAATG-TTTAATCTCGA
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTC-ATGATTTAATTTCGG
* * * *
5208579 TCGTTTTCCTTTTTCT-AGCT-AGTGGTTTAATCTCCG
1 TCGTTTT-CATTTTCTGA-CTCA-TGATTTAATTTCGG
* * * *
5208615 TCATTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCTT--A
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAAT--TTCGG
* *
5208650 TCGTTTTCATTTTTTGACT-AGTGATTTAA-TCCTGG
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCA-TGATTTAATTTC-GG
* * * * *
5208685 TCATTTTTTATTTT-TGACTCGTGATTTAATCTCAG
1 TC-GTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
* ** *
5208720 TCGTTGTCA-TTTCTTGACTCATGATTTAATCCCGA
1 TCGTTTTCATTTTC-TGACTCATGATTTAATTTCGG
* * ** ** *
5208755 TTGTTTTCA-TTTCTTAACTCGCGATTTAA-ACCTGA
1 TCGTTTTCATTTTC-TGACTCATGATTTAATTTC-GG
* * * * ** * *
5208790 TTGTATTCATTTTTTTAACTCGGGGTTTAA-TCCTGG
1 TCGTTTTCA-TTTTCTGACTCATGATTTAATTTC-GG
* * * * *
5208826 TTGTTTTCATTTTTTAACTCATGGTTTAATCTCGG
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
* *
5208861 TC-TTTT--TTTCTCTAACTCAT-AGTTTAA-TACAGG
1 TCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGA-TTTAATTTC-GG
* * * * *
5208894 TCATTTTCATTTTTTGACTCA-CAGTTTAATCTCGA
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGA-TTTAATTTCGG
* * * * *
5208929 TCATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAATTTCGA
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
* * ** * * *
5208964 TCATTTTTTATTCCCTGGCAT-GTGATTTAGTTTCGG
1 TC-GTTTTCATTTTCTGAC-TCATGATTTAATTTCGG
* * **
5209000 TGGTTTTGATTTTCTGACTCATGATTT-ATTCTATG
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATT-TCGG
* * * * *
5209035 TAGTTTTCATTTTTTGA--CATGGGATTTCATATCGA
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCAT--GATTTAATTTCGG
* * **
5209070 TCATTTTCCTTTCTCTGACTCATGATTTAATGACGG
1 TCGTTTTCATTT-TCTGACTCATGATTTAATTTCGG
* ** * *
5209106 TTGTTTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATCTCGA
1 TCG-TTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
* * * *
5209142 TCGTTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAA-TTCTGA
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTC-GG
* * * * *
5209177 TCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGG
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
* ** *
5209212 TTGTTTTTGTTTTCTAACTCATGATTTAATTTCGG
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
* * * * * **
5209247 TCTTTTTCATTTTTTGACTTACGATTTAATTCCCA
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
** * *
5209282 TCGCTTTT-ATTCCCTGACTCATGATTTAA-TCCTAG
1 TCG-TTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTC-GG
* * *
5209317 TCATTTTCATTTTACTTATTCATGATTTAATCCTT--G
1 TCGTTTTCATTTT-CTGACTCATGATTTAAT--TTCGG
** *
5209353 TTATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGG
1 TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
*
5209388 TTGTTTTCATT
1 TCGTTTTCATT
5209399 ATCTAAGACA
Statistics
Matches: 649, Mismatches: 153, Indels: 106
0.71 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 5 0.01
33 26 0.04
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39 1 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.17, G:0.13, T:0.51
Consensus pattern (35 bp):
TCGTTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGG
Found at i:5209518 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5209479--5210199 Score: 292
Period size: 35 Copynumber: 20.9 Consensus size: 34
5209469 TTTTTCTAAG
* *
5209479 TCATTTTCATTTTCTGACTCATAGTTTAATCTCGA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-CGA
* * *
5209514 TCATTTTCTTTTTTTTACCCATGGTTTAATCCTGA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCC-GA
* * *
5209549 TCGTTTTTCTTTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCCTGG
1 TC-ATTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCC-GA
** * *
5209585 TTGTTTTCATTTTTCGACTCATGGTTTAATCGGGA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-CGA
* ** **
5209620 TTATTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCATA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCGA
* * * * *
5209654 GTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTCTAATCATGG
1 -TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-CGA
* * *
5209690 TCGTTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTTA
1 TC-ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCC-GA
* *** *
5209726 TCATTTTTCTTTTTTTTTTTGATGGGTAGTTTAATCCTGA
1 TCA-TTTTCATTTTTTGACTCAT--G--GTTTAATCC-GA
* * * ** *
5209766 -CGTATTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAATCCTGG
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCC-GA
* *
5209800 TCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGCGG
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-CGA
* *
5209835 TCATTTTCATTTTTTTGACTCGT-TTTTAATCACGA
1 TCATTTTCA-TTTTTTGACTCATGGTTTAATC-CGA
*
5209870 TCA-TTT--TTTTTT-ACTCATGATTTGAA-CTCGA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTT-AATC-CGA
* * *
5209901 TCATATTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCAA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CCGA
* *
5209936 TCATTTT--TCTTTT---TCAT--TTT--T-TGA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCGA
* * * * * *
5209960 TCGTTTTCATTTTCTAACTCGTAGCTTAATTCCAGA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAA-TCC-GA
* *
5209996 -CATTTTCATTTTCTGACTCATGG-TT-ATCCTGT
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCC-GA
5210028 TCATTTTTC-TTTTTCTGA-TCGATGGTTTAATCCTCGA
1 TCA-TTTTCATTTTT-TGACTC-ATGGTTTAAT-C-CGA
* **
5210065 TCATTTCCA-TTTTTGACTCATGGTTTAATCTTA
1 TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCGA
* * * * * * * *
5210098 GTCGTTTCCATTTTCT-AGGTCGTGCTTTAATCTAGG
1 -TCATTTTCATTTTTTGA-CTCATGGTTTAATC-CGA
5210134 TCATTTTC-TTTTTCTGACTCAAT-GTTTAATGCC-A
1 TCATTTTCATTTTT-TGACTC-ATGGTTTAAT-CCGA
** *
5210168 CTTGTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC
1 -TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC
5210200 GAGGTTGTTT
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 109, Indels: 117
0.70 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
24 7 0.01
26 5 0.01
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40 11 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (34 bp):
TCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCGA
Found at i:5209596 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 5209482--5209855 Score: 376
Period size: 106 Copynumber: 3.5 Consensus size: 105
5209472 TTCTAAGTCA
* * * * *
5209482 TTTTCATTTTCTGACTCATAGTTTAATCTCGATCATTTTCTTTTTTTTACCCATGGTTTAATCCT
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* *
5209547 GATCGTTTTTCTTTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTGGTTG
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* * * * ** *
5209588 TTTTCATTTTTCGACTCATGGTTTAATCGGGATTATTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCAT
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGCGATCATTTTCATTTTTTTACTCATGGTTTAATCCT
* ** * *
5209653 -AGTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTCTAATCATGGTCG
66 GA-TCGTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTGGTCG
* * * ** *
5209693 TTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC-CTTATCATTTTTCTTTTTTTTTTTGATGGGTAGTT
1 -TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGC-GATCA-TTTTCATTTTTTTACTCAT--G--GTT
* * *
5209757 TAATCCTGA-CGTATTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAATCCTGGTCG
59 TAATCCTGATCGTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTGGTCG
*
5209803 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGCGGTCATTTTCATTTTTTTGACTC
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGCGATCATTTTCATTTTTTT-ACTC
5209856 GTTTTTAATC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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111 9 0.04
112 1 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.16, G:0.15, T:0.53
Consensus pattern (105 bp):
TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGCGATCATTTTCATTTTTTTACTCATGGTTTAATCCT
GATCGTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTGGTCG
Found at i:5209910 original size:66 final size:66
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Period size: 66 Copynumber: 2.1 Consensus size: 66
5209799 GTCGTTTTCA
* * * * * * * *
5209809 TTTTTTGACTCATGGTTTAATCGCGGTCATTTTCATTTTTTTGACTCGT-TTTTAATCACGATCA
1 TTTTTTTACTCATGATTTAATCGCGATCATATTCA-TTTTCTGACTCATGGTTTAATCACAATCA
5209873 TT
65 TT
* *
5209875 TTTTTTTACTCATGATTTGAA-CTCGATCATATTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCAATCA
1 TTTTTTTACTCATGATTT-AATCGCGATCATATTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCACAATCA
5209939 TT
65 TT
5209941 TTTCTTTT
1 TTT-TTTT
5209949 TCATTTTTTG
Statistics
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Consensus pattern (66 bp):
TTTTTTTACTCATGATTTAATCGCGATCATATTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCACAATCAT
T
Found at i:5210042 original size:34 final size:35
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Indices: 5209996--5210094 Score: 107
Period size: 34 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
5209986 TAATTCCAGA
*
5209996 CATTTTCATTTTCTGACTCATGGTT-ATCCT-GTT
1 CATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTAATCCTCGAT
*
5210029 CATTTTTCTTTTTCTGA-TCGATGGTTTAATCCTCGAT
1 CA-TTTTCATTTTCTGACTC-ATGG-TTAATCCTCGAT
*
5210066 CATTTCCATTTT-TGACTCATGGTTTAATC
1 CATTTTCATTTTCTGACTCATGG-TTAATC
5210095 TTAGTCGTTT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.17, C:0.20, G:0.12, T:0.51
Consensus pattern (35 bp):
CATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTAATCCTCGAT
Found at i:5210334 original size:369 final size:370
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Indices: 5209802--5210473 Score: 828
Period size: 369 Copynumber: 1.8 Consensus size: 370
5209792 AATCCTGGTC
* * **
5209802 GTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGCGGTCATTTTCATTTTTTTGACTCGTTTTTAATCA
1 GTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGAGGTCATTTTCATTTTTTTAACTCGACTTTAATCA
* ** * *
5209867 CGATCATTTTTTTTTACTCATGATTTGAACTCGATCATATTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATC
66 CGATCATTTTTTTTGACTCATGATTCAAACTCGATCACATTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATC
* * *
5209932 CCAATCATTTTTCTTTTTCATTTTTTGATCGTTTTCATTTTCTAACTCGTAGCTTAATTCCAGA-
131 CCAATCA-TTTTCTTTTTCATTTTTCGATCGTTTTCATTTTCTAACTCATAGCTTAATCCCA-AT
* * *
5209996 CATTTTCATTTTCTGACTC-ATGGTT-ATCCTGTTCATTTTTCTTTTTCTGATCGA-TGGTTTAA
194 CATTTTCATTTTCTGACTCAATGGTTAATCCTGGTCATTTTCCTTTTTCT-AGCGAGTGGTTTAA
5210058 TCCTCGATCATTTCCATTTT-TGACTCATGGTTTAAT-CTTAGTCGTTTCCATTTTCTAGGTCGT
258 T-CTCGATCATTTCCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTTA-TCGTTTCCATTTTCTAGGTCGT
5210121 GCTTTAATCTAGGTCATTTTCTTTTTCTGACTCAATGTTTAATGCCACTT
321 GCTTTAATCTAGGTCATTTTCTTTTTCTGACTCAATGTTTAATGCCACTT
* **
5210171 GTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCGAGGTTGTTTTTCA-TTTTTTAACTCGAACTTTAAT
1 GTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGAGG-TCATTTTCATTTTTTTAACTCG-ACTTTAAT
* * * *
5210235 C-CCAGTCACTTTCATTTCTTGACTCATGATTCAAACT-GGTCGCATTCATTTTCTAACTCGTGG
64 CACGA-TCA-TTT--TTT-TTGACTCATGATTCAAACTCGATCACATTCATTTTCTAACTCATGG
* * * * * *
5210298 TTTAGTCCCGATCA-TTT-TTTTTCA-TTTTCGATCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC
124 TTTAATCCCAATCATTTTCTTTTTCATTTTTCGATCGTTTTCATTTTCTAACTCATAGCTTAATC
* * * * *
5210360 CCAATCATTTTCATTTTTTGACTCAATGTTTAATCTTGGTCGTTTTCCTTTTTCTAGCTAGTGGT
189 CCAATCATTTTCATTTTCTGACTCAATGGTTAATCCTGGTCATTTTCCTTTTTCTAGCGAGTGGT
* * *
5210425 TTAATCTCGGTCATTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCTTATCGT
254 TTAATCTCGATCATTTCCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTTATCGT
5210474 AGTGAATTAA
Statistics
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ACGTcount: A:0.18, C:0.19, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (370 bp):
GTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCGAGGTCATTTTCATTTTTTTAACTCGACTTTAATCA
CGATCATTTTTTTTGACTCATGATTCAAACTCGATCACATTCATTTTCTAACTCATGGTTTAATC
CCAATCATTTTCTTTTTCATTTTTCGATCGTTTTCATTTTCTAACTCATAGCTTAATCCCAATCA
TTTTCATTTTCTGACTCAATGGTTAATCCTGGTCATTTTCCTTTTTCTAGCGAGTGGTTTAATCT
CGATCATTTCCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTTATCGTTTCCATTTTCTAGGTCGTGCTTT
AATCTAGGTCATTTTCTTTTTCTGACTCAATGTTTAATGCCACTT
Found at i:5210378 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5210332--5210466 Score: 132
Period size: 35 Copynumber: 3.8 Consensus size: 35
5210322 TTTTCGATCG
**
5210332 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAATCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCGGTCA
** *
5210367 TTTTCATTTTTTGACTCAAT-GTTTAATCTTGGTCG
1 TTTTCATTTTTTGACTC-ATGGTTTAATCCCGGTCA
* *
5210402 TTTTCCTTTTTCT-AGCT-AGTGGTTTAATCTCGGTCA
1 TTTTCATTTTT-TGA-CTCA-TGGTTTAATCCCGGTCA
* *
5210438 TTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCC
1 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCC
5210467 TTATCGTAGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (35 bp):
TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCGGTCA
Found at i:5210665 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5210549--5210696 Score: 165
Period size: 71 Copynumber: 2.1 Consensus size: 70
5210539 TAACTCATGA
* * * *
5210549 TTTAATCCCGATTGTTTTCATTTCTTAACTCGTGATTTAAACTCGATTGTATTCATTTTTTTGAC
1 TTTAATCCCGATTGTTTTCATTTCTTAACTCATGATTTAAACTCGATCGTATTCA-TTTTCTAAC
*
5210614 TCGTGG
65 TCGCGG
* * * * *
5210620 TTTAATCCTG-TTCGTTTTCATTTTTTAAAC-CATGGTTTAATCTCGATCGTTTTCATTTTCTAA
1 TTTAATCCCGATT-GTTTTCATTTCTT-AACTCATGATTTAAACTCGATCGTATTCATTTTCTAA
5210683 CTCGCGG
64 CTCGCGG
5210690 TTTAATC
1 TTTAATC
5210697 TCGGTCTTTT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 10, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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TTTAATCCCGATTGTTTTCATTTCTTAACTCATGATTTAAACTCGATCGTATTCATTTTCTAACT
CGCGG
Found at i:5210694 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 5210504--5210699 Score: 245
Period size: 106 Copynumber: 1.8 Consensus size: 106
5210494 TTTTTATTTC
*
5210504 TGACTCGTGATTTAATCTCAGTCCTTGTCATTTCTTAACTCATGATTTAATCCCGATTGTTTTCA
1 TGACTCGTGATTTAATCTCAGTCCTTGTCATTTCTTAACTCATGATTTAATCCCGATCGTTTTCA
*
5210569 TTTCTTAACTCGTGATTTAAACTCGATTGTATTCATTTTTT
66 TTTCTTAACTCGCGATTTAAACTCGATTGTATTCATTTTTT
* * * * * * *
5210610 TGACTCGTGGTTTAATC-CTGTTCGTTTTCATTTTTTAAAC-CATGGTTTAATCTCGATCGTTTT
1 TGACTCGTGATTTAATCTCAG-TCCTTGTCATTTCTT-AACTCATGATTTAATCCCGATCGTTTT
* *
5210673 CATTT-TCTAACTCGCGGTTTAATCTCG
64 CATTTCT-TAACTCGCGATTTAAACTCG
5210700 GTCTTTTTTG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 11, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
105 3 0.04
106 70 0.92
107 3 0.04
ACGTcount: A:0.20, C:0.19, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (106 bp):
TGACTCGTGATTTAATCTCAGTCCTTGTCATTTCTTAACTCATGATTTAATCCCGATCGTTTTCA
TTTCTTAACTCGCGATTTAAACTCGATTGTATTCATTTTTT
Found at i:5211107 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5210504--5211107 Score: 255
Period size: 35 Copynumber: 17.1 Consensus size: 35
5210494 TTTTTATTTC
* * *
5210504 TGACTCGTGATTTAATCTC-AGTCCTTGTCATTTCT
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGA-TCTTTTTCATTTTT
* * * *
5210539 TAACTCATGATTTAATCCCGAT-TGTTTTCATTTCT
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGATCT-TTTTCATTTTT
* * *
5210574 TAACTCGTGATTTAAACTCGAT-TGTATTCATTTTTT
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGATCT-TTTTCA-TTTTT
* * *
5210610 TGACTCGTGGTTTAATC-CTGTTCGTTTTCATTTTT
1 TGACTCGTGATTTAATCTC-GATCTTTTTCATTTTT
* * * * *
5210645 TAAAC-CATGGTTTAATCTCGATCGTTTTCATTTTC
1 T-GACTCGTGATTTAATCTCGATCTTTTTCATTTTT
* * * * ** *
5210680 TAACTCGCGGTTTAATCTCGGTCTTTTTTGTTTTC
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGATCTTTTTCATTTTT
* * * *
5210715 TAACTCGT-AGTTTAATAC-GGGTCATTTTCATTTTT
1 TGACTCGTGA-TTTAAT-CTCGATCTTTTTCATTTTT
** * **
5210750 TGACTC-ACACTTTAATCCCGATCAATTTCATTTTT
1 TGACTCGTGA-TTTAATCTCGATCTTTTTCATTTTT
* * * * * ***
5210785 TAACTCATGATTTAGTTTCGGTCATTTTTCATTCCC
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGATC-TTTTTCATTTTT
* * * ** * *
5210821 TGACAT-GTGATTTAGTTTCGGTGGTTTTGATTTTC
1 TGAC-TCGTGATTTAATCTCGATCTTTTTCATTTTT
* * **
5210856 TGACTCATGATTTATTCTC-AGTAGTTTTCATTTTT
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGA-TCTTTTTCATTTTT
* * * *
5210891 TGACAT-GTGAATTAATATCGATCATTTTCATTTCTC
1 TGAC-TCGTGATTTAATCTCGATCTTTTTCATTT-TT
* *** * * *
5210927 TGAC-CTATGATTTAAAGACGATTGTTTTTCATATTC
1 TGACTC-GTGATTTAATCTCGA-TCTTTTTCATTTTT
* *
5210963 TGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTT
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGATCTTTTTCATTTTT
** * *
5210998 TGACTCACGGTTTAATCAT-GATCATTTTCATTTTT
1 TGACTCGTGATTTAATC-TCGATCTTTTTCATTTTT
* * ** *
5211033 TGACTCGTGGTTTAATCTCGGT-TGTTTTTGTTTTC
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGATCT-TTTTCATTTTT
* *
5211068 TGACTCATGATTTAATTTCGATCTTTTTCATTTTT
1 TGACTCGTGATTTAATCTCGATCTTTTTCATTTTT
5211103 TGACT
1 TGACT
5211108 TACGGTTTAA
Statistics
Matches: 434, Mismatches: 107, Indels: 56
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 6 0.01
35 326 0.75
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37 10 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.17, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (35 bp):
TGACTCGTGATTTAATCTCGATCTTTTTCATTTTT
Found at i:5211142 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 5210760--5211154 Score: 270
Period size: 105 Copynumber: 3.7 Consensus size: 105
5210750 TGACTCACAC
* * * * * * ** **
5210760 TTTAATCCCGATCAATTTCATTTTTTAACTCATGATTTAGTTTCGGTCATTTTTCATTCCCTGAC
1 TTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCACCATCA-TTTTCATTCCCTGAC
* * * *
5210825 AT-GTGATTTAGTTTCGG-TGGTTTTGATTTTCTGACTCATGA
65 -TCATGATTTAATCTCGGTTGTTTTTG-TTTTCTGACTCATGA
* * * * *
5210866 TTTATTCTC-AGT-AGTTTTCATTTTTTGA--CATGTGAATTAAT-ATCGATCATTTTCATTTCT
1 TTTAATCTCGA-TCA-TTTTCATTTTTTGACTCACG-G-TTTAATCA-CCATCATTTTCA-TTCC
*** * * * **
5210926 CTGAC-CTATGATTTAAAGACGATTGTTTTTCATATTCTGACTTGTGA
60 CTGACTC-ATGATTTAATCTCGGTTGTTTTT-GTTTTCTGACTCATGA
** ***
5210973 TTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCATGATCATTTTCATTTTTTGACT
1 TTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCACCATCATTTTCATTCCCTGACT
* *
5211038 CGTGGTTTAATCTCGGTTGTTTTTGTTTTCTGACTCATGA
66 CATGATTTAATCTCGGTTGTTTTTGTTTTCTGACTCATGA
* * *
5211078 TTTAATTTCGATCTTTTTCATTTTTTGACTTACGGTTTAATTC-CCATCACTTTT-ATTCCCTGA
1 TTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAA-TCACCATCA-TTTTCATTCCCTGA
5211141 CTCATGATTTAATC
64 CTCATGATTTAATC
5211155 CTGGTCATTT
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 47, Indels: 37
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
104 4 0.02
105 79 0.35
106 76 0.34
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108 4 0.02
109 3 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.17, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (105 bp):
TTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCACCATCATTTTCATTCCCTGACT
CATGATTTAATCTCGGTTGTTTTTGTTTTCTGACTCATGA
Found at i:5211172 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 5210734--5211173 Score: 263
Period size: 105 Copynumber: 4.2 Consensus size: 105
5210724 GTTTAATACG
* * * * * * *
5210734 GGTCATTTTCATTTTTTGACTCA-CACTTTAATCCCGATCAATTTCATTTTTTAACTCATGATTT
1 GGTCATTTTCATTTTCTGACTCATGA-TTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTT
* ** ** * * *
5210798 AGTTTCGGTCATTTTTCATTCCCTGACAT-GTGATTTAGTTTC
65 AATCACCATCA-TTTTCATTCCCTGAC-TCATGATTTAATCTC
** * * *
5210840 GGTGGTTTTGATTTTCTGACTCATGATTTATTCTC-AGT-AGTTTTCATTTTTTGA--CATGTGA
1 GGTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTCGA-TCA-TTTTCATTTTTTGACTCACG-G-
* * * ***
5210901 ATTAAT-ATCGATCATTTTCATTTCTCTGAC-CTATGATTTAAAGAC
62 TTTAATCA-CCATCATTTTCA-TTCCCTGACTC-ATGATTTAATCTC
* ** * **
5210946 GATTGTTTTTCATATTCTGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTT
1 G-GTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTT
** *** * *
5211011 AATCATGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTC
65 AATCACCATCATTTTCATTCCCTGACTCATGATTTAATCTC
** ** * * *
5211052 GGTTGTTTTTGTTTTCTGACTCATGATTTAATTTCGATCTTTTTCATTTTTTGACTTACGGTTTA
1 GGTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTA
5211117 ATTC-CCATCACTTTT-ATTCCCTGACTCATGATTTAATC-C
66 A-TCACCATCA-TTTTCATTCCCTGACTCATGATTTAATCTC
5211156 TGGTCATTTTCATTTTCT
1 -GGTCATTTTCATTTTCT
5211174 ATTCGTGATT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 59, Indels: 39
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
104 5 0.02
105 97 0.38
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108 4 0.02
109 3 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.17, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (105 bp):
GGTCATTTTCATTTTCTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTA
ATCACCATCATTTTCATTCCCTGACTCATGATTTAATCTC
Found at i:5211236 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5210504--5211236 Score: 116
Period size: 35 Copynumber: 20.9 Consensus size: 35
5210494 TTTTTATTTC
* ** ** * *
5210504 TGACTCGTGATTTAATCTCAGTCCTTGTCATTTCT
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
* ** * *
5210539 TAACTCATGATTTAATCCCGATTGTTTTCATTTCT
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
* * * * * *
5210574 TAACTCGTGATTTAAACTCGATTGTATTCATTTTTT
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCA-TTTTT
* * *
5210610 TGACTCGTGGTTTAATCCT-GTTCGTTTTCATTTTT
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTT-GTTTTCATTTTT
* * * * * *
5210645 TAAAC-CATGGTTTAATCTCGATCGTTTTCATTTTC
1 T-GACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
* ** * * ** *
5210680 TAACTCGCGGTTTAATCTCGGTCT-TTTTTGTTTTC
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGT-TGTTTTCATTTTT
* * * **
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1 TGACTCATGA-TTTAAT-CTTGGTTGTTTTCATTTTT
* ** * ***
5210750 TGACTCA-CACTTTAATCCCGATCAATTTCATTTTT
1 TGACTCATGA-TTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
* * ***
5210785 TAACTCATGATTTAGT-TTCGGTCAT-TTTTCATTCCC
1 TGACTCATGATTTAATCTT-GGT--TGTTTTCATTTTT
* * * * *
5210821 TGACAT-GTGATTTAGT-TTCGGTGGTTTTGATTTTC
1 TGAC-TCATGATTTAATCTT-GGTTGTTTTCATTTTT
* ** *
5210856 TGACTCATGATTTATTCTCAGTAGTTTTCATTTTT
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
* * * * * ** *
5210891 TGACAT-GTGAATTAATATCGATCATTTTCATTTCTC
1 TGAC-TCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTT-TT
**** * * *
5210927 TGAC-CTATGATTTAAAGACGATTGTTTTTCATATTC
1 TGACTC-ATGATTTAATCTTGGTTG-TTTTCATTTTT
** * * **
5210963 TGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTT
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
* * * * **
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1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
* * * ** *
5211033 TGACTCGTGGTTTAATCTCGGTTGTTTTTGTTTTC
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
*
5211068 TGACTCATGATTTAAT-TTCGATCT-TTTTCATTTTT
1 TGACTCATGATTTAATCTT-GGT-TGTTTTCATTTTT
* * * *** ** ***
5211103 TGACTTACGGTTTAAT-TCCCATCACTTTT-ATTCCC
1 TGACTCATGATTTAATCT-TGGT-TGTTTTCATTTTT
* ** *
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1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
* * * *
5211173 T-ATTCGTGATTTACTCCTT-GTTGCTTTCATTTTT
1 TGACTCATGATTTAAT-CTTGGTTGTTTTCATTTTT
*
5211207 TGACTCATGATTTAATTTTGGTTGTTTTCA
1 TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCA
5211237 ATATCTAAGA
Statistics
Matches: 512, Mismatches: 152, Indels: 68
0.70 0.21 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 35 0.07
35 373 0.73
36 95 0.19
37 9 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.17, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (35 bp):
TGACTCATGATTTAATCTTGGTTGTTTTCATTTTT
Found at i:5211310 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5211267--5211310 Score: 54
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
5211257 TCCCTCTCAC
* *
5211267 TTTCATTTTCTGACTTATGAT
1 TTTCATTTTCGGACTCATGAT
*
5211288 TTTCATTTT-GGACTCATGGT
1 TTTCATTTTCGGACTCATGAT
5211308 TTT
1 TTT
5211311 TTCTTAGTCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 1
0.83 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.55
21 9 0.45
ACGTcount: A:0.16, C:0.14, G:0.14, T:0.57
Consensus pattern (21 bp):
TTTCATTTTCGGACTCATGAT
Found at i:5211360 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5211286--5211793 Score: 138
Period size: 35 Copynumber: 14.5 Consensus size: 34
5211276 CTGACTTATG
* * **
5211286 ATTTTCATTTTGGACTCATGGTTTT-TTCTTAGTC
1 ATTTTCATTTTTGACTCAT-GTTTTAATCTCGGTC
5211320 ATTTTCAATTTTTGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
1 ATTTTC-ATTTTTGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
* ** * *
5211355 GTTTTCATTTTCTGACTCGCGATTTAATCTCGATC
1 ATTTTCATTTT-TGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
* ** * * *
5211390 TTTTTTGTTTTCTAACT--TGTAGTTTAATATGGGTC
1 ATTTTCATTTT-TGACTCATGT--TTTAATCTCGGTC
* * * *
5211425 ATTTTTATTTTTGACTCACAG-TTTAATCCCGATC
1 ATTTTCATTTTTGACTCA-TGTTTTAATCTCGGTC
* * * *
5211459 ATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAATTTCGGTC
1 ATTTTCA-TTTTTGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
* * * * *
5211494 ATTTTTCATTCGTTGA--CATGTCATTTAGTTTCGATG
1 A-TTTTCATT-TTTGACTCATGT--TTTAATCTCGGTC
* * * * * *
5211530 GTTTTGAGTTTCTGACTCATGATTTATTCTCAGT-
1 ATTTTCA-TTTTTGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
* * *
5211564 AGTTTTCATTTTTTGA--CATGTGAATTAATATCGATC
1 A-TTTTCA-TTTTTGACTCATGT--TTTAATCTCGGTC
* *** * *
5211600 ATTTTCATTTCTCTGAC-CTATGATTTAAAGACGATTG
1 ATTTTCATTT-T-TGACTC-ATGTTTTAATCTCG-GTC
* * ** * *
5211637 TTTTTCATATTCTGACTTGTGATTTAATCTCGATC
1 ATTTTCAT-TTTTGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
* * *
5211672 ATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATC-CTGATC
1 ATTTTCA-TTTTTGACTCATGTTTTAATCTC-GGTC
* * *
5211707 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGGTT
1 ATTTTCA-TTTTTGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
* ** * * *
5211742 GTTTTTGTTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTC
1 ATTTTCATTTT-TGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
*
5211777 TTTTTCATTTTTTGACT
1 ATTTTCA-TTTTTGACT
5211794 TACGGTTTAA
Statistics
Matches: 345, Mismatches: 96, Indels: 65
0.68 0.19 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 5 0.01
34 47 0.14
35 223 0.65
36 51 0.15
37 14 0.04
38 5 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.15, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (34 bp):
ATTTTCATTTTTGACTCATGTTTTAATCTCGGTC
Found at i:5211450 original size:69 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5211318--5211499 Score: 174
Period size: 69 Copynumber: 2.6 Consensus size: 70
5211308 TTTTTCTTAG
* * * * * * *
5211318 TCATTTTCAATTTT-TGACTCATGTTTTAATCTCGGTCGTTTTCATTTTCTGACTCGCGATTTAA
1 TCATTTTC-ATTTTCTAACTCGTGATTTAATATCGGTCATTTTTATTTTCTGACTCACGATTTAA
*
5211382 TCTCGA
65 TCCCGA
* ** * *
5211388 TCTTTTTTGTTTTCTAACTTGT-AGTTTAATATGGGTCATTTTTATTTT-TGACTCAC-AGTTTA
1 TCATTTTCATTTTCTAACTCGTGA-TTTAATATCGGTCATTTTTATTTTCTGACTCACGA-TTTA
5211450 ATCCCGA
64 ATCCCGA
* *
5211457 TCATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAATTTCGGTCATTTTT
1 TCATTTTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATATCGGTCATTTTT
5211500 CATTCGTTGA
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 20, Indels: 9
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
68 1 0.01
69 55 0.62
70 32 0.36
ACGTcount: A:0.19, C:0.16, G:0.12, T:0.52
Consensus pattern (70 bp):
TCATTTTCATTTTCTAACTCGTGATTTAATATCGGTCATTTTTATTTTCTGACTCACGATTTAAT
CCCGA
Found at i:5211736 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5211318--5211909 Score: 207
Period size: 70 Copynumber: 8.4 Consensus size: 70
5211308 TTTTTCTTAG
* * * * * *
5211318 TCATTTTCAATTTT-TGACTCATGTTTTAAT-CTCGGTCGTTTTCATTTTCTGACTCGCGATTTA
1 TCATTTTC-ATTTTCTGACTCACGATTTAATCCT-GATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTA
5211381 ATCTCGA
64 ATCTCGA
* ** * * * * * **
5211388 TCTTTTTTGTTTTCTAACT--TGTAGTTTAAT-ATGGGTCATTTTTA-TTTTTGACTC-ACAGTT
1 TCATTTTCATTTTCTGACTCACG-A-TTTAATCCT-GATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGA-TT
*
5211448 TAATCCCGA
62 TAATCTCGA
* * ** * * ** *
5211457 TCATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAAT-TTCGGTCATTTTTCATTCGTTGACAT-GTCATTT
1 TCATTTTCATTTTCTGACTCACGATTTAATCCT-GATCA-TTTTCATTTTTTGAC-TCGTGATTT
* *
5211520 AGTTTCGA
63 AATCTCGA
** * * * * * *
5211528 TGGTTTTGAGTTTCTGACTCATGATTT-ATTCTCAGT-AGTTTTCATTTTTTGACAT-GTGAATT
1 TCATTTTCATTTTCTGACTCACGATTTAATCCTGA-TCA-TTTTCATTTTTTGAC-TCGTGATTT
*
5211590 AATATCGA
63 AATCTCGA
* ** ** * * *
5211598 TCATTTTCATTTCTCTGAC-CTATGATTTAAAGAC-GATTGTTTTTCATATTCTGACTTGTGATT
1 TCATTTTCATTT-TCTGACTC-ACGATTT-AATCCTGA-TCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATT
5211661 TAATCTCGA
62 TAATCTCGA
* * *
5211670 TCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAAT
1 TCATTTTCATTTTCTGACTCACGATTTAATCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTAAT
*
5211735 CTCGG
66 CTCGA
** ** * ** * *
5211740 TTGTTTTTGTTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTACG-G-TTTA
1 TCATTTTCATTTTCTGACTCACGATTTAATCCTGATCATTTTCATTTTTTGAC-T-CGTGATTTA
*
5211803 AT-TCCCA
64 ATCT-CGA
* * * * * * *
5211810 TCGCTTTT-ATTATCTGACTCATGATTTAATCCTGGTCATTTTCGTTTTCTT-ATTTGTGATTTA
1 TC-ATTTTCATTTTCTGACTCACGATTTAATCCTGATCATTTTCATTTT-TTGACTCGTGATTTA
*
5211873 ATCCTTG-
64 AT-CTCGA
** **
5211880 TTGTTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAAT
1 TCATTTTCATTTTCTGACTCACGATTTAAT
5211910 TTTGGTTGTT
Statistics
Matches: 395, Mismatches: 97, Indels: 60
0.72 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
68 4 0.01
69 57 0.14
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71 72 0.18
72 47 0.12
73 2 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.16, G:0.14, T:0.51
Consensus pattern (70 bp):
TCATTTTCATTTTCTGACTCACGATTTAATCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTAAT
CTCGA
Found at i:5211828 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 5211538--5211840 Score: 244
Period size: 105 Copynumber: 2.9 Consensus size: 105
5211528 TGGTTTTGAG
* * * *
5211538 TTTCTGACTCATGATTTATTCTC-AGT-AGTTTTCATTTTTTGA--CATGTGAATTAAT-ATCGA
1 TTTCTGACTCATGATTTAATCTCGA-TCA-TTTTCATTTTTTGACTCACG-G-TTTAATCCTC-A
* *** * *
5211598 TCATTTTCATTTCTCTGAC-CTATGATTTAAAGACGATTGTTTTTCAT
61 TCATTTTCA-TTATCTGACTC-ATGATTTAATCTCGGTTGTTTTT-GT
* ** *
5211645 ATTCTGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCCTGATCATT
1 TTTCTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCCTCATCATT
* * * *
5211710 TTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGGTTGTTTTTGT
66 TTCATTATCTGACTCATGATTTAATCTCGGTTGTTTTTGT
* * * * * *
5211750 TTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTACGGTTTAATTCC-CATCGC
1 TTTCTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAA-TCCTCATC-A
5211814 TTTT-ATTATCTGACTCATGATTTAATC
64 TTTTCATTATCTGACTCATGATTTAATC
5211841 CTGGTCATTT
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 31, Indels: 18
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
105 69 0.44
106 31 0.20
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108 4 0.03
109 3 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.16, G:0.13, T:0.50
Consensus pattern (105 bp):
TTTCTGACTCATGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCCTCATCATT
TTCATTATCTGACTCATGATTTAATCTCGGTTGTTTTTGT
Found at i:5211870 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5211638--5211909 Score: 171
Period size: 35 Copynumber: 7.8 Consensus size: 35
5211628 AGACGATTGT
* * *
5211638 TTTTCATATTCTGACTTGTGATTTAAT-CTCGATCA
1 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCT-GGTCA
* ** * *
5211673 TTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCCTGATCA
1 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCTGGTCA
* * **
5211708 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAAT-CTCGGTTG
1 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCT-GGTCA
** * ** *
5211743 TTTTTGTTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTCT
1 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCTGGTCA
* *
5211778 TTTTCATTTTTTGACTTACG-G-TTTAATTCCCATCG-C-
1 TTTTCATTTTCTGAC-T-CGTGATTTAA-T-CC-TGGTCA
* *
5211814 TTTT-ATTATCTGACTCATGATTTAATCCTGGTCA
1 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCTGGTCA
* * * * * **
5211848 TTTTCGTTTTCTTATTTGTGATTTAATCCTTGTTG
1 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCTGGTCA
5211883 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAAT
1 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAAT
5211910 TTTGGTTGTT
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 43, Indels: 26
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.01
33 4 0.02
34 9 0.05
35 152 0.84
36 10 0.06
37 2 0.01
38 2 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.16, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (35 bp):
TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTTAATCCTGGTCA
Found at i:5211870 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 5211646--5211875 Score: 250
Period size: 105 Copynumber: 2.2 Consensus size: 105
5211636 GTTTTTCATA
*
5211646 TTCTGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCCTGATCATTT
1 TTCTGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCCTCATCATTT
* * * * ** *
5211711 TCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGGTTGTTTTTGTT
66 TCATTATCTGACTCATGATTTAATCTCGGTCATTTTCGTT
** * * * * * *
5211751 TTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTACGGTTTAATTCC-CATCGCT
1 TTCTGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAA-TCCTCATC-AT
5211815 TTT-ATTATCTGACTCATGATTTAATC-CTGGTCATTTTCGTT
64 TTTCATTATCTGACTCATGATTTAATCTC-GGTCATTTTCGTT
* *
5211856 TTCTTATTTGTGATTTAATC
1 TTCTGACTTGTGATTTAATC
5211876 CTTGTTGTTT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 21, Indels: 6
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
104 1 0.01
105 93 0.92
106 7 0.07
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.13, T:0.53
Consensus pattern (105 bp):
TTCTGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCACGGTTTAATCCTCATCATTT
TCATTATCTGACTCATGATTTAATCTCGGTCATTTTCGTT
Found at i:5211939 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 5211684--5211944 Score: 314
Period size: 140 Copynumber: 1.9 Consensus size: 140
5211674 TTTCATTTTT
* * **
5211684 TGACTCACGGTTTAATCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGGTTGTTTTTG
1 TGACTCACGATTTAATCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTAATCTCGGTTGTTTTCA
* * * * *
5211749 TTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTCTTTTTCATTTTTTGACTTACGGTTTAATTCCCATCGC
66 TTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTCTTTTTCATTATCTGAATCACGGTCTAATTCCCATCGC
5211814 TTTTATTATC
131 TTTTATTATC
* * * * * *
5211824 TGACTCATGATTTAATCCTGGTCATTTTCGTTTTCTT-ATTTGTGATTTAATC-CTTGTTGTTTT
1 TGACTCACGATTTAATCCTGATCATTTTCATTTT-TTGACTCGTGATTTAATCTC-GGTTGTTTT
*
5211887 CATTTTCTGACTCGTGATTTAATTTTGGT-TGTTTTCATTATCT-AATACACGGTCTAAT
64 CATTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTCT-TTTTCATTATCTGAAT-CACGGTCTAAT
5211945 CCCTCTCATT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 16, Indels: 8
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
139 4 0.04
140 95 0.94
141 2 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (140 bp):
TGACTCACGATTTAATCCTGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTAATCTCGGTTGTTTTCA
TTTTCTGACTCATGATTTAATTTTGGTCTTTTTCATTATCTGAATCACGGTCTAATTCCCATCGC
TTTTATTATC
Found at i:5212012 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5211973--5212305 Score: 246
Period size: 35 Copynumber: 9.4 Consensus size: 35
5211963 TTGCCTTATG
**
5211973 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTTTTCTC-AGTC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGA-TC
*
5212008 ATTTTCATTTTTTGACTCGTAGTTTAATCTCGATC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATC
* * * *
5212043 ATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATC-CTGATTG
1 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTC-GA-TC
* * * * *
5212079 TTTTTCTTTTTTTGACTGGTGGTTTAATCCTGGTTGC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAAT-CTCGAT-C
* * *
5212116 --TTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCTGGCTC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATC
* * * * * ** *
5212149 ATTTTCATTTTTCGATTCATCGCTTAATCGGGATT
1 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATC
* *
5212184 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAG-TC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC-TCGATC
* * *
5212219 ATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTATAATCAT-GGTC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC-TCGATC
** * *
5212254 ATTTTTCATTTTTTGACTCGTCATTTAATCCCTATC
1 A-TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATC
*
5212290 ATTTTTCTTTTTTTGA
1 A-TTTTCATTTTTTGA
5212306 TGGGTAGTTT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 47, Indels: 23
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.00
34 7 0.03
35 162 0.68
36 67 0.28
37 2 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.14, T:0.53
Consensus pattern (35 bp):
ATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATC
Found at i:5212090 original size:106 final size:103
Alignment explanation
Indices: 5211974--5212284 Score: 302
Period size: 106 Copynumber: 2.9 Consensus size: 103
5211964 TGCCTTATGA
** *
5211974 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTTTTCTCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTAGTTTAATCTC
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCT-
* *
5212039 GATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCCTGATTGT
65 GATCATTTTCATTTT-TGACTCATCGTTTAATCCTGATT-T
* * * *** *
5212080 TTTTCTTTTTTTGACTGGTGGTTTAATC-CTGGTTGCTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCT
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTC-AGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCT
* * * ** *
5212144 GGCTCATTTTCATTTTTCGATTCATCGCTTAATCGGGATTA
65 -GATCATTTTCATTTTT-GACTCATCGTTTAATCCTGATTT
* * *
5212185 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCAT-AGTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTATAATCA
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC-TCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC-
* * *
5212249 TGGTCATTTTTCATTTTTTGACTCGTCATTTAATCC
64 TGATCA-TTTTCA-TTTTTGACTCATCGTTTAATCC
5212285 CTATCATTTT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 35, Indels: 14
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
105 57 0.35
106 101 0.62
107 5 0.03
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (103 bp):
TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTG
ATCATTTTCATTTTTGACTCATCGTTTAATCCTGATTT
Found at i:5212292 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 5211974--5212294 Score: 333
Period size: 141 Copynumber: 2.3 Consensus size: 140
5211964 TGCCTTATGA
** * * * *
5211974 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTTTTCTCAGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTAGTTTAATCTC
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCA-TCATTTTCATTTTTCGACTCATAGCTTAATCGC
* * ** * ** *
5212039 GATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCCTGATTGTTTTTCTTTTTTTGACTGGTGGTTT
65 GATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCATGAGTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTAT
*
5212104 AATCCTGGTTG
130 AATCATGGTTG
* * * *
5212115 CTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCTGGC-TCATTTTCATTTTTCGATTCATCGCTTAATCG
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCT--CATCATTTTCATTTTTCGACTCATAGCTTAATCG
* * * *
5212179 GGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCAT-AGTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTA
64 CGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCATGAGTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTA
5212243 TAATCATGGTCAT-
129 TAATCATGGT--TG
** *
5212256 TTTTCATTTTTTGACTCGTCATTTAATCCCTATCATTTT
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTC-ATCATTTT
5212295 TCTTTTTTTG
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 28, Indels: 12
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
139 1 0.01
140 30 0.21
141 113 0.77
142 1 0.01
143 1 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.17, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (140 bp):
TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCATCATTTTCATTTTTCGACTCATAGCTTAATCGCG
ATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCATGAGTCATTTTCATTTTTTGACCCGTGGTATA
ATCATGGTTG
Found at i:5212321 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 5212185--5212305 Score: 104
Period size: 36 Copynumber: 3.4 Consensus size: 36
5212175 ATCGGGATTA
* ** *
5212185 TTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CATAGTCA-
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTCATTTAATCCCTA-TCAT
* ** * * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * ***
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* * * * * *
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* * ** * *
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* **
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* * * *
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* * ** * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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** * * * * *
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* * *
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* * *
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* ** *
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* * *
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* ** * * *
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** **
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* * *
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* **
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* * * * *
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* * *
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* ** * *
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*
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**
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* * ** *
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* **
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* * * * *
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*
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* * *
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*
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* * * * **
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* * ** ** * *
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* * *
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*
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*
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* * * ** * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * *
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* *
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*** * *
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* * * *
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* **
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** * * * *
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* **
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* * * * * * *
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*** * * *
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* *
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*
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* * * *
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* *
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*** * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* * *
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* ** **
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* ** * * * * * *
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1 TCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCCGA
***
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* * ***
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*** * * **
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** * * ** * *
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* **
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* * * * **
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* ***
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** **
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* **
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* * * * * *
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* *
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** * ** *
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* *
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* ***
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*
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1 TTTTCAATTTCTGACTCGTGGTTTAATCCTAATCATTTTCATTTTTTGACTAAATG-TCTAATCT
*
5214915 CTGGTCATTTTTTATTTCTAACTCATGATTTAATCTCAGTCG
65 C-GGTCATTTTTTATTTCTAACTCATGATTTAATCTCAGTCA
* * * * **
5214957 TTGTC-ATTTCTTGACTCATGATTTAATCCTGATTGTTTTCATTT
1 TTTTCAATTTC-TGACTCGTGGTTTAATCCTAATCATTTTCATTT
5215001 CTTAACTCGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
104 5 0.04
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Consensus pattern (105 bp):
TTTTCAATTTCTGACTCGTGGTTTAATCCTAATCATTTTCATTTTTTGACTAAATGTCTAATCTC
GGTCATTTTTTATTTCTAACTCATGATTTAATCTCAGTCA
Found at i:5215422 original size:107 final size:106
Alignment explanation
Indices: 5215169--5215434 Score: 263
Period size: 107 Copynumber: 2.5 Consensus size: 106
5215159 ATACGGGTCA
* * * * * * *
5215169 TTTTCATTTTTTGACTCACAGTTTAATCCCGATCATTTTCATTTTTTAACTCGTGATTTAATTTT
1 TTTTCATTTTCTGACTCATAATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTAATATC
* * **
5215234 GATCATTTTTCATTCCCTGACATGTGATTTAGTTTCGATGG
66 GATCATTTTTCATTCCCTGACATATGATTTAATGACGATGG
* * *
5215275 TTTTGATTTTCTTACTCATAATTTATTTCTC-AGT-AGTTTTCATTTTTTGACAT-GTGATTTAA
1 TTTTCATTTTCTGACTCATAATTTA-ATCTCGA-TCA-TTTTCATTTTTTGAC-TCGTGATTTAA
* *
5215337 TATCGATCA-TTTTCAATTCTCTGAC-TCATGATTTAATGACGATTGT
62 TATCGATCATTTTTC-ATTCCCTGACAT-ATGATTTAATGACGA-TGG
** *
5215383 TTTTCATTTTCTGACTTGTGATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTC
1 TTTTCATTTTCTGACTCATAATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTC
5215435 ACGGTTTAAT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 22, Indels: 19
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
106 29 0.23
107 74 0.58
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TTTTCATTTTCTGACTCATAATTTAATCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGATTTAATATC
GATCATTTTTCATTCCCTGACATATGATTTAATGACGATGG
Found at i:5215724 original size:141 final size:141
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Indices: 5215579--5215878 Score: 300
Period size: 141 Copynumber: 2.1 Consensus size: 141
5215569 TAACTCTTGA
* * * * * * *
5215579 TTTAATCCTGGTCATTTTTGTTTTTCTT-ATTTGTGATTTAATCCTTGTTGTTTTCAATTTCTGA
1 TTTAATCATGGTCATTTTT-CTTTTCTTAACTGGTGATTGAATCCTGGTTGTTTTCAATTTCTAA
* * ** * * **
5215643 CTTGTGATTTAATTTTGG-TTGTTTTCATTATGT-AACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCAT
65 CTTATGATTTAA-TCTGGCTCATTTTCATT-TGTGAACTCATAGCTTAATCGAGATCATTTTCAT
5215706 TTTTTGACCCATGG
128 TTTTTGACCCATGG
* * * * * *
5215720 TTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTTAACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAAC
1 TTTAATCATGGTCATTTTTCTTTTCTTAACTGGTGATTGAATCCTGGTTGTTTTCAATTTCTAAC
* * * * *
5215785 TTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTT
66 TTATGATTTAATCTGGCTCATTTTCATTTGTGAACTCATAGCTTAATCGAGATCATTTTCATTTT
*
5215850 TTGACTCATGG
131 TTGACCCATGG
*
5215861 TTTAATCATAGTCATTTT
1 TTTAATCATGGTCATTTT
5215879 CATTTTTTGA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 30, Indels: 6
0.78 0.19 0.04
Matches are distributed among these distances:
140 13 0.10
141 113 0.90
ACGTcount: A:0.18, C:0.14, G:0.15, T:0.53
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TTTAATCATGGTCATTTTTCTTTTCTTAACTGGTGATTGAATCCTGGTTGTTTTCAATTTCTAAC
TTATGATTTAATCTGGCTCATTTTCATTTGTGAACTCATAGCTTAATCGAGATCATTTTCATTTT
TTGACCCATGG
Found at i:5215915 original size:141 final size:137
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Indices: 5215698--5217261 Score: 518
Period size: 141 Copynumber: 11.1 Consensus size: 137
5215688 AGTCTCGATC
* * * *
5215698 ATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTC-TTTTCTT-AACTGGTGGT-TGA
1 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTAG-TC-ATTTTCATTTT-TTGAACTCGTGGTCT-A
* * *
5215760 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATG
62 ATCATGGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCTGG-TCATTTTCATTTTT-GACTCATG
*
5215825 GCTTAATCGAGATT
125 G-TTAATCCAGATT
*
5215839 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTCTAATC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-TAGTCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTCTAATC
* * **
5215903 ATGGTCGTTTTTCATTTTTTGAC-TAGTGGTTTAATCCCT-ATCATTTTTCTTTTTTTGA-TGGG
65 ATGGTCG-TTTTCATTTTTTGACTTA-TGGTTTAAT--CTGGTCA-TTTTC-ATTTTTGACT-CA
* ** *
5215965 TTGTCTAATCCTTATC
123 TGGT-TAATCCAGATT
* ** * * ** * * * * *
5215981 GTTTTCATTTTCTT-ACTTGTGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCT-AACTCATAGTTTAGT
1 ATTTTCATTTT-TTGACTCATGGTTTAA-TCTAGTCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTCTAAT
** * * ** * * **
5216044 C-TCAATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTC-TTTTCATAACTGGT
64 CAT-GGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATC-TGGTCA-TTTTCATTTT--TGACTCAT
* *
5216107 GGTTGAATCCTGGTT
124 GGTT-AATCCAGATT
* * * * * *
5216122 GTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCA-TTTTTGGACTCATGG-CTTAAT
1 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTAG-TCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTC-TAAT
* ** * * *
5216185 CGA-GATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGAC-CTGTG
64 C-ATGGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATC-TGGTCATTTTCA-TTTTTGACTC-ATG
*
5216248 GTCTAAT-CATGGTCGT
125 GT-TAATCCA-GAT--T
* *
5216264 -TTTTCATTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCCCTA-TCA-TTT--TTTTTT--A-TGGGTCGTCTA
1 ATTTTCATTTTTTGACTCA-TGGTTTAAT--CTAGTCATTTTCATTTTTTGAACT-CGTGGTCTA
* ** * ** *
5216320 ATCCTTATCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCATA
62 ATCATGGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAA-TCTGGTCATTTTCATTTT-TGACTCAT-
* * *
5216385 GTTTAGTCTC-GATC
124 GGTTAATC-CAGATT
* * *
5216399 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTC-TTTTCTT-AATTGGTGGT-TGA
1 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTAG-TCA-TTTTCATTTT-TTGAACTCGTGGTCT-A
* * * * *
5216461 ATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTGTGGTTTAATCAGGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATG
62 ATCATGGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCTGG-TCATTTTCATTTTT-GACTCATG
*
5216526 GCTTAATCAAGATT
125 G-TTAATCCAGATT
* * *
5216540 ATTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCATAGCCATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTCTAATC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-TAGTCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTCTAATC
** * **
5216604 ATGGTCGTTTTTCATTTTTTGAC-TAGTGGTTTAATCCTTATCATTTTTCTTTTTTTGA-TGGGT
65 ATGGTCG-TTTTCATTTTTTGACTTA-TGGTTTAAT-CTGGTCA-TTTTC-ATTTTTGACT-CAT
** ** *
5216667 CGCCTAATCCCTATC
124 -GGTTAATCCAGATT
* * * * * ** * * * * *
5216682 GTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCT-AACTCATAGTTTAGTC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAA-TCTAGTCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTCTAATC
* * * * ** * * * * * **
5216746 -TCGATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTTAATTGGTGG
65 AT-GGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATC-TGGTC-ATTTTCATTT-TTGACTCATGG
** * *
5216810 TTGAATCTGGCTC
126 TT-AATCCAGATT
* * * * * *
5216823 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTTTTG-ACTCATGGTTTAATC
1 ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTAG-TCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTCTAATC
* * * * * *
5216887 ATAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACT-AGTGG
65 ATGGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATC-TGGTC-ATTTTCA-TTTTTGACTCA-TGG
** *
5216951 TTTAATCCTTATC
126 -TTAATCCAGATT
* ** * * * * * *
5216964 ATTTTTCTTTTTTTGA-TGGGTCGTCTAATCCTTA-TCGTTTTCATTTTCTG-ACTTGTGGTTTA
1 A-TTTTCATTTTTTGACT-CATGGTTTAAT-C-TAGTCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTCTA
** * * * * * * * *
5217026 ATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGACCCATG
62 ATCATGGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCT-GGTCATTTTCA-TTTTTGACTCATG
**
5217091 GTTTAATCTTGATCGT
125 G-TTAATCCAGAT--T
* ** * * ** * *
5217107 -TTTTC-TTTTCTTAACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTT-AACTTGTGGTTTAAT
1 ATTTTCATTTT-TTGACTCATGGTTTAAT-CTAGTCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTCTAAT
* * * * *
5217169 C-TGGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATGGCTTAATC-GAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATG
64 CATGG-TCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCTG-G-TCATTTTCA-TTTTTGACTCATG
* *
5217232 GTTTAAT-CATAGTC
125 G-TTAATCCAGA-TT
5217246 ATTTTCATTTTTTGAC
1 ATTTTCATTTTTTGAC
5217262 CTGTGGTCTA
Statistics
Matches: 1090, Mismatches: 225, Indels: 217
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
134 2 0.00
136 33 0.03
137 54 0.05
138 8 0.01
139 17 0.02
140 115 0.11
141 625 0.57
142 215 0.20
143 20 0.02
144 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (137 bp):
ATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTAGTCATTTTCATTTTTTGAACTCGTGGTCTAATCA
TGGTCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCTGGTCATTTTCATTTTTGACTCATGGTTAAT
CCAGATT
Found at i:5216014 original size:353 final size:353
Alignment explanation
Indices: 5215617--5216957 Score: 2144
Period size: 353 Copynumber: 3.8 Consensus size: 353
5215607 ATTTGTGATT
* * * * * * *
5215617 TAATCCTTGTTGTTTTCAATTTCTGACTTGTGATTTAATTTTGGTTGTTTTCATTATGTAACTCA
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
* *
5215682 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
66 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCTT
5215747 AACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCAT
131 AACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCAT
5215812 TTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATT
196 TTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATT
5215877 TTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCT
261 TTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCT
*
5215942 ATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTTGTC
326 ATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTCGTC
* *
5215970 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTTACTTGTGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
* *
5216035 TAGTTTAGTCTCAATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCAT
66 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCTT
5216100 AACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCAT
131 AACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCAT
5216165 TTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATT
196 TTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATT
5216230 TTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCT
261 TTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCT
5216295 ATCA---TT-TTTTTTT-ATGGGTCGTC
326 ATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTCGTC
*
5216318 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
* *
5216383 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCTT
66 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCTT
* * *
5216448 AATTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTGTGGTTTAATCAGGCTCATTTTCAT
131 AACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCAT
* * *
5216513 TTTTGGACTCATGGCTTAATCAAGATTATTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCATAGCCATT
196 TTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATT
*
5216578 TTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTT
261 TTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCT
*
5216643 ATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTCGCC
326 ATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTCGTC
*
5216671 TAATCCCTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
* *
5216736 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
66 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCTT
* ** * * * * * *
5216801 AATTGGTGGTTGAAT-CTGGCTCATTTTCATTTTCTGACTCATGGCTTAATC-GAGATTATTTTC
131 AACTGGTGGTTGAATCCTGG-TTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTG-GCTCATTTTC
* * * * * * *
5216864 ATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-ATAGTCATTTTCATTTTTTGAC-CTGTGGTCTAATCATGGT
194 ATTTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGA-TTATTTTCATTTTTTGACTC-ATGGTTTAATCATAGT
* *
5216927 CGTTTTTCATTTTTTGA-CTAGTGGTTTAATC
257 C-ATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTCTAATC
5216958 CTTATCATTT
Statistics
Matches: 924, Mismatches: 53, Indels: 21
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
348 324 0.35
349 7 0.01
350 2 0.00
351 2 0.00
352 14 0.02
353 551 0.60
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ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (353 bp):
TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCTT
AACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCAT
TTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATT
TTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCT
ATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTCGTC
Found at i:5216438 original size:207 final size:207
Alignment explanation
Indices: 5216122--5216498 Score: 480
Period size: 207 Copynumber: 1.8 Consensus size: 207
5216112 AATCCTGGTT
* *
5216122 GTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATGGCTTAATCG
1 GTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCATTTTTGAACTCATAGCTTAATCG
* *
5216187 AGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCA-TTTTCATTTT-TTGACCT-GTGG
66 AGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTTC-TTTTCTT-AACTGGTGG
*
5216249 TCT-AATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCTATCATTTTTTTTTATGGG
129 T-TGAATCATGGTCG-TTTTCATTTTTTAACTAGTGGTTTAATCCCTATCATTTTTTTTTATGGG
5216313 TCGTCTAATCCTTATC
192 TCGTCTAATCCTTATC
* * ** * *
5216329 GTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATTTTGG-TTGTTTTCATTTTCT-AACTCATAGTTTAGT
1 GTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAA-TCTGGCTCATTTTCATTTT-TGAACTCATAGCTTAAT
** * *
5216392 CTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATC-TTGATCATTTTTCTTTTCTTAATTGGTG
64 CGAGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAG-TCATTTTTCTTTTCTTAACTGGTG
* * *
5216456 GTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTGTGGTTTAATC
128 GTTGAATCATGGTCGTTTTCATTTTTTAACTAGTGGTTTAATC
5216499 AGGCTCATTT
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 18, Indels: 14
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
206 2 0.01
207 117 0.81
208 26 0.18
ACGTcount: A:0.18, C:0.14, G:0.15, T:0.53
Consensus pattern (207 bp):
GTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCATTTTCATTTTTGAACTCATAGCTTAATCG
AGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTTCTTTTCTTAACTGGTGGTT
GAATCATGGTCGTTTTCATTTTTTAACTAGTGGTTTAATCCCTATCATTTTTTTTTATGGGTCGT
CTAATCCTTATC
Found at i:5216828 original size:318 final size:317
Alignment explanation
Indices: 5216471--5217274 Score: 1208
Period size: 318 Copynumber: 2.5 Consensus size: 317
5216461 ATCCTGGTTG
* *
5216471 TTTTCATTTT-TTAACTT-GTGGTTTAATCAGGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATGGCTTAATC
1 TTTTC-TTTTCTTAA-TTGGTGGTTGAATCTGGCTCATTTTCATTTTT-GACTCATGGCTTAATC
* *
5216534 AAGATTATTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCATAGCCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTC
63 AAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTC
5216599 TAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTTATCATTTTTCTTTTTTTGATG
128 TAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTTATCATTTTTCTTTTTTTGATG
5216664 GGTCGCCTAATCCCTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTC
193 GGTCGCCTAATCCCTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTC
5216729 TAACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCTTGATCGT
258 TAACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCTTGATCGT
*
5216789 TTTTCTTTTCTTAATTGGTGGTTGAATCTGGCTCATTTTCATTTTCTGACTCATGGCTTAATCGA
1 TTTTCTTTTCTTAATTGGTGGTTGAATCTGGCTCATTTTCATTTT-TGACTCATGGCTTAATCAA
5216854 GATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTA
65 GATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTA
5216919 ATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTTATCATTTTTCTTTTTTTGATGGG
130 ATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTTATCATTTTTCTTTTTTTGATGGG
* * *
5216984 TCGTCTAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTA
195 TCGCCTAATCCCTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTA
* *
5217049 ACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGT
260 ACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCTTGATCGT
* ** * ** * *
5217107 TTTTCTTTTCTTAACTGGTGGTTGAATCCTGG-TTGTTTTCATTTTTTAACTTGTGGTTTAATCT
1 TTTTCTTTTCTTAATTGGTGGTTGAAT-CTGGCTCATTTTCA-TTTTTGACTCATGGCTTAATCA
* * * * * * * *
5217171 GGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATGGCTTAATC-GAGATTATTTTCATTTTTTGA-CTCATGGT
64 AGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAG-TCATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGT
* * * *
5217234 TTAATCATAGTC-ATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTCTAATC
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5217275 ATGGTCGTTT
Statistics
Matches: 448, Mismatches: 30, Indels: 17
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
317 34 0.08
318 405 0.90
319 9 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.16, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (317 bp):
TTTTCTTTTCTTAATTGGTGGTTGAATCTGGCTCATTTTCATTTTTGACTCATGGCTTAATCAAG
ATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAA
TCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCTTATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGT
CGCCTAATCCCTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAA
CTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCTTGATCGT
Found at i:5217041 original size:353 final size:353
Alignment explanation
Indices: 5215617--5217435 Score: 2099
Period size: 353 Copynumber: 5.2 Consensus size: 353
5215607 ATTTGTGATT
* * * * * * *
5215617 TAATCCTTGTTGTTTTCAATTTCTGACTTGTGATTTAATTTTGGTTGTTTTCATTATGTAACTCA
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
*
5215682 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
66 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
*
5215747 AACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTG-GCTCATTTTCA
131 AATTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATC-GAGCTCATTTTCA
5215811 TTTTTGGACTCATGGCTTAATC-GAGATTATTTTCATTTTTTGA-CTCATGGTTTAATCATAGTC
195 TTTTTGGACTCATGGCTTAATCAGAGATTATTTTCATTTTTTGACCT-ATGGTTTAATCATAGTC
5215874 ATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATC
259 ATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATC
* * * * *
5215939 CCTATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTTGTC
324 CTTATC-GTTTTCATTTTCTGATGGGTCGTC
* *
5215970 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTTACTTGTGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
* * *
5216035 TAGTTTAGTCTCAATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCAT
66 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
*
5216100 AACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTG-GCTCATTTTCA
131 AATTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATC-GAGCTCATTTTCA
5216164 TTTTTGGACTCATGGCTTAATC-GAGATTATTTTCATTTTTTGA-CTCATGGTTTAATCATAGTC
195 TTTTTGGACTCATGGCTTAATCAGAGATTATTTTCATTTTTTGACCT-ATGGTTTAATCATAGTC
5216227 ATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATC
259 ATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATC
* *
5216292 CCTATCATTTT--TTTT-T-ATGGGTCGTC
324 CTTATCGTTTTCATTTTCTGATGGGTCGTC
*
5216318 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
* * *
5216383 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTCTTTTCTT
66 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
*
5216448 AATTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTGTGGTTTAATC-AGGCTCATTTTCA
131 AATTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCGA-GCTCATTTTCA
* *
5216512 TTTTTGGACTCATGGCTTAATCA-AGATTATTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCATAGCCA
195 TTTTTGGACTCATGGCTTAATCAGAGATTATTTTCATTTTTTGACCTATGGTTTAATCATAGTCA
5216576 TTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCC
260 TTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCC
* * * *
5216641 TTATCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTCGCC
325 TTATC-GTTTTCATTTTCTGATGGGTCGTC
*
5216671 TAATCCCTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
*
5216736 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
66 TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
** * * * * * *
5216801 AATTGGTGGTTGAAT-CTGGCTCATTTTCATTTTCTGACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCA
131 AATTGGTGGTTGAATCCTGG-TTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCGAGCTCATTTTCA
* * * * * * *
5216865 TTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAG-TCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCG
195 TTTTTGGACTCATGGCTTAATCAGAGATTATTTTCATTTTTTGACCTATGGTTTAATCATAGTC-
* * * ** * * * * *
5216929 TTTTTCATTTTTTGA-CTAGTGGTTTAATCCTTATCATTTTTCTTTTTTTGA-TGGGTCGTCTAA
259 ATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACT-AGTGGTTTAA
* * *
5216992 TCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACT-TGTGGTT
322 TCCTTATCGTTTTCATTTTCTGA-TGGGTCGTC
* * * * * * * * * * ** * * *
5217024 TAAT-TTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGACCC
1 TAATCCTT-ATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTC
* * * * * *** * * * *
5217088 ATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTC-TTTTCTTAACTGGTGGTTGAATCCTGGTTG-TTTTCATTT
65 ATAGTTTAGTCTCGATC-ATTTTCATTTTC-TGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTC-TTT
* ** ** * * * *
5217151 T-TTAACTT-GTGGTTTAAT-CTGGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATTAT
127 TCTTAA-TTGGTGGTTGAATCCTGG-TTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCGAGCTCAT
* * * * * *
5217213 TTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCATAG-TCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCAT
190 TTTCATTTTTGGACTCATGGCTTAATCAGAGATTATTTTCATTTTTTGACCTATGGTTTAATCAT
* * * * * * * * *
5217277 GGTCGTTTTTCATTTTTTTTGA-CTAGTGGTTTAATCCCT-ATCATTTTTCTTTTTTTGATTGGT
255 AGTC-ATTTTCA--TTTTTTGACCT-GTGGTCTAAT-CATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGT
* * * * *
5217340 CGTCTAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACT-TGTGGTT
315 GGTTTAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGA-TGGGTCGTC
** * * * * *
5217379 TAATCCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCTTGGTGGTTTTCATTTT
1 TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTT
5217436 TTGACTAATG
Statistics
Matches: 1329, Mismatches: 111, Indels: 50
0.89 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
348 320 0.24
349 6 0.00
350 4 0.00
351 4 0.00
352 10 0.01
353 769 0.58
354 88 0.07
355 123 0.09
356 5 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (353 bp):
TAATCCTTATCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCA
TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTCTTTTCTT
AATTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCGAGCTCATTTTCAT
TTTTGGACTCATGGCTTAATCAGAGATTATTTTCATTTTTTGACCTATGGTTTAATCATAGTCAT
TTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCT
TATCGTTTTCATTTTCTGATGGGTCGTC
Found at i:5217287 original size:141 final size:137
Alignment explanation
Indices: 5215677--5217453 Score: 469
Period size: 141 Copynumber: 12.6 Consensus size: 137
5215667 TCATTATGTA
* * * ** * * *
5215677 ACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTC-T
1 ACTCATGGTTTAATCTAG-TCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCCTGGTCG-TTTTCAT
* * * ** * * * ** *
5215741 TTTCTTAACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAATCTGGCTCAT
64 TTT-TTGACTAGTGGTTTAAT-CTGGTCATTTTCA-TTTTTGACTCATGGCTTAATCCAGATCAT
*
5215806 TTTCATTTTTGG
126 TTTCATTTTTTG
* * * * * * * *
5215818 ACTCATGGCTTAATCGAGATTATTTTCATTTTTTGA-CTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTCAT
1 ACTCATGGTTTAATCTAG-TCATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTCTAATCCTGGTCGTTTTCAT
* * * **
5215882 TTTTTGACCT-GTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCCCTATC
64 TTTTTGA-CTAGTGGTTTAATC-TGGTC-ATTTTCA-TTTTTGACTCA-TGGCTTAATCCAGATC
*
5215945 ATTTTTCTTTTTTTG
124 A-TTTTCATTTTTTG
** * * * * * ** *
5215960 A-TGGGTTGTCTAATCCTTA-TCGTTTTCATTTTCTT-ACTTGTGGTTTAATTTTGGTTGTTTTC
1 ACT-CATGGTTTAAT-C-TAGTCATTTTCATTTT-TTGACCTGTGGTCTAATCCTGGTCGTTTTC
* * * * ** * * **
5216022 ATTTTCTAACTCA-TAGTTTAGTCTCAATCATTTTCATTTTCTGACCCATGGTTTAATCTTGATC
62 ATTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCT-GGTCATTTTCATTTT-TGACTCATGGCTTAATCCAGATC
* *
5216086 ATTTTTC-TTTTCATA
124 A-TTTTCATTTT-TTG
** * * ** * * * * *
5216101 ACTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTATGGTTTAAT-CTGGCTCATTTTCAT
1 ACTCATGGTTTAAT-CTAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCCTGG-TCGTTTTCAT
* * * * *
5216165 TTTTGGACTCA-TGGCTTAATC-GAGATTATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTAAT-CATAGTC
64 TTTTTGACT-AGTGGTTTAATCTG-G-TCATTTTCA-TTTTTGACTCATGGCTTAATCCAGA-TC
5216227 ATTTTCATTTTTTG
124 ATTTTCATTTTTTG
* * * * * * *
5216241 AC-CTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGA-CTAGTGGTTTAATCCCT-ATC-ATTT
1 ACTC-ATGGTTTAATC-TAGTC-ATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTCTAAT-CCTGGTCGTTTT
* * * ** * * * *** *
5216302 --TTTTTT-A-TGGGTCGTCTAATCCTTATCGTTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATTTTGGT
61 CATTTTTTGACT-AGTGGTTTAAT-CTGGTCATTTTCA-TTTTTGACTCATGGCTTAATCCAGAT
** * *
5216363 TGTTTTCATTTTCTA
123 CATTTTCATTTTTTG
* * * * * * * *
5216378 ACTCATAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTTTGA-CTCATGGTTTAATCTTGATCATTTTTC-
1 ACTCATGGTTTAATCTAG-TCATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTCTAATCCTGGTC-GTTTTCA
* * * * ** * ** * *
5216441 TTTTCTTAATTGGTGGTTGAATCCTGGTTGTTTTCATTTTTTAACTTGTGGTTTAAT-CAGGCTC
63 TTTT-TTGACTAGTGGTTTAAT-CTGGTCATTTTCA-TTTTTGACTCATGGCTTAATCCA-GATC
*
5216505 ATTTTCATTTTTGG
124 ATTTTCATTTTTTG
* * * * * * * * * *
5216519 ACTCATGGCTTAATCAAGATTATTTTCATTTTTTGACTTATGGTTTAATCATAGCCATTTTCATT
1 ACTCATGGTTTAATCTAG-TCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCCTGGTCGTTTTCATT
* * * **
5216584 TTTTGACCT-GTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCCTTATCA
65 TTTTGA-CTAGTGGTTTAATC-TGGTC-ATTTTCA-TTTTTGACTCA-TGGCTTAATCCAGATCA
*
5216647 TTTTTCTTTTTTTG
125 -TTTTCATTTTTTG
** * ** * * * * * ** *
5216661 A-TGGGTCGCCTAATCCCTA-TCGTTTTCATTTTCTGACTTATGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCA
1 ACT-CATGGTTTAAT--CTAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCCTGGTCGTTTTCA
* * * * * * * * **
5216724 TTTTCTAACTCA-TAGTTTAGTCTCGATCATTTTCATTTTCTAACCCATGGTTTAATCTTGATCG
63 TTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCT-GGTCATTTTCATTTT-TGACTCATGGCTTAATCCAGATC-
* *
5216788 TTTTTC-TTTTCTTA
124 ATTTTCATTTT-TTG
* ** * * * * ** * **
5216802 ATTGGTGGTTGAATCTGGCTCATTTTCATTTTCTGA-CTCATGG-CTTAATCGAGATTATTTTCA
1 ACTCATGGTTTAATCTAG-TCATTTTCATTTTTTGACCT-GTGGTC-TAATCCTGGTCGTTTTCA
* * *
5216865 TTTTTTGACTCA-TGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGAC-C-TGTGGTCTAAT-CATGG
63 TTTTTTGACT-AGTGGTTTAATC-TGGTCATTTTCA-TTTTTGACTCATG-GCT-TAATCCA-GA
*
5216926 TCGTTTTTCATTTTTTG
122 TC-ATTTTCATTTTTTG
* *** * **
5216943 ACT-AGTGGTTTAATCCTTA-TCATTTTTCTTTTTTTGATGGGTCGTCTAATCCTTATCGTTTTC
1 ACTCA-TGGTTTAAT-C-TAGTCA-TTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCCTGGTCGTTTTC
* * * ** * * * *
5217006 ATTTTCTGACTTGTGGTTTAATTTTGGTTGTTTTCATTTTCTAACTCATAGTTTAGTCTC-GATC
62 ATTTTTTGACTAGTGGTTTAA-TCTGGTCATTTTCATTTT-TGACTCATGGCTTAATC-CAGATC
5217070 ATTTTCATTTTTTG
124 ATTTTCATTTTTTG
* * * * *
5217084 ACCCATGGTTTAATCTTGATCGTTTTTC-TTTTCTT-AACTGGTGGT-TGAATCCTGGTTGTTTT
1 ACTCATGGTTTAATCTAG-TC-ATTTTCATTTT-TTGACCT-GTGGTCT-AATCCTGGTCGTTTT
* * * *
5217146 CATTTTTTAACTTGTGGTTTAATCTGGCTCATTTTCATTTTTGGACTCATGGCTTAATCGAGATT
61 CATTTTTTGACTAGTGGTTTAATCTGG-TCATTTTCATTTTT-GACTCATGGCTTAATCCAGATC
5217211 ATTTTCATTTTTTG
124 ATTTTCATTTTTTG
*
5217225 ACTCATGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCAT
1 ACTCATGGTTTAATC-TAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCCTGGTCG-TTTTCA-
* * *
5217290 TTTTTTTGACTAGTGGTTTAATCCCT-ATCATTTTTCTTTTTTTGA-T--TGGTCGTCTAATCCT
63 -TTTTTTGACTAGTGGTTTAAT--CTGGTCA-TTTTC-ATTTTTGACTCATGG-C-T-TAATCCA
* * *
5217351 TATCGTTTTCATTTTCTG
120 GATCATTTTCATTTTTTG
** * * * * *
5217369 ACTTGTGGTTTAATCCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCTTGGTGGTTTTCATT
1 ACTCATGGTTTAAT-CTAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCCTGGTCGTTTTCATT
*
5217434 TTTTGACTAATGGTTTAATC
65 TTTTGACTAGTGGTTTAATC
5217454 CCCGCCGTTT
Statistics
Matches: 1242, Mismatches: 280, Indels: 230
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
135 2 0.00
136 31 0.02
137 57 0.05
138 10 0.01
139 13 0.01
140 128 0.10
141 652 0.52
142 220 0.18
143 42 0.03
144 79 0.06
145 8 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.15, G:0.15, T:0.52
Consensus pattern (137 bp):
ACTCATGGTTTAATCTAGTCATTTTCATTTTTTGACCTGTGGTCTAATCCTGGTCGTTTTCATTT
TTTGACTAGTGGTTTAATCTGGTCATTTTCATTTTTGACTCATGGCTTAATCCAGATCATTTTCA
TTTTTTG
Found at i:5217566 original size:72 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5217466--5217648 Score: 197
Period size: 72 Copynumber: 2.6 Consensus size: 70
5217456 CGCCGTTTTT
* * * * * * *
5217466 ATTTTTTGACTCGCGGTTTAATCGCGATCATTTTTATTTTTTTCACTTGTGGTTTAATCTCGGTT
1 ATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCACGATCATTTTTATTTTTTT-ACTCGTGATTTAATCCCGATC
5217531 GTTC-TTC
65 G--CATTC
* * * *
5217538 ATTTTTTGACTCGTGTTTTAATCACGATCGTTTTCATTTTTTTACTCGTGATTTGATCCCGATCG
1 ATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCACGATCATTTTTATTTTTTTACTCGTGATTTAATCCCGATCG
5217603 CATTC
66 CATTC
* * * *
5217608 ATTTTTTGACTCTTGGTTTAATCCCAATCATTTTTCTTTTT
1 ATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCACGATCATTTTTATTTTT
5217649 CATTTTTTGA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 18, Indels: 4
0.81 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
69 1 0.01
70 37 0.40
71 16 0.17
72 38 0.41
ACGTcount: A:0.16, C:0.18, G:0.14, T:0.52
Consensus pattern (70 bp):
ATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCACGATCATTTTTATTTTTTTACTCGTGATTTAATCCCGATCG
CATTC
Found at i:5217597 original size:142 final size:141
Alignment explanation
Indices: 5217230--5217648 Score: 326
Period size: 142 Copynumber: 2.9 Consensus size: 141
5217220 TTTTGACTCA
* * * * *
5217230 TGGTTTAATCATAGTCATTTTCATTTTTTGAC-CTGTGGTCTAATCATGGTCGTTTTTCATTTTT
1 TGGTTTAATCCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTC-GTGGTTTAATCACGATCG-TTTTCA--TTT
* * * **** * * * * ** *
5217294 TTTGACTAGTGGTTTAATCCCTATCATTTTTCTTTTTTTGATTGGTC-GTCTAATCCTTATCGTT
62 TTTGACTAATGATTTAATCCCGA-CCGCATTCATTTTTTGACTCG-CGGTTTAATCCCAATCATT
* * *
5217358 TTCA-TTTTCTGACTTG
125 TTTATTTTTTTCACTTG
* ** * *
5217374 TGGTTTAATCCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCTTGGTGGTTTTCATTTTTTG
1 TGGTTTAATCCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCACGATCGTTTTCATTTTTTG
* ** * * *
5217439 ACTAATGGTTTAATCCCCG-CCGTTTTTATTTTTTGACTCGCGGTTTAATCGCGATCATTTTTAT
66 ACTAATGATTTAAT-CCCGACCGCATTCATTTTTTGACTCGCGGTTTAATCCCAATCATTTTTAT
5217503 TTTTTTCACTTG
130 TTTTTTCACTTG
** *
5217515 TGGTTTAAT-CTCGGTTGTTCTTCATTTTTTGACTCGTGTTTTAATCACGATCGTTTTCATTTTT
1 TGGTTTAATCCT-GGTCATT-TTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCACGATCGTTTTCATTTTT
* ** * * ** *
5217579 TTACTCGTGATTTGATCCCGATCGCATTCATTTTTTGACTCTTGGTTTAATCCCAATCATTTTTC
64 TGACTAATGATTTAATCCCGACCGCATTCATTTTTTGACTCGCGGTTTAATCCCAATCATTTTTA
5217644 TTTTT
129 TTTTT
5217649 CATTTTTTGA
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 44, Indels: 16
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
139 1 0.00
140 32 0.14
141 48 0.21
142 92 0.41
143 6 0.03
144 45 0.20
ACGTcount: A:0.16, C:0.17, G:0.15, T:0.53
Consensus pattern (141 bp):
TGGTTTAATCCTGGTCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCACGATCGTTTTCATTTTTTG
ACTAATGATTTAATCCCGACCGCATTCATTTTTTGACTCGCGGTTTAATCCCAATCATTTTTATT
TTTTTCACTTG
Found at i:5217943 original size:105 final size:104
Alignment explanation
Indices: 5217666--5217947 Score: 248
Period size: 106 Copynumber: 2.7 Consensus size: 104
5217656 TGATTGTTTT
* * * * * * * *
5217666 CATTTTCTAACTCATAGCTTAATTCC-AGTCATTTT-CATTCTCTGACTCATAGTTTAATCCTAT
1 CATTTTCTGACTCATGGTTTAA-TCCAAGTC-TTTTGCATTTTCTAACTCGTACTTTAATCC-AG
* * *
5217729 TCATTTTTCTTTTTTTGATCGATGGTTTAATCCCAGTCATTTC
63 TCA-TTTTCTTTTTCTGATCAATGGTTTAATCCCACTCATTTC
* ** ** * *
5217772 CATTTTTTGACTCATGGTTTAATCTTAGTCTTTTGCATTTTCTGGCTCGTGCTTTAATCTAGGTC
1 CATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCAAGTCTTTTGCATTTTCTAACTCGTACTTTAATCCA-GTC
** *
5217837 ATTTTCTTTTTCTGACTCAAT-GTTTAATCCCACTTGTTTT
65 ATTTTCTTTTTCTGA-TCAATGGTTTAATCCCACTCATTTC
* * *
5217877 CATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCCAAGTTTTTTTTCATGTTT-TAACTCGTACTTTAATCCAGT
1 CATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCAAG-TCTTTTGCAT-TTTCTAACTCGTACTTTAATCCAGT
5217941 CATTTTC
64 CATTTTC
5217948 ATTTCTTAAC
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 28, Indels: 13
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
105 68 0.48
106 71 0.50
107 3 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.20, G:0.11, T:0.50
Consensus pattern (104 bp):
CATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCAAGTCTTTTGCATTTTCTAACTCGTACTTTAATCCAGTCA
TTTTCTTTTTCTGATCAATGGTTTAATCCCACTCATTTC
Found at i:5218474 original size:211 final size:210
Alignment explanation
Indices: 5218037--5218518 Score: 505
Period size: 211 Copynumber: 2.3 Consensus size: 210
5218027 TTTTTATCAT
* * ** * *
5218037 TTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTAATTGTTTTCATTTTTTGACTCAATG-TTTAATCTC
1 TTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCCGATTGTTTTCATTTTTTAACTC-ATGATTTAAACTC
* * *
5218101 GACCGTTTTCCTTTTTCTAGCTAGTGGTTTAATCTCTGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTT
65 AACCGTATTCATTTTTCTAGCTAGTGGTTTAATCTCTGTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGTTT
* * * * *
5218166 AATCCTTATCATTTTCATTTTTTGACTAGTGATTTTATTCTGGTCATTTTTTATTTCTGACTCGT
130 AATCCTGATCATTTTCATTTTCTGACTAGTGATTTAATTCTAGTCATTTTTTATTTCTAACTCGT
*
5218231 GATTTAATCTCAGTCG
195 GATTTAATCTCAGTCA
* * *
5218247 TTGTCATTTCTTGACTCATGATTTAATCCCGATTGTTTTCATTTCTTAACTCGTGATTTAAACTC
1 TT-TCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCCGATTGTTTTCATTTTTTAACTCATGATTTAAACTC
** * * *
5218312 AATTGTATTCATTTTT-TTGACTCGTGGTTTAATCT-TGGTCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGT
65 AACCGTATTCATTTTTCTAG-CTAGTGGTTTAATCTCT-GTCATTTTCATTTTTTGACTCATGGT
* * *
5218375 TTAAT-CTCGATCATTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAA-TCTCAGTC-TTTTTTGTTTTCTAA
128 TTAATCCT-GATCATTTTCATTTTCTGACTAGTGATTTAATTCT-AGTCATTTTTT-ATTTCTAA
* **
5218437 CTTGT-AGTTTAATAC-GGGTCA
190 CTCGTGA-TTTAAT-CTCAGTCA
* ** *
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TTTCATTTTTTGACTCATGATTTAATCCCGATTGTTTTCATTTTTTAACTCATGATTTAAACTCA
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ATCCTGATCATTTTCATTTTCTGACTAGTGATTTAATTCTAGTCATTTTTTATTTCTAACTCGTG
ATTTAATCTCAGTCA
Found at i:5218778 original size:70 final size:69
Alignment explanation
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5218022 TCATTTTTTT
* * *
5218032 ATCATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATC-CTAATTGTTTTCATTTTTTGACTCAATG-TTT
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* * * * ** * *
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*
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* * * * * **
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*
5218235 TAATCTC
63 TAATCTG
* * * * * * * * **
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1 A-TCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATTGTTTTCATTTTTTGACTCAAGATTTA
* *
5218307 AACTCA
65 ATCT-G
** * * * * * *
5218313 ATTGTATTCATTTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTTGGTCGTTTTCATTTTTTGACTCATGGTTTA
1 ATCATTTTCA-TTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATTGTTTTCATTTTTTGACTCAAGATTTA
5218378 ATCTCG
65 ATCT-G
* ** * * **
5218384 ATCATTTTCATTTTCTGACTCGTGGTTTAATCTC-AGTCT-TTTTTGTTTTCTAACTTGTAG-TT
1 ATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGA-T-TGTTTTCATTTTTTGAC-TCAAGATT
*
5218446 TAATACGG
63 TAAT-CTG
* * *** * ** * * *
5218454 GTCATGTTCATTTTTTGACTCACAGTTTAATCCCGATCATTTTCATTTTTTAATTCATGATTTAA
1 ATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATTGTTTTCATTTTTTGACTCAAGATTTAA
*
5218519 TTTG
66 TCTG
** * * * * * *
5218523 ATCATTTTTCATTCCTTGACAT-GTGATTTAGTTTCGATGGTTTTGATTTTCTT-ACTTAAGATT
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* *
5218586 TATTCTT
63 TAATCTG
* * ** * * *
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1 A-TCA-TTTTCATTTTTTGAC-TCGTGGTTTAATCTCGATTGTTTTCATTT-TTTGACTCAAGAT
*
5218656 TTAATGACGG
62 TTAAT--CTG
* ** * * * *** * *
5218666 TTGTTTTTCATTTTCTAACTTGTGACATAATCTTGATCGTTTTCATTTTTTGACTCACAG-TTTA
1 ATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATTGTTTTCATTTTTTGACTCA-AGATTTA
5218730 ATACTG
65 AT-CTG
* * * * *
5218736 ACCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGGTTGTTTT--TGTTTCTAACTCATGATTTA
1 ATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATTGTTTTCAT-TTTTTGACTCAAGATTTA
*
5218799 ATTTCG
65 ATCT-G
* *
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Statistics
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ATCATTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCTCGATTGTTTTCATTTTTTGACTCAAGATTTAA
TCTG
Found at i:5218934 original size:35 final size:35
Alignment explanation
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Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
5218876 TCATTTTCGT
* *
5218886 TTTTCTTATTCGTGATTTAATCCTT-CTTGTTTTCA
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* *
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*
5218956 TTATCTAA
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Statistics
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TTTTCTAACTCGTGATTTAATCTTGCTTGTTTTCA
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Alignment explanation
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Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
5218974 AATCCCTCTC
*
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*
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1 ATTTT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (21 bp):
ATTTTCATTTTCTGACTCATG
Found at i:5219152 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 5219076--5219616 Score: 299
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5219066 GTCTCGATCA
* * * * *
5219076 TTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTGCTCGTTTTTCTTTTTTTGACTGGTGGTTTAATCC
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66 TAGTTG
* * * * * *
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** *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* *
5219350 TCCTAATCG
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* * * * ** *
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1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTGCTCATTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCC
** *
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66 TAGTTG
* * * * *
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1 TTTTCATTTTTTG-ACTCGTGGTTTAATC-CTGCTCATTTTTCA-TTTTTTGACTCGTGGTTTAA
* *
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* * * * * *
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* * *
5219563 -CCCAATGG
63 TCCTAGTTG
** * ***
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TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTGCTCATTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCC
TAGTTG
Found at i:5219168 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5219006--5219599 Score: 305
Period size: 35 Copynumber: 16.8 Consensus size: 35
5218996 TGACTTATGA
* * * * *
5219006 TTTTCATTTTCTGACTCGTGATTT-TTTCTCAGTCA
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* * * * * *
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* *
5219076 TTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCT-GCTCG
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* * *
5219111 TTTTTCTTTTTTTGACTGGTGGTTTAATCCTAGTTG
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* * * *
5219147 CTTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAAT-CTGGCTCA
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** * * * ** **
5219182 TTTTTGTTTTTTGACTCATCGCTTAAT-CGGGATTA
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* * *
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* * * * * *
5219252 TTTTTATTTTTTGACCCGTGGTCTAATCATGGTCAT
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTAGTC-G
*
5219288 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCCTA-TCAT
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAAT-CCTAGTC-G
* * * *
5219324 TTTTC-TTTTTCTG-TTGGGTAGTTTAATCCTAATCG
1 TTTTCATTTTT-TGACT-CGTGGTTTAATCCTAGTCG
* * *
5219359 TTTTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAATCCTGGTCG
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** * **
5219394 TTTTCATTTTTTGACTAATGGTTTCATCCCCGTCG
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTAGTCG
* * * * *
5219429 TTTTCA-TTTTTGAACTTGCGGTTTAATCGC-GGCCA
1 TTTTCATTTTTTG-ACTCGTGGTTTAATC-CTAGTCG
* * *
5219464 TTTCCATTTTTTTGACTTGTGGTTTAAT-CTCGGTCG
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* * *
5219500 TTTTTCATTTTTTGACTTGTGTTTTAATCACGA-TCG
1 -TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATC-CTAGTCG
* * * * *
5219536 TTTTCATTTCTTGACTCGTGATTTGAA-CCCAATGG
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** *
5219571 CATTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCC
1 TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCC
5219600 CAATCATTTT
Statistics
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Consensus pattern (35 bp):
TTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCTAGTCG
Found at i:5219763 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5219005--5219833 Score: 261
Period size: 35 Copynumber: 23.8 Consensus size: 35
5218995 CTGACTTATG
* * ** *
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* * *
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1 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* *
5219075 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCTGCTC
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* * * ** * *
5219110 GTTTTTCTTTTTTTGACTGGTGGTTTAATCCTAGTTGC
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* ** ** *
5219148 --TTTCATTTTTTGACTTGTGGTTTAATCTGGCTC
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** * * * ** *
5219181 ATTTTTGTTTTTTGACTCATCGCTTAATCGGGATT
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* **
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* * * * * ** *
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1 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* * *
5219286 ATTTTTCATTTTTTGACTCGTGGTTTAATCCCTATC
1 A-TTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* * ** * **
5219322 ATTTTTCTTTTTCTG-TTGGGTAGTTTAATCCTAATC
1 A-TTTTCATTTTCTGACT-CATGGTTTAATCCCGATC
* ** * *
5219358 GTTTTCATTTTCTGACTTGTGGTTTAATCCTGGTC
1 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* * * *
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* *** * **
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1 ATTTTCATTTTCTG-ACTCATGGTTTAATCCCGATC
* * ** * *
5219463 ATTTCCATTTTTTTGACTTGTGGTTTAATCTCGGTC
1 ATTTTCA-TTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* * ** * *
5219499 GTTTTTCATTTTTTGACTTGTGTTTTAATCACGATC
1 -ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* * * *
5219535 GTTTTCA-TTTCTTGACTCGTGATTTGAA-CCCAATGGC
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* *
5219572 A--TTCATTTTTTGACTCATGGTTTAATCCCAATC
1 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
*
5219605 ATTTT--TCTTT-T---TCAT--TTT--T--TGATC
1 ATTTTCAT-TTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* * *** * * *
5219629 GTTTTCATTTTCTAACTCGCAGCTTAATTCCAATC
1 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* * * *
5219664 ATTTTCATTTTTTGGCTCATGGTTTAATCCTGTTC
1 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
* *
5219699 ATTTTTCTTTTTTTGACT-AGTGGTTTAATCCCGATC
1 A-TTTTCATTTTCTGACTCA-TGGTTTAATCCCGATC
* ** *
5219735 ATTTCCATTTTCTGACTCATGGTTTAAT-CTTAGTT
1 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGA-TC
* * * * * ** *
5219770 GTTTCCATTTTCTGGCTCGTGCTTTAATCTAGGTC
1 ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
*
5219805 ATTTTCTTTTTCTGACTCAAT-GTTTAATC
1 ATTTTCATTTTCTGACTC-ATGGTTTAATC
5219834 TCAGTTGTTT
Statistics
Matches: 606, Mismatches: 144, Indels: 88
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (35 bp):
ATTTTCATTTTCTGACTCATGGTTTAATCCCGATC
Found at i:5219845 original size:35 final size:33
Alignment explanation
Indices: 5219740--5219848 Score: 110
Period size: 35 Copynumber: 3.1 Consensus size: 33
5219730 CGATCATTTC
*
5219740 CATTTTCTGACTCATGGTTTAATCTTAGTTGTTTC
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* * **
5219775 CATTTTCTGGCTCGTGCTTTAATCTAGGTCATTTT
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*
5219810 CTTTTTCTGACTCAATGTTTAATCTCAGTTGTTTT
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5219845 CATT
1 CATT
5219849 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 11, Indels: 8
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.17, C:0.18, G:0.14, T:0.51
Consensus pattern (33 bp):
CATTTTCTGACTCATGTTTAATCTAGTTGTTTT
Found at i:5220937 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5220875--5254482 Score: 1361
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5220865 TATGATCGAA
* *
5220875 ATTAAATCACGAGTAAAAAATGAAAATGATCGGG
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* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *
5220944 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATACAATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** * *
5220979 TTTAAATCACGAGTTAAGAAATGAAAACAATCAGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * * * *
5221014 ATTAAATCGTGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * **
5221049 ATTAAATCACAAGTCAGAAATAAAAAATGACCAAG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * ***
5221084 ATTAAATCACTAGTCAAAAAATGAAAATGATAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5221119 ATTAAACCACGGGTCAGAAAATGAAAATGACCGAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCG-GG
* * * *
5221155 -TTAAACCACTAGCTAGAAAAAGGAAAACGACCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5221190 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAATG-AAA--A-C--G
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5221219 ATCAAA--A--AATGAAAAAA--AAAGTTATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** *
5221248 ACTAAACCACGAGTTAGAAAATGAATGGGACC--A
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5221281 ATTTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGACTGGG
1 A-TTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** **
5221317 ATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAACCTAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ** **
5221353 ATTAAACCACGAGTCAGAAAACGAAAACAAGTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
5221388 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAATGACCTAG
1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ***
5221423 ATTAAAGCACGAGCCAGAAAATGGAAACGACTAAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5221458 ATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAATGATC-GG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ****
5221492 ATTAAACCACCAGTTAGAAAAA-GAAAAATGAATAAG
1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ** *
5221528 ATTAAACCATGAGTCAAGAAATGAAAATGATTGGA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5221563 ATTAAGCTACGAGTTAGAAAATG---A-GAAC--G
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
5221592 A-TAAA--AC-AATGAAAAAGAAAAATGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
5221622 ATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGTGACCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** * *
5221657 TTTAAATCACGAGTCAAGAAATGAAAACAATCGTG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5221692 ATTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * * *
5221728 ATTAAATCACAAGTCAAAAAAATGAAAATGATCGCG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ***
5221764 ATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAAAGGACCACA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ***
5221800 ATTAGACCACGAGTCAAAAAATCAAAATGACTATG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5221835 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCTTG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * **
5221870 ATTAAGCCA--TGTCAGAAAATGAAAATAAGCTAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5221903 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGGGAAACA-AACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAAT--GAAA-ATGACCGGG
* * * * *
5221940 ATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAACGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * *
5221975 ATTAAACCATG-GTCGAAAATGAAGATGGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAAT-GACCGGG
* * * *
5222009 ATTAAACTATGAGTCAAAAAATGGAAAATGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * *
5222045 AATAAA-CACGAGTCATAAAATGAAAATG-CGAGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * * * * ** ***
5222079 ATTAGACCGC-ATCTTAGATAATGAAAACAACCAAA
1 ATTAAACCACGA--GTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** **
5222114 ATTAAATCACGAGTCAAAAAATGAAAACAACAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5222149 ATTAAATCACGAATCAAAAAAATGAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * * *
5222185 ATTAAATCATGAGTCAGGGAA-CAAAAGCGA-TGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAA-TGACCGGG
*** ***
5222219 AATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAA
1 -ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * ** ** *
5222255 ATTAAATCGTGAGTCAGAAAACAAAAACAACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5222290 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
5222325 ATTAAACCGTGAGTAAAAAAATGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** **
5222360 ATTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCGTC
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
5222396 ATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATCGAT
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5222432 ATTAAATCAC-ATGTCAAAAATCGAAAACT-ACTGAG
1 ATTAAACCACGA-GTAAAAAAT-GAAAA-TGACCGGG
* * * * * ** * **
5222467 AATAAATCATGAGTCAGAAAATCAAAACCACAGAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * ** **
5222502 ACTAAATCATGTGTCAGAGAATGAAAAATGATTGAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* *
5222538 ATTAAATCACGAGTTAAAAAATGAAAATGACCTGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* *** * ***
5222573 ATCAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATAACCCAT
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5222608 ATTAAACTATGAGTTAGAAAATAAAAAAGACCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * **
5222643 ATTAAATCATGAGTCAGAAAATGAAAACGATCAAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5222678 ATTAAACCATGAGTTAAAAAATAAAAACGACTAGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** *
5222713 ATTAAACCGCGAGTCAAAATATGAATACAATC-GG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** **
5222747 ATTTAAATCGCGAGTTAAGAAATGAAAACAATAGGG
1 A-TTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
5222783 ATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * * *
5222818 ATTAAATCAATAGTTAAAATTAAAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * ** ****
5222853 ATTAAATCACTAGTCAAAAAATGAAAACAATAAAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5222888 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5222923 ATTAAACCACTAGCTAGAAAAAGGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
5222959 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAACAAAAATGATTGGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5222994 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATC--G
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
5223027 --TAAA--ATGAAAAAAAAATG---AT---CGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
5223051 ACTAAACCACGAGTCAGAAAAAAGAAAATGACCTAG
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** ***
5223087 ATTAAAGCACGAGCTAGAAAATGGAAACAACTAAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * **
5223122 ATTAAATCATGTGTCAGAAAAATGGAAATAATTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5223158 ATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGAGCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ** * * *
5223194 ATTAAACCATGGGTCAGGAATTGAAAATGACTGGA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5223229 ATTAAGCTACGGGTTAGAAAATG---A-GAAC--G
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * ** *
5223258 A-TAAA--AAAAATGAAAAA-GAAAAATGATTGAG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * *** *
5223289 ATTAAACAATGAGTCAAAAATGAATGCGATCGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **** ** ** * **
5223323 GTAAAATTGTGAGTCAAGGAATGAAAGCGATCATG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5223358 ATTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
*** *
5223394 ATTAAACCGTAAGTCAAAAAAATGAAAATGA-CGCG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
5223429 ATTAAACCGTGAGTCGAAAGATGAAAACGA-CGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** **
5223463 ATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAACA--ACCCAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAA-ATGACCGGG
* * * *
5223497 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5223532 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5223567 ATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGATAGGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* *
5223603 ATTAAACCACGAGTCAAAAATGAAAAAGGACAC--G
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATG-AAAATGAC-CGGG
* * ***
5223637 ATTAGACCACGAGTCAAAAATGAAAATGACTATG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5223671 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCC-TG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * *
5223706 ATTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAAAACTGAGCC-AG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAA-TGA-CCGGG
* * ** *
5223742 ATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5223777 ATTAAACCACCAGTCAAAAAA-GAAAAATGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * *
5223812 ATTAAACCATGGGTCAGAAAATGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5223847 ATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ***
5223882 AATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAATGTGAGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * * ** ***
5223917 ATTAGACCGCGTCTTAGATAATGAAAACAACCAAA
1 ATTAAACCACG-AGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
5223952 ATTAAATCACGAGTCAAAAATGAAAACAACAAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5223986 ATTAAATCACGAATCAAAAAAATGAAAATGA-CAGG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **** * * *
5224021 ATTAAATCATGAGTCGGGAA-CAAAAGCGA-TGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAA-TGACCGGG
* ***
5224054 AATTAAACGTA--AGTCAAAAAATGAAAA--ACCAAA
1 -ATTAAAC-CACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *
5224087 ATTAAA-CACGAGTCAGAAAACA-AAAAACAACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAA-ATGAAAATGACCGGG
* *
5224122 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
5224157 ATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
5224192 ATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGTC
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
5224228 ATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATCGAT
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5224264 ATTAAATCAC-ATGTCAAAAATCAAAAACT-ACTTGAG
1 ATTAAACCACGA-GTAAAAAAT-GAAAA-TGAC-CGGG
* * * * * ** **
5224300 AATAAATCATGAGTCAGAAAATCAAAACCACCGAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * **
5224335 ACTAAATCAC-ATGTCAGAGAACGAAAAATGATCGAA
1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* *
5224371 ATTAAATCACGAGTTAAAAAATGAAAATGATCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * *
5224406 ATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCCGT
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
5224441 ATTAAACTACGAGTTAGAAATAAAAAAGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5224475 ATTAAACCGCGAGTCAGAAAATGAAAACGACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
5224510 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACTAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *
5224545 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATACAATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ** *
5224580 TTTAAATCGCGAGTTAAGAAATGAAAACAATCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
5224615 ATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5224650 ATTAAATCACGAGTCAGAAATAAAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * * ***
5224685 ATTAAATCACTAGTCAAAAAATGAAAACGATAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5224720 ATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAATGACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5224755 ATTAAACCACTAGCTAGAAAAAAGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5224791 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
*
5224826 ATTAAACCACGAGTCAGAAAATG-AAA--A-C--G
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * **
5224855 ATCAAAAAATGAAAAAAAAATG---AT---CGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** *
5224883 ACTAAACCACGAGTTAGAAAATGAATGCGACC-AG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5224917 TTTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGACTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** *
5224952 ATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAACCTGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * ** **
5224988 ATTAAACCACGAGTCAGAAACGAAAACAAGTGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
5225022 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAATGACCTAG
1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ***
5225057 ATTAAAGCACGAGCCAGAAAATGGAAACGACTAAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5225092 ATTAAACCATGAGTCAGAAAATGGAAATGACC-GG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5225126 ATTAAACCACCAGTCAGAAAAA-GAAAAATGAACAGG
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATG-AAAATGACCGGG
* ** * *
5225162 ATTAAACCATGAGTCAGGAAATGAAAATGACTGGA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5225197 ATTAAGCTACGAGT----TA-GAAAATGAAC--G
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * ** * *
5225224 ATAAAAAAATGAAAAAGAAAAATG--ATTG---GGA
1 ATTAAACCACG-AGTA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** ** * ** *
5225255 TTAAACCATGA-G-TCAGAAAATGAATGTGATCGGG
1 ATTAA--ACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5225289 TTTAAATCACGAGTCAAGAAATGAAAACGATCGTG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5225324 ATTAAAACACGAGTCAAAAAATAAAGAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* *
5225360 ATTAAACCACAAGTCAAAAAAATGAAAATGACCGCG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * * *
5225396 ATTAAACCGTGAGTCGAAAGATGAAAACGACAGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * ** ***
5225431 ATTAAACCGTGCGTCAAAAAATGAAAACAACCCAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5225466 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * *
5225501 A-CAAAAAATGA--AAATGATTAGGATTAAACT-ACC--G
1 ATTAAACCACGAGTAAA--A--A--ATGAAAATGACCGGG
* ** * * **
5225535 ATCAAA--AAAAG--AAAAATG-ATAGGA---TT
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * **
5225561 A-AAACCACGA-G-TCAAAAAATGAAAAAGACCACG
1 ATTAA--ACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* ***
5225594 ATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGACTATG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5225629 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCC-TG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * *
5225664 ATTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAAAATGAGCC-AG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * ** *
5225699 ATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5225734 ATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * *
5225770 ATTAAACCATGGGTCAGAAAATGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5225805 ATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5225840 AATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAATG-CGAGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * ** * * ** ***
5225875 ATTAGACCGCGTCTTAGATAATGAAAACAACCAAA
1 ATTAAACCACG-AGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
5225910 ATTAAATCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5225945 ATTAAATCACGAATCAAAAAAATGAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **** * * *
5225981 ATTAAATCATGAGTCGGGAA-CAAAAGCGA-TGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAA-TGACCGGG
*** * ***
5226014 AATTAAACCGTAAGTCAAAAATGAAAA-GACCAAA
1 -ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** ** *
5226048 ATTAAACCATGAGTCAGAAAACAAAAACAACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5226083 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
5226118 ATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** **
5226153 ATTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCGTC
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
5226189 ATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATCGAT
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5226225 ATTAAATCAC-ATGTCAAAAATCAAAAACT-ACTGAG
1 ATTAAACCACGA-GTAAAAAAT-GAAAA-TGACCGGG
* * * * * ** **
5226260 AATAAATCATGAGTCAGAAAATCAAAACCACCGAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * **
5226295 ACTAAATCAC-ATGTCAGAGAACGAAAAATGA-CGAA
1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* *
5226330 ATTAAATCACGAGTTAAAAAATGAAAATGATCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * *
5226365 ATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCCGT
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5226400 ATTAAACTACGAGTTAGAAAATAAAAAAGATCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5226435 ATTAAACCGCGAGTCAAAAAATGAAAACGACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5226470 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *
5226505 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATACAATC-GG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * ** *
5226539 TTTAAATCGTGAGTTAAGAAATGAAAACAATCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
5226574 ATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5226609 ATTAAATCACGAGTCAGAAATAAAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * * ***
5226644 ATTAAATCACTAGTCAAAAAATGAAAACGATAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5226679 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5226714 ATTAAACCACTG-GCTAGAAAAAGGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCAC-GAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * **
5226750 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAACGAAAACGA-TTGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5226784 ATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACGATC--G
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5226817 A--AAA--ATGA-AAAAAAATG---AT---CGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** *
5226840 ACTAAACCACGAGTTAGAAAATGAATGTGACC-AG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
5226874 TTTGAATCATGAGTCAAGAAATAAAAATGACTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** **
5226909 ATT-AAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAACTTGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
** * * ** **
5226944 ATTAAACCACGAGTCGAAGACGAAAACAAGTGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
** ****
5226978 ATTAAA-CATTAAGTCAGAAAAA-GAAAATGACATAC
1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ***
5227013 ATTAAAGCACGAGCCAGAAAATGGAAACGACTAAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
5227048 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGGAAATGACCGAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ***
5227083 ATTAAACCACCGA-TCAAAAAAAGAAAAATGAGTAGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* ** ** *
5227119 ATTAAACCATGAGTTAGGAAATGAAAATGACTAGA
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * **
5227154 ATTAAGCTACGAGT----TA-GAAAATGAGCACG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * ** *
5227183 ATAAAAAAATGA--AAAAAA--A--ATGATTGAG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5227211 ATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAGTGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5227246 TTTAAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGATCGTG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5227281 ATTAAAACACAAGTCAAAAAATGAAGAACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * * * ** * *
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* **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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* * *
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* * * * *
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* * ** **
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*** ***
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* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
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* * * *
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*** * *
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* *** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * *
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**** * **
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* ** *
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* *** *
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* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ***
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* * * * * * ***
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* * **
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* ** ** **
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* * * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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** ** * * * *
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** ** * * * *
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** * ** **
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** * * **
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* * * **
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* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * * *
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*** ***
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* *
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** * * *
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* * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
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* * * *
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*** * *
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* * * *
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* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * ***
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* *
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* * * *
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* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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* * * * * *
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** ** **
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* * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ***
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* *
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* * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
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* *** *
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1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
** *
5231278 ATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGA-CGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * **
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAA-ATGACCGGG
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* * ** ***
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* * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * * *
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*** * ***
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* ** ** *
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* *
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* * * ** **
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** *
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* * * * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * ** * * * * **
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* * * *
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*** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ** *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
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* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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* * *
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* * ** * **
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* **
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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** ** *
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* * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ***
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* * * * ***
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* *
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* ***
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* ** ** *
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* * * * **
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* * * ** *** *
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* ** *
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** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * *
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** * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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* * * * *
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* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * ** * * ** ***
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1 ATTAAACCACG-AGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * **** * * *
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*** ** ***
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1 -ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * * * *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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** * * * * * **
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* * *
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*** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
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* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 A-TTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * * ** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * * ***
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* * *
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** * *
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* * ** * **
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* ** * * *
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* ** **
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *** *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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1 AT-TAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ***
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* * * * * ***
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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* *
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* ** * ** *
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* * * *
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* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** **
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* * * *
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* * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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* **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
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* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-A---AAAAATGAAAATGACCGGG
*** ****
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATG-ACCGGG
* *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGAC-CG-GG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * **
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*
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
**** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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*** * *
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* ** *
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1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ** *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** ** * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * **
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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* * * **
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGTAAA-AAATGAAAATGACCGGG
* * *** *
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* * * *
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** ** *
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* * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * **
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* *
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* * *
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* ** * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * ** *
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1 ATTAAACCACG-AGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* *** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
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1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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* **
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* ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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* * * *
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* * **
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* * * ** *
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*** ***
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* * * ** **
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* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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* *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
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* * ** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
** * ** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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** * * **
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* ** ***
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* *
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* ** * * **
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** **
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**
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* * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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* * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAA-AATG-AAAATGACCGGG
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* * * *
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* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * ** * * * ****
5239011 ATTAGACCGCGTCTTAGATAATG-AAATCAACTAAA
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* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5239081 ATTAAATCACGAATCAAAAAAATGAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * * * *
5239117 ATTAAATCATGAGTCAGGGAA-CAAAAGCGA-TGGAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAA-TGACCGG-G
*** ***
5239152 ATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5239187 ATTAAACCACGAGTCAAAAAA-CAAAA-GCAACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATG--ACCGGG
* * * * *
5239222 ATTAAAACATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * ** ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGA-GTAAAAAAT-GAAAA-TGACCGGG
* * * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ***
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1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* **
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * *
5239469 ATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCCGT
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5239539 ATTAAA-TA-GTAAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACG--AGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
*
5239609 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATG--AATGCAATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATG--ACCGGG
* * * * * *
5239644 TTTAAATCACGAGTTAAAAATGAAAATAATCAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
5239678 ATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5239713 ATTAAATCACGAGTCAAAAATAAAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * * ***
5239748 ATTAAATCACTAGTCAAAAAATAAAAATGATAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5239783 ATTAAACCATGAGTCAAAAATGAAAATGATCGAT
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * ***
5239853 ATTAAA-CATTGAGTCAAAAAACGAAAATGATTTGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** *
5239888 ATTAAACCACGAGTCAGAAAATTAAAACAATC---
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
5239920 A-TAAA--ATGAAAAAAAAATG---AT---CGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *** * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * ** *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * ***
5240117 ATTAAAGCACGAGCCAAAAATGGAAACGACTAAG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5240254 ATTAAGCTATGAGTTAGAAAATG---A-GAAC--G
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
5240283 A-TAAAAAATTGA-AAAAAAATG---AT---TGGG
1 ATTAAACCA-CGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * * *
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* * *
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1 ATT-AAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* *** *
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1 ATTAAA-C-CACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ***
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ***
5240769 ATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGACTAAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * * * ** ***
5240839 ATTAGACTGCATC--TTAGATAATGAAAACAACCAAA
1 ATTAAAC--CA-CGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAA-TGACCGGG
** ***
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1 -ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACC-GGG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGA-GTAAAAAAT-GAAAA-TGACCGGG
* * * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * **
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1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
*** ****
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG---AAAATG-----ACCGGG
* ** * *** *
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* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** ** **
5241451 ATTAAAGTATAAGTTAAAAAATGAAAAACAACTTGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * **
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ***
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ** ****
5241662 ATTAAACCATGAATCAGGAAATGAAAATGACTATA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * * * * ***
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAAT-GACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * ***
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1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCG-GG
* *
5241934 -TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGA-GTAAAAAAT-GAAAA-TGACCGGG
* * * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * * **
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1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * *
5242181 ATTAAATCATGAGTTAAAAAATGAAAATGATCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
*** *
5242216 ATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGATCC-GT
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * * * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ***
5242356 ATTAAATCACGAGTCAGAAATAAAAAATGACCCAA
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * ** ***
5242391 ATTAAATCACTAGTCAAAAAATGAAAACAATAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5242461 ATTAAACCACTAGCTAGAAAAAGGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * **
5242497 ATTAAA-GATTGAGTCAGGAAACGAAAATGATTGGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * * * * * *** *
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* * * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** *
5242658 ATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAACCTGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
5242729 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAATGACCTAG
1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5242799 ATTAAACCATGAGTCAGAAAATGGAAATGATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5242834 ATTGAACCATC-AGTCAAAAAAAGAAAAATGAGCAGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ** ** *
5242870 ATTAAACAATGAGTCAGGAAATGAAAATGACTAGA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5242905 ATTAAGCTACGAGTTAGAAAATG---A-GAAC--G
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** **
5242934 A-TAAA--A-AAATGAAAAAGAAAAATGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *** *
5242964 ATTAAACCATGAGTCAGGAAATGAATGCGATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** * *
5242999 TTTAAATCACGAGTCAAGAAATGAAAACAATCGTG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5243034 ATTAAAACATGAGTCAAAAAATGAAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* ** * *
5243070 ATTAAATCATAAGTCAAAAAATTGAAAATGATCGCG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAA-TGAAAATGACCGGG
* ** * * * *
5243106 ATTAGACCGTGAGTCGAAAGATGAAAACGACAGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** **
5243141 ATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5243176 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCTGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ** *
5243211 AGTAAACGACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5243246 ATTAAACTACCCA-TCAGGAAAA-GATAAATGATAGGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATGA-AAATGACCGGG
* **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * ***
5243318 ATTAGACCACAAGTCTAAAAATGAAAATGACTATG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5243353 ATTAAACCATGAGTTAAAAAATGAAAAATAATCC-TG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGA-CCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* *** ** ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * *
5243495 ATTAAACCATGGGTCAAAAAATGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5243530 ATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGAAAATGACTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-----AA--AAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5243571 AATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAATG-CAAGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * ** * * ** ***
5243606 ATTAGACCGCGTCTTAGATAATGAAAACAACCAAA
1 ATTAAACCACG-AGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5243676 ATTAAATCACGAATCAGAAAAATGAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *** * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAA-TGACCGGG
*** ***
5243747 ATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
**** * ** * *
5243782 ATTAAATTGTGAGTCAAAAA-GCAAAAAAACTGAG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* *
5243816 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * * * *
5243851 ATTAAACCGTAAGTCAGAAAATGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
5243886 ATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGTC
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
5243922 TTTAAATCATGAGTAAGAGAAATGAAAATGATCGAT
1 ATTAAACCACGAGTAA-A-AAATGAAAATGACCGGG
* * ***
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** * * ** * **
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* * * * * **
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1 ATTAAACCACGA-GTAA-AAAATG-AAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * *
5244099 ATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCCGT
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5244134 ATTAAACTAAGAGTTAGAAAATAAAAAAGA-TGGAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGG-G
* * * *
5244169 ATTAAACCGCAAGTCAAAAAATGAAAACGACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ***
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** *
5244239 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATACAATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * * * ** **
5244274 TTTAAATCGTGACTTAAGAAATGGAAACAATTGGG
1 ATTAAACCACGA-GTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
5244309 ATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5244344 ATTAAATCAAGAGTTAAAAATAAAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * * *** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** ** *
5244577 TTTGAATCATAAGTCATGAAATGAAAATGACTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * ** *
5244612 ATTAAAGTATGAGTAAAAAAATGAAAAACAACCTGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * **
5244648 ATTAAACCACGAGTCAGAAAACGAAAATAAGTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
5244683 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAATGACCTAG
1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ***
5244718 ATTAAAGCACGAGCCAGAAAATGGAAACGACTAAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5244753 ATTAAATCATGAGTCAAAAATGGAAATGACCGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5244787 ATGAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGAACAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * *
5244823 ATTAAACCATGAGTCAAGAAATGAAAATGACTGGA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ***
5244858 ATTAAGCTACGAGTTAGAAAATGAAAA-CA-ATAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
5244891 A--AAA--ATGA--AAAAGA--AAAATGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* *** *
5244917 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAATGCGATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5244952 TTTAAATCACGAGTCAAGAAATGAAAACGATCGTG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5244987 ATTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACGACTC-AG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGAC-CGGG
* * * * *
5245023 ATTAAATCGCAAGTCAAAAAAATGAAAATTACCGTG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * * ** **
5245059 ATTAAACTGTGAGTCGAAAGATGAAAGCGACAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** ** **
5245094 ATTAAATCGTGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5245129 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGTCCAGC
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5245164 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ***
5245199 ATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGATAAGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * **
5245235 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATAAAAAAGAACCACG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATG-ACCGGG
* ***
5245271 ATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGACTATG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5245306 ATTAGACGATGAGTCAAAAAAAGAAAATAATCC-TG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
** * * **
5245341 ATTAGGCCATGAGTTAGAAAATGAAAATGACCTAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5245411 ATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * *
5245447 ATTAGACCATGGGTTAAAAAATGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5245482 ATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ***
5245517 AATAAACCTCGAGTCATAAAATGAAAATG-CAAAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * * ** ***
5245551 ATTAGACCGCGCTTAGATAATGAAAACAACCAAA
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAA-TGACCGGG
*** ****
5245690 AATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACTAAA
1 -ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * ** ** * *
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1 ATTAAA-CCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5245761 ATTAAACAATGAGTCAAAAAATAAAAATGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
5245796 ATTAAACCGTGAGTCAAAAAAATGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ** ***
5245832 AGTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCATC
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGA-GTAAAAAATGAAAA-TGACCGGG
* * * * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * **
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1 ATTAAACCACGA-G-TAAAAAATGAAAA-TGACCGGG
*
5246009 ATTAAA-TACGAGTTAAAAAATGAAAATGACCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
*** * *
5246043 ATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCTGT
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * * *
5246078 ATTAAACTACGAGTTAGAAAACAAAAAAGACTGAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5246113 ATTAAATCGCGAGTCAGAAAATGAAAATGACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5246148 ATTAAATCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5246183 ATTAAACCGCGAGTCAAAAAATG--AATGCAATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATG--ACCGGG
* * * ** *
5246218 TTTAAATCACGAGTTAAGAAATGAAAAAAAATCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * * * *
5246254 ATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5246289 ATTAAATCACGGGTTAGAAATAAAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* ** *** *
5246324 ATTAAATCACTTGTCAAAAAATGAAAATGATAAGC
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5246359 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATAAAAATGACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5246394 ATTAAACTACTAGCTAGAAAAAGGAAAACGACCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * **
5246430 ATTAAA-CATTGAGTCATAAAACGAAAACGATTGGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5246494 ATCAAA--A--AATGAAAAAA--AAAATGATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAA-ATGACCGGG
* * * * * *
5246557 TTTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGA-CTGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** **
5246591 ATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAACCTAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* ** **
5246627 ATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAGTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
5246662 ATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAATGACCTAG
1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ***
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATG-AAAATGA-CCGGG
* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5246839 ATTAAGCTACGAGTTAGAAAATGAGAAT------G
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ** **
5246868 A-TAAA--A-AAATGACAAAGAAAAATGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** *
5246898 ATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGCGATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* *** * *
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1 ATTAAACCACGAGT---AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** *
5247041 ATTAAACCGTGAGTTGAAAATGAAAACGA-CGAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCG-GG
* * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5247179 ATTAAACTACCCA-TAAAAAAATG---AT-A--GGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
5247208 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAAGGGCCACG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ***
5247244 ATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATAACTATG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGTAA-AAAATGAAAATGA-CCGGG
* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGAC-CGGG
* * * * * * ***
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1 ATTAAAC--CA-CGAGTAAAAAATGAAAAT-GACCGGG
* * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAA-TGACCGGG
*** * ***
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1 -ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATGA-AAATG-ACCGGG
* ***
5247701 ATTAAACCACGAGTGAAAAAATGAAAATAATTAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* ** * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATGAAAA-TGACCGGG
* * * * * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * **
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1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * *
5247945 ATTAAA-TACGAGTTAAAAAATGAAAATAATCAGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * * * * **
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
5248084 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATGACTAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * *
5248119 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATTTAATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * ** *
5248154 TTTAAATCGTGAGTTAAGAAATGAAAACAACCGCG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* * * *** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5248329 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAAT-GAAAATGACCGGG
* ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCG-GG
* * * ** * * * ***
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1 ATTAAACCACG-AGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5248786 ATTAAATCACGAATCAAAAAAATGAAAATGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAA-TGACCGGG
*** ***
5248856 AATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAA
1 -ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * ** * *
5248892 ATTAAATCGTGAGTCAGAAAATAAAAACAATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5248927 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
5248962 ATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** **
5248997 A-TAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCATCG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACC-GGG
* * * ** **
5249033 -TTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATTGAT
1 ATTAAACCACGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5249068 ATTAAATCAC-ATGTCAAAAATTGAAAACT-ACTGAG
1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATGAAAA-TGACCGGG
* * * * ** **
5249103 AATAAATCATGAGTCAAAAAATCAAAACCACCGAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *** * * **
5249138 ACTAAATCAC-ATGTCAGCGAACGAAAAATAACCGAA
1 ATTAAACCACGA-GT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* **
5249174 ATTAAATCACGAGTTAAAAAATGAAAATGGTCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
**** ***
5249209 ATTAAACTGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCCAT
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
5249244 ATTAAACTACGAGTTAAAAAATAAAAAAGATCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
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1 ATTAAACCA-CGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5249314 ATTAAACTATGAGTTAAAAAATGAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5249349 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *** **
5249384 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAGCAATTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * ** * *
5249419 TTTAAATCGTGAGTTAAGAAATGAAAACAATCGAG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5249454 ATTAAATCATGAGTCAAGAAATG---ACGACTGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * *
5249486 ATTAAATGACGACTCAAAAATAAATAAAAACTGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT---AAA-AAATGAAAA-TGACCGGG
* * ***
5249525 ATTAAATCACTG-GTCAAAAAATGAAAACGATAAGG
1 ATTAAACCAC-GAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5249560 ATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAATGATCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * **
5249595 ATTAAATCACTAGCTAGAAAAAGGAAAACGACCAAG
1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * **
5249631 ATTAAACATTAAGTCAGAAAACGAAAATGAAAACGATTGGG
1 ATTAAAC--CACG--AG-TAA--AAAATGAAAATGACCGGG
* *
5249672 ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC--G
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5249705 A--AAA--ATGA--AAAAAA--AAAATTATCGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *** *
5249731 ATAAAACCATGAGTTAGAAAATGAATGCGACC-AG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5249765 TTTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGACTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** *
5249800 ATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAACCTGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * **
5249836 ATTAAACCACGAGTCAGAAAACG-AAATGACCTAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ***
5249870 ATTAAAGCACGAG-ACAGAAAATGGAAACGACTAAG
1 ATTAAACCACGAGTA-A-AAAATGAAAATGACCGGG
* * *
5249905 ATTAAACCATGAGTTAGAAAATGGAAATGACCGGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5249940 ATTAAACCACCG-GTCAGAAAAA-GAAAAATGAGCAGG
1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATG-AAAATGACCGGG
* ** * *
5249976 ATTAAACCATGAGTCAGGAAATGAAAATGACTGGA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5250011 ATTAAGCTACGAGTTAGAAAATG---A-GAAC--G
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** **
5250040 A-TAAA--A-AAATGAAAAAGAAAAATGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* *** *
5250070 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAATGCGATCGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * * * *
5250105 TTTAAATTACAAGTCAAGAAATGAAAACGATCGTG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
5250140 ATTAAAGCACGAGTCAAAAAATGAAGAATGACCGAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
*** * * *
5250176 ATTAAACCGTAAGTCAAGAAAAGGAAAATGATCGCG
1 ATTAAACCACGAGT-AA-AAAATGAAAATGACCGGG
* ** * * * *
5250212 ATTAAATCGTGAGTCGAAAGATGAAAACGACGGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* ** ***
5250247 ATTAAA-C-TGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCAA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5250280 ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **
5250315 ATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACGATTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5250350 ATTAAACCACGAGTCAAAAATTGAAAATAATTC-TC
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * * *
5250385 ATTAAGCCATGAGTCAAAAATGAAAATGAGTC-AG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * ** *
5250419 ATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5250560 AATAAACCACGGGTCATAAAATGAAAATG-CGAGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * * * * * ** ***
5250595 ATTAGACCGC-ATCTTAGATAATGACAACAACCAAA
1 ATTAAACCACGA--GTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
5250630 ATTAAATCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACAAGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5250665 ATTAAATCATGAATCAAAAAAATGAAAATGACCAAG
1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * **** * * *
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** ***
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1 -ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCG-GG
* * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAA-AAATGAAAATGACCGGG
* * *
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* * * * * ** ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ***
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* *
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
*** ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * * *
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* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** * ** * **
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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* * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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* * ** **
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* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *** *
5251565 ACTAAACCATGAGTTAGAAAAT-AATGCGACC-AG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * * *
5251598 TTTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGACTGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** * *
5251633 ATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAATCTGG
1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATG-AAAATGACCGGG
* ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* **
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1 ATTAAACCA-CGAGT-A-AAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ** ***
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1 ATTAAACCACGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ***
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1 ATTAAACCACGAG-TA-AAAAATG-AAAATGACCGGG
* ** ** *
5251845 ATTAAACCATGAGTCAGGAAATGAAAATGAATGGA
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * * *
5251909 A-TAAAAAATTG-G-AAAAAA--AATGATTA---AG
1 ATTAAACCA-CGAGTAAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * * * *
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1 ATTAAACCA-CGAG-TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAA-AATGACCGGG
* * * *
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1 ATTAAACCACG--AG--TAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
5252079 ATTAAACCATGAGTCGAAAGATGAAAATGATGGGG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
** ** **
5252114 ATTAAACCGTGAGTGAAAAAATGAAAACAACCCAG
1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
5252149 ATTAAACCACAAGT-CAAAATGAAAACGACCAGG
1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCA-CGAGT-AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * ***
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* * * *
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* * * * *
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1 ATTAAACCACGAGTAAAAAATGAAAATGA-CCGGG
* * * ** *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * **
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1 ATTAAACCACGAGT--AAAAAATG-AAAATGACCGGG
* * * * *
5252440 ATTAAAGCA-TAGGTCAGAAAATGAAAATGATCGAG
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* * * * **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGAC-CGGG
* * * * * ** ***
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1 ATTAAACCACGA--GTAAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** **
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * *
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* * *** * * *
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* *** ***
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1 -ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * ** ** * *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * *
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** * * *
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* * * **
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* * * * * **
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* *
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * * ** *
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* * * * *** * *
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** **
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* * * * *
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* * * ***
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* * * * * ***
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** ** *
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* * ** **
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* * **
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* * *
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* ** * * **
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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1 ATTAAACCACGAG--TAAAAAATGAAAATGACCGGG
** * * * *
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** ** ***
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1 ATTAAACCACGAGT-AAAAAATGAAAATGACCGGG
* * * *
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* * * **
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* * * **
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* * **
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* * * * ***
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* * *
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* * ** *
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* * * *
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* * * * *
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* *
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Statistics
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5221823 AAAATGACTA
* *
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*
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* *
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5221926 GGAAACAAAC
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TGATTAAACCATGTCAGAAAATGAAAATAAGCT
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5221996 AAGATGGATC
* * * * * * *
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* * * * *
5222071 TGCGA-GGG-ATTAGACCGCATCTTAGATAATGAAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTCAAAAA
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**
5222134 ATGAAAACAACA
128 ACAAAAACAACA
* *** *
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* * ** ** *
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62 AAGCGATGGGAATTAAACCGCAACTCAAAAAATGAAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTCAAAA
*
5222274 AACAAAAACAACC
127 AACAAAAACAACA
* * *
5222287 GAGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGGATTAAACCGTGAGTAAAAAAATGAAAA
1 GAGATTAAACCACGAATCAAAAAATGAAAATGA-CAGGATTAAA-CATGAGTCAAAAAATGAAAA
* * * * * *** *
5222352 -CGAT-CGAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCGTCATTAAATCATGAGTCA
64 GCGATGGGA-ATTAAACCGCAACTCAAAAAATG-AAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTCA
5222412 GAGAAATGAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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GAGATTAAACCACGAATCAAAAAATGAAAATGACAGGATTAAACATGAGTCAAAAAATGAAAAGC
GATGGGAATTAAACCGCAACTCAAAAAATGAAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTCAAAAAACA
AAAACAACA
Found at i:5222564 original size:106 final size:107
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5222256 TTAAATCGTG
* * * * * * * *
5222266 AGTCAGAAAA-CAAAAACAACCGAGATTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAATGATC-AGGATT
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* ** * *
5222328 AAACCGTGAGTAAAAAAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACA
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* ** * *
5222371 AGTCAGAAAATGAAAAACAACCGTCATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATCGATATTA
1 AGTCAGAAAATGAAAAACAACAGAAACTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATCGAAATTA
* * **
5222436 AATCAC-A-TGTCAAAAATCGAAAACTA-CTGAGAATAAATCATG
66 AATCACGAGT-TAAAAAAT-GAAAACGATC-GAGAATAAATCACA
* * * *
5222478 AGTCAGAAAAT-CAAAACCACAGAAACTAAATCATGTGTCAGAG-AATGAAAAATGATTGAAATT
1 AGTCAGAAAATGAAAAACAACAGAAACTAAATCATGAGTCAGAGAAATG-AAAATGATCGAAATT
5222541 AAATCACGAGTTAAAAAATGAAAA
65 AAATCACGAGTTAAAAAATGAAAA
5222565 TGACCTGGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AGTCAGAAAATGAAAAACAACAGAAACTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATCGAAATTA
AATCACGAGTTAAAAAATGAAAACGATCGAGAATAAATCACA
Found at i:5222965 original size:71 final size:71
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5222842 AAATGACCAG
* * ** **
5222852 GATTAAATCACTAGTCA-AAAAATGAAAACAATAAAGATTAAACCA-CGAGTCAAAAAATGAAAA
1 GATTAAACCACTAGTCAGAAAAATGAAAACGATCGAGATTAAA-CATCGAGTCAAAAAACAAAAA
5222915 TGATCGA
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* * *
5222922 GATTAAACCACTAG-CTAGAAAAAGGAAAACGATCGAGATTAAACATTGAGTCAGAAAACAAAAA
1 GATTAAACCACTAGTC-AGAAAAATGAAAACGATCGAGATTAAACATCGAGTCAAAAAACAAAAA
* *
5222986 TGATTGG
65 TGATCGA
*
5222993 GATTAAACCACAAGTCAG-AAAATGAAAACGATCG
1 GATTAAACCACTAGTCAGAAAAATGAAAACGATCG
5223027 TAAAATGAAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (71 bp):
GATTAAACCACTAGTCAGAAAAATGAAAACGATCGAGATTAAACATCGAGTCAAAAAACAAAAAT
GATCGA
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5222880 CAATAAAGAT
* * * *
5222890 TAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACCACTAGCTAGAAAAAGGAAAACGA-
1 TAAACCACGAGTCAAAAAAAGAAAATGACCGAGATTAAACCACGAGCTAGAAAAAGG-AAACAAC
* * * *
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65 T-AAGATTAAATCA-TGAGTCAGAAAA-AGAAAATAATTGGGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAG
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127 AAAACGATCGTAAAATGAAAAAAAAATGATCGGGAC
* * *
5223053 TAAACCACGAGTCAGAAAAAAGAAAATGACCTAGATTAAAGCACGAGCTAGAAAATGGAAACAAC
1 TAAACCACGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACCGAGATTAAACCACGAGCTAGAAAAAGGAAACAAC
* * *
5223118 TAAGATTAAATCATGTGTCAGAAAAATGGAAATAATTGGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAA
65 TAAGATTAAATCATGAGTCAGAAAAA-GAAAATAATTGGGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAGAA
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AAGATTAAATCATGAGTCAGAAAAAGAAAATAATTGGGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAGAAAA
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* *
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* * * * *
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128 GAGTCAGAAAATG
* * * *
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* * * * *
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64 AAAAAGAAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCAGATTAAACCATG
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* *
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TCAGAAAATG
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5225492 ACGACCAGGA
** ** *
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* *
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* * ** * * *
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*
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* * *
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* * * * * * *
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* ** * * *
5225841 ATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAATGCGAGGGATT-AGACC-GCGTCTTAGATAATGAAAACA
129 ATAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATAAGACGGATTAAG-CCAGAGTC--AGAAAATGAAAACA
* *
5225904 ACCAAAATTAAATCACGAGT
191 ACCAAAATTAAACCACAAGT
* * * * * *
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1 CAAAAAATGAAAACAACAAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAA-GAAAAATGATCAGGATTAAAC
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65 CATGAGTC
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CAAAAAATGAAAACAACAAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATCAGGATTAAACC
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AAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATAAGACGGATTAAGCCAGAGTCAGAAAATGAAAACAACCAA
AATTAAACCACAAGT
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5227189 AAATGAAAAA
* ** *
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* ** * **
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129 AGTCAAAAAAACC
* * * *
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* *
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66 AAATGAAAACAACCCAGATTAAAACACAAGTCAAAAAATGAAAACGACT
5227455 AGGATTAAAC
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TCAAAAAAACC
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* * **
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* * * * * *
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* *
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* * * * ** * *
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* * * **
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* ** * *
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* ** **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* ** *
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* * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *** * *
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*** * * *
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* * * * ** * **
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* *
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** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * * **
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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*** * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* *** **
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * *
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* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * * *
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1 -GATTAAACCACGAGTCA-AAA-AATGAAAACGA-TAG
* *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * * *
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**** *
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1 -GATTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGA-TAG
* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * ** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * ** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA--TAG
* * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* *
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1 GATTAAACCA-CGAGTCA-AAAAATGAAAACG--ATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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* ** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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* ** *** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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** *** * * **
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** *** * * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA--TAG
** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * *
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* * *
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** **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
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* * * * *
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* * * *
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*
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
** *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * **
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* * * * * * * *
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* * * * *
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*** * **
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* * * * * * *
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* **
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* *
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* * *
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* * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* *
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*
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * ** ****
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* * ** * * *
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* * ** * *
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** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATA-G
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* *
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** **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** **
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*** * * * * *
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*
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
*** * **
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* ** **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGAT-AG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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*** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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*** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * * * **
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*** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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** * *
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1 G-ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA--TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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* *
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* * * * *
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* *
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** * *
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* *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * ** **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA--TAG
* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGAT-AG
* * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * * *
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* * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGA-TAG
* * * ** *
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1 GATTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGAT-AG
* *** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACG-A-TAG
*
5235858 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAG
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * * * *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
* * * * *
5235964 TCG-TTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATCG
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* * *
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* * * * * * * *
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* * ** * * * **
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1 GATTAAACCACGA-GTCAAAAAATG-AAAACGATAG
* * * * **
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**** * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * * * *
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*** * * **
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* * *
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1 -GATTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAACGA-TAG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * * * * * * *
5236318 GTTTAAATCGCGAGTTAAGAAAGGAAAACAATCGG
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * *
5236353 GATTAAATCATGAGTCAAGAAATGGCAACAACTGA-A-
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAAT-G-AA-AAC-GATAG
** * *
5236389 -ATTAAATGACGAGTC-AAAAATAAAAAATGACTAG
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAAT-GAAAACGA-TAG
* *
5236423 GATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAACGATAAG
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * * **
5236458 GATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAATGACCG
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* *
5236492 AGATTAAACCACTG-G-CTAGAAAAAGGAAAACGA-CG
1 -GATTAAACCAC-GAGTC-A-AAAAATGAAAACGATAG
* * *
5236527 AGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAATGAAAACGATTGG
1 -GATTAAACCA-CGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * *
5236563 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATCAAAACGAT-C
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * *
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*** * *
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**** *
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** * ***
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* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
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** **
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*** * * **
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** * * *
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* * * * * *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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** * * *
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*** *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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** * *
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**
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*** *
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* ** **
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*** * * *
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*** ** * *
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* **
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* * *** *
5271482 GATTAAATCATGAGTCAGGGAA-CAAAAGCGAT-G
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAA-CGATAG
***** * **
5271515 GAAATTAAATTGTAAGTCAAAAAAATGAAAATGACCG
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** * * * **
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** *
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** * *
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*** * *
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**** *
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* ** **
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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** * * **
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1 -GATTAAACCACGAGTCA-AAAAAT-GAAAACGATAG
* * * * * *
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* **
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT--AG
* * **
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1 GA-TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA--TAG
* ** * *
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1 GATT-AAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * * * *
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1 GAT-TAA-ACCA-CGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * ** *
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* * * *
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1 -GATTAAACCACGAGTCA-AAA-AATGAAAACGA-TAG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * *
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1 -GATTAAACCACGAGTC-A-AAAAATGAAAACGATAG
* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* ** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * * ** *
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* * * * ** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA--TAG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* *
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1 GATTAAACCA-CGAGTCA-AAAAATGAAAACGA--TAG
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* * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGA-AAACGAT-AG
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** ** * *
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* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * *
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** * * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
** *
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* * * * **
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* * ** * * * *
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1 -GATTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGATAG
* * *
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* * ** * * * * **
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*** * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* *
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** ** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGATAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* *** * *
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* * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATA--G
* **** *
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* *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * ** * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * ** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * *
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1 -GATTAAACCACGAGTCA-AAA-AATGAAAACGAT-AG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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*
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * * ** *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATA-G
** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATA-G
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* *
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1 GATTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAACGA-TAG
* * **
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1 G-ATTAAACCACGAGTCAAAAAAT-GAAAACGA-TAG
* * * * * * **
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* ** * * * * *
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* * * *
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*** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-T-AG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA--TAG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
** * **
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* *** ** * **
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** *
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* *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * ** **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
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* * ** *
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*** * * *
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* * * **
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*** * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * **
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* * * * **
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* * * * **
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*
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* * * ** *
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** * *
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* * * ** *
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1 G-ATTAAACCA-CGAGTCA-AAAAATGAAAACGA--TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGA-AAACGA-TAG
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* ** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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** * * **
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA--TAG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* ** **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA--TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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*** * * *
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1 G-ATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * ** * **
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**** * *
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* * **
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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* * * **
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** * *
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1 GA-TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAC-GATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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*
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGA-GTCAAAAAATG-AAAACGATAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
**** * **
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* *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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* * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * ** **
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*** * ***
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* * * **
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* * * *
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* ** *
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** * *
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** * *
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* * *
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** **
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* ** *
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* *
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** * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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* *** * * *
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* * ** * * **
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* *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
**** * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
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** * *
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* * *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAACGA-TAG
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** ** * **
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* *** * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA-TAG
* *
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** * * * *
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*** * **
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* * * *** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA--TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGAT-AG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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* * *** * *
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* *** * * *
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* * * * * * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* *
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** *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * *
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
*** * * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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* * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * * **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
* * *
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* * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAA--ACGA-T--AG
* * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * * ** * *
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1 GA-TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGA--TAG
* * ** *
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1 GATT-AAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* * *
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* * * * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* ** ** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCA-AAAAATG-AAAACG-ATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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*** * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
** * * *
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
* ** **
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
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1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATAG
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1 ---GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TAG
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAA--CGATAG
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1 GAT-TAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-AG
* * * **
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1 -GATTAAACCACGAGTCAAA-AAATGAAAACGA--TAG
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* * * * **
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*** * **
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* * **
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**** * * *
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*** *
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*** * * *
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* * * *
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*
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**** * * *
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*
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* * * * * *
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* * * ** * ** *
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65 ACCGTC
* * * * * *
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1 ATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACAAGTCAAAAATAAAAAACA
** **
5232116 ATTGAG
65 ACCGTC
* * * * * * * ** ** * ** **
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1 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACAAGTCA-AAAATAAAAAACA
* **
5232187 ATCGAA
65 ACCGTC
* * * * * *** * **
5232193 ATTAAATCACGAGTTAAAAAAGGAAAATGATCGAGATTAAA-CTGTGAGTCAAAAAATGAAAATG
1 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAGATTAAATC-ACAAGTC-AAAAATAAAAAAC
*
5232257 ACCCGT-
64 AACCGTC
* * * * * * * * *
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1 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACAAGTCA-AAAATAAAAAACA
* **
5232326 ATCGAG
65 ACCGTC
* *
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ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACAAGTCAAAAATAAAAAACAA
CCGTC
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* * * * * * * * *
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* * * * ***
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * * *
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* * * * *
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* * * ** * ** * *
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1 CGATCGA-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA-CCAGGATTAAATCACGAGTTAGAAA
* * * * * * *
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* ** * * * * * *
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1 CGATCGAGATT-AAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACGACCAGGATTAAATCACGAGTTAGAAA
* * * *
5231650 ATGAAAATGATCGAGATTAAA-CTATGAGTCAGAAAAATG-AAAA
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* * * * * * ** * * ** *
5231693 TGA-CTGAGAATAAATCACGAGTCATAAAATGAAAA-TATGAGGGATTAGA-CGCGTCTTAGATA
1 CGATC-GAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCA-GGATTAAATCACGAGTTAGAAA
* * * *
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* * * * * * * * * **
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1 CGATCGA-GATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAACGACCAGGATTAAATCACGAGTTAGAAA
* ** * * * *
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64 ATAAAAAAGATCGAAATTAAATCACG--AGTCAAAAAAGAAAAA
* * * * * * ** * * * *
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1 CGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAG-GATTAAATCACGAGTTAGAAAA
* * * * ** *
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* ** * * * * * *
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1 CGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACGACCAG-GATTAAATCACGAGTTAGA-A
* * *
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63 AATAAAAAAGATCGAAATTAAATCACGA-GTCAAAAA-AGAAAAA
* * * * * * * * ** ** *
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1 CGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAG-GATTAAATCACGAGTTAGA-AA
** * * *
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64 ATAAAAAAGATCGAAATTAAATCACGAGTCAAAAAAGAAAAA
* ** * * *
5232220 TGATCGAGATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCCGTATTAAA-CTACGAGTTAGAAAA
1 CGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAGGATTAAATC-ACGAGTTAGAAAA
* * * *
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65 TAAAAAAGATCGAAATTAAATCACGAGTCAAAAAAGAAAAA
* *
5232324 CGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAGGATTAAATCACGAGTCAAAAAAT
1 CGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAGGATTAAATCACGAGTTAGAAAAT
* * * *** * * *
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66 -AAAAAAGATCGAAATTAAATCACGAGTCAA-AAAAGAAAAA
* * * * * *
5232429 CAATCG-GATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAACGA-CTGAGATTAAATCACGAGTCAG-AAA
1 CGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAG-GATTAAATCACGAGTTAGAAAA
* * *
5232491 TAAAAAATGA-CCAGGATTAAATCACTAGTCAAAAAATG-AAAA
65 TAAAAAA-GATCGA-AATTAAATCACGAGTCAAAAAA-GAAAAA
* * * * ** * *
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1 CGATCGA-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAG-GATTAAATCAC-GAGTTAGAA
* * * * *
5232595 AA-AGGAAAATGATCGAGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAACAAAAA
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* * * *
5232639 CGATTGGGATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACGA
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AAAAAAGATCGAAATTAAATCACGAGTCAAAAAAGAAAAA
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5232319 AAAAACGATC
* *
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** * * * * * * *
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* * *
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* **
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5232585 CTGGCTAGAA
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AATAAGGATTAAACCACGAGTCAAGAAATAAAAACAACCGGATTAAACCATGAGTCAAGAAATGA
CAACGACT
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5232746 ATGAGTCAAG
* ** * *
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* * *
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* * * **
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* *
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AAATGAAAATGACTAGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACAACCGGGATTAAACCATCGGT
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CGAGCCAGA
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5233102 GCGATCGGGT
* * * * *
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* * * * ***
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** * * * * * * *
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* * ** *
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**
5233381 AAAAAG-GACCACGA
128 -AAAAGCGA--GGGA
* * * **
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
** * * * * * *
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* *
5233523 AAACAACCA-GGA
128 AAA-AGCGAGGGA
* * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * *
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65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
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130 AA-GCGAGGGA
* * ** * * * * * ** * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * ** **** *
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66 CGA-GATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
5233802 AAAAGCGATGGGAA
128 AAAAGCGA-GGG-A
*** * * ** * ** * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * ****
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66 CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
*
5233943 AA-CGATCGAGA
130 AAGCGA--GGGA
* * * * * * * * *
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* * * * * **
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* * **
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125 ATGAAAAGCGA--GGGA
** * * * * * * * * * * *
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1 TTAAACCACGA-GTCAAAAAATG-AAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC
* * * * * * * *
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63 GATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
*
5234222 AAAAAAGACTGA--GA
127 -GAAAAG-C-GAGGGA
** * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * * * * * *
5234300 -CCAGGATTAAA-TGACGAGTCAAAAAATGAATATAATTG-GACTTAAATCGCGAGTTAAGAAAT
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5234362 GAAAA-C-ATTCGGGA
127 GAAAAGCGA---GGGA
* * * * * * * * * *
5234376 TTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAAC-AACTGAGATTAAATCACGAGTC-AAAAATAAAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAAT-GAAAACG
* * * * * *
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*
5234500 ATAAAAATGACCGA--GA
125 ATGAAAA-G--CGAGGGA
** * * **
5234516 TTAAACCAATAG-CTAGAAAAA-GAAAAATGATC-GAGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAACAAAA
1 TTAAACCACGAGTC-A-AAAAATG-AAAACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAA
* * * * * * * * * ** *
5234577 ACGATTGGGATTGAACCATAAGTTAGAGAATG-AAA--ACT---ATCGAA--A-AA-TGAAAAAA
61 ACGATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAA
* ****
5234632 --AAATGATTTGGA
126 TGAAAAGCGAGGGA
* * * * ** * * * * *
5234644 CTAAACCATGAGTTAGAAAATGAATGCGACCA-G-TCTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGAT-TAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * ** * * *
5234707 CTGGA-ATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAACAACCTG-GATTAAACCACGAGTCAGAAGATG
65 -TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGA-CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
*
5234770 AAAA-CAAGTGGGA
128 AAAAGC--GAGGGA
* * * * * * * *
5234783 TTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAATGA-CATAGATTAAAGCACGAGCCAGAAAATGGAAAC
1 TTAAACCA-CGAGTCA-AAAAATGAAAACGATCA-GGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC
* * * * * **
5234845 GA-CTAAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGGAAATGA-TCGGGATTAAACCACCGGTCAGAAAA
63 GATC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCA-AAAA
**
5234908 A-GAAAAATGAGCAGGA
125 ATGAAAAGCGAG--GGA
* ** * * * * * * * *
5234924 TTAAACCATGAGTCAGGAAATGAAAATGA-CTGGAATTAAGCTACGAGTTAGAAAATGAGAACGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGG-ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * ** *
5234988 T--A-A--AAA--A--A-T--GAAAAAGAAAATGATTGGGATTAAACCATGAGTCAGAAAATG-A
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
* *
5235040 ATGCGATCGGGT
130 AAGCGA--GGGA
* * * * *
5235052 TTAAATCACGAGTCAAGAAATGAAAATGATC-GTGATTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAA-AACG
* * *** * *
5235116 ATCGAGATTAAA-T-CGCAAGTCAAAAAAATGAAAATGA-TCGCGATTAAACCGTGAGTCGAAAG
64 ATCGAGATTAAACTATG--AGTCAAAAAAA-GAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
5235178 ATGAAAA-CGACGGGGA
125 ATGAAAAGCGA--GGGA
** * * **
5235194 TTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCA-GATTAAACCACAAGTC--AAAATGAAAACGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * ** * * * * * * *
5235256 -CCAGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAATGATTGGGATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAG
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAATG
**
5235319 AAAAATGATAGGGA
128 -AAAA-GCGAGGGA
* * * * * *
5235333 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAAGGACCACGATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * * ** *
5235398 -CTATGATTAAACCAGGAGTCGAAAAATGAAAATAATCCT--GATTAAGCCATGAGTCAGAAAAT
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGA--CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
*
5235460 GAAAA-CGAGCCAGA
127 GAAAAGCGAG--GGA
* * * * ** *
5235474 TTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACGA
* * * * * ** *
5235539 TC-AGGATTAAACCATGGGTCAGAAAATGAAAATGA-TCGAGATTAAACTATGAGTCATAAAATG
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
5235602 AAAATGACTGA--GA
128 AAAA-G-C-GAGGGA
* * * * * * * *
5235615 ATCAACCACGAGTCATAAAAT-AAAA--ATGCGAGGGATTAGACTACAT--CTTAGATAATGAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-C-A-GGATTAAAC--CATGAGTCAAAAAATGAAA
* * * * * * * ** * * *
5235675 ACAACCAAAATTAAA-TCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAC-AAGGATTAAATCATGAA-TCAGA
61 ACGATCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCA-CAAGTCA-A
*
5235737 AAAATGAAAATGACCA-GGA
122 AAAATGAAAA-G-CGAGGGA
* * * ** * * * * * *
5235756 TTAGATCATGAGTCAGGGAAA--AAAGCGATGAGAATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * ** *
5235819 -CTAAAATTAAACCACGAGTCAAAAAATA-AAAA-GAACCAAGATTAAACCACGAGTCAAAAAAT
65 TC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAA-AGAAAATG-ACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
5235881 GAAAATGATC-A-GGA
127 GAAAA-G--CGAGGGA
** * ** * *
5235895 TTAAACCTTGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-GAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACG
* * * * * *
5235959 ACTCGTCG-TTAAA-TCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGA-TCGATATTAAATCACATGTC-AAA
64 A-TCG-AGATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAA
* *
5236020 AATCGAAAA-CTACTGAGA
124 AAT-GAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * * ** * * * * *
5236038 ATAAATCATGAGTAAAAAAATTAAAACCACCAAAACTAATTCACAT--GTCAGAGAATGAAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAA-AC-CATGAGTCAAAAAATG-AAAAC
* * * * * * * *****
5236101 GACCGAAATTAAA-TCACGAGTTAAAAAATGAAAATGACCGGGATTAAATTGTGAGTCAAAAAAT
63 GATCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
** *
5236165 GAAAATGAC-CCGTA
127 GAAAA-G-CGAGGGA
* * * * *** * *
5236179 TTAAACTACGAGAT-AGAAAATAAAAAAGATC-GAGATTAAACTGGGAGTCAGAAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAG-TCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * ** * *
5236242 ACCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAAATGAAAACAAC-CAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAAT
64 ATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAA-GAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* * *
5236306 GAATA-CAATCGGGT
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * * * * ** *
5236320 TTAAATCGCGAGTTAAGAAAGGAAAACAATCGGGATTAAATCATGAGTCAAGAAATGGCAAC-AA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * *
5236384 CTGAAATTAAA-TGACGAGTCAAAAATAA-AAAATGACT-AGGATTAAATCACAAGTCAAAAAAT
66 C-GAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAA-AAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
*
5236446 GAAAA-CGATAAGGA
127 GAAAAGCG--AGGGA
* * * * *
5236460 TTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAATGA-CCGAGATTAAACCACTG-G-CTAGAAAAAGGAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTC-A-AAAAATGAAAA
* * * * * * *
5236522 CGA-CGAGATTAAAC-ATTGAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGATTAAACCACGAGTCAGAAAA
62 CGATCGAGATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAA
* **
5236585 TCAAAA-CGATCG-
126 TGAAAAGCGAGGGA
* * * * * * * **
5236597 --AAA--A--A-T-GAAAAA--CAAATGATC-GTGACTAAACCACGAGTTACAAAATGAATGCGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * ** * *
5236651 -CCA-ATTTGAA-TCATGAGTCAAGAAATGAAAATGACTCG-GATTAAAGTACGAGTTAAAAAAA
65 TCGAGA-TTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAG-TCAAAAAA
* *
5236712 TGAGAAA-CAACCTGGA
126 TGA-AAAGCGA--GGGA
* ** * * *
5236728 TTAAACCACGAGTCAAAAAACGAAAATAAGT-GGGATTAAA-CATTAAGTCAGAAAAA-GAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCA-TGAGTCA-AAAAATGAAAAC
* * * * * * * * * * **
5236790 TACCTAGATTAAAGC-ACGAGCCAAAAAATGGAAACGACTAAGGTTAAACCATGAGTCAAAAAAT
63 GATCGAGATTAAA-CTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* * *
5236854 AGAAATGAC-CGGAA
127 -GAAAAG-CGAGGGA
* * * ** *
5236868 TTAAACCACCAGTCAGAAAAA-GAAAAATGAGCAGGATTAAACCATGAGTCAGGAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCA-AAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* ** * * * * * *
5236932 ACTGGA-ATTAGGCTACGAGTTAGAAAATGAGAATGA-T---A--AAA--A-AA-TGAAAAAA--
64 A-TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
* *
5236984 AAAA-TGATTGAGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* ** * * * * * *
5236997 TTAAACCATGAGTCAAAAAATGAATGCGATCGGGTTTAAATCGTGAGTCAAGAAATGAAAATGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * *
5237062 CGTGATTAAAAC-ACGAGTCAAAAAATGAAGAACGACCGAGATTAAATCGCAAGTCAAAAAAATG
66 CGAGATT-AAACTATGAGTCAAAAAAAGAA-AATGACTGAGATTAAACCACAAGTC-AAAAAATG
* *
5237126 AAAA-TGATCGCGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * * * * *
5237139 TTAAACCATGAATCGAAAGATGAAAAAGA-CGGGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * * ** *
5237203 CCTAGATTAAACCA-CATGTCAGAAAATGAAAACGACCAAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGA
65 TCGAGATTAAACTATGA-GTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
5237267 AAA-CGATTGGGA
129 AAAGCGA--GGGA
* * * * *
5237279 TTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGAT-AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAA
1 TTAAACCA-CGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCA-GGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAA
* * * * * * **
5237342 GGA-CCACGATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGACT-ATGATTAAACCATGAGTCAAAAA
62 CGATCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAA
** ***
5237405 ATGAAAA-TAATTCTTA
125 ATGAAAAGCGA--GGGA
* * * ** * *
5237421 TTAAGCCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAGCCA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * ** * * * * *
5237485 CCAAGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATCCG-GATTAAACCATAGGTTAGAAAATG
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGA-CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
5237549 AAAATGATCGA--GA
128 AAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * *
5237562 TTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATGA-CTGAGAATAAACAACGAGTCATAAAATGAAAATGC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA--C
* * * * * * * ** ** * * * *
5237626 GA--GGGATTAGAC--CGCGTCTTAGATAATGAAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTCAGAAAA
63 GATCGAGATTAAACTATGAGTC--AAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAA
* *
5237687 TGAAACAAC-ATGGA
126 TGAAA-AGCGAGGGA
* * * * * ** **
5237701 TTAAATCATGAATCAAAAAAATGAAAAAGA-CTAGGATTAAATCATGAGTCAGGGAAA--AACGC
1 TTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAAC
* ** * * ** * * *
5237763 GAT-GGGAATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGAGTCAGAAAA-
63 GATCGAG-ATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* * *
5237826 CAAAAGCAATCGAGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * *
5237841 TTAAACCATGAGTCAAAAAA-GAAAAGGATCAGGATTAAATCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
** * * ** * * ** *
5237905 CGAGATTAAA-TCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCAT-CG-TTAAATCATGAGTCAGAAAAG
66 CGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGA-C-TGAGATTAAACCACAAGTCA-AAAAA
*
5237967 TGAAAATGATCGA--TA
126 TGAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * *
5237982 TTAAATCAC-ATGTC-AAAAATCAGAAACTA-CTGAGAATAAATCATGAGTCAGAAAATGAAAAC
1 TTAAACCACGA-GTCAAAAAATGA-AAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC
* * * * * * * * * * * *
5238044 CACCGAAACTAAA-TCA-CATGTCAAAGAACGAAAAATGACAGAAATTAAATCACGAGTAAAAAA
63 GATCGAGATTAAACT-ATGA-GTCAAAAAAAG-AAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
5238107 ATGAAAATGACCGA--GA
125 ATGAAAA-G--CGAGGGA
*** * * * * * ** * * * *
5238123 TTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCCGTATTAAACTACAAGTTAGAAAATAAAAAAGA-
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* *** ** ** * ** *
5238187 AGAGATTAAACCGCGAGTCAAAAAATTAAAGCGACTGAGATTAAACTATGAGTTAAAAAATGAAA
66 CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAA
*
5238252 A-CGACCAGGA
131 AGCGA--GGGA
** * * * * * * * *
5238262 TTAAACTGCGAGTCAAAAAATGAATACAATCAGGTTTAAATCACGAGTTAAGAAATGAAAACAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * *
5238327 C-AGGATTAAA-TCATGAGTCAAGAAATGAGAACGACTTAGATTAAATCACGAGTCAGAAATAA-
66 CGA-GATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCA-AAA-AAT
* *
5238389 -AAAATGACCA-AGA
127 GAAAA-G-CGAGGGA
** * * * * * * *
5238402 TTAAGTCACTAGTCAAAAAATGAAAACGATAAGGGTTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAATGAC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * **
5238467 CAAGATTAAACCACT-AG-CTAGAAAAAGGAAAACGA-TCGAGATTAAA-CATTGAGTCAAAAAA
66 CGAGATTAAACTA-TGAGTC-A-AAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAA
** *
5238528 CAAAAATG-GTTGGGA
126 TGAAAA-GCG-AGGGA
* * * *
5238543 TTAAACCACAAGTTAGAAAATGAAAACGATCA--A--AAA--ATGA--C-AAAAA--AAAATGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * * * *** * * ** ** * *
5238597 TGGGACTAAACCACGAGTTAGAAAATGAATGCGACT-AGTTTGAGTCATGAGTTAAGAAATGAAA
66 CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAA
*
5238661 ATGAC-TGGGA
131 A-G-CGAGGGA
** * * ** * * *
5238671 TTAAAGTATGAG-CTAAAAAATAAAATATAATCTGGATTAAACC---A---AAAAAA--AAGACC
1 TTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAA-ACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * **
5238727 A-C--GATTAGACCATGAGTCAAAAAATGAAAATGACT-ATGATTAAACCATGAGTCAAAAAAT-
64 ATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
** **
5238787 AAAAGTAATCCTGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * ** * *
5238801 TTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAAAACGAGTCA-GATTAAACCACAAGTCATAAAATGGAAAC-A
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * ** * * * ***
5238864 ACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAACAAGAAAAATGA-TCAGGACTAAACCATGGGTCAAAAAAT
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
5238928 GAAAATGATCGA--GA
127 GAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * *
5238942 TTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAATGA-CTGAGAATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAATGC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA--C
* * * * * * * * * * * * *
5239006 GA--GGGATTAGAC--CGCGTCTTAGATAATG-AAATCAACTAAAATTAAATCACGAGTCAGAAA
63 GATCGAGATTAAACTATGAGTC--AAAAAAAGAAAAT-GACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
* *
5239066 ATGAAAA-CAACAAGGA
125 ATGAAAAGC--GAGGGA
* * * * * *** *
5239082 TTAAATCACGAATCAAAAAAATGAAAATGACCAGGATTAAATCATGAGTCAGGGAA-CAAAAGCG
1 TTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA-CG
* * ** * * ** * * *
5239146 ATGGAAATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGAGTCAAAAAA-CA
64 ATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
* *
5239210 AAAGCAACCGAGA
129 AAAGCGA--GGGA
* * ** ** *
5239223 TTAAAACATGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-GAGA-TAAATTACAAGTCAGAAAATGAAAAAC-
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACG
* * * * * * * *
5239285 AACCATCATTAAA-TCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGA-TCGATATTAAATCACATGTC-AAAA
64 ATCGA-GATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
* * * *
5239347 ATCAAAAACTACTGAGA
125 ATGAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * * * * * *
5239364 ATAAATCATGAGTCAGAAAATGAAAACCA-CCGAAACTGAATCACAT--GTCAGAGAATGAAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GA-TTAAAC-CATGAGTCAAAAAATG-AAAA
* * * * * * * ****
5239426 TGACCAAAATTAAA-TCACGAGTTAAAAAATGAAAATGACT-AGGATTAAACTGTGAGTCAAAAA
62 CGATCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAA
** *
5239489 ATGAAAATGAC-CCGTA
125 ATGAAAA-G-CGAGGGA
* * * * * * *
5239505 TTAAACTACGAGTTAGAAAATAAAAAAGATC-GAGATTAAA-TAGTAAGTCAAAAAATGAAAACG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * *
5239568 ATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAC-CAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATG
64 ATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
* * *
5239632 -AATGCAATCGGGT
128 AAAAGCGA--GGGA
* * ** * * *
5239645 TTAAATCACGAGT-TAAAAATGAAAATAATCAGGATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAACGA-
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * *
5239708 CTGAGATTAAA-TCACGAGTCAAAAATAA-AAAACGAC-CAGGATTAAATCACTAGTCAAAAAAT
66 C-GAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAA-AAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* ** *
5239770 AAAAATGATAAGGA
127 GAAAA-GCGAGGGA
* * *
5239784 TTAAACCATGAGTC-AAAAATGAAAATGATC-GATATTAAACCACT-AG-CTAGAAAAATGAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTC-A-AAAAATGAAAA
* * * * *
5239845 CGACCGAGATTAAAC-ATTGAGTCAAAAAACGAAAATGATTTG-GATTAAACCACGAGTCAGAAA
62 CGATCGAGATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAGAAAATGA-CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
*
5239908 ATTAAAA-C-A---A
125 ATGAAAAGCGAGGGA
* * * * * * * * **
5239918 TCATAA--A--A-T-GAAAAA--AAAATGATCGGGACTAAACCACGAGTTAGAAAATGAATGCGA
1 TTA-AACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * ** * *
5239975 -CCAGTTTGAATCGTA--AGTCAAGAAATA-AAAATGACTGGGATTAAAGTACGAGT-TAAAAAT
65 TCGAGATT-AAAC-TATGAGTCAA-AAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* * *
5240035 GAAAAACAACCTGGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * * * *
5240050 TTAAAGCACGAGTCAAAAAACGAAAACAAAT-GGGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAA--AAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAC-GATCAGGATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * ** *
5240111 ACCTG-GATTAAAGC-ACGAG-CCAAAAATGGAAACGACTAAGATTAAACCATGAGTCAGAAAAT
64 ATC-GAGATTAAA-CTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
*
5240173 GGAAATGACCGA--GA
127 -GAAA--AGCGAGGGA
* * * * *
5240187 TTAAACCACCAGTCAAAAAA--AAAATGAACAGGATTAAACCATGAGTCAAGAAATGAAAATGAC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA-
* * * * * * **
5240250 TGGA-ATTAAGCTATGAGTTAGAAAATG-AGA--AC---GA-TAAA--A-AA-TTGAAAAA--AA
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
* ***
5240301 ATGATTGGGA
130 AAGCGAGGGA
* * * * * * * * * * *
5240311 TTAAACCATGAGTCAGAACATGAATGA-TATCGGGTTTAAA-TAGCGAGTTAAAAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAA-AACGATCAGGATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * * *
5240374 ATCGTGATTGGAAC-ACGAGTCAAAAAATGAAGAACGACCGAGATTAAATCGCAAGCCAAAAAAA
64 ATCGAGATT-AAACTATGAGTCAAAAAAAGAA-AATGACTGAGATTAAACCACAAGTC-AAAAAA
* *
5240438 TGAAAATGAC-CGCGA
126 TGAAAA-G-CGAGGGA
** * * * * * * *
5240453 TTAAACCGTGAGTCGAAAGATGAAAAC-AACGGGGATTAAACCGTGACTCAAAAAATGAAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * ** * * * * * * * *
5240517 CCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAGATGAAAACGATTGGGATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGA
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAATG-
** *
5240581 AAAATGATAAGGA
128 AAAA-GCGAGGGA
* ** ** * * * *
5240594 TTAAACCACGAATCAAAAAATGAAAATAATCTTGATTAAGCCATGAGTCAGAAAATCAAAACGAG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * ** * * ** * * *
5240659 CCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAAC-CAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAA
66 CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
* *
5240723 AAACGATCAGGA
130 AAGCGA--GGGA
* * * * *
5240735 TTAAACCATTG-GTCAAAAAATGAAAATGATC-GAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATG
1 TTAAACCA-CGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * ** ** * * *
5240798 A-CTAAGAATAAA-TCACGAGTCATAAAATGAAAAT-AC-GAGGGATTAGACTGCATCTTAGATA
64 ATC-GAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA--GATTAAACCACAAGTCAAAAA
* ***
5240859 ATGAAAA-CAACCAAAA
125 ATGAAAAGCGA--GGGA
* * * * * *
5240875 TTAAATCACGAGTCAAAAAATGAAAAC-AACAAGGATTAAATCACGAATCAGAAAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAACG
* ** * * * *
5240939 A-CCAGGATTAAA-TCATGAGTCAGGGAACA-AAAGTGA-TGGGAATTAAACCATAAGTCAAAAA
64 ATCGA-GATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAG-ATTAAACCACAAGTCAAAAA
* **
5241000 ATGAAAATGACCA-AAA
125 ATGAAAA-G-CGAGGGA
* * * ** * * * * *
5241016 TTAAATCATGAGTCAGAAAACAAAAAC-AACCGAGATTAAATCACGAGTCAAAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
** * * * *
5241080 TC-AGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATA-AAAACGA-TCGAGATTAAATCATAAGTCAGAAAAT
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAA-AGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* ***
5241142 GAAAAAC-AACCA
127 GAAAAGCGAGGGA
* * * * * * *
5241154 TCGTTAAATCATGAGTGAGAGAAATGAAAATGATC-GATATTAAATCACAT--GTC-AAAAATAA
1 ---TTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAA-C-CATGAGTCAAAAAAT-G
* * ** ** * * * * *
5241215 AAAACTA-CTGAGAATAAA-TCATGAGTCAAAAAATCAAAACCACCGAAACTAAATCACATGTCA
58 AAAACGATC-GAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCA
* * ** **
5241278 GAAAACGAAAAATGATCGAAA
121 AAAAATGAAAAGCGA--GGGA
* * * * * ** **
5241299 TTAAATCACGAGTTAAAAAATAAAAATGATCGGGATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* ** * * * * * * **
5241364 -GAAAAAAAAATGATCGAGACTAAACCACGAGTTAA-AAAATGAATGCGACCAGTTTGAATCATG
66 CGAGATTAAACT-AT-GAGTC-AAA--A--A---AAGAAAATGACT--G---AGATTAAACCACA
* *
5241427 AGTCAAGAAATGAAAATGAC-TGGGA
116 AGTCAAAAAATGAAAA-G-CGAGGGA
** ** * * * ** *
5241452 TTAAAGTATAAGTTAAAAAATGAAAAAC-AACTTGGATTAAACCCCGAGTCAAAAAACGAAAACA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC-
* * * ** * * * *
5241516 GGT-GGGATTAAAC-ATTGAGTC-ACAAAAGAAAATGACCAAGATTAAAGCACGAGCCAGAAAAT
63 GATCGAGATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* * *
5241578 GGAAATGACTA-AGA
127 -GAAAAG-CGAGGGA
* * * ** * ** *
5241592 TTAAACCATGAGTCAGAAAATGGAAATAACCAGGATTAAACCACCAGTCAGAAAAA-GTAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCA-AAAAATG-AAAACG
* * * ** * * *** ** *
5241656 AAC-AGGATTAAACCATGAATCAGGAAATGAAAATGACT-ATAATTAAGGTATGAGT-TAAAAAT
64 ATCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* *
5241718 GAGAA-CGA--TA
127 GAAAAGCGAGGGA
** * * ** * **
5241728 AGAAA--A--A-T-GAAAAA-GAAAAATGATTGGGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGCGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * *
5241786 TCGGGTTTAAA-TCATGAGTCAAGAAATG-AAATCGA-TCGTGATTAAAACACGAGTCAAAAAAT
65 TCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAAT-GACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
*
5241848 GAAGAA-CGACCGAGA
127 GAA-AAGCGA--GGGA
* * * * ** * * * * *
5241863 TTAAACCGCAAGTCAAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAATCAGGAGTTAGAAAAA-AAAAACA
1 TTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAACG
* * * * * * ***
5241927 ACCGAGGTTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGA-TCAGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATG
64 ATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
*
5241991 AAAA-CGATCGAGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * * * * * *
5242004 TTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAAC-AACCGCCATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAAC
* * ** * * **
5242068 GATCGATATTAAA-TCA-CATGTCAAAAATCGAAAACT-ACTGAGAATAAATCATGAGTCAAAAA
63 GATCGAGATTAAACT-ATGA-GTCAAAAAAAGAAAA-TGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
* * **
5242130 ATCAAAA-CCACCGAAA
125 ATGAAAAGCGA--GGGA
* * * * * ** * * * *
5242146 CTAAATCAC-ATGTCAGAGAAGGAAAAATAATC-GAAATTAAATCATGAGTTAAAAAATGAAAAT
1 TTAAACCACGA-GTCAAAAAATG-AAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC
* * * * * * * * *
5242209 GATCGGGATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGATCCG-TATTAAACTACGAGTTAGAAAAT
63 GATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGA-CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
*
5242273 AAAAAAGATCGA--GA
127 -GAAAAG--CGAGGGA
* * * * * * * * * *
5242287 TTAAATCGCGAGTCAGAAAATGAAAATGA-CTAAGATTAAATCGTGACTCAAGAAATGACAACGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * ** * * *
5242351 -CTGAGATTAAA-TCACGAGTCAGAAATAA-AAAATGACCCAAATTAAATCACTAGTCAAAAAAT
65 TC-GAGATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* *
5242413 GAAAA-CAATAAGGA
127 GAAAAGC--GAGGGA
* * * * *
5242427 TTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAATGA-CCGAGATTAAACCACT-AG-CTAGAAAAAGGAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTC-A-AAAAATGAAAA
* * ** * * * *
5242489 TGATCGAGATTAAA-GATTGAGTCAGGAAACGAAAATGATTGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAA
62 CGATCGAGATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAA
**
5242553 TGAAAA-CGATCG-
126 TGAAAAGCGAGGGA
* ** * * * ** * * **
5242565 --AAA--A--A-T-GAAAAA--AAAATTATCGGGACTAAATCACAAGTTAGAAAATGAATGCGA-
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * ** * *
5242619 CCAGTTTGAA-TCATGAGTCAAGAAATGAAAATGACTGAGATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAA
66 CGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
* * *
5242683 AAACAACCTGGA
130 AAGCGA--GGGA
* * * * *
5242695 TTAAACCACGAGTCAGAAAACGAAAACAAGT-GGGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCA-TGAGTCA-AAAAATGAAAAC
* * * * * * * * ** *
5242757 GACCTAGATTAAAGC-ACGAGTCAGAAAATGGAAACGACTAAGATTAAACCATGAGTCAGAAAAT
63 GATCGAGATTAAA-CTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* *
5242821 GGAAA-TGATCGGGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * * * ** *
5242835 TTGAACCATC-AGTCAAAAAAAGAAAAATGAGCAGGATTAAACAATGAGTCAGGAAATGAAAATG
1 TTAAACCA-CGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * * *
5242899 A-CTAGAATTAAGCTACGAGTTAGAAAATG-AGA--AC---GA-TAAA--A-AAAT-GAAAAA-G
64 ATCGAG-ATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
**
5242951 AAAAATGATTGGGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* ** ** * * * * * *
5242965 TTAAACCATGAGTCAGGAAATGAATGCGATCGGGTTTAAATCACGAGTCAAGAAATGAAAACAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * *
5243030 CGTGATTAAAAC-ATGAGTCAAAAAATGAAAAACGA-TCGAGATTAAATCATAAGTCAAAAAATT
66 CGAGATT-AAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAA-T
* *
5243093 GAAAA-TGATCGCGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* ** * * * *
5243107 TTAGACCGTGAGTCGAAAGATGAAAACGA-CAGGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCA-GGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * ** * * * * * *
5243171 CCCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCTG-GAGTAAACGACAAGTCAGAAAATGA
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGA-CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
*
5243235 AAA-CGATTGGAA
129 AAAGCGA--GGGA
* * * * *
5243247 TTAAACTACCCA-TCAGGAAAA-GATAAATGAT-AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAA
1 TTAAACCA-CGAGTCA-AAAAATGA-AAACGATCA-GGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAA
* * * * ** * * ** *
5243309 AGGA-CCACGATTAGACCACAAGTCTAAAAATGAAAATGACT-ATGATTAAACCATGAGTTAAAA
61 ACGATCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAA
*** **
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124 AATGAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * * **
5243390 TTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAAAACGAGCCA-GATTAAATCGTAAGTCAAAAAATGGTAAC-A
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * ** * ***
5243453 ACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCTG-GATTAAACCATGGGTCAAAAAAT
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGA-CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
5243517 GAAAATGATCGA--GA
127 GAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * * *
5243531 TTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGAAAATGACTGGGAATAAACCACGAGTCATAAAATGAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACG---AT--C-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAA
* * * * * * * * * ** ** * * * * *
5243596 AATGCA-AGGGATTAGAC--CGCGTCTTAGATAATGAAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTTAG
60 AACG-ATCGAGATTAAACTATGAGTC--AAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAA
* *
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122 AAAATGAAAAGC--GAGGGA
* * * * * * *** *
5243677 TTAAATCACGAATCAGAAAAATGAAAATGACCAGGATTAAATCATAAGTCAGGGAA-CAAAAGCG
1 TTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA-CG
* ** * * ** * *****
5243741 ATAG-GAATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAATTGTGAGTCAAAAAGCA
64 ATCGAG-ATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAA--A
* *
5243805 -AAAAAACTGA--GA
126 TGAAAAGC-GAGGGA
* * * *
5243817 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGGATTAAACCGTAAGTCAGAAAATGAAAACGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
** * ** * *** * **
5243882 CGAGATTAAA-TCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGTCTTTAAATCATGAGT-AAGAGAAAT
66 CGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAA-A-AAAT
*
5243945 GAAAATGATCGA--TA
127 GAAAA-G--CGAGGGA
* * * ** *
5243959 TTAAATCAC-ATGTC-AAAAATCGAAAACTA-CTAAGAACAAATCATGAGTCAAAAAATTG-AAA
1 TTAAACCACGA-GTCAAAAAAT-GAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAA-TGAAAA
* * * * * * * * * *
5244020 CCATCGAAACTAAA-TCA-CATGT-AAGAGAACGAAAAATGA-TCGAAATTAAATCACGAGTTAA
62 CGATCGAGATTAAACT-ATGA-GTCAA-AAAAAG-AAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAA
**
5244081 AAAATGAAAA-TAATCGGGA
122 AAAATGAAAAGCGA--GGGA
*** * * * * * * * * * *
5244100 TTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCCGTATTAAACTAAGAGTTAGAAAATAAAAAAGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* **** * * *
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66 CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAATGAA
* **
5244228 AAACGACAATGA
130 AAGCG--AGGGA
* * * * * * * * * * *
5244240 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATACAATCGGGTTTAAATCGTGACTTAAGAAATGGAAACAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * * * *
5244305 TGGGATTAAA-TCATGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAGATTAAATCA-AGAGT-TAAAAATAA
66 CGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACA-AGTCAAAAAAT-G
*
5244367 AAAATGACCA-GGA
128 AAAA-G-CGAGGGA
* * * * * * * * *
5244380 TTAAATCACTAGTCAAAAAATGAAAAAGATAAGCATTAAACCACGAGCCAAAAAATGAAAATGAC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * ** * *
5244445 CGAGATTAAACCACT-AG-CTAGAAAAAGGAAAACGACCGAGATTAAA-CATTGAGTCAGACAAT
66 CGAGATTAAACTA-TGAGTC-A-AAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAAT
5244507 GAAAA-C----GA
127 GAAAAGCGAGGGA
* * * * * * * * **
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * ** * * ** ** *
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65 TCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
* * *
5244636 AAAACAACCTGGA
129 AAAGCGA--GGGA
* * ** * *
5244649 TTAAACCACGAGTCAGAAAACGAAAATAAGT-GGGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCA-TGAGTCA-AAAAATGAAAAC
* * * * * * * * * * **
5244711 GACCTAGATTAAAGC-ACGAGCCAGAAAATGGAAACGACTAAGATTAAATCATGAGTC-AAAAAT
63 GATCGAGATTAAA-CTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* *
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127 -GAAAAG-CGAGGGA
* * * * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * *
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65 -TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTA-AACCACAAGTCAAAAAATG
**
5244904 AAAAATGATTGGGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* ** * * * * *
5244918 TTAAACCATGAGTCAAAAAATGAATGCGATCGGGTTTAAATCACGAGTCAAGAAATGAAAACGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * *
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66 CGAGATT-AAACTATGAGTCAAAAAAAGAA-AATGACTGAGATTAAACCACAAGTC-AAAAAATG
* * *
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128 AAAA--GCGAGGGA
*** * * * * * *
5245060 TTAAACTGTGAGTCGAAAGATGAAAGCGA-CAAGGATTAAATCGTGAGTCAAAAAATGAAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * ** * * * * * *
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65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAG-ATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
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129 AAAGCGA--GGGA
* * * * * * * *
5245200 TTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGATAAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATAAAAAAG
1 TTAAACCA-CGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * * ** *
5245264 AACCACGATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGACT-ATGATTAGACGATGAGTCAAAAAAA
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** **
5245328 GAAAA-TAATCCTGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
** * * * * * ** * *
5245342 TTAGGCCATGAGTTAGAAAATGAAAATGACCTA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * ** * * * *** *
5245406 CCCG-GATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGA-TCAGGATTAGACCATGGGTTAAAAAAT
65 -TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
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127 GAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * * *
5245483 TTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGA-CTGAGAATAAACC-TCGAGTCATAAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCAT-GAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * * ** ** * * * * **
5245546 --CAAAGATTAGAC--CGCGCTTAGATAATGAAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTTAGAAATT
64 ATC-GAGATTAAACTATGAG-TCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCA-AAAAA
* *
5245607 TAAAATAGC-AAGGA
126 TGAAA-AGCGAGGGA
* * * * * *** *
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1 TTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA-CG
* ** * * * * ** * *
5245685 AT-GGGAATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACTAAAATTAAATCGTC-AGTCAGATAA-
64 ATCGAG-ATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAA-CCACAAGTCAAAAAAT
* * * *
5245747 CAAAAACAACTGAGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * * *
5245762 TTAAACAATGAGTCAAAAAATAAAAATGATCAGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAAATGAAAACGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTC-AAAAAATGAAAACGA
* ** * * ** * * * ** *
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65 TCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCA-AAAAA
*
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126 TGAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * * * *
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1 TTAAACCACGA-GTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * * * * * *
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*
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125 ATGAAAA-G-CGAGGGA
*** * * * * * * * * ** *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
** * * * * **
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*
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129 AAAGCGA--GGGA
* ** * * * * * * * **
5246184 TTAAACCGCGAGTCAAAAAATGAATGCAATCGGGTTTAAATCACGAGTTAAGAAATGAAAAAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACGA
* * * * * * ** *
5246249 TCGGGATTAAA-TCATGAGTCAAGAAATGACAACGACTGAGATTAAATCACGGGTTAGAAATAA-
65 TCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCA-AAA-AAT
*
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127 GAAAA-G-CGAGGGA
* ** * * * * * *
5246325 TTAAATCACTTGTCAAAAAATGAAAATGATAAGCATTAAACCATGAGTCAAAAAATAAAAATGAC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * ** * *
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127 GAAAAGCGA--GGGA
*
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * ** * * * * ** *
5246519 CGGGACTAAACCACGAGTTAGAAAATA-AATGTGAC-CAGTTTGAATCATGAGTCAAGAAATGAA
66 CGAGATTAAACTATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
* *
5246582 AA-TGACTGGA
130 AAGCGA-GGGA
** * * * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * *
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* **
5246718 TGGAAA-CGACTAAGA
126 TGAAAAGCGA--GGGA
* * * * ** **
5246733 TTAAACCATGAGTCAGAAAATGGAAAATGATCGGGATTAAACCACCAGTCAGAAAAA-GAAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAAT-GAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAACG
* * * * * * * * * * *
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64 AT-CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAG-ATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
**
5246861 G---A--GAATGA
127 GAAAAGCGAGGGA
* ** * * * ** * **
5246869 TAAAAAAATGA--C-AAAGA--AAAATGATTGGGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGCGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * * *
5246929 CGGGTTTAAA-TCACGAGTCAAGAAATGAAAATGA-TCATGATTAAAACACGAGTCAAAAAATGA
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129 A-AAGCGAG--G-GA
* *** * * **
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1 TTAAACCACGAGTC--AAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC
* * * * ** *
5247068 GA-CGAGGATTAAACCAGGAGTCAAAAAATGAAAATAACCCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAAT
63 GATCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
*
5247132 GAAAA-CGACCAGGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * * * * *
5247204 AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAAGGGC-CACGATTAGACCACGAGTCAAAAAATGA
66 CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATG-
* * *
5247268 AAATAACTA-TGA
128 AAA-AGCGAGGGA
* * * * ** *
5247280 TTAAACTATGAGT-AAGAAAATGAAAATGAGCCA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAAC-
1 TTAAACCACGAGTCAA-AAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * ***
5247342 AACCAGGATTAAACCACT-AGTTAAAAAAAGAAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGGGTCAAAAA
64 ATCGA-GATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAA
5247405 ATGAAAATGATCGA--GA
125 ATGAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * ** *
5247421 TTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGA-CTAAGAATAAACCACAAGTCATAAAA-GAAAA--A
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * * * * * *
5247482 TGCAAGGGATTAGAC--TGCA-TCTTAGATAATG-AAATCAAAC-AAAATTAAATCACGAGTCAG
65 T-C--GAGATTAAACTATG-AGTC--AAAAAAAGAAAAT--GACTGAGATTAAACCACAAGTCAA
* * *
5247542 AAAAT-AAAAACAACAAGGA
122 AAAATGAAAAGC--GAGGGA
** * * * * *** * *
5247561 TTAAATAATGAATCAGAAAAATGAAAATGA-CTAGGATTAAATCATGAGTCAGGGAA-CAAAAGT
1 TTAAACCACGAGTCA-AAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA-C
* ** * * * ** * * **
5247624 GAT-GGGAATTAAACCGTAAGTCCAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAA-TATTGAGTCAAAAAA
63 GATCGAG-ATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAA
* *
5247687 CAGAAAGAACTGA--GA
126 -TGAAA-AGC-GAGGGA
* ** * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAAACGA
** * ** * ** * ** *
5247762 TCGAGATTAAA-TCACAAGTCAAAAAATGAATAACAACCGTCATTAAATCATTAGTCAGAGAAAT
65 TCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAA-AATGACTGAGATTAAACCACAAGTCA-AAAAAT
*
5247826 GAAAATGATCGA--TA
127 GAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * * * *
5247840 TTAAATCAC-ATGTCAAAAATTGAAAACTA-CTGAGAATAAATCATGAGTCAGAAAATCAAAACC
1 TTAAACCACGA-GTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * * * * *
5247903 ACCGAAACTAAA-TCA-CATGTCAGAGAACGAAAAATGA-TCGAAATTAAA-TACGAGTTAAAAA
64 ATCGAGATTAAACT-ATGA-GTCAAAAAAAG-AAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
*
5247964 ATGAAAATAATC-A-GGA
125 ATG--AA-AAGCGAGGGA
* * * * * ** * * * *
5247980 TTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAATGACTC-GTATTAAACTACAAGTTAGAAAATAAAAAAGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * *** * * * * **
5248044 CCAAGATTAAACCGCGAGTCAGAAAATGAAAACGACCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAA
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
*
5248109 AATGACTA-GGA
130 AA-G-CGAGGGA
**** * * * * * * * *
5248120 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATTTAATCGGGTTTAAATCGTGAGTTAAGAAATGAAAACAAC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * * *
5248185 CGCGATTGAA-TCATGAGTCAAGAAATGACAATGACTGAGATTAAATCACGAGTC-AAAAATAAA
66 CGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT-GA
*
5248248 AAATGACCA-GGA
129 AAA-G-CGAGGGA
* * * * * * * *
5248260 TTAAATCACTAGTCAAAAAATGAAAACGATAAGCATTAAACCACGAGTTAGAAAATGAAAATGA-
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * ** * * * * * * * *
5248324 CCAGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGA
66 CGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAATG-
**
5248388 AAAATGATAGGGA
128 AAAA-GCGAGGGA
* * * * * * * *
5248401 TTAAACCATGAGTCAAAAAATCAAAAAGGACCACGATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAAT-GAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * ** *
5248466 -CTATGATTAGACGATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCT--GATTAAGCCATGAGTCAGAAAAT
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGA--CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
*
5248528 GAAAA-CGAGCCAGA
127 GAAAAGCGAG--GGA
* * * * ** *
5248542 TTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACGA
* * * * * ** *
5248607 TC-AGGATTAAACCATGGGTGAAAAAATGAAAATGA-TCGAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATG
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
5248670 AAAATGACTGA--GA
128 AAAA-G-C-GAGGGA
* * * * * * * * *
5248683 ATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAA-TA-CGAGGGTTAGACC--GCGTCTTAGATAATGAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTC--AAAAAATGAAAAC
* * * * * * * ** * *
5248744 AACCAAAACTAAA-TCACGAGTCAAAAAATGAAAACAACTAAGATTAAATCACGAA-TCAAAAAA
63 GATCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCAC-AAGTC-AAAAA
*
5248807 ATGAAAATGACCA-GGA
125 ATGAAAA-G-CGAGGGA
* * *** * * * * *
5248823 TTAAATCATGAGTCAGGGAA-CAAAAGCGAT-GGGAATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAA-CGATCAGG-ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * *
5248886 ACCAAAATTAAA-TCGTGAGTCAGAAAATAAAAACAAT--C-GAGATTAAACCACGAGTCAAAAA
64 ATCGAGATTAAACT-ATGAGTCA-AAAA-AAGAA-AATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
5248947 ATGAAAATGATC-A-GGA
125 ATGAAAA-G--CGAGGGA
** * ** *
5248963 TTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-GAGA-TAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAAC-
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACG
* * * * * * * *
5249025 AACCATCG-TTAAA-TCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATTGATATTAAATCACATGTCAAAAA
64 ATCGA--GATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
* * *
5249088 TTGAAAA-CTACTGAGA
125 ATGAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * * * *** *
5249104 ATAAATCATGAGTCAAAAAATCAAAACCA-CCGAAACTAAATCACAT--GTCAGCGAACGAAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAA-C-CATGAGTCAAAAAATG-AAAA
** * * * * * * * ***
5249166 TAACCGAAATTAAA-TCACGAGTTAAAAAATGAAAATG-GTCGGGATTAAACTGTAAGTCAAAAA
62 CGATCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
* *
5249229 ATGAAAATGACCCA--TA
125 ATGAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * * *
5249245 TTAAACTACGAGTTAAAAAATAAAAAAGATC-GAGAGTAAA-TAGTGAGTTAGAAAATGAAAACG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * *
5249308 ACCGAGATTAAACTATGAGTTAAAAAATGAAAACGAC-CAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATG
64 ATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
*
5249372 AAAA-CGACCAGGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * ** * * * * * *
5249385 TTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAGCAATTGGGTTTAAATCGTGAGTTAAGAAATGAAAACAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * ** * *
5249450 CGAGATTAAA-TCATGAGTCAAGAAATG---ACGACTGAGATTAAATGACGACTCAAAAATAAAT
66 CGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTC--AAA-AAAT
* *
5249511 -AAAAACTGACCAGGA
127 GAAAAGC-GA--GGGA
* * * * *
5249526 TTAAATCACTG-GTCAAAAAATGAAAACGATAAGGATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCAC-GAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * ** *
5249590 TCGAGATTAAA-TCACT-AG-CTAGAAAAAGGAAAACGACCAAGATTAAA-CATTAAGTCAGAAA
65 TCGAGATTAAACT-A-TGAGTC-A-AAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTC----A
5249651 ACGAAAATGAAAA-CGATTGGGA
121 A--AAAATGAAAAGCGA--GGGA
**
5249673 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC--GA--AAA--ATGA---AAAAAA--AAAATTAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * *** * * * * ** *
5249727 CGGGATAAAACCATGAGTTAGAAAATGAATGCGAC-CAGTTTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAA
66 CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAA
*
5249791 ATGAC-TGGGA
131 A-G-CGAGGGA
** * * * * * * * *
5249801 TTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAACCTGGATTAAACCACGAGTCAGAAAACG-AAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * * * * ** * *
5249865 CCTAGATTAAAGC-ACGAGACAGAAAATGGAAACGACTAAGATTAAACCATGAGTTAGAAAATGG
65 TCGAGATTAAA-CTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT-G
* *
5249929 AAATGAC-CGGGA
128 AAAAG-CGAGGGA
* * ** *
5249941 TTAAACCACCG-GTCAGAAAAA-GAAAAATGAGCAGGATTAAACCATGAGTCAGGAAATGAAAAT
1 TTAAACCA-CGAGTCA-AAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC
* * * * * * * * *
5250004 GACTGGA-ATTAAGCTACGAGTTAGAAAATG-AGA--AC---GA-TAAA--A-AAAT-GAAAAA-
63 GA-TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
**
5250056 GAAAAATGATTGGGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* ** * * ** ** *
5250071 TTAAACCATGAGTCAAAAAATGAATGCGATCGGGTTTAAATTACAAGTCAAGAAATGAAAACGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * ** *
5250136 CGTGATTAAAGC-ACGAGTCAAAAAATGAAGAATGACCGAGATTAAACCGTAAGTCAAGAAAAGG
66 CGAGATTAAA-CTATGAGTCAAAAAAAGAA-AATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAA-AAAATG
* *
5250200 AAAA-TGATCGCGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* ** * * * *
5250213 TTAAATCGTGAGTCGAAAGATGAAAACGA-CGGGGATTAAA-C-TGAGTCAAAAAATGAAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * ** * * * *
5250275 CCCAAATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGAC-CAGGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
5250339 AAA-CGATTGGGA
129 AAAGCGA--GGGA
* ** ** * *
5250351 TTAAACCACGAGTCAAAAATTGAAAATAATTC-TCATTAAGCCATGAGTC-AAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* ** * * ** * * *
5250414 GTC-AGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAAC-CAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAG
65 -TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
** *
5250477 AAAAATGATCAGGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * * * * *
5250491 TTAAACCATGGGTCAGAAAATGAAAATGATC-GAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * * * ** * * *
5250555 -CTGAGAATAAACCACGGGTCATAAAATGAAAATG-C-GAGGGATTAGACCGCATCTTAGATAAT
65 TC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA--GATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* * **
5250617 GACAACAACCA-AAA
127 GA-AA-AGCGAGGGA
* * * * * *
5250631 TTAAATCACGAGTCAGAAAATGAAAAC-AACAAGGATTAAATCATGAATCAAAAAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTC-AAAAAATGAAAACG
* * *** * ** * *
5250695 ACCAAGATTAAA-TATGAGTCAGGGCACA-AAAGCGA-TGGGAATTAAACCATAAGTCAAAAAAT
64 ATCGAGATTAAACTATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAG-ATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* **
5250757 GAAAATGACCA-AAA
127 GAAAA-G-CGAGGGA
* * * * * * * *
5250771 TTAAATCATGAGTCAAAAAATAAAAAC-AACCGAGATTAAATCACGAGTCAAAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
** * * * *
5250835 TC-AGGATTAAACCGTGACTCAAAAAATA-AAAACGA-TCGAGATTAAATCACAAGTCAGAAAAT
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAA-AGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* * *
5250897 GAAAAACAACCGTCG-
127 GAAAAGCGA--G-GGA
* * * * *
5250912 TTAAATCATGAGTGAAAGAAATGAAAATGATC-GATATTAAATCACAT-A-TC-AAAAATCGAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAA-AAATGAAAACGATCAG-GATTAAA-C-CATGAGTCAAAAAAT-GAAA
* * * ** ** ** * * * * *
5250973 ACTA-CTGAGAATAAA-TCATGAGTCAGAAAATCAAAACCACCAAAACTAAATCACATGTCAAAG
61 ACGATC-GAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAA
* ** ***
5251036 AACGAAAAATGATCAAAA
124 AATGAAAAGCGA--GGGA
* * * * ** * *
5251054 TTAAATCACGAGTTAAAAAATGAAAATGACCAGGATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGAC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * ** * * *
5251119 CAATATTAAACTACAAGTTAGAAAATAA-AAAA-GA-TCGAGATTAAACCGCGAGTCAAAAAATG
66 CGAGATTAAACTATGAGTCA-AAAA-AAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
*
5251181 AAAA-CGACCGAGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * ** * *
5251194 TTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAGGATTAAACCGCGAGTCAAAAAATGAATACAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * * * * * ** *
5251259 CGGGTTTAAA-TCGTGAGTTAAGAAATGAAAA-CAATCAAGATTAAATCATGAGTCAAGAAATGA
66 CGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
* *
5251322 CAA-CGATTGAGA
129 AAAGCGA--GGGA
* * * * *
5251334 TTAAATCACGAGTC-AAAAATAAAAAATGACCAGGATTAAATCACT-AGTCAAAAAATGAAAACG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAAT-GAAAACGATCAGGATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * *
5251397 AT-AAGGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAATTA-TCAATATTAAACCACTAG-CTAGAAAA
64 ATCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTC-A-AAAA
5251459 ATGAAAATGATCGA--GA
125 ATGAAAA-G--CGAGGGA
* * ** * ** * * *
5251475 TTAAA-CATTGAGTCAGAAAACAAAAATGATTGGGATTGAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACGA
1 TTAAACCA-CGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * ** * *
5251539 TC--G--TAAA--AT--G-----AAAA-AAAATGA-TCGGGACTAAACCATGAGTTAGAAAAT--
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
* ** *
5251587 AATGCGACCAGT
129 AAAGCGA-GGGA
* * * * * * ** * * *
5251599 TTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGA-CTGGGATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACG
* * * * ** * * **
5251663 ATCTG-GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAGTGGGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA
64 ATC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTCA-AAAAA
*
5251726 -GAAAATGACCTA--GA
126 TGAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * * * *
5251740 TTAAAGCATGAGCCAAAAAATGGAAACCA-CTAAGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGGAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * ** * * * * ** **
5251804 CCGGGATTGAACCACCAGTTAGAAAAAGAAAAATAAGT-AGGATTAAACCATGAGTCAGGAAATG
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
* *
5251868 AAAATG-AATGGAA
128 AAAA-GCGA-GGGA
* * * * *
5251881 TTAAGCTACGAGTCAGAAAATGAGAACGAT-A--A--AAA--ATTG-G----AAAA--AAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAAACGA
** * * * * * * * * * *
5251932 TTAAGATTAAACCATGAGTGAGAAAATG--AATGATATCGGGTTTAAA-TAGCGAGTTAAAAAAT
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGA-CT-GAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAAT
*
5251994 GAAAA-CGATCGTGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * * *
5252008 TTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACGA-CCGAGATTAAA-TAGTAAGCCAAAAAAATGAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAA-AACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTC-AAAAAATGAAAA
* * * * * * * *** *
5252071 TGATCGTGATTAAACCATGAGTCGAAAGATGAAAATGA-TGGGGATTAAACCGTGAGTGAAAAAA
62 CGATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAA
* **
5252135 TGAAAA-CAACCCAGA
126 TGAAAAGCGA--GGGA
* * * **
5252150 TTAAACCACAAGTC--AAAATGAAAACGACCAGGTTTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* ** *
5252213 TG-GAATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGA-TAGGGATTAAACCACGATTAGACCACG
66 CGAG-ATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACT-GAGATTAAACCAC------A--A-G
* * *
5252275 ACTCAAAAAAATTAAAATGACTA-TGA
118 --TC-AAAAAATGAAAA-G-CGAGGGA
* * ** *
5252301 TTAGACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCA-GATTAAGCCATGAGTC-AAAAATGAAAACGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGAT-CAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * **** * * ** * *
5252364 GCCAGATTAAACCGCAAGTCAAAAAATGGAAACAAC-CAGGATTAAACCACCAGTCCAAAAAA-G
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGT-CAAAAAATG
* **
5252427 AAAAACGATCAAGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * * * * *
5252441 TTAAAGCA-TAGGTCAGAAAATGAAAATGATC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAATAAAAATG
1 TTAAACCACGA-GTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * * ** * * *
5252504 A-CTGAAAATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAATG-C-GAGGGATTAGACCGCATCTTAGATAA
64 ATC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA--GATTAAACCACAAGTCAAAAAA
* ***
5252566 TGAAAA-CAACCAAAA
126 TGAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * *
5252581 TTAAATCATGAGTCAAAAAATGAAAAC-AACAAGGATTAAATCATGAATCAGAAAAACGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAACG
* ** * ** * * **
5252645 A-CCAGGATTAAA-TCATGAGTCAGGGAACA-AAAGCGA-TGGGAATTAAATCGTAAGTCAAAAA
64 ATCGA-GATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAG-ATTAAACCACAAGTCAAAAA
* **
5252706 ATGAAAATGACCA-AAA
125 ATGAAAA-G-CGAGGGA
* * ** * * * * *
5252722 TTAAATCATGAGTCAAAAAACAAAAAC-AACTGAGATTAAACCACGAGTTAAAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
** * * *
5252786 TC-AGCATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCGAGATTAAATCACAAGTCAAAAAATG
65 TCGAG-ATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
* * *
5252849 AAAAACAACCGTCG-
128 AAAAGCGA--G-GGA
* * * *
5252863 TTAAATCATGAGT-AAGAGAAATGAAAATGATC-GATATTAAATCACAT--GTC-AAAAATCGAA
1 TTAAACCACGAGTCAA-A-AAATGAAAACGATCAG-GATTAAA-C-CATGAGTCAAAAAAT-GAA
* * ** * * * * *
5252923 AACTA-CTGAGAATAAA-TCATGAGTCAAAAAATCAAAACCG-CTGAAACTAAATCACATGTCAA
60 AACGATC-GAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAA-TGACTGAGATTAAACCACAAGTCAA
* * ** **
5252985 AGAACGAAAAATGATCGAAA
122 AAAATGAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * *
5253005 TTAAATCACGAGTTAAAAAATGAAAATGATCGGGATTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAATGAC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * *** *
5253070 CTG-TATTAAACTATGAGTTAAAAAATAAAAAAT-A-TCGAGATTAAATCGTGAGTCAGAAAATG
66 C-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAA-AGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
*
5253132 AAAA-CGACCGTGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * * * * ** * *
5253145 TTAAAACCATGTGTGAAAAAA-AAAAACGACCAGGATTACACCGCGAGTCAAAAAATGAATACAA
1 TT-AAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* ** * * * * * * * ** *
5253209 TCTG-GTTTAAA-TCGCGAGTTAAGAAATGAAAA-CAATCGGGATTAAATCATGAGTCAAGAAAT
65 TC-GAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* * *
5253271 G-ACAGCAACTGAGA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * * * *
5253285 TTAAATCACGAGTCAGAAATAA--AAAATGACCACGATTAAATCACT-AGTCAAAAAATGAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCA-AAA-AATGAAAACGATCAGGATTAAACCA-TGAGTCAAAAAATGAAAAC
* * * * * * * *
5253347 GAT-AAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATTGATATTAAACCACTAG-CTAGAAAA
63 GATCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTC-AAAAAA
*
5253410 TGAAAA-CGATCGAGA
126 TGAAAAGCGA--GGGA
* * * * ** * *
5253425 TTAAA-CATTGAGTCAGAAAACGAAAATGATTTGGATTAAACCACGAGTCAAAAAA-AAAAACGA
1 TTAAACCA-CGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * *
5253488 TC--G-TTAAA--AT--G-C-AAAAAA-AAAATGA-TCGGGACTAAACCACGAGTTAGAAAATG-
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
* ** *
5253541 AATGCGACCAGT
129 AAAGCGA-GGGA
* * * * * * ** * * *
5253553 TTGAATCATGAGTCAAGAAATGAAAATGATTAGGATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACGA
* * * * * ** * * ** *
5253618 CCTG-GATTAAACCACGAGTCAGAAAACGAAAACAAGTGGGATTAAA-CATTGAGTCAAAAAAAG
65 TC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCA-CAAGTCAAAAAATG
*
5253681 AAAATGACCTA--GA
128 AAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * *
5253694 TTAAAGCACGAGCCAAAAAATGGAAATGA-CTAAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGGAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * ** * * ** **
5253758 TCGGGATTAAACCACCAGTCAGAAAAAGAAAAATGAGCAG-GA-TAAACCATGAGTCAGGAAATG
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAATGA-CTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT-
* *
5253821 GAAATGACTGA--AA
127 GAAAAG-C-GAGGGA
* * * * * * * ** *
5253834 TTAAGCTACGAATTAGAAAATGAGAATGAT-A--A--AAA--A--A-T-TGAAAA--AAAATGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * * * * * * * *
5253886 -TAGGATTAAACCATGAGTCAGAACATG--AATGATATCGGGTTTAAATCACGAGTTAAGAAATG
66 CGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGA-CT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
*
5253948 AAAA-CGATAGTGA
128 AAAAGCG--AGGGA
* * *** *
5253961 TTAGAA-CACGAGTCAAAAAATAAAGAACGA-CTGAGATTAAACCGCAAGCCAAAAAAATGAAAA
1 TTA-AACCACGAGTCAAAAAATGAA-AACGATCAG-GATTAAACCATGAGTC-AAAAAATGAAAA
* * * ** * * * * * * ***
5254024 TGACCGCGATTAAACCGTGAGTCAGAAGATGAAAACGACGGGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAAT
62 CGATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
* ***
5254089 GAAAA-CAACCCTTA
127 GAAAAGCGA--GGGA
* * * ** *
5254103 TTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCAGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * ** * * * *
5254168 TGGGATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGA-TAGGGATTAGACCACGAGTTAAAAAATG
66 CGAGATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAG-AAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
**
5254231 AAAAAG-GACCACGA
128 -AAAAGCGA--GGGA
* * ** *** * *
5254245 TTAGACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCTTAATTAAGCCATGAGT-AAGAAAATGAAAATGA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAA-AAAATGAAAACGA
* * * ** * * ** * * *
5254309 GCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAAC-CAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGA
65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
** *
5254373 AAAATGATCAGGA
129 AAAGCGA--GGGA
* * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA-CG
* * * * * * * * ** * * *
5254449 A-CTGAGAATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAAT-AC-GAGGGATTAGATCGCATCTTAGATAA
64 ATC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA--GATTAAACCACAAGTCAAAAAA
* * **
5254511 TGAAAACATCCA-AAA
126 TG-AAA-AGCGAGGGA
* * * * * * *
5254526 TTAAATCACGAGTCGAAAAATGAAAAC-AACAAGGATTAAATCACGAATCAAAAAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTC-AAAAAATGAAAACG
* ** * ** * **
5254590 A-CTAGGATTAAA-TCATGAGTCAGGGAACA-AAAGCGA-TGGGAATTAAACCGTAAGTCAAAAA
64 ATCGA-GATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAG-ATTAAACCACAAGTCAAAAA
* * **
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125 ATGAAAAGCGA--GGGA
* *
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1 TTAAACCACGAGTC---AAA--AAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTC-A-AAAAAT
* * * * * * * * *
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57 G-AAAACGATCGAGATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTC
*
5254793 AGAAAATGAAAA-C----GA
120 AAAAAATGAAAAGCGAGGGA
* * * * * * ** * * **
5254808 TCAAA--A--AAT-GAAAAA--AAAATGATCGGGACTAAACCACAAGTTAGAAAATGAATGCGA-
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * ** * *
5254865 CCA-ATTTGAA-TCATGAGTCAAGAAATGAAAATGACTGGGATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGA
66 CGAGA-TTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG-
* * *
5254928 AAAAACAACCTGGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * *
5254942 TTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAGT-GGGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAAA-GAAAAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCA-TGAGTCA-AAAAATGAAAAC
** * * * * * * ** *
5255004 GGCCTAGATTAAAGC-ATGAG-CTAGAAAATGGAAACGACTAAGATTAAACCATGAGTCAGAAAA
63 GATCGAGATTAAA-CTATGAGTC-AAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAA
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126 TGAAAA-G--CGAGGGA
* * * * ** * *
5255082 TTAAACCACCAGTCAAAAAAATAAAAATGAAT-AGGATTAAACCATGGGTCAGGACATGAAAAAG
1 TTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAACG-ATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * * * *
5255146 ATTG-GAATTAAGCTACGAGTTAGAAAATG-AAA--AC---GA-TAAA--A-AAAT-GAAAAA-G
64 ATCGAG-ATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
**
5255198 AAAAATGATTGGGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * ** * * * * *
5255212 TTAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGCGATCGGGTTTAAATCAGGAGTCAAGAAATGAAAACGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * ** *
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66 CGAGATT-AAACTATGAGTCAAAAAAAGAA-AATGACTGAGATTAAACCACAAGTC-AAAAAATG
* *
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128 AAAA-G-CGAGGGA
** ** * * ** * * *
5255354 TTAAACCGTGAGTCGGAAGATGAAAACTATGGGGATTAAACGATGAGTCAAAAAATGAAAACAAC
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
** * ** * * * * *
5255419 CCTGATTAAAACCACAAGT-AATGAAATGAAAACGAC-CAGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATG
66 CGAGATT-AAACTATGAGTCAA-AAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
*
5255482 AAAA-CGATCAGGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * * * * *
5255495 TTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGAT-AGGGATTAGACCACGAGTTAAAAAATGAAAAA
1 TTAAACCA-CGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCA-GGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAA
* * * * * * * ** *
5255558 GGA-CCACGATTAGACCACGAGTCAAAAAATA-AAAATAATCCT-A-ATTAAGCCATGAGTCAGA
62 CGATCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAA-AGAAAATGA--CTGAGATTAAACCACAAGTCAAA
* *
5255619 AAATGAAAA-TGAGCCAGA
123 AAATGAAAAGCGAG--GGA
* * * * ** * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACGA
* * * * * ** * *
5255702 TC-AGGATTAAACCATGGGTCAGAAAATGAAAATGA-TCGAGATTAAACTATGAGCCAGAAAATG
65 TCGA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
* *
5255765 AAAA-TGATTGAGA
128 AAAAGCGA--GGGA
* * * * ** * * * *
5255778 ATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAA-TATGAGGGATTTGACCGTGTA-TTAAATAATGAAAACA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCA-GGATTAAACCATG-AGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * ** * *
5255841 ACCAAAATTAAA-TCATGAGTCAAAAAATGAAAACAAC-AAGGATTAAATCACGAA-TCAAAAAA
64 ATCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCAC-AAGTC-AAAAA
*
5255903 ATGAAAATGACCA-GGA
125 ATGAAAA-G-CGAGGGA
* * ** * * ** * *
5255919 TTAAATCATGAGTCAAGGAA-CAAAAGCGAT-GGGAATTAAACTGTAAGTCAAAAAATGAAAATG
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAA-CGATCAGG-ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACG
* * * * * ** *
5255982 ACCAAAATTAAA-TCGTGAGTCAGAAAACA-AAAACAACTGAGATTAAACCACGAGTCAAAAAAT
64 ATCGAGATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAT
5256045 GAAAATGATC-A-GGA
127 GAAAA-G--CGAGGGA
** * ** * * *
5256059 TTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-GAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATTAAAAACA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCA-AAAAATGAAAACG
* ** * * * * * * *
5256123 ACCGTCATTAAA-TCATGAGGCAGAGAAATGAAAGTGA-TCGAGATTAAATCACATGTC-AAAAT
64 ATCGAGATTAAACT-ATGAGTCA-AAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAAA
* *
5256185 TCGAAAA-CTACTGAGA
126 T-GAAAAGCGA--GGGA
* * * * * * * * * *
5256201 ATAAATCATGAGTCAGAAAATCAAAACCA-CAGAAACTAAATCACAT--GTCAGAGAATGAAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAA-C-CATGAGTCAAAAAATG-AAAA
* * * * * * ****
5256263 TGATCGAAATTAAA-TCAGGAGTTAAAAAATGAAAA-GA-TCGGGATTAAACTGTGAGTCAAAAA
62 CGATCGAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
* *
5256325 ATGAAAATGACCCA--TA
125 ATGAAAA-G--CGAGGGA
* * * * * * * * *
5256341 TTAAACTATGAGTTAGAAAATAAAAAAGATC-GAGATT---CAAT--GTCAAAAAGTGAAAACAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * *
5256400 TCGAGATTAAACAATGAGTCAAAAAATGAAAATGAC-CAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGA
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*
5256464 ATA-C----G-
129 AAAGCGAGGGA
* * * * * * * *
5256469 -T-------GAGTGAAGAAATGAAAACAATCATGATTAAATCATGAGTCAAGAAATGACAATGA-
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * *
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** * *
5256587 GAAAATGATAAGCA
127 GAAAA-GCGAGGGA
* * * *
5256601 TTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAATGATC-GAGATTAAACCACT-AG-CTAGAAAAAAGAAAA
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCA-TGAGTC-A-AAAAATGAAAA
* * * * ** * *
5256663 TGATTGAGATTAAAC-ATTGAGTCAGAGATTGAAAATGA-TCGA-A--AAA-TA-AA--AAAAAA
62 CGATCGAGATTAAACTA-TGAGTCAAAAAAAGAAAATGACT-GAGATTAAACCACAAGTCAAAAA
*
5256719 ATG---ATC--GGGA
125 ATGAAAAGCGAGGGA
* * * ** * * * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * ** * *
5256792 CTGGGATTAAAGTACGAGTTAAAAAATGAAAAACAAACTG-GATTAAACCACGAGTCAGAAAATG
66 C-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAG-AAAA-TGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATG
*
5256856 AAAA-CAAGTGAGA
128 AAAAGCGAG-G-GA
* * * * * * * ** * *
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1 TTAAACCA-CGAGTCA-AAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC
* * * * * * * * *
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63 GATC-GAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCA-AAAAA
**
5256996 -GAAAAATGAACGGGA
126 TGAAAAGCG-A-GGGA
* ** * * * * * * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * ** *
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65 TCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGA
* * *
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129 AAAGCGA--GGGA
* * * * * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAA-AACG
** * * * *** * *
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*
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127 GAAAA-G-CGAGGGA
** ** * ** *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGA-TCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * ** * *
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* **
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127 -G-AAAAG-CGAGGGA
* * * **
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
** * * * * * * *
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* *
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129 AA-AGCGAGGGA
* * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * ** *
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* ** * * * * * ** * * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
** * * * * * ** * ** *
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** * ** ** * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAACGA
* ** * * * * *
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* **
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127 -GAAAA--GC-GAG-GGA
* ** * *** *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * ** *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * * * * * * ***
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* *
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128 AAAAGCGA---GGGA
* * * * ** * **
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * ** * * **
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**
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128 -AAAAGCGA--GGGA
* * ** * * **
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
** * * * * *
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* * **
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129 AAAGCGA--GGGA
* * * * *
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1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGA
* * * * ** * *
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130 AA-GCGAGGGA
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1 TTA
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CGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAAAGAAAATGACTGAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAA
AGCGAGGGA
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Alignment explanation
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5237055 AAATGATCGT
* * * * * *
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* * * * * * * *
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*
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* * ****
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* *
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* * *
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* * * * *
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*
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* * * *
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1 GATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATACGGATTAAACCAGA-GTCAAAAAATGAAAAT
* * * * *
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65 GA-CCACGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATGACTGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAAT
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129 GAAAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (210 bp):
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AATGAAAACAACCAA
Found at i:5237432 original size:247 final size:248
Alignment explanation
Indices: 5237044--5237624 Score: 620
Period size: 247 Copynumber: 2.4 Consensus size: 248
5237034 AAATCGTGAG
* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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131 TTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAACC-AGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAA
* * ** * *
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195 CCAAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCCGGATTAAACCACACA
* * * *
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1 TCAAAAAAAG-AAAATGATCGAGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAACGACCGA-GATTAA
* * * **
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64 ACCACAAGTCAAAAAAATGAAAATGATC-ACGATTAAACCATGAATCAAAAAATGAAAA-AGACG
** * * *
5237417 CTTATTAAGCCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAA
127 CGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAACCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAA
* * * **
5237482 CAACCAAGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATCCGGATTAAACCATAGG
192 CAACCAAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCCGGATTAAACCACACA
* * * * * * *
5237539 TTAGAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG-AAAATGACTGAGAATAAAC
1 TCAAAAAAAGAAAATGATCGAGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAACGACCGAGATTAAAC
* * *
5237603 AACGAGTC-ATAAAATGAAAATG
66 CACAAGTCAAAAAAATGAAAATG
5237625 CGAGGGATTA
Statistics
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247 163 0.59
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ACGTcount: A:0.52, C:0.15, G:0.17, T:0.17
Consensus pattern (248 bp):
TCAAAAAAAGAAAATGATCGAGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAACGACCGAGATTAAAC
CACAAGTCAAAAAAATGAAAATGATCACGATTAAACCATGAATCAAAAAATGAAAAAGACGCGGA
TTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAACCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAAC
CAAGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCCGGATTAAACCACACA
Found at i:5238209 original size:69 final size:70
Alignment explanation
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Period size: 69 Copynumber: 2.6 Consensus size: 70
5238092 ATCACGAGTA
* * * * * *
5238102 AAAAAATGAAAATGACCGAGATTAAACTGTGAGTCAAAAAATGAAAATGACCCG-TATTAAACTA
1 AAAAAATAAAAAAGACAGAGATTAAACTGCGAGTCAAAAAATGAAAACGA-CCGAGATTAAACTA
5238166 CAAGTT
65 CAAGTT
* * * * * *
5238172 AGAAAATAAAAAAGA-AGAGATTAAACCGCGAGTCAAAAAATTAAAGCGACTGAGATTAAACTAT
1 AAAAAATAAAAAAGACAGAGATTAAACTGCGAGTCAAAAAATGAAAACGACCGAGATTAAACTAC
*
5238236 GAGTT
66 AAGTT
* *
5238241 AAAAAATGAAAACGACCAG-GATTAAACTGCGAGTCAAAAAATGAA
1 AAAAAATAAAAAAGA-CAGAGATTAAACTGCGAGTCAAAAAATGAA
5238286 TACAATCAGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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69 53 0.57
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71 2 0.02
ACGTcount: A:0.52, C:0.12, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (70 bp):
AAAAAATAAAAAAGACAGAGATTAAACTGCGAGTCAAAAAATGAAAACGACCGAGATTAAACTAC
AAGTT
Found at i:5239247 original size:211 final size:210
Alignment explanation
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Period size: 211 Copynumber: 5.6 Consensus size: 210
5238720 AAAGACCACG
* * * ** * * *
5238730 ATTAGACCATGAGTCAAAAAATGAAAATGACTATGATTAAACCATGAGTCAAAAAATAAAAGTAA
1 ATTAAACCATAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGAGTCAAAAAACAAAAGCAA
* * * * * *
5238795 TCC-TGATTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAAAACGAGTCAGATTAAACCACAAGTCATAAAATGG
66 -CCGAGATTAAGACATGAGTCAGAAAATGAAAACGA-TAAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATGA
* * * * *
5238859 AAACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAACAA-GAAAAATGATCAGGACTAAACCATGGGTCAA
129 AAACAACCAGGATTAAATCACGAGTCAAAAAAATG-AAAATGACCAGGACTAAACCATGAGTCAA
* * *
5238923 AAAATGAAAATGATCGAG
193 AAAATCAAAACGATCGAA
* * * * **
5238941 ATTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAATGACTGAGAA-TAAACCACGAGTCATAAAATGAAAATG
1 ATTAAACCATAAGTCAAAAAATGAAAATGAC-CAAAATTAAACCACGAGTCA-AAAAACAAAA-G
* * * * * * * * *
5239005 CGA--GGGATT-AGAC-CGCGTCTTAGATAATGAAATCAACTAAAATTAAATCACGAGTCAGAAA
63 CAACCGAGATTAAGACATGAGTC--AGAAAATGAAAACGA-TAAGATTAAATCACAAGTCAGAAA
* * * *
5239066 ATGAAAACAACAAGGATTAAATCACGAATCAAAAAAATGAAAATGACCAGGATTAAATCATGAGT
125 ATGAAAACAACCAGGATTAAATCACGAGTCAAAAAAATGAAAATGACCAGGACTAAACCATGAGT
*** *
5239131 CAGGGAA-CAAAAGCGATGGAA
190 CAAAAAATCAAAA-CGATCGAA
*
5239152 ATTAAACCGTAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGAGTCAAAAAACAAAAGCAA
1 ATTAAACCATAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGAGTCAAAAAACAAAAGCAA
* * * *
5239217 CCGAGATTAAAACATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCGAGA-TAAATTACAAGTCAGAAAATGAA
66 CCGAGATTAAGACATGAGTCAGAAAATGAAAACGAT-AAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATG-A
** * * * * * *
5239281 AAACAACCATCATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATC-GATATTAAATCACAT--GTC
129 AAACAACCAGGATTAAATCACGAGTCAAAAAAATGAAAATGACCAG-GACTAAA-C-CATGAGTC
*
5239343 -AAAAATCAAAAACTA-CTGAGA
191 AAAAAATC-AAAACGATC-GA-A
* * * ** * * * * * ** **
5239364 A-TAAATCATGAGTCAGAAAATGAAAACCACCGAAACTGAATCAC-ATGTCAGAGAATGAAAAAT
1 ATTAAACCATAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGA-GTCA-AAAAACAAAAGC
* * * * * * * * *** *
5239427 GACCAAAATTAA-ATCACGAGTTAAAAAATGAAAATGACTAGGATTAAA-CTGTGAGTCAAAAAA
64 AACCGAGATTAAGA-CATGAGTCAGAAAATGAAAACGA-TAAGATTAAATC-ACAAGTCAGAAAA
** * * * * * * * * * *
5239490 TGAAAATGACCCGTATTAAA-CTACGAGT-TAGAAAATAAAAAAGATC-GAGATTAAA-TAGTAA
126 TGAAAACAACCAGGATTAAATC-ACGAGTCAAAAAAATGAAAATGACCAG-GACTAAACCA-TGA
* *
5239551 GTCAAAAAATGAAAACGATCGAG
188 GTCAAAAAATCAAAACGATCGAA
* * ** ** *
5239574 ATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGACCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATGCAA
1 ATTAAACCATAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGAGTCAAAAAACAAAAGCAA
* * * * * ** * **
5239639 TCGGGTTTAA-ATCACGAGTTA-AAAATGAAAATAATCAGGATTAAATCATGAGTCA-AGAAATG
66 CCGAGATTAAGA-CATGAGTCAGAAAATGAAAACGAT-AAGATTAAATCACAAGTCAGA-AAATG
* * * * * *
5239701 ACAACGA-CTGAGATTAAATCACGAGTCAAAAATAA--AAAACGACCAGGATTAAATCACT-AGT
128 AAAACAACCAG-GATTAAATCACGAGTCAAAAA-AATGAAAATGACCAGGACTAAACCA-TGAGT
* *
5239762 CAAAAAATAAAAATGAT--AA
190 CAAAAAATCAAAACGATCGAA
* * * * * *
5239781 GGATTAAACCATGAGTC-AAAAATGAAAATGATCGATATTAAACCACTAG-CTAGAAAAATGAAA
1 --ATTAAACCATAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGAGTC-A-AAAAA-CAAA
* * * * ** * *
5239844 A-CGACCGAGATTAA-ACATTGAGTCAAAAAACGAAAATGATTTGGATTAAACCACGAGTCAGAA
61 AGCAACCGAGATTAAGACA-TGAGTCAGAAAATGAAAACGA-TAAGATTAAATCACAAGTCAGAA
*
5239907 AATTAAAACAA
124 AATGAAAACAA
5239918 TCATAAAATG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.51, C:0.14, G:0.16, T:0.19
Consensus pattern (210 bp):
ATTAAACCATAAGTCAAAAAATGAAAATGACCAAAATTAAACCACGAGTCAAAAAACAAAAGCAA
CCGAGATTAAGACATGAGTCAGAAAATGAAAACGATAAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAA
ACAACCAGGATTAAATCACGAGTCAAAAAAATGAAAATGACCAGGACTAAACCATGAGTCAAAAA
ATCAAAACGATCGAA
Found at i:5240121 original size:68 final size:69
Alignment explanation
Indices: 5240043--5240258 Score: 203
Period size: 68 Copynumber: 3.2 Consensus size: 69
5240033 ATGAAAAACA
**
5240043 ACCTGGATTAAAGCACGAGTCAAAAAACGAAAACAAATGGGATTAAA-CATTGAGTCAGAAAA-A
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5240106 AAATG
65 AAATG
* * * * * *
5240111 ACCTGGATTAAAGCACGAG-CCAAAAATGGAAACGACTAAGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGG
1 ACCTGGATTAAAGCACGAGTCAAAAAACGAAAACAAATAAGATTAAACCATGAGTCAGAAAA-GA
5240175 AAATG
65 AAATG
* * ** * * *
5240180 ACC-GAGATTAAACCACCAGTCAAAAAA--AAAATGAACAGGATTAAACCATGAGTCAAGAAATG
1 ACCTG-GATTAAAGCACGAGTCAAAAAACGAAAACAAATAAGATTAAACCATGAGTC-AGAAAAG
5240242 AAAATG
64 AAAATG
5240248 A-CTGGAATTAA
1 ACCTGG-ATTAA
5240259 GCTATGAGTT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 18, Indels: 16
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (69 bp):
ACCTGGATTAAAGCACGAGTCAAAAAACGAAAACAAATAAGATTAAACCATGAGTCAGAAAAGAA
AATG
Found at i:5242064 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 5241757--5242083 Score: 411
Period size: 177 Copynumber: 1.8 Consensus size: 177
5241747 ATGATTGGGA
* * ** * * * * *
5241757 TTAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGCGATCGGGTTTAAATCATGAGTCAAGAAATGAAATCGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * * * *
5241822 CGTGATTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACGACCGAGATTAAACCGCAAGTCAAAAAAATGA
66 CGAGATTAAAACACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGACATTAAACCACAAGTCAAAAAAATGA
5241887 AAATGACCAAAATTAAATCAGGAGTTAGAAAAAAAAAACAACCGAGG
131 AAATGACCAAAATTAAATCAGGAGTTAGAAAAAAAAAACAACCGAGG
* *
5241934 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
1 TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
* * * ** * *
5241999 CGAGATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGCCATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGA
66 CGAGATTAAAACACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGACATTAAACCACAAGTCAAAAAAATGA
* * *
5242064 AAATGATCGATATTAAATCA
131 AAATGACCAAAATTAAATCA
5242084 CATGTCAAAA
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 27, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
177 123 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.14, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (177 bp):
TTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAT
CGAGATTAAAACACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGACATTAAACCACAAGTCAAAAAAATGA
AAATGACCAAAATTAAATCAGGAGTTAGAAAAAAAAAACAACCGAGG
Found at i:5242126 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 5241758--5242137 Score: 395
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 177
5241748 TGATTGGGAT
* ** * * * * *
5241758 TAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGCGATCGGGTTTAAATCATGAGTCAAGAAATGAAATCGATC
1 TAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATC
* * * * * *
5241823 GTGATTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACGACCGAGATTAAACCGCAAGTCAAAAAAATGAA
66 GAGATTAAAACACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGACATTAAACCACAAGTCAAAAAAATGAA
* * **
5241888 AATGACCAAAATTAAATCAGGAGTTAGAAAAAAAAAACAACCGAGGT
131 AATGACCAAAATTAAATCAGCAGTCAGAAAAAAAAAACAACCGAGAA
* * *
5241935 TAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGATCAGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACGATC
1 TAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATC
* * * ** * *
5242000 GAGATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGCCATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAA
66 GAGATTAAAACACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGACATTAAACCACAAGTCAAAAAAATGAA
* * * ** * *
5242065 AATGATCGATATTAAATCA-CATGTCA-AAAATCGAAAACTACTGAGAA
131 AATGACCAAAATTAAATCAGCA-GTCAGAAAA-AAAAAACAACCGAGAA
* *
5242112 TAAATCATGAGTCAAAAAATCAAAAC
1 TAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAC
5242138 CACCGAAACT
Statistics
Matches: 162, Mismatches: 39, Indels: 4
0.79 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
176 5 0.03
177 157 0.97
ACGTcount: A:0.51, C:0.15, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (177 bp):
TAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGATC
GAGATTAAAACACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGACATTAAACCACAAGTCAAAAAAATGAA
AATGACCAAAATTAAATCAGCAGTCAGAAAAAAAAAACAACCGAGAA
Found at i:5243552 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 5243281--5243535 Score: 244
Period size: 106 Copynumber: 2.4 Consensus size: 106
5243271 AAATGATAGG
* * * * ** * **
5243281 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAAG-GACCACGATTAGACCACAAGTCTAAAAATGAAAA
1 GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAG-CCA-GATTAAATCGTAAGTCAAAAAATGGTAA
** * * ** * * *
5243345 TGACTATGATTAAACCATGAGTTAAAAAATGAAAAATAATCCT
64 CAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACAATCCT
* *
5243388 GATTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAAAACGAGCCAGATTAAATCGTAAGTCAAAAAATGGTAACA
1 GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAGCCAGATTAAATCGTAAGTCAAAAAATGGTAACA
*
5243453 ACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGAT-CT
66 ACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACAATCCT
* * * *
5243493 GGATTAAACCATGGGTCAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAA
1 -GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAGCCAGATTAAA
5243536 CTATGAGTCA
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 27, Indels: 5
0.79 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
105 2 0.02
106 87 0.73
107 29 0.24
108 1 0.01
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GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACGAGCCAGATTAAATCGTAAGTCAAAAAATGGTAACA
ACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACAATCCT
Found at i:5243577 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 5243512--5243599 Score: 115
Period size: 41 Copynumber: 2.1 Consensus size: 41
5243502 CATGGGTCAA
* * *
5243512 AAAATGAAAATGATCGAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATG
1 AAAATGAAAATGATCGAGAATAAACCACGAGTCAGAAAATG
* *
5243553 AAAATGAAAATGA-CTGGGAATAAACCACGAGTCATAAAATG
1 AAAATGAAAATGATC-GAGAATAAACCACGAGTCAGAAAATG
5243594 AAAATG
1 AAAATG
5243600 CAAGGGATTA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 5, Indels: 2
0.85 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.02
41 40 0.98
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Consensus pattern (41 bp):
AAAATGAAAATGATCGAGAATAAACCACGAGTCAGAAAATG
Found at i:5245238 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 5244898--5245513 Score: 343
Period size: 106 Copynumber: 5.8 Consensus size: 106
5244888 TAGAAAAATG
** * *** * ** * * *
5244898 AAAAAGAAAAATGATTGGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAATGCGATCGGGTTTAAATCACG
1 AAAAAGAAAAATGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGAACCAGATTAAACCACA
* * * *
5244963 AGTCAAGAAATGAAAACGA-TCGTGATTAAAACACGAGTCAA
66 AGTCAAAAAATGAAAACGACTAG-GATTAAACCACCAGTCAA
* * * * * * * * *
5245004 AAAATGAAGAACGACTCA-GATTAAATCGCAAGTCAAAAAAATGAAAAT-TACCGTGATTAAACT
1 AAAAAGAAAAATGA-TCAGGATTAAACCACGAGTC-AAAAAATGAAAATGAACC-AGATTAAACC
*** * * * * * ***
5245067 GTGAGTCGAAAGATGAAAGCGACAAGGATTAAATCGTGAGTCAA
63 ACAAGTCAAAAAATGAAAACGACTAGGATTAAACCACCAGTCAA
* * * * * *
5245111 AAAATGAAAACA--ACCCA-GATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACG-TCCAGCATTAAACC
1 AAAAAGAAAA-ATGA-TCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGAACCAG-ATTAAACC
* * * *
5245172 ACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGATTAAACTACCCA-TCAA
63 ACAAGTCAAAAAATGAAAACGACTAGGATTAAACCA-CCAGTCAA
* * * *
5245216 AAAAAGAAAAATGATAAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATAAAAAAGAACCACGATTAGACCAC
1 AAAAAGAAAAATGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGAACCA-GATTAAACCAC
* * * * * **
5245281 GAGTCAAAAAATGAAAATGACTATGATTAGACGATGAGTCAA
65 AAGTCAAAAAATGAAAACGACTAGGATTAAACCACCAGTCAA
* ** ** * * *
5245323 AAAAAG-AAAATAATCCTGATTAGGCCATGAGTTAGAAAATGAAAATG-ACCTAGATTAAACCAC
1 AAAAAGAAAAATGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGAACC-AGATTAAACCAC
* * **
5245386 AAGTCAAAAAATGGAAACAACCCGGATTAAACCACCAGTCAA
65 AAGTCAAAAAATGAAAACGACTAGGATTAAACCACCAGTCAA
* * * * * * * * **
5245428 AAAAAGAAAAACGATCAGGATTAGACCATGGGTTAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACTATG
1 AAAAAGAAAAATGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGAACCAGATTAAACCACA
* *
5245493 AGTCAGAAAATGAAAATGACT
66 AGTCAAAAAATGAAAACGACT
5245514 GAGAATAAAC
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 113, Indels: 34
0.72 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
104 2 0.01
105 107 0.28
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107 106 0.28
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Consensus pattern (106 bp):
AAAAAGAAAAATGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGAACCAGATTAAACCACA
AGTCAAAAAATGAAAACGACTAGGATTAAACCACCAGTCAA
Found at i:5245321 original size:212 final size:211
Alignment explanation
Indices: 5245103--5245513 Score: 493
Period size: 212 Copynumber: 1.9 Consensus size: 211
5245093 GATTAAATCG
* *
5245103 TGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGTCC-AGCATT
1 TGAGTCAAAAAAAGAAAACAACCCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCTAG-ATT
* * *** * *
5245167 AAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGAT
65 AAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCCGGATTAAACCA-CCAGTCAAAAAAAGAAAAACGAT
*
5245231 AAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATAAAAAAGAACCACGATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAA
129 AAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATAAAAAAGAACCA-GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAA
5245296 AATGACTATGATTAGACGA
193 AATGACTATGATTAGACGA
* * * ** ** * *
5245315 TGAGTCAAAAAAAGAAAATAATCCTGATTAGGCCATGAGTTAGAAAATGAAAATGACCTAGATTA
1 TGAGTCAAAAAAAGAAAACAACCCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCTAGATTA
* *
5245380 AACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCCGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCA
66 AACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCCGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATAA
* * * * * * * * * * *
5245445 GGATTAGACCATGGGTTAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAAT
131 GGATTAAACCACGAGTCAAAAAATAAAAAAGAACCAGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAT
5245510 GACT
196 GACT
5245514 GAGAATAAAC
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 32, Indels: 5
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
211 32 0.19
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Consensus pattern (211 bp):
TGAGTCAAAAAAAGAAAACAACCCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGACCTAGATTA
AACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCCGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATAA
GGATTAAACCACGAGTCAAAAAATAAAAAAGAACCAGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAT
GACTATGATTAGACGA
Found at i:5245901 original size:72 final size:71
Alignment explanation
Indices: 5245796--5245929 Score: 178
Period size: 72 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
5245786 AATGATCAGG
* *
5245796 ATTAAACCGTGAGTCAAAAAAATGAAAACGATCGAGAGTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAAC
1 ATTAAACCATGAGTCAAAAAAATGAAAACGATCGAGAGTAAATCACAAGTCA-AAAATCAAAAAC
5245861 AACCATC
65 AACCATC
* * * * * * *
5245868 ATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAATGATCGATATTAAATCACATGTCAAAAATCAAAA
1 ATTAAACCATGAGTCAAAAAAATGAAAACGATCGAGAGTAAATCACAAGTCAAAAATCAAAA
5245930 CTACTGAGAA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 9, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
71 9 0.17
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Consensus pattern (71 bp):
ATTAAACCATGAGTCAAAAAAATGAAAACGATCGAGAGTAAATCACAAGTCAAAAATCAAAAACA
ACCATC
Found at i:5246509 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5246473--5246508 Score: 65
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
5246463 GGATTAAACC
5246473 ACGAGTCAAAAAATGAAA
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5246491 ACGA-TCAAAAAATGAAA
1 ACGAGTCAAAAAATGAAA
5246508 A
1 A
5246509 AAAAAATGAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
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17 14 0.78
18 4 0.22
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Consensus pattern (18 bp):
ACGAGTCAAAAAATGAAA
Found at i:5247461 original size:106 final size:105
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Indices: 5247063--5247481 Score: 267
Period size: 106 Copynumber: 4.0 Consensus size: 105
5247053 GTTGAAAATG
* * *
5247063 AAAACGA-CGAGGATTAAACCAGGAGTCAA-AAAATGAAAATAACCCAGATTAAACCACAAGTCA
1 AAAACGATC-AGGATTAAACCATGAGT-AAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCA
* * * * * *
5247126 GAAAATGAAAACGACCAGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATG-
64 AAAAATGAAAACAACCAAGAATAAACCACAAGT-AAAAAAAGA
* * ** * * *
5247168 AAAACGAT-GGGATTAAACTACCCA-TAAAAAAATG---AT-AG--GGATTAAACCACGAGTCAA
1 AAAACGATCAGGATTAAACCA-TGAGTAAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAA
* * * * * *
5247225 AAAATGAAAA-AGGGCCACGATTAGACCACGAGTCAAAAAATGA
65 AAAATGAAAACA--ACCAAGAATAAACCACAAGT-AAAAAAAGA
* *
5247268 AAATA--A-CTATGATTAAACTATGAGTAAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCA
1 AAA-ACGATC-AGGATTAAACCATGAGTAAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCA
* * * *
5247330 AAAAATGGAAACAACCAGGATTAAACCACTAGTTAAAAAAAGA
64 AAAAATGAAAACAACCAAGAATAAACCACAAG-TAAAAAAAGA
* * * * ** *
5247373 AAAACGATCAGGATTAAACCATGGGTCAA-AAAATGAAAATGATCGAGATTAAACTATGAGTCAG
1 AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGT-AAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAA
** * * *
5247437 AAAATGAAAATGACTAAGAATAAACCACAAGTCATAAAAGA
65 AAAATGAAAACAACCAAGAATAAACCACAAGTAAAAAAAGA
5247478 AAAA
1 AAAA
5247482 TGCAAGGGAT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 45, Indels: 44
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
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99 26 0.11
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Consensus pattern (105 bp):
AAAACGATCAGGATTAAACCATGAGTAAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAA
AAATGAAAACAACCAAGAATAAACCACAAGTAAAAAAAGA
Found at i:5252173 original size:33 final size:34
Alignment explanation
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5252120 CCGTGAGTGA
5252130 AAAAATGAAAACAACCCA-GATTAAACCACAAGTC
1 AAAAATGAAAACAA-CCAGGATTAAACCACAAGTC
* *
5252164 -AAAATGAAAACGACCAGGTTTAAACCACAAGTC
1 AAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACCACAAGTC
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1 -AAAAATGAAAAC
5252210 GATTGGAATT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (34 bp):
AAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACCACAAGTC
Found at i:5252495 original size:71 final size:68
Alignment explanation
Indices: 5252311--5252500 Score: 195
Period size: 71 Copynumber: 2.7 Consensus size: 68
5252301 TTAGACCATG
* * *
5252311 AGTCAAAAAATGAAAATAATCCAGATTAAGCCATGAGTCAAAAATGAAAACGAGCCAGATTAAAC
1 AGTCAAAAAATGAAAATAATCCAGATTAAACCATGAGTCAAAAAAGAAAACGAGCAAGATTAAA-
5252376 CGCA
65 CGCA
* * ** *
5252380 AGTCAAAAAATGGAAACAA-CCAGGATTAAACCACCAGTCCAAAAAAGAAAAACGATCAAGATTA
1 AGTCAAAAAATGAAAATAATCCA-GATTAAACCATGAGT-CAAAAAAG-AAAACGAGCAAGATTA
5252444 AA-GCA
63 AACGCA
* * * * *
5252449 TAGGTCAGAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAATAAAA
1 -A-GTCAAAAAATGAAAATAATCCAGATTAAACCATGAGTCAAAAAAGAAAA
5252501 ATGACTGAAA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 17, Indels: 12
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
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AGTCAAAAAATGAAAATAATCCAGATTAAACCATGAGTCAAAAAAGAAAACGAGCAAGATTAAAC
GCA
Found at i:5252942 original size:71 final size:72
Alignment explanation
Indices: 5252809--5253065 Score: 174
Period size: 71 Copynumber: 3.6 Consensus size: 72
5252799 GTGAGTCAAA
* *
5252809 AAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGTCGTTAAATCATGA
1 AAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGTAGATAAATCATGA
5252874 GTAAGAG
66 GTAAGAG
* * * * *
5252881 AAATGAAAATGATCGATATTAAATCACATGTC-AAAAATCG-AAAACTACTG-AGAATAAATCAT
1 AAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACAAGTCAAAAAAT-GAAAAACAACCGTAG-ATAAATCAT
5252943 GAGTCAA-A-
64 GAGT-AAGAG
* * * * * * * ** * * *
5252951 AAATCAAAACCGCT-GAAACTAAATCACATGTCAAAGAACGAAAAATGATCG-AAATTAAATCAC
1 AAATGAAAA-CGATCGAGATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGTAGA-TAAATCAT
5253014 GAGTTAA-A-
64 GAG-TAAGAG
* * **
5253022 AAATGAAAATGATCGGGATTAAA-CTATGAGTCAAAAAATGAAAA
1 AAATGAAAACGATCGAGATTAAATC-ACAAGTCAAAAAATGAAAA
5253066 TGACCTGTAT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 31, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (72 bp):
AAATGAAAACGATCGAGATTAAATCACAAGTCAAAAAATGAAAAACAACCGTAGATAAATCATGA
GTAAGAG
Found at i:5254270 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 5254066--5254446 Score: 457
Period size: 177 Copynumber: 2.2 Consensus size: 176
5254056 AAACGACGGG
* *
5254066 GATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCTT-ATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAAC
1 GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACAA-CCTTAATTAAACCACAAGTAAGAAAATGAAAAC
* * *** *
5254130 GA-CCAGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGATTAAACTACCCA-TCAAAAAA
65 GAGCCA-GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACCA-CCAGTCAAAAAA
* *
5254193 AGAAAAATGAT-AGGGATTAGACCACGAGTTAAAAAATGAAAAAGGA-CCA
128 AGAAAAATGATCA-GGATTAAACCACGAGTCAAAAAATG-AAAAGGATCCA
* * * * ** *
5254242 CGATTAGACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCTTAATTAAGCCATGAGTAAGAAAATGAAAAT
1 -GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACAACCTTAATTAAACCACAAGTAAGAAAATGAAAAC
*
5254307 GAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAG
65 GAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAG
* * * * *
5254372 AAAAATGATCAGGATTAAACCATGGGTCAGAAAATGAAAATGATCGA
130 AAAAATGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAGGATCCA
*
5254419 GATTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAA
1 GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA
5254447 TCACTGAGAA
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 25, Indels: 11
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Matches are distributed among these distances:
176 38 0.22
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ACGTcount: A:0.51, C:0.15, G:0.17, T:0.17
Consensus pattern (176 bp):
GATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACAACCTTAATTAAACCACAAGTAAGAAAATGAAAACG
AGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGA
AAAATGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAGGATCCA
Found at i:5254461 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 5254065--5254481 Score: 256
Period size: 106 Copynumber: 3.9 Consensus size: 106
5254055 AAAACGACGG
* ** * ** *
5254065 GGATTAAACCGTGAGTCAA-AAAATGAAAACAACCCTTATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAA
1 GGATTAAACCATGAGT-AAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAA
* * * * * * **
5254129 CGACCAGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATG-AAAACGATTG
65 CAACCAGGAATAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATCA
* ** * **** * * *
5254170 GGATTAAACTACCCA-TCAA-AAAAAGAAAAATGATAGGGATTAGACCACGAGTTAAAAAATGAA
1 GGATTAAACCA-TGAGT-AAGAAAATG-AAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAA
* * * ** * * *
5254233 AA-AGGACCACGATTAGACCATGAGTCAAAAAATG-AAAATAATCT
63 AACA--ACCAGGAATAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATCA
** * *
5254277 TAATTAAGCCATGAGTAAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAAC
1 GGATTAAACCATGAGTAAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAAC
*
5254342 AACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATCA
66 AACCAGGAATAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATCA
* * * * * **
5254383 GGATTAAACCATGGGTCAGAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAAT
1 GGATTAAACCATGAGTAAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAA-
* * * *
5254448 C-A-CTGAGAATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAA
65 CAACCAG-GAATAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAA
5254482 TACGAGGGAT
Statistics
Matches: 238, Mismatches: 64, Indels: 19
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Matches are distributed among these distances:
105 44 0.18
106 149 0.63
107 45 0.19
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Consensus pattern (106 bp):
GGATTAAACCATGAGTAAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAAC
AACCAGGAATAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAATGATCA
Found at i:5255483 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 5255264--5255731 Score: 300
Period size: 106 Copynumber: 4.4 Consensus size: 106
5255254 AGGAGTCAAG
* ** *
5255264 AAATGAAAACGATCGTGATTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACAACTGAGATTAAACCGCAA
1 AAATGAAAACGATCGGGATT-AAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACAACCCAGATTAAACCACAA
* *** *
5255329 GTCAAAAAAATGAAAATGACCACGATTAAACCGTGAGTCGGA
65 GTCAAAAAAATGAAAACGACCACGATTAAACCACAAGTCAGA
* * * * *
5255371 AGATGAAAACTATGGGGATTAAACGATGAGTCAAAAAATGAA-AACAACCCTGATTAAAACCACA
1 AAATGAAAACGATCGGGATTAAAC-ACGAGTCAAAAAATGAAGAACAACCCAGATT-AAACCACA
** *
5255435 AGT-AATGAAATGAAAACGACCAGGATTAAACCACAAGTCAGA
64 AGTCAAAAAAATGAAAACGACCACGATTAAACCACAAGTCAGA
* * * * ** **** * *
5255477 AAATGAAAACGATCAGGATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGATAGGGATTAGACCACG
1 AAATGAAAACGATCGGGATTAAAC-A-CGAGTCAAAAAATGAAGAACAACCCAGATTAAACCACA
* * * * *
5255541 AGT-TAAAAAATGAAAAAGGACCACGATTAGACCACGAGTCAAA
64 AGTCAAAAAAATG-AAAACGACCACGATTAAACCACAAGTCAGA
* ** *** * * * ** *
5255584 AAATAAAAATAATCCTAATTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAA-AATGAGCCAGATTAAACCACAA
1 AAATGAAAACGATCGGGATTAA-ACACGAGTCAAAAAATGAAGAACAACCCAGATTAAACCACAA
* * * * *
5255648 GTC-AAAAAATGGAAACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAA
65 GTCAAAAAAATGAAAACGACCACGATTAAACCACAAGTCAGA
* * * * * *
5255689 AAAAGAAAAATGATCAGGATTAAACCATGGGTCAGAAAATGAA
1 AAATG-AAAACGATCGGGATTAAA-CACGAGTCAAAAAATGAA
5255732 AATGATCGAG
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 72, Indels: 21
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
105 27 0.10
106 149 0.53
107 102 0.37
108 1 0.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.16, G:0.17, T:0.16
Consensus pattern (106 bp):
AAATGAAAACGATCGGGATTAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACAACCCAGATTAAACCACAAG
TCAAAAAAATGAAAACGACCACGATTAAACCACAAGTCAGA
Found at i:5255645 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 5255280--5255805 Score: 245
Period size: 71 Copynumber: 7.4 Consensus size: 71
5255270 AAACGATCGT
* * * *** *
5255280 GATTAAAACACGAGTCAAAAAATGAAGAACAA-CTGAGATTAAACCGCAAGTCAAAAAAATGAAA
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAA-AATAATC-CAGATTAAACCATGAGTC-AGAAAATGAAA
5255344 ATGA-CCAC
63 ATGAGCCAC
** ** * *** * *
5255352 GATTAAACCGTGAGTCGGAAGATGAAAACT-ATGGGGATTAAACGATGAGTCAAAAAATGAAAA-
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAA-TAATCCAGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAAT
* *
5255415 CAACC-C
65 GAGCCAC
* * ** **
5255421 TGATTAAAACCACAAGT-AATGAAATGAAAACGA-CCAGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAA
1 -GATT-AAACCACGAGTCAA-AAAATGAAAATAATCCA-GATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAA
* * *
5255484 AACGA-TCAG
62 AATGAGCCAC
* * * * *** * * * *
5255493 GATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGAAAAATGATAGGGATTAGACCACGAGTTAAAAAATGAAAA
1 GATTAAACCA-CGAGTCAAAAAATG-AAAATAATCCAGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAA
*
5255557 AG-GACCAC
64 TGAG-CCAC
* * *
5255565 GATTAGACCACGAGTCAAAAAATAAAAATAATCCTA-ATTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAAAAT
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATAATCC-AGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAAT
5255629 GAGCCA-
65 GAGCCAC
* * * ** * *
5255635 GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAA-CCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAA
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCA-GATTAAACCATGAGTCAGAAAATG-AAAA
* *
5255699 TGA-TCAG
64 TGAGCCAC
* * * * * * *
5255706 GATTAAACCATGGGTCAGAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACTATGAGCCAGAAAATGAAAATG
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCAGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAATG
***
5255771 ATTGA-
66 AGCCAC
* *
5255776 GAATAAACCACGAGTCATAAAATGAAAATA
1 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATA
5255806 TGAGGGATTT
Statistics
Matches: 336, Mismatches: 93, Indels: 52
0.70 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
68 1 0.00
69 4 0.01
70 106 0.32
71 183 0.54
72 42 0.12
ACGTcount: A:0.51, C:0.15, G:0.17, T:0.16
Consensus pattern (71 bp):
GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCAGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAATG
AGCCAC
Found at i:5256482 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 5256414--5256518 Score: 129
Period size: 55 Copynumber: 1.9 Consensus size: 55
5256404 GATTAAACAA
**
5256414 TGAGTCAAAAAATGAAAATGACCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATACG
1 TGAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATACG
* * * * * * *
5256469 TGAGTGAAGAAATGAAAACAATCATGATTAAATCATGAGTCAAGAAATGA
1 TGAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGA
5256519 CAATGACTGA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 9, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 41 1.00
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TGAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAATACG
Found at i:5256907 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5256832--5257978 Score: 205
Period size: 71 Copynumber: 16.4 Consensus size: 70
5256822 AAACAAACTG
* * *
5256832 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAGTGAGATTAAAACATTGAGTGAGAAAAAGAAAAT
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACTAAGATTAAAACA-TGAGTCAGAAAAAGAAAAT
*
5256897 GACCTA
65 GACCGA
* ** * * * * * *
5256903 GATTAAAGCACGAACCAGAAAATGGAAACGACTAAGATTGAACCATGAGTCAGAAAATGGAAATG
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACTAAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAAGAAAATG
*
5256968 ACCGG
66 ACCGA
* * * ** ** * *
5256973 GATTAAACCACCAGTCAGAAAAAGAAAAATGAAC-GGGATTAAGCCATAAGTCAGAAAATGAAAA
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATG-AAAA-CAACTAAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAAGAAAA
*
5257037 TGA-CTA
64 TGACCGA
* * * * * *
5257043 GAATTAAGCTACGAGTTAGAAAATGAGAACGA-T-A-A--AAAA-ATGA---A-AAAGA-AAAAT
1 G-ATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACTAAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAAGAAAAT
**
5257097 GA-TTA
65 GACCGA
* **** ** * * * * *
5257102 GGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGTGA-TCGGGTTTAAATCACGAGTCA-AGAAATGGAA
1 -GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACT-AAGATTAAAACATGAGTCAGA-AAAAGAAA
* * *
5257165 ACGATCGT
63 ATGACCGA
* * ** * * * * *
5257173 GATTAAAACACGAGTCA-AAAACTAAAGAATGA-TCGAGATTAAACCGTAAGTCAAAAAAATGAA
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAA-TGAA-AACAACT-AAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAA-GAA
*
5257236 AATGATC-A
62 AATGACCGA
* ** ** * *
5257244 CGATTAAATCGTGAGTC-GAAAGATGAAAATGAC-AAGGATTAAACCGTGAGTCA-AAAAATGAA
1 -GATTAAACCACGAGTCAGAAA-ATGAAAACAACTAA-GATTAAAACATGAGTCAGAAAAA-GAA
*
5257306 AAT-AACGCA
62 AATGACCG-A
* * * ** ** *
5257315 GATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGATT-AAACTACCCA-TCAAAAAAAGGAAA
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACTAAGATTAAAAC-A-TGAGTCAGAAAAA-GAAA
** *
5257378 ATGATAGG
63 ATGACCGA
* * * * *
5257386 GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGGAAAA-AGACCACA-ATTAGACCACGAGTCA-AAAAATGAA
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAAT-GAAAACA-ACTA-AGATTAAAACATGAGTCAGAAAAA-GAA
*
5257448 AATGA-CTA
62 AATGACCGA
* * * ** * *
5257456 TGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCT--GATTAAGCCATGAGTTAGAAAATGAAA
1 -GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAA--CTAAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAAGAAA
*
5257519 ATGAGTC-A
63 ATGA-CCGA
* * * * * * ** * *
5257527 GATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAAC
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACTAAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAAG-AAAAT
*
5257592 GATC-A
65 GACCGA
* * * ** *
5257597 GGATTAAACCATGGGTCAAAAAATGAAAATGA-TCAAGATT-AAACTATGAGTCAGAAAATGAAA
1 -GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACT-AAGATTAAAAC-ATGAGTCAGAAAAAGAAA
**
5257660 ATGATTGA
63 ATGACCGA
* * * ** * * * * * ** * * * *
5257668 GAATAAACCACGGGTCATAAAATGAAAA-TGCGAGGGATTAGACCACGTCTTAGATAATGAAAAC
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACTA-AGATTAAAACATGAGTCAGAAAAAGAAAAT
* *
5257732 AACCAA
65 GACCGA
* * ** * * * * *
5257738 AATTAAATCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAAAAATATTAAATCACGAATTAGAAAAATGAAAAT
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACTAAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAA-GAAAAT
*
5257803 GACCAA
65 GACCGA
* * * * ** * * * * *
5257809 GATTAAATCATGAGTCAAAAAATTAAAATGA-TCAGGATTAAACCGTGAGTCA-AAAATGAAAAC
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACT-AAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAAGAAAAT
* *
5257872 GATCAA
65 GACCGA
** * * **** * *
5257878 GATTAAATTACAAGTTAGAAAATGAAAAACAACCGTCATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAA
1 GATTAAACCACGAGTCAGAAAATG-AAAACAACTAAGATTAAAACATGAGTCAGA-AAAAGAAAA
*
5257943 TGATCGA
64 TGACCGA
* *
5257950 TATTAAATCAC-ATGTCA-AAAATCGAAAAC
1 GATTAAACCACGA-GTCAGAAAAT-GAAAAC
5257979 TACTGAGAAA
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 224, Indels: 132
0.69 0.20 0.12
Matches are distributed among these distances:
59 32 0.04
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67 1 0.00
68 3 0.00
69 41 0.05
70 299 0.38
71 317 0.40
72 74 0.09
73 3 0.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.13, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (70 bp):
GATTAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAACAACTAAGATTAAAACATGAGTCAGAAAAAGAAAATG
ACCGA
Found at i:5257444 original size:212 final size:212
Alignment explanation
Indices: 5257163--5257696 Score: 523
Period size: 212 Copynumber: 2.5 Consensus size: 212
5257153 CAAGAAATGG
* * * * ***
5257163 AAACGATC-GTGATTAAAACACGAGTCAAAAACT-AAAGAATGATCGAGATTAAACCGTAAGTCA
1 AAACGATCAG-GATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAA-AA-GACCAAGATTAAACCACGAGTC-
* * * * *
5257226 AAAAAATGAAAATGATC-ACGATTAAATCGTGAGTCGAAAGATGAAAATGA-CAAGGATTAAACC
62 AAAAAATGAAAATGATCTACGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATC-AGGATTAAACC
* * * ***
5257289 GTGAGTCAAAAAATGAAAATAACG-CAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGAT
126 ATGAGTCAAAAAATGAAAATAA-GTCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGAT
* *
5257353 TAAACTACCCA-TCAAAAAAAGGA
190 TAAACCA-CCAGTCAAAAAAAGAA
* *
5257376 AAATGAT-AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGGAAAAAGACCACA-ATTAGACCACGAGTCA
1 AAACGATCA-GGATTAAACCACGAGTCAAAAAAT-GAAAAAGACCA-AGATTAAACCACGAGTCA
* ** *
5257439 AAAAATGAAAATGA-CTATGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCTGATTAAGCCAT
63 AAAAATGAAAATGATCTACGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCAGGATTAAACCAT
* * * *
5257503 GAGTTAGAAAATGAAAATGAGTCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGGATTAA
128 GAGTCAAAAAATGAAAATAAGTCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGATTAA
5257568 ACCACCAGTCAAAAAAAGAA
193 ACCACCAGTCAAAAAAAGAA
* * * * * * *
5257588 AAACGATCAGGATTAAACCATGGGTCAAAAAATGAAAATGATCAAGATTAAACTATGAGTCAGAA
1 AAACGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAAGACCAAGATTAAACCACGAGTCAAAA
* * * *
5257653 AATGAAAATGAT-TGA-GAATAAACCACGGGTCATAAAATGAAAAT
66 AATGAAAATGATCT-ACGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAAT
5257697 GCGAGGGATT
Statistics
Matches: 265, Mismatches: 43, Indels: 28
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
210 1 0.00
211 66 0.25
212 148 0.56
213 43 0.16
214 4 0.02
215 3 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.14, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (212 bp):
AAACGATCAGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAAAGACCAAGATTAAACCACGAGTCAAAA
AATGAAAATGATCTACGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCAGGATTAAACCATGAG
TCAAAAAATGAAAATAAGTCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGATTAAACC
ACCAGTCAAAAAAAGAA
Found at i:5257695 original size:106 final size:106
Alignment explanation
Indices: 5257092--5257678 Score: 374
Period size: 106 Copynumber: 5.5 Consensus size: 106
5257082 ATGAAAAAGA
* * ** * ** * * * *
5257092 AAAATGATTAGGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAATGTGATCG-GGTTTAAATCACGAGTCAA
1 AAAATGATCAAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAATGATTGAGGATTAAACCACCAGTCAA
* * * * * * * *
5257156 GAAATGGAAACGATC-GTGATTAAAACACGAGTCAAAAACTA
66 AAAAAGAAAAAGATCAG-GATTAAACCATGAGTCAAAAAATG
* ** * * * ***
5257197 AAGAATGATCGAGATTAAACCGTAAGTCAAAAAAATGAAAATGA-TCACGATTAAATCGTGAGTC
1 AA-AATGATCAAGATTAAACCACAAGTC-AAAAAATGAAAATGATTGAGGATTAAACCACCAGTC
* * * * *
5257261 GAAAGATGAAAATGA-CAAGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATG
64 AAAAAAAGAAAAAGATC-AGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG
* * * * *
5257304 AAAAT-AACGCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTG-GGATTAAACTACCCA-TC
1 AAAATGATC-AAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAATGATTGAGGATTAAACCA-CCAGTC
* *
5257366 AAAAAAAGGAAAATGAT-AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGG
64 AAAAAAA-GAAAAAGATCA-GGATTAAACCATGAGTCAAAAAAT-G
* * * * * * **
5257411 AAAAAGACCACA-ATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGACT-ATGATTAAACCATGAGTCA
1 AAAATGATCA-AGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAATGATTGAGGATTAAACCACCAGTCA
* ** * * *
5257474 AAAAATGAAAATA-ATCCTGATTAAGCCATGAGTTAGAAAATG
65 AAAAAAGAAAA-AGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG
* * ***
5257516 AAAATGAGTC-AGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAA-CAACCAGGATTAAACCACCAGTCA
1 AAAATGA-TCAAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAATGATTGAGGATTAAACCACCAGTCA
*
5257579 AAAAAAGAAAAACGATCAGGATTAAACCATGGGTCAAAAAATG
65 AAAAAAGAAAAA-GATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG
* ** * *
5257622 AAAATGATCAAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGATTGA-GAATAAACCAC
1 AAAATGATCAAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAATGATTGAGGATTAAACCAC
5257679 GGGTCATAAA
Statistics
Matches: 367, Mismatches: 90, Indels: 49
0.73 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
104 3 0.01
105 90 0.25
106 163 0.44
107 107 0.29
108 4 0.01
ACGTcount: A:0.50, C:0.14, G:0.18, T:0.19
Consensus pattern (106 bp):
AAAATGATCAAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGAAAATGATTGAGGATTAAACCACCAGTCAA
AAAAAGAAAAAGATCAGGATTAAACCATGAGTCAAAAAATG
Found at i:5257734 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 5257256--5257870 Score: 458
Period size: 176 Copynumber: 3.5 Consensus size: 174
5257246 ATTAAATCGT
* * ** * *
5257256 GAGTCGAAAGATGAAAATGACAAGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAAT-AACGCAGATTA
1 GAGTCAAAAAATGAAAATGACAA-GATTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAATGATC-CAGAATA
* * **** * * ** *
5257320 AACCACAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGATTAAACTACCCA-TCAAAAAAAGGAAAATGA-T
64 AACCACGAGTCAGAAAATGAAAATGAGACAGATTAAAC--CACAGTC-AAAAAATGAAAACAACC
* * * *
5257383 AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGGAAAAA-GACCACAATTAGACCAC
126 A-GGATTAAACCACGAGTCAAAAAA-AGAAAAACGAACAAAATTAAACCAC
* * * * *
5257433 GAGTCAAAAAATGAAAATGACTATGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAATCCTGATTAA
1 GAGTCAAAAAATGAAAATGAC-AAGATTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAATGATCCAGAATAA
* * * * *
5257498 GCCATGAGTTAGAAAATGAAAATGAGTCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGAAACAACCAGG
65 ACCACGAGTCAGAAAATGAAAATGAGACAGATTAAACCAC-AGTCAAAAAATGAAAACAACCAGG
* * ** *
5257563 ATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCAGGATTAAACCAT
129 ATTAAACCACGAGTCAAAAAAAGAAAAACGAACAAAATTAAACCAC
* * **
5257609 GGGTCAAAAAATGAAAATGATCAAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGATTGAGAATAA
1 GAGTCAAAAAATGAAAATGA-CAAGATTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAATGATCCAGAATAA
* * * ** * * * *
5257674 ACCACGGGTCATAAAATGAAAATGCGAGGGATTAGACCAC-GTCTTAGATAATGAAAACAACCAA
65 ACCACGAGTCAGAAAATGAAAATGAGACAGATTAAACCACAGTC--AAAAAATGAAAACAACCAG
* * * * * *
5257738 AATTAAATCACGAGTCAGAAAATG-AAAAC-AAAAAATATTAAATCAC
128 GATTAAACCACGAGTCAAAAAAAGAAAAACGAACAAA-ATTAAACCAC
* * * *
5257784 GAATTAGAAAAATGAAAATGACCAAGATTAAA-TCATGAGTCAAAAAATTAAAATGAT-CAGGAT
1 GAGTCA-AAAAATGAAAATGA-CAAGATTAAACT-ATGAGTCAAAAAATGAAAATGATCCA-GAA
**
5257847 TAAACCGTGAGTCA-AAAATGAAAA
62 TAAACCACGAGTCAGAAAATGAAAA
5257871 CGATCAAGAT
Statistics
Matches: 353, Mismatches: 72, Indels: 28
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 5 0.01
175 36 0.10
176 222 0.63
177 87 0.25
178 3 0.01
ACGTcount: A:0.52, C:0.13, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (174 bp):
GAGTCAAAAAATGAAAATGACAAGATTAAACTATGAGTCAAAAAATGAAAATGATCCAGAATAAA
CCACGAGTCAGAAAATGAAAATGAGACAGATTAAACCACAGTCAAAAAATGAAAACAACCAGGAT
TAAACCACGAGTCAAAAAAAGAAAAACGAACAAAATTAAACCAC
Found at i:5257909 original size:176 final size:173
Alignment explanation
Indices: 5257423--5257942 Score: 452
Period size: 176 Copynumber: 3.0 Consensus size: 173
5257413 AAAGACCACA
* * * * *
5257423 ATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGACTATGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAATAA
1 ATTAAACCACGAATCAAAAAATGAAAATGACCAAGATTAAA-CATGAGTCAAAAAATGAAAATGA
** * * * * * *
5257488 TCCTGATTAAGCCATGAGTTAGAAAATGAAAATGAGTCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATGGA
65 TCAGGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAACGA-TCAGATTAAACCACAAGTTAGAAAATGAA
** * * * * * ** *
5257553 AACAACCAGGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCAGG
129 AACAACCAAAATTAAATCACGAGTCAGAAAATG-AAAACAAAAAAG
* ** * *
5257599 ATTAAACCATGGGTCAAAAAATGAAAATGATCAAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAATGA
1 ATTAAACCACGAATCAAAAAATGAAAATGACCAAGATTAAAC-ATGAGTCAAAAAATGAAAATGA
* * * * * ** * *** *
5257664 T-TGAGAATAAACCACGGGTCATAAAATGAAAATGCGA-GGGATTAGACCACGTCTTAGATAATG
65 TCAG-GATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAA--CGATCAGATTAAACCACAAGTTAGAAAATG
*
5257727 AAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAAAAAT
127 AAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAAAAAG
* * *
5257774 ATTAAATCACGAATTAGAAAAATGAAAATGACCAAGATTAAATCATGAGTCAAAAAATTAAAATG
1 ATTAAACCACGAATCA-AAAAATGAAAATGACCAAGATTAAA-CATGAGTCAAAAAATGAAAATG
* **
5257839 ATCAGGATTAAACCGTGAGTCA-AAAATGAAAACGATCAAGATTAAATTACAAGTTAGAAAATGA
64 ATCAGGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAACGATC-AGATTAAACCACAAGTTAGAAAATG-
*** *
5257903 AAAACAACCGTCATTAAATCATGAGTCAGAGAAATGAAAA
127 AAAACAACCAAAATTAAATCACGAGTCAGA-AAATGAAAA
5257943 TGATCGATAT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 64, Indels: 21
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 3 0.01
175 46 0.17
176 207 0.77
177 11 0.04
178 2 0.01
ACGTcount: A:0.52, C:0.13, G:0.16, T:0.19
Consensus pattern (173 bp):
ATTAAACCACGAATCAAAAAATGAAAATGACCAAGATTAAACATGAGTCAAAAAATGAAAATGAT
CAGGATTAAACCATGAGTCAGAAAATGAAAACGATCAGATTAAACCACAAGTTAGAAAATGAAAA
CAACCAAAATTAAATCACGAGTCAGAAAATGAAAACAAAAAAG
Found at i:5257977 original size:72 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5257791--5257977 Score: 162
Period size: 69 Copynumber: 2.7 Consensus size: 70
5257781 CACGAATTAG
* * ** * * ** * * * *
5257791 AAAAATGAAAATGACCAAGATTAAATCATGAGTCAAAAAATTAAAATGATCAG-GATTAAACCGT
1 AAAAATGAAAACGATCAAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCGTCATTAAACCAT
5257855 GAGTC
66 GAGTC
* * *
5257860 AAAAATGAAAACGATCAAGATTAAATTACAAGTTAGAAAATGAAAAACAACCGTCATTAAATCAT
1 AAAAATGAAAACGATCAAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCGTCATTAAACCAT
5257925 GAGTC
66 GAGTC
* * * *
5257930 AGAGAAATGAAAATGATCGATATTAAATCACATGTCA-AAAATCGAAAA
1 A-A-AAATGAAAACGATCAAGATTAAATCACAAGTCAGAAAAT-GAAAA
5257978 CTACTGAGAA
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 21, Indels: 5
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
69 41 0.44
70 14 0.15
71 6 0.06
72 32 0.34
ACGTcount: A:0.52, C:0.12, G:0.14, T:0.21
Consensus pattern (70 bp):
AAAAATGAAAACGATCAAGATTAAATCACAAGTCAGAAAATGAAAAACAACCGTCATTAAACCAT
GAGTC
Found at i:5258631 original size:247 final size:244
Alignment explanation
Indices: 5258121--5258663 Score: 561
Period size: 247 Copynumber: 2.2 Consensus size: 244
5258111 TAAATCGCGA
* *
5258121 GTCAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAGAAATGAAAACAACCGTCATTAAAT
1 GTCAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACAACCG-CATTAAAC
* * * * * * *
5258186 CATGAGTCAAAAAACAAAAATGACCATGATTAAATCGTGAGTCGAAAGATGAAAACGACGGGGAT
65 CACGAGTCAAAAAACAAAAATGACCATGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATAAAAACAACGCGGAT
* * * * * *
5258251 TAAGCCGTGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCAGGTTAAACCACAAGTTAGAAAATGAAAACGACC
130 TAAGCCATGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATAAAAACAACC
* * ** *** *
5258316 AGGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAAACTTTTGGGATTAAACTACCC
195 AGGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAGAAAACGATCAAGATTAAACCACCC
** * * * * *
5258366 AACAAAAAAAGAAAAATGATAGAAATTAAACCACGGGTCAAAAAATGAAAA-AGGACTACG-ATT
1 GTCAAAAAATG-AAAATGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACA--AC--CGCATT
* ** * * *
5258429 AGACCACGAGTCAAAAAATGAAAATGACTATTATTAAACCGTGAGTCAAAAAATAAAAATAATC-
61 AAACCACGAGTCAAAAAACAAAAATGACCATGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATAAAAACAA-CG
* * ** *
5258493 CTGATTAAGCCATGAGTCAGAAAATGAAAATGAGCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATAAAAA
125 CGGATTAAGCCATGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATAAAAA
* * ***
5258558 CAACCATGATTAAACCACCAGTCAAAAAAAGAAAAACGATCAAGATTAAACCATGG
190 CAACCAGGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAG-AAAACGATCAAGATTAAACCACCC
* *
5258614 GTCAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACTATGAGTCAGAAAATGAAAA
1 GTCAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAA
5258664 TGATTGAGAA
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 55, Indels: 12
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
245 9 0.04
246 34 0.14
247 167 0.71
248 24 0.10
249 2 0.01
ACGTcount: A:0.51, C:0.15, G:0.16, T:0.17
Consensus pattern (244 bp):
GTCAAAAAATGAAAATGATCGAGATTAAACCATGAGTCAAAAAATGAAAACAACCGCATTAAACC
ACGAGTCAAAAAACAAAAATGACCATGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATAAAAACAACGCGGATT
AAGCCATGAGTCAAAAAATGAAAACAACCCAGATTAAACCACAAGTCAAAAAATAAAAACAACCA
GGATTAAACCACAAGTCAAAAAAAGAAAACGATCAAGATTAAACCACCC
Found at i:5260421 original size:135 final size:134
Alignment explanation
Indices: 5260173--5260423 Score: 312
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
5260163 TGAAAACTAC
** * * *
5260173 AGGGATTAAACCGTGAGTCAAAAAATGAAAATAACGCAGGTTAAGCCACAAGTCAGAAAATGAAA
1 AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACAACGCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAA
*
5260238 ACGACCAGGATTAAATCATAAGTCAGAAAATGAAAACGATTGGGATTAAACTACCCATAAAAAAA
66 ACGACCAGGATTAAATCATAAGTCAGAAAATCAAAACGATTGGGATTAAACTACCCATAAAAAAA
5260303 TGAT
131 TGAT
* * *
5260307 AGGGATTAGACCACGAGTCAAAAAATGAGAACAACAG-AGATTAAATCACGAA-TCAGAAAAATG
1 AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACAAC-GCAGATTAAACCAC-AAGTCAG-AAAATG
* * **
5260370 AAAATGACCAGGATTAAATCATGAGTCAGGGAA-CAAAAGCGA-TGGGAATTAAAC
63 AAAACGACCAGGATTAAATCATAAGTCAGAAAATCAAAA-CGATTGGG-ATTAAAC
5260424 CTTAAGTCAA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 13, Indels: 9
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
134 51 0.52
135 48 0.48
ACGTcount: A:0.49, C:0.14, G:0.20, T:0.17
Consensus pattern (134 bp):
AGGGATTAAACCACGAGTCAAAAAATGAAAACAACGCAGATTAAACCACAAGTCAGAAAATGAAA
ACGACCAGGATTAAATCATAAGTCAGAAAATCAAAACGATTGGGATTAAACTACCCATAAAAAAA
TGAT
Done.