Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168179.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_417, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27825
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Found at i:404 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 3--1624 Score: 1372
Period size: 179 Copynumber: 9.0 Consensus size: 181
1 AG
* * *
3 TTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACATGTTTAG-AAACGA-ATTTATTTTTTAAAT-T-TAT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCT-T
* * *
64 ACTTATTAATATTT-GGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAA
64 ACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA
* * * ** * * ** *
127 CAGTAACAATTG-TTTATGACAAAACAAACTGTAAAAATGATTTGAAATATATAA
128 -TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *
181 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCGATAAACATATTCA-TTTTTAAATCTCTTAC
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
245 TCATTAATTTTTAGAAATATCAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCCTT-TATGAGCT
66 TTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGA-AT
* * * * *
309 GATACAATTGTTTTATAATGAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATAGATAA
129 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * *
362 TTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTAC
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
*
427 TTATTAATTGTTT-G-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAAT
66 TTATTAATT-TTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAT
* * * * *
489 AGAAAAAATTGTTTTATCACAAAGCAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGATAA
129 -GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * *
543 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTAGT----AGATTCATTTTTTAAATCTCTTGC
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * **
603 TTATTAAGTTTTAG-AATATTAATAAGTTAG-ACTTATGGTTATTTTGAATAAGCTTCTACAAAT
66 TTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTA-TTAT-TTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT
* * * *
666 AGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACTATTTGAAGTACATAA
129 -GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * ** * *
720 TTGTTCAAACAGTCATAATTATTTGCA-TTGGTCAGGCT-AACAGATTCATTTTTTAAATC-CAT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTC-T
* * *
782 TACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGACTT-TAT-A
63 TACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGTATGA
* * * * *
844 ATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
127 AT-GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * ** * *
900 TTGTTCATATAGT--TAAGTTAATTGAACTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTA
1 TTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * * *
963 CTTATTAATTTTCA-AAATACTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAACTTATTTGAAT-
65 CTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATG
* * * *
1026 AAAAAATT-TGTTTATGACAAAACAATAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
130 AAACAATTGT-TTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * * *
1078 TTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGGCAAATAGAATTATTTTTTATATCTCTTAC
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
1143 TGATTAATTTTT-GAAATATTAATAGATTTA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAG-TTAGTAAGAA
66 TTATTAATTTTTAGAAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTT-GTATGAA
* * * * * * ** * *
1204 CTAAAAAAATTGTTTAATG--CAAACAAGAGGTCATAATGATTTGAAATAAAGAA
128 -TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
* * *
1257 TTGTTCACATAGCCATAACTATTTGAA-TTAGTTTGGTAAACCA-ATTTATTTTTTAAATTTCTT
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTTGGTAAA-CATATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * * *
1320 AGTTCTTAAGTTTCAG-AATATCATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
64 ACTTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-
** * * * *
1384 AAAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAA
128 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
** * * * * *
1438 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTACTTCGATAGACATATTTATTTTTTCAATCTCGTA-
1 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
1502 TGTATTAATTTTT-GACATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTCAAATAGGCTTGTATG-ATG
66 T-TATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATG
* * * *
1563 AAAAACAATTATTTAATAAGAAAACAAAA-GTTCATAACAATTTGAAATAGATAA
130 --AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTT-ATAACAATTTGAAATAGATAA
1617 TTGTTCAA
1 TTGTTCAA
1625 GCTTTTATGA
Statistics
Matches: 1174, Mismatches: 211, Indels: 117
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 4 0.00
176 48 0.04
177 91 0.08
178 119 0.10
179 373 0.32
180 149 0.13
181 307 0.26
182 79 0.07
183 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
TTATTAATTTTTAGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATGA
AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAA
Found at i:3222 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 2901--4256 Score: 518
Period size: 181 Copynumber: 7.5 Consensus size: 181
2891 TGGTAAACAT
* *
2901 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACT
* ** ** *
2966 CGAATAAGCTTGAATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTTATAACAAGTTAAA
66 AGAATAAGCTTGAATGAAAAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAGTTAAA
3031 ATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACTTTTTCAGTAAATAG
131 ATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACTTTTTCAGTAAATAG
* * * ** **
3082 ATTTATTTTTTATATCTTTTATTTACTAATTGTCTTAATATTAATAAATTTGTATTATTTT-ACT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACT
* * * * * *
3146 AGAAATAAGCTTGTATGAAAAGAATA-AATCATTTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCTATTTG
66 AG-AATAAGCTTGAATGAAAAGAA-ACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAGTTA
* ** * ** * * * *
3210 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTTAACTTATTC-GTTAAACAA
129 AAATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACTTTTTCAG-TAAATAG
* * * * *** * *
3263 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAGCATGGTATTATT-TTTT-
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATA-AAT--TAATATTATTTTA
** * * * ** * ** * * * * *
3326 TTTTGAATAAGCTT-ATATGAACTA-AAATAATTTTTTTGTGATTAAACAAAAGGTCAAAACGAT
63 ACTAGAATAAGCTTGA-ATGAA-AAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAG
* * *** * * * *
3389 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG-A-TTTAATTC-GATAAACAT
126 TTAAAATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACTTT--TTCAG-TAAATAG
* * * * * * *
3445 ATTTATTTTTTAATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATATTTTAATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACT
* ** * ** * * * * * * *
3510 TGAATAAGCTTGTGTGAACAA-AAACTATTGTTTTATAACAGAATAAAAAGTCATAA-GATTTGA
66 AGAATAAGCTTGAATGAA-AAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAGTTAA
* ** * * * *
3573 AATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGA-TAAATAG
130 AATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACT-TTTTCAGTAAATAG
* * * * ** * **
3625 ATTTAGTTTTT-CA-CTC-T-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACT
* * * ** * ** * *
3686 TGAATAAACTT-ATATGAACAA-AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
66 AGAATAAGCTTGA-ATGAA-AAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAGTTA
* ** * ** * ** * * *
3749 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAATGGTTAAGTAAACAAA
129 AAATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACTTTTTCAGTAAA-TAG
* * * * ** * * * **
3803 AATT-TTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTCATTTTATTTTGTTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-AAC
* * * * * *** * * ** * *
3867 TA-AATAAACTAGTAT-AAATTGAAAAAATTGCTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG
65 TAGAATAAGCTTGAATGAAA-AGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAGTTA
** * * * * ** * * *
3930 AAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAA-TGGTTCAGCAAACAA
129 AAATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACTTTTTCAGTAAATAG
* * * ** * * * **
3982 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACT
* ** * * * ** * *
4047 CA-AATAAGCTTGTATGAACAA-AAATTATTATTTTATGACAGAACAAAAGGTTATAATGATTTG
66 -AGAATAAGCTTGAATGAA-AAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAGTTA
* * * * ** * * ** * *
4110 AAGTATACAAATGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGTTC-GATAAACAA
129 AAATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACTTTTTCAG-TAAATAG
* * ** * * *
4163 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-AC
*
4228 T-GAATAAGCTT-ATATGATAAAAAAACAAT
65 TAGAATAAGCTTGA-ATGA-AAAGAAACAAT
4257 TGTTATATGA
Statistics
Matches: 938, Mismatches: 196, Indels: 81
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 87 0.09
177 49 0.05
178 6 0.01
179 16 0.02
180 202 0.22
181 428 0.46
182 137 0.15
183 8 0.01
184 5 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAACT
AGAATAAGCTTGAATGAAAAGAAACAATCATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACAAGTTAAA
ATAAATAATTGCACAAATAGTCATCACGATTTGAACTTTTTCAGTAAATAG
Found at i:4319 original size:720 final size:716
Alignment explanation
Indices: 3178--4685 Score: 1755
Period size: 720 Copynumber: 2.1 Consensus size: 716
3168 AATAAATCAT
* * * * *
3178 TTTATGACAAAACAAAATGTTATAGCTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
3243 TTAACTTATTCGTTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAAT
65 TGAACTGATTCGTCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * ** * * * *
3308 AGCATGGTATTATTTTTTTTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTTTTTTGTGATTAAAC
130 AGCATAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGATCAAAC
* * **
3373 AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGATTTAATTCGA
195 AAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGACAAATATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTCGA
* * * * *
3438 TAAACATATTTATTTTTTAATTTTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTAATAT
260 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAAGATTAATAAATTAGTAATAT
* * * * * * *
3503 TTTAATTTGAATAAGCTTGTGTGAACAAAAACTATTGTTTTATAACAGAATAAAAAGTCATAAGA
325 TTTAATTTGAATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTATATAACAGAACAAAAAGTAATAAGA
** * * *
3568 TTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTTGATAAATAGATTTAGTT
390 TTTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCCATAAACAAATTAAGTT
* * * ** * *
3633 TTTCACTCTCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAGGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTA
455 TTTAAATCACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATCATTGTATTTTGAATAAACTTA
* * * * *
3698 TATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
520 TATGAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTGT
* * *
3763 TCAAATAGTCATAATTATTTGAAA-TGGTTAAGTAAACAAAAATT-TTTTTTGAATCTCTTACTT
585 TCAAATAGTCATAATTATCT-AAATTGGTTAAGTAAAC-AAAATTATTTTTTGAAACTCCTACTT
* *
3826 ATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTCA-TTTTATTTTGTTCTAAATAAACTAGTATAAATTGAA
648 ATTAATTTTTGAAATATTAACAAATT-AGTATTATTTT-TT-TAAATAAACTAGTATAAACT-AA
3890 AA-AATTG
709 AACAATTG
* *
3897 CTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTAT
1 -TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
3962 TTGAA-TGGTTCAG-CAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTA
64 TTGAACTGATTC-GTCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
4025 TTAG-ATTAGTATTA-TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATTATTATTTTATGA-CA
128 ATAGCA-TAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGATCA
* * * * * * * *
4087 GAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATACAAATGTTCAAATAGTCATTACTATTTGAACTAGT
192 -AACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGACAAATATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAAT
* **
4152 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTA
256 TCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAAGATTAATAAATTAGTA
* * *
4217 TTATTTT-ATTCTGAATAAGCTTATATGATAAAAAAACAATTGTTATATGATCA-AACAAAAGGT
321 ATATTTTAATT-TGAATAAGCTTATATGA-AAAAAAACAATTGTTATAT-AACAGAACAAAAAGT
* * * * *
4280 AATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTAAAATGGTCATAATTATTTGAATTAATTCCATAAACA
383 AATAA-GATTTGAAATAAATAATTACTT-AAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCCATAAACA
* *** *
4344 AATTAATTTTTTAAATCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTGTCATTGTATTTTGA
446 AATTAAGTTTTTAAATCACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATCATTGTATTTTGA
* * *** *
4409 ATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAATA
511 ATAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* ** * *
4474 GACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATCTAAATTTGTTCCGTAAACAAATTTATTTTTTTAAACT
576 GACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATCTAAATTGGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTGAAACT
* * ** * ** *
4539 CCTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTTTTGGATAAGCTTTTATGAAC
641 CCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTTTTAAATAAACTAGTATAAAC
4604 TAAAACAATTG
706 TAAAACAATTG
* * * *
4615 TTTA-CATCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
*
4679 TTAAACT
64 TTGAACT
4686 TGTTCGATAA
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 113, Indels: 34
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
716 1 0.00
717 67 0.10
718 188 0.29
719 102 0.15
720 301 0.46
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (716 bp):
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTGATTCGTCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATA
GCATAGTATTATTTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGATCAAACA
AAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGACAAATATTCAAATAGTCATGACTATTTGAACTAATTCGAT
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTGTCAAAAGATTAATAAATTAGTAATATT
TTAATTTGAATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTATATAACAGAACAAAAAGTAATAAGAT
TTGAAATAAATAATTACTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAATTCCATAAACAAATTAAGTTT
TTAAATCACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATCATTGTATTTTGAATAAACTTAT
ATGAACAAAAACAATTGTTCTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTGTT
CAAATAGTCATAATTATCTAAATTGGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTGAAACTCCTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTTTTAAATAAACTAGTATAAACTAAAACAATT
G
Found at i:4790 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 4622--4791 Score: 200
Period size: 86 Copynumber: 2.0 Consensus size: 86
4612 TTGTTTACAT
* * *
4622 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
1 CAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
* *
4687 GTTCGATAAGCAGATTTATGA
66 GTTAGATAAGCACATTTATGA
* ** * * **
4708 CAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTAAACTG
1 CAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
4773 GTTTAGCA-AA-CACATTTAT
66 G-TTAG-ATAAGCACATTTAT
4792 TTTTTAGATC
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 12, Indels: 4
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
86 64 0.91
87 5 0.07
88 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (86 bp):
CAAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG
GTTAGATAAGCACATTTATGA
Found at i:5175 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 4701--13303 Score: 5300
Period size: 181 Copynumber: 48.1 Consensus size: 181
4691 GATAAGCAGA
* * * * **
4701 TTTATGACAAAACAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * * *
4766 TAAACTGGTTTAGCAAACACATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATT
66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * *
4831 AAATTAGTATT-TTTTTTTAATTGAATAAGCTTATATG---AGAAACAATTGT
131 AAATTAGTATTATTTTATT--TCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* ** * * * * *
4880 TTTATGACAAAAC-AAAGATTTTAACGATTTGAGACT-GATATTTGTTCAATTAATCATAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * *
4943 TTGAATTGATTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAATCTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
65 TTGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *
5008 TCAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATA-AAAAAGAATTGT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAACAATTGT
* * *
5060 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTAT
* * * * * **
5124 TTTAATTGATTCGGTAAATAAATCTATTTTTTAAATTTCTTTCTTATTAATTTAGGAAATATTAA
65 TTGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * ** *
5189 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-ATCTAAGCTTGTATTAGCTGAAACAATTAT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
** * * * * * * *
5241 TTTATGATGAATCAAAAGGTTAAAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *** * * * * * *
5306 TCAACTTG-TTCAATAAACATATTTATTTTTTTAATTCTCTTTCTTA-TAATTTTTCAAATGTTA
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* ** * * *
5369 ATAAATTACTACAAATTTA-TTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * ** * * * * * *
5422 TTTATGACTAAACAAAATGTCAGAACAATTTAAAATAGATAATTTTTCTACTAGTCTTAACGATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *
5487 TGAATTGATTTGGTAAAGAAATTTATTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAATTTTTGAAATATTATT
66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * **
5548 AAATCAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAAA-AATTGT
131 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* ** * ** * ** * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * * * * ** * **
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66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACT---TATTAATTTTTGAAATATT
* * * ** * * *
5727 -ATTAATTACTATTATTTTATTTTGAATAAAATAGTATGTAA-AGAATCAATTGT
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AACAAAAACAATTGT
* * * * *
5780 TTGAT-AGCAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTAT
1 TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** * * *
5844 TTGAAATGGTTTGGT-AAGCAATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTGATTAATTCTTGAAATATTAA
65 TTGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * *** *
5908 TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAATGCTTGTATGTTGAAAAGCAATTGT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-GCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * *** * * * *
5961 TTTATGACAAAACAATAGCTAATAGA-GATTTGAAATAGATTGCTATT-TAA-AGGCTATAATTA
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTA
* * * * **
6023 TTTAAACTGATTTAGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATT
64 TTTGAATTGATTTGGTAAA-TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * *
6087 AATAAAGTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAGAACAATTGT
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
6141 TTGATGACAAAATAAATGGTCATAATGATTTTAAGTAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
6206 TAAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTCAAATCTCATGCTTATTAATTTTTTG-AATGT
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATAT
* * * ** *
6269 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATAAACTTAAACAATTAT
127 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * ** * *
6324 TATT-TGACCAAACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTATT-ATACTAGT--TAACTA
1 T-TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTA
* * **** * * * **
6385 TTTGAACTGGTTCAACAAACAAATTTATTTTAT-AA-GTCTT--TTATTAATTTTCAAAATATTA
64 TTTGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * ** * *
6446 TTAAATTAGTATTATTTT-TATCCTAATAAGCTTGTATGATTAGATACAATTGT
129 ATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * * * * * *
6499 TTTATGAGAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATTGATATTTATTAAAATAGTTATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
6563 CGAATTGGTTTAGAAAACAATTTTAATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * ** * *
6628 AAACTAGTATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTACAAACACATTG-
131 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAACA-ATTGT
* * * *
6680 TTTATGAACAAAATAAAA--T-ATCAACGACTTTAAAAATAGATACTTGGTTCAAATAGTCA-AA
1 TTTATG-ACAAAACAAAAGGTCAT-AATGA-TTT-GAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCATAA
* * * * * * * *
6741 CTA-TTGAACTCTG-TTCGATTAACAGATTTATTTTTTTTAAGTCTCTTGCTCATTAATTTTTTG
61 CTATTTGAA-T-TGATTTGGTAAATAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTG
** * ** * ** *
6804 -AATGCTAATGAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGT-TGAACTGAAATAATTGT
121 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
6863 TTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTG-AA-AGATAATTGTTCTAAATAGTTCTTAACCG
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAG-TCATAA-CT
* * *
6926 A-TTGAATTG-GTTGGCAAA-ACAA--T-TTTTTT--AT-TCTTA--TA-T--CTTTTG-AATAT
63 ATTTGAATTGATTTGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * *
6976 TAGTAAAATTA-TATTGTTTTATAATCCGAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTAT
127 TAAT-AAATTAGTATTATTTTAT--TTCGAATAAGCTTGTAT-GAACAAAAACAATTGT
* * *
7033 TTTATGAC-AAA-AAAA--TCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * **
7094 TAAATT-TTTTGGTAAATAGATTTA-GTTTTAAA--TC-T-C-TATTAATTTTCAAAATATTAAT
66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * * *
7152 AAATCAGTATTATTTTA-TTCTGAATAATTTTGCATGAATAGAAACAATCT-T
131 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT-TGT
* * * * * * *
7203 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATATGAAATAGATAGTTGTTCAAATGGACATGAGTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
7268 TGAACTTG-TTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTA
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * * *
7331 ATATATTAGTATTGTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG-T
* * * * *
7385 TTTATGACAAAAC-AAAGCATCATAACT-ATATGAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTA
1 TTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* ** * * * * * * *
7448 TTTGAACTTG-CTCAGTAAATAGATTTACTTTTT-AATTTTTTACTCATT-AGTTTTGGAATATT
64 TTTGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * *
7510 AATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGTTTGTATGAATAAAAACAATTAG-
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GT
* * * *
7564 TTTATGACAAAACAAAAAGTCA-ACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCGTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
7627 TGAACGTG-TTTAG-AAACACATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
7689 TAAATTTGTATCATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTCTGAGCAAAAACAATTAT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * *
7741 TTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGCAATAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * * *
7806 TGAACTTG-TTCGATAAATAGATTCATATTTTGAATCTCTGACTCAATAATTTTTGGAATATTAA
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * ** *
7870 TAAATTAGTATTATTTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGT
130 TAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
** * * * * *
7923 TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTGATGACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
7988 TAAACTTG-TTCGATAAACATATTTA-TCTTTAAATCTTTTACTTAATAATTATTGAAATATTAA
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
8051 TAAATTAATATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTGTGAATAAAAAAAATTGT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * *
8103 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGTCATAACAATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
8168 TGAACTT-ATTTGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAAATGTTACTTATTAGTTGTTTG-AATATTA
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTA
* * * *
8230 ATAAATTTA-TATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATATAT
129 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT-TGT
* * ** *
8283 TTTATGACAAAACAAAACGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *** * * * *
8348 TCAACTT-ATTCAATAAATATATTCAATTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTT-AGAATATTA
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* ** * * * * * * * * *
8411 ATAAATTAGAATTATGCTATTCCTAGTTAGGTTATATGAATAGAAATAATTGT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * * * * *
8464 TTTGTAATAAAACAAAAGGTCATAATGCTTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATTATAACCATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** *** * * * **
8529 TGTACTGATCAGCCCAACATATTTATTTTTTAAATC-C--A-TTACTAATTTTT-AGAATAACAA
66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * * * *
8589 TAAATTAGCATTACTTTATTTCAAATAAGATTGTATCAATAGAAACAATTGT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * *
8641 TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTA-TTATAACTAC
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTAT
* **
8705 TTGAATT-AGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AA-TTTCAAAATATTA
65 TTGAATTGA-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * *
8765 ATAAATTAATATTATTTTATTTAGAACAAACTTATATGAACAAAAGCATTTGT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
** * * * *
8818 TTTACAACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTAT
* * * * * *
8882 TTGAATTGGTTTAGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AGTTTTCATAATATTA
65 TTGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * * *
8946 TTATATTAATATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGAACATAAATAATTAT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
** * * * * * * *
8999 TTTACAACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTGAAATATATAATTATTCCAATAGTAATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * *
9064 T-AAGCT-AGTCCGGTAAGTATATTTATTTTTTAATTCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
66 TGAA-TTGA-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* **
9127 ATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTATATGATGAAAAACAATTGT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * * * *
9180 TTTATAAGAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATGGTTATAATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * *
9245 TGAACTAATTTGATAAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTT-TTCAATTTTTGAAGTATTA
66 TGAATTGATTTGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAAATATTA
* * * * * ** *
9308 ATAAAGTAATATTATTTTATTT-TAGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTAT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* ** * * *
9361 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * *
9426 TTAGAAATTG-CTTGGTAAACAGATTTATTTTTTTTTTAATTTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AA
64 TTTG-AATTGATTTGGTAAATAAATTTA---TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAA
* * * * * * **
9489 TGTTAATAAAATTA-TATTATTTTATTTCAAATTAGCTCGCATGAATTGAAAAA-AA--AA
124 TATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA--CAAAAACAATTGT
* * * ** *
9546 TTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** ** * *
9611 AT-AA-CCAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-AGAATATT
66 -TGAATTGA-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* ** * * * * * *
9673 ATTAGTTTAGCATTATTTTA-CTCTGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTAT
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * * *
9727 TTTATCATAAAAC-AAAGATCAT-ATTATTTGAGATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
9790 TAAATAGGTTTGGTAAATAGATTTAATTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTTTGAAATATTAAT
66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* ** * *
9851 AAATTAGTATCATTTTA-TTCTGAATAATTTTGTAT-AATTAAAAATAATTGT
131 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAACAATTGT
* * * * * * *
9902 TTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTTAATTAGACATGACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * * ** ** *
9967 TGAACTT-ATTCAGCAAACATATTTAGCTTTTAAATCTCCAACTTACTAATTTTT-AGAATATTA
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTA
* * * * * *
10030 ACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTAT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * *
10083 TTTTTG-CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *** * * * *
10147 TGAACTCACTCATTAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTT-AGAATTTTAA
66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAA
* * * * *
10211 AAAATTATTTTTATTTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-
130 TAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATT-GT
* *
10264 TTTATGACAAAACAAAAGATC-TTATGATTTGAAAT-GTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * *
10327 TTGAA--CATGTT--CAGA-AAA--CA-TTTTT---T-TC---CTTATTAATTTATGGAATATTA
65 TTGAATTGAT-TTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * *
10377 ATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAACCAATTGT
129 ATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * ** * * * *
10430 TTTGTGGCAAAATGAAAGGT-ATAATGTTTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * ** * * * *
10494 TAAACTT-A-TT--CAGAT---TCT-TTTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATGTTTGGAATATTAT
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * **
10551 TAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAAC-TGCTATGAACTTAAACAATTGT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTG-TATGAACAAAAACAATTGT
* * * *
10603 TTTATTACAAAAGAAACGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTAT
* * * * * **
10667 TTAAACTTG-TTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTTATTAATTGTCAAAATATT
65 TTGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * * *
10731 AATAAATTAATGTTATTTTAATAT-GAATAAACTT-AATGAATAGAAATAATTGT
128 AATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * ** * * ** * * *
10784 TTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCACAAATGGTCATATCGATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * *
10849 TGAACTTG-TTTGATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT--AATACT
66 TGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TTGAAATATT
* * * * *
10911 AATAAATTTA-TTTTATTTTATTT-GAAATAAGATTGTAAGAATAGAAAA-AATTCT
128 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACA-AAAACAATTGT
* * *** * * *
10965 TTTATGATAAAA-AAAAGGGTTATAGCAATTTCAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
11029 TTAAACTTG-TTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTACT
65 TTGAA-TTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * * * * * *
11092 AATGAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACATTTCT
128 AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * * * *
11146 TGTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATAATGATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * ** *
11211 TG-ATCT-AGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-TATTTTTTACTTATAAATTGCTAAAATATTA
66 TGAAT-TGA-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * *
11273 ATAAATTAGTATTATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGT
129 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * * * * *
11326 TTTATAACATAACAAAAAGTTATAATGATTTGAATTAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
11391 TGAACT-AGTTTGATAAATAGATTTA-TTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATATTTGAAATATTAA
66 TGAATTGA-TTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * * * * *
11451 TAGATTAGTGTTACTTTACTTT-GAACAAACTTATACGAACAAAAACATTTGT
130 TAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * *
11503 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
11568 TTAACT-AGTTAGGTAAATAGAA-TTA-TTTTTAAA--TC-T-CTTGTTAATTTTTAAAATATTA
66 TGAATTGA-TTTGGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
** * * * * *
11626 ATTATTTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTCAAAAAAAACTTAT
129 A-TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCT-TGTATGAA--CAAAAACAA-TTGT
* * ** *
11682 TTTATGACAAAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTGTTAAATAT
1 TTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * *
11747 TTGAACTGGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTGATTCTCGTAGTTATTAATTTTTGGAATATTAT
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*
11812 TAGAA-TAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-TATTGT
130 TA-AATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * * * ** * * **
11863 TTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATAGTCATTGCTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * ** * * * * *
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* * * ** *
11992 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGAATGTTCAAATACAATTGT
130 TAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGT
* * ** * * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
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* **
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* * * ** * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * *
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* * * *** *
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** * * * * * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * * *
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66 TGAATTGATTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
* * * * ** *
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* * ** * *
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1 TTTATG---ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAAC
*** *** * * * * *
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** * * * ** * * ***
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* * * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * **
12820 TAAACTTG-TTCGATAAATAATTTTATTTTTTAAAATTTGTT-GTTATTAATTTTTTG-AATGCT
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* * * * *
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* * * * **
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* ** * *
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* * * * * * *
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** * * * * ** * *
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1 TTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *** * * * * *
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* * ** * * *
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1 TAAACTGATTTA
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** * *
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* * * * *
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** * ** * * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *** * * * * *
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* * *** *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * ** * *
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* ** * * * *
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* * * * * *** *
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254 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGT
** * *
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* * * * * * * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
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* * * * ** * *
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127 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACA-ATTGTTTTATG-AC
* * * *
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* * * * * ** *
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250 CT-TGTTCGATAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* * *
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* * * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAG-TCATAA-CT
* * *
6926 A-TTGAA-TTGGTTGGCA-AAACA-A--T-TTTTTT--AT-TCTTA--TA-T-CTTTTG-AATAT
63 ATTTGAACTT-GTTCG-ATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATAT
* * * * *
6976 TAGTAAAATTA-TATTGTTTTATAATCCGAATAAGCTTGTATGGAA-AGAAACAATTATTTTATG
126 TAAT-AAATTAGTATT-ATTT-TAATCTGAATAAGCTTGTAT-GAATAAAAACAATTGTTTTATG
* * * *
7039 AC-AAA-AAAA--TCATAATAATTTGAGATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTT-AAAT
187 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * * *** *
7099 TTTTTGGTAAATAGATTTA-GTTTTAAA--TC-T-C-TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATCA
252 TGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* ** *
7158 GTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATCT-T
317 GTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAAT-TGT
* * * * * * * *
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1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * ** * *
7268 TGAACTTGTT-TAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTTAGAATATTAA
66 TGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAA
* * * ** * *
7332 TATATTAGTATTGTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAA
129 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTG-TTTTATGACAAAA
* * * * * *
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* * * * * *
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256 CGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
* * *
7522 TTATTTTATTTTGAATATGTTTGTATGAA-TAAAAACAATTAG-
320 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATT-GT
* * * *
7564 TTTATGACAAAACAAAAAGTC--AACTATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCGTAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
7627 TGAACGTGTT-TAGAAACACATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT
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* * * * ** * *
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130 AAATTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
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194 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * * * *
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259 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-
* * *
7884 TTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAACTGATACAATTGT
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** * * * *
7923 TTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAGTAGTGATGACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * *
7988 TAAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TCTTTAAATCTTTTACTTAATAATTATTGAAATATTAAT
66 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAAT
* * *
8052 AAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTGTGAATAAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
130 AAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
8117 AAAAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTGAAATGGTCATAACAATTTGAACTTATTTGGT
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* ** * *
8182 AAACAAATTTA-TTTTTAAAAATGTTACTTATTAGTTGTTT-GAATATTAATAAATTTA-TATTA
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* *
8244 TTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAA-AATATAT
323 TTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAAT-TGT
* * * *
8283 TTTATGACAAAACAAAACGTTATAGCGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
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* ** * * * * * * * * * *
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* * * * * * * *
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*** * * * ** *
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258 ATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* ** * *
8602 CTTTATTTCAAATAAGATTGTATCAA-TAGAAACAATTGT
323 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * *** * * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * ** * **
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* * * *
9128 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATAAGAAAA
129 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * ** *
9192 CAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGGTCAAATGGTTATAATTATTTGAACTAATTTG
193 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * *
9257 ATAAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTT-TTCAATTTTT-GAAGTATTAATAAAGTAATA
258 ATAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTA
* * *
9319 TTATTTTATTTT-AGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTAT
320 TTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * *
9361 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATATAATTATTCAAATAGTTATAACTA
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG--ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
9426 TTAGAAATTGCTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTTTTTAAT-TTCTTGCTTATTAATTTTTTG-A
64 TTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTA---TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA--TTTTGAA
* * * * * * **
9488 ATGTTAATAAAATTA-TATTATTTT-ATTTCAAATTAGCTCGCATGAATTGAAAAA-AA--AATT
122 ATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAAACAATTGTTT
* * * ** *
9548 TATGACAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTAT
183 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT-T
** * * * * *
9613 -AACCAGTTTGACAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTA
247 GAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
** * * * * *
9677 GTTTAGCATTATTTTACTCTGAATATGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTAT
312 AATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * ** * * *
9727 TTTATCATAAAAC-AAAGATCAT-ATTATTTGAGATAGATAATTATTGAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * *
9790 T-AAATAGGTTTGGTAAATAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTAATTAATTTTTGAAATATTAA
66 TGAACT-TGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAA
* * ** * *
9850 TAAATTAGTATCATTTTATTCTGAATAATTTTGTAT-AATTAAAAATAATTGTTTTACGACAAAA
129 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
9914 CAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGTTTAATTAGACATGACTATTTGAACTTATTC-
193 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCG
* * ** ** * * *
9978 AGCAAACATATTTAGCTTTTAAATCTCCAACTTACTAATTTTTAGAATATTAACAAATTAGTATT
258 A-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATT
* *
10043 ATTTTATTTTGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATTAT
322 ATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * *
10083 TTTTTG-CAAAACAAAAGATCATAACGATTTGGAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*** * * * * *
10147 TGAACTCACTC-ATTAAATACATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTTTTAGAATTTTAA
66 TGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAA
* * * * * * *
10211 AAAATTATTTTTATTTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAA
129 TAAATTAGTATTA-TTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATT-GTTTTATGACAAA
* * *
10275 ACAAAAGATC-TTATGATTTGAAAT-GTATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTT
192 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* *
10338 CAGA-AAAC------A-TTTTT---T-TC---CTTATTAATTTATGGAATATTAATAAATTTA-A
256 C-GATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGT
*** * *
10387 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAAC-AAAACCAATTGT
319 ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CAATTGT
* * ** * * * * *
10430 TTTGTGGCAAAATGAAAGGT-ATAATGTTTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCATAACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * ** * * * *
10494 TAAACTTATTC-----AGAT-TCT-TTTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATGTTTGGAATATTATT
66 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAT-TTTGAAATATTAAT
* * * * *
10552 AAATTAGTATTATTTTACT-TCAAATAAAC-TGCTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATTACAAA
130 AAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTG-TATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * *
10614 AGAAACGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTAAACTTGTT
192 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACTTGTT
* * * * * *** * *
10678 TGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTATTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATG
256 CGATAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
10743 TTATTTTAATATGAATAAACTT-AATGAA-TAGAAATAATTGT
320 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * * * * ** * * *
10784 TTTATGACAAAACAAAAAGCCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCACAAATGGTCATATCGATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * *
10849 TGAACTTGTTTGATAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATACTAA
66 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTAA
* * * * * *
10913 TAAATTTA-TTTTATTTT-ATTTGAAATAAGATTGTAAGAATAGAAAA-AATTCTTTTATGATAA
129 TAAA-TTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAATA-AAAACAATTGTTTTATGACAA
* *** * * * *
10975 AA-AAAAGGGTTATAGCAATTTCAAATACATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGT
191 AACAAAA-GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * *
11039 T-TAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTACTAATGAATTAG
255 TCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * * *
11102 CATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACATTTCT
318 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * * * * *
11146 TGTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAAAATAATGATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
11211 TGATCTAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTT-TATTTTTTACTTATAAATTGCTAAAATATTAAT
66 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAAT
* * * * *
11275 AAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATTGTTTTATAACATAACA
130 AAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
11340 AAAAGTTATAATGATTTGAATTAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGAT
195 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGAT
* * * * * * *
11405 AAATAGATTTA-TTTTTAAA-ATC-T-CTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTGTTACT
260 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * ** *
11466 TTACTTTGAACAAACTTATACGAACAAAAACATTTGT
325 TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * *
11503 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
11568 TTAACTAGTTAGGTAAATAGAATTA-TTTTTAAATC---T-CTTGTTAATTTTTAAAATATTAAT
66 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAA-
** * * ** * *
11628 TATTTTA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAT-TATGAATTCAAAAAAAACTTATTTTATGACA
129 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCT-TGTATGAA-T-AAAAACAA-TTGTTTTATGACA
* * ** * *
11691 AAAGAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTGTTAAATATTTGAACTGG
190 AAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* ** * * * * * * *
11756 TTTGGCAAATAAATTTATTTTTTGATTCTCGTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGAA-TAG
254 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA-AATTAG
* *
11820 TATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAC--AAAAATATTGT
318 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTGT
* * * ** * * **
11863 TTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAGTTTACAATTATTCAAATAGTCATTGCTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * ** * *
11928 TAAACTAGTTC-AGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCATATTTATTAATTTTAGAAAGATTAA
66 TGAACTTGTTCGA-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-GAAATATTAA
* * * * * * *
11992 TAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCTTGAATG-TTCAAATACAATTGTTATATGACAAAA
129 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* ** * * * *
12056 CAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGACAA-GGCCATAATTATTTGAAC-TGATT
193 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT
* * * *
12119 CGATAAATAGATTCACTTTTTAAA----TAACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
256 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* *
12180 TATTTTATTTCGAATAAGCTTCTATGAACTGAAACAATTGT
321 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * * ** * * *
12221 TTTATGACAAAA-TAAAGGTCATAATGATTTCAAATAGATAATTTTTCTCATAGTCTTAATTGTT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * * * * * * *
12285 TGAA-TTGCTTTGGCACATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAATAATTTTTGGAATATTAT
66 TGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAA
* * * * ** * ** * *
12349 TAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTATTTTACCATAGAAC
129 TAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
12414 AAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATGATAGTTCAAATAG------------GAACTGGTTC-A
194 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGA
* * * * *
12466 GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATTTTAGTAAATTATTATTA
259 -TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * *
12531 TTTTATTTTGAATAGGCATGTATG-A-TGAAAAAAAATTGT
323 TTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG--AAACAATTGT
* * ** * * *
12570 TTTATGAAAAAAAAACAAAAGTTTGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GTCCATAAT
1 TTTATG---ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAAC
*** * * * * * *
12634 TATTTGAACCAATTCAATAAA-ACTGACTTATTTTTTAAATC-TCTAATATATCAATTTTTGAAG
62 TATTTGAACTTGTTCGATAAACA-T-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAA-TTTTGAAA
** * * * * * * * * **
12697 TAACAATAAAGTAATTTTATTTTATTTTAAATGAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGA
123 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * *
12762 TAAAAAAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT
188 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * * **
12827 GTTCGATAAATA-ATTTTATTTTTTAAAATTTGTT-GTTATTAATTTTTTGAATGCTAATAAATT
253 GTTCGATAAACAGA-TTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
* * * *
12890 AGTATTATTTTATTTTGAACAAGCATGTATGAACT-AAAAATATTAT
316 AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACA-ATTGT
* * * * **
12936 TTTATGGC-AAACATAAGGT--TAGAGGATTTGAAATAGATAATTG-TCTTAATAGTTTTAACTA
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTA
* * * *
12997 TTTGAACTGGATT-GACAAACACATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAGAATATT
64 TTTGAACTTG-TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGA-AATATT
* * * * * * * * * *
13057 ATTAATTTATTAGTATTTTACTTTGAATAATCTTGTATGAACAAAAACAAATGCTTTATGACAAA
127 AATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
** * * * * ** * * *
13122 ACAAATA--TCATAACAATTTTAGATAAATAATTGTTCAAAAAACCGTAATTATTTGAACTAGTT
192 ACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * * *
13185 CAATATACAAATTTAGTTTTTAGA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATACTAATAAAGTAGTAT
256 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTAT
* * ** *
13246 TATTTTATTCTAAATAATTTTATATGAA-TAGAAACAATTGT
321 TATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
** * * ** * *
13287 TTTATGACAAAACAAAA--TTTTAACTATTTG----AG---CTTGTTC-GGT-G-AATGA--ATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* *** * * ** *
13338 T--A-TT-TT--TTAAATC-T-CCAACTTATT-AAT-TTTTAGAATATTAA---T-AAACTAGTA
66 TGAACTTGTTCGATAAA-CATATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTGAAA-TATTA
* ** * * *
13389 TTATTTTA----T-TTTTAA--TAAACT-TG-TATG----AATATAAACAATTGTTTTATGACAA
128 ATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAA-TAAGCT-TGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * ***
13441 AACCAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCACATAGTTAGAACTATTTAAACTCACT
191 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
13506 C-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAACTTTTTAGAAT-TTGAATAAATTGG
256 CGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGGAATATT-AATAAATTAG
* *
13569 TATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-TATGAACAT-AAACAATTGGT
318 TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATT-GT
* * * *
13613 ATTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTGGAAATAGACAATTGCTT-AAATAGTCATAACTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAACTAT
** * * * * *
13677 TTGAAAATGTT--AAAAATATATTTA-TTTTTAAA-ATTTTACTTATTCATTTTTGAAATATTCA
65 TTGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTGAAATATTAA
* * * * *
13738 TAAATTTA-TATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAAATGTTTTATGACAAA
129 TAAA-TTAGTATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * * * *
13801 ACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATACTCATAACTATTTAAACATGTTC
192 ACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * *
13866 -AGT-AACAAGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
257 GA-TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA
* * * * *
13929 TTATTTTATTTTAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTAT
320 TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
* * * *
13971 TTTATTACAAAACCAAAA-GTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTAT
1 TTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* ** * ** * * *
14035 TTGAACATGCTT-G-GCAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTT-CTCATTAATTTTTGGAATAT
65 TTGAACTTG-TTCGATAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAA-TTTTGAAATAT
* * * * *
14097 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTAC
126 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * *
14160 AAAGCAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGA-TAGTTGAACTT
189 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTATTTGAACTT
* * * * * * * ** *
14224 GTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAAATAT-TCTACTGACTAATTGCTGAAATATTAATAAATTA
253 GTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTA
* * ** * * *
14288 ATATT-TTGTTAATCGGAATAAGCATGTATG-A-TAGAAATAATTAT
317 GTATTATT-TTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTGT
* * ** * *
14332 TTTATAATGAAAA-AAAA--TCATAATAATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAC-A
1 TTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT-AACTA
* * * * *
14393 TTTGAAATTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCT-TAATAT
64 TTTGAACTTGTTCGATAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TGAAATAT
* ** * ** *
14457 TAATAAATTTGTATTATTTT-ATCAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATAATTGTATGACA
126 TAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
14520 AAACAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATT-ATCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTG
190 AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *** *
14584 TTC-AGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA-TAATTTTCATAATATTAATAACTTAG
254 TTCGA-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG
* * * *
14647 CATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTATATG-ACTTGAAATAATT-T
318 TA-TTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC-TGAAACAATTGT
* * * *
14691 TTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* ** * * ** * * *
14756 TGATCTAATTCAATAAACATTTTTACATTTTAAATTTTTTACTTATCAACTATTGAAATATTAAT
66 TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAAT
14821 A
130 A
14822 TTTTAAAAAT
Statistics
Matches: 7561, Mismatches: 1701, Indels: 999
0.74 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 27 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
TGAACTTGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATA
AATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATA
AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
TATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGT
Found at i:9416 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9393--9427 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
9383 TAACAATTTT
*
9393 AAATAGATATAATTATTC
1 AAATAGATATAACTATTC
*
9411 AAATAGTTATAACTATT
1 AAATAGATATAACTATT
9428 AGAAATTGCT
Statistics
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0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.06, G:0.06, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGATATAACTATTC
Found at i:9850 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 9812--9855 Score: 54
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
9802 GTAAATAGAT
*
9812 TTAATTTTTAAATCTCTAA
1 TTAATTTTTAAATATCTAA
9831 TTAATTTTTGAAATAT-TAA
1 TTAATTTTT-AAATATCTAA
*
9850 TAAATT
1 TTAATT
9856 AGTATCATTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 17 0.77
20 5 0.23
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (19 bp):
TTAATTTTTAAATATCTAA
Found at i:10604 original size:173 final size:174
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Indices: 10358--10674 Score: 425
Period size: 173 Copynumber: 1.8 Consensus size: 174
10348 TTTTTTCCTT
*
10358 ATTAATTTATGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACAAAAC
1 ATTAATTTATGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAAAAC
* * * *
10423 CAATTGTTTTGTGGCAAAATGAAA-GGT-ATAATGTTTTGAAATAAATAATTATTCAAATGGTCA
66 CAATTGTTTTATGACAAAA-GAAACGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
10486 TA-ACTATTTAAACTTATTCAGATTCTTTTTTTAGTTCTCTTACTC
130 -AGACTATTTAAACTTATTCAGATTCTTTTTTTAGTTCTCTTACTC
* *
10531 ATTAATGTT-TGGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAAC-TGCTATGAACT
1 ATTAAT-TTATGGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGC-ATGAAC-
* * *
10592 TAAA-CAATTGTTTTATTACAAAAGAAACGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
61 AAAACCAATTGTTTTATGACAAAAGAAACGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
10656 GTCAAGACTATTTAAACTT
126 GTCAAGACTATTTAAACTT
10675 GTTTGGTAAA
Statistics
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0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 10 0.08
173 62 0.49
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
ATTAATTTATGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGCATGAACAAAAC
CAATTGTTTTATGACAAAAGAAACGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAA
GACTATTTAAACTTATTCAGATTCTTTTTTTAGTTCTCTTACTC
Found at i:10668 original size:174 final size:173
Alignment explanation
Indices: 10246--10674 Score: 431
Period size: 166 Copynumber: 2.5 Consensus size: 173
10236 ATAAGCTTTT
* ** * * * ** *
10246 ATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCTTATGATTTGAAATGTATAATTGTT
1 ATGAACAAAACCAATT-GTTTTATGACAAAATGAAAGGTATAATGATTTGAAATAAATAATTATT
* * * ** *
10310 CAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTCAGAAAAC-ATTTTT--TTC-C-T--T-ATTAATTTA
65 CAAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAG-ATTCTTTTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATTTA
*
10367 TGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGC
129 TGGAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGC
* * *
10412 ATGAACAAAACCAATTGTTTTGTGGCAAAATGAAAGGTATAATGTTTTGAAATAAATAATTATTC
1 ATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
*
10477 AAATGGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGATTCTTTTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATGTT-T
66 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGATTCTTTTTTTAGTTCTCTTACTCATTAAT-TTAT
* *
10541 GGAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTACTTC-AAATAAAC-TGC
130 GGAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAACTTGC
* * *
10584 TATGAACTTAAA-CAATTGTTTTATTACAAAA-GAAACGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT
1 -ATGAAC-AAAACCAATTGTTTTATGACAAAATGAAA-GGT-ATAATGATTTGAAATAAATAATT
10647 ATTCAAATAGTCA-AGACTATTTAAACTT
62 ATTCAAATAGTCATA-ACTATTTAAACTT
10675 GTTTGGTAAA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 29, Indels: 26
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.01
166 82 0.38
168 3 0.01
169 1 0.00
170 1 0.00
172 11 0.05
173 62 0.29
174 54 0.25
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (173 bp):
ATGAACAAAACCAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTATAATGATTTGAAATAAATAATTATTC
AAATAGTCATAACTATTTAAACTTATTCAGATTCTTTTTTTAGTTCTCTTACTCATTAATTTATG
GAATATTAATAAATTTAAATTATTTTATTCAAAATAAACTTGC
Found at i:13627 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 13592--13632 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
13582 TAAATAAGCT
*
13592 TTATGAACATAAACAATTGGTA
1 TTATGAACATAAACAAATGGTA
13614 TTATG-ACA-AAACAAATGGT
1 TTATGAACATAAACAAATGGT
13633 CATAACGATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.56
21 3 0.17
22 5 0.28
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.15, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
TTATGAACATAAACAAATGGTA
Found at i:13983 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 13335--14756 Score: 1150
Period size: 181 Copynumber: 7.9 Consensus size: 182
13325 CGGTGAATGA
*** * *
13335 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * *
13400 TTAATAAACTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGATCATAATGATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGA
* * * * **
13464 AATAAATAATTATTCACATAGTTAGAACTATTTAAAC-TCACTCAGTAA-ATAG
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACAT-GTTCAGTAACATAG
* *
13516 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAACTTTTTAGAAT-TTGAATAAATTGGTATTATTTTA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAA-TTTTTGGAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * *
13579 TTCTAAATAAGCTT-TATGAAC-ATAAACAATTGGTATTATGACAAAACAAATGGTCATAACGAT
63 TTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAA-AGTCATAATGAT
* * * * *
13642 TGGAAATAGACAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAAA-ATGTT-A--AAAATAT
126 TTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACATGTTCAGTAACATAG
* * * * *
13696 ATTTATTTTTAAAAT-T-TTACTTATTCATTTTTGAAATATTCATAAATTTA-TATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATT
** * * * *
13758 CGAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTG
65 TTAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * *
13822 AAATAGATAATTGTTTAGATACTCATAACTATTTAAACATGTTCAGTAACA-AG
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGTAACATAG
* * *
13875 ATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
13940 TAAAAAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAACCAAAAGTCACAATGATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * *
14004 AATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGCTT-GGCAACA-AG
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATG-TTCAGTAACATAG
** * *
14056 ATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
14121 CAAATAAGCTTATATGAACT-GAAACAATTGTTTTATTACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTGA
66 TAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGA
* * * * * **
14185 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGA-TAGTTGAACTTGTTCAAAAAACAT--
130 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTTAAACATGTTC-AGTAACATAG
* * * * * ** * * *
14237 ATTTATTTCTTAAATAT-TCTACTGACTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTTAA
1 ATTTATTTTTTAAATCTCT-TTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTAT
*** * * * * * *
14300 TCGGAATAAGCATGTATG-A-TAGAAATAATTATTTTATAATGAAAA-AAAA-TCATAATAATTT
64 TTTAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGTCATAATGATTT
* * * *
14361 GAAATAAATAATTTTTCAAATAGTCATAAAC-ATTTGAAA-TTGTTCGGTAA-ATAG
128 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTATTT-AAACATGTTCAGTAACATAG
*
14415 ATTTATTTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTT
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATT-T-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * ** * * *
14477 A-TCAAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAAAAATAATTGTATGACAAAACAAAAGGTTATAGTGAT
62 ATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGAT
* * * * *
14540 TTCAAATAGATAATTA-TCAAAATAGTCAAAATTATTTAAACTTGTTCAGCAAACA-A-
126 TTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAG-TAACATAG
* ** *** * * *
14596 ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA-TAATTTTCATAATATTAATAACTTAGCATTTTTTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATT
* * * * **
14660 TTGAATAAGCTTATATG-ACTTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTG
65 TTAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
*
14723 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
14757 GATCTAATTC
Statistics
Matches: 1008, Mismatches: 171, Indels: 125
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.01
177 99 0.10
178 94 0.09
179 100 0.10
180 143 0.14
181 448 0.44
182 109 0.11
183 8 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
TAAATAAGCTTGTATGAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGTAACATAG
Found at i:14425 original size:540 final size:536
Alignment explanation
Indices: 13307--14758 Score: 1447
Period size: 540 Copynumber: 2.7 Consensus size: 536
13297 AACAAAATTT
* * * ***
13307 TAACTATTTGAGCTTGTTCGGTGAAT-GAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAG
1 TAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-G
* * *
13371 AATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTTAATAAA-CTTGTATGAA-TATAAACAATTGTTTT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTTAAAAAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTT
* * * *
13434 ATGACAAAACC-AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCACATAGTTAGAACTATTTA
127 ATGACAAAACCAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCAAAACTATTTA
* * * *
13498 AACTCACTCAGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAACTTTTTAGAAT-TTGA
190 AACT-GCTTAGCAACA-AGATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAA-TTTTTAGAATATT-A
* *
13560 ATAAATTGGTATTATTTTA-TTCTAAATAAGCTT-TATGAACAT-AAACAATTGGTATTATGACA
250 ATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTATATGAACATGAAACAATT-GTTTTATGACA
* * * * *
13622 AAACAAATGGTCATAACGATTGGAAATAGACAATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAAAATG
313 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAAAATG
* * * * * ** * *
13686 TTAAAAATATATTTATTTTTAAAATTTTACTTATTCATTTTTGAAATATTCATAAATTTATATTA
377 TTAAAAACATATTTATTTTTAAAATTCTACTGACTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATTA
* * * * *
13751 TTTTATTCGAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAAT
442 TTTTAATCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAAT
** * *
13816 GTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATACTCA
506 AATTTGAAATAAATAATTGTTTAAATACTCA
* * * * *
13847 TAACTATTTAAACATGTTCAGTAACA-AGATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGG
1 TAACTATTTAAACTTGTTCGGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTT-G
*
13911 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATTTTAT
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTAT
* * * * *
13976 TACAAAACCAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAGATAGTCATAACTATTTGAAC
129 GACAAAACCAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-TTCAAATAGTCAAAACTATTTAAAC
* * * * *
14041 ATGCTTGGCAACAAGATTCCTTTTTTAATTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT
193 -TGCTTAGCAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT
* *
14106 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATTACAAAGCAAAAG
257 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * **
14170 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGA-TAGTTGAACTTGTTCAAAAAA
322 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-AACTAGTTGAAAATGTT--AAAAA
14234 CATATTTATTTCTTAAATATTCTACTGACTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATT-TTGTT
384 CATATTTATTT-TTAAA-ATTCTACTGACTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATTATT-TT
* * * * *
14298 AATCGGAATAAGCATGTATG-ATAGAAATAATTATTTTATAATGAAAA-AAAA-TCATAATAATT
446 AATCGAAATAAGCATGCATGAATAGAAACAAATATTTTATAA-CAAAACAAAAGTCATAATAATT
*
14360 TGAAATAAATAATT-TTTCAAATAGTCA
510 TGAAATAAATAATTGTTT-AAATACTCA
14387 TAAAC-ATTTGAAA-TTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGT
1 T-AACTATTT-AAACTTGTTCGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATT-T
* * *
14449 CTT-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA--TCAAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAA-AATAA
61 -TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAA-AAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTA
* * * * * *
14510 TTGTATGACAAAA-CAAAAGGTTATAGTGATTTCAAATAGATAATTATCAAAATAGTCAAAATTA
123 TTTTATGACAAAACCAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTC-AAATAGTCAAAACTA
** * *
14574 TTTAAACTTG-TTCAGCAAACAA-ATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTA-TAATTTTCATAATAT
186 TTTAAAC-TGCTT-AGC-AACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATAT
* * * ** * *
14636 TAATAACTTAGCATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTATATG-ACTTGAAATAATT-TTTTATGAC
248 TAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACATGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
14699 AAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGA
312 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTGA
14759 TCTAATTCAA
Statistics
Matches: 759, Mismatches: 116, Indels: 75
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
538 4 0.01
539 207 0.27
540 375 0.49
541 88 0.12
542 28 0.04
543 57 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (536 bp):
TAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAAAAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
CAAAACCAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTTTCAAATAGTCAAAACTATTTAAACTGC
TTAGCAACAAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACATGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA
TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTGAAAATGTTAAAAACATATTT
ATTTTTAAAATTCTACTGACTAATTGCTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCGAAATA
AGCATGCATGAATAGAAACAAATATTTTATAACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAAATA
ATTGTTTAAATACTCA
Found at i:14668 original size:359 final size:352
Alignment explanation
Indices: 13335--14758 Score: 1125
Period size: 359 Copynumber: 4.0 Consensus size: 352
13325 CGGTGAATGA
*** * *
13335 ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-TT
** * * * *
13400 TTAATAAACTTGTATGAA-T-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAACCAAAGATCATAATGATTTG
64 CAAATAAGCTTGTATGAACTGA-AAA-AA-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG
* * * * *** * * *
13463 AAATAAATAATTATTCACATAGTTAGAACTATTTAAACTCACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTA
126 AAATAGATAATTA-TCAAATAGTCA-AAATATTTAAACTTGTTCAG-AAACAAATTCATTTTTTA
* * * * * * * *
13528 AATCTTTTACTTATTAACTTTTTAGAAT-TTGAATAAATT-GGTATTATTTTATTCTAAATAAGC
188 AATCTCTTACTCACTAA-TTTTCA-AATATT-AATAAATTAGAT-TTTTTTTATTTTGAATAAGC
* * * * * * ** * *
13591 TT-TATGAAC-ATAAACAATTGGTATTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATTGGAAATAGACA
249 TTATATG-ACTAGAAATAATT-ATTTTATAACAAAACAAA-AGTCATAATAATTTGAAATAGATA
* * *
13654 ATTGCTT-AAATAGTCATAACTATTTGAAAATGTT-AAAAATAT
311 ATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AAATGTTGGAAAATAG
* * * *
13696 ATTTA-TTTTTAAA-ATTTTACTTATTCATTTTTGAAATATTCATAAATTTATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTC
* * * * *
13759 GAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAAATGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGA
65 -AAATAAGCTTGTATGAACT-GAA-AAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
* * * * * * *
13823 AATAGATAATTGTTTAGATACTCATAACTATTTAAACATGTTCAGTAACAAGATTCATTTTTTAA
127 AATAGATAATT-ATCAAATAGTCA-AAATATTTAAACTTGTTCAGAAACAA-ATTCATTTTTTAA
* * * ** * * *
13888 TTCTCTTTCTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTAAAAAAGCTTA
189 ATCTCTTACTCACTAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGAT-TTTTTTTATTTTGAATAAGCTTA
* * * * *
13952 TATGAACTA-AAACAATTATTTTATTACAAAACCAAAAGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTG
252 TATG-ACTAGAAATAATTATTTTATAACAAAA-CAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
* *
14016 TTCAGATAGTCATAACTATTTGAACATGCTTGGCAACA-AG
315 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-ATG-TTGG-AAAATAG
** * * *
14056 ATTCCTTTTTTAATTCTCTTT-CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-T
* * * *
14120 TCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAAGCAAAAGGTTATAATGATTTGA
63 TCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-AAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGA
* ** * * * * * *
14185 AATAGATAATTATTCAAATAGTTATGGATAGTTGAACTTGTTCAAAAAACATATTTATTTCTTAA
127 AATAGATAATTA-TCAAATAGTCA-AAATATTTAAACTTGTTC-AGAAACAAATTCATTTTTTAA
* * * * * * ** *
14250 ATAT-TCTACTGACTAATTGCTGAAATATTAATAAATTA-ATATTTTGTTAATCGGAATAAGCAT
189 ATCTCT-TACTCACTAATT-TTCAAATATTAATAAATTAGAT-TTTTTTTATTTTGAATAAGCTT
* * * *
14313 GTATGA-TAGAAATAATTATTTTATAATGAAAA-AAAA-TCATAATAATTTGAAATAAATAATTT
251 ATATGACTAGAAATAATTATTTTATAA-CAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
*
14375 TTCAAATAGTCATAAAC-ATTTGAAATTGTTCGGTAAATAG
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1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAT
* * * *
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* * *
14608 AATCTCTTAATTA-TAATTTTCATAATATTAATAACTTAGCATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTT
188 AATCTCTTACTCACTAATTTTCA-AATATTAATAAATTAG-ATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
14672 ATATGACTTGAAATAATT-TTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
251 ATATGACTAGAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATAATTTGAAATAGATAATTA
*
14736 TTCAAATAGTCATGACTATTTGA
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Statistics
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ACTCACTAATTTTCAAATATTAATAAATTAGATTTTTTTTATTTTGAATAAGCTTATATGACTAG
AAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAAATGTTGGAAAATAG
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* *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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** ** * * *
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* * * * * * * * **
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* * ** *
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** * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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** * * *
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**** * * *
17161 TGGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAAATAAATA
1 AAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTT-AAAAAATAAATC
* ** * ** * * * *
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** * * * ** *
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** * * * * ** * * *
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* * ** * * * *
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* * * **
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* *
17870 AAAATAAAATAATACTAATTTGTTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTACATGATTT-AAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----TGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * ** *
18050 GAAATAAAATAATATTAATCTAATAAAATTTCAAAAATTAAAAATTAAAAGGTTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT---AA-TAAGTGATTTAAAAAATAAA
* * * *
18115 T-TCGTTTGCTGAACCAATTCAAATAGTTAAGATTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
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** *
18179 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAAATCATACTAGCTTATTC
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TGATCATACAAGCTTATTC
* * * * *
18231 GAAATAAAATAA-AATGAATTGATTACTATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
1 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
18295 GTTTACCT-AACCAGTT-AACATAATTATGATTATTT-ACACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
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* * * * * ** *
18357 GACATTTTGTTTTGCCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAATTTGTTC
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* * *
18408 AAAATAAAATAATATTAATTTATTGATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC-G
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTG
* ** ** * * * * * *
18472 TTTA-TCAAATTAGCTCAAATAGTTATGAATATTT-AGGCAATTATTTAATTCTAATTGTTATGA
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * **
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* * * * *
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** ** ** *
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* * ** *
20016 AGAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATAAGAT-ATTTAAAAACTAAATCT
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20080 CTTTACTGAACCAATTCAAACAATTTTGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAATCATTAT-AT
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* * * * * * *
20144 C-TTTGTTTTATCCTAAAATATTTGTTTCT-ATTCATACATGCTTATTT
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** * * * *
20191 GGAATAAAAAAATATTAAATTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTATAGATTTAAAAAAATAA
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* * * * * * * * * * *
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*
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126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC
** *
20733 GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAGAAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AG-TGATTTAAAAAATAAA
* * *
20798 TTTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAATATTTCAAATTGTTA
62 TCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-CTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
20863 TAACTTTTTGTTCT-TCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTC
126 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC
* * * * * *
20914 AGAATAAAATAATACTAATATAATAATATTATGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGTGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * *
20979 TTTGTTTGCCGAACCAATTTAAATAGTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCATTAT
62 TCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
** * ** * *
21044 GACCTTTTGTTTTGTTGTAAAATAATT-TTTTCAATTCTTACTAA-CTTATTT
127 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATAC-AAGCTTATTC
** * * *
21095 GGAATAAAATAA-ACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATCAATAAGAGATTTTAAAAACTAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-AATAAGTGA-TTTAAAAAATAA
* * * * * * *
21159 TTCTATTT-TTCGAACCAATTCAAATAATTATGACTATTTGTACAATTATATATTTCAAATTGTT
61 ATCTGTTTACT-GAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * *
21223 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-TGTTTTTGTTCAAATAAGTTTGTTT
125 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC
** * * * ** * *
21276 GGAATAAAATAATATTAATTCATTGATATTTTGAAAATTAATAA--GAATTAAAAAATAAATTTG
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTG
* * * * * ** * * * *
21339 TTTACTAAACTAGTTCAATTATTTACAAGTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGCTATGACC
66 TTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
21404 ATTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTT--TTATAC-AGTCTTATTC
131 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAG-CTTATTC
** * * * * *
21449 GGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACATTAT-AAAAAGTAATAAGCAACAGATTTAAAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG----TGATTTAAAAAAT-A
** ** * ** * * * *
21513 AATCAATTGGCTTG-ACCAGTGGAAATAGTTATGA-TAGTTCAACAATTATCTATTTTAAATAGT
60 AATCTGTTTAC-TGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * * * * * *
21576 TATAACCCTTTG-TTTATCACAAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTT
124 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC
* * * * *
21629 GAAATAACAA-AATTCTAATTTATTAA-AATTCTAAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATG
1 AAAATAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG---T-GATTTAAAAAATA
* * *
21692 AATATGTTTATTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATAACT-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
60 AATCTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * *
21755 TATAACCTTTTAG-TTTGTCATAAAATAATT-TTTGCT-ATTCATACAAGCTTATTTC
124 TATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGA-TCATACAAGCTTA-TTC
* ** * *
21810 -AAATAAAGTAATAAAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAA
* * * *
21873 ATCTATTT-TTCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTG
61 ATCTGTTTACT-GAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTG
21913 CTTTGTCGTA
Statistics
Matches: 5358, Mismatches: 1245, Indels: 585
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
167 8 0.00
168 3 0.00
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185 2 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAATAAATCTG
TTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTC
Found at i:16948 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 16923--16973 Score: 61
Period size: 21 Copynumber: 2.4 Consensus size: 21
16913 TCTATTTCAA
16923 ATCATTATAAT-ATT-TTGTTTT
1 ATCA-TATAATAATTATT-TTTT
*
16944 ATCATAAAATAATTATTTTTT
1 ATCATATAATAATTATTTTTT
16965 ATCATATAA
1 ATCATATAA
16974 GTTTATTCAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (21 bp):
ATCATATAATAATTATTTTTT
Found at i:17637 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 17426--17734 Score: 406
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
17416 AAACAAGCTC
* * * *
17426 AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTAACATAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAGTTATTTAAAATCATTATGACATTTAGTTTTAACATAA
** * * *
17491 AACTATTGTTTCAATTCATTA-AAGCTTATCCAAAATAAAATAATGCTAATTTCTTAATATTTCA
66 AAAAATTATTTCAATTC-TTACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
17555 AAAATTAATGAGCAAGAGTTTCAAAAAATAAAATTACAAATTG
130 AAAATTAATGAGCAAGAGTTTCAAAAAATAAAATTACAAATTG
* * ** *
17598 AAATAGTTATGATTATTTAAACAA-TAGTTATTTAAAATCATTATGATATTTAGTTTTGTCGTAA
1 AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAGTTATTTAAAATCATTATGACATTTAGTTTTAACATAA
* *** * **
17662 AAAAATTATTTCAGTTCTTACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTACTATTTTGA
66 AAAAATTATTTCAATTCTTACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
17727 AAATTAAT
131 AAATTAAT
17735 AAATGATTTA
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 21, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
170 3 0.03
171 90 0.78
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ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (172 bp):
AAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAGTTATTTAAAATCATTATGACATTTAGTTTTAACATAA
AAAAATTATTTCAATTCTTACAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
AAATTAATGAGCAAGAGTTTCAAAAAATAAAATTACAAATTG
Found at i:22020 original size:326 final size:327
Alignment explanation
Indices: 21596--22239 Score: 806
Period size: 327 Copynumber: 2.0 Consensus size: 327
21586 TGTTTATCAC
* *
21596 AAAATAATTGTTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAACAAAATTCTAATTTATTAAAATTCT
1 AAAATAATTATTTATGTCCATACAAGCTTATTTGAAATAACAAAATTCTAATTTATTAAAATTCT
* * * *
21661 AAAAGTTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATAA
66 AAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATAA
* * * *
21726 CT-TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTAGTTT-GTCATAAAATAATT-TTT
131 CTATTTAAACAATTATCCATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-GTTTCATCATAAAATAATTGTAT
* *
21788 GCTATTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAGTAATAAAAATTTATTAATATT-AAAATAATTAAT
195 -CAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAAAA-AATTAAT
* * * *
21851 -ATGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTTTCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTTTTTGC
257 GA-GTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGC
21914 TTTGTCGT
320 TTTGTCGT
* * * * * *
21922 AAAATAATTATTTTTGTCCATACAAGCTTATTTGGATTGAA-ATACTAT-TAATTTATTAATATT
1 AAAATAATTATTTATGTCCATACAAGCTTATTTGAAAT-AACAAAAT-TCTAATTTATTAAAATT
*
21985 TTAACAA-TTAATAAGTAAAAAATTGT-AAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATC
64 CTAA-AAGTTAATAAGTAAAAAATT-TAAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATC
* * *
22048 ATAACTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTG
127 ATAACTATTTAAACAATTATCCATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTG
* * * *
22113 TATCAATTTATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
192 TATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
* * * * *
22178 GAGTAAGAAATTTTAAAAATGAATATGTTTATCGTACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTG
257 GAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
22240 AACAATTATC
Statistics
Matches: 272, Mismatches: 35, Indels: 21
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
326 116 0.43
327 147 0.54
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (327 bp):
AAAATAATTATTTATGTCCATACAAGCTTATTTGAAATAACAAAATTCTAATTTATTAAAATTCT
AAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAGTTCAAATAATCATAA
CTATTTAAACAATTATCCATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTCATCATAAAATAATTGTATC
AATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAAAAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGT
AAGAAATTTAAAAAATAAATATATTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGCTTTGTC
GT
Found at i:22197 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 21971--23011 Score: 648
Period size: 181 Copynumber: 5.9 Consensus size: 178
21961 AAATACTATT
* * * *
21971 AATTTATTAATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAAATTGTAAAAATGAATATGTTTATTGAACAA
1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAAATTTTAAAAATGAATATGTTTATTGAACAA
* * * **
22036 GTTCAAATAATCATAACTATTTAAATAATTATCCATTTCAAATCTTTATGACCTTTTGTTTCATC
65 GTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
22101 ATAAAATAATTGTATCAATTTATATAGGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
129 ATAAAACAATTGT-TTAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
* * *
22152 AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGTAAGAAATTTTAAAAATGAATATGTTTATCGTACAA
1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AGTAAGAAATTTTAAAAATGAATATGTTTATTGAACAA
* * * * *
22217 GTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTTTGACCTTTTGTTTTGTC
65 GTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATT-TTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
22282 ATTAAACAATTGTTTATGTTTATACAAGCTTATTCTAAATAAAATAATATA
129 ATAAAACAATTGTTTA-ATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
* * * * *
22333 AATTTATTAATATTCTAAAAATTACTATGT-AGAAATTTTAAAAAT-AACTATATTTTTTTAGCA
1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GTAAGAAATTTTAAAAATGAA-TATGTTTATTGAACA
** * * * * *
22396 CTTTCAAATAATTGTAACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATAACATTTTGTTTTGT
64 AGTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGT
* * * ** *
22461 CATAAACCAATTGTTTTTATTCATACAAATTTATTCAAAATAAAATAATACT
128 CATAAAACAATTG-TTTAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
* * * * *
22513 AATTTATT-A-A---T---AAGT-A-A--AAG--A-TTTAAAAATAAATCTATTTATTGAGCAAG
1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAAATTTTAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAG
* * * * * * * * * * *
22563 CTCAAATAGTTATGATTGTTTAAACAATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTTTTTTGCCA
66 TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * * *
22628 TAAAATAATTGTTTCTATTCT-TACAAGTTTATTTAGAATAAAATAATACT
130 TAAAACAATTGTTT-AATT-TATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
* ** * * * * * * *** * *
22678 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAGTACGTCGGAGATCTAAAAAATAAATCTGTTGACCAAATAG
1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA-GTAAGAAATTTTAAAAATGAATATGTTTATTGAACAA
* * ** * * * ** *
22743 GTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACAATTATCAATTTCAAA--ACATTACC-TTTGTTTTGTCA
65 GTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
* * * * ** ** *
22805 TAAAATAATTATTT-TTGTTCTTACAAAATTATTCAGGATAAAATAATACT
130 TAAAACAATTGTTTAAT-TT-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
* * * * * * * *
22855 TATTTATTAATATTTTGAAAATT-A-A-TAAGAGA-TTTAAAAACTAAATTTATTTATTGAACCA
1 AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAAATTTTAAAAA-TGAATATGTTTATTGAACAA
* * * * * * * * *
22916 GTTCAAATAGTTATAATTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-ATTATTTTGTC
65 GTTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGACCTTTTGTTTTGTC
*
22980 A-AAAACAATTGATTT--TTTCATAAAAGCTTATT
129 ATAAAACAATTG-TTTAATTT-ATACAAGCTTATT
23012 TGGATTAAGA
Statistics
Matches: 672, Mismatches: 154, Indels: 75
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 121 0.18
166 4 0.01
167 1 0.00
168 2 0.00
170 2 0.00
172 9 0.01
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175 14 0.02
176 18 0.03
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179 3 0.00
180 127 0.19
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGTAAGAAATTTTAAAAATGAATATGTTTATTGAACAAG
TTCAAATAATTATAACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTAATTTATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACA
Found at i:23368 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 23067--23754 Score: 451
Period size: 179 Copynumber: 3.9 Consensus size: 179
23057 TTGAACCAGT
* ** *
23067 TCAAATAGTTAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGTCAT
1 TCAAATAGATAAGACTATTTGAATAATTATCTATTGAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGCCAT
* * ***
23132 AAAATAATTATTTCAGCTCATACAAACTTATTTGGAATAAAATAATACTTATTTATTAACA-TTC
66 AAAACAATTATTTCAACTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTATTAACATTTC
23196 AAAAAATTGATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTATGTTTACCAAACAAGC
131 -AAAAATTGATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTATGTTTACCAAACAAGC
* ** *
23246 TCAAATAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATTGAAAATTGTTTTAA-CTATTTGTTTTGCCA
1 TCAAATAGATAAGACTATTTGAATAATTATCTATTGAAAATCATTTTAACCT-TTTGTTTAGCCA
* * *
23310 TAAAACAATTGTTTCAATTCATA-AAATCTTATTCAAAATAAAATAATAC-TACTTTATTAATAT
65 TAAAACAATTATTTCAACTCATACAAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTTA-TTTATTAACAT
* ** * * * * *** * *
23373 TTCAAAAATTGTTATTCAAGATATTTAAAAAACTAAAGCTATTTTTGAAACTAGT
128 TTCAAAAATTGATAAGCAAGAGATTTAAAAAAAT-TA--TGTTTACCAAACAAGC
* * * * * * * ** * * *
23428 TCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAATATCAATCT-TAAATCATTACGATCATTTT-TTT-GTC
1 TCAAATAGATAAGACTATTTGAATAATTATCTAT-TGAAAATCATT-TTAACCTTTTGTTTAGCC
* * * * * *
23490 ATAAAA-AATTGTTTCTAA-TCATACAAGCTTATTC-GAATAAACATAATACTAATTTAATAAGA
64 ATAAAACAATTATTTC-AACTCATACAAACTTATTCAAAATAAA-ATAATACTTATTTATTAACA
** * * * ** ** *
23552 TTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCAAATTAGT
127 TTTCAAAAATTGATAAGCAAGAGATTT-AAAAA-AATTATGTTTACCAAACAAGC
* * * * *
23603 TCAAAT-GATTAAGACTATTAGAATAATTATGTATTTG-AAATCATTGTAACTTTTTGTTTAGTC
1 TCAAATAGA-TAAGACTATTTGAATAATTATCTA-TTGAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGCC
* ** * * * * *
23666 ATAAAATAA-TATTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-TAGA-AAAATAAATACTAATATATTAACA
64 ATAAAACAATTA-TTTCAACTCATACAAACTTATTCAAAATAAAAT-AATACTTATTTATTAACA
* *
23728 TTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT
127 TTTCAAAAATTGATAAGCAAGAGATTT
23755 GATAAAATAA
Statistics
Matches: 398, Mismatches: 81, Indels: 59
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
174 7 0.02
175 49 0.12
176 45 0.11
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178 8 0.02
179 136 0.34
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183 5 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
TCAAATAGATAAGACTATTTGAATAATTATCTATTGAAAATCATTTTAACCTTTTGTTTAGCCAT
AAAACAATTATTTCAACTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTTATTTATTAACATTTC
AAAAATTGATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATTATGTTTACCAAACAAGC
Found at i:23834 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 23651--23956 Score: 406
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 166
23641 AATCATTGTA
* * * ** *
23651 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAATAA-TATTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TTAGA-AAAATAAAT
1 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTA-TTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAAT-AAT
* *
23713 ACTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGATAAAATAAATCTA-TTTACCG
64 ACTAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATC-AGTTTACCG
23777 AA-TAGGTTTAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATCT
128 AATTA-GTTTAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATCT
* *
23816 ACTTTTTGTTTGGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGTTTATCAAAAATAAAATAATAC
1 ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAATAC
* * * * *
23881 TACTTTATTAATATTTAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACTGAAT
66 TAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACCGAAT
23946 TAGTTTAAATT
131 TAGTTTAAATT
23957 ATGGCCATTT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 9
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
165 41 0.34
166 73 0.60
167 7 0.06
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (166 bp):
ACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTATTTCAATTCATAAAAGCTTATCAAAAATAAAATAATAC
TAATATATTAACATTTAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATCAGTTTACCGAAT
TAGTTTAAATTGTTATGATTATTTGAACAATTATCT
Found at i:24450 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 24142--24772 Score: 640
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 179
24132 TTTAAGAATT
* * * * *
24142 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TATGTTTATCGAATCAAATCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
* * * ** *
24206 AATTATCTATTTCAAATTGCTATAATCTTTTATTCTACCATAAAATAATTACTTTTGCTCATACA
66 AATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGCTCATACA
* * *
24271 AATTTATTCAGAATAACATAATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTCATA
129 AGTTTATTCAGAATAA-ATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
24323 ACTAAGAGATCTAAAAAATAAATTC-GTTT-GCAAATCAATTCAAATAGTTA-AGATTATATGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATA-ACTATTTGAA
*
24385 CAATTATCTATTTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAACTCATA
65 CAATTATCTA-TTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTT-GCTCATA
* *
24450 CAAGCTTATTCAGAATAGAATGAA-ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTTATA
127 CAAGTTTATTCAGAATA-AAT-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
* * * * * *
24504 AGTAAGAGATTTAGAAGAT-AATTCTATTTACCGAA-CTAGTTCAAATAATTATAACTATGTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCAAATC-AATTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
** * * *
24567 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATTA-CTTTTGGGTTTGTTATAAAACAATTATTTTTGTTTATA
65 CAATTATCTATTTCAAATTGTTA-TACCTTTT-ATTTTGTCATAAAACAATTA-TTTTGCTCATA
* * * *
24631 TAAGTTTGTTCAAAAT-AA-AATACTAATTTATTAATA-TTTACAAAATTAATC
127 CAAGTTTATTCAGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATA
* * *
24682 AGTAAGAGATTTAAAAAGTAAA-TCTATTTACCAAATC-ATTCCAAATAGTTTTGACTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCAAATCAATT-CAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * *
24745 TAATTATCTATTACAAATCGTTATACCT
65 CAATTATCTATTTCAAATTGTTATACCT
24773 ATTTGTTTGC
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 55, Indels: 41
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 10 0.03
178 91 0.24
179 6 0.02
180 50 0.13
181 176 0.47
182 42 0.11
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCTATTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
AATTATCTATTTCAAATTGTTATACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTGCTCATACAAG
TTTATTCAGAATAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
Found at i:25487 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 24968--27801 Score: 820
Period size: 181 Copynumber: 15.8 Consensus size: 180
24958 TTCTTTGGAT
* * * * * *
24968 TAAAATAATACAAATTTAATAATATTTGAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAA-ATATC
* * * * ** ** ** * * * *
25031 TCTTTACCGAACCAATTC-ACATGGTTAAAACTATTAAAATAATTATCTATTTCAAATCGTTCTA
65 TATTTACC-AAACAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
25095 ACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAA
129 ACCTTTTGTTT-GTCATAAAGTAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATT-AAAA
* * * *
25149 TAAATTAATATTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAACAAG--AAAGATATTTTAAAAAAATAAA
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGAT-TTTTAAAAAAAT--A
* * * ** * * * * *
25211 TCTATTTACCACACAAGTCTAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTGTTTAAAATCATTAC
63 TCTATTTACCAAACAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTAT
* *
25276 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATATGAAA
128 GACCTTTTG-TTTGTCATAAAGTAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAT-TAAAA
* * *
25331 TAAAATAACACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAAAT-TTT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAAATATCT
** *
25395 GA-TTACCAAATTAGT-TAAAATAATTATGGCTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATG
66 -ATTTACCAAACAAGTCT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
25458 ACCTTTTGTATTGTTATAAAGTAATTGTTTT--TTATCTCAAAAACTTATTCAAAA
129 ACCTTTTGT-TTGTCATAAAGTAATTGTTTTAGTTA-AT-ACAAGCTTATT-AAAA
* * * * *
25512 TAAAATTATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAAT-AAA-ATATTTAAAAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAA-ATATC
* * * * * * * * * *
25575 TGTTTATCAAACCAGT-TCGAATAGTTATAACTATTTGAATAATTAT-TAATCTCAAATTGTTAT
65 TATTTACCAAACAAGTCT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCT-ATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * * * ***
25638 GATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATCGTTTCTA-ATCATAGAAGTTTATTAGGT
128 GACCTTTTG-TTTGTCATAAAGTAATTGTTT-TAGTTAATACAAGCTTATTAAAA
* * * * *
25691 TAAAAATAAAACTAATTTAATAATA-CT-AAAATTATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAA
1 T-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA--ATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAA-AT
* * * * * * * * ** * * * * *
25752 ATGTGTTTGTCGAACCTA-TTTAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTT
62 ATCTATTT-ACCAAACAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTT
* * * * * * * *
25816 CTAACCTTTAGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATACAAGCTTATTCGAAA
126 ATGACCTTTTGTTT-GTCATAAAGTAATTGTTTTAGT-TAATACAAGCTTATT-AAAA
* * * * * ** * * * * *
25873 TAAAAAAATCCCAATATATTAACATTAAAAAAATCAATAGGCAAGAGA-TTTGAAAAAAATAAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAAAT--AT
* * ** * * *
25937 CTATTTACCGAACAA-ACTCAAATTCTTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTAAAATTGTTA
64 CTATTTACCAAACAAGTCT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATAATC-TATTTCAAATCGTTA
* * * ** * * *
26000 TGACC-TCTGTTTTGTTATAAA-AATATTGTTGCAGTTCATAAAAGCTTATGCAAAA
127 TGACCTTTTG-TTTGTCATAAAGTA-ATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTAT-TAAAA
* * * *
26055 -AACAA-AATACTAATTTAATAATATTTTAAAAATTAATAAGCAAGAGA--TTTAAAAAAATAAA
1 TAA-AATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAAAT--A
* * * * * ** * * * *
26116 TCTGTTTTTTCGAATA-AATTC-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTATATTTAAAACCAT
63 TC--TATTTACCAA-ACAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGT
* * ** * * *
26179 TGTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTTGAAA
125 TATGACCTTTT-GTTTGTCATAAAGTAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTA-TTAAAA
* * *
26237 TAAAATAATAATAATTTTTTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT----GA--TTT-AAAAAGTGAAT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAAAT--AT
* * ** * * * * * * *
26294 CTGTTTACTAAATTAGT-TCAAATAATTGTGGCCATTTCAACAATTATATAATTCAAATCGTTAT
64 CTATTTACCAAACAAGTCT-AAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTAT
* ** * * * *
26358 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TGTTTTCA--TCACACAAGCCTATTTAGAA
128 GACCTTTTG-TTTGTCATAAAGTAATTGTTTT-AGTTAATACAAGCTTA-TTAAAA
* ** *
26411 TAAAATAATACTAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAGTAGGAGA--TTTAAAACATAA-CT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-A-AATAT
* * * * * * * ** *
26473 CTGTTTATCGAAC----C------AGT-T-CCTATTTGAAGAATTACGTATTTCAAATCGTTATA
64 CTATTTACCAAACAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * * *
26526 ACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATTAAGAA
129 ACCTTTTGTT-TGTCATAAAGTAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTAA-AA
* * * ** * * * *
26580 TAAAATAATACTAAGTTAATACTATTTTGAAAATTAATAAAT-AAAGAATTTAAAAAATAAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAA-AATATC
* *** * * * ** ** * * * * *
26644 TGTTGTATTGAGC--GT-TCAAACAGTTAAAAACTACATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTG
65 TATT-TACCAAACAAGTCT-AAATAATT-ATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
26706 TGAACCTTTT-TTT-TCATAACAATAA---TTTCAGTTCATACAAGTTTATTCAAAA
127 TG-ACCTTTTGTTTGTCATAA-AGTAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATT-AAAA
* * * * *
26758 TAAAAAAATA-TAAATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GA--CTTAAAAAATAAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAA-ATATC
* * ** * * * * * * *
26816 TGTTTACTAAATCATTTC-AAATAATTACGGCCATTTTAATAATTATCGATTTCAAATCGTTATT
65 TATTTACCAAA-CAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTA-T
* * * * * *
26880 GACGTTTTGTTTGGTCACATAA-CAA-TGTTTTTA-ATCATTCAATGCTTTATTTGAAAA
128 GACCTTTTGTTT-GTCATA-AAGTAATTG-TTTTAGTTAATACAA-GC-TTA-TT-AAAA
* * *
26937 TAAAATAATTACTAA-TTATTAATCTTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAAT
1 TAAAATAA-TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAA-ATAT
* * * * *
26999 CTATTTACCAAACTAGATC-AAATAGTTATAACTATTTGAATAATAGAACAATTGTATACTTCAA
64 CTATTTACCAAACAAG-TCTAAATAATTATGACTATTTGAACAAT-----AA-TCTAT--TTCAA
* * * * * * * ** **
27063 ATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATTAAA-CAGTT-ATTTATGTTCGTACAAGCTTATTTGGAA
120 ATCGTTATGACCTTTTGTT-TGTCA-TAAAGTAATTGTTTTA-GTTAATACAAGCTTA-TTAAAA
** * * ** *
27126 TAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTACGAGA--ATTAAAATTAAAT-T
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA--AAATAT
* *** * * * * * * *
27188 -TGTTTGTTGAACCAATTC-AAATATTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAAAT-ATTA
64 CTATTT-ACCAAACAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTC-AAATCGTTA
* ** * * * **
27250 TGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATT-TTTTCAATTCATACTAGCTTATTCGGAA
127 TGACCTTTT-GTTTGTCATAAAGTAATTGTTTT-AGTTAATACAAGCTTATT-AAAA
* * * ** *
27306 TAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAAG-AAGTGA-TTTGAAAAAAATAATT
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAAAT-A-T
* * * * * *
27369 TTGTTTACCTAACCAATTC-AAATAATTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTCCAAAT-GTTA
64 CTATTTACC-AAACAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTT-CAAATCGTTA
** * * * * * **
27432 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTTT-GTTCATATAAGTTTGTTTGGAA
127 TGACCTTTTG-TTTGTCATAAAGTAATTG-TTTTAGTTAATACAAGCTT-ATTAAAA
* * *
27488 TAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGA--TTTAAAAAATAAATC
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAA-ATATC
* ** * * * *
27547 TATTTATCAAACCTGT-TCAAATAATTATGACTATTTG-ACAAATTATTTATATCAAATCATTAT
65 TATTTACCAAACAAGTCT-AAATAATTATGACTATTTGAAC-AATAATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * ** * * * * ** *
27610 AACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAAGCTTATTTGGAT
128 GACCTTTTGTT-TGTCATAAAGTAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTA-TTAAAA
*
27665 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAA-A-TTTTAAAATAAATA--
1 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAA-AAATATC
* ** * ** * * *
27726 TGTTTACTGAACTAAATC-AAATAACCATGACTATTCGAATAATTATCTATTTCAAATCAG-TAT
65 TATTTACCAAAC-AAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATC-GTTAT
27789 GACC-TTTGTTTGT
128 GACCTTTTGTTTGT
27802 AGAAAAGAAT
Statistics
Matches: 2026, Mismatches: 455, Indels: 348
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 45 0.02
168 13 0.01
169 55 0.03
170 12 0.01
171 11 0.01
172 46 0.02
173 11 0.01
174 43 0.02
175 36 0.02
176 81 0.04
177 155 0.08
178 66 0.03
179 106 0.05
180 277 0.14
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182 375 0.19
183 103 0.05
184 61 0.03
185 6 0.00
188 32 0.02
189 50 0.02
190 14 0.01
191 20 0.01
192 20 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTTAAAAAAATATCT
ATTTACCAAACAAGTCTAAATAATTATGACTATTTGAACAATAATCTATTTCAAATCGTTATGAC
CTTTTGTTTGTCATAAAGTAATTGTTTTAGTTAATACAAGCTTATTAAAA
Found at i:27632 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 26492--27782 Score: 678
Period size: 182 Copynumber: 7.2 Consensus size: 177
26482 GAACCAGTTC
* * * * *
26492 CTATTTGAAGAATTA-CGTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTCTATTATAAAATAATTGTTT
1 CTATTTGAACAATTATC-TATATCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAA-TGTTT
* ** * * **
26556 -TAGTTCATAAAAGCTTATTAAGAATAAAATAATACTAAGT-TAATACTATTTTGAAAATTAATA
63 ATA-TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAA-TCTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *** * * * * *
26619 AATAAAGAATTTAAAAAATAAAATCTGTTGTA-TTGAGC-GTTCAAACAGTTAAAAA
126 AGT-AAG-ATTTAAAAAAT-AAATCTATT-TACCAAACCAATTCAAATAATT-ATAA
** * * * * * *
26674 CTACATGAATAATTATCTATTTTAAATCATTGTGAACCTTTT-TT-T-TCATAACAATAAT-TTC
1 CTATTTGAACAATTATCTATATCAAAT-ATTAT-AACCTTTTGTTCTATCATAA-AACAATGTTT
* * * *** *
26735 A-GTTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAAAAATA-TAAAT-TATTAATATTTCAAAAATTAATAA
63 ATATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACT-AATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * ***
26797 GT--GACTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATCATTTCAAATAATTACGG
127 GTAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAA
* * * * * * * * * * *
26846 CCATTTTAATAATTATCGATTTCAAATCGTTATTGACGTTTTGTT-TGGTCACATAACAATGTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATATCAAAT-ATTA-TAACCTTTTGTTCT-ATCATAAAACAATGTTT
* * * *
26910 TTAATCAT-TCAATGCTTTATTTGAAAATAAAATAATTACTAAT-TATTAATCTTTCAAAAATTA
63 ATATTCATAT-AA-GC-TTATTTG-GAATAAAATAA-TACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTA
* *
26973 ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACTAGA-TCAAATAGTTATAA
123 ATAAGT-A-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCA-ATTCAAATAATTATAA
* * * * * *
27030 CTATTTGAATAATAGAACAATTGTATACTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATTATTAAACA
1 CTATTTGAACAAT-----TA-TCTATA--TCAAA-TATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACA
* * * * * * *
27095 GTTATTTATGTTCGTACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAAACTAATAATATTTCAAAAAT
57 -ATGTTTATATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * **** *
27160 TAATAACTACGAGAATT-AAAATTAAATTTGTTTGTTGAACCAATTCAAATATTTA-AGA
121 TAATAAGTA--AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATA-A
* * * * * * *
27218 CTATATGAACAATTATCTATTTCAAAATATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAT-TTTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATATC-AAATATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATGTTTAT
* * * * *
27282 CAATTCATACT-AGCTTATTCGGAATAAAATAAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAACAA
65 --ATTCATA-TAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * *
27346 G-AAGTGATTTGAAAAAAATAATTTTGTTTACCTAACCAATTCAAATAATTATAA
127 GTAA--GATTT--AAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAA
* * * * *
27400 CTATTTGAACAATTATCTATTTCCAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCTTT
1 CTATTTGAACAATTATCTATAT-CAAATATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAAC-AATG-TTT
* * * *
27465 -TGTTCATATAAGTTTGTTTGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-
63 ATATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** *
27528 T-AGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACCTGTTCAAATAATTATGA
128 TAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAA
* * *
27577 CTATTTG-ACAAATTATTTATATCAAATCATTATAACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTT
1 CTATTTGAAC-AATTATCTATATCAAAT-ATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAA-TGTTT
* * *
27641 CA-ATTCATATAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAA
63 -ATATTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * ** * * ** *
27705 GTAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTACTGAACTAAATCAAATAACCATGA
127 GT-AAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAA
* * *
27756 CTATTCGAATAATTATCTATTTCAAAT
1 CTATTTGAACAATTATCTATATCAAAT
27783 CAGTATGACC
Statistics
Matches: 860, Mismatches: 184, Indels: 133
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 2 0.00
172 42 0.05
173 23 0.03
174 6 0.01
175 6 0.01
176 18 0.02
177 155 0.18
178 38 0.04
179 73 0.08
180 118 0.14
181 12 0.01
182 165 0.19
183 15 0.02
184 47 0.05
185 3 0.00
187 2 0.00
188 46 0.05
189 40 0.05
190 10 0.01
191 18 0.02
192 20 0.02
193 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (177 bp):
CTATTTGAACAATTATCTATATCAAATATTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATGTTTATA
TTCATATAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACCAATTCAAATAATTATAA
Done.