Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168183.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_420, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27497
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Found at i:802 original size:169 final size:172
Alignment explanation
Indices: 27--843 Score: 445
Period size: 172 Copynumber: 4.9 Consensus size: 172
17 TATGAATTGC
* **
27 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAT-AT----TTTGAAATAGATAATTGTTCATA-TGGT
1 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAG-
* * * * * * *
85 CATAACTATTTGAACTATTTGGCAAATAAATTT-TATTTTAAACTTTTTATTAATTATTAATTTT
65 CATAACTATTTGAA-T-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCTCTTACTTATT-ATTTT
* * *
149 AAGAA-TATT-TTATATTAGTA-T-TTTTATTTTGAATAAG-CTTTATGA
124 -AGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGA
* * * * *
194 ACTGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTTATAATAATTTG-AAT-TATAAAT-TT-AAA
1 A---AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * * *
254 -TAGTATAACTATTTAAACTTGTTGGTAAA-AGATTT-TTTTTCAAATCT-TTACTTATTATTTT
61 CAAGCATAACTATTTGAA-TT-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-TTT
* * * * *
315 TTGAAATATTAATAAATT--TATTATTTTA-TTTAAAAAAGCTTGTATATG-
123 TAGAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TT-TTTATGA
* * * * * * *
363 AAAA-AA-TATTTTATGACTAAATAAAAGGT-AAAATGATTTGAAATAGAT-A-T-TT--AA-AT
1 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAA
* * * *
419 GCAT-ACTATTTAAATTGACTCGGTAAATAGA-TTA--TTTTAAATATCTT-C--ATTAATTTTA
64 GCATAACTATTTGAATT---TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTA
* *
477 GAA-TATT-ATAAATTAGTATTA---T-TTTT-AACTAAG-CTCTATGA
125 GAAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGTTTTTATGA
* * * * * *
518 TTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAA
1 --AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAA
* *
583 TCATAACTATTTGAATTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G-A
64 GCATAACTATTTGAATTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-ATTTTAGAA
646 -TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGA
128 GTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGA
*
690 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAA-T
1 AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAAC-ATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAACA
* * *
753 GGCATAA-TATTT-AACTTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATTATTTTAGT
63 AGCATAACTATTTGAA-TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTAG-
815 AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
126 AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
844 CTAAGCTTGT
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 68, Indels: 129
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
154 5 0.01
156 2 0.00
157 10 0.02
158 21 0.04
159 23 0.04
160 16 0.03
161 5 0.01
162 29 0.06
163 21 0.04
164 27 0.05
165 40 0.08
166 17 0.03
167 41 0.08
168 26 0.05
169 36 0.07
170 54 0.10
171 46 0.09
172 77 0.15
173 5 0.01
174 2 0.00
175 5 0.01
176 3 0.01
177 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (172 bp):
AAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAGC
ATAACTATTTGAATTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTATTTTAGAAGTA
TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATGA
Found at i:881 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 31--1055 Score: 469
Period size: 169 Copynumber: 6.1 Consensus size: 168
21 AATTGCAAAA
* **
31 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAT-AT----TTTGAAATAGATAATTGTTCATA-TGGTCATAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAG-CATAA
* * * * * * *
90 CTATTTGAACTATTTGGCAAATAAATTT-TATTTTAAACTTTTTATTAATTATTAATTTTAAGAA
65 CTATTTGAA-T-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCTCTTACTTATTAATTTT-AGAA
* * * * * *
154 TATT-TTATATTAGTATT-TTTATTTTGAATAAGCTTTATGAACTGAAAT
124 TATTAATAAATTAGTATTATTT-TATT--CTAAGCTTTAT-TA-TGAAAC
* * * * * * *
202 AATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTTATAATAATTTG-AAT-TATAAAT-TT-AAA-TAGTATA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAGCATA
* * * * * *
261 ACTATTTAAACTTGTTGGTAAA-AGATTT-TTTTTCAAATCT-TTACTTATTATTTTTTGAAATA
64 ACTATTTGAA-TT-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AATA
323 TTAATAAATT--TATTATTTTATT-TAAAAAAGCTTGTA-TATGAAA-
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT----AAGCTT-TATTATGAAAC
* * * * * * * *
366 AAATATTTTATGACTAAATAAAAGGT-AAAATGATTTGAAATAGAT-A-T-TT--AA-ATGCAT-
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAGCATA
* * * *
423 ACTATTTAAATTGACTCGGTAAATAGA-TTA--TTTTAAATATCTT-C--ATTAATTTTAGAATA
64 ACTATTTGAATT---TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATA
* * * *
482 TT-ATAAATTAGTATTATTTT-TAACTAAGCTCTATGATTCAAAC
126 TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAGCTTTATTA-TGAAAC
* * * * *
525 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCTTAACATTTGAGATTGATAATTGTTCAAACAATCATAAC
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAGCATAAC
*
590 TATTTGAATTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G-ATATTAAT
66 TATTTGAATTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAAT
* *
653 AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTT-TTATGAAAAAT
131 AAATTAGTATTATTTTA--TT--CTAAGCTTTATTATG--AAAC
**
695 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAA-TGGCAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-TCATAAC-ATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAACAAGCAT
* *
758 AA-TATTT-AACTTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTAAGT
63 AACTATTTGAA-TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAG-AA-T
819 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAGCTTGTATTACTGAAAC
125 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAGCTT-TATTA-TGAAAC
* ** * * * * *
865 AATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAG--AATTGTTCAAA-TAGTAAT
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAA-CATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAG-CAT
* * * * * *
926 AACTATTTGAACTT-GTTTGAAACACA--T-TTTTTT--ATATCTT-CTTATTAATTTTTGAATG
63 AACTATTTGAATTTCG-GT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATA
*
984 TTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAACTGAAAC
126 TTAATAAATTAGTATT-ATTTTATTC----TAAGCTT-TATTA-TGAAAC
* *
1034 AATTTTTTTATGACTAAACAAA
1 AATTGTTTTATGACAAAACAAA
1056 TGGTCAAAAC
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 95, Indels: 162
0.73 0.10 0.17
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.00
157 6 0.01
158 23 0.03
159 28 0.04
160 19 0.03
161 5 0.01
162 29 0.04
163 22 0.03
164 46 0.07
165 60 0.09
166 29 0.04
167 58 0.09
168 38 0.06
169 89 0.13
170 86 0.13
171 51 0.08
172 69 0.10
173 5 0.01
174 2 0.00
175 5 0.01
176 3 0.00
177 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (168 bp):
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAATCATAACATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAAGCATAAC
TATTTGAATTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAGAATATTAAT
AAATTAGTATTATTTTATTCTAAGCTTTATTATGAAAC
Found at i:908 original size:169 final size:168
Alignment explanation
Indices: 27--1288 Score: 458
Period size: 169 Copynumber: 7.5 Consensus size: 168
17 TATGAATTGC
*
27 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAA-T-AT-----TTTGAAATAGATAAT-TGTTCATATG
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAATG
* * * * * * *
83 GTCATAACTATTTGAACTATTTGGCAAATAAATTT-TATTTTAAACTTTTTATTAATTATTAATT
65 G-CATAACTATTTGAA-T-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA---TCTCTTACTTATTAATT
* * *
147 TTAAGAATATT-TTATATTAGTA-T-TTTTATTTTGAATAAG-CTTTATG
124 TT--G-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT-AATAAGTTTTTATG
* * * * *
193 AACTGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTTATAATAATTTG-AAT-TATAA-ATTT-AA
1 -A---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTTCAA
* * * * * * *
253 ATAGTATAACTATTTAAACTTGTTGGTAAA-AGATTT-TTTTTCAAATCT-TTACTTATTATTTT
62 ATGGCATAACTATTTGAA-TT-TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA-ATT
* *
315 TTGAAATATTAATAAATT--TATTATTTTATTTAAAAAAGCTTGTATATG
124 TTG--ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AATAAG-TT-TTTATG
* * * * * **
363 AAAA-AA-TATTTTATGACTAAATAAAAGGT-AAAATGATTTGAAATAG---ATATTT-AAAT-G
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTTCAAATGG
* * * *
420 CAT-ACTATTTAAATTGACTCGGTAAATAGA-TTA--TTTTAAATATCTT-C--ATTAATTTTAG
66 CATAACTATTTGAATT---TCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G
* *
478 AATATT-ATAAATTAGTATTA--TT-TTTAACTAAG-CTCTATG
127 -ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAA-TAAGTTTTTATG
* * * *
517 ATTCAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TCTTAAC-ATTTGAGATTGATAAT-TGTTCAA
1 A---AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAA
*** *
579 ACAATCATAACTATTTGAATTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
62 A-TGGCATAACTATTTGAATTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
644 GATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTTATG
126 GATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT-AATAAGTTTTTATG
*
689 AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTTCAAATG
1 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTTCAAATG
* *
754 GCATAA-TATTT-AACTTTC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGT
65 GCATAACTATTTGAA-TTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-G-
*
815 AAGTATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TT-CTAAGCTTGTATTACTG
127 -A-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAATAAG-TT-T-TTA-TG
* ** * * **
861 -AAACAATTGTTTTGTGACAAATTAAAAGGTTATAATGATTT-AAATAG--AAT-TGTTCAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAT-TTCAAAT-
** * * * *
921 GTAATAACTATTTGAACTT-GTTTGAAACACA--T-TTTTTT--ATATCTT-CTTATTAATTTTT
64 GGCATAACTATTTGAATTTCG-GT-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTT
* *
979 GAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAACTG
126 G-ATATTAATAAATTAGTATT-ATTTTATT-T-AATAAG-TT-T-TTA-TG
* * ** * * * *
1030 -AAACAATTTTTTTATGACTAAACAAATGGTCAAAACGATTTTCAAATAGATAACTATTCTAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-AATTTGAAATAGATAA-TATT-TCA-A
* * * * *
1094 AT--CTTAACCATTTAAAACTAATTCGATAAACAAATTTA-TTTTTAAA--TATT-CTTATTAAT
62 ATGGCATAACTATTT-GAA-T--TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * ** ** *
1153 TTTGAAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCATGTATG
123 TTTG--ATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTAT-TTAATAAGTTTTTATG
* * * *
1203 AATAAAACATTGTTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATAA-AGATTTGAAAATAGATAATCA-TTC
1 AA-AACA-ATTG-TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA-ATTTG-AAATAGATAAT-ATTTC
* * *
1266 ACATAGTCTTAACTATTTGAATT
60 AAAT-GGCATAACTATTTGAATT
1289 GGTTCAGTAA
Statistics
Matches: 851, Mismatches: 125, Indels: 232
0.70 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
154 6 0.01
156 2 0.00
157 9 0.01
158 21 0.02
159 28 0.03
160 11 0.01
161 6 0.01
162 32 0.04
163 18 0.02
164 48 0.06
165 53 0.06
166 21 0.02
167 55 0.06
168 45 0.05
169 96 0.11
170 95 0.11
171 60 0.07
172 76 0.09
173 19 0.02
174 10 0.01
175 16 0.02
176 22 0.03
177 61 0.07
178 40 0.05
180 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (168 bp):
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATATTTCAAATGG
CATAACTATTTGAATTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTAATAAGTTTTTATG
Found at i:1386 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1157--1495 Score: 407
Period size: 181 Copynumber: 1.9 Consensus size: 181
1147 ATTAATTTTG
* *
1157 AAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCATGTATGAATA-AAAC-ATTGTTTTT
1 AAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTG-TCTG
* * * **
1220 ATGATAAAAGAAAAGGTCATAAAGATTTGAAAATAGATAATCATTCACATAGT-CTTAACTATTT
65 ATGACAAAAGAAAAAGTCATAAAGATTTG-AAATAGATAATCATTCAAATAGTCCAAAACTATTT
* * * *
1284 GAATTGGTTCAGTAATTAGATTTATTTTTAATTTTTTTGACTATTAAGTTTCA
129 AAAATGGTTCAGTAAATAGATTTACTTTTAATTTTTTTGACTATTAAGTTTCA
* * * ** * * *
1337 AAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAAGTA-GTATGAATAGGACCAATTGTCTG
1 AAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAAT-AAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTCTG
* * * *
1401 ATGACAAAATAAAAAGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCCAAAACTATTTA
65 ATGACAAAAGAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCCAAAACTATTTA
*
1466 AAATGGTTTAGTAAATAGATTTACTTTTAA
130 AAATGGTTCAGTAAATAGATTTACTTTTAA
1496 ATCTCATTAA
Statistics
Matches: 131, Mismatches: 24, Indels: 7
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 60 0.46
181 67 0.51
182 4 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AAATATTATTAAATTAGAATTACTTTAATCAGAATAAGCATGTATGAATAGAAACAATTGTCTGA
TGACAAAAGAAAAAGTCATAAAGATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCCAAAACTATTTAA
AATGGTTCAGTAAATAGATTTACTTTTAATTTTTTTGACTATTAAGTTTCA
Found at i:1940 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1917--1957 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
1907 TTCAAATCTC
1917 TTATT-AATTTTTTGAATT
1 TTATTAAATTTTTT-AATT
*
1935 TTATTAAATTTTTTTATT
1 TTATTAAATTTTTTAATT
1953 TTATT
1 TTATT
1958 CTGAATAAGC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
18 13 0.62
19 8 0.38
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.02, T:0.71
Consensus pattern (18 bp):
TTATTAAATTTTTTAATT
Found at i:2953 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 2212--7091 Score: 3544
Period size: 181 Copynumber: 27.3 Consensus size: 182
2202 AACATGCTTT
* * * * * * * ***
2212 TTAATTATTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTATTTCGGATAA-TTTTTAATGAATTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGT-ATGAACAAAAA
* * * * * *
2276 CAATTATTTTATGTCAAAATAAAAGGTC-TAACAACTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATACTCA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
2339 -AATCTATTTGAACTTGTTCGGT-GA-ATAGA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTCA
129 TAA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * **
2390 TTAAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATAAATTAAAA
1 TT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * * * * *
2454 TAATTATTTT-TGGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACATAAAATTATTCTAATAGTCT
65 CAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
2518 TAACTATTAGAACTAGTTTGGCAAAC---A-TT-TTTTTT-AATCTCTTACTTT
129 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
2566 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGTTTGTATGAA-AAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAA
* ** * * * * * * * *
2630 CAATTGTTTTACGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTCTTTACATAGTCAA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
2694 AACTATTTAAAC-TGTTTCTGT-AACA-AATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTA
130 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * ** * *
2741 TTAATTTTCAAAATATTAATATATCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * * *
2806 AATTGTTTTATTAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
2871 ACTTTTTGAACTTGTTTGGTGAACATATTTTA-TTTTTAAATCTCCTACCTA
131 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * *
2922 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
2987 AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACTA-TTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGGTATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--TC
* ** *
3050 ATAACTATTTAAACTTACTCAGT-AA-ATAGATTTATTTTTTAAA-----T-CTTA
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
3098 TTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCGAATACGCTTGTATGAATAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * *
3163 AATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTCTTTAAATAGTCGTA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
3228 ACTA-TTGAACATGTTCAG-AAA-ATAGATTTA-TTTTTATAAT-TTTTTCTTA
131 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-ATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTA
* * *
3277 TTAATTTTTTGGAATATTAA-AAATTAATATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * *
3340 -AATT-ATTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAATCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * * * **
3402 AACAATTCAAACTTGTTCAGTAAATA-AATTCATTTTTTAAATCTCTTGCCCA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * *** *
3454 TTAAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGATA
1 TT-AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
** * * *
3519 CAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
3584 GACTATTTGAACTTTTTAGGTAAACAT-ATTTGTTTTTTGAATCTCTTACTTA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *** *
3636 TTAATTGTTGAAATATTGATAAATTAATATTACTCTAATCCAAATAAGCTTCTATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * *
3701 ---TATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCCAAATAGTTA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCA
* * * * * *
3762 TAACTATTGGAATTTATTCGGT--A-ATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTA
129 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
3814 TTAAGTGTTTG-AATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAACA-AA
* * * * * *
3877 AA-AATTATTTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTCGCTCAAATAG
63 AACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAG
* * * * * * *
3941 TCATAACTATTTGAATTTAATTCGATAAACA-GATTCA-GTTTTAAATCTTTTTACTTA
126 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTA
* ** ** *** *
3998 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAAATTAAATTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAA
* * * * *
4063 CAATTGCTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAA
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
4128 AATTATTTGCA-TTGGTC---AAGCCAATGAATTCATTTTTTAAGTC-CATTACTTA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAA-AC-AT-AATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
** * * * * *
4180 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAACATTACTTTATTCTGAATAAGATTGTATCAATAGAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAA
* * * * *
4244 A-AATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTT
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
4307 ATAACTAATTAAAC-TGATTTGGTAAA-TTAATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTA
128 ATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * *
4357 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAAGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * *
4422 ATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
66 AATTGTTTTA-TGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
4486 TCACTAATTGAA-TTGGTTTGGCAAACA-AATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTA
129 TAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
4539 TTAA-TTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * *
4603 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * *
4668 AACTATTTGAACTAGTTCAATAAACA-GATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * *
4720 ATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATGATGA-AAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA--ACAAAA
* * * * *
4784 ACAAATG---T-T--CATAAC---A----AT------TTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGCCA
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * ** *
4830 TAATTATTTAAACTAGTTCGATAAAT-TGATTTATTTTTTCAATCTCCAACTTC
129 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * **
4883 TTAATTTTTGAAATGTTAATAAACTAATATTATTTCATTTTGGATATA-CTTTTATGAACTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA-AGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * * *
4947 TAATTATGTTATTATAAAACAAAATGTCACAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
5012 AACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACA-AATTTATTTTTTAAACTTTTTTGCTTA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAA-TCTCTTACTTA
* * **
5065 TTAATTTTTTG--A-A-T-A-AAA-TAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCATGTATGAACTGAAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * *
5123 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
5188 GACTATTTGAA-TTAGTTCGGCAAACAT-ATTTATTTTTTAAA--AC-T-CTTA
130 AACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * * *** * * * *
5236 TTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATATGCTTGTATGAATAGAAGC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * *
5300 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCAAAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
5364 ACTATTTGAAC-TGGTC--TACTAA-ATAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTA
131 ACTATTTGAACTTGTTCGGTA--AACATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
5415 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAGCTAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* *
5480 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTCA-
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
5543 AATCTATTTG---TTCTTCAGTAAACA-AATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTGA
130 AA-CTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
5594 TTAATTTTTCAAATGTTAATAAGTTAGTATTACTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * * *
5659 AATTGTTTTATGCCTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * *
5724 ATTATTTGAA-TTAGTTTGACAAACA-CATTTATTATTTTAAATCTTTTACTTA
131 ACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATAATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
5776 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAA-AAA
* * * * *
5840 CAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTAT
65 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
5904 AACAATTTGAAATGTTTTC-TTGAACA-GATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTA
130 AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * ** **
5952 TTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA--TT-T-TGAATGACTA-
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
** * * * * *
6012 GTTTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATGATGATTTCAAATAGATAATTTTTCAAACA-TACAT
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CAT
* * * *
6075 GACTATTTGAACTTGTTCAGT-AA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
130 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
6127 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAACTTATATGAACAAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * * **
6191 ACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAACCA
64 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
6256 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAACGA-AA-TTATTTTTTAAATCTCTTAATTA
129 TAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-ATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *** * * *
6309 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA--CAAA
* * * *
6373 AA-AATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTC
63 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
6437 TTAACTATTTAAACTGGTTCGGCAAA-AAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
128 ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
6491 TTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * * * * *
6556 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCAAA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
6621 ACTATTT-AAATTGATTTGGTAAGCA-AATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCA
131 ACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
6673 TTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATTAAACTTGTATG-ATAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * ** * * *
6737 AATTGTTATATGACCAAACAAAAGCTAATAATGATTTGAAATAGATAATTACTGAAATGGCCATA
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
6802 ATTATTTGAGCTGGTTCGGTAAACAT-ATTCACTTTTTAAGTCAT-TTACTTA
131 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTA
** *** *
6853 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGATAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
6918 AAATGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-A
66 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
6982 ACTATTTAAATTTATTTGGTAAACA-AATTTATTGTTTAAAACTCTTCCTTA
131 ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
7033 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAC
7092 CGAAATTTTC
Statistics
Matches: 3714, Mismatches: 782, Indels: 410
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
161 1 0.00
162 6 0.00
163 114 0.03
165 1 0.00
166 1 0.00
168 4 0.00
169 3 0.00
170 17 0.00
171 78 0.02
172 8 0.00
173 14 0.00
174 36 0.01
175 275 0.07
176 469 0.13
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180 270 0.07
181 739 0.20
182 739 0.20
183 73 0.02
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185 13 0.00
186 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
Found at i:3629 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 2212--8207 Score: 3543
Period size: 182 Copynumber: 33.7 Consensus size: 182
2202 AACATGCTTT
* * * * ** * * *
2212 TTAATTATTGAAATATTAATAAAGT-AGTATTTTTTTATTTCGGATAA-TTTTTAATGAATTGAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAA
* * * * * *
2275 ACAATTATTTTATGTCAAAATAAAAGGTC-TAACAACTTT-AAATAAATAATTGTTCAAATACTC
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
2338 A-AATCTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAGA-TT-TTTTTTAAATCTCTTACTCA
129 ATAA-CTATTTGAACTTTTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
2390 TTAAATTTTT-GAATGTTAATAAATT-AGTATTACTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATAAATTA-
1 TT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAA-TAG
* * * * * * * * * *
2451 AAATAATTATTTT-TGGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAACATAAAATTATTCTAATAG
63 AAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
2515 TCTTAACTATTAGAACTAGTTT-GG-CAA-ACA-TT-TTTTTT-AATCTCTTACTTT
127 TCATAACTATTTGAACT-TTTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
2566 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATT-AGTATTATTTTA-ATCTAAATAAGTTTGTATGAAAAGAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * * * * * * *
2629 ACAATTGTTTTACGATGAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTCTTTACATAGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * ** *
2693 AAACTATTTAAACTGTTTCTGTAACA-A-ATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTA
130 TAACTATTTGAACTTTTTAGGTAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*** * * ** ** * * *
2741 TTAATTTTCAAAATATTAATATA-TCAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAACAAAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
2805 TAATTGTTTTATTAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACAT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
2870 GACTTTTTGAACTTGTTT-GGTGAACATA-TTTTA-TTTTTAAATCTCCTACCTA
131 AACTATTTGAACTT-TTTAGGT-AA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*** * * ** *
2922 TTAATTTTCAAAATATTAATAAAAT-AGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * *
2986 CAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGATCATAACTA-TTGAAA-AAATAATTGTTCAAATAGGTAT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-G--T
* * * *
3049 AATAACTATTTAAACTTACTCA-GTAAATAGATTTATTTTTTAAA-----T-CTTA
128 CATAACTATTTGAACTT-TTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
3098 TTAATTTTTGGAATATTAATAAACT-AGTATTATTTTATTTCGAATACGCTTGTATGAATAGAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
3162 CAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATACATAATTCTTTAAATAGTCGT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *
3227 AACTA-TTGAACATGTTCA-GAAAATAGATTTA-TTTTTATAAT-TTTTTCTTA
131 AACTATTTGAAC-TTTTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTA-AATCTCTTACTTA
** *
3277 TTAATTTTTTGGAATATTAA-AAATTAA-TATTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTATGAACA-AA
1 TTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
3339 A-AATT-ATTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGATTTGAAATAGAAAATTATTCAAATAATCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** * * * * **
3401 TAACAATTCAAACTTGTTCA-GTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCTTGCCCA
130 TAACTATTTGAACTT-TTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
3454 TTAAATTTTTGGAATATTAATAAA-TAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATGAATTGAT
1 TT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
** * * *
3518 ACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
3583 TGACTATTTGAACTTTTTAGGTAAACATATTTGTTTTTTGAATCTCTTACTTA
130 TAACTATTTGAACTTTTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * * * *
3636 TTAATTGTTGAAATATTGATAAATTAA-TATTACTCTAATCCAAATAAGCTTCTATG-A-ACAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * *
3698 -AACTATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCCAAATAGTT
66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTC
* * * * *
3761 ATAACTATTGGAA-TTTATTCGGT-AATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTA
129 ATAACTATTTGAACTTT-TTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
3814 TTAAGTGTTT-GAATATTAATAAATT-TGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
1 TTAA-TTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
3877 AAAATTATTTTATGAACAAAACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTCGCTCAAATAGT
65 ACAATTGTTTTATG-ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGT
* * * * * *
3942 CATAACTATTTGAA-TTTAATTCGATAAACAGATTCA-GTTTTAAATCTTTTTACTTA
128 CATAACTATTTGAACTTT--TTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC-TCTTACTTA
* ** * * *
3998 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA-AATTAAATTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAACAGAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAG-AA
* * * *
4062 ACAATTGCTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * ** * *
4127 AAATTATTTGCA-TTGGTCAAGCCAAT-GAATTCATTTTTTAAGTC-CATTACTTA
130 TAACTATTTGAACTT-TTTAGGTAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
* * * * * *
4180 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAA-CATTACTTTA-TTCTGAATAAGATTGTATCAATAGAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * *
4243 AAAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTT
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * *
4307 ATAACTAATTAAACTGATTT-GGTAAATTA-ATTTATTTTTTAAA--T-AT-CTTA
129 ATAACTATTTGAACT-TTTTAGGTAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * * *
4357 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA-TATTATTTTA-TTAAGAACAAACTTATATGAACAAAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCA-AATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
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* * * * * * * *
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128 CATAACTATTTGAACTT--TTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*** * * * * * *
4539 TTAATTTTCATAATATTATTAGATT-AGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAA
1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * *
4602 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCA
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * ** *
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* * * * *** *
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* * * * * * * *
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* * * * * * *
5010 CTAACTATTTGAA-TTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTTTTGCTTA
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* *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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66 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * *
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131 AACTATTTGAACT-TTTTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *** * * *
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1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAA
* *
5478 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTC
65 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * *
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129 ATAA-CTATTTGAACTT-TTTAGGTAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * *
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1 TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * * * * * *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * ** * * *
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*** *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* ** ** ** * * * * *
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** ** * ** * * * *
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* * ** * ** *
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* * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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** * * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
4256 GACAAAACAAATA-GTCATAACAATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTAAA
255 GACAAAACAAA-AGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
4320 CTGATTTGGTAAATTA-ATTTATTTTTTAAATAT-CTTA
319 CT-ATTCGGTAAA-CAGATTTATTTTTTAAATTTACTTA
* * * * *
4357 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAAGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
4422 ATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
66 A-TTGTTTTA-TGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * *
4486 TCACTAATTGAA-TTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAT
128 TAACTATTTGAACTTGG-TCAGCAAATAAATTCATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * *
4550 AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGTTTGTATGAACATAAATAATTGTTTTAT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTAT
*
4615 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
255 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** *
4680 TAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCA
320 TA-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T--TACTTA
* * * * *
4720 ATAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCCGAATAGGC-T-TAT----------
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * * * *
4773 A-TG----ATGAAAAAACAAATGTTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATTGCCATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * ** * * ** *
4833 TTATTTAAACTAGTTC-GATAAATTGATTTATTTTTTCAATCTCCAACTTCTTAATTTTT-GAAA
131 CTATTTGAACTTGGTCAG-CAAATAAATTCATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * * * * * * *
4896 TGTTAATAAACTAATATTATTTCATTTTGGATATA-CTTTTATGAACT-GAAATAATTATGTTAT
193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATA-AGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
4959 TATAAAACAAAATGTCACAACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCCTAACTATTTGAAT
255 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* * * *
5024 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAACTTTTTTGCTTA
319 CTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA----TTTACTTA
* * * **
5065 TTAATTTTTTG--A-A-T-A-AAA-TAGTATTATTTTATTTAGAATAAGCATGTATGAACTGAAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * *
5123 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTT
65 C-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
5188 GACTATTTGAA-TTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAA-AC-T-CTTATTAA-TTTTAGAA
129 AACTATTTGAACTT-GGTCAGCAAATAAATTCATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* ** * * *** * **
5248 TATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATATGCTTGTATGAATAGAAGCAATTGTTTTATGA
193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA
* * * ** * *
5313 CAAAAC-AAAGATCAAAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
257 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* ** * * *
5377 GTCTACTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTA
322 TTC-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAA---TTTACTTA
* * * ** * * * * *
5415 TTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAGCTAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* *
5480 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTCA-
66 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
** * * * * *
5543 AATCTATTTG---TTCTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTGCTGATTAATTTTTCA
129 AA-CTATTTGAACTTGGTCAGCAAATAAATTCA-TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTT-A
* * * * *
5605 -AATGTTAATAAGTTAGTATTACTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTGTTTT
190 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTT
* * * * ** * * * *
5668 ATGCCTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATTGATAATTGTTCTAATAGTCTTAATTATTTGA
253 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** *
5733 ATTAGTTTGACAAACACATTTATTATTTTAAATCTTTTACTTA
318 ACTA-TTCGGTAAACAGATTTATT-TTTTAAA---TTTACTTA
* * * *
5776 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTTTTAATCTA-AATAAGCTTGTATGAA-AAGAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTGTATGAACAA-AA
* * * * *
5839 ACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTA
64 AC-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * ** * * * * * * *
5903 TAACAATTTGAAATGTTTTCTTG--AACAGATTTAGTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTCAA
128 TAACTATTTGAACT-TGGTC-AGCAAATAAATTCATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAG
* * ** **
5963 AATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA--TT-T-TGAAT-GACTAGTTTGTTTTAT
191 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTAT
* * ** * * * *
6023 G-CAAAACAAAAGGTCATGATGATTTCAAATAGATAATTTTTCAAACA-TACATGACTATTTGAA
255 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGAA
* * * *
6086 CTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTA
319 C-TATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T--TACTTA
* * * * *
6127 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAACTTATATGAACAAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAA-TAAGCTTGTATGAACAAAA
* * * * **
6191 ACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAACCA
64 ACA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * *
6256 TAATTATTTGAAC-TGGTTAGGTAAACGAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-
128 TAACTATTTGAACTTGGTCA-GCAAA-TAAATTCATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTA
* ** * * *
6318 GAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTGTT
190 G-AATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAG-AAAAAATTGTT
* * * * *
6382 TTATGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAACTATTT
251 TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * * * *
6447 AAACTGGTTCGGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
316 GAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-TTACTTA
* * * * ** *
6491 TTAGTTTTTGGAATATTATTAGATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAAT
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-
* * * * * * * * * *
6556 AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAACGATTTCAAGTATACAATTGTTTAAATAGTCAAA
65 CATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** * ** * * *
6621 ACTATTT-AAATTGATTTGGTAAGCAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAA
130 ACTATTTGAACTTG-GTCAGCAAATAAATTCA-TTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAGA
* * * *
6685 AGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGATTAAACTTGTATG-ATA-AAAACAATTGTTATAT
192 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTAT
* * * ** ** * * * * *
6748 GACCAAACAAAAGCTAATAATGATTTGAAATAGATAATTACTGAAATGGCCATAATTATTTGAGC
255 GACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * *
6813 TGGTTCGGTAAACATATTCACTTTTTAAGTCATTTACTTA
320 T-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAA---ATTTACTTA
** * ** *** *
6853 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATTGATAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
* * * * *
6918 AAATGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-A
66 -ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * ** ** * * * * * *
6982 ACTATTTAAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTCTTCCTTATTAATTTTT-GAAA
130 ACTATTTGAACTTGGTCAGCAAATAAATTCATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * * **
7046 TATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACCG---AAA----TTT-T--
193 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGA
**
7101 C-AAAC-AAAGG-T-TAATGATTT--AA-A-A-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT-AACT-
257 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
* * * *
7155 TGCTTGATAAACATATTTATTTTTTTGAAATCTTTTGCTTA
322 T--TCGGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAA---TTTACTTA
** *** * *
7196 TTAATTTTTTG-AA-GCTAATAAATTTGGATTATTTTATTCTAG-ATAAGCTTGTAAGATATGAA
1 TTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTGTATGA-A-CAA
* * * * *
7258 ACAA-A-TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGT
62 A-AACATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
** * * * * *
7321 TTTAACTATTTGAACTAGTTC-GACAAACACAGTT-ATGTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTTT
126 CATAACTATTTGAACTTGGTCAG-CAAATA-AATTCATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTT
* **** * **
7381 -GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTAACCAAATAAGCTTCTAAT-ACCA-AAAACAATTGT
189 AG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTGAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAAA-AATTGT
* * *
7443 TTTATGACAAAAC-AAAGATCT-TAAAAATTT-AAGATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
250 TTTATGACAAAACAAAAGGT-TATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
7505 TTTGAACTGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-CTTA
313 TTTGAACT-ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTACTTA
* *
7548 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGATA-AAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCAGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAA
* * * * * *
7611 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATGGCCA
64 A-CATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * **
7676 TAATTATTTTAAC-TGATTCGGTAAACATATTTATTTTTAAAAATTTTTTACTTATTAA--TTTA
128 TAACTATTTGAACTTG-GTCAGCAAATAAATTCATTTTT-TAAA-TCCTTACTTATTAATTTTTA
** * * * * * * *
7738 GGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAGCTAGTATTACTTGAAACAATTATTT
190 -G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTT
* * * * *
7803 TATGACAAATCAAAAGGTTATAACAATTCT-AAATAGACAATTGTTCACATAGTAATAACCATTT
252 TATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
* * *
7867 GAATTTATTCGGTAAACAGATTTATTTCTTAAATCTCTTTCTTA
316 GAA-CTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--T-TTACTTA
* * * * *
7911 TTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTA-AATAAGCATGTATGAACTAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTC-AGAATAAGCTTGTATGAACAAAAA
* * * * * * * *
7974 CAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCTAATAGTCTT
65 C-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
8039 AACCATTTGAAC-TGATTCA--ATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTT-
129 AACTATTTGAACTTG-GTCAGCA-AAT-AAATTCATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * * * * *
8100 GAAATATTATTAAGTTATTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTACGCACA-TAATAATTGTTTT
190 G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTT
* * ** * * **
8164 TTCACAAAACAATGGGTCACAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
253 ATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
8208 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 4409, Mismatches: 942, Indels: 576
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
339 66 0.01
340 13 0.00
341 22 0.00
342 113 0.03
343 47 0.01
344 210 0.05
345 23 0.01
346 9 0.00
347 11 0.00
348 2 0.00
349 14 0.00
350 81 0.02
351 249 0.06
352 192 0.04
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355 89 0.02
356 223 0.05
357 398 0.09
358 208 0.05
359 535 0.12
360 308 0.07
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364 214 0.05
365 58 0.01
366 123 0.03
367 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (355 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAGAATAAGCTTGTATGAACAAAAAC
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTTGGTCAGCAAATAAATTCATTTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAGAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAA
ACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTCG
GTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTACTTA
Found at i:6617 original size:897 final size:888
Alignment explanation
Indices: 2566--8144 Score: 3055
Period size: 897 Copynumber: 6.3 Consensus size: 888
2556 CTCTTACTTT
* ** * * * ** * *
2566 TTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGTTTGTATGAAAAGAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAATTATATG--AACAAA-
* ** * * * * * * * *
2631 AATTGTTTTACGATGAAATAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTCTTTACATAGTCAAAA
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * **
2696 CTATTTAAACTGTTTCTG-T-AACAAATTTAGTTTTTAAATC--TT--TTATTAATTTTCAAAAT
128 CTATTTGAACTGGTT-AGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
* * * ** * * *
2755 ATTAATATATCAGTATTATTTTATT-TTGAATAATTTTGCATGAA--CAAAAATAATTGTTTTAT
192 ATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAG-ATAAGCTTGTATAAATTGAAAAA-AATTGTTTTAT
* * * ** * * * * *
2817 TAAAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATGACTTTTTGAAC
254 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATTT-AAC
* * ** * * ** ** * *
2882 TTGTTTGGTGAACATATTT-TATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAA
317 TAGTTCGGCAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAGTTATT-ATTTTTGAAATATT-ATTAAT
* * * * * * *
2946 TAGTATTATTTTGTTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAAC-AAAA
379 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* ** * ** * * * ** **
3010 GATCATAACTATTGAA--AAAATAATTGTTCAAATAGGTATAATAACTATTTAAACTTACTCAGT
444 G-TTATAAAGATTTAAGTATGATAATTGTTTAAATA-G--TCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGT
* * * *
3073 AAATAGATTTATTTTTTAAA----T-CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTT
504 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
** * * *
3133 TATTTCGAATACGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-A
569 TATTTCGAATAAACTTGTATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAAGATCATAA-TGA
* * * * * * * * * * *
3197 TTTGAAATACATAATTCTTTAAATAGTCGTAACTA-TTGAACAT-GTTCAGAAAATAGATTTATT
630 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACAATTTGAA-ATGGTTCGGTAAACAGATTCACT
** * * *** * *
3260 TTTATAATTTTTTCTTATTAATTTTTTGGAATATTAA-AAATTAATATTATTTTATT-TGGAATA
694 TTT-TAACATCTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATA
* * * * *
3323 AGCTTGTATGAA--CA-AAAAAT-TATTTATGACAAAAC-AAATGTCATAACGATTTGAAATAGA
756 A-CTTGTATGAATTGATACAAATGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGA
* * * * * * * * * * *
3383 AAATTATTCAAATAATCATAACAATTCAAACTTGTTCAGTAAATAAATTCATTTTTTAAATCTCT
819 TAATTGTTCAAACAGTCA-AACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTC-
* *
3448 TGCC-CA
882 TACCTTA
* * * * ** *
3454 TTAAATTTTTGGAATATTAATAAATAAGTATTATTTTATT-TCAA-ATAAGCCTATATGAATTGA
1 TT-AATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACA-AA-ATTATATGAA--CA
* ** * * * * *
3517 TACAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTT
61 -AAAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* ** * * * * * * *
3582 ATGACTATTTGAACTTTTTAGGTAAACATATTTGTTTTTTGAATCTCTTACTTATTAATTGTTGA
124 ATAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGA
* * * * * * * * *
3647 AATATTGATAAATTAATATTACTCTAATCCAAATAAGC-T-TCT--A-TGAACAAAAACTATTTT
189 AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTATAAATTGAA-AAAAATTGTTTT
* * *
3707 ATGACAAAAC-AAAGAGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCCAAATAGT-TATAACTATT
252 ATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-C-AATAGTCT-TAACTATT
* * * * * * * * * *
3770 GGAATTTA-TTCGG-TAATAGAGTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAGTGTTTG-AATATTA
313 -TAA-CTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-A-TTTTTGAAATATT-
* * * * * *
3832 ATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGAACAA
373 ATTAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAATAATTGTTTTATG-ACAA
* * * * * *
3896 AACAAAAGGTTATAGCA-ATTTGAAATA-GGTAATTCGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT-
436 AACAAAAAGTTATA-AAGATTT-AAGTATGATAATT-GTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTG
* * * * *
3958 TAATTCGATAAACAGATTCA-GTTTTAAATCTTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
498 T--TT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC--TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
** ** * * * * * *
4022 TAAAATTAAATTATTCCAAATAAGCTTGTAGGAACAGAAAACAATTGCTTTGTGACAAAACAAAA
558 TAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-A-AAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA
* * * * * ** * * * **
4087 GGTCATAATGATTTGAAATAGATATTTGTTCAAATAGTCAAAATTATTTGCATTGG-TCAAGCCA
619 GATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACAATTTGAAATGGTTC-GGTAA
* * * * ** *
4151 A-TGAATTCATTTTTTAAGTCCAT-TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTACT
683 ACAG-ATTCACTTTTTAA---CATCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
4214 TTATTCTGAATAAGATTGTATCAATAGA-AAAAATTGTTTTATGACAAAACAAATA-GTCATAAC
744 TTATTCTAAATAA-CTTGTATGAATTGATACAAA-TGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAAC
** * ** * * * ** **
4277 AATTAGAAATAAATAATTGTTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTGATTTGGTAAATTAATTTAT
806 AATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCA-AACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTAT
* *
4342 T-TTTTAAA---TATCTTA
870 TGTTTAAAACTCTACCTTA
* * * ** *
4357 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAAGAACAAACTTATATGAACAAAAAC
1 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAATTATATGAAC-AAAA-
** * * * * *
4422 ATTTGTTTTACT-ACAAAACAAAAAGGTCATAACCATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGCCT
64 A-TTGTTTTA-TGACAAAAC--AAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * ** * * * *
4486 TCACTAATTGAATTGGTTTGGCAAACAAATTTACTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAA-TTTTCA
125 TAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTGCTTATTAATTTTTGA
* * * *
4549 TAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGTTTGTATGAACA-T--AAATAATTGT
189 -AATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAG-ATAAGCTTGTAT-AA-ATTGAAAAAAATTGT
* * *
4610 TTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
249 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAACTATT
*** * * * * *
4675 TGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCAATAATTTTTGAAATATTAAT
313 T-AACTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGT-TATTATTTTTGAAATATT-AT
* * *** * * * * *
4740 AAATTAGTACTATTTTATTCCGAATAGGCTTATATGATGA-AAAAACAAATG---T-T--CATAA
375 TAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGA--ACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * * *
4798 C---AA-TT-T---GA---AA-TA-AATAATTGTTCAAATTGCCATAATTATTTAAACTAGTTCG
438 CAAAAAGTTATAAAGATTTAAGTATGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTG
* *** * ** * * * *
4850 ATAAATTGATTTATTTTTTCAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATGTTAATAAACTAATATTA
502 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * * ** * *
4915 TTTCATTTTGGATATACTTTTATGAACTGAAATAATTATGTTATTAT-A-AAACAAAATG-TCAC
566 TTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-AAAAACAA-T-TGTT-TTATGACAAA-AAAA-GATCAT
* * * * * * *
4977 AACGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCC-TAACTATTTGAATTTGTTCGGTAAACAAAT
625 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CCATAACAATTTGAAATGGTTCGGTAAACAGAT
* * * * * * *
5041 TTATTTTTTAAACTTTTTTGCTTATTAATTTT-----T-TGAATAAAATAGTATTATTTTATT-T
689 TCACTTTTT-AAC--ATCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * * *
5099 AGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACGATTTGAA
751 A-AATAA-CTTGTATGAATTGATACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAA
* * ** * * * * *
5164 ATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTGACTATTTGAA-TTAGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAA
814 ATAGATAATTGTTCAAACAGTC-AAACTATTTAAACTTA-TTCAGTAAACAAATTTATTGTTTAA
5228 AA--CT--CTTA
877 AACTCTACCTTA
* ** ** * * * ** * *** * *
5236 TTAATTTTAG-AATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCCAAATATGCTTGTATGAATAGAAGC
1 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAATTATATGAACA-AA--
* * * *
5300 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCAAAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *
5365 CTATTTGAACTGGTCTA-CTAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
128 CTATTTGAACTGGT-TAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAAT
* * * * * * * ** *
5429 ATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAGCT-AAAACAATTGTTTTATGA
192 ATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTATGA
* * *
5493 CAAAACAAAAGGTCATAACAACTTT-AAATAGATAATTGTTCAAATACTC-AAATCTATTT--GT
256 CAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTTGAAATAGATAATTGTTC-AATAGTCTTAA-CTATTTAACT
** * * * * * *
5554 TCTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTT-GCTGATTAATTTTTCAAATGTTAATAAGT
318 AGTTCGGCAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTAG-TTATT-ATTTTTGAAATATTATTAA-T
* * * * *
5618 TAGTATTACTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAATAATTGTTTTATGCCTAAACAAAAG
379 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * **
5683 GTCA-AAATGATTTGAAAT-TGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAATTATTTGAATTAGTTTGACA
444 GTTATAAA-GATTT-AAGTATGATAATTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAATT-GTTTGGTA
* * *
5745 AACACATTTATTATTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTGTT
505 AACAAATTTATT-TTTTAAATC-TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
5810 TTA-ATCTAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAGATCATAACGA
568 TTATTTC-GAATAAACTTGTATGAAAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGATCATAATGA
* ** * * * * *
5874 TTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACAATTTGAAATGTTTTC-TTGAACAGATTTAGT
630 TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACAATTTGAAATG-GTTCGGTAAACAGATTCACT
*
5938 TTTTAA-ATCT-CTTATTAATTTTCAAAATATTAATATATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-T
694 TTTTAACATCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAACT
*** * **
6000 T-T-TGAA-TGACTA-GTTTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATGATGATTTCAAATAGATAAT
759 TGTATGAATTGA-TACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAAT
* * * * * * * *
6060 TTTTCAAACA-TACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTAC
823 TGTTCAAACAGT-CA-AACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACT-CTAC
6124 C-TA
885 CTTA
*
6127 TTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAACTTATATGAACAAAA
1 TTAATTTTTGA-AATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAA-TTATATGAAC-AAA
** * **
6191 ACATTTGTTTTATGACAAAACAGAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAATAACCA
63 A-A-TTGTTTTATGACAAAACA-AAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * **
6256 TAATTATTTGAACTGGTTAGGTAAAC-GAAATTATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA
125 TAACTATTTGAACTGGTTAGATAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGA
* * * *
6320 AATATTAATAAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTA
189 AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTA
* *
6385 TGTCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGGTCATATAGTCTTAACTATTTAAA
253 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA-ATAGTCTTAACTATTT-AA
* * *
6450 CTGGTTCGGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTGGAATATTATTAGAT
316 CTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTA-TTTTTGAAATATTATTA-AT
* * * *
6515 TAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
379 TAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * * * *
6580 GTTATAACGATTTCAAGTAT-ACAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTAAATTGATTTGGTAAG
444 GTTATAAAGATTT-AAGTATGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTG-TTTGGTAAA
* * *
6644 CAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTT
507 CAAATTTA-TTTTTTAAATCT-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * *
6709 ATTTCGATTAAACTTGTATGATAAAAACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGCTAATAATGATTT
570 ATTTCGAATAAACTTGTATGAAAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAGATCATAATGATTT
* * * ** ** *
6774 GAAATAGATAATTACTGAAATGGCCATAATTATTTGAGCTGGTTCGGTAAACATATTCACTTTTT
633 GAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACAATTTGAAATGGTTCGGTAAACAGATTCACTTTTT
* * *
6839 AAGTCATTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTT
698 AA--CATCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-CTT
* * *
6904 GTATGAATTGATACAAATGTTTTATGACCAAAGAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTG
760 GTATGAATTGATACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTG
* * ** *
6969 TTCAAATAGTCAAACTATTTAAATTTATTTGGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTCTTCCTTA
825 TTCAAACAGTCAAACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTCTACCTTA
* * * * * **
7033 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGATTTTATGAACCGAAA-
1 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAATTATATGAACAAAAAT
7097 ---TTT-T--C-AAACAAAGGT--TAATGA-TTT-AA-A-A-AATTGTTCAAATAGTCATAACTA
66 TGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *
7148 TTT-AACTTGCTT-GATAAACATATTTATTTTTTTGAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTTG-AA-
131 TTTGAAC-TGGTTAGATAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTGCTTATTAA-TTTTTGAAAT
** * * *
7209 GCTAATAAATT-TGGATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTA-AGATATGAAACAAA-TATTTTAT
192 ATTAATAAATTAT--ATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTATAAAT-TGAAAAAAATTGTTTTAT
* * * * *
7271 GACTAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCCAATAGTTTTAACTATTTGAAC
254 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAATAGTCTTAACTATTT-AAC
* * * *
7336 TAGTTCGACAAACACAGTTATGTTTTAAATCTCTTA-TTA--ATTTTTGAAATATTATTAAATTA
317 TAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATTTTTGAAATATTATT-AATTA
*** * * * *
7398 GTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTCTAAT-ACCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA
381 GTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTGT-ATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* * *
7461 -TCT-TAAAAATTTAAG-ATTGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAA
444 GT-TATAAAGATTTAAGTA-TGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTGGTAA
* *
7523 ATAGATTTATTTTTTAAATC--T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
506 ACAAATTTATTTTTTAAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
*
7585 TTTCGAATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAA-ATGTCATAATGATT
571 TTTCGAATAAACTTGTATGA-AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGA--TCATAATGATT
* * * ** * * * * *
7649 TGAAATCGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTGATTCGGTAAACATATTTA-TTTT
632 TGAAATAGATAATTATTCAAATAGCCATAACAATTTGAAATGGTTCGGTAAACAGATTCACTTTT
* * *** * **
7713 TAAAAATTTTTTACTTATTAATTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCATCTAAG
697 T-AACA---TCTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-
* * * * * * * * *
7778 CTAGTATTACTTGAAACAATTATTTTATGACAAATCAAAAGGTTATAACAA-TTCTAAATAGACA
757 CTTGTATGAATTGATACAAATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTC-AAATAGATA
* * * * * * * * * *
7842 ATTGTTCACATAGTAATAACCATTTGAATTTATTCGGTAAACAGATTTATT-TCTTAAATCTCTT
821 ATTGTTCAAACAGTCA-AACTATTTAAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTGT-TTAAAACTCTA
*
7906 TCTTA
884 CCTTA
* * * * * * *
7911 TTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCA-TGTATGAACTAAAA
1 TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAA-AATTATATGAAC--AAA
* * * * * * * *
7974 CAATTATTTTTTGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCTAATAGTCTT
63 -AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
8039 AACCATTTGAACTGATTCA-ATAATCAAATTTATTTTTTAGATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
126 AACTATTTGAACTGGTT-AGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAA
* * *
8103 ATATTATTAAGTTATTATTATTTTAATCT-GAATAAGCTTGTA
190 ATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAG-ATAAGCTTGTA
8145 CGCACATAAT
Statistics
Matches: 3672, Mismatches: 744, Indels: 542
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
872 1 0.00
873 29 0.01
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875 76 0.02
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878 110 0.03
879 137 0.04
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881 70 0.02
882 6 0.00
883 1 0.00
884 78 0.02
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909 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (888 bp):
TTAATTTTTGAAATATTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCTGAACAAAATTATATGAACAAAAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTGGTTAGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
ATAAATTATATTATTTTATTCTAGATAAGCTTGTATAAATTGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAATAGTCTTAACTATTTAACTAGTTCGGC
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTATTTTTGAAATATTATTAATTAGTATTATTTT
ATTTTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAAAGATT
TAAGTATGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAATTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTT
AAATCTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTG
TATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATAGCCATAACAATTTGAAATGGTTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAACATCTACTTATTAATT
TTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAACTTGTATGAATTGATACAAATGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCAAACTATTTA
AACTTATTCAGTAAACAAATTTATTGTTTAAAACTCTACCTTA
Found at i:8600 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8213--8601 Score: 424
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 181
8203 TTGTTATAAT
* * * * *
8213 AACAATTATTATATGACAAAATAAAAAATAATAACGATTTGAAATATATAGTTGTTCAAATGGCC
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
* *** *
8278 ATAATCATTTGAACTGATTTGGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGA
66 ATAAGCATTTGAACTGATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTGA
* * * *
8343 AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTAA
131 AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTTCGAATAAGCATATATAAACTAA
* * * * * * * **
8394 AACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATATTC
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
* *
8459 ATAAGCATTTGAACTTG-TTCAATAAA-TAAATTTATTTTTTCAAATCTATTGCTTATTAATTTT
66 ATAAGCATTTGAAC-TGATTCAATAAACT-AATTTATTTTTT-AAATCTATTACTTATTAA-CTT
** * * * * *
8522 TTGAATGTTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGCATATATGAATTGA
127 TTGAAAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTTCGAATAAGCATATATAAACTAA
*
8576 AACAATTATTATATGACTAAACAAAA
1 AACAATTATTATATGACAAAACAAAA
8602 GGTCAGAACA
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 36, Indels: 7
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.01
181 82 0.49
182 63 0.38
183 22 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AACAATTATTATATGACAAAACAAAAAATAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCC
ATAAGCATTTGAACTGATTCAATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAACTTTTGA
AAATTAATAAAGTAGCATTATTTTTATTTCGAATAAGCATATATAAACTAA
Found at i:9701 original size:180 final size:182
Alignment explanation
Indices: 8771--10700 Score: 1543
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 182
8761 GCGTATCTAA
* * * * *
8771 AATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * **
8834 TAGTTTA-TCAAATTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAACTCATTAT
65 TTGTTTACT-AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * * * *
8898 GAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTTCA-TCATACAAG-CCTA-TTCG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTCTTATTTAG
* * *
8950 ATATAAAATTTTATAATACTAATTTACTAATATT-TAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAA
1 A-AT-AAA----ATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * *
9014 ATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATT
59 ATAAATTTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATT
* * * * * * * *
9079 ATTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTCTGTTCATACAAGT-TTA-TTCG
124 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAG
* * * * * *
9136 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * * * * ** *
9201 GTATTTGCCAAACCAATTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAGTCATTATT
65 TTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * * *
9266 ACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA--CTTATTCAG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGTCTTATTTAG
* * * * *
9318 AATAAAATAAAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * ** *
9382 TTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATT
65 TTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
** * * * *
9447 ACCTTTTGTTTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT-TTATTT-G
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAG
* * * * * * *
9498 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAAT
1 AA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
9563 TTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTAT-ACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATTGTGATG
65 TTGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* *
9627 ACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTTAG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAG
* * * * *
9679 AATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACG-GATTTAAAAAATGAAT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * *
9743 TTGTTGGAC---A--AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTCTTAT
65 TTGTT-TACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * *
9803 GACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG-CTTATCTAA
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAG
* * * *
9856 AATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
** * * * *
9921 TGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTA-CTATATCAAATTGCTATA
66 TGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* *
9984 ACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTTA-
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTA-TTTAG
* * ** * *
10035 AATAAAATAATTCAAATTTGCTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAA-AAA--
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * *
10096 -GTTTTCT-AAGCACATTCAAATATTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATAGTTATG
66 TGTTTACTAAACCA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* *
10159 ACCTTTTGTTTTGCCATAAAGA-AATTGTTTCTATTCATACAAG-CATATTT-G
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAG
* * * *
10210 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 -AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* ** * * * * * * * *
10275 CTGTTTAC-CGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTGTTTAAAATAGTTAT
65 TTGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
* * * *
10339 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAAGT-TTATTTGG
129 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAG
* * * *
10392 AATAAAA-AATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
* * * * * * * * *
10456 TATTTACTGAA-CAAGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATCGTTATA
66 TGTTTACTAAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
* * * * ** *
10520 ACATTTTCTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTGTTTGTGA-AAAT-TT-TTTAG
130 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGTCTTATTTAG
* * * *
10571 AATAATATAATAATGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAATT
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
*** * * * *
10631 TGTTTA-TGGAAA-TGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCCATCTCAAATCGTTAT
66 TGTTTACT--AAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT
*
10694 GATCTTT
129 GACCTTT
10701 ATCTATGCTT
Statistics
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Consensus pattern (182 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATT
TGTTTACTAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA
CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAG
Found at i:9912 original size:357 final size:361
Alignment explanation
Indices: 8770--10676 Score: 1571
Period size: 357 Copynumber: 5.3 Consensus size: 361
8760 AGCGTATCTA
* * * * *
8770 AAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATT-TCAAAATTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * * * * **
8833 TTAGTTTATCAAA-TTAGTTCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAACTCATTA
65 TTTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTA
* * * * *
8897 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAACTGTTTTTCA-TCATACAAG-CCTA-TTCGATATAAAAT
130 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCT-ATTCATACAAGTCTTATTTAGA-AT-AAA-
* * * * *
8959 TTTATAATACTAATTTACTAATATT-TAAAAAATTAATAAGT-AGGAGATGTAAAAAATAAATCT
191 ---ATAATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGG-GATTTAAAAAATAACTTT
* * * * *
9022 GTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAAC
251 GTTAAC--CAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGAC
* * * * * * * *
9087 CTTTTGTTATGTTATAGAACAATTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCG
313 CTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
9136 AAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATTAATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * * **
9201 GTATTTGCCAAACCAA-TTTAAATAGCTAAGACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAGTCATTAT
66 TTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
* * * * * *
9265 TACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTTAGTTCTTAGTAA--CTTATTCAGAATAAAATA
131 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTCATA-CAAGTCTTATTTAGAATAAAATA
* * *
9327 AAACAAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAGTAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGTTTACC
194 ATACAAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGTTAACC
* *
9391 AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATTACCTTTTG
258 --AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTG
* * * * * *
9455 TTTCATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTTG
319 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * *
9498 AAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * *
9563 TTGTTTACTAAACCAA-TTCAATTAGTTAT-ACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATTGTGAT
66 TTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
* * *
9626 GACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTCTATTCATAC-AGTCTTATTTAGAATAAAGTAAT
131 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * *
9690 GCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATAAGTAACGGATTTAAAAAATGAA-TTTGTTGGA-CA
196 ACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAAT-AACTTTGTT-AACCA
* * * *
9753 -AGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATTTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTA
259 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTA
* * *
9817 TCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATCTA
324 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
9855 AAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * *
9920 TTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTA-CTATATCAAATTGCTAT
66 TTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
* * *
9983 AACTTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTTTTTCTATTCATACAAG-CTTATTTTA-AATAAAATAA
131 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTA-TTTAGAATAAAATAA
* ** * ** * * *
10045 TTCAAATTTGCTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAAAAAGTTT-TCTAAGCA
195 TACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGT-TAACCA
* * * ** *
10108 CA-TTCAAATATTTATGACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTG
259 CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTA
* *
10172 CCATAAAGA-AATTGTTTCTATTCATACAAGCATATTTG
324 TCATAAA-ACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
10210 AAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * * *
10275 CTGTTTACC-GAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTGTTTGTTTAAAATAGTTAT
66 TTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
* * *
10339 GATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAAGT-TTATTTGGAATAAAA-AAT
131 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAGAATAAAATAAT
* * * * * * * *
10402 ACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGT-AGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGA
196 ACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGG-GATTTAAAAAATAACTTTGTTAAC--C
* * * * * * * *
10466 ACAAGTTTAAATAGTTATGTCCATTTGAGCAATTATCTATTTGAAA-TCGTTATAACATTTTCTT
258 AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTC-TTATGACCTTTTGTT
* * * ** * *
10530 TTGTCATTAAACAATTGTTTCTGTTTGTGA-AA-ATT-TTTT
321 TTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-ACAAGCTTATTTG
* * * *
10569 AGAATAATATAATAATGATTTATTAATATTTTAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT-AAAAATAAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
** ** *
10629 TTTGTTTATGGAAA--TGGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTAT
65 TTTGTTTA-CCAAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
10677 CCATCTCAAA
Statistics
Matches: 1247, Mismatches: 249, Indels: 101
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
354 5 0.00
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Consensus pattern (361 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
TTGTTTACCAAACCAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTAT
GACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAGTCTTATTTAGAATAAAATAAT
ACAAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAACTTTGTTAACCACA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTATC
ATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:10652 original size:536 final size:532
Alignment explanation
Indices: 8787--10700 Score: 1664
Period size: 536 Copynumber: 3.6 Consensus size: 532
8777 ATAATATTAC
* * * * * * **
8787 TTATTAATATTTCAAAATTTGATAAGTTA-GAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTATCAAATTAGT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
* * * * * * *
8851 TCAAAAAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAACTCATTATGAAC-TTTTGTTTTGTCA
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCA
* * * * ** *** * * *
8915 TAAAATAACTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTCGATATAAAATTTTATAATACTAATTTACTAA
129 TTAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAATTTTTTAGA-AT-AAA----ATAATAATAATTTACTAA
* * *
8980 TATTTAAAAAATTAATAAGTAGGAGATGTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAG
188 TATTTTAAAAATTAAT-A--A-GAGAT-TTAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAG
* * * * *
9045 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTA-TTATAACCTTTTGTTATGTTATAGAACAA
248 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAAAA
* * * * * * * *
9109 TTATTTCTGTTCATACAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTTTGAAAATT
311 TTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATT
* * * * * * * * * * *
9174 AATAACTAAGAGGTTTAAAAAATAAATGTATTTGCCAAACCAA-TTTAAATAGCTAAGACTATAT
376 AATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CC-GA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTT
* * * * * *
9238 GAACAATTCTTTATTTTAAGTCATTATTACCTTTTGTTTTGTCGTAAAATAATT-TTTTTAGTTC
438 GAACAATTATTTATTTAAAAT-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTA-TTC
* ** * * *
9302 TTAGTAA-CTTATTCAGAATAAAATAAAACAAAT
501 -AAACAAGCTTATTTAGAATAAAA-AATACTAAT
* * * * *
9335 TTATTAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAGG-GATTTAAAAAATAACTTTGTTTACCAAACTAGT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGT-AGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGT
* * * * **
9399 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTCATCAT
65 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCAT
* * * * * * *
9464 AAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTATTT-GAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
130 TAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAATTT-TTTAGAA-TAAAATAATAATAATTTACTAATATTT
** * * *
9528 TGAAAATAAAAAAATAAGAGATTTAAAATATAAATTTGTTTACTAAACCAATTCAATTAGTTAT-
193 T---AA-AAATTAATAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
9592 ACTATTTGAACCATTATTTATTTTAAATTGTGATGACCATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTT
253 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AATTGTTT
* * * *
9657 CTATTCATAC-AGTCTTATTT-AGAATAAAGTAATGCTACTTTATTAACATTCTAAAAATTAATA
317 CTATTCATACAAG-CTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
** * * * * *
9720 AGTAACGGATTTAAAAAATGAATTTG-TT-GGACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAAT
380 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTCCGACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAAT
* * * * * *
9783 TATTTATTTCAAATTCTTATGACCTTTTGTTTTATCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGC
445 TATTTATTT-AAAATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAAGC
* * * *
9848 TTATCTAAAATAAGATAATTCTAAT
509 TTATTTAGAATAA-AAAATACTAAT
* * * *
9873 TTATTAATATTCTAAAAATTATTAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACCGAACAAGTT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
* * * * *
9938 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAAGTA-CTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTCA-T
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATT
* * * * * * *
10001 AAAAAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATTCA-AATTTGCTAATATTC
131 AAACAATTGTTTCTGTTCATACAA-ATT-TTTTAGAATAAAATAA-TAATAATTTACTAATATTT
* * * * *
10064 CAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAA-AAA--AGTTTTCTAAGCAC-A-TTCAAATATTTATG
193 TAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAA--ACTAGTTCAAATAGTTATG
* * *
10124 ACTATTTGATCAACTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAGAAATTGTTT
253 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA-AAATTGTTT
* * * *
10189 CTATTCATACAAGCATATTTGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAG
317 CTATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAG
*
10254 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAAT
382 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-CCGA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAAT
* * * *
10319 TGTTTGTTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAAGT
445 TATTTATTTAAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAAGC
*
10384 TTATTTGGAATAAAAAATACTAAT
509 TTATTTAGAATAAAAAATACTAAT
* * * *
10408 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTT
1 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
* * * * * *
10473 TAAATAGTTATGTCCATTTGAGCAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACATTTTCTTTTGTCATT
66 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATT
** * * *
10538 AAACAATTGTTTCTGTTTGTGA-AAATTTTTTAGAATAATATAATAATGATTTATTAATATTTTA
131 AAACAATTGTTTCTGTTCAT-ACAAATTTTTTAGAATAAAATAATAATAATTTACTAATATTTTA
*
10602 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTA-TGGAAA-TGGTTCAAATAGTTATGACTAT
195 AAAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACT--AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * *
10665 TTAAACAATTATCCATCTCAAATCGTTATGATCTTT
258 TTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTT
10701 ATCTATGCTT
Statistics
Matches: 1102, Mismatches: 214, Indels: 112
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
531 19 0.02
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534 4 0.00
535 113 0.10
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (532 bp):
TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACATTTTGTTTTGTCATT
AAACAATTGTTTCTGTTCATACAAATTTTTTAGAATAAAATAATAATAATTTACTAATATTTTAA
AAATTAATAAGAGATTTAAAAATAAATTTGTTTACTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
AACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAATTGTTTCTATTCATA
CAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
TAAAAAATAAATCTGTTTCCGACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATTTATTTAA
AATATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCAAACAAGCTTATTTAGAATA
AAAAATACTAAT
Found at i:11018 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10994--11023 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
10984 TGACCCAAAT
10994 TCACCATCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
*
11009 TCACCTTCAACACAA
1 TCACCATCAACACAA
11024 GATTTGGATT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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TCACCATCAACACAA
Found at i:11429 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 11395--11429 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
11385 AAAGCATAAG
**
11395 GTGACATTTGATTTTATT
1 GTGACATTTGACATTATT
11413 GTGACATTTGACATTAT
1 GTGACATTTGACATTAT
11430 CTTACAATAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (18 bp):
GTGACATTTGACATTATT
Found at i:11708 original size:199 final size:201
Alignment explanation
Indices: 11257--11989 Score: 580
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11247 TTAATGATGT
* * * * * *
11257 TAATTGTGTCACTAATACTGTGATGATTTATCTTTCATTACT-A-ATA-TA-ATTTTATCATTTA
1 TAATTATGTCACAAATACTATAATGATTTACCTTTCATCACTAACATATTAGATTTTATCATTTA
* * ** * * * * ** * * * **
11318 TTTAGTTATGATTAAATCATTTAATGACCTTTTT-TT-ATATATATCTAATG-AATCTAATGTCA
66 TTTTGTGACAATTATAGCCTTAAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCA
* * * * * * * *
11380 CAAAAAAA-GCATAAGGTGACATTTGATTTTATTGTGACATTTGACATTATCTTACAATAATTTG
131 CAAAAAAACGCATAAGGTGACGTGTAATTTTATTGTCACAATAGACAATATCTTACAATCA-TTG
*
11444 -T-GACAA
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* * * * * ** * ** *
11450 TAATTGTGTCACCAATATTGTGACAATTTATCTTTTGTCACTAATATATTAGATTTTATCATTTA
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*** * * **
11515 TTTTGTGATGGTTATAGCCTTCAATGATGTTTTTCTTCATAAATAACTAACAAAAACTAACATCA
66 TTTTGTGACAATTATAGCCTTAAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCA
* * * * * *
11580 TAAAAAAA-GCATAAGGTGATGTGTAATTTTATTG-CACATTTGACAATATCTTATAATCATTGG
131 CAAAAAAACGCATAAGGTGACGTGTAATTTTATTGTCACAATAGACAATATCTTACAATCATTGA
*
11643 T-GATGA
196 TAG-CGA
* *
11649 TAATTATGTCACAAATTCTATAATGATTTACCTTTCATCA-TAAACATATCAGATTTTATCATTT
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* * * * * * **
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* * *
11778 ACAAAAATTAACGCATAAGGTGACGTTTGATTTTATTGTCACAATAGACATTATCTTACAATCAT
130 ACAAAAA--AACGCATAAGGTGACGTGTAATTTTATTGTCACAATAGACAATATCTTACAATCAT
11843 TGATAGCGA
193 TGATAGCGA
* * * ** * * *
11852 TAATTTTGTCACTAATACTATGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGGTTTTCTCATTT-
1 TAATTATGTCACAAATACTATAATGATTTACCTTTCATCACTAACATATTAGATTTTATCATTTA
* *
11916 TTTTGTGACAAATATAGCCTTAAATGACT-TTTTTTTTCCATAAATAGCTAATGAAAACTAACAT
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TTTTGTGACAATTATAGCCTTAAATGATGTTTTTCTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCA
CAAAAAAACGCATAAGGTGACGTGTAATTTTATTGTCACAATAGACAATATCTTACAATCATTGA
TAGCGA
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* * * **
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* * * * * * * **
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* *** *
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* * ** * ** * *
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1 TTTTTTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCACAAAAAAAGCATAAGGTGACATTTGATTTT
* * * * *
11610 ATTG-CACATTTGACAATATCTTATAATCATTGGTGATGATAATTATGTCACAAATTCTATAATG
66 ATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATT-GTGACGATAATTATGTCACAAATACTATGATG
** * * *
11674 ATTTACCTTTCATCA-TAAACATATCAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTTAA
130 ATTTACCTTTTGTCACT-AATATATTAGATTTTATCATTTATTTTGTGACAATTATAGCCTTAAA
*
11738 CGATGT
194 TGATGT
* * ** *
11744 TTTTGTTT-ATAAATAGTTGATGAAAACTAATGTCACAAAAATTAACGCATAAGGTGACGTTTGA
1 TTTT-TTTCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCACAAAAA--AA-GCATAAGGTGACATTTGA
* * * *
11808 TTTTATTGTCACAATAGACATTATCTTACAATCATTGAT-AGCGATAATTTTGTCACTAATACTA
62 TTTTATTGTCACATTTGACATTATCTTACAATCATTG-TGA-CGATAATTATGTCACAAATACTA
* * *
11872 TGATGATTTACCTTTTGTCACTAATATATTAGGTTTTCTCATTT-TTTTGTGACAAATATAGCCT
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190 TAAATGA-TGT
* *
11946 TTTTTTTCCATAAATAGCTAATGAAAACTAACATCACAAAAAAAAAAACATAAGGTGACATTTTA
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12011 TTTTAT
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ATGT
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12212 AAATAGATTA
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTAT-TTCGA
* * * ** * * ** * *
12459 ATAA-ACTTCTATGATTAGAAACAATT-TTTTACAAAAAAAC-AAAGATTTTAACAATTTGAGAT
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * *
12639 TAAGCTTGTAT-GATCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
66 TAAGATTATATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * ** * *
12703 GATAATTATTCAAATGGCCATAATTATGTT-AACTGATTTGGTAAACATATTT
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* * ** *
12755 ATTTTTTTAA--T-TT-CTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCCA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTT-TGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGA
* * * * * * ** * * * *
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65 -ATAAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * *
12879 AGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACTTGCTCAGCAAACAGATTT
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* * * * *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-GA
* * * * * *
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65 ATAAGATTATAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * ** * *
13063 ATATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAATGATTCAGTAAACAAATTT
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* * *
13116 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AG--TTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCCGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGCATTATTTTATTTCGA
* * * * * * *
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65 ATAAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** **
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* * ** * * *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* * * * * *
13358 TGAA-ATAATATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATA
66 T-AAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
** ** *
13422 GATAATTATTCAAATAGT-AAACACTATTTGAAATTGTTTGGCAAGTAGATTT
130 GATAATTATTCAAATAGTCAAA-ACTATTTG-AATTGTTCAGCAAACAAATTT
* * * * * *
13474 ACTTGTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* * * * ** * *
13539 CAA-ACTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATAATAACGATTTAAAATA
66 TAAGA-TTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** * *
13603 GATAATTGTGC-AAT--T---AACTATTTGAACTCGTTTTGTAAATAGAA-TT
130 GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGTTCAGCAAACA-AATTT
* * * * *** *
13649 ATTTTCTAAATCCCTTACTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* * ** * * * *
13714 TAAGCTTGTATGAGCT-GAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATA
66 TAAGATTATAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * ** * * * **
13778 AATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTGAACTGGATC-GACAAATGAATTT
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* * * ** *
13830 ATTTTTTAAATCT-TATAGTTATTAA-TTTTTAGAATATTACTAAATTATTATTATTTTATTCCG
1 ATTTTTTAAATCTCT-TACTTATTAAGTTTTGA-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCG
* * * ** * * * **
13893 AATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-AATTGTTTTATGATAGAAC-AAAGGTTATAAAAATTTGAAAT
64 AATAAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** ***
13956 AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTAATAAATTGATTT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATT-GTTCAGCAAACAAATTT
* * **
14009 GTTTTTTAAA--T-TT-CTTATTAA-TTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTT-TTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGA
* * * ** * * * * *
14069 AAAAG-CT-TGTACGTTGAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAATGATTTAAAAT
65 ATAAGATTATATAAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * * ** * * **
14132 AGATAGTTATTTAAATGGCCATGATTATTTGAATTGATTC-GATAAACTGATTT
129 AGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTG-TTCAG-CAAACAAATTT
* * * * * * *
14185 ATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * *
14250 TAAGCTTTTATGAACTA-AAAGAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATA
66 TAAGATTATAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * *
14314 GATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTCT-AATAGTCGTAACTATTTG-AACTGATTTGGCAAA
130 GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATT-TGAAT--T-GT-TC-A---GCAA---A-----C-AA
*
14377 CACATT
177 -A-TTT
* * * *
14383 -TATTTTTTAAAC-C-T-CTTATTAA-TTTT-AGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTT-
1 AT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGA-AATATTAATAAATTAGCATTA-TTTTATTTC
* * * * * * * *
14441 GAATAAGCTTGTAT-GATCAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAAAAGAAAGATCATAATGATTTGA
63 GAATAAGATTATATAAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGA
* * * * * * **
14505 GATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAAGTGGTTCAAAAAAC-AATTT
126 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGTTCAGCAAACAAATTT
* * *
14559 CAATTTTTAAATCTCTTGCTTATT--GCTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-
1 -ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAG-TTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCG
* * * *
14621 AGATAAGTTTTTATGAACT-TAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGACTTT-A
64 A-ATAAGATTATAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGA
* * * * * ** *
14684 AACAGATAATTGTTCAAATAGTCAAATCTATTTCAGCTTGTTTGGCAAACATATTT
126 AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGA-ATTGTTCAGCAAACAAATTT
* * * * ** * * * *
14740 ATTTTTTTAAAATGTATTGCTCATTACTTTTTTG-AATGTTAATAAACTAGTATTATTTTATTTT
1 A-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTA-AGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC
* * * * * * * * * *
14804 GAATAAGCTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACAATTTGAA
63 GAATAAGATTATAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * ** * * * * *
14868 ATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTACTTGAACTAGTT-TGACAAATACATTT
127 ATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGTTCAG-CAAACAAATTT
* * * * * * * * * *
14923 ATTTTTTAAATTTCTTACTTACTAACTTTTGGAATATTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * * * *
14988 TAAGCTTGTATGAAA-GGAAACAATT-TTTTTTTACAAAA-TAAAGATCATAAAGATTTGAGATA
66 TAAGATTATAT-AAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * ** * * *
15050 GATAACTGTTCAAATAGTCATAAA-TATTTGAATTGTTTTGGTAAATAGATTT
130 GATAATTATTCAAATAGTCA-AAACTATTTGAATTG-TTCAGCAAACAAATTT
** * * * * *
15102 -TGTTTTTAAATCTC-T--TT-TTAA-TTATCAAAATCTTAATATATAAGTATTATTTTATTTTG
1 AT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTT-TTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCG
** ** * * * * * ** * *
15161 AATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAAC--ACTGTCATTATGATTTGAAAT
64 AATAAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
* * * ** ** * *
15224 AGA-AAATAGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTT
129 AGATAATTA-TTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGTTCAGCAAACAAATTT
** * * ** *
15277 ATTTTTTAAATCTCAAACTTATTAA-TTTTTAGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGA-AATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGA
* * * * * *
15341 ATAAAATTATATGAATAGAAACAATTTTTTTATGAAAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATA
65 ATAAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * *
15406 AATAATTGTTCAAATAGTC-AAACTATTTGAACTTGCTC-GACAAATAAATTT
130 GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGTTCAG-CAAACAAATTT
* * * * * * * *
15457 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTTGTATTATTTTATGTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTC-GA
* * * * * *
15522 AAAAGGTTTTACAAATAGAAACAATTAG-TTTATGACAAAAAAAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
65 ATAAGATTATATAAATAGAAACAATT-GTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
15586 TAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTTAGAAAACATATTT
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* * * * * * *
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1 ATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGCATTATTTTATTTCG
* ** * * * * * ** *
15702 AATAAGTTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAGTGTTTTGAAA
64 AATAAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * ** * * *
15767 TAGAAAATTATTCAGATAATCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATATATATT
128 TAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TTGTTCAGCAAACAAAT-TT
* * * * * * * * *
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* * * * * *
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** * ** * *
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* ** * * ** * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * * * * *
16244 -GAAATAAGCTTGA-ATGAATAG-AA-AATT-TTTTTTTACAAAACAAAAGGTTAT-GCTATTTC
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* * * * * * * *
16303 AAATAGATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATTTAAATATGTTTAGTAAACAGATTC
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* * * * *
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* * * * * * *
16424 ATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATA
65 ATAAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
** * * ** * *
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* * * * * * *
16541 ATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAA-TTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCA
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* * * * * * * * * *
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* ** * * * * * * *
16668 AAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTT-TGATAAATAGATTT
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* * * ** *
16721 ATTTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGACTATTATTACTTTATTCTGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATT-T---
* * * ** * * **** *
16782 CAAACCAAGATGGT-TAGGTAAACA-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGA-AATA--T-ATAA--
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* * * * *
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* * ** * * *
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** * ** * *
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66 TAAGA-TTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
* * * * * * * *
17197 TACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTTTC-GTAAATAGATTT
130 GATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATT-G-TTCAGCAAACAAATTT
* * **
17249 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTAGTTTTATTTTATTTCGAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
* * * * * * *
17314 TAAGCTTGTATGAACT-GAAATC-ATCGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAAT
66 TAAGATTATAT-AAATAGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAAT
*
17377 ATATAATT
129 AGATAATT
17385 GTTCTGAATC
Statistics
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0.73 0.17 0.10
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGAAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCGAA
TAAGATTATATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATTGTTCAGCAAACAAATTT
Found at i:16384 original size:358 final size:358
Alignment explanation
Indices: 15940--16732 Score: 811
Period size: 358 Copynumber: 2.2 Consensus size: 358
15930 GGTCATAATG
* * * * *
15940 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAAATTATTCAATAAATATATTTATT
1 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAATAAACAGATTCATT
*
16005 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTAGAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
66 TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
* *
16070 ACTTGTATGAACAT-AAATAATTGTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAAGT-TGAAATAAA
131 ACTTATATGAA-ATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAA-TATGAAATAAA
* * *
16133 TAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTA-TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTT
194 TAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAAC-TAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAAT-TT
* ** *
16197 TT-ACTTATTAGTTGGCTTAATATTAACAAATTTA-TATTATTTTATTTG-AAATAAGCTTGAAT
257 TTGACTTATTAATTGGCGAAATATTAACAAA-TTAGTATTATTTTA-ATGCAAATAAGCTTGAAT
16259 GAATAGAAAATTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATGCT
320 GAATAGAAAATTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATGCT
* * * * *
16298 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAAT-GATTATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCA
1 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAAAT-TATTCAATAAACAGATTCA
* *** * * * * **
16361 TTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
64 TTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCCGAA
* * * * * * *
16425 TAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAG
128 TAAACTTATATGAAATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATATGAAATAA
* * ** ** *
16490 ATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTTGGTCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAATTTT
193 ATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTT
* * *
16555 TGACTTATTAATTGTCGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATGAA
258 TGACTTATTAATTGGCGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGAATGAA
* * * * *
16620 TAGAAACAATTATTTTATA-ATAGAACAAAAAGTCCTA-ACA
323 TAG-AA-AATTTTTTTTTACA-A-AACAAAAGGT--TATGCT
* ** * ** * *
16660 ATTT-AAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT-AAACTAGTTTGATAAATAGATTTAT
1 ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTA-TTCAATAAACAGATTCAT
16723 TTTTTAAATC
65 TTTTTAAATC
16733 ACTTATTAAT
Statistics
Matches: 355, Mismatches: 63, Indels: 31
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATTATTCAATAAACAGATTCATT
TTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAAGAAATTAATATTATTTTAATCCGAATAA
ACTTATATGAAATGAAATAATTCTTCTATAACAAAACAAAAAATCATAACAATATGAAATAAATA
ATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATTTTTGA
CTTATTAATTGGCGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGAATGAATAG
AAAATTTTTTTTTACAAAACAAAAGGTTATGCT
Found at i:16433 original size:539 final size:537
Alignment explanation
Indices: 12539--21575 Score: 2634
Period size: 539 Copynumber: 16.9 Consensus size: 537
12529 GTTTAACTAG
** * *
12539 TCATAACTATTTG-AATTGGTTCAGTAAACAGATTTATTGTTTAAAT-T-TGTTACCTATTAATT
1 TCATAACTATTTGAAATT-GTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCT-TTACTTATTAATT
* * ** * * * *
12601 TTTGAAATATTAATCAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAATAATTG
63 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT--GAAACAATTC
* * * * * * *
12665 TTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTAT
126 TTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * *** * * *
12730 GTT-AACTGATTTGGTAAACATATTTATTTTTTTAA---TTT-CTTATTAATT-TAGGAAATATT
191 -TTGAAATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-CGAAATATT
* * * ** * * * * *
12789 AATAAATTAATATTATTTTATTCCATTTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTATTTTATGACAAA
254 TATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAA
** ** * * * * * * * *
12854 TTAAAATGTTATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAATAACTATTTGAACT-T
318 ACAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTC--A-AATAGTCATAACTATTTGAACTAT
* * * * * * * *
12918 GCTCAGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTAATTTTTTAAATGTTAATAAA-TT
378 --TTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATGAA-TTCTTGAATATTAACAAATTT
* * * * *
12981 AGCATTAATTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAA-ATGAAACAATTGTTTTATGACTAAAC-AAA
439 A-AAATATTTTATT-TGAAATAAGCTTGAATGAACA-G-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * ** * * * * * *
13043 AAGTCAAAACGATTTGAAGTATATAATTATTCTAATAG
500 AAGTTATAGTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* ** * *
13081 TCTTAACTATTTGAAA-TGATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATT-A--G
1 TCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * * * * * * * *
13141 TTGAAATATT-ATGAAATTAGTATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTA-CAAAGAAAATAATTGT
64 TTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATG-AAACAATTCT
* * * * * * * *
13204 TTTATGACAAAAGAAGAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCACTCATATAGTCTTAACTATT
127 TTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* ** * * * ** *
13269 TG-AATTGGTTCAGCAATTAAATTTATTTTTT-AATTTTCTTGGTTATTAAGTT-TTGAAATA-T
192 TGAAATT-ATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGTCGAAATATT
* * * * * ** * * *
13330 TATTAAATTTGCATTATTTTATTTCTAATGAAA-TAATATAAATAGAACCAATTGTTTGATGACA
254 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAAT-AAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT-ATAACA
* ** * * * * * * * *
13394 AAATAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT-AAACACTATTTGAAATTG
316 AAACAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATA-ACTATTTG-AACTA
* * ** * * * * * * * * *
13458 TTTGGCAAGTAGATTTACTTGTTAAATCTCTTACTGATTAATTTTTTAAATATTAATAAA-TTAG
377 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAA-TTCTTGAATATTAACAAATTTA-
* * * * *
13522 TATTATTTTATTTCGAACA-AA-CTT-ATATTAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAT
440 AAATATTTTATTT-GAA-ATAAGCTTGA-ATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
* ** * * * *
13584 A-TAATAACGATTTAAAATAGATAATTGTGC----AA
501 AGTTATAGTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * * *
13616 T--TAACTATTTGAACTCGTTTTGTAAATAGAATTATTTTCTAAATC-CCTTACTTATAAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * * *
13678 TGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCTATTTCGAATAAGCTTGTATGAGCTGAAATAATTGTTT
65 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGA-ATGAAACAATTCTTT
* * * * * * * * * *
13743 TATGACAAAACAAAAGTTTATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTGTTTG
129 TATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* * * * * * **
13808 AACTGGA-TCGACAAATGA-ATTTATTTTTTAAATCTTATAGTTATTAATT-TTTAGAATA-TTA
194 AAAT-TATTCAATAAAT-ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGA-AATATTTA
* * * * ** * * *
13869 CTAAATTATTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAGCAGAAA-AATTGTTTTATGATAGAA
256 -TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAAAA
** * * * * * * *
13933 C-AAAGGTTATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTTTA
319 CAAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-ATTTA
* * * * * * *
13997 ATAAA-TTGATTTGTTTTTTAAA---TTT-CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAA-TTAGTAT
381 GTAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTTG-AATATTAACAAATTTA-AAA
* * * * *** * * * *
14056 TATTTTATTTAAAAAAAGCTTGTACGTTGAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGTAATA
443 TATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATA
* * * * * **
14120 ATGATTTAAAATAGATAGTTATTTAAATGG
508 GTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * * * *
14150 CCATGATTATTTG-AATTGATTCGATAAACTGATTTATTTTTTAAATTTC-TTGCTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * *** * * * *
14213 TTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAAGAATTGTT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTCTT
* * * * * * *
14278 TTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAGTCATAACTATTC
128 TTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT-
* * * *
14343 T-AATAGTCGTAACTATTTGAACTGATTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAA-C--CT-CTTATT
192 TGAA-A----T---TA-TT---C--A-AT---AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT
* * * *** * *
14403 AATTTTAG-AATA-TTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAAC
239 AATTGTCGAAATATTTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAAT-AGAAAC
* * * * * ** * *
14465 AATTGTTTTATGAGAAAA-AAGAAAGATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCA
302 AATTG-TTTATAACAAAACAA-AAA-ATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCA
* * * ** * * * *
14529 TAACTA-TTGAAGTGGTTCAAAAAACA-ATTTCAATTTTTAAATCTCTTGCTTATTG-CTT-TTG
362 TAACTATTTGAACT-ATTTAGTAAACATATTT-ATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TGAATTCTTG
* * * * * * **
14590 AAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAGATAAGTTTTTATGAACTTA-AACAATTGTTT
424 -AATATTAACAAATTTA-AAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAAC--AGAACAATTGTTT
* * ** * * * *
14653 TATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGACTTT-AAACAGATAATTGTTCAAATAG
485 TATGACAAAACAAAAAAGTTATAGTGA-TTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* ** * * * * * * *
14705 TCA-AATCTATTTCAGCTTGTTTGGCAAACATATTTATTTTTTTAAAATGT-ATTGCTCATTACT
1 TCATAA-CTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGA-TTA-TTTTTT-AAATCTCTTTACTTATTAAT
* * * ** * * *
14768 TTTTTGAATGTTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTA
62 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTC
** * * * * * * * * *
14833 TTTTATGACTAAACAAAAAGTTAAAACAATTTGAAATAGATCATTATTCTAATAGTCTTAACTAC
126 TTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* ** * * * * *
14898 TTG-AACTAGTTTGACAAATACATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTACTAACTT-TTGGAATA-
191 TTGAAATTA-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TTGTCGAAATAT
* * * * *
14959 TTATTTAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAA-AGGAAACAATTTTTTTTTACA
253 TTA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTATAACA
* * * * * *
15023 AAA-TAAAGATCATAA-AGATTTGAGATAGATAACTGT-TCAAATAGTCATAAATATTTGAATTG
316 AAACAAAAAATCATAACA-A-TTGAAATAAATAA-T-TCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
* * * * * * * *
15085 TTTTGGTAAATAGATTT-TGTTTTTAAATCTCTTTTTAATTATCAAAATCTT-AATA-T-A-TAA
376 ATTTAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAA--TC-TTTTACTTAT-GAATTCTTGAATATTAACAAA
* * ** * * * *
15145 -GT--ATTATTTTATTTTG-AATAATTTTGCATGAACAAAAACAATTATTTTACGACAAAAC---
436 TTTAAAATATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGAATGAAC-AGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * *
15203 ACTGTCATTA-TGATTTGAAATAGAAAA-TAGTTCAAATGGA
499 AAAGTTA-TAGTGATTTCAAATAGAAAATTA-TTCAAAT-AA
* * **
15243 -CATGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-AAACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * ** *
15306 TAGAATACTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAAATTATATGAATAGAAACAATTTTTT
65 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAAT-GAAACAATTCTTT
* * * * *
15371 TATGAAAAAACAAAAGATCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-AACTATTTG
129 TATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTG
* ** * * * * * *
15435 AACTTGCTCGACAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAAT-TTTAATA
194 AAATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTT-ATA
* * * * * ** *
15499 AATTTGTATTATTTT-ATGTCAAAAAAAGGTTTTACAAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAAA-
258 AATTAGTATTATTTTAAT-CCAAATAAA-CTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAAC
* *
15562 AAAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACATGTTT
320 AAAAAA--TCATAACAA-TTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTT
* * * * *
15627 AGAAAACATATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATGAATTTTTGGATTATTAATAAATTTAAAAT
380 AGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTT-GAATATTAACAAATTTAAAAT
* * *
15691 ATTTTATTTGGAATAAGTTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATA
444 ATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATA
* * *
15756 GTGTTTTGAAATAGAAAATTATTCAGATAA
508 GTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * *
15786 TCATAACTATTTGAACTTATTTGGTAAATATA-TATTTTATTTAAT-TCTCTTACTCATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTATTTT-TTAAATCTCT-TTACTTATTAATTT
* * * *
15849 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACTGAAACAAGTGTT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTCTT
* * *
15914 TTATTG-TAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
128 TTA-TGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* *
15978 TGAAATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTTAG
192 TGAAATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTTAT
* * * * *
16043 AAATTAATATTATTTTAATCCGAATAAACTTGTATGAACATAAATAATTGTTCTATAACAAAACA
257 AAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTT-TATAACAAAACA
*
16108 AAAAATCATAACAAGTTGAAATAAATAATTACTCAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTTAGT
321 AAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGT
* * * *
16173 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAGTTGGCTT-AATATTAACAAATTTATATTAT
383 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATT--CTTGAATATTAACAAATTTAAAATAT
* * * *
16237 TTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAATAGAA-AATT-TTTTTTTACAAAAC-AAAAGGTTAT-GCT
446 TTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAG-T
* *
16298 -ATTTCAAATAGATAATTATTCAAATGA
510 GATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * *
16325 TTATAATTATTT-AAATATGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAAT-TGTTTGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* ** *
16388 TTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAATTGAAATAATTCTT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTCTT
* * * *
16453 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATATGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGATTATTT
128 TTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * *
16518 G--GTCTAGTTCAATAAATATATTTATTTTTAAAAT-TTTTGACTTATTAATTGTCGAAATATTA
193 GAAAT-TA-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTGTCGAAATATTT
* * * * *
16580 ATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATAATAGAA
255 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAA
* * * *
16645 CAAAAAGTCCTAACAATTTAAATAAATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTT-G
319 CAAAAAATCATAACAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TTTAG
* * * * * *
16709 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGAAATATT----AA--TAGACTA
382 -TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTTG-AATATTAACAAATTTAAAATA
* ** * * * * * * *
16764 TTATTACTTT---AT--TC-TGAACAAAC-CAA-GATGGTTAGGTA-AACAAAAC-AAAAGGTCA
445 TT-TTA-TTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAACAATTGTT--TTATGACAAAACAAAAAAGTTA
* * * * * *
16819 TAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAG
506 TAGTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * * * *
16851 TCATAATTATTTGAACTAGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATC-TTATTTATTATTTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAG-ATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * * * *
16915 TGAAATATTAGTAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAGGC-TAGTATGAATTCAAACAAACCT
65 TGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAA-TGAAAC-AA-TT
* * * * ** * *
16978 CTTTTATGACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATA
125 CTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* ** *** * * * * * * * *
17042 TTTGAACTTGCTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTAATTAACTT-TTGGAATA-T
190 TTTGAAATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCGAAATATT
* * * * * * * *
17105 TATTAGATTAGTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAA
254 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAA
* ** * * * * ** * * * *
17170 ACCAAAAGGTTATAGCGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATTAGTT
317 AACAAAAAATCATAAC-AATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-TT
* * * * * * ** **
17235 TCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAA-TTAGTT
379 TAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTTG-AATATTAACAAATTTA-AA
* * * * *
17299 TTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACTGAA-ATCATCGTTTTATGATAAAAC-AAAAAGT
442 ATATTTTATTT-GAAATAAGCTTGAATGAACAGAACA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
* * * * * *
17361 CATAATGATTTGAAATATATAATTGTTC---TGAA
504 TATAGTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAAT-AA
* *
17393 TC---AC---TT--CA-------GCAAACA-ATTTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGA--TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * *
17441 TTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTATT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTCTT
* * * * *
17506 TTAT-AATAAAGCGAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC-AA-A--C-TG------
128 TTATGAA-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* ** ** * * ** * * *
17559 -GAACTGGTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTA-TAAATGTTTGAAATATTAA
192 TGAAATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTG-TCGAAATATTTA
* * * ** * *
17622 CAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
256 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACT-TGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAAAA
** * * * * *
17685 CAAAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAAT-GCCCATAATTATTTGAACCAATT
319 CAAAA-AATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAG-TCATAACTATTTGAA-CTATT
* * * * * * * * *
17749 T-GACAAAC-TGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAA-GTAA
379 TAG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTTG-AATATTAACAAATTTAA
* * ** ** * * * *
17811 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTATGATAAAAC-AAAAGGT
441 -AATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAA-CAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGT
* * * * * * * *
17875 CATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAG
504 TATAGTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * *
17909 TCATAACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTC-TTA-TGTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACT-TATTAATTT
* * * * * * *
17972 TCT-AAATGTTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATTAT
64 T-TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTCT
** * * * * ** * *
18036 TTTATGACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATT
127 TTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATT
* ** * * * * **
18101 TG-AATTGGTT-TGTCAAACACATTTATATTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTTAAAATA-TT
192 TGAAATT-ATTCAAT-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTT
* ** * * * * *
18159 ATTAATTTACCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAA
255 A-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAAA
* * ** * * * * *
18224 AC-AAAGATCATAATAATTTG-AAT---TGGTTCAAT-AAACAG--ATTAGTTTTTGAATCT-CT
318 ACAAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATTC--TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTATT
* * * * ** * * * **
18280 TA-TTAA-AT-TTTGAAATATTAAAAAATTAGTA-TTAT--TTTCTTTTGAATAATTTTGTATGA
379 TAGTAAACATATTT--ATTTTTTAAATCTT-TTACTTATGAATTC--TTGAAT-A--TT-AACAA
* * ** * *
18339 A-TCAACAAT-TGTTT-TATGACAA-AA-C-AAAATG-TCATAACAA-----TT-TG-----A-A
435 ATTTAA-AATAT-TTTATTTGA-AATAAGCTTGAATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * ** *
18385 AAAAA-TGATA--G--TTCAAAT-GGATATGACT-ATTTGA
497 AAAAAGTTATAGTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * **
18419 TC-T---TATTCG--A-----T--TAACAGA-TTTATTT-TTCAATCTC-CAACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAA-ACAGATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* ** * *
18468 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTAT-AAGTAGAAACAATTGTT
65 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-T-GAAACAATTCTT
* ** * * * **
18532 TTATGACAAAACAAAATATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTT
128 TTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * * * * * *
18597 -AAACTCT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAATAATTTTTGGAAT-TTTA
193 GAAA-T-TATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTT-
* * * * * * * * * *
18659 ATAAATAAGTATAATTTCATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTGATTTATGACAAAA
255 ATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATAACAAAA
** * * * * * *
18724 CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACGTGTTCA
319 CAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATTC-TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTA
* * * * * * * *
18789 GAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTTATATTA
381 GTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTTG-AATATTAACAAATTTAAAATA
** * * * * *
18853 TTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACATAACCAATTATTTTATGGA-AAAAC-AAAAGGTAATA
445 TTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAA-CAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAAAGTTATA
* * * * * * * *
18916 ATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATAG
508 GTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * * * * *
18946 TCATAACTATTTGAACA-TATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTT-CTAATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAA-ATTGTTTGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * * * *
19009 TTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACTAAAACAATTGTT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTCTT
* * * * * *
19074 TTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
128 TTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * * *
19139 GAACTTGTTCGAA-AAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAAT
193 GAAATTATTC-AATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTTAT
* * * * * * * * *
19203 AAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTCTTTTATGACAAAATA
257 AAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAACA
* * * * ** * *
19268 AAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGT
321 AAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TATTTAGT
* * * * * * *
19333 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTTAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
383 AAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATT-CTTGAATATTAACAAATTTA-AAATAT
* ** * ** * **
19397 TTTA-TTCAGAATAAGCTTCTATGAACAGAAGAAATCATTTTACGACAAAAC-AAATGGTTATAG
446 TTTATTTGA-AATAAGCTTGAATGAACAGAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAG
* *
19460 T-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATAGA
509 TGA-TTTCAAATAGA-AAATTATTCAAATA-A
** * *
19491 -CA-AAC---------TTGTTCAGTAAACA-ATTCACTTTTTAAATCTC-TTAATTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATT-ATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * ** * * *
19543 TGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTGACATAATTTTTT
65 TGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTCTTT
* * * *** *
19608 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAATCGCAACTGTTT
129 TATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAGTCATGACTATTT
* * ** ** * * * *
19672 G--ATCTAGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAAAATTTTAGTTATTAATTATTGAAATATTAA
193 GAAAT-TA-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTTA
* * * * * * *
19735 TAAATTATTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAAAAACTATTATTTTATAAC-AAA-
256 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATAACAAAAC
** * * * * * ** *
19798 AAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAACAATTGCTGAAATTGTCATAACTATTTGAAATGGTTCGA
320 AAAAAATCATAACAA-TTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAG-
* * * * ** * *
19863 TAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-CTTATTAATT-TTGAATATTAGTATA-TT--AGTAT
382 TAAACATATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTTGAATATTAACAAATTTAAAATAT
* * * * * * * * * *
19920 TTTTTTTCCAAACAAACTT-ATATGAATAAAAACATTTTTTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCAT
446 TTTATTT-GAAATAAGCTTGA-ATGAA-CAGAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTAT
*** * * * *
19983 AACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAT
507 AGTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * ** * * *
20014 TCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTC
1 TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAAC-AGATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
** * * *
20078 TAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTAT-GAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-AATTA
65 TGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTA-TATGAA-TGAAACAATTC
* * * * * * *
20139 TTTTATGACAAAATAAAA-G---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTA-
126 TTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* *** * * * * ** *
20196 TTGGAATTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT-TTTAGAT-TAT
191 TTGAAATTA-TTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATAT-T
* * *** * * *
20259 TATTATATTAGTATTA-TTTCATTTGAATAAACTTGTATGAACA-AAAGTAATTGTTTTATGACA
254 TA-TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAA-CAATTG-TTTATAACA
* * ** * * * * * * * * * * *
20322 GAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGAT
316 AAACAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AT
* * * * * * * *
20387 TT-GATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATACTTATTAAATTTTTAAAGATT-ACTAAA-TTA
378 TTAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA-TGAATTCTTGAATATTAAC-AAATTTA
** * * * * * ** *
20449 GTAT-TATTTATTCTG-AATAAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTTACATGAC-AAAC-AAAAT
440 AAATAT-TTTATT-TGAAATAAGCTTGAATGA-ACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAA
* *** * * * * **
20510 GTAATAACAATTTTGGAAATAGATAATTGTTGAAATGG
502 GTTATAGTGA-TTT-CAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* * * **
20548 CCATAATTATTTG-AACTGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAA--TC---ACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAAATTG-TTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * ** * * * *
20607 TTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAACTGAAACAATTGTT
64 TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTCTT
* * * * * * * * *
20671 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTT
128 TTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTT
*** ** * * * * * * *
20736 -AAACCGCTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATA-TTAT
193 GAAA-TTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTTA-
* ** ** * * * * *
20799 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAACT-GAAA-ATTTATTTTATAATAGAA
256 TAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAACAATT-GTTTATAACAAAA
* ** ** * * *
20862 TAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAATGT-TCAAATAG---GAAC----T-AA-TA--TAG
319 CAAAAAATCATAAC-AATTGAAATAAATAAT-TCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAG
* * ** ** * * * * * *
20915 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTGAATATTAATAAA-TTAGTATTAT
382 TAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTTGAATATTAACAAATTTA-AAATAT
* * ** * *
20979 TTCATTCTG-AATAGGCTT-ATATGATGAAAACTAATTGTTTTATGAC-AAAC--AAAAGTTTGT
446 TTTATT-TGAAATAAGCTTGA-ATGAACAGAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAG-TTAT
* * * * ** *
21039 AATAATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-AG
507 AGTGATTTCAAATAGAAAATTATTCAAATAA
* ** * * ** * * *
21069 GCAATAGTTATTTG-AATCGATTTGATAAATTGACTTATTTTTTAAATTTC-TAACTTATCAATT
1 TC-ATAACTATTTGAAATTG-TTTGGTAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATT
* * ** * *
21132 TTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTG
63 TTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAA-TGAAACAATTC
* *** * * * *
21196 TTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATAACTAT
126 TTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * *** * * *
21260 TT-AAACTTACTCCATAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTTGGTATTAATTTTTTG-AATGT
191 TTGAAA-TTATTCAATAAATATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTGTCGAAATAT
* * * * * * * *
21322 TAATAAATTCGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTTA-AAAAAATTATTTTATGAC
253 TTATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAA--TAGAAACAATT-GTTTATAAC
* ** * * * * * * * * * *
21386 TAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGG
315 AAAACAAAAAATCATAA-CAATTGAAATAAATAATT-CTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-A
** * * * * * **
21451 TTCGGCAAACATATTTATTTTTTATATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTTAG
377 TTTAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTT-GAATATTAACAAATTTA-
* * ** * ** * *
21515 CAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAACAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAA
440 AAATATTTTATTTGAAATAAGCTTGAATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAA
21576 TCTTAACAAT
Statistics
Matches: 6587, Mismatches: 1375, Indels: 1064
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
494 4 0.00
495 144 0.02
496 10 0.00
497 4 0.00
498 3 0.00
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500 14 0.00
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511 4 0.00
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517 5 0.00
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520 5 0.00
521 7 0.00
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540 81 0.01
541 169 0.03
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557 122 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (537 bp):
TCATAACTATTTGAAATTGTTTGGTAAACAGATTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
GGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAATGAAACAATTCTTTTA
TGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
ATTATTCAATAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCGAAATATTTATAAAT
TAGTATTATTTTAATCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATAACAAAACAAAAAA
TCATAACAATTGAAATAAATAATTCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTAGTAAACATAT
TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATGAATTCTTGAATATTAACAAATTTAAAATATTTTATTTGAA
ATAAGCTTGAATGAACAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAAGTTATAGTGATTTCAAATA
GAAAATTATTCAAATAA
Found at i:17387 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 16803--18245 Score: 872
Period size: 181 Copynumber: 8.2 Consensus size: 180
16793 GGTTAGGTAA
** * * * *
16803 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATATATAATTCTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-T
* * * * * * *
16868 AGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATATCTTATTTATTATTTTTTGAAATATTAGTAAATTC
65 TGTT-TGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-
* * * * ** * *
16933 A-TTTTATTTTATTCCAAATAGGCTAGTATGAA-TTCAAACAAACCTCTTTTATG
128 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAAC-AA-TTGTTTTATG
* * * * *
16986 ACAAAACAAAA-GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTTTTAAATATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-T
** * * * * * * * * * *
17050 TGCTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTAATTAACTTTTGGAATATTATTAGATTA
65 TG-TTTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
17115 GTGTTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATG
129 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * ** *
17166 ACAAACCAAAAGGTTATAGCGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATT
*
17231 AGTTTCGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAATTA
66 -GTTT-GTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * *
17296 GTTTTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATC-ATCGTTTTATG
129 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * * * ** *
17347 ATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTC---T-G-AATCACT-TCAGCAAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG-AAT
*** ** ** * *
17406 CAATT-T---T--A-TT-TTTTAAATC--TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAG
65 TGTTTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
* * *
17461 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT-AAAACAATTATTTTATA
130 TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
17511 ATAAAGCGAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACT-G---GAAC----TG---
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTTATAACTATTTGAAT
* * * ** * * * *
17565 -GTTCGGTAAAAAGATTTATTTTTTAAAT-C-TC-C-TACTTATAAATGTTTGAAATATTAACAA
65 TGTT-TGTAAATAGA--T-TTATTT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* *
17625 ATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AGGTGTGTATG-A-TAAAAACAATTGTTTTATG
125 ATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATG
** * * ** *
17679 ACAAAACAAAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAAT-GCCCATAATTATTTGAA
1 ACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TTATAACTATTTGAA
*** * * * * *
17743 CCAATTTGACAAACT-GACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAAA
64 -TTGTTTG-TAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * * * * *
17807 GTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTG-GAATAATGGTTTTATG
126 TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATG
* *** * * *
17861 ATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA-T
* * * *
17926 TGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTA-TGTATTAATTTTCT-AAATGTTAATAAAT
65 TGTTTG-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTT-TGAAATATTAATAAAT
* * * * *
17989 TAGCATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAA-AATTATTTTATG
127 TAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAACAATTGTTTTATG
* * * **
18042 ACTAAACAAAAGGTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCT-TAACTATTTGAAT
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-TATAACTATTTGAAT
* * * * * *
18106 TGGTTTGTCAAACACATTTATATTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTT
65 T-GTTTGT-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT
** * * * * *
18167 ACCAATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAA-T-AGAAACAATTGCTTTATG
128 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGA-AAACAATTGTTTTATG
* *
18219 ACAAAAC-AAAGATCATAATAATTTGAA
1 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
18246 TTGGTTCAAT
Statistics
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Consensus pattern (180 bp):
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GTTTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
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Found at i:18728 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 18278--23337 Score: 2382
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18268 TTTTGAATCT
* * * * ** **
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* * * * * *
18342 --AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAAAAAATGATAGTTCAAATGG
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* * * * * ***
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* * * ** *
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* ** * * *
18520 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* *
18585 TCACAACTATTTAAACTCTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
18637 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATAAGTATAATTTCATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAA
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* ** *
18702 AAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGT
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* * * * *
18767 CATAAATATTTGAACGTGTTCAGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTTA
131 CATAACTATTTGAAC-TTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** *
18817 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAACA
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* * * * *** * * *
18881 TAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAGGTAATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGATA
65 AAAACAATTGTTTTAT-GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
18945 GTCATAACTATTTGAACATATTC-GATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTT-
129 GTCATAACTATTTGAAC-TTTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTA
* * * * * * * *
18998 CTAATTAATTTTTGGAATATTTATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * ** * *
19063 AAACAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* *
19128 CATGACTATTTGAACTTGTTC-G-AAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
131 CATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
19179 CTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * *
19244 AAACAATTCTTTTATGACAAAA-TAAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** ** * *
19308 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTG
130 TCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * *
19360 CTTATTAATTGTTT-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTCTATGAACA
1 CTTATTAATT-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** * * * ** * * *
19424 GAAGA-AATCATTTTACGACAAAACAAATGGTTATAGTAGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAAT
65 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAAT
* * * *
19488 AGACA-AAC---TTG-----TTCAGTAAAC-AATTCACTTTTTAAATCTCTTA
128 AGTCATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * **
19531 ATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * *
19596 ACATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAATAA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAAATAG
** * * * * ** **
19660 TCGCAACTGTTTGATCTAGTTC-GATAAACATATTTATTTTAAAAAAATTTTA
130 TCATAACTATTTGAACT-TTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
19712 GTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * * *
19777 AAACTATTATTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAACAATTGCTGAAATTGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
19840 CATAACTATTTGAAATGGTTC-GATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT-
131 CATAACTATTTGAACT-TTTCAG-TAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
19888 CTTATTAA-TTTT-GAATATTAGTATATTAGTATT-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * *
19949 AAACATTTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAT
66 AAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
20014 TCATAATTATTTGAACTAGTTAAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCCTTTA
130 TCATAACTATTTGAACT-TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * ** * **
20066 CATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGCTAGTATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
20130 GAAA-AATTATTTTATGACAAAATAAAA-G---T---GATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
20187 TCTTAATTATTGGAA-TTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAACTT--TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * *
20239 GTTATTAATTTTTAGATTATTATTATATTAGTATTATTTCATT-TGAATAAACTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
** * * * * ** * * * *
20303 AAGTAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * *
20368 TATAATTATTTAAACTGATTTGA-TAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATA
131 CATAACTATTTGAACT--TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
20419 CTTATTAAATTTTT-AAAGATTACTAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTTGTATGATA-
1 CTTATT-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-AC
* ** * * *
20481 AAAAATAATTGTTACATGAC-AAACAAAATGTAATAACAATTTTGGAAATAGATAATTGTTGAAA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAA-TTT-GAAATAGATAATTGTTCAAA
* * * * ***
20545 TGGCCATAATTATTTGAACTGATTT-GGTAAATGGATTTATTTTTTAAATC----A
127 TAGTCATAACTATTTGAACT--TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * ** * * **
20596 CTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** *
20660 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * * * *
20725 CTTAATTGTTTAAACCGCTTTGA-CAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA
131 CATAACTATTTGAA-C-TTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * **
20776 GTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * ** *
20841 AAA-ATTTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAG-
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * **
20903 --GAAC----T-AA--TAT-AGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCTA
131 CATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
** * * * * * **
20943 CAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTGAATAGGCTTATATG-ATGA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* ** * * **
21006 AAACTAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGTTTGTAATAATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-AG
66 AAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *** * *
21069 GCAATAGTTATTTGAATCGATTTGA-TAAATTGACTTATTTTTTAAAT-TTCTAA
130 TC-ATAACTATTTGAA-C-TTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTA
* * * ** *
21122 CTTATCAATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAATTTTTATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAAC
** * *** * * * *
21185 TGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * *
21249 GTCATAACTATTTAAACTTACTCCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTTT
129 GTCATAACTATTTGAACTT--TTCAGTAAACAAATTTATTTTTT-AAATCTTTTA
** * * * * *
21302 GGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTCGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAAC--
* * * ** * * *
21367 AAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATA
64 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
21431 ATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTATATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGAACTT--TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * * * *
21484 CTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAAC-A
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * * * *
21548 AAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAA-ATCTTAACAATTTGAACT-GGT--TCGAT-AAACAGA
66 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* * * * * * ** **** * *
21608 T-TTAA-TTTTTAAATTTTTTATTAATTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTTTTCAGTAA----ACAAAT-TT-ATTTTTTA--AATCTTTTA
* * ** * * ***
21665 -TTCTTAATAATTTT-G--TATGAATAGAA--ACAATTGTTTTA---CGACA-AAAC-AAAATG-
1 CTTATTAAT--TTTTGGAATATTAATA-AATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGA
* * ** * * ** * *** * ** * * *
21718 TCATAATGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGAACATGACTATTTG----A-A--CTTGTTC-
62 ACAAAAACAATTG--TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** * * ** * *
21775 GAT--TAACAA--ATTT-ATTTTTTAAAT-CTCCAATTTATTAATTTTTAGAA--TATTA
125 AATAGTCATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAACAAATTTA-T--TTTTTA-AATCTTTTA
* * * * *** * *
21827 ATATATTAGTATTATTTTG--T-TTCGAATAAAATT-GTATGA--ATAGAAC-AAT-TG-TTTTA
1 CT-TATTA--ATT-TTTGGAATATT--AAT-AAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTA
** * * * * *
21883 TG-AC-AAAACAAAAG----ATAATAACA-AT--------------TTGAAATAAATAATTGTTC
59 TGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTC
* * *
21927 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGCTT-GGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
124 AAATAGTCATAACTATTTGAACTT--TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * * * *
21985 TTTAATAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAGGCTTTTATGAATA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* ** ** * *
22050 GAAACAATTAATTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAGATAATTCTTCAAATA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * ** * *
22115 GTTATAACTA-TTCAAATGTGTTTAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTA
129 GTCATAACTATTTGAACT-T-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
22167 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
22231 AAACCAATTGTTTTATCACAAAACAAAAGTTCATAATATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * * *
22296 TCATAACTATTTGAACATGTTCAGTAAACATGTTCATTTTTTAATTCTCTTA
130 TCATAACTATTTGAAC-TTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* ** * * * **
22348 CTCATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATATAAACTG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
** * * ** * * **
22413 AAACAATCATTTTATTG-CAAAACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTATTTGAATAG
66 AAACAATTGTTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
22477 TCATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAGCATATTTATTTTTTAAATCTTTTA
130 TCATAACTATTTGAACTT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * * *
22529 CTTATT-ATTTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAAT-CTATATAAGCTTATAT-AAT
1 CTTATTAATTT-TTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTGTATGAA-
* * *
22591 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTTAAAATA-AAAATTTGTTCAAA
63 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TTGTTCAAA
** * *
22655 TAGTCATAAAGATTTGAATTTGTTC-GATAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTA
127 TAGTCATAACTATTTGAACTT-TTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * *
22710 CTTATTAA---TT-G--TA--AAT---TT-TTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATAAATA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTGTATGAACA
* ** * * * * * * *
22762 TAAAAAAATCATTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATAGATAATTGTTGAAATA
65 -AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
22827 GTTATAATTATTT-AGACTTGTTCGGTAAATATATTCATTTTTTAAATCTCTTA
129 GTCATAACTATTTGA-ACTT-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* *** * * * * * ** * **
22880 ATTATTAATTTTCAAAACATTAATAACA-TAGTAATACTTTATTTCAAATAATTTTATATGAATT
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * * *** * *
22944 GAAATATATTTTTTTATGACAAAAGAAAAGATCATAATGGTTTGAAATAGATATTTATTCAAATA
65 AAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* ** * * **
23009 GTCATGACTATTTGATCAAGTTT-AGTAAATATATTTATTTTAAAAAAT-TTTTA
129 GTCATAACTATTTGA--ACTTTTCAGTAAACAAATTTATTTT-TTAAATCTTTTA
* *** * * * * * *
23062 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATAAGTATTATTTTAATCCAAAGAAGCTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
* * * * * **
23127 AAACTATTATTTTATGATAGATA-AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTCCTCAAATAG
66 AAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
23190 TTATAACTATTTGAACTGGTTTGA-TAAATAAATTTATTTTTTAAATC---T-
130 TCATAACTATTTGAACT--TTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
* * * ** * * *
23238 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTTTTTTATTTTG-ATCAAACTTATATAAACA
1 CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAAT-AAGCTTGTATGAACA
* * * **
23302 AAAATATTTATTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAA
65 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
23338 GGATTTTGTC
Statistics
Matches: 3718, Mismatches: 900, Indels: 529
0.72 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
145 3 0.00
149 1 0.00
150 1 0.00
152 6 0.00
153 2 0.00
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155 15 0.00
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161 7 0.00
162 6 0.00
163 9 0.00
164 10 0.00
165 11 0.00
166 83 0.02
167 67 0.02
168 4 0.00
169 36 0.01
170 119 0.03
171 117 0.03
172 53 0.01
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174 45 0.01
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178 95 0.03
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181 1135 0.31
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183 65 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
CTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACAA
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTGAACTTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA
Found at i:18840 original size:676 final size:679
Alignment explanation
Indices: 17599--18878 Score: 1481
Period size: 676 Copynumber: 1.9 Consensus size: 679
17589 AAATCTCCTA
* *
17599 CTTATAAATGTTTGAAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGGTGTGTATGATAAA
1 CTTATAAATGTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTGTGTATGATAAA
* ** * *
17664 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTTCATAACAATTTGAACTAAATAATTGTTCAAATGCC
66 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATAGTTCAAATGCA
* * * *
17729 CATAATTATTTGAACCAATTTGACAAACTGACTTATTTTGTAAATCTCTAACTTATCAATTTTTG
131 CATAACTATTTGAACCAATTCGACAAACAGACTTATTTTGTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTG
** * * * *
17794 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAATTGGAATAATGGTTTTA
196 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATGGTTTTA
* * *** * * * * *
17859 TGATAAAACAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAA
261 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTTAAA
* * * * *
17924 CTTGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTTAATTTCTTATGTATTAATTTTCTAAATGTTAATAAAT
326 CTTCTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTATGTAATAATTTTCTAAATGTTAATAAAT
* * * * * *
17989 TAGCATTATTTTATTTCAAACAAGCATATATGAACTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAG
391 AAGCATAATTTCATTCCAAACAAGCATATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** * * * * *
18054 GTTAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTGATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGTCAAAC
456 GTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAGTGGTTAGTAAAAC
18119 ACATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTCCG
521 ACATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTCCG
18184 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAATTG
586 AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAATTG
18249 GTTCAATAAACAGATTAGTTTTTGAATCT
651 GTTCAATAAACAGATTAGTTTTTGAATCT
* ** * * *
18278 CTTATTAAAT-TTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTCTTTTGAATAATTTTGTATGA-AT
1 CTTA-TAAATGTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTGTGTATGATAA
* * *
18341 CAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-TGTCATAACAATTTGAAAAAAATGATAGTTCAAATGG
65 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATAGTTCAAATGC
* * * ** ** * * *
18405 ATATGACTATTTGATCTTATTCGATTAACAGATTTATTTT-TCAATCTCCAACTTATTAATTTTT
130 ACATAACTATTTGAACCAATTCGACAAACAGACTTATTTTGTAAATCTCCAACTTATCAATTTTT
* * *
18469 -AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTAT-AAGTAGAAACAATTGTT
195 GA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAA-TAGAAACAATGGTT
* * *
18532 TTATGACAAAACAAAATATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCACAACTATTT
258 TTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTT
* * *
18597 AAAC-TCTTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTATTTAATAATTTT-TGGAATTTTA
323 AAACTTCTTTCA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTATGTAATAATTTTCT-AAATGTTA
* * * * *
18659 ATAAATAAGTATAATTTCATTCCGAATAAGCTTTTATGAAC-AAAAACAATTGA-TTTATGACAA
385 ATAAATAAGCATAATTTCATTCCAAACAAGCATATATGAACTAAAAA-AATT-ATTTTATGACAA
* **
18722 AACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACGT-GT
448 AACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAATATTTGAA-GTGGT
* * * * * * *
18786 TCAG-AAAATATATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTTA-T
512 T-AGTAAAACACATTTATATTTTAAA--TCT-CTTATTAATTTTTAAAATATTATTAA-TTTACC
* * ** *
18849 ATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGCATGAA
572 AATATTTTACTCCGAATAAGCTTGTATGAA
18879 CATAACCAAT
Statistics
Matches: 492, Mismatches: 95, Indels: 28
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
675 13 0.03
676 280 0.57
677 64 0.13
678 29 0.06
679 97 0.20
680 9 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (679 bp):
CTTATAAATGTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTGTGTATGATAAA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTGTCATAACAATTTGAAAAAAATAATAGTTCAAATGCA
CATAACTATTTGAACCAATTCGACAAACAGACTTATTTTGTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTG
AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATGGTTTTA
TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCACAACTATTTAAA
CTTCTTTCATAAACAAATTTATTTTTTAAATTTCTTATGTAATAATTTTCTAAATGTTAATAAAT
AAGCATAATTTCATTCCAAACAAGCATATATGAACTAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAG
GTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAGTGGTTAGTAAAAC
ACATTTATATTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTATTAATTTACCAATATTTTACTCCG
AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAAGATCATAATAATTTGAATTG
GTTCAATAAACAGATTAGTTTTTGAATCT
Found at i:19009 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 18455--21574 Score: 1289
Period size: 361 Copynumber: 8.8 Consensus size: 361
18445 TCAATCTCCA
* * ** *
18455 ACTTATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTAT-AAG
1 ACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAA-
* * * * * * *
18518 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATA-TTATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
64 CAAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
* ** * * *
18582 TAGTCACAACTATTTAAAC-TCTTTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTAA-TA
128 TAGTCATAAAGATTTGAACAT-ATTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATC-TTT-TCTAATTA
* * * *
18644 ATTTTTGGAATTTTAATAAATAAGTATAATTTCATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAAAAACAAT
189 ATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAAT
* * *
18709 TGATTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTCTTCAAATAGTCATAAAT
254 TGATTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAAAT
18774 ATTTGAACGTGTTC-AGAAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTTT
319 ATTTGAACGTGTTCGA-AAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * *
18816 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAACTTTATATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTGCATGAAC
1 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGCATGAAC
* * *** * * *
18880 ATAACCAATTATTTTATGGA-AAAACAAAAG-GTAATAATGTTTTAAAATAGATAATTGTTTAGA
65 AAAAACAATTATTTTAT-GACAAAA-AAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAA
** * * *
18943 TAGTCATAACTATTTGAACATATTCGATAAATAAATTCATTTTTTAATTCTCTTTCTAATTAATT
128 TAGTCATAAAGATTTGAACATATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTAATTAATT
* * * * *
19008 TTTGGAATATTT-ATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATATATGAACTAAAACAATTG
192 TTTGGAAT-TTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTG
* * * * * *
19072 TTTTATTATAAAACAAAAGGTTACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
256 ATTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAAATAT
*
19137 TTGAACTTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
321 TTGAACGTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
*
19178 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
1 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACA
* * *
19243 AAAACAATTCTTTTATGACAAAATAAAGAGTCATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
19308 TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTGCTTATTAATTGTT
131 TCATAAAGATTTGAACATATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTAATTAATT-TT
* * * * * *
19373 T-TAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCTTCTATGAACAGAAGA-AA-TCAT
194 TGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACA-AAAACAATTGA-
* * * * * * * * * *
19435 TTTACGACAAAACAAATGGTTATAGT-AGTTTCAAATAGATAAATTGTTGAAATAG------ACA
257 TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGA-TTTGAAATACAT-AATTATTCAAATAGTCATAAATA
* * * * * *
19493 ----AACTTGTTC-AGTAAACA-ATTCACTTTTTAAATCTCTT
320 TTTGAACGTGTTCGA-AAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * ** ** *
19530 AATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACT
1 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACA
* * * * * * * *
19595 GACATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGAT-ATGTATTCAAAT
66 AAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAAT-TGTTCAAAT
* ** * * * ** ** * *
19658 AATCGCAACTG-TTTGATC-TAGTTCGATAAACATATTTATTTTAAAAAAATTTTAGTTATTAAT
129 AGTCATAA-AGATTTGAACATA-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTT-CTAATTAAT
* * * * * * * * *
19721 TATTGAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAATCCGAACAAGCTTGTATGAATAAAAACTATT-
191 TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTG
* * ** * * * ** * * *
19785 ATTTTATAAC-AAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAACAATTGCTGAAATTGTCATAACTA
256 A-TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAAATA
* * * *
19848 TTTGAA-ATGGTTCGATAAATAGATTTATTTCTTTAAA-C--CT
320 TTTGAACGT-GTTCGAAAAATATATTTATTT-TTTAAATCTTTT
* * * * * * ** *
19888 -CTTATTAATT-TTG-AATATTAGTATATTAGTATT-TTTT-TTCCAAACAAACTTATATGAATA
1 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACA
* * * * *
19948 AAAACATTTTTTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
66 AAAACA-ATTATTTTATGACAAAA-AAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * *
20012 ATTCATAATTATTTGAAC-TAGTT-AAGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCCTTTAC-ATATTAA
129 AGTCATAAAGATTTGAACATA-TTCGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTTTTCTA-ATTAA
* ** * * ** ***
20074 TTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAATAAGC-TAGTATGAATTGAAA-AA
190 TTTTTGGAATTTTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTA-TATGAACAAAAACAA
* * * * *
20136 TT-ATTTTATGACAAAATAAAA-G------TGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCTTAA
253 TTGA-TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * ** * * *
20193 TTATTGGAA-TTAGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
317 ATATTTGAACGT-GTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * * * * * * * *
20238 AGTTATTAATT-TTTAGATTATTATTATATTAGTATTATTTCATTT-GAATAAACTTGTATGAAC
1 ACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAAC
** * * * * * ** * * * * *
20301 AAAAGTAATTGTTTTATGACAGAACACAAG-GTTAGAATGATTTGAAGTATACAATTATTCAAAT
65 AAAAACAATTATTTTATGACA-AAAAAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* ** * * * * * * *
20365 AGTTATAATTATTTAAAC-TGATTTGATAAATAGATTTATTTGTTAAATCTTATACTTATTAAAT
129 AGTCATAAAGATTTGAACAT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTCTAATT-AAT
* ** * * * * *
20429 TTTT-AAAGATTACTAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATAAACTTGTATGATA-AAAAATAATT
191 TTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGA-ACAAAAACAATT
* * * * ** * * * * *
20491 G-TTACATGAC-AAACAAAATGTAATAACAATTTTGGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAA
255 GATT-TATGACAAAACAAAAGGTCACAATGA-TTT-GAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** **
20554 TTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATGGATTTATTTTTTAAATC----
317 ATATTTGAACGTG-TTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
* * * ** * **
20595 ACTTATTAATT-TTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACAAGCTTGTGTGAAC
1 ACTTATTAATTGTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAAC
** * * ** * * *
20658 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
65 AAAAACAATTATTTTATGACAAAA-AAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * * *** * * * ** *
20722 AGTCTTAATTG-TTTAAACCGCTTTGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
129 AGTCATAA-AGATTTGAACATATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTAATTAATT
* * * * * ** *
20786 TTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATATGCTTATATGAAC-TGAA-AATTTA
192 TTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGA
* * * * *** * * * **
20849 TTTTATAATAGAATAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAATAGGAACT-AATA
257 -TTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCA-TAAATA
* **
20912 --T--A---G-T----AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
320 TTTGAACGTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
** * * * * * * ** *
20942 ACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTCA-TTCTGAATAGGCTTATATG-AT
1 ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGCATGAAC
* * * * ** * * * * **
21004 GAAAACTAATTGTTTTATGACAAACAAAAG-TTTGTAATAATTTGAAATAGATAATTATTTGAA-
65 AAAAAC-AATTATTTTATGACAAAAAAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAAT
* * *** * * * *
21067 AGGCA-ATAGTTATTTGAATCGAT-TT-GATAAATTGACTTATTTTTTAAAT-TTCTAACTTATC
129 AGTCATAAAG--ATTTGAA-C-ATATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-T-TCTAATT
* * * ** * **
21128 AATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTC-AGATAAATTTTTATGAACTGAAAC
188 AATTTTTGGAA-TTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGA-ATAAGCTTATATGAACAAAAAC
* * * * * * * * *
21191 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAGATAATTATTTAAAAAGTCATA
251 AATTGATTTATGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * ** * * * *
21255 ACTATTTAAACTTACTCCATAAACAAATTTATTTTTTAAAAT-TTTT
316 AATATTTGAACGTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTT-AAATCTTTT
*** * * ** *
21301 TGGTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTCGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC
1 ACTTATTAA-TTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAAC
* * * ** * * *
21365 TTAAAAA-AATTATTTTATGACTAAACAAAAG-GTCACAATGATTTAAAATAGATAATTGCTCTA
65 --AAAAACAATTATTTTATGAC-AAAAAAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAA
* * ** * * ** * * * *
21428 ATAATCTTAACTATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTATATCTCTTACTTATTAA
127 ATAGTCATAAAGATTTGAACAT-ATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TTTCTAATTAA
* * * * * * * * * * *
21492 TTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATGAGCTTGTGTGAAC-AAAACAATT
190 TTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATT
* *
21556 GTTTTATGACCAAACAAAA
255 GATTTATGACAAAACAAAA
21575 ATCTTAACAA
Statistics
Matches: 2154, Mismatches: 456, Indels: 298
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
343 22 0.01
344 2 0.00
345 8 0.00
346 135 0.06
347 92 0.04
348 57 0.03
349 14 0.01
350 18 0.01
351 25 0.01
352 255 0.12
353 185 0.09
354 175 0.08
355 43 0.02
356 45 0.02
357 169 0.08
358 40 0.02
359 34 0.02
360 65 0.03
361 397 0.18
362 338 0.16
363 33 0.02
364 2 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
ACTTATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGCATGAACA
AAAACAATTATTTTATGACAAAAAAAAGAGTAATAACAATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCATAAAGATTTGAACATATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTCTAATTAATTTTTG
GAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTATATGAACAAAAACAATTGATTTA
TGACAAAACAAAAGGTCACAATGATTTGAAATACATAATTATTCAAATAGTCATAAATATTTGAA
CGTGTTCGAAAAATATATTTATTTTTTAAATCTTTT
Found at i:19489 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19467--19500 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
19457 TAGTAGTTTC
*
19467 AAATAGATAAA-TTGTTG
1 AAATAGACAAACTTGTTG
19484 AAATAGACAAACTTGTT
1 AAATAGACAAACTTGTT
19501 CAGTAAACAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 10 0.67
18 5 0.33
ACGTcount: A:0.47, C:0.06, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
AAATAGACAAACTTGTTG
Found at i:20413 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 19516--21575 Score: 988
Period size: 180 Copynumber: 11.6 Consensus size: 178
19506 AACAATTCAC
* * * * * *
19516 TTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTTTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATA
* * * * * * * **
19581 AGCTTATATGAACTGACATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
65 AACTTGTATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGAT
* * *** * * * * * * *
19646 -ATGTATTCAAATAATCGCAACTGTTTGATCT-AGTTCGATAAACATATTTAT
128 AAT-TGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGATTTAT
** ** * * * * * * * *
19697 TTTAAAAAAATTTTAGTTATTAATTATT-GAAATATTAATAAATTATTATTATTTTAATCCGAAC
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAAT
* * * * * * ** * *
19761 AAGCTTGTATGAATAAAA-ACTATTATTTTATAACAAA-AAAAGGTCATAACAATTTGAAAGAAA
64 AAACTTGTATGAACAAAATA--ATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGA
* * * * * * * *
19824 CAATTGCTGAAATTGTCATAACTATTTGAAA-TGGTTCGATAAATAGATTTAT
127 TAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTT-AAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
* * * ** *
19876 TTCTTTAAA-C-C-T-CTTATTAA-TTTT-GAATATTAGTATATTAGTATT-TTTTTTCCAAACA
1 TT-TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTATTCTGAATA
* * * * * **
19934 AACTTATATGAATAAAA-ACATTTTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
65 AACTTGTATGAACAAAATA-A--TTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAG
* * * * * *
19998 ATAATTGTTCAAATA-TTCATAATTATTTGAACT-AGTTAAGTAAACAAAATTAT
126 ATAATTGTTCAAATAGTT-ATAATTATTTAAACTGATTTGA-TAAATAGATTTAT
* * * * * *
20051 TTTTTAAATC-CTTTACATATTAATTTCTAAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTATGAA
1 TTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATT-AGTATTA-TTTATTCTGAA
* * ** *
20114 TAAGCTAGTATGAATTGAAA-AATTATTTTATG----AC-AAAA-TAA-AAGTGATTTGAAATAG
63 TAAACTTGTATGAA-CAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAA-TGATTTGAAATAG
* ** * * ** * *
20171 ATAATTGTTCATATAGTCT-TAATTATTGGAA-TTAGTTCGGCAAACAAATTTAT
126 ATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGA-TTTGATAAATAGATTTAT
* * *
20224 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGATTATTATTATATTAGTATTATTTCATT-TGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTT-ATTCTGAATA
* * * * * * *
20288 AACTTGTATGAACAAAAGTAATTGTTTTATGACAGAACACAAGGTTAGAATGATTTGAAGTATAC
65 AACTTGTATGAACAAAA-TAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGAT
*
20353 AATTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
128 AATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
* * *
20404 TTGTTAAATCT-TATACTTATTAAATTTTTA-AAGATTACTAAATTAGTATTATTTATTCTGAAT
1 TTTTTAAATCTCT-TACTTATT-AATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTATTCTGAAT
* ** * **
20467 AAACTTGTATGATAAAAAATAATTGTTACATGACAAACAAAATGTAATAACAATTTTGGAAATAG
64 AAACTTGTATGA-ACAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGA-TTT-GAAATAG
* * ** * * *
20532 ATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAATGGATTTAT
126 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
* * *
20585 TTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-AATTAGTATTATTTAATTTTGAACA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTT-ATTCTGAATA
* * * * *
20645 AGCTTGTGTGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGAT
65 AACTTGTATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
20710 AATTGTTCATATAGTCT-TAATTGTTTAAACCGCTTTGACAAACAGATTTAT
128 AATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
*
20761 TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATTATTAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAAT
** * * * * * * ** *
20825 ATGCTTATATGAACTGAAAAT--TTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATAG
64 AAACTTGTATGAAC--AAAATAATTGTTTTATGACA-AACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAG
* * *
20888 ATAA-TGTTCAAATAG----GA--A-CT-AA-T-A-TAG-TAAATAGATTTAT
126 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
* ** * *
20928 TTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTCATTCTGAATA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTT-ATTCTGAATA
** * ** ** *
20992 GGCTTATATGATGAAAACTAATTGTTTTATGACAAAC-AAAAGTTTGTAATAATTTGAAATAGAT
65 AACTTGTATGAACAAAA-TAATTGTTTTATGACAAACAAAAAG-TAATAATGATTTGAAATAGAT
* * * ** * * * *
21056 AATTATTTGAAA-GGCAATAGTTATTTGAA-TCGATTTGATAAATTGACTTAT
128 AATT-GTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACT-GATTTGATAAATAGATTTAT
* * * * * *
21107 TTTTTAAATTTCTAACTTATCAATTTTT-GAACTATTAATAAAGTAGTATTATTTTATT-TCAGA
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTATTAAATTAGTATTA-TTTATTCTGA-A
* * * * * * * * *
21170 TAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGT-ATATTTATTTTAAATAG
63 TAAACTTGTATGAAC-AAAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAG
* * * * * * * ** * *
21234 ATAATTATTTAAAAAGTCATAACTATTTAAACTTACTCCATAAACAAATTTAT
126 ATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
* *** * * * * *
21287 TTTTTAAAAT-TTTTTGGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTCGTATTATTTTATT-TCAAA
1 TTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTATTCT-GAA
* * * * * * *
21350 TAAGCTTGTATGAACTTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCACAATGATTTAAAATA
63 TAAACTTGTATGAAC--AAAATAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATA
* * * * * * * * ** * *
21415 GATAATTGCTCTAATAATCT-TAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTAT
125 GATAATTGTTCAAATAGT-TATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
* * * * * ** *
21469 TTTTTATATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATG
1 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTATTCTGAATA
* * *
21534 AGCTTGTGTGAACAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAAA
65 AACTTGTATGAACAAAATAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAA
21576 TCTTAACAAT
Statistics
Matches: 1450, Mismatches: 327, Indels: 205
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
164 4 0.00
165 8 0.01
166 63 0.04
167 47 0.03
168 7 0.00
171 6 0.00
172 50 0.03
173 114 0.08
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181 226 0.16
182 134 0.09
183 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATTTATTCTGAATAA
ACTTGTATGAACAAAATAATTGTTTTATGACAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATAGATAAT
TGTTCAAATAGTTATAATTATTTAAACTGATTTGATAAATAGATTTAT
Found at i:21049 original size:166 final size:167
Alignment explanation
Indices: 20753--21058 Score: 422
Period size: 166 Copynumber: 1.8 Consensus size: 167
20743 TTTGACAAAC
* *** * *
20753 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAT
* * * *
20818 TCTGAATATGCTTATATGAACTGAAAATTTATTTTATAATAGAATAAAAGGTTGTAACGATTTGA
66 TCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAATTTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTGA
20883 AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
131 AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
*
20920 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTACTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTCAT
1 AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAT
* * * *
20984 TCTGAATAGGCTTATATG-A-TGAAAACTAATTGTTTTATGACA-AACAAAAGTTTGTAATAATT
66 TCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAA-T--TTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTGTAACAATT
21046 TGAAATAGATAAT
128 TGAAATAGATAAT
21059 TATTTGAAAG
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 15, Indels: 7
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 6 0.05
165 2 0.02
166 71 0.59
167 42 0.35
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (167 bp):
AGATTTATTTTTTAAATCTCCTACAAATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTCAT
TCTGAATAGGCTTATATGAACTGAAAATTTATTTTATAACAGAACAAAAGGTTGTAACAATTTGA
AATAGATAATGTTCAAATAGGAACTAATATAGTAAAT
Found at i:21894 original size:321 final size:325
Alignment explanation
Indices: 21273--21912 Score: 733
Period size: 321 Copynumber: 2.0 Consensus size: 325
21263 AACTTACTCC
* * * *
21273 ATAAACAAATTTATTTTTTAAAATTTTTTGGTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTCGTATTA
1 ATAAACAAATTTAATTTTTAAAATTTTTT-GTATTAATTTTTTGAATATTAAAAAATTAGTATTA
* *
21338 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTTAAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCACAA
65 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-TAAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCACAA
* * * * *
21403 TGATTTAAAATAGATAATTGCTCTAATAATCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACATATTTA
129 TGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTTA
* ** *
21468 TTTTTTATATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAAT
194 TTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCCAAAT
* ** * * **
21533 GAGCTTGTGTGAACAAAACAATTGTTTTATGACCAAACAAAA-ATCTTAACAATTTGAACTGGTT
259 AAAATTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAACTGGTT
21597 CG
324 CG
*
21599 ATAAACAGATTTAATTTTT-AAA-TTTTT-TATTAA-TTTTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTA
1 ATAAACAAATTTAATTTTTAAAATTTTTTGTATTAATTTTTTG-AATATTAAAAAATTAGTATTA
* ** * * * *
21660 TTTTA-TTCTTAATAATTTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATA
65 TTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCACA
* * * * **
21723 ATGATTTGAAATAGATGATAGTTCAAATGAA-CATGACTATTTGAACTT-GTTCGATTAACAAAT
128 ATGATTTAAAATAGATAATAGCTCAAAT-AATCATAACTATTTGAA-TTGGTTCGACAAACAAAT
* * * ** *
21786 TTATTTTTTAAATCTCCAATTTATTAATTTTTAGAATATTAAT-ATATTAGTATTATTTTGTTTC
191 TTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAT-TTAGCAATATTTTACTCC
* * *
21850 GAATAAAATTGTATGAATAGAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAA
255 AAATAAAATTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAA
21913 ATAAATAATT
Statistics
Matches: 262, Mismatches: 45, Indels: 18
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
320 4 0.02
321 172 0.66
322 61 0.23
324 5 0.02
325 3 0.01
326 17 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (325 bp):
ATAAACAAATTTAATTTTTAAAATTTTTTGTATTAATTTTTTGAATATTAAAAAATTAGTATTAT
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCACAATG
ATTTAAAATAGATAATAGCTCAAATAATCATAACTATTTGAATTGGTTCGACAAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAA
AATTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAATAACAATTTGAACTGGTTCG
Found at i:23675 original size:120 final size:119
Alignment explanation
Indices: 23461--23683 Score: 313
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 119
23451 ATTAAACAAG
* *
23461 TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAATTTGCTATAACCTTTTGTATTGCCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGCCA
* *
23526 TAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATCTCAAATCTATTTACTGAATAAT
66 TAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTAT-TCAAATCTATTTACTGAATAAT
* * * * * *
23581 TTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
1 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGCCA
* *
23646 TAAAACAATTACTTT-TGTTCATACTAGCTTATTCAAAT
66 TAAAACAATT-CTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAAT
23684 TAAAATAATA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 12, Indels: 3
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
119 6 0.07
120 81 0.90
121 3 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (119 bp):
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATAACCTTTTGTATTGCCA
TAAAACAATTCTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAAATCTATTTACTGAATAAT
Found at i:24014 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 23561--27367 Score: 3220
Period size: 181 Copynumber: 21.2 Consensus size: 181
23551 AGCTTATCTC
* * * * * *
23561 AAATCTATTTACTGAATAATTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * *
23626 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTACTTT-TGTTCATACTAGCTTATTCAAATTAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * ** * *
23690 AATATTAATTTGTTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATATAAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT-TTAAAAAAT
* * * * *
23743 AAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** * * *
23807 TTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAATAATTGTATCAATTCATATAGGCTCATTCAAAATAAAAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * *
23872 AATACTAACTTATTACTATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
23924 GAATCTGTTTACTAAACAAGTTC-AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCAT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* *** * *
23988 TATGAGCTTTTGTTTCACCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-GAATAAAAT
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAAT
* * * * * *
24052 AACA-TGAATTTACTAATATTCCAAAGATTAATAAGTAA-AAATATAAAAAAT
130 AATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * **
24103 AAATATATTTTTTGAACACGTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAGAGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * ** * * * *
24168 GATGACTTTTTGTTTTACCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAAAAGCTTA-TCAGAATAAAAT-
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
24231 -GA-TAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTAAAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * *
24279 AATTTTGTTTAACT-AGTAAGTTCAAATAGTTATGAATATTTAAATAATTAGT-TATTTTAAATC
1 AAATCTGTTT-ACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATC
** * ** *
24342 GTTATGATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAGAATAAAA
64 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* *
24407 TAATACTAATTTATTAATAGTTT-GAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACT
129 TAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
24456 AAATCTGTTTACT-AGACAA-TTCAAATAGTTATGAGTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATTG
1 AAATCTGTTTACTGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * *
24519 GTATGATC-TTTGTTTTGTCATTAAACAATTGTTTCTG-TCTATACAAACTTATTCAAAGTAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTC-ATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * ** * * *
24582 TATTGCTAAACTAATAATATTTTAAAAATT--T-A-TAAGAGATATAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
24631 AAATATATTTA-TCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTACT-GAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATC
* * * * ** * *
24694 GTTCTGACCTTTTGTTTAGTTATAAAATAATTGTTTCAATTCGTACATA-CTTATTCTAAATAAA
64 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACA-AGCTTATTCAAAAT-AA
* * * *
24758 AATAATATTATTTTATTAACA-TTCAGAAAATTAATAAGCAAGCA-ATTTAAAAACAT
127 AATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAA-AT
* ** * * *
24814 AAATCTGTTAACCAAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATC-ATTTTAAAATCG
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATCG
* * * * *
24878 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAT-TTCATAAAACCTTATCCAAAATAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * * ** * *
24942 TAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGAA-AATTTGGAAATTTAAAACAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-AATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
** * * * * *
24995 AAATCAATTTATTCAATCAA-TTCAAATAGTTATGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTTTACTGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * ** * * * *
25059 TTTTGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATACAAGCCTATTTAGAATAAAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
25124 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AGAGA-TT-----AT
130 AATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * *
25169 ---T-TGTTTACTGAACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAGTGGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * *
25230 TATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* ** * * * * *
25295 ATATTAAACTAATAATATTAT-GAAAATTAATAATTATGAGATTT-GAAAAT
131 ATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * **
25345 AAATTTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTA-AAGCTATATGAATAATTATCCATTTCAAATAA
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * * * * *
25409 TTATGTA-CTTTTGTTTTGTCGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTAAAATAAAA
65 TTATG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* **
25473 TAATA-TTATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAAT
129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * * * * *
25521 AAATTTGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATAACAATTTAAATAATTATTTATTTCATATCGT
1 AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
** * * * * * *** *
25586 TATGACGATTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTCTATTGATACAATCTTATTTGGAATAAAGTA
66 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * *
25651 ATGCTAATTTATTAATA-ATCTAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAATAAT
131 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* ** * * * * *
25702 GAATCTGTTCGCCTG-ACCAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA
1 AAATCTGTT-TACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
* * * *
25766 TTATGACCTTTTATTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAACTTATTCAAAATAACAT
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
* * * *
25831 AATTCTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAACT
130 AATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * *
25883 GAATTTGTTTA-TCGAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCG
** * * * * * * * *
25947 CCATAACCTTTTATTTTATCATAAAATAATT-TTTGCTATTCTTATAAGCTTATTTC-AATTAAA
65 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-CTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAA
* * * * * * *
26010 ATAATACAAATTTATT-ATCATTT-AGATAATTAATGAGCAAAATATTTGAAAAAT
128 ATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * *
26064 AAATCTGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATTAA-TATTTATTTCAAATC
1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATC
* * * ** *
26127 ATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGGATTAAAA
64 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAA
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129 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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27143 AAATCTATTTACTGAA-ACAGTTCAAATAG-T-TGACTATTTGAATAATTATCTATCT-AAATTC
1 AAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TC
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27204 GTTATG--CTTTTCATTTTGTCACAAAAAAAATTTGGTTTCTTTTCATACCAGCTTATTTAGATT
64 GTTATGACCTTTT-GTTTTGTCA-TAAAACAA-TT-GTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT
*
27267 AAAATAATACTAATTTAATAATATTTTCAAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
125 AAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
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27326 AAATGTGTTTTGTCAAACTAGGTCAAATAGTTAAGACTATTT
1 AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
27368 TTGTCATAAA
Statistics
Matches: 2909, Mismatches: 590, Indels: 248
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 125 0.04
171 6 0.00
172 2 0.00
173 5 0.00
174 19 0.01
175 137 0.05
176 365 0.13
177 124 0.04
178 86 0.03
179 189 0.06
180 597 0.21
181 767 0.26
182 298 0.10
183 166 0.06
184 12 0.00
185 1 0.00
186 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGT
TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
Done.