Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168184.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_421, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27460
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Found at i:2701 original size:31 final size:31
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Indices: 2665--2728 Score: 85
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
2655 AGCTTGTTAG
*
2665 AAAATTAAACCGACA-CAAAAAAATTCATCAA
1 AAAATTAAACCGA-AGCAAAAAAATTCACCAA
* *
2696 AAAATTCAACCGAAGCTAAAAAATTCACCAA
1 AAAATTAAACCGAAGCAAAAAAATTCACCAA
2727 AA
1 AA
2729 TTTGAAAAAC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.03
31 28 0.97
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AAAATTAAACCGAAGCAAAAAAATTCACCAA
Found at i:3142 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 3133--3215 Score: 50
Period size: 4 Copynumber: 19.8 Consensus size: 4
3123 AATTAAACAA
3133 AAAT AAAT AAA- ACAAT AAAT AAAAT CAAAAT AAAT AAAT AAAT AAAACT
1 AAAT AAAT AAAT A-AAT AAAT -AAAT --AAAT AAAT AAAT AAAT -AAA-T
3182 CAAA- AAAGT AAA- ATAA- AAAT AAAT AAAT -AAT AAA
1 -AAAT AAA-T AAAT A-AAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAA
3216 CAAAATATGA
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 1, Indels: 22
0.74 0.01 0.24
Matches are distributed among these distances:
3 10 0.15
4 37 0.55
5 11 0.16
6 9 0.13
ACGTcount: A:0.75, C:0.05, G:0.01, T:0.19
Consensus pattern (4 bp):
AAAT
Found at i:3145 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 3122--3208 Score: 68
Period size: 15 Copynumber: 5.5 Consensus size: 15
3112 ACTGATAATC
*
3122 AAATTAAACAAAAAT
1 AAATAAAACAAAAAT
3137 AAATAAAACAATAAAT
1 AAATAAAACAA-AAAT
*
3153 AAAATCAAAATAAATAAAT
1 -AAAT-AAAA-CAA-AAAT
*
3172 AAATAAAACTCAAAA-
1 AAATAAAAC-AAAAAT
* *
3187 AAGTAAAATAAAAAT
1 AAATAAAACAAAAAT
3202 AAATAAA
1 AAATAAA
3209 TAATAAACAA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 8, Indels: 12
0.74 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 4 0.07
15 23 0.40
16 7 0.12
17 9 0.16
18 8 0.14
19 7 0.12
ACGTcount: A:0.75, C:0.06, G:0.01, T:0.18
Consensus pattern (15 bp):
AAATAAAACAAAAAT
Found at i:3193 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3137--3222 Score: 79
Period size: 23 Copynumber: 3.6 Consensus size: 24
3127 AAACAAAAAT
*
3137 AAATAAA-ACAATAAATAAAATCA
1 AAATAAATAAAATAAATAAAATCA
3160 AAATAAAT-AAATAAATAAAACTCA
1 AAATAAATAAAATAAATAAAA-TCA
* * *
3184 AAA-AAGTAAAATAAAAATAAATAA
1 AAATAAATAAAATAAATA-AAATCA
*
3208 ATAATAAACAAAATA
1 A-AATAAATAAAATA
3223 TGAAAAAAAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 6, Indels: 9
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
23 21 0.41
24 17 0.33
25 5 0.10
26 8 0.16
ACGTcount: A:0.74, C:0.06, G:0.01, T:0.19
Consensus pattern (24 bp):
AAATAAATAAAATAAATAAAATCA
Found at i:7667 original size:495 final size:494
Alignment explanation
Indices: 6738--8716 Score: 3456
Period size: 495 Copynumber: 4.0 Consensus size: 494
6728 ATTTGTTTAC
* *
6738 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATAC-TCAAGTGGCATTGAATATGTTAGCTTG
1 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTG
*
6802 AGTTTATTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTA
66 AGTTTGTTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTA
*
6867 AAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCATGGCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCA
131 AAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCGT-GCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCA
* *
6932 ATCTTAATATACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATTATGAGCAATCTAAATGGTAATACGATT
195 ATCTTAATATACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTACTACGATT
6997 ATCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAAACC
260 ATCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAAACC
*
7062 AAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAATT
325 AAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAACT
*
7127 ATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAAAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAATGGT
390 ATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAATGGT
*
7192 AGAATAATGATCTATAGGATCGT-TTGCCTAGTCAGTATTA
455 GGAATAATGATCTATAGGATC-TCTTGCCTAGTCAGTATTA
*
7232 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCAATCATACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTG
1 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTG
*
7297 AGTTTGTTAACTATGTATTGATAATGAGCAAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGT
66 AGTTTGTTAACTATGTATTGATAATAAGC-AAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGT
*
7362 AAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCGTCGTGCTAGA-GATGGTGTACAAAAATGATAATCA
130 AAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCGTGCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCA
* * *
7426 ATCTTAAATATACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCGATCTAAATGATACTACGAC
195 ATCTT-AATATACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTACTACGAT
7491 TATCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTT-TTAAACATCAAAAC
259 TATCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAAAC
*
7555 CAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATATTTTTGATTTAGTGTTAGATTGATCAA
324 CAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATA-TTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAA
* *
7620 CTATATTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGTGAGAATCTCCTAAAAA-AAAGAAT-ACCAATG
388 CTATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAATG
7683 GTGGAATAATGATCTATAGGATCTCTTGCCTAGTCAGTATTA
453 GTGGAATAATGATCTATAGGATCTCTTGCCTAGTCAGTATTA
7725 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCT-CATCATACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTG
1 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTG
7789 AGTTTTGTTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGT
66 AG-TTTGTTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGT
*
7854 AAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCGTGATAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCA
130 AAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCGTGCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCA
* * *
7919 ATCTTAATAAACTTGGTGCACTCAATG-AAGAAATCATCATGAGTAATCTAAATGGTACTAACGA
195 ATCTTAATATACTTAGTGCACTC-ATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTACT-ACGA
* * *
7983 TTATCATAGTAATCGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTTTGCCCATAATTTTTATTAAACATCAAA
258 TTATCATAGTAA-AGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAA
*
8048 ACCAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAACAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCA
322 ACCAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCA
8113 ACTATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAAT
387 ACTATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAAT
* * *
8178 GGTGGAATAATGATTTATAAGATCTCTTGTCTAGTCAGTATTA
452 GGTGGAATAATGATCTATAGGATCTCTTGCCTAGTCAGTATTA
*
8221 ATAATTATATTAATTTACATAAACACC-CCATCATTACTCAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTT
1 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCA-TACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTT
*
8285 GAGTTTGTTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTTAGTAGTTTGATTTT
65 GAGTTTGTTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAA-TTAGTAGTTTGATTTG
8350 TAAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCGTGCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATC
129 TAAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCGTGCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATC
*
8415 AATCTTAATATACTTGGTGCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTACTACGAT
194 AATCTTAATATACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTACTACGAT
*
8480 TATCATAGTATAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAAAC
259 TATCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAAAC
8545 C-AAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAAC
324 CAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAAC
* *
8609 TATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGTGAGAATCTCCTAAAAAAAAAAGAATAACCAATG
389 TATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGAGAGAATCTCCT-AAAAAGAAAGAATAACCAATG
*
8674 GTGGAATAATGATCTATAGGATCTCTTGCCTAGTCAATATTA
453 GTGGAATAATGATCTATAGGATCTCTTGCCTAGTCAGTATTA
8716 A
1 A
8717 ACAACCTAGA
Statistics
Matches: 1413, Mismatches: 54, Indels: 35
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
492 156 0.11
493 147 0.10
494 336 0.24
495 401 0.28
496 208 0.15
497 165 0.12
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (494 bp):
ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTG
AGTTTGTTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTA
AAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCGTGCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCAA
TCTTAATATACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTACTACGATTA
TCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAAACCA
AAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAACTA
TAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAATGGTG
GAATAATGATCTATAGGATCTCTTGCCTAGTCAGTATTA
Found at i:8659 original size:989 final size:989
Alignment explanation
Indices: 6738--8716 Score: 3485
Period size: 989 Copynumber: 2.0 Consensus size: 989
6728 ATTTGTTTAC
* *
6738 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATACTCAAGTGGCATTGAATATGTTAGCTTGA
1 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATACTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTGA
6803 GTTTATTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTAA
66 GTTTATTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTAA
*
6868 AAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCATGGCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCAA
131 AAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCATGGATAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCAA
* *
6933 TCTTAATATACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATTATGAGCAATCTAAATGGTAATACGATTA
196 TCTTAATAAACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTAATACGATTA
*
6998 TCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAAACCA
261 TCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATAATTTTTATTAAACATCAAAACCA
* *
7063 AAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAATTA
326 AAGTAAATTTGAAGTGATATTAACAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAACTA
7128 TAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAAAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAATGGTA
391 TAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAAAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAATGGTA
*
7193 GAATAATGATCTATAGGATCGTTTGCCTAGTCAGTATTAATAATTATATTAATTTACATAAACAC
456 GAATAATGATCTATAAGATCGTTTGCCTAGTCAGTATTAATAATTATATTAATTTACATAAACAC
* *
7258 CTCAATCATACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTGAGTTTGTTAACTATGTATTGATAATG
521 CTCAATCATACTCAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTGAGTTTGTTAACTATGTATTGATAATA
7323 AGCAAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTAAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAG
586 AGCAAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTAAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAG
*
7388 TCCGTCGTGCTAGAGATGGTGTACAAAAATGATAATCAATCTTAAATATACTTAGTGCACTCATG
651 TCCCTCGTGCTAGAGATGGTGTACAAAAATGATAATCAATCTTAAATATACTTAGTGCACTCATG
*
7453 AAAGAAATCATCATGAGCGATCTAAATGATACTACGACTATCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGG
716 AAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGATACTACGACTATCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGG
7518 ATGGTGCTATGCCCATATTTTTTTTAAACATCAAAACCAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAA
781 ATGGTGCTATGCCCATATTTTTTTTAAACATCAAAACCAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAA
* *
7583 AAACACAATATTTTTGATTTAGTGTTAGATTGATCAACTATATTTTGTTTCTTACTTCACCTAAA
846 AAACACAATATTTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAACTATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAA
7648 AAAGTGAGAATCTCCT-AAAAAAAAGAAT-ACCAATGGTGGAATAATGATCTATAGGATCTCTTG
911 AAAGTGAGAATCTCCTAAAAAAAAAGAATAACCAATGGTGGAATAATGATCTATAGGATCTCTTG
*
7711 CCTAGTCAGTATTA
976 CCTAGTCAATATTA
7725 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCT-CATCATACTTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTG
1 ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATAC-TAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTG
*
7789 AGTTTTGTTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGT
65 AG-TTTATTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGT
*
7854 AAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCGT-GATAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATC
129 AAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCATGGATAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATC
* * *
7918 AATCTTAATAAACTTGGTGCACTCAATG-AAGAAATCATCATGAGTAATCTAAATGGTACTAACG
194 AATCTTAATAAACTTAGTGCACTC-ATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTAAT-ACG
* *
7982 ATTATCATAGTAATCGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTTTGCCCATAATTTTTATTAAACATCAA
257 ATTATCATAGTAA-AGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATAATTTTTATTAAACATCAA
8047 AACCAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAACAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATC
321 AACCAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAACAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATC
*
8112 AACTATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAGAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAA
386 AACTATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAAAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAA
* * *
8177 TGGTGGAATAATGATTTATAAGATC-TCTTGTCTAGTCAGTATTAATAATTATATTAATTTACAT
451 TGGTAGAATAATGATCTATAAGATCGT-TTGCCTAGTCAGTATTAATAATTATATTAATTTACAT
*
8241 AAACACC-CCATCATTACTCAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTGAGTTTGTTAACTATGTATT
515 AAACACCTCAATCA-TACTCAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTGAGTTTGTTAACTATGTATT
*
8305 GATAATAAGC-AAAAAATTATCTTAATAATTTAGTAGTTTGATTTTTAAAAGACACAAAAGTCAA
579 GATAATAAGCAAAAAAATTATCTTAATAA-TTAGTAGTTTGATTTGTAAAAGACACAAAAGTCAA
*
8369 AAGAATAGTCCCTCGTGCTAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCAATCTT-AATATACTTGGT
643 AAGAATAGTCCCTCGTGCTAGA-GATGGTGTACAAAAATGATAATCAATCTTAAATATACTTAGT
* * *
8433 GCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTACTACGATTATCATAGTATAGTTTGA
707 GCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGATACTACGACTATCATAGTAAAGTTTGA
8498 TGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTTATTAAACATCAAAACC-AAGTAAATTTGAAGTG
772 TGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATATTTTTT-TTAAACATCAAAACCAAAGTAAATTTGAAGTG
8562 ATATTAGCAAAAACACAATA-TTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAACTATAGTTTGTTTCTTAC
836 ATATTAGCAAAAACACAATATTTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAACTATAGTTTGTTTCTTAC
8626 TTCACCTAAAAAAGTGAGAATCTCCTAAAAAAAAAAGAATAACCAATGGTGGAATAATGATCTAT
901 TTCACCTAAAAAAGTGAGAATCTCCT-AAAAAAAAAGAATAACCAATGGTGGAATAATGATCTAT
8691 AGGATCTCTTGCCTAGTCAATATTA
965 AGGATCTCTTGCCTAGTCAATATTA
8716 A
1 A
8717 ACAACCTAGA
Statistics
Matches: 946, Mismatches: 33, Indels: 22
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
986 8 0.01
987 135 0.14
988 205 0.22
989 493 0.52
990 56 0.06
991 49 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (989 bp):
ATAATTATATTAATTTACATAAACACCTCCATCATACTAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTGA
GTTTATTAACTATGTATTGATAATAAGCAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTAA
AAGACACAAAAGTCAAAAGAATAGTCCCTCATGGATAGATGATGGTGTACAAAAATGATAATCAA
TCTTAATAAACTTAGTGCACTCATGAAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGGTAATACGATTA
TCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGGATGGTGCTATGCCCATAATTTTTATTAAACATCAAAACCA
AAGTAAATTTGAAGTGATATTAACAAAAACACAATATTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAACTA
TAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAAAAAAAGAGAATCTCCTAAAAAGAAAGAATAACCAATGGTA
GAATAATGATCTATAAGATCGTTTGCCTAGTCAGTATTAATAATTATATTAATTTACATAAACAC
CTCAATCATACTCAAAGTGGCATTGAAGATGTTAGCTTGAGTTTGTTAACTATGTATTGATAATA
AGCAAAAAAATTATCTTAATAATTAGTAGTTTGATTTGTAAAAGACACAAAAGTCAAAAGAATAG
TCCCTCGTGCTAGAGATGGTGTACAAAAATGATAATCAATCTTAAATATACTTAGTGCACTCATG
AAAGAAATCATCATGAGCAATCTAAATGATACTACGACTATCATAGTAAAGTTTGATGGTGGAGG
ATGGTGCTATGCCCATATTTTTTTTAAACATCAAAACCAAAGTAAATTTGAAGTGATATTAGCAA
AAACACAATATTTTTGATTCAGTGTTAGATTGATCAACTATAGTTTGTTTCTTACTTCACCTAAA
AAAGTGAGAATCTCCTAAAAAAAAAGAATAACCAATGGTGGAATAATGATCTATAGGATCTCTTG
CCTAGTCAATATTA
Found at i:10888 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 10860--10900 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 3.4 Consensus size: 12
10850 TTTAGTTTTC
10860 ATAT-ATAATAAA
1 ATATGATAA-AAA
10872 ATATGATAAAAA
1 ATATGATAAAAA
10884 A-ATGATAAAAA
1 ATATGATAAAAA
10895 GATATG
1 -ATATG
10901 TGATTTTAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 5
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
11 10 0.38
12 9 0.35
13 7 0.27
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.10, T:0.27
Consensus pattern (12 bp):
ATATGATAAAAA
Found at i:16761 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 16713--16776 Score: 76
Period size: 31 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
16703 ACTAATATGA
* *
16713 TATATAATTTAATGTTTATAATGT-AAATTG
1 TATATAATTTAAAGTTTAGAATGTAAAATTG
* *
16743 TATATTATTTGAAAGTTTAGAGTGTAAAATTG
1 TATATAATTT-AAAGTTTAGAATGTAAAATTG
16775 TA
1 TA
16777 CATTTTATTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 2
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 9 0.32
31 11 0.39
32 8 0.29
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.14, T:0.47
Consensus pattern (31 bp):
TATATAATTTAAAGTTTAGAATGTAAAATTG
Found at i:17130 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 17088--17132 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
17078 ATTTTAATAT
* *
17088 ATTTTATTGATGTTATATAAA
1 ATTTTATTGATGTTACAAAAA
17109 ATTTTATTGA-GTTGACAAAAA
1 ATTTTATTGATGTT-ACAAAAA
17130 ATT
1 ATT
17133 AACATCGTTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.14
21 18 0.86
ACGTcount: A:0.40, C:0.02, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
ATTTTATTGATGTTACAAAAA
Found at i:21736 original size:23 final size:25
Alignment explanation
Indices: 21692--21740 Score: 66
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
21682 TTTATTATAA
*
21692 TTATTATTTTATTTATCCTCTTTAT
1 TTATTATTTTATTTATCATCTTTAT
*
21717 TTATT-TTTTATTT-TTATCTTTAT
1 TTATTATTTTATTTATCATCTTTAT
21740 T
1 T
21741 ACTCTTTATC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 9 0.41
24 8 0.36
25 5 0.23
ACGTcount: A:0.18, C:0.08, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (25 bp):
TTATTATTTTATTTATCATCTTTAT
Done.