genome.fa.s360.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168185.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_422, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27437

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86--133	17	3.1	14	78	18	51	45	0	0	54	0.99
73--135	25	2.5	26	80	12	69	46	0	1	52	1.10
82--138	14	4.3	14	70	20	50	45	0	0	54	0.99
373--404	15	2.1	15	94	0	55	56	0	0	43	0.99
360--457	24	4.0	24	79	10	101	47	1	1	50	1.14
322--448	8	15.9	8	67	22	54	49	1	1	47	1.20
796--837	20	2.1	20	90	0	66	47	0	4	47	1.23
1066--1150	39	2.2	40	79	8	97	48	2	0	49	1.14
1077--1178	39	2.6	39	76	9	100	46	1	1	50	1.24
1500--1543	18	2.2	20	80	15	56	56	0	0	43	0.99
1511--1588	18	4.6	16	73	19	61	47	0	2	50	1.15
1699--1799	17	5.3	19	64	25	52	52	0	1	45	1.12
1758--1796	15	2.5	16	83	8	53	53	0	0	46	1.00
1739--1799	24	2.5	23	82	10	68	50	0	0	49	1.00
2102--2165	26	2.6	24	74	11	67	48	0	1	50	1.10
2102--2175	17	4.5	17	69	17	57	48	0	1	50	1.09
2081--2202	42	3.1	38	74	20	99	45	0	3	50	1.23
2173--2263	8	11.2	8	73	19	57	42	2	2	52	1.25
2198--2272	35	2.2	34	79	11	82	46	1	4	48	1.29
2402--2459	16	3.7	16	86	13	77	46	6	0	46	1.29
2400--2464	16	4.3	15	86	13	73	46	6	0	47	1.27
2419--2496	29	2.8	29	81	14	85	47	5	0	47	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400--2496	47	2.1	44	85	9	124	47	5	0	47	1.24
2425--2484	17	3.4	17	73	17	52	46	5	0	48	1.24
2456--2509	27	2.0	27	85	7	74	51	1	1	44	1.22
2490--2543	22	2.5	21	77	11	56	59	3	1	35	1.26
2549--2590	21	2.0	20	86	13	57	42	0	0	57	0.99
3921--3997	28	2.8	26	74	18	66	41	3	0	54	1.19
4231--4269	21	1.9	21	84	5	53	61	5	2	30	1.31
4498--4541	23	1.9	23	86	9	63	50	9	2	38	1.47
5395--5496	29	3.6	27	72	15	89	48	1	0	50	1.12
5377--5516	57	2.4	57	80	14	146	49	1	0	48	1.15
5433--5574	30	5.0	30	73	18	101	50	0	1	47	1.15
5422--5551	20	6.4	20	71	19	92	48	0	0	50	1.06
5426--5559	15	8.9	15	72	20	86	49	0	0	50	1.06
5810--5865	28	1.9	29	82	13	71	57	5	1	35	1.32
6404--6499	30	3.1	31	74	16	92	52	2	0	45	1.12
6422--6504	37	2.3	38	80	13	97	53	2	0	44	1.13
6437--6513	33	2.2	38	80	15	94	48	2	0	49	1.15
6957--6999	20	2.0	20	86	8	59	44	2	2	51	1.27
7219--7354	17	8.2	17	65	21	51	51	2	2	43	1.29
7315--7374	26	2.6	23	82	12	61	48	1	3	46	1.28
8267--8302	18	1.9	18	88	5	54	52	5	0	41	1.24
9386--9449	16	4.0	16	82	11	78	53	0	3	43	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9385--9449	32	2.1	31	88	8	96	52	0	3	44	1.16
9889--9942	17	3.4	16	76	16	51	51	1	1	44	1.22
9875--10080	57	3.6	57	70	13	156	50	2	0	47	1.18
9985--10078	21	4.8	20	71	17	72	51	0	0	48	1.00
10005--10075	29	2.4	29	80	13	74	49	0	0	50	1.00
9848--10080	13	16.1	14	66	25	53	51	2	0	46	1.16
10682--10729	17	3.1	14	78	18	51	45	0	0	54	0.99
10669--10731	25	2.5	26	80	12	69	46	0	1	52	1.10
10678--10734	14	4.3	14	70	20	50	45	0	0	54	0.99
10969--11000	15	2.1	15	94	0	55	56	0	0	43	0.99
10956--11053	24	4.0	24	79	10	101	47	1	1	50	1.14
10918--11044	8	15.9	8	67	22	54	49	1	1	47	1.20
11242--11296	17	3.2	17	72	23	53	47	5	0	47	1.25
11385--11431	19	2.5	19	83	12	62	46	0	2	51	1.13
12089--12132	18	2.2	20	80	15	56	56	0	0	43	0.99
12100--12177	18	4.6	16	73	19	61	47	0	2	50	1.15
12288--12388	17	5.3	19	64	25	52	52	0	1	45	1.12
12347--12385	15	2.5	16	83	8	53	53	0	0	46	1.00
12328--12388	24	2.5	23	82	10	68	50	0	0	49	1.00
12687--12743	27	2.2	25	79	14	62	49	0	1	49	1.11
12691--12754	23	2.6	24	75	17	60	48	0	1	50	1.10
12691--12764	17	4.5	16	72	13	53	48	0	1	50	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12732--12764	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
12762--12852	8	11.2	8	73	19	57	42	2	2	52	1.25
12787--12900	35	3.3	33	76	13	81	45	1	3	49	1.29
12804--12876	29	2.6	28	83	10	96	45	2	2	49	1.31
12790--12890	29	3.6	27	70	21	75	46	1	2	48	1.28
12991--13049	16	3.7	16	91	8	86	47	6	0	45	1.29
12989--13054	14	4.3	15	90	9	82	46	6	0	46	1.27
13046--13099	27	2.0	27	85	7	74	51	1	1	44	1.22
13080--13133	22	2.5	21	77	11	56	59	3	1	35	1.26
13139--13180	21	2.0	20	86	13	57	42	0	0	57	0.99
14511--14587	28	2.8	26	74	18	66	41	3	0	54	1.19
14821--14859	21	1.9	21	84	5	53	61	5	2	30	1.31
15088--15131	23	1.9	23	86	9	63	50	9	2	38	1.47
15984--16085	29	3.6	27	72	15	89	48	1	0	50	1.12
15966--16105	57	2.4	57	80	14	146	49	1	0	48	1.15
16022--16163	30	5.0	30	73	18	101	50	0	1	47	1.15
16011--16140	20	6.4	20	71	19	92	48	0	0	50	1.06
16015--16148	15	8.9	15	72	20	86	49	0	0	50	1.06
16399--16454	28	1.9	29	82	13	71	57	5	1	35	1.32
16738--16782	20	2.3	20	85	11	58	60	2	4	33	1.29
17003--17098	30	3.1	31	74	16	92	52	2	0	45	1.12
17021--17103	37	2.3	38	80	13	97	53	2	0	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17036--17112	33	2.2	38	80	15	94	48	2	0	49	1.15
17554--17596	20	2.0	20	86	8	59	44	2	2	51	1.27
18858--18893	18	1.9	18	88	5	54	52	5	0	41	1.24
20567--20660	21	4.8	20	71	17	72	51	0	0	48	1.00
20587--20657	29	2.4	29	80	13	74	49	0	0	50	1.00
20634--20662	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
21264--21311	17	3.1	14	78	18	51	45	0	0	54	0.99
21251--21313	25	2.5	26	80	12	69	46	0	1	52	1.10
21260--21316	14	4.3	14	70	20	50	45	0	0	54	0.99
21548--21579	15	2.1	15	94	0	55	56	0	0	43	0.99
21498--21623	8	15.9	8	67	21	52	49	1	1	47	1.20
21535--21632	24	4.0	24	79	10	101	47	1	1	50	1.14
21821--21875	17	3.2	17	72	23	53	47	5	0	47	1.25
21964--22010	19	2.5	19	83	12	62	46	0	2	51	1.13
22859--22959	17	5.3	19	64	25	52	52	0	1	45	1.12
22918--22956	15	2.5	16	83	8	53	53	0	0	46	1.00
22899--22959	24	2.5	23	82	10	68	50	0	0	49	1.00
23258--23314	27	2.2	25	79	14	62	49	0	1	49	1.11
23262--23325	23	2.6	24	75	17	60	48	0	1	50	1.10
23262--23335	17	4.5	16	72	13	53	48	0	1	50	1.09
23303--23335	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
23333--23423	8	11.2	8	73	19	57	42	2	2	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23358--23471	35	3.3	33	76	13	81	45	1	3	49	1.29
23375--23447	29	2.6	28	83	10	96	45	2	2	49	1.31
23361--23461	29	3.6	27	70	21	75	46	1	2	48	1.28
23563--23629	34	1.9	35	88	8	102	46	5	0	47	1.27
23563--23618	17	3.3	18	90	9	91	46	7	0	46	1.30
23579--23632	17	3.2	18	80	15	62	48	5	0	46	1.25
23604--23657	27	2.0	27	85	7	74	51	1	1	44	1.22
23638--23691	22	2.5	21	77	11	56	59	3	1	35	1.26
23697--23738	21	2.0	20	86	13	57	42	0	0	57	0.99
25060--25136	28	2.8	26	74	18	66	41	3	0	54	1.19

Tables:   1   2