Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168187.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_424, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27361
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Found at i:330 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 1--506 Score: 504
Period size: 181 Copynumber: 2.9 Consensus size: 177
* * *
1 ACTTGAAATCATTAAAACATTTTTTTT-TCATAAAATAATTATTTTT-ATTCATACAAGTTTATT
1 ACTTCAAATCATTATAAC-TTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATTCATACTAGTTTATT
* * * *
64 TGGAATAAAATAACACTG-ATATA-TAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGAGAATTAAAAAAAA
65 TGGAATAAAA-AA-ACTGAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATA
* * *
127 ATTTCT-TTGTCA-AACCAGTTCAAATATTTAAGACT-ATAGAATAATTATCT
127 A-TTCTATT-TTATAACTAGTTCAAATAATTAAGACTAATAGAATAATTATCT
* * *
177 ACTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAGTTTTTTTTGAATTCATACTAGATT
1 ACTTCAAATCATTAT-AACTTTT-TTTTGTCATAAAATAA-TTATTTTTG-ATTCATACTAGTTT
* *
242 ATTTGGAATAAAAAAAATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAACAGATTTAAAAAAT
62 ATTTGGAATAAAAAAACTGAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT
* * *
307 AATTCTATTTTATAACTAGTTCAAATAATTATGACTAATTGAATACTTATCT
126 AATTCTATTTTATAACTAGTTCAAATAATTAAGACTAATAGAATAATTATCT
* * * * *
359 ATTTCAAATCGTTATTAA--TTTTTTTGTCATAAAATAAATGTTTTTG-TTCATA-TAAGTTTGT
1 ACTTCAAATCATTA-TAACTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATTCATACT-AGTTTAT
* * * *
420 TCGAAATAAAGTAATACT-AATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT---GATTTAAAAATTA
64 TTGGAATAAA--AAAACTGAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATA
*
481 AATCTATTTT-TAAACTAGTTCAAATA
127 ATTCTATTTTAT-AACTAGTTCAAATA
507 GTTATACCTA
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 33, Indels: 35
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 35 0.12
175 1 0.00
176 36 0.13
177 35 0.12
178 22 0.08
179 26 0.09
180 15 0.05
181 83 0.30
182 26 0.09
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ACTTCAAATCATTATAACTTTTTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGATTCATACTAGTTTATTT
GGAATAAAAAAACTGAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAATTC
TATTTTATAACTAGTTCAAATAATTAAGACTAATAGAATAATTATCT
Found at i:605 original size:132 final size:133
Alignment explanation
Indices: 422--669 Score: 365
Period size: 132 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
412 AAGTTTGTTC
* ** *
422 GAAATAAAGTAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAATTAAATCTA
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
** * *
487 TT-TTTAAACTAGTTCAAATAGTTAT-ACCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATGCAAGCTT
66 TTCGCTAAACTAGTTCAAAGAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATTTATTTCAACATGCAAGCTT
550 TTTT
130 TTTT
* * * *
554 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATTTG
1 GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
619 TTCGCTAAACTAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
66 TTCGCTAAACTAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTC
670 CAATTGTTAT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 12, Indels: 3
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
132 59 0.58
133 42 0.41
134 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (133 bp):
GAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTCAAAAATTAATAAGACATTTAAAAAATAAATCTA
TTCGCTAAACTAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAACATGCAAGCTTT
TTT
Found at i:1267 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 543--4816 Score: 2983
Period size: 181 Copynumber: 24.0 Consensus size: 180
533 TTTCAACATG
* * * *
543 CAAGCTTTTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGACATT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* ** * * *
604 TAAAAAATAAATTTG-TTCGCTAAACTAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
668 TCCAATTGTTATAACTCTTTT-TTCTATTATAAAA-ATTTGTTTCTGTTCATA
129 TCAAATTGTTATGAC-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * *
719 AAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT-A-AGAT
1 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * ** * * *
781 TTAAAAAATGAATATGTTTGTCAAACCAGTTCAAATAACTAAGACTATATGAACAATTATTTATT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* **
846 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAACTCATA
129 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * *
898 CAAGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATTTAATAATATTTC-AAAATTAATAAGT
1 CAAGCTTATTCG----A-AATAAAA-TAA--TACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGT
* * * * *
962 AAGAGATTT--AAAA-AAAT-TGTTTATCTAACCAGTTTATAT-GATTAAT-ACTATTAGAACAA
57 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAACAA
* * * * *
1021 TTATCTATTTTAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTTGTCGTAAAAGCAATTGTTTCAGTTTATA
120 TTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTGTTTCAGTTCATA
* * * * * * *
1083 CAAGCTTACTCAAAATAAATTAATACTAATTCATTAACATTCAAAAATTAAGAAGAAAGAGATTT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * *
1148 AAGAAAATAAATCTATTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTGTCTATTT
66 AA-AAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *
1213 -AGAATTGCTATGACCTTTTGCTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTAATA
130 CA-AATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * *
1264 CAAGTTTATACGGAATAAAAT-A-A-TAA---A--AAT-TT-----ATTAATAAGTAAGAGATTT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * ** * * * *
1315 -AAAAATTAAT-TTTTGTATCGAATTAGTT-AAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTT
66 AAAAAATAAATCTGTT-TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ***
1377 TAAATTGCTATAACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATCATA
130 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATA
1429 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * ** * ** *
1490 TAAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAGTTTAAATAGTTAAAATTATAAGAATAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
1555 TAAATTGTTCT-AGCC--TAGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCATA
130 CAAATTGTTATGA-CCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATA
* * * * * * *
1605 CAAGCTTATT-TAGAACAAAATAAT-CTTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCACGAGA
1 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATAC-TAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * *
1668 TTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTATTTGAA-AGATTA-AT
63 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCT
* * * *
1731 ATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCAGTTCATA
126 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * * * * *
1786 AAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
1851 TAAAAAAATAAATGTGTTT-TCTGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTGTATAT
65 T-AAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* ** ** * *
1915 TTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA
128 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA-TA
* * *
1969 -AAG-TTAATTCGAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGAT
1 CAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * *
2032 TTAAAAAGTGAATCTGTTTACCATATCAA-TTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTACCTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * **
2096 TTCAAATCATTATGAACATTT-TTTCATCATAAAACAATTGTTTTTTCA--TCATA
128 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---TTTCAGTTCATA
* * * * *
2149 AAAGCCTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
2214 TAAAAAATAAATCT-ATT-T------A-TTGAAGTAGTTCT---TATTTGAATAATTACCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * *
2267 CAAATCATTATAACTTTTTATTCTAT-TC-T-GAATAATTGTTTCAGTTCATA
130 CAAATTGTTATGACCTTTTGTT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * * *
2317 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGGGAT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * ** *
2381 TTAAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAA-TTTAAATAGTTAAGACAATACGAATAATTATCT
64 TT-AAAAAAT-AAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* **
2445 ATTTCAAATTATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCTT-AGTTCATA
126 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCAGTTCATA
* * * *
2500 GAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGT----GATT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * * * *
2561 TAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATC-ATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACATTTATCTATT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
*** * * * * ** * *
2625 TCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAGTGTTTTTGATCATT
129 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * *
2677 CAAGCTTATT-TAGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTCCAAAAATTAATAAGTAAGGGAT
1 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
2741 TTAAAAAATAAATCTGTTCATTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATATACT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
2806 TCAAATTGTTATAACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA-TTCATA
129 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
* * * * * * * *
2858 CAAGCCTATTTGGAATTAAATAATA-TAAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGAA
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
2922 TT-AAAAATAAATTTGTTTGA-CAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATGTGAACAATTATCTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * *
2985 TTCAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATA
128 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * * *
3037 CTAGCTAATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTGCAAAAATTAATAAGTAAGATAT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * *
3101 TT-AAAAATAAATTTCTGTTTACCTAATAAATTCAAACAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTA
64 TTAAAAAATAAA--TCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
** * * *
3165 TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTA-TTCATA
127 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATA
* * * * *
3219 TAAGTTTGTTC-ATAATAAAGTAATACT--TCTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGAT
1 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * *
3277 TTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATTATTTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATTATCTAT
* * * ** * * *
3341 TTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTCCTGTTATAAAACATTTGTTTCTGTTCATA
128 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * * * *
3394 CATGCTTATTC-AGATTAAACTAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAAT
1 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-
* * * * * * * *
3457 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAATGGTCATGATTATTTGAATAATTATCTAT
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
3522 TTCAAATAGTTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCATA
128 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * *
3575 TAAGTTTATTCGAAATAAAATAGTAC-AAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGAT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * *
3639 TTAAAAAA-GAATCTATTTATCAAATAAGTTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATTTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
3702 TTGAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGACAT-AAATAATTTTTTCTGTTCATA
128 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * * *
3754 CAAGGTTATTTC-AAATAAAATAATACAAAATTATTAATATT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGA
1 CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA
* * *
3817 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTATTTGAATAATTATTTAT
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
3881 TTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCAT-----AA-------A-TTCATA
128 TTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * ** * *
3921 CAAGGTTATTC-AGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGAT
1 CAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * * * *
3984 TTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTGAAATAATCATGATTATTTGAATAATTAACTAT
64 TT-AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * ** * *
4049 TTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAA
128 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * ** * * *
4102 TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTAAATTAATGAGTAACAGACT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * * *
4167 TAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAATAGCTATGACTATCTAAATAGTTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* *** * * * *
4232 TAAAACATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATG
130 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* *
4283 CAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTACAAAAATTAATAAGTAA-AAA
1 CAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * ** *
4345 TTTTAAAAATAAATCTGTTT-TC-TACACA-TTCAAATAATTATTTCTATTTGAACAATTATCCA
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * **
4407 TTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATA
127 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
* * ** * * *
4461 AAAGCTTATTTGCTACAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
* * * * ** * *
4526 TTAAAAAATAAAATATGTTTA-CTGAGCAGGTTTGAATAATTATGACTATTTGAACAATTATTTA
64 TTAAAAAAT-AAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * *
4590 TTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTCTTCTTATAAAACAATTGTTTCTACTT-ATA
127 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATA
** * * **
4644 CAAATTTATTCGAACTAGAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATT
1 CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * ** * *
4709 TAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAATAAGTTCAAACAATTAAGTCTATTCAAACTATTAGCTATT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* **** * **
4773 TCAAATCGTTATTTTATTTTGTTTGGTTGTAAAACAATTGTTTC
129 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC
4817 TGTTAGCTTT
Statistics
Matches: 3265, Mismatches: 639, Indels: 383
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 4 0.00
164 64 0.02
165 41 0.01
166 41 0.01
167 80 0.02
168 108 0.03
169 50 0.02
170 8 0.00
171 6 0.00
172 13 0.00
173 7 0.00
174 5 0.00
175 107 0.03
176 115 0.04
177 231 0.07
178 246 0.08
179 251 0.08
180 297 0.09
181 954 0.29
182 281 0.09
183 203 0.06
184 81 0.02
185 31 0.01
186 16 0.00
187 16 0.00
188 9 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
CAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATA
Found at i:1628 original size:176 final size:181
Alignment explanation
Indices: 1361--1688 Score: 420
Period size: 176 Copynumber: 1.8 Consensus size: 181
1351 ATGGCAATTT
* * **
1361 GAATAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATC
1 GAATAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCA-TAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATATC
* * * *
1426 ATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT-A-A-GAG
65 ATACAAGCTTATTAGAAACAAAATAAT-CTTAATATATTAACATTTCAAAAATTAATAACACGAG
1487 ATTT-AAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAGTTTAAATAGTTAAAATTATAA
129 ATTTGAAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAGTTTAAATAGTTAAAATTATAA
* * * * *
1539 GAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAGCC-TAGTTTTAGTCATAAAATATTTG-TTTCATATC
1 GAATAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCATAGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTTCATATC
*
1602 ATACAAGCTTATTTAG-AACAAAATAATCTTAATATATTAACATTTGAAAAATTAATAAGCACGA
65 ATACAAGCTTA-TTAGAAACAAAATAATCTTAATATATTAACATTTCAAAAATTAATAA-CACGA
*
1666 GATTTGAAAAAATAAATTTGTTT
128 GATTTGAAAAAATAAATGTGTTT
1689 ACCAAATAAG
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 15, Indels: 13
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 1 0.01
176 58 0.46
177 16 0.13
178 28 0.22
179 1 0.01
180 7 0.06
181 16 0.13
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
GAATAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCATAGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATATCA
TACAAGCTTATTAGAAACAAAATAATCTTAATATATTAACATTTCAAAAATTAATAACACGAGAT
TTGAAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAGTTTAAATAGTTAAAATTATAA
Found at i:2158 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2114--2159 Score: 58
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
2104 ATTATGAACA
*
2114 TTTTTTCATCATAAAACAATTG
1 TTTTTTCATCATAAAAC-ACTG
2136 TTTTTTCATCATAAAAGC-CTG
1 TTTTTTCATCATAAAA-CACTG
2157 TTT
1 TTT
2160 GAAATAAAAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 5 0.23
22 16 0.73
23 1 0.05
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTCATCATAAAACACTG
Found at i:3167 original size:16 final size:17
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Indices: 3135--3167 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
3125 AATAAATTCA
3135 AACAATTATGGCTATTTG
1 AACAATTAT-GCTATTTG
3153 AACAATTAT-CTATTT
1 AACAATTATGCTATTT
3168 CAAATCATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
AACAATTATGCTATTTG
Found at i:3172 original size:361 final size:361
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Indices: 1296--4742 Score: 2483
Period size: 361 Copynumber: 9.6 Consensus size: 361
1286 ATAAAAATTT
* * * * *
1296 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATTAATTT-TTGTATCGAATTAGTT-AAATAATTATGGCAA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * * *
1358 TTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGCTAT-AACCATTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTT
65 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
1422 TATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-T
129 T-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* ** * ** * ** *
1482 AAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAGTTTAAATAGTTAAAATTATAAGAATAATT
192 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
1547 ATCTATTTTAAATTGTTCT-AGCC--TAGTTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAA
256 ATCTATTTCAAAATGTTATGA-CCTTTTGTTTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAAT-TCATACAA
* * * *
1608 GCTTATTT-AGAACAAAATAAT-CTTAATATATTAACATTTGAAAA
318 GCTTATTTGA-AATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * * *
1652 ATTAATAAGCACGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGCTCAAGTAGTTATGACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTA
* * * * *
1717 TTTGAA-AGATTA-ATATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-A
65 TTTGAATA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * *
1779 GTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATT-TCAAAAATTAATAAGC
129 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGT
* * * ** * *
1843 AAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTTCTGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAAT
192 AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * ** *
1908 TGTATATTT-AAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCATTA-AA
255 TATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCA-TACAA
* * *
1971 G-TTAATTCGAAATAAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAA
318 GCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
2015 ATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGTTTACC-ATATCAA-TTCAAATAATTATGGCT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA-AT-AAGTTCAAATAATTATGACT
* * * ** * ** *
2078 ATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGAACATTT-TTTCATCATAAAACAATTGTTT-TT
64 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * *
2141 TCATCATAAAAGCCTGTTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAG
129 T--TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* * * * * *
2205 TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-------A-TTGAAGTAGTTCT---TATTTGAATAATT
191 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * *
2259 ACCTATTTC-AAATCATTATAACTTTTTATTCTAT-TC-T-GAATAATTGTTTCAGTTCATATAA
256 ATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTT-T-TGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
* *
2320 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTAT-GAAA
318 GCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAA
* * ** * * * *
2364 ATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAA-TTTAAATAGTTAAGAC
1 ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTATGAC
* ** * * *
2428 AATACGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTCT-T
63 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
2492 AGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGT
128 A-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * * * * *
2557 ----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTCAACATTT
192 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
*** * * * * ** *
2618 ATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAAGTGTTTTTGA-TCATTCAAGC
256 ATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGC
* * *
2682 TTATTT-AGAATACAATAATACTAATTTATTAATCTTCCAAAA
320 TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * ***
2724 ATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATCTGTTCATTAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTA
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTATGACTA
** * * * *
2788 TTTGAACGATTATATACTTCAAATTGTTAT-AACATTTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTA
65 TTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * * * *
2852 TTCATACAAGCCTATTTGGAATTAAATAATA-TAAATATAATAATATTCTAAAAATTAATAATTA
129 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
2916 AGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGACAAACCAGTTCAAATATTTAAGACTATGTGAACAATTA
193 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * *
2980 TCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTA
257 TCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT
* *
3044 ATTTGAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTGCAAAA
322 ATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * *
3084 ATTAATAAGTAAGATATTT-AAAAATAAATTTCTGTTTACCTAATAAATTCAAACAATTATGGCT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TT-TGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACT
* ** * *
3148 ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTAT-AACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT
64 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* * * * *
3212 ATTCATATAAGTTTGTTC-ATAATAAAGTAATACT--TCTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-
128 ATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAG
* *
3269 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAA
191 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AA
* * * ** * * ** *
3333 TTATTTATTTC-AAATCGTTTTGACTTTTTGTCCTGTTATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACAT
254 TTATCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAA
* * * * *
3397 GCTTA-TTCAGATTAAACTAATATTAATTTATTAATATTTCAACA
318 GCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * ** * *
3441 ATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACT-AGATCAAATGGTCATGATT
1 ATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA-TAAGTTCAAATAATTATGACT
* * * * * * **
3504 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCCTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGG
64 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
* * * * *
3569 TTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAGTAC-AAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTA
129 TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA-TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * ** *
3633 AGAGATTTAAAAAA-GAATCTATTTATCAAATAAGTTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATT
193 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * * * * * ** *
3696 ATTTATTTGAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGACAT-AAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGGT
256 ATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* * *
3760 TATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATA-TT-AAGACA
321 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-A
* * * * * *
3801 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-GTTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
*
3865 TTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACTCTTTGTTTTGTCAT-----AA--------AT
66 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT
* * * * *
3916 TCATACAAGGTTATTC-AGATTAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAA
130 TCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * *
3979 AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTGAAATAATCATGATTATTTGAATAATTA
194 GAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTA-CAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * ** * *
4044 ACTATTTC-AAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAATAAGCT
257 TCTATTTCAAAAT-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCT
* **
4108 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTAA
321 TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * * **
4149 ATTAATGAGTAACAGACTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGCTCAAATAGCTATGACTAT
1 ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
* * * * *** * *
4214 CTAAATAGTTATCTATTTTAAAACATTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTT
66 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
* *
4279 CATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTGATTAATATTAC-AAAAATTAATAAGTA
131 CATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAAGTA
* * * * * **
4341 A-AAATTTTAAAAATAAATCTGTTTTC-TACACA-TTCAAATAATTATTTCTATTTGAACAATTA
193 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *** *
4403 TCCATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTT
257 TCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTT
** * *
4468 ATTTGCTACAAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAA
322 ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * * ** * **
4508 ATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATATGTTTACTGAGCAGGTTTGAATAATTATGACT
1 ATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACT
* * * * * *
4573 ATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTCTTCTTATAAAACAATTGTTTCTA
64 ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA
** * * *
4638 CTT-ATACAAATTTATTCGAACTAGAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTT
129 -TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTA
* * **
4702 GGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTCAAA
193 AGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-AAACCAGTTCAAA
4743 CAATTAAGTC
Statistics
Matches: 2433, Mismatches: 509, Indels: 290
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
345 31 0.01
346 35 0.01
347 81 0.03
348 96 0.04
349 116 0.05
350 47 0.02
351 113 0.05
352 22 0.01
353 11 0.00
354 4 0.00
355 17 0.01
356 208 0.09
357 110 0.05
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360 240 0.10
361 406 0.17
362 210 0.09
363 182 0.07
364 18 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (361 bp):
ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAATAAGTTCAAATAATTATGACTAT
TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATT
CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA
GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAAATGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTT
GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAA
Found at i:3448 original size:717 final size:711
Alignment explanation
Indices: 560--4784 Score: 2920
Period size: 717 Copynumber: 5.9 Consensus size: 711
550 TTTTGAAATA
* * * *
560 AAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGACATTTAAAAAATAAATTTG-T
1 AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
** * * * * *
620 TCGCTAAACTAGTTCAAAGAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCCAATTGTTATAACTC
66 TATC-AAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-A
* * * *
685 TTTTTTCTATTATAAAA-ATTTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATT-AAGAATAAAATAATACTAA
129 TTTTTT-TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAA
* * * * *
748 TTTAATAATATTCTAAAAATTAATAACT-A-AGATTTAAAAAATGAATATGTTTGTCAAACCAGT
192 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACAAACCAGT
** *
811 TCAAATAACTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
257 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTGTCAT
* *
876 AAAATAATTGTTTCAACTCATACAAGCTTATTTGAAATAGAATAAAATTAATTTATTAATTTAAT
321 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAA--T-AT
* * * *
941 AAT-ATTTCAAAATTAATAAGTAAGAGATTT--AAAA-AAA-TTGTTTATCTAACCAGTTTATAT
383 --TGA----AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT
* * * *
1001 -GATTAAT-ACTATTAGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTTTGATCTTTTGTTTTGTCGTAAAA
442 AG-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * *
1064 GCAATTGTTTCAGTTTATACAAGCTTACTCAAAATAAATTAATACTAATTCATTAACA-TTCAAA
504 -CAATTGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC--ATTTATTAACATTTCAAA
* * *
1128 AATTAAGAAGAAAGAGATTTAAGAAAATAAATCTATTTATCAAAAAAGTTCAAATAGTTATAACT
566 AATT---AA-TAAGAGATTTAA-AAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACT
* *** *
1193 ATTTGAACAATTGTCTATTT-AGAATTGCTATGACCTTTTG-CTTTTTCATAAAACAATTGTTTC
626 ATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTATGACCTTTTGTC-TTGTCATAAAACAATTGTTTC
* * *
1256 AGTTAATACAAGTTTATACGGAAT
689 AGTTCATACAAGCTTATTC-GAAT
* *
1280 -AA-AATAAT-A---A--AA-ATTT-----ATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAATTAAT-TTTT
1 AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
* * * * * * *
1329 GTATCGAATTAGTT-AAATAATTATGGCAATTTGAATAATTATCTATTTTAAATTGCTATAACCA
66 -TATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAA-CA
* * * *
1393 TTTGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
129 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT-TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* **
1458 TTTATTAATATT-TCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTGAAACCAG
192 TTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACAAACCAG
* * * * * * * *
1518 TTTAAATAGTTAAAATTATAAGAATAATTATCTATTTTAAATTGTTCTAGCC--TAGTTTTAGTC
256 TTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATA-CCTTTTGTTTT-GTC
* * ** * *
1581 ATAAAATATTTGTTTC-ATATCATACAAGCTTATTT-AGAACAAAATAATCTTAATATATTAACA
319 ATAAAATAATTGTTTCAAT-TCATACAAGCTTATTTGA-AATAAAATAAAATTAATTTATTAATA
* * * * * *
1644 TTTGAAAAATTAATAAGCACGAGATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATAAGCTCAAGTAGT
382 -TTGAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGT
* * *
1709 TATGACTATTTGAA-AGATTA-ATATTTAAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
445 TATGACTATTTGAACA-ATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT
* * * * *
1772 TGCTTCAGTTCATAAAAGGTTATCCAAAATAAAATAATACCAATTTTTTAATATTTCAAAAATTA
508 TGTTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATA-C-ATTTATTAACATTTCAAAAATTA
* * * * *
1837 ATAAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTT-TCTGAATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTT
571 AT----AAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * ** * * *
1901 GAACAATTGTATATTTAAAATCATTATGATATTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCAATTCA
630 GAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCA
1966 TTA-AAG-TTAATTCGAAAT
695 -TACAAGCTT-ATTCG-AAT
* * * *
1984 AAAATAACAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTGT
1 -AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * * * **
2049 TTACCATA-TCAATTCAAATAATTATGGCTATTTCAACAATTACCTATTTCAAATCATTATGAAC
65 TTATCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAC
** * * * *
2113 ATTTTTTCATCATAAAACAATTGTTT-TTTCATCATAAAAGCCTGTTTGAAATAAAATAATACTA
128 ATTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGT--TCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
* * *
2177 ATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTT--------A
191 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACAAACCA
* * * * * ** *
2233 -TTGAAGTAGTT----CTTATTTGAATAATTACCTATTTCAAATCATTATAACTTTT-TATTCTA
255 GTTCAAATAGTTAAGAC-TATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACCTTTTGT-TT-T-
* * * * * * *
2292 TTC-T-GAATAATTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAATAAT
316 GTCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAAT
* * * * *
2355 ATT-ATGAAAATTAATAACTAAGGGATTTAAAAAAATAAAATTTGTTTGTCGAAGCAA-TTTAAA
381 ATTGA--AAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAAT-AAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAA
* * ** * * *
2418 TAGTTAAGACAATACGAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGAAATTTTGTTTTGTCATAAAAC
441 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * ** *
2483 AATTGTCTT-AGTTCATAGAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACAAATTTATTAACATTCCAAAA
505 AATTGT-TTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC--ATTTATTAACATTTCAAAA
* * * ** * * * * * *
2547 ATTAATAAGTGATTTAAAAAGTGAATCTATTTATTGAATCATTTCAAATAATTATGGCCATTTCA
567 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * * * ** *
2612 ACATTTATCTATTTCAAACCATTATTACCTTTTGT-TTGGTCATATAACAAGTGTTTTTGATCAT
632 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTT-GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
* *
2676 TCAAGCTTATTTAGAAT
696 ACAAGCTTA-TTCGAAT
* * * *
2693 ACAATAATACTAATTTATTAATCTTCCAAAAATTAATAAGTAAGGGATTTAAAAAATAAATCTGT
1 A-AATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * * *
2758 TCATTAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACGATTATATACTTCAAATTGTTATAACAT
65 TTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACA-
* * * * * * * *
2823 TTTGTTTTGTCACAAAACAATTATTTCTATTCATACAAGCCTATTTGGAATTAAATAATA-TAAA
129 TTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AA
* * * *
2887 TATAATAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGAATT-AAAAATAAATTTGTTTGACAAACCAGT
192 TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACAAACCAGT
* * * *
2951 TCAAATATTTAAGACTATGTGAACAATTATCTATTTCAAAATGTTATGACCTTTTGCTTTGTCAT
257 TCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTGTCAT
* * * * *
3016 AAAACAAAT-TTTCAATTCATACTAGCTAATTTGAAATAAAATAAAATGAATTTATTAATATTGC
321 AAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTG-
* * * * * * *
3080 AAAAATTAATAAGTAAGATATTT-AAAAATAAATTTCTGTTTACCTAATAAATTCAAACAATTAT
385 AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TT-TGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTAT
* ** * *
3144 GGCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTT
448 GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
* * * * * *
3209 TTTA-TTCATATAAGTTTGTTCATAATAAAGTAATAC-TTCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
511 TTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACATT-TATTAACATTTCAAAAATTAATAA
3272 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-ACAAATT
575 GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAA-TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AATT
* * * * * * * * *
3335 ATTTATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTCCTGTTATAAAACATTTGTTTCTGTTCATACATGCT
638 ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCT
*
3400 TATTCAGATT
703 TATTC-GAAT
* * * *
3410 AAACTAATATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAAATAAATATG
1 AAA-TAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTG
* * ** * * * * *
3474 TTTATCGAACTAGATCAAATGGTCATGATTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACC
64 TTTATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAC
* * * * * * *
3539 CTTTCTTTTGTCATAAAAGATTTGTTTCGGTTCATATAAGTTTATTCGAAATAAAATAGTAC-AA
128 ATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
* * * **
3603 GTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAA-GAATCTATTT-ATCAAATAA
192 -TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGA-CAAACCA
* * * * * * * *
3666 GTTTAAAT-GATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTGAAATTGCTATAACATTTTGTTTTGA
255 GTTCAAATAG-TTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTGT
* ** * * * ** *
3730 CAT-AAATAATTTTTTCTGTTCATACAAGGTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATAT
318 CATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATAT
* *
3794 T-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-GTT
383 TGAA-A-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT
* *
3857 ATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTCTTTGTTTTGTCAT-----AA---
446 ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTG
* * * * * * ** *
3914 ----A-TTCATACAAGGTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTATTAATATTTTGACAATTAATA
510 TTTCAGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC-ATTTATTAACATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * * * * *
3974 AGTAAAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTGAAATAATCATGATTATTTGAAT
574 AG----AGATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * ** * * *
4039 AATTAACTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTATAATAAAACAACGGTTTCAATTCAAATA
634 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
*
4104 AGCTTATTTGAAAT
699 AGCTTATTCG-AAT
* * ** * * * *
4118 AAAATAATACTAATTTATTAATATTACTTAAATTAATGAGTAACAGACTTAAAAAATAAATTTGT
1 -AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGT
* * * ** * * * * * ***
4183 TTACCGAA-TAAGCTCAAATAGCTATGACTATCTAAATAGTTATCTATTTTAAAACATTATGAAC
65 TTATCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AAC
* * **
4247 TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TA
128 ATTT-TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-
* * * * * *
4310 AATTGATTAATATTAC-AAAAATTAATAAGTAA-AAATTTTAAAAATAAATCTGTTT-TC-TACA
190 AATTTATTAATATT-CTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACAAAC-
* *** * * * *
4371 CA-TTCAAATAATTATTTCTATTTGAACAATTATCCATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTA
253 CAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-ACCTTTTGTTTTG
** *** * ** * * * *
4435 TCATAAACCAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGCTACAAAATAATACTAATTTATTAAAA
317 TCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATA
* * * * * * **
4500 TTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAAATATGTTTA-CTGAGCAGGTTTGAATA
382 -TTGAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATA
* * * * *
4564 ATTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTCTTCTTATAAAACAA
443 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
4629 TTGTTTCTACTT-ATACAAA-TTTATTCGAACTAGAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAA
507 TTGTTTC-AGTTCATA-AAAGTTTATTCAAAATAAAATAATAC--ATTTATTAACATTTC-AAAA
* * * * * *
4691 ATTAATAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAATAAGTTCAAACAATTAAGTCTA
567 ATTAATAA----GAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAATAAGTTCAAATAGTTATGACTA
** * * *
4755 TTCAAACTATTAGCTATTTCAAATCGTTAT
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AAATAATAATAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTT
TATCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACATT
TTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
TTAATATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGACAAACCAGTTCAA
ATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATACCTTTTGTTTTGTCATAAAAT
AATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAAATTAATTTATTAATATTGAAAAAT
TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
GAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
AAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA
AATAAATCTATTTATCAAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
CATTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAT
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3738 ATTTTTTCTG
3748 TTCATACAAGGTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
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* * * *
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**
3876 TTTATTTCAAATTGTTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAA
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* * **
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1 TTCATACAAGGTTATTTCA-AATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTA
* * *
3978 AAAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCGAACAAATTGAAATAATCATGATTATTTGAATAATT
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TTCATACAAGGTTATTTCAAATAAAATAATACAAAATTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAA
AAGATTTAAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAATTCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTA
ACTATTTCAAATTGTTATGACTCTTTGTTTTGTCATAAA
Found at i:7070 original size:16 final size:16
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*
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CTATTTGAATAATTAT
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7024 AATGAACAAG
*
7034 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
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TTCAAATACTCATAACTATTTGAATAATTATCTAT
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Indices: 7082--17555 Score: 5790
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7072 AAATCTCATA
* * * * * * * *
7082 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTATTGTTTCGTCATAAAACAACTATAT
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* * * * * *
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* * * * * *
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129 GT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
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* * * *
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66 CTATTCATACAAG-TTATTT-GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
7389 AGCAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACATA-TTCAAATAATTATA
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* *
7441 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
7506 CTATTCATACAAGTGTATTTGAAATAAAATAATAATATTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAG
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* * ** * *
7571 TAAAAATTTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAGCAAGTTCATATCA-TTATG
130 TAAAGA-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAAT-AGTTATG
* ** * *
7622 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTATGAATTTTTATTTTGTCATAAAACAATTCTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** *
7687 CTATTCATACAAGTT-TAGTCAAATTAAAATAATACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAG
66 CTATTCATACAAGTTAT-TTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * ** *
7751 GTAGGAGATTTAAAAAGATAAATCCT-TTTACCGAA-AAGTTTAAATAGATT-TG
129 GTA-AAGATTTAAAAA-ATAAAT-TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAG-TTATG
*
7803 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * *
7867 T-TAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATAATACTTTTTTAATATTTCAAAAATTAATA
65 TCTA-TTCAT-ACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * *
7931 AGCAAAAGATTTAAAAACTAAAGTTGTTTTCCAAACCAGTTCAAATAGTTATG
128 AG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
7984 ACTATTTGAAGAAATATCAATCTCAAATCA-TTATGATC-TTTGTTTTCTCATAAAAC-ATATGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGT
* * * * *
8046 TTTTGA-TCATATAAGCTTATTCG-GATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAA
64 TTCT-ATTCATACAAG-TTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
* * * * *
8109 TAAG---AGATTTAAAAAATTAATGTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
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* * * * * * * * * *
8160 ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTCTGACATTTTGTTTAGTTATACAATAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *
8225 CAATTCATGCAAGCTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAA
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* * * * *
8289 GCATGAGATTTGAAAATATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
129 GTA-AAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
8342 AATATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCA-TT-TGACCATTTGTTTTATCATAAAATAGTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** * * *
8405 T-TAGTTCATA-AAATCATATCCAAATACAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATA
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* * * * *
8468 AGTAAAATATTTAAAAAATAAATTAGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAATTATG
128 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
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* * * *
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* * *
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* * * * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * ** * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * ** ** * *
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129 GTAA-AGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTA-TGACCTTT-TGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * * * *
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* * * * * * *
9185 CAGTAAGAGAATTAAAAAGTAAATTTGCTTA-TCAAACCATTTCAAATAGTTTTG
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* * * * * *
9239 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCTAATCA-TTATAACATTTTAG-TTTGTCATCAAACAATTGG
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** * * * ** *
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** * * * ** * * * *
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** ** * * *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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66 CTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAA-T
** * * * *
9726 ACAAAAAGAGATTCAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTAATT
127 A-AGTAA-AGATT-TAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
9782 ACTATTT-AAGTAATTGTCTATTTAAAATCGTTATAACCACTATTTGAGTAATTGTCTATTTAAA
1 ACTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATAGTTATGA-C-CT-TTT--GT-TTTGTC-A--TAAA
* ** * *** * ** * ** ** * * *
9846 ATC-ATTATAACCACTTGATTCATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTAGCACAAATTTA-AACAAA
56 A-CAATTGT---TTC-T-ATTCAT-ACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATA
* ** * * ** * * **
9908 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTTGAAATTAATAAGTAAGAAATTTA--AAA-AA--T-
113 TTTCAA-AA-ATTAA-TAAGTAA-AGATTT-AAA-AAATAAATTTG---TTTACTAAACAAGTTC
*
9967 AAATTTGTTTACTG
169 AAA-TAG-TTA-TG
* *** * * * ** * * * *
9981 AATTAGTAAAAATAATTATGGCCA-TTCGAA-AGATTAT---CTATTTGAAATTGTTAT-GAGCT
1 -ACTA-TTTGAACAATTAT--CTATTTCAAATAG-TTATGACCT-TTTG-TTTTGTCATAAAACA
* * * * ** * * * * * * * * **
10040 TTTGTTT-TGGCA-TAAAACAA-TTGTTTTTAATCATACAA-GCTTATTCGAAATAAAATAACAA
59 ATTGTTTCT---ATTCATACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATT--TATTAATATTTCAA
* * * * * ** * * * ** *
10101 TAATT--T-A-TTAATATTTGAAAAATTAATAAG--TA--AGA-GA-TTTAAA-AAATA-A
119 AAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * ***
10150 ATCTGTTT-ACCGA--A-CTAGTTCAAATAGTTACGA-CTATTTGAACAATTT-TCA-ATCTCAA
1 A-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCT-TTTG----TTTTGTCATAAAAC-A
*** ** * * * ** ** *
10208 ATTGTTAAGA-TC-T--TTG-T-TTTGTAATTAAACAATTGTTTTTTATCATAAAAGCTTATTCA
59 ATTGTTTCTATTCATACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT--TAATA---T-TTC-
* * * *** *
10267 ATTAAAAATAATACCAATTTAATA-ATATTCCAAAAATTAATAAGAGATT--TAAA-AA-TT-AA
117 A--AAAATTAAT---AA-GTAA-AGAT-TT--AAAAAATAA-ATTTGTTTACTAAACAAGTTCAA
* **
10326 ATGTGCTTGCGG
171 AT-AG-TT-ATG
* * * * * * **
10338 CACCAGTTCAAATAATTAAAACCATTAGAATAATTATCTATTACAGATTGTTTTGATATTTTGTT
1 -ACTA-TT----TGA--A----C--------AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTT
** * * * * * * * * *
10403 AAGTCAAAAAATATTTATTTC-ATATCTTACAAGCTTATTCGAAATAACATAATCCAAATTTATT
46 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTAT-TCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
** ** * * * * * *
10467 AGCATTTGGAAAATTAAAAAGAAAAAGATTTGAAAAAATAACTCTGTTTACTGAATAAGTTCAAA
109 AATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAA
*
10532 TAGTTATA
172 TAGTTATG
* * * * * * * *
10540 ATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATTGTTATAACCTTTCGTTTTGACATATAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *** * * *
10605 CAATTCATAAAAGCATATCCAAAATAAAATAATAATAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAG
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* *
10670 T-AAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTCAAATAGTTATG
130 TAAAGA-TTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
10721 ACTATTTAAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
10786 C-AGTTCCTATAAGCTTATTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAA
66 CTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * * ** * *
10850 GT---GATTTAAAAGGTGAATATGTTTACCAAATTAGTTCAAATAATTATC
129 GTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
10898 ACCATTTCAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTGTTACCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
10962 T-TATATCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTCTTAATCTTTCAAAAATTAAT
65 TCTAT-TCATACAAG-TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
*
11025 AAGTAAGAGATTTAAAAAA-AAA-TTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * *
11077 ACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAATTATTTACAAAATAAACCTTTTGTTCTATTATAA
1 ACTATTTGAACAA-T-TAT-C-T-ATTTCAAATAGTT-----AT-GACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * ** * *
11142 AATAATTATTTATGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAA
55 AACAATTGTTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * * * *
11207 AAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAAATTTGTTT-GTCAAAC-TGTTCAATTTGTTAAG
119 AAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
11268 ACTATATAAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTCGTTTTATTATAAAATAATTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTT-GTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
11332 TCGATTCATACTAGCTTATTTGAAATAAAATAA-AATAAATTTATTAATATTACAAAAATTAATA
65 TCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
11396 AG---AGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTACCT-AACTAGTTCTAATAATTATG
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
11445 ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-ATGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TA-TGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATA-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
11507 TTTGTTCATATAAGTT-TGTTTAGAATAAAATAATGCAAATCTATTAATATTACAATAATTCATA
65 TCTATTCATACAAGTTAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
11571 AG---AGATTTTAAAAATAAATCTT-TTTA-TCAAACTAGTTCAAATAGTTATA
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *** * *
11620 ACTATTTGAGCAATTAAT-TATTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTCCATTATAAAACAATAGTT
1 ACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * ** *
11684 TCTATTCATACAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATTATTATTTTGACAATTAATA
65 TCTATTCATACAAG-TTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * * * * *
11748 ATTAAAAAATTTAAAACATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATG
128 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
11801 ACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTA-TTATGA-CTTTTG-TTTGTCATAAGAA-AATTAT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA-AACAATTGT
* * * * * *
11862 TTC-AGTTCATATAAGGTTATTCGAAATAAAATAATAGTAAGTTGTTAATATTCCAAAAATTAAT
64 TTCTA-TTCATACAA-GTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* ** * * * *
11926 AATTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACAAGTTTAAATAATTATG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * *
11980 ACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-AGATT-TC
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTGT-
* * * * * * * * *
12043 ATCTATTTATACAAGCCTATTTCAGATAAAATAATTCAAATTTATTACTA--ACAAGATAATTAA
64 TTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAA
* * * *
12106 TAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTCACCATAA-AAGTTCAAATCGTTATG
126 TAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA-AACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
12161 ACTATTTGAAC-A--A-C-A----GATTA-TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** *
12216 CTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAA
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
12280 GCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTACCAAACAATTTCAAATAGTCATG
129 G-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
12332 ACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCA-TTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
** * * * * * * * *
12396 TCGGTTAACATAAGCTTATTTGAAGTAAAATAATATTAATTTATTAATGTTCCAAAAATTAATGA
65 TCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
** * * *
12461 GTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTCAAAGAGTTATG
129 GTAA-AGATTTA-AAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * *
12514 ACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAATA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCAGAAAACAATTGGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GT
* * * * * *
12578 TT-TGTTCATCCAAGCTTATTTCAAATAAAATAATA-TAAATTAATTAATATTCCAAAAGTT-AT
64 TTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
12640 AAGTGAAA-ATTTGAAAAAT-GATTTTTTTATTAAACACA-TTCAAATAGTTATG
127 AAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * * *
12692 ACTATTTG-ACTAGTTATTTATTTCAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATT
1 ACTATTTGAAC-AATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
12756 TCTATTCATGCAAGCTTATTTGGAA-AAAATAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATA
65 TCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * * *
12819 AGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTT-TTTACCAAGCGAGTTCAAATAGTTATG
128 AG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-TTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
12872 AATATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCA-TTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * *
12936 TCTATTCATAAAAGTATATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTCTAAGAATTAATA
65 TCTATTCATACAAGT-TATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATA
* * ** *
13000 AGTTAGAGATTTAAAGAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTCATG
128 AG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
13053 TCTATTTGAACTATCATCTATTTTGAACT-GTTATGACATTTTGTTTTATCATAAAATAATACCA
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT---A-AA-A-C-
* * * * *
13117 ATTATTCAAAATAATTGGTATTCATACAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACAAATTTATTACT
58 A--ATT----GT--TT-CTATTCATAC-AAGTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * *
13181 ATTTCAAAAATTAATAAG----GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAAATAATT
112 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
*
13242 AAG
177 ATG
* ** * * * *
13245 CCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTCTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * *
13309 T-TAATGT-ATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAA
65 TCT-AT-TCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAA
* * * * *
13371 TAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
126 TAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
13425 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTA-TTATGACCATTTATTTT-TAATGTAAAACAATTG
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA--TAAAACAATTG
* * * *** * * ** *
13488 TTTCAATACATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCAAATTTTGAT
63 TTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * *
13552 AAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATTAGTTTA-TAGAATCAA-TTCAAATAATTTTG
127 AAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA-AA-CAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ** * * *
13606 GCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCA-TTATGAATTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * ** * * *
13670 TTTCA-TCATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAATTAATA
65 TCT-ATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* ** ** * *
13734 AGTAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTACTGAATC-AGTTCAAATAGTTATG
128 AGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
13787 ACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * *
13852 TTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAA
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * * *
13916 CTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTTAAG
129 GTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
13968 ACTATATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * * * *
14033 C-AGTTTTTAGTAACTTATTT-AGAGTAAAA-AAAACAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAGTA
66 CTA-TTCATA-CAAGTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * *
14095 AG---AGATTTAAAAAAT-AATTATGTTTGCCGAATCAA-TTCAAATAATTATG
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATT-TGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* *
14144 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATTACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGCT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-T
* * * * ** *
14208 TT-TGTTCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGA
64 TTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * *
14272 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTGAATTAGTTATA
128 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
14325 ACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTA-TTTCAAATAGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
14388 TTTTATTCATAC-AGTCT-TATTCAGAATAAAGTAATGCTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTA
64 TTCTATTCATACAAGT-TAT-TTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTA
* * * * *
14450 AAAAGTAATGGATTTAAAAAATGAATTTG-TTAGCCT-GACAAGTGCAAATAGTTATG
125 ATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA--CTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * ***
14506 ACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
14571 CTATTCGTACAAGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAA
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * *
14635 GCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
129 GTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
14687 ATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * * *
14752 TTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGA
66 CTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
14816 GTAAA-AATTAAAAAA-AAAGTT-TTT--TGAACACA-TTCAAATAGTT-TG
129 GTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * *
14861 ACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTT
* * * * * *
14926 TCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAA
65 TCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * *
14991 GTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAGCAACTTCAAATAGTTATG
129 GT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * *
15043 ATTGTTTGAAACAATTGTTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTAT
1 ACTATTTG-AACAATT-ATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-G
* * * *
15107 TTTCTATTCATACAAGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAAT
63 TTTCTATTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* *
15171 AGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACAAGTTCAAATAGTTATG
127 AAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * *
15226 TCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * **
15290 CTATTTGTGCAAAATTATTT-AGAATAAAATAATACTAATCTATT-ATATTTTGAAAATTAATAA
66 CTATTCATAC-AAGTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* *
15353 G---AGATTTAAAAACTAAATATGTTTA-TAGAA-ACAGTTCAAATAGTTATG
129 GTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTA-AACA-AGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
15401 ATTATTTAAACAATTATTTATCTTC-AATAATTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTTTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTG-
* * * * * *
15464 TTTCT-TTTATACAAGTTA-TTCAAATTAAATAATATTTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAAT
63 TTTCTATTCATACAAGTTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * * *
15527 -A--AAATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
127 AAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * *
15577 ACTATTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
** * * * *
15642 C-AGTTCATACAAGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATG
66 CTA-TTCATACAAG-TTATTTGAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
**
15705 AGTAAGAGA-TT--AAAA-AAA--TGTTTA-TCAAACAAGTTGTAATAGATT-TG
128 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* * *
15752 ACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCA-TTACGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACATTTGT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-T-AGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * ** * * * * ** *
15815 TTC-AGTTCAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGT
64 TTCTA-TTC-ATACAAGTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT
* * * * ** *
15879 AAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCGCACCAA-TTCAAATAGTTATG
127 AAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTTG-TTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * *
15933 ACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTG-
1 ACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATAGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT
* * * * *
15995 ------TC--A-AGGTT-TTT-AGATAAAAATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATA
64 TTCTATTCATACAAGTTATTTGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * ** * * * *
16049 AG---AGATTTAAAAAA-ATATATGTTTGTTGAGCCAGTTCAAATAGTTAAG
128 AGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * *** * * *
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*** * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * **
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* * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* ** ** * *
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* * * * * * * * * *
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* * *** * * * *
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* ** * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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*
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* * * *
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*** ** * ** * * * * * *
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* * * ** *
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* *
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** * * * * * * * *
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* * * * * * * * * *
10224 TTTTGTAATTAAACAATTGTTT-T-TTATCATA-AAAGCTTATTCA-ATTAAAAATAATACCAAT
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* * * * * *** *
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* * * * * * * * * * **
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* * * * * * *
10408 AAAAAATATTTATTTCA-TATCTTACAAGCTTATT
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* * ** * ** * *
10442 CGAAATAACATAATCCAAATTTATTAGCATTTGGAAAA-TTAAAAAGAAAAAGATTTGAAAAAAT
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* ** ** **** * ** * *
10506 AACTCTGTTTA-CTGAATAAGTTCAAAT-AGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATT
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* ** * * * * * *
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* * * *
10631 AAATAATAA-TAATTTCTTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGTTTAAAAAAATAAATTTGT
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* * * * * * * *
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245 TTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-
* * * ** * *
10760 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTC-AGTTCCTATA-AG-CTTA-TTCGAAATAAAATAACAC
309 TTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTA-TT--TATACAGACTTATTTAG-AATAAAATAATAC
* * * * * * *
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370 TAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTGTTTACCAAACT
* * ** * * * * * ** * * * *
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* * * *
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* * * * *
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1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
** ** * * * * *** * *
11046 AT-TGTTTA-CTGAATCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAGAATTGTATACTTCAAATCAA
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* * * * * *** *
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* * * * *
11172 CAAAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAATTAA
178 CGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * *
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426 ACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTT
* * * * * *
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* * ** * * * * *
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** * * ** * * * **
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* * ** * * * * *
11654 GACTTTTTGTTCCAT-TATAAAACAATAGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATT-TAGATTAAAATA
129 -ACCTTTTATTTTATCT-TAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATA
* * * * * * * * *
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* * * * * * * *
11780 AAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATTATTATGACTTTTGTT
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* * * * *
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* ** * * ** *
11904 T-GTTAATATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATAAAACTATTTACTGAACAAGTT
375 TAG-TAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTT
* * * * * * * ** * * *
11968 TAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTGGAATTGCTATAACC-TTTTGTTTTGTCAT
438 CAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCAT
* * * * *
12032 AAAA-AGATT-TCATCTA-TTTATACAAGCCTATTT
503 AAAACA-ATTAT--TTTAGTTCATAAAAGCTTA-TC
* ** * * * *
12065 C-AGATAAAATAATTCAAATTTATTACTA--ACAAGATAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AGTTAATAAG----AGATTTAAAAAAT
** * * * * *
12127 AAATCTGTTCACCATAAA-AGTTCAAAT-CGTTATGACTATTTGAACAAC-A--GA-TT---A--
60 AAATCAATTTACCA-AAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATC
* * * * * * * ***
12181 -TTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTC-AAATTAAA
123 GTTATTACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAA-TAAA
* * ** * * * *
12244 ATAATATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAACATAAATATGTTTA
187 ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * ** * *
12309 CCAAACAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCCATTTCAAATCATTGTGACCTTTT
248 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTT
* * * * ** * *
12374 GTTTTGTAATAAAATAATTGTTTC-GGTTA-ACATAAGCTTATTT-GAAGTAAAATAATATTAAT
312 GTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACA-GA-CTTATTTAGAA-TAAAATAATACTAAT
* * * * * ** * * *
12436 TTATTAATGTTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAACTAGAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGT
374 TTAGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAG-A-TTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGT
* * * * * * * *
12501 TCAAAGAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTAAAAATATTATGACC-TTTTGTTTTGTCA
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* * ** *
12565 GAAAACAATTGGTTTT-GTTCATCCAAGCTTATTT
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* * * * * *
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1 CAAAATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAA--G-AGATTTAAAAAATAA
*** ** * * * ** **
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62 ATCAATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAAC-AACTACCTATTTCAAATCG
* * * * * * * * * * * *
12722 TTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCT-ATTCATGCAAGCTTATTTGGAA-AAAA
124 TTATTACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAGCTTATTCGAAATAAAA
* * *
12785 TAATACTAATTTATTAA-AATTCTAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTTTTTA
188 TAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * * ** * *
12849 CCAAGCGAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCTTTT
248 CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTT
* * * * * * * *
12914 GTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAAGTATATTTGGAATAAAATAATATTAATTT
312 GTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGACT-TATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * ** * * *
12978 ATTAATATTCTAAGAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAGAATAAATTTGTTTACCGAACAAGTTCA
376 AGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAA-AATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCA
* * * * * * * * ** * * * *
13043 AATAGTCATGTCTATTTGAACTATCATCTATTTTGAACTGTTATGA-CATTTTGTTTTATCATAA
440 AACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCAT--
* * *
13107 AATAATACCAATTATTCAAAATAATTGGTATTCATACAAA-ATTATT
503 -A-AA-A-CAATTA-T-----T--TTAG--TTCATA-AAAGCTTATC
* * * * * * **
13153 TAGAATAAAATAATACAAATTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-GATTTAAAAAATAAATGT
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* ** * * * ** * * * * *
13217 GTTTACTGAACTAGTTCAAATAATTA-AGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGA
66 ATTTACCAAAATAGTTCAAATAAGTATGGCC-ATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTA
* * * * *
13281 CCTTTTA-TTTAGTCATAAAATAATTG-TTTT-AATGTATACATGCTTATTCGAAATAAAATAAT
130 CCTTTTATTTTA-TCTTAAAACAATTGTTTTTCAA--CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAA
* * * *
13343 ACTAATTTATTAACATTT-AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAA
192 ACTAATTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* * * * * *
13407 A-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCATTTATTT
252 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTT-GTT
* * * * * ** * ** * * * *
13471 TTAAT-GTAAAACAATTGTTTCAATACATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTAT
315 CT-ATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAG
** * ** * *
13533 TAATATTTC-AAATTTTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TAGAA-TCAATT
378 TAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCT-GTTTACCA-AACT-AGTT
* * ** * * * * * * ** * * *
13594 CAAATAATTTTGGCCATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGA-ATTTTTGTTTTATCAT
438 CAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCAT
* *** * * *
13658 AAAATAATTATTTTTCATCATACAAGCCTATT
503 AAAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATC
*** * * * ** *
13690 CGGTATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTTAGAAA-TTAATAAGTAGGAGATGCAAAAAATT
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCA-AAAGTTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATA
* ** ** * * * ** *
13754 GATCTGTTTA-CTGAATCAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTG
61 AATCAATTTACCAAAAT-AGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCG
* * * * * * *** * * *
13817 TTATAAGCTTTTGTTATATCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAAT
124 TTATTACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
* * * *
13882 AATACTAATGTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTAC
189 AAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAC
* * * * * * * * ** *
13946 CAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTA-TATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGACTTTTT
249 TAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACT-TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-CTTT
* * * * * * * * *
14010 GTTTTATCGTAAAACAATTTTTTC-AGTTTTTAGTA-ACTTATTTAGAGTAAAA-AAAACAAATT
312 GTTCTATCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATA-CAGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATT
* * * * * * *
14072 TATTAATATTTC-AAAAA-T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAA-TCAAT
375 TAGTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGT
* * * * * ** * *
14131 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACC-TTTTGTTTTGTCA
437 TCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCA
** * * *
14195 TAAAACAAATGCTTTT-GTTCATATAAGTTTATT
502 TAAAAC-AATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATC
*** * * *
14228 TGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGAAAA-TTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATA
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGTT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATA
*** * * * ** * * * ** *
14292 AATTTGTTTACTAAACA-AGTT-GAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATT
61 AATCAATTTACCAAA-ATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTA-TTTCAAATC
* * * * * * *
14354 GTGATGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAAGAATTGTTTTT-ATTCATAC-AGTCTTATTC-AGAAT
123 GTTATTACCT-TTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAG-CTTATTCGA-AAT
* ** * * *
14415 AAAGTAATGCTAATTTATTAACA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAATGGATTTAAAAAATGAAT-T-
184 AAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTA
* * ** * *
14477 TGTTAGCCT-GACAAGTGCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATG
244 T-TTA--CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATA
* *** * * ** * * * *
14541 ACCATTTGTTTTATTGCAAAACAATTGTTTCTATTCGTACA-AGCTTATCTAAAATAAGATAATT
306 ACC-TTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATA
* * * **
14605 CTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAAC
369 CTAATTTAGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAAC
* * * * * * * * * * *
14670 AAGTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTAT-AACTTTTTGTTTT
433 TAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTT
* * * *
14734 GTTATAAAACAATTTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATT
498 GTCATAAAACAA-TTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATC
** * * * * * * *
14771 TTAAATAAAATAATACAAAATTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAA-AAA
1 CAAAATAAAATAAAAC-TAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAA
*** * * * * * * * * *
14834 GT---TTTTTGAACACA-TTCAAAT-AGTTTGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTA
63 -TCAATTTACCAAAATAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * * *** * *
14894 TGACCTTTTATTTTGTCAGAAACCAATTTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAA
127 TTACCTTTTATTTTATCTTAAAACAA-TTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
** * * * * * *
14959 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCG
191 AACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-A
* * * ** * * * * * * *
15023 AGCAACTTCAAATAGTTATGATTGTTTGAAACAATTGTTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTG
251 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTG-AATAATT-ATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTG
* * * * * ** *
15088 TTTTGTCAT-AAACAATTATTTTCTATTCATACA-AGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTT
313 TTCTATCATAAAATAATTA-TTTCTATTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTT
* * * * * * * *
15151 ATTAATATTC-TAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACAAGTTC
376 AGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACTAGTTC
* * * * * * * * *
15215 AAATAGTTATGTCCATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGATC-TTTTGTTTTGTCAT-
439 AAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATA
* ** *
15278 AAACAATTGTTTCTA-TTTGTGCAAAA--TTATT
504 AAACAATTATTT-TAGTTCAT--AAAAGCTTATC
* * * * * *
15309 TAGAATAAAATAATACTAATCTATT-ATATTTTGAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAT-
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * *** * * ** **
15371 ATGTTTA-TAGAAACAGTTCAAAT-AGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTTC-AATAATT
65 A-ATTTACCA-AAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATCGTT
* * * * * * *** *
15433 ATGATC-TTTATTTTGTCATAAAATAGTT-TGTTTTCTTTTATACAAG-TTATTC-AAATTAAAT
126 ATTACCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGT-TTTTC-AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAAT
** * * * * * * * *
15494 AATATTTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAAATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAA
189 AA-AACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAA
* * ** * * *
15559 CCAA-TTCAAATAGTTAAGACTA-TTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTT
252 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTT-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTT
* * * *
15622 -TAGTCATAAAATAATTATTTC-AGTTCATACA-AGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTT
315 CTA-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATA-CTAATTT
* * ** * * * * **
15683 ATTAACATTTGAAAAATTAATGAGTAAGAGA-TT-AAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGTA
376 AGTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAA
* * * * * ** * *
15743 ATAGATT-TGACTATTTAAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTACGACC-TTTTGTTTTGTCATA
441 ACAG-TTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATA
* * * * *
15805 AAACATTTGTTTCAGTTCAAAAAAACTTATC
504 AAACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATC
* * * * * * * * * *
15836 CGAAATCAAATAATACTACTTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAA
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAA
** * ** * * * * * * *
15901 ATCTGTTTTTCGCACCA-A-TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATA
62 ATC-AATTTAC-CAAAATAGTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATC
* * * * * * *
15963 GTTATGATCC--TTATTTTGTCATAAAACAATTG----------T-CAAGGTTTTTAGATA-AAA
123 GTTATTA-CCTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAA
* * * * * * * ** *
16014 ATAATATTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-ATATATGTTTGTTGA
187 ATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAA
* * * * ** * *
16078 GCCAGTTCAAATAGTTAAGACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTT-
252 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT-GTTC
* ** * * *
16142 TAGTCATATAATAATTGCTTC-AGTTTATACA-AGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
316 TA-TCATAAAATAATTATTTCTA-TTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAG
* * * *
16205 TAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAA
378 TAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-AAAAA-TAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAA
* * * * * *
16270 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAA
441 ACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAA
* * *
16335 ACCATTGTTTTAGTTCATAAAAACTTATC
506 ACAATTATTTTAGTTCATAAAAGCTTATC
* *
16364 CAAAATAAAATAACACTATTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* * *
16429 ATTTACCAAAATAGTTCAAATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGC
66 ATTTACCAAAATAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTAC
* * * * * *
16494 TTTTTATTTTGTCTTAAAACAATTTTTTTTCAATATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTA
131 CTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTA
** * *
16559 ATTTATTAATATTTCACTAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTTA
196 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCA
* *
16624 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAA
261 AATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCT-TTGTTCTATCATAAA
*
16689 ATAATTATTTCTATTTATACAGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAA
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* * *
16754 AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTAT
390 AATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTAT
* * ** *
16819 ATAAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGCTTTAT-T-ATAAAATAATTATTTTAG
455 ATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTT-TGTCATAAAACAATTATTTTAG
* *
16882 CTCATATAAGCTTATAC
519 TTCATAAAAGCTTAT-C
* * * * *
16899 CAAAAAAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCA
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
* * * * *
16964 GTTTATCGAAATAGTTCAAATAAGTATGGGCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTAC
66 ATTTACCAAAATAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTAC
* *
17029 CTTTTGTTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTA
131 CTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTA
* * *
17094 ATTTATTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
196 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCA
*
17159 AATAGTTTTGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAA
261 AATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAA
* ** * * * *
17224 ACAATTATTTCTATTCCTACAGGCTT-TTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTCTAA
325 ATAATTATTTCTATTTATACAGACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAA
* *
17288 AAATTAATAA-CTAAGAGATTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGA
389 AAATTAATAAGC-AAGAGA-TTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGA
* * *
17352 CTATATGTACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTATTT
451 CTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTT
* * *
17416 CAGCTT-ATACAAGCTTATT
516 TAG-TTCATAAAAGCTTATC
* * * ** * * *
17435 CGAAATAGAATAAAACTAATTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTT
1 CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT-TTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* ** ** * * * * * * * *
17499 TATTTACTGAACCAGTTCAAATGATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTA
65 AATTTACCAAAATAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTA
17564 C
130 C
17565 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 5654, Mismatches: 1087, Indels: 766
0.75 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
519 7 0.00
520 131 0.02
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Consensus pattern (534 bp):
CAAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA
ATTTACCAAAATAGTTCAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTAC
CTTTTATTTTATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTA
ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCA
AATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAA
TAATTATTTCTATTTATACAGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAAAAA
ATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATA
TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTATTTTAGTT
CATAAAAGCTTATC
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Alignment explanation
Indices: 13172--17564 Score: 2057
Period size: 538 Copynumber: 8.2 Consensus size: 533
13162 ATAATACAAA
* * *** ** *
13172 TTTATTACTATTTCAAAAATTAATAAG-GATTTAAAAAATAAATGTGTTTACTGAACTAGTTCAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAA
* * ** * * * * * *
13236 ATAATTA-AGCCTATGAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTA-TTTAGTCATAA
66 ATAAGTATGGCC-ATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTA-TCTTAA
* * * * *
13299 AATAATTG-TTTT-AATGTATACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACATTT-
129 AACAATTGTTTTTCAA--CATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC
* * *
13361 AGAAAATTAATAAGCAAGAAATTAAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-AAGTTCAAATAGTTATG
192 A-AAAATTAATAAG--AG--ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * * * * * *
13425 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTATTATGACCATTTATTTTTAAT-GTAAAACAATTGT
252 ACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTT-GTTCT-ATCATAAAATAATTAT
* ** * ** * * * * ** *
13489 TTCAATACATA-AAAGCTTATCCAAAATAAAATAATA-TTACTTATTAATATTTCA-AATTTTGA
314 TTCTATTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATTAA
* * * * * ** * * *
13551 TAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-TAGAA-TCAATTCAAATAATTTTGGCCATTT
377 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCA-AACT-AGTTCAAACAGTTAAGACTATAT
* * * ** ** * *
13613 GAATAATTATCTATTTTAAATCATTATGAATTTTTG-TTTTATCATAAAATAATTATTTT-TCAT
439 GAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTTT-T-ATAAAACAATTATTTTAGC-T
* * * *** * * *
13676 CATACAAGCCTATTCGGTATAAAATAATACTAA
501 CATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAATAACACTAC
* * ** ** ** **
13709 TTTACTAATATTTTAGAAA-TTAATAAGTAGGAGATGCAAAAAATTGATCTGTTTA-CTGAATCA
1 TTTATTAATATTTCA-AAAGTTAAT-A--A-GAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAAT-A
* * * ** * * * * *
13772 GTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAAGCTTTTGTTATAT
60 GTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTAT
* * *** * * * * * *
13836 CATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTAATGTAATAATA-
124 CTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATAT
* * *
13900 TTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATGTATTTACCAAACTAGTTCAAATAGTT
189 TTC-AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTT
* * * * * * ** * * * *
13965 AAGACTA-TATGAACAATTCTTTATTTTAAATCGTTAGGACTTTTTGTTTTATCGTAAAACAATT
249 ATGACTACT-TGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAAC-CTTTGTTCTATCATAAAATAATT
* * * * * * *
14029 TTTTC-AGTTTTTAGTA-ACTTATTTAGAGTAAAA-AAAACAAATTTATTAATATTTCA-AAAA-
312 ATTTCTA-TTTATA-CAGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATA-TTCATAAAAT
* * * * * * * * *
14089 T--T-AGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTGCCGAA-TCAATTCAAATAATTATGACTATT
374 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAACAGTTAAGACTATA
* ** * ** *
14150 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACAAATGCTTTT-GT
438 TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTTT-T-ATAAAAC-AATTATTTTAGC
* * **** * * * *
14213 TCATATAAGTTTATTTGGAATAAAATAATATTAA
500 TCATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAATAACACTAC
* *** *
14247 TTTATTAATATTTTGAAAA-TTAAGAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-A
1 TTTATTAATA-TTTCAAAAGTT---AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAA-ATA
* * ** * * * ** * * * *
14310 GTT-GAATTAGTTATAACTATTTGAACCATTATTTACTTT-AAATTGTGATGA-CTATTTGTTTT
60 GTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTA-TTTCAAATCGTTATTACCT-TTTATTTT
* * * * * **
14372 GTCATAAAAGAATTGTTTTT-ATTCATAC-AGTCTTATTC-AGAATAAAGTAATGCTAATTTATT
122 ATCTTAAAACAATTGTTTTTCA-ACATACAAG-CTTATTCGA-AATAAAATAAAACTAATTTATT
* * * * *
14434 AACA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAATGGATTTAAAAAATGAAT-T-TGTTAGCCT-GACAAGTGC
184 AATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--GATTTAAAAAATAAATCTAT-TTA--CTAAACAAGTTC
** * * * ***
14495 AAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCATTTGTTTTATTGCAA
241 AAATAGTTATGACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAA
* * ** * * * * * *
14560 AACAATTGTTTCTATTCGTACA-AGCTTATCTAAAATAAGATAATTCTAATTTATTAATATTCAA
305 AATAATTATTTCTATTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT
* * * ** * * * *
14624 AAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAT
369 AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGAC
* * * * * * * * *
14689 TGTTTGAACAATTATCTATATCAAATTGCTATAACTTTTTGTTTTGTTATAAAACAATTTTTTTT
434 TATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTT-TTATAAAACAA-TTATTTT
* * *** * * * *
14754 A-TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAAA
497 AGCTCATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAATAACAC-TAC
* * * * * *** * *
14791 TTT-TTAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAAAATTAAAAAA-AAAGT---TTTTTGAACACA-TT
1 TTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAG--AGATTTAAAAAATAAA-TCAATTTACCAAAATAGTT
* * * * * * * * * **
14850 CAAAT-AGTTTGACTATTTGATCAATTATCTATTTCAAATAGTTATGACCTTTTATTTTGTCAGA
63 CAAATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTATCTTA
* * *** * * ** * *
14914 AACCAATTTGTTTCTGTTCATACAAGCCTATTTGAAATAAAATAATGCTAGTTTATTAATATTCC
128 AAACAA-TTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTC
* * * * * *
14979 AAAAATTGATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-TCGAGCAACTTCAAATAGTTATG
192 AAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT-AAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * * * * * * * * * *
15043 ATTGTTTGAAACAATTGTTTTATTTAAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTAT
252 ACTACTTG-AATAATT-ATCTATTTCAAATTGTTAT-AACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTA-
* * ** * *
15107 TTTCTATTCATACA-AGTTTATTGGGAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAA
313 TTTCTATTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAA
* * * * * * * * * *
15170 TAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTGAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCCATTTGA
377 TAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGA
* * * * * **
15235 ACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGATCTTTTG-TTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTA-TTTG
441 ACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTTT-T-ATAAAACAATTATTT-TAGCTCA
** * * * *
15297 TGCAAAA--TTATTTAGAATAAAATAATACTAA
503 T--AAAAGCTTATCCAAAAAAAAATAACACTAC
* * * * * *
15328 TCTATT-ATATTTTGAAAA-TTAATAAGAGATTTAAAAACTAAAT-ATGTTTA-TAGAAACAGTT
1 TTTATTAATA-TTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTTACCA-AAATAGTT
*** * * ** ** * * * *
15389 CAAAT-AGTTATGATTATTTAAACAATTATTTATCTTC-AATAATTATGATC-TTTATTTTGTCA
63 CAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTATCT
* * *** * ** *
15451 TAAAATAGTT-TGTTTTCTTTTATACAAG-TTATTC-AAATTAAATAATATTTAATTTAATAATA
126 TAAAACAATTGT-TTTTC-AACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA-AACTAATTTATTAATA
* * * * * * * * *
15513 TTCCAAAAATTAATAAAATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGTCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAG
188 TTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACTAAACAAGTTCAAATAGTTATG
** * * *
15577 ACTA-TTAGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTCTGACCTTTTGTT-TAGTCATAAAATAATTAT
252 ACTACTT-GAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTA-TCATAAAATAATTAT
* * * * * * *
15640 TTC-AGTTCATACA-AGCTTATTCAAAACAAAATAATAGC-AATTTATTAACATTTGA-AAAATT
314 TTCTA-TTTATACAGA-CTTATTTAGAATAAAATAATA-CTAATTTAGTAATA-TTCATAAAATT
* * * ** * * *
15701 AATGAGTAAGAGA-TT--AAAA-AAA--TGTTTATCAAACAAGTTGTAATAGATT-TGACTATTT
375 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAG-TTAAGACTATAT
* * ** * * * * *
15759 AAACAATTATCTATTT-AAAGTCATTACGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAACATTTGTTTCAGTT
439 GAACAATTATTTATTTCAAA-TTGTTATGACCTTTTGATTTT-T-ATAAAACAATTATTTTAGCT
* * * ** *
15822 CAAAAAAACTTATCCGAAATCAAATAATACTAC
501 CATAAAAGCTTATCCAAAAAAAAATAACACTAC
* * * * * * ** * **
15855 TTCACTAATATTTTGAAAATTAGTAAGCAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTTTCGCACCA-A
1 TTTATTAATA-TTTCAAAAGT--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-AATTTAC-CAAAATA
* * * * * * * *
15919 -TTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTTAAAATAGTTATGATCC--TTATTTT
60 GTTCAAATAAG-TATGGCCATTTGAACAACTACCTAT-TTCAAATCGTTATTA-CCTTTTATTTT
* * * * * * * * *
15980 GTCATAAAACAATTG----------T-CAAGGTTTTTAGATA-AAAATAATATTAATTTAATAAT
122 ATCTTAAAACAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAAT
* * * * ** * * * *
16033 ATTCCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAA-ATATATGTTTGTTGAGCCAGTTCAAATAGTTAAG
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* ** * * * **
16097 ACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTGGTT-TAGTCATATAATAATTGCT
252 ACTACTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTT-GTTCTA-TCATAAAATAATTATT
* * * *
16161 TC-AGTTTATACA-AGCTTAATCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAAT
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* * * * * * * * *
16224 AAGCAAAAGATTTGAAAAATTAAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAA
378 AAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAA
* * * * * * *
16289 CAATTATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACCATTGTTTTAGTTCATA
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* * *
16354 AAAACTTATCCAAAATAAAATAACACTAT
505 AAAGCTTATCCAAAAAAAAATAACACTAC
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1 TTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAA
* * * * *
16448 ATAATTATGGCCATTTGAACAGCTACCTATTTCAAATCGTTATTGCTTTTTATTTTGTCTTAAAA
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* * * * **
16513 CAATTTTTTTTCAATATACAATCTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCACTA
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* * *
16578 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGA
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*
16643 ACAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTATTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATA
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* * *
16773 T-AAAAATAAATCTGTTTACCCAATTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATAAACAATTATTTATTT
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* * * *
16837 CAAATTGTTATAACCTTTTGCTTTATTATAAAATAATTATTTTAGCTCATATAAGCTTATACCAA
455 CAAATTGTTATGACCTTTTGATTT-TTATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGCTTAT-CCAA
* *
16902 AAAAAAATAATATTAC
518 AAAAAAATAACACTAC
* * * *
16918 TTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGGGATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAAATAGTTCAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCAA
* * *
16983 ATAAGTATGGGCATTTGAACAACTACCTATTTCGAATCGTTATTACCTTTTGTTTTATCTTAAAA
66 ATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTACCTTTTATTTTATCTTAAAA
* *
17048 CAATTGTTTTTCAACATTCAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAGA
131 CAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAA
* * *
17113 ATTAATAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTTTGACTACTTGA
196 ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGA
* **
17178 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTCTATTCCTA
261 ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATA
* * * *
17243 CAGGCTT-TTTCGAAATAAAATAATACTAATTTAGTAGTATTC-TAAAAATTAATAACTAAGAGA
325 CAGACTTATTTAG-AATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCAT-AAAATTAATAAGTAAGAGA
* * *
17306 TTTTAAAAAATAAATCTATTTGCCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGTACAATTATTTA
388 -TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTA
* * * * *
17371 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAGCAATTATTTCAGCTTATACAAGCTTATT
452 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGATTTT-T-ATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGCTTATC
* * * * *
17435 CGAAATAGAATAAAACTAA
515 CAAAAAAAAATAACACTAC
* ** * * ** ** **
17454 TTTATTAAT-TGTTCAAAATTTTGTAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACTGAACCAGTTCA
1 TTTATTAATAT-TTCAAAAGTTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTACCAAAATAGTTCA
* * * * * * * *
17518 AATGATTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATTAC
65 AATAAGTATGGCCATTTGAACAACTACCTATTTCAAATCGTTATTAC
17565 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 3099, Mismatches: 571, Indels: 373
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CAATTGTTTTTCAACATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAA
ATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTACTTGA
ATAATTATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTCTATTTATAC
AGACTTATTTAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAATATTCATAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTC
AAATTGTTATGACCTTTTGATTTTTATAAAACAATTATTTTAGCTCATAAAAGCTTATCCAAAAA
AAAATAACACTAC
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Alignment explanation
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17552 AAATCATTAT
* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * ** *
17690 TTTGTCATCAAACAATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATT-TGAAATAAAATAA
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* * * * ** * * ** * *
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* ** ** * *
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* * * * ** * *
17872 TTCTCGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAA
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* * * * * *
17923 TACTAATTTAATAATAGTTCAAAAA-T-A-AA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * * *
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* * * * * *
18048 TAGTCATAAAACAATTGTTACAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAATTAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* ** * * *
18100 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * ** * * **
18165 AACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAAACCTTTTG
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATT-ATGACCTTTTG
** * * * * *
18229 ACTTGCCATAAAACAAAT-TTTCAGTTAATACAAGCTTATT-TGAATAAAATAA
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* * * * *
18281 TA-TAAATTTATTAATA-TTAAAATAATTACTTAGTCAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTAC
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAA-AATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT
* * * * * * * *
18343 CAAATAAGTTCAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTG
63 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * *
18408 TTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * * * *
18462 TTTTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * *
18527 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * ** *
18592 TGTAATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATATGAGCTTATT-TGAAGTAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * * * * ** *
18643 CACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * *
18708 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTT
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* * * * * **
18773 TATCTTAAAATAATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTC-GAATAAAATAA
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*
18824 TA-TAAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATAAGTTAA-A-ATTTAAAAAATAAATCTGTTT-TC
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC
* ** * * * * * * *
18885 TTAACTTGTTTAAAAATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTG
64 -GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* *
18950 TTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAA
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* * * * * * *
19004 TA-TAA-TTATTAAAATTTCAAAAGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * *
19066 GAC-AGTTTAAAATAGTTATAACTATTTAATACAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTG
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* * *
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** * ** * * * *
19183 TACTAATTTA-TAATA-TAAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATTTGTTTACCG
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* * * * *
19246 AAAAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTTG
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* * * **
19309 TTTGGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAATATTATTCAGAATAAAATAA
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* * *
19363 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-T--T-A--AAGAGATTTAAAAAATTAAATCTG-TTAACC
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA-TAAATCTGTTTATCG
* * *
19421 AAGCTAGTT-AAATTA-TTCATGACTATTTGAACAATTAT-TATCTCAAATCATTTATGATC-TT
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* * * *
19482 TGTTTTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCA-AAGTAAAATAT
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* ** * * * * * * *
19538 TGCTAAACTAATAATATTCT-AAAATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTC-A
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* * * * * * *
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* * * *
19666 AGTCATAAAATAATTGTTT-TAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAAT-A
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* * * * *
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1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * *
19768 ACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * ** * * *
19833 TATAATAAAACATTTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * ** **
19884 TATTACTTTATTAATATTTTAAAAATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * ** * *
19949 ATC-AGTTCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATT
66 A-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
20013 TTGTCATAAAAACAATTG--T-TGTTCAATCATTAAGC-TATTCGGAATGAAATAAA
130 TTGTCAT-AAAACAATTGTTTCTGTTC-AT-A-CAAGCTTATTCAGAATAAAAT-AA
* * * * * *
20066 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-ATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTAAGCA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-ATCG
* * * * *
20129 AACTAGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCCTTTTCT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGT
* * * *
20194 TTTGTTATATAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCA-AATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * ** *
20246 TACTAATCTAATAATATTAT-GAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TGTTTGCCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * * *
20309 ACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTC-AATCGTTATGACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * * **
20373 TGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAA-ATAAATAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATA-AAATAA
* * * * *
20424 TATTAATTTATTAATATTTT-AAAATT-AT---TAAGAGATTTAAAATAT-AATTTGTTTACCCA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-TCG
* * ** * * * * * *
20483 AACTAGTTTCAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGT
65 AACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * ** *
20548 TTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATT-TGAAATAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * * * ** *
20601 TGCTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAATAAATCTGTT-TATC
* * * * *
20665 GACCAA-TGCAAATAGTTAT-ATCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTA
64 GAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * **
20728 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * *
20782 TTCTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * ** *
20847 ACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
* * * * *
20912 TGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTCA-ATTAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
* * * * * * * *
20963 TACAAATTTATTAATA-TTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * * *
21027 AATAAATTCAAATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
21092 TCGTCATAAAATAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTC-GAATTAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAA
* * * * * * *
21143 TATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* *** * * * ** *
21208 ATAAGTTTTGATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
** * * * * * *
21273 CATCATAAAACAATTATATT-AGTTCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
131 TGTCATAAAACAATTGT-TTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * *
21324 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * * * * * **
21389 ACAAGTTCCAATTA-TTTTGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGTT
66 ACAAGTT-CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
21453 TTATCATAAAATAATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCA-AATAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAA
** * *
21505 TA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAATAA-A-ATTTTAAAAAATAAAATATGTTTTA
1 TACT-AATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAAT-AAATCTG-TTTA
* ** * * * * * *
21567 T-GAATACTTTTAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTT
62 TCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT
* * *
21631 GTTTTGTCAT-AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAA
127 GTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCT-TATTCAGAATAAAATAA
* * ** * *
21685 TGCTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTA-CTG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G
* * *
21748 AGCAAGTTCAAATAGTTATG-CTTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTG
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGAC-TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTG
* * * * *
21811 TTTTATCATAAAACAATTGTTTCTATTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
21865 TACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * ** * * *
21930 ATAAATTCAAATAGTCAT-ATCTACATGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * ** *
21994 TTGTCATAAAATAATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * *
22046 TACTAATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAATACTAAATCTATTTACCGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * ** * * * * *
22107 A-ACAGTTTAAATAGTTATTACTATTTAAATGATTATATATCTCAAATCGTTATG--TTGTTTAT
66 ACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCT-TTTGT
* *
22169 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAA
129 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** ** * * * * *
22222 TACTAATTTAACAATATTCCAAAAA-T--TAA-TAAGAGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
* * * *
22283 ACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
66 ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
22347 TAGTTATAAAACAATTATTTCAGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
** * * * * * * *
22399 TTGTAATTTATTAACATTTGAAAAATAAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTATC
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-ATAAATCTGTTTATC
* * * *
22464 AAACAAGTTTAAATAGATATGACTATTTGAACAATTAT-TATTT-AAAGTCGTTATGACCTTTTG
64 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTG
* * *
22527 TTTTGTCACAAAACAATTGTTTCAT-TTCATAAAACCTTATTC-GAAATAAAATAA
128 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAA
* * ** * * * * * *
22581 TACTACTTTATTAATA-TTTAAAATTTTAATAAACAAAAGATTT-AAAACTAAAGTTTTTTTTTT
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAA-ATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA-TCTGTTTATC
* * ** * * *
22644 GAACTAGTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAACATCAATCTCAAATCATTATGATC-TTTGT
64 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * *
22708 TTTCTCATAAAACAATCT-TTTTTTTATCATACAAGCTTA-T-ATGGA-AAAA-AA
129 TTTGTCATAAAACAAT-TGTTTCTGT-TCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAA
* ** * * * *
22759 TACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-T--T-AGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTT-GCTG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G
* * * * * * * * *
22819 AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTCTAACTTTTTATT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * *
22884 TAGTCTTATAATAATTGTTTCAGTTTATACATGTTTATTCAGAATAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* ** * * * *
22936 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATCG
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT-TAAAAAATAAATCTGTTTATCG
* * * *
23001 AATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * *
23066 TTGTCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAGAAAATAA
130 TTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
* * * * * * * *
23117 TACTACTTTATTATTATTTCAAAAGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGA-CTA
1 TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-G
* * * * * * * * * *
23181 AATAAATTCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-T
65 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
23245 TTGTCATAAAACAATTGTTT
130 TTGTCATAAAACAATTGTTT
23265 TTAAAAAATA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
166 20 0.00
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGA
ACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTT
TGTCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAA
Found at i:23698 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 23652--23699 Score: 60
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23642 ACAAAACCAG
23652 TTTAAATAATTATAACTA
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23670 TTTAAATAATTATCTA
1 TTTAAATAATTATCTA
*
23686 TTTCAAATCATTAT
1 TTT-AAATAATTAT
23700 TACTTTTTAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.21
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Consensus pattern (16 bp):
TTTAAATAATTATCTA
Found at i:24548 original size:180 final size:181
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Indices: 23780--25092 Score: 1247
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23770 TTTATTAATA
* * * * * * *
23780 TTTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACT
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * *
23845 TTTTATTATGTTATAAAACAA-TAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATCA
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* * *
23909 ATTTATTAATATT-TCAACAATTAATAACTATAAA-ATTTAAAACATAAATAT-
130 ATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA-AAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * *
23960 TCTTACCAAACTAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
1 T-TTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * ***
24025 CTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTA
* * * * * * * *
24090 AGTTATCAATATTCTGAAAATTAACAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTG
130 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
24142 TTTAACGAATAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
* * * * * **
24207 TTTTGTTTTGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACA
66 TTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT
* *
24272 AATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAACATCT----AAT-AA-A--
129 AATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * ** * * * *
24317 TCTACCTGACCAAGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAT
1 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
*
24382 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTA
* * * *
24446 ATTTATTAATATTTTGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
130 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * *
24498 TTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGAC
1 TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * * * *
24562 CTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATACTA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTA
* * * * * *
24627 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTA
130 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * *
24679 TTTA-CCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGAC
1 TTTATCGAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
** * ** *
24742 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATAA
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTA
*
24807 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATG
130 ATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * *
24858 TTT-TCTGAACACGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC
1 TTTATC-GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
* * * * * ** *
24922 CTTTAGTTTTGTCAT-AAGCTAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT
65 CTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATT
*
24985 AATTTATTAA-ATTTCTAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT-AATTTG
129 AATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
* * * * * * *
25036 TTTA-CTAAAGCGAGTTCGAATAGTTATGGACCATTTCAATAATTATTTATTTCAAAT
1 TTTATC-GAA-CAAGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
25093 ATTTTGATTA
Statistics
Matches: 927, Mismatches: 173, Indels: 66
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
173 33 0.04
174 32 0.03
175 7 0.01
176 65 0.07
177 3 0.00
178 20 0.02
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ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TTTATCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC
TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGAATAAAATAATATTAA
TTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATG
Found at i:24785 original size:360 final size:359
Alignment explanation
Indices: 23791--25029 Score: 1099
Period size: 360 Copynumber: 3.4 Consensus size: 359
23781 TTATCAAACT
* * * * * ** * *
23791 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTA-TTATG
1 AGTTCAAATAGTCATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGAC-CTTTAGTTTTG
* * * * ** * *
23855 TTATAAAAC-AATAGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TCAATTTATTAA
65 TAAT-AAACTAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACT-AATTTATTAA
* * * * * * *
23918 TATTTC-AACAATTAATAACTATAA-AATTTAAAACATAAATAT-TCTTACCAAAC-TAGATCAA
127 -ATTTCTAAAAATTAATAAGTA-AAGAA-TTAAAAAATTAATCTAT-TTACCAATCAT-GTTCAA
* * * *
23979 ATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
187 ATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * * ** * * * *
24044 AAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATCAATATTCTGAAA
252 CAATTAGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAA
* * * * * * * *
24109 ATTAACAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAAC-GAATA
317 AGTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACA
* * * * * * * * *
24153 AGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTCATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGT
* * * * * ** * *
24218 CATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATT-AA
66 AATAAACT-A-ATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAAA
* * * *
24282 TAT-TAAGACAATTAATAAGTAAA-ACATCT----AATAAATCTACCTGACC-A--A-GTTCAAA
128 TTTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAGA-AT-TAAAAAATTAATCTA-TTTACCAATCATGTTCAAA
** * * * ** *
24337 TCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
188 TAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * * * * * *
24402 AATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAA
253 AATTAGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAA
24466 GTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATC-GAACA
318 GTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACA
* * * *
24509 AGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAATAATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTCATGAGTATTTGAACAATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTG
* * *
24573 TAATAAAAC-AATTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATT-TGAAATAAAAAAATACTAATTTATT-A
65 TAAT-AAACTAATTGTTTCA-TTCATAAAAGCTTATTCAG-AATAAAAAAATACTAATTTATTAA
*
24635 ATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATA
127 AT-TTCTAAAAATTAATAAGTAA-AGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATA
24700 GTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
190 GTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
24764 TTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAATT
255 TTAGTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAAGT
*
24829 AATAAGTAAAAATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
320 AATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
* * * **
24869 CGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTCATGAGTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTAGTTTTGT
* * *
24934 CATAAGCTAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTT
66 AATAAACTAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAAATTT
*
24999 CTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT
131 CTAAAAATTAATAAGTAAAGAATTAAAAAAT
25030 AATTTGTTTA
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 116, Indels: 76
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354 56 0.08
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Consensus pattern (359 bp):
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AATAAACTAATTGTTTCATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAAAAATACTAATTTATTAAATTT
CTAAAAATTAATAAGTAAAGAATTAAAAAATTAATCTATTTACCAATCATGTTCAAATAGTTATG
ACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGTT
CTGTTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAAAAAGTAATAAG
TAAAAATTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
Found at i:24854 original size:537 final size:540
Alignment explanation
Indices: 17562--25092 Score: 2030
Period size: 542 Copynumber: 13.9 Consensus size: 540
17552 AAATCATTAT
* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * ** *
17688 ATTTTGTCATCAAA-CA-ATTGGTTCTGTTGATACTATTTTATTTGAAATAAAATAATA-ATAAT
127 GTTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACA-AAT
* ** ** * * *
17750 TTAATAATATTTTGA-AACTTAATAACCAAGAAAAT-TAAAAAATAAAT-CTAATAGCC-AAACA
191 TTATTAATATTAAGACAA-TTAATAAGTAA-AACATCTAATAAAT--ATGC---TA-CCTGAACA
* ** ** ** * *
17811 AGTTCAAATAGTTAAGACTAAATGAATGATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGGTTTCT
248 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGT
* * ** * * *
17876 CGTAAAATAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTCGGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-
312 CATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATAT
* * * * * * * *
17939 GTT--CAA-AAATAAATAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAATC-AGCTCAAATGGTT
377 TTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGATCAAATAGTC
* * * * * * * * **
18000 AAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATTATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTG
441 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCA
* * * **
18065 TTACAGTTCATATAAGCTTATTTAGAATAAATTAA
506 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * * * * * * * * *
18100 TACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAAATAAATCTATTTATCA
1 TACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGAATT-AAAAAATGAATCTATTTAACC
* * * * * ** * * *
18165 AACAAGTTCAAATAGTTATTACAATTTGAACAATTGCCTATTT-AGAAGCTTTAAAAACCTTTTG
65 AATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCA-AATCATT-ATAACCTTTTG
** * * * * *
18229 ACTTGCCATAAAA-CAAATT--TTC-AGTTAATACAAGCTTA-TTTGAATAAAATAATATAAATT
128 TTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATT
* * * * * * * * * *
18289 TATTAATATTAAAATAATTACTTAGTCAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAATAAGTT
192 TATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCT----AATAAATATG-CTACCTGAACAAGTT
* * * * *
18353 CAAATCGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACTTATTATGACTTTTTGTTTTATCATA
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATA
* * * * ** * *
18418 AAATAATTGTTTCTGTTCATTCAAACTTATTCAGATTAAAATAATTTTAATTTATTAATATTTTG
316 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
* * *
18483 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
381 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGAC
* * * ** *
18548 TATTTGAATAATTATATATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTTGTAATAAAATAATTGTTTTA
446 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTTCA
* ** * *
18613 GTTCATATGAGCTTATTTGAAGTAAAATAA
511 GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * * * * ** * * * * * *
18643 CACTGATTTATTAATATTTTAAAAATTAATGAGTAAGAAAATTGAAAAAGGAATCTGTTTATCAA
1 TACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTAACCA
* * * * * **
18708 ATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTACCTATTTCAAAACATTATGGCCTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * ** ** *
18773 TATCTTAAAAT-A-ATTGGTTCTATTCATGTAAGCTTATTTCGAATAAAATAATATAAATTTATT
131 TGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTATT
* * * * * ** * ** *
18836 AATATTTTAGA-AATTAATAAGTTAAA-ATTTAAAAAATAAATCTGTTTTCTTAACTTGTTTAAA
196 AATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCT----AATAAATATGCTACCTGAACAAGTTCAAA
* * * * *
18899 AATTTATGACTTTTTGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATGACCCTTTGTTTTGTCAT-AAAC
256 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAAC
* * *** * * *
18963 TAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCATAATAAAATAATA-TAA-TTATTAAAATTTCAA-A
320 -AATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACA
* * * * * * * *
19025 AGTTAATAAGTAAAAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAGAC-AGTTTAAAATAGTTATAACT
384 A-TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAG-ATCAAATAGTCATGACT
* * * * * **
19089 ATTT-AATACAGTTATTTATTTCAAATCATTATAAACTTTTGTTTTTGTCAT-AAATAATTGTTT
447 ATTTGAATA-A-TTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTAATAAAAAAATCATTT
* * * *
19152 CTA-TTCATACAAGTTTATTCGAAAT-AAATAA
509 C-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* ** ** ** * * * *
19183 TACTAATTTAT-AATA-TAAATAAAATTAATGAGTTGGAGACTTAAAAAATTAATTTGTTT-ACC
1 TACTAAGTTATCAATATTCTA-AAAATTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTAACC
* * * * * * * *
19245 GAAAAAGTTCAAATAGTCA-CATCCATTTGAACTATTATCTATTTCAAATCATTATGACAC-TTT
65 -AATAAGTTCAAATAATTATGA-CTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAAC-CTTTT
* * * ** * *
19308 GTTTGGTCATAAAA-CA-ATTGTTTTTATTCATACAATATTA-TTCAGAATAAAATAATACTAAT
127 GTTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTA-AATAAAATAATACAAAT
* * * *
19370 TTATTAATATTTCAA-A-AATTAA-AGAGATTTAAAA-A---ATTAAATCTGTTAACC--AAGCT
191 TTATTAATA-TT-AAGACAATTAATA-AG---TAAAACATCTAATAAATATGCT-ACCTGAA-CA
*
19426 AGTT-AAATTA-TTCATGACTATTTGAACAATTA-TTATCTCAAATCAT-TTATGA-TCTTTGTT
248 AGTTCAAA-TAGTT-ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT--TGTTATGACT-TTTGTT
* * * * *** * * ** ** *
19486 TTGTTATAAAACAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTCAAAGTAAAATATTGCTAAACTAATA
308 TTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTA
* * * * * ** * *
19551 ATATTCTAA-AATTAATAAGCAATAGATTTAAAAAGTAAATGTGTTTGTC-AACCAGTTCAAATA
373 ATATTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATA
* * * * * * * * * * *
19614 GTTAAGAATATTAGAACAATTATCTATTTCGAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAA
438 GTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAA
** * * * *
19679 TTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTCAAAATAAAATAA
503 TCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * * * * * * *
19717 TA-TTA-TT-T---TA-T-T-AACATT--CAA--AA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
1 TACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGA-ATTAAAAAATGAATCTATTTAACC
* * * * * * *
19767 AACAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTT
65 AATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * * * * *** ** *
19832 TTATAATAAAA-CAT-TTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATATTACTTTAT
130 TTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTAT
* * *** * * * *
19895 TAATATTTTAA-A-AATTGAGAAGTTGGAGATTTAAAAAATAAATCAAT-TTATC-GAATC-AGT
195 TAATA--TTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCT----AATAAAT--ATGCTACCTGAA-CAAGT
* * * * * *
19955 TCAAATAATTGTGGCCATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACTTTTATTTTGTCAT
251 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATG-ACTTTTGTTTTGTCAT
* * * * * *
20020 AAAAACAA-T-TGT-TGTTCAATCATTAAGC-TATTCGGAATGAAATAAATACTAATTTATTAAT
315 -AAAACAATTATTTCTGTTC-AT-A-CAAGCTTATTTGGATTAAAAT-AATATTAATTTATTAAT
* * * ** * * * *
20081 ATTTCAAAAATT-ATGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTAAGCAAACTAGTTCAAATAG
375 ATTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTT-ACCAAACAAGATCAAATAG
* * * * * * * * *
20144 TTATAACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCATTATAACCCTTTTCTTTTGTTATATAACAA
439 TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAA
* * *
20209 TTATTT-ATGTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAA
503 TCATTTCA-GTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * * * * ** * *
20246 TACTAA-TCTAAT-AATATTAT-GAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAAAAAT-TGTTT-GC
1 TACTAAGT-T-ATCAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTAAC
* * * * * * * * *
20306 CAA-ACCAGTTCAAATAGTAAAGGCTGTATGAATAATTATCTATTTC-AATCGTTATGACCTTTT
64 CAATA--AGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTT
* * * * * * * * **
20369 GTTTTGTCATAAAA-CA-AATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGAAAT-AAATAATATTAAT
127 GTTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTT-TAAATAAAATAATACAAAT
* * * ** ** * * ** *
20431 TTATTAATATTTTA-A-AATTATTAAG--AGATTTAAAATATAATTTGTTTACCCAAACTAGTTT
191 TTATTAATA-TTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCTAATA-AATATG-CTACCTGAACAAG-TT
* ** * * * * *
20492 CAATTAGTTACAACAATTTGAATAATTATTTATTTTAAATCGTTATGACCATTTGTTTTGTCATA
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * ** * * ** *
20557 AAACAATTATTTCTATTGATACAATTTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAATATTCTA
316 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
* ** * * * ** *** * *
20622 AAAATTAATAAGTAATGGATTTAGAAAATGAATCTGTTGGCTTGACCA-ATGCAAATAGTTAT-A
381 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGAT-CAAATAGTCATGA
* * * * * * * **
20685 TCTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTCTATTTTGTCACAAAACAATTGTTT
445 -CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTT
* * ** *
20750 CTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAGCATAA
509 C-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * * * * * * * ***
20782 TTCTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAACTAAATCTGTTTATTG
1 TACTAAGTTATCAATATTCT-AAAAATTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTAACC
* * * * * * * **
20846 AACAAGTTAAAACAATTACGATTATTTGAACAATTACCTATTTCAAATCGCTATAACCTTTTGTT
65 AATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
** * * *
20911 TTGTCATAAAAT-A-ATTTTTTCTATTCATACAACCTTATTTCAATTAAAATAATACAAATTTAT
130 TTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTAT
* * * * * * * * *
20974 TAATATTCAGATAATTAATAAATAAAAGATTTAAAAAATAACTATGTTTACC-GAATAAATTCAA
195 TAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCT----AATAAATATG-CTACCTGAACAAGTTCAA
* ** *
21038 ATAGTTGTGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTCGTCATAAAA
255 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAA
* * * * *
21103 TAATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCGAATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGACA
319 CAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACA
* * *** * * *** *
21167 ATTAATAAGTAACAGATTTTAAAAATAAATATGTTTATTGAATAAGTTTTGATAGTCATAACTAT
384 ATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTAT
** * ** * * *
21232 TTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTATTTCATCATAAAACAATTATATT-AGT
449 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCAT-TTCAGT
* * *
21296 TCATATAGGCTAATTCAAAATAAAATAA
513 TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * ** * * *
21324 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTT-ACC
1 TACTAAGTTATCAATATTCT-AAAAATTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTAACC
* * * * * * * * * * **
21387 AAACAAGTTCCAATTATTTTGGCTATATAAATAATTTTCTATTTCAAATCATTATGATATTTTGT
65 -AATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* ** * * * *
21452 TTTATCATAAAAT-A-ATTATTTCTGTTCATATAAGCTTATTTCAAATAAAATAATATAAATTTA
129 TTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTA
* * * * *** * **
21515 TTAATATTCCAA-A-AATTAATAAATAAAA-TTTTAAAAAATAAAATATGTTTTATGAATACTTT
194 TTAATATT--AAGACAATTAATAAGTAAAACATCT----AAT-AAATATGCTACCTGAACAAGTT
* * * * * * **
21577 TAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTTAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCAT-
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATA
* * *** * * ** * *
21641 AAACTAATTGTTTCTATTCATACAAG-TGTATTCAAAAT-AAGTAATGCTAGTTTATTAATATTC
316 AAAC-AATTATTTCTGTTCATACAAGCT-TATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
* * * * ** * * *
21704 CAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTATTTACTGAGCAAGTTCAAATAGTTATG
379 TAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATG
* * * * * * **
21768 -CTTGTTTGAACAATTATCTATTTCAAAT-AGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGT
444 AC-TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCAT
** * *
21831 TTCTA-TTCATGCAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
507 TTC-AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * * * * * * * *
21865 TACTAATTTATTAATATTTTTAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT-ACCG
1 TACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTAACC-
* * * * * * *
21929 AATAAATTCAAATAGTCAT-ATCTA-CATGAATAATTATCTATTTCAAAACGTTATGACCTTTTG
65 AATAAGTTCAAATAATTATGA-CTATC-TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTG
* * ** ** *
21992 TTTTGTCATAAAAT-A-ATTGTTTCTATTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
128 TTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTT
** * ** *
22055 ATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-AGATTTAA-ATACTAA-ATCTAT-TTACC-GAA-ACAGTT
193 ATTAATATTAAGACAATTAATAAGTA-A---AACAT-CTAATAAATATGCTACCTGAACA-AGTT
* * * ** * * * * *
22114 TAAATAGTTATTACTATTTAAATGATTATATATCTCAAATCGTTATG-TTGTTTATTTTGTCATA
252 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTGTTTTGTCATA
* * ** * ** **
22178 AAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATACTAATTTAACAATATTCCA
316 AAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTA
* * * * **** * * * * *
22243 AAAATTAATAAG----AGCTTTGAAAAATAAATGTGTTTGTTGAACCAGTTTAAATAGTTAAGAC
381 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGAC
* * * * * *
22304 TATTAT-AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTATTTC
446 TATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTTC
* * *
22368 AGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA
510 AGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
** * * * * ** * * * * *
22399 TTGTAATTTATTAACATT-TGAAAAATAAATGAGCAAGAGATTTAAAAAATATAAATTTATTTAT
1 TACTAAGTTATCAATATTCT-AAAAATTAACAAGTAAGAGAATT-AAAAA-ATGAATCTATTTAA
* * * * * *
22463 CAAACAAGTTTAAATAGA-TATGACTATTTGAACAATTAT-TATTT-AAAGTCGTTATGACCTTT
63 CCAATAAGTTCAAATA-ATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCATTATAACCTTT
* * * * ** * *
22525 TGTTTTGTCACAAAA-CA-ATTGTTTC-ATTTCATAAAACCTTATTCGAAATAAAATAATACTAC
126 TGTTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAA
* ** * * * ** *** *
22587 TTTATTAATATTTAA-A-ATTTTAATAAACAAAAGATTTAAAACTAAAGTTTTTTTTTTGAACTA
190 TTTATTAATA-TTAAGACA-ATTAATAAGTAAAACATCT--AA-TAAA-TATGCTACCTGAACAA
* ** ** * ** *
22650 GTTCAAATAGTTATGAATATTTGAACAAACATCAATCTCAAATCATTATGA-TCTTTGTTTTCTC
249 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACT-TTTGTTTTGTC
* * * * *
22714 ATAAAACAATCT-TTTTTTTATCATACAAGCTTATATGGA--AAAA-AATACTAATTTAATAATA
313 ATAAAACAAT-TATTTCTGT-TCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * * * * * ** * * *
22775 --TT-CCAA-AAATTAGTGAGAGATTTAAAAAATAAATATATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTT
376 TTTTAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTC
* * * * * * * * ** * * **
22836 AAGACTATTAGAATAATTATCTATTTAAAATCATTCTAACTTTTTATTTAGTCTTATAATAATTG
441 ATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCA
* * * * * *
22901 TTTCAGTTTATACATGTTTATTCAGAATAAAATAA
506 TTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * * * * * * * * * *
22936 TACTAATTTATTAACATTCCAAAAATTAATAAGCAAGAG-ATTCGAAAAGATAAATGTGTTTATC
1 TACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGAATT--AAAAAATGAATCTATTTAAC
* * * * * * *
23000 GAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTATGACCTTTTGT
64 CAATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGT
* * *** * * *
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129 TTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTT
* * * * * * * * * * *
23126 ATTATTATTTCAA-A-AGTTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATCAGTTGA-CTAAATAAAT
193 ATTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAACATCTAATAAAT--AT--GCT-ACCTGAACAAGT
* * * * * * *
23188 TCAAATAATTATGGCCATTTAAACAACTATTTATTTCAAATTATTATTACCTTTTG-TTTGTCAT
251 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCAT
* * **** * ** ** * * *
23252 AAAACAATTGTTTTTAAAAAATA-AATCTT-TTT--ACCAAACCAGT-TCAAACAGTTA-TAACT
315 AAAACAATTATTTCT-GTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATAT--TA-ATTTATTAA-T
* *
23311 ATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAACATTTTATTCTATAATAAA-ACAAT-TGTTTC
375 ATTTTAACAATTA---A--T-A-A--G-TA-AA-A---GATT-TA-AA-AAATA-AATATG-TT-
* * * * * * *
23374 TATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT-ACTATTTTAGTAA-TAT-TA--TGAAA--ATT
419 TA-CCAAACAAG---A-TC-AAAT--AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT
* ** ** * **
23432 AAT-AAC-TAAGAAATT-TAA-AAAATAAAT-ATGTT---TGC-TA-AA-CCAATTCAAACAGT-
476 -ATGACCTTTTG-TTTTGTAATAAAA-AAATCAT-TTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAA-A-TA
* * *
23485 TAAGAC
535 AAAAAA
* * ** ** ** *
23491 TA-T-A-TGAACAATTATT-TAACTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-TCA-TAAAATAATT
1 TACTAAGTTATCAA-TATTCTAA---AAA---TTA--A-C--AAG-TAAGAGAATTAAAA-AATG
* * * * ** * ** * *
23550 ATTTTAGCTTGTAGA--AATTTA-TTCGAAATAGAATAAAACTAAT-TTATTAATATTTCAAAAA
52 AATCTA--TT-TA-ACCAA-TAAGTTC-AAATA-ATTATGACT-ATCTGAACAAT-TATC---TA
* ** * ** * * * * * *** *
23611 TTTAAAAGAGATTTAGAAAATAATTCTATT-T-ACAAAACCAGT-TTAAAT-AATT-AT--AA-C
105 TTTCAAA-TCA-TTATAACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATCA-TATTGGTTCTATTCATACAAGC
* * * * ** * **
23668 -TA-TTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATTACT-TT---TTATTTTGTAA-TAAAACAAT
166 TTATTTTAAATAA--A-ATAATACAAAT--TTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAC-AT
*** * * * * *** * * * * *
23726 -T--TTTTTTTGTTA-ATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTATC
225 CTAATAAATATGCTACCT-GAA-CAAGTTC-AAAT--AGTTATGACT-A-TT-TGAACAATTAT-
* * * * * * *
23786 AAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCATTTAT-TTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTA
281 ---TTATTTCAAATTGTTATGACT-TTT--G--TTT-TGTCA--T-AAA-----A-CA-ATTAT-
* * * * * * *
23850 TTATGTT-ATA-AAACAATAGTTTCTG-TTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATCAAT-
326 TTCTGTTCATACAAGC-TTA-TTT-GGATT-A-A-AA---TA-AT--ATT--AAT-TTATTAATA
* * * * * * ** * * *
23911 TTATTAATATTTCAACAATTAATAA-CTATAAAATTTAAAACATAAATATTCTTACCAAACTAGA
376 TT-TTAACAATT-AATAAGTAA-AAGATTTAAAAAAT-AAATA----T-GT-TTACCAAACAAGA
* *
23975 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
431 TCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAAT
* *
24040 AAAAAAATCATTTCGGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
496 AAAAAAATCATTTCAGTTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * * * * * *
24085 TATTAAGTTATCAATATTCTGAAAATTAACAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTAACGA
1 TACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTAACCA
* * * * *
24150 ATAAGTTTAAATAATTATGACTGTTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGTTATAACCTTTTGTTT
66 ATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
* * ** *
24215 TGTCATAAAATGATTTTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATT
131 TGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTATT
* **
24280 AATATTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCTAAT-AA-AT-CTACCTGACCAAGTTCAAATCTTT
196 AATATTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCTAATAAATATGCTACCTGAACAAGTTCAAATAGTT
*
24342 ATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
261 ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTA
* *
24407 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATATTTTGACAAGTAAT
325 TTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAAT
* * * * *
24471 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAACAAGTTCAAATGGTCATGAGTATTTGAAT
390 AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGATCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
* * ** *
24536 AATTAAT-TATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCAGTTTATAT
455 AATT-ATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATAT
**
24600 AAGCTTATTTGAAATAAAAAAA
519 AAGCTTATTCAAAATAAAAAAA
* * ** *
24622 TACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTT-ACCA
1 TACTAAGTTATCAATATTCTAAAAATTAACAAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTATTTAACCA
* * *
24686 ATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTT
66 AT-AAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
* * *
24750 TTGTCATAAAA-CA-ATTGGTTCTGTTCATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATAAATTTAT
130 TTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTAT
* * ** *
24813 TAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAAA-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCA
195 TAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAACA-TCT---AATAAATATGCTACCTGAACAAGTTCA
* * *
24875 AATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGTCAT-AA
254 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * ** * *
24939 GCTAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCTA
318 AC-AATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TA
* * * * * * *
25002 AAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTAAAGCGAGTTCGAATAGTTATGG
381 ACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGATCAAATAGTCAT-G
* * *
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (540 bp):
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ATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTT
TGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTATT
AATATTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCTAATAAATATGCTACCTGAACAAGTTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAT
TTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAACAATTAATA
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ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTAATAAAAAAATCATTTCAGTTCATATAA
GCTTATTCAAAATAAAAAAA
Found at i:25125 original size:537 final size:534
Alignment explanation
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23781 TTATCAAACT
* * * *
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* *
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* * * * * * *
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* *
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** * * * * * * *
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255 TTGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATT
* * * * * * * *
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* * * * **
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383 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTC
*
24242 ATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAC
448 ATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAC
*
24307 ATCTAATAAATCTACCTGACCA
513 ATCTAATAAATCTACCTGAACA
** * * *
24329 AGTTCAAATCTTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATTGTTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGT
*
24394 CATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAA-AATATTAATTTATTAATAT
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* * * * *
24458 TT-TGACAAGTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTA-TCGAACAAGTTCAAATGGT
130 TTCTAACAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAACAAGTTCAAATAGT
* * *
24521 CATGAGTATTTGAATAATTAATTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTA-ATAAAACAAT
193 CATGACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGA-CTTTTGTTTTGTATATAAAA-AAT
*
24585 TGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTGAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
256 TGTTTCAGTTTATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTA
* * * *
24650 ATGAGTAAGAGAATTAAAAAATTAATCTATTT-ACCAATCATGTTCAAATAGTTATGACTATCTG
320 AT-AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAACCAAT-AAGTTCAAATAATTATGACTATCTG
* *
24714 AACAATTATCTATTTCAAA-CATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CA-ATTGGTTCTGTTC
383 AACAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTC
* *
24776 ATGCAAGCTTATTTTAAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAA
448 ATACAAGCTTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAA
* * **
24839 A-ATTTTAAAAATAAATATGTTTTCTGAACA
511 ACA-TCT---AAT-AA-AT-CTACCTGAACA
* * *
24869 CGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGT
* * * ** *
24934 CAT-AAGCTAATTGTTTC-ATTCATAAAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA-A
66 CATAAAAC-AATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA-TAATTTATTAATA
* * *
24996 TTTCTAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAAT-AATTTGTTTACTAAAGCGAGTTCGAATAGT
129 TTTCTAACAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTTCAAATAGT
* * * * * *
25060 TATGGACCATTTCAATAATTATTTATTTCAAAT-ATTTTGA-TTATT-ATTTGTATATAATAAAT
193 CAT-GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTT-TTGTTTTGTATATAAAAAAT
* * *
25122 TGTTTTA-TTTATAT----TTAATTTTAAAAT--AAATATACTAATTTATTAATATT-TAAAATA
256 TGTTTCAGTTTATATAAGCTT-A-TTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATT
25179 AATAGTAA-AGATTTAAAAAAT
319 AATAGTAAGAGATTTAAAAAAT
25200 AAATATGTTC
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 105, Indels: 68
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
528 12 0.02
529 5 0.01
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531 1 0.00
532 24 0.03
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Consensus pattern (534 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACCTTTAGTTTTGT
CATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATAATTTATTAATATT
TCTAACAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCAAATAGTCAT
GACTATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTGTTTTGTATATAAAAAATTGTTT
CAGTTTATATAAGCTTATTTAAAATAAAAAAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAGTA
AGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTAACCAATAAGTTCAAATAATTATGACTATCTGAACAATTA
TCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATCATATTGGTTCTATTCATACAAGC
TTATTTTAAATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAACATCTAATA
AATCTACCTGAACA
Found at i:25590 original size:15 final size:17
Alignment explanation
Indices: 25557--25591 Score: 56
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25547 TATTAGAACA
25557 ATTATCTATTTCAAATC
1 ATTATCTATTTCAAATC
25574 ATTATCTA-TTC-AATC
1 ATTATCTATTTCAAATC
25589 ATT
1 ATT
25592 CTTACCTTTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (17 bp):
ATTATCTATTTCAAATC
Found at i:26042 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 25598--26044 Score: 447
Period size: 179 Copynumber: 2.5 Consensus size: 181
25588 CATTCTTACC
*
25598 TTTGTTTATTCAT-AAACAATTATTTCAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAAT-TGTA
1 TTTGTTT-TTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTC-GAATAAAAATAATAT-TA
* *
25660 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATGAGAAAAAGATTTAAATAAAATAAATCTATTTATCAAACA
63 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTT-AATAAAATAAATCTATTTATCAAACA
* * *
25725 AGTTCAAATAAATTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTATAACCT
127 AGTTCAAATAAATTTGACTATTTGAAAAAATATCAATTTAAAGTTGTTATAACCT
* * * *
25780 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCAT-CAAAACTTATTTGAA-ATAAAATAATACTA
1 TTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAC-AAGCTTATTCGAATA-AAAATAATATTA
* * * * * * *
25843 CTTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGATTT-A-AAACTAAAGT-TATTT-TCTGAAC
63 ATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAATAAAATAAA-TCTATTTATC-AAAC
* * * *
25904 TAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAAAAATAT-AATTCTCAAA-TCT-TTATGA-TT
126 AAGTTCAAATAAATT-TGACTATTTGAAAAAATATCAATT-T-AAAGT-TGTTATAACCT
*
25959 TTTGTTTTCTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATATTAA
1 TTTGTTTT-TCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATATTAA
*
26023 TTTAATAATATTCCAAAAATTA
64 TTTATTAATATTCCAAAAATTA
26045 GTGAAAGATT
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 30, Indels: 33
0.78 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
179 80 0.36
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182 15 0.07
183 67 0.30
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TTTGTTTTTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAATAAAAATAATATTAATT
TATTAATATTCCAAAAATTAATAAGAAAAAGATTTAATAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGTT
CAAATAAATTTGACTATTTGAAAAAATATCAATTTAAAGTTGTTATAACCT
Found at i:26976 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 26136--27262 Score: 914
Period size: 181 Copynumber: 6.3 Consensus size: 181
26126 ATTCTAACCT
* * * * * ***
26136 TTTATTAATACTT-AGAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAAACTATTTACCAAACCCT
1 TTTATTAATATTTCA-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAG
* * * ** * * * * *
26200 TTCAAATAGTT-TTGACTATTTGAATAATTATCTATTCCAATTCATTATAACTTTTTATTTTGTC
65 TTCAAATAGTTATT-ACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* ** **
26264 A-ACAAACAATTGGTTC-TATTCATACTATTTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
129 ATA-AAACAATTGTTTCATA-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* ** * * * * * * * * * *
26317 TTTAATAATATTTTGACACTTAATAACTAAGAAAATTAAAAAATAAATCAAATT-GCTAAACCAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATC-AAACAAG
** * * ** * *
26381 TTCAAATAG-TAAGACTATATGAATGATTATTTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
** * *
26445 TAAAACAATTGTTTTTTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCATATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* **
26497 TTT-TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CTGAATTAG
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26560 TTCAAATAATTATGACTATTTGAGCAATTA-TCAATCCAAATCGTTAAGATC-TTTGTTTTGTCA
65 TTCAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
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26623 TAAAACAATTATTTC-TGACCAT-AAAGCTTATT-TAGTTAAAAATAATACTAA
130 TAAAACAATTGTTTCAT-ATCATAAAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAA
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26739 TCAAATAGTTAAAACTA-TTAGAATAATTATATATTTTAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTA
66 TCAAATAGTTATTACTATTTA-AACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
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65 TTCAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG-TC
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26983 ATAAAACAATTGTTTCAGT-TTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAGAATACTAA
129 ATAAAACAATTGTTTCA-TATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
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27036 TTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAATAG-TTTAAAAAAATAAAT-TAGTTTACCAAACAA
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTA-TTTATCAAACAA
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27099 ATTTAAATAGTTA-TGCTTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCGTT-TGACCTTTTGTTTAGT
64 GTTCAAATAGTTATTAC-TATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGT
27162 CATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
128 CATAAAACAATTGTTTCATA-TCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* *
27216 TTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGCGATTT-AAAAATAAAT
1 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
27263 TGGTTTACCA
Statistics
Matches: 758, Mismatches: 161, Indels: 56
0.78 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.00
177 28 0.04
178 102 0.13
179 90 0.12
180 223 0.29
181 306 0.40
182 7 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAACAAGT
TCAAATAGTTATTACTATTTAAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCAT
AAAACAATTGTTTCATATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
Done.