Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168191.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_428, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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9402 ATTCGTGAAC
*
9412 AGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
1 AGATTTATTTTTT-AATTTCT-ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * ** *
9476 TTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGCCAAGCCAAAATATCATAATGATTT
63 TTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
*
9541 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTCTCTCAGTAAAT
128 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGT-TCAGTAAAT
* * * * * *
9593 AGATTTATTATTTTAATCTTCTATTTATTAATTTTTGAAATTTTAAAAAATTATTAATGTTTTAT
1 AGATTTATT-TTTTAAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * *
9658 TCCAAATAAGCTTTTATGAATAGAAATAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
64 TTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
** * * * * **
9722 GAAATGGATAATTGTTGAAATAGTTATAACTATTTGAA-TGTATTCAAAAAAT
128 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTG--TTCAGTAAAT
** * * *
9774 AGATTTATTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTA-
1 AGATTTATTTT-TTAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTAT
* ** ** * ** *
9837 TTCGAAATAAGCTTACAAAAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGCCTTAAT-ATTT
64 TTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TT
* **
9901 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTCAAACATGTTTGGTAAAT
127 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCAGTAAAT
* *
9954 AGA-TTAATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTG-AATAGTAATAAATTAGTATTATTTTAT
1 AGATTTATTTTTTAATT-TC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
* * * * * ** * * *
10017 TTCAAAAAAACTTATTTCAACTA-AAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCA-AATGAGTT
64 TTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTT
* * * *
10080 GACAGAGTTTGACATAATTAATTATTCAAATAATAATGACTATTTCAACTTGTTC-GATAAAT
128 GA-A-A---T---A-AA-TAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCAG-TAAAT
* * *** *
10142 ACATTTATTTTTTTAAATTTTTTACTTATTAA-TTACCAAAGTATTAATAAATTAATATTATTTT
1 AGATTTA-TTTTTT-AA-TTTCTACTTATTAATTTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * * * **
10206 AATCCAAACAATCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAATCATAACAATT
62 ATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATT
* * * * *
10271 TGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTC-GATAAAC
127 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAAC-TGTTCAG-TAAAT
* * * * *** *
10324 ATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCCTAATATTAATAAATTTA-TAATATTTTA
1 AGATTTATTTTTT-AAT-TTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTA
10388 TTT-GAAATAAGCTT
63 TTTCG-AATAAGCTT
10402 GTTCGATAAA
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 125, Indels: 84
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 16 0.02
179 68 0.11
180 144 0.22
181 204 0.32
182 62 0.10
183 3 0.00
184 1 0.00
186 1 0.00
187 4 0.01
188 37 0.06
189 5 0.01
190 20 0.03
191 68 0.11
192 9 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AGATTTATTTTTTAATTTCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
CGAATAAGCTTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAA
ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTGTTCAGTAAAT
Found at i:9880 original size:180 final size:178
Alignment explanation
Indices: 9320--10401 Score: 719
Period size: 180 Copynumber: 5.9 Consensus size: 178
9310 TTTTAGACCA
* * * * * * ** *
9320 AAACAATTGCTTTACGATAAAACAGAATG-TCATAAAGATTTGAAATAGATAA-TAGTTTGAATG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACA-AAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAATA
* * * * * * * * *
9383 GACATGACTATTTGAATTTATTCG-TGAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATTAATTTT
64 GTCATAACTATTTAAACTT-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTT
* * *
9447 TAGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAACTTGTATGAATAG
126 T-GAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAATAG
* * ** *
9500 AAATAATTGTTTTATGCCAAGCCAAAATATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* ** * *
9565 CATAACTATTTAAACTCTCTC-AGTAAATAGATTTATTATTTTAATCTTCTATTTATTAATTTTT
66 CATAACTATTTAAACT-TTTCGA-TAAATAGATTTATT-TTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT
* * * * * *
9629 GAAATTTTAA-AAAATTATTAATGTTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAATAG
127 G-AATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAATAG
* ** * *
9681 AAATAATTAG-TTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATAG
1 AAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * *
9745 TTATAACTATTTGAA-TGTATTCAAAAAATAGATTTATTTTAAAAATTTTTACTTATTAATTTTT
65 TCATAACTATTTAAACT-T-TTCGATAAATAGATTTATTTT-AAAATTTTTACTTATTAATTTTT
* * * **
9809 GTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGCTTACAAAAATAG
127 G-AATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAATAG
* * ** *
9861 AACCAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGCCTTAAT-ATTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAG
* * * *
9925 TCATAACTATTCAAACATGTTT-GGTAAATAGATTAATTTT-TAATTCTCTTACTTATTAATTTT
65 TCATAACTATTTAAAC-T-TTTCGATAAATAGATTTATTTTAAAATT-T-TTACTTATTAATTTT
* * * * *
9988 TGAATAGTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAAAAACTTATTTCAACTA-
126 TGAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTATATGAA-TAG
* * * *
10040 AAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCA-AATGAGTTGACAGAGTTTGACATAATTAATTA
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGA-A-A---T---A-AA-TAATTA
* * * * * *
10104 TTCAAATAATAATGACTATTTCAACTTGTTCGATAAATACATTTATTTTTTTAAATTTTTTACTT
56 TTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-TTCGATAAATAGATTTA---TTTTAAAATTTTTACTT
**** * * * * * *
10169 ATTAATTACCAAAGTATTAAT-AAATTAATATTATTTTAATCCAAACAATCTTGTATGAATAG
117 ATTAATTTTTGAA-TATTAATAAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAATAG
* * * ** *
10231 AAACAATTATTTTATTACAAAACAAAAAATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * *
10296 CATAACGATTTGAACTTATTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTACTAATTGTCC
66 CATAACTATTTAAACTT-TTCGATAAATAGATTTA-TTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-T
* * *
10361 T-AATATTAATAAATTTA-TAATATTTTATTTGAAATAAGCTT
126 TGAATATTAATAAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTT
10402 GTTCGATAAA
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 144, Indels: 95
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
178 16 0.02
179 63 0.09
180 226 0.32
181 203 0.29
182 54 0.08
183 4 0.01
184 1 0.00
186 2 0.00
187 6 0.01
188 37 0.05
190 20 0.03
191 68 0.10
192 10 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACTTTTCGATAAATAGATTTATTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAT
ATTAATAAAATTAGTATTATTTTATTCGAAATAAGCTTATATGAATAG
Found at i:10637 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 10417--11766 Score: 658
Period size: 177 Copynumber: 7.6 Consensus size: 179
10407 ATAAACGGAT
* * * * * *
10417 TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCGAAT
1 TTTTTTAAATATTTTACTTATTAA--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
** * ** * *
10482 AAACTTATA-AGAACTTAAATAATTCCTTTATGACAAAACAAAATGTTATAACGA-TTTGAAATA
64 AAACTTATATAGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAGTTTGAAATA
* * * *
10545 AATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTATCTAGTTTAGCAAACATATTTA
129 AATAATT-TTCAAATAATCATAACTATTTAACTAGTTTAGTAAACATATTTA
* * * *
10597 TTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATA
1 TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * ** *
10662 AGCTTATAT-GAACAGAAACAATTATTTTAT-ATTAGGACAAAAAGTCATAA-TAGTTTGAAATA
65 AACTTATATAGAACAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACGAGTTTGAAATA
* * * * *
10724 AATAATTTGTCAAATACTCATAACTAATTAAACTGGTTT-GATAAATAGATTTA
129 AATAATTT-TCAAATAATCATAACT-ATTTAACTAGTTTAG-TAAACATATTTA
* * * *
10777 TTTTTTAAATATTTTA-TTAATT--TTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACA
1 TTTTTTAAATATTTTACTT-ATTAATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATA
* * * * * * * * *
10839 AACTTA-ATTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAATGA-TTTAAAATAG
65 AACTTATATAGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAGTTTGAAATAA
* * * * **
10902 ATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTGGTTAGGTAAACATAAATA
130 ATAATT-TTCAAATAATCATAACTATTTAACTAGTTTA-GTAAACATATTTA
* * * *
10954 TTTTGTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTCA-TTTTATTTTATTCCAA
1 TTTT-TTAAATATTTTACTTATTAA--TTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCCAA
* * *
11018 ATAAGC-TAGTATA-AACTGAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-ATTTTGAA
62 ATAAACTTA-TATAGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAGTTTGAA
* ** * * *
11079 AT--GT-ATAGTC---T--T-A-AA-TATTTGCACT-GATTCAGTAAACAAATTTA
126 ATAAATAATTTTCAAATAATCATAACTATTT-AACTAG-TTTAGTAAACATATTTA
* * * * * * * *
11123 -TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTATCAAAATAATAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
1 TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATT-T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * * * ** *
11187 AAGCTTGTAT-GAATAGAAATAATTGTTTTGTGATAGAACAAAAGGTTATAAC-AACTTGAAGTA
64 AAACTTATATAGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAGTTTGAAATA
* * * * * *
11250 TACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA-CTTCGATAAACAGATTTA
129 AATAATT-TTCAAATAATCATAACTATTT-AACTAGTTTAG-TAAACATATTTA
* * *
11303 -TTTTTAAA-A-TCT-CTTATTAATTTATGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA-
1 TTTTTTAAATATTTTACTTATTAA-TT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT
* * * * * * * * * *
11363 AAAGCTTAAAT-GATCAAAAACATTTGTTATATGATC-AAATAAAAGGTAATAAC-AATTTGAAA
64 AAA-CTTATATAGAACAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAAAGTCATAACGAGTTTGAAA
* * *** * * ** * *
11425 TAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAAT-GATTCGGTAAACAGATTCA
127 TAAATAATT-TTCAAATAATCATAACTATTT-AACTAG-TTTAGTAAACATATTTA
* * * * *
11480 CTTTTTAAATCA-CTTACTTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAA
1 TTTTTTAAAT-ATTTTACTTATT-AA-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
* * *** * * * *
11544 TAAGCTTGTACT--ATTTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTTAAA
63 TAAACTTATA-TAGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAGTTTGAAA
* * * * * * *
11606 TAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAA-T-TTCTTCGATAAATAGATTTA
127 TAAATAATT-TTCAAATAATCATAACTATTT-AACTAGT-TTAG-TAAACATATTTA
** * *
11661 TTTTTTTTAAATATCTTT-CTTATTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTAGTATT-TATTTATTTC
1 --TTTTTTAAATAT-TTTACTTATTAA--TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTCC
* * * *
11724 AAGTAAACTTGTAT-GAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAAAA
60 AAATAAACTTATATAGAACAGAAACAATTATTTTATGAC-AAAA
11767 AAAGGTAAGA
Statistics
Matches: 908, Mismatches: 192, Indels: 136
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
165 2 0.00
166 2 0.00
167 59 0.06
168 37 0.04
169 16 0.02
170 6 0.01
171 3 0.00
172 3 0.00
174 1 0.00
175 1 0.00
176 13 0.01
177 230 0.25
178 42 0.05
179 110 0.12
180 90 0.10
181 153 0.17
182 54 0.06
183 80 0.09
184 6 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAA
ACTTATATAGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGAGTTTGAAATAAA
TAATTTTCAAATAATCATAACTATTTAACTAGTTTAGTAAACATATTTA
Found at i:11352 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 11158--11783 Score: 606
Period size: 181 Copynumber: 3.5 Consensus size: 177
11148 ATCAAAATAA
* * *
11158 TAATAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTGTGATAG
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATA-
* * * * * *
11223 AACAAAAGGTTATAACAACTTGAAGTATACAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTACTT
65 AACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATACTT
11288 CGATAAACAGATTTA-TTTTTAAAATC-TCTTATTAATTTATGAAAGAT
130 CGATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTCTTATTAATTT-TGAAAGAT
* ** * * *
11335 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTAAATG-ATCAAAAACATTTGTTATATGATC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGAT-
* * * * * *
11399 AAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGA-
64 AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAAT-AC
* * * * *
11463 TTCGGTAAACAGATTCACTTTTT-AAATCACTTACTTATTAAATTTTGGAATAT
128 TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAAAT--CTT-CTTATT-AATTTTGAAAGAT
* * * *
11516 TAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACT-ATTTGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGA-T
* ** * * * * *
11580 AAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATAGACAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAATTTCT
64 AAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATACT
* * *
11645 TCGATAAATAGATTTATTTTTTTTAAATATCTTTCTTATTAATTTTTTTAATG-T
129 TCGATAAACAGATTTA--TTTTTTAAA-ATC-TTCTTATTAA--TTTTGAAAGAT
* *
11699 TAATAAATTAGTATT-TATTTATTTCAAGTAAACTTGTATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGAC
1 TAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-
*
11762 TAAA-AAAAGGTAAGAACAATTT
63 TAAACAAAAGGTAATAACAATTT
11784 CAAACGGATA
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 66, Indels: 41
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
176 2 0.01
177 119 0.33
178 7 0.02
179 1 0.00
180 1 0.00
181 124 0.34
182 25 0.07
183 69 0.19
184 10 0.03
185 2 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAA
ACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATACTTC
GATAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTTCTTATTAATTTTGAAAGAT
Found at i:11428 original size:526 final size:525
Alignment explanation
Indices: 10586--11595 Score: 1246
Period size: 526 Copynumber: 1.9 Consensus size: 525
10576 CTAGTTTAGC
* * * *
10586 AAACATATTTATTTTTAAAATTTTTTACTTATTAATTGTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTT
1 AAACAAATTTATTTTT-AAATTTCTTACTTATTAATTATCAAATAATAATAAATTAGTATTATTT
* * **
10651 TAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATATTAGGACAAAAAGTCATAATAGT
65 TAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATATTAGAACAAAAAGTCATAACAAC
* ** * *
10716 TTGAAATAAATAATTTGTCAAATACTCATAACTAATTAAACTGGTTTGATAAATAGATTTATTTT
130 TTGAAATAAACAATTTGTCAAATACTCATAACTAATTAAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTT
* * * * * *
10781 TTAAATATTTTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTTCGAACAAACTTAA
195 TAAAATATCTTATTAATTTATGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAAACTTAA
* * * * **
10846 TTGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAATGCCATAATGATTTAAAATAGATAATTGTT
260 ATGAACAAAAACATTTGTTATATGACAAAACAAAAGGCAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTT
* * * *
10911 CAAATAATCATAATTATTT-AAATTGGTTAGGTAAACATAAAT-ATTTTGTTAAATCTCTTACTT
325 CAAATAACCATAATTATTTGAAA-TGATTAGGTAAACA-AAATCACTTT-TTAAATCACTTACTT
* * *
10974 ATTAATTTTTGAAATATTAATTAATTCATTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTA-TAAACTGAA
387 ATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTACT-AACTGAA
11038 A-AATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAATGTATAGTCTTAAATATTTGCA
451 ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAATGTATAGTCTTAAATATTTGCA
11102 CTGATTCAGT
516 CTGATTCAGT
* *
11112 AAACAAATTTATTTTT-AATTCTCTTAGTTATTAATTATCAAAATAATAATAGATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTATC-AAATAATAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * * *
11176 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTGTGA-TAGAACAAAAGGTTATAACA
64 TTAATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTAT-ATTAGAACAAAAAGTCATAACA
* * * * *
11240 ACTTGAAGTATACAATTAT-TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTACTTCGATAAACAGATTTAT
128 ACTTGAAATAAACAATT-TGTCAAATACTCATAACTAATTAAACTACTTCGATAAACAGATTTAT
*
11304 TTTTAAAATCTCTTATTAATTTATGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGC
192 TTTTAAAATATCTTATTAATTTATGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAAA-C
* * * *
11368 TTAAATGATCAAAAACATTTGTTATATGATC-AAATAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAGATAA
256 TTAAATGAACAAAAACATTTGTTATATGA-CAAAACAAAAGGCAATAACAATTTAAAATAGATAA
* ** * * *
11432 TTGTTGAAATGGCCATAATTATTTGAAATGATTCGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTAC
320 TTGTTCAAATAACCATAATTATTTGAAATGATTAGGTAAACAAAATCACTTTTTAAATCACTTAC
* ** * * **
11497 TTATTAAATTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTACTATTTGA
385 TTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTACTAACTGA
* *
11562 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
450 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
11596 TGATTTTAAA
Statistics
Matches: 406, Mismatches: 68, Indels: 20
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
524 4 0.01
525 89 0.22
526 307 0.76
527 6 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (525 bp):
AAACAAATTTATTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTATCAAATAATAATAAATTAGTATTATTTT
AATCCAAATAAGCTTATATGAACAGAAACAATTATTTTATATTAGAACAAAAAGTCATAACAACT
TGAAATAAACAATTTGTCAAATACTCATAACTAATTAAACTACTTCGATAAACAGATTTATTTTT
AAAATATCTTATTAATTTATGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAAAAACTTAAA
TGAACAAAAACATTTGTTATATGACAAAACAAAAGGCAATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTC
AAATAACCATAATTATTTGAAATGATTAGGTAAACAAAATCACTTTTTAAATCACTTACTTATTA
AATTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTACTAACTGAAACAAT
TATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACATTTTGAAATGTATAGTCTTAAATATTTGCACTGAT
TCAGT
Found at i:14027 original size:38 final size:39
Alignment explanation
Indices: 13975--14049 Score: 134
Period size: 38 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
13965 TAATTAATGC
*
13975 ATGGCAAAAACTCCCCCTCAATTTGTGCATCCTAATCTA
1 ATGGCAAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCTA
14014 ATGGC-AAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATC
1 ATGGCAAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATC
14050 CAACACAACT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
38 30 0.86
39 5 0.14
ACGTcount: A:0.31, C:0.32, G:0.09, T:0.28
Consensus pattern (39 bp):
ATGGCAAAAACTCCCCCTCAATTTATGCATCCTAATCTA
Found at i:20815 original size:358 final size:355
Alignment explanation
Indices: 20124--20815 Score: 829
Period size: 358 Copynumber: 1.9 Consensus size: 355
20114 GAACATAAAT
20124 AATTGATTTATGACAAAATAAAAGCTTATAATAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACAATCATA
1 AATTGATTTATGACAAAATAAAAGCTTATAATAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACAATCATA
* ** * *
20189 ATTATTTAAACTAGTTTGGTAAGTAGATTTATTTTTTAAATCTGTTACTAATTCTTGAAATATTA
66 ACTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTGTTACTAATTCTTGAAATACTA
* * *** *
20254 ATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAGAAACAATTGTTTTTATGACAAA
131 ATAAACTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTTATGACAAA
* * * * ** *
20319 ATAAAAGGTAATAATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTC
196 ACAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAACCATTTGAACTAATTA
** * * *
20384 GATAAACTGATTTATTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTACCA
261 GATAAACACATTTATTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGT--CA
20449 TTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
324 -TTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
* * * *
20482 AATTGTTTTATGACAAAATAAAAG-TTCATAATGATTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAATCAT
1 AATTGATTTATGACAAAATAAAAGCTT-ATAATAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACAATCAT
* * *
20546 AACTATTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-
65 AACTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTT-AAA--TC-TG-TTACTAA-TTCTTGA
* * * * *
20610 AATGCTAATAAACTAGTATTGTTTTACATT-GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTT
124 AATACTAATAAACTAATATTATTTTA-ATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTT
* * * * * *
20673 ATGACAAAACAAAATCTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTGGTCTTAACCATTTGA
188 ATGACAAAACAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAACCATTTGA
* * *
20738 ACTAATTAGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAA
253 ACTAATTAGATAAACACATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*
20803 TTAGT-A-TTATTTT
317 GTAGTCATTTATTTT
20816 TATCCAAATA
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 45, Indels: 18
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
357 2 0.01
358 97 0.35
359 3 0.01
360 1 0.00
361 2 0.01
362 77 0.28
363 91 0.32
364 7 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (355 bp):
AATTGATTTATGACAAAATAAAAGCTTATAATAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACAATCATA
ACTATTTAAACTAGTTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTGTTACTAATTCTTGAAATACTA
ATAAACTAATATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTGATTTTATGACAAA
ACAAAAGCTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAACCATTTGAACTAATTA
GATAAACACATTTATTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTCATT
TATTTTGGATAAGCTTTTATGAATTGAAAC
Found at i:20861 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 19972--21280 Score: 941
Period size: 181 Copynumber: 7.3 Consensus size: 179
19962 CTGAAATAAT
* * * * * ** * *
19972 ATGATTCGAAATAGATAACTATTCATATTATCTTAACTATTTGAACTGGCTCAGG-AAACATATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-AATTAGGTAAACAGA-T
* * * * * *
20036 TTACTTTTTAAATATCTTAATTACGAATTTTT-AGAATATCATTAAATTAGTATTATTTTATTTC
64 TTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * *
20100 AAATAAATTTGTATGAACATAAATAATTGATTTATGACAAAATAAAAGCTTATA
128 AAATAAGCTTGTATG-A-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGCTTATA
* * * * * * * **
20154 ATAATTTGAAATAGATAATTTTTCAAACAATCATAATTATTTAAACTAGTTTGGTAAGTAGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAGATTT
* * *
20219 ATTTTTTAAA--TC-T-GTTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAA
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * *
20280 TAAGCTTGTATGTTGAGAAACAATTGTTTTTATGACAAAATAAAAGGTAATA
131 TAAGCTTGTATG--AATAAACAATTG-TTTTATGACAAAATAAAAGCTTATA
* *** * * * *
20332 ATGATTTGAAATATATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTAATTCGATAAACTGATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAGATTT
* * * * ** ***
20397 A-TTTTTAAATTTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTACCATTTTATTTTGGA
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
*
20461 TAAGCTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG-TTCATA
131 TAAGCTTGTATGAA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGCTT-ATA
* * * ** *
20512 ATGATTTTAAATAGATAATTTTTCAAATAATCATAACTATTTAAACTTGTTCA-GTAAATAGATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATT-AGGTAAACAGATT
* * ** * * *
20576 TATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGCTAATAAACTAGTATTGTTTTACATT
65 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * *
20640 -GAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATCTTAGA
127 CAAATAAGCTTGTATGAA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGCTTATA
* * ** * * *
20694 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAGTGGTCTTAACCATTTGAACTAATTAGGTAAACACATTT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAGATTT
* * *
20759 ATTTTTTAAATCTCTTATTTACTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCAA
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAA
* * * * * *
20823 ATAAGCTCGTATGATGATAAACAATTTTTTTTTGACAAAAT-GAAGATCATA
130 ATAAGCTTGTATGA--ATAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGCTTATA
*** * * * * * * * ** *
20874 GCAATTTGAGATTGATATTTGCTT-AAATAGTAATAACTATTTGAATTGGCTT--GAAAACTAG-
1 ATGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAATCATAACTATTTGAACT-AATTAGGTAAAC-AGA
* * * * * *
20935 CTTAATTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTT
63 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * * *
21000 GAATAAGTTTTTATGAACAGAAACAATTATTTTTTGACAAAACAAAAAGGTTATA
128 AAATAAGCTTGTATG-A-ATAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAGCTTATA
* * * * ** * ** *
21055 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAATCATATTTATTTGAGCTTGTTTA-GTAAACATATT
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAAC-TAATTAGGTAAACAGATT
* *
21119 TATTTTCTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
65 TATTTT-TTAAATCTCTTACTTACTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
* * * * * * *
21183 AAATAGGCTTGTATGAACTGAAATAATTATTTTATAAC-TAATCAAATG-TTAGA
128 AAATAAGCTTGTATGAA-T-AAACAATTGTTTTATGACAAAAT-AAAAGCTTATA
* ** * *
21236 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTGTAATAGTCTTAACTATTTGAA
1 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAA
21281 TTGGTTTAGC
Statistics
Matches: 883, Mismatches: 205, Indels: 79
0.76 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
177 67 0.08
178 76 0.09
179 98 0.11
180 121 0.14
181 234 0.27
182 199 0.23
183 82 0.09
184 6 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAACTAATTAGGTAAACAGATTT
ATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
TAAGCTTGTATGAATAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGCTTATA
Found at i:21776 original size:146 final size:146
Alignment explanation
Indices: 21614--21892 Score: 370
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 146
21604 ACTTGTATGA
*
21614 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCATCTACCTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATT-GATATT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCATCTACCTATTAATTTTTGA-AATACTAATAAATTAG-TATT
* *
21677 ATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATA-AAAGTAATT-GTTTGATC-ACAAAACAAAAGATCA
64 ATTTTATTCCAAACAAACTTGTATGAATAGAAA-CAATTGGTTT-A-CAACAAAACAAAAGATCA
21739 TAACTATTAGAACTTACTTGG
126 TAACTATTAGAACTTACTTGG
* * *
21760 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCATCTACCTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTAT
*** * * *
21825 TTTATTTTGAACAAGCTTGTATGACTAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACT
66 TTTATTCCAAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACT
21890 ATT
131 ATT
21893 TGAAATAGAT
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 12, Indels: 10
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
145 1 0.01
146 106 0.91
147 9 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCATCTACCTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTAGTATTAT
TTTATTCCAAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTACAACAAAACAAAAGATCATAACT
ATTAGAACTTACTTGG
Found at i:21859 original size:327 final size:322
Alignment explanation
Indices: 21417--22060 Score: 827
Period size: 327 Copynumber: 2.0 Consensus size: 322
21407 AAATAGTCAA
* * *
21417 AACTATTTGAATTAGTTCGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATTTT
1 AACTATTAGAATTACTTCGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATT
* ** *
21482 AATAAATCAATATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTACAACAAA
66 AATAAATCAATATTATTTTATTCTAAACAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTACAACAAA
* *
21547 ACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTG-
131 ACAAAAGGTCATAACT-ATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGC
*
21609 T-ATGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCATCTACCTATTAATTTTT-AGAATACTAATAAATTG
194 TCA--AAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-ATCTACCTATTAATTTTTGA-AATACTAATAAATTG
* *
21672 ATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAGTAATTG-TTTGATCACAAAACAAAAGA
255 ATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTT-ATCACAAAACAAAAGA
21736 TCAT
319 TCAT
* **
21740 AACTATTAGAACTTACTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGAA
1 AACTATTAGAA-TTACTTCGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAA
* * * * *
21804 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTGTATG-ACTAGAAACAATTGGTTTAC
61 ATATTAATAAATCAATATTATTTTATTCTAAACAAGCTTGTATGAAC-AAAAACAATTGGTTTAC
* *
21868 AACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
125 AACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
21933 TTGCTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
190 TTGCTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTACCTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTG
* ** * *
21998 ATATTATTTTATTCGAAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATGACAAAACGAAAG
255 ATATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATCACAAAACAAAAG
22061 GTCAAAATGA
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 32, Indels: 21
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
323 34 0.12
324 5 0.02
326 84 0.30
327 151 0.55
328 2 0.01
329 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (322 bp):
AACTATTAGAATTACTTCGGTAAACAGATTTAATTTTTAAATCTCTTATTAATTTTCAAAATATT
AATAAATCAATATTATTTTATTCTAAACAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTACAACAAA
ACAAAAGGTCATAACTATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGCTC
AAAAAATAGATTTATTTTTTAAATATCTACCTATTAATTTTTGAAATACTAATAAATTGATATTA
TTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAACAAAAATAATTGCTTTATCACAAAACAAAAGATCAT
Found at i:21909 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 21883--21931 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 2.8 Consensus size: 18
21873 AACAAAAGGT
21883 CATAACTATTTGAAATAG
1 CATAACTATTTGAAATAG
* *
21901 -ATAATTA-TTCAAATAG
1 CATAACTATTTGAAATAG
21917 TCATAACTATTTGAA
1 -CATAACTATTTGAA
21932 TTTGCTCAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 5
0.73 0.12 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.33
17 6 0.25
18 6 0.25
19 4 0.17
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
CATAACTATTTGAAATAG
Found at i:22257 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 21736--24888 Score: 2316
Period size: 181 Copynumber: 17.8 Consensus size: 181
21726 AAACAAAAGA
* * *
21736 TCATAACTATTAGAACTTACTT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCAT-TTACTTATTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTT
* * *
21799 TT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTGTATG-ACTAGAAACAATTG
64 TTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* ** * *
21862 GTTTACAACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *** *
21917 TCATAACTATTTGAATTTGCTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCTT-CTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * *
21981 -GAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAGTTTGTATGAACAAAAATAATTGCT
66 AG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * *
22044 TTATGACAAAACGAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCACATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
22097 TTATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * *
22162 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAAGCCTATATGAACTAATACAATTATTTT
66 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * * *
22227 ATTACAAAACAAAAGGGCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAG
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * **
22278 TTATGACTATTTGGACTTGTTCGATAAACATACTTATTTTAAAAATCTT-TTACTTATT-ATTTG
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTT-
* * * * * * * * *
22341 TCAAAATATCAATAAATTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATT
64 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * * *
22406 TTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
22459 TCATAACTATTTG-ACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTTTTAATTGT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-T
* * * * * *
22522 CT-GAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATT-TGGAATAAGCTTGTCTGAA-TAGAAAAAAATT
64 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACT--AAAACAATT
* ** * *
22584 GTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAGTGATTTGAAAAAGATAATTGCTCAAATAG
126 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
22639 TCATAAGTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
** * * * * * * * * * * *
22700 -GAAATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTTTGAATAAGGTTGAACGAA-TGGAAATAATTGAT
66 AG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACT-AAAACAATTGTT
* * * *
22763 TTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAA-A-
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *** *
22814 --A-AA-TCA---AAAC-----C----AACAAATTCA-TTTTTAAATCCATTGCTTATTAATTTT
1 TCATAACT-ATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * * *
22862 TAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TATATGAAC-ATAAACGATTGT
65 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAACTA-AAACAATTGT
* * *
22925 TTTATGACAAAACGAATGGTCATAACAATTTGAAATATG-TAATTGTTCAAATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAG
* * * *
22979 TCATAAC----T--A--T-TTCGATAAACAGA-TTATTTTTT-AATTCTCCTACTTAGTAGTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TCTTACTTATTAATTTT
* * * ***
23033 T-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTGTGATGAAAAACAATTG-T
65 TAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTT
* * * *
23096 TTATTGACAAATCAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
129 TTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * ** * * * * * ** *
23150 TAATAATTATTTGAACTAATTTGTTAAACTA-ACTTATGTTTTAAATCTCAAACTTATCAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * *
23214 TATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTATTT
65 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * * *
23279 TATGATAAAATAAAAGGTCATTACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** *
23331 TCAAAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACA-A---ATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * * * * * * * * *
23392 TGAATGTTAATAAAGTACTATTA-TTTATTTTGAATAAGCATGT-T-AGCTTAAGCAATTATTTT
66 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
* * * *
23454 ATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAG
131 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *** * * * *
23505 TCTTAACTATTTGAA-TAGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAA-TCCTTTCTTATTAATGTT
1 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * ** *
23568 TAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAGTAAATGTT
65 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * * * *
23632 TTAGGATAAAAC-AATGATCCTAACGATTTGAGATAGACAATTGTTCAAATAG
129 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * ** *
23684 TTATAACTATTTAAAGTAGTTTGGTAAAAAGATTTAGGTTTTAAA--TC-T-C--ATCAATTTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
* * * ** *
23743 AAAATAGTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTT
66 AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTT
* ** * *
23807 TACGACAAAACAAAACTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * ** * * * *
23859 ACGTGACTATTTAAACTTGTTCGAAAAACATATTAATGTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTT
** * * *
23923 TAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATT-TCAAATAAACTTGTAT-AAATAGAAACAATTAT
65 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGT
* * *
23986 TTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAG
128 TTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* ** * *
24040 TCATAACTATTTGAACTCGCCCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTT-TTCCTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTT
* ** * * * *
24104 GA-AATATTAATAAACGAGTATTATTTTATT-TCGAATAATG-TTTTTTGAA-TAGAAACAGTTG
65 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAA-GCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* * *
24165 GTTTATGAC-AAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
24219 TCATAACTACTTGAA-TGTGTTC---AAATA-A-TAAATTTATAAATTT-TTACTTATTAATTTT
1 TCATAACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * * * *
24277 TGGAACATTAGTAAATTTA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGCATGAA-TAGAACCAATTG
65 TAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTG
* * * * * *
24339 TTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATGG
127 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
24394 TCATAATTATTTAAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTT-AATTCTCTTACTCT-TTAATTT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TCTTACT-TATTAATTT
* * ** * *
24457 TTGGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATT-TCAAATAAGTTTACATGAATTGAAACAATTGT
64 TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGT
* * * *
24520 TTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTT-AAAGTAAATAATTATTCAAATAG
128 TTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
24574 TCA-AGACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATATATTTTTAAAACTT-TTACTTATTAATTGT
1 TCATA-ACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTT
* * * * * * * **
24637 CAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTAATT
65 TAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTT
* * * * *
24702 TATGATAAAA-AAAA-TTCATAA-GAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAG
130 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
24752 CCTTAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTGT
1 TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-T
* * **
24816 CTT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATT-TAAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAAAATCA
64 -TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG
24877 TTTTATGACAAA
127 TTTTATGACAAA
24889 CATAAAAGTC
Statistics
Matches: 2355, Mismatches: 498, Indels: 241
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
159 8 0.00
160 9 0.00
162 1 0.00
163 96 0.04
164 4 0.00
165 1 0.00
167 2 0.00
168 2 0.00
169 3 0.00
170 12 0.01
171 115 0.05
172 4 0.00
173 19 0.01
174 210 0.09
175 125 0.05
176 55 0.02
177 145 0.06
178 118 0.05
179 225 0.10
180 516 0.22
181 673 0.29
182 12 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTT
AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
Found at i:23264 original size:872 final size:871
Alignment explanation
Indices: 21968--23577 Score: 1881
Period size: 872 Copynumber: 1.8 Consensus size: 871
21958 TAAATTTCTT
* * ** *
21968 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCGAAATAAGTTTGTATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTACATTACTTTATTCGAAATAAGACTATATGAACAA
* ** *
22033 AAATAATTGCTTTATGACAAAACGAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCACATAGT
66 AAACAATTGCTTTATGACAAAACGAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * *
22098 TATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTTA
131 CATAACTATTT--AC-----TGATAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCCTACTCAGTAATTTTTA
** * * *
22163 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCGGAATAAGCCTATATGAACTAATACAATTATTTTA
189 GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTAGTTTA
* * * *
22228 TTACAAAACAAAAGGGCATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGA
254 TTACAAAACAAAAGGGAATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAA
** *** * *
22293 CTTGTTCGATAAACATACTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTATTTGTCAAAATATCAATAAAT
319 CTAATTCGATAAACATACTTATTTTAAAAATCTCAAACTTATAATTTGTCAAAATATCAATAAAG
22358 TAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
384 TAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA
* * * ***
22423 GTCATAATGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATAACTATTTG-ACTTATTTGGTAAAC
449 GTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTCAATAAAC
* * ** *
22487 AAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTTTTAATTGTCTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTA
514 AAA--T-TTTTTT-AAT-TTCTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAAGTACTATTA-TTTA
* * ** *
22551 TTTGGAATAAGCTTGTCT-GAATAGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-TTAGTGAT
573 TTTGGAATAAGCATGT-TAG-AT--AAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGAT
* * *
22614 TTGAAAAAGATAATTGCTCAAATAGTCATAAGTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAAATTTATTT
634 TTGAAAAAGATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TAGGTTCAACAAACAAATTTATTT
*
22678 TTTAAAT-C-TCTTATTAAT-TTTTGAAATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTTTGAATAAGG
698 TTTAAATCCTTCTTATTAATGTTTAG-AATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTTTGAATAAGG
22740 TTGAACGAATGGAAATAATTGATTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAT
762 TTGAACGAATGGAAATAATTGATTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAAT
22805 TGTTGAAAAAAATCAAAACCAACAAATTCATTTTTAAATCCATTG
827 TGTTGAAAAAAATCAAAACCAACAAATTCATTTTTAAATCCATTG
*
22850 CTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGACTATATGAAC
1 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTTA-CATTACTTTATTCGAAATAAGACTATATGAAC
* * * * * **
22913 ATAAACGATTGTTTTATGACAAAACGAATGGTCATAACAATTTGAAATATGTAATTGTTCAAATA
64 AAAAACAATTGCTTTATGACAAAACGAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* *
22978 GTCATAACTATTT-C-GATAAACAGATT-ATTTTTT-AATTCTCCTACTTAGTAGTTTTT-GAAA
129 GTCATAACTATTTACTGATAAACAGATTCATTTTTTAAATT-TCCTACTCAGTAATTTTTAG-AA
* * * * **
23038 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTGTGATGAAAAACAATT-GTTTATTG
192 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTAGTTTATT-
* ** * * * * *
23102 ACAAATCAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTAATAATTATTTGAACT
256 ACAAAACAAAAGGGAATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
* * * * * *
23167 AATTTGTTAAAC-TAACTTATGTTT-TAAATCTCAAACTTATCAATTT-TTATAATATTAATAAA
321 AATTCGATAAACAT-ACTTAT-TTTAAAAATCTCAAACTTAT-AATTTGTCAAAATATCAATAAA
* * * * * * *
23229 GTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAA
383 GTAATATTATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * *
23294 GGTCATTACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAATAAA
448 AGTCATAACGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTCAATAAA
* * * *
23359 CAAATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAGTACTATTATTTATTTTG
513 CAAATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAAGTACTATTATTTATTTGG
* * ** * *
23424 AATAAGCATGTTAGCTTAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAG
578 AATAAGCATGTTAGATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAAAG
* * *
23489 ATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATAGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCT
643 ATAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCC-
23554 TTCTTATTAATGTTTAGAATATTA
707 TTCTTATTAATGTTTAGAATATTA
23578 TTAATTTAGC
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 106, Indels: 47
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
865 27 0.04
866 67 0.11
867 3 0.00
868 21 0.03
869 51 0.08
870 10 0.02
871 13 0.02
872 260 0.43
873 31 0.05
879 1 0.00
881 4 0.01
882 117 0.19
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (871 bp):
CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTACATTACTTTATTCGAAATAAGACTATATGAACAA
AAACAATTGCTTTATGACAAAACGAAAGGTCAAAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTACTGATAAACAGATTCATTTTTTAAATTTCCTACTCAGTAATTTTTAGAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCCTATATGAACAAAAACAATTAGTTTATTACAAA
ACAAAAGGGAATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAATTC
GATAAACATACTTATTTTAAAAATCTCAAACTTATAATTTGTCAAAATATCAATAAAGTAATATT
ATTTTAATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAA
CGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAAATTTT
TTTAATTTCTTACTTATTAATTGTCTGAATATTAATAAAGTACTATTATTTATTTGGAATAAGCA
TGTTAGATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAAAGATAATTGC
TCAAATAGTCATAACTATTTGAATAGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTTCTTATTA
ATGTTTAGAATATTAATATGTTAGAATTATATTGTTTTGAATAAGGTTGAACGAATGGAAATAAT
TGATTTGTGATAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAAAAATCAAAAC
CAACAAATTCATTTTTAAATCCATTG
Found at i:23506 original size:174 final size:177
Alignment explanation
Indices: 23201--24902 Score: 546
Period size: 179 Copynumber: 9.6 Consensus size: 177
23191 TAAATCTCAA
*
23201 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACT
1 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGTTATG-ACT
* * ** *
23266 AAAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATTACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAG
65 AAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* *
23331 TCAAAACTATTTGAACT-TGTTCAATAAACAAATTT-TTTTAATTTCTT
130 TCAAAACTATTTGAA-TAGGTTCAACAAACAAATTTATTTTAATTTCTT
* * *
23378 ACTTATTAATTTTT-TGAATGTTAATAAAGTACTATTA-TTTATTTTGAATAAGCATGTTA-G-C
1 ACTTATCAATTTTTAT-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGC-TGTTATGAC
* * *
23439 TTAAGCAATTATTTTATGACT-AAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AA
64 TAAAACAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAA
** * *
23502 TAGTCTTAACTATTTGAATAGGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCCTT
127 TAGTCAAAACTATTTGAATAGGTTCAACAAACAAATTTA--TTTTAATTTCTT
* * * * * ** ** * * *** *
23555 TCTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCT-TGTATGAAT
1 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGT-TATGACT
** * * * * * ** * * *
23619 AGAAGTAAATGTTTTAGGATAAAAC-AATGATCCTAACGATTTGAGATAGACAATTGTTCAAATA
65 A-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATA
* * * * ** * *
23683 GTTATAACTATTTAAAGTAGTTTGGTA-AAA-AGATTTAGGTTTTAA-ATC-T
129 GTCAAAACTATTTGAA-TAGGTT-CAACAAACAAATTTA--TTTTAATTTCTT
* * * * * * * *
23732 -C--ATCAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGA-ATTATTTTATTCTAAATAA-TTTTGTATGAA
1 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTA-ATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGT-TATGAC
* * * * ** * * *
23792 TAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAACTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 TA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * *** * * * * *
23857 GGACGTGACTATTTAAACT-TGTTCGAA-AAACATATTAATGTTTTAAATCTTC-A
128 AGTCAAAACTATTTGAA-TAGGTTC-AACAAACAAATT--TATTTT-AAT-TTCTT
* * * * ** * * *
23910 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTCAAATAAACT-TGTATAAAT
1 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGT-TATGACT
* * * * * *
23974 AGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAAT
65 A-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG-TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * ** *** *
24038 AGTCATAACTATTTGAACT-CGCCCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTT-TT
128 AGTCAAAACTATTTGAA-TAGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTT--AAT-TTCTT
* * * * * * * *
24091 CCTTATTAATTTTGA-AATATTAATAAACG-AGTATTATTTTATTTCGAATAATG-TTTTTTGAA
1 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAA-GTAATATTATTTTATTTTGAATAA-GCTGTTATGAC
* ** * * * * *
24153 TAGAAACAGTTGGTTTATGA-CAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
64 TA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * * *
24217 AGTCATAACTACTTGAAT-GTGTTCAA-ATAATAAATTTA--TAAATTT-TT
128 AGTCAAAACTATTTGAATAG-GTTCAACA-AACAAATTTATTTTAATTTCTT
* ** * * * * * *
24264 ACTTATTAATTTTTGGAACATTAGTAAATTTATATTATTTTA-TTTGAAATAAGCT-TGCATGAA
1 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTG-AATAAGCTGT-TATGAC
* * * * * * * *
24327 TAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGAT
64 TA-AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * * * * ** *
24392 GGTCATAATTATTTAAACT-TGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTT
128 AGTCAAAACTATTTGAA-TAGGTTCAACAAACAAATTTA--TTTTAATT-TCTT
* ** * * **
24445 ACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAAG-T-TTACATGA
1 ACT-TATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGTT--ATG-
* * * * * * * * *
24506 ATTGAAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTT-AAAGTAAATAATTATTCA
62 ACTAAAACAATTATTTTA-TGATAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTTA
* * **** * * *
24569 AATAGTCAAGACTATTTGAACT-TGTTTGGTAAACATATATATTTTTAAAACTT-TT
125 AATAGTCAAAACTATTTGAA-TAGGTTCAACAAACAAATTTA-TTTT--AATTTCTT
* * * * * * ***
24624 ACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCT-TGTATGGAC
1 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGT-TAT-GAC
* * * * * * * *
24688 AAAAACAATTAATTTATGATAAAA-AAAA-TTCATAA-GAATTTAAAATAAATAATTATTCAAAT
64 TAAAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACG-ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* ** * * ***
24750 AGCCTTAACGATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TT
128 AGTCAAAACTATTTGAA-TAGGTTCAACAAACAAATTTA--TTTT-AAT-TTCTT
* * * ** **
24803 ACTTATTAATTGTCT-TAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCT-TGTATGAA
1 ACTTATCAATT-TTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGT-TATG-A
* * * *
24866 C-AAAAAAATCATTTTATGA-CAAACATAAAAGTCAAAA
63 CTAAAACAATTATTTTATGATAAAACA-AAAGGTCAAAA
24903 AAATCATTTT
Statistics
Matches: 1200, Mismatches: 243, Indels: 161
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
173 23 0.02
174 207 0.17
175 117 0.10
176 25 0.02
177 81 0.07
178 95 0.08
179 237 0.20
180 224 0.19
181 188 0.16
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTGTTATGACTA
AAACAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
CAAAACTATTTGAATAGGTTCAACAAACAAATTTATTTTAATTTCTT
Found at i:23923 original size:709 final size:711
Alignment explanation
Indices: 21741--24830 Score: 1941
Period size: 709 Copynumber: 4.4 Consensus size: 711
21731 AAAGATCATA
* ** * * * * * *
21741 ACTATTAGAACTTACTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCATT-TACTTATTAATTTTTGAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTAATGTTTTAAATC-TTCAACTTATTAATTTTTAAAA
* ** * ** **
21805 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAGCTTGTATG-ACTAGAAACAATTGGTTTACA
65 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATG
* * * * * *
21869 ACAAAACAAAAGGTCA-TAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
129 ATAAAA-AAAAGGTCATTAA-GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* *** * *
21933 TTGCTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTT-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA
192 TTGTTCGGTAAACA-A-AT-TTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAA
** * * * *
21995 TTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAA-G-TTTGTATGAACAAAAATAATT-GCTTTATGACAAAA
252 -CGACTATTATTTTATTTCG-AATAATGATGT-TA-GAATAGAAACAATTAG-TTTATGAC-AAA
* * * * *
22055 CGAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCACATAGTTATAACTATTTGAACT-TGTTT
311 CAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAA-TGTG-TT
* * * * * * * * *
22119 GGTAAATAGATTC-ATTTTTTAAATTTCTTACTCATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTA
374 --CAAATA-A--CAAATTTATAAATCT-TTACTTATTAATGTTTAGAACATTAGTAAATTTA-CA
* * ** * ** * * ** * *
22182 TTATTTTATTCGGAATAAGCCTATATGAACTA-ATA-CAATTATTTTATTACAAAACAAAAGGGC
432 ATATTTTACTCCAAATAAGCTTGCATGAA-TAGA-ACCAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTC
* * * * * * ** * ** * *
22245 ATAACAATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTTATGACTATTTGGACTTGTTCGATAAACATA
495 ATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAAAAGA
* * * *
22310 CTTA--TTTTAAAAATCTTTTACT-T-ATTATTTGTCAAAATATCAATAAATTAATATTATTTTA
560 TTTAGGTTTT--AAATC-TCTACTCTAATT-TTTG---AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * *
22371 ATATGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAAG-TCATAATGAT
618 TTCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTGACAAAAC-AAAAGTTCATAACGAT
* * * * *
22434 TTAAAATAAATAATTGTTCAAATTGTCATA
682 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
* * * * * ** * * *
22464 ACTATTTG-ACTTATTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTGTCT-GAA
1 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTAATGTTTTAAATCTTCAACTTATTAATT-TTTAAAA
** * ** * * *
22527 TATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTGGAATAAGCTTGTCTGAA-TAGAAAAAAATTGTTTTAT
65 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT--AAAACAATTATTTTAT
* * * * *
22591 GACAAAACAAAAGGT--TTAGTGATTTGAAAA-AGATAATTGCTCAAATAGTCATAAGTATTTGA
128 GATAAAA-AAAAGGTCATTA-AGATTT-AAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
** *
22653 ACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAT
190 ACTTGTTCGGTAAACAAA--T-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAA
*** ** * * * * * * * * * *
22713 GTTAGAATTATATTGTTTTGAATAAGGTTG-AACGAATGGAAATAATT-GATTTGTGATAAAACA
251 ACGACTATTATTTTATTTCGAATAATGATGTTA-GAATAGAAACAATTAG-TTTATGA-CAAACA
* * * * * * *
22776 AAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAAAAATCA-AA--AC--CAA------CAA
313 AAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTACTTGAATGTGTTCAA
* * * * * * * * *
22830 AT-TC--ATTTTTAAATCCATTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGCATTACTTTA
377 ATAACAAATTTATAAAT-CTTTACTTATTAATGTTTAGAACATTAGTAAATTTA-CAATATTTTA
* * * * * * * * * ** *
22891 TTCTAAATAAGACTAT--ATGAACATAAACGATTGTTTTATGACAAAACGAATGGTCATAACAAT
440 CTCCAAATAAG-CT-TGCATGAATAGAACCAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAACGAT
* * * **
22954 TTGAAATATG-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT---C--GAT----AAACAGA-TTATTT
503 TTGAAATA-GACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAAAAGATTTAGGT
* * *
23008 TTTAATTCTCCTACT-TAGTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAG
567 TTTAAATCT-CTACTCTA--A-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA
* * * * *
23072 GCTTGTGTG-ATGAAAAACAATTG-TTTATTGACAAATCAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGA
628 GTTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATTGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGA
*
23135 TAATTGTTCAAATGGTA-ATA
692 TAATTGTTCAAATGG-ACATG
* ** * * *
23155 ATTATTTGAACTAATTTGTTAAAC-TAACTT-ATGTTTTAAATC-TCAAACTTATCAATTTTTAT
1 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACAT-A-TTAATGTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTTAA
* ** * *
23217 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTAAAATAATTATTTTAT
63 AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTAT
* * * * *
23282 GATAAAATAAAAGGTCATTACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAAAACTATTTGAAC
128 GATAAAA-AAAAGGTCATTAAGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
** *
23347 TTGTTCAATAAACAAATTTTTTT-AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAA-GTA
192 TTGTTCGGTAAACAAATTTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAACG-A
* * * * *
23409 CTATTA-TTTATTTTGAATAA-GCATGTTAG-CT-TAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGG
255 CTATTATTTTATTTCGAATAATG-ATGTTAGAATAGAAACAATTAGTTTATGAC-AAACAAAAGG
* * *
23470 TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATAG-GTTCAACA-AA
318 TCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAAT-GTGTTCAA-ATAA
* *
23533 CAAATTTATTTTTTAAATCCTTT-CTTATTAATGTTTAGAATATTA-TTAATTTAGCAATATTTT
381 CAAATTTA-----TAAAT-CTTTACTTATTAATGTTTAGAACATTAGTAAATTTA-CAATATTTT
* ** * ** *
23596 ACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAGTAAATGTTTTAGGATAAAACAATGA-TCCTAACGATT
439 ACTCCAAATAAGCTTGCATGAATAGAACCAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAACGATT
* * * * *
23660 TGAGATAGACAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAAGTAGTTTGGTAAAAAGATTTAGGTTT
504 TGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAAAAGATTTAGGTTT
* * * *
23725 TAAATCTC-A-TC-AATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGT
569 TAAATCTCTACTCTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGT
* * * *
23787 ATGAATAGAAATAATTGTTTTA-CGACAAAACAAAACTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT
634 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATTGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
*
23851 TCAAATGGACGTG
699 TCAAATGGACATG
* * * *
23864 ACTATTTAAACTTGTTCGAAAAACATATTAATGTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAGAAT
1 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTAATGTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAAT
* * *
23929 ATTAATAAATTAACATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTAT-AAATAGAAACAATTATTTTATGA
66 ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTATTTTATGA
* * *
23993 CAAAACAAAGGATCA-TAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
130 TAAAAAAAAGG-TCATTAA-GATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * *
24057 CGCCCGGTAAACAGATTTATTTTTAAAATCTTTTCCTTATTAA--TTTTGAAATATTAATAAACG
193 TGTTCGGTAAACA-AATT-TTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAATAAACG
* * * * * * *
24120 AGTATTATTTTATTTCGAATAATGTTTTTTGAATAGAAACAGTTGGTTTATGACAAACAAATGGT
254 ACTATTATTTTATTTCGAATAATGATGTTAGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAACAAAAGGT
* *
24185 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATGTGTTCAAATAATAA
319 CAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATGTGTTCAAATAACAA
* * * * * * **
24250 ATTTATAAATTTTTACTTATTAATTTTTGGAACATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATA
384 ATTTATAAATCTTTACTTATTAATGTTTAGAACATTAGTAAATTTACAATATTTTACTCCAAATA
* * * * *
24315 AGCTTGCATGAATAGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGAT
449 AGCTTGCATGAATAGAACCAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGAC
* * * * * * ** *
24380 AATTGTTTAGATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTT
514 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAAAAGATTTAGGTTTTAAATCTC-T
* **
24445 ACTCTTTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATT-TCAAATAAGTTTACATGAAT
578 ACTC--TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGTTTGTATGAAT
* * * * * *
24508 TGAAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTT-AAAGTAAATAATTATTCAAA
640 AGAAACAATTGTTTTATTGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAA
* * *
24571 TAGTCAAG
704 TGGACATG
* * ** * *
24579 ACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATA-TATAT-TTTTAAAACTTTTACTTATTAATTGTCAAAA
1 ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTA-ATGTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAA
* * * * *
24642 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGACAAAAACAATTAATTTATGA
65 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
* * * * *
24707 TAAAAAAAA-TTCA-TAAGAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAGCCTTAACGATTTGAACTT
130 TAAAAAAAAGGTCATTAAG-ATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
*
24770 GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAAA
194 GTTCGGTAAACAAA--T-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTTGAATATTAATAAA
24831 TTTGTATTAT
Statistics
Matches: 1896, Mismatches: 339, Indels: 274
0.76 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
688 8 0.00
689 55 0.03
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Consensus pattern (711 bp):
ACTATTTGAACTTGTTTGATAAACATATTAATGTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTATTTTATGAT
AAAAAAAAGGTCATTAAGATTTAAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
TCGGTAAACAAATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAACGACTATTA
TTTTATTTCGAATAATGATGTTAGAATAGAAACAATTAGTTTATGACAAACAAAAGGTCAAAATG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATGTGTTCAAATAACAAATTTATA
AATCTTTACTTATTAATGTTTAGAACATTAGTAAATTTACAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGC
ATGAATAGAACCAAATGTTTTAGGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGACAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAAAAGATTTAGGTTTTAAATCTCTACTCTAAT
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTTGTATGAATAGAAACAATTG
TTTTATTGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACATG
Found at i:24049 original size:535 final size:530
Alignment explanation
Indices: 22825--24590 Score: 1311
Period size: 535 Copynumber: 3.3 Consensus size: 530
22815 AATCAAAACC
* * *
22825 AACAAATTCATTTTTAAATC--CATTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACT
1 AACAAATT-ATTTTTAAATCTTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATT
* * * * * *
22888 TTA-TTCTAAATAAGAC-TATATGAACAT-AAACGATTGTTTTATGACAAAACGAATGGTCATAA
64 TTATTTC-AAATAAG-CTTGTAT-AA-ATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAA
** ** * *
22950 CAATTTGAAATATGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TT----TCG----ATAAACAGA-TTA
125 TGATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCCCAACAAACAAATTTA
* * * * * * ** * * *
23005 TTTTT-TAATTCTCCTACTTAGTAGTTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAA
189 TTTTTAAAATCCT-TTCCTTATTA-ATTTTGAAATATTAATAAACGAGCAATATTTTACTCCAAA
* * * * * * * * *
23069 T-AGGCTTGTGTG-AT-GAAAAACAATTGTTTATTGACAAATCAAAAGTTAATAACGATTTGAAA
252 TAATG-TTGTATGAATAGAAACA-AATGGTTTA-GGA-AAAACAAATGATCATAACGATTTGAAA
* * * * * * * ** *
23131 TAGATAATTGTTCAAATGGTAATAATTATTTGAACTAATTTGTT-AAACTAACTTATGTTTTAAA
313 TAGACAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTG-A--AA-GTGTTCAAA-TAA-TAAAATTATAAA
** * * * *
23195 TCTCAAACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-T
372 T-TTTAACTCATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTAA-ATTATTTTA-TTTAAATAA-CTTTGT
* * * * * *
23259 ATGAACTA-AAATAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATTACGATTTTAAATAGATAATTGT
433 ATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * *
23323 TTAAATAGTCAAAACTATTTGAACTTGTTC-AATA
497 TTAAATGGTCATAACTATTTAAACTTGTTCGAA-A
* * *
23357 AACAAATT-TTTTT-AAT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAAGT-ACTATTA-TT
1 AACAAATTATTTTTAAATCTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAAC-ATTATTT
** * ** * * *
23417 TATTTTGAATAAGCATGT-TAGCTTAAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATT
65 TATTTCAAATAAGCTTGTATAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATT
* * * * **
23481 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA-TAGGTTCAACAAACAAATTTATTTT
130 T-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-CGCCCAACAAACAAATTTATTTT
* * ***
23545 TTAAATCCTTT-CTTATTAATGTTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAA-
193 TAAAATCCTTTCCTTATTAAT-TTTGA-AATATTAATAAACGAGCAATATTTTACTCCAAATAAT
** * * *
23607 GCTTGTATGAATAGAAGTAAATGTTTTAGGATAAAAC-AATGATCCTAACGATTTGAGATAGACA
256 G-TTGTATGAATAGAAACAAATGGTTTAGGA-AAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAGACA
* * *** **
23671 ATTGTTCAAATAGTTATAACTA-TTTAAAGTAGTT-TGGTAA-AAAGATT-TAGGTTTTAAATCT
319 ATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAAAGT-GTTCAAATAATAAA-ATTATAAATTTT-AA-CT
* *
23732 CATCAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGAATTATTTTATTCTAAATAATTTTGTATGAATAGAA
380 CATCAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-AATTATTTTATT-TAAATAACTTTGTATGAATAGAA
* ** * * * *
23797 ATAATTGTTTTACGACAAAACAAAACTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACG
443 ATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCA
*
23862 TGACTATTTAAACTTGTTCGAAA
508 TAACTATTTAAACTTGTTCGAAA
* *
23885 AACATATTAATGTTTTAAATCTTC-AACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATT
1 AACAAATT-AT-TTTTAAATCTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATT
* *
23949 TTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGATCATAATG
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATAAAT-GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGG-TCAAAATG
*** *
24013 ATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCCCGGTAAACAGATTTATT
127 ATTT-AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCCCAACAAACAAATTTATT
* * * * * *
24078 TTTAAAATCTTTTCCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAACGAGTATTATTTTATTTCGAATAAT
191 TTTAAAATCCTTTCCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAACGAGCAATATTTTACTCCAAATAAT
* * ** * * * * *
24143 GTTTTTTGAATAGAAACAGTTGGTTTATGACAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
256 GTTGTATGAATAGAAACAAATGGTTTAGGAAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAGACAAT
* * * * *
24208 TGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAATGTGTTCAAATAATAAATTTATAAATTTTTACTTATTAA
321 TGTTCAAATAGTCATAACTACTTGAAAGTGTTCAAATAATAAAATTATAAATTTTAACTCATCAA
** * * * * **
24273 TTTTTGGAACATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGC-TTGCATGAATAGAACCAAT
386 TTTTTAAAATATTAATAAA-TTAAATTATTTTATTT-AAATAA-CTTTGTATGAATAGAAATAAT
* * * *
24337 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATGGTCATAATT
448 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACT
**
24402 ATTTAAACTTGTTCGGCA
513 ATTTAAACTTGTTCGAAA
* * * **
24420 AACAGATTTATTTTTTAAT-TCTCTTACTCT-TTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTA-TAT
1 AACA-AATTATTTTTAAATCT-TCTTACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTAT
* ** * * *
24482 TTTATTTCAAATAAGTTTACATGAATTGAAACAATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCACAAT
63 TTTATTTCAAATAAGCTTGTAT-AAATGAAACAATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCAAAAT
*
24546 GATTTAAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTATTTGAACT
126 GATTTAAA-TAAATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTATTTGAACT
24591 TGTTTGGTAA
Statistics
Matches: 983, Mismatches: 189, Indels: 122
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
525 1 0.00
526 62 0.06
527 17 0.02
528 140 0.14
529 44 0.04
530 13 0.01
531 5 0.01
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534 149 0.15
535 414 0.42
536 49 0.05
537 18 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (530 bp):
AACAAATTATTTTTAAATCTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTT
ATTTCAAATAAGCTTGTATAAATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTT
AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCCCAACAAACAAATTTATTTTTAA
AATCCTTTCCTTATTAATTTTGAAATATTAATAAACGAGCAATATTTTACTCCAAATAATGTTGT
ATGAATAGAAACAAATGGTTTAGGAAAAACAAATGATCATAACGATTTGAAATAGACAATTGTTC
AAATAGTCATAACTACTTGAAAGTGTTCAAATAATAAAATTATAAATTTTAACTCATCAATTTTT
AAAATATTAATAAATTAAATTATTTTATTTAAATAACTTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTCATAACTATTTAAAC
TTGTTCGAAA
Found at i:24331 original size:354 final size:358
Alignment explanation
Indices: 22850--24888 Score: 1502
Period size: 354 Copynumber: 5.7 Consensus size: 358
22840 AAATCCATTG
* * * * *
22850 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGAC-TATATGAACA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAG-CTTGTATGAATA
* * * * ** **
22914 TAAACGATTGTTTTATGACAAAACGAATG-GTCATAACAATTTGAAATATGTAATTGTTCAAATA
65 GAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * ** * *
22978 GTCATAAC----T--A--T-TTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAATTCTCCTACTTAGTAGTTTT
129 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
23033 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAAT-AGGCTTGTGTG-ATGAAAAACAATTG-
194 TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATGTTTATATGAAT-AGAAACAATTGT
* * * * * * *
23095 TTTATTGACAAATCAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGTAATAATTAT
258 TTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** ***
23160 TTGAACTAATTTGTTAAACTAACTTATGTTT-TAAATCTCAAA
322 TTGAAC----TTGTTCAA--AACATAAATTTATAAATCTTTTA
* * * * *** *
23202 CTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAACTA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * * * *
23267 -AAATAATTATTTTATGATAAAATAAA-AGGTCATTACGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATA
65 GAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGA-GTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * ** *
23330 GTCAAAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACA-A---ATTTTTTTAAT-TTCTTACTTATTAATTT
129 GTCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAA-TT
* * * ** * * * *
23390 TTTG-AATGTTAATAAAGTACTATTA-TTTATTTTGAATAA-GCATGT-TA-G-CT-TAAGCAAT
192 TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATG--TTTATATGAATAGAAACAAT
* * * * *
23448 TATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACT
255 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * *
23513 ATTTGAA-TAGGTTCAACAAACA-AATTTATTTTTTAAATCCTTT-
320 ATTTGAACT-TGTTC-A-AAACATAA---A-TTTATAAATCTTTTA
* * * * * *
23556 CTTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
** * * * * * * * * * *
23621 AAGTAAATGTTTTAGGATAAAACAATGA-TCCTAACGATTTGAGATAGACAATTGTTCAAATAGT
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * ** * *
23685 TATAACTATTTAAAGTAGTTTGGTAAAAAGATTTAGGTTTTAAATC---T-C--ATCAATTTTTA
131 CATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
* * * *
23744 AAATAGTAATAAATTAGAATTATTTTA-TTCTAAATAAT-TTTGTATGAATAGAAATAATTGTTT
196 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAATGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* ** ** * * * * *
23807 TACGACAAAACAAAACTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGACGTGACTATTTA
260 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* **
23872 AACTTGTTCGAAAAACATATTAATGTTTTAAATCTTCAA
325 AACTTGTTC--AAAACATA--AAT-TTATAAATCTTTTA
* * *
23911 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATAAATAG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
*
23976 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAG-GATCATAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAG
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAG-TCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * ** * *
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130 TCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT
** * * * *
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195 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* *
24168 TATGAC-AAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTACTTG
260 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
24232 AA-TGTGTTCAAATA-ATAAATTTATAAAT-TTTTA
325 AACT-TGTTCAAA-ACATAAATTTATAAATCTTTTA
* * * * * ** *
24265 CTTATTAATTTTTGGAACATTAGTAAATTTATATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * * * * *
24330 AACCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATGGT
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
* * * *
24395 CATAATTATTTAAACTTGTTCGGCAAACAGATTTATTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTAATTTTT
131 CATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTT
* * *
24459 GGAATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTCAAATAA-GTTTACATGAATTGAAACAATTGTTT
195 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
24522 TATTG-CAAAACAAAAGGTCACAATGATTT-AAAGTAAATAATTATTCAAATAGTCA-AGACTAT
260 TA-TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATA-ACTAT
** * *
24584 TTGAACTTGTTTGGTAAACATATATATTTTTAAAACTTTTA
322 TTGAACTTG-TT-CAAAACATA-A-ATTTATAAATCTTTTA
* * * * * * * *
24625 CTTATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGACAA
1 CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
24690 AAACAATTAATTTATGATAAAA-AAA-ATTCATAA-GAATTTAAAATAAATAATTATTCAAATAG
66 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAATG-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* * * * *
24752 CCTTAACGATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTC
130 TCATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-
* * * * * * **
24817 TT--AATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAA-GCTTGTATGAACA-AAAAAATCAT
193 TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATGTTTATATGAATAGAAACAATTGT
24878 TTTATGACAAA
258 TTTATGACAAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAACATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAG
AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGT
CATAACTATTTAAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATGTTTATATGAATAGAAACAATTGTTTT
ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
ACTTGTTCAAAACATAAATTTATAAATCTTTTA
Found at i:24907 original size:32 final size:32
Alignment explanation
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1 CAAAAAAATCATTTTATGACAAACATAAAAGT
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CAAAAAAATCATTTTATGACAAACATAAAAGT
Found at i:25043 original size:87 final size:88
Alignment explanation
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*
24934 ATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCAT-TTAATTGTTAA
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*
25022 ATGGT-ATAATTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAAT
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATGGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTCATTTTTAAAATCTCTTAATTATTAAT
TTTTCAAATATTAATAACATAGT
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* * * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAA-TTTTTAAAATATTAATAA-TTAGTATT
* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATTAT
* ** * * * * * *
26015 TTTATTCCAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTATTTTATAACAAAACAAAAGTTAATAATG
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* * * * *
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* * * * * * *
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1 TAAAC-AGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATTA
* * * * * * *
26194 TTTTATTTCAAACAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAAC
64 TTTAATTT-GAACAAGCTTGTATG-AATAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAT
* ** * *
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* * *
26311 TAAATAGA-TT-TTTTTT--A---TTT-CTTATTAATTTTCT-AAATGTCAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAAAATATTAAT-AATTAGTATTA
* * * ** * * * * * * *
26367 TTTTATTTCAAATAAGAATGTGTTAGCTGAAACAATTATTTTATGACT-AAA-GAAAGGTCAGAA
64 TTTAATTT-GAACAAGCTTGTATGA-ATAAAAAAATTATTTTATGA-TAAAACAAAAGGTCATAA
* * * * * *
26430 CGA-TT----T-GA-AATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACT-GATT-TGG
126 TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCAGA
* * * * * * * *
26476 CAAACACATTTATTTTTTAAATC--CTA-TTATTAATGTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-TTAGTATTA-
* * * * * * *
26538 TTTACTTTGAATAAGCTTGTATGAACATAAATAAA-TGTTTTAGGATAGAAC-AAAGATCATAAT
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* * *
26601 GATTAT-AGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTC-GA
127 GATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA
** * * * * * * *
26653 TAATGAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CCTATTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAATATTTT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTA-TTA
* * ** * * * * **
26714 TTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACA
64 TTTAATTTGAACAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * *
26779 ATTCGAAATAGATAATAGTTCAAATGGACATGACCATTTGAACTTGTTCA-A
128 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA
* ** **
26830 TAAACAGATTAATTTTTTAAATC-TCCAGCTTATTAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATTA
* *** * * * * * *
26894 TTTTATCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-AAAGGATTATAAT
64 TTTAATTTGAACAAGCTTGTATGAATA-AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGG-TCATAAT
* * *
26958 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTCA-A
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* ** *
27010 TAAACAGATTTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTCATAAATTAGTATTA
1 TAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AATTAGTATTA
*
27074 TTTTATTT
64 TTTAATTT
27082 CGAAAAAGGT
Statistics
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0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
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165 34 0.02
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175 6 0.00
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TAATTTGAACAAGCTTGTATGAATAAAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAATGATT
TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGA
Found at i:25979 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 25958--25989 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
25948 GATAAATAGA
*
25958 TTTATTTTTTAAATTT
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25974 TTTATTTATTAAATTT
1 TTTATTTATTAAATTT
25990 CAAAAAATTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.00, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (16 bp):
TTTATTTATTAAATTT
Done.