Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168192.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_429, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27118
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.12, T:0.39
Found at i:836 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 797--838 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
787 TCAAATAACA
* *
797 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
815 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
832 AATAATT
1 AATAATT
839 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:1771 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1732--1773 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
1722 TCAAATAACA
* *
1732 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
1750 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
1767 AATAATT
1 AATAATT
1774 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:1824 original size:935 final size:934
Alignment explanation
Indices: 8--2353 Score: 4490
Period size: 935 Copynumber: 2.5 Consensus size: 934
1 GTTTGTC
8 AATGCATT--AATATTCATAACTATTTGAATA-TATTCTAATTTAAGTTTCCAATTTTTTTAATT
1 AATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTT-CAATTTTTTTAATT
70 TTAAAATAATAAGATAC-AATATTTGAAATTTCTAAAAATTTCATTATTTGATAATTATTATTTA
65 TT-AAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTTCATTATTTGATAATTATTATTTA
* *
134 TTCATCATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAA
129 TTCATCATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATATAATGAAAAA
199 TTAAAATCGTGCAATAATTGTGGCGAATGGTTTTTAAGCCCCAAAATTGTTCAG-AACAAAATCT
194 TTAAAATCGTGCAATAATTGT-GCGAATGGTTTTTAAG-CCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCT
263 GACGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAA
257 GACGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAA
328 TTGTTCAAAATAGTAAT-ACTATTTGAACTGGTTATCATTATTTAAATCGGTTTGGTAAATCAAT
322 TTGTTC-AAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATCATTATTTAAATCGGTTTGGTAAATCAAT
392 TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATT-AAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATA
386 TTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATA
*
456 AGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAATTAAAATTATTTAATTAATTAATTATAACTGTATA
451 AGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAATTAAAACTATTTAATTAATTAATTATAACTGTATA
521 GATTATAACTAAGAATTTAATATTCTTATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCA
516 GATTATAACTAAGAATTTAATATTCTTATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCA
586 ATTTGAATTAAATTTATTTAAGATAAATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGAACAAAATTA
581 ATTTGAATTAAATTTATTTAAGATAAATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGAACAAAATTA
651 AAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTA
646 AAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTA
716 TATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGCATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATA
711 TATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGCATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATA
781 ATTATATCAAATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACT
776 ATTATATCAAATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACT
846 GTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAA
841 GTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAA
911 TTATTTATAACAATAAATATTGTTATGTT
906 TTATTTATAACAATAAATATTGTTATGTT
940 AATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTTTTTAATTT
1 AATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTTTTTAATTT
1005 TAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTTCATTATTTGATAATTATTATTTATT
66 TAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTTCATTATTTGATAATTATTATTTATT
*
1070 CATCATTCCTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATATAATGAAAAATT
131 CATCATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATATAATGAAAAATT
1135 AAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACG
196 AAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACG
*
1200 TTTTAAATCATAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
261 TTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
1265 TCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATCATTATTTAAATCGGTTTGGTAAATCAATTTATT
326 TCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATCATTATTTAAATCGGTTTGGTAAATCAATTTATT
1330 TTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTT
391 TTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTT
*
1395 ATAAGTTGAAAATCAGTTGTTTTAATTAAAACTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATT
456 ATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAATTAAAACTATTTAATT-AATTAATTATAACTGTATAGATT
1460 ATAACTAAGAATTTAATATTCTTATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTT
520 ATAACTAAGAATTTAATATTCTTATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTT
* *
1525 GAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTTAGAACAAAATTAAAGC
585 GAATTAAATTTATTTAAGATAAATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGAACAAAATTAAAGC
1590 TTTTATTCAGAATATAATTATTAATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATT
650 TTTTATTCAGAATATAATTATTAATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATT
*
1655 AATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTA
715 AATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGCATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTA
1720 TATCAAATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGT
780 TATCAAATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGT
1785 TAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTAT
845 TAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTAT
1850 TTATAACAATAAATATTGTTATGTT
910 TTATAACAATAAATATTGTTATGTT
1875 AATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTTTTTAATTT
1 AATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTTTTTAATTT
*
1940 TAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTTCATTATTTGATAGTTATTATTTATT
66 TAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTTCATTATTTGATAATTATTATTTATT
2005 CATCATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATATAATGAAAAATT
131 CATCATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATATAATGAAAAATT
2070 AAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACG
196 AAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACG
2135 TTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
261 TTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
2200 TCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATCATTATTTAAATCGGTTTGGTAAATCAATTTATT
326 TCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATCATTATTTAAATCGGTTTGGTAAATCAATTTATT
*
2265 TTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGTTT
391 TTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTT
2330 ATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTA
456 ATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTA
2354 TGACAAAAAG
Statistics
Matches: 1392, Mismatches: 14, Indels: 13
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
932 33 0.02
933 193 0.14
934 240 0.17
935 926 0.67
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (934 bp):
AATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTTTTTAATTT
TAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTTCATTATTTGATAATTATTATTTATT
CATCATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATATAATGAAAAATT
AAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACG
TTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATCATTATTTAAATCGGTTTGGTAAATCAATTTATT
TTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTT
ATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAATTAAAACTATTTAATTAATTAATTATAACTGTATAGATTA
TAACTAAGAATTTAATATTCTTATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTG
AATTAAATTTATTTAAGATAAATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGAACAAAATTAAAGCT
TTTATTCAGAATATAATTATTAATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTA
ATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGCATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTAT
ATCAAATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTT
AATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATT
TATAACAATAAATATTGTTATGTT
Found at i:3683 original size:175 final size:178
Alignment explanation
Indices: 3220--3721 Score: 467
Period size: 180 Copynumber: 2.8 Consensus size: 178
3210 AATTTGAACA
* * * ** * * *
3220 ATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTCTTGTTTTGACAAAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAA
1 ATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * * * *
3285 AGCTTATC-CAAGATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTTA
65 AGCGTATCTGAA-ATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAG-TAGAATTT-
* * * * ** * * * *
3349 AAAAAATTAATTTGTTTATTTAACAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAAT
127 AAAAAATAAATTTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT
* * ** *
3401 ATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACGA
1 ATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * * *
3466 GCGTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-G-ATTTAAAA
66 GCGTATCTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAGAATTTAAAA
*
3529 AATAATTTTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT
131 AATAAATTTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT
* * * * * ***
3577 ATTTATCTGTTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTCGGTCATATAAGAATTGTTTTTTTATCATAC
1 A-TTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAC
* * *
3642 AAGC-T-TCTG-AATAAAATAACACTAATTTATTAACCTTTCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTT
64 AAGCGTATCTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGT-AG-AATTT
3704 AAAAAATAAATTTATTTA
127 AAAAAATAAATTTATTTA
3722 TCGAACCCGT
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 47, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 38 0.14
176 45 0.17
177 49 0.18
178 10 0.04
179 21 0.08
180 68 0.25
181 36 0.13
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
ATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
GCGTATCTGAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTAGAATTTAAAA
AATAAATTTATTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT
Found at i:4142 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 4113--4162 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
4103 TAGTTTTTAT
4113 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
4131 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
4145 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
4160 TAA
1 TAA
4163 CCGTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:4461 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 4422--4463 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
4412 TCACATAACA
* *
4422 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
4440 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
4457 AATAATT
1 AATAATT
4464 AAGAATTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:5395 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 5356--5397 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
5346 TCACATAACA
* *
5356 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
5374 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
5391 AATAATT
1 AATAATT
5398 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:8130 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 8101--8150 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
8091 TAGTTTTTAT
8101 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
8119 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
8133 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
8148 TAA
1 TAA
8151 CTTTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:8440 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 8401--8442 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
8391 TCACATAACA
* *
8401 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
8419 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
8436 AATAATT
1 AATAATT
8443 AATAATTGGG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:9356 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 9318--9358 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
9308 TCACATAACA
* *
9318 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
9336 -ATAATTTA-TTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
9352 AATAATT
1 AATAATT
9359 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 3
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.35
17 13 0.65
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.02, T:0.61
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:9514 original size:914 final size:901
Alignment explanation
Indices: 8119--9935 Score: 3054
Period size: 914 Copynumber: 2.0 Consensus size: 901
8109 AATTAATTGA
8119 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTTTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTTTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
8184 GATTCAATTATTATTATATATATTTTATTAAATAATTCAATTTAATTAAATTTATTTATGATAAA
66 GATTCAATTATTATTATATATATTTTATTAAATAATTCAATTTAATTAAATTTATTTATGATAAA
* *
8249 TTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAATTTAAAGTCTTTATTCATAATATAATTATTA
131 TTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGTCTTTATTCAGAATATAATTATTA
* *
8314 ATTATTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATTGCTTATAAATTTATATAATTATGT
196 ATTATTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGT
8379 AATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTA
261 AATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTA
* *
8444 ATAATTGGGTTGATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAAT
326 ATAACTGGGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAAT
8509 TAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAAT
391 TAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAAT
*
8574 ATTATTCTAATTTAAGTTTTAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTC
456 ATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTC
* *
8639 AAAAAATTTCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATTCTTAGAGCACCTAAAAAAGTAT
521 AAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTAAACATTCTTAGAGCACCTAAAAAAGTAT
*
8704 CTAAAAGCAAATAAGTACGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTT
586 CTAAAAGCAAATAAGTACGAAACACAATAAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTT
* * *
8769 TTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGGC
651 TTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAATTATTATCTATAT-GC
* *
8834 TTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTT
715 CTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTC
* * * *
8899 ATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATCAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATA
780 ATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTGAAATCTCTTACTAATTATTGAAATA
*
8964 TTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTGAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
845 TT-AAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
9022 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAA-TTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTC
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTT-TATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTC
* * * *
9086 TTATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATA
65 TGATTCAATTATTATTATATATATTTTATTAAATAATTCAATTT-AATTAAATTTATTTATGATA
9151 AATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAG-CTTTTATTCAGAATATAATTA
129 AATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGTC-TTTATTCAGAATATAATTA
*
9215 TTAATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTT-TTAATTTTGAATAAATTTATTGGATAGCGTATA
193 TTAA----T-----TA-TT--A-ATT-ATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATA
9279 AATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTA
244 AATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTA
* *
9344 -TTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTATCTATTTTGTT-AA-ATATATATTATTTGA
309 TTTTTAATTAATAATTAATAACTGGGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGA
* *
9406 TTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAAT
374 TTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATT-AAAT
*
9471 ATTCATAACT-TTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGAT
438 ATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGAT
*
9535 ACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTAAACATTCTTA
503 ACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTAAACATTCTTA
* * *
9600 GAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATAAAAAATTAAAATCGTGCA
568 GAGCACCTAAAAAAGTATCTAAAAGCAAATAAGTACGAAACACAATAAAAAATTAAAATCGTGCA
9665 ATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCAT
633 ATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCAT
* *
9730 AATTATTATTTATATGCCTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTAAT
698 AATTATTATCTATATGCCTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAT
*
9795 AACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTGAAATCTCT
763 AACTATTTGAACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTGAAATCTCT
* *
9860 TACTAATTATTGAAGTATTAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGTTTATAAGTTGAAAAT
828 TACTAATTATTGAAATATTAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAAT
9925 CAATTGTTT
893 CAATTGTTT
9934 TA
1 TA
9936 TGACAAAAGA
Statistics
Matches: 857, Mismatches: 39, Indels: 27
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
902 2 0.00
903 102 0.12
904 84 0.10
908 1 0.00
912 55 0.06
913 127 0.15
914 326 0.38
915 16 0.02
916 42 0.05
917 98 0.11
918 4 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (901 bp):
TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTTTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
GATTCAATTATTATTATATATATTTTATTAAATAATTCAATTTAATTAAATTTATTTATGATAAA
TTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGTCTTTATTCAGAATATAATTATTA
ATTATTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGT
AATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTA
ATAACTGGGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAAT
TAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAAT
ATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTC
AAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTAAACATTCTTAGAGCACCTAAAAAAGTAT
CTAAAAGCAAATAAGTACGAAACACAATAAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTT
TTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCC
TTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTCA
TAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTGAAATCTCTTACTAATTATTGAAATAT
TAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
Found at i:10207 original size:173 final size:180
Alignment explanation
Indices: 9986--10387 Score: 435
Period size: 180 Copynumber: 2.3 Consensus size: 180
9976 TGTATGTTGG
* * * * * *
9986 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAATGATTGGAAATAGATAATTATT-GAA-GG
1 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGG
* * * * **** * *
10049 CCATAATTATTTGATA-TAATTTG-GCAAGCTGATTTATTTTTTAAAT-C-T-CTTATTAATTTT
66 ACATAACTATTTGA-ACTAATTCGAGAAAAAAAATTAACTTTTTAAATACTTACTTATTAATTTT
* *
10109 TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGCATAAGCTTTTAT-ACT
130 TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAACT
* * *
10159 GAAACAATTATTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGG
1 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGG
* * * *
10224 ACATGACTATTTGAACTGATTCGATAAAAAAAATTAACTTTTTAAATCACTTAGTTATTAATTTT
66 ACATAACTATTTGAACTAATTCGAGAAAAAAAATTAACTTTTTAAAT-ACTTACTTATTAATTTT
* * *
10289 TGGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACT
130 TGAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTAT-AACT
* * *
10341 AAAACAATTGTTTTATG-ACAAACGAAAGGTCATAACAATTTTAAATA
1 AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATA
10388 TACAATTGGT
Statistics
Matches: 185, Mismatches: 34, Indels: 12
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
173 50 0.27
174 3 0.02
175 18 0.10
176 15 0.08
178 1 0.01
179 1 0.01
180 53 0.29
181 26 0.14
182 18 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (180 bp):
AAAACAATTGTTTTATGAAAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATGG
ACATAACTATTTGAACTAATTCGAGAAAAAAAATTAACTTTTTAAATACTTACTTATTAATTTTT
GAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATAACT
Found at i:12420 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 12388--12420 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
12378 AATTAGTTCA
12388 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
12406 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
12421 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:13336 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 13307--13356 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
13297 ATAGTTTTAT
13307 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
13325 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
13339 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
13354 TAA
1 TAA
13357 CTGTATAAAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:14584 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 14545--14586 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
14535 TCACATAACA
* *
14545 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
14563 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
14580 AATAATT
1 AATAATT
14587 AATAAATGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:15526 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15487--15528 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
15477 TCACATAACA
* *
15487 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
15505 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
15522 AATAATT
1 AATAATT
15529 AATAAATGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:16050 original size:936 final size:936
Alignment explanation
Indices: 13325--17047 Score: 6440
Period size: 936 Copynumber: 4.0 Consensus size: 936
13315 AATTAATTGA
*
13325 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAAATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
*
13390 TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAG--------A--T-AATTAAATTTATTTATGATAA
66 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
*
13444 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAATTTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATT
131 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATT
**
13509 AATT--T--TTATGATTT--ATATTAATTTTT-A-A-TTAT-TT-A---TTAATTATGAATAAAT
196 AATTGGTAAACAT-ATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAAT
* * **
13560 TTATTAGACT-GCTTATAAATTTATATAATTACATAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTT
260 TTATTGGA-TAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTT
* * *
13624 A-----T-TT-TAATTTATTTTTAACTAATAATTAATAATTGTGTTAATTGTAACTATTTTGTTA
324 ATTTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAAATGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTA
13682 AATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTT
389 AATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTT
13747 ATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTA
454 ATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTA
* * *
13812 ATTTTAAATAACAAGATACTAACATTTGAAATTTGAAAAAATTCCATCATTGGATTATTATTATT
519 ATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATT
*
13877 TATTCTCAACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGA
584 TATTCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGA
13942 AAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAAT
649 AAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAAT
* *
14007 CTGATGTTTTAAATCGTAATTATTATCTATATTGCTTTTTTTATTTTTAATAATTTGAAATAGAT
714 CTGATGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATTGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGAT
* *
14072 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTAGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATCAA
779 AATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAA
* *
14137 TTGAATTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAAAAAGTTAGTATTATTTTGTTTCAAAT
844 TTGATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAAT
14202 AAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
909 AAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
14230 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
* *
14295 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAAATTATTTTTGATAA
66 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
* *
14360 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAGTATAATTATT
131 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATT
14425 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATT
196 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATT
14490 TATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTAT
261 TATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTAT
14555 TTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAAATGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAA
326 TTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAAATGTGTTAATTGTAGCTATTTTG-T---
*
14620 TATATATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTGTAACAATAAATAT
387 TA-A-ATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATAT
*
14685 AGTTATGGCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTG
450 AGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTG
*
14750 TTTAATTTTAAATAACAAGATACTACTATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTAT
515 TTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTAT
* *
14815 TATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTAACTAAAAGAAAATAAGTATGAAACACA
580 TATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACA
14880 ATGAAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACA
645 ATGAAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACA
* * *
14945 AAGTCTGATGTTTTAAATCAAAATTATTATCTATATTGCTTTTTTTATTTTTAATAATTTGAAAT
710 AAATCTGATGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATTGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAAT
*
15010 AGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAA
775 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAA
* * *
15075 TCAATTGATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAAAAAGTTAGTATTATTTTGTTTG
840 TAAATTGATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTC
15140 AAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
905 AAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
15172 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
*
15237 TATTTAATTATTGTTATAAATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
66 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
15302 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATT
131 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATT
15367 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATT
196 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATT
15432 TATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTAT
261 TATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTAT
15497 TTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAAATGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAA
326 TTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAAATGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAA
15562 TATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTAT
391 TATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTAT
15627 GTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAAT
456 GTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAAT
*
15692 TTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTAGATAATTATTATTTA
521 TTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTA
15757 TTCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAA
586 TTCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAA
*
15822 AATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCT
651 AATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAATCT
*
15887 GATGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAA
716 GATGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATTGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAA
15952 TTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATT
781 TTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATT
*
16017 TATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAA
846 GATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAA
16082 GCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
911 GCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
16108 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
16173 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
66 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
*
16238 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAAAATATAATTATT
131 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATT
*
16303 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTGTATTAATTTTTAATTATGAATAAATT
196 AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATT
16368 TATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTAT
261 TATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTAT
*
16433 TTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAA
326 TTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAAATGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAA
* *
16498 AATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTAT
391 TATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTAT
*
16563 GTTAATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAA
456 GTCAATGCATT-AAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAA
* * * *
16628 TTTTAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTTTCTAAAAATTTCATCATTGGATAATTAATA-
520 TTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAA--TTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTAT
* * *
16692 TTATTCTAAACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCT-AAAGCAAATAAGTATGAAATACAATG
583 TTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATG
* *
16756 -AAAATTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAA
648 AAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAAC-AAA
* * *
16820 ATCTGACGTTTTAAAATCATAATTATTATTTATA-TGCCTTTTTTATTTATAAATAATTTGAAAT
712 ATCTGATGTTTT-AAATCATAATTATTATCTATATTGCTTTTTTTATTTAT-AATAATTTGAAAT
* * * *
16884 ATATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCAGTTTGGTAAA
775 AGATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAA
* * *
16949 TAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTC
840 TAAATTGATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTC
*
17014 AAATAAGTTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
905 AAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
17046 TA
1 TA
17048 TGACAAAAAG
Statistics
Matches: 2693, Mismatches: 80, Indels: 57
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
905 94 0.03
913 1 0.00
915 1 0.00
916 85 0.03
918 1 0.00
919 4 0.00
920 2 0.00
921 12 0.00
922 1 0.00
923 1 0.00
924 4 0.00
925 2 0.00
926 1 0.00
928 1 0.00
929 75 0.03
934 1 0.00
935 2 0.00
936 1098 0.41
937 136 0.05
938 228 0.08
939 28 0.01
940 2 0.00
941 2 0.00
942 911 0.34
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (936 bp):
TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATT
AATTGGTAAACATATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAATT
TATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTAT
TTTTTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAAATGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAA
TATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTAT
GTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAAT
TTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTA
TTCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAA
AATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAATCT
GATGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATTGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAA
TTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATT
GATTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAA
GCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
Found at i:16462 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16423--16464 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
16413 TCACATAACA
* *
16423 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
16441 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
16458 AATAATT
1 AATAATT
16465 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:18188 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 17878--18928 Score: 754
Period size: 177 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
17868 TTACCAATGA
* * * * * *
17878 AGTTCAAATAGTTGTGACAATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGA
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * *
17943 CAAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTA-TCCAAGATAAAATAATACTAATTTCTTAAT
66 C-ATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * ** *
18007 ATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTTTCAAAAATTAATTTGTTTATTTAACA
129 ATTTCAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACC
* * *
18060 AATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAA-TATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* *
18124 CATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
* * * **
18189 TTCAAAAATTAAT---AAGTGATTTAAAAAATGATTTTGTTTA-CTGAATT
131 TTCAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-GAACC
* * * * * * * * * **
18236 AGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTCGGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* *** * * **
18301 CATATAATAATTGTTTTTTTATCATACAAGCTT-CT-G-AATAAAATAACACTAATTTATTAACC
66 CATAAAATAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * *
18363 TTTCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACC
130 TTTCAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACC
* *
18415 CGTTTAAATAGTTATGACTATTCGAACGAATGTA--TAGTTT-AAATCAGTTATTTAAAAGTAAA
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAAC-AAT-TATCTA-TTTAAAATCA-TTA--T----G---A
* * * * *
18477 CCTTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-ATGCATGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
53 --TCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * * *
18541 ACTAGTCTAATAATA-CTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTT-AAAAATAAAATATGTTTGTCG
115 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAGC-AAGAGATTTAAAAAAT-AAATTTGTTTATCG
18604 AACC
177 AACC
* * * * *
18608 AGTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTAT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * * * * *
18673 CGTAAAATAATTTTTTCAATTCATGCTAGCTTATTCAAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATA
66 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATA
* * * * * *
18737 TTTCAAAAATTAAT---AAGAAATTTAACAAATAATTTTGCTTACCTAACC
130 TTTCAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACC
* * * * * * * * * * *
18785 AGTTCAAATAATTATAATTTTTTGAATAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTTTTTTGT
1 AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
* * * ** * * * * * * * * *
18850 CGTAAAACAAATGTTTTTGTCCATATAAGTTTGTTTGGAATAAATTAATACTACTCTATTAATAT
66 CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
*
18915 TTTAAAAATTAATA
131 TTCAAAAATTAATA
18929 ATAGATGTAA
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 155, Indels: 84
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 34 0.05
176 47 0.07
177 172 0.26
178 19 0.03
179 53 0.08
180 77 0.11
181 105 0.16
182 27 0.04
183 1 0.00
186 1 0.00
189 1 0.00
190 14 0.02
191 24 0.04
192 19 0.03
193 80 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGT
CATAAAATAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAACC
Found at i:18274 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 18242--18274 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
18232 AATTAGTTCA
18242 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
18260 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
18275 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:18369 original size:175 final size:176
Alignment explanation
Indices: 17906--18380 Score: 463
Period size: 180 Copynumber: 2.7 Consensus size: 176
17896 AATTTGAACA
* * ** * * * *
17906 ATTATTTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAAAAATAATTGTTTCAGTTCATAAA
1 ATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTC-ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACA
* * * * * *
17971 AGCTTA-TCCAAGATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATGAGCAAGAGTTTT
65 AGCTTACTCGAA-ATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAAT----AAGTGATTT
* * * * * ** * * * *
18035 CAAAAATTAATTTGTTTATTTAACAAATTTAAATAGTTATGGCTATTTGAAT
125 AAAAAATGATTTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT
* * **
18087 ATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
1 ATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
* * * *
18152 GCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAA
66 GCTTACTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAA
18217 TGATTTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT
131 TGATTTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT
* * * * ***
18263 AATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTGTTCGGTCATATAATAATTGTTTTTTTATCATAC
1 -ATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATAC
* * *
18328 AAGCTT-CT-G-AATAAAATAACACTAATTTATTAACCTTTCAAAAGTTAGTAAGT
64 AAGCTTACTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGT
18381 AAGAAATTTA
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 40, Indels: 12
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
175 38 0.15
176 49 0.20
177 47 0.19
178 12 0.05
180 66 0.26
181 39 0.16
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTCGGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAA
GCTTACTCGAAATAAAATAACACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTAATAAGTGATTTAAAAAA
TGATTTTGTTTACTGAATTAGTTCAAATAATTATGGCTATTTCAAT
Found at i:19187 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19158--19207 Score: 61
Period size: 14 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
19148 TAGTTTTTAT
19158 TAATTATAAATTAATTGA
1 TAATTA-AAATTAATT-A
19176 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
19190 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
19205 TAA
1 TAA
19208 CTGTATAGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 7
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.17
14 8 0.27
15 3 0.10
16 3 0.10
17 5 0.17
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAAAATTAATTA
Found at i:19506 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 19467--19508 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
19457 TCACATAACA
* *
19467 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
19485 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
19502 AATAATT
1 AATAATT
19509 AATAATTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Found at i:20799 original size:920 final size:901
Alignment explanation
Indices: 19176--20946 Score: 2831
Period size: 920 Copynumber: 1.9 Consensus size: 901
19166 AATTAATTGA
19176 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
19241 TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATA
66 TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATA
* * * **
19306 GTAGATATAAGATCTCGGGACAAATTTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATTAATTTTTATGA
131 GTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAATTTACATGA
* *
19371 TTTATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATTGCTTATAAATTTATA
196 TTTATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATA
19436 TAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
261 TAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAG---------T-TTATAA-TTATTTTTAAT
*
19501 TAATAATTAATAATTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAA
315 TAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAA
19566 GTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAAC
380 GTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAAC
19631 TATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATT
445 TATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATT
*
19696 TGAAATTTCAAAAAATTTCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCTA
510 TGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCTA
19761 AAAATATATCTAAAAGCAAATAAGCATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTG
575 AAAATATATCTAAAAGCAAATAAGCATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTG
* * *
19826 CGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTTAAATCATAATTATTAT
640 CGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAATTATTAT
* *
19891 CTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTT
705 CTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTT
* * **
19956 GAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATCAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTAT
770 GAACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACAAAT
20020 TCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTG
834 TCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTG
20085 TTT
899 TTT
20088 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
1 TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
*
20153 TATTTAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAA
66 TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAG--------A--T-AATTAAATTTATTTATGATAA
20218 ATTA-ACTAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTAT
120 ATTAGA-TAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTAT
20282 TAATTGGTAAACAT-ATTTAAATATTAATTTTTAAGATTTATATTAATTTTTAATTATGAATAAA
184 TAATT--T--ACATGATTT--ATATTAATTTTT-A-A-TTAT-TT-A---TTAATTATGAATAAA
*
20346 TTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATCACATAACAAATAG-TT
235 TTTATTGGATAGCGTATAAATTTATATAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTT
20410 -T-A-T-TTTTT-ATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATAT
300 ATAATTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATAT
* *
20470 TATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCA
365 TATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCA
20535 TTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATA
430 TT-AAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATA
* *
20600 ATAAGATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAAC
494 ACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAAC
* * * * *
20665 ATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATTAAGA
559 ATCCTTAGAGCACCTAAAAATATATCTAAAAGCAAATAAGCATGAAACACAATGAAAAATTAAAA
*
20730 TCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTT
624 TCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTT
20795 AAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
689 AAATCATAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
20860 ATAGTAATAATTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT
754 ATAATAATAACTATTTGAACTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTT
20925 AAATTTCTTACAAATTCTTGAA
819 AAATTTCTTACAAATTCTTGAA
20947 AGAATCATTG
Statistics
Matches: 798, Mismatches: 33, Indels: 48
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
912 95 0.12
919 118 0.15
920 391 0.49
921 1 0.00
922 2 0.00
923 86 0.11
924 1 0.00
925 3 0.00
926 4 0.01
927 2 0.00
928 12 0.02
929 1 0.00
930 1 0.00
931 4 0.01
932 2 0.00
933 1 0.00
936 74 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (901 bp):
TAATTAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCT
TATTTAATTATTATTATATATATTTTATTAGATAATTAAATTTATTTATGATAAATTAGATAATA
GTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAATTTACATGA
TTTATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATA
TAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATAATTATTTTTAATTAATAATTAAT
AACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTA
AAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTATTTGAATAT
TATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAA
AAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATATATCT
AAAAGCAAATAAGCATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGCGCAATAATTGTGCGAATGGTTTT
TAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGCCTT
TTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATAATAACTATTTGAACTGGTCAT
AATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATTTCTTACAAATTCTTGAAGTATT
AAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
Done.