Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168193.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_43, whole genome shotgun sequence
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Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 3 of 6
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83251 TTAATTATTA
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* *
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AATATAATTAAAAAGTT
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*
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ATTTTATTAATTATAAAT
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* *
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1 ATAATATTT
* *
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ATAATATTT
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83498 AAATAGATAA
*
83508 TTAAATAATAATAATATTTATAATAT
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* *
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TTAAATAATAATAATATCTTAATAT
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83807 TATAAATTGG
* * *
83817 ATATTA ATACTTA ATTATTA ATATTT ATATAA ATAAT- ATAATTA ATATTA
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* * * * *
83867 TTATATA TATAATGA ATATTAA ATATTAA ATATT- -TAATA ATATTT ATAATA
1 ATAT-TA -AT-ATTA ATATT-A ATATT-A ATATTA ATATTA ATATTA ATATTA
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ATATTA
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83807 TATAAATTGG
* *
83817 ATATTAATACT-TAATTATTAATATT-T
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* *
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* *
83871 ATATATAATGA-AT-ATT-A-AATATTAA
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ATATTAATAATATAATTAATAATATTAT
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*
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*
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ATATTATAATTATAT
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ATTATATATTATA
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* *
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*
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1 AT
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*
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**
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1 AT
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* * *
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1 TA
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* * * ** * * ** *
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* *
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* * * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *
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*
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** * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * ** ** * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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191 TATCTACTAAATCAGTTAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTA-TATACTTCAAATCA-TT--
* * * * * * * * * *** *
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252 GACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTAATATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * *
85921 CAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAA-AGAT
317 CTAATTGATTAACATTT-CAAAAATAATAAG-AAACAGAT
* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * * ** * * ***
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* * * * * * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * ** * * ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * * *
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126 GC-ATATTAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTAAC-AAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * * * * * *
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188 ATCTATCTACTAAATCAGTTAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAATCA-T-
* * * * * * *
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251 TGACCTTTTATTTA-GTCATAAAACAATTGTTTAAT-ATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATA
* * * ** **
86603 ATACTAATCT-AATAATATTCCAAAAATTAATAACTAAGGGAT
314 ATACTAAT-TGATTAACATTTCAAAAA-TAATAAGAAACAGAT
* * * * * * *
86645 TTAAGAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAATTCAAATAGTTA-AGACTATATGAACAATTATCTAT
1 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATA-ACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * *
86709 TT-CAAATCGTTATGACCTTTT-GTCTTGTCATAAAACAATT-TTCTCAATTCATACTAGCTTAT
65 TTAAAAAT-GTTATAACCTTTTAAT-TTCTCATAAAACAATTGTT-T-TATTAATACAAGCTTAT
** * * *
86771 TTA-AATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAA-AAAATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
126 GCATATTAAAATAATACT-AATTTATTAATA-TT-AACAAAAT--TAA-TAAGAAATTTAAAAAA
* * * * * * * * * *
86833 TAATTATGTTTACCT-AACCAGTTCAAAA-AATT-ATACTATTTGAACAATTATATATTTCAAAT
185 TAAATCTATCTA-CTAAATCAGTT-AAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAAT
* * * * * * * * * ** **
86895 CATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTATTCGGAATAA
248 CA-T-TGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAT-ATCATACAAGCCTATTCAAAATAA
* * *
86959 AGTAATACTAATCT-ATTAATATTTCAAAAATTAATAAG----TGAT
310 AATAATACTAAT-TGATTAACATTTCAAAAA-TAATAAGAAACAGAT
* * * * * * * * * * *
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1 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
* * * * ** * ** *
87066 T-CAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
66 TAAAAAT-GTTATAACCTTTTAATTTCTCATAAAACAATTGTTT-TATTAATACAAGCTTA--TG
* * * * *
87130 C--ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAATTAGTAAGTAAAAAATTTTAAAAAT--
127 CATATTAAAATAATACTAATTTATTAATA--TTAACAA-AATTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * * * *
87191 ATGT-T-TACCACA-CTAGATCAAATAATCATGACAATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
188 ATCTATCTACTAAATC-AGTTAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAATC-AT
* * * * *
87253 ATGACCTTTTGATTT-GTCATAAAAGAGTTGTTTTAGT-TCATATAAGCTTATTCAAAATAAAAT
251 -TGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTG-TTTAATATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAAT
* * * * * *
87316 AATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAATAAAGAGAT
313 AATACTAATTGATTAACATTTCAAAAA-TAATAAGAAACAGAT
* * * * * * * * ** * * *
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1 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
* * ** * * * * * * *
87424 T-GAAATAGCTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATTTTTTTGTTCAT-CTAAGCTTATTTC
66 TAAAAAT-GTTATAACCTTTTAATTTCTCATAAAACAATTGTTTTATTAATAC-AAGCTTA-TGC
* * * *
87487 A-AATAAAATAATACAAATTTATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAA
128 ATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTAACAAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * * * * ** * * **
87550 TCTGTTTACCAAA-CAAGTTCTAATCATTATGGCTATTTGAGCAATTATTTATTTCAACATGTTA
189 TCTATCTACTAAATC-AGTTAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAA-ATCAT-
** * * * * * ** * *
87614 TGATTTTTTGCTTT-GTCATAAAATAATTATTT-TTGTTCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATA
251 TGACCTTTT-ATTTAGTCATAAAACAATTGTTTAAT-ATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATA
* * * * * * *
87677 ACATTAATTAATTAATATTTTGACAATTAATAAGTAAA-AGAT
314 ATACTAATTGATTAACA-TTTCAAAAATAATAAG-AAACAGAT
* * * * * *
87719 TTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATTAA-TATTTCAATAATTATCTAT
1 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTA-TAACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * * * * *
87783 TT-CAAATCATTATGACCTTTT-CTTTCCTAATAAAACACTTGTTTCAATTCATATAAGCTTATT
65 TTAAAAAT-GTTATAACCTTTTAATTT-CTCATAAAACAATTGTTT-TATTAATACAAGCTTA--
* * * *
87846 TG-A-AGTAAGATAATACTAATTTATTAATATT-CCAAAAATTAATGAGTGTGAGAA-TTAAAAA
125 TGCATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAC-AAAATTAAT-A---AGA-AATTTAAAAA
* * * ** * * * * * * * *
87907 A-AGAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTATCT-GAACAATTATCTATTTCAAA
184 ATA-AATCTATCTACTAAATCAGTTAAAATAATTAAGACCAT-TAGAATAATTATATACTTCAAA
* * * * * * *
87970 ACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAGCTTT-GT-TCATGCAAGCTTATTTC-GAA
247 TCA-T-TGACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATT-G-TTTAATATCATACAAGCCTA-TTCAAAA
* * * *
88032 TAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-A-TT
307 TAAAATAATACT-AATTGATTAACATTTCAAAAA-TAATAAG-AAACAGAT
* * ** * * *
88080 TTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAA-CACGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAGAATTATCTAT
1 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCA-GTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTAT
* * * * * ** * * *
88144 TT-CAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGGTCATAAAAGCTTTTTT
65 TTAAAAAT-GTTATAACCTTTTAATTTCTCATAAAACAATTGTTT-TATTAATACAAGC--TTAT
* * * *
88208 G-A-AATAAAATAGTACTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT
126 GCATATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTAAC-AAAATTAATAAG---AA-ATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * * *
88270 AAATCTGTTTACTGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACGATTTGAATAATTATTTATTTCAAATC
186 AAATCTATCTACTAAATCAGTTAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAATC
88333 GTTATGATTT
Statistics
Matches: 2376, Mismatches: 541, Indels: 325
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
329 15 0.01
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333 1 0.00
334 4 0.00
335 66 0.03
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (354 bp):
TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATAACTATTTAAACAATTATCTATT
TAAAAATGTTATAACCTTTTAATTTCTCATAAAACAATTGTTTTATTAATACAAGCTTATGCATA
TTAAAATAATACTAATTTATTAATATTAACAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATCT
ACTAAATCAGTTAAAATAATTAAGACCATTAGAATAATTATATACTTCAAATCATTGACCTTTTA
TTTAGTCATAAAACAATTGTTTAATATCATACAAGCCTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGAT
TAACATTTCAAAAATAATAAGAAACAGAT
Found at i:85745 original size:179 final size:178
Alignment explanation
Indices: 84710--86097 Score: 763
Period size: 178 Copynumber: 7.8 Consensus size: 178
84700 TTAGTAAGAC
* * * * * * * * *
84710 ATTTAAAAAGTAAATCTGCTTACTAAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTAAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * ***
84775 ATTTCAAATCATTATAACCTTTTTATTTTGTAATCAAATAATT-TGTTCTATTTATACTATTTTA
65 ATTTCAAATCGTTA-AACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCTAATCATACAAGCCTA
* * * * * * * *
84839 TT-TGAATAAAATAGTGCAAATTTAATAATA-TTCCAAAACTTAATAACCAAAAA
127 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAA-ATAATAA--GAAAG
* ** * * * * ** * * **
84892 AATTAAAAAATAAATCTAATTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAAACTATATAAATGATTATCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * ** ** ** *
84957 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTCGTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TGTTTGTACAAGCTTATTC
66 TTTCAAATCGTTA-AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCCTATTC
* * ** * *
85021 ATATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTAACAAAATTAA-AAGTAAGAT
130 AGAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCCAAAAATAATAAG-AA-AG
* * * * * * ** * * * *
85071 ATTTAAAAAA-AAATTTATCTATCGAA-TCATTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAATAATTATAT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* ** *
85134 ACTTCAAATCGTTTTGA-CTATTT-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AATTCATACAAGCCTA
65 ATTTCAAATCG-TTAAACCT-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATACAAGCCTA
* * * ** *
85196 TTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTTGGAAAATTAATAAGAAAGAG
127 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAG-AA-AG
* * * * * *
85250 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCCAAACCAGTTCAAATAGTTATTATTATTTGAACAATTGTCTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * *
85315 TTTAAAAAT-GTTATAACCTTTTAATTTCTCATAAAACAATTGTTT-TATTAATACAAGCTTGGA
66 TTT-CAAATCGTTA-AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCCT--A
* * *
85378 -T-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAG-AA-
127 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAGAAAG
* * * * * *
85426 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAA-TCGGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCT
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACT-AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
85490 ATTTCAAATCATT-GACCTTTTATTTTGTCATAATACAATTGTTTTTTATCATTCAAGCTTATTC
65 ATTTCAAATCGTTAAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCCTATTC
* * *
85554 AAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTT-CAAAAATAATAGGTAACAG
130 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAG-AA-AG
* *
85604 ATTTAAACAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTAT-TA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCT-
* ** * *
85668 ATCTCAAATCGTTAAAATTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGCCTATTC
65 ATTTCAAATCGTTAAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCCTATTC
* *
85733 AG-TTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTT-CAAAAACTAATAAG--AG
130 AGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAA-TAATAAGAAAG
* * * * * * * ** * * *
85780 ATTTAAAAATTAAATATGTTTGCTAAACCAGTTCAAATAGTAAAAACAATTAGAATAA--A-CTA
1 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * * *
85842 TTTCAAATAGTTCAAACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTC-ATGTCTTATAAGCTTATT
66 TTTCAAATCGTT-AAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTA-ATCATACAAGCCTATT
** * * * * ** *
85906 TGGAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAG
129 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAG--AAAG
* * *
85958 ATTTGAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAA-AAGTTATGACTATTT-AATCAATTAT
1 ATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAA-TTATGACTATTTGAA-CAATTAT
* * * * * ** * *
86021 -TTTTATAAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTAACATAAAACAATTGTTTC-AATTCATAAAAGCT
63 CTATT-TCAAATCGTTA-AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAA-TCATACAAGCC
* *
86084 TATCCAAAATAAAA
125 TATTCAGAATAAAA
86098 AGAATTTAAT
Statistics
Matches: 933, Mismatches: 219, Indels: 108
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 13 0.01
174 109 0.12
175 48 0.05
176 104 0.11
177 26 0.03
178 173 0.19
179 155 0.17
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182 73 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (178 bp):
ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTA
TTTCAAATCGTTAAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATACAAGCCTATTCA
GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCAAAAATAATAAGAAAG
Found at i:86263 original size:158 final size:155
Alignment explanation
Indices: 85963--86250 Score: 359
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
85953 AAAAGATTTG
* *
85963 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAAAAGTTATGACTATTTAATCAATTATTTTTATA
1 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAAAAGTTACGACTATTTAATCAATTATTTTTATA
*
86028 AAATCGTTATGACCTTTTGTCTTAACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAA
66 AAATCATTATGACCTTTTG--TT-ACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAA
86093 TAAAAAGAATTTAATAAGTAGGAGTTTA
128 TAAAAAGAATTTAATAAGTAGGAGTTTA
* * * * *
86121 AAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTTAGATAGTTACGACTATTTGAA-CAATTATTTATT-
1 AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAAAAGTTACGACTATTT-AATCAATTATTT-TTA
** * * * * * *
86184 TAAAATCATTATGATGTTTTG-T-CATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAGAT
64 TAAAATCATTATGACCTTTTGTTACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAAT
86247 AAAA
129 AAAA
86251 TAATTCTAAT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 16, Indels: 9
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
153 39 0.35
155 1 0.01
158 68 0.61
159 4 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (155 bp):
AAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAATTTAAAAAGTTACGACTATTTAATCAATTATTTTTATA
AAATCATTATGACCTTTTGTTACATAAAACAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAA
AAAGAATTTAATAAGTAGGAGTTTA
Found at i:86996 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 86103--88368 Score: 1970
Period size: 181 Copynumber: 12.7 Consensus size: 180
86093 TAAAAAGAAT
* * * * * * * * *
86103 TTAATAAGTAGGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTTAGATAGTTACGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * *
86167 TTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGA-----TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* *
86227 CATACAAGCTTATTCAAGATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAA
130 CATACAAGCTTATTCAA-ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
86279 TTAATAAGT----GATTTAAAAAGTGAATCTATTTGCGAAATTAA-TTCAAATAATTATG-GTCA
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACT-A
* * * *
86338 TTTCAACAATTATCTATTTCAAGTCATTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAATA-AATT-TTTTT
64 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AA-ACAATTGTTTTT
* * *
86401 -ATCATACATGATTATTCGAAATAAAAT-A-A-TAATTTATTAA-ACTTTCAAAAA
127 GTTCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTTCAAAAA
* * * *
86452 -T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACCGAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
86513 TGAACAATTCTATACTTCAAATTATTATAACCTTTTGTTATGTCATAAAACAATTATTTCTGTTC
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * *
86578 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAATCTAATAATATTCCAAAAA
131 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
86629 TTAATAACTAAGGGATTTAAGAAATAAATTTGTTTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTTAAGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * ***
86693 ATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTCTTGTCATAAAACAATT-TTCTCAAT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT-TTTGT
* * *
86757 TCATACTAGCTTATTTAAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAA
129 TCATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * *
86809 ATAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATTATGTTTACCTAACCAGTTCAAAAAATTAT-ACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
86873 TGAACAATTATATATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATACAACAAATGTTTTTGTTC
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * * *
86938 ATATAAGTTTATTCGGAATAAAGTAATACTAATCTATTAATATTTCAAAAA
131 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * *
86989 TTAATAAGT----GATTTAGACAACAAATCTATGTATCAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * *
87050 TGAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTC
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* ** *
87115 ATACAAGCTTATTTGC-ATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGACAA
131 ATACAAGCTTA-TT-CAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * * *
87166 TTAGTAAGTAAAAAATTT---TAA-AAATATGTTTACCACACTAGATCAAATAATCATGACAATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * *
87227 TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGATTTGTCATAAAAGAGTTGTTTTAGTTC
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * *
87292 ATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAA
131 ATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * * * *
87343 TTAATAA-TAAAGAGATTTAAAAAATGACTTTGTTTACTAAACAAATTTAAATAATTAGGACTGT
1 TTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
87407 TTGAATAATTATCTATTTGAAAT-AGCTATAACCTTTTGTTTTGTAATAAAAGAATT-TTTTTGT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
*
87470 TCAT-CTAAGCTTATTTCAAATAAAATAATACAAATTTATTAATA-TT-AAGACAA
129 TCATAC-AAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA-A-AA
* * * *
87523 TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCTAATCA-TTATGGCTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTAT
* * * ** * * *
87586 TTGAGCAATTATTTATTTCAACAT-GTTATGATTTTTTGCTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGT
* * * * * ** *
87650 TCATACAAGTTTATTCGAATTAAAATAACATTAATTAATTAATATTTTGACAA
129 TCATACAAGCTTATTC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
87703 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATTAATATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** * * ***
87768 TCAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTCTTTCCTAATAAAACACTTGTTTCAATTC
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
* * * * *
87833 ATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTCCAAAAA
131 ATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* ** * * *
87884 TTAATGAGTGTGAGAATTAAAAAA-AGAATATGTTTACCGAATAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATA-AATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * *
87948 CTGAACAATTATCTATTTCAAAACATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAG-CTTTGT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTTGT
* * *
88012 TCATGCAAGCTTATTTCGAATAAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTTCAAAAA
129 TCATACAAGCTTA-TTCAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA
* ** *
88065 TTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACGTTCAAATAGTTATGACTAT
1 TTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTAT
* * * * * *
88128 TTGAAGAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTATTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTGGT
65 TTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTT
* * * * *
88193 CATAAAAGCTTTTTTGAAATAAAATAGTACTAATTTATTAAAATTTCAAAAA
130 CATACAAGC-TTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * ** ** *
88245 TTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAGTAAGTTCAAATAGTTATGACGATT
1 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * ** *
88310 TGAATAATTATTTATTTCAAATCGTTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTT
66 TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT
88369 CTATTCGAGA
Statistics
Matches: 1671, Mismatches: 342, Indels: 150
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 3 0.00
171 2 0.00
172 62 0.04
173 105 0.06
174 23 0.01
175 3 0.00
176 67 0.04
177 277 0.17
178 14 0.01
179 155 0.09
180 392 0.23
181 559 0.33
182 8 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATT
TGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTC
ATACAAGCTTATTCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
Found at i:87588 original size:714 final size:707
Alignment explanation
Indices: 86103--88368 Score: 2267
Period size: 714 Copynumber: 3.2 Consensus size: 707
86093 TAAAAAGAAT
** * * * * * * * *
86103 TTAATAAGTAGGAG-TTTAAAAAAATAAATTTGTTTATCGAGCAAATTTAGATAGTTACGACTAT
1 TTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATA-TTATGACTAT
* *
86167 TTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTATGA-----TGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTAGTT
64 TTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGATTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTTTGTT
* * * *
86227 CATACAAGCTTATTCAAGATAAAATAATTCTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTGATT
129 CATACAAGTTTATTCGA-ATAAAATAATACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTGATT
* * * * *
86292 TAAAAAGTGAATCTATT-TGCGAAATTAATTCAAATAATTATG-GTCATTTCAACAATTATCTAT
192 TAAAAA-TAAATCTATTAT-C-AAACTAGTTCAAATAGTTATGAAT-ATTTCAACAATTATCTAT
* * * * * * *
86355 TTCAAGTCATTATCACCTTTTGTTTGGTCATATAATA-AATT-TTTTTA-TCATACATGATTATT
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** ** *
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* * ** *
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* * * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* **
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* * * *
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** *
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*
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* * * * *
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* *
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* * *
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** * * ** *
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*
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* * * *
90578 CAAAAACATTTGTTTTATGACAAAATAAAAGAAT-ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCATA
1 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * *
90642 TAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTCA-ACAAATAAATTTAATTTTCAAATCTC-TTAATTATTAA
65 TAGCCATAACTATTTGAACTGG-TCAGACAAACAAATTCAATTTTCAAAT-TCGTTAATTATTAA
* * * * * * * * * *
90705 TT-TTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTCTTTCGAAT-AAGCTTGTATGAACATAAATAA
128 TTGTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTAATTTATTTCGAATAAAAC-TATATCAACAGAAATAA
* * *
90768 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACT-TGAAATATATAATTGTTTAAATAGTCATAA
191 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-CAATATGAAATAAATAATTG-TTAAATAGTCATAA
* * * * **
90832 TTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGA-TAATCTCCT-A-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
254 CTAATTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTAATCTCCTAATCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAA
* ** *** * *
90894 ACTAGTATTATTTTATTCTAATTAGGCTTGTATGAT
319 ACTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAA
* * * * *
90930 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
1 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
*
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CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
AGCCATAACTATTTGAACTGGTCAGACAAACAAATTCAATTTTCAAATTCGTTAATTATTAATTG
TTAGAATATTAATAAATTAGCATTAATTTATTTCGAATAAAACTATATCAACAGAAATAATTGTT
TTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTTAAATAGTCATAACTAATTA
AACTAGTTCAGTAAACAAATTAATCTCCTAATCTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAACTAATA
TTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAA
Found at i:91086 original size:352 final size:354
Alignment explanation
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90395 ATATCAATAG
* * *
90405 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTTAAATTGTT
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** * * **
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66 ATAACTAATTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTAATCTCCT-AA--TCTTATTAATTTTCAAAATA
* * *
90535 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATTAACAAAAACATTTGTTTTATGACA
128 TTAATAAACTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
90600 AAATAAAAGAATATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGT
193 AAACAAAAGAATAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGAT
* * * * *
90665 TCAACAAATAAATTTAATTTTCAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTA
258 TCAACAAATAAATTTAATTTTCAAATCTCTCAATTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTAATA
90730 TTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT
323 TTATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT
* * *
90762 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGACT-TGAAATATATAATTGTTTAAATAG
1 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAA-CAATATGAAATAAATAATTG-TTAAATAG
* * * * **
90826 TCATAATTATTTGAACTAGTTCAGTAAACAGA-TAATCTCCT-A-CTTATTAATTTTTGAAATAT
64 TCATAACTAATTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTAATCTCCTAATCTTATTAATTTTCAAAATAT
* ** *** * **
90888 TAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAATTAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAA
129 TAATAAACTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * *
90953 AACAAAAG-TTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTGAT
194 AACAAAAGAAT-AAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGAT
* * * *
91017 TCGATA-AAAT-GATTT-ATGTTTTAAATCTC-CAACTTCTTAATTTTTGA-AATATTAATAAAG
258 TC-A-ACAAATAAATTTAAT-TTTCAAATCTCTCAA-TTATTAA-TTTTCATAATATTAATAAAG
91077 TAATATTATTT
318 TAATATTATTT
91088 CTCAATTTTT
Statistics
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AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATATGAAATAAATAATTGTTAAATAGTC
ATAACTAATTAAACTAGTTCAGTAAACAAATTAATCTCCTAATCTTATTAATTTTCAAAATATTA
ATAAACTAATATTATTTTATTCTAAACAAAATTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAAGAATAAAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTGATTCA
ACAAATAAATTTAATTTTCAAATCTCTCAATTATTAATTTTCATAATATTAATAAAGTAATATTA
TTTTCTTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT
Found at i:91102 original size:36 final size:36
Alignment explanation
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91040 AATCTCCAAC
*
91050 TTCTTAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
1 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
*
91086 TTCTCAATTTTTGAAATATTGATAAAGTAATATTAT
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91122 TT
1 TT
91124 TATTTTGGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTAT
Found at i:91280 original size:217 final size:215
Alignment explanation
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90864 CCTACTTATT
* *
90874 AATTTTTGAAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTCTAATTAGGCTTGTATGATGAAAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTAATTAAGCTTGTATGATG-AAAACAA
* * *
90939 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAAC
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* * *
91004 TATTTGAACTGATTCGATAAAATGATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTCTTAATTTTTGAAATAT
130 TATTTAAACTGATTCGATAAAATAATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTG-AATAT
*
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* * * * *
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* * * *
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63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGA-TTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT
* * * **
91218 AACTATTTAAACTTG-TTTGGTAAACA-AATTTAT-TTTTTAAT-TCCTTGCTTATTAATTTTTT
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* *
91279 GAATGTTAATAAAATAGTATTATTT
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91304 TATTTCGAAT
Statistics
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AATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCTAATTAAGCTTGTATGATGAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACT
ATTTAAACTGATTCGATAAAATAATTTATGTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGAATATTA
ATAAAATAATATTATTTCTC
Found at i:91867 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 181
91081 ATTATTTCTC
* * * *
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* * * * * *
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* ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
91333 AATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTT
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA-AATAGTCAT
* *** * * *
91397 AACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACATTTATTTTTT-AA-A-TCT-CTTATT
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* ** * * * * *
91447 AATTTTT-AGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAG-TTTGTATGGATAGAAAC
1 AATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAAC
** * * *
91510 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGACCATATCGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
91574 ACTATTTGAA-TTGGTCCAATAAACAAATATAGTTTTT-AA-A-TCT-CTTATT
129 ACTATTTGAACTTGTTCC-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
** *
91623 AATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-TTTTGTATGAATAGAAACA
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* *
91687 ATTGTTTTATTACAAAAC-AAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATA
* *** * *
91751 ATTATTTGAACTCACTCCGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTGTT
129 ACTATTTGAACTTGTTCCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
* *
91804 TATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
* * * * **
91869 TTGGTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAGT
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
*** * * *
91934 TATTTTGAA-TGTGTTCAAAAAACAAATTTATTTTATATAT-TTTTACTTAGT
131 TA-TTTGAACT-TGTTCCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
* * * * *
91985 AATCTTTGGAAA-ATTAGTAAATTTA-TATTATGTTA-TTTGAAATAAGATTGTATGAATAGAAA
1 AAT-TTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTTTATGAATAGAAA
* * * *
92047 CAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTCCAAATAGTCAT
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * * * * * * * *
92112 AACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTTGAAATCTCTTGCTCATT
128 AACTATTTGAACTTGTTCCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
* * * * * * *
92166 AATTTTTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-TTTATGTGAATTGATATA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTT-TATGAATAGAAACA
* * * * * * * *
92230 ATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAACGTTTTGAAGTAGATAATTATTCAGATAGTTATTA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAA
* ** * *
92295 CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACCTATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATT
130 CTATTTGAACTTGTTCCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
* * * * ** * * *
92347 AATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTAATATGAACAAAAATAA
1 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
* * * *
92412 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAGTGTTCCAATAGTCATAAC
66 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
92477 TATT
131 TATT
92481 CAAAATTATT
Statistics
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0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.42
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AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCCGTAAACAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATT
Found at i:92248 original size:543 final size:532
Alignment explanation
Indices: 91107--92480 Score: 1469
Period size: 543 Copynumber: 2.6 Consensus size: 532
91097 TGAAATATTG
* * * * *
91107 ATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
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* * * * *
91172 CAAAAGGTCATAATGATTTTAAA-ATGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTT
65 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
91236 GGTAAACAAATTTATTTTTT-AATTCCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAAATAGTAT
129 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATT-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* * * * *
91299 TATTTTATTTCGAATAAGCATGTATGAACT-G-AACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAG
192 TATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * * *
91362 AATGATTTGAAATAGATAATTATT-ATAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTCAACAAATACAT
256 AATGATTTGAAATAAATAATTGTTCA-AATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAAAT
* * * * * *
91426 TTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATA
320 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTAATCTTTAGAAAATTATAAATTTAGCAATATGTTACTCTGAATA
* * * * * *
91491 AGTTTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGACCATATCGATTTGAGATAGATA
385 AGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGACCATAACAATTTGAAATAAATA
* *
91556 ATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTCCAATAAACAAATATAGTTTTTAAATCTCTTA
450 ATTATCCAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTCCAATAAACAAATATAGTTTTTAAATCTCTTA
*
91621 TTAATTTTCAAAATATTA
515 TTAATTTTCAAAATAGTA
* * *
91639 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * ***
91704 C-AAAGGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGTCATAATTATTTGAACTCACTC
65 CAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * *
91768 CGTAAAAAAATTTATTTTTTAAATATTTTACTTGTTTATTTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATT
129 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * *
91833 ATTTTATTTTGAATAAGCTTTTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACGAAAGGTCATAA
193 ATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
* * **
91898 CGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATGGTCATAGTTATTTTGAA-TGTGTTCAAAAAACAAATT
258 TGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTG-GTTCAAAAAACAAATT
** * * * * *
91962 TATTTTATATATTTTTACTTAGTAATCTTTGGAAAATTAGTAAATTTA-TATTATGTTA-TTTGA
321 TATTTT-T-TAAATCT-CTTAGTAATCTTTAGAAAATTA-TAAATTTAGCAATATGTTACTCTG-
* **
92025 AATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
381 AATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGACCATAACAATTTGAAAT
* **** * *
92090 AAATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTT-GTTTGGTAAATAGAT-TCA-TTTTTGAA
445 AAATAATTATCCAAATAGTCATAACTATTTAAA-TTGGTCCAATAAACAAATAT-AGTTTTT-AA
***
92152 ATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATAGTA
507 ATCTC-T--T-ATTAATTTTCAAAATAGTA
* * * * *
92182 ATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTATGTGAATTGATATAATTGTTTTATGGCAAAA
1 ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTT-TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
92247 CAAAAGGTTATAACGTTTTGAAGTAGATAATTATTCAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCA
65 CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA
** * * *
92312 GTAAACCTATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTA
130 GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * * *
92377 TTTTAATTCGAATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
194 TTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* *
92442 GATTTGAAATAAATAAGTGTTCCAATAGTCATAACTATT
259 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
92481 CAAAATTATT
Statistics
Matches: 691, Mismatches: 126, Indels: 40
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
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532 124 0.18
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (532 bp):
ATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG
TAAACAAATTTATTTTTTAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
TTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAAAAAACAAATTTATTT
TTTAAATCTCTTAGTAATCTTTAGAAAATTATAAATTTAGCAATATGTTACTCTGAATAAGATTG
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGACCATAACAATTTGAAATAAATAATTATC
CAAATAGTCATAACTATTTAAATTGGTCCAATAAACAAATATAGTTTTTAAATCTCTTATTAATT
TTCAAAATAGTA
Found at i:92552 original size:120 final size:120
Alignment explanation
Indices: 92387--92623 Score: 260
Period size: 120 Copynumber: 2.0 Consensus size: 120
92377 TTTTAATTCG
* **
92387 AATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
1 AATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
* * *
92452 AAATAAGTGTTCCAATAGTCATAACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAGATTTGA
66 AAATAAGTGTTCAAATAGCCATAACTATTCAAAATTATTTGATAAACAGATTTGA
** * ** * * * *
92507 AATAAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGATGATACAAAAGGTTATAGCAATTTGAAC
1 AATAAGCTAATATGAACA-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAA
* * * * * * *
92571 TAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATT
65 TAAATAAGTGTTCAAATAGCCATAACTATTCAAAATTATTTGATAAACAGATT
92624 CATTTTTTAA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 22, Indels: 2
0.80 0.19 0.02
Matches are distributed among these distances:
120 90 0.96
121 4 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (120 bp):
AATAAGCTAATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT
AAATAAGTGTTCAAATAGCCATAACTATTCAAAATTATTTGATAAACAGATTTGA
Found at i:92770 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 92749--92781 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
92739 TAACGATTTG
92749 AAATAG-ATAATTGTTC
1 AAATAGCATAATTGTTC
92765 AAATAGTCATAATTGTT
1 AAATAG-CATAATTGTT
92782 TACACTAGTC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTGTTC
Found at i:92828 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 92510--93153 Score: 674
Period size: 181 Copynumber: 3.6 Consensus size: 180
92500 GATTTGAAAT
* * * * * * *
92510 AAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTATTTTATGATG-ATACAAAAGGTTATAGCAATTTGAACTA
1 AAGCTTATATGAACA-AAAACAATTGTTTTATGA-GAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
* * * *
92573 GATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCT
64 GATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTATGACAAATAGATTCATTTTTTAAATCT
* * *
92638 CTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAAC
129 CTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTAT-TTATTCCGAAC
* * * *
92691 AAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGA
1 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
* * * * * *
92756 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTACACTAGTCAAGCCAAA-AGATACATTTTCTAAATC-C
66 TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGT-ATGACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTC
** * *
92819 ATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAAT
130 -TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTA-TTTATTCCGAAC
* * * * ** *
92872 AAGATTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAA
1 AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAAT-AG
* * * * * * * * *
92937 ATATTTGGTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTGGTATGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTATGACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTC
* *
93002 TTA-TGCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTCCAAAC
130 TTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGA-ATTA-TTTATTCCGAAC
* * *
93054 AAACTTATATGAACAAAAAC-ATATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATAG
1 AAGCTTATATGAACAAAAACAAT-TGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG
*
93118 ATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAAA-TAGT
65 ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAACTAGT
93154 TTTGTAAACA
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 73, Indels: 24
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
180 6 0.02
181 227 0.60
182 144 0.38
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (180 bp):
AAGCTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGAGAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTATGACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCT
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGAATTATTTATTCCGAAC
Found at i:92924 original size:482 final size:482
Alignment explanation
Indices: 92019--92936 Score: 1164
Period size: 482 Copynumber: 1.9 Consensus size: 482
92009 ATATTATGTT
* * *
92019 ATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACAATT
1 ATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* *
92084 TGAAATAAATAATTGTCCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGGTAAATAGATTCATTTTT
66 TGAAATAAATAATTGTCCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTT
** * * * * * *
92149 GAAATCTCTTGCTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTT
131 GAAATCTCTCACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAACAAGCT
* *** * * * * *
92214 TATGTGAATTGATATAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTTATAACGTTTTGAAGTAGATAATT
196 TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* * * * * ** ** * * **
92279 ATTCAGATAGTTATTACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACCTATTTATTTTTTAAGTCTTTTACTT
261 ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATACATTTTCTAAATCCATTACTT
* * * *
92344 ATTAATTATTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATTCGAATAAGCTAATATGAACAAAAA
326 ATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCGAATAAGATAATATGAACAAAAA
*
92409 TAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAGTGTTCCAATAGTCAT
391 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAGTGTTCCAATAGTCAT
92474 AACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAG
456 AACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAG
* ** * * *
92501 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATGATACAAAAGGTTATAGCAATT
1 ATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
* * * *
92566 TGAACTAGATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTT
66 TGAAATAAATAATTGTCCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTT
* * *
92631 TAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAACAAGCT
131 GAAATCTCTCACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAACAAGCT
* * *
92696 TGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAG-AAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
196 TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATG-GCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT
* * *
92760 TGTTCAAATAGTCATAATTGTTT-ACACTAG-TCAAGCCAAA-AGATACATTTTCTAAATCCATT
260 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTAGTTC-AG-CAAACAGATACATTTTCTAAATCCATT
* *
92822 ACTTATTAATT-TTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTCCGAATAAGATTATATGAA
322 ACTTATTAATTATT-AAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATT-CGAATAAGATAATATGAA
* * *
92885 TAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAA
385 CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAA
92937 ATATTTGGTC
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 64, Indels: 12
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
481 8 0.02
482 354 0.97
483 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (482 bp):
ATTTGAAATAAGATTGTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATT
TGAAATAAATAATTGTCCAAATAGCCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAATAGATTCATTTTT
GAAATCTCTCACTCATTAATTTTTGGAATAGTAATAAATTAGAATTATGTTATTCTGAACAAGCT
TATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACAGATACATTTTCTAAATCCATTACTT
ATTAATTATTAAAATATTAATAAATTAACATTACTTTAATTCGAATAAGATAATATGAACAAAAA
CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAAATAAGTGTTCCAATAGTCAT
AACTATTCAAAATTATTTGGTAAACAG
Found at i:93065 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 92615--93139 Score: 564
Period size: 182 Copynumber: 2.9 Consensus size: 182
92605 CTTGTTTGAT
* * *
92615 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATG
1 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTATT
* * * * *
92680 TTATTCTGAACAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTGTGAGAAAACAAAAT-GTCATAACG
65 TTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGGTCATAACG
* * * ** *
92744 ATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTGTTTACACTAGTCAAGCC
129 ATTTGAAATAAAATAATTGGTCAAATAGTCATAACTAATTAAACTAGTCAAGCC
* * ** * *
92797 AAA-AGATACATTTTCTAAATC-CATTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTAC
1 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-AATTAT
* * * *
92860 TTTATTCCGAATAAGA-TTATATGAATAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAATGGTCATAAT
64 TTTATTCCGAACAA-ACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC
* * * * * *
92924 GATTTGAAATAAAATATTTGGTCAAATTGTTATAACTAATTAAACTGGT-ATGGC
128 GATTTGAAATAAAATAATTGGTCAAATAGTCATAACTAATTAAACTAGTCAAGCC
* *
92978 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TGCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTAT
1 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAA-ATTAT
* * *
93042 TTTATTCCAAACAAACTTATATGAACAAAAAC-ATATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAC
64 TTTATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAAT-TGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAAC
* * **
93106 AATTTGAAAT-AGATAATTATTCAAATAGTCATAA
128 GATTTGAAATAAAATAATTGGTCAAATAGTCATAA
93140 TTATTTGAAA
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 51, Indels: 21
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 5 0.02
181 137 0.49
182 139 0.49
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (182 bp):
AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAAATTATTT
TATTCCGAACAAACTTATATGAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGAT
TTGAAATAAAATAATTGGTCAAATAGTCATAACTAATTAAACTAGTCAAGCC
Found at i:93133 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 93112--93144 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
93102 TAACAATTTG
93112 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
93128 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
93145 TGAAATAGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:93152 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 93107--93153 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
93097 GGTAATAACA
93107 ATTTGAAATAG-ATAATT
1 ATTTGAAATAGTATAATT
*
93124 A-TTCAAATAGTCATAATT
1 ATTTGAAATAGT-ATAATT
93142 ATTTGAAATAGT
1 ATTTGAAATAGT
93154 TTTGTAAACA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.32
17 1 0.04
18 7 0.28
19 9 0.36
ACGTcount: A:0.45, C:0.04, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (18 bp):
ATTTGAAATAGTATAATT
Found at i:93430 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 93173--95904 Score: 1957
Period size: 181 Copynumber: 15.1 Consensus size: 179
93163 ATAATTTTTT
* * * * * * *
93173 TGACTTTTTATTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * *
93238 ATTAATTTATTAATATTTTGACAATTAACAAGTGAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * * * *
93303 CAAGTTCAAATAGTCAAGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATAATTG
129 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * *
93354 TGACCTTCTATTTTGTAATAAAATAATTGTTTCAGTT-A-ACATAGACTTATTTGAAATAAAATA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCA-TTCATACA-AG-CTTATTTGAAATAAAATA
* ** * * * * * *
93417 GCT-CTAATTTATTAATATACCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAAAAATGAATCTGTTTATC
63 -ATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * *
93481 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAATAATTATCTATTTCAAAACATTA
126 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* ** * *
93535 TGACCATTTGTTTTGTCATAAAATAATTAGTTTTGTTCATGCAAGCTTATTTCAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-GTTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
*** * * ***
93600 A-TAAATTTATTAA-AACCCCAAAATTTAATAAATTAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTG
65 ACT-AATTTATTAATATTTCGAAAA-TTAAT-AAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* *
93662 AACACA-TT-TAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
127 AACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
** ** * *
93714 TGACAATTTGTTTTGTCATAAACCAATTATTTCTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * * * * *
93779 ATTAATTTATTAATATTTCTAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAATAATAAATTTTTTTACCGAG
65 ACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * *
93844 CAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATCTTTA
129 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
93895 TGATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCACACAAG-TGTATTTGGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCT-TATTTGAAATAAAATAA
* * * *
93959 TACTAATTTATTATTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCA
64 TACTAATTTATTAATATTTC-GAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * * * * *
94023 AATAAGTTTAAATAGTAATGTCCATTTGAACTATTGTTTATTTCAAATCGTTA
127 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * ** **
94076 TGACATTTTGTTTTGTTACAAAATAATTGTTTCTATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAAT
* * *
94141 A-TCAATTTATTACTATTTCGAAAATTAATAAG----GATTT-AAAAATAAATGTGTTTTCCGAA
65 ACT-AATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * * * *
94200 GCAA-TTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTCCAAATTATTC
129 -CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * ** * * * * *
94251 TAATCTTTTGTTTCATCAAAAAAATAATTATTTCAATTCATACATGCTTATTTGAAATATAGTAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * *
94316 TACTAATTTATTAAAATTTAGAAAATTAATAAG--AA-ATTTAAAAAA-AAATCTATTTACCGAA
64 TACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * *
94377 TAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTA
129 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * *
94428 TGACCTTTTTATTTTATCATAAAATAACTGTTTCAATACATAAAAG-TT-TTTCCAAAATAAAAT
1 TGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTT--GAAATAAAAT
* ** * * ** * * *
94491 AATATTGCTTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGTTTTAAAAAATAAATCA-ATTTAT
62 AATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTAC
* ** * * * * **
94555 CAAATTA-TTCAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTA
125 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * *
94609 TGAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATACAAGCCTATTTGGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTG--TTTCATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * **
94673 TACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAAT-A--AAAGATTTAAAAAGTTAATCTGTTCATTGAA
64 TACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAA
* * **
94735 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA
129 CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * **
94786 T-AGCCTTTTGTTATCTCATAAAACAATTATTTCTATTCACACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
1 TGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * *
94850 TACTAATATAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTG
64 TACTAATTTATTAATATTTC-GAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * * * * *
94914 AACTAGTTCAAATATTTAAGGCTATATGAACAATTCTTTATTTCAAATCGTTA
127 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * *
94967 TGACCTTTTGTTTTGTCGTAAAACAATTTTTTTCATTTCTTAGTAA-CTTA-TTCAGAATAAAGT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAA-TTGTTTCA-TTCATA-CAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * * *
95030 AAAACAAATTTATTAATATTTC-AAAACTTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAACAATTCA-GTTTG
62 AATACTAATTTATTAATATTTCGAAAA-TTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTA
* * * * **
95093 CCTAAC-CGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
124 CCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * * *
95148 TGTTCTTTTTATTTTGTCATAAAACAAATGTTT-TTGTACATATAAGTTTGTTT-AGAATAAAAC
1 TG-ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-T-CATACAAGCTTATTTGA-AATAAAAT
* * * * *
95211 AATATTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAGTAAA-ACTGTTTAC
62 AATACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATA-TGTTTAC
** * ** * * *
95275 TAAACCAGTTCATTTAGTTATAATTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATCATTA
125 CGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * ** *
95330 TGACCATTTGTATTGTCATAAAATAATTATTTCTGTTCATAC-AGTCTTATTCCAAATAAAGTAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTC-ATTCATACAAG-CTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * **
95394 TACTAATATATCAATATTTTG-AGATTAATAAGTAATAGATTTAAAAAATAAATCA-ATTGGCCT
64 TACTAATTTATTAATATTTCGAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACC-
* * * *
95457 GACCAA-TGCAAATAGTTATGACTGTTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
126 GAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTA
* * * * *
95510 TGACCTTTTGTTTTATCACAAAATAATTGTTTCATCACAAAACAATTGTTTCTATCTAT-ACTAG
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGTTTCAT-TC-ATACAA--G-CT-TAT-T-TGA--A-
* * *
95574 CTTATTTGAAATAATA-TAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAATTAATAAG---AGATTTAAAA
55 ---A--TAAAATAATACTAATT-TA--TTAAT-AT-TTCGAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAA
* * * * * * * *
95635 AATGAATCTGTTTATCAAACAAGTACAAATAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCTAAT
110 AATAAATATGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
*
95700 CACTA
175 CATTA
* * * * * *
95705 TAACCTTTTGTTTTGTCCTAAAACAAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCAAATAAAATTA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTGTTTC-ATTCATACAAGCTTATTTGAAATAAAATAA
* * * * * * *
95769 TACAAATTTATTACTA-TTCAAACAACTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTATTTATCG
64 TACTAATTTATTAATATTTCGAA-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * **
95833 AATATGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-CTTATTTCAAATTGTTA
127 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC-TATTTCAAATCATTA
* *
95886 TGACTTTTTGTTTTCTCAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCAT
95905 GACACAATTT
Statistics
Matches: 2021, Mismatches: 416, Indels: 228
0.76 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 71 0.04
176 108 0.05
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* * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * ** * *
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* * * *
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** * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* **
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* *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* *
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*
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98043 A
1 A
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* *
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*
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98044 TTATTTAATT
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* * *
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* ** *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * *
98623 GAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATTAAACAAGTTCAAATAGTTATGATT
129 GAGATTTGAAAAAATAAATCTATTTATGAAACAAGTTCAAATAGTCATGATC
** *
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* * *
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* ** ** * * * *
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127 AAGAGATTTGAAAAAATAAATCTA-TTTATGAAACAAGTTCAAATAGTCATGATC
* * * * *** *
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* * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* **
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1 TATTAAACAAGTTTAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGAACTT
* *
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* * *
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* *
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* * *
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TG
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* *
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* * * *
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* **
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*
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1 AAGTTCAAATAG-TATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAA-ATCATTATGACCTTTTTGTTT
* * * * * * **
102705 TGTCAGAAAGCAATTGGATCTATTCATGA-AAGCTTTTTTCAAATAAAATAATA-TAAATTTATT
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TAAGAAAACAATTGGATCAATTAATATAAATTATTAAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT
TTCAAAAATGAATTTGTTTATTGAAA
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* *
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*
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102879 TTT
1 TTT
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Statistics
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TTTAAATAGTTATGACTA
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102633 TTATTGAAAA
* *
102643 AGTTCAAATAGTTATGACTATCTAAACAATTATCTATTTCAACACATTT-TGACTTTTTGTTTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAA-A-TTTTATGAC-TTTTGTTTTG
* * ** * *
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63 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCAT-AAAGCTTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
* * * ****
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* *
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1 A-GTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATT-TTATGACT-TTTGTTTTG
* * ** * *
102888 TGATAAATCAATTGTTTCTGCTCATACAAAC-TTATTCAGAAT-AAATAATATTAATTTATTAAA
63 TCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTTATTCA-AATAAAATAATATTAATTTATTAAT
* * **
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* * * * * * *
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGA-CTTTTGTTTTGT
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* *
103130 TTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTAGCAA-AC
127 TTCTAAAAATTAATAAG-TA-AAATTT-AAAAATAAATCTATTTACCAAGAC
* * * * * * * *
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1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGA-CTTTTG--TT-
* * * **
103246 TTGTAAAATAATACCAATGATTTAGAATAATTGTTATTCATACAA-AATTATTCAAAATAAAATA
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* * * * * * *
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110 ATATTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAAATTT-AAAAATAAATCTATTT-ACCA
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172 A-GAC
* * * * * **
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1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTA-AACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGAC-TTTTGTTTTG
* * * ** * *
103437 TCATAAAATAATTGTTTC-AGCTCATACATGC-CAATTTGAAATATAATAATATTAATTTATTAA
63 TCATAAAACAATTGTTTCTA-TTCATA-AAGCTTTA-TTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAA
* * * * *
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125 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAA-AATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAGAC
* * * * * * *
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1 AGTT-C-AAA-TAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATGA-CTTTTGTTT
* * *
103609 TATCATAAAACAATTGTTTC-AGTGCATAAAAGC-TTATTCAAAATAAAATAATATT-ACTTATT
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* * *
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* * * * * *
103727 AGTTCTAATA-AT-TGCAGCCATTTAAATAACTATCTATTTCAAATCATTATGAAC--------T
1 AGTTCAAATAGTTATG-A-CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAAT-TTTATG-ACTTTTGTTTT
* * * * * * *
103782 -TCAT-AAACTAATTGTTTTTTTTTATCACACAAGC-GTATTCGAATTAAAATAAAACTAATTTA
62 GTCATAAAAC-AATTG--TTTCTAT-TCATA-AAGCTTTATTC-AAATAAAATAATATTAATTTA
* * * **
103844 CTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA-CATGTTTACTGA-AC
121 TTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTA--AAATTT-AAAAATAAATC-TATTTACCAAGAC
* * * * **
103901 TAGTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTATTATAACCTTTTTGTAAT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATT-TTATGA-C-TTTTGTTTT
* * * *
103966 G-CTATAAAACAATTATTTCTATTCATACAAG-TTTATTAAAAATAAAATAATACT-ATTGTAAT
62 GTC-ATAAAACAATTGTTTCTATTCATA-AAGCTTTATT-CAAATAAAATAATATTAATT-TATT
*
104028 AATATTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAA
123 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTAAAAA
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Statistics
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TAAAACAATTGTTTCTATTCATAAAGCTTTATTCAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTCT
AAAAATTAATAAGTAAAATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAGAC
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104053 AGATTTAAAA
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* *
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1 AATTAAATAT
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1 AATTAAATA
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Statistics
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AATTAAATAT
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**
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1 TAATAATTAATATAATAT
* *
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*
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Statistics
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TAATAATTAATATAATAT
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Period size: 279 Copynumber: 2.0 Consensus size: 279
105778 TATAATATTG
* *
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* * **
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* * * *
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* *
105983 TAATATTATATCTAAAAGTTATTCAATTTTTATTTTAATATTAATAGTTTAATAAGTTTATTAAA
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261 CAAGCACAAAATTGCTCAT
* * *
106067 ATAATTCTTTATGAGCAATTTTTCAATATGCATTTAGTTTTACTCTTAATTTTTCACACAGTTTT
1 ATAATTCTTTATGAGCAATTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAATTTTCCACACAATTTT
* *
106132 ATTTCTTAGTTTTTCGACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCCGTTGCCCTTTCTTAATTTG
66 ATTTCTTAGCTTTTCGACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCCGTTGCCCTTTCCTAATTTG
* *
106197 TCACATGGAAGGCTTTTTTCCTCTTCACCTACACATGATAAGGGCCTGTTAAAAGTTTAAATAAG
131 TCACATGGAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATAAGGGCCTGTTAAAAGTTTAAATAAC
* * * *
106262 TAATATTATATCTAAAAATTGTTTAATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAATTTTATTATA
196 TAATATTATATCTAAAAATTATTCAATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTAAA
106327 CAAGCAC
261 CAAGCAC
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Matches are distributed among these distances:
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ATAATTCTTTATGAGCAATTTTTCAATATACATTTAGTTTTACTCTTAATTTTCCACACAATTTT
ATTTCTTAGCTTTTCGACATGGTATGAGAGCCAGGACTTTCTTTCCGTTGCCCTTTCCTAATTTG
TCACATGGAAGGCTTCTTTCCTCTTCACCTACACATGATAAGGGCCTGTTAAAAGTTTAAATAAC
TAATATTATATCTAAAAATTATTCAATTTTTATTTTAATATTAATAATTTAATAAGTTTATTAAA
CAAGCACAAAATTGCTCAT
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107788 TTAAATATAT
* * * * *
107798 TTTTACTAGTTATATTTAATACTATAATATATATTAAT-TTTAAATATTAAATCTAATTTATTTA
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64 TAAT-A-TAAAATTAATTAAAAA
* * *
107884 TTTTACTTA-TTA-ATTTAAAATTAAAATAATTTTTATAATTAAATAATAATCTAATTTAATTAT
1 TTTTAC-TAGTTATATTTAAAACTAAAATAATATTAATAATTAAATAATAATCTAATTTAATTAT
*
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65 AATATAAAATTAATTAAAA
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Statistics
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TTTTACTAGTTATATTTAAAACTAAAATAATATTAATAATTAAATAATAATCTAATTTAATTATA
ATATAAAATTAATTAAAAA
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*
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1 TTTAAAATTAAAATAAT
107931 AATCTAATTT
Statistics
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*
107933 TCTAATTTAATTATAATA
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*
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1 TATAATTAATTATAATA
107968 TA
1 TA
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TATAATTAATTATAATA
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1 TAATTATAATATATAATCTAATT
* *
107962 AAAATATAATATA
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Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 3
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TAATTATAATATATAATCTAATT
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*
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AATATAAATTTTAAATATTA
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*
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1 TAAATATTAAA
108011 ACTAATATAT
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TAAATATTAAATT
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*
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108017 ATATATTGTT
Statistics
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TTTAAATTTAAATACTAAT
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* *
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*
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1 TAA
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*
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*
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Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 5
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ATAAATTAATTATTAATTATATTGTAATT
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109406 AATAGTTTTG
*
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* *
109455 TTATTAAACTAATATCTAATTAATTAT-TAATTAATT
1 TTATTAAACTAATATATAA-CAATTATATAATTAATT
109491 TATATCTAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 2
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 26 0.81
40 6 0.19
ACGTcount: A:0.45, C:0.07, G:0.01, T:0.47
Consensus pattern (39 bp):
TTATTAAACTAATATATAACAATTATATAATTAATTGAC
Found at i:110022 original size:25 final size:25
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Indices: 109976--110025 Score: 66
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
109966 TTTAGAATCG
109976 TAATTAAATATCATAATAAAATTAT
1 TAATTAAATATCATAATAAAATTAT
* *
110001 TAATTAAAATATTA-AATTAAATTAT
1 TAATT-AAATATCATAATAAAATTAT
110026 ATTTGATCTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 15 0.68
26 7 0.32
ACGTcount: A:0.56, C:0.02, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
TAATTAAATATCATAATAAAATTAT
Found at i:110290 original size:10 final size:11
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Indices: 110269--110308 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 3.9 Consensus size: 11
110259 ATGTTTAACA
*
110269 TAATTCATAAT
1 TAATTAATAAT
110280 TAATT-ATAAT
1 TAATTAATAAT
110290 TAATTAATAA-
1 TAATTAATAAT
110300 T-ATTAATAA
1 TAATTAATAA
110309 ACAAATAATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.53, C:0.03, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (11 bp):
TAATTAATAAT
Found at i:112520 original size:181 final size:180
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Indices: 112195--112893 Score: 634
Period size: 181 Copynumber: 3.9 Consensus size: 180
112185 CAAAAAATTA
* * * * * * * *
112195 TAAGAGATTTAGAAAATAATTTTATTTACCGAACCAGTTCAAATAATTGTAACTATTTGAACAAT
1 TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * * * * *
112260 TATTTATTTCAAATCATTATTACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAAGACAAGT
66 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTCTATTCATACAAGC
* * * *
112325 TTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATTAG
130 TTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAG
* * * * *
112376 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTACCAAACCATTTCAAATAGTTTTGACTATTTGAATAAT
1 TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
** * * * * **
112441 TATCTATTTCAAATTGTTATAACCTTTTATTTTGTCATTAAACAATTGGTTCTATTCATGCTATT
66 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTCTATTCATACAAGC
* * * * * *
112506 TTATTTAGAATAAAATAATATTAATTTAATAATATTTTGAAACTTAATAAC
130 TTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAG
* * * * **** * * * * *
112557 CAAGAAAATTAAAAAATAAATCTAATTGTTGAACCAGTTAAAATAGTTACGACAATATGAATGAT
1 TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * * ** * * *
112622 TATCTATTTTAAATTATTATGA-C--TTCTTTTGTTGTAAAACAATTGTTTTGTTCGTACAAGCT
66 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCT
* * * *
112684 TATTCTGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTTA-CAAATTAATAAG
131 TATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATA-TTTAGAAAATTAATAAG
* * * * **
112734 TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CAAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAAAATAAT
1 TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
* * * *
112798 TATCTATTTAAAATCATTCTAACCTTTTGTTTAGTTATAAAACAATTGTTCTAGTTCATACAAGC
66 TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTA-TTCATACAAGC
* *
112863 TTATTCAGAATAAATTAACAATAATTTATTA
130 TTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTA
112894 GCATTCCAAA
Statistics
Matches: 407, Mismatches: 105, Indels: 13
0.78 0.20 0.02
Matches are distributed among these distances:
176 43 0.11
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182 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAAT
TATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTCTATTCATACAAGCT
TATTCAGAATAAAATAATAATAATTTATTAATATTTAGAAAATTAATAAG
Found at i:113399 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 112932--113424 Score: 471
Period size: 181 Copynumber: 2.7 Consensus size: 180
112922 GAATTTGTTT
* * * *
112932 ACCATTTGAACAATTTTCTA-TTTCAAATCATTATA-AC-CTTTTGATTTGTCATAAAACAATTA
1 ACCATTTGAACAATTATC-AGTTTCAAATCATTA-AGACTC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTG
* ***** *
112994 TTTAAGTTA--ATACAAGCTTAGAGGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAA-T
63 TTT--CTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-CAAAAATT
* *
113056 AATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATTTGTTTACCGAATCAATTAAAATACTTATG
125 AATAAGTAAGAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTAAAATACTTATG
* *** * * * * * *
113112 CCCATTTGAGTGATTATCTGTTTCAAATTATTATGACCTTTTTGTTTTATCATAAAATATTTGTT
1 ACCATTTGAACAATTATCAGTTTCAAATCATTAAGA-CTCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTT
* * *
113177 TTTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATATTACTAATTTTTTAATATTTCAAAAATTAATAA
65 TCTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* ** * * *
113242 GTAAGAGATTTAAAAAAAATAAATATGTTTATTGAACCAGTTCAAATAGTTATG
130 GTAAGAAATTT---AAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTAAAATACTTATG
* *
113296 ACTATTTGAACAATTATCAGTTTCAAATCATTAAGA-TCTTTGTTTTTTCATAAAACAATTGTTT
1 ACCATTTGAACAATTATCAGTTTCAAATCATTAAGACTCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * ** * *
113360 CTTATTATAGAAGCTTATTC-AGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAATTTAATAA
66 CTTATCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
113424 G
130 G
113425 GGAATTAAAA
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 52, Indels: 20
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
179 3 0.01
180 31 0.12
181 78 0.31
182 77 0.31
184 61 0.24
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
ACCATTTGAACAATTATCAGTTTCAAATCATTAAGACTCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
CTTATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
TAAGAAATTTAAAAATAAATATGTTTACCGAACCAATTAAAATACTTATG
Found at i:113755 original size:28 final size:25
Alignment explanation
Indices: 113697--113788 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 3.7 Consensus size: 25
113687 AAATTCAATT
* *
113697 TATTAATA-TAGAATTA-ATTAATAG
1 TATTAATATTATAATTATA-TAATAA
113721 TAATTAATATTGATAATTATAATACATAA
1 T-ATTAATATT-ATAATTAT-ATA-ATAA
*
113750 TATTAATATT-T-AGT-TATAATAA
1 TATTAATATTATAATTATATAATAA
113772 TATTAATATTATAATTA
1 TATTAATATTATAATTA
113789 AGTATTGGGA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 4, Indels: 17
0.72 0.05 0.22
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.25
23 4 0.07
24 4 0.07
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28 11 0.20
29 5 0.09
ACGTcount: A:0.49, C:0.01, G:0.04, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
TATTAATATTATAATTATATAATAA
Found at i:114505 original size:180 final size:181
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Indices: 114096--114767 Score: 731
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 181
114086 TATTAAATCT
* * * * *
114096 CTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATATGAACA
1 CTTATTAATTTTTCATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAGA
* * * * *
114160 AAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAG
66 AAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAG
* * * * * * *
114225 CCTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATCA
130 GCATAACTATTTAAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAA
* * * * *
114277 GTTATTAA-ATTTCATAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAGA
1 CTTATTAATTTTTCATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAGA
* * *
114341 TAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGA-TTGAAAATATATAATTGTTTAAATA
66 -AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTG-AAATAGATAATTGTTTAAATA
*
114405 GGCATAACTATTTAAATTGATTCAATAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCCT-A
129 GGCATAACTATTTAAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-CTAA
* * * *
114457 CTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATGA
1 CTTATTAATTTTTCATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAGA
114521 AAAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
66 AAAAA--ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
* * ** *
114585 -GGTCATAATTATTTAAACTGATTCGATAAACTTATTTATGTTTTAAATCTCTAA
128 AGG-CATAACTATTTAAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAA
* * *
114639 CTTATCAATTTTT-ATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTCAGATAAGCTTT-TATGAA
1 CTTATTAATTTTTCATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGA-ATAAG-TTTGTATGAA
* * * * * * *
114701 TTG-AAACAA-TGCTTTTATGATAAAATATAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAA
64 --GAAAAAAATTG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
114764 ATAG
126 ATAG
114768 TCAAAAATAT
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 55, Indels: 39
0.82 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
179 4 0.01
180 78 0.19
181 261 0.63
182 66 0.16
183 6 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CTTATTAATTTTTCATAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAGA
AAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGG
CATAACTATTTAAATTGATTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAA
Found at i:114760 original size:362 final size:361
Alignment explanation
Indices: 114096--114767 Score: 845
Period size: 362 Copynumber: 1.9 Consensus size: 361
114086 TATTAAATCT
*
114096 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATATGAACAA
1 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATATGAACAA
*
114161 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGC
66 AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
* * * * * * * * *
114226 CTTAACTATTTGAATTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATCAGTTATTAAATTTCA
131 CATAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAAATTTCA
* * * * * *
114291 TAATATTACTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGTTTGTATGAAGATAAATAATTGTTTTA
196 TAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTAGAATAAGTTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTA
* * *
114356 TGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTGAAAATATATAATTGTTTAAATAGGCATAACTATTTAAA
261 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGGCATAACTATTTAAA
114421 TTGATTCAATAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCCTA
326 TTGATTCAATAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCCTA
* * **
114457 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAGGCTTGTATGATG-A
1 CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACA-AATT-TAT-ATGAA
* * *
114521 -AAAAACGA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAA
63 CAAAAAC-ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA
* * * ** * *
114584 TGGTCATAATTATTTAAACTGATTCGATAAACTTATTTATGTTTTAAATCTCTAACTTATCAATT
127 TAGCCATAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAAAT
* *
114649 TTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAG-ATAAGCTTT-TATGAA-TTGAAACAA-
192 TTCATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTT-AGAATAAG-TTTGTATGAAGAT-AAACAAT
* * * * **
114710 TGCTTTTATGATAAAATATAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAG
254 TG-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAG
114768 TCAAAAATAT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 42, Indels: 15
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
361 50 0.19
362 199 0.76
363 9 0.03
364 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
CTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAACAAATTTATATGAACAA
AAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
CATAACTATTTAAACTGATTCGATAAACAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAAATTTCA
TAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTAGAATAAGTTTGTATGAAGATAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTGAAAATAGATAATTGTTCAAATAGGCATAACTATTTAAA
TTGATTCAATAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCCTA
Found at i:114970 original size:157 final size:156
Alignment explanation
Indices: 114646--114970 Score: 368
Period size: 157 Copynumber: 2.1 Consensus size: 156
114636 TAACTTATCA
* *
114646 ATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCTTTTATGAATTGAAACAAT
1 ATTTTTA-AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCATGTATGAATTGAAACAAT
* * * *
114711 GCTTTTATGATAAAATATAAGGTCATAATGATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAAT
65 GATTTTATGATAAAATATAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAAT
* ** * * * *
114776 ATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTT
130 ATTTAAACTAATTCAGCAAACACATTT
* * * *
114803 TTTTTCTAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAGTAAGCATGTATGAGTTGAAGCAA
1 ATTTT-TAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGA-TAAGCATGTATGAATTGAAACAA
* * * **
114867 TTATTTTATGACTAAACA-A-AAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATTATTATTCTAATAGTCTTA
64 TGATTTTATGA-TAAA-ATATAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAA
*
114930 ACTATTTAAACTAATTCAGCAAACACATTT
127 AATATTTAAACTAATTCAGCAAACACATTT
114960 ATTTCTTAAAT
1 ATTT-TTAAAT
114971 CCTTACTTAT
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 24, Indels: 10
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
156 2 0.01
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Consensus pattern (156 bp):
ATTTTTAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAGATAAGCATGTATGAATTGAAACAATG
ATTTTATGATAAAATATAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAAATA
TTTAAACTAATTCAGCAAACACATTT
Found at i:117261 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 117238--117276 Score: 53
Period size: 12 Copynumber: 3.3 Consensus size: 12
117228 AAATATTATA
117238 TAAT-TAATAAT
1 TAATCTAATAAT
* *
117249 TAATTTTATAAT
1 TAATCTAATAAT
117261 TAATCTAATAAT
1 TAATCTAATAAT
117273 TAAT
1 TAAT
117277 ATTTTGAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.17
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Consensus pattern (12 bp):
TAATCTAATAAT
Found at i:117296 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 117239--117296 Score: 64
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
117229 AATATTATAT
*
117239 AATTAATAATTAATTTTATAATT
1 AATTAATAATTAATTTTATAATA
117262 AATCTAATAATTAATATTT-TGAATA
1 AAT-TAATAATTAAT-TTTAT-AATA
*
117287 AATTATTAAT
1 AATTAATAAT
117297 ATTAGTAATA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 5
0.81 0.05 0.14
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.02, T:0.48
Consensus pattern (23 bp):
AATTAATAATTAATTTTATAATA
Found at i:117316 original size:23 final size:22
Alignment explanation
Indices: 117290--117333 Score: 70
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
117280 TTGAATAAAT
117290 TATTAATATTAGTAATAATATTA
1 TATTAATATTAGTAAT-ATATTA
*
117313 TATTAATATTATTAATATATT
1 TATTAATATTAGTAATATATT
117334 TAATAATCCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
22 5 0.25
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Consensus pattern (22 bp):
TATTAATATTAGTAATATATTA
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Indices: 118222--118443 Score: 340
Period size: 120 Copynumber: 1.9 Consensus size: 120
118212 TTTACTAAAC
* **
118222 AAGTTCAAATAGTTATGGCTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTATGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTATGTTTTG
118287 TCATAAAACAATT-TTTTCTATTCATACAAA-CTTATTTCAAATCTATTTACCGAGT
66 TCATAAAACAATTATTTT-TATTCATA-AAAGCTTATTTCAAATCTATTTACCGAGT
* * * *
118342 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTATGTTTTG
*
118407 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTT
66 TCATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTT
118444 GGATTAAAAT
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 8, Indels: 4
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
119 3 0.03
120 85 0.92
121 4 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (120 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCACTATGACCTTATGTTTTG
TCATAAAACAATTATTTTTATTCATAAAAGCTTATTTCAAATCTATTTACCGAGT
Found at i:118869 original size:180 final size:175
Alignment explanation
Indices: 118342--118872 Score: 571
Period size: 180 Copynumber: 2.9 Consensus size: 175
118332 TTTACCGAGT
* * *
118342 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCG
* * * *
118407 TCATAAAACAATTATTTTTGTTCATAAAAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTAATTTATTAATA
66 TCATAAAA-AATT-GTTTCGTTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATA-TAATTTA-TAATA
* * *
118472 TT-TCAATAATTAATAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATATTTATCAAAT
127 TTCT-AAAAATTAATAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* * * * * *
118522 AAATTCAAATAGTAATAACTATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGATCTTTTGTTTCG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCG
* * * * * * *
118587 TCATAAAAAATTGTATCAATTTATATAGGCTTA-TTTGAAATAAAACAATACTAACTTATCAATA
66 TCATAAAAAATTGTTTC-GTTCATAAAAGCTTATTTTG-AATAAAATAATA-TAATTTAT-AATA
* * * *
118651 TTCAAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGTCAAAC
127 TTCTAAAAATTAAT-AGTAA-AAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
* ** * * *
118702 AAGTTCAAATATTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTTGAATCATTAAGACCTTTTATTTGG
1 AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCG
*
118767 TCATAAAATAATTGTTTACGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTACTAATA
66 TCATAAAA-AATTGTTT-CGTTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATAT-AATTTA-TAATA
**
118832 TTCTAAGGATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTAT
127 TTCTAAAAATTAAT-AGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTAT
118873 ATTAGTATTA
Statistics
Matches: 287, Mismatches: 53, Indels: 22
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
178 6 0.02
179 46 0.16
180 174 0.61
181 55 0.19
182 6 0.02
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTCG
TCATAAAAAATTGTTTCGTTCATAAAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAATTTATAATATTCT
AAAAATTAATAGTAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCAAAC
Found at i:119885 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 119815--119887 Score: 76
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119805 TAAAAAAGTT
*
119815 TAATAGTATTTATATATTATATTATAATAATT
1 TAATA-TATTTATATATTATATTATAATAATA
* *
119847 TAAATATATTTTTACTAGTTATATT-TAATACTA
1 T-AATATATTTATA-TA-TTATATTATAATAATA
119880 TAATATAT
1 TAATATAT
119888 ATTAATTTTA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TAATATATTTATATATTATATTATAATAATA
Found at i:120133 original size:16 final size:17
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120102 TAACAATTTG
120112 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
120128 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
120145 TGAATTTATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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AAATAGCATAATTATTC
Found at i:120294 original size:67 final size:67
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120207 AATTAGTATT
* * *
120217 ATTTTATTTCAGATAAACTTATACATTCAAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTACTAA
1 ATTTTATTTCAAATAAACTTATACATTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAA
120282 CA
66 CA
* * ** * * *
120284 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGTAATAA
1 ATTTTATTTCAAATAAACTTATACATTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAA
120349 CA
66 CA
120351 ATTT
1 ATTT
120355 AAAATAGATA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 10, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTTATTTCAAATAAACTTATACATTCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAAGTAATAA
CA
Found at i:120872 original size:176 final size:174
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120275 GTACTAACAA
* * * * **
120285 TTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGT-AATAA
1 TTTTATCTGAAATAAGCTTGTATGAT-AAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA-AA
* *** * * *
120349 CAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAAGTCAGTAAACTTATTTA
64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAA-TCGGTAAAC-AATTTA
*
120414 TTTTTTAAATCTC--TTAATTTTCAAAATATTAAGAAATGTAGTATTA-
127 TTTTTTAAATCTCTATTAATTTTCAAAATATTATGAAAT-TAGTATTAT
* * * * * ** *
120460 TTTTATTTTG-GATATA-CTTTTGTGA-ACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAATTCAC
1 TTTTA-TCTGAAATA-AGCTTGTATGATA--AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAA
* * * * * ** *
120522 AACGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAATTATAACTATTTAAACTTGTTCGATAAACGAATT
62 AACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAAC-TAATCGGTAAAC-AATT
* ** *
120587 TAGTTTTTCAAATATCCTGCTTATTAATCTTTCAAAAGCTAAT-AAATTAGTATTAT
125 TA-TTTTT-TAA-AT-CT-C-TATTAAT-TTTCAAAATATTATGAAATTAGTATTAT
* * ** **
120643 TTTCTTTC-G-AATAAGCTTGTATAAATTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAAAA
1 TTT-TATCTGAAATAAGCTTGTAT-GATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAA
* * *
120706 CAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCATAACTATTTGAACTAATCGGCAAACACATTTAT
64 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAATCGGTAAACA-ATTTAT
120771 TTTTTAAATCTCATATTAATTTTCAAAATATTATGAAATTAGTATTAT
128 TTTTTAAATCTC-TATTAATTTTCAAAATATTATGAAATTAGTATTAT
* * * * * *
120819 TTTTATCT-AAATCAGCTTATATGATAAAATACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAAT
1 TTTTATCTGAAATAAGCTTGTATGATAAAA-ACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAAC
* * * *
120882 GATTTGAGATTA-ATATTTATTCAAATAGTCATAACTATT
65 AATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATT
120921 AGAACTGCTT
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 78, Indels: 52
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
173 1 0.00
175 147 0.41
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183 14 0.04
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ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (174 bp):
TTTTATCTGAAATAAGCTTGTATGATAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAACA
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAACTATTTAAACTAATCGGTAAACAATTTATTTT
TTAAATCTCTATTAATTTTCAAAATATTATGAAATTAGTATTAT
Found at i:121456 original size:176 final size:174
Alignment explanation
Indices: 120284--121522 Score: 718
Period size: 176 Copynumber: 7.0 Consensus size: 174
120274 AGTACTAACA
* * * *
120284 ATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG--TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAGGT-AA
1 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAATG--AAACAATTGTTTTATGACAAAA--AAAGATCAA
** * * * * * ** * **
120346 TAACAATTTAAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTAAGTCAGTA-AACTTA
62 -AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT--GTTTGGATAACAGA
* *
120410 TTTATTTTTTAAATCTC---TTAATTTTCAAAATATTAAGAAATGTAGTATT
124 TTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT-TAGTATT
* **** * * * * * * *
120459 ATTTTATTTTGGATATA-CTTTTGTGAACTAAAACAATTATTTTATGACAAAAGAAAAATTCACA
1 ATTTTAATCCAAATA-AGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGA-TCAAA
* * * * * * * *
120523 ACGATTTTAAATAGATAATTGTTGAAATAATTATAACTATTTAAACT-TGTTCGATAA-ACGAAT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT-TTGGATAACA-G-AT
* * **
120586 TTAGTTTTTCAAATATCCTGCTTATTAATCTTTCAAAA-GCTAATAAATTAGTATT
125 TTA-TTTTT-TAA-AT-CT-CTTATTAAT-TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
** * * * * *
120641 ATTTTCTTTCGAATAAGCTTGTAT-AAATTGAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAAA
1 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAA-TGAAACAATTGTTTTATGA-CAAA-AAAAGATCAAA
** * * ** * *
120705 ACAATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAATCATAACTATTTGAACTAATCGGCA-AACACATTT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGG-ATAACAGATTT
* *
120769 ATTTTTTAAATCTCATATTAATTTTCAAAATATT-ATGAAATTAGTATT
127 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAAT-AAATTAGTATT
* * * * *
120817 ATTTTTATCTAAATCAGCTTATATGATAA--AATACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATA
1 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGA-AATGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGATCAAA
* * * * * * *
120880 ATGATTTGAGATTA-ATATTTATTCAAATAGTCATAACTATTAGAACTGCTTTGAAAAATAGCTT
63 ATGATTTGA-AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGATAACAGATT
* * * * *
120944 CAGTTTTTAAATCTCTTGCCTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT
126 TATTTTTTAAATCTC-T---TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* ** * * * * * ** *** *
120997 ATTTTATTTTAGATAAGTTTTTTATTAACTGAAGTAATTGTTTTATGACAAAAAATTTTTTAAAA
1 ATTTTAATCCAAATAAG-CTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAA-AGATCAAAA
* * * * * * * * * *
121062 TAATTTTAAACAGATAATTGTTTAAATGGTTATATCTATTTGAAATTGTTTAG-TAAACAGATTT
64 TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGTTTGGAT-AACAGATTT
* ** * *
121126 ATTTTTTTAAATCTCTTGCTTTAATTTTTTTAATGTTAATAAATTGGTATT
127 A-TTTTTTAAATCTCTT--ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * ** *
121177 ATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACTGAAATAATTGTTTTACAACTAAACAAAAGGAT-AGA
1 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGAC-AAA-AAAA-GATCAAA
** * * * **
121241 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCTGATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCTAGCATTTTT
63 ATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTGGATAACAGATTT
* * *
121306 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATC
127 ATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
* * * **
121354 ATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAAAGGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTAT
1 ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAGATCAAAAT
* * * *
121419 GATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTT-AATAAATAGATTTA
65 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-TTTGGAT-AACAGATTTA
*
121483 GTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
128 TTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
121523 CAAAATTATT
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 190, Indels: 115
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 1 0.00
174 7 0.01
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178 7 0.01
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184 9 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
ATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAGATCAAAATG
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTGGATAACAGATTTATTT
TTTAAATCTCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT
Found at i:121821 original size:319 final size:314
Alignment explanation
Indices: 121244--121830 Score: 648
Period size: 319 Copynumber: 1.9 Consensus size: 314
121234 GGATAGAATG
* * * * * **
121244 ATTTGAAATAGATAATTATTCTGATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCTAGCATTTTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCGGCTAACAAATTTATT
*** * * *
121309 TTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTAATCCGAATAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATCATTTTAATCCGAATAAACTT
* * * * * *
121374 GTATGAAAGGAAACAATTGTTGTATGACAAAATAAAGATCATTATGATTTGAGATAGATAATTGT
131 GTATGAAAGGAAACAATTGTTGTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTAGAAATAAAAAATTGT
* * * * * ** **
121439 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTAATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTATTAAT
196 TCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAATATAATAAATAGATTCAATTAATAAATCGATTATTAA-
*
121504 TTTTAAAATATTAATAAATCAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
260 TATTAAAATATTAATAAATCAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
* * * *
121559 ATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCGG-TAAACAAATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCGGCT-AACAAATTTAT
* * **
121623 TTTTTAAATCTACTACTTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTTGAATA
65 TTTTTAAA--T-CT-CTTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATCATTTTAATCCGAATA
* *
121688 AACTTGTATGAGTA-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTAGAAATAA
126 AACTTGTATGA-AAGGAAACAATTGTTGTATGACAAAA-AAAAGATCATAA-TGATTAGAAATAA
* *
121751 AAAATTGTTCAAACAGTTATAACTATTTGAGCTTAATAATAATTAAATA-A-TCAATTAAT-AAT
188 AAAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAAC-TAAT-ATAA-TAAATAGATTCAATTAATAAAT
121813 -GATTATTAATATTAAAAT
250 CGATTATTAATATTAAAAT
121831 TAATTATTAA
Statistics
Matches: 220, Mismatches: 41, Indels: 19
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
314 1 0.00
315 59 0.27
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (314 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCGGCTAACAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTAATTTGCAAAATATTAATAAAGTAGTATCATTTTAATCCGAATAAACTT
GTATGAAAGGAAACAATTGTTGTATGACAAAAAAAAGATCATAATGATTAGAAATAAAAAATTGT
TCAAACAGTCATAACTATTTGAACTAATATAATAAATAGATTCAATTAATAAATCGATTATTAAT
ATTAAAATATTAATAAATCAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACA
Found at i:121826 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 121804--121847 Score: 65
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121794 TAAATAATCA
*
121804 ATTAATAA-TGATTATTAAT
1 ATTAATAATTAATTATTAAT
121823 ATTAA-AATTAATTATTAAT
1 ATTAATAATTAATTATTAAT
121842 ATTAAT
1 ATTAAT
121848 TATCTAATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.09
19 20 0.91
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ATTAATAATTAATTATTAAT
Found at i:121838 original size:13 final size:13
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Indices: 121817--121850 Score: 52
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121807 AATAATGATT
121817 ATTAA-TATTAAA
1 ATTAATTATTAAA
*
121829 ATTAATTATTAAT
1 ATTAATTATTAAA
121842 ATTAATTAT
1 ATTAATTAT
121851 CTAATAATCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
12 5 0.25
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Consensus pattern (13 bp):
ATTAATTATTAAA
Found at i:121863 original size:21 final size:21
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Indices: 121839--121878 Score: 62
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121829 ATTAATTATT
*
121839 AATATTAATTATCTAATAATC
1 AATATTAATTATATAATAATC
*
121860 AATATTTATTATATAATAA
1 AATATTAATTATATAATAA
121879 AACAATAAGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.05, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
AATATTAATTATATAATAATC
Found at i:122499 original size:285 final size:285
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Indices: 121983--122839 Score: 1669
Period size: 285 Copynumber: 3.0 Consensus size: 285
121973 TAATATATAG
*
121983 TTTTATTAATAATTAGATTAATATTATTTTATTTGATATTTTAAATTATTAATAATTGTTTTATG
1 TTTTACTAATAATTAGATTAATATTATTTTATTTGATATTTTAAATTATTAATAATTGTTTTATG
122048 AGAAAACAAAGATCATAAACTATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
66 AGAAAACAAAGATCATAAACTATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
122113 GGTTTGAAAATAGCTTTAGTTTCTAAATATCTTGCTTATTAATTTGTGAAATATTAGTAAGGTAG
131 GGTTTGAAAATAGCTTTAGTTTCTAAATATCTTGCTTATTAATTTGTGAAATATTAGTAAGGTAG
122178 TATTATTTTATTTCGTATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTC
196 TATTATTTTATTTCGTATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTC
122243 ATAATGATTTTAAATAAAAAAATTA
261 ATAATGATTTTAAATAAAAAAATTA
122268 TTTTACTAATAATTAGATTAATATTATTTTATTTGATATTTTAAATTATTAATAATTGTTTTATG
1 TTTTACTAATAATTAGATTAATATTATTTTATTTGATATTTTAAATTATTAATAATTGTTTTATG
122333 AGAAAACAAAGATCATAAACTATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
66 AGAAAACAAAGATCATAAACTATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*
122398 GGTTTGAAAATAGCTTTAGTTTCTAAACATCTTGCTTATTAATTTGTGAAATATTAGTAAGGTAG
131 GGTTTGAAAATAGCTTTAGTTTCTAAATATCTTGCTTATTAATTTGTGAAATATTAGTAAGGTAG
122463 TATTATTTTATTTCGTATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTC
196 TATTATTTTATTTCGTATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTC
122528 ATAATGATTTTAAATAAAAAAATTA
261 ATAATGATTTTAAATAAAAAAATTA
122553 TTTTACTAATAATTAGATTAATATTATTTTATTTGATATTTTAAATTATTAATAATTGTTTTATG
1 TTTTACTAATAATTAGATTAATATTATTTTATTTGATATTTTAAATTATTAATAATTGTTTTATG
122618 AGAAAACAAAGATCATAAACTATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
66 AGAAAACAAAGATCATAAACTATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* *
122683 GGTTTGAAAATAGCTTTAGTTTCTAAATATCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAG
131 GGTTTGAAAATAGCTTTAGTTTCTAAATATCTTGCTTATTAATTTGTGAAATATTAGTAAGGTAG
122748 TATTATTTTATTTCGTATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTC
196 TATTATTTTATTTCGTATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTC
*
122813 ATAATGGTTTTAAATAAAAAAATTA
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1 TT
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AGAAAACAAAGATCATAAACTATTTGAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACT
GGTTTGAAAATAGCTTTAGTTTCTAAATATCTTGCTTATTAATTTGTGAAATATTAGTAAGGTAG
TATTATTTTATTTCGTATAAGTTTTTATGAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTC
ATAATGATTTTAAATAAAAAAATTA
Found at i:123111 original size:182 final size:180
Alignment explanation
Indices: 122606--124611 Score: 1572
Period size: 181 Copynumber: 11.2 Consensus size: 180
122596 AATTATTAAT
** * * * * *
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* * * * * *
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* * *** * * *
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* * * * * * * *
122786 AATTGTTTTATTACAAAATAAAAGGTCATAATGGTTTTAAATAAAAAAATTATTCAAATAGTCA-
1 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
122850 AATCTATTTGAAATTGTTCAGTAAACATATTTATATTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTCA
65 AA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * *
122915 AATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACTAAAAT
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* * * * * * ** *
122969 AATTATTTTATGACTAAAC-AAAGGTTAGAATGATTTAAAATAGATAACTATTCTGATAGTCTTA
1 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
*
123033 ACTATTTGAA-TTGGTTCAGCAAACATATTTATTTTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
66 ACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * *
123097 AATATTATTAAATTAGTATTATTTTA-ACTGAATAAGCATGTATGAAAAGAAAC
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAC
* * *
123150 AACTGTTTTATGAC-AAA-ATAAAGATCATAATGATTT-AAGATAGATAATTGTTCAAATAATCA
1 AATTGTTTTATGACTAAACA-AAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * *
123212 TAACTAATTGAACTGTTTTCA-TAAATAGATTTAGTTTTTAAA--TCTT--TTATTAA-TTTTCA
64 TAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * *** ** **
123271 AATATTAATAGATCAATATTATTTTATTTT-GCCAATTTTACATGAAT---A-
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAC
* ** * ** *
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1 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
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66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AA
* * * * *
123448 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTACGAATTGAAAC
130 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC
** * *
123500 AATTGTTTTATGA-TAAAACAAAATATCATAACT-ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAACAGTCA
1 AATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
123563 TAACTATTTGAACTTGTAT-GGTAAACATATTTATTTTTTTAACTCTTTTACTTATCAATTTTTG
64 TAACTATTTGAACTTGT-TCAGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG
* * * ** * * *
123627 GAATATT--T-TACTAGTACCATTTT-TTTCAAATACGCTTGTATGAACAAAAAC
127 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC
* * * * * *
123678 ATTTGGTTTAT-AATGAAACAAAAGGTCATAACT-ATTCGAAAAAGATAATTGTTCAAATAGTTA
1 AATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * ** * * * *
123741 TAACTATTTGAACATATTTAAAAAAAAAATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTACTAATTTTTGAA
64 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
** * *
123805 ATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAACTTGTATGAATATGAAC
129 ATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAC
* * * *
123858 GATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
123923 ACTATTTGAACTTGTTCA--AAAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTATTTTTTGGA
66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * *
123986 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATCCTATATGAATTGATAC
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC
* * * * * *
124039 AATTGTTTTAGGACGAAACAAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTACTT-AAATAGTTA
1 AATTGTTTTATGACTAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-GTTCAAATAGTCA
* * * ** * *
124103 TGACTATTTGAACTTATTC-GATAAATATATTTATTTTAAAAATCTTTTACTTATTAATTATTGA
64 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
* * * **
124167 AATATTAAAAAATTAATATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGGAGA-AAAAC
128 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTAT-GA-ATAAAAC
* * * *
124221 AATTGTTTTATGA-TAAAACAAAATGTCATAATGGTTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTAT
1 AATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
124285 GACTATTTGAACTTATTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAAATGTCT-AA
65 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTTGAA
* * * * * *
124349 ATATTAATAAATTTGTATAATTTTCTTTGAAAT-AGCTTGTATGAGTAGAAAA
129 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAC
* * * * *
124401 AATTATTTTATGACAAAATAAAAGATCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
1 AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * *
124466 ACTATTTGAACTTGTT-TG-AAAAATAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATT--GTTTTAAG
66 ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATA-TTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-
* * * * *
124527 AATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAATAAGCTTTTACGAACAAAAAC
128 AATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAA-TAAAAC
* * *
124581 AATTGCTTTGTGA-TAAAATAAAAGGTCATAA
1 AATTGTTTTATGACT-AAACAAAAGGTCATAA
124612 CTATTTGCAT
Statistics
Matches: 1448, Mismatches: 301, Indels: 154
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 16 0.01
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Consensus pattern (180 bp):
AATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAC
Found at i:124764 original size:146 final size:145
Alignment explanation
Indices: 124493--124757 Score: 308
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124483 GAAAAATAGT
124493 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTGTTTTAAGAATATTAATAAATTAGATTTATGTTATTTCA
1 TTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTGTTTTAAGAATATTAATAAATTAGATTTATGTTATTTCA
* * * * * *
124558 AATAAGCTTTTACGAACAAAAACAATTGCTTTGTGATAAAATAAAAGGTCATAACTATTTGCATT
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131 GGTCAGGCCAACAGA
* *
124638 TTCATTTTTTAAATC-CATTACTTA-TGAATTTTCAA-AATATTAATACATTAGCA-TTACT-TT
1 TTCATTTTTTAAATCTC-TTACTCATTG--TTTT-AAGAATATTAATAAATTAG-ATTTA-TGTT
* * * **
124698 ATTTCGAATAAGAC-TGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATTATCATAA
60 ATTTCAAATAAG-CTTGTACGAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAA
124758 TGATTTGAAA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 13, Indels: 13
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Matches are distributed among these distances:
144 3 0.03
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ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.09, T:0.39
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TTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTGTTTTAAGAATATTAATAAATTAGATTTATGTTATTTCA
AATAAGCTTGTACGAACAAAAACAATTACTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGCATT
GGTCAGGCCAACAGA
Found at i:124920 original size:182 final size:181
Alignment explanation
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124622 TGGTCAGGCC
* *
124632 AACAGATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATGAATTTTCAAAATATTAATACATTAGCATTACTT
1 AACAGATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATGAATTTTCAAAATATGAATACATTAACATTACTT
* * * * *
124697 TATTTCGAATAAGACTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATTA-TCATAATGA
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*
124761 TTTGAAATAAATAATTGTTTAAATACTTATAACTAACTGAACTGGTTTAGTA
130 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTTATAACTAACTGAACTGGTTTAGTA
* * * ** * *
124813 AACAGATTTATTTTTTCAAATCTC-TTACTTCTTAATTTTCAAAATATGAATTGATTAATATTAT
1 AACAGATTCATTTTTT-AAATC-CATTACTTATGAATTTTCAAAATATGAATACATTAACATTAC
* * * * *
124877 TTTATTCCAAACAA-ACTTATATGAATAAAAACATTTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGTCATAAT
64 TTTATTCCAAACAAGAC-TATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAT
*
124941 GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
128 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATA
124968 ATCATAATTA
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 7
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
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AACAGATTCATTTTTTAAATCCATTACTTATGAATTTTCAAAATATGAATACATTAACATTACTT
TATTCCAAACAAGACTATATGAACAAAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGAT
TTGAAATAAATAATTGTTCAAATACTTATAACTAACTGAACTGGTTTAGTA
Found at i:125486 original size:16 final size:17
Alignment explanation
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Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
125455 AGTTATATAA
125465 CTATTT-AAATAATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
*
125481 CTATTTCAAATCATTAT
1 CTATTTCAAATAATTAT
125498 AACTATTTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
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ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (17 bp):
CTATTTCAAATAATTAT
Found at i:133696 original size:352 final size:352
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Indices: 133024--133715 Score: 738
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133014 TTTAATTATT
* *
133024 CAAATAGTCATAATTATTTCAATTGGTTCAACAAACAAAAATATTTATTAAATCTCTTATTGATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTCAATTGGTTCAACAAACAAAAATATTTATTAAATCTCCTATTGATT
* * * * *
133089 AATTTTTGAAATATTAATAAATTTTTTTATTTTATTCTGAATAAGTTAGTAAGAACTAAAAAAAT
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* ** *
133154 TATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAGAATTGTTCCTATAACCTTAACT
131 TATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAGAAATGTTCAAATAACCATAACT
* * * * * * *
133219 ATTTAAATTGATTTAACAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTATCAGTTATTAATTTTCAGAATATT
196 ATTTAAACTGATTCAACAAAAAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAATTTTCAAAATATT
* * * * * *
133284 ATTACATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGA-AAG
261 AATAAAGTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAA-
*
133348 AA-CAAAAGGTTATAAGAAATTGAAATA
325 AATAAAAAGGTTATAAGAAATTGAAATA
* * * * ** *
133375 CAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTT-AT
1 CAAATAGTCATAACTATTTCAATTGGTTCAACAAACAAAAATATTTATTAAATCTCCTA-TTGAT
*
133439 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTAC-AAATAAGCTAGTATG-A-TGAAAA
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATT-CTAAATAAGCTAGTAAGAACT-AAAA
* * * * * * * **
133501 ACAATTGTTTTATG-TCAAAAGAAAA-GTTCATAATAATTTGAAATAGATAAATGTTCAAATGGC
127 A-AATTATTTTACGAT-AAAACAAAATG-TCATAACAATTTAAAATAAAGAAATGTTCAAATAAC
* * * ** * *
133564 CATAATTATTTTAACTGATTCAATAAACTAATTTATGTTTTAAATCTTTAACTTATCAATTTTTA
189 CATAACTATTTAAACTGATTCAACAAAAAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAATTTTCA
* * * * *
133629 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTGTT-TGGGACAAGCTTTTATGATCTA-AAACAATTGTTT
254 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCT-GAACAAACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTT
133692 TATGATAAAATAAAAAGGTTATAA
317 TATGATAAAATAAAAAGGTTATAA
133716 TGATTTTAGA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 54, Indels: 20
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
351 84 0.30
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ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (352 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTCAATTGGTTCAACAAACAAAAATATTTATTAAATCTCCTATTGATT
AATTTTTAAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTAAGAACTAAAAAAAT
TATTTTACGATAAAACAAAATGTCATAACAATTTAAAATAAAGAAATGTTCAAATAACCATAACT
ATTTAAACTGATTCAACAAAAAAATTTATGTTTTAAATCTATAACTTATCAATTTTCAAAATATT
AATAAAGTAATATTATTTTATTCTGAACAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAA
ATAAAAAGGTTATAAGAAATTGAAATA
Found at i:134223 original size:176 final size:179
Alignment explanation
Indices: 133900--134280 Score: 402
Period size: 176 Copynumber: 2.1 Consensus size: 179
133890 GGTTAGAATG
* *
133900 ATTTGAAATAGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGAATCAGCAAACACATTTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGAATCAGCAAACACATTTAG
* * * * * *
133964 TTTTTAAATCCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTATTAACTTAGCAATATTTTACTCTGAATAA
65 TTTTTAAATCCTTACTTACTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGCAATATTTTACTATAAATAA
* **
134029 GTTTGTATGAACAGAAACAAATGTTTTAGGACAAAAC-AAAGATCATAACA
130 GTTTATATGAACAGAAACAAATGTTTTACAACAAAACAAAAG-TCATAACA
** * * *
134079 ATTT-AAGATAGATAATTGTTTAAATAGT-TATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAAGAGATTTA
1 ATTTGAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGTCT-TAACTATTTAAACTGAATCAGCAAACACATTTA
* * * *
134142 GGTTTTT-AAT-C-T-CTTACTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTAGTATTATTTTATTATAAAT
64 -GTTTTTAAATCCTTACTTACTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGCAATATTTTACTATAAAT
* * * *
134203 AA-TTGTATATGAATAGAAACAATTGTTTTACAACAAAATAAAATGTCATAAGA
128 AAGTT-TATATGAACAGAAACAAATGTTTTACAACAAAACAAAA-GTCATAACA
* *
134256 ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAAT
134281 GGACATGACT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 26, Indels: 18
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 2 0.01
176 69 0.41
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ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (179 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTAAACTGAATCAGCAAACACATTTAGT
TTTTAAATCCTTACTTACTAATTTTTAAAATAGTAATAAATTAGCAATATTTTACTATAAATAAG
TTTATATGAACAGAAACAAATGTTTTACAACAAAACAAAAGTCATAACA
Found at i:134790 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 134769--134801 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
134759 TAACAATTTG
134769 AAATAG-ATAATTATTC
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134785 AAATAGTCATAATTATT
1 AAATAG-CATAATTATT
134802 TGAACTGGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
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AAATAGCATAATTATTC
Found at i:134928 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 134510--135391 Score: 850
Period size: 181 Copynumber: 4.9 Consensus size: 182
134500 AATTTTTGGA
* * ** * * *
134510 ATATTATTTTATCTCAAATAGGCTTA-TATGAA-CTGAAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAAG
1 ATATTATTTTATTTCAAATAAGC-TAGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** ** * * * *
134573 CTCACGATGATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAATTTGTTCGGCAAAC
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAAC
* * * * *
134638 ATATTTATTTTTTTAAATCT-TTAACTTATAAATTGTCGAAATATTAATAAATTA
130 AGATTTA-TTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
* *
134692 ATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTAT-AAACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
1 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * **
134756 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTAGGTTAACA
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* * * *
134821 GAATTATTTTTTAATTCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTT
131 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
* ** * *
134873 ATTTTATTTTA-TTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAA-TATTGTTTTATGACAAAACAAAGG
1 ATATTATTTTATTTC-AAATAAGCTAGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* ** * ** * *
134936 GTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAAC
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* * * * *
135001 A-ATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTT-AGAATATTATTAGATTG
130 AGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTT
* * * * *
135054 GTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-CAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGG
1 ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
* * * * ** * * * ****
135118 TTATAACAATTTGAAGTATACAATTGCTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTTATAAACA
66 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA
* *
135183 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTGAAAGATTAATAAA-TT
131 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
* ** *
135234 AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAG
1 A-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * * * * *
135298 GTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGGCATAATTATTTGAACTGATTTGGCAGAC
65 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAAC
* * * *
135363 ATATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATT
130 AGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
135392 TGAATTTGTT
Statistics
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0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
180 10 0.02
181 439 0.77
182 118 0.21
ACGTcount: A:0.39, C:0.09, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
ATATTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGAATCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGGCAAACA
GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTT
Found at i:135578 original size:229 final size:228
Alignment explanation
Indices: 135177--135620 Score: 500
Period size: 229 Copynumber: 1.9 Consensus size: 228
135167 ATTGATTTTA
* ** *
135177 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTAT
1 TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATAGTAATTTTCCAAAGATTAATAAATTAGTATTAA
* * *
135242 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGTAAGAACA
66 TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATCATATGACCAAACAAAAGATAAGAACA
* * ** *** * *
135307 ATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGGCATAATTATTTGAACTGATTTGGCAGACATATTCACT
131 ATATGAAATAGATAATTATTCAAATAAGCATAATTATTTGAACTGATTCAACAAACAAATTCACT
135372 TTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTCGG
196 TTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTCGG
* * *
135405 TAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCATATTAATTTTCCAAATG-TTAATAAATTAGTATT
1 TAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACATAGTAATTTTCCAAA-GATTAATAAATTAGTATT
* ** ** *
135469 AATTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTACAA-AAAAGATCAA
64 AATTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATCATATGACCA-AACAAAAGAT-AA
** * *** * *
135532 -AATGATATGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAATTTTTTGAACTGATTCAATAAACAAAT
126 GAACAATATGAAATAGATAATTATTCAAATAAGCATAATTATTTGAACTGATTCAACAAACAAAT
* *
135596 TTATTTTTTAAATCACTTACTTATT
191 TCACTTTTTAAATCACTTACTTATT
135621 AATTTTCAAA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 35, Indels: 9
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
228 20 0.11
229 151 0.86
230 5 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (228 bp):
TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACATAGTAATTTTCCAAAGATTAATAAATTAGTATTAA
TTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATCATATGACCAAACAAAAGATAAGAACA
ATATGAAATAGATAATTATTCAAATAAGCATAATTATTTGAACTGATTCAACAAACAAATTCACT
TTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTCGG
Found at i:135781 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 135406--135845 Score: 440
Period size: 180 Copynumber: 2.4 Consensus size: 179
135396 TTTGTTCGGT
* * * * * * *
135406 AAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTTTCATATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTATTAA
1 AAACAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
* ** * *
135471 TTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGACTACAAAAAAGATCAAAATG
65 TTTATTCTAAATAAGCTTGTACAAAC-GAAACAATTATTTTATGACTAAAAAAAAGATCAAAACG
* * * * *
135536 ATATGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAATTTTTTGAACTGATTCAAT
129 ATATGAAATAGATAATCATTC-AATAATCTTAACTATTTGAACTGATTCAAC
*
135588 AAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
135653 TTAATCCAAATAAGCTTGTACAAAC-AACATAATTGTTTTATG-TTAAAAGAAAAGGTCATAACG
66 TTATTCTAAATAAGCTTGTACAAACGAA-ACAATTATTTTATGACTAAAA-AAAAGATCAAAACG
* *
135716 ATTTGAAATAGATAATCATTC-ATAGAGTCTTAACTATTTGAACT-AGTTCGAC
129 ATATGAAATAGATAATCATTCAATA-A-TCTTAACTATTTGAACTGA-TTCAAC
** * * * ** * *
135768 AATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAATATTAT
1 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTAT
135832 TTTATTCTAAATAA
65 TTTATTCTAAATAA
135846 AATAGTATGA
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 39, Indels: 14
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
178 3 0.01
179 8 0.04
180 121 0.57
181 65 0.31
182 16 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.08, T:0.43
Consensus pattern (179 bp):
AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATT
TTATTCTAAATAAGCTTGTACAAACGAAACAATTATTTTATGACTAAAAAAAAGATCAAAACGAT
ATGAAATAGATAATCATTCAATAATCTTAACTATTTGAACTGATTCAAC
Found at i:135937 original size:590 final size:591
Alignment explanation
Indices: 134845--135938 Score: 1294
Period size: 590 Copynumber: 1.9 Consensus size: 591
134835 TTCTCTCACT
** * * * *
134845 TATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAA
1 TATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTTATATTAATTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAACTGAA
* * * * * *
134910 AATATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTT
66 AATATTATTTTATGACAAAACAAAGGATCAAAATGATATGAAATAGATAATTATTCATATAATTT
** * * * * * *
134975 TAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAACAATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTAGA
131 TAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAA
* * * * * **
135040 ATATTATTAGATTGGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
196 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAAATAATTGTTTTATG
* * * ** * *
135105 ATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGCTCTAATAGTCATAACTATTTGAATT
261 ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATCACTCTAAGAGTCATAACTATTTGAATA
** * *
135170 GATTTTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTA
326 GATTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAAGTTTTGAAAGATTAATAAATTA
* ** * * *
135235 GTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGATCAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGT
391 ATATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAAAAACAATTGTCATATGACAAAACAAAAGGT
* * * * *
135300 AAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAATGGGCATAATTATTTGAACTGATTTGGCAGACAT
456 AAGAACAATTTAAAATAAATAATTATTGAAATAGGCAAAACTATTTGAACTGATTTGGCAGACAT
135365 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCT
521 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCT
135430 CTTTCA
586 CTTTCA
* *
135436 TATTAATTTTCCAAATGTTAATAAA-TTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
1 TATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTTA-TATTAATTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAACTGA
135500 AACA-ATTATTTTATGACTACAAA-AAA-GATCAAAATGATATGAAATAGATAATTATTC-TAAT
65 AA-ATATTATTTTATGAC-A-AAACAAAGGATCAAAATGATATGAAATAGATAATTATTCAT-AT
* * * *
135561 AATTTTAATTTTTTGAACT-GATTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATT
126 AATTTTAACTATTTAAACTAG-TTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATT
*
135625 TTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAAC-AACATAATTGT
190 TTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAAATAATTGT
* * * * * *
135689 TTTATGTTAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTC-ATAGAGTCTTAACTAT
255 TTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATCACTCTA-AGAGTCATAACTAT
** * * ** * *
135753 TTGAACTAG-TTCGACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTA
319 TTGAA-TAGATTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAAGTTTTGAAAGATTA
* * * * *
135817 TTAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGT-TTGATGATAA
383 ATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAAATAGTATGAACAAAAACAATTGTCAT-ATGACAA
* * * *
135880 AATAAAAGGCT-ATAACGATTTAAAATAAATAATTATTGAAATAGTCAAAACTATTTGAA
446 AACAAAAGG-TAAGAACAATTTAAAATAAATAATTATTGAAATAGGCAAAACTATTTGAA
135939 TAGGTTTGGT
Statistics
Matches: 413, Mismatches: 79, Indels: 23
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
589 5 0.01
590 207 0.50
591 193 0.47
592 5 0.01
593 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (591 bp):
TATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTTATATTAATTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAACTGAA
AATATTATTTTATGACAAAACAAAGGATCAAAATGATATGAAATAGATAATTATTCATATAATTT
TAACTATTTAAACTAGTTCAACAAACAAATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAA
ATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTACAAACAAAAATAATTGTTTTATG
ATAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGACAATCACTCTAAGAGTCATAACTATTTGAATA
GATTCGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAGTAAGTTTTGAAAGATTAATAAATTA
ATATTATTTTATTTCAAATAAAATAGTATGAACAAAAACAATTGTCATATGACAAAACAAAAGGT
AAGAACAATTTAAAATAAATAATTATTGAAATAGGCAAAACTATTTGAACTGATTTGGCAGACAT
ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCT
CTTTCA
Found at i:135967 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 135594--136023 Score: 418
Period size: 181 Copynumber: 2.4 Consensus size: 178
135584 CAATAAACAA
* * *
135594 ATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTT-AAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTC
** * * * * *
135659 CAAATAAGCTTGTACAAACAACATAATTGTTTTATGTTAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
64 CAAATAAAATAGTACAAACAACACAATTGTTTGATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTAAAA
* * ** *
135724 TAGATAATCATTCATAGAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAATTAG
129 TAAATAATCATTCAAAGAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCGACAAGTAG
* * * *
135774 ATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTATTAA-TTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTC
* ** *
135839 TAAATAAAATAGTATGAACAGA-ACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGG-CTATAACGATTTA
64 CAAATAAAATAGTACAAACA-ACA-CAATTGTTTGATGATAAAAGAAAAGGTC-ATAACGATTTA
* * * * **
135902 AAATAAATAATTATTGAAATAGTCAAAACTATTTGAA-TAGGTTTGGTAAGTAG
126 AAATAAATAATCATTCAAAGAGTCAAAACTATTTGAACTA-GTTCGACAAGTAG
* * * * *
135955 ATTT-TCTTTTTAAATCTCTTATAGATTTATTTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATT
1 ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAT-TA-TTAATTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATT
*
136019 TCAAA
63 CCAAA
136024 CAAACTTATA
Statistics
Matches: 202, Mismatches: 39, Indels: 17
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
180 72 0.36
181 127 0.63
182 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (178 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTCCA
AATAAAATAGTACAAACAACACAATTGTTTGATGATAAAAGAAAAGGTCATAACGATTTAAAATA
AATAATCATTCAAAGAGTCAAAACTATTTGAACTAGTTCGACAAGTAG
Found at i:136066 original size:771 final size:771
Alignment explanation
Indices: 134616--136066 Score: 1747
Period size: 771 Copynumber: 1.9 Consensus size: 771
134606 TAGTCATGAC
* * *
134616 TATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTTAAATCTTTAACTTATAAATTGTCGAAATA
1 TATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTAACATATAAATTGTCCAAATA
* *
134681 TTAATAAATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAACAATTGTTTTATGACA
66 TTAATAAATTAATATTAATTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACA
* * * * *
134746 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGT
131 AAACAAAAGATCAAAACAATATGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGAT
* * * * ** * *
134811 TAGGTTAACAGAATTATTTTTTAATTCTCTCACTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTATT
196 TAGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCACTCACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATA
* * * ** * *
134876 TTATTTTATTCTAAATAAGCTAGTATGAATTGAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAGGGTTAT
261 TTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATCAATACAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
* * * * *
134941 AATGATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTTTTAACTATTTAAACTAGTTCGGCAAACAATTT
326 AACGATTTGAAATAGATAATCATTCATAGAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAATTT
* * ** *
135006 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTTAGAATATTATTAGATTGGTTTTATTTTATTTCAA
391 TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTGAGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAA
** * * * * * *
135071 ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAGTA
456 ATAAAATAGTATGAACAAAAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGCTATAACAATTTAAAATA
* * * * * *
135136 TACAATTGCTCTAATAGTCATAACTATTTGAATTGATTTTATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
521 AACAATTACTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATAGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
* * * * *
135201 CTTACTTAGTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
586 CTTAC-TAGTAATTTTTGAAAGATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGA
* * *
135266 TCAAAAACAATTGTCATATGACCAAACAAAAGGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAA
650 ACAAAAACAATTATCATATGACAAAACAAAAGGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAA
135331 TGGGCATAATTATTTGAACTGATTTGGCAGACATATTCACTTTTTAAATCACTTACT
715 TGGGCATAATTATTTGAACTGATTTGGCAGACATATTCACTTTTTAAATCACTTACT
* * * *
135388 TATTTGAATTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAAATCTCTT-TCATATTAATTTTCCAAAT
1 TATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAAATCT-TTAACATATAAATTGTCCAAAT
* * ** * * **
135452 GTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGAC
65 ATTAATAAATTAATATTAATTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGAC
* ** * ** *
135517 TACAA-AAAAGATCAAAATGATATGAAATAGATAATTATTCTAATAATTTTAATTTTTTGAACTG
130 -AAAACAAAAGATCAAAACAATATGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTG
* *
135581 ATTCA-ATAAACA-AATTTATTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAA-T
194 ATT-AGATAAACAGAA-TTATTTTTTAAATCACTCACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATT
* * ** *
135643 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTA-CAA-ACAACATAATTGTTTTATGTTAAAAGAAAA
257 TA-TATTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATCAATACAAAAT-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *
135706 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATAGAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCGACAAT
320 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATCATTCATAGAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAA
* * * *
135771 TAGA-TTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGA-AATATTATTAAATTAATATTATTT
385 CA-ATTTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT-AGTTTTGAGAATATTATTAAATTAATATTATTT
* * * *
135834 TA-TTCTAAATAAAATAGTATGAACAGAACCAATTGTTTGATGATAAAATAAAAGGCTATAACGA
448 TATTTC-AAATAAAATAGTATGAACAAAAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGCTATAACAA
* * * * * **
135898 TTTAAAATAAATAATTATTGAAATAGTCAAAACTATTTGAATAGGTTTGGTAAGTAGATTT-TCT
512 TTTAAAATAAACAATTACTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATAGATTTGATAAACAGATTTAT-T
* * *
135962 TTTTAAATCTCTTA-TAGATTTATTTTTTAAATATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAACA
576 TTTTAAATCTCTTACTAG--TAATTTTTGAAAGATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAACA
* **
136026 AACTTATATGAACAAAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA
639 AACTTATATGAACAAAAACAATTATCATATGACAAAACAAA
136067 TCTTTAAATA
Statistics
Matches: 561, Mismatches: 106, Indels: 25
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
769 3 0.01
770 8 0.01
771 309 0.55
772 235 0.42
773 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (771 bp):
TATTTGAATTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAAATCTTTAACATATAAATTGTCCAAATA
TTAATAAATTAATATTAATTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAACAAAAACAATTATTTTATGACA
AAACAAAAGATCAAAACAATATGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGAT
TAGATAAACAGAATTATTTTTTAAATCACTCACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTTATA
TTATTTTAATCCAAATAAGCTAGTATCAATACAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
AACGATTTGAAATAGATAATCATTCATAGAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGACAAACAATTT
TATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAGTTTTGAGAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCAA
ATAAAATAGTATGAACAAAAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAAGGCTATAACAATTTAAAATA
AACAATTACTCAAATAGTCAAAACTATTTGAATAGATTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTAGTAATTTTTGAAAGATTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAA
CAAAAACAATTATCATATGACAAAACAAAAGGTAAGAACAATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT
GGGCATAATTATTTGAACTGATTTGGCAGACATATTCACTTTTTAAATCACTTACT
Found at i:137091 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 136343--137345 Score: 1004
Period size: 362 Copynumber: 2.8 Consensus size: 360
136333 AATTTAGTAT
* * * * *
136343 GATTTGAAATAAATAAATGTTCAAATTGTTATAACTAATTGAACT-AGTATGGTAAATAGATTTA
1 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGTAAATAGATTTA
* * * *
136407 TTTATTAAATCT-C--TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACA
65 TTTTTTAAATCTCCTATTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * ** * * * **
136469 AACTTATATGAACAAAAATATTTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGAT
130 AGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * ** * * * * * *
136534 AATTATTCATATAACCTTAACTATTTAAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATC
195 AATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTA
* * * * * * * * *
136599 AGTTATTAAATTTCATAATATTACTAGATTAGTGTTATTGTTTTTCGAATAAGCTTGTATAAAGA
259 ACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTGTTTTTCAAATAAGCTTGTATAAAGA
* * *
136664 TAAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAAT
324 TAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * * *
136701 GATTGGAAATATATAATTTTTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAACAGATTTAT
1 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTAAATAGATTTAT
**
136766 TTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATA
66 TTTTTAAATCTCCTA-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
136831 GGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGAC
130 AGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * *
136896 AATTGTTTAAATGGTCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAACTAATTTATGTTTTAAATCTCTA
195 AATTGTTTAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGATTTGATAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTA
* * *
136961 ACTTATCAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATT-TTATTTCAAATAAGCTTTTATGAA-
259 ACTTATTAATTTTTATAATATTAATAAAGTAATATTATTGTT-TTTCAAATAAGCTTGTATAAAG
* * * * *
137024 CTAAAACAATTGTTTTATGATAAAATATAAGGTCATAAC
323 AT-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
* * * * *
137063 GATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAAAAATATTTGAACTTG-TTTGGTAAATAGATTTT
1 GATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGGTAAATAGATTTA
* * * * * * *
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65 TTTTTT-AAATCTCCTA-TTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
137192 TAAGCATGTATGAGTTG--AAGCAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAAT
128 TAAGCTTGTATGA--TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * *
137255 GGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTATTTGAACTGA-TTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAA
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* * *
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AACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAC
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* * * * * * *
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* * *
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* * * ** * * *
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** * * ** * * * * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAATAGATTT
* * * * * * * * * *
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66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCAA
* *
136647 ATAAGCTTGTATAAAGAT-AAATAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATA
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* * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGATAAATAGATTT
* * * **
136764 ATTTTTTAAATCTCCTAGTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAA
66 ATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAA-TTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * *
136829 TAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATA
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGATAAATAGATT
* * * * *
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65 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTAATAATTTT-TAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * *
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128 AATAAGCTTGTATGA--TGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * * * *
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1 ATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGA-TAAATAGATT
* * * * * *
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ATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
AAGCTTGTATGATGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
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136409 TATTAAATCT
* *
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* * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * ** *
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* * * * *
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* * * * * * * **
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
137218 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATGGATAATTGTTCT-AATAGTCTTAACTA
256 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTGGAAATAGATAATT-TTCTAAATAGTCATAACTA
* *
137282 TTTGAACTGATTCAG-CAAACATATTTATTTTTTAAATC-CTTACTTATTAA-TGTTTAGAATAT
320 TTTGAACTGATT-AGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTGTTTA-AATAT
* * * **
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CTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAACAA
AAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAAC
CAAAAATATTTAAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATCACTTAATAAATTTCA
TAATATTAATAAATTAGTATTATTGTTTTTCAAATAAGCATGTATAAAGATAAACAATTATTTTA
TGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTGGAAATAGATAATTTTCTAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTGATTAGACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTGTTTAAATATTAATAAAT
TAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAATGTTTTAAGACAAAACAAAAG
TTCATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTTAAATGGTCATAATTATTTGAACTGATTTGATAAAC
TAATTTATGTTTTAAATCTCTAA
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138211 ATATA ATATA ATATA AT-T- ATATA ATATA AT-TA ATAT
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Statistics
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ATATA
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1 TATATAATATAATTAAT
138245 ATTTTATTTA
Statistics
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TATATAATATAATTAAT
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Period size: 41 Copynumber: 2.4 Consensus size: 41
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*
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1 TTTATATATATTAATAATA-AATAT-TATAATATAATTAATAT
* *
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1 TTTATATATATTAATAATAAATATTATAATATAATTAATAT
* *
138287 TTAATTATTTATTAATA
1 TTTA-TATATATTAATA
138304 TATCTCTCTA
Statistics
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TTTATATATATTAATAATAAATATTATAATATAATTAATAT
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*
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* *
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138284 AT
1 AT
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ATAATAAATATTATATTATATTA
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* *
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* *
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*
138261 TAATAAATATTATATTAT
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TATAAATAATATATTATTTATATAA
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*
138795 ATAATATAATATATATTATTATTT
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* *
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1 ATAAT
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ATAATATAATAATATTATTATTA
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* *
138898 TAATATATTATAATAATTATATTGTTATATAATTTAT
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*
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* *
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Statistics
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Done.