genome.fa.s370.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168195.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_431, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  27090

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734--837	30	3.7	28	71	18	83	48	1	2	47	1.28
1501--1545	22	2.0	22	83	8	56	57	0	0	42	0.98
1742--1864	13	9.8	13	68	18	57	47	3	3	45	1.35
1955--2026	22	3.3	22	82	7	67	47	2	5	44	1.41
2750--2823	29	2.7	29	77	14	75	55	2	0	41	1.14
3049--3150	31	3.2	31	69	17	75	47	1	0	50	1.19
3863--3921	23	2.4	25	83	5	77	49	3	1	45	1.28
4127--4170	22	2.1	22	84	16	58	45	2	4	47	1.35
4216--4263	21	2.4	20	86	6	62	50	2	2	45	1.25
4223--4275	11	5.0	11	77	6	56	52	1	1	43	1.23
4435--4520	24	3.7	23	76	13	79	48	2	1	47	1.22
4481--4542	28	2.3	27	81	10	72	53	3	0	43	1.17
4484--4548	27	2.4	28	79	7	71	53	3	0	43	1.16
4618--4659	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
4671--4704	16	2.1	16	88	0	50	55	0	0	44	0.99
4673--4726	22	2.5	23	82	8	60	61	1	0	37	1.07
5037--5070	14	2.3	15	90	5	52	55	0	0	44	0.99
6883--6931	25	2.1	25	85	11	68	57	2	0	40	1.10
7468--7539	28	2.9	23	75	25	67	48	4	0	47	1.21
8559--8603	14	3.1	15	81	12	58	46	0	2	51	1.13
8819--8888	20	3.4	19	71	13	59	42	2	5	48	1.41
8896--8937	17	2.4	18	84	8	59	35	0	2	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9557--9589	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
9337--9936	177	3.4	176	79	7	620	41	7	10	40	1.68
9812--10082	146	1.9	144	82	5	348	43	8	7	40	1.62
10060--10092	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
9616--10261	326	2.0	325	81	4	755	41	8	9	40	1.67
9957--10422	180	2.6	177	77	6	434	41	7	9	41	1.65
10508--10633	46	2.8	43	78	11	112	69	1	11	17	1.25
10534--10585	19	2.7	19	80	14	54	73	0	5	21	1.04
10918--10969	24	2.1	25	89	3	79	78	1	13	5	1.01
11314--11366	7	7.0	7	78	19	54	79	1	3	15	0.96
11303--11365	24	2.5	25	82	14	69	79	3	4	12	1.01
11516--11571	25	2.3	24	78	6	58	71	3	7	17	1.23
11766--11794	14	2.1	14	100	0	58	86	0	6	6	0.72
11879--11913	16	2.1	17	89	5	54	62	0	20	17	1.32
12520--12567	8	5.6	8	76	13	51	81	2	4	12	0.93
12931--12971	22	1.9	21	85	5	55	75	2	2	19	1.03
12962--13015	19	2.9	19	76	13	58	72	1	12	12	1.21
13247--13356	13	9.1	12	70	21	61	77	2	10	10	1.09
13264--13363	11	8.6	11	71	18	53	77	4	9	10	1.12
13664--13700	18	2.0	19	89	5	58	56	2	0	40	1.13
13694--13726	15	2.1	16	88	5	50	45	0	3	51	1.16
13704--13769	35	1.9	34	81	9	80	42	1	1	54	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13771--13824	24	2.2	24	78	12	58	55	0	1	42	1.10
13812--13872	25	2.5	24	76	7	59	52	1	3	42	1.27
15205--15242	17	2.5	15	80	19	51	36	0	5	57	1.21
15490--15554	14	4.7	13	75	16	51	40	1	1	56	1.18
15785--15843	17	3.2	18	80	9	57	40	5	1	52	1.33
16118--16169	19	2.8	19	82	2	61	42	1	0	55	1.10
16470--16523	20	2.7	19	77	11	54	48	1	3	46	1.30
16939--16990	19	2.8	17	76	20	59	46	0	0	53	1.00
16949--16999	28	1.9	25	84	15	59	50	0	0	49	1.00
17031--17068	14	2.7	14	84	8	51	39	2	0	57	1.12
17514--17552	17	2.3	17	91	8	62	33	0	0	66	0.92
18667--18722	29	2.0	27	82	6	67	51	5	1	41	1.35
18779--18836	16	3.4	16	78	17	55	51	1	1	44	1.21
18787--18829	14	3.1	14	76	3	52	55	0	0	44	0.99
18790--18841	19	2.8	17	85	8	59	55	1	0	42	1.10
18835--18867	15	2.1	16	88	5	50	45	3	3	48	1.33
18845--18910	35	1.9	34	81	9	80	42	1	1	54	1.18
18912--18965	24	2.2	24	78	12	58	55	0	1	42	1.10
18953--19013	25	2.5	24	76	7	59	52	1	3	42	1.27
19610--19643	17	2.1	17	88	5	52	47	5	17	29	1.71
20871--20936	17	4.1	17	69	18	52	45	0	1	53	1.09
20949--21373	180	2.4	181	79	6	427	39	6	11	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21412--21444	13	2.8	12	90	9	50	48	0	0	51	1.00
21551--21608	11	5.4	10	77	18	55	55	1	1	41	1.20
21527--21628	22	4.6	22	75	16	86	50	0	0	47	1.14
22035--22128	6	15.2	6	70	19	52	45	2	2	50	1.25
22061--22131	18	3.9	18	77	20	69	47	1	1	49	1.18
22088--22144	17	3.4	17	76	13	55	45	1	0	52	1.11
22090--22137	23	2.2	23	88	7	73	45	2	0	52	1.12
22289--22341	23	2.4	21	78	12	54	52	0	3	43	1.19
23016--23055	13	3.1	13	85	0	53	47	0	2	50	1.14
23097--23135	15	2.5	16	88	12	55	46	0	5	48	1.24
23105--23146	22	2.0	21	86	13	59	47	0	2	50	1.14
23280--23347	25	2.8	24	72	16	59	45	0	0	54	0.99
23533--23566	17	1.9	17	88	5	50	50	5	2	41	1.42
23613--23670	9	6.4	9	72	20	50	51	0	1	46	1.11
24550--24603	20	2.7	20	80	8	56	53	0	0	46	1.00
24792--24915	13	9.8	13	66	18	57	48	3	3	45	1.34
24876--24932	25	2.3	25	83	16	75	52	0	0	47	1.00
24838--24938	39	2.5	38	80	15	98	48	0	0	49	1.14
26058--26102	22	2.0	22	87	8	65	40	2	2	55	1.24
26146--26210	30	2.3	29	84	7	80	50	1	0	47	1.10
26558--26591	13	2.4	14	90	9	52	47	0	0	52	1.00
26951--26999	24	2.1	24	85	11	66	48	2	6	42	1.39

Tables:   1

The End!