genome.fa.s373.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168198.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_434, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26978

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42--91	23	2.1	25	85	7	68	52	0	2	46	1.12
508--584	30	2.6	29	75	20	88	45	1	3	49	1.28
632--700	23	3.0	24	78	16	67	46	1	2	49	1.25
637--684	19	2.5	19	80	12	55	50	0	2	47	1.12
865--976	33	3.3	32	76	15	109	50	0	0	49	1.06
871--946	6	12.8	6	73	20	54	50	0	0	50	1.00
789--918	21	6.7	20	68	20	73	49	3	0	46	1.25
1402--1448	14	3.4	14	78	18	53	55	0	0	44	0.99
1393--1448	29	2.0	28	86	10	78	55	0	0	44	0.99
1533--1576	21	2.1	21	83	8	54	52	2	2	43	1.26
1640--1692	25	2.2	26	86	10	76	52	3	0	43	1.19
1696--1751	10	5.7	10	78	17	55	41	0	1	57	1.09
1910--1958	22	2.2	21	82	10	62	44	0	0	55	0.99
1909--1967	26	2.4	23	78	16	66	44	0	0	55	0.99
2076--2105	11	2.7	11	94	0	51	43	6	3	46	1.46
2215--2247	15	2.1	16	88	5	50	57	0	0	42	0.98
2486--2530	13	3.4	13	84	6	54	42	0	2	55	1.12
2859--2909	18	2.8	18	87	3	75	45	3	0	50	1.20
3800--3860	31	2.0	31	84	6	81	52	0	1	45	1.10
4207--4270	14	4.6	14	74	16	62	54	0	0	45	0.99
4209--4294	19	4.4	19	70	16	59	51	2	0	46	1.13
4722--4846	10	12.6	10	72	21	70	47	1	2	48	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4702--4819	47	2.5	47	79	10	116	50	0	2	46	1.21
4737--4826	26	3.7	24	70	22	71	50	0	3	46	1.18
4735--4823	12	7.6	12	68	22	55	49	0	3	47	1.18
4932--4978	22	2.2	20	85	7	58	42	4	0	53	1.20
5111--5204	36	2.6	38	80	11	97	45	3	2	48	1.30
5912--5944	14	2.2	16	89	10	52	51	3	0	45	1.16
6144--6191	9	5.6	9	73	26	50	31	6	4	58	1.42
6144--6191	16	2.9	16	82	17	62	31	6	4	58	1.42
7642--7767	13	9.5	13	71	23	68	53	0	0	44	1.11
7653--7708	28	2.0	28	86	6	78	60	0	0	39	0.97
7674--7753	23	3.6	23	70	16	71	55	0	0	45	0.99
7783--7852	18	3.7	18	74	16	54	48	1	0	50	1.09
7691--7862	15	11.3	15	66	19	63	50	1	1	46	1.19
7993--8048	17	3.1	17	85	12	60	44	1	5	48	1.36
8564--8609	21	2.1	22	84	4	58	36	2	2	58	1.22
8613--8658	23	2.0	23	82	0	56	52	4	0	43	1.21
8632--8689	21	2.8	20	75	15	55	53	3	0	43	1.17
8909--8951	22	2.0	22	86	9	61	51	2	2	44	1.27
9237--9277	18	2.4	16	84	8	55	43	0	2	53	1.13
9442--9483	22	1.9	22	85	9	59	42	0	0	57	0.99
9452--9499	25	1.9	25	84	16	64	43	0	2	54	1.12
9491--9546	16	3.3	16	68	22	51	50	1	3	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9488--9534	22	2.1	22	84	0	58	48	2	2	46	1.25
10280--10334	18	3.0	17	80	19	58	43	0	3	52	1.18
10611--10693	38	2.2	39	95	2	150	50	4	1	43	1.31
10615--10671	14	4.4	13	76	13	55	49	7	0	43	1.29
10612--10673	20	3.2	20	72	9	74	51	6	0	41	1.27
10692--10759	23	3.1	24	76	20	76	58	1	4	35	1.27
10716--10760	19	2.4	19	76	23	51	57	0	4	37	1.19
10695--10767	23	3.3	23	72	16	73	53	1	4	41	1.28
10848--10897	17	2.9	17	82	8	57	50	0	0	50	1.00
11295--11334	21	1.9	21	85	10	55	42	5	2	50	1.37
11415--11472	16	3.6	17	77	15	61	51	1	1	44	1.21
11413--11482	32	2.2	32	85	10	90	50	1	1	47	1.19
11495--11582	22	3.9	22	69	25	67	52	2	1	44	1.21
11519--11582	15	4.2	15	71	16	60	53	3	1	42	1.26
11632--11694	30	2.1	30	85	5	83	41	3	7	47	1.48
11951--12013	27	2.3	26	83	5	72	49	3	3	44	1.34
11988--12022	16	2.3	15	90	5	52	54	2	5	37	1.39
12047--12101	25	2.3	26	79	17	66	40	3	3	52	1.36
12112--12169	29	2.0	28	83	9	73	51	1	0	46	1.11
12377--12433	24	2.4	23	77	8	60	50	0	0	49	1.00
12483--12511	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
12480--12524	18	2.7	17	80	13	58	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12764--12794	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
13675--13721	17	2.7	18	81	15	55	38	0	0	61	0.96
13677--13740	28	2.2	29	80	2	67	42	1	0	56	1.09
14315--14382	27	2.4	28	78	11	77	60	4	1	33	1.26
14317--14383	26	2.6	27	77	13	77	59	4	1	34	1.26
14373--14422	23	2.1	25	85	7	68	52	0	2	46	1.12
14964--15032	23	3.0	24	78	16	67	46	1	2	49	1.25
14969--15016	19	2.5	19	80	12	55	50	0	2	47	1.12
15214--15255	12	3.3	12	90	6	57	50	0	0	50	1.00
15121--15250	21	6.7	20	68	20	73	49	3	0	46	1.25
15170--15310	63	2.1	71	81	16	167	49	2	0	48	1.13
15219--15289	28	2.6	27	79	18	69	49	1	0	49	1.09
15736--15782	14	3.4	14	78	18	53	55	0	0	44	0.99
15727--15782	29	2.0	28	86	10	78	55	0	0	44	0.99
15867--15910	21	2.1	21	83	8	54	52	2	2	43	1.26
15974--16026	25	2.2	26	86	10	76	52	3	0	43	1.19
16030--16085	10	5.7	10	78	17	55	41	0	1	57	1.09
16244--16292	22	2.2	21	82	10	62	44	0	0	55	0.99
16243--16301	26	2.4	23	78	16	66	44	0	0	55	0.99
16410--16439	11	2.7	11	94	0	51	43	6	3	46	1.46
16818--16862	13	3.4	13	84	6	54	42	0	2	55	1.12
17192--17242	18	2.8	18	87	3	75	45	3	0	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18170--18229	28	2.0	31	84	9	81	51	0	1	46	1.10
18181--18235	28	1.9	29	81	3	67	54	0	1	43	1.10
18576--18652	29	2.6	30	78	11	88	53	1	0	45	1.08
18580--18664	19	4.4	19	70	16	59	50	2	0	47	1.14
19092--19217	10	12.6	10	70	24	63	46	1	2	49	1.24
19072--19170	47	2.1	47	81	10	114	48	1	3	47	1.24
19105--19170	25	2.8	23	74	14	64	46	0	4	48	1.22
19087--19218	60	2.2	61	80	12	141	46	1	2	49	1.23
19303--19349	22	2.2	20	85	7	58	42	4	0	53	1.20
19482--19575	36	2.6	38	80	11	97	45	3	2	48	1.30
20283--20315	14	2.2	16	89	10	52	51	3	0	45	1.16
20515--20562	9	5.6	9	73	26	50	31	6	4	58	1.42
20515--20562	16	2.9	16	82	17	62	31	6	4	58	1.42
22066--22107	12	3.6	12	81	12	52	57	4	0	38	1.20
22123--22192	18	3.7	18	74	16	54	48	1	0	50	1.09
22333--22388	17	3.1	17	85	12	60	44	1	5	48	1.36
22905--22950	21	2.1	22	84	4	58	36	2	2	58	1.22
22954--22999	23	2.0	23	82	0	56	52	4	0	43	1.21
23250--23292	22	2.0	22	86	9	61	51	2	2	44	1.27
23272--23351	33	2.4	34	79	8	94	51	0	3	45	1.19
23791--23832	22	1.9	22	85	9	59	42	0	0	57	0.99
23801--23848	25	1.9	25	84	16	64	43	0	2	54	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23851--23898	19	2.5	20	76	10	55	54	2	2	41	1.24
23837--23878	22	1.9	22	85	0	57	52	0	2	45	1.13
24958--25017	19	3.2	19	75	11	70	53	5	0	41	1.23
24946--25027	37	2.2	39	93	4	141	51	4	1	42	1.31
25049--25093	19	2.4	19	76	23	51	57	0	4	37	1.19
25164--25211	20	2.4	19	82	6	51	43	0	2	54	1.12
25203--25240	19	2.0	18	90	10	58	52	0	0	47	1.00
25636--25675	21	1.9	21	85	10	55	42	5	2	50	1.37
25754--25823	32	2.2	32	85	10	90	50	1	1	47	1.19
25835--25922	22	3.9	22	69	25	67	52	2	1	44	1.21

Tables:   1   2