Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168204.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_44, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 3000 characters in sequence are not A, C, G, or T
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*
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* *
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*
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25317 ACTTCGGCCA
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* *
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* *
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*
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*
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* *
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* *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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25317 ACTTCGGCCA
Statistics
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* *
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* *
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* *
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*
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* *
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*
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*
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Statistics
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Statistics
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*
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*
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Statistics
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*
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*
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1 CAAAA
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Statistics
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* * * * ** **
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1 AAA
25394 TCAAAAATAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
1 53 1.00
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A
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*
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1 CAAAAAAAAAAAT
*
25361 -AACAAAAAAAAT
1 CAAAAAAAAAAAT
25373 C----AAAAAAAT
1 CAAAAAAAAAAAT
25382 CAAAAAAAAAAAT
1 CAAAAAAAAAAAT
*
25395 CAAAAATAAAAAT
1 CAAAAAAAAAAAT
25408 GTTGAGTTGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 4, Indels: 15
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CAAAAAAAAAAAT
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Statistics
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Statistics
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*
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Statistics
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* *
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** * * *
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*
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***
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14 8 0.40
ACGTcount: A:0.08, C:0.43, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (14 bp):
CCGAGCCGTTCTTC
Found at i:26943 original size:152 final size:153
Alignment explanation
Indices: 26771--27062 Score: 523
Period size: 152 Copynumber: 1.9 Consensus size: 153
26761 TTTTTTTTCT
*
26771 TTTTTCTTTAATTAATCCGACGACAGAGCCTCTACAAGTGAAACAGTAGTTTTTCTTGCATACTC
1 TTTTTCTTTAATAAATCCGACGACAGAGCCTCTACAAGTGAAACAGTAGTTTTTCTTGCATACTC
*
26836 TTGAGGTGAGGGAATTTTCTCAATTTTCTGCTAAAAGTATTAGAGTCAATTGAGAATAATTTCCA
66 CTGAGGTGAGGGAATTTTCTCAATTTTCTGCTAAAAGTATTAGAGTCAATTGAGAATAATTTCCA
* *
26901 ATAATTAATTGGATGATTTTGTA
131 ACAACTAATTGGATGATTTTGTA
* *
26924 TTTTT-TTTAATAAATCCGACGACGGAGCCTCTGCAAGTGAAACAGTAGTTTTTCTTGCATACTC
1 TTTTTCTTTAATAAATCCGACGACAGAGCCTCTACAAGTGAAACAGTAGTTTTTCTTGCATACTC
26988 CTGAGGTGAGGGAATTTTCTCAATTTTCTGCTAAAAGTATTAGAGTCAATTGAGAATAATTTCCA
66 CTGAGGTGAGGGAATTTTCTCAATTTTCTGCTAAAAGTATTAGAGTCAATTGAGAATAATTTCCA
27053 ACAACTAATT
131 ACAACTAATT
27063 ACTTGGTAAA
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 6, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
152 128 0.96
153 5 0.04
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (153 bp):
TTTTTCTTTAATAAATCCGACGACAGAGCCTCTACAAGTGAAACAGTAGTTTTTCTTGCATACTC
CTGAGGTGAGGGAATTTTCTCAATTTTCTGCTAAAAGTATTAGAGTCAATTGAGAATAATTTCCA
ACAACTAATTGGATGATTTTGTA
Found at i:27955 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 27719--29852 Score: 1416
Period size: 181 Copynumber: 11.9 Consensus size: 181
27709 CGACTATTAG
* * * * * *
27719 AATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * *
27784 ACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
27849 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCA
131 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCA
* * * * * * * * *
27900 AATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* *** * *
27965 AAAATTGTTTTCAAT-GTACAAGC-TATTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * ** * * *
28028 GAA-T--TAA-TCAGAAATTTAAAAAACAAATCAATTTATTAAACCAATTTA
130 AAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCA
* ** * *
28076 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACC-TTTGTTCTATCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * *
28140 ATAATT-TTTTTGCTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AA
* * * *
28203 AAATTAATAACTATA-AGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTGTC-AATCCAGTTCA
130 AAATTAATAAGTA-AGAAATTTAAAAAATAAA-TCAGTTTATCGAAT-CAGTTCA
* * * * * ** * *
28255 AACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGCTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * * * *
28320 ATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGACATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * *
28385 AATTTATAAGTAA-AGGATTTAGAAAAT-AATACTA-TTTA-CAAAACGAGTTCA
131 AATTAATAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAAAT-C-AGTTTATCGAATC-AGTTCA
* * * * * **
28436 AATAGTTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * *
28501 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
66 ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * *
28566 AATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTA-CTT-GCCAAACAATTTCA
131 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAATC-AGTTCA
* *
28617 AATAGTGT-T-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCA
1 AATAGT-TATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * * * *
28680 AACAATTGGTTCTATTTATATTA-TTTCATT-AGAAATAAAAATAATGCAAATTTAATAATATTT
65 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCA-AAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTT
* ** * * * * *
28743 CAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAAGTTAATTGT-T-GAACCAATTCA
127 CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAA-TCAGTT-TATCGAATCAGTTCA
* * * * * * * * **
28798 AATAGTTAAGACTATATGAGTGATTGTCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTT-TTTTGTTGTAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** *
28862 ACAATTATTTTAT-TT-GTACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTC-
66 ACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCA
* * ** *
28923 --AACTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGT-GAATCATTTCA
129 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTA-TCGAATCAGTTCA
* * * * * * * * *
28974 AATAGTTAAGAATATTAGAATAATTATATACTTT-AAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * *
29038 AAAAATTGTTTCAT-TTCATACAAGTTTATTTAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTT-A
65 AACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * *
29101 AAAATTTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTT-GCTG-AGCAAGTTCA
129 AAAA-TTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATC-AGTTCA
* * * * * **
29155 AATAGTTATTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCAT
1 AATAG---TTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCAT
* *** * * ** *
29220 AAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
63 AAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * *
29284 CCTAAA-T--TAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAATCAGTTAA
127 CAAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCA-GTTTATCGAATCAGTTCA
* * * * * *
29335 AATAATTATGGCCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTGTTTTGTCATAA
* * *
29400 AACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAATTAATTAATATTTCA
65 AACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * * * * *
29465 AAAATTAATAGGTAACAAATTTAAACAATAAATCTGTTTA-CTGAACCAATTCA
129 AAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATC-GAATCAGTTCA
* * * ** * *
29518 AATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATC-ATTCTCAAATTGTTAAAATCTTTAT-TTTT-TCATA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATT-TCAAATCATTATAACCTTT-TGTTTTGTCATA
* * ** * * *** * *
29580 AAAAAATTGTTTCTAATCATAGAAGTTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCC
64 AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * *
29644 AAAAATTAATAAG--AG--A-TT-AAAAA-AAATGTA-TTTGTTGAACCAGTTCA
128 AAAAATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAAT-CAGTTTATCGAATCAGTTCA
** * * **
29691 AATAGTTAAAACTACTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTCA-AACCTTTTGTTAAGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * * * **
29755 AATATTTGTTTTATG-TCTTAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAATCCAAATTTATGAACATTTGG
65 AACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * *
29819 AAAATTAAAAAGTAA-AAGATTAAAAAAATTAATC
129 AAAATTAATAAGTAAGAA-ATTTAAAAAATAAATC
29853 TATTTATTGA
Statistics
Matches: 1529, Mismatches: 338, Indels: 173
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 55 0.04
174 77 0.05
175 66 0.04
176 147 0.10
177 63 0.04
178 82 0.05
179 124 0.08
180 229 0.15
181 457 0.30
182 62 0.04
183 71 0.05
184 90 0.06
185 5 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
ACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCA
Found at i:28048 original size:375 final size:356
Alignment explanation
Indices: 27354--29656 Score: 997
Period size: 362 Copynumber: 6.4 Consensus size: 356
27344 GACAGATTTA
* *
27354 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
** * ** * *
27419 AAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTC-GAAAGTAATAA
65 TTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATA-TTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * * * *
27483 GCAAGAGATTTAAAAATTGAAGCTCTTTTTTGAACCACTTCAATAGTTATGACTATTTGAACAAA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCACTTTATCGAACCACTTCAATAATCATGACCATTTAAACAAA
* * * **
27548 TATCAATCTCAAATCATTATGATCTTTCTTTTTTCTCAAAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAG
194 TATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTTTCAATCATACAAG
** *
27613 CTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAGAGGTTTAAAAAATA
259 CTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAACA
* * *
27678 AATGTCTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTACGACTATTAGAATAGTTATG
324 AA------T--C-AAT---TT--AATA--AACCAAT-TTA-AATAGTTATG
*
27729 ACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACC-TTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
27794 TTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
65 TTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * * * *
27859 TAAGAAATTTAAAAAATAAATCAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAAC
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATCACTTTATCGAACCACTTC-AATAATCATGACCATTTAAACAAA
* * * * *
27924 TATCTATTTTAAATCATTATTACCTTT-TGTTTTATCATAAAAA-AATTGTTTTCAAT-GTACAA
194 TATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCA-AAAAACAATTGTTTTCAATCATACAA
* *
27986 GC-TATTTCTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAATTAATCAGAAATTTAAA
258 GCTTA-TTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AA-AATTAATAAGAAATTTAAA
*
28048 AAACAAATCAATTTATTAAACCAATTTAAATAGTTATG
319 AAACAAATCAATTTAATAAACCAATTTAAATAGTTATG
* ** * * *
28086 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTTTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATT-TTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
* * * * * * * *
28150 TGCTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATAATAATTTAGTAATA-TTCTAAAAATTAATAAC
66 TGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG
* * * * * * * *
28214 TATA-AGATTTAAAAAATAAATTTA-TTTGTC-AATCCAGTTCAA-ACAGTTAAGACTATATGAA
130 TA-AGAGATTTAAAAAATAAA-TCACTTTATCGAA-CCACTTCAATA-A-TCATGACCATTTAAA
* ** * ** * * * * * * * *
28275 CAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTT-TGCTTTGTCATAAAATAATT-ATTTCAGCTCAT
190 CAAATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTTTCA-ATCAT
* * * * * * *
28338 ACAAGCTTATTCGACAT-AGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAGGA
254 ACAAGCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG--AA--A
* * * * * * *
28402 TTTAGAAAA-TAATACTATTTACA-AAACGAGTTCAAATAGTTATA
313 TTTAAAAAACAAAT-CAATTTA-ATAAACCAATTTAAATAGTTATG
* * * * ** *
28446 ACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGA-CCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
28511 TTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAG
65 TTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* ** * * * * * * * * *
28576 TAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTAC-TTGCCAAACAATTTCAAATAGT-GTTACTATTTGAATAA
130 TAAGAGATTTAAAAAATAAATC-ACTTTATCGAACCACTTC-AATAATCATGACCATTTAAACAA
* * * * * * ** * * * **
28639 TTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTT-TATTTTGTCATCAAACAATTG-GTTCTATTTATATT
193 ATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTTTC-AATCATACA
* * * * *
28702 A-TTTCATTAGAAATAAAAATAATGCAAATTTAATAATATT-TCAAAACTTAATAACCAAGAAAA
257 AGCTT-ATT-CAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAA-TTAAT----AAGAAAT
* * * * *
28765 TTAAAAAATAAAGTTAATTGT--TGAACCAATTCAAATAGTTAAG
314 TTAAAAAACAAA-TCAATT-TAATAAACCAATTTAAATAGTTATG
* *** * * * * ** *
28808 ACTATATGAGTGATTGTCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTT-TTTTGTTGTAAAACAATTATTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCT-TTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* * * ** * * *
28872 TAT-TT-GTACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTC---AACTAATA
65 T-TGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTT-ATTAATATTTCAAAAATTAATA
* *** * * * * *
28931 AGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTAGT-GAATCATTTCAAATAGTTAAGA--ATATTAGA
128 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCACTTTA-TCGAACCACTTC-AATAATCATGACCAT-TTA-A
* * * * * *
28993 ATAATTAT--ATACTTTAAATCGTTTTGA-CTTTTTG-TTTAGTCATAAAAA-AATTG-TTTCAT
189 ACAAATATCAAT-C-TCAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTA-TCA-AAAAACAATTGTTTTCA-
* * * * * *
29052 TTCATACAAGTTTATTTAGAAT-AAATTAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAATTTAATAAGA
249 ATCATACAAGCTTATTCA-AATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AAAA-TTAATAAG-
* ** ** * * * *
29115 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCT-GAGCAAGTTCAAATAGTTATTATT
310 -A-A-ATTTAAAAAACAAATCAATTTAATAAACCAA-TTTAAATAG---TTATG
* * * * *
29168 ATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTT-TAATTTGTCATAAAATAATTGTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTGT--TTTATCATAAAACAATTGTT
*** * * ***** * * **
29232 TCAATTAATACAAGCTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAA
64 TTTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * * * * *
29297 G--A-A-ATTTAAAAAATAAAT-ATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTAAATA
129 GTAAGAGATTTAAAAAATAAATCA-CTTTATCGAACCACTT-CAATAATCATGACCATTTAAACA
* * * * * * * **
29357 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
192 AATATCAATCTCAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTTTCAATCATACA
* * *
29422 AGCTTATTCAAAATAAAAAAAATACTAA-TTAATTAATATTTCAAAAATTAATAGGTAACAAATT
257 AGCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAA-TAATA-TTCTAAAATT-A-A--TAAGAAATT
* * ** * * *
29486 TAAACAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATG
315 TAAAAAACAAATCAATTTAATAAACCAATTTAAATAGTTATG
* * * ** ** * * * *
29528 ACTAGTTAAACAATTATC-ATTCTCAAATTGTTAAAATCTTTATTTTTTCATAAAAAAATTGTTT
1 ACTATTTGAACAATTATCTATT-TAAAATCATTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTT
* ** * * * *** * * *
29592 CTAATCATAGAAGTTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAA
65 TTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
29656 G
129 G
29657 AGATTAAAAA
Statistics
Matches: 1506, Mismatches: 315, Indels: 230
0.73 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
353 4 0.00
354 17 0.01
355 131 0.09
356 76 0.05
357 156 0.10
358 51 0.03
359 85 0.06
360 166 0.11
361 199 0.13
362 234 0.16
363 73 0.05
364 17 0.01
365 11 0.01
366 6 0.00
367 4 0.00
369 1 0.00
373 3 0.00
374 40 0.03
375 188 0.12
376 44 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (356 bp):
ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTT
TGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
AAGAGATTTAAAAAATAAATCACTTTATCGAACCACTTCAATAATCATGACCATTTAAACAAATA
TCAATCTCAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCAAAAAACAATTGTTTTCAATCATACAAGCT
TATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAGAAATTTAAAAAACAAA
TCAATTTAATAAACCAATTTAAATAGTTATG
Found at i:29218 original size:722 final size:710
Alignment explanation
Indices: 27719--29729 Score: 1755
Period size: 722 Copynumber: 2.8 Consensus size: 710
27709 CGACTATTAG
* * * *
27719 AATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCATTTGTTTTATCATAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTAT-AACATTT-TTTTGTCATAAA
* * * * *
27784 ACAATTGTTTTTGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAA
64 ACAATTGTTTTTGTTAATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * *
27849 AATTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATC-AGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCC
129 AATTAAT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTA-TTTA-CCAAACAGTTCAAATAAT--TTGCC
* * * * * * *
27913 ATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAAAAATTGTTTTCA
189 ATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTGTTCA
* * *
27978 ATGTACAAGCTATTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAATTAATCAGAAAT
254 ATGTACAAGCTATTTCTAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAGAATTAATCAGAAAA
* * *
28043 TTAAAAAACAAATCAATTTATTAAACCAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
319 TTAAAAAACAAATCAATTTATTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATT
** * * *
28108 TCAAATTTTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAATTTTTTTGCTCATACAAGCTTATTCAGAA
384 TCAAATCGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTACTCATACAAGCTTATTCAGAA
*
28173 TAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAAATTAATAACTATAAGATTTAAAAAATAAATTTA
449 TAAAATAATAATAATTTAGTAATATTCT-AAAACTAATAACTATAAGATTTAAAAAATAAATTTA
* * *
28238 TTTGTCAATCCAGTTCAAACAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAAC
513 TTTGTCAATCCAGTTCAAACAGTTAAGAATATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAAAC
* * *
28303 TTTTGCTTTGTCATAAAATAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGACATAGAATAAAATTAA
578 TTTTGCTTTGTCATAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTAGACATAGAATAAAACTAA
* * *
28368 TTTATTAATATTTCAAAAATTTATAAGTAAAGGATTTAGAAAATAATACTATTTACAAAACGAGT
643 TTTATTAACATTTCAAAAATTTATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAATACTATTTACAAAACAAGT
28433 TCA
708 TCA
* * * * *
28436 AATAGTTATAACTATTTGCACAATTATCTATTTCAAATCGTTATTATATTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACA-TTT-TTTTGTCATAAA
* * *
28501 ACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAA
64 ACAATTGTTTTTGTTAATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * * * *
28566 AATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGTAAATCTACTTGCCAAACAATTTCAAATAGTGTTACTAT
129 AATTAAT-AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAAC-AGTTCAAATAAT-TTGCCAT
* * *
28631 TTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTG-GTTCTAT
191 TTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTGTTCAAT
* * * *
28695 TTA-TA-TTATTTCATTAGAAATAAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAA-AACTTAATAAC
256 GTACAAGCTATTTC--T--AAAT-AAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAGAA-TTAAT---
* * * * ***
28757 CAAGAAAATTAAAAAATAAAGTTAA-TTGTTGAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAGTGA
312 C-AGAAAATTAAAAAACAAA-TCAATTTATTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAA
* * * * ** * **
28821 TTGTCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTT-TTTTGTTGTAAAACAATTATTTTATTTGTACAAGC
375 TTATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-TTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTACTCATACAAGC
* * * * * *
28885 TTATTCTGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATT-T-CAACTAATAAGTA-AGATATTTAAA
439 TTATTCAGAATAAAATAATAATAATTT-AGTAATATTCTAAAACTAATAACTATA-AGATTTAAA
* * * * *
28946 AAATAAATTTGTTTAGTGAAT-CATTTCAAATAGTTAAGAATAT-TAGAATAATTATATACTTT-
502 AAATAAATTTATTT-GTCAATCCAGTTCAAACAGTTAAGAATATAT-GAACAATTATATA-TTTC
** * ** *
29008 AAATCGTT-TTGACTTTTTG-TTTAGTCATAAAAAAATTGTTTCATTTCATACAAGTTTATTTAG
564 AAATCGTTATAAAC-TTTTGCTTT-GTCATAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTA-TTAG
*
29071 A-ATA-AATTAATACTAATTTATTAACATTT-AAAAATTTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATA
626 ACATAGAA-TAAAACTAATTTATTAACATTTCAAAAATTT-ATAAGTAAAG-GATTTAAAAAATA
* * ** *
29132 A-ATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCA
688 ATA-CTATTTACAAAACAAGTTCA
*
29155 AATAGTTATTATTATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCAT
1 AATAGTTA-TA--ACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTT--TTTGTCAT
* *** * * * * *
29220 AAAATAATTGTTTCAATTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT
61 AAAACAATTGTTTTTGTTAATAAAAG-TTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT
** * * *
29284 CCTAAATT-A-A-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAGTTAAAATAATTATGG
125 CAAAAATTAATAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAA-CAGTTCAAATAATT-T-G
* *
29346 CCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTT
187 CCATTTAAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACC-TTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTGT
** * * * * *
29411 TTGATCATACAAGCT-TATTCAAAATAAAAAAAATACTAA-TTAATTAATATTTCAAAAATTAAT
251 TCAAT-GTACAAGCTAT-TTCTAAAT-AAAATAATACAAATTTAA-TAATATTTCAAGAATTAAT
* * ** * * * *
29474 -AGGTAACAAATTTAAACAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAGT-TAA
312 CA-G--A-AAA-TTAAAAAACAAATCAATTTATTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA-TATGA
* * * * * * * * *
29537 ACAATTATC-ATTCTCAAATTGTTAAAATCTTTATTTTTTCATAAAAAAATTGTTTCTAATCATA
371 ACAATTATCTATT-TCAAATCGTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTT-TACTCATA
* * ** * * * *
29601 GAAGTTTATTC-GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAA--ATTAA-TA-AGAGA-
434 CAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATAATAATTTAGTAATATTCTAAAACTAATAACTATA-AGAT
* * * * *
29660 TT-AAAAA-AAATGTATTTGTTGAA-CCAGTTCAAATAGTTAA-AACTACTA-GAATAATTATCT
497 TTAAAAAATAAATTTATTTG-TCAATCCAGTTCAAACAGTTAAGAA-TA-TATGAACAATTATAT
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559 ATTTCAAATC
29730 ATTCAAACCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (710 bp):
AATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACATTTTTTTGTCATAAAAC
AATTGTTTTTGTTAATAAAAGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
TTAATAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTATTTACCAAACAGTTCAAATAATTTGCCATTTAAA
TAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTGTTCAATGTACA
AGCTATTTCTAAATAAAATAATACAAATTTAATAATATTTCAAGAATTAATCAGAAAATTAAAAA
ACAAATCAATTTATTAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATC
GTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAACAATTATTTTACTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATA
ATAATAATTTAGTAATATTCTAAAACTAATAACTATAAGATTTAAAAAATAAATTTATTTGTCAA
TCCAGTTCAAACAGTTAAGAATATATGAACAATTATATATTTCAAATCGTTATAAACTTTTGCTT
TGTCATAAAAAAATTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTAGACATAGAATAAAACTAATTTATTAA
CATTTCAAAAATTTATAAGTAAAGGATTTAAAAAATAATACTATTTACAAAACAAGTTCA
Found at i:30462 original size:202 final size:199
Alignment explanation
Indices: 30147--30819 Score: 509
Period size: 200 Copynumber: 3.4 Consensus size: 199
30137 GCTATATTTG
* * * * * * ** * * *
30147 TCACAAAA-AAATGAGAAAACCTAATAAATTAGTAACAAAAGGTAAATCGGCATAGTATTAGTGA
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* * * * *
30211 CAAAATTAT--TGCTATCAATGATTGTAAGATAATATCTATTGTGACAATAAAATCAAATGTCAC
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* *
30274 CTTATGCGTTAATTTTTGTGACATTAGTTTTCATCAACTAGTTGTAAACAAAAACGTCATT-AAG
128 CTTATGC-TT--TTTTTGTGACATTAGTTTTCATCAACTAGTTATAAACAAAAACATCATTGAAG
***
30338 GCTATAATTG
190 GCTATAACCA
* * * * *
30348 TCACAAAATAAATGATAAAATCTTATATGTTTA-TGA-TGAAATG-TAAATCATTATAGA-ATTT
1 TCACAAAATAAATGATAAAATCTAATAT-ATTAGTGACT-AAA-GATAAATCATCACA-ATATTG
* * * * **
30409 GTGACATAATTATCATCACCAATGATTATAAGATATTGTCAAATGTGACAATAAAATTACACATC
62 GTGACACAATTATCATCACCAATGATTGTAAGATA-TGTCAAATGTGACAATAAAATCAAATGTC
* * ** * ** * * *
30474 ACCTTATGCTTTTTTTATGACGTTAGTTTTTGTTAGTTATTTATGAAGAAAAACATCATTGAAGG
126 ACCTTATGCTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCATCAACTAGTTATAAACAAAAACATCATTGAAGG
30539 CTATAACCA
191 CTATAACCA
**
30548 TCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACTAAAGATAAATTGTCACAATATTGGTGA
1 TCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACTAAAGATAAATCATCACAATATTGGTGA
** * * * *
30613 CACAATTATTGTCGCAAATTATTGTAAGATGATGTCAAATGTCACAATAAAATCAAATGTCACCT
66 CACAATTATCATCACCAATGATTGTAAGAT-ATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAATGTCACCT
* * * * *
30678 TATGCTTTTTTTGTGACATTAG-ATTCATTAGCTA-TATATAAA-AAAAA-GTCATTAAATGG-T
130 TATGCTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCATCAACTAGT-TATAAACAAAAACATCATTGAA-GGCT
* *
30738 TTAATCA
193 ATAACCA
* * * * * *
30745 TAACTAAATAAATGATAAAA--T--TATATTAGT-AATGAAAAATAAATCATCACAGTATTAGTG
1 TCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACT-AAAGATAAATCATCACAATATTGGTG
*
30805 ACACAATTAACATCA
65 ACACAATTATCATCA
30820 TTAAATCTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
192 2 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (199 bp):
TCACAAAATAAATGATAAAATCTAATATATTAGTGACTAAAGATAAATCATCACAATATTGGTGA
CACAATTATCATCACCAATGATTGTAAGATATGTCAAATGTGACAATAAAATCAAATGTCACCTT
ATGCTTTTTTTGTGACATTAGTTTTCATCAACTAGTTATAAACAAAAACATCATTGAAGGCTATA
ACCA
Found at i:31073 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 31053--31082 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
31043 AATCCAAATC
31053 TTGTGTTGAAGGTGA
1 TTGTGTTGAAGGTGA
*
31068 TTGTGTTGATGGTGA
1 TTGTGTTGAAGGTGA
31083 ATTTGGGTCA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.00, G:0.40, T:0.43
Consensus pattern (15 bp):
TTGTGTTGAAGGTGA
Found at i:32806 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 31389--33307 Score: 1516
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
31379 GATCATAACA
* * * * ** *
31389 ATTTGAGATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTGAA-TCGTTTCCATGAACAAATTTA-
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTT-GGTAAACAAATTTAT
* * * *
31452 TTTTTAAAT--C-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAGTATTATATTA-TTCTAA-A
65 TTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * ** * * * * * *
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130 AG-CTTGT-ATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * ** *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
* *
31630 TTTTAAATCTCC-TA-TCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCCAAAT
66 TTTTAAATC-CCTTACT-TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * *
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* * * * * * ** * *
31745 ATTTTAAATAAATAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCAGTAAATAGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
** * * * *
31810 TTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATAT
66 TTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* *
31875 GCTTGTATGAATAGAAACAATT-TCTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAACT-
131 GCTTGTATGAATAGAAAAAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TG
* * * *
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTG-GTA-AACAAATTTA
** * * * * * *
31985 TTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGAATCATTTTATTTAAAAT
64 TTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ***
32048 AAGCTTGTATAAATAGAAAAAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTTATAGCA
129 AAGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * *
32101 ATTTGATATAG-TACTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
* * * * * *
32165 TTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATA
66 TTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATA
* * * *
32229 AGCTTTTATGAATAGAAACAATTGTTTTGTGATAAAACAAAAGGTCATAA-G
130 AGCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * *
32280 AATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTG--C-A-CTT-GTCCAACAAATTCA
1 -ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGT-AAACAAATTTA
* * * * *
32340 TTTTTTAAATCCGTTACTTATTAATTTTT-AGAATGTTAATAAAGTAGCATTACTTTA-TTCTAA
64 TTTTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AA
** * * * * * **
32403 ATAAGAATATATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATCACA
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* * * * * * * **
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1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
* * * ** * *
32522 TTTTAAATCTCTTA-TTTTTTATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAA
66 TTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * ** *
32586 ACTTATATGAACA-AAAACATTTGTTTTATAATGAAACAAAAGGTAATAATG
131 GCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* *
32637 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAAGTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
* * **
32702 TTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTTTGAATAA
66 TTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
* * * * * *
32767 G-TTACTAAGAACTA-AAAAAATTATTTTATGATAAAACAAAAGGTAATTATG
131 GCTT-GTATGAA-TAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * * * ***
32818 ACTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTAAACTGGTTTGGCAAATGCATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
* * * * *
32883 TTTTAAA-CCTCTTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTACATTAGTACTATTTTATTTCGAAT
66 TTTTAAATCC-CTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * * * *
32946 AAACTTGTATGAATAGAAAATAGTTGTTCTATAACATAACAAAAGGTTATAATA
129 AAGCTTGTATGAATAGAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * *
33000 ATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACATATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
* * *
33065 TTTTACATCTCC-TACTTATTAATTTTTTAAATATTAGA-AAATTAGTATTATAAAATTTTATAT
66 TTTTAAATC-CCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA-ATAAATTAGTA-T-T---ATTTTATTT
* * * *
33128 CGAATAGGCTTGTATG-AT-GAAAAACAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATG
124 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
* * * * * * * * *
33186 ATTTGAAATAGATAATTATTAAAATGGCCATAATTTTTTGAACTAATTTGATAAACTAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
* * * * *
33251 TTTTAAATCTC-TATCTTATCAAATTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTT
66 TTTTAAATCCCTTA-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
33308 TGGATACGCT
Statistics
Matches: 1398, Mismatches: 283, Indels: 120
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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184 4 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATT
TTTTAAATCCCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA
GCTTGTATGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATG
Found at i:33860 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 33472--33860 Score: 444
Period size: 181 Copynumber: 2.1 Consensus size: 182
33462 TGTTCTGACC
* * * * **
33472 TTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATATATGCTTATTCGGAATAAAATAATACTAA
1 TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
* * * *
33537 TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAATATAAATTTATTTATCGAACAAG
66 TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTACCAAACAAG
* * * *
33602 TTCAAATGTTTATGAATATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACT
131 TTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATATATTTAAAATCATTATAACT
* * * * * * *
33654 TTTTTTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAAGCTTATCCAAAATAAAAATAATGCTA
1 TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAAT-AAAATAATACTA
* * * *
33719 CTTTATTAATTTTC-AAAAGTTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAA-TCAGTTTACCAAATC
65 ATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCA-TTTACCAAA-C
** * * * *
33781 -AGTTCAAATGATTATGGCCATTTGAACAACTATATATTTCAAATCGTTATTAGT
128 AAGTTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATATATTTAAAATCATTATAACT
33835 TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTT
1 TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTT
33861 ATTATAACAA
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 34, Indels: 7
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
180 2 0.01
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
TTTTGTTTTGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTGAAAAAATAAATTCATTTACCAAACAAG
TTCAAATGATTATGAACATTTGAACAACTATATATTTAAAATCATTATAACT
Found at i:34175 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 33860--34953 Score: 830
Period size: 181 Copynumber: 6.1 Consensus size: 181
33850 TAATAATTGT
* * * * * * * *
33860 TATTATAACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGACCCTTTGTTTTGTGAAAAAACAATTATTAT-
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * * * * *
33924 GTGCGTACAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
66 GTTCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
* * *
33989 AGAGATCTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGAC
131 AGAGATTTAAAAAATAAATATGATTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * *
34040 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAGTTGTTTTA
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * *
34105 GTTCTTACATGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGA
66 GTTCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGA
* * * * * * * **
34169 AAGAGATTTAAGAAATAAGTCT-ATT-TACCAAACAAATTCAAATGGTTACTAC
130 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGATTAT-CGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * *
34221 TATGT-GAATAATTGTCTATTT-AGAATCATTATAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTT
1 TAT-TAGAACAATTATCTATTTCA-AATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* ** * * * **
34284 CAGTTAATACTAGCTTAGAT-GGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAA
64 TAGTTCTTACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
* * * * * *
34348 GTAAA-AAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTAAAATAATTATTG-C
128 G-AAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGATTATCGAATCAGTTCAAATAGTTA-AGAC
* * * * * *
34403 CATTTGAACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * * *
34467 TTATCATACAAGTTTATTCA-AAGTAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAAATTAAT--
66 GT-TCTTACAAGCTTATTCAGAA-TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAA
* * * * *
34529 --AAGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGAC
128 GAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGA-TTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGAC
* ** *
34581 TATTTGAACAATTATAAATCTT-AAAT--TTTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
1 TATTAGAACAATTATCTAT-TTCAAATCATTTT--GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTT
* * * * ** *
34642 TTTGGTCTTAGAAGCTTATT-TGCTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAAT-
63 TTAGTTCTTACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
* * * * *
34705 ---AAGAGATTTAAAACATAACTATGTTTGTCGAA-CTAGTTCAAATAGTTAAAAC
127 AGAAAGAGATTTAAAAAATAAATATGATTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGAC
* * * * * *
34757 TATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATATTTGTTTCA
1 TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
* * ** *
34822 -TATCTTACAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATCCAAATTTATT-AGCTTTAAAAAATTAATAAG
66 GT-TCTTACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
34884 CAAA-AGATTTGAAAAAAAATAAAAATGTTTAT-TAAGCAAGTT-AAATAGTTATGAC
129 -AAAGAGATTT---AAAAAATAAATATGATTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTAAGAC
*
34939 TATTTGAACAATTAT
1 TATTAGAACAATTAT
34954 ATTGTTTCGG
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 144, Indels: 90
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 91 0.13
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179 5 0.01
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA
GTTCTTACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAA
AGAGATTTAAAAAATAAATATGATTATCGAATCAGTTCAAATAGTTAAGAC
Found at i:34946 original size:536 final size:538
Alignment explanation
Indices: 33866--34953 Score: 1143
Period size: 536 Copynumber: 2.0 Consensus size: 538
33856 TTGTTATTAT
* * * * * *
33866 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTGTGACCCTTTGTTTTGTGAAAAAACAATTATTATGTGCGTA
1 AACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTATGTGCATA
* *
33931 CAAGCTTATTCAGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATC
66 CAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAA-TAATAAGTAAGAGATC
* * * * * **
33996 TAAAAAATAAATTTGATTATCGAATCAGTTCAAATGGTTAAGACTATTAGAACAATTATCTATTT
130 TAAAAAATAAATCTGATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATAAATTT
* * * *
34061 CAAATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAGTTGTTTTAGTTCTTACATGCTTATTCAGA
195 CAAAT-ATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTTAGGTCTTACAAGCTTATTCAGA
* * *
34126 ATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAATAAGTCT
259 ATAAATTAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAAT---AAAGAGATTTAAGAAATAACTAT
* ** *
34191 ATTTACCAAACAAATTCAAATGGTTACTACTATGTGAATAATTGTCTATTTAGAATCATTATAAC
321 ATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAAACTATGTGAATAATTATCTATTTAGAATCATTATAAC
* * *
34256 CTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACTAGCTTAGATGGAATAAAATAATACTA
386 CTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACAA
* *** * * * *
34321 ATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAAATTTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCA
451 ATTTATTAAGATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAAATAAAAATGTTTACCGAAGCA
34386 GTTAAAATAATTATTGCCATTTG
516 GTTAAAATAATTATTGCCATTTG
* * * * *
34409 AACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTTATCAT
1 AACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTATGT-GCAT
* * * * * *
34474 ACAAGTTTATTCAAAGTAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-ATTAA-TAAGAGATT
65 ACAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATC
* *
34537 TAAAAAATAAATCT-ATTTACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATAAATC
130 TAAAAAATAAATCTGA-TTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATAAAT-
* * * * *
34601 TT-AAAT-TTTTAAGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTCTTAGAAGCTTATTT
193 TTCAAATATTTT--GACCTTTTGTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTTAGGTCTTACAAGCTTA-TT
** *
34663 GCTTAA-AAA-TAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAAT-AAGAGATTTAA-AACATAA
255 -CAGAATAAATTAATACTAATTTAATAACA-TTCAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAGAA-ATAA
* ** * * *
34723 CTATGTTTGTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAAACTAT-TGGAATAATTATCTATTTCA-AATCAT
317 CTATATTTACCAAACAAATTCAAATAGTTAAAACTATGT-GAATAATTATCTATTT-AGAATCAT
* * * ** **
34786 TTTGACCTTTTG-TTTGGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATCTAGAATAAAA
380 TATAACCTTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAGT-TAATACAAGCTTAGATAGAATAAAA
* * *
34849 TAATCCAAATTTATT-AGCTTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAATAAAAATGTT
443 TAATACAAATTTATTAAGATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTT--AAAAAAATAAAAATGTT
** * *
34913 TA-TTAAGCAAGTT-AAATAGTTA-TGACTATTTG
506 TACCGAAGC-AGTTAAAATAATTATTG-CCATTTG
34945 AACAATTAT
1 AACAATTAT
34954 ATTGTTTCGG
Statistics
Matches: 450, Mismatches: 78, Indels: 41
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
535 32 0.07
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ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (538 bp):
AACAATTATCGATTTCAAATCATTATGACACTTTGTTTTGTCAAAAAACAATTATTATGTGCATA
CAAGCTTATTCAAAGTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATAATAAGTAAGAGATCT
AAAAAATAAATCTGATTACCAAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACAATTATAAATTTC
AAATATTTTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAACAATTGTTTTAGGTCTTACAAGCTTATTCAGAAT
AAATTAATACTAATTTAATAACATTCAAAAAATTAATAAAGAGATTTAAGAAATAACTATATTTA
CCAAACAAATTCAAATAGTTAAAACTATGTGAATAATTATCTATTTAGAATCATTATAACCTTTT
GATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGATAGAATAAAATAATACAAATTTA
TTAAGATTTAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTAAAAAAATAAAAATGTTTACCGAAGCAGTTAA
AATAATTATTGCCATTTG
Found at i:35482 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 34975--37582 Score: 1586
Period size: 181 Copynumber: 14.5 Consensus size: 181
34965 TCATAAAATC
* * * * *
34975 TTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGTTTTAAAC
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * *
35040 AATAAATTTGTTTACCAAATAAATTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
66 AATAAATTTGCTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
* * * * * * *
35104 TGTTATGACCTTTTCTTTGGTCATAAAAC-ATTTGTATCAATTCATACAAGC
131 CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTA-TCATACAAGT
** *
35155 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-ATGACTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAA
* * * * * * * * * * * ** *
35219 AAGTGAATATGTTTACCGAATCAGCTCAAATAATTATGGCCATTTCAGTAATTATCTATTTCAAA
65 AAATAAATTTGCTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * *
35284 TCGTTATTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTTTTATCATACAAGT
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATCATACAAGT
* * * * *
35336 TTAATCGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAA
* * * * * * *
35400 AAATAAATTTGCTTACCAAATCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAA
65 AAATAAATTTGCTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * * *
35465 TCGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGT-TCATACTAGT
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCTATCATACAAGT
* * * * * *
35517 TTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAATA-TTCCAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * * * * *
35581 AAT-AATTT-CTTTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAA
66 AATAAATTTGC--TTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * * * *
35644 ATCGTTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTATACTAGC
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTA-TCATACAAGT
*** * *
35698 TTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * *
35762 AAAT-AATTT-CATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAA
65 AAATAAATTTGC--TTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
* * * * *
35825 AATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGT-TCATATAAGTT
128 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTCTATCATACAAG-T
* * *
35880 TTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** ** * * * * ** * * *
35944 AAATAAATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTCATGTGTGTTTGAAAAATTATCTATTTGAAA
65 AAATAAATTTGCTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * **
36009 TCGTCATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAA------ACTAGTCATTCAAAA
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTA-TCATACAAGT
* * * **
36055 TTATTTAGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * *
36116 ACTAAATCTG-TTCAAGAAAACA-TTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAA
66 AATAAATTTGCTT-ACCAAATCAGTTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * * * *
36179 ATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCTTTCATACAAGC
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATCATACAAGT
* * * * * *
36231 TTATTTAGATTAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * * * * *
36296 TAATAAATGTGTTTGTCAAA-CTAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAA
66 -AATAAATTTGCTTACCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAA
* * * * ** * *
36360 ATCATTCTGACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTTAGT-TCATACGAGC
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCTATCATACAAGT
* * * * * **
36413 TTATTTAAAATAAAGTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATCAGCCAGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* ** *** * *
36478 AATAAATTTGTTTA-CTGA--AGAACAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAG
66 AATAAATTTGCTTACCAAATCAGTTTAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * *
36539 TTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATC-ATAAAACAATTGTTTT
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTT-TCTATCATACAA--G---T
* * *
36597 AGCTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGC
1 ---T--T----A--T-T-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * ** ** * * *
36662 AAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTAGTAGA-CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAAT
53 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGCTTACCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * **
36726 TATCTATCTCAAATCATTTTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGCTTCTATTCATACAAG
117 TATCTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTA-TCATACAAG
*
36789 C
181 T
* *** * * * ** * * *
36790 ATATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGTTTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * * ** * * * * * *
36850 AATAAATATGTTTGCTGAA-CTAATTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
66 AATAAATTTGCTTACCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * * * *
36914 TCGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAA-TTGTTTC-AGTTCATACATGC
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTA--TCATACAAGT
* * * *
36966 TTATTCTAAATAAAATAATACT-A--T-TT--TA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAA
* * * * *
37024 AAAATAAATTTGTTTACCGAA-CAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
64 AAAATAAATTTGCTTACCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAA
* * * * * * * * *
37088 AATCGTTGTGACATTTTGTTTTATAATAACATAA-TTATTTC-AGTTCATAAAAGC
128 AATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTA--TCATACAAGT
* * * * * * ** *
37142 TTATCCAAAATGAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAGATGTTGGAGATTGAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
**** * * * *
37207 AATAAATCAATTTATCGAA-CTAGTTT--A-A-TTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
66 AATAAATTTGCTTACCAAATC-AGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAA
* * * * *
37267 TTC-TTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTC-ATCATAAAAGC
129 ATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCTATCATACAAGT
* * * * * *
37319 CTATTCGAAATAAAATAGTACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
* * ** * * * *
37383 AATAAATCTGTTTATTGAACTC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAA
66 AATAAATTTGCTTA-CCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
* * * * **
37447 TTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGT-TCATACAAAC
130 TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCTATCATACAAGT
* * * * *
37499 TTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAA
1 TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * *
37563 AAGTAAATTTGTTTGCCAAA
65 AAATAAATTTGCTTACCAAA
37583 CCAATTCAAT
Statistics
Matches: 1890, Mismatches: 442, Indels: 192
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 17 0.01
171 79 0.04
172 4 0.00
173 1 0.00
174 5 0.00
175 108 0.06
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177 80 0.04
178 72 0.04
179 40 0.02
180 328 0.17
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182 353 0.19
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187 1 0.00
188 1 0.00
189 1 0.00
193 1 0.00
195 1 0.00
196 4 0.00
197 65 0.03
198 9 0.00
199 21 0.01
200 39 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA
AATAAATTTGCTTACCAAATCAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAAT
CGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCTATCATACAAGT
Found at i:35817 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 34964--37564 Score: 1785
Period size: 180 Copynumber: 14.4 Consensus size: 181
34954 ATTGTTTCGG
* * * * *
34964 TTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * ** * *
35029 GAGTTTTAAACAATAA-ATTTGTTTACCAAATAAATTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAATA-TCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
35092 TCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTTTGGTCATAAAAC-ATTTGTATCAA
130 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-A
**
35144 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * * * **
35209 -ATGACTTAAAAAGTGAATAT-GTTTACCGAATCAGCTCAAATAATTATGGCCATTTCAGTAATT
66 GA-GATTTAAAAAAT-AATATCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
35272 ATCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTTTTTT-T
129 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA
* * * * * *
35324 TATCATACAAGTTTAATCGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTA
1 T-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * *
35388 AGAGATTTAAAAAAATAA-ATTTGCTTACCAAATCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTAAACAAT
65 AGAGATTT-AAAAAATAATA-TCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * * * * * *
35452 TGTATACTTGAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTT-G
128 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCA
* * * * * * * *
35506 TTCATACTAGTTTATTCAAAATAAAATAATATTAATCTAATAATA-TTCCAAAACTAATAACTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * * *
35570 GAGATTTAAAAAATAATTTCTTTTGCCGAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTAT
66 GAGATTTAAAAAATAATATCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* *
35635 CTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTTCAA
131 CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-A
* * *** * *
35687 TTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * *
35751 AGAGATTTAAAAAATAATTTCATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTA
65 AGAGATTTAAAAAATAATATCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * *
35816 TCTATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTT-G
130 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTTTTTTCA
* * * *
35868 TTCATATAAGTTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGT
1 TTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * ** * *
35932 AGGAGATTTAAAAAATAA-ATCTATTTA-CTGAACCAATTCAAATAGTCATGTGTGTTTGAAAAA
64 AAGAGATTTAAAAAATAATATC-GTTTACCT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * ** **
35995 TTATCTATTTGAAATCGTCATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAA-ACTAGTCA
127 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA
* * * **
36048 TTCA-A-AA--TTATTTAGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * *** * * * *
36105 GAGATTTAAAAACTAA-ATCTGTTCAAGAAAACATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTA
66 GAGATTTAAAAAATAATATC-GTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * * *
36169 TCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCT
130 TCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA
* * * * *
36220 TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * ** * * * * * *
36285 AAGATTTAAAATAATAA-ATGTGTTTGTCAAACTAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATT
66 GAGATTTAAAA-AATAATAT-CGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
36349 ATCAATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTT-A
129 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA
* * * * * * **
36401 GTTCATACGAGCTTATTTAAAATAAAGTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATCAGCC
1 -TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * ** *
36466 AGAGATTTAAAAAATAA-ATTTGTTTA-CTGA--AGAACAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAAT
65 AGAGATTTAAAAAATAATA-TCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAAT
* * *
36526 TATCTATTT-AAAGTTGTTATGACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATCATAAAACAA
128 TATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TTTT-T--T----C-A
* * * * *
36590 TTGTTTTAGCTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATT
1 ------T---TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * *
36655 AATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAA-ATCTATTTA-GTAGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATT
57 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAATATC-GTTTACCTA-ACCAGTTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * **
36718 TAAACAATTATCTATCTCAAATCATTTTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGCTTCTA
120 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTC-A
* *** * * * ** * *
36779 TTCATACAAGCATATTTGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAA-T--TAA-TAA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
* * * * * * *
36839 GAGTTTTAAAAAATAAATAT-GTTT-GCTGAACTAATTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATT
66 GAGATTTAAAAAAT-AATATCGTTTACCT-AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * *
36902 ATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAA-TTGTTTCA
129 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA
* * *
36954 GTTCATACATGCTTATTCTAAATAAAATAATACT-A--T-TT--TA-TTCAAAAAATTAATAAGC
1 -TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGT
* * * * * * *
37012 AAAAAAGTTTAAAAAATAA-ATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAA
64 AAGAGA-TTTAAAAAATAATA-TCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * *
37076 TTATCTATTTAAAATCGTTGTGACATTTTGTTTTATAATAACATAA-TTATTTCA
127 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA
* * * * * * * *
37130 GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATGAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAGATGTT
1 -TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
* * * * * * * * *
37195 GGAGATTGAAAAAATAA-ATCAATTTATCGAACTAGTT----TAATTATGGCAATTTGAACAATT
65 AGAGATTTAAAAAATAATATC-GTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* *
37255 ATCTATTTCAAATTC-TTATGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA
129 ATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCA
* * * * * * *
37309 -TCATAAAAGCCTATTCGAAATAAAATAGTACTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAG
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
*
37372 GAGATTTAAAAAATAA-ATCTGTTTA-TTGAACTC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
66 GAGATTTAAAAAATAATATC-GTTTACCT-AAC-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAT
* * * * *
37434 TATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTAT-G
128 TATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCA
* * * * * *
37488 TTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTA
1 TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTA
37552 AGAGATTTAAAAA
65 AGAGATTTAAAAA
37565 GTAAATTTGT
Statistics
Matches: 1895, Mismatches: 422, Indels: 207
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 13 0.01
171 84 0.04
172 10 0.01
173 2 0.00
174 7 0.00
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193 1 0.00
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195 1 0.00
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201 3 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (181 bp):
TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA
GAGATTTAAAAAATAATATCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTCA
Found at i:35854 original size:362 final size:360
Alignment explanation
Indices: 34981--37596 Score: 1853
Period size: 362 Copynumber: 7.3 Consensus size: 360
34971 AATCTTATCC
* * * *
34981 AAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGTTTTAAACAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * *
35046 TTTGTTTACCAAATAAATTTAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
66 TTTCTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
* * * * ***
35111 ACCTTTTCTTTGGTCATAAAACATTTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
* ** * * * *
35176 TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-ATGACTTAAAAAGTGAATATGTTTACCGAAT
196 TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
** * * * * ** * * *
35240 CAGCTCAAATAATTATGGCCATTTCAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTATTAGCTTTTGTTTGG
260 CAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTG
* ** * * *
35305 TCATATAACAATTTTTTTTTA-TCATACAAGTTTAATC
325 -CATAAAACAATTTTTTTCAATTCATAC-AGCTTATTT
* * * *
35342 GAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAA
* * * * * * *
35406 ATTTGC-TTACCAAATCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCGTT
65 ATTT-CTTTACCAAATCAATTCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTT
* * * * * * *
35470 ATAACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACTAGTTTATTCAAAATAAAATAA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * *
35535 TATTAATCTAATAATA-TTCCAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAAT-AATTTCTTTTGCCG
193 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCG
* * * * * *
35598 AACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACATTTTGTT
257 AACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
*
35663 TTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTT
322 TTG-CATAAAACAATTTTTTTCAATTCATAC-AGCTTATTT
** * *
35704 GGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT-A
1 AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * * * *
35767 ATTTCATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTT
65 ATTTC-TTTACCAAATCAATTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTT
* * * * *
35832 ATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTGTTCAAAATAAAATA
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATA
* * * * * *
35897 ATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
192 ATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
* * * ** * * * *
35961 GAACCAATTCAAATAGTCATGTGTGTTTGAAAAATTATCTATTTGAAATCGTCATGACCTTTTGT
256 GAACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
** ** *
36026 TTTGCATAAAACAA-ACTAGTC-ATTCA-A-A-ATTATTT
321 TTTGCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACAGCTTATTT
* * ** *
36061 AGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** * * * * * * *
36122 TCTGTTCAAGAAAACATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTAT
66 TTTCTTTACCAAATCAATTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
* * * * * * *
36187 GATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCCT-TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAACAAT
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * ** *
36250 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATGTGTTTGTCAA
194 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATATGTTTACCGA
* * * * *
36315 ACTAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTT
258 ACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * *
36380 AGGCATAAAACAATTATTTT-AGTTCATACGAGCTTATTT
323 -TGCATAAAACAATTTTTTTCAATTCATAC-AGCTTATTT
* * * * **
36419 AAAATAAAGTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATCAGCCAGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* ** * * *
36484 TTTGTTTACTGAA-GAA--CAAATAGATTTGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTGTTAT
66 TTTCTTTACCAAATCAATTCAAATAG-TTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
* * * *
36546 GACTTTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAACT
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG---T-T--T-------TTG---T---TCATACAAGCT
* * * * *
36611 TATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAA
176 TATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * * * * * * * *
36676 CTAAATCTATTTA--GTAGACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTAAACAATTATCTATCTCAAA
241 ATAAATATGTTTACCG-A-ACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * ** * *
36739 TCATTTTGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGCTTCTATTCATACAAGCATATTT
304 TCGTTATGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAATTTTTTTCAATTCATAC-AGCTTATTT
** * * * ** * * *
36796 GGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAA-T--TAA-TAAGAGTTTTAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * ** ** * * * *
36856 TATGTTTGCTGAA-CTAATTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTC
66 TTTCTTTACCAAATC-AATTCAAATAGT-TTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
* * * ** * *
36920 TAACCTTTTATTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCTAAATAAAATAAT
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * *
36985 ACT-A-TT--T--TA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
194 ACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATATGTTTACCG
* * * * *
37043 AACAAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCGTTGTGACATTTTGTT
257 AACCAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * **
37108 TT--ATAATAACATAATTATTTCAGTTCATAAAAGCTTATCC
322 TTGCATAA-AACA-ATTTTTTTCAATTCAT-ACAGCTTATTT
* * * * * ** *
37148 AAAATGAAATAATATTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAAGATGTTGGAGATTGAAAAAATAAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*** * * * * * * * * *
37213 TCAATTTATCGAA-CTAGTT-TAAT--TATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTCTTAT
66 TTTCTTTACCAAATC-AATTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTAT
* * * ** * * * *
37274 GAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATAAAAGCCTATTCGAAATAAAATAGTA
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * * * **
37339 CTAA-TTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAAC
195 CTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAAC
* * * * * *
37403 TC-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTATAACCTTTTGTTTT
260 -CAATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
37467 GTCATAAAACAA-TTATTT-ATGTTCATACAAACTTATTC
324 G-CATAAAACAATTTTTTTCA-ATTCATAC-AGCTTATTT
* * * * * *
37505 AGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAA
1 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * * *
37569 ATTTGTTTGCCAAACCAATTCAATTAGT
65 ATTTCTTTACCAAATCAATTCAAATAGT
37597 GAAGGCTATA
Statistics
Matches: 1760, Mismatches: 405, Indels: 181
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
349 7 0.00
350 25 0.01
351 118 0.07
352 141 0.08
353 171 0.10
354 20 0.01
355 1 0.00
356 35 0.02
357 220 0.12
358 61 0.03
359 47 0.03
360 77 0.04
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362 227 0.13
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364 86 0.05
365 4 0.00
366 1 0.00
369 1 0.00
371 1 0.00
372 30 0.02
373 4 0.00
374 1 0.00
375 60 0.03
376 11 0.01
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378 58 0.03
379 65 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (360 bp):
AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
TTTCTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTTGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATAC
TAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAACC
AATTCAAATAATTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGC
ATAAAACAATTTTTTTCAATTCATACAGCTTATTT
Found at i:36183 original size:171 final size:180
Alignment explanation
Indices: 34980--36570 Score: 705
Period size: 182 Copynumber: 8.9 Consensus size: 180
34970 AAATCTTATC
* * *
34980 CAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATT-TCAAAAATTAATA-AGGAAGAGTTTTAAACAAT
1 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCT-AAAAATTAATAGAGG-AGA--TTTAAAAAAT
* * * * * *
35043 AAATTTGTTTACCA-AATA-AATTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATT
62 AAATCTATTCA-CAGAA-ACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATC
* * ** * *
35105 GTTATGACCTTTTCTTTGGTCATAAAACATTTGTA-TCAATTCATACAAGCTTA--TT
125 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTAGTC-ATTCATATAAG-TTATGTT
* * * * * * *
35160 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA-AGTAAATGACTTAAAAAGTG
1 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAGAG--GA-GATTTAAAAAATA
* * * * * ** * * * * * *
35224 AATATGTTTACCGAATCAGCTCAAATAATTATGGCCATTTCAGTAATTATCTATTTCAAATCGTT
63 AATCTATTCACAGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTT
* * * * * ** ** * **
35289 ATTAGCTTTTGTTTGGTCATATAAC-AATTTTTTTTTATCATACAAGTT-TAAT
128 ATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTAGTCAT-TCATATAAGTTATGTT
* * * * *
35341 CGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATA
1 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAAT-AG-AGGAGATTT-AAAAAATA
* * * * * * * * * * *
35405 AATTTGCTT-ACCA-AATCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCG
63 AATCT-ATTCA-CAGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCG
* * * * * * ** ** *
35468 TTATAACTTTTTGTTTTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACT-AGTT-TATT
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTAGTCATTCATA-TAAGTTATGTT
* * * * *
35522 CAAAATAAAATAATATTAATCTAATAATATTCCAAAACTAATAACTA-A-GAGATTTAAAAAATA
1 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAA--ATTAA-TAGAGGAGATTTAAAAAATA
* * * * * * * ** *
35585 ATTTCTTTTGC-C-GAACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATCG
63 A-ATCTATT-CACAGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCG
* * * * ** *
35648 TTATGACATTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTATACT-AGCTTAT-TT
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTAGTC-ATTCATA-TAAG-TTATGTT
** * * * *
35704 -GGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT
1 CAAAATAAAATAATACT-AATATATTAATATTCT-AAAAATTAAT-A-GAGGAGATTTAAAAAAT
* * ** * * * * *
35766 -AATTTCATTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTG
62 AAATCT-ATTCACAGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCG
* * ** ** *
35830 TTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTGTT
126 TTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTAGTCATTCATATAAGTTATGTT
*
35885 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAA
1 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATA-G-AGGAGATTTAAAAAATAA
* * * * ** * * * *
35950 ATCTATTTACTGAACCAATTCAAATAGTCATGTGTGTTTGAAAAATTATCTATTTGAAATCGTCA
64 ATCTATTCACAGAAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTA
36015 TGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAAA-CTAGTCATTCA-A-AA-TTAT-TT
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTAGTCATTCATATAAGTTATGTT
* * * *
36061 -AGAATAAAATAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAATA-A-GAGATTTAAAAACTAAAT
1 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCTAAAAATTAATAGAGGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * *
36123 CTGTTCA-AGAAAACATTTCAAATAGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTAT
66 CTATTCACAG-AAACAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCGTTAT
* * * * * * *
36187 GATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGT-TTCCTTTCATACAAGCTTAT-TT
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTAGT-CATTCATATAAG-TTATGTT
* * * * * **
36237 -AGATTAAAACAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAAT
1 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AG-AGGAGATTTAAAA-AAT
* * ** * * * * * *
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62 AAATCT-ATTCACAGAAAC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATC
* * * * * * **
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125 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTA-GTCA-TTCATATAAG-TTATGTT
* * *
36419 -AAAATAAAGTAATACTAATTTATTAACATT-TAAAAAATTAATCAGCCA-GAGATTTAAAAAAT
1 CAAAATAAAATAATACTAATATATTAATATTCT-AAAAATTAAT-AG--AGGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * *
36481 AAATTTGTTTACTG-AAGAA--CAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTTAAAGTTG
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* *
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ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATCTAGTCATTCATATAAGTTATGTT
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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** * * * *** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * ** * **
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* * * *
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128 TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTAT-AACCTT
* * *
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1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
* * * * *
37344 TATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTCGTTC
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* *
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* * *
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1 TTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATTCATA-AAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * * *
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AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTT
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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** * * * * ** * * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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* ** * *
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*
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* * *
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1 -AACATTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTCATCATAAAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * ** *
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* * * *
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* * *
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AATTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACTAG
TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCA
TAAAACAATTATTTATGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAATACTAATCTAATAATATTT
AAAATTAAATAAGAGATTGAAAAAATAAATATGTTTGCTGAACTAATTCAAATAGGCAAGACTAT
TAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
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1 GATTACATA
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GATTACATA
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* * *
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*
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TAA
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*
46965 ATAATCATAATAATAATAAAAGAACAAAAT
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ATAATAATAATAATAATAAAAGAACAAAATTAT
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* * *
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* * ** * *
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* ** * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* ** * ** * *
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* * * * * * * * * **
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* * * * *
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TTAAATTCAAAA
Found at i:47333 original size:116 final size:116
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47130 ATTTGAAAGG
* * * * *
47140 CTCCTCTAAACAAAGGCTATAC-AACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTCTCACCAGAGGCAACGAAC
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* * **
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* ** *
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* *
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* * * * *
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**
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47483 AAAGATTTGA
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*
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* *
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* * *
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118167 ATGTTTCCTC
* *
118177 GAACACCATCGGCACATGCTGACCCTTGGTGTAGGCACTTACCTT
1 GAACACCATCGACACATGCTGACCCTTGGTGT-GGCACATACCTT
* * **
118222 GAACACCATTGACACATGTTGGGCCTTGGTGTGGCACATACCTT
1 GAACACCATCGACACATGCTGACCCTTGGTGTGGCACATACCTT
118266 -AACCACCAT
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118275 TAGCACTTGC
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GAACACCATCGACACATGCTGACCCTTGGTGTGGCACATACCTT
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122757 AAAAATCAAG
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1 GATTACATA
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1 GATTACATA
122785 GATTACATA
1 GATTACATA
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Statistics
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9 18 1.00
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GATTACATA
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1 TTTTATTTTTTT
129808 TAAAAAAAAT
Statistics
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TTTTATTTTTTTCAGG
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130687 TTTTAAAGAT
*
130697 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA GAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
* * *
130745 CAA -AA TTA T-A TAA TCA TAA TAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
130770 GAAAAGAACA
Statistics
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TAA
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130915 AATTTGAAAG
* * * *
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* *
130965 GCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAACTTTAAATTC-AAAA
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* * * ** * *
131003 GCTGCTTTAACCATAGGCAATGAATTTTAAATTCAAAAG
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* ** *
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* * *
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* * **
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* * * * * *
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* *
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* *
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131269 AAAGATCTGA
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GCTCCTCTAACCAGAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAA
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130915 AATTTGAAAG
* * * * * *
130925 GCTCCTCTAAACAAAGGCTATATAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAAC
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65 TTTAAATTCAAAA
* * ** * **
131003 GCTGCTTTAACCATAGGCAATGAATTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCATTAGAGGCAACAAACT
1 GCTCCTTTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGCAACAAACT
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66 TTAAATTCAAAA
* * * * * * * * **
131080 GGCTCCTCTCACTAGAGGCAACAAACTTTAAATCCAAAA-GCTCCTTTAACCA-AAGCTAATGAA
1 -GCTCCTTTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGC-AACAAA
131143 CTTTAAATTCAAAAA
64 CTTTAAATTC-AAAA
* * * *
131158 ACTCCTTTAACCAAAGGCAACAAACTTTCAATGTTAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAAC
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65 TTTAAATTCAAAA
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1 GCTCCTTTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATT
131269 AAAGATCTGA
Statistics
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GCTCCTTTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGCAACAAACT
TTAAATTCAAAA
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Period size: 116 Copynumber: 2.9 Consensus size: 115
130916 ATTTGAAAGG
* * * *
130926 CTCCTCTAAACAAAGGCTATATAACTTTAAATTCAAAAAGCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAACT
1 CTCCTCTAACCAAAGGCAACA-AACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAACT
* * **
130991 TTAAATTCAAAAGCTGCTTTAACCATAGGCAATGAATTTTAAATTCAAAAGG
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* ** * * *
131043 CTCCTCTCATTAGAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCACTAGAGGCAACAAACTT
1 CTCCTCTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAACTT
* *
131108 TAAATCCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGCTAATGAACTTTAAATTCAAAAAA
66 TAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAGGC-AATGAACTTTAAATTCAAAAAA
* * *
131159 CTCCTTTAACCAAAGGCAACAAACTTTCAATGTTAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAACT
1 CTCCTCTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAAT-TCAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAACT
**
131224 TTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATT
65 TTAAATTCAAAAGCTCCTTTAACC-AAGGCAATGAACTTTAAATT
131269 AAAGATCTGA
Statistics
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CTCCTCTAACCAAAGGCAACAAACTTTAAATTCAAAAGGCTCCTCTCACCAGAGGTAACAAACTT
TAAATTCAAAAGCTCCTTTAACCAAGGCAATGAACTTTAAATTCAAAAAA
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143202 TCAAATATCA
143212 ATTATTATTATTTTC
1 ATTATTATTATTTTC
143227 ATTATTATTATTTT-
1 ATTATTATTATTTTC
*
143241 -TTATTATTGTTTTAC
1 ATTATTATTATTTT-C
143256 ATT
1 ATT
143259 GTTCTAATCA
Statistics
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13 12 0.43
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ATTATTATTATTTTC
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143392 TAAAAGATTC
143402 ATTTAAACAA-TTTATTTTTTT
1 ATTT-AACAATTTTATTTTTTT
*
143423 ATTTATCAATTTTTATTTTTTT
1 ATTTAACAA-TTTTATTTTTTT
143445 TTAGCAAAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTAACAATTTTATTTTTTT
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*
143672 AAAAATCAACATAAAAATC
1 AAAAATCAAAATAAAAATC
*
143691 AAAAATCAAAATCAAAATC
1 AAAAATCAAAATAAAAATC
*
143710 -AAAATGGAAAATAAAAA
1 AAAAAT-CAAAATAAAAA
143727 GAAAAAGAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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AAAAATCAAAATAAAAATC
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Indices: 143673--143714 Score: 57
Period size: 6 Copynumber: 6.8 Consensus size: 6
143663 AAAAAACAAA
* *
143673 AAAATC AACATA AAAATC AAAAATC AAAATC AAAATC AAAAT
1 AAAATC AAAATC AAAATC -AAAATC AAAATC AAAATC AAAAT
143715 GGAAAATAAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
6 25 0.81
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Consensus pattern (6 bp):
AAAATC
Found at i:144574 original size:28 final size:29
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Indices: 144514--144590 Score: 84
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144504 AAGATTAATA
* *
144514 ATAATAATAATATTAATAATAAACATAATTAT
1 ATAATAATAATA--AAAAAT-AACAAAATTAT
*
144546 ATAATAGTAA-AAAAAATAACAAAATTAT
1 ATAATAATAATAAAAAATAACAAAATTAT
*
144574 ATATTAATAATAAAAAA
1 ATAATAATAATAAAAAA
144591 AGGAACAAAA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 5, Indels: 5
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Consensus pattern (29 bp):
ATAATAATAATAAAAAATAACAAAATTAT
Found at i:144588 original size:31 final size:30
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Indices: 144543--144602 Score: 84
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144533 TAAACATAAT
* *
144543 TATATAATAGTAAAAAAAATAACAAAATTA
1 TATATAATAATAAAAAAAAGAACAAAATTA
*
144573 TATATTAATAATAAAAAAAGGAACAAAATT
1 TATA-TAATAATAAAAAAAAGAACAAAATT
144603 GGTACCTACA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 1
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Matches are distributed among these distances:
30 4 0.15
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Consensus pattern (30 bp):
TATATAATAATAAAAAAAAGAACAAAATTA
Found at i:148502 original size:18 final size:18
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Indices: 148479--148513 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
148469 GTCCTATGAT
148479 AATCTCAATG-AGAACAAG
1 AATCTC-ATGTAGAACAAG
148497 AATCTCATGTAGAACAA
1 AATCTCATGTAGAACAA
148514 AGGGGAAAAG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.19
18 13 0.81
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Consensus pattern (18 bp):
AATCTCATGTAGAACAAG
Found at i:154935 original size:45 final size:45
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Indices: 154826--154935 Score: 112
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154816 GACTATCATC
* *
154826 GACACAAGCTAACCTTTGGTACGAGCACTTACATCAACCACCATT
1 GACACAAGCTAGCCCTTGGTACGAGCACTTACATCAACCACCATT
* * * * * * * *
154871 GACACAAGCTGGCCTTTGGTATGGGCACTTGCCTCAATCACTATT
1 GACACAAGCTAGCCCTTGGTACGAGCACTTACATCAACCACCATT
* *
154916 GGCACATGCTAGCCCTTGGT
1 GACACAAGCTAGCCCTTGGT
154936 GTGAGCACAT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 12, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 53 1.00
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GACACAAGCTAGCCCTTGGTACGAGCACTTACATCAACCACCATT
Found at i:154965 original size:23 final size:23
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Indices: 154917--154971 Score: 65
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154907 ATCACTATTG
* * **
154917 GCACATGCTAGCCCTTGGTGTGA
1 GCACATGCCAACCCTTGGTGCAA
154940 GCACATGCCAACCCTTGGTGCAA
1 GCACATGCCAACCCTTGGTGCAA
*
154963 GCATATGCC
1 GCACATGCC
154972 TCAATTAGCA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 5, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 27 1.00
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GCACATGCCAACCCTTGGTGCAA
Found at i:156536 original size:410 final size:411
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Indices: 155760--156587 Score: 1144
Period size: 410 Copynumber: 2.0 Consensus size: 411
155750 ATTTAGGGTG
* *
155760 TATGCCATTGTTGCCTATTGGATGGCAGGAGCAGTTTCATAGACATTGCTTGTGTTTCTCCCATG
1 TATGCCATTGTTGCCTATTGGATGGAAGGAGCAGTCTCATAGACATTGCTTGTGTTTCTCCCATG
* ** * **
155825 CCAAGCAGTCATAGCATGGCCTCGTATGTTGTTTTAGCTAGTCGCTCATCAAATAATTGATTAGG
66 CCAAGCAGTCATAGCATGGCCTCATACATTGTTTCAGCTAGTCGCTCATCAAATAATCAATTAGG
* *
155890 TGGGTTATATACCAGTGTGCATGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTATG
131 TGGGTTATAGACCAGTATGCATGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTATG
* *
155955 ATTGTACATGTTGGCAAGCTCTAAGCTTGATGCATCAAACTGTTGACCCATCATCCATTTCAATC
196 ATTGTACATGTTGGCAAGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
* * * ** *
156020 TACCCCTATGTAGTCATCATACCTTGGTGGTGTAATTAGGATCCTATGCCGTATGCCAAAATCAA
261 TACCCCTATATAGTCATCATACCTTGGGGGTGCAATTAGGATCCTATGCCACATACCAAAATCAA
* * *
156085 TGGAAATCGGATGTCTTGCCATCTCTCATCAATCCTATGTCCTTAGAGGCTACAAGTCA-AACTT
326 TGGAAACCAGATGTCTTGCCATCTCTCATCAATCCTATGTCCTTAGAGGCTACAAGTCAGAACCT
156149 CAATCATGCCTCATGACCCAAT
391 -AATCATGCCTCATGACCCAAT
* * * * * *
156171 TATGCCATTGTTGCCTATTGGATGTTAAGG-GTAGTCTCGTGGACCTTGCTTGTGTTTTTCCCAT
1 TATGCCATTGTTGCCTATTGGATG-GAAGGAGCAGTCTCATAGACATTGCTTGTGTTTCTCCCAT
* * * * * * * * *
156235 GCTAAGCAGTTATGGTATGGCCTCATACATTGTTTCATCT-GCTTGCTCGTCGAATAATCAATTG
65 GCCAAGCAGTCATAGCATGGCCTCATACATTGTTTCAGCTAG-TCGCTCATCAAATAATCAATTA
* **
156299 GGTGGGTTATAGATCAGTATGTGTGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTA
129 GGTGGGTTATAGACCAGTATGCATGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTA
* *
156364 TGGTTGTGA-AT-TTGGCAGGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCA
194 TGATTGT-ACATGTTGGCAAGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCA
*
156427 ATCTACCCCTATATGGTCATCATACCTTGGGGGTGCAATTAGGATCCTATGCCACATACCAAAAT
258 ATCTACCCCTATATAGTCATCATACCTTGGGGGTGCAATTAGGATCCTATGCCACATACCAAAAT
* * * * **
156492 CAATGGAAACCAGATGTCTTGCCATTTCTCCTCAATCTTATGTCCTTAGGGGCTATGAGTCAGAA
323 CAATGGAAACCAGATGTCTTGCCATCTCTCATCAATCCTATGTCCTTAGAGGCTACAAGTCAGAA
*
156557 CCTAATCATGCCTCATGACCTAAT
388 CCTAATCATGCCTCATGACCCAAT
156581 TATGCCA
1 TATGCCA
156588 CCCAAACCTC
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 49, Indels: 9
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
410 189 0.52
411 171 0.47
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ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (411 bp):
TATGCCATTGTTGCCTATTGGATGGAAGGAGCAGTCTCATAGACATTGCTTGTGTTTCTCCCATG
CCAAGCAGTCATAGCATGGCCTCATACATTGTTTCAGCTAGTCGCTCATCAAATAATCAATTAGG
TGGGTTATAGACCAGTATGCATGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTATG
ATTGTACATGTTGGCAAGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
TACCCCTATATAGTCATCATACCTTGGGGGTGCAATTAGGATCCTATGCCACATACCAAAATCAA
TGGAAACCAGATGTCTTGCCATCTCTCATCAATCCTATGTCCTTAGAGGCTACAAGTCAGAACCT
AATCATGCCTCATGACCCAAT
Found at i:162309 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 162257--162310 Score: 72
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
162247 AAGTGGGCCT
*
162257 ACACCTAGGTATGACCATGCACCC
1 ACACCTAGGCATGACCATGCACCC
* * *
162281 TCACCTAGGCCTGACCATGCACTC
1 ACACCTAGGCATGACCATGCACCC
162305 ACACCT
1 ACACCT
162311 CGGTCATCAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
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ACACCTAGGCATGACCATGCACCC
Found at i:177520 original size:36 final size:36
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Indices: 177480--177558 Score: 104
Period size: 36 Copynumber: 2.2 Consensus size: 36
177470 CCATCAACAA
**
177480 ATGCTAGCTTATTGTTGCCTCAGACACCACCAGCAG
1 ATGCTAGCCCATTGTTGCCTCAGACACCACCAGCAG
* **
177516 ATGCTAGCCCATTGTTGCCTTAGACACCTTCAGCAG
1 ATGCTAGCCCATTGTTGCCTCAGACACCACCAGCAG
*
177552 AAGCTAG
1 ATGCTAG
177559 TGTCATTGGC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 37 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.29, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (36 bp):
ATGCTAGCCCATTGTTGCCTCAGACACCACCAGCAG
Found at i:194892 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 194828--194937 Score: 121
Period size: 45 Copynumber: 2.4 Consensus size: 45
194818 GACTATCATC
* *
194828 GACACAAGCTGACTTTTGGTACGAGCACTTACATCAACCACCATT
1 GACACAAGCTGGCCTTTGGTACGAGCACTTACATCAACCACCATT
* * * * *
194873 GACACAAGCTGGCCTTTGGTATGGGCACTTACCTCAATCACTATT
1 GACACAAGCTGGCCTTTGGTACGAGCACTTACATCAACCACCATT
* * * *
194918 GGCACATGCTAGCCCTTGGT
1 GACACAAGCTGGCCTTTGGT
194938 GTGAGCACAT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 11, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 54 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.28, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (45 bp):
GACACAAGCTGGCCTTTGGTACGAGCACTTACATCAACCACCATT
Found at i:196586 original size:410 final size:411
Alignment explanation
Indices: 195762--196589 Score: 1175
Period size: 410 Copynumber: 2.0 Consensus size: 411
195752 ATTTAGGGTG
*
195762 TATGCCATTGTTGCCTATTGGATGGCAGGAGTAGTCTCATAGACATTGCTTGTGTTTCTCCCATG
1 TATGCCATTGTTGCCTATTGGATGGAAGGAGTAGTCTCATAGACATTGCTTGTGTTTCTCCCATG
* ** * *
195827 CCAAGCAGTCATGGCATGGCCTCGTATGTTGTTTTAGCTAGTCGCTCATCGAATAATTGATTAGG
66 CCAAGCAGTCATGGCATGGCCTCATACATTGTTTCAGCTAGTCGCTCATCGAATAATCGATTAGG
*
195892 TGGGTTATATACCAGTGTGCATGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTACG
131 TGGGTTATATACCAGTATGCATGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTACG
* *
195957 ATTGTACATGTTGGCAAGCTCTAAGCTTGATGCATCAAACTGTTGACCCATCATCCATTTCAATC
196 ATTGTACATGTTGGCAAGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
* ** *
196022 TACCCCTATGTAGTCATCATACCTTGGTGGTGCAATTAGGATCCTATGCCGTATGCCAAAATCAA
261 TACCCCTATATAGTCATCATACCTTGGTGGTGCAATTAGGATCCTATGCCACATACCAAAATCAA
* *
196087 CGGAAATCGGATGTCTTGCCATCTCTCATCAATCCTATGTCCTTAGAGGCTACAAGTCAAACTTC
326 CGGAAACCAGATGTCTTGCCATCTCTCATCAATCCTATGTCCTTAGAGGCTACAAGTCAAACTTC
196152 AATCATGCCTCATGACCCAAT
391 AATCATGCCTCATGACCCAAT
* * * *
196173 TATGCCATTGTTGCCTATTGGATGTTAAGG-GTAGTCTCGTGGACATTGCTTGTGTTTTTCCCAT
1 TATGCCATTGTTGCCTATTGGATG-GAAGGAGTAGTCTCATAGACATTGCTTGTGTTTCTCCCAT
* * * * * * *
196237 GCTAAGCAGTTATGGTATGGCCTCATACATTGTTTCATCT-GCTTGCTCGTCGAATAATCGATTG
65 GCCAAGCAGTCATGGCATGGCCTCATACATTGTTTCAGCTAG-TCGCTCATCGAATAATCGATTA
* **
196301 GGTGGGTTATA-GCTCAGTATGTGTGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCT
129 GGTGGGTTATATAC-CAGTATGCATGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCT
* * *
196365 ATGGTTGTGA-AT-TTGGCAGGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTC
193 ACGATTGT-ACATGTTGGCAAGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTC
*
196428 AATCTACCCCTATATGGTCATCATACCTTAGG-GGTGCAATTAGGATCCTATGCCACATACCAAA
257 AATCTACCCCTATATAGTCATCATACCTT-GGTGGTGCAATTAGGATCCTATGCCACATACCAAA
* * * * * **
196492 ATCAATGGAAACCAGATGTCTTGCCATTTCTCCTCAATCTTATGTCCTTAGGGGCTATGAGTCAG
321 ATCAACGGAAACCAGATGTCTTGCCATCTCTCATCAATCCTATGTCCTTAGAGGCTACAAGTCA-
* *
196557 AACTT-AATCATGCCTCGTGACCTAAT
385 AACTTCAATCATGCCTCATGACCCAAT
196583 TATGCCA
1 TATGCCA
196590 CCCAAACCTC
Statistics
Matches: 369, Mismatches: 42, Indels: 13
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
410 187 0.51
411 178 0.48
412 4 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (411 bp):
TATGCCATTGTTGCCTATTGGATGGAAGGAGTAGTCTCATAGACATTGCTTGTGTTTCTCCCATG
CCAAGCAGTCATGGCATGGCCTCATACATTGTTTCAGCTAGTCGCTCATCGAATAATCGATTAGG
TGGGTTATATACCAGTATGCATGGATGCTACCACTTGTAGTAATAGGCATAGGAGTGGTGCTACG
ATTGTACATGTTGGCAAGCTCCAAGCTTGATGCATCAAACTATTGACCCATCATCCATTTCAATC
TACCCCTATATAGTCATCATACCTTGGTGGTGCAATTAGGATCCTATGCCACATACCAAAATCAA
CGGAAACCAGATGTCTTGCCATCTCTCATCAATCCTATGTCCTTAGAGGCTACAAGTCAAACTTC
AATCATGCCTCATGACCCAAT
Found at i:203303 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 203250--203303 Score: 63
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
203240 AAGTGGGCCT
*
203250 ACACCTAGGTATGACCATGCACCC
1 ACACCTAGGCATGACCATGCACCC
** * *
203274 TTACCTAGGCCTGACCATGCACTC
1 ACACCTAGGCATGACCATGCACCC
203298 ACACCT
1 ACACCT
203304 CGGTCATCAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 7, Indels: 0
0.77 0.23 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.39, G:0.15, T:0.20
Consensus pattern (24 bp):
ACACCTAGGCATGACCATGCACCC
Found at i:218480 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 218440--218515 Score: 89
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
218430 AATCACATCC
* ***
218440 ACACCATCAACAAATGCTAGCTTGTTGTTGCCTCAG
1 ACACCACCAACAAATGCTAGCCCATTGTTGCCTCAG
* * *
218476 ACACCACCAGCAGATGCTAGCCCATTGTTGCCTTAG
1 ACACCACCAACAAATGCTAGCCCATTGTTGCCTCAG
218512 ACAC
1 ACAC
218516 ATTCAGTAGA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 7, Indels: 0
0.82 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 33 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.32, G:0.17, T:0.24
Consensus pattern (36 bp):
ACACCACCAACAAATGCTAGCCCATTGTTGCCTCAG
Done.