Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019167863.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_132, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 70279
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.09, T:0.40
Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:82 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 50--98 Score: 73
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
40 TCAAATAAAC
50 TTATATG-AACAAAAACATTTGTT
1 TTATATGAAACAAAAACATTTGTT
*
73 TTATGATGAAACAAAAACTTTTGTT
1 TTAT-ATGAAACAAAAACATTTGTT
98 T
1 T
99 CAAAGGTAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.17
24 3 0.13
25 16 0.70
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (24 bp):
TTATATGAAACAAAAACATTTGTT
Found at i:685 original size:186 final size:177
Alignment explanation
Indices: 107--781 Score: 621
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 177
97 TTCAAAGGTA
*
107 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-AA
* * *
172 GTTATTTTTTAAATC-CCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGT-TTTATTTTATT
65 TTTATTTTTTAAATCTCC-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTATTTTATT
* * * *
235 CTGAATAAG-TTACTAAGAACTAAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTA
129 C-GAATAAGCTT-GTATG-A-TAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTT
* * * * * * * * * * *
288 ATAATGACTTAAAATAAAGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTAAACTGGTTTGGCAAATACA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACA-A
* * * * * *
353 TTTATTTTTTAAACCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTATTACATTAGTA-TTATTTTATT
65 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTTATTTTA-T
* * * * *
416 TCGAATAAACTTGTATGA-ACAGAAATAATTGTTCTATAACATAACAAAAGGTT
128 TCGAATAAGCTTGTATGATA-A-AAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAA-GTT
* * *
469 ATAATAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAGA
1 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACA-A
* * *
534 TTTATTTTTTACATCTCCTACTTATTAATTTTTTAAATATTAGTAAATTAGTATTATAAAATTTT
65 TTTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATT-T---ATTTT
* *
599 ATATCGAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGTT
126 AT-TCGAATAAGCTTGTATGAT-AAAAA-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGTT
* * * * * * *
654 CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGCCATAATTTTTTGAACTAATTTGATAAACTA
1 -ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAAC-A
* * * *
719 ATTTATTTTTTAAATCT-CTAACTTATCAAATTTTGAAATATTAAT-AAGTAATA-TTATTTTAT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCCT-ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTATTTTAT
781 T
128 T
782 TTGGATACGC
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 76, Indels: 44
0.77 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
178 1 0.00
179 2 0.01
180 17 0.04
181 215 0.54
182 12 0.03
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184 1 0.00
185 12 0.03
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187 2 0.01
188 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAACAAT
TTATTTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTATTTTATTCG
AATAAGCTTGTATGATAAAAAAATTATTTTATGACAAAACAAAAGTT
Found at i:1499 original size:182 final size:178
Alignment explanation
Indices: 945--6906 Score: 4550
Period size: 181 Copynumber: 33.2 Consensus size: 178
935 TATTTTGTTC
* * * * * * *
945 TGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATATATGCTTATTGGAATAAAATAATA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATA
* * * * *
1010 CTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAA
66 CTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * *
1074 CAAGTTCAAAT-GTTAAGA-TATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTT
129 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
1123 TGACCTTTTGTTTAGTCA-AAAATAATTGTTTTAGTTCATACATGCTTATTAGAATAAATTAATA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATA
* * *
1187 CTAATTTATTAACA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAA
66 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
* * * * *
1251 AATTCAAATGGTTATTACTATGTGAACAATTGTCTATTT-AGAATCGTTA
130 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA-AATCGTTA
* * * * * * *
1300 TAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACTAGCTTAGATGGAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAAT
** * * *
1365 ACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAACTTTTTAAAAATAAATATGTTTACCGA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGA--TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * *
1430 ATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT-TGATTTCAAATCATTA
128 A-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTA
* * * *
1482 TGACCTTTGGTTTTGTCATAAAACAATTATTT--TTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAA
* *
1545 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* **
1606 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATTTTTA
129 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTA
* * ** * ** * * **
1657 AGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTGTTAGAAGCTTATTTGGTTAAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAGAAT-AAAATAAT
* * * * * **
1720 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG---AGATTTAAAACATAACTGTATTTGTCGAAC
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAAC
** * * *
1782 TAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTT
130 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
1832 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATATTTGTTTCA-TATCTTACAAGCTTATCTAGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAA
* * * * * * * *
1896 TCCAAATTTATTAGT-TTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAATAAATATATTTAT
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTT---AAAAAATAAATCTGTTTAC
* * *
1960 C-AAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTA
125 CGAA-C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
2014 TAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
2079 ACTAATTTCTAAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGTTTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * *
2144 TAAATTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
129 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
2194 TGACCTTTTCTTTGGTAATAAAACATTTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAAT
** * * * *
2259 ACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGAATATGTTTACCGAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * **
2324 CCAGCTCAAATAATTATGGCCATTTCAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTA
129 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
2375 TTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGCTTT--TTATCATACAAGTTTAATCGAAATAAAATA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAGT-TCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATA
* * * * * *
2438 ATAATAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGCTTACC
63 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * * * * * * * *
2503 AAATCAATTTAAATAGTTTTTACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCATTA
126 GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * ** * *
2557 TAACTTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAAT
* * * * * * * *
2622 ATTAATATAATAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TTTTTGCCGA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCGA
* * * * *
2686 ACCAGTTTAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATTGTTA
128 A-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
2738 TGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAA
* * *
2803 -AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAT-AATTTCGTTTACC
64 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACC
* * ** * * *
2865 TAACCAGTTCAAATAATTATGGTTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTA
126 GAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * * *
2919 TGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTGTTCAGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAG-CTTATT-AGAATAAAATAA
* * * *
2984 TACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
64 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * *
3048 AACAAGTTCAAATAGTCATGTA-TGTTTGAAAAATTATCTATTTGAAATCATCA
127 AAC-AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
*
3101 TGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAAACTAG--TCA-TTCA-A-AA--TTATTTAGAATAAAATA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATA
* ** * * * *
3158 ATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATCTATTCA-AGA
63 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-
* * * * *
3219 AAACATTTCAAATTGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTA
127 -AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * *
3272 TGATC-TTTATTTTGTCAT-AAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAACAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAAT
* * ** *
3335 ACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATGTGTTTGTCAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * * *
3400 ACTAATTCAAATAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCATTT
128 AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
3452 TGACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAGTAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAAT
* * * * * * *
3517 ACTAACTTATTAACATTTGAAAAATTAATCAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTG-
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGA
** * *
3581 A-AGAACAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTA
128 ACAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTA
* * * * * * *
3631 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAACGTATCCAAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAAT
* * * * * *
3696 ACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTACTAGA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAC-CGA
* * * *
3761 CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTC
128 ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
3812 TGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTA-TTCATAGAAGCATATTTGGAGTAAAATAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAA
* ** * * * * *
3875 TGCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * *
3939 ACTAATTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTC
128 AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
3991 TAACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCTA-AATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-T-TAGAATAAAATAA
* * * *
4055 TACTATTTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
64 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACC
* * * * *
4119 GAACAAATTCAAATAGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTG
126 GAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * * * * *
4173 TGACATTTTATTTTATAATAACATAATTATTTCAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATGAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAAT
* * ** * ** * *
4238 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTAATCGAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-TAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * *
4303 CCAGTTTAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTA
129 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
4354 TGAACATTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA--TCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATA
* * * * **
4417 GTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTG
63 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* *
4482 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA
127 AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
4535 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAA
* * * * * * * *
4599 TACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCA
64 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * * * *
4663 AACCAATTCAATTAGTGAAGCCTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATGGTTA
127 AA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * * **
4716 TGACCTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTTAATAAAATA
1 TGACC-TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATA
* * * * * *
4780 ATATTAACTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAG---ATATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACCA
63 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCG
* * * * * * *
4841 AATCAGTTTAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTA
127 AA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
4894 TGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTA-TTGATACAATCTTATTCAGAATAAAGTA
1 TGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATA
** * * * * **
4957 ATGTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATGGACTTAAAAAATGAATCTCATTGGC
63 ATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTAC
* * * * * * * *
5021 TTGACCAATGCAAATAATTTTGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTA
125 -CGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * **
5076 TGACCTTTTGTTTTGTCACAAAGCAATTGTTTCTGTTCCTACAAGCTTATTTGGAATAACTTAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAAT
** * * * *
5141 TTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCGAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * * * *
5206 TAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCGATTACCTATTTCAAATCGCTA
129 -CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * **
5257 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTTCAATTAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTAGAA-TAAAATAA
* * * *
5321 TACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTATTTACCG
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAA-AATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * *
5385 AATAAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATCATTA
127 AA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
5438 TGA-CTCTTTGTTTTGTCATAAAATAGTT-TTT--GTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAGAGTAA
1 TGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAA
* * * * * *
5499 TATTAATTTATTAATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAACAAATATGTTTACCTA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * *
5564 ATAAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
128 A-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * * * * *
5616 TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAAT
* * ** * * * * *
5681 ACTTATTTATTAATATTCCAAAAATTAATGGGCAAGAGATTTAAAAAATGAATTTATTTACTGAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA
* * * *
5746 CAAGTTCGAATTGTTATGATTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTA
129 C-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
5797 TGA-CATTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTCTGTTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT--AGAATAAAATAA
* * * * * * *
5859 TATTAATTTATTAATATTCCAAAAAATTAATAAGAAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGA
64 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * *
5924 ACATGTTCAAATAGTTACGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATAGTTA
128 ACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
5976 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTA-TTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAA
* * * *
6040 TACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-AAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * *
6100 GTA-AGTTTAAATAGTTATTATACCTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATAGTTA
128 --ACAGTTCAAATAGTTA-T-GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * *
6155 TGATCTTTTATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAA
* ** * * * *
6219 TACTATTTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATAAAATATGTTTACCA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACCG
* * * * * *
6283 AACAAGTTCAAAAAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
127 AAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * ** * *
6336 TGACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTACTTT-TGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAACAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAA
* * * ** * * **
6400 TATTGATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATAGAA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG-A
* * * * * * *
6462 ATAGTTTAAATAGTTTTGACTATGTGAAAAATTATCTATCTCAAATCATTA
128 ACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** ** * *
6513 TGATC-TTTATTTCATCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTTAGATTAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAAT
* * * ** * *
6577 ACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAAAAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAAAAAGTGTTTGCCAA
65 ACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* * * * * * * *
6640 ACTAGTTCTAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTTTATGTTTCAAATCATT-
128 AC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
6691 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAATTTATACAAACTTATTCAGAATAAAGTAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAAT
* * * * * *
6756 ACT-ATTTATTAACA-TTAAAAAATTTAATGAGTAAGAGATTT--AAAA-AAATCTATTCACAGA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAA-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA
* *
6816 ACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTTGTTA
128 AC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTA
* * *
6868 -GACCTTTTATTTTGACAT-AAACTAATTGTTTCAATTCAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCAGTTCAT
6907 CAAAAATTAT
Statistics
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Consensus pattern (178 bp):
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CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACA
GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
Found at i:2086 original size:359 final size:356
Alignment explanation
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935 TATTTTGTTC
* * * * * **
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* *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* *
1200 A-TTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-AAATTCAAATGG
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* * *
1262 TTATTACTATGTGAACAATTGTCTATTT-AGAATCGTTA
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* * * * * * * **
1300 TAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACTAGCTTAGAT-GGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAATAA
** * * * **
1364 TACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAAAAACTTTTTAAAAATAAATATGTTTACCG
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* * * * * *
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* *
1492 TTTTGTCATAAAACAATTATTT--TTATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTA
187 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATT-TCATACAAGCTTATTAG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * *
1555 TTAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAA
250 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
* **
1615 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATTTTTA
315 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTA
* * **** ** * ****
1657 AGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTGTTAGAAGCTTATT-TGGTTAAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAA
* * *
1719 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAACATAACTGTATTTGTCGAACTA
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAA-ATAAATTTATTTGTCGAACTA
** * * * *
1784 GTTCAAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGTC
129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * * * * *
1849 ATAAAATATTTGTTTCATATCTTACAAGCTTATCTAGAATAAAATAATCCAAATTTATTAGT-TT
194 ATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * * *
1913 TAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAATAAATATATTTATC-AAGCAAGTT-AAATAG
258 TCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT---AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTTCAAATAG
* * *
1976 TTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTA
319 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * * *
2014 TAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * *
2079 ACTAATTTCTAAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGTTTTAAACAATAAATTTGTTT-ACCAA
66 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-G-AGA--TTTAAA-AATAAATTTATTTGTCGAA
* * * * * *
2143 ATAAATTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTTT
126 CT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * * * * *
2207 GGTAATAAAACATTTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
190 TGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * * * * * *
2272 TATTTTGAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGAATATGTTTACCGAACCAGCTCAAATAA
254 TATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* * * **
2337 TTATGGCCATTTCAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTA
319 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * ** * * *
2375 TTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGCTTTTTA-TCATACAAGTTTAATCGAAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * ** * *
2439 TAATAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGCTT-ACC
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT-A--A-TAAGAGATTT--AAAAATAAATTTATTTGTCG
* * * * * * * * * * * * *
2503 AAATCAATTTAAATAGTTTTTACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCATTATAACTTTTTGT
124 AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * * * * * *
2568 TTTGTCATAAAATAATTATTT-TTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATATAA
188 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * * * *
2632 TAATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TTTTTGCCGAACCAGTTTAA
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* * * *
2696 ATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATTGTTA
315 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * ***
2738 TGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * ** *
2803 -AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAT-AATTTCGTTTACCT
65 TACT-AATTTATTAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAATAAATTT-ATTTGTCG
* * ** * * * *
2866 AACCAGTTCAAATAATTATGGTTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGTT
124 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
* * * * *
2931 TTGTCATAAAACAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
189 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAG-CTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTAT
* ** * *
2995 TAATA-TTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAA
251 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * * * * *
3059 ATAGTCATGTA-TGTTTGAAAAATTATCTATTTGAAATCATCA
315 ATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
3101 TGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAAACTAG--TC-ATTCA-A-AA--TTATTTAGAATAAAATA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AA-TTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* ** * * **
3158 ATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTCAAG-AAAA
64 ATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTATT--TGTCGAA
* * * * * * *
3222 C-ATTTCAAATTGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTT
126 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * * *
3285 GTCAT-AAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAACAATACTAATTTAATAAT
191 GTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* ** *
3349 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATGTGTTTGTCAAACTAA-TTCAAATA
255 ATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAATA
* * * * * *
3413 ATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCATTT
318 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * *
3452 TGACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAGTAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * * *
3517 ACTAACTTATTAACATTTGAAAAATTAATCAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT-ACTG
66 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAT----AAGAGATTT--AAAAATAAATTTATTTGTC-G
** * *
3581 -A--AGAACAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTG
124 AACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTG
* ** * * * * * * *
3641 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAACGTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTAC
187 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTAT-TAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
3706 TAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAACTAAATCTATTTA-CTAGACCAGTTCAA
251 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-ACAAGTTCAA
* * *
3770 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTC
315 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *** * *
3812 TGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATAGAAGCATATTTGGAGTAAAATATT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* ** * * * * *
3876 GCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAA
66 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA--TTT-AAAAATAAATTTATTTGTCGAA
* * * * * * *
3940 CTAATTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTTA
126 CTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTT
* * *
4005 GTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCTA-AATAAAATAATACTATTTTATTAA
191 GTCATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTA-T-TAGAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
4069 TA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAAT
254 TATTTC-AAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * *
4133 AGTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTG
317 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * * *
4173 TGACATTTTATTTTATAATAACATAATTATTTCAGA-TCATAAAAGCTTATCCAAAATGAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * ** **
4237 TATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTAATCGA
65 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA----GAGATT-TAAAAATAAATTTATTTGTCGA
* * * * * * * *
4302 ACCAGTTTAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAACATTTGTTT
125 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTT
* * *
4367 TGTCATAAAACAATTGTTT--TTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAGTACTAATTTATT
190 TGTCATAAAACAATTGTTTCATT--TCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * ** ** *
4430 AATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAAT
252 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* *
4495 AGTTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA
317 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
4535 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-ATGTTCATACAAACTTATTCAGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCA-ATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * *
4599 TACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCAA
65 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAAA-TAAATTTATTTGTCGA
* * * * * * * * * *
4664 ACCAATTCAATTAGTGAAGCCTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATGGTTATGACCTTTTTGTT
125 ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTT
* * * * * ** * *
4729 TTGT-AGTAAAACAAATGTTT-TTGTTCATATAAGTTTGTTCTTAATAAAATAATATTAACTTAT
189 TTGTCA-TAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * *
4792 TAATATTTTAAAAATTAATAAG----ATATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACCAAATC-AGTTTA
251 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-CAAGTTCA
* * * * * *
4851 ATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTA
314 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * * *
4894 TGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTGATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAA
1 TGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
** * * * *
4958 TGTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATGGACTTAAAAAATGAATCTCATTGGCT
65 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG--A--GA-TTTAAAAATAAAT-TTATTTG-T
* * * * * * * *
5022 TG-ACCAATGCAAATAATTTTGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
122 CGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * ** **
5086 TTTTGTCACAAAGCAATTGTTTC-TGTTCCTACAAGCTTATTTGGAATAACTTAATTTTAATTTA
187 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * *
5150 TTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCGAATAAATTCAA
250 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * * *
5215 ATAGTTATGACTATTTGAGCGATTACCTATTTCAAATCGCTA
315 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
5257 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAA
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* * **
5321 TACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAA-ACAACTCTATTTACC
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * *
5574 ATAGTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
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** * * * *
5616 TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAAT
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* * * *
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* * * * * *
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* *
5809 TGTCATAAAATAATT-TTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCCA-AATAAAATAATATTAATTTATT
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* * * * * *
5871 AATATTCCAAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACATGTTCAAA
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* * *
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* * * *
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* * * * *
6041 ACTAGTTTATTAATATTCCAAAAATTAAT-A-AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTT-ACTG-AGT
66 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAGATTT--AAAAATAAATTTATTTGTC-GAACT
* * * * * * *
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128 -AGTTCAAATAGTTA-T-GA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTT
** * * *
6167 TTGTTGTAAAACAATTGTTTC-TATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATT
189 TTGTCATAAAACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATT-AGAATAAAATAATACTAATTTATT
** * ** * *
6231 AATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTT-AAAAATAAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAA
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* * * * * *
6295 AAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
316 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * ** * ** *
6336 TGACCTTTTATTTTTTAATAAAACAATTACTTT-TGTTCATGCAAAATTATTCAAAATAAAACAA
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* * * ** * * * *
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* * * * * * * * **
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129 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC
* * * *
6529 ATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAACTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAATAATA-T
194 ATAAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTA-TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * * ** * * * *
6593 TCTAAAAATTAAAAAGTAAGAGA-TTAAAAAAAAAAAGTGTTTGCCAAACTAGTTCTAATAGTTA
258 TC-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTA
* * * * * * *
6657 AGACTATTAGAATAATTTTATGTTTCAAATCATT-
322 TGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
6691 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAATTTATACAAACTTATTCAGAATAAAGTAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAAT
* * * **
6756 ACT-ATTTATTAACA-TTAAAAAATTTAATGAGTAAGAGATTT-AAAA-AAATCTA-TTCACAGA
66 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TT-A--A-TAAGAGATTTAAAAATAAATTTATTTGTC-GA
* * * *
6816 ACAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTTGTTA-GACCTTTTAT
125 ACTAGTTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGT
* *
6878 TTTGACAT-AAACTAATTGTTTCAATTCAT
188 TTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCATTTCAT
6907 CAAAAATTAT
Statistics
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Consensus pattern (356 bp):
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AAAACAATTGTTTCATTTCATACAAGCTTATTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
Found at i:2619 original size:363 final size:361
Alignment explanation
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935 TATTTTGTTC
* * * ** * * *
945 TGACCTTTTGTTTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATATATGCTTATT-GGAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * *
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* * * * *
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129 ATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT
* * * * * *
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* * *
1198 ACA-TTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-AAATTCAAAT
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* * * *
1260 GGTTATTACTATGTGAACAATTGTCTATTT-AGAATCGTTA
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* * * * * * * * *
1300 TAACCTTTTGATTTGTCATAAAATAATTGTTTCAGTTAATACTAGCTTAGAT-GGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAA
** * * *
1364 TACTAATTTATTAATATTTCCTAAATTAATAAGTAA-AAACTTTTTAAAAATAAATATGTTTACC
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA--TTTAAAAAATAAATTTGTTTACC
* * * * * * * *
1428 GAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTAT-TGATTTCAAATCATTATGACCTTTGG
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* * *
1492 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTT-ATCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTAT
191 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
1556 TAATATTTCAAAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATCTATTTA-CAAACCAGTTCAAA
256 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAA
* **
1616 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAATCTT-AAATTTTTA
321 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT-TTCAAATCGTTA
* * ** ** * * **
1657 AGATC-TTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTGTTAGAAGCTTATTTG-GTTAAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAA
* * * * * **
1719 TACTAATTTAATAATATTTCAAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAACATAACTGTATTTGTCGA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* ** * * * *
1780 A-CTAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTT
129 ATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT
* * * * * * * * *
1844 TAGTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATCTTACAAGCTTA-TCTAGAATAAAATAATCCAAATTTAT
193 TTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTC-AAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * *
1907 TAGT-TTTAAAAAATTAATAAGCAAAAGATTTGAAAAAAAATAAATATATTTATC-AAGCAAGTT
256 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT---AAAAAATAAATCTGTTTACCGAA-CAAGTT
* * *
1970 -AAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCATTA
317 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *** * * * *
2014 TAACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTGTTTCGGTTCATAAAATCTTATCCAAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
2079 ACTAATTTCTAAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGTTTTAAACAATAAATTTGTTTACCAAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * * *
2144 TAAATTTAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTTTG
130 TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTT
* * * ***
2208 GTAATAAAACATTTGTATCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
195 GTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * * *
2273 ATTTTGAAAATTAATAAGTAAATGACTTAAAAAGTGAATATGTTTACCGAACCAGCTCAAATAAT
260 ATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGT
* * * **
2338 TATGGCCATTTCAGTAATTATCTATTTCAAATCGTTA
325 TATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
2375 TTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGCTTTTTA-TCATACAAGTTTAATCGAAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT--TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * *
2439 TAATAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGCTTACCA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * * * * * * *
2504 AATCAATTTAAATAGTTTTTACTATTTAAACAATTGTATACTTGAAATCATTATAACTTTTTGTT
128 AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTT
* * * * * *
2569 TTGTCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAATATAATA
193 TTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
** * * * * * * *
2634 ATATTCCAAAAACTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TTTTTGCCGAACCAGTTTAAAT
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* * * *
2698 AGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATTTCAAATTGTTA
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* * * * *
2738 TGACCTTTTGTTTTGACATAAAACAATTTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA
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* *
2803 -AATGAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAATTAAGAGATTT-AAAAAT-AATTTCGTTTACC
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* * * * ** * * * * *
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127 GAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGT
* * * * *
2930 TTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTGTTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
192 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * ** * *
2995 TAATATTCTAAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAAGTTCAAA
256 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAA
* * * * * *
3060 TAGTCATGTA-TGTTTGAAAAATTATCTATTTGAAATCATCA
321 TAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** ** * *
3101 TGACCTTTTGTTTTG-CATAAAACAAACTAGTCATTCA-A-AA--TTATT-TAGAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAAT
* ** * * * * *
3160 ACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATCTATTCA-AGAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-A
* * * * * * * *
3220 AACATTTCAAATTGTTATAACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGA-TCTTTATTT
129 ATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
* * * * *
3284 TGTCAT-AAACAATTGTTTCTT-TTCATACAAGCTTATTTAGATTAAAACAATACTAATTTAATA
194 TGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * ** *
3347 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATGTGTTTGTCAAACTAA-TTCAAA
258 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAA-AATAAATCTGTTTACCGAAC-AAGTTCAAA
* * * * * *
3411 TAATTAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCATTT
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* * * ** *
3452 TGACCTTTTGTTTAGGCATAAAACAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAGTAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * *
3517 ACTAACTTATTAACATTTGAAAAATTAATCAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
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* * * *
3582 A-GAA--CAAATAGATT-TGAGTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGT
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* * * * * * * *
3642 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCATAAAAACGTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTACT
192 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
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* * *
3771 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCTCAAATCATTC
321 TAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * *
3812 TGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATAGAAGCATATTTGGAGTAAAATATT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* ** * * * * *
3876 GCTAAACTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * *
3940 -CTAATTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTCTAACCTTTTGTTT
130 TC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
* ** * * *
4004 AGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACATGCTTATTCTAAATAAAATAATACTATTTTATTAA
194 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
** * * * *
4069 TATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAACAAATTCAAATA
259 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGA-TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * *
4134 GTTAGGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTG
323 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * * * * * *
4173 TGACATTTTATTTTATAATAACATAATTATTTCAGATCATAAAAGCTTATCCAAAATGAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * ** * *** * *
4238 ATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGATTGAAAAAATAAATCAATTAATCGAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAA
* * * * * * * *
4303 CCAGTTTAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGAAC-ATTTGTTT
130 TCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTTGTTT
** * * * *
4367 TGTCATAAAACAATTGTTTTTCATCATATAAGCCTATTCAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAA
194 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** ** *
4432 TATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAACTAGTTCAAATAG
259 TATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAG
* *
4497 TTATGACTATTTGAACAATTATATATTTCAAATTGTTA
324 TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
4535 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAACTTATTC-AGAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * * * * * *
4599 TACTAATCTAATAATATTAT-GAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCA
64 TACTAATTTATTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * * * * * *
4663 AACCAATTCAATTAGTGAAGCCTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATGGTTATGACCTTTTTGT
128 AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGT
* * * * ** * *
4728 TTTGT-AGTAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTCTTAATAAAATAATATTAACTTAT
192 TTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
4792 TAATATTTTAAAAATTAATAAG----ATATTTAAAAAATAAAT-TAATTTACCAAATC-AGTTTA
256 TAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCGAA-CAAGTTCA
* * * * * *
4851 ATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTTATTTCTAATTGTTA
319 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
4894 TGA-CTATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTTTATTGATACAATCTTATTC-AGAATAAAGTA
1 TGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATA
** * * ** **
4957 ATGTTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GACTTAAAAAATGAATCTCATTGG
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* * * * * * * *
5020 CTTG-ACCAATGCAAATAATTTTGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTT
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* * * * *** ** **
5084 TGTTTTGTCACAAAGCAATTGTTTCTGTTCCTACAAGCTTATTTGGAATAACTTAATTTTAATTT
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** * * * * *
5149 ATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATCTGTTTATCGAATAAATTCA
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* * * *
5214 AATAGTTATGACTATTTGAGCGATTACCTATTTCAAATCGCTA
319 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
5257 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTTC-AATTAAAATAA
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* * * * * *
5321 TACAAATTTATTAATA-TTCAAACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAACAACTCTATTTACCG
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* * * * *
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* * *** * * * *
5450 TTGTCAT--AA-AATAGTTTTTGTTCATAGAAGCTTATTTGGATTAGAGTAATATTAATTTATTA
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* * * * * * *
5512 ATATTTCAACAATTAATAAGTAAAAGATTTCAAAAACAAATATGTTTACCTAATAAGTTCAAATA
258 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * *
5577 GTCATAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
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** * ** * *
5616 TGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCATATAGGCTTATTCGAAATAAAATAAT
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* * ** * * * *
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* * * * *
5746 -CAAGTTCGAATTGTTATGATTATTTGAACAATTTTCTATTTCAAATCGTTATGAC-ATTTGTTT
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* * * *
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** * * * * *
5873 TATTCCAAAAAATTAATAAG-AAAAAATTTAAAAAATAAATCTATTTTCTGAACATGTTCAAATA
259 TATT-TTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * *
5937 GTTACGACTATTTGAACAATTATGTATTTCAAATAGTTA
323 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
5976 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTTCTATTCATACAAGCGTATTCGAAATAAAATAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * *
6041 ACTAGTTTATTAATATTCCAAAAA-T--TAA-T-A-AGATTTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGA
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* * * * * *
6100 GT-AAGTTTAAATAGTTATTATACCTATTTGAACAATTATTTTTTTCAAATAGTTATGA-TCTTT
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* ** * * * *
6163 TATTTTGTTGTAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGTTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTT
189 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTT
* * ** * *
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* * * * * *
6292 AAAAAATCATGTCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
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* * * * * * ** * *
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* * * ** * **
6401 ATTGATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAACTAAATTTGTTTATAGAA
65 ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG-A
* * * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * ** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
6691 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAATTTATACAAACTTATTC-AGAATAAAGTAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * * * * * *
6755 TACT-ATTTATTAACA-TTAAAAAATTTAATGAGTAAGAGATTT--AAAA-AAATCTATTCACAG
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * *
6815 AA-CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTT-AAAGTTGTTA-GACCTTTT
128 AATCAA-TTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACTTTTT
* * *** ** * * *
6876 ATTTTGACAT-AAACTAATTGTTTCAATTCAT-CAAAAATTATTCGAAATAAAAAAAAATACTAC
190 GTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTTGTTCATAC-AAGCTTATTC-AAA-ATAAAATAATACTAA
* ** * * * * ** * ** **
6939 TCTATTAATATTTCGATAATTAAAAAG--CATG--TT-AGGACT--AT-T-TGAACAAATATCAA
251 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-A-CAA
* ** * * *
6995 -TCTCAAATCA-TTATGA-TATTTGTTTTCTCATAAAACAAT-TGTTTCTAATC-ATA
314 GT-TCAAAT-AGTTATGACTATTTG-------A-ACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
** * ** **** * ** * * **
7048 CAAGCTTATTTGGATAAAAATAATACTAATTTAATAATGTTC-TAAAAATTAGTATTTGCTGAAC
1 TGA-CCT-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTT--TTTTATTCATACAAGCT--TA-TT-C-GAA-
* * * * * * ***
7112 TAGTTCAAATATTTAAGACT-ATTAGAATAAT-TTTTAATTTCAAATTATTCTAACCT-TTTG-T
55 -A--T-AAA-A--TAATACTAATT-TATTAATATTTCAA----AAATTA--ATAA-GTAAGAGAT
** * * * * * * **
7173 TTAGTCATATAATAATTGTTT--C-AATTC-ATACAAGCTTA-TTCA-GAATAAAATAAAACTAA
105 TTA-AAAAATAA-ATTTGTTTACCGAA-TCAATTCAA--ATAGTT-ATGACT--ATTTGAAC-AA
** * *** **** * * * *
7232 TTTAATAAAATTCAAAAAATTA--A-TAAGAGATTTG--AAAAAATAACTTTGTTTACTAAACAA
161 -TT-ATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA--TTGTTT--T-----T
* ** * * * * ** *****
7292 GTTCA-A-ATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCAAT-TTAAAATCATTACGACTTTTTGTTTT
215 GTTCATACA-AGCT-T-A-T-TCAAAATAA-AAT-AATACT-AATTTATTAATA-TTTTAAAAAT
* ** ** * * * * * * ** *
7354 GTCATAAACAATTGTTTTAGTTCACAA-AAA-CT-TAT-CCAAAATAAAAT-AATACTACTGTAT
271 -TAATAAGTAAAAGATTTA---AAAAATAAATCTGTTTACC-GAACAAGTTCAA-A-TAGT-TAT
* * * * ** *
7414 TAATATTTCAA-AAGTTA-ATAAGTAAGAGAT--TTA
328 GACTATTTGAACAA-TTATCTATTTCA-A-ATCGTTA
** ** * * * **** * * *
7447 AAAAATAAATTAGTTTACTATGTTAGATAAAATAATTATGGCCATTTAAATAA-CTATCTATTTC
1 TGACCT---TTTG-TT--T-TG-T-CATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGC--T-TA-TTC
*** * * * * ** **
7511 -AAAT-TGTTATTACCT--TTTGTT-TTCTCACAAAACAATTGGTTTTCAATATA-TAAGCTTAT
52 GAAATAAAATAATA-CTAATTTATTAATATTTC-AAA-AA------TT-AATA-AGTAAG-AGAT
** ** * * ** *
7570 TTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAATATTTCAAGAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAATT
105 TT--AA-AAAATAA-ATTTGTTTACCGA-A--TC---AATTCA-AATAG--TT-ATGACT--ATT
* * * * * **
7635 TGTATACCAA--A-CCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTA
154 TG-A-A-CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTG------T-T-T-TGTCATA---AAA
* * * * ** * ** * * * * ** *
7697 TAATTTTTTGTTCTATCATAAGATAATTTTTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAA
204 CAATTGTTT-TTGT-TCAT---ACAA----GCT-TATTCA-A-AA-TAAAATAATACTAATTTAT
* * * * **
7762 TACTAATTTAGTAATATTTTAGAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAACATAAATCTATTTACTA
256 TAAT-ATTT--T-A------A-AAATTAAT-AAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCG
* * * * * * *
7826 AACCATTTAAAATTGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
309 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * * * *
7879 TAACTTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTCTTGTTCATACTA-CTTTATTCAAAATAAAACAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGC-TTATTCGAAATAAAATAA
* * * * ** * * * ** **
7943 TACTAATTTAATAAAATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTATTG
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * * * *
8008 AATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATCATTATGACCTTTTTCT
128 AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTTGT
* * ** * ** *
8073 TTTATCATAAAACAA-TG-TTTTATTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATGTTAATTTAAT
192 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * * **
8136 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTTTTTTTATCGAATTAGTTCAAAT
257 AATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAAT
* * * * * * *
8201 GGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTT
322 AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
8241 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAA
* * * **
8305 TACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCT--AAAA-AAATCCGTTTACC-
64 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * * * * **
8365 AAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAA
128 AATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGT
* * * ** * * * *
8430 TTCGTCACAAAACAATTCTTTCAGTTAAAACAAGCTTA--GAAGGAATAAAATAATACTAATTTG
192 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAA--AATAAAATAATACTAATTTA
* * * * * **
8493 TTAATA-CTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAA-ACTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAGTT
255 TTAATATTTTA--AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT
* * * ** *
8555 AAAATAATTAT-AGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTA
317 CAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * *
8600 TGA-CTTTT-TGTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTT-ATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * *
8662 TACTATTTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* * * * * *
8727 ATCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGA-TCTTTGTTT
129 ATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
* * * * ** * *
8791 TGTCATAAAACAATTGTTTCTGATCGTAGAAGCTTATT-TGATTAAAAATAATACTAATTTAATA
194 TGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAAT-AAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
8855 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGTCAA-TTTAAAT
258 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGA-ACAAGTTCAAAT
* * * * * *
8919 AGTTA-GAACTATTAGAATAAATATGTATTTCAAATCATTT
322 AGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
8959 TGACCTTTTATTTAGTCATAAAA-TATTTGTTTCATATT-TTACAAGCTTATT-TAGAATAAAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTT-TTT--TATTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAAT
* * * * *
9021 AAT-TTAAATTTATTAATA-TTCAAAAAACTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATT
62 AATACT-AATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATTTGTT
* * * * * * * ** *
9083 TACC-AAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAAATATTTATTTAAAATTATTATGACCT
123 TACCGAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTT
** ** * *
9147 TTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAATACTAA
187 TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA
* * * ** * * * *
9211 TTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAACCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTATCGAACAAAT
251 TTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGT
* * * *
9273 TCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAAT-GTTA
316 TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * *
9318 TGACCTTTTTGTTTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCACACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAA
1 TGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * ** * ** * * * *
9383 TGCTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAAT--G-AA-CGATTTAAAAGGTGAATCTATTTATCGA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGA
* * * * * * * * *
9444 TTCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTT
129 ATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGTTT
* ** * * * * ** *
9509 GGTCATGTAACAATTGATTTTT-ATCATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTA
194 TGTCATAAAACAATTG-TTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
9573 ATCTTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTTTTTACCGAACTAGTTTAAATA
258 ATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATA
* * * * * *
9636 GTTATAACTATTTGAGCAATTGTATACTTCAAATCATTA
323 GTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * *
9675 TAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAAT
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-TTTTTATTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAAT
* * * * * * *
9740 ACTAA--TATGAAAATATTCTTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCC-
65 ACTAATTTATTAATAT-TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * *
9802 AAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATC------A-TTTTTGT
128 AATC-AATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGT
* * * * *
9860 TTTGTCATAAAATAATT-TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAAAA-AAAA-AAT--TGAAC
192 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTT--GTTCATACAAGCTTA-TT-CAAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * * *
9920 TTATTAATATTTCAAAATTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACCAGTT
252 TTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT
* *
9985 CAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTA
317 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * * * *
10030 TGACCTTTTGTTTGGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCACT-TAAGTTTGTTCAAAATAAAATAA
1 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-CAATTTTTTTATTCA-TACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * *** * *
10094 TATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAAATAAATCCATTTATCA
64 TACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATTTGTTTACCG
* * * * * * *
10155 AACCAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTTTATTTCAAATTC-TTATGATTTTTTGT
128 AATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACTTTTTGT
* * * * ** * * * * *
10219 TATATTACAAAACAATAATTTTTGCTT-GTAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAT
192 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTG-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * ** * **
10283 TAATATTTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGAATAAAATC-A
256 TAATATTTT-AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAA
* * * * * * *
10346 ATAGTCATAACTATTTGAATAAGTATTTATTTAAAAATTGTTA
320 ATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTA
* * * * * ** ** * *
10389 AGACCTTTTTATTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATTAGCTGGTTTGAAA-AAAATAT
1 TGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAA
* * * * * *
10452 TACTAAGTTATTAATA-TTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACC-
64 TACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCG
* ** * * * * * * *
10515 AAACAAGTTTGAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGT
128 AATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTTGT
* * * * *** *
10580 TTTGTCACCAAAA-GATT-TTTTCTATTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TACTTTA
192 TTTGTCA-TAAAACAATTGTTTT-TGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
10642 TTAATA--CTAAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTT
255 TTAATATTTTAA-A-AATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTT
** * * * *
10704 CAAATCTTTATGGCTAATTGAACAATTATTTATTTTAAAT
317 CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
10744 TGTTGGGTAG
Statistics
Matches: 7135, Mismatches: 1819, Indels: 975
0.72 0.18 0.10
Matches are distributed among these distances:
349 5 0.00
350 165 0.02
351 147 0.02
352 95 0.01
353 126 0.02
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358 300 0.04
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360 1028 0.14
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363 816 0.11
364 81 0.01
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366 1 0.00
367 1 0.00
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376 4 0.00
377 4 0.00
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379 3 0.00
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381 9 0.00
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396 10 0.00
397 7 0.00
398 10 0.00
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415 10 0.00
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434 6 0.00
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Consensus pattern (361 bp):
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CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCGAAT
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TCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
TTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCGAACAAGTTCAAATAGTT
ATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
Found at i:8285 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7109--10743 Score: 2440
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7099 GTATTTGCTG
* * * * * * *
7109 AACTAGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCT-ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * * * *
7173 TTAGTCATATAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
7238 AA-AATTCAAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTGAAAAAATAACTTTGTTTACTA
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * *
7287 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTACGACTTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * *
7352 TTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTGTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* *
7416 ATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTACTA
131 ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCA
*** * * * * * * * ** *
7467 TGTTAGATAAAATAATTATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
7532 TTCTCACAAAACAATTGGTTTTCA-AT-ATATAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATATTAATTTA
66 TTGTCATAAAACAATT-GTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
7594 CTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTATACCA
128 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * ** * **
7644 AACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAATTTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * *
7709 CTATCATAAGATAATTTTTTTCTGTTCATATAAGTTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * *
7774 AATATTTTAGAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAACATAAATCTATTTACTA
130 AATATTTCAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * *
7826 AACCATTTAAAATTGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * *
7891 TTGTCATCAAACAATTGGTCTT-GTTCATACTA-CTTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAA
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* * * ** * * ** ***
7954 TAAAATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTATTG
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * *
8008 AA-TCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATCATTATGACCTTTTTC
1 AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTG
* * * ** *
8072 TTTTATCATAAAACAA-TGTTTTA-TTCATACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATGTTAATTTAA
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* * * * * *
8135 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTTTTTTTATCG
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * *
8188 AATTAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * *
8253 TAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTA
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
8318 ACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCT--AAAA-AAATCCGTTTACCA
131 ATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * **
8366 AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAAT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * ** *
8431 TCGTCACAAAACAATTCTTTCAGTTAAAACAAGCTTA-GAAGGAATAAAATAATACTAATTTGTT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCA-GAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * *
8495 AATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATATGTTTATCA
130 AATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * **
8547 AATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTTT-T
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * *** * * *
8609 GTTGTCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * *
8674 AATATCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCG
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * *
8726 AA-TCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATC-TTTGT
1 AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* * * * *
8789 TTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-GATCGTAGAAGCTTATT-TGATTAAAAATAATACTAATTTA
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAAT-AAAATAATACTAATTTA
* * * *
8852 ATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCC-
128 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * * *
8905 GAGTCAATTTAAATAGTTA-GAACTATTAGAATAAATATGTATTTCAAATCATTTTGACCTTTTA
1 AACT-AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG
* * * * * *
8969 TTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATA-TT-TTACAAGCTTATTTAGAATAAAATAAT-TTAAATT
64 TTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATT
* * *
9031 TATTAATA-TTCAAAAAACTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTACCA
126 TATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * *
9088 AACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAAATATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
** * * * * *
9153 TTAACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAAAAT-AAATAATACTAATTTCTT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT-ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * *
9217 AATAATTCAAAAATTAATAACCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTATCG
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * ** * * *
9266 AACAAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTTGT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTTGT
* * * * * * *
9330 TTTGTCATAAAGCAATTGTTTGAATTCACACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * ** * * *
9395 ACTATTTTGAAAATTAAT--G-AA-CGATTTAAAAGGTGAATCTATTTATC-
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * * * * * *
9442 GATTCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGT
1 AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGT
* ** * * * * *
9507 TTGGTCATGTAACAATTGATTTT--TATCATATATGTTTATT-TGAAATAAAATAATAGTAATTT
65 TTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTT
* * * *
9569 ATTAATCTTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTTTTTACCG
127 ATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * ** * * * *
9622 AACTAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * *
9687 TTGCCATAAAACAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAACAATACTAA--TATG
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
* * * * * * *
9749 AAAATATTCTTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTTGCCA
130 AATAT-TTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * *
9803 AACTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT----TTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** * * *
9861 TTGTCATAAAATAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAA-AAAA-AAAATTGAACTTAT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * *
9924 TAATATTTCAAAATTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCT
129 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * * **
9977 AACCAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * * * * * * *
10042 TGGTCATAAAATAAATGTTTTTGTTCACT-TAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATT
66 TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA-TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATT
** *
10106 AATATTTCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAAATAAATCCATTTATCA
130 AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCA
* * ** * * **
10155 AACCAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTTTATTTCAAATTC-TTATGATTTTTTGT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TCATTATGACCTTTTGT
* * * * ** * * * * *
10219 TATATTACAAAACAATAATTTTTGCTT-GTAAAAGCTTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTAT
65 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * * * ***
10283 TAATATTTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTATTG
129 TAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
** * * * * * ** *
10336 AA-TAAAATC-AATAGTCATAACTATTTGAATAAGTATTTATTTAAAAATTGTTAAGACCTTTTT
1 AACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT-CAAATCATTATGACC-TTTT
* * * * ** ** * * * *
10399 ATTTTATCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATTAGCTGGTT-TGAAAAAAATATTACTAAGTTA
63 GTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTA
* * * * *
10462 TTAATA-TTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTACCA
128 TTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* ** * * * * * ** *
10516 AACAAGTTTGAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
* * * * ** *
10581 TTGTCACCAAAA-GATTTTTTCTA-TTCATACAAGTTTATTTTGAATAAAATAATA-TACTTTAT
66 TTGTCA-TAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAT
* * *
10643 TAATA-CT-AAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACCA
129 TAATATTTCAA-A-AATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
* ** * * * * *
10696 AACAAGTTCAAATCTTTATGGCTAATTGAACAATTATTTATTTTAAAT
1 AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT
10744 TGTTGGGTAG
Statistics
Matches: 2684, Mismatches: 648, Indels: 248
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 4 0.00
174 105 0.04
175 28 0.01
176 15 0.01
177 287 0.11
178 489 0.18
179 336 0.13
180 517 0.19
181 548 0.20
182 308 0.11
183 47 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
AACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTT
TTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA
ATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCA
Found at i:8559 original size:721 final size:707
Alignment explanation
Indices: 7197--10577 Score: 2296
Period size: 721 Copynumber: 4.7 Consensus size: 707
7187 ATTGTTTCAA
* * * * ** *
7197 TTCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAAAATTCAAAAAATTAATAA-GAG
1 TTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TTAAAATTAATAACAAG
* * * * * * *
7261 -ATTTGAAAAAATAACTTTGTTTA-CTAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTAT
64 AATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * *
7324 CAATTTAAAATCATTACGACTTTTTGTTTTGTCAT-AAACAATTGTTTTAGTTCACAAAAACTTA
127 CAATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTCATAAAAGCTTA
*** * * * *
7388 TCCAAAATAAAATAATACTACTGTATTAATATTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
191 T-TTGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * * * * * *
7453 AAATTAGTTTA-CTATGTTAGATAAAATAATTATGGCCATTTA-AATAACTATCTATTTCAAATT
255 AAATTTGTTTACCGA-ATTAGTTTAAATAGTTAAGACTA-TTAGAATAATTATCTATTTCAAATC
* ** * * * *
7516 GTTATT-ACCTTTTGTTTTCTCACAAAACAATTGGTTTTCA-ATATATAAGCTTATT-TGAAATA
318 ATT-TTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATT-GTTTT-ATTTATACAAGCTTATTCAG-AATA
* * * * *
7578 AAATAATATTAATTTACTAATATTTC-AAGAATTAAT----AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGT
379 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAATAAATCTAT
* * * * ** *
7638 ATACCAAACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAA-TT
442 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCT
** * * * * * * *
7702 TTTTGTTCTATCATAAGATAATTTTTTTCTGTTCATATAAGTTTATTC-AGAATAAAATAATACT
507 TTTAATTC-ATCATAAAACAA-TTCTTTCAGTT-AAAAAAGCTTA-TCAAGAATAAAATAATACT
* * * * *
7766 AATTTAG-TAATATTTTAGAAATTAATCAATAAGAGATTTAAAACATAAATCTATTTA-CTAAAC
568 AATTT-GTTAATATTCTA-AAATTAAT-AATAAGA-ACTTAAAAAATAAATATGTTTATC-AAAC
* * * * * *
7829 CATTTAAAATTGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTG
628 AAATTAAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTATAACTTTTT-TTTTG
7894 TCATCAAACAATTGGTCTTG
691 TCAT-AAACAATT-GT-TTG
* * * *
7914 TTCATACTACTTTATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAAAATTTTAAAACTTAATAACCAA
1 TTCATACAAC-TTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAA-TTAATAA-CAA
* * * * * *
7979 GAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTATTGAATCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTA
63 G--AATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
** * * *
8044 TCTGTTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTATCATAAAACAA-TGTTTTATTCATACAAGCTT
126 TCAATTTCAAATCATTATGA-CTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAAGCTT
* ** *
8108 ATTCTGATTAAAATAATGTTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAA
190 ATT-TGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * * * *
8173 TAATTTTTTTTATCGAATTAGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCG
254 TAAATTTGTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCA
*
8238 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATACAAGCTTATTCAGAATAAATT
319 TTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAAT
* * **
8303 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCT-AAAA-AAATCCGTTTACCA
383 AATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCA
* *
8366 AACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAAT
448 AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAAT
* * *
8431 TCGTCACAAAACAATTCTTTCAGTTAAAACAAGCTTA-GAAGGAATAAAATAATACTAATTTGTT
513 TCATCATAAAACAATTCTTTCAGTTAAAA-AAGCTTATCAA-GAATAAAATAATACTAATTTGTT
** *
8495 AATACTTACTAAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATTAGTTAAAA
576 AATA-TT-CTAAAATTAATAA-TAAG-AACTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAATTAAAA
* * * *
8559 TAATTAT-AGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGAC-TTTTTGTTGTCATAAAAC
637 TAGTTATGA-CCATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-TGTTATAACTTTTTTTTTGTCAT-AAAC
* *
8622 AATTATTTT
699 AATTGTTTG
* ** *
8631 TCATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATCTCAAAAATTAATAAGT
1 T--TCATAC-AACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAT-TTTAAAATTAATAA-C
* * *
8696 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATT
61 AAGA-ATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATT
* * * * * *
8761 ATCAATCTCAAATCGTTAAGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCGTAGAAGC
125 ATCAATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-T-ATTCATAAAAGC
* *
8824 TTATTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAA
188 TTATTTGAAT-AAAATAATACTAATTTAATAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* * * * * * *
8888 AAATAAATGTGTTTGCCGAGTCAATTTAAATAGTT-AGAACTATTAGAATAAATATGTATTTCAA
251 AAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTAAG-ACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
* * * *
8952 ATCATTTTGACCTTTTATTTAGTCATAAAATATTTGTTTCATATTT-TACAAGCTTATTTAGAAT
315 ATCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT--TATTTATACAAGCTTATTCAGAAT
* * *
9016 AAAATAAT-TTAAATTTATTAATATTCAAAAAACTAATAAGGAAA-TGATTTGAAAAAATAAATC
378 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAA-GAAAGAGATTT--AAAAATAAATC
* * * * * * *
9079 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAAATATTTATTTAAAATTATTATGA
439 TATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
** * * *
9144 CCTTTTGTTTTAACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTATCCAA-AAT-AAATAATA
504 CCTTTTAATTCATCATAAAACAATTCTTTCAGTT-A-AAAAAGCTTAT-CAAGAATAAAATAATA
* * * * * * *
9207 CTAATTTCTTAATAATTCAAAAATTAATAACCAAG-AGTT-TAAAATAAATTTGTTTATCGAACA
566 CTAATTTGTTAAT-ATTCTAAAATTAATAA-TAAGAACTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
* ** * * *
9270 AATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAATGTTATGACCTTTTTGTTTTGT
629 AATTAAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATGTTAT-AACTTTTT-TTTTGT
9335 CATAAAGCAATTGTTTG
692 CATAAA-CAATTGTTTG
* * * *
9352 AATTCACACAAGCTTAGTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATTACTATTTTGAAAATTAATGAAC
1 --TTCATACAA-CTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTT-AAAATTAAT-AAC
** * * * * * *
9417 --G-ATTTAAAAGGTGAATCTATTTATCGATTCAGTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTA
61 AAGAATTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTA
* * * * ** * * *
9479 TCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGTCATGTAACAATTGATTTT-TATCATATATGTT
126 TCAATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAT-TCATAAAAGCT
* * * *
9543 TATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATCTTTCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAA
189 TATTTG-AATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAA
* * ** * * *
9607 A-AAATCTT-TTTACCGAACTAGTTTAAATAGTTATA-ACTATTTGAGCAATTGTATACTTCAAA
253 ATAAAT-TTGTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAA
* * * * * *
9669 TCATTATAACCTTTTGTTTTGCCATAAAACAATT-ATTTATGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
316 TCATTTTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAT-TT-ATACAAGCTTATTCAGAATA
* * * ** ** *
9733 AAACAATACTAATATGA-AAATATTCTTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTAT
379 AAATAATACTAAT-TTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAA-ATAAATCTAT
* * * * * *
9797 TTGCCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATCATT-T----T
442 TTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCT
* * * * * ** *** * *
9857 TGTT--TT-GTCATAAAATAATTTTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAA-AAAA-AAAATTG
507 T-TTAATTCATCATAAAACAA-TTCTTTCAGTT-AAAAAAGCTTATCAAGAATAAAATAATACT-
* * * * * * * * * *
9917 AACTTATTAATATT-TCAAAATTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACC
568 AATTTGTTAATATTCT-AAAA-TTAATA-ATAAGA-ACTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACA
* * * * * * * * *
9981 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTGGT
629 AATTAAAATAGTTATGACCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAT-GTTAT-AACTTTTTTTTTGT
* *
10046 CATAAAATAAATGTTTTTG
692 CAT-AAA-CAAT-TGTTTG
** * * * * *
10065 TTCACTTA-AGTTTGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-TA
1 TTCA--TACAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAATAACAA
* * * * * *
10128 G-ATTTAAAAAAATAAATCCATTTATCAAACCAGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTGT
63 GAATTT-AAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT
** * * * * * * *
10192 TTATTTCAAATTC-TTATGATTTTTTGTTATATTACAAAACAATAAT-TTTTGCTT-GTAAAAGC
127 CAATTTCAAA-TCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT--TGTTTT-ATTCATAAAAGC
* * * * * *
10254 TTATTTAGATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TA
188 TTATTT-GAATAAAATAATACTAATTTAATAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
* ** *** * * * * *
10318 AAATAAATATGTTTATTGAA-TAAAATCAATAGTCATA-ACTATTTGAATAAGTATTTATTT-AA
251 AAATAAATTTGTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTA-AGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAA
* * * * * ** ** *
10380 A-AATTGTTAAGACCTTTTTATTTTA-TCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATTAGCTGGTT-T
315 ATCATT-TT--GACC-TTTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-TTTATACAAGCTTATTCA
* * * ** ** *
10441 GAAAAAAATATTACTAAGTTATTAATATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAAT
374 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTT-AAAAATAAAT
* ** * * * * **
10506 ATATTTACCAAACAAGTTTGAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATA
438 CTATTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATA
10571 ACCTTTT
503 ACCTTTT
10578 GTTTTGTCAC
Statistics
Matches: 2111, Mismatches: 425, Indels: 256
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
707 11 0.01
708 39 0.02
709 13 0.01
710 7 0.00
711 118 0.06
712 135 0.06
713 166 0.08
714 41 0.02
715 74 0.04
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722 225 0.11
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724 3 0.00
725 10 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (707 bp):
TTCATACAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAATTAATAACAAGAA
TTTAAAAAATAAATCTATTTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAAT
TTCAAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTATTCATAAAAGCTTATTTGA
ATAAAATAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTT
GTTTACCGAATTAGTTTAAATAGTTAAGACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAC
CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTATTTATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAA
TTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAAAATAAATCTATTTACCAAACAAGTT
CAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAATTCATCATA
AAACAATTCTTTCAGTTAAAAAAGCTTATCAAGAATAAAATAATACTAATTTGTTAATATTCTAA
AATTAATAATAAGAACTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAACAAATTAAAATAGTTATGACCATT
TGAATAATTATCTATTTCAAATGTTATAACTTTTTTTTTGTCATAAACAATTGTTTG
Found at i:8874 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 7113--10743 Score: 1918
Period size: 180 Copynumber: 20.2 Consensus size: 180
7103 TTGCTGAACT
* * * * * ** * * *
7113 AGTTCAAATATTTAAGACTATTAGAATAATT-TTTAATTTCAAATTATTCTAACCTTTTGTTTAG
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT-ATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTG
* * * * * * *
7177 TCATATAATAATTGTTTC-AATTCATACAAGCTTA-TTCAGAATAAAATAAAACTAATTTAATAA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * * *
7240 AATTC-AAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTGAAAAAATAACTTTGTTTA-CTAAAC
127 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * * * *
7290 AAGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAATAATTATCAATTTAAAATCATTACGACTTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTG
* * * * ** * *
7355 TCAT-AAACAATTGTTT-TAGTTCACAAAAACTTA-TCCAAAATAAAATAATACTACTGTATTAA
64 TCATAAAACAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * *
7417 TATT-TCAAAAGTTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTA-CTATGTT
127 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT-GTTTATCGA-ATC
* * * * * * * * * * *
7471 AGATAAAATAATTATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTCAAATTGTTATTACCTTTTGTTTTCT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGT
* * * * * *
7536 CACAAAACAATTGGTTT-TCAAT-ATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTACTAAT
65 CATAAAACAATT-GTTTCT-GATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
7599 ATT-TCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTATACCAAACC
128 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * ** * *
7648 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGTTATAATTTTTTGTTCTAT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTGTTTTGT
* * * * * * * * *
7713 CATAAGATAATTTTTTTCTGTTCATATAAGTTTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAGTAAT
65 CATAAAACAA-TTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
7777 ATTTTAGAAATTAATCAA-TAAGAGATTTAAAACATAAATCTATTTA-CTAAACC
128 ATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATC-GAATC
* * * * * * * * *
7830 ATTTAAAATTGTTTTGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACTTTTTATTTTGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-CTTTGTTTTGT
* * * * * * *
7895 CATCAAACAATTG-GTCTTGTTCATACTA-CTT-TATTCAAAATAAAACAATACTAATTTAATAA
65 CATAAAACAATTGTTTC-TGATCATACAAGCTTAT-TTGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAA
* * * ** * * ** *
7957 AATTTTAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAAATAAATCTAATTATTGAATC
127 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * * * *
8012 AGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAATAATTATCTGTTTCAAATCATTATGACCTTTTTCTTTTA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC--TTTGTTTTG
** ** *
8077 TCATAAAACAA-TGTTT-T-ATTCATACAAGCTTATTCTG-ATTAAAATAATGTTAATTTAATAA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTATT-TGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAA
* * * * *
8138 TATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAATTTTTTTTATCGAATT
127 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * * * * *
8192 AGTTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCGTTTTGACCTTTTGTTTAGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGT
* * * * * *
8257 CATAAAACAATTGTTT-TAGTTTATACAAGCTTA-TTCAGAATAAATTAATACTAATTTATTAAC
65 CATAAAACAATTGTTTCT-GATCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * *
8320 ATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATCT--AAAA-AAATCCGTTTA-CCAAAC
128 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * * *
8369 AAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTCTATTTAAAATCATTATAACCTTT-TAATTC
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGT--TTT
* * * * * * *** * * *
8433 GTCACAAAACAATTCTTTCAGTTAAAACAAGCTTAGAAGGAATAAAATAATACTAATTTGTTAAT
63 GTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * *
8498 ACTTACT-AAAA-TAATAAGTAAGAAACTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATT
128 A-TT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * ** *
8551 AGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAATGATTATCTATTTCAAATTGTTATGA-CTTT-TTGTTG
1 AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTT-TTG
* * * * * *
8613 TCATAAAACAATTATTTTTCATCATACAAACTTA-TTCAAAATAAAATAATACTATTTTATTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAAT
*
8677 A-TCTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTATCGAATC
128 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * *
8730 AGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAACAATTATCAATCTCAAATCGTTAAGATCTTTGTTTTGTC
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTC
* * ** *
8795 ATAAAACAATTGTTTCTGATCGTAGAAGCTTATTTGATTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT
66 ATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATT
* * ** *
8860 CTAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCGAGTC
131 CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * * * * *
8910 AATTTAAATAGTTA-GAACTATTAGAATAAATATGTATTTCAAATCATTTTGACCTTT-TATTTA
1 AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGT-TTT-
* * ** * *
8973 GTCATAAAATATTTGTTTCAT-ATTTTACAAGCTTATTT-AGAATAAAATAAT-TTAAATTTATT
63 GTCATAAAACAATTGTTTC-TGATCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATACT-AATTTATT
* * * * * *
9035 AATATTCAAAAAACTAATAAGGAA-ATGATTTGAAAAAATAAATCTATTTA-CCAAAC
125 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * * * ** *
9091 AAGTTCAAATAGTGATGACTATTTAAATAAATATTTATTTAAAATTATTATGACCTTTTGTTTTA
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTG
* * * * ** * *
9156 ACATAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAAGCTTA-TCCAAAATAAATAATACTAATTTCTTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTTCTGATCAT-ACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
** *
9220 AATTC-AAAAATTAATAACCAAGAG-TTT--AAAATAAATTTGTTTATCGAA-C
128 -ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * *
9269 AAATTCAAATAGTTATGACCATTTGAGCAATTGTCTATTTAAAAT-GTTATGACCTTTTTGTTTT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC--TTTGTTTT
* * * * *
9333 GTCATAAAGCAATTG-TT-TGAATTCACACAAGCTTA-GTCAAAATAAAATAATGCTAATTTATT
63 GTCATAAAACAATTGTTTCTG-A-TCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATACTAATTTATT
* * * * ** * * *
9395 ACTATTTTGAAAATTAAT--G-AA-CGATTTAAAAGGTGAATCTATTTATCGATTC
125 AATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * * * *
9447 AGTTCAAATAATTATGGCCATTTTAACAATTATCTATTTCAAATCATTATTACCTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGT
** * * * * * * *
9512 CATGTAACAATTGATTT-TTATCATATATGTTTATTTGAAATAAAATAATAGTAATTTATTAATC
65 CATAAAACAATTG-TTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * *
9576 TT-TCAAAAAATAATAAGTAAGAGATTT-AAAAA-AAATCTTTTTACCGAA-C
129 TTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * * * * *
9625 TAGTTTAAATAGTTATAACTATTTGAGCAATTGTATACTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTG
* * * * * * * *
9690 CCATAAAACAATTATTTATGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAACAATACTAATATGA-AAA
64 TCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAAA-AAAATAATACTAAT-TTATTAA
* * * * * * * *
9753 TATTCTTAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAATATAAATTTATTT-GCCAAAC
127 TATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * *
9806 TAGTTCAAATAGTTAAGACTGTATGAACAATTATCTATTTCAAATC---AT---TTTTGTTTTGT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGT
* * * * *
9865 CATAAAATAATT-TTTTTCAATTCATACTAGCTTATTTGGAAAAAAAA-AAT--TGAACTTATTA
65 CATAAAACAATTGTTTCT-GA-TCATACAAGCTTATTT-GAAAAAAAATAATACT-AATTTATTA
* * * * * * *
9926 ATATT-TCAAAATTTAATATGTAAAAGATTTAAAAAATAATTCTGTTTACCTAACC
126 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * *
9981 AGTTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGCTATGACCTTTTGTTTGGT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTGT
* * * * * * * *
10046 CATAAAATAAATGTTTTTGTTCACT-TAAG-TT-TGTTCAAAATAAAATAATATTAATCTATTAA
65 CATAAAACAATTGTTTCTGATCA-TACAAGCTTAT-TTGAAAA-AAAATAATACTAATTTATTAA
** * *
10108 TATT-TCAAAAATTAATAA-T---AGATTTAAAAAAATAAATCCATTTATCAAACC
127 TATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
* * * * ** * *
10159 AGTTCAAAAAGTTATGACTATTTGAGCAATTGTTTATTTCAAATTC-TTATGATTTTTTGTTATA
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGA-CCTTTGTTTTG
* * ** * * ** * **
10223 TTACAAAACAATAATTTTTGCTTGTAAAAGCTTATTT-AGATTAAAATAATACTAATTTATTAAT
64 TCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGA-AAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * * *
10287 ATTTTCAACAATTAATAAGTAAAAAATTT-TAAAATAAATATGTTTATTGAATA
128 ATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
** * * * * * * * * *
10340 AAATC-AATAGTCATAACTATTTGAATAAGTATTTATTTAAAAATTGTTAAGACCTTTTTATTTT
1 AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT-CAAATCGTTATGACC--TTTGTTTT
* * * * ** ** * *
10404 ATCATAAAA-AATTATTTCAGTTCATATTAGCTGGTTTG-AAAAAAATATTACTAAGTTATTAAT
63 GTCATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAAT
* * * * * * *
10467 ATTCTGAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATATATTTA-CCAAAC
128 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
** * * * * * *
10519 AAGTTTGAATAATTATAAGTATTTGAACAATTATCTATTTGAAATCGCTATAACCTTTTGTTTTG
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTGTTTTG
* * * * * *
10584 TCACCAAAA-GATTTTTTCT-ATTCATACAAGTTTATTTTG-AATAAAATAATA-TACTTTATTA
64 TCA-TAAAACAATTGTTTCTGA-TCATACAAGCTTA-TTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTA
* * * *
10645 ATA--CTAAGACAATTAAT-AGTTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAAC
126 ATATTCTAA-A-AATTAATAAG-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
** * * * *
10699 AAGTTCAAATCTTTATGGCTAATTGAACAATTATTTATTTTAAAT
1 -AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAAT
10744 TGTTGGGTAG
Statistics
Matches: 2653, Mismatches: 634, Indels: 330
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
173 8 0.00
174 101 0.04
175 24 0.01
176 13 0.00
177 288 0.11
178 472 0.18
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180 523 0.20
181 518 0.20
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183 47 0.02
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (180 bp):
AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTGTTTTGTC
ATAAAACAATTGTTTCTGATCATACAAGCTTATTTGAAAAAAAATAATACTAATTTATTAATATT
CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCGAATC
Found at i:12983 original size:180 final size:175
Alignment explanation
Indices: 12609--13402 Score: 603
Period size: 177 Copynumber: 4.4 Consensus size: 175
12599 AGTCATAATG
* * * *
12609 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAATTCTTTGAACTGGTTCGATAAATAAAATTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATT
** * * * * * *
12674 TCCTAAATCTCTTA-TAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATTTCTCCTCTAATTC-GAATAAGC
66 TTTTAAATCTCTTATTAAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTACT-ATTTTATTCTGAATAAGC
** * * * *
12737 TTGTATGAGCTGAGGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAA
129 TTGTATGA--TGAAATAAATGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * * **
12786 ATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAATTGGTTCGACAAATGGATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATT
*
12851 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTA-TATTTTATTCTGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAATAA
* * * *
12915 GCTTGTATGAATAGAAATAAATGTTTTATTATAGAATAAAATGTTATAACA
127 GCTTGTATG-AT-GAAATAAATGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * * *
12966 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATT
* * ** * * * *
13031 TTTTAAACCTCTTATTAAATTTTGAAATATTTGTAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAATAAGCTT
* * *
13096 GTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACA
131 GTATGATGAAATA-AA-TGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * * * * ** * *
13143 ATATGAAACAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTATTTAG-TAAACT-GATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGATAAA-TAAATTTA
* * * * * *
13206 TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAAGTAGCACTATTTTCTTTTGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAAT
* * * * * * * * **
13271 AAGCTTTTGTGAACTAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATG
125 AAGCTTGTATG-A-TGAAATAAATGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* ** * * * * * *
13324 ATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTA
1 ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAA-TTGGTTCGATAAATAAATTTA
*
13387 TATTTTCAAATCTCTT
64 T-TTTTTAAATCTCTT
13403 GCTTATTAAT
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 101, Indels: 39
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 18 0.04
177 183 0.37
178 8 0.02
179 12 0.02
180 122 0.25
181 125 0.25
182 16 0.03
183 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (175 bp):
ATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTCTGAATAAGCTT
GTATGATGAAATAAATGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
Found at i:13340 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 12752--13411 Score: 562
Period size: 181 Copynumber: 3.7 Consensus size: 178
12742 TGAGCTGAGG
* * * * * ** *
12752 TAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCAT
1 TAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * *** * * *
12817 AATTGTTTGAA-TTGGTTCGACAAATGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGA
66 AATTATTT-AACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAAA
* * * *
12881 ATATTACTAAATTAGTATATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
129 ATATTAATAAATTAGTATATTTTATTTTGAATAAGCTTTTGTGAATA-AAA
* * * * * * *
12932 TAAATGTTTTATTATAGAATAAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
1 TAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * ** **
12997 AACTATTTGATTTGGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-C-C-T-CTTATTAAATTTTGAAA
66 AATTATTTAACTT-GTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAAAA
** * *
13058 TATTTGTAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGTTG-A-AAAA
130 TATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAATAAGCTT-T-TG-TGAATAAAA
* * * *
13109 CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATATGAAA-CAGATAATTGTTCAAATGGCCA
1 TAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATC-GATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** *
13173 TAATTATTTAAACTTATTTAGTAAACTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAA
65 TAATTATTT-AACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAAA
* * * *
13238 ATAATAATAAAGTAGCACTATTTTCTTTTGAATAAGCTTTTGTGAACTAAAA
129 ATATTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAATAAGCTTTTGTGAA-TAAAA
* * * ** * * *
13290 TAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAATAAT
1 TAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
13355 AACTCATTGAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAA
66 AA-TTATTTAACTTGTTTAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAA
13412 TTTTTGGAAT
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 82, Indels: 34
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 25 0.07
177 105 0.28
178 8 0.02
179 8 0.02
180 84 0.22
181 124 0.33
182 26 0.07
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (178 bp):
TAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAATCGATAATTGTTCAAATAGTCAT
AATTATTTAACTTGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAATTTCAAAAT
ATTAATAAATTAGTATATTTTATTTTGAATAAGCTTTTGTGAATAAAA
Found at i:14303 original size:180 final size:176
Alignment explanation
Indices: 13941--14680 Score: 675
Period size: 180 Copynumber: 4.1 Consensus size: 176
13931 AGTCATAATG
* * *
13941 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAATTCTTTGAACTGGTTCGATAAATAAAATTAT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAAATTTAT
* * * * * * * *
14005 TTTCTAAATTTCTTA-TAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATTTCTACTCTATTTCGAATAAGC
65 TTTTTAAATCTCTTATTAAA-TTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGC
* ** * * *
14069 TTGTATGAGCTAAGGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAA
129 TTGTATGA-ATAAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * * * **
14118 ATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAATTGGTTCGACAAATGGATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATT
* *
14183 TTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTA-TATTTTATTCTGAATAA
66 TTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTCA-AATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAA
* * * *
14247 GCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAATGTTATAACA
127 GCTTGTATGAATA-AAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * *
14298 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATT
* * ** * * *
14363 TTTTAAACCTCTTATTAAATTTTGAAATATTTGTAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTT
66 TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTT
* * *
14428 GTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACA
131 GTATGAAT--AAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * * * ** * *
14475 ATATGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTATTTAG-TAAACT-GATTTA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTCGATAAA-TAAATTTA
* * * * *
14538 -TTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAACTAGCACTATTTTCTTTTGAAT
64 TTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTC-AAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAAT
* * * * * * *
14602 AAGCTTTTGTGAACTAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACG
125 AAGCTTGTATGAA-TAAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
* * *
14655 ATTTTAAATTGATAAATGTTCAAATA
1 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
14681 ATAATAACTC
Statistics
Matches: 456, Mismatches: 89, Indels: 33
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 30 0.07
177 176 0.39
178 7 0.02
179 12 0.03
180 213 0.47
181 17 0.04
182 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTCGATAAATAAATTTATT
TTTTAAATCTCTTATTAAATTTTCAAATATTAATAAATTAGTACTATTTTATTTTGAATAAGCTT
GTATGAATAAAATAATTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTAATAACA
Found at i:14603 original size:357 final size:357
Alignment explanation
Indices: 13932--14698 Score: 814
Period size: 357 Copynumber: 2.1 Consensus size: 357
13922 ACACTCTGGA
** * *
13932 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-CTATAATTCTTTGAACTGGTTCGATAAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAA
* ** *
13996 TAAAATTATTTTCTAAATTTCTTATAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATTTCTACTCTATTTC
65 CAAAATTATTTTCTAAACCTCTTATAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATATCTACTCTATTTC
* * *** * * * *
14061 GAATAAGCTTGTATGAGCTAAGGTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAAATTTGAGA
130 AAATAAGCTTGTATGAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAAAATATGAAA
* * * * * *
14126 TAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAATTGGTTCGACAAATGGATTTATTTTTTAAAT
195 TAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTAGTTAGACAAATGGATTTATTTTTTAAAT
* * * * * * *
14191 CTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
260 CTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAACTAGCATATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG
* * * * * *
14256 AA-TAGAAATAATTGTTTTATTATAGAATAAAAT
325 AACTA-AAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
* ** *
14289 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGATTTGGTTCGGTAAAC
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAC
* * ** * *
14354 AAATTTATTTTTTAAACCTCTTATTAAA-TTTTGAAATATTTGTAAATTAATAT-TATTTTATTT
66 AAAATTATTTTCTAAACCTCTTA-TAAAGTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATCTACTCTATTT
* * * *
14417 TAAATAAGCTTGTATGTTG-AAAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATATGA
129 CAAATAAGCTTGTATG-AGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAAAATATGA
* * * *
14481 AATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTAAACTTATTTAGTA-AACT-GATTTA-TTTTT
193 AATAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAA-TTAGTTAG-ACAAATGGATTTATTTTTT
* *
14543 AAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAACTAGCACTATTTTCTTTTGAATAAGCTT
256 AAATCTCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAACTAGCA-TATTTTATTCTGAATAAGCTT
* *
14608 TTGTGAACTAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
320 GTATGAACTAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
* * * * * *
14646 GTCATAACGATTTTAAATTGATAAATGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACT
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACT
14699 TGTTTAGTGA
Statistics
Matches: 334, Mismatches: 67, Indels: 18
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
356 41 0.12
357 272 0.81
358 20 0.06
359 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCGATAAAC
AAAATTATTTTCTAAACCTCTTATAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTATATCTACTCTATTTCA
AATAAGCTTGTATGAGCAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAAAAATATGAAAT
AAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTAAATTAGTTAGACAAATGGATTTATTTTTTAAATC
TCTTACTTATTAACTTTCAAAATAATAATAAACTAGCATATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA
ACTAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAG
Found at i:15816 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 15264--16471 Score: 765
Period size: 177 Copynumber: 6.8 Consensus size: 177
15254 ACACTCTGGA
** * * * *
15264 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTCTTTGAACTGG-TTCGATAAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTAG-TAAA
* * * * * * *
15328 TAAAATTATTTTCTAAATATCTTA-TAAAGTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTCTACTCTATT
65 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAA-TTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT-TATTTTATT
* * ** * *
15391 TCGAATAAGCTTGTATGAG-CTGAGCTAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG
128 TTGAATAAGCTTGTATGTGACAAAGC-AATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * * * * * *
15441 GTCATAAAAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCATAATTGTTTGAATTGG-TTCGACAAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTAG-TAAA
*** * *
15505 TGGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTA-TATTTTA
65 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * *** * *
15569 TTCTGAACAAGCTGGTATGAAT-AGAAA-TAATTGTTTTATTATGGAATAAAAT
126 TTTTGAATAAGCTTGTATG--TGACAAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * * *
15621 GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGATTTGGTTTAGTAAAC
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTAGTAAAC
* ** * *
15686 AAATTTATTTTTTAAACCTCTTATTAAATTTTGAAATATTTGTAAATTAATATTATTTTATTTTA
66 AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
15751 AATAAGCTTGTATGTTGA-AAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
131 AATAAGCTTGTATG-TGACAAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * * * *
15798 GTAATAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTT-ATTTAGTAAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTTAGTAAA
** * ** * * * *
15862 CTGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAACTTTCAAAATGA-TAATAAAGTAGCACTATTTTCTTT
65 CAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAAT-ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** *
15926 TGAATAAGCTT-T-TGTGAACTAAAATAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG
129 TGAATAAGCTTGTATGTG-AC-AAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * * * *
15975 GTCATAACAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAATAATAACTCA-TTGAACTT-GTTTAGTAA
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAA-TTGGTTTAGTAA
* * * *
16038 ACAAATTTATATTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTT
64 ACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTT-ATTA--AATTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * ** * *
16103 TATTCTAAATAAGCTTGTATG-AACTGAAA-CAATTATTATAGGACTAAACAAAAT
124 TATTTTGAATAAGCTTGTATGTGAC--AAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * ** * * * * ** * * * * *
16157 GTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAGCTATTTGAACTAGTTTGGCAAAT
1 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTAGTAAAC
* * * * *
16222 ACATTTATTTTTAAAATCT-TTCACT-AATTGTTGGAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAT
66 AAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ATTAAATT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
** * * * * * * * *
16284 CCGAATAAGCTTGTGTGATTAGAAA-TAATTATGTTATAAGAAAAC-AAAG
128 TTGAATAAGCTTGTATG-TGACAAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
* * * * * * * **
16333 ATCATAATAATTT-AAGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAA
1 GTCATAACAATTTGAA-A-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTAGTAA
* * * * *
16396 ACAACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTT
64 ACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
16460 ATTTTGAATAAG
125 ATTTTGAATAAG
16472 GTTTTATGAC
Statistics
Matches: 800, Mismatches: 188, Indels: 84
0.75 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
174 2 0.00
175 11 0.01
176 74 0.09
177 381 0.48
178 21 0.03
179 44 0.05
180 122 0.15
181 36 0.05
182 103 0.13
183 4 0.00
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (177 bp):
GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTTAGTAAAC
AAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
AATAAGCTTGTATGTGACAAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAG
Found at i:17375 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 16472--18525 Score: 1641
Period size: 181 Copynumber: 11.4 Consensus size: 182
16462 TTTGAATAAG
* * * *
16472 GTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGACTTT-AAATAAATAATTATTCAAATAGTCA-AATA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-C
* * *
16535 TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTATTTAAATCTCTTT-CTAATTAATTTTTTGAA
64 TATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTA-TTT-TTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *** * * *
16599 A-GTTAATAAATTACTATTATTTTATTTTTAATAATCTTGTATGAACTGAAATAATT
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * * * * *
16655 GTTTTATGACTAAATAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
16720 TTTGAA-TTGGTTTGGTAAACT-CATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATTATTTTTTAG-AAT
66 TTTGAACTT-GTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAAAT
* * * *
16781 ATTATTAATTTAGTGA-TATTTTACTT-CGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGAAATT
128 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAA-CAATT
* * * * * *
16836 ATTTTATTACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAAGTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * **
16900 TTTGAA-TTGGTTCGATAAACAGATTTAATTCTTAAATC---T-CTTATTAATTTACA-AAATAT
66 TTTGAACTT-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATAT
** ** * * *
16959 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATTAATAGAAACAATC
130 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * *
17012 ATTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACT
1 GTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * **
17076 ATTTAAACTTGTTC-AGTAGATAGATTTATTTTTTCAAAAT-TTCCAACTTATTAATTTTTAG-A
65 ATTTGAACTTGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTT--AAATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** * *
17138 ATATTCATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGGATAGAAACAATT
126 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * ** *
17195 GTTTTATGACAAAAGAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGAGTCATAACTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
*** *
17260 TTTGAACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAAT-TT
66 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATT
* *
17324 AATAAATTAGTATCATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATT
131 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * * * *
17376 GGTTTATGACGAAACAAAAGCTCATAACAATTTCAAATGGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * *
17441 TTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTT-GAAATATT
66 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATT
* * * *
17504 AATAAATTTA-TATTACTTTATTCAAATATAAGCTTGCATGAATC-GAACCAATT
131 AATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAA-ATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATT
* * * * * * *
17557 GTTTTATGACAAAACAAACGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAACTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
17622 TTTGAACATGTTCAATAAATAGA-TTAATTTTTAATTCTCTTACTTATTAATTTTTAG-AATATT
66 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATT
* * *
17685 AATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA-AAACAATT
131 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAACAATT
* * * * * * * *
17737 GTTTTATTACAAAACAAAA-AGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTAATGACC
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
*
17801 ATTTGAACTTGTTCGATAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTT-GAAAT
65 ATTTGAACTTGTTCGATAAATA-GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAGAAAT
* * * ** * *
17863 ATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATT
128 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * **
17918 GTTTTATGAC-AAA-AAAAGCT-ATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTA-TCATAAAG
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTCATAACT
* * * *
17979 ATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGTTAGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT---AAT
65 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAGAAAT
* * * * * * * *
18041 ATTAATAATTTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAACTTCTATGATAGAAAAAAAATC
128 ATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAACAATT
* * * * * * * * * * *
18097 ATTTTATAACTAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTA
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
18162 TTTAAATTTGTTCGTTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCA-AAATATT
66 TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATT
* * * ** * **
18226 AATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTCATTTGAATCA-AAATGATT
131 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-CAGAAACAATT
* * * * *
18278 TTTTTATGACAAAACAAAA-AGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACT
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
* * * * ** * * * * * *
18342 ATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTCATTGTT-GAAATAT
65 ATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATAT
* * * * *
18406 TAATAAATTGGTATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATT
130 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
* * * * * **
18459 GTTTTATAACAGAACAAAA-AGTTATAACAATTTGAAATAAATAATT-GCCTAAATAGTCATAAC
1 GTTTTATGACAAAACAAAAGA-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAAC
18522 -ATTT
64 TATTT
18526 TTTACTGGTT
Statistics
Matches: 1510, Mismatches: 298, Indels: 129
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 3 0.00
176 66 0.04
177 68 0.05
178 109 0.07
179 40 0.03
180 240 0.16
181 643 0.43
182 130 0.09
183 208 0.14
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (182 bp):
GTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATATT
AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATT
Found at i:18327 original size:541 final size:540
Alignment explanation
Indices: 16601--18520 Score: 1549
Period size: 541 Copynumber: 3.5 Consensus size: 540
16591 TTTTTGAAAG
* * ** * ** * * *
16601 TTAATAAATTACTATTATTTTATTTTTAATAATCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACT
1 TTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * ** * * * * * ** * * * *
16666 AAATAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGT
66 AAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATAATGACCATTTGAACTAGT
* * * * *
16731 TTGGTAAAC-TCATTTATTTTTTAAATCTCTTT-CTTATT-ATTT-TTTAGAATATTATTAATTT
131 TCGATAAACAT-ATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTGTTGA-AATATTAATAAATT
* * * * * *
16792 AGTGA-TATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAAGAAATTATTTTATTAC-AAAACAAA
193 AGT-ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAA-CAATTGTTTTATGACGAAAA-AAA
* ** * * * * * * * *
16854 GATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCAT-AAGTATTTGAA-TTGGTTCGATA
255 GCT-ATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAAAG-ATTTGAACAT-GTTCAAAA
* * ** *
16917 AACAGATTTAATTCTT-AAA--TCT-CTTATTAATTTACAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATT
317 AACAGATTT-ATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTT-TTAAATATTAATAAATTTA-TATTACT
** ** * * * * *
16977 TTATTCTGA-ATAATTTTGTATTAATAGAAACAATCATTTTATGATAAAACAAAATG-TCATAAT
379 TTATTCAAATATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAA-GATCATAAT
** * * * * *
17040 GA-TTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGA-CATGACTATTTAAACTTGTTCAGTAGATAGATTT
443 -ATTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTATTTAAACATGTTCAATAAACAGA-TT
* * * * *
17103 ATTTTTTCAAAATTTC-CAACTTATTAATTTTTAGAATA
505 AATTTTT--AAATCTCTTAA-TTATTAATTTTCAAAATA
* * ** ** *
17141 TTCATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGGA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGAC
* * ** ** * * * * *
17205 AAAA-GAAAAGATCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGAGTCATAACTATTTGAACTC
65 AAAACAAAAAG-TCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATAATGACCATTTGAACT-
* * * *
17269 A-CTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTAGAAAT-TTAATAAAT
128 AGTTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTT-GAAATATTAATAAAT
* * * * *
17331 TAGTATCATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACGAAACAAAAG
192 TAGTATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACGAAA-AAAAG
* ** * * **
17396 CTCATAACAATTTCAAATGGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAAC
256 CT-ATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACATGTTCAAAAAAC
*
17461 ATATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTACTTTATT
320 AGATTTATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAATTTATATTACTTTATT
* ** ** * * *
17526 CAAATATAAGCTTGCATGAATCGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAACGATCATAATGTTTTG
384 CAAATATAAGCTTGCATGAATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATATTTTG
* * * *
17591 AAATAGATAATTGTTTAGATAATCATAACTATTTGAACATGTTCAATAAATAGATTAATTTTTAA
449 AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACATGTTCAATAAACAGATTAATTTTTAA
* * * *
17656 TTCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
514 ATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATA
* *
17683 TTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTACA
1 TTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
** * * *
17748 AAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTAATGACCATTTGAACTTGT
66 AAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATAATGACCATTTGAACTAGT
* *
17813 TCGATAAACATGTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATTAAT
131 TCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTTGAAATATTAATAAATTAGT
* ** *
17877 ATTTTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTTTTATGAC-AAAAAAAGCTATA
196 ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACGAAAAAAAGCTATA
* **** *
17941 ACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATTA-TCATAAAGATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATT
261 ACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAA-TAGTCATAAAGATTTGAACATGTTCAAAAAACAGATT
* * *
18005 TATTTGTT-AGATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAATTTTATATTATTTTATTCG
325 TATTT-TTAAAAT-TTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAAATTTATATTACTTTATTC-
* * *
18068 AAATA-AA-CTT-CTATG-ATAGAAAAAAAATCATTTTATAACTAAACAAAAGGTTATAGCA-AT
385 AAATATAAGCTTGC-ATGAATAG--AAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGATCATA--ATAT
* ** ** *
18128 TTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAATTTGTTCGTTAAACAGATTCATTT
445 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACATGTTCAATAAACAGATT-AATT
18192 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATA
509 TTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAAAATA
* * * * ** *
18224 TTAATAACTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTCATTTGAA-TCAAAATGATTTTTTTATGAC
1 TTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAACT-AAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
18288 AAAACAAAAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGATCTAG
65 AAAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATAATGACCATTTGAACTAG
* * * * * * * *
18353 TTTGGTAAGCATATTTATTTTTAAAATTTTTTATTTATTCA-TTGTTGAAATATTAATAAATTGG
130 TTCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTTGAAATATTAATAAATTAG
* * * *
18417 TATTAATTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAAAGTT
195 TATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGAC-GAA-AAAAAGCT
* *
18482 ATAACAATTTGAAATAAATAATTG-CCTAAATAGTCATAA
258 ATAACAATTTGAAATAAATAACTGTTC-AAATAGTCATAA
18521 CATTTTTTAC
Statistics
Matches: 1135, Mismatches: 197, Indels: 92
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
538 4 0.00
539 73 0.06
540 309 0.27
541 333 0.29
542 223 0.20
543 15 0.01
544 86 0.08
545 92 0.08
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (540 bp):
TTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAGCTCATATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACA
AAACAAAAAGTCACAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATAATGACCATTTGAACTAGT
TCGATAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTGTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTAATCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGACGAAAAAAAGCTATA
ACAATTTGAAATAAATAACTGTTCAAATAGTCATAAAGATTTGAACATGTTCAAAAAACAGATTT
ATTTTTAAAATTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTTATATTACTTTATTCAAATAT
AAGCTTGCATGAATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGATCATAATATTTTGAAATAGA
TAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTAAACATGTTCAATAAACAGATTAATTTTTAAATCTCTT
AATTATTAATTTTCAAAATA
Found at i:18345 original size:902 final size:896
Alignment explanation
Indices: 15507--19454 Score: 2042
Period size: 902 Copynumber: 4.5 Consensus size: 896
15497 TCGACAAATG
* * * *
15507 GATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG-AATATTACTAAATTAGTAT-ATTTTAT
1 GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAAAT-TTAATAAATTAGTATCATTTTAT
** * ** * * * *** * * *
15570 TCTGAACAAGCTGGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATTATGGAATAAAATGTTATAACAATTTG
65 TCCAAATAAGCTATTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTT-
* * ** * *
15635 AAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGATTTGGTTT-AGTAAACAAATTTATTTTTT
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACT-GTTTGA-TAAACATATTTATTTTTA
** * ** * * **
15699 AAA--CCT-CTTATTAAATTTTGAAATATTTGTAAATTAATATTATTTTATTTTAAATAAGCTTG
191 AAATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAATTTATTCAAAATAAGCTTG
* * * * ** *
15761 TATG--TTGAAAAGCAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTAATAACAATATGAAATAGATAATT
256 TATGAACTG-AAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAGAATGATTTGAAATAGATAATT
* *** * * ** * * * * *
15824 GTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTTAGTAAACTGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTT
319 GTTCTAATAATCATAACTATTTGAAATGGTTCAATAAACTCAATTAATTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * ** * *
15885 ATTAACTTTCAAAATGA-TAATAAAGTAG-CACTA-TTTTCTTTTGAATAAGCTTTTGTGAACTA
384 ATTAATTTTTAGAAT-ATTAATAAATTAGTGA-TACTTTAC-TTCAAATAAGCTTATATGAAC-A
* * * * * ** * ** * *
15947 AAA-TAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTTAAATCGATAATTGTTCAAATAA
445 AAAGAAATTATTTTATTACAAAACAAAA-ATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAC
* * *
16011 TAATAACTCA-TTGAACTTGTTTAG-TAAACAAATTTATATT-TTCAAATCTCTTGCTTATTAAT
509 TAATAAC-CATTTGAA-TTGGTTCGATAAACAGATTTA-ATTCTT-AAA--TC-T-CTTATTAAT
** * * * * * * * *
16073 TTTTAGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTA
566 TTACAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATCA
* * * * ** * * * * * ***
16138 TTATAGGACT-AAACAAAATGTTAGAATGATTTGAAATATATAATTATTCTAATAGTCTTAGCTA
631 TTTTATGA-TAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGACATAAAGA
* * ** * * * **
16202 TTTGAACTAGTTTGGCAAATACATTTATTT-TTAAAATCTTTC-AC----TAATTGTTGGAATAT
695 TTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTGTTAAAAT-TTCCAACTTATTAATT-TTTAAATAT
* * * ** * * * * * *
16261 TATTAAATTAGTATTATTTT-TATCCGAATAAGCTTGTGT-GATTAGAAATAATTATGTTATAAG
758 TAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAAATTCTATGGA-TAGAAAAAATCATTTTATAAC
* * * * * * * *
16324 AAAAC-AAAGATCATAATAATTT-AAGATTAATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-
821 AAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAA-ATAAATAATTATTCAAAGAATCATAACTATTTAAACTC
* ***
16386 AGTTCAAAAAACA
885 A-CTCGGTAAACA
* * ** * * *
16399 -ACTTTA-GTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-TGAAATGTTAATAAAGTAGTATTATTTTA
1 GA-TTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAAAT-TTAATAAATTAGTATCATTTTA
* * * *
16461 TT-----T-TG--A--AT--A-AG--------GTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGACTT
64 TTCCAAATAAGCTATTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-AATT
* * *
16505 TAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAAATA-TATTTGAACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTA
128 TAAATAGATAATTATTCAAATAGTC--ATACTATTTGAAC-TGTTTGATAAACATATTTA-TTT-
* * * * ***
16569 TTTAAATCTCTTT-CTAATTAATTTTTTGAAA-GTTAATAAA-TTACTATTATTTTATTTTTAAT
188 TTAAAAT-T-TTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAATTTATTCAAAAT
* * * * *
16631 AATCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAATAAAAGGTAAGAATGATTTGAAATAGA
249 AAGCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAGAATGATTTGAAATAGA
* * * *** * *
16696 TAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACTCATTTATTTTTTAAATCTCT
314 TAATTGTTCTAATAATCATAACTATTTGAAATGGTTCAATAAACTCAATTAATTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
16761 TTCTTATTATTTTTTAGAATATTATTAATTTAGTGATATTTTACTTCGAATAAGCTTGTATGAAC
379 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGATACTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAAC
* * * *
16826 AAAAGAAATTATTTTATTACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAC
444 AAAAGAAATTATTTTATTACAAAACAAAAATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAC
* **
16891 TCATAAGTATTTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTAATTCTTAAATCTCTTATTAATTTACAAAA
509 TAATAACCATTTGAATTGGTTCGATAAACAGATTTAATTCTTAAATCTCTTATTAATTTACAAAA
* * ** * *
16956 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATTAATAGAAACAATCATTTTATGA
574 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATCATTTTATGA
** * * **
17021 TAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAATTCAAATAGACATGACTATTTAAACTT
639 TAAAACAAAATGTCATAACAATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGACATAAAGATTTAAACTT
* * *
17086 GTTCAGTAGATAGATTTATTTTTTCAAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTCATAAATT
704 GTTCAGTAAATAGATTTATTTGTT-AAAATTTCCAACTTATTAATTTTTA-AATATTAATAAATT
* * ** * *
17151 AGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTGTATGGATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGA
767 AGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTCTATGGATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGA
** ** * * *
17216 TCAAAATGATTTGAAATAAATAATTATTTGAAGAGTCATAACTATTTGAACTCACTCGGTAAATA
832 TCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAATCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAACA
* * * *
17281 GATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAAATTTAATAAATTAGTATCATTTTATT
1 GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAAATTTAATAAATTAGTATCATTTTATT
* * *
17346 CCAAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGGTTTATGACGAAAC-AAAAGCTCATAACAATTTC
66 CCAAATAAGCTATTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACAATTT-
* * * ** *
17410 AAATGGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACATGTTCAAAAAACATATTTATTTTTAA
129 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAAC-TGTTTGATAAACATATTTATTTTTAA
*
17475 AATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTACTTTATTCAAATATAAGCTTG
192 AATTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAATTTATTCAAA-ATAAGCTTG
* * * * * *
17540 CATGAA-TCGAACCAATTGTTTTATGACAAAACAAACGATCATAATGTTTTGAAATAGATAATTG
256 TATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAGAATGATTTGAAATAGATAATTG
*
17604 TT-TAGATAATCATAACTATTTGAACAT-GTTCAATAAA-T-AGATTAATTTTTAATTCTCTTAC
320 TTCTA-ATAATCATAACTATTTGAA-ATGGTTCAATAAACTCA-ATTAATTTTTAAATCTCTTAC
*
17665 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT-ATTACTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTA
382 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-TACTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAAC-A
* *
17729 AAA-CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAC
445 AAAGAAATTATTTTATTACAAAACAAAAA-TCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAC
* * * *
17793 TAATGACCATTTGAACTT-GTTCGATAAACATG-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTATTTG
509 TAATAACCATTTGAA-TTGGTTCGATAAACA-GATTTAATTCTTAAATCTCTTA-TTA--ATTT-
*** * * **
17856 TTGAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACATAAACAATTGTT
568 ACAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATCATT
* * *
17921 TTATGA-CAAA-AAAA-G-CTATAACAATTTGAAATAAATAACT-GTTCAAATTA-TCATAAAGA
633 TTATGATAAAACAAAATGTC-ATAACAATTTGAAATAAATAA-TAATTCAAA-TAGACATAAAGA
* ** * **
17980 TTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTGTT-AGATCTT-TTACTTATTAATTGTCTT-AATA
695 TTTAAACTTGTTCAGTAAATAGATTTATTTGTTAAAAT-TTCCAACTTATTAATT-T-TTAAATA
* *
18042 TTAATAATTTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAACTTCTAT-GATAGAAAAAAAATCATTTTAT
757 TTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAAATTCTATGGATAG--AAAAAATCATTTTAT
* * * * * * * * * * *
18104 AACTAAACAAAAGGTTATAGCAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTAAAT
818 AACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAATCATAACTATTTAAAC
*** *
18169 TTGTTCGTTAAACA
883 TCACTCGGTAAACA
* *
18183 GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCA-AAATATTAATAACTTAGTATTATTTTAT
1 GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAAAT-TTAATAAATTAGTATCATTTTAT
* * ** *
18247 TTCGAATAAGCTCATT-TGAATCA-AAATGATTTTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
65 TCCAAATAAGCT-ATTATGAA-CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
* * * * *
18310 TGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATGACTATTTGATCTAGTTTGGTAAGCATATTTATTTTT
128 T-AAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACT-GTTTGATAAACATATTTATTTTT
* * * ** * *
18375 AAAATTTTTTATTTATTCATTGTTGAAATATTAATAAATTGGTATTAATTTAATCCAAATAAGCT
190 AAAA-TTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAATTTATTCAAAATAAGCT
* * * * * ** *
18440 TGTATGAACAT-AAACTATTGTTTTATAACAGAACAAAA-AGTTATAACAATTTGAAATAAATAA
254 TGTATGAAC-TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA-TAAGAATGATTTGAAATAGATAA
*
18503 TTG--C-------C-TAA--A--T---A--G-TC-AT-AA--C-A-T--TTTTT--A---C-T-G
317 TTGTTCTAATAATCATAACTATTTGAAATGGTTCAATAAACTCAATTAATTTTTAAATCTCTTAC
* * * * * * * *
18533 GT-TTGA----TA-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAA
382 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTGA-TACTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACAA
** * * * * * * * * *
18591 AATCAATTATTTTATGACAAAATAAAAAATAATAATAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGT
446 AAGAAATTATTTTATTACAAAA-CAAAAATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACT
* ** * * * * * * ***
18656 TATAATTATTTGAACTGGTT-TAGTAAAAAGAATT-ATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTTAA
510 AATAACCATTTGAATTGGTTCGA-TAAACAGATTTAATTCT-TAAATCTCTTATTAATTTACAAA
* * * * * *** * **
18719 ATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATG
573 ATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATCATTTTATG
* * ** * * * * *
18784 ACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTG-TTTGAA
638 ATAAAACAAAATG-TCATAACAATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGACATAA-AGATTTAAA
* * * * * * * *
18847 -TTGGTTCGGCAAAT-GAATTTATTT-TTTAAATCTCTTAGC-TACTAATTTTTAGAATATTACT
701 CTT-GTTCAGTAAATAG-ATTTATTTGTTAAAATTTC-CAACTTATTAATTTTTA-AATATTAAT
* ** * * * ** * * *
18908 AAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATTATAGAACA
762 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAAATTCTATGGATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACA
* * * * * * * * *** **
18973 AAATG-TTACAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTAG
827 AAA-GATCAAAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAAGAATCATAACTATTTAAACTCACTCGG
19037 TAAACA
891 TAAACA
* * * * *
19043 GATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTT-TGAAATATTAGTAAATTAATATTATTTTAT
1 GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAAAT-TTAATAAATTAGTATCATTTTAT
* * *** * * * *
19103 TTCAAACAAGCT-TATATGCTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATT
65 TCCAAATAAGCTAT-TATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAC-AATT
* * * * * * * * *
19167 GAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACT-TATTCAGTAAAC-TAATTTATTTT
128 TAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT-ACTATTTGAACTGT-TTGA-TAAACAT-ATTTATTTT
* * * * * * ****
19230 TTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAA-GTAGTATT-ATTTCTTTTGGATAAG
189 TAAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TATTAATTTATTCAAAATAAG
* * * * *
19293 CTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTT-AAATCA-AT
252 CTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAGAATG-ATTTGAAAT-AGAT
* * * * * * *
19356 AATTGTTCAAATAGTCATAACT-TTTTAAACTTGTTCAGTAAAC-AAATTTATCTTTTCAAATCT
315 AATTGTTCTAATAATCATAACTATTTGAAA-TGGTTCAATAAACTCAATTAAT-TTTT-AAATCT
* * *
19419 CTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGT
377 CTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGT
19455 ATTATTCTAT
Statistics
Matches: 2406, Mismatches: 460, Indels: 375
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
854 3 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (896 bp):
GATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAAATTTAATAAATTAGTATCATTTTATT
CCAAATAAGCTATTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAA
ATAGATAATTATTCAAATAGTCATACTATTTGAACTGTTTGATAAACATATTTATTTTTAAAATT
TTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATATTAATTTATTCAAAATAAGCTTGTATGA
ACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAGAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAA
TAATCATAACTATTTGAAATGGTTCAATAAACTCAATTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
TTTAGAATATTAATAAATTAGTGATACTTTACTTCAAATAAGCTTATATGAACAAAAGAAATTAT
TTTATTACAAAACAAAAATCACAATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATACTAATAACCATTT
GAATTGGTTCGATAAACAGATTTAATTCTTAAATCTCTTATTAATTTACAAAATATTAATAAATT
AATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATAAACAGAAACAATCATTTTATGATAAAACAAAATG
TCATAACAATTTGAAATAAATAATAATTCAAATAGACATAAAGATTTAAACTTGTTCAGTAAATA
GATTTATTTGTTAAAATTTCCAACTTATTAATTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
TCAAATAAAATTCTATGGATAGAAAAAATCATTTTATAACAAAACAAAAGATCAAAACAATTTGA
AATAAATAATTATTCAAAGAATCATAACTATTTAAACTCACTCGGTAAACA
Found at i:18734 original size:177 final size:176
Alignment explanation
Indices: 18540--19686 Score: 868
Period size: 177 Copynumber: 6.4 Consensus size: 176
18530 CTGGTTTGAT
* * * *
18540 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACAAAATCAATTATTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAAAA-CAATTGTTTTA
* ** * * * *
18605 TGACAAAATAAAAAATAATAATAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * *
18670 CTGGTTTAGTAAAAAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTT
130 CTGGTTTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTG
* * * * * *** *
18717 AAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGA-ACAAAACAATTGTTTTA
* * * * * * *
18782 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * ** *
18847 TTGG-TTCGGCAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTACTAATTTTT-
130 CTGGTTTAGTAAAAAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTG
* ** * *
18897 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACA-AAACAATTGTTTT
* * * * * * * * * *
18962 ATTATAGAACAAAATGTTACAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
* *
19027 ACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTG
129 ACTGGTTTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTG
* * * * *
19075 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGCTGA-AAAACAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATG--AACAAAACAATTGTTTT
* * * * *
19139 ATGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGA
64 ATGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
** * * *
19204 ACTTATTCAGTAAACTA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
129 ACTGGTTTAGTAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTTG
* * * ** *
19256 AAATAATAATAAAGTAGTATTA-TTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* *
19320 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTT-AAATC-AATAATTGTTCAAATAGTCATAACTT-TTT
65 TGACAAAACAAAAGGTAATAA-CAATTTGAAA-CAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTATTT
* * * * *
19382 AAACTTGTTCAGTAAACAA-ATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
127 GAACTGGTTTAGTAAA-AAGATTTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTATAAATTTTTG
* * * * * * * * * *
19437 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCATGTATGAACTGAAACAATTATTATA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAAC-AAAACAATTGTTTTA
* * * * ** * * * * * *
19502 AGACTAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAA
65 TGACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * * * * *
19566 CTAGTTTGGCAAATATATATATATTTTTAAATCTC--ACT-AATTTTTG
130 CTGGTTTAGTAAAAAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTA-TAAATTTTTG
* ** * *
19612 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TCTCCAAATAAGCTTTTATGATA-AAAAAAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTTAAATAAGCTTATATGA-ACAAAACAATTGTTTT
* *
19674 ATGAGAAGACAAA
64 ATGACAAAACAAA
19687 TATCATAATG
Statistics
Matches: 775, Mismatches: 159, Indels: 75
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
173 16 0.02
174 21 0.03
175 28 0.04
176 8 0.01
177 269 0.35
178 8 0.01
179 7 0.01
180 107 0.14
181 258 0.33
182 45 0.06
183 3 0.00
184 1 0.00
185 4 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (176 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAGCTTATATGAACAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTAATAACAATTTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC
TGGTTTAGTAAAAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATAAATTTTTG
Found at i:18959 original size:181 final size:178
Alignment explanation
Indices: 18540--19734 Score: 991
Period size: 181 Copynumber: 6.7 Consensus size: 178
18530 CTGGTTTGAT
* * * * * * *
18540 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAACA-AAATCAATTATTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-CAATTGTTTT
* * * * * *
18604 ATGACAAAATAAAAAATAATAATAATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
* * * * *
18669 ACTGGTTTAGTAAAAAGAATTATTTTCTAAATCTCTTA-TA-AATTTTTT
130 ACTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATAATTTTTG
* * * * * *
18717 AAATATTAATAAATTAGTTTTACTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTA
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * * *
18782 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAA
66 TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
* * *
18847 TTGGTTCGGCAAATGAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGCTACTAATTTTT-
131 CTGGTTCAGTAAAT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTA-TAATTTTTG
* *
18897 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
1 A-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * * * * *
18962 ATTATAGAACAAAATG-TTACAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
65 ATGACAAAACAAAA-GATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
* *
19026 AACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T-TAATTTTTG
129 AACTGGTTCAGTAAATA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATAATTTTTG
* * * * * *
19075 AAATATTAGTAAATTAATATTATTTTATT-TCAAACAAGCTTATATG-CTGAAAAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTT
* * * * * * * * *
19138 TATGATAAAACAAAAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTG
64 TATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTG
** *
19203 AACTTATTCAGTAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
129 AACTGGTTCAGTAAA-TAATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TA-TAATTTTTG
* * ** *
19256 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTCT-TT-TGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATTGTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTT-TATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTT
* *
19318 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTT-AAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTT-T
64 TATGACAAAACAAAAGATCATAA-CAATTTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-TTAT
* * * * *
19380 TTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTG
126 TTGAACTGGTTCAGTAAA-TAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTAC-TA-TAATTTTTG
* * * * * * *
19437 GAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCATGTATGAACT-GAAACAATTATTAT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTT
* * * * * ** * * * *
19501 AAGACTAAA-AAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGA
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGA
* ** * *
19565 ACTAGTTTGGCAAATATATATATATTTTTAAATCTC--AC--TAATTTTTG
130 ACTGGTTCAGTAAATA-ATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTATAATTTTTG
* * * * *
19612 AAATATTATTAAATTAGTATT-TTTT-TCTCCAAATAAGCTTTTATG-ATAAAAAAAATTGTTTT
1 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* * * ** * * * *
19674 ATGAGAAGAC-AAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTATT
65 ATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
19735 AATTTTTGAA
Statistics
Matches: 824, Mismatches: 159, Indels: 74
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
172 1 0.00
173 58 0.07
174 17 0.02
175 27 0.03
176 2 0.00
177 274 0.33
178 6 0.01
179 5 0.01
180 101 0.12
181 295 0.36
182 38 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (178 bp):
AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
TGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAA
CTGGTTCAGTAAATAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATAATTTTTG
Found at i:19226 original size:358 final size:357
Alignment explanation
Indices: 18540--19465 Score: 933
Period size: 358 Copynumber: 2.6 Consensus size: 357
18530 CTGGTTTGAT
* * * * * * * * *
18540 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAACAAACTTATATTAAC-AAAATCAATTATTTT
1 AAATAATAATAAAGTAGTATTA-TTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAA-CAATTGTTTT
* ** * * * * *
18604 ATGACAAAATAAAAAATAATAAT-AATTTGAAAGAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTG
64 ATGACAAAACAAAAGGTCACAATCAA-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
18668 AACTGGTTTAGTAAAAAGAATTATTTTCTAAATCTCTTATAAATTTTTTAAATATTAATAAATTA
128 AACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
18733 GTTTTACTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAGTTGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
193 GTATTATTTTATTTCTAAACAAGCTTATAT-AGCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGA
* * * * * * * * * *
18797 TCATAACAATTTGAGATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAATTGTTTGAATTGGTTCGGCAAATG
257 TAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCAGCAAATG
*
18862 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGC-TACTAA-TTTTT
322 AATTTATTTTTTAAATCTCTTA-CTTACTAACTTTTG
* * *
18897 AGAATATTACTAAATTAGTATTATTT-TATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTT
1 A-AATAATAATAAAGTAGTATTATTTCT-TT-CAAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTT
* * * * *
18960 TTATTATAGAACAAAATGTTACAA-CAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
62 TTATGACAAAACAAAAGGTCACAATCAAT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
*
19024 TGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAT
126 TGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* *
19089 TAATATTATTTTATTTC-AAACAAGCTTATAT-GCTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAA
191 TAGTATTATTTTATTTCTAAACAAGCTTATATAGCTG--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * *
19152 AGGTAATAACAAATTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTT-ATTCAGTA
254 AGATAATAACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTCAGCA
*
19216 AACT-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTG
318 AA-TGAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTTTG
*** *
19256 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
1 AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
* * * * *
19321 GACAAAACAAAAGGTCATAATGAATTTAAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTAAA
66 GACAAAACAAAAGGTCACAATCAATTGAAAT-AGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * *
19385 CTTGTTCAGTAAACAAATTTATCTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAA
130 CTGGTTTAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
*
19450 TTAGTATTATTCTATT
190 TTAGTATTATTTTATT
19466 CTGAATAAGC
Statistics
Matches: 471, Mismatches: 75, Indels: 41
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
356 4 0.01
357 104 0.22
358 307 0.65
359 15 0.03
360 2 0.00
361 1 0.00
362 38 0.08
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AAATAATAATAAAGTAGTATTATTTCTTTCAAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCACAATCAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
TGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCTAAACAAGCTTATATAGCTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATAAT
AACAAATTGAAACAAATAATTGTTCAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTCAGCAAATGAATT
TATTTTTTAAATCTCTTACTTACTAACTTTTG
Found at i:19856 original size:134 final size:131
Alignment explanation
Indices: 19603--19858 Score: 293
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 131
19593 TAAATCTCAC
* *
19603 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTCTCCAAATAAGCTTTTATGATAAAAAAAAT
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTCTCCAAATAAGCTTTTATGATAAAAAAAAT
* * * * * * ** *
19668 TGTTTTATGAGAAGACAAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTA
66 TATTTTATGACAAAACAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTA
19733 T
131 T
* * *
19734 TAATTTTTGAAATTTTAATAAAGTAGTATTATTTTAT-TTCAAATAAGTTTTTATGA-AATGAAA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATT-TTTT-TCTCCAAATAAGCTTTTATGATAA--AAA
* *
19797 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTT-AAATAGATAACTATTCAAATAGT
62 AAATTATTTTATGACAAAAC-AAATATCATAACGA-TTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGT
19859 TAAATTTATT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 16, Indels: 9
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
131 29 0.28
132 21 0.20
133 20 0.19
134 30 0.29
135 3 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (131 bp):
TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTATTTTTTTCTCCAAATAAGCTTTTATGATAAAAAAAAT
TATTTTATGACAAAACAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAACTA
T
Found at i:20468 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19731--22377 Score: 1780
Period size: 181 Copynumber: 14.7 Consensus size: 180
19721 TAGTCATAAC
* * ** * *
19731 TATTAATTTTT-GAAATTTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAA-ATG
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATA-G
* * * *
19794 AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTT-AAATAGATAACTATTCAAATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * * *
19858 TTA-AATTTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACT
128 TCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTCTACT
* * * * * *
19912 CATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAACAAGCTTGTATGAATTA-A
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * * * * * * * **
19976 AATAATTATTTTATTACTAAACAAAATGTCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * *
20041 TTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAA---GCT-CT
130 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTTCTACT
* * *
20089 TATTAATTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AGA
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * * * *
20152 AACAATTGTTTTATGATAAAATAAATA--TCACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATATT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * * * * *
20215 AATAATTATTTAAACTAT-ATCGGT-AACAGATGTAGTTTTTAAA---TCT-CT
129 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTCTACT
* ** *
20263 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * *
20328 ACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTTAGATGGACA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* *
20393 TGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT-TTTTTAAAATCTTCTACC
131 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCTTCTACT
* * *
20443 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTGTAAGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* ** * ** * * * *
20508 ATAATTGTTTTACAATAAAACAAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTCAAATGGG
66 ACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGT
* * * *
20573 CATAGCTATTTGAACTTATTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATCTT-TACT
129 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTT-AAATCTTCTACT
* * *
20626 TATT-ATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * ** * *
20690 ACAATTGGTTTATGACAAAAAAAAAGGTCAATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTT
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * ** *
20755 ATAACTATTTGAACGTGGCTCAAAAAACATATTTTATTTTTAAAAT-TT-TACT
130 ATAACTATTTGAAC-TTGTTCAGTAAACA-AATTTATTTTT-AAATCTTCTACT
* * *
20807 TATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTTGCAATAAGCTTGAATGAACAT
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * * ** * * * * * * *
20869 AAGCAATTATTTTATTACAAAACAAAAATATAATAACAATTTG-AATAAAAAATTATTTATATAG
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * ** ** *
20933 TTATAACTATTTAAACTTCTTTGGTAAGTAAATTTATTTTTTAATC-TCTTACT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTC-TACT
* ** * * *
20986 CATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTAATTATTTTATTTCAAAT-AGCCTATATGAGCT-
1 TATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGA-ATA
* * ** * *
21048 GATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
63 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * * * *
21113 TTATGACTATTTAAACTTGGTCAATAAACATATTTATTTTTAAAATCTGT-TACT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTT-AAATCT-TCTACT
* * * * * * * *
21167 TATTAATTATCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAACAAAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * *
21232 ACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTCA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * * * * * * * *
21297 CAATTATTTGAATTTATTCGGTAAACATAGTTATTTTTTAAGTCTTTTATT
131 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTCTACT
* * * *
21348 TATTCATTGTCT-GAATATTAATAAATTTGTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCTTGTATGAATAG
1 TATTAATT-TTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG
* * * * *
21411 AAA-AATTATTTTATGACAAAA-AAAAGG-CTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAA
64 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * *
21473 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTTAAATC-TCTTGCT
128 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTC-TACT
* *
21527 TATTAATTTTTA-AATATTAATAAATTAGAATTATTCCTATTTTGAAATAAGCTTGTTAATGAAT
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTG-AATAAGCTTG-T-ATGAAT
* * * * *
21591 AAAAAC-ATTGTTTTCA-GACTAAATAAAA-GTGCAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAA
62 AGAAACAATTGTTTT-ATGACAAAACAAAAGGT-C-ATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * ** * * *
21653 ATAAGTTATAAATGTTTG-GCATTGGTC-GGCAACATATTCATTTTTTAAATCCAT-TACT
124 AT-AGTCATAACTATTTGAAC-TTGTTCAGTAAACAAATTTA-TTTTTAAAT-CTTCTACT
** * * ** * * *
21711 TATTGTTTTTTAGAACATTAATAAATTAGGCATTATTTT-TATTCAAATAAGATTGCATCAATAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTA-GTATTATTTTAT-TTTGAATAAGCTTGTATGAAT-A
* * ** * * * *
21775 GAGACATATTGTTTTATCAACAAAA-ATATTGGTTGATAACGACTTGGAAATAAATAATTATTCA
63 GAAACA-ATTGTTTTAT-GACAAAACA-AAAGG-TCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCA
* * * ** *
21839 AATTA-TTATAACTAATTGAACTAGTTTGGTAAACATATTATATTTTTAAA---TCT-CT
123 AA-TAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATT-TATTTTTAAATCTTCTACT
* * * * * * * * * *
21894 TAATAATTTTCAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACCA-A
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGA
* * ** * *
21958 AACATTTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATCTTGAAATAGATAGTCATTCATATAGC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * * ** * * *
22022 CTTTACTACTTGAA-TTGGTTTTGGCAAACAAATTT-TTTTTAAATCCTCTTAGT
129 CATAACTATTTGAACTT-G-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTC-TACT
* * * * ** * *
22075 TATTAATTTTCATAATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAA
1 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * ** * ** * *
22140 ATAATTATTTTATTATAAAAAAAAAAATTATAACGATTTGAAATATCTAATTGTTTAAATAGACA
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* * * *
22205 TAATTATTTGAACTAGTTC-GCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACT
131 TAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTTCTACT
* * *** * **
22256 CATTAATTTTT-GAAATACTTAAATAAATTAGTTATTACTTTATTCCAAATAGGCTTAAATG-AT
1 TATTAATTTTTAG-AATA-TT-AATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAAT
* * *
22319 -GAAAAGTAATTGGTTTTAATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
62 AG-AAA-CAATT-GTTTT-ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
22378 ATTTAGGATG
Statistics
Matches: 1923, Mismatches: 431, Indels: 219
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
174 68 0.04
175 80 0.04
176 80 0.04
177 103 0.05
178 58 0.03
179 125 0.07
180 276 0.14
181 557 0.29
182 250 0.13
183 59 0.03
184 112 0.06
185 47 0.02
186 65 0.03
187 40 0.02
188 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAATCTTCTACT
Found at i:20518 original size:845 final size:841
Alignment explanation
Indices: 18889--20519 Score: 1746
Period size: 845 Copynumber: 1.9 Consensus size: 841
18879 TCTTAGCTAC
* *
18889 TAATTTTTAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
* * * * * * *
18954 ATTGTTTTATTATAGAACAAAATGTTACAACAATATGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
66 ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAACAATATGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAA
* * *
19019 CTATTTGAACTGGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAG
131 CTATTTGAACTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAATATTAA
* *
19084 TAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGCTGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAAC
196 TAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAAC
* * * *
19149 AAAAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAGTTGTTCAAATGGCCATAATTATTTGAACTTATTCAG
261 AAAAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAG
* * *
19214 TAAACTAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTAT
326 CAAACTAATTTATTTTTCAAA-CGCTTACTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTAT
* * * * *
19279 TTCTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA
390 TTCTTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GTCACAACGA
* * *
19344 ATTTAAATCAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTTTTTAAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATCT
453 ATTTAAATCAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTTTTTAAACTTGATCAGTAAACAAATGTATCT
** *
19409 TTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAA
518 TTTCAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAA
* * *
19474 GCATGTATGAACTGAAACAATTATTATAAGACTAAAAAAAGGTTAGAATGATTTGAAATAGATAA
582 GCATGCATGAACTGAAACAATTATTATAAGACAAAAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAA
* * ** *
19539 TTATTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAATATATATATATTTTTAAATCTCACT
647 TTATTCTAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATATATATTTTTAAATCTCACT
* * * *
19604 AATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTTTTTTCTCCAAATAAGCTTTTATGATAAAAAAAATT
712 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTCTCCAAATAAACTTGTAAGATAAAAAAAATT
19669 GTTTTATGAGAAGACAAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTAT
777 GTTTTATGAGAAGACAAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * *
19734 TAATTTTT-GAAATTTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAA-ATGAAA
1 TAATTTTTAG-AATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAA
* * * *
19797 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACT-TTAAATAGATAACTATTCAAATAGTTA
64 CAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAAC-AATATGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCA
* * *
19861 -AATTTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTTTG
128 TAA-CTATTTGAACTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATC---T-CTCATTAA-TTTTTG
* * * * * *
19925 -AATGTTAATAAATTACTATTATTTTA-TTCTGAACAAGCTTGTATGAAT-TAAAATAATTATTT
187 AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAACAAGCTTATATG-ATGAAAAACAATTATTT
* * * * * ** * *
19987 TATTACT-AAACAAAATGTCAA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATT
250 TATGA-TAAAACAAAAGGT-AATAACAAATTGAAACAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATT
* * * *
20050 TGAAC-TAGTTTAGCAAAC-ACATTTATTTTTCAAA-GC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAT
313 TGAACTTA-TTCAGCAAACTA-ATTTATTTTTCAAACGCTTACTTATTAACTTTTGAAATAATAA
* *
20110 TAAATTAGTATTATTT-TAATCTGAATAAGCTTGTATGAA-AGAAACAATTGTTTTATGATAAAA
376 TAAAGTAGTATTATTTCT--TCTGAATAAGCTTGTATGAACA-AAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * *
20173 TAAATA-TCACAACG-ATTTGAGAT-AGATAATTGTTCAAATATTAATAA-TTATTTAAACTAT-
438 CAAA-AGTCACAACGAATTT-AAATCA-ATAATTGTTCAAATAGTAATAACTT-TTTAAACT-TG
* *
20233 ATCGGT-AACAGATGTAGT-TTTT-AAA-TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
498 ATCAGTAAACAAATGTA-TCTTTTCAAACTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAG
* * *** * * *
20292 TATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGT
562 TATTATTCTATTCTGAATAAGCATGCATGAACT-GAAACAATTATTATAAGACAAAA-AAAAGGT
* * * * * *
20356 CATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-TAGATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
625 CAGAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTA-ATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACA
*
20420 -A-AT-TTTTTTTAAAATCTTCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
689 TATATATATTTTT-AAATC-TC-A-C---TAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATT-TTTT
** * *
20481 AT-TCTGAATAAACTTGTAAGAATAGAAATAATTGTTTTA
745 -TCTCCAAATAAACTTGTAAG-ATAAAAAAAATTGTTTTA
20520 CAATAAAACA
Statistics
Matches: 648, Mismatches: 100, Indels: 76
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
836 6 0.01
837 8 0.01
838 77 0.12
839 58 0.09
840 3 0.00
842 4 0.01
843 46 0.07
844 65 0.10
845 217 0.33
846 21 0.03
847 1 0.00
848 7 0.01
849 125 0.19
850 10 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (841 bp):
TAATTTTTAGAATATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
ATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCACAACAATATGAAATAGATAACTATTCAAATAGTCATAA
CTATTTGAACTGGTTTAATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTCATTAATTTTTGAAATATTAA
TAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAGCTTATATGATGAAAAACAATTATTTTATGATAAAAC
AAAAGGTAATAACAAATTGAAACAAATAATTATTCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTATTCAG
CAAACTAATTTATTTTTCAAACGCTTACTTATTAACTTTTGAAATAATAATAAAGTAGTATTATT
TCTTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCACAACGAATT
TAAATCAATAATTGTTCAAATAGTAATAACTTTTTAAACTTGATCAGTAAACAAATGTATCTTTT
CAAACTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTATTCTGAATAAGCAT
GCATGAACTGAAACAATTATTATAAGACAAAAAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAGATAATTAT
TCTAATAGACATAACTATTTGAACTAGTTCAGCAAACATATATATATTTTTAAATCTCACTAATT
TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTCTCCAAATAAACTTGTAAGATAAAAAAAATTGTTT
TATGAGAAGACAAATATCATAATGATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATAGTCATAACTAT
Found at i:21636 original size:723 final size:713
Alignment explanation
Indices: 19731--22299 Score: 2113
Period size: 723 Copynumber: 3.6 Consensus size: 713
19721 TAGTCATAAC
** * * * * ** * *
19731 TATTAATTTTTGAAATTTTAATAAAGTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGTTTTTATGAA-ATGA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACA-AA
* * * *
19795 AACAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAACGACTTT-AAATAGATAACTATTCAAATAGT
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGT
* * * *** * * *
19859 TA-AATTTATTTGAACTTGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTCATTAATTTTT
129 CATAA-CTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTC
* * *
19923 TGAATGTTAATAAATTACTATTATTTTATTCTGAACAAGCTTGTATGAATTA-AAATAATTATTT
193 TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTATTT
* * * * * * ** * *
19987 TATTACTAAACAAAATG-TCAAAACAATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACTATTT
256 TATGACAAAAAAAAAGGCT-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTT
* ** * * * *
20051 GAACTAGTTTAGCAAACACATTTATTTTTCAAA-GC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
320 GAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* *
20113 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGT-ATGAAAGAAACAATTGTTTTATGA-TAAAATAA
385 ATTAGTATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTAATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACT-AAATAA
* * *
20176 ATATC-ACAACGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATA-TTAATAATTATTTAAACTATATCGGT
448 A-ATCAATAACGATTTGA-ATAAATAATTGTTCAAATAGTT-ATAAATATTTAAACT-TATCGGT
* * *
20239 AACAGATGTAGTTTTTAAATCTC-T--TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
509 AACAAATTTA-TTTTTTAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
** * * * * * **
20301 ATTTTGAATA-ATTTTGCATGAATAGAAACAATTGTTTTAGGACAAAACAAAAGGTCATAATGAT
573 ATTTCAAATAGATTAT-CATGAGT-GAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAAT
* * * * ** *
20365 TTGAAATAGATAATTGTTTAGATGGACATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTT-TTTT
636 TTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTT
*
20429 TAAAATCTTCTACC
701 TAAAATCTT-TACT
* * * * * *
20443 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTAAGAATAGA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-GAATAAACTTGTATGAACAAA
* ** * ** * * *
20507 AATAATTGTTTTACAATAAAACAAAAACATCATAACTATTTGAAATAAATAATTGTTTCAAATGG
65 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATT-ATTCAAATAG
* * *
20572 GCATAGCTATTTGAACTTATTCTGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATC-TTTACTTATT-ATTTT
128 TCATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTT
* * * **
20635 -TGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGT
192 CT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATT
* ** * * *
20699 TTATGACAAAAAAAAAGGTCAATAATTATTTAAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATT
255 TTATGACAAAAAAAAAGG-CTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATT
* * * * *
20764 TGAACGTGGCTCAAAAAACATATTTTATTTTTAAAATT-TTACTTATTAATTTTAG-AATATTAA
319 TGAAC-TAGTTCAATAAACAGA-TTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * * *
20827 TAAATTTA-TATTATTTTATTTGCAATAAGCTTG-AATGAACATAAGCAATTATTTTATTACAAA
382 TAAA-TTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTAATGAA-AAAAACAATTGTTTTATGACTAA
* * * * * * * * * *
20890 ACAAAAATATAATAACAATTTGAATAAAAAATTATTTATATAGTTATAACTATTTAAACTTCTTT
444 A-TAAAAT-CAATAACGATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTAAACTT-ATC
* *
20955 GGTAAGTAAATTTATTTTTTAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAATT
506 GGTAA-CAAATTTATTTTTTAATCTCTTACT-ATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGT-ATT
** * **
21020 ATTTTATTTCAAATAGCCTAT-ATGAGCTGATATAATTGTTTTATGATGAAACAAAAGGTCATAA
568 ATTTTATTTCAAATAGATTATCATGAG-TGAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAA
* * *
21084 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTAAACTTGGTCAATAAACATATTTA
632 CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTA
21149 TTTTTAAAATCTGTTACT
697 TTTTTAAAATCT-TTACT
* * *
21167 TATTAATTATCAAAATGTTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAACAAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAA
* * *
21231 AACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATATTTATTTAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
21296 ACAATTATTTGAATTTATTCGGTAAACATAGTTATTTTTTAAGTCTTTTATTTATTCATTGTCTG
130 ATAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTG
* *
21361 AATATTAATAAATTTGTATTATTTTAATTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA-AATTATTTTAT
195 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTAT
* *
21425 GAC-AAAAAAAAGGCTATAGCAATTTGAAATAGGTAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
259 GACAAAAAAAAAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAC
* *
21489 TTGTTCAATAAACAGATTTAGTTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AAATATTAATAAAT
324 TAGTTCAATAAACAGATTTA-TTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT
* *
21552 TAGAATTATTCCTATTTTGAAATAAGCTTGTTAATGAATAAAAAC-ATTGTTTTCA-GACTAAAT
387 TAGTATTATT-TTA-TTTG-AATAAGCTTG-TAATGAA-AAAAACAATTGTTTT-ATGACTAAAT
* * * ** *
21615 AAAAGTGCAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAAGTTATAAATGTTT-GGCATTGGT
446 AAAA-T-CAATAACGATTTG-AATAAATAATTGTTCAAAT-AGTTATAAATATTTAAAC-TT-AT
* * * ** * * *
21679 CGGCAACATATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTGTTTTTTAGAACATTAATAAATTAGGCA
505 CGGTAACAAATTTATTTTTT-AATCTC-TTAC-TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-GTA
* * * * **
21743 TTATTTT-TATTCAAATAAGATTGCATCAATAAGAGACAT-ATTGTTTTATCAACAAAA-ATATT
566 TTATTTTAT-TTCAAAT-AGATT--ATC-ATGAGTGAAATAATTGTTTTATGAA-AAAACA-AAA
* * * * * * * **
21805 GGTTGATAACGACTTGGAAATAAATAATTATTCAAATTA-TTATAACTAATTGAACTAGTTTGGT
624 GG-TCATAAC-AATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-TAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGT
21869 AAACATATTATATTTTT-AAATC--T-CT
686 AAACATATT-TATTTTTAAAATCTTTACT
* * * * *
21894 TAATAATTTTCAAAATATTAATAATTTAATATTATTTTATTTCGAACAAACTTATATGAACCAAA
1 TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAA
* * * * * *
21959 ACATTTG-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATCTTGAAATAGATAGTCATTCATATAGCC
66 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGAT-TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * * * * *
22023 TTTACTACTTGAA-TTGGTTTTGGCAAACA-AATT-TTTTTTAAATCCTCTTAGTTATTAATTTT
130 ATAACTATTTGAACTT--ATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-CTTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
22085 CAT-AATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAATAATTATT
192 C-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATT
* * *** * ** * *
22149 TTATTATAAAAAAAAAAATTATAACGATTTGAAATATCTAATTGTTTAAATAGA-CATAATTATT
255 TTATGACAAAAAAAAAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-ATCATAACTATT
** * * *
22213 TGAACTAGTTCGCTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCTACTCATTAATTTTTGAAATACTTAA
319 TGAACTAGTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATA-TT-A
*
22278 ATAAATTAGTTATTACTTTATT
381 ATAAATTAG-TATTATTTTATT
22300 CCAAATAGGC
Statistics
Matches: 1492, Mismatches: 277, Indels: 157
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
711 3 0.00
712 72 0.05
713 90 0.06
714 90 0.06
715 16 0.01
716 16 0.01
717 36 0.02
718 45 0.03
719 69 0.05
720 93 0.06
721 16 0.01
722 84 0.06
723 215 0.14
724 139 0.09
725 68 0.05
726 50 0.03
727 152 0.10
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729 97 0.07
730 16 0.01
731 57 0.04
732 21 0.01
733 5 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (713 bp):
TATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAACAAAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCA
TAACTATTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTCTGA
ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTATTTTATGA
CAAAAAAAAAGGCTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTA
GTTCAATAAACAGATTTATTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGT
ATTATTTTATTTGAATAAGCTTGTAATGAAAAAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAATCAATA
ACGATTTGAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAAATATTTAAACTTATCGGTAACAAATTTATT
TTTTAATCTCTTACTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAGAT
TATCATGAGTGAAATAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTACT
Found at i:22748 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 22710--22763 Score: 81
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
22700 CAAAAGGTCG
* *
22710 TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCA
1 TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
*
22737 TAACGATTTGAAATAAATAATTATTCA
1 TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
22764 AATAGTTATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 24 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (27 bp):
TAACAATTTGAAATAAATAATTATTCA
Found at i:24180 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 23956--26729 Score: 675
Period size: 181 Copynumber: 15.5 Consensus size: 180
23946 TAGAAAATAG
* **
23956 ATTTATTTTTTAAA-ATTTTACTTATTAATT-TTTGTAATATTAATCAATTTA-TATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTAT
* * *
24018 TTGAAATAAGCTTGCATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTTCATAATGTTTTA
65 TTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TCATAATGATTTG
* * * * * *
24083 AAATAGATAACTATTTAGATAGTCATAGCTATTT-AACCTTATTCGGTAAAAAA
129 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAA-CTT-TTCGGTAAACAT
* * * *
24136 ATTTATTTTTTAAGTCTCTTACTCATTAATT-TAAGTAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT
* * *** * *
24200 TGAAATAAGCTTATTTGATTTGAAACC-GTTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCA-AATGATTTG
66 TGAAATAAGCTTGTATGAACAG-AACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
** * * *
24263 AAATATTTAATTATTCAAATAATCAT-GATTATTTCAATTTGTTC-GTAAACAT
129 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAG-CTATTTCAACTT-TTCGGTAAACAT
24315 ATTTATTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA--AATATTAATAA-TTAGTATTATTTTA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-AAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTT-
* * * * * * **
24377 ATCTG-AATAACCTTGAATGAACATAAACAA---TTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATT
63 ATTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGTCATAATGATT
* * * *
24438 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAC-ATTTGAACTGTTT-GATAAACAT
127 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACT-TTTCGGTAAACAT
** *
24491 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGT-CTTAATATTAATAATTTTGTATTA-TTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT
* * * ** * * * *
24554 CGAAATAAGCTTGTATGAACAGAA-AATATTATTTTATGCCAAAAC-AAATTTAT-ACGATTTCA
66 TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCA-ATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGA
* * * * * * *
24616 AAT-AATAATTGTTCAAATAGACATA-ATCATTTTAAACTTATTTGATAAACAG
130 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCT-A-TTTCAACTT-TTCGGTAAACAT
* * ** * ** *
24668 ATTCT-TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAACTGGTATTATTTTAT
1 ATT-TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA-
* * * * * * * * * * *
24731 TTTG-AATAAACTTATATGATCCGAAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAGGGTCATAACGATTT
64 TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAA-AGTCATAATGATTT
* * * * * * * *
24795 GAAATAGATAATTGTTCAAATAATCAT-GACCATTTGATCTAGTTCGATAAACAT
128 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAG-CTATTTCAACT-TTTCGGTAAACAT
* * * ** * * *
24849 ATTTATTTTTTAAAAT-TTTTA-TATATTTATTTTTTAAAATTCTTACTTATTAATTGTTG-A-A
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACT-TA-TTA-ATTGT--AAGTAATA-TTAATAATT-TAGTATT
* * ** * * * * * * * * *
24910 ATATTA-AT-AAATTAATATTATTTTAATCTGAA-TAA--GCATATATAAAAAGAAACAAATGTT
58 ATTTTATTTGAAA-TAAGCTTGTATGAA-CAGAACCAATTG-TTTTAT-AACA-AAACAAAAG--
* ** * * *
24970 TTATAATCAGAAAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTTATCAAATAGTCATAACTATTTG
116 TCATAAT--G-----A-TTTGAA--A--T-AAAT-AAT--TAT-TCAAATAGTCATAGCTATTTC
** * *
25035 AACTAGTTT-AATAAATAG
164 AACT--TTTCGGTAAACAT
** * *
25053 ATTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAGA-TTAG-ATTACTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATA-ATTTAGTATTATTTTAT
* * * * *
25111 TATGAACA-AA-CTTATATGAACAAAAACATTTTGTTTTATGACAGACAAAAGACAAAAGGTTAT
65 T-TGAA-ATAAGCTTGTATGAACAGAACCA-ATTGTTTTAT---A-AC-AAA-ACAAAA-GTCAT
* * * ** * * *
25174 AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAATTATTTGAA-TTGGTTAGGTAAACAA
120 AATGATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACTT--TTCGGTAAACAT
** * * ** * * *
25236 AAATATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATT-TTTGCAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTAT
* * * ** * * *
25299 TTCAAATCAGCTAGTATGAATTGAA--AATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAA-CATTT
65 TTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAA-TTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGA-TT
* * * * * ** * *
25361 TGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTTAAACTGGTTT--GTCAAACAA
127 TGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACT--TTTCGGT-AAACAT
* * * * * *
25416 ATTTA-TTTTTAATTC-TCTAGTTATTAATTTTTA--AATATTATTATATTT-GTATTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATA-ATTTAGTATTATTTTAT
** * ** * * * **
25476 TCCAAATAAGCTTGTATGAATAG-A--AA-TAATTTGTGACAAAACAAAATGTTATAACAATTTG
65 TTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * * ** * * *
25537 AAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTT-GATGAACAT
129 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACT--TTTCGGTAAACAT
** ** * * * *
25590 ATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATT-TTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTA-TTGATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT
* * * * * * * * * * * *
25653 CTG-AGTAAGCTTGAATGATCAAAAACACTTGTTATATGACCATACAAAAGGTAATAATGGTTTG
66 -TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
*** * * * * * * * * *
25717 -AA-AAATAA--AGGAAAATGGCCATA-ATATTTGAAATGATTC-ATAAATAG
129 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACT-TTTCGGTAAACAT
* * * ** * *
25764 ATTCACTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTT-GTGTTATTTTAT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAAT-AATTTAGTATTATTTTAT
* * * * * **
25823 TTCAAATAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTT
65 TTGAAATAAGCTTGTATGAAC-AGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGATTT
* ** * * * * * * ** *
25887 GAAATAGATAATTATTCGTATTGTCTTAACAATTTAAACTGCTTCGACAAACAA
128 GAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACT-TTTCGGTAAACAT
** * * * ** *
25941 ATTTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCA-TAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTAT
1 A-TTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTAT
* * * * * * * * * * *
26005 TTCAAATAATCTTGTATGAACTGAAACAATT-ATTTAGAATAGAATAAAAGTTATGATGATTTG-
65 TTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGA
** * * * *
26068 AATAGGTAATTATTC-AA-A-T-A-AG-------AACTGCTTCGATAAATAG
130 AATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACT-TTTCGGTAAACAT
* ** * *
26108 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATT-TTTG-AAAATTAATAAATTAG-ATTA--TTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT
** * ** * * *
26168 CCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-AAAATGTTCATAATGATTTG
66 TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-G-TCATAATGATTTG
* * * ** * * *
26232 AAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAA-TTGATTTGGTAAACAG
129 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACTT--TTCGGTAAACAT
* * ** ** * * * *
26285 ATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTATTGTTATTTTATT
1 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT
* ** * * * * * *
26349 TCAAATAAGCTT-TAATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAGTGATTTT
66 TGAAATAAGCTTGT-ATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTG
* * * * * * * * *
26413 AAATATACAATTGTTCAAATAGTCACAGCTATTTGAATTTATTCAGAAAACAC
129 AAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACTT-TTCGGTAAACAT
* ** * * * *
26466 ATTTATTTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTAA--AATATTAAAAAATTGGTATTATTTTA
1 ATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTA
* * * * * * *
26529 TTTTG-GATAACCTTTTATGAACTGAAGCAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACGATT
64 -TTTGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAG-TCATAATGATT
* * * * * * *
26593 TTAAAT-ATTAA-TATTTCAAATAGTCATAACTACTTGAGCTTATTCGGTAAACAA
127 TGAAATAAATAATTA-TTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACTT-TTCGGTAAACAT
** * * * * *
26647 ATTTATTTTTTCAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTCA--AATGTTAAT-ATATTAGGATTATTTT
1 ATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAA-TTGTAAGTAATATTAATAAT-TTAGTATTATTTT
*
26709 GTTCT-AAATAAGCTTGTATGA
63 ATT-TGAAATAAGCTTGTATGA
26730 TATGAAACAA
Statistics
Matches: 1948, Mismatches: 460, Indels: 371
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
162 32 0.02
163 9 0.00
164 15 0.01
165 27 0.01
166 28 0.01
167 17 0.01
169 1 0.00
170 25 0.01
171 58 0.03
172 3 0.00
173 5 0.00
174 118 0.06
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176 122 0.06
177 188 0.10
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179 74 0.04
180 199 0.10
181 328 0.17
182 197 0.10
183 48 0.02
184 11 0.01
185 14 0.01
186 32 0.02
187 43 0.02
188 25 0.01
189 1 0.00
190 1 0.00
192 4 0.00
193 4 0.00
194 14 0.01
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198 5 0.00
199 5 0.00
200 15 0.01
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202 1 0.00
203 6 0.00
204 37 0.02
205 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTAAGTAATATTAATAATTTAGTATTATTTTATT
TGAAATAAGCTTGTATGAACAGAACCAATTGTTTTATAACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAA
ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAGCTATTTCAACTTTTCGGTAAACAT
Found at i:24710 original size:177 final size:173
Alignment explanation
Indices: 24320--24862 Score: 483
Period size: 175 Copynumber: 3.1 Consensus size: 173
24310 AACATATTTA
**
24320 TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT
1 TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTAAATATTAATAATTAGTATTATTTTAATCTGAAT
* *
24385 AACCTTGAATGAACATAAACAATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
65 AACCTTGAATGAACAAAAACAATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAATAAATAA
* * * *
24450 TTGTTCAAATAGTCATAACATTTGAACTGTTTGATAAACATATT
130 TTGTTCAAATAGACATAACATTTAAACTATTTGATAAACAGATT
* *
24494 TATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCTT-AATATTAATAATTTTGTATTA-TTTATTC-G
1 T-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTAAATATTAATAA-TTAGTATTATTTTAATCTG
* * * * * * *
24556 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAAATATTATTTTATGCCAAAAC-AA-ATTTAT-ACGATTTCAAA
62 -AATAACCTTGAATGAACA-AAAACA--ATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAA
24618 T-AATAATTGTTCAAATAGACATAATCATTTTAAACTTATTTGATAAACAGATT
123 TAAATAATTGTTCAAATAGACATAA-CA-TTTAAAC-TATTTGATAAACAGATT
* * * * * *
24671 CTTTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAACTGGTATTATTTTATTTTGA
1 -TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTAAT-AATTAGTATTATTTTAATCTGA
* * ** * * * *
24736 ATAAACTT-ATATGATCCGAAACAAATCTTTTATGACAAAAGAAAGGGTCATAACGATTTGAAAT
63 ATAACCTTGA-ATGAACAAAAAC-AA--TTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAAT
* * * * * *
24800 AGATAATTGTTCAAATA-ATCATGACCATTTGATCTAGTTCGATAAACATATT
124 AAATAATTGTTCAAATAGA-CAT-AACATTTAAACTA-TTTGATAAACAGATT
24852 TATTTTTTAAA
1 T-TTTTTTAAA
24863 ATTTTTATAT
Statistics
Matches: 301, Mismatches: 40, Indels: 49
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
174 24 0.08
175 75 0.25
176 24 0.08
177 60 0.20
178 49 0.16
179 3 0.01
180 6 0.02
181 39 0.13
182 20 0.07
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.08, T:0.42
Consensus pattern (173 bp):
TTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAAATATTAATAATTAGTATTATTTTAATCTGAATA
ACCTTGAATGAACAAAAACAATTTTATGACAAAACAAAGAGTCATAACAATTTCAAATAAATAAT
TGTTCAAATAGACATAACATTTAAACTATTTGATAAACAGATT
Found at i:24899 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 24847--24893 Score: 85
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
24837 TTCGATAAAC
*
24847 ATATTTATTTTTTAAAATTTTTAT
1 ATATTTATTTTTTAAAATTCTTAT
24871 ATATTTATTTTTTAAAATTCTTA
1 ATATTTATTTTTTAAAATTCTTA
24894 CTTATTAATT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 22 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.00, T:0.64
Consensus pattern (24 bp):
ATATTTATTTTTTAAAATTCTTAT
Found at i:25416 original size:180 final size:174
Alignment explanation
Indices: 25162--27036 Score: 677
Period size: 181 Copynumber: 10.6 Consensus size: 174
25152 CAGACAAAAG
* ** *
25162 ACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCATAATTATTTGAATTGGTTA
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-
* ** * *
25227 GGTAAACAAAAATATTTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTCATTTT
64 TGTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATT
* * * **
25292 ATTTTATTTCAAATCAGCTAGTATGAATTGAAAATTTGTTTTATGACAAA
128 ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAG-AAA--TAATTTATGACAAA
* * * * *
25342 GCAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTTATATAGTCTTAAATATTTAAACTGGTTT
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTA-ATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTT
* * * **
25407 GTCAAACAAATTTA-TTTTT-AATTCTCTAGTTATTAATTTTT-AAATATTATTATATTTGTATT
65 GT-AAACAAATTTATTTTTTAAATTCT-TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATT
* *
25469 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTTGTGACAAA
128 ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTTATGACAAA
* * * * * * *
25516 ACAAAATGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTT
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTT
* * * *
25581 GATGAACATATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATT-AGTAT
65 G-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TAT
* ** * * * * ** * *
25645 TA-TTGATTCTGAGTAAGCTTGAATG-ATCAAAAACACTTGTTATATGACCAT
127 TATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAT--AGAA-A-TAATT-TATGACAAA
* *** * *** * * * * **
25696 ACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAA-A-ATAA-AGGAAAATGGCCATAA-TATTTGAAATGATTCA
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTG
* * * * * ** *
25757 TAAATAGATTCACTTTTTAAA-TC--ACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGTGTTAT
66 TAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTAT
* ** *
25818 TTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAA
130 TTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA-TAGAAATAA----TTTATGACAAA
** * * * ** * *
25867 ACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGT-ATTGTCTTAACAATTTAAACTGCTT
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT--TAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT
* * * * * **
25931 CGACAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAA-TTTTCATAATATTTTTAAATT-AG
64 TG-TAAACAAA-TTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTCA-
* * * * *
25994 TATTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACT-GAAACAATTATTTAGA-ATAGA
124 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA-TAGAAATAATT-TAT-GACA-A-A
* * * ** * * * *
26048 ATAAAA-GTTATGATGATTTG-AATAGGTAA----TT-AT--TCA-AA-TA--AGAACTGCTTCG
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTG
* * * * *
26100 ATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAA-ATTAATAAATT-AGATTA
66 -TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTA
* * * *
26163 --TTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAA
129 TTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAT-AGAAATAA----TTTATGACAAA
* ** * * * * *
26211 A-AAAATGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATT
1 ACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT
* * * * *
26275 TGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATTG
64 T-GTAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TA
* * * * *
26339 TTATTTTATTTCAAATAAGCT-TTAATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAA
126 TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGT-ATGAATAGAAATAA----TTTATGACAAA
** *** * * * * * ** * **
26392 ACAAAATATCATAGTGATTTTAAATATACAATTGTTCAAATAGTCACAGCTATTTGAATTTATTC
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-
* * * ** * * **
26457 AGAAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTTGTTTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTGGTAT
64 TGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATAT
**** * ** * **
26522 TATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACTGAAGCAATTGTTTTATGACAAA
127 TATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAA-T--AG-AAATAATTTATGACAAA
* * * * * * * * **
26574 ACAAAAGATCATAACGATTTTAAATA-TTAATAT-TTCAAATAGTCATAACTACTTGAGCTTATT
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTT-TAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT
* * * * * * *
26637 CGGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTCCTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATATATT-AGG
64 -TGTAAACAAATTTATTTTTT-AAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA-T
* * * * * *
26701 ATTATTTTGTTCTAAATAAGCTTGTATGATATGAAACAAATATTTTATGACTAA
125 ATTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGA-AT---AGAAATAATTTATGACAAA
* * * * ** ** *
26755 A-AATAGG-CTAGAACAATTTAAAATAGATAATTATTCTTGTAGTTTTAACTATTTGAACTGGTT
1 ACAAAAGGTC-ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-TAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT
* *
26818 TG-ACAAGCACATTTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATA
64 TGTA-AA-CAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATA
* *** * * *
26881 CTATTTTATT-TTGATAAGCTTGTATG-ATAAAAAATAATCTTTTATAACAAA
126 TTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATGAAT-AGAAATAA---TTTATGACAAA
* * * * ** **
26932 ACAAATGGTTATAGCAATTTGAATTAGAATAATTGTTTAAATTACCCATAA-TATTT-AACTTAA
1 ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTGTTT-AA-TAGTCATAATTATTTGAAC-TGG
*
26995 TTTGATAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
62 TTTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAAT
27037 AATTTGTATT
Statistics
Matches: 1291, Mismatches: 298, Indels: 212
0.72 0.17 0.12
Matches are distributed among these distances:
160 1 0.00
161 1 0.00
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163 2 0.00
164 18 0.01
165 21 0.02
166 28 0.02
167 21 0.02
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170 29 0.02
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172 5 0.00
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182 160 0.12
183 3 0.00
185 1 0.00
186 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (174 bp):
ACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTTG
TAAACAAATTTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCATATTATT
TTATTCCAAATAAGCTAGTATGAATAGAAATAATTTATGACAAA
Found at i:25924 original size:525 final size:518
Alignment explanation
Indices: 25256--26404 Score: 1251
Period size: 525 Copynumber: 2.2 Consensus size: 518
25246 TAAATATCTT
* * *
25256 ACTTATTAATTTTTGCAATATTAATAAATTCATT-TTATTTTATTTCAAATCAGCTAGTATGAAT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--TTGTTATTTTATTTCAAATAAGCT-TTATGAAT
* * ** * * *
25320 TGAAA-ATTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAACATTTTGAAATAGATAATTGTTTATATA
63 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
* * * * *
25384 GTCTTAAATATTTAAACTGGTTTGTCAAACAAA-TTTA-TTTTTAATTCTC-TAGTTATTAATTT
128 GTCTTAAATATTTAAACTGCTTCGACAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTT
* * * *
25446 TTA-AATATTATTATATTTGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATT-T
193 TCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAATTAT
*
25508 GT-GACA-A-AACAAAATGTTATAACAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTCATAATTATT
257 GTAGA-ATAGAACAAAA-GTTATAACAATTTG-A--AT---A--GGT-AAATAGTCA-AA-TA--
* * * * *
25570 TGAACTAG-TTTGATGAACATATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAA
307 AGAACT-GCTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATAAATTTTTGAAA-ATTAA
** * * * *
25634 TAAATTAGTATTATTGATTCTGAGTAAGCTTGAATGATCAAAAACACTTGTTATATGACCATACA
370 TAAATTAG-ATTATT-ATTCCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGA-CAAAAA
* *
25699 AAA-GGTAATAATGGTTTGAAA-A-ATAA-A-GGAAAATGGCCATAA-TATTTGAAATGA-TTCA
432 AAATGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATATGG-AAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTTCA
*
25757 TAAATAGATTCACTTTTTAAATC
496 TAAACAGATTCACTTTTTAAATC
* *
25780 ACTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAAC
1 ACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTT-TGTTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TATGAAT
* * * *
25844 TAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGTATT
63 TGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATA
25909 GTCTTAACA-ATTTAAACTGCTTCGACAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATT
128 GTCTTAA-ATATTTAAACTGCTTCGACAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATT
* * *
25973 TTCATAATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
192 TTCATAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTAT
* * * ** * *
26038 TTAGAATAGAATAAAAGTTATGATGATTTGAATAGGTAATTATTCAAATAAGAACTGCTTCGATA
257 GTAGAATAGAACAAAAGTTATAACAATTTGAATAGGTAAATAGTCAAATAAGAACTGCTTCGATA
* **
26103 AATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAAATTAATAAATTAGATTATTATT
322 AACAGATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATAAATTTTTGAAAATTAATAAATTAGATTATTATT
* * * * * *
26168 CCAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAAAAATGTTCATAATGATTTGA
387 CCAAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACAAAAAAAATGGTAATAATGATTTGA
* * **
26233 AATAGATAATTATTGAAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAA
452 AATAGATAA-TATGGAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTTCATAAACAGATTCACTTTTTAA
26298 ATCAC
516 AT--C
26303 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTTAATGAA
1 --ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-TTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTT-ATGAA
*
26368 TTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATA
62 TTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATA
26405 GTGATTTTAA
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 66, Indels: 61
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
514 7 0.01
515 49 0.09
516 7 0.01
517 18 0.03
518 48 0.09
519 12 0.02
520 14 0.03
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530 5 0.01
531 14 0.03
532 6 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (518 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTTATGAATTGA
AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCATATAGTC
TTAAATATTTAAACTGCTTCGACAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTTAGTTATTAATTTTCA
TAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATGTAG
AATAGAACAAAAGTTATAACAATTTGAATAGGTAAATAGTCAAATAAGAACTGCTTCGATAAACA
GATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATAAATTTTTGAAAATTAATAAATTAGATTATTATTCCAA
ATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACAAAAAAAATGGTAATAATGATTTGAAATA
GATAATATGGAAATAGCCATAATTATTTGAAATGATTTCATAAACAGATTCACTTTTTAAATC
Found at i:26250 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 26229--26264 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
26219 TCATAATGAT
26229 TTGAAATAG-ATAATTA
1 TTGAAATAGCATAATTA
26245 TTGAAATAGCCATAATTA
1 TTGAAATAG-CATAATTA
26263 TT
1 TT
26265 TGAATTGATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.50
18 9 0.50
ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
TTGAAATAGCATAATTA
Found at i:26478 original size:525 final size:518
Alignment explanation
Indices: 25590--26560 Score: 1179
Period size: 525 Copynumber: 1.9 Consensus size: 518
25580 TGATGAACAT
* *
25590 ATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGATTCT
1 ATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATAAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGATTCC
* * * * * *
25655 GAGTAAGCTTGAATGATCAAAAACACTTGTTATATGACCATACAAAAGGTAATAATGGTTTGAAA
66 AAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAA
* *
25720 AATAAAGGAAAATGGCCATAATATTTGAAATGATTCATAAATAGATTCACTTTTTAAATCACTTA
131 AATAAAGGAAAATAGCCATAATATTTGAAATGATTCATAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTA
* *
25785 TTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTAAAAC
196 TTAAATTTTTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTAAAAC
* * ** * **
25850 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATTTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCGTATTGTCTTA
261 AATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCACA
* *
25915 ACAATTTAAACTGCTTCGACAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTTAG-TTATTAATTTTCATA
326 ACAATTTAAACTGATTCGACAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTT-GTTTATTAATTTTCAAA
*** *
25979 ATATTTTTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTAGAA
390 ATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTAGAA
26044 TAGAATAAAAGTTATGATGATTTGAATAGGTAATTATTCAAATAAGAACTGCTTCGATAAATAG
455 TAGAATAAAAGTTATGATGATTTGAATAGGTAATTATTCAAATAAGAACTGCTTCGATAAATAG
**
26108 ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATAAATTTTTGAAA-ATTAATAAATTAG-ATTATT-ATTCC
1 ATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATAAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGATTCC
* * * * * *
26170 AAATAGGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAAAAATGTTCATAATGATTTGAA
66 AAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAAAAAAA-GGTAATAATGATTTGAA
* * **
26234 ATAGATAATTATTG-AAATAGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAA
130 A-A-ATAA--A-GGAAAATAGCCATAA-TATTTGAAATGA-TTCATAAACAGATTCACTTTTTAA
26298 ATCACTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAT-TGTTATTTTATTTCAAATAAGCTT-
188 ATCACTTA-TTA--AATTTTTG-AATATTAATAAATT-TGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTC
* * * *** * * *
26361 TAATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAGTGATTTTAAATATACAATTG
248 T-ATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGACAATTA
* * * * * * *
26426 TTCAAATAGTCACAGCTATTTGAATTTATTCAGA-AAACACA-TTTATTTTTTTAAATCTCTTGT
312 TTCAAATAGTCACAACAATTTAAACTGATTC-GACAAACAAATTTTA-TTTTTTAAATCCCTTGT
* * *** *
26489 TTATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTGGTATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACTGA
375 TTATTAATTTTCAAAATATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAACTGA
*
26554 AGCAATT
440 AACAATT
26561 GTTTTATGAC
Statistics
Matches: 376, Mismatches: 60, Indels: 27
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
514 7 0.02
515 49 0.13
516 7 0.02
517 17 0.05
518 35 0.09
519 12 0.03
520 12 0.03
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522 3 0.01
524 13 0.03
525 189 0.50
526 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (518 bp):
ATTTATTTTTTAAATCGCTTACTTATAAATTTTTGAAAGATTAATAAATTAGTATTATTGATTCC
AAATAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACCAAAAAAAAGGTAATAATGATTTGAAA
AATAAAGGAAAATAGCCATAATATTTGAAATGATTCATAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTA
TTAAATTTTTGAATATTAATAAATTTGTGTTATTTTATTTCAAATAAGCTTCTATGAACTAAAAC
AATTGTTTTATGACAAAACAAAATATCATAACAATTTGAAATAGACAATTATTCAAATAGTCACA
ACAATTTAAACTGATTCGACAAACAAATTTTATTTTTTAAATCCCTTGTTTATTAATTTTCAAAA
TATTAAAAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTAGAAT
AGAATAAAAGTTATGATGATTTGAATAGGTAATTATTCAAATAAGAACTGCTTCGATAAATAG
Found at i:27714 original size:180 final size:177
Alignment explanation
Indices: 27364--29856 Score: 1574
Period size: 180 Copynumber: 14.0 Consensus size: 177
27354 ATCTTAATCG
* * * *
27364 AAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTTATGACAAATAAAGA-TCATAACGATTTTGAG
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG--TTTATGACAAA-AAAAATTCATAACGA-TTTGAA
* * *
27428 ATAGATAATTGTTCAAGTAGCCATAACTATTTGAA-TTGATTC-AGTAAACAGATTTAATTTTTT
62 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGA-TAAACAGATTT-ATTTTTT
* * *
27491 -AATCT-CTA---ATTAATTTTTAAAACATTAATAAAGTAGTATTATTTTATTCT
124 AAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
** * *
27541 AAATAATTTTGTATGAAGAGAAACAATTGTTTATGACAAAAAAAATTCTCATAATGATTTGAAAT
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAAAAAA-T-TCATAACGATTTGAAAT
** * * * *
27606 AGATAATTATTCAAAGGGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATC
64 AGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATC
* *
27671 TCCAACCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
129 TCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
** * *
27720 CAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAA
1 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAA-AAAAT-TCATAACGATTTGAA
* * * * * *
27785 ATAAATAATT-TTCAAACAATCATAACTATTT-AAGTTTGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAA
62 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
** * * *
27848 ATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTT
126 ATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
27900 CAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAA
1 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATT-GTTTATGACAAAA-AAAA-TTCATAACGATTTGAA
* * * *
27965 ATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAA
62 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* *
28029 ATTTCC-ACTTATTAATTTTTTA-AATATTAATAATTTA-TA-TATTATTATTT
126 ATCTCCTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTT
* * * * * ** * *
28079 GGAATAACCGTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA
1 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAA-AAAAATTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
28144 TAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAACTATTT-AA-TTGTTTGGTTAAACTA-ATTCATTTTTTAA
63 TAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAAC-AGATTTATTTTTTAA
* * *
28206 ATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTT
126 ATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * ** *** *
28257 CAAATAAGCCTCTATGAACT-GATACAATTATTTTAAAATCAAACAAAAGGCCATAACAATTTGA
1 -AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATT-GTTTATGA-CAAA-AAAAATTCATAACGATTTG-
* ** * * * * *
28321 AAATAGATAATTA-TCTAAATAGTTATGGCTATTTGGACTT-TTGGGTAAACATATTTATTTTTA
60 AAATAGATAATTATTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTT
* ** * * * *
28384 AAATTTTTTAC-T-TT-A-TATTAGGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATCT
124 AAATCTCCTACTTATTAATTTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTT
* * * * * * * *
28437 AAATAAG-GTGTATGAACAAAAACAATTTTTTAT-A-AAAAAAAAGTCAGTAATGGTTTAAAATA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAAAAAATTCA-TAACGATTTGAAATA
* * * *
28499 AATAATTA-TC-AGTAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCT
65 GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * *
28561 TTTATTTTTTTAATTGTTTA-AATATTAATTAAATTTGTGTTA-TTTATTG
130 CCTA-CTTATTAATT-TTTAGAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTT
* * *
28610 AAATAAGATTGTATGAATAGCAAA-AATTGTTTTAAGACAAAACAAAAGTT-ATAGCGATTTGAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTG-TTTATGACAAAA-AAAA-TTCATAACGATTTGAA
* * * * *
28673 AT-GAT-ATTGA-T-AAATAGTCATAACTATTTTAAC-TGTTCAACAAATAGATTCATTTTTTAA
62 ATAGATAATT-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
28733 ATCTCTTACTTATTAA-TTTTGGAATTATTAATAAACTAGAATTATGTTATTT
126 ATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
28785 CAAATAA-ATTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGTGATAGCACAAAAGATT-ATTAACGATTTG
1 -AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATG--A-CAAAAAAAATTCA-TAACGATTTG
* * * * * * * *
28848 AAATAGATAATTATTCAAACAATCATTAA-TATTTGCACTAG-GCAAGCT-AACAAATTCATTTT
60 AAATAGATAATTATTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTC--GATAAACAGATTTATTTT
* * * *
28910 TGAAAT-TCATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTT
122 TTAAATCTC-CTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * * *
28967 GAATAATGC--GTATGACTAGAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAA
1 AAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTATGACAAAA-AAAAT-TCATAACGATTTGAA
* * * * * ** *
29030 ATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGTTTAATAAACAAATTTATTTTTTTAA
62 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTA-TTTTTTAA
* * * * *
29094 CTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
126 ATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* ** * * * * *
29147 GAGCAAACTTATTTGAA-AGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTT-ATAACGATATGA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATTG-TTTATGACAAAA-AAAA--TTCATAACGATTTGA
* * * * * * * *
29210 AATCGATAATTATTTAAATAGTCATAATTTTTTGAACTGGTTCGACAAACAAAATTATTTTTTAA
61 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * * *
29275 ATCTCTTGCTGATT-ATTTTT-GAAATATTAATAGATTTGTTTTA-TTTATTT
126 ATCTCCTACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * *
29325 CGAATAAG-TTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTT-TGCGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTT
1 -AAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTAT--GACAAAA-AAAA-TTCATAACGATTT
* * * * * * *
29387 GAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTTC-A-AATA-A-ATTTA---TT
59 GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAA-ACAGATTTATTTTT
** * * * * * *
29445 GGAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTCT
123 TAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-T
* * ** *
29501 AAATAAGCTTGTA-GAAATAGAAATAATTATTTTATGACAGAACACAAGGTT-ATAACAATTTGA
1 AAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATT-GTTTATGACA-AA-A-AAAATTCATAACGATTTGA
* ** ** * *
29564 AATATATAATTGCTCAAATAGTCATAACCT-TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTA
61 AATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTA
* *
29627 AATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTT
125 AATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTT
* * * * * *
29681 AAATAGGTTTGTATG-AT-GAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGTTCATAAC-ATTTAAA
1 AAATAAGCTTGTATGAATAG-AAACAATT-GTTTATGACAAAA-AAAA-TTCATAACGATTTGAA
* * * **
29743 ATAGATAATTATTC-AATGGCCATAATTATTTGAAC-TGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAA
62 ATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGATAAACAGATTTATTTTTTAA
* * * * *
29806 ATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTATTT
126 ATCTCCTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
29857 TGGATAAGCT
Statistics
Matches: 1841, Mismatches: 345, Indels: 261
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
171 34 0.02
172 10 0.01
173 48 0.03
174 78 0.04
175 158 0.09
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180 478 0.26
181 245 0.13
182 46 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTATGACAAAAAAAATTCATAACGATTTGAAATAG
ATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC
CTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
Found at i:28074 original size:361 final size:360
Alignment explanation
Indices: 27364--29856 Score: 1837
Period size: 354 Copynumber: 7.0 Consensus size: 360
27354 ATCTTAATCG
* * * * * *
27364 AAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTTATGAC-AAA-TAAAGATCATAACGATTTTGA
1 AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGA
* * * * *
27427 GATAGATAATTGTTCAAGTAGCCATAACTATTTGAA-TTGATTCAGTAAACAGATTTAATTTTTT
64 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTT-ATTTTTT
* * **
27491 -AATCTC-TA---ATTAATTTTTAAAACATTAATAAAGTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTT
127 AAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCT
* ** **
27550 TGTATGAAGAGAAACAATTG-TTTATGACAAAA-AAAATTCTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
191 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
** * * * *
27613 TATTCAAAGGGACATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACC
255 TATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCC-ACT
* *
27678 TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
318 TATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* ** *
27721 AAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAATATCATAACTATTTGAAA
1 AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * * * * *
27786 TAAATAATT-TTCAAACAATCATAACTATTT-AAGTTTGCTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* ** * *
27849 TCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATACTAATAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTGTA
130 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * *
27914 TGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTC
195 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC
*
27979 AAATAGTCATAACTATTTGAACGTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCACTTATTAA
260 AAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCACTTATTAA
* * *
28044 TTTTTTAAATATTAAT-AATTTATA-TATTATTATTTG
324 TTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATT-TTATTTC
* * * * * * * *
28080 GAATAACCGTATATGAACAGAAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTCAAAACAATTTGAAA
1 AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
* * *** * *
28144 TAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAACTATTT-AA-TTGTTTGGTTAAACTAATTCATTTTTTAAA
66 TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * *
28207 TCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTCTA
130 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTA
* * ** *
28271 TGAACT-GATACAATTATTTTAAAATC-AAACAAAAGGCCATAACAATTTGAAAATAGATAATTA
195 TGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTG-AAATAGATAATTA
* ** * * * * * * **
28334 -TCTAAATAGTTATGGCTATTTGGACT-TTTGGGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-T--TTTTA
257 TTC-AAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTT-AGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCACTTA
* * * *
28394 CTTTA-TATTAGGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTA-ATC
320 -TTAATTTTTA--AAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
** * * * * *
28436 TAAAT-AAGGTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTAT-A-AAAA-AAAA-GTCAGTAATGGTTTAA
1 -AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGA
* * * * * * *
28495 AATAAATAATT-ATC-AGTAGTCATAACTATTTAAACTTATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAA
64 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * * * * *
28557 ATCTTTTATTTTTTTAATTGTTT-AAATATTAATTAAATTTGTGTTA-TTTA-TTGAAATAAGAT
129 ATCTCTTA-CTTATTAATT-TTTAAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT
* * * *
28619 TGTATGAATAGCAAA-AATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-GTTATAGCGATTTGAAAT-GAT-AT
191 TGTATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * * *
28680 TGA-T-AAATAGTCATAACTATTTTAACTGTTCA-ACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAC
255 T-ATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-CAC
** * * *
28742 TTATTAATTTTGGAATTATTAATAAACTAGA-ATTATGTTATTTC
317 TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTC
* * * ** * *
28786 AAATAAA-TTGTATGAATAGAAATAATTGA-TTTGTGATAGCACAAAAGATTATTAACGATTTGA
1 AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATT-ATTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGA
* * * * * * *
28849 AATAGATAATTATTCAAACAATCATTAA-TATTTGCACTAG-GCAAGCT-AACAAATTCATTTTT
64 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTTGTTCAA--TAAACAAATTTATTTTT
* * * * **
28911 GAAAT-TCATTAGTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAATG
126 TAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-G
* * * ** *
28975 C--GTATGACTAGAAACATTTGTTTTATGATAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAAATAA
189 CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAA
* * * * * * *
29038 TTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACTGGTTTA-ATAAACAAATTTATTTTTTTAACTCTCTT
254 TTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GTTTAGA-AAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-C
* *
29101 ACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTT
315 ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* ** * * * * * *
29147 GAGCAAACTTATTTGAA-AGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACGATATGAA
1 AAATAAACTTGTATGAATAG-AAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * * * * * *
29211 ATCGATAATTATTTAAATAGTCATAATTTTTTGAACTGGTTCGACAAACAAAATTATTTTTTAAA
65 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAA
* * * * * * * *
29276 TCTCTTGCTGATT-ATTTTTGAAATATTAATAGATTTGTTTTA-TTTATTTCGAATAAG-TTACT
130 TCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-GT
* * ** * * * * *
29338 AAGAACTA-AAAAAATTGTTTTGCGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGT
194 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
* * * * * * ** * *
29402 TCATATAGCCTTAACTATTTGAACTGGTT--CAAATAAATTTA---TTGGAATCTCTTAGTTATT
258 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-CACTTATT
* * * * *
29462 AATTTTCATAATATTATTACATTAGTATTATTTTA-TTC
322 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
* * * * * *
29500 TAAATAAGCTTGTA-GAAATAGAAATAATTATTTTATGACAGAACACAAGGTTATAACAATTTGA
1 -AAATAAACTTGTATG-AATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGA
* * ** **
29564 AATATATAATTGCTCAAATAGTCATAACCT-TTTGAACTAATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTA
64 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTA
* * * * *
29627 AATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTACTATTATTTTATTTTAAATAGGTTTG
128 AATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTG
* * * * *
29692 TATG-AT-GAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAAAGTTCATAAC-ATTTAAAATAGATAATTA
193 TATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTA
* * * * * *
29754 TTC-AATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAATTGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTA
257 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGA-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCC-ACTTA
* *
29818 TCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTATTT
320 TTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
29857 TGGATAAGCT
Statistics
Matches: 1678, Mismatches: 355, Indels: 205
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
347 35 0.02
348 6 0.00
349 46 0.03
350 16 0.01
351 49 0.03
352 81 0.05
353 80 0.05
354 235 0.14
355 65 0.04
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357 209 0.12
358 167 0.10
359 90 0.05
360 190 0.11
361 224 0.13
362 38 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (360 bp):
AAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAA
TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAATAAACAAATTTATTTTTTAAAT
CTCTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAT
GAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCA
AATAGTCATAACTATTTGAACTGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCACTTATTAATT
TTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC
Found at i:28384 original size:537 final size:535
Alignment explanation
Indices: 27337--37348 Score: 3100
Period size: 542 Copynumber: 18.7 Consensus size: 535
27327 ATTTATTTTT
* * * * * * *
27337 TATTATTAAATT-TTATTATCTTAATCGAAATAAGCTTATATGAAAAGAAACAATTGTTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTG-TTTTATG
* * * * * * * *
27401 AC-AAA-TAAAGATCATAACGATTTTGAGATAGATAATTGTTCAAGTAGCCATAACTATTTGAAT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAAC-AATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
27464 TGATTCAGTAAACAGATTTAATTTTTT-AATCT---CTAATTAATTTTTAAAACATTAATAAAGT
129 TG-TTTAGAAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
** *
27525 AGTATTATT-TTATTCT-AAATAATTTTGTATG-AAGAGAAACAATTG-TTTATGACAAAA-AAA
192 A-TA-TATTATTATT-TGAAATAAACTTATATGAAAGA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * * *
27585 ATTCTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAA-GGGACATAACTATTTGAACTTGTTT-GG
253 A-GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAAC-TGTTTCGA
* * **
27648 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAC-CTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
315 CAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTC-ATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * *
27712 TTTTATTTCAAATAAAATTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGA-CAAAACAAAATATCATAA
378 TTTTATTTCAAATAAGATTCTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGATC-AAACAAAAGATCATAA
* * ** *
27776 CTATTTGAAATAAATAATT-TTCAAACAATCATAACTATTT-AAGTTTGCTCAATAAACAGATTT
442 CGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAA-CTTG---GGTAAACAAATTT
* *
27839 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAA
502 ATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
27873 TACTAATAAATTAGTATTATTTTGTT-TCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* *
27937 ACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACG
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-
* * * *
28002 TGTTTAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTCCACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAATTTAT
129 TGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAT
* * *
28067 ATATTATTATTTGGAATAACCGTATATGAACAG-AAACAATTGTTTTATGAC-AAACAAAAGGTC
194 ATATTATTATTTGAAATAAACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
* * * * * * **
28130 AAAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAGAACTATTT-AATTGTTTGGTTAAACTA-
258 ATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGACAAA-TAG
*
28193 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAACAAATTAGTATTATTTTATTTC
322 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC
** * * ** *
28258 AAATAAGCCTCTATGAACT-GATACAATTATTTTAAAATCAAACAAAAGGCCATAACAATTTGAA
387 AAATAAGATTCTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAAGATCAAACAAAAGATCATAACGATTTG-A
* * * * * * *
28322 AATAGATAATTA-TCTAAATAGTTATGGCTATTTGGACTTTTGGGTAAACATATTTATTTTTAAA
450 AATAAATAATTATTC-AAACAATCAT-ACTATTTGAAC--TTGGGTAAACAAATTTATTTTTAAA
* *
28386 ATTTTTTAC-T-TT-A-TATTAGGAAA
511 ATCTTTTACTTATTAATTTTTA-G-AA
* * * * * *
28409 TAATAATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAG-GTGTATGAACAAAAACAATT-TTTTAT-A
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
*** * * * *
28471 -AAAA-AAAA-GTCAGTAATGGTTTAAAATAAATAATT-ATC-AGTAGTCATAACTATTTAAACT
66 CAAAACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* ** * *
28531 -TATTCGATAAACAGA-TTATTTTTTAAATCTTTTATTTTTTTAATTGTTT-AAATATTAATTAA
130 GT-TTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCCA-CTTATTAATT-TTTAAAATATTAA-TAA
* * * * *
28593 ATT-TGTGTTATT-TATTGAAATAAGA-TTGTATGAATAGCAAA-AATTGTTTTAAGACAAAACA
189 ATTATATATTATTAT-TTGAAATAA-ACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * *
28654 AAA-GTTATAGCGATTTGAAAT-GAT-ATTGA-T-AAATAGTCATAACTATTTTAACTG-TTCAA
251 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT-ATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGA
* * * *
28713 CAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTGGAATTATTAATAAACTAGAATTAT
315 CAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAA-TATTAATAAATTAGTATTAT
* * * * *
28778 GTTATTTCAAATAA-ATTGTATGAATAGAAATAATTGATTTGT--GAT-AGCACAAAAGATTATT
379 TTTATTTCAAATAAGATTCTATGAATAGAAACAATT-ATTT-TAAGATCA-AACAAAAGATCA-T
* * * *
28839 AACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAATCATTAATATTTGCACTAGGCAAGCT-AACAAAT
440 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCA-TACTATTTGAACTTGG---G-TAAACAAAT
* * * *
28903 TCATTTTTGAAAT-TCATTAGTTATTAATTTTTAGAA
500 TTATTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * *
28939 TATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTTGAATAATGC--GTATGACTAGAAACATTTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAA-GCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* ** * *
29002 ATAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTA-AACTAATTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
29066 GGTTTA-ATAAACAAATTTATTTTTTTAACTCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATATTAATAAAT
130 -GTTTAGA-AAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTC-CACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
** * *
29130 TA-ATATTATTTTATTTTG-AGCAAACTTATTTGAAAGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAA
191 TATATATTA--TTA-TTTGAAATAAACTTATATGAAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * *
29193 AGGTTATAACGATATGAAATCGATAATTATTTAAATAGTCATAATTTTTTGAACTGGTTCGACAA
253 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGACAA
* * * * * * * *
29258 ACAAAATT-ATTTTTTAAATCTCTTGCTGATT-ATTTTTGAAATATTAATAGATTTGTTTTA-TT
318 A-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * ** * *
29320 TATTTCGAATAAG-TTACTAAGAACTA-AAAAAATTGTTTTGCGATAAAACAAAAGGTCATAACG
381 TATTTCAAATAAGATT-CTATGAA-TAGAAACAATTATTTTAAGATCAAACAAAAGATCATAACG
* * * * ** * * *
29383 ATTTGAAATAAAGAATTGTTCATATAGCCTTAACTATTTGAAC-TGGTTCAAATAAATTTA---T
444 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAACTTGGGT-AAACAAATTTATTTT
** * * * *
29444 TGGAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATAA
507 TAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
29473 TATTATTACATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-GAAATAGAAATAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATG-AATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
29537 ACAGAACACAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGCTCAAATAGTCATAACCT-TTTGAAC
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC
* ** * *
29601 TAATTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCCTACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
129 T-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCC-ACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* *** * * * * *
29665 ACTATTATT-TTATTTTAAATAGGTTTGTATG-ATGAAAAAAATTATTTTGTGACAAAACAAAAG
192 A-TA-TATTATTATTTGAAATAAACTTATATGAAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * ** * * *
29728 TTCATAAC-ATTTAAAATAGATAATTATTC-AATGGCCATAATTATTTGAACTGATTCGATAAAT
255 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGACAAAT
* * ** * * * * *
29791 TGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATCAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTA-TTTAT
320 AGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*** * * * * *
29855 TTTGGATAAGCTTTTTAT-AAGCTA-AAAGAATTGTTTTATGAT-------AA-AT-A-AA--A-
384 TTCAAATAAG-ATTCTATGAA--TAGAAACAATTATTTTAAGATCAAACAAAAGATCATAACGAT
** * * * * * **
29905 -TGTCATAAACAGTT-TT----GAA-C-T--TGTTTG-A------TAAACACATTTATTTTTTTA
446 TTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCATACTATTTGAACTTGGGTAAACAAATTTATTTTTAAA
*
29953 AT-TTCTTACTTATTAATTTTTTGAA
511 ATCTT-TTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * *
29978 TGTTAATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACT-GAAATAATTATTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
* * * * *
30042 ACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * * * * *
30106 GTTCGGCAAACACATCTT-TTTTTTAAA--T-C-C-TATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAG
130 GTTTAGAAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-
* * * * * *
30165 TAGTATT-TTATTTTG-AACAAGCATCTATGAATAGAAATA-AA-TGTTTTAGGATAAAAC-AAA
193 TA-TATTATTA-TTTGAAATAAACTTATATGAA-AGAAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * * * **
30225 GATCATACCAATTTTAGATAAATAATTCTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAA
254 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGACAAA
* * * * * * *
30290 GAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-T--TAAATTTT-GAAATAGTAATAGATTAATATTATTTT-
319 TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
** ** * * * * * * *
30350 TTTGTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTACA-A-CAAAATAAAATATCATAACAA
383 TTT-CAAATAAGATTCTATGAATAGAAACAATTATTTTA-AGATC-AAACAAAAGATCATAACGA
* * * * * * *
30413 TTTCAAATAGATAA-TAGTTCAAATAGA-CATGACTATTTGAACTTGTTCTGTAAATAGATTAAT
445 TTTGAAATAAATAATTA-TTCAAACA-ATCAT-ACTATTTGAACTTG---GGTAAACAAATTTAT
* ** *
30476 TTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAA
504 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
30508 CATTAATAAATTAGTATTATTATATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * *
30573 TAAAACAAAAGAG-CATAATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGACATAACAATTTAAACT
66 CAAAACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** ** * * * ** **
30637 CACTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAGT-TTTACTTATTAA-TTTTGGAATATTAATAAATTA
130 -GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAA-TCTCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA
** * * * ** * *
30700 GTATTATT-TTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAAAAGAAAA-AATTCATTAATGACAAAACAAATG
193 -TA-TATTATTATTTGAAATAAACTTATATG-AAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * *
30763 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-ACACATG-TTCAAAAA
255 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGA-AC-TGTTTCGACAA
* * * * * * *
30826 ATTGATTTATTTTTAAAAT-TTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTATTT
318 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTT
* * * *
30889 TATTTGAAATAAGCTTGC-ATGAACA-AAACCAATTGTTTTACA-A-CAAGACAAAATG-TCATA
381 TATTTCAAATAAGATT-CTATGAATAGAAA-CAATTATTTTA-AGATCAA-ACAAAA-GATCATA
* * * * * * * * * *
30949 A-TATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATT
441 ACGA-TTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAACTTG---GGTAAACAAATT
* * * * * *
31013 CATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTGATTTTTGGAA
501 TA-TTTTTAAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTAGAA
* * * * *
31049 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * ** ** * * *
31113 ACAAAACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * * ** *
31178 TTTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTGTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAATT
130 GTTT-AGAAAACAGATTTATTTTTTAAATC-TCCACTTATTAATTT-TTAAAATATTAATAAATT
* * * * *
31242 A-ATATTATT-TTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATA-AAAATAATTATTTTATGACAAAACAAA
192 ATATATTATTATT--T-GAAATAAACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
** * * * * * **
31304 AATATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TGATTCAAACT-TGTTCGA
252 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACT-ATTTGAACTGT-TTCGA
* * * * * *
31366 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-CAATATTAAT-AATT-TTATATA
315 CAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT-TTAGAATATTAATAAATTAGTAT-TA
* * * * * *
31428 TTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACA-AAA-AAGTCATTTTATA-A-CAAAACAAACAG-TTA
378 TTTTATTTCAAATAAGATTCTATGAATAGAAACAA-TTATTTTA-AGATC-AAACAAA-AGATCA
** ** * * * * * * * *
31488 TAGTGATTCCAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTCGATAAACATAT
439 TAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAACTTG---GGTAAACAAAT
* * * * * *
31553 TCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAA
500 TTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * *
31589 TATTAATAACA-TAGTATTATTTTATT-TCAATAAG-TTCATATGAACT-GAAATAA-T-TTTT-
1 TATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTA
** * * * * * *
31647 TGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACAATTTGAT
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* ** * * * * * ** *
31712 GTAGTTCGGTAAACATATTTAATTTTTAGATTTTTAACTTATTAATTTTTAAAATTTTAATAAAT
128 CT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTA-AATCTCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * *
31777 TA-ATATTATTTTAATCTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-AAACTATTG-TTTAT-AGC-AAACA
191 TATATATTA--TT-ATTTGAAATAAACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACA
* * * * * **
31836 AAA-ATCCATAATGATTTGAAATTA-A-AATTATTTAGATAGTCATAACTATTTGAACAACTTT-
251 AAAGGT-CATAACGATTTGAAA-TAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TGTTTC
* * * *
31897 GA-TAATAGATTTATTTTTGAAATCTC-T--T-ATTAA-TTTATGAA-A-TATATAGATTAGTAT
313 GACAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTA-GAATATTA-ATAAATTAGTAT
* ** * * * ** * * * *
31954 TATTTTGTTTTGAACAA-ACT-TATTGAACATGAAACCTTTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGTTT
376 TATTTTATTTCAAATAAGATTCTA-TGAATA-GAAACAATTATTTTAAGATC-AAACAAAAGATC
* * * * * * * * *
32016 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTATTTGAACTGATAGGTAAATAGAA
438 ATAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAACT--TGGGTAAACA-AA
*
32081 -TTATTTTT-TAATCTTTTACTTATTAATTTTTA-AA
499 TTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** *
32115 TATTAATAAATTCA-TTTTA-TTTATTCTTAATAAGCTACTATG-ATTGAAA-ATTATTGTTTTA
1 TATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA--ATTGTTTTA
* * *
32176 TGACAAGACAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTT-A
63 TGACAAAACAAAA-GGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * ** *
32240 A-TGGGTTGGTAAAA-A-A---A--TTTTGGA-----A--TATT-A---TT--AA-ATTAGT--A
127 ACT-GTTTAG-AAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * *
32281 TTAT-T-TTA-T-TTTG-TATAAGCTTGTATGAATA-TAAATAATTGTTTTATGACAGAACAAAA
190 TTATATATTATTATTTGAAATAAACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * * * **
32340 GGTTATAACGATTTGAAGTATACAATTATTCAAATAATCATAACTATTTGAATTG-TTCGGTAAA
254 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGACAAA
* * * * *
32404 CATATTTATTTTTTAAATCTCTTA-T--TAAATTTT-GAAAGATTAATAAATTAGTATTATTTTA
319 TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * * * * * * *
32465 -TTCGGAATAAGCTTGTATG-ATA-AAAAAATAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACA
383 TTTC-AAATAAGATTCTATGAATAGAAACAATTATT-TTA-A-GATCAAACAAAAGATCATAACG
** * * **** * * ** *
32527 ATTTGAAATGGATAATTGTTGAAATGGCCATAATTATTT-AAATTGATTTTATAA-ATAGATTCA
444 ATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAACTTG--GGTA-AACA-A-ATTTA
* *
32590 TTTTTTAAATC----ACTTATTAATTTTTGGAA
503 TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
32619 TATTAATAAATTAGCATTACTTTATT-TCAAGTAAGCTTATATGAACTA-AAACAATTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
32682 GACAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-
* ** * * * * *
32747 TTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAGAAATT
128 CTGTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * * * *
32811 AGTATTATT-TTAATTTG-GATAACCTT-TAATGAATTG-GAATAATTGTTTTATGTCAAAACAA
192 A-TA-TATTATT-ATTTGAAATAAACTTAT-ATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * * *
32872 AATGTCATAACAATTTTAAATAAATAATT-GTCTAAGTAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCGG
252 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC-AAATAGTAATAACTATTTGAACTGT-TTCGA
* ** * * * * * * * *
32935 TAAGCAGATTTATTTTTTCAAA-CTTTTGCTTAGTAATTTTCTGAATGTCAATAAATTTAG-ATT
315 CAAATAGATTCATTTTTT-AAATCTCTTACTCATTAATTTT-AGAATATTAATAAA-TTAGTATT
* * * * * * * * *
32998 ATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAAGATATA-AAACAAATATTTTATGA-CTAAAGAAAAGGTCAA
377 ATTTTATTTCAAATAAGATTCTATGA-ATAGAAACAATTATTTTAAGATC-AAACAAAAGATCAT
** * * * ** * * *
33061 AATAATTTGAAATAAATAATTATTCTAATAGTTTTAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACACATT
440 AACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAAC---TTGGGTAAACAAATT
* *
33126 TATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AA
501 TATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTT-AGAA
* * * * * * *
33161 TATTATTATATTAGTATTATTTT-TAACCAAATAAGCTTTTAT-AATTAGAACCAACTGTTTTAT
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* ** ** * ** * * *
33224 GACAAAA-TAAAGGTTTTAATGATTTGAGATTGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTAAAC
64 GACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * ** * *
33288 TGGTTCGATAAATAGATTTATTGTTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATCAATT
129 TGTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCT-CCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * *
33353 AGTATTATT-TTATTATG-AATAACCTTGTAT-AATAAAAAACAATTGTTTTATGACAAGACAAA
192 A-TA-TATTATTATT-TGAAATAAACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * ** * * ** **
33415 AGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATTATTTTAACTAATTCGGTAA
253 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGACAA
* * * * *
33480 ACT-GGTTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAA-TTTAGGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
318 A-TAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTA-G-AATATTAATAAATTAGTATTATT
*** * * * * * * * * * *
33543 TTA-TTCTTTCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGA-CTAATCAAAAGGTTATAAT
380 TTATTTC-AAATAAGATTCTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGATC-AAACAAAAGATCATAAC
* * * * * * * * ** * * *
33606 GATTTTAAATAGATGATTCTTAAAATAATAATAATTATTTGAACTTATTCAGCAAATAGATTTAT
443 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAAC---TTGGGTAAACAAATTTAT
** * *
33671 TTTTTTAATCACTTT-CTTATTAATTTTCCA-AA
504 TTTTAAAATC-TTTTACTTATTAATTTT-TAGAA
* * *
33703 TGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACT-GAAACAATTG-TTT-TG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATG
** * * * * * ** * *
33765 ACTCAATAAAAGGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
** * ** * * * **
33830 AATTCGATAAACA-AGTTTA-TTTTTAAATCTTGTACTTAATAATTTTTAAATTTTTTTTAAATT
130 GTTTAGA-AAACAGA-TTTATTTTTTAAATC-TCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT
* * * * *
33893 AGTATTATT-TTAATTTG-AATAAGCTTGTAT-AAACAAAACAATTGTTTTACGAC-AAAGAAAA
192 A-TA-TATTATT-ATTTGAAATAAACTTATATGAAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* ** * ** * * *
33954 GGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAG-TTGGGCGA
254 GGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT-GTTTCGACAA
* * * * ** * *
34018 TTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-GAAATATTATTAAATTAGTATTATTT
318 ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * ** * * * * * *
34082 TATTTCGAATAAAATAGTATGAATAG-AACTAATTGTTTGCTAACA--AAATAAAAGGTTATAAT
381 TATTTCAAATAAGATTCTATGAATAGAAAC-AATTATTT--TAAGATCAAACAAAAGATCATAAC
* * * * * * * *** * **
34144 GATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCAAAACTATTTGAA-ATAGTTTGGCAAGTAGATTTG
443 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATC-ATACTATTTGAACTTGGGTAAACAAATTTATTT-
* *
34207 CTT-AAATCTCTTACTGATTAATTTTCTA-AA
506 -TTAAAATCTTTTACTTATTAATTTT-TAGAA
** * ** * * * *
34237 TATTAATAAATTAGTACAATTTTATT-TCAAACAAATTTATATTAACAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
34301 ACAAAACAAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TCATTTGAA
65 ACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
* * * * * *
34365 CTAGTTCAGTAAATAGAATTATTTTATAAATCT---CTTA-TAAATTTTAGAAATATTAATAAAT
128 CT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCACTTATTAATTTTTA-AAATATTAATAAAT
* * * * ** * * * **
34426 TA-ATTTTATTCTATTTCAAAT--A-TTTTATG--ATAAAACAAAAG-GTCAT---AAATC-TTA
191 TATATATTA-T-TATTTGAAATAAACTTATATGAAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* * * * * **
34480 -GTTATTA--ATTT---TTAGA-ATATTATT-AAATTAGGATTATTTTATTCTGAA-TAAGTTTT
254 GGTCATAACGATTTGAAATAGATA-ATTATTCAAA-TAGTAATA-ACTATT-TGAACT--G-TTT
* * * * ****** * * *
34536 ATGAACAACAACAAATT--TTTATAATAGAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATAG-ATAATT
312 -CG-AC-A-AATAGATTCATTT-T-TTA-AATCTCTTACTCAT--TAATTT----TAGAAT-ATT
** *** * *
34598 GTTCAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAAT-AGATT-TATTTTTTA-AATGTCTT
363 AAT-AAATTAGT-AT---TATTT----TA-TTT--CAAATAAGATTCTA-TGAATAGAA--AC-A
* * *** * *
34659 ATTAATTCTTGAA-AT-ATTAATAAATTAGTATTAT-TTTATTTCAAA-AAAGCTTGTATGTTGA
412 ATT-ATT-TT-AAGATCA--AACAAA--AG-ATCATAACGATTTGAAATAAA-----TA-ATT--
* * * * * *
34720 AAT-AAATAATTGCTCAAATAGGTAAAACTATTTGAA-TTAGTTTGATAAATAGATTTAATTTTT
461 ATTCAAACAA----TC--ATA-CT------ATTTGAACTT-G---GGTAAACAAATTT-ATTTTT
34783 -AAATC----ACTTATTAATTTTT-GAAA
508 AAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * * * * * * * *
34806 TATTAATATATTAGTATTACTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTATTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* * * * * * * *
34871 CAAAAGAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAGTCATAATTATTTGAACTG
66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * * * *
34936 GTTACGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTCA
131 TTTA-GAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT-A
* * * * *
35001 TTTTATT-TTATTCT-AAATAATC-TAGTATGAATTAAAAAAAAACTTATTTTATGACAAAACAA
193 -TATATTATTATT-TGAAATAAACTTA-TATGAA--AGAAAACAA-TTGTTTTATGACAAAACAA
* ** ** * * *
35063 AAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTATT-TTATAGTTTTAAATATTTGAATTGGTTCGACA
252 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGACA
* * * * * * * * * * *
35126 AAGAAATT-TTTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATCAGTGTTATTT
317 AATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTT
* * * * * * * *
35190 TATTCCAAATAA-ACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGA-CAAAATAAAATG-TTATAAT
381 TATTTCAAATAAGA-TTCTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGATC-AAACAAAA-GATCATAAC
* * ** * * * * ** *
35252 GATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAATCAGTAAACAGATTTAT
443 GATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATC-ATACTATTTGAACT---TGGGTAAACAAATTTAT
* *
35317 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GAAA
504 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* * * * * * *
35349 GATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGAACT--TTCA-AATAAAATTGTTATA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTA-TGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTA
** * * ** * * * * * * *
35411 TGATGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAA
63 TGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * ** * * * *
35476 -TAGATTCGACAAAAAAATTCACCTTTTAAATCACTTACTTATTAAATTTTGAAATATTAATAAA
128 CT-GTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * *
35540 TTAGTTTTATT-TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTG-AAACAATTGTTCTATGACAAAACCA
190 TTA--TATATTATTATTTGAAATAAACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * ** * * **
35603 AAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCCTAACTGTTAGAACTACTTC-AGC
252 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGA-C
* * * * * * *
35667 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATTAGTATTATT
316 AAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * * * * *
35732 TTATTTTGAATATGCTTATATAAACTA-AAAC-ATTATTTTATA-A-CATAACAACAGGTTATAG
380 TTATTTCAAATAAGATTCTATGAA-TAGAAACAATTATTTTA-AGATCA-AACAAAAGATCATAA
* * * **
35793 C-AATTGAAATAGATAATTATTCAAATAGA--A-ACTGATTT--A-----GTAAATGAATTTATT
442 CGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACA-ATCATACT-ATTTGAACTTGGGTAAACAAATTTATT
* ** *
35847 TTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTT-GAAA
505 TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAG-AA
* ** * * * *
35878 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAGGCCTATATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATG
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATG
* * * ** * * * * *
35942 ACAAAAGAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTGAAT
65 ACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAA-
** * * * * * * * * * *
36006 CAATTT-GATAAACTGACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAATTTTTGAAATTTTAATAAAA
128 CTGTTTAGA-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAAT
* * * * * *
36070 TA-ATATTATTTTATCTCAAATAATCTT-TTTCAAACTG-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAA
191 TATATATTA--TTATTTGAAATAAACTTATATGAAA--GAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* *** * * * * * * * *
36132 AAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCGTCATTACTATTTAAACTTGTTT-GAT
252 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAAC-TGTTTCGAC
* * * ** * * * *
36196 AAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTTTTGATGTTCTA-CATGTTAATAAATTAGTATC
316 AAATAGATTCATTTTTT-AAATCTCTTACT-CATTAAT-TT-TAGAATATTAATAAATTAGTATT
* * * * * *
36259 ATTTTATTTCAAATAAGCA-TGTATGAGCTA-AAAAAATTA-TTTATGA-CTAAACAAAAGGTTA
377 ATTTTATTTCAAATAAG-ATTCTATGA-ATAGAAACAATTATTTTAAGATC-AAACAAAAGATCA
* * * * * * * * * * * ***
36320 GAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAAC-TGGTTCTATAAGTGTA
439 TAACGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAACTTGG--GTA-AA-CAAA
* *
36384 TTTATTTTTTAAATC---T-CTTATTAATATTTAGAA
499 TTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * * * * * *
36417 TATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGCTAGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
* ** * *** * * * *
36482 CCAAA-TGAAGATCATAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTG
66 CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
* * * *
36546 GTTCGATAAATAGATTT-TGTTTTTAAATCT---CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG
131 TTTAGA-AAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTA-
*** * * *
36607 TATTATT-TTATTCTG-AATAGTTTTGTATGAATAG-AAACAATTGTTTGATGATAAAAC-AAAG
193 TA-TATTATTATT-TGAAATAAACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * * * * **
36668 TGTCATAACTATTTGAAATAGATAA-TAGTTCAAAT-GGATATGACCATTTGAACTTGTTTTGTG
255 -GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAGTA-ATAACTATTTGAAC-TGTTTCGAC
* * ** *
36731 AACA-A-ATTTAGTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
316 AA-ATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAA-TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTAT
** * * * * * * * *
36794 TTTATTTTGAATAA-ATTTGTATTATTGGAAACAACTGTTTTATGA-CAAAACAAAATATCATAA
379 TTTATTTCAAATAAGA-TTCTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGATC-AAACAAAAGATCATAA
* * * * * *
36857 CAATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCCCTAGGTAAACAAATTTAT
442 CGATTTGAAATAAATAATTATTCAAACAATCAT-ACTATTTGAA--CTTGGGTAAACAAATTTAT
* * * **
36922 TTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGGTC
504 TTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** * * *
36954 TTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACAGAAACAATTGATTTATGA
1 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG-
* * * * * * *
37019 CAAAACAAAAGGACATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTTAAAACT
65 ----AC-AAA--AC--AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * *
37084 ATTTGAAATGGTTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAATTTTCT-AAATAT
121 ATTTGAACT-GTTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CACTTATTAATTTT-TAAAATAT
* *
37148 TAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTG-AACAAACTTATATTAACA-AAAACAATTGTTTTATGA
183 TAATAAATTA-TA-TATTATTA-TTTGAAATAAACTTATATGAA-AGAAAACAATTGTTTTATGA
* * * * *
37210 CCAAA-AAAA-GT-ATTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT
244 CAAAACAAAAGGTCA-TAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACT
** * * *
37272 GGTTT-G-GTAATAGAATT-ATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAAATTTT-GAAATATTAATAAA
308 -GTTTCGACAAATAG-ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCAT-TAATTTTAG-AATATTAATAAA
* *
37333 TTAGTTTTATTCTATT
369 TTAGTATTATTTTATT
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CAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG
TTTAGAAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCACTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTATAT
ATTATTATTTGAAATAAACTTATATGAAAGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
ACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTGTTTCGACAAATAGATTC
ATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
AAGATTCTATGAATAGAAACAATTATTTTAAGATCAAACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAA
TAATTATTCAAACAATCATACTATTTGAACTTGGGTAAACAAATTTATTTTTAAAATCTTTTACT
TATTAATTTTTAGAA
Found at i:30147 original size:17 final size:18
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
30115 ACACATCTTT
*
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*
30142 TTTTTAGAATATTATTAA
1 TTTTTAGAATACTATTAA
30160 TTT
1 TTT
30163 AGTAGTATTT
Statistics
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TTTTTAGAATACTATTAA
Found at i:30550 original size:181 final size:181
Alignment explanation
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29908 CATAAACAGT
* * * * *
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* * * * * * *
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** * * *
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* *
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1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGAT-TTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * * * * * * * * *
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64 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAA
* *** * * * * *
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* * * *
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* * * * ** **
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* ** * * * *
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* * * ** * *
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1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * *
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* * * * * * *
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131 CAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *** * ** *
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1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
** * * ** *
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* *
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130 ACAAAAT-ATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* *** ** * * *
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1 TTTGA-ACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * ** **
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* * * *
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128 AAACAAAATATCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * * * *
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1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACT-TATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** * * *
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* * * * *
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128 AAACAAAATA-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * *
31170 TTTGAACTTTTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTGTACTTATT-ATTTGTTGAAATATT
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTT-TTGAAATATT
* * * *
31234 AATAAATTAATATTATTTTAATCTAAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAA
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
* ** *
31299 ACAAAAATATCACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-A-TGA
130 AC-AAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-A
** * * * *
31351 TTCAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-CAATATTA
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * ** *
31415 AT-AATT-TTATATATTTTATT-TAAAATAAGCTTGTATGAACAAAAA-AGTCATTTTATAACAA
66 ATAAATTAGTAT-TATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAA
* ** * * *
31476 AACAAACAGT-T-ATAGTGATTCCAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTA
129 AACAAA-A-TATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * * * * * *
31529 TTTAAACTTGTTCGATAAACATATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTAA-TTTTCATAATATT
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATATT
* * *
31593 AATAACA-TAGTATTATTTTATT-TCAATAAG-TTCATATGAACT-GAAATAA-T-TTTT-TGAC
65 AATAA-ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAA-TAAAAATAATTGTTTTATGAC
** * * * *
31651 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACAA
127 AAAACAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
** * * * * * *
31706 TTTGATGTAGTTCGGTAAACATATTTAATTTTTAGAT-TTTTAACTTATTAATTTTTAAAATTTT
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTT-ACTTATTAATTTTTGAAATATT
* * *
31770 AATAAATTAATATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACT-ATTG-TTTAT-AGC-
65 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAATAATTGTTTTATGA-CA
* * *
31831 AAACAAAA-ATCCATAATGATTTGAAATTA-A-AATTATTTAGATAGTCATAACTA
128 AAACAAAATAT-CATAATGATTTGAAA-TAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
*** * * * * *
31884 TTTGAACAACTTTGAT-AATAGATTTATTTTTGAAATC---T-CTTATTAATTTATGAAATA-T-
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * * * * * ***
31942 ATAGATTAGTATTATTTTGTTTTGAACAAACTTAT-TGAACATGAAACCTTTGTTTTATGACAAA
66 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATA-AAAATAATTGTTTTATGACAAA
* ** * *
32006 ACAAAAGT-TTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCACATAGTCATAATTA
130 ACAAAA-TATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
32058 TTTGAAC-TGATAGGTAAATAGAATTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTT-AAATATTA
1 TTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * ** * * * *
32120 ATAAATTCA-TTTTA-TTTATTCTTAATAAGCTACTATGATTGAAAATTATTGTTTTATGACAAG
66 ATAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAA
** ** * * *
32183 ACAAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTA
130 ACAAAA-TATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
32236 TTT
1 TTT
32239 AATGGGTTGG
Statistics
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0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.00
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175 2 0.00
176 76 0.04
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Consensus pattern (181 bp):
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ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAATAAAAATAATTGTTTTATGACAAAA
CAAAATATCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
Found at i:30887 original size:359 final size:356
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Indices: 29918--32238 Score: 1527
Period size: 359 Copynumber: 6.5 Consensus size: 356
29908 CATAAACAGT
* * * * * * *
29918 TTTGAACTTGTTTGATAAACACATTTATTTTTTTAATTTCTTACTTATTAATTTTTTGAATGTTA
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* ** * * ** * * *
29983 ATAAAATAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATATATGAACTGAAATAATTATTTTATGACTAAA
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* * * *
30048 CAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTC-TAACTATTTGAAC-TGTTCG
128 CAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC-
* * * ** * * *
30111 GCAAACACATCTT-TTTTTTAAA----T-CCTATTAATTTTTAGAATATT-ATTAATTTAGTAGT
192 -AAAAAATAT-TTATTTTTTAAATTTTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATT
* * * * * * *
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* * * * * *
30233 CAATTTTAGATAAATAATTCTTCAAATAGTTATAACTA
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* * * * *
30271 TTTGAACTGATTCGGTAAAGAGATTTAGTTTTTAAA--TCT-CTTATTAAATTTTGAAATAGTAA
1 TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATTTTTACTTATT-AATTTTGGAATATTAA
* * ** ** * * *
30333 TAGATTAATATTATTTT-TTTGTGAATAATTTTGTATGAATAA-AAATAATTGTTTTACAACAAA
64 TAAATTAGTATTATTTTATTT-AAAATAAGCTTGTATGAA-AAGAAAAAATTATTTTATAACAAA
* ** * * * *
30396 ATAAAATA-TCATAACAATTTCAAATAGATAATAGTTCAAATAGACATGACTATTTGAACTTGTT
127 ACAAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * * *
30460 CTGTAAATAGATTAATTTTTTAAATCTTCAACTTATTAATTTTTAAAACATTAATAAA-TTAGTA
191 C--AAAAAATATTTATTTTTTAAATTTTTAA-TTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTA
* * * * *
30524 TTATTATATTCTGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGAGCAT
253 TTATTTTATT-TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCAT
* * *
30589 AATGATTTGAAATAAATAATTATTTAAATAGACATAACAA
317 AATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAA
* * * * *
30629 TTTAAACTCACTCGGTAAACAAATTTATTTTTAAAAGTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAAT
1 TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTATTTTT-AAATTTTTACTTATTAATTTTGGAATATTAAT
* * * *
30694 AAATTAGTATTATTTTATTCAAAATAAGCTTGTTTGAAAAGAAAAAATTCA-TTAATGACAAAAC
65 AAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAAAATT-ATTTTATAACAAAAC
** * *
30758 AAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTT-ACACATGTTCA
129 AAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTCA
* **
30822 AAAAATTGATTTATTTTTAAAATTTTTAATTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTA-TATTA
193 AAAAA-T-ATTTATTTTTTAAATTTTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTTAGTATTA
* * * ** *
30886 TTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAACCAATTGTTTTACAACAAGACAAAATG-TCATA
256 TTTTATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAA-TAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GATCATA
* * * * * *
30949 ATATTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCATAACTA
318 ATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAA
* ** * * * *
30988 TTTGAACTTGTTTAGTAAATAGATTCATTTTTTTAATTCTCTTACTCT-TTGATTTTTGGAATAT
1 TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAATT-T-TTACT-TATT-AATTTTGGAATAT
* * ** * *
31052 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGTTTATATGAATTGAAACAATTATTTTATTACAA
61 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAAAAGAAAAAATTATTTTATAACAA
* * * * * *
31117 AACAAAAAGTCACAATGATTTGAAATCGATAATTATTCAAATAATCATGACTATTTGAACTTTTT
126 AACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * * * *
31182 CGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTGTACTTATT-ATTTGTTGAAATATTAATAAA-TTAAT
191 C--AAAAAATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAATTATTAATTT-TTAAAATATTAATAAATTTAGT
* * * * *
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252 ATTATTTT-ATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGATC
* * * **
31310 ACAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCAT-ATGA
315 ATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACAA
** * * * *
31351 TTCAAACTTGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTATT-CAATATTA
1 TTTGAACTTATTCGGTAAACAGATTTA-TTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATT-TTGGAATATTA
* * * *
31415 AT-AATT-TTATATATTTTATTTAAAATAAGCTTGTATGAACA-AAAAAGTCATTTTATAACAAA
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* * * ** * * * *
31477 ACAAACAGTTATAGTGATTCCAAATAAATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTC
127 ACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTC
* * * * * *
31542 GATAAACATATTCATTTTTGAAATCTCTTAATTATTAATTTTCATAATATTAATAACA--TAGTA
192 -A-AAAAATATTTATTTTTTAAAT-TTTTAATTATTAATTTTTAAAATATTAATAA-ATTTAGTA
* * *
31605 TTATTTTATTTCAATAAG-TTCATATGAACT-GAAATAA-T-TTTT-TGACAAAACAAAAGGTCA
253 TTATTTTATTTGAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCA
* * * *
31665 TAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATTACAA
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* * ** *
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1 TTTGAACT-TA-TTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTAAATTTTT-ACTTATTAA-TTTTGGAATAT
* * * * ** * *
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* * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *** *
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* * * * * **
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* * * * * **
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* * ** ** * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** *** * *
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* * *
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** * * *
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* * * ** ** *
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* * * * *
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* * ** * *
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* * * ** * *
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* * * ** * * *
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** * * * * *
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* * * ** ** * *
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* ** * ** *
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* ** * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * ** * * *
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** * * ** * ** ***** *
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** * ** * *
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* *** * ** ** * * *
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* ** * * * * ** * *
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* * *
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165 --ACTTT--T-ACT-TA-TT
* * * * * * * * * ** *
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1 AATTTTTGAAT-A-TTAATAA-ATTAGTATTATT-TTAT-TCTA-AATAAGCTTGTATAAATAAA
** * * * * * * *
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* * * ** ** * *
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*
34963 TCTCTTACTTATT
166 -CTTTTACTTATT
* * * *
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* * * ** **
35040 AAACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTATT-TTATAGTTT
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* * ** * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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61 CAATTGTTTTATGA-CAAACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** * * * ** **
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* * * *
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1 AATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTAT-AAATAAAACA
* * ** * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * ** *
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* ** ** *
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* * * * * * * * * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * * ** * * * ***
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* * ** * * *
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* ** * * *
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*** * * *
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** * * ** * * *
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* * *
37008 TTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAA
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* * * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* ** * * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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* * *** *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** ** *
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253 GACTAAACAAAAGGT-AATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAA
* * * * *
33107 CTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTATTATAT
317 CTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAT
* * * *
33172 TAGTATTATTT-TTAACCAAATAAGCTTTTAT-AATTAGAACCAACTGTTTTATGACAAAAT-AA
382 TAGTATTATTTATT--CCAAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
** * * * * * * *
33234 AGGTTTTAATGATTTGAGATTGACAATTGTTCAAATGGTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAA
445 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAA
*
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*
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1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAACCTTGTATGAAT-AAAAACAAT
* * * *
33396 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAATAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATGGCCATAATT
64 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACT
* * *
33461 ATTTTAACTAATTCGGTAAACTGGTTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAA-TTTAGGAAATAT
129 ATTTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTT-TGAAATAT
**** *
33525 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTTTCTAAGCTTGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATGACTA
193 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATGACTA
* * * * * * *
33590 ATCAAAAGGTTATAATGATTTTAAATAGATGATTCTTAAAATAATAATAATTATTTGAACTTA-T
258 AACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAAC-TAGT
* * * * * *
33654 TCAGCAAATAGATTTATTTTTTTAATCACTTTCTTATTAATTTTCCAAATGTTAATAAATTAGTA
322 TTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTA
* * **
33719 TTAATTTATTCTAAATAAGCTTGTATAAACT-GAAACAATTG-TTT-TGACTCAATAAAAGGTCA
387 TT-ATTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCA
* * ** * * *
33781 AAACGATTTGAAATAGATAATTATTTTAATAGTCTTAACCATTTGAACTAATTCGATAAACAAGT
451 TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAA-T
*
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* ** *
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1 TTTTGAAA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGAATA-AAAACAAT
* * ** * * *
33935 TGTTTTACGACAA-AGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATCGTTCATATAGTCTTAACT
64 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACT
* *** * * *
33999 ATTTGAACTAGTT-GGGCGATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTTGAAATAT
129 ATTTGAACTAATTCGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTTGAAATAT
* * * ** * * * ** * *
34063 TATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAAATAGTATGAA-TAGAACTAATTGTTTGCTAACA
193 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAAC-AATTGTTTTATGACT
* * * * * *
34127 AAATAAAAGGTTATAATGATTTG-AATAGATAATTATTCAAATAGTCAA-AACTATTTGAAATAG
257 AAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGT-AATAATTATTTGAACTAG
* * ** *
34190 TTTGGCAAGTAGA--T-TTGCTTAAATCTCTTACTGATTAA-TTTTCTAAATATTAATAAATTAG
321 TTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAATTAG
** * * ** * * *
34251 TACAATTTTATTTCAAACAAATTTATATTAAC-AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGG
385 TATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAGG
* *
34315 TAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAA-TCATTTGAACTAGTTC-AGTAAA
448 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTAGTTCGA-TAAA
* * * *
34378 TAGAATTATTTTATAAA--T-CT-CTTATAAAT
511 CA-ATTTATTTT-TAAATTTGTTACTTATTAAT
* * * * * * **
34407 TTTAGAAATATTAATAAATTAATTTTATTCT-ATTTCAA-ATA--TTTTATG-AT-AAAACAAAA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATA-ACCTTGTATGAATAAAAACAATT
* * * * ** * * ** * * *
34466 G-GTCATAAATCTTAGTTATTAA-TTTTTAGA-ATATTATTAAATTAGGATTATTTTATTCTGAA
65 GTTTTAT-GA-C-AAGACA-AAAGGTCATA-ACA-ATT-TGAAA-TA-GA-TA-ATCATTC---A
* * * ** * ** ** ** *
34528 TAAGTTTTATGAACAACAACAAATTTTTA-TAA-TAGAAAAAAAGAGTTATAACAATTTGAAATA
116 -AA----TA-G-TC-ATAAC-TATTTGAACTAATTCGGTAAACTGA-TT-T-A-TTTTTTAAAT-
** * ** * **
34591 GATAATTG-TTCA-AATAGTCAT-AACTATTTGAACTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
167 --TTCTTGCTT-ATTA-AGTTTTGAAATA-TT-AA-TAAATTAG----T--A-TTA--TTTT--A
** * * ** * * * *
34653 TGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTAT--TTCAA-AAAAGCT--T-
214 T-TCCAAATAA-GCTTG---TATTAATTAAA--ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTAATA
* * ** * * * *
34711 GT-ATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTAA-AACTATTTGAATTAGTTT-GATAAATAGA
272 ATAAT-TTGAAATAGATAATTATTAAAATA-GTAATAATTATTTGAACTAGTTTAG-CAAATAGA
* * * *
34773 TTTAATTTTTAAA--TC--ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCT
334 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATTCC
* * * * * * * * * *
34834 GAACAAACTTATATGAAC-AAAAACATTTATTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAACGATTTGAA
398 AAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAA
* * * * *
34898 ATAGATAATTATTCAATTAGTCATAATTATTTGAACTGGTTACG-TAAACATAATTATTTTTTAA
463 ATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTT-CGATAAACA-ATTTA-TTTTTAA
* *
34962 ATCTCTTACTTATTAAT
525 ATTTGTTACTTATTAAT
* * * * *
34979 TTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTT-ATTCTAAATAATCTAGTATGAATTAAAAAAAA
1 TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATT-TGAATAACCTTGTATGAA-T-AAAAACA
* * ** * ** **
35042 ACTTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTATT-TTATAGTTTTA
62 A-TTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATA
* * ** ** *** * *
35105 AATATTTGAATTGGTTCGACAAAGAAATTT-TTTTTT-AATTCTCTTAG-TTATTAATTTTTGGA
126 ACTATTTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATT-TCTT-GCTTATTAAGTTTTGAA
* * * * * * * * *
35167 ATATTATTAGATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATG
189 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * ** * * *
35232 ACAAAATAAAATGTTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAA-AACTATTTGAAC
254 ACTAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGT-AATAATTATTTGAAC
** * * * * * *
35296 TAAATCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATT
318 TAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATT
* * * * ** **
35361 AGTATTATTTTATTCTAAATAAG---AT-TGAACTTTCA-AATAAAATTGTTATATGATGAAGCA
383 AGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATAAAC--T-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAATA
* * * * * * * *
35421 AAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGACATGGCCATAATTATTTGAA-TAGATTCGA
443 AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGA
* * * * *** *
35485 CAAAAAAATTCACCTTTTAAATCACTTACTTATTAAA
507 -TAAACAATTTA-TTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
* * * *
35522 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTT-ATTTCAAATAAGCTTGTATGAACT-GAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAACCTTGTATGAA-TAAAAACAAT
* * * * * ** * *
35585 TGTTCTATGACAAAACCAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCCTAACT
64 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACT
* * * * * ** *
35650 GTTAGAACTACTTCAGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTAG-TTATTAA-TTTTTAGAAT
129 ATTTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAAT-TTCTT-GCTTATTAAGTTTTGA-AAT
* *** * * * * * *
35712 ATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTATATAAACTAAAAC-ATTATTTTATAAC
191 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATGAC
* * ** * *
35776 -ATAACAACAGGTTATAGCAA-TTGAAATAGATAATTATTCAAATAG----AA--A-CTG----A
256 TA-AACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACTA
* * * *
35828 -TTTAGTAAAT-GAATTTATTTTTTAAATCTCCTATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA
320 GTTTAGCAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTA
* * * * * * *
35891 GTATTATTTTATCCCGAATAGGCCTATAT-GA-TGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAG
384 GTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
* * * * * * * * *
35954 TTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT-GGCTACAATTATTTGAA-TCAATTTGATAA
447 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACT-AGTTCGATAA
* * * * * * *
36017 ACTGACTTAATTTTTAAATATCTAACTCATCAAT
510 AC--AATTTATTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
* * * ** * * * *
36051 TTTTGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTT-ATCTCAAATAATCTT-TTTCAA-ACTGAAACAA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAAT-TTGAATAACCTTGTATGAATA--AAAACAA
* * * *** * ** * * *
36113 TTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCGTCATTAC
63 TTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAC
* ** * * * * * *
36178 TATTTAAACTTGTTTGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAAATTTCTTG-TGTTTTGATGTTCT-AC
128 TATTTGAACTAATTCGGTAAACT-GATTTATTTTTT-AAATTTCTTGCT-TATT-AAGTTTTGAA
* * * * * ** * *
36240 ATGTTAATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAGCTAAAAAAATT-ATTTATG
189 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATG
* * ** * ** ** * *
36304 ACTAAACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACT
254 ACTAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACT
* * * * * *
36369 GGTTCTA-TAAGT-GTATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATATTT-AGAATATTATTAAT
319 AGTT-TAGCAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAA
* * * * * * *
36427 TTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGC-TAGTGTGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACCAAAT-G
381 TTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTA-TATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * * * *
36489 AAGATCATAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATA
444 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATA
* * *
36554 AATAGATTTTGTTTTTAAA--T-CT-CTTATTAAT
509 AACA-A-TTTATTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
*** *
36585 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTGAATAGTTTTGTATGAATAGAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAACCTTGTATGAATAAAAACAATT
* * * * * *
36649 GTTTGATGATAAAAC-AAAGTGTCATAACTATTTGAAATAGATAAT-AGTTCAAATGGAT-ATGA
65 GTTTTATGACAAGACAAAAG-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATCA-TTCAAATAG-TCATAA
* ** ** * ** * * *** *
36711 CCATTTGAACTTGTTTTGTGAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCCAACTTATTAA-TTTTTAGAAT
127 CTATTTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTTGA-AAT
*** ** * *
36775 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATT-ATTGGAAACAACTGTTTTATGA
191 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATT-AAAACAATTGTTTTATGA
* ** * * * * * * *
36839 CAAAACAAAATATCATAACAATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC--
255 CTAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACTA
*** * * * * **** * *
36902 CCCTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATTACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTA
320 GTTTA-GCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTA
* * * *
36967 GTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAAC-AGAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGG
384 GTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATG-----AC--AA--
* * * * * * *
37031 ACATAAAAGGTTATAACGATTTGAAATAGATAATTATCCAAATAGTTAAAACTATTTGAAATGGT
439 A-ATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT
* * * * * *
37096 TTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCTCTTACTAATTAAT
503 TCGATAAACA-ATTTA-TTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
* * * * * *
37137 TTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACAAAAACAATT
1 TTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGAATAAAAACAATT
** ** * *
37201 GTTTTATGACCAA-A-AAAA-GT-ATTAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAAT
65 GTTTTATGA-CAAGACAAAAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAC
** * * * * * * *
37262 TATTTGAACTGGTTTGGT-AA-TAGAATTATTTTCTAAATCTCTTACTTATAAAATTTTGAAATA
128 TATTTGAACTAATTCGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTTGAAATA
* * * ** * * **
37325 TTAATAAATTAGTTTTATTCTATTCCGAATGCGCTTGTATGAGCTGAAATAAAAGTC-ATAGCAC
192 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTAT----T-AATTAAAA--CAATTG-TT
* * ** * * * * *
37389 TT-TGAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACAAAAAGTTATAACTATTTGAAAT
249 TTATGACTAAACAAAAGGT-A-ATA---AT-A--ATTTG---AAATAG--ATAATTA-TTAAAAT
* * * * * * * * * **** * **
37453 AAATAAATGCTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTGTATGAACTAAAACAATTA-
300 -AGT-AA---TAAT-TATTTGAACTAGTTTA--GCAAAT-AGATT-TATTTTTTAAATCTCTTAC
* *** * * * *
37517 TTATATGATTAAACAAATGATTAA-AATGATTTGAAATAGATAATTATT-CTAAT-AGTCTTAAT
355 TTAT-TAATTTTTCAAAT-ATTAATAA--A-TT--AGTA-TTATTTATTCCAAATAAG-CTT-A-
* * * * **** ** * ** **
37579 TATTCGAACTGGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTTTTAA-TTTTTAAAATATTAT
409 TA-T-AAAC----T-AG-AAACA-A-TTGTTTTAT-GA-CAAAATAAAAGGTCAT-AACGATT-T
* * * * * **** * * * *
37643 TAAATTATTATTATTTTATCCAAATAAG-CATGA-TCAGAAACAATTATTTTAAGAGAAAACAA-
460 GAAA-TA-GATAATTGT-T-CAAAT-AGTCATAACT-A-TTTGAACTA-GTT-CGA-TAAACAAT
** ** ** * *
37705 AGA-TCATAATGATTTGAGAATGA-T-AT
515 TTATTTTTAA--ATTTGTTACTTATTAAT
* * * * ** * * * ** * ***
37731 TTATTTAAATAGTCAT-AACTA-T-TTAAATTGATTCGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCT
1 TT-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAA-CCTTGTA-TGAATAAA-----
* * * * * ** * ** *
37793 TACTTATTAATTTT-TGA-AATATTAGTAAA-GT-AGT-ATTATTTTATTTTGGATAAGT--TTC
58 AAC-AATT-GTTTTATGACAAGA-CA--AAAGGTCA-TAACAATTTGA-AATAGATAA-TCATTC
* * * * *** * ** *
37851 -TATGAGCTGA-AACATTATTTTATAATGGAAGAAAAGGTCATAA-TGACTTTAAATAGTTAGAT
115 AAAT-AG-TCATAAC--TATTTGA-ACT---A-ATTCGGT-A-AACTGA-TTT-ATTTTTTAAAT
** * * *
37913 TGATTG-TTCAAATAGTCCAA-TCTATTTAAATTTGTTCAATAAA-TAGATTTTATCTTT-TT--
167 TTCTTGCTT---AT--T--AAGT-T-TTGAAA--TATT-AATAAATTAG-TATTAT-TTTATTCC
** * * * * *
37972 AAAT-CTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAAACT
218 AAATAAGCTTG--TATTAA----TT-AA----AA-CAATT-G--TT-TTATG-ACTAAACAAA-A
* * * * * *
38036 TGTACGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTAA-ACAAAAGGTCA-GAACAATTTGAAATAGATAA
265 GGT---AA-T--AATAA-----TT-TGA--AATAGATAA--TTATTAA-AA--T--AGTA-ATAA
* * * *** ***
38099 TTGTTCT-AA-TAGTGTTAACTATTTGAATTG-TTTCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTT
308 TTATT-TGAACTAGT-TTAGC-A----AATAGATTT--------AT-TTT-TTAAAT-CTC---T
** * ** * *
38161 TACTTATTAATTTTTGTAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTAA
352 TACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTT-ATTCCAAATAAGCTTATA-TAA
* * * * * *
38225 A--GGAAACAATTGTTTTATAAAAAAAT-AAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATAGTTCAA
414 ACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * * * * * *
38287 ATAGTCATAACTATTTGAA-TTGTTTCAAAAAATAGATTAAGTTTTAAA--T-CT-CTTATTAAT
479 ATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TTCGATAAACA-ATTTATTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
** * * * * * ** * * *
38347 TTTCAAAAAATTAATAGATAAATATTATTTT-ATTCTAAAATAATTTTGTATAAATAGAAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-T-GAATAACCTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * * ** * * *
38411 TGTTTTATAACAAAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATACATAATTGTTCAAATGGACATGACT
64 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACT
** * * ** * * * * * *
38476 ATTTGAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTGTAAATCTCCTACCTATTAA-TTTTTAGAATAT
129 ATTTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTTGA-AATAT
* * * * *
38540 TAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGACA
193 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTA-AAACAATTGTTTTATGACT
* * * * * * * *** * * *
38604 AAACAAAAGATCACAACT-ATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTG
257 AAACAAAAGGTAATAA-TAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACTAG
* * * * ** * *
38668 CTCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATATGAATAAACTA
321 TTTAGCAAATAGATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTA
* *** * * * * * *
38733 GCATTATTTTATTTTGAATACA-CATGTTTGAAC-AGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAG
384 GTATTA-TTTATTCCAAATA-AGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
* * * * * * * *
38796 GTCATAACTACTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTGTTTTATGAC
447 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AG---T-T--C
* * * *
38860 AAAATAGTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
505 --GATA-----AACAATTT-A--T--TTT------TA-A---A---TTT--GT----TACTTATT
38925 AAT
539 AAT
* * * * * * * *
38928 TTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTA-CAAAAAGAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGAATAA-AAACAATT
* * * *
38992 GTTTTATGACAAAATGAAAA-G-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
65 GTTTTATGACAAGA-CAAAAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAC
** * * *
39054 TATTTGAACTGTTTCAGTAAA-TAGATTTAGTTTTTAAA--T-TTG-TTATTAA-TTTTCAAAAT
128 TATTTGAACTAATTCGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTT-GAAAT
* * *** ** * ** *
39113 ATTAGTAGATTAGTAATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAAGAA-CAGAAACAATTGTTTTATG
191 ATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * * * * * *
39177 ACAAAACAAAAGGTGATAACAATTAT-AAACAAATAATTATTCAAA-CGGACATGATTATTTGAA
254 ACTAAACAAAAGGTAATAATAATT-TGAAATAGATAATTATTAAAATAGTA-ATAATTATTTGAA
* ** * ** * * *
39240 CTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAA
317 CTAGTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAA
*** * * * * *
39304 TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAA-TAGAAACAATTGCTTTATGACAAAACAAA
381 TTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAA
* * * * * *
39368 AGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACT--TACGCAGT
445 AGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCG-A-T
*
39431 AAATAGATTTATTTTTTAAATATT-TTACTTATTAAT
508 AAACA-ATTTA-TTTTTAAAT-TTGTTACTTATTAAT
* * * * ** *
39467 TTTTGGAATATTAATAAAATAGCATTATTTT-ATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTT-GAATAACCTTGTATGAATAAAAACAATT
* * * * * ** * *
39531 GGTTTATGATAAAACAAAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTA
65 GTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTA
** ** * * * *
39596 TTTGAA-TGTGTTC-AAAAAATAGATTTATTTTTTAAATTT-TTACTTATTAATTTTTGGAATAT
130 TTTGAACT-AATTCGGTAAACT-GATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTTGAAATAT
* ** *
39658 TAATAAATTTA-TATTATTTTATT-CAATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
193 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCCAA-ATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * *
39721 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
256 TAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGAT-AATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACTA
* ** * * ** *
39785 GTTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCGTTAATTTTT-AGAGTATTAATAAATTA
320 GTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTA
* ** * * * ** *
39849 GTATGATTTTATTTTAGATAAGCCTATATGAAA-T-GATACAATTG-TTTATGATGAAACAAAAG
384 GTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATAT-AAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
* * * * * * *
39911 GTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTTA-TTC-AGTAA
447 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGA-TAA
*
39974 ACATATTTATTTTTAAAATCTT-TTACTTATTAAC
510 ACA-ATTTATTTTT-AAAT-TTGTTACTTATTAAT
* ** * * ** * *
40008 TATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGAATAAAAACAATTG
* * * * *
40073 TTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTA
66 TTTTATGACAAGAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTA
* * * * *
40137 TTTGAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTTCTTTTTAA-TTGTCTG-AATG
130 TTTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTATTAAGTT-T-TGAAAT-
* * * ** * *
40199 A-TAATAACCTT-GTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAA-TAGAAAAAATTATTTTAT
191 ATTAATAA-ATTAGTATTATTTT-ATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTA-AAACAATTGTTTTAT
* * ** * * * * * *
40260 GA-TAAAATAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAA
253 GACT-AAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAA
* * * * * * *
40324 CTTGTTT-GATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAA
317 CTAGTTTAG-CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAA
* * * * * * *
40387 ATTAGAATTTTGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAATAA
380 ATTAGTATTAT-TTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAT-A
* * * * * *
40451 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCACT-GGTCAAG
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** *
40515 CCAACAGATTCATTATTTAAATTTGTTACTTATTAAT
507 TAAACA-ATTTATT-TTTAAATTTGTTACTTATTAAT
* * ** * * * *
40552 TTTT-AGAATATTAATAAATTAGCATTACTTT-ATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATAA
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAA-CCTTGTATGAATAAAAACAA
* * * * * * * ** * * *
40614 TTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAACGATATAAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAAC
63 TTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAAC
* * * * ** *
40679 TAATTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-C--ATTAA-TTTTCAAAATA
128 TATTTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTT-GAAATA
* * * * * * * ** * *
40737 TTAATAACTTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACA
192 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATGACT
* * * * * * *
40802 AAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAGCT-TTAACTATTTGAACTG
257 AAACAAAAGGTA-ATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAG-TAATAATTATTTGAACTA
* * * * * * * * * *
40865 GTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAA-CTTTCATAATATTATTAGATTA
320 GTTTAGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCA-AATATTAATAAATTA
* * * * * *
40928 ATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATA-AAA-AATTATTTTATGACAAAA-AAAA-
384 GTATTA-TTTATTCCAAATAAGCTTATATAAAC-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
* * * * * * * *
40989 GTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTT-TAGCAAA
447 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-TAAA
* ** *
41053 CAA---A----T-AATCTCCTACATATTAAT
511 CAATTTATTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
* * * **
41076 TTTTGAAATATTAATAAATTGGTATT-TTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAACCTTGTATGAAT-AAAAACAAT
* * * ** ** *
41139 TGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAAC
64 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTC-ATAAC
* * * * * * * **** * *
41203 TATTTAAATTGATT-GAATAAATTGATTTCTGTTTTAAATTTCCAAATT-TTCAATTTTTGTAAT
128 TATTTGAACTAATTCG-GTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATT-AAGTTTTGAAAT
* * **** * * * * * *
41266 ATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAAATGAAACAATTATTTTATGA-
191 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATGAC
* ** * * * * * *
41330 TAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTTAACT
256 T-AAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATA-GATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACT
* * ** * * * *
41394 TGTTTGGTTAACAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAA-TTTTCTGAATGTTAATAAA
319 AGTTTAGCAAATAGATTTAT-TTTTTAAATCT-CTTACTTATTAATTTTTC-AAATATTAATAAA
* * * * * * * * * *
41457 ATAATATTATTTTATTTCAAATAAG-TATGTATGAA-TTGAAACAATTATTTTATAACTAAACAA
381 TTAGTATTA-TTTATTCCAAATAAGCT-TATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAA
* * * * *
41520 AAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAACTAATTCGACA
444 AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATA
* * *
41585 AATATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATAAAT
509 AACA-ATTTA-TTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
* * * * * * * ** ** *
41620 TTTTAAAATATT-ATTAGTTTGACAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAG-TATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGA-ATAAAAACAAT
* * * * * * *
41683 TGTTTAATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAACT
64 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACT
* * * *
41747 ATTT-AA--ATTGTCTAGTAAACAT-ATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAA-TTTTCAAAA
129 ATTTGAACTAAT-TC-GGTAAAC-TGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTT-GAAA
* ** ** *
41803 TATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAATTTTGTA-TAAATAGAAACAATTGTTTTATG
190 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTA-AAACAATTGTTTTATG
* * * * ** * * * * * * *
41867 ACAAAATAAAAGATCATAACGATTTAAAACAAATAATTATTTAAATATTCATAACTATTTGAACT
254 ACTAAACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACT
* * * * * ** *
41932 CA--CTAGTTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAAT
319 -AGTTTAG-CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAAT
* *** * * * * ** * *
41994 TATTA-T-TTTATT-TTGATAAGCTTTTACAAA-TA-AAAAAATTGTTTTCTGGTAAAACAAAAA
382 TAGTATTATTTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAG
* * * * * * *
42054 GTCATCATGATTTGTAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTCAACGT-GTTCAAAAAA
447 GTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TAGTTCGATAAA
* *
42118 TATATTTATTTTTTATATTT-TTACTTATTAAT
511 CA-ATTTA-TTTTTAAATTTGTTACTTATTAAT
* * * * *
42150 CTTTGGAATATTAGTAAATTCA-TATTATTTT-ATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTAATTTG-AATAACCTTGTATGAATAAAAACAAT
* * * ** **
42213 TATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
64 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACT
** ** * * * * * * *
42278 A-TTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAGT
129 ATTTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTTGAAATATT
* *** * * * * * * *
42342 AATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACAAA
194 AATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATGACTAA
* * * * * * * * *
42407 ACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACT-TTTT
259 ACAAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTT
* * * * * * * * *
42471 CGGTAAACATATTTATTTTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATATTAACAAATTAAT
324 -AGCAAATAGATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGT
** * * * * *
42536 ATTATTTTAATT-TGAATAAGC-TAGTGTGAAC-AAAAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG
386 ATTA-TTT-ATTCCAAATAAGCTTA-TATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGG
* * *
42598 TCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAA
448 TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
42648 ATTATTCAGT
Statistics
Matches: 7352, Mismatches: 1789, Indels: 1423
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (541 bp):
TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTTGAATAACCTTGTATGAATAAAAACAATTG
TTTTATGACAAGACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATCATTCAAATAGTCATAACTAT
TTGAACTAATTCGGTAAACTGATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTATTAAGTTTTGAAATATTAA
TAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATTAATTAAAACAATTGTTTTATGACTAAAC
AAAAGGTAATAATAATTTGAAATAGATAATTATTAAAATAGTAATAATTATTTGAACTAGTTTAG
CAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAATATTAATAAATTAGTATTAT
TTATTCCAAATAAGCTTATATAAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAACG
ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGATAAACAATTTATTT
TTAAATTTGTTACTTATTAAT
Found at i:34737 original size:133 final size:133
Alignment explanation
Indices: 34583--34831 Score: 367
Period size: 133 Copynumber: 1.9 Consensus size: 133
34573 TTATAACAAT
* * * *
34583 TTGAAATAGATAATTGTTCAAATA-GTCATAACTATTTGAACTAGTTT-AGCAAATAGATTTATT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGT-AAAACTATTTGAACTAGTTTGA-CAAATAGATTTAAT
** *
34646 TTTTAAATGTCTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTT
64 TTTTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTT
34711 GTATG
129 GTATG
* *
34716 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTAAAACTATTTGAATTAGTTTGATAAATAGATTTAATTT
1 TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTAAAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTAATTT
* *
34781 TTAAATCACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATT
66 TTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATT
34832 CTGAACAAAC
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 11, Indels: 4
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
133 100 0.97
134 3 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.06, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (133 bp):
TTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGGTAAAACTATTTGAACTAGTTTGACAAATAGATTTAATTT
TTAAATCACTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTACTTTATTTCAAAAAAGCTTGT
ATG
Found at i:36034 original size:529 final size:531
Alignment explanation
Indices: 34788--37247 Score: 1459
Period size: 529 Copynumber: 4.6 Consensus size: 531
34778 TTTTTAAATC
* * * * *
34788 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATATATTAGTATTACTTTATTCTGAACAAACTTATATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATCA
* * * * *
34853 AAAACATTTATTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAATTAG
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
*** * *
34918 -TCATAATTATTTGAA-CTGGTT-ACGTAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
131 CT-ATAATTATTTGAATCAATTTGA--TAAAC-TAATTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATT
* * * *
34980 TTTGAAATATTAATAAATTCATTTTATTTTA-TTCTAAATAATCTAGTATGAATTAAAAAAAAAC
192 TTTGAAATATTAATAAATT-ATTTTATTTTATTTC-AAATAATCTTGTATGAACT--GAAACAA-
* * * **
35044 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTG-AATAGATAATTATTTTATAGTTTTAAAT
252 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTATATAGTCCTAAAT
* * ** * * *
35108 ATTTGAATTGGTTCGACAAAGAAATTTTTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTA
317 ATTAGAACTACTTCGACAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTA
* * * * *
35173 TTAGATCAGTGTTATTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAAAAATAATTATTTTATGACAAAA
382 TTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAATAATTATTTTATAACAAAA
* * * * ** *
35238 TAAAATGTTATAATGATTTCAAGTTTATAATTGTTCAAATAGTCAAAACTATTTGAACTAAATCA
447 CAAAAGGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTATTCAAATAG--AAAACTATTT-AACTAAAT-A
*
35303 GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT
508 G---A-AGATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * * * *
35331 ACTTATTAATTTTTGAAAGATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGATTGA-ACT-TT
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-ATA-TGAT
* ** * * *
35394 CAAATAA-AATTGTTATATGA-TGAAGCAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAC
64 CAAA-AACAATTGTTTTATGACAAAAG-AAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * * ** **
35457 ATGGCCATAATTATTTGAAT-AGATTCGACAAAAAAATTCACCTTTTAAATCACTTACTTATTAA
127 ATGGCTATAATTATTTGAATCA-ATTTGATAAACTAATT-AATTTTTAAATCACTTACTTATTAA
* *
35521 ATTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATT
190 TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACTGAAACAATT
* * * * * *
35586 GTTCTATGACAAAACCAAAGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTGTTCATATAGTCCTAACTG
254 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATATAGTCCTAAATA
*
35651 TTAGAACTACTTC-AGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
318 TTAGAACTACTTCGA-CAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATT
* *** ** * *
35715 ATTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATATGCTTATATAAACT-AAAA-CATTATTTTATAACAT
381 ATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAA-TAAAAATAATTATTTTATAACAA
* * *
35778 AACAACAGGTTAT-A-GCAATTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-AAACTGATTT-AGTAAAT-
445 AACAAAAGGTTATAATG-AATTCAAATAGATAATTATTCAAATAGAAAACT-ATTTAACTAAATA
35838 G-A-ATTTATTTTTTAAATCTCCT
508 GAAGATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * * * * *
35860 ATTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCCCGAATAGGCCTATATGATGA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATCA
*
35925 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
66 AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
* * * * *
35990 CTACAATTATTTGAATCAATTTGATAAACTGACTTAATTTTTAAAT-ATCTAACTCATCAATTTT
131 CTATAATTATTTGAATCAATTTGATAAACT-AATTAATTTTTAAATCA-CTTACTTATTAATTTT
* * * * * *
36054 TGAAATTTTAATAAAATAATATTATTTTATCTCAAATAATCTT-TTTCAAACTGAAACAATTGTT
194 TGAAATATTAAT-AAATTATTTTATTTTATTTCAAATAATCTTGTAT-GAACTGAAACAATTGTT
* * * * * * * * * *
36118 TTATGATAAAACAAAAGGTTATATTTATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATCGTCATTACTATTT
257 TTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-TTATATAGTCCTAAATA-TT
** * * * * * * * * * *
36183 A-AACTTGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAAATTTCTT-GTGTTTTGATGTTCTA-CATGTT
320 AGAACTACTTCGACAAACAAATTT-TTTTTT-AAATCTCTTAGT-TATTAAT-TTTTAGAATATT
* * * * * * * ** * *
36245 AATAAATTAGTATCATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAGCTAAAAA-AATTA-TTTATGACTA
381 ATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATAT-AAATAAAAATAATTATTTTATAACAA
* ** * * * ** **
36308 AACAAAAGGTTAGAATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTT
445 AACAAAAGGTTATAATGAATTCAAATAGATAATTATTCAAATAG--AAAACTATTT-AACT--AA
* *
36373 CTATAAGTGTATTTATTTTTTAAA--T-CT
505 ATAGAA--G-ATTTATTTTTTAAATCTCCT
* * * * * * ** *
36400 -CTTATTAATATTT-AGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATAAGC-TAGTGTGAA
1 ACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTA-TATG-A
* * * * * * *
36462 T-AGAAACAATTGTTTTATGACCAAATG--AAGATCATAATGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAA
63 TCAAAAACAATTGTTTTATGA-CAAAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
* * *** * **
36524 AT-ACTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAA-TAGATTTTGTTTTTAAAT--C-T-CTTATTA
127 ATGGCT-ATAATTATTTGAATCAATTTGATAAACTA-A-TTAATTTTTAAATCACTTACTTATTA
* * * *
36583 ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAGTTTTGTATGAA-TAGAAACA
189 ATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTC-AAATAATCTTGTATGAACT-GAAACA
* * * * * *
36646 ATTGTTTGATGATAAAAC-AAAGTGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAATGGAT-A
251 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAG-GTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTT-ATATAG-TCC
* ** * ** * ** * ** *
36708 TGACCATTTGAACTTGTTTTG-TGAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTAG
312 TAAATATTAGAAC-TACTTCGACAAACAAATTT-TTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAG
* * *** * * * * ** * * *
36772 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAATTTGTATTATTGGAAACAACTGTTTTAT
375 AATATTATTAAATCAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAATAATTATTTTAT
* ** * * * *
36837 GACAAAACAAAATATCATAA-CAATTCGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
440 AACAAAACAAAAGGTTATAATGAATTC-AAATAGATAATTATTCAAATAG--AAAACTATTT-AA
** * * **
36901 CCCCTAGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTATT
501 ---CTAAATAGA-AGATTTATTTTTTAAATCTCCT
*** * * * * *
36936 ACTTATTAATTTTTGGTCTTTTAAGAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACA
1 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATCA
* * *
37001 GAAACAATTGATTTATGACAAAACAAAAGGACATAAAAGGTT-ATAACGATTTGAAATAGATAAT
66 AAAACAATTGTTTTATG-----ACAAAA-G----AAAA-GTTAATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * ** * * *
37065 TATCCAAATAGTTAAAACTATTTGAAAT-GGTTTGGTAAAC-AGATTCACTTTTTAAATCTCTTA
120 TATTCAAATGGCTATAATTATTTG-AATCAATTTGATAAACTA-ATT-AATTTTTAAATCACTTA
* * ** * * * * *
37128 CTAATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAACAAACTTATATTAACA
182 CTTATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTA-TTTTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACT
* *
37192 AAAACAATTGTTTTATGACCAAA-AAAA-GT-ATTAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
245 GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCA-TAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
37248 CAAATAGTTA
Statistics
Matches: 1496, Mismatches: 311, Indels: 213
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
528 7 0.00
529 279 0.19
530 85 0.06
531 37 0.02
532 9 0.01
533 86 0.06
534 168 0.11
535 16 0.01
536 5 0.00
537 72 0.05
538 72 0.05
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544 9 0.01
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547 2 0.00
548 59 0.04
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551 1 0.00
552 71 0.05
553 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (531 bp):
ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTATATGATCA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAAGAAAAGTTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGG
CTATAATTATTTGAATCAATTTGATAAACTAATTAATTTTTAAATCACTTACTTATTAATTTTTG
AAATATTAATAAATTATTTTATTTTATTTCAAATAATCTTGTATGAACTGAAACAATTGTTTTAT
GACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTATATAGTCCTAAATATTAGAACT
ACTTCGACAAACAAATTTTTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAGAATATTATTAAATCAG
TATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAATAAAAATAATTATTTTATAACAAAACAAAAGGTT
ATAATGAATTCAAATAGATAATTATTCAAATAGAAAACTATTTAACTAAATAGAAGATTTATTTT
TTAAATCTCCT
Found at i:36573 original size:176 final size:176
Alignment explanation
Indices: 36321--36702 Score: 423
Period size: 176 Copynumber: 2.2 Consensus size: 176
36311 AAAAGGTTAG
* * * * *
36321 AATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTAAACTGGTTCTATAAGTGTATT
1 AATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATGTATT
* *
36386 TATTTTTTAAATCTCTTATTAATATTTAG-AATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCCAAATA
66 TATTTTTTAAATCTCTTATTAAT-TTTAGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAAT-
* *
36450 AG-CTAGTGTGAATAGAAACAATTGTTTTATGACCAAATGAAGATCAT
129 AGTCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGACCAAATGAAGATCAT
* * * *
36497 AATGTTTTGAGATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTGAATTGGTTCGATAAATAG-AT
1 AATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAAT-GTAT
* * * * **
36561 TT-TGTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAAT
65 TTAT-TTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAAT
* * ** ** *
36625 AGTTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGATAAAACAAAGTGTCAT
129 AGTCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGACCAAATGAAG-ATCAT
* *
36674 AACT-ATTTGAAATAGATAATAGTTCAAAT
1 AA-TGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
36703 GGATATGACC
Statistics
Matches: 171, Mismatches: 29, Indels: 11
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.04
176 134 0.78
177 29 0.17
178 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
AATGGTTTGAAATAGATAATTGTTCAAATACTCATAACTATTTAAACTGGTTCGATAAATGTATT
TATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTAGAAATATTAATAAATTAGCAATATTTTACTCCAAATAG
TCTAGTATGAATAGAAACAATTGTTTGATGACCAAATGAAGATCAT
Found at i:37705 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 37508--37836 Score: 382
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 173
37498 GTATGAACTA
* ** *
37508 AAACAATTATTATATGATTAAACAAATGATTAAAATGATTTGA-AATAGATAATTATTCT-AATA
1 AAACAATTATTATAAGAGAAAACAAA-GATCAAAATGATTTGAGAAT-GATAATTATT-TAAATA
* * * * * *
37571 GTCTTAATTATTCGAACTGGTTCAGTAAACATA-TTTATTTTTTAAATCTC-T-TT-TTAATTTT
63 GTCATAACTATTCAAACTGATTC-G-AAAAATAGTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTT
* * *
37632 TAAAATATTATTAAATTATTATTATTTTATCCAAATAAGCATGATCAG
126 TAAAATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATCCAAATAAGCATGATCAG
* * *
37680 AAACAATTATTTTAAGAGAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGAATGATATTTATTTAAATAGTC
1 AAACAATTATTATAAGAGAAAACAAAGATCAAAATGATTTGAGAATGATAATTATTTAAATAGTC
* * *
37745 ATAACTATTTAAATTGATTCGAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGA
66 ATAACTATTCAAACTGATTCGAAAAATAG-TTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTAA
37810 AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTAT
129 AATATTAGTAAAGTAGTATTATTTTAT
37837 TTTGGATAAG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 19, Indels: 13
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.05
170 2 0.02
171 60 0.46
172 26 0.20
174 2 0.02
175 34 0.26
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (173 bp):
AAACAATTATTATAAGAGAAAACAAAGATCAAAATGATTTGAGAATGATAATTATTTAAATAGTC
ATAACTATTCAAACTGATTCGAAAAATAGTTTAGTTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTAAAA
TATTAGTAAAGTAGTATTATTTTATCCAAATAAGCATGATCAG
Found at i:38192 original size:181 final size:182
Alignment explanation
Indices: 37463--42667 Score: 3432
Period size: 181 Copynumber: 28.8 Consensus size: 182
37453 AAATAAATGC
* * * * *
37463 TAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGTTTGTATGAACTA-AAACAATTATTATATGAT
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * * * * * *
37526 TAAACAAATGATTAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAATTATTCGAAC-TG
64 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
37590 GTTCAGTAAACATATTTATTTTTTAAATC---T-CTTTTTAATTTTTAAAATAT
129 TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * *
37640 TATTAAATTATTATTATTTTA-TCCAAATAAGC----ATG-ATCAGAAACAATTATTTTAAGAGA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
37699 AAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGAAT-GATATTTATTTAAATAGTCATAACTATTT-AAATTG
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
37761 ATTC-GAAAAATAGTTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
129 TTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** * * * * * **
37815 TAGTAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGTTTCTATGAGCT-GAAAC-ATTATTTTATAATG
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
37878 GAAGAAAAGGTCATAATGACTTTAAATAGTTAGATTGATTGTTCAAATAGTCCA-ATCTATTTAA
65 AAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAA-A--TAGA-TAATTGTTCAAATAGT-CATAACTATTTGA
* * * * * *
37942 ATTTG-TTCAATAAATAGATTTTATCTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTG-AATGT
124 ACTTGTTTCAGTAAACAGA-TTTAT-TTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGAAATAT
* * * * * * **
38002 TAATAAATTAGTATTATTTTGTTCTAAATAAACTTGTACGAATTGAAATAATTGCTTTATGATTA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * **
38067 AACAAAAGGTCAGAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTGTTAACTATTTGAA-TTGTT
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * *
38131 TCAGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGTAATAT
131 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
38183 TATTAAATTAGTATTATTTTAATT-TGAATAAGGTTGTATTAA-AGGAAACAATTGTTTTAT-A-
1 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAC
* * * *
38244 AAAAAATAAAGATCATAACGATTTGAGATAGATAATAGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TT
64 AAAACA-AAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
** * ** ** *
38308 GTTTCAAAAAATAGA-TTAAGTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAAAAT
128 GTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** * * *
38358 TAATAGATAAATATTATTTTATTCTAAAATAATTTTGTATAAATAGAAATAATTGTTTTATAACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
38423 AAACAAAAGGTCATAACAACTTGAAATACATAATTGTTCAAATGGACATGACTATTTGAACTTGT
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * ** *
38488 TTGA-TAAACAAATTTATTTTGTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATAT
130 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * *
38540 TAATAAATTAGTATTCTTTTATTCCAAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *** *
38605 AACAAAAGATCACAACTATTTGAAATAAATACTTGTTCATCCAGTCATAACTATTTGAACTTG-C
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* *
38669 TCAGTAAATAGATTTATTTTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
131 TCAGTAAACAGATTTA-TTTTTT-AAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * * *
38723 GAATAAACTAGCATTATTTTATTTTGAATACA-CATGTTTGAACAGAAACAATTGGTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATA-AGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * *
38787 AAACAAAAGGTCATAACTACTTGAAATAAATAATTGTTTAACTAATAATAACTATTTGAA-TGTG
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TG
* * * * * * * ** * *
38851 TTTTA-TGACAAAATAGTCTTAACTATTT-GAGCTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC
129 TTTCAGT-A-AACAGA-T-TT-ATTTTTTAAATCT--TTT-----ACTTATTAATTTTTGAAA--
*
38914 TCT
180 TAT
* ** ** * * * * * * ** * * * **
38917 TACTTATTAATTTTTAAAATATTA-T-TAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTACA-
1 TA---ATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAA-TTGTTTTAT
* * * * * *
38979 AAAAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAAAGCATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAA
61 GACA-AAACAA------AAGGTC---AT---------AACGATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAA
* * *
39043 ATAGTCATAACTATTTGAAC-TGTTTCAGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA---TTT-GTTATTAA
106 ATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA
**
39103 TTTTCAAAATAT
171 TTTTTGAAATAT
* * * * ** * * *
39115 TAGTAGATTAGTAATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAAGAACAGAAACAATTGTTTTATGACA
1 TAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * ** * * *
39180 AAACAAAAGGTGATAACAATTAT-AAACAAATAATTATTCAAACGGACATGATTATTTGAACTTG
65 AAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * ** *
39244 -TTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTT-AGAATAT
129 TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * * * *
39297 TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAATTGCTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * **
39362 AACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTT-AC
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
39426 GCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
131 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * *
39478 TAATAAAATAGCATTATTTTATT-TCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGATA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
39542 AAACAAAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTGAA--TGT
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
** * *
39605 GTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTAATTTTTGGAATAT
130 -TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
39658 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTATTTTATGAC
1 TAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *
39721 AAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
64 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * ** *
39785 G-TTCAATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTT-CTCGTTAATTTTT-AGAGTAT
128 GTTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * * * * **
39839 TAATAAATTAGTATGATTTTATTTTAGATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATTG-TTTATGATG
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * *
39902 AAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTCAAATAATTATAACTATTTAAACTT-A
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * * **
39966 TTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAACTATCAAAATAT
130 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * ** * * *
40019 TAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAATTGTTTTATGGCAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * *
40084 AACAAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTAT
66 AAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
40148 TT-GGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTTTTAATTGTCTG-AATGA-
130 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTTGAAAT-AT
* * * * * * *
40200 TAATAACCTT-GTATTATTTTAATT-GAAATAAGCTTATAAGAATAGAAAAAATTATTTTATGAT
1 TAATAA-ATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * *** * * *
40263 AAAATAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTAAACTTG
64 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
40328 TTTGA-TAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTATTTATTAATTTTT-AGAATAT
129 TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * *
40381 TAATAAATTAGAATT-TTGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATT-TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
40445 AAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAACTATTTGCAC-TG
65 AAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* ** * *
40509 -GTCAAGCCAACAGATTCATTATTTAAAT-TTGTTACTTATTAATTTTT-AGAATAT
129 TTTC-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * * * *
40563 TAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGAC-TGTATCAATAGAAATAATTATTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * * * * * *
40627 AAACAAATGGTCATAACGATATAAAATAAATAATTGTTTAAATTGTTATAACTAATTAAACTAGT
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * **
40692 TT-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATC---T-C--ATTAATTTTCAAAATAT
130 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * *
40738 TAATAACTTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
** * * * *
40803 AACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTTTAACTATTTGAAC-TG
66 AACAAAAGGT-CATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG
* ** * * ** * * *
40865 GTTCAACAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAA-CTTTCATAATAT
129 TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-AATAT
* * * * * * * *
40918 TATTAGATTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTATTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * * *
40982 AAA-AAAA-GTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGT
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* ** *
41045 TT-AGCAAACA-A---A-----T-AATCTCCTACATATTAATTTTTGAAATAT
130 TTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * *
41087 TAATAAATTGGTATTTTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
41151 AAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATAACTATTT-AAATTG
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTTG
* * * ** * * ** * *
41214 ATTGAATAAATTGATTTCTGTTTTAAAT-TTCCAAATT-TTCAATTTTTGTAATAT
129 TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATT-AATTTTTGAAATAT
* * * ** * * * *
41268 TAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTATGATA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGACA
* * * *
41332 AAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTCAAACAGTCATAATTATTTTAACTTG
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * *
41396 TTT-GGTTAACAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTATTAATTTTCTG-AATGT
129 TTTCAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTT-TGAAATAT
* * * * *
41450 TAATAAAATAATATTATTTTATT-TCAAATAAG-TATGTATGAATTGAAACAATTATTTTATAAC
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCT-TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * *
41513 TAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TA
64 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * * * *
41577 ATTC-GACAAATATATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATAAATTTTTAAAATAT
129 TTTCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * ** * *
41631 T-ATTAGTTTGACAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAATTGTTTAATGAC
1 TAATAAATTAG-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGAC
* * * * * * *
41694 AAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTCAAATACTCATAACTATTT-AAATTG
64 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * **
41757 TCT-AGTAAACATATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTATTAATTTTCAAAATAT
129 TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * ** *
41806 TAATAAATTAGTGTTATTTTATTCTGAATAATTTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * * * ***
41871 AATAAAAGATCATAACGATTTAAAACAAATAATTATTTAAATATTCATAACTATTTGAAC-TCAC
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * *
41935 T-AGTTAAACAAATTTATTTTTT-AATCTTTTACTTATTAATTTTTGGAATTT
131 TCAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
** * ** * * **
41986 TAATAAA-T--TATTATTTTATT-TTGATAAGCTTTTACAAATA-AAAAAATTGTTTTCTGGTAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * * *
42046 AACAAAAAGTCATCATGATTTGTAATAGATAATTGTTCAAATAGCCATAACTATTTCAACGTG-T
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
** * * * * *
42110 TCAAAAAATATATTTATTTTTTATAT-TTTTACTTATTAATCTTTGGAATAT
131 TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * *
42161 TAGTAAATTCA-TATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGGC
1 TAATAAATT-AGTATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGAC
*
42224 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA-TTGAACTTG
64 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * * *
42288 TTT-AGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTTGAAATAG
129 TTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * *
42341 TAATAAGTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCCTATATGAATTGATACAATTATTTTATGACAA
1 TAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAA
* * * * * *
42406 AACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTTATTACTATTTGAACTT-TT
66 AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTT
* * * *
42470 TCGGTAAACATATTTATTTTTTTTATATCTTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
131 TCAGTAAACAGATTTA--TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
* * * * * * * *
42524 TAACAAATTAATATTATTTTAATT-TGAATAAGCTAGTGTGAACAAAAATAATTGTTTTATGACA
1 TAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACA
* * * * *
42588 AAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAAATT-A
65 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
*
42652 TTCAGTAAATAGATTT
130 TTCAGTAAACAGATTT
42668 GAGATAAGCT
Statistics
Matches: 3920, Mismatches: 866, Indels: 478
0.74 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 71 0.02
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171 106 0.03
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190 2 0.00
192 13 0.00
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195 9 0.00
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ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
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TCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATAT
Found at i:40680 original size:363 final size:360
Alignment explanation
Indices: 38861--42647 Score: 2993
Period size: 363 Copynumber: 10.6 Consensus size: 360
38851 TTTTATGACA
* * * * ** *
38861 AAATAGTCTTAACTATTTGAGCTAGTTTGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * *
38926 ATTTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTAATCTAAATAAGCTGGTA-CAAAAAGAAACAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAA-AAACAA
* *
38990 TTGTTTTATGACAAAATGAAAA-G-CATAACGATTT-AAGATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
129 TTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * *
39052 ACTATTTGAACTGTTTC-AGTAAATAGATTTAGTTTTTAAA--T-TT-GTTATTAATTTTCAAAA
192 ACTATTTGAACTG-TTCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * ** * * * *
39112 TATTAGTAGATTAGTAATTATTTTATTTTGAATAATTTTGCAAGAACAGAAACAATTGTTTTATG
256 TATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTTTGAATAA-GCTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATG
* * * *
39177 ACAAAACAAAAGGTGATAACAATTAT-AAACAAATAATTATTC
319 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTATTC
** * * * * * * * * *
39219 AAACGGACATGATTATTTGAACTTGTTCGGTAAGCAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
39284 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTATGTGAATAGAAACAAT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
* * * * * *
39349 TGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAAATGATTGTTCAAATAGTTATAAC
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * *
39413 TATTTGAACT-TACGCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATATT-TTACTTATTAATTTTTGGAAT
194 TATTTGAACTGTTC-AAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * ** * * * ** *
39476 ATTAATAAAATAGCATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAACAAAAACAATTGGTTTATGAT
257 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
39541 AAAACAAAAGGTTATGACAATTTGAAATAGATAATTGTTT
321 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * ** * * * *
39581 AAATAGTCATAATTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAATAGATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACT-TGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
*
39644 AATTTTTGGAATATTAATAAATTTATATTATTTTATTC-AATATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCTAA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * *
39708 ATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAAATT-TTTAAATAGTCATA
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATA
* * * * ** *
39772 ACTATTTGAACTTGTTCAA-TAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTTCTCGTTAATTTTTAGAG
192 ACTATTTGAAC-TGTTCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
* * * *
39836 TATTAATAAATTAGTATGATTTTATTTT-AGATAAGCCTATATGAA-ATGATACAATT-GTTTAT
256 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAG-CTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTAT
** * * *
39898 GATGAAACAAAAGGTCATAGCAATTTGAAATAGATTATTATTC
318 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
39941 AAATAATTATAACTATTTAAACTT-ATTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATT
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * * **
40005 AACTATCAAAATATTAATAAACTAATATTATTTTAATCCGAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
65 AATTTTTAGAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* *
40070 TTGTTTTATGGCAAAACAAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAGGTAATTATTCAAATAGTCATAA
129 TTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
*** * * *
40134 CTATTTGAACT-TATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTTCTTTTTAATTGTCT-GA
193 CTATTTGAACTGT-TCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTCTTACTTATTAATT-TTTAGA
* * *
40196 ATGA-TAATAACCTT-GTATTATTTTA-ATTGAAATAAGCT-TATAAGAATAGAAAAAATTATTT
255 AT-ATTAATAA-ATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTGTAT--GAATAGAAACAATTATTT
* * * *** *
40257 TATGATAAAATAAAAGGTTATGGTGATTTGAAATAGGTAATTATTC
315 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * *
40303 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTCAATTTTTAAATCTCTTATTTATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* *
40368 ATTTTTAGAATATTAATAAATTAGAATT-TTGTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAA
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATTA-TATTATT-TTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* *
40432 TTGTTTTATGACAAAATAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACAGTCATAA
129 TTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * ** * * *
40497 CTATTTGCACTGGTCAAGCCAACAGATTCATTATTTAAATTTGTTACTTATTAATTTTTAGAATA
193 CTATTTGAACTGTTCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAATA
* * *** * *
40562 TTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGACTGTATCAATAGAAATAATTATTTTATGACA
258 TTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGACA
* * * * * *
40627 AAACAAATGGTCATAACGATATAAAATAAATAATTGTTT
322 AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * *
40666 AAATTGTTATAACTAATTAAACTAGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TC-T-C--ATTA
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * * * *
40725 ATTTTCAAAATATTAATAACTTAATATTATTTTATTCTAAACAAACTTATATGAACAAAAACATT
66 ATTTTTAGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAAT
* * * *
40790 TGTTTTATGACAAAACAAAA-GTACATAATTATTTGAAATGGATAATTATTCATATAG-CTTTAA
130 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-CATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATAA
* * * * * * * * *
40853 CTATTTGAACTGGTTCAA-CAAACAAATTTA-TTTTCAAATCTCATAATTATTAACTTTCATAAT
193 CTATTTGAACT-GTTCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAGAAT
* * * * * * *
40916 ATTATTAGATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAATTATTTTATGAC
257 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-TGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * * * *
40981 AAAA-AAAA-GTTATAATGACTTGAAATATATAATTGTTC
321 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * *
41019 AAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTT-AGCAAAC-AA---A-----T-AATCTCCTACATATT
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGA-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * **
41073 AATTTTT-GAAATATTAATAAATTGGTATTTTTTTATTCTAAATAGGCTTGTATGATGAAAAACA
65 AATTTTTAG-AATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCTAAATAAGCTTGTATGAACAAAAACA
* * * *
41137 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GGCTATA
128 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC-ATA
* * * ** * * ** *
41201 ACTATTTAAATTGATTGAA-TAAATTGATTTCTGTTTTAAATTTCCAAATT-TTCAATTTTT-GT
192 ACTATTTGAACTG-TTCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATT-AATTTTTAG-
* * * * *
41263 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGGTTTTATGAA-ATGAAACAATTATTTTA
254 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-GCTGTATGAATA-GAAACAATTATTTTA
* * *
41327 TGATAAAACAAAAGGTCATAACGATTTTAAA-ATGATAATTGTTC
317 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATA-GATAATTATTC
* * * * * * *
41371 AAACAGTCATAATTATTTTAACTTGTTTGGTTAACAGATTTATGTTTTTAAAT-TGCTTGCTTAT
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCT-CTTACTTAT
* * ***
41435 TAATTTTCT-GAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATT-TCAAATAAG-TATGTATGAATTGAA
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* * * * * * * *
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125 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * * * *
41562 TAACTATTTGAACTAATTCGA-CAAATATATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATAAATTTTTAA
190 TAACTATTTGAACT-GTTCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * * * * * ** * * *
41626 AATATT-ATTAGTTTGACAATATTTTACTCCGAATAAGTTTGTAT-AGATAGAAACAATTGTTTA
254 AATATTAATAAATTAG-TATTATTTTATTTTGAATAAG-CTGTATGA-ATAGAAACAATTATTTT
* * * *
41689 ATGACAAAAC-AAAGATCATACCAATTTGAGATAGATAATTATTC
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* * * *
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* * * * ** * * *
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* * * * * * * *
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** * * *
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* * ** * * * **
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* * * * *
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* * * ** * * * * *
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1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTTGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTA
* * * * *
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66 ATTTTTAGAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTCT-AAATAAGCTTGTATGAACAAAAACAA
* * *
42212 TTATTTTATGGCAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAAC
129 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
* * * *
42277 TA-TTGAACTTGTT-TAGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTT-GAAAT
194 TATTTGAAC-TGTTCAAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATTTCTTACTTATTAATTTTTAG-AAT
* * * * *
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257 ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
* * *
42404 AAAACAAAAGGTCATAATGACTTGAAATAAATAATTATTC
321 AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * *
42444 AAATAGTTATTACTATTTGAACTT-TTTCGGTAAACATATTTATTTTTTTTATATCTTTTACTTA
1 AAATAGTCATAACTATTTAAACTTGTTT-GATAAACAAATTTA--TTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * ***
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* * **
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* * * * **
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1 ATAAACTTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATA
** * * * ** * * * *
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** ** *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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GATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTGGTTAGGCAACAGATTCATTTTTTAAATCTC
TTACTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCTGA
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*
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ATTTGAAATAGTATAATT
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* * * * *** *
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* ** * * * * *
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*
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* * *
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** * * * * *
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* *
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* * * * * *
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1 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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1 AG-TAAAGATTTAAAAAATAAATTT-TTTCT-AAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * *
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* * * * *
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127 G-CTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAA-TATTCTAAAAATTAATA
** * * * * *
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1 AGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTCTAAA-CATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * *
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63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAA
* * * *
44407 GCTTATTCAAAATATAATAATACTAATTTATTAACATT-AATAAAATTAATA
127 GCTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTA-AAAATTAATA
** * * * * *
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1 AGTAAAGATTT-AAAAAATAAATTTTTTCTAA-ACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA-ACA
* * * * * *
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63 ATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGT-C-ATA-AAACA-ATTGTTTCTAT-TCA
* * * * * *
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*
44643 AAAATTGATA
166 AAAATTAATA
* * * * * * *
44653 AGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCAATTTATC-AAA-TTAGTTTAAATAATTATGGCCATTTGAA
1 AG-TAAAGATTTAAAAAATAAAT---TTTTTCTAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * *
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61 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATG-ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATA
*
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* * * ** * *
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1 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTCTAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * ** * * * *
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62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
44963 AGTTTATTCGAAATAAAATAATACTAATGTAATAATATTCTGAAAATTAATA
126 AGCTTATTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * *
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1 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAATTT-TTT-CTAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *** * * * *
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62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * ** * *
45143 TGATTTATTTAAAATAAAATAAAATAATTTATTAATATT-T-CAAATCTCAATA
126 AG-CTTA-TTCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAAAAAT-T-AATA
* * *
45195 AGTAAGAGATTTAAAAAA-CAATTATGTTTGC-ATAAC-TAGTTCAAATAATTATGACTATTTAA
1 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATT-T-TTT-CTA-AACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * * *
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60 ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATA
* * * * * ** *
45322 TAAGTTTGTTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGA
124 CAAGCTT-ATTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * ** * *
45376 AGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTAAACCAAT-TT-AGTTAGTTATAACTATTTCAA
1 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTCTAAA-C-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
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61 CAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATAC
* * * * * * **
45503 TAGTCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATA
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* * ** * ** * * * * *
45557 AGTAACGGATTTGAGGAATGAAACTGTTGGCTTGATCA-GTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAAC
1 AGTAA-AGATTTAAAAAAT-AAA-TTTTTTC-TAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
45621 AATTATCTATTTTAAATCATTATAACCTTCTGTTTTATCACAAAACAATTGATTCTATTCATACA
62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * *
45686 AGCTTATTTGAATAACATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
126 AGCTTATTCGAATAAAATAA-TATAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * *
45737 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTGAACAAGTAT-AAATAATTATGGCTATTTGAAT
1 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAATTT-TTT-CTAAACATGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
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* * * *
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126 AGCTTA-TTCGAATAAAA-TA-ATATAATTTATTAATATTCTAAAAAT-TAATA
* *
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1 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
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* * * *
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126 AGCTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * * * *
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1 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAAC
* ** * *
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* * * *
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126 AGCTTATTCGAATAAAATAAT-A-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * *
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1 AGTAA-AGATTT-AAAAAATAAAT-T-TTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
46339 TAATTATCTATTTCAAATTGCTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTG-TT-TGTTCATAC
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* * * *
46402 AAGCTTATTTTGAATAAAACAAT-TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATA
125 AAGCTTA-TTCGAATAAAATAATAT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* ** ** * * *
46454 AGTAAAAATTTAAAAAATAAATTTATTTTCTGGACACATTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAA
1 AGTAAAGATTTAAAAAATAAA-TT-TTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA
** * * *
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64 TTATCTATTTCAAATCGTTATGACTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAG
* * * *
46583 CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAATATTACTA
128 CTTATTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* ** * * * * * * *
46633 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTAT-TGAGTAAGCTCAAATAGGTATTATTGTTTAAAC
1 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTT-TCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * *
46697 AATTTTTTATTTCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACA
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* * * **
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* * * ** *
46814 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAACTTCAAATAGTCT-TGTCTATTTGAAC
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* * *
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62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * *
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* *
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1 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-T-TTT-TCTAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * *
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* * *
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* * * *
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1 AGTAA-AGATTT-AAAAAATAAAT-T-TTT-TCTAAAC-ATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
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* ** * * * * * **
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* ** * ** * * * * *
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* *** * * ** * * *
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* * * ** *** * * * * * **
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101 --TAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCGA-ATAAAAT-AATAT-A-ATTTAT-TAA
* *
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159 TATTC-T-AAA-AA----TT-AAT-A
* * * * * * *
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1 AGTAAAGATTTA--AAAAAT-AAAT--T-TT---TTCTAAACATGTTCAAATAGTT-ATGACTAT
* * * ** ** * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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160 ATTCTAA--AAATT-AATA
* ** * * * *
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1 AGTAAAGATTTAA-A-AAATAAATT--T-TTTCTAAACATGTTCAAAT-AGT-TATGACTATTTG
*** * * * ** * * ** * * *
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* * * * * *
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121 ATACAAGC--TT-ATTCG-AATAAAATAA-TA-TAAT-TT-ATT-AA---TATTCTAAAAATTAA
48116 -A
174 TA
* * ** * ** * * * * *
48117 A-TAATG--CTAATCTAAT-AATATCAT-GAAA-A---TC-AATAACTTA-GA-GATTTAAAAAA
1 AGTAAAGATTTAA-AAAATAAATTTTTTCTAAACATGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAA
* * * * * * * * ** * * * *
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* ** **** ** * *
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* * * * **
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1 AGTAAAGATTTAAAAAATAAAT-T-TTT-TCTAAACAT-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * ** * ***
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* * ** ** * ** * * * *
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123 A-CAAGCTTATTCGAA-TAAAATAATATAATTTAT-TAATATTCTAAAAATTAATA
* * * **
48461 TGTTTACCAA-A-CTAGATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAAATATCTAT-TTCAAATCA-TT
1 AG--TA--AAGATTTA-A--AAA-A--TA--AATTTTT-TCT-AA-A-C-ATGTTCAAAT-AGTT
* * ** **** *
48522 ATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAAT-TATTTC--A--GTTAAT-A-TAAAATTAT-TCA-AA
48 ATGA-C---T-ATTTG--A-ACAATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACTTTTGTTTTGTCATAA
* ** * ** * * * *
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104 A-ACAATTGTTTCTATTCATA-CAAGCTTATTCGAATAAAATAATATAATTTATTA-ATATTCT-
*
48631 AAAAATGAATCTA
165 AAAAATTAA--TA
* * * * * * * ** *
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1 ---A--GTA-AAGATTTAAAAAATAAAT--TTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATT-
* * * * * ** *
48701 TTATA-ACCTTTTGTTTTGTC-AAT--AAATGA--TTT-TTTTGTTCATACAAGC--TTGTTTC-
57 TGA-ACA-ATTATCTATT-TCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTG-TCATA-AAACAATTGTTTCT
*
48756 AAT--TA-AA----A-T--AAT---ATAA-AT-A--TATTAATAT--TAAGACAATTAATA
117 ATTCATACAAGCTTATTCGAATAAAATAATATAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATA
* * * * ** * *
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1 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTCT-AAACATGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * *
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62 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACA
* * * * * *
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126 AGCTTA-TTCGAATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
* * * *
48980 AGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT
1 AGT-AAAGA-TTTAAAAAATAAAT-T-TTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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1 AGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT-T-TTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * *
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*
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* * * *
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* * *
49472 A-CTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATA
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** * * * * * * * **
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1 AGT-AAAGATTTAAAAAATAAAT-T-T-TTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * *
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* * *
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125 AAGCTTATTCG-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
* * * * ** ** * * * *
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1 -AGTAA-AGATTTAAAAAATAAAT--TTTTTCTAAACATGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* **** * *
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* * *
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125 AAGCTTATTC-G-AATAAAATAATA-TAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATA
* ** * * ** * **
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1 AG-TA-AAGATTTAAAAAATAAAT-TTTTTCTAAACAT-G-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGA
* * ** * **
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* * * *
50007 ATAAGCCTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAAGTAATT
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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128 CTTATTC-GAATAAAATAATA-TAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATA
* * * * * * * *
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* * *
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*
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**
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* * *
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Statistics
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*
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* * * * * * *
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* * * ** * *
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* ** * *
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* * * * * **
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* * * *
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* *
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** * * * * * * *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTT-TATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * * * * * **
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * ** *
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* * *** ** * * * *
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1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* *
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* *
44782 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTACTAATATT-TCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
45015 ACTAAAAGACTTAAAAAATAAATTTGTTT-GCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAAC
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * * * * *
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** * * *
45142 -GTGATTTATTTAAAATAAAATAA-AATAATTTATTAATATT-T-CAAATCTCAATAAGTAAGAG
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* * * * * * *
45203 ATTTAAAAAACAATTATGTTT-GCATAACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCT
189 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCA-AACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * *
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** * * *
45330 TTTGGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGA
316 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * ** * *
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1 AGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* ** * * * *
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* * * * * **
45503 -TAGTCTTATTAGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGTAACG-GA
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* ** ** ** * * * *
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* ** * * * * * **
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253 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * * * *
45694 -TGAATAACATAATTCTATTTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
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* * * * *
45737 AGTAAGAGATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTGAACAAGTAT-AAATAATTATGGCTATTTGAA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGT-TCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* *** * * * *
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* * * * *
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* * *
45926 TTTAAAAAATAAATATGTTTATCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTAT
190 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
45990 TTCAAATAGTTATGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTT-TCTTCATACAAGCCTGTTC
255 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATTC
* * *
46054 AGATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATA
319 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * *
46097 AGTAAAAGATTT-TAAAATAAATATGTTTA-CTGAATAAGTTCAAATAGTCAT-AGCTATTTGAA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAA
* * * ** ** *
46159 TAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCATCAATTCATAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC
* * * **
46224 AAGCTTATTCAAA-AAAA-AATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATTGGTAAGAGATTT
129 AAGCTTATTAAAATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** *
46287 AAAAAAATGAATCTGTTTATTGAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTT
193 -AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * **
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* **
46415 ATAAAACAAT--TAAATTTATTAATA-TTCCAAAATTTAATA
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* ** * *
46454 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATTTATTT-TCTGGACACA-TTCAAATAGTTCTAACTATTTGAA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACA-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * *
46516 TAATTATCTATTTCAAAT-ATTTATGA-CTTGTTG-TTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCA-TTATGACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCAT
* * * * * *
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127 ACAAGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
** ** * * * * * * * *
46643 TTAAAAAATAAATCTGTTTATTGAGTAAGCTCAAATAGGTATTATTGTTTAAACAATTTTTTATT
191 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
46708 TCAAATAGTTATGATCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTATTCGTACAAGTTTATTCAG
256 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG
* *
46773 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTTGCAAATTAATA
321 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* ** * * * *
46814 GGTAGGAGATTTAAAAAATAAATTTATTTACCAAACAACTTCAAATAGTCT-TGTCTATTTGAAC
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGT-TATGACTATTTGAAC
* * *
46878 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTATTCATA-T
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA
* * * * *
46942 AGAATTATTCAAAATAAAATAATATTGATTTATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAGATTT
130 AG-CTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * *
47003 AAAAACTAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTCATATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATCT
193 AAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * * *
47067 CAAATTGTAATGATC-TTTATTTTGTCATACAATAATTGTTTCTTTTCACATAAGCTTATTC-GA
257 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGA
* * *
47130 TTAAAATGATACTAATTTAATAAT-TTTTGAAAATTAATA
322 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * *
47169 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGTCAAACTAGTTCAAATAGTTAAGACTATTAGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * *
47234 ATTATCTATTTCAAATCATTTTAACATTTT-TTTAGTCATAAAATAATT-ATTTCAGTTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACA
* * * * * *
47297 AGCTTATTTGAAAT-AAATAATACT-A--TATTAACATTCGAAAAATTAATAAAGCAACATATTT
130 AGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAAT-AAGTAAGAGATTT
* * * * * *
47358 AAAAAAATAAATCTGTTTATTAAACAATTTCAATTAGATATGACTATTTGAATAATTATCTATAT
193 -AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * ** *
47423 AAAATTGTTTTGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATGTATTTGCTAAACCA-ATCAA--ATAGT
257 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAAT-T-TTTTCT-ATTCATA-CAAGCTTA-T
* * * * **
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317 TCAGA--A-TAAAATAA-TA-CTAATTT-ATTAAT-ATTTTGAAAATTAATA
* ** * *** * *** * * * * *
47530 TGT-TTAG-TCATAAAATAATTGTTTTAGTTCATACATATTTATTTGAAATAAAATAAT-AATAT
1 AGTAAAAGAT-TTAAAA-AATAAATTT-GTTTAT-CA-AACAAGTTCAAAT--AGTTATGACTA-
* *** *** * * * *
47592 TTTGTTAACATTTAGAAATTT-AAA--A--A-G--C-AAGGAATTT-ACA-AAAATAAATT-TGT
58 TTTG--AACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTG-TTTTGTCATAAAA-CAATTGTTT
* * * * * *
47645 TTA-CCGA-ATAAG----TTCAAAT--AATTATGACT-ATTTGAATAAT-TATCTATTTAAAATC
119 TTATTC-ATACAAGCTTATTAAAATAAAATAAT-ACTAATTT-ATTAATAT-TCTA---AAAATT
* * *** * * * *
47700 ATTATG-ACCTTTTGTTTTATCATAAAA-CAAT-TGTTTCATTCCATAAAAATTTATCCAAAATA
177 AATAAGTA---AGAGATTTA--A-AAAATAAATCTGTTT-A-T-CA-AACAA-GT-T-C-AAATA
** * * ** ** *****
47762 -AAAT-AATA-TT--AC-ATTATTAATATTTCAAAAATTG--A-GAAGTTGGAGACTTAAAAAAT
228 GTTATGACTATTTGAACAATTA-T-CTATTTC--AAATTGTTATGACCTT-TTG--TTTTGTCAT
** * * * * * *
47818 AAAGCCAGTTTATTGAAT-TAGTTCA-A-ATAG-TTATGGC-CATTTAAACAATTATCT-ATTTC
286 AAA-ATAATTT-TT---TCTA-TTCATACA-AGCTTAT-TCAGAATAAAATAA-TA-CTAATTT-
* *
47877 A--AATCATTATG-AACTT--T-
340 ATTAAT-ATTTTGAAAATTAATA
* *** * ** * * * * *
47894 TGT--TCTATCATAAAACAAT-TGTTT-TTCATCATACAAGCCAATTCAAA-A--TA-AAATAAT
1 AGTAAAAGAT-TTAAAA-AATAAATTTGTTTATCAAACAAG----TTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * ** * *
47951 AGTA-ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAGAAGATTATTTGTTTATCGAACTAATTCAA
60 TGAACAATTA-T-CTATTTC--AAA-TCATTA-T-G-A-CCT-TTTGTTT-T-G---TCA-TAAA
* * *** * ** ** ** * ** *
48015 ATAATTATGACTATTTGA-ACAA--TTA-TATATTTCAAGTTGTTAC-AACCTT-TTGTTTTGTC
109 ACAATTGTTTTTA-TTCATACAAGCTTATTA-AAAT-AAAATAATACTAA-TTTATTAATAT-TC
* * * ** * * * * *
48074 ATAAAATAATTATTTATGTTCATTCA-AGCTTATTCAAAATAAAATAATGCTAATCTAATAA-TA
169 -T-AAA-AATTA-ATAAG-T-A---AGAGATT-TAAAAAAT-AAAT-CTGTTTATCAAACAAGT-
* * * * * * * * * *
48137 TCATGAAAATCAATAACTTAGA-GATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTCGAACTAGTTCA--A---
221 TC----AAAT-AGTTA--T-GACTATTTGAACAAT-TATCT-ATT-TC-AAATTGTT-ATGACCT
* * * ** * * * * * ** * **
48196 ATAGGTAAGGCTATATAAATAATTATTTAT-TTCAAATCATTATG-TTCTTTTG--T---TTTGT
273 TTTGTTTTGTC-ATA-AAATAATTTTTTCTATTCATA-CA--A-GCTTATTCAGAATAAAATAAT
* *
48254 -CATAATCTATTAATA-TTTCAAAATTAAT-
332 AC-TAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * * **
48282 A-T--GAGATTTAAAAATTAAATATGTTTATTAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAGTA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * **
48344 ATTATTTATTTTAAATTGTTATGA----TT-TTTTGT--T----C---------TATT-AT--AA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA
* ** * * * * * * * * * *
48386 GCTCATTTGGATTAAAATTATAGTAATTTATTAAAATT-TCAATAGTTAATAAATAAAAAATTTT
131 GCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * * *
48450 AAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAAATATCTATTTCA
194 AAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
** * * * * * ** *
48515 AATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTATTTC-AGTTAATATAAAATTATTCAAAA
259 AATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGAA
** * *
48579 TAAAATAATACTAAGCTATTAATATTCTAAAAATTAATA
323 TAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
48618 ATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCGAACAAGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* ** * ** *
48683 ATTATCTATTTGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-ATAAATGATT-TTTTTGTTCATACA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTTATTCATACA
* * * * *
48746 AGCTTGTTTCAATTAAAATAATA-TAAATATATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGTAAAAGAT
130 AGCTT-ATTAAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * ** * * *
48808 TTAAAAAATAAATATTTTTATCGAATAAGTTCAAATCTTTTATGACTATTTGTATAATTATTTAT
191 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * ** * * * **
48873 TTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTTAAACAAGCTTATTTG
255 TTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * * * *
48938 GATTAAAATAATATTACTTGATTAATATTTCT-ACAAA-TAATG
320 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTT-TGA-AAATTAATA
* * *
48980 AGTAAAAGATTTTAAAAAATAAATATGTTT-GCTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAA
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* * * ** *
49044 TAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCGTTCATAT
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATAC
* * * * * *
49109 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATGTGAAAATTAATGAGTAAGAGAATT
129 AAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * *
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*** * * ** *
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***
49303 ATAAAA-AGATA-TAAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
322 ATAAAATA-ATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * ** *
49343 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATA-TTAATGACTATTTGAAC
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTT-ATGACTATTTGAAC
* * * * * *
49406 AATTATATATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT-TTTTCTGTTCATAA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCAT-A
** * * * *
49470 CAA-CTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
128 CAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * ** * * * * * **
49534 TAAAAAATAAATATGTCTGCCGAACCAA-TTCAAATAGTAAAGATTATTAGAGGAATTATCTATT
192 TAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * *
49598 TTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTT-TAGTTCATACAAGCTTATT-T
256 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* **
49661 GAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAATTAATA
320 G-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* ** * ** * *
49703 CA-CAAGAA-ATTTAAAAAA-AAATCAGTTTA-CGGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGA
1 -AGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGA
* * ** * * *
49764 ATAATTATCTATTTAAAAGAAATAT-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCAT
63 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCAT
* * * * * * *
49827 AAAAGTTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTC-AAAAATTGATAAGTTAGAAA
127 ACAAGCTTAT-TAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* ** * ** * ** *
49891 TTTAAAAAATAAGTCAATTTATCAAATCGA-TTCAAATAACTATTACCT-TTCAAATAATTATCT
190 TTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCT
** ** * * * * * *
49954 ATTTCAAATCATTACAAACTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTAGTTTTC--GTCATATAAGCCTA
253 ATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT--TTTTCTATTCATACAAGCTTA
** * *
50016 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAAGTAATT
316 TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* ** * * * * *
50061 TGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCT-ATT-T---ACTA--T--ATTAG-T-T-CCTATTTGAAC-
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * * * * *
50113 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAA-T-TATTCAGTTCATATA
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TTCATACA
* * * *
50176 AGCATATTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAAATTAATAACTAAGAGATTT
130 AGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** ** * * * * * *
50240 AAAAAATAAATCTATTTGTTGAAGTAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTC
193 AAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
** * * * * *
50305 AAATCATTATGACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTC-AGTTCATACAAGCTTGTTCAAA
258 AAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCAGA
* * *
50369 ATTAAATAATACTAA-TTATTAATATTCTGAAAATTAACA
322 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
** ** * * * * *
50408 AGTAAGTGATTTAAAAAATAAATCCGTTTATCAAATC-AGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAAC
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* ** * * **
50472 AATAATCTATTTCAAAAATTGTTATTACGTTTTG-TTTGTCATGTAACAATT-TTTTTA-TCATA
65 AATTATCTATTTC--AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATA
* ** * *
50534 CAAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTT-TAAAAATTTAATAAGTAAAAGAT
128 CAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAA-TTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * *
50598 TTAATAAATAAATCTATTTATCAAATC-AGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTGTATAC
191 TTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAA-CAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-
** * * * ** * *
50662 TTT-AAATCATTCTAACCTTGTGTTTTGTCATAAAACCATTATTTT-TGTTCATACAAGTTTATT
254 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-TTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * *
50725 CA-AATAAAATAATACTAATATAATAATATTCT-AAAGATTAATA
318 CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAA-ATTAATA
* ** ** * * *
50768 ACTACGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAA-TTCCAATAGTTAAGACTATATGAAC
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** *
50832 AATTATCTATTTCAAATC------A-CTTTTATTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCAATTCA-ACT
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA
* * * * *
50888 AGCTTATTCATAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTAA-AGGATT
130 AGCTTATT-AAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGA-GATT
* * * * * * *
50951 TAAAAAATAATTTTGTTTA-CTTAACTAGTTCAAATAATTATGAATATTTGAACAATTACCTATT
192 TAAAAAATAAATCTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * **
51015 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTT-TATTCATATAAGTTTGTTTG
256 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAA-TAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCA
* * **
51079 GAA-AAAA-AATACTAATCTAATAATA-TTCAAAAATTAATA
320 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
51118 AG----AGGTTTAAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCACTTCAAATAGTTATGACCATTTCAGC
1 AGTAAAAGATTTAAA-AAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * ** * * * * *
51179 AATTATTTCTTTCAAATTGTTATGA--ATTT-TTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTATTCATAAA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA
* ** * * * *
51241 AGCTTGTTCGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAATAATTAATAACTAA-AAATTT
130 AGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-TT
** * * * * * * * * *
51304 TTTAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAACAATTGTGATTATTTGAATACA-TATCTATT
192 TAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTATT
* * * *
51368 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATTATTTC-AGTTCATATAAGCTTATTCA
256 TCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCATACAAGCTTATTCA
* * * ***
51432 AAATAAAATAATATTAAGTTATTAATATTCCAAAAATTAATA
320 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * * * * * * * *
51474 ATTAAGAGATTTAAAAAATGAA-TTGTTTA-CGGAACAAGTTTAAAATAATTATAATTATTTCAA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * ** **
51537 CAATTTATCTATTT-GAAGCTACTATAACCATTTGTTTTGTTGTAAAATGATT-TTTTCTATTCA
64 CAA-TTATCTATTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-TATTCA
* ** * *
51600 TAGAAGCTTATTTCGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-T-TAAGACAATTAATAAGCAAAA
126 TACAAGCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAA-A-AATTAATAAGTAAGA
* * ** * * *
51663 GATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACAATGTGAACAATTATTT
188 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * *
51728 ATTTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCCTAAAATAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTAT
253 ATTTCAAATTGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * *
51792 T-TGAAATAAAATAATATTAATTTATTAATA-TTTCAACAATTAATA
317 TCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAA-AATTAATA
* * * ** * *
51837 AGTAAAAG-TTTAAAAAATAAATATATTTTTTGAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATA
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA
* * * * * * ** * *
51901 ATTATGTATTTCAAATCATTGTAACCTTTAGTTTTATAATAAAACAATTGTTTCAATTCATATAT
66 ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA
* * * * * *
51966 GTTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATAAATATTCCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAA
131 GCTTA-TTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAA
* * * ** * * *
52031 AAAATGAATTTATTTATTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTTCAA
195 AAAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAA
*** * * ** * * * * *
52096 AACATTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGGTTATGTTCATGCGAGCTTATTTTA-AAT
260 ATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTA-TTCAGAAT
**
52160 AAAATAATA-TAAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA
324 AAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
* * ** * * *
52198 AGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATGTTT-TCTGAACACTTTTAAATAATTATGACTATTTGAAG
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC-AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAAC
* * * * *
52261 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGCTTTTGTTCATAAA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA
* * * * * *
52326 AGCTTATTCGAAAT-AAATTATACTAATTTATTAAAATT-TCAAAAATTATTAAATAAAAGATTT
130 AGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * * * * * * *
52389 AAAAAATAAATATTTTTACTGAGA-GAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
193 AAAAAATAAATCTGTTTA-TCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * * ** *
52453 CAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTACTCATACAAATTTATT-TGA
257 CAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAG-
* *
52517 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATA
321 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
*** * * * ** * * * *
52558 AGTTGGAGA-TTGAAAAATAAATCTGTTAATTGAATAAGTTCAACTAGTCAT-ATCCATTTGAAC
1 AGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAAC
* * * * ** * *
52621 TATCATTTGTTTCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TTGATTCATACA
65 AATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACA
** * * *
52684 AAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTTTAATATT-TCAAAATT--TAA-TAAGAGATTCA
130 AGCTTATT-AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* *
52745 AAAACT-AATATGTTTAT
194 AAAAATAAATCTGTTTAT
52762 TGAACCAATT
Statistics
Matches: 6742, Mismatches: 1570, Indels: 1065
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
328 1 0.00
329 10 0.00
330 3 0.00
331 15 0.00
332 12 0.00
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337 1 0.00
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345 11 0.00
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348 8 0.00
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371 6 0.00
372 4 0.00
373 5 0.00
374 3 0.00
375 8 0.00
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388 16 0.00
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391 8 0.00
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395 9 0.00
396 3 0.00
397 1 0.00
398 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
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ATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATTCATACAA
GCTTATTAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTGTTTATCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
TTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTTTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATA
Found at i:44930 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 44613--47459 Score: 2207
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44603 TTTATCCGAT
* * * * *
44613 ATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTAAAAAATAAATCA
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* * * * * * * * * *
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66 GTTTACT-GAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
*
44742 ACTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTCAGA
* * *
44794 ATAAAATAATACTAATTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAGTTAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
44859 GTTTACCGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATATATTTCAAATTGTTATAAC
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* * ** * * * *
44924 CTTTTGTTATCTCATAAAATGATTATTTTTGTTCACACAAGTTTATTC-GAA
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTCAG-A
* * * * * * *
44975 ATAAAATAATACTAATGTAATAATA-TTCTGAAAATTAATAACTAAAAGACTTAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * * * * *
45039 TGTTTGCTAAACTAGTTCAAATAGTTAAGGCTATATGAACATTTCTTTATTTCAAATCATTATGA
65 TGTTTACTGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * * * *
45104 CCTTTTATTTTGTCGT--AA-AATT-TTTTTTTCAATTCTTAGTGATTTATTTAAA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATC-ATAC--A-AG-CTTATTCAGA
* ** * * * *
45156 ATAAAATAA-AATAATTTATTAATATTTCAAATCTCAATAAGTAAGAGATTTAAAAAACAATTAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * *
45220 GTTTGCAT-AACTAGTTCAAATAATTATGACTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCTTTATGA
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* * * * * **
45284 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTGTTTGGA
130 CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTCAGA
* *** * *
45336 ATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTGTAAATTAAGAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATCT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * ** * * * *
45401 GTTTACTAAACCAATTTAGTTAGTTATAACTATTTCAACAATTATTTATTTCAAATCATTATGAC
66 GTTTACTGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC
** * * * * *
45466 AATTTGTTTTGTGATAAAACAATTATTTTTGTTTATA-TAGTCTTATT-AGAA
131 CTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAG-CTTATTCAG-A
* * ** ** * **
45517 ATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTGAAAGCTAATAAGTAACG-GATTTGAGGAATGAAA-
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT-AAAT
** * * * * * * *
45580 CTGTTGGCTTGATC-AGTGCAAATAGTTATGATTGTTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTAT
64 CTGTTTAC-TGAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * * *
45644 AACCTTCTGTTTTATCACAAAACAATTGATTCTATTCATACAAGCTTATT-TGA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * *
45697 ATAACATAATTCTATTTTATTAATA-TTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * *
45761 TGTTTACTGAAC-AAGTAT-AAATAATTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTAT
65 TGTTTACTGAACTAA-T-TCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
45824 AACCTTTTATTTTGTCATAAAACAAAT-TTTCTATTCATACAAGCTTATTTCA-A
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TCATACAAGCTTA-TTCAGA
* * * *
45877 ATAAAAT--TACATAAATTTATTAATATGT-AGACATATAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAA
1 ATAAAATAATAC-T-AATTTATTAATATTTCAAAAAT-TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * *
45939 TATGTTTA-TCAAATAAGTTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAGTTA
63 TCTGTTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
46002 TGACTTTTTGTTTTGTCATGAAACAATTGTTTTTCTTCATACAAGCCTGTTCAGA
127 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * * *
46057 TTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAAAGATTT-TAAAATAAATAT
1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* *
46121 GTTTACTGAA-TAAGTTCAAATAGTCAT-AGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
66 GTTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* ** ** *
46184 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATTGCATCAATTCATATAAGCTTATTCA-A
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** ** *
46236 A-AAAA-AATCACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATTGGTAAGAGATTTAAAAAAATGAAT
1 ATAAAATAAT-ACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAAT
* * * *
46299 CTGTTTATTGAAC-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATTGCTAT
64 CTGTTTACTGAACTAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * **
46363 GACCTTTTGTTTTGTCATAAGATAATTGTTTGT-TCATACAAGCTTATTTTGA
128 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAGCTTATTCAGA
* * * * *
46415 ATAAAACAAT--TAAATTTATTAATATTCCAAAATTTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATT
1 ATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATC
* * * * * * **
46477 TATTTTCTGGAC-ACATTCAAATAGTTCTAACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATATTTATG
65 TGTTTACTGAACTA-ATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * *
46541 A-CTTGTTG-TTTGTGATAAACCAATTGTTTCTATCCATACAAGCTTATTC-GAA
129 ACCTT-TTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTAT-CATACAAGCTTATTCAG-A
* * * * *
46593 ATAAAATAATACTAATTTATTAAAATTCCAAATATTACTAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCT
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* * * * * * * * * * *
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* * * * *
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* * ** *
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1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * *
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* * * * * *
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* * * ** *
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1 ATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCT
* * * * * * * *
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66 GTTTACT-GAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA
* * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* *
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Statistics
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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*
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* * * * * *
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* **
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* *
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* * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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** * * * *
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* * * * *
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* ** * * * * ** * * * * *
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* * * * *
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*
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* * * * * *
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* *
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* * * * * **
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* *
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* * * *
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*
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* * * * * **
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*** ** * * * *
48247 GTTTTGT-CATAATCTATTAATA-TTTCAAAATTAAT-A-T--GAGATTTAAAAATTAAATATGT
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** * * * ** * * **
48306 TTATTAAACT-AGTTTAAATAGTTATGACTATTAGAGTAATTATTTATTTTAAATTGTTATGA--
389 TTGCTAAA-TAAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC
* ** * * *
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*
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48500 TAAATATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATTATTTCAGTTAATAT
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** * ** *
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129 AAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
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* * ** *
48693 TGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-ATAAATGATT-TTTTTGTTCATACAAGCTTGTTTC
257 TCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATA-AAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTT-ATTC
* * ** *
48756 -AATTAAAATAATA-TAAATATATTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
319 GAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAA
** * ** * * * * * **
48819 ATAT-TTTTATCGAATAAGTTCAAATCTTTTATGACTATTTGTATAATTATTTATTTTAAATTGT
383 ATATGTTTGCT-AAATAAGTTCAAAT-AGTTAAGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCAT
* * * ** * * * *** *
48883 TATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTGTTTCTATTTAAACAAGCTTATTTGGATTAAAATA
446 TATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * * *
48948 ATATTACTTGATTAATATTT-CTACAAATAATG
511 ATACTAATTTATTAATATTTGC-A-AATTAATA
* * *
48980 AGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA-TATGTTTGC-TAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGA
1 AGTAAGAGA-TTTAAAAAATAAATTATGTTT-CAT-AACAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGA
* * * * *
49043 ATAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCGTTCATA
63 ACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATA
* * * * *
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* * * * ** * *
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*** * * * * *
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***
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** * * * * * * *
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381 AAATATGTTTGCTAAATAAGTTCAAATAGTTAA-GACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCA
* ** * ** ***
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445 TTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCAATTCAT-ACAAGCTTATTCAAAATAAAA
* * *
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509 TAATACTAATTTATTAATATTTGC--AAATTAATA
* * ** * * * * * *
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1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTATGT-TTCATAA-CAAGTTCAAATAATTATGACTATTTGAA
* * * * * *
49586 GAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATT-TTTTTAGTTCATA
64 CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-GATCATA
* * * * *
49650 CAAGCTTATT-TGAAATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTAAAAAATTAATACA-CAAGAAA
128 CAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATA-AGTAAGAGA
* * ** * * *
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191 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACCAA-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* **** * ** * *
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255 TTTCAAATTGTTATGACCTTTTG-TTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTC
* * ** * *
49838 TGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATAAGTTAGAA-ATTTAAAAAATA
319 -GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAG-TAAAAGATTTAAAAAATA
* * ** ** ** *
49902 AGTCAAT-TTAT-C-AAAT-CGATTCAAATAACTATTACCT-TTCAAATAATTATCTATTTCAAA
382 AAT--ATGTT-TGCTAAATAAG-TTCAAATAGTTAAGA-CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAA
** * * * * * * * *
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442 TCATTATGACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATT-G-TTTCAATTCATACAAGCTTATTCAAAAT
*** * *
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* * **
50061 TGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTA---TT--T-AC----T---AT-ATTAGTTCCTATTTGAA
1 AGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TATGTTTCATAACAAGTTCAAATAATTA-TGACTATTTGAA
* * * * * * * * ** * *
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* * *
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* ** ** * * * * * * *
50240 AAAAAATAAATCTATTTGTTGAAGTAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTATTTC
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** * * ** * *
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* * * ** **
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* * * * * * * * * ** *
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* * ** * ** * ***
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* **
50560 TAATTTATTAATCTTTAAAAATTTAATA
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * * *** *
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* * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** * * * ***
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* *
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* * * * * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * *
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* * * ** *
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* * * *** * * *
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* ** * * * * * * *
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* * * * ** * * * * *
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*
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* * ** * *
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* ** * * * *
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* * * *
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* * ** * * *
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** * * * * * *** * * * *
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* *** * * * *
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* * ** * * * * * *
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* * * * * **
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* ** *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * ** ** *
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* * *** * *
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*** * * * * * * * * * **
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* * * * **
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*
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* * * * * *
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* * * * * * * * * *
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1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
48448 TTAAAAATAAATATGTTTACCAAACTAGATCAAATAGTTATGACTTTTTGAATAAATATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * *
48513 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAAAAAATT-ATTTCAGTTAATAT
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
** ** ** *
48565 AAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAAGCTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAATTAAGAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *
48629 TAAAAAATGAATCTATTTACCGAACA-AGTTTAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACC-AA-ATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* ** * ** *
48693 TGAAATTGTTATAACCTTTTGTTTTGTCA-ATAAATGATT-TTTTTGTTCATAC
128 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA-AAACAATTGTTTTCGTTCATAC
* * * * *
48745 AAGCTTGTTTCAATTAAAATAATA-TAAATATATTAAT-A-TTAAGACAATTAATAAGTAAAAGA
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA
* * * * ** * * *
48807 TTTAAAAAATAAATATTTTTATCGAATAAGTTCAAATCTTTTATGACTATTTGTATAATTATTTA
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** * * * * * *
48872 TTTTAAATTGTTATGACTTTTTATTTTGTCATAAAGCAATTG-TTTCTATTTAAAC
126 TTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
* * * * * * * * *
48927 AAGCTTATTTGGATTAAAATAATATTACTTGATTAATATTTCTACAAA-TAATGAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
* * * * * *
48991 TTAAAAAATAAATATGTTTGCTAAACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
49056 TCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTTCGTTCATAT
128 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGTTCATAC
* * * *
49109 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATGTGAAAATTAATGAGTAAGAGAATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * *
49174 AAAAAATGAATCTATTTACCAAATATGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACAATTATCTATTTC
66 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * *
49239 AAAACATTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTG-GTTCTATTCATGC
130 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
* *
49290 AAGCTTATTTCG-AATAAAA-AGATA-TAAATTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAAGTAA-AA
1 AAGCTTATTT-GAAATAAAATA-ATACT-AATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAG
* **** * *
49350 ATTTAAAAAATAAATATGTTTTTTGAACACGTTCAAATA-TTAATGACTATTTGAACAATTATAT
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* * * *
49414 ATTTTAGATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAACCAATT-TTTTCTGTTCATAAC
125 ATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCAT-AC
* * * *
49471 AA-CTTATTTGGAATAAAATAATAGTAATTTATTAA-AATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * ** * * * * * **
49534 TAAAAAATAAATATGTCTGCCGAACCAATTCAAATAGTAAAGATTATTAGAGGAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
49599 TAAATCGTTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTTTTTTAGTTCATAC
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGTTCATAC
* * * *
49651 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-CATTAAAAAATTAATACA-CAAGAAATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATA-AGTAAGAGATT
* ** * * * *
49714 TAAAAAA-AAATCAGTTTACGGAGTAAGTTTAAATAGTTATGACTTTTTGAATAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* ** * * *
49778 AAAAGAAATAT-ACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTG-TTTCAGTTCATAA
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
* * * * * * * *
49829 AAGTTTATCTGAAATAAAATAATACTACTTTATTAATAGTTCAAAAATTGATAAGTTAGAAATTT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* ** * * ** * ** *
49894 AAAAAATAAGTCAATTTATCAAATCGATTCAAATAACTATTACCT-TTCAAATAATTATCTATTT
66 AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAG-TTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * *
49958 CAAATCATTACAAACTTTT-ATTTGTCATAAAACAATTAGTTTTCG-TCATAT
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCGTTCATAC
* * * * ** *
50009 AAGCCTA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCAAAAAGTAATTTGTAGGAGATT
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *
50072 TAAAAAATAAATCTATTTA-C---TA--T--ATTAG-T-T-CCTATTTGAAC-ATTATCTATTTC
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
* * * * * * * * *
50125 AAATCGTTATAACCTTTTATTCTATTATAAAATAA-T-TATTCAGTTCATAT
130 AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
* * * *
50175 AAGCATA-TTCAGAATAAAATAATACTAATTTAATAAT-ATTTCAAAAATTAATAACTAAGAGAT
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* *** * * * * * * *
50238 TTAAAAAATAAATCTATTTGTTGAAGTAGTTTAAACAATTAAGACTATATGAATAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTT-ACCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *
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128 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
* ** * * * *
50356 AAGCTTGTTCAAAATTAAATAATACTAA-TTATTAAT-ATTCTGAAAATTAACAAGTAAGTGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
50419 TAAAAAATAAATCCGTTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATGGCCATTTCAACAATAATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * **
50484 CAAAAATTGTTATTACGTTTTG-TTTGTCATGTAACAATT-TTTT--TATCATAC
129 C--AAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGT-TCATAC
* * * *
50535 AAGTTTATTTGGAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-CTTTAAAAATTTAATAAGTAAAAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTAAAAA-TTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * * *
50599 TAATAAATAAATCTATTTATCAAATCAGTTTAAATAATTATAACTATTTGAATAATTGTATACTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA-TT
* * * * * *
50664 T-AAATCATTCTAACCTTGTGTTTTGTCATAAAACCATTATTTTTGTTCATAC
128 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGTTCATAC
* * * * * * *
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1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * *
50779 TAAAAAATAAATTTGTTTGCCAAACTAATTCCAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
50844 CAAATC------A-CTTTTATTTTGTCATAAAACAA--ATTTTCAATTCA-AC
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* * * * * *
50887 TAGCTTA-TTCATAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAGAAATTAATATGTAA-AGGA
1 AAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAGTAAGA-GA
* * * * * * *
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* * ** *
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* * * * * *
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1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT
* * ** * * * * * *
51126 AAAGAAATAAATCTATTTATCGAACCACTTCAAATAGTTATGACCATTTCAGCAATTATTTCTTT
66 AAA-AAATAAATCTGTTTA-CCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
** * * * * ** *
51191 CAAATTGTTATGA--ATTT-TTTTGTTATAAAATAATAGTTTTTATTCATAA
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGTTCATAC
* * * * * * *
51240 AAGCTTGTTCGGAGTAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTTCAATAATTAATAACTAA-AAATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGA-T
** * * * * * * * * *
51303 TTTTAAAATAAATATGTTTATCGAACTAGATCAAACAATTGTGATTATTTGAATACA-TATCTAT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTA-CCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACA-ATTATCTAT
* * * *
51367 TTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAAAATT-ATTTCAGTTCATAT
127 TTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
** * * * *
51421 AAGCTTATTCAAAATAAAATAATATTAAGTTATTAAT-ATTCCAAAAATTAATAATTAAGAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * *
51485 TAAAAAATGAAT-TGTTTACGGAACA-AGTTTAAAATAATTATAATTATTTCAACAATTTATCTA
65 TAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAA-ATAG-TTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAA-TTATCTA
* * * * * ** ** * *
51548 TTT-GAAGCTACTATAACCATTTGTTTTGTTGTAAAATGATT-TTTTCTATTCATAG
126 TTTCAAATC-ATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
* *
51603 AAGCTTATTTCG-AATAAAATAATACTAATTTATTAAT-A-TTAAGACAATTAATAAGCAAAAGA
1 AAGCTTATTT-GAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTTAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA
* * ** * * *
51665 TTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAACAAGTTCAAATCTTTATGACAATGTGAACAATTATTTAT
63 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
** * * * *
51730 TTCAAATTGTTATGA-CTCTTTGTTTTGTCCTAAAATAATTTTTTTTGTTCATAC
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* * *
51784 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATATTAATTTATTAAT-ATTTCAACAATTAATAAGTAAAAG-TT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *** * * *
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* * * * * * *
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128 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTC-GTTCATAC
* * * * * *
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1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * *** *
52028 TAAAAAATGAATTTATTTATTGAATATGTTCAAATAGTTATGACTATCTGAACAATTATCTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * * * * *
52093 CAAAACATTATTACCTTTTGTTTTTTCATAAAATAATTGGTTAT-GTTCATGC
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCGTTCATAC
* * *
52145 GAGCTTATTTTAAATAAAATAATA-TAAATTTATTAAT-ATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAAT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * ** * * * * *
52207 TTAAAAAATAAATATGTTTTCTGAACACTTTTAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATCTATT
64 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
52272 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGCTTTT-GTTCATAA
128 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCGTTCATAC
* * * * *
52325 AAGCTTATTCGAAAT-AAATTATACTAATTTATTAA-AATTTCAAAAATTATTAAATAAAAGATT
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATTT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * * * * * * *
52388 TAAAAAATAAATATTTTTACTGAGAGAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATTTATTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTT
* * *
52453 CAAATCGTTATAATCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTC-TACTCATAC
129 CAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGT--TCATAC
** **
52505 AAATTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT-ATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGA-T
1 AAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATT-TAAAAATTAATAAGTAAGAGATT
* * *** * * * * * * *
52568 TGAAAAATAAATCTGTTAATTGAATAAGTTCAACTAGTCAT-ATCCATTTGAACTATCATTTGTT
65 TAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAT-AGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAACAATTATCTATT
** *
52632 TCAAATTGTTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG--TT-GATTCATAC
128 TCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCG-TTCATAC
** ** * * *
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66 AAAAA
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Statistics
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AAAAAATAAATCTGTTTACCAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCGTTCATAC
Found at i:50593 original size:15 final size:16
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*
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50590 TAAAAGATTTAATAAA
1 TAAAAGATTTAATAAA
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1 TAAA
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAAAAGATTTAATAAA
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52251 CTATTTGAAG
* * *
52261 AATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAATCAATTGCTTTTGTTCATAAA
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* * *
52326 AGCTTATTCGAAATAAATTATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTATTAAATAAAAGATTTAA
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* * * * * *
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*** * * * * * * *
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*
52521 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTGGAGATTGAAAAATAAATCTGTTA
260 AAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTGAAAAATAAATCTGTTA
** * * * * * *
52586 ATTGAATAAGTTCAACTAGTCATATCCATTTGAACTATCATTTGTTTCAAATTGTTATGACATTT
325 ATCAAATAAGTTCAAATAATCATAGCCATTTGAACAATCATTTATTTCAAATTGTTATGAAATTT
* *
52651 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGATTCATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTTT
390 TGTTTTGTCATAAAACAATTGTTGATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* **
52716 TAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTCAAAAACTAATATGTTTATTGAACCAATTCAAATTATT
455 TAATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTCAAAAAATAATATGTTTACCGAACCAATTC--ATTATT
* * * * *
52781 GTGATCTTTGTTTTGTCATTCAGCAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATT
518 GTGAACATTGATCTAT-ATTCA-CAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATT
52846 GGTAAATTAATAAGAGATTTAAAATATAAATGTGTTTGACAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA
581 GGTAAATTAATAAGAGATTTAAAATATAAATGTGTTTGACAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTA
52911 TTAAAAC
646 TTAAAAC
* *
52918 AATTATCTATTTCAAATTGTTCTAACCTTTTATTTAGTCATAAAAT-AATT-TTTTCAGTTCATA
1 AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCAT-AAATCAATTCTTTT--GTTCATA
* * * * *
52981 TATA-CTTATTTGAAATAAAATAATGCTAATTTATTAACATTT-AGAAAA-TAATACATAAGAA-
63 -AAAGCTTATTCGAAAT-AAATAATACTAATTTATTAAAATTTCA-AAAATTAATAAATAA-AAG
* *
53042 ATTAAAAAAATAAATCTATTTA-TCGA-ACAAGTTCAAATAGTTATGACTGTTTGAACAATTATC
124 ATTAAAAAAATAAATATATTTACT-GAGA-AAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * *
53105 TATTTAAAATAAATATGACCTTTTTTTTTATCATAAAACCATTATTCCAATTCATA-AAAGCTCA
187 TATTTAAAATAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTCCAACTCATACAAA-CTCA
* * * *
53169 TTTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATT-TCAAAAATTGATAAGTTAGAGATTTACAAAA
251 TTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAAATTAATAAGTTAGAGATTGA-AAAA
* ** ** * * * *
53233 TAAGT-TAGTTTGTCAAATTGGTTGAAATAATTATGGCCATTTGAACAATTATTTATTTCAAATT
314 TAAATCT-GTTAATCAAATAAGTTCAAATAATCATAGCCATTTGAACAATCATTTATTTCAAATT
* * * **
53297 GTTATGAAAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTT-TTATCATACACACCTATTTGAAATAAA
378 GTTATG-AAATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTGAT-TCATACAAAACTATTCAAAATAAA
* * * *
53361 ATAATATTAATTTATTAATATTTCAAACATTTATAAATAGGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
440 ATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA-A-TT-T-AATAAGAGATTCAAAAAAT-AATATGTTTA
* *
53426 CCGAACCAGTTC-TTGTT-TGAACAATT-ATCTAT-TTCA-AATTGTT
500 CCGAACCAATTCATTATTGTGAAC-ATTGATCTATATTCACAATTGTT
53469 ATAACCTTTC
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 78, Indels: 44
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (652 bp):
AATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTATTTAGTCATAAATCAATTCTTTTGTTCATAAAA
GCTTATTCGAAATAAATAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAATAAAAGATTAAAA
AAATAAATATATTTACTGAGAAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAA
TAAATATAACCTTTTGTTTTATCATAAAACAATTATTCCAACTCATACAAACTCATTTGAAATAA
AATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTTAGAGATTGAAAAATAAATCTGTTAA
TCAAATAAGTTCAAATAATCATAGCCATTTGAACAATCATTTATTTCAAATTGTTATGAAATTTT
GTTTTGTCATAAAACAATTGTTGATTCATACAAAACTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATT
AATATTTCAAAATTTAATAAGAGATTCAAAAAATAATATGTTTACCGAACCAATTCATTATTGTG
AACATTGATCTATATTCACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTCAGAGTAAAATATTGGTAA
ATTAATAAGAGATTTAAAATATAAATGTGTTTGACAAACCAATTCAAATAGTTAAGACTATTAAA
AC
Found at i:53954 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 53650--56085 Score: 1657
Period size: 181 Copynumber: 13.6 Consensus size: 181
53640 TGTTTATTCA
*
53650 AAATAAAATAAAACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG-ATTCAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAA
* ** * * * ** * *
53714 TCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTAT
65 TATATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * *
53779 AACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGGTTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
53831 AAATAAAATAAAACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * * * * ** * *
53896 TTGTTTGCTGAGCCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
66 ATATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
* * * *
53961 A-CTTTTG-TTTGTCATAAAAGAGGTT-TGTT-TGAATTCATACTAGCCTATTTG
131 ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACA-ATTAT-TTCTG--TTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * * * *
54012 GAATAAAATAA-AATGAATTTACTAATATTTCAAAAAATAATAAATAAGATATTTAAAAAATAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* * * * *
54076 TCTATTTACCT-AACTAATTCAAATAATTATGACTATTTGAAGAATTATATATTTCAAATCGTTA
65 TATATTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * *
54140 TGACCTTTTGTTTTGT--T-TACCTAATCATCTT-GGTT--T----G----TTTG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTAT-TTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * *
54181 AAATAAAGTAATAATAGTCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT----GATTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
* * * ** *
54242 CTATTTA-TCAAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTT-AAATCGTTAT
66 ATATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT
* * * * * *
54305 GACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTG
130 GACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
54357 GATTAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTCAA-A-AATTTTAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAGAGAA-TTAAAAAATAA
* ** * * *
54420 ATATATTTATTGAACTAGACCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCATATCGTTA
64 ATATATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * ** * **
54485 TGACTTTTTGTTTTGTCATAAAAGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
54538 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATAATCCAAAAATTAATAA-TAA-ACAAATTTAAAAAATGA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGA-GAA-TTAAAAAATAA
* * * * * * * * *
54601 ATCTGTTTACTAAACATACTT-AAATAATTAT-AATCGTTTGAATAATTATCTATTTGAAATAG-
64 ATATATTTACTGAAC-TAGTTCAAATAGTTATGACT-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGT
* * * ** * *
54663 CATAACCTTTTGTTTTGT--TAAAAAAAAAATTTCTGTTCATCCAAGCTTATTTC
127 TATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * *
54716 AAATAAAATAATA-TAAATTTGTTAATA-TT-AAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAAT
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAA-A-AATTAATAAGTAAGAGA-ATTAAAAAAT
* * * * * * *
54778 AAATTTGTTTACT-AAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAACTT
62 AAATATATTTACTGAACT-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC
** * * * * *
54841 GTTATGATTTTTTGTTTTGTTATAGAA-AATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCG
125 GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * ** * * *
54897 GATTAAAATAATATTAATTTGTAAATATTTTGACAATTAATAAGTAA-AAAATTTAAAAATTAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAAA
* * *
54961 TATATTTACTGAA-TAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTA
65 TATATTTACTGAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
55025 TGACCTTTTCTTTTG-CAATAAAACACTTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTG
129 TGACCTTTTGTTTTGTC-ATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * *
55078 AAGTAAGATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAATAAA-ATA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAA-AAATAAA
* * * * *
55142 TATGTTTA-TCGAA-TAAGTTCAAATAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATT
65 TATATTTACT-GAACT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* ** * * *
55205 ATAACCTTTTTGTTTTGTGTCATAAAACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC
128 ATGACC-TTTTG-TTT-TGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
** * * * *
55262 AAATAAAAT-ATTTTAAATTTATTAACAATCCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-ATTAAAAAATAA
* * * * *
55324 ATATGTTTTCTGAA-TATGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAGAATTATCTATTTCAAATTGTT
64 ATATATTTACTGAACTA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTT
* * * * ** * * * *
55388 ATGACCCTTTT-TTTGGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTGTAAAACCTTTTTTTT
128 ATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGC-TTATTTG
* * * * *
55443 ATATAAAATAATACAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAG-ATTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATT-AAAAAATAAA
* * * * * * * * *
55507 TTTATTTGCCT-AGCAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTA
65 TATATTT-ACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * * **
55571 TGATCTTTTGTTTTTTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTTG
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * ** *
55624 AAATAAAATAAAACTAATTTATTAGTA-TTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAA
* * ** * * * * * * *
55688 TCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTCATGTCCATTTGAACT-ATTATCTTTTTCAAATCATAA
65 TATATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* ** * * * ** **
55752 TGA-C-ATTGTTTTGTTGTAAAATAATT-GTTCTGTTCATGCAAAATTATTCA
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * ** * *
55802 AAATAAAATAATACTTATATATTAAGATTTTGATAATT-A-AA--AAGAGATTTAAAAACA-AAA
1 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAA-ATAAA
* ** * * * * * *
55862 TCTATTTACCAAAAC-AATTCAAATATTTATGACTATTTGAACACTTATCTATCTCAAATCTTTA
65 TATATTTA-CTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTA
* * * * *
55926 TGATC-TTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCCT-TTCTTACAAGCTTATTT-
129 TGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTT-CTGTTCATACAAGCTTATTTG
* * * * * *
55977 AGATTAAAATAATACTAATTAAATAATATTCCAAAAGTTAGTAAGTAAGA-AATTTAAAAAATAA
1 A-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAA-TTAAAAAATAA
* * * * * *
56041 ATGTATTT-GTCAAACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAA
64 ATATATTTACT-GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAA
56086 AACAATTATT
Statistics
Matches: 1778, Mismatches: 376, Indels: 203
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 22 0.01
165 60 0.03
166 7 0.00
167 2 0.00
168 1 0.00
169 38 0.02
170 3 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
174 62 0.03
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Consensus pattern (181 bp):
AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAATTAAAAAATAAAT
ATATTTACTGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATG
ACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTCTGTTCATACAAGCTTATTTG
Found at i:55737 original size:546 final size:529
Alignment explanation
Indices: 53650--58855 Score: 1748
Period size: 540 Copynumber: 9.8 Consensus size: 529
53640 TGTTTATTCA
* * *
53650 AAATAAAATAAAACT-AATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA-TTCAAAAAATAA
1 AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-A-ATCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAA
* * * * * * * ** * **
53713 ATCTATTTACCAAACTAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTGTAAACTTCAAATCATTA
61 ATATGTTTTCTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTA
* * * * * * * * * * *
53778 TAACCTTTTGGTTTGTCATAAAACAATTATTTTTGTTCATACAAGGTTATTTGAAATAAAATAAA
125 TGA-CTTTT-TTTTGTTAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTTTTTGGATTAAAATAAT
* * * * * * * * *
53843 ACTAATCTAATAATATTCCAAAAGTTAATAACTAAGAGAA-TTAAAAAATAAATTTGTTTGCTGA
186 ACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-A-AATTTAAAAAATAAATATATTTACTGA
* * * * ** * *
53907 GCCAGTTCAAATATTTAAAACTATATGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTG-TTT
249 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTT
* ** * * * * *
53971 GTCATAAAAGAGGTTTGTTTGAATTCATACT-AGCCTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTAC
314 TTCATAAAA-A-AATTGTTT-CATTCATA-TAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACT-AATTTAT
* * * * * *
54034 TAATATT-TCAAAAAATAATAAATAAGATATTTAAAAAATAATTCTATTTACCTAACTAA-TTCA
374 TAATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAAC-AAGTTCA
* * * * * * *
54097 AATAATTATGACTATTTGAAGAATTATATATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTT----
437 AATAGTTATGTC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACAG-CATAACCTTTTGTTTTGTTAAAA
** * *** * * *
54157 ------TACCTAATCATCTTGGTTTGTTTG
500 AAAAAATTTCTATTCATCCAAGCTTATTTC
* * * * *
54181 AAATAAAGTAATA-ATAGTCTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT--GA-TTTAAAAAATAAAT
1 AAATAAAATAATATA-AATTTATTAA-A-ATCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAAT
* * * *
54242 CTATTTATC-AAACTAGTTTAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTT-AAATCGTTAT
63 ATGTTT-TCTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTAT
* *
54305 GACTTTTTGTTCTATTATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATA
126 GACTTTTT-TT-TGTTAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTTTTTGGATTAAAATAATA
* * *
54370 CTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTCAAAAATTTTAAAAATAAATATATTTATTGAAC
187 CTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAAC
* ** * * *
54435 TAGACCAAATAATCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCATATCGTTATGACTTTTTGTTTTG
251 AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTTGTTTTT
* * **
54500 TCATAAAAGAATTATTTCAATTCATATAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
315 TCATAAAAAAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA
* * * * * * * *
54565 ATCCAAAAATTAATAA-TAAACAAATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACATACTT-AAATAA
379 TTCTAAAAATTAATAAGT-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACA-AGTTCAAATAG
* * * *
54628 TTATAATCGTTTGAATAATTATCTATTT-GAAATAGCATAACCTTTTGTTTTGTTAAAAAAAAAA
442 TTAT-GTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACAGCATAACCTTTTGTTTTGTTAAAAAAAAAA
*
54692 TTTCTGTTCATCCAAGCTTATTTC
506 TTTCTATTCATCCAAGCTTATTTC
* * *
54716 AAATAAAATAATATAAATTTGTTAATATTAAGACAATTAATAAGTAAAAGATTTTAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATCAA-A-AATTAATAAGT-AAA-ATTTTAAAAAATAAA
* * * *
54781 TTTGTTTACTAAATAAGTTCAAATCA-TTATGACTATTTGAGTAATTATTTATTTCAACTTGTTA
62 TATGTTTTCTAAAT-AGTTCAAAT-AGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTA
* * * * * *
54845 TGATTTTTTGTTTTGTTATAGAA-AATTATTTATGTTCATACAAGTTTATTCGGATTAAAATAAT
125 TGA-CTTTT-TTTTGTTATA-AACAATTGTTTCTATTCATACAACTTT-TTTGGATTAAAATAAT
* * ** * *
54909 ATTAATTT-GTAAATATTTTGACAATTAATAAGTAAAAAATTTAAAAATTAAATATATTTACTGA
186 ACTAATTTATTAAA-ATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGA
* * * *
54973 ATAATTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTT-CTT
249 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTT
* * * * *
55037 TTGCAATAAAACACTTGTTTCAGTTCATATAAGCTTATTTGAAGTAAGATAATACTAATTTATTA
313 TTTC-ATAAAAAAATTGTTTCA-TTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * * *
55102 ATATT-TCAAAAATTAATGAGTAAGAGAATTAAATAAA-ATATATGTTTATCGAATAAGTTCAAA
376 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA-AAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAA
* * ** *
55165 TAGTTATGATTATCTGAATAATTATCTATTTCAAAACATTATAACCTTTTTGTTTTGTGTCATAA
439 TAGTTATG-TCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACAGCATAACC-TTTTGTTTTGT-T-AAAA
* * *
55230 AACAATTGGTTCTATTCATGCAAGCTTATTTC
500 AAAAAAT--TTCTATTCATCCAAGCTTATTTC
* *
55262 AAATAAAATATTTTAAATTTATTAACAATCCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATA
1 AAATAAAATAATATAAATTTATTAA-AAT-CAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATA
* * *
55327 TGTTTTCTGAATATGTTCAAATAGTTATGATTATTTGAAG-AATTATCTATTTCAAATTGTTATG
64 TGTTTTCTAAATA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATG
* * ** * **
55391 ACCCTTTTTTTGGTCATAAACCAATTGTTTCTATTTGTAAAACCTTTTTTTTATATAAAATAATA
127 A--CTTTTTTTTGTTATAAA-CAATTGTTTCTATTCATACAA-CTTTTTTGGAT-TAAAATAATA
* * * * * *
55456 CAAATTTATTAAAATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTAAAAAAATAAATTTATTTGCCT-AG
187 CTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAA-ATTTAAAAAATAAATATATTT-ACTGAA
* * * * * *
55520 CAAGTTCAAACAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTTAAATTGTTATGATCTTTTGTTTT
250 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTTT
* ** * *
55585 TTCATAAAAAAATTGTTTCTATTCATACAAATTTATTTGAAATAAAATAAAACTAATTTATTAGT
314 TTCATAAAAAAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAAT
**
55650 ATTCTAAAAATTAATAAGTTTGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
378 ATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGT
* * * ** * * ** * *
55715 CATGTCCATTTGAACT-ATTATCTTTTTCAAATCATAATGA-C-ATTGTTTTGTTGTAAAATAAT
443 TATGT-CATTTGAA-TAATTATCTATTTCAAAACAGCATAACCTTTTGTTTTGTTAAAAAAAAAA
* * **
55777 TGTTCTGTTCATGCAAAATTA-TTC
506 T-TTCTATTCATCCAAGCTTATTTC
* * * ** * * *
55801 AAAATAAAATAATACT-TATATATTAAGATTTTGATAATTAAAAAG--AGA-TTTAAAAACA-AA
1 -AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-A-ATCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAA-ATAA
* * * * * * * * * * *
55861 ATCTATTTACCAAAACAATTCAAATATTTATGACTATTTGAACACTTATCTATCTCAAATCT-TT
61 ATATGTTT-TCTAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAAT-TGTT
* * * * * *
55925 ATGATCTTTATTTTGTCAAAAAACAATTGTTTCCT-TTCTTACAAGCTTATTTAGATTAAAATAA
124 ATGA-CTTTTTTTTGT-TATAAACAATTGTTT-CTATTCATACAA-CTTTTTTGGATTAAAATAA
* * * * * * * * *
55989 TACTAATTAAATAATATTCCAAAAGTTAGTAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATGTATTT-GTCA
185 TACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACT-G
* * * * * ** **
56053 AACTAGTTCAAGTAGTTAAGACTATTAGAATAAAACAAT-TATTTC--A--GTTCAT-AC--AAG
248 AACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAAT--AATTATCTATTTCAAATCGTT-ATGACTTTTG
* * * ** *
56110 CTTATTCA-AAATAAAA------CA---ATACTAA-TTTA-TT-AACATTCGAA-AA-AGTAA-T
310 TTTTTTCATAAA-AAAATTGTTTCATTCATA-TAAGCTTATTTGAA-A-TAAAATAATACTAATT
* ** * * *
56159 GAGCAATA--C----ATTTAA-AA--AA-A-A--T--AAAAT--A--TGTTTGCCAAACAAGTTG
371 TATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTC
* * * * * * * *
56205 AAATAGATT-TGACTATTTGAACAATTATCTATTT-AAAGTC-GTTATGACTTTTTGTTTT-ATC
436 AAATAG-TTATGTC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAA-ACAG-CATAACCTTTTGTTTTGTTA
* * * ** * * *
56266 ATAAAACAATTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCTG
497 AAAAAAAAATT-TCT-A-TTCATCCAAGCTTATTTC
* * * * * * * *
56302 AAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTC-AAAAGTAATAAGCAAGATATTTAAAAACTGAAG
1 AAATAAAATAATATAAATTTATTAA-A-ATCAAAAATTAATAAGTAAAAT-TTTAAAAAAT-AAA
* ** * * * ** * **
56366 T-TGTTTTTTAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATATCAATCTCAAAATCATTAT
62 TATGTTTTCTAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTC-AAATTGTTAT
* * *** *
56430 GATCTTTCTTTTT-TCTCATAAAACAATTGTTTTTGA-TCATACAAGCTTATTCAAATAAAAATA
126 GA-CTTT-TTTTTGT-T-AT-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-CTTTTTTGGATTAAAATA
* * * * * * * **
56493 ATACTAATTTAATAATA-TTCTAAAATTAATAAG---AGATTTAAAAAATAAATGTGTTTGCCAA
184 ATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGA
* ** * * * * * *
56554 ATC-AGTTCAAATAGTTACAACTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAATCATTTTGACCTTT-TTA
249 A-CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTT
* * * ** * *
56617 GTT-ATATAATAATCATTTCAATTCATACAAGTTTATTT-AGAATAAAATAATACTAATTTATTA
313 TTTCATAAAAAAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGA-AATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
56680 ACATTCAAAAAATTAATAAGCATGATATTTGAGAAAAT-AATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
376 ATATTCTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAAT
* * * * ***
56744 AGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTT---AA-A--ATAA--TTATGACAT-TT--------
440 AGTTATGTC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACAGCATAACCTTTTGTTTTGTTAAAAAAAA
* ** *
56792 -GTTT-TAGTTCATAAAAGCTTA-TCC
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* * * *
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1 -AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-A-ATCAAAAATTAATAAGTAA-AATTTTAAAAAATAA
* * * * * * ** * * * **
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61 ATAT-GTTT-TCTAAAT-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGT
* * * * * * *
56943 TATTACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTT-TCA-ACATACAAGCTTTTTCT-AAATAAAA
123 TATGA-CTTTT-TTTTGTTAT-AAACAATTGTTTCT-ATTCATACAA-CTTTTT-TGGATTAAAA
* * ** **
57005 TAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TAATAAG---AAATTTAAAAAGCAAATCA-ATTTGT
182 TAATACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAAT-ATATTTAC
* * * * * ** * *
57065 TAAACTAA-TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTGTTTCAAATTTTTATAACCTTTG
246 TGAAC-AAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTG
* * * * * * * *
57129 TTCTATCATAAAATAATTTTTTGC--TCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAG
310 TTTTTTCATAAAAAAATTGTTT-CATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * *
57192 TGATATTCTAAAAATTAATAACTATA-AGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTGT-CC-ATCCAGTT
374 TAATATTCTAAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAA-TC-TGTT-TACCAAACAAGTT
* * * * * ** * *
57253 CAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTC-AAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTCAT
435 CAAATAGTTATGTC-ATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACAG-CATAACCTTTTGTTTTGT--T
* ** * *
57317 AAAATAATTATTTC-AGCTCATACAAGCTTA-TTC
496 AAAAAAAAAATTTCTA-TTCATCCAAGCTTATTTC
* * * * * * * * *
57350 GGAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGTAAGGGA-TTTAGAAAATAA
1 -AAATAAAATAATATAAATTTATTAA-A-ATCAAAAATTAATAAGTAA--AATTTTAAAAAATAA
* * * * * * * * * *
57414 TTCTATTTACAAAACCAGTTCAAAAAATTATAACTATTTGCA-CAATTATCTATTTCAAATTGTT
61 ATATGTTTTCTAAA-TAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG-AGCAATTATTTATTTCAAATTGTT
* * * * * * * * *** *
57478 ATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAA
124 ATGA-CTTTT-TTTTGTTAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAACTTT-TTTGGATTAAAATAA
* * * * ** * ** * **
57543 TACTAATTTATTAATATTTAAAAAATTAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGCAAATCTGCTTGCCAA
185 TACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGA
* ** * * * *
57608 ACAATTTCAAATAGTTTTTACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTT
249 ACAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CTTTTGTTT
* * * * * * * * * *
57673 TGTCATCAAACAATTGGTTCTATTTATACT-A-TTTCATTAGAAATAAAATAATGCAAATTTAAT
313 TTTCATAAAAAAATTGTTTC-ATTCATA-TAAGCTT-ATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATT
* ** * * * ** *
57736 AATATT-TCAAAACTTAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTACCGAACCAA-TTCAA
375 AATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACC-AAACAAGTTCAA
* * * * * * * * * *
57799 ATAGTTAAGACATATGAGTGATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTCTTCTTTTGTCATAAAA
438 ATAGTTATGTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACAG-CATAACCTTTTGTTTTGT--TAAAA
* ** * ** * *
57863 CAATTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTG
500 AAAAAATTTCTATTCATCCAAGCTTATTTC
* * * *** * *
57892 GATTAAAATAATACT-AATTTCA-TAATAT-TTCAACTAATAAGTAAGAGA-TTAAAAAAATAAA
1 AAATAAAATAATA-TAAATTT-ATTAAAATCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATAAA
* * * * * ** * * * *
57953 TTTGTTTACTGAATCATTTCAAATAGTT-TAGACTATTAGAATAATTATATACTTCAAATCGTTT
62 TATGTTTTCTAAAT-AGTTCAAATAGTTAT-GACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTA
* * ** * *
58017 TGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-ATTTCATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAA
125 TGACTTTTT-TTT-GTTAT-AAACAATTGTTTCTA-TTCATACAA-CTTTTTTGGATTAAAATAA
* * * * * *
58081 TATTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAG-AAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTG
185 TACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-A-ATTTAAAAAATAAATATATTTACTG
* * * * * * * * *
58145 AGCAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATAACATTTT
248 AACAAGTTCAAATAG---TCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGAC-TTTT
** * * * * ** * *
58210 AATTTGTCATAAAATAATTGTTTCGATTAATACAAGCTTAAATGGAATAAAATAATATTAATTTA
309 GTTTTTTCATAAAAAAATTGTTTC-ATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTA
*
58275 TTAATATTTCCT--AAATTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAA-TT
373 TTAATA-TT-CTAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAA-CAAGTT
* * * * * ** * * * *
58333 AAAATAATTATGGCCATTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTG-TCAT
435 CAAATAGTTAT-GTCATTTGAATAATTATCTATTTCAAAACAGCATAACCTTTTGTTTTGTTAAA
* * * *
58397 AAAACAATTGTTTTTGATCATACAAGCTTA-TTC
499 AAAAAAATT-TCTAT--TCATCCAAGCTTATTTC
* * ** * *
58430 AAAATAAAATAATACT-AATTGATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAATAGA-TTTAAACAATA
1 -AAATAAAATAATA-TAAATTTATTAA-A-ATCAAAAATTAATAAGTAA-A-ATTTTAAAAAATA
* * ** * * * * ** * *
58493 AATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAGTTAAACAATTATCAATCTCAAATTCTT
60 AATATGTTTTCT-AAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTT
** * * * * *
58558 AAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTAATCATAGAAGTTTATTTGG-TTAAAAATAA
124 ATGA-CTTTTTTTTGTTAT-AAACAATTGTTTCTATTCATACAACTTT-TTTGGATT-AAAATAA
* * * * * *
58622 TACTAATTTAATAATATTCCAAAAATTAATAAG---AGA-TT--AAAA-AAATGTATTTGCTGAA
185 TACTAATTTATTAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAA
* * ** * *
58680 CCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTCA-AACCTTTTGTT
250 CAAGTTCAAATAGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTC-AAATCGTT-ATGA-CTTTTGTT
** * * * * * * * * * *
58743 TAGTCACAAAATATTTGTTTCATGTCTTAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAGTCCAAATTTATGA
312 TTTTCATAAAAAAATTGTTTCAT-TCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTA
* * * * * *
58808 ACATT-TGGAAAATTAATAAGCAAAAGATTTAAAAAATTAATCTATTTA
376 ATATTCT-AAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA
58856 TTGAACAAGC
Statistics
Matches: 3606, Mismatches: 773, Indels: 589
0.73 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
496 4 0.00
497 48 0.01
498 12 0.00
499 24 0.01
500 83 0.02
501 11 0.00
502 39 0.01
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509 3 0.00
510 6 0.00
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548 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (529 bp):
AAATAAAATAATATAAATTTATTAAAATCAAAAATTAATAAGTAAAATTTTAAAAAATAAATATG
TTTTCTAAATAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAGCAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTT
TTTTTTGTTATAAACAATTGTTTCTATTCATACAACTTTTTTGGATTAAAATAATACTAATTTAT
TAAAATTTCAAAAATTAATAAGTAAAAATTTAAAAAATAAATATATTTACTGAACAAGTTCAAAT
AGTCATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACTTTTGTTTTTTCATAAAAAAA
TTGTTTCATTCATATAAGCTTATTTGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAAATTA
ATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGTCATTTGAA
TAATTATCTATTTCAAAACAGCATAACCTTTTGTTTTGTTAAAAAAAAAATTTCTATTCATCCAA
GCTTATTTC
Found at i:56902 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 56657--56967 Score: 371
Period size: 161 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
56647 GTTTATTTAG
* * *
56657 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGATATTTGAGAAAATAATC
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAATC
* * * * *
56722 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATAATTATGA
66 TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATAATTATGA
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131 CCATTTGTTTTA--TCATAAAAGCTTATCCAA
* *
56818 AATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGCAAGAAATTT-AAAAAATAAA
1 AATAAAATAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAAT-AA
* * * * * *
56881 T-TAGTTTATCGAATC-AGTTCAAATAATCATGGCCATTTAAATAACTATCTATTTTAAATCATT
64 TCT-GTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATAATT
* *
56944 ATTACCTTTTGTTTTATCATAAAA
127 ATGACCATTTGTTTTATCATAAAA
56968 TAATTGTTTT
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 18, Indels: 11
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
160 15 0.12
161 95 0.75
162 17 0.13
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.06, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
AATAAAATAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAAATTTGAAAAAATAATC
TGTTTACCAAACAAGTTCAAATAATCATGACCATTTAAACAACTATCTATTTAAAATAATTATGA
CCATTTGTTTTATCATAAAAGCTTATCCAA
Found at i:57255 original size:514 final size:513
Alignment explanation
Indices: 56275--57292 Score: 1098
Period size: 514 Copynumber: 2.0 Consensus size: 513
56265 CATAAAACAA
** *
56275 TTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCTGAAATAAAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAGTA
1 TTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTA
* * * ** * * * *
56340 ATAAGCAAGATATTTAAAAACTGAAGTTGTTTTTTAACCACTTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
66 ATAAGCAAGAAATTTAAAAAATGAAATTGTTTTCGAACCACTTCAAATAATCATGACCATTTAAA
* * * * *
56405 CAAATATCAATCTCAAAATCATTATGATCTTTCTTTTTTCTCATAAAACAATTGTTTTTGATCAT
131 CAAATATCAATCTCAAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACAT
*
56470 ACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAGAGATTTAAA
196 ACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAGAAATTTAAA
* *** * * *
56535 AAATAAATGTGTTTGCCAAATCAGTTCAAATAGTTACAACTATTAGAATAGTTATCTATTTCAAA
261 AAACAAATCAATTTGCCAAATCAATTCAAATAGTTACAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
* * * * *
56600 TCATTTTGACCTTTTTAGTTATATAATAATCATTTCAATTCATACAAGTTTATTTAGAATAAAAT
326 TCATTTTAACCTTTTTAGTCATAAAATAATCATTTC-A-TCATACAAGCTTATTGAGAATAAAAT
* * * * *
56665 AATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATGATATTTGAGAAAATAATCTGTTTACC
389 AATAATAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATAAGATTTGAAAAAATAATCTGTTTACC
* *
56730 AAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTCAACAATTATCTATTTAAAATAATTATGACAT
454 AAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTAAAATAATTATGACAT
* * *
56790 TTGTTTTAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
1 TTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTC-AAAAGT
* * *
56855 AATAAGCAAGAAATTTAAAAAAT-AAATTAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATTT
65 AATAAGCAAGAAATTTAAAAAATGAAATT-GTTT-TCGAACCACTTCAAATAATCATGACCATTT
* * * ** * *
56919 AAATAACTATCTAT-TTTAAATCATTATTACCTTT-TGTTTTATCATAAAATAATTG-TTTTCAA
128 AAACAAATATCAATCTCAAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAA
* *
56981 CATACAAGCTTTTTCTAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAAGAA-TAATAAGAAA
193 CATACAAGCTTATTC-AAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCT-AA-AATTAATAAGAAA
* ** * ** * *
57043 TTTAAAAAGCAAATCAATTTGTTAAA-CTAATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTG
255 TTTAAAAAACAAATCAATTTGCCAAATC-AATTCAAATAGTTACAACTATTAGAACAATTATCTA
* **
57107 TTTCAAAT-TTTTATAACCTTTGTTCTA-TCATAAAATAATTTTTTGC-TCATACAAGCTTATTC
319 TTTCAAATCATTT-TAACC-TT-TT-TAGTCATAAAATAATCATTT-CATCATACAAGCTTATT-
* * *
57169 GA-AATAAAATAATAATAATTTAGTGATATTCTAAAAATTAATAA-CTATAAGATTT-AAAAAAT
378 GAGAATAAAATAATAATAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAAGC-ATAAGATTTGAAAAAAT
* * * * *
57231 AAATTCAT-TTGT-CC-ATCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATTTATTTCAAAT
442 -AA-TC-TGTT-TACCAAACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTAAAAT
57293 TGTTATAAAC
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 71, Indels: 37
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
513 12 0.03
514 214 0.52
515 90 0.22
516 63 0.15
517 35 0.08
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.07, T:0.39
Consensus pattern (513 bp):
TTGTTTAAGTTCATAAAAACTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAGTA
ATAAGCAAGAAATTTAAAAAATGAAATTGTTTTCGAACCACTTCAAATAATCATGACCATTTAAA
CAAATATCAATCTCAAAATCATTATGACCTTTCTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTTTCAACAT
ACAAGCTTATTCAAATAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCTAAAATTAATAAGAAATTTAAA
AAACAAATCAATTTGCCAAATCAATTCAAATAGTTACAACTATTAGAACAATTATCTATTTCAAA
TCATTTTAACCTTTTTAGTCATAAAATAATCATTTCATCATACAAGCTTATTGAGAATAAAATAA
TAATAATTTAGTAACATTCAAAAAATTAATAAGCATAAGATTTGAAAAAATAATCTGTTTACCAA
ACAAGTTCAAATAGTTAAGACTATATCAACAATTATCTATTTAAAATAATTATGACAT
Found at i:57413 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 56790--58844 Score: 1318
Period size: 181 Copynumber: 11.5 Consensus size: 179
56780 ATTATGACAT
* * * *
56790 TTGTTT-TAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
1 TTGTTTCT-GTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * * * * * * * *
56854 TAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAATT-AGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATT
65 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCA-TTT-TCCAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * * * * *
56918 TAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAATAA
128 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
*** * * *
56971 TTGTTT-TCAACATACAAGCTTTTTCTAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-T
1 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
** ** * * * *
57034 AATAAG--A-A-ATTTAAAAAGCAAA-TCAATTTGTTAAACTAATTTAAATAGTTATGACTATTT
66 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTT-TCCAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* ** * * * *
57094 GAACAATTATCTGTTTCAAATTTTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAA
129 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
57145 TT-TTT-TGCTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAGTGATA-TTCTAAAAAT
1 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAAT
* * *
57207 TAATAACTATA-AGATTTAAAAAATAAATTCATTTGTCCATCCAGTTCAAATAGTTAAGACTATA
65 TAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTCATTT-TCCAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * *
57271 TGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAA
128 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * *
57324 TTATTTCAGCTCATACAAGCTTATTCGGAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAATTT
1 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
57389 TATAAGTAAGGGATTTAGAAAAT-AATTCTATTTACAAAACCAGTTCAAAAAATTATA-ACTATT
66 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTC-ATTTTC-CAACCAGTTCAAATAGTTA-AGACTATT
* * **
57452 TGCACAATTATCTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
128 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTA-TAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * *
57505 TTGTTTTTGTTAATATAAGTTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAATT
1 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* ** * * * ***
57570 AATCAGTAAGAGATTTAAAAAGCAAA-TC-TGCTTGCCAAACAATTTCAAATAGTTTTTACTATT
66 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCAT--TTTCC-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * *
57633 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAA
128 TGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * * * *
57686 TTGGTTCTATTTATACTA-TTTCATTAGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACT
1 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
** * * * * * * *
57750 TAATAACCAAGAAAATTAAAAAATAAATTTAATTACCGAACCAATTCAAATAGTTAAGAC-ATAT
65 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTTCC-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
*** * * *
57814 GAGTGATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTTCTTTTGTCATAAAACAA
129 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * * *
57866 TTATTT-TGTTTGTACAAGCTTATTTGGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTC---AAC
1 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTCAAAAAT
* ** * * * * * *
57926 TAATAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCATTTCAAATAGTTTAGACTATTA
65 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTTC-CAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTT
* * * * * *
57991 GAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAA
129 GAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * *
58043 TTGTTTCAT-TTCATACAAGCTTATTC-AGAATAAATTAATATTAATTTATTAACATTTAAAAAA
1 TTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * *
58106 TTAATAAGAAAGAGATTTAAAAAATAAA-TC-TGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGTTATTATTA
64 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTT-C-CAACCAGTTCAAATAGTTA--A-GA
* * * * ** *
58169 TTATTTGAACAATTATCCATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCATAAAATAA
123 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAAC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * **
58227 TTGTTTC-GATTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAA
1 TTGTTTCTG-TTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAA
* * * * * * *
58290 TTAATAAG--A-A-ATTTAAAAAATAAA-T-ATGTTTACCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCA
64 TTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTT-CC-AACCAGTTCAAATAGTTAAGACTA
* * * * *
58349 TTTGAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAA
126 TTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-AACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * **
58404 TTGTTTTTGATCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTTGAAAATT
1 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
* * * * * * *
58469 AATAGGTAATAGATTTAAACAATAAA-TC-TGTTTACTGAACCAATTCAAATAGTTATGACTAGT
66 AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTT-C-CAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * *
58532 TAAACAATTATCAATCTCAAATTC-TTA-AAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
128 TGAACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATAACT-TTTGTTTTGTCATAAAACAA
** * * * ** * *
58584 TTGTTTCTAATCATAGAAGTTTATTTG-GTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATTCCAAAAA-
1 TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* * *
58647 T--TAA-TAAGAGA-TT--AAAA-AAATGT-ATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATT
65 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCATTTTC-CAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATT
* * * * * *
58704 AGAATAATTATCTATTTCAAAAT-GTTCA-AACCTTTTGTTTAGTCACAAAATAT
128 TGAACAATTATCTATTTC-AAATCGTT-ATAA-CTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
* * * * * * * **
58757 TTGTTTCATG-TCTTAGAAGCTTATTCGAAATAAAATAGTCCAAATTTATGAACATTTGGAAAAT
1 TTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAAT
* *
58821 TAATAAGCAAAAGATTTAAAAAAT
65 TAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
58845 TAATCTATTT
Statistics
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0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (179 bp):
TTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATT
AATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTCATTTTCCAACCAGTTCAAATAGTTAAGACTATTTGA
ACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
Found at i:58428 original size:361 final size:358
Alignment explanation
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Period size: 361 Copynumber: 5.8 Consensus size: 358
56780 ATTATGACAT
* * * * * **
56790 TTGTTTTAGTTCATAAAAGCTT-ATCCAAAATAAAATAATACTACTTTATTAATATTTCAAAAAT
1 TTGTTTT-GTTAATACAAGCTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAT
* * * * * * *
56854 TAATAAGCAAGAAATTTAAAAAATAAAT-TAGTTTATCGAATCAGTTCAAATAATCATGGCCATT
65 TAAT----AAGAAATTTAAAAAATAAATAT-GTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * * * * *
56918 TAAATAACTATCTATTTTAAATCATTATTACCTTTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTTCAACA
125 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCA
* *
56983 TACAAGCTTTTTCTA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAGAA-TAATAAG--A-A-
190 TACAAGCTTATTC-AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
** * ** * *
57042 ATTTAAAAAGCAAATCAATTTGTTAAACTAATTTAAATAG---TTATGACTATTTGAACAATTAT
254 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-AATTCAAATAGTTATTATGACTATTTGAACAATTAT
* ** * * * *
57104 CTGTTTCAAATTTTTATAACCTTTGTTCTATCATAAAATAA
318 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAACAA
* * * * *
57145 TT-TTTTGCTCATACAAGCTT-ATTCGAAATAAAATAATAATAATTTAGTGATA-TT-CTAAAAA
1 TTGTTTTGTTAATACAAGCTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCT--AAA
* * *
57206 TTAATAACTATAAGATTTAAAAAATAAATTCAT-TTGT-CC--ATCCAGTTCAAATAGTTAAGAC
64 TTAAT-A--AGAA-ATTTAAAAAATAAA-T-ATGTT-TACCAAAT-CAATTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * *
57267 TATATGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATAAACTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTC
121 TATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT
* * * * * *
57331 AGCTCATACAAGCTTATTCGGAATAGAATAAAATTAATTTATTAATATTTCAAAATTTTATAAGT
186 A--TCATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* * * ** * * * *
57396 AAGGGATTTAGAAAATAATTCTATTTACAAAACCAGTTCAAA-A--AATTATAACTATTTGCACA
249 AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAATTCAAATAGTTATTATGACTATTTGAACA
* * **
57458 ATTATCTATTTCAAATTGTTATTATTTTTTGTTTTGTCATAAAACAA
313 ATTATCTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA
* ** * ***
57505 TTGTTTTTGTTAATATAAG-TTTGTTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTAAAAAAT
1 TTG-TTTTGTTAATACAAGCTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAT
* ** * * * * *
57569 TAATCAGTAAGAGATTTAAAAAGCAAATCTGCTTGCCAAA-CAATTTCAAATAGTTTTTACTATT
65 T-A--A-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAA-TTCAAATAGTTATGACTATT
* * * * *
57633 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTATTTTGTCATCAAACAATTGGTTCTATTT
125 TGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTA-TC
* * * * * * **
57698 ATACTA-TTTCATT-AGAAATAAAATAATGCAAATTTAATAATATTTCAAAACTTAATAACCAAG
189 ATACAAGCTT-ATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG
* * * * * * ***
57761 AAAATTAAAAAATAAATTTAATTACCGAACCAATTCAAATAGTTA--A-GAC-ATATGAGTGATT
252 AGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAATTCAAATAGTTATTATGACTATTTGAACAATT
* *
57822 ATCTATTTCAAATCGTTATGACCTCTTCTTTTGTCATAAAACAA
316 ATCTATTTCAAATCGTTATAACCT-TTTTTTTGTCATAAAACAA
* ** * * *
57866 TTATTTTGTTTGTACAAGCTT-ATTTGGATTAAAATAATACTAATTTCA-TAATATTTCAACT-A
1 TTGTTTTGTTAATACAAGCTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTT-ATTAATATTTC--CTAA
* * * ** * *
57928 A-TAAGTAAGAGATTAAAAAAATAAATTTGTTTACTGAATCATTTCAAATAGTT-TAGACTATTA
63 ATTAA-TAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTAT-GACTATTT
* * * * * * *
57991 GAATAATTATATACTTCAAATCGTTTTGACTTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCATT-TC
126 GAATAATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT--TTATC
* * * * *
58055 ATACAAGCTTATTCAGAATAAATTAATATTAATTTATTAACATTTAAAAAATTAATAAGAAAGAG
189 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * * *
58120 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTGCTGAGCAAGTTCAAATAGTTATTATTATTATTTGAACAATTAT
254 ATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA-TTCAAATAGTTATTATGACTATTTGAACAATTAT
* * * * * *
58185 CCATTTAAAATCATTATAACATTTTAATTTGTCATAAAATAA
318 CTATTTCAAATCGTTATAACCTTTT-TTTTGTCATAAAACAA
* * * *
58227 TTGTTTCGATTAATACAAGCTTAAAT-GGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCCTAAAT
1 TTGTTTTG-TTAATACAAGCTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAAT
* * * *
58291 TAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAATTAAAATAATTATGGCCATTTGAAT
65 TAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAAT
* * *
58356 AATTATTTATTTCAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGATCATACA
130 AATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-ATCATACA
* * ** * *
58421 AGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTGATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAATAGATTTA
194 AGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTA
* * * * * *
58486 AACAATAAATCTGTTTACTGAACCAATTCAAATAG---TTATGACTAGTTAAACAATTATCAATC
259 AAAAATAAATCTATTTACTGAA-CAATTCAAATAGTTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * *
58548 TCAAATTC-TTAAAATCTTTGTTTTGTCATAAAACAA
323 TCAAA-TCGTTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAACAA
** * * * * * ** * *
58584 TTGTTTCTAATCATAGAAGTTTATTTGGTTA-AAAATAATACTAATTTAATAATA-TTCCAAAAA
1 TTGTTT-TGTTAATACAAGCTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCC-TAAA
* * * * ** * * ** *
58647 TTAATAAGAGA-TT--AAAA-AAATGTATTTGCTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTAGAA
64 TTAATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAA
* * * * * * * *
58708 TAATTATCTATTTCAAAAT-GTTCA-AACCTTTTGTTTAGTCACAAAATATTTGTTTCATGTCTT
129 TAATTATCTATTTC-AAATCATT-ATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTATCAT
* * * * * * ** * *
58771 AGAAGCTTATTC-GAAATAAAATAGTCCAAATTTATGAACATTTGGAAAATTAATAAGCAAAAGA
191 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* *
58835 TTTAAAAAATTAATCTATTTATTGAACAA
255 TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAA
58864 GCACTACAAC
Statistics
Matches: 1338, Mismatches: 305, Indels: 155
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
350 1 0.00
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366 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (358 bp):
TTGTTTTGTTAATACAAGCTTAATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCCTAAATT
AATAAGAAATTTAAAAAATAAATATGTTTACCAAATCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAATA
ATTATCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTATCATACAAG
CTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAA
AAATAAATCTATTTACTGAACAATTCAAATAGTTATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCA
AATCGTTATAACCTTTTTTTTGTCATAAAACAA
Found at i:60919 original size:354 final size:351
Alignment explanation
Indices: 60178--62064 Score: 1297
Period size: 361 Copynumber: 5.3 Consensus size: 351
60168 TTTGAGATGG
* * ** *
60178 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTCAACCGTT-TCCATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC-
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-C-TTGTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
** * * * * ** * *
60241 --T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTATATTA-TTCTGAA-AATTTTTTCAC
64 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGT-AT
* * * * * * * * *
60301 AAATAGAAACAATTT-TCTAATGACAAAAGAAAATGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTC
127 GAATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGATC
* * * *
60365 AAATGGCCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATT
192 AAATAGTCATAACTATTTGAA-TGTGCTCAG--AA-A-A-TTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATT
* * * *
60429 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-TTTTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAAAAA
250 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGC-TGTATGAATAG-AAAAA
* *
60493 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACTATTTTAAATAA
312 TTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCAT-ACAATTTAAAATAA
* * * * *
60535 ACAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCTGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * *
60600 TTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTGTTTCAAATATGCTTGTATGAA
65 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* *
60665 TAGAAACAATTTG-TTTATGGCAAAACAAAAGGTCACAACTATTTGAAATAGATAATTGATCAAA
130 TAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGATCAAA
* * *
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195 TAGTCATAACTATTTGAATGTGCTCAGAAAA-TTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAG
* * *
60792 AATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAAGCTCATATGAATAGAAAAATTGTTTTATG
259 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-AAATAAGCT-GTATGAATAGAAAAATTGTTTTATG
** * * *
60857 ACAAAACAAAAATTTGTAGCAATTTGATATAG
322 ACAAAACAAAAA-TCATA-CAATTTAAAATAA
* * * * *
60889 ATACTTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * * * * *
60954 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGTTTGAATGAA
65 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * *
61019 TAGAAACAA-TTGTTTTTTGATAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT-ATTCT
130 TAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGA-TCA
* *
61081 AACAGTCATAACTATTTGCACTAGT-C-CA-ACAAATTCATTTTTTAAATTCGTTACTTATTAAT
193 AATAGTCATAACTATTTG-AAT-GTGCTCAGA-AAATT-ATTTTTTAAATTC-TTACTTATTAAT
* * * * * *
61143 TTTTCGAATGTTAATAAAGTAGCATTACTTTATTCTAAATAAGGCTGTATGAATAGAAATAATTC
253 TTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAA-GCTGTATGAATAGAAA-AATTG
**
61208 TTTTATGACAAAACAAATGGTCATCACAATTTAAAATAA
315 TTTTATGACAAAACAAA-AATCAT-ACAATTTAAAATAA
* * * * *
61247 ATAATGGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA-TTGTTTAGTAAACAAATTTATATTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-
* *** * * * *
61311 TTT--TT-TTTATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTACTTCAAATAAACTTATATGA
64 TTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA
* * ** * * *
61373 ACAAAAAC-ATTTGTTTTATGAGGAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
129 ATAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGATCAA
* * * * * * *
61437 ATAGTCATAATTATCTGAACTAGTTTGGT-AAACAAAGTTATTTTTTAAATCCCTTATTTACTAA
194 ATAGTCATAACTATTTGAA-T-G--TGCTCAGA-AAA-TTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA
* * * * * * * *
61501 CTTTT-GAAATATTAATAAATTTGTTTTATTTTATTCTGAATAAGTTACTAAGAACTAAAAAAAT
252 TTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TAAATAAGCT-GTATGAA-TAGAAAAAT
* * * *
61565 TATTTTACGACAAAACAAAAGGTAATA-ATGATTTAAAATAA
313 TGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATACA--ATTTAAAATAA
* * * * * * * * * * * *
61606 AGAATTGTTCATATAGTCTTAGCTATTTAAACTAGTTTGGCAAATACATTTA-TTTTTAAACCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCT-GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* *** * * * *
61670 TTAGTTATTAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA
65 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA
* * * * * * * * *
61735 TAGAAATAA-TTGTTCTATAACATAACAAAAAGTTATAA-TAATTTGAAACATATAATTGTTCAA
130 TAGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGATCAA
** * * * *
61798 ATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAAGAGATTTATTTTTTACATCTCCTACTTATTAAT
194 ATAGTCATAACTATTTGAA-T-G--T-GCTCAGAAAATTATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAA-
* * **
61863 TTTTTA-AATATTAGTAAATTAGTATTATAAAATTTTATATCAAATGGGCTTGTATG-AT-GAAA
252 TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTA-T-T---ATTTTAT-TTAAATAAGC-TGTATGAATAG-AA
* * *
61925 AATAGTTATTTTATGACAAAACAAAAGTTCATA-ATGATTTGAAAT-A
309 AA-A-TTGTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATACA--ATTTAAAATAA
* * * * * ** * * *
61971 ATAATTATTCAAATGGCCATAATTTTTTGAACTAATTTGATAAACTAATTTATTTTTTAAATCTC
1 ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCTG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
* * *
62036 TAACTTATCAATTTTTGAAATATTAATAA
65 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
62065 GTAATAGTAT
Statistics
Matches: 1214, Mismatches: 245, Indels: 133
0.76 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
353 10 0.01
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356 16 0.01
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364 6 0.00
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ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (351 bp):
ATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTCTGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTT
TACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAT
AGAAACAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTGATCAAAT
AGTCATAACTATTTGAATGTGCTCAGAAAATTATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTAGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTAAATAAGCTGTATGAATAGAAAAATTGTTTTATGACAA
AACAAAAATCATACAATTTAAAATAA
Found at i:61090 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 60154--62064 Score: 1517
Period size: 181 Copynumber: 10.7 Consensus size: 181
60144 AAGCGTAGAT
* * * * * * *
60154 AAAGATCATAACGATTTGAGATGGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTTCAAC-CGTTTCCA
1 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAG-TT-CA
* * * *
60218 -TAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATCAATATTA
64 GTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA
* * * ** * ** * *
60278 TATTATTCTGAA-AATTTTTTCACAAATAGAAACAATT-TTCTAATGACAAAAGA
129 TTTTATTTTAAATAAGCTTGT-ATGAATAGAAACAATTGTT-TTATGACAAAACA
* * ** * * * *
60331 AAATGTTATAACAATTTCAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCATAACTATTTGAACTTGTTCAGT
1 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
* * *
60396 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATT-TT
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * *
60460 TTATTCCAAATAAACTTGTTTGAATAGAAAAAATTGTTTTATGACAAAACA
131 TTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * *
60511 AAAGATCATAACT-ATTTTAAATAAACAATTGTTCAAACAATCATAACTATTTGAACTTGCTCTG
1 AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG
* * * * * *
60575 TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTAT
65 TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT
* * * *
60640 TTTGTTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATT-TGTTTATGGCAAAACA
130 TTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGT-TTTATGACAAAACA
* * *
60692 AAAGGTCACAACT-ATTTGAAATAGATAATTGATCAAATTGTCATAACTATTTGAA-T-GTGCTC
1 AAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGT--TC
* * * *
60754 AG---A-AAACTT-TTTTTT-AAT-TTTTACTTATTAATTTTTTG-AATATTAACAAATTTGTAT
63 AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTAT
* **
60811 TATTTTATTTAAAATAAGCTCATATGAATAGAAA-AATTGTTTTATGACAAAACA
127 TATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
** ** *** * * * * *
60865 AAAATTTGTAGCAATTTGATATAGATACTTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGT
1 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
* * * *
60930 AAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATC
66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
60995 TTATTTTAGATAAGTTTGAATGAATAGAAACAATTGTTTTTTGATAAAACA
131 TTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * *
61046 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAACAGTCATAACTATTTGCACTAG-TC---
1 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
* * * * *
61107 CAACAAATTCATTTTTTAAAT-TCGTTACTTATTAATTTTTCG-AATGTTAATAAAGTAGCATTA
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* * * *
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* * ** * * * * * * *
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1 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
* * * ** *
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66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * * **
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* * * * **
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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131 TTATTTTAAATAAGCTT-GTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * * ** *
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1 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
* * * * ** * *
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66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT
** * * * * *
61711 TTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTCTATAACATAACA
131 TTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * *
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1 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAGT
* * * * * *
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66 AAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-T-T-
* * ** * *
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128 --ATTTTATTTTAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA-A-TTGTTTTATGACAAAACA
* * * * * * * *
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1 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAG-
* * *
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** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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* *
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** * *
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* * * * **
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** ** * * * * **
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* * *
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* * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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*** * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 AA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTC
* * * * * * * * * * *
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*** * * * *
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* * * * * * * * *
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1 AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCA
* * * * * * *
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** * * **
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* * *
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** * * * *** * * * * * *
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*
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125 AATTTTTGGAATATTAATAA
62065 GTAATAGTAT
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AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAA
ACAGTCATAACTATTTGAACTTGCTCGCAACAAATTCATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTT
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Found at i:62603 original size:180 final size:178
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** * ** * *
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* * **
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* *
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* * * *
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GTTATAACTTTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTTATAAAA
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* * ** * * *
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* * * *
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Found at i:62950 original size:180 final size:179
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62632 TTGTTATTAT
* * * * * * *
62642 AACAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTGAAAAAACAATTATTAT-GTGCGT
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAA-T-TGTTTTAGTCA
* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * * * * ** *
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* * * * * *
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* * * *
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64 TACAAGCTTAT-TCAGAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTCAAAAATTAATAAG-AAAGA
* * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * ** *
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* ** *
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* * * * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * **
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** * * * *
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* * * *
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* ** * * **
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** * * *
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* * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAGTCAT
* ** * * * **
64848 TCAAAATTATTTAGAATAAAACAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAAT----AAGAGAT
65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGAT
* * * * * * *
64909 TTAAAAACTAAATCT-ATTCA-AGAAAACATTTCAAATAGTTATAACTATTTA
129 TTAAAAAATAAATTTGATT-ATCG-AATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * **
64960 AATAATTATCTATCTCAAATCGTTATGATC-TTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTCAT
* * * * *
65024 ACAAGCTTATTTAGATTAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAA-AGA
65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAAGAGA
* * * * * *
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* ** * * * ** * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TCAT
* * * * * *
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65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGAT
* * ** *
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*
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTAGTCAT
* ** * * * ** * * * *
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65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGATT
* * * * * * *
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130 TAAAAAATAAATTTGATTAT-CGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TCAT
* * *
65745 ACATGCTTATTC-GAAATAAAATAATACTATTTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAA-AA
65 ACAAGCTTATTCAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-AAAGAG
* * * * *
65808 ATTTTAAAAAATAAATTTG-TTTTCTAAACAAATTCAAATAGTTAGGACTATTTG
127 A-TTTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TCAT
* * * * * * ***
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* ** * * * *
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129 TTAAAAAATAAATTTGA-TTATCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * **
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTG-TTTT-AGTCA
* * * * * * * * *
66106 TATAGGCCTATTTAGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGA
64 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA
* * * *
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* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTA-G-TCA
* * * * **
66287 TACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TCAATAATATT-ATGAAAATTAATAACTAAGAG
64 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCA--AAAATTAATAAGAAAGAG
* * ** * * * * * * * *
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127 ATTTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTAG-TC
* * * * * **
66467 ATATAAGTTTGTTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTAAAATTAAT---AAA-AGA
63 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAATTAATAAGAAAGAGA
* * * * * *
66528 TTTAAAAAATAAA-TTAATTTACCAAATCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTG
128 TTTAAAAAATAAATTTGA-TTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTT-TAGTC
* * ** *
66643 ATACAATCTTATTCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-
63 ATACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-AAAAATTAATAAG-AAAGA
* * * * * * * * *
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126 GATTTAAAAAATAAATTTGATT--ATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAG-TCA
** ** **
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64 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-CAAAAATTAATAAG-AAAGAG
* * * * * *
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127 ATTTAAAAAATAAATTTGA-TTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTCAT
* *
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* * * * * *
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126 GATTTAAAAAATAAATTTGA-TTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCT-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAG-TCA
* ** * * * * *
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64 TACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAG-AAAGAG
* * * * * * * * *
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127 ATTTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** ** *
67300 AATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTCATCATAAAACAATTGTATCAATTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGT-TTTAGTCAT
* * * * ** *
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* * * * * *
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129 TTAAAAAATAAATTTGATTAT-CGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
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*
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63 ATACAAGCTTATT-CAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-C-AAAAATTAATAAGAAAG
* * * *
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* *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTCAT
* * * * ** * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * ** *
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* * * * * * *
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128 TTTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *** **
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTCAT
* * * * * * *
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65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAATTAATAAGAAAGAGAT
* * * * * *
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129 TTAAAAAATAAATTTGATTAT-CGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-AGTCAT
* * * * *
68437 ACAAGCTTATTCA-AATAAAGTAATACTAATTTATTAACATTTAAAAATTTAATGAGTAAGAGAT
65 ACAAGCTTATTCAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAA-TTAATAAGAAAGAGAT
* * *
68501 TT-TAAAA-AAATCT-ATTTACCGAA-CAAGTTCAAATAGATT-TGACTATTTG
129 TTAAAAAATAAATTTGA-TTATCGAATC-AGTTCAAATAG-TTATGACTATTTG
* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTC
** * * *
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Found at i:64174 original size:181 final size:179
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * ** *
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* * *** * ** *
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* * * * * ** *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCAT
* * ** *
63604 ACAAGCTT-AT-GTAGAATAAAATAATCCAAATTTATT-AGCTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAG
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* * *
63666 ATTTGAAAAAAAATAAATATGTTTATC-AAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTGTTTG
128 ATTT----AAAAATAAATATGTTTACCGAATC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * **
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTTATCA
* * * * *
63783 TAAAATCTT-ATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAG
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* * * * *
63847 TTTTAAACAAT-AATTTGTTTACCAAATAAATTCAAATAGTT-TGACTATTTG
128 ATTTAAA-AATAAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * **
63898 AACAATTATTTATTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACATTTG-TATCAATTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTA-TCA
* * **
63962 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAAATGA
65 TACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAA-GA
* * * * * *
64027 TTTAAAAAGTGAATATGTTTACCGAATCAGCTCAAATAATTATGGCCATTTC
129 TTTAAAAA-TAAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
** * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCAT
* * * * *
64144 ACATGTTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGAT
66 ACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGAT
* * * * * * * *
64209 TTAAAAAATAAATCTGCTTACCAAACCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTA
130 TT-AAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * *
64260 AACAATTGTATACTTGAAATCGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGT-TCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTT-TATCA
* * *
64324 TACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAAT
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64356 CTAATAACTA
Statistics
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Consensus pattern (179 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTTATCAT
ACAAGCTTAATCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATT
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Found at i:64351 original size:362 final size:360
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Period size: 358 Copynumber: 16.8 Consensus size: 360
62632 TTGTTATTAT
* * * * * * * * *
62642 AACAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTGAAAAAACAATTATTATGT-GCGT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATCAT
* * * * * *
62706 ACAAGCTTATTTAGATTAAAATAATAATAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
66 ACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGAT
* * * * * * * *
62771 CTAAAAAATAAATTTGATTATCGAATCAGTTCAAAT-GATTGA-GACTATTAGAACAATTATCTA
131 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
62834 TTTCAAATC-ATATTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTTTAG-TCATACATGCTTATT
194 TTTCAAATCGTTA-TAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATT
* * * * *
62897 CAGAACAAATTAATACTAATTTATTAACA-TTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAATA
258 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAA-AAATA
* * * * * *
62961 AATCTATTTACCG-AACAAATTCAAATGGTTATTACTATGTG
320 AATATGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA-TCA
* * **
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* * * * * * * * * * *
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* * * * ** * *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* * **** * *
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* * * **** * ** * *
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128 GATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * * * *
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193 ATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTAT
* * * ** *
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257 -TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT----AAA
* * *
63677 AATAAATATGTTTATC-AAGCAAGTT-AAATAGTTATGACTGTTTG
316 AATAAATATGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * **
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TCTATCA
* * * * * * *
63783 TAAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGT
65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * ** *
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130 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * ***
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195 TTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
** *
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* * * * * *
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** * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTATCAT
* * * * * *
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* * * * * * *
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131 TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * *
64274 TGAAATCGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCATACTAGCTTATTCAA
196 TCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAA
* * *
64339 AATAAAATAATACTAA--T-CT-A-A--T-----A--ACTAAG---AGATTTAAAAAATAAATTT
261 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAATAAA-TA
* *** * *
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324 TGTTTACCGAAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTCTA-TC
* *** * *
64488 ATACTAGCTTATTTGGAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGA
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* * * * *
64552 GATTTAAAAAAT-AATTTCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATC
128 GATTTAAAAAATAAATCT-GTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * * * *
64616 TATTTAAAATTGTTATGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTG
192 TATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAG-CTTA
* * ** * *
64681 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAAT
256 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTT-AAAAAT
* * * * *
64746 AAATCTATTTACTG-AACAAGTTCAAATAGTCATGTA-TGTTTG
319 AAATATGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATG-ACTATTTG
* * * * *
64788 AAAAATTATCTATTTGAAATCGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACTG--GTC-ATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTCTA-TC
* * * * *
64850 A-A-AA--TTATTTAGAATAAAACAATACTAATATATTAATATTTTGAAAA-T--TAA-TAAGAG
64 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAG
* * * ** * * * * *
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129 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *
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* * * * * *
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258 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGT-AAAGATTT-AAA-AATA
* * * * *
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320 AATATGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* ** * * * ** * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTT-CTATCA
* * * * *
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* ** * *
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130 TTT-AAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAG-TTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * * * * *
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* * * * *
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257 TCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-AGATTTAAAAA-TA
* * *
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320 AATATGTTTACCGA-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA-TCA
* *** * * * ** * * *
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65 TACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAAGAGA
* * * * * * *
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130 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * * *
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195 TTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCA
* * *
65758 AAATAAAATAATACTATTTTATTAATA-TTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAA
260 AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAG-TAAAGA-TTT-AAAAATAA
* * * * *
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* * * * * * *
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1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCTA--TC
* * * * * * **
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* ** * * * * * * * * *
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129 ATTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* ** ** * * *
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* * * * * *
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258 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTA-AAGATTT-AAAAATAA
**
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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130 TTTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
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* * *
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258 CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAAGATTT-AAAAATAAA
* * * *
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* * * *
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* * * ** *
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64 ATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAAGTAA-GA
* * * ** *** * * *
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* * * * * * *
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*** ** ** * *
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* * * * ** *
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* * *
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* * * ** ** *
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * * * *** *
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193 ATTTCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TTGTTCATACAAGCTTAT
* * * * * *
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* * * *
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321 ATA-TGTTTACCGAAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * *
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* * *
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* * * *
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* * * * *** **
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* * * *
68623 -TCGAAATAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAATAATTAA
256 TTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
68666 AAAGCATGTT
Statistics
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TTAAAAAATAAATCTGTTTACCAAACCAATTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
TCAAATCGTTATAACTTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAA
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TTTACCGAAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTG
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Alignment explanation
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62632 TTGTTATTAT
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62642 AACAATTATCTATTTCAAATCATTGTGACCTTTTGTTTTGTGAAAAAACAATTATTAT-GTGCGT
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* * ** * * *
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* * * * *
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129 TTAAAAACTAAATCT-ATTTACCAGAA-CAGTTCAAATAG-TT-ATGACTATTTGAACAATTATC
* * * * * * *
62832 TATTTCAAATC-ATATTGACCTTTTGTTTAGTCAAAAAATAATTGTTT-TAGTCATACATGCTTA
190 TATTTCAAATCGTTA-TGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTA
* * * * * * *
62895 TTCAGAACAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAAGAGATTTAAGAAAT
253 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTC-TAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAAT
* * * * * * ** * * * * * **
62960 AAATCTATTTACCGAACAAATTCAAATGGTTATTACTATGTGAACAACTGTCTATTTAAAATTGT
317 AAATATGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCAT
* * * * * * * * **
63025 TATAACATTTTGATTT-GTCATAAAATAATTGTTTCAATTAATACTAGCTTAGAT-GGAATAAAA
382 TATGACCTTTTG-TTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTA-TTCAAAATAAAA
** * * * * *
63088 TAATACTAATTTATTAATATTT-CTAAATTAATAAGTAA-AAATTTTTAAAAATAAATATGTTTA
445 TAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTA
* * * * * *
63151 CCGAATCAGTTAAAATAATTATGGCCATTTG
508 CTGAA-CA-ATCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * *
63182 AACGATTATCGATTTCAAACCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTT-TTATCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCA
* ** * *
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65 TAAAAACTTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGA
* * *
63311 TTTAAAAAATAAATCTATTTACCA-AACCAGTACAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCAA
128 TTTAAAAACTAAATCTATTTACCAGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * ** * *
63375 TCTT-AAATTGTTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGGTCTTAGAAGCTTATTT
192 T-TTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
** * * *
63439 -GGTTAAAAATAATACTAATTTAATAATATT-TCAAAA--ATTAA-TAAGAGATTTAAAACATAA
256 AGAAT-AAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAA
* * *** * * * * * * * *
63499 TTGTGTTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTATTGGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTT
319 ATATGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTA
* * * * *
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384 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTAT-TCAAAATAAAATA
* * ** * * * * *
63627 ATCCAAATTTATT-AGCTTTAAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTGAAAAAAAATAAATATGTTTA
447 ATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT---AAAAAATAAATCTATTTA
* * *
63691 -TCAAGCAAGTTAAATAGTTATGACTGTTTG
508 CTGAA-CAA-TCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * **
63721 AACAATTATTTATTTAAAATCATTATAACCTTTGGTTTTG--ACAAAACAATTGTTTGGGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * *
63784 AAAATCTTATCCAAAATAAAATAATACTAATTTCTTAATATTTCAAAAATTAATAAGGAAGAGTT
66 AAAAACTTATCC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAA-GAAGAGAT
* * * * *
63849 TTAAACAA-T-AATTTGTTTACCA-AATAAATTCAAATAGTT-TGACTATTTGAACAATTATTTA
129 TTAAA-AACTAAATCTATTTACCAGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * * * * * *
63910 TTTAAAATTGTTATGACCTTTTCTTTTGTCATAAAACATTTGTATCAATTCATACAAGCTTATTC
192 TTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTT
* * * *
63975 AAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAA-ATGATTTAAAAAGTGA
256 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGA-GATTTAAAAAATAA
* * ** * * * * * ** * *
64039 ATATGTTTACCGAA-TCAGCTCAAATAATTATGGCCATTTCAGTAATTATCTATTTCAAATCGTT
319 ATATGTTTGCCAAACT-AATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATT
* * * * * * * * *
64103 ATTAGCTTTTGTTTGGTCATATAACAATTGTTTT-TTATCATACATGTTTAATCGAAATAAAATA
383 ATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGT-TCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATA
* * * ** **
64167 ATACTAATTTATTAATCTTTTAAAAATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGCTTACCA
447 ATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * *
64232 AACCAATTTAAATAGTTTTGACTATTTA
511 AA-CAA-TCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * * * *
64260 AACAATTGTATACTTGAAATCGTTATAACTTTTTGTTCTATCATAAAATAATTATTTTTGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
** * * * *
64325 ACTAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAA--T-CT-A-A--T-----A--ACT---AAGAGATT
66 AAAAACTTA-TCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATT
* * * **** * * *
64373 TAAAAAATAAATTTTTTTTGTTGAACATGTTCAAATAGTTAAGACTATATGACCAATTATCTATT
130 TAAAAACTAAATCTATTTACCAGAACA-GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* * * * * * *
64438 TCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGACATAAAACTAATTTTTTCAATTTATACTAGCTTATTTG
194 TCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA
* * *
64503 GAATAAAATAA-AATGAATTTATTAATATTTTAAAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAAT-AA
257 GAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
* * * * * * * * * * **
64566 TTTCGTTTACCTAACCAGTTCAAATAATTATGATTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATTGTTA
320 TAT-GTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTA
* * * * * * * * *
64631 TGACCTTCTGTTTTGTCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGTTTTGTTTAGAATAAAATAA
384 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAG-CTTATTCAAAATAAAATAA
* *
64696 TACTAATTTATTAATATTTTG-AAAATTAATAGGTAGGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
448 TACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATA-GCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* *
64760 AACAAGTTCAAATAGTCATGTA-TGTTTG
511 AACAA--TCAAATAGTTATG-ACTATTTG
* * * * * *
64788 AAAAATTATCTATTTGAAATCGTCATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAACTG-GTCA-TTC-
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTTAGTTCA
** * * **
64850 --AAAA-TTATTTAGAATAAAACAATACTAATATATTAATATTTTGAAAATTAAT---AAGAGAT
65 TAAAAACTTATCCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGAT
* ** * * * * * *
64909 TTAAAAACTAAATCTATTCAAGAAAACATTTCAAATAGTTATAACTATTTAAATAATTATCTATC
129 TTAAAAACTAAATCTATTTACCAGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATT
* *
64974 TCAAATCGTTATGATCTTTATTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTTTTCATACAAGCTTATTTAGA
194 TCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGA
* * * * * * *
65039 TTAAAACAATACTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAGTAAGTAAAAGATTTAAAATAATAAATG
259 ATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAA-AATAAATA
* * *
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322 TGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGA
* ** * * *
65169 CCTTTTGCTTAGGAATAAAATAATTATTTTAGTTCATACAAGCTTATTTAAAATAAAATAATACT
387 CCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACT
* * * *
65234 AATTTATTAACATTTGAAAAATTAATGAGCAAGAGATTTAAAAAAATAAATGTGTTTACTGAAGA
452 AATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTT-AAAAAATAAATCTATTTACTGAACA
*
65299 A-CAAATAGATT-TGAGTATTTG
515 ATCAAATAG-TTATGACTATTTG
* *
65320 AACAATTATCTATTT-AAAGTTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGCTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCA
* *
65384 TAAAAACTTATCCGAAATAAAATAATACTACTTTACTAATATTTCAAAAATTAATAAGCAAGAGA
65 TAAAAACTTATCC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGA
*
65449 TTTAAAAACTAAATCTATTTACCAGACCAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
128 TTTAAAAACTAAATCTATTTACCAGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * *
65514 CTCAAATCATTCTGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGCTTCTATTCATACAAGCATATTTGG
193 TTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAG
* * * ** * *
65579 AGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGTTTTAAAAAATAAATAT
258 AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATAT
* * * *
65644 GTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTCAAGACTATTAGAACAATTATCAATTTCAAATCATTCTAAC
323 GTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGAC
* * *
65709 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCGTACATGCTTATTCGAAATAAAATAATACTA
388 CTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTA
* ** * * * * * *
65774 TTTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGCAAAAAATTTTAAAAAATAAATTTGTTTTCTAAACAA
453 ATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AGCAAGAGA-TTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAAC-A
*
65839 ATTCAAATAGTTAGGACTATTTG
515 A-TCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * *
65862 AACAATTATCTATTTAAAATCATTATGACATTTTGTTTTATAATAACATAATTGTTTCAGTTCAT
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
* * * * **
65927 AAAAGCTTATCCAAAATGAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAAGAAGTTGGAGAT
66 AAAAACTTATCC-AAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG-AAGAGAT
* * * * * * * *
65992 TGAAAAA-TAAATCAATTTATC-GAACTAGTTTAAATAATTATGGCAATTTGAACAATTATATAT
129 TTAAAAACTAAATCTATTTACCAGAAC-AGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTAT
* * * * * * *
66055 TTCAAATTGTTATGAACAATTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTCA-TCATATAGGCCTATTT
193 TTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT-ATTCATACAAGCTTATTT
* * * * *
66119 AGAATAAAATAGTACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTATTGAGTAGGAGATTTAAAAAATAAA
256 AGAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAA
*** * * **
66184 TATGTTTATTAAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTAT-ATATTTCAAATTGTTA
320 TATGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCA-ATTTCAAATCATTA
* * * * *
66248 TAACCTTTTGTTTTGTCATAAAATAATT-ATTTATGTTCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAA
384 TGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTA-GTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAA
* * * * * * * **
66312 TACTAA-TCAATAATATTATG-AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAGTAAATTTGTTTGCCA
448 TACTAATTTATTAATATT-TGAAAAATTAATAGC-AAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTG
* * * * *
66375 AACCAATTCAATTAGTGAAGGCTATATG
511 AA-CAA-TCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * *
66403 AATAATTATCTATTTCAAATGGTTATGACCTTTTTGTTTTGT-AGTAAAACAAATGTTTTTGTTC
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCA-TAAAACAATTGTTTTAGTTC
* ** * * * *
66467 ATATAAGTTTGTTCATAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTT-TAAAATTAAT-A-AA-AGA
64 ATAAAAACTTATCCA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGA
* * * * *
66528 TTTAAAAAATAAAT-TAATTTACCA-AATCAGTTCAATTAGTTATAACAATTTGAACAATTATTT
128 TTTAAAAACTAAATCT-ATTTACCAGAA-CAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCT
* * * *
66591 ATTTCTAATCGTTATGACTATTTGTTTTGTCATAAAACAAATT-TTTCTATTGATACAATCTTAT
191 ATTTCAAATCGTTATGA-TCTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTGTTTCTATTCATACAAGCTTAT
* * ** *
66655 TCAGAATAAAGTAATGTTAATTTATTAATATTCTAAAAATTAATAAGTAATG-GACTTAAAAAAT
254 TTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AAAATTAATAAGTAA-GAGATTTAAAAAAT
* * * * *** * * ** * *
66719 GAATCTATTGGCTTGACCAATGCAAATAGTTTTGACTATTTGAACAAATATCTATTTCAAATCAT
317 AAATATGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCAT
* * * * *** **
66784 TATGACCTTTTGTTTTGTCACAAAGCAATTGTTTCT-GTTCCTACAAGCTTATTTGGAATAACTT
382 TATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAAT
** ** * * * * *
66848 AATTTTAATTTATTAATATTCCAAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAACTGAATCTATTTATT
446 AATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACT
*
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510 GAA-CAA-TCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * * * * *
66942 AGCGATTACCTATTTCAACTCGCTATAACCTTTTGTTTTCTCATAAAATAATTTTTTCTA-TTCA
1 AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCA
* * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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253 TTTAGAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCT-AA-AATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAA
* * * * * *
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* * * * * *
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* ** * * *
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443 AATAATACTAATTTATTAATATTTGAAAAATTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTT
* * * *
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507 ACTGAACAA--TCAAATAGTTATGACTATTTG
* *
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1 AACAA-TTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTC
* * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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191 ATTTCAAATCGTTATGATC-TTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATT
* * * *
67733 TCGAAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTCCAAAA--ATTAA-T-A-AGATTTAAAAAAATA
255 TAG-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTT-AAAAAATA
* * ** * * * **
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318 AATATGTTTGCCAAACT-AATTCAAATAGTTA--AGA-CTATTTGAACAATTATCAATTTCAAAT
* * * * *
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379 CA-TTATGACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTT-TAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATA
* * * * * *
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442 AAATAATACTAATTTATTAATA-TTTGAAAAATTAATA-GCAAGAGATTTAAAAAAT-AAATCTA
** * * * *
67981 TTTACCAAAACAAGTTCAAAAAGTCATGTCCATTTG
504 TTTA-CTGAACAA--TCAAATAGTTATGACTATTTG
* * * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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128 TTTAAAAACTAAATCTATTTACCAG-AACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTA
* * * *** * *
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192 TTTCAAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTA
* * * * *
68272 GATTAAAATAATACTAACTTAATAATATTTCAAAAATTAAAAAGTAAGAGA-TTAAAAAA-AAA-
257 GAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAAT
* * * * * * * *
68334 GTGTTTGCCAAACTAGTTCTAATAGTTAAGACTATTAGAATAATT-TTATGTTTCAAATCATTTT
321 ATGTTTGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCA-ATTTCAAATCATTAT
* * * * *
68398 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTATTTTAATTTATACAAGCTTATTC-AAATAAAGTAATA
385 GACCTTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATA
* * * *
68462 CTAATTTATTAACATTT-AAAAATTTAATGAGTAAGAGATTT-TAAAA-AAATCTATTTACCGAA
450 CTAATTTATTAATATTTGAAAAA-TTAAT-AGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAA
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513 CAA--TCAAATAG-TTATGACTATTTG
* * * * *
68550 AACAATTATTTATTT-AAAGTCGTTA-GACCTTTTTATTTTGACATAAAACAATTGTTTCAATTC
1 AACAATTATCTATTTCAAA-TCGTTATGACC-TTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTC
* * * *
68613 ATAAAAA-TTATCGAAATAAAAAAATACTACTTTATTAATATTTCAATAATTAA
64 ATAAAAACTTATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAA
68666 AAAGCATGTT
Statistics
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0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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523 30 0.01
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Consensus pattern (536 bp):
AACAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCAT
AAAAACTTATCCAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGAAGAGATTT
AAAAACTAAATCTATTTACCAGAACAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTC
AAATCGTTATGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCTATTCATACAAGCTTATTTAGAAT
AAAATAATACTAATTTATTAATATTCTAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTT
TGCCAAACTAATTCAAATAGTTAAGACTATTTGAACAATTATCAATTTCAAATCATTATGACCTT
TTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTTAGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATT
TATTAATATTTGAAAAATTAATAGCAAGAGATTTAAAAAATAAATCTATTTACTGAACAATCAAA
TAGTTATGACTATTTG
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* ** * * * * * * *
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1 GA-ACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* * * * * *
69237 TTTTCTCACAAAACAATTGCTTTTCAAT-ATAGAAGCTTATTCAAAATAAACTAATATTAATTTA
65 TTTTGTCATAAAACAATTG-TTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * * *
69301 CTAATATTTCAAGAA-T--TAA-TAAGAGATTTAAAAAATAAATCTGTATATC
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* * * *
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* * * * * *** *
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** * ** * * * **
69479 TAATATTTTGAAACTTAATAACCAAGAAAATTTAACAAATAAATCTAATTATC
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
* * * * * * * *
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1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACC-TTTTG
* * ** * ** *
69597 TTTTATCATAAAACAA-TGTTTT-ATTCCTACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATGTTAATTTAA
65 TTTTGTCATAAAACAATTGTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
*
69660 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATC
130 TAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
* * * * * * * * *
69712 GAATTAATTCAAATGGTTAAGATTATTAGAATAGTTATCTATTTGAAATCGTTCTGACCTTTTGT
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * * ** *
69777 TTAGTCATGAAACAATTG-TTTCAGTTTATACAAGCTTATTCGGAATAAATTAATACTAATTTAT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTAT
* * * **
69841 TAACA-TTCAAAAAATTAATAAG-ACAGAAATCT--AAAA-AAATTTGTCCACC
130 TAATATTTC-AAAAATTAATAAGTA-AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
* * * * * * * * * **
69890 AAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATCATTATAACCTTTTAA
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGT
* * *
69955 TTTGTCACAAAACAATTG-TTTCAGTTAATACAAGCTTA--GAAGGAATAAAATAATACTAATTT
66 TTTGTCATAAAACAATTGTTTTCA-TTCATACAAGCTTATTCAA--AATAAAATAATACTAATTT
* * * * * *
70017 ATTAATACTTACTAAAA-TAGTAAGTAAGAAACTTACAAAATAAATTTGTTTATC
128 ATTAATA-TTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
* * * * * ** * *
70071 AAATTAGTTAAAATAATTAT-AGCCATTTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG
1 GAACTAGTTCAAATAGTTATGA-CTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG
* *
70135 TTTTGTCATAAAACAATTATTTTTCA-TCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTA
65 TTTTGTCATAAAACAATT-GTTTTCATTCATACAAGCTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTA
* * *
70198 TTAATATCTCAAAAATTAGTAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACC
129 TTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-C
70251 GAA-TCAGTTCAAATAGTTATGA
1 GAACT-AGTTCAAATAGTTATGA
70273 TTGTTTG
Statistics
Matches: 1008, Mismatches: 229, Indels: 85
0.76 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.00
176 2 0.00
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178 135 0.13
179 95 0.09
180 214 0.21
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183 32 0.03
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Consensus pattern (180 bp):
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AATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC
Found at i:69839 original size:539 final size:535
Alignment explanation
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* * * *
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* * * * ***
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* * * *
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* * * **
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* * * * * * **
69337 AAATCTGTATATCGAACTAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCATATTGT
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* * * * * * * ***
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* * *
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384 TAATACTAATTTAATAATACTTACT-AAA-ATAATAACCAAG-AAACTTACA-AAATAAATCTAA
* * * * * *
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69591 TTTTTCTTTTATCATAAAACAATGT-TTT
508 TTTTTCTTTTATCATAAAACAAT-TATTT
* ** * **
69619 ATTC-C-TACAAGCTTATTCTGATTAAAATAATGTTAATTTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
1 -TTCACATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAA-TTAATAATATTTCAAAAATTAATAAG
* * * * *
69682 TAAGATATTTAAAAAATAAATTTGTTTATCGAATTAATTCAAATGGTTAAGATTA-TTAGAATAG
64 TAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAATTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTA-AATAA
* * * * ** *
69746 TTATCTATTTGAAATCGTTCTGACCTTTTGTTTAGTCATGAAACAATTG-TTTCAGTTTATACAA
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** * * **
69810 GCTTATTCGGAATAAATTAATACTAATTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGACAGAAATCTAA
190 GCTTATTCAAAATAAACTAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGA-AGAAATAAAA
* * * * *
69875 AAAAATTTGTCCACCAAACAAGTTCAAATAGTTATTACTATTTGAACAATTGTTTATTTAAAATC
254 AAAAATCTGTACACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATC
*
69940 ATTATAACCTTTTAATTTGTCACAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAAGGAATAAAA
319 ATTATAACCTTTTAATTTATCACAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAAGGAATAAAA
* * ** * **
70005 TAATACTAATTTATTAATACTTACTAAAATAGTAAGTAAGAAACTTACAAAATAAATTTGTTTAT
384 TAATACTAATTTAATAATACTTACTAAAATAATAACCAAGAAACTTACAAAATAAATCTAATTAT
** * * ** *
70070 CAAATTAGTTAAAATAATTATAGCCATTTGAACGATTATCTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTG
449 CAAACCAGTTAAAATAATTATAGCCATATGAACGATTATCTATTCCAAATCATTATGACTTTTTC
*
70135 TTTTGTCATAAAACAATTATTT
514 TTTTATCATAAAACAATTATTT
* * *
70157 TTCATCATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTATTAATATCTCAAAAATTAGTAAGT
1 TTCA-CATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGT
* *
70222 AAGAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACCGAATCAGTTCAAATAGTTATGATT
65 AAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CGAATTAGTTCAAATAGTTATGATT
70275 GTTTG
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 108, Indels: 40
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
537 9 0.02
538 33 0.06
539 313 0.59
540 156 0.30
541 15 0.03
542 1 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.08, T:0.39
Consensus pattern (535 bp):
TTCACATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTAATAATATTTCAAAAATTAATAAGTA
AGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACGAATTAGTTCAAATAGTTATGATTATTTAAATAACTAT
CTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTACTCACAAAACAATTGCTTTCAATATACAAGCTTAT
TCAAAATAAACTAATACTAATTTACTAACATTCAAAAAATTAATAAGAAGAAATAAAAAAAAATC
TGTACACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTAAAATCATTATAA
CCTTTTAATTTATCACAAAACAATTGTTTCAGTTAATACAAGCTTAGAAGGAATAAAATAATACT
AATTTAATAATACTTACTAAAATAATAACCAAGAAACTTACAAAATAAATCTAATTATCAAACCA
GTTAAAATAATTATAGCCATATGAACGATTATCTATTCCAAATCATTATGACTTTTTCTTTTATC
ATAAAACAATTATTT
Done.