Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168206.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_441, whole genome shotgun sequence
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* * **
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* * ** ** **
1041 -TTCGTTTCGTCGGTTGGCTTA-GCTATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATTGGATTGGATTG
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** * * * * ** ***
1104 AGGGTTGCAACAGCAGGATCGGTAGCATGTAGAGGGGGACCAGGCCGATCCCCCTCTTGCGCATC
130 AGGGTTGCGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGGGGGACCCGATCGATCCCTGGCTTGCGCATC
* * * * *
1169 CCGCCCTTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGTACGCTCGTTTTGTGAGTTGACTTAGGCATACGGAGTT
195 CCACCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGTT
* *
1234 GATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGATCGGACCGAGGGTTGCGG
260 CATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGCGG
* * * * **
1299 CAGCACATGCTAGGCTCAGGCATGTGCTGGTG-CACATTTTTCTTCATCATGGCACCATCGTCGG
325 CAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGTCGG
* * *
1363 AGCAT-GC-CGGAGAACCTGACCGACAGCAATTGGGGTTCCGACCGATCGGGGGGGCCGGGGGGT
390 AGCATCGCTCGGAGAACCTGACCGACGGC-ATTGGGGTTCCG-GCGATC-AGGGGGCCGGGGGGT
* *
1426 GTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTAT-TCTTATCA
452 GTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCA
*
1490 AACCTTGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCA
517 AACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCA
* * * *
1555 TTAAAGTGTCTGAAATGGGGACATTTTTTTCAAATCGTCACAAAATCTTGTAAACTTTGAGTTTT
582 TTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTT
* * * *
1620 TAGCTAAATTGTTTTATGCATGCCAACAAAAGTACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCAAA
647 TAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCAAA
* * * * * *
1685 ATCTCAC-TCCAAAAAAATTTTAAAAAATCTCGAATCGTAAAAAGTTTTGAAAATCATGAAAAAT
712 AACTC-CTTCCAAAAAAATTTTAAAAAATCCCTAACCG-CAAAAGTTTTGAAAATCGTGAAAAAT
*
1749 AGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTCAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTAC
775 AGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTAC
* *
1814 AAGCCATAAAAATGGCATTGGCACGCAGAAATATGAATATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
840 AAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
* *
1875 CCTATCAATCCACAGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTAGTGCCCGCCCGTCCGCCCGC
1 CCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTAGTGCCCGCCC--CCGCCCGC
* * * * * * *
1940 CCACTCATTTTTTGGGTTAGCTTAGGCATAC-GAGTTCATTCCCAATCTAAGATTAGAACGGACC
64 CCACTCGTTTCTTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACC
* * * * * *
2004 GAGGGTTGCGGCTGCAAGATCAGCAGCACGTAGAAGGGGACCCGATCGATCCCTGGCTTGTGCAT
129 GAGGGTTGCGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGGGGGACCCGATCGATCCCTGGCTTGCGCAT
* *
2069 CCCACCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGTTCATTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGT
194 CCCACCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGT
* * * **
2134 TCGTTCCTAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACTGGACCGAGGGTTATG
259 TCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGCG
* * * * * *
2199 GCAGCACATGCTGGGGTTGGGCATGTGCCGGTGCCGTATTTTTCTTCGTCGGGGCTCCATCGCCG
324 GCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGTCG
*
2264 GAGCATCGCT-GGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGGCGATCAAGGGGGCCAGGGGGTG
389 GAGCATCGCTCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGGCGATC-AGGGGGCCGGGGGGTG
*
2328 TGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCTTATCCCTCATCAA
453 TGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAA
*
2393 ACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCTAGTAGCCAT
518 ACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCAT
*
2458 TAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTACGAGTTTTT
583 TAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTT
* * * *
2523 AGCTGCATTTTTTTGTGCACGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTCGGGAAAAA
648 AGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCAAAA
* ** * *
2588 ACTCTTTCTGAAAAAATTTTAAAAAATCCCTAACCGCAAAAG-TTTCAAAATCATGAAAAAATAG
713 ACTCCTTCCAAAAAAATTTTAAAAAATCCCTAACCGCAAAAGTTTTGAAAATCGTG-AAAAATAG
* * * * *
2652 AAAATGGGTCATCTTGCCATGAAACTTCACGTCAAGGCTTAAAGGACCATTGTATGAATTTACAA
777 AAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTACAA
** * * *
2717 GTGATAAAAATGGCATTGGCACGTAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACGTACCAC
842 GCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
* * *
2776 CCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCTTCTCTCTAGCCGACGTAGTGCCCGCCCGCCCACCCGC
1 CCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTAGTGCCCG-CC-CCCGCCCGC
* * * * *
2841 CCGCTCGTTTCATT-GGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCTCAGTCTAAGATCGGATCGGAT
64 CCACTCGTTTC-TTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGAC
* * * * *
2905 CGAGGGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGGGGGACCCTA-CTAAT-CCTCGACTTACG
128 CGAGGGTTGCGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGGGGGACCCGATC-GATCCCT-GGCTTGCG
* * *
2968 CATCCCGCCCCTCTGGCCGGCTGAGTGCCCGTACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATAC--
191 CATCCCACCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGG
* * *
3031 AG---------AG--T-----T-C--A-TTC--T--CAGTCTAAGATCAGACTGGATCAAGGGTT
256 AGTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTT
* * *
3072 GTGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTTGT-TGGG-------G
321 GCGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCG
* * *
3129 -C---GCATCG-TCGGAGAACCTTACCGGCGGCATTGGGGTTCCGGCGAT-TGGGGGCCGGGGGG
386 TCGGAGCATCGCTCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGGCGATCAGGGGGCCGGGGGG
*
3188 ATGTGCGCACATGATGTGAGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCAT
451 -TGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCAT
* * * * *
3253 CAAACCTTGAGAACTCACACCCCTTTAAAAAGCATTTAAGATTTTACAGGTTTGCTACCAGTAGC
515 CAAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGC
* * *
3318 GATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACCTTTTTCAAATGGTCACAAACTCTTGTACACTTCGAGTT
580 CATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTT
3383 TTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAA-AAAATATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGC
645 TTTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAA-ATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGC
* **
3447 AAAAACTCCTTCCGAAAAAATTTTAAAAAAT-CCTGAACCGCATAACA-TTTCAAAAATCGTGAA
709 AAAAACTCCTTCCAAAAAAATTTTAAAAAATCCCT-AACCGCA-AA-AGTTTTGAAAATCGTGAA
*
3510 AAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACAATTGTATGAAT
771 AAATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAAT
* *
3575 TTACAAGGCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGCGCCTAAACCCACCTACCAC
836 TTACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
* * * *
3640 CCTATTGATCCACGGGTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCCCCCGCCCGCCCG-
1 CCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTAGTG-CCCGCC-CCCGCCCGC
* * * *
3704 CCAGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATACGAAGTTCATTCCCATTCTAAGATCAGACCGAAC
64 CCA-CTCGTTTCTTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGAC
* * * * * *
3769 CAAGGGTTGCGGTAGTAGGATTGGCAGCACACAGAGGGGGACCCGATCGATCGCC-AGCTTGCGC
128 CGAGGGTTGCGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGGGGGACCCGATCGATC-CCTGGCTTGCGC
** * * * *
3833 ATCCTGCCCCTCTGCCCGGCTGAGCGCCCGTACGCTCGTTCCGTGGGTTGACTTAGGCATACAGA
192 ATCCCACCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGA
* * *
3898 GTTCATTCCCAGTCTAAGCATATGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACCAAGGGTTG
257 GTTCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTG
* * * * * *
3963 CTGCAGCACATGCTGGGCTCAGGCATGTGCTGTTGCCGTATTTTTTTTCGCCGGGGCACCATCGT
322 CGGCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGT
* ** * * *
4028 CGGAGAAT-TATCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGACGATCGGGGGGGCCAGGGGG
387 CGGAGCATCGCTCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGGCGATC-AGGGGGCCGGGGGG
* * * *
4092 TGTGCGCACTTGATGTACGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCTCTATCCATCATC
451 TGTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATC
* * * *
4157 AAACCTTGAGAACTCACAACCCCTTAAAGAGCATTTGAAATTTTACAGGTTTGCTGCCAATAGCC
516 AAACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCC
* * *
4222 ATTAAAGTGTCTAAAATGGGGACAC-TTTTTCAAATGGTCACAAACTCTTGTACAGTTCGAGTTT
581 ATTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTT
* * *
4286 TTAGCTAAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCCACCATGTTTGGGGCAA
646 TTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCAA
* * *
4351 AAAATCCTTCCGAAAAAAA-TTTAAAAAAT-CCTGAACCGCATAATGTTTTGAAAATCATGAAAA
711 AAACTCCTTCC-AAAAAAATTTTAAAAAATCCCT-AACCGCA-AAAGTTTTGAAAATCGTGAAAA
* *
4414 ATAGAAAATGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCAAGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTT
773 ATAGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTT
*
4479 ACAAGGCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
838 ACAAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
* * * * *
4542 CCTACCGATCCACGGGTTGTGCATCCCGTCTCTCTGGCCGGCGTAGTGCCCGCCCAACCGCCTGC
1 CCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTAGTGCCCGCCC--CCGCCCGC
* * * * ** * * *
4607 CCGCTCGTTTCGTCGGTTGGCTTAGGCATATGGACTTCATTCCCAGTCTAAGATTGGATCGGGCT
64 CCACTCGTTTCTTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACC
* * * * * *
4672 GAGAGTTGTGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAAAGGGGGACCCGACCGATCCCCGACTTGCGCAT
129 GAGGGTTGCGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGGGGGACCCGATCGATCCCTGGCTTGCGCAT
** * * * * * * * *
4737 GTCACCCCTCTGGCTGGCTAAGCGCCCGTATGCTCATTTCGTAGGTTGACTTAGGCGTATGGAGT
194 CCCACCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGT
* * * **
4802 TCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCTCAGTCTAAGATCAGACCGAACTGAGGGTTGTA
259 TCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGCG
* * ** *
4867 GTAACACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCCCCGGGGCACCATCGTTG
324 GCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGTCG
* *** * * * *
4932 GAGCATCG-TCGGAGAACTTGACCGGTAGCATTAGGCTTTCGGCGATC-GGGGGACCGAGGGG-G
389 GAGCATCGCTCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGGCGATCAGGGGG-CCGGGGGGTG
* *** * * * *
4994 TGCGCACATGATGGGCGATGGGTGCCAATACTTGGCCCCTATATTTGCCCCCTATCCATCATGAA
453 TGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCAA
5059 ACCTCGAGAACTCACA-CCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCAT
518 ACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCAT
5123 TAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTT
583 TAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTT
* * * *
5188 AGCTGAATTTTTTTTTGCAGGCCAA-AAAAATTATAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCCAA
648 AGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAA-TACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCAAA
**
5252 AACTCCTTCCAAAAAAATTTTAAAAAAT-CCTGAACCATAAAATGTTTTGAAAATCGTGAAAAAT
712 AACTCCTTCCAAAAAAATTTTAAAAAATCCCT-AACCGCAAAA-GTTTTGAAAATCGTGAAAAAT
*
5316 AGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAAGTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTAC
775 AGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTAC
*
5381 AAGCCATAAAAGTGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
840 AAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
* * * **
5442 CCTATCGAACCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTTTGGCCGACGTAGTGCCCG--CCCACCCGCTT
1 CCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTAGTGCCCGCCCCCGCCCGCCC
* * * * * **
5505 ATTCGTTTCATAGGTTGGCTCAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGGTCAGACTAGACCGA
66 ACTCGTTTCTTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGA
* * ** * *
5570 GGGTTGTGGCAGCAGGATCAGCCA-CACATAGAGGGGGACCCGGTCGAT-CCTCGGCATGCGCAT
131 GGGTTGCGGCAGCAGGATC-GGCAGCACGCAGAGGGGGACCCGATCGATCCCT-GGCTTGCGCAT
* * * * * *
5633 CCCGCCCCTCTGGCCGGTTGAGCACCCGCACGATCGTTTCGTGGGTTGACTTATGCATATGGAGT
194 CCCACCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTCGTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGT
* * *
5698 TCATTCCCAGTCTAAGCATACAGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACTGGACCGAGGGTTGCG
259 TCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGCG
* * * * * * *
5763 ACAGCACATACTGGGCTCGGCCATGTGTTGGTGCTGCATTTTTCTTCATCGGGGCACCATCGCCG
324 GCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGTCG
* * * * * * *
5828 GATCATAG-TCGGAGAACCTGATCGGCGGCATTGGGGTTCCGACGATCGGGGGGTCTGGGGGGGT
389 GAGCATCGCTCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGGCGATCAGGGGG-C-CGGGGGGT
* *
5892 GTGCGCACATGATGTGCAATGGGTGCTGGTACTTGGCACTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCA
452 GTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCA
** *
5957 AACCTCGAGTGCTCACACCCCCGTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCA
517 AACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCA
* * *
6022 TTAAAGTGTCTGAAATGGGAACACTTTTTTCAAATTGTCACAAAATCTCGTACACTTCGAGTCTT
582 TTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGT-TT
* * * *
6087 TT-GCTGAAATTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACATCTACCATGTTTGGGGCCA
646 TTAGCTGAATTTTTTTGTGCATGCCAACAAAAATACAAGGATCACGTCTACCAAGTTTGGGGCAA
* * *
6151 AAACTCCTTCCAAAAAAATTTTAAAAAATCTCGAACCGCAAAAAGTTTTGAAAACCGTGAAAAAT
711 AAACTCCTTCCAAAAAAATTTTAAAAAATCCCTAACCGC-AAAAGTTTTGAAAATCGTGAAAAAT
6216 AGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTAC
775 AGAAAACGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTAC
* * ** *
6281 AAGCCATAAAAATGGCATTGGCGTGTAGAAATACAAAGGTGTGCCTAAACCCACCTACCAC
840 AAGCCATAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
* * * *
6342 CCTATCGATCCACGGCTTGTGCATCCCGTCTCTTTGGCCGGCGTAGTGCCCG--CCCGCCCGTCC
1 CCTATCGATCCACGGCTTGCGCATCCCGTCTCTCTGGCCGACGTAGTGCCCGCCCCCGCCCGCCC
* * * *
6405 ACTCGTTTCATCGGTTGGCTTAGGCATACAGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCAGACTGA
66 ACTCGTTTCTTCGGTTGGCTTAGGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGA
* ** ** * * *
6470 AGGTTGCGATAGCAGGATCGATAGCATGCAGAGGGGGACTCGGTCGATCCCTGGCTTGCGCAT-C
131 GGGTTGCGGCAGCAGGATCGGCAGCACGCAGAGGGGGACCCGATCGATCCCTGGCTTGCGCATCC
* * * *
6534 CATCCCCTCTGGCCGGTTGAGCGCCCGCACGTTCATTTTC-TGGGTTGACTTAGGCATACCGAGT
196 CA-CCCCTCTGGCCGGCTGAGCGCCCGCACGCTC-GTTTCGTGGGTTGACTTAGGCATACGGAGT
* * * *
6598 TCATTCCTAGTCTAAGCATACGGATTTCATTCCCAGTCTAAGATCGGACCGGACCGAGGGTTACG
259 TCATTCCCAGTCTAAGCATACGGAGTTCATTCCCAGTCTAAGATCAGACCGGACCGAGGGTTGCG
* *
6663 GCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCACATTTTTCTTCGTTGGGGCACCATCGTCG
324 GCAGCACATGCTGGGCTCGGGCATGTGCTGGTGCCGCATTTTTCTTCGTCGGGGCACCATCGTCG
* * * * * * *
6728 GAGCATCAC-CGGAGAACCTGACTGACGGCATTGGGTTTTCGACGATCTGAGGGGTCGGGGGGGT
389 GAGCATCGCTCGGAGAACCTGACCGACGGCATTGGGGTTCCGGCGATC--AGGGGGCCGGGGGGT
* ** *
6792 GTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACCTGGCCCTTATATTATCCCCCTATGCCTCATCA
452 GTGCGCACATGATGTGCGATGGGTGCTGGTACTTGGCCCTTATATTGGCCCCCTATCCCTCATCA
* * * *
6857 AACTTGGAGAACTCATACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCTAGTAGCCA
517 AACCTCGAGAACTCACACCCCCTTAAAGAGCATTTGAGATTTTACAGGTTTGCTGCCAGTAGCCA
* * * *
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582 TTAAAGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTT
* * *
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* * *
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* * *
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* * **
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* * * * * *
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* * ** * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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AGTGTCTGAAATGGGGACACTTTTTTCAAATGGTCACAAAATCTTGTACACTTCGAGTTTTTAGC
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CCTTCCAAAAAAATTTTAAAAAATCCCTAACCGCAAAAGTTTTGAAAATCGTGAAAAATAGAAAA
CGAGTCGTCTTGCCATGAAACTTCACGTGAAGGCTTAAGGGACCATTGTATGAATTTACAAGCCA
TAAAAATGGCATTGGCATGCAGAAATATGAAGATGTGCCTAAACCCACCTACCAC
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*
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* *
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*
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*
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* *
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* * *
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* * * **
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* * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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* * *
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* * **
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* *
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196 TTTATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATA
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*
16018 TAATAATTAATAATTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATTATTTGATTTATTAAGT
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*
16148 TTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATAGTAATATTTG
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*
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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893 T
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* *
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*
16732 ATTAGATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATT
120 ATTAGATAATAGTAGATATAAAATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATT
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*
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* *
16990 ATATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAGCAATAAATATGGTTATG
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*
17055 TTAATGCATTCAAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAAT
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* * *
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* * * *
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* *
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755 ACTATTTGACGTGGTCATAATTATTTAAACCAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTCTAAATCTCTT
* *
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GTAGATATAAAATCTCAGGACAAAATTAAAGCTTTTATTCAGAATATAATTATTAATTTACATGA
TTTATATTAATTTTTAATTATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTATAAATTTATA
TAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTTATTTTTAAT
TAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATTATTTGATTTATTAAGT
AGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATAGTTATGTCAATGCATTAAATATTCATAACTA
TTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAACAAGATACTAATATTTG
AAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTTAGAGCAACTAAA
AATGTATCTAAAAGCAAATAAGCATGAAACACAATAAAAAATTAAAATCGTGCAATAATTGGGCG
AATGGTTTTTAAGCCCAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCATAATTATTATCT
ATATGCCTTTTTTTATTTATAATTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGACGTGGTCATAATTATTT
AAACCAGTTTGGTAAATAAATTTATTTTCTAAATCTCTTACTAATTCTTAAAGTATTAAAAAATT
AGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAAAATCAATTGTTT
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*
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* *
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* *
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* *
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Statistics
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AATAATTTATTTTTAATT
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19654 AATTGATAAT
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*
19729 TAATTATTATTATATATATTTTATTAG--------A--T-AATTAAATTTATTTATGATAAATTA
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*
19783 GATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAATTTAAAGCTTTTATTCATAATATAATTATTAATT
131 GATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAATTTAAAGCTTTTATTCAAAATATAATTATTAA--
* ** *
19848 TTTATGA-TTTATATTAATTTT----TA-ATT-ATTTATTAATTATGAATAAATTTATTGGATTG
194 -TT-GGACTAAATATTAATTTTAAGATATATTAATTT-TTAATTATGAATAAATTTATTGGATAG
* * **
19906 CTTATAAATTTATATAATTACGTAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTA-TTTTTATTAT
256 CGTATAAATTTATATAATCATATAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTAT
*
19970 AATTTATTTTTAATTAATAATTAATAATTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTT-AA-ATATATATT
321 AATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATT
* * *
20033 ATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTGAAAATTATTTATAAC-ATAAATATAGTTATGTCAATGCAT
386 ATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCAT
*
20097 T-AAATATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATA
451 TCAAATATTCATAACTATTTCAATATTATTCT-AATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATA
*
20161 ACAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATAATTGGATAATTATTATTTATTCTCAAC
515 ATAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATAATTGGATAATTATTATTTATTCTCAAC
20226 ATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATG-AAAATTAAAA
580 ATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAA
* * * *
20290 TCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTCAGAAACAAAGTCTGATGTTTT
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20355 AAATCATAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
710 AAATCATAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAA
* * *
20420 ATAGTAATAACTATTTGAACTGGTTATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATCAATTTATTTTTT
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* *
20485 AAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTATTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAA
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905 GTTGAAAATCAATTGTTTTAAA
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*
20832 AGATAGCGTATAAATTTATATAATCATATAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTT
250 GGATAGCGTATAAATTTATATAATCATATAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTT
20897 TATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATA
315 TATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATA
*
20962 TATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAAGTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTA
380 TATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTA
21027 ATGCATTCAAATATTCAT-A--A---C--TA-T-TTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTT
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* * *
21082 AAATAATAATATACTAATATTTGAAATTTCTAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATTC
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* *
21147 TCAACATTCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAAT
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*
21212 TAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCAAAAATTGTTCAAAAACAAAATCTGAC
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*
21340 TTCAAATAGTAATAACTATTTGAGGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTAT
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*
21405 TTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTATTATTATTTT-TTTCAAATAAGCT
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900 TATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAAA
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21561 TAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAAATTA
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21820 TTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATAT
314 TTATTATAATTTATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATAT
21885 ATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTT
379 ATATATTATTTGATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTT
* *
21950 AATGCATTCAAATATTCATAACTATTTCAATATTATTCTAATTTAAGTTTAAATTTGTTTGATTT
444 AATGCATTCAAATATTCATAACTATTTCAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTT
*
22015 TAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATCATTGGATAATTATTATTTATT
509 TAAATAATAAGATACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATAATTGGATAATTATTATTTATT
* *
22080 CTCAACATCCTTTGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACAAAATGAAAAA
574 CTCAACATCCTTAGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAA
* * * * * *
22145 TTAAAATCTTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCCAGAATTGTTTAGAAACGAAGTCTGA
639 TTAAAATCGTGCAATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCAAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGA
* * *
22210 TGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGGCTTTTTCTATTTATAATAATTTGAAATAGATATTT
704 CGTTTTAAATCATAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATT
* * *
22275 GTTCAAATAGTAATAACTATTTAAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTAGTAAATCAATTTA
769 GTTCAAATAGTAATAACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTA
*
22340 TTTTTTAAATCTTTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGC
834 TTTTTTAAATCTCTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGC
*
22405 TTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAAT
899 TTATAAGTTGAAAATCAATTGTTTTAAA
*
22433 TAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAATTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCTTATT
1 TAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCTTATT
*
22498 TAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAATTTTATTTATGATAAATTA
66 TAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAAATTA
* * * *
22563 GATAATAGTAGATATAAGATCTCAAGACAAAATTAAAGATTTTATTCAGAATATAATTATTAATT
131 GATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAATTTAAAGCTTTTATTCAAAATATAATTATTAATT
*
22628 GG-C-AAACA-T-A-TTT-A-A-ATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTAT
196 GGACTAAATATTAATTTTAAGATATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTAT
* * *
22685 AAATTTATATAATTATGTAATATAATTATATGACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTT
261 AAATTTATATAATCATATAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTT
*
22750 ATTTTTAATTAATAATTAATAATTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTG
326 ATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTG
22815 ATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAA
391 ATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAA
*
22880 TATTCATAACTATTTGAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGA
456 TATTCATAACTATTTCAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGA
* * * *
22945 TACTAATATGTGAAATTTCTAAAAATTCAATAATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATTCTT
521 TACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATAATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTT
* * *
23010 TGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAATACAATGAAAAATAAAAATCGTGC
586 AGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGTGC
23075 AATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCAAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCA
651 AATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCAAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCA
* * *
23140 TAATTATTATCTATATGCCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAAAAGATAATTGTTCAAATATTA
716 TAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA
* *
23205 ATAACTAATTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCTGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
781 ATAACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
* *
23270 CTTACTAATTCTTAAAGTATT-AAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGTTTATAAGTTGAA
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23334 AATCAATTGTTTTA
911 AATCAATTGTTTTA
23348 TGACAAAAAG
Statistics
Matches: 2624, Mismatches: 102, Indels: 91
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
908 91 0.03
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ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (926 bp):
TAAAATTATTTAATTAAATTAATTATAACTGTATAGATTATAACTAAGAATTTAATATTCTTATT
TAATTATTGTTATATATATTTTATTAGATAATTCAATTTGAATTAAATTTATTTATGATAAATTA
GATAATAGTAGATATAAGATCTCAGGACAAATTTAAAGCTTTTATTCAAAATATAATTATTAATT
GGACTAAATATTAATTTTAAGATATATTAATTTTTAATTATGAATAAATTTATTGGATAGCGTAT
AAATTTATATAATCATATAATATAATTATATCACATAACAAATAGTTTATTTTTTATTATAATTT
ATTTTTAATTAATAATTAATAACTGTGTTAATTGTAGCTATTTTGTTAAATATATATATTATTTG
ATTTATTAAGTAGCTAATTAAAAATTATTTATAACAATAAATATGGTTATGTTAATGCATTCAAA
TATTCATAACTATTTCAATATTATTCTAATTTAAGTTTCAATTTGTTTAATTTTAAATAATAAGA
TACTAATATTTGAAATTTCAAAAAATTCCATAATTGGATAATTATTATTTATTCTCAACATCCTT
AGAGCACCTAAAAATGTATCTAAAAGCAAATAAGTATGAAACACAATGAAAAATTAAAATCGTGC
AATAATTGTGCGAATGGTTTTTAAGCCAAAAATTGTTCAGAAACAAAATCTGACGTTTTAAATCA
TAATTATTATCTATATGGCTTTTTTTATTTATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA
ATAACTATTTGAAGTGGTCATAATTATTTAAACCGGTTTGGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCT
CTTACTAATTCTTGAAGTATTAAAAAATTAGTATTATTTTGTTTCAAATAAGCTTATAAGTTGAA
AATCAATTGTTTTAAA
Found at i:23714 original size:15 final size:16
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Indices: 23694--23726 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
23684 ACTTAGTTAT
23694 TTCAAGG-CATAATTA
1 TTCAAGGCCATAATTA
23709 TTCAAGGCCATAATTA
1 TTCAAGGCCATAATTA
23725 TT
1 TT
23727 TATTTCAAAT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.41
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (16 bp):
TTCAAGGCCATAATTA
Found at i:24092 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 24060--24112 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
24050 GCTATAGTTT
*
24060 TTATTATTATAAATTAA
1 TTATAATTA-AAATTAA
24077 TTGATAATTAAAATT-A
1 TT-ATAATTAAAATTAA
24093 TT-TAATT-AAATTAA
1 TTATAATTAAAATTAA
24107 TTATAA
1 TTATAA
24113 CTGTATAGAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 8
0.78 0.02 0.20
Matches are distributed among these distances:
13 5 0.16
14 8 0.25
15 3 0.09
16 3 0.09
17 7 0.22
18 6 0.19
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.02, T:0.49
Consensus pattern (16 bp):
TTATAATTAAAATTAA
Found at i:25023 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 24994--25031 Score: 69
Period size: 19 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
24984 TGGTAAACAT
24994 ATTTAATATTAATTTTTAAG
1 ATTTAATATTAATTTTTAAG
25014 ATTT-ATATTAATTTTTAA
1 ATTTAATATTAATTTTTAA
25032 TTATGAATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.78
20 4 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.03, T:0.58
Consensus pattern (20 bp):
ATTTAATATTAATTTTTAAG
Found at i:25140 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 25101--25142 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
25091 TCACATAACA
* *
25101 AATAGTTTATTTTTTATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
25119 -ATAATTTATTTTTAATT
1 AATAATTTATTTTTAATT
25136 AATAATT
1 AATAATT
25143 AATAACTGTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 15 0.71
18 6 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (18 bp):
AATAATTTATTTTTAATT
Done.