Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168208.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_443, whole genome shotgun sequence
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Period size: 181 Copynumber: 4.6 Consensus size: 180
695 AAGCTGAATC
* * ** ** * *
705 TTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTGT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAT
* * ** * * * * *
770 TTTATGACAAAATAGGAGGTCATAA-TGATTTGAACTAGATAATTATTCAAAT-GAACATGACTA
65 TTTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTA
* * * * * *
833 TTTGAACTTGTTCAGCAAATATA-TTAATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATT
128 TTTGAACTTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * *
885 TTCAAAATATTTATAAATCAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTAT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-AAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAT
* * * * * *
950 TTTATAACAAAACAAAATATAATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATT
65 TTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * *
1015 TGAACTTACTCAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATT
130 TGAACTTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * **
1066 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGG
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTAT
* * * *
1131 ATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTA-TCATAACTAT
65 TTTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAA-TAGTCATAACTAT
* * * *
1195 TTGAA-TGTGTTCAAAAAATATATTTCTTTTTTAAAT-T-TTGACTTATTAATT
129 TTGAACT-TATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAATT
* * *
1246 TAT-AGAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGACTAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATT
1 T-TCAGAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCA-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT
1309 ATTTTATGATA-AAAACAAAAGGA-CATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
63 ATTTTAT-A-ACAAAACAAAA-GATCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
1371 ACTATTTGAACTTGATTGA-AAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
124 ACTATTTGAACTT-ATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* ** * * * * *
1428 TTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAATAAGCCTATATAAATTGATACAATTGTT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATT
* ** * * *
1493 TTATTATGAAACAAAAGCTCACAA-TGATTTGAAATGGATA
66 TTATAACAAAACAAAAGATCATAACT-ATTTGAAATAGATA
1533 TTTTAAAATC
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 97, Indels: 46
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
179 8 0.02
180 210 0.40
181 261 0.49
182 47 0.09
183 2 0.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (180 bp):
TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTATT
TTATAACAAAACAAAAGATCATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTT
GAACTTATTCAGAAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
Found at i:1490 original size:361 final size:361
Alignment explanation
Indices: 705--1532 Score: 888
Period size: 361 Copynumber: 2.3 Consensus size: 361
695 AAGCTGAATC
* * *** ** * *
705 TTCAAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTGCATGAATAGAAATAATTG
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCCTATATAAATAGAAACAATTG
** * ** * *
769 TTTTATGACAAAATAGGAGGTCATAATGATTTGAACTAGATAATTATTCAAATGAACATGACTAT
65 GATTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAACTAT
** *
834 TTGAACTTGTTCAGCAAATATATTAATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTTAT
130 TTGAACTTGTTCAAAAAATATATTAATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAAT
* *
899 AAATCAGTATTATTTTATTCTGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTATTTTATAACAAAACA
195 AAATCAGTATTATTTTATTCAGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACA
* * *
964 AAATATAATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTGATAACTATTTGAACTTACTCAGT
260 AAAGATAATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTACTCAGA
* * * * *
1029 AAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTTATT
325 AAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
** * * * *
1066 TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTGTATGAATAGAAACAATTGG
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATAAATAGAAACAATTGG
* *
1131 ATTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTATCATAACTAT
66 ATTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAACTAT
** * * *
1195 TTGAA-TGTGTTCAAAAAATATATTTCTTTTTTAAAT-T-TTGACTTATTAATTTAT-AGAATAT
130 TTGAACT-TGTTCAAAAAATATA-TTAATTTTTAAATCTCCT-ACCTATTAATTT-TCAAAATAT
* * * *
1256 TAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAGACTAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTATTTTATGATA
191 TAATAAA-TCAGTATTATTTTATTCAGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTAT-A-A
* * * *
1320 -AAAACAAAAGGA-CATAA-TAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
253 CAAAACAAAA-GATAATAACT-ATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAAC
* *
1382 TTGATTGA-AAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
316 TT-ACTCAGAAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
* * * * *
1428 TTCATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAATAAGCCTATATAAATTGATACAATTGT
1 TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATAAATAGAAACAATTGG
* * ** * * *
1492 TTTATTATGAAACAAAAGCTCACAATGATTTGAAATGGATA
66 ATTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATA
1533 TTTTAAAATC
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 64, Indels: 26
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
360 3 0.01
361 246 0.63
362 136 0.35
363 5 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (361 bp):
TTCAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCCTATATAAATAGAAACAATTGG
ATTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGAACATAACTATT
TGAACTTGTTCAAAAAATATATTAATTTTTAAATCTCCTACCTATTAATTTTCAAAATATTAATA
AATCAGTATTATTTTATTCAGAATAAACTTATATGAATAGAAAAAATTATTTTATAACAAAACAA
AAGATAATAACTATTTGAAACAAATAATTGTTCAAACAGTCATAACTATTTGAACTTACTCAGAA
AATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATT
Found at i:1831 original size:307 final size:312
Alignment explanation
Indices: 1251--1834 Score: 668
Period size: 307 Copynumber: 1.9 Consensus size: 312
1241 TAATTTATAG
* * * * * *
1251 AATATTAATAAATTTATATTATTTTATTCAGACTAAGCTTTTATGAATAGAAAAAATTATTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAACTATTTTAT
* * *
1316 GATAAAAACAAAAGGACATAATAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
66 GACAAAAACAAAAGGACATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* **
1381 CTTGATTGAAAAATAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATTTTCATAATATTAATAAAT
131 CTTGATTGAAAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATCATCATAATATTAATAAAT
* * * * * ** * * **
1446 TAGTATTATTTTATTTGAATAAGCCTATATAAATTGATACAATTGTTTTATTATGAAACAAAAGC
196 TAGTATTATTTTAATTGAATAAGACTATATAAATAGAAAAAATAATTTAATGACAAAACAAAAGC
*
1511 TCACAATGATTTGAAATGGATATTTTAAAATCTTTTGTTTATTAATTGTCAA
261 TCACAACGATTTGAAATGGATATTTTAAAATCTTTTGTTTATTAATTGTCAA
* *
1563 AATATTAATAAATTAAT-TTATTTTAATC-GAAT-AGCTTGTATAAATA-AAACAACTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAACTATTTTAT
* *
1624 GACAAAATA-AAAA-GTCATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAGCTATTTGA
66 GACAAAA-ACAAAAGGACATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * * * *
1687 ACTT-ATT-AATAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTTTATTTATTAGTCATC-TGAATATTAATA
130 ACTTGATTGAA-AAACAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATCATCAT-AATATTAATA
* *
1749 AATTTGTATTATTTTAATTGAA-ATAGACT-TGTACGAATAGAAAAAATAATTTAATGACAAAAC
193 AATTAGTATTATTTTAATTGAATA-AGACTATATA--AATAGAAAAAATAATTTAATGACAAAAC
* * * * *
1812 GAAAGGTTATAGCGATTTGAAAT
255 AAAAGCTCACAACGATTTGAAAT
1835 AGGGAATTAT
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 41, Indels: 17
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
305 7 0.03
306 68 0.30
307 86 0.38
308 22 0.10
309 13 0.06
310 3 0.01
311 10 0.04
312 16 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (312 bp):
AATATTAATAAATTAATATTATTTTAATCAGAATAAGCTTGTATAAATAGAAAAAACTATTTTAT
GACAAAAACAAAAGGACATAAGAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
CTTGATTGAAAAACAGAATCATTTTTTAAATCTCTTACTCATTAATCATCATAATATTAATAAAT
TAGTATTATTTTAATTGAATAAGACTATATAAATAGAAAAAATAATTTAATGACAAAACAAAAGC
TCACAACGATTTGAAATGGATATTTTAAAATCTTTTGTTTATTAATTGTCAA
Found at i:2331 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2308--2344 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
2298 CCAAATAGGC
2308 TTGTTTGATGA-AAAACAA
1 TTGTTTGATGACAAAACAA
2326 TTGTTTGATGACAAAACAA
1 TTGTTTGATGACAAAACAA
2345 AAGTTCATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.43, C:0.08, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
TTGTTTGATGACAAAACAA
Found at i:2392 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2082--2395 Score: 418
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 171
2072 TTAAAATCGT
*
2082 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTTTCAAT
1 TACTTAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTTTCAAT
* * *
2147 AGAAACAATTATTTTACAACAAAACAAAGTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
66 AAAAACAATTATTTGACAACAAAACAAAGTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACA
**
2212 GTTATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATAATCTCC
131 GCCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATAATCTCC
* * * * * *
2253 TACTTAGTAATTTTT-GAAATATTAATGAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTTT-GA
1 TACTTAGTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTTTCAA
* ** * * *
2316 TGAAAAACAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGT-TCATAATGATTTGAATTAGATAATTGTTCAA
65 T-AAAAACAATTATTTGACAACAAAAC-AAAGTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAA
2380 ACAGCCATAACTATTT
128 ACAGCCATAACTATTT
2396 GAGTTGATTC
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 18, Indels: 6
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.02
171 114 0.93
172 5 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TACTTAGTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCAAATAAGATTGTTTCAAT
AAAAACAATTATTTGACAACAAAACAAAGTGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAACA
GCCATAACTATTTAAACTGGTTCAGTAAATAGATAATCTCC
Found at i:3667 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 3053--7248 Score: 1756
Period size: 180 Copynumber: 23.0 Consensus size: 181
3043 AACTTCCAAC
** * * * *
3053 TAATTTTTTTAATATTAATAAATTAGTATTA--TTATTTTGAATAAACTTGTATGAATAGAAATA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * *
3116 ATTGTTTTATGACAAAACAAACGATCATAACAATTTGAAATA-ATAATTATAT-AAATAGTCATA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGT-TCAAATAGTCATA
* *** * * *
3179 ATTATTTGGACTCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATATTTTACTTAT
130 ATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
3232 TAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAATATTATTTTTATTTTGAGTAAGCTTTTATGAAC--AAA-
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * *
3294 AATTGGTTTATGAC-AAACTAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCAG
65 AATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * *
3357 AAATATTTGAAC-GTGTTCAAAAAATAGATTTA-TTTTTAAA--T-TT--TTGT
129 AATTATTTGAACTG-GTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * *
3404 TAATTGTTGGATTATTAGTCAATTTA-TATTATTTTATTC-GAAATAAGCTTGTATAAATAGAAA
1 TAATTTTTGGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTCTG-AATAAGCTTGTATGAACAGAAA
* * * * *
3467 CAATTGTTTTATAACAAAACTAAATGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * *
3532 AACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
129 AATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
3585 TAATTTTTGGAAGATTAATAAATTAGAATTATATTATTCTGAATAAGCTTGTACGAACAGCAACA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* ** * *
3650 ATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGCCATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * *** * * ** **
3715 TTATTTGCATTGG-TCAGGCCAACAAATACATTTCCTAAATC-CTTTACTTAT
131 TTATTTGAACTGGTTC-GATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTAT
*** * * * *
3766 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TATATGAACAGAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAG-CTTGTATGAACAGAAAC
* ** * *
3830 AATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
3895 ACTAATTGAACTGGTTTGATAAACAAATTTCTTTTTTAAA--TC-T-CTTAT
130 ATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * ** * * *
3943 TAATTTTTAAAATATT-ATAAATTAATATTATTTGATTCCAAACAAACTTATATGAACTA-AAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAAC-AGAAAC
* * ** *
4006 ATTTGTTTTATGACAAAA-AAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
4070 ATTATTTGAACTGGTTTGACAAACATAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAA
130 ATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * ** * * *
4122 TAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTGTTTTTTTTTATTCCAAAT-AGGTTAGTAAGCACTA-AAA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTT-GTATGAAC-AGAAA
* * * * * * * *
4185 -ATTTATTTTACGAC-AAACTAAAAGGCCATAACAATTTGCAATAGATAATTATTCATACA-TCC
64 CAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-C
* * * * * ** * * *
4247 TTAACTATTTAAAGTGGTTTGGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTAT
127 ATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * * * *
4302 TAATTGTCAGAATCTTATTAGATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAA-AAAAAT
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * ** *
4365 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAAT-GTATAATTGTTCAAATAGTTAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCAT
4429 AATTATTTGAACTGGTTC-AGTAAATA-ATTT-TTTTTTAAATCT-TTAACTT-T
129 AATTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTAT
* * * * ** * *
4479 TAAAATTTTGAAATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTAC-GAATAAAATTGGATGAGA-TGAA
1 T-AATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-CTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAA
* * * * * * * *
4542 ATAATT-TCTTTATGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTCTTTATATAGTT
63 ACAATTGT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * ** * * *
4606 TTAATTGTTTTAACTAGTTCGGCAAACT-GATTTACTTTGTAAATCTCTTAGTTA-
127 ATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * * * * *
4660 TGATTTTTAGAATATTTTTAATTTTGTATTACTTTATT-TCGAATAAACTTATATGAAC-GAAAA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAG-AAA
* * * * * *
4723 TAATTATTTTATGATAGAACAAAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* ** * * *
4788 AACTATTTGAACTGGTTTAATAAATAGATTTATTTTTTGAATC-C---CATAC
129 AATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** **
4837 TAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATAT-AAAATAAGCTTGTATGCTCA-AAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* ** * **** * * ** * * *
4900 AATTGTTTTATGACAAAGAAAAAAAATAATGATTTTTTTAAAAATAAGCTTGTATGTTGAAAAAC
65 AATTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGGTCAT-AACAATTT-GAAAT-AGATAAT-TGTTCAAATAG
** * * * * * **
4965 T-ATTGTT-TTATGACAAAACGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGA-TAATTATTCAAATAGCT
125 TCATAATTATT-TG----AAC---TGGT--T--CGA--T-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT
*
5027 ATAATTATT
175 -TACTTA-T
* * * * *** * * * ** * ** *
5036 TGAAGTGATTTGATAAACTGTTTTATTTTTTAAATCTTTTTTTTATTGATCTTTAAAATATT-AA
1 T-AA-T-TTTTG--GAA-T-ATTAATAAATT-AGT-ATTATTTTA-T--TCTGAATAAGCTTGTA
** * * ** * * * * *
5100 T-AA-AGTAATATTATT-TTATTTTGGATAAATTTTTATGAA-CTGA-AACAATTGTTTTATGAT
54 TGAACAG-AA-ACAATTGTT-TTAT-GACAAA---ACA-AAAGGTCATAACAA---TTTGA-AAT
* * ** * * ** * ** * * * *
5160 AAAACAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGAT-AA-TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACC
107 -AGATAATTGTTCA-AATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTC-GATA--AAT-A-GATTT--A--
*
5223 TGTTTGGTAAATCGAT-TTA-TTATT
161 T-TTT-TTAAATC--TCTTACTTA-T
* * * **
5247 TCAAATCTCTTGCATATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGC
1 T--AAT-TTTTG--GA---A----T----A-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
* ** * *** * ** *
5312 TTGTTTGAATTGAAACAATTATTTTATGATTGAACAAAAGGTTAGGACGATTTGAAATAGATAAT
49 TTGTATGAACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT
* * ** * * * * * *
5377 TATTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
114 TGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
5442 TAT
179 TAT
*** * * * * *
5445 TAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATCAGCTTGTATGATCAGAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * * *
5509 AATTATTTTATGACAAAAC-AATGATCATAATC-ATGTGAGATTGATATTTATTTAAATAGTCAT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
5572 AACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAA
129 AATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * **
5625 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATT-TCGAATAAGTTTTTATGAATTGAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * *** * * *
5689 AATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
5754 TTTATTTGAACTTGTTC-AGTAAACAGATTTAATTTTTAAAATTTTTTGCTTAT
130 ATTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * ** ** *
5807 TAACTTTTAGAA-AGTTAATAAGTTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAAT
1 TAATTTTTGGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * ** * * ** * ** *
5871 AATTATTTTATGACTAAATGAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTCCTA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
5936 ACTATTTGAATTGGTTCGACAAACATATTTA-ATTCTAAATCTCTTACTTAT
130 ATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * ** * *
5987 TAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
* * * * ** *
6052 ATTGTTTTATGACTAAA-TAAAGATCACAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
66 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* * * * * *
6116 CTATTTGAACCT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTAT
131 TTATTTGAA-CTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT
* * * * * * ** *
6168 GAAATTTT-CAAAATTTAATAAACTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAAC
1 TAATTTTTGGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * ** * * * * *
6232 AATTATTTTATAACTAAAAAAAAAAGGTTAGAATGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCT
65 AATTGTTTTATGAC--AAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCA
* ** ** * * * *
6297 TAACTATTCAAACTAATTC-AGCAAA-CGCATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTAT
128 TAATTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * ** * * *
6351 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATCAGCTTATATGATA-AAAAA
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAGAAA
** * ** * * *
6414 CAATTACTTTATGACAAAACAATTA--TCATAAGGATTT-AAGATTGATATTTGTTTAAATAGTC
64 CAATTGTTTTATGACAAAACAA-AAGGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTGTTCAAATAGTC
* * * * * * *
6476 ATAACTATTTGAACTGGTT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTAA
127 ATAATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * * * * *
6530 TAATTTTTTAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATT-TCAAGTAAGTTTTTATAAACTGAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* ** * * *
6594 AATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTTTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATC-TT
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
** * * * ** *
6658 ATCTATTTGAACTTATT-TAGTAAATAGATAT-TTTTTTAAATTTCTTGGTTAC
130 AT-TATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * * * *
6710 TAACTTTTCGAA-AGTTAATAAATTAGTAATATTTTATTATGAATAAACTTATATAAACTGAAAT
1 TAATTTTTGGAATA-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * ** *
6774 AATTGTTTTATGACTAAA-AAAAGTTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTCATAGTCCTA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * *
6838 ACTATTTGAATTGGTT-TAGCAAAT-GTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
130 ATTATTTGAACTGGTTCGA-TAAATAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
6890 TAAGTTTTGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTAATC-CAA-AATGCTCGTATGAAAAGAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-GCTTGTATGAACAGAAAC
* * * * * * * * * *
6953 AACTATTCTATGACAAAA-TAAAGTTCACAACAATTCGAGATAGATAATTGTTTAAATAATCATA
65 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * * * * *
7017 ACTATTTGAACTAGTTAGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA--TA-
130 ATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
*** * * * * * * *
7066 -AATTTTCAAAATATTAGTAAATCAATATTATTTTATTTTCAATAA-TTCTGTATGAACATAAAC
1 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCT-TGTATGAACAGAAAC
* * * *
7129 AACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACAT
65 AA-TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * ** *
7193 GACTATGTCAACTTGCTCGATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTAT
129 AATTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
7246 TAA
1 TAA
7249 ATTGAAGAAT
Statistics
Matches: 3012, Mismatches: 793, Indels: 422
0.71 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
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220 2 0.00
221 6 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAACA
ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
TTATTTGAACTGGTTCGATAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
Found at i:3872 original size:362 final size:350
Alignment explanation
Indices: 3063--4803 Score: 1060
Period size: 359 Copynumber: 4.9 Consensus size: 350
3053 TAATTTTTTT
* *
3063 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTATTTTGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTAT
1 AATATTAATAAATTAGTATTATTTA-TTCGAATAAGACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
* * * * * *
3126 GACAAAACAAACGATCATAACAATTTGAAATAATAATTATAT-AAATAGTCATAATTATTTGGAC
65 GACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAATAATTGT-TCAAATAGTTATAACTATTTGAAC
** * * * *
3190 TCACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAAT
129 TCGTTCGATAAATAGATTCA-TTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
* * * *
3255 TAATATTATTTTTATTTTGAGTAAGCTTTTATGAACAAA-AATTGGTTTATGAC-AAACTAAAAG
192 TAATATTA--TTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAG
** * * * * *
3318 GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAGTCAGAAATATTTGAACGTGTTCAAAAAAT
254 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGGTCAAAAAAC
* ** * * **
3382 AGATTTATTTTTAAATTTTTGTTAATTGTTGG
319 AAATACATTTCTAAATTTTTATTAATTGTTAA
* * * *
3414 ATTATTAGTCAATTTA-TATTATTTTATTCGAAATAAG-CTTGTATAAATAGAAACAATTGTTTT
1 AATATTAAT-AAATTAGTATTA-TTTATTCG-AATAAGACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTT
* *
3477 ATAACAAAACTAAAT-GTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
63 ATGACAAAAC-AAATGGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* *
3541 AACTTGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAGATTAATAA
126 AACTCGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAA
* * *
3606 ATTAGA-ATTATATTATTCTGAATAAGCTTGTACGAACAGCAACAATTGTTTTGTGACAAAACAA
190 ATTA-ATATTAT-TTATTCTGAATAAGCTTATATGAACA--AACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * **
3670 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAACAGCCATAATTATTTGCA-TTGGTCAGGC
251 AAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGGTCA-AA
*
3734 CAACAAATACATTTCCTAAATCCTTTACTTATTAATT-TTCAA
315 AAACAAATACATTT-CTAAA---TTT--TTATTAATTGTT-AA
* * *
3776 AATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCGAATAAGAC-TATATGAACAGAAACAATTGTTTTA
1 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATT-CGAATAAGACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
** *
3840 TGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAA
64 TGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAAT-AATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAA
* * * * **
3905 CTGGTTTGATAAACAAATTTC-TTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTAAAATATT-ATAAAT
128 CTCGTTCGATAAATAGA-TTCATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAAT
** * * *
3965 TAATATTATTTGATTCCAAACAAACTTATATGAACTAAAACATTTGTTTTATGACAAAA-AAAAG
192 TAATATTATTT-ATTCTGAATAAGCTTATATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAG
* * ** *
4029 GTAATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAAC-TGGTTTGACAAA
254 GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGG-TCAAAAAA
* * * * *
4093 CATAATTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGA
318 CA-AA-TACATTTCTAAA--T-TT--TTATTAATTGTTAA
* * * * * * * * * *
4132 AATATTAGTAAATTTGTTTTTTTTTATTCCAA-ATAG-GTTAGTAAGCACTA-AAA-ATTTATTT
1 AATATTAATAAATTAG-TATTATTTATTCGAATA-AGACTT-GTATG-AATAGAAACAATTGTTT
* * * * * **
4193 TACGAC-AAACTAAAAGGCCATAACAATTTGCAATAGATAATTATTCATACAT-CCT-TAACTAT
62 TATGACAAAAC-AAATGGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCA-A-ATAGTTATAACTAT
* * * * ** * * * * * ** * *
4255 TTAAAGTGGTTTGGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAGAATCTTAT
123 TTGAACTCGTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * * * * * *
4320 TAGATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCTTGTATGAAAAAAATAATTATTTTATGACAAAAC
187 TAAATTAATATTA-TTTATTCT-GAATAAGCTTATATG-AACAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* *
4384 AAAAGGTTATAATGATTTGAAAT-GTATAATTGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAAC-TGGTTC
249 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG-ATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGG-TC
** * *** * * *
4447 AGTAAA-TAATTTTTTTTTAAATCTTTAACTTTTAAAATT-TTGA
312 AAAAAACAAATACATTTCTAAAT-TTT---TATT--AATTGTTAA
* * * * *
4490 AATATTAAAAAATTAGTTTTATTTTATTACGAATAA-AATTGGATGAGAT-GAAATAATT-TCTT
1 AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTATT-CGAATAAGACTTGTATGA-ATAGAAACAATTGT-TT
* * * * * * * * * * *
4552 TATGAGAAAACAAAAGGTAATAACAATTTAAAATAGATAATTCTTTATATAGTTTTAATTGTTTT
62 TATGACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATA-ATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTG
* ** * * * * * * **
4617 AACTAGTTCGGCAAACT-GATTTACTTTGTAAATCTCTTAGTTA-TGATTTTTAGAATATTTTTA
126 AACTCGTTCGATAAA-TAGATTCATTTTTTAAAT-TCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATA
* ** * * * * *
4680 ATTTTGTATTACTTTATT-TCGAATAAACTTATATGAACGAAAATAATTATTTTATGATAGAACA
189 AATTAATATTA-TTTATTCT-GAATAAGCTTATATGAAC--AAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* * ** *
4744 AAAGATTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGT
250 AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGGT
4804 TTAATAAATA
Statistics
Matches: 1111, Mismatches: 199, Indels: 153
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 13 0.01
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363 7 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (350 bp):
AATATTAATAAATTAGTATTATTTATTCGAATAAGACTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
ACAAAACAAATGGTCATAACAATTTGAAATAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTC
GTTCGATAAATAGATTCATTTTTTAAATTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAAT
ATTATTTATTCTGAATAAGCTTATATGAACAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA
TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTGAACGTGGTCAAAAAACAAATACA
TTTCTAAATTTTTATTAATTGTTAA
Found at i:4339 original size:180 final size:179
Alignment explanation
Indices: 3495--4346 Score: 450
Period size: 181 Copynumber: 4.7 Consensus size: 179
3485 ACTAAATGTT
* * * * * * * * *
3495 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAA-TAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAAA
* ** * * * * *
3559 ATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAAGATTAATAAATTAGAATTATATTATTC
65 ATT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTCAGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTC
** * * * * * * **
3624 TGAATAAGCTT-GTACGAAC-AGCAACAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTC-
129 CAAAT-AGGTTAGTAAGCACTA-AAACATTTATTTTACGACAAAA-AAAAGG-CA
** * * * ** * ** * *
3676 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAA-ACAGCCATAATTATTTGCATTGGTCAGGCCAAC-A
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATA-A-TCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAA
* ** * * * *
3739 AATACATTTCCTAAATC-CTTTACTTATTAATTTTCA-AAATATTAATAAATTAGCATTACTTTA
64 AAT-TATTTTTTAAATCTC-TTACTTAATAA-TTTCAGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTA
* ** * * * * * *
3802 TTCCGAATAAGACTA-TATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGGTC-
126 TTCCAAAT-AGGTTAGTAAGCACTA-AAACATTTATTTTACGACAAAA-AAAAGG-CA
** * * * * * * *
3857 ATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATAACTAATTGAACTGGTTTGATAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAAA
* * * * *
3922 TTTCTTTTTTAAATCTCTTA-TTAAT--TTTTA-AAATATTA-TAAATTAATATTATTTGATTCC
65 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTCAGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCC
* ** * * * * *
3982 AAACAAACTTA-TATGAACTAAAACATTTGTTTTATGACAAAAAAAAGGTA
130 AAA-TAGGTTAGTAAGCACTAAAACATTTATTTTACGACAAAAAAAAGGCA
** * * * *
4032 ATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAATCATAATTATTTGAACTGGTTTGACAAACATA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTC-AATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAAA
** * * *
4097 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAGTAAATTTGTTTTTTTTTATTCC
65 ATTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTCAGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCC
* *
4162 AAATAGGTTAGTAAGCACTAAAA-ATTTATTTTACGACAAACTAAAAGGCC
130 AAATAGGTTAGTAAGCACTAAAACATTTATTTTACGACAAA-AAAAAGGCA
* * * *
4212 ATAACAATTTGCAATAGATAATTATTC-ATACATCCTTAACTATTTAAAGTGGTTTGGCAAA-AA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATA-AT-CATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAA
* * * * *
4275 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTGTCAG-AATCTTATTAGATTAGTATTATTTTAT
64 AA-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATT-TCAGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTAT
*
4339 TTCAAATA
127 TCCAAATA
4347 AGCTTGTATG
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 110, Indels: 51
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
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182 9 0.02
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (179 bp):
ATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAATAATCATAACTATTTAAACTGGTTTGACAAACAAAA
TTATTTTTTAAATCTCTTACTTAATAATTTCAGAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCA
AATAGGTTAGTAAGCACTAAAACATTTATTTTACGACAAAAAAAAGGCA
Found at i:5024 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5003--5035 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
4993 TAATGATTTG
5003 AAATAG-ATAATTATTC
1 AAATAGCATAATTATTC
5019 AAATAGCTATAATTATT
1 AAATAGC-ATAATTATT
5036 TGAAGTGATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGCATAATTATTC
Found at i:5762 original size:361 final size:355
Alignment explanation
Indices: 4961--7248 Score: 1433
Period size: 362 Copynumber: 6.3 Consensus size: 355
4951 GTATGTTGAA
* * * * * *
4961 AAACTATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGC
1 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * ** *
5026 TATAATTATTTGAAGTGATTTGATAAACTGTTTTATTTTTTAAATCTTTTTTTTATTGATCTTTA
66 TATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAAT-TTTA
* * **** ** * *
5091 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
129 AAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTA
* * * * *
5156 TGATAAAACAAAAGTTCATAA-CAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
193 TGACAAAAC-AAAGATCATAATC-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
**** * * *
5220 ACCTGTTTGGTAAATCGATTTATTATTTCAAATCTCTTGCATATTAATTTTTCAAA-AGTTAATA
256 A-CTGTTCAAAAAATAG-TTTATT-TTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATA-TTAATA
* * *
5284 AATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTT-TGAATTG
316 AATTAATATTATTTTATTCCAAATAAG-TTTTTATGAATTG
* ** * * ** * *
5324 AAACAATTATTTTATGATTGAACAAAAGGTTAGGACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *
5389 GT-TAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTC
66 -TATAACTATTTGAACTG-TTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTT-
* * * * * *
5453 AAAATAATATTAAATTAGTATTATTTT-TATCTAAATCAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTT
128 AAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTT
* * * * *
5517 TATGACAAAACAATGATCATAATCATGTGAGATTGATATTTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
191 TATGACAAAACAAAGATCATAATCATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGA
*
5582 ACTAGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAA
256 ACT-GTTCAAAAAATAG-TTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA
* * * *
5647 GTACTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAATTG
318 TTAATATTATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAATTG
* * * *
5685 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGT
1 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
** * * * *
5750 TATATTTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAATTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAACTTTT
66 TATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAACAGATTT-ATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTT
* * * * *
5815 AGAAAGTTAATAAGTTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTT
128 A-AAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
** * * * *
5880 ATGACTAAATGAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCT-TATAGTCCTAACTATTTG
192 ATGAC-AAAACAAAGATCATAATCATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * * *
5944 AATTGGTTCGACAAACATA-TTTAATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAA
255 AACT-GTTC-A-AAAAATAGTTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * **
6008 ATTAATATTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAG
317 ATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAATTG
* * * * *
6047 AAACAATTGTTTTATGACT-AAATAAAGA-TCACAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* * * *
6110 TCATAACTATTTGAACCTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATGAAATTT
65 TTATAACTATTTGAA-CTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTGCTTAT-TAATTT
* *
6175 TCAAAATTTAATAAACTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTT
127 T-AAAATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTT
* * * * * * * * *
6240 TATAACTAAAAAAAAAAGGTTAGAATGAGTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGCCTTAACTAT
191 TATGAC---AAAACAAAGATCATAATCATTTGAAATAGATAATTATT-TAAATAGTCATAACTAT
** * ** * * *
6304 TCAAACTAATTCAGCAAA-CGCATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTA
252 TTGAACT-GTTCAAAAAATAG--TTTATTTTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTA
* * * * **
6368 TTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATCAGCTTATATG-ATAAA
313 ATAAATTAATATTATTTTAT-TCCAAATAAGTTTTTATGAAT-TG
** * ** * * * * *
6411 AAACAATTACTTTATGACAAAACAATTA-TCATAAGGATTT-AAGATTGATATTTGTTTAAATAG
1 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAG
* *** * * * * * *
6474 TCATAACTATTTGAACTGGTT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATTTCTTACTTAATAATTTTT
65 TTATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTT
* * * * * * * *
6538 TAAATATTAATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTT
128 AAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTT
* * ** * * * * * *
6603 ATTACAAAACAAAAGGTTTTAA-CAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTATCTATTTG
192 ATGACAAAAC-AAAGATCATAATC-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTG
* * ** * * * * *
6667 AACTTATTTAGTAAATAGATATT-TTTTTAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTCGAAA-GTTAATA
255 AAC-TGTTCAAAAAATAG-T-TTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATA
* * *** ** * * *
6730 AATTAGTAATATTTTATTATGAATAAACTTATATAAACTG
316 AATTAATATTATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAATTG
* * * **
6770 AAATAATTGTTTTATGACT--AA-AAAAAGTTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTCATA
1 AAACAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
** * ** * * *
6832 GTCCTAACTATTTGAATTGGTTTAGCAAA-TGTATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTT
64 GTTATAACTATTTGAACT-GTTCGGTAAACAG-ATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA-TT
** * * * * * ** *
6896 TTGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTAATCCAAA-ATGCTCGTATGAAAAGAAACAACTATT
126 TTAAAAT-TTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATT
* * * * * * * *
6960 CTATGACAAAATAAAGTTCACAA-CAATTCGAGATAGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTT
190 TTATGACAAAACAAAGATCATAATC-ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTT
* * ** *
7024 GAACTAGTT-AGATAAACA-AATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTTATAAATTTTCAAAATATTAG
254 GAACT-GTTCA-A-AAA-ATAGTTTA-TTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAA
* * * *
7083 TAAATCAATATTATTTTATTTTC-AATAA-TTCTGTATGAACAT-
314 TAAATTAATATTATTTTA-TTCCAAATAAGTT-TTTATGAA-TTG
* * ** * * * *
7125 AAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGG
1 AAACAA-TTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
** * * * * * * * *
7189 ACATGACTATGTCAACTTGCTCGATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAA
65 TTATAACTATTTGAAC-TGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAA
7249 ATTGAAGAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (355 bp):
AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
TATAACTATTTGAACTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTAAA
ATTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAGATCATAATCATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTGT
TCAAAAAATAGTTTATTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAATATT
ATTTTATTCCAAATAAGTTTTTATGAATTG
Found at i:6164 original size:543 final size:542
Alignment explanation
Indices: 4961--7178 Score: 1593
Period size: 543 Copynumber: 4.1 Consensus size: 542
4951 GTATGTTGAA
* * * *
4961 AAACTATTGTTTTATGACAAAACGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * ** * * *
5025 CTATAATTATTTGAAGTGATTTGATAAAC-TGTTTTATTTTTTAAATCTT-TTTTTTATTGATCT
65 C-ATAACTATTTGAACTG-TTCG-TAAACAT-ATTTATTTTTTAAAT-TTCTTGCTTAATAATTT
* * *
5088 TTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTT
125 TTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTT
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190 TTATGATAAAACAAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
** * *
5217 TGAACCTGTTTGGTAAATCGATTTATTATTTCAAATCTCTTGCATATTAATTTTTCAAAAGTTAA
255 TGAACCTGTTCAGTAAATCGATTTATTATTTAAAATCTCTTGCATATTAACTTTTCAAAAGTTAA
* * * * *
5282 TAAATTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTTTGAATTGAAACAATTATTTTATGATTGAAC
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* * ** ** * *
5347 AAAAGGTTAGGACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTGATTTGG
385 AAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGATTCGA
* * * *
5412 TAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTAT
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* * **
5477 TTTTATCTAAATCAGCTTGTATGATCAG
515 TTTAATCCAAATCAGCTTGTATGAAAAG
* * * * * * *
5505 AAACAATTATTTTATGACAAAACAATGATCATAATCATGTGAGATTGATATTTATTTAAATAGTC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
5570 ATAACTATTTGAACTAGTTC-AAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTGCTTAATAATTTTTG
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* *
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128 AAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTA
*** * * **
5699 TGATAAAACAAAAAG-TCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTATTTGA
193 TGATAAAACAAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGA
* * * *
5763 ACTTGTTCAGTAAA-CAGATTTAATT-TTTAAAATTTTTTGCTTATTAACTTTT-AGAAAGTTAA
258 ACCTGTTCAGTAAATC-GATTT-ATTATTTAAAATCTCTTGCATATTAACTTTTCA-AAAGTTAA
* * *
5825 TAAGTTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAAT
320 TAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAAC
* * * * *
5890 GAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTCCTAACTATTTGAATTGGTTCGA
385 AAAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGATTCGA
* *** *
5955 CAAACATATTTA-ATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTAT
450 CAAACACATTTATATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAATATTAT
6019 TTTAATCCAAAT-ATGCTTGTATGAAAAG
515 TTTAATCCAAATCA-GCTTGTATGAAAAG
* * * *
6047 AAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAGATCACAATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTC
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTC
6112 ATAACTATTTGAACCTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTCAAATTTCTTGCTT-ATGAAATTTT
66 ATAACTATTTGAA-CTGTTC-GTAAACATATTTATTTTTT-AAATTTCTTGCTTAAT--AATTTT
* * * * * * * * *
6176 CAAAAT-TTAATAAACTAGTATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTT
126 TAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * ** * * * * * *
6240 TATAACTAAAAAAAAAAGGTT-AGAATGAGTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGCCTTAACTA-
191 TATGA-TAAAACAAAAA-GTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * * *
6303 TTCAAACTAATTCAGCAAA-CGCATTTATT-TTTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATA-
254 TTGAACCT-GTTCAGTAAATCG-ATTTATTATTTAAAATCTCTTGCATATTAACTTTTCAAA-AG
* * * * * ** *
6365 TTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATCAGCTTATATG-ATAAAAAACAATTACTTTATGA
316 TTAATAAATTAGTACTATTTTAT-TCCAAATAAGCTTGTATGAAT-TGAAACAATTATTTTATGA
* ** * * * * * *
6428 CAAAAC-AATTATCATAAGGATTT-AAGATTGATATTTGTT-TAAATAGTCATAACTATTTGAAC
379 CTAAACAAAAGATCAAAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCT-AATAGTCCTAACTATTTGAAC
* * * * * * * ** * *
6490 TGGTT-AAAAAATAGC-TTTAGT-TTTTAAATTTCTTACTTAATAATTTTTTAAATATTAATAAA
442 TGATTCGACAAACA-CATTTA-TATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAA
* * * * * * * * *
6552 ATAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTTTAT-AAACTG
505 TTAATATTATTTTAATCCAAATCAGCTTGTATGAAA-AG
* * ** ** * * * *
6590 AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTTTTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAAT
1 AAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * * * * * * * *
6655 CTTATCTATTTGAACTTATTTAGTAAATAGATAT-TTTTTTAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTC
65 CATAACTATTTGAAC-T-GTTCGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTAATAA-TTTTT
* * * * * ** * * *
6719 GAAA-GTTAATAAATTAGTAATATTTTATTAT-GAATAAACTTATATAAACTGAAATAATTGTTT
127 AAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATT-TCGAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTT
* * * * ** *
6782 TATGACT--AA-AAAAAGTTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTCATAGTCCTAACTATT
191 TATGA-TAAAACAAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * * *
6844 TGAA-TTGGTTTAGCAAAT-GTATTTATT-TTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATA-T
255 TGAACCT-GTTCAGTAAATCG-ATTTATTATTTAAAATCTCTTGCATATTAACTTTT-CAAAAGT
* * * * * * ** * *
6905 TATTAAATCAGTATTATTTTAATCCAAA-ATGCTCGTATGAAAAGAAACAACTATTCTATGAC-A
317 TAATAAATTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTA
* * * * * * * *
6968 AA-ATAAAGTTCACAACAATTCGAGATAGATAATTGTT-TAAATAATCATAACTATTTGAACT-A
382 AACA-AAAGATCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCT-AATAGTCCTAACTATTTGAACTGA
* * * * * * *
7030 GTTAGATAAACAAATTTAGT-TTTTAAATCTCTTA--TA--AATTTTCAAAATATTAGTAAATCA
445 -TTCGACAAACACATTTA-TATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTA
* * ** * *
7090 ATATTATTTTATTTTC-AAT-AATTCTGTATGAACAT
508 ATATTATTTTA-ATCCAAATCAGCT-TGTATGAAAAG
* ** *
7125 AAACAACTT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATT
1 AAACAA-TTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATT
7179 GTTTAAGTGG
Statistics
Matches: 1357, Mismatches: 261, Indels: 121
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
534 3 0.00
535 82 0.06
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537 5 0.00
538 72 0.05
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540 9 0.01
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546 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (542 bp):
AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGATCATAATGATTTGAGATAGATAATTATTCAAATAGTC
ATAACTATTTGAACTGTTCGTAAACATATTTATTTTTTAAATTTCTTGCTTAATAATTTTTAAAA
TATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGA
TAAAACAAAAAGTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACC
TGTTCAGTAAATCGATTTATTATTTAAAATCTCTTGCATATTAACTTTTCAAAAGTTAATAAATT
AGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAACAATTATTTTATGACTAAACAAAAGA
TCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCCTAACTATTTGAACTGATTCGACAAACA
CATTTATATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAATATTATTTTAAT
CCAAATCAGCTTGTATGAAAAG
Found at i:6734 original size:723 final size:720
Alignment explanation
Indices: 4971--7184 Score: 1826
Period size: 723 Copynumber: 3.1 Consensus size: 720
4961 AAACTATTGT
* * * * * * * *
4971 TTTATGACAAAACGAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-CTATAATTAT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC-ATAACTAT
* * ** * * * * ** * * *
5035 TTGAAGTGATTTGATAAACTG-TTTTATTTTTTAAATCTT-TTTTTTATTGATCTTTAAAATATT
65 TTGAACTGGTTCAAAAAACAGATTTAATTTTTAAAAT-TTCTTACTTAAT-AACTTTTAAATATT
* * ** * *
5098 AATAAAGTAATATTATTTTATTT-TGGATAAATTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGATAA
128 AATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAG-TAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAA
*
5162 AACAAAA-GTTCATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTGT
192 AACAAAAGGTT-ATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGT
* * * *
5226 TTGGTAAATCGAT-TTATTATTTCAAATCTCTTGCATATTAATTTTTCAAAAGTTAATAAATTAG
256 TTAGTAAATAGATATT-TT-TTT-AAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAAAGTTAATAAATTAG
* * * * * * *
5290 TATTATTTTCTTCCAAATAAGCTTGTTTGAATTGAAACAATTATTTTATGATTGAACAAAAGGTT
318 TATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACT-AA-AAAAGATC
** ** *
5355 AGGACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTGTTAACTATTTGAACTGATTTGGTAAACACA
381 AAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACA
* * * *
5420 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAAAATAATATTAAATTAGTATTATTTTTATCT
446 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATAAATTTTCAAAATAATAATAAACTAGTATTATTTTTATCC
* * * * * * *
5485 AAATCAGCTTGTATGATCAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAATGATCATAATCATGTGAGAT
511 AAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGATCAGAATCATGTGAAAT
* * * ** *
5550 TGATATTTATTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATC
576 AGATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTCAAACTAATTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATC
* * * * * *
5615 TCTTGCTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTACTATTATTTTATTTCGAATAAGTTTTTATG
641 TCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATG
** **
5680 AATTGAAACAATTGT
706 AATAAAAACAATTAC
* * **
5695 TTTATGATAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTTATATTTATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
* ** * * *
5760 TGAACTTGTTCAGTAAACAGATTTAATTTTTAAAATTTTTTGCTTATTAACTTTTAGAA-AGTTA
66 TGAACTGGTTCAAAAAACAGATTTAATTTTTAAAATTTCTTACTTAATAACTTTTA-AATA-TTA
** * * * * * * * * *
5824 ATAAGTTAGTACTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATTGAAATAATTATTTTATGACTAAA
129 ATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
** * * * ** * * ** * * *
5889 TGAAAGATCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTTATAGTCCTAACTATTTGAA-TTGGTTC
194 CAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA
* * * * * *
5953 G-ACAA-ACATATTTAATTCTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATA-TTATTAAATTAATA
259 GTA-AATAGATATTT--TTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAA-AGTTAATAAATTAGTA
* * * *
6015 TTATTTTAATCCAAATATGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTTTTATGACTAAATAAAGATCACA
320 TTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAA-AAAGATCAAA
* * * * *
6080 ATGATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACCTG-TTCGGTAAACATATT
384 ACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGATTCGGTAAACACATT
* * *
6144 TATTTTTTCAAATTTCTTGCTTATGAAATTTTCAAAAT-TTAATAAACTAGTATTATTTTCT-TC
448 TATTTTTT-AAATCTCTTACTTAT-AAATTTTCAAAATAATAATAAACTAGTATTATTTT-TATC
* * * *
6207 CAAATAAGCTTGTATGAACTGAAACAATTATTTTATAACTAAAAAAAAAAGGTTAGAATGA-GTT
510 CAAATAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAAC---AAAAAAAAGATCAGAATCATG-T
* ** *
6271 GAAATAGATAATTATTCT-AATAGCCTTAACTATTCAAACTAATTCAGCAAA-CGCATTTA-TTT
571 GAAATAGATAATTATT-TAAATAGCCATAACTATTCAAACTAATTCAAAAAATAGC-TTTAGTTT
* * * * *
6333 TTAAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TATCCAAATCA
634 TT-AAATCTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTAT-TCCAAATAA
6397 GCTTATATG-ATAAAAAACAATTAC
697 GCTTATATGAAT-AAAAACAATTAC
** * *
6421 TTTATGACAAAACAATTA-TCATAAG-GA-TTTAAGATTGATATTTGTTTAAATAGTCATAACTA
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-AGTGATTTTAA-ATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTA
* * * *
6483 TTTGAACTGGTT-AAAAAATAGCTTTAGTTTTT-AAATTTCTTACTTAATAATTTTTTAAATATT
64 TTTGAACTGGTTCAAAAAACAGATTTAATTTTTAAAATTTCTTACTTAATAA-CTTTTAAATATT
* *
6546 AATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTTTATAAACTGAAACAATTGTTTTATTACAAA
128 AATAAAATAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAA
* * * * *
6611 ACAAAAGGTTTTAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAATCTTATCTATTTGAACTTATTT
193 ACAAAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTT
* * * * *
6676 AGTAAATAGATATTTTTTTAAATTTCTTGGTTACTAACTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTAATA
258 AGTAAATAGATATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTA
*** * * * *
6741 TTTTATTATGAATAAACTTATAT-AAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAAAAAAGTTCAAAAC
323 TTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAAA-TGAAACAATTGTTTTATGACT-AAAAAAGATCAAAAC
* * * * ** * ***
6805 GATTTGAAATAGATAATTATTCTCATAGTCCTAACTATTTGAATTGGTTTAGCAAATGTATTTAT
386 GATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTAT
* ** * * *
6870 TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTT-GGAATATTATTAAA-TCAGTATTATTTTAATCCAAA
451 TTTTTAAATCTCTTACTTA-TAAATTTTCAAAATAATAATAAACT-AGTATTATTTTTATCCAAA
* * * * * * * * * *
6933 -ATGCTCGTATGAAAAGAAACAACTATTCTATGACAAAATAAAGTTCACAA-CAAT-TCGAGATA
514 TAAGCTTGTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGATCAGAATC-ATGT-GAAATA
* ** ** * * * **
6995 GATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTT-AGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC
577 GATAATTATTTAAATAGCCATAACTATTCAAACTAATTCA-AAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATC
** * * * *
7059 TCTTA--T-A-AATTTTCAAAATATTAGTAAA-TCAATATTATTTTATTTTC-AATAA-TTCTGT
641 TCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGT-AATATTATTTTA-TTCCAAATAAGCT-TAT
* * *
7117 ATGAACATAAACAACTT-T
703 ATGAATAAAAACAA-TTAC
* *** *
7135 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAA
1 TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAA
7185 GTGGACATGA
Statistics
Matches: 1172, Mismatches: 261, Indels: 123
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
713 2 0.00
714 61 0.05
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716 6 0.01
717 3 0.00
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719 5 0.00
721 32 0.03
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726 140 0.12
727 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (720 bp):
TTTATGACAAAACAAAAAGTCATAGTGATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATT
TGAACTGGTTCAAAAAACAGATTTAATTTTTAAAATTTCTTACTTAATAACTTTTAAATATTAAT
AAAATAGTATTATTTTATTTCAAGTAAGTTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
AAAGGTTATAACAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
AAATAGATATTTTTTTAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCGAAAGTTAATAAATTAGTATTATTT
TATTCCAAATAAGCTTGTATGAAATGAAACAATTGTTTTATGACTAAAAAAGATCAAAACGATTT
GAAATAGATAATTATTCTAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCGGTAAACACATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTATAAATTTTCAAAATAATAATAAACTAGTATTATTTTTATCCAAATAAGCTT
GTATGAACAGAAACAATTATTTTATAACAAAAAAAAGATCAGAATCATGTGAAATAGATAATTAT
TTAAATAGCCATAACTATTCAAACTAATTCAAAAAATAGCTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTAA
TAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTCCAAATAAGCTTATATGAATAAAAACA
ATTAC
Found at i:7232 original size:177 final size:177
Alignment explanation
Indices: 6864--7241 Score: 415
Period size: 177 Copynumber: 2.1 Consensus size: 177
6854 TAGCAAATGT
** * *
6864 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAGTTTTGGAATATTATTAAATCAGTATTATTTTAATC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC-TA-TAAGTTTTAAAATATTAGTAAATCAATATTATTTTAATC
* * *
6929 CAAAATGCTCGTATGAAAAGAAACAACTATTCTATGACAAAATAAAGTTCACAACAATTCGAGAT
64 CAAAATGCTCGTATGAAAAGAAACAACTATTCTATGACAAAAAAAAGGTCACAACAATTCGAAAT
* * *
6994 AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATTTGAACTAGTTAGATAAACAA
129 AGATAATTGTTTAAATAATCATAACTATGTCAACTAGCTAGATAAACAA
* * *
7043 ATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TA-AA-TTTTCAAAATATTAGTAAATCAATATTATTTTATTTT
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATAAGTTTT-AAAATATTAGTAAATCAATATTATTTTA-ATC
* * * * * * *
7105 CAATAATTCT-GTATGAACATAAACAACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAA
64 CAA-AATGCTCGTATGAAAAGAAACAACTATTCTATGACAAAA-AAAAGGTCACAACAATTCGAA
* * * * * * *
7169 ATAGATAATTGTTTAAGTGGA-CATGACTATGTCAACTTGCTCGATAAGCAG
127 ATAGATAATTGTTTAAAT-AATCATAACTATGTCAACTAGCTAGATAAACAA
7220 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
1 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
7242 CTATTAAATT
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 28, Indels: 13
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
174 4 0.02
175 26 0.16
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178 1 0.01
179 20 0.12
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (177 bp):
ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTATAAGTTTTAAAATATTAGTAAATCAATATTATTTTAATCCA
AAATGCTCGTATGAAAAGAAACAACTATTCTATGACAAAAAAAAGGTCACAACAATTCGAAATAG
ATAATTGTTTAAATAATCATAACTATGTCAACTAGCTAGATAAACAA
Found at i:7378 original size:146 final size:145
Alignment explanation
Indices: 7130--7406 Score: 396
Period size: 146 Copynumber: 1.9 Consensus size: 145
7120 AACATAAACA
* * *
7130 ACTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTTAAGTGGACATGA
1 ACTTTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGCACATGA
* * *
7195 CTATGTCAACTTGCTCGATAAGCAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACCTATTAAATTG-AAGAAT
66 CTATGTCAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAA-AAT
7259 ATGTATGAATAGAAAT
130 ATGTATGAATAGAAAT
* **
7275 ACTTTTTCTACGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAA-TGTTCAAGTGCATGTG
1 ACTTTTT-TACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGCACATG
* * * *
7339 ACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAA
65 ACTATGTCAACTTGCTCGATAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAA
7404 TAT
129 TAT
7407 TAATAAATTA
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 13, Indels: 5
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
145 44 0.38
146 70 0.60
147 2 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (145 bp):
ACTTTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAGTGCACATGA
CTATGTCAACTTGCTCGATAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCCTACCTATTAAATTGCAAAATA
TGTATGAATAGAAAT
Found at i:7634 original size:180 final size:181
Alignment explanation
Indices: 7260--8304 Score: 785
Period size: 180 Copynumber: 5.8 Consensus size: 181
7250 TTGAAGAATA
* * * * * * *
7260 TGTATGAATAGAAATACTT-TTTCTACGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATAGATAA-
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTT-TATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
* * * * * * * *
7323 TGTTCAAGT-G-CATGTGACTATTTGAACTTGTTCGATAAATAAATTTATTTTTTTAAATCTCCT
65 TGTTCAAATAGTCA--TAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTA-TTTTTTAAATAT-TT
* * * * *
7386 -ACCTATTAA-A-TTGCAAAATATTAATAAATTAGTATAATTTTATTCATAATAAACT
126 AACTTATTAATATTTG--GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT
* * *
7441 TGTTTGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGAG-CATAACTATTT-AAAAAAATAAT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAG-GTCATAACTATTTGAAATAAATAAT
* * *
7504 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTTAACTTACTCAATAAACATATTTATTTTTTAAATATTTAACT
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAACT
**
7569 TATTAATATTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
130 TATTAATATTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT
* * *
7621 TGTATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAGATAATT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT
* * * **
7686 GTTCAAATAGATAAATAGTCGTAATTATTTGAA--TAGGTTCAA-AAATAGATTTATTTTTTTTA
66 GTTC--------AAATAGTCATAACTATTTGAACTTA--TTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
7748 T-TTTGACTTATTAATTTTTGGAATATTGACAAATT--TAATTATTTTATTCAGGATAAGCT
121 TATTTAACTTATTAATATTTGGAATATTAATAAATTAGT-ATTATTTTATTCAGAATAAGCT
* * * * * *
7807 TGTATAAATAGAAACAATTGCTTTATGACAAAATAAAGGGTCATAA-TGATTTGAAATATATAAT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATAAT
* * * * ** * * **
7871 TGTTCAAATAATCATAACTAATTGAACTTGTTCAGTAAGTAGATTCATTTTCTTAAATCTCCAAC
65 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTT-TTAAATATTTAAC
** * * * *
7936 TCGTTAA-ATTTTAGAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTAGAATAAGCC
129 TTATTAATA-TTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT
* * * * * * *
7989 TATATAAACT-GATAA-AATTGTTTCATAATGAAACAAAAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATA
1 TGTATGAA-TAGA-AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAATA
* * * * * * * * * *
8051 ATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTA-TTTTAAAATCTTTTA
63 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAA
* *
8115 CTTATT-A-A-TTGGCAAAATATTAATAAATTCA-TATTATTTTAATCCA-AATAAGTT
128 CTTATTAATATTTGG---AATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTCAGAATAAGCT
* * * * * *
8169 TGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATT
1 TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT
* * * * *
8234 TTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATT-AGGTAAAAAGATTTATTTTTAAAATATTTTACT
66 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-ATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAACT
8298 TATTAAT
130 TATTAAT
8305 TTTATTTGAA
Statistics
Matches: 689, Mismatches: 131, Indels: 86
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
177 3 0.00
178 21 0.03
179 19 0.03
180 235 0.34
181 141 0.20
182 110 0.16
183 6 0.01
185 2 0.00
186 81 0.12
187 32 0.05
188 17 0.02
189 22 0.03
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (181 bp):
TGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAATAATT
GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAATAAACAGATTTATTTTTTAAATATTTAACTT
ATTAATATTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCAGAATAAGCT
Found at i:8063 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8031--8063 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
8021 ACAAAAGGTT
8031 ATAATGATTTGAAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
*
8048 ATAATTATTT-AAATAG
1 ATAATGATTTGAAATAG
8064 TTATGACTAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
17 9 0.60
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (17 bp):
ATAATGATTTGAAATAG
Found at i:8387 original size:155 final size:154
Alignment explanation
Indices: 8179--8462 Score: 390
Period size: 155 Copynumber: 1.8 Consensus size: 154
8169 TGTGTGAAGA
* * *
8179 AAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTTTTCAAATAG
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAG
* *
8244 TCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATT-TATTTTTAAAATATTTTACTTATTAATTTT
66 TCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTAAATTTTT-AAATATCTTACTTATTAATTTT
8308 ATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
130 ATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
* * * ** * *
8333 AAAAGAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTGATTGCAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
1 AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAA-GTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATA
* * * * *
8398 GTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT
65 GTCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTAAATTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTT
8463 TGAAATATTA
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 17, Indels: 3
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
154 25 0.23
155 80 0.72
156 6 0.05
ACGTcount: A:0.43, C:0.07, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
AAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAATTGTTCAAATAG
TCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTAAATTTTTAAATATCTTACTTATTAATTTTA
TTTGAAATAAGCTTGCATGAATAG
Found at i:8637 original size:336 final size:336
Alignment explanation
Indices: 8037--8645 Score: 729
Period size: 336 Copynumber: 1.8 Consensus size: 336
8027 GGTTATAATG
* * *
8037 ATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTTATGACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTAATT
* * *
8102 TTAAAATCTTTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCATATTATTTTAATCCAAATAAG
66 TTAAAATCTCTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCAAATTATATTAATCCAAATAAG
* *** * * *
8167 TTTGTGTGAAGAAAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAAAGTCATAACAATTTCAAATAAATAA
131 CTTGTACAAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAA
* * * * * * * **
8232 TTTTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTAGGTAAAAAGATTTATTTTTAAAATATTTTAC
196 TTGTTCAAACAATCATAACTATATGAACTGATCAGGCAAAAAGATTTATTTTTAAAATACGTTAC
8297 TTATTAA-TTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAGAATTATTTTATGACAAAATAAAA
261 TTATTAACTTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAGAATTATTTTATGACAAAATAAAA
8361 AGGTGATTGCA
326 AGGTGATTGCA
* * * *
8372 ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAAAT
1 ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATT-AAT
* **** * * *
8437 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATT-AGAATTATATTATTTCGAATA
65 TTTAAAATCTCTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCA-AATTATATTAATCCAAATA
* * * * * ** *
8500 TGCTTGTACAAACAGAAACAATTATTTTTGTGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGA
129 AGCTTGTACAAACAAAAACAATT-GTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAA
* * * * * * *
8565 TAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGCACTGGTCAGGCCAATAGATTTGTTTTTTAAATCCGT
193 TAATTGTTCAAACAATCATAACTATATGAACTGATCAGGCAAAAAGATTTATTTTTAAAATACGT
8630 TACTTATTAACTTTTA
258 TACTTATTAACTTTTA
8646 GAATATTCAT
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 49, Indels: 6
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
334 1 0.00
335 89 0.40
336 126 0.57
337 5 0.02
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (336 bp):
ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTAATT
TTAAAATCTCTTACTTATTAATTGGCAAAATATTAATAAATTCAAATTATATTAATCCAAATAAG
CTTGTACAAACAAAAACAATTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAATAA
TTGTTCAAACAATCATAACTATATGAACTGATCAGGCAAAAAGATTTATTTTTAAAATACGTTAC
TTATTAACTTTTATTTGAAATAAGCTTGCATGAATAGAAAAGAATTATTTTATGACAAAATAAAA
AGGTGATTGCA
Found at i:8721 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8325--19213 Score: 3960
Period size: 181 Copynumber: 60.3 Consensus size: 181
8315 ATAAGCTTGC
* * * *
8325 ATGAATAGAAAAGAATTATTTTATGACAAAATAAAAAGGTGAT--TGCAATTTGAAATAGATAAT
1 ATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATG--ATTTGAAATAGATAAT
* * * * *
8388 TGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTC-GGTAAATAGATTAAATTTTTAAATCTCTTAC
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * * *
8452 TTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGAATTATATTATTTCGAATATG-CTTGT
126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
** * * * * *
8507 ACAAACAGAAACAATTATTTTTGTGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTGT
1 ATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * *
8572 TCAAACAATCATAACTATATGCACTGGTCAGGCCAATAGATTTGTTTTTTAAATC-CGTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
* * * *
8636 TTAACTTTT-AGAATATTCATAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGACTAT
129 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* * * *
8689 ATGCATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGA-TTGAAATAAATAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
8753 CAAATAGTTATAACCAATTGAACTGGT-ATAG-TAATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCA-GGCAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
** * * * * *
8816 TTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATCTTGTTTTATTTCAAACAA-ACTTAT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * * *
8869 ATGAAAAAAAAACATTTGTTTTAT-------------GTCATAACGATCTGAAATAAATAATTGT
1 ATG-AATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
8921 TCAAATAGAT-ATAATTATTTGAACTAG-CTTGGCAAACAGAATTATTTTTTAAATCTCTTACTT
65 TCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTC-AGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
*
8984 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTA-TTCTGAATAAGTTACTA-
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG--ACTAT
* * * *
9039 A-GAACTA-AAA-AATTGTTCTA-CAGCAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAAGAATT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAATT
* ** * * ** * *
9099 GTTCATATAACCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
63 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** *
9164 ATTAATTTTT-AGAATATTATTGCATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAA-ACTTGT
128 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGAC-TAT
* * * * * * *
9218 GTGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * *
9283 CAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * *
9348 AATTTTTGAAACATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAG-CT-T
131 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* * * *
9397 GAATG-ATCA-AAATCATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAAT
1 --ATGAAT-AGAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * * * * * * *
9460 TGTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGAT-ACGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACATAC
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCA-GGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * *
9524 TTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTTGTATTATTTTATTTCAAAT-AG-CTTAT
126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * *
9579 ATGAACT-GAAACGATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATTTTAAATAGATAATTGT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** * * * * *
9643 TCATATAATCTTAAATGTTTGAACTACTTC-GACAGACAGATTTATTTATTTAATTCTCTTAGTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTCAGGCAAATAGATTTATTT-TTTAAATCTCTTACTT
* *
9707 ATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAG-C-AT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* * * * * * * ** *
9759 ATGTAA-ACTGAAACATTTATTTTAT-AGTAGAACAAAAGATTATGACAATTTGAAATAGGTAAT
1 ATG-AATA--GAAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
* * * * * * *
9822 TATTC---TAATC-GAA--A-TTG----GTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCTAC
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TAC
* * * ** *
9874 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGT
126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* * *
9930 CTG-ATGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * *
9994 TGAAATGGCCAGAATTATTTGAACTGATTC--GCTAAACAGATTCACTTTTTAAATCACTTACTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTCAGGC-AAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * *
10057 ATTAATTTTAGGAATATT-ATAAATTATTATTATCATTGTTATTAT-TATTATTATTATTTTATT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-T-T-ATT-TTATT-TCGA--A-TA--A---GA-C
*
10120 TCAA
179 T-AT
* * **
10124 AT-AAGCTTGTAAGAACTGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATTACAATTTGAAAT
1 ATGAA-----T----A--GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAAT
* * * * * * * * * *
10188 AGATAATTGTTCAAAT-GACCAAAATTATTTTAATTGATTTA-GTAAAAAAATTTATTTTTTAAA
55 AGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTG-GTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAA
* * * * *
10251 --TC-T-CTTATT-ATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTCCGTATAAG-CTTGT
118 TCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * *
10310 ATTAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTG
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGA-TAATTG
* ** ** * * *
10373 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
* * * * *
10438 ATTAATTTTTCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAG-CTTGT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * ** *
10492 ATG-ATATGAAACAAATATTTTAGGACTAAAAC--AAGGTCA-AACAATTTGAAATAGATAATTA
1 ATGAATA-GAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * *
10553 TTCTAATAGTTTTAACTA-TT---C--G--A---AAACACATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
10603 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTA-TTCGAATAAG-CTTGT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * *
10655 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGTCAAAACGA
1 ATGAA-TAGAAACAATTG-TTT-TA-T--GACAA-------A--AC---A-AAAGGTCATAATGA
* * ** * * *
10719 TTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAACTGGTTTGGTAAATAAATATATT
47 TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATT
* * *** *
10782 TTTTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAAACCAAATAA
111 TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA
*
10844 G-CTTGT
176 GAC-TAT
* * * * * *
10850 ACGAA-A-AAA-ATTTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATTGATAATCGT
1 ATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * *
10912 TCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCA-GTAATTAGATTAATTTTTTAATTTTCTT-GTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
10975 TTAA-GTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTCATTAT-GAATAA-AATAGT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGACTA-T
* * * * *
11027 ATGAATAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * * * *
11092 ACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACATATTTACTTTTTAAATCTCTTAATTAA
66 -CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * * *
11157 TAA--ATT--AATATTATTTTATCT-GT-TTAAGCATGTATTAATT-GAA-ACA-ATTGT
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATT----AT-T-TTATTTCGAATA-AGACTAT
* * * * ** * * **** *
11208 TTTATTACAAAACAAAAAG--TAATAACGATTTGAAATAGGT-A-ATTG-TTT---A-A-AT-A-
1 ATGAATA-GAAAC-AATTGTTTTATGAC-AAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAAT
** * * * *
11261 -GTT---ATA---AT---TATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTA-AATCTCTTAGT
62 TGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACT
* * * * * *
11315 TATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTA-TACCAAGTAA-ACTTAT
127 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAA-TAAGAC-TAT
* * * * ** * * * * *
11370 ATGAGCT-GAAATAATTATCTTAAAATAAAATAAAAGGTCATAATGATATGAAGTAGATGATTGT
1 ATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * * *
11434 TCATATAGTTTTAACTGTTTGAATTGGATC-GACAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* ** * * * *
11498 TGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAA-ACTTGT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * * **
11551 GTGAACAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * *
11615 CAAATAGTCATAATTATTTAAACTAGTTC-GGTAAATAGATTTAATTTTTAAA--TC--AATTAC
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * ** ** *
11675 TAATTCTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTGTTTTAAATAAGTTTGT
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* *
11727 ATG-TTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAAAA-GT-AT--T-A----ACAAT---T--TT
1 ATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAATGATTTGA-AATAGATAATT
* * * ** * *
11777 GTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGGTAAACTA-ATTTATTTTGTTAAATTTCTTA
63 GTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAA-TAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTA
* * * * * *
11840 CTTACTAATTTTTGAAATATTAAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAG-CTTTT
125 CTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * * *
11898 ATAAACT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATAATTTCAAATA-A-AATTGT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * * *
11960 TCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCA-GTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
* * * *
12024 ATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTA--A-T-GTTTATTCCGAATAAG-CTTTT
128 ATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* ** * * * * ** * *
12074 ATGAACTA-AAACAATAGTTTTACAACTAAACAAAAAGTTAAAACAACTTGAAATAGATAATTAT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
12138 TCTAATAG-CTTTAACCATTTCAACTGATTAGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
65 TCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
*
12202 TTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTT-GAATAAG-CTTAT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * * * *
12255 ATGATTAGAAACAAATT-TTTTTTGACAAAAC-AAAGATCATAA-AATTTGAGATTGATATTTGT
1 ATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * ** * *
12317 TCAAATGGTCGTAACTAATTGAACTGGTTTGG-AATATAGGTTTAGTTTTTAAAT-TCTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAA-ATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * ** *
12380 ATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTAGTTT-GGACAAGTTTTT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGACTAT
* * * * * * *
12433 ATAAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAGTTA
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** * * *
12497 TTCAAATAGTTATATCTATTTGAGCTTGTTC-GATAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTCACT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACT
* * ** *
12561 TATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGGTTGT
127 TATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* * * **
12616 ATGAACT-GAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * * * *
12680 TCTAATAGTTTTAACTATCTGAACTAGTTCA-GCAAAACACATTTATTTTTTATTAT-TAAATTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTCAGGC-AAATAGATTTATTTTTTA-AATCT--CTTA
* * ** ** * ** *
12743 -GTATTATCTTAATTTG-AATAAGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTTTATAACAAAATAA-A-
125 CTTATTA-ATT--TTTGAAAT-A--TTA-AT---AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGAC
12804 -AT
179 TAT
* * *** * ** * **
12806 AT-CAT---AACGATTTGAGATAT-ATAATTGTTCAAAAAGTCATAACT-ATTTGAGCTAG-T--
1 ATGAATAGAAAC-AATTGTTTTATGACAA---AACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA
* ** * * ** ** * *
12862 TTGATAAACAAATTTAGTTTTTAATACTCTTATTAA-TTTTCAAAATCTTAAT-GAATCAATATT
61 TTG-T--TCAAA--TAG-TCAT-A-ACTATT-TGAACTGGTC--AGGC-AAATAG-AT--TTATT
* * * * * * * * * * **
12925 ATTTT--AT-TCTAAATAATT-CTGTATG-AATA-GAA-ACAATT-GTTTTACTATAAAAT--AA
111 -TTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATA-AATTAGTATTA-TTTTATTTCGAA
**
12980 -AAGGTTAT
173 TAAGACTAT
* * * * ** * * * * * *
12988 AACGATTTGAAATACATAATTAT-TCA-AATGAACATAA-CT-ATTTGAACTTATTTGGTAAACA
1 -ATGAATAGAAACA-ATTGTTTTATGACAA--AACAAAAGGTCA--T-AA-TGATTT-G-AAATA
* * * * * * * ** *
13049 GATTTATTTTTTAAAT-CTCCTACCTA-TT-AA-T-TTCTAGAATATTAATAAATTAATATTATT
56 GA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTC-AG-GCA--AATAGATT--TATT-TT
* * * * * * *** * ***
13109 TT--AT-TCTGA---ATAAACTTGTATG-AATA-GAAAAAATT-GTTTTATGACAAAATAAAAGA
113 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTAT--TTTATTTCGA-A
13165 TCATA-ACTAT
173 T-A-AGACTAT
* * * * ** * * ** * *
13175 TTGAA-ATAAATAATTATTCAAATCATCATAACTATTTGAGCTTTTTCAGTAA-GCCTATATG-A
1 ATGAATAGAAACAATTGTT-TTATGA-CAAAAC-A--AAAG----GTCA-TAATG---ATTTGAA
* * * * * **
13237 ATTGATACAATTGTTTTATGATGAAACAAA-AGGTCATAACGATTTGAAACAGATAATTACTAAA
53 ATAGAT--AATTG-----T--T----CAAATA-GTCATAACTATTTG-AACTGGTCA-GGC--AA
*** * * * * * * * *
13301 ATAG--TTATGACAATTAGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATATTTAAAATCTTTTACTCATTA
100 ATAGATTTAT--TTTTTA-AA--T-CTC--T-TACTTATTAATTTTTGAAA--TATTA---ATAA
** * * * * *
13364 ATT-GTCAAAATATTA-AT-AAATTAATATTAT
151 ATTAGT-ATTATTTTATTTCGAA-TAAGACTAT
* * * * * * * * * **** *
13394 TTTAATCTG-TATAA--GCTTATATGAACAAAAACAATTA--T-TTTATGAAAAAACAAAAGTCA
1 ATGAAT-AGAAACAATTG-TTTTATG-AC-AAAACAA-AAGGTCATAATGATTTGA-AATAG--A
* * * * * ** *
13453 TAA-CGATTTCAAAAAAATAATTGTTCA-AA-TAGTCATAACTACTTGAATTTATTTGATAAACA
58 TAATTG--TTC----AAAT-A--G-TCATAACTA-T-TTGA--AC-TG--GTCA---GGCAAATA
* * * * * * *
13515 GATTTATTTTTTAAATCTTTTAATAATTAGTTGTCT-AAATATTAATAAATTTGTATTATTTTAA
103 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
*
13579 TT-GAAATAAG-CTTGT
167 TTCG-AATAAGAC-TAT
* * * * *** *
13594 ATGAATAGAAA-AATTATTTTATGATAAAATAAAAGGTTATAGCCATTTGAAATAGATAATTATT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * *
13658 CAAAGAGT-AGTAACTATTTGAACTTGATC-GATAAACAGATTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTA
66 CAAATAGTCA-TAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * *
13721 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTC-AAGTCAG-CTTGT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAA-TAAGAC-TAT
* * * * * * * *
13774 ACGAATAGAAACAATTATTTTCTAATAAAACAAAAGGTTATAA-CACTTTAAAATAGAT-ATTGT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
13837 TCAAACAGTTATAACCATTTGTATTGGTCAGTCCAATAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTA
* * * * * * *
13901 TTACTTTTT-AGGATATTAATAAATTCGCATTACTTTATTTTGAATAAGACTGT
129 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* * * * * *
13954 ATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAATGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * * **
14019 CAAATTA-TTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATGGACTTACCTTTTAAA--TC-T-CTTAT
66 CAAA-TAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * *
14079 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAA-ACTTAT
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * ** * *
14131 ATGAA-CGAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAATAT
1 ATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * **
14195 TCATATAGCCTTAACTATTTGTATTGGTTCA-GCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTGGTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
14259 TTGATTTTT-ATAATATTATTAAATTAGTAATATTGTT-TTTCGAATAAG-CTTGT
129 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * * ** * *
14312 ATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATATATAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * *
14377 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCA-GTAAGCATATTTCTTTTTTAAATCTCCTACTTAT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
14441 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAACAAG-CTTGT
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGAC-TAT
* * *
14493 ATG-AT-GAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAAT-ATTTGAAATAGATAATTA
1 ATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * ** *
14555 TTCAAATGGTGA-AATTATTTGAACTGATTC-GATAAACT-GATTTATTTTTTAAATCT-TCAAC
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTCAGGCAAA-TAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TAC
* * * * * * *
14616 TTCTCAATTTTTGAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTTGGATAAG-CTTTT
126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * *
14672 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTGT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *
14736 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCA-GTAAACATATTTATTTTTTTAAA-CTTCTTGCT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTA-TTTTTTAAATC-TCTTACT
* ** * *
14799 TATTAATTTTTTG-AATGTTAATGAAA-GGGTATTA-TTTATTTTGAATAAG-CATGT
127 TATTAA-TTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* ** * *
14853 ATGAACT-GAAACAATTATTTTATGATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * ** * * *
14917 TCCAATAGTCTTAACTATTTGAATTGGTTTA-ATAAACACATTGATTTTTTAAATCTCTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGG-TCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * ** * * * *
14981 TTAATTTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAG-CTTGT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGAC-TAT
** * * * *
15034 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TGAAGATCATAGTGATTTGAGATAGATAATTGAT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** *** * * * *
15098 CAAATAGTCA-AACTAATTGAAATAATTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATCTC-T--TT-TT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * *
15158 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTGAAT-AG-TTTT
131 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* * *** * * * ** *
15207 GCATGAATAAAAACAATTATTTTGCCATAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAG
1 --ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * ** ** * * ** *
15272 ATT-AATTGGACATGATTGTTTAAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCCAAATT
64 -TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
15336 ATTAATTTTT-AGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-ACTTGT
128 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * ** * *
15390 ATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAACGAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTATT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
15455 TAAATAGTCATAACTATTTGAACTCG-CTTGGTAAACATATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTTAT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTC-AGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
15519 TAATATTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTGATTAAG-CTTTT
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGAC-TAT
* * * * *
15571 ATGAACAAAAACAATGGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
15636 CAAACAGTCATAACTATTTGAA-TGTGTTCA-GAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTA
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-G-TCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* *
15698 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTA-TTCAAAATAAG-CT-T
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGACTAT
* * * * *
15749 GATTGAACAGAATCAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTG
1 -A-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** ** * * ** *
15814 TTTAGCTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCA-GTAAATAGATTCATTTTTTATTTCTCTTACTC
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* *
15878 ATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTT-AAACAA-ACTTAT
128 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * ** *
15932 AAGAACTA-AAACAACTGTTTTATTAC-AAAGAAAAGGTCATTGTGATTTGAAATAGATAATTAT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * *
15995 TCAAATAGTCATGACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACATATTAATTTTTTAAAATCTTTTACTT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTT
* ** * * *
16059 ATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTA-ATCTGAATAA-ACTTGT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGAC-TAT
* * ** * * *
16113 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGCA
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG-T
* * ** * * * *
16178 TAAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
16242 TAAATTGTCTT--AATATTAATAAATTTGTATCATTTTATTT-GAA-ATGAGCTTGT
129 TTAATT-T-TTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGA-C-TAT
* * * ** * * *
16295 ATGAATAGAAAAAAATTATTTTAT-AGCAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATATATAATTA
1 ATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
16359 TTCAAACAGTCATAATTA-TTAAACTTGTTCA-GTAAAT-GATTAATTTTTCAAATCTCTTTA-T
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTC-TTACT
* * * *
16420 TATTAATTTTTGGATTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAG-CTTAT
127 TATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * * * *
16475 ATGAACT-GAAACAATTCTTTTGTGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTAT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** ** * * * *
16539 TTAAATAATCATGATTATTTGATCAAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTA
* ** * * *
16603 TTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATCGTTTTA-GTCTAAATAA-ACTTGT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGAC-TAT
* * * * * * *
16656 ATGAACATAAACAATT-TTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** **
16720 CATATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
16781 AATATTAGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTT-TTTTGAACAA-ACTTAT
131 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * *
16832 ATGAACA-AAACATTTATTTTATGATAAAACAAACA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * ** * *
16895 TCAAATAGTCATAATTATTTTGGATTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTACTTCTTTTAGTTA
65 TCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * *
16960 TTAATTATTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG-CTTAT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * ** * * * ** *
17013 ATGAATAAAAATAATTGTTTTATGATAGTACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* ** * * *
17078 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
*
17143 AATTTTTGAAAGA-T--T-AATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAG-CT-T
131 AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGACTAT
* * * * *
17188 GAATG-TTCA-AATACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACT-ATTTGAAATAGTTAA
1 --ATGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGATAA
* *** * * * * ** * * *
17250 TTATTGGCATGGCCATAATTATTTAAACTTATTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTAC
61 TTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
* * ** * * ** ** *
17315 TTTTTACTTTTCAAAATATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGT
126 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* **
17371 ATGAACT-GAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTAG
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATT-G
* * * * * * *
17435 -TCATACAGTCTTAACTATTTCAACTGCTTC-GGCAAATAGATTAATTTTTTAAATCTCTTAGTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTG-GTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * **
17498 ATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGTTTAT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
* * * * * * ** *
17552 ATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATTGATAATTG-
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * *
17615 T----T--T-A-AA-TA--AGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTAT
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
17669 TAATTTTTGAAATATTGATAAATTAATATTATTTTATTTTGAAT-AGGCTTTT
130 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * ** *
17721 ATG-ATGGAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAATGAATTGAAATAGATAATTGT
1 ATGAATAG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * *** * ** * ** * * *
17785 TCAAATGGCCAAAATTATTTGAACCAATTTA-ATAAATTGACATATTATTGAAATCTCTAACTTA
65 TCAAATAGTCATAACTATTTGAA-CTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * *
17849 TCAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTC-AGATAAG-CTTTT
129 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGA-ATAAGAC-TAT
* * * * * * *
17902 ATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGGTAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
17967 CAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTAGGCAAATAGATTTATTTTTTGAAAT-T-TGTAGTTT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTT-AAATCTCT-TA-CTT
* * *
18030 ATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTGAATAAG-CATGT
128 ATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * * * * * * *
18083 ATGAATTGAAAAAATTATTTTATGACTAAGCAAAATGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
18148 CTAATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTC-GGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
18212 TAATTTTT-AGAATACT-ATCAAATTAGCAATATTTTA-CTCTGAATAAG-CT-T
130 TAATTTTTGA-AATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGACTAT
* * * *
18262 GCATGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAAGATTATAATGATTTGAGATAGATAATTG
1 --ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * ** * * *
18326 TTCAAATAATCATAACTATTAAAACTTGCTC-GATAAACAAATTTAGTTTTTAAA--TC-T-CTT
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* ** * *** *
18386 ATCAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTC-AATAATTTTGT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGACTAT
* * ** * * * * * *
18440 ATGAGTAGAAACAATTTTTTTACAACAAAATATAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAATAGCT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** ** * * * *
18505 CAAATGGAT-ATGACAATTTGAACTTGTTTGGTGAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TCAAATTA
66 CAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCT-TACTTA
* * * *
18568 TAAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGAATAA-TCTTAT
129 TTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGAC-TAT
* * * * *
18622 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATAAAAGATCATAGTGATTTGGAATAAATAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** *
18687 CAAATAGTCATAAATAGTTGAACTCGTTTAGTAAACATAG--TTATTTTGTTAAATCTTTTACTT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GGTCAGGCAA-ATAGATTTATTTT-TTAAATCTCTTACTT
* * * * *** *
18750 ACTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAATTTTTT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGACTAT
*
18804 ATGAATAGAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
1 ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * * * *
18869 CAAATAGTCATAACTATTTAAACGTGTTTA-GAAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTACTTAT
66 CAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* *
18932 TAATTTTTCAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAG-CT-T
130 TAATTTTT-GAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGACTAT
* * * * *
18983 GCATGAGTAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTG
1 --ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * * * * * *
19048 TTTAGACAGTCATAACTATTTAAACATGTTCA-GTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTC
64 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * *
19112 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAG-CTTAT
128 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGAC-TAT
* *
19166 ATGAACTA-AAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCACAATGATT
1 ATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATT
19214 ATTTCAACTA
Statistics
Matches: 8121, Mismatches: 1854, Indels: 1465
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
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224 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
ATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTCAGGCAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGACTAT
Found at i:9280 original size:530 final size:530
Alignment explanation
Indices: 8375--9385 Score: 1213
Period size: 530 Copynumber: 1.9 Consensus size: 530
8365 GATTGCAATT
* * * * *
8375 TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAATAGATTAAATTTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAGATTAAATTTT
*
8440 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGAATTATATTATTTCGAATATGCTT
66 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGAATTATATTATTTCGAATAAGCTT
* * *** * *
8505 GTACAAACAGAAACAATTATTTTTGTGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATT
131 CTACAAACAGAAACAATTATTCTACAGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAAGAATT
* ** * * *
8570 GTTCAAACAATCATAACTATATGCACTGGTCAGGCCAATAGATTTGTTTTTTAAATCCGTTACTT
196 GTTCAAACAACCATAACTATATAAACTGGTCAGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCCGTTACTT
* *
8635 ATTAACTTTTAGAATATTCATAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGACTATATGCATAGAAA
261 ATTAACTTTTAGAATATTCATAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGACTATATGAACAGAAA
* * *
8700 CAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTTATA
326 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
* * *
8765 ACCAATTGAACTGGTATAGT-AATAGATTTTATTTTTTAAATCTTTTACTTTTTAATTTTCAAAA
391 ACCAATTGAAATGGTATAGTAAATAGA-TTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTCAAAA
* * *
8829 TATTAATAAATTAATCTTGTTTTATTTCAAACAAACTTATATGAAAAAAAAACATTTGTTTTATG
455 CATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAAAAAAAAACATTTGTTTTATG
8894 TCATAACGATC
520 TCATAACGATC
* *
8905 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGATATAATTATTTGAACTAGCTT-GGCAAACAGAATT-ATTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTAG-TTCGGCAAACAG-ATTAAATT
* * *
8968 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT--TATTTTATTTTATTCTGAATA
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AATTAGAATTATATTAT-TTC-GAATA
* * *
9031 AG-TTACTA-AGAACTA-AAA-AATTGTTCTACAG-CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAA
126 AGCTT-CTACA-AAC-AGAAACAATTATTCTACAGAAAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAA
* * * * **
9090 TAAAGAATTGTTCATATAACCTTAACTATTTAAACTGGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAAT
187 TAAAGAATTGTTCAAACAACCATAACTATATAAACTGGTCAGGCAAATAAATTTATTTTTTAAAT
* * ** * * *
9155 CTC-TTAGTTATTAATTTTTAGAATATT-ATTGCATTAGTATTATTTTATTCTGAATAA-ACTTG
252 C-CGTTACTTATTAACTTTTAGAATATTCA-TAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGAC-TA
* * * * * *
9217 TGTGAACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAATATATAATTGT
314 TATGAACAGAAACAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAA-TTGAAATAAATAATTGT
* * * *
9282 TCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATAT
378 TCAAATAGTCATAACCAATTGAAATGGTATAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATAT
** * *
9347 TAATTTTTGAAACATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTT
443 TAATTTTCAAAACATTAATAAATTAATATTATTTTATTT
9386 TGAATAAGCT
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 65, Indels: 28
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
528 3 0.01
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531 29 0.07
532 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (530 bp):
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAACTAGTTCGGCAAACAGATTAAATTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAATTAGAATTATATTATTTCGAATAAGCTT
CTACAAACAGAAACAATTATTCTACAGAAAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAAGAATT
GTTCAAACAACCATAACTATATAAACTGGTCAGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCCGTTACTT
ATTAACTTTTAGAATATTCATAAATTAGCATTATTTTATTCCGAATAAGACTATATGAACAGAAA
CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATAATTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATA
ACCAATTGAAATGGTATAGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACATATTAATTTTCAAAAC
ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAAAAAAAAACATTTGTTTTATGT
CATAACGATC
Found at i:9381 original size:361 final size:358
Alignment explanation
Indices: 8905--12686 Score: 1117
Period size: 361 Copynumber: 10.6 Consensus size: 358
8895 CATAACGATC
* * *
8905 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGAT-ATAATTATTTGAACTAGCTTGGCAAACAGAATTATTTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAG-TCATAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTT
*
8969 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTATTTTATTTTATTCTGAATAAG-
65 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTTATT-TGAATAAGC
* *
9033 TT-ACTAAGAACTAAAA-AATTGTTCTACAG-CAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTGAAATAAA
128 TTGA--AAGAAC-AAAACAATTGTTATA-AGACAAAACAAAAGGTAATAA-TGATTTGAAATAAA
* * * ** * * *
9094 GAATTGTTCATATAACCTTAACTATTT-AAACTGGTTTGGCAAATAAATTTATTTTTTAAATCTC
188 GAATTGTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAA-TGATACGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCAC
* * * * * * *
9158 TTAGTTATTAATTTTT-AGAATATTATTGCATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAACTTGTGTG
252 ATACTTATTAATTTTTGA-AATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTC-AAAT-AACTTATATG
* * * *
9221 AACAGAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAGGTTATAATAATT
314 AACAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
* * * * * *
9266 TGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAATAGATTTATTTTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTT
* * * *
9331 TAAATCTTTTACATATTAATTTTTGAAACATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCT
66 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCT
* * * * * * *
9396 TGAATGATCAAAATCATTTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGATAATT
129 TGAAAGAACAAAA-CAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAGAATT
* ** * * *
9461 GTTGAAATGGCCCTAATTATTTGAAATGATACGGTAAACAGATTCATTTTTTAAATCACATACTT
193 GTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCACATACTT
* * *
9526 ATTAATTTTTGAAATATTAATACATTTGTATTATTTTATTTCAAATAGCTTATATGAACTGAAAC
258 ATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACTTATATGAACAGAAAC
* *
9591 GATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATGATT
323 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
* * * * * * * * * *
9627 TTAAATAGATAATTGTTCATATAATCTTAAATGTTTGAACTACTTCGACAGACAGATTTATTTAT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTT-T
* * *
9692 TTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGC
65 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATT-ATATTATTTTATTT-GAATAAGC
* * * * * * * * * * ** *
9757 ATATG-TA-AACTGAAACATTTATTTTATAG-TAGAACAAAAGATTATGACAATTTGAAAT-AGG
128 -T-TGAAAGAAC-AAAACAATTGTTATA-AGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAG
* * * * * * *
9818 TAATTATTC---TAA-TCGAA--A-TTG----G-TTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTC
189 -AATTGTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATC-AC
* * ** * * *
9871 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGTTTGTCTGAT
252 ATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATA-ACTTATATGAA
* * * * *
9935 GAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAATGATT
316 CAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
* * * * * * * * * *
9978 TGAAATAGATAATTGTTGAAATGGCCAGAATTATTTGAACT-GATTCGCTAAACAGATTCACTTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGC-AAACAGATTTATTTT
* *
10042 TTAAATCACTTACTTATTAATTTTAGGAATATTATAAATTATTATTATCATTGTTATTATTATTA
65 TTAAATCTCTTACTTATTAA---T-----T-TT-TGAA--A-TATTA--A----TA--A--ATTA
* * * * * *
10107 TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT
107 -TATTATTTTATTT-GAATAAGCTTGAAAGAAC-AAAACAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGT
* * ** * * * ** * * * *** * *
10172 CATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATGACCAAAATTATTTTAATTGATTTAGTAAAAAA
169 AATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAAACAA
* * * *
10237 ATTTATTTTTTAAAT--C-T-CTTATT-ATTTTAGAAATATTAATAGATTAGTATTATTTTATTC
234 ATTCATTTTTTAAATCACATACTTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * *
10297 CGTATAAGCTTGTATTAACTA-AAATAATTATTTTATGACAAAATAAAAGGTCATAATGATT
299 CAAATAA-CTTATATGAAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
* * * * *
10358 TTAAATAAGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTA-TTTGGTAAACAGATTTATTTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACAGATTTATTTT
* * * * *
10422 TTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATATATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAG
65 TT-AAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATTT-GAATAAG
* * ** * * * * * ** * *
10487 CTTGTATGATATGAAACAAATATTTTAGGACTAAAAC--AAGGTCA-AACAATTTGAAATAGATA
127 CTTGAAAGA-ACAAAACAATTGTTATAAGAC-AAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAGA
* * * * * * *
10549 ATTATTC---TAA---T-AGT-TTT-AACT-ATTC-GAAAACACATTTATTTTTTAAAT--C-T-
190 ATTGTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCACATA
* * *
10599 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTA-TTCGAATAAGCTTGTATGAACTA
255 CTTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-C-T-TAT--A-T-
* * **
10663 AAACAATTGTTTTATACTAAAACAATTGTTTTATGACTAAACAAAA-GTCAAAACGATT
313 GAAC-A--G----------AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
* * * * * * * * *
10721 TGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCTA--TGAACTGGTTTGGTAAATAAATATATTTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-ATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTT
* * ****
10784 TTAAATCTCTTA-TTA--AATTTTTGAAATATTATTAAATTTGTATTATTTTAAACCAAATAAGC
65 TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTATATTATTTT-ATTTGAATAAGC
* * * * * * * * ** *
10846 TTGTACGAA-AAAA-ATTTTGTTTTATGATAAAACAAAAGGTCATAAAGATTTGAAATTGATAAT
128 TTGAAAGAACAAAACA-ATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAGAAT
* * ** * * * * * * * ** * * * ** **
10909 CGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCAGTAATTAGATTAATTTTTTAATTTTC-TTGT
192 TGTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCACATACT
* * * * * * ** *
10973 TATTAA-GTTTAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTCATTAT-GAATAAAATAGTATGAATAGA
257 TATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAACTTA-TATGAACAGA
* * * * *
11036 ACCAATTGTTTGATGACAAAACAAAAGGTTATAATGATT
320 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
* * * * * * * *
11075 TAAAATAGATAATTATTACAAATAGTCA-AAACTATTTGAAATGGTTTGGTAAACATATTTACTT
1 TGAAATAAATAATTGTT-CAAATAGTCATAAA-TATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTT
* ** *
11139 TTTAAATCTCTTA---ATTAA----T--AA-A-T--T--A--ATATTATTTTATCTGTTTAAGCA
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGAATAAGCT
* ** ** * ** * * *
11187 TGTATTAATTGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTAATAACGATTTGAAAT-AGGTAAT
129 TGAAAGAA-CAAAACAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAG-AAT
* **** * * * ** * * * * *
11251 TGTTTAAATAGTTATAATTATTTGAACTGGTTTGGTAAATAGAATT-A-TTTTTAAATCTCTTAG
192 TGTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAAACA-AATTCATTTTTTAAATCACATAC
* * * * * ** * * *
11314 TTATAAAATTTTGAAATATTAACAAATTAGTTTTATTTTATACCAAGTAAACTTATATGAGCTGA
256 TTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAAT-AACTTATATGAACAGA
* * * ** * * * * *
11379 AATAATTATCTTAAAATAAAATAAAAGGTCATAATGATA
320 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
* * * * ** * * * * * * *
11418 TGAAGTAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAATTGGATCGACAAACAGATTTATTTTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTT
* * ** * * *
11483 TAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACT
66 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAATAAGCT
*** * * * * * ** * *
11548 TGTGTGAACAGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAAATGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATT
129 TGAAAGAACA-AAACAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAGAATT
** * * * * * * * *
11612 GTTCAAATAGTCATAATTATTT-AAACT-AGTTCGGTAAATAGATTTAATTTTTAAAT--CA-A-
193 GTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAA-TGA-TACGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCACATAC
* * * * * * * * *** *
11671 TTACTAATTCTTGAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTGTTTTAAATAAGTTTGTATGTTGAAA
256 TTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-CTTATATGAACAGA
11736 AACAATTGTTTTATGACAAAAC-----G--AAAAGT-A-T
320 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAA-TAATT
* * * * *
11767 T--AA-CAAT-TTTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACT-GATTTGGTAAACTA-ATTTATT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAATATTTGAACTAG-TTTGGCAAAC-AGATTTATT
* * * * *
11825 TTGTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAAAAAAGTAGTATTATTTTATTTTGGAT
63 TT-TTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAAATTA-TATTATTTTA-TTTGAAT
* * * * * * * * * * *
11890 AAGCTTTTATA-AACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGTTCATAATAATTTCAAAT-A
124 AAGC-TTGAAAGAAC-AAAACAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAA
* * * * * * * * *
11953 A-AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTCAAATCT
187 AGAATTGTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAAACAAATTCATTTTTT-AAATCA
** * * * * * * *
12017 TTTGCTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAAATTA--A-T-GTTTATTCCGAATAAGCTTTTATG
251 CATACTTATTAATT-TTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAA-CTTATATG
* ** * * * * *
12077 AACTA-AAACAATAGTTTTACAACTAAACAAAAAGTTAAAACAACT
314 AAC-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
* * * * ** * * *
12122 TGAAATAGATAATTATTCTAATAG-CTTTAACCATTTCAACT-GATTAGGCAAACATATTTATTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAATATTTGAACTAG-TTTGGCAAACAGATTTATTT
*
12185 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTTATTTGAATAAG
64 TTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTA-TTTTATTTGAATAAG
* ** * ** * * * * ** *
12250 CTT-ATATGATTAGAAACAAATT-TTTTTTGACAAAAC-AAAGATCATAA-AATTTGAGATTGAT
127 CTTGA-AAGAACA-AAAC-AATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAG
* *** * * * * ** * ** * * * *
12311 ATTTGTTCAAATGGTCGTAACTAATTGAACTGGTTTGG-AATATAGGTTTAGTTTTTAAAT-TCT
189 AATTGTTCAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAA-ACAAATTCATTTTTTAAATCACA
* * * * * * ** * *
12374 TACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAAAGTAGTTTTATTTTAGTTTGGACA-AGTTTTTATAAA
253 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTA-TTT-CAAATAACTTATATGAA
* * *
12438 CTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAAGGT-AATAATGATT
316 C-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCAA-AATAATT
* * * * * ** * * * ** *
12482 TTAAATAGATAGTTATTCAAATAGTTATATCTATTTGAGCTTGTTCGATAAACACATTTATTTTT
1 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTA-TTTT
* * *
12547 TTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAG
65 TTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTA-TATTATTTTATT-TGAATAAG
* * * * * * * * * * ** * *
12611 GTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCACAACAATTTGAAATAGATAA
127 CTTGAAAGAAC-AAAACAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAGAA
*
12676 TTGTTCTAATA
191 TTGTTCAAATA
12687 GTTTTAACTA
Statistics
Matches: 2615, Mismatches: 588, Indels: 434
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
340 13 0.00
341 19 0.01
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344 7 0.00
345 76 0.03
346 110 0.04
347 95 0.04
348 31 0.01
349 6 0.00
350 101 0.04
351 116 0.04
352 7 0.00
353 28 0.01
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358 155 0.06
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Consensus pattern (358 bp):
TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAAATATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTATATTATTTTATTTGAATAAGCTTG
AAAGAACAAAACAATTGTTATAAGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAAAGAATTGTT
CAAATAACCCTAACTATTTGAAATGATACGGCAAACAAATTCATTTTTTAAATCACATACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAACTTATATGAACAGAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAAAATAATT
Found at i:10087 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 10079--10119 Score: 57
Period size: 3 Copynumber: 14.0 Consensus size: 3
10069 AATATTATAA
* *
10079 ATT ATT ATT ATC ATT GTT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -TT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
10120 TCAAATAAGC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.06
3 31 0.94
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ATT
Found at i:10419 original size:176 final size:177
Alignment explanation
Indices: 10103--12704 Score: 1261
Period size: 176 Copynumber: 14.7 Consensus size: 177
10093 TGTTATTATT
* * * * * *
10103 ATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTAAGAACTGAAACAACTGTTTTATGACAAAACAAA
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* * * * * * *
10168 AGGTCATTACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT-GACCAAAATTATTTTAATTGATTTAGTA
66 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTGATTTGGTA
* * * *
10232 AAAAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATT-ATTTTAGAAATATTAATAG
130 AACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * *
10279 ATTAGTATTATTTTATTCCGTATAAGCTTGTATTAACTAAAATAATTATTTTATGACAAAATAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
** * * *
10344 AGGTCATAATGATTTTAAATA-AGTAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAGCTTATTTGGTA
66 AGGTCATAACAATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGTA
* * *
10408 AACAGATTTATTTTTTCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTCAAATGTTAATAT
130 AACAGATTTATTTTTT-AAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * *
10461 ATTAGGATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGATA-TGAAACAAATATTTTAGGACTAAAAC-
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGA-ACTAAAACAATTGTTTTATGAC-AAAACA
* * * *
10524 -AAGGTCA-AACAATTTGAAATAGATAATTATTC---TA---AT-AGT-TTT-AACT-A-TTCGA
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*
10576 AAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* *
10625 ATTAGTATTATTCTATT-CGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATACTAAAACAAT
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTG-TTT-TA-T--GACAA-
* * * * *
10689 TGTTTTATGACTAAACAAAAGTCAAAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTCTTAACCT
60 ------A--AC---A-AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CT
* * * * *
10754 A--TGAACTGGTTTGGTAAATAAATATATTTTTTAAATCTCTTATTAAATTTTTGAAATATTATT
112 ATTTGAACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATT-AATTTTTGAAATATTAAT
10817 AA
176 AA
* ** * * * *
10819 ATTTGTATTATTTTAAACCAAATAAGCTTGTACGAA--AAAA-ATTTTGTTTTATGATAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * * * **
10881 AAGGTCATAA-AGATTTGAAATTGATAATCGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTGGTTCAGT
65 AAGGTCATAACA-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGT
** * * * * * *
10945 AATTAGATTAATTTTTTAATTTTCTTGTTATTAA-GTTTAAAATATTATTAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAA--ATC-TCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* ** ** * * *
10996 ATTAGTATTATTTCATTATGAATAAAATAGTATGAA-TAGAACCAATTGTTTGATGACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* ** * * * * *
11060 AAGGTTATAATGATTTAAAATAGATAATTATTACAAATAGTCAAAACTATTTGAAATGGTTTGGT
65 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTT-CAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGGT
* *
11125 AAACATATTTACTTTTTAAATCTC----------TT---A-ATTAATAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * ** * ***** * ** **
11160 ATTAATATTATTTTA-TCTGTTTAAGCATGTATTAATTGAAAC-AATTGTTTTATTACAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGC-T-T-GT-A-TG-AACTAAAACAATTGTTTTATGAC-A
* * * * ** * *
11223 AAAGTAATAACGAT-TTGA-AA--T-AGGTA-AT--TGT-TTAAATAGT--T-ATAATTATTTGA
59 AAA-CAA-AA-GGTCATAACAATTTGAAATAGATAAT-TGTTCAA-A-TAGTCATAACTATTTGA
* * * * *
11276 ACTGGTTTGGTAAATAGAATTATTTT-TAAATCTCTTAGTTATAAAATTTTGAAATATTAACAA
118 ACTGATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * * * * ** * *
11339 ATTAGTTTTATTTTATACC-AAGTAAACTTATATGAGCTGAAATAATTATCTTAAAATAAAATAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAA-TAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
** * * * * ** * * * **
11403 AAGGTCATAATGATATGAAGTAGATGATTGTTCATATAGTTTTAACTGTTTGAATTGGA-TCGAC
65 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-GATTTGGT
** * *
11467 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATGAATTTTCAAAATATTATTAC
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTA--T-T-AATTTTTGAAATATTAATAA
** * * *
11520 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAACTTGTGTGAAC-AGAAATAATTGTTTTATG-CAAAACAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAA
* * * * *
11583 ATGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAATTATTTAAACT-AGTTCGGT
65 AAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGA-TTTGGT
* * ** * *
11647 AAATAGATTTAATTTTTAAATCAATTACTAATTCTTGAAATATTAATAA
129 AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * *** * ****
11696 ATTGGTATTATTTTGTTTTAAATAAGTTTGTATGTTGAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACGAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AA
* *
11761 AA-GT-ATTAAC-------AAT---T--TTGTTCAAAT-GGCTATAATTATTTGAACTGATTTGG
65 AAGGTCA-TAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGATTTGG
* *
11811 TAAACTA-ATTTATTTTGTTAAATTTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAAAAA
128 TAAAC-AGATTTATTTT-TTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATT-AATAA
* ** * * * * * *
11867 AGTAGTATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATAAACTGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * **
11932 AGTTCATAATAATTTCAAATA-A-AATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAA
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* *
11995 ACAAATTTATTTTTTCAAATCTTTTGCTTATTAATTGTTTG-AATGTTAATAA
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* * * ** *
12047 ATTA--A-T-GTTTATTCCGAATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATAGTTTTACAACTAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * * * * * * * * * *
12108 AAGTTAAAACAACTTGAAATAGATAATTATTCTAATAG-CTTTAACCATTTCAACTGATTAGGCA
66 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAACTATTTGAACTGATTTGGTA
* *
12172 AACATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTATTAA
130 AACAGATTTATTTTTTAAA--TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * *
12224 ATTAGTATTATTTTTATT-TGAATAAGCTTATATG-ATTAGAAACAAATT-TTTTTTGACAAAAC
1 ATTAGTATTA-TTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTA-AAAC-AATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * * * * *
12286 -AAAGATCATAA-AATTTGAGATTGATATTTGTTCAAATGGTCGTAACTAATTGAACTGGTTTGG
63 AAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTTGG
* * * *
12349 -AATATAGGTTTAGTTTTTAAATTCTTACTTAATAATTTTTGAAATATTAATAA
128 TAA-ACAGATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAATTTTTGAAATATTAATAA
* * * * * * * * * *
12402 AGTAGTTTTATTTTAGTT-TGGACAAGTTTTTATAAACTAAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAA
1 ATTAGTATTATTTTA-TTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CA
* ** * * * * * * * *
12466 AAAGGTAATAATGATTTTAAATAGATAGTTATTCAAATAGTTATATCTATTTGAGCTTG-TTCGA
64 AAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC-TGATTTGG
* *
12530 TAAACACATTTATTTTTTTAAATCTCTCACTTATTAATTTTTTG-AATTTTAATAA
128 TAAACAGATTTA-TTTTTTAAA--TCT--CTTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAA
* * * *
12585 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGGTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATGACTAAACAAA
1 ATTAGTATTATTTTATTCCGAATAAGCTTGTATGAACTAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* * ** *
12650 AGGTCACAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCTAATAGTTTTAACTATCTGAACT
66 AGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
12705 AGTTCAGCAA
Statistics
Matches: 1831, Mismatches: 423, Indels: 339
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
161 8 0.00
162 32 0.02
163 34 0.02
164 68 0.04
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* * * **
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*
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*** * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
13721 TTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAG-ATTTATGTTATTTCAAGTCAGCTTGTACGAATAG-AA
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* * ** * * * * *
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* * * * * * *
13847 ATAACCATTTGTA-TTGGTCAGTCCAATAGATTCATTTTTTAAATC-CATTACTTATTACTTTTT
256 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGT-AAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
** * * *
13910 AGGATATTAATAAATTCGCATTACTTTATTTTGAATAAGAC-TG
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* * * ** *
13953 TATCAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC-AAATGATTATAATAATTTGAAATAAATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * *** * **
14017 TTCAAATTA-TTATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAATGGACTTACCTTTTAAATC---T-CTT
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** * * * * * *
14077 ATTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAACAAACTTATATGAA-CGAAA
129 ATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * *
14141 ACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAGATAAATATTCATATAGCCT
193 ACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * ** ** *
14206 TAACTATTTGTA-TTGGTTCAGCAAAAAAATTTATTTTTTAAATCTC-TTGGTTATTGATTTTTA
257 TAACTATTTGAACTT-GTTCAG-TAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTA
* * * *
14269 TAATATTATTAAATTAGTAATATTGTT-TTTCGAATAAGCTTG
320 AAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * ** *
14311 TATGAACATAAATAATTGTTTTATGGCAAAATAAAAGGTTGTAACGATTTGAAATATATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * **
14376 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAGCATATTTCTTTTTTAAATCTCCTACTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
*
14441 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAACAAGCTTGTATG-AT-GAAAAC
131 TAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAC
* * ** * *
14504 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCATAAATATTTGAAATAGATAATTATTCAAATGGTGA-A
195 AATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* ** * * *
14568 ATTATTTGAAC-TGATTC-GATAAACTGATTTATTTTTTAAATCT-TCAACTTCTCAATTTTTGA
259 ACTATTTGAACTTG-TTCAG-TAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAA
* * * *
14630 AATATTAATAAACTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTT
321 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* ** *
14671 TATGAACTA-AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAGGGTCATAACGATTTTAAATAGATAATTG
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* *
14735 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACATATTTATTTTTTTAAA-CTTCTTGCT
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* ** *
14799 TATTAATTTTTTGAATGTTAATGAAA-GGGTATTA-TTTATTTTG-AATAAGCATGTATGAACT-
128 TATTAA-TTTTTGAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TA
* * * * * *
14860 G-AAACAATTATTTTATG-ATTAAACAAAAGGTCAGAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCCAAT
189 GAAAACAATTGTTTTATGCA--AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAAT
* * * ** *
14923 AGTCTTAACTATTTGAA-TTGGTTTAATAAACACATTGATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAAT
252 AGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAAT
* ** * * * *
14986 TTTTAAAATATTATTAGTTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTG
315 TTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
** * ** * *
15033 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAATGAAGA-TCATAGTGATTTGAGATAGATAATTGA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * ** ** * * *
15097 TCAAATAGTCA-AACTAATTGAAATAATTTTGTAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
15157 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTGTTATTTTATTTTG-AAT-AGTTTTGCATGAATA-AAA
131 TAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAG-CTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
15219 ACAATT-ATTT-TGCCATAAAATAAAATGTCATAACAATTTGAAATAGATAATAGATT-AATTGG
193 ACAATTGTTTTATG-C--AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAAT-TATTCAAATAG
* * * * * * ** * ** *
15281 ACATGATTGTTTAAACTTATTTGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTC-CAAATTATTAATTTT
254 TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * ** *
15345 TAGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTG
318 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
15389 TATGAATAGAAACAATTATTTTATGACAAAAC-GAAAGATTATAACAATTTGAAATAAATAATTA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * *
15453 TTTAAATAGTCATAACTATTTGAACTCGCTT-GGTAAACATATTTGTTTTTTAAATCTTTTACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
15517 ATTAATATTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTG-ATTAAGCTTTTATGAACA-AA
129 ATTAAT-TTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * *
15580 AACAATGGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAACTGTTCAAACAGTC
192 AACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* ** *
15645 ATAACTATTTGAA-TGTGTTCAGAAAACAAATTTATTTTTAAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTT
256 ATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
* * ***
15707 GAAATATTAATAAATTTA-AATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG
319 AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
15750 -ATTGAACAGAATCAATTGTTTTATGTCAAAACAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAAATAATTG
1 TA-TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* ** * * * * * ** * *
15814 TTTAGCTAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTTATTTCTCTTACTCA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
15879 TTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAGTTT-AAACAAACTTATAAGAACT--AA
130 TTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * ***
15941 AACAACTGTTTTAT-TACAAAGAAAAGGTCATTGTGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
192 AACAATTGTTTTATGCA-AAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
16005 ATGACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAT-ATTAATTTTTTAAAATCT-TTTACTTATTAATTGT
256 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGT-AA-ATGATTTATTTTTT-AAATCTCTTTACTTATTAATTTT
* * * * *
16068 CAAAATATTAATAAATTAGTATTATTCTAATCTGAATAAACTTG
318 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * *
16112 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAAAAAGTCATAACAAGTTGAAATAAATAATTGC
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-
* * * *
16177 ATAAAATAGTCATAACGATTTGAACTTATTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * *
16242 TAAATTGTCTT-AATATTAATAAATTTGTATCATTTTATTTGAAATGAGCTTGTATGAATAGAAA
130 TTAATT-T-TTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* * * * * * *
16306 AAAATTATTTTATAGCAAAACAAAAGGTTATAGCGATTTCAAATATATAATTATTCAAACAGTCA
193 ACAATTGTTTTAT-GCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * **
16371 TAATTA-TTAAACTTGTTCAGTAAATGATTAATTTTTCAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGA
257 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAAA
* *** *
16434 TTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCCAATAAGCTTA
322 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
16474 TATGAACT-GAAACAATTCTTTTGTGATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * ** *
16538 TTTAAATAATCATGATTATTTGATCAAGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAAAT-TTTTACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTACTT
* ** * * * *
16602 ATTAATTGTTGAAATATTAATAAATTAGTATCGTTTTAGTCT-AAATAAACTTGTATGAACA-TA
129 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * ** *
16665 AACAATT-TTTTATAACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAAATAATTGCTCATATAGTC
192 AACAATTGTTTTAT-GCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * *
16729 ATAACTATTTAAACTAGTT-TGATAAATAGATTTATTTTTTAAA--TC--T-CTTATTAA-TATT
256 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
* * * *
16787 AGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTT-TTTTGAACAAACTTA
319 A-AAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
16831 TATGAACA-AAACATTTATTTTATGATAAAACAAACAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * ** *
16895 TCAAATAGTCATAATTATTTTGGA-TTGGTTAGGTAAACAGAATTATTTTTTACTTCTTTTAGTT
66 TCAAATAGTCATAACTA-TTTGAACTT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * *
16959 ATTAATTATTGGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCG-AATAAGCTTATATGAATA-AA
129 ATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * ** * *
17022 AATAATTGTTTTATG-ATAGTACAAAAGGTTATAAGGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT
192 AACAATTGTTTTATGCA-A-AACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* ** *
17086 CATAACTATTTGAACTAGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACATATTAATTTTT
255 CATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
* * *
17150 GAAAGA-T--T-AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTG
319 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * * *
17189 AATG-TTCA-AATACAATTGTTATATGACCAAACAAAAGGTAATAACTATTTGAAATAGTTAATT
1 TATGAAT-AGAA-ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATT
* *** * * * * * * * * **
17252 ATTGGCATGGCCATAATTATTTAAACTTATTAGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCACTTACTT
64 GTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * ** * * * *
17317 TTTACTTTTCAAAATATTAAAAAATTATTATTATTTTATTTTAAATAAGTTTGTATGAACT-G-A
129 ATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAA
* * * * *
17380 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATGACAATTTGAAATAGATAATTAGTCATACAGTC
192 AACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * *
17445 TTAACTATTTCAAC-TGCTTCGGCAAATAGATTAATTTTTTAAATCTC-TTAGTTATTAATTTTT
256 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
** * * * *
17508 GGAATATTATTAAATTAGTTTTATTTTATTTTGAATAAGTTTA
319 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
17551 TATGAACTA-AAACAATTATTTTATAATAGAACAAAAAGTTATAACAATTTGAAATTGATAATTG
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * * * * *
17615 -T----T--T-A-AA-TA--AGAACTGGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTTA
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTA
* * * * *
17668 TTAATTTTTGAAATATTGATAAATTAATATTATTTTATTTTG-AATAGGCTTTTATG-ATGGAAA
130 TTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAA
* ** * * * * *
17731 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTGTAATGAATTGAAATAGATAATTGTTCAAATGGCCA
193 ACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * *** * * ** * * * * *
17796 AAATTATTTGAACCAATTTAATAAATTGACATATTATTGAAATCTC-TAACTTATCAATTTTTGA
257 TAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAA
* * * *
17860 AATATTAATAAAGTAATATTATTTTA-TTTCAGATAAGCTTT
321 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGA-ATAAGCTTG
* * * * *** * *
17901 TATGAATTGAAACAATTGTTTTATGATAAAAGAAAAGGTCATATTTATTTTAAATAGGTAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * *
17966 TCAAATAGCCATAACTATTTGAACTTGTTAGGCAAATAGATTTATTTTTTGAAAT-TTGTAGTTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTT-AAATCTTTTA-CTT
* * *
18030 ATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAGTA-TATTTTATTTTG-AATAAGCATGTATGAATTGAA
129 ATTAA-TTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
18093 AA-AATTATTTTATGACTAAGCAAAATGTTAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTC
192 AACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * * **
18157 TTAATTATTTGAACTAGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTA
256 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTA
* * * * * *
18221 GAATACT-ATCAAATTAGCAATATTTTACTCTGAATAAGCTTG
320 AAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
18263 CATGAATATAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAGA-TTATAATGATTTGAGATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * * *
18327 TCAAATAATCATAACTATTAAAACTTGCTCGATAAACAAATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* ** * ** ** *
18388 CAATTTTCAAAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTCAATAATTTTGTATGAGTAG-AAAC
131 TAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAAC
* ** * * * * *
18452 AATTTTTTTACAACAAAATATAATGTCATAACGATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAATGGAT-A
195 AATTGTTTTA-TGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCA
* * ** * ** * *
18515 TGACAATTTGAACTTGTTTGGTGAACA-AATTTATTTTTTAAATCT-TCAAATTATAAATTTTTA
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* * * *
18578 GAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGGAATAATCTTA
320 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT-GAATAAGCTTG
* ** * *
18621 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA-TAAAAGATCATAGTGATTTGGAATAAATAATTG
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * * ** *
18685 TTCAAATAGTCATAAATAGTTGAACTCGTTTAGTAAACATAGTTATTTTGTTAAATCTTTTACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTT-TTAAATCTTTTACTT
* * ** *
18750 ACTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAATTTTTTATGAATAG-A
129 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * *
18813 AACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC
192 AACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * *
18878 ATAACTATTTAAACGTGTTTAGAAAACAT-ATTTATTTTTAAAAT-T-TTTACTTATTAATTTTT
256 ATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAA-ATGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTT
***
18940 CAAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTCAAAATAAGCTTG
319 -AAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
18984 CATGAGTAGAACCAATTTTTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * * * * * * * *
19049 TTAGACAGTCATAACTATTTAAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCAT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
* * *
19114 TAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACT--AAAA
131 TAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAAA
*
19177 CAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTC---AC-------AAT-G---ATTA-T----T--TC--
194 CAATTGTTTTA-TGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * ** *
19219 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-T-TGTTGTTTATTAATTTTT-G
258 AACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCT-TTACTTATTAATTTTTAA
* * * *
19281 AATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATG
321 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * * *
19322 TGTGAATTGAAAAAATTATTTTATGACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* * * *
19387 TCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---TA-TT
66 TCAAATAGTCATAACT-ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * * * * * *
19446 ATTAATTTTTAGAATACTATTAATTTAGCAATAATTTA-CTGTAAATAAGCTTGTATGAATA-TA
129 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTG-AAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
19509 AATAATTTTTTTATGACAAAACAAAA-ATCATAATG-TTTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAAT
192 AACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGT
* * *
19572 CATAACTATTAGAA-TGGGTTC-GATAAATAGATTTAGTTTTTAAATCTC-TT-C---TTAATTT
255 CATAACTATTTGAACT-TGTTCAG-TAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTT
* * ** **
19630 TCAAAATATTGATAAATTTTTATTATTTTATTTTGAATAATTTTG
317 TTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * *
19675 TATGAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAATAGC
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-
* * * * * ***
19740 TT-AAATGGAT-ATGACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTT
65 TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * * *
19803 ATTAATTTTAAGAATATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTATATGAATAG-A
129 ATTAATTTT-TGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
** * * * *
19866 AACAATTGTTTCCTGACAAAACAAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTC
192 AACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * **
19931 ATAACTATTTGAACTCGCTT-GGTAGCTAGATTTATTTTTTAAATCT-TTTACTTATTAATTTTT
256 ATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAAT-GATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAA-TTTT
* * *** *
19994 TGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTT
318 TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * ** * *
20038 TATGAACATAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTAT
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
* ***
20103 TCAAATAGTCATGACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTT
66 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTC-GGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT
* * **
20166 ATTGATTTTTCAAATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAATAG-A
129 ATTAATTTTT-GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAA
* * * * * * *
20229 ACCAATTATTTTATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTC
192 AACAATTGTTTTATG-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTC
* * * * ** * * * *
20294 ATAACTATTTAAACATGTTTAATAAACAAATTCATTTTTTTATTCTC-TTA-TTCATTATTTTTT
256 ATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTT-ATTAATTTTT
** * ** * * *
20357 GGAATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATATGCCTA
319 AAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
* * * * * *
20400 TATGAACTA-AAATAATTGTTTTATTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTA
1 TATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
* * ** *
20464 TTCAAATAGTTC-GAACTATTTGAACTTGTTTGAAAAACATATTT-TTTACTTAAATCTTTTACT
65 TTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTT-TTTAAATCTTTTACT
*** * *
20527 TATTAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTTG-AATAAGCTTGTATGAATAG-
128 TATTAATT-TTTGAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGA
* * *
20590 AAACAATTGTTTTATGACAAAATAGAAA-GTAATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
191 AAACAATTGTTTTATG-CAAAACA-AAAGGTCATAACG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATA
* * ** * *
20653 GTCATAA-GATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGT-TTTACATATTAAGTA
253 GTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAA-TGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAA-T-
** * *
20716 TCTTT---ATATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTCGCAATAAACTTG
315 T-TTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTG
* * * ** * * * * * *
20761 TATGAACAAAAAAAATCATTTTATGACAAAACAAAAGGTTC-TAGCAATTTGAAAAAGAAAATTA
1 TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTG
** * * * * *** * *
20825 TTGGAATAGTCATAATTATTTAAAGTTGCTCAACAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTT
65 TTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTT
* *
20890 ATTAATTTTTGTAATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTG-AATAAGCTTATATGA
129 ATTAATTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTGAAATAAGCTTGTATGA
20948 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 5806, Mismatches: 1234, Indels: 629
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
333 5 0.00
334 69 0.01
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365 52 0.01
366 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (361 bp):
TATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
TAATTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTGAAATAAGCTTGTATGAATAGAAAACA
ATTGTTTTATGCAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTTGTTCAGTAAATGATTTATTTTTTAAATCTCTTTACTTATTAATTTTTAAAATAT
TAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTG
Found at i:19354 original size:157 final size:158
Alignment explanation
Indices: 19061--19362 Score: 403
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
19051 AGACAGTCAT
*
19061 AACTATTTAAACATGTTCAGTAAACATATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
1 AACTATTTAAACATGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
* * *
19126 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTGTTTTATTA
66 TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
19191 CAAAACAAAAGGTCACAATGATTATTTC
131 CAAAACAAAAGGTCACAATGATTATTTC
* * * * * ** *
19219 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATT-TGTTGTTTATTAATTTTT-GA
1 AACTATTTAAACATGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTT-AATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGA
* * * * *
19282 ATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTGTGAATTGAAAA-AATTATTTTAT
65 ATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACT-AAAACAATTATTTTAT
*
19346 GACTAAACAAAAGGTCA
129 GACAAAACAAAAGGTCA
19363 TAACGATTTG
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 18, Indels: 5
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
157 69 0.56
158 51 0.41
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ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (158 bp):
AACTATTTAAACATGTTCAGTAAACAGATTCATTTTTTAATTCTCTTACTCATTAATTTTTGGAA
TATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATATATGAACTAAAACAATTATTTTATGA
CAAAACAAAAGGTCACAATGATTATTTC
Found at i:19865 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 19219--20947 Score: 1399
Period size: 181 Copynumber: 9.6 Consensus size: 180
19209 TGATTATTTC
* ** *
19219 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTGTTGTTTATTAATTTT-TGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTAAGA
* * * * * * *
19282 ATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTGTGAATTGAAAAAATTATTTTATG
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
* * * *
19347 ACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
130 ACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
19399 AA-TCATTTGAA-TTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATC---TA-TTATTAATTTTTAG
1 AACT-ATTTGAACTT-GTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAG
* * * * * * * * * * *
19458 AATACTATTAATTTAGCAATAATTTACTGT-AAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTTTTTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * * *
19522 TGACAAAACAAAAATCATAATG-TTTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
128 TGACAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
19575 AACTATTAGAA-TGGGTTCGATAAATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTTCAA-
1 AACTATTTGAACT-TGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTT-AAG
* ** * ** *
19634 AATATTGATAAATTTTTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAC
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
*
19699 GACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGCTT-AAATGGAT-AT
129 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTA--TTCAAATAG-TCAT
* * * ***
19752 GACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAAGAA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAGAA
* * * **
19817 TATTAATAAGTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTCCTGA
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
*** *
19882 CAAAACAAAAGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
131 CAAAACAAAAG-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * **
19933 AACTATTTGAACTCGCTT-GGT-AGCTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTG
1 AACTATTTGAACTTG-TTCGGTAAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAG
* * * * * * *
19996 AAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACATAAACAATTGGTTTA
64 -AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* **
20061 TGACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
128 TGACAAAACAAA-AGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* *** * * *
20115 GACTATTTGAA-TGTGTTCAAAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCA
1 AACTATTTGAACT-TGTTC-GGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATT-AATTTTAA
** * *
20178 -AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTATTT
63 GAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
* * *
20240 TATGACAAAACAAAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCAT
126 TATGACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *** * * * * * **
20296 AACTATTTAAACATGTTTAATAAACAAATTCATTTTTTTATTCTCTTA-TTCATTATTTTTTGGA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTAAGA
* * * * * *
20360 ATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATATGCCTATATGAACTA-AAATAATTGTTTTAT
65 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTAT
* * *
20424 TACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTC-G
129 GACAAAACAAAA-GTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAT
* ** * * *
20477 AACTATTTGAACTTGTTTGAAAAACATATTT-TTTACTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAA-
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTT-TTTAAATCTTTTACTTATTAATT-TTAAG
* *
20540 AATATTAATAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTA
* * *
20604 TGACAAAATAGAAAGTAATAA-GAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
128 TGACAAAACA-AAAGTCATAATG-ATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * ****
20658 AA-GATTTGAACTTATTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAGTATCTTTA
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAGAA
** * * * * **
20722 TATTAATAAATTTTTATTATTTTA-TTCGCAATAAACTTGTATGAACAAAAAAAATCATTTTATG
66 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATG
*** * * **
20786 ACAAAACAAAAGGTTC-TAGCAATTTGAAAAAGAAAATTATTGGAATAGTCAT
130 ACAAAACAAAA-G-TCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *** * * *
20838 AATTATTTAAAGTTGCTCAACAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGT
1 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAG-
* * *
20902 AATATTAATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGA
64 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA
20948 CAAAACAAAA
Statistics
Matches: 1240, Mismatches: 244, Indels: 128
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
175 7 0.01
176 140 0.11
177 117 0.09
178 13 0.01
179 9 0.01
180 206 0.17
181 517 0.42
182 204 0.16
183 25 0.02
184 2 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTAAGAA
TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGA
CAAAACAAAAGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
Found at i:20090 original size:363 final size:359
Alignment explanation
Indices: 19219--23241 Score: 2562
Period size: 363 Copynumber: 11.3 Consensus size: 359
19209 TGATTATTTC
* * * **
19219 AACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TTGTTGTTTATTAATTTTTG-A
1 AACTATTTGAACTCGTTCGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * * * * * *
19282 ATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTTCGAATAAGCATGTGTGAA-TTGAAAAAATTATTTTAT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTAT
* * *
19346 GACTAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAA-TCATTTGAA
128 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT-ATTTGAA
* * * * * * * *
19410 -TTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAA--TC-TA-TTATTAATTTTTAGAATACTATTAAT
192 CTT-GTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * * * * *
19470 TTAGCAATAATTTACTGT-AAATAAGCTTGTATGAATATAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAA
255 TTAGTATTATTTTA-TTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* ** * * *
19534 AATCATAA-TGTTTTAAGATAGATAATTGTTCAAATAATCAT
319 AGTCATAACAATTTGAA-ATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * **
19575 AACTATTAGAA-TGGGTTCGATAA-ATAGATTTAGTTTTTAAATC---T-CTTCTTAATTTTCAA
1 AACTATTTGAACT-CGTTCGATAACA-A-ATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** *** ** * * *
19634 AATATTGATAAATTTTTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAC
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
* * * *
19699 GACAAAACAAAATGTCATAATGATTTGAAATAGATAA-TAGCTT-AAATGGAT-ATGACTATTTG
128 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTA--TTCAAATAG-TCATAACTATTTG
* * **
19761 AACTTGTTCGGTGAATAAATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTAAGAATATTAATAA
190 AACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAA-AATATTAATAA
* * **
19826 GTTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTATATGAATAGAAACAATTGTTTCCTGACAAAACAAA
254 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAA
* *
19891 AGATCATAGCAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
319 AG-TCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
19933 AACTATTTGAACTCGCTT-GGTAGCTAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTGA
1 AACTATTTGAACTCG-TTCGATAAC-AAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-TTTTTGA
* * *
19997 AATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTTTATGAACATAAACAATTGGTTTAT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
* * *
20062 GACAAAACAAAGGGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTATTTGAA-
128 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * *
20126 TGTGTTCA-AAAAAACATATTTATTTTTTAAAT-TTTTACTTATTGATTTTTCAAATATTAATAA
193 T-TGTTCAGTAAATA-A-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT-AATTTTAAAATATTAATAA
* * *
20189 ATTTA-TATTATTTTATTT-GAAATAAGCTTACATGAATAGAACCAATTATTTTATGACAAAACA
254 A-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
*** * *
20252 AAATGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCAT
317 AAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * * * * * *
20296 AACTATTTAAACAT-GTTTAATAAACAAATTCATTTTTTTATTCTCTTA-TTCATTATTTTTTGG
1 AACTATTTGAAC-TCGTTCGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTT-ATTAATTTTTGA
* * * * * *
20359 AATATTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATATGCCTATATGAAC-TAAAATAATTGTTTTA
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTA
* * * *
20423 TTACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTCAAATAGTTC-GAACTATTTGA
127 TGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCATAACTATTTGA
* * *
20487 ACTTGTT-TG-AAA-AACATATT-TTTTACTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAA
191 ACTTGTTCAGTAAATAA-AT-TTATTTT--TTAAATCTCTTACTTATTAATT-TTAAAATATTAA
* * *
20548 TAAATTAATATTATTGTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
251 TAAATTAGTATTATT-TTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * *
20612 TAGAAAGTAATAAGAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
315 CA-AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * *
20658 AA-GATTTGAACTTATTC-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATGTTTTACATATTAAGTATCTTT
1 AACTATTTGAACTCGTTCGA-T-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAA-T-T-TTT
** * * * **
20721 ---ATATTAATAAATTTTTATTATTTTATTCGC-AATAAACTTGTATGAACAAAAAAAATCATTT
61 GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTT
* * * * ** *
20782 TATGACAAAACAAAAGGTTC-TAGCAATTTGAAAAAGAAAATTATTGGAATAGTCATAATTATTT
125 TATGACAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTT
* * * ** * * **
20846 AAAGTTGCTCAACAAACAGATTTATTTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATTAAT
189 GAACTTGTTCAGTAAATAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAAT
* *
20911 AACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGC-T-TAT--AT-G--ACAA-------A--AC---A-A
252 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACA
* *** *
20956 AAGGTCATAATGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
317 AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
20999 TACTATTT-AATTTAGTTCAATAAACATATTTA-TTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTATTGA
1 AACTATTTGAA-CTCGTTCGAT-AACAAATTTATTTTTTAAA-TCTTTTACTTATTAATTTTTGA
* ** * * *
21062 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTTAT
63 AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
* * * * **
21127 AACAAAACAACAA-GTTATAACTATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAA
128 GACAAAACAA-AAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * *
21191 -TTGGTTAAGTAAATAGAA-TTATTTTTTAAATCTCTT-GTTA--AATTTTGAAATATTAATAAA
192 CTT-GTTCAGTAAATA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAA
* * * * * *
21251 TTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGC-TAGTATAAAATCA-AAAAAACTTATTTTATG-CTAAA
255 TT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTA-TAT-GAAT-AGAAACAA-TTGTTTTATGAC-AAA
* * ** * * **
21312 ACAGAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTT
314 ACA-AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * * *
21359 AAATATTTGAACTGGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGA
1 AACTATTTGAACTCGTTCGA-TAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * *** * * *
21423 ATATTATTAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATG
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATG
* * * * * ** * *
21488 ATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT--T-ACGTATTTGAAC
129 ACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC-TATTTGAAC
* * * * * *
21550 TAGTTCAGTAAATAGATTTACTCTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATT
193 TTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAAATT
* * * * * * *
21615 AGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGA-ATG-ATAAAAAAAAATTGTTATATGACCAAACAAAA
257 AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-ATATGAAT-AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA
* *** * * * * * *
21678 GGCCATAATTTTTTATAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTT
320 -GTCATAACAATTT-GAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * * * * *
21720 AATTACTTGAAC-CACTTCGACAAACAAA-TTGTTTTTT-AATCTTTTAATTATCAATTTTTGGA
1 AACTATTTGAACTC-GTTCGA-TAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAA
* * * * *
21782 ATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTATATGAA-ACTAAAACAATTAATTTT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACA-T-AAACAATT-GTTTT
* * * * *
21846 ATAAACAGAACAAAAGGTTAT-ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA---A-AA--A-TTG
126 AT-GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * *
21903 -----GTTC-GATAAA-ATCATATTA-TTATTAAACCTCTTACTTATTAGTTTTGAAATATTAAT
190 AACTTGTTCAG-TAAATA-AAT-TTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAAT
* * * *
21960 AAATTACTATTA-TTTAATTCTGAATAAGCTGTATATG-A-A-AAACAATTGTTTTAAGATAAAA
252 AAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCT-TATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAA
* * * * * * *
22021 TAAAAGTTTAATAACCGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTTAT
315 CAAAAG--TCATAA-CAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * *
22069 AATTATTTGAA-GCGATTCGATAAACTAACTTATTTTTTAAATC-TTTATCTT-TTCAATTTTTG
1 AACTATTTGAACTCG-TTCGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTA-CTTATT-AATTTTTG
** * * * * *
22131 AAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTCACATAAGCTTTTATGAAC-TAAAACAATCGTTTT
62 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTT
* * ** *
22195 ATGATAAAACAAAAGGTCATACCTCTTAT-AAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
126 ATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTG
** * * * * * * ** *
22259 AACTTGTTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTATTTATTCATTTTTTTGAATGTTAAT
190 AACTTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTT-AAATCTCTTACTTATT-A-ATTTTAAAATATTAAT
* * * * * *
22324 AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCATGTATGAACT-GAAAAAATTATTTTATGACTAAAC
252 AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAAC
* * * * *
22388 AAAATGTTAGAACATTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
316 AAAA-GTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
22433 AACTATTTGAACTAGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-ATA
1 AACTATTTGAACTCGTTCGA-TAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGA-A
* * * * * * *
22497 ATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTT-CGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTAT
64 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTAT
* * ** * * * *
22561 GACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGTGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTCTTTGAAC
128 GACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * * *
22625 TAGTTTAATAAATAGATTTAATTTTTAAATCTCTTA-TTA--ACTTTTGAAATATTAATAAATTA
193 TTGTTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTA
* ** * * *
22687 GTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT-AGATAGAAATAATTGTTTTACGACAAAACAAAATG
258 GTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGA-ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-G
* * * *
22751 TTATAACCATTTGAAATAGATAA-TAGCTCAAAT-GAACAT
321 TCATAACAATTTGAAATAGATAATTA-TTCAAATAG-TCAT
* * * * * *** *
22790 GACTATTTGAACTTGTTCGGTGAATAGATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGGAA
1 AACTATTTGAACTCGTTCGAT-AACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAA
** * *
22855 TATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TCTCAAATAAAATTGCAT-AA-ATAAAATAATTGTTTTAT
65 TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC-CAAATAAGCTTGTATGAACAT-AAACAATTGTTTTAT
* * * * * * * *
22917 AACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTACTTGAA
128 GACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAA
* * * * * * * *
22982 CTCGCTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAA
192 CTTGTTCAGTAAATAAATTTA-TTTTTT-AAATCTCTTACTTATTAA-TTTTAAAATATTAATAA
* * * * *
23047 ATTTGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TTTATGACAAAACAA
254 ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATT-GTTTTATGACAAAAC-A
* * ** * *
23110 AAAATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGAC
317 AAAGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
23153 AAATATTTGAACGT-GTTCGAAAAACATATTTATTTTCTAAATCTTTTACCTA-TAATTGTCTT-
1 AACTATTTGAAC-TCGTTCG-ATAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTG
23215 -AATATTAATAAATT-GTATTATTTTATT
62 AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT
23242 TGAAACTTGT
Statistics
Matches: 2890, Mismatches: 563, Indels: 422
0.75 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
337 37 0.01
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Consensus pattern (359 bp):
AACTATTTGAACTCGTTCGATAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTGAAAT
ATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAACATAAACAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
TTCAGTAAATAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTAAAATATTAATAAATTAGTA
TTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTCATA
ACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
Found at i:20953 original size:161 final size:160
Alignment explanation
Indices: 20782--21107 Score: 390
Period size: 160 Copynumber: 2.0 Consensus size: 160
20772 AAAATCATTT
* ** *
20782 TATGACAAAACAAAAGGTTC-TAGCAATTTGAAA-AAGAAAATTATTGGAATAGTCATAATTATT
1 TATGACAAAACAAAAGG-TCATAACAATTTGAAATAA-AAAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* *
20845 TAAAGTT-GCTCAACAAACAGATTTATTTTTTTAAA-TCTCTTACTTATTAATTTTTGTAATATT
64 T-AAGTTAGCTCAACAAACAGATTTA--TTTTTAAATTCTCTTACTTATTAATTATTGAAATATT
* * *
20908 AATAACTTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTA
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*** * *
20943 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTTA
1 TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
* * * * * *
21008 ATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAA
66 AGTTAGCTCAACAAACAGATTTATTTTTAAATTCTCTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATAA
*
21073 ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTG
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21103 TATGA
1 TATGA
21108 ACAGAAATAG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
159 8 0.06
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ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
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TATGACAAAACAAAAGGTCATAACAATTTGAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTATTTA
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ATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTA
Found at i:21547 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 20943--23245 Score: 1056
Period size: 181 Copynumber: 12.8 Consensus size: 176
20933 AATAAGCTTA
* * * * * *
20943 TATGACAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATTACTATTT-
1 TATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---TTAGTATTTG
* * ** * * * * *
21007 AATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTATTGAAATATTAATA
63 AA-CTGGTTTGA-AAAGAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATT-TTGAAATATTAATA
* * *
21072 AATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTT
125 AATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
* *
21124 TATAACAAAACAACAA-GTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATT
1 TATGATAAAACAA-AAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT--TAG-TATT
* * * *
21187 TGAATTGGTTAAGTAAATAG-AA-TTATTTTTTAAATCTCTT-GTTA--AATTTTGAAATATTAA
61 TGAACTGGTT-TG-AAA-AGAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAA
* ** * * *
21247 TAAATTCA-TTTTATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAATCAAAAA-AACTTATTT
123 TAAATT-AGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTAT-GAA-CAAAAATAA-TTGTTT
* * * * * *
21303 TATGCTAAAACAGAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATATTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TT-AGTATTTG
* * * * * *
21368 AACTGGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTAG
63 AACTGGTTTGA-AAAGAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAATAA
* *
21433 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
126 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
* * ** *
21484 TATGATAGAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGTTACGTATTTGAA
1 TATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTA-GTATTTGAA
* * * * * * * * *
21549 CTAGTTCAGTAAATAGATTTACTCTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAAT
65 CTGGTT-TGAAAAGAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAATAAAT
** * * * *
21614 TAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGAATGATA-AAAAAAAATTGTTA
128 TAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTT
** ** ** * * * * * *
21663 TATGACCAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAATTACTT
1 TATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TT-AGTATTT
*** * * * * * * *
21728 GAACCACTTCGACAAACAAATTGT-TTTTT--AATCTTTTAATTATCAATTTTTGGAATATTATT
62 GAACTGGTTTGA-AAAGAAATT-TATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAAT
* * * * * *
21790 AAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTATATGAAACTAAAACAATTAATTT
124 AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-AACAAAAATAATT-GTTT
* * *
21845 TAT-AAACAGAACAAAAGGTTAT-ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA---A--A----A
1 TATGATA-A-AACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAGTATTTGA
* * * * * *
21899 ATTGGTTCGATAAA-ATCATATTATTATT-AAACCTCTTACTTATTAGTTTTGAAATATTAATAA
64 ACTGGTTTGA-AAAGA-AAT-TTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAA
* * ** *
21962 ATTACTATTATTTAATTCTGAATAAGC-TGTAT-ATGAAAAACAATTGTTT
126 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
* * * * * * *
22011 TAAGATAAAATAAAAGTTTAATAACCGATTTGAAATAGATAATTGTTTAAATGGTTATAATTATT
1 TATGATAAAACAAAAGGTT-ATAA-TGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-T-T-AGTATT
* * ** * *
22076 TGAAGC-GATTCGATAAACTAACTTATTTTTTAAATCT-TTATCTT-TTCAATTTTTGAAATATT
61 TGAA-CTGGTTTGA-AAAGAAATTTATTTTTAAAATCTCTTA-CTTATT-AA-TTTTGAAATATT
** * * * * * *
22138 AATAAAGCAATATTATTTTATT-TCACATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATCGTTT
121 AATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA-ATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
* * * * * *
22194 TATGATAAAACAAAAGGTCATACCT-CTTAT-AAATATATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
1 TATGATAAAACAAAAGGTTATA-ATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT--T-AGTATT
* * * * * * * * *
22257 TGAACTTGTTTTGTAAACAGATTTATTTTTTAAAATTTTTTATTTATTCATTTTTTTG-AATGTT
61 TGAAC-TGGTTTGAAAAGAAATTTA-TTTTTAAAATCTCTTACTTATT-A--ATTTTGAAATATT
* * * *
22321 AATAAATTAGTATTATTTTATT-TCAAATAAGCATGTATGAACTGAAAA-AATTATTT
121 AATAAATTAGTATTATTTTATTCT-GAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAATAATTGTTT
* * * * * *
22377 TATGACT-AAACAAAATGTTAGAA-CATTTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTTAACTATT
1 TATGA-TAAAACAAAAGGTTATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--TT-AGTATT
* * * * * * * *
22440 TGAACTAGCTCGACAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTATAATATTATT
61 TGAACTGGTTTGA-AAAGAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTGA-AATATTAAT
* * * * * *
22505 AATTTAGCAATATTTTACTTC-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTT
124 AAATTAGTATTATTTTA-TTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
* * * ** ** * * * *
22558 TATGACAAAAC-AAAGATCATAACAATTTGTGATAGATAATTGTTGAAGTAGTCATAACTCTTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT--T-AGTATTTG
* * * * *
22622 AACTAGTTTAATAAATAGATTTAATTTTT-AAATCTCTTA-TTA--ACTTTTGAAATATTAATAA
63 AACTGGTTTGA-AAAGAAATTT-ATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAA
* ** * *
22683 ATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTAT-AGATAGAAATAATTGTTT
126 ATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGA-ACAAAAATAATTGTTT
* * * ** * * * * *
22734 TACGACAAAACAAAATGTTATAACCATTTGAAATAGATAATAGCTCAAATGAACATGACTATTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT--A-GTTAGTATTTG
* * * ** *
22799 AACTTGTTCGGTGAATAG--ATTTATTTTTTAAATCTCCAACTTATTAATTTTTGGAATATTAAT
63 AACTGGTT---TGAAAAGAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAAT
* ** *
22862 AAATTAGTATTATTTTA-TCTCAAATAAAATTGCAT-AA-ATAAAATAATTGTTT
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* * * * ** * * * *
22914 TATAACAAAACAAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAAAAGTCATAATTACTT
1 TATGATAAAAC-AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT--T-AGTATTT
* ** * * * * * *
22979 GAACTCGCTCGGTAAATAGATTTACTTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATTTTAA
62 GAACT-GGTTTGAAAAGAAATTTA--TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTGAAATATTAA
* * * *
23044 TAAATTTGTATTATTTTATTTTG-ATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAG-TT
123 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATT-GTTT
* ** ** * * *
23097 TATGACAAAACAAAAAATCGTAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGACAAATATTTG
1 TATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT---TAGTATTTG
* * * *
23162 AAC-GTGTTCGAAAA-ACATATTTATTTTCT-AAATCTTTTACCTA-TAATTGTCT-TAATATTA
63 AACTG-GTTTGAAAAGA-A-ATTTATTTT-TAAAATCTCTTACTTATTAATT-T-TGAAATATTA
23222 ATAAATT-GTATTATTTTATT-TGAA
122 ATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
23246 ACTTGTTCAA
Statistics
Matches: 1630, Mismatches: 355, Indels: 277
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
165 9 0.01
166 8 0.00
167 13 0.01
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169 17 0.01
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171 12 0.01
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174 1 0.00
175 4 0.00
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184 15 0.01
185 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (176 bp):
TATGATAAAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTTAGTATTTGAAC
TGGTTTGAAAAGAAATTTATTTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTGAAATATTAATAAATTAG
TATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTT
Found at i:21757 original size:360 final size:357
Alignment explanation
Indices: 20940--21895 Score: 896
Period size: 360 Copynumber: 2.7 Consensus size: 357
20930 TTGAATAAGC
* * * * *
20940 TTATATGAC-AAAACAAAAGGTCATAATGGTTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATT-ACT
1 TTATATG-CTAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTC-TTAAAT
* ** * * * * * * * * *
21003 A-TTTAATTTAGTTCAATAAACATATTTATTTTTAAATTTTTTTACTTATTAATTATTGA-AATA
64 ACTTGAA-CCACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAA-TCTCTTAATTATTAATT-TTCAGAATA
* * * *
21066 TTAATAAATTAGTATTATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAACAGAAATAGTTGTTTTATAACA
126 TTATTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACA
* * * *
21131 AAACAACAA-GTTATAACT-ATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAGTTATTTGAATTG
191 GAACAA-AAGGTTATAA-TGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGT-ATAGTTATTTGAACTA
* * * * * * *
21194 GTTAAGTAAATAGAATTATTTTTTAAATCTCTTGTTAAATTTTGAAATATTAATAAATTCATTTT
253 GTTAAGTAAATAGAATTACTCTTAAAATCTCTTCTTAAATTTTAAAAGATTAATAAATTCATATT
*
21259 ATTTTATTCCAAATAAGCTAGTATAAAATCAAAAAAACTTA
318 ATTTTATTCCAAATAAGCTAGAATAAAA-CAAAAAAACTTA
* * * * * * *
21300 TTTTATGCTAAAACAGAAGGTCATTATGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTTTTAAATAT
1 TTATATGCTAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAAATAC
*** * * *
21365 TTGAACTGGTTTGACAAAGAAATTTATTTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTAT
66 TTGAACCACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAA-TCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTAT
* * * * *
21430 TAGATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGATTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAAC
130 TAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAGAAC
* ** *
21495 AAAAGGTTATAATGATTTGAAGTTTACAATTGTTCAAATAGT-TACG-TATTTGAACTAGTTCAG
195 AAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTATA-GTTATTTGAACTAGTTAAG
*
21558 TAAATAGATTTACTCTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAATT-AGTATTA
259 TAAATAGAATTACTCTTAAAATCTCTT-CTTA--AA-TTTTAAAAGATTAATAAATTCA-TATTA
* * * *
21622 TTTTATTCCAAATAGGCTTGAATGATAA-AAAAAAA-TTG
319 TTTTATTCCAAATAAGCTAGAAT-AAAACAAAAAAACTTA
* ** * * *
21660 TTATATGAC-CAAACAAAAGGCCATAATTTTTTATAAATAAATAATTGTTTATATAGTCTTAATT
1 TTATATG-CTAAAACAAAAGGCCATAATGATTT-GAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAAAT
* * * **
21724 ACTTGAACCACTTCGACAAACAAA-TTGTTTTTTAATCTTTTAATTATCAATTTTTGGAATATTA
64 ACTTGAACCACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTA
* * * * * *
21788 TTAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAAAAGCTTATATGAAACTAAAACAATTAATTTTATAAACA
129 TTAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATG-AACAAAAATAATT-GTTTTAT-AACA
* * *
21853 GAACAAAAGGTTAT-ATGATTTGAAATAGATAATTATTTAAATA
191 GAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATA
21896 AAAATTGGTT
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 93, Indels: 35
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
358 39 0.08
359 69 0.14
360 228 0.47
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362 58 0.12
363 3 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TTATATGCTAAAACAAAAGGCCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAAATAC
TTGAACCACTTCGACAAACAAATTTATTTTTTAATCTCTTAATTATTAATTTTCAGAATATTATT
AAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCTTGTATGAACAAAAATAATTGTTTTATAACAGAACA
AAAGGTTATAATGATTTGAAATAGACAATTGTTCAAATAGTATAGTTATTTGAACTAGTTAAGTA
AATAGAATTACTCTTAAAATCTCTTCTTAAATTTTAAAAGATTAATAAATTCATATTATTTTATT
CCAAATAAGCTAGAATAAAACAAAAAAACTTA
Found at i:23374 original size:264 final size:268
Alignment explanation
Indices: 22991--23512 Score: 614
Period size: 264 Copynumber: 2.0 Consensus size: 268
22981 ACTCGCTCGG
* * * *
22991 TAAATAGATTTACTTTTTTAAAATCTTTTAGTTATTAATTTTTGAAATTTTAATAAATTTGTATT
1 TAAATAGATTCACTTTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATT
** ** *
23056 ATTTTATTTTGATAAGCTTTTATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATCGTAAT
66 ATTTTATTTAAATAAGCTGATATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAT
* * * *
23121 GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTGACAAATATTTGAACGT-GTTC-GAAAAACATATTT
131 GATTTGAAATAAATAATTATACAAATAATCACAAATATTTGAAC-TAGTTCAG-AAAACATATTT
** * *
23184 ATTTTCT-AAATCTTTTACCTAT-AATTGTCTTAATATTAAT-AAATTGTATTA-TTTTATTTGA
194 ATTTT-TAAAATCTTTTACCTATCAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTACTTTAATTTGA
23245 AACTTGTTCAA
258 AACTTGTTCAA
*
23256 TAAATAGATTCA-TTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTAT-TA
1 TAAATAGATTCACTTTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATT-TGTA
** * * ** **
23317 TTATTTTATTTCAAATTGGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT
64 TTATTTTATTT-AAATAAGCTGATATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATCAT
* ** * * *
23382 AATGATTTGAAATAAATACTTATACAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATT
128 AATGATTTGAAATAAATAATTATACAAATAATCACAAATATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATT
* *
23447 TATTTTTAAAATTTTTTACTTATCAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTACTTTAATTTGA
193 TATTTTTAAAATCTTTTACCTATCAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTACTTTAATTTGA
23512 A
258 A
23513 TAAGTTTTTA
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 34, Indels: 16
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
262 1 0.00
263 48 0.22
264 117 0.55
265 28 0.13
266 10 0.05
267 10 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.08, T:0.44
Consensus pattern (268 bp):
TAAATAGATTCACTTTTTTAAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTGTATT
ATTTTATTTAAATAAGCTGATATGAACAAAAACAATTAGTTTATGACAAAACAAAAAATCATAAT
GATTTGAAATAAATAATTATACAAATAATCACAAATATTTGAACTAGTTCAGAAAACATATTTAT
TTTTAAAATCTTTTACCTATCAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTACTTTAATTTGAAAC
TTGTTCAA
Found at i:23770 original size:179 final size:177
Alignment explanation
Indices: 23267--26354 Score: 1279
Period size: 179 Copynumber: 17.3 Consensus size: 177
23257 AAATAGATTC
* * *
23267 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATATCTT-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
*** * * * *
23331 ATTGGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
64 ATAAACTTATATG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA-GATTTGAAATA
* * * * * * * * *
23396 AATACTTA-TACAAATAATCATGACTATTTGATCTAG-TTCAGTAAACATATTT
126 GATAATTACT-CAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGA-CAAACAAATTT
* * * * * ** * * *
23448 ATTTTTAAAATTTTTTACTTATCAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTACTTTAATTT-GA
1 ATTTTTTAAATATCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAA
** * * ** * * * * ** *
23512 ATAAGTTTTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTAAGAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATA
64 ATAAACTTATATG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA-GATTTGAAATA
* * *
23577 AATAATTACTCAAATAGTCATAACTT-TTTGAACTGGTTTGACAAACATATTT
126 GATAATTACTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
** * *
23629 ATTTTTTAAA-ATC-TATTATTAATTTTTGAAATATTAATTGATTAGTTTTATTTTATTTTGAAA
1 ATTTTTTAAATATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAAA
* *
23692 CAAACTTATATAGACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAG
65 TAAACTTATAT-GACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA-GATTTGAAATAG
* * *
23757 ATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACATAA-TT
127 ATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACA-AATTT
* * * * *
23808 ATTTTTTAAATCTCTTACATATTAATTTTTAAAATATTAATAAATT--TATTTATTTTATTCCGA
1 ATTTTTTAAATATCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCAA
* * * * *
23871 ATAAGC-TACATGA-ATTGAAAA-ATATTGCTTTATGACAAAAGAAAA---A-CA-ATTTGAAAT
64 ATAAACTTATATGACA---AAAACA-ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAAGATTTGAAAT
** * * *
23928 AGATAATTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
125 AGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
* * * * ** *
23981 GTTTTTTAAATCTCTTAATTATTACTTTTTGTAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 ATTTTTTAAATATCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * ** *
24046 TAAGCTTATATGAACAAAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGGTTATAACGATTTTCAGTAT
65 TAAACTTATATG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TATAA-GATTTGAAATA-
* * * * * * * *
24111 G-CAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTT
126 GATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
* * * *
24162 ATTTTTTTTAA-ATC-TCTTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCAAA
1 A-TTTTTTAAATATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * ** *
24225 TAAACATATATAATCAAAAACAATTGTTATATGATGAAAC--AA---AT--GATTTGAAATTGAT
65 TAAACTTATATGA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAAGATTTGAAATAGAT
** * * * * * *
24283 AATTGTTGAAAT-GACATTAATTATTTGAACT-GATTCGATAAACATATTC
129 AATTACTCAAATAGTCA-TAATTATTTGAACTAG-TTTGACAAACAAATTT
* * * * **
24332 ACTTTTTAAATCA-CTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTATT-TTTTT
1 ATTTTTTAAAT-ATCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATT-TTATTTCA
* * * *** * * * *
24395 ACTAAGCTTGTATGGATTCAGATAATTGTTTTATCACAAAATAAAAGGTCATAACGATTT-AAAT
63 AATAAACTTATAT-GACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA-GATTTGAAAT
* ** * * * *
24459 AGACAATT-CTTCAAATAGTCATAACAATTTGAATTTGCTT-AGTAAACAAATTT
125 AGATAATTAC-TCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGA-CAAACAAATTT
* * * * ***
24512 A--TTTGAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTGAATTATTAATAAA-TAGTATTATTTTATTTTTGA
1 ATTTTTTAAATATCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
24573 TAAGCTTTTTATGA-ATTAAAACAATTGGTTTTATGTCAAAGCAAAAGGTCATAATGATTTTAAA
65 TAAAC-TTATATGACA--AAAACAATT-GTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA-GATTTGAAA
* * * * * * *
24637 TAAATAATT-TTC-AATAGTCATCACTATTTGAACTTGTTTGATAAATAAATTT
124 TAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
* * *
24689 ATTTTTCAAA-ATCATTTCCTTATTAATTTTTTG-AATGTTAATAAATTTAG-ATTATTTTATTT
1 ATTTTTTAAATATC--TT-ATTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * * * * *
24751 TGAATAAGCTTGTAAGATATGAAACAA-TATTTTAT-ACTACACAAAAGGTCAAAAACGATTCGA
61 CAAATAAACTTATATGACA-AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT--ATAA-GATTTGA
* ** * * * * * * *
24814 AATTA-ATAATTATTTTAATAG-CTTTAACTATTTGAATTAG-CTCAGTAAACACATTTT
122 AA-TAGATAATTACTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTAGTTTGA-CAAACA-AATTT
* * * * *
24871 ATTTTGT-AATTTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTA-TATTATTTT-TATCCAAT
1 ATTTTTTAAATATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
* * * * ** * **
24933 AAGCTTCTATGATAAAAATCAATTGTTTTTTGACAAAACAAATATCT-TAACAACT-AAGATTA-
66 AAACTTATATGACAAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTATAAGATTTGAA-A-TAG
** * * * * * ** * **
24995 ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTAGAATTGGTTCAATAAACATTTTT
127 ATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
* * * * *
25046 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCATA
1 ATTTTTTAAATATCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * * * *
25111 TAAGCTTGTATGATAAAAAAATAATTGTTTTATGA-AAAACAAAAGTTCAGAATGATTTAAAATC
65 TAAACTTATATG--ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGT-ATAA-GATTTGAAATA
* * * * * * * ** *
25175 GATAATCATTCAAA-CGACTATAATTATTTTAACTAATTCGGTAAACAGATTT
126 GATAATTACTCAAATAGTC-ATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
* * * *
25227 ATTTTTTAAGTTTCTTACTTATT-ATTTTAGTG-AGTATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCA
1 ATTTTTTAAATATCTTA-TTATTAATTTT--TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * * ** * * *
25290 TCTAAGCTTGTATTAACTGAAACAATTGTTTTATGACTAATCAAAAGGTTATAACGATTTTAAAT
63 AATAAACTTATA-TGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TATAA-GATTTGAAAT
* * ** * * * ** * *
25355 AGACATTTGTTCAAATAGTAATAACTATTTGAACTTA-TTCGTTAAATAGATTT
125 AGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TAGTTTGACAAACAAATTT
* * * *
25408 ATTTTTTAAAATCTCTTTCTTATTAATTTTTG-AATGTTAATAAATTAGTATTAATTTA-TTCTA
1 ATTTTTT-AAATATC-TTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
** * ** * * * *
25471 AATAGGCTTGT-TGAACTGAAACAATTTTTTTATGA-AAAACAAAATGTTAGAATGATTTCAAAT
63 AATAAACTTATATG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAA-GGTATAA-GATTTGAAAT
** * * * ** * * * *
25534 AGATAATTGTTCTAATAATCTTAACCATTTCAA-TTGATTCGACAAAAAAATTT
125 AGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTTGACAAACAAATTT
** * * *
25587 ATTTTTTAAATATCTTATTTATTAATTTTCAAAATATTATTAAATTTA-CATTATTTTA-AT-AA
1 ATTTTTTAAATATCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * ** * * *
25649 AAAAAGCTTGTATGA-ATAAATAATTTGTTTTACAATAAAGA-AAAAGGCCATAACACTTTGAAA
64 ATAAA-CTTATATGACAAAAACAA-TTGTTTTATGACAAA-ACAAAAGG-TATAAGA-TTTGAAA
* ** * * * * * * ** *
25712 CAGATAATTGTTCATATCGTCTTAACTATTTAAACTGGTTTGACAATTAGATTT
124 TAGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
* * * * ** *
25766 ATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATTCTTAAATTAGTATTATTTTATTT-GA
1 ATTTTTTAAATATCTT-ATTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * * * *
25829 ATAAA--TAGTATGACCAGGACCAATTGTTTGATG-CAAAATAAAAAGTTATAATGATTAGAAAT
64 ATAAACTTA-TATGA-CAAAAACAATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTATAA-GATTTGAAAT
* * * * * * *
25891 AGATAGTTATTCAAATAGTCA-AACTATTTGAAAT-GATTT-AGTAAATAGATTT
125 AGATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAG-TTTGA-CAAACAAATTT
* * *
25943 A-CTTTTAAATCTC-TATTGATTAATTTTCT-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAA
1 ATTTTTTAAATATCTTATT-ATTAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * * * * *
26005 ATAAACTTATATTAACGAAGACAATTG-TTTATGA-GAAA-AAAAGGCCATAAAAATTTGAAATA
64 ATAAACTTATA-TGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGG-TAT-AAGATTTGAAATA
* ** ** * * * *
26067 AATAATTGTTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTT-AGC-AATAGATTT
126 GATAATT-ACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGA-CAAACAAATTT
* * * * *
26119 ACTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAA-TTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATTATTTTA-TTCGA
1 ATTTTTTAAATATCTTA-TTATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * * *
26182 ATAGGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGATAGAAA-AAAAGGTACAAAAATTTGAAATA
64 ATAAACTTATATG-ACAAAAACAATTGTTTTATGACA-AAACAAAAGGTA-TAAGATTTGAAATA
** * * **
26246 GAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTGGTAAACAAATTT
126 GATAATTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
* *
26297 ATTTTTT-AA-ATCTGT-TTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTT
1 ATTTTTTAAATATCT-TATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
26355 TTAATGTGCT
Statistics
Matches: 2242, Mismatches: 496, Indels: 343
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
169 12 0.01
170 44 0.02
171 2 0.00
172 64 0.03
173 96 0.04
174 50 0.02
175 107 0.05
176 132 0.06
177 262 0.12
178 250 0.11
179 482 0.21
180 174 0.08
181 456 0.20
182 101 0.05
183 10 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (177 bp):
ATTTTTTAAATATCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAT
AAACTTATATGACAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTATAAGATTTGAAATAGATAA
TTACTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGACAAACAAATTT
Found at i:24067 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 23267--26354 Score: 891
Period size: 181 Copynumber: 17.4 Consensus size: 173
23257 AAATAGATTC
* * *
23267 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTT-AGAATATTAATAACTTATTATTATTTTATTTCAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
** * * * *
23331 ATTGGCTGATATGAACTAAAATAATTTTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATA
65 ATAAGCTTATATGAACAAAAAT-ATTGTTTTATGACAAAACAAAA----A-CA--ATTTGAAATA
* * * * * * * ** * *
23396 AATACTT-ATACAAATAATCATGACTATTTGATCTAGTTCAGTAAACATATTT
122 GATAATTGCT-CAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
* * * * * * ** * * * *
23448 ATTTTTAAAATTTTTTACTTATCAATTGTCAAAATATTAATAAAATAGTATTACTTTAATTT-GA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAA
* * * * * *
23512 ATAAGTTTTTATGAACATAAATTATTGTTTTGTAAGAAAAGAAAAAATAATAACAATTTGAAATA
65 ATAAGCTTATATGAACA-AAAATATTG-TTT-TATG---ACAAAACA-AA-AACAATTTGAAATA
* * * * *
23577 AATAATTACTCAAATAGTCATAACTT-TTTGAACTGGTTTGACAAACATATTT
122 GATAATTGCTCAAATAGTCATAA-TTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
* * * *
23629 ATTTTTTAAA-ATC-T-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATT-GATTAGTTTTATTTTATTTTGA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATT-ATTAAATTAGTATTATTTTA-TTTCA
* * * *
23690 AACAAACTTATAT-AGACAAAAACATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAA
64 AATAAGCTTATATGA-ACAAAAATA-TTGTTTTATGACAAAACAAAA----A-CA--ATTTGAAA
*
23754 TAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTAGGCAAACATAA-TT
120 TAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACA-AATTT
* * * *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTA-ATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTA-TTATTTTATTTCA
* * * *
23870 AATAAGC-TACATGAATTGAAAAATATTGCTTTATGACAAAAGAAAAACAATTTGAAATAGATAA
64 AATAAGCTTATATGAA--CAAAAATATTGTTTTATGACAAAACAAAAACAATTTGAAATAGATAA
* * *
23934 TTGTTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
127 TTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
* * * * *
23981 GTTTTTTAAATCTCTTAATTATTACTTTTTGTAATATTTTTATATTAGTATTATTTTATTTCAAA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * ** *
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66 TAAGCTTATATGAACAAAAAT-ATTGTTTTATGACA-AA-ACAA----A-AACAATTTGAAATA-
* ** * * * * * **
24111 G-CAATTATTCAAATAGTCATAACTAGTTAAACTGGTTCGATAAACAAATTT
122 GATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
* * *
24162 ATTTTTTTTAAATCTC----TTATTAATTTTTGAAAGATTAATAAATTACTATTATTTTATTTCA
1 A--TTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCA
* * * * ** ** *
24223 AATAAACATATAT-AATCAAAAACAATTGTTATATGATGAAAC--AAATGATTTGAAATTGATAA
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* * * * ** * *
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127 TTGCTCAAATAGTCA-TAATTATTTGAACTAG-TTTGGCAAACAAATTT
* * ** * * * **
24332 ACTTTTTAAATCACTTGCTTATTAATTTTTGGAATGTTAATAAATTAGTATTATTATT-TTTTTA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATT-TTATTTCAA
* * * * * * * *
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* ** * * * * *
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* ** * * ***
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1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * * *
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* * * * * ** *
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120 TAGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
* ** * *
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1 ATTTTT-TAAATC-TCTTAATTATTAA-TTTTTGAAATATTATTAAA-TTAGTATTATTTTATTT
** * * * * * * *
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** ** * * * * ** * *
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* * * *
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* * * *
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66 TAAGCTTATATGAACAAAAAT--ATTGTTTTATGACAAAAC-AA-A----AACAATTTGAA-A-T
* * * * * * **** **
24994 A-ATAATTGTTTAAATAGTCATAACTATTAGAATTGGTTCAATAAACATTTTT
121 AGATAATTGCTCAAATAGTCATAATTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAAATTT
* * * * * *
25046 ATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCATA
1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAAA
* * * * *
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*** * * * * * * *
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* * * * * *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTT--TGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCA
** * * * * *
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* * * * * * ** * *
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** * * *
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1 ATTTTTT-AAATCTCTTAATTATTAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTC-A
* * * *
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* * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * ** *
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1 ATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAATTTTTGA-AATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCAA
* * ** * * *
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* ** * * * * * *
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* * *
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* * * * * *
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* * ** * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * *
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* *
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Statistics
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Alignment explanation
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* *
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* *
23628 TATTTTTTAAAATCTATTATTAATTTTTGAAATATTAATTGATTAGTTTTATTTTATTTTGAAAC
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* *
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* * * * * *
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*
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* ** * * *
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* * * * * *
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* * * * * * **
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* * * * *
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*
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24220 TCAAATAAAC
Statistics
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AAATATTGCTTTATGACAAAAGAAA
Found at i:24999 original size:176 final size:178
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24805 ACGATTCGAA
* * * *
24815 ATTAATAATTATTTTAATAG-CTTTAACTATTTGAATTAGCTCAGTAAACACATTTTATTTTGT-
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*
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*
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* * * * *
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* *
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Statistics
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TCTTTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATCTCATATAAGCTTCTA
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Found at i:26127 original size:353 final size:352
Alignment explanation
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* * * * *
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* * *
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* ** ** * * *
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** * *
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*
25943 A-CTTTTAAATCTCTATTGATTAATT-TTCTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAA
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* * *
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** *
26170 TATTTTATTCGAATAGGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGATAGAAAAAAAGGTACAAA
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* * * * * *
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* *
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Statistics
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TTTTATTCGAATAGAATATATGAAAAAAAACAATTGTTTGATGATAGAAAAAAAGGTACAAAAAT
TAGAAATAGATATTATTCAAATAGTCATAACTATTTGAAATGATTTAGTAAACAAATTTATCTTT
TAAATCTCTTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTAAATAAACTTAT
ATTAACGAAGACAATTGTTTATGAGAA
Found at i:26169 original size:178 final size:176
Alignment explanation
Indices: 25689--26354 Score: 596
Period size: 177 Copynumber: 3.8 Consensus size: 176
25679 TACAATAAAG
* * * * * *
25689 AAAAAGGCCATAACACTTTGAAACAGATAATTGTTCATATCGTCTTAACTATTTAAACTGGTTT-
1 AAAAAGGCCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTA
* * *
25753 G-ACAATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTATTAAGTTTT-AGAATATT-CTTAAATTAGT
66 GTA-AA-TAGATTTACTTTTTAAATTTC-TAGTTATTAA-TTTTCA-AATATTAC-TAAATTAGT
* * *
25815 ATTATTTTATTTGAATAAA--TAGTA-TGACCAGGACCAATTGTTTGATGCAA-AA
125 ATTATTTTATTTGAATAAACTTA-TATTAACAAAGA-CAATTGTTT-ATG-AAGAA
** ** * * * * * *
25867 TAAAAA-GTTATAATGATTAGAAATAGATAGTTATTCAAATAGTC-AAACTATTTGAAATGATTT
1 -AAAAAGGCCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT
* *
25930 AGTAAATAGATTTAC-TTTTAAATCTCTA-TTGATTAATTTTCTAAATATTAATAAATTAGTATT
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* *
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* ** *
26042 AAAAAGGCCATAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTTCATGTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTT
1 AAAAAGGCCATAAAAATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTT
*
26107 AG-CAATAGATTTACTTTTTAAATTTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTACTAAATTAGTATT
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* ** * * *
26171 ATTTTATTCGAATAGGCTTATATGAAAAAAAACAATTGTTTTATGATAGAA
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* * * *
26222 AAAAAGG-TACAAAAATTTGAAATAGAT-ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGGTTTG
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* * * * *
26285 GTAAACAAATTTATTTTTTAAA--TCT-GTTTATTAATTCTTGAAATATTATTAAATTAGTATTA
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26355 TTAATGTGCT
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 64, Indels: 52
0.77 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (176 bp):
AAAAAGGCCATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCTTAACTATTTGAACTGGTTTA
GTAAATAGATTTACTTTTTAAATTTCTAGTTATTAATTTTCAAATATTACTAAATTAGTATTATT
TTATTTGAATAAACTTATATTAACAAAGACAATTGTTTATGAAGAA
Done.