Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168209.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_444, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:4265 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 3949--6615 Score: 1904
Period size: 181 Copynumber: 14.8 Consensus size: 180
3939 TAACATTTAA
* * * * ** * *
3949 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTCCGAGCAAACTTATATGAACA-AAAGC
1 TAATTTT-ATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAA-C
* * * * * * *
4013 ATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCATACAGCCTTT
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * *
4078 ACTATTTGAACAAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTAT
129 ACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
4130 TAAGTTTCATAATATTATTAGATCAGTCTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAA
1 TAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACA
* * * * *
4195 AATGTTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAA
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
*
4260 CTATTTGAACTAGTTT-GCTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTCAT
130 CTATTTGAACTAGTTTGGC-AAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * ** *
4310 TAATTTT-TGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAGGCTTATATGATGAAAAAC
1 TAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAC
* * * * * * *
4374 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTCCAAAT-GACCAC
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAT
* * * * ** *
4438 AATTATTTGAACT-GATT--CAATAAATTGAATTATTTTTTAAATCTCCAACTTCT
128 AACTATTTGAACTAGTTTGGCAA-ACA--GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
4491 CAATTTTTAAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAATCTTTTATGAAC-TAAAAC
1 TAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAAC
* * * * * * *
4555 ATTTGTTTTATTATAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * ** * * * *
4620 ACTATTTGAATTTGTTCAGTAAGTATATTTATTTTTTTTAATTTCTTGCTTAT
129 ACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
4673 TAGTTTTTTGAATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TACGAAC-TGAAA
1 TAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGC-TTGTATGAACAT-AAA
* * * * * * * * *
4736 CAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTT
63 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
4801 AACTATTTGAACT-GATTTGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTAC
128 AACTATTTGAACTAG-TTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** * * * * *
4854 TAATTTTAGAATATTATTAGTTTAGCAATATTTT-TCTTCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACA
* * *
4918 ATTATTTTATGACAAAACAAATA--TCATAATC-ATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
65 ATTGTTTTATGACAAAACAAA-AGGTCATAA-CGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * *
4980 AACAATTTGAACTAGTTTAGTC-AACAGATTTAGTTTTTAAATCTC---C-TAT
128 AACTATTTGAACTAGTTT-GGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * *
5029 TAATTTT-TGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAAT
1 TAATTTTAT--AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAC
* * * * * * * * * *
5093 AATTTTTTTAAGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATGGATAATAATTCAAATGGACGTG
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * ** *
5158 ACTATTTTAACTTGTTTGGTAAATAGATTAATTTTTTAAGTCTCCAACTCAT
129 ACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
5210 TAATTTTATTATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
1 TAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACATAAACA
* * * * * * * * *
5274 ACTATTTTATGACAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAAAAACTATTCAAATAGTTATA
65 ATTGTTTTATGAC-AAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * * * * *
5339 ATTATTTAAACTCA-CTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
129 ACTATTTGAACT-AGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * *
5391 TAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
1 TAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAC
* * * *
5455 AATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * * ** * * *
5519 A-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTTATTTTTAAAAT-T-TTAACTTAT
129 ACTA-TTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTAT
* * **
5570 TAATTTT-TGAAATATTGAGAAATTTA-TATTATTTTTATTT-GAAATAAGCTTACATGAACA-A
1 TAATTTTAT--AATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAACATA
* * * * * *
5631 AACAAATTGTTTTAAGATAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTTGAAATAGATAATTCTTTAGATAG
61 AAC-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG
* ** * * * * ** * *
5695 TCATAACTATTTAAACTTA-TTCAGTAAATAGATTCATTTTTCAGTTTTCTTACTCAT
124 TCATAACTATTTGAAC-TAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * **
5752 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCATATGAAC-TGAAAC
1 TAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACAT-AAAC
* * * * *
5816 AATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCAT
64 AATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* * * * *
5881 GACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTAT
128 AACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
5934 TAATTGTTGA-AATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TTCAAAATAAGCTTTTATTAA-TTGA
1 TAATT-TT-ATAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAACAT-A
* * ** ** * * * * *
5995 AACAATTATTTTATAACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATTGT
61 AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATT-TGAAATAGATAATTATTCAAATAGT
* * * ** * *
6059 AATAACTATTTGAACTTGTTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTAT
125 CATAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
6116 TAATTTTTTGAATATTAATAAATTAGTATTAATTGA-TTCTGAGT-AGTATTGTATGAAC-TAAA
1 TAATTTTAT-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAG-CTTGTATGAACAT-AA
* * * *
6178 ACAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCT
62 ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
* * * * *
6243 TAACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTAT
127 TAACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * ** *
6297 TAATTTT-TGAACTATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACAAACA-AATC
1 TAATTTTAT-AA-TATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAAC
* * * * * * * * * *
6360 AATTATTTTACGAGAAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATCATTCATATAGTCTTA
64 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * **
6425 ACTATTTGAACTTGTTTGGCTATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTAT
129 ACTATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * *
6477 TAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTAGTAT-CA-ATAGAA
1 TAA-TTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTT-GTATGAACATA-AA
* * * * *
6539 CTAATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTCA
63 C-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCA
*
6604 AAACTATTTGAA
127 TAACTATTTGAA
6616 ATGATTTGGT
Statistics
Matches: 1966, Mismatches: 428, Indels: 184
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 10 0.01
176 63 0.03
177 66 0.03
178 11 0.01
179 114 0.06
180 497 0.25
181 671 0.34
182 518 0.26
183 13 0.01
184 3 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (180 bp):
TAATTTTATAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAACATAAACAA
TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAAC
TATTTGAACTAGTTTGGCAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
Found at i:6602 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 3949--6628 Score: 1983
Period size: 361 Copynumber: 7.4 Consensus size: 357
3939 TAACATTTAA
** * * * ** *
3949 TAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATGTTATTTTATTCCGAGCAAACTTATATGAACAAAAGCA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAA-TTATATGAATAAAA-CA
* * * * * * *
4014 TTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAGTTATTCATACAGCCTTTA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* * * * *
4079 CTATTTGAAC-AAGTTTGGCAAACAAATTTATTTTTTGAATCTCTTAGTTATTAAGTTTCAT-AA
129 CTATTTGAACTAA-TTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTT-TTGAA
* * * * * * * * *
4142 TATTATTAGATCAGTCTTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACATAAAAAAATGTTTTATGA
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTAT-AA-ACAAACAATTATTTTATGA
* ** * *
4207 CAAAACAAAAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTA
254 CAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * *
4272 GTTT-GCTAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTCAT
319 GTTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTAT
* * * **
4310 TAATTTTTGAAATATTATTAAATTAGTATCATTTTATTTTGAATAGGCTTATATG-ATGAAAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATA-AATTATATGAAT--AAAAC
* * * * * * *
4374 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACAATTTGAAATGGATAATTGTCCAAAT-GACCAC
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAG-TCAT
* * *** ** * ** * * *
4438 AATTATTTGAACTGATTCAATAAATTGAA-TTATTTTTTAAATCTCCAACTTCTCAATTTTTAAA
127 AACTATTTGAACTAATTTGGTAAA-CAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTT-GA
* * * ** * * * * * *
4502 ATATTAATAAAGTAATATTATTTTATTTTGAATAATCTTTTATGAACTAAAACATTTGTTTTATT
190 ATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAAC--AAACAATTATTTTATG
* * * *
4567 ATAAAACAAAAGGTCATAATGGTTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAATT
253 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
* * * *
4632 TGTTCAGTAAGTATATTTATTTTTTTTAA-TTTCTTGCTTAT
318 TGTTTAGTAAATAGATTTA--TTTTTTAATTTTCTTACTTAT
* * * * * * *
4673 TAGTTTTTTG-AATGTTAATAAAATAATATTATTTTATTTCAAATAAGCATT-TACGAACTGAAA
1 TA-ATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA--ATTATATGAA-TAAAA
* * * * * * * * *
4736 CAATTATTTTATAACTAAACAAAAAGTCAAAATGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATATTCTT
62 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
* ** * * * * *
4801 AACTATTTGAACTGATTTGACAAACACATTTACTTTTTAAATCTATTACTTACTAATTTTAGAAT
127 AACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAT
* ** * * ** * *
4866 ATTATTAGTTTAGCAATATTTTTCTTCCAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTATTTTATGAC
192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTAT-AA-ACAAACAATTATTTTATGAC
* * * *
4931 AAAACAAATA--TCATAATCATTTGAGATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACAATTTGAACTA
255 AAAACAAA-AGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT
* * * * *
4994 GTTTAGTCAACAGATTTAGTTTTTAA--ATC-T-CCTAT
319 GTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTAT
* * * *
5029 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAATTTTGTATGAATAAAAATA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAAT-AAAACA
* * * * * * * * * *
5094 ATTTTTTTAAGACAAAATAAAATGTCATAACGATTTGAAATGGATAATAATTCAAATGGACGTGA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* ** * * * ** * *
5159 CTATTTTAACTTGTTTGGTAAATAGA-TTAATTTTTTAAGTCTCCAACTCATTAATTTTAT-TAT
129 CTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAA-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTT-TGAAT
* * *
5222 ATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTCTAAATAAACTTGTATGAATAGAAACAACTATTTTATGA
192 ATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTAT-AA-ACAAACAATTATTTTATGA
* * * * * * * * *
5286 CAAAAACAAAAGTTTATAATGATTTGAAATAAAAAACTATTCAAATAGTTATAATTATTTAAACT
254 C-AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT
*** ** *
5351 CACTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTT-TTACTTAT
318 TGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTT-AATTTTCTTACTTAT
* * * * *
5391 TAACTTTTGGAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTAT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAAC
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATT-TCGAATAA-ATTATATGAATA-AAAC
* * * *
5455 AATTGGTTTATGAC-AAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTATTTAAATAGTCATA
63 AATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
* * ** * * *
5519 A-AATTTTGAACAAATTAAGAAAATAGATTT-ATTTTTAAAAT-T-TTAACTTATTAATTTTTGA
128 ACTA-TTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTT-AAATCTCTT-ACTTATTAATTTTTG-
* * * * ** * *
5580 AATATTGAGAAATTTA-TATTATTTTTATTTGAAATAAGCTTACATGAACAAAACAAATTGTTTT
189 AATATTAATAAA-TTAGTATTA-TTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAAC-AAAC-AATTATTTT
* * * * * *
5644 AAGATAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTTGAAATAGATAATTCTTTAGATAGTCATAACTATTTA
250 ATGACAAAACAAAAGGTCATAATGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTG
* * * * * *
5708 AACTTATTCAGTAAATAGATTCATTTTTCAGTTTTCTTACTCAT
314 AACTTGTTTAGTAAATAGATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTAT
* * * * * * *
5752 TAATTTTTTAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTCCAAATAAGCTCATATGAACTGAAACA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ATTATATGAA-TAAAACA
* * * * * *
5817 ATTGTTTTATTACAAAAGAAAAAGGTTATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAATCATG
64 ATTGTTTTATGACAAAA-CAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATA
** * * * * * *
5882 ACTATTTGAACTTGTTCGGCAAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAAT
128 ACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTG-AAT
* ** *
5947 ATTAATAAATTTA-TATTATTTT-ATTCAAAATAAGCTTTTATTAATTGAAACAATTATTTTATA
192 ATTAATAAA-TTAGTATTATTTTAATTC-AAATAAGCTTGTA-TAA-ACAAACAATTATTTTATG
** ** * * * * *
6010 ACAAGTCAAAAGGTTTTAAAGCTTCT-AAATAGACAATTGTTCAAATTGTAATAACTATTTGAAC
253 ACAAAACAAAAGGTCATAATGATT-TGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAAC
* * * * * *
6074 TTG-TTCGATAAACAAATTTATTTTTTTAAATCTCTTTCTTAT
317 TTGTTTAG-TAAATAGATTTA-TTTTTTAATTTTCTTACTTAT
* * * * *
6116 TAATTTTTTG-AATATTAATAAATTAGTATTAATTGA-TTCTGAGTAGTATTGTATGAACTAAAA
1 TAA-TTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATA-AATTATATGAA-TAAAA
* * * *
6179 CAATTGTTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTATTCTAATAGTCTT
62 CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCAT
*
6244 AACCATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAC
127 AACTATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA-
* * * * *
6309 TATTATTAAATTAGTATTATTTTAATTCGAATAAGCTTGTACAAACAAATCAATTATTTTACGAG
191 TATTAATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACAAA-CAATTATTTTATGAC
* * * ** * *
6374 AAAATAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAATAATCATTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTTG
255 AAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG
* * **
6439 TTTGGCT-ATTAGATTTATTTTTTAATTTTCTTGGTTAT
320 TTTAG-TAAATAGATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTAT
* ** * * *
6477 TAAGTTTCAAAATATTATTAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTAGTATCAATAGAACTA
1 TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTA-TATGAATAAAAC-A
* * * * * *
6542 ATTGTTTGATGACAAAATAAAAGGTTATAACGATTTGGAATAGATAATTATACAAATAGTCAAAA
64 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAA
* *
6607 CTATTTGAAATGATTTGGTAAA
129 CTATTTGAACTAATTTGGTAAA
6629 TGGTTTGGTA
Statistics
Matches: 1795, Mismatches: 443, Indels: 162
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
355 15 0.01
356 190 0.11
357 9 0.01
358 60 0.03
359 12 0.01
360 42 0.02
361 658 0.37
362 246 0.14
363 412 0.23
364 143 0.08
365 8 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (357 bp):
TAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAATTATATGAATAAAACAAT
TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACT
ATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTTAATTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAATATTA
ATAAATTAGTATTATTTTAATTCAAATAAGCTTGTATAAACAAACAATTATTTTATGACAAAACA
AAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGT
AAATAGATTTATTTTTTAATTTTCTTACTTAT
Found at i:7109 original size:180 final size:180
Alignment explanation
Indices: 6698--8829 Score: 1259
Period size: 180 Copynumber: 11.9 Consensus size: 180
6688 TAAATTAGTA
* * * * * * *
6698 ATAATAATTTGAAATTGATAATAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-GGTTCGATAAATAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACA-
* * * * * * *
6762 AA-TTATTTTCTAAATCCCTTATTTA-TAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTCTAT
63 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** *
6825 TCCGAATAAGCATGTAT-AAGCT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAA-AAAAG-TC
127 TTTGAATAAGCTTGTATGAA--TAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATC
* * * * * * **
6877 ATAATAATTTGAAATAAATAATTATTCATATAGTATTAACTGTTTGAACTAGTTCAACAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTA-TAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * *
6942 TTTATTTTTTAAAATGTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATACTACTAAATTAGCATTATTTTATTT
65 TTTATTTTTT-AAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * *
7007 TGAAGAAGCCTATATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAGAACAAAAGATT
129 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATC
* * *
7059 ATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGTAAAACTATTAGAACTAGTTTAGTAAACAGAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAAT
* * * *
7123 TTATTTTTTAAATATC----TTATTAA-TTCTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTC
66 TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTT-TTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTT
* * * * * * * *
7183 AAAAAAGCTTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-AGTA
130 GAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGA-TC
* * * * * * *
7234 ATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCAT-ACTTATTTGAACTA-TTTCGGTAAACT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAAC-TATTTGAACTAGTTT-AGTAAACA
* * * *
7297 AATTTATTTTTTAAATCTC----TTATTAAC-TTTAGAAATATTAATAAAGTAATACTATTTTTT
63 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTA
* * * * *
7357 TTTTGGGATAAGCTTATATGAGCT-GAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTC
126 TTTT-GAATAAGCTTGTATGA-ATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATC
* * * * * * *
7413 ACAAAAATTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTAAACT-GATTTAGCAAACAT
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAG-TTTAGTAAACAA
* * * * *
7477 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTC
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* * * * * * *
7541 TGAATTAGCCTGTATAAATAGAAATAATTATTTTATGATAGAACAAAAGGTT
129 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATC
* * * * *
7593 ATAACAATTTAAAATAGATAATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
*
7658 TTTATTTTTTAAATCTCTTA-TTAATT--C-TTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT-ATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATT
* * * * * * * *
7718 TCGAATAAGCGTGTATG-TTGAAAAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA-AGTA
128 TTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGA-TC
* * * ** * * * * * ***
7771 ATAACGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCGAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTAGTAAATTGA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
*
7836 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTT-GAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTATT
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAG-AATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTATT
* * * * * *
7899 TTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTC
128 TTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATC
* * * * *
7952 AT-AGAATTTTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTA-TTCAGTAAATAG
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAA
* * * * *
8015 ATTTAATTTTTCAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTA-
64 ATTT-ATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
** * * *
8078 TTCCAATTAAGCTTGTATGAACTA-AAATAATTATTATATGACT-AAACAAAAGGTC
127 TTTGAA-TAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGATC
* ** * ** * * * *
8133 AAAATGATTTGAAATAGATAATTATTTTAGTAGTCTTAACTATTTAAACTAG-TTCGATAAAC--
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACAA
* * * * * *
8195 ATATATATTTTAAA--TCTT--TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAT
64 ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * ** * * *
8255 CT-AAAAAGGCTTGTATGATTAGAAGCAATTGTTTTATGAGAAAA-TAAGGATC
128 TTGAATAA-GCTTGTATGAATAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATC
* * * * * ** * *
8307 ATAACTATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATTATTAAGTGAACTAG-TTCGAAAAACA
1 ATAACAATTTGA-AATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAG-TAAACA
* * * * * * *
8370 ACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTT
63 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA-----TTAT
* * * * * * * *
8434 TTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACT-GAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTC
122 TTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGATAAAACAAAAGATC
* * * * * *
8493 ATAATGACTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAAC-
1 ATAA-CAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAA-CTATTTGAACTAGTTTAGTAAACA
* * * * * * *
8555 AA--T-TTTTTT-AATCTCTT-GCTCATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATGACTATTATTGTC
63 AATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAACTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTA
* * * *
8614 TTTTGAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACT-TAACAAAA-AGTT
126 TTTTGAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAATAATTGTTTTATGA-TAAAACAAAAGA-TC
* ** * * * * * * * ** * *
8669 AGAATGATTTCAAATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACA
1 ATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAA
* * * * * * *
8734 TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA-TATTTTAATC
65 TTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAA-CTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
* *
8798 TGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTGTT
129 TGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATAATTGTT
8830 CTAATAGCCT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (180 bp):
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TTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAACTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTG
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Found at i:7620 original size:359 final size:358
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* * * * * * * * * * *
6698 ATAATAATTTGAAATTGATAATAGTTCAAATAGTTATAATTATTTGAACT-GGTTCGATAAATAG
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * * **
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* * * * * * *
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* * *
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* * * *
7059 ATAACAATTT-AAATAGATAATTGTTCAAATAGT-AAAACTA-TTAGAACTAGTTTAGTAAACAG
1 ATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTA-AACTAGTTTAGTAAACAT
* * * *
7121 ATTTATTTTTTAAATATC---TTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATT-T
65 ATTTA-TTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * ** * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * *
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1 ATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTAAACTAG-TTTAGTAAACAT
* * *
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65 ATTTATTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * * * * * *
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129 GAATAAGCTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTGAAA
* * * *
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* * * *
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* * * * * *
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** * * ** * * * * * *
7771 ATAACGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCGA-ATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTAGTAAA-TT
1 ATAAAAATTTGAAATAGATAATTGTTC-ATATAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAGTAAACAT
*
7834 GATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAAT-AATGTAGTATTATTTTAT
65 -ATTTA-TTTTTAAATCTCTTA-TTATTAATTTTTGAAATATTAATAAAT-TAGTATTATTTTAT
* * * * * *
7898 TTTGGATAAGCTTTTATGAACTA-AAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AGAATTT
126 TCTGAATAAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTT
* * *
7961 TAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TATTCAGTAAATAGATTTAATTTT
190 GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAT-TTCAGTAAACAAATTT-ATTTT
* * * * * * * *
8025 TCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTA--TTTTATTCCAATTAA
253 TTAAAT-TCTTACTTATTAA-CTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTCGAA-TAA
* * * * *
8088 GCTTGTATGAACTAAAATAATTATTATATGACTAAACAAAAGGTC
315 GCTTATATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTC
* * * * *
8133 A-AAATGATTTGAAATAGATAATTATT-TTAGTAGTCTTAACTATTTAAACTAG-TTCGATAAAC
1 ATAAA-AATTTGAAATAGATAATTGTTCATA-TAGTCATAACTATTTAAACTAGTTTAG-TAAAC
* * * *
8195 ATATATA-TTTTAAA--TCTT-TTATTAATTTTTGGAATATTATTAAATTAATATTATTTT-TAT
63 ATATTTATTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-T
* * * * * * ** **
8255 CT-AAAAAGGCTTGTATGATTAGAAGCAATTGTTTTATGAGAAAATAAGGA-TCATAACTATTTG
127 CTGAATAA-GCTTGTATAACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTG
* * * * ** * * * *
8318 AGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATTATTAAGTGAACTAGTTC-GAAAAACAACTTTAGTTTT
191 A-AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAG-TAAACAAATTTATTTTT
* * * * * * *
8381 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTTTTTTTTATTTTGGAT
254 TAAAT-TCTTACTTATTAACTTTAG-AATATTAATAAATTAGTA---TTATTTTTT-TTTCGAAT
* * * * * * *
8446 AAGTTTTTATGAACTGAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTC
313 AAGCTTATATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGA-TAAACAAAAGGTC
* * * * * * * *
8493 ATAATGACTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTGTTCAGTAAACA
1 ATAA-AAATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCATAA-CTATTTAAACTAGTTTAGTAAACA
* * * * * * * * *
8556 -A-TT-TTTTT-AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCAAATGTTAATAAATGACTATTATTGTCTTT
64 TATTTATTTTTAAATCTCTT-ATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTC
* * * ** * * ** *
8617 TGAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACTTAACAAAAAGTTAGAATGATTTCA
128 TGAATAAGCTTGTAT-AACTAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAAAAATTTGA
* * * * * ** * * *
8681 AATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAA
192 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTATTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAA
* * * *
8746 ATCTCTTACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATA-TATTTT
257 AT-TCTTACTTATTAA--CTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
8794 AATCTGAATA
Statistics
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0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
351 5 0.00
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ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (358 bp):
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TTTATTTTTAAATCTCTTATTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGA
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TTACTTATTAACTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTTTTTCGAATAAGCTTATATGAG
CTGAAATAATTGTTTTATGATAAACAAAAGGTC
Found at i:7713 original size:536 final size:537
Alignment explanation
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Period size: 536 Copynumber: 3.8 Consensus size: 537
6684 TTAATAAATT
* * * * * * ** ** *
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* * * * * * * * * *
6759 -TAGAATTATTTTCTAAATCCCTTATTTATAAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTA-TTC
65 CTA-ATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTT
* ** * * * * * *
6822 TATTCCGAATAAGCATGTAT-AAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAA-AAAA-GTCATAATAA
128 TTTTTTGGATAAGCTTTTATGAA-CTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAA
* * * *
6884 TTTGAAATAAATAATTATTCATATAGT-ATTAACTGTTTGAACT-AGTTCAACAAACAAATTTAT
192 TTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCA-TAACTATTTGAACTGA-TTCAGCAAAC-AATTTA-
* * * * * *
6947 TTTTTAAAATGTCTTAG-TTATTAACTTTTAGAATACTACTAAATTAGCATTATTTTATTTTGAA
253 TTTTTAAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA
* * * *
7011 GAAGCCTATATG-AATAGAAATAATTGTTTTATGA-TAGAACAAAAGATTATAACAATTTAAATA
317 TAAGCCTGTATGAAATAGAAATAATTATTTTATGACTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAATA
* * ** *
7074 GATAATTGTTCAAATAGT-AAAACTATTAGAACTAGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATAT
382 GATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAAATCT
* *
7138 CTTATTAATTCTTAAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAA
446 CTTATTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAA
7203 AAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA
511 AAACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA
*
7230 AGTAATAAAAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCATACTTATTTGAACTATTTCGGTAAA
1 AGTAATAACAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCATA-TTATTTGAACTATTTCGGTAAA
* *
7295 CTAATTTATTTTTTAAA-TC-T-CTTATTAACTTTAGAAATATTAATAAAGTAATACTATTTTTT
65 CTAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTT
* * * * * * *
7357 TTTTGGGATAAGCTTATATGAGCTGAAATAATTGTTTTATGATAAAGCAAAAGGTCACAAAAATT
130 TTTT-GGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATT
* * *
7422 TGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCATAACTATTTAAACTGATTTAGCAAACATATTTATTTTT
194 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGCAAACA-ATTTATTTTT
* * * *
7487 -AAATCTCTTAG-TTATTAATTTTTGGAATATTACTAATTTAGTATTATTTTATTCTGAATTAGC
258 AAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGC
7550 CTGTAT-AAATAGAAATAATTATTTTATGA-TAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAAATAGATA
322 CTGTATGAAATAGAAATAATTATTTTATGACTAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAATAGATA
* * * *
7613 ATTGTTCAAAAAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
386 ATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAAC-AATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * *
7678 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTTATTTCGAATAAGCGTGTATGTTGAAAAA
450 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTA-TTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAA
7743 CAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA
514 CAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA
* * * * **
7767 AGTAATAACGATTTGAGATAGGTAGCTGTTCGAATGGCCATAATTATTTGAACTATTTTAGTAAA
1 AGTAATAACAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCAT-ATTATTTGAACTATTTCGGTAAA
* * * *
7832 TTGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAATGTAGTATTA-TTTT
65 CTAATTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTT
* * *
7896 ATTTTGGATAAGCTTTTATGAACTAAAACAATGGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AGAATT
129 TTTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATT
* * * * *
7960 TTAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGATTTAATTTT
194 TGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGCAAACA-ATTT-ATTTT
* * * * *
8025 TCAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTTGAATGTTAATAAATTAATATTATTTTATTC-CAATTAAG
257 TAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAA-TAAG
* * * * * **
8089 CTTGTATGAACTA-AAATAATTATTATATGACTA-AACAAAAGGTCAAAATGATTTGAAATAGAT
321 CCTGTATGAAATAGAAATAATTATTTTATGACTAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-AAATAGAT
* ** * * * * * * *
8152 AATTATTTTAGTAGTCTTAACTATTTAAACTAGTTCGATAAAC-ATATATATTTTAAATCTTTTA
385 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTA
* * * * * * *
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450 TTAATTCTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAAAAAGCTTGTATG-TTGAAAA
* * * * **
8279 GCAATTGTTTTATGAGAAAATAAGG
513 ACAATTGTTTTAAGACAAAACAAAA
* * * * * * * ** * **
8304 A-TCATAACTATTTGAGATTA-ATATTTGTTCAAATAGTCATTATTAAGTGAACTAGTTCGAAAA
1 AGTAATAACAATTTGA-AATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCA-TATTATTTGAACTATTTCGGTAA
* * * * *
8367 AC-AACTTTAGTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAAATATTAGTAAAGTAGTATTTTTT
64 ACTAA-TTTATTTTTTAAA-CTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTA--A-TATTA
* * *
8431 TTTTTTATTTTGGATAAGTTTTTATGAACTGAAACAAATGTTTTATGACAAAATAAAAGGTCATA
124 TTTTTT-TTTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA
* * * * *
8496 ATGACTTT-ACATAGATAATTGTTTAAATAGTCA-AATCTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAA-
188 A-GAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAA-CTATTTGAAC-TGATTCAGCAAACAAT
* * * * * * *
8557 TT-TTTTT--AATCTCTTGCTCATTAATTTTTCA-AATGTTAATAAATGACTATTATTGTCTTTT
250 TTATTTTTAAAATCTCTTGCTTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT
* * * * * * **
8618 GAATAAACTTGTATGAACT-GAAATAATTATTTTATGACT-TAACAAAAAGTTAGAATGATTTCA
314 GAATAAGCCTGTATGAAATAGAAATAATTATTTTATGACTAGAACAAAAGGTTATAACAATTT-A
* * * * * * *
8681 AATAAATAATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAA
378 AATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACA-ATTTATTTTTTAA
8746 ATCTCTTA
442 ATCTCTTA
8754 CTTATTAATT
Statistics
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543 6 0.00
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Consensus pattern (537 bp):
AGTAATAACAATTTGAAATAGGTAGTTGTTCAAATGGCCATATTATTTGAACTATTTCGGTAAAC
TAATTTATTTTTTAAACTCTTACTTATTAACTTTTGAAATATTAATAAAGTAATATTATTTTTTT
TTTGGATAAGCTTTTATGAACTGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGAATTTG
AAATAAATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTGATTCAGCAAACAATTTATTTTTAAA
ATCTCTTGCTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTGAATAAGCCTGT
ATGAAATAGAAATAATTATTTTATGACTAGAACAAAAGGTTATAACAATTTAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGGTAAACAATTTATTTTTTAAATCTCTTATTAATT
CTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAAAAAGCTTGTATGTTGAAAAACAATTGT
TTTAAGACAAAACAAAA
Found at i:8930 original size:135 final size:135
Alignment explanation
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8678 TCAAATAAAT
*
8688 AATTGTTCTAATAGTCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCTAATAGCCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
*
8753 ACTTATTAATTTTTTGGAATATTATTAAATTAATATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAA
66 ACTTATTAATTTTTTAGAATATTATTAAATTAATATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAA
8818 GAAAC
131 GAAAC
8823 AATTGTTCTAATAGCCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCTAATAGCCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
*
8888 ACTTATTAATTTTTTAGAATATTATTATATTAATATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAA
66 ACTTATTAATTTTTTAGAATATTATTAAATTAATATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAA
8953 GAAAC
131 GAAAC
8958 AATT
1 AATT
8962 TTTTTATGAC
Statistics
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0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
135 136 1.00
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Consensus pattern (135 bp):
AATTGTTCTAATAGCCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTTAGAATATTATTAAATTAATATATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAAA
GAAAC
Found at i:10414 original size:542 final size:537
Alignment explanation
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Period size: 542 Copynumber: 3.4 Consensus size: 537
8853 TGGTTCGGCA
* * *
8863 AACACATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTTAGAATATTATTATATTAATA-TATT
1 AACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * * * *
8927 TTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGAAAAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATG
64 TTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATT
* * * * *
8990 ATTTG-AGATAGACAATTA-TTTAAATAGTCACAACTGTTTGAAAT-GTTTCCATAAATAAATTT
128 ATTTGAAG-TAGATAA-TAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTGGCTT--ATAAATAAATTT
* * * * *
9052 AGTTTTTAAATCTCTTA-TTC---ATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTAGTTTATTCTAAA
189 ATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAA
** * ** * *
9113 TAATTTTGCACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAG
254 TAAACTTGTATGAATA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAG
* * * *
9178 ATGATTGTTCAAATGGATATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-
318 ATAATTGTTCAAATAG-TATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTC
*** **
9242 TCTA-TCTATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTAGTATTT-TTTTATTCCCAATAAACCTGTA
382 T-TACT-TATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGT-TTTATTTTATTTTAAAT-AAGTTGTA
* * * * * *
9304 TGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAAACAATTGTG
442 AGAATAGAAA-AATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTAAAATAAAAAATTATT
*
9368 CAAATAGTCATAACTA-TTGAAATTGCTC--GAT
505 CAAATAGTCATAACTATTTG-AACTGCTCAGGAT
* * * *
9399 AAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATT
1 -AACA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * * *
9463 TTATTTCAAATATGCTTTTATAAACTA-AAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT
64 TTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATT
* * * * * *
9527 ATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTG-TT-CAAA-AAACTTATA
128 ATTTGAAGTAGATAATAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTG-GCTTATAAATAAATTTAT-
* * ** * ** *
9588 TTTTTAAAT-T-TTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATA
191 TTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATA
** * * * * * *
9651 GGCTTGTATGAATGGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGA
256 AACTTGTATGAAT--AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGA
* * * *
9716 TAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAAC-AAATTCATTTTTTAAATCTC
319 TAATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAATT-ATTTTTTAAATCTC
* ** * *
9780 TTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTACA-A
382 TTACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTAAATAAG-TTGTA-AGA
* * * * * *
9844 ATAGAGACAATTGTTTTGCGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATTAAAA
445 ATAGA-AAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAAAAATTATTCAAA
* * * *
9909 CAATCATAACTATTTGCACTGGTCAGGAT
509 TAGTCATAACTATTTGAACTGCTCAGGAT
* * *
9938 AACAAATTTATTTTTTAAATC-CGTTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTACT
1 AAC-AATTTATTTTTTAAATCTC-TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATT
* * * *
10002 TTA-TTCTGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATCAT
64 TTATTTC-AAATAAG-CTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT
* * * ** *
10065 TATTTGAAGTAAATAATAGTTCAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGCTTAGTAAACAAATTTAT
127 TATTTGAAGTAGATAATAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTGGCTTA-TAAATAAATTTAT
* * *
10130 TTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAATA
191 TTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATA
* * *
10195 AACTTATATGAATAAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
256 AACTTGTATGAATAAAA-CAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGAT
* * * **
10260 AATTGTTCAAATAGTGATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTT
320 AATTGTTCAAATAGT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTT
* *
10324 ACTTACTAATTTTTGAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTAAATAAGTTACTAAGAAC
384 ACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAA-TTAGTTTTATTTTATTTTAAATAAGTT-GTAAGAA-
* * *
10388 T-GATAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATAAAAAATTATTCATAT
446 TAGA-AAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAAAAATTATTCAAAT
* * *
10452 AGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCAGTAGAT
510 AGTCATAACTATTTGAACT-GCTCAG--GAT
* * * *
10483 -AC-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTT
1 AACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
* * * * * * * * **
10546 ATTTCAAATAAACTTTTATGAACAAAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACAATT
66 ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATT
* * * * * *
10611 TGATA-TATATAATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAATAGATTTATTTT
131 TGA-AGTAGATAATAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTGGCT-TATAAATAAATTTATTTT
*
10675 TTACATCT
194 TTAAATCT
10683 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 1026, Mismatches: 202, Indels: 105
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
532 2 0.00
533 9 0.01
534 12 0.01
535 20 0.02
536 112 0.11
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538 22 0.02
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540 5 0.00
541 4 0.00
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545 3 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (537 bp):
AACAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTT
ATTTCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATTATT
TGAAGTAGATAATAGTTCAAATAGTCACAACTATTTGAACTGGCTTATAAATAAATTTATTTTTT
AAATCTCTTACTTCTTAATTTTTAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTCAAAATAAACTT
GTATGAATAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGT
TCAAATAGTATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTTTTATTTTATTTTAAATAAGTTGTAAGAATAGAAAAATT
GTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAAAAAATTATTCAAATAGTCATAACTA
TTTGAACTGCTCAGGAT
Found at i:10516 original size:361 final size:357
Alignment explanation
Indices: 8823--10683 Score: 1544
Period size: 361 Copynumber: 5.2 Consensus size: 357
8813 GAAAAGAAAC
* * * * * * * *
8823 AATTGTTCTAATAGCCTTAACTGTTTGAATTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC-GAAAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TT
* * * * * * *
8888 ACTTATTAATTTTTTAGAATATTATTATATTAATA-TATTTTAATCTGAATAAGCTTGTATGAAA
64 ACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-TTCTATGAAT
* * * * * * *
8952 AGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGACAATTATTTAAATA
127 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAAATA
* * * * *
9016 GTCACAACTGTTTGAA-ATGTTTCCA-TAAATAAATTTAGTTTTTAAATCTCTTA-TTCA-T--T
191 GTCATAACT-ATTGAACTTG-TT-CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTT-ATTAAT
* * * * *
9075 TTT-AAAATATTAATAGATCAATATTAGTTTA-TTCTAAAT-AA-TTTTGCACAAATAGAAA-CA
252 TTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTC-AAATAAACTTTT--ATAAATA-AAAGCA
* *
9135 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGAT
313 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * *
9180 GATTGTTCAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTC
1 AATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTAGTTC-GAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTT-
* ** ** *
9244 TA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACCTGTATGAA
63 TACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAAT-AAGTTCTATGAA
* * * *
9308 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTGCAAAT
126 TAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TATTTGAAATAAATAATTATTCAAAT
* * * * *
9373 AGTCATAACTATTGAAATTGCTC-GATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTT
190 AGTCATAACTATTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTT
** * * ** *
9436 TTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTTTATAAACTAAAA-CAATTGG
254 TCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATAAA-TAAAAGCAATTGT
9500 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAATAGAT
318 TTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTAAAATAGAT
* * * *
9540 AATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTTC--AAA-AAACTTATATTTTTAAAT-TTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-AGTTCGAAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTTT
* * * * * *
9600 TCTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATT-TAAAATAGGCTTGTATGAAT
64 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCT-AAATAAG-TTCTATGAAT
* * * * * * *
9664 GGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCA-ATTTGATATAGATAACTATTCAAA
127 AG-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA--ATATTTGAAATAAATAATTATTCAAA
* * *
9728 CAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
189 TAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
** * * * * * * *
9793 TTTGGAATATTAATAAATTAGA-ATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTACAAAT-AGAGACAATT
253 TTCAGAATATTAATAAATTA-ATATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATAAATAAAAG-CAATT
** *
9856 GTTTTGCGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
316 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * * * * *
9898 AATTATTAAAACAATCATAACTATTTGCACT-GGTCAGGATAACAAATTTATTTTTTAAATCCGT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTC--GAAAACAAATTTATTTTTTAAAT-CTT
* * * * * *
9962 TACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGACTGTATGAAT
63 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAG-TTCTATGAAT
* * * *
10027 AGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATCATTATTTGAAGTAAATAA-TAGTTCAAAT
127 AGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATATTTGAAATAAATAATTA-TTCAAAT
* * * *
10091 AGTTATAACTAACTGAACTGGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATT
190 AGTCATAACT-ATTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATT
* * * * * *
10155 TTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAATAAACTTATATGAATAAAAGCATTTGT
253 TTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATAAATAAAAGCAATTGT
* *
10220 TTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
318 TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * *
10260 AATTGTTCAAATAGTGATGATTATTTGAACTAGTTCGACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCT-TT
* * * *
10324 ACTTACTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTAAATAAGTTACTAAGAA
64 ACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTT-CTATGAA
* * * * * *
10387 CT-GATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATAAAAAATTATTCAT
126 -TAGA-AACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAT-ATTTGAAATAAATAATTATTCAA
* * * * * * *
10450 ATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCAGTAGATACATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
188 ATAGTCATAACTA-TTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * **
10515 TTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAACAAAAATAATTG
252 TTTCAGAATATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATAAATAAAAGCAATTG
* * * ** * * *
10580 TTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACAATTTGATATATAT
317 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
* * * * *
10621 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTACATCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGA-AAACAAATTTATTTTTTAAATCTT
10684 GTTGGATTAT
Statistics
Matches: 1215, Mismatches: 224, Indels: 126
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
354 1 0.00
355 51 0.04
356 110 0.09
357 158 0.13
358 171 0.14
359 8 0.01
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361 302 0.25
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363 64 0.05
364 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (357 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTCGAAAACAAATTTATTTTTTAAATCTTTAC
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCTAAATAAGTTCTATGAATAGAA
ACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCAT
AACTATTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAAT
ATTAATAAATTAATATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATAAATAAAAGCAATTGTTTTATGAC
AAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
Found at i:10545 original size:718 final size:715
Alignment explanation
Indices: 9122--10546 Score: 1622
Period size: 718 Copynumber: 2.0 Consensus size: 715
9112 ATAATTTTGC
* * * *
9122 ACAAATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGATGATTGTT
1 ACAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATT
*** * * *
9187 CAAATGGATATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTTCTATCTATT
66 CAAAACAATATAACTATTTGAACTTGGTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCGTCTATCTATT
* **
9252 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACCTGTATGAATAGAAACAA
131 AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCCAATAAACCTGTATGAATAGAAACAA
* * *
9317 TTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTTAAATAAACAATTGTGCAAATAGTCATAAC
196 TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAACAATAGTGCAAATAGTCATAAC
* * * * * ***
9382 TATTGAAATTGCTCGATAAACAGATTTATTTTTAAATCTTTTACTTATCAATTTTTGGAATATTA
261 TACTGAAATGGCTAGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTCAAAATATTA
* * ** *
9447 ATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTTTATAAACTAAAACAATTGGTTTATGACAAAA
326 ATAAACTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACTAAAACAATTGGTTTATGACAAAA
* *
9512 CAAAAGGTCATAAATATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAATGTGTTCA
391 CAAAAGGTAATAAATATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAATGAGTTCA
** * * * *
9577 AAAAACTTATATTTTTAAATTTTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTA
456 AAAAAAATATATTTTTAAATTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTATATTATTTTA
* * * * * * *
9642 TTTAAAATAGGCTTGTATGAATGGAAAAAAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATT
521 TTTAAAATAAGCTTCTAAGAATGGAAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
* * * * * *
9707 TGATATAGATAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTT
586 TAAAATAAAAAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTCATTTTT
**
9772 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCT
651 TAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAG-A-TA-CTTATTTTAGATAAGCT
9837 TGT
713 TGT
* * * *
9840 ACAAATAGAGACAATTGTTTTGCGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGATAATTATT
1 ACAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATT
*
9905 -AAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGG-ATAACAAATTTATTTTTTAAATCCGT-TA-C
66 CAAAACAAT-ATAACTATTTGAACTTGGTC-GGTA-AACAAATTTATTTTTTAAAT-CGTCTATC
* **
9965 TTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTATTCTGAATAAGA-CTGTATGAATAG
127 -TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCCAATAA-ACCTGTATGAATAG
* * * * * *
10029 AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATCATTATTTGAAGTAAATAATAGTTCAAATAGT
190 AAACAATTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAACAATAGTGCAAATAGT
* * * *
10094 TATAACTAACTGAACTGGCTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTCTTAATTTTC
255 CATAACT-ACTGAAATGGC-TAGATAAACAAATTTA-TTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTC
* * * * *
10158 AAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAATAAACTTATATGAA-TAAAAGCATTTGTTT
317 AAAATATTAATAAACTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACTAAAA-CAATTGGTT
* * * ** *
10222 TATGACAAAACAAAAGGTAAT-AATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGATGATTATTT
381 TATGACAAAACAAAAGGTAATAAAT-ATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCACAACTATTT
*
10286 GAACT-AGTTCGACAAACAAAAT-TATTTTTAAATCTCTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAT
445 GAA-TGAGTTC-A-AAA-AAAATATATTTTTAAAT-T-TTACTTACTAATTTTTGAAATATTAAC
* * *
10349 AAATTTATTTTATTTTATTTTAAATAAG-TTACTAAGAACT-G-ATAAAATTATTTTACGACAAA
504 AAATTTATATTATTTTATTTAAAATAAGCTT-CTAAGAA-TGGAAAAAAATTATTTTACGACAAA
* * ** * * * * * *
10411 ACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATAAAAAATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTC
567 ACAAAAAGTCATAACAATTTAAAATAAAAAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTAGTTC
* * * * * * *
10476 AGTAGATACATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAG-TA-
632 AGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGATAC
10539 TTATTTTA
697 TTATTTTA
10547 TTTCAAATAA
Statistics
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0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
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725 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (715 bp):
ACAAATAGAAACAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTAAAATAGATAATTATT
CAAAACAATATAACTATTTGAACTTGGTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCGTCTATCTATT
AATTTTTAGAATATTAATAAATTAGCATTACTTTATTCCCAATAAACCTGTATGAATAGAAACAA
TTCTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACTATTTGAAATAAACAATAGTGCAAATAGTCATAAC
TACTGAAATGGCTAGATAAACAAATTTATTTTTAAATCTCTTACTTATCAATTTTCAAAATATTA
ATAAACTAATATTATTTTATTCCAAATAAACTTATATAAACTAAAACAATTGGTTTATGACAAAA
CAAAAGGTAATAAATATTTAAAATAGATAATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAATGAGTTCA
AAAAAAATATATTTTTAAATTTTACTTACTAATTTTTGAAATATTAACAAATTTATATTATTTTA
TTTAAAATAAGCTTCTAAGAATGGAAAAAAATTATTTTACGACAAAACAAAAAGTCATAACAATT
TAAAATAAAAAACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTAGTTCAGTAAACAAATTCATTTTT
TAAATCTCTTACTTATTAATTTTCAGAATATTAATAAATTAGATACTTATTTTAGATAAGCTTGT
Found at i:10652 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 8823--10682 Score: 1550
Period size: 181 Copynumber: 10.3 Consensus size: 181
8813 GAAAAGAAAC
* * * * * * *
8823 AATTGTTCTAATAGCCTTAACTGTTTGAA-TTGGTTCGGCAAACACATTTATTTTTTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTT-GTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
8887 TACTTATTAATTTTTTAGAATATTATTATATTAATA-TATTTTA-ATCTGAATAAGCTTGTATGA
65 TACTTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGA
* * * * *
8950 A-AAGAAACAATTTTTTTATGACAAAA-TAAAGATCATAATGATTTGAGATAGAC
128 ATAA-AAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
9003 AATTATTTAAATAGTCACAACTGTTTGAA-ATGTTTCCA-TAAATAAATTTAGTTTTTAAA--TC
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TT-CAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTC
* * * * * * ** * **
9064 -T-CTTATTCATTTTTAAAATATTAATAGATCAATATTAGTTTA-TTCTAAATAATTTTGCACAA
64 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAACTTGTATGA
* * *
9126 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTCAAATAGAT
128 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * *
9180 GATTGTTCAAATGGAT-ATAACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCT-T
1 AATTGTTCAAATAG-TCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * *
9243 CTA-TCTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTTTTTTATTCCCAATAAACCTGTATGA
65 -TACT-TATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGA
* * * *
9307 ATAGAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACT-ATTTTAAATAAAC
128 ATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAA-TGATTTGAAATAGAT
* * * * *
9361 AATTGTGCAAATAGTCATAACTA-TTGAAATTGCTC-GATAAACAGATTTA-TTTTTAAATCTTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * ** * *
9423 TACTTATCAATTTTTGGAATATTAATAAACTAGTATTATTTTATTTCAAATATGCTTTTATAAAC
65 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA-
* *
9488 T-AAAACAATTGGTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAAT-ATTTAAAATAGAT
129 TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-AATGATTTGAAATAGAT
* * *
9540 AATTGATCAAATAGTCACAACTATTTGAA-TGTGTTC---AAA-AAACTTATATTTTTAAAT-T-
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTCAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTC
* * * * * **
9598 TTTCTTATTAATTTTTGGAATATTAACAAATTTGTATTATTTTATTTAAAATAGGCTTGTATGAA
64 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAA
* * *** *
9663 TGGAAAAA-AATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTTATAGCAATTTGATATAGAT
129 T--AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
9717 AACTATTCAAACAGTCATAACTAGTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTCATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * * **
9782 ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATCTTATTTTAGATAAGCTTGTACAAATA
66 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
* * ** * *
9847 GAGACAATTGTTTTGCGATAAAACAAAAGGTCATAATGATTTAAAATAGAT
131 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * *
9898 AATTATTAAAACAATCATAACTATTTGCAC-TGGTCAGGATAACAAATTTATTTTTTAAATC-CG
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTA-AACAAATTTATTTTTTAAATCTC-
* * * *
9961 TTACTTATTAATTTTTAGAATGTTAATAAATTAGCATTACTTTA-TTCTGAATAAGAC-TGTATG
64 TTACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAA-ACTTGTATG
* * * * * * *
10024 AATAGAAACAATTCTTTTATGACAAAACAAATGGTCATCATTATTTGAAGTAAAT
127 AATAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * ** *
10079 AATAGTTCAAATAGTTATAACTAACTGAACTGGCTT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * * *
10143 TACTTCTTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAATATTTTTTTATTCCAAATAAACTTATATGAAT
65 TACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAAT
* * *
10208 AAAAGCATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTAATAATGATTTGAAATAGAT
130 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
10260 AATTGTTCAAATAGTGATGATTATTTGAACTAGTTC-GACAAACAAAATTA-TTTTTAAATCTCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCT
* * * * * *
10323 TACTTACTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTTA-TTTTATTTTATTTTAAAT-AAGTTACTAAG
65 TACTTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTT-GTATG
* * * * * * * *
10385 AACTGATAA-AATTATTTTACGACAAAACAAAAGGTCCTAATGATTTAAAATAAAA
127 AA-TAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * * * *
10440 AATTATTCATATAGTCTTAATTATTTGAACTAGTTCAGTAGATACATTTATTTTTTAAATCTCTT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
* * * * * *
10505 AGTTATTAATTTTCAGAATATTATTACATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTTTATGAACA
66 ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
* * * * ** * *
10570 AAAATAATTGTTTTATGACATAACAAAAAGTTATAACAATTTGATATATAT
131 AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
* * * * * *
10621 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGCTCAATAAATAGATTTATTTTTTACATCT
1 AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCT
10683 TGTTGGATTA
Statistics
Matches: 1346, Mismatches: 275, Indels: 117
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
175 22 0.02
176 111 0.08
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178 19 0.01
179 133 0.10
180 249 0.18
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (181 bp):
AATTGTTCAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT
ACTTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACTTGTATGAATA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGAT
Found at i:12211 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 11872--16092 Score: 2693
Period size: 181 Copynumber: 23.4 Consensus size: 180
11862 CACTATCAAA
* * * * * * *
11872 TTTTGAAATATTAAT-AAGTAATATTATTTTATTTTGGATAAGCTTTTATGTATTGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATG-AATAAAACAATTG
** * * * * * *
11936 TTTTACAATAAAAATAAAAGGATCATAACAATTTTAAATAGATAATTATTCAAAAAGTCATAACT
65 TTTTATGA-CAAAACAAAAGG-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * *
12001 ATTTGAACTTGTTTGGTAAACAAATTTATTTTTTTAATTTCTTTCTTATTAAGT
128 ATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAA-T
* * * * *
12055 TTCT-AAATGTTAATAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCATGTATGAACTAAAACAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * ** * *
12119 TTTTATGACTAAACAAAAGGTCAGAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCTCATAGGCTTAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* *
12184 TTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTA-TTTTTAAA--TC-T--TTATTAAT
130 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * **
12229 TTTTAAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTTCAAATAATTTTGTATGAATACCAATTATTC
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA--AA--A--C
** * * * *
12294 TGAATAATTGGTATTATTTTATGATGAAACAAAATGTCATGATA-G-TTCGAAATAGATGATAGT
60 -----AATT-G-----TTTTATGACAAAACAAAAGGTCAT-A-ACGATTTGAAATAGATAATTGT
* ** * * ** *
12357 TTAAATAGAAATGACTATTTGAACTTGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTAT
112 TCAAATAGTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
12422 TAAT
177 TAAT
* * * *
12426 TTTT-AGAATATTAATAAATTAATATTATTTTA-TTCTAAATAAACTTTTATGAATAGAAACAAT
1 TTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-GAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAAT
* * * * *
12489 TATTTTATGACAAAACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAACT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * *
12554 ATTTAAACTCGCTT-GATAAA-AAGATTTATTTTTTAAATCTTTTTCTTATTAAC
128 ATTTGAACTAGTTTAG-TAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
12607 TTTTGAAATTTTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAGCTTGTATGAATAGAAACAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATT-
* *
12672 G-TTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTA
* * * *
12736 TTTGAA-T-GTGTTCAGTAAACAAATTTATTTTTAAAAT-TTTTGC-TATTAAC
129 TTTGAACTAGT-TT-AGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * *
12786 TTTTGGAATATTAATTAATTTA-TATTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGGATGAATCGAACCATT
1 TTTTGAAATATTAA-TAAATTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAAT
* * * * * * * *
12849 TGTTTTCTGATAAAAGAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTGTTTAGATAGTCAAAACT
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * * * * * * ** * *
12914 CTTTGAATTTGTTCAGTAAATAGATTCATTTTTCTAGTTCTCTTAATCATTAAT
128 ATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTT-TAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
12968 TTTTGGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTACTTCAAATAAGCTTATGTTAACTGAAACAGTTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * *
13033 TTTTATTACAAAATAAAAGATCA-AATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
13097 TTGAAATTA-TTCAGTAAACATATTTATTTTTGAAATCTTTTACTTATTAAT
130 TTG-AACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * *
13148 TGTCAAAATATTAATAAATTAAG-ATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTATATGAAAAGAAATAAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAAT
* **
13211 TGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCAT-A--A--T--AAT---TTGTTGCTT-AAATAGTCATAA-
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTG-TTCAAATAGTCATAAC
* * * * * *
13264 TGATTTAAACTTA-TGTAGTGAACATATTTATTTTTTAAATCTTTTAATTATTAAT
127 T-ATTTGAAC-TAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * **
13319 TGTCTT--CATATTAATAAATTTA-TATTATTTTA-TCCGAAATAGGCTTGTATGAATAGATGAA
1 T-T-TTGAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAGCTTGTATGAATAAAACAA
* * * *
13380 CTCT-TTTTATGACAAAACAAAAGGTTATAGC-ATTTCTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTCAT
62 -T-TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTT-GAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCAT
* * * * * * *
13443 AATTATTTAAACTTGTTTTGTAAA-TAGTTTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
124 AACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTT-ATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
13500 TTTTGGAATATTAACAACTTGGCATTATTTTATTTCGAATAAGCTTATATGAACTAAAATAATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-TAAAACAATTG
* * * * * *
13565 TTTTATGACAAAA-AAAA-GTCGTAACAATTTGAAACAGATAATTATTCAAATAGTTATGACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * *
13628 TTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAAT
130 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTATTAAT
* * * * *
13679 TGTTGAAATAATAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTAGT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATT
* * * * * * **
13743 GTTTTATAATAGAATAAAA-GTCAGAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCACAAATAGTCATAACT
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGA-TAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
13806 ATTTGAATTAGTTTAATAAA-AAGATTTA-TTTTTAAATCTC-TA---ATTAAT
128 ATTTGAACTAGTTTAGTAAACAA-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
13854 TTCTGAAATACTAATAAA-T--T-TT-TTTTATTACG-ATCAAACTTATATGAACAAAAACATTT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAAT-AAGCTTGTATGAA-TAAAACAATT
* * * * *
13913 GTTTTATGAAAAAACAAAAAGGTTATAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAA-T
64 GTTTTATGACAAAAC-AAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* *
13977 CATTAGAACTAG-TTAGGTAAATAGAA-TTATTTTTT-AATCTCTTACTTATTAAT
128 -ATTTGAACTAGTTTA-GTAAACA-AATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * *
14030 TTTTCAAATATCAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAACCTAGTTTGAATTGAAAA-AAT
1 TTTTGAAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAA-T-AAAACAAT
* * * * * * * *
14093 TGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAACA
63 TGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACT
* * ** *
14158 AATTGAACTAGTTT-GACAAACAAATTTAAATTTTAAATCTCTTAGTTATTAAT
128 ATTTGAACTAGTTTAG-TAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * * * * *
14211 TTTTGATATGTTATTAGATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAACATGTATGAACATGAATAATTA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATTG
* * * * * * * *
14276 TTTTATAATAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTGAAGTATAGAATTCTTCAAATA
65 TTTTATGACAAAACAAAA-GGTCA-----T-AAC----GATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
* * * *
14341 GTCATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAA-TT-TTTTTAAAATCTCTTACTTATTAAT
119 GTCATAACTATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * *
14401 TTTTGAAAGATT-ATGAAATTAGTATTATTTTATTCCAAACATGCTTGTATG-ATATAAACAATT
1 TTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATA-AAACAATT
* * * * * * * *
14464 GTTATATGATC-AAACAAAAGGTAACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATAAT
64 GTTTTATGA-CAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTC-ATAAC
* * * *
14527 TATTTGAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAT
127 TATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
14577 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAAAGCGATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAATAAAA-CAATTG
* * * * ** *
14642 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTGTAAATAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * ** *
14707 TTGAATTTGTTCGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAAT
130 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * * * * * * *
14758 TTTTAAAATATTAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATCGAAACAATTG
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT-AAAACAATTG
* * * * * *
14823 TTTTATGTCAAAACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
14888 TTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATCTTTTCAAAT-TTTTGCTTATTAAT
130 TTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
** ** * * * * * * * * * * *
14939 TTTCCAAATGGTACTAAATTTGGATTATTTTATTCCAAATGAGCTTGTAAGATATGAAATAAATA
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATTG
* * * ** * * * * * * ** *
15004 TTTTTTGACTAATCAAAATATCAAAATGATCTGAAATAGATAATTATTCTAATGGTTTTAATTAT
65 TTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * *
15069 TTGAACTGATTTTA-CAAGCATATTTATTTTTTGAATCTCCTACTTAGTAAT
130 TTGAACT-AGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* ** * * *
15120 TTTTGAAATATTATTAAATTAGTATTATTTT-TAACCGAATAAGCTTCTATGATAAAAAATAATT
1 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT-TTCGAATAAGCTTGTATGA-ATAAAACAATT
* * * * * * *
15184 GTTTAATGACAAAACAAAA-ATCTTAACGATTTGAGATTG-TAAATTGTTCAAATATTCATACCT
64 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGAT-AATTGTTCAAATAGTCATAACT
* **
15247 ATTTGAATTAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
128 ATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAAT
* * *
15300 TTTTCAAATATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACA
1 TTTTGAAATATTAAT-AA--ATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAGCTTGTATGAAT--AAAACA
* * * * * ** * * *
15364 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATTGAAAATCATTTAAATGGCCATAA
61 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTCATAA
* ** * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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**
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* * * * * *
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* * * * * * *
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* *
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* * * * * * * * * *
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* * * * * *
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* ** ** * * * ** *
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** ** * * * ** *
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*
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* *
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* *
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Statistics
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* * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * **
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* ** * * **
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* * * ** * * ** * * *
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** * * *
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* ** * *
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* * * *
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* * * * * * * * *
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* ** *
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* * *
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255 CAAAACAAA-AGTCAGAATGATTTGAAATA-ATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAAT-
* * * *
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* * * * * * *
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376 TATATTATTTTA-TCG--ATAAACTTGTATGAA-CAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAG
* * * * * * * *
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** *
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* * * * * *
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* * * **
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* **
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* * *
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* ** * *
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* * * * **
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* * * *
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**
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*
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* * * * * *
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1 TTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
* *
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*
13628 TTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAAT-TTTTAACTTATTAATTGTTGAAATAATA
131 TTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTT-ACTTATTAATTGTTGAAATATTA
* * * *
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195 ATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAA
* * *
13757 TAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCACAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAA
260 CAAAAGTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAG
*
13822 TAAAAAGATTTATTTTTAAATCTCTAATTAATTTCTGAAATACTAATAAATTT-T-TT-TTATTA
325 TAAAAA-ATTTATTTTTAAATCTCTAATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATATTATT-TTA
* *
13884 -CGATCAAACTTATATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAAGGTTATAACAATTTG
388 TCGAT-AAACTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAAC-AAAAGGTTAT-AC-ATTTT
* * * * * *
13948 AAATAGATAATTATTCAAATAGTTATAATCA-TTAGAACTAGTTAGGTAAATAGAATT-ATTTTT
449 AAATAGATAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTA-AACTTGTTAAGTAAATAG-ATTCATTTTT
*
14011 T-AATCTCTTACTTATTAAT
512 TAAATCTCTTAATTATTAAT
** * * * *
14030 TTTTCAAATATCAATAAATT--CATTTTATTTTATTTCAAATAA-CCTAGTTTGAATTGAAAA-A
1 TTTTGGAATATTAATAAATTAGCA--TTATTTTATTTCAAATAAGCTTA-TATGAACT-AAAACA
* * * * * *
14091 ATTGTTTTATGACAAGACAAAAGGTCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTTATATAGTCTTAA
62 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGA
* * * * * * * * * * *
14156 CAAATTGAACTAGTT-TGACAAACAAATTTAAATTTT-AAATCTCTTAGTTATTAATTTTTGATA
127 CTATTTGATCTAGTTCAG-TAAACATATTT-ATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAA
* * * * * * * * *
14219 TGTTATTAGATTAGTATTATTTT-ATTTCAAATAAACATGTATGAACATG-AA-TAATTATTTTA
190 TATTAATAAATTAATATTATTTTAATTT-GAATAAGCTTGTATGAATA-GAAACT-ATTGTTTTA
* * * * *
14281 TAATAAAACAAAATGTTTATTTTGTAAACAATTGATTTGAAGT-ATAGAATT-CTTCAAATAGTC
252 TGACAAAACAAAA-G-TCA----G-----AA-TGATTTGAAATAAT-TAATTGC-TCAAATAGTC
* * * *
14344 ATAACTATTTGAATTGGTTCAGTAAACAAATTT-TTTTAAAATCTCTTACTTATTAATTTTTGAA
303 ATAACTATTTGAATTAGTTTAGTAAA-AAATTTATTTTTAAATCTC-TA---ATTAATTTCTGAA
* * * * * *
14408 AGATT-ATGAAA-TTAGTATTATTTTATTCCA-AACATGCTTGTATG-ATATAAACAATTGTTAT
363 ATATTAAT-AAATTTA-TATTATTTTA-TCGATAA-A--CTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTT
** * * *
14469 ATGATCAAACAAAAGG-TA-ACAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAAT-GACGATAATTATT
422 ATGAAAAAACAAAAGGTTATAC-AT--TTT-AAATAGATAATTGTTTAAATAGTC-ATAATTATT
* ** ** * * * *
14531 TGAACTAATTTGGTAAACAAATTCACTTTTTAAA--TC--ACTTATTAAT
482 TAAACTTGTTAAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAATTATTAAT
* * * *
14577 TTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAC-AAAAGCGATT
1 TTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAA-CAATT
* * ** * * * * ** * *
14641 GTTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAAGGATTTTAAATAAATAATTGTTTAAATAGTTGTAAATA
65 GTTTTATGACAAAACAAAAGATCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTA
* * * * * * * *
14706 TTTGAAT-TTGTTCGGTAAACAAATTTACTTTTTTAAA-CTCTTGCTTATTAATTTTTAAAATAT
130 TTTG-ATCTAGTTCAGTAAACATATTTA-TTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATAT
* * * * * * * * *
14769 TAAGAAATTATTATTATTTTATTTTGGATATGCTTTTATGAATCGAAACAATTGTTTTATGTCAA
193 TAATAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGACAA
* * * * *
14834 AACAAAATGTCATAATGATTTTAAATAAATAATTGTTCAAATAATCATAACTATTTGAACTT-GT
258 AACAAAA-GTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAA-TTAGT
* * * * * ** * **
14898 TTGGTAAATAGATTTATCTTTTCAAATTTTTGCTTATTAATTT-TCCAAATGGTACTAAATTTGG
321 TTAGTAAA-AAATTTAT-TTTT-AAA--TCT-CTAATTAATTTCT-GAAATATTAATAAATTTAT
* * * * ** * *
14962 ATTATTTTATTCCA-AATGAGCTTGTAAGATATGAAATAA-ATAT-TTTT-TGACTAATCAAAAT
379 ATTATTTTA-TCGATAA--A-CTTGTATGA-A-CAAA-AACATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAG
* * * * * * ** * *
15023 ATCA-AAATGATCTGAAATAGATAATTATTCT-AATGGTTTTAATTATTTGAAC-TGATT--TTA
437 GTTATACAT--T-TTAAATAGATAATTGTT-TAAATAGTCATAATTATTTAAACTTG-TTAAGTA
* * * * * * *
15083 CAAGCATATTTATTTTTTGAATCTCCTACTTAGTAAT
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* * * ** * * * *
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* * * * * * *
15183 TGTTTAATGACAAAACAAAA-ATCTTAACGATTTGAGATTG-TAAATTGTTCAAATATTCAT-AC
64 TGTTTTATGACAAAACAAAAGATCGTAACAATTTGAAATAGAT-AATTATTCAAATAGTCATGA-
* * * * * *
15245 CTATTTGAAT-TAGTTCGGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATTAATTTTTCAAAT
127 CTATTTG-ATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAAT
* * * *
15309 ATTAATAAATTATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATG-ATCAAAAACAATTATTTTA
191 ATTAATAAATTA--A-TATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAAT-AGAAACTATTGTTTTA
* * * * * * * *
15373 TGACAAAACAAAAGCTCATAACGATTTCAAATTGAAAATCATT--T-AAATGGCCATAATTATTT
252 TGACAAAACAAAAG-TCAGAATGATTTGAAA-T--AATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTT
** * * * * *
15435 TTACT-GATTCAGTAAACAGATTTATTTTTAAAATTTTTTAGTTATTAATTT-TAGAAATATTAA
313 GAATTAG-TTTAGTAAA-AAATTTATTTTT-AAA-TCTCTA---ATTAATTTCT-GAAATATTAA
* * * ** * * * * *
15498 TACA-TTAGTATTATTTTATTCTATCTAAGCTTGTACT-AACTGAAATAATTATTTTAGGACAAA
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* * * * * * * * *
15561 TCAAATGGTTATAATGATTTTAAATAGACAATTGCTCAAATAG-CAATAACTATTTGAACTT-CT
430 ACAAAAGGTTAT-A-CATTTTAAATAGATAATTGTTTAAATAGTC-ATAATTATTTAAACTTGTT
**
15624 ---T---T--A---ATTTTTTAAATCTCTTTTTGTAATTAAT
492 AAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCTTAAT-T-ATTAAT
* * * * ** * * * *
15655 TTTTTGAATGTTAATAAATTAGTATTAATTTATTTTGACTAAGCTTGTATGAGCTGAAACAATTG
1 TTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
* * ** ** * * * *
15720 TTTTATAACCAAA-AAAAGGCCAAAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCTTAACCAT
66 TTTTATGACAAAACAAAAGATCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
* * * * * * * *
15784 TTGAACTTA-TT-AGATAAACAAAATTATTTTTTAAATCTCTTACTTTTTAATTTTTAAAATATT
131 TTGATC-TAGTTCAG-TAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATT
* * * * *** * * * * *
15847 ATTGAATTAGTATTATTTAAATCCAAATAAACTTGTATGAACA-AAACAATGGTTTTACGACAAA
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* * * * * * * * *
15911 GCAAAAGGTTATAA-CAGTTTGAAATAAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTT
259 ACAAAA-GTCAGAATGA-TTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTT
15975 CAACAATTAG
Statistics
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558 4 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (531 bp):
TTTTGGAATATTAATAAATTAGCATTATTTTATTTCAAATAAGCTTATATGAACTAAAACAATTG
TTTTATGACAAAACAAAAGATCGTAACAATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATGACTAT
TTGATCTAGTTCAGTAAACATATTTATTTTTAAAATCTTTTACTTATTAATTGTTGAAATATTAA
TAAATTAATATTATTTTAATTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAACTATTGTTTTATGACAAAAC
AAAAGTCAGAATGATTTGAAATAATTAATTGCTCAAATAGTCATAACTATTTGAATTAGTTTAGT
AAAAAATTTATTTTTAAATCTCTAATTAATTTCTGAAATATTAATAAATTTATATTATTTTATCG
ATAAACTTGTATGAACAAAAACATTTGTTTTATGAAAAAACAAAAGGTTATACATTTTAAATAGA
TAATTGTTTAAATAGTCATAATTATTTAAACTTGTTAAGTAAATAGATTCATTTTTTAAATCTCT
TAATTATTAAT
Found at i:14516 original size:16 final size:18
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14485 TAACAATGAT
14495 TTGAAAT-A-GATAATTA
1 TTGAAATGACGATAATTA
14511 TTGAAATGACGATAATTA
1 TTGAAATGACGATAATTA
14529 TT
1 TT
14531 TGAACTAATT
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TTGAAATGACGATAATTA
Found at i:16220 original size:155 final size:155
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Indices: 15936--16233 Score: 357
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15926 AGTTTGAAAT
** * * * *
15936 AAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAATTAGATTTATTTTTTAATTT
1 AAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATGTTTTAAATC
** * * * * *
16001 TCTTGGTTATTAAGTTTCAAAATATTTTTAAAATAGTATTATATTATTTTGAATAAAATAGTATG
66 TCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGTATG
16066 AATA-AAACCAATTGTTTGATGACAA
131 AATAGAAA-CAATTGTTTGATGACAA
* *
16091 AAATAATTGTTC-TACTAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTTAGCAAACACATTTATGTTTTAAAT
1 AAATAATTGTTCATA-TAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATGTTTTAAAT
* * * ** * * *
16155 CTCTTACTTATTAATTTTTAGAATATTATTAATTTAGCAATATTTTACTCTGAATAAACTTGTAT
65 CTCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGTAT
16220 GAATAGAAACAATT
130 GAATAGAAACAATT
16234 ACTTTATGAG
Statistics
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AAATAATTGTTCATATAGTCTTAACTATTTGAACTAGTTCAACAAACACATTTATGTTTTAAATC
TCTTACTTATTAAGTTTCAAAATATTATTAAAATAGCAATATATTACTCTGAATAAAATAGTATG
AATAGAAACAATTGTTTGATGACAA
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21408 CTTGATGACA
*
21418 TATCTTTAACAATTGG
1 TATCCTTAACAATTGG
21434 TATCCTTAACAATTGG
1 TATCCTTAACAATTGG
21450 TAT
1 TAT
21453 GAGCTTGTAT
Statistics
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Consensus pattern (16 bp):
TATCCTTAACAATTGG
Found at i:22113 original size:38 final size:38
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Indices: 22062--22134 Score: 137
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22052 CTTGTGTTGG
*
22062 ATTAGGATGCATAAATTGAGGGGGAGTTTTGCCATCGA
1 ATTAGGATGCATAAATTAAGGGGGAGTTTTGCCATCGA
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1 ATTAGGATGCATAAATTAAGGGGGAGTTTTGCCAT
22135 GCATCGCTTA
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ATTAGGATGCATAAATTAAGGGGGAGTTTTGCCATCGA
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Period size: 164 Copynumber: 1.8 Consensus size: 161
24079 TTATGAGAAG
* * * *
24089 ACAAAAGATCATAACGATTTGAAATAAATAATTTTTCAAATAG-TCATAATTTTTTGAACT-CAC
1 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGAT-ATAACTATTTGAA-TGCAC
* *
24152 TCAGTAAATAGATTTTATTTTTTTAAATCATTTACTTATTAATTTTTGGAATTTTAATAAATTAA
64 TCAGAAAATAGA-TTTA-TTTTTTAAAT-ATTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAA
24217 TATTATTTTATATTGAATAAGGCTTTATGAACAATA
126 TATTATTTTATATTGAATAAGGCTTTATGAACAATA
* *** *
24253 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAATGTGTTT
1 ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAATGCACTC
* * * * *
24318 AGAAAATAGATTTATTTTTTAAATTTTTTCTTATTAATTTTTGTAATATTAATCAATTTATATT
66 AGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATT
24382 CAAAATAAGC
Statistics
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161 34 0.31
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ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (161 bp):
ACAAAAGATCATAACAATTTGAAATAAATAATTGTTCAAATAGATATAACTATTTGAATGCACTC
AGAAAATAGATTTATTTTTTAAATATTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAATATTA
TTTTATATTGAATAAGGCTTTATGAACAATA
Found at i:25388 original size:176 final size:174
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Indices: 24805--25939 Score: 736
Period size: 176 Copynumber: 6.5 Consensus size: 174
24795 AAATATCTTT
* * ** * **
24805 TTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATT
1 TTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATT-AGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACA
* ** *
24868 GAAA-TTTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGT-CATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATAT
64 AAAACAATTGTTTTATGAC-AA-CAAAAGGTAC-TAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCAAAT
* * * * * * * *
24930 AGTCTTAAATATTTGAACTAATTCA-TCAAACAAATTTA-TTTTTAATTCTCTTAG
125 AGCCATAATTATTTGAAATGATT-AGT-AAACAGATTTATTTTTTAA--ATC--AC
* * * *
24984 TTATTAATTTTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-TCTGTATGAACAG
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCT-TGTATGAACAA
* * ** * * *
25048 AAATAATTGTTTTGTGACAAAACAAAAGGTTA-TAATAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAG
65 AAACAATTGTTTTATGAC--AACAAAAGG-TACTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
** * * * * **
25112 TTATAATCATTTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTGC
127 CCATAATTATTTGAAATGATTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
* * * * *
25161 TTATTAATTTTTA-AGAGATTAATAAATTAGTATTATTGTA-TTCTGAATAAGCTTGAATGATCA
1 TTATTAATTTTTAGA-ATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AAATAAGCTTGTATGAACA
* * * * *
25224 AAAACATTTGTTATATGACATACAAAAGGTACTAACAATTTGAAATAGATAAATGTTAAAAT-GA
64 AAAACAATTGTTTTATGACA-ACAAAAGGTACTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG-
* *
25288 CCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCAC
127 CCATAATTATTTGAAATGATT-AGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
* * * *
25337 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * * *
25402 AACGATTGTTTTATGATAAAACAAAA-TTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGT
66 AACAATTGTTTTATG--ACAACAAAAGGTAC-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
* * * * *
25466 CTTAACTATTT-AAATTG-CT--TCAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAG
128 CATAATTATTTGAAA-TGATTAGTAAAC-AGATTTATTTTTTAAA--TC--AC
* * * * ** **
25515 TTATTAATTTTCATAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
* * * * * * * *
25580 AACATTTATTTATAAT-AGAAGAAAAGGTTA-TAATGATTTGAAACAGGTAATTATTCAAATAG-
66 AACAATTGTTT-T-ATGACAACAAAAGG-TACTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
* * * *
25642 --GAACTACTT----TG---A-TAAACATATTTATTTTTTAAATCTCTTAC
128 CATAATTATTTGAAATGATTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAA--TC--AC
* * ** **
25683 TCATTAATTTTT-GAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGCAAGCTTGTATGATGAA
1 TTATTAATTTTTAG-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAA
* * *
25747 AAACAATTGTTTTATGACAA-AACAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGC
65 AAACAATTGTTTTATGACAACAA-AAGGTAC-TAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGC
* * * *
25811 CATAATTATTTGAATTGATTTGGTAAACAGATTCACTTTTTAAATCAC
128 CATAATTATTTGAAATGA-TTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
*
25859 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TAATGAA-AT
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGT-ATGAACA-
*
25922 GAAACAATTGTTTTATGA
64 AAAACAATTGTTTTATGA
25940 TAAAACAAAA
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 151, Indels: 113
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
166 5 0.01
167 7 0.01
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169 4 0.01
170 2 0.00
171 6 0.01
173 4 0.01
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181 13 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (174 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAACAAA
AACAATTGTTTTATGACAACAAAAGGTACTAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGCCAT
AATTATTTGAAATGATTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCAC
Found at i:25788 original size:168 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25339--26081 Score: 508
Period size: 176 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
25329 TAAATCACTT
* * *
25339 ATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACT-AAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGTATG-A-TGAAA
*
25403 ACGATTGTTTTATGATAAAACAAAAT-TTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
63 AC-ATTGTTTTATGATAAAAC--AATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG--
* * * * * *
25467 TTAACTATTTAAATTGCTTCAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTT
123 TGAACTATCT--ATTGCATAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * * *
25517 ATTAA-TTTTCATAATATTATTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTG-A
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTA-TTTCAATAAGCTTGTATG-A-TGAA
* * * * * * *
25580 AACATT-TATTTATAATAGAAGAAAAGGTT-ATAATGATTTGAAACAGGTAATTATTCAAATAG-
62 AACATTGT-TTTATGATA-AA-ACAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
*
25642 GAACTA-CT-TTG-ATAAAC-ATATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
124 GAACTATCTATTGCATAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* *
25685 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAGCAAGCTTGTATGATGAAAAA
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAA-TAAGCTTGTATGATG-AAAA
* *
25750 CAATTGTTTTATGACAAAACAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAATAGCCAT-
64 C-ATTGTTTTATGATAAAACAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG---TG
* * * * *
25814 AATTATTTGAATTG-ATTTGGTAAAC-AGATTCACTTTTTAAA--TC--ACTT
125 AACTATCT--ATTGCA-----TAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
*
25861 ATTAATTTTT-AGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTT-TAATGAAATG-
1 ATTAATTTTTGA-AATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTC-AATAAGCTTGT-ATG--ATGA
** * * * *
25923 AAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTT-AAATATACAGTTGTTCAAATAGT
61 AAAC-ATTGTTTTATGATAAAACAATGT-TCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT
* * *
25987 CGCAACTATTTGAATTTGTTCA-AAA-AATGCATTTATTTTTTAAATCTCTTGCTT
124 -G-AACTATCT--A-TTG--CATAAACAA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
* * *
26041 ATTAATTTTTAAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTT
1 ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTT
26082 TGGATAACCT
Statistics
Matches: 457, Mismatches: 60, Indels: 94
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.00
167 11 0.02
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169 19 0.04
170 4 0.01
171 4 0.01
172 1 0.00
173 2 0.00
174 9 0.02
175 7 0.02
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178 60 0.13
179 4 0.01
180 59 0.13
181 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.09, T:0.43
Consensus pattern (170 bp):
ATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAATAAGCTTGTATGATGAAAACA
TTGTTTTATGATAAAACAATGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTGAACTAT
CTATTGCATAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTC
Found at i:25816 original size:522 final size:529
Alignment explanation
Indices: 24805--26104 Score: 1465
Period size: 522 Copynumber: 2.5 Consensus size: 529
24795 AAATATCTTT
* ** ** *
24805 TTATTAATTTTTTA-AATGTTAATAAATTCATT-TTATTTTATTTTGAATAAGCTAGTATGAATT
1 TTATTAA-TTTTTAGAATATTAATAAATT--TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAAT
** * * **
24868 GAAA-TTTTGTTTTATGACAAAGCAAAAGGTCATAAC-ATTTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
63 GAAACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACGA-TTTGAAATAGATAATTGTTCATATA
* * *
24931 GTCTTAAATATTTGAACTAATT-CATCAAACAA-ATTTA-TTTTTAATTCTCTTAGTTATTAATT
127 GTCTTAACTATTTG-A--AATTGCTTCAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATT
* * * *** *
24993 TTTAGAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAG-TCTGTATGAACAGAAATAATTG
189 TTTAAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCT-TGTATGAACTGAAATAATTG
* * *
25057 TTTTGTGACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGTATACAATTGTTCAAATAGTTATAATCAT
253 TTTTATAACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAG-ATACAA-TGGTCAAATAGTTATAATCA-
* **
25122 TTGAACTGGTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTGCTTATTAATTTTTAAGAGATTAATAAA
315 TGGAACTACTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTGCTTATTAATTTTTAAGAGATTAATAAA
* * *
25187 TTAGTATTATTGTATTCTGAATAAGCTTGAATGATCAAAAACATTTGTTATATGACATACAAAAG
380 TTAGTATTATTGTATTCTCAACAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACATACAAAAG
25252 GTACTAACAATTTGAAATAGATAAATGTTAAAATGACCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAAC
445 GTACTAACAATTTGAAATAGATAAATGTTAAAATGACCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAAAC
25317 AGATTCACTTTTTAAATCAC
510 AGATTCACTTTTTAAATCAC
* * *
25337 TTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTTGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAACTAA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTT-TATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAATGA
* *
25402 AACGATTGTTTTATGATAAAACAAAATTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
* *
25467 TTAACTATTT-AAATTGCTTC-AACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTCATA
130 TTAACTATTTGAAATTGCTTCAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAA
* *
25530 ATATTATTAAATTATTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAA-CATT-TATTTAT
195 ATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGT-TTTAT
* * * * *
25593 AATAGAAGAAAAGGTTATAATGATTTG-A-A-AC-A-GGT-AATTA-TTCA-AAT-A-GGAACTA
259 AACAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGATACAATGGTCAAATAGTT-ATAATCATGGAACTA
* *
25648 CTTTGATAAACATATTTATTTTTTAAATCT-CTTACTCATTAATTTTTGAA-ATATTAATAAATT
323 CTTTGATAAACAGATTTATTTTTTAAAT-TGC-T--T-ATTAATTTTT-AAGAGATTAATAAATT
* * * * *
25711 AGTATTATTTTATTC-CAAGCAAGCTTGTATGATGAAAAACAATTGTTTTATGACA-A-AACAAT
382 AGTATTATTGTATTCTCAA-CAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACATACAA-AAG
* * * * * **
25773 GTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTGAAAT-AGCCATAATTATTTGAATTGATTTGGTAA
445 GTAC-TAACAATTTGAAATAGATAAATGTTAAAATGA-CCATAATTATTTGAAATGATTCAGTAA
25837 ACAGATTCACTTTTTAAATCAC
508 ACAGATTCACTTTTTAAATCAC
*
25859 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTATTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTAATGAAATGA
1 TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATT-TTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAATGA
* * * * *
25924 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAATGATTT-AAATATACAGTTGTTCAAATAGTC
65 AACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTC
** * *
25988 GCAACTATTTGAATTTG-TTCAAAAAATGCATTTATTTTTTAAATCTCTT-GCTTATTAATTTTT
130 TTAACTATTTGAAATTGCTTCAAACAA-G-ATTTATTTTTTAAATCTCTTAG-TTATTAATTTTT
** * * *
26051 AAAATATTAAAAAATTAATATTATTTTATTTTGGATAACCTTTTATGAACTGAA
192 AAAATATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAA
26105 GCACATTTTT
Statistics
Matches: 664, Mismatches: 77, Indels: 62
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
518 32 0.05
519 2 0.00
520 3 0.00
521 46 0.07
522 250 0.38
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527 1 0.00
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534 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (529 bp):
TTATTAATTTTTAGAATATTAATAAATTTTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTTTATGAAATGAA
ACAATTGTTTTATGATAAAACAAAATATCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCATATAGTCT
TAACTATTTGAAATTGCTTCAAACAAGATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATTAATTTTTAAAA
TATTATTAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAACTGAAATAATTGTTTTATAA
CAAAACAAAAGGTTATAATAATTTGAAGATACAATGGTCAAATAGTTATAATCATGGAACTACTT
TGATAAACAGATTTATTTTTTAAATTGCTTATTAATTTTTAAGAGATTAATAAATTAGTATTATT
GTATTCTCAACAAGCTTGAATGATCAAAAACAATTGTTATATGACATACAAAAGGTACTAACAAT
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Done.