Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_019168215.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_45, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1000 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 5 of 5
Found at i:183369 original size:181 final size:180
Alignment explanation
Indices: 183118--184161 Score: 674
Period size: 181 Copynumber: 5.8 Consensus size: 180
183108 AAATTTTTAA
* * * * *
183118 TTATTAACAT-TCAAAATATTAATAAGCAAAAGATATGAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAATCAA
1 TTATTAATATGTCAAAA-ATTAATAAGCAAGAG-T-TTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAAT-AA
* * * *
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* * * *
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1 TTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTT-AAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTT
* * * *
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65 CAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAA
* * * *
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* * * * * *
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1 TTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTC
* * * * * * * *
183543 AAATAATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTG-TTTGGCATAT
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* * ** ** *
183607 AATAGTTGTTT-TTTATCATACTAGC-T-T-CAGAATAAAATAATACTAAT
131 AACAATTGTTTCAGT-TCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
** * * * * * * *
183654 TTATTAACCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCT--G
1 TTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGCAAG-AGTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAA-ATAAG
* * * * * * * *
183717 TTTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATTAGTTATTTAAAAAATAAACAT
63 -TTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTA-TTTAAA--A-TCA-TT-----AT-GAC--
* * * * * * * ***
183782 TTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-ATTCATGTTCATACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATACT
114 CTTTTGTTTTGACAAAAAACAATTGTTTCA-GTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT
183846 AAT
178 AAT
* * * ** * *
183849 CTAATAATA-CTCTAAAAATTAATAA-CTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACT-G
1 TTATTAATATGTC-AAAAATTAATAAGC-AAGAG-TTTAAAAAATAAATTTGTTTACT-AAATAA
* * * * * * * * *
183911 GTTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTC
62 GTTCAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGAC
* * * ** * ** * *
183976 ATAAAAA-ATTTTTTTCAATTCATACTAGTTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAAT
127 A-AAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACT-AAT
* * * * *
184030 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AGA-TTTAACAAATAATTTTGCTTACCTAACT-AGTT
1 TTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAATAAGTT
* ** * * * * * *
184091 CAAATAATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATAATTATGACCTTTTGTTTTGTCATA
65 CAAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAA
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130 AAACAA
184162 ATATTTTTGT
Statistics
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TTATTAATATGTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAATAAGTTC
AAATAGTTATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGACAAAA
AACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
Found at i:183576 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 183544--183576 Score: 50
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183534 AATTAGTTCA
183544 AATAATTATGGCTATTTC
1 AATAATTAT-GCTATTTC
183562 AATAATTAT-CTATTT
1 AATAATTATGCTATTT
183577 GAAATCAATA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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Consensus pattern (17 bp):
AATAATTATGCTATTTC
Found at i:183692 original size:177 final size:178
Alignment explanation
Indices: 183118--184231 Score: 606
Period size: 177 Copynumber: 6.1 Consensus size: 178
183108 AAATTTTTAA
* * * * * * *
183118 TTATTAACA-TTCAAAATATTAATAAGCAAAAGATATGAAAAAATAAATCTGTTTAC-CAATCAA
1 TTATTAATATTTCAAAA-ATTAATAAGTAAGA-AT-TTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAAT-AA
* * * * * * ** *
183181 GTTCAAATAGTTATGACTATTTGAACAATTATTTATTTAAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGAC
62 ATTCAAATAGATATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGC
* * *
183246 AAAAAACAATTGTTTCAGTTCATAAAAGCTTATCCAAAATAAAATAATACTAAT
127 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTAT--GAAATAAAATAATACTAAT
* * * * * *
183300 TTCTTAATATGTCAAAAATTAATAAGCAAGAGTTTAAAAAAATTAATTTGTTTACTGAATAAATT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTT-AAAAAATGAATTTGTTTACTAAATAAATT
* * * *
183365 CAAATAGATATGGCTATTTGAATAATTATCTATTTAAAATCATTATGATCTTTTGTTTTGTCATA
65 CAAATAGATATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGCATA
*
183430 AAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATAGTAAT
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* * * *
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1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAATAAATTC
* *
183543 AAATA-ATTATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTGAAATCAATATTACCTTTTG-TTTGGCATA
66 AAATAGA-TATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGCATA
* * * ** *
183606 TAATAGTTGTTT-TTTATCATACTAGCTTCA-G-AATAAAATAATACTAAT
130 AAACAATTGTTTCAGT-TCATACAAGCTT-ATGAAATAAAATAATACTAAT
** * * * * * **
183654 TTATTAACCTTTCAAAAGTTAATAAGTAAGAAATTTAAAAAATAAATTTATTTATCGAACCT-GT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-AATTTAAAAAATGAATTTGTTTA-CTAA-ATAAA
* * * * *
183718 TTTAAATAGTTATGACTATTTGAACAAATGTATAGTTTAAATTAGTTATTTAAAA--AATA-AAC
63 TTCAAATAGATATGGCTATTT---C-AA--TA-A--TT--A-T--CTATTTAAAATCAATATGAC
* * * * *
183780 ATTTTTTGTTCTGTCATAAAACAATT-ATTCATGTTCATACAAGCTTGTTTGAAATAAAATAATA
114 --CTTTTGTTTTGGCATAAAACAATTGTTTCA-GTTCATACAAGC-T-TATGAAATAAAATAATA
183844 CTAAT
174 CTAAT
* * * * * ** * **
183849 CTAATAATA-CTCTAAAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGTTGAACT-GG
1 TTATTAATATTTC-AAAAATTAATAAGTAAGA-ATTTAAAAAATGAATTTGTTTACT-AAATAAA
* * * * * * * * ** * *
183912 TTTAAATAGTTAAGACTATATGAACAATTATCTATTTTAAATCGTTATGATCTTTTGTTTTGTCA
63 TTCAAATAGATATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGCA
* * * * * *
183977 TAAAA-AATTTTTTTCAATTCATACTAGTTTATTTAGAATAAAATAA-AATGAAT
128 TAAAACAA-TTGTTTCAGTTCATACAAGCTTA-TGA-AATAAAATAATACT-AAT
* * * *
184030 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAG--AG-ATTTAACAAAT-AATTTTGCTTACCTAACT-AGT
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATGAA-TTTGTTTA-CTAAATAAAT
** * * * * *
184090 TCAAATA-ATTATAACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAAT-AATTATGACCTTTTGTTTTGTC
64 TCAAATAGA-TATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCAA-TATGACCTTTTGTTTTGGC
* * ** * * * * * * *
184153 ATAAAACAAATATTTTTGTCCATATAAGTTTGTTCGGAATAAATTAATACTACT
127 ATAAAACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTT-AT-GAAATAAAATAATACTAAT
* *
184207 CTATTAATATTTTAAAAATTAATAA
1 TTATTAATATTTCAAAAATTAATAA
184232 TAGATCTAAA
Statistics
Matches: 737, Mismatches: 138, Indels: 119
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
173 39 0.05
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193 2 0.00
194 27 0.04
195 59 0.08
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Consensus pattern (178 bp):
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAATTTAAAAAATGAATTTGTTTACTAAATAAATTC
AAATAGATATGGCTATTTCAATAATTATCTATTTAAAATCAATATGACCTTTTGTTTTGGCATAA
AACAATTGTTTCAGTTCATACAAGCTTATGAAATAAAATAATACTAAT
Found at i:184487 original size:17 final size:16
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184448 TAGTTTTTGT
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1 TAATTA-AAATTAATT-A
184476 TAATTAAAATT-ATT-
1 TAATTAAAATTAATTA
184490 TAATT-AAATTAATTA
1 TAATTAAAATTAATTA
184505 TAA
1 TAA
184508 CTGTATAGAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TAATTAAAATTAATTA
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184760 ACTTATAAAT
*
184770 TTATATAATTATG
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*
184783 TAATATAATTATA
1 TTATATAATTATA
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1 TTATATAA
184804 CAAATAGTTT
Statistics
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TTATATAATTATA
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185424 TAGCGATTAG
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1 AAATAG-CATAATTATT
185467 TATACTTGTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
16 6 0.40
18 9 0.60
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185257 CATGAGAAAA
* * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* * *
185449 CAAATAGTCATAATTATTT-ATACTTGTTT-GATAAACAAATTCATTTTTTAAA--TC-T-CTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGA-ACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * * *
185508 TTAATTTTTAAAATATTAATAAAATAGAATTATATTATTTCAAATAAGCTAGTAT-AGACAGAAA
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* * * * ** *
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128 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
** * * * * * ** * *
185626 CAAGCAATCATAACTATTTGCA-TTGGTCAGGTCAATTGATTCATTTTTTAAATCTGTTACTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * *
185690 TAA-TTTCAAAATATTTATAAATTAGTATTACTTTATTTCGAATAAGAC-TGTATGAATAGAAAT
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAA-ACTTGTATGAATAGAAAC
* * * *
185753 AATTATTTTATGACAATACAAATGGTCATAATGATTTGAAATAAATAATTGTT
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* * * * * * *
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1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGA-TTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* * * * * * *
185870 TAA-TTTCAAAATATTAATAAATTAATATTGTTTTATTTCGAATAAACTTATATGTACAAAAACA
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* * ** *
185934 TTTATTTTATGACAAAATAAAAGAACATAATGATTTGAAATAGATAATTGTT
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* * * * *
185986 CAAATAGTCATAATTATTTGAAC-TGGTTAGGCAAACTGAATTGT-TTTTTTAAATCTCTTGCTT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTA-GTAAACAG-ATT-TATTTTTTAAATCTCTTACTT
* * * * * * * * *
186049 ATTAAATTTTGAAATATTAATAAATTTGTTTTACTTTATTCCGAAT-AAGTTACTAAGAA-ATGA
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* * * * *
186112 AAAAATTGTTTTACGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAAAGAATTGTT
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* * * * * * *
186168 CATATAGCCTTAAATATTTGAACTAGTTTAGTAAACAAATTTATTTTTTAAATCTCTTAGTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
186233 AATTTTCAAAATATTATTATATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTGTGAATAGAAATAA
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* * * * * * *
186298 TTATTTTAGGAGATAACAAGAGGTTATAACAATTTGAAATATATAATTGTT
131 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * **
186349 CAAGTAGTCATAACTATTTGAACTGGTTCAGTAAATAGA-TTAACTTTTAAA--TCTT--TTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * ** *
186409 AATTTTTAAAATATTAGTAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAGGCTTGTATG-ATGAAAAACA
66 AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAAT-AGAAACA
* * *
186473 ATTGTTTTATGACAAAACAAAAGTTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATT
130 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * ** * * ** *
186525 CAAATTGCCATAATTATTTGAA-TAATTT-GATAAACTGATTTATTTTTTAAAACTCCAACTTCT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAG-TAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
* ** * * * * *
186588 TAATTTTTGAAATATTAATAAAGCAATATTATTTTATTTTGGAA-AAAATTTTATGTACTA-AAA
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* * * * * *
186651 CAATTGTTTTATGATAAAATAAAAGGTCATAACAATTTTAAATAGATAATTATT
128 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * *
186705 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTATTCAGTAAATAGA-TT-TTTTTTAAATTTCTTA--T-TT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * * *
186765 AATTTTCT-AAATTTTAATAAATTAGTATTACTATATTTCGAATAAGCATATATGAACT-GAAAC
66 AATTTT-TAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAA-TAGAAAC
* * * * ** * *
186828 AATTATCTTT-TTACTAAACAAAAGATCAGAATAATTTGGAATAGATAATTATT
129 AATTAT-TTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
186881 CTAATAGTCTTAACTATTTGAAC-TGCTTTGGAAAACACATTT-TATTTTTAAA--TC---CTTA
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTG-TTTAGTAAACAGATTTAT-TTTTTAAATCTCTTACTTA
* * * * * *
186939 TTAATTTTTGAAATAGTAATAAATTGGTATTATTTTATTTTGAAT-AATTTCTTATGAATAGAAA
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* * * * * * **
187003 TAATCATTTTATAATAAAACAAAATGTCATAACGATTTGAAATAAATAACAGTT
128 CAATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * ** * *
187057 CAAATGGACATGACTATTTAAACTTGTTCGGTAAATAGATTTATTTTTTAAATCTCTAACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
187122 AATTTTTAGAATAATAATAAATTAGTATTATTTTATTCCAAATAAACTTGTGTGAATAG-AACAA
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** * *
187186 TTGCTTTATGACAAAACAAAAGATCATAGA-GATTTGAAATATATAATTGTT
131 TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATA-ACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * *
187237 CAAATAGTAATAACTATTTGAACTTGCTTAGTAAACAAATTTATTATTTAAATCTTTTACTTATT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
* * * * *
187302 AA-TTTTAGAAACATTAATAAATTAATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAATAGAAATA
66 AATTTTTA-AAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACA
** ** * *
187366 ATTGGTTTATGACAAAACAAATTGTCATAACAATTTGAAATAGATAATTTTT
130 ATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * ** * * * *
187418 CAAATAGTCAAAACTA-TTGAA-TGTGTTCAAAAAACATATTTATTTGTTAAAT-TTTTATTTAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACT-TGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTAT
** * * * * * *
187480 TAATTTTTGGAGTTTTAATAAATTTA-TGTTATTTTA-TTCGAAATAAGCTTGCATGAACA-AAA
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAA-TTAGTATTATTTTATTTCG-AATAAACTTGTATGAATAGAAA
* * * *
187542 CTAATTATTTTATGACAAAACAAATGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATT
128 C-AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
187597 TAGATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTGGTAAATAGATTTATTTTTTTAATTCTCTTACTCAT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTA-TTTTTTAAATCTCTTACTTAT
*** * * * * * * *
187662 TAATTTTTGGTATATTAATAAATTAG-AGCTATTTTATTTCAAATAAGCTTATGTTAATTGAAAC
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTA-TTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
* * * ** *
187726 AATTATTTTATTACAAAATAGAAGGTCATAATTATTTGAAATAGATAATTATT
129 AATTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
* * * * * *
187779 CAAAGAGTCTTCACTATTTGAACTTGTTTGGTAAACATATTTATTTTTTAAATCT-TTCACTTGT
1 CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTT-ACTTAT
* * * * *
187843 TAATTGTCAAAATATTAATAAATTAATATTATTTTAATAT-GAATAAGCTTGTATGAATAG-AAC
65 TAATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTT-ATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAAC
*
187906 AATTGTTTTATTG-CAAAACAAAAGGTCATAAC
129 AATTATTTTA-TGACAAAACAAAAGGTCATAAC
187938 AATTCTGTTT
Statistics
Matches: 1966, Mismatches: 439, Indels: 170
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.00
175 27 0.01
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183 11 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (181 bp):
CAAATAGTCATAACTATTTGAACTTGTTTAGTAAACAGATTTATTTTTTAAATCTCTTACTTATT
AATTTTTAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCGAATAAACTTGTATGAATAGAAACAA
TTATTTTATGACAAAACAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTGTT
Found at i:187985 original size:18 final size:19
Alignment explanation
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Period size: 18 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
187942 CTGTTTACAA
187952 AACTATTTCAAATAATTAT
1 AACTATTTCAAATAATTAT
*
187971 AACTATTT-GAATAATTAT
1 AACTATTTCAAATAATTAT
187989 --CTATTTCAAAT
1 AACTATTTCAAAT
188000 TGCTATTATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.23
17 3 0.12
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19 8 0.31
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
AACTATTTCAAATAATTAT
Found at i:188030 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 188002--188052 Score: 93
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 25
187992 TTTCAAATTG
*
188002 CTATTATAAAACAAATGTTTTTGTT
1 CTATCATAAAACAAATGTTTTTGTT
188027 CTATCATAAAACAAATGTTTTTGTT
1 CTATCATAAAACAAATGTTTTTGTT
188052 C
1 C
188053 ATATAAGTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
25 25 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (25 bp):
CTATCATAAAACAAATGTTTTTGTT
Found at i:188389 original size:181 final size:179
Alignment explanation
Indices: 188020--188602 Score: 518
Period size: 181 Copynumber: 3.3 Consensus size: 179
188010 AAACAAATGT
* * * * *
188020 TTTTGTTCTATCATAAAACAAATGTTTTTGTTCATATAAGT-TTGTTTGGAATAAACTAATATTA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAA-TCTTATTCGGAATAAA-TAATATTA
* * * *
188084 A-TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTGCCATACCAG
64 ATTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAG-GATTTAAAAAATGAATATGTTTGACTTACCAG
* * * * * * * *
188148 TTTAATTAGTTATAACTATTTGACCAAATATTTTATTTCAAATTGTTAGGACC
128 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTA-TCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * **
188201 ATTTGTTTTATCATAAAATAATTGTTTCTGTTCATATAATCATATTCGGAATAAAGTAATGCTAA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAATCTTATTCGGAATAAA-TAATATTAA
** * * * *
188266 TTTATTAATATTTTGAAAATTAATAAGTAATGGATTTAGAAAATGTATCT-TTTGGCTTGACCAG
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAA-GGATTTAAAAAATGAATATGTTTGACTT-ACCAG
* * * * *
188330 TGCAAACAATTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTTAAATCGTTATGACC
128 TTCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * * ** *
188382 TTTTGTTTTCTCACAAAACAATTTTTTTTGTTCATACAAGCTTATTCAAAATAACATAATTTTAA
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAATCTTATTCGGAATAA-ATAATATTAA
* * * *
188447 TTTATTAAT-TTCCAAAAATTAATGAG--A-GATTTAAAAAATGAATATGTTT-ACTAAACAAGT
65 TTTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATGAATATGTTTGACT-TACCAGT
* * * *
188507 TCAAATAATTATGGCTATTTGAACAATTATCTAGTTCAAATTGCTATAACC
129 TCAAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
* * * * * *
188558 TTTTGTATTGTCATAAAATAATT-TTTCTATTCATACAAGCTTATT
1 TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAATCTTATT
188603 TCAAATCTGT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 70, Indels: 20
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Matches are distributed among these distances:
175 20 0.06
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183 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (179 bp):
TTTTGTTTTATCATAAAACAATTGTTTCTGTTCATATAATCTTATTCGGAATAAATAATATTAAT
TTATTAATATTTCAAAAATTAATAAGTAAGGATTTAAAAAATGAATATGTTTGACTTACCAGTTC
AAATAATTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACC
Found at i:188915 original size:181 final size:181
Alignment explanation
Indices: 188629--190862 Score: 1200
Period size: 181 Copynumber: 12.4 Consensus size: 181
188619 AATAATTTTT
* * * * *
188629 AATAGTTATGACTATTGGAACAATTATTTATTTCAAATCGTTATAACCTTTTGTTTTGTCTTAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * *
188694 ACAATTATTTTTGTTCATATTAGCTTA-TCCATATTAAAATAATATTAATTTATTAATATTTCAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* *
188758 CAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTACTAAACAAGTTCA
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * *
188810 AATAGTAATAACTATCTGAATAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGCCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * ** * * * * * *
188875 ACAATTATATCAATTCATATAGGCTTATTCGACATAAAATAATACTAACTTATTACTATTCCAAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
* * * * * *
188940 AATTAATGAGTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTATTTACCAAACAAGTTCA
131 AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * *
188991 AATAGTTATGACAATTTGGACAATTATCTATTTCAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTG-CTATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTC-ATAA
* *
189055 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTTC-AAATAAAATAATA-TAAATTTACTAATATTCC
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTA-TTCGAAATAAAATAATACT-AATTTATTAATATTTC
* * * * ** *
189118 AAAGATTAATAAGTAAAA-ATATATAAAATAAATTTTTTTTTTGAACACA-TTCAA
128 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACA-AGTTC-A
* * * *
189172 AATAATTATGGAC-ATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCGTTATAACC--TTGTTTTGTCATTA
1 AATAGTTAT-GACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
189234 ACCATTTGTTTCTATTCATAAAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAGA-ATTTCA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTA-ATATTTCA
* *
189298 AAAATTAATAAGTAAAATATTTAAAAAATAAATTTGTTTAC----CGAG-T--
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * *
189344 --GAG-T-T--C-A----AATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCC-TTTGTTTTGTAATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAA
* * ** * **
189397 AACAATTGTTTCTATTTATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
* * * * *
189462 AAATTAAT-AG---GAGATTTAAAAACTATATTTGTTTATCGAACCAA-TTCA
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTA-CTAAACAAGTTCA
* * * *
189510 AATTGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATCTCAAATCAG-TAAGATC-TTTGTTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATC-GTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * * * ** *
189573 AACAATTGTTTTTGTCCATACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATA-TTCTA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * ** * *
189637 AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATGTATTTGTTGAACCAGTTCA
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
** * * *
189686 AATAGTTAAAACTATTAT-AATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATT-TGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * * *
189750 AATAATTG-TTCAGTTCATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACA-TTCAA
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC-A
* * *
189813 AAAATTAATAAGCAAGAA-A-TTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTA
129 AAAATTAATAAGTAA-AAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * * *
189865 AATAGTTATGACTATTTAAACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTATCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTA-TTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * *
189929 AACAATTGTTTCAT-TTCATACAAGCTT-TTCCAAAATAAAATAATATTACTTTATCAATATTTC
65 AACAATTGTTTC-TGTTCATACAAGCTTATT-CGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTC
* * * * **** * * * * * *
189992 AAAAATTGAGAA--ATAATA-TTACTTTATTAATAT-TTCA-AAAATTAAGTTGGA
128 AAAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAA-CAAGTT-CA
* ** * * * * * * * * *
190043 GAT--TTAAAAC-A--TAAATTATTTTGTCAAATTAGTTCAAATAGTTACGGCCATTTGAATAAT
1 AATAGTTATGACTATTTGAA-TA-ATTATC----TATTTCAAATCGTTATGACCTTTTG--T-TT
* * * **** * * *
190103 TATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTT-TGTTTTGTCATAAAACAA-C-TATTTTTCATCATACA
57 TGTC-A--T-AAAACA-ATTG---TTTCTG---T-TCAT---ACAAGCTTATTCGAAATAAAATA
** * * * * *** ** * *
190165 AGCCTAATTAGAATAAAATAATACTAGTTTATTAATATTTCAAAA-A-TTAATAAGTAGGAGATT
107 ATACTAATT--TAT-TAATATTTC-A-AAAATTAATAAGT-AAAAGATTTAAAAAATA--A-A-T
*
190228 ATCTGTTTACTAAACTAGTTCA
162 -T-TGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * * *
190250 AATAATTATGACTATTTAAATAATTATATATTTCAAGTCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * * *
190315 ACTATTATTTATGTTCATACAAGCTTATTTGAAAGAAAATAATACTAATCTAATAATATTAT-GA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATT-TCAA
* * * * ** * *
190379 AAATTAATAATTAAGAGATTTGAAAAATAAATTTATTTGTTGAACCAGTTCA
130 AAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * *
190431 AATAGTTAAGGCTATATGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTAT-ATTCTTTTATTTTGTCATAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGA-CCTTTTGTTTTGTCATAA
* * * * ** * * * **
190495 AACAAATGTTTTTGTTAATATAATTTTGTT-TAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTG
65 AACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGA-AATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCA
* * *
190559 AAAATTAATAAG----AGATTTAAAAAATAAATTCGTTTACCAAACTAGTTCA
129 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
* * * * * * * * * *
190608 ATTAGTTATAACAATTT-AACAATTATTTATTTCATATTGTTATAACCCTTTGTTTTTTCATAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
* * * * * * *
190672 ACAATTATTTCTATTGATA-TAGTCTTATTCGAAATAAAGTAATGCTAATTTATTAATATTTTAA
66 ACAATTGTTTCTGTTCATACAAG-CTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAA
** * * * ** * *
190736 TTATTAATAAGT-AACGAATTTAAAAAATGAATCTGTTGGCCT-GACCA-TTGCA
130 AAATTAATAAGTAAAAG-ATTTAAAAAATAAATTTGTT-TACTAAACAAGTT-CA
* * * * *
190788 AATAGTTATGACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATCATTATGACCTTTTATTTTGTCACAAA
1 AATAGTTATGACTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAA
*
190853 ACACTTGTTT
66 ACAATTGTTT
190863 TTGAATTACA
Statistics
Matches: 1549, Mismatches: 381, Indels: 246
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
159 21 0.01
160 1 0.00
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162 5 0.00
163 74 0.05
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165 2 0.00
168 2 0.00
169 2 0.00
170 2 0.00
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174 1 0.00
175 13 0.01
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184 1 0.00
185 5 0.00
186 15 0.01
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Consensus pattern (181 bp):
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ACAATTGTTTCTGTTCATACAAGCTTATTCGAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTCAAA
AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATTTGTTTACTAAACAAGTTCA
Found at i:189892 original size:179 final size:176
Alignment explanation
Indices: 189350--189996 Score: 597
Period size: 176 Copynumber: 3.6 Consensus size: 176
189340 GAGTGAGTTC
* * * *
189350 AAATAATTATTTATTTCAAATCATTATGATCCTTTGTTTTGTAATAAAACAATTGTTTCTA-TTT
1 AAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-CCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTC-AGTTC
* *** *
189414 ATACAAAATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTTTGAAAATTAATAGGAGATTT
64 ATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTT
* * * * *
189479 AAAAACTATATTTGTTTATCGAACCAA-TTCAAATTGTTATGACTATTT
129 AAAAAATAAATTTGTTTA-CCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * * * * ** *
189527 GAATAATTATCTATCTCAAATCAGTAAGATCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTTTGTCCAT
1 AAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
** * * * ** * *
189592 ACAAACTTATTCGGAGTAAAATATTGCTAAACTAATAATATTCTAAAAATTAATAAGAGATTTAA
66 ACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAA
* * **** * **
189657 AAAATAAATGTATTTGTTGAACCAGTTCAAATAGTTAAAACTA-TT
131 AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* *
189702 ATAATAATTATCTATTTCAAATCATTCTGACCTTTTGTTTAGTCATAAAATAATTG-TTCAGTTC
1 A-AATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACC-TTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTC
** ** * *
189766 ATACATGCTTATTTGAAATAAAATAATACTATTTTATTAACATTCAAAAAATTAATAAGCAAGAA
64 ATACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAG--AG-A
* *
189831 ATTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTTAAATAGTTATGACTATTT
126 TTTAAAAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
* * * *
189882 AAACAATTATC-ATTTTAAAATCATTATGACCTTTTATTTTA-TCATAAAACAATTGTTTCATTT
1 AAATAATTATCTA-TTTCAAATCATTATGACC-TTT-GTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTT
* * * *
189945 CATACAAGCTT-TTCCAAAATAAAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAA
63 CATACAAACTTATT-CAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATA-TTCAAAAA
189997 TTGAGAAATA
Statistics
Matches: 373, Mismatches: 84, Indels: 22
0.78 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
175 5 0.01
176 184 0.49
177 45 0.12
178 3 0.01
179 82 0.22
180 46 0.12
181 8 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.11, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (176 bp):
AAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTGTTTAGTCATAAAACAATTGTTTCAGTTCAT
ACAAACTTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAATATTCAAAAAATTAATAAGAGATTTAA
AAAATAAATTTGTTTACCAAACAAGTTCAAATAGTTATGACTATTT
Found at i:190006 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 189966--190034 Score: 129
Period size: 36 Copynumber: 1.9 Consensus size: 36
189956 TTCCAAAATA
189966 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTGAG
1 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTGAG
*
190002 AAATAATATTACTTTATTAATATTTCAAAAATT
1 AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATT
190035 AAGTTGGAGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
36 32 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.07, G:0.03, T:0.42
Consensus pattern (36 bp):
AAATAATATTACTTTATCAATATTTCAAAAATTGAG
Found at i:190303 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 190072--190398 Score: 408
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
190062 TTTGTCAAAT
* * * * *
190072 TAGTTCAAATAGTTACGGCCATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTTTGAACTTTTGTTTTG
1 TAGTTCAAATAATTACGACCATTTAAATAATTATATATTTCAAATCATTATGAACTTTTGTTTTG
* * * * *
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*
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* * *
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* * ** * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* * *
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1 AGTTCAAATAGTTAAGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGA-ACTTTTATTTTG
* * *** ** *
190489 TCATAAAACAAATGTTTTTGTTAATATAATTTTGTTTAGAATAAAATAATATTAATTTATTAATA
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** * *
190554 TTTTGAAAATTAATAAGAGATTTAAAAAATAAAT-TCGTTTACCAAACTAGTTCAATTAGTTATA
130 TTTCAAAAATTAAT-A-AG---TAAAAAAT-AATCT-GTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATA
* ** *
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188 ACAATTTAAACAATTATATATTTCA-AGTCATTATAACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATT
* * * * * * * * * *
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* *
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* * * * *
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1 AGTT-CAAATAGTTAAGGCTATTTGAATAATTATCTATTTCAAATCATTATGAACTTTTATTTTG
* ** *
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TTCAAAAATTAATAAGTAAAAAATAATCTGTTTACCAAACTAGTTCAAATAATTATAACAATTTA
AACAATTATATATTTCAAGTCATTATAACCCTTTGTTTTGTCATAAAACAATTATTTATATTCAT
ACAAGCTTATTCGAAAGAAAATAATACTAATCTAATAATATTATGAAAATTAATAAGTAAGAGAT
TTAAAAAATAAATCTATTGGCTGAACC
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** *
191082 ATTAAATTGTAAAATTTAAATATA
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*
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ATTAAATAATAAAATATAAATATA
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*
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* *
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1 ATAAT-ATATTAAATTATT
*
191647 ATAATAT-TCAATATTATT
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TAAATTAAAAATAAATAATTAAG
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* **
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*
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1 T
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*
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1 A
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* *
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127 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTT-TATGAA--GAAACAATTGT
* * * * * * * *
193327 TTTATTAGAAAAGAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTAATGACTACT
1 TTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * * ***
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* ** * * * *
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128 AAATTAGTATTATTTT-ATTCAAATAAGCTT-TATG-A-AGAAACAATTGT
* * ** *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * * * *
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1 TTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAAT-GATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * *** ** ** *
193752 TT-AAATGTGTTTAATAAACAAAGTCATTTTTTAAATCTCTTTA-TTATTAATTTTTGGATTATT
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* ** * * *
193815 AACAAATTAGTATTATTTTATTTTGAATAAGCTTATATGAACTAAAACAACTCT
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** * * * *
193869 TTTATGACAAATCAAAAGGTCATAACGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATTGTCATGATTATT
1 TTTATGACAAAAAAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTATT
* * * * * * ***
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66 TGAACTTA-T-TCGGTAAACATTTTTTTTTTTAAA-TCT-TACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* *
193994 TAAATTAGTATTATTTTATGCAAATAAGCTTGTATGAGTAGAAACAATTAT
127 TAAATTAGTATTATTTTATTCAAATAAGCTT-TATGA--AGAAACAATTGT
** * * **
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1 TTTATGACAAAA-AAAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTCAAATAGTCATAACTAT
* * * * * * * *
194109 TTGAAC-TAGTTTGATACATAGA-TTTATTGTCTAAATC--ACTTATTATTTTTTGAAATATTAA
65 TTGAACTTA-TTCGGTA-A-ACATTTTTTTTTTTAAATCTTACTTATTAATTTTTGGAATATTAA
* * ** * * *
194170 TATATTAGTATTACTTTATTTTGAATAAACTTATATGAACAAAAACATTTGT
127 TAAATTAGTATTATTTTA-TTCAAATAAGCTT-TATG-A-AGAAACAATTGT
* * * * * * *
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* * * * * * *
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126 ATAAATT
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* * *
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* * * ** ** * *
192915 AAATTAGTACTATTTTATTTCAAAAAAGCTTTATGACCAGAAACAATTGGCTTATGACAAAATAA
127 AAATTAGTATTA-TTTATTTCAAATAAGCTTGATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAACAA
* * * * *
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*
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* * *
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* ** * * * *
193145 TTTATGACAAAACAAAAAGGTCATAATGTTTTGAAATAGATAATTATTTAGATAGTCATGACTAT
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* * * * * * * * *
193210 TTGAACTTATTCGGTAATCATTTTCTTTTTTTAATTCTCTCACTCATTAATTTTTGGAATATTAA
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* * * * * *
193275 TAAATTAGTATTATCTTACTTCAAATAAGCTTATATGAATTGAAACAAGTGTTTTATTAGAAAAG
126 TAAATTAGTATTAT-TTATTTCAAATAAGCTT-GATGAATAGAAACAATTGTTTTATTACAAAAC
* *
193340 AAAAGGTCATAATGATTTGAAATAGATAATTATTGAAATATTAATGACTACTTAAACT-TGTTTG
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* * ** *
193404 GTAAATATATTTATTTTTTAAATATTTTACTTATTAATTGTCAAAATATTAATTAATTAACATTA
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*
193469 TTTTAATTCGAATAAACTTGTATGAACAGAAATAATTAT
316 TTTTAATTCGAATAAGCTTGTATGAACA-AAATAATTAT
* ** *
193508 TTTATGACAAAGCAAAAAATCATAACATGTTGAAATAAATAATTGCTCAAATAGCCATAATGATT
1 TTTATGACAAAACAAAAAATCATAACAT-TTGAAATAAATAATTATTCAAATAGTCATAAT-ATT
* *
193573 AGAACTTGTTTGGTAAACATATTTGTTTTTAAATCTTTTATTTATTAATTGTCTT-AATATTAAT
64 AGAACTTGTTTGGTAAACATATTTTTTTTTAAATCTTTTACTTATTAATT-T-TTGAATATTAAT
* * * * * *
193637 AAATTTGTGTTATGTTATTTGAAATAAGCTTAGATAAATAGAAAAAATTCTTTTATTACAAAACA
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* * * * * *
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* ** * * *
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* * * * * * ***
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* * * **
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* * * ** * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* *
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* **
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66 AAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAA-ATTTCA
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AAATAATTGTTTCAGTTCATAAAAGATTATTCAAAATAAAATAATACTAATTTATTAAATTTCAA
AAATTAATAAGAATTTAAAAATAAATCTATTTACCGAAGAAGTT
Found at i:201429 original size:179 final size:175
Alignment explanation
Indices: 201033--201515 Score: 517
Period size: 177 Copynumber: 2.7 Consensus size: 175
201023 TTTAAATCAC
* * *
201033 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATT-AGTATTACTTTATTCCGAATAAACTTA-TATGAATA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCA-TATTATTTTATTTCGAATAAGC-TAGTATGAAT-
* * *
201096 AAAACATTT-TTTTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
63 AGAA-ATTTGTTTTATGACAAAAC-AAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAG
* * * *
201160 TATAATTTTTGAATTGGTTAGGTAAACAAAATTATTTTTAAATCTCTTAT
126 TATAATATTTGAATTGGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTAAATCCCTTAG
* * *
201210 TTATTAATTTTTGAAATATTAACAAATTCATTTTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATTGA
1 TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAA-T-A
* * * * * * *
201275 GAAATTTGTTTTATGACAAGACAAAGGTCATAACGATTTGGATTAGATAATTGTTC-ACTAGTCT
64 GAAATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGT-A
* *
201339 TAACTATTTGAATTGGTTCGGCAAACAAATTTATTTTTTAAATCCCTTAG
128 TAA-TATTTGAATTGGTTAGGCAAACAAAATTA-TTTTTAAATCCCTTAG
* * * *
201389 TTATTAATTTTTTG-AATATTATTAGATTCATATTATTTTATTTTGAATAAGCTTGTTTGAATAG
1 TTATTAA-TTTTTGAAATATTAATAGATTCATATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATAG
* * * * * *
201453 AAATAATTGTTTTATGACAAAACAAAAGATTATAATGATATGAAGTATAGAATTGTTCAAATA
65 AAAT--TTGTTTTATGACAAAACAAAAG-TAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATA
201516 TTTTTTAAAC
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 40, Indels: 20
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
176 7 0.03
177 91 0.36
178 44 0.17
179 81 0.32
180 28 0.11
181 3 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (175 bp):
TTATTAATTTTTGAAATATTAATAGATTCATATTATTTTATTTCGAATAAGCTAGTATGAATAGA
AATTTGTTTTATGACAAAACAAAAGTAATAACGATTTGAAATAGATAATTGTTCAAATAGTATAA
TATTTGAATTGGTTAGGCAAACAAAATTATTTTTAAATCCCTTAG
Found at i:202779 original size:179 final size:179
Alignment explanation
Indices: 201932--203296 Score: 948
Period size: 181 Copynumber: 7.7 Consensus size: 179
201922 TAATATTCTG
* * * * * **
201932 AAAATTAATAACTAAGAGATTTAAAAAATAAAAT-TATTT-GTCGAACTAGTTCAAATAGTTAAA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAAT-AAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * **
201995 ACTATATGAATAATTCTCTATTTCAAATCATTATAACCTTTTGTTTTGTCATTTAACAATAT-TT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAAT-TGTT
** * * * * *
202059 TCAATTCGTACTAGCTTATTTAGAATAAAATAAAATAAATTTATTAAAATTTCA
128 TCTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA-TT-A
* * * *
202113 AAAATTAATAAG----AGAATTAAAAAA-AAATTTGTTTACCT-AACTAGTTCAAAT-GATAATG
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTA-CTGAACAAGTTCAAATAG-TTATG
* ** *
202171 ACTATTTGAACAATTATCTATTTTAAATTGTTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACTAA-GGCT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAAC-AATTG-T
* * *
202235 TT-TGTTCATATAAG-TT-TGTTCGAAATAAAATAATACT-AATATATTAATATTTCA
127 TTCTGTTCATACAAGCTTAT-TTTG-AATAAAATAATA-TAAATTTATTAATA-TT-A
* * * * * ** *
202289 AAAATTAAT-A--AAAA-TTTTAAAAAATAAATATATTT-GTCAAACTGGTTC-AA-A-TTAAGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATGA
* * * * * * *
202346 CTATTT-AAGCAATTATTTATTTCAAATCATTATGACTTTTTGTTCTGTTATAAGATAATAGTTT
65 CTATTTGAA-CAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* * * *** *
202410 CTATTTATTCAAGCTTATACGGATTAAAATAATATAAATTTATTAATATTTTA
129 CTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA--TTA
* * * * * * * *
202463 AAAATTAATAATTAAGAGATTTAAAAAATGAATCTGTTTACTAAACAAGTTTAAATAATTATAAT
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* ** ** * * * ** *
202528 TATTTGAACAATTATTTATTGGAAATCGCTATAACCTTTTGCTTTGTTATAAAATGATTTTTTCT
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
* *
202593 ATTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATACAAATTTATTAA-ATTA
131 GTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTA
*
202641 AGACAATTAATAAGTAAAAGATTT-AAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATCGTTATG
1 A-A-AATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATG
* ** * *
202705 ACTATTTGAACAATTATTTATTTCAAATTGTTATGACTTTTTCTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *** * *
202770 TTGTTCATACTAA-CTTATTCAAAATAAAATAATATTAATTTATTAATATTTTT
129 CTGTTCATAC-AAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATA--TTA
* * * * * *
202823 ACAATTTATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATATGTTTGCCGAACAAGTTCAAATAGTCATGAC
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
* * * ** * * * *
202888 TATTTGAATAATAATCTATTTCAAATTATCGTGAGCTTTTGTTTTGTAATAAAATAATTGTTTCA
66 TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
** * * *
202953 GTTCATGTAAGCCTATTTT-AGATAAAATAATAT---TTCA--AAAATT-
131 GTTCATACAAGCTTATTTTGA-ATAAAATAATATAAATTTATTAATATTA
* * * * * * * * *
202996 -AAA-GAGT-AG-CAGA-ATTAAAAAAATGAAT-TTTCTTA-TCGATCAAGTTGAAATAGTTAT-
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGT-TTACT-GAACAAGTTCAAATAGTTATG
* * * * * **
203053 ACTATCTAAAGAATTATCTATTTCAAAACATTATGACATTTTGTTTTGTCATAAAACAATTAATT
64 ACTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
* *
203118 CTGTTCATGCAAGCGTATTTTGAAT-AAATAATATAAATTTATTAATATTCCA
129 CTGTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATT--A
* * * * * * *
203170 AAAACTAATAAGTATAA-TTTTAGAAAATAAAGCTATTTTCTGAACACA-TTCAAATAGTTATGA
1 AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACA-AGTTCAAATAGTTATGA
* * *
203233 CTATTTAAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCATTTGTTTTGTCATAAACCAATTGTTT
65 CTATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTT
203297 AATCAATAAT
Statistics
Matches: 928, Mismatches: 195, Indels: 124
0.74 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 9 0.01
167 73 0.08
168 33 0.04
169 5 0.01
170 2 0.00
171 6 0.01
172 2 0.00
173 8 0.01
174 92 0.10
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ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (179 bp):
AAAATTAATAAGTAAAAGATTTAAAAAATAAATCTGTTTACTGAACAAGTTCAAATAGTTATGAC
TATTTGAACAATTATCTATTTCAAATCATTATGACCTTTTGTTTTGTCATAAAACAATTGTTTCT
GTTCATACAAGCTTATTTTGAATAAAATAATATAAATTTATTAATATTA
Found at i:203500 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 203453--203502 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 19
203443 ATAATAACTA
203453 TATATATTATATAGTTATT
1 TATATATTATATAGTTATT
*
203472 GATA-ATTTATATA-TTAATT
1 TATATA-TTATATAGTT-ATT
203491 TATATATTATAT
1 TATATATTATAT
203503 TATATTGAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 6
0.76 0.06 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 3 0.12
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ACGTcount: A:0.40, C:0.00, G:0.04, T:0.56
Consensus pattern (19 bp):
TATATATTATATAGTTATT
Found at i:203507 original size:12 final size:12
Alignment explanation
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Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
203464 TAGTTATTGA
203474 TAATTTATATAT
1 TAATTTATATAT
203486 TAATTTATATAT
1 TAATTTATATAT
203498 TA
1 TA
203500 TATTATATTG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
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Consensus pattern (12 bp):
TAATTTATATAT
Found at i:204107 original size:178 final size:177
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Indices: 203701--204631 Score: 828
Period size: 178 Copynumber: 5.2 Consensus size: 177
203691 TAAAATTTTT
* ** * * *
203701 TACTTACTAATTTTCAAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAATGCAAACAAGCTTGTATGAAT
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* ** * * **
203766 AGAAACAATTGTTTTACAACAAAACAAAAAGTCATAATGACTTGAAATAAATAATTGCACAAATA
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
* * * * * * *
203831 ATCATAACTATTTGAATTAGTTTGATACATAGATTTATTGTCTAAATC
130 GTCATAATTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC
* * * * *
203879 -ACTTATTAATATTTGAAATATTAATAGATTAGTATTACTTTATTTCAAATAAACTTATATGAAC
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAA-
* * *
203943 AAAAACATTTGTTGTATGACAAAACAAAAAGTAATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
65 AAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATA
* * * *
204008 GT-ATAATTTTTTGAACTGGTTAGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC
130 GTCATAATTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC
* * *
204055 TTACTTATTATTTTTTGAAATATTAATAAATTCA-TTTTATTTTATTTCAAATAAGCTAGTATGA
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* * * * * * * **
204119 ATTGAGAA-AATTGTTTTATGATAAGACAAAAAGTCACAATGATTTAAAATAGATAATTGTTCGT
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* * * * * *
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* * * * * **
204233 TTAGTTATTAATTTTTGGAATATTATTAGATTAGTATTGTTTTATTTTGAATAAGCTTGTATGAA
1 -TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATG-A
* * * * * *
204298 AAAAAATAATTGTTTAATGACATAACAAAAGGTTATAATGATTTGAAGTATCA-AATTGTTCAAA
64 AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATAT-ATAATTGTTCAAA
* * * *
204362 TAGTCATAACTATTTGAATTGGTTTGGTAAACAG-ATTCAATTTTTAAATC
128 TAGTCATAATTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATC
* * * * * * *
204412 T-CTTATTAATTTTTAAAAGATTAATAAAATTATTATTATTTTATTTCTAATAATCATGTTTGAT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAAT-AAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGA-
* * * * * *
204476 AAAAAACAATTGTTATATGACCAAAC-AAAGGTGATAACGATTTGAAATATATAATTGTTGAAAT
64 AAAAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAA-
* * * * * *
204540 TA-CCATAATTATTTGAACTAATTTTGCAAATAG-ATTCACTTTTTAAATC
128 TAGTCATAATTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAGAATT-ATTTTTTAAATC
* *
204589 -ACTTATTAATTTTTGGAATATTAATAAATTAGAATTATTTTAT
1 TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTAT
204632 GACAAAACAT
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 129, Indels: 42
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
176 62 0.10
177 223 0.37
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179 28 0.05
181 9 0.01
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (177 bp):
TACTTATTAATTTTTGAAATATTAATAAATTAGTATTATTTTATTTCAAATAAGCTTGTATGAAA
AAAACAATTGTTTTATGACAAAACAAAAAGTCATAATGATTTGAAATATATAATTGTTCAAATAG
TCATAATTATTTGAATTAGTTTGGTAAATAGAATTATTTTTTAAATC
Done.