genome.fa.s391.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168216.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_450, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26496

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000--1058	20	3.0	20	78	9	59	42	0	0	57	0.98
1003--1077	20	3.9	18	74	19	55	41	0	0	58	0.98
1023--1076	22	2.5	23	85	8	69	38	0	0	61	0.96
998--1064	33	2.1	32	83	13	84	40	0	0	59	0.97
1035--1101	26	2.6	27	83	9	77	41	1	0	56	1.08
1091--1131	21	2.0	21	85	9	57	56	0	2	41	1.13
1467--1519	21	2.5	21	82	11	72	47	1	1	49	1.23
1467--1518	10	5.0	11	77	9	56	46	1	1	50	1.23
1478--1525	21	2.4	21	89	6	73	47	2	2	47	1.25
1811--1877	23	2.8	25	82	6	77	44	4	2	47	1.38
1840--1892	23	2.4	22	81	9	54	52	0	3	43	1.19
2198--2244	23	2.2	22	85	11	62	59	0	0	40	0.97
2455--2497	17	2.5	17	80	0	50	51	0	0	48	1.00
2588--2653	31	2.3	31	82	10	77	48	0	1	50	1.10
2931--2984	29	1.9	29	85	7	76	40	0	1	57	1.09
3711--3765	22	2.5	22	85	5	67	49	3	0	47	1.19
3708--3765	26	2.5	22	81	16	55	50	3	0	46	1.18
3860--3910	26	2.0	26	85	14	70	45	0	0	54	0.99
3851--3949	40	2.5	39	79	15	105	48	1	1	49	1.14
3873--3996	13	9.8	13	67	18	57	45	3	3	48	1.34
4194--4241	20	2.4	20	79	6	53	45	0	0	54	0.99
5127--5218	36	2.6	37	78	11	97	46	2	2	48	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5648--5689	22	2.0	21	86	13	59	50	2	0	47	1.14
5659--5697	15	2.5	16	88	12	55	48	5	0	46	1.24
5731--5778	25	1.9	25	83	8	62	47	4	2	45	1.33
6798--6897	6	16.2	6	71	18	64	50	2	2	46	1.24
7290--7396	22	4.6	23	77	14	71	46	0	0	51	1.13
7489--7521	13	2.8	12	90	9	50	51	0	0	48	1.00
7540--7984	180	2.5	181	79	6	467	42	11	7	39	1.68
8001--8040	20	2.1	19	90	9	64	57	0	0	42	0.98
8104--8188	24	3.6	24	70	13	70	47	0	0	52	1.00
8104--8174	26	2.8	25	80	16	67	46	0	0	53	1.00
8231--8268	17	2.2	18	90	4	60	55	0	2	42	1.14
8597--8651	20	2.7	21	75	8	60	45	3	3	47	1.38
9090--9134	22	2.2	20	84	8	54	37	2	0	60	1.09
9302--9344	17	2.4	18	84	7	52	58	0	4	37	1.19
9503--9584	39	2.1	40	82	11	98	47	4	1	46	1.31
10076--10138	16	4.0	15	78	13	56	50	0	3	46	1.17
10658--10691	17	2.1	17	88	5	52	29	17	5	47	1.71
11262--11348	24	3.8	24	70	18	58	43	3	1	51	1.26
11427--11459	15	2.1	16	88	5	50	51	3	0	45	1.16
11448--11514	19	3.7	18	77	16	75	43	0	1	55	1.09
11453--11523	16	4.2	16	77	19	56	43	1	1	53	1.18
11448--11523	37	2.1	37	83	9	95	44	1	1	52	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11550--11592	15	2.9	14	86	6	50	37	0	4	58	1.19
12739--12777	17	2.3	17	91	8	62	66	0	0	33	0.92
13223--13260	14	2.7	14	84	8	51	57	0	2	39	1.12
13305--13364	19	3.1	19	78	17	70	50	0	0	50	1.00
13292--13342	26	1.9	25	81	18	59	49	0	0	50	1.00
13301--13352	21	2.8	17	76	20	59	53	0	0	46	1.00
14171--14227	19	3.1	19	77	5	64	56	0	1	42	1.10
14508--14550	17	2.4	18	84	7	52	58	0	4	37	1.19
15122--15162	17	2.4	17	80	12	57	53	4	0	41	1.22
15279--15341	16	4.0	15	78	13	56	49	0	4	46	1.23
16297--16385	39	2.3	39	81	9	94	42	5	5	46	1.51
16455--16540	24	3.8	24	70	21	58	43	3	1	52	1.26
16616--16648	15	2.1	16	88	5	50	51	3	0	45	1.16
16637--16703	19	3.7	18	77	16	75	43	0	1	55	1.09
16642--16712	16	4.2	16	77	19	56	43	1	1	53	1.18
16637--16712	37	2.1	37	83	9	95	44	1	1	52	1.17
17361--17396	18	2.0	19	89	10	58	47	0	5	47	1.25
17483--17603	28	4.4	26	74	16	70	47	2	0	49	1.20
17500--17603	29	3.7	28	68	25	76	48	0	0	50	1.14
17507--17603	41	2.3	42	81	12	110	48	1	1	49	1.14
17709--17754	24	1.9	24	86	8	67	54	4	2	39	1.32
17786--17832	13	3.5	13	80	11	51	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18018--18119	13	8.3	13	70	20	60	50	0	0	49	1.00
18015--18143	17	7.6	17	66	23	67	52	0	0	47	1.00
19033--19101	36	1.9	36	82	11	88	40	2	1	55	1.24
19129--19226	46	2.2	44	80	14	110	47	0	2	50	1.12
19294--19364	29	2.5	29	80	8	76	53	0	4	42	1.20
19346--19418	35	2.1	35	85	10	96	56	0	2	41	1.14
19357--19492	19	7.3	18	69	20	77	55	0	1	42	1.08
19331--19431	23	4.5	22	71	20	61	55	0	2	41	1.15
19332--19431	30	3.2	31	78	13	84	55	0	3	42	1.15
19953--19997	15	3.1	16	81	15	53	42	2	0	55	1.12
19974--19998	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19959--20034	34	2.4	32	78	21	81	48	0	0	51	1.00
20091--20139	13	3.6	14	77	17	50	48	2	0	48	1.12
20123--20183	29	2.0	30	87	6	88	49	0	3	47	1.18
20099--20199	29	3.5	30	68	26	76	49	0	1	47	1.19
20589--20653	24	2.6	26	76	14	73	52	4	3	40	1.38
20978--21503	180	2.9	179	81	5	542	38	10	9	41	1.71
21286--21318	18	1.9	17	88	11	50	39	12	6	42	1.67
21443--21679	120	2.0	120	81	3	280	32	11	9	45	1.73
21941--21991	24	2.3	23	80	12	61	47	0	3	49	1.20
22124--22555	182	2.4	179	78	3	447	40	8	9	42	1.67
23999--24125	11	11.5	11	68	14	64	41	3	0	54	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24052--24130	25	3.0	26	75	12	81	44	1	1	53	1.16
24064--24108	16	2.8	16	80	13	56	48	2	0	48	1.13
25330--25390	24	2.6	23	78	17	63	44	1	1	52	1.20
25502--25539	20	1.9	20	94	0	67	44	7	0	47	1.32
25657--25727	19	3.8	17	75	15	61	49	0	4	46	1.21
26141--26183	15	2.8	16	82	7	52	46	0	0	53	1.00

Tables:   1

The End!